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CN118139629A - 用于编辑mecp2转录物的组合物及其方法 - Google Patents

用于编辑mecp2转录物的组合物及其方法 Download PDF

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Publication number
CN118139629A
CN118139629A CN202280064830.3A CN202280064830A CN118139629A CN 118139629 A CN118139629 A CN 118139629A CN 202280064830 A CN202280064830 A CN 202280064830A CN 118139629 A CN118139629 A CN 118139629A
Authority
CN
China
Prior art keywords
oligonucleotide
oligonucleotides
composition
nucleic acid
sugar
Prior art date
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Pending
Application number
CN202280064830.3A
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English (en)
Inventor
克里斯托弗·迈克尔·阿克
奥纳农·基瓦塔卡尔恩
普拉桑特·莫尼安
奇克杜·沙克蒂·希瓦利拉
苏布拉马尼安·马拉潘
钱德拉·瓦尔格赛
帕查穆图·坎德萨米
陆根良
于辉
大卫·查尔斯·唐奈·巴特勒
卢恰诺·恩里克·阿波尼
清水护
斯特凡尼·米歇尔·斯坦德利
大卫·约翰·布莱
安德鲁·古齐奥·赫什
吉加·德塞
杰克·大卫·戈弗雷
杨海林
岩本直树
贾亚坎森·库马拉萨米
安东尼·拉马蒂纳
伊安·钱德勒·哈丁
杰西·特纳
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Wave Life Sciences Pte Ltd
Original Assignee
Wave Life Sciences Pte Ltd
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Wave Life Sciences Pte Ltd filed Critical Wave Life Sciences Pte Ltd
Priority claimed from PCT/US2022/044767 external-priority patent/WO2023049477A2/en
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Abstract

除此之外，本披露提供了可以实现靶RNA分子中的靶腺苷的特异性编辑的寡核苷酸、其组合物和方法。这样的寡核苷酸、组合物以及方法可用于治疗、预防或改善可以从腺苷修饰中受益的MECP2相关障碍、疾病和综合征。

Description

用于编辑MECP2转录物的组合物及其方法
相关申请的交叉引用
本申请要求包括2021年9月26日提交的美国临时申请号63/248,524和2022年5月12日提交的美国临时申请号63/341,391的一个或多个优先权申请的优先权。每个优先权申请的全部内容通过引用并入本文。
背景技术
寡核苷酸可用于多种应用，例如治疗、诊断和/或研究应用。例如，靶向多种基因的寡核苷酸可用于治疗与这样的靶基因有关的病症、障碍或疾病。
发明内容
尤其是，本披露提供了经设计的寡核苷酸及其组合物，这些寡核苷酸包含如本文所述的修饰(例如，对核碱基糖和/或核苷酸间键联的修饰，及其模式)。在一些实施例中，本披露的技术(化合物(例如，寡核苷酸)、组合物、方法等)(例如，寡核苷酸、寡核苷酸组合物、方法等)特别可用于编辑核酸，例如核酸中的定点编辑(例如，靶腺苷的编辑)。在一些实施例中，所提供的技术可以显著改善核酸编辑的效率，例如对一个或多个A残基的修饰，如将A转化成I。在一些实施例中，本披露提供了用于RNA中的编辑(例如，用于修饰A残基，例如将A转化成I)的技术。在一些实施例中，本披露提供了用于转录物(例如，mRNA)中的编辑(例如，用于修饰A残基，例如将A转化成I)的技术。尤其是，所提供的技术提供了利用内源性蛋白如ADAR(作用于RNA的腺苷脱氨酶)蛋白(例如，ADAR1和/或ADAR2)来编辑核酸，例如修饰A(例如，作为G至A突变的结果)的益处。本领域技术人员将认识到，与需要递送外源性组分(例如，蛋白(例如，经工程化以结合寡核苷酸(和/或其与靶核酸的双链体)以提供所需活性的那些蛋白)、编码蛋白的核酸、病毒等)的那些技术相比，内源性蛋白的这样的利用可以避免许多挑战和/或提供多种益处。
在一些实施例中，本披露提供了用于靶向MECP2的技术(例如寡核苷酸、组合物、方法等)。在一些实施例中，所提供的技术编辑MECP2中的靶腺苷。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸与MECP2转录物形成双链体。在一些实施例中，MECP2转录物中的靶腺苷由ADAR多肽(例如ADAR1、ADAR2等)编辑。
特别地，在一些实施例中，所提供的技术可以编辑转录物中的MECP2突变，以提供编码MECP2蛋白(“编辑的MECP2蛋白”)的编辑的转录物，该MECP2蛋白与未编辑的突变MECP2蛋白相比具有改善的特性和/或活性。在一些实施例中，与突变转录物相比，编辑的转录物提供了一种或多种改进的特性和/或活性。在一些实施例中，与野生型转录物相比，编辑的转录物提供了一种或多种特性和/或活性。在一些实施例中，编辑的MECP2蛋白是野生型MECP2蛋白。在一些实施例中，编辑的MECP2蛋白与野生型MECP2蛋白相比含有氨基酸残基差异。在一些实施例中，编辑的MECP2蛋白与野生型MECP2蛋白在单个氨基酸残基上有所不同。在一些实施例中，与野生型MECP2蛋白相比，编辑的MECP2蛋白表现出一种或多种特性和/或活性。在一些实施例中，突变是提前终止密码子，例如R168X、R255X、R270X或R294X。在一些实施例中，编辑的MECP2蛋白包含R168W、R255W、R270W或R294W，其中相应的突变MECP2蛋白分别包含R168X、R255X、R270X或R294X。
在一些实施例中，本披露提供了用于预防或治疗与MECP2相关的病症、障碍或疾病(特别是与MECP2中的R168X、R255X、R270X和/或R294X突变相关的那些病症、障碍或疾病)的方法，这些方法包括向易患或患有这些病症、障碍或疾病的受试者施用有效量所提供的寡核苷酸或其组合物。在一些实施例中，受试者具有MECP2中的R168X、R255X、R270X和/或R294X突变。在一些实施例中，治疗后一种或多种症状得到改善，进展被延迟、停止或逆转，和/或一种或多种功能得到改善。在一些实施例中，病症、障碍或疾病是雷特综合征。
如本文所述，在一些实施例中，所提供的技术的寡核苷酸包含有用的糖修饰和/或其模式(例如，某些修饰的存在和/或不存在)、核碱基修饰和/或其模式(例如，某些修饰的存在和/或不存在)、核苷酸间键联修饰和/或立体化学和/或其模式[例如，手性键联磷的类型、修饰和/或构型(Rp或Sp)等]等，其当与本文所述的一种或多种其他结构元件(例如，另外的化学部分)组合时可以提供高活性和/或多种所需的特性，例如，高核酸编辑效率、高选择性、高稳定性、高细胞摄取、低免疫刺激、低毒性、改善的分布、改善的亲和力等。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸提供高稳定性，例如，当与具有用于腺苷编辑的高百分比的天然RNA糖的寡核苷酸相比时。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸提供高活性，例如腺苷编辑活性。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸提供高选择性，例如，在一些实施例中，所提供的寡核苷酸提供靶核酸中的靶腺苷相对于相同靶核酸中的其他腺苷的选择性修饰(例如，靶腺苷处的修饰是靶核酸中的另一腺苷或所有其他腺苷处的修饰的2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20倍或更多倍)。
在一些实施例中，本披露提供了包含第一结构域和第二结构域的寡核苷酸，其中第一结构域包含一个或多个2′-F修饰，并且第二结构域包含一个或多个不具有2′-F修饰的糖。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含一个或多个手性修饰的核苷酸间键联。在一些实施例中，本披露提供了寡核苷酸，该寡核苷酸包含：
(a)第一结构域；以及
(b)第二结构域，
其中第一结构域包含至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个或更多个包含2′-F修饰的糖，或第一结构域的所有糖的至少50％、60％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或99％包含2′-F修饰；
第二结构域包含至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个或更多个不含2′-F修饰的经修饰的糖，或第二结构域的所有糖的至少50％、60％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或99％不含2′-F修饰。
在一些实施例中，第二结构域包含如本文所述的第一子结构域、第二子结构域和第三子结构域，或由这些结构域组成。
在一些实施例中，第二结构域包含至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个或更多个独立地包含2′-OR修饰的经修饰的糖，或第二结构域的所有糖的至少50％、60％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或99％包含2′-OR修饰，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，R是甲基。在一些实施例中，R是CH2CH2OCH3。如本文所述，根据本披露还可以利用其他糖修饰，任选地具有本文所述的碱基修饰和/或核苷酸间键联修饰。
在一些实施例中，所提供的寡核苷酸的碱基序列与包含靶腺苷的靶核酸的碱基序列基本上互补。在一些实施例中，当与靶核酸比对时，所提供的寡核苷酸包含一个或多个错配(非沃森-克里克碱基对)。在一些实施例中，当与靶核酸比对时，所提供的寡核苷酸包含一个或多个摆动(wobble)(例如，G-U、I-A、G-A、I-U、I-C等)。在一些实施例中，错配和/或摆动可帮助一种或多种蛋白(例如，ADAR1、ADAR2等)识别由所提供的寡核苷酸和靶核酸形成的双链体。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸与靶核酸形成双链体。在一些实施例中，ADAR蛋白识别并结合这样的双链体。在一些实施例中，与靶腺苷相反的核苷位于所提供的寡核苷酸的中间，例如5′侧有5-50个核苷，而在其3′侧有1-50个核苷。在一些实施例中，5′侧具有比3′侧更多的核苷。在一些实施例中，5′侧具有比3′侧更少的核苷。在一些实施例中，5′侧具有与3′侧相同数目的核苷。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含表中所描述的寡核苷酸的15-40个(例如，15、20、25、30个等)连续碱基。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸的碱基序列是或包含表中所描述的寡核苷酸的碱基序列。
在一些实施例中，利用多种结构元件(例如，多种修饰、立体化学和其模式)，本披露可用短寡核苷酸(例如，长度为约20-40、25-40、25-35、26-32、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34或35个核碱基的那些寡核苷酸)实现所需的特性和高活性。在一些实施例中，所提供的技术提供了本文所述的各种特性、活性(例如A至I编辑)、优点等，而不利用长范围(例如约或至少约5个连续的糖)和/或高水平(例如约或至少约50％)的2’-ORsa修饰糖，其中每个Rsa独立地是任选地经取代的C1-6烷基或与4’-H形成2’-O-L-4’，其中L是任选地经取代的-CH2-(例如LNA糖、cEt糖等)。在一些实施例中，每个Rsa独立地是任选地经取代的C1-6烷基。在一些实施例中，Rsa是甲基。在一些实施例中，Rsa是-CH2CH2OCH3。在一些实施例中，每个Rsa独立地是甲基或-CH2CH2OCH3。在一些实施例中，每个Rsa是甲基。在一些实施例中，所提供的技术不利用长范围和/或高水平的2’-OMe修饰的糖。在一些实施例中，所提供的技术既不利用长范围也不利用高水平的2’-ORsa修饰的糖。在一些实施例中，长范围是约或至少约5、6、7、8、9，或10个连续的糖。在一些实施例中，其是约或至少约6个；在一些实施例中，其是约或至少约7个；在一些实施例中，其是约或至少约8个；在一些实施例中，其是约或至少约9个；在一些实施例中，其是约或至少约10个。在一些实施例中，高水平是所有核苷的约或至少约50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％或95％。在一些实施例中，其是约或至少约50％；在一些实施例中，其是约或至少约55％；在一些实施例中，其是约或至少约60％；在一些实施例中，其是约或至少约65％；在一些实施例中，其是约或至少约70％；在一些实施例中，其是约或至少约75％；在一些实施例中，其是约或至少约80％；在一些实施例中，其是约或至少约85％；在一些实施例中，其是约或至少约90％；在一些实施例中，其是约或至少约95％。
在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含经修饰的核碱基。在一些实施例中，经修饰的核碱基促进对靶腺苷的修饰。在一些实施例中，与存在U时相比，与靶腺嘌呤相反的核碱基保持与酶例如ADAR的相互作用，而与靶腺嘌呤的相互作用不如与U强烈(例如，形成较少的氢键)。在一些实施例中，相反核碱基和/或其相关联的糖提供一定的灵活性(例如，当与U相比时)以促进酶(例如，ADAR1、ADAR2等)对靶腺苷的修饰。在一些实施例中，与靶腺苷相反的核苷，例如N0是C。在一些实施例中，其不与A形成碱基配对。在一些实施例中，其不与A形成碱基配对如T或U。在一些实施例中，其与G或I形成碱基配对。在一些实施例中，紧邻相反核碱基(相对于靶腺嘌呤)的5′或3′的核碱基(例如，I及其衍生物)增强对靶腺嘌呤的修饰。尤其是，本披露认识到，当所提供的寡核苷酸及其靶核酸的双链体与修饰酶(例如，ADAR1或ADAR2)相互作用时，这样的核碱基可导致比G更小的空间位阻。在一些实施例中，选择(例如，当几个腺苷残基是合适的靶标时)和/或设计(例如，通过利用本文所述的多种核碱基)寡核苷酸的碱基序列，使得可以减小或消除空间位阻(例如，没有G与靶A的相反核苷相邻)。
根据本披露，多种核苷酸间键联可用于寡核苷酸中。在一些实施例中，寡核苷酸包含一种或多种类型的核苷酸间键联。在一些实施例中，寡核苷酸包含两种或更多种类型的核苷酸间键联。在一些实施例中，寡核苷酸包含至少三种类型的核苷酸间键联。在一些实施例中，键联含有与氧原子键合的键联磷原子，该氧原子不与骨架糖键合或者不是骨架糖的一部分(“PO键联”，例如天然磷酸酯键联)。在一些实施例中，键联含有与硫原子键合的键联磷原子，该硫原子不与骨架糖键合或者不是骨架糖的一部分(“PS键联”，例如硫代磷酸酯核苷酸间键联)。在一些实施例中，键联合有与氮原子键合的键联磷原子，该氮原子不与骨架糖键合或者不是骨架糖的一部分(“PN键联”，例如，n001)。在一些实施例中，寡核苷酸包含一个或多个PS键联。在一些实施例中，寡核苷酸包含一个或多个PO键联。在一些实施例中，寡核苷酸包含一个或多个PN键联。在一些实施例中，寡核苷酸包含一个或多个PS键联和一个或多个PO键联。在一些实施例中，寡核苷酸包含一个或多个PS键联和一个或多个PN键联。在一些实施例中，寡核苷酸包含一个或多个PS键联、一个或多个PN键联和一个或多个PO键联。
在一些实施例中，第一结构域包含一个或多个PO键联、一个或多个PS键联和一个或多个PN键联。在一些实施例中，第一子结构域包含一个或多个PO键联、一个或多个PS键联和/或一个或多个PN键联。在一些实施例中，第一子结构域包含一个或多个PO键联。在一些实施例中，第一子结构域包含一个或多个天然磷酸酯键联。在一些实施例中，第二子结构域包含一个或多个经修饰的核苷酸间键联。在一些实施例中，与第二子结构域的核苷键合的每个核苷酸间键联独立地是经修饰的核苷酸间键联。在一些实施例中，与第二子结构域的核苷键合的每个核苷酸间键联独立地是PS或PN键联。在一些实施例中，第三子结构域包含一个或多个PO键联、一个或多个PS键联和/或一个或多个PN键联。在一些实施例中，第三子结构域包含一个或多个PO键联。在一些实施例中，第三子结构域包含一个或多个天然磷酸酯键联。在一些实施例中，第三子结构域包含一个或多个PS键联。在一些实施例中，第三子结构域包含一个或多个PN键联。在一些实施例中，第三子结构域包含一个或多个PO键联、一个或多个PS键联和一个或多个PN键联。在一些实施例中，第一结构域或寡核苷酸的第一核苷酸间键联是PN键联。在一些实施例中，第三子结构域或寡核苷酸的最后一个核苷酸间键联是PN键联。在一些实施例中，天然DNA糖与经修饰的核苷酸间键联键合。在一些实施例中，天然DNA糖与PN或PS核苷酸间键联键合。在一些实施例中，寡核苷酸或其部分(例如，第一结构域、第一子结构域、第二子结构域、第三子结构域等)中的每个天然DNA糖独立地与经修饰的核苷酸间键联键合。在一些实施例中，每个天然DNA糖独立地与PN或PS核苷酸间键联键合。在一些实施例中，天然RNA糖与经修饰的核苷酸间键联键合。在一些实施例中，天然RNA糖与PN或PS核苷酸间键联键合。在一些实施例中，寡核苷酸或其部分(例如，第一结构域、第一子结构域、第二子结构域、第三子结构域等)中的每个天然RNA糖独立地与经修饰的核苷酸间键联键合。在一些实施例中，每个天然RNA糖独立地与PN或PS核苷酸间键联键合。
在一些实施例中，2’-F修饰的糖与经修饰的核苷酸间键联键合。在一些实施例中，2’-F修饰的糖与PN或PS核苷酸间键联键合。在一些实施例中，寡核苷酸或其部分(例如，第一结构域、第一子结构域、第二子结构域、第三子结构域等)中的每个2’-F修饰的糖独立地与经修饰的核苷酸间键联键合。在一些实施例中，每个2’-F修饰的糖独立地与PN或PS核苷酸间键联键合。在一些实施例中，每个PO键联独立地是天然磷酸酯键联。在一些实施例中，每个PS键联独立地是硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，一个或多个PN键联独立地是不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，一个或多个PN键联独立地是中性核苷酸间键联。在一些实施例中，一个或多个PN键联独立地是磷酰基胍键联。在一些实施例中，每个PN键联独立地是磷酰基胍键联。在一些实施例中，一个或多个PN键联独立地是n001。在一些实施例中，每个PN键联独立地是n001。
在一些实施例中，本披露的寡核苷酸包含经修饰的核苷酸间键联(即，不是天然磷酸酯键联的核苷酸间键联)。在一些实施例中，经修饰的核苷酸间键联(例如，手性核苷酸间键联)的键联磷是手性的并且可以按不同的构型(Rp和Sp)存在。例如，在硫代磷酸酯核苷酸间键联(-O-P(O)(SH)-O-，作为天然磷酸酯键联可以以各种盐形式存在)中，其键联磷可以是Rp或Sp。因此，包含手性键联磷的寡核苷酸的常规寡核苷酸组合物是多种立体异构体的混合物。例如，在没有进行寡核苷酸的键联磷中心(例如硫代磷酸酯核苷酸间键联，n001键联等中的那些键联磷中心)的手性控制的情况下制备的常规组合物可以是最多2N种立体异构体的混合物，其中N是手性键联磷的数目：当有10个这样的手性键联磷中心(N＝10)时，其是多达1,000种以上(210)的立体异构体的随机混合物；当有20个这样的手性键联磷中心时，其是多达100万种以上(220)的立体异构体的随机混合物。在结构上，这些立体异构体可以具有相同的构成或相同，除了沿其骨架手性中心在手性键联磷原子处的立体化学不同之外，但在各种情况下，其活性和/或特性可以显著不同。在一些实施例中，这样的寡核苷酸组合物被称为立体随机寡核苷酸组合物。与这样的立体随机寡核苷酸组合物相反，本披露的许多组合物是手性控制的寡核苷酸组合物，其中一个或多个或所有手性键联磷中心的选择的构型(Rp或Sp)相对于立体随机寡核苷酸组合物独立地富集。在一些实施例中，一个或多个或所有键联磷中心的选择的构型独立地富集至如本文所述的水平(例如约或至少约90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％)。尤其是，经修饰的核苷酸间键联的并入，特别是具有对键联磷中心的立体化学的控制(使得与立体随机寡核苷酸制备物相比，在这种控制中心处富集一种构型)，可以显著改善特性(例如，稳定性)和/或活性(例如，腺苷修饰活性(例如，将腺苷转化成肌苷))。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸具有显著高于立体随机制备物的立体化学纯度。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸是手性控制的。
在一些实施例中，本披露的寡核苷酸包含一个或多个手性核苷酸间键联，其键联磷是手性的(例如，硫代磷酸酯核苷酸间键联)。在一些实施例中，寡核苷酸中至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个核苷酸间键联，或所有核苷酸间键联的至少50％、60％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或99％(例如，50％-100％、60％-100％、70％-100％、75％-100％、80％-100％、90％-100％、95％-100％、60％-95％、70％-95％、75％-95％、80％-95％、85％-95％、90％-95％、50％、60％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、或99％等)，或所有核苷酸间键联是手性核苷酸间键联。在一些实施例中，至少一个核苷酸间键联是手性核苷酸间键联。在一些实施例中，至少一个核苷酸间键联是天然磷酸酯键联。在一些实施例中，每个核苷酸间键联独立地是手性核苷酸间键联。在一些实施例中，至少一个手性核苷酸间键联是硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，每个均是硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，一个或多个手性核苷酸间键联独立地是不带负电荷的核苷酸间键联或中性核苷酸间键联。在一些实施例中，一个或多个手性核苷酸间键联独立地是磷酰基胍核苷酸间键联。在一些实施例中，一个或多个手性核苷酸间键联独立地是手性控制的。在一些实施例中，每个手性核苷酸间键联独立地是手性控制的。在一些实施例中，一个或多个手性核苷酸间键联不是手性控制的。在一些实施例中，每个硫代磷酸酯核苷酸间键联独立地是手性控制的。在一些实施例中，每个经修饰的核苷酸间键联独立地是硫代磷酸酯或不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，每个经修饰的核苷酸间键联独立地是硫代磷酸酯或中性核苷酸间键联。在一些实施例中，每个经修饰的核苷酸间键联独立地是硫代磷酸酯或中性核苷酸间键联。在一些实施例中，每个经修饰的核苷酸间键联独立地是硫代磷酸酯或磷酰基胍核苷酸间键联。在一些实施例中，磷酰基胍核苷酸间键联是n001。在一些实施例中，每个磷酰基胍核苷酸间键联是n001。在一些实施例中，每个不带负电荷的核苷酸间键联是n001。在一些实施例中，每个中性核苷酸间键联是n001。键联磷可以是Rp或Sp。在一些实施例中，至少一个键联磷是Rp。在一些实施例中，至少一个键联磷是Sp。在一些实施例中，寡核苷酸中至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个手性核苷酸间键联，或所有手性核苷酸间键联的至少50％、60％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或99％(例如，50％-100％、60％-100％、70％-100％、75％-100％、80％-100％、90％-100％、95％-100％、60％-95％、70％-95％、75％-95％、80％-95％、85％-95％、90％-95％、50％、60％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、或99％等)，或所有手性核苷酸间键联是Sp。在一些实施例中，寡核苷酸中至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个硫代磷酸酯核苷酸间键联，或所有硫代磷酸酯核苷酸间键联的至少50％、60％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或99％(例如，50％-100％、60％-100％、70％-100％、75％-100％、80％-100％、90％-100％、95％-100％、60％-95％、70％-95％、75％-95％、80％-95％、85％-95％、90％-95％、50％、60％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、或99％等)，或所有硫代磷酸酯核苷酸间键联是Sp。在一些实施例中，至少50％的所有硫代磷酸酯核苷酸间键联是Sp。在一些实施例中，至少60％的所有硫代磷酸酯核苷酸间键联是Sp。在一些实施例中，至少70％的所有硫代磷酸酯核苷酸间键联是Sp。在一些实施例中，至少75％的所有硫代磷酸酯核苷酸间键联是Sp。在一些实施例中，至少80％的所有硫代磷酸酯核苷酸间键联是Sp。在一些实施例中，至少85％的所有硫代磷酸酯核苷酸间键联是Sp。在一些实施例中，至少90％的所有硫代磷酸酯核苷酸间键联是Sp。在一些实施例中，至少95％的所有硫代磷酸酯核苷酸间键联是Sp。在一些实施例中，至少96％的所有硫代磷酸酯核苷酸间键联是Sp。在一些实施例中，至少97％的所有硫代磷酸酯核苷酸间键联是Sp。在一些实施例中，至少98％的所有硫代磷酸酯核苷酸间键联是Sp。在一些实施例中，所有硫代磷酸酯核苷酸间键联均是Sp。在一些实施例中，不超过3、4、5、6、7、8、9、或10个连续的硫代磷酸酯核苷酸间键联是Rp。在一些实施例中，不超过3个连续的硫代磷酸酯核苷酸间键联是Rp。在一些实施例中，不超过4个连续的硫代磷酸酯核苷酸间键联是Rp。在一些实施例中，不超过5个连续的硫代磷酸酯核苷酸间键联是Rp。在一些实施例中，不超过6个连续的硫代磷酸酯核苷酸间键联是Rp。在一些实施例中，不超过7个连续的硫代磷酸酯核苷酸间键联是Rp。在一些实施例中，不超过8个连续的硫代磷酸酯核苷酸间键联是Rp。在一些实施例中，不超过9个连续的硫代磷酸酯核苷酸间键联是Rp。在一些实施例中，不超过10个连续的硫代磷酸酯核苷酸间键联是Rp。在一些实施例中，连续的Rp硫代磷酸酯核苷酸间键联不用于其中大多数(例如，大于50％、60％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或更多)或全部糖是天然DNA和/或RNA和/或2’-F修饰的糖的部分中。在一些实施例中，当使用连续的Rp硫代磷酸酯核苷酸间键联时，一个或多个或大多数(例如，大于50％、60％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或更多)或所有这样的核苷酸间键联独立地与糖键合，其可以改善稳定性。在一些实施例中，当使用连续的Rp硫代磷酸酯核苷酸间键联时，一个或多个或大多数(例如，大于50％、60％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或更多)或所有这样的核苷酸间键联独立地与双环糖或2’-OR修饰的糖(其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基)键合。在一些实施例中，当使用连续的Rp硫代磷酸酯核苷酸间键联时，一个或多个或大多数(例如，大于50％、60％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或更多)或所有这样的核苷酸间键联独立地与2’-OR修饰的糖(其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基)键合。在一些实施例中，每个2’-OR修饰的糖独立地是2’-OMe修饰的糖或2’-MOE修饰的糖。在一些实施例中，每个2’-OR修饰的糖独立地是2’-OMe修饰的糖。在一些实施例中，每个2’-OR修饰的糖独立地是2’-MOE修饰的糖。
在一些实施例中，在组合物中控制所提供的寡核苷酸的一个或多个手性键联磷的立体化学。在一些实施例中，本披露提供了包含多个寡核苷酸的组合物，其中多个寡核苷酸共享共同碱基序列，并且独立地在一个或多个手性核苷酸间键联(“手性控制的核苷酸间键联”)(例如，约1-50、1-40、1-30、1-25、1-20、1-15、1-10、5-50、5-40、5-30、5-25、5-20、5-15、5-10，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24或25个或更多个手性核苷酸间键联，或所有手性核苷酸间键联的至少50％、60％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或99％)处共享相同的键联磷构型(例如，对于手性键联磷，均是Rp或均是Sp)。在一些实施例中，它们在每个手性键联磷处共享相同的立体化学。在一些实施例中，多个寡核苷酸共享相同的构成。在一些实施例中，除核苷酸间键联之外，多个寡核苷酸在结构上是相同的。在一些实施例中，多个寡核苷酸在结构上是相同的。在一些实施例中，组合物中的所有寡核苷酸、或共享共同碱基序列的所有寡核苷酸的至少约50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％或95％共享该多个寡核苷酸的骨架手性中心模式。在一些实施例中，组合物中的所有寡核苷酸、或共享共同碱基序列的所有寡核苷酸的至少约50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％或95％是该多个寡核苷酸。
在一些实施例中，本披露提供了寡核苷酸的手性控制的寡核苷酸组合物，其中组合物中所有寡核苷酸、或具有相同寡核苷酸碱基序列的所有寡核苷酸、或具有相同碱基序列以及糖和碱基修饰的所有寡核苷酸、或具有相同构成的所有寡核苷酸的至少约50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％或95％独立地在寡核苷酸的一个或多个手性核苷酸间键联(例如，约1-50、1-40、1-30、1-25、1-20、1-15、1-10、5-50、5-40、5-30、5-25、5-20、5-15、5-10，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24或25个或更多个手性核苷酸间键联，或所有手性核苷酸间键联的至少50％、60％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或99％)处共享相同的键联磷构型(例如，对于手性键联磷，均是Rp或均是Sp)。在一些实施例中，本披露提供了寡核苷酸的手性控制的寡核苷酸组合物，其中组合物中所有寡核苷酸、或具有相同寡核苷酸碱基序列的所有寡核苷酸、或具有相同碱基序列以及糖和碱基修饰的所有寡核苷酸、或具有相同构成的所有寡核苷酸的至少约50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％或95％是一种或多种形式的寡核苷酸(例如，酸形式、盐形式(例如，药学上可接受的盐形式；如本领域技术人员所理解的，在寡核苷酸是盐的情况下，寡核苷酸的相应酸或碱形式的其他盐形式)等)。
在一些实施例中，手性控制的寡核苷酸组合物与相应的立体随机寡核苷酸组合物相比提供许多优点，例如更高的稳定性、活性等。在一些实施例中，手性控制的寡核苷酸组合物在采用ADAR蛋白的各种同种型(例如，ADAR1的p150和p110形式)时均提供高水平的腺苷修饰(例如，将A转化成I)活性，而相应的立体随机组合物仅在采用ADAR蛋白的某些同种型(例如，ADAR1的p150同种型)时才提供高水平的腺苷修饰(例如，将A转化成I)活性。
在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含另外的部分，例如靶向部分、碳水化合物部分等。在一些实施例中，另外的部分是或包含脱唾液酸糖蛋白受体的配体。在一些实施例中，另外的部分是或包含GalNAc或其衍生物。尤其是，另外的部分可以有利于向某些靶位置，例如细胞、组织、器官等(例如，包含与另外的部分相互作用的受体的位置)的递送。在一些实施例中，另外的部分有利于向肝的递送。
在一些实施例中，本披露提供了用于制备寡核苷酸及其组合物，特别是手性控制的寡核苷酸组合物的技术。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸及其组合物是高纯度的。在一些实施例中，本披露的寡核苷酸在手性核苷酸间键联的键联磷处是至少50％、60％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或99％立体化学纯的。在一些实施例中，本披露的寡核苷酸立体选择性地制备并且基本上不含立体异构体。在一些实施例中，在所提供的包含共享相同手性键联磷立体化学(例如，包含Rp和/或Sp中的一者或多者，其中每个手性键联磷独立地是Rp或Sp)模式的相同碱基序列的多个寡核苷酸的组合物中，组合物中与该多个寡核苷酸共享相同碱基序列的所有寡核苷酸的至少50％、60％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或99％共享相同的手性键联磷立体化学模式或是该多个寡核苷酸。在一些实施例中，在所提供的包含共享相同手性键联磷立体化学模式的相同碱基序列的多个寡核苷酸的组合物中，组合物中与该多个寡核苷酸共享相同构成的所有寡核苷酸的至少50％、60％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或99％共享相同的手性键联磷立体化学模式或是该多个寡核苷酸。
在一些实施例中，本披露描述了用于评估寡核苷酸及其组合物的有用技术。例如，本披露的多种技术可用于评估腺苷修饰。如本领域技术人员所理解的，在一些实施例中，腺苷的修饰/编辑可以通过测序、质谱法、对经修饰的核酸(例如，其中靶核酸的腺苷被转化成肌苷)的产物(例如，RNA、蛋白等)的评估(例如，水平、活性等)等来评估，任选地考虑修饰系统(例如，体外系统、离体系统、细胞、组织、器官、生物体、受试者等)中存在的其他组分(例如，ADAR蛋白)。本领域技术人员将理解，提供靶核酸的腺苷修饰的寡核苷酸也可以提供经修饰的核酸(例如，其中靶腺苷被转化成I)及其一种或多种产物(例如，mRNA、蛋白等)。在实例中描述了某些有用的技术。
如本文所述，可以多种形式提供/利用本披露的寡核苷酸和组合物。在一些实施例中，本披露提供了包含一种或多种形式的寡核苷酸的组合物，例如，酸形式(例如，其中天然磷酸酯键联以-O(P(O)(OH)-O-存在，硫代磷酸酯核苷酸间键联以-O(P(O)(SH)-O-存在)、碱形式、盐形式(例如，其中天然磷酸酯键联以盐形式(例如，钠盐-O(P(O)(O-Na+)-O-)存在，硫代磷酸酯核苷酸间键联以盐形式(例如，钠盐-O(P(O)(S-Na+)-O-)存在)等。如本领域技术人员所理解的，寡核苷酸可以以多种盐形式存在，包括药学上可接受的盐，并且在溶液(例如，多种水性缓冲体系)中，阳离子可以从阴离子解离。在一些实施例中，本披露提供了药物组合物，该药物组合物包含所提供的寡核苷酸和/或其一种或多种药学上可接受的盐，以及药学上可接受的载剂。在一些实施例中，药物组合物是手性控制的寡核苷酸组合物。
所提供的技术可用于多种目的。例如，本领域技术人员将理解，所提供的技术可用于涉及腺苷修饰的许多目的，例如，校正G至A突变，调节某些核酸和/或由其编码的产物的水平和/或活性(例如，通过引入A至G/I修饰来降低或提高蛋白质的水平，通过在编码这样的蛋白质的转录物中引入A至G/I修饰来降低或提高蛋白质的活性)，调节剪接，调节翻译(例如，通过引入A至G/I修饰来调节翻译起始和/或终止位点)，调节相互作用(例如，增加或减少蛋白质、核酸等与蛋白质、核酸、小分子、碳水化合物、脂质等的相互作用)等。
在一些实施例中，本披露提供了用于预防或治疗适合腺苷修饰(例如，将A转化成I或G)的病症、障碍或疾病的技术。如本领域技术人员所理解的，I可执行G的一种或多种功能，例如碱基配对、翻译等。在一些实施例中，G至A突变可通过A至I的转化来校正，使得可以产生G形式核酸的一种或多种产物，例如蛋白。在一些实施例中，本披露提供了用于预防或治疗与突变相关联的病症、障碍或疾病的技术，这些技术包括向易感或患有该病症、障碍或疾病的受试者施用所提供的寡核苷酸或其组合物，该寡核苷酸或组合物可编辑突变。在一些实施例中，本披露提供了用于预防或治疗与G至A突变相关联的病症、障碍或疾病的技术，这些技术包括向易感或患有该病症、障碍或疾病的受试者施用所提供的寡核苷酸或其组合物，该寡核苷酸或组合物可修饰A。在一些实施例中，所提供的技术修饰转录物(例如RNA转录物)中的A。在一些实施例中，A被转化成I。在一些实施例中，在翻译期间，蛋白合成机器将I读作G。在一些实施例中，G/I形式编码一种或多种与由其相应A形式编码的蛋白相比具有一种或多种更高的所需活性和/或一种或多种更好的所需特性的蛋白。在一些实施例中，G/I形式与其相应A形式相比提供更高水平的一种或多种具有一种或多种更高的所需活性和/或一种或多种更好的所需特性的蛋白。在一些实施例中，由G/I形式编码的产物在结构上与由其相应A形式编码的产物不同(例如，更长，在一些实施例中为全长蛋白)。在一些实施例中，G/I形式与其相应的A形式相比提供结构相同的产物(例如，蛋白质)，但G/I形式以更期望的水平提供这样的产物。
附图说明
图1.所提供的技术可以提供编辑。如所展示的，包含各种糖、碱基和/或键联修饰，立体化学及其模式的寡核苷酸(包括各种最邻近核苷修饰)可以提供所需的活性。将HEK293T细胞用靶向MECP2中的提前TGA终止密码子的指定寡核苷酸组合物转染。还将细胞用MECP2-GFP R168X突变构建体和(A)ADAR1-p110或(B)ADAR2构建体转染。通过桑格测序测量RNA编辑(n＝2个生物重复，＊表示n＝1)。“WV-”可能不包括在ID中(例如“42125”是WV-42125)。
图2.所提供的技术可以提供编辑。如所展示的，包含各种糖、碱基和/或键联修饰，立体化学及其模式的寡核苷酸(包括各种最邻近核苷修饰)可以提供所需的活性。将HEK293T细胞用靶向MECP2中的提前TGA终止密码子的寡核苷酸组合物转染。还将细胞用(A)ADAR1-p150和MECP2-GFP R255X突变构建体、(B)ADAR1-p150和MECP2-GFP R270X突变构建体、以及(C)ADAR2和MECP2-GFP R270X突变构建体转染。通过桑格测序测量RNA编辑(n＝2个生物重复，＊表示n＝1)。
图3.所提供的技术可以提供编辑。如所展示的，包含各种糖、碱基和/或键联修饰，立体化学及其模式的寡核苷酸(包括各种最邻近核苷修饰)可以提供所需的活性。将HEK293T细胞用靶向MECP2和ADAR1-p150中的提前TGA终止密码子的寡核苷酸转染。还将细胞用(A)MECP2-GFP R168X突变构建体、(B)MECP2-GFP R255X突变构建体、以及(C)MECP2-GFP R270X突变构建体转染。通过桑格测序测量RNA编辑(n＝2个生物重复，＊表示样品n＝1)。
图4.所提供的技术可以提供经编辑的蛋白质。将HEK293T细胞用靶向MECP2、ADAR1-p150、和MECP2-GFP R168X突变构建体中的提前TGA终止密码子的指定寡核苷酸组合物转染。处理后2天，将细胞裂解并使用MECP2抗体通过蛋白质印迹进行分析。检测到的条带包括内源性MECP2以及编辑的MECP2-GFP融合蛋白(S1、S2、S3表示生物样品重复)。
图5.所提供的技术可以提供具有所需特性和活性的编辑的蛋白质。将HEK293T细胞用靶向MECP2、MECP2-GFP R168X突变构建体和ADAR1-p150、ADAR1-p110、或ADAR2中的提前TGA终止密码子的指定寡核苷酸组合物转染。(A)通过桑格测序测量RNA编辑(n＝1个生物重复)。(B)MECP2 R168X编辑生成的蛋白质。寡核苷酸处理2天后，裂解细胞，以使用GFP和MECP2抗体通过蛋白质印迹进行核组分分析。检测到的条带包括内源性MECP2以及编辑的MECP2-GFP融合蛋白。组蛋白H3用作核组分的内参。
图6.所提供的技术可以提供编辑。如所展示的，包含各种糖、碱基和/或键联修饰，立体化学及其模式的寡核苷酸(包括与靶腺苷相反的各种核苷和邻近核苷)可以提供所需的活性。将HEK293T细胞用靶向MECP2和MECP2-GFP R168X突变构建体中的提前TGA终止密码子的指定寡核苷酸组合物转染。还将细胞用(A)ADAR1-P150、(B)ADAR1-P110、和(C)ADAR2转染。通过桑格测序测量RNA编辑(n＝2个生物重复，＊表示n＝1)。
图7.所提供的技术可以提供编辑。如所展示的，包含各种糖、碱基和/或键联修饰，立体化学及其模式的寡核苷酸(包括与靶腺苷相反的各种核苷和/或邻近核苷)可以提供所需的活性。将HEK293T细胞用靶向MECP2和MECP2-GFP R168X突变构建体中的提前TGA终止密码子的指定寡核苷酸组合物转染。还将细胞用(A)ADAR1-P150、(B)ADAR1-P110、和(C)ADAR2转染。通过桑格测序测量RNA编辑(n＝2个生物重复，＊表示n＝1)。
图8.所提供的技术可以提供编辑。如所展示的，包含各种糖、碱基和/或键联修饰，立体化学及其模式的寡核苷酸(包括与靶腺苷相反的各种核苷和/或邻近核苷)可以提供所需的活性。将HEK293T细胞用靶向MECP2和MECP2-GFP R168X突变构建体中的提前TGA终止密码子的指定寡核苷酸组合物转染。还将细胞用(A)ADAR1-P150、(B)ADAR1-P110、和(C)ADAR2转染。通过桑格测序测量RNA编辑(n＝2个生物重复，＊表示n＝1)。
图9.所提供的技术可以提供编辑。如所展示的，包含各种糖、碱基和/或键联修饰，立体化学及其模式的寡核苷酸(包括与靶腺苷相反的各种核苷和/或邻近核苷)可以提供所需的活性。将HEK293T细胞用靶向MECP2和MECP2-GFP R168X突变构建体中的提前TGA终止密码子的指定寡核苷酸组合物转染。还将细胞用(A)ADAR1-P150、(B)ADAR1-P110、和(C)ADAR2转染。通过桑格测序测量RNA编辑(n＝2个生物重复，＊表示样品n＝1)。
图10.所提供的技术可以提供编辑。将HEK293T细胞用靶向MECP2和MECP2-GFPR168X突变构建体中的提前TGA终止密码子的指定寡核苷酸组合物转染。还将细胞用(A)ADAR1-P150、(B)ADAR1-P110、和(C)ADAR2转染。通过桑格测序测量RNA编辑(n＝2个生物重复)。在一些实施例中，与位置24、25或26，或23、24、25、26，或22、23、24、或25处的靶腺苷相反的核苷与其他位置处的相比提供更高的编辑水平。
图11.所提供的技术可以提供编辑。如所展示的，包含各种糖、碱基和/或键联修饰，立体化学及其模式的寡核苷酸可以提供所需的活性。将HEK293T细胞用靶向MECP2和MECP2-GFP R168X突变构建体中的提前TGA终止密码子的指定寡核苷酸组合物转染。还将细胞用(A)ADAR1-P150、(B)ADAR1-P110、和(C)ADAR2转染。通过桑格测序测量RNA编辑(n＝2个生物重复)。
图12.所提供的技术可以提供编辑。如所展示的，包含各种糖、碱基和/或键联修饰，立体化学及其模式的寡核苷酸可以提供所需的活性。将HEK293T细胞用靶向MECP2和MECP2-GFP R168X突变构建体中的提前TGA终止密码子的指定寡核苷酸组合物转染。还将细胞用(A)ADAR1-P150、(B)ADAR1-P110、和(C)ADAR2转染。通过桑格测序测量RNA编辑(n＝2个生物重复)。
图13.所提供的技术可以提供编辑。如所展示的，包含各种糖、碱基和/或键联修饰，立体化学及其模式，和各种最邻近核碱基(例如N-1的)的寡核苷酸可以提供所需的活性。将HEK293T细胞用靶向MECP2和MECP2-GFP R168X突变构建体中的提前TGA终止密码子的指定寡核苷酸组合物转染。还将细胞用(A)ADAR1-P150、(B)ADAR1-P110、和(C)ADAR2转染。通过桑格测序测量RNA编辑(n＝2个生物重复)。
图14.所提供的技术可以提供编辑。如所展示的，包含各种糖、碱基和/或键联修饰，立体化学及其模式的寡核苷酸(包括与靶腺苷相反的各种核苷和/或邻近核苷)可以提供所需的活性。将HEK293T细胞用靶向MECP2和MECP2-GFP R168X突变构建体中的提前TGA终止密码子的指定寡核苷酸组合物转染。还将细胞用(A)ADAR1-P150、(B)ADAR1-P110、和(C)ADAR2转染。通过桑格测序测量RNA编辑(n＝2个生物重复)。
图15.所提供的技术可以提供编辑。如所展示的，包含各种糖、碱基和/或键联修饰，立体化学及其模式的寡核苷酸可以提供所需的活性。将HEK293T细胞用靶向MECP2和MECP2-GFP R168X突变构建体中的提前TGA终止密码子的指定寡核苷酸组合物转染。还将细胞用(A)ADAR1-P150、(B)ADAR1-P110、和(C)ADAR2转染。通过桑格测序测量RNA编辑(n＝2个生物重复)。在一些实施例中，与位置22、23、24、或25处的靶腺苷相反的核苷与其他位置处的相比提供更高的编辑水平。
图16.所提供的技术可以提供编辑。如所展示的，包含各种糖、碱基和/或键联修饰，立体化学及其模式的寡核苷酸可以提供所需的活性。将HEK293T细胞用靶向MECP2和MECP2-GFP R168X突变构建体中的提前TGA终止密码子的指定寡核苷酸组合物转染。还将细胞用(A)ADAR1-P150、(B)ADAR1-P110、和(C)ADAR2转染。通过桑格测序测量RNA编辑(n＝2个生物重复)。在一些实施例中，与位置22、23、24、25或26处的靶腺苷相反的核苷与其他位置处的相比提供更高的编辑水平。
图17.所提供的技术可以提供编辑。在一些实施例中，具有和不具有CpG化学修饰的寡核苷酸可以提供编辑。将HEK293T细胞用靶向MECP2和MECP2-GFP R168X突变构建体中的提前TGA终止密码子的指定寡核苷酸组合物转染。还将细胞用(A)ADAR1-P150、(B)ADAR1-P110、和(C)ADAR2转染。通过桑格测序测量RNA编辑(n＝2个生物重复)。
图18.所提供的技术可以提供编辑。如所展示的，包含各种糖、碱基和/或键联修饰，立体化学及其模式的寡核苷酸(包括与靶腺苷相反的各种核苷)可以提供所需的活性。将HEK293T细胞用靶向MECP2和MECP2-GFP R168X突变构建体中的提前TGA终止密码子的指定寡核苷酸组合物转染。还将细胞用(A)ADAR1-P150、(B)ADAR1-P110、和(C)ADAR2转染。通过桑格测序测量RNA编辑(n＝2个生物重复)。
图19.所提供的技术可以提供编辑。如所展示的，寡核苷酸可以在有或没有非靶向寡核苷酸的情况下提供高编辑水平。在一些实施例中，某些非靶向寡核苷酸的存在增加编辑水平。将HEK293T细胞用剂量为12.5nM的靶向MECP2和MECP2-GFP R168X突变构建体中的提前TGA终止密码子的指定寡核苷酸组合物转染(大约1.25ug/孔)。还将细胞用ADAR1-p110质粒转染。48小时后，收获细胞并通过桑格测序测量RNA编辑(n＝2个生物重复)。X轴表示寡核苷酸组合物(“WV-”可能不包括在组合物ID中(例如，“45129”是WV-45129))，而Y轴表示编辑百分比。误差条表示平均值的标准差。
图20.所提供的技术可以提供编辑。在一些实施例中，与靶腺苷相反的核苷和/或各种最邻近核苷的化学修饰可以提供所需的活性。在一些实施例中，与靶腺苷相反的核苷和/或各种最邻近核苷的化学修饰可以提供增加水平的编辑。寡核苷酸组合物均靶向MECP2编码序列内的提前TGA终止密码子。将患者衍生的(MECP2R168X)皮层神经元通过裸式摄取用10uM或3.3uM的剂量的所示组合物处理，如所示。处理5天后通过扩增子测序测量A至G编辑(n＝2个生物重复，NA＝未分析样品)。X轴表示寡核苷酸组合物(“WV-”可能不包括在组合物ID中(例如，“45115”是WV-45115))，而Y轴表示编辑百分比。误差条表示平均值的标准差。
图21.所提供的技术可以提供编辑。在一些实施例中，各种最邻近核苷和编辑位点位置可以提供所需的活性。寡核苷酸组合物均靶向MECP2编码序列内的提前TGA终止密码子。将患者衍生的(MECP2R168X)皮层神经元通过裸式摄取用10uM或3.3uM的剂量的所示组合物处理，如所示。处理5天后通过扩增子测序测量A至G编辑(n＝2个生物重复，NA＝未分析样品)。X轴表示寡核苷酸组合物(“WV-”可能不包括在组合物ID中(例如，“45131”是WV-45131))，而Y轴表示编辑百分比。误差条表示平均值的标准差。
图22.所提供的技术可以提供编辑。在一些实施例中，各种化学修饰和核苷酸间键联可以提供所需的活性。寡核苷酸组合物均靶向MECP2编码序列内的提前TGA终止密码子。将患者衍生的(MECP2R168X)皮层神经元通过裸式摄取用10uM或3.3uM的剂量的所示组合物处理，如所示。处理5天后通过扩增子测序测量A至G编辑(n＝2个生物重复)。X轴表示寡核苷酸组合物(“WV-”可能不包括在组合物ID中(例如，“45096”是WV-45096))，而Y轴表示编辑百分比。误差条表示平均值的标准差。
图23.所提供的技术可以提供编辑。在一些实施例中，PN核苷酸间键联的各种定位可以提供编辑。在一些实施例中，PN核苷酸间键联的各种定位可以提供增加水平的编辑。寡核苷酸组合物均靶向MECP2编码序列内的提前TGA终止密码子。将患者衍生的(MECP2R168X)皮层神经元通过裸式摄取用10uM剂量的所示组合物处理，如所示。处理6天后通过扩增子测序测量A至G编辑(n＝4个生物重复)。X轴表示寡核苷酸组合物(“WV-”可能不包括在组合物ID中(例如，“45129”是WV-45129))，而Y轴表示编辑百分比。误差条表示平均值的标准差。
图24.所提供的技术可以提供编辑。在一些实施例中，各种化学修饰可以提供所需的活性。在一些实施例中，各种化学修饰可以提供增加水平的编辑。寡核苷酸组合物均靶向MECP2编码序列内的提前TGA终止密码子。将患者衍生的(MECP2R168X)皮层神经元通过裸式摄取用10uM剂量的所示组合物处理，如所示。处理6天后通过扩增子测序测量A至G编辑(n＝2个生物重复)。X轴表示寡核苷酸组合物(“WV-”可能不包括在组合物ID中(例如，“45129”是WV-45129))，而Y轴表示编辑百分比。误差条表示平均值的标准差。
图25.所提供的技术可以提供编辑。在一些实施例中，PO核苷酸间键联的各种定位可以提供所需的活性。在一些实施例中，PO核苷酸间键联的各种定位可以提供增加水平的编辑。寡核苷酸都具有靶向MECP2编码序列内的提前TGA终止密码子的相同序列。将患者衍生的(MECP2R168X)皮层神经元通过裸式摄取用10uM剂量的所示组合物处理，如所示。处理6天后通过扩增子测序测量A至G编辑(n＝2个生物重复)。X轴表示寡核苷酸组合物(“WV-”可能不包括在组合物ID中(例如，“45129”是WV-45129))，而Y轴表示编辑百分比。误差条表示平均值的标准差。
图26.所提供的技术可以提供编辑。在一些实施例中，各种化学修饰可以提供所需的活性。在一些实施例中，各种化学修饰可以提供增加水平的编辑。寡核苷酸组合物均靶向MECP2编码序列内的提前TGA终止密码子。将患者衍生的(MECP2R168X)皮层神经元通过裸式摄取用10uM剂量的所示组合物处理，如所示。处理6天后通过扩增子测序测量A至G编辑(n＝2个生物重复)。X轴表示寡核苷酸组合物(“WV-”可能不包括在组合物ID中(例如，“45129”是WV-45129))，而Y轴表示编辑百分比。误差条表示平均值的标准差。
图27.所提供的技术可以提供编辑。在一些实施例中，各种立体化学或其模式可以提供所需的活性。在一些实施例中，各种立体化学或其模式可以提供增加水平的编辑。寡核苷酸组合物均靶向MECP2编码序列内的提前TGA终止密码子。将患者衍生的(MECP2R168X)皮层神经元通过裸式摄取用10uM剂量的所示组合物处理，如所示。处理6天后通过扩增子测序测量A至G编辑(n＝2个生物重复)。X轴表示寡核苷酸组合物(“WV-”可能不包括在组合物ID中(例如，“45129”是WV-45129))，而Y轴表示编辑百分比。误差条表示平均值的标准差。
图28.所提供的技术可以提供编辑。在一些实施例中，各种化学修饰、核苷酸间键联、立体化学及其模式和编辑位点位置可以提供所需的活性。寡核苷酸组合物均靶向MECP2编码序列内的提前TGA终止密码子。将患者衍生的(MECP2R168X)皮层神经元通过裸式摄取用10uM剂量的所示组合物处理，如所示。处理6天后通过扩增子测序测量A至G编辑(n＝2个生物重复)。X轴表示寡核苷酸组合物(“WV-”可能不包括在组合物ID中(例如，“45129”是WV-45129))，而Y轴表示编辑百分比。误差条表示平均值的标准差。
图29.所提供的技术可以提供编辑。在一些实施例中，摆动的各种定位可以提供所需的活性。寡核苷酸组合物均靶向MECP2编码序列内的提前TGA终止密码子。将患者衍生的(MECP2R168X)皮层神经元通过裸式摄取用10uM剂量的所示组合物处理，如所示。处理6天后通过扩增子测序测量A至G编辑(n＝2个生物重复)。X轴表示寡核苷酸组合物(“WV-”可能不包括在组合物ID中(例如，“45129”是WV-45129))，而Y轴表示编辑百分比。误差条表示平均值的标准差。
图30.所提供的技术可以提供编辑。在一些实施例中，错配的各种定位可以提供所需的活性。寡核苷酸组合物均靶向MECP2编码序列内的提前TGA终止密码子。将患者衍生的(MECP2R168X)皮层神经元通过裸式摄取用10uM剂量的所示组合物处理，如所示。处理6天后通过扩增子测序测量A至G编辑(n＝2个生物重复)。X轴表示寡核苷酸组合物(“WV-”可能不包括在组合物ID中(例如，“45129”是WV-45129))，而Y轴表示编辑百分比。误差条表示平均值的标准差。
具体实施方式
通过参考某些实施例的以下详细描述，可以更容易地理解本披露的技术。
定义
如本文所用，除非另外指明，否则应当应用下列定义。出于本披露的目的，根据元素周期表(Periodic Table of the Elements)，CAS版本，Handbook of Chemistry andPhysics[化学与物理手册]，第75版来鉴别化学元素。另外，有机化学的一般原理描述于“Organic Chemistry[有机化学]”，Thomas Sorrell，University Science Books[大学科学书籍]，索萨利托：1999以及“March’s Advanced Organic Chemistry[马奇高级有机化学]”，第5版，编辑：Smith，M.B.和March，J.，John Wiley&Sons[约翰威利父子公司]，纽约：2001中。
如本文在本披露中使用的，除非上下文另有明确说明，否则(i)术语“一个(a)”或“一种(an)”可以理解为是指“至少一个”；(ii)术语“或”可以理解为“和/或”；(iii)术语“包含(comprising、comprise)”，“包括(including)”(无论是否与“不限于”一起使用)和“包括(include)”(无论是否与“不限于”一起使用)可以理解为涵盖逐项列出的组分或步骤，无论是单独显示还是与一个或多个其他组分或步骤一起显示；(iv)术语“另一个”可以理解为是指至少一个另外的/第二的一个或多个；(v)术语“约”和“大约”可以理解为允许标准差，如本领域普通技术人员将理解的那样；和(vi)提供范围的情况下，包括端点。
除非另有说明，否则寡核苷酸及其元件(例如，碱基序列、糖修饰、核苷酸间键联、键联磷立体化学、其模式等)的描述是从5′至3′进行的。如本领域的技术人员将理解，在一些实施例中，寡核苷酸可以作为盐形式，特别是药学上可接受的盐形式(例如，钠盐)提供和/或使用。如本领域技术人员也将理解的，在一些实施例中，组合物中的单一寡核苷酸可被认为具有相同的构成和/或结构，即使在这样的组合物(例如，液体组合物)中，特别地，这样的寡核苷酸在特定时间可能处于不同的一种或多种盐形式(并且例如在液体组合物中时，其可以溶解并且寡核苷酸链可以阴离子形式存在)。例如，本领域技术人员将理解，在给定的pH下，沿着寡核苷酸链的单个核苷酸间键联可以呈酸(H)形式，或呈多种可能的盐形式之一(例如，钠盐或不同阳离子的盐，取决于制备物或组合物中可能存在哪些离子)，并且将会理解，只要它们的酸形式(例如，用H+替换所有阳离子，如果有的话)具有相同的构成和/或结构，这样的单一寡核苷酸可以适当地认为具有相同的构成和/或结构。
脂肪族：如本文所用，“脂肪族”意指完全饱和或含有一个或多个不饱和单元(但非芳族)的直链(即非支链)或支链的经取代或未取代的烃链，或完全饱和或含有一个或多个不饱和单元(但非芳族)的经取代或未取代的单环、双环或多环烃环，或其组合。在一些实施例中，脂肪族基团含有1-50个脂肪族碳原子。在一些实施例中，脂肪族基团含有1-20个脂肪族碳原子。在其他实施例中，脂肪族基团含有1-10个脂肪族碳原子。在其他实施例中，脂肪族基团含有1-9个脂肪族碳原子。在其他实施例中，脂肪族基团含有1-8个脂肪族碳原子。在其他实施例中，脂肪族基团含有1-7个脂肪族碳原子。在其他实施例中，脂肪族基团含有1-6个脂肪族碳原子。在仍其他实施例中，脂肪族基团含有1-5个脂肪族碳原子，并且在又其他实施例中，脂肪族基团含有1、2、3或4个脂肪族碳原子。合适的脂肪族基团包括但不限于直链或支链的经取代或未取代的烷基、烯基、炔基及其杂合物，如(环烷基)烷基、(环烯基)烷基或(环烷基)烯基。
烯基：如本文所用，术语“烯基”是指如本文所定义的具有一个或多个双键的脂肪族基团。
烷基：如本文所用，术语“烷基”以其本领域中的一般含义给出，并且可以包括饱和脂肪族基团，包括直链烷基、支链烷基、环烷基(脂环族基)、经烷基取代的环烷基和经环烷基取代的烷基。在一些实施例中，烷基具有1-100个碳原子。在某些实施例中，直链或支链烷基的骨架中具有约1-20个碳原子(例如，直链是C1-C20，支链是C2-C20)，替代性地具有约1-10个碳原子。在一些实施例中，环烷基环在这样的环为单环、双环或多环时在其环结构中具有约3-10个碳原子，替代性地在环结构中具有约5、6或7个碳。在一些实施例中，烷基可以是低级烷基，其中低级烷基包含1-4个碳原子(例如，直链低级烷基是C1-C4)。
炔基：如本文所用，术语“炔基”是指如本文所定义的具有一个或多个三键的脂肪族基团。
类似物：术语“类似物”包括在结构上与参考化学部分或部分类别不同但能执行这样的参考化学部分或部分类别的至少一种功能的任何化学部分。作为非限制性实例，核苷酸类似物在结构上与核苷酸不同，但能执行核苷酸的至少一种功能；核碱基类似物在结构上与核碱基不同，但能执行核碱基的至少一种功能；等等。
动物：如本文所用，术语“动物”是指动物界的任何成员。在一些实施例中，“动物”是指处于任何发育阶段的人。在一些实施例中，“动物”是指处于任何发育阶段的非人动物。在某些实施例中，非人类动物是哺乳动物(例如，啮齿类动物、小鼠、大鼠、兔、猴、狗、猫、羊、牛、灵长类动物和/或猪)。在一些实施例中，动物包括但不限于哺乳动物、鸟类、爬行动物、两栖动物、鱼类和/或蠕虫。在一些实施例中，动物可是转基因动物、经基因工程化的动物和/或克隆体。
