KR101885383B1

KR101885383B1 - 신규한 핵산 프로드러그 및 그의 사용 방법

Info

Publication number: KR101885383B1
Application number: KR1020127003240A
Authority: KR
Inventors: 그레고리 엘 버딘; 미나; 나오키 이와모토
Original assignee: 웨이브 라이프 사이언시스 리미티드
Priority date: 2009-07-06
Filing date: 2010-07-06
Publication date: 2018-08-03
Also published as: AU2010270714A1; US9744183B2; MX2012000380A; US20160347784A1; US20120316224A1; SG10201403841QA; US10307434B2; AU2010270714B2; BR112012000828A2; JP5998326B2; IN2012DN00720A; CN102596204A; WO2011005761A1; WO2011005761A8; EP2451461A4; CA2767253A1; JP2015205910A; MX342945B; SG177564A1; RU2012102480A

Abstract

본원에 핵산 프로드러그 및 키랄 인 부분을 포함하는 핵산 프로드러그가 기재되어 있다. 본원에는 또한 핵산 프로드러그 및 키랄 인 부분을 포함하는 핵산 프로드러그의 제조 및 사용 방법이 기재되어 있다.

Description

신규한 핵산 프로드러그 및 그의 사용 방법{NOVEL NUCLEIC ACID PRODRUGS AND METHODS OF USE THEREOF}

상호 참조

본 출원은 2009 년 7 월 6 일에 출원된 U.S. 임시 출원 번호 61/223,369 및 2009 년 9 월 15 일에 출원된 U.S. 임시 출원 번호 61/242,722 의 권익을 청구하며, 이들 각각은 본원에 그 전체가 참고문헌으로 포함된다.

기술분야

본원에는 핵산 프로드러그, 키랄 인 부분을 포함하는 핵산 프로드러그 및 그것을 제조하고 사용하는 방법이 기재된다.

올리고뉴클레오티드는 치료, 진단, 연구 및 신규한 나노물질 적용에 유용하다. DNA 또는 RNA 의 자연 서열의 이용은, 예를 들어 뉴클레아제에 대한 그의 안정성으로 인해 제한된다. 추가적으로, 시험관내 연구는 결합 친화성, 상보적 RNA 에 대해 결합하는 서열 특이성, 뉴클레아제에 대한 안정성과 같은 안티센스 뉴클레오티드의 특성이 인 원자의 입체배치에 의해 영향받는다는 점을 보인 바 있다. 따라서, 수많은 시험관내 및 생체내 적용에서 올리고뉴클레오티드 분자에 추가적인 안정성을 부여하도록 입체적으로 정해진 올리고뉴클레오티드의 프로드러그가 필요하다.

인 원자-개질 핵산을 포함하는 입체적으로 정해진 올리고뉴클레오티드의 프로드러그 및 그의 사용 방법이 본원에 기재된다.

발명의 개요

한 구현예에서 키랄 핵산 프로드러그를 제공한다.

한 구현예에서 하기 구조를 가진 핵산 프로드러그를 제공한다:

식 중, R¹ 은 -OH, -SH, -NR^dR^d, -N₃, 할로겐, 수소, 알킬, 알케닐, 알키닐, 알킬-Y¹-, 알케닐-Y¹-, 알키닐-Y¹-, 아릴-Y¹-, 헤테로아릴-Y¹-, -P(O)(R^e)₂, -HP(O)(R^e), -0R^a 또는 -SR^c 이고;

Y¹ 은 O, NR^d, S 또는 Se 이고;

R^a 는 차단기이고;

R^c 는 차단기이고;

각 경우의 R^d 는 독립적으로 수소, 알킬, 알케닐, 알키닐, 아릴, 아실, 치환된 실릴, 카르바메이트, -P(O)(R^e)₂ 또는 -HP(O)(R^e) 이고;

각 경우의 R^e 는 독립적으로 수소, 알킬, 아릴, 알케닐, 알키닐, 알킬-Y²-, 알케닐-Y²-, 알키닐-Y²-, 아릴-Y²- 또는 헤테로아릴-Y²- 이거나, 또는 Na⁺¹, Li⁺¹ 또는 K⁺¹ 인 양이온이고;

Y² 는 0, NR^d 또는 S 이고;

각 경우의 R² 는 독립적으로 수소, -OH, -SH, -NR^dR^d, -N₃, 할로겐, 알킬, 알케닐, 알키닐, 알킬-Y¹-, 알케닐-Y¹-, 알키닐-Y¹-, 아릴-Y¹-, 헤테로아릴-Y¹-, -0R^b 또는 -SR^c 이고, 여기서 R^b 는 차단기이고; 각 경우의 Ba 는 독립적으로 차단 또는 비차단 아데닌, 시토신, 구아닌, 티민, 우라실 또는 개질된 뉴클레오베이스이고;

하나 이상의 X 가 하기이고:

-OCH₂CH₂S-S(O)₂R₁₀, -OCH₂CH₂S-SCH₂CH₂OH, -OCH₂CH₂CO₂H,

R³ 은 수소, 차단기, 고체 지지체에 연결된 연결 부분 또는 핵산에 연결된 연결 부분이고;

R₁₀ 은 1 내지 4 개의 탄소 원자를 가진 알킬기이고;

R₁₁ 은 알킬, 아릴, 헤테로아릴, 헤테로시클릴 또는 시클로알킬이고;

R₁₂ 는 수소 또는 알킬이고;

Z 는 S 또는 O 이고;

q 는 0, 1 또는 3 이고;

w 는 1, 2, 3, 4, 5 또는 6 이고;

R₁₅ 및 R₁₆ 은 독립적으로 수소 또는 메틸이고;

R₁₇ 은 알킬, 아릴 또는 CH₂CH=CH₂ 로부터 선택되고;

R₁₈ 은 하기로부터 선택되고:

n 은 1 내지 약 200 의 정수임.

또다른 구현예는 하기 구조를 가진 핵산 프로드러그를 제공한다:

Y¹ 은 O, NR^d, S 또는 Se 이고;

R^a 는 차단기이고;

R^c 는 차단기이고;

Y² 는 0, NR^d 또는 S 이고;

하나 이상의 X 가 하기이고:

R₁₀ 은 1 내지 4 개의 탄소 원자를 가진 알킬기이고;

R₁₂ 는 수소 또는 알킬이고;

n 은 1 내지 약 200 의 정수임.

추가 구현예는, 화학식 1 의 화합물의 각 X-포스포네이트 부분이 ³¹P NMR 분광계 또는 역상 HPLC 로 결정했을 때 98% 를 초과하여 부분입체이성질적으로 순수한 핵산 프로드러그를 제공한다.

추가 구현예는, 각 X-포스포네이트 부분이 R_P 입체배치를 갖는 핵산 프로드러그를 제공한다.

추가 구현예는, 각 X-포스포네이트 부분이 S_P 입체배치를 갖는 핵산 프로드러그를 제공한다. 추가 구현예는 각 X-포스포네이트가 독립적으로 R_P 입체배치 또는 S_P 입체배치를 갖는 핵산 프로드러그를 제공한다.

추가 구현예는 R₁₀ 이 메틸인 핵산 프로드러그를 제공한다. 추가 구현예는 R₁₁ 이 메틸인 핵산 프로드러그를 제공한다. 추가 구현예는 R₁₂ 가 메틸인 핵산 프로드러그를 제공한다.

추가 구현예는 핵산 프로드러그의 X 부분의 25% 이상이 독립적으로 하기로부터 선택되는 핵산 프로드러그를 제공한다:

추가 구현예는 핵산 프로드러그의 X 부분의 50% 이상이 독립적으로 하기로부터 선택되는 핵산 프로드러그를 제공한다:

추가 구현예는 핵산 프로드러그의 X 부분의 90% 이상이 독립적으로 하기로부터 선택되는 핵산 프로드러그를 제공한다:

추가 구현예는 핵산 프로드러그의 각 X 부분이 독립적으로 하기로부터 선택되는 핵산 프로드러그를 제공한다:

R₁₀ 은 1 내지 4 개의 탄소 원자를 가진 알킬기이고;

R₁₂ 는 수소 또는 알킬이고;

Z 는 S 또는 O 이고;

q 는 0, 1 또는 3 이고;

w 는 1, 2, 3, 4, 5 또는 6 이고;

R₁₅ 및 R₁₆ 은 독립적으로 수소 또는 메틸이고;

R₁₇ 은 알킬, 아릴 또는 CH₂CH=CH₂ 로부터 선택되고;

R₁₈ 은 하기로부터 선택됨:

한 구현예는 하기 구조를 가진 핵산 프로드러그를 제공한다:

Y¹ 은 O, NR^d, S 또는 Se 이고;

R^a 는 차단기이고;

R^c 는 차단기이고;

Y² 는 0, NR^d 또는 S 이고;

하나 이상의 X 가 하기이고:

식 중, R₁₀ 은 1 내지 4 개의 탄소 원자를 가진 알킬기이고; R₁₁ 은 알킬, 아릴, 헤테로아릴, 헤테로시클릴 또는 시클로알킬이고; R₁₂ 는 수소 또는 알킬이고;

n 은 1 내지 약 200 의 정수임.

식 중, R₁₀ 이 1 내지 4 개의 탄소 원자를 가진 알킬기이고; R₁₁ 이 알킬, 아릴, 헤테로아릴, 헤테로시클릴 또는 시클로알킬이고; R₁₂ 는 수소 또는 알킬임.

식 중, R₁₀ 은 1 내지 4 개의 탄소 원자를 가진 알킬기이고; R₁₁ 은 알킬, 아릴, 헤테로아릴, 헤테로시클릴 또는 시클로알킬이고; R₁₂ 는 수소 또는 알킬임.

한 구현예는 하기 구조를 가진 핵산 프로드러그를 함유하는 약제학적 조성물을 제공한다:

Y¹ 은 O, NR^d, S 또는 Se 이고;

R^a 는 차단기이고;

R^c 는 차단기이고;

Y² 는 0, NR^d 또는 S 이고;

하나 이상의 X 가 독립적으로 하기로부터 선택되고:

R₁₀ 은 1 내지 4 개의 탄소 원자를 가진 알킬기이고; R₁₁ 은 알킬, 아릴, 헤테로아릴, 헤테로시클릴 또는 시클로알킬이고; R₁₂ 는 수소 또는 알킬이고;

n 은 1 내지 약 200 의 정수임;

여기서, 핵산 프로드러그의 합성에 사용된 방법은 하기 단계를 포함함: (1) 거울상체를 갖지 않는 H-포스포네이트 부분을 포함하는 분자 및 5'-OH 부분을 포함하는 뉴클레오시드를 반응시켜 축합된 중간체를 형성하는 단계; 및 (2) 상기 축합된 중간체를 키랄 X-포스포네이트 부분을 포함하는 핵산 프로드러그로 변환시키는 단계.

또다른 구현예는 화학식 1 의 구조를 가진 핵산 프로드러그를 함유하는 약제학적 조성물을 제공하는데, 여기서 화학식 1 의 화합물의 각 X-포스포네이트 부분은 ³¹P NMR 분광계 또는 역상 HPLC 로 결정했을 때 98% 를 초과하여 부분입체이성질적으로 순수하다. 또다른 구현예는 각 X-포스포네이트 부분이 R_P 입체배치를 갖는 약제학적 조성물을 제공한다. 또다른 구현예는 각 X-포스포네이트 부분이 S_P 입체배치를 갖는 약제학적 조성물을 제공한다. 또다른 구현예는 각 X-포스포네이트가 독립적으로 R_P 입체배치 또는 S_P 입체배치를 갖는 약제학적 조성물을 제공한다.

또다른 구현예는 핵산 프로드러그의 X 부분의 25% 이상이 독립적으로 하기로부터 선택되는, 화학식 1 의 구조를 갖는 핵산 프로드러그를 함유하는 약제학적 조성물을 제공한다:

또다른 구현예는 핵산 프로드러그의 X 부분의 50% 이상이 독립적으로 하기로부터 선택되는, 화학식 1 의 구조를 갖는 핵산 프로드러그를 함유하는 약제학적 조성물을 제공한다:

또다른 구현예는 핵산 프로드러그의 X 부분의 90% 이상이 독립적으로 하기로부터 선택되는, 화학식 1 의 구조를 갖는 핵산 프로드러그를 함유하는 약제학적 조성물을 제공한다:

또다른 구현예는 각 경우의 X 가 독립적으로 하기로부터 선택되는, 화학식 1 의 구조를 갖는 핵산 프로드러그를 함유하는 약제학적 조성물을 제공한다:

또다른 구현예는 화학식 1 의 구조를 가진 핵산 프로드러그를 함유하는 약제학적 조성물로서, R₁₀ 이 메틸인 약제학적 조성물을 제공한다. 또다른 구현예는 화학식 1 의 구조를 가진 핵산 프로드러그를 함유하는 약제학적 조성물로서, R₁₁ 이 메틸인 약제학적 조성물을 제공한다. 또다른 구현예는 화학식 1 의 구조를 가진 핵산 프로드러그를 함유하는 약제학적 조성물로서, R₁₂ 가 메틸인 약제학적 조성물을 제공한다.

한 구현예는 치료량의 키랄 핵산 프로드러그를 투여함으로써 상승조절된 RNase L 과 연관된 질환을 치료하는 방법을 제공한다. 또다른 구현예는 상승조절된 RNase L 과 연관된 질환을 치료하는 방법으로서, 상승조절된 RNase L 과 연관된 질환이 만성 피로 증후군인 방법을 제공한다. 또다른 구현예는 치료량의 키랄 핵산 프로드러그를 투여함으로써 하향조절된 RNase L 과 연관된 질환을 치료하는 방법을 제공한다. 또다른 구현예는 하향조절된 RNase L 과 연관된 질환을 치료하는 방법으로서, 하향조절된 RNase L 과 연관된 질환이 암인 방법을 제공한다. 또다른 구현예에서, 암은 전립선, 대장 및 췌장 암으로부터 선택된다. 한 구현예에서, 하향조절된 RNase L 이 있는 암은 췌장암이다. 또다른 구현예에서, 하향조절된 RNase L 이 있는 암은 전립선 암이다. 또다른 구현예에서, 하향조절된 RNase L 이 있는 암은 대장암이다.

한 구현예는 치료량의 하기 구조를 가진 핵산 프로드러그를 투여하는 것을 포함하는 암의 치료 방법을 제공한다:

Y¹ 은 O, NR^d, S 또는 Se 이고;

R^a 는 차단기이고;

R^c 는 차단기이고;

Y² 는 0, NR^d 또는 S 이고;

핵산 프로드러러그의 하나 이상의 X 부분이 독립적으로 하기로부터 선택되고:

R³ 은 수소, 차단기, 고체 지지체에 연결된 연결 부분 또는 핵산에 연결된 연결 부분이고; n 은 1 내지 약 200 의 정수이고;

R₁₀ 이 1 내지 4 개의 탄소 원자를 가진 알킬기임;

또다른 구현예는 치료량의 화학식 1 의 화합물을 투여하는 것을 포함하는 암 치료 방법을 제공하고, 여기서 핵산 프로드러그의 X 부분의 25% 이상이 독립적으로 하기로부터 선택된다:

또다른 구현예는 치료량의 화학식 1 의 화합물을 투여하는 것을 포함하는 암 치료 방법을 제공하고, 여기서 핵산 프로드러그의 X 부분의 50% 이상이 독립적으로 하기로부터 선택된다:

또다른 구현예는 치료량의 화학식 1 의 화합물을 투여하는 것을 포함하는 암 치료 방법을 제공하고, 여기서 핵산 프로드러그의 X 부분의 90% 이상이 독립적으로 하기로부터 선택된다:

또다른 구현예는 치료량의 화학식 1 의 화합물을 투여하는 것을 포함하는 암 치료 방법을 제공하고, 여기서 각 경우의 X 는 독립적으로 하기로부터 선택된다:

또다른 구현예는 치료량의 화학식 1 의 화합물을 투여하는 것을 포함하는 암 치료 방법을 제공하고, 여기서 R₁₀ 이 메틸이다. 또다른 구현예는 치료량의 화학식 1 의 화합물을 투여하는 것을 포함하는 암 치료 방법을 제공하고, 여기서 R₁₁ 이 메틸이다. 또다른 구현예는 치료량의 화학식 1 의 화합물을 투여하는 것을 포함하는 암 치료 방법을 제공하고, 여기서 R₁₂ 가 메틸이다.

또다른 구현예는 치료량의 화학식 1 의 화합물을 투여하는 것을 포함하는 암 치료 방법을 제공하고, 여기서 화학식 1 의 화합물의 각 X-포스포네이트 부분이 ³¹P NMR 분광계 또는 역상 HPLC 로 결정했을 때 98% 를 초과하여 부분입체이성질적으로 순수하다. 또다른 구현예는 치료량의 화학식 1 의 화합물을 투여하는 것을 포함하는 암 치료 방법을 제공하고, 여기서 각 X-포스포네이트 부분이 R_P 입체배치를 갖는다. 또다른 구현예는 치료량의 화학식 1 의 화합물을 투여하는 것을 포함하는 암 치료 방법을 제공하고, 여기서 각 X-포스포네이트 부분이 S_P 입체배치를 갖는다. 또다른 구현예는 치료량의 화학식 1 의 화합물을 투여하는 것을 포함하는 암 치료 방법을 제공하고, 여기서 각 X-포스포네이트가 독립적으로 R_P 입체배치 또는 S_P 입체배치를 갖는다.

또다른 구현예는 치료량의 화학식 1 의 화합물을 투여하는 것을 포함하는 암 치료 방법을 제공하고, 여기서 암은 췌장암이다.

Y¹ 은 O, NR^d, S 또는 Se 이고;

R^a 는 차단기이고;

R^c 는 차단기이고;

Y² 는 0, NR^d 또는 S 이고;

하나 이상의 X 가 하기이고:

R₁₀ 은 1 내지 4 개의 탄소 원자를 가진 알킬기이고;

R₁₂ 는 수소 또는 알킬이고;

n 은 1 내지 약 200 의 정수임.

한 구현예는 화학식 2 의 핵산 프로드러그를 제공하고, 여기서 화학식 2 의 화합물의 각 X-포스포네이트 부분이 ³¹P NMR 분광계 또는 역상 HPLC 로 결정했을 때 98% 를 초과하여 부분입체이성질적으로 순수하다. 또다른 구현예는 화학식 2 의 핵산 프로드러그를 제공하고, 여기서 각 X-포스포네이트 부분이 R_P 입체배치를 갖는다. 또다른 구현예는 화학식 2 의 핵산 프로드러그를 제공하고, 여기서 각 X-포스포네이트 부분이 S_P 입체배치를 갖는다. 또다른 구현예는 화학식 2 의 핵산 프로드러그를 제공하고, 여기서 각 X-포스포네이트 부분이 독립적으로 R_P 또는 S_P 입체배치를 갖는다.

또다른 구현예는 화학식 2 의 핵산 프로드러그를 제공하고, 여기서 R₁₀ 이 메틸이다. 또다른 구현예는 화학식 2 의 핵산 프로드러그를 제공하고, 여기서 R₁₁ 이 메틸이다. 또다른 구현예는 화학식 2 의 핵산 프로드러그를 제공하고, 여기서 R₁₂ 가 메틸이다.

또다른 구현예는 화학식 2 의 핵산 프로드러그를 제공하고, 여기서 핵산 프로드러그의 X 부분의 25% 이상이 독립적으로 하기로부터 선택된다:

또다른 구현예는 화학식 2 의 핵산 프로드러그를 제공하고, 여기서 핵산 프로드러그의 X 부분의 50% 이상이 독립적으로 하기로부터 선택된다:

또다른 구현예는 화학식 2 의 핵산 프로드러그를 제공하고, 여기서 핵산 프로드러그의 X 부분의 90% 이상이 독립적으로 하기로부터 선택된다:

또다른 구현예는 화학식 2 의 핵산 프로드러그를 제공하고, 여기서 핵산 프로드러그의 각 X 부분이 독립적으로 하기로부터 선택된다:

Y¹ 은 O, NR^d, S 또는 Se 이고;

R^a 는 차단기이고;

R^c 는 차단기이고;

Y² 는 0, NR^d 또는 S 이고;

핵산 프로드러그의 하나 이상의 X 부분이 하기로부터 선택되고:

n 은 1 내지 약 200 의 정수임;

또다른 구현예는 화학식 2 의 구조를 가진 핵산 프로드러그를 함유하는 약제학적 조성물을 제공하는데, 여기서 화학식 2 의 화합물의 각 X-포스포네이트 부분은 ³¹P NMR 분광계 또는 역상 HPLC 로 결정했을 때 98% 를 초과하여 부분입체이성질적으로 순수하다. 또다른 구현예는 각 X-포스포네이트 부분이 R_P 입체배치를 갖는 약제학적 조성물을 제공한다. 또다른 구현예는 각 X-포스포네이트 부분이 S_P 입체배치를 갖는 약제학적 조성물을 제공한다. 또다른 구현예는 각 X-포스포네이트가 독립적으로 R_P 입체배치 또는 S_P 입체배치를 갖는 약제학적 조성물을 제공한다.

또다른 구현예는 핵산 프로드러그의 X 부분의 25% 이상이 독립적으로 하기로부터 선택되는, 화학식 2 의 화합물을 함유하는 약제학적 조성물을 제공한다:

또다른 구현예는 핵산 프로드러그의 X 부분의 50% 이상이 독립적으로 하기로부터 선택되는, 화학식 2 의 화합물을 함유하는 약제학적 조성물을 제공한다:

또다른 구현예는 핵산 프로드러그의 X 부분의 90% 이상이 독립적으로 하기로부터 선택되는, 화학식 2 의 화합물을 함유하는 약제학적 조성물을 제공한다:

또다른 구현예는 각 경우의 X 가 독립적으로 하기로부터 선택되는, 화학식 2 의 화합물을 함유하는 약제학적 조성물을 제공한다:

또다른 구현예는 화학식 2 의 화합물을 함유하는 약제학적 조성물로서, R₁₀ 이 메틸인 약제학적 조성물을 제공한다. 또다른 구현예는 화학식 2 의 화합물을 함유하는 약제학적 조성물로서, R₁₁ 이 메틸인 약제학적 조성물을 제공한다. 또다른 구현예는 화학식 2 의 화합물을 함유하는 약제학적 조성물로서, R₁₂ 가 메틸인 약제학적 조성물을 제공한다.

한 구현예는 치료량의 하기 구조를 가진 핵산 프로드러그를 투여하는 것을 포함하는 암 치료 방법을 제공한다:

Y¹ 은 O, NR^d, S 또는 Se 이고;

R^a 는 차단기이고;

R^c 는 차단기이고;

Y² 는 0, NR^d 또는 S 이고;

핵산 프로드러그의 하나 이상의 X 부분이 독립적으로 하기로부터 선택되고:

R₁₀ 이 1 내지 4 개의 탄소 원자를 가진 알킬기임;

여기서, 핵산 프로드러드의 합성에 사용된 방법은 하기 단계를 포함함: (1) 거울상체를 갖지 않는 H-포스포네이트 부분을 포함하는 분자 및 5'-OH 부분을 포함하는 뉴클레오시드를 반응시켜 축합된 중간체를 형성하는 단계; 및 (2) 상기 축합된 중간체를 키랄 X-포스포네이트 부분을 포함하는 핵산 프로드러그로 변환시키는 단계.

또다른 구현예는 치료량의 화학식 2 의 화합물을 투여하는 것을 포함하는 암 치료 방법을 제공하고, 여기서 핵산 프로드러그의 X 부분의 25% 이상이 독립적으로 하기로부터 선택된다:

또다른 구현예는 치료량의 화학식 2 의 화합물을 투여하는 것을 포함하는 암 치료 방법을 제공하고, 여기서 핵산 프로드러그의 X 부분의 50% 이상이 독립적으로 하기로부터 선택된다:

또다른 구현예는 치료량의 화학식 2 의 화합물을 투여하는 것을 포함하는 암 치료 방법을 제공하고, 여기서 핵산 프로드러그의 X 부분의 90% 이상이 독립적으로 하기로부터 선택된다:

또다른 구현예는 치료량의 화학식 2 의 화합물을 투여하는 것을 포함하는 암 치료 방법을 제공하고, 여기서 각 경우의 X 는 독립적으로 하기로부터 선택된다:

또다른 구현예는 치료량의 화학식 2 의 화합물을 투여하는 것을 포함하는 암 치료 방법을 제공하고, 여기서 R₁₀ 이 메틸이다. 또다른 구현예는 치료량의 화학식 2 의 화합물을 투여하는 것을 포함하는 암 치료 방법을 제공하고, 여기서 R₁₁ 이 메틸이다. 또다른 구현예는 치료량의 화학식 2 의 화합물을 투여하는 것을 포함하는 암 치료 방법을 제공하고, 여기서 R₁₂ 가 메틸이다.

또다른 구현예는 치료량의 화학식 2 의 화합물을 투여하는 것을 포함하는 암 치료 방법을 제공하고, 여기서 화학식 2 의 화합물의 각 X-포스포네이트 부분이 ³¹P NMR 분광계 또는 역상 HPLC 로 결정했을 때 98% 를 초과하여 부분입체이성질적으로 순수하다.

또다른 구현예는 치료량의 화학식 2 의 화합물을 투여하는 것을 포함하는 암 치료 방법을 제공하고, 여기서 각 X-포스포네이트 부분이 R_P 입체배치를 갖는다. 또다른 구현예는 치료량의 화학식 2 의 화합물을 투여하는 것을 포함하는 암 치료 방법을 제공하고, 여기서 각 X-포스포네이트 부분이 S_P 입체배치를 갖는다. 또다른 구현예는 치료량의 화학식 2 의 화합물을 투여하는 것을 포함하는 암 치료 방법을 제공하고, 여기서 각 X-포스포네이트가 독립적으로 R_P 입체배치 또는 S_P 입체배치를 갖는다.

한 구현예는 치료량의 화학식 2 의 구조를 가진 화합물을 투여하는 것을 포함하는 암 치료 방법을 제공하고, 여기서 암은 췌장암이다.

한 구현예는 치료량의 화학식 2 의 구조를 가진 화합물을 투여하는 것을 포함하는 암 치료 방법을 제공하고, 여기서 화합물을 하기 화학식을 갖는다:

식 중, 각 A 는 아데닌이고, 각 R₁₁ 은 독립적으로 알킬, 아릴, 헤테로아릴, 헤테로시클릴 및 시클로알킬로부터 선택됨.

추가 구현예는 치료량의 화학식 A₃-2 의 화합물을 투여하는 것을 포함하는 췌장암 치료 방법을 제공한다.

한 구현예는 치료량의 화학식 2 의 구조를 갖는 화합물을 투여하는 것을 포함하는 암 치료 방법을 제공하고, 여기서 화합물은 하기 화학식을 갖는다:

추가 구현예는 치료량의 화학식 A₃-3 의 화합물을 투여하는 것을 포함하는 췌장암 치료 방법을 제공한다.

한 구현예는 하기 화학식을 가진 화합물 또는 그의 약제학적으로 허용되는 염을 제공한다:

식 중, 각 A 는 아데닌이고; 하나 이상의 X 부분이 하기이고:

또다른 구현예는 화학식 A₃-1 의 구조를 가진 화합물 또는 그의 약제학적으로 허용되는 염을 제공하고, 여기서 핵산 프로드러그의 2 개 이상의 X 부분이 독립적으로 하기로부터 선택된다:

식 중, R₁₀ 은 1 내지 4 개의 탄소 원자를 가진 알킬기이고; R₁₁ 은 아릴, 헤테로아릴, 헤테로시클릴 또는 시클로알킬이고; R₁₂ 는 수소 또는 알킬이다.

또다른 구현예는 화학식 A₃-1 의 구조를 가진 화합물 또는 그의 약제학적으로 허용되는 염을 제공하고, 여기서 핵산 프로드러그의 3 개 이상의 X 부분이 하기로부터 선택된다:

또다른 구현예는 화학식 A₃-1 의 구조를 가진 화합물 또는 그의 약제학적으로 허용되는 염을 제공하고, 여기서 핵산 프로드러그의 각 X 부분은 독립적으로 하기로부터 선택된다:

또다른 구현예는 화학식 A₃-1 의 구조를 가진 화합물 또는 그의 약제학적으로 허용되는 염을 제공하고, 여기서 화합물은 하기 화학식을 갖는다:

참고문헌의 포함

본 명세서에서는 본원에 개시된 모든 출판물 및 특허 출원들을, 각 개별 출판물 또는 특허 출원이 참고문헌으로 포함된다는 구체적이고 개별적인 표시가 있는 것과 마찬가지로, 그의 전체를 참고문헌으로 포함한다.

도면의 간단한 설명

본 발명의 신규한 특징은 특히 첨부된 특허청구에 제시되어있다. 본 발명의 특징 및 장점의 더 나은 이해는, 본 발명의 원리가 이용된 상세한 설명의 구현예에서 제시된 하기의 상세한 설명 및 첨부된 도면을 참조하여 득할 것이다.

도 1 은 화합물 64 및 GSH 에 대한 대표적인 분석 HPLC 프로파일을 제공한다.

도 2 는 화합물 64a, 글루타티온 부가물 및, 프로-부분 (pro-moeity) 으로부터의 방출 후 최종 생성물의 제공된 대표적인 HPLC 프로파일을 제공한다.

도 3 은 화합물 64a 및 64b 에 대한 변환 오버 타임 (conversion over time) 의 그래프를 제공한다.

도 4 는 화합물 64a 의 글루타티온 보조 프로드러그 방출에 대한 LC-MS 에 의해 결정되는 반응 타임코스 (timecourse) 를 제공한다.

발명의 상세한 설명

본원에 사용된 섹션 제목은 오직 분야별 정리를 목적으로 하는 것이며 기술되는 대상체를 한정하는 것으로 해석되어서는 안된다. 이에 제한되지 않으나 특허, 특허 출원, 논문, 서적, 매뉴얼 및 전문서를 포함하는 모든 문건, 문건의 일부분, 인용 참증은 어떤 목적으로든 그 전체가 본원에 액면 그대로 참고문헌으로 포함된다.

달리 언급되지 않는 한, 명세서 및 특허청구범위를 포함하는 본 출원에 사용된 하기의 용어들은 하기와 같은 정의를 갖는다. 명세서 및 첨부된 특허청구범위에 사용된 바와 같이, 대표 단수 형태는 해당 문맥에서 달리 명확하게 지시하지 않는 한 복수 대상물도 포함함에 유의한다. 달리 언급되지 않는 한, 질량 분광계, NMR, HPLC, 단백질 화학, 생화학, 재조합 DNA 기법 및 약학의 통상적인 방법이 채용된다. 본 출원에서, "또는" 또는 "및" 의 사용은 달리 언급되지 않는 한 "및/또는" 을 의미한다. 더욱이, 용어 "포함" 및 그의 여타 활용 형태, 예컨대 "포함하다" 및 "포함되는" 은 제한의 의미가 아니다.

특정한 화학 용어

달리 표시되지 않는 한, 이에 제한되지 않으나 "알킬", "아민", "아릴" 과 같은 사용된 일반적인 화학 용어들은 비치환형이다.

본원에 사용된 바와 같이, C₁-C_x 는 C₁-C₂, C1-C₃ ... C₁-C_x 를 포함한다. 오직 예시로서, "C₁-C₄" 로 나타내는 기는 해당 부분에 1 내지 4 개의 탄소 원자가 있음을 나타내며, 즉 1 개의 탄소 원자, 2 개의 탄소 원자, 3 개의 탄소 원자, 또는 4 개의 탄소 원자를 포함하는 기 뿐만 아니라 C₁-C₂ 및 C₁-C₃ 범위의 기를 나타낸다. 이에, 오직 예시로서, "C₁-C₄ 알킬" 은 알킬기 내에 1 내지 4 개의 탄소 원자가 있음을 나타내고, 즉 알킬기가 메틸, 에틸, 프로필, 이소프로필, n-부틸, 이소-부틸, sec-부틸, 및 t-부틸 중에서 선택된다. 본원에 나타낼 때마다, 수치 범위, 예컨대 "1 내지 10" 은 주어진 범위 내의 각 정수를 지칭하며; 예를 들어 "1 내지 10 개의 탄소 원자" 란, 해당 기가 1 개의 탄소 원자, 2 개의 탄소 원자, 3 개의 탄소 원자, 4 개의 탄소 원자, 5 개의 탄소 원자, 6 개의 탄소 원자, 7 개의 탄소 원자, 8 개의 탄소 원자, 9 개의 탄소 원자, 또는 10 개의 탄소 원자를 가질 수 있음을 의미한다.

본원에 단독으로 또는 조합하여 사용된 용어 "헤테로원자" 또는 "헤테로" 는, 탄소 또는 수소 이외의 원자를 지칭한다. 헤테로원자는 산소, 질소, 황, 인, 규소, 셀렌 및 주석으로부터 독립적으로 선택될 수 있으나, 이들 원자에 제한되지 않는다. 2 개 이상의 헤테로원자가 존재하는 구현예에서, 2 개 이상의 헤테로원자는 상동이거나, 또는 2 개 이상의 헤테로원자의 일부 또는 전부가 상이할 수 있다.

단독으로 또는 조합하여 본원에 사용된 용어 "알킬" 은 1 내지 약 10 개의 탄소 원자 또는 1 내지 6 개의 탄소 원자를 가진 직쇄 또는 분지쇄 포화 모노라디칼을 지칭한다. 그의 예시에는, 이에 제한되지 않으나, 메틸, 에틸, n-프로필, 이소프로필, 2 -메틸-1-프로필, 2-메틸-2-프로필, 2-메틸-1-부틸, 3 -메틸-1-부틸, 2-메틸-3 -부틸, 2,2-디메틸-1-프로필, 2-메틸- 1 -펜틸, 3-메틸- 1 -펜틸, 4-메틸-1-펜틸, 2-메틸-2-펜틸, 3-메틸-2-펜틸, 4-메틸-2-펜틸, 2,2-디메틸-1-부틸, 3,3-디메틸-1-부틸, 2-에틸-1-부틸, n-부틸, 이소부틸, sec-부틸, t-부틸, n-펜틸, 이소펜틸, 네오펜틸, tert-아밀 및 헥실, 및 더 긴 알킬기, 예컨대 헵틸, 옥틸 등이 포함된다. 본원에 제시될 때마다, 수치 범위, 예컨대 "C₁-C₆ 알킬" 또는 "C₁ _-6 알킬" 은, 알킬기가 1 개의 탄소 원자, 2 개의 탄소 원자, 3 개의 탄소 원자, 4 개의 탄소 원자, 5 개의 탄소 원자 또는 6 개의 탄소 원자로 이루어질 수 있음을 의미한다. 한 구현예에서, "알킬" 은 치환되어 있다. 달리 표시되지 않는 한, "알킬" 은 비치환되어 있다.

단독으로 또는 조합되어 본원에 사용된 용어 "알케닐" 은 1 개 이상의 탄소-탄소 이중결합 및 2 내지 약 10 개의 탄소 원자, 또는 2 내지 약 6 개의 탄소 원자를 가진 직쇄 또는 분지쇄 탄화수소 모노라디칼을 지칭한다. 기는 이중 결합(들)에 대해 시스 또는 트란스 입체배치의 것일 수 있고, 두 이성질체를 전부 포함하는 것으로 이해되어야 한다. 예시에는, 이에 제한되지 않으나, 에테닐 (-CH=CH₂), 1-프로페닐 (-CH₂CH=CH₂), 이소프로페닐 [-C(CH₃)=CH₂], 부테닐, 1,3-부타디에닐 등이 포함된다. 본원에 제시될 때마다, 수치 범위, 예컨대 "C₂-C₆ 알케닐" 또는 "C₂-₆ 알케닐" 은, 알케닐기가 2 개의 탄소 원자, 3 개의 탄소 원자, 4 개의 탄소 원자, 5 개의 탄소 원자 또는 6 개의 탄소 원자로 이루어질 수 있음을 의미한다. 한 구현예에서, "알케닐" 은 치환되어 있다. 달리 표시되지 않는 한, "알케닐" 은 비치환되어 있다.

단독으로 또는 조합되어 본원에 사용된 용어 "알키닐" 은 1 개 이상의 탄소-탄소 삼중결합 및 2 내지 약 10 개의 탄소 원자, 또는 2 내지 약 6 개의 탄소 원자를 가진 직쇄 또는 분지쇄 탄화수소 모노라디칼을 지칭한다. 예시에는, 이에 제한되지 않으나, 에티닐, 2-프로피닐, 2-부티닐, 1,3-부타디닐 등이 포함된다. 본원에 제시될 때마다, 수치 범위, 예컨대 "C₂-C₆ 알키닐" 또는 "C₂-₆ 알키닐" 은, 알키닐기가 2 개의 탄소 원자, 3 개의 탄소 원자, 4 개의 탄소 원자, 5 개의 탄소 원자 또는 6 개의 탄소 원자로 이루어질 수 있음을 의미한다. 한 구현예에서, "알키닐" 은 치환되어 있다. 달리 표시되지 않는 한, "알키닐" 은 비치환되어 있다.

단독으로 또는 조합되어 본원에 사용된 용어 "헤테로알킬", "헤테로알케닐" 및 "헤테로알키닐" 은 하나 이상의 골격 사슬 탄소 원자 (및 적당한 경우 임의의 회합된 수소 원자) 가 각각 독립적으로 헤테로원자 (즉, 탄소 원자 이외의 원자, 예컨대 이에 제한되지 않으나, 산소, 질소, 황, 규소, 인, 주석 또는 이들의 조합) 또는 헤테로원자기, 예컨대 이에 제한되지 않으나, -O-O-, -S-S-, -O-S-, -S-O-, =N-N= -N=N-, -N=N-NH-, -P(O)₂-, -0-P(O)₂-, -P(O)₂-O-, -S(O)-, -S(O)₂-, -SnH₂- 등으로 치환되어 있는, 상기 기재된 각각의 알킬, 알케닐 및 알키닐 구조를 지칭한다.

단독으로 또는 조합되어 본원에 사용된 용어 "할로알킬", "할로알케닐" 및 "할로알키닐" 은, 하나 이상의 수소 원자가 불소, 염소, 브롬 또는 요오드 원자, 또는 이들의 조합에 의해 치환되어 있는, 상기 정의된 각 알킬, 알케닐 및 알키닐 기를 지칭한다. 일부 구현예에서, 2 개 이상의 수소 원자는 상동한 할로겐 원자로 치환될 수 있고 (예를 들어, 디플루오로메틸); 여타 구현예에서 2 개 이상의 수소 원자는 전부 상동이지는 않은 할로겐 원자로 치환될 수 있다 (예를 들어, 1-클로로-1-플루오로-1-요오도에틸). 할로알킬기의 비제한적 예시는 플루오로메틸, 클로로메틸 및 브로모에틸이다. 할로알케닐기의 비제한적 예시는 브로모에테닐이다. 할로알키닐기의 비제한적 예시는 클로로에티닐이다.

단독으로 또는 조합되어 본원에 사용된 용어 "탄소 사슬" 은, 선형, 고리형 또는 이들의 임의의 조합인 임의의 알킬, 알케닐, 알키닐, 헤테로알킬, 헤테로알케닐 또는 헤테로알키닐기를 지칭한다. 사슬이 링커의 일부이고, 링커가 코어 백본 부분으로서 하나 이상의 고리를 포함하는 경우, "사슬" 이 오직 주어진 고리의 하부 또는 상부를 이루거나 또는 그 두가지를 전부 이루지는 않아 고리(들)의 상부 및 하부의 길이가 동등하지 않다면, 사슬 길이 계산을 목적으로 더 짧은 거리가 사슬 길이 결정에 이용될 것이다. 사슬이 백본의 일부로서 헤테로원자를 포함하는 경우, 상기 원자들은 탄소 사슬 길이의 일부분으로 계산되지 않는다.

단독으로 또는 조합되어 본원에 사용된 용어 "시클로알킬" 은 3 내지 약 15 개의 고리 탄소 원자 또는 3 내지 약 10 개의 고리 탄소 원자를 포함하는 포화, 탄화수소 모노라디칼 고리를 지칭하지만, 추가적인 비-고리 탄소 원자를 치환기로서 포함할 수 있다 (예를 들어, 메틸시클로프로필). 본원에 제시될 때마다, 수치 범위, 예컨대 "C₃-C₆ 시클로알킬" 또는 "C₃ _-6 시클로알킬" 은, 시클로알킬기가 3 개의 탄소 원자, 4 개의 탄소 원자, 5 개의 탄소 원자 또는 6 개의 탄소 원자로 이루어질 수 있음을 의미하고, 즉 시클로프로필, 시클로부틸, 시클로펜틸 또는 시클로헵틸이지만, 본 정의는 또한 수치 범위가 제한되어 있지 않은 용어 "시클로알킬" 의 경우도 포괄한다. 상기 용어는 융합, 비융합, 가교 및 스피로 라디칼을 포함한다. 융합 시클로알킬은 결합의 고리가 시클로 알킬 고리이고, 나머지 개별 고리들은 알리시클릭, 헤테로시클릭, 방향족, 헤테로방향족 또는 이들의 임의의 조합인 2 내지 4 개의 융합 고리를 포함할 수 있다. 예시에는, 이에 제한되지 않으나, 시클로프로필, 시클로펜틸, 시클로헥실, 데칼리닐 및 비시클로 [2.2.1] 헵틸 및 아다만틸 고리 시스템이 포함된다. 구체적인 예시에는, 이에 제한되지 않으나, 하기의 부분들이 포함된다:

한 구현예에서, "시클로알킬" 은 치환되어 있다. 달리 표시되지 않는 한, "시클로알킬" 은 비치환되어 있다.

단독으로 또는 조합되어 본원에 사용된 용어 "비방향족 헤테로시클릴" 및 "헤테로알리시클릴" 은 하나 이상의 고리 원자가 이에 제한되지 않으나 산소, 질소, 황, 인,규소, 셀렌 및 주석으로부터 독립적으로 선택되는 탄소 이외의 원자인 3 내지 약 20 개의 고리 원자를 가진 포화, 부분 포화, 또는 완전 포화 비방향족 고리 모노라디칼을 지칭한다. 2 개 이상의 헤테로원자가 고리 내에 존재하는 구현예에서, 2 개 이상의 헤테로원자는 상동하게 선택될 수 있거나, 또는 2 개 이상의 헤테로원자의 일부 또는 전부가 상이할 수 있다. 상기 용어는 융합, 비융합, 가교 및 스피로 라디칼을 포함한다. 융합 비방향족 헤테로시클릭 라디칼은, 결합 고리가 비방향족 헤테로싸이클이고, 여타 개별 고리가 알리시클릭, 헤테로시클릭, 방향족, 헤테로방향족 또는 이들의 임의의 조합일 수 있는 2 내지 4 개의 융합 고리를 포함할 수 있다. 융합 고리 시스템은 단일 결합 또는 이중 결합을 통해서 뿐만 아니라, 탄소-탄소, 탄소-헤테로원자 또는 헤테로원자-헤테로원자인 결합을 통해서 융합될 수 있다. 상기 용어는 또한 3 내지 약 12 개의 골격 고리 원자를 가진 라디칼 뿐만 아니라 3 내지 약 10 개의 골격 고리 원자를 가진 것을 포함한다. 비방향족 헤테로시클릭 서브유닛의 그의 부모 분자에 대한 결합은 헤테로원자 또는 탄소 원자를 경유하는 것일 수 있다. 마찬가지로, 추가적인 치환이 헤테로원자 또는 탄소 원자를 통해 존재할 수 있다. 비제한적 예시로서, 이미다졸리딘 비방향족 헤테로싸이클은 그의 N 원자를 통해 (이미다졸리딘-1-일 또는 이미다졸리딘-3-일) 또는 임의의 그의 탄소 원자를 통해 (이미다졸리딘-2-일, 이미다졸리딘-4-일 또는 이미다졸리딘-5-일) 부모 원자에 결합될 수 있다. 특정 구현예에서, 비방향족 헤테로싸이클은 하나 이상의 카르보닐 또는 티오카르보닐기, 예컨대 옥소- 및 티오-포함기를 포함할 수 있다. 예시에는, 이에 제한되지 않으나, 피롤리디닐, 테트라히드로푸라닐, 디히드로푸라닐, 테트라히드로티에닐, 테트라히드로피라닐, 디히드로피라닐, 테트라히드로티오피라닐, 피페리디노, 모르폴리노, 티오모르폴리노, 티옥사닐, 피페라지닐, 아제티디닐, 옥세타닐, 티에타닐, 호모피페리디닐, 옥세파닐, 티에파닐, 옥사제피닐, 디아제피닐, 티아제피닐, 1,2,3,6-테트라히드로피리디닐, 2-피롤리디닐, 3-피롤리디닐, 인돌리닐, 2H-피라닐, 4H-피라닐, 디옥사닐, 1,3-디옥솔라닐, 피라졸리닐, 디티아닐, 디티올라닐, 디히드로피라닐, 디히드로티에닐, 디히드로푸라닐, 피라졸리디닐, 이미다졸리닐, 이미다졸리디닐, 3-아자비시클로[3.1.0]헥사닐, 3-아자비시클로[4.1.0]헵타닐, 3H-인돌릴 및 퀴놀리지닐이 포함된다. 비방향족 헤테로싸이클로도 지칭되는 헤테로시클로알킬기의 구체적 예시는 또한 하기를 포함한다:

상기 용어는 또한, 이에 제한되지 않으나, 단당류, 다당류 및 올리고당을 포함하는 탄수화물의 모든 고리 형태를 포함한다. 한 구현예에서, "비방향족 헤테로시클릴" 또는 "헤테로알리시클릴" 은 치환되어 있다. 달리 표시되지 않는 한, "비방향족 헤테로시클릴" 또는 "헤테로알리시클릴" 은 비치환되어 있다.

단독으로 또는 조합되어 본원에 사용된 용어 "아릴" 은 6 내지 약 20 개의 고리 탄소 원자의 방향족 탄화수소 라디칼을 지칭하고, 융합 및 비융합 아릴 고리를 포함한다. 융합 아릴 고리 라디칼은 결합 고리가 아릴 고리이고, 개별 고리들이 알리시클릭, 헤테로시클릭, 방향족, 헤테로방향족 또는 이들의 임의의 조합일 수 있는 2 내지 4 개의 융합 고리를 포함한다. 추가로, 용어 아릴은 6 내지 약 12 개의 고리 탄소 원자를 포함하는 융합 및 비융합 고리 뿐만 아니라 6 내지 약 10 개의 고리 탄소 원자를 포함하는 것도 포함된다. 단일 고리 아릴기의 비제한적 예시는 페닐을 포함하고; 융합 고리 아릴기는 나프틸, 페난트레닐, 안트라세닐, 아줄레닐을 포함하고; 비융합 비-아릴기는 비페닐을 포함한다. 한 구현예에서, "아릴" 은 치환되어 있다. 달리 표시되지 않는 한, "아릴" 은 비치환되어 있다.

단독으로 또는 조합되어 본원에 사용된 용어 "헤테로아릴" 은 약 5 내지 약 20 개의 골격 고리 원자를 포함하고, 고리 원자들 중 하나 이상이 이에 제한되지 않으나 산소, 질소, 황, 인, 규소, 셀렌 및 주석으로부터 독립적으로 선택되는 헤테로원자인 방향족 모노라디칼로서, 상기 기의 고리가 2 개의 인접하는 O 또는 S 원자를 포함하지는 않는 것을 지칭한다. 고리 내에 2 개 이상의 헤테로원자가 존재하는 구현예에서, 상기 2 개 이상의 헤테로원자는 상동이거나, 또는 상기 2 개 이상의 헤테로원자의 일부 또는 전부가 상이할 수 있다. 상기 용어 헤테로아릴은 1 개 이상의 헤테로원자를 가진 융합 및 비융합 헤테로아릴 라디칼을 포함한다. 용어 헤테로아릴은 또한 5 내지 약 12 개의 골격 고리 원자를 가진 융합 및 비융합 헤테로아릴 뿐만 아니라 5 내지 약 10 개의 골격 고리 원자를 가진 것도 포함한다. 헤테로아릴기에 대한 결합은 탄소 원자 또는 헤테로원자를 통해서 존재할 수 있다. 이에 따라, 비제한적 예시로서, 이미다졸기는 임의의 그의 탄소 원자를 경유하여 (이미다졸-2-일, 이미다졸-4-일 또는 이미다졸-5-일), 또는 그의 질소 원자를 경유하여 (이미다졸-1-일 또는 이미다졸-3-일) 부모 원자에 결합될 수 있다. 마찬가지로, 헤테로아릴기는 추가로 그의 탄소 원자의 일부 또는 전부 및/또는 그의 헤테로원자의 일부 또는 전부를 통해 치환될 수 있다. 융합 헤테로아릴 라디칼은 결합 고리가 헤테로방향족 고리이고, 여타 개별 고리가 알리시클릭, 헤테로시클릭, 방향족, 헤테로방향족 또는 이들의 임의의 조합일 수 있는 2 내지 4 개의 융합 고리를 포함할 수 있다. 단일 고리 헤테로아릴기의 비제한적 예시는 피리딜을 포함하고; 융합 고리 헤테로아릴기는 벤즈이미다졸릴, 퀴놀리닐, 아크리디닐을 포함하고, 비융합 비-헤테로아릴기는 비피리디닐을 포함한다. 헤테로아릴의 추가 예시는, 이에 제한되지 않지만, 푸라닐, 티에닐, 옥사졸릴, 아크리디닐, 페나지닐, 벤즈이미다졸릴, 벤조푸라닐, 벤족사졸릴, 벤조티아졸릴, 벤조티아디아졸릴, 벤조티오페닐, 벤족사디아졸릴, 벤조트리아졸릴, 이미다졸릴, 인돌릴, 이속사졸릴, 이소퀴놀리닐, 인돌리지닐, 이소티아졸릴, 이소인돌릴옥사디아졸릴, 인다졸릴, 피리딜, 피리다닐, 피리미딜, 피라지닐, 피롤릴, 피라지닐, 피라졸릴, 푸리닐, 프탈라지닐, 프테리디닐, 퀴놀리닐, 퀴나졸리닐, 퀴녹살리닐, 트리아졸릴, 테트라졸릴, 티아졸릴, 트리아지닐, 티아디아졸릴 등, 및 그의 옥시드, 예를 들어 피리딜-N-옥시드를 포함한다. 헤테로아릴기의 구체적인 예시는 하기의 부분들을 포함한다:

한 구현예에서, "헤테로아릴" 은 치환되어 있다. 달리 표시되지 않는 한, "헤테로아릴" 은 비치환되어 있다.

단독으로 또는 조합되어 본원에 사용된 용어 "헤테로시클릴" 은 헤테로알릴싸이클릴 및 헤테로아릴기를 지칭한다. 본원에서, 헤테로싸이클 내 탄소 원자의 갯수는 명시될 때 (예를 들어, C₁-C₆ 헤테로싸이클) 마다, 하나 이상의 비-탄소 원자 (헤테로원자) 가 고리 내에 반드시 존재한다. "C₁-C₆ 헤테로싸이클" 과 같은 지정은 고리 내 탄소 원자의 갯수만 지칭할 뿐이고, 고리 내 원자들의 총 갯수를 지칭하지 않는다. "4 내지 6 원 헤테로싸이클" 과 같은 지정은 고리 내에 포함되어 있는 원자들의 총 갯수를 지칭한다 (예를 들어, 4, 5 또는 6 원 고리에서는, 하나 이상의 원자가 탄소 원자이고, 하나 이상의 원자가 헤테로원자이고, 나머지 2 내지 4 개의 원자가 탄소 원자 또는 헤테로원자임). 2 개 이상의 헤테로원자를 가진 헤테로싸이클에 대해서는, 그러한 2 개 이상의 헤테로원자가 상동이거나 또는 상이할 수 있다. 비-방향족 헤테로시클릭기는 고리 내에 오직 3 개의 원자를 가진 기를 포함하고, 방향족 헤테로시클릭기는 고리 내에 5 개 이상의 원자를 반드시 포함해야만 한다. 헤테로싸이클에 대한 결합 (즉, 부모 분자에 대한 결합 또는 추가 치환) 은 헤테로원자 또는 탄소 원자를 통해 존재할 수 있다. 한 구현예에서, "헤테로싸이클" 은 치환되어 있다. 달리 표시되지 않는 한, "헤테로싸이클" 은 비치환되어 있다.

