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JP7263236B2 - 新規二環式ヌクレオシドおよびそれから調製されたオリゴマー - Google Patents

新規二環式ヌクレオシドおよびそれから調製されたオリゴマー Download PDF

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Description

本発明は、新規二環式ヌクレオシドおよびそれから調製されたオリゴマーに関する。特に、本発明は、式(I)の化合物、少なくとも1つの式(IV)の化合物を含むオリゴマー、疾患の予防、治療または診断における薬剤としての使用のための本発明の化合物またはオリゴマー、および本発明の少なくとも1つの化合物または少なくとも1つのオリゴマーを含む医薬組成物に関する。本発明はまた、標的核酸配列に結合するための本発明のオリゴマーのインビトロ使用および本発明のオリゴマーの固相合成のための方法を示す。
アンチセンス療法は、革新的薬物の開発のための重要なプラットフォームとして成熟してきた。一本鎖RNAまたは二本鎖DNAへ強く配列特異的な結合を示し、酵素分解に対する耐性を示すオリゴヌクレオチド類似体は、タンパク質発現の阻害剤またはモジュレーターとしての治療応用のための有望な候補である。化学修飾されたヌクレオシドは、ヌクレアーゼ耐性、薬物動態または標的RNAに対する親和性などの特性を増強させるためにアンチセンス化合物に組み込まれる。
近年、合成生物学の分野は、本来使用される公知の分子成分に頼らない改善された効力および有効性を有するアンチセンス系を開発するという一般目標をもって進化してきた。この目標を達成するための基本的な要件は、天然DNAまたはRNAの機能を果たす、しばしばゼノ核酸(XNA)と呼ばれる人工遺伝子ポリマーの開発である(Herdewijn et al., Chem. Biodiversity 2009, 6, 791)。そのような系の利用能およびそれらの生体中への組み込みは、それらにバイオテクノロジーおよび医薬の分野において興味深い新規特性を授けると予想される。
最近の30年にわたって現れた核酸修飾の膨大なレパートリーから、一握りの候補が、別の遺伝子材料としてのそれらの適合性に対して検査されている。最小化学的変化により非天然成分を天然遺伝機構に導入しようとして、E.coli株のゲノム中のチミジンは、進化過程において最小残留チミジン含量まで、5-クロロウリジンにより置き換えることができることが示されている(Marliere et al., Angewandte Chemie, Int. Edition 2011, 50, 7109)。異なるアプローチでは、非天然核酸、例えば1,5-アンヒドロヘキシトール核酸(HNA;Hendrix et al., Chem. Eur. J. 1997, 3, 110)およびシクロヘキセン核酸(CeNA;Nauwelaerts et al., Nucleic Acids Res. 2005, 33, 2452)、フルオロアラビノオリゴヌクレオチド(FANA;Wilds et al., J. Nucleic Acids Res. 2000, 28, 3625)、アラビノ核酸(ANA;Damha et al., J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 12976)、トレオース核酸(TNA;Schoning et al., Science 2000, 290, 1347)およびロックド核酸(LNA;Koshkin et al., J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 13252; Obika et al., Tetrahedron Lett. 1998, 39, 5401)は、DNA-ポリメラーゼにより、DNAから転写させ、これに逆転写させることができることが報告されている。
別のアプローチでは、RNAおよびDNAのバックボーン構造は、3’から2’酸素へのヌクレオシド間リン酸単位の糖への付着点を変化させることにより変更されている(2’,5’-DNAまたは2’,5’-RNA)。2’,5’-RNAは天然起源生体高分子であるが、細菌中で2’,5’ポリアデニレートの形態で最初に見出され、2’,5’-DNAは人工である(Trujillo et al., Eur. J. Biochem. 1987, 169, 167)。両方のポリマーの対形成および複製特性は過去に調査されている。2’,5’-RNAは相補的RNAに結合するが、DNAには結合しないことが見出された。RNAとの二本鎖は、純粋RNA二本鎖と比べてわずかに安定ではなく、純粋2’,5’-RNAシリーズにおける二本鎖は、存在するが、さらに安定ではない(Wasner et al., J. Biochemistry 1998, 37, 7478)。加えて、プライマーテンプレート伸長実験において、テンプレート上の最大4つの2’,5’-連結ヌクレオチドのストレッチは、2’,5’-DNAの天然DNAへの著しい親和性が存在しなくても、ポリメラーゼまたは逆転写酵素を用いてDNAに逆転写させることができることが示された(Sinha et al., J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 40)。
相補的天然核酸との複合体形成をエントロピー的に安定化するために、中心C(3’)とC(5’)間に配置された追加のエチレン架橋により天然DNAとは異なる二環式DNA類似体が設計されている。連結ホスホジエステルユニットの付着点は、天然起源核酸、すなわち3’および5’末端と同じである。この炭素骨格の変化により、糖コンホメーションがロックされ、このため、ビシクロ-デオキシヌクレオシドは二本鎖形成のための一本鎖のより高度な前組織化を示すこととなる。ビシクロ-デオキシアデノシンおよびビシクロ-チミジンの十量体はそれらの天然RNAおよびDNA相補体に、ならびに互いに結合し、二重および三重らせん構造を形成する。天然DNAと比べて、二本鎖形成は、低減された対形成エンタルピーおよびエントロピー条件と関連し、二本鎖形成の自由エネルギーに対して補償効果を有する(Bolli et al., Nucleic Acids Res. 1996, 24, 4660)。
アンチセンス分野での30年を超える研究にもかかわらず、臨床応用は、このクラスの化合物の低い生体内安定性、不十分な薬物動態特性およびオフターゲット毒性により、依然として制限される。
よって、インビボでの酵素分解に耐性があり、核酸に対して強く配列特異的な結合を示すアンチセンス化合物が依然として必要とされている。
第1の態様では、本発明は、式(I)の化合物を提供し:
Figure 0007263236000001
式中、TおよびTのうちの1つはORまたはORであり;
およびTの他方はORまたはORであり;
はHまたはヒドロキシル保護基であり、
はリン部分であり;ならびに、式中、
Bxは核酸塩基である。
第2の態様では、本発明は少なくとも1つの式(IV)の化合物を含むオリゴマーを提供し
Figure 0007263236000002
式中、上記少なくとも1つの式(IV)の化合物の各々に対して独立して
またはTのうちの1つはヌクレオシド連結基であり;
およびTの他方はOR、OR、5’末端基、7’末端基またはヌクレオシド連結基であり、RはHまたはヒドロキシル保護基であり、Rはリン部分であり;Bxは核酸塩基である。
第3の態様では、本発明は、疾患の予防または治療における薬剤として使用するための式(I)、(II)または(III)の本発明の化合物または本発明のオリゴマーを提供する。
さらなる態様では、本発明は、疾患の予防、治療または診断における薬剤としての使用のための、本発明のオリゴマー、好ましくは式(V)の本発明のオリゴマーを提供し、上記疾患は筋ジストロフィーであり、好ましくは上記疾患はDuchenne型筋ジストロフィーである。
さらなる態様では、本発明は、式(I)、(II)または(III)から選択される少なくとも1つの化合物または少なくとも1つの本発明のオリゴマーを含む医薬組成物を提供する。
さらなる態様では、本発明のオリゴマーは標的核酸配列に結合するためにインビトロで使用される。
さらなる態様では、本発明は、本発明のオリゴマーの固相合成のための方法を提供する。
本明細書で記載される本発明は、新化合物を提供し、他の実体への連結のために使用される基、例えばヌクレオシド連結基の位置は、先行技術の化合物と比べてシフトされる。よって、本発明の化合物はその二環糖の5’末端および7’末端を介してヌクレオシドまたはヌクレオチドなどの他の実体に連結させることができ、または連結される(図1Cおよび図1D)。対照的に、先行技術では、二環糖を含む公知のヌクレオシドもしくはヌクレオチド(図1B)にしろ、または天然DNAもしくはRNA(図1A)においても、ヌクレオシドまたはヌクレオチドは3’および5’末端を介して連結される。
そのシフトされた連結の結果として、オリゴマー内の本発明の化合物のバックボーン幾何学が変化する。この変化したバックボーン幾何学が今度は、天然核酸ヘリックスのそれとは異なる本発明の化合物の核酸塩基スタッキングを誘導する。その結果として、本発明のオリゴマーは、天然DNAのそれとは明確に異なるヘリックスコンホメーションを採用する。さらに、これらの所見に基づき、二本鎖構造を形成する本発明のオリゴマーは、従来の古典的二本鎖から外れた幾何学を有すると予測される。
バックボーン幾何学および核酸塩基スタッキングの変化にもかかわらず、本発明者らは驚くべきことに、本発明のオリゴマーが天然DNAおよびRNAとのクロス対形成し、本発明のオリゴマーの自己二本鎖は、天然DNA二本鎖のそれと同じ範囲にある熱安定性を示すことを見出した。その結果として、本発明のオリゴマーは、天然DNAの機能を果たすことができる新規ゼノ核酸となるのに必要な構造および塩基対形成特性を有する。その上、本発明のオリゴマーは、その天然DNA対応物と比べて、同等の塩基対形成選択性を示し、さらに良好なミスマッチ識別能力を有する。ミスマッチ識別が増加すると、典型的には、可能性のあるオフターゲット効果が低減し、そのため、アンチセンス候補に魅力的な特性を表す。
A)α-単環式DNA;B)二環式(bc-)DNA;C)7’,5’-β-bc-DNA、すなわち本発明の式(III)の化合物;D)7’,5’-α-bc-DNA、すなわち本発明の式(II)の化合物を示す。 7’,5’-β-bc-DNA、すなわち左側に示される本発明の式(III)の化合物と、7’,5’-α-bc-DNA、すなわち右側に示される本発明の式(II)の化合物との比較を示す。 a)5’-O-p-ニトロベンゾイル-7’,5’-α-bc-T、b)5’-O-アセチル-7’,5’-α-bc-GAcのX線構造を示す。非極性水素原子は明確にするために省略される。 β-DNAの内側での極性逆転を有する7’,5’-α-bc-DNAの挿入を示す。 対応する天然DNA二本鎖と比較した、完全修飾平行(オリゴヌクレオチドON22;配列番号22)および逆平行(オリゴヌクレオチドON23;配列番号23)相補体と、平行DNAおよび平行RNAと、オリゴヌクレオチドON21(配列番号21)とのUV-融解曲線(260nm)を示す。総ストランド濃度:10mM NaHPO、150mM NaCl中2μM、pH7.0。 20℃での二本鎖a)DNA・RNA、b)ON21・RNAおよびc)ON21・DNAd)ON21・ON22のCD-スペクトルを示す。実験条件:総ストランド濃度:10mM NaH2PO4、150mM NaCl中2μM、pH7.0。 ゲルの切り取った写真を示す。a)DNA対照実験;b)1時間c)2時間d)4時間e)24時間後のDNA消化反応;f)オリゴヌクレオチドON21を用いた対照実験;g)1時間h)2時間i)4時間j)24時間後のON21消化反応。 C3補体活性化の結果;POはリン酸ヌクレオシド連結を示し、PSはホスホロチオエートヌクレオシド連結を示し、bc-DNAは7’,5’-α-bc-DNA足場を示し、tc-DNAはトリシクロ足場を示す。各測定は少なくとも3回繰り返した。配列は5つのONについて同様である。 PS-α-bc-DNAまたはPS-tc-DNAとのインキュベーション後のmRNA発現レベルの比較を示す。配列は2つのONについて同様である。略語は図8において言及される通りである。 7’-O-p-ニトロベンゾイル-7’,5’-β-bc-TのX線構造を示す。水素原子は明確にするために省略される。 対応する天然DNA二本鎖と比較した、ホモ7’,5’-β-bc-DNA二本鎖のUV-融解曲線(260nm)を示す。総ストランド濃度:10mM NaHPO、150mM NaCl中2μM、pH7.0。 10~80℃の温度での、3つの二本鎖a)ON13・ON14、b)ON13・DNAおよびc)DNA・DNAのCD-スペクトルを示す。実験条件:総ストランド濃度 10mM NaHPO、1M NaCl中2μM、pH7.0、10℃。
別に規定されない限り、本明細書で使用される全ての技術および科学用語は、本発明が属する当業者により普通に理解されるものと同じ意味を有する。
本明細書で同じ意味で使用される「アミノのための保護基」、「アミノ基のための保護基」、または「アミノ保護基」という用語は当技術分野でよく知られており、Protecting Groups in Organic Synthesis, T. W. Greene and P. G. M. Wuts, 第3版, John Wiley & Sons, 1999, Greene’s Protective Groups in Organic Synthesis, P. G. M. Wuts, 第5版, John Wiley & Sons, 2014,およびCurrent Protocols in Nucleic Acid Chemistry, S. L. Beaucage et al.により編集 06/2012、およびここでは、特に第2章において詳細記載されているものを含む。本発明のために好適な「アミノ保護基」は、メチルカルバメート、エチルカルバメート、9-フルオレニルメチルカルバメート(Fmoc)、9-(2-スルホ)フルオレニルメチルカルバメート、2,7-ジ-t-ブチル-[9-(10,10-ジオキソ-10,10,10,10-テトラヒドロチオキサンチル)]メチルカルバメート(DBD-Tmoc)、4-メトキシフェナシルカルバメート(Phenoc)、2,2,2-トリクロロエチルカルバメート(Troc)、2-トリメチルシリルエチルカルバメート(Teoc)、2-フェニルエチルカルバメート(hZ)、1,1-ジメチル-2,2-ジブロモエチルカルバメート(DB-t-BOC)、1,1-ジメチル-2,2,2-トリクロロエチルカルバメート(TCBOC)、ベンジルカルバメート(Cbz)、p-メトキシベンジルカルバメート(Moz)および2,4,6-トリメチルベンジルカルバメート;ならびにホルムアミド、アセトアミド、ベンズアミドを含み、典型的に、かつ好ましくは、各出現において独立してこれらから選択される。
本明細書で同じ意味で使用される「ヒドロキシルのための保護基」、「ヒドロキシル基のための保護基」、または「ヒドロキシル保護基」という用語は当技術分野でよく知られており、Protecting Groups in Organic Synthesis, T. W. Greene and P. G. M. Wuts, 第3版, John Wiley & Sons, 1999; Greene’s Protective Groups in Organic Synthesis, P. G. M. Wuts, 第5版, John Wiley & Sons, 2014,およびCurrent Protocols in Nucleic Acid Chemistry, S. L. Beaucage et al.により編集 06/2012、およびここでは特に第2章において詳細に記載されるものを含む。ある一定の実施形態では、本発明の「ヒドロキシル保護基」は、アセチル、ベンゾイル、ベンジル、β-メトキシエトキシメチルエーテル(MEM)、ジメトキシトリチル、[ビス-(4-メトキシフェニル)フェニルメチル](DMTr)、メトキシメチルエーテル(MOM)、メトキシトリチル[(4-メトキシフェニル)ジフェニルメチル](MMT)、p-メトキシベンジルエーテル(PMB)、メチルチオメチルエーテル、ピバロイル(Piv)、テトラヒドロピラニル(THP)、テトラヒドロフラン(THF)、トリチル(トリフェニルメチル、Tr)、シリルエーテル、例えばt-ブチルジフェニルシリルエーテル(TBDPS)、トリメチルシリル(TMS)、tert-ブチルジメチルシリル(TBDMS)、tri-イソ-プロピルシリルオキシメチル(TOM)、およびトリイソプロピルシリル(TIPS)エーテル;メチルエーテル、エトキシエチルエーテル(EE)を含み、典型的に、かつ好ましくは、各出現において独立してこれらから選択される。
好ましい実施形態では、本発明の「ヒドロキシル保護基」は、アセチル、t-ブチル、t-ブトキシメチル、メトキシメチル、テトラヒドロピラニル、1-エトキシエチル、1-(2-クロロエトキシ)エチル、2-トリメチルシリルエチル、p-クロロフェニル、2,4-ジニトロフェニル、ベンジル、ベンゾイル、p-フェニルベンゾイル、2,6-ジクロロベンジル、ジフェニルメチル、p-ニトロベンジル、トリフェニルメチル(トリチル)、4,4’-ジメトキシトリチル、トリメチルシリル、トリエチルシリル、t-ブチルジメチルシリル(TBDMS)、t-ブチルジフェニルシリル(TBDPS)、トリフェニルシリル、トリイソプロピルシリル、ベンゾイルギ酸、クロロアセチル、トリクロロアセチル、トリフルオロ(trifiuoro)アセチル、ピバロイル、9-フルオレニルメチルカーボネート、メシレート、トシレート、トリフラート、4-モノメトキシトリチル(MMTr)、4,4’ジメトキシトリチル、(DMTr)および4,4’,4’’-トリメトキシトリチル(TMTr)、2-シアノエチル(CEまたはCne)、2-(トリメチルシリル)エチル(TSE)、2-(2-ニトロフェニル)エチル、2-(4-シアノフェニル)エチル2-(4-ニトロフェニル)エチル(NPE)、2-(4-ニトロフェニルスルホニル)エチル、3,5-ジクロロフェニル、2,4-ジメチルフェニル、2-ニトロフェニル、4-ニトロフェニル、2,4,6-トリメチルフェニル、2-(2-ニトロフェニル)エチル、ブチルチオカルボニル、4,4’,4’’-トリス(ベンゾイルオキシ)トリチル、ジフェニルカルバモイル、レブリニル(levulinyl)、2-(ジブロモメチル)ベンゾイル(Dbmb)、2-(イソプロピルチオメトキシメチル)ベンゾイル(Ptmt)、9-フェニルキサンテン-9-イル(pixyl)または9-(p-メトキシフェニル)キサンチン-9-イル(MOX)を含み、典型的に、かつ好ましくは、各出現において独立してこれらから選択される。
いくつかの実施形態では、ヒドロキシル保護基は、各出現において独立して、アセチル、ベンジル、t-ブチルジメチルシリル、t-ブチルジフェニルシリル、トリチル、4-モノメトキシトリチル、4,4’-ジメトキシトリチル(DMTr)、4,4’,4’’-トリメトキシトリチル(TMTr)、9-フェニルキサンチン-9-イル(Pixyl)および9-(p-メトキシフェニル)キサンチン-9-イル(MOX)から選択される。好ましい実施形態では、ヒドロキシル保護基は、各出現において独立して、トリフェニルメチル(トリチル)、4-モノメトキシトリチル、4,4’-ジメトキシトリチル(DMTr)、4,4’,4’’-トリメトキシトリチル(TMTr)、9-フェニルキサンチン-9-イル(Pixyl)および9-(p-メトキシフェニル)キサンチン-9-イル(MOX)から選択される。さらに好ましい実施形態では、ヒドロキシル保護基は、各出現において独立して、トリチル、4-モノメトキシトリチルおよび4,4’-ジメトキシトリチル基から選択される。非常に好ましい実施形態では、上記ヒドロキシル保護基は、各出現において独立して、トリフェニルメチル(トリチル)、4-モノメトキシトリチル、4,4’-ジメトキシトリチル(DMTr)、4,4’,4’’-トリメトキシトリチル(TMTr)、9-フェニルキサンチン-9-イル(Pixyl)および9-(p-メトキシフェニル)キサンチン-9-イル(MOX)から選択される。より好ましい実施形態では、本発明のヒドロキシル保護基はアセチル、ジメトキシトリチル(DMTr)、tert-ブチルジメチルシリル(TBDMS)、トリ-イソ-プロピルシリルオキシメチル(TOM)、またはt-ブチルジフェニルシリルエーテル(TBDPS)である。重ねて非常に好ましい実施形態では、上記ヒドロキシル保護基は各出現において独立して4,4’-ジメトキシトリチル(DMTr)または4-モノメトキシトリチルから選択される。重ねてさらに非常に好ましい実施形態では、上記ヒドロキシル保護基は4、4’-ジメトキシトリチル(DMTr)である。
「リン部分」という用語は、本明細書では、PIIIまたはP価電子状態のリン原子を含む部分を示し、これは式(VII)により表され
Figure 0007263236000003
式中、
WはO、SもしくはSeを表し、またはWは電子対を表し;
およびRは互いに独立して、H、ハロゲン、OH、OR、NR、SH、SR、C-Cアルキル、C-Cハロアルキル、C-Cアルコキシ、C-Cハロアルコキシ、C-Cアミノアルキルであり;RはC-Cアルキル、C-Cアルコキシ(各々互いに独立して、シアノ、ニトロ、ハロゲン、-NHC(O)C-Cアルキル、-NHC(O)C-Cハロアルキル、C-Cアルキルスルホニルで任意で置換される);アリール、C-Cアルキレンアリール、C-Cアルキレンジアリール(各々互いに独立して、シアノ、ニトロ、ハロゲン、C-Cアルコキシ、C-Cハロアルキル、C-Cハロアルコキシ、NHC(O)C-Cアルキル、NHC(O)C-Cハロアルキル、C-Cアルキルスルホニルで任意で置換される);アセチル;ヒドロキシル保護基であり;RおよびRは互いに独立して、水素、C-Cアルキル(シアノ、ニトロ、ハロゲン、C-Cアルケニル、C-Cシクロアルキル、C-Cアルコキシで任意で置換される);アリール(シアノ、ニトロ、ハロゲン、C-Cアルキル、C-Cアルコキシで任意で置換される);アミノ保護基であるか;または、それらが付着している窒素原子と一緒に複素環を形成し、好ましくは上記複素環はピロリジニル(pyrollidinyl)、ピペリジニル、モルホリニル、ピペラジニルおよびホモピペラジンから選択され、上記複素環はC-Cアルキルで任意で置換され;ならびに、Rはチオール保護基であり;ならびに式中、波線は上記OR基の酸素の付着を示す。WがO、SまたはSeを表す場合、上記リン部分内の上記P原子はそのP価電子状態にある。Wが電子対を表す場合、そうすると、上記リン部分内の上記P原子はそのPIII原子価にある。式(VII)の部分は任意の可能な立体異性体を含む。式(VII)により表される上記部分にはその塩がさらに含まれ、典型的におよび好ましくは、上記塩は、無機塩基またはアミンを用いた処理で形成され、典型的におよび好ましくは、(互いに独立して)上記RおよびRであるOHまたはSH基との反応から誘導される塩である。OHまたはSH基との上記塩形成につながる好ましい無機塩基またはアミンは当技術分野でよく知られており、典型的におよび好ましくは、トリメチルアミン、ジエチルアミン、メチルアミンまたは水酸化アンモニウムである。本発明に含まれるこれらのリン部分はまた、適切な場合、「OHB」として省略され、上記HBは形成される対カチオンを示す。
好ましい実施形態では、「リン部分」では、RおよびRは互いに独立して、H、OH、OR、NR、C-Cアルキル、C-Cアルキル、C-Cハロアルキル、C-Cアルコキシ、C-Cハロアルコキシ、C-Cアミノアルキルであり;RはC-Cアルキル(シアノ、ニトロ、ハロゲンで任意で置換される);アリール、C-Cアルキレンアリール(各々互いに独立してシアノ、ニトロ、ハロゲンで任意で置換される);アセチル;ヒドロキシル保護基であり;RおよびRは互いに独立して、水素、C-Cアルキル(シアノ、ニトロ、ハロゲンで任意で置換される);アリール(シアノ、ニトロ、ハロゲン、C-Cアルキル、C-Cアルコキシで任意で置換される);アミノ保護基であり;ならびに、Rはチオール保護基であり;ならびに式中、波線は上記OR基の酸素の付着を示す。
「リン部分」という用語は、本明細書では、ホスホネート、ホスファイトトリエステル、モノホスフェート、ジホスフェート、トリホスフェート、ホスフェートトリエステル、ホスフェートジエステル、チオホスフェートエステル、ジチオホスフェートエステルまたはホスホラミダイト由来の部分を含み、典型的にかつ好ましくは、各出現において独立してそれらから選択される。
よって、好ましい実施形態では、上記ORは、各出現において独立してホスホネート、ホスファイトトリエステル、モノホスフェート、ジホスフェート、トリホスフェート、ホスフェートトリエステル、ホスフェートジエステル、チオホスフェートエステル、ジチオホスフェートエステルまたはホスホラミダイトから選択され、好ましくは上記ORはホスホラミダイトまたはホスフェートトリエステル、より好ましくはホスホラミダイトである。
好ましい実施形態では、リン部分は、式(VII)により表されるホスホネートから誘導され、式中、WはOであり、RはC-Cアルキル、C-Cハロアルキル、C-Cアルコキシ、C-Cハロアルコキシ、C-Cアミノアルキルから選択され、RはOHまたはOHBであり;ならびに式中、波線は上記OR基の酸素の付着を示す。別の実施形態では、式(VII)のリン部分はH-ホスホネートであり、WはOであり、Rは水素であり、RはOHまたはOHBであり;ならびに、好ましくは上記OHBはHNEt である。さらなる実施形態では、式(VII)のリン部分はアルキル-ホスホネートであり、WはOであり、Rはアルキルであり、RはOHまたはOHBであり;ならびに、好ましくは上記OHBはHNEt である。より好ましくは、式(VII)のリン部分はメチル-ホスホネートであり、WはOであり、Rは水素であり、RはOHまたはOHBであり;ならびに好ましくは上記OHBはHNEt である。別の実施形態では、式(VII)のリン部分はホスホノカルボキシレートであり、RまたはRは互いに独立してカルボン酸である。好ましくは、上記ホスホノカルボキシレートはホスホノ酢酸またはホスホノギ酸である。さらなる実施形態では、式(VII)のリン部分は2-アミノエチル-ホスホネートである。
好ましい実施形態では、式(VII)のリン部分のRおよびRは互いに独立してH、OH、ハロゲン、OR、NR、SH、SR、C-Cアルキル、好ましくはC-Cアルキル、C-Cハロアルキル、好ましくはC-Cハロアルキル、C-Cアルコキシ、好ましくはC-Cアルコキシ、C-Cハロアルコキシ、好ましくはC-Cハロアルコキシ、C-Cアミノアルキル、好ましくはC-Cアミノアルキルであり;RはC-Cアルキル、好ましくはC-Cアルキル(各々互いに独立して、シアノ、ニトロ、ハロゲン、NHC(O)C-Cアルキル、NHC(O)C-Cハロアルキル、C-Cアルキルスルホニルで任意で置換される);アリール、C-Cアルキレンアリール、C-Cアルキレンジアリール(各々互いに独立して、シアノ、ニトロ、ハロゲン、C-Cアルコキシ、C-Cハロアルキル、C-Cハロアルコキシ、NHC(O)C-Cアルキル、NHC(O)C-Cハロアルキル、C-Cアルキルスルホニルで任意で置換される);アセチル;ヒドロキシル保護基であり;RおよびRは互いに独立して、水素、C-Cアルキル、好ましくはC-Cアルキル(各々互いに独立してシアノ、ニトロ、ハロゲン、C-Cアルケニル、C-Cシクロアルキル、C-Cアルコキシで任意で置換される);アリール(シアノ、ニトロ、ハロゲン、C-Cアルキル、C-Cアルコキシで任意で置換される);アミノ保護基であるか;または、それらが付着している窒素原子と一緒に複素環を形成し、好ましくは、上記複素環はピロリジニル(pyrollidinyl)、ピペリジニル、モルホリニル、ピペラジニルおよびホモピペラジンから選択され、上記複素環はC-Cアルキルで任意で置換され;ならびに、Rはチオール保護基であり;ならびに式中、波線は上記OR基の酸素の付着を示す。
別の好ましい実施形態では、式(VII)のリン部分のRまたはRは各出現において互いに独立して、ハロゲン、好ましくは塩素、またはORであり、Rはヒドロキシル保護基である。本発明において使用される追加のリン部分はTetrahedron Report Number 309 (Beaucage and Iyer, Tetrahedron, 1992, 48, 2223-2311)において開示される。
「リン部分」という用語は、本明細書では、好ましくは、PIIIまたはP価電子状態のリン原子を含み、各出現において独立して式(VIII)、式(IX)または式(X)のいずれかにより表される基Rを示し、
Figure 0007263236000004
式中、YはO、SまたはSeであり、Yは好ましくはOまたはSであり、より好ましくはYはOであり;式中、RおよびR5’は各出現において互いに独立して水素、C-Cアルキル、C-Cアルコキシ(各々互いに独立して、シアノ、ニトロ、ハロゲン、-NHC(O)C-Cアルキル、-NHC(O)C-Cハロアルキル、C-Cアルキルスルホニルで任意で置換される);アリール、C-Cアルキレンアリール、C-Cアルキレンジアリール(各々互いに独立して、シアノ、ニトロ、ハロゲン、C-Cアルコキシ、C-Cハロアルキル、C-Cハロアルコキシ、-NHC(O)C-Cアルキル、NHC(O)C-Cハロアルキル、C-Cアルキルスルホニルで任意で置換される);ヒドロキシル保護基であり;RおよびRは互いに独立して、水素、C-Cアルキル(シアノ、ニトロ、ハロゲン、C-Cアルケニル、C-Cシクロアルキル、C-Cアルコキシで任意で置換される);アリール、好ましくはフェニル(シアノ、ニトロ、ハロゲン、C-Cアルキル、C-Cアルコキシで任意で置換される);アミノ保護基であるか;または、それらが付着している窒素原子と一緒に複素環を形成し、好ましくは上記複素環はピロリジニル(pyrollidinyl)、ピペリジニル、モルホリニル、ピペラジニルおよびホモピペラジンから選択され、上記複素環はC-Cアルキルで任意で置換され;ならびに、Rはチオール保護基であり;ならびに式中、波線は上記OR基の酸素の付着を示す。
好ましい実施形態では、上記リン部分Rは式(VIII)により表され
Figure 0007263236000005
式中、YはO、SまたはSeであり、Yは好ましくはOまたはSであり、最も好ましくはYはOであり;式中、RおよびR5’は各出現において互いに独立して水素、C-Cアルキル、C-Cアルコキシ(各々互いに独立して、シアノ、ニトロ、ハロゲン、-NHC(O)C-Cアルキル、-NHC(O)C-Cハロアルキル、C-Cアルキルスルホニルで任意で置換される);アリール、C-Cアルキレンアリール、C-Cアルキレンジアリール(各々互いに独立して、シアノ、ニトロ、ハロゲン、C-Cアルコキシ、C-Cハロアルキル、C-Cハロアルコキシ、-NHC(O)C-Cアルキル、NHC(O)C-Cハロアルキル、C-Cアルキルスルホニルで任意で置換される);ヒドロキシル保護基;P(O)(OR)(OR9’)、P(O)OP(O)(OR)(OR9’)であり;RおよびR9’は各出現において互いに独立して水素、C-Cアルキル(シアノ、ニトロ、ハロゲン、-NHC(O)C-Cアルキル、-NHC(O)C-Cハロアルキル、C-Cアルキルスルホニルで任意で置換される);アリール、C-Cアルキレンアリール、C-Cアルキレンジアリール(各々互いに独立して、シアノ、ニトロ、ハロゲン、C-Cアルコキシ、C-Cハロアルキル、C-Cハロアルコキシ、-NHC(O)C-Cアルキル、NHC(O)C-Cハロアルキル、C-Cアルキルスルホニルで任意で置換される);ヒドロキシル保護基であり;ならびに式中、波線は上記OR基の酸素の付着を示す。
好ましい実施形態では、式(VIII)のRおよびR5’は各出現において互いに独立して水素、C-Cアルキル、好ましくはC-Cアルキル、C-Cアルコキシ、好ましくはC-Cアルコキシ(各々互いに独立して、シアノ、ニトロ、ハロゲン、-NHC(O)C-Cアルキル、-NHC(O)C-Cハロアルキル、C-Cアルキルスルホニルで任意で置換される);アリール、好ましくはフェニル、C-Cアルキレンアリール、C-Cアルキレンジアリール(各々互いに独立して、シアノ、ニトロ、ハロゲン、C-Cアルコキシ、C-Cハロアルキル、C-Cハロアルコキシ、-NHC(O)C-Cアルキル、NHC(O)C-Cハロアルキル、C-Cアルキルスルホニルで任意で置換される);ヒドロキシル保護基である。
好ましい実施形態では、式(VIII)のRおよびR5’は互いに独立してC-Cアルキルまたはアリール、好ましくはフェニルである。別の好ましい実施形態では、式(VIII)のRおよびR5’は互いに独立してメチルまたはエチルである。さらに好ましい実施形態では、式(VIII)のRおよびR5’は互いに独立してフェニルまたはベンジルである。別の好ましい実施形態では、RおよびR5’は各出現において互いに独立して水素またはヒドロキシル保護基、好ましくはヒドロキシル保護基である。好ましい実施形態では、式(VIII)では、RおよびR5’は各出現において互いに独立して水素、C-Cアルキル、C-Cアルコキシ(各々互いに独立してシアノ、ニトロ、ハロゲンで任意で置換される);アリール、C-Cアルキレンアリール(各々互いに独立してシアノ、ニトロ、ハロゲンで任意で置換される);またはヒドロキシル保護基である。典型的におよび好ましくは、式(VIII)により表される上記リン部分Rは本明細書では「ホスフェート部分」と呼ばれる。
好ましい実施形態では、上記リン部分Rは式(IX)により表され
Figure 0007263236000006
式中、
YはO、SまたはSeであり、Yは好ましくはOまたはSであり、最も好ましくはYはOであり;式中、
は各出現において独立して水素、C-Cアルキル、C-Cアルコキシ(各々互いに独立して、シアノ、ニトロ、ハロゲン、-NHC(O)C-Cアルキル、-NHC(O)C-Cハロアルキル、C-Cアルキルスルホニルで任意で置換される);アリール、C-Cアルキレンアリール、C-Cアルキレンジアリール(各々互いに独立して、シアノ、ニトロ、ハロゲン、C-Cアルコキシ、C-Cハロアルキル、C-Cハロアルコキシ、-NHC(O)C-Cアルキル、NHC(O)C-Cハロアルキル、C-Cアルキルスルホニルで任意で置換される);ヒドロキシル保護基であり;
およびRは互いに独立して、水素、C-Cアルキル(シアノ、ニトロ、ハロゲン、C-Cアルケニル、C-Cシクロアルキル、C-Cアルコキシで任意で置換される);アリール、好ましくはフェニル(シアノ、ニトロ、ハロゲン、C-Cアルキル、C-Cアルコキシで任意で置換される);アミノ保護基であるか;または、それらが付着している窒素原子と一緒に複素環を形成し、好ましくは上記複素環はピロリジニル(pyrollidinyl)、ピペリジニル、モルホリニル、ピペラジニルおよびホモピペラジンから選択され、上記複素環はC-Cアルキルで任意で置換され;ならびに式中、波線は上記OR基の酸素の付着を示す。典型的におよび好ましくは、式(IX)により表される上記リン部分Rは本明細書では「ホスホラミデート部分」、または、同じ意味で使用される「ホスホロアミデート(phosphoroamidate)部分」と呼ばれる。
好ましい実施形態では、上記リン部分Rは式(X)により表され
Figure 0007263236000007
式中、
は水素、C-Cアルキル、C-Cアルコキシ(各々互いに独立して、シアノ、ニトロ、ハロゲン、-NHC(O)C-Cアルキル、-NHC(O)C-Cハロアルキル、C-Cアルキルスルホニルで任意で置換される);アリール、C-Cアルキレンアリール、C-Cアルキレンジアリール(各々互いに独立して、シアノ、ニトロ、ハロゲン、C-Cアルコキシ、C-Cハロアルキル、C-Cハロアルコキシ、-NHC(O)C-Cアルキル、NHC(O)C-Cハロアルキル、C-Cアルキルスルホニル、ヒドロキシル保護基で任意で置換される);式中、
およびRは互いに独立して、水素、C-Cアルキル(シアノ、ニトロ、ハロゲン、C-Cアルケニル、C-Cシクロアルキル、C-Cアルコキシで任意で置換される)、アリール、好ましくはフェニル、(シアノ、ニトロ、ハロゲン、C-Cアルキル、C-Cアルコキシで任意で置換される)であるか;または、それらが付着している窒素原子と一緒に複素環を形成し、好ましくは上記複素環はピロリジニル(pyrollidinyl)、ピペリジニル、モルホリニル、ピペラジニルおよびホモピペラジンから選択され、、上記複素環はC-Cアルキルで任意で置換され、ならびに式中、波線は上記OR基の酸素の付着を示す。典型的におよび好ましくは、式(X)により表される上記リン部分Rは本明細書では「ホスホラミダイト部分」または、同じ意味で使用される「ホスホロアミダイト部分」と呼ばれる。
好ましい実施形態では、式(IX)では、上記YはOであり;上記Rは、各出現において独立して水素、C-Cアルキル、C-Cアルコキシ(各々互いに独立してシアノ、ニトロ、ハロゲンで任意で置換される);アリール、C-Cアルキレンアリール(各々互いに独立してシアノ、ニトロ、ハロゲンで任意で置換される);ヒドロキシル保護基であり;式中、RおよびRは互いに独立して、水素、C-Cアルキル(シアノ、ニトロ、ハロゲン、C-Cアルケニルで任意で置換される);アリール(シアノ、ニトロ、ハロゲン、C-Cアルキル、C-Cアルコキシで任意で置換される);アミノ保護基であり;ならびに式中、波線は上記OR基の酸素の付着を示す。
好ましい実施形態では、式(X)では、上記Rは、各出現において独立して水素、C-Cアルキル、C-Cアルコキシ(各々互いに独立してシアノ、ニトロ、ハロゲンで任意で置換される);アリール、C-Cアルキレンアリール(各々互いに独立してシアノ、ニトロ、ハロゲンで任意で置換される);ヒドロキシル保護基であり;式中、RおよびRは互いに独立して、水素、C-Cアルキル(シアノ、ニトロ、ハロゲン、C-Cアルケニルで任意で置換される);アリール(シアノ、ニトロ、ハロゲン、C-Cアルキル、C-Cアルコキシで任意で置換される);アミノ保護基であり;ならびに式中、波線は上記OR基の酸素の付着を示す。
非常に好ましい実施形態では、上記リン部分Rは、各出現において独立して、ホスフェート部分、ホスホラミデート部分およびホスホラミダイト部分から選択される。
さらに好ましい実施形態では、上記Rは、各出現において独立して水素、C-Cアルキル、好ましくはC-Cアルキル、C-Cアルコキシ(各々互いに独立して、シアノ、ニトロ、ハロゲン、-NHC(O)C-Cアルキル、-NHC(O)C-Cハロアルキル、C-Cアルキルスルホニルで任意で置換される);アリール、C-Cアルキレンアリール、C-Cアルキレンジアリール(各々互いに独立して、シアノ、ニトロ、ハロゲン、C-Cアルコキシ、C-Cハロアルキル、C-Cハロアルコキシ、-NHC(O)C-Cアルキル、NHC(O)C-Cハロアルキル、C-Cアルキルスルホニルで任意で置換される);ヒドロキシル保護基であり;式中、RおよびRは互いに独立して、水素、C-Cアルキル(シアノ、ニトロ、ハロゲン、C-Cアルケニル、C-Cシクロアルキル、C-Cアルコキシで任意で置換される);アリール(シアノ、ニトロ、ハロゲン、C-Cアルキル、C-Cアルコキシで任意で置換される);アミノ保護基であるか;または、それらが付着している窒素原子と一緒に複素環を形成し、好ましくは上記複素環はピロリジニル(pyrollidinyl)、ピペリジニル、モルホリニル、ピペラジニルおよびホモピペラジンから選択され、上記複素環はC-Cアルキルで任意で置換され;ならびに式中、波線は上記OR基の酸素の付着を示す。
さらに好ましい実施形態では、上記Rは、C-Cアルキル(シアノ、塩素、フッ素または臭素で任意で置換される);アリール、C-Cアルキレンアリール、C-Cアルキレンジアリール(各々互いに独立してシアノ、ニトロ、塩素、フッ素、臭素、C-Cアルコキシ、Cハロアルキルで任意で置換される)である。より好ましい実施形態では、上記Rは、任意で、および好ましくは、シアノ、塩素、フッ素または臭素で置換された;好ましくは、シアノで置換されたC-Cアルキルである。再びより好ましい実施形態では、上記Rはシアノ置換されたCアルキルであり、好ましくは上記Rは-CHCH-CNである。
さらに好ましい実施形態では、上記RはC-Cアルキル、好ましくはメチルまたはエチル;アリール、好ましくはフェニルまたはベンジル;塩化物またはヒドロキシル保護基である。さらに好ましい実施形態では、上記Rはメチルまたはヒドロキシル保護基である。
さらに好ましい実施形態では、上記RはC-Cアルコキシ(シアノ、塩素、フッ素または臭素で任意で置換される)である。
さらに好ましい実施形態では、上記RおよびRは互いに独立して、HもしくはC-Cアルキルであるか;または、それらが付着している窒素原子と一緒に複素環を形成し、上記複素環は、ピロリジニル(pyrollidinyl)、ピペリジニル、モルホリニル、ピペラジニルから選択され、上記複素環はメチルで任意で置換される。さらに好ましい実施形態では、上記RおよびRは互いに独立して、C-Cアルキル、アルコキシまたはアリールであり、アリールは好ましくはフェニルまたはベンジルであり、シアノ、ニトロ、塩素、フッ素、臭素で任意で置換される。さらに好ましい実施形態では、上記Rは水素であり、Rは(i)C-Cアルキルまたは(ii)アリールであり、(i)または(ii)はシアノ、ニトロ、ハロゲン、アリールで任意で置換され、好ましくはRはC-Cアルキル、フェニルまたはベンジルである。
さらに好ましい実施形態では、上記RおよびRは互いに独立して、メチル、エチル、イソプロピルまたはイソブチルから選択される。より好ましい実施形態では、上記RおよびRは互いに独立して、イソプロピルである。
別の非常に好ましい実施形態では、上記リン部分Rは式(X)により表され、上記Rは(i)C-Cアルキル;(ii)アリール、好ましくはフェニル;または(iii)シアノ、ニトロ、ハロゲン、アリールで任意で置換される上記(i)もしくは上記(ii)であり;上記RおよびRは互いに独立して、C-Cアルキル、好ましくはイソプロピルである。
別の非常に好ましい実施形態では、上記リン部分Rは式(X)により表され、RはC-Cアルキル(シアノ、ニトロ、ハロゲン、-NHC(O)C-Cアルキル、-NHC(O)C-Cハロアルキル、C-Cアルキルスルホニルで任意で置換される);アリール、C-Cアルキレンアリール、C-Cアルキレンジアリール(各々互いに独立して、シアノ、ニトロ、ハロゲン、C-Cアルコキシ、C-Cハロアルキル、C-Cハロアルコキシ、-NHC(O)C-Cアルキル、-NHC(O)C-Cハロアルキル、C-Cアルキルスルホニルで任意で置換される)であり;RおよびRは互いに独立して、C-Cアルキル(シアノ、ニトロ、ハロゲン、C-Cアルケニル、C-Cシクロアルキル、C-Cアルコキシで任意で置換される)、フェニル(シアノ、ニトロ、ハロゲン、C-Cアルキル、C-Cアルコキシで任意で置換される)であるか;または、それらが付着している窒素原子と一緒に複素環を形成し、好ましくは上記複素環はピロリジニル(pyrollidinyl)、ピペリジニル、モルホリニル、ピペラジニルおよびホモピペラジンから選択され、上記複素環はC-Cアルキルで任意で置換され;ならびに式中、波線は上記OR基の酸素の付着を示す。
別の非常に好ましい実施形態では、上記リン部分Rは式(X)により表され、上記RはC-Cアルキル(シアノ、ニトロ、塩素、フッ素、臭素、-NHC(O)C-Cアルキル、-NHC(O)C-Cハロアルキルで任意で置換される);アリール、C-Cアルキレンアリール、C-Cアルキレンジアリール(互いに独立して、シアノ、ニトロ、塩素、フッ素、臭素、C-Cアルコキシ、C-Cハロアルキルで任意で置換される)である。
別の非常に好ましい実施形態では、上記リン部分Rは式(X)により表され、上記RはC-Cアルキル(シアノ、塩素、フッ素および臭素で任意で置換される);アリール、C-Cアルキレンアリール、C-Cアルキレンジアリール、(互いに独立してシアノ、ニトロ、塩素、フッ素、臭素、C-Cアルコキシ、Cハロアルキルで任意で置換される)である。
別の非常に好ましい実施形態では、上記リン部分Rは式(X)により表され、上記RはC-Cアルキル、2-シアノエチル、2,2,2-トリクロロエチル、2,2,2-トリブロモエチル、-(CHNHC(O)CF(n=3~6である);フェニル、C-Cアルキレンフェニル、ベンズヒドリル(互いに独立してシアノ、ニトロ、塩素、フッ素、臭素、C-Cアルコキシ、-CFで任意で置換される)である。
別の非常に好ましい実施形態では、上記リン部分Rは式(X)により表され、上記Rはメチル、エチル、2-シアノエチル、再び好ましくは2-シアノエチル(CHCNである。
別の非常に好ましい実施形態では、上記リン部分Rは式(X)により表され、上記RおよびRは互いに独立して、C-Cアルキルであるか、または、それらが付着している窒素原子と一緒に複素環を形成し、上記複素環は、ピロリジン(pyrollidine)、ピペリジン、モルホリンから選択され、上記複素環はC-Cアルキルで任意で置換され、再びさらに好ましくは上記複素環はメチルで任意で置換される。
別の非常に好ましい実施形態では、上記リン部分Rは式(X)により表され、RはRに等しく、RおよびRはイソ-プロピルまたはメチルである。
別の非常に好ましい実施形態では、上記リン部分Rは式(X)により表され、上記Rはメチル、エチル、2-シアノエチル、好ましくは2-シアノエチルであり、RはRに等しく、RおよびRはイソ-プロピルまたはメチルである。
単独の、またはより大きな基、例えばアルコキシまたはアルキレンの一部としての各アルキル部分は直鎖または分枝鎖であり、好ましくはC-Cアルキル、より好ましくはC-Cアルキルである。例としては、メチル、エチル、n-プロピル、プロプ-2-イル(イソ-プロピル;特に描かれた化学式において、同じ意味で本明細書ではiPrまたはPriと省略)、n-ブチル、ブト-2-イル、2-メチル-プロプ-1-イルまたは2-メチル-プロプ-2-イルが挙げられる。アルコキシの例としては、メトキシ、エトキシ、プロポキシ、イソ-プロポキシ、n-ブトキシ、sec-ブトキシ、tert-ブトキシ、n-ペントキシ、ネオ-ペントキシ、n-ヘキソキシが挙げられる。本明細書で記載されるように、アルコキシは、ハロアルコキシ部分を生じるハロゲン原子などのさらなる置換基を含んでもよい。
各アルキレン部分は直鎖または分枝鎖であり、例えば、-CH-、-CH-CH-、-CH(CH)-、-CH-CH-CH-、-CH(CH)-CH-、またはCH(CHCH)-である。
単独の、またはより大きな基、例えばアルケニルオキシまたはアルケニレンの一部としての各アルケニル部分は直鎖または分枝鎖であり、好ましくはC-Cアルケニル、より好ましくはC-Cアルケニルである。各部分は、(E)-または(Z)-立体配置のいずれかのものであることができる。例としては、ビニルおよびアリルが挙げられる。よって、アルケニル部分を含む本発明の化合物は、妥当な場合、その(E)-立体配置にある上記アルケニル部分を有する上記化合物、その(Z)-立体配置にある上記アルケニル部分を有する上記化合物および任意の比率のそれらの混合物を含み得る。