芳基：如本文所用，单独使用或作为较大部分如“芳烷基”、“芳烷氧基”或“芳氧基烷基”的一部分使用的术语“芳基”是指总共具有五个至三十个环成员的单环、双环或多环环系，其中体系中的至少一个环是芳族的。在一些实施例中，芳基为总共具有五个至十四个环成员的单环、双环或多环环系，其中体系中的至少一个环是芳族的，并且其中体系中的各环含有3至7个环成员。在一些实施例中，每个单环单元是芳族的。在一些实施例中，芳基是联芳基。术语“芳基”与术语“芳基环”可互换使用。在本披露的某些实施例中，“芳基”是指包括但不限于苯基、联苯基、萘基、联萘基、蒽基等的芳族环系，其可具有一个或多个取代基。如本文所用，还包括在术语“芳基”的范围内的是其中芳族环与一个或多个非芳族环稠合的基团，如茚满基、邻苯二甲酰亚胺基、萘啶基、啡啶基或四氢萘基等。
特征性部分：如本文所用，术语“特征性部分”在最广泛的意义上是指下述物质部分：其存在(或不存在)与该物质的特定特征、属性或活性的存在(或不存在)相关。在一些实施例中，物质的特征性部分是在该物质中和在共享特定特征、属性或活性的相关物质中发现，而未在不共享特定特征、属性或活性的那些物质中发现的部分。在某些实施例中，特征性部分与完整物质共享至少一个功能特性。例如，在一些实施例中，蛋白或多肽的“特征性部分”是含有氨基酸的连续区段或氨基酸的连续区段的集合的部分，这些氨基酸区段一起是蛋白或多肽特有的。在一些实施例中，每个这样的连续区段通常含有至少2、5、10、15、20、50或更多个氨基酸。通常，物质的特征性部分(例如，蛋白、抗体等的特征性部分)是这样的部分，其除了上文指定的序列和/或结构同一性之外，还与相关的完整物质共享至少一种功能特性。在一些实施例中，特征性部分可以是生物活性的。
手性控制：如本文所用，“手性控制”是指控制寡核苷酸内的手性核苷酸间键联中的手性键联磷的立体化学标识。如本文所用，手性核苷酸间键联是其键联磷为手性的核苷酸间键联。在一些实施例中，通过寡核苷酸的糖和碱基部分中不存在的手性元件实现控制，例如，在一些实施例中，通过在寡核苷酸制备期间使用一种或多种手性助剂实现控制，这些手性助剂通常是寡核苷酸制备期间使用的手性亚磷酰胺的一部分。与手性控制形成对比，本领域普通技术人员将认识到，如果使用常规寡核苷酸合成来形成手性核苷酸间键联，则不使用手性助剂的这样的常规寡核苷酸合成不能控制手性核苷酸间键联处的立体化学。在一些实施例中，控制寡核苷酸内每个手性核苷酸间键联中的每个手性键联磷的立体化学标识。
手性控制的寡核苷酸组合物：如本文所用，术语“手性控制的寡核苷酸组合物”、“手性控制的核酸组合物”等是指包含多个寡核苷酸(或核酸)的组合物，该多个寡核苷酸(或核酸)共享共同碱基序列，其中该多个寡核苷酸(或核酸)在一个或多个手性核苷酸间键联(手性控制的或立体限定的核苷酸间键联，其手性键联磷在组合物中呈Rp或Sp(“立体限定的”)，而非如同非手性控制的核苷酸间键联一样的随机Rp和Sp混合物)处共享相同的键联磷立体化学。在一些实施例中，手性控制的寡核苷酸组合物包含共享以下的多个寡核苷酸(或核酸)：1)共同碱基序列，2)共同骨架键联模式，以及3)共同骨架磷修饰模式，其中该多个寡核苷酸(或核酸)在一个或多个手性核苷酸间键联(手性控制的或立体限定的核苷酸间键联，其手性键联磷在组合物中呈Rp或Sp(“立体限定的”)，而非如同非手性控制的核苷酸间键联一样的随机Rp和Sp混合物)处共享相同的键联磷立体化学。与非手性控制的寡核苷酸组合物中的随机水平相比，手性控制的寡核苷酸组合物中该多个寡核苷酸(或核酸)的水平是预定的/控制的或富集的(例如，通过手性控制的寡核苷酸制备以立体选择性地形成一个或多个手性核苷酸间键联)。在一些实施例中，手性控制的寡核苷酸组合物中的所有寡核苷酸的约1％-100％(例如，约5％-100％、10％-100％、20％-100％、30％-100％、40％-100％、50％-100％、60％-100％、70％-100％、80％-100％、90％-100％、95％-100％、50％-90％，或约5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％，或至少5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％)是该多个寡核苷酸。在一些实施例中，手性控制的寡核苷酸组合物中共享共同的碱基序列、共同骨架键联模式以及共同骨架磷修饰模式的所有寡核苷酸的约1％-100％(例如，约5％-100％、10％-100％、20％-100％、30％-100％、40％-100％、50％-100％、60％-100％、70％-100％、80％-100％、90％-100％、95％-100％、50％-90％，或约5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％，或至少5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％)是该多个寡核苷酸。在一些实施例中，水平为组合物中的所有寡核苷酸的；或组合物中共享共同的碱基序列(例如，多个寡核苷酸或一种寡核苷酸类型的碱基序列)的所有寡核苷酸的；或组合物中共享共同的碱基序列、共同骨架键联模式以及共同骨架磷修饰模式的所有寡核苷酸的；或组合物中共享共同的碱基序列、共同碱基修饰模式、共同糖修饰模式、共同核苷酸间键联类型模式、和/或共同核苷酸间键联修饰模式的所有寡核苷酸的约1％-100％(例如，约5％-100％、10％-100％、20％-100％、30％-100％、40％-100％、50％-100％、60％-100％、70％-100％、80％-100％、90％-100％、95％-100％、50％-90％，或约5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％，或至少5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％)。在一些实施例中，该多个寡核苷酸在约1-50个(例如，约1-10、1-20、5-10、5-20、10-15、10-20、10-25、10-30，或约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、或20，或至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、或20个)手性核苷酸间键联处共享相同的立体化学。在一些实施例中，该多个寡核苷酸在约1％-100％(例如，约5％-100％、10％-100％、20％-100％、30％-100％、40％-100％、50％-100％、60％-100％、70％-100％、80％-100％、90％-100％、95％-100％、50％-90％，约5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％，或至少5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或99％)的手性核苷酸间键联处共享相同的立体化学。在一些实施例中，多个寡核苷酸(或核酸)共享相同的糖和/或核碱基修饰模式。在一些实施例中，多个寡核苷酸(或核酸)是相同寡核苷酸的多种形式(例如，相同寡核苷酸的酸和/或多种盐)。在一些实施例中，多个寡核苷酸(或核酸)具有相同的构成。在一些实施例中，多个寡核苷酸(或核酸)的水平为组合物中的与多个寡核苷酸(或核酸)具有相同构成的所有寡核苷酸(或核酸)的约1％-100％(例如，约5％-100％、10％-100％、20％-100％、30％-100％、40％-100％、50％-100％、60％-100％、70％-100％、80％-100％、90％-100％、95％-100％、50％-90％，或约5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％，或至少5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％)。在一些实施例中，每个手性核苷酸间键联是手性控制的核苷酸间键联，并且组合物是完全手性控制的寡核苷酸组合物。在一些实施例中，多个寡核苷酸(或核酸)在结构上相同。在一些实施例中，手性控制的核苷酸间键联具有至少80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或99.5％，典型地至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或99.5％的非对映纯度。在一些实施例中，手性控制的核苷酸间键联具有至少95％的非对映纯度。在一些实施例中，手性控制的核苷酸间键联具有至少96％的非对映纯度。在一些实施例中，手性控制的核苷酸间键联具有至少97％的非对映纯度。在一些实施例中，手性控制的核苷酸间键联具有至少98％的非对映纯度。在一些实施例中，手性控制的核苷酸间键联具有至少99％的非对映纯度。在一些实施例中，水平的百分比为或至少为(DS)nc，其中DS为如本披露所述的非对映纯度(例如，90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或99.5％或更高)，并且nc为如本披露所述的手性键联磷的数目(例如，1-50、1-40、1-30、1-25、1-20、5-50、5-40、5-30、5-25、5-20，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25个或更多个)。在一些实施例中，水平的百分比为或至少为(DS)nc，其中DS为如本披露所述的非对映纯度(例如，90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或99.5％或更高)，并且nc为如本披露所述的手性控制的核苷酸间键联的数目(例如，1-50、1-40、1-30、1-25、1-20、5-50、5-40、5-30、5-25、5-20，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25个或更多个)。在一些实施例中，水平的百分比为或至少为(DS)nc，其中DS为95％-100％。例如，当DS为99％并且nc为10时，该百分比为或至少为90％((99％)10≈0.90＝90％)。在一些实施例中，组合物中多个寡核苷酸的水平表示为寡核苷酸中每个手性控制的核苷酸间键联链的非对映纯度的乘积。在一些实施例中，连接寡核苷酸(或核酸)中的两个核苷的核苷酸间键联的非对映纯度由连接相同的两个核苷的二聚体的核苷酸间键联的非对映纯度表示，其中使用可比较的条件，在一些情况下，相同的合成循环条件制备二聚体(例如，对于寡核苷酸......NxNy......中Nx与Ny之间的键联，二聚体是NxNy)。在一些实施例中，不是所有的手性核苷酸间键联都是手性控制的核苷酸间键联，并且组合物是部分地手性控制的寡核苷酸组合物。在一些实施例中，如在立体随机寡核苷酸组合物(例如，如本领域技术人员所理解的，来自传统寡核苷酸合成，例如亚磷酰胺方法)中通常观察到的，非手性控制的核苷酸间键联具有小于约80％、75％、70％、65％、60％、55％或约50％的非对映纯度。在一些实施例中，多个寡核苷酸(或核酸)具有相同的类型。在一些实施例中，手性控制的寡核苷酸组合物包含非随机水平或控制水平的各个寡核苷酸类型或核酸类型。例如，在一些实施例中，手性控制的寡核苷酸组合物包含一种且不超过一种寡核苷酸类型。在一些实施例中，手性控制的寡核苷酸组合物包含超过一种寡核苷酸类型。在一些实施例中，手性控制的寡核苷酸组合物包含多种寡核苷酸类型。在一些实施例中，手性控制的寡核苷酸组合物是一种寡核苷酸类型的寡核苷酸的组合物，该组合物包含非随机水平或控制水平的该寡核苷酸类型的多个寡核苷酸。
可比较的：术语“可比较的”在本文中用于描述两组(或更多组)彼此充分相似的条件或环境，以允许比较所获得的结果或观察到的现象。在一些实施例中，可比较的条件或环境的组的特征在于多个基本上相同的特征和一个或少数变化的特征。本领域普通技术人员将理解，当由足够数量和类型的基本上相同的特征表征时，条件的组彼此是可比较的，以保证合理的结论，即在不同组的条件或环境下获得的结果或观察到的现象的差异是由那些变化的特征的变化引起或指示的。
环脂肪族：术语“环脂肪族(cycloaliphatic)”、“碳环(carbocycle)”、“碳环基(carbocyclyl)”、“碳环基团(carbocyclic radical)”和“碳环(carbocyclic ring)”可互换使用，并且如本文所用，是指除非另有说明否则具有3至30个环成员的如本文所述的饱和或部分不饱和但非芳族的环状脂肪族单环、双环或多环环系。环脂肪族基团包括但不限于环丙基、环丁基、环戊基、环戊烯基、环己基、环己烯基、环庚基、环庚烯基、环辛基、环辛烯基、降莰基、金刚烷基和环辛二烯基。在一些实施例中，环脂肪族基团具有3-6个碳。在一些实施例中，环脂肪族基团是饱和的并且是环烷基。术语“环脂肪族”还可包括与一个或多个芳族或非芳族环稠合的脂肪族环，如十氢萘基或四氢萘基。在一些实施例中，环脂肪族基团是双环的。在一些实施例中，环脂肪族基团是三环的。在一些实施例中，环脂肪族基团是多环的。在一些实施例中，“环脂肪族”是指完全饱和或含有一个或多个不饱和单元但非芳族的C3-C6单环烃或C8-C10双环或多环烃，其具有连至分子的其余部分的单一连接点，或是指完全饱和或含有一个或多个不饱和单元但非芳族的C9-C16多环烃，其具有连至分子的其余部分的单一连接点。
杂脂肪族：如本文所用，术语“杂脂肪族”以它在本领域中的普通含义给出，并且是指其中一个或多个碳原子独立地被一个或多个杂原子(例如，氧、氮、硫、硅、磷等)代替的如本文所述的脂肪族基团。在一些实施例中，选自C、CH、CH2及CH3的一个或多个单元独立地被一个或多个杂原子(包括其经氧化和/或取代形式)代替。在一些实施例中，杂脂肪族基团是杂烷基。在一些实施例中，杂脂肪族基团是杂烯基。
杂烷基：如本文所用，术语“杂烷基”以它在本领域中的普通含义给出，并且是指其中一个或多个碳原子独立地被一个或多个杂原子(例如，氧、氮、硫、硅、磷等)代替的如本文所述的烷基。杂烷基的实例包括但不限于烷氧基、聚(乙二醇)-、经烷基取代的氨基、四氢呋喃基、哌啶基、吗啉基等。
杂芳基：如本文所用，单独使用或作为较大部分例如“杂芳烷基”或“杂芳烷氧基”的一部分使用的术语“杂芳基”和“杂芳-”是指总共具有五个至三十个环成员的单环、双环或多环环系，其中系统中的至少一个环是芳族且至少一个芳族环原子为杂原子。在一些实施例中，杂芳基是具有5至10个环原子的基团(即，单环、双环或多环)，在一些实施例中具有5、6、9或10个环原子。在一些实施例中，每个单环单元是芳族的。在一些实施例中，杂芳基具有在环状阵列中共享的6、10或14个π电子；并且除碳原子外，还具有一至五个杂原子。杂芳基包括但不限于噻吩基、呋喃基、吡咯基、咪唑基、吡唑基、三唑基、四唑基、噁唑基、异噁唑基、噁二唑基、噻唑基、异噻唑基、噻二唑基、吡啶基、哒嗪基、嘧啶基、吡嗪基、吲嗪基、嘌呤基、萘啶基和蝶啶基。在一些实施例中，杂芳基是杂联芳基，如联吡啶基等。如本文所用，术语“杂芳基”和“杂芳-”还包括其中杂芳族环与一个或多个芳基环、环脂肪族环或杂环基环稠合的基团，其中附接基团或附接点在杂芳族环上。非限制性实例包括吲哚基、异吲哚基、苯并噻吩基、苯并呋喃基、二苯并呋喃基、吲唑基、苯并咪唑基、苯并噻唑基、喹啉基、异喹啉基、噌啉基、酞嗪基、喹唑啉基、喹喔啉基、4H-喹嗪基、咔唑基、吖啶基、吩嗪基、吩噻嗪基、吩噁嗪基、四氢喹啉基、四氢异喹啉基、以及吡啶并[2，3-b]-1，4-噁嗪-3(4H)-酮。杂芳基可以是单环的、双环的或多环的。术语“杂芳基”可以与术语“杂芳基环”、“杂芳基基团”或“杂芳族基”互换使用，这些术语中的任一者包括任选地经取代的环。术语“杂芳烷基”是指被杂芳基取代的烷基，其中烷基部分和杂芳基部分独立地任选地经取代。
杂原子：如本文所用，术语“杂原子”意指不是碳或氢的原子。在一些实施例中，杂原子是硼、氧、硫、氮、磷或硅(包括氮、硫、磷或硅的氧化形式；氮(例如，季铵化形式、亚胺基团中的形式等)、磷、硫、氧的带电形式；等等)。在一些实施例中，杂原子是硅、磷、氧、硫或氮。在一些实施例中，杂原子是硅、氧、硫或氮。在一些实施例中，杂原子是氧、硫或氮。
杂环：如本文所用，术语“杂环(heterocycle)”、“杂环基(heterocyclyl)”、“杂环基团(heterocyclic radical)”和“杂环(heterocyclic ring)”如本文所用可互换使用，并且是指饱和或部分不饱和且具有一个或多个杂原子环原子的单环、双环或多环部分(例如，3-30元)。在一些实施例中，杂环基是稳定的5元至7元单环或7元至10元双环杂环部分，其是饱和或部分不饱和的且除碳原子外具有一个或多个、优选地一至四个如以上所定义的杂原子。当关于杂环的环原子使用时，术语“氮”包括经取代的氮。作为实例，在具有0-3个选自氧、硫和氮的杂原子的饱和或部分不饱和环中，氮可以是N(如在3，4-二氢-2H-吡咯基中)、NH(如在吡咯烷基中)或+NR(如在经N-取代的吡咯烷基中)。杂环可以在产生稳定结构的任何杂原子或碳原子处与其侧基附接，并且任何环原子可以任选地经取代。这样的饱和或部分不饱和的杂环基团的实例包括但不限于四氢呋喃基、四氢噻吩基、吡咯烷基、哌啶基、吡咯啉基、四氢喹啉基、四氢异喹啉基、十氢喹啉基、噁唑烷基、哌嗪基、二噁烷基、二氧戊环基、二氮杂基、氧氮杂基、硫氮杂基、吗啉基和奎宁环基。术语“杂环(heterocycle)”、“杂环基(heterocyclyl)”、“杂环基环(heterocyclyl ring)”、“杂环基团(heterocyclic group)”、“杂环部分(heterocyclic moiety)”和“杂环基团(heterocyclicradical)”在本文中可互换使用，并且还包括其中杂环基环与一个或多个芳基、杂芳基或环脂肪族环稠合的基团，如吲哚啉基、3H-吲哚基、苯并二氢吡喃基、菲啶基或四氢喹啉基。杂环基可以是单环的、双环的或多环的。术语“杂环基烷基”是指被杂环基取代的烷基，其中烷基部分和杂环基部分独立地任选地经取代。
同一性：如本文所用，术语“同一性”是指聚合分子之间，例如核酸分子(例如，寡核苷酸、DNA、RNA等)之间和/或多肽分子之间的整体相关性。在一些实施例中，如果聚合分子的序列是至少25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或99％相同的，则认为它们彼此“基本上相同”。例如，两个核酸或多肽序列的同一性百分比的计算可以通过为了最佳比较目的而对两个序列进行比对来进行(例如，可以在第一序列和第二序列中的一个或两个中引入缺口以实现最佳比对，并且出于比较目的，可以忽略不相同的序列)。在某些实施例中，为了比较目的而比对的序列的长度为参考序列长度的至少30％、至少40％、至少50％、至少60％、至少70％、至少80％、至少90％、至少是95％或基本上100％。然后比较相应位置的核苷酸。当第一序列中的一个位置被与第二序列中相应位置相同的残基(例如，核苷酸或氨基酸)占据时，则分子在该位置是相同的。考虑到缺口的数目和每个缺口的长度(这需要引入以实现两个序列的最佳比对)，两个序列之间的同一性百分比为序列共享的相同位置的数目的函数。可以使用数学算法完成序列的比较和两个序列之间的百分比同一性的确定。例如，可以使用Meyers和Miller算法(CABIOS，1989，4：11-17)确定两个核苷酸序列之间的同一性百分比，该算法已被并入ALIGN程序(2.0版)。在一些示例性实施例中，使用ALIGN程序进行的核酸序列比较使用PAM120权重残差表、缺口长度罚分12和缺口罚分4。替代性地，可以使用NWSgapdna.CMP矩阵，使用GCG软件包中的GAP程序确定两个核苷酸序列之间的同一性百分比。
核苷酸间键联：如本文所用，短语“核苷酸间键联”通常是指连接寡核苷酸或核酸的核苷单元的键联。在一些实施例中，核苷酸间键联是磷酸二酯键联，如在天然存在的DNA和RNA分子中广泛发现的(天然磷酸酯键联(-OP(＝O)(OH)O-)，如本领域技术人员所理解的，其可以盐形式存在)。在一些实施例中，核苷酸间键联是经修饰的核苷酸间键联(不是天然磷酸酯键联)。在一些实施例中，核苷酸间键联是“经修饰的核苷酸间键联”，其中磷酸二酯键联的至少一个氧原子或-OH被不同的有机或无机部分替换。在一些实施例中，这样的有机或无机部分选自＝S、＝Se、＝NR′、-SR′、-SeR′、-N(R′)2、B(R′)3、-S-、-Se-和-N(R′)-，其中每个R′独立地如本披露中所定义和描述的。在一些实施例中，核苷酸间键联是磷酸三酯键联、硫代磷酸酯键联(或硫代磷酸酯二酯键联，即-OP(＝O)(SH)O-，如本领域技术人员所理解的，其可以盐形式存在)，或硫代磷酸三酯键联。在一些实施例中，经修饰的核苷酸间键联是硫代磷酸酯键联。在一些实施例中，核苷酸间键联是例如PNA(肽核酸)或PMO(二氨基磷酸酯吗啉基寡聚物)键联之一。在一些实施例中，经修饰的核苷酸间键联是不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，经修饰的核苷酸间键联是中性核苷酸间键联(例如，某些所提供的寡核苷酸中的n001)。本领域普通技术人员理解，由于键联中存在酸或碱部分，核苷酸间键联可以在给定pH下作为阴离子或阳离子存在。在一些实施例中，经修饰的核苷酸间键联是命名为s、s1、s2、s3、s4、s5、s6、s7、s8、s9、s10、s11、s12、s13、s14、s15、s16、s17和s18的经修饰的核苷酸间键联，如WO 2017/210647中所述。
体外：如本文所用，术语“体外”是指在人工环境中发生的事件，例如在试管或反应容器中，在细胞培养物中等，而不是在生物体(例如，动物、植物和/或微生物)内。
体内：如本文所用，术语“体内”是指在生物体(例如，动物、植物和/或微生物)内发生的事件。
键联磷：如本文所定义，短语“键联磷”用于指示所提及的特定磷原子是存在于核苷酸间键联中的磷原子，该磷原子对应于如天然存在的DNA和RNA中存在的磷酸二酯核苷酸间键联的磷原子。在一些实施例中，键联磷原子位于经修饰的核苷酸间键联中，其中磷酸二酯键联的每个氧原子任选地且独立地被有机或无机部分替换。在一些实施例中，键联磷原子是手性的(例如，如在硫代磷酸酯核苷酸间键联中)。在一些实施例中，键联磷原子是非手性的(例如，如在天然磷酸酯键联中)。
经修饰的核碱基：术语“经修饰的核碱基”、“经修饰的碱基”等是指与核碱基化学上不同但能执行核碱基的至少一种功能的化学部分。在一些实施例中，经修饰的核碱基是包含修饰的核碱基。在一些实施例中，经修饰的核碱基能够具有核碱基的至少一种功能，例如，在能够与包含至少互补碱基序列的核酸碱基配对的聚合物中形成部分。在一些实施例中，经修饰的核碱基是经取代的A、T、C、G或U，或A、T、C、G或U的经取代的互变异构体。在一些实施例中，在寡核苷酸的上下文中，经修饰的核碱基是指不是A、T、C、G或U的核碱基。
经修饰的核苷：术语“经修饰的核苷”是指衍生自天然核苷或在化学上类似于天然核苷但包含使其与天然核苷有区别的化学修饰的部分。经修饰的核苷的非限制性实例包括在碱基和/或糖处包含修饰的那些。经修饰的核苷的非限制性实例包括在糖处具有2′修饰的那些。经修饰的核苷的非限制性实例还包括无碱基核苷(其缺乏核碱基)。在一些实施例中，经修饰的核苷能够具有核苷的至少一种功能，例如，在能够与包含至少互补碱基序列的核酸碱基配对的聚合物中形成部分。
经修饰的核苷酸：术语“经修饰的核苷酸”包括在结构上与天然核苷酸不同但能执行天然核苷酸的至少一种功能的任何化学部分。在一些实施例中，经修饰的核苷酸包含在糖、碱基和/或核苷酸间键联处的修饰。在一些实施例中，经修饰的核苷酸包含经修饰的糖、经修饰的核碱基、和/或经修饰的核苷酸间键联。在一些实施例中，经修饰的核苷酸能够具有核苷酸的至少一种功能，例如，在能够与包含至少互补碱基序列的核酸碱基配对的聚合物中形成亚基。
经修饰的糖：术语“经修饰的糖”是指可以替换糖的部分。经修饰的糖模仿糖的空间排列、电子特性、或一些其他物理化学特性。在一些实施例中，如本披露中所述，经修饰的糖是经取代的核糖或脱氧核糖。在一些实施例中，经修饰的糖包含2′-修饰。有用的2′-修饰的实例在本领域中被广泛使用并在本文中描述。在一些实施例中，2′-修饰是2′-F。在一些实施例中，2′-修饰是2′-OR，其中R是任选地经取代的C1-10脂肪族基。在一些实施例中，2′-修饰是2′-OMe。在一些实施例中，2′-修饰是2′-MOE。在一些实施例中，经修饰的糖是双环糖(例如，LNA、BNA等中使用的糖)。在一些实施例中，在寡核苷酸的情况下，经修饰的糖是并非典型地在天然RNA或DNA中发现的核糖或脱氧核糖的糖。
核酸：如本文所用，术语“核酸”包括任何核苷酸及其聚合物。如本文所用，术语“多核苷酸”是指任何长度的核苷酸(核糖核苷酸(RNA)或脱氧核糖核苷酸(DNA)或其组合)的聚合形式。这些术语是指分子的一级结构，并且包括双链和单链DNA，以及双链和单链RNA。这些术语包括作为等效物的RNA或DNA的类似物，其包含经修饰的核苷酸和/或经修饰的多核苷酸(如但不限于甲基化、被保护和/或封端的核苷酸或多核苷酸)。这些术语涵盖多核糖核苷酸或寡核糖核苷酸(RNA)和多脱氧核糖核苷酸或寡脱氧核糖核苷酸(DNA)；衍生自核碱基和/或经修饰的核碱基的N-糖苷或C-糖苷的RNA或DNA；衍生自糖和/或经修饰的糖的核酸；以及衍生自磷酸酯桥和/或经修饰的核苷酸间键联的核酸。该术语涵盖含有核碱基、经修饰的核碱基、糖、经修饰的糖、磷酸酯桥或经修饰的核苷酸间键联的任何组合的核酸。实例包括且不限于含有核糖部分的核酸、含有脱氧核糖部分的核酸、含有核糖部分和脱氧核糖部分的核酸、含有核糖部分和经修饰的核糖部分的核酸。除非另有说明，否则前缀“多(poly-)”是指含有2至约10,000个核苷酸单体单元的核酸，并且其中前缀“寡(oligo-)”是指含有2至约200个核苷酸单体单元的核酸。
核碱基：术语“核碱基”是指核酸中参与氢键合的部分，该氢键合以序列特异性方式将一条核酸链与另一条互补链结合。最常见的天然存在的核碱基是腺嘌呤(A)、鸟嘌呤(G)、尿嘧啶(U)、胞嘧啶(C)和胸腺嘧啶(T)。在一些实施例中，天然存在的核碱基是经修饰的腺嘌呤、鸟嘌呤、尿嘧啶、胞嘧啶或胸腺嘧啶。在一些实施例中，天然存在的核碱基是甲基化的腺嘌呤、鸟嘌呤、尿嘧啶、胞嘧啶或胸腺嘧啶。在一些实施例中，核碱基包含杂芳基环，其中环原子是氮，并且当在核苷中时，氮与糖部分键合。在一些实施例中，核碱基包含杂环，其中环原子是氮，并且当在核苷中时，氮与糖部分键合。在一些实施例中，核碱基是“经修饰的核碱基”，即除腺嘌呤(A)、鸟嘌呤(G)、尿嘧啶(U)、胞嘧啶(C)和胸腺嘧啶(T)之外的核碱基。在一些实施例中，经修饰的核碱基是经取代的A、T、C、G或U。在一些实施例中，经修饰的核碱基是A、T、C、G或U的经取代的互变异构体。在一些实施例中，经修饰的核碱基是甲基化的腺嘌呤、鸟嘌呤、尿嘧啶、胞嘧啶或胸腺嘧啶。在一些实施例中，经修饰的核碱基模拟核碱基的空间排列、电子特性或一些其他物理化学特性，并保留氢键合的以序列特异性方式将一条核酸链与另一条核酸链结合的特性。在一些实施例中，经修饰的核碱基可与所有五种天然存在的碱基(尿嘧啶、胸腺嘧啶、腺嘌呤、胞嘧啶、或鸟嘌呤)配对，而基本上不影响解链行为、被细胞内酶识别、或寡核苷酸双链体的活性。如本文所用，术语“核碱基”还涵盖用于代替天然的核苷酸或天然存在的核苷酸的结构类似物，如经修饰的核碱基和核碱基类似物。在一些实施例中，核碱基是任选地经取代的A、T、C、G或U，或A、T、C、G或U的任选地经取代的互变异构体。在一些实施例中，“核碱基”是指在寡核苷酸或核酸中的核碱基单元(例如，在寡核苷酸或核酸中的A、T、C、G或U)。
核苷：术语“核苷”是指其中核碱基或经修饰的核碱基与糖或经修饰的糖共价结合的部分。在一些实施例中，核苷是天然核苷，例如腺苷、脱氧腺苷、鸟苷、脱氧鸟苷、胸苷、尿苷、胞苷或脱氧胞苷。在一些实施例中，核苷是经修饰的核苷，例如选自腺苷、脱氧腺苷、鸟苷、脱氧鸟苷、胸苷、尿苷、胞苷和脱氧胞苷的经取代的天然核苷。在一些实施例中，核苷是经修饰的核苷，例如选自腺苷、脱氧腺苷、鸟苷、脱氧鸟苷、胸苷、尿苷、胞苷和脱氧胞苷的天然核苷的经取代的互变异构体。在一些实施例中，“核苷”是指寡核苷酸或核酸中的核苷单元。
核苷酸：如本文所用，术语“核苷酸”是指多核苷酸的单体单元，其由核碱基、糖和一个或多个核苷酸间键联(例如，天然DNA和RNA中的磷酸酯键联)组成。天然存在的碱基[鸟嘌呤(G)、腺嘌呤(A)、胞嘧啶(C)、胸腺嘧啶(T)和尿嘧啶(U)]是嘌呤或嘧啶的衍生物，但应当理解也包括天然存在的和非天然存在的碱基类似物。天然存在的糖是戊糖(五碳糖)，即脱氧核糖(其形成DNA)或核糖(其形成RNA)，但应当理解，也包括天然存在的和非天然存在的糖类似物。将核苷酸经由核苷酸间键联进行连接以形成核酸、或多核苷酸。许多核苷酸间键联是本领域已知的(如但不限于磷酸酯、硫代磷酸酯、硼烷磷酸酯等)。人工核酸包括PNA(肽核酸)、磷酸三酯、硫代磷酸酯、H-膦酸酯、氨基磷酸酯、硼烷磷酸酯、甲基膦酸酯、膦酰乙酸酯(phosphonoacetate)、硫代膦酰乙酸酯，以及天然核酸的磷酸酯骨架的其他变体，如本文所述的那些。在一些实施例中，天然核苷酸包含天然存在的碱基、糖和核苷酸间键联。如本文所用，术语“核苷酸”还涵盖用于代替天然核苷酸或天然存在的核苷酸的结构类似物，如经修饰的核苷酸和核苷酸类似物。在一些实施例中，“核苷酸”是指寡核苷酸或核酸中的核苷酸单元。
寡核苷酸：术语“寡核苷酸”是指核苷酸的聚合物或寡聚物，并且可以包含天然和非天然核碱基、糖和核苷酸间键联的任何组合。
寡核苷酸可以是单链或双链的。单链寡核苷酸可以具有双链区域(由单链寡核苷酸的两个部分形成)，并且包含两个寡核苷酸链的双链寡核苷酸可以具有单链区域，例如其中两个寡核苷酸链彼此不互补的区域。示例寡核苷酸包括但不限于结构基因、包含控制区和终止区的基因、自我复制系统(如病毒DNA或质粒DNA)、单链和双链RNAi试剂和其他RNA干扰试剂(RNAi剂或iRNA剂)、shRNA、反义寡核苷酸、核酶、微RNA、微RNA模拟物、supermir、适体、antimir、antagomir、Ul衔接子、形成三链体的寡核苷酸、G-四链体寡核苷酸、RNA激活子、免疫刺激性寡核苷酸和诱饵寡核苷酸。
本披露的寡核苷酸可以具有多种长度。在特定的实施例中，寡核苷酸的长度可以为约2至约200个核苷。在多个相关实施例中，(单链的、双链的、或三链的)寡核苷酸的长度范围可以从约4至约10个核苷、从约10至约50个核苷、从约20至约50个核苷、从约15至约30个核苷、从约20至约30个核苷。在一些实施例中，寡核苷酸的长度为从约9至约39个核苷酸。在一些实施例中，寡核苷酸的长度为从约25至约70个核苷酸。在一些实施例中，寡核苷酸的长度为从约26至约70个核苷酸。在一些实施例中，寡核苷酸的长度为从约27至约70个核苷酸。在一些实施例中，寡核苷酸的长度为从约28至约70个核苷酸。在一些实施例中，寡核苷酸的长度为从约29至约70个核苷酸。在一些实施例中，寡核苷酸的长度为从约30至约70个核苷酸。在一些实施例中，寡核苷酸的长度为从约31至约70个核苷酸。在一些实施例中，寡核苷酸的长度为从约32至约70个核苷酸。在一些实施例中，寡核苷酸的长度为从约25至约60个核苷酸。在一些实施例中，寡核苷酸的长度为从约25至约50个核苷酸。在一些实施例中，寡核苷酸的长度为从约25至约40个核苷酸。在一些实施例中，寡核苷酸的长度为从约30至约40个核苷酸。在一些实施例中，寡核苷酸的长度为至少4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24或25个核苷。在一些实施例中，寡核苷酸的长度为至少4个核苷。在一些实施例中，寡核苷酸的长度为至少5个核苷。在一些实施例中，寡核苷酸的长度为至少6个核苷。在一些实施例中，寡核苷酸的长度为至少7个核苷。在一些实施例中，寡核苷酸的长度为至少8个核苷。在一些实施例中，寡核苷酸的长度为至少9个核苷。在一些实施例中，寡核苷酸的长度为至少10个核苷。在一些实施例中，寡核苷酸的长度为至少11个核苷。在一些实施例中，寡核苷酸的长度为至少12个核苷。在一些实施例中，寡核苷酸的长度为至少15个核苷。在一些实施例中，寡核苷酸的长度为至少15个核苷。在一些实施例中，寡核苷酸的长度为至少16个核苷。在一些实施例中，寡核苷酸的长度为至少17个核苷。在一些实施例中，寡核苷酸的长度为至少18个核苷。在一些实施例中，寡核苷酸的长度为至少19个核苷。在一些实施例中，寡核苷酸的长度为至少20个核苷。在一些实施例中，寡核苷酸的长度为至少25个核苷。在一些实施例中，寡核苷酸的长度为至少26个核苷。在一些实施例中，寡核苷酸的长度为至少27个核苷。在一些实施例中，寡核苷酸的长度为至少28个核苷。在一些实施例中，寡核苷酸的长度为至少29个核苷。在一些实施例中，寡核苷酸的长度为至少30个核苷。在一些实施例中，寡核苷酸的长度为至少31个核苷。在一些实施例中，寡核苷酸的长度为至少32个核苷。在一些实施例中，寡核苷酸的长度为至少33个核苷。在一些实施例中，寡核苷酸的长度为至少34个核苷。在一些实施例中，寡核苷酸的长度为至少35个核苷。在一些实施例中，寡核苷酸的长度为至少36个核苷。在一些实施例中，寡核苷酸的长度为至少37个核苷。在一些实施例中，寡核苷酸的长度为至少38个核苷。在一些实施例中，寡核苷酸的长度为至少39个核苷。在一些实施例中，寡核苷酸的长度为至少40个核苷。在一些实施例中，寡核苷酸的长度为25个核苷。在一些实施例中，寡核苷酸的长度为26个核苷。在一些实施例中，寡核苷酸的长度为27个核苷。在一些实施例中，寡核苷酸的长度为28个核苷。在一些实施例中，寡核苷酸的长度为29个核苷。在一些实施例中，寡核苷酸的长度为30个核苷。在一些实施例中，寡核苷酸的长度为31个核苷。在一些实施例中，寡核苷酸的长度为32个核苷。在一些实施例中，寡核苷酸的长度为33个核苷。在一些实施例中，寡核苷酸的长度为34个核苷。在一些实施例中，寡核苷酸的长度为35个核苷。在一些实施例中，寡核苷酸的长度为36个核苷。在一些实施例中，寡核苷酸的长度为37个核苷。在一些实施例中，寡核苷酸的长度为38个核苷。在一些实施例中，寡核苷酸的长度为39个核苷。在一些实施例中，寡核苷酸的长度为40个核苷。在一些实施例中，在寡核苷酸长度中计数的每个核苷独立地包含核碱基，该核碱基包含具有至少一个氮环原子的环。在一些实施例中，寡核苷酸长度中计数的每个核苷独立地包含A、T、C、G或U，或任选地经取代的A、T、C、G或U，或A、T、C、G或U的任选地经取代的互变异构体。
寡核苷酸类型：如本文所用，短语“寡核苷酸类型”用于定义具有特定碱基序列、骨架键联模式(即，核苷酸间键联类型(例如，磷酸酯、硫代磷酸酯、硫代磷酸三酯等)的模式)、骨架手性中心模式[即，键联磷立体化学模式(Rp/Sp)]以及骨架磷修饰模式的寡核苷酸。在一些实施例中，共同的指定“类型”的寡核苷酸彼此在结构上相同。
本领域技术人员将理解，本披露的合成方法在合成寡核苷酸链期间提供一定程度的控制，使得可以提前设计和/或选择寡核苷酸链的每个核苷酸单元以在键联磷处具有特定的立体化学和/或在键联磷处具有特定的修饰、和/或具有特定的碱基、和/或具有特定的糖。在一些实施例中，提前设计和/或选择寡核苷酸链以在键联磷处具有立体中心的特定组合。在一些实施例中，设计和/或确定寡核苷酸链以在键联磷处具有修饰的特定组合。在一些实施例中，设计和/或选择寡核苷酸链以具有碱基的特定组合。在一些实施例中，设计和/或选择寡核苷酸链以具有一个或多个以上结构特征的特定组合。在一些实施例中，本披露提供了包含多个寡核苷酸分子或由其组成的组合物(例如，手性控制的寡核苷酸组合物)。在一些实施例中，所有这样的分子属于同一类型(即，在结构上彼此相同)。然而，在一些实施例中，所提供的组合物包含多个不同类型的寡核苷酸(通常以预定的相对量)。
任选地经取代的：如本文所述，本披露的化合物(例如，寡核苷酸)可以含有任选地经取代的部分和/或经取代的部分。通常，术语“经取代的”，无论前面是否有术语“任选地”，均意指指定部分的一个或多个氢被合适的取代基替换。除非另外指明，否则“任选地经取代的”基团可以在该基团的每个可取代位置处具有合适的取代基，并且当任何给定结构中的超过一个位置可以被选自指定群组的超过一个取代基取代时，在每一位置处的取代基可以相同或不同。在一些实施例中，任选地经取代的基团是未经取代的。本披露所设想的取代基的组合优选是导致形成稳定的或化学上可行的化合物的组合。如本文所用，术语“稳定”是指如下化合物，在出于本文所披露的一个或多个目的而经历其生产、检测以及在某些实施例中经历其回收、纯化和使用的条件时，它们基本上不发生改变。某些取代基描述如下。
在可取代原子(例如，合适的碳原子)上的合适的单价取代基独立地是卤素；-(CH2)0-4Ro；-(CH2)0-4ORo；-O(CH2)0-4Ro、-O-(CH2)0-4C(O)ORo；-(CH2)0-4CH(ORo)2；-(CH2)0-4Ph，其可被Ro取代；-(CH2)0-4O(CH2)0-1Ph，其可被Ro取代；-CH＝CHPh，其可被Ro取代；-(CH2)0-4O(CH2)0-1-吡啶基，其可被Ro取代；-NO2；-CN；-N3；(CH2)0-4N(Ro)2；-(CH2)0-4N(Ro)C(O)Ro；-N(Ro)C(S)Ro；-(CH2)0-4N(Ro)C(O)NRo 2；-N(Ro)C(S)NRo 2；-(CH2)0-4N(Ro)C(O)ORo；-N(Ro)N(Ro)C(O)Ro；-N(Ro)N(Ro)C(O)NRo 2；-N(Ro)N(Ro)C(O)ORo；-(CH2)0-4C(O)Ro；-C(S)Ro；-(CH2)0-4C(O)ORo；-(CH2)0-4C(O)SRo；(CH2)0-4C(O)OSiRo 3；-(CH2)0-4OC(O)Ro；-OC(O)(CH2)0-4SRo，-SC(S)SRo；-(CH2)0-4SC(O)Ro；-(CH2)0-4C(O)NRo 2；-C(S)NRo 2；-C(S)SRo；(CH2)0-4OC(O)NRo 2；C(O)N(ORo)Ro；-C(O)C(O)Ro；-C(O)CH2C(O)Ro；-C(NORo)Ro；(CH2)0-4SSRo；-(CH2)0-4S(O)2Ro；-(CH2)0-4S(O)2ORo；-(CH2)0-4OS(O)2Ro；-S(O)2NRo 2；(CH2)0-4S(O)Ro；-N(Ro)S(O)2NRo 2；-N(Ro)S(O)2Ro；-N(ORo)Ro；-C(NH)NRo 2；-Si(Ro)3；-OSi(Ro)3；-B(Ro)2；-OB(Ro)2；-OB(ORo)2；-P(Ro)2；-P(ORo)2；-P(Ro)(ORo)；-OP(Ro)2；-OP(ORo)2；-OP(Ro)(ORo)；-P(O)(Ro)2；-P(O)(ORo)2；-OP(O)(Ro)2；-OP(O)(ORo)2；-OP(O)(ORo)(SRo)；-SP(O)(Ro)2；-SP(O)(ORo)2；-N(Ro)P(O)(Ro)2；-N(Ro)P(O)(ORo)2；-P(Ro)2[B(Ro)3]；-P(ORo)2[B(Ro)3]；-OP(Ro)2[B(Ro)3]；-OP(ORo)2[B(Ro)3]；-(C1-4直链或支链亚烷基)O-N(Ro)2；或-(C1-4直链或支链亚烷基)C(O)O-N(Ro)2，其中每个Ro可如本文所定义取代且独立地是氢；C1-20脂肪族；具有1至5个独立地选自氮、氧、硫、硅和磷的杂原子的C1-20杂脂肪族；-CH2-(C6-14芳基)；-O(CH2)0-1(C6-14芳基)；-CH2-(5-14元杂芳基环)；具有0至5个独立地选自氮、氧、硫、硅和磷的杂原子的5-20元单环、双环或多环的饱和环、部分不饱和环或芳基环；或者不管上述定义，两个独立出现的Ro与居于它们之间的一个或多个原子合在一起形成具有0至5个独立地选自氮、氧、硫、硅和磷的杂原子的5-20元单环、双环或多环的饱和环、部分不饱和环或芳基环，其可如下文所定义取代。
Ro(或通过两个独立出现的Ro与居于它们之间的原子一起形成的环)上合适的单价取代基独立地是卤素、-(CH2)0-2R●、-(卤代R●)、-(CH2)0-2OH、-(CH2)0-2OR●、-(CH2)0-2CH(OR●)2；-O(卤代R●)、-CN、-N3、-(CH2)0-2C(O)R●、-(CH2)0-2C(O)OH、-(CH2)0-2C(O)OR●、-(CH2)0-2SR●、-(CH2)0-2SH、-(CH2)0-2NH2、-(CH2)0-2NHR●、-(CH2)0-2NR● 2、-NO2、-SiR● 3、-OSiR● 3、C(O)SR●、-(C1-4直链或支链亚烷基)C(O)OR●或-SSR●，其中每个R●是未取代的或在前面带有“卤代”的情况下是仅被一个或多个卤素取代的，并且独立地选自C1-4脂肪族，-CH2Ph，-O(CH2)0-1Ph，以及具有0-4个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的5-6元饱和环、部分不饱和环或芳基环。在Ro的饱和碳原子上的合适的二价取代基包括＝O及＝S。
例如在合适的碳原子上的合适的二价取代基独立地是以下这些：＝O、＝S、＝NNR＊ 2、＝NNHC(O)R＊、＝NNHC(O)OR＊、＝NNHS(O)2R＊、＝NR＊、＝NOR＊、-O(C(R＊ 2))2-3O-、或-S(C(R＊ 2))2-3S-，其中各独立出现的R＊是选自氢、可如下文所定义经取代的C1-6脂肪族基，以及具有0-4个独立地选自氮、氧及硫的杂原子的未经取代的5-6元饱和环、部分不饱和环或芳基环。与“任选地经取代的”基团的邻位可取代碳结合的合适的二价取代基包括：-O(CR＊ 2)2-3O-，其中每个独立出现的R＊选自氢、可以如下文所定义地被取代的C1-6脂肪族，以及具有0-4个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的未经取代的5-6元饱和环、部分不饱和环和芳基环。
在R＊的脂肪族基团上的合适取代基独立地是卤素、-R●、(卤代R●)、-OH、-OR●、-O(卤代R●)、-CN、-C(O)OH、-C(O)OR●、-NH2、-NHR●、-NR● 2或-NO2，其中每个R●是未取代的或在前面带有“卤代”的情况下是仅被一个或多个卤素取代的，并且独立地是C1-4脂肪族，-CH2Ph，-O(CH2)0-1Ph，或具有0-4个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的5-6元饱和环、部分不饱和环或芳基环。
在一些实施例中，可取代氮上的合适取代基独立地是 或其中每个独立地是氢，可按以下定义经取代的C1-6脂肪族基，未取代的-OPh或具有0-4个独立地选自氮、氧和硫的杂原予的5-6元饱和环、部分不饱和环或芳基环，或尽管有上述定义，但两个独立出现的及其一个或多个居于它们之间的原子一起形成未取代的具有0-4个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的3-12元饱和的、部分不饱和的或芳基的单环或双环。
在的脂肪族基团上的合适取代基独立地是卤素、-R●、(卤代R●)、-OH、-OR●、-O(卤代R●)、-CN、-C(O)OH、-C(O)OR●、-NH2、-NHR●、-NR● 2或-NO2，其中每个R●是未取代的或在前面带有“卤代”的情况下是仅被一个或多个卤素取代的，并且独立地是C1-4脂肪族，-CH2Ph，-O(CH2)0-1Ph，或具有0-4个独立地选自氮、氧和硫的杂原子的5-6元饱和环、部分不饱和环或芳基环。
P-修饰：如本文所用，术语“P-修饰”是指在键联磷处除立体化学修饰以外的任何修饰。在一些实施例中，P-修饰包含添加、取代或移除与键联磷共价附接的侧基部分。
部分不饱和的：如本文使用，术语“部分不饱和的”是指包括至少一个双键或三键的环部分。术语“部分不饱和的”意在涵盖具有多个不饱和的位点的环，但是如在此定义的不意在包括芳基或杂芳基部分。
药物组合物：如本文所用，术语“药物组合物”是指与一种或多种药学上可接受的载剂一起配制的活性剂。在一些实施例中，活性剂以适合于在治疗方案中施用的单位剂量存在，其显示当施用于相关群体时实现预定的治疗效果的统计学显著概率。在一些实施例中，药物组合物能以固体或液体形式被特别配制以进行施用，包括适用于以下的那些：口服施用，例如，浸液(drench)(水性或非水性溶液或悬浮液)、片剂(例如，针对口腔、舌下和全身吸收的那些)、大丸剂、粉剂、颗粒剂、糊剂(应用于舌)；肠胃外施用，例如，作为例如无菌溶液或悬浮液或持续释放的配制品通过皮下、肌内、静脉内或硬膜外注射；局部应用，例如，作为乳膏剂、软膏剂、或控制释放贴剂或喷雾剂应用于皮肤、肺或口腔；阴道内或直肠内，例如作为阴道栓剂、乳膏剂或泡沫剂；舌下；眼部；透皮；或经鼻、肺以及应用于其他粘膜表面。
药学上可接受的：如本文所用，短语“药学上可接受的”是指在合理医学判断的范围内适合于与人和动物的组织接触使用而无过多毒性、刺激、过敏反应或其他问题或并发症，与合理的效益/风险比相称的那些化合物、材料、组合物和/或剂型。
药学上可接受的载剂：如本文所用，术语“药学上可接受的载剂”意指药学上可接受的材料、组合物或媒介物，如液体或固体填充剂、稀释剂、赋形剂或溶剂包封材料，其涉及将主题化合物从一个器官(或身体的一部分)携带或运输到另一个器官或身体的一部分。在与配制品的其他成分相容并且对患者无害的意义上，每种载剂必须是“可接受的”。可充当药学上可接受的载剂的材料的一些实例包括：糖，如乳糖、葡萄糖和蔗糖；淀粉，如玉米淀粉和马铃薯淀粉；纤维素及其衍生物，如羧甲基纤维素钠、乙基纤维素和乙酸纤维素；粉状黄芪胶；麦芽；明胶；滑石；赋形剂，如可可脂和栓剂蜡；油，如花生油、棉籽油、红花油、芝麻油、橄榄油、玉米油和大豆油；二醇，如丙二醇；多元醇，如甘油、山梨醇、甘露醇和聚乙二醇；酯，如油酸乙酯和月桂酸乙酯；琼脂；缓冲剂，如氢氧化镁和氢氧化铝；海藻酸；无热原水；等渗盐水；林格氏溶液；乙醇；pH缓冲溶液；聚酯、聚碳酸酯和/或聚酸酐；以及在药物配制品中采用的其他无毒相容的物质。
药学上可接受的盐：如本文所用，术语“药学上可接受的盐”是指适合于在制药环境中使用的这样的化合物的盐，即，在合理医学判断的范围内，适合于与人和低等动物的组织接触使用而无不当毒性、刺激、过敏反应等并且与合理的效益/风险比相称的盐。药学上可接受的盐是本领域公知的。例如，S.M.Berge等人在J.Pharmaceutical Sciences[药物科学杂志]，66：1-19(1977)中详细地描述了药学上可接受的盐。在一些实施例中，药学上可接受的盐包括但不限于无毒的酸加成盐，其是使用无机酸如盐酸、氢溴酸、磷酸、硫酸和高氯酸或使用有机酸如乙酸、马来酸、酒石酸、柠檬酸、琥珀酸或丙二酸或通过使用本领域中所使用的其他方法如离子交换形成的具有氨基的盐。在一些实施例中，药学上可接受的盐包括但不限于己二酸盐、藻酸盐、抗坏血酸盐、天冬氨酸盐、苯磺酸盐、苯甲酸盐、硫酸氢盐、硼酸盐、丁酸盐、樟脑酸盐、樟脑磺酸盐、柠檬酸盐、环戊烷丙酸盐、二葡糖酸盐、十二烷基硫酸盐、乙磺酸盐、甲酸盐、富马酸盐、葡庚糖酸盐、甘油磷酸盐、葡糖酸盐、半硫酸盐(hemisulfate)、庚酸盐、己酸盐、氢碘化物、2-羟基-乙磺酸盐、乳糖酸盐(lactobionate)、乳酸盐、月桂酸盐、月桂基硫酸盐、苹果酸盐、马来酸盐、丙二酸盐、甲磺酸盐、2-萘磺酸盐、烟酸盐、硝酸盐、油酸盐、草酸盐、棕榈酸盐、双羟萘酸盐、果胶酸盐、过硫酸盐、3-苯基丙酸盐、磷酸盐、苦味酸盐、新戊酸盐、丙酸盐、硬脂酸盐、琥珀酸盐、硫酸盐、酒石酸盐、硫氰酸盐、对甲苯磺酸盐、十一酸盐、戊酸盐等。在一些实施例中，所提供的化合物(例如，寡核苷酸)包含一个或多个酸性基团，并且药学上可接受的盐是碱金属盐、碱土金属盐或铵盐(例如，N(R)3的铵盐，其中每个R在本披露中被独立地定义和描述)。代表性碱金属或碱土金属盐包括钠盐、锂盐、钾盐、钙盐、镁盐等。在一些实施例中，药学上可接受的盐是钠盐。在一些实施例中，药学上可接受的盐是钾盐。在一些实施例中，药学上可接受的盐是钙盐。在一些实施例中，药学上可接受的盐适当地包括使用平衡离子(如卤离子、氢氧根、羧酸根、硫酸根、磷酸根、硝酸根、具有从1至6个碳原子的烷基、磺酸根以及芳基磺酸根)形成的无毒铵、季铵以及胺阳离子。在一些实施例中，所提供的化合物包含多于一个酸性基团，例如，寡核苷酸可以包含两个或更多个酸性基团(例如，天然磷酸酯键联和/或经修饰的核苷酸间键联)。在一些实施例中，这样的化合物的药学上可接受的盐(或者通常，盐)包含两个或更多个阳离子，该两个或更多个阳离子可以是相同的或不同的。在一些实施例中，在药学上可接受的盐(或通常，盐)中，酸性基团中的所有可电离的氢(例如，在pKa不超过约11、10、9、8、7、6、5、4、3、或2；在一些实施例中，不超过约7；在一些实施例中，不超过约6；在一些实施例中，不超过约5；在一些实施例中，不超过约4；在一些实施例中，不超过约3的水溶液中)被阳离子取代。在一些实施例中，每个硫代磷酸酯和磷酸酯基团独立地以其盐形式存在(例如，如果是钠盐，则分别是-O-P(O)(SNa)-O-和-O-P(O)(ONa)-O-)。在一些实施例中，每个硫代磷酸酯和磷酸酯核苷酸间键联独立地以其盐形式存在(例如，如果是钠盐，则分别是-O-P(O)(SNa)-O-和-O-P(O)(ONa)-O-)。在一些实施例中，药学上可接受的盐是寡核苷酸的钠盐。在一些实施例中，药学上可接受的盐是寡核苷酸的钠盐，其中每个酸性磷酸酯和经修饰的磷酸酯基团(例如，硫代磷酸酯，磷酸酯等)(如果有的话)以盐形式存在(所有均以钠盐)。
预定的：“预定的”意指有意选择的或非随机的或控制的，例如与随机出现、随机或在无控制的情况下达成相反。阅读本说明书的本领域普通技术人员将理解，本披露提供了以下技术，这些技术允许对将并入寡核苷酸组合物中的特定化学特征和/或立体化学特征进行选择且进一步允许具有这类化学特征和/或立体化学特征的寡核苷酸组合物的控制制备。这样的所提供的组合物是如本文所述的“预定的”。因为某些寡核苷酸通过不进行控制以有意产生特定化学特征和/或立体化学特征的过程而偶然产生，所以可能含有这些寡核苷酸的组合物不是“预定的”组合物。在一些实施例中，预定的组合物是可有意地复制(例如，通过对经控制的过程的重复)的组合物。在一些实施例中，组合物中多个寡核苷酸的预定水平意指组合物中该多个寡核苷酸的绝对量和/或相对量(比率、百分比等)是经控制的。在一些实施例中，组合物中多个寡核苷酸的预定水平通过手性控制的寡核苷酸制备而获得。
保护基：如本文所用，术语“保护基”是本领域熟知的并且包括在ProtectingGroups in Organic Synthesis[有机合成中的保护基]T.W.Greene和P.G.M.Wuts，第3版，John Wiley&Sons[约翰威利父子公司]，1999(其全部内容通过引用并入本文)中详细描述的那些。还包括那些特别适用于核苷和核苷酸化学的保护基，这些保护基在由SergeL.Beaucage等人在2012年6月编辑的Current Protocols in Nucleic Acid Chemistry[核酸化学实验室指南]中描述，将章节2的全部内容通过引用并入本文。合适的氨基保护基包括氨基甲酸甲酯、氨基甲酸乙酯、氨基甲酸9-芴基甲酯(Fmoc)、氨基甲酸9-(2-磺基)芴基甲酯、氨基甲酸9-(2，7-二溴)芴基甲酯、氨基甲酸2，7-二叔丁酯-[9-(10，10-二氧代-10，10，10，10-四氢噻吨基)]甲酯(DBD-Tmoc)、氨基甲酸4-甲氧基苯甲酰甲酯(Phenoc)、氨基甲酸2，2，2-三氯乙酯(Troc)、氨基甲酸2-三甲基甲硅烷基乙酯(Teoc)、氨基甲酸2-苯基乙酯(hZ)、氨基甲酸1-(1-金刚烷基)-1-甲基乙酯(Adpoc)、氨基甲酸1，1-二甲基-2-卤代乙酯、氨基甲酸1，1-二甲基-2，2-二溴乙酯(DB-t-BOC)、氨基甲酸1，1-二甲基-2，2，2-三氯乙酯(TCBOC)、氨基甲酸1-甲基-1-(4-联苯基)乙酯(Bpoc)、氨基甲酸1-(3，5-二叔丁基苯基)-1-甲基乙酯(t-Bumeoc)、氨基甲酸2-(2′-和4′-吡啶基)乙酯(Pyoc)、氨基甲酸2-(N，N-二环己基甲酰胺基)乙酯、氨基甲酸叔丁酯(BOC)、氨基甲酸1-金刚烷基酯(Adoc)、氨基甲酸乙烯基酯(Voc)、氨基甲酸烯丙基酯(Alloc)、氨基甲酸1-异丙基烯丙基酯(Ipaoc)、氨基甲酸肉桂基酯(Coc)、氨基甲酸4-硝基肉桂基酯(Noc)、氨基甲酸8-喹啉基酯、氨基甲酸N-羟基哌啶基酯、氨基甲酸烷基二硫酯、氨基甲酸苄基酯(Cbz)、氨基甲酸对甲氧基苄基酯(Moz)、氨基甲酸对硝基苄基酯、氨基甲酸对溴苄基酯、氨基甲酸对氯苄基酯、氨基甲酸2，4-二氯苄基酯、氨基甲酸4-甲基亚磺酰基苄基酯(Msz)、氨基甲酸9-蒽基甲基酯、氨基甲酸二苯基甲基酯、氨基甲酸2-甲基硫代乙基酯、氨基甲酸2-甲基磺酰基乙基酯、氨基甲酸2-(对甲苯磺酰基)乙基酯、氨基甲酸[2-(1，3-二噻烷基)]甲基酯(Dmoc)、氨基甲酸4-甲基苯硫基酯(Mtpc)、氨基甲酸2，4-二甲基苯硫基酯(Bmpc)、氨基甲酸2-膦酰基乙酯(Peoc)、氨基甲酸2-三苯基膦酰异丙酯(Ppoc)、氨基甲酸1，1-二甲基-2-氰乙基酯、氨基甲酸间氯对酰氧基苄基酯、氨基甲酸对(二羟基硼基)苄基酯、氨基甲酸5-苯并异噁唑基甲基酯、氨基甲酸2-(三氟甲基)-6-色酮基甲基酯(Tcroc)、氨基甲酸间硝基苯基酯、氨基甲酸3，5-二甲氧基苄基酯、氨基甲酸邻硝基苄基酯、氨基甲酸3，4-二甲氧基-6-硝基苄基酯、氨基甲酸苯基(邻硝基苯基)甲基酯、吩噻嗪基-(10)-羰基衍生物、N′-对甲苯磺酰基氨基羰基衍生物、N′-苯基氨基硫代羰基衍生物、氨基甲酸叔戊酯、硫代氨基甲酸S-苄基酯、氨基甲酸对氰基苄基酯、氨基甲酸环丁基酯、氨基甲酸环己基酯、氨基甲酸环戊基酯、氨基甲酸环丙基甲基酯、氨基甲酸对癸氧基苄基酯、氨基甲酸2，2-二甲氧基羰基乙烯基酯、氨基甲酸邻-(N，N-二甲基甲酰胺基)苄基酯、氨基甲酸1，1-二甲基-3-(N，N-二甲基甲酰胺基)丙基酯、氨基甲酸1，1-二甲基丙炔基酯、氨基甲酸二(2-吡啶基)甲基酯、氨基甲酸2-呋喃基甲基酯、氨基甲酸2-碘乙基酯、氨基甲酸异冰片基酯、氨基甲酸异丁基酯、氨基甲酸异烟酯、氨基甲酸对(对′-甲氧基苯基偶氮)苄基酯、氨基甲酸1-甲基环丁基酯、氨基甲酸1-甲基环己基酯、氨基甲酸1-甲基-1-环丙基甲基酯、氨基甲酸1-甲基-1-(3，5-二甲氧基苯基)乙基酯、氨基甲酸1-甲基-1-(对苯基偶氮基苯基)乙基酯、氨基甲酸1-甲基-1-苯基乙基酯、氨基甲酸1-甲基-1-(4-吡啶基)乙基酯、氨基甲酸苯基酯、氨基甲酸对(苯偶氮基)苄基酯、氨基甲酸2，4，6-三叔丁基苯基酯、氨基甲酸4-(三甲基铵)苄基酯、氨基甲酸2，4，6-三甲基苄基酯、甲酰胺、乙酰胺、氯乙酰胺、三氯乙酰胺、三氟乙酰胺、苯乙酰胺、3-苯基丙酰胺、吡啶酰胺、3-吡啶基甲酰胺、N-苯甲酰基苯基丙氨酰基衍生物、苯甲酰胺、对苯基苯甲酰胺、邻硝基苯基乙酰胺、邻硝基苯氧基乙酰胺、乙酰乙酰胺、(N′-二硫代苄氧基羰基氨基)乙酰胺、3-(对羟基苯基)丙酰胺、3-(邻硝基苯基)丙酰胺、2-甲基-2-(邻硝基苯氧基)丙酰胺、2-甲基-2-(邻苯基偶氮基苯氧基)丙酰胺、4-氯丁酰胺、3-甲基-3-硝基丁酰胺、邻硝基肉桂酰胺、N-乙酰基蛋氨酸衍生物、邻硝基苯甲酰胺、邻(苯甲酰基氧基甲基)苯甲酰胺、4，5-二苯基-3-噁唑啉-2-酮、N-邻苯二甲酰亚胺、N-二噻丁二酰亚胺(Dts)、N-2，3-二苯基马来酰亚胺、N-2，5-二甲基吡咯、N-1，1，4，4-四甲基二甲硅烷基氮杂环戊烷加合物(STABASE)、5-取代的1，3-二甲基-1，3，5-三氮杂环己-2-酮、5-取代的1，3-二苄基-1，3，5-三氮杂环己-2-酮、1-取代的3，5-二硝基-4-吡啶酮、N-甲胺、N-烯丙胺、N-[2-(三甲基甲硅烷基)乙氧基]甲胺(SEM)、N-3-乙酰氧基丙胺、N-(1-异丙基-4-硝基-2-氧代-3-吡咯啉-3-基)胺、季铵盐、N-苄基胺、N-二(4-甲氧基苯基)甲胺、N-5-二苯并环庚胺、N-三苯基甲胺(Tr)、N-[(4-甲氧基苯基)二苯基甲基]胺(MMTr)、N-9-苯基芴基胺(PhF)、N-2，7-二氯-9-芴基亚甲胺、N-二茂铁基甲基氨基(Fcm)、N-2-吡啶甲基氨基N′-氧化物、N-1，1-二甲基硫代亚甲基胺、N-亚苄基胺、N-对甲氧基亚苄基胺、N-二苯基亚甲基胺、N-[(2-吡啶基)均三甲苯基]亚甲基胺、N-(N′，N′-二甲氨基亚甲基)胺、N，N′-异亚丙基二胺、N-对硝基亚苄基胺、N-亚水杨基胺、N-5-氯亚水杨基胺、N-(5-氯-2-羟基苯基)苯亚甲基胺、N-环亚己基胺、N-(5，5-二甲基-3-氧代-1-环己烯基)胺、N-硼烷衍生物、N-二苯基硼酸衍生物、N-[苯基(五羰基铬-或钨)羰基]胺、N-铜螯合物、N-锌螯合物、N-硝基胺、N-亚硝基胺、胺N-氧化物、二苯基膦酰胺(dpp)、二甲基硫代膦酰胺(Mpt)、二苯基硫代膦酰胺(Ppt)、二烷基氨基磷酸酯、二苄基氨基磷酸酯、二苯基氨基磷酸酯、苯亚磺酰胺、邻硝基苯亚磺酰胺(Nps)、2，4-二硝基苯亚磺酰胺、五氯苯亚磺酰胺、2-硝基-4-甲氧基苯亚磺酰胺、三苯基甲基亚磺酰胺、3-硝基吡啶亚磺酰胺(Npys)、对甲苯磺酰胺(Ts)、苯磺酰胺、2，3，6-三甲基-4-甲氧基苯磺酰胺(Mtr)、2，4，6-三甲氧基苯磺酰胺(Mtb)、2，6-二甲基-4-甲氧基苯磺酰胺(Pme)、2，3，5，6-四甲基-4-甲氧基苯磺酰胺(Mte)、4-甲氧基苯磺酰胺(Mbs)、2，4，6-三甲基苯磺酰胺(Mts)、2，6-二甲氧基-4-甲基苯磺酰胺(iMds)、2，2，5，7，8-五甲基苯并二氢吡喃-6-磺酰胺(Pmc)、甲磺酰胺(Ms)、β-三甲基甲硅烷基乙磺酰胺(SES)、9-蒽磺酰胺、4-(4′，8′-二甲氧基萘基甲基)苯磺酰胺(DNMBS)、苄基磺酰胺、三氟甲基磺酰胺和苯甲酰甲基磺酰胺。
适当保护的羧酸进一步包括但不限于甲硅烷基-、烷基-、烯基-、芳基-、和芳基烷基-保护的羧酸。合适的甲硅烷基基团的实例包括三甲基甲硅烷基、三乙基甲硅烷基、叔丁基二甲基甲硅烷基、叔丁基联苯基甲硅烷基、三异丙基甲硅烷基等。合适的烷基基团的实例包括甲基、苄基、对甲氧基苄基、3，4-二甲氧基苄基、三苯甲基、叔丁基、四氢吡喃-2-基。合适的烯基的实例包括烯丙基。合适的芳基的实例包括任选地经取代的苯基、联苯基、或萘基。合适的芳基烷基的实例包括任选地经取代的苄基(例如，对甲氧基苄基(MPM)、3，4-二甲氧基苄基、邻硝基苄基、对硝基苄基、对卤代苄基、2，6-二氯苄基、对氧基苄基)，以及2-吡啶甲基和4-吡啶甲基。
合适的羟基保护基包括甲基、甲氧基甲基(MOM)、甲基硫代甲基(MTM)、叔丁基硫代甲基、(苯基二甲基甲硅烷基)甲氧基甲基(SMOM)、苄氧基甲基(BOM)、对甲氧基苄氧基甲基(PMBM)、(4-甲氧基苯氧基)甲基(对-AOM)、愈创木酚甲基(GUM)、叔丁氧基甲基、4-戊烯基氧基甲基(POM)、甲硅烷氧基甲基、2-甲氧基乙氧基甲基(MEM)、2，2，2-三氯乙氧基甲基、二(2-氯乙氧基)甲基、2-(三甲基甲硅烷基)乙氧基甲基(SEMOR)、四氢吡喃基(THP)、3-溴四氢吡喃基、四氢噻喃基、1-甲氧基环己基、4-甲氧基四氢吡喃基(MTHP)、4-甲氧基四氢噻喃基、4-甲氧基四氢噻喃基S，S-二氧化物、1-[(2-氯代-4-甲基)苯基]-4-甲氧基哌啶-4-基(CTMP)、1，4-二噁烷-2-基、四氢呋喃基、四氢噻吩基(tetrahydrothiofuranyl)、2，3，3a，4，5，6，7，7a-八氢-7，8，8-三甲基-4，7-桥亚甲基苯并呋喃-2-基、1-乙氧基乙基、1-(2-氯乙氧基)乙基、1-甲基-1-甲氧基乙基、1-甲基-1-苄氧基乙基、1-甲基-1-苄氧基-2-氟乙基、2，2，2-三氯乙基、2-三甲基甲硅烷基乙基、2-(苯基氢硒基)乙基、叔丁基、烯丙基、对氯苯基、对甲氧基苯基、2，4-二硝基苯基、苄基、对甲氧基苄基、3，4-二甲氧基苄基、邻硝基苄基、对硝基苄基、对卤代苄基、2，6-二氯苄基、对氰基苄基、对苯基苄基、2-吡啶甲基、4-吡啶甲基、3-甲基-2-吡啶甲基N-氧化基、二苯基甲基、p，p′-二硝基二苯甲基、5-二苯并环庚基、三苯基甲基、α-萘基二苯基甲基、对甲氧基苯基二苯基甲基、二(对甲氧基苯基)苯基甲基、三(对甲氧基苯基)甲基、4-(4′-溴苯酰基氧基苯基)二苯基甲基、4，4′，4″-三(4，5-二氯邻苯二甲酰亚胺基苯基)甲基、4，4′，4″-三(乙酰丙酰基氧基苯基)甲基、4，4′，4″-三(苯甲酰基氧基苯基)甲基、3-(咪唑-1-基)二(4′，4″-二甲氧基苯基)甲基、1，1-二(4-甲氧基苯基)-1′-芘基甲基、9-蒽基、9-(9-苯基)吨基、9-(9-苯基-10-氧代)蒽基、1，3-苯并二硫烷-2-基、苯并异噻唑基S，S-二氧化基、三甲基甲硅烷基(TMS)、三乙基甲硅烷基(TES)、三异丙基甲硅烷基(TIPS)、二甲基异丙基甲硅烷基(IPDMS)、二乙基异丙基甲硅烷基(DEIPS)、二甲基叔己基甲硅烷基、叔丁基二甲基甲硅烷基(TBDMS)、叔丁基二苯基甲硅烷基(TBDPS)、三苄基甲硅烷基、三对二甲苯基甲硅烷基、三苯基甲硅烷基、二苯基甲基甲硅烷基(DPMS)、叔丁基甲氧基苯基甲硅烷基(TBMPS)、甲酸酯、苯甲酰甲酸酯、乙酸酯、氯乙酸酯、二氯乙酸酯、三氯乙酸酯、三氟乙酸酯、甲氧基乙酸酯、三苯基甲氧基乙酸酯、苯氧基乙酸酯、对氯苯氧基乙酸酯、3-苯基丙酸酯、4-氧代戊酸酯(乙酰丙酸酯)、4，4-(亚乙基二硫代)戊酸酯(乙酰丙酰基二硫代乙缩醛)、新戊酸酯、金刚酸酯(adamantoate)、巴豆酸酯、4-甲氧基巴豆酸酯、苯甲酸酯、对苯基苯甲酸酯、2，4，6-三甲基苯甲酸酯(菜酸酯(mesitoate))、烷基甲基碳酸酯、9-芴基甲基碳酸酯(Fmoc)、烷基乙基碳酸酯、烷基2，2，2-三氯乙基碳酸酯(Troc)、2-(三甲基甲硅烷基)乙基碳酸酯(TMSEC)、2-(苯基磺酰基)乙基碳酸酯(Psec)、2-(三苯基磷鎓基)乙基碳酸酯(Peoc)、烷基异丁基碳酸酯、烷基乙烯基碳酸酯、烷基烯丙基碳酸酯、烷基对硝基苯基碳酸酯、烷基苄基碳酸酯、烷基对甲氧基苄基碳酸酯、烷基3，4-二甲氧基苄基碳酸酯、烷基邻硝基苄基碳酸酯、烷基对硝基苄基碳酸酯、烷基S-苄基硫代碳酸酯、4-乙氧基-1-萘基碳酸酯、二硫代碳酸甲酯、2-碘苯甲酸酯、4-叠氮基丁酸酯、4-硝基-4-甲基戊酸酯、邻-(二溴甲基)苯甲酸酯、2-甲酰基苯磺酸酯、2-(甲硫基甲氧基)乙基、4-(甲硫基甲氧基)丁酸酯、2-(甲硫基甲氧基甲基)苯甲酸酯、2，6-二氯-4-甲基苯氧基乙酸酯、2，6-二氯-4-(1，1，3，3-四甲基丁基)苯氧基乙酸酯、2，4-二(1，1-二甲基丙基)苯氧基乙酸酯、氯二苯基乙酸酯、异丁酸酯、单琥珀酸酯、(E)-2-甲基-2-丁烯酸酯、对-(甲氧基羰基)苯甲酸酯、α-萘甲酸酯、硝酸酯、烷基N，N，N′，N′-四甲基二氨基磷酸酯、烷基N-苯基氨基甲酸酯、硼酸酯、二甲基硫膦基、烷基2，4-二硝基苯基次磺酸酯、硫酸酯、甲磺酸酯(methanesulfonate、mesylate)、苄基磺酸酯以及甲苯磺酸酯(Ts)。为了保护1，2-二醇或1，3-二醇，保护基包括亚甲基缩醛、亚乙基缩醛、1-叔丁基亚乙基缩酮、1-苯基亚乙基缩酮、(4-甲氧基苯基)亚乙基缩醛、2，2，2-三氯亚乙基缩醛、缩丙酮、亚环戊基缩酮、亚环己基缩酮、亚环庚基缩酮、亚苄基缩醛、对-甲氧基亚苄基缩醛、2，4-二甲氧基亚苄基缩酮、3，4-二甲氧基亚苄基缩醛、2-硝基亚苄基缩醛、甲氧基亚甲基缩醛、乙氧基亚甲基缩醛、二甲氧基亚甲基原酸酯、1-甲氧基亚乙基原酸酯、1-乙氧基亚乙基原酸酯、1，2-二甲氧基亚乙基原酸酯、α-甲氧基亚苄基原酸酯、1-(N，N-二甲基氨基)亚乙基衍生物、α-(N，N’-二甲基氨基)亚苄基衍生物、2-氧杂亚环戊基原酸酯、二-叔丁基亚甲硅烷基基团(DTBS)、1，3-(1，1，3，3-四异丙基二硅氧烷亚基)衍生物(TIPDS)、四-叔丁氧基二硅氧烷-1，3-二亚基衍生物(TBDS)、碳酸酯、环硼酸酯、乙基硼酸酯、和苯基硼酸酯。