단독으로 또는 조합하여 본원에 사용된 용어 "할로겐", "할로" 또는 "할라이드" 는 플루오로, 클로로, 브로모 및/또는 요오도를 지칭한다.

특정한 약제학 용어

장애 등을 앓는 개인과 관련하여 본원에 사용된 용어 "대상체", "환자" 또는 "개인" 은 포유류 및 비-포유류를 포함한다. 포유류의 예시에는, 이에 제한되지 않으나, 포유류 클래스의 임의의 구성원이 포함된다: 인간, 비-인간 영장류, 예컨대 침팬지, 및 여타 유인원 및 원숭이 종들; 농장 동물, 예컨대 소, 말, 양, 염소, 돼지; 가축, 예컨대 토끼, 개 및 고양이; 설치류를 포함하는 실험 동물, 예컨대 래트, 마우스 및 기니피그 등. 비-포유류의 예시에는, 이에 제한되지 않으나, 조류, 어류 등이 포함된다. 본원에 제공된 방법 및 조성물의 한 구현예에서, 포유류가 인간이다.

본원에 사용된 용어 "유효량", "치료 유효량" 또는 "약제학적 유효량" 은 특별한 질환 또는 병태를 치료 또는 예방하기에 충분한 투여되는 하나 이상의 약제 또는 화합물의 양을 지칭한다. 결과는 질환의 징후, 병후 또는 원인이 감소 및/또는 완화일 수 있거나, 또는 임의의 바람직한 생물학적 계의 변화일 수 있다. 예를 들어, 치료 용도에 있어서의 "유효량" 은 질환에서 임상적으로 유의한 감소를 제공하기 위해 필요한 본원에 개시된 화합물을 함유하는 조성물의 양이다. 임의의 개인마다의 경우에 있어서의 적당한 "유효" 량은 투여량 증가 실험과 같은 기법을 이용해 결정될 수 있다.

본원에 사용된 바와 같이, "치료" 또는 "치료함", 또는 "경감함" 또는 "완화함" 은 본원에서 호환되어 사용된다. 이들 용어는, 이에 제한되지 않으나 치료적인 이익 및/또는 예방적인 이익을 포함하는 이익이 되거나 또는 바람직한 결과를 위한 접근을 지칭한다. 치료적 이익이란 치료하려는 앓고 있는 장애의 근절 또는 완화를 의미한다. 또한, 치료적 이익은, 환자가 여전히 해당 장애를 앓고 있는 경우라도 환자에서 개선이 관찰될 정도로, 앓고 있는 장애와 연관된 하나 이상의 생리학적 병후의 근절 또는 완화가 달성되는 것이다. 예방적 이익을 위해서는, 조성물은 특별한 질환의 발생 위험이 있는 환자에게 또는 질환의 하나 이상의 생리학적 병후가 보고된 환자에게, 상기 질환의 진단이 아직 내려지지 않은 경우라도, 투여될 수 있다.

본원에 사용된 용어 "치료 유효성" 은 상기 기재된 바와 같인 치료적 이익 및/또는 예방적 이익을 포괄한다. 예방적 이익은 질환 또는 병태 출현의 지연 또는 제거, 질환 또는 병태 안착의 지연 또는 제거, 질환 또는 병태의 진행 서행화, 방해 또는 역진행 또는 이들의 임의의 조합을 포함한다.

본원에 사용된 용어 "약제학적으로 허용되는" 은, 본원에 기재된 화합물의 생물학적 활성 또는 특성을 없에지 않고, 비교적 무독성인, 담체 또는 희석제와 같은 물질을 지칭하고, 즉 해당 물질은 바람직하지 않은 생물학적 유효성을 초래하지 않거나, 또는 포함된 조성물 내 임의의 성분과 불리한 방식으로 상호작용하지 않고 개인에게 투여될 수 있다.

본원에 사용된 용어 "약제학적 조성물" 은, 선택적으로는 하나 이상의 약제학적으로 허용되는 화학물 구성성분, 예컨대 이에 제한되지 않으나, 담체, 안정화제, 희석제, 분산제, 현탁제, 증점제 및/또는 부형제와 혼합되어 있는, 생물학적으로 활성인 화합물을 지칭한다.

본원에 사용된 용어 "담체" 는 화합물의 세포 또는 조직으로의 혼입을 촉진하는 비교적 무독성인 화학물을 지칭한다.

용어 "프로드러그" 는 생리학적 조건 하에 또는 본원에 기재된 생물학적으로 활성인 화합물로의 용매화분해에 의해 변환될 수 있는 화합물을 의미하고자 한다. 이에, 용어 "프로드러그" 는 약제학적으로 허용되는 생물학적 활성 화합물의 전구체를 지칭한다 프로드러그는 대상체에 투여시 불활성일 수 있으나, 생체내에서는 예를 들어 용매화분해에 의해 활성 화합물로 변환된다. 프로드러그 화합물은 종종 용해도, 조직 상용성 또는 포유류 유기체 내 지연 방출의 장점을 제공한다 (참고문헌은, 예를 들어 Bundgard, H., Design of Prodrugs (1985), pp. 7-9, 21-24 (Elsevier, Amsterdam). 프로드러그의 논의는, 문헌 [Higuchi, T., et al., "Pro-drugs as Novel Delivery Systems," A.C.S. Symposium Series, vol. 14], 및 [Bioreversible Carriers in Drug Design, ed. Edward B. Roche, American Pharmaceutical Association and Pergamon Press, 1987] 에 제공되어 있고, 이들 두가지 모두 전부 본원에 참고문헌으로 포함된다. 용어 "프로드러그" 는 또한 임의의 공유결합으로 결합된 담체로서, 해당 프로드러그가 포유류 대상체에게 투여되었을 때 활성 화합물을 방출하는 것을 포함하는 것으로 한다. 본원에 기재된 활성 화합물의 프로드러그는 활성 화합물에 존재하는 관능기를, 해당 개질이 통상적인 취급으로든 또는 생체내에서든 부모 활성 화합물로 절단되도록 하는 방식으로 개질함으로써 제조될 수 있다. 프로드러그는 히드록시, 아미노 또는 메르캅토기가 임의의 기에 결합되어 포함되는 화합물을 포함하고, 여기서 활성 화합물의 프로드러그가 포유류 대상체에 투여되었을 때 자유 히드록시, 자유 아미노 또는 자유 메르캅토기로 각각 절단된다. 프로드러그의 예시에는, 이에 제한되지 않으나, 인 원자-개질 핵산의 아실옥시, 티오아실옥시, 2-카르보알콕시에틸, 디설파이드, 티아미날, 및 에놀 에스테르 유도체가 포함된다.

용어 "프로-올리고뉴클레오티드" 또는 "프로뉴클레오티드" 또는 "핵산 프로드러그" 는 올리고뉴클레오티드의 프로드러그로 개질된 올리고뉴클레오티드를 지칭한다.

특정 핵산 용어

천연 핵산은 포스페이트 골격을 갖고; 인공 핵산은 여타 유형의 골격을 가질 수 있는데, 동일한 염기를 갖는다.

본원에 사용된 용어 "뉴클레오티드" 는 헤테로시클릭 염기, 당 및 하나 이상의 포스페이트 기로 이루어진 폴리뉴클레오티드의 단량체 유닛을 지칭한다. 자연에서 발생한 염기 (구아닌 (G), 아데닌 (A), 시토신 (C), 티민 (T) 및 우라실 (U)) 는 퓨린 또는 피리미딘의 유도체인데, 여기에는 천연 및 비천연 발생 염기 유사체도 역시 포함된다는 점을 이해해야 한다. 천연 발생 당은 펜토오스 (오탄당) 데옥시리보오스 (DNA 를 형성함) 또는 리보오스 (RNA 를 형성함) 인데, 천연 및 비-천연 발생 당 유사체가 또한 포함된다는 점을 이해해야 한다. 핵산은 포스페이트 결합을 통해 연결되어 핵산, 폴리뉴클레오티드를 형성하지만, 수많은 여타 연결도 당업계에 공지되어 있다 (예컨대, 이에 제한되지 않으나, 포스포로티오에이트, 보라노포스페이트 등). 인공 핵산에는 PNA (펩티드 핵산), 포스포티오네이트, 및 본래 핵산의 포스페이트 골격의 여타 변형체가 포함된다.

용어 "뉴클레오시드" 는 뉴클레오염기 또는 개질된 뉴클레오염기가 당 또는 개질된 당에 공유결합으로 결합되어 있는 부분을 지칭한다.

용어 "당" 은 개방 및/또는 폐쇄 형태의 단당류를 지칭한다. 당에는, 이에 제한되지 않으나, 리보오스, 데옥시리보오스, 펜토푸라노오스, 펜토피라노오스 및 헥소피라노오스 부분이 포함된다.

용어 "개질된 당" 은 당을 대체할 수 있는 부분을 지칭한다. 개질된 당은 당의 공간적 배치, 전기적 특성 또는 일부 여타 물리화학적 특성을 모방한다.

본원에 사용된 용어 "핵산" 및 "폴리뉴클레오티드" 는 리보뉴클레오티드 (RNA) 또는 데옥시리보뉴클레오티드 (DNA) 인 임의의 길이의 뉴클레오티드의 중합체 형태를 지칭한다. 상기 용어는 분자의 1 차 구조를 지칭하며, 이에 이중- 및 단일-가닥 DNA, 및 이중- 및 단일-가당 RNA 를 포함한다. 상기 용어는, 등가물로서, 이에 제한되지 않으나, 메틸화 및/또는 캡핑된 폴리뉴클레오티드와 같은 개질된 폴리뉴클레오티드 및 뉴클레오티드 유사체로 만들어진 RNA 또는 DNA 의 유사체를 포함한다. 상기 용어는 폴리- 또는 올리고-리보뉴클레오티드 (RNA) 및 폴리- 또는 올리고-데옥시리보뉴클레오티드 (DNA); 뉴클레오베이스 및/또는 개질된 뉴클레오베이스의 N-글리코시드 또는 C-글리코시드로부터 유도된 RNA 또는 DNA; 당 및/또는 개질된 당으로부터 유도된 핵산; 및 포스페이트 가교 및/또는 개질된 인-원자 가교로부터 유도된 핵산을 포함한다. 상기 용어는 뉴클레오베이스, 개질된 뉴클레오베이스, 당, 개질된 당, 포스페이트 가교 또는 개질된 인 원자 가교의 임의의 조합을 포함하는 핵산을 포함한다. 예시에는, 이에 제한되지 않으나, 리보오스 부분을 포함하는 핵산, 데옥시리보오스 부분을 포함하는 핵산, 리보오스 및 데옥시리보오스 부분을 전부 포함하는 핵산, 리보오스 및 개질된 리보오스 부분을 포함하는 핵산이 포함된다. 접두어 폴리- 는 1 내지 약 10,000 개의 뉴클레오티드 단량체를 포한하는 핵산을 지칭하고, 접두어 올리고- 는 약 1 내지 약 200 개의 뉴클레오티드 단량체 유닛을 포함하는 핵산을 지칭한다.

용어 "뉴클레오베이스" 는 한 핵산 가닥을 또다른 상보적 핵산 가닥에 서열 특이적 방식으로 결합시키는 수소-결합을 수반하는 핵산의 일부분을 지칭한다. 가장 일반적인 자연-발생 뉴클레오베이스는 아데닌 (A), 구아닌 (G), 우라실 (U), 시토신 (C), 및 티민 (T) 이다.

용어 "개질된 뉴클레오베이스" 는 뉴클레오베이스를 대체할 수 있는 부분을 지칭한다. 개질된 뉴클레오베이스는 해당 뉴클레오베이스의 공간적 배치, 전기적 특성 또는 일부 여타 물리화학적 특성을 모방하고, 한 핵산 가닥을 또다른 상보적 핵산 가닥에 서열 특이적 방식으로 결합시키는 수소-결합의 특성을 보유한다. 개질된 뉴클레오베이스는 용융 거동, 세포내 효소에 의한 인식 또는 이중 올리고뉴클레오티드의 활성에 실질적으로 영향을 주지 않고, 다섯 가지 자연 발생 베이스 (우라실, 티민, 아데닌, 시토신 또는 구아닌) 전부와 짝을 이룰 수 있다.

용어 "키랄 시약" 은 키랄이거나 또는 거울상이성질적으로 순수하고, 핵산 합성에서 비대칭 유도에 사용될 수 있는 화합물을 지칭한다.

용어 "키랄 리간드" 또는 "키랄 보조물" 은 키랄이거나 또는 거울상이성질적으로 순수하고, 반응의 입체화학 결과를 제어하는 부분을 지칭한다.

축합 반응에서, 용어 "축합 시약" 은 덜 반응성인 부위를 활성화하고, 그것으로 하여금 친핵체에 의한 공격에 더욱 쉽게 당할 수 있게 하는 시약을 지칭한다.

용어 "차단기" 는 관능기의 반응성을 일시적으로 차단하는 기를 지칭한다. 관능기는 차단기의 제거에 의해 후속하여 차단 해제될 수 있다.

용어 "보론화제", "황 친전자체", "셀렌 친전자체" 는 인 원자에서의 개질을 위해 BH₃, S 및 Se 기를 각각 도입하기 위해 사용되는 개질 단계에 유용한 화합물을 지칭한다.

용어 "부분" 은 분자의 특정 분절 또는 관능기를 지칭한다. 화학물 부분은 종종 분자에 내입되어 있거나 그에 첨부되는 화학적 본체로 인식된다.

용어 "고체 지지체" 는 핵산의 합성 대량 생산을 가능케 하고, 필요에 따라 재사용가능한 임의의 지지체를 지칭한다. 본원에 사용된 바와 같이, 상기 용어는 핵산 합성을 위해 수행되는 반응 단계에 채용되는 매질에 불용성인 중합체로서, 반응성 기를 포함하도록 유도체화된다.

용어 "연결 부분" 은 말단 뉴클레오시드 및 고체 지지체 사이에, 또는 말단 뉴클레오시드 및 또다른 뉴클레오시드, 뉴클레오티드 또는 핵산 사이에 임의로 위치하는 임의의 부분을 지칭한다.

"DNA 분자" 는 데옥시리보뉴클레오티드 (아데닌, 구아닌, 티민 또는 시토신) 의 그의 단일 가닥 형태의 중합체 형태 또는 이중-가닥 나선을 지칭한다. 상기 용어는 분자의 1 차 및 2 차 구조만을 지칭하며, 임의의 특별한 3 차 형태를 한정하지는 않는다. 따라서, 상기 용어는 특히 선형 DNA 분자 (예를 들어, 제한효소부위 분절), 바이러스, 플라스미드 및 염색체에서 발견되는 이중 가닥 DNA 를 포함한다. 특별한 이중 가닥 DNA 분자의 구조를 논의함에 있어서, 서열은 본원에서 DNA 의 비-전사 가닥을 따라 5' 로부터 3' 까지의 서열로만 주어지는 일반적인 통념에 따라 기재될 수 있다 (즉, mRNA 와 동일한 서열을 갖는 가닥).

DNA "코딩 서열" 또는 "코딩 영역" 은 적당한 발현 조절 서열의 제어 하에 위치되는 경우 생체내에서 전사되고 폴리뉴클레오티드로 번역되는 이중 가닥 DNA 서열이다. 코딩 서열의 경계 ("오픈 리딩 프레임" 또는 "ORF") 는 5' (아미노) 말단의 개시 코돈 및 3' (카르복실) 말단의 번역 정지 코돈에 의해 결정된다. 코딩 서열은, 이에 제한되지 않으나, 원핵생물 서열, 진핵생물 mRNA 유래의 cDNA, 진핵생물 (예를 들어, 포유류) 유래의 게놈 DNA 서열 (예를 들어, 포유류) DNA, 및 합성 DNA 서열을 포함할 수 있다. 폴리아데닐화 신호 및 전사 종결 서열은 일반적으로 코딩 서열에 대해 3' 에 위치한다. 용어 "비-코딩 서열" 또는 "비-코딩 영역" 은 아미노산으로 번역되지 않는 폴리뉴클레오티드 서열의 영역 (예를 들어, 5' 및 3' 비번역 영역) 을 지칭한다.

용어 "리딩 프레임" 은 이중 가닥 DNA 분자의, 각 방향에서 3 개씩의, 6 가지 가능한 리딩 프레임들 중 하나를 지칭한다. 사용되는 리딩 프레임은, 어떤 코돈이 DNA 분자의 코딩 서열 내 아미노산을 인코딩하기 위해 사용될지를 결정한다.

본원에 사용된 바와 같이, "안티센스" 핵산 분자는 단백질을 인코딩하는 "센스" 핵산에 상보적인, 즉 이중-가닥 cDNA 분자의 코딩 가닥에 상보적이거나, mRNA 서열에 상보적이거나 또는 유전자의 코딩 가닥에 상보적인 뉴클레오티드 서열을 지칭한다. 따라서, 안티센스 핵산 분자는 센스 핵산 분자에 수소 결합할 수 있다.

용어 "염기쌍" 또는 ("bp"): 이중 가닥 DNA 분자에서의 아데닌 (A) 과 티민 (T), 또는 시토신 (C) 과 구아닌 (G) 의 파트너쉽. RNA 에서는, 우라실 (U) 이 티민을 대체한다.

본원에 사용된 바와 같이, "코돈" 은 전사 및 번역시 단일 아미노산 잔기를 인코딩하거나; 또는 UUA, UGA 또는 UAG 의 경우 종결 신호를 인코딩하는 3 개의 뉴클레오티드를 지칭한다. 아미노산을 인코딩하는 코돈은 당업계에 널리 공지되어 있고, 본원에서의 편의를 위해 표 1 에 제공한다.

표 1

본원에 사용된 바와 같이, "워블 위치 (wobble position)" 는 코돈의 세번째 위치를 지칭한다. 코돈의 워블 위치에서의 DNA 분자에서의 돌연변이는, 일부 구현예에서, 침묵 또는 아미노산 수준에 있어서 보존성인 돌연변이를 결과로서 제공한다. 예를 들어, 글리신을 인코딩하는 4 가지 코돈, 즉, GGU, GGC, GGA 및 GGG 가 있어, 임의의 워블 위치 뉴클레오티드의 임의의 여타 뉴클레오티드로의 돌여변이는 인코딩되는 단백질의 아미노산 수준에서는 아무런 변화를 초래하지 않아, 따라서 침묵 치환이다.

따라서, "침묵 치환" 또는 "침묵 돌연변이" 는 코돈 내 뉴클레오티드가 개질된 것들 중 코돈에 의해 인코딩되는 아미노산 잔기에 있어서 변화를 초래하지 않는 것이다. 예시에는, 코돈의 세번째 위치에서의 돌연변이 뿐만 아니라, 특정 코돈의 첫번째 위치에서의 돌연변이를 포함하는데, 예컨대 코돈 "CGG" 는 AGG 로 돌연변이화된 경우, 여전히 Arg 를 인코딩한다.

본원에 사용된 용어 "유전자", "재조합 유전자" 및 "유전자 구축물" 은 단백질 또는 그의 일부분을 인코딩하는 DNA 분자, 또는 DNA 분자의 일부분을 지칭한다. DNA 분자는 단백질을 인코딩하는 오픈 리딩 프레임을 (엑손 서열로서) 포함할 수 있고, 추가로 인트론 서열을 포함할 수 있다. 본원에 사용된 용어 "인트론" 은 단백질로 번역되지 않고, 모든 경우 그런 것은 아니지만 일부의 경우, 엑손 사이에서 발견되는 주어진 서열 내에 존재하는 DNA 서열을 지칭한다. 유전자는, 당업계에 널리 공지된 바와 같이 하나 이상의 프로모터, 인핸서, 리프레서 및/또는 여타 조절 서열에 작동적으로 연결되어 유전자의 활성 및 발현을 조절하도록 되는 것이 바람직하다.

본원에 사용된 바와 같이, "상보적 DNA" 또는 "cDNA" 는 mRNA 의 역전사에 의해 합성되고, 개재 서열 (인트론) 이 제거된 재조합 폴리뉴클레오티드를 포함한다.

"상동성 (Homology)" 또는 "동일성 (identity)" 또는 "유사성 (similarity)" 은 두 핵산 분자들 사이의 서열 유사도를 지칭한다. 상동성 및 동일성은 각각 비교 목적으로 정렬될 수 있는 각 서열에서 위치를 비교함으로써 각각 결정될 수 있다. 비교 서열에서 동등한 위치가 동일 염기에 의해 채워진다면, 해당 분자는 그 위치에서 동일한 것이고; 동등한 부위가 동일하거나 또는 유사한 핵산 잔기 (예를 들어, 입체배치 및/또는 전기적 본성에 있어서 유사) 에 의해 채워진다면, 해당 분자는 그 위치에서 상동 (유사) 한 것으로 지칭될 수 있다. 상동/유사 또는 동일의 백분율 표현은 비교되는 서열에 의해 공유되는 동일 또는 유사 핵산 갯수의 함수를 지칭한다. "무관" 또는 "비-상동" 인 서열들은 본원에 기재된 서열과 40% 미만, 35% 미만, 30% 미만, 또는 25% 미만의 동일성을 공유한다. 2 개 서열의 비교에서, 잔기 (아미노산 또는 핵산) 의 부재 또는 엑스트라 잔기의 존재는 또한 동일성 및/또는 상동성/유사성을 감소시킨다.

용어 "상동성" 은 유사한 기능 또는 모티프를 가진 유전자를 밝혀내기 위해 사용되는 서열 유사성의 수학적 비교를 기술한다. 본원에 기재된 핵산 서열은, 예를 들어 여타 패밀리 구성원, 관련 서열 또는 상동체를 밝혀내기 위한 공개된 데이터베이스에 대한 검색을 수행하기 위한 "검색 서열" 로 사용될 수 있다. 상기 검색은 문헌 [Altschul, et al. (1990) J. Mol. Biol. 215:403-10] 의 NBLAST 및 XBLAST 프로그램 (버젼 2.0) 을 이용해 수행될 수 있다. BLAST 뉴클레오티드 검색은 NBLAST 프로그램, 스코어=100, 단어길이=12 로 하여 수행해, 본 발명의 핵산 분자와 상동인 뉴클레오티드 서열을 수득할 수 있다. 비교 목적을 위해, 간격을 둔 배열을 수득하기 위해, Gapped BLAST 를 문헌 [Altschul et al., (1997) Nucleic Acids Res. 25(17):3389-3402] 에 기재된 바와 같이 이용할 수 있다. BLAST 및 Gapped BLAST 프로그램을 이용하는 경우, 각 프로그램 (예를 들어, XBLAST 및 BLAST) 의 디폴트 파라미터가 사용될 수 있다 (참고: www.ncbi.nlm.nih.gov).

본원에 사용된 바와 같이, "동일성" 은 서열 매칭 (sequence matching) 을 최대화하도록, 즉 갭 (gap) 및 삽입 (insertion) 을 고려하여 서열을 배열할 때, 2 개 이상의 서열 내에서 상응하는 위치에서 동일한 뉴클레오티드 잔기의 백분율을 의미한다. 동일성은, 이에 제한되지 않으나, 하기 문헌들에 기재된 것을 포함하는 공지된 방법에 의해 쉽게 계산될 수 있다 (Computational Molecular Biology, Lesk, A. M., ed., Oxford University Press, New York, 1988; Biocomputing: Informatics and Genome Projects, Smith, D. W., ed., Academic Press, New York, 1993; Computer Analysis of Sequence Data, Part I, Griffin, A. M., and Griffin, H. G., eds., Humana Press, New Jersey, 1994; Sequence Analysis in Molecular Biology, von Heinje, G., Academic Press, 1987; and Sequence Analysis Primer, Gribskov, M. and Devereux, J., eds., M Stockton Press, New York, 1991; and Carillo, H., and Lipman, D., SIAM J. Applied Math., 48: 1073 (1988). 동일성 결정 방법은 시험한 서열들 사이의 최대 맷치 (match) 를 제공하도록 고안된다. 더욱이, 동일성 결정 방법은 공개되어 이용가능한 컴퓨터 프로그램에서 코드화된다. 두 서열 사이의 동일성 결정을 위한 컴퓨터 프로그램 방법에는, 이에 제한되지 않으나, GCG 프로그램 패키지 (Devereux, J., et al., Nucleic Acids Research 12(1): 387 (1984)), BLASTP, BLASTN, 및 FASTA (Altschul, S. F. et al., J. Molec. Biol. 215: 403-410 (1990) 및 Altschul et al. NuC. Acids Res. 25: 3389-3402 (1997)) 이 포함된다. BLAST X 프로그램은 NCBI 및 여타 정보공급처 (BLAST Manual, Altschul, S., et al., NCBI NLM NIH Bethesda, Md. 20894; Altschul, S., et al., J. Mol. Biol. 215: 403-410 (1990) 로부터 공개되어 입수가능하다. 널리 공지된 Smith Waterman 알고리즘도 또한 동일성 결정에 사용될 수 있다.

DNA 서열의 "이종성 (heterologous)" 영역은 자연에서 더 큰 서열과 회합되어서는 발견되지 않는 더 큰 DNA 서열 내에서의 DNA 의 식별가능한 분절이다. 이에, 이종성 영역이 포유류 유전자를 인코딩하는 경우, 상기 유전자는 일반적으로 원천 유기체의 게놈에서의 포유류 게놈 DNA 에 인접하지 않는 DNA 에 의해 인접될 수 있다. 이종성 코딩 서열의 또다른 예시는 코딩 서열 자체가 자연에서 발견되지 않는 경우 (예를 들어, 게놈 코딩 서열이 비개질 유전자와는 상이한 코돈 또는 모티프를 가진 인트론 또는 합성 서열을 포함하는 cDNA) 의 서열이다. 대립유전자 변이체 또는 자연-발생 돌연변이 이벤트는 본원에 정의된 바와 같은 DNA 의 이종성 영역을 제공하지 않는다.

용어 "전이 돌연변이 (transition mutations)" 는 피리미딘 (싸이티딘 (C) 또는 티미딘 (T)) 이 또다른 피리미딘에 의해 대체되거나, 또는 퓨린 (아데노신 (A) 또는 구아노신 (G)) 이 또다른 퓨린에 의해 대체되는 DNA 서열에서의 염기 변화를 지칭한다.

용어 "전위 돌연변이 (transversion mutations)" 는 피리미딘 (싸이티딘 (C) 또는 티미딘 (T) 이 퓨린 (아데노신 (A) 또는 구아노신 (G)) 에 의해 대체되거나, 또는 퓨린이 피리미딘에 의해 대체되는 DNA 서열에서의 염기 변화를 지칭한다.

키랄 X- 포스포네이트 부분을 포함하는 핵산 프로드러그

프로드러그 고안의 일반적인 원리는 하기 문헌에 개요되어 있다: Bundgard (Design and Application of Prodrugs. In a Textbook of Drug Design and Development; Krogsgaard-Larsen, P., Bundgard, H., Eds.; Harwood: Reading, UK, 1991).

열악한 악제학적 특성을 갖지만 바람직한 생물학적 활성을 가진 분자의 약제학적 특징을 개선하는 한가지 전략은 프로드러그 유도체로서의 관심대상의 분자를 투여하는 것이다. 상기 프로드러그는 부모 분자와 비교시 증가된 경구 생물이용능, 증가된 세포 투과성, 증가된 수용성, 감소된 첫번째 패스 효과 (first-pass effect), 증가된 안정성, 장 수송체에 의한 능동 수송 또는 유출 수송자의 회피의 특징들 중 하나 이상의 나타낼 수 있다.

올리고뉴클레오티드는 프로드러그 전략 적용을 통해 개선될 수 있는 몇가지 약제학적 특성을 갖고 잇다. 특히, 올리고뉴클레오티드는 뉴클레아제에 의해 신속히 분해되고, 세포질 세포막을 통해서는 열악한 세포 흡수를 나타낸다 (Poijarvi-Virta et al, Curr. Med. Chem. (2006), 13(28);3441-65; Wagner et al, Med. Res. Rev. (2000), 20(6):417-51; Peyrottes et al, Mini Rev. Med. Chem. (2004), 4(4):395-408; Gosselin et al, (1996), 43(1): 196-208; Bologna et al, (2002), Antisense & Nucleic Acid Drug Development 12:33-41). 한 예시에서, 문헌 [Vives et al, (Nucleic Acids Research (1999), 27(20):4071-76)] 에서는 tert-부틸 SATE 프로-올리고뉴클레오티드가 부모 올리고뉴클레오티드에 비해 현격히 증가된 세포 침투를 나타낸다는 점을 발견했다.

일부 구현예에서, 프로드러그 부분은, 이에 제한되지 않으나, 하기 열거된 것을 포함하는 에스테라아제, 뉴클레아제 또는 싸이토크롬 P450 효소에 의해 선별적으로 제거된다.

일부 구현예에서, 프로드러그는 프로올리고뉴클레오티드가 세포막을 통해 아직 수송되지 않았을 때 제거된다. 여타 구현예에서, 프로드러그는 프로올리고뉴클레오티드가 세포막을 통해 수송된 후에만 제거된다. 대안적으로, 프로드러그는 세포 내 소기관들로 수송된 후에만 제거된다. 일부 구현예에서, 프로드러그는, 이에 제한되지 않지만 세포 내에서의 자발적 감소를 포함하는 비-효소적 제거를 통해 제거된다.

본원에서는 키랄 X-포스포네이트의 개질을 포함하는 핵산의 프로드러그가 기재되는데, 여기서 상기 개질은 핵산의 하나 이상의 물리화학적, 약동학적 또는 약력적학 특성을 개선한다. 프로드러그 부분은 뉴클레오티드의 포스포네이트 또는 포스포티오레이트기의 인 원자에 연결되어 있는 산소 또는 황 원자에 연결되어 있다. 프로드러그 부분은, 이에 제한되지 않으나, S-아실-2-티오에틸, 아실옥시, 티오아실옥시, 2-카르보알콕시에틸, 디설파이드, 티아미날 및 에놀 에스테르 유도체를 포함한다.

한 구현예에서, 프로드러그 부분은 하기의 구조를 가진 S-아실-2-티오에틸 부분이다:

식 중, R₁₁ 은 알킬, 아릴, 헤테로아릴, 헤테로시클릴 또는 시클로알킬이다. 일부 구현예에서, R₁₁ 은 메틸, 에틸 또는 시클로프로필이다.

여타 구현예에서, 프로드러그 부분은 하기 구조를 가진 아실옥시 부분이다:

식 중, R₁₁ 은 알킬, 아릴, 헤테로아릴, 헤테로시클릴 또는 시클로알킬이고, R₁₂ 는 수소 또는 알킬이다. 일부 구현예에서, R₁₁ 은 메틸이고, R₁₂ 는 수소이다.

대안적으로, 프로드러그 부분은 하기 구조를 가진 티오아실옥시 부분이다:

본 발명은 또한 하기 구조들 중 하나를 가진 프로드러그 2-카르보알콕시에틸 부분을 제공한다:

식 중, R₁₀ 은 1 내지 4 개의 탄소 원자를 가진 알킬기이다. 일부 구현예에서, R₁₀ 은 메틸 또는 에틸이다.

또다른 구현예에서, 프로드러그 부분은 하기 구조를 가진 디설파이드 부분이다:

식 중, R₁₁ 은 알킬, 아릴, 헤테로아릴, 헤테로시클릴 또는 시클로알킬이다. 일부 구현예에서, R₁₁ 은 메틸, 에틸 또는 벤질이다.

추가 구현예에서, 프로드러그 부분은 하기 구조를 가진 티오아세탈 부분이다:

식 중, R₁₀ 은 1 내지 4 개의 탄소 원자를 가진 알킬기이고, R₁₁ 은 알킬, 아릴, 헤테로아릴, 헤테로시클릴 또는 시클로알킬이다. 일부 구현예에서, R₁₀ 은 메틸이고, R₁₁ 은 메틸 또는 페닐이다.

본 발명은 또한 하기 구조들 중 하나를 가진 에놀 에스테르 프로드러그 부분이다:

식 중, R₁₁ 은 알킬, 아릴, 헤테로아릴, 헤테로시클릴 또는 시클로알킬이다. 일부 구현예에서, C3-에놀 에스테르 프로드러그 부분 또는 C4 에놀 에스테르 프로드러그 부분은 시스 형태이다. C3-에놀 에스테르 프로드러그 부분 또는 C4 에놀 에스테르 프로드러그 부분의 일부 구현예에서, R₁₁ 은 메틸, 에틸 또는 페닐이다.

한 구현예에서, 프로드러그 부분은 하기 구조를 가진 트리알킬암모늄에틸 부분이다:

한 구현예에서, 프로드러그 부분은 하기 구조들 중 하나를 가진 알킬히드록사메이트 부분이다:

한 구현예에서, 프로드러그 부분은 하기 구조들 중 하나를 가진 아실히드록사메이트 부분이다:

Y¹ 은 O, NR^d, S 또는 Se 이고;

R^a 는 차단기이고;

R^c 는 차단기이고;

Y² 는 0, NR^d 또는 S 이고;

하나 이상의 X 가 하기이고:

R₁₀ 은 1 내지 4 개의 탄소 원자를 가진 알킬기이고;

R₁₂ 는 수소 또는 알킬이고;

Z 는 S 또는 O 이고;

q 는 0, 1 또는 3 이고;

w 는 1, 2, 3, 4, 5 또는 6 이고;

R₁₅ 및 R₁₆ 은 독립적으로 수소 또는 메틸이고;

R₁₇ 은 알킬, 아릴 또는 CH₂CH=CH₂ 로부터 선택되고;

R₁₈ 은 하기로부터 선택되고:

n 은 1 내지 약 200 의 정수임.

한 국면에서, 본 발명은 하기 구조를 가진 핵산 프로드러그를 제공한다:

Y¹ 은 O, NR^d, S 또는 Se 이고;

R^a 는 차단기이고;

R^c 는 차단기이고;

Y² 는 0, NR^d 또는 S 이고;

각 경우의 X 는 하기이고:

R₁₀ 은 1 내지 4 개의 탄소 원자를 가진 알킬기이고;

R₁₂ 는 수소 또는 알킬이고;

n 은 1 내지 약 200 의 정수임.

Y¹ 은 O, NR^d, S 또는 Se 이고;

R^a 는 차단기이고;

R^c 는 차단기이고;

Y² 는 0, NR^d 또는 S 이고;

각 경우의 X 가 하기이고:

R₁₀ 은 1 내지 4 개의 탄소 원자를 가진 알킬기이고;

R₁₂ 는 수소 또는 알킬이고;

n 은 1 내지 약 200 의 정수임.

추가 구현예는 화학식 1 또는 화학식 2 의 핵산 프로드러그를 제공하는데, 여기서 핵산 프로드러그의 각 X 부분은 독립적으로 하기로부터 선택된다:

R₁₀ 은 1 내지 4 개의 탄소 원자를 가진 알킬기이고;

R₁₂ 는 수소 또는 알킬이고;

Z 는 S 또는 O 이고;

q 는 0, 1 또는 3 이고;

w 는 1, 2, 3, 4, 5 또는 6 이고;

R₁₅ 및 R₁₆ 은 독립적으로 수소 또는 메틸이고;

R₁₇ 은 알킬, 아릴 또는 CH₂CH=CH₂ 로부터 선택되고;

R₁₈ 은 하기로부터 선택된다:

일부 구현예에서, n 은 1 내지 약 50; 1 내지 약 40; 1 내지 약 30; 1 내지 약 25; 1 내지 약 20; 1 내지 약 15; 또는 1 내지 약 10 의 정수이다.

한 구현예는 비-라세미 프로-올리고뉴클레오티드를 제공하는데, 여기서 프로-올리고뉴클레오티드는 하기 화학식의 구조를 가진 2-5A 의 유사체이다:

식 중, X 는 본원에 기재된 프로드러그 부분들 중 임의의 것임.

일부 구현예에서, 비-라세미 프로-올리고뉴클레오티드는 하기 구조를 가진 2-5A 유사체이다:

식 중, R₁₁ 은 알킬, 아릴, 헤테로아릴, 헤테로시클릴 또는 시클로알킬이다.

한 구현예에서, 비-라세미 프로-올리고뉴클레오티드는 하기 구조를 가진 2-5A 유사체이다:

예시 합성 방법:

키랄 X- 포스포네이트 부분을 포함하는 핵산 프로드러그의 합성 방법의 일반적인 논의

본원에 기재된 방법을 인 원자-개질 핵산 프로드러그의 효율적인 합성을 위해 제공하는데, 여기서 인 원자에서의 입체화학 입체배치는 제어되어, 입체적으로 정해진 올리고뉴클레오티드를 제공한다. 본원에 기재된 예시 방법은 3'-5' 뉴클레오티드 연결에 대해 제공되나, 2'-5' 뉴클레오티드 연결도 또한 고려된다.

본 발명의 프로-올리고뉴클레오티드는 뉴클레오티드 또는 핵산의 키랄 포스포로티오에이트 또는 키랄 H-포스포네이트를 개질함으로써 합성될 수 있다.

S-아실-2-티오에틸 프로뉴클레오티드는 하기 반응식에 제시된 바와 같이 키랄 H-포스포네이트를 포함하는 핵산 또는 뉴클레오티드로부터 합성될 수 있다:

반응식 1

일부 구현예에서, R¹ 은 -OP(O)(Re)2 이고, 여기서 Re 는

이다. 키랄 H-포스포네이트는 N-클로로숙신이미드로 처리되고, 이어서 S-아실- 2-티오에틸 알콜과 반응하여 S-아실- 2-티오에틸 프로드러그를 제공한다. R¹, R² 및/또는 R³ 에 존재하는 보호기는 후속하여 제거될 수 있다.

아실옥시 핵산 프로드러그는 하기 반응식에 제시된 키랄 H-포스포네이트를 포함하는 핵산 또는 뉴클레오티드로부터 합성될 수 있다:

반응식 2

키랄 H-포스포네이트는 N-클로로숙신이미드로 처리되고, 이어서 히드록시메틸 아세테이트 화합물과 반응하여 아실옥시 프로드러그를 제공한다. R¹, R² 및/또는 R³ 에 존재하는 보호기는 후속하여 제거될 수 있다.

티오아실옥시 핵산 프로드러그는 하기 반응식에 제시된 키랄 포스포로티오에이트를 포함하는 핵산 또는 뉴클레오티드로부터 합성될 수 있다:

반응식 3

키랄 포스포로티오에이트는 클로로메틸 아실옥시 화합물로 처리되어 아실옥시 프로드러그를 제공한다. R¹, R² 및/또는 R³ 에 존재하는 보호기는 후속하여 제거될 수 있다.

2-카르보알콕시에틸 핵산 프로드러그는 하기 반응식에 제시된 키랄 포스포로티오에이트를 포함하는 핵산 또는 뉴클레오티드로부터 합성될 수 있다:

반응식 4

탈양성자화 키랄 포스포로티오에이트는 알킬 아크릴레이트와 반응하여, 2-카르보알콕시에틸 프로뉴클레오티드를 제공한다. R¹, R² 및/또는 R³ 에 존재하는 보호기는 후속하여 제거될 수 있다.

디설파이드 핵산 프로드러그는 하기 반응식에 제시된 키랄 포스포로티오에이트를 포함하는 핵산 또는 뉴클레오티드로부터 합성될 수 있다:

반응식 5

탈양성자화 키랄 포스포로티오에이트는 디알킬 설파이드와 반응하여 알킬 디설파이드 프로뉴클레오티드를 제공한다. R¹, R² 및/또는 R³ 에 존재하는 보호기는 후속하여 제거될 수 있다.

티오아세탈 핵산 프로드러그는 하기 반응식에 제시된 키랄 포스포로티오에이트를 포함하는 핵산 또는 뉴클레오티드로부터 합성될 수 있다:

반응식 6

1,1,-디알키옥시 3-아실옥시 프로판은 트리메틸실릴트리플레이트를 반응시키고, 탈양성자화 키랄 포스포로티오에이트를 반응 혼합물에 첨가하여 티오아세탈 프로뉴클레오티드를 제공한다. R¹, R² 및/또는 R³ 에 존재하는 보호기는 후속하여 제거될 수 있다.

C3 에놀 에스테르 핵산 프로드러그는 하기 반응식에 제시된 키랄 포스포로티오에이트를 포함하는 핵산 또는 뉴클레오티드로부터 합성될 수 있다:

반응식 7

탈양성자화 키랄 포스포로티오에이트는 (E)-3-클로로-1-아실옥시-프로프-1-엔 화합물과 반응하여 C3 에놀 에스테르 핵산 프로드러그를 제공한다. R¹, R² 및/또는 R³ 에 존재하는 보호기는 후속하여 제거될 수 있다.

C4 에놀 에스테르 핵산 프로드러그는 하기 반응식에 제시된 키랄 포스포로티오에이트를 포함하는 핵산 또는 뉴클레오티드로부터 합성될 수 있다:

반응식 8

탈양성자화 키랄 포스포로티오에이트는 (E)-3-클로로-1-아실옥시-부트-1-엔 화합물과 반응하여 C3 에놀 에스테르 핵산 프로드러그를 제공한다. R¹, R² 및/또는 R³ 에 존재하는 보호기는 후속하여 제거될 수 있다.

일부 구현예에서, 키랄 포스포로티오에이트 또는 키랄 H-포스포네이트를 포함하는 핵산은 본원에 기재된 바와 같이 합성된다. 여타 구현예에서, 여타 합성 방법이 사용되어 키랄 포스포로티오에이트 또는 키랄 H-포스포네이트를 포함하는 핵산을 제공할 수 있다.

반응식 9. 본 발명의 프로드러그 올리고뉴클레오티드의 키랄 포스포로티오에이트 전구체 합성. (경로 A)

화학식 2 의 거울상체를 갖지 않는 H-포스포네이트 부분과 화학식 IV 의 뉴클레오시드와의 반응은 축합 중간체 (V) 의 형성을 결과로서 제공한다; 상기 결과 화합물은 키랄 X'-포스포네이트 부분을 포함하는 핵산으로 변환되어, 키랄 X-포스포네이트 부분을 포함하는 화학식 I 의 프로드러그 올리고뉴클레오티드를 제공하도록 추가로 개질될 수 있다. 상기 축합 중간체의 합성은 하기 단계를 포함한다: (a) 화학식 2 의 화합물을 축합제로 활성화하여 중간체 II 를 형성하는 단계; (b) 키랄 시약과의 반응으로 중간체 III 을 형성하는 단계, 이어서 (c) 화학식 IV 의 화합물과의 반응 단계.

축합된 중간체는 키랄 보조물을, 아실, 아릴, 알킬, 아르알킬 또는 실릴 부분인 부분 A 로 캡핑하고, S, Se 또는 BH₃ 인 J 를 도입하여, 화학식 VII 의 화합물을 제공함으로써 화학식 1' 의 키랄 X' 포스포네이트 부분을 포함하는 핵산으로 변환될 수 있다.

화학식 VII 의 화합물은 차단기를 차단 해제하고, 필요한 경우 고체 지지체를 절단함으로써 화학식 1' 의 화합물로 변환될 수 있는데, 여기서 X' 는 S, Se 또는 BH₃ 이고, n 은 1 이다. 대안적으로, 화학식 VII 의 화합물은 5' 말단을 차단 해제하고, 커플링 단계를 반복함으로써 사슬 연장에 적용시켜 이전과 같이 축합된 중간체를 제공한다. 캡핑, 개질, 차단 해제 및 사슬 연장의 단계는 원하는 n 이 달성될 때까지 반복된다. 이 시점에서, 각 포스포네이트에서의 키랄 시약은 절단되고, 남아있는 차단기는 절단되며, 여기에는 필요한 경우 고체 지지체로부터의 절단이 포함되어, 화학식 1' 의 화합물이 제공되고, 여기서 X' 는 S, Se 또는 BH₃ 이고, n 은 2 이상 약 200 미만이다. X' 가 S 인 화학식 1' 의 화합물은 이어서 본원에 기재된 방법으로 변환되어, 화학식 1 의 프로-올리고뉴클레오티드 화합물을 형성한다.

경로 A 에서 축합 중간체 V 의 키랄 인에 S, Se 또는 BH ₂ 를 도입하기 위해 개질제가 사용된다.

일부 구현예에서, 개질제는 황 친전자체, 셀렌 친전자체, 또는 보론화제이다. 일부 구현예에서, 황 친전자체는 하기 화학식을 가진 화합물이다:

S₈ (화학식 B), Z¹⁰-S-S-Z¹¹, 또는 Z¹⁰-S-X-Z¹¹

식 중, Z¹⁰ 및 Z¹¹ 은 독립적으로 알킬, 아미노알킬, 시클로알킬, 헤테로시클릭, 시클로알킬알킬, 헤테로시클로알킬, 아릴, 헤테로아릴, 알킬옥시, 아릴옥시, 헤테로아릴옥시, 아실, 아미드, 이미드 또는 티오카르보닐이거나, 또는 Z¹⁰ 및 Z¹¹ 는 함께 취해져, 3 내지 8 원의 알리시클릭 또는 헤테로시클릭 고리를 형성하는데, 이는 치환되어 있거나 또는 치환되어 있지 않을 수 있고; X 는 SO₂, O 또는 NR^f 이고; R^f 는 수소, 알킬, 알케닐, 알키닐 또는 아릴이다. 여타 구현예에서, 황 친전자체는 화학식 B, C, D, E 또는 F 의 화합물이다:

여타 구현예에서, 황 친전자체는 화학식 F, 화학식 E 또는 화학식 B 이다.

일부 구현예에서, 셀렌 친전자체는 화학식 화학식들 중 하나를 가진 화합물이다:

Se (화학식 G), Z¹⁰-Se-Se-Z¹¹, 또는 Z¹⁰-Se-X-Z¹¹,

식 중, Z¹⁰ 및 Z¹¹ 는 독립적으로 알킬, 아미노알킬, 시클로알킬, 헤테로시클릭, 시클로알킬알킬, 헤테로시클로알킬, 아릴, 헤테로아릴, 알킬옥시, 아릴옥시, 헤테로아릴옥시, 아실, 아미드, 이미드 또는 티오카르보닐이거나, 또는 Z¹⁰ 및 Z¹¹ 는 함께 취해져 3 내지 8 원의 알리시클릭 또는 헤테로시클릭 고리를 형성하고, 이는 치환되어 있거나 또는 치환되어 있지 않고; X 는 SO₂, S, O 또는 NR^f 이고; R^f 는 수소, 알킬, 알케닐, 알키닐 또는 아릴임.

여타 구현예에서, 셀렌 친전자체는 화학식 G, H, I, J, K 또는 L 의 화합물이다:

일부 구현예에서, 셀렌 친전자체는 화학식 G 또는 화학식 L 이다.

일부 구현예에서, 보론화제는 보란-N,N-디이소프로필에틸아민 (BH₃·DIPEA), 보란-피리딘 (BH₃·Py), 보란-2-클로로피리딘 (BH₃·CPy), 보란-아닐린 (BH₃·An), 보란-테트라히드로푸란 (BH₃·THF) 또는 보란-디메틸설파이드 (BH₃·Me2S), 아닐린-시아노보란, 트리페닐포스핀-카르보알콕시보란이다.

여타 구현예에서, 보론화제는 보란-N,N-디이소프로필에틸아민 (BH₃·DIPEA), 보란-2-클로로피리딘 (BH₃·CPy), 보란-테트라히드로푸란 (BH₃·THF) 또는 보란-디메틸설파이드 (BH₃·Me₂S) 이다.

반응식 10.

키랄 H- 포스포네이트를 통한 프로드러그 올리고뉴클레오티드의 전구체의 합성 (경로 B).

반응식 10 에 기재된 또다른 구현예에서, 화학식 2 의 거울상체를 갖지 않는 H-포스포네이트를 축합제로 처리하여 구조 II 의 중간체를 형성한다. 구조 II 의 중간체는 분리하지 않고, 동일 용기에서 키랄 시약으로 처리해 구조 III 의 키랄 중간체를 형성한다. 구조 III 의 중간체는 분리하지 않고, 동일 용기에서 구조 IX 의 뉴클레오시드 또는 개질된 뉴클레오시드와의 반응에 적용시켜 구조 X 의 키랄 포스파이트 화합물을 제공한다. 일부 구현예에서, 구조 X 는 용매로 추출되어 그것을 부산물, 불순물 및/또는 시약으로부터 분리한다. 여타 구현예에서, 상기 방법이 고상 합성을 통해 수행되는 경우, 구조 X 의 화합물을 함유하는 고체 지지체를 부산물, 불순물 및/또는 시약으로부터 여과시킨다. 구조 X 의 화합물을 산으로 처리하여 성장하는 핵산 사슬 (구조 XI) 의 5'-말단의 차단기를 제거한다. 산성화 단계는 또한 키랄 보조물 리간드를 제거하여 키랄 H-포스포네이트 IX 를 제공한다. 5'-차단 해제 중간체는 선택적으로는 사슬 연장 싸이클로 재진입시켜 차단된 5'-말단을 포함하는 축합된 중간체를 형성한 후, 산성화시켜 5'-말단 차단기 및 키랄 보조물 리간드를 제겅한다.

원하는 사슬 길이에 도달하면, 5'-탈보호된 중간체는 개질 단계에 적용시켜 각 인 원자에 결합된 부분 X 를 도입하여 구조 XII 의 화합물을 제공한다. 개질된 중간체는 남아있는 보호기, 예를 들어 뉴클레오베이스, 개질된 뉴클레오베이스, 당 또는 개질된 당 보호기를 제거하여 차단 해제해, 화학식 1 의 핵산을 제공한다. 고체 지지체가 사용되는 구현예에서, 인-원자 개질 핵산은 이어서 고체 지지체로부터 절단된다. 특정 구현예에서, 핵산은 정제 목적으로 고체 지지체 상에 결합시킨 채 둔 후, 정제 후에 고체 지지체로부터 절단시킨다. 한 구현예에서, 반응식 10 에 기재된 합성은 화학식 A 의 키랄 보조물 리간드의 G1 및 G2 위치가 수소가 아닌 경우에 유용하다.

X- 또는 X' - 포스포네이트 부분을 도입하기 위한, 경로 B 를 통해 수득되는 화학식 IX 의 화합물의 개질.

경로 B 를 통해 수득되는 화학식 IX 의 화합물을 개질하기 위해 사용되는 여타 방법이 반응식 10a 및 10b 에 도시되어 있다. 포스포네이트 및 포스파이트는 호변체화하여 평형으로 존재하는 것으로 공지되어 있다. 포스파이트 호변체는 포스포네이트 호변체보다 덜 안정적이다. 평형은 매우 강력한 P=O 결합으로 인한 중성 상태 하에 포스포네이트 호변체에 대해 놓여 있다. 산성 조건 하에, 포스포네이트의 포스포릴기는 가역적으로 양성자화된다. 중간체에서의 P-H 결합의 절단은 서서히 일어나 포스파이트 중간체를 제공한다. 이어서, 반응식 10a 및 10b 에 제시된 시약을 이용해 구조 IX 는 개질되어, 구조 XII 를 형성한다.

반응식 10A.

인에서 초기 할로겐화를 이용한, 경로 B 를 통해 합성된 중간체의 인 중심의 개질.

반응식 10b.

초기 실릴화를 이용한, 경로 B 를 통해 합성된 중간체의 인의 개질.