単独の、またはより大きな基、例えばアルキニルオキシの一部としての各アルキニル部分は直鎖または分枝鎖であり、好ましくはC-Cアルキニル、より好ましくはC-Cアルキニルである。例としては、エチニルおよびプロパルギルがある。
ハロゲンはフッ素、塩素、臭素、またはヨウ素であり、好ましくは塩素である。好ましい実施形態では、ハロゲン置換基は塩素である。
単独の、またはより大きな基、例えばハロアルコキシの一部としての各ハロアルキル部分は、1つ以上の同じかまたは異なるハロゲン原子により置換されたアルキル基である。例としては、ジフルオロメチル、トリフルオロメチル、クロロジフルオロメチルおよび2,2,2-トリフルオロ-エチルが挙げられる。
「アリール」という用語は、本明細書では、親芳香環系の単一の炭素原子から1つの水素原子を除去することにより誘導された6-14炭素原子(C-C14)の一価芳香族炭化水素ラジカル、ならびに、独立して、1つ以上の置換基、典型的におよび好ましくは以下で記載される1つまたは2つの置換基で任意で置換された上記アリールを示す。アリールは飽和、部分不飽和環、または芳香族炭素環もしくは複素環に縮合された芳香環を含む二環式ラジカルを含む。アリール基は、1つ以上の置換基で、典型的におよび好ましくは1つまたは2つの置換基で独立して、任意で置換され、上記置換基は各出現において独立してC-Cアルキル、ハロゲン、CF、OH、C-Cアルコキシ、NR2021、C、ハロゲン、C-Cアルキル、C-Cアルコキシ、NR2021で置換されたCから選択され、R20、R21は各出現において独立してH、C-Cアルキルである。典型的なアリール基としては、ベンゼン(フェニル)、置換フェニル、ナフタレン、アントラセン、ビフェニル、インデニル、インダニル、1,2-ジヒドロナフタレン(napthalene)、1,2,3,4-テトラヒドロナフチルなどから誘導されるラジカルが挙げられるが、それらに限定されない。「アリール」という用語は、本明細書では、好ましくは1~3のR22で任意で置換されるフェニルを示し、R22は、各出現において独立してハロゲン、-OH、C-Cアルキル(1つまたは2つのOH、C-Cフルオロアルキル、C-Cアルコキシ、C-CアルコキシC-Cアルキル、C-Cシクロアルキル、-NH、NHCHまたはN(CHで任意で置換される)である。
基が任意で置換されると言われる場合、好ましくは、任意で1-5の置換基、より好ましくは任意で1-3の置換基、再びより好ましくは任意で1つまたは2つの置換基が存在する。基が任意で置換されると言われる場合、および、上記基の上記任意的な置換のために2つ以上の置換基が存在する場合、上記2つ以上の置換基は、同じかまたは異なることができる。
「核酸塩基」という用語は、本明細書では、Bとして省略され、未修飾または天然由来核酸塩基、ならびに修飾または非天然由来核酸塩基およびその合成模倣物を示す。核酸塩基は、核酸の複素環塩基に水素結合することができる1つ以上の原子または原子の基を含む任意の複素環塩基である。
1つの実施形態では、核酸塩基はプリン塩基またはピリミジン塩基であり、好ましくは上記プリン塩基はプリンまたは置換プリンであり、上記ピリミジン塩基はピリミジンまたは置換ピリミジンである。より好ましくは、核酸塩基は、(i)アデニン(A)、(ii)シトシン(C)、(iii)5-メチルシトシン(MeC)、(iv)グアニン(G)、(v)ウラシル(U)、もしくは(vi)5-メチルウラシル(MeU)、または(i)、(ii)、(iii)、(iv)、(v)もしくは(vi)の誘導体である。「(i)、(ii)、(iii)、(iv)、(v)または(vi)の誘導体」、および「核酸塩基誘導体」という用語は本明細書で同じ意味で使用される。(i)、(ii)、(iii)、(iv)、(v)または(vi)の誘導体、および核酸塩基誘導体は、それぞれ、当業者に知られており、例えば、Sharma V. K. et al., Med. Chem. Commun., 2014, 5, 1454-1471において記載され、限定はされないが、5-ヒドロキシメチルシトシン、キサンチン、ヒポキサンチン、2-アミノアデニン、アルキルアデニン、例えば6-メチルアデニン、2-プロピルアデニン、アルキルグアニン、例えば6-メチルグアニン、2-プロピルグアニン、2-チオウラシル、2-チオチミンおよび2-チオシトシン、5-ハロウラシル、5-ハロシトシン、アルキニルピリミジン塩基、例えば5-プロピニル(-C=C-CH)ウラシル、5-プロピニル(-C=C-CH)シトシン、6-アゾウラシル、6-アゾシトシン、6-アゾチミン、シュードウラシル、4-チオウラシル;8-置換プリン塩基、例えば8-ハロ-、8-アミノ-、8-チオール-、8-チオアルキル-、8-ヒドロキシル-アデニンまたはグアニン、5-置換ピリミジン塩基、例えば5-ハロ-、特に5-ブロモ-、5-トリフルオロメチル-ウラシルまたは-シトシン;7-メチルグアニン、7-メチルアデニン、2-F-アデニン、2-アミノ-アデニン、8-アザグアニンおよび8-アザアデニン、7-デアザグアニン、7-デアザアデニン、3-デアザグアニン、3-デアザアデニン、疎水性塩基、プロミスキャス塩基、サイズ拡大塩基、またはフッ素化塩基が挙げられる。ある一定の実施形態では、核酸塩基としては、限定はされないが、三環式ピリミジン、例えば1,3-ジアザフェノキサジン-2-オン、1,3-ジアザフェノチアジン-2-オンまたは9-(2-アミノエトキシ)-1,3-ジアザフェノキサジン-2-オン(G-クランプ)が挙げられる。「核酸塩基誘導体」という用語はまた、プリンまたはピリミジン塩基が、他の複素環により置き換えられているものを含み、例えば7-デアザ-アデニン、7-デアザグアノシン、2-アミノピリジンまたは2-ピリドンである。本発明のさらなる核酸塩基としては、限定はされないが、当業者に知られているものが挙げられる(例えば米国特許3,687,808号;Swayze et al., The Medicinal Chemistry of Oligonucleotides, in Antisense a Drug Technology, Chapter 6, pp. 143-182 (Crooke, S.T., ed., 2008); The Concise Encyclopedia Of Polymer Science And Engineering, Kroschwitz, J.I., Ed., John Wiley & Sons, 1990, pp. 858-859; Englisch et al., Angewandte Chemie, International Edition, 1991, Vol. 30 (6), pp. 613-623; Sanghvi, Y.S., Antisense Research and Applications, Crooke, S.T. and Lebleu, B., Eds., CRC Press, 1993, pp. 273-302)。
好ましい核酸塩基誘導体としては、メチル化アデニン、グアニン、ウラシルおよびシトシン、ならびに、好ましくは(i)、(ii)、(iii)または(iv)の核酸塩基誘導体が挙げられ、個々のアミノ基、好ましくは環外アミノ基は、アシル保護基またはジアルキルホルムアミジノ、好ましくはジメチルホルムアミジノ(DMF)により保護され、さらに、核酸塩基誘導体、例えば2-フルオロウラシル、2-フルオロシトシン、5-ブロモウラシル、5-ヨードウラシル、2,6-ジアミノプリン、アザシトシンおよびピリミジン類似体、例えばシュードイソシトシンおよびシュードウラシルが含まれる。
さらに好ましい実施形態では、上記核酸塩基誘導体は、メチル化アデニン、メチル化グアニン、メチル化ウラシルおよびメチル化シトシンから、ならびに(i)、(ii)、(iii)または(iv)の核酸塩基誘導体から選択され、個々のアミノ基、好ましくは環外アミノ基は保護基により保護される。
さらに好ましい実施形態では、上記核酸塩基誘導体はメチル化アデニン、メチル化グアニン、メチル化ウラシルおよびメチル化シトシンから、ならびに(i)、(ii)、(iii)または(iv)の核酸塩基誘導体から選択され、個々のアミノ基、好ましくは環外アミノ基は、アシル保護基またはジアルキルホルムアミジノ、好ましくはジメチルホルムアミジノ(DMF)により保護される。
さらに好ましい実施形態では、上記核酸塩基誘導体は(i)、(ii)、(iii)または(iv)の核酸塩基誘導体から選択され、個々のアミノ基、好ましくは環外アミノ基は保護基により保護される。
さらに好ましい実施形態では、上記核酸塩基誘導体は(i)、(ii)、(iii)または(iv)の核酸塩基誘導体であり、環外アミノ基はアシル保護基またはジアルキルホルムアミジノ、好ましくはジメチルホルムアミジノ(DMF)により保護される。
さらに非常に好ましい実施形態では、(i)、(ii)、(iii)または(iv)の上記核酸塩基誘導体の上記環外アミノ基の上記アシル保護基は-C(O)-R11であり、互いに独立してR11はC-C10アルキル、C-C10アリール、C-C10アリールC-C10アルキレン、またはC-C10アリールオキシC-C10アルキレンから選択され、上記ジアルキルホルムアミジノ保護基は=C(H)-NR1213であり、R12およびR13は互いに独立して、C-Cアルキルから選択される。
さらに非常に好ましい実施形態では、(i)、(ii)、(iii)または(iv)の上記核酸塩基誘導体の上記環外アミノ基の上記アシル保護基は-C(O)-R14であり、互いに独立してR14は、C-Cアルキル;フェニル;ハロゲン、C-Cアルキル、C-Cシクロアルキル、C-Cアルコキシで置換されたフェニル;ベンジル;ハロゲン、C-Cアルキル、C-Cシクロアルキル、C-Cアルコキシで置換されたベンジル;またはハロゲン、C-Cアルキル、C-Cアルコキシで任意で置換されるフェニルオキシC-Cアルキレンから選択され;ならびに、上記ジアルキルホルムアミジノ保護基は=C(H)-NR1213であり、R12およびR13は互いに独立して、C-Cアルキルから選択される。
さらに非常に好ましい実施形態では、(i)、(ii)、(iii)または(iv)の上記核酸塩基誘導体の上記環外アミノ基の上記アシル保護基は-C(O)-R15であり、互いに独立してR15はC-Cアルキル;フェニル;ハロゲン、C-Cアルキル、C-Cシクロアルキル、C-Cアルコキシで置換されたフェニル;ベンジル;ハロゲン、C-Cアルキル、C-Cアルコキシで置換されたベンジル;またはフェニルオキシメチレン(CH-OC)(フェニルはハロゲン、C-Cアルキル、C-Cシクロアルキル、C-Cアルコキシで任意で置換される)から選択され;ならびに、上記ジアルキルホルムアミジノ保護基は=C(H)-NR1213であり、R12およびR13は互いに独立して、C-Cアルキルから選択される。
さらに非常に好ましい実施形態では、(i)、(ii)、(iii)または(iv)の上記核酸塩基誘導体の上記環外アミノ基の上記アシル保護基は-C(O)-R16であり、互いに独立してR16はC-Cアルキル;フェニル;C-Cアルキル、メトキシで置換されたフェニル;ベンジル;C-Cアルキル、メトキシで置換されたベンジル;またはフェニルオキシメチレン(CH-OC)(Cは、C-Cアルキル、メトキシで任意で置換される)から選択され;ならびに、上記ジアルキルホルムアミジノ保護基は=C(H)-NR1213であり、R12およびR13は互いに独立して、C-Cアルキルから選択される。
さらに非常に好ましい実施形態では、(i)、(ii)、(iii)または(iv)の上記核酸塩基誘導体の上記環外アミノ基の上記アシル保護基は-C(O)-R17であり、互いに独立してR17は、C-Cアルキル;フェニル;C-Cアルキル、メトキシで置換されたフェニル;ベンジル;C-Cアルキル、メトキシで置換されたベンジル;またはフェニルオキシメチレン(CH-OC)(Cは、C-Cアルキル、メトキシで任意で置換される)から選択され;ならびに、上記ジアルキルホルムアミジノ保護基はジメチルホルムアミジノ(DMF)である。
さらに非常に好ましい実施形態では、(i)、(ii)、(iii)または(iv)の上記核酸塩基誘導体の上記環外アミノ基の上記アシル保護基は-C(O)-R18であり、互いに独立してR18はメチル、イソ-プロピル、フェニル、ベンジル、またはフェニルオキシメチレン(CH-OC)(Cは、C-Cアルキル、メトキシで任意で置換される)から選択され;ならびに上記ジアルキルホルムアミジノ保護基はジメチルホルムアミジノ(DMF)である。
さらに非常に好ましい実施形態では、(i)、(ii)、(iii)または(iv)の上記核酸塩基誘導体の上記環外アミノ基の上記アシル保護基は-C(O)-R19であり、互いに独立してR19はメチル、イソ-プロピル、フェニル、ベンジル、またはフェニルオキシメチレン(CH-OC)(Cはメチル、イソ-プロピルで任意で置換される)から選択され;ならびに、上記ジアルキルホルムアミジノ保護基はジメチルホルムアミジノ(DMF)である。
「ジアルキルホルムアミジノ」という用語は、本明細書では、=C(H)-NR1213を示し、R12およびR13は互いに独立して、C-Cアルキルから選択される。好ましい実施形態では、上記ジアルキルホルムアミジノは、(i)、(ii)、(iii)または(iv)の上記核酸塩基誘導体の上記環外アミノ基の保護基である。得られた化合物は、本発明の範囲内に含まれるならば、(E)-または(Z)-立体配置のいずれか、および両方の形態、および任意の比率のそれらの混合物のものであってもよい。好ましい実施形態では、本発明の化合物は、(Z)立体配置の、ジアルキルホルムアミジノ、好ましくはジメチルホルムアミジノ(DMF)を含む。
1つの実施形態によれば、Bxは、ウラシル、チミン、シトシン、5-メチルシトシン、アデニンおよびグアニンから選択される。好ましくは、Bxはチミン、5-メチルシトシン、アデニンおよびグアニンから選択される。1つの実施形態によれば、Bxは、塩基ウラシル、チミン、シトシン、5-メチルシトシン、アデニンおよびグアニンの代わりに、DNAまたはRNAオリゴマーに組み込まれると、塩基対を形成することができる芳香族複素環部分である。
「ヌクレオシド連結基」という用語は、本明細書では、本発明によるオリゴマー内で、式(IV)、(V)または(VI)の上記発明の化合物を、さらなる化合物、好ましくは式(IV)、(V)または(VI)のさらなる本発明の化合物を含むヌクレオシド化合物に連結させることができる、好ましくは連結させる当技術分野で知られている任意の連結基を示す。そのような可能な連結基を教示する代表的な特許は、限定はされないが、米国特許5,034,506号;5,166,315号;5,185,444号;5,214,134号;5,216,141号;5,235,033号;5,264,562号;5,264,564号;5,405,938号;5,434,257号;5,466,677号;5,470,967号;5,489,677号;5,541,307号;5,561,225号;5,596,086号;5,602,240号;5,608,046号;5,610,289号;5,618,704号;5,623,070号;5,663,312号;5,633,360号;5,677,437号;5,677,439号;5,646,269号および5,792,608号である。上記さらなる化合物は、ヌクレオシド化合物または非ヌクレオシド化合物から選択される。上記ヌクレオシド化合物は、限定はされないが、少なくとも1つの(i)ヌクレオシド、(ii)ヌクレオチド、(iii)オリゴヌクレオチドまたは(iv)(i)、(ii)もしくは(iii)の修飾物を含み、典型的にかつ好ましくは、これらから選択される。上記非ヌクレオシド化合物は、ペプチド、タンパク質、ケイ酸塩化合物またはさらには固体支持体を含み、典型的にかつ好ましくはこれらから選択される。固体支持体としては、限定はされないが、表面、ビーズ、ガラス支持体、ポリマーまたは樹脂が挙げられる。好ましい実施形態では、ガラスは、好ましくは500Å、1000Åまたは2000Å細孔を有する、細孔が制御されたガラスである。ビーズとしては、限定はされないが、ガラスビーズ、好ましくは細孔が制御されたガラス、または磁気ビーズが挙げられる。ポリマーとしては、限定はされないが、例えばジビニルベンゼン、スチレン、およびクロロメチルスチレンを含むポリスチレンが挙げられる。好ましい実施形態では、固体支持体は高度に架橋されたポリスチレンビーズである。
「ヌクレオシド連結基」という用語はリン連結基および非リン連結基を含む。非リン連結基はリン原子を含まず、非リン連結基の例としては、アルキル、アリール、好ましくは、フェニル、ベンジル、またはベンゾイル、シクロアルキル、アルキレンアリール、アルキレンジアリール、アルコキシ、アルコキシアルキレン、アルキルスルホニル、アルキン、エーテル(各々互いに独立してシアノ、ニトロ、ハロゲンで任意で置換される);カルボキシル、アミド、アミン、アミノ、イミン、チオール、スルフィド、スルホキシド、スルホン、スルファメート、スルホネート、スルホンアミド、シロキサンまたはそれらの混合物が挙げられ、典型的にかつ好ましくは、これらから選択される。好ましい実施形態では、非リン連結基はアミノプロピル、長鎖アルキルアミン基、イニル(inyl)、アセチルアミド、アミノメチル、ホルムアセタール、チオホルムアセタール、チオホルムアセチル、リボアセチル、メチレンイミノ、メチレンヒドラジノまたは中性非イオン性ヌクレオシド連結基、例えばアミド-3(3’-CH-C(=O)-N(H)-5’)またはアミド-4(3’-CH-N(H)-C(=O)-5’)である。好ましい実施形態では、非リン連結基としては、アルキル、アリール、好ましくはフェニル、ベンジル、またはベンゾイル、シクロアルキル、アルキレンアリール、アルキレンジアリール、アルコキシ、アルコキシアルキレン、アルキルスルホニル、アルキン、またはエーテルから選択される化合物が挙げられ、化合物はC-C9、-C6、またはC-Cを含む。
好ましい実施形態では、上記ヌクレオシド連結基はリン連結基であり、上記リン連結基は、式(XI)により表されるPIIIまたはP価電子状態のリン原子を含む部分を示し:
Figure 0007263236000008
式中、
WはO、S、Seまたは電子対を表し;好ましくはWはOまたはSを表し;
10はH、ハロゲン、OH、OR、NR、SH、SR、C-Cアルキル、C-Cハロアルキル、C-Cアルコキシ、C-Cハロアルコキシ、C-Cアミノアルキルであり;RはC-Cアルキル、C-Cアルコキシ(各々互いに独立して、シアノ、ニトロ、ハロゲン、-NHC(O)C-Cアルキル、-NHC(O)C-Cハロアルキル、C-Cアルキルスルホニルで任意で置換される);アリール、C-Cアルキレンアリール、C-Cアルキレンジアリール(各々互いに独立して、シアノ、ニトロ、ハロゲン、C-Cアルコキシ、C-Cハロアルキル、C-Cハロアルコキシ、NHC(O)C-Cアルキル、NHC(O)C-Cハロアルキル、C-Cアルキルスルホニルで任意で置換される);アセチル;ヒドロキシル保護基であり;RおよびRは互いに独立して、水素、C-Cアルキル(シアノ、ニトロ、ハロゲン、C-Cアルケニル、C-Cシクロアルキル、C-Cアルコキシで任意で置換される);アリール(シアノ、ニトロ、ハロゲン、C-Cアルキル、C-Cアルコキシで任意で置換される);アミノ保護基であるか;または、それらが付着している窒素原子と一緒に複素環を形成し、好ましくは上記複素環はピロリジニル(pyrollidinyl)、ピペリジニル、モルホリニル、ピペラジニルおよびホモピペラジンから選択され、上記複素環はC-Cアルキルで任意で置換され;ならびに、Rはチオール保護基であり;ならびに式中、波線の各々は、本発明によるオリゴマー内での、式(XI)の上記リン連結基のさらなる化合物、好ましくは式(IV)、(V)または(VI)のさらなる本発明の化合物を含むヌクレオシド化合物への付着を示す。WがO、SまたはSeを表す場合、上記リン部分内の上記P原子はそのP価電子状態にある。Wが電子対を表す場合、上記リン部分内の上記P原子はそのPIII原子価にある。式(XI)の部分は任意の可能な立体異性体を含む。式(XI)により表される上記部分にはその塩がさらに含まれ、典型的におよび好ましくは、上記塩は、無機塩基またはアミンを用いた処理で形成され、典型的におよび好ましくは、(互いに独立して)上記R10であるOHまたはSH基との反応から誘導される塩である。OHまたはSH基との上記塩形成に導く好ましい無機塩基またはアミンは当技術分野でよく知られており、典型的におよび好ましくは、トリメチルアミン、ジエチルアミン、メチルアミンまたは水酸化アンモニウムである。本発明に含まれるこれらのリン部分はまた、適切な場合、「OHB」と省略され、上記HBは形成された対カチオンを示す。
好ましい実施形態では、式(XI)のリン連結基では、RおよびRは互いに独立して、水素、C-Cアルキル(シアノ、ニトロ、ハロゲン、C-Cアルケニルで任意で置換される);アリール(シアノ、ニトロ、ハロゲン、C-Cアルキルで任意で置換される);またはアミノ保護基である。
好ましい実施形態では、式(XI)のリン連結基では、WはOまたはSを表し;R10はH、OH、OR、NR、C-Cアルキル、C-Cアルキル、C-Cハロアルキル、C-Cアルコキシ、C-Cハロアルコキシ、C-Cアミノアルキルであり;RはC-Cアルキル、C-Cアルコキシ(各々互いに独立して、シアノ、ニトロ、ハロゲン、-NHC(O)C-Cアルキル、-NHC(O)C-Cハロアルキル、C-Cアルキルスルホニルで任意で置換される);アリール、C-Cアルキレンアリール、C-Cアルキレンジアリール(各々互いに独立して、シアノ、ニトロ、ハロゲン、C-Cアルコキシ、C-Cハロアルキル、C-Cハロアルコキシ、-NHC(O)C-Cアルキル、NHC(O)C-Cハロアルキル、C-Cアルキルスルホニルで任意で置換される);アセチル;またはヒドロキシル保護基であり;RおよびRは互いに独立して、水素、C-Cアルキル(シアノ、ニトロ、ハロゲン、C-Cアルケニル、C-Cシクロアルキル、C-Cアルコキシで任意で置換される);アリール(シアノ、ニトロ、ハロゲン、C-Cアルキル、C-Cアルコキシで任意で置換される);アミノ保護基であり;ならびに、Rはチオール保護基である。
さらに好ましい実施形態では、上記ヌクレオシド連結基はリン連結基であり、上記リン連結基はホスホジエステル連結基、ホスホトリエステル連結基、ホスホロチオエート連結基、ホスホロジチオエート連結基、ホスホネート連結基、好ましくはH-ホスホネート連結基またはメチルホスホネート連結基;ホスホノチオエート連結基、好ましくはH-ホスホノチオエート連結基、メチルホスホノチオエート連結基;ホスフィナート連結基、ホスホルチオアミデート(phosphorthioamidate)連結、ホスホラミデート連結基、またはホスファイト連結基から選択される。別の非常に好ましい実施形態では、上記ヌクレオシド連結基はリン連結基であり、上記リン連結基はホスホジエステル連結基、ホスホトリエステル連結基、ホスホロチオエート連結基、またはホスホネート連結基から選択され、ホスホネートは好ましくはH-ホスホネート連結基またはメチルホスホネート連結基である。
別の非常に好ましい実施形態では、上記ヌクレオシド連結基はリン連結基であり、上記リン連結基はホスホジエステル連結基である。別の非常に好ましい実施形態では、上記ヌクレオシド連結基はリン連結基であり、上記リン連結基はホスホロチオエート連結基である。
好ましい実施形態では、リン連結基は、アルキルホスホジエステル連結基、アルキレンホスホジエステル連結基、チオノアルキルホスホジエステル連結基またはアミノアルキルホスホジエステル連結基、アルキルホスホトリエステル連結基、アルキレンホスホトリエステル連結基、チオノアルキルホスホトリエステル連結基またはアミノアルキルホスホトリエステル連結基、アルキルホスホネート連結基、アルキレンホスホネート連結基、アミノアルキルホスホネート連結基、チオノアルキルホスホネート連結基またはキラルホスホネート連結基から選択される。より好ましくは、上記ヌクレオシド連結基はリン連結基であり、上記リン連結基はホスホジエステル連結基-O-P(=O)(OH)O-または[HB]を対イオンとして有する-O-P(=O)(O)O-、ホスホロチオエート-O-P(=S)(OH)O-または[HB]を対イオンとして有する-O-P(=S)(O)O-、メチルホスホネート-O-P(=O)(CH)O-である。リン連結基の様々な塩、混合塩および遊離酸形態が含まれる。
さらなる実施形態では、上記ヌクレオシド連結基は、ヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチドをさらなるヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチドと連結させる。
本発明の化合物のBxと二環コアの間の結合を象徴する式(I)および(IV)内の波線は、核酸塩基Bxの任意の空間定位が式(I)または(IV)により包含されることを示す。それにより、式(I)および(IV)は、αまたはβコンホメーションのいずれか、あるいは本発明の化合物のαおよびβアノマーの任意の混合物を包含することが意味される。
本明細書では、「ヌクレオシド」という用語は、核酸塩基および上記核酸塩基に共有結合により連結された糖を含む化合物を示す。「ヌクレオチド」という用語は、本明細書では、ヌクレオシド連結基またはリン部分をさらに含む、ヌクレオシドを示し、上記ヌクレオシド連結基または上記リン部分は、上記ヌクレオシドの糖に共有結合により連結される。
本明細書では、「ヌクレオシド」または「ヌクレオチド」という用語は、天然または化学オリゴマー合成を用いてオリゴマーに組み込むことができる、あらゆる種類の天然起源もしくは修飾ヌクレオシドもしくはヌクレオシド模倣物、または天然起源もしくは修飾ヌクレオチドもしくはヌクレオチド模倣物を、それぞれ含むことが意味される。典型的におよび好ましくは、「ヌクレオシド」という用語は、本明細書では、天然起源ヌクレオシド、修飾ヌクレオシドまたはヌクレオシド模倣物を示す。典型的におよび好ましくは、「ヌクレオチド」という用語は、本明細書では、天然起源ヌクレオチド、修飾ヌクレオチドまたはヌクレオチド模倣物を示す。
「修飾ヌクレオシド」という用語は、当業者に知られており、本明細書で記載される、ヌクレオシドの糖および/または核酸塩基に対して行われる修飾を含むことが意図される。「修飾ヌクレオチド」という用語は、当業者に知られており、本明細書で記載される、ヌクレオチドの糖および/または核酸塩基および/またはヌクレオシド連結基またはリン部分に対して行われる修飾を含むことが意図される。
「ヌクレオシド模倣物」という用語は、糖および核酸塩基を置き換えるために使用されるそれらの構造を含むことが意図される。ヌクレオシド模倣物の例としては、核酸塩基がフェノキサジン部分(例えば9-(2-アミノエトキシ)-1,3-ジアザフェノキサジン-2-オン基)と置き換えられ、糖部分がシクロヘキセニルまたはビシクロ[3.1.0]ヘキシル部分と置き換えられたヌクレオシドが挙げられる。「ヌクレオチド模倣物」という用語は本明細書では、糖およびヌクレオシド連結基を置き換えるために使用されるヌクレオチドを含むことが意味される。ヌクレオチド模倣物の例としては、ペプチド核酸(PNA)またはモルホリノが挙げられる。
「ヌクレオシド」または「ヌクレオチド」という用語はまた、2つ以上の核酸塩基修飾、2つ以上の糖修飾または少なくとも1つの核酸塩基および少なくとも1つの糖修飾などの修飾の組み合わせを含む。
ヌクレオシドまたはヌクレオチドの糖としては、限定はされないが、単環式、二環式または三環式環系、好ましくは三環式または二環式系または単環式リボースまたはデ(ス)オキシリボースが挙げられる。さらに、糖の修飾としては修飾立体化学的配置、基の少なくとも1つの置換または基の少なくとも1つの欠失が挙げられるが、それらに限定されない。修飾糖は、典型的におよび好ましくは、RNAおよびDNAにおいて天然で生じるリボシル部分(すなわち、フラノシル部分)の修飾バージョン、例えば二環糖、テトラヒドロピラン、2’-修飾糖、3’-修飾糖、4’-修飾糖、5’-修飾糖、または4’-置換糖である。好適な糖修飾の例は当業者に知られており、2’、3’および/または4’置換ヌクレオシド(例えば4’-S-修飾ヌクレオシド);2’-O-修飾RNAヌクレオチド残基、例えば2’-O-アルキルまたは2’-O-(置換)アルキル、例えば2’-O-メチル、2’-O-(2-シアノエチル)、2’-O-(2-メトキシ)エチル(2’-MOE)、2’-O-(2-チオメチル)エチル;2’-O-(ハロアルコキシ)メチル、例えば2’-O-(2-クロロエトキシ)メチル(MCEM)、2’-O-(2,2-ジクロロエトキシ)メチル(DCEM);2’-O-アルコキシカルボニル、例えば2’-O-[2-(メトキシカルボニル)エチル](MOCE)、2’-O-[2-(N-メチルカルバモイル)エチル](MCE)、2’-O-[2-(N,N-ジメチルカルバモイル)エチル](DMCE)、特に2’-O-メチル修飾または2’-O-メトキシエチル(2’-O-MOE);あるいは他の修飾糖部分、例えばモルホリノ(PMO)、カチオン性モルホリノ(PMOPlus)または修飾モルホリノ基、例えばPMO-Xが挙げられるが、それらに限定されない。「PMO-X」という用語は、少なくとも1つの3’または5’末端修飾、例えば、3’-蛍光タグ、3’クエンチャー(例えば3’-カルボキシフルオレセイン、3’-Gene Tools Blue、3’-リサミン、3’-ダブシル)、3’-親和性タグおよび化学連結のための官能基(例えば、3’-ビオチン、3’-一級アミン、3’-ジスルフィドアミド、3’-ピリジルジチオ)、5’-末端修飾(5’-一級アミン、5’-ダブシル)、3’-アジド、3’-アルキン、5’-アジド、5’-アルキンを含む、またはWO2011/150408号およびUS2012/0065169号において開示される修飾モルホリノ基を示す。
「二環(Bicylic)糖部分」は、2つの相互に連結された環系、例えば二環式ヌクレオシドを含み、糖部分は、2’-O-CH(アルキル)-4’または2’-O-CH2-4’基、ロックド核酸(LNA)、キシロ-LNA、α-L-LNA、β-D-LNA、cEt(2’-O,4’-C制限エチル)LNA、cMOEt(2’-O,4’-C制限メトキシエチル)LNA、エチレン-架橋核酸(ENA)、ヘキシトール核酸(HNA)、フッ素化HNA(F-HNA)、ピラノシル-RNA(p-RNA)、または3’-デオキシピラノシル-DNA(p-DNA)を有する。あるいは、ヌクレオシドまたはヌクレオチドの糖は、例えば、WO2013/135900号およびWO2014/140348号に記載される三環糖部分を含む。
「オリゴマー」という用語は、本明細書では、ヌクレオシド連結基により連結された2つ以上のモノマーサブユニットを含む化合物を示し、上記2つ以上のモノマーサブユニットの少なくとも1つは、式(IV)の化合物、好ましくは式(V)の化合物または式(VI)の化合物である。好ましい実施形態では、オリゴマーは、式(IV)、(V)または(VI)の少なくとも1つの化合物および少なくとも1つのリボヌクレオチドまたはデオキシリボヌクレオチドを含む。より好ましくは、オリゴマーは、式(IV)、(V)または(VI)の少なくとも1つの化合物および少なくとも1つのデオキシリボヌクレオチドを含む。
「モノマーサブユニット」という用語は、本明細書では、α-D-リボヌクレオシド、β-D-リボヌクレオシド、α-D-2’-デオキシリボヌクレオシド、β-D-2’-デオキシリボヌクレオシド、天然起源ヌクレオシド、天然起源ヌクレオチド、修飾ヌクレオシド、修飾ヌクレオチド、ヌクレオシドの模倣物、ヌクレオチドの模倣物、および式(I)~(VI)のいずれか一つの任意の化合物を含む、本明細書で提供される本発明の化合物などのモノマーサブユニットを含み、かつ典型的におよび好ましくはそれらを示す、オリゴマー合成に適しているあらゆる種類のモノマーユニットを含むことを意味する。
好ましい実施形態では、オリゴマーはオリゴヌクレオチドである。「オリゴヌクレオチド」という用語は、本明細書では、各々、ヌクレオシド連結基により互いに連結された少なくとも2つのヌクレオシドを含む化合物を示す。よって、「オリゴヌクレオチド」という用語は、本明細書では、ヌクレオシド連結基により連結された少なくとも2つのヌクレオシドを含む化合物を含み、典型的におよび好ましくはこれを示し、上記少なくとも2つのヌクレオシドは、天然起源ヌクレオシド、修飾ヌクレオシドまたはヌクレオシド模倣物から独立して選択される。よって、「オリゴヌクレオチド」という用語は、本明細書では、天然起源ヌクレオチド、修飾ヌクレオチドまたはヌクレオチド模倣物を含む化合物を含み、よって、「オリゴヌクレオチド」という用語は、本明細書では、当業者に知られており、本明細書で記載される、糖および/または核酸塩基および/またはヌクレオシド連結基に対して行われる修飾を有するオリゴヌクレオチドを含む。
オリゴマーは一本鎖または二本鎖とすることができる。1つの実施形態では、オリゴマーは二本鎖(すなわち二重鎖)である。好ましい実施形態では、オリゴマーは一本鎖である。
好ましい実施形態では、オリゴマーは非ヌクレオシド化合物、好ましくは固体支持体に結合される。固体支持体は好ましくは、ビーズ、ポリマーまたは樹脂から選択される。ある一定の実施形態では、オリゴマーは40までのモノマーサブユニット、好ましくは30までのモノマーサブユニット、より好ましくは30までのモノマーサブユニット、再びより好ましくは20までのモノマーサブユニットまたは15までのモノマーサブユニットの長さを有する。さらなる実施形態では、上記オリゴマーは5~40のモノマーサブユニット、好ましくは8~30のモノマーサブユニット、より好ましくは8~25のモノマーサブユニット、再びより好ましくは8~20のモノマーサブユニットを含む。
ある一定の実施形態では、本明細書で提供されるオリゴマーは1つ以上の末端基の、オリゴマーの5’または7’末端への共有結合により修飾される。末端基はまた、オリゴマーの末端のいずれかで付着させることができる。
「の末端」という用語はオリゴマー、核酸配列または式(IV)、(V)または(VI)の化合物の端部または末端を示し、整数(3’、5’または7’など)は、オリゴマーのヌクレオシド、核酸配列または式(IV)、(V)または(VI)の化合物に含まれる糖の炭素原子を示す。「5’末端基」または「7’末端基」という用語は、本明細書では、それぞれ、式(IV)、(V)または(VI)の化合物に含まれる糖の5’末端または7’末端に位置する基を示す。「5’末端基」または「7’末端基」の例としては、限定はされないが、キャッピング基、ジホスフェート、トリホスフェート、標識、例えば、蛍光標識(例えばフルオレセインまたはローダミン)、色素、オリゴマーを追跡するのに好適なレポーター基、固体支持体、非ヌクレオシド基、抗体またはコンジュゲート基が挙げられる。好ましくは「5’末端基」または「7’末端基」は、ジホスフェート、トリホスフェート、蛍光標識、色素、オリゴマーを追跡することができるレポーター基、固体支持体、非ヌクレオシド基、抗体またはコンジュゲート基から選択される。
ある一定の実施形態では、本明細書で提供されるオリゴマーまたは式(IV)、(V)または(VI)の化合物は、1つ以上のコンジュゲート基の共有結合により修飾される。一般に、コンジュゲート基は、それらが付着される化合物の1つ以上の特性を改変する。そのような特性としては、限定はされないが、ヌクレアーゼ安定性、結合親和性、薬力学、薬物動態、結合、吸収、細胞分布、細胞取込、送達、帯電およびクリアランスが挙げられる。コンジュゲート基は化学分野においてルーチン的に使用され、直接、または任意的な連結基を介して、オリゴマーなどの親化合物に連結される。「コンジュゲート基」という用語は、限定はされないが、インターカレーター、ポリアミン、ポリアミド、ポリエチレングリコール、チオエーテル、ポリエーテル、コレステロール、チオコレステロール、コール酸部分、葉酸、脂質、リン脂質、ビオチン、フェナジン、フェナントリジン、アントラキノン、アダマンタン、アクリジン、親油性部分、またはクマリンを含み、好ましくはこれらを示す。
「核酸」または「核酸配列」という用語は、本明細書で同じ意味で使用され、少なくとも2つの連結されたヌクレオチドまたはヌクレオシド連結基により連結された少なくとも2つのヌクレオシドを含むオリゴマまたはポリマー分子として理解される。本発明との関連で、核酸はリボ核酸(RNA)およびデオキシリボ核酸(DNA)を含み、好ましくは天然起源RNA、天然起源DNA、修飾DNA、修飾RNA、その混合物、例えばRNA-DNAハイブリッドから選択される。修飾は、さらに本明細書で記載されるように、バックボーン、例えばヌクレオシド連結基および/またはヌクレオシドおよび/または糖を含んでもよい。核酸は、化学的にまたは酵素的にポリメラーゼにより合成することができる。
「天然」または「天然起源」という用語は、本明細書で同じ意味で使用され、天然起源を有する化合物を示す。
「立体異性体」という用語は、同一の化学構成を有するが、原子または基の空間における配列に関しては異なっている化合物を示す。
「ジアステレオマー」は、キラリティーの2つ以上の中心を有し、化合物が互いに鏡像ではない立体異性体を示す。ジアステレオマーは異なる物理的性質、例えば融点、沸点、スペクトル特性、ならびに化学的および生物学的反応性を有する。ジアステレオマーの混合物は、電気泳動およびクロマトグラフィーなどの高分解能分析手順下で分離され得る。
「鏡像異性体」は、互いの重ねることができない鏡像である化合物の2つの立体異性体を示す。
本明細書で使用される立体化学定義および慣習は一般にS.P. Parker, Ed., McRaw-Hiff Dictionary of Chemical Terms (1984), McGraw-Hill Book Company, New York;およびEliel, E. and Wilen, S., “Stereochemistry of Organic Compounds”, John Wiley & Sons, Inc., New York, 1994に従う。
本明細書では、「T」(融解温度)は二本鎖核酸の2つのストランドが分離する温度である。Tはしばしば、相補的核酸に対するアンチセンス化合物の二本鎖安定性の尺度として使用される。
第1の態様では、本発明は、式(I)の化合物を提供し:
Figure 0007263236000009
式中、TおよびTのうちの1つはORまたはORであり;
およびTおよびTの他方はORまたはORであり;
はHまたはヒドロキシル保護基であり、
はリン部分であり;ならびに、式中、
Bxは核酸塩基である。
好ましい実施形態では、本発明の上記式(I)の化合物は式(II)の化合物であり
Figure 0007263236000010
式中、
(i)TはORであり、TはORもしくはORであるか;または
(ii)TはORもしくはORであり、TはORであり;
好ましくはTはORまたはORであり、TはORである。
式(II)の化合物は、1’末端の第1の炭素のキラル中心でのBxの空間立体配置がβアノマーとは異なるαアノマーまたはαアノマーモノマーである。
別の好ましい実施形態では、上記式(I)の化合物は式(III)の化合物であり
Figure 0007263236000011
式中、
(i)TはORであり、TはORもしくはORであるか;または
(ii)TはORもしくはORであり、TはORであり;
好ましくはTはORであり、およびTはORまたはORである。
式(III)の化合物は、1’末端の第1の炭素のキラル中心でのBxの空間立体配置がαアノマーとは異なるβアノマーまたはβアノマーモノマーである。
別の好ましい実施形態では、式(I)の化合物では、上記リン部分Rは、ホスフェート部分、ホスホラミデート部分およびホスホラミダイト部分から選択される。別の好ましい実施形態では、式(II)の化合物では、上記リン部分Rは、ホスフェート部分、ホスホラミデート部分およびホスホラミダイト部分から選択される。別の好ましい実施形態では、式(III)の化合物では、上記リン部分Rは、ホスフェート部分、ホスホラミデート部分およびホスホラミダイト部分から選択される。
別の好ましい実施形態では、式(I)、(II)または(III)の化合物では、上記Bxはプリン塩基またはピリミジン塩基から選択され、好ましくはBxは(i)アデニン(A)、(ii)シトシン(C)、(iii)5-メチルシトシン(MeC)、(iv)グアニン(G)、(v)ウラシル(U)、または(vi)5-メチルウラシル(MeU)、あるいは(i)、(ii)、(iii)、(iv)、(v)または(vi)の誘導体から選択され、さらに好ましくは、Bxはウラシル、チミン、シトシン、5-メチルシトシン、アデニンまたはグアニンから選択される。再びより好ましくは、式(I)、(II)または(III)の化合物では、Bxは、チミン、5-メチルシトシン、アデニンまたはグアニンから選択される。
別の好ましい実施形態では、式(I)、(II)または(III)の化合物は非ヌクレオシド化合物、好ましくは固相に連結される。
好ましい実施形態では、式(I)の化合物は下記から選択される:
Figure 0007263236000012
Figure 0007263236000013
第2の態様では、本発明は少なくとも1つの式(IV)の化合物を含むオリゴマーを提供し、
Figure 0007263236000014
式中、上記少なくとも1つの式(IV)の化合物の各々に対して独立して
またはTのうちの1つはヌクレオシド連結基であり;
およびTの他方はOR、OR、5’末端基、7’末端基またはヌクレオシド連結基であり、RはHまたはヒドロキシル保護基であり、およびRはリン部分であり;Bxは核酸塩基である。
好ましい実施形態では、本発明のオリゴマーは、少なくとも1つの式(IV)の化合物を含み、上記式(IV)の化合物は式(V)の化合物であり:
Figure 0007263236000015
式中、
(i)Tはヌクレオシド連結基であり、Tは7’末端基、OR、もしくはORであり、好ましくはTは7’末端基もしくはORであるか;または
(ii)Tは5’末端基、OR、もしくはORであり、好ましくはTは5’末端基もしくはORであり;Tはヌクレオシド連結基であるか;または
(iii)TおよびTは互いに独立してヌクレオシド連結基である。
別の好ましい実施形態では、本発明のオリゴマーは、少なくとも1つの式(IV)の化合物を含み、上記式(IV)の化合物は式(VI)の化合物であり:
Figure 0007263236000016
式中、
(i)Tはヌクレオシド連結基であり、Tは7’末端基、OR、もしくはORであり、好ましくはTは7’末端基もしくはORであるか;または
(ii)Tは5’末端基、OR、もしくはORであり、好ましくはTは5’末端基もしくはORであり;
はヌクレオシド連結基であるか;または
(iii)TおよびTは互いに独立してヌクレオシド連結基である。
好ましい実施形態では、上記オリゴマーはオリゴヌクレオチドである。さらに好ましい実施形態では、上記オリゴマーはオリゴヌクレオチドであり、上記式(IV)の化合物は式(V)の化合物である。別の好ましい実施形態では、上記オリゴマーはオリゴヌクレオチドであり、上記式(IV)の化合物は式(VI)の化合物である。より好ましい実施形態では、式(IV)、(V)または(VI)の上記少なくとも1つの化合物を含むオリゴマーはDNAである。
別の実施形態では、式(IV)、(V)または(VI)の上記少なくとも1つの化合物を含む本発明のオリゴマーは、式(IV)、(V)または(VI)の化合物のいずれとも異なる少なくとも1つのヌクレオチドをさらに含み、好ましくは、少なくとも1つの異なるヌクレオチドは、(i)単環糖を含むヌクレオチド、すなわち単環式ヌクレオチド、または(ii)二環糖を含むヌクレオチド、すなわち二環式ヌクレオチド、または(iii)三環糖を含むヌクレオチド、すなわち、三環式ヌクレオチドである。好ましくは、式(IV)、(V)または(VI)の化合物とは異なる上記少なくとも1つのヌクレオチドは二環糖を含むヌクレオチドである。好ましくは、式(IV)、(V)または(VI)の化合物とは異なる上記少なくとも1つのヌクレオチドは三環糖を含むヌクレオチドである。より好ましくは、式(IV)、(V)または(VI)の化合物とは異なる上記少なくとも1つのヌクレオチドは単環糖を含むヌクレオチドである。
本発明のオリゴマーの別の好ましい実施形態では、上記式(IV)の化合物は式(V)の化合物であり、上記オリゴマーは式(V)の化合物とは異なる少なくとも1つのヌクレオチドをさらに含み、好ましくは、少なくとも1つの異なるヌクレオチドは、(i)単環糖を含むヌクレオチド、すなわち単環式ヌクレオチド、または(ii)二環糖を含むヌクレオチド、すなわち二環式ヌクレオチド、または(iii)三環糖を含むヌクレオチド、すなわち三環式ヌクレオチドである。好ましくは、式(V)の化合物とは異なる上記少なくとも1つのヌクレオチドは二環糖を含むヌクレオチドである。好ましくは、式(V)の化合物とは異なる上記少なくとも1つのヌクレオチドは三環糖を含むヌクレオチドである。より好ましくは、式(V)の化合物とは異なる上記少なくとも1つのヌクレオチドは単環糖を含むヌクレオチドである。
本発明のオリゴマーの別の好ましい実施形態では、上記式(IV)の化合物は式(VI)の化合物であり、上記オリゴマーは、式(VI)の化合物とは異なる少なくとも1つのヌクレオチドをさらに含み、好ましくは少なくとも1つの異なるヌクレオチドは、(i)単環糖を含むヌクレオチド、すなわち単環式ヌクレオチド、または(ii)二環糖を含むヌクレオチド、すなわち二環式ヌクレオチド、または(iii)三環糖を含むヌクレオチド、すなわち三環式ヌクレオチドである。好ましくは、式(VI)の化合物とは異なる上記少なくとも1つのヌクレオチドは二環糖を含むヌクレオチドである。好ましくは、式(VI)の化合物とは異なる上記少なくとも1つのヌクレオチドは三環糖を含むヌクレオチドである。より好ましくは、式(VI)の化合物とは異なる上記少なくとも1つのヌクレオチドは単環糖を含むヌクレオチドである。
別の実施形態では、式(IV)、(V)または(VI)の化合を含むオリゴマーは式(IV)、(V)または(VI)の化合物とは異なる少なくとも2つのヌクレオチドをさらに含み、上記少なくとも2つの異なるヌクレオチドはヌクレオシド連結基により互いに連結され、各ヌクレオシド連結基は互いに独立して、ホスホジエステル連結基、ホスホトリエステル連結基、ホスホロチオエート連結基、ホスホロジチオエート連結基、ホスホネート連結基、ホスホノチオエート連結基、ホスフィナート連結基、ホスホルチオアミデート(phosphorthioamidate)連結またはホスホラミデート連結基から選択され、好ましくは各ヌクレオシド連結基は互いに独立してホスホジエステル連結基またはホスホロチオエート連結基であり、さらに好ましくは各ヌクレオシド連結基はホスホロチオエート連結基である。