在一些实施例中，羟基保护基是乙酰基、叔丁基、叔丁氧基甲基、甲氧基甲基、四氢吡喃基、1-乙氧基乙基、1-(2-氯乙氧基)乙基、2-三甲基甲硅烷基乙基、对氯苯基、2，4-二硝基苯基、苄基、苯甲酰基、对苯基苯甲酰基、2，6-二氯苄基、联苯基甲基、对硝基苄基、三苯基甲基(三苯甲基)、4，4′-二甲氧基三苯甲基、三甲基甲硅烷基、三乙基甲硅烷基、叔丁基二甲基甲硅烷基、叔丁基联苯基甲硅烷基、三苯基甲硅烷基、三异丙基甲硅烷基、苯甲酰基甲酸酯、氯乙酰基、三氯乙酰基、三氟乙酰基、新戊酰基、9-芴基甲基碳酸酯、甲磺酸酯、甲苯磺酸酯、三氟甲磺酸酯、三苯甲基、单甲氧基三苯甲基(MMTr)、4，4′-二甲氧基三苯甲基(DMTr)和4，4′，4″-三甲氧基三苯甲基(TMTr)、2-氰基乙基(CE或Cne)、2-(三甲基甲硅烷基)乙基(TSE)、2-(2-硝基苯基)乙基、2-(4-氰基苯基)乙基、2-(4-硝基苯基)乙基(NPE)、2-(4-硝基苯基磺酰基)乙基、3，5-二氯苯基、2，4-二甲基苯基、2-硝基苯基、4-硝基苯基、2，4，6-三甲基苯基、2-(2-硝基苯基)乙基、丁基硫代羰基、4，4′，4″-三(苯甲酰基氧基)三苯甲基、联苯基氨基甲酰基、乙酰丙酰基、2-(二溴甲基)苯甲酰基(Dbmb)、2-(异丙基硫代甲氧基甲基)苯甲酰基(Ptmt)、9-苯基氧杂蒽-9-基(苯基呫吨基(pixyl))或9-(对甲氧基苯基)黄嘌呤-9-基(MOX)。在一些实施例中，羟基保护基各自独立地选自乙酰基、苄基、叔丁基二甲基甲硅烷基、叔丁基联苯基甲硅烷基和4，4′-二甲氧基三苯甲基。在一些实施例中，羟基保护基选自下组，该组由以下组成：三苯甲基、单甲氧基三苯甲基和4，4′-二甲氧基三苯甲基。在一些实施例中，磷键联保护基是在整个寡核苷酸合成中与磷键联(例如，核苷酸间键联)附接的基团。在一些实施例中，保护基与硫代磷酸酯基团的硫原子附接。在一些实施例中，保护基与核苷酸间硫代磷酸酯键联的氧原子附接。在一些实施例中，保护基与核苷酸间磷酸酯键联的氧原子附接。在一些实施例中，保护基是2-氰基乙基(CE或Cne)、2-三甲基甲硅烷基乙基、2-硝基乙基、2-磺酰基乙基、甲基、苄基、邻硝基苄基、2-(对硝基苯基)乙基(NPE或Npe)、2-苯基乙基、3-(N-叔丁基甲酰胺基)-1-丙基、4-氧代戊基、4-甲硫基-l-丁基、2-氰基-1，1-二甲基乙基、4-N-甲基氨基丁基、3-(2-吡啶基)-1-丙基、2-[N-甲基-N-(2-吡啶基)]氨基乙基、2-(N-甲酰基，N-甲基)氨基乙基、或4-[N-甲基-N-(2，2，2-三氟乙酰基)氨基]丁基。
受试者：如本文所用，术语“受试者”或“测试受试者”是指任何生物体，根据本披露向该生物体施用化合物(例如，寡核苷酸)或组合物，例如用于实验、诊断、预防和/或治疗目的。典型的受试者包括动物(例如，哺乳动物，如小鼠、大鼠、兔、非人灵长类动物、和人；昆虫；蠕虫；等)和植物。在一些实施例中，受试者是人。在一些实施例中，受试者可能患有和/或易患疾病、障碍和/或病症。
基本上；如本文所用，术语“基本上”是指展示出一个所感兴趣的特征或特性的总体的或接近总体的范围或程度的定性的状态。与第二序列基本上相同或互补的碱基序列与第二序列不完全相同或互补，但与第二序列大部分或几乎相同或互补。在一些实施例中，具有与另一寡核苷酸或核酸基本上互补的序列的寡核苷酸以与具有完全互补序列的寡核苷酸类似的方式与该寡核苷酸或核酸形成双链体。此外，生物和/或化学领域的普通技术人员应当理解的是生物学和化学现象(如果有的话)很少会达到完成和/或进行到完成或实现或避免绝对的结果。因此，术语“基本上”被用在此处用来获得在许多生物学和/或化学现象中潜在地缺少的内在的完全性。
糖：术语“糖”是指呈封闭和/或开放形式的单糖或多糖。在一些实施例中，糖是单糖。在一些实施例中，糖是多糖。糖包括但不限于核糖、脱氧核糖、戊呋喃糖、戊吡喃糖和己吡喃糖部分。如本文所用，术语“糖”还涵盖用于代替常规糖分子的结构类似物，如二醇、形成核酸类似物的骨架的聚合物、二醇核酸(“GNA”)等。如本文所用，术语“糖”还涵盖用于代替天然核苷酸或天然存在的核苷酸的结构类似物，如经修饰的糖和核苷酸糖。在一些实施例中，糖是RNA或DNA糖(核糖或脱氧核糖)。在一些实施例中，糖是经修饰的核糖或脱氧核糖，例如2′-修饰的、5′-修饰的等。如本文所述，在一些实施例中，当用于寡核苷酸和/或核酸时，经修饰的糖可以提供一种或多种所需的特性、活性等。在一些实施例中，糖是任选地经取代的核糖或脱氧核糖。在一些实施例中，“糖”是指寡核苷酸或核酸中的糖单元。
易患：“易患”疾病、障碍和/或病症的个体是比一般公众成员具有更高的发展疾病、障碍和/或病症的风险的个体。在一些实施例中，易患疾病、障碍和/或病症的个体有患该疾病、障碍和/或病症的倾向。在一些实施例中，易患疾病、障碍和/或病症的个体可以未被诊断出患有该疾病、障碍和/或病症。在一些实施例中，易患疾病、障碍和/或病症的个体可以表现出该疾病、障碍和/或病症的症状。在一些实施例中，易患疾病、障碍和/或病症的个体可以不表现出该疾病、障碍和/或病症的症状。在一些实施例中，易患疾病、障碍和/或病症的个体将会发展出该疾病、障碍和/或病症。在一些实施例中，易患疾病、障碍和/或病症的个体将不会发展出该疾病、障碍和/或病症。
治疗剂：如本文所用，术语“治疗剂”通常是指当施用于受试者时引起期望的作用(例如，期望的生物学、临床或药理作用)的任何药剂。在一些实施例中，如果药剂在整个合适群体中表现出统计学上显著的作用，则认为该药剂是治疗剂。在一些实施例中，合适的人群是患有和/或易患疾病、障碍或病症的受试者的群体。在一些实施例中，合适的群体是模型生物体的群体。在一些实施例中，可以通过一项或多项标准来定义合适的群体，这些标准如为年龄组、性别、遗传背景、在接受疗法之前预先存在的临床病症。在一些实施例中，当以有效量向受试者施用时，治疗剂是减轻以下，改善以下，缓解以下，抑制以下，预防以下，延迟以下的发作，降低以下的严重性和/或降低以下的发生率的物质：受试者中的疾病、障碍和/或病症的一种或多种症状或特征。在一些实施例中，“治疗剂”是在可以被销售施用于人之前已经或需要被政府机构批准的药剂。在一些实施例中，“治疗剂”是需要药物处方才能施用于人的药剂。在一些实施例中，治疗剂是所提供的化合物，例如所提供的寡核苷酸。
治疗有效量：如本文所用，术语“治疗有效量”意指当作为治疗方案的一部分施用时引发所希望的生物反应的物质(例如，治疗剂、组合物和/或配制品)的量。在一些实施例中，物质的治疗有效量是当施用于患有或易患疾病、障碍和/或病症的受试者时，足以治疗、诊断、预防、和/或延迟疾病、障碍和/或病症的发作的量。如本领域的普通技术人员将理解，物质的有效量可取决于以下这样的因素变化：如所希望的生物学终点、待递送的物质、靶细胞或组织等。例如，用于治疗疾病、障碍和/或病症的配制品中化合物的有效量是缓解、改善、减轻、抑制、预防、延迟疾病、障碍和/或病症的一种或多种症状或特征的发作，降低疾病、障碍和/或病症的一种或多种症状或特征的严重程度，和/或降低疾病、障碍和/或病症的一种或多种症状或特征的发病率的量。在一些实施例中，以单个剂量施用治疗有效量；在一些实施例中，需要多个单位剂量来递送治疗有效量。
治疗：如本文所用，术语“治疗(treat、treatment、或treating)”是指用于部分地或完全缓解、改善、减轻、抑制、预防、延迟疾病、障碍和/或病症的一种或多种症状或特征的发作，降低疾病、障碍和/或病症的一种或多种症状或特征的严重程度，和/或降低疾病、障碍和/或病症的一种或多种症状或特征的发生率的任何方法。治疗可以施用于未表现出疾病、障碍和/或病症的迹象的受试者。在一些实施例中，治疗可以施用给仅表现出疾病、障碍和/或病症的早期迹象的受试者，例如出于降低与疾病、障碍和/或病症相关联的病理学风险的目的。
不饱和的：如本文所用，术语“不饱和的”意指具有一个或多个不饱和单元的部分。
野生型：如本文所用，术语“野生型”具有其本领域理解的含义，其是指具有如在“正常”(与突变体、患病、改变等对比)状态或背景中在自然界中发现的结构和/或活性的实体。本领域普通技术人员将理解，野生型基因和多肽通常以多种不同形式(例如，等位基因)存在。
如本领域技术人员将理解的，本文描述的涉及所提供的化合物(例如，寡核苷酸)的方法和组合物通常也适用于这样的化合物的药学上可接受的盐。
某些实施例的描述
寡核苷酸可用于多种治疗、诊断和研究应用。天然存在的核酸的用途受到例如它们对内切和外切核酸酶的敏感性的限制。这样，已经开发了多种合成的对应物来规避这些缺点和/或进一步改善多种特性和活性。这些合成对应物包括含有化学修饰的合成寡核苷酸，这些化学修饰例如为碱基修饰、糖修饰、骨架修饰等，其尤其使得这些分子不太容易降解且改善了寡核苷酸的其他特性和/或活性。
从结构的角度来看，对核苷酸间键联的修饰会引入手性，并且某些特性和活性可能会受到寡核苷酸的键联磷原子构型的影响。例如，骨架键联磷原子的手性尤其会影响结合亲和力、与互补RNA的序列特异性结合、对核酸酶的稳定性、活性、递送、药代动力学等。
尤其是，本披露利用用于控制多种结构元件例如糖修饰及其模式、核碱基修饰及其模式、经修饰的核苷酸间键联及其模式、键联磷立体化学及其模式、另外的化学部分(典型地不在寡核苷酸链中的部分)及其模式等的技术。由于能够完全控制寡核苷酸的结构元件，本披露提供了具有改进的和/或新的特性和/或活性的寡核苷酸，其用于多种应用，例如作为治疗剂、探针等。例如，所提供的寡核苷酸及其组合物可以对于编辑靶核酸中的靶腺苷特别有效，以在一些实施例中通过将A转化成I来校正G至A突变。
在一些实施例中，寡核苷酸包含与核酸(例如，DNA、前体mRNA、mRNA等)的4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60，典型地15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60个或更多个连续碱基相同或者完全或基本上互补的序列。在一些实施例中，核酸是包含一个或多个靶腺苷的靶核酸。在一些实施例中，靶核酸包含一个且不多于一个靶腺苷。在一些实施例中，寡核苷酸可与靶核酸杂交。在一些实施例中，这样的杂交有利于核酸或其产物中的A被例如ADAR1、ADAR2等修饰(例如，将A转化成I)。
在一些实施例中，本披露提供了寡核苷酸，其中该寡核苷酸具有碱基序列，该碱基序列是或包含本文披露(例如，在表中)的寡核苷酸或核酸的约10-40、约15-40、约20-40、或至少27、至少28、至少29、至少30、至少31、至少32、至少33、至少34个连续碱基，或与本文披露的靶RNA序列基因、转录物等互补的序列，并且其中每个T可以任选地并且独立地被U代替并且反之亦然。在一些实施例中，本披露提供了如本文披露(例如，在表中)的寡核苷酸或寡核苷酸组合物。
在一些实施例中，寡核苷酸是用于在靶核酸(例如，RNA)中定点编辑核苷(例如，靶腺苷)的单链寡核苷酸。
如本文所述，寡核苷酸可以含有一个或多个经修饰的核苷酸间键联(非天然磷酸酯键联)。在一些实施例中，经修饰的核苷酸间键联是手性核苷酸间键联，其键联磷是手性的。在一些实施例中，经修饰的核苷酸间键联是硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，寡核苷酸包含一个或多个带负电荷的核苷酸间键联(例如，硫代磷酸酯核苷酸间键联、天然磷酸酯键联等)。在一些实施例中，寡核苷酸包含一个或多个不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，寡核苷酸包含一个或多个中性核苷酸间键联。
在一些实施例中，寡核苷酸是手性控制的。在一些实施例中，寡核苷酸是手性纯的(或“立体异构体”，“立体化学纯的”)，其中寡核苷酸以单一立体异构体形式存在(在许多情况下是单一非对映异构(或“非对映”)形式，因为寡核苷酸中可以存在多个手性中心，例如在键联磷，糖碳等处)。如本领域技术人员所理解的，手性纯的寡核苷酸与它的其他立体异构形式分离(其程度是，可能存在一些杂质，因为化学和生物过程、选择性和/或纯化等，很少(如果有的话)达到绝对完全性)。在手性纯的寡核苷酸中，每个手性中心就其构型而言是独立地限定的(对于手性纯的寡核苷酸，每个核苷酸间键联是独立地立体限定的或手性控制的)。与包含立体定义的键联磷的手性控制和手性纯的寡核苷酸相反，包含手性键联磷的“外消旋”(或“立体随机”，“非手性控制”)的寡核苷酸(例如，来自传统的亚磷酰胺寡核苷酸合成，其中在偶联步骤中无立体化学控制并与传统的硫化作用组合(形成立体随机的硫代磷酸酯核苷酸间键联)指各种立体异构体(典型地非对映异构体(或“非对映体”)的随机混合物，因为在寡核苷酸中有多个手性中心；例如，来自使用除了核苷和键联磷中的手性元素不含手性元素的试剂进行传统的寡核苷酸的制备)。例如，对于其中＊是硫代磷酸酯核苷酸间键联(其包含手性键联磷)的A＊A＊A，外消旋寡核苷酸制备物包括四个非对映体[22＝4，考虑到两个手性键联磷，它们各自可以两种构型(Sp或Rp)之一存在]：A＊S A＊S A、A＊SA＊R A、A＊R A＊S A和A＊R A＊R A，其中＊S代表Sp硫代磷酸酯核苷酸间键联，＊R代表Rp硫代磷酸酯核苷酸间键联。对于手性纯的寡核苷酸，例如A＊S A＊S A，它以单一的立体异构形式存在，并且与其他立体异构体(例如，非对映体A＊S A＊R A、A＊R A＊S A和A＊RA＊R A)分开。
在一些实施例中，寡核苷酸包含1、2、3、4、5、6、7、8、9、10或更多个立体随机核苷酸间键联(在核苷酸间键联处的Rp和Sp键联磷的混合物，例如来自传统的非手性控制的寡核苷酸合成)。在一些实施例中，寡核苷酸包含一个或多个(例如，1-60、1-50、1-40、1-30、1-25、1-20，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60个或更多个)手性控制的核苷酸间键联(在核苷酸间键联处的Rp或Sp键联磷，例如来自手性控制的寡核苷酸合成)。在一些实施例中，核苷酸间键联是硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，核苷酸间键联是立体随机硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，核苷酸间键联是手性控制的硫代磷酸酯核苷酸间键联。
尤其是，本披露提供了用于制备手性控制的(在一些实施例中，为立体化学纯的)寡核苷酸的技术。在一些实施例中，寡核苷酸是立体化学纯的。在一些实施例中，本披露的寡核苷酸为约5％-100％、10％-100％、20％-100％、30％-100％、40％-100％、50％-100％、60％-100％、70％-100％、80％-100％、90％-100％、95％-100％、50％-90％，或约5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％，或至少约5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或99％立体化学纯的。
在一些实施例中，本披露提供了多种寡核苷酸组合物。在一些实施例中，寡核苷酸组合物是立体随机或不是手性控制的。在一些实施例中，在所提供的组合物的寡核苷酸中不存在手性控制的核苷酸间键联。在一些实施例中，组合物中寡核苷酸的核苷酸间键联包含一个或多个手性控制的核苷酸间键联(例如，手性控制的寡核苷酸组合物)。
在一些实施例中，寡核苷酸组合物包含共享共同碱基序列的多个寡核苷酸，其中寡核苷酸中的一个或多个核苷酸间键联是手性控制的，并且一个或多个核苷酸间键联是立体随机的(非手性控制的)。在一些实施例中，寡核苷酸组合物包含共享共同碱基序列的多个寡核苷酸，其中寡核苷酸中包含手性键联磷的每个核苷酸间键联独立地是手性控制的核苷酸间键联。在一些实施例中，多个寡核苷酸共享相同的碱基序列，以及相同的碱基和糖修饰。在一些实施例中，多个寡核苷酸共享相同的碱基序列，以及相同的碱基、糖和核苷酸间键联修饰。在一些实施例中，寡核苷酸组合物包含具有相同组成的寡核苷酸，其中一个或多个核苷酸间键联是手性控制的，并且一个或多个核苷酸间键联是立体随机的(非手性控制的)。在一些实施例中，寡核苷酸组合物包含具有相同组成的寡核苷酸，其中包含手性键联磷的每个核苷酸间键联独立地是手性控制的核苷酸间键联。在一些实施例中，所有寡核苷酸或具有共同碱基序列的所有寡核苷酸的至少10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、75％、80％、85％、90％或95％是该多个寡核苷酸。
在一些实施例中，本披露提供了用于制备、评估和/或利用所提供的寡核苷酸及其组合物的技术。
如本披露中使用的，在一些实施例中，“一个或多个”是1-200、1-150、1-100、1-90、1-80、1-70、1-60、1-50、1-40、1-30，或1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59或60个。在一些实施例中，“一个或多个”是一个。在一些实施例中，“一个或多个”是两个。在一些实施例中，“一个或多个”是三个。在一些实施例中，“一个或多个”是四个。在一些实施例中，“一个或多个”是五个。在一些实施例中，“一个或多个”是六个。在一些实施例中，“一个或多个”是七个。在一些实施例中，“一个或多个”是八个。在一些实施例中，“一个或多个”是九个。在一些实施例中，“一个或多个”是十个。在一些实施例中，“一个或多个”是至少一个。在一些实施例中，“一个或多个”是至少两个。在一些实施例中，“一个或多个”是至少三个。在一些实施例中，“一个或多个”是至少四个。在一些实施例中，“一个或多个”是至少五个。在一些实施例中，“一个或多个”是至少六个。在一些实施例中，“一个或多个”是至少七个。在一些实施例中，“一个或多个”是至少八个。在一些实施例中，“一个或多个”是至少九个。在一些实施例中，“一个或多个”是至少十个。
如本披露中使用的，在一些实施例中，“至少一个”是一个或多个。
作为实例，描述了变量例如R、RL、L等的各种实施例。针对变量(例如R)描述的实施例通常适用于可以是这样的变量的所有变量(例如，R’、R”、RL、RL1等)。
寡核苷酸
尤其是，本披露提供了具有多种设计的寡核苷酸，其可包含本披露中描述的多种核碱基及其模式、糖及其模式、核苷酸间键联及其模式和/或另外的化学部分及其模式。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸可指导靶核酸中的A至I编辑。在一些实施例中，本披露的寡核苷酸是能够在靶RNA序列中定点编辑腺苷(将A转化成I)的单链寡核苷酸。
在一些实施例中，寡核苷酸具有合适的长度和序列互补性以与靶核酸特异性杂交。在一些实施例中，寡核苷酸足够长并且与靶核酸足够互补以将靶核酸与其他核酸区分开来从而降低脱靶效应。在一些实施例中，寡核苷酸足够短以有利于递送，降低制造复杂性和/或成本，从而维持所需的特性和活性(例如，腺苷的编辑)。
在一些实施例中，寡核苷酸具有约10-200个(例如，约10-20、10-30、10-40、10-50、10-60、10-70、10-80、10-90、10-100、10-120、10-150、20-30、20-40、20-50、20-60、20-70、20-80、20-90、20-100、20-120、20-150、20-200、25-30、25-40、25-50、25-60、25-70、25-80、25-90、25-100、25-120、25-150、25-200、30-40、30-50、30-60、30-70、30-80、30-90、30-100、30-120、30-150、30-200、10、20、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、45、50、60个等)核碱基的长度。在一些实施例中，寡核苷酸的碱基序列的长度为约10-60个核碱基。在一些实施例中，碱基序列的长度为约15-50个核碱基。在一些实施例中，碱基序列的长度为约15至约35个核碱基。在一些实施例中，碱基序列的长度为约25至约34个核碱基。在一些实施例中，碱基序列的长度为约26至约35个核碱基。在一些实施例中，碱基序列的长度为约27至约32个核碱基。在一些实施例中，碱基序列的长度为约29至约35个核碱基。在一些实施例中，碱基序列的长度为约10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59或60个核碱基。在一些实施例中，碱基序列的长度为或至少为35个核碱基。在一些实施例中，碱基序列的长度为或至少为34个核碱基。在一些实施例中，碱基序列的长度为或至少为33个核碱基。在一些实施例中，碱基序列的长度为或至少为32个核碱基。在一些实施例中，碱基序列的长度为或至少为31个核碱基。在一些实施例中，碱基序列的长度为或至少为30个核碱基。在一些实施例中，碱基序列的长度为或至少为29个核碱基。在一些实施例中，碱基序列的长度为或至少为28个核碱基。在一些实施例中，碱基序列的长度为或至少为27个核碱基。在一些实施例中，碱基序列的长度为或至少为26个核碱基。在一些实施例中，双链体中互补部分的碱基序列的长度为至少15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、16、27、28、29、30、31、32、33、34、35个或更多个核碱基。在一些实施例中，其长度为至少18个核碱基。在一些实施例中，其长度为至少19个核碱基。在一些实施例中，其长度为至少20个核碱基。在一些实施例中，其长度为至少21个核碱基。在一些实施例中，其长度为至少22个核碱基。在一些实施例中，其长度为至少23个核碱基。在一些实施例中，其长度为至少24个核碱基。在一些实施例中，其长度为至少25个核碱基。尤其是，本披露提供了与先前报道的腺苷编辑寡核苷酸相比具有相当的或更好的特性和/或相当的或更高的活性但长度更短的寡核苷酸。
在一些实施例中，寡核苷酸的碱基序列与靶核酸的碱基序列互补(例如，与靶核酸的包含靶腺苷的一部分互补)，具有0-10个(例如，0-1、0-2、0-3、0-4、0-5、0-6、0-7、0-8、0-9、0-10、1-2、1-3、1-4、1-5、1-6、1-7、1-8、1-9、1-10、2-3、2-4、2-5、2-6、2-7、2-8、2-9、2-10、3-4、3-5、3-6、3-7、3-8、3-9、3-10，0、1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个等)不是沃森-克里克碱基对(AT、AU和CG)的错配。在一些实施例中，不存在错配。在一些实施例中，存在1个错配。在一些实施例中，存在2个错配。在一些实施例中，存在3个错配。在一些实施例中，存在4个错配。在一些实施例中，存在5个错配。在一些实施例中，存在6个错配。在一些实施例中，存在7个错配。在一些实施例中，存在8个错配。在一些实施例中，存在9个错配。在一些实施例中，存在10个错配。在一些实施例中，寡核苷酸可以含有不是为互补性而设计的部分(例如，环、蛋白结合序列等，用于募集蛋白，例如ADAR)。如本领域技术人员将理解的，当计算错配和/或互补性时，可以适当地排除这样的部分。在一些实施例中，例如寡核苷酸与靶核酸之间的互补性为约50％-100％(例如，约50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等)。在一些实施例中，互补性为至少约60％。在一些实施例中，互补性为至少约65％。在一些实施例中，互补性为至少约70％。在一些实施侧中，互补性为至少约75％。在一些实施例中，互补性为至少约80％。在一些实施例中，互补性为至少约85％。在一些实施例中，互补性为至少约90％。在一些实施例中，互补性为至少约95％。在一些实施例中，在寡核苷酸的长度上互补性为100％。在一些实施例中，在寡核苷酸的长度上，除在与靶核苷(例如，腺苷)相反的核苷处，互补性为100％。典型地，互补性基于沃森-克里克碱基对AT、AU和CG。本领域技术人员将理解，当评估不同长度的两个序列(例如，所提供的寡核苷酸和靶核酸)的互补性时，互补性可适当地基于较短序列的长度和/或两个序列之间的最大互补性。在许多实施例中，寡核苷酸和靶核酸具有足够的互补性，使得修饰选择性地针对靶腺苷位点。在一些实施例中，寡核苷酸可以与包含靶腺苷的靶核酸或其部分杂交。在一些实施例中，寡核苷酸可以与靶核酸或其可以与表中描述的寡核苷酸杂交的部分杂交。
在一些实施例中，一个或多个错配独立地是摆动。在一些实施例中，每个错配是摆动。在一些实施例中，存在0-10个(例如，0-1、0-2、0-3、0-4、0-5、0-6、0-7、0-8、0-9、0-10、1-2、1-3、1-4、1-5、1-6、1-7、1-8、1-9、1-10、2-3、2-4、2-5、2-6、2-7、2-8、2-9、2-10、3-4、3-5、3-6、3-7、3-8、3-9、3-10，0、1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个等)摆动。在一些实施例中，数目为0。在一些实施例中，数目为1。在一些实施例中，数目为2。在一些实施例中，数目为3。在一些实施例中，数目为4。在一些实施例中，数目为5。在一些实施例中，摆动是G-U、I-A、G-A、I-U、I-C、I-T、A-A或反向A-T。在一些实施例中，摆动是G-U、I-A、G-A、I-U、或I-C。在一些实施例中，当I是与靶核苷相反的核苷相邻的3′紧邻核苷时，I-C可以被认为是匹配。在一些实施例中，形成摆动对的碱基(例如，可以形成G-U摆动的U)可以取代形成匹配对的碱基(例如，与G匹配的C)并且可以提供具有编辑活性的寡核苷酸。
在一些实施例中，寡核苷酸和靶核酸的双链体包含一个或多个凸起，每个凸起独立地包含一个或多个不是摆动的错配。在一些实施例中，存在0-10个(例如，0-1、0-2、0-3、0-4、0-5、0-6、0-7、0-8、0-9、0-10、1-2、1-3、1-4、1-5、1-6、1-7、1-8、1-9、1-10、2-3、2-4、2-5、2-6、2-7、2-8、2-9、2-10、3-4、3-5、3-6、3-7、3-8、3-9、3-10，0、1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个等)凸起。在一些实施例中，数目为0。在一些实施例中，数目为1。在一些实施例中，数目为2。在一些实施例中，数目为3。在一些实施例中，数目为4。在一些实施例中，数目为5。
在一些实施例中，两个错配之间、错配和寡核苷酸(或其部分，例如第一结构域、第二结构域、第一子结构域、第二子结构域、第三子结构域)的一端或两端之间和/或错配和与靶腺苷相反的核苷之间的距离可独立地是0-50、0-40、0-30、0-25、0-20、0-15、0-10个(例如，0-1、0-2、0-3、0-4、0-5、0-6、0-7、0-8、0-9、0-10、1-2、1-3、1-4、1-5、1-6、1-7、1-8、1-9、1-10、2-3、2-4、2-5、2-6、2-7、2-8、2-9、2-10、3-4、3-5、3-6、3-7、3-8、3-9、3-10，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34或35个)核碱基(不包括错配、末端核苷和与靶腺苷相反的核苷)。在一些实施例中，数目为0-30。在一些实施例中，数目为0-20。在一些实施例中，数目为1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20。在一些实施例中，两个错配之间的距离为0-20。在一些实施例中，两个错配之间的距离为1-10。在一些实施例中，错配和寡核苷酸的5′-末端核苷之间的距离为0-20。在一些实施例中，错配和寡核苷酸的5′-末端核苷之间的距离为5-20。在一些实施例中，错配和寡核苷酸的3′-末端核苷之间的距离为0-40。在一些实施例中，错配和寡核苷酸的3′-末端核苷之间的距离为5-20。在一些实施例中，错配和与靶腺苷相反的核苷之间的距离为0-20。在一些实施例中，错配和与靶腺苷相反的核苷之间的距离为1-10。在一些实施例中，对于一定距离，核碱基的数目为0。在一些实施例中，其为1。在一些实施例中，其为2。在一些实施例中，其为3。在一些实施例中，其为4。在一些实施例中，其为5。在一些实施例中，其为6。在一些实施例中，其为7。在一些实施例中，其为8。在一些实施例中，其为9。在一些实施例中，其为10。在一些实施例中，其为11。在一些实施例中，其为12。在一些实施例中，其为13。在一些实施例中，其为14。在一些实施例中，其为15。在一些实施例中，其为16。在一些实施例中，其为17。在一些实施例中，其为18。在一些实施例中，其为19。在一些实施例中，其为20。在一些实施例中，错配位于第一结构域、第二结构域、第一子结构域、第二子结构域或第三子结构域的末端，例如5′-末端或3′-末端。在一些实施例中，错配位于与靶腺苷相反的核苷处。
在一些实施例中，所提供的寡核苷酸可以指导靶核酸中的腺苷编辑(例如，将A转化成I)并且具有由本文披露的寡核苷酸的碱基序列组成、包含该碱基序列或包含该碱基序列的一部分(例如，10、11、12、13、14、15、16、17、18、19个或更多个连续碱基的跨度)的碱基序列，其中每个T可以独立地被U代替并且反之亦然，并且该寡核苷酸包含碱基、糖和/或核苷酸间键联的至少一种非天然存在的修饰。
在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含一个或多个碳水化合物部分。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含一个或多个GalNAc部分。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含一个或多个靶向部分。本文描述了可以与寡核苷酸链缀合的这样的另外的化学部分的非限制性实例。
在一些实施例中，所提供的寡核苷酸可指导靶序列或其产物中G至A突变的校正。在一些实施例中，G至A突变的校正是或包括将A转化成I，其可以在翻译或其他生物过程中被读作G。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸可经由ADAR介导的脱氨来指导靶序列或其产物中G至A突变的校正。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸可通过募集内源性ADAR(例如，在靶细胞中)并且促进ADAR介导的脱氨而经由ADAR介导的脱氨来指导靶序列或其产物中的G至A突变的校正。然而，无论如何，本披露不限于任何特定机制。在一些实施例中，本披露提供了能够经由双链RNA干扰、单链RNA干扰、RNA酶H介导的敲低、翻译的空间位阻、ADAR介导的脱氨、或两个或更多个这样的机制的组合操作的寡核苷酸、组合物、方法等。
在一些实施例中，寡核苷酸包含本文例如在表中所述的结构元件或其部分。在一些实施例中，寡核苷酸具有包含该碱基序列(或其部分)的碱基序列(其中每个T可以独立地被U取代)，化学修饰模式(或其一部分)和/或本文中所披露的(例如，在表或图中，或本文以其他方式披露的)寡核苷酸的形式。在一些实施例中，这样的寡核苷酸可指导靶序列或其产物中G至A突变的校正。
尤其是，所提供的寡核苷酸可与其靶核酸(例如，前体mRNA、成熟mRNA等)杂交。在一些实施例中，寡核苷酸可以在RNA加工的任何阶段与靶RNA序列核酸(包括但不限于前体mRNA或成熟mRNA)杂交。在一些实施例中，寡核苷酸可与寡核苷酸核酸或其互补序列的任何元件杂交，包括但不限于：启动子区域、增强子区域、转录终止区域、翻译起始信号、翻译终止信号、编码区、非编码区、外显子、内含子、内含子/外显子或外显子/内含子连接，5′UTR或3′UTR。
在一些实施例中，寡核苷酸与来源于靶点(例如，靶序列)的有义链的转录物的两个或更多个变体杂交。
在一些实施例中，所提供的寡核苷酸含有水平增加的一种或多种同位素。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸例如经一种或多种元素(例如，氢、碳、氮等)的一种或多种同位素标记。在一些实施例中，所提供的组合物中的所提供的寡核苷酸(例如，组合物的多个寡核苷酸)包含碱基修饰、糖修饰和/或核苷酸间键联修饰，其中这些寡核苷酸含有富集水平的氘。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸在一个或多个位置被氘标记(用-2H代替-1H)。在一些实施例中，寡核苷酸链或与该寡核苷酸链缀合的任何部分(例如，靶向部分等)的一个或多个1H被2H取代。这样的寡核苷酸可用于本文所述的组合物和方法中。
在一些实施例中，寡核苷酸包含如本文所述的一个或多个经修饰的核碱基、一个或多个经修饰的糖和/或一个或多个经修饰的核苷酸间键联。在一些实施例中，寡核苷酸包含一定水平的经修饰的核碱基、经修饰的糖和/或经修饰的核苷酸间键联，例如分别为寡核苷酸内的所有核碱基、糖和/或核苷酸间键联的约5％-100％、约10％-100％、20％-100％、30％-100％、40％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等。
在一些实施例中，寡核苷酸包含一个或多个经修饰的糖。在一些实施例中，寡核苷酸包含约1-50个(例如，约5、6、7、8、9或10-约10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个，或约5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个等，约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个等)经修饰的糖。在一些实施例中，寡核苷酸包含约1-50个(例如，约5、6、7、8、9或10-约10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个，或约5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个等，约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个等)具有2’-F修饰的经修饰的糖。在一些实施例中，寡核苷酸包含约2-50个(例如约2、3、4、5、6、7、8、9或10-约10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个，或约5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个等，2-40、2-30、2-25、2-20、2-15、2-10、3-40、3-30、3-25、3-20、3-15、3-10、4-40、4-30、4-25、4-20、4-15、4-10、5-40、5-30、5-25、5-20、5-15、5-10、6-40、6-30、6-25、6-20、6-15、6-10、7-40、7-30、7-25、7-20、7-15、7-10、8-40、8-30、8-25、8-20、8-15、8-10、9-40、9-30、9-25、9-20、9-15、9-10、10-40、10-30、10-25、10-20、10-15个，约2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个等)具有2’-F修饰的连续的经修饰的糖。在一些实施例中，寡核苷酸包含2个连续的2’-F修饰的糖。在一些实施例中，寡核苷酸包含3个连续的2’-F修饰的糖。在一些实施例中，寡核苷酸包含4个连续的2’-F修饰的糖。在一些实施例中，寡核苷酸包含5个连续的2’-F修饰的糖。在一些实施例中，寡核苷酸包含6个连续的2’-F修饰的糖。在一些实施例中，寡核苷酸包含7个连续的2’-F修饰的糖。在一些实施例中，寡核苷酸包含8个连续的2’-F修饰的糖。在一些实施例中，寡核苷酸包含9个连续的2’-F修饰的糖。在一些实施例中，寡核苷酸包含10个连续的2’-F修饰的糖。在一些实施例中，寡核苷酸包含两个或更多个2’-F修饰的糖嵌段，其中2’-F修饰的糖嵌段中的每个糖独立地是2’-F修饰的糖。在一些实施例中，每个2’-F修饰的糖嵌段独立地包含2、3、4、5、6、7、8、9或10个连续的如本文所述的2’-F修饰的糖或由其组成。在一些实施例中，两个连续的2’-F修饰的糖嵌段独立地被分离嵌段分离，该分离嵌段包含独立地不是2’-F修饰的糖的一个或多个糖。在一些实施例中，寡核苷酸包含一个或多个(例如1-20、1-15、1-14、1-13、1-12、1-11、1-10、2-20、3-15、4-15、5-15、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个等)2’-F嵌段和一个或多个(例如1-20、1-15、1-14、1-13、1-12、1-11、1-10、2-20、3-15、4-15、5-15、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个等)分离嵌段。在一些实施例中，第一结构域包含一个或多个(例如1-20、1-15、1-14、1-13、1-12、1-11、1-10、2-20、3-15、4-15、5-15、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个等)2’-F嵌段和一个或多个(例如1-20、1-15、1-14、1-13、1-12、1-11、1-10、2-20、3-15、4-15、5-15、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个等)分离嵌段。在一些实施例中，与第一结构域2’-F嵌段键合的每个第一结构域嵌段是分离嵌段。在一些实施例中，与第一结构域分离嵌段键合的每个第一结构域嵌段是第一结构域2’-F嵌段。在一些实施例中，分离嵌段中的每个糖均独立地未被2’-F修饰。在一些实施例中，分离嵌段中的两个或更多个(例如2、3、4、5、6、7、8、9或10个或更多个)或所有糖独立地未被2’-F修饰。在一些实施例中，分离嵌段包含一个或多个双环糖(例如LNA糖、cEt糖等)和/或一个或多个2’-OR修饰的糖(其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基)(例如2’-OMe、2’-MOE等)。在一些实施例中，分离嵌段包含一个或多个2’-OR修饰的糖，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基(例如2’-OMe、2’-MOE等)。在一些实施例中，两个或更多个非-2’-F修饰的糖是连续的。在一些实施例中，两个或更多个2’-OR修饰的糖(其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基(例如2’-OMe、2’-MOE等))是连续的。在一些实施例中，分离嵌段包含两个或更多个(例如2、3、4、5、6、7、8、9、或10个或更多个)2’-OR修饰的糖(其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基(例如2’-OMe、2’-MOE等))。在一些实施例中，分离嵌段包含两个或更多个(例如2、3、4、5、6、7、8、9、或10个或更多个)连续的2’-OR修饰的糖(其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基(例如2’-OMe、2’-MOE等))。在一些实施例中，每个2’-OR修饰的糖独立地是2’-OMe或2’-MOE糖。在一些实施例中，每个2’-OR修饰的糖独立地是2’-OMe糖。在一些实施例中，每个2’-OR修饰的糖独立地是2’-MOE糖。在一些实施例中，分离嵌段包含一个或多个2’-F修饰的糖。在一些实施例中，分离嵌段中的2’-F修饰的糖均不彼此相邻。在一些实施例中，分离嵌段不含有2’-F修饰的糖。在一些实施例中，分离嵌段中的每个糖均独立地是2’-OR修饰的糖(其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基)或双环糖。在一些实施例中，每个分离嵌段中的每个糖均独立地是2’-OR修饰的糖(其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基)或双环糖。在一些实施例中，分离嵌段中的每个糖均独立地是2’-OR修饰的糖，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，每个分离嵌段中的每个糖均独立地是2’-OR修饰的糖，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，分离嵌段中的每个糖均独立地是2’-OMe或2’-MOE修饰的糖。在一些实施例中，每个分离嵌段中的每个糖均独立地是2’-OMe或2’-MOE修饰的糖。在一些实施例中，分离嵌段中的每个糖均独立地是2’-OMe修饰的糖。在一些实施例中，分离嵌段中的每个糖均独立地是2’-MOE修饰的糖。在一些实施例中，分离嵌段包含2’-OMe糖和2’-MOE修饰的糖。在一些实施例中，每个2’-F嵌段和每个分离嵌段独立地含有1、2、3、4、或5个核苷。在一些实施例中，每个2’-F嵌段和每个分离嵌段独立地含有1、2或3个核苷。
如本文所述，寡核苷酸或其部分(例如，第一结构域、第二结构域、第一子结构域、第二子结构域、第三子结构域等)可以包含一个或多个(例如1-20、1-15、1-14、1-13、1-12、1-11、1-10、2-20、3-15、4-15、5-15个，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个等)嵌段或由其组成，其各自独立地包含一个或多个(例如1-50、1-40、1-30、1-25、1-24、1-23、1-22、1-21、1-20、1-10、1-5个，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30个等)糖，其中嵌段中每个糖共享相同的结构或结构特征。在一些实施例中，寡核苷酸或其部分(例如，第一结构域、第二结构域等)可以包含一个或多个(例如1-20、1-15、1-14、1-13、1-12、1-11、1-10、2-20、3-15、4-15、5-15个，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个等)嵌段或由其组成，其各自独立地包含一个或多个(例如1-50、1-40、1-30、1-25、1-24、1-23、1-22、1-21、1-20、1-10、1-5个，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30个等)糖。在一些实施例中，每个嵌段独立地含有1-10个，例如1、2、3、4、5、6、7、8、9、或10个糖。在一些实施例中，每个嵌段独立地含有1-5个糖。在一些实施例中，每个嵌段独立地含有1、2、或3个糖。在一些实施例中，一个或多个嵌段(例如1-15、1-10个，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个或更多个)独立地含有两个或三个或更多个糖。在一些实施例中，一个或多个嵌段(例如1-15、1-10个，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个或更多个)独立地含有两个或三个糖。在一些实施例中，寡核苷酸或其部分中的约或至少约30％、40％或50％嵌段独立地含有两个或更多个(例如两个或三个)糖。在一些实施例中，寡核苷酸或第一结构域中的约50％嵌段独立地含有两个或更多个(例如两个或三个)糖。在一些实施例中，嵌段是2’-F嵌段，其中嵌段中的每个糖是2’-F修饰的嵌段。在一些实施例中，嵌段是2’-ORsa嵌段，其中嵌段中的每个糖独立地是2’-ORsa修饰的糖并且可以是相同的或不同的。在一些实施例中，嵌段是2’-ORsk嵌段，其中嵌段中的每个糖独立地是2’-ORsk修饰的糖并且可以是相同的或不同的。在一些实施例中，2’-ORsa或2’-ORsk嵌段中的每个糖是相同的。在一些实施例中，嵌段是2’-OMe嵌段，其中每个糖独立地是2’-OMe修饰的糖。在一些实施例中，嵌段是2’-OME嵌段，其中每个糖独立地是2’-OME修饰的糖。在一些实施例中，寡核苷酸或其部分中的每两个2’-F嵌段之间存在至少一个2’-ORsa嵌段。在一些实施例中，寡核苷酸中的每两个2’-F嵌段之间存在至少一个2’-ORsa嵌段。在一些实施例中，第一结构域中的每两个2’-F嵌段之间存在至少一个2’-OMe嵌段。在一些实施例中，第一结构域中的两个2’-F嵌段之间存在至少一个2’-MOE嵌段。在一些实施例中，第一结构域中的两个2’-F嵌段之间存在2’-MOE嵌段和2’-OMe嵌段，且不存在2’-F嵌段。在一些实施例中，每个2’-F嵌段独立地与2’-ORsa嵌段键合。在一些实施例中，每个2’-F嵌段独立地与2’-ORsk嵌段键合。在一些实施例中，每个嵌段(2’-F嵌段键合的)独立地是2’-ORsa嵌段。在一些实施例中，每个嵌段(2’-F嵌段键合的)独立地是2’-ORsk嵌段。在一些实施例中，第一结构域中的每个嵌段(第一结构域中的2’-F嵌段键合的)独立地是2’-ORsa嵌段。在一些实施例中，第一结构域中的每个嵌段(第一结构域中的2’-F嵌段键合的)独立地是2’-ORsk嵌段。在一些实施例中，第一结构域中的每个嵌段(2’-ORsa嵌段键合的)独立地是2’-F嵌段或不同的2’-ORsa嵌段。在一些实施例中，第一结构域中的每个嵌段(2’-ORsk嵌段)独立地是2’-F嵌段或不同的2’-ORsk嵌段。在一些实施例中，2’-OR嵌段是2’-OMe嵌段。在一些实施例中，2’-OR嵌段是2’-MOE嵌段。在一些实施例中，至少一个嵌段是2’-OMe嵌段。在一些实施例中，约或约至少2、3、4、或5个嵌段独立地是2’-OMe嵌段。在一些实施例中，至少一个嵌段是2’-MOE嵌段。在一些实施例中，约或约至少2、3、4、或5个嵌段独立地是2’-MOE嵌段。在一些实施例中，寡核苷酸或其部分(例如第一结构域、第二结构域等)中有一个或多个(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9、或10个或更多个)2’-OMe嵌段和一个或多个(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9、或10个或更多个)2’-MOE嵌段。在一些实施例中，寡核苷酸或其部分(例如第一结构域、第二结构域等)中有一个或多个(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9、或10个或更多个)2’-OMe嵌段和一个或多个(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9、或10个或更多个)2’-MOE嵌段以及一个或多个(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9、或10个)2’-F嵌段。在一些实施例中，第一结构域中有一个或多个(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9、或10个或更多个)2’-OMe嵌段和一个或多个(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9、或10个或更多个)2’-MOE嵌段。在一些实施例中，第一结构域中有一个或多个(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9、或10个或更多个)2’-OMe嵌段和一个或多个(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9、或10个或更多个)2’-F嵌段。在一些实施例中，第一结构域中有一个或多个(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9、或10个或更多个)2’-F嵌段和一个或多个(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9、或10个或更多个)2’-MOE嵌段。在一些实施例中，第一结构域中有一个或多个(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9、或10个或更多个)2’-OMe嵌段和一个或多个(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9、或10个或更多个)2’-MOE嵌段以及一个或多个(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9、或10个)2’-F嵌段。在一些实施例中，在寡核苷酸或其部分(例如第一结构域、第二结构域等)中，2’-F修饰的糖的百分比约为20％-80％、30％-70％、30％-60％、30％-50％、40％-60％，20％、30％、40％、50％、60％、70％或80％，并且2’-OR修饰的糖(其各自独立地是2’-OR修饰的糖，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基)的百分比约为20％-80％、30％-70％、30％-60％、30％-50％、40％-60％，20％、30％、40％、50％、60％、70％或80％。在一些实施例中，在第一结构域中，2’-F修饰的糖的百分比约为20％-80％、30％-70％、30％-60％、30％-50％、40％-60％，20％、30％、40％、50％、60％、70％或80％，并且2’-OR修饰的糖(其各自独立地是2’-OR修饰的糖，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基)的百分比约为20％-80％、30％-70％、30％-60％、30％-50％、40％-60％，20％、30％、40％、50％、60％、70％或80％。在一些实施例中，2’-F修饰的糖的百分比与2’-OR修饰的糖(其各自独立地是2’-OR修饰的糖，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基)的百分比之间的差异小于约50％、40％、30％、20％、或10％(通过从两个百分比中较大的百分比减去两个百分比中较小的一个来计算)。在一些实施例中，每个2’-OR修饰的糖独立地是2’-OMe或2’-MOE修饰的糖。在一些实施例中，寡核苷酸的一部分(例如第一结构域、第二结构域、第三子结构域等)包含交替的2’-ORsa和2’-F嵌段或由其组成，包含交替的2’-ORsk和2’-F嵌段或由其组成。
某些经修饰的糖及其用途描述于WO 2021/071858中，其全部内容通过引用并入本文，并且可以根据本披露使用。某些经修饰的糖及其用途描述于PCT/US2021/058495中，其全部内容通过引用并入本文，并且可以根据本披露使用。
在一些实施例中，2’-ORsa修饰的糖(例如2’-OMe修饰的糖、2’-MOE修饰的糖、LNA糖等)用于寡核苷酸中，例如如WO 2016/097212、WO 2017/050306、WO 2017/220751、WO 2018/041973、WO 2018/134301、WO 2019/158475、WO 2019/219581、WO 2020/154342、WO 2020/154343、WO 2020/154344、WO 2020/157008、WO 2020/165077、WO 2020/201406、WO 2020/216637、WO 2020/252376、WO 2021/130313、WO 2021/231673、WO 2021/231675、WO 2021/231679、WO 2021/231680、WO 2021/231685、WO 2021/231691、WO 2021/231692、WO 2021/231698、WO 2021/231830、WO 2021/243023、WO 2022/018207、或WO 2022/026928中所述。
在一些实施例中，所有糖中的约10％-100％、20％-100％、30％-100％、40％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、或100％等是经修饰的糖。在一些实施例中，约10％-100％、20％-100％、30％-100％、40％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、或100％等的所有糖是经修饰的糖，这些经修饰的糖独立地选自2’-F修饰的糖、2’-OR修饰的糖(其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基)和双环糖(例如LNA糖、cEt糖等)。在一些实施例中，百分比是约或至少约30％。在一些实施例中，百分比是约或至少约40％。在一些实施例中，百分比是约或至少约50％。在一些实施例中，百分比是约或至少约60％。在一些实施例中，百分比是约或至少约70％。在一些实施例中，百分比是约或至少约80％。在一些实施例中，百分比是约或至少约90％。在一些实施例中，百分比是约或至少约95％。在一些实施例中，所有糖(除N-1、N0和N1的那些糖之外)均独立地是经修饰的糖。在一些实施例中，所有糖(除N-1、N0和N1的那些糖之外)均独立地是2’-修饰的糖。在一些实施例中，所有糖(除N0和N1的那些糖之外)均独立地是经修饰的糖。在一些实施例中，所有糖(除N0和N1的那些糖之外)均独立地是2’-修饰的糖。在一些实施例中，所有糖(除N0和N-1的那些糖之外)均独立地是经修饰的糖。在一些实施例中，所有糖(除N0和N-1的那些糖之外)均独立地是2’-修饰的糖。在一些实施例中，所有糖(除N0的糖之外)均独立地是经修饰的糖。在一些实施例中，所有糖(除N0的糖之外)均独立地是2’-修饰的糖。在一些实施例中，N-1、N0和N1中的每一个的糖独立地是2’-F修饰的糖、天然DNA糖或天然RNA糖。在一些实施例中，N-1、N0和N1中的每一个的糖独立地是2’-F修饰的糖或天然DNA糖。在一些实施例中，N-1、N0和N1中的每一个的糖独立地是天然DNA糖。
在一些实施例中，所有糖中的约10％-100％、20％-100％、30％-100％、40％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、或100％等是经修饰的糖，这些经修饰的糖独立地选自2’-F修饰的糖和2’-OR修饰的糖(其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基)。在一些实施例中，所有糖中的约10％-100％、20％-100％、30％-100％、40％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、或100％等是经修饰的糖，这些经修饰的糖独立地选自2’-F修饰的糖、2’-OMe修饰的糖和2’-MOE修饰的糖。在一些实施例中，百分比是约或至少约30％。在一些实施例中，百分比是约或至少约40％。在一些实施例中，百分比是约或至少约50％。在一些实施例中，百分比是约或至少约60％。在一些实施例中，百分比是约或至少约70％。在一些实施例中，百分比是约或至少约80％。在一些实施例中，百分比是约或至少约90％。在一些实施例中，百分比是约或至少约95％。
在一些实施例中，所有糖中的约10％-100％、20％-100％、30％-100％、40％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、或100％等是经修饰的糖，这些经修饰的糖独立地选自2’-F修饰的糖和2’-OMe修饰的糖。在一些实施例中，百分比是约或至少约30％。在一些实施例中，百分比是约或至少约40％。在一些实施例中，百分比是约或至少约50％。在一些实施例中，百分比是约或至少约60％。在一些实施例中，百分比是约或至少约70％。在一些实施例中，百分比是约或至少约80％。在一些实施例中，百分比是约或至少约90％。在一些实施例中，百分比是约或至少约95％。
在一些实施例中，所有糖中的约10％-100％、20％-100％、30％-100％、40％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、或100％等是2’-F修饰的糖。在一些实施例中，百分比是约或至少约30％。在一些实施例中，百分比是约或至少约40％。在一些实施例中，百分比是约或至少约50％。在一些实施例中，百分比是约或至少约60％。在一些实施例中，百分比是约或至少约70％。在一些实施例中，百分比是约或至少约80％。在一些实施例中，百分比是约或至少约90％。在一些实施例中，百分比是约或至少约95％。在一些实施例中，10个或更多个(例如约或至少约10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30个或更多个，10-50、10-40、10-30、10-25、15-50、15-40、15-30、15-25、20-50、20-40、20-30、20-25个等)糖是2’-F修饰的糖。在一些实施例中，寡核苷酸包含两个或更多个(例如2-30、2-25、2-20、2-15、3-10、3-30、3-25、3-20、3-15、3-10、4-30、4-25、4-20、4-15、4-10、5-30、5-25、5-20、5-15、5-10个，2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、或20个)连续的2′-F修饰的糖。在一些实施例中，寡核苷酸包含一个或多个2’-F嵌段，每个独立地包含两个或更多个(例如2-30、2-25、2-20、2-15、3-10、3-30、3-25、3-20、3-15、3-10、4-30、4-25、4-20、4-15、4-10、5-30、5-25、5-20、5-15、5-10个，2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、或20个)连续的2’-F修饰的糖。在一些实施例中，寡核苷酸包含如本文所述的两个或更多个2′-F嵌段，这些2′-F嵌段被如本文所述的一个或多个分离嵌段分离。在一些实施例中，2’-F嵌段具有2、3、4、5、6、7、8、9、或10个2’-F修饰的糖。在一些实施例中，2′-F嵌段具有不超过2、3、4、5、6、7、8、9、或10个2′-F修饰的糖。在一些实施例中，每个2’-F嵌段中的每个糖均是2’-F修饰的糖，并且每个2’-F嵌段独立地具有2、3、4、5、6、7、8、9、或10个2′-F修饰的糖。在一些实施例中，每个2’-F嵌段中的每个糖均是2′-F修饰的糖，并且每个2’-F嵌段独立地具有不超过2、3、4、5、6、7、8、9、或10个2′-F修饰的糖。在一些实施例中，每个2′-F嵌段中的每个糖均是2’-F修饰的糖，并且每个2’-F嵌段独立地具有不超过10个2′-F修饰的糖。在一些实施例中，每个2’-F嵌段中的每个糖均是2’-F修饰的糖，并且每个2′-F嵌段独立地具有不超过9个2’-F修饰的糖。在一些实施例中，每个2’-F嵌段中的每个糖均是2’-F修饰的糖，并且每个2’-F嵌段独立地具有不超过8个2’-F修饰的糖。在一些实施例中，每个2’-F嵌段中的每个糖均是2’-F修饰的糖，并且每个2′-F嵌段独立地具有不超过7个2’-F修饰的糖。在一些实施例中，每个2′-F嵌段中的每个糖均是2’-F修饰的糖，并且每个2’-F嵌段独立地具有不超过6个2′-F修饰的糖。在一些实施例中，每个2′-F嵌段中的每个糖均是2’-F修饰的糖，并且每个2′-F嵌段独立地具有不超过5个2’-F修饰的糖。在一些实施例中，每个2’-F嵌段中的每个糖均是2′-F修饰的糖，并且每个2′-F嵌段独立地具有不超过4个2′-F修饰的糖。在一些实施例中，与2′-F嵌段键合的每个嵌段独立地是不包含2’-F修饰的糖的嵌段。在一些实施例中，与2’-F嵌段键合的每个嵌段独立地是包含天然DNA或RNA糖、2’-OR修饰的糖(其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基)或双环糖的嵌段。在一些实施例中，与2’-F嵌段键合的每个嵌段独立地是包含天然DNA或RNA糖、2’-OMe修饰的糖、2’-MOE修饰的糖或双环糖的嵌段。在一些实施例中，与2′-F嵌段键合的每个嵌段独立地是包含天然DNA或RNA糖、2’-OMe修饰的糖或2’-MOE修饰的糖的嵌段。在一些实施例中，与第一结构域中的2’-F嵌段键合的第一结构域中的每个核苷独立地是2’-OR修饰的糖(其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基)或双环糖。在一些实施例中，与第一结构域中的2’-F嵌段键合的第一结构域中的每个核苷独立地是2’-OR修饰的糖，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，与第一结构域中的2’-F嵌段键合的第一结构域中的每个核苷独立地是2’-OMe或2’-MOE修饰的糖。在一些实施例中，与第二结构域中的2’-F嵌段键合的第二结构域中的每个核苷独立地是2’-OR修饰的糖(其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基)或双环糖。在一些实施例中，与第二结构域中的2’-F嵌段键合的第二结构域中的每个核苷独立地是2’-OR修饰的糖，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，与第二结构域中的2’-F嵌段键合的第二结构域中的每个核苷独立地是2’-OMe或2’-MOE修饰的糖。