일부 구현예에서, 개질 단계는 구조 IX 를 할로겐화 시약과 반응시킨 후, 친핵체와 반응시켜 수행된다. 특정 구현예에서, 할로겐화 시약은 CCl₄, CBr₄, CI₄, Cl₂, Br₂, I₂, 술푸릴 클로라이드 (SO₂Cl₂), 포스겐, 트리포스겐, 설퍼 모노클로라이드, 설퍼 디클로라이드, 클로라민, CuCl₂, N-클로로숙신이미드 (NCS), N-브로모숙신이미드 (NBS) 또는 N-요오도숙신이미드 (BCS) 이다. 여타 특정 구현예에서, 할로겐화 시약은 CCl₄, CBr₄, Cl₂, 술푸릴 클로라이드 (SO₂Cl₂) 또는 N-클로로숙신이미드 (NCS) 이다. 일부 구현예에서, 친핵체는 1 차 또는 2 차 아민, 알콜 또는 티올이다. 여타 구현예에서, 친핵체는 NR^fR^fH, R^fOH 또는 R^fSH 이고, 여기서 R^f 는 수소, 알킬, 알케닐, 알키닐 또는 아릴이고, NR^fR^fH 의 하나 이상의 R^f 는 수소가 아니다.

개질 단계는 또한 구조 IX 를 실릴화제와 반응시킨 후, 황 친전자체, 셀렌 친전자체, 보론화제, 알킬화제, 알데히드 또는 아실화제와 반응시켜 수행될 수 있다.

특정 구현예에서, 실릴화제는 클로로트리메틸실란 (TMS-Cl), 트리이소프로필실릴클로라이드 (TIPS-Cl), tert-부틸디메틸실릴클로라이드 (TBDMS-Cl), tert-부틸디페닐실릴클로라이드 (TBDPS-Cl), 1,1,1,3,3,3-헥사메틸디실라잔 (HMDS), N-트리메틸실릴디메틸아민 (TMSDMA), N-트리메틸실릴디에틸아민 (TMSDEA), N-트리메틸실릴아세트아미드 (TMSA), N,O-비스(트리메틸실릴)아세트아미드 (BSA) 또는 N,0-비스(트리메틸실릴)트리플루오로아세트아미드 (BSTFA) 이다.

여타 특정 구현예에서, 황 친전자체는 하기 화학식들 중 하나를 갖는 화합물이다:

S₈ (화학식 B), Z¹⁰-S-S-Z¹¹, 또는 Z¹⁰-S-X-Z¹¹,

식 중, Z¹⁰ 및 Z¹¹ 는 독립적으로 알킬, 아미노알킬, 시클로알킬, 헤테로시클릭, 시클로알킬알킬, 헤테로시클로알킬, 아릴, 헤테로아릴, 알킬옥시, 아릴옥시, 헤테로아릴옥시, 아실, 아미드, 이미드 또는 티오카르보닐이거나, 또는 Z¹⁰ 및 Z¹¹ 는 함께 취해져 3 내지 8 원의 알리시클릭 또는 헤테로시클릭 고리를 형성하고, 이는 치환되어 있거나 또는 치환되어 있지 않고; X 는 SO₂, O 또는 NR^f 이고; R^f 는 수소, 알킬, 알케닐, 알키닐 또는 아릴임. 여타 구현예에서, 황 친전자체는 화학식 B, C, D, E 또는 F 의 화합물이다:

일부 구현예에서, 셀렌 친전자체는 하기 화학식들 중 하나를 가진 화합물이다:

Se (화학식 G) , Z¹⁰-Se-Se-Z¹¹, 또는 Z¹⁰-Se-X-Z¹¹,

식 중, Z¹⁰ 및 Z¹¹ 는 독립적으로 알킬, 아미노알킬, 시클로알킬, 헤테로시클릭, 시클로알킬알킬, 헤테로시클로알킬, 아릴, 헤테로아릴, 알킬옥시, 아릴옥시, 헤테로아릴옥시, 아실, 아미드, 이미드 또는 티오카르보닐이거나, 또는 Z¹⁰ 및 Z¹¹ 는 함께 취해져 3 내지 8 원의 알리시클릭 또는 헤테로시클릭 고리를 형성하고, 이는 치환되어 있거나 또는 비치환되어 있고; X 는 SO₂, S, O 또는 NR^f 이고; R^f 는 수소, 알킬, 알케닐, 알키닐 또는 아릴임.

여타 구현예에서, 셀렌 친전자체는 화학식 G, H, I, J, K 또는 L 의 화합물이다.

일부 구현예에서, 보론화제는 보란-N,N-디이소프로필에틸아민 (BH₃·DIPEA), 보란-피리딘 (BH₃·Py), 보란-2-클로로피리딘 (BH₃·CPy), 보란-아닐린 (BH₃·An), 보란-테트라히드로푸란 (BH₃·THF) 또는 보란-디메틸설파이드 (BH₃·Me₂S), 아닐린-시아노보란, 트리페닐포스핀-카르보알콕시보란이다. 여타 구현예에서, 보론화제는 보란-N,N-디이소프로필에틸아민 (BH₃·DIPEA), 보란-2-클로로피리딘 (BH₃·CPy), 보란-테트라히드로푸란 (BH₃·THF) 또는 보란-디메틸설파이드 (BH₃·Me₂S) 이다.

여타 구현예에서, 알킬화제는 알킬 할라이드, 알케닐 할라이드, 알키닐 할라이드, 알킬 술포네이트, 알케닐 술포네이트 또는 알키닐 술포네이트이다.

여타 구현예에서, 알데히드는 (파라)-포름알데히드, 알킬 알데히드, 알케닐 알데히드, 알키닐 알데히드 또는 아릴 알데히드이다.

또다른 구현예에서, 아실화제는 화학식 M 또는 N 의 화합물이다:

식 중, G⁷ 은 알킬, 시클로알킬, 헤테로시클릭, 시클로알킬알킬, 헤테로시클로알킬, 아릴, 헤테로아릴, 알킬옥시, 아릴옥시 또는 헤테로아릴옥시이고; M 은 F, Cl, Br, I, 3-니트로-l,2,4-트리아졸, 이미다졸, 알킬트리아졸, 테트라졸, 펜타플루오로벤젠 또는 1-히드록시벤조트리아졸임.

반응식 11. 입체선택적 합성에 의한 키랄 디뉴클레오시드 포스포로티오에이트의 합성.

입체선택적 디뉴클레오시드 포스포로티오에이트 합성의 한가지 방법은 하기 문헌에 기재된 바와 같이 입체화학적으로 순수한 3'-포스포르아미다이트의 이용을 수반한다: Oka et al, (J. Am. Chem. Soc. (2003), 125:8307-17). 반응식 6a (상기) 에 제시된 바와 같이, 2-클로로옥스아자포스폴리딘 유도체는 5'-O-(TBDPS)뉴클레오시드와 반응시켜 3'-O-옥스아자포스포리딘 유도체를 수득한다. N-(시아노메틸)피롤리딘과 같은 활성화제의 존재 하에서의 3'-O-(TBDPS)뉴클레오시드의 3'-O-옥스아자포스포리딘 유도체와의 반응은 단일 부분입체이성질체로서의 디뉴클레오시드 포스파이트를 제공한다. 디뉴클레오시드 포스파이트는 아세트산 무수물을 이용한 아세틸화, Beaucage 시약 (3H-1,2-벤조디티올-3-온-1,1-디옥시드; Iyer et al, J. Am. Chem. Soc. (1990), 112: 1253-4) 을 이용한 황화, 및 과량의 DBU 를 이용한 키랄 보조물질의 절단을 수반하는 3-단계 프로세스에 의해 포스포로티오에이트로 변환될 수 있다. 이어서, 보호된 디뉴클레오시드는 본원에 개시된 방법으로 프로드러그로 변환된다.

디뉴클레오시드 포스포르티오에이트의 합성에 유용한 여타 방법은 효소 방법 (Hacia et al. Biochemistry (1994), 33:5367-9; Tang et al. Nucleosides Nucleotides (1995), 14:985-990), 비-입체선택적 방법으로 제조된 부분입체이성질 포스포르티오에이트 혼합물들의 분리를 수반하는 방법 (Zon et al Oligonucleotides and Analogues: A Practical Approach; IRL Press: London, 1991, pp 87-108) 및 포스포르티오에이트의 입체선택적 합성을 수반하는 방법 (Wilk et al. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 2149-2156; Lu et al, Angew. Chem., Int. ed. 2000, 39, 4521-4524; Iyer et al TetiahedromAsymmetry 1995, 6, 1051-1054. Iyer et al. Tetrahedron Lett. 1998, 39, 2491-2494; Lu et al 테트라hedron 2001, 57, 1677-1687. Stec et al Nucleic Acids Res. 1991, 19, 5883-5888; Stec et al J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 12019-12029; Uznan'ski et al J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 10197-10202) 을 포함한다.

역방향 5' 로부터 3' 까지의 핵산 합성

키랄 X-포스포네이트 부분을 포함하는 화학식 1 의 핵산은 대안적으로는 5' 로부터 3' 의 방향으로 합성된다. 고체 지지체가 사용되는 구현예에서, 핵산은 성장하는 핵산의 5' 말단을 통해 고체 지지체에 결합함으로써, 그의 3' 기를, 효소 반응 (예를 들어, 라이게이션 및 중합) 을 포함하는 반응을 위해 제시하게 된다. 일부 구현예에서, 상기 방향성은 5 위치에 거울상체를 갖지 않는 H-포스포네이트 부분을, 그리고 3' 위치에 보호된 히드록실기를 포함하는 뉴클레오시드 단량체를 제조하여 조작된다. 한 구현예에서, 핵산은 반응식 12 에 따라 합성된다. 반응식 12 에서, -R⁴ 는 상기 정의된 바와 같은 -OR^b 이거나, 또는 합성의 최후 싸이클에서, 본원에 정의된 바와 같은 R¹ 과 동등한 R⁴ 이다.

반응식 12.

키랄 X- 포스포네이트 부분을 포함하는 화학식 1 의 프로-올리고뉴클레오티드의 5' 로부터 3' 로의 합성.

반응식 12 에 기재된 구현예에서, 구조 Ir 의 거울상체를 갖지 않는 H-포스포네이트를 축합제로 처리하여 구조 IIr 의 중간체를 형성한다. 구조 IIr 의 중간체는 분리하지 않고, 동일한 용기에서 키랄 시약으로 처리해 구조 IIIr 의 중간체를 형성한다. 구조 IIIr 의 중간체는 분리하지 않고, 동일한 용기에서 화학식 XIII 의 뉴클레오시드 또는 개질된 뉴클레오시드와의 반응에 적용시켜 구조 XIV 의 키랄 포스파이트 화합물을 제공한다. 일부 구현예에서, 구조 XIV 는 용매로 추출하여 그것을 부산물, 불순물 및/또는 시약으로부터 분리한다. 여타 구현예에서, 상기 방법을 고상 합성으로 수행하는 경우, 구조 XIV 의 화합물을 함유하는 고체 지지체는 부산물, 불순물 및/또는 시약으로부터 여과해 낸다. 구조 XIV 의 화합물은 산으로 처리하여 성장 핵산 사슬 (구조 XV) 의 3'-말단에서 차단기를 제거한다. 산성화 단계는 또한 키랄 보조물 리간드를 제거하여 구조 XIII 의 화합물을 제공한다. 3'-차단 해제 중간체는 선택적으로는 사슬 연장 싸이클에 재진입시켜 차단된 3'-말단을 포함하는 축합 중간체를 형성하는데, 이는 이어서 산성화되어 3'-말단 차단기 및 키랄 보조물 리간드를 제거한다. 한 차례 이상의 사슬 연장 싸이클에 후속하여, 3'-탈보호된 중간체는 개질 단계에 적용시켜 각가의 인 원자에 결합된 부분 X 를 도입하여 구조 XVI 의 화합물을 제공한다. 개질된 중간체는 남아있는 보호기를 제거하여, 예를 들어 뉴클레오베이스, 개질된 뉴클레오베이스, 당 또는 개질된 당 보호기를 제거하여, 차단해제되고, 화학식 1 의 핵산을 제공한다. 여타 구현예에서, 3'-OH 부분을 포함하는 뉴클레오시드는 본원에 기재된 바와 같이 선행 사슬 연장 싸이클로부터의 중간체이다. 또다른 구현예에서, 3'-OH 부분을 포함하는 뉴클레오시드는 또다른 공지된 핵산 합성 방법으로 수득되는 중간체이다. 첫번째 뉴클레오시드를 이용한 합성 싸이클 후, 탈보호 -OH 부분을 포함하는 뉴클레오시드, 뉴클레오티드 또는 핵산은 후속 연장 싸이클에 사용될 수 있다. 고체 지지체가 사용되는 구현예에서, 인-원자 개질 핵산은 후속하여 5' 말단에 위치된 고체 지지체로부터 절단될 수 있다. 특정 구현예에서, 핵산은 선택적으로는 정제 목적을 위해 고체 지지체 상에 결합된 채 남아있어, 정제 후 고체 지지체로부터 제거될 수 있다. 한 국면에서, 반응식 12 에 기재된 합성은 화학식 A 의 키랄 보조물 리간드의 G1 및 G2 위치가 둘 다 수소가 아닌 경우 유용한다. 역방향 5' 로부터 3' 까지의 합성은 경로 A 에서의 단계들과 유사한 메커니즘에서 반응식 12 에서와 동일한 출발 물질을 이용하여 달성될 수 있다.

H- 포스포네이트로부터의 가역적 보호기를 이용한 포스포티오트리에스테르의 생성

포스포로티오에이트는 인 원자에서의 입체배치를 유지하면서 H-포스포네이트로부터 입체특이적 방식으로 합성될 수 있다 (J. Org. Chem. 1991, 3861-3869). 반응식 13 을 참조하여, 생물가역적 보호기를 또한 보유하는 부분을 포함하는 포스포로티오프리에스테르를 합성하기 위해 상기 반응을 이용하는 것도 고려된다. 추가적으로, 올리고뉴클레오시드 H-포스포네이트의 입체제어적 고체 상 합성이 또한 보고된 바 있고 (Angew. Chem. Int. ed. 2009, 48, 496-499), 지지체 상에서 포스포티오트리에스테르를 제조하기 위해 고체 지지체 합성 동안 알킬화를 동반하는 상기 방법이 고려된다.

반응식 13

본 발명의 방법에 사용되는 반응 조건 및 시약

조건

거울상체를 갖지 않는 H-포스포네이트 부분을 포함하는 분자 및 뉴클레오시드 5'-0H 부분을 포함하는 뉴클레오시드를 반응시켜 축합 중간체를 형성하는 단계는 임의의 중간체를 분리하지 않고 수행할 수 있다. 일부 구현예에서, 거울상체를 갖지 않는 H-포스포네이트 부분을 포함하는 분자 및 뉴클레오시드 5'-0H 부분을 포함하는 뉴클레오시드를 반응시켜 축합 중간체를 형성하는 단계는 단일-용기 반응이다. 한 구현예에서, 거울상체를 갖지 않는 H-포스포네이트 부분을 포함하는 분자, 축합제, 키랄 시약 및 자유 친핵성 부분을 포함하는 분자를 반응 혼합물에 상이한 시점에 첨가한다. 또다른 구현예에서, 거울상체를 갖지 않는 H-포스포네이트 부분을 포함하는 분자, 축합제 및 키랄 시약은 동일한 반응기 또는 반응 용기에 존재한다. 또다른 구현예에서, 거울상체를 갖지 않는 H-포스포네이트 부분을 포함하는 분자, 축합제, 키랄 시약 및 자유 친핵성 부분을 포함하는 화합물이 동일 반응 또는 동일 용기에 존재한다. 이는 반응이 중간체의 분리없이 수행되도록 하며, 시간-소모적 단계를 제거하여, 경제적이고 효율적인 합성을 결과로서 제공한다. 특정 구현예에서, 거울상체를 갖지 않는 H-포스포네이트, 축합제, 키랄 아미노 알콜, 5'-OH 뉴클레오시드는 반응에서 동일 시점에 존재한다. 추가 구현예에서, 축합을 위한 키랄 중간체의 형성은 제자리에서 형성되고, 축합 반응 전에 분리되지 않는다. 또다른 구현예에서, 거울상체를 갖지 않는 H-포스포네이트 부분을 포함하는 분자는, 축합제, 키랄 시약과의, 키랄 중간체와 자유 5'-OH 부분을 포함하는 화합물과의 반응시 사용되는 것과 상이한 반응기에서의 반응에 의해 활성화된다.

고체 지지체 상에서의 합성

일부 구현예에서, 핵산의 합성은 용액에서 수행된다. 여타 구현예에서, 핵산의 합성은 고체 상에서 수행된다. 고체 지지체의 반응기들은 보호되지 않거나 또는 보호될 수 있다. 올리고뉴클레오티드 합성 동안, 고체 지지체는 여러 합성 사이클에서 다양한 시약으로 처리하여, 개별 뉴클레오티드 유닛을 이용한 성장 올리고뉴클레오티드 사슬의 단계적 연장을 달성한다. 고체 지지체와 직접 연결되어 있는 사슬의 말단의 뉴클레오시드 유닛은 본원에 사용된 바와 같이 "첫번째 뉴클레오시드" 로 언급한다. 첫번째 뉴클레오시드는 링커 부분, 즉 고체 지지체의 중합체 및 뉴클레오시드의 두가지 모두에 대한 공유 결합이 있는 디라디칼을 통해 고체 지지체에 결합되어 있다. 링커는 올리고뉴클레오티드 사슬을 조립하기 위해 수행되는 합성 싸이클 동안에는 온전하게 있다가, 사슬 조립 후 절단되어 지지체로부터 올리고뉴클레오티드를 유리시킨다.

고체-상 핵산 합성을 위한 고체 지지체는 예를 들어, 하기 문헌에 기재된 지지체를 포함한다: US 특허 4,659,774, 5,141,813, 4,458,066; Caruthers 에게 허여됨, U.S. 특허 번호 4,415,732, 4,458,066, 4,500,707, 4,668,777, 4,973,679 및 5,132,418; Andrus et al. 에게 허여됨, U.S. 특허 번호 5,047,524, 5,262,530; 및 Koster 에게 허여됨, U.S. 특허 번호 4,725,677 (Re34,069 로 재발행). 일부 구현예에서, 고체 상은 유기 중합체 지지체이다. 여타 구현예에서, 고체 상은 무기 중합체 지지체이다. 일부 구현예에서, 유기 중합체 지지체는 폴리스티렌, 아미노메틸 폴리스티렌, 폴리에틸렌 글리콜-폴리스티렌 그라프트 공중합체, 폴리아크릴아미드, 폴리메타크릴레이트, 폴리비닐알콜, 고도의 가교된 중합체 (HCP), 또는 여타 합성 중합체, 탄수화물, 예컨대 셀룰로오스 및 전분 또는 여타 합성 탄수화물, 또는 여타 유기 중합체 및 임의의 공중합체, 복합 재료 또는 상기 무기 또는 유기 재료의 배합물. 여타 구현예에서, 무기 중합체 지지체는 실리카, 알루미나, 제어 폴리글래스 (CPG) 로서, 실리카-겔 지지체인 것, 또는 아미노프로필 CPG 이다. 여타 유용한 고체 지지체에는, 불소 고체 지지체 (참고문헌은, 예를 들어 WO/2005/070859), 장쇄 알킬아민 (LCAA) 제어된 포어 글래스 (CPG) 고체 지지체 (참고문헌은, 예를 들어 S.P. Adams, K. S. Kavka, E. J. Wykes, S. B. Holder and G. R. Galluppi, J. Am. Chem. Soc, 1983, 105, 661-663; G. R. Gough, M. J. Bruden and p. T. Gilham, Tetrahedron Lett., 1981, 22, 4177-4180) 가 포함된다. 멤브레인 지지체 및 중합체 지지체 (참고문헌은, 예를 들어 Innovation and Perspectives in Solid Phase Synthesis, Peptides, Proteins and Nucleic Acids, ch 21 pp 157-162, 1994, ed. Roger Epton and U.S. 특허 번호 4,923,901) 가 또한 핵산 합성에 유용하다. 일단 형성되면, 멤브레인은 핵산 합성에 이용하기 위해 화학적으로 관능화될 수 있다. 멤브레인에 대한 관능기의 결합에 추가하여, 멤브레인에 결합되어 있는 링커 또는 스페이서기의 사용은 멤브레인과 합성된 사슬 사이의 입체장애적 방해를 최소화하기 위해 이용될 수 있다.

여타 적합한 고체 지지체에는, 예를 들어 Primer^TM 200 지지체, 제어된 포어 글래스 (CPG), 옥살릴-제어 포어 글래스로서 시판되는 글래스 (참고문헌은, 예를 들어, Alul, et al, Nucleic Acids Research, 1991, 19, 1527), TentaGel Support - 아미노폴리에틸렌글리콜 유도체화 지지체 (참고문헌은, 예를 들어 Wright, et al., 테트라hedron Lett., 1993, 34, 3373), 및 Poros - 폴리스티렌/디비닐벤젠의 공중합체를 포함하는 고체상 방법론에 이용되기에 적합한 것으로 당업계에 일반적으로 공지된 것들이 포함된다.

표면 활성화 중합체는 여러 고체 지지체 매질 상에 천연 및 개질 핵산 및 단백질의 합성에 대한 사용이 증명된 바 있다. 고체 지지체 재료는 다공성에 있어서 적합하게 균일하고, 충분한 아민 함량을 갖고, 통합성을 잃지 않고 임의의 참여하는 취급에서 충분히 유연한 임의의 중합체일 수 있다. 적합한 선택된 재료의 예시에는, 나일론, 폴리프로필렌, 폴리에스테르, 폴리테트라플루오로에틸렌, 폴리스티렌, 폴리카르보네이트 및 니트로셀룰로오스가 포함된다. 여타 재료는 실행자의 고안에 따라 고체 지지체로서 제공될 수 있다. 일부 고안을 고려하면, 예를 들어 코팅된 금속, 특히 금 또는 백금이 선택될 수 있다 (참고문헌은, 예를 들어 US 공개 번호 20010055761). 올리고뉴클레오티드 합성의 한 구현예에서, 예를 들어 뉴클레오시드는 히드록실 또는 아미노 잔기로 관능화된 고체 지지체에 고정되어 있다. 대안적으로, 고체 지지체는 유도체화되어, 산과 화학변화를 일으키기 쉬운 트리알콕시트리틸 기, 예컨대 트리메톡시트리틸기 (TMT) 를 제공한다. 이론에 구애됨 없이, 트리알콕시트리틸 보호기의 존재로 인해 DNA 합성시 일반적으로 사용되는 조건 하에서의 초기 디트리틸화를 허용할 것으로 예상된다. 암모니아수가 있는 용액에서 올리고뉴클레오티드 물질의 더 빠른 방출을 위해서는 디글리코에이트 링커가 선택적으로는 지지체에 도입된다.

연결 부분

연결 부분 또는 링커는 선택적으로는 자유 친핵성 부분을 포함하는 화합물에 고체 지지체를 연결하기 위해 사용된다. 적합한 링커는 공지되어 있는데, 예컨대 고체상 합성 기법에서 초기 뉴클레오시드 분자의 관능기 (예를 들어, 히드록실기) 에 고체 지지체를 연결하기 위해 제공되는 짧은 분자들이 있다. 일부 구현예에서, 연결 부분은 숙신아믹산 링커, 숙시네이트 링커 (-CO-CH₂-CH₂-CO-), 또는 옥살릴 링커 (-CO-CO-) 이다. 여타 구현예에서, 연결 부문 및 뉴클레오시드는 에스테르 결합을 통해 함께 결합되어 있다. 여타 구현예에서, 연결 부분 및 뉴클레오시드는 아미드 결합을 통해 함께 결합되어 있다. 추가 구현예에서, 연결 부분은 뉴클레오시드를 또다른 뉴클레오티드 또는 핵산에 연결한다. 적합한 링커는, 예를 들어 하기 문헌에 개시되어 있다: Oligonucleotides And Analogues A Practical Approach, Ekstein, F. Ed., IRL Press, N. Y., 1991, Chapter 1.

링커 부분은 자유 친핵성 부분을 포함하는 화합물을, 또다른 뉴클레오시드, 뉴클레오티드 또는 핵산에 연결하기 위해 사용된다. 일부 구현예에서, 연결 부분은 포스포디에스테르 연결이다. 여타 구현예에서, 링커 부분은 H-포스포네이트 부분이다. 또다른 구현예에서, 연결 부분은 X-포스포네이트 부분이다.

합성을 위한 용매

핵산의 합성은 비양자성 유기 용매에서 수행된다. 일부 구현예에서, 용매는 아세토니트릴, 피리딘, 테트라히드로푸란, 또는 디클로로메탄이다. 일부 구현예에서, 비양자성 유기 용매가 염기성이 아닌 경우, 염기가 반응 단계 내에 존재한다. 염기가 존재하는 일부 구현예에서, 염기는 피리딘, 퀴놀린 또는 N,N-디메틸아닐린이다. 염기의 여타 예시는, 피롤리딘, 피페리딘, N-메틸 피롤리딘, 피리딘, 퀴놀린, NN-디메틸아미노피리딘 (DMAP) 또는 N,N-디메틸아닐린이다. 일부 구현예에서, 비양자성 유기 용매는 무수물이다. 여타 구현예에서, 무수성 비양자성 유기 용매는 새롭게 증류된 것이다. 일부 구현예에서, 새롭게 증류된 비양자성 유기 용매는 피리딘이다. 여타 구현예에서, 새롭게 증류된 무수성 비양자성 유기 용매는 테트라히드로푸란이다. 여타 구현예에서, 새롭게 증류된 무수성 비양자성 유기 용매는 아세토니트릴이다.

차단기를 제거하기 위한 산성화 조건.

차단기를 제거하기 위한 산성화는 브뢴스테드 산 또는 루이스 산에 의해 달성된다. 일부 구현예에서, 산성화는 R¹ 차단기 제거에 이용된다. 유용한 브뢴스테드 산은 유기 용매 또는 물 (80% 아세트산의 경우) 에서 pKa (수중 25℃) 값이 -0.6 (트리플루오로아세트산) 내지 4.76 (아세트산) 인, 카르복실산, 알킬술폰산, 아릴술폰산, 인산 및 그의 유도체, 포스폰산 및 그의 유도체, 알킬포스폰산 및 그의 유도체, 아릴포스폰산 및 그의 유도체, 포스핀산, 디알킬포스핀산, 및 디아릴포스핀산이다. 산성화 단계에 사용되는 산의 농도 (1 내지 80%) 는 산의 산성도에 좌우된다. 산성 세기에 대해서는, 산 조건이 탈퓨린화/탈피리미딘화를 초래할 정도로 강력하여 퓨리닐 및 피리미디닐 염기가 리보오스 고리로부터 절단될 수 있도록 고려해야 한다.

일부 구현예에서, 산성화는 유기 용매 중의 루이스 산에 의해 달성된다. 유용한 루이스 산은 ZnX₂ (식 중, X 는 Cl, Br, I 또는 CF₃SO₃ 임) 이다.

일부 구현예에서, 산성화는 축합된 중간체에서 퓨린 부분을 제거하지 않고 축합된 중간체를 화학식 4 의 화합물로 변환시키는데 유용한 양의 브뢴스테드 또는 루이스 산을 첨가하는 것을 포함한다.

산성화 단계에 유용한 산에는, 이에 제한되지 않으나, 유기 용매 중 10% 인산, 유기 용매 중 10% 염산, 유기 용매 중 1% 트리플루오로아세트산, 유기 용매 중 3% 디클로로아세트산 또는 수중 80% 아세트산이 포하된다. 프로세스에서의 임의의 브뢴스테드 또는 루이스 산의 농도는 산의 농도가 당 부분으로부터 뉴클레오베이스의 절단을 초래하는 농도를 초과하지 않도록 선택된다.

일부 구현예에서, 산성화는 1% 트리플루오로아세트산을 유기 용매에 첨가하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 산성화는 약 0.1% 내지 약 8% 트리플루오로아세트산을 유기 용매에 첨가하는 것을 포함한다. 여타 구현예에서, 산성화는 3% 디클로로아세트산을 유기 용매에 첨가하는 것을 포함한다. 여타 구현예에서, 산성화는 약 0.1% 내지 약 10% 디클로로아세트산을 유기 용매에 첨가하는 것을 포함한다. 또다른 구현예에서, 산성화는 3% 트리클로로아세트산을 유기 용매에 포함하는 것을 포함한다. 또다른 구현예에서, 산성화는 약 0.1% 내지 약 10% 트리클로로아세트산을 유기 용매에 첨가하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 산성화는 80% 아세트산을 물에 첨가하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 산성화는 약 50% 내지 약 90%, 또는 약 50% 내지 약 80%, 약 50% 내지 약 70%, 약 50% 내지 약 60%, 약 70% 내지 약 90% 아세트산을 물에 첨가하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 산성화는 산성 용매에 양이온 스캐빈져를 추가로 첨가하는 것을 포함한다. 특정 구현예에서, 양이온 스캐빈져는 트리에틸실란 또는 트리이소프로필실란일 수 있다. 일부 구현예에서, R¹ 은 축합된 중간체의 산성화 단계 이전에 차단 해제된다. 일부 구현예에서, R¹ 은 1% 트리플루오로아세트산을 유기 용매에 첨가하는 것을 포함하는 산성화에 의해 차단 해제된다. 일부 구현예에서, R¹ 은 3% 디클로로아세트산을 유기 용매에 첨가하는 것을 포함하는 산성화에 의해 차단 해제된다. 일부 구현예에서, R¹ 은 3% 트리클로로아세트산을 유기 용매에 첨가하는 것을 포함하는 산성화에 의해 차단 해제된다.

차단 부분 또는 기의 제거

뉴클레오베이스 또는 당 부분에 위치한 히드록실 또는 아미노 부분과 같은 관능기는 일상적으로 차단 (보호) 기 (부분) 을 이용하여 합성 동안 차단되고, 후속하여 차단 해제된다. 일반적으로, 차단기는 분자의 화학적 관능성이 특이적 반응 조건에 대해 불활성이 되도록 하며, 이후에 분자의 나머지 부분에 실질적으로 해를 끼치지 않으면서 분자 내 그러한 관능성으로부터 제거될 수 있다 (참고문헌은, 예를 들어 Green and Wuts, Protective Groups in Organic Synthesis, 2nd Ed., John Wiley & Sons, New York, 1991). 예를 들어, 아미노기는 질소 차단기, 예컨대 프탈이미도, 9-플루드레닐메톡시카르보닐 (FMOC), 트리페닐메틸술페닐, t-BOC, 4,4'-디메톡시트리틸 (DMTr), 4-메톡시트리틸 (MMTr), 9-페닐잔틴-9-일 (픽실), 트리틸 (Tr), 또는 9-(p-메톡시페닐)잔틴-9-일 (MOX)를 이용하여 차단될 수 있다. 카르복실기는 아세틸기에 의해 보호될 수 있다. 히드록시기는, 테트라히드로피라닐 (THP), t-부틸디메틸실릴 (TBDMS), 1-[(2-클로로-4-메틸)페닐]-4-메톡시피페리딘-4-일 (Ctmp), 1-(2-플루오로페닐)-4-메톡시피페리딘-4-일 (Fpmp), 1-(2-클로로에톡시)에틸, 3-메톡시-1,5-디카르보메톡시펜탄-3-일 (MDP), 비스(2-아세톡시에톡시)메틸 (ACE), 트리이소프로필실릴옥시메틸 (TOM), 1-(2-시아노에톡시)에틸 (CEE), 2-시아노에톡시메틸 (CEM), [4-(N-디클로로아세틸-N-메틸아미노)벤질옥시]메틸, 2-시아노에틸 (CN), 피발로일옥시메틸 (PivOM), 레부닐옥시메틸 (ALE) 과 같이 보호될 수 있다. 여타 대표적인 히드록실차단기는 기재된 바 있다 (참고문헌은, 예를 들어 Beaucage et al, Tetrahedron, 1992, 46, 2223). 일부 구현예에서, 히드록실차단기는 산과 반응성이 좋은 기, 예컨대 트리틸, 모노메톡시트리틸, 디메톡시트리틸, 트리메톡시트리틸, 9-페닐잔틴-9-일 (픽실) 및 9-(p-메톡시페닐)잔틴-9-일 (MOX) 이다. 화학 관능기는 또한 이들을 전구체 형태에 포함시킴으로써 차단될 수 있다. 이에, 아지도기는 아민으로 용이하게 변환되므로, 아지도기는 아민의 차단된 형태로 간주될 수 있다. 핵산 합성에 이용되는 추가적인 대표적인 보호기들은 공지되어 잇다 (참고문헌은, 예를 들어 Agrawal et al., Protocols for Oligonucleotide Conjugates, Eds., Humana Press, New Jersey, 1994, vol. 26, pp. 1-72).

핵산으로부터 차단기를 제거하기 위한 다양한 방법이 공지되어 있다. 일부 구현예에서, 모든 차단기가 제거된다. 여타 구현예에서, 차단기는 부분적으로 제거된다. 또다른 구현예에서, 반응 조건은 특정 부분 상의 차단기를 제거하도록 조정될 수 있다. R 이 차단기인 특정 구현예에서, R² 에서의 차단기의 제거는 R¹ 에서의 차단기의 제거에 대해 직각방향이다. R¹ 및 R² 에서의 차단기는 합성 단계 동안에는 온전하게 남아 있고, 사슬 조립 후 총괄적으로 제거된다. 일부 구현예에서, R² 차단기는 고체 지지체로부터의 핵산의 절단 및 뉴클레오베이스 차단기의 제거와 동시에 제거된다. 특정 구현예에서, R² 에서의 차단기가 온전하게 남아 있는 반면, R¹ 에서의 차단기는 제거된다. R¹ 에서의 차단기는 1 차 아민, 2 차 아민 또는 이들의 혼합물과 같은 유기 염기를 이용해 고체 지지체 상에서 제거가능하다. R¹ 위치의 탈보호는 일반적으로 전면 말단 탈보호 (front end deprotection) 로 지칭된다.

한 구현예에서, 뉴클레오베이스 차단기가, 존재한다면, 산성 시약을 이용해 각 핵산의 조립 후 제거가능하다. 또다른 구현예에서, 하나 이상의 뉴클레오베이스 차단기는 산성 조건도 염기성 조건도 아닌 조건 하에 절단가능한데, 예를 들어 플루오라이드 염 또는 염산 착물을 이용해 절단가능하다. 또다른 구현예에서, 하나 이상의 뉴클레오베이스 차단기는 염기 또는 염기성 용매의 존재 하에 각 핵산의 조립 후 절단가능하며, 여기서 뉴클레오베이스 차단기는 아민을 이용한 전면 말단 탈보호의 조건에 대해 안정하다.

일부 구현예에서, 뉴클레오베이스에 대한 차단기는 필요하지 않다. 여타 구현예에서, 뉴클레오베이스에 대한 차단기가 필요하다. 또다른 구현예에서, 특정 뉴클레오베이스는 차단기를 필요로 하는 반면, 여타 뉴클레오베이스는 차단기를 필요로 하지 않는다. 뉴클레오베이스가 차단된 구현예에서, 차단기는 전면 말단에서 차단기를 제거하기에 적당한 조건 하에 완전히 또는 부분적으로 제거된다. 예를 들어, R¹ 은 OR^a를 나타낼 수 있고, 여기서 Ra 는 아실이고, Ba 는, 이에 제한되지 않으나 이소부티릴, 아세틸 또는 4-(tert-부틸페녹시)아세틸을 포함하는, 아실기로 차단된 구아닌이다. R¹ 및 Ba 에서의 아실기는 동일한 차단 해제 단계 동안 제거되거나 또는 부분적으로 제거된다.

시약

축합제

본 발명의 방법에 유용한 축합제 (C_R) 는 하기 화학식들 중 하나를 갖는다:

식 중, Z¹, Z², Z³, Z⁴, Z⁵, Z⁶, Z⁷, Z⁸ 및 Z⁹ 는 독립적으로 알킬, 아미노알킬, 시클로알킬, 헤테로시클릭, 시클로알킬알킬, 헤테로시클로알킬, 아릴, 헤테로아릴, 알킬옥시, 아릴옥시 또는 헤테로아릴옥시로부터 선택되거나, 또는 임의의 Z² 및 Z³, Z⁵ 및 Z⁶, Z⁷ 및 Z⁸, Z⁸ 및 Z⁹, Z⁹ 및 Z⁷, 또는 Z⁷ 및 Z⁸ 및 Z⁹ 가 함께 취해져 3 내지 20 원의 알리시클릭 또는 헤테로시클릭 고리를 형성하고; Q^- 는 카운터 음이온이고; L 은 이탈기이다.

일부 구현예에서, 축합제 C_R 의 카운터 음이온은 Cl^-, Br^-, BF₄ ^-, PF₆ ^-, TfO^-, Tf₂N^-, AsF₆ ^-, ClO₄ ^-, 또는 SbF₆ ^- 이고, 여기서 Tf 는 CF₃SO₂ 이다. 일부 구현예에서, 축합제 CR 의 이탈기는 F, Cl, Br, I, 3-니트로-1,2,4-트리아졸, 이미다졸, 알킬트리아졸, 테트라졸, 펜타플루오로벤젠, 또는 1-히드록시벤조트리아졸이다.

프로세스에 사용될 수 있는 축합제의 예시에는, 이에 제한되지 않으나, 펜타플루오로벤조일 클로라이드, 카르보닐디이미다졸 (CDI), 1-메시틸렌술포닐-3-니트로트리아졸 (MSNT), 1-에틸-3-(3'-디메틸아미노프로필)카르보디이미드 히드로클로라이드 (EDCI-HCl), 벤조트리아졸-1-일옥시트리스(디메틸아미노)포스포늄 헥사플루오로포스페이트 (PyBOP), N,N'-비스(2-옥소-3-옥사졸리디닐)포스핀 클로라이드 (BopCl), 2-(lH-7-아자벤조트리아졸-1-일)-1,1,3,3-테트라메틸우로늄 헥사플루오로포스페이트 (ΗATU), 및 O-벤조트리아졸-N,N,N',N'-테트라메틸우로늄 헥사플루오로포스페이트 (HBTU), DIPCDI; N,N'-비스(2-옥소-3-옥사졸리디닐)포스핀 브로마이드 (BopBr), 1,3-디메틸-2-(3-니트로-1,2,4-트리아졸-1-일)-2-피롤리딘-1-일-1,3,2-디아자포스포리디늄 헥사플루오로포스페이트 (MNTP), 3-니트로-1,2,4-트리아졸-1-일-트리스(피롤리딘-1-일)포스포늄 헥사플루오로포스페이트 (PyNTP), 브로모트리피롤리디노포스포늄 헥사플루오로포스페이트 (PyBrOP); O-(벤조트리아졸-1-일)-N,N,N',N'-테트라메틸우로늄 테트라플루오로보레이트 (TBTU); 및 테트라메틸플루오로포름아미디늄 헥사플루오로포스페이트 (TFFH) 가 포함된다. 특정 구현예에서, 축합제 C_R 의 카운터 이온은 Cl^-, Br^-, BF₄ ^-, PF₆ ^-, TfO^-, Tf₂N^-, AsF₆ ^-, ClO₄ ^-, 또는 SbF₆ ^- 이고, 여기서 Tf 는 CF₃SO₂ 이다.

본 발명의 여타 구현예에서, 축합제는 1-(2,4,6-트리이소프로필벤젠술포닐)-5-(피리딘-2-일)테트라졸리드, 피발로일 클로라이드, 브로모트리스피롤리디노포스포늄 헥사플루오로포스페이트, N,N'-비스(2-옥소-3-옥사졸리디닐) 포스핀 클로라이드 (BopCl), 또는 2-클로로-5,5-디메틸-2-옥소-1,3,2-디옥사포스피난이다. 한 구현예에서, 축합제는 N,N'-비스(2-옥소-3-옥사졸리디닐)포스핀 클로라이드 (BopCl) 이다. 여타 공지된 축합제가 기재된 바 있다 (참고문헌은, 예를 들어 WO/2006/066260).

여타 구현예에서, 축합제는 1,3-디메틸-2-(3-니트로-1,2,4-트리아졸-1-일)-2-피롤리딘-1-일-1,3,2-디아자포스포리디늄 헥사플루오로포스페이트 (MNTP), 또는 3-니트로-1,2,4-트리아졸-1-일-트리스(피롤리딘-1-일)포스포늄 헥사플루오로포스페이트 (PyNTP) 이다.

키랄 시약

본 발명의 방법에서, 키랄 시약은 X-포스포네이트 연결의 제공에서 입체선택성을 부여하기 위해 사용된다. 반응식 5 및 6 의 구조 III 에 제시된 바와 같이, 화학식 3-I (식 중, W¹ 및 W² 는 임의의 -O-, -S- 또는 -NG⁵- 임) 의 화합물인, 상기 프로세스에 사용될 수 있는 수많은 상이한 키랄 보조물이 H-포스포네이트 출발 물질, 화학식 2 의 화합물과 반응하여 키랄 중간체를 제공할 수 있다.

U₁ 및 U₃ 은 U₂ 이 존재하는 경우 그에 결합되어 있거나, 또는 r 이 0 인 경우에는 단일, 이중 또는 삼중 결합을 통해 서로 결합되어 있는 탄소 원자이다. U₂ 는 -C-, -CG⁸-, -CG8G⁸-, -NG⁸-, -N-, -O-, 또는 -S- 이고, 여기서 r 은 0 내지 5 의 정수이고, 2 개 이하의 헤테로 원자가 인접해 있다. U₂ 의 임의의 하나가 C 인 경우, 삼중 결합이, C 인 두번째로 나타난 U₂ 사이에, 또는 U₁ 또는 U₃ 중 하나에 형성되어야만 한다. 유사하게, U₂ 중 임의의 하나가 CG⁸ 인 경우, 이중 결합이 -CG⁸- 또는 -N- 인 두번째로 나타난 U₂ 사이에, 또는 U₁ 또는 U₃ 중 하나에 형성된다.

예를 들어, 일부 구현예에서, -U₁-(U₂)_r-U₃- 이 -CG³G⁴-CG¹G²- 이다. 일부 구현예에서, -U₁-(U₂)_r-U₃- 이 -CG³=CG¹- 이다. 일부 구현예에서, -U₁-(U₂)_r-U₃- 이 -C≡C- 이다. 일부 구현예에서, -U₁-(U₂)_r-U₃- 이 -CG³=CG⁸-CG¹G²- 이다. 일부 구현예에서, -U₁-(U₂)_r-U₃- 이 -CG³G⁴-O-CG¹G²- 이다. 일부 구현예에서, -U₁-(U₂)_r-U₃- 이 -CG³G⁴-NG⁸-CG¹G²- 이다. 일부 구현예에서, -U₁-(U₂)_r-U₃- 이 -CG³G⁴-N-CG²- 이다. 일부 구현예에서, -U₁-(U₂)_r-U₃- 이 -CG³G⁴-N=CG⁸-CG¹G²- 이다.

G¹, G², G³, G⁴, G⁵ 및 G⁸ 은 독립적으로 수소, 알킬, 아르알킬, 시클로알킬, 시클로알킬알킬, 헤테로시클릴, 헤타릴, 또는 아릴이거나, 또는 G¹, G², G³, G⁴ 및 G⁵ 중 2 개는 G⁶ 이고 함께 취해져, 단일고리 또는 다중고리이고, 융합 또는 비융합인, 약 20 개 이하의 고리 원자의 포화, 부분 포화 또는 불포화 카르보시클릭 또는 헤테로원자-포함 고리를 형성한다. 일부 구현예에서, 그렇게 형성되는 고리는 옥소, 티옥소, 알킬, 알케닐, 알키닐, 헤테로아릴, 또는 아릴 부분에 의해 치환된다. 일부 구현예에서, 2 개의 G⁶ 가 함께 취해져 형성된 고리가 치환된 경우, 이는 반응 동안 입체선택성을 부여하기에 충분히 벌키한 부분에 의해 치환된다.

예를 들어, 일부 구현예에서, 2 개의 G⁶ 가 함께 취해져 형성된 고리가 시클로펜틸, 피롤릴, 시클로프로필, 시클로헥세닐, 시클로펜테닐, 테트라히드로피라닐, 또는 피페라지닐이다.

본 발명의 일부 구현예에서, 키랄 시약은 화학식 3 의 화합물이다.

화학식 3 의 일부 구현예에서, W¹ 및 W² 는 독립적으로 -NG⁵-, -O-, 또는 -S- 이고; G¹, G², G³, G⁴, 및 G⁵ 는 독립적으로 수소, 알킬, 아르알킬, 시클로알킬, 시클로알킬알킬, 헤테로시클릴, 헤타릴, 또는 아릴이거나, 또는 G¹, G², G³, G⁴, 및 G⁵ 중 2 개는 G⁶ 이고 함께 취해져, 단일고리 또는 다중고리의, 융합 또는 비융합인 약 20 개 이하의 고리 원자의 포화, 부분 포화 또는 불포화 카르보시클릭 또는 헤테로원자-포함 고리이고, G¹, G², G³, G⁴ 및 G⁵ 중 4 개 이하가 G⁶ 이다. 화학식 3' 의 화합물과 유사하게, 임의의 G¹, G², G³, G⁴ 또는 G⁵ 가 옥소, 티옥소, 알킬, 알케닐, 알키닐, 헤테로아릴, 또는 아릴 부분에 의해 치환된다. 일부 구현예에서, 상기 치환은 X-포스포네이트 제공에서 입체선택성을 유도한다.

본 발명의 일부 구현예에서, 키랄 시약은 하기 화학식들 중 하나를 갖는다:

일부 구현예에서, 키랄 시약은 아미노알콜이다. 일부 여타 구현예에서, 키랄 시약은 아미노티올이다. 또다른 구현예에서, 키랄 시약은 아미노페놀이다. 일부 구현예에서, 키랄 시약은 (S)- 및 (R)-2-메틸아미노-1-페닐에탄올, (1R,2S)-에페딘 또는 (1R, 2S)-2-메틸아미노-1,2-디페닐에탄올이다.

본 발명의 여타 구현예에서, 키랄 시약은 하기 화학식들 중 하나의 화합물이다:

키랄 시약, 예를 들어 화학식 O 로 나타내는 이성질체 또는 그의 입체이성질체인 화학식 P 의 선택은, 인에서의 키랄성의 특이적 제어를 가능케 한다. 이에, RP 또는 SP 입체배치가 각 합성에서 선택되어, 핵산 생성물의 전체적인 3 차 공간 구조의 제어를 가능케 한다. 본 발명의 일부 구현예에서, 핵산 생성물은 전부 RP 입체중심을 갖는다. 본 발명의 일부 구현예에서, 핵산 생성물은 전부 SP 입체중심을 갖는다. 일부 구현예에서, RP 및 SP 중심의 선택이 핵산 사슬에 대한 특이적인 3 차 공간 수퍼구조 (superstructure) 를 부여하도록 선택된다.

올리고뉴클레오시드 포스포로티오에이트 연결의 입체화학

올리고뉴클레오시드 포스포로티오에이트는 치료 잠재성을 나타낸 바 있다 (Stein et al, Science (1993), 261 :1004-12; Agrawal et al, Antisence Res. and Dev. (1992), 2:261-66; Bayever et al, Antisense Res. and Dev. (1993), 3:383-390). 포스포로티오에이트의 입체화학과 무관하게 제조된 올리고뉴클레오시드 포스포로티오에이트는 2n 개 부분입체이성질체의 혼합물로서 존재하는데, 여기서 n 은 인터뉴클레오티드 포스포로티오에이트 연결의 갯수이다. 상기 부분입체이성질체 포스포로티오에이트의 화학적 및 생물학적 특성은 상이할 수 있다. 예를 들어, 참고문헌 [Wada et al (Nucleic Acids Symposium Series No. 51 p. 119-120; doi:10.1093/nass/nrm060)] 에서는 입체구조가 정해진-(RP)-(Ups)9U/(Ap)9A 이중구조물이 천연-(Up)9U/(Ap)9A 의 것에 비해 더 높은 Tm 값을 나타내고, 입체구조가 정해진-(SP)-(Ups)9U 는 이중구조를 형성하지 않음을 밝힌 바 있다. 또다른 예시에서, 문헌 [Tang et al, (Nucleosides Nucleotides (1995), 14:985-990)] 에서의 연구는 입체화학적으로 순수한 Rp-올리고데옥시리보뉴클레오시드 포스포로티오에이트가, 정해지지 않은 인 키랄성을 가진 부모 올리고데옥시리보뉴클레오시드 포스포로티오에이트의 것에 비해 인간 혈청에 내재하는 뉴클레아제에 대해 더 낮은 안정성을 보유함을 발견했다.

뉴클레오베이스 및 개질된 뉴클레오베이스

화학식 1 에서의 뉴클레오베이스 Ba 는 천연 뉴클레오베이스 또는 천연 뉴클레오베이스로부터 유도된 개질된 뉴클레오베이스이다. 예시에는, 이에 제한되지 않으나, 그의 각 아미노기가 아실 보호기에 의해 보호되어 있는 우라실, 티민, 아데닌, 시토신 및 구아닌, 2-플루오로우라실, 2-플루오로시토신, 5-브로모우라실, 5-요오도우라실, 2,6-디아미노퓨린, 아자시토신, 피리미딘 유사체, 예컨대 슈도이소시토신 및 슈도우라실 및 여타 개질된 뉴클레오베이스, 예컨대 8-치환 퓨린, 잔틴, 또는 하이포잔틴 (후자의 두 가지는 천연 분해 생성물임) 이 포함된다. 문헌 [Chiu and Rana, RNA, 2003, 9, 1034-1048, Limbach et al Nucleic Acids Research, 1994, 22, 2183-2196 and Revankar and Rao, Comprehensive Natural Products Chemistry, vol. 7, 313] 에서는 개시된 개질된 뉴클레오베이스가 또한 화학식 1 의 Ba 부분으로 고려된다.

하기 화학식으로 나타내는 화합물들이 또한 개질된 뉴클레오베이스로 고려된다:

상기 화학식에서, R⁸ 은, 오직 그의 예시로서 메틸, 이소프로필, 페닐, 벤질 또는 페녹시메틸기를 포함하는, 1 내지 15 개의 탄소 원자를 가진 선형 또는 분지형 알킬, 아릴, 아르알킬, 또는 아릴옥실알킬기이고; 각각의 R⁹ 및 R¹⁰ 은 1 내지 4 개의 탄소 원자를 가진 선형 또는 분지형 알킬기를 나타낸다.

개질된 뉴클레오베이스는 또한 하나 이상의 벤젠 고리가 추가되어 있는 확장된 크기의 뉴클레오베이스를 포함한다. 문헌 [Glen Research catalog (www.glenresearch.com); Krueger AT et al, Ace. Chem. Res., 2007, 40, 141-150; Kool, ET, Ace. Chem. Res., 2002, 35, 936-943; Benner S.A., et al, Nat. Rev. Genet, 2005, 6, 553-543; Romesberg, F.E., et al, Curr. Opin. Chem. Biol, 2003, 7, 723-733; Hirao, L, Curr. Opin. Chem. Biol, 2006, 10, 622-627] 에 기재된 핵산 염기 대체가 본원에 기재된 핵산의 합성에 유용한 것으로 고려된다. 그러한 확장된 크기의 뉴클레오베이스의 일부 예시가 하기에 제시된다:

본원에서, 개질된 뉴클레오베이스는 또한, 뉴클레오베이스로는 간주되지는 않지만, 이에 제한되지는 않으나, 코린- 또는 포르피린-유도성 고리와 같은 여타 부분인 구조를 포함한다. 포르피린-유도성 염기 대체물은 하기 문헌에 기재된 바 있다: Morales-Rojas, H and Kool, ET, Org. Lett., 2002, 4, 4377-4380. 염기 대체물로 이용될 수 있는 포르피린-유도성 고리의 예시가 하기에 제시된다:

여타 개질된 뉴클레오베이스는 또한 하기 제시된 것들과 같은 염기 대체물을 포함한다:

형광성인 개질된 뉴클레오베이스가 또한 고려된다. 그러한 염기 대체물의 비제한적 예시에는, 하기 제시된 바와 같은 페난트렌, 피렌, 스틸벤, 이소잔틴, 이소잔토프테린, 터페닐, 테르티오펜, 벤조테르티오펜, 쿠마린, 루마진, 테터드 스틸벤, 벤조-우라실 및 나프토-우라실이 포함된다:

개질된 뉴클레오베이스는 비치환이거나 또는 헤테로원자, 알킬기, 또는 형광 부분에 연결된 연결 부분, 바이오틴 또는 아비딘 부분, 또는 여타 단백질 또는 펩티드와 같은 추가 치환을 포함할 수 있다. 개질된 뉴클레오베이스는 또한 대부분의 전통적 견해에서는 뉴클레오베이스는 아니지만, 뉴클레오베이스와 유사하게 기능하는 특정한 "유니버설 베이스" 를 포함한다. 그러한 유니버설 베이스의 한가지 대표적인 예시는 3-니트로피롤이다.