本発明のオリゴマーの別の好ましい実施形態では、上記式(IV)の化合物は式(V)の化合物であり、および上記オリゴマーは式(V)の化合物とは異なる少なくとも2つのヌクレオチドをさらに含み、上記少なくとも2つの異なるヌクレオチドはヌクレオシド連結基により互いに連結され、各ヌクレオシド連結基は互いに独立して、ホスホジエステル連結基、ホスホトリエステル連結基、ホスホロチオエート連結基、ホスホロジチオエート連結基、ホスホネート連結基、ホスホノチオエート連結基、ホスフィナート連結基、ホスホルチオアミデート(phosphorthioamidate)連結またはホスホラミデート連結基から選択され、好ましくは各ヌクレオシド連結基は互いに独立して、ホスホジエステル連結基またはホスホロチオエート連結基であり、さらに好ましくは各ヌクレオシド連結基はホスホロチオエート連結基である。
本発明のオリゴマーの別の好ましい実施形態では、上記式(IV)の化合物は式(VI)の化合物であり、および上記オリゴマーは、式(VI)の化合物とは異なる少なくとも2つのヌクレオチドをさらに含み、上記少なくとも2つの異なるヌクレオチドはヌクレオシド連結基により互いに連結され、各ヌクレオシド連結基は互いに独立して、ホスホジエステル連結基、ホスホトリエステル連結基、ホスホロチオエート連結基、ホスホロジチオエート連結基、ホスホネート連結基、ホスホノチオエート連結基、ホスフィナート連結基、ホスホルチオアミデート(phosphorthioamidate)連結またはホスホラミデート連結基から選択され、好ましくは各ヌクレオシド連結基は互いに独立して、ホスホジエステル連結基またはホスホロチオエート連結基であり、さらに好ましくは各ヌクレオシド連結基はホスホロチオエート連結基である。
別の好ましい実施形態では、本発明のオリゴマーでは、Bxはプリン塩基またはピリミジン塩基から選択され、好ましくはBxは、(i)アデニン(A)、(ii)シトシン(C)、(iii)5-メチルシトシン(MeC)、(iv)グアニン(G)、(v)ウラシル(U)、または(vi)5-メチルウラシル(MeU)、あるいは(i)、(ii)、(iii)、(iv)、(v)または(vi)の誘導体から選択され、さらに好ましくはBxは、ウラシル、チミン、シトシン、5-メチルシトシン、アデニンまたはグアニンから選択される。より好ましくは、本発明のオリゴマーでは、Bxはチミン、5-メチルシトシン、アデニンまたはグアニンから選択される。
別の好ましい実施形態では、本発明のオリゴマーでは、各ヌクレオシド連結基は互いに独立して、ホスホジエステル連結基、ホスホトリエステル連結基、ホスホロチオエート連結基、ホスホロジチオエート連結基、ホスホネート連結基、ホスホノチオエート連結基、ホスフィナート連結基、ホスホルチオアミデート(phosphorthioamidate)連結またはホスホラミデート連結基から選択され、好ましくは各ヌクレオシド連結基は互いに独立して、ホスホジエステル連結基またはホスホロチオエート連結基であり、さらに好ましくは各ヌクレオシド連結基はホスホロチオエート連結基である。
別の実施形態では、本発明のオリゴマーは、1~5、好ましくは1~4、より好ましくは1~2、再びより好ましくは1~2、再びより好ましくはちょうど1つの、式(IV)、(V)または(VI)の化合物を含む。本発明のオリゴマーの好ましい実施形態では、上記式(IV)の化合物は式(VI)の化合物であり、上記オリゴマーは1~5、好ましくは1~4、より好ましくは1~2、再びより好ましくは1~2、再びより好ましくはちょうど1つの式(VI)の化合物を含む。特に、DNA二本鎖内での、オリゴヌクレオチド内での式(VI)の化合物の単一組み込み、好ましくは式(VI)の化合物の単一組み込み(Bxはメチルシトシンである)は実質的な安定化効果を有することが見出されている。よって、本発明のオリゴマーの非常に好ましい実施形態では、上記オリゴマーは、ちょうど1つの式(IV)の化合物を含み、上記式(IV)の化合物は式(VI)の化合物であり、上記Bxはメチルシトシンであり、上記オリゴマーはオリゴヌクレオチドであり、式(VI)の化合物とは異なる少なくとも1つのヌクレオチドをさらに含み、好ましくは少なくとも1つの異なるヌクレオチドは単環糖を含むヌクレオチドである。
本発明のオリゴマーの別の好ましい実施形態では、上記オリゴマーは、少なくとも2つの式(IV)の化合物を含み、式(IV)の化合物とは異なる少なくとも1つのヌクレオチドをさらに含み、上記式(IV)の化合物は式(V)の化合物であり、上記式(V)の化合物の各々はその5’末端を用いて、(i)式(IV)の化合物とは異なる上記少なくとも1つのヌクレオチドの5’末端、または(ii)別の式(V)の化合物の7’末端に連結され;上記式(V)の化合物はその7’末端を用いて、(i)式(IV)の化合物とは異なる上記少なくとも1つのヌクレオチドの3’末端または(ii)別の式(V)の化合物の5’末端に連結される。
本発明のオリゴマーの別の実施形態では、上記オリゴマーは少なくとも2つの式(IV)の化合物を含み、式(IV)の化合物とは異なる少なくとも1つのヌクレオチドをさらに含み、上記式(IV)の化合物は式(VI)の化合物であり、上記式(VI)の化合物の各々はその5’末端を用いて、(i)式(IV)の化合物とは異なる上記少なくとも1つのヌクレオチドの3’末端または(ii)別の式(VI)の化合物の3’末端に連結され;上記式(VI)の化合物の各々はその3’末端を用いて、(i)式(IV)の化合物とは異なる上記少なくとも1つのヌクレオチドの5’末端または(ii)別の式(VI)の化合物の5’末端に連結される。
本発明のオリゴマーの好ましい実施形態では、上記オリゴマーは式(IV)の化合物とは異なる少なくとも2つのヌクレオチドをさらに含み、上記式(IV)の化合物は式(V)の化合物であり、式(IV)の化合物とは異なる上記ヌクレオチドの各々はその3’末端を用いて、(i)上記式(V)の化合物の7’末端または(ii)式(IV)の化合物とは異なる別のヌクレオチドの5’末端に連結され、式(IV)の化合物とは異なる上記ヌクレオチドの各々はその5’末端を用いて、(i)上記式(V)の化合物の5’末端または(ii)式(IV)の化合物とは異なる別のヌクレオチドの3’末端に連結される。
本発明のオリゴマーの好ましい実施形態では、上記オリゴマーは式(IV)の化合物とは異なる少なくとも2つのヌクレオチドをさらに含み、上記式(IV)の化合物は式(V)の化合物であり、式(IV)の化合物とは異なる上記ヌクレオチドの各々はその3’末端を用いて、(i)上記式(V)の化合物の7’末端または(ii)式(IV)の化合物とは異なる別のヌクレオチドの5’末端に連結され、式(IV)の化合物とは異なる上記ヌクレオチドの各々はその5’末端を用いて、(i)上記式(V)の化合物の5’末端または(ii)式(IV)の化合物とは異なる別のヌクレオチドの3’末端に連結される。
本発明のオリゴマーの好ましい実施形態では、上記オリゴマーは式(IV)の化合物とは異なる少なくとも2つのヌクレオチドをさらに含み、上記式(IV)の化合物は式(V)の化合物であり、少なくとも1つの式(V)の化合物の各々はその5’末端およびその7’末端を用いて式(IV)の化合物とは異なる上記ヌクレオチドに連結される。
本発明のオリゴマーの好ましい実施形態では、上記オリゴマーは式(IV)の化合物とは異なる少なくとも2つのヌクレオチドをさらに含み、上記式(IV)の化合物は式(V)の化合物であり、式(IV)の化合物とは異なる上記ヌクレオチドの各々はその3’末端を用いて、(i)上記式(V)の化合物の7’末端または(ii)式(IV)の化合物とは異なる別のヌクレオチドの5’末端に連結され、式(IV)の化合物とは異なる上記ヌクレオチドの各々はその5’末端を用いて、(i)上記式(V)の化合物の5’末端または(ii)式(IV)の化合物とは異なる別のヌクレオチドの3’末端に連結される。
本発明のオリゴマーの好ましい実施形態では、上記オリゴマーは式(IV)の化合物とは異なる少なくとも2つのヌクレオチドをさらに含み、上記式(IV)の化合物は式(VI)の化合物であり、少なくとも1つの式(VI)の化合物の各々はその5’末端およびその7’末端を用いて式(IV)の化合物とは異なる上記ヌクレオチドに連結される。
本発明のオリゴマーの別の好ましい実施形態では、上記オリゴマーは少なくとも2つの式(IV)の化合物を含み、式(IV)の化合物とは異なる少なくとも2つのヌクレオチドをさらに含み、上記式(IV)の化合物は式(V)の化合物であり、少なくとも1つの式(V)の化合物の各々はその7’末端を用いて、式(IV)の化合物とは異なるヌクレオチドの3’末端に;およびその5’末端を用いて、式(IV)の化合物とは異なるヌクレオチドの5’末端に連結される。
本発明のオリゴマーの別の好ましい実施形態では、上記オリゴマーは少なくとも2つの式(IV)の化合物を含み、式(IV)の化合物とは異なる少なくとも2つのヌクレオチドをさらに含み、上記式(IV)の化合物は式(VI)の化合物であり、少なくとも1つの式(VI)の化合物の各々はその5’末端を用いて、式(IV)の化合物とは異なるヌクレオチドの3’末端;および、その7’末端を用いて式(IV)の化合物とは異なるヌクレオチドの5’末端に連結される。
本発明のオリゴマーの好ましい実施形態では、上記オリゴマーは少なくとも1つの式(IV)の化合物を含み、上記化合物は式(VI)の化合物であり、少なくとも1つの式(VI)の化合物の各々はその5’末端およびその7’末端を用いて式(IV)の化合物とは異なるヌクレオチドに連結され、Bxはシトシンまたは5-メチルシトシン、好ましくは5-メチルシトシンである。
本発明のオリゴマーのさらに好ましい実施形態では、上記オリゴマーはちょうど1つの式(IV)の化合物を含み、上記化合物は式(VI)の化合物であり、上記式(VI)の化合物はその5’末端およびその7’末端を用いて式(IV)の化合物とは異なるヌクレオチドに連結され、Bxはシトシンまたは5-メチルシトシン、好ましくは5-メチルシトシンである。
別の好ましい実施形態では、本発明のオリゴマーは、1~5、好ましくは1~4、より好ましくは1~2、再びより好ましくは1~2、再びより好ましくはちょうど1つの式(IV)、(V)または(VI)、好ましくは式(VI)の化合物を含み、Bxはピリミジン塩基、より好ましくはシトシンまたは5-メチルシトシン、再びより好ましくは5-メチルシトシンである。より好ましい実施形態では、本発明のオリゴマーはちょうど1つの式(VI)の化合物を含み、Bxはシトシンまたは5-メチルシトシン、好ましくは5-メチルシトシンである。ちょうど1つまたはほんの数個の式(IV)、(V)または(VI)、好ましくは式(VI)の化合物の組み込み(Bxはピリミジン塩基である)では、小さな不安定化につながるにすぎず、または本発明のオリゴマーを用いた二本鎖形成が安定化されることさえある。とりわけ、核酸塩基がシトシンまたはシトシン誘導体、好ましくは5-メチルシトシンである場合、式(IV)、(V)または(VI)、好ましくは式(VI)の化合物を含む本発明のオリゴマーの、相補的DNAとの二本鎖は著しく安定化される。この安定化効果は、5-メチルシトシンヌクレオシドでより顕著になる。別の実施形態では、本発明のオリゴマーは、1~5、好ましくは1~4、より好ましくは1~2、再びより好ましくは1~2、再びより好ましくはちょうど1つの式(IV)、(V)または(VI)、好ましくは式(VI)の化合物を含み、Bxはプリン塩基である。核酸塩基プリンは、式(IV)、(V)または(VI)、好ましくは式(VI)の化合物を含む本発明のオリゴマーの、相補的RNAとの二本鎖を安定化する。
別の好ましい実施形態では、本発明のオリゴマーは少なくとも2つの連続した式(IV)の化合物を含むか、または好ましくはこれから構成され、連続した式(IV)の化合物の各々は、ヌクレオシド連結基により隣接する連続した式(IV)の化合物に独立して連結され、ヌクレオシド連結基は2つの連続した式(IV)の化合物の5’末端および7’末端を連結させる。別の好ましい実施形態では、本発明のオリゴマーは少なくとも2つの連続した式(V)の化合物を含むか、または好ましくはこれから構成され、連続した式(V)の化合物の各々は、ヌクレオシド連結基により隣接する連続した式(V)の化合物に独立して連結され、ヌクレオシド連結基は2つの連続した式(V)の化合物の5’末端および7’末端を連結させる。別の好ましい実施形態では、本発明のオリゴマーは少なくとも2つの連続した式(VI)の化合物を含むか、または好ましくはこれから構成され、連続した式(VI)の化合物の各々は、ヌクレオシド連結基により隣接する連続した式(VI)の化合物に独立して連結され、ヌクレオシド連結基は2つの連続した式(VI)の化合物の5’末端および7’末端を連結させる。
さらに好ましい実施形態では、本発明のオリゴマーは10~40の連続した式(IV)の化合物、好ましくは10~30の連続した式(IV)の化合物、より好ましくは10~25の連続した式(IV)の化合物、再びより好ましくは10~20の連続した式(IV)の化合物または10~15の連続した式(IV)の化合物を含むか、または好ましくはこれから構成される。本発明のオリゴマーのさらに好ましい実施形態では、上記少なくとも1つの式(IV)の化合物は式(V)の化合物であり、上記オリゴマーは、10~40の連続した式(V)の化合物、好ましくは10~30の連続した式(V)の化合物、より好ましくは10~25の連続した式(V)の化合物、再びより好ましくは10~20の連続した式(V)の化合物、および再びより好ましくは10~15の連続した式(V)の化合物を含むか、または好ましくはこれから構成される。本発明のオリゴマーのさらに好ましい実施形態では、上記少なくとも1つの式(IV)の化合物は式(VI)の化合物であり、上記オリゴマーは、10~40の連続した式(VI)の化合物、好ましくは10~30の連続した式(VI)の化合物、より好ましくは10~25の連続した式(VI)の化合物、再びより好ましくは10~20の連続した式(VI)の化合物、および再びより好ましくは10~15の連続した式(VI)の化合物を含むか、または好ましくはこれから構成される。
本発明のオリゴマーのさらに好ましい実施形態では、上記少なくとも1つの式(IV)の化合物は式(V)の化合物であり、上記オリゴマーは、10~40の連続した式(V)の化合物、好ましくは10~30の連続した式(V)の化合物、より好ましくは10~25の連続した式(V)の化合物、再びより好ましくは10~20の連続した式(V)の化合物、および再びより好ましくは10~15の連続した式(V)の化合物を含むか、または好ましくはこれから構成され、連続した式(V)の化合物の各々は、ヌクレオシド連結基により隣接する連続した式(V)の化合物に独立して連結され、ヌクレオシド連結基は2つの連続した式(V)の化合物の5’末端および7’末端を連結させ、上記ヌクレオシド連結基はリン連結基であり、上記リン連結基はホスホジエステル連結基、ホスホトリエステル連結基およびホスホロチオエート連結基から選択され、好ましくは上記リン連結基はホスホジエステル連結基またはホスホロチオエート連結基である。
さらに好ましい実施形態では、本発明のオリゴマーは、少なくとも1つの核酸配列を含むか、または好ましくはこれから構成され、上記核酸配列は上記少なくとも1つの式(IV)の化合物を含み、上記核酸配列は配列番号1~24、好ましくは配列番号24から選択される。さらに好ましい実施形態では、本発明のオリゴマーは少なくとも1つの核酸配列を含むか、または好ましくはこれから構成され、上記核酸配列は上記少なくとも1つの式(V)の化合物を含み、上記核酸配列は配列番号16~24、好ましくは配列番号21~24、より好ましくは配列番号24から選択される。さらに好ましい実施形態では、本発明のオリゴマーは少なくとも1つの核酸配列を含むか、または好ましくはこれから構成され、上記核酸配列は上記少なくとも1つの式(VI)の化合物を含み、上記核酸配列は配列番号1~15、好ましくは配列番号13-15から選択される。より好ましい実施形態では、本発明のオリゴマーは、配列番号13~15または21~24、好ましくは配列番号24から選択される核酸配列から構成される。別の好ましい実施形態では、上記オリゴマーは配列番号13~15または21~24から選択される核酸配列であり、好ましくは上記オリゴマーは配列番号24である。
本発明のオリゴマーのさらに好ましい実施形態では、上記オリゴマーは核酸配列を含み、上記核酸配列は少なくとも2つの連続した式(IV)の化合物から構成され、上記核酸配列はその5’末端またはその7’末端で式(IV)の化合物とは異なる少なくとも1つのヌクレオチドまたはヌクレオシドと隣接している。本発明のオリゴマーのさらに好ましい実施形態では、上記オリゴマーは核酸配列を含み、上記核酸配列は少なくとも2つの連続した式(V)の化合物から構成され、上記核酸配列はその5’末端またはその7’末端で、式(V)の化合物とは異なる、好ましくは式(V)または(VI)の化合物とは異なる、さらに好ましくは式(IV)の化合物とは異なる少なくとも1つのヌクレオチドまたはヌクレオシドと隣接している。本発明のオリゴマーのさらに好ましい実施形態では、上記オリゴマーは核酸配列を含み、上記核酸配列は少なくとも2つの連続した式(VI)の化合物から構成され、上記核酸配列はその5’末端またはその7’末端で、式(VI)の化合物とは異なる、好ましくは式(V)または(VI)の化合物とは異なる、さらに好ましくは式(IV)の化合物とは異なる少なくとも1つのヌクレオチドまたはヌクレオシドと隣接している。
本発明のオリゴマーのさらに好ましい実施形態では、上記オリゴマーは核酸配列を含み、上記核酸配列は少なくとも2つの連続した式(IV)の化合物から構成され、上記核酸配列はその5’末端およびその7’末端で式(IV)の化合物とは異なる少なくとも1つのヌクレオチドまたはヌクレオシドと隣接している。本発明のオリゴマーのさらに好ましい実施形態では、上記オリゴマーは核酸配列を含み、上記核酸配列は、少なくとも2つの連続した式(V)の化合物から構成され、上記核酸配列はその5’末端およびその7’末端で、式(V)の化合物とは異なる、好ましくは式(V)または(VI)の化合物とは異なる、さらに好ましくは式(IV)の化合物とは異なる少なくとも1つのヌクレオチドまたはヌクレオシドと隣接している。本発明のオリゴマーのさらに好ましい実施形態では、上記オリゴマーは核酸配列を含み、上記核酸配列は、少なくとも2つの連続した式(VI)の化合物から構成され、上記核酸配列はその5’末端およびその7’末端で式(VI)の化合物とは異なる、好ましくは式(V)または(VI)の化合物とは異なる、さらに好ましくは式(IV)の化合物とは異なる少なくとも1つのヌクレオチドまたはヌクレオシドと隣接している。
本発明のオリゴマーのさらに好ましい実施形態では、上記オリゴマーは核酸配列を含み、上記核酸配列は少なくとも2つの連続した式(V)の化合物から構成され、上記核酸配列はその5’末端またはその7’末端で、式(V)の化合物とは異なる、好ましくは式(V)または(VI)の化合物とは異なる、さらに好ましくは式(IV)の化合物とは異なる少なくとも1つのヌクレオチドまたはヌクレオシドと隣接しており、上記核酸配列の5’末端は、式(V)の化合物とは異なる、好ましくは式(V)または(VI)の化合物とは異なる、さらに好ましくは式(IV)の化合物とは異なるヌクレオチドの5’末端に連結され;または上記核酸配列の7’末端は式(V)の化合物とは異なる、好ましくは式(V)または(VI)の化合物とは異なる、さらに好ましくは式(IV)の化合物とは異なるヌクレオチドまたはヌクレオシドの3’末端に連結される。
本発明のオリゴマーのさらに好ましい実施形態では、上記オリゴマーは核酸配列を含み、上記核酸配列は少なくとも2つの連続した式(V)の化合物から構成され、上記核酸配列はその5’末端およびその7’末端で式(V)の化合物とは異なる、好ましくは式(V)または(VI)の化合物とは異なる、さらに好ましくは式(IV)の化合物とは異なる少なくとも1つのヌクレオチドまたはヌクレオシドと隣接しており、上記核酸配列の5’末端は式(V)の化合物とは異なる、好ましくは式(V)または(VI)の化合物とは異なる、さらに好ましくは式(IV)の化合物とは異なるヌクレオチドまたはヌクレオシドの5’末端に連結され;上記核酸配列の7’末端は式(V)の化合物とは異なる、好ましくは式(V)または(VI)の化合物とは異なる、さらに好ましくは式(IV)の化合物とは異なるヌクレオチドまたはヌクレオシドの3’末端に連結される。
本発明のオリゴマーのさらに好ましい実施形態では、上記オリゴマーは核酸配列を含み、上記核酸配列少なくとも2つの連続した式(VI)の化合物から構成され、上記核酸配列はその5’末端またはその7’末端で式(VI)の化合物とは異なる、好ましくは式(V)または(VI)の化合物とは異なる、さらに好ましくは式(IV)の化合物とは異なる少なくとも1つのヌクレオチドまたはヌクレオシドと隣接しており、上記核酸配列の5’末端は式(VI)の化合物とは異なる、好ましくは式(V)または(VI)の化合物とは異なる、さらに好ましくは式(IV)の化合物とは異なるヌクレオチドまたはヌクレオシドの3’末端に連結され;または上記核酸配列の7’末端は式(VI)の化合物とは異なる、好ましくは式(V)または(VI)の化合物とは異なる、さらに好ましくは式(IV)の化合物とは異なるヌクレオチドまたはヌクレオシドの5’末端に連結される。
本発明のオリゴマーのさらに好ましい実施形態では、上記オリゴマーは核酸配列を含み、上記核酸配列は、少なくとも2つの連続した式(VI)の化合物から構成され、上記核酸配列はその5’末端およびその7’末端でそれぞれ、式(VI)の化合物とは異なる、好ましくは式(V)または(VI)の化合物とは異なる、さらに好ましくは式(IV)の化合物とは異なる、少なくとも1つのヌクレオチドまたはヌクレオシドと隣接しており、上記核酸配列の5’末端は、式(VI)の化合物とは異なる、好ましくは式(V)または(VI)の化合物とは異なる、さらに好ましくは式(IV)の化合物とは異なるヌクレオチドまたはヌクレオシドの3’末端に連結され;上記核酸配列の7’末端は式(VI)の化合物とは異なる、好ましくは式(V)または(VI)の化合物とは異なる、さらに好ましくは式(IV)の化合物とは異なるヌクレオチドまたはヌクレオシドの5’末端に連結される。
本発明のオリゴマーのさらに好ましい実施形態では、上記式(IV)の化合物は下記から選択される
Figure 0007263236000017
Figure 0007263236000018
さらに好ましい実施形態では、本発明のオリゴマーは二本鎖である。ある一定の実施形態では、上記二本鎖オリゴマーのちょうど1つまたは両方のストランドは少なくとも1つの、式(IV)、(V)または(VI)の化合物を含む。
第3の態様では、本発明は、疾患の予防、治療または診断における薬剤としての使用のための、式(I)、(II)または(III)の本発明の化合物または本発明のオリゴマーを提供する。
ある一定の実施形態では、式(I)、(II)または(III)の化合物は、疾患の予防または治療における薬剤として使用される。本発明は、治療的有効量の式(I)、(II)または(III)を患者に投与することにより、患者において疾患を予防する、または疾患を患う患者を治療する方法を提供する。別の実施形態では、式(I)、(II)または(III)の化合物は疾患の予防または治療のための薬剤の製造のために使用される。
さらなる実施形態では、本発明のオリゴマーは、疾患の予防または治療における薬剤として使用される。本発明は、治療的有効量の本発明のオリゴマーを患者に投与することにより、患者において疾患を予防する、または疾患を患う患者を治療する方法を提供する。別の好ましい実施形態では、本発明のオリゴマーは疾患の予防または治療のための薬剤の製造のために使用される。
「患者」という用語は、本明細書では、ヒトまたは動物を示し、動物は好ましくは哺乳類である。「患者」という用語は、疾患または障害の症状を示す被験体に制限されず、健康な被験体(すなわち症状なし)または症状を示すリスクがある被験体を含む。「治療的有効量」は、単一用量として、または一連の用量の一部として被験体に投与される量を示し、それは、被験体において所望の生理応答または治療効果を生成させるのに有効である。所望の治療効果の例としては、限定はされないが、症状または病態の改善、症状または病態の進行の低減、および疾患の症状または病態の発症の減速が挙げられる。治療的有効量は、使用される製剤の性質およびレシピエントの型および状態によって変動する。任意の組成物に対する適切な量の決定は当技術分野の技能の範囲内であり、適切な治療レベルを評価するように設計された標準シリーズの試験による。アンチセンスオリゴヌクレオチドの典型的なおよび好ましい治療的有効量は約0.05~1000mg/kg体重、特に約5~500mg/kg体重の範囲である。
さらなる実施形態では、本発明のオリゴマーはアンチセンスオリゴヌクレオチドである。好ましい実施形態では、本発明のアンチセンスオリゴヌクレオチドは疾患の予防、治療または診断において使用される。本明細書では、「アンチセンスオリゴヌクレオチド」という用語は、標的核酸配列とハイブリダイズすることができるオリゴヌクレオチドを示す。好ましい実施形態では、アンチセンスオリゴヌクレオチドは標的核酸配列に相補的である。オリゴヌクレオチドおよび標的核酸における十分な数の相補的位置が相補的核酸塩基により占められており、それらは互いに水素結合を形成することができ、よって、特異的結合がオリゴヌクレオチドと標的核酸の間で起こる場合、オリゴヌクレオチドは標的核酸に相補的である。例えば、アデニンおよびチミンは相補的核酸塩基であり、それらは、水素結合の形成により対形成する。ハイブリダイゼーションは様々な環境下で起こり得る。当技術分野では、アンチセンスオリゴヌクレオチドの配列は、ハイブリダイズ可能な標的核酸のヌクレオチドに100%相補的であるヌクレオチドを含む必要はないことが理解される。アンチセンスオリゴヌクレオチドは、1つ以上のヌクレオチドについてハイブリダイズすることができるが、介在または隣接するヌクレオチドはハイブリダイゼーションに関与しない。本発明のアンチセンスオリゴヌクレオチドのオリゴヌクレオチド部分は標的核酸内の標的領域に対し少なくとも70%配列相補性を有することが好ましく、より好ましくはそれらは85%または90%配列相補性を有し、さらにいっそう好ましくは標的核酸配列内の標的領域に対し95%配列相補性を有する。
ある一定の実施形態では、本発明のオリゴマーは疾患の予防または治療において使用され、オリゴマーは、標的核酸の複製、翻訳、転写、トランスロケーション、触媒活性、複合体形成、スプライシングまたは完全性を妨害することができる。ある一定の実施形態では、本発明のオリゴマーは疾患の予防または治療において使用され、オリゴマーは、標的核酸に結合する、標的核酸の発現を下方制御する、標的核酸配列を立体的にブロックするまたは標的核酸において核酸干渉、遺伝子サイレンシング、分解またはエクソンスキッピングを誘導することができる。好ましい実施形態では、本発明のオリゴマーは疾患の予防または治療において使用され、オリゴマーは、標的核酸に結合する、および上記標的核酸の発現を下方制御することができる。別の好ましい実施形態では、本発明のオリゴマーは疾患の予防または治療において使用され、オリゴマーは標的核酸に結合する、上記標的核酸を立体的にブロックする、および上記標的核酸においてエクソンスキッピングを誘導することができる。好ましい実施形態では、上記標的核酸はDNAまたはRNAである。RNAは好ましくはプレmRNA(処理前または前駆体メッセンジャーRNA)または成熟RNAである。RNAはmRNAまたは非翻訳RNAの機能形態、例えば長鎖非翻訳RNA、マイクロRNA、低分子干渉RNA、核小体低分子RNA、Piwi結合RNA、tRNA由来小型RNA、小型rDNA由来RNA、rRNAまたはtRNAである。ある一定の実施形態では、本発明のオリゴマーは疾患の予防または治療において使用され、オリゴマーは標的核酸におけるスプライスプロセスを変化させることができ、好ましくは標的核酸はプレmRNAである。好ましくは上記オリゴマーは標的プレmRNAにおいてエクソンスキッピングを誘導することができる。「エクソン」は、タンパク質をコードする核酸の規定されたセクション、またはプレmRNAのいずれかの一部がスプライシングにより除去された後RNA分子の成熟型において表される核酸配列を示す。
さらなる実施形態では、本発明のオリゴマーは、疾患の予防または治療における薬剤として使用され、上記疾患は遺伝性疾患である。好ましい実施形態では、本発明のオリゴマーは、疾患の予防または治療における薬剤として使用され、上記疾患は筋ジストロフィー、好ましくはDuchenne型筋ジストロフィーである。別の好ましい実施形態では、疾患の予防、治療または診断における薬剤としての使用のためのオリゴマーは配列番号21の核酸配列または配列番号24の核酸配列、好ましくは配列番号24の核酸配列であり、疾患は筋ジストロフィー、好ましくはDuchenne型筋ジストロフィーである。本発明のオリゴマー、特に配列番号24はRNAに対して良好な親和性を維持し、式(V)の化合物から構成されるオリゴマーは、その天然起源の対応するDNAと比べて、著しく改善された生体内安定性を与えると考えられる。その上、配列番号24の核酸は補体を著しくは活性化せず、補体活性化は、アンチセンスオリゴヌクレオチドのインビボ使用と関連する重要な毒性応答を示す。よって、本発明のオリゴマー、好ましくは式(V)の化合物を含む、または好ましくはこれから構成されるオリゴマーは有望なアンチセンス候補である。最後に、式(V)の化合物から構成されるオリゴマー、好ましくは配列番号24の核酸はエクソン23の強いエクソンスキッピングおよびエクソン22および23のダブルエクソンスキッピングを誘導することができる。これらの有望な結果により、本発明のオリゴマー、とりわけ式(V)の化合物からなるオリゴマーは必要条件を満たし、筋ジストロフィー、例えばDuchenneに苦しむ患者において強い治療効果が誘導されることが示される。
別の態様では、本発明は、疾患の予防または治療における薬剤として使用するための本発明のオリゴマーを提供する。
さらなる態様では、本発明のオリゴマーは疾患の診断において使用される。さらなる態様では、本発明のオリゴマーは疾患の診断において薬剤として使用される。別の好ましい実施形態では、本発明のオリゴマーは、疾患の診断のための薬剤の製造のために使用される。本発明は患者において疾患を診断する方法を提供する。上記診断または上記診断をすることは、
(i)有効量の、標識されている本発明のオリゴマーを患者に投与すること、および
(ii)標識されたオリゴマーの非侵襲性または侵襲性、好ましくは非侵襲性インビボイメージング、または
(i’)患者から試料を得ること、
(ii’)標識されている、本発明のオリゴマーを試料に添加すること、および
(iii’)標識されたオリゴマーの、試料中に含まれる核酸との結合について試料を分析することを含む。好ましい実施形態では、疾患の診断で使用される本発明のオリゴマーはオリゴヌクレオチド、より好ましくはアンチセンスオリゴヌクレオチドである。患者から得られた試料は好ましくは、血液、血清、液または組織試料である。「標識されたオリゴマー」という用語は、本明細書では、標識を含むオリゴマーを示す。好ましくは、標識は、蛍光標識、色素、レポーター基または放射標識から選択される。
さらなる態様では、本発明は、式(I)、(II)または(III)から選択される少なくとも1つの化合物を含む医薬組成物を提供する。さらなる態様では、本発明は少なくとも1つの本発明のオリゴマーを含む医薬組成物を提供する。好ましい実施形態では、上記医薬組成物は、1つ以上の本発明のオリゴマーを含み、上記1つ以上のオリゴマーの少なくとも1つはオリゴヌクレオチド、より好ましくはアンチセンスオリゴヌクレオチドである。好ましい実施形態では、医薬組成物は、好ましくは1つ以上の薬学的に許容される担体と一緒に製剤化された、治療的に有効な量の、式(I)、(II)または(III)の少なくとも1つの化合物または少なくとも1つの本発明のオリゴマーを含む。1つの実施形態では、本発明の医薬組成物の単位用量は、約1マイクログラム~20,000マイクログラムの、式(I)、(II)または(III)のオリゴマーまたは化合物/単位、好ましくは約10~1000マイクログラムを含む。静脈内送達では、医薬製剤の単位用量は、好ましくは0.5~500マイクログラム/kg体重、より好ましくは5~300マイクログラム/kg体重の本発明のオリゴマーを含む。本発明の医薬組成物では、式(I)、(II)または(III)のオリゴマーまたは化合物は、通常、組成物の総重量に基づき、約0.5-95重量%の量で存在する。
好ましい実施形態では、式(I)、(II)または(III)の少なくとも1つの化合物または本発明の少なくとも1つのオリゴマーを含む医薬組成物は、少なくとも1つの薬学的に許容される担体をさらに含む。「薬学的に許容される担体」という用語は、本明細書では、薬学的に許容される材料、組成物またはビヒクル、例えば、液体または固体フィラー、希釈剤、賦形剤、製造助剤(例えば、潤滑剤、タルクマグネシウム、ステアリン酸カルシウムまたは亜鉛、あるいは立体酸(steric acid))、または溶媒封入材料を意味する。薬学的に許容される担体は対象化合物を1つの器官または身体の一部から別のところへ運搬または輸送するのに関係することができる。核酸の送達のための方法は、例えば、Akhtar et al., 1992, Trends Cell Bio., 2:139;およびDelivery Strategies for Antisense Oligonucleotide Therapeutics, ed. Akhtar; Sullivan et al., PCT WO 94/02595号において記載される。これらのおよび他のプロトコルは、事実上、任意のヌクレオチドまたは核酸分子、例えば式(I)、(II)または(III)の化合物および本発明のオリゴマーの送達のために使用することができる。本発明はまた、P-糖タンパク質阻害剤(例えばプルロニックP85)(薬物の様々な組織中への進入を増強させることができる);埋め込み後の徐放送達のための生分解性ポリマー、例えばポリ(DL-ラクチド-コグリコリド)ミクロスフェア(Emerich, DF et al., 1999, Cell Transplant, 8, 47-58) Alkermes, Inc. Cambridge, Mass);ナノ粒子、例えばポリブチルシアノアクリレートで製造されたもの(薬物を血液脳関門を横切って送達させることができ、細胞取込メカニズムを変更させることができる)(Prog Neuropsychopharmacol Biol Psychiatry, 23, 941-949, 1999);またはポリエチレングリコール-脂質を含むリポソームをさらに含む本発明の医薬組成物を特徴とする。
医薬組成物、式(I)、(II)または(III)の化合物または本発明のオリゴマーの投与は、当技術分野で知られている様々なメカニズムを使用して実施することができる。好ましい実施形態では、本発明の医薬組成物、式(I)、(II)または(III)の化合物またはオリゴマーは局部または全身投与される。好ましい実施形態では、本発明の医薬組成物、式(I)、(II)または(III)の化合物またはオリゴマーは、経口的に(例えば、水溶液または非水溶液あるいは懸濁液、錠剤、ボーラス、粉末、顆粒、ペーストとして)、非経口的に(例えば、皮下、筋肉内、静脈内、腹腔内または硬膜外注射により、例えば、無菌溶液または懸濁液、あるいは徐放製剤として)、局所的に(例えば、クリーム、軟膏剤、または放出制御パッチまたはスプレーとして)、腟内または直腸内に(例えばペッサリー、クリームまたはフォームとして)、舌下に、眼内に、経皮的に、経鼻的に、細胞内に、または直接局所腫瘍注射により投与される。好ましい実施形態では、本発明のオリゴマーを含む医薬組成物は、標的核酸の発現を下方制御する、標的核酸配列を立体的にブロックするまたは標的核酸において核酸干渉、遺伝子サイレンシング、分解またはエクソンスキッピングを誘導するために使用される。
さらなる態様では、本発明のオリゴマーは標的核酸配列に結合するためインビトロで使用される。好ましい実施形態では、本発明のオリゴマーは、標的核酸の発現を下方制御する、標的核酸配列を立体的にブロックするまたは標的核酸において核酸干渉、遺伝子サイレンシング、分解またはエクソンスキッピングを誘導するために、インビトロで使用される。ある一定の実施形態では、本発明のオリゴマーは、標的核酸の複製、翻訳、転写、トランスロケーション、触媒活性、複合体形成、スプライシングまたは完全性を妨害するためにインビトロで使用される。好ましい実施形態では、本発明のオリゴマーは、標的核酸に結合するためにインビトロで使用され、エクソンスキッピングが上記標的核酸において誘導される。好ましい実施形態では、本発明は、本発明のオリゴマーを細胞膜を横切って送達させることにより、細胞のサイトゾル中での標的遺伝子の発現を下方制御するインビトロ法を提供する。好ましい実施形態では、標的核酸はDNA、プレmRNAまたは成熟mRNAである。
さらなる態様では、本発明は、式(I)~(VI)の化合物のいずれか1つの使用を含む、本発明のオリゴマーの固相合成のための方法を提供する。
実施例
一般手順
全ての反応は乾燥させたガラス器具中、アルゴンの不活性雰囲気下で実施した。反応のための無水溶媒は、活性アルミナに通す濾過により、またはモレキュラーシーブ(4Å)上での貯蔵により得た。カラムクロマトグラフィー(CC)をシリカゲル(SiliaFlash P60、40-63μm、60Å)上で実施した。CCのために使用したメタノールはHPLCグレードを有し、CCのために使用した全ての他の溶媒は技術グレードを有し、使用前に蒸留した。薄層クロマトグラフィーをシリカゲルプレート上で実施した(macherey-nagel、プレコートTLC-プレートsil G-25 UV254)。化合物をUV光下、またはp-アニスアルデヒド染色溶液[p-アニスアルデヒド(3.7mL)、氷酢酸(3.7mL)、濃硫酸(5mL)、エタノール(135mL)]に浸漬後、ヒートガンで加熱することにより可視化した。NMRスペクトルを300または400MHz(H)で、75または101MHz(13C)で、および122MHz(31P)で、CDCl、CDODまたはCDCNのいずれか中で記録した。化学シフト(δ)を残留処理不十分溶媒ピーク[CDCl:7.26ppm(H)、77.16ppm(13C);CDOD:3.31ppm(H)、49.00ppm(13C)]に対して報告する。シグナル帰属はAPTおよびDEPTならびにH,HおよびH,13C相関実験(COSY、HSQC、HMBC)に基づく。高分解能質量検出をポジティブモードでのエレクトロスプレーイオン化により実施した(イオントラップ、ESI)。
この実施例セクション内では、簡単にするために、この実施例セクションで言及したヌクレオチドまたはヌクレオシドは、特定的にαアノマーと言及しない限り、βアノマーを示す。さらに、これに一貫して、この実施例セクション内で言及したオリゴマーまたはオリゴヌクレオチドは、特定的にαアノマーと言及しない限り、βアノマーを含む。
融解温度
UV-融解実験をVarian Cary Bio 100 UV/vis分光光度計上で記録した。実験を2μM二本鎖濃度、10mM NaHPO、0M~150mM NaCl(αアノマー)または0.05M~1.00M NaCl(βアノマー)および7.0に調整したpHで実施した。試料をジメチルポリシロキサンのカバリング層により蒸発から保護した。吸光度を260nmでモニタした。実験毎に、3回の冷却-加熱サイクルを、0.5℃/分の温度勾配を用いて実施した。曲線一次導関数の最大値をVarian WinUVソフトウェアで抽出し、Tm値を6つの勾配の平均として報告した。
円二色性分光法
JascoPFO-350S温度制御装置を備えたJasco J-715分光偏光計上で、CD-スペクトルを記録した。試料条件はUV-融解実験と同じであった。210~320nm、50nm/分速度でスペクトルを記録し、温度を直接、試料から測定した。各実験について、試料と同じ塩濃度を含むブランクを記録した。報告したスペクトルは、3つの走査の平滑化平均をとり、対応するブランクスペクトルを減算することにより得た。
Figure 0007263236000019
実施例1
本発明の化合物の合成
(全体概観)
その後のヌクレオシド合成のために想定される二環式足場7および10は、前に記載された中間体1から構築することができた(Tarkoy, M.; Bolli, M.; Schweizer, B.; Leumann, C. Helv. Chim. Acta 1993, 76, 481)(スキーム1)。1内のエポキシド環を効率的に-78℃でのLiHMDS媒介分子内脱離により開環させ、不飽和エステル2を良好な収率で得た。2のその後のニッケル触媒NaBH還元は、二環コア構造の凸側から立体特異的に進み、エステル3が唯一の特定できるジアステレオ異性体として得られた。3中のヒドロキシル官能基をその後TBDPS保護し、4を定量的収率で得た。その結果として、中間体4を、DIBALで-78℃にて還元させ、アルデヒド5を得た。5中のアセトニド保護基をその後、緩やかな条件下で、In(OTf)を触媒として用いて、MeCNおよびHOの混合物中で、加水分解させた(Golden, K. C.; Gregg, B. T.; Quinn, J. F. Tetrahedron Lett. 2010, 51, 4010)、得られた二環式ヘミアセタールを、単に溶媒をMeOHに変更することにより、メチルグリコシド6に変換させた。化合物6をその後、アセチル化し、保護前駆体7を得、これを、Vorbruggen化学による対応するプリンヌクレオシドの合成のために使用した。
Figure 0007263236000020
スキーム1:(a)LiHMDS、THF、-78℃、2h、74%;(b)NaBH、NiCl、EtOH、0℃→rt、2h、90%;(c)TBDPSCl、I、N-メチルイミダゾール、THF、rt、3h、quant;(d)DiBAL-H、CHCl、-78℃、90min、89%;(e)i)In(OTf)、MeCN/HO、rt、48h、ii)MeOH、6h、81%;(f)AcO、DMAP、DCM、rt、2h、96%;(g)i)TMSOTf、2,6-ルチジン、DCM、rt、60min、ii)TBAF、THF、0℃、20min、92%;(h)DMTr-Cl、AgOTf、DCM/ルチジン、rt、4h、93%;(i)TBAF、THF、rt、20h、quant。
本発明の好ましいピリミジンヌクレオシドの合成は、確立した適用では、対応する二環式グリカールへの、核酸塩基のβ-立体選択的NIH誘導付加から構成された(Medvecky, M.; Istrate, A.; Leumann, C. J. J. Org. Chem. 2015, 80, 3556; Dugovic, B.; Leumann, C. J. Journal of Organic Chemistry 2014, 79, 1271; Lietard, J.; Leumann, C. J. J. Org. Chem. 2012, 77, 4566)。最初に、チミン核酸塩基を導入するために、N-ヨードスクシンイミド(NIS)誘導ヌクレオシド化(nucleosidation)を、6からTMSOTfのみを用いた処理により容易に得られたグリカール8の直接前駆体(R=TMSである)上で実施した。このアプローチで対応するβ-ヌクレオシドの立体選択的形成が得られたが、しかしながら、7%のα-アノマーの著しい汚染を伴い、それは、標準クロマトグラフィー技術により分離不能のままであった。β-選択性は、グリカール10のように、Rでの立体容積を増加させ、Rでの立体容積を減少させることにより増強させることができたことは理にかなっていた。これは、C(4)での求電子性ヨウ素の初期α-攻撃に有利となるであろう。この目的を達成するために、TMSOTfを用い、続いて、TBAFを用いた短い処理を用いて、新たに導入したTMS基を選択的に除去して、化合物6をグリカール8に変換させた。中間体8をその後、ジメトキシトリチル化合物9に構成させ、これを最終的に、TBAFを用いたTBDPS保護基の除去に供し、所望の糖成分10を得た。
インサイチューTMS保護グリカール10上でのNIS-ヌクレオシド化、続いて、ヨウ化物中間体のBuSnHによるラジカル還元により、DMTr保護チミジン誘導体11を、わずかな量のみの(H-NMRにより<2%)α-アノマーを含んだ良好な収率で得た(スキーム2)。2-シアノエチルN,N,N’,N’-テトライソプロピルホスホルジアミダイトによる最終ホスフィチル化により、チミジンホスホラミダイトビルディングブロック12を得た。5-メチルシトシンヌクレオシドの合成を塩基チミンの変換により達成した。この目的を達成するために、ヌクレオシド11をTMS保護し、1,2,4-トリアゾールおよびPOClを用いた処理により対応するトリアゾリドに変換させた。アンモニアおよび1,4-ジオキサンの混合物中でのこのトリアゾリドのその後の処理により、対応する5-メチルシトシンヌクレオシドを得、これを直接BzOで保護し、13を3工程にわたって88%収率で得た。ホスホラミダイト14を前述のようなホスフィチル化により得た。
Figure 0007263236000021
スキーム2:(a)i)チミン、BSA、NIS、DCM、rt、7h;ii)BuSnH、AIBN、トルエン、70℃、30min、73%;(b)2-シアノエチルN,N,N’,N’-テトライソプロピルホスホルジアミダイト、ETT、DCM、rt、30min、12では70%、14では75%;(c)i)BSA、トリアゾール、POCl、EtN、CHCN、rt、5h、ii)1,4-ジオキサン/NHOH、rt、2h、iii)BzO、EtN、DMF、rt、20h、88%。
古典的Vorbruggenヌクレオシド化をプリン核酸塩基を導入するために適用し、一般にα-ヌクレオシドの普及を得た。N-ベンゾイルアデニンまたは2-アミノ-6-クロロプリンのいずれかを用いた前駆体7の変換では、分離不能アノマー混合物15および20となり、それぞれ、α/β比は4:1および7:3である(スキーム3)。アノマーの分離は脱アセチル後可能となり、純粋β-アノマー16および21につながった。ここから、アデニンビルディングブロック19は、標準ジメトキシトリチル化(→17)、続いてシリル保護基のTBAF媒介切断(→19)およびホスフィチル化により得ることができた。グアニンビルディングブロックの合成は、2-アミノ-6-クロロプリン核酸塩基の変換を必要とした。これは、21の3-ヒドロキシプロピオニトリルおよびTBDによる処理、およびその後の2-アミノ基のDMFによる保護により達成され、保護グアノシン誘導体22を得た。上記と同じ化学経路に従い、グアニンビルディングブロック25の合成を、ジメトキシトリチル化(→23)、続いてシリル保護基の除去(→24)およびホスフィチル化により達成した。
Figure 0007263236000022