在一些实施例中，所有糖中的约10％-100％、20％-100％、30％-100％、40％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、或100％等是2’-OR修饰的糖，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，所有糖中的约10％-100％、20％-100％、30％-100％、40％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、或100％等是2’-OMe或2’-MOE修饰的糖。在一些实施例中，百分比是约或至少约30％。在一些实施例中，百分比是约或至少约40％。在一些实施例中，百分比是约或至少约50％。在一些实施例中，百分比是约或至少约60％。在一些实施例中，百分比是约或至少约70％。在一些实施例中，百分比是约或至少约80％。在一些实施例中，百分比是约或至少约90％。在一些实施例中，百分比是约或至少约95％。
在一些实施例中，所有糖中的约10％-100％、20％-100％、30％-100％、40％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、或100％等是2’-OMe修饰的糖。在一些实施例中，百分比是约或至少约30％。在一些实施例中，百分比是约或至少约40％。在一些实施例中，百分比是约或至少约50％。在一些实施例中，百分比是约或至少约60％。在一些实施例中，百分比是约或至少约70％。在一些实施例中，百分比是约或至少约80％。在一些实施例中，百分比是约或至少约90％。在一些实施例中，百分比是约或至少约95％。
在一些实施例中，所有糖中的约10％-100％、20％-100％、30％-100％、40％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、或100％等是2’-OR修饰的糖，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，所有糖中的约10％-100％、20％-100％、30％-100％、40％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、或100％等是2’-MOE修饰的糖。
在一些实施例中，前(5’-末端)一个或几个(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9、10个，或1-10、1-9、1-8、1-7、1-6、1-5、1-4、1-3、2-10、2-9、2-8、2-7、2-6、2-5、2-4、2-3、3-10、3-9、3-8、3-7、3-6、3-5、3-4个等)和/或后(3’-末端)一个或几个(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9、10个，或1-10、1-9、1-8、1-7、1-6、1-5、1-4、1-3、2-10、2-9、2-8、2-7、2-6、2-5、2-4、2-3、3-10、3-9、3-8、3-7、3-6、3-5、3-4个等)核苷的糖独立地是经修饰的糖。在一些实施例中，前一个或几个糖独立地是经修饰的糖。在一些实施例中，后一个或几个糖独立地是经修饰的糖。在一些实施例中，前和后一个或几个糖均独立地是经修饰的糖。在一些实施例中，经修饰的糖独立地是非-2’-F修饰的糖，例如双环糖，2’-OR修饰的糖(其中R是如本文所述并且不是-H(例如任选地经取代的C1-6脂肪族基))。在一些实施例中，其独立地选自双环糖和2’-OR修饰的糖(其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基)。在一些实施例中，其独立地是2’-OR修饰的糖，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，其独立地是2’-OMe修饰的糖和2’-MOE修饰的糖。在一些实施例中，前几个糖包含如本文所述的一个或多个2’-OR修饰的糖(其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基)或双环糖(例如LNA、cEt等)。在一些实施例中，前几个糖包含一个或多个2’-OR修饰的糖，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，前几个糖包含一个或多个2’-OMe修饰的糖。在一些实施例中，前几个糖包含一个或多个2’-MOE修饰的糖。在一些实施例中，前几个糖包含一个或多个2’-OMe修饰的糖和一个或多个2’-MOE修饰的糖。在一些实施例中，后几个糖包含如本文所述的一个或多个2’-OR修饰的糖(其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基)或双环糖(例如LNA、cEt等)。在一些实施例中，后几个糖包含一个或多个2’-OR修饰的糖，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，后几个糖包含一个或多个2’-OMe修饰的糖。在一些实施例中，后几个糖包含一个或多个2’-MOE修饰的糖。在一些实施例中，后几个糖包含一个或多个2’-OMe修饰的糖和一个或多个2’-MOE修饰的糖。在一些实施例中，后几个糖独立地是2’-OMe修饰的糖。在一些实施例中，前几个糖包含两个或更多个(例如2、3、4、5、6、7、8、9、或10个等)连续的双环糖或2’-OR修饰的糖(其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基)。在一些实施例中，前几个糖包含两个或更多个(例如2、3、4、5、6、7、8、9、或10个等)连续的2’-OR修饰的糖，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，前几个糖包含两个或更多个(例如2、3、4、5、6、7、8、9、或10个等)连续的经修饰的糖，其中每个经修饰的糖独立地是2’-OMe修饰的糖或2’-MOE修饰的糖。在一些实施例中，前几个糖包含两个或更多个(例如2、3、4、5、6、7、8、9、或10个等)连续的2’-OMe修饰的糖。在一些实施例中，前几个糖包含两个或更多个(例如2、3、4、5、6、7、8、9、或10个等)连续的2’-MOE修饰的糖。在一些实施例中，后几个糖包含两个或更多个(例如2、3、4、5、6、7、8、9、或10个等)连续的2’-OR修饰的糖，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，后几个糖包含两个或更多个(例如2、3、4、5、6、7、8、9、或10个等)连续的经修饰的糖，其中每个经修饰的糖独立地是2’-OMe修饰的糖或2’-MOE修饰的糖。在一些实施例中，后几个糖包含两个或更多个(例如2、3、4、5、6、7、8、9、或10个等)连续的2’-OMe修饰的糖。在一些实施例中，后几个糖包含三个或更多个连续的2’-OMe修饰的糖。在一些实施例中，后几个糖包含四个或更多个连续的2’-OMe修饰的糖。在一些实施例中，后几个糖包含五个或更多个连续的2’-OMe修饰的糖。在一些实施例中，后几个糖包含六个或更多个连续的2’-OMe修饰的糖。在一些实施例中，后几个糖包含两个或更多个(例如2、3、4、5、6、7、8、9、或10个等)连续的2’-MOE修饰的糖。
在一些实施例中，前几个(1、2、3、4、5、6、7、8、9、或10个)糖中的一个或多个(1、2、3、4、5、6、7、8、9、或10个)是经修饰的糖。在一些实施例中，前几个(1、2、3、4、5、6、7、8、9、或10个)糖中的一个或多个(1、2、3、4、5、6、7、8、9、或10个)是经修饰的糖，每个独立地选自2’-OR修饰的糖(其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基)和双环糖(例如包含2’-O-CH2-4’的糖，其中-CH2-任选地被取代(例如LNA糖、cET糖(例如(S)-cEt)))。在一些实施例中，前几个糖中的两个或更多个是经修饰的糖，每个独立地选自2’-OR修饰的糖(其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基)和双环糖。在一些实施例中，前几个糖中的三个或更多个是经修饰的糖，每个独立地选自2’-OR修饰的糖(其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基)和双环糖。在一些实施例中，前几个糖中的四个或更多个是经修饰的糖，每个独立地选自2’-OR修饰的糖(其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基)和双环糖。在一些实施例中，一个或多个糖是连续的。在一些实施例中，前一个、两个、三个或四个糖是经修饰的糖。在一些实施例中，前两个糖是经修饰的糖，每个独立地选自2’-OR修饰的糖(其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基)和双环糖。在一些实施例中，前三个糖是经修饰的糖，每个独立地选自2’-OR修饰的糖(其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基)和双环糖。在一些实施例中，前四个糖是经修饰的糖，每个独立地选自2’-OR修饰的糖(其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基)和双环糖。在一些实施例中，每个2’-OR修饰的糖独立地是2’-OMe或2’-MOE修饰的糖。在一些实施例中，每个双环糖独立地是LNA糖或cEt糖。在一些实施例中，前几个糖中的一个或多个(例如1、2、3、4、或5个)糖或前几个(例如1、2、3、4、或5个)糖各自独立地是2’-OR修饰的糖，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，前几个糖中的一个或多个(例如1、2、3、4、或5个)糖或前几个(例如1、2、3、4、或5个)糖各自独立地是2’-OMe或2’-MOE修饰的糖。在一些实施例中，前几个糖中的一个或多个(例如1、2、3、4、或5个)糖或前几个(例如1、2、3、4、或5个)糖各自独立地是2’-OMe修饰的糖。在一些实施例中，前几个糖中的一个或多个(例如1、2、3、4、或5个)糖或前几个(例如1、2、3、4、或5个)糖各自独立地是2’-MOE修饰的糖。在一些实施例中，前一个、两个、三个、四个或更多个糖独立地是2’-OMe修饰的糖。在一些实施例中，第一个糖是2’-OMe修饰的糖。在一些实施例中，前两个糖独立地是2’-OMe修饰的糖。在一些实施例中，前三个糖独立地是2’-OMe修饰的糖。在一些实施例中，前四个糖独立地是2’-OMe修饰的糖。在一些实施例中，前一个、两个、三个、四个或更多个糖独立地是2’-MOE修饰的糖。在一些实施例中，第一个糖是2’-MOE修饰的糖。在一些实施例中，前两个糖独立地是2’-MOE修饰的糖。在一些实施例中，前三个糖独立地是2’-MOE修饰的糖。在一些实施例中，前四个糖独立地是2’-MOE修饰的糖。在一些实施例中，这样的经修饰的糖各自独立地是其核碱基是任选地经取代或被保护的A、T、C、G或U或A、T、C、G、或U的任选地经取代或被保护的互变异构体的核苷的糖，在一些实施例中，一个或多个这样的糖独立地与PN键联键合。在一些实施例中，一个或多个这样的糖各自独立地与不带负电荷的核苷酸间键联键合。在一些实施例中，一个或多个这样的糖独立地与中性核苷酸间键联(如n001)键合。在一些实施例中，不带负电荷的核苷酸间键联或中性核苷酸间键联(例如n001)是手性控制的。在一些实施例中，其是Rp。在一些实施例中，一个或多个这样的糖各自独立地与PS键联(例如硫代磷酸酯核苷酸间键联)键合。在一些实施例中，PS键联(例如硫代磷酸酯核苷酸间键联)是手性控制的。在一些实施例中，其是Sp。在一些实施例中，第一和第二核苷之间的核苷酸间键联是不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，其是中性核苷酸间键联。在一些实施例中，其是PN键联。在一些实施例中，其是磷酰基胍核苷酸间键联。在一些实施例中，其是n001。在一些实施例中，其是手性控制的。在一些实施例中，其是Rp。在一些实施例中，除第一和第二核苷之间的核苷酸间键联之外，与包含前几个经修饰的糖中的一个或多个或前几个经修饰的糖的核苷键合的每个核苷酸间键联独立地是PS键联，例如硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，每个是手性控制的。在一些实施例中，每个是Sp。在一些实施例中，第一核苷任选地通过接头(例如L001)通过其5’-末端碳(在一些实施例中，通过磷酸酯基团)连接至另外的部分，例如Mod001。在一些实施例中，前几个是前3、4、5、6个等。
在一些实施例中，后几个(1、2、3、4、5、6、7、8、9、或10个)糖中的一个或多个(1、2、3、4、5、6、7、8、9、或10个)是经修饰的糖。在一些实施例中，后几个(1、2、3、4、5、6、7、8、9、或10个)糖中的一个或多个(1、2、3、4、5、6、7、8、9、或10个)是经修饰的糖，每个独立地选自2’-OR修饰的糖(其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基)和双环糖(例如包含2’-O-CH2-4’的糖，其中-CH2-任选地被取代(例如LNA糖、cET糖(例如(S)-cEt)))。在一些实施例中，后几个糖中的两个或更多个是经修饰的糖，每个独立地选自2’-OR修饰的糖(其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基)和双环糖。在一些实施例中，后几个糖中的三个或更多个是经修饰的糖，每个独立地选自2’-OR修饰的糖(其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基)和双环糖。在一些实施例中，后几个糖中的四个或更多个是经修饰的糖，每个独立地选自2’-OR修饰的糖(其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基)和双环糖。在一些实施例中，一个或多个糖是连续的。在一些实施例中，后一个、两个、三个或四个糖是经修饰的糖。在一些实施例中，后两个糖是经修饰的糖，每个独立地选自2’-OR修饰的糖(其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基)和双环糖。在一些实施例中，后三个糖是经修饰的糖，每个独立地选自2’-OR修饰的糖(其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基)和双环糖。在一些实施例中，后四个糖是经修饰的糖，每个独立地选自2’-OR修饰的糖(其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基)和双环糖。在一些实施例中，每个2’-OR修饰的糖独立地是2’-OMe或2’-MOE修饰的糖。在一些实施例中，每个双环糖独立地是LNA糖或cEt糖。在一些实施例中，后几个糖中的一个或多个(例如1、2、3、4、或5个)糖或后几个(例如1、2、3、4、或5个)糖各自独立地是2’-OR修饰的糖，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，后几个糖中的一个或多个(例如1、2、3、4、或5个)糖或后几个(例如1、2、3、4、或5个)糖各自独立地是2’-OMe或2’-MOE修饰的糖。在一些实施例中，后几个糖中的一个或多个(例如1、2、3、4、或5个)糖或后几个(例如1、2、3、4、或5个)糖各自独立地是2’-OMe修饰的糖。在一些实施例中，后几个糖中的一个或多个(例如1、2、3、4、或5个)糖或后几个(例如1、2、3、4、或5个)糖各自独立地是2’-MOE修饰的糖。在一些实施例中，后一个、两个、三个、四个或更多个糖独立地是2’-OMe修饰的糖。在一些实施例中，最后一个糖是2’-OMe修饰的糖。在一些实施例中，后两个糖独立地是2’-OMe修饰的糖。在一些实施例中，后三个糖独立地是2’-OMe修饰的糖。在一些实施例中，后四个糖独立地是2’-OMe修饰的糖。在一些实施例中，后一个、两个、三个、四个或更多个糖独立地是2’-MOE修饰的糖。在一些实施例中，最后一个糖是2’-MOE修饰的糖。在一些实施例中，后两个糖独立地是2’-MOE修饰的糖。在一些实施例中，后三个糖独立地是2’-MOE修饰的糖。在一些实施例中，后四个糖独立地是2’-MOE修饰的糖。在一些实施例中，这样的经修饰的糖各自独立地是其核碱基是任选地经取代或被保护的A、T、C、G或U或A、T、C、G、或U的任选地经取代或被保护的互变异构体的核苷的糖，在一些实施例中，一个或多个这样的糖各自独立地与不带负电荷的核苷酸间键联键合。在一些实施例中，一个或多个这样的糖各自独立地与PN键联键合。在一些实施例中，一个或多个这样的糖各自独立地与中性核苷酸间键联(如n001)键合。在一些实施例中，不带负电荷的核苷酸间键联或中性核苷酸间键联(例如n001)是手性控制的。在一些实施例中，其是Rp。在一些实施例中，一个或多个这样的糖各自独立地与PS键联(例如硫代磷酸酯核苷酸间键联)键合。在一些实施例中，PS键联(例如硫代磷酸酯核苷酸间键联)是手性控制的。在一些实施例中，其是Sp。在一些实施例中，最后和倒数第二核苷之间的核苷酸间键联是不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，其是中性核苷酸间键联。在一些实施例中，其是PN键联。在一些实施例中，其是磷酰基胍核苷酸间键联。在一些实施例中，其是n001。在一些实施例中，其是手性控制的。在一些实施例中，其是Rp。在一些实施例中，除最后和倒数第二核苷之间的核苷酸间键联之外，与包含后几个经修饰的糖中的一个或多个或后几个经修饰的糖的核苷键合的每个核苷酸间键联独立地是硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，每个是手性控制的。在一些实施例中，每个是Sp。在一些实施例中，后几个是后3、4、5个等。
在一些实施例中，位置+1处的糖是2’-F修饰的糖。在一些实施例中，位置+1处的糖是天然DNA糖。在一些实施例中，位置0处的糖是天然DNA糖(位置0处的核苷在比对时与靶腺苷相反)。在一些实施例中，位置-1处的糖是DNA糖。在一些实施例中，位置-2处的糖是2’-OR修饰的糖(其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基)或双环糖(例如包含2’-O-CH2-4’的糖，其中-CH2-是任选地经取代的(例如LNA糖，cET糖(例如(S)-cEt)))。在一些实施例中，其是2’-OR修饰的糖，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，其是2’-OMe修饰的糖。在一些实施例中，其是2’-MOE修饰的糖。在一些实施例中，其是双环糖。在一些实施例中，其是LNA糖。在一些实施例中，其是cEt糖。在一些实施例中，位置-3处的糖是2’-F修饰的糖。在一些实施例中，位置-3后(例如位置-4、-5、-6等)的每个糖独立地是2’-OR修饰的糖(其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基)或双环糖(例如包含2’-O-CH2-4’的糖，其中-CH2-是任选地经取代的(例如LNA糖，cET糖(例如(S)-cEt)))。在一些实施例中，每个独立地是2’-OR修饰的糖(其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基)或双环糖。在一些实施例中，每个独立地是2’-OMe或2’-MOE修饰的糖。在一些实施例中，每个是2’-OMe修饰的糖。在一些实施例中，每个是2’-MOE修饰的糖。在一些实施例中，一个或多个独立地是2’-OMe修饰的糖，并且一个或多个独立地是2’-MOE修饰的糖。在一些实施例中，如本文所述，位置-1和-2处的核苷之间的核苷酸间键联是不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，其是中性核苷酸间键联。在一些实施例中，其是磷酰基胍核苷酸间键联。在一些实施例中，其是n001。在一些实施例中，其是手性控制的。在一些实施例中，其是Sp。在一些实施例中，其是Rp。在一些实施例中，位置-2和-3处的核苷之间的核苷酸间键联是天然磷酸酯键联。在一些实施例中，如本文所述，最后和倒数第二核苷之间的核苷酸间键联是不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，其是中性核苷酸间键联。在一些实施例中，其是磷酰基胍核苷酸间键联。在一些实施例中，其是n001。在一些实施例中，其是手性控制的。在一些实施例中，其是Rp。在一些实施例中，核苷和与靶腺苷相反的核苷的3′-侧之间的每个核苷酸间键联(除位置-1和-2处的核苷之间、以及位置-2和-3处的核苷之间、以及最后和倒数第二核苷之间的那些核苷酸间键联之外)独立地是硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，每个硫代磷酸酯核苷酸间键联是手性控制的。在一些实施例中，每个是Sp。
在一些实施例中，第一和/或后一个或几个糖是经修饰的糖(例如双环糖和/或2′-OR修饰的糖)(其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基)(例如2’-OMe修饰的糖，2’-MOE修饰的糖等)。在一些实施例中，这样的糖可以增加寡核苷酸的稳定性、亲和力和/或活性。在一些实施例中，当与一个或多个另外的化学部分缀合时，寡核苷酸5’-和/或3’-末端处的糖不是双环糖或2’-OR修饰的糖(其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基)。在一些实施例中，5’-末端糖是双环糖或2’-OR修饰的糖(其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基)。在一些实施例中，这样的5’-末端糖不与另外的化学部分连接。在一些实施例中，5′-末端糖是2′-F修饰的糖。在一些实施例中，5’-末端糖是与另外的化学部分缀合的2’-F修饰的糖。在一些实施例中，3’-末端糖是双环糖或2’-OR修饰的糖(其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基)。在一些实施例中，这样的3’-末端糖不与另外的化学部分连接。在一些实施例中，3′-末端糖是2′-F修饰的糖。在一些实施例中，3’-末端糖是与另外的化学部分缀合的2’-F修饰的糖。在一些实施例中，后几个糖是相对于与靶腺苷相反的核苷的3’-侧糖(例如，3’-侧核苷的糖，如N-1、N-2等)。在一些实施例中，后几个糖或3’-侧糖包含一个或多个(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9、或10个或更多个)2’-F修饰的糖。在一些实施例中，后几个糖或3’-侧糖包含两个或更多个(例如2、3、4、5、6、7、8、9、或10个或更多个)连续的2’-F修饰的糖。在一些实施例中，后几个糖或3’-侧糖包含一个或多个、或两个或更多个连续的2’-F修饰的糖，并且寡核苷酸的最后一个核苷的糖是双环糖或2’-OR修饰的糖(其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基)。在一些实施例中，如本文所述，2’-OR修饰的糖是2’-OMe修饰的糖或2’-MOE修饰的糖；在一些实施例中，其是2’-OMe修饰的糖；在一些实施例中，其是2’-MOE修饰的糖。在一些实施例中，后几个糖或3’-侧糖包含一个或多个、或两个或更多个连续的2’-F修饰的糖，并且寡核苷酸的最后一个核苷的糖是2’-OR修饰的糖，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，后几个糖或3’-侧糖包含一个或多个、或两个或更多个连续的2’-F修饰的糖，并且寡核苷酸的最后一个核苷的糖是2’-OMe修饰的糖或2’-MOE修饰的糖。在一些实施例中，后几个糖或3’-侧糖包含一个或多个、或两个或更多个连续的2’-F修饰的糖，并且寡核苷酸的最后一个核苷的糖是2’-OMe修饰的糖。在一些实施例中，后几个糖或3’-侧糖包含一个或多个、或两个或更多个连续的2’-F修饰的糖，并且寡核苷酸的最后一个核苷的糖是2’-MOE修饰的糖。在一些实施例中，与腺苷相反的核苷的3’-侧的两个且不超过两个核苷独立地具有2’-F修饰的糖。在一些实施例中，其在位置-4和-5处。在一些实施例中，其是寡核苷酸的倒数第二和第三个核苷。在一些实施例中，与腺苷相反的核苷的3’-侧的一个且不多于一个核苷具有2’-F修饰的糖。在一些实施例中，其在位置-3处。在一些实施例中，其是寡核苷酸的例数第4个核苷。
在一些实施例中，双环糖或2’-OR修饰的糖(其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基)存在于包含一个或多个(例如1-30、1-25、1-20、1-15、1-10、2-30、2-25、2-20、2-25、2-10个，或1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20或更多个)2’-F修饰的糖的区域中。在一些实施例中，在这样的区域中的如本文所述的大多数糖是2’-F修饰的糖。在一些实施例中，两个或更多个2’-F修饰的糖是连续的。在一些实施例中，区域是第一结构域。在一些实施例中，双环糖存在于这样的区域中。在一些实施例中，2’-OR修饰的糖(其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基)存在于这样的区域中。在一些实施例中，2’-OMe修饰的糖存在于这样的区域中。在一些实施例中，2′-MOE修饰的糖存在于这样的区域中。
在一些实施例中，位置-5、-4、-3、+1、+2、+4、+5、+6、+7、和+8(位置0为与靶腺苷相反的核苷的位置；“+”是从与靶腺苷相反的核苷向寡核苷酸的5’-末端延伸，并且“-”是从与靶腺苷相反的核苷向寡核苷酸的3’-末端延伸；例如，在5′-N1N0N-1-3’，如果N0是与靶腺苷相反的核苷，则其在位置0处，并且N1在位置+1处且N-1在位置-1处)处的一个或多个糖独立地是2’-F修饰的糖。在一些实施例中，位置+1处的糖，和位置-5、-4、-3、+2、+4、+5、+6、+7、和+8处的一个或多个糖独立地是2’-F修饰的糖。在一些实施例中，位置+1处的糖，和位置-5、-4、-3、+2、+4、+5、+6、+7、和+8处的一个糖独立地是2′-F修饰的糖。
在一些实施例中，寡核苷酸包含一个或多个(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9、10或更多个，2-10、3-10、2-5、2-4、2-3、3-5、3-4个等)天然DNA糖。在一些实施例中，一个或多个天然DNA糖位于编辑区，例如位置+1、0、和/或-1。在一些实施例中，天然DNA糖在寡核苷酸的前几个核苷(例如前1、2、3、4、5、6、7、8、9、或10个核苷)内。在一些实施例中，寡核苷酸的第一、第二和/或第三个核苷独立地具有天然DNA糖。在一些实施例中，天然DNA糖与经修饰的核苷酸间键联(如PN键联、PS键联、不带负电荷的核苷酸间键联、中性核苷酸间键联、磷酰基胍核苷酸间键联、n001、或硫代磷酸酯核苷酸间键联(在各种实施例中，Sp))键合。
寡核苷酸可以含有各种类型的核苷酸间键联。在一些实施例中，寡核苷酸包含一个或多个经修饰的核苷酸间键联。在一些实施例中，经修饰的核苷酸间键联是手性核苷酸间键联。在一些实施例中，经修饰的核苷酸间键联是PS键联。在一些实施例中，经修饰的键联是PN键联。在一些实施例中，寡核苷酸包含PO和PS键联。在一些实施例中，寡核苷酸包含PO和PN键联。在一些实施例中，寡核苷酸包含PN和PS键联。在一些实施例中，寡核苷酸包含PO、PN和PS键联。在一些实施例中，经修饰的核苷酸间键联是硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，经修饰的核苷酸间键联(例如PN键联)是不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，经修饰的核苷酸间键联(例如PN键联)是中性核苷酸间键联。在一些实施例中，经修饰的核苷酸间键联(例如PN键联)是磷酰基胍核苷酸间键联。在一些实施例中，经修饰的核苷酸间键联(例如PN键联)是n001。在一些实施例中，寡核苷酸包含一个或多个天然磷酸酯键联。在一些实施例中，天然磷酸酯键联与包含可改善稳定性(例如，对核酸酶的抗性)的经修饰的糖的核苷键合。在一些实施例中，天然磷酸酯键联与双环糖键合。在一些实施例中，天然磷酸酯键联与2’-修饰的糖键合。在一些实施例中，天然磷酸酯键联与2’-OR修饰的糖(其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基)键合。在一些实施例中，天然磷酸酯键联与2’-OMe修饰的糖键合。在一些实施例中，天然磷酸酯键联与2′-MOE修饰的糖键合。在一些实施例中，寡核苷酸包含硫代磷酸酯核苷酸间键联、不带负电荷的核苷酸间键联、和天然磷酸酯键联。在一些实施例中，寡核苷酸包含硫代磷酸酯核苷酸间键联、中性核苷酸间键联、和天然磷酸酯键联。在一些实施例中，寡核苷酸包含硫代磷酸酯核苷酸间键联、磷酰基胍核苷酸间键联、和天然磷酸酯键联。在一些实施例中，寡核苷酸包含硫代磷酸酯核苷酸间键联、n001、和天然磷酸酯键联。在一些实施例中，每个手性核苷酸间键联独立地是手性控制的。在一些实施例中，一个或多个手性核苷酸间键联不是手性控制的。在一些实施例中，每个PS键联独立地是手性控制的。在一些实施例中，每个硫代磷酸酯核苷酸间键联独立地是手性控制的。在一些实施例中，每个手性核苷酸间键联独立地是手性控制的。在一些实施例中，大多数或每个硫代磷酸酯核苷酸间键联是如本文所述的Sp。在一些实施例中，一个或多个(例如1、2、3、4、或5个)硫代磷酸酯核苷酸间键联独立地是Rp。在一些实施例中，大多数或每个PN或每个不带负电荷的核苷酸间键联，例如n001是Rp。在一些实施例中，大多数或每个不带负电荷的核苷酸间键联，例如n001是Sp。
在一些实施例中，寡核苷酸包含硫代磷酸酯核苷酸间键联和不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，寡核苷酸包含硫代磷酸酯核苷酸间键联和中性核苷酸间键联。在一些实施例中，寡核苷酸包含硫代磷酸酯核苷酸间键联和磷酰基胍核苷酸间键联。在一些实施例中，寡核苷酸包含硫代磷酸酯核苷酸间键联和n001。在一些实施例中，每个手性核苷酸间键联独立地是手性控制的。在一些实施例中，一个或多个手性核苷酸间键联不是手性控制的。在一些实施例中，每个硫代磷酸酯核苷酸间键联独立地是手性控制的。在一些实施例中，每个手性核苷酸间键联独立地是手性控制的。在一些实施例中，大多数或每个硫代磷酸酯核苷酸间键联是如本文所述的Sp。在一些实施例中，一个或多个(例如1、2、3、4、或5个)硫代磷酸酯核苷酸间键联是Rp。在一些实施例中，大多数或每个不带负电荷的核苷酸间键联，例如n001是Rp。在一些实施例中，大多数或每个不带负电荷的核苷酸间键联，例如n001是Sp。在一些实施例中，寡核苷酸不包含天然磷酸酯键联。在一些实施例中，每个核苷酸间键联独立地是硫代磷酸酯或不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，每个核苷酸间键联独立地是硫代磷酸酯或中性电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，每个核苷酸间键联独立地是硫代磷酸酯或磷酰基胍核苷酸间键联。在一些实施例中，每个核苷酸间键联独立地是硫代磷酸酯或n001核苷酸间键联。在一些实施例中，寡核苷酸的最后一个核苷酸间键联是不带负电荷的核苷酸间键联，或是中性核苷酸间键联，或是磷酰基胍核苷酸间键联，或是n001。
在一些实施例中，本披露的寡核苷酸包含一个或多个经修饰的核碱基。根据本披露，可以将多种修饰引入糖和/或核碱基。例如，在一些实施例中，修饰是US 9006198中描述的修饰。在一些实施例中，修饰是在US 9394333、US 9744183、US 9605019、US 9982257、US20170037399、US 20180216108、US 20180216107、US 9598458、WO 2017/062862、WO 2018/067973、WO 2017/160741、WO 2017/192679、WO 2017/210647、WO 2018/098264、WO 2018/022473、WO 2018/223056、WO 2018/223073、WO 2018/223081、WO 2018/237194、WO 2019/032607、WO 2019/032612、WO 2019/055951、WO 2019/075357、WO 2019/200185、WO 2019/217784、WO 2019/032612、WO 2020/191252、WO 2021/071858、和/或WO 2021/237223中描述的修饰，其各自的糖、碱基和核苷酸间键联独立地通过引用并入本文。
在一些实施例中，核苷中的核碱基是或包含具有以下结构的环BA：BA-I、BA-I-a、BA-I-b、BA-I-c、BA-I-d、BA-II、BA-II-a、BA-II-b、BA-II-c、BA-II-d、BA-III、BA-III-a、BA-III-b、BA-III-c、BA-III-d、BA-III-e、BA-IV、BA-IV-a、BA-IV-b、BA-V、BA-V-a、BA-V-b或BA-VI，或环BA的互变异构体，其中核碱基是任选地经取代的或被保护的。
在一些实施例中，糖是包含2′-修饰(例如，2′-F、2′-OR(其中R是任选地经取代的脂肪族基))的经修饰的糖，或双环糖(例如，LNA糖)，或无环糖(例如，UNA糖)。
在一些实施例中，如本文所述，所提供的寡核苷酸包含一个或多个结构域，其各自独立地具有如本文所述的某些长度、修饰、键联磷立体化学等。在一些实施例中，本披露提供了包含一个或多个经修饰的糖和/或一个或多个经修饰的核苷酸间键联的寡核苷酸，其中寡核苷酸包含各自独立地包含一个或多个核碱基的第一结构域和第二结构域。在一些实施例中，本披露提供了包含如本文所述的一个或多个结构域和/或子结构域的寡核苷酸。在一些实施例中，本披露提供了包含如本文所述的第一结构域的寡核苷酸。在一些实施例中，本披露提供了包含如本文所述的第二结构域的寡核苷酸。在一些实施例中，本披露提供了包含如本文所述的第一子结构域的寡核苷酸。在一些实施例中，本披露提供了包含如本文所述的第二子结构域的寡核苷酸。在一些实施例中，本披露提供了包含如本文所述的第三子结构域的寡核苷酸。在一些实施例中，本披露提供了包含一个或多个区域的寡核苷酸，每个区域独立地选自第一结构域、第二结构域、第一子结构域、第二子结构域和第三子结构域，每个区域独立地如本文所述。在一些实施例中，本披露提供了寡核苷酸，该寡核苷酸包含：
第一结构域；和
第二结构域，
其中：
该第一结构域包含一个或多个2′-F修饰；
该第二结构域包含一个或多个不具有2′-F修饰的糖。
在一些实施例中，寡核苷酸或其部分(例如，第一结构域、第二结构域、第一子结构域、第二子结构域、第三子结构域等)包含一定水平的经修饰的糖。在一些实施例中，经修饰的糖包含2′-修饰。在一些实施例中，经修饰的糖是双环糖。在一些实施例中，经修饰的糖是无环糖(例如，通过断裂相应环糖的C2-C3键)。在一些实施例中，经修饰的糖包含5′-修饰。典型地，除非另有说明，例如由上下文说明，否则本披露的寡核苷酸在其5′-末端具有游离的5′-OH并且在其3′-末端具有游离的3′-OH。在一些实施例中，寡核苷酸的5′-末端糖可以包含经修饰的5′-OH。
在一些实施例中，水平分别是寡核苷酸或其部分中所有糖的约例如约5％-100％、约10％-100％、20％-100％、30％-100％、40％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等。在一些实施例中，百分比为至少约50％。在一些实施例中，百分比为至少约55％。在一些实施例中，百分比为至少约60％。在一些实施例中，百分比为至少约65％。在一些实施例中，百分比为至少约70％。在一些实施例中，百分比为至少约75％。在一些实施例中，百分比为至少约80％。在一些实施例中，百分比为至少约85％。在一些实施例中，百分比为至少约90％。在一些实施例中，百分比为至少约95％。在一些实施例中，百分比为约100％。
在一些实施例中，大多数是至少50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、或更多。在一些实施例中，大多数是约50％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、或100％。在一些实施例中，大多数是约或至少约50％。在一些实施例中，大多数是约或至少约55％。在一些实施例中，大多数是约或至少约60％。在一些实施例中，大多数是约或至少约65％。在一些实施例中，大多数是约或至少约70％。在一些实施例中，大多数是约或至少约75％。在一些实施例中，大多数是约或至少约80％。在一些实施例中，大多数是约或至少约85％。在一些实施例中，大多数是约或至少约90％。在一些实施例中，大多数是约或至少约95％。
在一些实施例中，寡核苷酸或其部分(例如，第一结构域、第二结构域、第一子结构域、第二子结构域、第三子结构域等)包含一定水平的经修饰的核苷酸间键联。在一些实施例中，寡核苷酸或其部分(例如，第一结构域、第二结构域、第一子结构域、第二子结构域、第三子结构域等)包含一定水平的手性核苷酸间键联。在一些实施例中，水平分别是寡核苷酸或其部分中所有核苷酸间键联的约例如约5％-100％、约10％-100％、20％-100％、30％-100％、40％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等。在一些实施例中，百分比为至少约50％。在一些实施例中，百分比为至少约55％。在一些实施例中，百分比为至少约60％。在一些实施例中，百分比为至少约65％。在一些实施例中，百分比为至少约70％。在一些实施例中，百分比为至少约75％。在一些实施例中，百分比为至少约80％。在一些实施例中，百分比为至少约85％。在一些实施例中，百分比为至少约90％。在一些实施例中，百分比为至少约95％。在一些实施例中，百分比为约100％。
在一些实施例中，寡核苷酸或其部分(例如，第一结构域、第二结构域、第一子结构域、第二子结构域、第三子结构域等)包含一定水平的手性控制的核苷酸间键联。在一些实施例中，寡核苷酸或其部分(例如，第一结构域、第二结构域、第一子结构域、第二子结构域、第三子结构域等)包含一定水平的Sp核苷酸间键联。在一些实施例中，水平分别是寡核苷酸或其部分中所有核苷酸间键联的约例如约5％-100％、约10％-100％、20％-100％、30％-100％、40％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等。在一些实施例中，水平分别是寡核苷酸或其部分中所有手性核苷酸间键联的约例如约5％-100％、约10％-100％、20％-100％、30％-100％、40％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等。在一些实施例中，百分比为至少约50％。在一些实施例中，百分比为至少约55％。在一些实施例中，百分比为至少约60％。在一些实施例中，百分比为至少约65％。在一些实施例中，百分比为至少约70％。在一些实施例中，百分比为至少约75％。在一些实施例中，百分比为至少约80％。在一些实施例中，百分比为至少约85％。在一些实施例中，百分比为至少约90％。在一些实施例中，百分比为至少约95％。在一些实施例中，百分比为约100％。
在一些实施例中，寡核苷酸或其部分(例如，第一结构域、第二结构域、第一子结构域、第二子结构域、第三子结构域等)包含一定水平的Sp核苷酸间键联。在一些实施例中，水平分别是寡核苷酸或其部分中所有核苷酸间键联的约例如约5％-100％、约10％-100％、20％-100％、30％-100％、40％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等。在一些实施例中，水平分别是寡核苷酸或其部分中所有手性核苷酸间键联的约例如约5％-100％、约10％-100％、20％-100％、30％-100％、40％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等。在一些实施例中，水平分别是寡核苷酸或其部分中所有手性控制的核苷酸间键联的约例如约5％-100％、约10％-100％、20％-100％、30％-100％、40％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等。在一些实施例中，百分比为至少约50％。在一些实施例中，百分比为至少约55％。在一些实施例中，百分比为至少约60％。在一些实施例中，百分比为至少约65％。在一些实施例中，百分比为至少约70％。在一些实施例中，百分比为至少约75％。在一些实施例中，百分比为至少约80％。在一些实施例中，百分比为至少约85％。在一些实施例中，百分比为至少约90％。在一些实施例中，百分比为至少约95％。在一些实施例中，百分比为约100％。在一些实施例中，约1-50、1-40、1-30个，例如约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个核苷酸间键联独立地是Sp手性核苷酸间键联。在一些实施例中，寡核苷酸或其某些部分中高百分比的Sp核苷酸间键联(例如，相对于Rp核苷酸间键联和/或天然磷酸酯键联)可以提供改善的特性和/或活性，例如，高稳定性和/或高腺苷编辑活性。
在一些实施例中，寡核苷酸或其部分(例如，第一结构域、第二结构域、第一子结构域、第二子结构域、第三子结构域等)包含一定水平的Rp核苷酸间键联。在一些实施例中，水平分别是寡核苷酸或其部分中所有核苷酸间键联的约例如约5％-100％、约10％-100％、20％-100％、30％-100％、40％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等。在一些实施例中，水平分别是寡核苷酸或其部分中所有手性核苷酸间键联的约例如约5％-100％、约10％-100％、20％-100％、30％-100％、40％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等。在一些实施例中，水平分别是寡核苷酸或其部分中所有手性控制的核苷酸间键联的约例如约5％-100％、约10％-100％、20％-100％、30％-100％、40％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等。在一些实施例中，百分比为至少约50％。在一些实施例中，百分比为至少约55％。在一些实施例中，百分比为至少约60％。在一些实施例中，百分比为至少约65％。在一些实施例中，百分比为至少约70％。在一些实施例中，百分比为至少约75％。在一些实施例中，百分比为至少约80％。在一些实施例中，百分比为至少约85％。在一些实施例中，百分比为至少约90％。在一些实施例中，百分比为至少约95％。在一些实施例中，百分比为约100％。在一些实施例中，百分比为约或不超过约5％。在一些实施例中，百分比为约或不超过约10％。在一些实施例中，百分比为约或不超过约15％。在一些实施例中，百分比为约或不超过约20％。在一些实施例中，百分比为约或不超过约25％。在一些实施例中，百分比为约或不超过约30％。在一些实施例中，百分比为约或不超过约35％。在一些实施例中，百分比为约或不超过约40％。在一些实施例中，百分比为约或不超过约45％。在一些实施例中，百分比为约或不超过约50％。在一些实施例中，约1-50、1-40、1-30，例如约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个核苷酸间键联独立地是Rp手性核苷酸间键联。在一些实施例中，数目为约或不大于约1。在一些实施例中，数目为约或不大于约2。在一些实施例中，数目为约或不大于约3。在一些实施例中，数目为约或不大于约4。在一些实施例中，数目为约或不大于约5。在一些实施例中，数目为约或不大于约6。在一些实施例中，数目为约或不大于约7。在一些实施例中，数目为约或不大于约8。在一些实施例中，数目为约或不大于约9。在一些实施例中，数目为约或不大于约10。
虽然不希望受理论的束缚，但注意到在一些情况下，核苷酸间键联的Rp和Sp构型可影响由寡核苷酸和靶核酸如RNA形成的双链复合物的螺旋构象的结构变化，并且ADAR蛋白可通过多个结构域识别多种靶标(例如，由寡核苷酸和靶核酸如RNA形成的双链复合物)并与其相互作用。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸及其组合物促进和/或增强寡核苷酸、靶核酸和/或ADAR蛋白的相互作用谱，以通过多种修饰的并入和/或对立体化学的控制来提供ADAR蛋白的有效腺苷修饰。
在一些实施例中，寡核苷酸可具有或包含碱基序列；核苷酸间键联、碱基修饰、糖修饰，另外的化学部分或其模式；和/或本文例如在表中所述的任何其他结构元件。
在一些实施例中，所提供的寡核苷酸或组合物的特征在于，当其在系统(例如，ADAR介导的脱氨系统)中与包含靶腺苷的靶核酸接触时，靶腺苷的修饰(例如，靶A的脱氨)相对于在参考条件(例如，选自由不存在组合物、存在参考寡核苷酸或组合物及其组合组成的组)下观察到的靶腺苷的修饰得到改善。在一些实施例中，修饰，例如ADAR介导的脱氨(例如，内源性ADAR介导的脱氨)增加10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、100％，或2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、40、50、60、70、80、90、100、200、300、400、500、600、700、800、900、1000倍或更多。
在一些实施例中，寡核苷酸以盐形式提供。在一些实施例中，寡核苷酸以盐的形式提供，这些盐包含作为盐形式存在的带负电荷的核苷酸间键联(例如，硫代磷酸酯核苷酸间键联、天然磷酸酯键联等)。在一些实施例中，寡核苷酸以药学上可接受的盐的形式提供。在一些实施例中，寡核苷酸以金属盐的形式提供。在一些实施例中，寡核苷酸以钠盐的形式提供。在一些实施例中，寡核苷酸以铵盐的形式提供。在一些实施例中，寡核苷酸以金属盐例如钠盐的形式提供，其中每个带负电荷的核苷酸间键联独立地呈盐形式(例如，针对钠盐，对于硫代磷酸酯核苷酸间键联是-O-P(O)(SNa)-O-，对于天然磷酸酯键联是-O-P(O)(ONa)-O-等)。
在一些实施例中，寡核苷酸是手性控制的，其包含一个或多个手性控制的核苷酸间键联。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸是立体化学纯的。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸或其组合物基本上不含其他立体异构体。在一些实施例中，本披露提供了手性控制的寡核苷酸组合物。
在一些实施例中，位置1(5’-末端的第一个核苷酸间键联)、3、26、和29中的一个或多个处的核苷酸间键联独立地是PN核苷酸间键联。在一些实施例中，位置1、3、26、和29中的一个或多个处的核苷酸间键联独立地是磷酰基胍核苷酸间键联。在一些实施例中，位置1、3、26、和29中的一个或多个处的核苷酸间键联独立地是n001。在一些实施例中，位置1处的核苷酸间键联是PN核苷酸间键联。在一些实施例中，位置1处的核苷酸间键联是磷酰基胍核苷酸间键联。在一些实施例中，位置1处的核苷酸间键联是n001。在一些实施例中，位置3处的核苷酸间键联是PN核苷酸间键联。在一些实施例中，位置3处的核苷酸间键联是磷酰基胍核苷酸间键联。在一些实施例中，位置3处的核苷酸间键联是n001。在一些实施例中，位置26处的核苷酸间键联是PN核苷酸间键联。在一些实施例中，位置26处的核苷酸间键联是磷酰基胍核苷酸间键联。在一些实施例中，位置26处的核苷酸间键联是n001。在一些实施例中，位置29处的核苷酸间键联是PN核苷酸间键联。在一些实施例中，位置29处的核苷酸间键联是磷酰基胍核苷酸间键联。在一些实施例中，位置29处的核苷酸间键联是n001。在一些实施例中，位置7、17、27和28中的一个或多个位置处的核苷酸间键联不是PN核苷酸间键联。在一些实施例中，位置7、17、27和28中的一个或多个位置处的核苷酸间键联不是磷酰基胍核苷酸间键联。在一些实施例中，位置7、17、27和28中的一个或多个位置处的核苷酸间键联不是n001。在一些实施例中，位置7处的核苷酸间键联不是PN核苷酸间键联。在一些实施例中，位置7处的核苷酸间键联不是磷酰基胍核苷酸间键联。在一些实施例中，位置7处的核苷酸间键联不是n001。在一些实施例中，位置17处的核苷酸间键联不是PN核苷酸间键联。在一些实施例中，位置17处的核苷酸间键联不是磷酰基胍核苷酸间键联。在一些实施例中，位置17处的核苷酸间键联不是n001。在一些实施例中，位置27处的核苷酸间键联不是PN核苷酸间键联。在一些实施例中，位置27处的核苷酸间键联不是磷酰基胍核苷酸间键联。在一些实施例中，位置27处的核苷酸间键联不是n001。在一些实施例中，位置28处的核苷酸间键联不是PN核苷酸间键联。在一些实施例中，位置28处的核苷酸间键联不是磷酰基胍核苷酸间键联。在一些实施例中，位置28处的核苷酸间键联不是n001。在一些实施例中，位置7和17中的一个或多个处的核苷酸间键联独立地不是天然磷酸酯键联。在一些实施例中，位置7处的核苷酸间键联不是天然磷酸酯键联。在一些实施例中，位置17处的核苷酸间键联不是天然磷酸酯键联。在一些实施例中，位置16、18、19、23和27中的一个或多个处的核苷酸间键联独立地是天然磷酸酯键联。在一些实施例中，位置16处的核苷酸间键联是天然磷酸酯键联。在一些实施例中，位置18处的核苷酸间键联是天然磷酸酯键联。在一些实施例中，位置19处的核苷酸间键联是天然磷酸酯键联。在一些实施例中，位置23处的核苷酸间键联是天然磷酸酯键联。在一些实施例中，位置27处的核苷酸间键联是天然磷酸酯键联。在一些实施例中，位置6、7、8、9、10、12、13、15、19、21、22、23、27和28中的一个或多个处的核苷酸间键联独立地不是Rp硫代磷酸酯核苷酸间键联核苷酸间键联。在一些实施例中，位置6处的核苷酸间键联不是Rp硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，位置7处的核苷酸间键联不是Rp硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，位置8处的核苷酸间键联不是Rp硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，位置9处的核苷酸间键联不是Rp硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，位置10处的核苷酸间键联不是Rp硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，位置12处的核苷酸间键联不是Rp硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，位置13处的核苷酸间键联不是Rp硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，位置15处的核苷酸间键联不是Rp硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，位置19处的核苷酸间键联不是Rp硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，位置21处的核苷酸间键联不是Rp硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，位置22处的核苷酸间键联不是Rp硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，位置23处的核苷酸间键联不是Rp硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，位置27处的核苷酸间键联不是Rp硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，位置28处的核苷酸间键联不是Rp硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，位置11、18、20、和25中的一个或多个处的核苷酸间键联独立地是Rp硫代磷酸酯核苷酸间键联核苷酸间键联。在一些实施例中，位置11处的核苷酸间键联是Rp硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，位置18处的核苷酸间键联是Rp硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，位置20处的核苷酸间键联是Rp硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，位置25处的核苷酸间键联是Rp硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，在核苷酸间键联不是PN、磷酰基胍、n001、或天然磷酸酯键联的位置处，核苷酸间键联是硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，其是Sp硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，在核苷酸间键联不是Rp硫代磷酸酯核苷酸间键联的位置处，核苷酸间键联是Sp硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，位置1(5’-末端的第一个核苷)、2、3、5、14、27、29和30处的一个或多个核苷的糖独立地是2’-OMe修饰的糖。在一些实施例中，位置1处的核苷的糖是2’-OMe修饰的糖。在一些实施例中，位置2处的核苷的糖是2’-OMe修饰的糖。在一些实施例中，位置3处的核苷的糖是2’-OMe修饰的糖。在一些实施例中，位置5处的核苷的糖是2’-OMe修饰的糖。在一些实施例中，位置14处的核苷的糖是2’-OMe修饰的糖。在一些实施例中，位置18处的核苷的糖是2’-OMe修饰的糖。在一些实施例中，位置27处的核苷的糖是2’-OMe修饰的糖。在一些实施例中，位置29处的核苷的糖是2’-OMe修饰的糖。在一些实施例中，位置30处的核苷的糖是2’-OMe修饰的糖。在一些实施例中，位置5、7、17、22和23处的一个或多个核苷的糖独立地不是2’-MOE修饰的糖。在一些实施例中，位置5处的核苷的糖不是2’-MOE修饰的糖。在一些实施例中，位置7处的核苷的糖不是2’-MOE修饰的糖。在一些实施例中，位置17处的核苷的糖不是2’-MOE修饰的糖。在一些实施例中，位置22处的核苷的糖不是2’-MOE修饰的糖。在一些实施例中，位置23处的核苷的糖不是2’-MOE修饰的糖。
如本文所述，本披露的寡核苷酸可以高纯度(例如，50％-100％)提供。在一些实施例中，本披露的寡核苷酸具有高立体化学纯度(例如，50％-100％)。在一些实施例中，所提供的组合物中的寡核苷酸具有高立体化学纯度(例如，一种立体异构体与相同寡核苷酸的其他立体异构体相比具有高百分比(例如，50％-100％))。在一些实施例中，百分比为至少或约50％。在一些实施例中，百分比为至少或约60％。在一些实施例中，百分比为至少或约70％。在一些实施例中，百分比为至少或约75％。在一些实施例中，百分比为至少或约80％。在一些实施例中，百分比为至少或约85％。在一些实施例中，百分比为至少或约90％。在一些实施例中，百分比为至少或约95％。
第一结构域
如本文所述，在一些实施例中，寡核苷酸包含第一结构域和第二结构域。在一些实施例中，寡核苷酸由第一结构域和第二结构域组成。下文以实例描述某些实施例。
在一些实施例中，第一结构域具有约2-100个(例如，约5、6、7、8、9或10-约10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个，或约5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个等)核碱基的长度。在一些实施例中，第一结构域具有约5-30个核碱基的长度。在一些实施例中，第一结构域具有约10-30个核碱基的长度。在一些实施例中，第一结构域具有约10-50个核碱基的长度。在一些实施例中，第一结构域具有约20-50个核碱基的长度。在一些实施例中，第一结构域具有约20-30个核碱基的长度。在一些实施例中，第一结构域具有约10-20个核碱基的长度。在一些实施例中，第一结构域具有约13-16个核碱基的长度。在一些实施例中，第一结构域具有10个核碱基的长度。在一些实施例中，第一结构域具有11个核碱基的长度。在一些实施例中，第一结构域具有12个核碱基的长度。在一些实施例中，第一结构域具有13个核碱基的长度。在一些实施例中，第一结构域具有14个核碱基的长度。在一些实施例中，第一结构域具有15个核碱基的长度。在一些实施例中，第一结构域具有16个核碱基的长度。在一些实施例中，第一结构域具有17个核碱基的长度。在一些实施例中，第一结构域具有18个核碱基的长度。在一些实施例中，第一结构域具有19个核碱基的长度。在一些实施例中，第一结构域具有20个核碱基的长度。在一些实施例中，第一结构域具有21个核碱基的长度。在一些实施例中，第一结构域具有22个核碱基的长度。在一些实施例中，第一结构域具有23个核碱基的长度。在一些实施例中，第一结构域具有24个核碱基的长度。在一些实施例中，第一结构域具有25个核碱基的长度。在一些实施例中，第一结构域具有约或至少约20个核碱基的长度。在一些实施例中，第一结构域具有约或至少约25个核碱基的长度。