구조 IV 또는 IX 의 뉴클레오시드에 추가하여, 여타 뉴클레오시드가 또한 본원에 개시된 프로세스에 사용될 수 있고, 개질된 뉴클레오베이스 또는 개질된 당에 공유결합으로 결합되어 있는 뉴클레오베이스에 혼입하는 뉴클레오시드를 포함한다. 개질된 뉴클레오베이스를 혼입하는 뉴클레오시드의 일부 예시에는 4-아세틸싸이티딘; 5-(카르복시히드록실메틸)유리딘; 2'-O-메틸싸이티딘; 5-카르복시메틸아미노메틸-2-티오유리딘; 5-카르복시메틸아미노메틸유리딘; 디히드로유리딘; 2'-0-메틸슈도유리딘; 베타,D-갈락토실쿼오신; 2'-O-메틸구아노신; N6-이소펜테닐아데노신; 1-메틸아데노신; 1-메틸슈도유리딘; 1-메틸구아노신; 1-메틸이노신; 2,2-디메틸구아노신; 2-메틸아데노신; 2-메틸구아노신; N7-메틸구아노신; 3-메틸-싸이티딘; 5-메틸싸이티딘; N6-메틸아데노신; 7-메틸구아노신; 5-메틸아미노에틸유리딘; 5-메톡시아미노메틸-2-티오유리딘; 베타,D-만노실쿼오신; 5-메톡시카르보닐메틸유리딘; 5-메톡시유리딘; 2-메틸티오-N6-이소펜테닐아데노신; N-((9-베타,D-리보푸라노실-2-메틸티오퓨린-6-일)카르바모일)트레오닌; N-((9-베타,D-리보푸라노실퓨린-6-일)-N-메틸카르바모일)트레오닌; 유리딘-5-옥시아세트산 메틸에스테르; 유리딘-5-옥시아세트산 (v); 슈도유리딘; 쿼오신; 2-티오싸이티딘; 5-메틸-2-티오유리딘; 2-티오유리딘; 4-티오유리딘; 5-메틸유리딘; 2'-0-메틸-5-메틸유리딘; 및 2'-O-메틸유리딘이 포함된다.

일부 구현예에서, 뉴클레오시드는 6'-위치에서 (R) 또는 (S)-키랄성을 갖는 6'-개질 비시클릭 뉴클레오시드 유사체를 포함하고, US 특허 번호 7,399,845 에 기재된 유사체를 포함한다. 여타 구현예에서, 뉴클레오시드는 5'-위치에서 (R) 또는 (S)-키랄성을 갖는 5'-개질 비시클릭 뉴클레오시드 유사체를 포함하고, US 특허 공개 번호 20070287831 에 기재된 유사체를 포함한다.

일부 구현예에서, 뉴클레오베이스 또는 개질된 뉴클레오베이스는 항체, 항체 분절, 바이오틴, 아비딘, 스트렙타비딘, 수용체 리간드 또는 킬레이트화 부분과 같은 생물분자 결합 부분을 포함한다. 여타 구현예에서, Ba 는 5-브로모우라실, 5-요오도우라실, 또는 2,6-디아미노퓨린이다. 또다른 구현예에서, Ba 는 형광 또는 생물분자 결합 부분을 이용한 치환에 의해 개질된다. 일부 구현예에서, Ba 상의 치환기는 형광 부분이다. 여타 구현예에서, Ba 상의 치환기는 바이오틴 또는 아비딘이다.

뉴클레오티드/뉴클레오시드의 개질된 당.

가장 일반적인 자연 생성 뉴클레오티드는 뉴클레오베이스 아데노신 (A), 시토신 (C), 구아닌 (G) 및 티민 (T) 또는 우라실 (U) 에 연결되어 있는 리보오스 당이다. 뉴클레오티드 내의 포스페이트기 또는 개질된 인 원자 부분이 당 또는 개질된 당의 다양한 위치에 연결될 수 있는 개질된 뉴클레오티드도 또한 고려된다. 비제한적 예시로서, 포스페이트기 또는 개질된 인-원자 부분이 당 또는 개질된 당의 2', 3', 4' 또는 5' 히드록실 부분에 연결될 수 있다. 본원에 기재된 개질된 뉴클레오베이스를 혼입하는 뉴클레오티드는 또한 본원에 개시된 프로세스에 이용될 수 있다. 일부 구현예에서, 비보호 -OH 부분을 포함하는 뉴클레오티드 또는 개질된 뉴클레오티드가 본원에 개시된 프로세스에 사용된다.

반응식 1-4b 에 기재된 리보오스 부분에 추가하여, 여타 개질된 당이 또한 본원에 개시된 핵산에 혼입될 수 있다. 일부 구현예에서, 개질된 당은 하기들 중 하나를 포함하여 2' 위치에서 하나 이상의 치환기를 포함한다: F; CF₃, CN, N₃, NO, NO₂, O-, S-, 또는 N-알킬 ; O-, S-, 또는 N-알케닐; O-, S- 또는 N-알키닐; 또는 O-알킬-0-알킬, O-알킬-N-알킬 또는 N-알킬-O-알킬, 여기서 알킬, 알케닐 및 알키닐은 비치환이거나 또는 치환된 C₁-C₁₀ 알킬 또는 C₂-C₁₀ 알케닐 및 알키닐일 수 있다. 치환기의 예시에는, 이에 제한되지 않으나, O(CH₂)_nOCH₃ 및 O(CH₂)_nNH₂ (식 중, n 은 1 내지 약 10 임), MOE, DMAOE, DMAEOE 이 포함된다. 본원에서는 또한 하기 문헌에 기재된 개질된 당이 고려된다: WO 2001/088198; and Martin et al, Helv. Chim. Acta, 1995, 78, 486-504. 일부 구현예에서, 개질된 당은 치환된 실릴기, RNA 절단 기, 리포터 기, 형광 표지, 인터킬레이터, 핵산의 약동학적 특성을 개선하기 위한 기, 또는 핵산의 약력학적 특성을 개선하기 위한 기, 및 유사한 특성을 가진 여타 치환기를 포함한다. 개질은 3'-말단 뉴클레오티드 상의 당의 3' 위치 또는 5'-말단 뉴클레오티드의 5' 위치를 포함하는, 당 또는 개질된 당의 에서 2', 3', 4', 5' 또는 6' 위치에 있을 수 있다.

개질된 당은 또한 펜토푸라노실 당 대신에 시클로부틸 또는 시클로펜틸 부분과 같은 당 모방체를 포함한다. 그러한 개질된 당 구조체의 제조를 교시하는 대표적인 미국 특허는 이에 제한되지 않으나, 하기를 포함한다: US 특허 번호: 4,981,957; 5,118,800; 5,319,080; 및 5,359,044. 고려되는 일부 개질 당에는 하기가 포함된다:

개질된 당의 여타 비제한적 예시는 글리세롤을 포함하는데, 이는 글리세롤 핵산 (GNA) 유사체를 형성한다. GNA 유사체의 한 예시는, 하기 제시되고, 문헌 [Zhang, R et al, J. Am. Chem. Soc, 2008, 130, 5846-5847; Zhang L, et al, J. Am. Chem. Soc, 2005, 127, 4174-4175 and Tsai CH et al, PNAS, 2007, 14598-14603] 에 기재된 것이다:

식 중, X 는 본원에 정의된 바와 같음. GNA 유도성 유사체의 또다른 예시인, 포르밀 글리세롤의 혼합된 아세탈 아미날 기재의 유연성 핵산 (FNA) 은 문헌 [Joyce GF et al, PNAS, 1987, 84, 4398-4402 and Heuberger BD and Switzer C, J. Am. Chem. Soc, 2008, 130, 412-413] 에 기재되어 있고, 하기에 제시된다:

개질된 당의 여타 비제한적 예시에는 헥소피라노실 (6' 에서 4'), 펜토피라노실 (4' 에서 2'), 펜토피라노실 (4' 에서 3'), 또는 테트로푸라노실 (3' 에서 2') 당이 포함된다.

고려되는 헥소피라노실 (6' 에서 4') 당은 하기를 포함한다:

고려되는 펜토피라노실 (4' 에서 2') 당은 하기를 포함한다:

고려되는 펜토피라노실 (4' 에서 3') 당은 하기를 포함한다:

고려되는 테트로푸라노실 (3' 에서 2') 당은 하기를 포함한다:

고려되는 여타 개질된 당은 하기를 포함한다:

추가 고려되는 것은 X 가 S, Se, CH₂, N-Me, N-Et 또는 N-iPr 로부터 선택되는 하기 도시된 당 모방체이다.

개질된 당 및 당 모방체는, 이에 제한되지 않으나, 하기 문헌을 포함하는 당업계에 공지된 방법으로 제조될 수 있다: A. Eschenmoser, Science (1999), 284:2118; M. Bohringer et al, Helv. Chim. Acta (1992), 75: 1416-1477; M. Egli et al, J. Am. Chem. Soc. (2006), 128(33): 10847-56; A. Eschenmoser in Chemical Synthesis: Gnosis to Prognosis, C. Chatgilialoglu and V. Sniekus, Ed., (Kluwer Academic, Netherlands, 1996), p.293; K. -U. Schoning et al, Science (2000), 290: 1347-1351; A. Eschenmoser et al, Helv. Chim. Acta (1992), 75:218; J. Hunziker et al, Helv. Chim. Acta (1993), 76:259; G. Otting et al, Helv. Chim. Acta (1993), 76:2701; K. Groebke et al, Helv. Chim. Acta (1998), 81 :375; and A. Eschenmoser, Science (1999), 284:2118.

차단기

기재된 반응에서, 특정 구현예에서는 반응에서 원치않는 해당 기들의 참여를 회피하기 위해 반응성 관능기, 예를 들어 히드록시, 아미노, 티올 또는 카르복시기를 보호하는 것이 필요한며, 이것이 최종 생성물에 바람직하다. 보호기는 일부 또는 전부 반응성 부분을 차단하고, 상기 기들은 보호기가 제거될 때까지 화학 반응에 참여하는 것을 방지하기 위해 사용된다. 한 구현예에서, 각 보호기는 상이한 수단에 의해 제거된다. 완전히 상이한 반응 조건 하에서 절단되는 보호기는 차별적 제거의 필요조건을 만족시킨다. 일부 구현예에서, 보호기는 산, 염기 및/또는 가수분해에 의해 제거된다. 트리틸, 디메톡시트리틸, 아세탈 및 t-부틸디메틸실릴과 같은 기들은 산과 화학변화를 일으키기 쉽고, Cbz 기로 보호되어, 염기와 화학변화를 일으키기 쉬운 Fmoc 기 및/또는 가수분해에 의해 제거될 수 있는 아미노기의 존재 하에 카르복시 및 히드록시 반응성 부분을 보호하기 위해 사용된다. 여타 구현예에서, 카르복실산 및 히드록시 반응성 부분은 산과 화학 변화를 일으키기 쉬운 염기, 예컨대 t-부틸카르바메이트 또는 산 및 염기 모두에 대해 안정하나 가수분해로 제거가능한 카르바메이트로 차단된 아민 존재 하에, 염기와 화학 변화를 일으키기 쉬운 기, 예컨대, 이에 제한되지 않으나 메틸, 에틸 및 아세틸이다.

또다른 구현예에서, 히드록시 반응성 부분은 가수분해로 제거가능한 보호기, 예컨대 벤질기로 차단되는 반면, 산과 수소 결합할 수 있는 아민 기는 Fmoc 과 같은 염과 화학 변화를 일으키기 쉬운 염기로 차단된다. 또다른 구현예에서, 카르복실산 반응성 기는 단순한 에스테르 화합물로의 변환에 의해 보호되거나, 또는 이들은, 또다른 구현예에어, 산화되어 제거가능한 보호기, 예컨대 2,4-디메톡시벤질로 차단되는 반면, 공존하는 아미노기는 불소와 화학 변화를 일으키기 쉬운 실릴 또는 카르바메이트 차단기로 차단된다.

알릴 차단기는, 안정하고, 후속하여 금속 또는 파이-애시드 (pi-acid) 촉매에 의해 제거될 수 있기 때문에 산- 및 염기-보호기의 존재 하에 유용하다. 예를 들어, 알릴-차단된 히드록시기는 Pd(O)-촉매화 반응을 이용해 산과 화학 변화를 일으키기 쉬운 t-부틸카르바메이트 또는 염기와 화학 변화를 일으키기 쉬운 아세테이트 아민 보호기의 존재 하에 탈보호될 수 있다. 보호기의 또다른 형태는 화합물 또는 중간체가 결합되어 있는 수지이다. 잔기가 수지에 결합되어 있는 한, 관능기는 차단되어 반응할 수 없다. 수지로부터 일단 방출되면, 관능기는 반응하는 것이 가능하다.

본원에 기재된 화합물의 합성에 유용한 전형적 차단/보호기는, 오직 예시로서, 하기에 제시된다:

합성 동안 뉴클레오티드를 보호하기 위해 유용한 대표적인 보호기는, 염기와 화학 변화를 일으키기 쉬운 보호기를 포함한다. 염기와 화학 변화를 일으키기 쉬운 보호기는 헤테로시클릭 뉴클레오베이스의 엑소시클릭 아미노기의 보호에 이용된다. 그러한 유형의 보호는 일반적으로 아실화에 의해 달성된다. 그러한 목적을 위해 일반적으로 사용되는 세가지 아실화기는 벤조일 클로라이드, 페녹시아세트산 무수물 및 이소부티릴 클로라이드이다. 이들 보호기는 핵산 합성 동안 사용되는 반응 조건에 대해서는 안정하고, 합성 종결시 염기 처리 동안에는 대략적으로 동등한 속도로 절단된다.

일부 구현예에서, 5'-보호기는 트리틸, 모노메톡시 트리틸, 디메톡시트리틸, 트리메톡시트리틸, 2-클로로트리틸, DATE, TBTr, 9-페닐잔틴-9-일 (픽실) 또는 9-(p-메톡시페닐)잔틴-9-일 (MOX) 이다.

일부 구현예에서, 티올 부분은 화학식 1, 2, 4 또는 5 의 화합물에 혼입되어 보호된다. 일부 구현예에서, 보호기에는, 이에 제한되지 않으나, 픽실, 트리틸, 벤질, p-메톡시벤질 (PMB) 또는 tert-부틸 (t-Bu) 이 포함된다.

보호기의 창출 및 그의 제거에 적용가능한 기법의 상세한 설명에 더하여 여타 보호기가 하기 문헌에 기재되어 있고: Greene and Wuts, Protective Groups in Organic Synthesis, 3rd Ed., John Wiley & Sons, New York, NY, 1999, and Kocienski, Protective Groups, Thieme Verlag, New York, NY, 1994, 이들은 그 개시 내용에 대해 참고문헌으로 본원에 포함된다.

키랄 X- 포스포네이트 부분을 포함하는 핵산 프로드러그의 사용 방법

본 발명의 방법으로 수득되는 키랄 인 또는 포스포로티오에이트 부분을 포함하는 입체적으로 정해진 올리고뉴클레오티드 프로드러그는, 안정성, 정해진 키랄성 및 합성 용이성의 조합으로 인해 수많은 적용 분야에서 유용하다. 광범위하게는 상기 방법으로 합성되는 화합물은 치료제, 진단 프로브 및 시약, 여타 올리고뉴클레오티드 새성물의 제조를 위한 합성 툴 (tool), 및 다양한 신규한 재료 및 전산 적용에 적합한 나노구조 재료로서 유용하다.

본 발명의 입체적으로 정해진 올리고뉴클레오티드 프로드러그는 천연 DNA/RNA 등가물, 및 특히 포스포로티오에이트 클래스의 입체적으로 정해진 올리고뉴클레오티드 프로드러그의 것을 능가하는 개선된 혈청 안정성을 갖고 있다. 추가로, SP 이성질체는 RP 이성질체보다 더욱 안정하다. 일부 구현예에서, 혈청 안정성 수준은, 분해에 대해 저항성이 되도록 모든 SP 중심 또는 선택된 위치에서의 SP 중심을 도입함으로써 조절된다. 여타 구현예에서, 선택가능한 RP 및/또는 SP 입체중심의 도입은 내재성 또는 외인성 표적과 회합된 특이적 염기쌍을 제공하여, 표적을 대사로부터 보호하거나 또는 특별한 생물학적 반응을 촉진할 수 있다.

RNase H 활성화는 또한, 천연 DNA/RNA 이 RP 입체이성질체에 비해 더욱 영향받기 쉽고, 이에 따라 해당하는 S_P 이성질체보다 더욱 영향받기 쉬워, 입체제어된 포스포로티오에이트 핵산 유사체의 존재 하에 조절된다.

RNA 에 대한 개선된 이중구조 안정성이, 상응하는 SP 올리고뉴클레오티드보다 더욱 큰 이중구조 안정성을 가져, 결국 천연 DNA/RNA 의 것보다 더 높은 안정성이 증명되는 RP 포스포로티오에이트 올리고뉴클레오티드에서 나타난다. DNA 에 대한 개선된 이중구조 안정성은, 천연 DNA/RNA 보다도 더 큰 안정성을 가진 RP 보다도 더 큰 이중구조 안정성을 가진 SP 에서 나타난다 (P. Guga, Curr. Top Med. Chem., 2007, 7, 695-713).

상기 분자들은 수많은 특별한 적용에서 치료제로서 유용할 수 있다. 이들은 표준 DNA/RNA 뉴클레오시드를 또한 포함하는 올리고뉴클레오티드로 혼입될 수 있거나, 또는 이들은 본 발명의 입체제어 올리고뉴클레오티드의 완전한 서열로서 합성될 수 있다. 치료제의 일부 카테고리는, 이에 제한되지 않으나, 안티센스 올리고뉴클레오티드, 표적되는 서열과 삼중 나선을 형성하여 원치않는 유전자의 전사를 억제하고 단백질 발현 및/또는 활성을 조절하는 항원 올리고뉴클레오티드, 유인용 올리고뉴클레오티드, DNA 백신, 앱타머, 리보자임, 데옥시리보자임 (DNAzymes 또는 DNA 효소), siRNA, microRNA, ncRNA (비-코딩 RNA), 및 P-개질된 프로드러그를 포함한다. 조절은 단백질의 활성의 간접적 또는 직접적 증가 또는 감소, 또는 단백질 발현의 억제 또는 촉진을 포함한다. 이들 핵산 화합물은 세포 증식, 바이러스 복제 또는 임의의 여타 세포 신호전달 프로세스를 제어하기 위해 사용될 수 있다.

한 예시에서, siRNA 치료법의 분야는 천연 뉴클레오시드로 이루어진 siRNA 와 함께 나타나는 것에 대한 작용 기간 개선을 위해 RNse 활성애 대한 증가된 안정성을 제공할 수 있는 올리고뉴클레오티드 종들을 필요로 한다. 추가적으로, A-형 나선 형성은 올리고뉴클레오시타에 대한 특이적인 천연 구성원들이 존재하는 것에 비해 RNAi 진입시 더 많은 성공의 표식을 나타낸다. 그러한 필요조건 두가지를 전부 본 발명의 입체제어 올리고뉴클레오티드의 이용에 의해 수득할 수 있어, 증강된 안정성을 제공할 것이다 (Y-L Chiu, T.M. Rana RNA, 2003, 9,1034-1048).

치료 방법

본원에 기재된 핵산은 항바이러스체로서의 용도를 포함하여 다양한 질환 상태에 대한 치료제로서 유용하다. 핵산은 DNA 및/또는 RNA 활성의 변경을 통해 질환 치료를 위한 약제로서 사용될 수 있다. 일부 구현예에서, 핵산은 특이적 유전자 발현 억제에 사용될 수 있다. 예를 들어, 핵산은 특이적 표적 메신저 RNA (mRNA) 서열에 상보적일 수 있다. 이들은 수많은 바이러스의 바이러스 복제를 억제하기 위해 사용될 수 있다. 예시 바이러스 패밀리에는 오르토믹소바이러스 (orthomyxoviruses), 폭스 바이러스 (pox viruses), 헤르페스 바이러스 (herpes viruses), 파필로마 바이러스 (papilloma viruses), 피코르나바이러스 (picornaviruses), 플라비바이러스 (flaviviruses), 레트로바이러스 (retroviruses), 간염 바이러스, 파라믹소바이러스 (paramyxoviruses), 레오바이러스 (reoviruses), 파르보바이러스 (parvoviruses), 필로바이러스 (filoviruses), 코로나바이러스 (coronaviruses), 아레나바이러스 (arenaviruses), 랍도바이러스 (rhabdoviruses) 및 아데노바이러스 (adenoviruses) 가 포함된다. 추가적인 바이러스 패밀리가 공지되어 있고, 본원에서 또한 고려된다. 여타 예시는 HIV RNA 또는 여타 레트로바이러스 RNA 에 대한, 또는 단백질을 인코딩하는 HIV mRNA 에 대한 혼성화를 위한, 또는 HIV mRNA 의 TAR 영역에 대한 안티센스 화합물로서의 용도를 포함한다. 일부 구현예에서, 핵산은 HIV mRNA 의 TAR 영역의 2 차 구조를 모방하고, 그리함으로써 tat 단백질에 결합한다. 한 구현예에서, 핵산은 세포를 화학식 1 의 화합물과 접촉시켜 표적 단백질의 발현을 억제하기 위해 사용되는데, 여기서 세포 내 여타 단백질의 발현은 억제되지 않거나 또는 최소한으로 억제된다. 일부 구현예에서, 표적 단백질 억제는 포유류 생체 내에서 일어난다. 여타 구현예에서, 치료 유효량의 화학식 1 의 화합물은 표적 단백질의 발현 억제를 위해 투여된다.

발현이 조절될 수 있는 단백질의 여타 예시들은 Jun N-말단 키아나제 (JNK) 단백질, 디아실글리세롤 아실트랜스퍼라아제 I, 아포리포단백질 B, 글루카곤 수용체, Aurora B, 아실 CoA 콜레스테롤 아실트랜스퍼라아제-2, c-반응성 단백질, STAT (신호 변환기 및 전사 활성화제) 패밀리의 단백질, 및 MDR P-당단백질을 포함한다. 핵산은 단백질 포스파타아제 IB (PTPlB) 발현, RNA-에 좌우되는 RNA 바이러스 폴리머라아제를 억제하기 위해 사용될 수 있다. 핵산은 암 세포에서의 아폽토시스와 같은 이벤트를 유도하기 위해 또는 세포를 아폽토시스에 더욱 민감하도록 만들기 위해 사용될 수 있다. 핵산은 단백질의 활성 조절에 이용될 수 있다. 예를 들어, 핵산은 RNase H 활성 표적화 다중약물 내성 (MDR) RNA 분자 조절을 도울 수 있다.

또다른 국면에서, 본 발명은 치료가 필요한 대상체 (예를 들어, 포유류, 예컨대 인간) 에서의 원하지 않는 유전자 발현에 의해 매개되는 질환 치료 방법을 제공한다. "질환" 이란, 질환 또는 질환 병후를 의미한다. 상기 방법은 대상체에게 유효량의 본 발명의 비-라세미 프로-올리고뉴클레오티드를 투여하는 것을 포함한다.

바람직하지 않은 유전자 발현에 의해 매개되는 질환의 예시는, 암 (예를 들어, 백혈병, 종양, 및 전이), 알러지, 천식, 비만, 염증 (예를 들어, 염증성 질환, 예컨대 염증성 기도 질환), 고콜레스테롤혈증, 혈액 장애, 중증 급성 호흡 증후군 (SARS), 폐색성 기도 질환, 천식, 자가면역 질환, 레트로바이러스 질환, 예컨대 AIDS 또는 HIV, 여타 바이러스 감염, 자궁내 감염, 대사 질환, 감염 (예를 들어, 박테리아, 바이러스, 효모, 진균), CNS 질환, 뇌 종양, 퇴행성 신경 질환, 심혈관 질환 및 혈관형성과 연관된 질환, 신생혈관형성, 및 혈관형성.

예시 구현예에서, 화합물들은 췌장암을 포함하는 암, 및 비정상적 세포 증식을 수반하는 여타 질환 또는 장애 치료에 유용하다.

상복부 (복막내) 에 위치하는 췌장은 소화 및 내분비 시스템의 이중-기능 분비 기관이다. 특정한 경우, 췌장은 내분비 분비기관으로서 기능한다 (예를 들어, 여러가지 중요한 호르몬 생산). 특정한 경우, 췌장은 외분비 분비 기관으로 기능한다 (예를 들어, 소장을 지나가는 소화 효소를 포함하는 액체 분비).

췌장암은 모든 암-관련 사망의 6% 를 차지하는, 미국에서 암 사망의 (폐, 대장 및 유방에 이어) 가장 흔한 원인으로 꼽히고 있다. 2008 년에는, 37,680 명으로 추산되는 신규한 췌장암 케이스가 미국에서 진단되었고, 34,290 명은 사망했다. 질환의 발병은 50 세 이후 선형적으로 증가하고, 유일한 확실한 위험 요인은 흡연이다 (흡연자는 비흡연자에 비해 4 배 더 질환이 발생하기 쉽다). 침습성 췌장암은 대부분 언제나 치명적이다. 모든 환자의 총체적인 중간값 생존 시간은 4 내지 6 개월이다. 약 1 년 생존은 24% 이고; 전체적인 5 년 생존율은 5% 미만이다.

췌장암은 그의 초기에는 증상이 없고, 종종 수개월간 진단되지 않는다 (환자의 3 분의 1 미만이 병후 발병 2 개월 내에 진단됨). 특정한 경우, 지연되는 진단은 암세포의 간 또는 림프절로의 (부분적이든 또는 전체적이든) 전이를 결과로서 제공한다.

현재로서는, 외과수술 (췌장의 절제술) 이 췌장암의 1 차적이며 유일한 치료 요법이다. 그러나, 오직 15 내지 25% 의 종양만이 진단시 절제가능하고, 수술받은 환자의 오직 10 내지 20% 만이 2 년 넘게 생존한다. 일반 종양 침입이 발생하고 여타 조직이 영향을 받게 되면, 수술은 더이상 불가능하다.

특정한 경우, 당뇨병 또는 췌장염은 개인으로 하여금 많은 췌장 세포의 증식성 장애를 발생시키도록 한다. 특정한 경우, 개인들은 유전성 비용종증 대장암 (HNPCC) 및 가족성 선종성 용종증 (FAP) 으로 이루어진 군으로부터 선택되는 유전성 증후군으로 인해 많은 췌장 세포의 증식성 장애 발생의 증가 위험에 처하게 된다. 특정한 경우, 개인들은 MSH2, MSH6, MLH1 및 APC 로 이루어진 군으로부터 선택되는 유전자에서의 돌연변이로 인해 많은 췌장 세포의 증식성 장애 발생의 증가된 위험에 처하게 된다.

이상적으로는, 췌장암의 유효한 치료는 (i) 최초에 그리고 후속적으로 원발성 종양 덩어리를 제어하고, (ii) 전이성 종양 세포를 치료하는 것이어야 한다. 화학예방 (약물, 생물 물질, 영양물질 등과 같은 약제의 투여) 은 발암 진행을 늦추거나, 역전시키거나 또는 억제함으로써 침습성 또는 임상적으로 유의한 질환 발생 위험을 낮춘다.

특정 구현예에서, 췌장암의 치료 방법이 본원에 개시된다. 본원에 사용된 바와 같이, "췌장암" 은 췌장의 암의 형태들을 포함한다. 일부 구현예에서, 췌장암은 전이성 췌장암. 일부 구현예에서, 췌장암은 암종, 육종, 암 또는 이들의 조합이다. 일부 구현예에서, 치료될 췌장암에는 산발성 및 유전성 췌장암이 포함된다. 일부 구현예에서, 췌장암은 관세포암종, 선방 세포암, 유두상 점액 암종, 인환 암, 혼합 암종, 미분화암, 점액 암종, 거대 세포 암, 소세포암, 낭종암, 장액 낭종암, 점액 낭종암, 분류되지 않은 췌장암, 췌장아세포종, 또는 이들의 조합이다.

일부 구현예에서, 췌장암 치료가 필요한 개인은 췌장의 국소화된 종양을 나타낸다. 일부 구현예에서, 췌장암 치료가 필요한 개인은 음성 국소 림프절 생검을 나타낸다. 일부 구현예에서, 췌장암 치료가 필요한 개인은 양성 국소 림프절 생검을 나타낸다. 일부 구현예에서, 췌장암 치료가 필요한 개인은 림프절 음성 췌장 종양 (림프절-음성) 을 나타낸다. 일부 구현예에서, 췌장암 치료가 필요한 개인은 림프절 양성 종양 (예를 들어, 림프절-양성) 을 나타낸다.

일부 구현예에서, 췌장암 치료가 필요한 개인에서의 췌장암은 신체의 다른 위치로 전이된 것이다. 일부 구현예에서, 췌장암은 림프절, 위장, 담도, 간, 뼈, 난소, 복막 및 뇌로 이루어진 군으로부터 선택되는 위치로 전이된 것이다.

일부 구현예에서, 암 세포 또는 전암 세포는 조직 시료 (예를 들어, 생검 시료) 의 세포학적 유형분류 또는 등급화에 의해 식별된다. 일부 구현예에서, 암 세포 또는 전암 세포는 적당한 분자 마커의 이용을 통해 식별된다.

일부 구현예에서, 췌장암 치료가 필요한 개인에서의 췌장암은 American Joint Committee on Cancer (AJCC) TNM 분류 시스템에 따라 등급분류되는데, 여기서 종양 (T) 은 스테이지 Tx, T1, T2, T3, T4 로 정해지고; 국소 림프절 (N) 은 스테이지 NX, NO, N1 로 정해지고; 원거리 전이 (M) 는 스테이지 MX, MO, 또는 M1 로 정해진다. 일부 구현예에서, 췌장암 치료가 필요한 개인에서의 췌장암은 스테이지 0, I, IA, IB, II, HA, HB, III 및 IV 췌장암으로서 등급이 정해진다. 일부 구현예에서, 췌장암 치료가 필요한 개인에서의 췌장암은 등급 GX (예를 들어, 등급 평가 불가), 등급 1, 등급 2, 등급 3 또는 등급 4 로 등급이 정해진다.

본 발명의 화합물을 이용해 치료되는 더 구체적인 암의 예시에는, 유방암, 폐암, 흑색종, 대장암, 방광암, 난소암, 전립선암, 신장암, 편평상피세포암, 신경교종, 카포시 육종, 다발성 골수종 및 백혈병이 포함된다.

암의 평가 및 치료

용어 "종양 세포 항원" 은 본원에서 무관한 종양 세포, 정상 세포 또는 정상적인 체액에 비해 종양 세포 또는 체액에서 더 높은 양으로 존재하는 항원으로 정의된다. 항원 존재성은, 이에 제한되지 않지만, 항체를 이용한 음성 및/또는 양성 선별, 예컨대 ELISA 검정, 방사면역검정 또는 웨스턴 블롯을 포함하는 당업자에게 공지된 임의의 갯수의 검정에 의해 시험될 수 있다.

"아폽토시스 유도제" 는 본원에서 아폽토시스/프로그램된 세포 사멸을 유도하는 것으로 정의되고, 예를 들어 항암제, 및 세포 (예를 들어, 종양 세포) 가 프로그램된 세포 사멸로 유도되는 치료를 포함한다. 예시 아폽토시스 유도제는 하기에 더욱 상세히 기재된다.

용어 "아폽토시스" 또는 "프로그램된 세포 사멸" 은, 원하지 않거나 또는 그렇지 않으면 세포가 발생 및 여타 정상적 생물학적 프로세스 도중 제거되는 생리하적 프로세스를 지칭한다. 아폽토시스는 정상적인 생리학적 조건 하에 일어나는 세포 사멸의 방식이며, 세포는 그 자신의 종말 ("세포 자살") 에 능동적으로 참여한다. 정상 세포 턴오버 (normal cell turnover) 및 조직 균형유지, 배아형성, 면역 내성의 유도 및 유지, 신경계의 발생 및 내분비-의존적 조직 위축 동안에는 대부분 발견된다. 아폽토시스 중인 세포는 특징적인 형태적 생화학적 특색을 나타낸다. 상기 특색에는 염색질 응집, 핵 및 세포질 응축, 세포질 및 핵의 막 결합 액포 (아폽토시스체) 로의 분할이 포함되는데, 상기 액포는 리보좀, 형태적으로 온전한 미토콘트리아 및 핵 물질을 포함한다. 생체내에서, 이들 아폽토시스체는 신속하게 인지되며, 마크로파지, 수상 세포 또는 근접 상피 세포에 의해 포식된다. 생체내에서의 아폽토시스 세포의 제거를 위한 그러한 효율적 메커니즘으로 인해, 염증 반응이 일어나지 않는다. 시험관 내에서는, 아폽토시스체 및 남아 있는 세포 절편들은 궁극적으로 팽창하고, 최종적으로는 분해된다. 그러한 시험관내 세포 사멸의 말기는 "2 차적 괴사" 로 지칭된다. 아폽토시스는 DNA 절편화, Annexin V 의 노출, 캐스파아제의 활성화, 싸이토크롬 c 의 방출 등과 같은 당업계에 공지된 방법으로 측정될 수 있다. 사멸하도록 유도된 세포는 본원에서 "아폽토시스성 세포" 로 지칭된다.

아폽토시스는 또한 표준 Annexin V 아폽토시스 검정을 이용해 시험될 수 있다: NIH:0VCAR-3 세포를 6-웰 플레이트 (NUNC) 에서 배양하고, 방사선을 조사하거나 또는 안타고니스트 (또는 또다른 항암 약물과 병용하여) 를 4 내지 48 시간 동안 처리하고, 세척하고, Annexin V-FITC (BD-Pharmingen) 로 1 시간 동안 염색한다. 세포를 유세포분석기 (Becton-Dickinson, CellQuest) 로 분석하고, Propidium Iodide 를 이용해 카운터염색하고, 다시 유세포분석기로 분석한다.

환자들은 치료 요법 이전, 도중 및 이후를 포함하는 하나 이상의 다중적 시점에 병후 관련하여 평가될 수 있다. 치료는 대상체의 병태 개선을 결과로서 제공할 수 있고, 하나 이상의 하기 인자가 나타났는지 여부를 결정하여 평가될 수 있다: 감소된 종양 크기, 감소된 세포 증식, 감소된 세포 수, 감소된 신생혈관형성, 증가된 아폽토시스 또는 종양 세포 일부분 이상의 감소된 생존. 이들 중 하나 이상이 발생하면, 일부의 경우, 암의 부분적 또는 전체적 제거 및 환자의 수명 연장을 결과로서 제공할 수 있다. 대안적으로, 말기 암에 대해서는, 치료는 질환의 정체, 더 나은 삶의 질 및/또는 생존 연장을 결과로서 제공할 수 있다.

세포 이동 검정 방법

세포 이동에 대한 검정은 예를 들어, 문헌[Brooks, et al., J. Clin. Invest 1997, 99: 1390-1398] 에 기재된 바 있고, 세포 이동의 측정 방법은 당업자에게 공지되어 있다. 본원에 기재된 세포 이동 측정을 위한 한가지 방법에서는, 트랜스웰 이동 챔버 유래의 멤브레인을 기질로 코팅하고, 트랜스웰을 세척하고, 비특이적 결합 부위를 BSA 로 차단한다. 서브-컨플루언트 (sub-confluent) 배양 유래의 종양 세포를 수합하고, 세척하고, 검정 항체의 존재 또는 부재 하에 이동 완충액에 재현탁시킨다. 종양 세포가 코팅된 트랜스웰 멤브레인의 아래로 이동하도록 한 후, 멤브레인의 상부측에 남아있는 세포들을 제거하고, 하단측으로 이동하는 세포들을 크리스탈 바이올렛으로 염색한다. 이어서, 세포 이동을 현미경 시야에서 직접적인 세포 계수에 의해 정량한다.

종양 성장 검정 방법

종양 성장은 당업자에게 공지된 방법, 예를 들어, SCID 마우스 모델, 누드 마우스 모델 및 동계 종양이 있는 BALB/c 마우스에 의해 평가될 수 있다. 종양 성장에 대한 SCID 마우스 모델은 다음과 같이 수행된다: 서브컨플루언트 인간 M21 흑색종 세포 (또는 임의의 원하는 종양 세포 유형) 을 수합하고, 세척하고, 멸균 PBS 에 재현탁시킨다 (20 x 10⁶/ mL). SCID 마우스에 100 μL 의 M21 인간 흑색종 세포 (2 x 10⁶) 현탁액을 이용해 피하 투여한다. 종양 세포 주입 3 일 후, 마우스를 미처리하거나, 또는 원하는 투여량 범위 내의 안타고니스트로 복강내 처리한다. 마우스는 24 일간 매일 처리한다. 종양 크기를 캘리퍼로 측정하고, 하기 식을 이용해 부피를 예측한다: V = (L x W2)/2, 식 중, V 는 부피이고, L 은 기이이고, W 는 너비임.

대안적으로, 누드 마우스 모델인 SCID 마우스 모델 및/또는 BALB/c 동계 마우스 모델은 또한, 본원에 기재된 인간화된 항-엔도글린 항체 또는 항원-결합 절편에 의해 종양 성장 및 그의 억제 평가에 이용할 수 있다.

세포 증식 검정 방법

세포 증식은 당업자에게 공지된 방법으로 검정될 수 있다. 본원에 기재된 바와 같이, 서브컨플루언트 인간 내피 세포 (HUVEC) 는 저농도 (5.0%) 혈청을 포함하는 증식 완충액 중에 ECV 또는 ECVL 세포 유래의 CM (25 μL) 의 존재 또는 부재 하에 재현탁될 수 있고, 내피 세포는 24 시간 동안 증식시킨다. 증식은 시판하여 이용가능한 WST-I 검정 키트 (Chemicon) 를 이용해 미토콘트리아 탈수소효소 활성을 측정함으로써 정량될 수 있다. 또한, 본원에 기재된 바와 같이 증식은 표준 방법을 이용해 ³H 혼입을 측정함으로써 정량될 수 있다. (She et al., Int. J. Cancer, 108: 251-257 (2004)).

세포 증식을 평가하는 여타 방법들이 당업계에 공지되어 있고, 본원에서 고려된다. 추가로, 비제한적 예시는 실시예에 더욱 상세하게 기재되어 있다

본원에 기재된 분류 및 등급분류는 본원에 기재된 암 치료를 평가하기 위한 한가지 수단을 대표한다는 것을 이해할 것이며; 추가적으로 여타 등급분류 방법이 당업계에 공지되어 있고, 본원에 기재된 방법과 연계하여 사용될 수 있다는 것도 이해할 것이다. 오직 예시의 수단으로, 악성 종양의 TNM 분류가 환자 신체에서의 암의 진행 정도를 기술하기 위한 암 등급분류 시스템으로서 이용될 수 있다. T 는 종양 크기 및 그것이 조직에 가깝게 침습성으로 되었는지 여부를 기술하며, N 은 관여된 국소 림프절을 기술하며, M 은 원거리 전이를 기술한다. TNM 은 International Union Against Cancer (UICC) 에 의해 유지되며, American Joint Committee on Cancer (AJCC) 및 International Federation of Gynecology and Obstetrics (FIGO) 에 의해 이용된다. 예를 들어 뇌 종양과 같이, 모든 종양이 TNM 등급분류를 갖는 것은 아니라는 점을 이해할 것이다. 일반적으로, T (a,is,(0), 1-4) 는 원발성 종양의 크기 또는 직접적인 범위로 측정된다. N (0-3) 은 국소 림프절에 퍼진 정도를 지칭한다: NO 는 종양 세포가 국소 림프절에 부재함을 의미하고, N1 은 종양 세포가 국소 림프절에 아주 근접하거나 또는 일부 소수에 퍼져갔다는 것을 의미하고, N2 는 종양 세포가 N1 및 N3 사이 정도로 퍼져갔음을 의미하고; N3 는 종양 세포가 가장 먼 원거리에 있는 또는 수많은 국소 림프절에 퍼져갔음을 의미한다. M (0/1) 은 전이의 존재여부를 지칭한다: MO 은 원거리 전이가 존재하지 않음을 의미한다; M1 은 (국소 림프절 이상의) 원거리 장기에 전이가 발생했음을 의미한다. 여타 파라미터가 또한 평가될 수 있다. G (1-4) 는 암 세포의 등급을 지칭한다 (예를 들어, 이들이 정상 세포와 유사하게 나타나면 낮은 등급이고, 열악하게 분화된 것으로 나타나면 높은 등급이다). R (0/1/2) 은 취급의 완전성을 지칭한다 (예를 들어, 암 세포의 절제 경계가 자유로움 또는 그렇지 않음). L (0/1) 은 림프관으로의 침습성을 지칭한다. V (0/1) 는 혈관으로의 침습성을 지칭한다. C (1-4) 는 V 의 확실성 (특질) 의 변경자 (modifier) 를 지칭한다.

본원에서는 암 세포를 분해, 성장 억제 또는 사멸시키기에 유효한 양으로 본원에 기재된 화합물을 세포에 접촉시키는 것을 포함하는, 암 세포의 분해, 성장 억제 또는 사멸화 방법을 제공한다.

본원에서는 종양 크기 증가 억제, 종양 크기 감소, 종양 증식 감소 또는 종양 증식 방지를 위해 유효량의 본원에 기재된 화합물을 개인에게 투여하는 것을 포함하는 개인에서의 종양 크기 증가 억제, 종양 크기 감소, 종양 증식 감소 또는 종양 증식 방지 방법이 제공된다. 일부의 경우 종양의 치료는 병후의 정체를 포함하는데, 즉 환자를 치료함으로써 암이 악화되지 않고 환자의 생존이 연장된다.

환자는 치료 요법 이전, 도중 및 이후를 포함하는 하나 이상의 다중적 시점에 병후와 관련되어 평가될 수 있다. 치료는 대상체 병태의 개선을 결과로서 제공할 수 있고, 하나 이상의 하기 이벤트가 일어났는지 여부를 결정함으로써 평가될 수 있다: 감소된 종양 크기, 감소된 종양 세포 증식, 감소된 세포 수, 감소된 신생혈관형성 및/또는 증가된 아폽토시스. 이들 중 하나 이상이 일어난다면, 일부의 경우 암의 부분적 또는 전체적 제거 및 환자의 생존 연장을 결과로서 제공한다. 대안적으로, 말기 암에 대해서는, 치료는 질환의 정체, 더 나은 삶의 질 및/또는 생존 연장을 결과로서 제공할 수 있다. 치료를 평가하는 여타 방법은 당업계에 공지되어 있고, 본원에서 고려된다.

예시 구현예에서, 본 발명의 프로-올리고뉴클레오티드 화합물은 의학적 장애, 예를 들어 암 또는 원하지 않는 세포 클래스의 존재를 특징으로 하는 악성이 아닌 병태를 앓고 있는 포유류 (예를 들어, 인간) 와 같은 대상체에 투여된다.

1 차적인 결과 측정값은 본원에 기재된 방법을 이용하여 치료된 환자에서 평가될 수 있고, 예를 들어 더 이상의 진행없이 생존한 생존자를 포함한다. 한 구현예에서, 더 이상의 진행없이 생존한 생존자의 증분은 치료하지 않은 것에 비해 약 2-배, 5-배, 10-배, 20 배, 50 배 또는 그 이상의 양으로 관찰된다. 또다른 구현예에서, 더 이상의 진행없이 생존한 생존자의 증분은 치료하지 않은 것에 비해 약 3 개월, 약 6 개월, 약 9 개월, 약 12 개월, 약 18 개월, 약 2 년, 약 3 년, 약 4 년, 약 5 년 또는 그 이상이다.

2 차적인 결과 측정값이 또한 평가될 수 있고, 응답 기간, 종양 진행 기간, 전반적인 생존, 심각한 그리고 심각하지 않는 부작용 이벤트를 포함한다. 예를 들어, 치료는 질환의 진행을 방지할 수 있거나 (예를 들어, 정체), 또는 개선을 결과로서 제공할 수 있다. 대안적으로 또는 추가로, 여타 달성 목표는 다음 중 하나 이상에 관한 것으로 측정될 수 있다: 감소되는 종양 부담, 감소되는 신생혈관형성, 감소되는 부작용들, 감소되는 역반응 및/또는 증가되는 환자 합병증.

본 발명의 화합물 또는 조성물에 의한 치료가 치료 또는 예방에 유용한 질환 또는 장애의 또다른 특이적 예시는, 이에 제한되지 않으나, 이식 거부 (예를 들어, 신장, 간, 심장, 폐, 췌도 세포, 췌장, 골수, 망막, 소장, 피부 동종그라프트 또는 이종 그라프트 및 여타 이식체), 그라프트 대 숙주 질환, 골관절염, 류마티스 관절염, 다발성 경화증, 당뇨, 당뇨성 망막병증, 염증성 장 질환 (예를 들어, 크론씨병, 궤양성 대장염 및 여타 장 질환), 신장 질환, 악액질, 패혈증 쇼크, 루푸스, 중증성 근무력증, 건선, 피부염, 습진, 지루증, 알츠하이머병, 파킨슨씨병, 화학치료 동안의 줄기 세포 보호, 자가 또는 타가 골수 이식을 위한 생체외 선별 또는 생체외 제거, 안 질환, 망막증 (예를 들어, 황반 변성, 당뇨병성 망막질환 및 여타 망막증), 각막 질환, 녹내장, 감염 (예를 들어, 박테리아, 바이러스, 또는 진균), 이에 제한되지 않지만 재협착을 포함하는 심장병을 포함한다.

RNAse L 의 활성화

2'-5' 올리고아데닐레이트 (2-5A)/RNase L 경로는 인터페론에 의해 유도되는 효소 경로들 중 하나이다. Rnase L 는 2'-5' 아데닐산의 5'-포스포릴화 절편에 결합 후 활성화된다. 2'-5' 아데닐산 (2-5A) 의 상기 절편들은 2'-5' 올리고(A) 합성효소의 제어 하에 생산된다. 상기 경로는 선천적 면역계의 일부분이고, 바이러스 감염 방지에서 중요한 역할을 한다. 단일-가닥 RNA 의 2-5A-유도성 절단은 아폽토시스를 결과로서 제공한다. 2-5A 의 생물적으로 안정한 포스포로티오에이트 유사ㅔ는 Rnase L 의 강력한 활성화제로 나타난 바 있다 (Xianh et al., Cancer Research (2003), 63:6795-6801). 상기 연구에서, 2-5A 유사체는 Rnase L 활성을 유도했고, 말기 전이성 인간 전립선 암 세포주 DU145, PC3 및 LNCaP 의 배양에서 아폽토시스를 유도했다.

RNase L 의 지속적 활성화는 바이러스-감염 세포 및 암/종양 종양 세포를 제거하는 아폽토시스의 미토콘드리아 경로를 촉발한다. RNase L 는 섬유육종 성장, 전립선암 성장, 대장암 성장 및 췌장암 성장을 억제할 수 있다. 상이한 암에서 RNase L 의 공통된 역할이 주어지므로, 본원에 기재된 본 발명이 임의의 유형의 암의 치료에 이용될 수 있다는 점이 고려된다. Silverman, RH, Cytokine Growth Factor Rev, 18(5-6): 381-388 (2007); Bisbal, C. and Silverman, RH, Biochimie. 89(6-7): 789-798 (2007). 예시로서, RNase L 의 하향조절은, 예시의 건강한 집단에서의 RNase L 의 예정된 수준과 비교했을 때, RNase L 를 인코딩하는 유전자 또는 유전자들의 발현 수준의 임의의 감소, RNase L 를 인코딩하는 유전자 또는 유전자들의 침묵화, RNase L 를 포함하는 단백질의 발현/번역 수준에서의 감소, 세포 내 존재하는 RNase L 의 양 감소, 및/또는 RNase L 의 활성에서의 임의의 감소를 제공한다. 대안적으로, 본원에 기재된 바와 같은 RNase L 수준에서의 임의의 감소는 RNase L 의 하향조절의 표식이 될 수 있다.

한가지 예시 구현예에서, 본원에 기재된 화합물은 하향조절된 RNase L 이 있는 질환 치료에 유용하다. 또다른 구현예에서, 하향조절된 RNase L 와 관련된 질환은 암이다. 추가 구현예에서, 암은 췌장암, 전립선암 또는 대장암이다. 대안적으로, 본원에 기재된 화합물은 상향조절된 RNase L 이 있는 질환 치료에 유용하다. 한가지 예시 구현예에서, 상향조절된 RNase L 이 있는 질환은 만성 피로 증후군ㄴ이다. 상향조절된 RNase L 이 있는 추가저인 질환은 당업계에 공지되어 있고, 본원에서 고려된다.

치료제로서 사용되는 경우, 본원에 기재된 핵산은 약제학적 조성물로서 투여된다. 일부 구현예에서, 약제학적 조성물은 치료 유효량의 화학식 1 의 키랄 X-포스포네이트 부분을 포함하는 핵산, 또는 그의 약제학적으로 허용되는 염, 및 약제학적으로 허용되는 희석제, 약제학적으로 허용되는 부형제 및 약제학적으로 허용되는 담체로부터 선택되는 하나 이상의 약제학적으로 허용되는 불활성 성분을 함유한다. 또다른 구현예에서, 약제학적 조성물은 정맥내 주사, 경구 투여, 협측 투여, 흡입, 비강내 투여, 국소 투여, 안과적 투여 또는 귀로의 투여를 위해 제형화된다. 추가 구현예에서, 약제학적 조성물은 정제, 필, 캡슐, 액체, 흡입제, 비강 스프레이 용액, 좌제, 현탁액, 겔, 콜로이드, 분산액, 현탁액, 액체, 에멀전, 연고, 로션, 아이 드롭 또는 이어 드롭이다.

약제학적 조성물 및 투여

또다른 국면에서, 본 발명은 약제학적으로 허용되는 부형제와 혼합된 비-라세미 프로-올리고뉴클레오티드를 함유하는 약제학적 조성물을 제공한다. 당업자는 약제학적 조성물이 본원에 기재된 비-라세미 프로-올리고뉴클레오티드의 약제학적으로 허용되는 염을 포함한다는 점을 인식할 것이다.

전달을 증강 및 표적화하기 위한 화합물

본원에 기재된 프로-올리고뉴클레오티드는, 올리고뉴클레오티드의 다양한 리간드와의 콘쥬게이션 및 나노담체 접근법을 포함하는 다양한 전달 전략을 이용하여 전달될 수 있다. 본원에 기재된 프로-올리고뉴클레오티드를 사용하기 위해 임의의 핵산 전달 전략이 고려된다. 이에 제한되지 않으나, 화학물 콘쥬게이트, 양이온성 지질/리포좀 이동 액포 및 초분자 나노담체를 포함하는 예시 전달 전략들 사이에서의 선택은 치료 상황에 좌우되고, 최적의 전달 방식을 결정하기 위한 방법은 당업계에 공지되어 있고, 본원에서 더 고려된다.