スキーム3:(a)N-ベンゾイルアデニン、BSA、TMSOTf、MeCN、70℃、20min、64%;(b)NaOH、THF/MeOH/HO、0℃、20min、69%;(c)DMTr-Cl、ピリジン、rt、24h、87%;(d)TBAF、THF、rt、48h、87%;(e)CEP-Cl、DIPEA、THF、rt、2h、71%;(f)2-アミノ-6-クロロプリン、BSA、TMSOTf、MeCN、55℃、50min、77%;(g)NaOH、THF/MeOH/HO、0℃、20min、85%;(i)i)TBD、3-ヒドロキシプロピオニトリル、DCM、48h、ii)N,N-ジメチルホルムアミドジメチルアセタール、DMF、55℃、2h、73%;(j)DMTr-Cl、ピリジン、rt、18h、70%;(k)TBAF、THF、rt、7h、87%;(l)2-シアノエチルN,N,N’,N’-テトライソプロピルホスホルジアミダイト、ETT、DCM、rt、50min、69%。
保護された糖7から開始して、本発明の4つの好ましいホスホラミダイトビルディングブロックの合成を開発した。糖7およびインサイチューシリル化チミンの混合物のTMSOTfによる処理でおよそ85:15の有利なアノマー比α/βを有するヌクレオシド35の円滑な形成を得た(H-NMRにより決定)(スキーム4)。5’位でDMTr基を有するチミジンホスホラミダイトに至る化学経路では、標準クロマトグラフィーによるアノマーの分離が可能とならない。そのため、および極性逆転を有する修飾をDNA鎖に導入するために、DMTr基を7’位で導入した。この目的を達成するために、35のシリル基を、TBAFを用いた短い処理(→36)、続いて標準ジメトキシトリチル化(→37)により除去した。2つのアノマーの分離は標準脱アセチル後可能となり、純粋α-アノマー38が得られた。チミジンビルディングブロック39を最後に、2-シアノエチルN,N,N’,N’-テトライソプロピルホスホルジアミダイトを用いた、5-(エチルチオ)-1H-テトラゾールの存在下でのホスフィチル化により得た。中間体38はまた、インサイチューTMS保護ヌクレオシド38の、POClおよび1,2,4-トリアゾールを用いた対応するトリアゾリドへの変換、続いてアンモニアおよび1,4-ジオキサンの混合物中での処理により、5-メチルシトシンヌクレオシドへの短いアクセスを提供した。DMF中のBzOによる直接保護によりヌクレオシド40の効率的な形成が得られ、不安定なシリル保護基はそのプロセス中に切断された。前述のような条件での最終ホスフィチル化により、5-メチルシチジンホスホラミダイト41を得た。
Figure 0007263236000023
スキーム4:(a)チミン、BSA、TMSOTf、MeCN、rt、18h、82%;(b)TBAF、THF、2h、75%;(c)DMTr-Cl、ピリジン、rt、24h、96%;(d)KCO、MeOH、3h、86%;(e)2-シアノエチルN,N,N’,N’-テトライソプロピルホスホルジアミダイト、ETT、DCM、rt、1h、39では81%、30min、41では80%;f)i)BSA、1,2,4-トリアゾール、POCl、EtN、MeCN、rt、7h、ii)1,4-ジオキサン/NHOH、rt、3h、iii)BzO、EtN、DMF、rt、18h、83%。
プリン核酸塩基では、プリンの導入を、短いヌクレオシド化により、わずかに上昇させた温度で、N-ベンゾイルアデニンまたは2-アミノ-6-クロロプリンのいずれかを用いて実施し、ヌクレオシド15および20を、それぞれ、4:1および7:3のα/β比で得た(スキーム5)。アノマーを分離するために、アセチル基を緩やかな条件下で除去し、純粋α-アノマー42および48を得た。アデノシンビルディングブロックの形成はアセチル保護基の再導入(→43)、TBAFによるTPDPS保護基の除去(→44)、続いて標準ジメトキシトリチル化(→45)を続ける。アセチル基の選択的脱保護(→46)後に、前述のような条件でのホスフィチル化により、アデニンビルディングブロック47を得た。
グアニンビルディングブロックでは、2つのアノマーの分離後、6-クロロプリンを、TBDおよび3-ヒドロキシプロピオニトリルを用いた処理によりグアニン核酸塩基に変換させ、グアノシンヌクレオシド49を得た。48時間にわたるアセチル化により、5’-ヒドロキシ基および2-アミノ基の同時保護が可能になり、保護ヌクレオシド50を得た。上記と同様に、DMTr基を、TBAFによるシリル保護基の除去(→51)、続いてジメトキシトリチル化(→52)により導入した。2つのアセチル基をKCOを用いた処理により除去し、得られた極性生成物を直接DMFで保護し、グアノシンヌクレオシド53を得た。最終ホスフィチル化により、ビルディングブロック54を得た。
Figure 0007263236000024
スキーム5:a)N-ベンゾイルアデニン、BSA、TMSOTf、MeCN、70℃、20min、64%;(b)NaOH、THF/MeOH/HO、0℃、20min、51%α-アノマー、18%β-アノマー;(c)AcO、DMAP、DCM、rt、18h、90%;(d)TBAF、THF、rt、3.5h、90%;(e)DMTr-Cl、ピリジン、rt、24h、89%;(f)NaOH、THF/MeOH/HO、0℃、30min、94%(g)2-シアノエチルN,N,N’,N’-テトライソプロピル-ホスホルジアミダイト、ETT、DCM、rt、1h、47では77%、50min、54では67%;(h)2-アミノ-6-クロロプリン、BSA、TMSOTf、MeCN、55℃、50min、77%;(i)NaOH、THF/MeOH/HO、0℃、20min、85%;(j)TBD、3-ヒドロキシプロピオニトリル、DCM、48h、87%(k)AcO、DMAP、DCM、rt、48h、76%;(l)TBAF、THF、rt、4h、87%;(m)DMTr-Cl、ピリジン、rt、48h、99%;(n)i)KCO、MeOH、rt、7h、ii)N,N-ジメチルホルムアミドジメチルアセタール、DMF、55℃、2h、77%。
実施例2
エチル(EおよびZ、1‘R,5’S,7’R)-(7’-ヒドロキシ-3’,3’-ジメチル-2‘,4‘-ジオキサビシクロ[3.3.0]オクト-6‘-イリデン)アセテート(2a/b)
Figure 0007263236000025
エポキシド1(4.46g、18.4mmol)を含む乾燥THF(100mL)の溶液を-78℃まで冷却した。次いで、LiHMDS(1M THF溶液、22.1mL、22.1mmol)を徐々に添加した。溶液を2時間-78℃で撹拌し、その後室温まで温め、1M HCl水溶液(22.1mL)の添加により中和した。次いで、混合物をEtOAc(100mL)で希釈し、THFを減圧下で除去した。次いで、混合物を0.5M NaHPO(50mL)で洗浄し、水相をEtOAc(2×50mL)で抽出する。有機相を合わせMgSO上で乾燥させ、濾過し、蒸発させた。粗生成物をCC(EtOAc/ヘキサン3:1)により精製し、2つの異性体2a/b(3.30g、74%)を淡黄色固体として得た。
2aについてのデータ:R=0.37(EtoAc/ヘキサン1:1);
H NMR(300MHz、CDCl)δ6.07-5.98(m、1H、H-C(2))、5.59(d、J=6.0Hz、1H、H-C(5’))、4.94-4.81(m、1H、H-C(1’))、4.65(t、J=5.6Hz、1H、H-C(7’))、4.18(q、J=7.1Hz、2H、CHCH)、2.67(br、1H、OH)、2.37(dd、J=13.5、7.5Hz、1H、H-C(8’))、1.55-1.42(m、1H、H-C(8’))、1.40、1.33(2s、6H、(CHC)、1.26(t、J=7.1Hz、3H、CHCH)。
13C NMR(75MHz、CDCl)δ165.75(C(1))、161.61(C(6’))、116.53(C(2))、110.69(C(3’))、76.55(C(5’))、75.52(C(1’))、71.63(C(7’))、60.51(CHCH)、37.46(C(8’))、26.44、24.11((CHC)、14.27(CHCH)。
ESI-HRMSm/z C1219([M+H])について計算243.1227、観測243.1231。
2bについてのデータ:R=0.52(EtoAc/ヘキサン1:1);
H NMR(300MHz、CDCl)δ6.15-6.05(m、1H、H-C(2))、5.37-5.02(m、2H、H-C(5’)、OH)、4.87(d、J=3.4Hz、1H、H-C(1’))、4.67(t、J=4.9Hz、1H、H-C(7’))、4.20(qd、J=7.1、0.9Hz、2H、CHCH)、2.55(dd、J=14.6、8.1Hz、1H、H-C(8’))、1.94-1.77(m、1H、H-C(8’))、1.39-1.25(m、9H、(CHC、CHCH)。
13C NMR(75MHz、CDCl)δ167.91(C(1))、167.43(C(6’))、120.13(C(2))、111.75(C(3’))、81.62(C(5’))、78.08(C(1’))、70.85(C(7’))、61.25(CHCH)、36.53(C(8’))、27.38、25.45((CHC)、14.19(CHCH)。
ESI-HRMSm/z C1219([M+H])について計算243.1227、観測243.1227。
実施例3
エチル(1‘R,5’S,6’S,7’R)-(7’-ヒドロキシ-3’,3’-ジメチル-2‘,4‘-ジオキサビシクロ[3.3.0]オクト-6‘-イル)アセテート(3)
Figure 0007263236000026
アルコール2a/b(12.65g、52.2mmol)および塩化ニッケル六水和物(2.48g、10.4mmol)を含むEtOH(300mL)の溶液に水素化ホウ素ナトリウム(9.88g、261mmol)を0℃で少しずつ添加した。得られた暗色溶液を30分間0℃で、および90分間室温で撹拌した。次いで、EtOHを注意深く減圧下で濃縮し、得られた固体をEtOAc(200mL)および過剰のNaBHで希釈し、0℃の水(100mL)の添加により反応停止させ、続いて室温で30分間撹拌した。次いで、2つの相を分離する。有機相を水(100mL)で洗浄した。次いで、水相を合わせ、濾過し、EtOAc(2×100mL)で抽出する。有機相を合わせMgSO上で乾燥させ、濾過し、濃縮した。粗生成物をCC(EtOAc/ヘキサン2:1)により精製し、3(11.4g、90%)を白色固体として得た。
3についてのデータ:R=0.40(EtOAc/ヘキサン1:1);
H NMR(300MHz、CDCl)δ4.65-4.52(m、2H、H-C(1’)、H-C(5’))、4.15(qd、J=7.1、1.4Hz、2H、CHCH)、4.05(ddd、J=10.0、9.99、6.2Hz、1H、H-C(7’))、2.86(br、s、1H、OH)、2.65(qd、J=16.9、7.1Hz、2H、H-C(2))、2.24(dd、J=13.7、6.2Hz、1H、H-C(8’))、1.93(dt、J=12.7、7.1Hz、1H.H-C(6’))、1.56(ddd、J=13.9、10.2、5.5Hz、1H、H-C(8’))、1.38(s、3H、(CHC)、1.30-1.21(m、6H、(CHC、CHCH)。
13C NMR(75MHz、CDCl)δ174.38(C(1))、109.06(C(3’))、79.65(C(5’))、77.19(C(1’)、74.32(C(7’)、60.80(CHCH)、46.66(C(6’))、40.38(C(8’))、32.43(C(2))、26.00、23.69((CHC)、14.17(CHCH)。
ESI-HRMSm/z C1221([M+H])について計算245.1384、観測245.1388。
実施例4
エチル(1‘R,5’S,6’S,7’R)-(7’-(tert-ブチルジフェニルシリル)オキシ)-3’,3’-ジメチル-2‘,4‘-ジオキサビシクロ[3.3.0]オクト-6‘-イル)アセテート(4)
Figure 0007263236000027
アルコール3(2.50g、10.2mmol)、N-メチルイミダゾール(12.6g、153mmol)およびヨウ素(7.80g、30.6mmol)を含む乾燥THF(60mL)の溶液に、tert-ブチル(クロロ)ジフェニルシラン(3.0mL、11.2mmol)を室温で1滴ずつ添加した。溶液を3時間室温で撹拌し、次いで、THFを蒸発させ、混合物をEtOAc(50mL)で希釈し、10%Na水溶液(2×40mL)で洗浄した。次いで、水相を合わせ、EtOAc(50mL)で抽出する。有機相を合わせMgSO上で乾燥させ、濾過し、蒸発させた。粗生成物をCC(EtOAc/ヘキサン1:10)により精製し、4(5.01g、定量的収率)を白色固体として得た。
4についてのデータ:R=0.87(DCM/MeOH10:1);
H NMR(300MHz、CDCl)δ7.77-7.59(m、4H、H-arom)、7.51-7.32(m、6H、H-arom)、4.61(t、J=5.7Hz、1H、H-C(5’))、4.49(t、J=5.7Hz、1H、H-C(1’))、4.15(q、J=6.9Hz、2H、CHCH)、3.96(dd、J=15.5、9.5Hz、1H、H-C(7’))、2.64-2.32(m、2H、H-C(2))、2.15(tt、J=9.0、4.3Hz、1H、H-C(6’))、1.83(dd、J=12.7、5.2Hz、1H、H-C(8’))、1.61-1.45(m、1H、H-C(8’))、1.27(td、J=7.1、1.9Hz、3H、CHCH)、1.18(s、6H、(CHC)、1.09、1.08(2s、9H、(CH-C-Si)。
13C NMR(75MHz、CDCl)δ173.07(C(1))、135.87、135.85(CH-arom)、134.08、133.73(C-arom)、129.80、129.75、127.67、127.58(CH-arom)、108.82(C(3’))、77.92(C(5’))、76.96(C(1’))、74.93(C(7’))、60.24(CHCH)、47.27(C(6’))、40.27(C(8’))、31.10(C(2))、27.04(CH-C-Si)、25.86((CHC)、23.83((CHC)、19.23(CH-C-Si)、14.24(CH-CH)。
ESI-HRMSm/z C2839Si([M+H])について計算483.2561、観測483.2562。
実施例5
(1‘R,5’S,6’S,7’R)-(7’-(tert-ブチルジフェニルシリル)オキシ)-3’,3’-ジメチル-2‘,4‘-ジオキサビシクロ[3.3.0]オクト-6‘-イル)アセトアルデヒド(5)
Figure 0007263236000028
エステル4(8.56g、16.3mmol)を含む乾燥DCM(120mL)の溶液を-78℃まで冷却し、次いで、DiBAL-H(1Mシクロヘキサン溶液、18mL、18mmol)を徐々に添加した。溶液を-78℃で90分間さらに撹拌し、その後、室温まで昇温させた。反応を、0.5M NaHPO水溶液(100mL)の添加により停止させた。有機相を分離し、水相をDCM(2×100mL)でさらに抽出した。有機相を合わせ、MgSO上で乾燥させ、濾過し、蒸発させた。粗生成物をCC(EtOAc/ヘキサン2:10~2:1)により精製し、アルデヒド5(6.36g、89%)およびアルコール34(0.637g、9%)を得た。
5についてのデータ:R=0.65(EtOAc/ヘキサン2:1);
H NMR(300MHz、CDCl)δ9.72(s、1H、H-C(1))、7.65(td、J=8.0、1.6Hz、4H、H-arom)、7.47-7.33(m、6H、H-arom)、4.57(t、J=5.7Hz、1H、H-C(5’))、4.51(t、J=5.7Hz、1H、H-C(1’))、3.99(td、J=10.0、5.9Hz、1H、H-C(7’))、2.58-2.43(m、2H、H-C(2))、2.20-2.08(m、1H、H-C(6’))、1.87(dd、J=13.5、5.9Hz、1H、H-C(8’))、1.53(ddd、J=13.5、10.1、5.5Hz、1H、H-C(8’))、1.16(d、J=3.5Hz、6H、((CHC)、1.05(s、9H、(CH-C-Si)。
13C NMR(75MHz、CDCl)δ201.87(C(1))、135.93、135.90(CH-arom)、133.96、133.73(C-arom)、129.96、129.89、127.79、127.68(CH-arom)、108.89(C(3’))、77.76(C(5’))、77.17(C(1’))、74.96(C(7’)、45.44(C(6’))、41.31(C(2))、40.16(C(8’))、27.08(CH-C-Si)、25.87((CHC)、23.79((CHC)、19.25(CH-C-Si)。
ESI-HRMSm/z C2635Si([M+H])について計算439.2299、観測439.2297。
実施例6
(3aR,4R,6R,6aS)-4-((tert-ブチルジフェニルシリル)オキシ)-2-メトキシヘキサヒドロ-2H-シクロペンタ[b]フラン-6-オール(6)
Figure 0007263236000029
アルデヒド5(13.73g、31.31mmol)を含むMeCN(170mL)およびHO(19mL)の溶液に、トリフルオロメタンスルホン酸インジウム(III)(703mg、1.25mmol)を添加した。溶液を48時間さらに撹拌し、次いで、溶媒を減圧下で除去し、トルエンと共蒸発させた。残渣を乾燥MeOHに溶解し、6時間撹拌した。溶媒の蒸発後、粗生成物をCC(EtOAc/ヘキサン3:10)により精製し、アノマー比α/β≒4:1の6の混合物(10.50g、81%)を無色油として得た。
6についてのデータ:R=0.53(EtOAc/ヘキサン1:1);
H NMR(300MHz、CDCl)δ7.63(dd、J=7.1、0.6Hz、4H、H-arom)、7.46-7.34(m、6H、H-arom)、4.98(d、J=4.8Hz、0.8H、H-C(2))、4.91(dd、J=5.9、1.3Hz、0.2H、H-C(2))、4.63-4.54(m、1H、H-C(6a))、4.53-4.37(m、1H、H-C(6))、4.09(m、0.2H、H-C(4))、3.92(br、0.8H、H-C(4))、3.29、3.27(2s、3H、MeO)、2.79(dd、J=17.0、8.2Hz、0.8H、H-C(3a))、2.64-2.51(m、0.2H、H-C(3a))、2.29(d、J=8.1Hz、1H、OH)、2.10-1.80(m、2.4H、H-C(3)、H-C(5))、1.65(ddd、J=13.2、9.1、4.4Hz、0.8H、H-C(5))、1.44-1.34(m、0.2H、H-C(3))、1.22(ddd、J=13.2、8.1、4.9Hz、0.8H、H-C(3))、1.05(s、9H、(CH-C-Si)。
13C NMR(75MHz、CDCl)δ135.78、135.74(CH-arom)、133.96、133.84(C-arom)、129.78、127.72(CH-arom)、107.21、106.50(C(2))、85.37、81.76(C(6a))、78.11、77.19(C(4))、73.03、72.44(C(6))、55.30、54.46(MeO)、50.91、49.67(C(3a))、41.13、40.29(C(3))、38.16、37.98(C(5))、26.96、26.92(CH-C-Si)、19.07(CH-C-Si)。
ESI-HRMSm/z C2635Si([M+H])について計算435.1962、観測435.1950。
実施例7
(3aR,4R,6R,6aS)-4-((tert-ブチルジフェニルシリル)オキシ)-2-メトキシヘキサヒドロ-2H-シクロペンタ[b]フラン-6-イルアセテート(7)
Figure 0007263236000030
糖6(3.35g、8.12mmol)および4-ジメチルアミノピリジン(1.29g、10.6mmol)を含む乾燥DCM(100mL)の溶液に無水酢酸(3.8mL、41mmol)を室温で添加した。2時間撹拌した後、反応を飽和NaHCO(10mL)を徐々に添加することにより停止させる。次いで、混合物を飽和NaHCO(50mL)で希釈し、DCM(3×50mL)で抽出する。有機相を合わせMgSO上で乾燥させ、濾過し、蒸発させた。粗生成物をCC(EtOAc/ヘキサン(Hexanne)1:2)により精製し、アノマー比α/β≒4:1の7の混合物(3.53g、96%)を無色油として得た。
7についてのデータ:R=0.42(EtOAc/ヘキサン1:2);
H NMR(400MHz、CDCl)δ7.70-7.59(m、4H、H-arom)、7.48-7.34(m、6H、H-arom)、5.41(dt、J=11.0、5.6Hz、0.8H、H-C(6))、5.28(ddd、J=11.7、6.6、5.2Hz、0.2H、H-C(6))、4.99(d、J=4.8Hz、0.8H、H-C(2))、4.89-4.81(m、0.4H、H-C(2)、H-C(6a))、4.76-4.69(m、0.8H、H-C(6a))、4.11(d、J=5.1Hz、0.2H、H-C(4))、3.90(d、J=4.0Hz、0.8H、H-C(4))、3.27、3.24(2s、3H、MeO)、2.81(dd、J=16.6、7.6Hz、0.8H、H-C(3a))、2.60(dd、J=10.1、7.0Hz、0.2H、H-C(3a))、2.30-2.18(m、0.2H、H-C(5))、2.12、2.10(2s、J=4.7Hz、3H、MeCO)、2.07-1.82(m、2.8H、H-C(5)、H-C(3))、1.24(ddd、J=12.9、7.6、3.7Hz、1H、H-C(3))、1.07(s、9H、(CH-C-Si)。
13C NMR(75MHz、CDCl)δ170.75、170.66(MeCO)、135.77、135.73、135.72(CH-arom)、133.75、133.65(C-arom)、129.82、129.74、127.76、127.75、127.71(CH-arom)、106.19、106.15(C(2))、83.17、79.80(C(6a))、77.49、76.46(C(4))、75.64、74.41(C(6))、54.34、54.25(MeO)、51.48、50.17(C(3a))、38.05、37.98(C(3))、36.96、36.21(C(5))、26.95、26.90(CH-C-Si)、21.09、21.04(MeCO)、19.04(CH-C-Si)。
ESI-HRMSm/z C2634NaSi([M+Na])について計算477.2068、観測477.2063。
実施例8
(3aR,4R,6R,6aS)-4-((tert-ブチルジフェニルシリル)オキシ)-3a,5,6,6a-テトラヒドロ-4H-シクロペンタ[b]フラン-6-オール(8)
Figure 0007263236000031
糖6(2.08g、5.04mmol)を含む乾燥DCM(35mL)の溶液に、2,6-ルチジン(2.95mL、25.2mmol)を0℃で添加した。20分間0℃で撹拌した後、TMSOTf(2.73mL、15.1mmol)を1滴ずつ添加し、次いで、溶液を室温まで昇温させ、さらに60分間撹拌した。次いで、反応を、飽和NaHCO(40mL)の添加により停止させた。有機相を分離し、水相をDCM(3×30mL)でさらに抽出した。有機相を合わせMgSO上で乾燥させ、濾過し、蒸発させた。
得られた生成物を乾燥THF(35mL)に溶解し、0℃まで冷却させ、TBAF(1M THF溶液、5.6mL、5.6mmol)を添加した。溶液を10分間撹拌し、次いで、飽和NaHCO(30mL)で希釈し、DCM(4×40mL)で抽出した。有機相を合わせMgSO上で乾燥させ、濾過し、蒸発させた。粗生成物をCC(EtOAc/ヘキサン1:4)により精製し、グリカール8(1.76g、92%)を得た。
8についてのデータ:R=0.49(EtOAc/ヘキサン1:2);
H NMR(300MHz、CDCl)δ7.66(m、4H、H-arom)、7.42(m、6H、H-arom)、6.22(t、J=2.1Hz、1H、H-C(2))、4.91(dd、J=8.2、5.3Hz、1H、H-C(3))、4.70(dt、J=11.1、5.6Hz、1H、H-C(6))、4.56(t、J=2.8Hz、1H、H-C(6a))、3.97(d、J=4.0Hz、1H、H-C(4))、3.24(d、J=8.2Hz、1H、H-C(3a))、2.30(br、1H、OH)、2.03(dd、J=12.6、5.4Hz、1H、H-C(5))、1.51(ddd、J=12.7、11.2、4.2Hz、1H、H-C(5))、1.08(s、9H、(CH-C-Si)。
13C NMR(75MHz、CDCl)δ146.24(C(2))、135.72、135.69(CH-arom)、134.03、133.74(C-arom)、129.80、129.78、127.73(CH-arom)、101.84(C(3))、84.59(C(6a))、76.79(C(4))、74.10(C(6))、55.56(C(3a))、39.38(C(5))、26.93(CH-C-Si)、19.08(CH-C-Si)。
ESI-HRMSm/z C2329Si([M+H])について計算381.1880、観測381.1893。
実施例9
(((3aR,4R,6R,6aS)-6-(ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)-3a,5,6,6a-テトラヒドロ-4H-シクロペンタ[b]フラン-4-イル)オキシ)(tert-ブチル)ジフェニルシラン(9)
Figure 0007263236000032
グリカール8(1.34g、3.52mmol)およびDMTr-Cl(1.43g、4.23mmol)を含む、乾燥DCM(15mL)および乾燥2,6-ルチジン(15mL)の混合物の溶液に、銀トリフラート(1.13g、4.40mmol)を少しずつ添加し、深紅の懸濁液を得た。2時間室温で撹拌した後、追加の部分のDMTr-Cl(239mg、0.705mmol)を添加した。懸濁液を2時間さらに撹拌し、次いで、濾過した。有機相を飽和NaHCO(100mL)で洗浄し、水相をDCM(3×30mL)で抽出した。有機相を合わせMgSO上で乾燥させ、濾過し、蒸発させた。粗生成物をCC(EtOAc/ヘキサン1:7、+0.5%EtN)により精製し、保護グリカール9(2.24、93%)を白色フォームとして得た。
9についてのデータ:R=0.59(EtOAc/ヘキサン1:2);
H NMR(400MHz、CDCl)δ7.76(d、J=7.4Hz、2H、H-arom)、7.69-7.60(m、J=9.3、5.9、4.6Hz、8H、H-arom)、7.56-7.39(m、8H、H-arom)、7.33(t、J=7.3Hz、1H、H-arom)、7.00-6.93(m、4H、H-arom)、6.47-6.37(m、1H、H-C(2))、4.67-4.58(m、1H、H-C(6))、4.58-4.50(m、2H、H-C(3)、H-C(6a))、3.86、3.85(2s、6H、MeO)、3.82(d、J=4.0Hz、1H、H-C(4))、3.08(d、J=8.1Hz、1H、H-C(3a))、1.67(td、J=12.4、4.2Hz、1H、H-C(5))、1.28(dd、J=12.7、5.4Hz、1H、H-C(5))、1.11(s、9H、(CH-C-Si)。
13C NMR(75MHz、CDCl)δ158.67(MeO-C-arom)、147.61(C(2))、146.26、137.36、137.21(C-arom)、135.81、135.78(CH-arom)、134.17、134.04(C-arom)、130.48、129.83、129.81、128.37、127.98、127.76、127.73、126.79、113.32、113.28(CH-arom)、100.29(C(3))、86.96(C(Ph))、84.95(C(6a))、76.17(C(6))、76.07(C(4))、55.26(MeO-DMTr)、55.11(C(3a))、37.32(C(5))、27.04(CH-C-Si)、19.21(CH-C-Si)。
ESI-HRMSm/z C4446NaSi([M+Na])について計算705.3007、観測705.3021。
実施例10
(3aS,4R,6R,6aS)-6-(ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)-3a,5,6,6a-テトラヒドロ-4H-シクロペンタ[b]フラン-4-オール(10)
Figure 0007263236000033
グリカール9(2.23g、3.27mmol)を含む乾燥THF(20mL)の溶液にTBAF(1M THF溶液、20mL、20mmol)を室温で添加した。溶液を20時間撹拌し、次いで、飽和NaHCO(100mL)で希釈し、DCM(3×80mL)で抽出した。有機相を合わせMgSO上で乾燥させ、濾過し、蒸発させた。粗生成物をCC(0.5%MeOHを含むDCM、+0.5%EtN)により精製し、10(1.45g、quant.)を白色フォームとして得た。
10についてのデータ:R=0.44(EtOAc/ヘキサン1:1);
H NMR(300MHz、CDCl)δ7.53-7.46(m、2H、H-arom)、7.43-7.35(m、4H、H-arom)、7.21(dd、J=10.7、5.3Hz、2H、H-arom)、7.16-7.08(m、1H、H-arom)、6.80-6.71(m、4H、H-arom)、6.30(t、J=2.1Hz、1H、H-C(2))、4.68(t、J=2.8Hz、1H、H-C(3))、4.29-4.14(m、2H、H-C(6)、H-C(6a))、3.71(s、6H、MeO)、3.65(d、J=3.5Hz、1H、H-C(4))、2.87(d、J=7.9Hz、1H、H-C(3a))、1.59(ddd、J=13.2、11.6、4.3Hz、1H、H-C(5))、1.05-0.95(m、2H、H-C(5)、OH)。
13C NMR(75MHz、CDCl)δ158.54(MeO-C-arom)、147.64(C(2))、145.82、137.12、137.08(C-arom)、130.26、128.29、127.81、126.71、113.13(CH-arom)、100.17(C(3))、86.75(C(Ph))、84.42C(6a))、75.54(C(6))、74.59(C(4))、55.22(MeO-DMTr)、54.25(C(3a))、37.56(C(5))。
ESI-HRMSm/z C3027([M+H])について計算467.1853、観測467.1844。
実施例11
(3’S,5’R,7’R)-1-{2’,3’-ジデオキシ-3’,5’-エタノ-7’-ヒドロキシ-5’-O-[(4,4’-ジメトキシトリフェニル)メチル]-β-D-リボフラノシル}チミン(11)
Figure 0007263236000034
グリカール10(1.45g、3.27mmol)を含む乾燥DCM(45mL)の溶液に、0°で、BSA(2.0mL、8.18mmol)を1滴ずつ添加し、次いで、溶液を室温まで昇温させた。45分間撹拌した後、チミン(595mg、4.91mmol)を添加し、反応物を60分間室温でさらに撹拌した。次いで、混合物を0℃まで冷却し、N-ヨードスクシンイミド(875mg、3.92mmol)を添加した。3時間0℃で、および4時間室温で撹拌した後、反応混合物をEtOAc(100mL)で希釈し、その後、10%Na水溶液(100mL)および飽和NaHCO(100mL)で洗浄した。水相を合わせ、DCM(3×50mL)で抽出した。有機相を合わせMgSO上で乾燥させ、濾過し、蒸発させた。
粗生成物を乾燥トルエン(45mL)に溶解し、次いで、BuSnH(1.32mL、4.91mmol)およびアゾイソブチロニトリル(AIBN、53mg、0.33mmol)を室温で添加した。70℃で30分間加熱した後、混合物を室温まで冷却し、TBAFを添加した(1M THF溶液、6.5mL、6.5mmol)。溶液を25分間さらに撹拌し、飽和NaHCO(100mL)で希釈し、DCM(4×70mL)で抽出した。有機相を合わせMgSO上で乾燥させ、濾過し、蒸発させた。粗生成物をCC(3%MeOHを含むDCM、+0.5%EtN)により精製し、11(1.45g、2工程にわたり73%)を白色フォームとして得た。
11についてのデータ:R=0.29(6%MeOHを含むDCM);
H NMR(400MHz、CDCl)δ9.37(br、1H、H-N(3))、7.83(d、J=1.1Hz、1H、H-C(6))、7.58-7.52(m、2H、H-arom)、7.48-7.41(m、4H、H-arom)、7.28(t、J=7.7Hz、2H、H-arom)、7.21(t、J=7.2Hz、1H、H-arom)、6.84(dd、J=8.9、1.2Hz、4H、H-arom)、5.91(dd、J=8.0、5.5Hz、1H、H-C(1’))、4.25(dt、J=10.8、6.0Hz、1H、H-C(5’))、4.13-4.08(m、1H、H-C(4’))、3.86(d、J=3.4Hz、1H、H-C(7’)、3.79(s、6H、MeO)、2.70(ddd、J=12.8、10.2、5.5Hz、1H、H-C(2’))、2.61(dd、J=16.9、8.2Hz、1H、H-C(3’))、1.84(d、J=0.8Hz、3H、Me-C(5))、1.80(br、1H、OH)、1.60(ddd、J=14.2、10.5、4.2Hz、1H、H-C(6’))、1.33(dt、J=12.9、8.0Hz、1H、H-C(2’))、1.14(dd、J=13.7、6.1Hz、1H、H-C(6’))。
13C NMR(101MHz、CDCl)δ164.17(C(4))、158.64(MeO-C-arom)、150.47(C(2))、145.65、136.85、136.71(C-arom)、135.52(C(6))、130.20、128.12、127.91、126.90、113.22、113.21(CH-arom)、110.69(C(5))、87.21(C(Ph))、86.57(C(1’))、82.02(C(4’))、74.19(C(5’))、74.13(C(7’))、55.25(MeO-DMTr)、49.40(C(3’))、38.51(C(6’))、37.64(C(2’))、12.58(Me-C(5))。
ESI-HRMSm/z C3334Na([M+Na])について計算593.2258、観測593.2250。
実施例12
(3’R,5’R,7’R)-1-{7’-O-[(2-シアノエトキシ)-ジイソプロピルアミノホスファニル]-2’,3’-ジデオキシ-3’,5’-エタノ-5’-O-[(4,4’-ジメトキシトリフェニル)メチル]-β-D-リボフラノシル}チミン(12)
Figure 0007263236000035
ヌクレオシド11(232mg、0.406mmol)および5-(エチルチオ)-1H-テトラゾール(90mg、0.69mmol)を含む乾燥DCM(10mL)の溶液に、2-シアノエチルN,N,N’,N’-テトライソプロピルホスホルジアミダイト(0.26mL、0.81mmol)を室温で1滴ずつ添加した。30分間撹拌した後、反応混合物をDCM(50mL)で希釈し、飽和NaHCO(2×30mL)および飽和NaCl(30mL)で洗浄した。水相を合わせ、DCM(50mL)で抽出した。有機相を合わせMgSO上で乾燥させ、濾過し、蒸発させた。粗生成物をCC(1.8%MeOHを含むDCM、+0.5%EtN)により精製し、12(219mg、2つの異性体の混合物、70%)を白色フォームとして得た。
11についてのデータ:R=0.68(6%MeOHを含むDCM);
H NMR(300MHz、CDCl)δ8.93(br、1H、H-N(3))、7.85(d、J=1.2Hz、1H、H-C(6))、7.65-7.52(m、2H、H-arom)、7.52-7.40(m、4H、H-arom)、7.40-7.21(m、3H、H-arom)、6.96-6.81(m、4H、H-arom)、6.00、5.94(2dd、J=8.3、5.2Hz、1H、H-C(1’))、4.29-4.17(m、1H、H-C(5’))、4.12-3.89(m、2H、H-C(4’)、H-C(7’))、3.85、3.84(2s、6H、MeO)、3.81-3.63(m、2H、OCHCHCN)、3.56-3.41(m、2H、(MeCH)N)、2.88-2.69(m、2H、H-C(3’)、H-C(2’))、2.61、2.56(dt、J=12,96.3Hz、2H、OCHCHCN)、1.92、1.82(2d、J=0.8Hz、3H、Me-C(5))、1.75-1.56(m、1H、H-C(6’))、1.52-1.36(m、2H、H-C(6’)、H-C(2’))、1.22-1.01(m、12H、(MeCH)N)。
13C NMR(101MHz、CDCl)δ163.86(C(4))、158.66、158.64(MeO-C-arom)、150.29、150.27(C(2))、145.58、145.52、136.76、136.71、136.69、136.60(C-arom)、135.49、135.35(C(6))、130.21、130.16、128.17、128.13、127.88、126.91、126.89(CH-arom)、117.49(OCHCHCN)、113.18(CH-arom)、110.74(C(5))、87.27、87.25(C(Ph))、86.58、86.45(C(1’))、81.79、81.68(C(4’))、76.02、75.50(JC,P=16.5、15.7Hz、C(7’))、74.22(C(5’))、58.26、58.06、57.87(OCHCHCN)、55.26、55.22(MeO-DMTr)、48.85、48.62(JC,P=2.6、5.0Hz、C(3’))、43.10、43.04(JC,P=12.3、12.4Hz(MeCH)N)、37.78(JC,P=5.3HzC(6’))、37.62、37.48(C(2’))、37.41(JC,P=3.6HzC(6’))、24.57、24.53、24.50、24.46、24.44、24.39、24.37(MeCH)N)、20.35、20.25(JC,P=7.1、7.0Hz、OCHCHCN)、12.58、12.41(7s、Me-C(5))。
31P NMR(122MHz、CDCl)δ147.32、146.98。
ESI-HRMSm/z C4252P([M+H])について計算771.3517、観測771.3512。
実施例13
(3’S,5’R,7’R)-N4-ベンゾイル-1-{2’,3’-ジデオキシ-3’,5’-エタノ-7’-ヒドロキシ-5’-O-[(4,4’-ジメトキシトリフェニル)メチル]-β-D-リボフラノシル}-5-メチルシトシン(13)
Figure 0007263236000036
ヌクレオシド11(302mg、0.530mmol)を含む乾燥MeCN(5mL)の溶液に、BSA(0.31mL、1.27mmol)を0°で1滴ずつ添加し、次いで、溶液を一晩室温で撹拌した。別のフラスコ中で、1,2,4-トリアゾール(1.28g、18.55mmol)を含む乾燥MeCN(50mL)の懸濁液を0℃まで冷却し、POCl(0.40mL、4.2mmol)およびEtN(2.96mL、21.2mmol)を添加した。懸濁液を30分間0℃で撹拌し、次いで、シリル化化合物11の前に調製した溶液を懸濁液に添加し、混合物を5時間室温でさらに撹拌した。反応を飽和NaHCO(10mL)の添加で停止させ、MeCNを減圧下で除去し、得られた混合物を飽和NaHCO(35mL)で希釈し、DCM(3×40mL)で抽出した。有機相を合わせMgSO上で乾燥させ、濾過し、蒸発させた。
次いで、粗生成物を1,4-ジオキサン(10mL)および濃NHOH(10mL)の混合物に溶解した。2時間室温で撹拌した後、混合物を真空で、体積の半分まで低減させ、飽和NaHCO(30mL)で希釈し、DCM(4×30mL)で抽出した。有機相を合わせMgSO上で乾燥させ、濾過し、蒸発させた。
次いで、粗生成物を乾燥DMF(13mL)に溶解し、EtN(90μL、0.64mmol)、続いてBzO(300mg、1.33mmol)を室温で添加し、溶液を一晩撹拌した。得られた褐色溶液を、飽和NaHCO(50mL)の注意深い添加により反応停止させ、DCM(4×50mL)で抽出した。有機相を合わせMgSO上で乾燥させ、濾過し、蒸発させた。粗生成物をCC(ヘキサン/EtOAc1:2、+0.5%EtN)により精製し、13(315mg、88%)を白色フォームとして得た。
13についてのデータ:R=0.57(4%MeOHを含むDCM);
H NMR(300MHz、CDCl)δ13.39(br、1H、NH)、8.46-8.26(m、2H、H-arom)、8.13(d、J=0.5Hz、1H、C(6))、7.61(d、J=7.3Hz、2H、H-arom)、7.58-7.43(m、7H、H-arom)、7.34(t、J=7.4Hz、2H、H-arom)、7.30-7.23(m、1H、H-arom)、6.89(d、J=8.8Hz、4H、H-arom)、5.96(dd、J=7.5、5.8Hz、1H、H-C(1’))、4.38-4.25(m、1H、H-C(5’))、4.22-4.12(m、1H、H-C(4’))、3.90(d、J=3.6Hz、1H、H-C(7’))、3.83(s、6H、MeO)、2.82(ddd、J=13.3、10.2、5.7Hz、1H、H-C(2’))、2.66(dd、J=17.0、8.1Hz、1H、H-C(3’))、2.08(s、3H、Me-C(5))、1.77(br、1H、OH)、1.71-1.57(m、1H、H-C(6’))、1.49-1.36(m、1H、H-C(2’))、1.21(dd、J=13.7、6.2Hz、1H、H-C(6’))。
13C NMR(75MHz、CDCl)δ179.56(CONH)、160.01(C(4))、158.70(MeO-C-arom)、147.96(C(2))、145.65(C-arom)、137.26(C(6))、136.99、136.83、136.71(C-arom)、132.41、130.22、129.89、128.16、128.14、127.95、126.94、113.25(CH-arom)、111.57(C(5))、87.34(C(Ph))、87.32(C(1’))、82.57(C(4’))、74.30(C(5’))、74.16(C(7’))、55.27(MeO-DMTr)、49.56(C(3’))、38.52(C(6’))、38.00(C(2’))、13.63(Me-C(5))。
ESI-HRMSm/z C4040([M+H])について計算674.2861、観測674.2862。
実施例14
(3’R,5’R,7’R)-N4-ベンゾイル-1-{7’-O-[(2-シアノエトキシ)-ジイソプロピルアミノホスファニル]-2’,3’-ジデオキシ-3’,5’-エタノ-5’-O-[(4,4’-ジメトキシトリフェニル)メチル]-β-D-リボフラノシル}-5-メチルシトシン(14)
Figure 0007263236000037
ヌクレオシド13(276mg、0.409mmol)および5-(エチルチオ)-1H-テトラゾール(69mg、0.53mmol)を含む乾燥DCM(10mL)の溶液に、2-シアノエチルN,N,N’,N’-テトライソプロピルホスホルジアミダイト(0.20mL、0.61mmol)を室温で1滴ずつ添加した。60分間撹拌した後、反応混合物をDCM(50mL)で希釈し、飽和NaHCO(2×30mL)および飽和NaCl(30mL)で洗浄した。水相を合わせ、DCM(50mL)で抽出した。有機相を合わせMgSO上で乾燥させ、濾過し、蒸発させた。粗生成物をCC(EtOAc/ヘキサン(Hexanne)2:3、+0.5%EtN)により精製し、14(268mg、2つの異性体の混合物、75%)を白色フォームとして得た。
14についてのデータ:R=0.77(5%MeOHを含むDCM);
H NMR(400MHz、CDCl)δ13.32(s、1H、NH)、8.41-8.28(m、2H、H-arom)、8.13-8.04(m、1H、C(6))、7.61-7.51(m、3H、H-arom)、7.51-7.40(m、6H、H-arom)、7.37-7.29(m、2H、H-arom)、7.29-7.20(m、1H、H-arom)、6.92-6.82(m、4H、H-arom)、6.07-5.87(m、1H、H-C(1’))、4.24(dq、J=11.7、5.8Hz、1H、H-C(5’))、4.13-4.00(m、1H、H-C(4’))、3.94(ddd、J=14.5、10.5、2.8Hz、1H、H-C(7’))、3.83、3.82(2s、6H、MeO)、3.69(m、2H、OCHCHCN)、3.53-3.40(m、2H、(MeCH)N)、2.91-2.70(m、2H、H-C(2’)、H-C(3’))、2.57、2.53(2t、J=6.3Hz、2H、OCHCHCN)、2.08、1.99(2d、J=0.6Hz、3H、Me-C(5))、1.72-1.56(m、1H、H-C(6’))、1.54-1.36(m、2H、H-C(2’)、H-C(6’))、1.10(m、12H、(MeCH)N)。
13C NMR(101MHz、CDCl)δ179.54(CONH)、159.98(C(4))、158.69(MeO-C-arom)、147.90(C(2))、145.58、145.54(C-arom)、137.30、136.93(C(6))、136.81、136.80、136.73、136.70、136.67、136.60(C-arom)、132.37、132.35、130.22、130.17、129.89、128.17、128.15、128.11、127.93、126.94(CH-arom)、117.49(OCHCHCN)、113.23(CH-arom)、111.60(C(5))、87.36、87.35(C(Ph))、87.33、87.25(C(1’))、82.33、82.25(C(4’))、76.05、75.52(JC,P=16.4、15.6Hz、C(7’))、74.32(C(5’))、58.18、57.98(JC,P=19.5HzOCHCHCN)、55.28、55.24(MeO-DMTr)、48.93、48.72(JC,P=2.7、4.9Hz、C(3’))、43.11、43.05(JC,P=12.4Hz(MeCH)N)、38.02、37.88(C(2’))、37.74、37.40(JC,P=5.3、3.4Hz、C(6’))、24.58、24.54、24.50、24.47、24.40、24.38(6s、MeCH)N)、20.36、20.26(JC,P=7.1Hz、OCHCHCN),)、13.66、13.49(Me-C(5))。
31P NMR(122MHz、CDCl)δ147.37、147.07。
ESI-HRMSm/z C4957P([M+H])について計算874.3939、観測874.3937。
実施例15
(3’R,5’R,7’R)-N6-ベンゾイル-9-{5’-O-アセチル-7’-[(tert-ブチルジフェニルシリル)オキシ]-2’,3’-ジデオキシ-3’,5’-エタノ-α,β-D-リボフラノシル}アデニン(15)
Figure 0007263236000038
