PCR産物のゲル抽出・制限酵素処理後の電気泳動

大腸菌のゲノムからPCRで目的遺伝子を増幅し、アガロースゲル電気泳動にて目的位置にバンドが出ていることを確認した後、目的バンドを切り出してゲル抽出をしました。 その後、２種類の制限酵素で１晩処理し、アガロースゲル電気泳動にて泳動しましたところ、目的位置よりも高い（重い）位置にバンドが出ました。（(1)）PCR後にはなかったバンドで、PCR産物の泳動後のバンドより高い位置にあったため、酵素処理の切れ残り・切断のされすぎなどは考えられないかと思っています。 仕方がないので、非目的バンドを避け、目的のバンドを切り出してゲル抽出・エタノール沈殿を行った後、アガロースゲル電気泳動にて泳動したところ、やはり非目的バンドが(1)と同じ位置に出ました。 また、別の遺伝子を別プライマーを用いて、同じような作業でPCR・ゲル抽出・制限酵素処理（上記とは別の２種類）を行ったところ、やはり同じように高い位置にバンドが出てきてしまいます。 PCRに使用する鋳型のゲノムは同じ物を用いているので、ゲノムがおかしいのでしょうか？ そうだとしたら、PCR後に変なバンドが出ると思うのですが、PCR後には目的のバンドしか見えません。 このような場合、どのような作業が必要でしょうか？ 同じような経験がある方、是非教えてください。 追記：非目的バンドは、ちょうど目的バンド×２くらいの重さの位置に出てきています。 なんらかの形で２つがセルフライゲーションしてしまうことなどはあるのでしょうか？