初代から8代の市長は京都市会が推薦し内務大臣が選任した。それ以前は市制特例により京都府知事が京都市長の職務を兼ねていた。1927年の9代市長からは市制改正により市会が選挙で選んだ。1947年以降は公選により選出される。 歴代の市長が京都市交響楽団の楽団長、世界歴史都市連盟の会長などに就任している。京都三大祭りの祇園祭では山鉾巡行のくじ改め、時代祭では名誉奉行の役を務める。 現在の市長は松井孝治。2024年2月4日初当選(63歳)、2月25日に就任し、現在は1期目。任期満了日は2028年2月24日。元内閣官房副長官は井上清一に続き2人目。