糖7(1.86g、4.10mmol)およびN-ベンゾイルアデニン(1.96g、8.20mmol)を含む乾燥MeCN(40mL)の懸濁液に、BSA(4.00mL、16.4mmol)を室温で添加した。25分間撹拌した後、懸濁液は透明溶液になり、次いで、70℃まで加熱した。TMSOTf(1.48mL、8.20mmol)を1滴ずつ添加し、溶液を20分間70℃でさらに撹拌した。次いで、溶液を、室温まで冷却させ、飽和NaHCO(100mL)の添加により反応停止させ、EtOAc(4×50mL)で抽出した。有機相を合わせMgSO上で乾燥させ、濾過し、蒸発させた。粗生成物をCC(2%MeOHを含むDCM)により精製し、アノマー比α/β≒4:1の15の混合物(1.74g、64%)を白色フォームとして得た。
15についてのデータ:R=0.33(EtOAc/ヘキサン4:1);
H NMR(400MHz、CDCl)δ9.33(br、1H、NH)、8.68(d、J=5.4Hz、0.8H、H-C(2))、8.64(d、J=5.6Hz、0.2H、H-C(2))、8.10(d、J=1.5Hz、0.2H.H-C(8))、7.99(d、J=7.3Hz、2H、H-arom)、7.95(s、0.8H、H-C(8))、7.63(t、J=8.7Hz、4H、H-arom)、7.55(dd、J=13.0、6.4Hz、1H、H-arom)、7.50-7.34(m、8H、H-arom)、6.20(dd、J=6.3、2.5Hz、0.8H、H-C(1’))、6.05(t、J=6.5Hz、0.2H、H-C(1’))、5.43-5.32(m、1H、H-C(5’))、5.03-4.97(m、0.8H、H-C(4’))、4.83(t、J=6.0Hz、0.2H、H-C(4’))、4.14(br、0.2H、H-C(7’))、4.08(d、J=3.7Hz、0.8H、H-C(7’))、3.02(dd、J=16.1、6.6Hz、0.8H、H-C(3’))、2.83(dd、J=16.9、7.7Hz、0.2H、H-C(3’))、2.59-2.39(m、1H、H-C(2’))、2.18-2.11(m、1H、H-C(6’))、2.07(d、J=1.6Hz、2.4H、MeCO)、2.02(d、J=1.9Hz、0.6H、MeCO)、2.01-1.92(m、1H、H-C(6’))、1.91-1.80(m、1H、H-C(3’))、1.07(s、9H、(CH-C-Si)。
13C NMR(101MHz、CDCl)δ170.57、170.49(MeCO)、164.82(CONH)、152.50(C(2))、151.27(C(4))、149.56(C(6))、141.37、141.06(C(8))、135.72、135.68、135.66(CH-arom)、133.67、133.57、133.24、133.22(C-arom)、132.73、130.03、129.98、128.80、128.78、127.92、127.86、127.85(CH-arom)、123.61(C(5))、87.19、86.17(C(1’))、83.22、80.96(C(4’)、76.50、76.04(C(7’))、74.38(C(5’))、51.07(C(3’))、37.29、37.15、36.80、36.60(C(2’)、C(6’))、26.89(CH-C-Si)、20.97、20.90(MeCO)、19.01(CH-C-Si)。
ESI-HRMSm/z C3740Si([M+H])について計算662.2793、観測662.2787。
実施例16
(3’R,5’R,7’R)-N6-ベンゾイル-9-{7’-[(tert-ブチルジフェニルシリル)オキシ]-2’,3’-ジデオキシ-3’,5’-エタノ-β-D-リボフラノシル}アデニン(16):
Figure 0007263236000039
ヌクレオシド15(1.74g、2.64mmol)を0.15M NaOHを含むTHF/メタノール/HO(5:4:1、80mL)に0℃で溶解した。反応物を20分間撹拌し、NHCl(1.06g)の添加により反応停止させた。次いで、溶媒を減圧下で除去し、生成物をCC(5%イソプロパノールを含むDCM)により精製し、16(287mg、18%)およびその対応するαアノマー(836mg、51%)を白色フォームとして得た。
16についてのデータ:R=0.44(6%MeOHを含むDCM);
H NMR(300MHz、CDCl)δ8.70(s、1H、H-C(2))、8.09-7.98(m、2H、H-arom)、7.97(s、1H、H-C(8))、7.63(ddd、J=7.4、5.7、1.5Hz、4H、H-arom)、7.59-7.55(m、1H、H-arom)、7.51(m、2H、H-arom)、7.44-7.33(m、6H、H-arom)、6.02(dd、J=9.4、5.5Hz、1H、H-C(1’))、4.57(dd、J=8.1、5.0Hz、1H、H-C(4’))、4.43(dd、J=11.8、5.3Hz、1H、H-C(5’))、4.26(br、1H、H-C(7’))、2.78(q、J=8.9Hz、1H、H-C(3’))、2.32-1.80(m、5H、H-C(2’)、H-C(6’)、OH)、1.06(s、9H、(CH-C-Si)。
13C NMR(101MHz、CDCl)δ164.85(CONH)、152.56(C(2))、151.17(C(4))、149.86(C(6))、141.25(C(8))、135.68(CH-arom)、133.87、133.39(C-arom)、132.78、129.92、128.78、128.01、127.78(CH-arom)、123.51(C(5))、87.65(C(1’))、82.91(C(4’))、76.66(C(7’))、72.54(C(5’))、50.44(C(3’))、41.42(C(6’))、36.17(C(2’))、26.89(CH-C-Si)、19.03(CH-C-Si)。
ESI-HRMSm/z C3538Si([M+H])について計算620.2688、観測620.2671。
実施例17
(3’R,5’R,7’R)-N6-ベンゾイル-9-{7’-[(tert-ブチルジフェニルシリル)オキシ]-2’,3’-ジデオキシ-3’,5’-エタノ-5’-O-[(4,4’-ジメトキシトリフェニル)メチル]-β-D-リボフラノシル}アデニン(17)
Figure 0007263236000040
ヌクレオシド16(307mg、0.495mmol)を含む乾燥ピリジン(6mL)の溶液に、DMTr-Cl(503mg、1.49mmol)を室温で添加した。溶液を1日間撹拌し、次いで、飽和NaHCO(50mL)で希釈し、DCM(3×70mL)で抽出した。有機相を合わせMgSO上で乾燥させ、濾過し、蒸発させた。粗生成物をCC(1.5%MeOHを含むDCM、+0.5%EtN)により精製し、17(395mg、87%)を黄色フォームとして得た。
17についてのデータ:R=0.65(5%MeOHを含むDCM);
H NMR(300MHz、MeOD)δ8.64(s、1H、H-C(2))、8.61(s、1H、H-C(8))、8.08(d、J=7.2Hz、2H、H-arom)、7.68-7.17(m、22H、H-arom)、6.86-6.75(m、4H、H-arom)、6.14(dd、J=7.4、6.3Hz、1H、H-C(1’))、4.48-4.31(m、1H、H-C(5’))、4.28-4.15(m、1H、H-C(4’))、3.88(d、J=3.8Hz、1H、H-C(7’))、3.75、3.74(2s、6H、MeO)、2.67(dd、J=16.6、6.7Hz、1H、H-C(3’))、2.47(ddd、J=13.3、10.2、6.1Hz、1H、H-C(2’))、2.15-1.94(m、1H、H-C(6’))、1.71(ddd、J=13.0、11.3、4.4Hz、1H、H-C(2’))、1.11(dd、J=12.2、4.9Hz、1H、H-C(6’))、0.95(s、9H、(CH-C-Si)。
13C NMR(75MHz、CDCl)δ164.69(CONH)、158.61、158.60(MeO-C-arom)、152.42(C(2))、151.27(C(4))、149.41(C(6))、145.81(C-arom)、141.25(C(8))、137.00、136.85(C-arom)、135.60、135.57(CH-arom)、133.80、133.69、133.43(C-arom)、132.70、130.28、130.25、129.85、129.81、128.84、128.18、127.89、127.71、127.65、126.78(CH-arom)、123.52(C(5))、113.22、113.19(CH-arom)、87.09(C(Ph))、86.41(C(1’))、83.52(C(4’))、76.05(C(7’))、74.78(C(5’))、55.20(MeO-DMTr)、50.43(C(3’))、38.10(C(2’)、C(6’))、26.84(CH-C-Si)、19.00(CH-C-Si)。
ESI-HRMSm/z C5656Si([M+H])について計算922.3994、観測922.3953。
実施例18
(3’S,5’R,7’R)-N6-ベンゾイル-9-{2’,3’-ジデオキシ-3’,5’-エタノ-7’-ヒドロキシ-5’-O-[(4,4’-ジメトキシトリフェニル)メチル]-β-D-リボフラノシル}アデニン(18)
Figure 0007263236000041
ヌクレオシド17(376mg、0.408mmol)を含む乾燥THF(9mL)の溶液に、TBAF(1M THF溶液、1.22mL、1.22mmol)を室温で添加した。溶液を2日間撹拌し、次いで、飽和NaHCO(25mL)で希釈し、DCM(4×25mL)で抽出した。有機相を合わせMgSO上で乾燥させ、濾過し、蒸発させた。粗生成物をCC(4%MeOHを含むDCM、+0.5%EtN)により精製し、18(242mg、87%)を白色フォームとして得た。
18についてのデータ:R=0.33(5%MeOHを含むDCM);
H NMR(300MHz、CDCN)δ9.35(br、1H、NH)、8.67(s、1H、C(2))、8.46(s、1H、C(8))、8.01(d、J=7.4Hz、2H、H-arom)、7.54(m、5H、H-arom)、7.35(m、4H、H-arom)、7.30-7.17(m、3H、H-arom)、6.84(d、J=8.9Hz、4H、H-arom)、6.09(dd、J=7.8、6.2Hz、1H、H-C(1’))、4.12(dt、J=11.2、5.8Hz、1H、C(5’))、3.87-3.79(m、2H、C(4’)、C(7’))、3.75(s、6H、MeO)、2.83-2.64(m、2H、C(2’)、OH)、2.58-2.46(m、1H、C(3’))、2.21(dd、J=13.9、7.1Hz、1H、C(2’))、1.92-1.82(m、1H、C(6’))、1.29-1.17(m、1H、C(6’))。
13C NMR(75MHz、CDCl)δ165.03(CONH)、158.57(MeO-C-arom)、152.40(C(2))、151.23(C(4))、149.52(C(6))、145.68(C-arom)、141.49(C(8))、136.86、136.84、133.77(C-arom)、132.77、130.22、128.81、128.16、128.02、127.89、126.84(CH-arom)、123.40(C(5))、113.19(CH-arom)、87.06(C(Ph))、86.74(C(1’))、83.58(C(4’))、74.62(C(5’))、74.38(C(8’))、55.25(MeO-DMTr)、49.77(C(3’))、38.55、38.32(C(6’)、C(2’))。
ESI-HRMSm/z C4038([M+H])について計算684.2817、観測684.2830。
実施例19
(3’R,5’R,7’R)-N6-ベンゾイル-9-{7’-O-[(2-シアノエトキシ)-ジイソプロピルアミノホスファニル]-2’,3’-ジデオキシ-3’,5’-エタノ-5’-O-[(4,4’-ジメトキシトリフェニル)メチル]-β-D-リボフラノシル}アデニン(19)
Figure 0007263236000042
ヌクレオシド18(173mg、0.253mmol)およびN,N-ジイソプロピルエチルアミン(0.18mL、1.0mmol)を含む乾燥THF(8mL)の溶液に、N,N-ジイソプロピルクロロホスホラミダイト(0.11mL、0.50mmol)を室温で添加した。溶液を2時間撹拌し、次いで、飽和NaHCO(40mL)で希釈し、DCM(4×40mL)で抽出した。有機相を合わせMgSO上で乾燥させ、濾過し、蒸発させた。粗生成物をCC(EtOAc、+0.5%EtN)により精製し、19(177mg、2つの異性体の混合物、71%)を白色フォームとして得た。
19についてのデータ:R=0.38、0.44(EtOAc);
H NMR(400MHz、CDCl)δ9.05(br、1H、NH)、8.70、8.70(2s、1H、H-C(2))、8.47、8.46(2s、1H、H-C(8))、7.97(d、J=7.5Hz、2H、H-arom)、7.57-7.50(m、1H、H-arom)、7.49-7.41(m、4H、H-arom)、7.39-7.31(m、4H、H-arom)、7.24-7.17(m、5.4Hz、2H、H-arom)、7.13(dt、J=12.5、6.2Hz、1H、H-arom)、6.83-6.70(m、4H、H-arom)、6.14-5.97(m、1H、H-C(1’))、4.14(ddd、J=11.1、7.8、3.4Hz、1H、H-C(5’))、3.91-3.74(m、2H、H-(4’)、H-C(7’))、3.71、3.70(2s、6H、MeO)、3.65-3.50(m、2H、OCHCHCN)、3.37(ddq、J=13.9、10.2、6.8Hz、2H、(MeCH)N)、2.90-2.76(m、1H、H-C(2’))、2.75-2.60(m、1H、H-C(3’))、2.47、2.42(2t、J=6.3Hz、2H、OCHCHCN)、2.11(dt、J=12.7、6.1Hz、1H、H-C(2’))、1.73(ddt、J=13.6、10.4、5.1Hz、1H、H-C(6’))、1.39(ddd、J=50.2、13.4、6.2Hz、1H、H-C(6’))、1.10-0.89(m、12H、(MeCH)N)。
13C NMR(101MHz、CDCl)δ164.66(CONH)、158.57(MeO-C-arom)、152.46(C(2))、151.32、151.26(C(4))、149.45、149.43(C(6))、145.60、145.59(C-arom)、141.52、141.47(C(8))、136.88、136.83、136.81、133.78(C-arom)、132.75、132.73、130.22、130.21、130.19、130.17、128.87、128.17、127.87、126.82、126.80(CH-arom)、123.59(C(5))、117.53、117.50(OCHCHCN)、113.17(CH-arom)、87.10、87.07(C(Ph))、86.72、86.68(C(1’))、83.36、83.25(C(4’))、76.55、75.81(JC,P=16.9、15.7Hz、C(7’))、74.63、74.60(C(5’))、58.24、57.86(JC,P=19.1、19.2HzOCHCHCN)、55.25、55.21(MeO-DMTr)、49.29、49.08(JC,P=2.6、4.7Hz、C(3’))、43.12、43.00(JC,P=2.4、2.3Hz(MeCH)N)、38.27、38.23(C(2’))、37.41、37.22(JC,P=5.3、3.5Hz、C(6’))24.56、24.53、24.49、24.47、24.43、24.41、24.36、24.33(8s、MeCH)N)、20.36、20.25(JC,P=7.2、7.0Hz、OCHCHCN)。
31P NMR(122MHz、CDCl)δ147.64、146.87。
ESI-HRMSm/z C4955([M+H])について計算884.3895、観測884.3898。
実施例20
(3’R,5’R,7’R)-2-アミノ-6-クロロ-9-{5’-O-アセチル-7’-[(tert-ブチルジフェニルシリル)オキシ]-2’,3’-ジデオキシ-3’,5’-エタノ-α,β-D-リボフラノシル}プリン(20)
Figure 0007263236000043
糖7(1.75g、3.85mmol)および2-アミノ-6-クロロプリン(1.05g、6.17mmol)を含む乾燥MeCN(20mL)の懸濁液に、BSA(3.80mL、15.4mmol)を室温で添加した。懸濁液を55℃まで加熱し、30分間撹拌した。その後、TMSOTf(1.05mL、5.78mmol)を1滴ずつ添加し、溶液を50分間55℃でさらに撹拌した。溶液を室温まで冷却し、飽和NaHCO(10mL)の添加により反応停止させ、EtOAc(50mL)で希釈し、SiOの短いパッドに通して濾過した。SiOを追加のEtOAcで洗浄した。次いで、混合物を飽和NaHCO(2×80mL)で洗浄し、水相を合わせ、EtOAc(3×50mL)で抽出した。有機相を合わせMgSO上で乾燥させ、濾過し、蒸発させた。粗生成物をCC(2.5%MeOHを含むDCM)により精製し、比α/β≒7:3の20の混合物(1.77g、77%)を白色フォームとして得た。
20についてのデータ:R=0.54(EtOAc/ヘキサン5:1);
H NMR(300MHz、CDCl)δ7.86(s、0.3H、H-C(8))、7.69(s、0.7H、H-C(8))、7.68-7.60(m、4H、H-arom)、7.47-7.34(m、6H、H-arom)、6.04(dd、J=6.9、3.0Hz、0.7H、H-C(1’))、5.87(dd、J=8.0、6.2Hz、0.3H、H-C(1’))、5.37(dt、J=14.2、4.6Hz、1H、H-C(5’))、5.16(br、2H、NH)、4.91(dd、J=6.5、5.1Hz,0.7H、H-C(4’))、4.79(dd、J=6.9、5.2Hz、0.3H、H-C(4’))、4.13(br、0.3H、H-C(7’))、4.06(d、J=4.0Hz、0.7H、H-C(7’))、2.95(dd、J=16.3、6.6Hz、0.7H、H-C(3’))、2.81(dd、J=17.0、7.4Hz、0.3H、H-C(3’))、2.49-2.30(m、1H、H-C(2’))、2.14(dd、J=13.1、6.7Hz、1H、H-C(6’))、2.08(s、2.1H、MeCO)、2.02(s、0.9H、MeCO)、2.02-1.91(m、1H、H-C(6’))、1.80(td、J=13.4、6.8Hz、1H、H-C(2’))、1.07、1.06(2s、9H、(CH-C-Si)。
13C NMR(75MHz、CDCl)δ170.55、170.44(MeCO)、158.98、158.91(C(2))、153.18、152.95(C(4))、151.40、151.34(C(6))、140.38、140.14(C(8))、135.73、135.70(CH-arom)、133.78、133.62、133.24、133.17(C-arom)、130.03、130.00、127.88、127.86(CH-arom)、125.65、125.57(C(5))、86.59、85.74(C(1’))、82.93、80.99(C(4’))、76.57、76.14(C(7’))、74.34、74.32(C(5’))、51.15、51.10(C(3’))、37.19、36.99(C(6’))、36.70、36.25(C(2’))、26.87(CH-C-Si)、20.95、20.86(MeCO)、19.00(CH-C-Si)。
ESI-HRMSm/z C3035ClSi([M+H])について計算592.2141、観測592.2158。
実施例21
(3’R,5’R,7’R)-2-アミノ-6-クロロ-9-{7’-[(tert-ブチルジフェニルシリル)オキシ]-2’,3’-ジデオキシ-3’,5’-エタノ-β-D-リボフラノシル}プリン(22b)
Figure 0007263236000044
NaOHを含むTHF
ヌクレオシド20(1.78g、3.01mmol)を0.5M NaOHを含むTHF/メタノール/HO(5:4:1、15mL)に0℃で溶解した。反応物を20分間0℃で撹拌し、NHCl(484mg)の添加により反応停止させた。次いで、懸濁液を飽和NaHCO(100mL)で希釈し、DCM(4×75mL)で抽出した。有機相を合わせMgSO上で乾燥させ、濾過し、蒸発させた。粗生成物をCC(3%MeOHを含むDCM)により精製し、21(428mg、25%)およびその対応するαアノマー(992mg、60%)を白色フォームとして得た。
21についてのデータ:R=0.43(5%MeOHを含むDCM);
H NMR(300MHz、CDCl)δ7.71(s、1H、H-C(8))、7.68-7.60(m、4H、H-arom)、7.44-7.33(m、6H、H-arom)、5.85(dd、J=9.3、5.8Hz、1H、H-C(1’))、5.33(br、2H、NH)、4.62(dd、J=8.4、4.9Hz、1H、H-C(4’))、4.44(dd、J=10.7、5.3Hz、1H、H-C(5’))、4.40-4.15(m、2H、H-C(7’)、OH)、2.79(q、J=8.7Hz、1H、H-C(3’))、2.22(dd、J=15.2、9.3Hz、1H、H-C(6’))、2.11-2.02(m、1H、H-C(6’))、2.02-1.85(m、2H、H-C(2’))、1.06(s、9H、(CH-C-Si)。
13C NMR(75MHz、CDCl)δ158.73(C(2))、152.78(C(4))、151.94(C(6))、140.70(C(8))、135.70(CH-arom)、133.91、133.48(C-arom)、129.90、127.78(CH-arom)、125.97(C(5))、87.96(C(1’))、82.88(C(5’))、76.85(C(7’))、72.36(C(5’))、50.41(C(3’))、41.96(C(6’))、35.73(C(2’))、26.90(CH-C-Si)、19.02(CH-C-Si)。
ESI-HRMSm/z C2833ClSi([M+H])について計算550.2036、観測550.2015。
実施例22
(3’R,5’R,7’R)-N2-(N,N-ジメチルホルムアミジノ)-9-{7’-[(tert-ブチルジフェニルシリル)オキシ]-2’,3’-ジデオキシ-3’,5’-エタノ-β-D-リボフラノシル}グアニン(22)
Figure 0007263236000045
21(380mg、0.645mmol)および3-ヒドロキシプロピオニトリル(0.22mL、3.23mmol)を含む乾燥DCM(15mL)の溶液に、1,5,7-トリアザビシクロ[4.4.0]デク-5-エン(400mg、2.87mmol)を0℃で添加した。溶液を3時間0℃で、次いで、2日間室温で撹拌した。反応をシリカの添加により中止させた。溶媒の蒸発後、SiO粉末を濾過し、MeOHで洗浄し、溶媒を蒸発させ、褐色フォームを得た。
粗生成物を乾燥DMF(5mL)に溶解し、N,N-ジメチルホルムアミドジメチルアセタール(0.43mL、3.2mmol)を添加した。溶液を2時間、55℃で撹拌し、次いで、溶媒を減圧下で除去した。粗生成物をCC(6%MeOHを含むDCM)により精製し、23(274mg、73%)を黄色がかったフォームとして得た。
22についてのデータ:R=0.45(12%MeOHを含むDCM);
H NMR(300MHz、CDCl)δ9.52(s、1H、NH)、8.46(s、1H、NCHN(CH)、7.63(dd、J=7.7、1.5Hz、4H、H-arom)、7.50(s、1H、H-C(8))、7.44-7.30(m、6H、H-arom)、5.83(dd、J=9.3、6.0Hz、1H、H-C(1’))、4.61(dd、J=8.7、5.0Hz、1H、H-C(4’))、4.43-4.32(m、1H、H-C(5’))、4.29(dd、J=7.0、4.8Hz、1H、H-C(7’))、3.95(d、J=5.1Hz、1H、OH)、2.98(s、6H、NCHN(CH)、2.79(dd、J=18.0、7.0Hz、1H、H-C(3’))、2.20(dt、J=12.8、5.4Hz、1H、H-C(6’))、2.09-1.88(m、3H、H-C(6’)、H-C(2’))、1.05(s、9H、(CH-C-Si))。
13C NMR(75MHz、CDCl)δ158.73(C(2))、157.79(C(6))、156.91(NCHN(CH)、149.84(C(4))、137.00(C(8))、135.70、135.67(CH-arom)、133.78、133.60(C-arom)、129.93、129.86、127.78、127.72(CH-arom)、121.61(C(5))、88.04(C(1’))、82.21(C(4’))、77.49(C(7’))、71.94(C(5’))、50.13(C(3’))、42.23(C(6’))、41.20(NCHN(CH)、35.50(C(2’))、34.97(NCHN(CH)、26.87(CH-C-Si)、19.02(CH-C-Si)。
ESI-HRMSm/z C3138Si([M+H])586.2718について計算、観測586.2703。
実施例23
(3’R,5’R,7’R)-N2-(N,N-ジメチルホルムアミジノ)-9-{7’-[(tert-ブチルジフェニルシリル)オキシ]-2’,3’-ジデオキシ-3’,5’-エタノ-5’-O-[(4,4’-ジメトキシトリフェニル)メチル]-β-D-リボフラノシル}グアニン(23)
Figure 0007263236000046
22(139mg、0.237mmol)を含む乾燥ピリジン(2mL)の溶液に、DMTr-Cl(240mg、0.708mmol)を、6回に分けて3時間にわたって室温で添加した。一晩撹拌した後、オレンジ溶液を飽和NaHCO(20mL)で希釈し、DCM(3×20mL)で抽出した。有機相を合わせMgSO上で乾燥させ、濾過し、蒸発させた。粗生成物をCC(4%MeOHを含むDCM、+0.5%EtN)により精製し、23(148mg、70%)を黄色がかったフォームとして得た。
23についてのデータ:R=0.52(10%MeOHを含むDCM);
H NMR(400MHz、CDCl)δ9.49(s、1H、NH)、8.38(s、1H、NCHN(CH)、7.80(s、1H、C(8))、7.50-7.43(m、2H、H-arom)、7.42-7.27(m、10H、H-arom)、7.26-7.15(m、6H、H-arom)、7.14-7.08(m、1H、H-arom)、6.77-6.68(m、4H、H-arom)、5.78(dd、J=8.2、5.9Hz、1H、H-C(1’))、4.25(dt、J=11.0、5.6Hz、1H、H-C(5’))、4.14-4.03(m、1H、H-C(4’))、3.70-3.64(m、7H、MeO、H-C(7’))、3.00(s、3H、NCHN(CH)、2.97(s、3H、NCHN(CH)、2.43(dd、J=16.7、7.5Hz、1H、H-C(3’))、2.24(ddd、J=13.3、10.1、5.8Hz、1H、H-C(2’))、1.62(td、J=13.1、4.3Hz、1H、H-C(6’))、1.43(dt、J=13.5、8.0Hz、1H、H-C(2’))、0.99(dd、J=13.3、6.2Hz、1H)、0.86(s、9H、(CH-C-Si))。
13C NMR(101MHz、CDCl)δ158.51、158.49(MeO-C-arom)、158.04(C(2))、157.91(C(6))、156.60(NCHN(CH)、149.76(C(4))、145.83、137.12、136.94(C-arom)、136.01(C(8))、135.60、135.59(CH-arom)、133.81、133.47(C-arom)、130.32、130.26、129.77、128.24、127.82、127.65、127.62、126.67(CH-arom)、120.65(C(5))、113.13、113.09(CH-arom)、86.82(C(Ph))、85.01(C(1’))、82.26(C(4’))、76.14(C(7’))、74.61(C(5’))、55.19(MeO-DMTr)、50.18(C(3’))、41.29(NCHN(CH)、38.01(C(6’))、37.76(C(2’))、35.14(NCHN(CH)26.8187(CH-C-Si)、19.01(CH-C-Si)。
ESI-HRMSm/z C5257Si([M+H])について計算889.4103、観測889.4128。
実施例24
(3’S,5’R,7’R)-N2-(N,N-ジメチルホルムアミジノ)-9-{2’,3’-ジデオキシ-3’,5’-エタノ-7’-ヒドロキシ-5’-O-[(4,4’-ジメトキシトリフェニル)メチル]-β-D-リボフラノシル}グアニン(24)
Figure 0007263236000047
23(243mg、0.273mmol)を含む乾燥THF(2mL)の溶液に、TBAF(1M THF溶液、1.65mL、1.63mmol)を室温で添加した。溶液を7時間撹拌し、次いで、飽和NaHCO(30mL)で希釈し、DCM(4×30mL)で抽出した。有機相を合わせMgSO上で乾燥させ、濾過し、蒸発させた。粗生成物をCC(7%MeOHを含むDCM、+0.5%EtN)により精製し、24(155mg、87%)を依然として微量のTBAFを含む白色フォームとして得た。
24についてのデータ:R=0.44(10%MeOHを含むDCM);
H NMR(400MHz、CDCl)δ9.55(s、1H、NH)、8.45(s、1H、NCHN(CH)、8.00(s、1H、H-C(8))、7.60-7.50(m、2H、H-arom)、7.49-7.39(m、4H、H-arom)、7.31-7.23(m、2H、H-arom)、7.21-7.12(m、1H、H-arom)、6.81(d、J=8.5Hz、4H、H-arom)、5.93(dd、J=7.5、6.1Hz、1H、H-C(1’))、4.26(dt、J=11.1、5.8Hz、1H、H-C(5’))、4.07-3.98(m、1H、H-C(4’))、3.91(d、J=4.3Hz、1H、H-C(7’))、3.77(s、6H、MeO)、3.14(s、3H、NCHN(CH)、3.04(s、3H、NCHN(CH)、2.73(ddd、J=13.3、10.1、6.0Hz、1H、H-C(2’))、2.63-2.48(m、1H、H-C(3’))、2.12(br、1H、OH)、1.95-1.82(m、2H、H-C(6’)、H-C(2’))、1.14(dd、J=13.4、6.1Hz、1H、H-C(6’))。
13C NMR(101MHz、CDCl)δ158.52(MeO-C-arom)、158.12(C(2))、157.88(C(6))、156.65(NCHN(CH)、149.78(C(4))、145.69、137.02、136.99(C-arom)、136.07(C(8))、130.26、128.26、127.82、126.74(CH-arom)、120.53(C(5))、113.12(CH-arom)、86.81(C(Ph))、85.35(C(1’))、82.64(C(4’))、74.61(C(7’))、74.48(C(5’))、55.23(MeO-DMTr)、49.63(C(3’))、41.37(NCHN(CH)、38.55(C(6’))、38.23(C(2’))、35.14(NCHN(CH)。
ESI-HRMSm/z C3639([M+H])について計算651.2926、観測651.2912。
実施例25
(3’R,5’R,7’R)-N2-(N,N-ジメチルホルムアミジノ)-9-{7’-O-[(2-シアノエトキシ)-ジイソプロピルアミノホスファニル]-2’,3’-ジデオキシ-3’,5’-エタノ-5’-O-[(4,4’-ジメトキシトリフェニル)メチル]-β-D-リボフラノシル}グアニン(25)
Figure 0007263236000048
ヌクレオシド24(143mg、0.220mmol)および5-(エチルチオ)-1H-テトラゾール(43mg、0.33mmol)を含む乾燥DCM(10mL)の溶液に、2-シアノエチルN,N,N’,N’-テトライソプロピルホスホルジアミダイト(0.12mL、0.38mmol)を室温で1滴ずつ添加した。50分間撹拌した後、反応混合物を飽和NaHCO(20mL)で希釈し、DCM(3×20mL)で抽出した。有機相を合わせMgSO上で乾燥させ、濾過し、蒸発させた。粗生成物をCC(3.5%MeOHを含むDCM、+0.5%EtN)により精製し、25(130mg、2つの異性体の混合物、69%)を白色フォームとして得た。
25についてのデータ:R=0.60(10%MeOHを含むDCM);
H NMR(300MHz、CDCl)δ9.54、9.47(2s、1H、NH)、8.54、8.52(2s、1H、NCHN(CH)、8.02.8.00(2s、1H、H-C(8))、7.58-7.49(m、2H、H-arom)、7.46-7.36(m、4H、H-arom)、7.25(dd、J=11.0、3.5Hz、2H、H-arom)、7.21-7.13(m、1H、H-arom)、6.80(dd、J=8.8、2.2Hz、4H、H-arom)、6.00-5.82(m、1H、H-C(1’))、4.16(dd、J=10.7、5.4Hz、1H、H-C(5’))、4.00-3.82(m、2H、H-C(4’)、H-C(7’))、3.77、3.77(2s、6H、MeO)、3.62(dt、J=12.2、6.1Hz、2H、OCHCHCN)、3.51-3.33(m、2H、(MeCH)N)、3.15、3.14(2s、3H、NCHN(CH)、3.07(s、3H、NCHN(CH)、2.85-2.61(m、2H、C(2’)、C(3’))、2.59-2.44(m、2H、OCHCHCN)、2.00-1.79(m、2H、H-(C2’)、H-C(6’))、1.53-1.26(m、1H、H-C(6’))、1.10、1.01(2t、J=6.4Hz、12H、(MeCH)N)。
13C NMR(101MHz、CDCl)δ158.50(MeO-C-arom)、158.04、158.00(C(2))、157.93(C(6))、156.61、156.60(NCHN(CH)、149.73、149.72(C(4))、145.62、145.62、136.97、136.94(C-arom)、136.14(C(8))、130.27、130.24、130.22、128.26、127.81、126.73(CH-arom)、120.81、120.76(C(5))、117.67、117.56(OCHCHCN)、113.10(CH-arom)、86.88、86.85(C(Ph))、85.58、85.37(C(1’))、82.41、82.07(C(4’))、77.08、76.01(JC,P=37.0、15.1Hz、C(7’))、74.52、74.46(C(5’))、58.19、57.74(JC,P=18.9、19.0HzOCHCHCN)、55.25、55.21(MeO-DMTr)、49.10、48.83(JC,P=2.2、4.8Hz、C(3’))、43.12、43.00((MeCH)N)、41.34、41.33(NCHN(CH)、38.48、38.41(C(2’))、37.23、36.92(JC,P=5.7、3.3HzC(6’))、35.17((MeCH)N)、24.56、24.53、24.48、24.47、24.43、25.36、24.35(7s、MeCH)N)、20.39、20.28(JC,P=7.1、6.9Hz、OCHCHCN)。
31P NMR(122MHz、CDCl)δ147.69、146.37。
ESI-HRMSm/z C4556P([M+H])について計算851.4004、観測851.4018。
実施例26
(3’S,5’R,7’R)-1-{7’-[(tert-ブチルジフェニルシリル)オキシ]-2’,3’-ジデオキシ-3’,5’-エタノ-β-D-リボフラノシル}ウラシル(26)
Figure 0007263236000049
糖6(669mg、1.62mmol)を含む乾燥DCM(13mL)の溶液に、2,6-ルチジン(0.94mL、8.10mmol)を0℃で添加した。20分間0℃で撹拌した後、TMSOTf(0.89mL、4.86mmol)を1滴ずつ添加し、次いで、溶液を室温まで昇温させ、さらに3時間撹拌した。次いで、反応を、飽和NaHCO(20mL)の添加により停止させた。有機相を分離し、水相をDCM(2×20mL)でさらに抽出した。有機相を合わせMgSO上で乾燥させ、濾過し、蒸発させた。
粗生成物を乾燥DCM(12mL)に溶解し、次いで、ウラシル(545mg、4.86mmol)およびBSA(1.8mL、7.29mmol)を室温で添加した。60分間室温で撹拌した後、得られた微細懸濁液を0℃まで冷却し、N-ヨードスクシンイミド(578mg、2.52mmol)を添加した。30分間0℃で、4時間室温で撹拌した後、反応混合物をEtOAc(50mL)で希釈し、その後、10% Na水溶液(30mL)および飽和NaHCO(30mL)で洗浄した。水相を合わせ、DCM(2×20mL)で抽出した。有機相を合わせMgSO上で乾燥させ、濾過し、蒸発させた。
粗生成物を乾燥トルエン(15mL)に溶解し、次いで、BuSnH(0.65mL、2.43mmol)およびアゾイソブチロニトリル(AIBN、13mg、0.081mmol)を室温で添加した。95℃で2時間加熱した後、混合物を室温まで冷却し、MeOH(7mL)およびHCl(1M水溶液、1.6mL、1.6mmol)を添加した。溶液を15分間さらに撹拌し、次いで、飽和NaHCO(50mL)で希釈し、DCM(3×50mL)で抽出した。有機相を合わせMgSO上で乾燥させ、濾過し、蒸発させた。粗生成物をCC(EtOAc/ヘキサン4:1)により精製し、26(490mg、3工程にわたって61%)を白色フォームとして得た。
26についてのデータ:R=0.15(EtOAc/ヘキサン2:1);
H NMR(300MHz、CDCl)δ9.95(br、1H、H-N(3))、7.69(d、J=6.4Hz、4H、H-arom)、7.54-7.39(m、7H、H-C(6)、H-arom)、5.98(dd、J=9.3、5.6Hz、1H、H-C(1’))、5.71(d、J=8.1Hz、1H、H-C(5))、4.51(dd、J=13.7、6.3Hz、2H、H-C(4’)、H-C(5’))、4.14(br、1H、H-C(7’))、3.25(br、1H、OH)、2.74(dd、J=17.1、8.7Hz、1H、H-C(3’))、2.26-1.87(m、3H、H-C(2’)、H-C(6’))、1.49-1.19(m、1H、H-C(2’))、1.12(s、9H、(CH-C-Si)。
13C NMR(75MHz、CDCl)δ163.65(C(4))、150.46(C(2))、139.85(C(6))、135.69、135.66(CH-arom)、133.71、133.42(C-arom)、129.98、129.93、127.85、127.81(CH-arom)、102.84(C(5))、86.17(C(1’))、81.83(C(4’))、76.94(C(7’))、72.45(C(5’))、50.09(C(3’))、40.93(C(6’))、35.83(C(2’))、26.91(CH-C-Si)、19.03(CH-C-Si)。
ESI-HRMSm/z C2732NaSi([M+Na])について計算515.1973、観測515.1963。
実施例27
(3’S,5’R,7’R)-1-{7’-[(tert-ブチルジフェニルシリル)オキシ]-2’,3’-ジデオキシ-3’,5’-エタノ-5’-O-[(4,4’-ジメトキシトリフェニル)メチル]-β-D-リボフラノシル}ウラシル(27)
Figure 0007263236000050
ヌクレオシド26(438mg、0.889mmol)を含む乾燥ピリジン(7mL)の溶液に、DMTr-Cl(1.20g、3.55mmol)を室温で添加した。溶液を1日間室温で撹拌し、次いで、飽和NaHCO(30mL)で希釈し、DCM(3×40mL)で抽出した。有機相を合わせMgSO上で乾燥させ、濾過し、蒸発させた。粗生成物をCC(1.5%MeOHを含むDCM、+0.5%EtN)により精製し、27(601mg、80%)を黄色フォームとして得た。
27についてのデータ:R=0.48(EtOAc/ヘキサン2:1);
H NMR(300MHz、CDCl)δ9.26(br、1H、H-N(3))、7.84(d、J=8.1Hz、1H、H-C(6))、7.40-7.08(m、19H、H-arom)、6.69(dd、J=8.8、4.9Hz、4H、H-arom)、5.70(dd、J=7.8、5.8Hz、1H、H-C(1’))、5.49(dd、J=8.1、1.5Hz、1H、H-C(5))、4.24-4.11(m、1H、H-C(5’))、4.05-3.95(m、1H、H-C(4’))、3.65(d、J=1.7Hz、6H、MeO)、3.62(d、J=3.0Hz、1H、H-C(7’))、2.41(dd、J=17.2、8.5Hz、1H、H-C(3’))、2.24(ddd、J=13.5、10.2、5.7Hz、1H、H-C(2’))、1.39-1.24(m、1H、H-C(6’))、1.04(dd、J=13.1、5.7Hz、1H、H-C(6’))、0.89(dt、J=13.8、8.3Hz、1H、H-C(2’))、0.81(s、9H、(CH-C-Si)。
13C NMR(75MHz、CDCl)δ163.58(C(4))、158.66(MeO-C-arom)、150.38(C(2))、145.61(C-arom)、139.92(C(6))、136.71、136.56(C-arom)、135.61、135.55(CH-arom)、133.55、133.41(C-arom)、130.30、129.92、129.84、128.16、127.90、127.74、127.67、126.90、113.19、113.15(CH-arom)、102.12(C(5))、87.41(C(Ph))、86.80(C(1’))、82.32(C4’))、75.54(C(7’))、74.41(C(5’))、55.23(MeO-DMTr)、50.05(C(3’))、38.49(C(6’))、37.53(C(2’))、26.81(CH-C-Si)、18.99(CH-C-Si)。
ESI-HRMSm/z C4850NaSi([M+Na])について計算817.3279、観測817.3286。
実施例28
(3’S,5’R,7’R)-1-{7’-[(tert-ブチルジフェニルシリル)オキシ]-2’,3’-ジデオキシ-3’,5’-エタノ-5’-O-[(4,4’-ジメトキシトリフェニル)メチル]-β-D-リボフラノシル}シトシン(28)
Figure 0007263236000051
1,2,4-トリアゾール(1.83g、26.5mmol)を含む乾燥MeCN(70mL)の懸濁液に、0℃で、POCl(0.57mL、6.05mmol)、続いてEtN(4.2mL、30.2mmol)を添加した。懸濁液を30分間0℃で撹拌し、次いで、ヌクレオシド27(601mg、0.756mmol)を含む乾燥MeCN(4mL)の溶液を0℃で添加した。4時間、室温で撹拌した後、反応を飽和NaHCO(20mL)の添加により停止させ、MeCNを減圧下で除去し、得られた混合物を飽和NaHCO(30mL)で希釈し、DCM(3×60mL)で抽出した。有機相を合わせMgSO上で乾燥させ、濾過し、蒸発させた。
次いで、粗生成物を、1,4-ジオキサン(18mL)および濃NHOH(18mL)の混合物に溶解した。3時間室温で撹拌した後、混合物を真空で、体積の半分まで低減させ、飽和NaHCO(30mL)で希釈し、DCM(3×30mL)で抽出した。有機相を合わせMgSO上で乾燥させ、濾過し、蒸発させた。粗生成物をCC(5%MeOHを含むDCM、+0.5%EtN)により精製し、28(520mg、87%)を白色フォームとして得た。
28についてのデータ:R=0.41(10%MeOHを含むDCM);
H NMR(300MHz、CDCl)δ7.96(d、J=7.4Hz、1H,H-C(6))、7.45(d、J=7.4Hz、2H、H-arom)、7.38-7.08(m、17H、H-arom)、6.73(dd、J=8.7、4.7Hz、4H、H-arom)、5.73(t、J=8.6Hz、2H、H-C(5)、H-C(1’))、4.32-4.16(m、1H、H-C(5’))、4.03(t、J=5.6Hz、1H、H-C(4’))、3.66(d、J=0.9Hz、6H、MeO)、3.61(d、J=2.9Hz、1H、H-C(7’))、2.50-2.33(m、2H、H-C(2’)、H-C(3’))、1.47-1.28(m、1H、H-C(6’))、1.03(dd、J=12.9、5.6Hz、1H、H-C(6’))、0.92-0.75(m、10H、H-C(2’)、(CH-C-Si)。
13C NMR(75MHz、CDCl)δ165.78(C(4))、158.59(MeO-C-arom)、155.94(C(2))、145.88(C-arom)、140.68(C(6))、136.93、136.78(C-arom)、135.59、135.53(CH-arom)、133.60、133.54(C-arom)、130.31、129.86、129.77、128.15、127.88、127.71、127.64、126.79、113.18、113.14(CH-arom)、94.53(C(5))、87.55(C(Ph))、87.22(C(1’))、82.23(C(4’))、75.76(C(7’))、74.68(C(5’))、55.21(MeO-DMTr)、50.18(C(3’))、38.25(C(6’))、38.08(C(2’))、26.83(CH-C-Si)、19.00(CH-C-Si)。
ESI-HRMSm/z C4852Si([M+H])について計算794.3620、観測794.3649。
実施例29
(3’S,5’R,7’R)-N4-ベンゾイル-1-{7’-[(tert-ブチルジフェニルシリル)オキシ]-2’,3’-ジデオキシ-3’,5’-エタノ-5’-O-[(4,4’-ジメトキシトリフェニル)メチル]-β-D-リボフラノシル}シトシン(29)
Figure 0007263236000052
ヌクレオシド28(519mg、0.653mmol)を含む乾燥DMF(15mL)の溶液に、EtN(110μL、0.784mmol)、続いてBzO(370mg、1633mmol)を室温で添加し、溶液を一晩撹拌した。次いで、溶液を、飽和NaHCO(60mL)の注意深い添加により反応停止させ、DCM(3×70mL)で抽出した。有機相を合わせMgSO上で乾燥させ、濾過し、蒸発させた。粗生成物をCC(ヘキサン/EtOAc2:3、+0.5%EtN)により精製し、29(580mg、99%)を白色フォームとして得た。
29についてのデータ:R=0.51(EtOAc);