세포 침투 화합물 (" CPC ")

수많은 화합물들이 핵산과 같은 수송물을 위한 담체로서 작용하고 세포내에서 그리고 생체내 설정 조건에서 핵산의 진입을 촉진하는 것으로 공지되어 있다. 예시 담체는 본원에 참고문헌으로 포함되는 하기 문헌에 기재되어 있다: Dietz et al., Molecular & Cellular Neuroscience, 27(2): 85-131 (2004). Tat 로부터 유도된 원형적 CPC 및 더듬이 전사 조절자는 수많은 신규한 부분들에 의해 합류된다. 예시로서, 펩티드인 CPC 는 아르기닌 및 라이신이 풍부하거나 또는 멤브레인-상호작용 소수성 서열이 풍부한 비교적 짧은 (9 내지 30 개 아미노산) 다가양이온성 펩티드일 수 있다. CPC 는 재조합 DNA 기법에 의해 연결되거나 또는 펩티드, 올리고뉴클레오티드 또는 나노담체에 화학적으로 커플링될 수 있고, 이는 이어서 CPC 를 위한 '수송물' 을 포함한다.

세포 표적화 리간드 (" CTL ")

또다른 전략은, 효율적 내재화가 가능한 세포 표면 수용체에 높은 친화성으로 결합하는 CTL 을 이용한 올리고뉴클레오티드의 전달이다. 잠재적 리간드는, 항체, 파지 디스플레이 라이브러리로부터 유도된 폴리펩티드, 및 소형 유기 분자를 포함한다. 추가적인 세포-표적 리간드는 당업자에게 공지되어 있거나, 또는 개발될 것이고, 본원에 기재된 방법의 이용을 위해 고려될 것이다. 다양한 수용체들이 종종 특별한 세포 유형에서 우선적으로 발현되기 때문에, 이러한 접근법은 올리고뉴클레오티드 시약에 대한 개선된 선택성의 가능성을 제공한다. 예시 수용체 표적은, 이에 제한되지 않으나, 리포단백질 수용체 (예컨대, 간에 있는 것들), 인테그린, 수용체 타이로신 키나아제 및 G-단백질 커플링된 수용체 (GPCR) 수퍼패밀리를 포함한다.

나노담체

다양한 초분자 나노담체들이 핵산 전달에 이용될 수 있다. 예시 나노담체에는, 이에 제한되지 않으나, 리포좀, 양이온성 중합체 착물 및 다양한 중합체가 포함된다.

핵산의 다양한 다가양이온과의 착물화는 세포내 전달을 위한 또다른 접근법이다; 이는 PEG화 다가양이온, 폴리에틸렌아민 (PEI) 착물, 양이온성 차단 공중합체 및 덴드리머의 이용을 포함한다. PEI 및 폴리아미도아민 덴드리머를 포함하는 여러 양이온성 나노담체는 엔도솜으로부터의 내용물 방출을 돕는다. 여타 접근법은 중합체 나노입자, 중합체 미셀, 퀀텀 도트 (quantum dot) 및 리포플렉스의 이용을 포함한다.

추가적인 핵산 전달 전략이 본원에 기재된 예시 전달 전략에 추가하여 공지되어 있다.

치료 및/또는 진단 적용에서, 본 발명의 화합물은, 전신 또는 국소 또는 국재성 투여를 포함하는 다양한 방식의 투여를 위해 제형화될 수 있다. 기법 및 제형물은 일반적으로, 문헌 [Remington, The Science and Practice of Pharmacy, (20th ed. 2000)] 에서 찾을 수 있다.

본 발명에 따른 화합물은 광범위한 투여량 범위 상에서 유효하다. 예를 들어, 성인 인간 치료에서, 매일 0.01 내지 1000 mg, 0.5 내지 100 mg, 1 내지 50 mg, 및 매일 5 내지 100 mg 의 투여량이 사용될 수 있는 투여량의 예시이다. 정확한 투여량은 투여 경로, 화합물이 투여되는 형태, 치료할 대상, 치료할 대상의 체중, 및 담당 의사의 선호도 및 경험에 따라 좌우될 것이다.

약제학적으로 허용되는 염은 일반적으로 당업자에게 공지되어 있고, 이는 제한이 아닌 예시의 일환으로서, 아세테이트, 벤젠술포네이트, 베실레이트, 벤조에이트, 비카르보네이트, 비타르트레이트, 브로마이드, 칼슘 에데테이트, 카른실레이트, 카보네이트, 시트레이트, 에데테이트, 에디실레이트, 에스톨레이트, 에실레이트, 푸마레이트, 글루셉테이트, 글루코네이트, 글루타메이트, 글리콜리라르사닐레이트, 헥실레소르시네이트, 히드라바민, 히드로브로마이드, 히드로클로라이드, 히드록시나프토에이트, 요오다이드, 이세티오테이트, 락테이트, 락토비오네이트, 말레이트, 말레에이트, 만델레이트, 메실레이트, 뮤케이트, 나프실레이트, 니트레이트, 파모에이트 (엠보네이트), 판토테네이트, 포스페이트/디포스페이트, 폴리갈락투로네이트, 살리실레이트, 스테아레이트, 수바세테이트, 숙시네이트, 설페이트, 타네이트, 타르트레이트 또는 테오클레이트를 포함할 수 있다. 여타 약제학적으로 허용되는 염은, 예를 들어 문헌 [Remington, The Science and Practice of Pharmacy (20th ed. 2000)] 에서 찾을 수 있다. 바람직한 약제학적으로 허용되는 염은, 예를 들어 아세테이트, 벤조에이트, 브로마이드, 카르보네이트, 시트레이트, 글루코네이트, 히드로브로마이드, 히드로클로라이드, 말레에이트, 메실레이트, 나프실레이트, 파모에이트 (엠보네이트), 포스페이트, 살리실레이트, 숙시네이트, 설페이트 또는 타르트레이트를 포함한다.

치료할 특이적 병태에 따라서는, 상기 약제가 액체 또는 고체 투여 형태로 제형화되고, 전신적으로 또는 국소적으로 투여된다. 약제는 예를 들어, 당업자에게 공지된 바와 같이 지효성으로 또는 서방성으로 저방출 형태로 전달될 수 있다. 제형화 및 투여 기법은 문헌 [Remington, The Science and Practice of Pharmacy (20th ed. 2000)] 에서 찾을 수 있다. 적합한 경로는, 경구, 협측, 흡입 스프레이 이용, 설하, 직장내, 경피, 질내, 경점막, 비강내 또는 장내 투여; 근육내, 피하, 수막내 주사 및 척추 강내, 직접적인 뇌실내, 정맥내, 동맥내, 안내, 윤활액내, 간내, 부종내, 두개내, 복강내, 비강내, 또는 안내 주사를 포함하는 비경구 전달, 또는 여타 방식의 전달을 포함한다.

주사를 위해, 본 발명의 약제는 수용액, 예컨대 Hank's 용액, Ringer's 용액 또는 생리학적 식염수 완충액과 같은 생리학적으로 상용적인 완충액 중에 제형화 및 희석될 수 있다. 상기 경점막 투여를 위해서는 침투될 장벽에 적당한 침투물질이 제형물에 사용된다. 상기 침투물질은 일반적으로 당업계에 공지되어 있다.

본 발명의 실시를 위해 본원에 개시된 화합물을 전신 투여에 적합한 투여형으로 제형화하기 위해 약제학적으로 허용되는 비활성 담체를 사용하는 것은 본 발명의 범위에 속한다. 담체의 적절한 선택 및 적합한 제조 실시와 관련하여, 본 발명의 조성물, 특히 용액으로 제형화된 것은 비경구적으로, 예컨대 정맥내 주사에 의해 투여될 수 있다. 화합물들은 당업계에 공지된 약제학적으로 허용되는 담체를 이용하여 쉽게 경구 투여용 투여형으로 제형화될 수 있다. 상기 담체는 본 발명의 화합물이 치료할 대상체 (예를 들어, 환자) 에 의한 경구적 섭취를 위한 정제, 필, 캡슐, 액체, 겔, 시럽, 슬러리, 현탁액 등으로 제형화될 수 있도록 한다.

비강내 또는 흡입 전달을 위해, 본 발명의 약제는 또한 당업계에 공지된 방법으로 제형화될 수 있고, 예를 들어, 이에 제한되지 않지만, 가용화, 희석 또는 분산 물질의 예시, 예컨대 식염수, 보존제, 예컨대 벤질 알콜, 흡수 촉진제 및 플루오로카본을 포함할 수 있다.

본 발명에 사용하기 위해 적합한 약제학적 조성물은 그의 의도하는 목적을 달성하기 위해 활성 성분이 유효량으로 포함되어 있는 조성물을 포함한다. 유효량의 결정은, 특히 본원에 제공된 상세한 설명의 견지에서, 당업자의 능력 범위에 있다.

활성 성분에 추가하여, 약제학적 조성물은, 활성 화합물을 약제학적으로 사용될 수 있는 제제로 가공하는 것을 촉진하는 부형제 및 보조제를 포함하는 적합한 약제학적으로 허용되는 담체를 함유할 수 있다. 경구 투여용으로 제형화되는 제제는 정제, 당의정, 캡슐 또는 용액의 형태일 수 있다.

경구용 악제학적 제제는, 활성 성분을 고체 부형제와 조합하고, 선택적으로는 결과로서 수득한 혼합물을 분쇄하고, 필요한 경우 적합한 보조제를 첨가한 후 과립의 혼합물을 가공하여 정제 또는 당의정 코어를 수득한다. 적합한 부형제는 특히 필러, 예컨대 락토오스, 수크로오스, 만니톨 또는 소르비톨을 포함하는 당; 셀룰로오스 제제, 예를 들어 옥수수 전분, 밀 전분, 쌀 전분, 감자 전분, 젤라틴, 트래거캔트, 메틸 셀룰로오스, 히드록시프로필메틸-셀룰로오스, 나트륨 카르복시메틸-셀룰로오스 (CMC) 및/또는 폴리비닐피롤리돈 (PVP: 포비돈) 이다. 필요한 경우, 붕해제, 예컨대 가교된 폴리비닐피롤리돈, 아가, 또는 알긴산 또는 이들의 염, 예컨대 나트륨 알기네이트가 첨가될 수 있다.

당의정 코어는 적합한 코팅과 함께 제공된다. 그러한 목적을 위해서는, 농축한 당 용액이 사용될 수 있는데, 이는 선택적으로는 아라비아 검, 탈크, 폴리비닐피롤리돈, 카르보폴 겔, 폴리에틸렌 글리콜 (PEG) 및/또는 티탄 디옥시드, 래커 용액, 및 적합한 유기 용매 또는 용매 혼합물을 포함할 수 있다. 식별을 위해 또는 활성 화합물 투여량의 상이한 조합을 특징짓기 위해 정제 또는 당의정 코팅에 염색물 및 안료가 첨가될 수 있다.

경구로 사용될 수 있는 약제학적 제제에는, 젤라틴으로 제조된 푸쉬-핏 (push-fit) 캡슐 뿐만 아니라, 젤라틴 및 가소제, 예컨대 글리세롤 또는 소르비톨로 제조된 연질의 밀봉된 캡슐이 포함된다. 푸쉬-핏 캡슐은 필러, 예컨대 락토오스, 결합제, 예컨대 전분 및/또는 윤활제, 예컨대 탈크 또는 마그네슘 스테아레이트 및 선택적으로 안정화제와 혼합되어 활성 성분을 포함할 수 있다. 연질 캡슐에서, 활성 성분은 지방 오일, 액체 파라핀 또는 약체 폴리에틸렌 글리콜 (PEG) 와 같은 적합한 액체에 용해 또는 현탁되어 있을 수 있다. 추가로, 안정화제가 첨가될 수 있다.

치료 또는 예방할 특별한 병태 또는 질환 상태에 따라서는, 일반적으로 해당 병태를 치료 또는 예방하기 위해 투여되는 추가적인 치료제가 본 발명의 억제제와 함께 투여될 수 있다. 예를 들어, 화학치료제 또는 여타 항증식제가 증식성 질환 및 암의 치료를 위해 본 발명의 억제제와 병용될 수 있다. 공지된 화학치료제의 예시에는, 이에 제한되지 않으나, 아디리아미신, 덱사메타손, 빈크리스틴, 시클로포스파미드, 플루오로우라실, 토포테칸, 택솔, 인터페론 및 백금 유도체가 포함된다.

본 발명의 비-라세미 프로-올리고뉴클레오티드와 병용될 수 있는 여타 약제의 예시에는, 이에 제한되지 않으나, 항염증제, 예컨대 코르티코스테로이드, TNF 차단제, IL-I RA, 아자티오프린, 시클로포스파미드, 및 술파살라진; 면역조절 및 면역억제제, 예컨대 시클로스포린, 타크롤리무스, 라파마이신, 마이코페놀레이트 모페틸, 인터페론, 코르티코스테로이드, 시클로포파미드, 아자티오프린 및 술파살라진; 신경영양성 인자, 예컨대 아세틸콜린에스테라아제 억제제, MAO 억제제, 인터페론, 항-경련제, 이온 채널 차단제, 릴루졸, 및 항파킨슨제; 심혈관 질환 치료제, 예컨대 베타-차단제, ACE 억제제, 이뇨제, 니트레이트, 칼슘 채널 차단제, 및 스타틴; 간 질환 치료제, 예컨대 코르티코스테로이드, 콜레스티라민, 인터페론, 및 항바이러스제; 혈액 장애 치료제, 예컨대 코르티코스테로이드, 항-백혈병제 및 성장 인자; 당뇨병 치료제, 예컨대 인슐린, 인슐린 유사체, 알파 글루코시다아제 억제제, 비구아니드 및 인슐린 감작제; 및 면역결핍 장애 치료제, 예컨대 감마 글로불린이 포함된다.

상기 추가적인 약제는, 다중적 투여 요법의 일환으로 비-라세미 프로-올리고뉴클레오티드-포함 조성물과는 따로 투여될 수 있다. 대안적으로, 상기 약제는 단일 조성물 내에 비-라세미 프로-올리고뉴클레오티드와 함께 혼합되어 단일 투여 형태의 일환일 수 있다.

하기에 제공되는 실시예 및 제조예는 본 발명의 화합물 및 상기 화합물의 제조 방법을 추가로 설명하고 예시한다. 본 발명의 범위는 하기의 실시예 및 제조예의 범위로 어떻게든 한정되지 않음이 이해될 것이다.

실시예

실시예 1: (SP)-1,8-디아자비시클로[5.4.0]운데크-7-에늄 5'-0-(tert-부틸디페닐실릴)티미딘-3'-일 3'-O-(tert-부틸디메틸실릴)티미딘-5'-일 포스포로티오에이트 [(SP)-4tt] 의 합성이 반응식 A 에 도시되어 있다.

반응식 A

8-디아자비시클로[5.4.0]운데크-7-에늄 5'-0-(tert-부틸디페닐실릴)티미딘-3'-일 포스포네이트 (1t) (100 μmol) 를 무수 피리딘을 이용한 반복되는 공동증발에 의해 건조시킨 후, 무수 피리딘 (1 mL) 에 용해시켰다. N,N'-비스(2-옥소-3-옥사졸리디닐)포스핀 클로라이드 (BopCl; 500 μmol) 를 첨가하고, 혼합물을 5 분 동안 교반했다. 아미노 알콜 (L-2) (100 μmol) 의 용액을 무수 피리딘을 이용해 반복적으로 공동증발시키고, 무수 피리딘 (1 mL) 에 용해시켰다. 아미노알콜 용액을 반응 용액에 주사기를 통해 적가하고, 혼합물을 5 분간 아르곤 하에 교반했다. 3'-O-(tert-부틸디메틸실릴)티미딘 3t 를 무수 피리딘을 이용한 반복적 공동증발을 이용해 건조시키고, 100 μmol 피리딘에 용해시켰다. 상기 혼합물을 캐뉼라를 통해 무수 (100 μmol) 피리딘 중 3'-O-(tert-부틸디메틸실릴)티미딘 3t 의 용액에 첨가했다. 5 분 후, N-트리플루오로아세틸 이미다졸 (CF3COIm; 200 μmol) 을 첨가했다. 추가 30 s 후, N,N'-디메틸티우람 디설파이드 (DTD; 120 μmol) 를 첨가했다. 추가 3 분 후, 혼합물을 진공에서 건조시켰다. 진한 NH₃ (10 mL) 를 잔사에 첨가하고, 혼합물을 12 h 동안 55℃ 에서 가열했다. 이어서, 혼합물을 실온으로 냉각시킨 후, 감압 하에 건조시까지 농축했다. 혼합물을 CHCl₃ (5 mL) 로 희석하고, 0.2 M 포스페이트 완충액 (pH 7.0, 5 mL) 으로 세척했다. 수층을 CHCl₃ (2×5 mL) 를 이용해 다시 역추출했다. 조합한 유기층을 Na₂SO₄ 상에서 건조시키고, 여과하고, 감압 하에 건조시까지 농축했다. 잔사를 PTLC 로 정제했다. 생성물을 CHCl₃ (5 mL) 에 용해시키고, 0.2 M 1,8-디아자비시클로[5.4.0]운데크-7-에늄 비카르보네이트 완충액 (5 mL) 을 이용해 세척하고, CHCl₃ (2×5 mL) 로 역추출했다. 조합한 유기층을 Na₂SO₄ 상에서 건조시키고, 여과하고, 건조시까지 농축하여 (SP)-4tt 를 수득했다.

실시예 2. (S_P)-1,8-디아자비시클로[5.4.0]운데크-7-에늄 6-N-벤조일-5'-O-(tert-부틸디페닐실릴)-데옥시아데노신-3'-일 3'-0-(tert-부틸디메틸실릴)티미딘-5'-일 포스포로티오에이트 [(S_P)-4at] 의 합성.

(SP)-4at 를, (SP)-4tt 에 대한 실시예 1 및 반응식 A 에서 기재된 반응 단계를 이용하여, 1t 대신 1,8-디아자비시클로[5.4.0]운데크-7-에늄 6-N-벤조일-5'-O-(tert-부틸디페닐실릴)-데옥시아데노신-3'-일 포스포네이트 (1a) 로부터 수득했다.

실시예 3. (S_P)-1,8-디아자비시클로[5.4.0]운데크-7-에늄 4-N-벤조일-5'-O-(tert-부틸디페닐실릴)-데옥시싸이티딘-3'-일 3'-O-(tert-부틸디메틸실릴)티미딘-5'-일 포스포로티오에이트 [(S_P)-4ct] 의 합성.

(SP)-4ct 를, (SP)-4tt 에 대한 실시예 1 및 반응식 A 에서 기재된 반응 단계를 이용하여, 1t 대신 1,8-디아자비시클로[5.4.0]운데크-7-에늄 4-N-벤조일-5'-O-(tert-부틸디페닐실릴)-데옥시싸이티딘-3'-일 포스포네이트 (Ic) 로부터 수득했다.

실시예 4. (S_P)-1,8-디아자비시클로[5.4.0]운데크-7-에늄 2-N-페녹시아세틸-5'-0-(tert-부틸디페닐실릴)데옥시구아노신-3'-일 3'-O-(tert-부틸디메틸실릴)티미딘-5'-일 포스포로티오에이트 [(S_P)-4gt] 의 합성.

(SP)-4gt 를, (SP)-4tt 에 대한 실시예 1 및 반응식 A 에서 기재된 반응 단계를 이용하여, 1t 대신 1,8-디아자비시클로[5.4.0]운데크-7-에늄 2-N-페녹시아세틸-5'-O-(tert-부틸디페닐실릴)데옥시구아노신-3'-일 포스포네이트 (1g) 로부터 수득했다.

실시예 5. (R_P)-1,8-디아자비시클로[5.4.0]운데크-7-에늄 5'-O-(tert-부틸디페닐실릴)티미딘-3'-일 3'-O-(tert-부틸디메틸실릴)티미딘-5'-일 포스포로티오에이트 [(R_P)-4tt] 의 합성.

(RP)-4tt 를, 키랄 시약으로서 L-2 대신 아미노 알콜 D-2 를 이용하여, (SP)-4tt 의 합성을 위한 실시예 1 및 반응식 A 에 기재된 변환을 통해 제조했다.

실시예 6. (R_P)-1,8-디아자비시클로[5.4.0]운데크-7-에늄 6-N-벤조일-5'-0-(tert-부틸디페닐실릴)데옥시아데노신-3'-일 3'-O-(tert-부틸디메틸실릴)티미딘-5'-일 포스포로티오에이트 [(R_P)-4at] 의 합성.

(RP)-4at 를, 화합물 1a 및 키랄 시약으로서 L-2 대신 아미노 알콜 D-2 을 이용하여 실시예 2 에 기재된 변환을 통해 제조했다.

실시예 7. (R_P)-1,8-디아자비시클로[5.4.0]운데크-7-에늄 4-N-벤조일-5'-0-(tert-부틸디페닐실릴)데옥시싸이티딘-3'-일 3'-O-(tert-부틸디메틸실릴)티미딘-5'-일 포스포로티오에이트 [(R_P)-4ct] 의 합성.

(RP)-4ct 를, 화합물 1c 및 키랄 시약으로서 L-2 대신 아미노 알콜 D-2 일 이용하여 실시예 3 에 상기 기재된 변환을 통해 제조했다.

실시예 8. (R_P)-1,8-디아자비시클로[5.4.0]운데크-7-에늄 2-N-페녹시아세틸-5'-0-(tert-부틸디페닐실릴)데옥시구아노신-3'-일 3'-O-(tert-부틸디메틸실릴)티미딘-5'-일 포스포로티오에이트 [(R_P)-4gt] 의 합성.

(R_P)-4gt 를, 화합물 1g 및 키랄 시약으로서 L-2 대신 아미노 알콜 D-2 을 이용하여 실시예 4 에 상기 기재된 변환을 통해 제조했다.

반응식 B

실시예 9. 반응식 B 에 기재된 바와 같은 (R_P)-5'-O-(tert-부틸디페닐실릴)티미딘-3'-일 3'-0-(tert-부틸디메틸실릴)티미딘-5'-일 H-포스포네이트 [(R_P)-7tt] 의 합성.

1t (100 μmol) 를 무수 피리딘을 이용한 반복되는 공동증발에 의해 건조시킨 후, 무수 피리딘 (1 mL) 에 용해시켰다. N,N'-비스(2-옥소-3-옥사졸리디닐)포스핀 클로라이드 (BopCl; 500 μmol) 를 첨가하고, 혼합물을 5 분간 교반했다. 혼합물에, 무수 피리딘을 이용한 공동증발로 건조시키고 무수 피리딘 (1 mL) 에 용해시킨 아미노 알콜 ((αR, 2S)-6) (100 μmol) 의 용액을 주사기를 통해 적가하고, 혼합물을 5 분간 아르곤 하에 교반했다. 3'-O-(tert-부틸디메틸실릴)티미딘을 무수 피리딘을 이용한 반복되는 공동증발을 이용해 건조시키고, 100 μmol 피리딘에 용해시켰다. 상기 혼합물을 캐뉼라를 통해 3'-O-(tert-부틸디메틸실릴)티미딘 3t 의 무수 (100 μmol) 피리딘 중 용액에 첨가했다. 15 분 후, 혼합물을 감압 하에 농축했다. 잔사를 CH₂Cl₂ (5 mL) 로 희석하고, 포화 NaHCO₃ (3 × 5 mL) 로 세척했다. 조합한 수층을 CH₂Cl₂ (2×5 mL) 로 역추출했다. 조합한 유기층을 Na₂SO₄ 상에서 건조시키고, 여과하고, 감압 하에 약 1 mL 로 농축했다. 잔사를 주사기를 통해 교반된 1% 트리플루오로아세트산 (TFA) 의 무수 CH₂Cl₂ (20 mL) 중 용액에 0℃ 에서 적가했다. 추가 5 분 후, 혼합물을 무수 CH₂Cl₂ (100 mL) 로 희석하고, 포화 NaHCO₃ 수용액 (2×100 mL) 으로 세척했다. 조합한 수층을 CH₂Cl₂ (2×100 mL) 로 역추출했다. 조합한 유기층을 Na₂SO₄ 상에서 건조시키고, 여과하고, 감압 하에 건조시까지 농축하여 미정제 (RP)-7tt 를 수득했다.

실시예 10. (R_P)-6-N-벤조일-5'-O-(tert-부틸디페닐실릴)데옥시아데노신-3'-일 3'-0-(tert-부틸디메틸실릴)티미딘-5'-일 H-포스포네이트 [(R_P)-7at] 의 합성.

미정제 (RP)-7at 를, 1t 대신 1a 를 사용하여 실시예 9 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 11. (R_P)-4-N-벤조일-5'-O-(tert-부틸디페닐실릴)데옥시싸이티딘-3'-일 3'-0-(tert-부틸디메틸실릴)티미딘-5'-일 H-포스포네이트 [(R_P)-7ct] 의 합성.

미정제 (RP)-7ct 를, 1t 대신 1c 를 이용하여 실시예 9 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 12. (R_P)-2-N-페녹시아세틸-5'-O-(tert-부틸디페닐실릴)데옥시구아노신-3'-일 3'-O-(tert-부틸디메틸실릴)티미딘-5'-일 H-포스포네이트 [(R_P)-7gt] 의 합성.

미정제 (RP)-7gt 를, 1t 대신 1g 를 이용하여 실시예 9 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 13. (S_P)-5'-O-(tert-부틸디페닐실릴)티미딘-3'-일 3'-O-(tert-부틸디메틸실릴)티미딘-5'-일 H-포스포네이트 [(S_P)-7tt] 의 합성.

미정제 (SP)-7tt 를, 키랄 시약으로서 (αR,2S)-6 대신 (αS, 2R)-6 를 이용하여 실시예 9 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 14. (S_P)-6-N-벤조일-5'-O-(tert-부틸디페닐실릴)데옥시아데노신-3'-일 3'-O-(tert-부틸디메틸실릴)티미딘-5'-일 H-포스포네이트 [(S_P)-7at] 의 합성.

미정제 (SP)-7at 를, 화합물 1a 및 키랄 시약으로서 (αR,2S)-6 대신 (αS, 2R)-6 를 이용하여 실시예 9 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 15. (S_P)-4-N-벤조일-5'-O-(tert-부틸디페닐실릴)데옥시싸이티딘-3'-일 3'-O-(tert-부틸디메틸실릴)티미딘-5'-일 H-포스포네이트 [(S_P)-7ct] 의 합성.

미정제 (SP)-7ct 를, 화합물 1c 및 키랄 시약으로서 (αR,2S)-6 대신 (αS, 2R)-6 를 이용하여 실시예 9 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 16. (S_P)-2-N-페녹시아세틸-5'-O-(tert-부틸디페닐실릴)데옥시구아노신-3'-일 3'-O-(tert-부틸디메틸실릴)티미딘-5'-일 H-포스포네이트 [(S_P)-7gt] 의 합성.

미정제 (SP)-7gt 를, 화합물 Ig 및 키랄 시약으로서 화합물 (αS, 2R)-6 를 화합물 (αR, 2S)-6 대신 이용하여 실시예 9 에 기재된 바와 같이 제조했다.

반응식 C

실시예 17. (S_P)-1,8-디아자비시클로[5.4.0]운데크-7-에늄 5'-0-(tert-부틸디페닐실릴)-2'-0-(tert-부틸디메틸실릴)유리딘-3'-일 2',3'-O-비스(tert-부틸디메틸실릴)유리딘-5'-일 포스포로티오에이트 [(S_P)-10uu] 의 합성.

1,8-디아자비시클로[5.4.0]운데크-7-에늄 5'-O-(tert-부틸디페닐실릴)-2'-O-(tert-부틸디메틸실릴)유리딘-3'-일 포스포네이트 (8u) (100 μmol) 를 무수 피리딘을 이용한 반복적 공동증발로 건조시키고, 이어서 무수 피리딘 (1 mL) 에 용해시켰다. N,N'-비스(2-옥소-3-옥사졸리디닐)포스핀 클로라이드 (BopCl; 500 μmol) 를 첨가하고, 혼합물을 5 분간 교반했다. 혼합물에, 무수 피리딘을 이용한 반복되는 공동증발로 건조시키고 무수 피리딘 (1 mL) 에 용해시킨 아미노 알콜 (L-2) 용액 (100 μmol) 을 주사기를 이용해 적가하고, 혼합물을 5 분간 아르곤 하에 교반했다. 2',3'-O-비스(tert-부틸디메틸실릴)유리딘 9u 를 무수 피리딘을 이용한 반복적 공동증발로 건조시키고, 100 μmol 피리딘에 용해시켰다. 이어서, 상기 혼합물을 캐뉼라를 통해 2',3'-O-비스(tert-부틸디메틸실릴)유리딘 9u (100 μmol) 의 용액에 첨가했다. 10 분 후, N-트리플루오로아세틸 이미다졸 (CF3C0Im; 200 μmol) 을 첨가했다. 추가 30 s 후, N,N'-디메틸티우람 디설파이드 (DTD; 120 μmol) 를 첨가했다. 추가 3 분 후, 혼합물을 진공에서 건조시켰다. 잔사에, 진한 NH₃-EtOH (3: 1, v/v, 10 mL) 를 첨가하고, 혼합물을 12 h 동안 교반한 후, 감압 하에 건조시까지 농축시켰다. 이어서, 혼합물을 CHCl₃ (5 mL) 로 희석하고, 0.2 M 포스페이트 완충액 (pH 7.0, 5 mL) 으로 세척했다. 수층을 CHCl₃ (2×5 mL) 로 역추출했다. 조합한 유기층을 Na₂SO₄ 상에서 건조시키고, 여과하고, 감압 하에 건조시까지 농축했다. 잔사를 PTLC 로 정제했다. 생성물을 CHCl₃ (5 mL) 에 용해시키고, 0.2 M 1,8-디아자비시클로[5.4.0]운데크-7-에늄 비카르보네이트 완충액 (5 mL) 으로 세척하고, CHCl₃ (2×5 mL) 로 역추출했다. 조합한 유기층을 Na₂SO₄ 상에서 건조시키고, 여과하고, 건조시까지 농축하여 (SP)-10uu 를 수득했다.

실시예 18. (S_P)-1,8-디아자비시클로[5.4.0]운데크-7-에늄 6-N-벤조일-5'-0-(tert-부틸디페닐실릴)-2'-O-(tert-부틸디메틸실릴)아데노신-3'-일 2',3'-O-비스(tert-부틸디메틸실릴)유리딘-5'-일 포스포로티오에이트 [(S_P)-10au] 의 합성.

(SP)-10au 를, 1,8-디아자비시클로[5.4.0]운데크-7-에늄 6-N-벤조일-5'-O-(tert-부틸디페닐실릴)-2'-O-(tert-부틸디메틸실릴)아데노신-3'-일 포스포네이트 (8a) 를 8u 대신 사용하여 실시예 17 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 19. (S_P)-1,8-디아자비시클로[5.4.0]운데크-7-에늄 4-N-벤조일-5'-O-(tert-부틸디페닐실릴)-2'-O-(tert-부틸디메틸실릴)싸이티딘-3'-일 2',3'-O-비스(tert-부틸디메틸실릴)유리딘-5'-일 포스포로티오에이트 [(S_P)-10cu] 의 합성.

(SP)-10cu 을, 1,8-디아자비시클로[5.4.0]운데크-7-에늄 4-N-벤조일-5'-(9-(tert-부틸디페닐실릴)-2'-(9-(tert-부틸디메틸실릴)싸이티딘-3'-일 포스포네이트 (8c) 를 8u 대신 사용하여 실시예 17 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 20. (S_P)-1,8-디아자비시클로[5.4.0]운데크-7-에늄 2-N-페녹시아세틸-5'-0-(tert-부틸디페닐실릴)-2'-O-(tert-부틸디메틸실릴)구아노신-3'-일 2',3'-O-비스(tert-부틸디메틸실릴)유리딘-5'-일 포스포로티오에이트 [(S_P)-10gu] 의 합성.

(SP)-10gu 를, 1,8-디아자비시클로[5.4.0]운데크-7-에늄 2-N-페녹시아세틸-5'-O-(tert-부틸디페닐실릴)-2'-O-(tert-부틸디메틸실릴)구아노신-3'-일 포스포네이트 (8g) 를 8u 대신 사용하여 실시예 17 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 21. (R_P)-1,8-디아자비시클로[5.4.0]운데크-7-에늄 5'-O-(tert-부틸디페닐실릴)-2'-O- (tert-부틸디메틸실릴)유리딘-3'-일 2',3'-O-비스(tert-부틸디메틸실릴)유리딘-5'-일 포스포로티오에이트 [(R_P)-10uu] 의 합성.

(RP)-10uu 를, 키랄 시약 D-2 를 키랄 시약 L-2 대신 사용하여 실시예 17 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 22. (R_P)-1,8-디아자비시클로[5.4.0]운데크-7-에늄 6-N-벤조일-5'-O-(tert-부틸디페닐실릴)-2'-O-(tert-부틸디메틸실릴)아데노신-3'-일 2',3'-O-비스(tert-부틸디메틸실릴)유리딘-5'-일 포스포로티오에이트 [(R_P)-10au] 의 합성.

(RP)-10au 를, 8a 를 8u 대신, 그리고 키랄 시약 D-2 를 키랄 시약 L-2 대신 사용하여 실시예 17 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 23. (R_P)-1,8-디아자비시클로[5.4.0]운데크-7-에늄 4-N-벤조일-5'-0-(tert-부틸디페닐실릴)-2'-O-(tert-부틸디메틸실릴)싸이티딘-3'-일 2',3'-O-비스(tert-부틸디메틸실릴)유리딘-5'-일 포스포로티오에이트 [(R_P)-10cu] 의 합성.

(RP)-10cu 를, 8c 를 8u 대신 그리고 키랄 시약 D-2 를 키랄 시약 L-2 대신 사용하여 실시예 17 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 24. (R_P)-1,8-디아자비시클로[5.4.0]운데크-7-에늄 2-N-페녹시아세틸-5'-0-(tert-부틸디페닐실릴)-2'-O-(tert-부틸디메틸실릴)구아노신-3'-일 2',3'-O-비스(tert-부틸디메틸실릴)유리딘-5'-일 포스포로티오에이트 [(R_P)-10gu] 의 합성.

(RP)-10gu 를, 8g 를 8u 대신 그리고 키랄 시약 D-2 를 키랄 시약 L-2 대신 사용하여 실시예 17 에 기재된 바와 같이 제조했다.

반응식 D

실시예 25. (R_P)-5'-O-(tert-부틸디페닐실릴)-2'-O-(tert-부틸디메틸실릴)유리딘-3'-일 2',3'-0-비스(tert-부틸디메틸실릴)유리딘-5'-일 H-포스포네이트 [(R_P)-12uu] 의 합성.

8u (100 μmol) 를 무수 피리딘을 사용하는 반복되는 공동증발로 건조시키고, 이어서 무수 피리딘 (1 mL) 에 용해시켰다. N,N'-비스(2-옥소-3-옥사졸리디닐)포스핀 클로라이드 (BopCl; 500 μmol) 를 첨가하고, 혼합물을 5 분간 교반했다. 혼합물에, 무수 피리딘을 이용한 공동증발로 건조시키고 무수 피리딘 (1 mL) 에 용해시킨 아미노 알콜 ((αR, 2S)-6) (100 μmol) 의 용액을 주사기를 통해 적가하고, 혼합물을 5 분간 아르곤 하에 교반했다. 이어서, 혼합물을 캐뉼라를 통해, 무수 피리딘을 이용한 공동증발로 건조시키고 무수 피리딘에 용해시킨 9u (100 μmol) 의 용액에 첨가했다. 15 분 후, 혼합물을 감압 하에 농축했다. 잔사를 CH₂Cl₂ (5 mL) 로 희석하고, 포화 NaHCO₃ (3 x 5 mL) 로 세척했다. 조합한 수층을 CH₂Cl₂ (2×5 mL) 로 역추출했다. 조합한 유기층을 Na₂SO₄ 상에서 건조시키고, 여과하고, 감압 하에 약 1 mL 까지 농축했다. 잔사를 주사기를 통해 교반되는 1% 트리플루오로아세트산 (TFA) 의 무수 CH₂Cl₂ (20 mL) 중 용액에 0℃ 에서 적가했다. 추가 5 분 후, 혼합물을 무수 CH₂Cl₂ (100 mL) 로 희석하고, 포화 NaHCO₃ 수용액 (2×100 mL) 으로 세척했다. 조합한 수층을 CH₂Cl₂ (2×100 mL) 로 역추출했다. 조합한 유기층을 Na₂SO₄ 상에서 건조시키고, 여과하고, 감압 하에 건조시까지 농축하여, 미정제 (RP)-12uu 를 수득해, ³¹P NMR 로 분석했다.

실시예 26. (R_P)-6-N-벤조일-5'-0-(tert-부틸디페닐실릴)-2'-(9-(tert-부틸디메틸실릴)아데노신-3'-일 2',3'-O-비스(tert-부틸디메틸실릴)유리딘-5'-일 H-포스포네이트 [(R_P)-12au] 의 합성

미정제 (RP)-12au 를, 8a 를 8u 대신 이용해 실시예 25 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 27. (R_P)-4-N-벤조일-5'-0-(tert-부틸디페닐실릴)-2'-0-(tert-부틸디메틸실릴)싸이티딘-3'-일 2',3'-O-비스(tert-부틸디메틸실릴)유리딘-5'-일 H-포스포네이트 [(R_P)-12cu] 의 합성.

미정제 (RP)-12cu 를, 8c 를 8u 대신 사용하여 실시예 25 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 28. (R_P)-2-N-페녹시아세틸-5'-O-(tert-부틸디페닐실릴)-2'-O-(tert-부틸디메틸실릴)구아노신-3'-일 2',3'-O-비스(tert-부틸디메틸실릴)유리딘-5'-일 H-포스포네이트 [(R_P)-12gu] 의 합성.

미정제 (RP)-12gu 를, 8g 를 8u 대신 사용하여 실시예 25 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 29. (S_P)-5'-O-(tert-부틸디페닐실릴)-2'-O-(tert-부틸디메틸실릴)유리딘-3'-일 2',3'-O-비스(tert-부틸디메틸실릴)유리딘-5'-일 H-포스포네이트 [(S_P)-12uu] 의 합성.

미정제 (SP)-12uu 를, 키랄 시약 (αS,2R)-6 을 키랄 시약 (αR,2S)-6 대신 사용하여 실시예 25 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 30. (S_P)-6-N-벤조일-5'-O-(tert-부틸디페닐실릴)-2'-O-(tert-부틸디메틸실릴)아데노신-3'-일 2',3'-O-비스(tert-부틸디메틸실릴)유리딘-5'-일 H-포스포네이트 [(S_P)-12au] 의 합성.

미정제 (SP)-12au 를, 8q 를 8u 대신, 그리고 키랄 시약 (αS,2R)-6 를 키랄 시약 (αR,2S)-6 대신 사용하여 실시예 25 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 31. (S_P)-4-N-벤조일-5'-O-(tert-부틸디페닐실릴)-2'-O-(tert-부틸디메틸실릴)싸이티딘-3'-일 2',3'-O-비스(tert-부틸디메틸실릴)유리딘-5'-일 H-포스포네이트 [(S_P)-12cu] 의 합성.

미정제 (SP)-12cu 를, 8c 를 8u 대신, 그리고 키랄 시약 (αS,2R)-6 를 키랄 시약 (αR,2S)-6 대신 사용하여 실시예 25 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 32. (S_P)-2-N-페녹시아세틸-5'-O-(tert-부틸디페닐실릴)-2'-O-(tert-부틸디메틸실릴)구아노신-3'-일 2',3'-O-비스(tert-부틸디메틸실릴)유리딘-5'-일 H-포스포네이트 [(S_P)-12gu] 의 합성.

미정제 (SP)-12gu 를, 8g 를 8u 대신, 그리고 키랄 시약 (aS,2R)-6 를 키랄 시약 (aR,2S)-6 대신 사용하여 실시예 25 에 기재된 바와 같이 제조했다.

반응식 E

실시예 33. (S_P)-1,8-디아자비시클로[5.4.0]운데크-7-에늄 5'-O-(tert-부틸디페닐실릴)-3'-O-(tert-부틸디메틸실릴)유리딘-2'-일 2',3'-(9-비스(tert-부틸디메틸실릴)유리딘-5'-일 포스포로티오에이트 [(S_P)-14uu] 의 합성.

1,8-디아자비시클로[5.4.0]운데크-7-에늄 5'-O-(tert-부틸디페닐실릴)-3'-O-(tert-부틸디메틸실릴)유리딘-3'-일 포스포네이트 (13u) (100 μmol) 을 무수 피리딘을 이용하는 반복되는 공동증발로 건조시키고, 이어서 무수 피리딘 (1 mL) 에 용해시켰다. N,N'-비스(2-옥소-3-옥사졸리디닐)포스핀 클로라이드 (BopCl; 500 μmol) 를 첨가하고, 혼합물을 5 분간 교반했다. 혼합물에, 무수 피리딘을 이용해 반복되는 공동증발로 건조시키고 무수 피리딘 (1 mL) 에 용해시킨 아미노 알콜 (L-2) (100 μmol) 의 용액을 주사기를 통해 적가하고, 혼합물을 아르곤 하에 5 분간 교반했다. 2',3'-O-비스(tert-부틸디메틸실릴)유리딘 9u 을 무수 피리딘을 이용한 반복되는 공동증발로 건조시키고, 100 μmol 피리딘에 용해시켰다. 이어서, 상기 혼합물을 캐뉼라를 통해 2',3'-O-비스(tert-부틸디메틸실릴)유리딘 9u (100 μmol) 의 용액에 첨가했다. 10 분 후, N-트리플루오로아세틸 이미다졸 (CF₃COIm; 200 μmol) 을 첨가했다. 추가 30 s 후, N,N'-디메틸티우람 디설파이드 (DTD; 120 μmol) 를 첨가했다. 추가 3 분 후, 혼합물을 진공에서 건조시켰다. 잔사에, 진한 NH3-EtOH (3:1, v/v, 10 mL) 를 첨가하고, 혼합물을 12 h 동안 교반하고, 이어서 감압 하에 건조시까지 농축했다. 이어서, 혼합물을 CHCl₃ (5 mL) 로 희석하고, 0.2 M 포스페이트 완충액 (pH 7.0, 5 mL) 으로 세척했다. 수층을 CHCl₃ (2×5 mL) 로 역추출했다. 조합한 유기층을 Na₂SO₄ 상에서 건조시키고, 여과하고, 감압 하에 건조시까지 농축했다. 잔사를 PTLC 로 정제했다. 생성물을 CHCl₃ (5 mL) 에 용해시키고, 0.2 M 1,8-디아자비시클로[5.4.0]운데크-7-에늄 비카르보네이트 완충액 (5 mL) 으로 세척하고, CHCl₃ (2×5 mL) 로 역추출했다. 조합한 유기층을 Na₂SO₄ 상에서 건조시키고, 여과하고, 건조시까지 농축하여 (SP)-14uu 를 수득했다.

실시예 34. (S_P)-1,8-디아자비시클로[5.4.0]운데크-7-에늄 6-N-벤조일-5'-O-(tert-부틸디페닐실릴)-3'-O-(tert-부틸디메틸실릴)아데노신-2'-일 2',3'-O-비스(tert-부틸디메틸실릴)유리딘-5'-일 포스포로티오에이트 [(S_P)-14au] 의 합성.

(SP)-14au 를, 1,8-디아자비시클로[5.4.0]운데크-7-에늄 6-N-벤조일-5'-0-(tert-부틸디페닐실릴)-3'-O-(tert-부틸디메틸실릴)아데노신-2'-일 포스포네이트 (13a) 를 13u 대신 사용하여 실시예 33 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 35. (S_P)-1,8-디아자비시클로[5.4.0]운데크-7-에늄 4-N-벤조일-5'-O-(tert-부틸디페닐실릴)-3'-O-(tert-부틸디메틸실릴)싸이티딘-2'-일 2',3'-O-비스(tert-부틸디메틸실릴)유리딘-5'-일 포스포로티오에이트 [(S_P)-14cu] 의 합성.

(SP)-14cu 를, 1,8-디아자비시클로[5.4.0]운데크-7-에늄 4-N-벤조일-5'-O-(tert-부틸디페닐실릴)-3'-O-(tert-부틸디메틸실릴)싸이티딘-2'-일 포스포네이트 (13c) 를 13u 대신 사용하여 실시예 33 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 36. (S_P)-1,8-디아자비시클로[5.4.0]운데크-7-에늄 2-N-페녹시아세틸-5'-0-(tert-부틸디페닐실릴)-3'-O-(tert-부틸디메틸실릴)구아노신-2'-일 2',3'-O-비스(tert-부틸디메틸실릴)유리딘-5'-일 포스포로티오에이트 [(S_P)-14gu] 의 합성.

(SP)-14gu 를, 1,8-디아자비시클로[5.4.0]운데크-7-에늄 2-N-페녹시아세틸-5'-O-(tert-부틸디페닐실릴)-3'-O-(tert-부틸디메틸실릴)구아노신-2'-일 포스포네이트 (13g) 를 13u 대신 사용해 실시예 33 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 37. (R_P)-1,8-디아자비시클로[5.4.0]운데크-7-에늄 5'-0-(tert-부틸디페닐실릴)-3'-(9-(tert-부틸디메틸실릴)유리딘-2'-일 2',3'-0-비스(tert-부틸디메틸실릴)유리딘-5'-일 포스포로티오에이트 [(R_P)-14uu] 의 합성.

(RP)-14uu 를, 키랄 시약 D-2 를 키랄 시약 L-2 대신 사용하여 실시예 33 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 38. (R_P)-1,8-디아자비시클로[5.4.0]운데크-7-에늄 6-N-벤조일-5'-0-(tert-부틸디페닐실릴)-3'-O-(tert-부틸디메틸실릴)아데노신-2'-일 2',3'-O-비스(tert-부틸디메틸실릴)유리딘-5'-일 포스포로티오에이트 [(R_P)-14au] 의 합성.

(RP)-14au 를, 13a 를 13u 대신, 그리고 키랄 시약 D-2 를 키랄 시약 L-2 대신 사용하여 실시예 33 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 39. (R_P)-1,8-디아자비시클로[5.4.0]운데크-7-에늄 4-N-벤조일-5'-O-(tert-부틸디페닐실릴)-3'-O-(tert-부틸디메틸실릴)싸이티딘-2'-일 2',3'-O-비스(tert-부틸디메틸실릴)유리딘-5'-일 포스포로티오에이트 [(R_P)-14cu] 의 합성.

(RP)-14cu 를, 13c 를 13u 대신 그리고, 키랄 시약 D-2 를 키랄 시약 L-2 대신 사용하여 실시예 33 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 40. (R_P)-1,8-디아자비시클로[5.4.0]운데크-7-에늄 2-N-페녹시아세틸-5'-0-(tert-부틸디페닐실릴)-3'-O-(tert-부틸디메틸실릴)구아노신-2'-일 2',3'-O-비스(tert-부틸디메틸실릴)유리딘-5'-일 포스포로티오에이트 [(R_P)-14gu] 의 합성.

(RP)-14gu 를, 13g 를 13u 대신, 그리고 키랄 시약 D-2 를 키랄 시약 L-2 대신 사용하여 실시예 33 에 기재된 바와 같이 제조했다.

반응식 F

실시예 41. (R_P)-5'-O-(tert-부틸디페닐실릴)-3'-O-(tert-부틸디메틸실릴)유리딘-2'-일 2',3'-O-비스(tert-부틸디메틸실릴)유리딘-5'-일 H-포스포네이트 [(R_P)-15uu] 의 합성.

13u (100 μmol) 를 무수 피리딘을 이용한 반복되는 공동증발로 건조시키고, 이어서 무수 피리딘 (1 mL) 에 용해시켰다. N,N'-비스(2-옥소-3-옥사졸리디닐)포스핀 클로라이드 (BopCI; 500 μmol) 를 첨가하고, 혼합물을 5 분간 교반했다. 상기 혼합물에, 무수 피리딘을 이용한 공동증발로 건조시키고 무수 피리딘 (1 mL) 에 용해시킨 아미노 알콜 ((αR, 2S)-6) (100 μmol) 의 용액을 주사기를 통해 적가하고, 혼합물을 5 분간 아르곤 하에 교반했다. 이어서, 혼합물을 캐뉼라를 통해, 무수 피리딘을 이용한 반복되는 공동증발 및 피리딘으로의 용해에 의해 제조한 9u (100 μmol) 의 용액에 첨가했다. 15 분 후, 혼합물을 감압 하에 농축했다. 잔사를 CH₂Cl₂ (5 mL) 에 용해시키고, 포화 NaHCO₃ (3×5 mL) 로 세척했다. 조합한 수층을 CH₂Cl₂ (2×5 mL) 로 역추출했다. 조합한 유기층을 Na₂SO₄ 상에서 건조시키고, 여과하고, 감압 하에 약 1 mL 로 농축했다. 잔사를 주사기를 통해 1% 트리플루오로아세트산 (TFA) 의 무수 CH₂Cl₂ (20 mL) 중 교반 용액에 0℃ 에서 적가했다. 추가 5 분 후, 혼합물을 무수 CH₂Cl₂ (100 mL) 로 희석하고, 포화 NaHCO₃ 수용액 (2×100 mL) 으로 세척했다. 조합한 수층을 CH₂Cl₂ (2×100 mL) 로 역추출했다. 조합한 유기층을 Na₂SO₄ 상에서 건조시키고, 여과하고, 감압 하에 건조시까지 농축하여 미정제 (RP)-15uu 를 수득해, ³¹P NMR 로 분석했다.

실시예 42. (R_P)-6-N-벤조일-5'-O-(tert-부틸디페닐실릴)-3'-O-(tert-부틸디메틸실릴)아데노신-2'-일 2',3'-(9-비스(tert-부틸디메틸실릴)유리딘-5'-일 H-포스포네이트 [(R_P)-15au] 의 합성.

미정제 (RP)-15au 를, 13a 를 13u 대신 사용하여 실시예 41 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 43. (R_P)-4-N-벤조일-5'-O-(tert-부틸디페닐실릴)-3'-O-(tert-부틸디메틸실릴)싸이티딘-2'-일 2',3'-O-비스(tert-부틸디메틸실릴)유리딘-5'-일 H-포스포네이트 [(R_P)-15cu] 의 합성.

미정제 (RP)-15cu 를, 13c 를 13u 대신 사용하여 실시예 41 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 44. (R_P)-2-N-페녹시아세틸-5'-O-(tert-부틸디페닐실릴)-3'-O-(tert-부틸디메틸실릴)구아노신-2'-일 2',3'-(9-비스(tert-부틸디메틸실릴)유리딘-5'-일 H-포스포네이트 [(R_P)-15gu] 의 합성.

미정제 (RP)-15gu 를, 13g 를 13u 대신 사용하여 실시예 41 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 45. (S_P)-5'-O-(tert-부틸디페닐실릴)-3'-O-(tert-부틸디메틸실릴)유리딘-2'-일 2',3'-O-비스(tert-부틸디메틸실릴)유리딘-5 '-일 H-포스포네이트 [(S_P)-15uu] 의 합성.

미정제 (SP)-15uu 를, 키랄 시약 (αS, 2R)-6 을 키랄 시약 (αR, 2S)-6 대신 사용하여 실시예 41 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 46. (S_P)-6-N-벤조일-5'-O-(tert-부틸디페닐실릴)-3'-O-(tert-부틸디메틸실릴)아데노신-2'-일 2',3'-O-비스(tert-부틸디메틸실릴)유리딘-5'-일 H-포스포네이트 [(S_P)-15au] 의 합성.

미정제 (SP)-15au 를, 13a 를 13u 대신 사용하고, 키랄 시약 (αS, 2R)-6 를 키랄 시약 (αR, 2S)-6 대신 사용하여 실시예 41 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 47. (S_P)-4-N-벤조일-5'-O-(tert-부틸디페닐실릴)-3'-O-(tert-부틸디메틸실릴)싸이티딘-2'-일 2',3'-O-비스(tert-부틸디메틸실릴)유리딘-5'-일 H-포스포네이트 [(S_P)-15cu] 의 합성.