在一些实施例中，第一结构域是寡核苷酸的约或至少约5％-95％、10％-90％、20％-80％、30％-70％、40％-70％、40％-60％，5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％。在一些实施例中，百分比为约30％-80％。在一些实施例中，百分比为约30％-70％。在一些实施例中，百分比为约40％-60％。在一些实施例中，百分比为约20％。在一些实施例中，百分比为约25％。在一些实施例中，百分比为约30％。在一些实施例中，百分比为约35％。在一些实施例中，百分比为约40％。在一些实施例中，百分比为约45％。在一些实施例中，百分比为约50％。在一些实施例中，百分比为约55％。在一些实施例中，百分比为约60％。在一些实施例中，百分比为约65％。在一些实施例中，百分比为约70％。在一些实施例中，百分比为约75％。在一些实施例中，百分比为约80％。在一些实施例中，百分比为约85％。在一些实施例中，百分比为约90％。
在一些实施例中，当寡核苷酸与靶核酸进行互补性比对时，在第一结构域中存在一个或多个(例如，1-20，1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个等)错配。在一些实施例中，存在1个错配。在一些实施例中，存在2个错配。在一些实施例中，存在3个错配。在一些实施例中，存在4个错配。在一些实施例中，存在5个错配。在一些实施例中，存在6个错配。在一些实施例中，存在7个错配。在一些实施例中，存在8个错配。在一些实施例中，存在9个错配。在一些实施例中，存在10个错配。
在一些实施例中，当寡核苷酸与靶核酸进行互补性比对时，在第一结构域中存在一个或多个(例如，1-20，1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个等)摆动。在一些实施例中，存在1个摆动。在一些实施例中，存在2个摆动。在一些实施例中，存在3个摆动。在一些实施例中，存在4个摆动。在一些实施例中，存在5个摆动。在一些实施例中，存在6个摆动。在一些实施例中，存在7个摆动。在一些实施例中，存在8个摆动。在一些实施例中，存在9个摆动。在一些实施例中，存在10个摆动。
在一些实施例中，第一结构域区域中的寡核苷酸和靶核酸的双链体包含一个或多个凸起，每个凸起独立地包含一个或多个不是摆动的错配。在一些实施例中，存在0-10个(例如，0-1、0-2、0-3、0-4、0-5、0-6、0-7、0-8、0-9、0-10、1-2、1-3、1-4、1-5、1-6、1-7、1-8、1-9、1-10、2-3、2-4、2-5、2-6、2-7、2-8、2-9、2-10、3-4、3-5、3-6、3-7、3-8、3-9、3-10，0、1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个等)凸起。在一些实施例中，数目为0。在一些实施例中，数目为1。在一些实施例中，数目为2。在一些实施例中，数目为3。在一些实施例中，数目为4。在一些实施例中，数目为5。
在一些实施例中，第一结构域与靶核酸完全互补。
在一些实施例中，第一结构域包含一个或多个经修饰的核碱基。
在一些实施例中，第二结构域包含一个或多个包含两个2′-H的糖(例如，天然DNA糖)。在一些实施例中，第二结构域包含一个或多个包含2′-OH的糖(例如，天然RNA糖)。在一些实施例中，第一结构域包含一个或多个经修饰的糖。在一些实施例中，经修饰的糖包含2′-修饰。在一些实施例中，经修饰的糖是双环糖，例如LNA糖。在一些实施例中，经修饰的糖是无环糖(例如，通过断裂相应环糖的C2-C3键)。
在一些实施例中，第一结构域包含约1-50个(例如，约5、6、7、8、9或10-约10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个，或约5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个等，约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个等)经修饰的糖。在一些实施例中，第一结构域包含约1-50个(例如，约5、6、7、8、9或10-约10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个，或约5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个等，约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个等)具有2′-F修饰的经修饰的糖。在一些实施例中，第一结构域包含约2-50个(例如约2、3、4、5、6、7、8、9、或10-约10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个，或约5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个等，2-40、2-30、2-25、2-20、2-15、2-10、3-40、3-30、3-25、3-20、3-15、3-10、4-40、4-30、4-25、4-20、4-15、4-10、5-40、5-30、5-25、5-20、5-15、5-10、6-40、6-30、6-25、6-20、6-15、6-10、7-40、7-30、7-25、7-20、7-15、7-10、8-40、8-30、8-25、8-20、8-15、8-10、9-40、9-30、9-25、9-20、9-15、9-10、10-40、10-30、10-25、10-20、10-15个，约2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、或20个等)连续的具有2’-F修饰的经修饰的糖。在一些实施例中，第一结构域包含2个连续的2’-F修饰的糖。在一些实施例中，第一结构域包含3个连续的2’-F修饰的糖。在一些实施例中，第一结构域包含4个连续的2’-F修饰的糖。在一些实施例中，第一结构域包含5个连续的2’-F修饰的糖。在一些实施例中，第一结构域包含6个连续的2’-F修饰的糖。在一些实施例中，第一结构域包含7个连续的2’-F修饰的糖。在一些实施例中，第一结构域包含8个连续的2’-F修饰的糖。在一些实施例中，第一结构域包含9个连续的2’-F修饰的糖。在一些实施例中，第一结构域包含10个连续的2’-F修饰的糖。在一些实施例中，第一结构域包含两个或更多个2’-F修饰的糖嵌段，其中2’-F修饰的糖嵌段中的每个糖独立地是2’-F修饰的糖。在一些实施例中，每个2’-F修饰的糖嵌段独立地包含2、3、4、5、6、7、8、9或10个连续的如本文所述的2’-F修饰的糖或由其组成。在一些实施例中，两个连续的2’-F修饰的糖嵌段独立地被分离嵌段分离，该分离嵌段包含独立地不是2’-F修饰的糖的一个或多个糖。在一些实施例中，分离嵌段中的每个糖均独立地未被2’-F修饰。在一些实施例中，分离嵌段中的两个或更多个(例如2、3、4、5、6、7、8、9或10个或更多个)或所有糖独立地未被2’-F修饰。在一些实施例中，分离嵌段包含一个或多个双环糖(例如LNA糖、cEt糖等)和/或一个或多个2’-OR修饰的糖(其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基)(例如2’-OMe、2’-MOE等)。在一些实施例中，分离嵌段包含一个或多个2’-OR修饰的糖，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基(例如2’-OMe、2’-MOE等)。在一些实施例中，两个或更多个非-2’-F修饰的糖是连续的。在一些实施例中，两个或更多个2’-OR修饰的糖(其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基(例如2’-OMe、2’-MOE等))是连续的。在一些实施例中，分离嵌段包含两个或更多个(例如2、3、4、5、6、7、8、9、或10个或更多个)2’-OR修饰的糖(其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基(例如2’-OMe、2’-MOE等))。在一些实施例中，分离嵌段包含两个或更多个(例如2、3、4、5、6、7、8、9、或10个或更多个)连续的2’-OR修饰的糖(其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基(例如2’-OMe、2’-MOE等))。在一些实施例中，每个2’-OR修饰的糖独立地是2’-OMe或2’-MOE糖。在一些实施例中，每个2’-OR修饰的糖独立地是2’-OMe糖。在一些实施例中，每个2’-OR修饰的糖独立地是2’-MOE糖。在一些实施例中，分离嵌段包含一个或多个2’-F修饰的糖。在一些实施例中，分离嵌段中的2’-F修饰的糖均不彼此相邻。在一些实施例中，分离嵌段不含有2’-F修饰的糖。在一些实施例中，分离嵌段中的每个糖均独立地是2’-OR修饰的糖(其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基)或双环糖。在一些实施例中，每个分离嵌段中的每个糖均独立地是2’-OR修饰的糖(其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基)或双环糖。在一些实施例中，分离嵌段中的每个糖均独立地是2’-OR修饰的糖，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，每个分离嵌段中的每个糖均独立地是2’-OR修饰的糖，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，分离嵌段中的每个糖均独立地是2’-OMe或2’-MOE修饰的糖。在一些实施例中，每个分离嵌段中的每个糖均独立地是2’-OMe或2’-MOE修饰的糖。在一些实施例中，分离嵌段中的每个糖均独立地是2’-OMe修饰的糖。在一些实施例中，分离嵌段中的每个糖均独立地是2’-MOE修饰的糖。在一些实施例中，分离嵌段包含2’-OMe糖和2’-MOE修饰的糖。在一些实施例中，每个2’-F嵌段和每个分离嵌段独立地含有1、2、3、4、或5个核苷。在一些实施例中，每个2’-F嵌段和每个分离嵌段独立地含有1、2、3、4、或5个核苷。在一些实施例中，每个2’-F嵌段和每个分离嵌段独立地含有1、2或3个核苷。在一些实施例中，如果每个2’-F嵌段不位于第一结构域的5’-末端或3’-末端，则其独立地与两个分离嵌段键合，在这种情况下，其与第一结构域的一个分离嵌段键合。在一些实施例中，如果每个分离嵌段不位于第一结构域的5’-末端或3’-末端，则其独立地与两个2’-F嵌段键合，在这种情况下，其与第一结构域的一个2’-F嵌段键合。在一些实施例中，如果嵌段位于第一结构域的3’-末端，则其与第二结构域、第一子结构域或第二子结构域(例如，当第一子结构域不存在时)键合。
在一些实施例中，第一结构域包含约1-50个(例如，约5、6、7、8、9或10-约10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个，或约5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个等，约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个等)或更多个2’-ORsa修饰的糖。
在一些实施例中，第一结构域中约5％-100％(例如，约10％-100％、20％-100％、30％-100％、40％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等)的所有糖独立地是经修饰的糖。在一些实施例中，第一结构域中约5％-100％(例如，约10％-100％、20％-100％、30％-100％、40％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等)的所有糖独立地是2′-F修饰的糖。在一些实施例中，百分比为至少约50％。在一些实施例中，百分比为至少约55％。在一些实施例中，百分比为至少约60％。在一些实施例中，百分比为至少约65％。在一些实施例中，百分比为至少约70％。在一些实施例中，百分比为至少约75％。在一些实施例中，百分比为至少约80％。在一些实施例中，百分比为至少约85％。在一些实施例中，百分比为至少约90％。在一些实施例中，百分比为至少约95％。在一些实施例中，百分比为约100％。
在一些实施例中，第一结构域不含双环糖或2′-OR修饰的糖，其中R不是-H。在一些实施例中，第一结构域包含一个或多个(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个)双环糖和/或2′-OR修饰的糖，其中R不是-H。在一些实施例中，第一结构域包含一个或多个(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个)2′-OR修饰的糖，其中R不是-H。在一些实施例中，第一结构域包含一个或多个(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个)2′-OR修饰的糖，其中R是任选地经取代的C1-10脂肪族基。在一些实施例中，与2′-F修饰的糖的水平相比，单独或组合的双环糖和/或2′-OR修饰的糖(其中R不是-H)的水平相对较低。在一些实施例中，单独或组合的双环糖和/或2’-OR修饰的糖(其中R不是-H)的水平为约10％-80％(例如约10％-75％、10％-70％、10％-65％、10％-60％、10％-50％、约20％-60％、约30％-60％、约20％-50％、约30％-50％，约5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、或60％等)。在一些实施例中，组合的2’-OR修饰的糖(其中R不是-H)(例如组合的2’-OMe和2’-MOE修饰的糖，如果有的话)的水平为约10％-70％(例如约10％-60％、10％-50％、约20％-60％、约30％-60％、约20％-50％、约30％-50％，约5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％或60％等)。在一些实施例中，第一结构域中不超过约1％-95％(例如，不超过约1％、5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％等)的糖包含2′-OMe。在一些实施例中，第一结构域中不超过约50％的糖包含2′-OMe。在一些实施例中，第一结构域中不超过约1％-95％(例如，不超过约1％、5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％等)的糖包含2′-OR，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，第一结构域中不超过约50％的糖包含2′-OR，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，第一结构域中不超过约40％的糖包含2′-OR，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，第一结构域中不超过约30％的糖包含2′OR，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，第一结构域中不超过约25％的糖包含2′-OR，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，第一结构域中不超过约20％的糖包含2′-OR，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，第一结构域中不超过约10％的糖包含2′-OR，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，如本文所述，2′-OR是2′-MOE。在一些实施例中，如本文所述，2′-OR是2′-MOE或2′-OMe。在一些实施例中，第一结构域包含一个或多个(例如，约1-20，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个等)包含2′-N(R)2修饰的经修饰的糖。在一些实施例中，第一结构域包含一个或多个(例如，约1-20，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个等)包含2′-NH2修饰的经修饰的糖。在一些实施例中，第一结构域包含一个或多个(例如，约1-20，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个等)双环糖，例如LNA糖。在一些实施例中，第一结构域包含一个或多个(例如，约1-20，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个等)无环糖(例如，UNA糖)。在一些实施例中，第一结构域中的多个5′-末端糖独立地是2′-OR修饰的糖，其中R不是-H。在一些实施例中，第一结构域中的多个(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10个或更多个)5′-末端糖独立地是2′-OR修饰的糖，其中R独立地是任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，来自第一结构域的5′-末端的前约1-10个，例如1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个糖独立地是2′-OR修饰的糖，其中R独立地是任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，前一个是2′-OR修饰的。在一些实施例中，前两个独立地是2′-OR修饰的。在一些实施例中，前三个独立地是2′-OR修饰的。在一些实施例中，前四个独立地是2′-OR修饰的。在一些实施例中，前五个独立地是2′-OR修饰的。在一些实施例中，结构域(例如，第一结构域)、子结构域(例如，第一子结构域)或寡核苷酸中的所有2′-OR修饰均是相同的。在一些实施例中，2′-OR是2′-MOE。在一些实施例中，2′，OR是2′-OMe。
在一些实施例中，第一结构域中没有糖包含2′-OR。在一些实施例中，第一结构域中没有糖包含2′-OMe。在一些实施例中，第一结构域中没有糖包含2′-MOE。在一些实施例中，第一结构域中没有糖包含2′-MOE或2′-OMe。在一些实施例中，第一结构域中没有糖包含2′-OR，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，第一结构域中的每个糖均包含2′-F。
在一些实施例中，第一结构域中约40％-70％(例如约40％-70％、40％-60％、50％-70％、50％-60％等，或约40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％等)的糖是2’-F修饰的，并且第一结构域中约10％-60％(例如约10％-50％、20％，60％、30％-60％、30％，50％、40％-50％等，或约10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、
50％、55％、或60％)的糖独立地是2’-OR修饰的，其中R不是-H或双环糖(例如LNA糖、cEt糖等)。在一些实施例中，第一结构域中约20％-60％的糖是2’-F修饰的。在一些实施例中，第一结构域中约25％-60％的糖是2’-F修饰的。在一些实施例中，第一结构域中约30％-60％的糖是2’-F修饰的。在一些实施例中，第一结构域中约35％-60％的糖是2’-F修饰的。在一些实施例中，第一结构域中约40％-60％的糖是2’-F修饰的。在一些实施例中，第一结构域中约50％-60％的糖是2’-F修饰的。在一些实施例中，第一结构域中约50％-70％的糖是2’-F修饰的。在一些实施例中，第一结构域中约20％-60％的糖独立地是2’-OR修饰的，其中R不是-H或双环糖。在一些实施例中，第一结构域中约30％-60％的糖独立地是2’-OR修饰的，其中R不是-H或双环糖。在一些实施例中，第一结构域中约40％-60％的糖独立地是2’-OR修饰的，其中R不是-H或双环糖。在一些实施例中，第一结构域中约30％-50％的糖独立地是2’-OR修饰的，其中R不是-H或双环糖。在一些实施例中，第一结构域中约40％-50％的糖独立地是2’-OR修饰的，其中R不是-H或双环糖。在一些实施例中，第一结构域中独立地是2′-OR修饰的(其中R不是-H)或双环糖的糖中的每个独立地是2’-OR修饰的糖(其中R不是-H)。在一些实施例中，它们各自独立地是2’-OR修饰的糖，其中R是C1-6脂肪族基。在一些实施例中，它们各自独立地是2’-OR修饰的糖，其中R是C1-6烷基。在一些实施例中，它们各自独立地是2’-OMe或2’-MOE修饰的糖。
在一些实施例中，第一结构域位于第二结构域的5’-侧，并且第一结构域的5’-末端的前一个或多个糖(例如1-5、1-3，1、2、3、4、5个等)各自独立地是2’-OR修饰的糖或双环糖，其中R不是-H(例如，任选地经取代的C1-6烷基)。在一些实施例中，第一结构域位于第二结构域的5’-侧，并且第一结构域的5’-末端的前三个糖各自独立地是2’-OR修饰的糖或双环糖，其中R不是-H(例如，任选地经取代的C1-6烷基)。在一些实施例中，每个这样的糖独立地是2’-OMe或2’-MOE修饰的糖。在一些实施例中，每个这样的糖独立地是2’-OMe修饰的糖。在一些实施例中，每个这样的糖独立地是2’-MOE修饰的糖。
在一些实施例中，第一结构域包含约1-50个(例如，约5、6、7、8、9或10-约10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个，或约5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个等，约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个等)经修饰的核苷酸间键联。在一些实施例中，第一结构域中约5％-100％(例如，约10％-100％、20％-100％、30％-100％、40％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等)的核苷酸间键联是经修饰的核苷酸间键联。在一些实施例中，第一结构域中的每个核苷酸间键联独立地是经修饰的核苷酸间键联。在一些实施例中，每个经修饰的核苷酸间键联独立地是手性核苷酸间键联。在一些实施例中，经修饰的或手性的核苷酸间键联是PS，例如硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，其是不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，其是中性核苷酸间键联。在一些实施例中，其是PN核苷酸间键联。在一些实施例中，其是磷酰基胍核苷酸间键联。在一些实施例中，其是n001。在一些实施例中，每个经修饰的或手性核苷酸间键联独立地是PS或PN键联。在一些实施例中，每个经修饰的核苷酸间键联独立地是硫代磷酸酯核苷酸间键联或不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，每个经修饰的核苷酸间键联独立地是硫代磷酸酯核苷酸间键联或中性核苷酸间键联。在一些实施例中，每个经修饰的核苷酸间键联独立地是硫代磷酸酯或PN核苷酸间键联。在一些实施例中，每个经修饰的核苷酸间键联独立地是硫代磷酸酯或磷酰基胍核苷酸间键联。在一些实施例中，每个经修饰的核苷酸间键联独立地是硫代磷酸酯或n001核苷酸间键联。在一些实施例中，第一结构域中存在约1-10个(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、或10个)PN核苷酸间键联，并且其他核苷酸间键联中的每个，或其他经修饰的核苷酸间键联各自独立地是PS核苷酸间键联。在一些实施例中，第一结构域中的每个PN核苷酸间键联独立地是磷酰基胍核苷酸间键联。在一些实施例中，每个PN核苷酸间键联是n001。在一些实施例中，第一结构域中的每个PS核苷酸间键联独立地是硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，每个经修饰的核苷酸间键联独立地是硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，第一结构域中的至少约1-50个(例如，约5、6、7、8、9或10-约10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个，或约5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个等，约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个等)手性核苷酸间键联独立地是手性控制的。在一些实施例中，第一结构域中至少约5％-100％(例如，约10％-100％、20％-100％、30％-100％、40％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等)的手性核苷酸间键联独立地是手性控制的。在一些实施例中，第一结构域中至少5％-100％(例如，约10％-100％、20％-100％、30％-100％、40％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等)的所有PS(例如，硫代磷酸酯核苷酸间键联)是手性控制的。在一些实施例中，每个PS(例如，硫代磷酸酯核苷酸间键联)独立地是手性控制的。在一些实施例中，第一结构域中的至少约1-50个(例如，约5、6、7、8、9或10-约10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个，或约5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个等，约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个等)手性核苷酸间键联是Sp。在一些实施例中，第一结构域中的至少约1-50个(例如，约5、6、7、8、9或10-约10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个，或约5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个等，约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个等)PS(例如，硫代磷酸酯核苷酸间键联)是Sp。在一些实施例中，第一结构域中至少5％-100％(例如，约10％-100％、20％-100％、30％-100％、40％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等)的手性核苷酸间键联是Sp。在一些实施例中，第一结构域中至少5％-100％(例如，约10％-100％、20％-100％、30％-100％、40％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等)的PS(例如硫代磷酸酯核苷酸间键联)是Sp。在一些实施例中，数目为一个或多个。在一些实施例中，数目为2个或更多个。在一些实施例中，数目为3个或更多个。在一些实施例中，数目为4个或更多个。在一些实施例中，数目为5个或更多个。在一些实施例中，数目为6个或更多个。在一些实施例中，数目为7个或更多个。在一些实施例中，数目为8个或更多个。在一些实施例中，数目为9个或更多个。在一些实施例中，数目为10个或更多个。在一些实施例中，数目为11个或更多个。在一些实施例中，数目为12个或更多个。在一些实施例中，数目为13个或更多个。在一些实施例中，数目为14个或更多个。在一些实施例中，数目为15个或更多个。在一些实施例中，百分比为至少约50％。在一些实施例中，百分比为至少约55％。在一些实施例中，百分比为至少约60％。在一些实施例中，百分比为至少约65％。在一些实施例中，百分比为至少约70％。在一些实施例中，百分比为至少约75％。在一些实施例中，百分比为至少约80％。在一些实施例中，百分比为至少约85％。在一些实施例中，百分比为至少约90％。在一些实施例中，百分比为至少约95％。在一些实施例中，百分比为约100％。在一些实施例中，每个PS(例如硫代磷酸酯核苷酸间键联)是Sp。在一些实施例中，每个PN核苷酸间键联(例如n001)独立地是Rp。
在一些实施例中，与两个第一结构域核苷键合的每个核苷酸间键联独立地是经修饰的核苷酸间键联。在一些实施例中，每个经修饰的核苷酸间键联独立地是手性核苷酸间键联。在一些实施例中，每个经修饰的核苷酸间键联独立地是PS或PN核苷酸间键联。在一些实施例中，每个经修饰的核苷酸间键联独立地是硫代磷酸酯或磷酰基胍核苷酸间键联。在一些实施例中，每个经修饰的核苷酸间键联独立地是硫代磷酸酯或n001核苷酸间键联。在一些实施例中，每个经修饰的核苷酸间键联独立地是PS(例如硫代磷酸酯核苷酸间键联)。在一些实施例中，每个PS(例如硫代磷酸酯核苷酸间键联)独立地是Sp。在一些实施例中，第一结构域的核苷酸间键联与第一结构域的两个核苷键合。在一些实施例中，与第一结构域中的核苷和第二结构域中的核苷键合的核苷酸间键联可以被适当地认为是第一结构域的核苷酸间键联。在一些实施例中，与第一结构域中的核苷和第二结构域中的核苷键合的核苷酸间键联是经修饰的核苷酸间键联；在一些实施例中，其是手性核苷酸间键联；在一些实施例中，其是手性控制的；在一些实施例中，其是Rp；在一些实施例中，其是Sp。在许多实施例中，高百分比的Sp核苷酸间键联和/或Sp PS和/或硫代磷酸酯核苷酸间键联(例如，相对于Rp核苷酸间键联和/或天然磷酸酯键联)提供改善的特性和/或活性，例如，高稳定性和/或高腺苷编辑活性。
在一些实施例中，第一结构域包含一个或多个(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个)，或一定水平的Rp核苷酸间键联。在一些实施例中，第一结构域包含一个或多个(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20)，或一定水平的Rp PS核苷酸间键联(在一些实施例中，每个是硫代磷酸酯核苷酸间键联)。在一些实施例中，水平为第一结构域中的所有核苷酸间键联的约例如约5％-100％、约10％-100％、20％-100％、30％-100％、40％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等。在一些实施例中，第一结构域包含一定水平的Rp核苷酸间键联。在一些实施例中，水平为第一结构域中的所有核苷酸间键联的约例如约5％-100％、约10％-100％、20％-100％、30％-100％、40％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等。在一些实施例中，水平为第一结构域中的所有手性核苷酸间键联的约例如约5％-100％、约10％-100％、20％-100％、30％-100％、40％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等。在一些实施例中，水平为第一结构域中的所有手性控制的核苷酸间键联的约例如约5％-100％、约10％-100％、20％-100％、30％-100％、40％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等。在一些实施例中，百分比为约或不超过约50％。在一些实施例中，百分比为至少约55％。在一些实施例中，百分比为至少约60％。在一些实施例中，百分比为至少约65％。在一些实施例中，百分比为至少约70％。在一些实施例中，百分比为至少约75％。在一些实施例中，百分比为至少约80％。在一些实施例中，百分比为至少约85％。在一些实施例中，百分比为至少约90％。在一些实施例中，百分比为至少约95％。在一些实施例中，百分比为约100％。在一些实施例中，百分比为约或不超过约5％。在一些实施例中，百分比为约或不超过约10％。在一些实施例中，百分比为约或不超过约15％。在一些实施例中，百分比为约或不超过约20％。在一些实施例中，百分比为约或不超过约25％。在一些实施例中，百分比为约或不超过约30％。在一些实施例中，百分比为约或不超过约35％。在一些实施例中，百分比为约或不超过约40％。在一些实施例中，百分比为约或不超过约45％。在一些实施例中，百分比为约或不超过约50％。在一些实施例中，约1-50、1-40、1-30、1-25、1-20、1-15、1-10、1-5，例如约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个核苷酸间键联独立地是Rp手性核苷酸间键联。在一些实施例中，数目为约或不大于约1。在一些实施例中，数目为约或不大于约2。在一些实施例中，数目为约或不大于约3。在一些实施例中，数目为约或不大于约4。在一些实施例中，数目为约或不大于约5。在一些实施例中，数目为约或不大于约6。在一些实施例中，数目为约或不大于约7。在一些实施例中，数目为约或不大于约8。在一些实施例中，数目为约或不大于约9。在一些实施例中，数目为约或不大于约10。
在一些实施例中，第一结构域中的每个硫代磷酸酯核苷酸间键联独立地是手性控制的。在一些实施例中，每个独立地是Sp或Rp。在一些实施例中，高水平是如本文所述的Sp。在一些实施例中，第一结构域中的每个硫代磷酸酯核苷酸间键联是手性控制的并且是Sp。
在一些实施例中，第一结构域包含一个或多个不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，第一结构域包含一个或多个PN核苷酸间键联。在一些实施例中，不带负电荷的核苷酸间键联是PN核苷酸间键联。在一些实施例中，PN核苷酸间键联是磷酰基胍核苷酸间键联。在一些实施例中，每个PN核苷酸间键联独立地是n001。在一些实施例中，手性不带负电荷的核苷酸间键联不是手性控制的。在一些实施例中，每个手性不带负电荷的核苷酸间键联都不是手性控制的。在一些实施例中，第一结构域中的一个或多个或所有PN核苷酸间键联不是手性控制的。在一些实施例中，手性不带负电荷的或PN核苷酸间键联是手性控制的。在一些实施例中，手性不带负电荷的或PN核苷酸间键联是手性控制的并且是Rp。在一些实施例中，手性不带负电荷的或PN核苷酸间键联是手性控制的并且是Sp。在一些实施例中，每个手性不带负电荷的或PN核苷酸间键联是手性控制的。在一些实施例中，第一结构域中不带负电荷的或PN核苷酸间键联的数目为约1-10，或约1、2、3、4、5、6、7、8、9或10。在一些实施例中，其为约1。在一些实施例中，其为约2。在一些实施例中，其为约3。在一些实施例中，其为约4。在一些实施例中，其为约5。在一些实施例中，两个或更多个不带负电荷的核苷酸间键联是连续的。在一些实施例中，没有两个不带负电荷的核苷酸间键联是连续的。在一些实施例中，第一结构域中的所有不带负电荷的或所有PN核苷酸间键联都是连续的(例如，3个连续的不带负电荷的核苷酸间键联)。在一些实施例中，其不是。在一些实施例中，不带负电荷的或PN核苷酸间键联，或两个或更多个连续的不带负电荷的或两个或更多个连续的PN核苷酸间键联在第一结构域的5’-末端。在一些实施例中，与第一结构域的后两个核苷键合的核苷酸间键联是不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，其是PN键联。在一些实施例中，其是磷酰基胍核苷酸间键联。在一些实施例中，其是n001。在一些实施例中，其是n001。在一些实施例中，其是Sp。在一些实施例中，其是Rp。在一些实施例中，连接第一结构域的后两个核苷的核苷酸间键联是硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，其是Sp。在一些实施例中，与第一结构域的前两个核苷键合的核苷酸间键联是不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，与第一结构域的前两个核苷键合的核苷酸间键联是PN核苷酸间键联。在一些实施例中，其是磷酰基胍核苷酸间键联。在一些实施例中，其是n001。在一些实施例中，其是Sp。在一些实施例中，其是Rp。在一些实施例中，连接第一结构域的前两个核苷的核苷酸间键联是硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，其是Sp。在一些实施例中，其是Rp。在一些实施例中，第一结构域的前两个核苷是寡核苷酸的前两个核苷。
在一些实施例中，第一结构域中的一个或多个(例如第一结构域中的所有核苷酸间键联中的约或至少约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、或20个，或约或至少约10％、20％、25％、30％、35％、40％、50％、60％、70％、75％、80％、85％、90％或95％)手性核苷酸间键联不是手性控制的。在一些实施例中，第一结构域中的所有手性核苷酸间键联不是手性控制的。在一些实施例中，第一结构域包含手性控制的核苷酸间键联的一个或多个嵌段和非手性控制的核苷酸间键联的一个或多个嵌段。在一些实施例中，在手性控制的核苷酸间键联的每个嵌段中存在约1-20个，例如约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个手性核苷酸间键联，并且每个独立地是手性控制的。在一些实施例中，在非手性控制的核苷酸间键联的每个嵌段中存在约1-20个，例如约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个手性核苷酸间键联，并且每个独立地是非手性控制的。
在一些实施例中，第一结构域包含一个或多个天然磷酸酯键联。在一些实施例中，第一结构域不含天然磷酸酯键联。在一些实施例中，一个或多个2’-OR修饰的糖(其中R不是-H)独立地与天然磷酸酯键联键合。在一些实施例中，一个或多个2’-OR修饰的糖(其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基)独立地与天然磷酸酯键联键合。在一些实施例中，一个或多个2’-OMe修饰的糖独立地与天然磷酸酯键联键合。在一些实施例中，一个或多个2’-MOE修饰的糖独立地与天然磷酸酯键联键合。在一些实施例中，每个2’-MOE修饰的糖独立地与天然磷酸酯键联键合。在一些实施例中，50％或更多(例如50％-100％、50％-90％、50％-80％，或约50％、60％、66％、70％、75％、80％、90％或更多)的2’-OR修饰的糖(其中R不是-H)独立地与天然磷酸酯键联键合。在一些实施例中，50％或更多(例如50％-100％、50％-90％、50％-80％，或约50％、60％、66％、70％、75％、80％、90％或更多)的2’-OMe修饰的糖独立地与天然磷酸酯键联键合。在一些实施例中，50％或更多(例如50％-100％、50％-90％、50％-80％，或约50％、60％、66％、70％、75％、80％、90％或更多)的2’-MOE修饰的糖独立地与天然磷酸酯键联键合。在一些实施例中，50％或更多(例如50％-100％、50％-90％、50％-80％，或约50％、60％、66％、70％、75％、80％、90％或更多)的与两个2’-OR修饰的糖键合的核苷酸间键联独立地是天然磷酸酯键联。在一些实施例中，50％或更多(例如50％-100％、50％-90％、50％-80％，或约50％、60％、66％、70％、75％、80％、90％或更多)的与两个2’-OMe或2’-MOE修饰的糖键合的核苷酸间键联独立地是天然磷酸酯键联。
在一些实施例中，在本披露的寡核苷酸或其部分(例如，第一结构域、第二结构域、第一子结构域、第二子结构域、第三子结构域等)中，每个与两个2’-F修饰的糖键合的核苷酸间键联独立地是经修饰的核苷酸间键联。在一些实施例中，其独立地是硫代磷酸酯核苷酸间键联或不带负电荷的核苷酸间键联，如磷酰基胍核苷酸间键联，像n001。在一些实施例中，其独立地是Sp硫代磷酸酯核苷酸间键联或不带负电荷的核苷酸间键联，如磷酰基胍核苷酸间键联，像n001。在一些实施例中，其独立地是Sp硫代磷酸酯核苷酸间键联或Rp磷酰基胍核苷酸间键联，像Rp n001。在一些实施例中，与两个2’-F修饰的糖键合的每个硫代磷酸酯核苷酸间键联独立地是Sp。
在一些实施例中，第一结构域包含一个或多个天然磷酸酯键联。在一些实施例中，第一结构域不含天然磷酸酯键联。
在一些实施例中，第一结构域募集蛋白如ADAR蛋白(例如，ADAR1、ADAR2等)、促进或有助于该蛋白的募集。在一些实施例中，第一结构域募集蛋白如ADAR蛋白，或促进或有助于与该蛋白的相互作用。在一些实施例中，第一结构域与ADAR的RNA结合结构域(RBD)接触。在一些实施例中，第一结构域基本上不与ADAR的第二RBD结构域接触。在一些实施例中，第一结构域基本上不与ADAR的具有脱氨酶活性的催化结构域接触。在一些实施例中，多种核碱基、糖和/或核苷酸间键联可与蛋白(例如，ADAR蛋白)的一个或多个残基相互作用。
第二结构域
如本文所述，在一些实施例中，寡核苷酸从5′至3′包含第一结构域和第二结构域。在一些实施例中，寡核苷酸由第一结构域和第二结构域组成。下文以实例描述第二结构域的某些实施例。在一些实施例中，第二结构域包含如本文所述的N0。在一些实施例中，第二结构域包含与待修饰(例如，转化成I)的靶腺苷相反的核苷。
在一些实施例中，第二结构域具有约2-50个(例如，约5、6、7、8、9或10-约10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个，或约5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个等)核碱基的长度。在一些实施例中，第二结构域具有约5-30个核碱基的长度。在一些实施例中，第二结构域具有约10-30个核碱基的长度。在一些实施例中，第二结构域具有约10-20个核碱基的长度。在一些实施例中，第二结构域具有约5-15个核碱基的长度。在一些实施例中，第二结构域具有约13-16个核碱基的长度。在一些实施例中，第二结构域具有约1-7个核碱基的长度。在一些实施例中，第二结构域具有10个核碱基的长度。在一些实施例中，第二结构域具有11个核碱基的长度。在一些实施例中，第二结构域具有12个核碱基的长度。在一些实施例中，第二结构域具有13个核碱基的长度。在一些实施例中，第二结构域具有14个核碱基的长度。在一些实施例中，第二结构域具有15个核碱基的长度。在一些实施例中，第二结构域具有16个核碱基的长度。在一些实施例中，第二结构域具有17个核碱基的长度。在一些实施例中，第二结构域具有18个核碱基的长度。在一些实施例中，第二结构域具有19个核碱基的长度。在一些实施例中，第二结构域具有20个核碱基的长度。
在一些实施例中，第二结构域是寡核苷酸的约或至少约5％-95％、10％-90％、20％-80％、30％-70％、40％-70％、40％-60％，5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％。在一些实施例中，百分比为约30％-80％。在一些实施例中，百分比为约30％-70％。在一些实施例中，百分比为约40％-60％。在一些实施例中，百分比为约20％。在一些实施例中，百分比为约25％。在一些实施例中，百分比为约30％。在一些实施例中，百分比为约35％。在一些实施例中，百分比为约40％。在一些实施例中，百分比为约45％。在一些实施例中，百分比为约50％。在一些实施例中，百分比为约55％。在一些实施例中，百分比为约60％。在一些实施例中，百分比为约65％。在一些实施例中，百分比为约70％。在一些实施例中，百分比为约75％。在一些实施例中，百分比为约80％。在一些实施例中，百分比为约85％。在一些实施例中，百分比为约90％。
在一些实施例中，当寡核苷酸与靶核酸进行互补性比对时，在第二结构域中存在一个或多个(例如，1-20，1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个等)错配。在一些实施例中，存在1个错配。在一些实施例中，存在2个错配。在一些实施例中，存在3个错配。在一些实施例中，存在4个错配。在一些实施例中，存在5个错配。在一些实施例中，存在6个错配。在一些实施例中，存在7个错配。在一些实施例中，存在8个错配。在一些实施例中，存在9个错配。在一些实施例中，存在10个错配。
在一些实施例中，当寡核苷酸与靶核酸进行互补性比对时，在第二结构域中存在一个或多个(例如，1-20，1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个等)摆动。在一些实施例中，存在1个摆动。在一些实施例中，存在2个摆动。在一些实施例中，存在3个摆动。在一些实施例中，存在4个摆动。在一些实施例中，存在5个摆动。在一些实施例中，存在6个摆动。在一些实施例中，存在7个摆动。在一些实施例中，存在8个摆动。在一些实施例中，存在9个摆动。在一些实施例中，存在10个摆动。
在一些实施例中，第二结构域区域中的寡核苷酸和靶核酸的双链体包含一个或多个凸起，每个凸起独立地包含一个或多个不是摆动的错配。在一些实施例中，存在0-10个(例如，0-1、0-2、0-3、0-4、0-5、0-6、0-7、0-8、0-9、0-10、1-2、1-3、1-4、1-5、1-6、1-7、1-8、1-9、1-10、2-3、2-4、2-5、2-6、2-7、2-8、2-9、2-10、3-4、3-5、3-6、3-7、3-8、3-9、3-10，0、1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个等)凸起。在一些实施例中，数目为0。在一些实施例中，数目为1。在一些实施例中，数目为2。在一些实施例中，数目为3。在一些实施例中，数目为4。在一些实施例中，数目为5。
在一些实施例中，第二结构域与靶核酸完全互补。
在一些实施例中，第二结构域包含一个或多个经修饰的核碱基。
在一些实施例中，第二结构域包含与靶腺苷相反的核苷，例如当寡核苷酸与靶核酸形成双链体时。在一些实施例中，相反核碱基是任选地经取代的或被保护的U，或是U的任选地经取代的或被保护的互变异构体。在一些实施例中，相反核碱基是U。
在一些实施例中，与U相比，相反核碱基与靶腺苷的靶腺嘌呤具有较弱的氢键合。在一些实施例中，与U相比，相反核碱基与靶腺苷的靶腺嘌呤形成较少的氢键。在一些实施例中，相反核碱基与蛋白(例如，ADAR)的一个或多个氨基酸残基形成一个或多个氢键，这些残基与和靶腺苷相反的U形成一个或多个氢键。在一些实施例中，相反核碱基与ADAR的每个氨基酸残基形成一个或多个氢键，该每个氨基酸残基与和靶腺苷相反的U形成一个或多个氢键。在一些实施例中，通过减弱与靶A的氢键结合和/或维持或增强与蛋白如ADAR1、ADAR2等的相互作用，某些相反核碱基有利于和/或促进腺苷修饰，例如被ADAR蛋白如ADAR1和ADAR2修饰。
在一些实施例中，相反核碱基是任选地经取代的或被保护的C，或是C的任选地经取代的或被保护的互变异构体。在一些实施例中，相反核碱基是C。在一些实施例中，相反核碱基是任选地经取代的或被保护的A，或是A的任选地经取代的或被保护的互变异构体。在一些实施例中，相反核碱基是A。在一些实施例中，相反核碱基是假异胞嘧啶的任选地经取代的或被保护的核碱基，或是假异胞嘧啶的核碱基的任选地经取代的或被保护的互变异构体。在一些实施例中，相反核碱基是假异胞嘧啶的核碱基。
在一些实施例中，如本文所述，核苷(例如，与靶腺苷相反的核苷，也可以称为“相反核苷”)是无碱基的(例如，具有L010、L012、L028等的结构)。
经修饰的核碱基的许多有用的实施例，例如用于相反核碱基，也在下面描述。在一些实施例中，如本文所述(例如在许多寡核苷酸中)，本披露提供了包含核碱基(例如，与靶核苷相反的核苷(如A(N0)、N1、N-1等)的核碱基)的寡核苷酸，该核碱基是或包含A、T、C、G、U、次黄嘌呤、c7In、c39z48In、z2c3In、b001U、b002U、b003U、b004U、b005U、b006U、b007U、b008U、b009U、b011U、b012U、b013U、b014U、b015U、b001A、b002A、b003A、b004A、b005A、b006A、b007A、b001G、b002G、b001C、b002C、b003C、b004C、b005C、b006C、b007C、b008C、b009C、b002I、b003I、b004I、zdnp或表BA-1中所述的核碱基。在一些实施例中，如本文所述(例如在许多寡核苷酸中)，本披露提供了包含核碱基(例如，与靶核苷相反的核苷(如A)的核碱基)的寡核苷酸，该核碱基是或包含b001U、b002U、b003U、b004U、b005U、b006U、b007U、b008U、b009U、b011U、b012U、b013U、b001A、b002A、b003A、b001G、b002G、b001C、b002C、b003C、b004C、b005C、b006C、b007C、b008C、b009C、b002I、b003I、b004I、和zdnp。在一些实施例中，如本文所述(例如，在多种寡核苷酸中)，本披露提供了包含核碱基(例如与靶核苷相反的核苷(如A)的核碱基)的寡核苷酸，该核碱基是或包含C、A、b007U、b001U、b001A、b002U、b001C、b003U、b002C、b004U、b003C、b005U、b002I、b006U、b003I、b008U、b009U、b002A、b003A、b001G、或zdnp。在一些实施例中，核碱基是C。在一些实施例中，核碱基是A。在一些实施例中，核碱基是次黄嘌呤。在一些实施例中，核碱基是c7In。在一些实施例中，核碱基是c39z48In。在一些实施例中，核碱基是z2c3In。在一些实施例中，核碱基是b002I。在一些实施例中，核碱基是b003I。在一些实施例中，核碱基是b004I。在一些实施例中，核碱基是b014I。在一些实施例中，核碱基是b001C。在一些实施例中，核碱基是b002C。在一些实施例中，核碱基是b003C。在一些实施例中，核碱基是b004C。在一些实施例中，核碱基是b005C。在一些实施例中，核碱基是b006C。在一些实施例中，核碱基是b007C。在一些实施例中，核碱基是b008C。在一些实施例中，核碱基是b009C。在一些实施例中，核碱基是b001U。在一些实施例中，核碱基是b002U。在一些实施例中，核碱基是b003U。在一些实施例中，核碱基是b004U。在一些实施例中，核碱基是b005U。在一些实施例中，核碱基是b006U。在一些实施例中，核碱基是b007U。在一些实施例中，核碱基是b008U。在一些实施例中，核碱基是b009U。在一些实施例中，核碱基是b011U。在一些实施例中，核碱基是b012U。在一些实施例中，核碱基是b013U。在一些实施例中，核碱基是b014U。在一些实施例中，核碱基是b015U。在一些实施例中，核碱基是b001A。在一些实施例中，核碱基是b002A。在一些实施例中，核碱基是b003A。在一些实施例中，核碱基是b004A。在一些实施例中，核碱基是b005A。在一些实施例中，核碱基是b006A。在一些实施例中，核碱基是b007A。在一些实施例中，核碱基是b001G。在一些实施例中，核碱基是b002G。在一些实施例中，核碱基是zdnp。在一些实施例中，核碱基选自表BA-1。在一些实施例中，这样的核碱基在N0中。在一些实施例中，这样的核碱基在N1中。在一些实施例中，这样的核碱基在N-1中。在一些实施例中，如本领域技术人员理解的，对核碱基进行保护，例如用于寡核苷酸合成。例如，在一些实施例中，核碱基是具有的结构的被保护的b001A，其中R′如本文所述。在一些实施例中，R′是-C(O)R。在一些实施例中，R′是-C(O)Ph。
在一些实施例中，当与参考核碱基相比时(例如，在可比较的条件下，包括例如在其他方面相同的寡核苷酸中，在相同或可比较的测定中评估等)，各种经修饰的核碱基(例如b001A、b008U等)可以提供改善的腺苷编辑效率。在一些实施例中，参考核碱基是U。在一些实施例中，参考核碱基是T。在一些实施例中，参考核碱基是C。
某些经修饰的核碱基
在一些实施例中，BA是或包含环BA或其互变异构体，其中环BA是具有0-10个杂原子的任选地经取代的5-20元单环、双环或多环。在一些实施例中，环BA是或包含具有1-10个杂原子的任选地经取代的5-20元单环、双环或多环，其中至少一个杂原子是氮。在一些实施例中，环BA是饱和的。在一些实施例中，环BA包含一个或多个不饱和度。在一些实施例中，环BA是部分不饱和的。在一些实施例中，环BA是芳族的。
在一些实施例中，BA是或包含环BA，其中环BA是具有0-10个杂原子的任选地经取代的5-20元单环、双环或多环。在一些实施例中，环BA是或包含具有1-10个杂原子的任选地经取代的5-20元单环、双环或多环，其中至少一个杂原子是氮。在一些实施例中，环BA是饱和的。在一些实施例中，环BA包含一个或多个不饱和度。在一些实施例中，环BA是部分不饱和的。在一些实施例中，环BA是芳族的。
在一些实施例中，BA是或包含环BA。在一些实施例中，BA是环BA。在一些实施例中，BA是或包含环BA的互变异构体。在一些实施例中，BA是环BA的互变异构体。
在一些实施例中，本披露的结构含有一个或多个任选地经取代的环(例如，环BA、-Cy-、环BAA、R、由合在一起的R基团形成等)。在一些实施例中，环是具有0-10个(例如，1-10、1-5，0、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10个等)杂原子的任选地经取代的C3-30、C3-20、C3-15、C3-10、C3-9、C3-8、C3-7、C3-6、C5-50、C5-20、C5-15、C5-10、C5-9、C5-8、C5-7、C5-6或3-30(例如，3-30、3-20、3-15、3-10、3-9、3-8、3-7、3-6、5-50、5-20、5-15、5-10、5-9、5-8、5-7、5-6或1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、25、30等)元单环、双环或多环。在一些实施例中，环是具有0-3个杂原子的任选地经取代的3-10元单环或双环、饱和、部分饱和的或芳族环。在一些实施例中，环是经取代的。在一些实施例中，环是未经取代的。在一些实施例中，环是3、4、5、6、7、8、9或10元的。在一些实施例中，环是5、6或7元的。在一些实施例中，环是5元的。在一些实施例中，环是6元的。在一些实施例中，环是7元的。在一些实施例中，环是单环的。在一些实施例中，环是双环的。在一些实施例中，环是多环的。在一些实施例中，环是饱和的。在一些实施例中，环含有至少一个不饱和度。在一些实施例中，环是部分不饱和的。在一些实施例中，环是芳族的。在一些实施例中，环具有0-5个杂原子。在一些实施例中，环具有1-5个杂原子。在一些实施例中，环具有一个或多个杂原子。在一些实施例中，环具有1个杂原子。在一些实施例中，环具有2个杂原子。在一些实施例中，环具有3个杂原子。在一些实施例中，环具有4个杂原子。在一些实施例中，环具有5个杂原子。在一些实施例中，杂原子是氮。在一些实施例中，杂原子是氧。在一些实施例中，环被取代，例如被一个或多个烷基和任选地被一个或多个如本文所述的其他取代基取代。在一些实施例中，取代基是甲基。
在一些实施例中，本披露的单环、双环或多环(例如，环BA、-Cy-、环BAA、R、由合在一起的R基团形成等)的每个单环单元独立地是具有0-5个杂原子的任选地经取代的5-7元饱和、部分不饱和或芳族环。在一些实施例中，一个或多个单环单元独立地包含一个或多个不饱和度。在一些实施例中，一个或多个单环单元是饱和的。在一些实施例中，一个或多个单环单元是部分饱和的。在一些实施例中，一个或多个单环单元是芳族的。在一些实施例中，一个或多个单环单元独立地具有1-5个杂原子。在一些实施例中，一个或多个单环单元独立地具有至少一个氮原子。在一些实施例中，每个单环单元独立地是5或6元的。在一些实施例中，单环单元是5元的。在一些实施例中，单环单元是5元的并且具有1-2个氮原子。在一些实施例中，单环单元是6元的。在一些实施例中，单环单元是6元的并且具有1-2个氮原子。除非另有说明，否则环及其单环单元是任选地经取代的。
不希望受任何特定理论的限制，本披露认识到在一些实施例中，核碱基(例如，BA)的结构可影响与蛋白(例如，ADAR蛋白，如ADAR1、ADAR2等)的相互作用。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含可促进寡核苷酸与酶(例如，ADAR1)相互作用的核碱基。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含可降低碱基配对强度(例如，与A-T/U或C-G相比)的核碱基。在一些实施例中，本披露认识到，通过维持和/或增强第一核碱基与蛋白(例如，像ADAR1的酶)的相互作用(例如，氢键合)和/或减少第一核碱基与其在双链体中的另一条链上的对应核碱基(例如，A)的相互作用(例如，氢键合)，可以显著改善蛋白(例如，像ADAR1的酶)对对应核碱基的修饰。在一些实施例中，本披露提供了包含这样的第一核碱基的寡核苷酸(例如，本文所述的BA的各种实施例)。如第一核碱基的示例性实施例如本文所述。在一些实施例中，当包含这样的第一核碱基的寡核苷酸与另一核酸进行最大互补性比对时，第一核碱基与A相反。在一些实施例中，可以使用本披露的技术有效地修饰如在本披露的许多实施例中例示的与第一核碱基相反的这样的A。
在一些实施例中，环BA包含部分其中各变量独立地如本文所述。在一些实施例中，环BA包含部分其中各变量独立地如本文所述。在一些实施例中，环BA包含部分 其中各变量独立地如本文所述。在一些实施例中，环BA包含部分其中各变量独立地如本文所述。在一些实施例中，X1与糖键合。在一些实施例中，X1是-N(-)-。在一些实施例中，X1是-C(＝)-。在一些实施例中，X2是-C(O)-。在一些实施例中，X3是-NH-。在一些实施例中，X4不是-C(O)-。在一些实施例中，X4是-C(O)-，并且形成分子内氢键，例如，与具有相同核苷酸单元的部分(例如，在X5的相同BA单元内(例如，与氢键供体(例如，-OH、SH等)))。在一些实施例中，X4是-C(＝NH)-。在一些实施例中，环BA包含部分 其中各变量独立地如本文所述。在一些实施例中，X4′是-C(O)-。在一些实施例中，X5′是-NH-。
在一些实施例中，BA是任选地经取代的或被保护的C或其互变异构体。在一些实施例中，BA是任选地经取代的或任选地被保护的C。在一些实施例中，BA是C的任选地经取代的或任选地被保护的互变异构体。在一些实施例中，BA是C。在一些实施例中，BA是经取代的C。在一些实施例中，BA是被保护的C。在一些实施例中，BA是C的经取代的互变异构体。在一些实施例中，BA是C的被保护的互变异构体。
在一些实施例中，环BA具有式BA-I的结构：
其中：
环BA是具有1-10个杂原子的任选地经取代的5-20元单环、双环或多环、饱和、部分饱和的或芳族环；
每个独立地是单键或双键；
X1是-N(-)-或-C(-)＝；
X2是-C(WX2)-、-C(RB2)＝、-C(ORB2)＝、-N＝或任选地经取代的-CH＝，其中RB2是卤素、-CN、-NO2、或-LB2-R’，并且WX2是O、S或Se；
X3是-C(RB3)＝、-N(RB3)-、-N＝或任选地经取代的-NH-或-CH＝，其中RB3是卤素、-CN、-NO2、或-LB3-R’；
X4是-C(RB4)＝、-C(-N(RB4)2)＝、-C(RB4)2-、-C(WX4)-、-C(＝NRB4)-或任选地经取代的-CH＝或-CH2-，其中每个RB4独立地是卤素、-CN、-NO2、或-LB4-RB41，或同一个原子上的两个RB4合在一起形成＝O、＝C(-LB4-RB41)2、＝N-LB4-RB41、或任选地经取代的＝CH2或＝NH，其中每个RB41独立地是R’，并且Wx4是O、S或Se；
LB2、LB3和LB4各自独立地是LB；
每个LB独立地是共价键，或具有0-6个杂原子的任选地经取代的二价C1-10饱和或部分不饱和链，其中一个或多个亚甲基单元任选地且独立地被-Cy-、-O-、-S-、-N(R′)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR′)-、-C(O)N(R′)-、-N(R′)C(O)N(R′)-、-N(R′)C(O)O-、-S(O)-、-S(O)2-、-S(O)2N(R′)-、-C(O)S-或-C(O)O-代替；