H NMR(300MHz、CDCl)δ8.61(d、J=7.4Hz、1H、H-C(6))、7.81(d、J=7.5Hz、2H、H-arom)、7.49-7.13(m、24H、H-arom、H-C(5))、6.77(dd、J=8.5、4.4Hz、4H、H-arom)、5.73(t、J=6.4Hz、1H、H-C(1’))、4.39-4.20(m、1H、H-C(5’))、4.05(t、J=6.1Hz、1H、H-C(4’))、3.70(s、6H、MeO)、3.63(d、J=2.3Hz、1H、H-C(7’))、2.72-2.55(m、1H、H-C(2’))、2.48(dd、J=16.0、8.4Hz、1H、H-C(3’))、1.42-1.29(m、1H、H-C(6’))、1.19-1.11(m、1H、H-C(6’))、1.07-0.96(m、1H、H-C(2’))、0.85(s、9H、(CH-C-Si)。
13C NMR(75MHz、CDCl)δ166.64(CONH)、162.25(C(4))、158.70(MeO-C-arom)、154.84(C(2))、145.71(C-arom)、144.84(C(6))、136.74、136.67(C-arom)、135.59、135.51(CH-arom)、133.52、133.42、133.24(C-arom)、133.11、130.30、129.92、129.85、129.02、128.12、127.97、127.76、127.68、127.61、126.94、113.25、113.22(CH-arom)、96.22(C(5))、89.07(C(Ph))、87.53(C(1’))、83.46(C(4’))、75.59(C(7’))、74.71(C(5’))、55.24(MeO-DMTr)、50.35(C(3’))、38.61(C(6’))、38.15(C(2’))、26.82(CH-C-Si)、19.00(CH-C-Si)。
ESI-HRMSm/z C5556Si([M+H])について計算898.3882、観測898.3898。
実施例30
(3’S,5’R,7’R)-N4-ベンゾイル-1-{-2’,3’-ジデオキシ-3’,5’-エタノ-7’-ヒドロキシ-5’-O-[(4,4’-ジメトキシトリフェニル)メチル]-β-D-リボフラノシル}シトシン(30)
Figure 0007263236000053
29(580mg、0.648mmol)を含む乾燥THF(14mL)の溶液に、TBAF(1M THF溶液、3.25mL、3.25mmol)を室温で添加した。溶液を1日間撹拌し、次いで、飽和NaHCO(50mL)で希釈し、DCM(3×40mL)で抽出した。有機相を合わせMgSO上で乾燥させ、濾過し、蒸発させた。粗生成物をCC(3%MeOHを含むDCM、+0.5%EtN)により精製し、30(366mg、85%)を白色フォームとして得た。
30についてのデータ:R=0.31(5%MeOHを含むDCM);
H NMR(300MHz、CDCl)δ8.90(br、1H、NH)、8.73(d、J=7.5Hz、1H、H-C(6))、7.82(d、J=7.3Hz、2H、H-arom)、7.55-7.31(m、10H、H-arom、H-C(5))、7.28-7.09(m、3H、H-arom)、6.76(dd、J=8.8、1.7Hz、4H、H-arom)、5.73(t、J=6.3Hz、1H、H-C(1’))、4.28-4.13(m、1H、H-C(5’))、3.83(t、J=6.0Hz、1H、H-C(4’))、3.75(d、J=3.6Hz、1H、H-C(7’))、3.70(s、6H、MeO)、2.86(d、J=14.7Hz、1H、H-C-(2’))、2.54(dd、J=17.4、7.4Hz、1H、H-C(3’))、1.68-1.55(m、1H、H-C(6’))、1.45-1.13(m、3H、H-C(2’)、H-C(6’)、OH)。
13C NMR(75MHz、CDCl)δ166.63(CONH)、162.34(C(4))、158.65(MeO-C-arom)、155.00(C(2))、145.62(C-arom)、145.11(C(6))、136.72、136.64、133.16(C-arom)、130.25、129.02、128.12、127.93、127.61、126.95、113.20(CH-arom)、96.24(C(5))、89.20(C(Ph))、87.48(C(1’))、83.40(C(4’))、74.50、(C(5’))73.90(C(7’))、55.25(MeO-DMTr)、50.05(C(3’))、38.90(C(6’))、38.40(C(2’))。
ESI-HRMSm/z C3938([M+H])について計算660.2704、観測660.2707。
実施例31
(3’S,5’R,7’R)-N4-ベンゾイル-1-{7’-O-[(2-シアノエトキシ)-ジイソプロピルアミノホスファニル]-2’,3’-ジデオキシ-3’,5’-エタノ-5’-O-[(4,4’-ジメトキシトリフェニル)メチル]-β-D-リボフラノシル}シトシン(31)
Figure 0007263236000054
ヌクレオシド30(67mg、0.101mmol)および5-(エチルチオ)-1H-テトラゾール(22mg、0.17mmol)を含む乾燥DCM(3mL)の溶液に、2-シアノエチルN,N,N’,N’-テトライソプロピルホスホルジアミダイト(65μL、0.20mmol)を室温で1滴ずつ添加した。40分間撹拌した後、反応混合物をDCM(20mL)で希釈し、飽和NaHCO(2×15mL)および飽和NaCl(15mL)で洗浄した。水相を合わせ、DCM(20mL)で抽出した。有機相を合わせMgSO上で乾燥させ、濾過し、蒸発させた。粗生成物をCC(EtOAc、+0.5%EtN)により精製し、31(75mg、2つの異性体の混合物、86%)を白色フォームとして得た。
31についてのデータ:R=0.67(4%MeOHを含むDCM);
H NMR(300MHz、CDCl)δ8.88(s、1H、NH)、8.79(d、J=7.5Hz、1H、H-C(6))、7.93(d、J=7.5Hz、2H、H-arom)、7.67-7.40(m、10H、H-arom、H-C(5))、7.39-7.22(m、3H、H-arom)、6.93-6.79(m、4H、H-arom)、5.97-5.77(m、1H、H-C(1’))、4.22(dt、J=14.5、5.6Hz、1H、H-(5’))、3.98-3.84(m、2H、H-C(4’)、H-C(7’))、3.82(s、6H、MeO)、3.66(ddd、J=16.8、13.5、6.7Hz、2H、OCHCHCN)、3.53-3.37(m、2H、(MeCH)N)、3.14-2.93(m、1H、H-C(2’))、2.84-2.66(m、1H、H-C(3’))、2.53(dt、J=12.4、6.3Hz、2H、OCHCHCN)、1.83-1.56(m、2H、H-C(6’))、1.46(td、J=14.1、7.0Hz、1H、H-C(2’))、1.18-0.97(m、12H、(MeCH)N)。
13C NMR(75MHz、CDCl)δ166.70(CONH)、162.32、162.28(C(4))、158.68(MeO-C-arom)、154.93(C(2))、145.53(C-arom)、144.95、144.89(C(6))、136.69、136.63、136.56、136.52、133.24(C-arom)、133.10、130.24、130.20、129.01、128.10、127.94、127.60、126.96(CH-arom)、117.53(OCHCHCN)、113.20(CH-arom)、96.24(C(5))、89.15、89.10(C(Ph))、87.55、87.54(C(1’))、83.11、83.04(C(4’))、75.93、75.37(JC,P=16.7、15.5Hz、C(7’))、74.48(C(5’))、58.25、57.99(JC,P=17.9、18.1HzOCHCHCN)、55.27、55.24(MeO-DMTr)、49.27、49.03(JC,P=3.1、4.8Hz、C(3’))、43.15、42.98((MeCH)N)、38.89、38.80(C(2’))、37.44、37.24(JC,P=5.2、3.2Hz、C(6’))、24.58、24.54、24.48、24.45、24.35(5s、MeCH)N)、20.33、20.24(JC,P=5.8、5.7Hz、OCHCHCN)。
31P NMR(121MHz、CDCl)δ147.19、146.94。
ESI-HRMSm/z C4855P([M+H])について計算860.3783、観測860.3791。
実施例32
(3’S,5’R,7’R)-1-{2’,3’-ジデオキシ-3’,5’-エタノ-7’-O-(4-ニトロベンゾエート)-5’-O-[(4,4’-ジメトキシトリフェニル)メチル]-β-D-リボフラノシル}チミン(32)
Figure 0007263236000055
ヌクレオシド11(100mg、0.175mmol)および4-ジメチルアミノピリジン(26mg、0.21mmol)を含む乾燥DCM(8mL)の溶液に、4-ニトロベンゾイルクロリド(59mg、0.315mmol)を室温で添加した。6時間撹拌した後、反応を飽和NaHCO(5mL)の添加により停止させる。次いで、混合物を飽和NaHCO(15mL)で希釈し、DCM(3×15mL)で抽出する。有機相を合わせMgSO上で乾燥させ、濾過し、蒸発させた。粗生成物をCC(2.5%MeOHを含むDCM、+0.5%EtN)により精製し、32(98mg、78%)を微量のEtNを含む白色フォームとして得た。
32についてのデータ:R=0.42(5%MeOHを含むDCM);
H NMR(300MHz、CDCl)δ8.26(t、J=7.3Hz、3H、H-arom、HN(3))、8.00(d、J=8.9Hz、2H、H-arom)、7.72(d、J=1.0Hz、1H、H-C(6))、7.55(d、J=6.9Hz、2H、H-arom)、7.44(dd、J=8.8、6.6Hz、4H、H-arom)、7.35-7.18(m、3H、H-arom)、6.83(dd、J=9.0、2.6Hz、4H、H-arom)、6.01(dd、J=8.2、5.2Hz、1H、H-C(1’))、4.96(d、J=3.3Hz、1H、H-C(7’))、4.33-4.24(m、1H、H-C(4’))、4.24-4.13(m、1H、H-C(5’))、3.78(d、J=0.9Hz、6H、MeO)、2.92-2.72(m、2H、H-C(3’)、H-C(2’))、1.81(d、J=0.6Hz、3H、Me-C(5))、1.79-1.62(m、2H、H-C(6’))、1.22(d、J=5.9Hz、1H、H-C(2’))。
13C NMR(75MHz、CDCl)δ164.05、163.84(C(4)、COR)、158.81(MeO-C-arom)、150.64、150.52(ON-C-arom、C(2))、145.29、136.43、136.34(C-arom)、135.18(C(6))、130.62、130.20、130.17、128.16、128.01、127.15、123.58、113.30、113.27(C-arom)、111.17(C(5))、87.53(C(Ph))、86.29(C(1’))、81.59(C(4’))、78.65(C(7’))、74.16(C(5’))、55.26(MeO-DMTr)、47.07(C(3’))、37.35(C(2’))、35.71(C(6’))、12.51(Me-C(5))。
ESI-HRMSm/z C40H3710Na([M+Na])について計算742.2371、観測742.2375
実施例33
((3’S,5’R,7’R)-1-{2’,3’-ジデオキシ-3’,5’-エタノ-7’-O-(4-ニトロベンゾエート)-β-D-リボフラノシル}チミン(33)
Figure 0007263236000056
32(60mg、0.083mmol)を含む、乾燥DCM(1mL)およびMeOH(0.4mL)の混合物の溶液に、ジクロロ酢酸(0.2mL)を室温で1滴ずつ添加した。3時間撹拌した後、次いで、混合物を飽和NaHCO(15mL)で希釈し、DCM(3×10mL)で抽出する。有機相を合わせMgSO上で乾燥させ、濾過し、蒸発させた。粗生成物をCC(5%MeOHを含むDCM)により精製し、33(29mg、84%)を白色フォームとして得た。X線分析に好適な結晶を、HO/MeOHの混合物中での再結晶化により得た。
33についてのデータ:R=0.18(5%MeOHを含むDCM);
H NMR(400MHz、DMSO)δ11.33(s、1H、H-N(3))、8.34(d、J=8.8Hz、2H、H-arom)、8.27-8.13(m、2H、H-arom)、7.78(s、1H、H-C(6))、5.96(dd、J=9.3、5.6Hz、1H、H-C(1’))、5.18(t、J=3.8Hz、1H、H-C(7’))、5.12(d、J=6.0Hz、1H、OH)、4.33(dd、J=7.3、4.7Hz、1H、H-C(4’))、4.27(td、J=10.5、5.5Hz、1H、H-C(5’))、2.90(dd、J=17.2、8.5Hz、1H、H-C(3’))、2.58-2.46(m、1H、H-C(2’))、2.30(ddd、J=13.8、8.8、5.3Hz、1H、H-C(6’))、2.03(dd、J=9.6、4.2Hz、1H、H-C(6’))、1.92-1.76(m、4H、H-C(2’)、Me-C(5))。
13C NMR(101MHz、DMSO)δ164.33、164.23(C(4)、COR)、150.91、150.75(ON-C-arom、C(2))、136.79(C-arom)、135.69(C(6))、131.20、124.32(CH-arom)、109.89(C(5))、85.31(C(1’))、81.48(C(4’))、80.07(C(7’))、71.72(C(5’))、47.18(C(3’))、37.77(C(6’))、35.48(C(2’))、12.6612.58(Me-C(5))。
ESI-HRMSm/z C1920([M+H])について計算418.1245、観測418.1242。
実施例35
(3’R,5’R,7’R)-1-{5’-O-アセチル-7’-[(tert-ブチルジフェニルシリル)オキシ]-2’,3’-ジデオキシ-3’,5’-エタノ-α,β-D-リボフラノシル}チミン(35)
Figure 0007263236000057
糖7(933mg、2.05mmol)およびチミン(372mg、3.08mmol)を含む乾燥MeCN(12mL)の溶液に、BSA(1.5mL、6.15mmol)を室温で1滴ずつ添加した。50分間室温で撹拌した後、溶液を0℃まで冷却し、TMSOTf(0.45mL、2.5mmol)を1滴ずつ添加した。3時間0℃で、15時間室温でさらに撹拌した後、反応混合物を飽和NaHCO(100mL)で希釈し、DCM(4×40mL)で抽出した。有機相を合わせMgSO上で乾燥させ、濾過し、蒸発させた。粗生成物をCC(2.5%イソプロパノールを含むDCM)により精製し、アノマー比α/β≒85:15の35の混合物(924mg、82%)を白色フォームとして得た。
35についてのデータ:R=0.56(7%MeOHを含むDCM);
H NMR(300MHz、CDCl)δ9.14(br、1H、H-N(3))、7.53(dd、J=7.7、1.6Hz、4H、H-arom)、7.39-7.23(m、6H、H-arom)、7.09(d、J=1.0Hz、0.15H、H-C(6))、6.87(d、J=1.0Hz、0.85H、H-C(6))、5.83(t、J=6.2Hz、0.85H、H-C(1’))、5.80-5.70(m、0.15H、H-C(1’))、5.36-5.04(m、1H、H-C(5’))、4.89(dd、J=6.3、5.2Hz、1H、H-C(4’))、4.62(dd、J=7.1、5.6Hz、0.15H、H-C(4’))、4.01-3.85(m、1H、H-C(7’))、2.76-2.55(m、1H、H-C(3’))、2.09-1.91(m、4H、H-C(6’)、MeCO)、1.90-1.58(m、6H、H-C(6’)、H-C(2’)、Me-C(5))、0.96(s、9H、(CH-C-Si)。
13C NMR(75MHz、CDCl)δ170.70(MeCO)、163.87(C(4))、150.29(C(2))、135.69、135.67(CH-arom)、134.99(C(6))、133.58、133.18(C-arom)、130.03、127.87(CH-arom)、111.05(C(5))、87.56(C(1’))、82.85(C(4’))、76.50(C(7’))、74.76(C(5’))、50.72(C(3’))、37.79(C(6’))、36.94(C(2’))、26.88((CH-C-Si)、20.95(MeCO)、19.01((CH-C-Si)、12.63(Me-C(5))。
ESI-HRMSm/z C3037Si([M+H])について計算549.2415、観測549.2401。
実施例36
(3’S,5’R,7’R)-1-{5’-O-アセチル-2’,3’-ジデオキシ-3’,5’-エタノ-7’-ヒドロキシ-α,β-D-リボフラノシル}チミン(36)
Figure 0007263236000058
ヌクレオシド35(924mg、1.68mmol)を含む乾燥THF(10mL)の溶液に、TBAF(1M THF溶液、3.4mL、3.4mmol)を室温で添加した。2時間室温で撹拌した後、反応混合物を飽和NaHCO(80mL)で希釈し、EtOAc(3×80mL)およびDCM(2×80mL)で抽出した。有機相を合わせMgSO上で乾燥させ、濾過し、蒸発させた。粗生成物をCC(5%MeOHを含むDCM)により精製し、36のアノマー混合物(391mg、75%)を得た。
36についてのデータ:R=0.24(7%MeOHを含むDCM);
H NMR(400MHz、CDCl)δ9.66(br、0.15H、H-N(3))、9.63(br、0.85H、H-N(3))、7.27(d、J=1.0Hz、0.15H、H-C(6))、7.06(d、J=1.0Hz、0.85H、H-C(6))、6.00(t、J=6.1Hz、0.85H、H-C(1’))、5.91(dd、J=8.8、5.5Hz、0.15H、H-C(1’))、5.26-5.10(m、1H、H-C(5’))、4.92(dd、J=6.5、5.3Hz、0.85H、H-C(4’))、4.65(dd、J=6.9、5.7Hz、0.15H、H-C(4’))、4.19-4.03(m、1H、H-C(7’))、2.91-2.72(m、2H、H-C(3’)、OH)、2.64(ddd、J=13.3、9.8、5.5Hz、0.15H、H-C(2’))、2.25-2.15(m、1.70H、H-C(2’))、2.05(s、0.45H、MeCO)、2.04(s、2.55H、MeCO)、2.03-1.89(m、2H、H-C(6’))、1.88(d、J=0.7Hz、0.45H、Me-C(5))、1.85(d、J=0.6Hz、2.55H、Me-C(5))、1.42-1.28(m、0.15H、H-C(2’))。
13C NMR(101MHz、CDCl)δ170.87(MeCO)、164.26(C(4))、150.66(C(2))、135.54(C(6))、111.22(C(5))、87.97(C(1’))、82.97(C(4’))、75.08(C(7’))、74.52(C(5’))、50.07(C(3’))、37.81(C(2’))、37.23(C(6’))、21.02(MeCO)、12.67(Me-C(5))。
ESI-HRMSm/z C1419([M+H])について計算311.1238、観測311.1234。
実施例37
(3’S,5’R,7’R)-1-{5’-O-アセチル-2’,3’-ジデオキシ-3’,5’-エタノ-7’-O-[(4,4’-ジメトキシトリフェニル)メチル]-α,β-D-リボフラノシル}チミン(37)
Figure 0007263236000059
ヌクレオシド36(364mg、1.17mmol)を含む乾燥ピリジン(7mL)の溶液に、DMTr-Cl(1.19g、3.51mmol)を室温で添加した。溶液を1日間撹拌し、次いで、飽和NaHCO(50mL)で希釈し、DCM(3×50mL)で抽出した。有機相を合わせMgSO上で乾燥させ、濾過し、蒸発させた。粗生成物をCC(EtOAc/ヘキサン2:1、+0.5%EtN)により精製し、37のアノマー混合物(690mg、96%)を黄色フォームとして得た。
37についてのデータ:R=0.70(8%MeOHを含むDCM);
H NMR(300MHz、CDCl)δ9.17(br、0.85H、H-N(3))、8.56(br、0.15H、H-N(3))、7.38-7.32(m、2H、H-arom)、7.29-7.15(m、7H、H-arom)、6.82(d、J=1.1Hz、1H、H-C(6))、6.76(d、J=8.9Hz、4H、H-arom)、5.86(t、J=6.0Hz、0.85H、H-C(1’))、5.71(dd、J=8.9、5.4Hz、0.15H、H-C(1’))、5.25(dd、J=10.2、5.6Hz、0.15H、H-C(5’))、5.21-5.11(m、0.85H、H-(C5’))、4.78(dd、J=6.7、4.8Hz、0.85H、H-C(4’))、4.49(dd、J=7.1、5.3Hz、0.15H、H-C(4’))、3.84(br、1H、H-C(7’))、3,72、3.71(2s、6H、MeO)、2.34-2.23(m、1H、H-C(3’))、2.01、1.99(2s、3H、MeCO)、1.82(d、J=0.5Hz、Me-C(5))、1.80-1.56(m、4H、H-C(2’)、H-C(6’))。
13C NMR(75MHz、CDCl)δ170.69(MeCO)、163.91(C(4))、158.82(MeO-C-arom)、150.33(C(2))、145.34、136.64、136.58(C-arom)、135.00(C(6))、130.25、128.39、128.07、127.15、113.41(CH-arom)、111.04(C(5))、87.70(C(Ph))、87.31(C(1’))、83.15(C(4’))、77.16(C(7’))、74.96(C(5’))、55.37(MeO-DMTr)、49.12(C(3’))、37.55(C(2’))、36.82(C(6’))、21.07(MeCO)、12.66(Me-C(5))。
ESI-HRMSm/z C3536([M+H])について計算612.2466、観測612.2453。
実施例38
(3’S,5’R,7’R)-1-{2’,3’-ジデオキシ-3’,5’-エタノ-7’-O-[(4,4’-ジメトキシトリフェニル)メチル]-α-D-リボフラノシル}チミン(38)
Figure 0007263236000060
ヌクレオシド37(690mg、1.12mmol)を含む乾燥MeOH(10mL)の溶液に、KCO(467mg、3.36mmol)を室温で添加した。溶液を3時間撹拌し、次いで、飽和NaCl(60mL)で希釈し、DCM(3×60mL)で抽出した。有機相を合わせMgSO上で乾燥させ、濾過し、蒸発させた。粗生成物をCC(3%イソプロパノールを含むEtO、+0.5%EtN)により精製し、α-アノマー38(550mg、86%)を白色固体として得た。
38についてのデータ:R=0.39(5%MeOHを含むDCM);
H NMR(400MHz、CDCl)δ9.37(br、s、1H、H-N(3))、7.39-7.31(m、2H、H-arom)、7.25(d、J=8.3Hz、4H、H-arom)、7.20(t、J=7.7Hz、2H、H-arom)、7.16-7.08(m、1H、H-arom)、6.78(d、J=1.1Hz、1H、H-C(6))、6.74(d、J=8.8Hz、4H、H-arom)、5.91(dd、J=6.5、4.9Hz、1H、H-C(1’))、4.57(dd、J=7.2、4.4Hz、1H、H-C(4’))、4.35-4.18(m、1H、H-C(5’))、3.86(d、J=4.7Hz、1H、H-C(7’))、3.69(s、6H、MeO)、2.53(br、1H、OH)、2.22(dd、J=15.3、6.3Hz、1H、H-C(3’))、1.85-1.69(m、5H、Me-C(5)、H-C(2’)、H-C(6’))、1.66-1.49(m、2H、H-C(2’)、H-C(6’))。
13C NMR(101MHz、CDCl)δ163.98(C(4))、158.67(MeO-C-arom)、150.47(C(2))、145.48、136.80、136.75(C-arom)、134.94(C(6))、130.19、130.18、128.35、127.97、127.01、113.31(CH-arom)、111.04(C(5))、87.82(C(Ph))、87.05(C(1’))、85.74(C(4’))、78.26(C(7’))、73.33(C(5’))、55.31(MeO-DMTr)、48.81(C(3’))、40.21(C(6’))、37.68(C(2’))、12.65(Me-C(5))。
ESI-HRMSm/z C3335([M+H])について計算571.2439、観測571.2421。
実施例39
(3’S,5’R,7’R)-1-{5’-O-[(2-シアノエトキシ)-ジイソプロピルアミノホスファニル]2’,3’-ジデオキシ-3’,5’-エタノ-7’-O-[(4,4’-ジメトキシトリフェニル)メチル]-α-D-リボフラノシル}チミン(39)
Figure 0007263236000061
ヌクレオシド38(200mg、0.350mmol)および5-(エチルチオ)-1H-テトラゾール(59mg、0.46mmol)を含む乾燥DCM(7mL)の溶液に、2-シアノエチルN,N,N’,N’-テトライソプロピルホスホルジアミダイト(0.17mL、0.53mmol)を室温で1滴ずつ添加した。1時間撹拌した後、反応混合物をDCM(50mL)で希釈し、飽和NaHCO(2×25mL)および飽和NaCl(25mL)で洗浄した。水相を合わせ、DCM(30mL)で抽出した。有機相を合わせMgSO上で乾燥させ、濾過し、蒸発させた。粗生成物をCC(2%MeOHを含むDCM、+0.5%EtN)により精製し、39(220mg、2つの異性体の混合物、81%)を白色固体として得た。
39についてのデータ:R=0.44(4%MeOHを含むDCM);
H NMR(300MHz、CDCl)δ9.03(br、1H、H-N(3))、7.36(d、J=8.1Hz、2H、H-arom)、7.30-7.07(m、7H、H-arom)、6.84(s、1H、H-C(6))、6.80-6.69(m、4H、H-arom)、5.95、5.88(2dd、J=6.6、4.8Hz、1H、H-C(1’))、4.70、4.61(2dd、J=7.3、4.3Hz、1H、H-C(4’))、4.41-4.20(m、1H、H-C(5’))、3.94-3.82(m、1H、H-C(7’))、3.81-3.62(m、8H、MeO、OCHCHCN)、3.59-3.40(m、2H、(MeCH)N)、2.61-2.46(m、2H、OCHCHCN)、2.28(ddd、J=14.1、13.2、7.3Hz、1H、H-C(3’))、1.91-1.73(m、5H、Me-C(5)、H-C(6’)、H-C(2’))、1.72-1.46(m、2H、H-C(6’)、H-C(2’))、1.16-1.00(m、12H、(MeCH)N)。
13C NMR(75MHz、CDCl)δ164.01、163.98(C(4))、158.70(MeO-C-arom)、150.39、150.17(C(2))、145.52、136.84、136.78(C-arom)、135.44、135.39(C(6))、130.21、128.36、128.32、128.00、127.03(CH-arom)、118.02、117.76(OCHCHCN)、113.32(CH-arom)、110.91、110.59(C(5))、88.31、88.06(C(Ph))、87.11、87.06(C(1’))、85.44、85.39(JC,P=4.6、3.1Hz、C(4’))、78.25、78.13(C(7’))、74.70、74.34(JC,P=13.5、18.5Hz、C(5’))、58.73、58.47(JC,P=18.9、20.1Hz、(OCHCHCN))、55.35、55.32(MeO-DMTr)、48.80、48.64(C(3’))、43.22、43.06(JC,P=12.4、11.0Hz(MeCH)N)、39.68、39.63(C(6’))、38.06、37.93(C(2’))、24.81、24.74、24.71、24.68、24.65、24.59(6s、MeCH)N)、20.37、20.35(JC,P=7.1、6.8Hz、OCHCHCN)、12.66(Me-C(5))。
31P NMR(122MHz、CDCl)δ148.18、147.80。
ESI-HRMSm/z C4252P([M+H])について計算771.3517、観測771.3517。
実施例40
(3’S,5’R,7’R)-N4-ベンゾイル-1-{2’,3’-ジデオキシ-3’,5’-エタノ-7’-O-[(4,4’-ジメトキシトリフェニル)メチル]-α-D-リボフラノシル}-5-メチルシトシン(40)
Figure 0007263236000062
ヌクレオシド38(268mg、0.470mmol)を含む乾燥MeCN(5mL)の溶液にBSA(0.28mL、1.13mmol)を0°で1滴ずつ添加し、次いで、溶液を一晩室温で撹拌した。別のフラスコ中で、1,2,4-トリアゾール(1.14g、16.5mmol)を含む乾燥MeCN(50mL)の懸濁液を0℃まで冷却し、POCl(0.35mL、3.8mmol)続いてEtN(2.62mL、18.8mmol)を添加した。懸濁液を30分間0℃で撹拌し、次いで、シリル化化合物38の前に調製した溶液を懸濁液に添加し、混合物を7時間室温でさらに撹拌した。反応を、飽和NaHCO(10mL)の添加により停止させ、MeCNを減圧下で除去し、得られた混合物を飽和NaHCO(30mL)で希釈し、DCM(3×30mL)で抽出した。有機相を合わせMgSO上で乾燥させ、濾過し、蒸発させた。
次いで、粗生成物を、1,4-ジオキサン(10mL)および濃NHOH(10mL)の混合物に溶解した。3時間室温で撹拌した後、混合物を真空でその体積の半分まで低減させ、飽和NaHCO(25mL)で希釈し、DCM(4×30mL)で抽出した。有機相を合わせMgSO上で乾燥させ、濾過し、蒸発させた。
次いで、粗生成物を乾燥DMF(10mL)に溶解した。EtN(80μL、0.56mmol)、続いてBzO(266mg、1.18mmol)を室温で添加し、溶液を一晩撹拌した。得られた褐色がかった溶液を、飽和NaHCO(40mL)の注意深い添加により反応停止させ、DCM(4×40mL)で抽出した。有機相を合わせMgSO上で乾燥させ、濾過し、蒸発させた。粗生成物をCC(EtOAc/ヘキサン1:1、+0.5%EtN)により精製し、40(263mg、83%)を白色フォームとして得た。
40についてのデータ:R=0.53(EtOAc/ヘキサン3:1);
H NMR(300MHz、CDCl)δ13.11(br、1H、NH)、8.30-8.10(m、2H、H-arom)、7.47-7.29(m、5H、H-arom)、7.28-7.06(m、7H、H-arom)、7.00(d、J=0.8Hz、1H、H-C(6))、6.74(d、J=8.6Hz、4H、H-arom)、5.89(dd、J=6.3、4.6Hz、1H、H-C(1’))、4.61(dd、J=7.2、4.5Hz、1H、H-C(4’))、4.33-4.20(m、1H、H-C(5’))、3.87(br、1H、H-C(7’))、3.69(s、6H、MeO)、2.32-2.13(m、2H、H-C(3’)、OH)、1.99(s、3H、Me-C(5))、1.87-1.73(m、2H、H-C(2’)、H-C(6’))、1.66-1.47(m、2H、H-C(2’)、H-C(6’))。
13C NMR(75MHz、CDCl)δ179.61(CONH)、159.76(C(4))、158.74(MeO-C-arom)、147.87(C(2))、145.47(C-arom)、137.17(C(6))、136.77、136.68、136.03(C-arom)、132.55、130.21、129.98、128.34、128.21、128.03、127.07、113.35(CH-arom)、111.81(C(5))、88.74(C(Ph))、87.13(C(1’))、86.12(C(4’))、78.17(C(7’))、73.31(C(5’))、55.35(MeO-DMTr)、48.63(C(3’))、40.35(C(6’))、38.06(C(2’))、13.78(Me-C(5))。
ESI-HRMSm/z C4040([M+H])について計算674.2861、観測674.2877。
実施例41
(3’S,5’R,7’R)-N4-ベンゾイル-1-{5’-O-[(2-シアノエトキシ)-ジイソプロピルアミノホスファニル]2’,3’-ジデオキシ-3’,5’-エタノ-7’-O-[(4,4’-ジメトキシトリフェニル)メチル]-α-D-リボフラノシル}-5-メチルシトシン(41)
Figure 0007263236000063
ヌクレオシド40(250mg、0.371mmol)および5-(エチルチオ)-1H-テトラゾール(73mg、0.56mmol)を含む乾燥DCM(8mL)の溶液に、2-シアノエチルN,N,N’,N’-テトライソプロピルホスホルジアミダイト(0.20mL、0.63mmol)を室温で1滴ずつ添加した。30分間撹拌した後、反応混合物をDCM(30mL)で希釈し、飽和NaHCO(2×20mL)および飽和NaCl(20mL)で洗浄した。水相を合わせ、DCM(20mL)で抽出した。有機相を合わせMgSO上で乾燥させ、濾過し、蒸発させた。粗生成物をCC(EtOAc/ヘキサン1:1、+0.5%EtN)により精製し、41(260mg、2つの異性体の混合物、80%)を白色フォームとして得た。
41についてのデータ:R=0.57(EtOAc/ヘキサン1:1);
H NMR(300MHz、CDCl)δ13.26(br、1H、NH)、8.32(d、J=7.2Hz、2H、H-arom)、7.58-7.39(m、5H、H-arom)、7.38-7.14(m、8H、H-arom、H-C(6))、6.88-6.77(m、4H、H-arom)、6.01、5.96(2dd、J=6.3、4.6Hz、1H、H-C(1’))、4.82、4.74(2dd、J=7.3、4.3Hz、1H、H-C(4’))、4.42(td、J=10.6、6.0Hz、1H、H-C(5’))、3.97(br、1H、H-C(7’))、3.91-3.68(m、8H、MeO、OCHCHCN)、3.59(dtd、J=16.7、6.7、3.4Hz、2H、(MeCH)N))、2.62(dt、J=15.5、6.4Hz、2H、OCHCHCN)、2.49-2.23(m、1H、H-C(3’))、2.11、2.09(2d、J=0.5Hz、3H、Me-C(5))、2.00-1.82(m、2H、H-C(6’)、H-C(2’))、1.82-1.55(m、2H、H-C(6’)、H-C(2’))、1.17(dd、J=16.3、6.8Hz、12H、(MeCH)N)。
13C NMR(101MHz、CDCl)δ179.60(CONH)、159.97(C(4))、158.76(MeO-C-arom)、147.81、147.70(C(2))、145.54(C-arom)、137.34、136.83(C(6))、136.77、136.72、136.65、136.55(C-arom)、132.45、130.22、130.20、129.96、128.34、128.31、128.18、128.00、127.04(CH-arom)、117.89、117.71(OCHCHCN)、113.35(CH-arom)、111.60、111.36(C(5))、89.24、89.01(C(Ph))、87.16、87.12(C(1’))、85.78、85.62(JC,P=4.3、3.2Hz、C(4’))、78.20、77.98(C(7’))、74.68、74.37(JC,P=13.4、18.2Hz、C(5’))、58.70、58.44(JC,P=18.5、20.0Hz、(OCHCHCN))、55.36、55.33(MeO-DMTr)、48.65、48.44(C(3’))、43.27、43.14(JC,P=12.4、12.3Hz(MeCH)N)、39.87、39.64(JC,P=3.4、3.7Hz(C(6’))、38.30、38.22(C(2’))、24.80、24.72、24.70、24.67、24.63(MeCH)N)、20.39、20.37(JC,P=7.2、6.8Hz、OCHCHCN)、13.72(Me-C(5))。
31P NMR(121MHz、CDCl)δ148.18、147.96。
ESI-HRMSm/z C4957P([M+H])について計算874.3939、観測874.3946。
実施例42
(3’R,5’R,7’R)-N6-ベンゾイル-9-{7’-[(tert-ブチルジフェニルシリル)オキシ]-2’,3’-ジデオキシ-3’,5’-エタノ-α-D-リボフラノシル}アデニン(42)
Figure 0007263236000064
ヌクレオシド15(1.74g、2.64mmol)を0.15M NaOHを含むTHF/メタノール/HO(5:4:1、80mL)に0℃で溶解した。反応物を20分間撹拌し、NHCl(1.06g)の添加により反応停止させた。次いで、溶媒を減圧下で除去し、生成物をCC(5%イソプロパノールを含むDCM)により精製し、42(α-アノマー、836mg、51%)および16(β-アノマー、287mg、18%)を白色フォームとして得た。
42についてのデータ:R=0.35(5%MeOHを含むDCM);
H NMR(300MHz、CDCl)δ9.34(s、1H、NH)、8.71(s、1H、H-C(2))、8.02(d、J=7.4Hz、2H、H-arom))、7.92(s、1H、H-C(8))、7.68-7.58(m、4H、H-arom)、7.58-7.31(m、9H、H-arom)、6.23(dd、J=6.7、2.4Hz、1H、H-C(1’))、4.74(dd、J=6.6、4.9Hz、1H、H-C(4’))、4.49(dt、J=12.5、6.3Hz、1H、H-C(5’))、4.10(br、1H、H-C(7’))、3.07(d、J=6.7Hz、1H、OH)、2.92(dd、J=15.4、7.3Hz、1H、H-C(3’))、2.52-2.35(m、1H、H-C(2’))、2.10-1.97(m、1H、H-C(6’))、1.94-1.77(m、2H、H-C(2’)、H-C(6’))、1.06(s、9H、(CH-C-Si)。
13C NMR(75MHz、CDCl)δ164.98(CONH)、152.65(C(2))、151.31(C(4))、149.69(C(6))、140.93(C(8))、135.74(CH-arom)、133.82、133.68、133.39(C-arom)、132.77、130.02、129.98、128.76、128.06、127.87、127.85(CH-arom)、123.38(C(5))、87.16(C(1’))、85.35(C(4’))、77.40(C(7’))、72.79(C(5’))、50.63(C(3’))、40.86(C(6’))、37.25(C(2’))、26.94((CH-C-Si)、19.05((CH-C-Si)。
ESI-HRMSm/z C3538Si([M+H])について計算620.2688、観測620.2671。
実施例43
(3’R,5’R,7’R)-N6-ベンゾイル-9-{5’-O-アセチル-7’-[(tert-ブチルジフェニルシリル)オキシ]-2’,3’-ジデオキシ-3’,5’-エタノ-α-D-リボフラノシル}アデニン(43)
Figure 0007263236000065
ヌクレオシド42(1.09g、1.75mmol)および4-ジメチルアミノピリジン(321mg、2.63mmol)を含む乾燥DCM(50mL)の溶液に、無水酢酸(0.83mL、8.8mmol)を室温で添加した。一晩撹拌した後、反応を飽和NaHCO(50mL)の添加により停止させた。相を分離させ、水相をさらにDCM(2×80mL)で抽出した。有機相を合わせMgSO上で乾燥させ、濾過し、蒸発させた。粗生成物をCC(2.5%MeOHを含むDCM)により精製し、43(1.04g、90%)を白色フォームとして得た。
43についてのデータ:R=0.33(EtOAc/ヘキサン4:1);
H NMR(300MHz、CDCl)δ8.99(br、1H、NH)、8.73(s、1H、H-C(2))、8.09-7.99(m、2H、H-arom)、7.98(s、1H、H-C(8))、7.70-7.58(m、5H、H-arom)、7.57-7.48(m、2H、H-arom)、7.47-7.34(m、6H、H-arom)、6.22(dd、J=6.8、3.2Hz、1H、H-C(1’))、5.45-5.35(m、1H、H-C(5’))、5.01(dd、J=6.7、5.0Hz、1H、H-C(4’))、4.09(d、J=4.1Hz、1H、H-C(7’))、3.02(dt、J=9.5、6.5Hz、1H、H-C(3’))、2.55(ddd、J=13.5、10.0、3.2Hz、1H、H-C(2’))、2.15(dd、J=13.2、6.2Hz、1H、H-C(6’))、2.09(s、3H、MeCO)、2.01(dt、J=8.0、3.5Hz、1H、H-C(2’))、1.88(dt、J=13.6、5.3Hz、1H、H-C(6’))、1.08(s、9H、(CH-C-Si)。
13C NMR(101MHz、CDCl)δ170.61(MeCO)、164.75(CONH)、152.67(C(2))、151.37(C(4))、149.64(C(6))、141.41(C(8))、135.85(CH-arom)、133.71、133.38(C-arom)、132.91、130.15、130.10、128.99、128.02、127.99、127.97(CH-arom)、123.64(C(5))、87.37(C(1’))、83.37(C(4’))、76.63(C(7’))、74.51(C(5’))、51.19(C(3’))、37.44(C(2’))、37.32(C(6’))、27.01((CH-C-Si)、21.08(MeCO)、19.14((CH-C-Si)。
ESI-HRMSm/z C3740Si([M+H])について計算662.2793、観測662.2787。
実施例44
(3’S,5’R,7’R)-N6-ベンゾイル-9-{5’-O-アセチル-2’,3’-ジデオキシ-3’,5’-エタノ-7’-ヒドロキシ-α-D-リボフラノシル}アデニン(44)
Figure 0007263236000066
ヌクレオシド43(990mg、1.50mmol)を含む乾燥THF(50mL)の溶液に、TBAF(1M THF溶液、3.0mL、3.0mmol)を室温で添加した。3.5時間室温で撹拌した後、溶液をEtOAc(30mL)で希釈し、THFを減圧下で除去した。次いで、混合物を飽和NaHCO(50mL)で希釈し、DCM(4×50mL)で抽出した。有機相を合わせMgSO上で乾燥させ、濾過し、蒸発させた。粗生成物をCC(6%MeOHを含むDCM)により精製し、44(570mg、90%)を、微量のTBAFを含む白色フォームとして得た。
44についてのデータ:R=0.33(10%MeOHを含むDCM);
H NMR(400MHz、CDCl)δ9.60(br、1H、NH)、8.67(s、1H、H-C(2))、8.09(s、1H、H-C(8))、7.96(d、J=7.4Hz、2H、H-arom)、7.51(t、J=7.4Hz、1H、H-arom)、7.42(t、J=7.5Hz、2H、H-arom)、6.33(dd、J=6.7、3.1Hz、1H、H-C(1’))、5.25(ddd、J=9.7、6.4、5.3Hz、1H、H-C(5’))、4.92(dd、J=6.4、5.4Hz、1H、H-C(1’))、4.14(br、2H、H-C(7’)、OH)、3.06(dd、J=16.0、6.6Hz、1H、H-C(3’))、2.87(ddd、J=13.2、9.9、3.0Hz、1H、H-C(2’))、2.26-2.17(m、1H、H-C2’))、2.10-1.98(m、5H、H-C(6’)、MeCO)。
13C NMR(75MHz、CDCl)δ170.64(MeCO)、165.27(CONH)、152.49(C(2))、151.26(C(4))、149.58(C(6))、141.64(C(8))、133.60(C-arom)、132.82、128.76、128.06(CH-arom)、123.30(C(5))、87.30(C(1’))、83.17(C(4’))、74.67(C(7’))、74.20(C(5’))、50.41(C(3’))、37.43(C(2’))、36.92(C(6’))、20.96(MeCO)。
ESI-HRMSm/z C2122([M+H])について計算424.1615、観測424.1623。
実施例45
(3’S,5’R,7’R)-N6-ベンゾイル-9-{5’-O-アセチル-2’,3’-ジデオキシ-3’,5’-エタノ-7’-O-[(4,4’-ジメトキシトリフェニル)メチル]-α-D-リボフラノシル}アデニン(45)
Figure 0007263236000067
ヌクレオシド44(570mg、1.35mmol)を含む乾燥ピリジン(16mL)の溶液に、DMTr-Cl(1.37g、4.04mmol)を室温で添加した。溶液を1日間撹拌し、次いで、飽和NaHCO(100mL)で希釈し、DCM(3×80mL)で抽出した。有機相を合わせMgSO上で乾燥させ、濾過し、蒸発させた。粗生成物をCC(2%MeOHを含むDCM、+0.5%EtN)により精製し、45(876mg、89%)を黄色フォームとして得た。
45についてのデータ:R=0.81(5%MeOHを含むDCM);
H NMR(300MHz、CDCl)δ9.42(d、J=14.6Hz、1H、NH)、8.73(s、1H、H-C(2))、8.03(d、J=7.6Hz、2H、H-arom)、7.93(s、1H、H-C(8))、7.66-7.55(m、1H、H-arom)、7.55-7.45(m、4H、H-arom)、7.45-7.22(m、7H、H-arom)、6.87(d、J=8.7Hz、4H、H-arom)、6.25(dd、J=6.6、2.4Hz、1H、H-C(1’))、5.47-5.33(m、1H、H-C(5’))、4.89(dd、J=6.7、4.9Hz、1H、H-C(4’))、4.02(d、J=2.5Hz、1H、H-C(7’))、3.79(s、6H、MeO)、2.58(dd、J=16.0、6.9Hz、1H、H-C(3’))、2.38(ddd、J=12.7、10.0、2.4Hz、1H、H-C(2’))、2.11(s、3H、MeCO)、2.09-1.87(m、3H、H-C(2’)、H-C(6’))。