미정제 (SP)-15cu 를, 13c 를 13u 대신 사용하고, 그리고 키랄 시약 (αS, 2R)-6 를 키랄 시약 (αR, 2S)-6 대신 사용하여 실시예 41 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 48. (S_P)-2-N-페녹시아세틸-5'-O-(tert-부틸디페닐실릴)-3'-O-(tert-부틸디메틸실릴)구아노신-2'-일 2',3'-O-비스(tert-부틸디메틸실릴)유리딘-5'-일 H-포스포네이트 [(S_P)-15gu] 의 합성.

미정제 (SP)-15gu 를, 13g 를 13u 대신 사용하고, 그리고 키랄 시약 (aS, 2R)-6 을 키랄 시약 (αR, 2S)-6 대신 사용하여 실시예 41 에 기재된 바와 같이 제조했다.

반응식 G: S-아실-2-티오에틸 핵산 프로드러그의 합성.

실시예 49. 반응식 G 에 기재된 바와 같은 (R_P)-티미딘-3'-일 티미딘-5'-일 포스포네이트의 S-아실-2-티오에틸 핵산 프로드러그 [(R_P)-16tt] 의 합성.

(RP)-5'-0-(tert-부틸디페닐실릴)티미딘-3'-일 3'-O-(tert-부틸디메틸실릴)티미딘-5'-일 H-포스포네이트 [(RP)-7tt] (100 μmol) 를 무수 피리딘을 이용한 반복되는 공동증발로 건조시키고, 이어서 무수 피리딘 (1 mL) 에 용해시켰다. N-클로로숙신이미드 (0.1 mmol) 를 첨가하고, 혼합물을 2 시간 동안 0℃ 에서 교반했다. 혼합물을 농축하고, 무수 피리딘 (1 mL) 에 용해시켰다. 상기 혼합물을 무수 (100 μmol) 피리딘 중의 S-아세틸-2-티오에탄올 (100 μmol) 로 처리했다. 1 시간 후, 혼합물을 농축하고, 이어서 트리에틸아민 트리히드로플루오라이드 (500 μL) 에 용해시켰다. 혼합물을 15 h 동안 실온에서 교반했다. 이어서, 0.1 M 암모늄 아세테이트 완충액 (2.5 mL) 을 혼합물에 첨가하고, Et₂0 (3×3 mL) 로 세척했다. 조합한 유기층을 0.1 M 암모늄 아세테이트 완충액 (3 mL) 으로 역추출했다. 이어서, 조합한 수층을 감압 하에 건조시까지 농축시키고, 잔사를 역상 컬럼 크로마토그래피로 정제하여 [0.1 M 암모늄 아세테이트 완충액 (pH 7.0) 중 아세토니트릴 0 내지 10% 의 선형 구배] (RP)-16tt 를 수득했다.

실시예 50. (R_P)-6-N-벤조일-데옥시아데노신-3'-일 티미딘-5'-일 포스포네이트의 S-아실-2-티오에틸 프로뉴클레오티드 [(R_P)-16at] 합성.

미정제 (RP)-16at 를, (RP)-7at 를 (RP)-7tt 대신 사용하여 실시예 49 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 51. (R_P)-4-N-벤조일-데옥시싸이티딘-3'-일 티미딘-5'-일 포스포네이트의 S-아실-2-티오에틸 프로뉴클레오티드 [(R_P)-16ct] 합성.

미정제 (RP)-16ct 를, (RP)-7ct 를 (RP)-7tt 대신 사용하여 실시예 49 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 52. (R_P)-2-N-페녹시아세틸-데옥시구아노신-3'-일 티미딘-5'-일 포스포네이트의 S-아실-2-티오에틸 프로뉴클레오티드 [(R_P)-16gt] 합성.

미정제 (RP)-16gt 를, (RP)-7g 를 (RP)-7tt 대신 사용하여 실시예 49 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 53. (S_P)-티미딘-3'-일 티미딘-5'-일 포스포네이트의 S-아실-2-티오에틸 프로뉴클레오티드[(S_P)-16tt] 합성.

미정제 (S_P)-16tt 를, (SP)-7tt 를 (RP)-7tt 대신 사용하여 실시예 49 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 54. (S_P)-6-N-벤조일-데옥시아데노신-3'-일 티미딘-5'-일 포스포네이트의 S-아실-2-티오에틸 프로뉴클레오티드 [(S_P)-16at] 의 합성.

미정제 (SP)-16at 를, (SP)-7at 를 (RP)-7tt 대신 사용하여 실시예 49 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 55. (S_P)-4-N-벤조일-데옥시싸이티딘-3'-일 티미딘-5'-일 포스포네이트의 S-아실-2-티오에틸 프로뉴클레오티드 [(S_P)-16ct] 의 합성.

미정제 (SP)-16ct 를, (SP)-7ct 를 (RP)-7tt 대신 사용하여 실시예 49 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 56. (S_P)-2-N-페녹시아세틸-데옥시구아노신-3'-일 티미딘-5'-일 포스포네이트의 S-아실-2-티오에틸 프로뉴클레오티드 [(S_P)-16gt] 의 합성.

미정제 (SP)-16gt 를, (SP)-7gt 를 (RP)-7tt 대신 사용하여 실시예 49 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 57. (R_P)-유리딘-3'-일 유리딘-5'-일 포스포네이트의 S-아실-2-티오에틸 프로뉴클레오티드 [(R_P)-16uu] 의 합성.

미정제 (RP)-16uu 를, (RP)-12uu 를 (RP)-7tt 대신 사용하여 실시예 49 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 58. (R_P)-6-N-벤조일-아데노신-3'-일 유리딘-5'-일 포스포네이트의 S-아실-2-티오에틸 프로뉴클레오티드 [(R_P)-16au] 의 합성.

미정제 (RP)-16au 를, (RP)-12au 를 (RP)-7tt 대신 사용하여 실시예 49 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 59. (R_P)-4-N-벤조일-싸이티딘-3'-일 유리딘-5'-일 포스포네이트의 S-아실-2-티오에틸 프로뉴클레오티드 [(R_P)-16cu] 의 합성.

미정제 (RP)-16cu 를, (RP)-12cu 를 (RP)-7tt 대신 사용하여 실시예 49 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 60. (R_P)-2-N-페녹시아세틸-구아노신-3'-일 유리딘-5'-일 포스포네이트의 S-아실-2-티오에틸 프로뉴클레오티드 [(R_P)-16gu] 의 합성.

미정제 (RP)-16gu 를, (RP)-12gu 를 (RP)-7tt 대신 사용하여 실시예 49 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 61. (S_P)-유리딘-3'-일 유리딘-5'-일 포스포네이트의 S-아실-2-티오에틸 프로뉴클레오티드 [(S_P)-16uu] 의 합성

미정제 (SP)-16uu 를, (SP)-12uu 를 (RP)-7tt 대신 사용하여 실시예 49 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 62. (S_P)-6-N-벤조일-아데노신-3'-일 유리딘- 5'-일 포스포네이트의 S-아실-2-티오에틸 프로뉴클레오티드 [(S_P)-16au] 의 합성.

미정제 (SP)-16au 를, (SP)-12au 를 (RP)-7tt 대신 사용하여 실시예 49 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 63. (S_P)-4-N-벤조일-싸이티딘-3'-일 유리딘-5'-일 포스포네이트의 S-아실-2-티오에틸 프로뉴클레오티드 [(S_P)-16cu] 의 합성.

미정제 (SP)-16cu 를, (SP)-12au 를 (RP)-7tt 대신 사용하여 실시예 49 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 64. (S_P)-2-N-페녹시아세틸-구아노신-3'-일 유리딘-5'-일 포스포네이트의 S-아실-2-티오에틸 프로뉴클레오티드 [(S_P)-16gu] 의 합성.

미정제 (SP)-16gu 를, (SP)-12gu 를 (RP)-7tt 대신 사용하여 실시예 49 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 65. (R_P)-유리딘-2'-일 유리딘-5'-일 포스포네이트의 S-아실-2-티오에틸 프로뉴클레오티드 [(S_P)-17uu] 의 합성

미정제 (SP)-17uu 를, (SP)-15uu 를 (RP)-7tt 대신 사용하여 실시예 49 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 66. (R_P)-6-N-벤조일-아데노신-2'-일 유리딘-5'-일 포스포네이트의 S-아실-2-티오에틸 프로뉴클레오티드 [(R_P)- 17au] 의 합성.

미정제 (RP)-17au 를, (SP)-15au 를 (RP)-7tt 대신 사용하여 실시예 49 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 67. (R_P)-4-N-벤조일-싸이티딘-2'-일 유리딘-5'-일 포스포네이트의 S-아실-2-티오에틸 프로뉴클레오티드 [(R_P)-17cu] 의 합성.

미정제 (RP)-17cu 를, (SP)-15cu 를 (RP)-7tt 대신 사용하여 실시예 49 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 68. (R_P)-2-N-페녹시아세틸-구아노신-2'-일 유리딘-5'-일 H-포스포네이트의 S-아실-2-티오에틸 프로뉴클레오티드 [(R_P)-17gu] 의 합성.

미정제 (RP)-17gu 를, (SP)-15gu 를 (RP)-7tt 대신 사용하여 실시예 49 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 69. (S_P)-유리딘-2'-일 유리딘-5'-일 포스포네이트의 S-아실-2-티오에틸 프로뉴클레오티드 [(S_P)-17uu] 의 합성

실시예 70. (S_P)-6-N-벤조일-아데노신-2'-일 유리딘-5'-일 포스포네이트의 S-아실-2-티오에틸 프로뉴클레오티드 [(S_P)-17au] 의 합성.

미정제 (SP)-17au 를, (SP)-15au 를 (RP)-7tt 대신 사용하여 실시예 49 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 71. (S_P)-4-N-벤조일-싸이티딘-2'-일 유리딘-5'-일 포스포네이트의 S-아실-2-티오에틸 프로뉴클레오티드 [(S_P)-17cu] 의 합성.

미정제 (SP)-17cu 를, (SP)-15cu 를 (RP)-7tt 대신 사용하여 실시예 49 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 72. (S_P)-2-N-페녹시아세틸-구아노신-2'-일 유리딘-5'-일 포스포네이트의 S-아실-2-티오에틸 프로뉴클레오티드 [(S_P)-17gu] 의 합성.

미정제 (SP)-17gu 를, (SP)-15gu 를 (RP)-7tt 대신 사용하여 실시예 49 에 기재된 바와 같이 제조했다.

반응식 H: 아실옥시 프로뉴클레오티드의 합성.

실시예 73. 반응식 H 에 기재된 바와 같은 (R_P)-티미딘-3'-일 티미딘-5'-일 포스포네이트의 아실옥시 프로뉴클레오티드 [(R_P)-18tt] 의 합성.

(RP)-5'-0-(tert-부틸디페닐실릴)티미딘-3'-일 3'-O-(tert-부틸디메틸실릴)티미딘-5'-일 H-포스포네이트 [(RP)-7tt] (100 μmol) 를 무수 피리딘을 이용한 반복되는 공동증발로 건조시키고, 이어서 무수 피리딘 (1 mL) 에 용해시켰다. N-클로로숙신이미드 (0.1 mmol) 를 첨가하고, 혼합물을 2 시간 동안 0℃ 에서 교반했다. 혼합물을 농축하고, 무수 피리딘 (1 mL) 에 용해시켰다. 상기 혼합물을 무수 (100 μmol) 메틸렌 클로라이드 중의 히드록시메틸 아세테이트 (100 μmol) 로 처리했다. 1 시간 후, 혼합물을 농축하고, 이어서 트리에틸아민 트리히드로플루오라이드 (500 μL) 에 용해시켰다. 혼합물을 15 h 동안 실온에서 교반했다. 이어서, 0.1 M 암모늄 아세테이트 완충액 (2.5 mL) 을 혼합물에 첨가하고, 상기 혼합물을 Et₂0 (3×3 mL) 로 세척했다. 조합한 유기층을 0.1 M 암모늄 아세테이트 완충액 (3 mL) 으로 역추출했다. 이어서, 조합한 수층을 감압 하에 건조시까지 농축하고, 잔사를 역상 컬럼 크로마토그래피로 정제하여 [0.1 M 암모늄 아세테이트 완충액 (pH 7.0) 중 아세토니트릴 0 내지 10% 의 선형 구배] (RP)-18tt 를 수득했다.

실시예 74. (R_P)-6-N-벤조일-데옥시아데노신-3'-일 티미딘-5'-일 포스포네이트의 아실옥시 프로뉴클레오티드 [(R_P)-18at] 의 합성.

미정제 (RP)-18at 를, (RP)-7at 를 (RP)-7tt 대신 사용하여 실시예 73 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 75. (R_P)-4-N-벤조일-데옥시싸이티딘-3'-일 티미딘-5'-일 포스포네이트의 아실옥시 프로뉴클레오티드 [(R_P)-18ct] 의 합성.

미정제 (RP)-18ct 를, (RP)-7ct 를 (RP)-7tt 대신 사용하여 실시예 73 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 76. (R_P)-2-N-페녹시아세틸-데옥시구아노신-3'-일 티미딘-5'-일 포스포네이트의 아실옥시 프로뉴클레오티드 [(R_P)-18gt] 의 합성.

미정제 (RP)-18gt 를, (RP)-7g 를 (RP)-7tt 대신 사용하여 실시예 73 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 77. (S_P)-티미딘-3'-일 티미딘-5'-일 포스포네이트의 아실옥시 프로뉴클레오티드 [(S_P)-18tt] 의 합성

미정제 (SP)-18tt 를, (SP)-7tt 를 (RP)-7tt 대신 사용하여 실시예 73 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 78. (S_P)-6-N-벤조일-데옥시아데노신-3'-일 티미딘-5'-일 포스포네이트의 아실옥시 프로뉴클레오티드 [(S_P)-18at] 의 합성.

미정제 (SP)-18at 를, (SP)-7at 를 (RP)-7tt 대신 사용하여 실시예 73 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 79. (S_P)-4-N-벤조일-데옥시싸이티딘-3'-일 티미딘-5'-일 포스포네이트의 아실옥시 프로뉴클레오티드 [(S_P)-18ct] 의 합성.

미정제 (SP)-18ct 를, (SP)-7ct 를 (RP)-7tt 대신 사용하여 실시예 73 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 80. (S_P)-2-N-페녹시아세틸-데옥시구아노신-3'-일 티미딘-5'-일 포스포네이트의 아실옥시 프로뉴클레오티드 [(S_P)-18gt] 의 합성.

미정제 (SP)-18gt 를, (SP)-7gt 를 (RP)-7tt 대신 사용하여 실시예 73 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 81. (R_P)-유리딘-3'-일 유리딘-5'-일 포스포네이트의 아실옥시 프로뉴클레오티드 [(R_P)-18uu] 의 합성.

미정제 (RP)-18uu 를, (RP)-12uu 를 (RP)-7tt 대신 사용하여 실시예 73 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 82. (R_P)-6-N-벤조일-아데노신-3'-일 유리딘-5'-일 포스포네이트의 아실옥시 프로뉴클레오티드 [(R_P)-18au] 의 합성.

미정제 (RP)-18au 를, (RP)-12au 를 (RP)-7tt 대신 사용하여 실시예 73 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 83. (R_P)-4-N-벤조일-싸이티딘-3'-일 유리딘-5'-일 포스포네이트의 아실옥시 프로뉴클레오티드 [(R_P)-18cu] 의 합성.

미정제 (RP)-18cu 를, (RP)-12cu 를 (RP)-7tt 대신 사용하여 실시예 73 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 84. (R_P)-2-N-페녹시아세틸-구아노신-3'-일 유리딘-5'-일 포스포네이트의 아실옥시 프로뉴클레오티드 [(R_P)-18gu] 의 합성.

미정제 (RP)-18gu 를, (RP)-12gu 를 (RP)-7tt 대신 사용하여 실시예 73 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 85. (S_P)-유리딘-3'-일 유리딘-5'-일 포스포네이트의 아실옥시 프로뉴클레오티드 [(S_P)-18uu] 의 합성.

미정제 (SP)-18uu 를, (SP)-12uu 를 (RP)-7tt 대신 사용하여 실시예 73 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 86. (S_P)-6-N-벤조일-아데노신-3'-일 유리딘-5'-일 포스포네이트의 아실옥시 프로뉴클레오티드 [(S_P)-18au] 의 합성.

미정제 (SP)-18au 를, (SP)-12au 를 (RP)-7tt 대신 사용하여 실시예 73 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 87. (S_P)-4-N-벤조일-싸이티딘-3'-일 유리딘-5'-일 포스포네이트의 아실옥시 프로뉴클레오티드 [(S_P)-18cu] 의 합성.

미정제 (SP)-18cu 를, (SP)-12au 를 (RP)-7tt 대신 사용하여 실시예 73 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 88. (S_P)-2-N-페녹시아세틸-구아노신-3'-일 유리딘-5'-일 포스포네이트의 아실옥시 프로뉴클레오티드 [(S_P)-18gu] 의 합성.

미정제 (SP)-18gu 를, (SP)-12gu 를 (RP)-7tt 대신 사용하여 실시예 73 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 89. (R_P)-유리딘-2'-일 유리딘-5'-일 포스포네이트의 아실옥시 프로뉴클레오티드 [(R_P)-19uu] 의 합성.

미정제 (SP)-19uu 를, (SP)-15uu 를 (RP)-7tt 대신 사용하여 실시예 73 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 90. (R_P)-6-N-벤조일-아데노신-2'-일 유리딘-5'-일 포스포네이트의 아실옥시 프로뉴클레오티드 [(R_P)-19au] 의 합성.

미정제 (RP)-19au 을, (SP)-15au 을 (RP)-7tt 대신 사용하여 실시예 73 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 91. (R_P)-4-N-벤조일-싸이티딘-2'-일 유리딘-5'-일 포스포네이트의 아실옥시 프로뉴클레오티드 [(R_P)-19cu] 의 합성.

미정제 (RP)-19cu 를, (SP)-15cu 를 (RP)-7tt 대신 사용하여 실시예 73 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 92. (R_P)-2-N-페녹시아세틸-구아노신-2'-일 유리딘-5'-일 포스포네이트의 아실옥시 프로뉴클레오티드 [(R_P)-19gu] 의 합성.

미정제 (RP)-19gu 를, (SP)-15gu 를 (RP)-7tt 대신 사용하여 실시예 73 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 93. (S_P)-유리딘-2'-일 유리딘-5'-일 포스포네이트의 아실옥시 프로뉴클레오티드 [(S_P)-19uu] 의 합성.

실시예 94. (S_P)-6-N-벤조일-아데노신-2'-일 유리딘-5'-일 포스포네이트의 아실옥시 프로뉴클레오티드 [(S_P)-19au] 의 합성.

미정제 (SP)-19au 를, (SP)-15au 를 (RP)-7tt 대신 사용하여 실시예 73 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 95. (S_P)-4-N-벤조일-싸이티딘-2'-일 유리딘-5'-일 포스포네이트의 아실옥시 프로뉴클레오티드 [(S_P)-19cu] 의 합성.

미정제 (SP)-19cu 를, (SP)-15cu 를 (RP)-7tt 대신 사용하여 실시예 73 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 96. (S_P)-2-N-페녹시아세틸-구아노신-2'-일 유리딘-5'-일 포스포네이트의 아실옥시 프로뉴클레오티드 [(S_P)-19gu] 의 합성.

미정제 (SP)-19gu 를, (SP)-15gu 를 (RP)-7tt 대신 사용하여 실시예 73 에 기재된 바와 같이 제조했다.

반응식 I: 티오아실옥시 프로뉴클레오티드의 합성.

실시예 97. 반응식 I 에 기재된 바와 같은 (R_P)-티미딘-3'-일 티미딘-5'-일 포스포로티오에이트의 티오아실옥시 프로뉴클레오티드 [(R_P)-20tt] 의 합성.

(SP)-1,8-디아자비시클로[5.4.0]운데크-7-에늄 5'-O-(tert-부틸디페닐실릴)티미딘-3'-일 3'-0-(tert-부틸디메틸실릴)티미딘-5'-일 포스포로티오에이트 [(SP)-4tt] (100 μmol) 를 무수 피리딘을 이용한 반복되는 공동증발로 건조시키고, 이어서 무수 메틸렌 클로라이드 (1 mL) 에 용해시켰다. 혼합물을, 무수 (100 μmol) 메틸렌 클로라이드 중의 문헌 [Bodor et al. J. Org. Chem. (1983), 48:5280] 의 방법으로 제조된 클로로메틸 아세테이트 (100 μmol) 로 처리했다. 1 시간 후, 혼합물을 농축하고, 이어서 트리에틸아민 트리히드로플루오라이드 (500 μL) 에 용해시켰다. 혼합물을 15 h 동안 실온에서 교반했다. 이어서, 0.1 M 암모늄 아세테이트 완충액 (2.5 mL) 을 혼합물에 붓고, 혼합물을 Et₂O (3×3 mL) 로 세척했다. 조합한 유기층을 0.1 M 암모늄 아세테이트 완충액 (3 mL) 으로 역추출했다. 이어서, 조합한 수층을 감압 하에 건조시까지 농축하고, 잔사를 역상 컬럼 크로마토그래피로 정제하여 [0.1 M 암모늄 아세테이트 완충액 (pH 7.0) 중 아세토니트릴 0 내지 10% 의 선형 구배] (RP)-20tt 를 수득했다.

실시예 98. (R_P)-6-N-벤조일-데옥시아데노신-3'-일 티미딘-5'-일 포스포로티오에이트의 티오아실옥시 프로뉴클레오티드의 합성 [(R_P)-20at].

미정제 (RP)-20at 를, (RP)-4at 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 97 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 99. (R_P)-4-N-벤조일-데옥시싸이티딘-3'-일 티미딘- 5'-일 포스포로티오에이트의 티오아실옥시 프로뉴클레오티드 [(R_P)-20ct] 의 합성.

미정제 (RP)-20ct 를, (RP)-4ct 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 97 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 100. (R_P)-2-N-페녹시아세틸-데옥시구아노신-3'-일 티미딘-5'-일 포스포로티오에이트의 티오아실옥시 프로뉴클레오티드 [(R_P)-20gt] 의 합성.

미정제 (RP)-20gt 를, (RP)-4g 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 97 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 101. (S_P)-티미딘-3'-일 티미딘-5'-일 포스포로티오에이트의 티오아실옥시 프로뉴클레오티드 [(S_P)-20tt] 의 합성.

미정제 (SP)-20tt 를, (SP)-4tt 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 97 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 102. (S_P)-6-N-벤조일-데옥시아데노신-3'-일 티미딘-5'-일 포스포로티오에이트의 티오아실옥시 프로뉴클레오티드 [(S_P)-20at] 의 합성.

미정제 (SP)-20at 를, (SP)-4at 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 97 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 103. (S_P)-4-N-벤조일-데옥시싸이티딘-3'-일 티미딘- 5'-일 포스포로티오에이트의 티오아실옥시 프로뉴클레오티드 [(S_P)-20ct] 의 합성.

미정제 (SP)-20ct 를, (SP)-4ct 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 97 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 104. (S_P)-2-N-페녹시아세틸-데옥시구아노신-3'-일 티미딘-5'-일 포스포로티오에이트의 티오아실옥시 프로뉴클레오티드 [(S_P)-20gt] 의 합성.

미정제 (SP)-20gt 를, (SP)-4gt 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 97 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 105. (R_P)-유리딘-3'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 티오아실옥시 프로뉴클레오티드 [(R_P)-20uu] 의 합성.

미정제 (RP)-20uu 를, (RP)-10uu 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 97 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 106. (R_P)-6-N-벤조일-아데노신-3'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 티오아실옥시 프로뉴클레오티드 [(R_P)-20au] 의 합성.

미정제 (RP)-20au 를, (RP)-10au 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 97 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 107. (R_P)-4-N-벤조일-싸이티딘-3'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 티오아실옥시 프로뉴클레오티드 [(R_P)-20cu] 의 합성.

미정제 (RP)-20cu 를, (RP)-10cu 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 97 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 108. (R_P)-2-N-페녹시아세틸-구아노신-3'-일 유리딘- 5'-일 포스포로티오에이트의 티오아실옥시 프로뉴클레오티드 [(R_P)-20gu] 의 합성.

미정제 (RP)-20gu 를, (RP)- 10gu 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 97 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 109. (S_P)-유리딘-3'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 티오아실옥시 프로뉴클레오티드 [(S_P)-20uu] 의 합성.

미정제 (SP)-20uu 를, (SP)-10uu 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 97 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 110. (S_P)-6-N-벤조일-아데노신-3'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 티오아실옥시 프로뉴클레오티드 [(S_P)-20au] 의 합성.

미정제 (SP)-20au 를, (SP)- 10au 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 97 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 111. (S_P)-4-N-벤조일-싸이티딘-3'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 티오아실옥시 프로뉴클레오티드 [(S_P)-20cu] 의 합성.

미정제 (SP)-20cu 를, (SP)-10au 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 97 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 112. (S_P)-2-N-페녹시아세틸-구아노신-3'-일 유리딘- 5'-일 포스포로티오에이트의 티오아실옥시 프로뉴클레오티드 [(S_P)-20gu] 의 합성.

미정제 (SP)-20gu 를, (SP)-10gu 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 97 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 113. (R_P)-유리딘-2'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 티오아실옥시 프로뉴클레오티드 [(R_P)-21uu] 의 합성.

미정제 (SP)-21uu 를, (SP)-14uu 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 97 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 114. (R_P)-6-N-벤조일-아데노신-2'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 티오아실옥시 프로뉴클레오티드 [(R_P)-21au] 의 합성.

미정제 (RP)-21au 를, (SP)-14au 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 97 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 115. (R_P)-4-N-벤조일-싸이티딘-2'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 티오아실옥시 프로뉴클레오티드 [(R_P)-21cu] 의 합성.

미정제 (RP)-21cu 를, (SP)-14cu 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 97 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 116. (R_P)-2-N-페녹시아세틸-구아노신-2'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 티오아실옥시 프로뉴클레오티드 [(R_P)-21gu] 의 합성.

미정제 (RP)-21gu 를, (SP)-14gu 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 97 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 117. (S_P)-유리딘-2'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 티오아실옥시 프로뉴클레오티드 [(S_P)-21uu] 의 합성.

실시예 118. (S_P)-6-N-벤조일-아데노신-2'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 티오아실옥시 프로뉴클레오티드 [(S_P)-21au] 의 합성.

미정제 (SP)-21au 를, (SP)-14au 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 97 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 119. (S_P)-4-N-벤조일-싸이티딘-2'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 티오아실옥시 프로뉴클레오티드 [(S_P)-21cu] 의 합성.

미정제 (SP)-21cu 를, (SP)-14cu 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 97 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 120. (S_P)-2-N-페녹시아세틸-구아노신-2'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 티오아실옥시 프로뉴클레오티드 [(S_P)-21gu] 의 합성.

미정제 (SP)-21gu 를, (SP)-14gu 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 97 에 기재된 바와 같이 제조했다.

반응식 J: 2- 카르보알콕시에틸 프로뉴클레오티드의 합성.

실시예 121. 반응식 J 에 기재된 바와 같은 (R_P)-티미딘-3'-일 티미딘-5'-일 포스포로티오에이트의 2-카르보알콕시에틸 프로뉴클레오티드 [(R_P)-22tt] 의 합성.

(SP)-1,8-디아자비시클로[5.4.0]운데크-7-에늄 5'-O-(terf-부틸디페닐실릴)티미딘-3'-일 3'-O-(tert-부틸디메틸실릴)티미딘-5'-일 포스포로티오에이트 [(SP)-4tt] (100 μmol) 를 무수 피리딘을 이용한 반복되는 공동증발로 건조시키고, 이어서 무수 메틸렌 클로라이드 (1 mL) 에 용해시켰다. 혼합물을 무수 (100 μmol) 메틸렌 클로라이드 중의 메틸 아크릴레이트 (100 μmol) 로 처리했다. 1 시간 후, 혼합물을 농축하고, 이어서 트리에틸아민 트리히드로플루오라이드 (500 μL) 에 용해시켰다. 혼합물을 15 h 동안 실온에서 교반했다. 이어서, 0.1 M 암모늄 아세테이트 완충액 (2.5 mL) 을 혼합물에 첨가하고, 상기 혼합물을 Et₂0 (3×3 mL) 로 세척했다. 조합한 유기층을 0.1 M 암모늄 아세테이트 완충액 (3 mL) 으로 역추출했다. 이어서, 조합한 수층을 감압 하에 건조시까지 농축하고, 잔사를 역상 컬럼 크로마토그래피로 정제하여 [0.1 M 암모늄 아세테이트 완충액 (pH 7.0) 중의 0 내지 10% 아세토니트릴의 선형 구배], (RP)-22tt 를 수득했다.

실시예 122. (R_P)-6-N-벤조일-데옥시아데노신-3'-일 티미딘-5'-일 포스포로티오에이트의 2-카르보알콕시에틸 프로뉴클레오티드 [(R_P)-22at] 의 합성.

미정제 (RP)-22at 를, (RP)-4at 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 121 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 123. (R_P)-4-N-벤조일-데옥시싸이티딘-3'-일 티미딘-5'-일 포스포로티오에이트의 2-카르보알콕시에틸 프로뉴클레오티드 [(R_P)-22ct] 의 합성.

미정제 (RP)-22ct 를, (RP)-4ct 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 121 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 124. (R_P)-2-N-페녹시아세틸-데옥시구아노신-3'-일 티미딘-5'-일 포스포로티오에이트의 2-카르보알콕시에틸 프로뉴클레오티드 [(R_P)-22gt] 의 합성.

미정제 (RP)-22gt 를, (RP)-4g 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 121 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 125. (S_P)-티미딘-3'-일 티미딘-5'-일 포스포로티오에이트의 2-카르보알콕시에틸 프로뉴클레오티드 [(S_P)-22tt]의 합성.

미정제 (SP)-22tt 를, (SP)-4tt 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 121 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 126. (S_P)-6-N-벤조일-데옥시아데노신-3'-일 티미딘-5'-일 포스포로티오에이트의 2-카르보알콕시에틸 프로뉴클레오티드 [(S_P)-22at] 의 합성.

미정제 (SP)-22at 를, (SP)-4at 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 121 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 127. (S_P)-4-N-벤조일-데옥시싸이티딘-3'-일 티미딘-5'-일 포스포로티오에이트의 2-카르보알콕시에틸 프로뉴클레오티드 [(S_P)-22ct] 의 합성.

미정제 (SP)-22ct 를, (SP)-4ct 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 121 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 128. (S_P)-2-N-페녹시아세틸-데옥시구아노신-3'-일 티미딘-5'-일 포스포로티오에이트의 2-카르보알콕시에틸 프로뉴클레오티드 [(S_P)-22gt] 의 합성.

미정제 (SP)-22gt 를, (SP)-4gt 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 121 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 129. (R_P)-유리딘-3'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 2-카르보알콕시에틸 프로뉴클레오티드 [(R_P)-22uu] 의 합성.

미정제 (RP)-22uu 를, (RP)-10uu 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 121 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 130. (R_P)-6-N-벤조일-아데노신-3'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 2-카르보알콕시에틸 프로뉴클레오티드 [(R_P)-22au] 의 합성.

미정제 (RP)-22au 를, (RF)-10au 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 121 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 131. (R_P)-4-N-벤조일-싸이티딘-3'-일 유리딘- 5'-일 포스포로티오에이트의 2-카르보알콕시에틸 프로뉴클레오티드 [(R_P)-22cu] 의 합성.

미정제 (RP)-22cu 를, (RP)-10cu 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 121 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 132. (R_P)-2-N-페녹시아세틸-구아노신-3'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 2-카르보알콕시에틸 프로뉴클레오티드 [(R_P)-22gu] 의 합성.

미정제 (RP)-22gu 를, (RP)-10gu 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 121 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 133. (S_P)-유리딘-3'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 2-카르보알콕시에틸 프로뉴클레오티드 [(S_P)-22uu] 의 합성.

미정제 (SP)-22uu 를, (SP)-10uu 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 121 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 134. (S_P)-6-N-벤조일-아데노신-3'-일 유리딘- 5'-일 포스포로티오에이트의 2-카르보알콕시에틸 프로뉴클레오티드 [(S_P)-22au] 의 합성.

미정제 (SP)-22au 를, (SP)-10au 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 121 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 135. (S_P)-4-N-벤조일-싸이티딘-3'-일 유리딘- 5'-일 포스포로티오에이트의 2-카르보알콕시에틸 프로뉴클레오티드 [(S_P)-22cu] 의 합성.

미정제 (SP)-22cu 를, (SP)-10au 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 121 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 136. (S_P)-2-N-페녹시아세틸-구아노신-3'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 2-카르보알콕시에틸 프로뉴클레오티드 [(S_P)-22gu] 의 합성.

미정제 (SP)-22gu 를, (SP)-10gu 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 121 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 137. (R_P)-유리딘-2'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 2-카르보알콕시에틸 프로뉴클레오티드 [(R_P)-23uu] 의 합성.

미정제 (SP)-23uu 를, (SP)-14uu 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 121 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 138. (R_P)-6-N-벤조일-아데노신-2'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 2-카르보알콕시에틸 프로뉴클레오티드 [(R_P)-23au] 의 합성.

미정제 (RP)-23au 를, (SP)-14au 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 121 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 139. (R_P)-4-N-벤조일-싸이티딘-2'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 2-카르보알콕시에틸 프로뉴클레오티드 [(R_P)-23cu] 의 합성.

미정제 (RP)-23cu 를, (SP)-14cu 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 121 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 140. (R_P)-2-N-페녹시아세틸-구아노신-2'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 2-카르보알콕시에틸 프로뉴클레오티드 [(R_P)-23gu] 의 합성.

미정제 (RP)-23gu 를, (SP)-14gu 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 121 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 141. (S_P)-유리딘-2'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 2-카르보알콕시에틸 프로뉴클레오티드 [(S_P)-23uu] 의 합성.

실시예 142. (S_P)-6-N-벤조일-아데노신-2'-일 유리딘- 5'-일 포스포로티오에이트의 2-카르보알콕시에틸 프로뉴클레오티드 [(S_P)-23au] 의 합성.

미정제 (SP)-23au 를, (SP)-14au 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 121 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 143. (S_P)-4-N-벤조일-싸이티딘-2'-일 유리딘- 5'-일 포스포로티오에이트의 2-카르보알콕시에틸 프로뉴클레오티드 [(S_P)-23cu] 의 합성.

미정제 (SP)-23cu 를, (SP)-14cu 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 121 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 144. (S_P)-2-N-페녹시아세틸-구아노신-2'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 2-카르보알콕시에틸 프로뉴클레오티드 [(S_P)-23gu] 의 합성.

미정제 (SP)-23gu 를, (SP)-14gu 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 121 에 기재된 바와 같이 제조했다.

반응식 K: 디설파이드 프로뉴클레오티드의 합성.

실시예 145. 반응식 K 에 기재된 바와 같은 (R_P)-티미딘-3'-일 티미딘-5'-일 포스포로티오에이트의 디설파이드 프로뉴클레오티드 [(R_P)-24tt] 의 합성

(SP)-1,8-디아자비시클로[5.4.0]운데크-7-에늄 5'-O-(terf-부틸디페닐실릴)티미딘-3'-일 3'-0-(tert-부틸디메틸실릴)티미딘-5'-일 포스포로티오에이트 [(SP)-4tt] (100 μmol) 를 무수 피리딘을 이용한 반복되는 공동증발로 건조시키고, 무수 에탄올 (1 mL) 에 용해시켰다. 혼합물을 무수 (100 μmol) 에탄올 중의 디에틸 디설파이드 (200 μmol) 로 처리했다. 1 시간 후, 혼합물을 농축하고, 이어서 트리에틸아민 트리히드로플루오라이드 (500 μL) 에 용해시켰다. 혼합물을 15 h 동안 실온에서 교반했다. 이어서, 0.1 M 암모늄 아세테이트 완충액 (2.5 mL) 을 혼합물에 첨가하고, 상기 혼합물을 Et₂0 (3×3 mL) 로 세척했다. 조합한 유기층을 0.1 M 암모늄 아세테이트 완충액 (3 mL) 으로 역추출했다. 이어서, 조합한 수층을 감압 하에 건조시까지 농축하고, 잔사를 역상 컬럼 크로마토그래피로 정제하여 [0.1 M 암모늄 아세테이트 완충액 (pH 7.0) 중 0 내지 10% 의 아세토니트릴의 선형 구배], (RP)-24tt 를 수득했다.

실시예 146. (R_P)-6-N-벤조일-데옥시아데노신-3'-일 티미딘- 5'-일 포스포로티오에이트의 디설파이드 프로뉴클레오티드 [(R_P)-24at] 의 합성.

미정제 (RP)-24at 를, (RP)-4at 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 145 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 147. (R_P)-4-N-벤조일-데옥시싸이티딘-3'-일 티미딘-5'-일 포스포로티오에이트의 디설파이드 프로뉴클레오티드 [(R_P)-24ct] 의 합성.

미정제 (RP)-24ct 를, (RP)-4ct 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 145 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 148. (R_P)-2-N-페녹시아세틸-데옥시구아노신-3'-일 티미딘-5'-일 포스포로티오에이트의 디설파이드 프로뉴클레오티드 [(R_P)-24gt] 의 합성.

미정제 (RP)-24gt 를, (RP)-4g 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 145 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 149. (S_P)-티미딘-3'-일 티미딘-5'-일 포스포로티오에이트의 디설파이드 프로뉴클레오티드 [(S_P)-24tt] 의 합성.

미정제 (SP)-24tt 를, (SP)-4tt 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 145 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 150. (S_P)-6-N-벤조일-데옥시아데노신-3'-일 티미딘- 5'-일 포스포로티오에이트의 디설파이드 프로뉴클레오티드 [(S_P)-24at] 의 합성.

미정제 (SP)-24at 를, (SP)-4at 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 145 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 151. (S_P)-4-N-벤조일-데옥시싸이티딘-3'-일 티미딘-5'-일 포스포로티오에이트의 디설파이드 프로뉴클레오티드 [(S_P)-24ct] 의 합성.

미정제 (SP)-24ct 를, (SP)-4ct 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 145 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 152. (S_P)-2-N-페녹시아세틸-데옥시구아노신-3'-일 티미딘-5'-일 포스포로티오에이트의 디설파이드 프로뉴클레오티드 [(S_P)-24gt] 의 합성.

미정제 (SP)-24gt 를, (SP)-4gt 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 145 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 153. (R_P)-유리딘-3'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 디설파이드 프로뉴클레오티드 [(R_P)-24uu] 의 합성.

미정제 (RP)-24uu 를, (RP)-10uu 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 145 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 154. (R_P)-6-N-벤조일-아데노신-3'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 디설파이드 프로뉴클레오티드 [(R_P)-24au] 의 합성.

미정제 (RP)-24au 를, (RP)-10au 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 145 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 155. (R_P)-4-N-벤조일-싸이티딘-3'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 디설파이드 프로뉴클레오티드 [(R_P)-24cu] 의 합성.

미정제 (RP)-24cu 를, (RP)-10cu 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 145 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 156. (R_P)-2-N-페녹시아세틸-구아노신-3'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 디설파이드 프로뉴클레오티드 [(R_P)-24gu] 의 합성.

미정제 (RP)-24gu 를, (RP)-10gu 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 145 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 157. (S_P)-유리딘-3'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 디설파이드 프로뉴클레오티드 [(S_P)-24uu] 의 합성.

미정제 (SP)-24uu 를, (SP)-10uu 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 145 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 158. (S_P)-6-N-벤조일-아데노신-3'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 디설파이드 프로뉴클레오티드 [(S_P)-24au] 의 합성.

미정제 (SP)-24au 를, (SP)-10au 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 145 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 159. (S_P)-4-N-벤조일-싸이티딘-3'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 디설파이드 프로뉴클레오티드 [(S_P)-24cu] 의 합성.

미정제 (SP)-24cu 를, (SP)-10au 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 145 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 160. (S_P)-2-N-페녹시아세틸-구아노신-3'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 디설파이드 프로뉴클레오티드 [(S_P)-24gu] 의 합성.

미정제 (SP)-24gu 를, (SP)-10gu 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 145 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 161. (R_P)-유리딘-2'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 디설파이드 프로뉴클레오티드 [(R_P)-25uu] 의 합성.

미정제 (SP)-25uu 를, (SP)-14uu 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 145 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 162. (R_P)-6-N-벤조일-아데노신-2'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 디설파이드 프로뉴클레오티드 [(R_P)-25au] 의 합성.

미정제 (RP)-25au 를, (SP)-14au 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 145 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 163. (R_P)-4-N-벤조일-싸이티딘-2'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 디설파이드 프로뉴클레오티드 [(R_P)-25cu] 의 합성.

미정제 (RP)-25cu 를, (SP)-14cu 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 145 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 164. (R_P)-2-N-페녹시아세틸-구아노신-2'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 디설파이드 프로뉴클레오티드 [(R_P)-25gu] 의 합성.

미정제 (RP)-25gu 를, (SP)-14gu 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 145 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 165. (S_P)-유리딘-2'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 디설파이드 프로뉴클레오티드 [(S_P)-25uu] 의 합성.

실시예 166. (S_P)-6-N-벤조일-아데노신-2'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 디설파이드 프로뉴클레오티드 [(S_P)-25au] 의 합성.

미정제 (SP)-25au 를, (SP)-14au 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 145 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 167. (S_P)-4-N-벤조일-싸이티딘-2'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 디설파이드 프로뉴클레오티드 [(S_P)-25cu] 의 합성.

미정제 (SP)-25cu 를, (SP)-14cu 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 145 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 168. (S_P)-2-N-페녹시아세틸-구아노신-2'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 디설파이드 프로뉴클레오티드 [(S_P)-25gu] 의 합성.

미정제 (SP)-25gu 를, (SP)-14gu 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 145 에 기재된 바와 같이 제조했다.

반응식 L: 티오아세탈 프로뉴클레오티드의 합성.

실시예 169. 반응식 L 에 기재된 바와 같은 (R_P)-티미딘-3'-일 티미딘-5'-일 포스포로티오에이트의 티오아세탈 프로뉴클레오티드 [(R_P)-26tt] 의 합성.

3,3-디메톡시프로필 아세테이트 (100 μmol) 을, 트리메틸실릴트리플레이트 (100 μmol) 의 메틸렌 클로라이드 (1 mL) 중 용액에 -78℃ 에서 첨가했다. -78℃ 에서 30 분간 교반 후, (SP)-1,8-디아자비시클로[5.4.0]운데크-7-에늄 5'-O-(tert-부틸디페닐실릴)티미딘-3'-일 3'-0-(tert-부틸디메틸실릴)티미딘-5'-일 포스포로티오에이트 [(SP)-4tt] (100 μmol) 를 무수 메틸렌 클로라이드 (1 mL) 에 첨가했다. 혼합물이 실온으로 서서히 승온되도록 했다. 1 시간 후, 혼합물을 농축하고, 이어서 트리에틸아민 트리히드로플루오라이드 (500 μL) 에 용해시켰다. 혼합물을 15 h 동안 실온에서 교반했다. 이어서, 0.1 M 암모늄 아세테이트 완충액 (2.5 mL) 을 혼합물에 첨가하고, 혼합물을 Et20 (3×3 mL) 로 세척했다. 조합한 유기층을 0.1 M 암모늄 아세테이트 완충액 (3 mL) 으로 역추출했다. 이어서, 조합한 수층을 감압 하에 건조시까지 농축하고, 잔사를 역상 컬럼 크로마토그래피로 정제하여 [0.1 M 암모늄 아세테이트 완충액 (pH 7.0) 중 0 내지 10% 의 아세토니트릴의 선형 구배], (RP)-26tt 를 수득했다.

실시예 170. (R_P)-6-N-벤조일-데옥시아데노신-3'-일 티미딘-5'-일 포스포로티오에이트의 티오아세탈 프로뉴클레오티드 [(R_P)-26at] 의 합성.

미정제 (RP)-26at 를, (RP)-4at 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 169 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 171. (R_P)-4-N-벤조일-데옥시싸이티딘-3'-일 티미딘-5'-일 포스포로티오에이트의 티오아세탈 프로뉴클레오티드 [(R_P)-26ct] 의 합성.

미정제 (RP)-26ct 를, (RP)-4ct 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 169 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 172. (R_P)-2-N-페녹시아세틸-데옥시구아노신-3'-일 티미딘-5'-일 포스포로티오에이트의 티오아세탈 프로뉴클레오티드 [(R_P)-26gt] 의 합성.

미정제 (RP)-26gt 를, (RP)-4g 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 169 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 173. (S_P)-티미딘-3'-일 티미딘-5'-일 포스포로티오에이트의 티오아세탈 프로뉴클레오티드 [(S_P)-26tt] 의 합성.

미정제 (SP)-26tt 를, (SP)-4tt 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 169 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 174. (S_P)-6-N-벤조일-데옥시아데노신-3'-일 티미딘- 5'-일 포스포로티오에이트의 티오아세탈 프로뉴클레오티드 [(S_P)-26at] 의 합성.

미정제 (SP)-26at 를, (SP)-4at 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 169 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 175. (S_P)-4-N-벤조일-데옥시싸이티딘-3'-일 티미딘-5'-일 포스포로티오에이트의 티오아세탈 프로뉴클레오티드 [(S_P)-26ct] 의 합성.

미정제 (SP)-26ct 를, (SP)-4ct 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 169 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 176. (S_P)-2-N-페녹시아세틸-데옥시구아노신-3'-일 티미딘-5'-일 포스포로티오에이트의 티오아세탈 프로뉴클레오티드 [(S_P)-26gt] 의 합성.

미정제 (SP)-26gt 를, (SP)-4gt 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 169 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 177. (R_P)-유리딘-3'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 티오아세탈 프로뉴클레오티드 [(R_P)-26uu] 의 합성.

미정제 (RP)-26uu 를, (RP)-10uu 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 169 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 178. (R_P)-6-N-벤조일-아데노신-3'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 티오아세탈 프로뉴클레오티드 [(R_P)-26au] 의 합성.

미정제 (RP)-26au 를, (RP)-10au 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 169 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 179. (R_P)-4-N-벤조일-싸이티딘-3'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 티오아세탈 프로뉴클레오티드 [(R_P)-26cu] 의 합성.

미정제 (RP)-26cu 를, (RP)-10cu 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 169 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 180. (R_P)-2-N-페녹시아세틸-구아노신-3'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 티오아세탈 프로뉴클레오티드 [(R_P)-26gu] 의 합성.

미정제 (RP)-26gu 를, (RP)-10gu 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 169 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 181. (S_P)-유리딘-3'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 티오아세탈 프로뉴클레오티드 [(S_P)-26uu] 의 합성

미정제 (SP)-26uu 를, (SP)-10uu 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 169 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 182. (S_P)-6-N-벤조일-아데노신-3'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 티오아세탈 프로뉴클레오티드 [(S_P)-26au] 의 합성.

미정제 (SP)-26au 를, (SP)-10au 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 169 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 183. (S_P)-4-N-벤조일-싸이티딘-3'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 티오아세탈 프로뉴클레오티드 [(S_P)-26cu] 의 합성.

미정제 (SP)-26cu 를, (SP)-10au 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 169 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 184. (S_P)-2-N-페녹시아세틸-구아노신-3'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 티오아세탈 프로뉴클레오티드 [(S_P)-26ga] 의 합성.

미정제 (SP)-26gu 를, (SP)-10gu 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 169 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 185. (R_P)-유리딘-2'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 티오아세탈 프로뉴클레오티드 [(R_P)-27uu] 의 합성.

미정제 (SP)-27uu 를, (SP)-14uu 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 169 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 186. (R_P)-6-N-벤조일-아데노신-2'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 티오아세탈 프로뉴클레오티드 [(R_P)-27au] 의 합성.

미정제 (RP)-27au 를, (SP)-14au 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 169 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 187. (R_P)-4-N-벤조일-싸이티딘-2'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 티오아세탈 프로뉴클레오티드 [(R_P)-27cu] 의 합성.

미정제 (RP)-27cu 를, (SP)-14cu 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 169 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 188. (R_P)-2-N-페녹시아세틸-구아노신-2'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 티오아세탈 프로뉴클레오티드 [(R_P)-27gu] 의 합성.

미정제 (RP)-27gu 를, (SP)-14gu 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 169 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 189. (S_P)-유리딘-2'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 티오아세탈 프로뉴클레오티드 [(S_P)-27uu] 의 합성.

실시예 190. (S_P)-6-N-벤조일-아데노신-2'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 티오아세탈 프로뉴클레오티드 [(S_P)-27au] 의 합성.

미정제 (SP)-27au 를, (SP)-14au 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 169 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 191. (S_P)-4-N-벤조일-싸이티딘-2'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 티오아세탈 프로뉴클레오티드 [(S_P)-27cu] 의 합성.

미정제 (SP)-27cu 를, (SP)-14cu 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 169 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 192. (S_P)-2-N-페녹시아세틸-구아노신-2'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 티오아세탈 프로뉴클레오티드 [(S_P)-27gu] 의 합성.

미정제 (SP)-27gu 를, (SP)-14gu 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 169 에 기재된 바와 같이 제조했다.

반응식 M: C3 에놀 에스테르 프로뉴클레오티드의 합성.

실시예 193. 반응식 M 에 기재된 바와 같은 (R_P)-티미딘-3'-일 티미딘-5'-일 포스포로티오에이트의 C3 에놀 에스테르의 프로뉴클레오티드 [(R_P)-28tt] 의 합성.

(E)-3-클로로프로프-1-에닐 아세테이트 (100 μmol) 의 DMF (1 mL) 중 용액에 (SP)-1,8-디아자비시클로[5.4.0]운데크-7-에늄 5'-O-(tert-부틸디페닐실릴)티미딘-3'-일 3'-0-(tert-부틸디메틸실릴)티미딘-5'-일 포스포로티오에이트 [(SP)-4tt] (100 μmol) 를 첨가했다. 1 시간 후, 혼합물을 농축하고, 이어서 트리에틸아민 트리히드로플루오라이드 (500 μL) 에 용해시켰다. 혼합물을 15 h 동안 실온에서 교반했다. 이어서, 0.1 M 암모늄 아세테이트 완충액 (2.5 mL) 을 혼합물에 첨가하고, 혼합물을 Et₂O (3×3 mL) 로 세척했다. 조합한 유기층을 0.1 M 암모늄 아세테이트 완충액 (3 mL) 으로 역추출했다. 이어서, 조합한 수층을 감압 하에 건조시까지 농축하고, 잔사를 역상 컬럼 크로마토그래피로 정제하여 [0.1 M 암모늄 아세테이트 완충액 (pH 7.0) 중 0 내지 10% 의 아세토니트릴의 선형 구배], (RP)-28tt 를 숟그했다.

실시예 194. (R_P)-6-N-벤조일-데옥시아데노신-3'-일 티미딘-5'-일 포스포로티오에이트의 C3 에놀 에스테르 프로뉴클레오티드 [(R_P)-28at] 의 합성.

미정제 (RP)-28at 를, (RP)-4at 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 193 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 195. (R_P)-4-N-벤조일-데옥시싸이티딘-3'-일 티미딘-5'-일 포스포로티오에이트의 C3 에놀 에스테르 프로뉴클레오티드 [(R_P)-28ct] 의 합성.

미정제 (RP)-28ct 를, (RP)-4ct 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 193 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 196. (R_P)-2-N-페녹시아세틸-데옥시구아노신-3'-일 티미딘-5'-일 포스포로티오에이트의 C3 에놀 에스테르 프로뉴클레오티드 [(R_P)-28gt] 의 합성.

미정제 (RP)-28gt 를, (RP)-4g 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 193 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 197. (S_P)-티미딘-3'-일 티미딘-5'-일 포스포로티오에이트의 C3 에놀 에스테르 프로뉴클레오티드 [(S_P)-28tt] 의 합성.

미정제 (SP)-28tt 를, (SP)-4tt 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 193 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 198. (S_P)-6-N-벤조일-데옥시아데노신-3'-일 티미딘-5'-일 포스포로티오에이트의 C3 에놀 에스테르 프로뉴클레오티드 [(S_P)-28at] 의 합성.

