EncFS という恐らく Linux のみで動作する暗号化ファイルシステムがあります. <追記> コメントで Windows の移植版を教えていただきました :) – EncFS4Winy ファイル暗号化 « 座間ソフト </追記> これは FUSE 経由で通常のファイルシステムの上に暗号化ファイルシステムを作成するもので,設定した暗号化領域のディレクトリを Encfs でマウントすることで透過的に暗号化ファイルシステムが利用できます.ただし,ファイル名暗号化時にはメタデータをファイル名に含めるためファイル名長が短く制限されるなどの制限はあります.このあたりは eCryptFS と同じですね.私はオンラインストレージ領域などに利用しています.(同期がファイル単位の場合 EncFS はお勧め) オプションを眺めていて EncFS コマンドの --reverse というオプションに気づきました