13C NMR(75MHz、CDCl)δ170.40(MeCO)、164.84(CONH)、158.66(MeO-C-arom)、152.45(C(2))、151.22(C(4))、149.51(C(6))、145.23(C-arom)、141.23(C(8))、136.51、133.65(C-arom)、132.68、130.12、128.75、128.33、127.95、127.90、127.03(CH-arom)、123.55(C(5))、113.27(CH-arom)、87.19(C(Ph))、87.12(C(1’))、83.25(C(4’))、77.16(C(7’))、74.41(C(5’))、55.23(MeO-DMTr)、49.23(C(3’))、37.61(C(2’))、36.22(C(6’))、20.98(MeCO)。
ESI-HRMSm/z C4240([M+H])について計算726.2922、観測726.2905。
実施例46
(3’S,5’R,7’R)-N6-ベンゾイル-9-{2’,3’-ジデオキシ-3’,5’-エタノ-7’-O-[(4,4’-ジメトキシトリフェニル)メチル]-α-D-リボフラノシル}アデニン(46)
Figure 0007263236000068
ヌクレオシド45(870mg、1.20mmol)を0.1M NaOHを含むTHF/メタノール/HO(5:4:1、50mL)に0℃で溶解した。反応物を30分間0℃で撹拌し、次いで、NHCl(321mg)の添加により反応停止させた。溶液を飽和NaHCO(100mL)で希釈し、DCM(4×80mL)で抽出した。有機相を合わせMgSO上で乾燥させ、濾過し、蒸発させた。粗生成物をCC(3%MeOHを含むDCM、+0.5%EtN)により精製し、46(777mg、94%)を白色フォームとして得た。
46についてのデータ:R=0.26(5%MeOHを含むDCM);
H NMR(300MHz、CDCl)δ9.39(s、1H、NH)、8.61(s、1H、H-C(2))、7.93(d、J=7.4Hz、2H、H-arom)、7.75(s、1H、H-C(8))、7.46(t、J=7.3Hz、1H、H-arom)、7.40-7.31(m、4H、H-arom)、7.29-7.16(m、6H、H-arom)、7.11(t、J=7.2Hz、1H、H-arom)、6.73(d、J=8.7Hz、4H、H-arom)、6.12(dd、J=6.5、1.9Hz、1H、H-C(1’))、4.53(dd、J=7.5、4.5Hz、1H、H-C(4’))、4.32(br、1H、H-C(5’))、3.90(t、J=4.5Hz、1H、H-C(7’))、3.66、3.65(2s、6H、MeO)、3.31(br、1H、OH)、2.36(dd、J=16.5、8.1Hz、1H、H-C(3’))、2.04(ddd、J=12.0、9.9、2.0Hz、1H、H-C(2’))、1.92-1.69(m、3H、H-C(2’)、H-C(6’))。
13C NMR(75MHz、CDCl)δ164.92(CONH)、158.64(MeO-C-arom)、152.60(C(2))、151.28(C(4))、149.61(C(6))、145.44(C-arom)、140.71(C(8))、136.77、133.65(C-arom)、132.72、130.15、130.12、128.73、128.39、128.04、127.96、127.02(CH-arom)、123.27(C(5))、113.28(CH-arom)、87.11(C(1’))、87.01(C(Ph))、85.60(C(4’))、78.16(C(7’))、72.72(C(5’))、55.28(MeO-DMTr)、48.89(C(3’))、39.93(C(6’))、37.55(C(2’))。
ESI-HRMSm/z C4038([M+H])について計算684.2817、観測684.2800。
実施例47
(3’S,5’R,7’R)-N6-ベンゾイル-9-{5’-O-[(2-シアノエトキシ)-ジイソプロピルアミノホスファニル]-2’,3’-ジデオキシ-3’,5’-エタノ-7’-O-[(4,4’-ジメトキシトリフェニル)メチル]-α-D-リボフラノシル}アデニン(47)
Figure 0007263236000069
ヌクレオシド46(199mg、0.290mmol)および5-(エチルチオ)-1H-テトラゾール(57mg、0.44mmol)を含む乾燥DCM(7mL)の溶液に、2-シアノエチルN,N,N’,N’-テトライソプロピルホスホルジアミダイト(0.16mL、0.49mmol)を室温で1滴ずつ添加した。60分間撹拌した後、反応混合物を飽和NaHCO(20mL)で希釈し、DCM(3×20mL)で抽出した。有機相を合わせMgSO上で乾燥させ、濾過し、蒸発させた。粗生成物をCC(EtOAc、+0.5%EtN)により精製し、47(197mg、2つの異性体の混合物、77%)を白色フォームとして得た。
47についてのデータ:R=0.75(5%MeOHを含むDCM);
H NMR(300MHz、CDCl)δ8.98(br、1H、NH)、8.68、8.67(2s、1H、C(2))、7.94(d、J=7.6Hz、2H、H-arom)、7.90、7.84(2s、1H、C(8))、7.56-7.49(m、1H、H-arom)、7.48-7.34(m、4H、H-arom)、7.30-7.10(m、7H、H-arom)、6.80-6.69(m、4H、Harom)、6.21、6.15(2dd、J=6.8、2.2Hz、1H、H-C(1’))、4.69、4.59(2dd、J=7.3、4.5Hz、1H、H-C(4’))、4.44(tt、J=12.3、6.3Hz、1H、H-C(5’))、3.90(dd、J=9.0、3.8Hz、1H、H-C(5’))、3.82-3.63(m、8H、MeO、OCHCHCN)、3.59-3.43(m、2H、(MeCH)N)、2.61-2.49(m、2H、OCHCHCN)、2.47-2.07(m、2H、H-C(3’)、H-C(2’))、1.98-1.66(m、3H、H-C(2’)、H-C(6’))、1.15-1.03(m、12H、(MeCH)N)。
13C NMR(101MHz、CDCl)δ164.67(CONH)、158.77(MeO-C-arom)、152.58(C(2))、151.34、151.29(C(4))、149.46(C(6))、145.55、145.54(C-arom)、141.58、141.50(C(8))、136.87、136.85、136.84、133.85(C-arom)、132.85、130.26、130.23、130.20、128.97、128.47、128.43、128.02、127.96、127.08(CH-arom)、123.62、123.58(C(5))、117.91、117.70(OCHCHCN)、113.37(CH-arom)、87.80、87.67(C(1’))、87.20、87.14(C(Ph))、85.29、85.22((JC,P=4.2、3.1Hz、C(4’))、78.16、77.96(C(7’))、74.28、73.98(JC,P=14.8、18.4Hz、C(5’))、58.80、58.61(JC,P=16.2、17.3HzOCHCHCN)、55.37、55.35(MeO-DMTr)、49.02、48.91(C(3’))、43.29、43.16(JC,P=8.9、9.0Hz、((MeCH)N)、39.09(C(6’))、37.99、37.95(C(2’))、24.82、24.77、24.74、24.70、24.64((MeCH)N)、20.43、20.42(JC,P=1.4、1.9Hz、OCHCHCN)。
31P NMR(121MHz、CDCl)δ148.14、148.11。
ESI-HRMSm/z C4556P([M+H])について計算884.3895、観測884.3904。
実施例48
(3’R,5’R,7’R)-2-アミノ-6-クロロ-9-{7’-[(tert-ブチルジフェニルシリル)オキシ]-2’,3’-ジデオキシ-3’,5’-エタノ-α-D-リボフラノシル}プリン(48)
Figure 0007263236000070
ヌクレオシド20(1.78g、3.01mmol)を0.5M NaOHを含むTHF/メタノール/HO(5:4:1、15mL)に0℃で溶解した。反応物を20分間0℃で撹拌し、NHCl(484mg)の添加により反応停止させた。次いで、懸濁液を飽和NaHCO(100mL)で希釈し、DCM(4×75mL)で抽出した。有機相を合わせMgSO上で乾燥させ、濾過し、蒸発させた。粗生成物をCC(3%MeOHを含むDCM)により精製し、48(α-アノマー、992mg、60%)および21(β-アノマー、428mg、25%)を白色フォームとして得た。
48についてのデータ:R=0.34(5%MeOHを含むDCM);
H NMR(400MHz、CDCl)δ7.71-7.60(m、5H、H-arom、H-(C(8))、7.49-7.34(m、6H、H-arom)、6.08(dd、J=6.9、2.6Hz、1H、H-C(1’))、5.26(s、2H、NH)、4.70(dd、J=7.5、4.8Hz、1H、H-C(4’))、4.47(dt、J=10.0、5.1Hz、1H、H-C(5’))、4.11(t、J=3.3Hz、1H、H-C(7’))、2.87(dd、J=16.5、7.7Hz、1H、H-C(3’))、2.57(br、1H、OH)、2.27(ddd、J=14.0、9.9、2.6Hz、1H、H-C(2’))、2.10-2.01(m、1H、H-C(6’))、1.92-1.76(m、2H、H-C(2’)、H-C(6’))、1.06(s、9H、(CH-C-Si)。
13C NMR(75MHz、CDCl)δ159.09(C(2))、153.05(C(4))、151.46(C(6))、139.91(C(8))、135.71(CH-arom)、133.96、133.27(C-arom)、130.00、129.96、127.86、127.83(CH-arom)、125.52(C(5))、86.46(C(1’))、84.92(C(4’))、77.40(C(7’))、72.63(C(5’))、50.55(C(3’))、40.92(C(6’))、36.78(C(2’))、26.88((CH-C-Si)、19.01((CH-C-Si)。
ESI-HRMSm/z C2833ClSi([M+H])について計算550.2036、観測550.2019。
実施例49
(3’R,5’R,7’R)-9-{7’-[(tert-ブチルジフェニルシリル)オキシ]-2’,3’-ジデオキシ-3’,5’-エタノ-α-D-リボフラノシル}グアニン(49)
Figure 0007263236000071
ヌクレオシド48(610mg、1.03mmol)を含む乾燥DCM(15mL)の溶液に3-ヒドロキシプロピオニトリル(0.28mL、4.12mmol)、続いて1,5,7-トリアザビシクロ[4.4.0]デク-5-エン(287mg、2.06mmol)を室温で添加した。4時間室温で撹拌した後、第2の部分の3-ヒドロキシプロピオニトリル(0.28mL、3.23mmol)、続いて1,5,7-トリアザビシクロ[4.4.0]デク-5-エン(287mg、2.06mmol)を添加した。反応物をさらに2日間撹拌し、次いで、CC(10%MeOHを含むDCM)により直接精製し、49(500mg、87%)を白色フォームとして得た。
49についてのデータ:R=0.30(10%MeOHを含むDCM);
H NMR(400MHz、MeOD)δ7.73-7.61(m、5H、H-arom、H-C(8))、7.53-7.32(m、6H、H-arom)、6.06(dd、J=6.9、3.7Hz、1H、H-C(1’))、4.74(dd、J=7.0、4.6Hz、1H、H-C(4’))、4.46-4.36(m、1H、H-C(5’))、4.11(br、1H、H-C(7’))、2.91(dd、J=16.2、6.6Hz、1H、H-C(3’))、2.31(ddd、J=13.8、10.0、3.7Hz、1H、H-C(2’))、1.98-1.78(m、3H、H-C(2’)、H-C(3’))、1.07(s、9H、(CH-C-Si)。
13C NMR(101MHz、MeOD)δ159.30(C(2))、155.14(C(6))、152.38(C(4))、137.28(C(8))、136.93、136.88(CH-arom)、135.13、134.78(C-arom)、131.07、131.06、128.91、128.89(CH-arom)、117.98(C(5))、87.72(C(1’))、86.25(C(4’))、79.21、(C(7’))73.87(C(5’))、52.13(C(3’))、41.44(C(6’))、38.35(C(2’))、27.42((CH-C-Si)、19.82((CH-C-Si))。
ESI-HRMSm/z C2834Si([M+H])について計算532.2386、観測532.2367。
実施例50
(3’R,5’R,7’R)-N2-アセチル-9-{5’-O-アセチル-7’-[(tert-ブチルジフェニルシリル)オキシ]-2’,3’-ジデオキシ-3’,5’-エタノ-α-D-リボフラノシル}グアニン(50)
Figure 0007263236000072
ヌクレオシド49(500mg、0.940mmol)および4-ジメチルアミノピリジン(276mg、2.4mmol)を含む乾燥DCM(15mL)の溶液に、無水酢酸(1.0mL、10.3mmol)を室温で添加した。2日間撹拌した後、反応を飽和NaHCO(30mL)の添加により停止させた。次いで、混合物をDCM(3×30mL)で抽出した。有機相を合わせMgSO上で乾燥させ、濾過し、蒸発させた。粗生成物をCC(3.5%MeOHを含むDCM)により精製し、50(441mg、76%)を白色フォームとして得た。
50についてのデータ:R=0.62(10%MeOHを含むDCM);
H NMR(300MHz、CDCl)δ12.11(br、1H、NH-C(4))、9.94(br、1H、H-N(1))、7.62(d、J=6.7Hz、5H、H-arom、H-C(8))、7.46-7.31(m、6H、H-arom)、6.03(dd、J=6.7、2.7Hz、1H、H-C(1’))、5.31(dt、J=10.3、5.2Hz、1H、H-(C5’))、4.99-4.81(m、1H、H-C(4’))、4.02(d、J=3.8Hz、1H、H-C(7’))、2.88(dd、J=16.0、6.6Hz、1H、H-C(3’))、2.44-2.20(m、4H、MeCONH、H-C(2’))、2.12-1.73(m、6H、MeCO、H-C(6’)、H-C(2’))、1.04(s、9H、(CH-C-Si)。
13C NMR(75MHz、CDCl)δ172.73(MeCONH)、170.46(MeCO)、155.87(C(6))、148.09(C(4))、147.47(C(2))、137.13(C(8))、135.74(CH-arom)、133.62、133.29(C-arom)、130.13、130.09、127.96、127.93(CH-arom)、121.54(C(5))、86.47(C(1’))、82.81(C(4’))、76.60(C(7’))、74.37(C(5’))、51.23(C(3’))、37.04、37.01、(C(2’)、C(6’))26.92((CH-C-Si)、24.46(MeCONH)、21.00(MeCO)、19.05((CH-C-Si)。
ESI-HRMSm/z C3238Si([M+H])について計算616.2586、観測616.2580。
実施例51
(3’S,5’R,7’R)-N2-アセチル-9-{5’-O-アセチル-2’,3’-ジデオキシ-3’,5’-エタノ-7’-ヒドロキシ-α-D-リボフラノシル}グアニン(51)
Figure 0007263236000073
ヌクレオシド50(440mg、0.714mmol)を含む乾燥THF(5mL)の溶液に、TBAF(1M THF溶液、1.1mL、1.1mmol)を室温で添加した。溶液を4時間室温で撹拌し、次いで、CC(13%MeOHを含むDCM)により直接精製し、51(235mg、87%)を白色フォームとして得た。X線分析に好適な結晶をHO/MeOHの混合物中での再結晶化により得た。
51についてのデータ:R=0.25(13%MeOHを含むDCM);
H NMR(300MHz、MeOD)δ8.03(s、1H、H-C(8))、6.28(dd、J=7.0、3.8Hz、1H、H-C(1’))、5.21(ddd、J=9.2、6.8、5.1Hz、1H、H-C(5’))、4.98(dd、J=6.7、5.0Hz、1H、H-(4’))、4.13-4.05(m、1H、H-C(7’))、3.17-3.05(m、1H、H-C(3’))、2.86(ddd、J=13.8、10.0、3.8Hz、1H、H-C(2’))、2.39-2.27(m、1H、H-C(2’))、2.24(s、3H、MeCONH)、2.16-2.00(m、5H、MeCO、H-C(6’))。
13C NMR(101MHz、MeOD)δ174.95(MeCONH)、172.32(MeCO)、157.50(C(6))、149.96(C(4))、149.38(C(2))、139.66(C(8))、121.76(C(5))、88.23(C(1’))、84.23(C(4’))、75.83(C(5’)、C(7’))、51.65(C(3’))、38.04、37.93(C(2’)、C(6’))、23.83(MeCONH)、20.71(MeCO)。
ESI-HRMSm/z C1620([M+H])について計算378.1408、観測378.1419。
実施例52
(3’S,5’R,7’R)-N2-アセチル-9-{5’-O-アセチル-2’,3’-ジデオキシ-3’,5’-エタノ-7’-O-[(4,4’-ジメトキシトリフェニル)メチル]-α-D-リボフラノシル}グアニン(52)
Figure 0007263236000074
ヌクレオシド51(186mg、0.492mmol)を含む乾燥ピリジン(10mL)の溶液に、DMTr-Cl(501mg、1.48mmol)を室温で添加した。溶液を2日間撹拌し、次いで、飽和NaHCO(40mL)で希釈し、DCM(3×30mL)で抽出した。有機相を合わせMgSO上で乾燥させ、濾過し、蒸発させた。粗生成物をCC(3%MeOHを含むDCM、+0.5%EtN)により精製し、52(333mg、99%)を黄色フォームとして得た。
52についてのデータ:R=0.56(10%MeOHを含むDCM);
H NMR(300MHz、CDCl)δ12.05(br、1H、NH-C(4))、9.90(br、1H、H-N(1))、7.40(s、1H、H-C(8))、7.38-7.31(m、2H、H-arom)、7.28-7.08(m、7H、H-arom)、6.75(dd、J=9.0、2.7Hz、4H、H-arom)、5.95-5.85(m、1H、H-C(1’))、5.30-5.10(m、1H、H-C(5’))、4.70-4.58(m、1H、H-C(4’))、3.81(br、1H、H-C(7’))、3.68、3.68(2s、6H、MeO)、2.25-2.07(m、5H、MeCONH、H-C(3’)、H-C(2’))、1.96-1.79(m、5H、MeCO、H-C(2’)、H-C(6’))、1.74-1.59(m、1H、H-C(6’))。
13C NMR(75MHz、CDCl)δ172.65(MeCONH)、170.42(MeCO)、158.73、158.70(MeO-C-arom)、155.86(C(6))、147.96(C(4))、147.43(C(2))、145.31(C-arom)、137.17(C(8))、136.69、136.44(C-arom)、130.32、130.21、128.29、128.05、127.09(CH-arom)、121.53(C(5))、113.38、113.35(CH-arom)、87.25(C(Ph))、86.73(C(1’))、82.77(C(4’))、77.19(C(7’))、74.37(C(5’))、55.38(MeO-DMTr)、49.28(C(3’))、37.25(C(2’))、36.06(C(6’))、24.40(MeCONH)、21.01(MeCO)。
ESI-HRMSm/z C3738([M+H])について計算680.2715、観測680.2718。
実施例53
(3’S,5’R,7’R)-N2-(N,N-ジメチルホルムアミジノ)-9-{2’,3’-ジデオキシ-3’,5’-エタノ-7’-O-[(4,4’-ジメトキシトリフェニル)メチル]-α-D-リボフラノシル}グアニン(53)
Figure 0007263236000075
ヌクレオシド52(333mg、0.490mmol)を含む乾燥MeOH(10mL)の溶液に、KCO(305mg、2.20mmol)を室温で添加した。懸濁液を7時間室温で撹拌し、次いで、NHCl(78mg、1.46mmol)を添加し、得られた混合物をSiOの短いパッドに通して濾過した。SiOを追加のMeOHで洗浄し、次いで、溶媒を蒸発させた。
粗生成物を乾燥DMF(10mL)に溶解し、N,N-ジメチルホルムアミドジメチルアセタール(0.33mL、2.5mmol)を添加した。溶液を2時間55℃で撹拌し、次いで、溶媒を減圧下で除去した。粗生成物をCC(7%MeOHを含むDCM、+0.5%EtN)により精製し、53(245mg、77%)を、微量のEtNを含む白色フォームとして得た。
53についてのデータ:R=0.32(12%MeOHを含むDCM);
H NMR(300MHz、CDCl)δ9.75(br、1H、H-N(1))、8.25(s、1H、NCHN(CH)、7.37(d、J=7.3Hz、2H、H-arom)、7.29-7.08(m、8H、H-arom、H-C(8))、6.74(d、J=8.1Hz、4H、H-arom)、6.03(dd、J=6.7、2.8Hz、1H、H-C(1’))、4.57(dd、J=7.5、4.6Hz、1H、H-C(4’))、4.37-4.26(m、1H、H-C(5’))、3.89(t、J=3.9Hz、1H、H-C(7’))、3.67、3.67(2s、6H、MeO)、3.24(br、1H、OH)、2.94(s、3H、NCHN(CH)、2.87(s、3H、NCHN(CH)、2.35(dd、J=15.9、7.6Hz、1H、H-C(3’))、1.94-1.68(m、4H、H-C(2’)、H-C(6’))。
13C NMR(75MHz、CDCl)δ158.61(MeO-C-arom)、158.28(C(2))、157.92(NCHN(CH)、156.69(C(6))、149.90(C(4))、145.52、136.86、136.77(C-arom)、135.50(C(8))、130.15、128.32、127.92、126.95(CH-arom)、120.27(C(5))、113.24(CH-arom)、86.92(C(Ph))、85.57(C(1’))、85.12(C(4’))、78.31(C(7’))、72.69(C(5’))、55.28(MeO-DMTr)、49.28(C(3’))、41.38(NCHN(CH)、39.77(C(6’))、37.58(C(2’))、35.04(NCHN(CH)。
ESI-HRMSm/z C3639([M+H])について計算651.2926、観測651.2921。
実施例54
(3’S,5’R,7’R)-N2-(N,N-ジメチルホルムアミジノ)-9-{5’-O-[(2-シアノエトキシ)-ジイソプロピルアミノホスファニル]-2’,3’-ジデオキシ-3’,5’-エタノ-7’-O-[(4,4’-ジメトキシトリフェニル)メチル]-α-D-リボフラノシル}グアニン(54)
Figure 0007263236000076
ヌクレオシド53(245mg、0.377mmol)および5-(エチルチオ)-1H-テトラゾール(74mg、0.57mmol)を含む乾燥DCM(15mL)の溶液に、2-シアノエチルN,N,N’,N’-テトライソプロピルホスホルジアミダイト(0.20mL、0.64mmol)を室温で1滴ずつ添加した。50分間撹拌した後、反応混合物を飽和NaHCO(25mL)で希釈し、DCM(3×25mL)で抽出した。有機相を合わせMgSO上で乾燥させ、濾過し、蒸発させた。粗生成物をCC(3%MeOHを含むDCM、+0.5%EtN)により精製し、54(212mg、2つの異性体の混合物、67%)を白色フォームとして得た。
54についてのデータ:R=0.42(7%MeOHを含むDCM);
H NMR(300MHz、CDCl)δ9.35(br、1H、H-N(1))、8.51、8.49(2s、1H、NCHN(CH)、7.41-7.10(m、10H、H-arom、H-C(8))、6.83-6.70(m、4H、H-arom)、6.15-6.00(m、1H、H-C(1’))、4.64-4.36(m、2H、H-C(4’)、H-C(5’))、3.90-3.82(m、1H、H-C(7’))、3.80-3.62(m、8H、MeO、OCHCHCN)、3.59-3.43(m、2H、(MeCH)N)、3.04、3.02(2s、6H、NCHN(CH)、2.67-2.48(m、2H、OCHCHCN)、2.32(ddd、J=24.1、15.1、6.7Hz、1H、H-C(3’))、2.02-1.63(m、4H、H-C(2’)、H-C(6’))、1.14-1.03(m、12H、(MeCH)N)。
13C NMR(101MHz、CDCl)δ158.76(MeO-C-arom)、158.17、158.12(C(2))、158.03(NCHN(CH)、156.66、156.59(C(6))、149.85、149.79(C(4))、145.51、145.49、136.84、136.77、136.73、136.71(C-arom)、135.76、135.59(C(8))、130.24、130.20、128.41、128.33、128.02、127.10、127.08(CH-arom)、120.74、120.70(C(5))、117.98、117.72(OCHCHCN)、113.34(CH-arom)、87.16、87.10(C(Ph))、86.00、85.72(C(1’))、84.13、84.10(JC,P=3.6、2.5Hz、C(4’))、78.02、77.67(C(7’))、74.15、73.74(JC,P=15.3、18.7Hz、C(5’))、58.90、58.67(JC,P=18.7、19.7HzOCHCHCN)、55.38、55.36(MeO-DMTr)、49.20、49.09(C(3’))、43.20、43.15(JC,P=12.4、12.6Hz、((MeCH)N)、41.42、41.38(NCHN(CH)、38.68、38.65(C(6’))、37.97、37.84(C(2’))、35.25(NCHN(CH)、24.83、24.75、24.68、24.60、24.53((MeCH)N)、20.35、20.28(OCHCHCN)。
31P NMR(121MHz、CDCl)δ148.21、148.01。
ESI-HRMSm/z C4556P([M+H])について計算851.4004、観測851.4013。
実施例55
(3aR,4R,6R,6aS)-4-((Tert-ブチルジフェニルシリル)オキシ)-2-メトキシヘキサヒドロ-2H-シクロペンタ[b]フラン-6-イル(4-ニトロベンゾエート)(55)
Figure 0007263236000077
糖6(195mg、0.437mmol)および4-ジメチルアミノピリジン(70mg、0.568mmol)を含む乾燥DCM(10mL)の溶液に、4-ニトロベンゾイルクロリド(158mg、0.850mmol)を室温で添加した。一晩撹拌した後、反応を、飽和NaHCO(3mL)を徐々に添加することにより停止させた。次いで、混合物を飽和NaHCO(15mL)で希釈し、DCM(3×15mL)で抽出した。有機相を合わせMgSO上で乾燥させ、濾過し、蒸発させた。粗生成物をCC(EtOAc/ヘキサン(hexanne)1:5)により精製し、アノマー比α/β≒4:1の55の混合物(260mg、98%)を白色固体として得た。
55についてのデータ:R=0.62(EtOAc/ヘキサン1:2);
H NMR(300MHz、CDCl)δ8.33-8.17(m、4H、H-arom)、7.72-7.61(m、4H、H-arom)、7.51-7.32(m、6H、H-arom)、5.65-5.47(m、1H、H-C(6))、4.97(dd、J=9.2、5.6Hz、1H、H-C(2))、4.87(t、J=5.8Hz、1H、H-C(6a))、4.18(d、J=5.0Hz、0.2H、H-C(4))、3.98(d、J=3.5Hz、0.8H、H-C(4))、3.21(d、J=15.1Hz、3H、MeO)、2.88(dd、J=16.6、7.9Hz、0.8H、H-C(3a))、2.75-2.62(m、0.2H、H-C(3a))、2.49-2.34(m、0.2H、H-C(5))、2.24-1.83(m、2.8H、H-(5)、H-C(3))、1.28(ddd、J=13.0、7.9、4.9Hz、1H、H-C(3))、1.09(s、9H、(CH-C-Si)。
13C NMR(75MHz、CDCl)δ164.46、164.41(COR)、150.63(ON-C-arom)、135.87、135.82(CH-arom)、134.07、133.75、133.69(CH-arom)、130.98、130.89、129.98、129.96、129.91、127.89、127.87、127.85、123.59(CH-arom)、106.49、106.39(C(2))、83.21、79.87(C(6a))、76.54(C(4))、76.09(C(6))、54.55、54.47(MeO)、51.69、50.30(C(3a)、38.07(C(3))、37.17、36.65(C(5))、27.04、26.9990((CH-C-Si)、19.14((CH-C-Si)。
ESI-HRMSm/z C3135NaSi([M+Na])について計算584.2075、観測584.2085。
実施例56
(3’R,5’R,7’R)-1-{7’-[(tert-ブチルジフェニルシリル)オキシ]-2’,3’-ジデオキシ-3’,5’-エタノ-5’-O-(4-ニトロベンゾエート)-α,β-D-リボフラノシル}チミン(56)
Figure 0007263236000078
糖55(260mg、0.463mmol)およびチミン(84mg、0.695mmol)を含む乾燥MeCN(3mL)の溶液に、BSA(0.34mL、1.4mmol)を室温で1滴ずつ添加した。30分間室温で撹拌した後、溶液を0℃まで冷却し、TMSOTf(0.10mL、1.3mmol)を1滴ずつ添加した。2時間0℃で、および18時間室温でさらに撹拌した後、反応混合物を飽和NaHCO(30mL)で希釈し、DCM(4×40mL)で抽出した。有機相を合わせMgSO上で乾燥させ、濾過し、蒸発させた。粗生成物をCC(2%MeOHを含むDCM)により精製し、アノマー比α/β≒88:12の56の混合物(240mg、79%)を白色フォームとして得た。
56についてのデータ:R=0.56(DCM+3%MeOH);
H NMR(300MHz、CDCl)δ9.38(br、1H、(s、1H、H-N(3))、8.32-8.23(m、2H、H-arom)、8.22-8.11(m、2H、H-arom)、7.65(dd、J=7.7、1.5Hz、4H、H-arom)、7.50-7.36(m、6H、H-arom)、6.95(d、J=0.9Hz、1H、H-C(6))、5.96(t、J=6.3Hz、1H、H-C(1’))、5.55(dt、J=9.9、6.0Hz、1H、H-C(5’))、5.13(dd、J=6.4、5.4Hz、1H、H-C(4’))、4.20-4.05(m、1H、H-C(7’))、2.94-2.78(m、1H、H-C(3’))、2.22(dd、J=13.3、6.4Hz、1H、H-C(6’))、2.09-1.73(m、6H、H-C(6’)、H-C(2’)、Me-C(5))、1.09(s、9H、(CH-C-Si)。
13C NMR(75MHz、CDCl)δ164.32、163.79(C(4)、COR)、150.65、150.39(ON-C-arom、C(2))、135.70、135.68(CH-arom)、135.13(C-arom)、134.83(C(6))、133.46、133.10(C-arom)、130.91、130.73、130.11、127.93、123.60(CH-arom)、111.30(C(5))、87.26(C(1’))、82.44(C(4’))、76.40(C(7’))、76.07(C(5’))、50.76(C(3’))、37.94(C(6’))、36.68(C(2’))、26.89((CH-C-Si)、19.03((CH-C-Si)、12.62(Me-C(5))。
ESI-HRMSm/z C3537NaSi([M+Na])について計算678.2242、観測678.2254。
実施例57
(3’R,5’R,7’R)-1-{2’,3’-ジデオキシ-3’,5’-エタノ-7’-ヒドロキシ-5’-O-(4-ニトロベンゾエート)-α,β-D-リボフラノシル}チミン(57)
Figure 0007263236000079
ヌクレオシド56(220mg、0.335mmol)を含む乾燥THF(2mL)の溶液にTBAF(1M THF溶液、0.84mL、0.84mmol)を室温で添加した。4時間室温で撹拌した後、反応混合物を飽和NaHCO(20mL)で希釈し、EtOAc(3×20mL)およびDCM(2×80mL)で抽出した。有機相を合わせMgSO上で乾燥させ、濾過し、蒸発させた。粗生成物をCC(5%MeOHを含むDCM)により精製し、57のアノマー混合物を得た(101mg、72%)。X線分析に好適な結晶をEtOAc中での再結晶化により得た。
57についてのデータ:R=0.50(DCM+7%MeOH);
H NMR(300MHz、CDCl)δ8.96(br、1H、H-N(3))、8.34-8.17(m、4H、H-arom)、7.07(d、J=1.1Hz、1H、H-C(6))、6.11(t、J=6.3Hz、1H、H-C(1’))、5.57-5.45(m、1H、H-C(5’))、5.15(dd、J=6.6、5.4Hz、1H、H-C(4’))、4.38-4.23(m、1H、H-C(7’))、2.96(dd、J=13.5、6.9Hz、1H、H-C(3’))、2.26(ddd、J=13.1、10.3、5.4Hz、4H、H-C(2’)、H-C(6’))、1.91(d、J=0.9Hz、3H、Me-C(5))。
ESI-HRMSm/z C1919Na([M+Na])について計算440.1064、観測440.1072。
実施例58
αアノマーモノマーのオリゴマーの設計および合成
天然β-DNA鎖の内部の修飾の適応を評価するために、チミジンビルディングブロック6の単一または複数の挿入を有する5つのオリゴデオキシヌクレオチド(ON16-20)を調製した。β-DNAの幾何学に適合するために、修飾は極性逆転で挿入し、3’-7’および5’-‘5ヌクレオシド連結が得られた(図1および4を参照されたい)。この新規系の天然核酸との、また、それ自身に対する対形成特性を試験するために、4つ全ての核酸塩基を含む完全修飾ON21、ならびにその逆平行(ON22)および平行(ON23)完全修飾相補体を調製した。最後に、その可能性のあるアンチセンス特性を試験する目的で、ホスホロチオエート連結を有する完全修飾ストランドを合成した(ON24)。古典的自動化ホスホラミダイト化学を使用して合成を実施した。5’→7’方向で完全修飾ストランドを合成した。結果として、DMTr保護基の7’位からの完全切断は、5%ジクロロ酢酸を含むジクロロエタンの溶液を必要とした。これらの条件においては、カップリング収率はトリチルアッセイに基づき>98%であった。完全修飾ストランドは、濃アンモニア中55℃で一晩の滑面処理(smooth treatment)により普遍的固体支持体から完全に切断させることができた(さらなる合成および分析の詳細については下記を参照されたい)。
αアノマーオリゴヌクレオチド合成、脱保護および精製のプロセス
オリゴヌクレオチド合成をPharmaci-Gene-Assembler-Plus DNAシンセサイザー上で1.3μmolスケールで実施した。天然DNAホスホラミダイト(dT、dC4bz、dG2DMF、dA6Bz)および固体支持体(dA-Q-CPG500、dmf-dG-Q-CPG500、Glen Unysupport500)をGlen Researchから購入した。天然DNAホスホラミダイトを0.1MのMeCN溶液として調製し、4分工程を使用してカップリングさせた。7’,5’-α-bc-DNAホスホラミダイトを0.1Mの1,2-ジクロロエタン溶液として調製し、延長12分工程を使用してカップリングさせた。5-(エチルチオ)-1H-テトラゾール(0.25MのMeCN溶液)をカップリング剤として使用した。修飾ヌクレオシドの脱トリチル化を、5%ジクロロ酢酸を含むジクロロエタンの溶液を用いて実施した。硫化を、0.2Mフェニルアセチルジスルフィドを含むMeCN/ピリジン(1:1)の溶液および3.5分の反応時間を用いて実施した。キャッピングおよび酸化を標準条件を用いて実施した。固体支持体からの切断およびオリゴヌクレオチドの脱保護を55℃で16時間、濃アンモニアを用いた処理により達成した。遠心分離後、上清を収集し、ビーズをH2O(0.5mL×2)でさらに洗浄し、得られた溶液を蒸発乾固させた。粗オリゴヌクレオチドをイオン交換HPLC(Dionex-DNAPac PA200)により精製した。25mM Trizmaを含むHO、pH8.0の緩衝液を移動相「A」として使用し、25mM Trizma、1.25M NaClを含むH2O、pH8.0を移動相「B」として使用した。ホスホロチオエートストランドでは、10mM NaOHを含むHO、pH12.0の緩衝液を移動相「A」として使用し、10mM NaOH、2.50M NaClを含むH2O、pH12.0を移動相「B」として使用した。次いで、精製オリゴヌクレオチドを、Sep-pack C-18カートリッジを用いて脱塩した。濃度を、Nanodrop分光光度計を用い、対応する天然DNAオリゴヌクレオチドの消衰係数を使用して、260nmでの吸光度を測定することにより決定した。オリゴヌクレオチドの特徴付けをESI質量分析またはLC-MSにより実施した。
実施例59
αアノマーモノマーから合成された修飾オリゴデオキシヌクレオチドの相補的DNAおよびRNAとの対形成特性
オリゴヌクレオチドの二本鎖の安定性を260nmでのUV融解曲線により評価し、それらのTをそれらの天然DNA類似体と比較した(表1)。単一組み込みを有するオリゴヌクレオチドON16-17ではDNA相補体との強い不安定化およびRNAとのわずかに低い不安定化という結果となった。このペナルティは、累積的であると考えられ、2つの前の位置が修飾されているON18では、さらにTが減少した。しかしながら、2または5つの修飾を継続的に導入すると(ON19-20)、修飾ごとの不安定化は、およそ、DNAに対して-3℃およびRNAに対して-1.3℃に低減された。これらのデータから、配列構成によって、DNAと7’,5’-α-bc-DNAの間の接合部は強い不安定化を誘導し、-4~-9℃のTの下落を伴うことが示唆される。ヘテロバックボーン接合部によるそのような不安定化はα-DNA(Aramini et al., Nucleic Acids Res 1998, 26, 5644, Aramini et al., Biochemistry 1997, 36, 9715)およびα-LNA(Nielsen et al., Chemistry - A European Journal 2002, 8, 712)についてすでに観察されている。この不安定化は修飾をブロックとして挿入することにより補償することができた。
Figure 0007263236000080
実施例60
αアノマーモノマーから合成された完全修飾オリゴヌクレオチドの対形成特性
予想通りに、3つ全ての完全修飾配列ON21-23はそれらの平行DNAおよびRNA相補体と協同的な可逆融解挙動を示す(図5)が、それらの逆平行相補体とは示さない。得られた7’,5’-α-bc-DNA/DNA二本鎖はそれらの天然対応物よりもわずかに安定ではなく、修飾ごとに-0.1~-0.5℃の不安定化を有する(表2)。驚いたことに、ON21-23は、RNAと非常に安定な二本鎖を形成し、修飾ごとに1.3~1.5℃の大きな安定化が得られたことが見出されている。完全修飾ストランドと単一または複数の組み込みを有する天然オリゴデオキシヌクレオチドストランドの間では、安定化効果についてかなり驚くべき違いが存在している。これは、新規対形成系を特徴付けるために、完全修飾ストランドを合成する重要性を強調する。
Figure 0007263236000081
ミスマッチ識別を試験するために、UV融解実験をON21および位置4で3つ全ての代替核酸塩基を有するその平行DNA相補体を用いて実施した(表3)。そのような誤対合は強い不安定化効果を有し、Tを-9.6~-14.3℃だけ低減させる。その天然対応物と比較すると、7’,5’-α-bc-DNAは、さらに-1.0~-2.4℃だけ低減されたTを有するより良好なミスマッチ識別能力を有する。ミスマッチ識別を増加させると、可能性のあるオフターゲット効果が低減されるはずであり、アンチセンス候補のための魅力的な特性が表される。ホスホロチオエート連結による修飾は7’,5’-α-bc-DNAとの関連でよく適応され、不安定化効果は、この修飾について報告されているヌクレオチドごとに-0.5℃の範囲にある((Kurreck, J. European journal of biochemistry/FEBS 2003, 270, 1628)。ON24は、天然DNAと比べて、RNAに対して良好な親和性を維持し、0.6℃の安定化効果を有する。
Figure 0007263236000082
それ自体のシリーズでは、ON21はその逆平行相補体ON22に対して非常に安定な二本鎖を形成し、83.6℃という予想外のTが得られた。この高いTのために、完全古典的S字形転移が、塩化ナトリウムがない場合のみに観察することができ、Tは68.6℃まで減少した(表4)。興味深いことに、二本鎖の形成により、たった10%の低い淡色効果が得られた(図5)。これは、古典的へリックスとは異なる塩基スタッキングを示し、そのため、古典的AまたはB-二本鎖から外れた幾何学を有する二本鎖の形成を予測することができた。他方、ON21とその平行相補体ON23の間では、S字形融解転移は観察されなかった(図5)。起こる淡色効果の変化は2つの一本鎖について別々に実施したUV融解実験とは異なっておらず、それは一本鎖の内側で起こる塩基スタッキングと関連した。7’,5’-α-bc-DNAがA-様へリックスの中に収まる能力を試験するために、融解実験をトリシクロ-DNA(tc-DNA)、RNAのコンホメーション的に制限された模倣物に対して実施した(Renneberg et al., Journal of the American Chemical Society 2002, 124, 5993)。ON21を相補的平行tc-DNA鎖(Tc1)と混合させると、驚いたことに81℃という高いTmが観察され、7’,5’-α-bc-DNAのこのへリックス幾何学に適合する能力が証明された。
Figure 0007263236000083
実施例61
αアノマーオリゴマーの二本鎖形成の熱力学データ
ON21のDNAおよびRNAとの二本鎖形成およびそれらの天然対応物についての熱力学データを、実験融解曲線への曲線フィッティングにより、確立された方法に従い、抽出した(Petersheim et al., Biochemistry 1983, 22, 256)(表5)。予想通りに、25℃での自由エネルギーΔGはTデータと同じ傾向に従い、ON21・RNAが最も好ましい二本鎖である。天然系に関しては、ON21は天然核酸とより低いエンタルピーで結合する。しかしながら、この不安定化はエントロピー増大により補償される。この挙動はbc-DNAシリーズにおいて典型的であり、エチレン架橋により付加されるコンホメーションの剛性から生じる。興味深いことに、DNAを超えるRNAに対する7’,5’-α-bc-DNAの選択性は、大部分はエンタルピー駆動である。
Figure 0007263236000084
実施例62
αアノマーオリゴマーのCD-分光法
DNA、RNAまたはON22との二本鎖のON21のCD-スペクトルを測定し、対応する天然DNA/RNA二本鎖と比較した(図6)。DNAまたはRNAとのON21のどちらの二本鎖も、天然A/B-へリックスに比較的近いCD特性を有する。しかしながら、ON21/DNA二本鎖は210nmで負のシグナルを示さず、5nmだけブルーシフトし、振幅の増加と関連する226nmでの楕円率を有する。ON21/RNA二本鎖はまた、226nmでより高い正の振幅のピークを有し、266での正の楕円率は4nmだけブルーシフトされ、より鋭いピークが形成される。他方、修飾ホモ二本鎖は、275~300nmの小さな振幅のブロードな負の楕円率および259nmおよび218nmの2つの正のピークにより特徴付けられる、非常に非定型のCD特性を有する。二本鎖形成での低い淡色効果変化に一致して、ホモ二本鎖のCDスペクトルは、従来のへリックスから外れた構造の形成を示す。
実施例63
αアノマーオリゴマーの生物学的安定性
完全修飾オリゴヌクレオチドON21の生体内安定性を模擬生理的条件下で、その対応する天然オリゴヌクレオチドと比較して研究した。オリゴヌクレオチドを、HOおよびヒト血清の1:1混合物中、37℃でインキュベートし、反応結果を20%変性PAGEにより分析した。詳細には、ON21およびその対応する天然オリゴヌクレオチドを、HOおよびヒト血清(ヒト男性AB血漿由来、USA起源、滅菌濾過(Sigma))の1:1混合物中10μMまで希釈した。反応を20μLスケールで実施し、37℃でインキュベートした。対照反応(a、f)を、オリゴヌクレオチドを、HO中10μMで、37℃にて24時間インキュベートすることにより実施した。特定の時間でホルムアミド(20μL)の添加により、反応を中止させた。得られた混合物を-20℃で保存し、その後、5分間90℃で熱変性させ、次いで、20%変性PAGEにより分析した。可視化を、ステインズ-オール(stains-all)溶液を用いて実施した。実験は4時間後すでに天然DNA鎖の完全消化を示し(d)、修飾オリゴヌクレオチドは24時間後でさえも完全に安定なままであった(j)(図7)。7’,5’-α-bc-DNA修飾は、著しく改善された生体内安定性を与えると考えられる。
実施例64
αアノマーオリゴマーによる補体C3活性化
補体活性化は、しばしばアンチセンスONのインビボ使用と関連する重要な毒性応答を表す。その上、tc-DNAを用いて実施されたインビボ試験は、時折、そのような急性毒性を誘導し、その結果としてそれらの使用が制限された。この状況では、ホスホロチオエートヌクレオシド連結を含む7’,5’-α-bc-DNAの補体活性化を試験し、それをよく特徴付けられた修飾または天然ONと比較することは特に興味深い。実験を、マウス血清試料を4mg/mlの試験されるONと37℃で45分間インキュベートすることにより実施した。マウスC3補体活性化をその後、ELISAによりPanSpecific C3試薬、続いてSC5b-9キットを使用して分析した。