미정제 (SP)-28at 를, (SP)-4at 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 193 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 199. (S_P)-4-N-벤조일-데옥시싸이티딘-3'-일 티미딘-5'-일 포스포로티오에이트의 C3 에놀 에스테르 프로뉴클레오티드 [(S_P)-28ct] 의 합성.

미정제 (SP)-28ct 를, (SP)-4ct 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 193 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 200. (S_P)-2-N-페녹시아세틸-데옥시구아노신-3'-일 티미딘-5'-일 포스포로티오에이트의 C3 에놀 에스테르 프로뉴클레오티드 [(S_P)-28gt] 의 합성.

미정제 (SP)-28gt 를, (SP)-4gt 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 193 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 201. (R_P)-유리딘-3'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 C3 에놀 에스테르 프로뉴클레오티드 [(R_P)-28uu] 의 합성.

미정제 (RP)-28uu 를, (RP)-10uu 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 193 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 202. (R_P)-6-N-벤조일-아데노신-3'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 C3 에놀 에스테르 프로뉴클레오티드 [(R_P)-28au] 의 합성.

미정제 (RP)-28au 를, (RP)-10au 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 193 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 203. (R_P)-4-N-벤조일-싸이티딘-3'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 C3 에놀 에스테르 프로뉴클레오티드 [(R_P)-28cu] 의 합성.

미정제 (RP)-28cu 를, (RP)-10cu 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 193 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 204. (R_P)-2-N-페녹시아세틸-구아노신-3'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 C3 에놀 에스테르 프로뉴클레오티드 [(R_P)-28gu] 의 합성.

미정제 (RP)-28gu 를, (RP)-10gu 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 193 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 205. (S_P)-유리딘-3'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 C3 에놀 에스테르 프로뉴클레오티드 [(S_P)-28uu] 의 합성

미정제 (SP)-28uu 를, (SP)-10uu 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 193 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 206. (S_P)-6-N-벤조일-아데노신-3'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 C3 에놀 에스테르 프로뉴클레오티드 [(S_P)-28au] 의 합성.

미정제 (SP)-28au 를, (SP)-10au 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 193 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 207. (S_P)-4-N-벤조일-싸이티딘-3'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 C3 에놀 에스테르 프로뉴클레오티드 [(S_P)-28cu] 의 합성.

미정제 (SP)-28cu 를, (SP)-10au 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 193 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 208. (S_P)-2-N-페녹시아세틸-구아노신-3'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 C3 에놀 에스테르 프로뉴클레오티드 [(S_P)-28gu] 이 합성.

미정제 (SP)-28gu 를, (SP)-10gu 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 193 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 209. (R_P)-유리딘-2'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 C3 에놀 에스테르 프로뉴클레오티드 [(R_P)-29uu] 의 합성.

미정제 (SP)-29uu 를, (SP)-14uu 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 193 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 210. (R_P)-6-N-벤조일-아데노신-2'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 C3 에놀 에스테르 프로뉴클레오티드 [(R_P)-29au] 의 합성.

미정제 (RP)-29au 를, (SP)-14au 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 193 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 211. (R_P)-4-N-벤조일-싸이티딘-2'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 C3 에놀 에스테르 프로뉴클레오티드 [(R_P)-29cu] 의 합성.

미정제 (RP)-29cu 를, (SP)-14cu 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 193 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 212. (R_P)-2-N-페녹시아세틸-구아노신-2'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 C3 에놀 에스테르 프로뉴클레오티드 [(R_P)-29gu] 의 합성.

미정제 (RP)-29gu 를, (SP)-14gu 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 193 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 213. (S_P)-유리딘-2'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 C3 에놀 에스테르 프로뉴클레오티드 [(S_P)-29uu] 의 합성.

실시예 214. (S_P)-6-N-벤조일-아데노신-2'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 C3 에놀 에스테르 프로뉴클레오티드 [(S_P)-29au] 의 합성.

미정제 (SP)-29au 를, (SP)-14au 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 193 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 215. (S_P)-4-N-벤조일-싸이티딘-2'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 C3 에놀 에스테르 프로뉴클레오티드 [(S_P)-29cu] 의 합성.

미정제 (SP)-29cu 를, (SP)-14cu 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 193 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 216. (S_P)-2-N-페녹시아세틸-구아노신-2'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 C3 에놀 에스테르 프로뉴클레오티드 [(S_P)-29gu] 의 합성.

미정제 (SP)-29gu 를, (SP)-14gu 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 193 에 기재된 바와 같이 제조했다.

반응식 N: C4 에놀 에스테르 프로뉴클레오티드의 합성.

실시예 217. 반응식 N 에 기재된 바와 같은 (R_P)-티미딘-3'-일 티미딘-5'-일 포스포로티오에이트의 C4 에놀 에스테르 프로뉴클레오티드 [(R_P)-30tt] 의 합성.

(E)-4-클로로부트-1-에틸 아세테이트 (100 μmol) 의 DMF (1 mL) 중 용액에 (SP)-1,8-디아자비시클로[5.4.0]운데크-7-에늄 5'-O-(tert-부틸디페닐실릴)티미딘-3'-일 3'-0-(tert-부틸디메틸실릴)티미딘-5'-일 포스포로티오에이트 [(SP)-4tt] (100 μmol) 를 첨가했다. 1 시간 후, 혼합물을 농축하고, 이어서 트리에틸아민 트리히드로플루오라이드 (500 μL) 에 용해시켰다. 혼합물을 15 h 동안 실온에서 교반했다. 이어서, 0.1 M 암모늄 아세테이트 완충액 (2.5 mL) 을 혼합물에 첨가하고, 혼합물을 Et₂O (3×3 mL) 로 세척했다. 조합한 유기층을 0.1 M 암모늄 아세테이트 완충액 (3 mL) 으로 역추출했다. 이어서, 조합한 수층을 감압 하에 건조시까지 농축하고, 잔사를 역상 컬럼 크로마토그래피로 정제하여 [0.1 M 암모늄 아세테이트 완충액 (pH 7.0) 중 0 내지 10% 의 아세토니트릴의 선형 구배], (RP)-30tt 를 수득했다.

실시예 218. (R_P)-6-N-벤조일-데옥시아데노신-3'-일 티미딘-5'-일 포스포로티오에이트의 C4 에놀 에스테르 프로뉴클레오티드 [(R_P)-30at] 의 합성.

미정제 (RP)-30at 를, (RP)-4at 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 217 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 219. (R_P)-4-N-벤조일-데옥시싸이티딘-3'-일 티미딘-5'-일 포스포로티오에이트의 C4 에놀 에스테르 프로뉴클레오티드 [(R_P)-30ct] 의 합성.

미정제 (RP)-30ct 를, (RP)-4ct 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 217 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 220. (R_P)-2-N-페녹시아세틸-데옥시구아노신-3'-일 티미딘-5'-일 포스포로티오에이트의 C4 에놀 에스테르 프로뉴클레오티드 [(R_P)-30gt] 의 합성.

미정제 (RP)-30gt 를, (RP)-4g 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 217 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 221. (S_P)-티미딘-3'-일 티미딘-5'-일 포스포로티오에이트의 C4 에놀 에스테르 프로뉴클레오티드 [(S_P)-30tt] 의 합성.

미정제 (SP)-30tt 를, (SP)-4tt 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 217 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 222. (S_P)-6-N-벤조일-데옥시아데노신-3'-일 티미딘-5'-일 포스포로티오에이트의 C4 에놀 에스테르 프로뉴클레오티드 [(S_P)-30at] 의 합성.

미정제 (SP)-30at 를, (SP)-4at 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 217 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 223. (S_P)-4-N-벤조일-데옥시싸이티딘-3'-일 티미딘-5'-일 포스포로티오에이트의 C4 에놀 에스테르 프로뉴클레오티드 [(S_P)-30ct] 의 합성.

미정제 (SP)-30ct 를, (SP)-4ct 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 217 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 224. (S_P)-2-N-페녹시아세틸-데옥시구아노신-3'-일 티미딘-5'-일 포스포로티오에이트의 C4 에놀 에스테르 프로뉴클레오티드 [(S_P)-30gt] 의 합성.

미정제 (SP)-30gt 를, (SP)-4gt 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 217 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 225. (R_P)-유리딘-3'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 C4 에놀 에스테르 프로뉴클레오티드 [(R_P)-30uu] 의 합성.

미정제 (RP)-30uu 를, (RP)-10uu 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 217 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 226. (R_P)-6-N-벤조일-아데노신-3'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 C4 에놀 에스테르 프로뉴클레오티드 [(R_P)-30au] 의 합성.

미정제 (RP)-30au 를, (RP)-10au 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 217 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 227. (R_P)-4-N-벤조일-싸이티딘-3'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 C4 에놀 에스테르 프로뉴클레오티드 [(R_P)-30cu] 의 합성.

미정제 (RP)-30cu 를, (RP)-10cu 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 217 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 228. (R_P)-2-N-페녹시아세틸-구아노신-3'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 C4 에놀 에스테르 프로뉴클레오티드 [(R_P)-30gu] 의 합성.

미정제 (RP)-30gu 를, (RP)-10gu 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 217 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 229. (S_P)-유리딘-3'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 C4 에놀 에스테르 프로뉴클레오티드 [(S_P)-30uu] 의 합성.

미정제 (SP)-30uu 를, (SP)-10uu 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 217 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 230. (S_P)-6-N-벤조일-아데노신-3'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 C4 에놀 에스테르 프로뉴클레오티드 [(S_P)-30au] 의 합성.

미정제 (SP)-30au 를, (SP)-10au 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 217 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 231. (S_P)-4-N-벤조일-싸이티딘-3'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 C4 에놀 에스테르 프로뉴클레오티드 [(S_P)-30cu] 의 합성.

미정제 (SP)-30cu 를, (SP)-10au 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 217 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 232. (S_P)-2-N-페녹시아세틸-구아노신-3'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 C4 에놀 에스테르 프로뉴클레오티드 [(S_P)-30gu] 의 합성.

미정제 (SP)-30gu 를, (SP)-10gu 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 217 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 233. (R_P)-유리딘-2'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 C4 에놀 에스테르 프로뉴클레오티드[(R_P)-31uu] 의 합성.

미정제 (SP)-31uu 를, (SP)-14uu 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 217 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 234. (R_P)-6-N-벤조일-아데노신-2'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 C4 에놀 에스테르 프로뉴클레오티드 [(R_P)-31au] 의 합성.

미정제 (RP)-31au 를, (SP)-14au 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 217 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 235. (R_P)-4-N-벤조일-싸이티딘-2'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 C4 에놀 에스테르 프로뉴클레오티드 [(R_P)-31cu] 의 합성.

미정제 (RP)-31cu 를, (SP)-14cu 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 217 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 236. (R_P)-2-N-페녹시아세틸-구아노신-2'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 C4 에놀 에스테르 프로뉴클레오티드 [(R_P)-31gu] 의 합성.

미정제 (RP)-31gu 를, (SP)-14gu 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 217 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 237. (S_P)-유리딘-2'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 C4 에놀 에스테르 프로뉴클레오티드 [(S_P)-31uu] 의 합성.

실시예 238. (S_P)-6-N-벤조일-아데노신-2'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 C4 에놀 에스테르 프로뉴클레오티드 [(S_P)-31au] 의 합성.

미정제 (SP)-31au 를, (SP)-14au 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 217 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 239. (SP)-4-N-벤조일-싸이티딘-2'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 C4 에놀 에스테르 프로뉴클레오티드 [(SP)-31cu] 의 합성.

미정제 (SP)-31cu 를, (SP)-14cu 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 217 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 240. (S_P)-2-N-페녹시아세틸-구아노신-2'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 C4 에놀 에스테르 프로뉴클레오티드 [(S_P)-31gu] 의 합성.

미정제 (SP)-31gu 를, (SP)-14gu 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 217 에 기재된 바와 같이 제조했다.

반응식 O: 보호된 2'-5'-A3 H- 포스포네이트의 합성

실시예 241. 5'-O-(메톡시트리틸) 보호된 2'-5'-A3 H-포스포네이트의 합성이 반응식 0-a 에 도시되어 있다.

5'-O-(메톡시트리틸) 보호된 화합물 32 를 반응식 6, 실시예 41 에 기재된 바와 같이 9a 와 커플링시켰다. 결과로서 수득한 H-포스포네이트 33 를 CH₂Cl₂ 중 1% TFA 를 이용한 처리에 의한 5'-O-(메톡시트리틸) 탈보호에 적용하여, 5'-OH 화합물 34 를 수득했다. 반응식 6, 실시예 41 에 기재된 34 의 32 와의 커플링은 H-포스포네이트 트리뉴클레오티드 35 를 제공한다. CH₂Cl₂ 중 1% TFA 를 이용한 5'-OH 기의 탈보호는 H-포스포네이트 트리뉴클레오티드 36 을 제공한다.

반응식 O-b: 2'-5'-A ₃ S-아세틸-2- 티오에틸 프로뉴클레오티드의 합성

실시예 242. 2'-5'-A₃ S-아세틸-2-티오에틸 프로뉴클레오티드의 합성이 반응식 O-b 에 도시되어 있다.

5'-OH H-포스포네이트 트리뉴클레오티드 화합물 36 을 US 7,202,224 에 기재된 Eldrup 의 방법에 의해 S-아세틸-2-티오에틸 프로드러그로 변환시켰다. 36 (1 mmol) 에 1H-테트라졸 (1.1 mmol) 을 첨가하고, 혼합물을 밤새 P₂O₅ 상에서 건조시켰다. 상기 혼합물에 무수 아세토니트릴 (10 mL) 에 이어 비스(S-아세틸-2-티오에틸)N,N-디이소프로필포스포르아미다이트 (1.1 mmol) 를 첨가하고, 결과로서 수득한 혼합물을 실온에서 2 시간 동안 교반했다. 용매를 제거하고, 잔사를 -40℃ 로 냉각시키고, m-CPBA (1.0 mmol) 의 디클로로메탄 (10 mL) 중 용액을 첨가했다. 실온에서 1 시간 동안 교반 후, 수성 NaHSO₃ 를 첨가하고, 유기층을 분리하고, 생성물 37 을 크로마토그래피로 분리했다.

화합물 37 를 반응식 7, 실시예 49 의 과정에 따라 최종 생성물 39 로 변환시켰다. 화합물 37 (100 μmol) 을 무수 피리딘을 이용한 반복되는 공동증발로 건조시키고, 이어서 무수 피리딘 (1 mL) 에 용해시켰다. N-클로로숙신이미드 (0.1 mmol) 를 첨가하고, 혼합물을 2 시간 동안 0℃ 에서 교반했다. 혼합물을 농축하고, 무수 피리딘 (1 mL) 에 용해시켰다. 상기 혼합물을 무수 (100 μmol) 피리딘 중의 S-아세틸-2-티오에탄올 (100 μmol) 로 처리했다. 1 시간 후, 혼합물을 농축하고, 이어서 트리에틸아민 트리히드로플루오라이드 (500 μL) 에 용해시켰다. 혼합물을 15 h 동안 실온에서 교반했다. 이어서, 0.1 M 암모늄 아세테이트 완충액 (2.5 mL) 을 혼합물에 첨가하고, 혼합물을 Et₂0 (3×3 mL) 로 세척했다. 조합한 유기층을 0.1 M 암모늄 아세테이트 완충액 (3 mL) 으로 역추출했다. 이어서, 조합한 수층을 감압 하에 건조시까지 농축하고, 잔사를 역상 컬럼 크로마토그래피로 정제하여 [0.1 M 암모늄 아세테이트 완충액 (pH 7.0) 중 0 내지 10% 아세토니트릴의 선형 구배], 39 를 수득했다.

반응식 P: 트리메틸암모늄메틸 핵산 프로드러그의 합성.

실시예 243. 반응식 P 에 기재된 바와 같은 (R_P)-티미딘-3'-일 티미딘-5'-일 포스포네이트 [(R_P)-16tt] 의 트리메틸암모늄메틸 핵산 프로드러그의 합성

(RP)-5'-0-(tert-부틸디페닐실릴)티미딘-3'-일 3'-O-(tert-부틸디메틸실릴)티미딘-5'-일 H-포스포네이트 [(RP)-7tt] (100 μmol) 를 무수 피리딜을 이용한 반복되는 공동증발로 건조시키고, 이어서 무수 피리딘 (1 mL) 에 용해시켰다. N-클로로숙신이미드 (0.1 mmol) 를 첨가하고, 혼합물을 2 시간 동안 0℃ 에서 교반했다. 혼합물을 농축하고, 무수 피리딘 (1 mL) 에 용해시켰다. 상기 혼합물을 무수 (100 μmol) 피리딘 중 1-(2-히드록시)-에틸-트리메틸암모늄 클로라이드 (100 μmol) 로 처리했다. 1 시간 후, 혼합물을 농축하고, 이어서 트리에틸아민 트리히드로플루오라이드 (500 μL) 에 용해시켰다. 혼합물을 15 h 동안 실온에서 교반했다. 이어서, 0.1 M 암모늄 아세테이트 완충액 (2.5 mL) 을 혼합물에 첨가하고, 혼합물을 Et₂0 (3×3 mL) 로 세척했다. 조합한 유기층을 0.1 M 암모늄 아세테이트 완충액 (3 mL) 으로 역추출했다. 이어서, 조합한 수층을 감압 하에 건조시까지 농축하고, 잔사를 역상 컬럼 크로마토그래피로 정제하여 [0.1 M 암모늄 아세테이트 완충액 (pH 7.0) 중 0 내지 10% 의 아세토니트릴의 선형 구배], (RP)-40tt 를 수득했다.

실시예 244. (R_P)-6-N-벤조일-데옥시아데노신-3'-일 티미딘-5'-일 포스포네이트의 트리메틸암모늄에틸 프로뉴클레오티드 [(R_P)-40at] 의 합성.

미정제 (RP)-40at 를, (RP)-7at 를 (RP)-7tt 대신 사용하여 실시예 243 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 245. (R_P)-4-N-벤조일-데옥시싸이티딘-3'-일 티미딘-5'-일 포스포네이트의 트리메틸암모늄에틸 프로뉴클레오티드 [(R_P)-40ct] 의 합성.

미정제 (RP)-40ct 를, (RP)-7ct 를 (RP)-7tt 대신 사용하여 실시예 243 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 246. (R_P)-2-N-페녹시아세틸-데옥시구아노신-3'-일 티미딘-5'-일 포스포네이트의 트리메틸암모늄에틸 프로뉴클레오티드 [(R_P)-40gt] 의 합성.

미정제 (RP)-40gt 를, (RP)-7g 를 (RP)-7tt 대신 사용하여 실시예 249 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 247. (S_P)-티미딘-3'-일 티미딘-5'-일 포스포네이트의 트리메틸암모늄에틸 프로뉴클레오티드 [(S_P)-40tt] 의 합성.

미정제 (SP)-40tt 를, (SP)-7tt 를 (RP)-7tt 대신 사용하여 실시예 249 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 248. (S_P)-6-N-벤조일-데옥시아데노신-3'-일 티미딘-5'-일 포스포네이트의 트리메틸암모늄에틸 프로뉴클레오티드 [(S_P)-40at] 의 합성.

미정제 (SP)-40at 를, (SP)-7at 를 (RP)-7tt 대신 사용하여 실시예 249 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 249. (S_P)-4-N-벤조일-데옥시싸이티딘-3'-일 티미딘-5'-일 포스포네이트의 트리메틸암모늄에틸 프로뉴클레오티드 [(S_P)-40ct] 의 합성.

미정제 (SP)-40ct 를, (SP)-7ct 를 (RP)-7tt 대신 사용하여 실시예 249 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 250. (S_P)-2-N-페녹시아세틸-데옥시구아노신-3'-일 티미딘-5'-일 포스포네이트의 트리메틸암모늄에틸 프로뉴클레오티드 [(S_P)-40gt] 의 합성.

미정제 (SP)-40gt 를, (SP)-7gt 를 (RP)-7tt 대신 사용하여 실시예 249 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 251. (R_P)-유리딘-3'-일 유리딘-5'-일 포스포네이트의 트리메틸암모늄에틸 프로뉴클레오티드 [(R_P)-40uu] 의 합성.

미정제 (RP)-40uu 를, (RP)-12uu 를 (RP)-7tt 대신 사용하여 실시예 249 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 252. (R_P)-6-N-벤조일-아데노신-3'-일 유리딘-5'-일 포스포네이트의 트리메틸암모늄에틸 프로뉴클레오티드 [(R_P)-40au] 의 합성.

미정제 (RP)-40au 를, (RP)-12au 를 (RP)-7tt 대신 사용하여 실시예 249 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 253. (R_P)-4-N-벤조일-싸이티딘-3'-일 유리딘-5'-일 포스포네이트의 트리메틸암모늄에틸 프로뉴클레오티드 [(R_P)-40cu] 의 합성.

미정제 (RP)-16cu 를, (RP)-12cu 를 (RP)-7tt 대신 사용하여 실시예 249 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 254. (R_P)-2-N-페녹시아세틸-구아노신-3'-일 유리딘-5'-일 포스포네이트의 트리메틸암모늄에틸 프로뉴클레오티드 [(R_P)-40gu] 의 합성.

미정제 (RP)-40gu 를, (RP)-12gu 를 (RP)-7tt 대신 사용하여 실시예 249 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 255. (S_P)-유리딘-3'-일 유리딘-5'-일 포스포네이트의 트리메틸암모늄에틸 프로뉴클레오티드 [(S_P)-40uu] 의 합성.

미정제 (SP)-40uu 를, (SP)-12uu 를 (RP)-7tt 대신 사용하여 실시예 249 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 256. (S_P)-6-N-벤조일-아데노신-3'-일 유리딘-5'-일 포스포네이트의 트리메틸암모늄에틸 프로뉴클레오티드 [(S_P)-40au] 의 합성.

미정제 (SP)-40au 를, (SP)-12au 를 (RP)-7tt 대신 사용하여 실시예 249 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 257. (S_P)-4-N-벤조일-싸이티딘-3'-일 유리딘-5'-일 포스포네이트의 트리메틸암모늄에틸 프로뉴클레오티드 [(S_P)-40cu] 의 합성.

미정제 (SP)-40cu 를, (SP)-12au 를 (RP)-7tt 대신 사용하여 실시예 249 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 258. (S_P)-2-N-페녹시아세틸-구아노신-3'-일 유리딘-5'-일 포스포네이트의 트리메틸암모늄에틸 프로뉴클레오티드 [(S_P)-40gu] 의 합성.

미정제 (SP)-40gu 를, (SP)-12gu 를 (RP)-7tt 대신 사용하여 실시예 249 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 259. (R_P)-유리딘-2'-일 유리딘-5'-일 포스포네이트의 트리메틸암모늄에틸 프로뉴클레오티드 [(R_P)-41uu] 의 합성.

미정제 (RP)-41uu 를, (RP)-15uu 를 (RP)-7tt 대신 사용하여 실시예 249 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 260. (R_P)-6-N-벤조일-아데노신-2'-일 유리딘-5'-일 포스포네이트의 트리메틸암모늄에틸 프로뉴클레오티드 [(R_P)-41au] 의 합성.

미정제 (RP)-41au 를, (SP)-15au 를 (RP)-7tt 대신 사용하여 실시예 249 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 261. (R_P)-4-N-벤조일-싸이티딘-2'-일 유리딘-5'-일 포스포네이트의 트리메틸암모늄에틸 프로뉴클레오티드 [(R_P)-41cu] 의 합성.

미정제 (RP)-41cu 를, (SP)-15cu 를 (RP)-7tt 대신 사용하여 실시예 249 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 262. (R_P)-2-N-페녹시아세틸-구아노신-2'-일 유리딘-5'-일 H-포스포네이트의 트리메틸암모늄에틸 프로뉴클레오티드 [(R_P)-41gu] 의 합성.

미정제 (RP)-41gu 를, (SP)-15gu 를 (RP)-7tt 대신 사용하여 실시예 249 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 263. (S_P)-유리딘-2'-일 유리딘-5'-일 포스포네이트의 트리메틸암모늄에틸 프로뉴클레오티드 [(S_P)-41uu] 의 합성.

미정제 (SP)-41uu 를, (SP)-15uu 를 (RP)-7tt 대신 사용하여 실시예 249 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 264. (S_P)-6-N-벤조일-아데노신-2'-일 유리딘-5'-일 포스포네이트의 트리메틸암모늄에틸 프로뉴클레오티드 [(S_P)-41au] 의 합성.

미정제 (SP)-41au 를, (SP)-15au 를 (RP)-7tt 대신 사용하여 실시예 249 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 265. (S_P)-4-N-벤조일-싸이티딘-2'-일 유리딘-5'-일 포스포네이트의 트리메틸암모늄에틸 프로뉴클레오티드 [(S_P)-41cu] 의 합성.

미정제 (SP)-41cu 를, (SP)-15cu 를 (RP)-7tt 대신 사용하여 실시예 249 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 266. (S_P)-2-N-페녹시아세틸-구아노신-2'-일 유리딘-5'-일 포스포네이트의 트리메틸암모늄에틸 프로뉴클레오티드 [(S_P)-41gu] 의 합성.

미정제 (SP)-41gu 를, (SP)-15gu 를 (RP)-7tt 대신 사용하여 실시예 249 에 기재된 바와 같이 제조했다.

반응식 Q: 알킬히드록사메이트 핵산 프로드러그의 합성.

실시예 267. 반응식 Q 에 기재된 바와 같은 (R_P)-티미딘-3'-일 티미딘-5'-일 포스포네이트의 알킬히드록사메이트 핵산 프로드러그 [(R_P)-42tt] 의 합성.

(RP)-5'-O-(tert-부틸디페닐실릴)티미딘-3'-일 3'-O-(tert-부틸디메틸실릴)티미딘-5'-일 H-포스포네이트 [(RP)-7tt] (100 μmol) 를 무수 피리딘을 이용한 반복되는 공동증발로 건조시키고, 이어서 무수 피리딘 (1 mL) 에 용해시켰다. N-클로로숙신이미드 (0.1 mmol) 를 첨가하고, 혼합물을 2 시간 동안 0℃ 에서 교반했다. 혼합물을 농축하고, 무수 피리딘 (1 mL) 에 용해시켰다. 상기 혼합물을 무수 (100 μmol) 피리딘 중 N-메톡시-N-메틸-3-히드록시프로피온아미드 (100 μmol) 로 처리했다. 1 시간 후, 혼합물을 농축하고, 이어서 트리에틸아민 트리히드로플루오라이드 (500 μL) 에 용해시켰다. 혼합물을 15 h 동안 실온에서 교반했다. 이어서, 0.1 M 암모늄 아세테이트 완충액 (2.5 mL) 을 혼합물에 첨가하고, 혼합물을 Et₂0 (3×3 mL) 로 세척했다. 조합한 유기층을 0.1 M 암모늄 아세테이트 완충액 (3 mL) 으로 역추출했다. 이어서, 조합한 수층을 감압 하에 건조시까지 농축하고, 잔사를 역상 컬럼 크로마토그래피로 정제하여 [0.1 M 암모늄 아세테이트 완충액 (pH 7.0) 중 0 내지 10% 의 아세토니트릴의 선형 구배], (RP)-42tt 를 수득했다.

실시예 268. (R_P)-6-N-벤조일-데옥시아데노신-3'-일 티미딘-5'-일 포스포네이트의 알킬히드록사메이트 프로뉴클레오티드 [(R_P)-42at] 의 합성.

미정제 (RP)-42at 를, (RP)-7at 를 (RP)-7tt 대신 사용하여 실시예 267 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 269. (R_P)-4-N-벤조일-데옥시싸이티딘-3'-일 티미딘-5'-일 포스포네이트의 알킬히드록사메이트 프로뉴클레오티드 [(R_P)-42ct] 의 합성.

미정제 (RP)-42ct 를, (RP)-7ct 를 (RP)-7tt 대신 사용하여 실시예 267 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 270. (R_P)-2-N-페녹시아세틸-데옥시구아노신-3'-일 티미딘-5'-일 포스포네이트의 알킬히드록사메이트 프로뉴클레오티드 [(R_P)-42gt] 의 합성.

미정제 (RP)-42gt 를, (RP)-7g 를 (RP)-7tt 대신 사용하여 실시예 267 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 271. (S_P)- 티미딘-3'-일 티미딘-5'-일 포스포네이트의 알킬히드록사메이트 프로뉴클레오티드 [(S_P)-42tt] 의 합성.

미정제 (SP)-42tt 를, (SP)-7tt 를 (RP)-7tt 대신 사용하여 실시예 267 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 272. (S_P)-6-N-벤조일-데옥시아데노신-3'-일 티미딘-5'-일 포스포네이트의 알킬히드록사메이트 프로뉴클레오티드 [(S_P)-42at] 의 합성.

미정제 (SP)-42at 를, (SP)-7at 를 (RP)-7tt 대신 사용하여 실시예 267 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 273. (S_P)-4-N-벤조일-데옥시싸이티딘-3'-일 티미딘-5'-일 포스포네이트의 알킬히드록사메이트 프로뉴클레오티드 [(S_P)-42ct] 의 합성.

미정제 (SP)-42ct 를, (SP)-7ct 를 (RP)-7tt 대신 사용하여 실시예 267 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 274. (S_P)-2-N-페녹시아세틸-데옥시구아노신-3'-일 티미딘-5'-일 포스포네이트의 알킬히드록사메이트 프로뉴클레오티드 [(S_P)-42gt] 의 합성.

미정제 (SP)-42gt 를, (SP)-7gt 를 (RP)-7tt 대신 사용하여 실시예 267 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 275. (R_P)-유리딘-3'-일 유리딘-5'-일 포스포네이트의 알킬히드록사메이트 프로뉴클레오티드 [(R_P)-42uu] 의 합성.

미정제 (RP)-42uu 를, (RP)-12uu 를 (RP)-7tt 대신 사용하여 실시예 267 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 276. (R_P)-6-N-벤조일-아데노신-3'-일 유리딘- 5'-일 포스포네이트의 알킬히드록사메이트 프로뉴클레오티드 [(R_P)-42au] 의 합성.

미정제 (RP)-42au 를, (RP)-12au 를 (RP)-7tt 대신 사용하여 실시예 267 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 277. (R_P)-4-N-벤조일-싸이티딘-3'-일 유리딘-5'-일 포스포네이트의 알킬히드록사메이트 프로뉴클레오티드 [(R_P)-42cu] 의 합성.

미정제 (RP)-42cu 를, (RP)-12cu 를 (RP)-7tt 대신 사용하여 실시예 267 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 278. (R_P)-2-N-페녹시아세틸-구아노신-3'-일 유리딘-5'-일 포스포네이트의 알킬히드록사메이트 프로뉴클레오티드 [(R_P)-42gu] 의 합성.

미정제 (RP)-42gu 를, (RP)-12gu 를 (RP)-7tt 대신 사용하여 실시예 267 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 279. (S_P)-유리딘-3'-일 유리딘-5'-일 포스포네이트의 알킬히드록사메이트 프로뉴클레오티드 [(S_P)-42uu] 의 합성.

미정제 (SP)-42uu 를, (SP)-12uu 를 (RP)-7tt 대신 사용하여 실시예 267 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 280. (S_P)-6-N-벤조일-아데노신-3'-일 유리딘- 5'-일 포스포네이트의 알킬히드록사메이트 프로뉴클레오티드 [(S_P)-42au] 의 합성.

미정제 (SP)-42au 를, (SP)-12au 를 (RP)-7tt 대신 사용하여 실시예 267 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 281. (S_P)-4-N-벤조일-싸이티딘-3'-일 유리딘-5'-일 포스포네이트의 알킬히드록사메이트 프로뉴클레오티드 [(S_P)-42cu] 의 합성.

미정제 (SP)-42cu 를, (SP)-12au 를 (RP)-7tt 대신 사용하여 실시예 267 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 282. (S_P)-2-N-페녹시아세틸-구아노신-3'-일 유리딘-5'-일 포스포네이트의 알킬히드록사메이트 프로뉴클레오티드 [(S_P)-42gu] 의 합성.

미정제 (SP)-42gu 를, (SP)-12gu 를 (RP)-7tt 대신 사용하여 실시예 267 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 283. (R_P)-유리딘-2'-일 유리딘-5'-일 포스포네이트의 알킬히드록사메이트 프로뉴클레오티드 [(R_P)-43uu] 의 합성.

미정제 (RP)-43uu 를, (RP)-15uu 를 (RP)-7tt 대신 사용하여 실시예 267 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 284. (R_P)-6-N-벤조일-아데노신-2'-일 유리딘-5'-일 포스포네이트의 알킬히드록사메이트 프로뉴클레오티드 [(R_P)-43au] 의 합성.

미정제 (RP)-43au 를, (SP)-15au 를 (RP)-7tt 대신 사용하여 실시예 267 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 285. (R_P)-4-N-벤조일-싸이티딘-2'-일 유리딘-5'-일 포스포네이트의 알킬히드록사메이트 프로뉴클레오티드 [(R_P)-43cu] 의 합성.

미정제 (RP)-43cu 를, (SP)-15cu 를 (RP)-7tt 대신 사용하여 실시예 267 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 286. (R_P)-2-N-페녹시아세틸-구아노신-2'-일 유리딘-5'-일 H-포스포네이트의 알킬히드록사메이트 프로뉴클레오티드 [(R_P)-43gu] 의 합성.

미정제 (RP)-43gu 를, (SP)-15gu 를 (RP)-7tt 대신 사용하여 실시예 267 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 287. (S_P)-유리딘-2'-일 유리딘-5'-일 포스포네이트의 알킬히드록사메이트 프로뉴클레오티드 [(S_P)-43uu] 의 합성

미정제 (SP)-43uu 를, (SP)-15uu 를 (RP)-7tt 대신 사용하여 실시예 267 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 288. (S_P)-6-N-벤조일-아데노신-2'-일 유리딘- 5'-일 포스포네이트의 알킬히드록사메이트 프로뉴클레오티드 [(S_P)-43au] 의 합성.

미정제 (SP)-43au 를, (SP)-15au 를 (RP)-7tt 대신 사용하여 실시예 267 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 289. (S_P)-4-N-벤조일-싸이티딘-2'-일 유리딘-5'-일 포스포네이트의 알킬히드록사메이트 프로뉴클레오티드 [(S_P)-43cu] 의 합성.

미정제 (SP)-43cu 를, (SP)-15cu 를 (RP)-7tt 대신 사용하여 실시예 267 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 290. (S_P)-2-N-페녹시아세틸-구아노신-2'-일 유리딘-5'-일 포스포네이트의 알킬히드록사메이트 프로뉴클레오티드 [(S_P)-43gu] 의 합성.

미정제 (SP)-43gu 를, (SP)-15gu 를 (RP)-7tt 대신 사용하여 실시예 267 에 기재된 바와 같이 제조했다.

반응식 R: 아실히드록사메이트 핵산 프로드러그의 합성.

실시예 291. 반응식 R 에 기재된 바와 같은 (R_P)-티미딘-3'-일 티미딘-5'-일 포스포네이트의 아실히드록사메이트 핵산 프로드러그 [(R_P)-44tt] 의 합성.

(RP)-5'-0-(tert-부틸디페닐실릴)티미딘-3'-일 3'-O-(tert-부틸디메틸실릴)티미딘-5'-일 H-포스포네이트 [(RP)-7tt] (100 μmol) 를 무수 피리딘을 이용한 반복되는 공동증발로 건조시키고, 이어서 무수 피리딘 (1 mL) 에 용해시켰다. N-클로로숙신이미드 (0.1 mmol) 를 첨가하고, 혼합물을 2 시간 동안 0℃ 에서 교반했다. 혼합물을 농축하고, 무수 피리딘 (1 mL) 에 용해시켰다. 상기 혼합물을 무수 (100 μmol) 피리딘 중의 N-아실옥시-N-메틸-3-히드록시프로피온아미드 (100 μmol) 로 처리했다. 1 시간 후, 혼합물을 농축하고, 이어서 트리에틸아민 트리히드로플루오라이드 (500 μL) 에 용해시켰다. 혼합물을 15 h 동안 실온에서 교반했다. 이어서, 0.1 M 암모늄 아세테이트 완충액 (2.5 mL) 을 혼합물에 첨가하고, 혼합물을 Et₂0 (3×3 mL) 로 세척했다. 조합한 유기층을 0.1 M 암모늄 아세테이트 완충액 (3 mL) 으로 역추출했다. 이어서, 조합한 수층을 감압 하에 건조시까지 농축하고, 역상 컬럼 크로마토그래피로 정제하여 [0.1 M 암모늄 아세테이트 완충액 (pH 7.0) 중 0 내지 10% 의 아세토니트릴의 선형 구배], (RP)-44tt 를 수득했다.

실시예 292. (R_P)-6-N-벤조일-데옥시아데노신-3'-일 티미딘-5'-일 포스포네이트의 아실히드록사메이트 프로뉴클레오티드 [(R_P)-44at] 의 합성.

미정제 (RP)-40at 를, (RP)-7at 를 (RP)-7tt 대신 사용해 실시예 291 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 293. (R_P)-4-N-벤조일-데옥시싸이티딘-3'-일 티미딘-5'-일 포스포네이트의 아실히드록사메이트 프로뉴클레오티드 [(R_P)-44ct] 의 합성.

미정제 (RP)-44ct 를, (RP)-7ct 를 (RP)-7tt 대신 사용해 실시예 291 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 294. (R_P)-2-N-페녹시아세틸-데옥시구아노신-3'-일 티미딘-5'-일 포스포네이트의 아실히드록사메이트 프로뉴클레오티드 [(R_P)-44gt] 의 합성.

미정제 (RP)-44gt 를, (RP)-7g 를 (RP)-7tt 대신 사용해 실시예 291 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 295. (S_P)-티미딘-3'-일 티미딘-5'-일 포스포네이트의 아실히드록사메이트 프로뉴클레오티드 [(S_P)-44tt] 의 합성.

미정제 (SP)-44tt 를, (SP)-7tt 를 (RP)-7tt 대신 사용해 실시예 291 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 296. (S_P)-6-N-벤조일-데옥시아데노신-3'-일 티미딘-5'-일 포스포네이트의 아실히드록사메이트 프로뉴클레오티드 [(S_P)-44at] 의 합성.

미정제 (SP)-44at 를, (SP)-7at 를 (RP)-7tt 대신 사용해 실시예 291 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 297. (S_P)-4-N-벤조일-데옥시싸이티딘-3'-일 티미딘-5'-일 포스포네이트의 아실히드록사메이트 프로뉴클레오티드 [(S_P)-44ct] 의 합성.

미정제 (SP)-44ct 를, (SP)-7ct 를 (RP)-7tt 대신 사용해 실시예 291 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 298. (S_P)-2-N-페녹시아세틸-데옥시구아노신-3'-일 티미딘-5'-일 포스포네이트의 아실히드록사메이트 프로뉴클레오티드 [(S_P)-44gt] 의 합성.

미정제 (SP)-44gt 를, (SP)-7gt 를 (RP)-7tt 대신 사용해 실시예 291 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 299. (R_P)-유리딘-3'-일 유리딘-5'-일 포스포네이트의 아실히드록사메이트 프로뉴클레오티드 [(R_P)-44uu] 의 합성.

미정제 (RP)-44uu 를, (RP)-12uu 를 (RP)-7tt 대신 사용해 실시예 291 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 300. (R_P)-6-N-벤조일-아데노신-3'-일 유리딘- 5'-일 포스포네이트의 아실히드록사메이트 프로뉴클레오티드 [(R_P)-44au] 의 합성.

미정제 (RP)-44au 를, (RP)-12au 를 (RP)-7tt 대신 사용해 실시예 291 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 301. (R_P)-4-N-벤조일-싸이티딘-3'-일 유리딘-5'-일 포스포네이트의 아실히드록사메이트 프로뉴클레오티드 [(R_P)-44cu] 의 합성.

미정제 (RP)-44cu 를, (RP)-12cu 를 (RP)-7tt 대신 사용해 실시예 291 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 302. (R_P)-2-N-페녹시아세틸-구아노신-3'-일 유리딘-5'-일 포스포네이트의 아실히드록사메이트 프로뉴클레오티드 [(R_P)-44gu] 의 합성.

미정제 (RP)-40gu 를, (RP)-12gu 를 (RP)-7tt 대신 사용해 실시예 291 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 303. (S_P)-유리딘-3'-일 유리딘-5'-일 포스포네이트의 아실히드록사메이트 프로뉴클레오티드 [(S_P)-44uu] 의 합성.

미정제 (SP)-44uu 를, (SP)-12uu 를 (RP)-7tt 대신 사용해 실시예 291 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 304. (S_P)-6-N-벤조일-아데노신-3'-일 유리딘- 5'-일 포스포네이트의 아실히드록사메이트 프로뉴클레오티드 [(S_P)-44au] 의 합성.

미정제 (SP)-44au 를, (SP)-12au 를 (RP)-7tt 대신 사용해 실시예 291 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 305. (S_P)-4-N-벤조일-싸이티딘-3'-일 유리딘-5'-일 포스포네이트의 아실히드록사메이트 프로뉴클레오티드 [(S_P)-44cu] 의 합성.

미정제 (SP)-44cu 를, (SP)-12au 를 (RP)-7tt 대신 사용해 실시예 291 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 306. (S_P)-2-N-페녹시아세틸-구아노신-3'-일 유리딘-5'-일 포스포네이트의 아실히드록사메이트 프로뉴클레오티드 [(S_P)-44gu] 의 합성.

미정제 (SP)-44gu 를, (SP)-12gu 를 (RP)-7tt 대신 사용해 실시예 291 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 307. (R_P)-유리딘-2'-일 유리딘-5'-일 포스포네이트의 아실히드록사메이트 프로뉴클레오티드 [(R_P)-45uu] 의 합성.

미정제 (RP)-45uu 를, (RP)-15uu 를 (RP)-7tt 대신 사용해 실시예 291 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 308. (R_P)-6-N-벤조일-아데노신-2'-일 유리딘-5'-일 포스포네이트의 아실히드록사메이트 프로뉴클레오티드 [(R_P)-45au] 의 합성.

미정제 (RP)-45au 를, (SP)-15au 를 (RP)-7tt 대신 사용해 실시예 291 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 309. (R_P)-4-N-벤조일-싸이티딘-2'-일 유리딘-5'-일 포스포네이트의 아실히드록사메이트 프로뉴클레오티드 [(R_P)-45cu] 의 합성.

미정제 (RP)-45cu 를, (SP)-15cu 를 (RP)-7tt 대신 사용해 실시예 291 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 310. (R_P)-2-N-페녹시아세틸-구아노신-2'-일 유리딘-5'-일 H-포스포네이트의 아실히드록사메이트 프로뉴클레오티드 [(R_P)-45gu] 의 합성.

미정제 (RP)-45gu 를, (SP)-15gu 를 (RP)-7tt 대신 사용해 실시예 291 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 311. (S_P)-유리딘-2'-일 유리딘-5'-일 포스포네이트의 아실히드록사메이트 프로뉴클레오티드 [(S_P)-45uu] 의 합성.

미정제 (SP)-45uu 를, (SP)-15uu 를 (RP)-7tt 대신 사용해 실시예 291 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 312. (S_P)-6-N-벤조일-아데노신-2'-일 유리딘-5'-일 포스포네이트의 아실히드록사메이트 프로뉴클레오티드 [(S_P)-45au] 의 합성.

미정제 (SP)-45au 를, (SP)-15au 를 (RP)-7tt 대신 사용해 실시예 291 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 313. (S_P)-4-N-벤조일-싸이티딘-2'-일 유리딘-5'-일 포스포네이트의 아실히드록사메이트 프로뉴클레오티드 [(S_P)-45cu] 의 합성.

미정제 (SP)-45cu 를, (SP)-15cu 를 (RP)-7tt 대신 사용해 실시예 291 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 314. (S_P)-2-N-페녹시아세틸-구아노신-2'-일 유리딘-5'-일 포스포네이트의 아실히드록사메이트 프로뉴클레오티드 [(S_P)-45gu] 의 합성.

미정제 (SP)-45gu 를, (SP)-15gu 를 (RP)-7tt 대신 사용해 실시예 291 에 기재된 바와 같이 제조했다.

반응식 S: 티오트리알킬암모늄에틸 프로뉴클레오티드의 합성.

실시예 315. 반응식 S 에 기재된 바와 같은 (R_P)-티미딘-3'-일 티미딘-5'-일 포스포로티오에이트의 티오트리알킬암모늄에틸 프로뉴클레오티드 [(R_P)-46tt] 의 합성.

(SP)-1,8-디아자비시클로[5.4.0]운데크-7-에늄 5'-0-(tert-부틸디페닐실릴)티미딘-3'-일 3'-0-(tert-부틸디메틸실릴)티미딘-5'-일 포스포로티오에이트 [(SP)-4tt] (100 μmol) 를 무수피리딘을 이용한 반복되는 공동증발로 건조시키고, 이어서 무수 메틸렌 클로라이드 (1 mL) 에 용해시켰다. 혼합물을 무수 (100 μmol) 메틸렌 클로라이드 중 비닐트리메틸암모늄 클로라이드 (100 μmol) 로 처리했다. 1 시간 후, 혼합물을 농축하고, 이어서 트리에틸아민 트리히드로플루오라이드 (500 μL) 에 용해시켰다. 혼합물을 15 h 동안 실온에서 교반했다. 이어서, 0.1 M 암모늄 아세테이트 완충액 (2.5 mL) 을 혼합물에 첨가하고, 혼합물을 Et₂0 (3×3 mL) 로 세척했다. 조합한 유기층을 0.1 M 암모늄 아세테이트 완충액 (3 mL) 으로 역추출했다. 이어서, 조합한 수층을 감압 하에 건조시까지 농축하고, 잔사를 역상 컬럼 크로마토그래피로 정제하여 [0.1 M 암모늄 아세테이트 완충액 (pH 7.0) 중 0 내지 10% 의 아세토니트릴의 선형 구배], (RP)-46tt 를 수득했다.

실시예 316. (R_P)-6-N-벤조일-데옥시아데노신-3'-일 티미딘-5'-일 포스포로티오에이트의 티오트리알킬암모늄에틸 프로뉴클레오티드 [(R_P)-46at] 의 합성.

미정제 (RP)-46at 를, (RP)-4at 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 315 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 317. (R_P)-4-N-벤조일-데옥시싸이티딘-3'-일 티미딘-5'-일 포스포로티오에이트의 티오트리알킬암모늄에틸 프로뉴클레오티드 [(R_P)-46ct] 의 합성.

미정제 (RP)-46ct 를, (RP)-4ct 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 315 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 318. (R_P)-2-N-페녹시아세틸-데옥시구아노신-3'-일 티미딘-5'-일 포스포로티오에이트의 티오트리알킬암모늄에틸 프로뉴클레오티드 [(R_P)-46gt] 의 합성.

미정제 (RP)-46gt 를, (RP)-4g 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 315 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 319. (S_P)-티미딘-3'-일 티미딘-5'-일 포스포로티오에이트의 티오트리알킬암모늄에틸 프로뉴클레오티드 [(S_P)-46tt] 의 합성.

미정제 (SP)-46tt 를, (SP)-4tt 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 315 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 320. (S_P)-6-N-벤조일-데옥시아데노신-3'-일 티미딘-5'-일 포스포로티오에이트의 티오트리알킬암모늄에틸 프로뉴클레오티드 [(S_P)-46at] 의 합성.

미정제 (SP)-46at 를, (SP)-4at 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 315 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 321. (S_P)-4-N-벤조일-데옥시싸이티딘-3'-일 티미딘-5'-일 포스포로티오에이트의 티오트리알킬암모늄에틸 프로뉴클레오티드 [(S_P)-46ct] 의 합성.

미정제 (SP)-46ct 를, (SP)-4ct 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 315 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 322. (S_P)-2-N-페녹시아세틸-데옥시구아노신-3'-일 티미딘-5'-일 포스포로티오에이트의 티오트리알킬암모늄에틸 프로뉴클레오티드 [(S_P)-46gt] 의 합성.

미정제 (SP)-46gt 를, (SP)-4gt 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 315 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 323. (R_P)-유리딘-3'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 티오트리알킬암모늄에틸 프로뉴클레오티드 [(R_P)-46uu] 의 합성.

미정제 (RP)-46uu 를, (RP)-10uu 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 315 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 324. (R_P)-6-N-벤조일-아데노신-3'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 티오트리알킬암모늄에틸 프로뉴클레오티드 [(R_P)-46au] 의 합성.

미정제 (RP)-46au 를, (RP)-10au 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 315 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 325. (R_P)-4-N-벤조일-싸이티딘-3'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 티오트리알킬암모늄에틸 프로뉴클레오티드 [(R_P)-46cu] 의 합성.

미정제 (RP)-46cu 를, (RP)-10cu 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 315 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 326. (R_P)-2-N-페녹시아세틸-구아노신-3'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 티오트리알킬암모늄에틸 프로뉴클레오티드 [(R_P)-46gu] 의 합성.

미정제 (RP)-46gu 를, (RP)-10gu 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 315 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 327. (S_P)-유리딘-3'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 티오트리알킬암모늄에틸 프로뉴클레오티드 [(S_P)-46uu] 의 합성.

미정제 (SP)-46uu 를, (SP)-10uu 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 315 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 328. (S_P)-6-N-벤조일-아데노신-3'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 티오트리알킬암모늄에틸 프로뉴클레오티드 [(S_P)-46au] 의 합성.

미정제 (SP)-46au 를, (SP)-10au 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 315 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 329. (S_P)-4-N-벤조일-싸이티딘-3'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 티오트리알킬암모늄에틸 프로뉴클레오티드 [(S_P)-46cu] 의 합성.

미정제 (SP)-46cu 를, (SP)-10au 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 315 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 330. (S_P)-2-N-페녹시아세틸-구아노신-3'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 티오트리알킬암모늄에틸 프로뉴클레오티드 [(S_P)-46gu] 의 합성.

미정제 (SP)-46gu 를, (SP)-10gu 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 315 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 331. (R_P)-유리딘-2'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 티오트리알킬암모늄에틸 프로뉴클레오티드 [(R_P)-47uu] 의 합성.

미정제 (SP)-47uu 를, (SP)-14uu 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 315 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 332. (R_P)-6-N-벤조일-아데노신-2'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 티오트리알킬암모늄에틸 프로뉴클레오티드 [(R_P)-47au] 의 합성.

미정제 (RP)-47au 를, (SP)-14au 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 315 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 333. (R_P)-4-N-벤조일-싸이티딘-2'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 티오트리알킬암모늄에틸 프로뉴클레오티드 [(R_P)-47cu] 의 합성.

미정제 (RP)-47cu 를, (SP)-14cu 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 315 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 334. (R_P)-2-N-페녹시아세틸-구아노신-2'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 티오트리알킬암모늄에틸 프로뉴클레오티드 [(R_P)-47gu] 의 합성.

미정제 (RP)-47gu 를, (SP)-14gu 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 315 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 335. (S_P)-유리딘-2'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 티오트리알킬암모늄에틸 프로뉴클레오티드 [(S_P)-47uu] 의 합성.

실시예 336. (S_P)-6-N-벤조일-아데노신-2'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 티오트리알킬암모늄에틸 프로뉴클레오티드 [(S_P)-47au] 의 합성.

미정제 (SP)-47au 를, (SP)-14au 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 315 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 337. (S_P)-4-N-벤조일-싸이티딘-2'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 티오트리알킬암모늄에틸 프로뉴클레오티드 [(S_P)-47cu] 의 합성.

미정제 (SP)-47cu 를, (SP)-14cu 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 315 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 338. (S_P)-2-N-페녹시아세틸-구아노신-2'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 티오트리알킬암모늄에틸 프로뉴클레오티드 [(S_P)-47gu] 의 합성.

미정제 (SP)-47gu 를, (SP)-14gu 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 315 에 기재된 바와 같이 제조했다.

반응식 T: 티오 N- 알킬히드록사메이트 프로뉴클레오티드의 합성.