每个-Cy-独立地是具有0-10个杂原子的任选地经取代的3-20元单环、双环或多环；
每个R′独立地是-R、-C(O)R、-C(O)OR、-C(O)N(R)2或-SO2R；并且
每个R独立地是-H，或选自以下的任选地经取代的基团：C1-20脂肪族基、具有1-10个杂原子的C1-20杂脂肪族基、C6-20芳基、C6-20芳基脂肪族基、具有1-10个杂原子的C6-20芳基杂脂肪族基、具有1-10个杂原子的5-20元杂芳基和具有1-10个杂原子的3-20元杂环基，或
两个R基团任选地且独立地合在一起形成共价键，或
同一个原子上的两个或更多个R基团任选地且独立地与该原子合在一起形成除该原子外还具有0-10个杂原子的任选地经取代的3-20元单环、双环或多环；或
两个或更多个原子上的两个或更多个R基团任选地且独立地与居于它们之间的原子合在一起形成除居于它们之间的原子外还具有0-10个杂原子的任选地经取代的3-30元单环、双环或多环。
在一些实施例中，环BA(例如，式BA-I之一)具有式BA-I-a的结构：
在一些实施例中，环BA(例如，式BA-I、BA-I-a等之一)具有式BA-I-b的结构：
在一些实施例中，环BA(例如，式BA-I、BA-I-a等之一)具有式BA-I-c的结构：
在一些实施例中，环BA(例如，式BA-I、BA-I-a等之一)具有式BA-I-d的结构：
在一些实施例中，环BA(例如，式BA-I之一)具有式BA-II的结构：
其中：
X5是-C(RB5)2-，-N(RB5)-，-C(RB5)＝，-C(WX5)-，-N＝或任选地经取代的-CH2-、-NH-或-CH＝，其中每个RB5独立地是卤素、-CN、-NO2、或-LB5-RB51，其中RB51是-R’、-N(R’)2、-OR’、或-SR’，并且WX5是O、S、或Se；
LB5是LB；并且
其他变量各自独立地如本文所述。
在一些实施例中，环BA(例如，式BA-I、BA-I-a、BA-II等之一)具有式BA-II-a的结构：
在一些实施例中，环BA(例如，式BA-I、BA-I-a、BA-I-b、BA-II、BA-II-a等之一)具有式BA-II-b的结构：
在一些实施例中，环BA(例如，式BA-I、BA-I-a、BA-I-b、BA-II、BA-II-a等之一)具有式BA-II-b的结构：
在一些实施例中，环BA(例如，式BA-I、BA-I-a、BA-I-b、BA-II、BA-II-a等之一)具有式BA-II-b的结构：
在一些实施例中，环BA(例如，式BA-I、BA-II等之一)具有式BA-III的结构：
其中：
X6是-C(RB6)＝、-C(ORB6)＝、-C(RB6)2-、-C(WX6)-、-N＝或任选地经取代的-CH＝或-CH2-，其中每个RB6独立地是卤素、-CN、-NO2、或-LB6-RB61，或同一个原子上的两个RB6合在一起形成＝O、＝C(-LB6-RB61)2、＝N-LB6-RB61、或任选地经取代的＝CH2或＝NH，其中每个RB61独立地是R’，并且WX6是O、S、或Se；
LB6是LB；并且
其他变量各自独立地如本文所述。
在一些实施例中，环BA(例如，式BA-I、BA-I-a、BA-II、BA-II-a、BA-III等之一)具有式BA-III-a的结构：
在一些实施例中，环BA(例如，式BA-I、BA-I-a、BA-I-b、BA-II、BA-II-a、BA-II-b、BA-III、BA-III-a等之一)具有式BA-III-b的结构：
在一些实施例中，环BA(例如，式BA-I、BA-I-a、BA-I-b、BA-II、BA-II-a、BA-II-b、BA-III、BA-III-a等之一)具有式BA-III-c的结构：
在一些实施例中，环BA(例如，式BA-I、BA-I-a、BA-I-b、BA-II、BA-II-a、BA-II-b、BA-III、BA-III-a等之一)具有式BA-III-d的结构：
在一些实施例中，环BA(例如，式BA-I、BA-I-a、BA-I-b、BA-II、BA-II-a、BA-II-b、BA-III、BA-III-a等之一)具有式BA-III-e的结构：
在一些实施例中，X1是N，并且RB4和RB5各自独立地是卤素或任选地经取代的C1-10烷基。在一些实施例中，RB4和RB5各自独立地是卤素或任选地经取代的C1-6烷基。在一些实施例中，RB4和RB5各自独立地是卤素或C1-6烷基。在一些实施例中，RB4和RB5各自独立地是卤素或C1-4烷基。在一些实施例中，WX2和WX6各自是O。在一些实施例中，环BA是任选地经取代的在一些实施例中，环BA是经取代的在一些实施例中，环BA是在一些实施例中，环BA是在一些实施例中，环BA是在一些实施例中，环BA是在一些实施例中，环BA是在一些实施例中，环BA是在一些实施例中，环BA是在一些实施例中，环BA是在一些实施例中，环BA是在一些实施例中，环BA是
在一些实施例中，环BA(例如，式BA-I、BA-II等之一)具有式BA-IV的结构：
其中：
环BAA是具有0-5个杂原子的任选地经取代的5-14元单环、双环或多环，并且
其他变量各自独立地如本文所述。
在一些实施例中，环BA(例如，式BA-I、BA-I-a、BA-II、BA-II-a等之一)具有式BA-IV-a的结构：
在一些实施例中，环BA(例如，式BA-I、BA-I-a、BA-II、BA-II-a等之一)具有式BA-IV-b的结构：
在一些实施例中，环BA(例如，式BA-I、BA-II、BA-III、BA-IV等之一)具有式BA-V的结构：
在一些实施例中，环BA(例如，式BA-I、BA-I-a、BA-II、BA-II-a、BA-III、BA-III-a、BA-IV、BA-IV-a、BA-V等之一)具有式BA-V-a的结构：
在一些实施例中，环BA(例如，式BA-I、BA-I-a、BA-I-b、BA-I-c、BA-I-d、BA-II、BA-II-a、BA-II-b、BA-II-c、BA-II-d、BA-III、BA-III-a、BA-III-b、BA-III-c、BA-III-d、BA-III-e、BA-IV、BA-IV-a、BA-IV-b、BA-V、BA-V-a等之一)具有式BA-V-a的结构：
在一些实施例中，环BA具有式BA-VI的结构：
其中：
每个独立地是单键或双键；
X1′是-N(-)-或-C(-)＝；
X2’是-C(WX2’)-、-C(RB2’)＝、-C(ORB2’)＝、-N＝或任选地经取代的-CH＝或-CH2-，其中RB2’是卤素、-CN、-N02、或-LB2’-R’，并且WX2’是O、S或Se；
X3’是-N(RB3’)-、-N＝、-C(RB3’)＝或任选地经取代的-NH-或-CH＝，其中RB3’是卤素、-CN、-NO2、或-LB3’-R’；
X4’是-C(RB4’)＝，-C(ORB4’)＝，-C(-N(RB4’)2)＝，-C(RB4’)2-，-C(WX4’)-，-C(＝NRB4’)-，-N(RB4’)-，-N＝或任选地经取代的-CH＝、-NH-或-CH2-，其中每个RB4’独立地是卤素、-CN、-NO2、或-LB4’-RB41’，或同一个原子上的两个RB4’合在一起形成＝O、＝C(-LB4’-RB41’)2、＝N-LB4’-RB41’、或任选地经取代的＝CH2或＝NH，其中每个RB41’独立地是-R’，并且WX4’是O、S或Se；
X5’是-C(RB5’)2-，-N(RB5’)-，-C(RB5’)＝，-C(WX5’)-，-N＝，或任选地经取代的-NH-、-CH2-、或-CH＝，其中每个RB5’独立地是卤素、-CN、-NO2、或-LB5’-RB51’，其中RB51’是-R’、-N(R’)2、-OR’、或-SR’，并且WX5’是O、S、或Se；
X6’是-C(RB6’)＝，-C(ORB6’)＝，-C(RB6’)2-，-C(WX6’)-，-C(-N(RB6′)2)＝，-N＝或任选地经取代的-NH-、-CH2-或-CH＝，其中每个RB6’独立地是卤素、-CN、-NO2、或-LB6’-RB61’，或同一个原子上的两个RB6’合在一起形成＝O、＝C(-LB6’-RB61’)2、＝N-LB6’-RB61’、或任选地经取代的＝CH2或＝NH，其中每个RB61’独立地是R’，并且WX6’是O、S或Se；
X7’是-C(RB7’)＝，-C(ORB7’)＝，-C(RB7’)2-，-C(WX7’)-，-C(-N(RB7’)2)＝，-N(RB7’)-，-N＝或任选地经取代的-NH-、-CH2-或-CH＝，其中每个RB7’独立地是卤素、-CN、-NO2、或-LB7’-RB71’，或同一个原子上的两个RB7’合在一起形成＝O、＝C(-LB7’-RB71′)2、＝N-LB7’-RB71’、或任选地经取代的＝CH2或＝NH，其中每个RB71’独立地是R’，并且其中WX7’是O、S或Se；
X8’和X9’各自独立地是C或N；
LB2’、LB3’、LB4’、LB5’、LB6’和LB7’各自独立地是LB；并且
其他变量各自独立地如本文所述。
在一些实施例中，是单键。在一些实施例中，是双键。
在一些实施例中，X1是-(N-)-。在一些实施例中，X1是-C(-)＝。
在一些实施例中，WX2是O。在一些实施例中，WX2是S。在一些实施例中，WX2是Se。在一些实施例中，X2是-C(O)-。在一些实施例中，X2是-C(S)-。在一些实施例中，X2是-C(Se)-。在一些实施例中，X2是-C(RB2)＝。在一些实施例中，X2是-C(ORB2)＝。在一些实施例中，X2是-C(ORB2)＝，其中RB2是-LB2-R’。在一些实施例中，X2是任选地经取代的-CH＝。在一些实施例中，X2是-CH＝。在一些实施例中，X2是-C(RB2)＝，其中RB2是卤素、-CN、-NO2、或-LB2-R’。在一些实施例中，X2是-C(ORB2)＝，其中RB2是-LB2-R’。在一些实施例中，X2是-N＝。
在一些实施例中，LB2是共价键。
在一些实施例中，RB2是适合于寡核苷酸合成的保护基，例如羟基保护基。在一些实施例中，RB2是R′。在一些实施例中，RB2是-H。在一些实施例中，RB2是卤素。在一些实施例中，RB2是-F。在一些实施例中，RB2是-Cl。在一些实施例中，RB2是-Br。在一些实施例中，RB2是-I。在一些实施例中，RB2是-CN。在一些实施例中，RB2是-NO2。在一些实施例中，RB2是-LB2-R’。
在一些实施例中，X3是-C(RB2)＝。在一些实施例中，X3是任选地经取代的-CH＝。在一些实施例中，X3是-CH＝。在一些实施例中，X3是-N(RB3)-。在一些实施例中，X3是-N(RB3)-，其中RB3是-LB3-R’。在一些实施例中，X3是-N(RB3)-，其中RB3是-LB3-R’。在一些实施例中，X3是任选地经取代的-NH-。在一些实施例中，X3是-NH-。在一些实施例中，X3是-N＝。
在一些实施例中，LB3是共价键。
在一些实施例中，RB3是适合于寡核苷酸合成的保护基，例如氨基保护基(例如，Bz)。在一些实施例中，RB3是R’。在一些实施例中，RB3是-C(O)R。在一些实施例中，RB3是R。在一些实施例中，RB3是-H。在一些实施例中，RB3是卤素。在一些实施例中，RB3是-F。在一些实施例中，RB3是-Cl。在一些实施例中，RB3是-Br。在一些实施例中，RB3是-I。在一些实施例中，RB3是-CN。在一些实施例中，RB3是-NO2。在一些实施例中，RB3是-LB3-R’。
在一些实施例中，X4是-C(RB4)＝。在一些实施例中，X4是-C(R)＝。在一些实施例中，X4是-CH＝。在一些实施例中，X4是-CH＝。在一些实施例中，X4是-C(ORB4)＝。在一些实施例中，X4是-C(-N(RB4)2)＝。在一些实施例中，X4是-C(-N(RB4)2)＝，其中每个RB4独立地是-LB4-RB41。在一些实施例中，X4是-C(-NHRB4)＝。在一些实施例中，X4是-C(-NHR′)＝。在一些实施例中，X4是-C(-NHR′)＝。在一些实施例中，X4是任选地经取代的-C(-NH2)＝。在一些实施例中，X4是-C(-NH2)＝。在一些实施例中，X4是-C(-NHC(O)R)＝。在一些实施例中，X4是-C(RB4)2-。在一些实施例中，X4是任选地经取代的-CH2-。在一些实施例中，X4是-CH2-。在一些实施例中，X4是-C(O)-。在一些实施例中，X4是-C(S)-。在一些实施例中，X4是-C(Se)-。在一些实施例中，X4是-C(O)-，其中O形成分子内氢键。在一些实施例中，O与相同BA的X5的氢键供体形成氢键。在一些实施例中，X4是-C(＝NRB4)-。在一些实施例中，X4是-C((＝NRB4)-，其中N形成分子内氢键。在一些实施例中，N与相同BA的X5的氢键供体形成氢键。
在一些实施例中，RB4是-LB4-RB41。在一些实施例中，同一原子上的两个RB4合在一起形成＝O、＝C(-LB4-RB41)2、＝N-LB4-RB41或任选地经取代的＝CH2或＝NH。
在一些实施例中，同一原子上的两个RB4合在一起形成＝O。在一些实施例中，同一原子上的两个RB4合在一起形成＝C(-LB4RB41)2。在一些实施例中，＝C(-LB4-RB41)2是＝CH-LB4-RB41。在一些实施例中，＝C(-LB4-RB41)2是＝CHR′。在一些实施例中，＝C(-LB4-RB41)2是＝CHR。在一些实施例中，同一原子上的两个RB4合在一起形成＝N-LB4-RB41。在一些实施例中，＝N-LB4-RB41是＝N-R。在一些实施例中，同一原子上的两个RB4合在一起形成＝CH2。在一些实施例中，同一原子上的两个RB4合在一起形成＝NH。在一些实施例中，所形成的基团是用于寡核苷酸合成的合适的保护基，例如氨基保护基。
在一些实施例中，X4是-C(-N＝C(-LB4-RB41)2)＝。在一些实施例中，X4是-C(-N＝CH-LB4-RB41)＝。在一些实施例中，X4是-C(-N＝CH-N(CH3)2)＝。
在一些实施例中，X4(例如，-C(＝N-R)-、＝C(R)-等)的R任选地与例如X5的另一个R合在一起形成如本文所述的环。
在一些实施例中，RB4是R’。在一些实施例中，RB4是R。在一些实施例中，RB4是-H。在一些实施例中，RB4是卤素。在一些实施例中，RB4是-F。在一些实施例中，RB4是-Cl。在一些实施例中，RB4是-Br。在一些实施例中，RB4是-I。在一些实施例中，RB4是-CN。在一些实施例中，RB4是-NO2。在一些实施例中，RB4是-LB4-R’。在一些实施例中，RB4是适合于寡核苷酸合成的保护基，例如氨基或羟基保护基。在一些实施例中，RB4是R’。在一些实施例中，RB4是-CH2CH2-(4-硝基苯基)。
在一些实施例中，LB4是共价键。在一些实施例中，LB4不是共价键。在一些实施例中，至少一个亚甲基单元被-C(O)-代替。在一些实施例中，至少一个亚甲基单元被-C(O)N(R′)-代替。在一些实施例中，至少一个亚甲基单元被-N(R′)-代替。在一些实施例中，至少一个亚甲基单元被-NH-代替。在一些实施例中，LB4是或包含任选地经取代的-N＝CH-。
在一些实施例中，RB41是R’。在一些实施例中，RB41是-H。在一些实施例中，RB41是R。在一些实施例中，R是任选地经取代的苯基。在一些实施例中，R是苯基。
在一些实施例中，X5是-C(RB5)2-。在一些实施例中，X5是-CHRB5-。在一些实施例中，X5是任选地经取代的-CH2-。在一些实施例中，X5是-CH2-。在一些实施例中，X5是-N(RB5)-。在一些实施例中，X5是任选地经取代的-NH-。在一些实施例中，X5是-NH-。在一些实施例中，X5是-C(RB5)＝。在一些实施例中，X5是-C(R)＝。在一些实施例中，X5是任选地经取代的-CH＝。在一些实施例中，X5是-CH＝。在一些实施例中，X5是-N＝。在一些实施例中，X5是-C(O)-。在一些实施例中，X5是-C(S)-。在一些实施例中，X5是-C(Se)-。
在一些实施例中，RB5是卤素。在一些实施例中，RB5是-LB5-RB51。在一些实施例中，RB5是-LB5-RB51，其中RB51是R′、-NHR′、-OH或-SH。在一些实施例中，RB5是-LB5-RB51，其中RB51是-NHR、-OH或-SH。在一些实施例中，RB5是-LB5-RB51，其中RB51是-NH2、-OH或-SH。在一些实施例中，RB5是-C(O)-RB51。在一些实施例中，RB5是R’。在一些实施例中，RB5是R。在一些实施例中，RB5是-H。在一些实施例中，RB5是-OH。在一些实施例中，RB5是-CH2OH。在一些实施例中，RB5是卤素。在一些实施例中，RB5是-F。在一些实施例中，RB5是-Cl。在一些实施例中，RB5是-Br。在一些实施例中，RB5是-I。在一些实施例中，RB5是-CN。在一些实施例中，RB5是-NO2。在一些实施例中，RB5是-LB5-R’。
在一些实施例中，当X4是-C(O)-时，X5是-C(RB5)2-、-C(RB5)＝或-N(RB5)-，其中RB5是LB5-RB51，其中RB51是NHR′、OH或-SH。在一些实施例中，X4是-C(O)-，并且RB51是或包含氢键供体，其与X4的O形成氢键。
在一些实施例中，LB5是共价键。在一些实施例中，LB5是或包含C(O)-。在一些实施例中，LB5是或包含-O-。在一些实施例中，LB5是或包含-OC(O)-。在一些实施例中，LB5是或包含-CH2OC(O)-。
在一些实施例中，R51是-R′。在一些实施例中，R51是-R。在一些实施例中，R51是-H。在一些实施例中，R51是-N(R′)2。在一些实施例中，R51是-NHR′。在一些实施例中，R51是-NHR。在一些实施例中，R51是-NH2。在一些实施例中，R51是-OR′。在一些实施例中，R51是-OR。在一些实施例中，R51是-OH。在一些实施例中，R51是-SR′。在一些实施例中，R51是-SR。在一些实施例中，R51是-SH。在一些实施例中，R是苄基。在一些实施例中，R是任选地经取代的苯基。在一些实施例中，R是苯基。在一些实施例中，R是甲基。
在一些实施例中，RB5是-C(O)-RB51。在一些实施例中，RB5是-C(O)NHCH2Ph。在一些实施例中，RB5是-C(O)NHPh。在一些实施例中，RB5是-C(O)NHCH3。在一些实施例中，RB5是-OC(O)-RB51。在一些实施例中，RB5是-OC(O)-R。在一些实施例中，RB5是-OC(O)CH3。
在一些实施例中，X5直接与X1键合，并且环BA是5元的。
在一些实施例中，X6是-C(RB6)＝。在一些实施例中，X6是任选地经取代的-CH＝。在一些实施例中，X6是-CH＝。在一些实施例中，X6是-C(ORB6)＝。在一些实施例中，X6是-C(RB6)2-。在一些实施例中，X6是任选地经取代的-CH2-。在一些实施例中，X6是-CH2-。在一些实施例中，X6是-C(O)-。在一些实施例中，X6是-C(S)-。在一些实施例中，X6是-C(Se)-。在一些实施例中，X6是-N＝。
在一些实施例中，RB6是-LB6-RB61。在一些实施例中，同一原子上的两个RB6合在一起形成＝O、＝C(-LB6-RB61)2、＝N-LB6-RB61或任选地经取代的＝CH2或＝NH。在一些实施例中，同一原子上的两个RB6合在一起形成＝O。在一些实施例中，LB6是共价键。在一些实施例中，RB6是R。在一些实施例中，RB6是-H。
在一些实施例中，RB6是适合于寡核苷酸合成的保护基，例如氨基或羟基保护基。在一些实施例中，RB6是R。在一些实施例中，RB6是-H。在一些实施例中，RB6是卤素。在一些实施例中，RB6是-F。在一些实施例中，RB6是-Cl。在一些实施例中，RB6是-Br。在一些实施例中，RB6是-I。在一些实施例中，RB6是-CN。在一些实施例中，RB6是-NO2。在一些实施例中，RB6是-LB6-R’。
在一些实施例中，LB6是共价键。在一些实施例中，LB6是任选地经取代的C1-10亚烷基。在一些实施例中，LB6是-CH2CH2-。在一些实施例中，RB6是-CH2CH2-(4-硝基苯基)。
在一些实施例中，RB61是R’。在一些实施例中，RB61是R。在一些实施例中，RB61是-H。
在一些实施例中，环BAA是单环的。在一些实施例中，环BAA是5元的。在一些实施例中，环BAA是6元的。在一些实施例中，环BAA是二环的。在一些实施例中，环BAA是9元的。在一些实施例中，环BAA是10元的。在一些实施例中，环BAA具有一个杂原子。在一些实施例中，环BAA具有2个杂原子。在一些实施例中，环BAA具有3个杂原子。在一些实施例中，环BAA具有4个杂原子。在一些实施例中，环BAA具有5个杂原子。在一些实施例中，杂原子是氮。在一些实施例中，杂原子是氧。
在一些实施例中，X1′是-(N-)-。在一些实施例中，X1′是-C(-)＝。
在一些实施例中，X2’是-C(O)-。在一些实施例中，X2’是-C(S)-。在一些实施例中，X2’是-C(Se)-。在一些实施例中，X2′是-C(RB2′)＝。在一些实施例中，X2’是任选地经取代的-CH2-。在一些实施例中，X2’是-CH2-。在一些实施例中，X2’是任选地经取代的-CH＝。在一些实施例中，X2′是-CH＝。在一些实施例中，X2’是-C(ORB2’)＝。在一些实施例中，X2’是-C(ORB2’)＝，其中RB2’是-LB2’-R’。在一些实施例中，X2’是-N＝。
在一些实施例中，LB2′是共价键。
在一些实施例中，RB2′是R′。在一些实施例中，RB2’是R。在一些实施例中，RB2’不是-H。在一些实施例中，RB2’是-H。在一些实施例中，RB2’是卤素。在一些实施例中，RB2’是-F。在一些实施例中，RB2’是-Cl。在一些实施例中，RB2’是-Br。在一些实施例中，RB2’是-I。在一些实施例中，RB2’是-CN。在一些实施例中，RB2’是-NO2。在一些实施例中，RB2’是-LB2’-R’。
在一些实施例中，X3′是-N(RB3′)-。在一些实施例中，X3’是-N(RB3’)-，其中RB3’是-LB3’-R’。在一些实施例中，X3′是-N(R′)-。在一些实施例中，X3’是任选地经取代的-NH-。在一些实施例中，X3’是-NH-。在一些实施例中，X3′是-N＝。在一些实施例中，X3’是-C(RB3’)＝。
在一些实施例中，LB3’是共价键。
在一些实施例中，RB3’是R’。在一些实施例中，RB3’是R。在一些实施例中，RB3’是-H。在一些实施例中，RB3’不是-H。在一些实施例中，RB3’是卤素。在一些实施例中，RB3’是-F。在一些实施例中，RB3’是-Cl。在一些实施例中，RB3’是-Br。在一些实施例中，RB3’是-I。在一些实施例中，RB3’是-CN。在一些实施例中，RB3’是-NO2。在一些实施例中，RB3’是-LB3’-R’。
在一些实施例中，X4’是-C(RB4’)＝。在一些实施例中，X4’是任选地经取代的-CH＝。在一些实施例中，X4’是-CH＝。在一些实施例中，X4′是-C(ORB4′)＝。在一些实施例中，X4’是-C(ORB4’)＝，其中RB4’是-LB4’-RB41’。在一些实施例中，X4′是-C(-N(RB4′)2)＝。在一些实施例中，X4′是-C(-NHRB4′)＝。在一些实施例中，X4’是任选地经取代的-C(-NH2)＝。在一些实施例中，X4′是-C(-NH2)＝。在一些实施例中，X4′是-C(-NHR′)＝。在一些实施例中，X4’是-C(-N(R’)2)＝。在一些实施例中，X4’是-C(-NHC(O)R’)＝。在一些实施例中，X4’是-C(-NHC(O)NHR’)＝。在一些实施例中，X4’是-C(-NHC(O)N(R’)2)＝。在一些实施例中，X4’是-C(-N(R’)C(O)N(R’)2)＝。在一些实施例中，R’是-H。在一些实施例中，R’是任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，R′是任选地经取代的C1-6烷基。在一些实施例中，R′是C1-6烷基。在一些实施例中，R′是甲基。在一些实施例中，R’是乙基。在一些实施例中，R’是异丙基。在一些实施例中，R’是任选地经取代的苯基。在一些实施例中，R’是苯基。在一些实施例中，R’是任选地经取代的萘基。在一些实施例中，R’是任选地经取代的2-萘基。在一些实施例中，R’是2-萘基。在一些实施例中，R′是C1-6烷基。在一些实施例中，X4′是-C(-NH2)＝。在一些实施例中，X4’是-C(-N(CH3)2)＝。在一些实施例中，X4’是-C(-NHEt)＝。在一些实施例中，X4’是-C(-NH(i-Pr))＝。在一些实施例中，X4’是-C(-NHC(O)Ph)＝。在一些实施例中，X4’是-C(-NHC(O)NHCH3)＝。在一些实施例中，X4’是-C(-NHC(O)NHPh)＝。在一些实施例中，X4’是-C(-NHC(O)NH(2-萘基))＝。在一些实施例中，X4’是-C(RB4′)2-。在一些实施例中，X4’是任选地经取代的-CH2-在一些实施例中，X4’是-CH2-。在一些实施例中，X4’是-C(O)-。在一些实施例中，X4’是-C(S)-。在一些实施例中，X4’是-C(Se)-。在一些实施例中，X4’是-C(＝NRB4′)-。在一些实施例中，X4’是-N(RB4’)-。在一些实施例中，X4’是任选地经取代的-NH-。在一些实施例中，X4’是-NH-。在一些实施例中，X4’是-N＝。
在一些实施例中，RB4′是-LB4′-RB41′。在一些实施例中，同一原子上的两个RB4′合在一起形成＝O、＝C(-LB4′-RB41′)2、＝N-LB4′-RB41′或任选地经取代的＝CH2或＝NH。在一些实施例中，同一原子上的两个RB4′合在一起形成＝O。在一些实施例中，同一原子上的两个RB4′合在一起形成＝C(-LB4′-RB41′)2。在一些实施例中，同一原子上的两个RB4′合在一起形成＝N-LB4′-RB41′。在一些实施例中，同一原子上的两个RB4′合在一起形成＝CH2。在一些实施例中，同一原子上的两个RB4′合在一起形成＝NH。在一些实施例中，所形成的基团是用于寡核苷酸合成的合适的保护基，例如氨基保护基。
在一些实施例中，X4′是-C(-N＝C(-LB4′-RB41′)2)＝。在一些实施例中，X4′是-C(-N＝CH-LB4′-RB41′)＝。在一些实施例中，X4′是-C(-N＝CH-N(CH3)2)＝。
在一些实施例中，RB4’是R’。在一些实施例中，RB4’是R。在一些实施例中，RB4’是-H。在一些实施例中，RB4’不是-H。在一些实施例中，RB4’是卤素。在一些实施例中，RB4’是-F。在一些实施例中，RB4’是-Cl。在一些实施例中，RB4’是-Br。在一些实施例中，RB4’是-I。在一些实施例中，RB4’是-CN。在一些实施例中，RB4’是-NO2。在一些实施例中，RB4’是-LB4’-R’。
在一些实施例中，RB4′是适合于寡核苷酸合成的保护基，例如氨基或羟基保护基。在一些实施例中，RB4’是R’。在一些实施例中，RB4′是-CH2CH2-(4-硝基苯基)。
在一些实施例中，LB4’是共价键。在一些实施例中，LB4′是任选地经取代的C1-10亚烷基。在一些实施例中，LB4′是-CH2CH2-。在一些实施例中，至少一个亚甲基单元被-N(R′)-代替。在一些实施例中，R′是R。在一些实施例中，R是任选地经取代的苯基。在一些实施例中，R是苯基。在一些实施例中，R是甲基。在一些实施例中，R是-H。
在一些实施例中，RB41’是R’。在一些实施例中，RB41’是R。在一些实施例中，RB41’是-H。
在一些实施例中，X5’是-C(RB5’)2-。在一些实施例中，X5’是任选地经取代的-CH2-。在一些实施例中，X5’是-CH2-。在一些实施例中，X5’是-N(RB5’)-。在一些实施例中，X5’是任选地经取代的-NH-。在一些实施例中，X5′是-NH-。在一些实施例中，X5’是-C(RB5’)＝。在一些实施例中，X5’是任选地经取代的-CH＝。在一些实施例中，X5’是-CH＝。在一些实施例中，X5’是-C(O)-。在一些实施例中，X5’是-C(S)-。在一些实施例中，X5’是-C(Se)-。在一些实施例中，X5’是-N＝。
在一些实施例中，LB5’是共价键。
在一些实施例中，RB5’是R’。在一些实施例中，RB5’是R。在一些实施例中，RB5’是-H。在一些实施例中，RB5’不是-H。
在一些实施例中，RB5’是卤素。在一些实施例中，RB5’是-F。在一些实施例中，RB5’是-Cl。在一些实施例中，RB5’是-Br。在一些实施例中，RB5’是-I。在一些实施例中，RB5’是-CN。在一些实施例中，RB5’是-NO2。在一些实施例中，RB5’是-LB5’-R’。
在一些实施例中，X6’是-C(RB6’)＝-在一些实施例中，X6’是任选地经取代的-CH＝。在一些实施例中，X6’是-CH＝。在一些实施例中，X6’是-C(ORB6’)＝-在一些实施例中，X6’是-C(ORB6’)＝，其中RB6’是-LB6’-RB61’-在一些实施例中，X6’是-C(RB6’)2-。在一些实施例中，X6’是任选地经取代的-CH2-。在一些实施例中，X6’是-CH2-。在一些实施例中，X6’是-C(O)-。在一些实施例中，X6’是-C(S)-。在一些实施例中，X6’是-C(Se)-。在一些实施例中，X6’是-C(-N(RB6’)2)＝。在一些实施例中，X6’是-C(-N(RB6’)2)＝，其中每个RB6’独立地是-LB6’-RB61’。在一些实施例中，X6’是-C(-N(R’)2)＝。在一些实施例中，X6’是-C(-NHR’)＝。在一些实施例中，X6’是-C(-NHC(O)R)＝。在一些实施例中，X6′是-N＝。
在一些实施例中，RB6’是-LB6’-RB61’。在一些实施例中，同一原子上的两个RB6′合在一起形成＝O、＝C(-LB6′-RB61′)2、＝N-LB6′-RB61′或任选地经取代的＝CH2或＝NH。在一些实施例中，同一原子上的两个RB6′合在一起形成＝O。
在一些实施例中，LB6’是共价键。在一些实施例中，LB6’是任选地经取代的C1-10亚烷基。在一些实施例中，LB6’是-CH2CH2-。
在一些实施例中，RB6’是R’。在一些实施例中，RB6’是R。在一些实施例中，RB6’是-H。在一些实施例中，RB6’不是-H。在一些实施例中，RB6’是适合于寡核苷酸合成的保护基，例如氨基或羟基保护基。在一些实施例中，RB6’是R’。在一些实施例中，RB6’是-CH2CH2-(4-硝基苯基)。
在一些实施例中，RB61’是R’。在一些实施例中，RB61’是R。在一些实施例中，RB61’是-H。在一些实施例中，RB61’不是-H。
在一些实施例中，RB6’是卤素。在一些实施例中，RB6’是-F。在一些实施例中，RB6’是-Cl。在一些实施例中，RB6’是-Br。在一些实施例中，RB6’是-I。在一些实施例中，RB6’是-CN。在一些实施例中，RB6’是-NO2。在一些实施例中，RB6’是-LB6’-R’。
在一些实施例中，X7’是-C(RB7’)＝。在一些实施例中，X7’是任选地经取代的-CH＝。在一些实施例中，X7’是-CH＝。在一些实施例中，X7’是-C(ORB7’)＝。在一些实施例中，X7’是-C(ORB7’)＝，其中RB7’是-LB7’-RB71’。在一些实施例中，X7’是-C(RB7’)2-。在一些实施例中，X7’是任选地经取代的-CH2-。在一些实施例中，X7’是-CH2-。在一些实施例中，X7’是-C(O)-。在一些实施例中，X7’是-C(S)-。在一些实施例中，X7’是-C(Se)-。在一些实施例中，X7’是-C(-N(RB7’)2)＝。在一些实施例中，X7’是-C(-N(RB7’)2)＝，其中每个RB7’独立地是-LB7’-RB71’。在一些实施例中，X7’是-N(RB7’)-。在一些实施例中，X7’是任选地经取代的-NH-。在一些实施例中，X7’是-NH-。在一些实施例中，X7’是-N＝。
在一些实施例中，RB7’是-LB7’-RB71’。在一些实施例中，同一原子上的两个RB7’合在一起形成＝O、＝C(-LB7′-RB71′)2、＝N-LB7′-RB71′或任选地经取代的＝CH2或＝NH。在一些实施例中，同一原子上的两个RB7′合在一起形成＝O。在一些实施例中，LB7’是共价键。在一些实施例中，RB7’是R。在一些实施例中，RB7’是-H。在一些实施例中，RB7’不是-H。在一些实施例中，RB7’是卤素。在一些实施例中，RB7’是-F。在一些实施例中，RB7’是-Cl。在一些实施例中，RB7’是-Br。在一些实施例中，RB7’是-I。在一些实施例中，RB7’是-CN。在一些实施例中，RB7’是-NO2。在一些实施例中，RB7’是-LB7’-R’。
在一些实施例中，LB7’是共价键。在一些实施例中，LB7’是任选地经取代的C1-10亚烷基。在一些实施例中，LB7’是-CH2CH2-。
在一些实施例中，RB71’是R’。在一些实施例中，RB71’是R。在一些实施例中，RB71’是-H。在一些实施例中，RB71’不是-H。
在一些实施例中，LB是共价键。在一些实施例中，LB是任选地经取代的二价C1-10饱和或部分不饱和脂肪族链，其中一个或多个亚甲基单元任选地且独立地被-Cy-、-O-、-S-、-N(R′)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR′)-、-C(O)N(R′)-、-N(R′)C(O)N(R′)-、-N(R′)C(O)O-、-S(O)-、-S(O)2-、-S(O)2N(R′)-、-C(O)S-或-C(O)O-代替。在一些实施例中，LB是具有1-6个杂原子的任选地经取代的二价C1-10饱和或部分不饱和的杂脂肪族链，其中一个或多个亚甲基单元任选地且独立地被-Cy-、-O-、-S-、-N(R′)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR′)-、-C(O)N(R′)-、-N(R′)C(O)N(R′)-、-N(R′)C(O)O-、-S(O)-、-S(O)2-、-S(O)2N(R′)-、-C(O)S-或-C(O)O-代替。在一些实施例中，至少亚甲基单元被代替。在一些实施例中，LB是任选地经取代的C1-10亚烷基。在一些实施例中，LB是任选地经取代的C1-6亚烷基。在一些实施例中，LB是任选地经取代的C1-4亚烷基。在一些实施例中，LB是-CH2CH2-。在一些实施例中，至少一个亚甲基单元被-C(O)-代替。在一些实施例中，至少一个亚甲基单元被-C(O)N(R′)-代替。在一些实施例中，至少一个亚甲基单元被-N(R′)-代替。在一些实施例中，至少一个亚甲基单元被-NH-代替。在一些实施例中，至少一个亚甲基单元被-Cy-代替。在一些实施例中，LB是或包含任选地经取代的-N＝CH-。在一些实施例中，LB是或包含-C(O)-。在一些实施例中，LB是或包含-O-。在一些实施例中，LB是或包含-OC(O)-。在一些实施例中，LB是或包含-CH2OC(O)-。
在一些实施例中，每个-Cy-独立地是具有0-10个杂原子的任选地经取代的3-20元单环、双环或多环、饱和、部分饱和的或芳族环。本文描述了-Cy-的合适的单环单元。在一些实施例中，-Cy-是单环的。在一些实施例中，-Cy-是双环的。在一些实施例中，-Cy-是多环的。在一些实施例中，-Cy-是具有0-5个杂原子的任选地经取代的二价3-10元单环、饱和或部分不饱和的环。在一些实施例中，-Cy-是具有0-5个杂原子的任选地经取代的二价5-10元芳族环。在一些实施例中，-Cy-是任选地经取代的亚苯基。在一些实施例中，-Cy-是亚苯基。
在一些实施例中，R′是R。在一些实施例中，R′是-C(O)R。在一些实施例中，R′是-C(O)OR。在一些实施例中，R′是-C(O)N(R)2。在一些实施例中，R′是-SO2R。
在一些实施例中，多种结构中的R′是保护基(例如，对于氨基、羟基等)，例如，适合于寡核苷酸合成的保护基。在一些实施例中，R是任选地经取代的苯基。在一些实施例中，R是苯基。在一些实施例中，R是4-硝基苯基。在一些实施例中，R是-CH2CH2-(4-硝基苯基)。在一些实施例中，R′是-C(O)NPh2。
在一些实施例中，每个R独立地是-H或选自以下的任选地经取代的基团：C1-10脂肪族基、具有1-5个杂原子的C1-10杂脂肪族基、C6-14芳基、C6-20芳基脂肪族基、具有1-5个杂原子的C6-20芳基杂脂肪族基、具有1-5个杂原子的5-14元杂芳基和具有1-5个杂原子的3-10元杂环基，或
两个R基团任选地且独立地合在一起形成共价键，或
同一个原子上的两个或更多个R基团任选地且独立地与该原子合在一起形成除该原子外还具有0-10个(例如0、1、2、3、4、5、6、7、8、9、或10个)杂原子的任选地经取代的3-15元单环、双环或多环；或
两个或更多个原子上的两个或更多个R基团任选地且独立地与居于它们之间的原子合在一起形成除居于它们之间的原子外还具有0-10个(例如0、1、2、3、4、5、6、7、8、9、或10个)杂原子的任选地经取代的3-15元单环、双环或多环。
在一些实施例中，每个R独立地是-H或选自以下的任选地经取代的基团：C1-20脂肪族基、具有1-10个杂原子的C1-20杂脂肪族基、C6-30芳基、C6-30芳基脂肪族基、具有1-10个杂原子的C6-30芳基杂脂肪族基、具有1-10个杂原子的5-20元杂芳基和具有1-10个杂原子的3-30元杂环基。在一些实施例中，每个R独立地是-H或选自以下的任选地经取代的基团：C1-10脂肪族基、具有1-5个杂原子的C1-10杂脂肪族基、C6-14芳基、C6-20芳基脂肪族基、具有1-5个杂原子的C6-20芳基杂脂肪族基、具有1-5个杂原子的5-14元杂芳基和具有1-5个杂原子的3-10元杂环基。在一些实施例中，两个R基团任选地且独立地合在一起形成共价键。在一些实施例中，同一个原子上的两个或更多个R基团任选地且独立地与该原子合在一起形成除该原子外还具有0-10个杂原子的任选地经取代的3-20元单环、双环或多环。在一些实施例中，同一个原子上的两个基团任选地且独立地与该原子合在一起形成除该原子外还具有0-10个杂原子的任选地经取代的3-20元单环、双环或多环。在一些实施例中，两个或更多个原子上的两个或更多个R基团任选地且独立地与居于它们之间的原子合在一起形成除居于它们之间的原子外还具有0-10个杂原子的任选地经取代的3-30元单环、双环或多环。在一些实施例中，两个或更多个原子上的两个基团任选地且独立地与居于它们之间的原子合在一起形成除居于它们之间的原子外还具有0-10个杂原子的任选地经取代的3-30元单环、双环或多环。在一些实施例中，所形成的环是单环的。在一些实施例中，所形成的环是双环的。在一些实施例中，所形成的环是多环的。在一些实施例中，每个单环单元独立地是3-10(例如，3-8、3-7、3-6、5-10、5-8、5-7、5-6、3、4、5、6、7、8、9或10等)元的，并且独立地是饱和的、部分饱和的或芳族的，并且独立地具有0-5个杂原子。在一些实施例中，环是饱和的。在一些实施例中，环是部分饱和的。在一些实施例中，环是芳族的。在一些实施例中，所形成的环具有1-5个杂原子。在一些实施例中，所形成的环具有1个杂原子。在一些实施例中，所形成的环具有2个杂原子。在一些实施例中，杂原子是氮。在一些实施例中，杂原子是氧。
在一些实施例中，R是-H。
在一些实施例中，R是任选地经取代的C1-20、C1-15、C1-10、C1-8、C1-6、C1-5、C1-4、C1-3或C1-2脂肪族基。在一些实施例中，R是任选地经取代的烷基。在一些实施例中，R是任选地经取代的C1-6烷基。在一些实施例中，R是任选地经取代的甲基。在一些实施例中，R是任选地经取代的环脂肪族。在一些实施例中，R是任选地经取代的环烷基。
在一些实施例中，R是具有1-10个杂原子的任选地经取代的C1-20杂脂肪族基。
在一些实施例中，R是任选地经取代的C6-20芳基。在一些实施例中，R是任选地经取代的苯基。在一些实施例中，R是苯基。
在一些实施例中，R是任选地经取代的C6-20芳基脂肪族。在一些实施例中，R是任选地经取代的C6-20芳基烷基。在一些实施例中，R是苄基。在一些实施例中，R是具有1-10个杂原子的任选地经取代的C6-20芳基杂脂肪族基。
在一些实施例中，R是具有1-10个杂原子的任选地经取代的5-20元杂芳基。在一些实施例中，R是具有1-4个杂原子的任选地经取代的5元杂芳基。在一些实施例中，R是具有1-4个杂原子的任选地经取代的6元杂芳基。在一些实施例中，R是具有1-10个杂原子的任选地经取代的3-20元杂环基。在一些实施例中，R是具有1-5个杂原子的任选地经取代的3-10元杂环基。在一些实施例中，R是具有1-5个杂原子的任选地经取代的5-6元杂环基。在一些实施例中，杂环基是饱和的。在一些实施例中，杂环基是部分饱和的。
在一些实施例中，杂原子选自硼、氮、氧、硫、硅和磷。在一些实施例中，杂原子选自氮、氧、硫和硅。在一些实施例中，杂原子选自氮、氧和硫。在一些实施例中，杂原子是氮。在一些实施例中，杂原子是氧。在一些实施例中，杂原子是硫。
如本领域技术人员所理解的，针对变量描述的实施例可以容易地组合以提供多种结构。本领域技术人员还理解，针对变量描述的实施例可以容易地用于可以是该变量的其他变量，例如，R的实施例用于R′、RB2、RB3、RB4、RB5、RB6、RB2′、RB3′、RB4′、RB5′、RB6′等；LB的实施例用于LB2、LB3、LB4、LB5、LB6、LB2′、LB3′、LB4′、LB5′、LB6′等。示例性实施例及其组合包括但不限于本文例示的结构。某些实例描述如下。
例如，在一些实施例中，环BA是任选地经取代的或被保护的在一些实施例中，环BA是在一些实施例中，环BA是
在一些实施例中，X4是-C(O)-，并且X4的-C(O)-中的O可与R5的-H(例如，R5′的-NHR′、-OH或-SH中的-H)形成氢键。在一些实施例中，X4是-C(O)-，并且X5是-C(R5)＝。在一些实施例中，R5′是-NHR′。在一些实施例中，R5是-LB5-NHR′。在一些实施例中，LB5是任选地经取代的-CH2-。在一些实施例中，亚甲基单元被-C(O)-代替。在一些实施例中，LB5是-C(O)-。在一些实施例中，R′是任选地经取代的甲基。在一些实施例中，R′是-CH2Ph。在一些实施例中，R’是任选地经取代的苯基。在一些实施例中，R’是苯基。在一些实施例中，R′是任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，R′是任选地经取代的C1-6烷基。在一些实施例中，R′是任选地经取代的甲基。在一些实施例中，R′是甲基。在一些实施例中，环BA是任选地被保护的在一些实施例中，环BA是在一些实施例中，环BA是任选地被保护的在一些实施例中，环BA是在一些实施例中，环BA是任选地被保护的在一些实施例中，环BA是在一些实施例中，环BA是任选地被保护的在一些实施例中，环BA是在一些实施例中，环BA是任选地被保护的在一些实施例中，环BA是在一些实施例中，环BA是任选地被保护的在一些实施例中，环BA是在一些实施例中，环BA是任选地被保护的在一些实施例中，环BA是
在一些实施例中，X1是-C(-)＝，并且X4是＝C(-N(RB4)2)-。在一些实施例中，同一原子(例如，氮原子)上的两个R基团合在一起形成任选地经取代的＝CH2或＝NH。在一些实施例中，同一原子(例如，氮原子)上的两个R基团合在一起形成任选地经取代的＝C(-LB4-R)2、＝N-LB4-R。在一些实施例中，所形成的基团是＝CHN(R)2。在一些实施例中，所形成的基团是＝CHN(CH3)2。在一些实施例中，X4是＝C(-N＝CHN(CH3)2)-。在一些实施例中，-N(RB4)2是-NRB4。在一些实施例中，RB4是-NHC(O)R。在一些实施例中，环BA是任选地经取代的或被保护的在一些实施例中，环BA是在一些实施例中，环BA是在一些实施例中，环BA是任选地经取代的在一些实施例中，环BA是任选地被保护的在一些实施例中，环BA是在一些实施例中，环BA是
在一些实施例中，X1是-N(-)-，X2是-C(O)-，并且X3是-N(RB3)-。在一些实施例中，X1是-N(-)-，X2是-C(O)-，X3是-N(RB3)-，并且X4是-C(RB4)＝。在一些实施例中，X1是-N(-)-，X2是-C(O)-，X3是-N(RB3)-，X4是-C(RB4)＝，并且X5是-C(RB5)＝。在一些实施例中，环BA是任选地经取代的或被保护的在一些实施例中，环BA是
在一些实施例中，X3是-N(R′)-。在一些实施例中，R′是-C(O)R。在一些实施例中，X4是-C(RB4)2-。在一些实施例中，RB4是-R。在一些实施例中，RB4是-H。在一些实施例中，X4是-CH2-。在一些实施例中，X5是-C(RB5)2-。在一些实施例中，RB5是-R。在一些实施例中，RB5是-H。在一些实施例中，X5是-CH2-。在一些实施例中，环BA是任选地经取代的或被保护的在一些实施例中，环BA是在一些实施例中，环BA是
在一些实施例中，X4是-C(RB4)＝。在一些实施例中，X4是-CH＝。在一些实施例中，X5是-C(RB5)＝。在一些实施例中，X5是-CH＝。在一些实施例中，环BA是任选地经取代的或被保护的在一些实施例中，环BA是在一些实施例中，环BA是任选地经取代的或被保护的在一些实施例中，环BA是
在一些实施例中，X4是-C(RB4)2-。在一些实施例中，X4是-CH2-。在一些实施例中，X5是-C(RB5)＝。在一些实施例中，X5是-CH＝。在一些实施例中，环BA是任选地经取代的或被保护的在一些实施例中，环BA是在一些实施例中，环BA是
在一些实施例中，X1是-N(-)-，X2是-C(O)-，X3是-N(RB3)-，X4是-C(RB4)＝，X5是-C(RB5)＝，X6是-C(O)-。在一些实施例中，X1是-N(-)-，X2是-C(O)-，X3是-N(RB3)-，X4是-C(RB4)＝，X5是-C(RB5)＝，X6是-C(S)-。在一些实施例中，RB3、RB4和RB5各自独立地是R。在一些实施例中，RB3是-H。在一些实施例中，RB4是-H。在一些实施例中，RB5是-H。在一些实施例中，BA是或包含任选地经取代的或被保护的在一些实施例中，BA是在一些实施例中，BA是或包含任选地经取代的或被保护的在一些实施例中，BA是在一些实施例中，BA是或包含任选地经取代的或被保护的在一些实施例中，BA是在一些实施例中，BA是或包含任选地经取代的或被保护的在一些实施例中，BA是在一些实施例中，BA是或包含任选地经取代的或被保护的在一些实施例中，BA是在一些实施例中，BA是或包含任选地经取代的或被保护的在一些实施例中，BA是在一些实施例中，BA是或包含任选地经取代的或被保护的在一些实施例中，BA是在一些实施例中，BA是或包含任选地经取代的或被保护的在一些实施例中，BA是在一些实施例中，BA是或包含任选地经取代的或被保护的在一些实施例中，BA是在一些实施例中，BA是或包含任选地经取代的或被保护的在一些实施例中，BA是
在一些实施例中，X1是-N(-)-，X2是-C(O)-，X3是-N(RB3)-。在一些实施例中，X4是-C(RB4)2-，其中两个RB4合在一起形成＝O或＝C(-LB4-RB41)2、＝N-LB4-RB41。在一些实施例中，X4是-C(＝NRB4)-。在一些实施例中，X5是-C(RB5)＝。在一些实施例中，RB41或RB4和RB5是R，并且与居于它们之间的原子合在一起形成如本文所述的任选地经取代的环。在一些实施例中，环BA是任选地经取代的或被保护的在一些实施例中，环BA是在一些实施例中，环BA是任选地经取代的或被保护的在一些实施例中，环BA是在一些实施例中，X1是-N(-)-，X2是-C(O)-，X3是-N＝。在一些实施例中，X4是-C(-N(RB4)2)＝。在一些实施例中，X4是-C(-NHRB4)＝。在一些实施例中，X5是-C(RB5)＝。在一些实施例中，一个RB4和RB5合在一起形成如本文所述的任选地经取代的环。在一些实施例中，所形成的环是具有氮原子的任选地经取代的5元环。在一些实施例中，环BA是任选地经取代的或被保护的在一些实施例中，环BA是在一些实施例中，环BA是任选地经取代的或被保护的在一些实施例中，环BA是在一些实施例中，环BA是任选地经取代的或被保护的在一些实施例中，环BA是在一些实施例中，环BA是任选地经取代的或被保护的在一些实施例中，环BA是
在一些实施例中，环BA具有式BA-IV或BA-V的结构。在一些实施例中，X1是-N(-)-，X2是-C(O)-，并且X3是-N＝。在一些实施例中，X1是-N(-)-，X2是-C(O)-，X3是-N＝，并且X6是-C(RB6)＝。在一些实施例中，环BAA是5-6元的。在一些实施例中，环BAA是单环的。在一些实施例中，环BAA是部分不饱和的。在一些实施例中，环BAA是芳族的。在一些实施例中，环BAA具有0-2个杂原子。在一些实施例中，环BAA具有1-2个杂原子。在一些实施例中，环BAA具有一个杂原子。在一些实施例中，环BAA具有2个杂原子。在一些实施例中，杂原子是氮。在一些实施例中，杂原子是氧。在一些实施例中，环BA是任选地经取代的或被保护的在一些实施例中，环BA是
在一些实施例中，环BA是任选地经取代的5元环。在一些实施例中，X1与X5键合。在一些实施例中，X4和X5各自独立地是-CH＝。在一些实施例中，X1是-N(-)-，X2是-C(O)-，X3是-NH-，X4是-CH＝，并且X5是-CH＝。在一些实施例中，环BA是任选地经取代的或被保护的在一些实施例中，环BA是
在一些实施例中，环BA具有式BA-VI的结构。在一些实施例中，X1′是-N(-)-，X2′是-C(O)-并且X3′是-N(RB3)-。在一些实施例中，X1′是-N(-)-，X2′是-C(O)-，X3′是-N(RB3)-，X4′是-C(RB4′)＝，X5′是-N＝，X6′是-C(RB6′)＝，并且X7′是-N＝。在一些实施例中，X1′是-N(-)-，X2′是-C(O)-，X3′是-N(RB3)-，X4′是-C(RB4′)＝，X5′是-C(RB5′)＝，X6′是-C(RB6′)＝，并且X7′是-C(RB7′)＝。在一些实施例中，环BA是任选地经取代的或被保护的在一些实施例中，环BA是在一些实施例中，环BA是任选地经取代的或被保护的在一些实施例中，环BA是在一些实施例中，环BA是在一些实施例中，环BA是任选地经取代的或被保护的在一些实施例中，环BA是在一些实施例中，环BA是在一些实施例中，环BA是任选地经取代的或被保护的在一些实施例中，环BA是在一些实施例中，环BA是在一些实施例中，环BA是任选地经取代的或被保护的在一些实施例中，环BA是在一些实施例中，环BA是任选地经取代的或被保护的在一些实施例中，环BA是在一些实施例中，X1′是-N(-)-，X2′是-C(RB2′)＝，并且X3′是-N＝。在一些实施例中，X1′是-N(-)-，X2′是-C(RB2′)＝，X3′是-N＝，X4′是-C(-N(RB4′)2)＝，X5′是-N＝，X6′是-C(O)-，并且X7′是-N(RB7′)-。在一些实施例中，环BA是任选地经取代的或被保护的在一些实施例中，环BA是
在一些实施例中，X1是-C(-)＝，X2是-C(O)-，并且X3是-N(RB3)-。在一些实施例中，X1是-C(-)＝，X2是-C(O)-，X3是-N(RB3)-、-C(-N(RB4)2)＝，并且X4是-C(RB4)＝。在一些实施例中，X1是-C(-)＝，X2是-C(O)-，X3是-N(RB3)-、-C(-N(RB4)2)＝，X4是-C(RB4)＝，并且X6是-C(RB6)＝。在一些实施例中，RB3、RB4和RB6各自独立地是-H。在一些实施例中，环BA是任选地经取代的或被保护的在一些实施例中，环BA是在一些实施例中，环BA是任选地经取代的或被保护的在一些实施例中，环BA是
在一些实施例中，环BA具有的结构。在一些实施例中，RB4是任选地经取代的芳基。在一些实施例中，RB4是任选地经取代的在一些实施例中，RB4是在一些实施例中，RB5是-H。在一些实施例中，RB5是-N(R’)2。在一些实施例中，RB5是-NH2。在一些实施例中，环BA是任选地经取代的在一些实施例中，环BA是在一些实施例中，环BA是任选地经取代的在一些实施例中，环BA是在一些实施例中，环BA是任选地经取代的在一些实施例中，环BA是在一些实施例中，环BA是任选地经取代的在一些实施例中，环BA是在一些实施例中，环BA是任选地经取代的在一些实施例中，环BA是在一些实施例中，环BA是任选地经取代的在一些实施例中，环BA是在一些实施例中，环BA是任选地经取代的在一些实施例中，环BA是在一些实施例中，环BA是任选地经取代的在一些实施例中，环BA是在一些实施例中，环BA是任选地经取代的在一些实施例中，环BA是在一些实施例中，环BA是任选地经取代的在一些实施例中，环BA是在一些实施例中，环BA是任选地经取代的在一些实施例中，环BA是在一些实施例中，环BA是任选地经取代的在一些实施例中，环BA是在一些实施例中，环BA是任选地经取代的在一些实施例中，环BA是在一些实施例中，环BA是任选地经取代的在一些实施例中，环BA是在一些实施例中，环BA是任选地经取代的在一些实施例中，环BA是在一些实施例中，环BA是任选地经取代的在一些实施例中，环BA是
如本文所述，环BA可以是任选地经取代的。在一些实施例中，当X2、X3、X4、X5、X6、X2′、X3′、X4′、X5′、X6′和X7′是-CH＝、-C(OH)＝、-C(-NH2)＝、-CH2-、-C(＝NH)-或-NH-时，它们各自独立地且任选地经取代。在一些实施例中，当X2、X3、X4、X5、X6、X2′、X3′、X4′、X5′、X6′和X7′是-CH＝、-CH2-或-NH-时，它们各自独立地且任选地经取代。在一些实施例中，当X2、X3、X4、X5、X6、X2′、X3′、X4′、X5′、X6′和X7′是-CH＝时，它们各自独立地且任选地经取代。在一些实施例中，当X2、X3、X4、X5、X6、X2′、X3′、X4′、X5′、X6′和X7′是-CH2-时，它们各自独立地且任选地经取代。在一些实施例中，当X2、X3、X4、X5、X6、X2′、X3′、X4′、X5′、X6′和X7′是-NH-时，它们各自独立地且任选地经取代。在一些实施例中，X2是任选地经取代的-CH＝、-C(OH)＝、-C(-NH2)＝、-CH2-、-C(＝NH)-或-NH-。在一些实施例中，X3是任选地经取代的-CH＝、-C(OH)＝、-C(-NH2)＝、-CH2-、-C(＝NH)-或-NH-。在一些实施例中，X4是任选地经取代的-CH＝、-C(OH)＝、-C(-NH2)＝、-CH2-、-C(＝NH)-或-NH-。在一些实施例中，X5是任选地经取代的-CH＝、-C(OH)＝、-C(-NH2)＝、-CH2-、-C(＝NH)-或-NH-。在一些实施例中，X6是任选地经取代的-CH＝、-C(OH)＝、-C(-NH2)＝、-CH2-、-C(＝NH)-或-NH-。在一些实施例中，X2′是任选地经取代的-CH＝、-C(OH)＝、-C(-NH2)＝、-CH2-、-C(＝NH)-或-NH-。在一些实施例中，X3’是任选地经取代的-CH＝、-C(OH)＝、-C(-NH2)＝、-CH2-、-C(＝NH)-或-NH-。在一些实施例中，X4’是任选地经取代的-CH＝、-C(OH)＝、-C(-NH2)＝、-CH2-、-C(＝NH)-或-NH-。在一些实施例中，X5’是任选地经取代的-CH＝、-C(OH)＝、-C(-NH2)＝、-CH2-、-C(＝NH)-或-NH-。在一些实施例中，X6’是任选地经取代的-CH＝、-C(OH)＝、-C(-NH2)＝、-CH2-、-C(＝NH)-或-NH-。在一些实施例中，X7’是任选地经取代的-CH＝、-C(OH)＝、-C(-NH2)＝、-CH2-、-C(＝NH)-或-NH-。
在一些实施例中，X8’是C。在一些实施例中，X8’是N。在一些实施例中，X9’是C。在一些实施例中，X9’是N。在一些实施例中，X8’是C并且X9’是C。在一些实施例中，X8’是C并且X9’是N。在一些实施例中，X8’是N并且X9’是C。在一些实施例中，X8’是N并且X9’是N。
在一些实施例中，环BA是芳族的。在一些实施例中，环BA是芳族的并且具有一个或多个，例如1-5个氮环原子。在一些实施例中，环BA包含具有一个或多个，例如1-5个氮环原子的、任选地经取代的芳族环。
在一些实施例中，所提供的包含与靶腺苷相反的某些核碱基(例如，b001A、b002A、b008U、C、A等)的寡核苷酸尤其可以提供改善的编辑效率(例如，与参考核碱基如U相比)。在一些实施例中，相反核苷在其3′侧与I连接。
在一些实施例中，核碱基是如本文所述的环BA。在一些实施例中，寡核苷酸包含一个或多个如本文所述的环BA。
在一些实施例中，相反核苷是无碱基的，例如具有L010L012或L028的结构。如本领域技术人员所理解的，无碱基核苷也可用于寡核苷酸的其他部分，并且寡核苷酸可以包含一个或多个(例如，1、2、3、4、5个或更多个)任选地连续的无碱基核苷。在一些实施例中，第一结构域包含一个或多个任选地连续的无碱基核苷。在一些实施例中，寡核苷酸包含一个且不多于一个无碱基核苷。在一些实施例中，每个无碱基核苷独立地在第一结构域中或在第二结构域的第一子结构域中。在一些实施例中，每个无碱基核苷独立地在第一结构域中。在一些实施例中，每个无碱基核苷独立地在第二结构域的第一子结构域中。在一些实施例中，无碱基核苷与靶腺苷相反。在一些实施例中，单个无碱基核苷可以代替各自独立地包含参考寡核苷酸中的核碱基的一个或多个核苷，例如，L010可用于代替1个包含核碱基的核苷，L012可用于代替1、2或3个各自独立地包含核碱基的核苷，并且L028可用于代替1、2或3个各自独立地包含核碱基的核苷。在一些实施例中，碱性核苷通过立体随机键联(例如，立体随机硫代磷酸酯核苷酸间键联)连接到其3′紧邻核苷(其任选地是无碱基的)。在一些实施例中，每个碱性核苷独立地通过立体随机键联(例如，立体随机硫代磷酸酯核苷酸间键联)连接到其3′紧邻核苷(其任选地是无碱基的)。
在一些实施例中，与靶腺嘌呤相反的经修饰的核碱基可以极大地改善寡核苷酸的特性和/或活性。在一些实施例中，在相反位置处的经修饰的核碱基可以提供高活性，甚至当存在与其相邻(例如，在3′侧)的G时，和/或其他核碱基(例如，C)提供低得多的活性或几乎检测不到的活性。
在一些实施例中，第二结构域包含一个或多个包含两个2′-H的糖(例如，天然DNA糖)。在一些实施例中，第二结构域包含一个或多个包含2′-OH的糖(例如，天然RNA糖)。在一些实施例中，第二结构域包含一个或多个经修饰的糖。在一些实施例中，经修饰的糖包含2′-修饰。在一些实施例中，经修饰的糖是双环糖，例如LNA糖。在一些实施例中，经修饰的糖是无环糖(例如，通过断裂相应环糖的C2-C3键)。
在一些实施例中，第二结构域包含约1-50个(例如，约5、6、7、8、9或10-约10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个，或约5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个等，约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个等)经修饰的糖。在一些实施例中，第二结构域包含约1-50个(例如，约5、6、7、8、9或10-约10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个，或约5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个等，约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个等)经修饰的糖，其独立地是双环糖(例如，LNA糖)或2′-OR修饰的糖，其中R独立地是任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，第二结构域包含约1-50个(例如，约5、6、7、8、9或10-约10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个，或约5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个等，约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个等)经修饰的糖，其独立地是2′-OR修饰的糖，其中R独立地是任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，数目为1。在一些实施例中，数目为2。在一些实施例中，数目为3。在一些实施例中，数目为4。在一些实施例中，数目为5。在一些实施例中，数目为6。在一些实施例中，数目为7。在一些实施例中，数目为8。在一些实施例中，数目为9。在一些实施例中，数目为10。在一些实施例中，数目为11。在一些实施例中，数目为12。在一些实施例中，数目为13。在一些实施例中，数目为14。在一些实施例中，数目为15。在一些实施例中，数目为16。在一些实施例中，数目为17。在一些实施例中，数目为18。在一些实施例中，数目为19。在一些实施例中，数目为20。在一些实施例中，R是甲基。
