福岡に打ち上げられていたメガマウスザメの標本 正面から見た口 1976年11月にアメリカ合衆国海軍の調査船がハワイ沖で活動中にそのシーアンカーに絡まっていた雄個体が発見されたのが最初である[9]。新種のサメとわかったが、それ以降は数年に一度のペースでしか見つからず「幻のサメ」といわれた。日本では1989年に静岡県で、浜辺に打ち上げられた個体が見つかったのが最初である[9]。 捕獲及び目撃例は世界的に見ても極めて少なく、深海に生息することから死体が漂着するのも極めてまれで、未解明な部分が多い。雌個体は北半球でしか見つかっていない。 深海に生息し、大型であることから、本種にはダルマザメによる皮膚の食害跡も見られるほか、2011年に三重県沖で発見された個体には、寄生性カイアシ類が付着していた。 2015年1月、沖縄本島で約1千万年前から300万年前のものとみられるメガマウスの歯の化石が発見された