ON24(PS-7’,5’-α-bc-DNA足場)とのインキュベーションにより、天然DNAより低いC3補体タンパク質のレベルが得られたが、PS-DNAより高かった(図8)。タンパク質レベルは無毒性PO-tc-DNAと同様である。これらの有望な結果により、ON24は補体を有意には活性化しないことが示される。
実施例65
アンチセンス活性
Duchenne型筋ジストロフィー(DMD)は、DMD遺伝子の突然変異(アウトオブフレームジストロフィン転写物となり、最終的に機能性ジストロフィンタンパク質の欠如という結果となる)に起因する致死的筋肉変性疾患である。DMDでは、異常な疾患関連プレmRNA転写物は、アンチセンスオリゴヌクレオチド(AO)により機能的に回復させることができる。そのようなAOはスライスパターンを変化させることができ、特定のジストロフィンエクソンの排除により、異常なアウトオブフレームジストロフィン転写物を補正することができる。よって、オープンリーディングフレームが回復され、短縮されたが機能的なジストロフィンタンパク質生成物が作製される(Yang et al., PloS one 2013, 8, e61584)。7’,5’-α-bc-DNA足場の、エクソンスキッピングを誘導する能力を、mdxマウス-Duchenne型筋ジストロフィーのためのマウスモデル-由来の筋芽細胞に、リポフェクタミンLTXを用いてON24をトランスフェクトすることにより、インビトロで評価した。Mdx筋芽細胞を7’,5’-α-bc-DNAと共にインキュベートし、RNAを単離し、ネステッドRT-PCRにより増幅させ、ゲル(PAGE)により分析した。
結果は高レベルのエクソン23スキッピング、ならびにかなりのレベルの、エクソン22および23のダブルスキップを示す(図9)。このダブルエクソンスキッピングは、破壊された読み枠を回復させるのに効率的な化合物でしばしば見られ(Mann et al., Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 2001, 98, 42; Mann et al., The journal of gene medicine 2002, 4, 644; Yin et al., J. Molecular therapy. Nucleic acids 2013, 2, e124; Yang et al., PloS one 2013, 8, e61584)、筋ジストロフィーにおける治療的エクソンスキッピングのためのON24の効力の証拠となる。その上、7’,5’-α-bc-DNAは、tc-DNA、マウスにおいて著しい治療効果を有することが知られている修飾よりも高いレベルのエクソンスキッピング誘導した(Goyenvalle et al., Nat Med 2015, 21, 270)。そのため、7’,5’-α-bc-DNA足場は、治療的エクソンスキッピングにおいて強い効果を誘導する必要条件を満たす。
実施例66
α-アノマーのX線結晶構造決定
モノマーの結晶を、主に7’,5’-α-bc-DNAシリーズの相対立体配置を確認するために、またこの構造をアブイニシオ計算により見出された最小値と比較するために入手した。チミジンおよびグアノシンモノマーのための結晶を入手するために、Tモノマー(化合物57)を結晶化することができるように、p-ニトロベンゾエートをO3’で導入した。この分子はEtOAcと共結晶化し、低品質の結晶を生じさせた。得られた構造(図3a)は、炭素環において、C1’-エンド、O4’-エキソ糖パッカおよびC6’-エンドコンホメーションを採用する。このコンホメーションは、C5’置換基を疑似エクアトリアル位置で、C7’ヒドロキシル基を疑似アキシアル位置で配向させる。この構造はアブイニシオ計算により予測される最小から糖パッカにおいて逸脱する。しかしながら、さらなる分析により、p-ニトロベンゾエート置換基は糖コンホメーションを妨害することが証明された。保護グアノシン51は良好な品質の結晶を生じさせた。この場合(図3b)、フラノースはほぼ完全なC1’-エキソコンホメーションを採用し、一方、炭素環は前述のような幾何学を採用する。今回、構造は、アブイニシオ計算により予測される最小コンフォマーの1つと完全に一致する。
化合物57:[C1919[0.5(C)]の無色透明な結晶を空気中で固定し、周囲条件でのX線構造決定のために使用した。全ての測定は、Oxford Diffraction SuperNovaエリア検出器回折計上(Dupradeau et al., Nucleic Acids Res 2008, 36, D360)で、ミラー光学モノクロ化Mo Kα線(λ=0.71073Å)を使用して実施し、Alフィルタにかけた(Lu et al., Nature protocols 2008, 3, 1213)。データ収集のための単位格子定数および配向マトリクスを1.7°<θ<28.07°の範囲の反射の設定角の最小二乗精密化から得た。合計440フレームを、ω走査を使用し、15+15秒曝露時間、フレームあたり1°の回転角、65.1mmの結晶-検出器距離を用いて、T=223(2)Kで収集した。データ整理をCrysAlisProプログラムを使用して実施した(Dupradeau et al., Nucleic Acids Res 2008, 36, D360)。強度をローレンツおよび分極効果に対して補正し、マルチスキャン法に基づく、CrysAlisProにおけるSCALE3 ABSPACKを使用する吸収補正を適用した。データ収集および精密化パラメータを表6において与える。構造を直接法によりSHELXTを使用して解明し、これにより、標題化合物の全ての非水素原子の位置が明らかになった。非水素原子を異方的に精密化した。全てのH-原子を幾何的に計算した位置に置き、ライディングモデルを用いて精密化し、ここで、各H-原子にはその親原子の1.2Ueqに等しい値を有する、固定された等方性原子変位パラメータを割り当てた。構造の精密化をFについて、フルマトリクス最小二乗手順(これは、関数Σw(F -F を最小化した)を用いて実施した。重み付けスキームは計数統計に基づき、激しい反射を減少させる因子を含んだ。全ての計算は、SHELXL-2014/7プログラムを使用して実施した。化合物は単斜晶系空間群C2で結晶化し、単斜晶系の角度は非常に90°に近く、これにより容易にデコンボリューションされ得ない擬似欠面双晶形成が意味される。その上、主分子のp-NO-ベンゾエート基は、2つのコンホメーションよりも無秩序であり、共結晶化される酢酸溶媒は二回回転軸周りで無秩序とされる。これら全ての理由のために、構造決定および精密化は幾分複雑になり、いくつかの短い分子間接触が計算され、絶対配置は決定することができない(Flackパラメータは非現実的である)が、それは反応順序に従い割り当てられる。
Figure 0007263236000085
化合物51:[C16H19N5O6].(CH4O)の無色透明な結晶を空気中で固定し、周囲条件でのX線構造決定のために使用した。全ての測定はOxford Diffraction SuperNovaエリア検出器回折計上(Dupradeau et al., Nucleic Acids Res 2008, 36, D360)で、ミラー光学モノクロ化Mo Kα線(λ=0.71073Å)を使用して実施し、Alフィルタにかけた。データ収集のための単位格子定数および配向マトリクスを1.5°<θ<27.2°の範囲の反射の設定角の最小二乗精密化から得た。合計970フレームを、ω走査を使用し、45+45秒曝露時間、フレームあたり1°の回転角、65.1mmの結晶-検出器距離を用いて、T=123(2)Kで収集した。データ整理をCrysAlisProプログラムを使用して実施した。強度をローレンツおよび分極効果に対して補正し、マルチスキャン法に基づく、CrysAlisProにおけるSCALE3 ABSPACKを使用する吸収補正を適用した。データ収集および精密化パラメータを表7において与える。構造を直接法によりSHELXS-97を使用して解明し、これにより、標題化合物の全ての非水素原子の位置が明らかになった。非水素原子を異方的に精密化した。全てのH-原子を幾何的に計算した位置に置き、ライディングモデルを用いて精密化し、ここで、各H-原子にはその親原子の1.2Ueqに等しい値を有する、固定された等方性原子変位パラメータを割り当てた。構造の精密化をFについて、フルマトリクス最小二乗手順(これは、関数Σw(Fo-Fcを最小化した)を用いて実施した。重み付けスキームは計数統計に基づき、激しい反射を減少させる因子を含んだ。全ての計算は、SHELXL-97プログラムを使用して実施した(Lu et al., Nature protocols 2008, 3, 1213)。
Figure 0007263236000086
実施例67
βアノマーモノマーのオリゴマーの設計および合成
ビルディングブロック12、14、19および25の単一および複数の組み込みを有する一連のオリゴヌクレオチドならびに完全修飾配列を、古典的自動化ホスホラミダイト化学を用いて合成した(合成および分析の詳細については、補足情報を参照されたい)。単一および複数の組み込みを有するオリゴヌクレオチドを、相補的DNAおよびRNAと複合体形成させた時のTに対する修飾の効果を決定するために、ならびにWatson-Crick塩基対形成選択性を決定するために、主として調製した。天然DNAおよびRNAとの対形成挙動を特徴付けるためだけではなく、7’,5’-bc-DNAの自己対形成を調べるために、完全修飾オリゴヌクレオチドを合成した。ここでの一番の関心事は、この新規構造的DNA類似体が、別の遺伝子系として対象となることができる独立した塩基対形成系を形成することができるかどうかを決定することであった。
βアノマーオリゴヌクレオチド合成、脱保護および精製のプロセス
オリゴヌクレオチド合成を、Pharmaci-Gene-Assembler-Plus DNAシンセサイザー上で1.3μmolスケールで実施した。天然DNAホスホラミダイト(dT、dC4bz、dG2DMF、dA6Bz)および固体支持体(dA-Q-CPG500、dmf-dG-Q-CPG500、Glen Unysupport500)をGlen Researchから購入した。天然DNAホスホラミダイトを0.1MのMeCN溶液として調製し、4分工程を用いてカップリングさせた。Bc-DNAホスホラミダイトを0.1Mの1,2-ジクロロエタン溶液として調製し、延長12分工程を使用してカップリングさせた。5-(エチルチオ)-1H-テトラゾール(0.25MのMeCN溶液)をカップリング剤として使用した。キャッピング、酸化および脱トリチル化を標準条件を用いて実施した。固体支持体からの切断およびオリゴヌクレオチドの脱保護を55℃での16時間の濃アンモニアを用いた処理により達成した。遠心分離後、上清を収集し、ビーズをHO(0.5mL×2)でさらに洗浄し、得られた溶液を蒸発乾固させた。完全修飾配列をNaOH(0.4Mを含むHO/MeOH 1:1)で1時間室温でさらに処理して普遍的支持体リンカーからの完全切断を達成し、次いで、スピン-カラム(アミコンウルトラ0.5mL遠心式フィルタ、MWCO 3kDa)を用いて濾過した。粗オリゴヌクレオチドをイオン交換HPLC(Dionex-DNAPac PA200)により精製した。25mM Trizmaを含むHO、pH8.0の緩衝液を移動相「A」として使用し、25mM Trizma、1.25M NaClを含むHO、pH8.0を移動相「B」として使用した。次いで、精製オリゴヌクレオチドを、Sep-packC-18カートリッジを用いて脱塩した。濃度を、Nanodrop分光光度計を用い、対応する天然DNAオリゴヌクレオチドの消衰係数を使用して、260nmでの吸光度を測定することにより決定した。オリゴヌクレオチドの特徴付けをESI質量分析により実施した。
実施例68
修飾β-オリゴデオキシヌクレオチドの相補的DNAおよびRNAとの対形成特性
二本鎖安定性に対する単一および複数の修飾の効果を決定するために、修飾オリゴデオキシヌクレオチドON1-ON11を調製し、表8に示し、UV-融解曲線分析による相補的DNAおよびRNAとの二本鎖のT値を測定した。
Figure 0007263236000087
△T/modデータによれば、熱二本鎖安定性に対する単一または二重修飾の影響は比較的穏やかである。プリン修飾(ON6、7)は相補的DNAとの二本鎖を不安定化する傾向があるが、相補的RNAとでは、Tのわずかな増加を示す。しかしながら、ピリミジンシリーズ内では、より大きな可変性が存在する。修飾チミジンヌクレオシド(ON1-3)は典型的には、相補体としてのRNAと共にTの小さな低下を引き起こし、一方、DNAとは明確な傾向は観察されない。興味深いことに、どちらのシトシン修飾(ON4、5、8-10)も、相補的DNAとの二本鎖を著しく安定化させるが、相補的RNAとでは、Tに対する効果がより小さい。安定化効果は5-メチルシトシンヌクレオシドではより顕著となり、隣接する塩基対とのスタッキング相互作用を強化するその可能性が指摘される。
塩基対形成選択性を決定するために、修飾部位に対向する3つ全ての可能なミスマッチ塩基を有する相補的DNAとの複合体のON2のTを測定した(表9)。ミスマッチ二本鎖のTは5.1~13℃だけ低く、GTゆらぎ対は、予想通りに、不安定化が最も小さい。これらのデータは完全天然ミスマッチシリーズによく匹敵し、修飾の塩基対形成選択性の有意の変化はないことが示される。
Figure 0007263236000088
実験条件:総ストランド濃度2μMを含む10mM NaHPO、150mM NaCl、pH7.0
実施例69
完全修飾β-オリゴヌクレオチドの相補的DNAおよびRNAとの対形成特性
ピリミジン塩基のみから構成される完全修飾九量体(ON12)ならびに4つ全ての塩基を含む3つの十二量体(ON13-15)を調製し、逆平行または平行配向のいずれかの相補的DNAまたはRNAへのそれらの親和性を試験した。対応するTデータ(表10)から、結合は一般に弱いことが明らかになる。高塩(1M NaCl)条件下であっても、逆平行DNAまたはRNA相補体とのON12では、5-80℃の温度範囲において融解転移は観察できず、二本鎖が形成されなかったが示唆された。しかしながら、より長い十二量体ON13-15を用いると、転移が相補的逆平行DNAおよびRNAと共に観察された。これらの二本鎖のTは、天然対照二本鎖と比べて大体30℃低く、-2.5℃の平均△T/modに達した。これは単一組み込みのT実験からは予測されず(表8)、新規対形成系を特徴付ける場合には完全修飾オリゴヌクレオチドが重要であることが強調される。重要なことには、対応する平行DNAおよびRNA相補体との二本鎖形成の徴候は見出されなかった。これにより、7’,5’-bc-DNAは依然として、実質的により低い親和性レベルであるにもかかわらず、逆平行二本鎖構造を介して天然核酸と連絡することができることが明確に証明される。
Figure 0007263236000089
実験条件:総ストランド濃度:2μMを含む10mM NaHPO、1M NaCl、pH7.0。n.m.:未測定。n.d.:28℃のTを有する対応するRNAストランドの自己構造の形成のために不検出。
実施例70
7’,5’-β-bc-DNAの自己対形成
ON14をON13に対して逆平行相補体となるように、ON15を平行相補体となるように設計した。これと共に、両方の配向の7’,5’-bc-DNAの自己対形成を研究することが可能となった。逆平行二本鎖ON13・ON14は古典的S字形融解挙動を示し(図11)、Tは54.5℃であったことが判明した。これは、同じ配列の天然二本鎖と比べて5.4℃だけ高い。興味深いことに、7’,5’-bc-DNA二本鎖の260nmでの濃色性は天然二本鎖の20%にすぎない。これにより、両方の二本鎖コンホメーションにおける塩基の著しく異なるスタッキング配列が示される。平行配向では(ON13・ON15)、転移は見出すことができず、7’,5’-bc-DNAにおいて平行二本鎖形成ができないことが証明される。
実施例71
βアノマーオリゴマーの二本鎖形成の熱力学データ
公知の方法に類似する実験融解曲線へのカーブフィッティングにより、二本鎖ON13・ON14および対応する天然二本鎖について転移エンタルピーおよびエントロピーを決定した(表11)(Petersheim et al., Biochemistry 1983, 22, 256)。これらのデータにより、天然二本鎖はエンタルピー的に安定化され、一方、7’,5’-bc-DNA二本鎖はエントロピー的に好ましいことが示唆される。これは、bc-DNAシリーズにおける前の所見と一致し、エントロピー安定化の起源としての7’,5’-bc-DNAバックボーンのコンホメーション制限を暗示する。二本鎖形成の自由エンタルピー(△G)はTデータと一致し、これにより、熱力学二本鎖安定性のための尺度としての資格が与えられる。
Figure 0007263236000090
実施例72
βアノマーオリゴマーのβアノマーのCD-分光法
ホモ7’,5’-bc-DNA二本鎖およびハイブリッド7’,5’-bc-DNA/DNA二本鎖の構造特性についての洞察を得るために、CD-スペクトルを測定し、対応する天然DNA二本鎖と比較した(図12)。予想通りに、天然二本鎖は、B-DNA二本鎖の古典的特徴を示す。しかしながら、ホモ7’,5’-bc-DNA二本鎖はA-またはB型二重らせんとは著しく異なるCD特性を有する。それは、最大243nmの、215および265nm付近の2つの最小楕円率により特徴付けられる。ハイブリッド二本鎖はDNA二本鎖により近い特性を有する。B-DNAと比べて、260nmでの最小楕円率は約15nmだけレッドシフトし、288nmでの最大楕円率は約7nmだけレッドシフトし、振幅の損失と関連する。このように、3つのCDスペクトルの差は、各ストランドのバックボーン幾何学の変化により誘導される塩基-スタック内の塩基の異なる配列を示す。これは、対応するUV-融解曲線における2つの対形成系の異なる濃色性と一致する(図11)。
実施例73
7’,5’-β-bc-DNAモノマーのX線結晶構造
O7’にp-ニトロベンゾエート基を有する、7’,5’-bc-T類似体を調製した。この化合物は結晶化させることができ、その構造を解析することができた(図10)。7’,5’-bc-DNAシリーズの相対立体配置についての決定的証拠を確立する他に、本発明者らはまた、二環糖足場の好ましいコンホメーションについての情報を得た。フラノース部分は完全1’-エキソコンホメーションで存在し、一方、炭素環は6’-エンド立体配置で生じ、よって、オキシ-置換基はC7’にて疑似アキシアルで5’OH基は疑似エクアトリアル位置で配置されることが明らかになる。この構造はアブイニシオ計算により決定される2つの低エネルギー配座異性体のちょうど1つにマッチする。
化合物33:[C1919]の無色透明な結晶を空気中で固定し、周囲条件でのX線構造決定のために使用した。全ての測定は、Oxford Diffraction SuperNovaエリア検出器回折計(Oxford Diffraction(2010))上で、ミラー光学モノクロ化Mo Kα線(λ=0.71073Å)を使用して実施し、Alフィルタにかけた(Macchi et al., J. Appl. Cryst 2011, 44, 763)。データ収集のための単位格子定数および配向マトリクスを、2°<θ<27°の範囲の反射の設定角の最小二乗精密化から得た。合計530フレームを、ω走査を使用し、2.5+2.5秒曝露時間、フレームあたり1°の回転角、65.1mmの結晶-検出器距離を用いて、T=173(2)Kで収集した。データ整理をCrysAlisPro(バージョン1.171.34.44)Oxford Diffraction Ltd., Y., Oxfordshire, UK)プログラムを使用して実施した。強度をローレンツおよび分極効果に対して補正し、マルチスキャン法に基づく、CrysAlisProにおけるSCALE3 ABSPACKを使用する吸収補正を適用した。データ収集および精密化パラメータを表12において与える。構造を直接法によりSHELXS-97(Sheldrick, Acta Cryst. 2008, A64, 112-122)を使用して解明し、これにより、標題化合物の全ての非水素原子の位置が明らかになった。非水素原子を異方的に精密化した。全てのH-原子を幾何的に計算した位置に置き、ライディングモデルを用いて精密化し、ここで、各H-原子にはその親原子の1.2Ueqに等しい値を有する、固定された等方性原子変位パラメータを割り当てた。構造の精密化をFについて、フルマトリクス最小二乗手順(これは、関数Σw(F -F を最小化した)を用いて実施した。重み付けスキームは計数統計に基づき、激しい反射を減少させる因子を含んだ。全ての計算は、SHELXL-97プログラムを使用して実施した(Macchi et al., J. Appl. Cryst 2011, 44, 763)。
Figure 0007263236000091

Claims (30)

  1. 式(I)の化合物であって:
    Figure 0007263236000092
    式中、
    およびTのうちの1つはORまたはORであり;
    およびTの他方はORまたはORであり;
    はHまたはヒドロキシル保護基であり、
    は式(VII):
    Figure 0007263236000093
    のリン部分であり、
    式中、
    WはO、SもしくはSeを表し、またはWは電子対を表し;
    およびRは互いに独立して、H、ハロゲン、OH、OR、NR、SH、SR、C-Cアルキル、C-Cハロアルキル、C-Cアルコキシ、C-Cハロアルコキシ、C-Cアミノアルキルであり;
    はC-Cアルキル(シアノ、ニトロ、ハロゲン、-NHC(O)C-Cアルキル、-NHC(O)C-Cハロアルキル、C-Cアルキルスルホニルで任意で置換される);アリール、C-Cアルキレンアリール、C-Cアルキレンジアリール(各々互いに独立して、シアノ、ニトロ、ハロゲン、C-Cアルコキシ、C-Cハロアルキル、C-Cハロアルコキシ、NHC(O)C-Cアルキル、NHC(O)C-Cハロアルキル、C-Cアルキルスルホニルで任意で置換される);アセチル;ヒドロキシル保護基であり;
    およびRは互いに独立して、水素、C-Cアルキル(シアノ、ニトロ、ハロゲン、C-Cアルケニル、C-Cシクロアルキル、C-Cアルコキシで任意で置換される);アリール(シアノ、ニトロ、ハロゲン、C-Cアルキル、C-Cアルコキシで任意で置換される);アミノ保護基であるか;または、それらが付着している窒素原子と一緒に複素環を形成し、上記複素環はC-Cアルキルで任意で置換され;
    はチオール保護基であり;
    波線は上記OR基の酸素の付着を示す;ならびに、
    Bxは核酸塩基である、化合物。
  2. Bxはプリン塩基またはピリミジン塩基である、請求項1に記載の化合物。
  3. Bxはウラシル、チミン、シトシン、5-メチルシトシン、アデニンまたはグアニンから選択される、請求項1または2に記載の化合物。
  4. 前記式(I)の化合物は式(II)の化合物であって、
    Figure 0007263236000094
    式中、
    (i)TはORであり、TはORもしくはORであるか;または
    (ii)TはORもしくはORであり、TはORである、請求項1~3のいずれか一項に記載の化合物。
  5. はORまたはORであり、TはORである、請求項4に記載の化合物。
  6. 前記式(I)の化合物は式(III)の化合物であって、
    Figure 0007263236000095
    式中、
    (i)TはORであり、TはORもしくはORであるか;または
    (ii)TはORもしくはORであり、TはORである、請求項1~3のいずれか一項に記載の化合物。
  7. はORであり、TはORまたはORである、請求項6に記載の化合物。
  8. 前記リン部分Rは式(VIII)のホスフェート部分、式(IX)のホスホラミデート部分および式(X)のホスホラミダイト部分:
    Figure 0007263236000096
    から選択され、
    式中、YはO、SまたはSeであり;
    およびR5’は各出現において互いに独立して水素、C-Cアルキル(シアノ、ニトロ、ハロゲン、-NHC(O)C-Cアルキル、-NHC(O)C-Cハロアルキル、C-Cアルキルスルホニルで任意で置換される);アリール、C-Cアルキレンアリール、C-Cアルキレンジアリール(各々互いに独立して、シアノ、ニトロ、ハロゲン、C-Cアルコキシ、C-Cハロアルキル、C-Cハロアルコキシ、-NHC(O)C-Cアルキル、NHC(O)C-Cハロアルキル、C-Cアルキルスルホニルで任意で置換される);ヒドロキシル保護基であり;
    およびRは互いに独立して、水素、C-Cアルキル(シアノ、ニトロ、ハロゲン、C-Cアルケニル、C-Cシクロアルキル、C-Cアルコキシで任意で置換される);アリール(シアノ、ニトロ、ハロゲン、C-Cアルキル、C-Cアルコキシで任意で置換される);アミノ保護基であるか;または、それらが付着している窒素原子と一緒に複素環を形成し、上記複素環はC-Cアルキルで任意で置換され;
    波線は上記OR基の酸素の付着を示す、請求項1~7のいずれか一項に記載の化合物。
  9. 前記化合物は下記から選択される、請求項1に記載の化合物
    Figure 0007263236000097
    Figure 0007263236000098
    Figure 0007263236000099
  10. 少なくとも1つの式(IV)の化合物を含むオリゴマーであって、
    Figure 0007263236000100
    式中、前記少なくとも1つの式(IV)の化合物の各々に対して独立して
    またはTのうちの1つはヌクレオシド連結基であり;
    およびTの他方はOR、OR、5’末端基、7’末端基またはヌクレオシド連結基であり、RはHまたはヒドロキシル保護基であり、Rは式(VII):
    Figure 0007263236000101
    のリン部分であり、
    式中、
    WはO、SもしくはSeを表し、またはWは電子対を表し;
    およびRは互いに独立して、H、ハロゲン、OH、OR、NR、SH、SR、C-Cアルキル、C-Cハロアルキル、C-Cアルコキシ、C-Cハロアルコキシ、C-Cアミノアルキルであり;
    はC-Cアルキル(シアノ、ニトロ、ハロゲン、-NHC(O)C-Cアルキル、-NHC(O)C-Cハロアルキル、C-Cアルキルスルホニルで任意で置換される);アリール、C-Cアルキレンアリール、C-Cアルキレンジアリール(各々互いに独立して、シアノ、ニトロ、ハロゲン、C-Cアルコキシ、C-Cハロアルキル、C-Cハロアルコキシ、NHC(O)C-Cアルキル、NHC(O)C-Cハロアルキル、C-Cアルキルスルホニルで任意で置換される);アセチル;ヒドロキシル保護基であり;
    およびRは互いに独立して、水素、C-Cアルキル(シアノ、ニトロ、ハロゲン、C-Cアルケニル、C-Cシクロアルキル、C-Cアルコキシで任意で置換される);アリール(シアノ、ニトロ、ハロゲン、C-Cアルキル、C-Cアルコキシで任意で置換される);アミノ保護基であるか;または、それらが付着している窒素原子と一緒に複素環を形成し、上記複素環はC-Cアルキルで任意で置換され;
    はチオール保護基であり;
    波線は上記OR基の酸素の付着を示す;ならびに
    Bxは核酸塩基である、オリゴマー。
  11. Bxはプリン塩基またはピリミジン塩基である、請求項10に記載のオリゴマー。
  12. Bxはウラシル、チミン、シトシン、5-メチルシトシン、アデニンまたはグアニンから選択される、請求項10または11に記載のオリゴマー。
  13. 前記式(IV)の化合物は式(V)の化合物であって、
    Figure 0007263236000102
    式中、
    (i)Tはヌクレオシド連結基であり、Tは7’末端基、OR、もしくはORであるか;または
    (ii)Tは5’末端基、OR、もしくはORであり;
    はヌクレオシド連結基であるか;または
    (iii)TおよびTは互いに独立してヌクレオシド連結基である、請求項10~12のいずれか一項に記載のオリゴマー。
  14. (i)Tはヌクレオシド連結基であり、Tは7’末端基もしくはORであるか;または
    (ii)Tは5’末端基もしくはORであり;
    はヌクレオシド連結基であるか;または
    (iii)TおよびTは互いに独立してヌクレオシド連結基である、請求項13に記載のオリゴマー。
  15. 前記式(IV)の化合物は式(VI)の化合物であって、
    Figure 0007263236000103
    式中、
    (i)Tはヌクレオシド連結基であり、Tは7’末端基、OR、もしくはORであるか;または
    (ii)Tは5’末端基、OR、もしくはORであり;
    はヌクレオシド連結基であるか;または
    (iii)TおよびTは互いに独立してヌクレオシド連結基である、請求項10~12のいずれか一項に記載のオリゴマー。
  16. (i)Tはヌクレオシド連結基であり、Tは7’末端基もしくはORであるか;または
    (ii)Tは5’末端基もしくはORであり;
    はヌクレオシド連結基であるか;または
    (iii)TおよびTは互いに独立してヌクレオシド連結基である、請求項15に記載のオリゴマー。
  17. 各ヌクレオシド連結基は互いに独立して、ホスホジエステル連結基、ホスホトリエステル連結基、ホスホロチオエート連結基、ホスホロジチオエート連結基、ホスホネート連結基、ホスホノチオエート連結基、ホスフィナート連結基、ホスホルチオアミデート(phosphorthioamidate)連結またはホスホラミデート連結基から選択される、請求項10~16のいずれか一項に記載のオリゴマー。
  18. 各ヌクレオシド連結基は互いに独立して、ホスホジエステル連結基またはホスホロチオエート連結基である、請求項17に記載のオリゴマー。
  19. 各ヌクレオシド連結基はホスホロチオエート連結基である、請求項18に記載のオリゴマー。
  20. 少なくとも2つの連続した式(IV)の化合物を含み、前記連続した式(IV)の化合物の各々は、隣接する前記連続した式(IV)の化合物に前記ヌクレオシド連結基により独立して連結され、前記ヌクレオシド連結基は、2つの連続した式(IV)の化合物の5’末端および7’末端を連結させる、請求項10~19のいずれか一項に記載のオリゴマー。
  21. 少なくとも2つの連続した式(IV)の化合物から構成され、前記連続した式(IV)の化合物の各々は、隣接する前記連続した式(IV)の化合物に前記ヌクレオシド連結基により独立して連結され、前記ヌクレオシド連結基は、2つの連続した式(IV)の化合物の5’末端および7’末端を連結させる、請求項10~19のいずれか一項に記載のオリゴマー。
  22. 前記オリゴマーは少なくとも1つの核酸配列を含み、前記核酸配列は、前記少なくとも1つの式(IV)の化合物を含み、前記核酸配列は配列番号1~24のいずれか1つから選択される、請求項10~18のいずれか一項に記載のオリゴマー。
  23. 前記オリゴマーは少なくとも1つの核酸配列から構成され、前記核酸配列は、前記少なくとも1つの式(IV)の化合物を含み、前記核酸配列は配列番号1~24のいずれか1つから選択される、請求項22に記載のオリゴマー。
  24. 前記核酸配列は配列番号24である、請求項22または23に記載のオリゴマー。
  25. 前記オリゴマーは核酸配列を含み、前記核酸配列は少なくとも2つの連続した式(V)の化合物から構成され、前記核酸配列はその5’末端およびその7’末端で前記式(V)の化合物とは異なる少なくとも1つのヌクレオチドまたはヌクレオシドと隣接しており、
    前記核酸配列の5’末端は前記式(V)の化合物とは異なる前記ヌクレオチドまたはヌクレオシドの5’末端に連結され、前記核酸配列の7’末端は前記式(V)の化合物とは異なる前記ヌクレオチドまたはヌクレオシドの3’末端に連結される、請求項10~14及び17~20のいずれか一項に記載のオリゴマー。
  26. 前記オリゴマーは核酸配列を含み、前記核酸配列は少なくとも2つの連続した式(VI)の化合物から構成され、前記核酸配列はその5’末端およびその7’末端でそれぞれ、前記式(VI)の化合物とは異なる少なくとも1つのヌクレオチドまたはヌクレオシドと隣接しており、
    前記核酸配列の5’末端は前記式(VI)の化合物とは異なる前記ヌクレオチドまたはヌクレオシドの3’末端に連結され、前記核酸配列の7’末端は前記式(VI)の化合物とは異なる前記ヌクレオチドまたはヌクレオシドの5’末端に連結される、請求項10~12及び15~20のいずれか一項に記載のオリゴマー。
  27. 前記式(IV)の化合物は下記から選択される、請求項10~26のいずれか一項に記載のオリゴマー
    Figure 0007263236000104
    Figure 0007263236000105
  28. 疾患の予防、治療または診断における薬剤としての使用のための、請求項10~27のいずれか一項に記載のオリゴマー。
  29. 前記疾患は筋ジストロフィーである、請求項28に記載のオリゴマー。
  30. 前記疾患はDuchenne型筋ジストロフィーである、請求項29に記載のオリゴマー。
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* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
EP3330276A1 (en) * 2016-11-30 2018-06-06 Universität Bern Novel bicyclic nucleosides and oligomers prepared therefrom
ES2938859T3 (es) 2017-05-01 2023-04-17 Gilead Sciences Inc Una forma cristalina de (S)-2-etilbutilo 2-(((S)-(((2R,3S,4R,5R)-5-(4-aminopirrolo[2,1-f][1,2,4]triazin-7-il)-5-ciano-3,4-dihidroxitetrahidrofuran-2-il)metoxi)(fenoxi)fosforil)amino)propanoato
JP2021522862A (ja) * 2018-05-11 2021-09-02 アルファ アノマリック エスアエス 7’−5’−アルファ−アノマー二環式糖ヌクレオシドを含むオリゴヌクレオチドコンジュゲート
EP4118085A2 (en) * 2020-03-12 2023-01-18 Gilead Sciences, Inc. Methods of preparing 1'-cyano nucleosides
KR20230018473A (ko) 2020-05-29 2023-02-07 길리애드 사이언시즈, 인코포레이티드 렘데시비르 치료 방법
CA3202708A1 (en) 2020-11-23 2022-05-27 Alpha Anomeric Sas Nucleic acid duplexes

Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2012170347A1 (en) 2011-06-09 2012-12-13 Isis Pharmaceuticals, Inc. Bicyclic nucleosides and oligomeric compounds prepared therefrom
WO2014140348A1 (en) 2013-03-15 2014-09-18 Universität Bern Tricyclic nucleosides and oligomeric compounds prepared therefrom

Family Cites Families (35)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US3687808A (en) 1969-08-14 1972-08-29 Univ Leland Stanford Junior Synthetic polynucleotides
US5166315A (en) 1989-12-20 1992-11-24 Anti-Gene Development Group Sequence-specific binding polymers for duplex nucleic acids
US5235033A (en) 1985-03-15 1993-08-10 Anti-Gene Development Group Alpha-morpholino ribonucleoside derivatives and polymers thereof
US5034506A (en) 1985-03-15 1991-07-23 Anti-Gene Development Group Uncharged morpholino-based polymers having achiral intersubunit linkages
US5185444A (en) 1985-03-15 1993-02-09 Anti-Gene Deveopment Group Uncharged morpolino-based polymers having phosphorous containing chiral intersubunit linkages
US5405938A (en) 1989-12-20 1995-04-11 Anti-Gene Development Group Sequence-specific binding polymers for duplex nucleic acids
US5216141A (en) 1988-06-06 1993-06-01 Benner Steven A Oligonucleotide analogs containing sulfur linkages
US5264562A (en) 1989-10-24 1993-11-23 Gilead Sciences, Inc. Oligonucleotide analogs with novel linkages
US5264564A (en) 1989-10-24 1993-11-23 Gilead Sciences Oligonucleotide analogs with novel linkages
US5470967A (en) 1990-04-10 1995-11-28 The Dupont Merck Pharmaceutical Company Oligonucleotide analogs with sulfamate linkages
US5610289A (en) 1990-07-27 1997-03-11 Isis Pharmaceuticals, Inc. Backbone modified oligonucleotide analogues
US5618704A (en) 1990-07-27 1997-04-08 Isis Pharmacueticals, Inc. Backbone-modified oligonucleotide analogs and preparation thereof through radical coupling
US5489677A (en) 1990-07-27 1996-02-06 Isis Pharmaceuticals, Inc. Oligonucleoside linkages containing adjacent oxygen and nitrogen atoms
US5677437A (en) 1990-07-27 1997-10-14 Isis Pharmaceuticals, Inc. Heteroatomic oligonucleoside linkages
US5623070A (en) 1990-07-27 1997-04-22 Isis Pharmaceuticals, Inc. Heteroatomic oligonucleoside linkages
US5541307A (en) 1990-07-27 1996-07-30 Isis Pharmaceuticals, Inc. Backbone modified oligonucleotide analogs and solid phase synthesis thereof
US5608046A (en) 1990-07-27 1997-03-04 Isis Pharmaceuticals, Inc. Conjugated 4'-desmethyl nucleoside analog compounds
US5602240A (en) 1990-07-27 1997-02-11 Ciba Geigy Ag. Backbone modified oligonucleotide analogs
MY107332A (en) 1990-08-03 1995-11-30 Sterling Drug Inc Compounds and methods for inhibiting gene expression.
US5214134A (en) 1990-09-12 1993-05-25 Sterling Winthrop Inc. Process of linking nucleosides with a siloxane bridge
US5561225A (en) 1990-09-19 1996-10-01 Southern Research Institute Polynucleotide analogs containing sulfonate and sulfonamide internucleoside linkages
US5596086A (en) 1990-09-20 1997-01-21 Gilead Sciences, Inc. Modified internucleoside linkages having one nitrogen and two carbon atoms
US5792608A (en) 1991-12-12 1998-08-11 Gilead Sciences, Inc. Nuclease stable and binding competent oligomers and methods for their use
US5633360A (en) 1992-04-14 1997-05-27 Gilead Sciences, Inc. Oligonucleotide analogs capable of passive cell membrane permeation
US5434257A (en) 1992-06-01 1995-07-18 Gilead Sciences, Inc. Binding compentent oligomers containing unsaturated 3',5' and 2',5' linkages
AU4769893A (en) 1992-07-17 1994-02-14 Ribozyme Pharmaceuticals, Inc. Method and reagent for treatment of animal diseases
GB9304618D0 (en) 1993-03-06 1993-04-21 Ciba Geigy Ag Chemical compounds
HU9501974D0 (en) 1993-03-31 1995-09-28 Sterling Winthrop Inc Oligonucleotides with amide linkages replacing phosphodiester linkages
US5646269A (en) 1994-04-28 1997-07-08 Gilead Sciences, Inc. Method for oligonucleotide analog synthesis
EP2274423A2 (en) * 2008-04-04 2011-01-19 Isis Pharmaceuticals, Inc. Oligomeric compounds comprising bicyclic nucleosides and having reduced toxicity
EP2462153B1 (en) * 2009-08-06 2015-07-29 Isis Pharmaceuticals, Inc. Bicyclic cyclohexose nucleic acid analogs
AU2011257980B2 (en) 2010-05-28 2016-06-30 Sarepta Therapeutics, Inc. Oligonucleotide analogues having modified intersubunit linkages and/or terminal groups
EP2639238A1 (en) 2012-03-15 2013-09-18 Universität Bern Tricyclic nucleosides and oligomeric compounds prepared therefrom
EP3330276A1 (en) * 2016-11-30 2018-06-06 Universität Bern Novel bicyclic nucleosides and oligomers prepared therefrom
JP2021522862A (ja) * 2018-05-11 2021-09-02 アルファ アノマリック エスアエス 7’−5’−アルファ−アノマー二環式糖ヌクレオシドを含むオリゴヌクレオチドコンジュゲート

Patent Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2012170347A1 (en) 2011-06-09 2012-12-13 Isis Pharmaceuticals, Inc. Bicyclic nucleosides and oligomeric compounds prepared therefrom
WO2014140348A1 (en) 2013-03-15 2014-09-18 Universität Bern Tricyclic nucleosides and oligomeric compounds prepared therefrom

Non-Patent Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
RAVN, J. et al.,Organic & Biomolecular Chemistry,2003年,pp. 811-816
SILHAR, P. et al.,Bioorganic & Medicinal Chemistry,2010年,Vol. 18,pp. 7786-7793

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