在一些实施例中，第二结构域中约5％-100％(例如，约10％-100％、20％-100％、30％-100％、40％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等)的所有糖独立地是经修饰的糖。在一些实施例中，第二结构域中约5％-100％(例如，约10％-100％、20％-100％、30％-100％、40％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等)的所有糖独立地是双环糖(例如，LNA糖)或2′-OR修饰的糖，其中R独立地是任选地经取代的C1-6脂肪族基-在一些实施例中，第二结构域中约5％-100％(例如，约10％-100％、20％-100％、30％-100％、40％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等)的所有糖独立地是2′-OR修饰的糖，其中R独立地是任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，百分比为至少约50％。在一些实施例中，百分比为至少约55％。在一些实施例中，百分比为至少约60％。在一些实施例中，百分比为至少约65％。在一些实施例中，百分比为至少约70％。在一些实施例中，百分比为至少约75％。在一些实施例中，百分比为至少约80％。在一些实施例中，百分比为至少约85％。在一些实施例中，百分比为至少约90％。在一些实施例中，百分比为至少约95％。在一些实施例中，百分比为约100％。在一些实施例中，R是甲基。
在一些实施例中，第二结构域包含约1-50个(例如约5、6、7、8、9、或10-约10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个，或约5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个等，约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、或20个等)独立地具有不是2’-F的修饰的经修饰的糖。在一些实施例中，第二结构域中约5％-100％(例如约10％-100％、20％-100％、30％-100％、40％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、或100％等)的糖独立地是具有不是2’-F的修饰的经修饰的糖。在一些实施例中，第二结构域中约50％-100％(例如约50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％--85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、或100％等)的糖独立地是具有不是2’-F的修饰的经修饰糖。在一些实施例中，第二结构域的经修饰的糖各自独立地选自双环糖(例如LNA糖)、无环糖(例如UNA糖)、具有2’-OR修饰的糖、或具有2’-N(R)2修饰的糖，其中每个R独立地是任选地经取代的C1-6脂肪族基。
在一些实施例中，第二结构域包含一个或多个2′-F修饰的糖。在一些实施例中，第二结构域不含2′-F修饰的糖。在一些实施例中，第二结构域包含一个或多个双环糖和/或2′-OR修饰的糖，其中R不是-H。在一些实施例中，与2′-F修饰的糖的水平相比，单独或组合的双环糖和/或2′-OR修饰的糖(其中R不是-H)的水平相对较高。在一些实施例中，第二结构域中不超过约1％-95％(例如，不超过约1％、5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％等)的糖包含2′-F。在一些实施例中，第二结构域中不超过约50％的糖包含2′-F。在一些实施例中，第二结构域包含一个或多个(例如，约1-20，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个等)包含2′-N(R)2修饰的经修饰的糖。在一些实施例中，第二结构域包含一个或多个(例如，约1-20，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个等)包含2′-NH2修饰的经修饰的糖。在一些实施例中，第二结构域包含一个或多个(例如，约1-20，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个等)双环糖，例如LNA糖。在一些实施例中，第二结构域包含一个或多个(例如，约1-20，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个等)无环糖(例如，UNA糖)。
在一些实施例中，第二结构域中不超过约1％-95％(例如，不超过约1％、5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％等)的糖包含2′-MOE。在一些实施例中，第二结构域中不超过约50％的糖包含2′-MOE。在一些实施例中，第二结构域中没有糖包含2′-MOE。
在一些实施例中，第二结构域包含约1-50个(例如，约5、6、7、8、9或10-约10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个，或约5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个等，约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个等)经修饰的核苷酸间键联。在一些实施例中，第二结构域中约5％-100％(例如，约10％-100％、20％-100％、30％-100％、40％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等)的核苷酸间键联是经修饰的核苷酸间键联。在一些实施例中，第二结构域中的每个核苷酸间键联独立地是经修饰的核苷酸间键联。在一些实施例中，每个经修饰的核苷酸间键联独立地是手性核苷酸间键联。在一些实施例中，经修饰的或手性核苷酸间键联是PS键联。在一些实施例中，经修饰的或手性的核苷酸间键联是硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，经修饰的或手性核苷酸间键联是PN键联。在一些实施例中，每个经修饰的或手性核苷酸间键联独立地是PS或PN键联。在一些实施例中，经修饰的或手性的核苷酸间键联是不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，经修饰的或手性的核苷酸间键联是中性核苷酸间键联，例如n001。在一些实施例中，每个经修饰的核苷酸间键联独立地是硫代磷酸酯核苷酸间键联或不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，每个经修饰的核苷酸间键联独立地是硫代磷酸酯核苷酸间键联或中性核苷酸间键联。在一些实施例中，每个经修饰的核苷酸间键联独立地是硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，第二结构域中的至少约1-50个(例如，约5、6、7、8、9或10-约10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个，或约5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个等，约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个等)手性核苷酸间键联是手性控制的。在一些实施例中，第二结构域中至少5％-100％(例如，约10％-100％、20％-100％、30％-100％、40％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等)的手性核苷酸间键联是手性控制的。在一些实施例中，第二结构域中至少5％-100％(例如，约10％-100％、20％-100％、30％-100％、40％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等)的硫代磷酸酯核苷酸间键联是手性控制的。在一些实施例中，每个独立地是手性控制的。在一些实施例中，第二结构域中的至少约1-50个(例如，约5、6、7、8、9或10-约10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个，或约5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个等，约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个等)手性核苷酸间键联是Sp。在一些实施例中，每个独立地是手性控制的。在一些实施例中，第二结构域中的至少约1-50个(例如，约5、6、7、8、9或10-约10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个，或约5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个等，约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个等)硫代磷酸酯核苷酸间键联是Sp。在一些实施例中，第二结构域中至少5％-100％(例如，约10％-100％、20％-100％、30％-100％、40％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等)的手性核苷酸间键联是Sp。在一些实施例中，第二结构域中至少5％-100％(例如，约10％-100％、20％-100％、30％-100％、40％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等)的硫代磷酸酯核苷酸间键联是SP。在一些实施例中，数目为一个或多个。在一些实施例中，数目为2个或更多个。在一些实施例中，数目为3个或更多个。在一些实施例中，数目为4个或更多个。在一些实施例中，数目为5个或更多个。在一些实施例中，数目为6个或更多个。在一些实施例中，数目为7个或更多个。在一些实施例中，数目为8个或更多个。在一些实施例中，数目为9个或更多个。在一些实施例中，数目为10个或更多个。在一些实施例中，数目为11个或更多个。在一些实施例中，数目为12个或更多个。在一些实施例中，数目为13个或更多个。在一些实施例中，数目为14个或更多个。在一些实施例中，数目为15个或更多个。在一些实施例中，百分比为至少约50％。在一些实施例中，百分比为至少约55％。在一些实施例中，百分比为至少约60％。在一些实施例中，百分比为至少约65％。在一些实施例中，百分比为至少约70％。在一些实施例中，百分比为至少约75％。在一些实施例中，百分比为至少约80％。在一些实施例中，百分比为至少约85％。在一些实施例中，百分比为至少约90％。在一些实施例中，百分比为至少约95％。在一些实施例中，百分比为约100％。在一些实施例中，连接两个第二结构域核苷的每个核苷酸间键联独立地是经修饰的核苷酸间键联。在一些实施例中，每个经修饰的核苷酸间键联独立地是手性核苷酸间键联。在一些实施例中，每个经修饰的核苷酸间键联独立地是硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，每个手性核苷酸间键联独立地是硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，每个经修饰的核苷酸间键联独立地是Sp手性核苷酸间键联。在一些实施例中，每个经修饰的核苷酸间键联独立地是Sp硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，每个手性核苷酸间键联独立地是Sp硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，第二结构域的核苷酸间键联与第二结构域的两个核苷键合。在一些实施例中，与第一结构域中的核苷和第二结构域中的核苷键合的核苷酸间键联可以被适当地认为是第二结构域的核苷酸间键联。在一些实施例中，高百分比的Sp核苷酸间键联(例如，相对于Rp核苷酸间键联和/或天然磷酸酯键联)可以提供改善的特性和/或活性，例如，高稳定性和/或高腺苷编辑活性。
在一些实施例中，第二结构域包含一定水平的Rp核苷酸间键联。在一些实施例中，水平为第二结构域中所有核苷酸间键联的约例如约5％-100％、约10％-100％、20％-100％、30％-100％、40％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等。在一些实施例中，水平为第二结构域中所有手性核苷酸间键联的约例如约5％-100％、约10％-100％、20％-100％、30％-100％、40％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等。在一些实施例中，水平为第二结构域中所有手性控制的核苷酸间键联的约例如约5％-100％、约10％-100％、20％-100％、30％-100％、40％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等。在一些实施例中，百分比为约或不超过约50％。在一些实施例中，百分比为至少约55％。在一些实施例中，百分比为至少约60％。在一些实施例中，百分比为至少约65％。在一些实施例中，百分比为至少约70％。在一些实施例中，百分比为至少约75％。在一些实施例中，百分比为至少约80％。在一些实施例中，百分比为至少约85％。在一些实施例中，百分比为至少约90％。在一些实施例中，百分比为至少约95％。在一些实施例中，百分比为约100％。在一些实施例中，百分比为约或不超过约5％。在一些实施例中，百分比为约或不超过约10％。在一些实施例中，百分比为约或不超过约15％。在一些实施例中，百分比为约或不超过约20％。在一些实施例中，百分比为约或不超过约25％。在一些实施例中，百分比为约或不超过约30％。在一些实施例中，百分比为约或不超过约35％。在一些实施例中，百分比为约或不超过约40％。在一些实施例中，百分比为约或不超过约45％。在一些实施例中，百分比为约或不超过约50％。在一些实施例中，约1-50、1-40、1-30、1-25、1-20、1-15、1-10、1-5，例如约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个核苷酸间键联独立地是Rp手性核苷酸间键联。在一些实施例中，数目为约或不大于约1。在一些实施例中，数目为约或不大于约2。在一些实施例中，数目为约或不大于约3。在一些实施例中，数目为约或不大于约4。在一些实施例中，数目为约或不大于约5。在一些实施例中，数目为约或不大于约6。在一些实施例中，数目为约或不大于约7。在一些实施例中，数目为约或不大于约8。在一些实施例中，数目为约或不大于约9。在一些实施例中，数目为约或不大于约10。
在一些实施例中，第二结构域中的每个硫代磷酸酯核苷酸间键联独立地是手性控制的。在一些实施例中，每个独立地是Sp或Rp。在一些实施例中，高水平是如本文所述的Sp。在一些实施例中，第二结构域中的每个硫代磷酸酯核苷酸间键联是手性控制的并且是Sp。在一些实施例中，一个或多个，例如约1-5个(例如，约1、2、3、4或5个)是Rp。
在一些实施例中，第二结构域中的每个硫代磷酸酯核苷酸间键联独立地是手性控制的。在一些实施例中，每个独立地是Sp或Rp。在一些实施例中，高水平是如本文所述的Sp。在一些实施例中，第二结构域中的每个硫代磷酸酯核苷酸间键联是手性控制的并且是Sp。在一些实施例中，一个或多个，例如约1-5个(例如，约1、2、3、4或5个)是Rp。
在一些实施例中，如在某些实例中所展示的，第二结构域包含一个或多个不带负电荷的核苷酸间键联，其各自任选地并且独立地是手性控制的。在一些实施例中，每个不带负电荷的核苷酸间键联独立地是n001。在一些实施例中，手性不带负电荷的核苷酸间键联不是手性控制的。在一些实施例中，每个手性不带负电荷的核苷酸间键联都不是手性控制的。在一些实施例中，手性不带负电荷的核苷酸间键联是手性控制的。在一些实施例中，手性不带负电荷的核苷酸间键联是手性控制的并且是Rp。在一些实施例中，手性不带负电荷的核苷酸间键联是手性控制的并且是Sp。在一些实施例中，每个手性不带负电荷的核苷酸间键联是手性控制的。在一些实施例中，第二结构域中不带负电荷的核苷酸间键联的数目为约1-10，或约1、2、3、4、5、6、7、8、9或10。在一些实施例中，其为约1。在一些实施例中，其为约2。在一些实施例中，其为约3。在一些实施例中，其为约4。在一些实施例中，其为约5。在一些实施例中，两个或更多个不带负电荷的核苷酸间键联是连续的。在一些实施例中，没有两个不带负电荷的核苷酸间键联是连续的。在一些实施例中，第二结构域中的所有不带负电荷的核苷酸间键联都是连续的(例如，3个连续的不带负电荷的核苷酸间键联)。在一些实施例中，不带负电荷的核苷酸间键联，或两个或更多个(例如，约2个、约3个、约4个等)连续的不带负电荷的核苷酸间键联位于第二结构域的3′-末端。在一些实施例中，第二结构域的后两个或三个或四个核苷酸间键联包含至少一个不是不带负电荷的核苷酸间键联的核苷酸间键联。在一些实施例中，第二结构域的后两个或三个或四个核苷酸间键联包含至少一个不是n001的核苷酸间键联。
在一些实施例中，连接第二结构域的后两个核苷的核苷酸间键联是不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，连接第二结构域的后两个核苷的核苷酸间键联是Sp不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，连接第二结构域的后两个核苷的核苷酸间键联是Rp不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，连接第二结构域的后两个核苷的核苷酸间键联是硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，连接第二结构域的后两个核苷的核苷酸间键联是Sp硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，第二结构域的后两个核苷是寡核苷酸的后两个核苷。在一些实施例中，连接第二结构域的前两个核苷的核苷酸间键联是不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，连接第二结构域的前两个核苷的核苷酸间键联是Sp不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，连接第二结构域的前两个核苷的核苷酸间键联是Rp不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，连接第二结构域的前两个核苷的核苷酸间键联是硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，连接第二结构域的前两个核苷的核苷酸间键联是Sp硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，不带负电荷的核苷酸间键联是中性核苷酸间键联，如n001。
在一些实施例中，第二结构域中的一个或多个(例如第二结构域中的所有核苷酸间键联中的约或至少约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、或20个，或约或至少约10％、20％、25％、30％、35％、40％、50％、60％、70％、75％、80％、85％、90％或95％)手性核苷酸间键联不是手性控制的。在一些实施例中，第二结构域中的所有手性核苷酸间键联不是手性控制的。在一些实施例中，第二结构域包含手性控制的核苷酸间键联的一个或多个嵌段和非手性控制的核苷酸间键联的一个或多个嵌段。在一些实施例中，在手性控制的核苷酸间键联的每个嵌段中存在约1-20个，例如约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个手性核苷酸间键联，并且每个独立地是手性控制的。在一些实施例中，在非手性控制的核苷酸间键联的每个嵌段中存在约1-20个，例如约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个手性核苷酸间键联，并且每个独立地是非手性控制的。
在一些实施例中，第二结构域包含一个或多个天然磷酸酯键联。在一些实施例中，第二结构域不含天然磷酸酯键联。
在一些实施例中，第二结构域募集蛋白如ADAR蛋白，促进或有助于该蛋白的募集。在一些实施例中，第二结构域募集蛋白如ADAR蛋白，或促进或有助于与该蛋白的相互作用。在一些实施例中，第二结构域与ADAR的RNA结合结构域(RBD)接触。在一些实施例中，第二结构域与ADAR的具有脱氨酶活性的催化结构域接触。在一些实施例中，多种核碱基、糖和/或核苷酸间键联可与蛋白(例如，ADAR蛋白)的一个或多个残基相互作用。
在一些实施例中，第二结构域包含如本文所述的第一子结构域或由其组成。在一些实施例中，第二结构域包含如本文所述的第二子结构域或由其组成。在一些实施例中，第二结构域包含如本文所述的第三子结构域或由其组成。在一些实施例中，第二结构域从5′至3′包含第一子结构域、第二子结构域和第三子结构域，或由这些结构域组成。下面描述这样的子结构域的某些实施例。
第一子结构域
如本文所述，在一些实施例中，寡核苷酸从5′至3′包含第一结构域和第二结构域。在一些实施例中，第二结构域从5′至3′包含第一子结构域、第二子结构域和第三子结构域或由这些结构域组成。下文以实例描述第一子结构域的某些实施例。在一些实施例中，第一子结构域包含与待修饰(例如，转化成I)的靶腺苷相反的核苷。
在一些实施例中，第一子结构域具有约1-50、1-40、1-30、1-20个(例如，约1、2、3、4、5、6、7、8、9或10-约10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个，或约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个等)核碱基的长度。在一些实施例中，第一子结构域具有约5-30个核碱基的长度。在一些实施例中，第一子结构域具有约10-30个核碱基的长度。在一些实施例中，第一子结构域具有约10-20个核碱基的长度。在一些实施例中，第一子结构域具有约5-15个核碱基的长度。在一些实施例中，第一子结构域具有约13-16个核碱基的长度。在一些实施例中，第一子结构域具有约6-12个核碱基的长度。在一些实施例中，第一子结构域具有约6-9个核碱基的长度。在一些实施例中，第一子结构域具有约1-10个核碱基的长度。在一些实施例中，第一子结构域具有约1-7个核碱基的长度。在一些实施例中，第一子结构域具有1个核碱基的长度。在一些实施例中，第一子结构域具有2个核碱基的长度。在一些实施例中，第一子结构域具有3个核碱基的长度。在一些实施例中，第一子结构域具有4个核碱基的长度。在一些实施例中，第一子结构域具有5个核碱基的长度。在一些实施例中，第一子结构域具有6个核碱基的长度。在一些实施例中，第一子结构域具有7个核碱基的长度。在一些实施例中，第一子结构域具有8个核碱基的长度。在一些实施例中，第一子结构域具有9个核碱基的长度。在一些实施例中，第一子结构域具有10个核碱基的长度。在一些实施例中，第一子结构域具有11个核碱基的长度。在一些实施例中，第一子结构域具有12个核碱基的长度。在一些实施例中，第一子结构域具有13个核碱基的长度。在一些实施例中，第一子结构域具有14个核碱基的长度。在一些实施例中，第一子结构域具有15个核碱基的长度。
在一些实施例中，第一子结构域是第二结构域的约或至少约5％-95％、10％-90％、20％-80％、30％-70％、40％-70％、40％-60％，5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％。在一些实施例中，百分比为约30％-80％。在一些实施例中，百分比为约30％-70％。在一些实施例中，百分比为约40％-60％。在一些实施例中，百分比为约20％。在一些实施例中，百分比为约25％。在一些实施例中，百分比为约30％。在一些实施例中，百分比为约35％。在一些实施例中，百分比为约40％。在一些实施例中，百分比为约45％。在一些实施例中，百分比为约50％。在一些实施例中，百分比为约55％。在一些实施例中，百分比为约60％。在一些实施例中，百分比为约65％。在一些实施例中，百分比为约70％。在一些实施例中，百分比为约75％。在一些实施例中，百分比为约80％。在一些实施例中，百分比为约85％。在一些实施例中，百分比为约90％。
在一些实施例中，当寡核苷酸与靶核酸进行互补性比对时，在第一子结构域中存在一个或多个(例如，1-20，1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个等)错配。在一些实施例中，存在1个错配。在一些实施例中，存在2个错配。在一些实施例中，存在3个错配。在一些实施例中，存在4个错配。在一些实施例中，存在5个错配。在一些实施例中，存在6个错配。在一些实施例中，存在7个错配。在一些实施例中，存在8个错配。在一些实施例中，存在9个错配。在一些实施例中，存在10个错配。
在一些实施例中，当寡核苷酸与靶核酸进行互补性比对时，在第一子结构域中存在一个或多个(例如，1-20，1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个等)摆动。在一些实施例中，存在1个摆动。在一些实施例中，存在2个摆动。在一些实施例中，存在3个摆动。在一些实施例中，存在4个摆动。在一些实施例中，存在5个摆动。在一些实施例中，存在6个摆动。在一些实施例中，存在7个摆动。在一些实施例中，存在8个摆动。在一些实施例中，存在9个摆动。在一些实施例中，存在10个摆动。
在一些实施例中，第一子结构域区域中的寡核苷酸和靶核酸的双链体包含一个或多个凸起，每个凸起独立地包含一个或多个不是摆动的错配。在一些实施例中，存在0-10个(例如，0-1、0-2、0-3、0-4、0-5、0-6、0-7、0-8、0-9、0-10、1-2、1-3、1-4、1-5、1-6、1-7、1-8、1-9、1-10、2-3、2-4、2-5、2-6、2-7、2-8、2-9、2-10、3-4、3-5、3-6、3-7、3-8、3-9、3-10，0、1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个等)凸起。在一些实施例中，数目为0。在一些实施例中，数目为1。在一些实施例中，数目为2。在一些实施例中，数目为3。在一些实施例中，数目为4。在一些实施例中，数目为5。
在一些实施例中，第一子结构域与靶核酸完全互补。
在一些实施例中，第一子结构域包含一个或多个经修饰的核碱基。
在一些实施例中，第一子结构域包含与靶腺苷相反的核苷，例如当寡核苷酸与靶核酸形成双链体时。本文描述了合适的核碱基，包括相反核苷中的经修饰的核碱基。例如，在一些实施例中，相反核碱基是任选地经取代的或被保护的核碱基，其选自C、C的互变异构体、U、U的互变异构体、A、A的互变异构体和是或包含具有以下结构的环BA的核碱基：BA-I、BA-I-a、BA-I-b、BA-I-c、BA-I-d、BA-II、BA-II-a、BA-II-b、BA-II-c、BA-II-d、BA-III、BA-III-a、BA-III-b、BA-III-c、BA-III-d、BA-HI-e、BA-IV、BA-IV-a、BA-IV-b、BA-V、BA-V-a、BA-V-b、或BA-VI、或环BA的互变异构体。
在一些实施例中，第一子结构域包含一个或多个包含两个2′-H的糖(例如，天然DNA糖)。在一些实施例中，第一子结构域包含一个或多个包含2′-OH的糖(例如，天然RNA糖)。在一些实施例中，第一子结构域包含一个或多个经修饰的糖。在一些实施例中，经修饰的糖包含2′-修饰。在一些实施例中，经修饰的糖是双环糖，例如LNA糖。在一些实施例中，经修饰的糖是无环糖(例如，通过断裂相应环糖的C2-C3键)。
在一些实施例中，第一子结构域包含约1-50、1-40、1-30、1-25、1-20、1-15、1-10个(例如，约1、2、3、4、5、6、7、8、9或10-约10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个，或约5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个等，约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个等)经修饰的糖。在一些实施例中，第一子结构域包含约1-50、1-40、1-30、1-25、1-20、1-15、1-10个(例如，约1、2、3、4、5、6、7、8、9或10-约10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个，或约5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个等，约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个等)经修饰的糖，其独立地是双环糖(例如，LNA糖)或2′-OR修饰的糖，其中R独立地是任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，第一子结构域包含约1-50、1-40、1-30、1-25、1-20、1-15、1-10个(例如，约1、2、3、4、5、6、7、8、9或10-约10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个，或约5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个等，约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个等)经修饰的糖，其独立地是2′-OR修饰的糖，其中R独立地是任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，数目为1。在一些实施例中，数目为2。在一些实施例中，数目为3。在一些实施例中，数目为4。在一些实施例中，数目为5。在一些实施例中，数目为6。在一些实施例中，数目为7。在一些实施例中，数目为8。在一些实施例中，数目为9。在一些实施例中，数目为10。在一些实施例中，数目为11。在一些实施例中，数目为12。在一些实施例中，数目为13。在一些实施例中，数目为14。在一些实施例中，数目为15。在一些实施例中，数目为16。在一些实施例中，数目为17。在一些实施例中，数目为18。在一些实施例中，数目为19。在一些实施例中，数目为20。在一些实施例中，R是甲基。
在一些实施例中，第一子结构域中约5％-100％(例如，约10％-100％、20％-100％、30％-100％、40％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等)的所有糖独立地是经修饰的糖。在一些实施例中，第一子结构域中约5％-100％(例如，约10％-100％、20％-100％、30％-100％、40％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等)的所有糖独立地是双环糖(例如，LNA糖)或2′-OR修饰的糖，其中R独立地是任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，第一子结构域中约5％-100％(例如，约10％-100％、20％-100％、30％-100％、40％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等)的所有糖独立地是2′-OR修饰的糖，其中R独立地是任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，百分比为至少约50％。在一些实施例中，百分比为至少约55％。在一些实施例中，百分比为至少约60％。在一些实施例中，百分比为至少约65％。在一些实施例中，百分比为至少约70％。在一些实施例中，百分比为至少约75％。在一些实施例中，百分比为至少约80％。在一些实施例中，百分比为至少约85％。在一些实施例中，百分比为至少约90％。在一些实施例中，百分比为至少约95％。在一些实施例中，百分比为约100％。在一些实施例中，R是甲基。
在一些实施例中，第一子结构域包含约1-50个(例如约5、6、7、8、9、或10-约10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个，或约5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个等，约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、或20个等)独立地具有不是2’-F的修饰的经修饰的糖。在一些实施例中，第一子结构域中约5％-100％(例如约10％-100％、20％-100％、30％-100％、40％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、或100％等)的糖独立地是具有不是2’-F的修饰的经修饰的糖。在一些实施例中，第一子结构域中约50％-100％(例如约50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％.100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、或100％等)的糖独立地是具有不是2’-F的修饰的经修饰糖。在一些实施例中，第一子结构域的经修饰的糖各自独立地选自双环糖(例如LNA糖)、无环糖(例如UNA糖)、具有2’-OR修饰的糖、或具有2’-N(R)2修饰的糖，其中每个R独立地是任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，第一结构域中的每个糖是2’-F修饰的糖。
在一些实施例中，第一子结构域包含约1-50个(例如，约5、6、7、8、9或10-约10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个，或约5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个等，约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个等)经修饰的糖，其独立地选自双环糖(例如，LNA糖)、无环糖(例如，UNA糖)、具有2′-OR修饰的糖或具有2′-N(R)2修饰的糖，其中每个R独立地是任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，第一子结构域中约5％-100％(例如，约10％-100％、20％-100％、30％-100％、40％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等)的糖独立地是选自双环糖(例如，LNA糖)、无环糖(例如，UNA糖)、具有2′-OR修饰的糖或具有2′-N(R)2修饰的糖的经修饰的糖，其中每个R独立地是任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，第一子结构域中约50％-100％(例如，约50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等)的糖独立地是选自双环糖(例如，LNA糖)、无环糖(例如，UNA糖)、具有2′-OR修饰的糖或具有2′-N(R)2修饰的糖的经修饰的糖，其中每个R独立地是任选地经取代的C1-6脂肪族基。
在一些实施例中，第一子结构域中的每个糖独立地包含2′-OR修饰，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基，或2′-O-LB-4′修饰。在一些实施例中，第一子结构域中的每个糖独立地包含2′-OR修饰，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基，或2′-O-LB-4′修饰，其中LB是任选地经取代的-CH2-。在一些实施例中，第一子结构域中的每个糖独立地包含2′-OMe。
在一些实施例中，第一子结构域包含一个或多个2′-F修饰的糖。在一些实施例中，第一子结构域不含2′-F修饰的糖。在一些实施例中，第一子结构域包含一个或多个双环糖和/或2’-OR修饰的糖，其中R不是-H。在一些实施例中，第一子结构域包含一个或多个(例如约1-20个，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个等)2’-OMe修饰的糖。在一些实施例中，第一子结构域包含一个或多个(例如约1-20个，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个等)连续的2’-OMe修饰的糖。在一些实施例中，与2′-F修饰的糖的水平相比，单独或组合的双环糖和/或2′-OR修饰的糖(其中R不是-H)的水平相对较高。在一些实施例中，第一子结构域中不超过约1％-95％(例如，不超过约1％、5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％等)的糖包含2′-F。在一些实施例中，第一子结构域中不超过约50％的糖包含2′-F。在一些实施例中，第一子结构域包含一个或多个(例如，约1-20，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个等)包含2′-N(R)2修饰的经修饰的糖。在一些实施例中，第一子结构域包含一个或多个(例如，约1-20，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个等)包含2′-NH2修饰的经修饰的糖。在一些实施例中，第一子结构域包含一个或多个(例如，约1-20，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个等)双环糖，例如LNA糖。在一些实施例中，第一子结构域包含一个或多个(例如，约1-20，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个等)无环糖(例如，UNA糖)。
在一些实施例中，第一子结构域中不超过约1％-95％(例如，不超过约1％、5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％等)的糖包含2′-MOE。在一些实施例中，第一子结构域中不超过约50％的糖包含2′-MOE。在一些实施例中，第一子结构域中没有糖包含2′-MOE。
在一些实施例中，第一子结构域含有比2’-F修饰的糖更多的2’-OR修饰的糖。在一些实施例中，第一子结构域中的每个糖独立地是2’-OR修饰的糖或2’-F修饰的糖。在一些实施例中，第一子结构域仅含有3个核苷，其中两个独立地是2’-OR修饰的糖，一个是2’-F修饰的糖。在一些实施例中，2’-F修饰的核苷位于第一子结构域的3’-末端并与第二子结构域连接。在一些实施例中，每个2’-OR修饰的糖独立地是2’-OR修饰的糖，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基，或2’-O-LB-4’修饰。在一些实施例中，每个2’-OR修饰的糖独立地是2’-OR修饰的糖，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，每个2’-OR修饰的糖独立地是2’-OMe或2’-MOE修饰的糖。在一些实施例中，每个2’-OR修饰的糖独立地是2’-OMe修饰的糖。在一些实施例中，每个2’-OR修饰的糖独立地是2’-MOE修饰的糖。在一些实施例中，糖是2’-OMe修饰的并且糖是2’-MOE。在一些实施例中，第一子结构域仅含有3个核苷，其为N2、N3和N4。
在一些实施例中，第一子结构域包含约1-50、1-40、1-30、1-25、1-20、1-15、1-10个(例如，约5、6、7、8、9或10-约10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个，或约5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个等，约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个等)经修饰的核苷酸间键联。在一些实施例中，第一子结构域中约5％-100％(例如，约10％-100％、20％-100％、30％-100％、40％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等)的核苷酸间键联是经修饰的核苷酸间键联。在一些实施例中，第一子结构域中的每个核苷酸间键联独立地是经修饰的核苷酸间键联。在一些实施例中，每个经修饰的核苷酸间键联独立地是手性核苷酸间键联。在一些实施例中，经修饰的或手性的核苷酸间键联是硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，经修饰的或手性的核苷酸间键联是不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，经修饰的或手性的核苷酸间键联是中性核苷酸间键联，例如n001。在一些实施例中，每个经修饰的核苷酸间键联独立地是硫代磷酸酯核苷酸间键联或不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，每个经修饰的核苷酸间键联独立地是硫代磷酸酯核苷酸间键联或中性核苷酸间键联。在一些实施例中，每个经修饰的核苷酸间键联独立地是硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，第一子结构域中的至少约1-50、1-40、1-30、1-25、1-20、1-15、1-10个(例如，约5、6、7、8、9或10-约10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个，或约5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个等，约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个等)手性核苷酸间键联是手性控制的。在一些实施例中，第一子结构域中至少5％-100％(例如，约10％-100％、20％-100％、30％-100％、40％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等)的手性核苷酸间键联是手性控制的。在一些实施例中，第一子结构域中至少5％-100％(例如，约10％-100％、20％-100％、30％-100％、40％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等)的硫代磷酸酯核苷酸间键联是手性控制的。在一些实施例中，每个独立地是手性控制的。在一些实施例中，第一子结构域中的至少约1-50、1-40、1-30、1-25、1-20、1-15、1-10个(例如，约5、6、7、8、9或10-约10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个，或约5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个等，约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个等)手性核苷酸间键联是Sp。在一些实施例中，第一子结构域中的至少约1-50、1-40、1-30、1-25、1-20、1-15、1-10个(例如，约5、6、7、8、9或10-约10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个，或约5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个等，约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个等)硫代磷酸酯核苷酸间键联是Sp。在一些实施例中，第一子结构域中至少5％-100％(例如，约10％-100％、20％-100％、30％-100％、40％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等)的手性核苷酸间键联是Sp。在一些实施例中，第一子结构域中至少5％-100％(例如，约10％-100％、20％-100％、30％-100％、40％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％4-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％4、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等)的硫代磷酸酯核苷酸间键联是Sp。在一些实施例中，数目为一个或多个。在一些实施例中，数目为2个或更多个。在一些实施例中，数目为3个或更多个。在一些实施例中，数目为4个或更多个。在一些实施例中，数目为5个或更多个。在一些实施例中，数目为6个或更多个。在一些实施例中，数目为7个或更多个。在一些实施例中，数目为8个或更多个。在一些实施例中，数目为9个或更多个。在一些实施例中，数目为10个或更多个。在一些实施例中，数目为11个或更多个。在一些实施例中，数目为12个或更多个。在一些实施例中，数目为13个或更多个。在一些实施例中，数目为14个或更多个。在一些实施例中，数目为15个或更多个。在一些实施例中，百分比为至少约50％。在一些实施例中，百分比为至少约55％。在一些实施例中，百分比为至少约60％。在一些实施例中，百分比为至少约65％。在一些实施例中，百分比为至少约70％。在一些实施例中，百分比为至少约75％。在一些实施例中，百分比为至少约80％。在一些实施例中，百分比为至少约85％。在一些实施例中，百分比为至少约90％。在一些实施例中，百分比为至少约95％。在一些实施例中，百分比为约100％。在一些实施例中，连接两个第一子结构域核苷的每个核苷酸间键联独立地是经修饰的核苷酸间键联。在一些实施例中，每个经修饰的核苷酸间键联独立地是手性核苷酸间键联。在一些实施例中，每个经修饰的核苷酸间键联独立地是硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，每个手性核苷酸间键联独立地是硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，每个经修饰的核苷酸间键联独立地是Sp手性核苷酸间键联。在一些实施例中，每个经修饰的核苷酸间键联独立地是Sp硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，每个手性核苷酸间键联独立地是Sp硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，第一子结构域的核苷酸间键联与第一子结构域的两个核苷键合。在一些实施例中，与第一子结构域中的核苷和第二子结构域中的核苷键合的核苷酸间键联可以被适当地认为是第一子结构域的核苷酸间键联。在一些实施例中，与第一子结构域中的核苷和第二子结构域中的核苷键合的核苷酸间键联是经修饰的核苷酸间键联；在一些实施例中，其是手性核苷酸间键联；在一些实施例中，其是手性控制的；在一些实施例中，其是Rp；在一些实施例中，其是Sp。
在一些实施例中，第一子结构域包含一定水平的Rp核苷酸间键联。在一些实施例中，水平为第一子结构域中的所有核苷酸间键联的约例如约5％-100％、约10％-100％、20％-100％、30％-100％、40％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等。在一些实施例中，水平为第一子结构域中的所有手性核苷酸间键联的约例如约5％-100％、约10％-100％、20％-100％、30％-100％、40％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、750％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等。在一些实施例中，水乎为第一子结构域中的所有手性控制的核苷酸间键联的约例如约5％-100％、约10％-100％、20％-100％、30％-100％、40％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等。在一些实施例中，百分比为约或不超过约50％。在一些实施例中，百分比为至少约55％。在一些实施例中，百分比为至少约60％。在一些实施例中，百分比为至少约65％。在一些实施例中，百分比为至少约70％。在一些实施例中，百分比为至少约75％。在一些实施例中，百分比为至少约80％。在一些实施例中，百分比为至少约85％。在一些实施例中，百分比为至少约90％。在一些实施例中，百分比为至少约95％。在一些实施例中，百分比为约100％。在一些实施例中，百分比为约或不超过约5％。在一些实施例中，百分比为约或不超过约10％。在一些实施例中，百分比为约或不超过约15％。在一些实施例中，百分比为约或不超过约20％。在一些实施例中，百分比为约或不超过约25％。在一些实施例中，百分比为约或不超过约30％。在一些实施例中，百分比为约或不超过约35％。在一些实施例中，百分比为约或不超过约40％。在一些实施例中，百分比为约或不超过约45％。在一些实施例中，百分比为约或不超过约50％。在一些实施例中，约1-50、1-40、1-30、1-25、1-20、1-15、1-10、1-5，例如约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个核苷酸间键联独立地是Rp手性核苷酸间键联。在一些实施例中，数目为约或不大于约1。在一些实施例中，数目为约或不大于约2。在一些实施例中，数目为约或不大于约3。在一些实施例中，数目为约或不大于约4。在一些实施例中，数目为约或不大于约5。在一些实施例中，数目为约或不大于约6。在一些实施例中，数目为约或不大于约7。在一些实施例中，数目为约或不大于约8。在一些实施例中，数目为约或不大于约9。在一些实施例中，数目为约或不大于约10。
在一些实施例中，第一子结构域中的每个硫代磷酸酯核苷酸间键联独立地是手性控制的。在一些实施例中，每个独立地是Sp或Rp。在一些实施例中，高水平是如本文所述的Sp。在一些实施例中，第一子结构域中的每个硫代磷酸酯核苷酸间键联是手性控制的并且是Sp。在一些实施例中，一个或多个，例如约1-5个(例如，约1、2、3、4或5个)是Rp。
在一些实施例中，如在某些实例中所展示的，第一子结构域包含一个或多个不带负电荷的核苷酸间键联，其各自任选地并且独立地是手性控制的。在一些实施例中，每个不带负电荷的核苷酸间键联独立地是n001。在一些实施例中，手性不带负电荷的核苷酸间键联不是手性控制的。在一些实施例中，每个手性不带负电荷的核苷酸间键联都不是手性控制的。在一些实施例中，手性不带负电荷的核苷酸间键联是手性控制的。在一些实施例中，手性不带负电荷的核苷酸间键联是手性控制的并且是Rp。在一些实施例中，手性不带负电荷的核苷酸间键联是手性控制的并且是Sp。在一些实施例中，每个手性不带负电荷的核苷酸间键联是手性控制的。在一些实施例中，第一子结构域中不带负电荷的核苷酸间键联的数目为约1-10，或约1、2、3、4、5、6、7、8、9或10。在一些实施例中，其为约1。在一些实施例中，其为约2。在一些实施例中，其为约3。在一些实施例中，其为约4。在一些实施例中，其为约5。在一些实施例中，两个或更多个不带负电荷的核苷酸间键联是连续的。在一些实施例中，没有两个不带负电荷的核苷酸间键联是连续的。在一些实施例中，第一子结构域中的所有不带负电荷的核苷酸间键联都是连续的(例如，3个连续的不带负电荷的核苷酸间键联)。在一些实施例中，不带负电荷的核苷酸间键联，或两个或更多个(例如，约2个、约3个、约4个等)连续的不带负电荷的核苷酸间键联位于第一子结构域的3′-末端。在一些实施例中，第一子结构域的后两个或三个或四个核苷酸间键联包含至少一个不是不带负电荷的核苷酸间键联的核苷酸间键联。在一些实施例中，第一子结构域的后两个或三个或四个核苷酸间键联包含至少一个不是n001的核苷酸间键联。在一些实施例中，连接第一子结构域的后两个核苷的核苷酸间键联是不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，连接第一子结构域的后两个核苷的核苷酸间键联是Sp不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，连接第一子结构域的后两个核苷的核苷酸间键联是Rp不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，连接第一子结构域的后两个核苷的核苷酸间键联是硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，连接第一子结构域的后两个核苷的核苷酸间键联是Sp硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，连接第一子结构域的前两个核苷的核苷酸间键联是不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，连接第一子结构域的前两个核苷的核苷酸间键联是Sp不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，连接第一子结构域的前两个核苷的核苷酸间键联是Rp不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，连接第一子结构域的前两个核苷的核苷酸间键联是硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，连接第一子结构域的前两个核苷的核苷酸间键联是Sp硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，不带负电荷的核苷酸间键联是中性核苷酸间键联，如n001。
在一些实施例中，第一子结构域包含一个或多个天然磷酸酯键联。在一些实施例中，第一子结构域不含天然磷酸酯键联。在一些实施例中，一个或多个2’-OR修饰的糖(其中R不是-H)独立地与天然磷酸酯键联键合。在一些实施例中，一个或多个2’-OR修饰的糖(其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基)独立地与天然磷酸酯键联键合。在一些实施例中，一个或多个2’-OMe修饰的糖独立地与天然磷酸酯键联键合。在一些实施例中，一个或多个2’-MOE修饰的糖独立地与天然磷酸酯键联键合。在一些实施例中，每个2’-MOE修饰的糖独立地与天然磷酸酯键联键合。在一些实施例中，50％或更多(例如50％-100％、50％-90％、50％-80％，或约50％、60％、66％、70％、75％、80％、90％或更多)的2’-OR修饰的糖(其中R不是-H)独立地与天然磷酸酯键联键合。在一些实施例中，50％或更多(例如50％-100％、50％-90％、50％-80％，或约50％、60％、66％、70％、75％、80％、90％或更多)的2’-OMe修饰的糖独立地与天然磷酸酯键联键合。在一些实施例中，50％或更多(例如50％-100％、50％-90％、50％-80％，或约50％、60％、66％、70％、75％、80％、90％或更多)的2’-MOE修饰的糖独立地与天然磷酸酯键联键合。在一些实施例中，50％或更多(例如50％-100％、50％-90％、50％-80％，或约50％、60％、66％、70％、75％、80％、90％或更多)的与两个2’-OR修饰的糖键合的核苷酸间键联独立地是天然磷酸酯键联。在一些实施例中，50％或更多(例如50％-100％、50％-90％、50％-80％，或约50％、60％、66％、70％、75％、80％、90％或更多)的与两个2’-OMe或2’-MOE修饰的糖键合的核苷酸间键联独立地是天然磷酸酯键联。
在一些实施例中，第一子结构域包含5′-末端部分，例如具有约1-20、1-15、1-10、3-8或约1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个核碱基的长度的部分。在一些实施例中，5′-末端部分具有约3-6个核碱基的长度。在一些实施例中，长度为一个核碱基。在一些实施例中，长度为2个核碱基。在一些实施例中，长度为3个核碱基。在一些实施例中，长度为4个核碱基。在一些实施例中，长度为5个核碱基。在一些实施例中，长度为6个核碱基。在一些实施例中，长度为7个核碱基。在一些实施例中，长度为8个核碱基。在一些实施例中，长度为9个核碱基。在一些实施例中，长度为10个核碱基。在一些实施例中，5′-末端部分包含第一子结构域的5′-末端核碱基。
在一些实施例中，5′-末端部分包含一个或多个具有两个2′-H的糖(例如，天然DNA糖)。在一些实施例中，5′-末端部分包含一个或多个具有2′-OH的糖(例如，天然RNA糖)。在一些实施例中，5’-末端部分中的糖的一个或多个(例如，约1-20、1-15、1-10、3-8或约1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个)独立地是经修饰的糖。在一些实施例中，5′-末端部分中约5％-100％(例如，约10％-100％、20-100％、30％-100％、40％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％一90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等)的糖独立地是经修饰的糖。在一些实施例中，每个糖独立地是经修饰的糖。在一些实施例中，经修饰的糖独立地选自双环糖(例如，LNA糖)、无环糖(例如，UNA糖)、具有2′-OR修饰的糖或具有2′-N(R)2修饰的糖，其中每个R独立地是任选地经取代的C1-6脂肪族基。
在一些实施例中，一个或多个经修饰的糖独立地包含2′-F或2′-OR，其中R独立地是任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，一个或多个经修饰的糖独立地是2′-F或2′-OMe。在一些实施例中，5′-末端部分中的每个经修饰的糖独立地是双环糖(例如，LNA糖)或具有2′-OR修饰的糖(其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基)。在一些实施例中，5′-末端部分中的每个经修饰的糖独立地是双环糖(例如，LNA糖)或具有2′-OR修饰的糖(其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基)。在一些实施例中，5′-末端部分中的每个经修饰的糖独立地是具有2′-OR修饰的糖，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，R是甲基。
在一些实施例中，5’-末端部分的一个或多个(例如，约1-10个，或约1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个)核苷酸间键联独立地是经修饰的核苷酸间键联。在一些实施例中，5’-末端部分的一个或多个(例如，约1-10个，或约1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个)核苷酸间键联独立地是手性核苷酸间键联。在一些实施例中，5’-末端部分的一个或多个(例如，约1-10个，或约1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个)核苷酸间键联独立地是手性控制的核苷酸间键联。在一些实施例中，5’-末端部分的一个或多个(例如，约1-10个，或约1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个)核苷酸间键联是Rp。在一些实施例中，5’-末端部分的一个或多个(例如，约1-10个，或约1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个)核苷酸间键联是Sp。在一些实施例中，5′-末端部分的每个核苷酸间键联是Sp。