실시예 339. 반응식 T 에 기재된 바와 같은 (R_P)-티미딘-3'-일 티미딘-5'-일 포스포로티오에이트의 티오 N-알킬히드록사메이트 프로뉴클레오티드 [(R_P)-48tt] 의 합성.

(SP)-1,8-디아자비시클로[5.4.0]운데크-7-에늄 5'-O-(tert-부틸디페닐실릴)티미딘-3'-일 3'-0-(tert-부틸디메틸실릴)티미딘-5'-일 포스포로티오에이트 [(SP)-4tt] (100 μmol) 를 무수피리딘을 이용한 반복되는 공동증발로 건조시키고, 이어서 무수 메틸렌 클로라이드 (1 mL) 에 용해시켰다. 혼합물을 무수 (100 μmol) 메틸렌 클로라이드 중 N,O-디메틸아크릴아미드 (100 μmol) 로 처리했다. 1 시간 후, 혼합물을 농축하고, 이어서 트리에틸아민 트리히드로플루오라이드 (500 μL) 에 용해시켰다. 혼합물을 15 h 동안 실온에서 교반했다. 이어서, 0.1 M 암모늄 아세테이트 완충액 (2.5 mL) 을 혼합물에 첨가하고, 혼합물을 Et₂0 (3×3 mL) 로 세척했다. 조합한 유기층을 0.1 M 암모늄 아세테이트 완충액 (3 mL) 으로 역추출했다. 이어서, 조합한 수층을 감압 하에 건조시까지 농축하고, 잔사를 역상 컬럼 크로마토그래피로 정제하여 [0.1 M 암모늄 아세테이트 완충액 (pH 7.0) 중 0 내지 10% 의 아세토니트릴의 선형 구배], (RP)-48tt 를 수득했다.

실시예 340. (R_P)-6-N-벤조일-데옥시아데노신-3'-일 티미딘-5'-일 포스포로티오에이트의 티오 N-알킬히드록사메이트 프로뉴클레오티드 [(R_P)-48at] 의 합성.

미정제 (RP)-48at 를, (RP)-4at 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 339 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 341. (R_P)-4-N-벤조일-데옥시싸이티딘-3'-일 티미딘-5'-일 포스포로티오에이트의 티오 N-알킬히드록사메이트 프로뉴클레오티드 [(R_P)-48ct] 의 합성.

미정제 (RP)-48ct 를, (RP)-4ct 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 339 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 342. (R_P)-2-N-페녹시아세틸-데옥시구아노신-3'-일 티미딘-5'-일 포스포로티오에이트의 티오 N-알킬히드록사메이트 프로뉴클레오티드 [(R_P)-48gt] 의 합성.

미정제 (RP)-48gt 를, (RP)-4g 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 339 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 343. (S_P)-티미딘-3'-일 티미딘-5'-일 포스포로티오에이트의 티오 N-알킬히드록사메이트 프로뉴클레오티드 [(S_P)-48tt] 의 합성.

미정제 (SP)-48tt 를, (SP)-4tt 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 339 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 344. (S_P)-6-N-벤조일-데옥시아데노신-3'-일 티미딘-5'-일 포스포로티오에이트의 티오 N-알킬히드록사메이트 프로뉴클레오티드 [(S_P)-48at] 의 합성.

미정제 (SP)-48at 를, (SP)-4at 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 339 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 345. (S_P)-4-N-벤조일-데옥시싸이티딘-3'-일 티미딘-5'-일 포스포로티오에이트의 티오 N-알킬히드록사메이트 프로뉴클레오티드 [(S_P)-48ct] 의 합성.

미정제 (SP)-48ct 를, (SP)-4ct 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 339 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 346. (S_P)-2-N-페녹시아세틸-데옥시구아노신-3'-일 티미딘-5'-일 포스포로티오에이트의 티오 N-알킬히드록사메이트 프로뉴클레오티드 [(S_P)-48gt] 의 합성.

미정제 (SP)-48gt 를, (SP)-4gt 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 339 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 347. (R_P)-유리딘-3'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 티오 N-알킬히드록사메이트 프로뉴클레오티드 [(R_P)-48uu] 의 합성.

미정제 (RP)-48uu 를, (RP)-10uu 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 339 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 348. (R_P)-6-N-벤조일-아데노신-3'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 티오 N-알킬히드록사메이트 프로뉴클레오티드 [(R_P)-48au] 의 합성.

미정제 (RP)-48au 를, (RP)-10au 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 339 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 349. (R_P)-4-N-벤조일-싸이티딘-3'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 티오 N-알킬히드록사메이트 프로뉴클레오티드 [(R_P)-48cu] 의 합성.

미정제 (RP)-48cu 를, (RP)-10cu 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 339 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 350. (R_P)-2-N-페녹시아세틸-구아노신-3'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 티오 N-알킬히드록사메이트 프로뉴클레오티드 [(R_P)-48gu] 의 합성.

미정제 (RP)-48gu 를, (RP)-10gu 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 339 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 351. (S_P)-유리딘-3'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 티오 N-알킬히드록사메이트 프로뉴클레오티드 [(S_P)-48uu] 의 합성.

미정제 (SP)-48uu 를, (SP)-10uu 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 339 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 352. (S_P)-6-N-벤조일-아데노신-3'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 티오 N-알킬히드록사메이트 프로뉴클레오티드 [(S_P)-48au] 의 합성.

미정제 (SP)-48au 를, (SP)-10au 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 339 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 353. (S_P)-4-N-벤조일-싸이티딘-3'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 티오 N-알킬히드록사메이트 프로뉴클레오티드 [(S_P)-48cu] 의 합성.

미정제 (SP)-48cu 를, (SP)-10au 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 339 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 354. (S_P)-2-N-페녹시아세틸-구아노신-3'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 티오 N-알킬히드록사메이트 프로뉴클레오티드 [(S_P)-48gu] 의 합성.

미정제 (SP)-48gu 를, (SP)-10gu 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 339 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 355. (R_P)-유리딘-2'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 티오 N-알킬히드록사메이트 프로뉴클레오티드 [(R_P)-49uu] 의 합성.

미정제 (SP)-49uu 를, (SP)-14uu 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 339 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 356. (R_P)-6-N-벤조일-아데노신-2'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 티오 N-알킬히드록사메이트 프로뉴클레오티드 [(R_P)-49au] 의 합성.

미정제 (RP)-49au 를, (SP)-14au 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 339 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 357. (R_P)-4-N-벤조일-싸이티딘-2'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 티오 N-알킬히드록사메이트 프로뉴클레오티드 [(R_P)-49cu] 의 합성.

미정제 (RP)-49cu 를, (SP)-14cu 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 339 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 358. (R_P)-2-N-페녹시아세틸-구아노신-2'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 티오 N-알킬히드록사메이트 프로뉴클레오티드 [(R_P)-49gu] 의 합성.

미정제 (RP)-49gu 를, (SP)-14gu 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 339 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 359. (S_P)-유리딘-2'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 티오 N-알킬히드록사메이트 프로뉴클레오티드 [(S_P)-49uu] 의 합성.

실시예 360. (S_P)-6-N-벤조일-아데노신-2'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 티오 N-알킬히드록사메이트 프로뉴클레오티드 [(S_P)-49au] 의 합성.

미정제 (SP)-49au 를, (SP)-14au 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 339 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 361. (S_P)-4-N-벤조일-싸이티딘-2'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 티오 N-알킬히드록사메이트 프로뉴클레오티드 [(S_P)-49cu] 의 합성.

미정제 (SP)-49cu 를, (SP)-14cu 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 339 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 362. (S_P)-2-N-페녹시아세틸-구아노신-2'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 티오 N-알킬히드록사메이트 프로뉴클레오티드 [(S_P)-49gu] 의 합성.

미정제 (SP)-49gu 를, (SP)-14gu 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 339 에 기재된 바와 같이 제조했다.

반응식 U: 티오 N- 아세톡시히드록사메이트 프로뉴클레오티드의 합성.

실시예 363. 반응식 U 에 기재된 바와 같은 (R_P)-티미딘-3'-일 티미딘-5'-일 포스포로티오에이트의 티오 N-아세톡시히드록사메이트 프로뉴클레오티드 [(R_P)-50tt] 의 합성.

(SP)-1,8-디아자비시클로[5.4.0]운데크-7-에늄 5'-O-(tert-부틸디페닐실릴)티미딘-3'-일 3'-0-(tert-부틸디메틸실릴)티미딘-5'-일 포스포로티오에이트 [(SP)-4tt] (100 μmol) 를 무수피리딘을 이용한 반복되는 공동증발로 건조시키고, 이어서 무수 메틸렌 클로라이드 (1 mL) 에 용해시켰다. 혼합물을 무수 (100 μmol) 메틸렌 클로라이드 중 N-메틸-N-아세톡시-아크릴아미드 (100 μmol) 로 처리했다. 1 시간 후, 혼합물을 농축하고, 이어서 트리에틸아민 트리히드로플루오라이드 (500 μL) 에 용해시켰다. 혼합물을 15 h 동안 실온에서 교반했다. 이어서, 0.1 M 암모늄 아세테이트 완충액 (2.5 mL) 을 혼합물에 첨가하고, 혼합물을 Et₂0 (3×3 mL) 로 세척했다. 조합한 유기층을 0.1 M 암모늄 아세테이트 완충액 (3 mL) 으로 역추출했다. 이어서, 조합한 수층을 감압 하에 건조시까지 농축하고, 잔사를 역상 컬럼 크로마토그래피로 정제하여 [0.1 M 암모늄 아세테이트 완충액 (pH 7.0) 중 0 내지 10% 아세토니트릴의 선형 구배], (RP)-50tt 를 수득했다.

실시예 364. (R_P)-6-N-벤조일-데옥시아데노신-3'-일 티미딘-5'-일 포스포로티오에이트의 티오 N-아세톡시히드록사메이트 프로뉴클레오티드 [(R_P)-50at] 의 합성.

미정제 (RP)-50at 를, (RP)-4at 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 363 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 365. (R_P)-4-N-벤조일-데옥시싸이티딘-3'-일 티미딘-5'-일 포스포로티오에이트의 티오 N-아세톡시히드록사메이트 프로뉴클레오티드 [(R_P)-50ct] 의 합성.

미정제 (RP)-50ct 를, (RP)-4ct 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 363 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 366. (R_P)-2-N-페녹시아세틸-데옥시구아노신-3'-일 티미딘-5'-일 포스포로티오에이트의 티오 N-아세톡시히드록사메이트 프로뉴클레오티드 [(R_P)-50gt] 의 합성.

미정제 (RP)-50gt 를, (RP)-4g 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 363 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 367. (S_P)-티미딘-3'-일 티미딘- 5'-일 포스포로티오에이트의 티오 N-아세톡시히드록사메이트 프로뉴클레오티드 [(S_P)-50tt] 의 합성.

미정제 (SP)-50tt 를, (SP)-4tt 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 363 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 368. (S_P)-6-N-벤조일-데옥시아데노신-3'-일 티미딘-5'-일 포스포로티오에이트의 티오 N-아세톡시히드록사메이트 프로뉴클레오티드 [(S_P)-50at] 의 합성.

미정제 (SP)-50at 를, (SP)-4at 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 363 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 369. (S_P)-4-N-벤조일-데옥시싸이티딘-3'-일 티미딘-5'-일 포스포로티오에이트의 티오 N-아세톡시히드록사메이트 프로뉴클레오티드 [(S_P)-50ct] 의 합성.

미정제 (SP)-50ct 를, (SP)-4ct 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 363 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 370. (S_P)-2-N-페녹시아세틸-데옥시구아노신-3'-일 티미딘-5'-일 포스포로티오에이트의 티오 N-아세톡시히드록사메이트 프로뉴클레오티드 [(S_P)-50gt] 의 합성.

미정제 (SP)-50gt 를, (SP)-4gt 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 363 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 371. (R_P)-유리딘-3'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 티오 N-아세톡시히드록사메이트 프로뉴클레오티드 [(R_P)-50uu] 의 합성.

미정제 (RP)-50uu 를, (RP)-10uu 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 363 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 372. (R_P)-6-N-벤조일-아데노신-3'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 티오 N-아세톡시히드록사메이트 프로뉴클레오티드 [(R_P)-50au] 의 합성.

미정제 (RP)-50au 를, (RP)-10au 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 363 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 373. (R_P)-4-N-벤조일-싸이티딘-3'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 티오 N-아세톡시히드록사메이트 프로뉴클레오티드 [(R_P)-50cu] 의 합성.

미정제 (RP)-50cu 를, (RP)-10cu 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 363 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 374. (R_P)-2-N-페녹시아세틸-구아노신-3'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 티오 N-아세톡시히드록사메이트 프로뉴클레오티드 [(R_P)-50gu] 의 합성.

미정제 (RP)-50gu 를, (RP)-10gu 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 363 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 375. (S_P)-유리딘-3'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 티오 N-아세톡시히드록사메이트 프로뉴클레오티드 [(S_P)-50uu] 의 합성.

미정제 (SP)-50uu 를, (SP)-10uu 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 363 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 376. (S_P)-6-N-벤조일-아데노신-3'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 티오 N-아세톡시히드록사메이트 프로뉴클레오티드 [(S_P)-50au] 의 합성.

미정제 (SP)-50au 를, (SP)-10au 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 363 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 377. (S_P)-4-N-벤조일-싸이티딘-3'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 티오 N-아세톡시히드록사메이트 프로뉴클레오티드 [(S_P)-50cu] 의 합성.

미정제 (SP)-50cu 를, (SP)-10au 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 363 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 378. (S_P)-2-N-페녹시아세틸-구아노신-3'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 티오 N-아세톡시히드록사메이트 프로뉴클레오티드 [(S_P)-50gu] 의 합성.

미정제 (SP)-50gu 를, (SP)-10gu 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 363 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 379. (R_P)-유리딘-2'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 티오 N-아세톡시히드록사메이트 프로뉴클레오티드 [(R_P)-51uu] 의 합성.

미정제 (SP)-51uu 를, (SP)-14uu 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 363 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 380. (R_P)-6-N-벤조일-아데노신-2'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 티오 N-아세톡시히드록사메이트 프로뉴클레오티드 [(R_P)-51au] 의 합성.

미정제 (RP)-51au 를, (SP)-14au 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 363 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 381. (R_P)-4-N-벤조일-싸이티딘-2'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 티오 N-아세톡시히드록사메이트 프로뉴클레오티드 [(R_P)-51cu] 의 합성.

미정제 (RP)-51cu 를, (SP)-14cu 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 363 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 382. (R_P)-2-N-페녹시아세틸-구아노신-2'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 티오 N-아세톡시히드록사메이트 프로뉴클레오티드 [(R_P)-51gu] 의 합성.

미정제 (RP)-51gu 를, (SP)-14gu 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 363 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 383. (S_P)-유리딘-2'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 티오 N-아세톡시히드록사메이트 프로뉴클레오티드 [(S_P)-51uu] 의 합성.

실시예 384. (S_P)-6-N-벤조일-아데노신-2'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 티오 N-아세톡시히드록사메이트 프로뉴클레오티드 [(S_P)-51au] 의 합성.

미정제 (SP)-51au 를, (SP)-14au 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 363 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 385. (S_P)-4-N-벤조일-싸이티딘-2'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 티오 N-아세톡시히드록사메이트 프로뉴클레오티드 [(S_P)-51cu] 의 합성.

미정제 (SP)-51cu 를, (SP)-14cu 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 363 에 기재된 바와 같이 제조했다.

실시예 386. (S_P)-2-N-페녹시아세틸-구아노신-2'-일 유리딘-5'-일 포스포로티오에이트의 티오 N-아세톡시히드록사메이트 프로뉴클레오티드 [(S_P)-51gu] 의 합성.

미정제 (SP)-51gu 를, (SP)-14gu 를 (RP)-4tt 대신 사용하여 실시예 363 에 기재된 바와 같이 제조했다.

반응식 V: 티오트리알킬암모늄에틸 프로뉴클레오티드의 합성.

실시예 387. 반응식 V 에 기재된 바와 같은 (R_P)-티미딘-3'-일 티미딘-5'-일 포스포로티오에이트의 티오트리알킬암모늄에틸 프로뉴클레오티드 [(R_P)-53tt] 의 합성.

(SP)-1,8-디아자비시클로[5.4.0]운데크-7-에늄 5'-0-(디메톡시트리티)티미딘-3'-일 3'-O-(디메톡시트리트)티미딘-5'-일 포스포로티오에이트 [(SP)-52tt] 를 실시예 1 에서 화합물 4tt 의 제조에 사용한 동일한 방법으로 제조했다 (반응식 A). 화합물 (SP)-52tt (100 μmol) 를 무수피리딘을 이용한 반복되는 공동증발로 건조시키고, 이어서 무수 디메틸포름아미드 (1 mL) 에 용해시켰다. 혼합물을 무수 DMF (0.5 mL) 중 2-요오도에틸 트리메틸암모늄 요오다이드 (100 μmol) 로 처리했다. 1 시간 후, 혼합물을 농축하고, 이어서 CH₂Cl₂ (1000 μL) 에 용해시키고, 트리클로로아세트산 (50 μmol) 을 첨가했다. 혼합물을 15 h 동안 실온에서 교반했다. 이어서, 0.1 M 암모늄 아세테이트 완충액 (2.5 mL) 을 혼합물에 첨가하고, 혼합물을 Et₂O (3×3 mL) 로 세척했다. 조합한 유기층을 0.1 M 암모늄 아세테이트 완충액 (3 mL) 으로 역추출했다. 이어서, 조합한 수층을 감압 하에 건조시까지 농축하고, 잔사를 역상 컬럼 크로마토그래피로 정제하여 [0.1 M 암모늄 아세테이트 완충액 (pH 7.0) 중 0 내지 10% 아세토니트릴의 선형 구배], (RP)-53tt 를 수득했다.

반응식 W: 티오트리알킬암모늄에틸 프로뉴클레오티드의 합성.

실시예 388. 반응식 W 에 기재된 바와 같은 (R_P)-티미딘-3'-일 티미딘-5'-일 포스포로티오에이트의 디설파이드 프로뉴클레오티드 [(R_P)-54tt] 의 합성.

화합물 (SP)-52tt (100 μmol) 를 무수피리딘을 이용한 반복되는 공동증발로 건조시키고, 이어서 무수 에탄올 (1 mL) 에 용해시켰다. 혼합물을 무수 (100 μmol) 에탄올 중 p-니트로벤젠 술페닐 클로라이드 (200 μmol) 로 처리했다. 1 시간 후, 혼합물을 농축하고, 이어서 CH₂Cl₂ (1000 μL) 에 용해시키고, 트리클로로아세트산 (50 μmol) 을 첨가했다. 혼합물을 15 h 동안 실온에서 교반했다. 이어서, 0.1 M 암모늄 아세테이트 완충액 (2.5 mL) 을 혼합물에 첨가하고, 혼합물을 Et₂0 (3×3 mL) 로 세척했다. 조합한 유기층을 0.1 M 암모늄 아세테이트 완충액 (3 mL) 으로 역추출했다. 이어서, 조합한 수층을 감압 하에 건조시까지 농축하고, 잔사를 역상 컬럼 크로마토그래피로 정제하여 [0.1 M 암모늄 아세테이트 완충액 (pH 7.0) 중 아세토니트릴 0 내지 10% 의 선형 구배], (RP)-54tt 를 수득했다.

반응식 X: 2- 티오피발릴에틸 핵산 프로드러그의 합성.

실시예 389. 반응식 X 에 기재된 바와 같은 (R_P)-티미딘-3'-일 티미딘-5'-일 포스포네이트의 2-티오피발릴에틸 핵산 프로드러그 [(R_P)-56tt] 의 합성.

(RP)-5'-0-(디메톡시트리틸)티미딘-3'-일 3'-0-(디메톡시트리틸)티미딘-5'-일 H-포스포네이트 [(RP)-55tt] 를 실시예 8 에서 화합물 7tt 의 제조에 사용된 동일한 방법으로 제조했다 (반응식 B). 화합물 (RP)-55tt (100 μmol) 를 무수피리딘을 이용한 반복되는 공동증발로 건조시키고, 이어서 무수 피리딘 (1 mL) 에 용해시켰다. N-클로로숙신이미드 (0.1 mmol) 를 첨가하고, 혼합물을 2 시간 동안 0℃ 에서 교반했다. 혼합물을 농축하고, 무수 피리딘 (1 mL) 에 용해시켰다. 상기 혼합물을 무수 (100 μmol) 피리딘 중 2-히드록시에틸티오피발레이트 (100 μmol) 로 처리했다. 1 시간 후, 혼합물을 농축하고, 이어서 CH₂Cl₂ (1000 μL) 에 용해시키고, 트리클로로아세트산 (50 μmol) 을 첨가했다. 혼합물을 15 h 동안 실온에서 교반했다. 이어서, 0.1 M 암모늄 아세테이트 완충액 (2.5 mL) 을 혼합물에 첨가하고, 혼합물을 Et₂0 (3×3 mL) 로 세척했다. 조합한 유기층을 0.1 M 암모늄 아세테이트 완충액 (3 mL) 으로 역추출했다. 이어서, 조합한 수층을 감압 하에 건조시까지 농축하고, 잔사를 역상 컬럼 크로마토그래피로 정제하여 [0.1 M 암모늄 아세테이트 완충액 (pH 7.0) 중 아세토니트릴 0 내지 10% 의 선형 구배], (RP)-56tt 를 수득했다.

반응식 Y: 2- 카르보에톡시에틸 핵산 프로드러그의 합성.

실시예 390. 반응식 Y 에 기재된 바와 같은 (R_P)-티미딘-3'-일 티미딘-5'-일 포스포네이트의 2-카르보에톡시에틸 핵산 프로드러그 [(R_P)-57tt] 의 합성.

화합물 (RP)-55tt (100 μmol) 을 무수피리딘을 이용한 반복되는 공동증발로 건조시키고, 이어서 무수 피리딘 (1 mL) 에 용해시켰다. N-클로로숙신이미드 (0.1 mmol) 를 첨가하고, 혼합물을 2 시간 동안 0℃ 에서 교반했다. 혼합물을 농축하고, 무수 피리딘 (1 mL) 에 용해시켰다. 상기 혼합물을 무수 (100 μmol) 피리딘 중 에틸 2-히드록시에틸프로피오네이트 (100 μmol) 로 처리했다. 1 시간 후, 혼합물을 농축하고, 이어서 CH₂Cl₂ (1000 μL) 에 용해시키고, 트리클로로아세트산 (50 μmol) 을 첨가했다. 혼합물을 15 h 동안 실온에서 교반했다. 0.1 M 암모늄 아세테이트 완충액 (2.5 mL) 을 이어서 혼합물에 첨가하고, 혼합물을 Et₂0 (3×3 mL) 로 세척했다. 조합한 유기층을 0.1 M 암모늄 아세테이트 완충액 (3 mL) 으로 역추출했다. 이어서, 조합한 수층을 감압 하에 건조시까지 농축하고, 잔사를 역상 컬럼 크로마토그래피로 정제하여 [0.1 M 암모늄 아세테이트 완충액 (pH 7.0) 중 아세토니트릴 0 내지 10% 의 선형 구배], (RP)-57tt 를 수득했다.

반응식 Z: 티오(시클로헥실)아실옥시 프로뉴클레오티드의 합성.

실시예 391. 반응식 Z 에 기재된 바와 같은 (R_P)-티미딘-3'-일 티미딘-5'-일 포스포로티오에이트의 티오(시클로헥실)아실옥시 프로뉴클레오티드 [(R_P)-58tt] 의 합성.

화합물 (SP)-52tt (100 μmol) 을 무수피리딘을 이용한 반복되는 공동증발로 건조시키고, 이어서 무수 메틸렌 클로라이드 (1 mL) 에 용해시켰다. 혼합물을 무수 (100 μmol) 메틸렌 클로라이드 중 클로로메틸시클로헥실아세트 아세테이트 (100 μmol) 로 처리했다. 1 시간 후, 혼합물을 농축하고, 이어서 CH₂Cl₂ (1000 μL) 에 용해시키고, 트리클로로아세트산 (50 μmol) 을 첨가했다. 혼합물을 15 h 동안 실온에서 교반했다. 0.1 M 암모늄 아세테이트 완충액 (2.5 mL) 을 이어서 혼합물에 첨가하고, 혼합물을 Et₂O (3×3 mL) 로 세척했다. 조합한 유기층을 0.1 M 암모늄 아세테이트 완충액 (3 mL) 으로 역추출했다. 이어서, 조합한 수층을 감압 하에 건조시까지 농축하고, 잔사를 역상 컬럼 크로마토그래피로 정제하여 [0.1 M 암모늄 아세테이트 완충액 (pH 7.0) 중 아세토니트릴 0 내지 10% 의 선형 구배], (RP)-58tt 를 수득했다.

반응식 AA : 2- 카르복시에틸 핵산 프로드러그의 합성.

실시예 392. 반응식 AA 에 기재된 바와 같은 (R_P)-티미딘-3'-일 티미딘-5'-일 포스포네이트의 2-카르복시에틸 핵산 프로드러그 [(R_P)-59tt] 의 합성.

화합물 (RP)-55tt (100 μmol) 를 무수피리딘을 이용한 반복되는 공동증발로 건조시키고, 이어서 무수 피리딘 (1 mL) 에 용해시켰다. N-클로로숙신이미드 (0.1 mmol) 를 첨가하고, 혼합물을 2 시간 동안 0℃ 에서 교반했다. 혼합물을 농축하고, 무수 피리딘 (1 mL) 에 용해시켰다. 혼합물을 무수 (100 μmol) 피리딘 중 tert-부틸 2-히드록시에틸프로피오네이트 (100 μmol) 로 처리했다. 1 시간 후, 혼합물을 농축하고, 이어서 CH₂Cl₂ (1000 μL) 에 용해시키고, 트리클로로아세트산 (50 μmol) 를 첨가했다. 혼합물을 15 h 동안 실온에서 교반했다. 0.1 M 암모늄 아세테이트 완충액 (2.5 mL) 을 이어서 혼합물에 첨가하고, 혼합물을 Et20 (3×3 mL) 로 세척했다. 조합한 유기층을 0.1 M 암모늄 아세테이트 완충액 (3 mL) 으로 역추출했다. 이어서, 조합한 수층을 감압 하에 건조시까지 농축하고, 잔사를 역상 컬럼 크로마토그래피로 정제하여 [0.1 M 암모늄 아세테이트 완충액 (pH 7.0) 중 아세토니트릴 0 내지 10% 의 선형 구배], (RP)-59tt 를 수득했다.

반응식 BB : 2-((2- 히드록시에틸 ) 디설파이드 )에틸 핵산 프로드러그의 합성.

실시예 393. 반응식 BB 에 기재된 바와 같은 (R_P)-티미딘-3'-일 티미딘-5'-일 포스포네이트의 2-((2-히드록시에틸)디설파이드)에틸 핵산 프로드러그 [(R_P)-60tt] 의 합성.

화합물 (RP)-7tt (100 μmol) 을 무수피리딘을 이용한 반복되는 공동증발로 건조시키고, 이어서 무수 피리딘 (1 mL) 에 용해시켰다. N-클로로숙신이미드 (0.1 mmol) 를 첨가하고, 혼합물을 2 시간 동안 0℃ 에서 교반하고, 무수 피리딘 (1 mL) 에 용해시켰다. 상기 혼합물을 무수 (100 μmol) 피리딘 중 2-((2-(tert-부틸디페닐실릴옥시)에틸)디술파닐)에탄올 (100 μmol) 로 처리했다. 1 시간 후, 혼합물을 농축하고, 이어서 트리에틸아민 트리히드로플루오라이드 (500 μL) 에 용해시켰다. 혼합물을 15 h 동안 실온에서 교반했다. 0.1 M 암모늄 아세테이트 완충액 (2.5 mL) 을 이어서 혼합물에 첨가하고, 혼합물을 Et₂0 (3×3 mL) 로 세척했다. 조합한 유기층을 0.1 M 암모늄 아세테이트 완충액 (3 mL) 으로 역추출했다. 이어서, 조합한 수층을 감압 하에 건조시까지 농축하고, 잔사를 역상 컬럼 크로마토그래피로 정제하여 [0.1 M 암모늄 아세테이트 완충액 (pH 7.0) 중 아세토니트릴 0 내지 10% 의 선형 구배], (RP)-60tt 를 수득했다.

반응식 CC : 2-( 메탄술포노티오에이트 )에틸 핵산 프로드러그의 합성.

실시예 394. 반응식 CC 에 기재된 바와 같은 (R_P)-티미딘-3'-일 티미딘-5'-일 포스포네이트의 2-(메탄술포노티오에이트)에틸 핵산 프로드러그 [(R_P)-61tt] 의 합성.

화합물 (RP)-55tt (100 μmol) 를 무수피리딘을 이용한 반복되는 공동증발로 건조시키고, 이어서 무수 피리딘 (1 mL) 에 용해시켰다. N-클로로숙신이미드 (0.1 mmol) 를 첨가하고, 혼합물을 2 시간 동안 0℃ 에서 교반했다. 혼합물을 농축하고, 무수 피리딘 (1 mL) 에 용해시켰다. 상기 혼합물을 무수 (100 μmol) 피리딘 중 S-2-히드록시에틸 메탄술포노티오에이트 (100 μmol) 로 처리했다. 1 시간 후, 혼합물을 농축하고, 이어서 CH₂Cl₂ (1000 μL) 에 용해시키고, 트리클로로아세트산 (50 μmol) 을 첨가했다. 혼합물을 15 h 동안 실온에서 교반했다. 0.1 M 암모늄 아세테이트 완충액 (2.5 mL) 을 이어서 혼합물에 첨가하고, 혼합물을 Et₂0 (3×3 mL) 로 세척했다. 조합한 유기층을 0.1 M 암모늄 아세테이트 완충액 (3 mL) 으로 역추출했다. 이어서, 조합한 수층을 감압 하에 건조시까지 농축하고, 잔사를 역상 컬럼 크로마토그래피로 정제하여 [0.1 M 암모늄 아세테이트 완충액 (pH 7.0) 중 아세토니트릴 0 내지 10% 의 선형 구배], (RP)-61tt 를 수득했다.

반응식 DD : H- 포스포네이트 티미딘 이량체로부터의 프로드러그 분자의 합성

포스포트리에스테르를 제조하기 위한, 디뉴클레오시드 H-포스포네이트의 구별되는 부분입체이성질체 및 O-친핵체를 이용한 요오드 매개성 산화 커플링의 화학선택 및 입체선택이 당업계에 공지되어 있다 (Nucleosides, Nucleotides & Nucleic Acids 2003 vol. 22, Nos. 5-8, 1467-1469). 생성물들은 실리카 겔 크로마토그래피로 정제하고, ³¹P 및 ¹H NMR 분광계로 특징분석했다. 생성물들은 열역학적 연구를 위해 역상 HPLC 로 추가로 정제했다.

반응식 DD

i) I₂, ACN: Py(3:2), TBDPSCl 및 2-((2-((tert-부틸디메틸실릴)옥시)에틸)디술파닐)에탄올은 63a 에 대한 것임; 2-히드록시에틸 메탄술포네이트는 63b 에 대한 것이고, 63c) 2-히드록시에틸티오피발레이트

ii) 3% DCA/DCM

실시예 395. 63a, 63b 및 63c 의 합성을 위한 일반적인 과정 (반응식 DD)

(RP,SP)-5'-0-(4,4'-디메톡시트리틸)티미딘-3'-일 3'-0-(4,4'-디메톡시트리틸)티미딘-5'-일 H-포스포네이트 (62) (113.5 mg, 100 μmol) 를 고진공 하에 밤새 건조시키고, ACN (2 ml) 및 피리딘 (2 ml) 에 용해시켰다. tert-부틸디페닐실릴 클로라이드 (52 μL, 200 μmol) 및 I₂ (76 mg, 300 μmoles) 를 첨가했다. 반응 혼합물을 얼음에서 냉각시키고, ACN (2 mL) 에 용해시킨 각각의 알킬화제 (1 mmol) 를 반응 혼합물에 적가했다. 혼합물을 10 분간 아르곤 하에 교반했다. 미정제 반응 혼합물의 TLC 는 생성물로의 정량적인 변환을 보여줬다. 용매를 증발시키고, 잔사를 에틸 아세테이트에 용해시키고, 5% Na₂S₂O₃, 식염수로 세척하고, Na₂SO₄ 상에서 건조시켰다. 에틸 아세테이트 층을 감압 하에 농축했다. 잔사를 실리카 겔 컬럼으로 정제하여 (RP,SP)-5'-0-(4,4'-디메톡시트리틸)티미딘-3'-일 3'-O-(4,4'-디메톡시트리틸)티미딘-5'-일 포스포트리에스테르 63a, 63b 및 63c 를 80 내지 90% 수율로 수득했다.

64a, 64b 및 64c 의 합성을 위한 일반적인 과정

3% DCA/DCM 를 서서히 DMTr 보호된 트리에스테르에 첨가하고, 반응물을 실온에서의 교반을 위해 30 분간 정치시켰다. 반응물을 메탄올로 켄칭하고, 용매를 증발시키고, 잔사를 실리카 컬럼으로 정제했다. 화합물 63a 의 경우, TBDMS 탈보호가 동시에 일어났다. 화합물 64a, 64b 및 64c 를 정량적 수율로 수득했다.

64a, 64b 및 64c 의 HPLC 정제

역상 정제는 2487 UV 검출기, Phenomenex Luna 5u C18 (2) 100Å, 250x10 mm 컬럼 및 MassLynx v4.1 가 조합되어 있는 Waters 2525 BGM 를 이용해 수행했다. 물 및 아세토니트릴의 구배는 5 ml/분의 유속으로 사용되었다.

화합물 64a 및 64b 에 사용된 구배: 30 분 동안 10 내지 50% B

화합물 64c 에 사용된 구배: 30 분 동안 20 내지 60% B

생성물 정점은 254 및 280 nm 에서 모니터링했다.

분석 HPLC 조건

정량적 분석은 Empower software 가 조합되어 있는 자동화된 Alliance Waters e2695 HPLC 기기를 채용하는 역상 HPLC 로 수행했다. XBridge C18 3.5um, 4.6x150mm, Waters part# 186003034A 를 끼워 맞추고, 검출을 UV (254nm 및 280nm) 로 했다. 동일한 크로마토그램 내에 프로드러그, 중간체 및 방출되는 약물을 분할할 수 있는 구배 용출 시스템을 전개시켰다 (표 1); 이동상 A 는 수중 20 mM 암모늄 아세테이트로 이루어졌고; 이동상 B 는 아세토니트릴이었다.

표 1

실시예 396. 글루타티온 보조 프로드러그 방출

수중 20 μL 의 64 (2 O.D.), 100 μL 의 1OX PBS, 및 630 μL 의 H₂O 를 혼합했다. 상기 혼합물을 37 ℃ 로 설정한 핫 플레이트에 위치시켜 유지했다. 250 μL 의 새로 제조한 20 mM 환원된 L-글루타티온을 상기 혼합물에 첨가해, 세포질과 동등하게 반응 혼합물 내에 5 mM GSH 농도를 부여했다. 100 μl 분취물을 10 분, 20 분, 30 분, 40 분, 50 분, 60 분, 1.5 시간, 2 hr 및 2.5 hr 의 시간 간격으로 취했다. 각 분취물을 즉시 400 μl 의 100 mM 시트레이트 완충액 (pH 4) 으로 켄칭하고, 역상 HPLC 및 LC/MS 로 분석했다.

반응식 EE : 글루타티온 절단의 메커니즘

20 분 시점에 화합물 64b + GSH 의 반응 혼합물의 LCMS

Waters Acquity UPLC 및 SDS 를 사용해 프로드러그 방출 동한 생성물을 특징분석했다. XBridge cl8 3.5um, 4.6x150mm, Waters part# 186003034 는, 용매 시스템 A: 5 mM 암모늄 포르메이트/물 및 B: 아세토니트릴을, 표 2 에 제시한 선형 구배로 사용했다.

표 2

도 1 에서는 화합물 64a + GSH 의 대표적인 HPLC 프로파일이 제공된다.

도 2 에서는 화합물 64a, 글루타티온 부가물, 및 프로-부분으로부터의 방출 후 최종 생성물의 대표적인 HPLC 프로파일이 제공된다.

도 3 에서는, 화합물 64a 및 64b 가, 글루타티온 농도가 기질에 비해 과도하게 과량이라서, 반응 과정 동안 유효하게 상수로 남아있게 되어 유사 1 차 반응 열역학을 나타낸다. 출발 물질의 감소 및 생성물 형성에 대한 곡선은 거울 대칭형 이미지가 아닌데, 이는 디뉴클레오시드 트리에스테르의 글루타티온 부가물인 것을 특징으로 하는 중간체의 누적 때문이다 (도 2 및 도 4 참조).

실시예 397. 화합물 64c 의 카르복시에스테라아제 보조 절단

반응식 FF

돼지 간 에스테라아제 (Sigma Aldrich, 제품 번호: E2884) 는 3.2M 암모늄 설페이트 pH=8.0 에, 농도가 36 mg 단백질/mL 및 154 유닛/mg 단백질이 되도록 한 현탁액이었다. 제품 상세설명에 따르면, 1 유닛은 pH=8.0 에서 25℃ 에서 매 분 1 μM 의 에틸 부티레이트를 부티르산 및 에탄올로 가수분해한다. 10 μL 1×PBS 중 화합물 64c (0.10.D, 5.5 nmoles) 을 37℃ 에서 10 분간 인큐베이션했다. PLE 의 일련의 희석은 각각 10 μL 1×PBS 중에 1, 10-1, 10-2, 10-3, 10-4, 10-5, 10-6, 10-7, 10-8, 10-9 로부터의 유닛 농도를 가진 10 개의 바이알에서 수행했다. 단백질 용액을 37℃ 에서 10 분간 인큐베이션하고, 이어서 각각을 화합물 64c 를 포함하는 10 개의 바이알에 첨가했다. 혼합물을 37℃ 에서 30 분간 저장하고, 분석용 HPLC 및 LCMS 로 분석했다. 64c 를 1, 10-1 및 10-2 의 단백질 농도를 가진 바이알에서 포스포디에스테르로 완전히 변환시켰다. 부반응이 전혀 관찰되지 않았다. 10-6 내지 10-9 의 단백질 농도가 있는 바이알에서 반응이 없었다. 단백질 농도 10-3 및 10-4 를 포함하는 바이알에서는 약간의 생성물이 관찰되었다. 이는 상기 농도가 PLE 를 이용하는 프로드러그 방출의 열역학 연구에 적당하다는 점을 시사한다. 시간 의존적 열역학은 10-3 내지 10-4/약 6 nmole 범위의 화합물 64c 농도를 이용해 연구된다.

900 μL 의 1×PBS 중에 용해된 화합물 64c (5 O.D., 2.9 μmoles) 를 37℃ 에서 10 분간 인큐베이션했다. 100 μL 1×PBS 중 돼지 간 에스테라아제 (IU) 를 상기 혼합물에 첨가하고, 37℃ 에서 저장했다. 100 μL 의 분취물을 0 분, 15 분 및 45 분째에 취하고, 100 μL 아세토니트릴과 함께 켄칭하고, 시료를 빙욕에서 냉각시켰다. 시료를 용매 시스템 A: 5 mM 암모늄 포르메이트/물 및 B: 아세토니트릴이 표 3 에 제시된 선형 구배로 있는 XBridge C- 18 3.5 μm, 4.6 x 150 mm 상의 UPLC SQD 로 분석했다. 0 분째에는, 오직 화합물 64c 만이 관찰되었고, 15 분째에는 거의 50% 의 생성물이 형성되었고, 반응이 45 분째에 종료되었다. 이에, TpT 디에스테르 64c 는 임의의 중간체의 검출가능한 축적없이 카르복시에스테라아제 처리에 의해 방출되었다.

표 3

실시예 398. 췌장암의 치료

대상체에게 치료 유효량의 실시예 242 의 2'-5'-A3 S-아세틸-2-티오에틸 프로뉴클레오티드를 함유하는 조성물을 투여하는 것을 포함하는 췌장암을 가진 대상체의 치료 방법이 계획되었다. 치료는, 단독 제제로서 투여된 겜시타빈 또는 병용하여 투여된 겜시타빈 및 엘로티닙에 비해 증가된 종양 억제 증가를 달성할 것으로 예상된다.

실시예 399. 세포 침투 검정

P ³² - 표지된 핵산 약물

[³²P]dNTP 라디오뉴클레오티드 (Fisher Scientific, Pittsburgh, PA) 를 이용해 표지된 핵산 프로드러그 및 부모 약물을 제작해, 본원에 기재된 바와 같이 키랄 인 부분을 포함하는 핵산 분자 및 상응하는 부모 약물을 합성했다.

세포 배양 및 침투 시험

DMEM-10% FBS 에서 배양한 HeLa (착생 인간 자궁경부암) 세포 또는 90% RPMI 1640-10% FBS 에서 배양한 BxPC-3 (착생 인간 췌장 선암) 의 배양물을 선택했다. 세포 배양의 평판배양을 위해, 0.05% 트립신-EDTA 을 이용해 세포를 트립신처리했다. 포스페이트 완충 식염수 (PBS) 중의 표준 트립판 블루 염색을 통해 생활성 검정 및 세포 계수를 했다. 세포를 희석하고, 6-웰 포맷으로 1×10⁵ 세포/웰로 시딩했다. 37℃ 에서 5% CO₂ 분위기 중에 16 시간 동안, 또는 세포가 착생하여 80% 이상 컨플루언시에 도달할 때까지 인큐베이션했다.

표지된 프로드러그 혼합물을 프로드러그 시험 웰에 첨가하여 예정했던 최종 농도 범위를 달성하도록 했다 (예를 들어, 1 μM, 5 μM, 및 10 μM). 표지된 부모 약물 혼합물을 부모 약물 실험 웰에 첨가하여, 예정했던 최종 농도 범위를 달성했다 (예를 들어, 1 μM, 5 μM, 및 10 μM). 미처리 웰은 음성 대조군용으로 두었다. 세포를 예정한 시간 범위 (예를 들어, 15 분, 1 시간, 4 시간 및 8 시간) 동안 시험 처리와 함께 인큐베이션했다.

P ³² 검출 및 프로드러그 침투의 결정

수합을 위해, 세포를 혈청이 없는 배지로 3 회 세척하고, 1% Triton X1OO 이 있는 비변성 TRIS-HCl 분해 완충액 (Cell Signaling Technology, Inc., Boston, MA) 을 적용시켜, 가볍게 초음파처리했다. 표준 수집 기법을 통해 세포질 및 핵 분획을 수집했다.

약물 침투의 측정은 표준 방사 검출 기법을 이용해 수행했다. 신틸레이션 카운터를 통한 검출을 위해, 50 μL 의 시료를 5 mL 의 신틸레이션 칵테일에 첨가하고, 액체 신틸레이션 카운팅을 통해 베타-방출을 측정했다. 각 시료의 분획을 Bradford 비색 검정을 통해 검정해, 전체 단백질 농도에 대해 방사 카운트를 정규화했다.

실시예 400. 리포터 유전자를 이용한 기능적 세포 침투 검정

융합 유전자 벡터의 조립 및 세포주의 트랜스펙션

핵산 프로드러그를 특이적 유전자 발현 억제, 예를 들어, 안티센스 올리고뉴클레오티드 또는 안티진 올리고뉴클레오티드에 이용하는 경우, 기능성 침투 검정이 바람직할 수 있다. HeLa (착생 인간 자궁경부 암) 세포를 DMEM-10% FBS 에서 배양했다. 관심대상의 유전자를 시판 벡터, 예컨대 Living Colors® Fluorescent Protein Vector (Clontech, Mountain View, CA) 에 클로닝했다. DNA 구축물을 이용해 세포를 트랜스펙션하고, 안정한 트랜스펙션물에 대한 선별은 표준 기법을 이용해 수행했다. 결과는 관심 대상의 유전자 및 형광 리포터 (예를 들어, 단백질 AcGFP1) 의 구성적 발현이다.

핵산 약물은 특이적 유전자 발현을 억제함

본원에 기재된 바와 같이 키랄 인 부분 및 상응하는 부모 약물을 포함하는 핵산 분자를 제조해, 벡터의 유전자 프로모터 서열에 지장을 초래하게 했다.

세포 배양 및 침투 시험

먼저 0.05% 트립신-EDTA 를 이용해 평판배양을 위한 세포를 트립신처리하여 트랜스펙션된 배양물을 준비했다. 포스페이트 완충 식염수 (PBS) 중의 표준 트립판 블루 염색을 통해 생활성 검정 및 세포 계수를 했다. 세포를 6-웰 포맷으로 1×10⁵ 세포/웰로 희석 및 시딩했다. 37℃ 에서 5% CO₂ 분위기에서 16 시간 동안, 또는 세포가 착생하여 80% 이상의 컨플루언시까지 배양될 때까지 인큐베이션했다.

형광 신호는 먼저 트랜스펙션 후 8 내지 12 시간에 검출되었다. 프로드러그 혼합물을 프로드러그 실험 웰에 첨가하여 예정했던 최농 농도 범위 (예를 들어, 1 μM, 5 μM, 및 10 μM) 를 달성했다. 부모 약물 혼합물을 부모 약물 시험 웰에 첨가하여, 예정한 최종 범위의 농도 (예를 들어, 1 μM, 5 μM, 및 10 μM) 에 도달했다. 미처리 웰은 음성 대조군으로 두었다. 세포를 예정된 범위의 시간 (예를 들어, 15 분, 1 시간, 4 시간 및 8 시간) 동안 실험 처리와 함께 인큐베이션했다.

프로드러그 침투의 결정을 위한 리포터 유전자 발현 측정

수합을 위해, 각 웰을 혈청이 없는 배지로 3 회 세척하고, 다시 트립신처리했다. 약물 침투의 측정은 표준 형광 검출 기법을 이용해 수행했다. 현미경을 이용한 정량적 형광 측정 및 유세포분석을 이용한 정량적 측정을 위해, 형광 리포터에 대한 여기범위인 파장을 이용했다 (예를 들어, AcGFP1 에 대해 488 nm).

본 발명의 바람직한 구현예가 본원에 기재 및 제시되었지만, 당업자에게는 그러한 구현예가 오직 예시의 수단으로 제공되었음이 자명할 것이다. 본 발명을 벗어나지 않고도 수많은 변화, 변경 및 대체를 하는 것이 당업자에게는 가능하다. 본원에 기재된 본 발명의 구현예에 대한 다양한 대안들이 본 발명의 실시에서 채용될 수 있다는 점이 이해되어야만 한다. 하기 첨부한 특허청구범위는 본 발명의 범위를 정하려는 의도의 것이며, 특허청구범위 내의 방법 및 구조물 및 그의 등가물이 그에 포괄되는 것을 의도로 한다.

Claims

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하기 구조의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 조성물:

식 중,
각각의 X-포스포네이트는 독립적으로 Rp 또는 Sp 입체배치를 갖고;
R¹ 가 -OH, -SH, -N₃, 할로겐, 수소, C_1-6알킬, C_2-6알케닐, C_2-6알키닐, C_1-6알킬-Y¹-, C_2-6알케닐-Y¹-, C_2-6알키닐-Y¹-, C_6-10아릴-Y¹-, C_5-10헤테로아릴-Y¹-, -P(O)(R^e)₂, -HP(O)(R^e), -OR^a 또는 -SR^c 이고;
Y¹ 이 O, 또는 S 이고;
R^a 가 차단기이고;
R^c 가 차단기이고;
각 경우의 R^d 는 독립적으로 수소, C_1-6알킬, C_2-6알케닐, C_2-6알키닐, C_6-10아릴, 치환된 실릴, 또는 카르바메이트이고;
각 경우의 R^e 는 독립적으로 수소, C_1-6알킬, C_6-10아릴, C_2-6알케닐, C_2-6알키닐, C_1-6알킬-Y²-, C_2-6알케닐-Y²-, C_2-6알키닐-Y²-, C_6-10아릴-Y²- 또는 C_5-10헤테로아릴-Y²- 이거나, 또는 Na⁺¹, Li⁺¹ 또는 K⁺¹ 인 양이온이고;
Y² 는 O, NR^d 또는 S 이고;
각 경우의 R² 는 독립적으로 수소, -OH, -SH, -N₃, 할로겐, C_1-6알킬, C_2-6알케닐, C_2-6알키닐, C_1-6알킬-Y¹-, C_2-6알케닐-Y¹-, C_2-6알키닐-Y¹-, C_6-10아릴-Y¹-, C_5-10헤테로아릴-Y¹-, -OR^b 또는 -SR^c 이고, 여기서 R^b 는 차단기이고;
각 경우의 Ba 가 독립적으로 차단 또는 비차단 아데닌, 시토신, 구아닌, 티민, 우라실 또는 개질된 뉴클레오베이스이고;
여기서, 각각의 X 부분이 독립적으로 하기로부터 선택되고:

R₁₀ 은 1 내지 4 개의 탄소 원자를 가진 알킬기이고; R₁₁ 은 C_1-6알킬, C_6-10아릴, C_5-10헤테로아릴, C_2-6헤테로시클릴 또는 C_3-6시클로알킬이고; R₁₂ 는 수소 또는 C_1-6알킬이고;
R³ 은 수소, 차단기, 고체 지지체에 연결된 연결 부분 또는 핵산에 연결된 연결 부분이고;
n 은 10 내지 200 의 정수임;
여기서, 상기 조성물은 각각의 X-포스포네이트 부분이 조성물 내에서 98% 를 초과하여 부분입체이성질적으로 순수한 것으로 입체정의됨.
제 21 항에 있어서, 입체이성질체 순도가 ³¹P NMR 분광계 또는 역상 HPLC 에 의해 측정되는 조성물.
제 21 항에 있어서, 각 X-포스포네이트 부분이 R_p 입체배치를 갖는 조성물.
제 21 항에 있어서, 각 X-포스포네이트 부분이 S_p 입체배치를 갖는 조성물.
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제 21 항에 있어서, R₁₀ 이 메틸인 조성물.
제 21 항에 있어서, R₁₁ 이 메틸인 조성물.
제 21 항에 있어서, R₁₂ 가 메틸인 조성물.
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제 21 항에 있어서, n 이 15 내지 200 의 정수인 조성물.
제 21 항에 있어서, n 이 20 내지 200 의 정수인 조성물.
제 21 항에 있어서, n 이 15 내지 50 의 정수인 조성물.
제 21 항에 있어서, n 이 15 내지 30 의 정수인 조성물.
제 21 항에 있어서, n 이 20 내지 30 의 정수인 조성물.
제 21 항에 있어서, Y¹이 O 인 조성물.
제 21 항에 있어서, 하기와 같은 조성물:
R¹ 은 -OH, 수소, C_1-6알킬, C_2-6알케닐, C_2-6알키닐, C_1-6알킬-Y¹-, C_2-6알케닐-Y¹-, C_2-6알키닐-Y¹-, C_6-10아릴-Y¹-, C_5-10헤테로아릴-Y¹-, 또는 -OR^a이고;
각 경우의 R² 는 독립적으로 수소, -OH, 할로겐, C_1-6알킬, C_2-6알케닐, C_2-6알키닐, C_1-6알킬-Y¹-, C_2-6알케닐-Y¹-, C_2-6알키닐-Y¹-, C_6-10아릴-Y¹-, C_5-10헤테로아릴-Y¹-, 또는 -OR^b 이고, 여기서 R^b 는 차단기이고;
R³ 은 수소 또는 차단기임.
제 21 항에 있어서, 각 경우의 R^d 가 독립적으로 수소, C_1-6알킬, C_2-6알케닐, C_2-6알키닐, 또는 C_6-10아릴인 조성물.
제 21 항에 있어서, Y² 가 O 또는 S 인 조성물.
제 21 항에 있어서, 각 경우의 Ba 가 독립적으로 차단 또는 비차단 아데닌, 시토신, 구아닌, 티민, 우라실 또는 5-메틸시토신인 조성물.
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