在一些实施例中，5′-末端部分包含如本文所述的一个或多个(例如，约1-10个，或约1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个)错配。在一些实施例中，5′-末端部分包含如本文所述的一个或多个(例如，约1-10个，或约1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个)摆动。在一些实施例中，5′-末端部分与靶核酸约60％-100％(例如，66％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或更多)互补。在一些实施例中，互补性为60％或更高。在一些实施例中，互补性为70％或更高。在一些实施例中，互补性为75％或更高。在一些实施例中，互补性为80％或更高。在一些实施例中，互补性为90％或更高。
在一些实施例中，第一子结构域包含3′-末端部分，例如具有约1-20、1-15、1-10、1-5、1-3、3-8或约1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个核碱基的长度的部分。在一些实施例中，3′-末端部分具有约1-3个核碱基的长度。在一些实施例中，长度为一个核碱基。在一些实施例中，长度为2个核碱基。在一些实施例中，长度为3个核碱基。在一些实施例中，长度为4个核碱基。在一些实施例中，长度为5个核碱基。在一些实施例中，长度为6个核碱基。在一些实施例中，长度为7个核碱基。在一些实施例中，长度为8个核碱基。在一些实施例中，长度为9个核碱基。在一些实施例中，长度为10个核碱基。在一些实施例中，3′-末端部分包含第一子结构域的3′-末端核碱基。在一些实施例中，第一子结构域包含5′-末端部分和3′-末端部分或由其组成。
在一些实施例中，5′-末端部分包含一个或多个具有两个2′-H的糖(例如，天然DNA糖)。在一些实施例中，5′-末端部分包含一个或多个具有2′-OH的糖(例如，天然RNA糖)。在一些实施例中，3′-末端部分中的糖的一个或多个(例如，约1-20、1-15、1-10、3-8或约1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个)独立地是经修饰的糖。在一些实施例中，3′-末端部分中约5％-100％(例如，约10％-100％、20％-100％、30％-100％、40％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等)的糖独立地是经修饰的糖。在一些实施例中，每个糖独立地是经修饰的糖。在一些实施例中，经修饰的糖独立地选自双环糖(例如，LNA糖)、无环糖(例如，UNA糖)、具有2′-OR修饰的糖或具有2′-N(R)2修饰的糖，其中每个R独立地是任选地经取代的C1-6脂肪族基。
在一些实施例中，一个或多个经修饰的糖独立地包含2′-F或2′-OR，其中R独立地是任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，一个或多个经修饰的糖独立地是2′-F或2′-OMe。在一些实施例中，5′-末端部分中的每个经修饰的糖独立地是双环糖(例如，LNA糖)或具有2′-OR修饰的糖(其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基)。在一些实施例中，5′-末端部分中的每个经修饰的糖独立地是双环糖(例如，LNA糖)或具有2′-OR修饰的糖(其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基)。在一些实施例中，5′-末端部分中的每个经修饰的糖独立地是具有2′-OR修饰的糖，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，R是甲基。
在一些实施例中，与5′-末端部分相比，3′-末端部分含有更高水平(数量和/或百分比)的2′-F修饰的糖和/或含有两个2′-H的糖(例如，天然DNA糖)，和/或更低水平(数量和/或百分比)的其他类型的经修饰的糖，例如，双环糖和/或具有2′-OR修饰的糖，其中R独立地是任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，与5′-末端部分相比，3′-末端部分含有更高水平的2′-F修饰的糖和/或更低水平的2′-OR修饰的糖，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，与5′-末端部分相比，3′-末端部分含有更高水平的2′-F修饰的糖和/或更低水平的2′-OMe修饰的糖。在一些实施例中，与5′-末端部分相比，3′-末端部分含有更低水平的2′-F修饰的糖和/或更高水平的2′-OR修饰的糖，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，与5′-末端部分相比，3′-末端部分含有更低水平的2′-F修饰的糖和/或更高水平的2′-OMe修饰的糖。在一些实施例中，与5′-末端部分相比，3′-末端部分含有更高水平的天然DNA糖和/或更低水平的2′-OR修饰的糖，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，与5′-末端部分相比，3′-末端部分含有更高水平的天然DNA糖和/或更低水平的2′-OMe修饰的糖。在一些实施例中，3′-末端部分含有低水平的(例如，不超过50％、40％、30％、25％、20％或10％的，或不超过1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个)作为双环糖或含有2′-OR的糖的经修饰的糖(其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基(例如，甲基))。在一些实施例中，3′-末端部分不含作为双环糖或包含2′-OR的糖的经修饰的糖(其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基(例如，甲基))。
在一些实施例中，一个或多个经修饰的糖独立地包含2′-F。在一些实施例中，没有经修饰的糖包含2′-OMe或其他2′-OR修饰，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，3′-末端部分的每个糖独立地包含两个2′-H或2′-F修饰。在一些实施例中，3′-末端部分包含1、2、3、4或5个2′-F修饰的糖。在一些实施例中，3′-末端部分包含1-3个2′-F修饰的糖。在一些实施例中，3′-末端部分包含1、2、3、4或5个天然DNA糖。在一些实施例中，3′-末端部分包含1-3个天然DNA糖。
在一些实施例中，3′-末端部分的一个或多个(例如，约1-10个，或约1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个)核苷酸间键联独立地是经修饰的核苷酸间键联。在一些实施例中，3′-末端部分的一个或多个(例如，约1-10个，或约1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个)核苷酸间键联独立地是手性核苷酸间键联。在一些实施例中，3′-末端部分的一个或多个(例如，约1-10个，或约1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个)核苷酸间键联独立地是手性控制的核苷酸间键联。在一些实施例中，3′-末端部分的一个或多个(例如，约1-10个，或约1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个)核苷酸间键联是Rp。在一些实施例中，3′-末端部分的一个或多个(例如，约1-10个，或约1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个)核苷酸间键联是Sp。在一些实施例中，3′-末端部分的每个核苷酸间键联是Sp。在一些实施例中，与5′-末端部分相比，3′-末端部分含有更高水平(数量和/或百分比)的Rp核苷酸间键联和/或天然磷酸酯键联。
在一些实施例中，3’-末端部分包含如本文所述的一个或多个(例如，约1-10个，或约1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个)错配。在一些实施例中，3’-末端部分包含如本文所述的一个或多个(例如，约1-10个，或约1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个)摆动。在一些实施例中，3′-末端部分与靶核酸约60％-100％(例如，66％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或更多)互补。在一些实施例中，互补性为60％或更高。在一些实施例中，互补性为70％或更高。在一些实施例中，互补性为75％或更高。在一些实施例中，互补性为80％或更高。在一些实施例中，互补性为90％或更高。
在一些实施例中，第一子结构域募集蛋白如ADAR蛋白(例如，ADAR1、ADAR2等)，促进或有助于该蛋白的募集。在一些实施例中，第一子结构域募集蛋白(如ADAR蛋白)，或促进或有助于与该蛋白的相互作用。在一些实施例中，第一子结构域与ADAR的RNA结合结构域(RBD)接触。在一些实施例中，第一子结构域与ADAR的具有脱氨酶活性的催化结构域接触。在一些实施例中，第一子结构域与ADAR1的具有脱氨酶活性的结构域接触。在一些实施例中，第一子结构域与ADAR2的具有脱氨酶活性的结构域接触。在一些实施例中，第一子结构域的多种核碱基、糖和/或核苷酸间键联可与蛋白(例如，ADAR蛋白)的一个或多个残基相互作用。
第二子结构域
如本文所述，在一些实施例中，寡核苷酸从5′至3′包含第一结构域和第二结构域。在一些实施例中，第二结构域从5′至3′包含第一子结构域、第二子结构域和第三子结构域或由这些结构域组成。下文以实例描述第二子结构域的某些实施例。在一些实施例中，第二子结构域包含与待修饰(例如，转化成I)的靶腺苷相反的核苷。在一些实施例中，第二子结构域包含一个且不多于一个与靶腺苷相反的核苷。在一些实施例中，与寡核苷酸的靶腺苷相反的每个核苷均在第二子结构域中。
在一些实施例中，第二子结构域具有约1-10、1-5、1-3或约1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个核碱基的长度。在一些实施例中，第二子结构域具有约1-10个核碱基的长度。在一些实施例中，第二子结构域具有约1-5个核碱基的长度。在一些实施例中，第二子结构域具有约1-3个核碱基的长度。在一些实施例中，第二子结构域具有1个核碱基的长度。在一些实施例中，第二子结构域具有2个核碱基的长度。在一些实施例中，第二子结构域具有3个核碱基的长度。在一些实施例中，第二子结构域中的所有核苷均是5’-N1N0N-1-3’。
在一些实施例中，当寡核苷酸与靶核酸进行互补性比对时，在第二子结构域中存在一个或多个(例如，1-20，1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个等)错配。在一些实施例中，存在1个错配。在一些实施例中，存在2个错配。在一些实施例中，存在3个错配。在一些实施例中，存在4个错配。在一些实施例中，存在5个错配。在一些实施例中，存在6个错配。在一些实施例中，存在7个错配。在一些实施例中，存在8个错配。在一些实施例中，存在9个错配。在一些实施例中，存在10个错配。
在一些实施例中，第二子结构域包含一个且不多于一个错配。在一些实施例中，第二子结构域包含两个且不多于两个错配。在一些实施例中，第二子结构域包含两个且不超过两个错配，其中一个错配位于靶腺苷和其相反核苷之间，和/或一个错配位于与靶腺苷相邻的核苷和其在寡核苷酸中的相应核苷之间。在一些实施例中，位于与靶腺苷相邻的核苷和其在寡核苷酸中的相应核苷之间的错配是摆动。在一些实施例中，摆动是I-C。在一些实施例中，C与靶腺苷相邻，例如紧邻其3′侧。
在一些实施例中，当寡核苷酸与靶核酸进行互补性比对时，在第二子结构域中存在一个或多个(例如，1-20，1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个等)摆动。在一些实施例中，存在1个摆动。在一些实施例中，存在2个摆动。在一些实施例中，存在3个摆动。在一些实施例中，存在4个摆动。在一些实施例中，存在5个摆动。在一些实施例中，存在6个摆动。在一些实施例中，存在7个摆动。在一些实施例中，存在8个摆动。在一些实施例中，存在9个摆动。在一些实施例中，存在10个摆动。
在一些实施例中，第二子结构域区域中的寡核苷酸和靶核酸的双链体包含一个或多个凸起，每个凸起独立地包含一个或多个不是摆动的错配。在一些实施例中，存在0-10个(例如，0-1、0-2、0-3、0-4、0-5、0-6、0-7、0-8、0-9、0-10、1-2、1-3、1-4、1-5、1-6、1-7、1-8、1-9、1-10、2-3、2-4、2-5、2-6、2-7、2-8、2-9、2-10、3-4、3-5、3-6、3-7、3-8、3-9、3-10，0、1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个等)凸起。在一些实施例中，数目为0。在一些实施例中，数目为1。在一些实施例中，数目为2。在一些实施例中，数目为3。在一些实施例中，数目为4。在一些实施例中，数目为5。
在一些实施例中，第二子结构域与靶核酸完全互补。
在一些实施例中，第二子结构域包含一个或多个经修饰的核碱基。
在一些实施例中，第二子结构域包含与靶腺苷相反的核苷，例如当寡核苷酸与靶核酸形成双链体时。本文描述了合适的核碱基，包括相反核苷中的经修饰的核碱基。例如，在一些实施例中，相反核碱基是任选地经取代的或被保护的核碱基，其选自C、C的互变异构体、U、U的互变异构体、A、A的互变异构体和是或包含具有以下结构的环BA的核碱基：BA-I、BA-I-a、BA-I-b、BA-I-c、BA-I-d、BA-II、BA-II-a、BA-II-b、BA-II-c、BA-II-d、BA-III、BA-III-a、BA-III-b、BA-III-c、BA-III-d、BA-III-e、BA-IV、BA-IV-a、BA-IV-b、BA-V、BA-V-a、BA-V-b、或BA-VI、或环BA的互变异构体。例如，在一些实施例中，相反核碱基选自 在一些实施例中，相反核碱基是在一些实施例中，相反核碱基是在一些实施例中，相反核碱基是在一些实施例中，相反核碱基是在一些实施例中，相反核碱基是在一些实施例中，相反核碱基是在一些实施例中，相反核碱基是在一些实施例中，相反核碱基是在一些实施例中，相反核碱基是在一些实施例中，相反核碱基是在一些实施例中，相反核碱基是在一些实施例中，相反核碱基是
在一些实施例中，第二子结构域包含与相反核碱基相邻的经修饰的核碱基。在一些实施例中，其在5′侧。在一些实施例中，其在3′侧。在一些实施例中，在每一侧上独立地存在经修饰的核碱基。尤其是，本披露认识到邻近(例如，与其相邻)相反核碱基的核碱基可引起对靶核酸、寡核苷酸和/或其双链体的识别、结合、相互作用和/或修饰的破坏(例如，空间位阻)。在一些实施例中，破坏与相邻的G相关。在一些实施例中，本披露提供了可以代替G并且提供与G相比改善的稳定性和/或活性的核碱基。例如，在一些实施例中，相邻核碱基(例如，相反核苷的3′-紧邻核苷)是次黄嘌呤(代替G以减少破坏(例如，空间位阻)和/或与C形成摆动碱基配对)。在一些实施例中，相邻核碱基是次黄嘌呤的衍生物。在一些实施例中，3′-紧邻核苷包含是或包含具有式BA-VI结构的环BA的核碱基。在一些实施例中，相邻的核碱基是在一些实施例中，相邻的核碱基是在一些实施例中，其是c7In。在一些实施例中，其是c39z48In。在一些实施例中，其是z2c3In。
在一些实施例中，第二子结构域包含一个或多个包含两个2′-H的糖(例如，天然DNA糖)。在一些实施例中，第二子结构域包含一个或多个包含2′-OH的糖(例如，天然RNA糖)。在一些实施例中，第二子结构域包含一个或多个经修饰的糖。在一些实施例中，经修饰的糖包含2′-修饰。在一些实施例中，经修饰的糖是双环糖，例如LNA糖。在一些实施例中，经修饰的糖是无环糖(例如，通过断裂相应环糖的C2-C3键)。在一些实施例中，相反核苷包含无环糖如UNA糖。在一些实施例中，这样的无环糖为蛋白对靶腺苷进行修饰提供了灵活性。
在一些实施例中，第二子结构域包含约1-10(例如，约1、2、3、4、5、6、7、8、9或10)个经修饰的糖，这些经修饰的糖独立地选自双环糖(例如，LNA糖)、无环糖(例如，UNA糖)、具有2′-OR修饰的糖或具有2′-N(R)2修饰的糖，其中每个R独立地是任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，第二子结构域中约5％-100％(例如，约10％-100％、20％-100％、30％-100％、40％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等)的糖独立地是选自双环糖(例如，LNA糖)、无环糖(例如，UNA糖)、具有2′-OR修饰的糖或具有2′-N(R)2修饰的糖的经修饰的糖，其中每个R独立地是任选地经取代的C1-6脂肪族基。
在一些实施例中，第二子结构域中的低水平的(例如，不超过50％、40％、30％、25％、20％或10％的，或不超过1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个)糖独立地包含2′-OR修饰，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基，或2′-O-LB-4′修饰。在一些实施例中，第二子结构域中的每个糖独立地不含2′-OR修饰，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基，或2′-O-LB-4′修饰，其中LB是任选地经取代的-CH2-。在一些实施例中，第二子结构域中的每个糖独立地不含2′-OMe。
在一些实施例中，第二子结构域中的高水平的(例如，超过50％、60％、70％、80％、90％、或95％、99％，或超过10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个)糖独立地包含2′-OR修饰，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基，或2′-O-LB-4′修饰。在一些实施例中，第二子结构域中的每个糖独立地含有2′-OR修饰，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基，或2′-O-LB-4′修饰，其中LB是任选地经取代的-CH2-。在一些实施例中，第二子结构域中的每个糖独立地包含2’-OMe。
在一些实施例中，第二子结构域包含一个或多个2′-F修饰的糖。
在一些实施例中，第二子结构域中的高水平(例如，约60％-100％，或约60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或更多，或100％)的或所有的糖独立地是2′-F修饰的糖、包含两个2′-H的糖(例如，天然DNA糖)、或包含2′-OH的糖(例如，天然RNA糖)。在一些实施例中，第二子结构域中的高水平(例如，约60％-100％，或约60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或更多，或100％)的或所有的糖独立地是2′-F修饰的糖、天然DNA糖或天然RNA糖。在一些实施例中，第二子结构域中的高水平(例如，约60％-100％，或约60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或更多，或100％)的或所有的糖独立地是2′-F修饰的糖和天然DNA糖。在一些实施例中，水平为100％。在一些实施例中，第二子结构域包含1、2、3、4或5个2′-F修饰的糖。在一些实施例中，第二子结构域包含1、2、3、4或5个包含两个2′-H的糖。在一些实施例中，第二子结构域包含1、2、3、4或5个天然DNA糖。在一些实施例中，第二子结构域包含1、2、3、4或5个包含2′-OH的糖。在一些实施例中，第二子结构域包含1、2、3、4或5个天然RNA糖。在一些实施例中，数目为1。在一些实施例中，数目为2。在一些实施例中，数目为3。在一些实施例中，数目为4。在一些实施例中，数目为5。
在一些实施例中，第二子结构域中的低水平的(例如，不超过50％、40％、30％、25％、20％或10％的，或不超过1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个)糖独立地包含2’-F修饰。在一些实施例中，第二子结构域中的每个糖独立地不含2’-F修饰。在一些实施例中，第二子结构域中的每个糖独立地不含2’-F。
在一些实施例中，与靶腺苷相反的核苷的糖(“相反糖”)、与相反核苷5′-相邻的核苷的糖(“5′-相邻糖”)和/或与相反核苷3′-相邻的核苷的糖(“3-相邻糖”)独立地且任选地是2′-F修饰的糖、包含两个2′-H的糖(例如，天然DNA糖)或包含2′-OH的糖(例如，天然RNA糖)。在一些实施例中，相反糖是2′-F修饰的糖。在一些实施例中，相反糖是包含两个2′-H的糖。在一些实施例中，相反糖是天然DNA糖。在一些实施例中，相反糖是包含2′-OH的糖。在一些实施例中，相反糖是天然RNA糖。在一些实施例中，相反糖是[fana]。在一些实施例中，相反糖是[thpyr]。例如，在一些实施例中，寡核苷酸中的5′-相邻糖、相反糖和3′-相邻糖各自独立地是天然DNA糖。在一些实施例中，5′-相邻糖是2′-F修饰的糖，并且相反糖和3′-相邻糖各自独立地是天然DNA糖。
在一些实施例中，5′-相邻糖是2′-F修饰的糖。在一些实施例中，5′-相邻糖是包含两个2′-H的糖。在一些实施例中，5′-相邻糖是天然DNA糖。在一些实施例中，5′-相邻糖是包含2′-OH的糖。在一些实施例中，5′-相邻糖是天然RNA糖。
在一些实施例中，3′-相邻糖是2′-F修饰的糖。在一些实施例中，3′-相邻糖是包含两个2′-H的糖。在一些实施例中，3′-相邻糖是天然DNA糖。在一些实施例中，3′-相邻糖是包含2′-OH的糖。在一些实施例中，3′-相邻糖是天然RNA糖。在一些实施例中，3’-相邻糖是[fana]。在一些实施例中，3’-相邻糖是[thpyr]。
在一些实施例中，第二子结构域中不超过约1％-95％(例如，不超过约1％、5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％等)的糖包含2′-MOE。在一些实施例中，第二子结构域中不超过约50％的糖包含2′-MOE。在一些实施例中，第二子结构域中没有糖包含2′-MOE。
在一些实施例中，第二子结构域包含约1-10(例如，约1-5、1-4、1-3，约1、2、3、4、5、6、7、8、9或10)个经修饰的核苷酸间键联。在一些实施例中，第二子结构域中约5％-100％(例如，约10％-100％、20％-100％、30％-100％、40％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等)的核苷酸间键联是经修饰的核苷酸间键联。在一些实施例中，第二子结构域中的每个核苷酸间键联独立地是经修饰的核苷酸间键联。在一些实施例中，每个经修饰的核苷酸间键联独立地是手性核苷酸间键联。在一些实施例中，经修饰的或手性的核苷酸间键联是硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，经修饰的或手性的核苷酸间键联是不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，经修饰的或手性的核苷酸间键联是中性核苷酸间键联，例如n001。在一些实施例中，每个经修饰的核苷酸间键联独立地是硫代磷酸酯核苷酸间键联或不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，每个经修饰的核苷酸间键联独立地是硫代磷酸酯核苷酸间键联或中性核苷酸间键联。在一些实施例中，每个经修饰的核苷酸间键联独立地是硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，第二子结构域中的至少约1-10(例如，约1-5、1-4、1-3，约1、2、3、4、5、6、7、8、9或10)个手性核苷酸间键联是手性控制的。在一些实施例中，第二子结构域中至少5％-100％(例如，约10％-100％、20％-100％、30％-100％、40％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等)的手性核苷酸间键联是手性控制的。在一些实施例中，第二子结构域中至少5％-100％(例如，约10％-100％、20％-100％、30％-100％、40％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等)的硫代磷酸酯核苷酸间键联是手性控制的。在一些实施例中，每个独立地是手性控制的。在一些实施例中，第二子结构域中的至少约1-10个(例如，约1-5、1-4、1-3，约1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个)手性核苷酸间键联是Sp。在一些实施例中，第二子结构域中的至少约1-10个(例如，约1-5、1-4、1-3，约1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个)硫代磷酸酯核苷酸间键联是Sp。在一些实施例中，第二子结构域中至少5％-100％(例如，约10％-100％、20％-100％、30％-100％、40％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等)的手性核苷酸间键联是Sp。在一些实施例中，第二子结构域中至少5％-100％(例如，约10％-100％、20％-100％、30％-100％、40％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等)的硫代磷酸酯核苷酸间键联是Sp。在一些实施例中，数目为一个或多个。在一些实施例中，数目为2个或更多个。在一些实施例中，数目为3个或更多个。在一些实施例中，数目为4个或更多个。在一些实施例中，百分比为至少约50％。在一些实施例中，百分比为至少约55％。在一些实施例中，百分比为至少约60％。在一些实施例中，百分比为至少约65％。在一些实施例中，百分比为至少约70％。在一些实施例中，百分比为至少约75％。在一些实施例中，百分比为至少约80％。在一些实施例中，百分比为至少约85％。在一些实施例中，百分比为至少约90％。在一些实施例中，百分比为至少约95％。在一些实施例中，百分比为约100％。在一些实施例中，连接两个第二子结构域核苷的每个核苷酸间键联独立地是经修饰的核苷酸间键联。在一些实施例中，每个经修饰的核苷酸间键联独立地是手性核苷酸间键联。在一些实施例中，每个经修饰的核苷酸间键联独立地是硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，每个手性核苷酸间键联独立地是硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，每个经修饰的核苷酸间键联独立地是Sp手性核苷酸间键联。在一些实施例中，每个经修饰的核苷酸间键联独立地是Sp硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，每个手性核苷酸间键联独立地是Sp硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，第二子结构域的核苷酸间键联与第二子结构域的两个核苷键合。在一些实施例中，与第二子结构域中的核苷和第一子结构域或第三子结构域中的核苷键合的核苷酸间键联可以被适当地认为是第二子结构域的核苷酸间键联。在一些实施例中，与第二子结构域中的核苷和第一子结构域或第三子结构域中的核苷键合的核苷酸间键联是经修饰的核苷酸间键联；在一些实施例中，其是手性核苷酸间键联；在一些实施例中，其是手性控制的；在一些实施例中，其是Rp；在一些实施例中，其是Sp。
在一些实施例中，第二子结构域包含一定水平的Rp核苷酸间键联。在一些实施例中，水平为第二子结构域中的所有核苷酸间键联的约例如约5％-100％、约10％-100％、20％-100％、30％-100％、40％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等。在一些实施例中，水平为第二子结构域中的所有手性核苷酸间键联的约例如约5％-100％、约10％-100％、20％-100％、30％-100％、40％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等。在一些实施例中，水平为第二子结构域中的所有手性控制的核苷酸间键联的约例如约5％-100％、约10％-100％、20％-100％、30％-100％、40％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等。在一些实施例中，百分比为约或不超过约50％。在一些实施例中，百分比为至少约55％。在一些实施例中，百分比为至少约60％。在一些实施例中，百分比为至少约65％。在一些实施例中，百分比为至少约70％。在一些实施例中，百分比为至少约75％。在一些实施例中，百分比为至少约80％。在一些实施例中，百分比为至少约85％。在一些实施例中，百分比为至少约90％。在一些实施例中，百分比为至少约95％。在一些实施例中，百分比为约100％。在一些实施例中，百分比为约或不超过约5％。在一些实施例中，百分比为约或不超过约10％。在一些实施例中，百分比为约或不超过约15％。在一些实施例中，百分比为约或不超过约20％。在一些实施例中，百分比为约或不超过约25％。在一些实施例中，百分比为约或不超过约30％。在一些实施例中，百分比为约或不超过约35％。在一些实施例中，百分比为约或不超过约40％。在一些实施例中，百分比为约或不超过约45％。在一些实施例中，百分比为约或不超过约50％。在一些实施例中，1-10个(例如，约1-5、1-4、1-3，约1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个)核苷酸间键联独立地是Rp手性核苷酸间键联。在一些实施例中，数目为约或不大于约1。在一些实施例中，数目为约或不大于约2。在一些实施例中，数目为约或不大于约3。在一些实施例中，数目为约或不大于约4。在一些实施例中，数目为约或不大于约5。在一些实施例中，数目为约或不大于约6。在一些实施例中，数目为约或不大于约7。在一些实施例中，数目为约或不大于约8。在一些实施例中，数目为约或不大于约9。在一些实施例中，数目为约或不大于约10。在一些实施例中，与其他部分(例如，第一结构域、第二结构域整体、第一子结构域、第三子结构域或其部分)相比，第二子结构域包含更高水平(数量和/或百分比)的Rp核苷酸间键联。在一些实施例中，第二子结构域包含比Sp核苷酸间键联更高水平(数量和/或百分比)的Rp核苷酸间键联。
在一些实施例中，第二子结构域中的每个硫代磷酸酯核苷酸间键联独立地是手性控制的。在一些实施例中，每个独立地是Sp或Rp。在一些实施例中，高水平是如本文所述的Sp。在一些实施例中，第二子结构域中的每个硫代磷酸酯核苷酸间键联是手性控制的并且是Sp。在一些实施例中，一个或多个，例如约1-5个(例如，约1、2、3、4或5个)是Rp。
在一些实施例中，第二子结构域中与天然DNA或RNA或2’-F修饰的糖键合的每个核苷酸间键联独立地是如本文所述的经修饰的核苷酸间键联。在一些实施例中，每个这样的经修饰的核苷酸间键联独立地是硫代磷酸酯或不带负电荷的核苷酸间键联，如磷酰基胍核苷酸间键联，像n001。在一些实施例中，每个这样的经修饰的核苷酸间键联独立地是硫代磷酸酯或n001核苷酸间键联。在一些实施例中，与两个第二子结构域核苷键合的每个核苷酸间键联独立地是硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，与两个第二子结构域核苷键合的每个硫代磷酸酯核苷酸间键联独立地是手性控制的并且是Sp。在一些实施例中，与第二子结构域核苷键合的一个或多个核苷酸间键联独立地是不带负电荷的核苷酸间键联，如磷酰基胍核苷酸间键联，像n001。在一些实施例中，与N-1和N-2键合的核苷酸间键联是不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，其是磷酰基胍核苷酸间键联。在一些实施例中，其是n001。在一些实施例中，其是手性控制的并且是Rp。在一些实施例中，其是手性控制的并且是Sp。在一些实施例中，N-1包含次黄嘌呤并且在一些实施例中，是脱氧肌苷。在一些实施例中，与包含次黄嘌呤的核苷的3’位置键合的磷酰基胍核苷酸间键联(如n001)是手性控制的并且是Sp。在一些实施例中，包含这样的与包含次黄嘌呤(例如，脱氧肌苷)的核苷的3’位置键合的Sp磷酰基胍核苷酸间键联(如Spn001)的寡核苷酸提供多种益处，例如更高的活性、更好的特性、更低的制造成本和/或更容易获得的制造材料等。
在一些实施例中，如在某些实例中所展示的，第二子结构域包含一个或多个不带负电荷的核苷酸间键联，其各自任选地并且独立地是手性控制的。在一些实施例中，每个不带负电荷的核苷酸间键联独立地是n001。在一些实施例中，手性不带负电荷的核苷酸间键联不是手性控制的。在一些实施例中，每个手性不带负电荷的核苷酸间键联都不是手性控制的。在一些实施例中，手性不带负电荷的核苷酸间键联是手性控制的。在一些实施例中，手性不带负电荷的核苷酸间键联是手性控制的并且是Rp。在一些实施例中，手性不带负电荷的核苷酸间键联是手性控制的并且是Sp。在一些实施例中，每个手性不带负电荷的核苷酸间键联是手性控制的。在一些实施例中，第二子结构域中不带负电荷的核苷酸间键联的数目为约1-5，或约1、2、3、4或5。在一些实施例中，其为约1。在一些实施例中，其为约2。在一些实施例中，其为约3。在一些实施例中，其为约4。在一些实施例中，其为约5。在一些实施例中，两个或更多个不带负电荷的核苷酸间键联是连续的。在一些实施例中，没有两个不带负电荷的核苷酸间键联是连续的。在一些实施例中，第二子结构域中的所有不带负电荷的核苷酸间键联都是连续的(例如，3个连续的不带负电荷的核苷酸间键联)。在一些实施例中，不带负电荷的核苷酸间键联，或两个或更多个(例如，约2个、约3个、约4个等)连续的不带负电荷的核苷酸间键联位于第二子结构域的3′-末端。在一些实施例中，第二子结构域的后两个或三个或四个核苷酸间键联包含至少一个不是不带负电荷的核苷酸间键联的核苷酸间键联。在一些实施例中，第二子结构域的后两个或三个或四个核苷酸间键联包含至少一个不是n001的核苷酸间键联。在一些实施例中，连接第二子结构域的后两个核苷的核苷酸间键联是不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，连接第二子结构域的后两个核苷的核苷酸间键联是Sp不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，连接第二子结构域的后两个核苷的核苷酸间键联是Rp不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，连接第二子结构域的后两个核苷的核苷酸间键联是硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，连接第二子结构域的后两个核苷的核苷酸间键联是Sp硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，连接第二子结构域的前两个核苷的核苷酸间键联是不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，连接第二子结构域的前两个核苷的核苷酸间键联是Sp不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，连接第二子结构域的前两个核苷的核苷酸间键联是Rp不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，连接第二子结构域的前两个核苷的核苷酸间键联是硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，连接第二子结构域的前两个核苷的核苷酸间键联是Sp硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，连接第二子结构域的最后一个核苷和第三子结构域的第一个核苷的核苷酸间键联是不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，连接第二子结构域的最后一个核苷和第三子结构域的第一个核苷的核苷酸间键联是Sp不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，连接第二子结构域的最后一个核苷和第三子结构域的第一个核苷的核苷酸间键联是Rp不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，连接第二子结构域的最后一个核苷和第三子结构域的第一个核苷的核苷酸间键联是硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，连接第二子结构域的最后一个核苷和第三子结构域的第一个核苷的核苷酸间键联是Sp硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，不带负电荷的核苷酸间键联是中性核苷酸间键联，如n001。
在一些实施例中，第二子结构域包含一个或多个天然磷酸酯键联。在一些实施例中，第二子结构域不含天然磷酸酯键联。在一些实施例中，第二子结构域包含至少1个天然磷酸酯键联。在一些实施例中，第二子结构域包含至少2个天然磷酸酯键联。在一些实施例中，第二子结构域包含至少3个天然磷酸酯键联。在一些实施例中，第二子结构域包含至少4个天然磷酸酯键联。在一些实施例中，第二子结构域包含至少5个天然磷酸酯键联。
在一些实施例中，相反核苷通过天然磷酸酯键联与其5′紧邻核苷连接。在一些实施例中，相反核苷通过天然磷酸酯键联与其5′紧邻核苷连接。在一些实施例中，相反核苷通过经修饰的核苷酸间键联与其5′紧邻核苷连接。在一些实施例中，经修饰的核苷酸间键联是手性核苷酸间键联。在一些实施例中，经修饰的核苷酸间键联是硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，经修饰的核苷酸间键联是不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，经修饰的核苷酸间键联是带中性电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，手性核苷酸间键联是手性控制的。在一些实施例中，手性核苷酸间键联是Rp。在一些实施例中，手性核苷酸间键联是Sp。
在一些实施例中，相反核苷通过天然磷酸酯键联与其3′紧邻核苷(相对于相反核苷在-1位)连接。在一些实施例中，相反核苷通过经修饰的核苷酸间键联与其3′紧邻核苷连接。在一些实施例中，经修饰的核苷酸间键联是手性核苷酸间键联。在一些实施例中，经修饰的核苷酸间键联是硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，经修饰的核苷酸间键联是不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，经修饰的核苷酸间键联是带中性电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，手性核苷酸间键联是手性控制的。在一些实施例中，手性核苷酸间键联是Rp。在一些实施例中，手性核苷酸间键联是Sp。在一些实施例中，手性核苷酸间键联是硫代磷酸酯核苷酸间键联并且是手性控制的。在一些实施例中，手性核苷酸间键联是硫代磷酸酯核苷酸间键联并且是Sp。在一些实施例中，手性核苷酸间键联是硫代磷酸酯核苷酸间键联并且是Rp。在一些实施例中，手性核苷酸间键联是不带负电荷的核苷酸间键联(例如，n001)并且是手性控制的。在一些实施例中，手性核苷酸间键联是不带负电荷的核苷酸间键联(例如，n001)并且是手性控制的并且是Rp。在一些实施例中，手性核苷酸间键联是不带负电荷的核苷酸间键联(例如，n001)并且是手性控制的并且是Sp。在一些实施例中，手性核苷酸间键联是不带负电荷的核苷酸间键联(例如，n001)并且不是手性控制的。
在一些实施例中，相对于相反核苷在-1位的核苷以及相对于相反核苷在-2位的核苷(例如，在5′-...N0N-1N-2...3′中，如果N0是相反核苷，则N-1在-1位并且N-2在-2位)通过天然磷酸酯键联连接。在一些实施例中，它们通过经修饰的核苷酸间键联连接。在一些实施例中，经修饰的核苷酸间键联是手性核苷酸间键联。在一些实施例中，经修饰的核苷酸间键联是硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，经修饰的核苷酸间键联是不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，经修饰的核苷酸间键联是带中性电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，手性核苷酸间键联是手性控制的。在一些实施例中，手性核苷酸间键联是Rp。在一些实施例中，手性核苷酸间键联是Sp。在一些实施例中，手性核苷酸间键联是硫代磷酸酯核苷酸间键联并且是手性控制的。在一些实施例中，手性核苷酸间键联是硫代磷酸酯核苷酸间键联并且是Sp。在一些实施例中，手性核苷酸间键联是硫代磷酸酯核苷酸间键联并且是Rp。在一些实施例中，手性核苷酸间键联是不带负电荷的核苷酸间键联(例如，n001)并且是手性控制的。在一些实施例中，手性核苷酸间键联是不带负电荷的核苷酸间键联(例如，n001)并且是手性控制的并且是Rp。在一些实施例中，手性核苷酸间键联是不带负电荷的核苷酸间键联(例如，n001)并且是手性控制的并且是Sp。在一些实施例中，手性核苷酸间键联是不带负电荷的核苷酸间键联(例如，n001)并且不是手性控制的。
在一些实施例中，第二子结构域的核苷和第三子结构域的核苷通过天然磷酸酯键联连接。在一些实施例中，它们通过经修饰的核苷酸间键联连接。在一些实施例中，经修饰的核苷酸间键联是手性核苷酸间键联。在一些实施例中，经修饰的核苷酸间键联是硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，经修饰的核苷酸间键联是不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，经修饰的核苷酸间键联是带中性电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，手性核苷酸间键联是手性控制的。在一些实施例中，手性核苷酸间键联是Rp。在一些实施例中，手性核苷酸间键联是Sp。在一些实施例中，手性核苷酸间键联是硫代磷酸酯核苷酸间键联并且是手性控制的。在一些实施例中，手性核苷酸间键联是硫代磷酸酯核苷酸间键联并且是Sp。在一些实施例中，手性核苷酸间键联是硫代磷酸酯核苷酸间键联并且是Rp。在一些实施例中，手性核苷酸间键联是不带负电荷的核苷酸间键联(例如，n001)并且是手性控制的。在一些实施例中，手性核苷酸间键联是不带负电荷的核苷酸间键联(例如，n001)并且是手性控制的并且是Rp。在一些实施例中，手性核苷酸间键联是不带负电荷的核苷酸间键联(例如，n001)并且是手性控制的并且是Sp。在一些实施例中，手性核苷酸间键联是不带负电荷的核苷酸间键联(例如，n001)并且不是手性控制的。
在一些实施例中，寡核苷酸包含5′-N1N0N-1-3′，其中N1、N0和N-1各自独立地是核苷，N1和N0与如本文所述的核苷酸间键联键合，并且N-1和N0与如本文所述的核苷酸间键联键合，并且N0与靶腺苷相反。在一些实施例中，N1、N0和N-1中的每一个的糖独立地是天然DNA糖或2′-F修饰的糖。在一些实施例中，N1、N0和N-1中的每一个的糖独立地是天然DNA糖。在一些实施例中，N1的糖是2′-修饰的糖，并且N0和N-1中的每一个的糖独立地是天然DNA糖。在一些实施例中，这样的寡核苷酸提供高编辑水平。在一些实施例中，与N-1键合的两个核苷酸间键联各自独立地是Rp。在一些实施例中，与N-1键合的两个核苷酸间键联各自独立地是Rp硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，与N-1键合的两个核苷酸间键联各自独立地是Rp硫代磷酸酯核苷酸间键联，并且寡核苷酸中的每个其他硫代磷酸酯核苷酸间键联(如果有的话)独立地是Sp。在一些实施例中，与N1键合的5′核苷酸间键联是Rp。在一些实施例中，与N1和N0键合的核苷酸间键联(即，与N1键合的3′核苷酸间键联)是Rp。在一些实施例中，与N-1和N0键合的核苷酸间键联是Rp。在一些实施例中，与N-1键合的3′核苷酸间键联是Rp。在一些实施例中，与N0键合的每个核苷酸间键联独立地是Rp。在一些实施例中，与N0或N1键合的每个核苷酸间键联独立地是Rp。在一些实施例中，与N0或N-1键合的每个核苷酸间键联独立地是Rp。在一些实施例中，与N1键合的每个核苷酸间键联独立地是Rp。在一些实施例中，每个Rp核苷酸间键联独立地是Rp硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，寡核苷酸中的每个其他手性控制的硫代磷酸酯核苷酸间键联独立地是Sp。
在一些实施例中，5′紧邻核苷(例如，N1)的糖独立地选自天然DNA糖、天然RNA糖和2′-F修饰的糖(例如，R2s是-F)。在一些实施例中，相反核苷(例如，N0)的糖独立地选自天然DNA糖、天然RNA糖和2′-F修饰的糖。在一些实施例中，3′紧邻核苷(例如，N-1)的糖独立地选自天然DNA糖、天然RNA糖和2′-F修饰的糖。在一些实施例中，5′紧邻核苷、相反核苷和3′紧邻核苷的糖各自独立地是天然DNA糖。在一些实施例中，5′紧邻核苷、相反核苷和3′紧邻核苷的糖分别是天然DNA糖、天然RNA糖和天然DNA糖。在一些实施例中，5′紧邻核苷、相反核苷和3′紧邻核苷的糖分别是2′-F修饰的糖、天然RNA糖和天然DNA糖。
在一些实施例中，相反核苷的糖是天然RNA糖。在一些实施例中，这种相反核苷与3′紧邻I核苷(其任选地在比对时与靶核酸中的C互补)一起使用。在一些实施例中，3′紧邻核苷(例如，N-1)与其3′紧邻核苷(例如，N-2)之间的核苷酸间键联是不带负电荷的核苷酸间键联，例如，n001。在一些实施例中，其是立体随机的。在一些实施例中，其是手性控制的并且是Rp。在一些实施例中，其是手性控制的并且是Sp。
在一些实施例中，与3′紧邻核苷(例如，N-1)及其3′相邻核苷(例如，5′-N1N0N-1N-2-3′中的N-2)键合的核苷酸间键联是经修饰的核苷酸间键联。在一些实施例中，其是手性核苷酸间键联。在一些实施例中，其是立体随机的。在一些实施例中，其是立体随机硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，其是立体随机不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，其是立体随机n001。在一些实施例中，其是手性控制的。在一些实施例中，其是Rp硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，其是Sp硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，其是手性控制的。在一些实施例中，其是Rp不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，其是Sp不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，不带负电荷的核苷酸间键联是中性核苷酸间键联。在一些实施例中，不带负电荷的核苷酸间键联是n001。
在一些实施例中，N-1是I。在一些实施例中，例如当靶核酸包含5′-CA-3′(其中A是靶腺苷)时，用I代替G。在一些实施例中，5′-N1N0N-1-3′是5′-N1N0I-3′。在一些实施例中，N0是b001A、b002A、b003A、b008U、b001C、C、A或U。在一些实施例中，N0是b001A、b002A、b008U、b001C、C或A。在一些实施例中，N0是b001A、b002A、b008U或b001C。在一些实施例中，N0是b001A。在一些实施例中，N0是b002A。在一些实施例中，N0是b003A。在一些实施例中，N0是b008U。在一些实施例中，N0是b001C。在一些实施例中，N0是Csm15。在一些实施例中，N0是A。在一些实施例中，N0是U。在一些实施例中，N-1是C。在一些实施例中，N-1是A。在一些实施例中，N-1是G。在一些实施例中，N0是b008U并且N-1是C。在一些实施例中，N0是b008U并且N-1是I。在一些实施例中，N0是b008U并且N-1是G。在一些实施例中，N0是b001A并且N-1是C。在一些实施例中，N0是b001A并且N-1是I。在一些实施例中，N0是b001A并且N-1是G。在一些实施例中，N0是b001rA并且N-1是C。在一些实施例中，N0是b001rA并且N-1是A。在一些实施例中，N0是b001rA并且N-1是I。在一些实施例中，N0是b001rA并且N-1是G。
在一些实施例中，所提供的包含与靶腺苷相反的某些核碱基(例如，b001A、b002A、b008U、C、A等)的寡核苷酸尤其可以提供改善的编辑效率(例如，与参考核碱基如U相比)。在一些实施例中，相反核苷在其3′侧与I连接。
在一些实施例中，第二子结构域包含如本文所述的编辑区。
在一些实施例中，第二子结构域包含5′-末端部分，例如长度为约1-5、1-3或1、2、3、4或5个核碱基的部分。在一些实施例中，长度为一个核碱基。在一些实施例中，长度为2个核碱基。在一些实施例中，长度为3个核碱基。在一些实施例中，长度为4个核碱基。在一些实施例中，长度为5个核碱基。
在一些实施例中，5′-末端部分包含一个或多个具有两个2′-H的糖(例如，天然DNA糖)。在一些实施例中，5′-末端部分包含一个或多个具有2′-OH的糖(例如，天然RNA糖)。在一些实施例中，5’-末端部分中的糖的一个或多个(例如，约1-5、1-3或1、2、3、4或5个)独立地是经修饰的糖。在一些实施例中，5′-末端部分中约5％-100％(例如，约10％-100％、20-100％、30％-100％、40％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等)的糖独立地是经修饰的糖。在一些实施例中，每个糖独立地是经修饰的糖。在一些实施例中，经修饰的糖独立地选自双环糖(例如，LNA糖)、无环糖(例如，UNA糖)、具有2′-OR修饰的糖或具有2′-N(R)2修饰的糖，其中每个R独立地是任选地经取代的C1-6脂肪族基。
在一些实施例中，5’-末端部分中的低水平的(例如，不超过50％、40％、30％、25％、20％或10％的，或不超过1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个)糖独立地包含2′-OR修饰，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基，或2′-O-LB-4′修饰。在一些实施例中，5′-末端部分中的每个糖独立地不含2′-OR修饰，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基，或2′-O-LB-4′修饰，其中LB是任选地经取代的-CH2-。在一些实施例中，5′-末端部分中的每个糖独立地不含2′-OMe。
在一些实施例中，5′-末端部分包含一个或多个2′-F修饰的糖。
在一些实施例中，5′-末端中的高水平(例如，约60％-100％，或约60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或更多，或100％)的或所有的糖独立地是2′-F修饰的糖、包含两个2′-H的糖(例如，天然DNA糖)、或包含2′-OH的糖(例如，天然RNA糖)。在一些实施例中，5′-末端部分中的高水平(例如，约60％-100％，或约60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或更多，或100％)的或所有的糖独立地是2′-F修饰的糖、天然DNA糖或天然RNA糖。在一些实施例中，5′-末端部分中的高水平(例如，约60％-100％，或约60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或更多，或100％)的或所有的糖独立地是2′-F修饰的糖和天然DNA糖。在一些实施例中，水平为100％。在一些实施例中，5′-末端部分的糖选自具有两个2′-H的糖(例如，天然DNA糖)和2′-F修饰的糖。在一些实施例中，5′-末端部分包含1、2、3、4或5个2′-F修饰的糖。在一些实施例中，5′-末端部分包含1、2、3、4或5个包含两个2′-H的糖。在一些实施例中，5′-末端部分包含1、2、3、4或5个天然DNA糖。在一些实施例中，5′-末端部分包含1、2、3、4或5个包含2′-OH的糖。在一些实施例中，5′-末端部分包含1、2、3、4或5个天然RNA糖。在一些实施例中，数目为1。在一些实施例中，数目为2。在一些实施例中，数目为3。在一些实施例中，数目为4。在一些实施例中，数目为5。
在一些实施例中，5’-末端部分的一个或多个(例如，约1、2、3、4或5个)核苷酸间键联独立地是经修饰的核苷酸间键联。在一些实施例中，5’-末端部分的一个或多个(例如，约1、2、3、4或5个)核苷酸间键联独立地是手性核苷酸间键联。在一些实施例中，5’-末端部分的一个或多个(例如，约1、2、3、4或5个)核苷酸间键联独立地是手性控制的核苷酸间键联。在一些实施例中，5’-末端部分的一个或多个(例如，约1、2、3、4或5个)核苷酸间键联是Rp。在一些实施例中，5’-末端部分的一个或多个(例如，约1、2、3、4或5个)核苷酸间键联是Sp。在一些实施例中，5′-末端部分的每个核苷酸间键联是Sp。
在一些实施例中，5’-末端部分的一个或多个(例如，约1、2、3、4或5个)核苷酸间键联独立地是经修饰的核苷酸间键联。在一些实施例中，5’-末端部分的一个或多个(例如，约1、2、3、4或5个)核苷酸间键联独立地是手性核苷酸间键联。在一些实施例中，5’-末端部分的一个或多个(例如，约1、2、3、4或5个)核苷酸间键联独立地是手性控制的核苷酸间键联。在一些实施例中，5’-末端部分的一个或多个(例如，约1、2、3、4或5个)核苷酸间键联是Rp。在一些实施例中，5’-末端部分的一个或多个(例如，约1、2、3、4或5个)核苷酸间键联是Rp。在一些实施例中，5′-末端部分的每个核苷酸间键联是Rp。
在一些实施例中，5′-末端部分包含如本文所述的一个或多个(例如，约1、2、3、4或5个)错配。在一些实施例中，5′-末端部分包含如本文所述的一个或多个(例如，约1、2、3、4或5个)摆动。在一些实施例中，5′-末端部分与靶核酸约60％-100％(例如，66％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或更多)互补。在一些实施例中，互补性为60％或更高。在一些实施例中，互补性为70％或更高。在一些实施例中，互补性为75％或更高。在一些实施例中，互补性为80％或更高。在一些实施例中，互补性为90％或更高。
在一些实施例中，5′-末端部分包含与相反核苷5′相邻的核苷。在一些实施例中，与相反核苷5′相邻的核苷包含如本文所述的核碱基。
在一些实施例中，第二子结构域包含3’-末端部分，例如长度为约1-5、1-3或1、2、3、4或5个核碱基的部分。在一些实施例中，长度为一个核碱基。在一些实施例中，长度为2个核碱基。在一些实施例中，长度为3个核碱基。在一些实施例中，长度为4个核碱基。在一些实施例中，长度为5个核碱基。在一些实施例中，第二子结构域由5′-末端部分和3′-末端部分组成。
在一些实施例中，3′-末端部分包含一个或多个具有两个2′-H的糖(例如，天然DNA糖)。在一些实施例中，3′-末端部分包含一个或多个具有2′-OH的糖(例如，天然RNA糖)。在一些实施例中，3′-末端部分中的一个或多个(例如，约1-5、1-3或1、2、3、4或5个)糖独立地是经修饰的糖。在一些实施例中，3′-末端部分中约5％-100％(例如，约10％-100％、20％-100％、30％-100％、40％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等)的糖独立地是经修饰的糖。在一些实施例中，每个糖独立地是经修饰的糖。在一些实施例中，经修饰的糖独立地选自双环糖(例如，LNA糖)、无环糖(例如，UNA糖)、具有2′-OR修饰的糖或具有2′-N(R)2修饰的糖，其中每个R独立地是任选地经取代的C1-6脂肪族基。
在一些实施例中，3′-末端部分中的低水平的(例如，不超过50％、40％、30％、25％、20％或10％的，或不超过1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个)糖独立地包含2′-OR修饰，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基，或2′-O-LB-4′修饰。在一些实施例中，3′-末端部分中的每个糖独立地不含2′-OR修饰，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基，或2′-O-LB-4′修饰，其中LB是任选地经取代的-CH2-。在一些实施例中，3′-末端部分中的每个糖独立地不含2′-OMe。
在一些实施例中，3′-末端部分包含一个或多个2′-F修饰的糖。
在一些实施例中，3′-末端中的高水平(例如，约60％-100％，或约60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或更多，或100％)的或所有的糖独立地是2′-F修饰的糖、包含两个2′-H的糖(例如，天然DNA糖)、或包含2′-OH的糖(例如，天然RNA糖)。在一些实施例中，3′-末端部分中的高水平(例如，约60％-100％，或约60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或更多，或100％)的或所有的糖独立地是2′-F修饰的糖、天然DNA糖或天然RNA糖。在一些实施例中，3′-末端部分中的高水平(例如，约60％-100％，或约60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或更多，或100％)的或所有的糖独立地是2′-F修饰的糖和天然DNA糖。在一些实施例中，水平为100％。在一些实施例中，3′-末端部分的糖选自具有两个2′-H的糖(例如，天然DNA糖)和2′-F修饰的糖。在一些实施例中，3’-末端部分包含1、2、3、4或5个2’-F修饰的糖。在一些实施例中，3’-末端部分包含1、2、3、4或5个包含两个2′-H的糖。在一些实施例中，3’-末端部分包含1、2、3、4或5个天然DNA糖。在一些实施例中，3’-末端部分包含1、2、3、4或5个包含2′-OH的糖。在一些实施例中，3’-末端部分包含1、2、3、4或5个天然RNA糖。在一些实施例中，数目为1。在一些实施例中，数目为2。在一些实施例中，数目为3。在一些实施例中，数目为4。在一些实施例中，数目为5。
在一些实施例中，3′-末端部分的一个或多个(例如，约1、2、3、4或5个)核苷酸间键联独立地是经修饰的核苷酸间键联。在一些实施例中，3′-末端部分的一个或多个(例如，约1、2、3、4或5个)核苷酸间键联独立地是手性核苷酸间键联。在一些实施例中，3′-末端部分的一个或多个(例如，约1、2、3、4或5个)核苷酸间键联独立地是手性控制的核苷酸间键联。在一些实施例中，3′-末端部分的一个或多个(例如，约1、2、3、4或5个)核苷酸间键联是Rp。在一些实施例中，3′-末端部分的一个或多个(例如，约1、2、3、4或5个)核苷酸间键联是Sp。在一些实施例中，3′-末端部分的每个核苷酸间键联是Sp。
在一些实施例中，3′-末端部分的一个或多个(例如，约1、2、3、4或5个)核苷酸间键联独立地是经修饰的核苷酸间键联。在一些实施例中，3′-末端部分的一个或多个(例如，约1、2、3、4或5个)核苷酸间键联独立地是手性核苷酸间键联。在一些实施例中，3′-末端部分的一个或多个(例如，约1、2、3、4或5个)核苷酸间键联独立地是手性控制的核苷酸间键联。在一些实施例中，3′-末端部分的一个或多个(例如，约1、2、3、4或5个)核苷酸间键联是Rp。在一些实施例中，3′-末端部分的一个或多个(例如，约1、2、3、4或5个)核苷酸间键联是Rp。在一些实施例中，3’-末端部分的每个核苷酸间键联是Rp。
在一些实施例中，3’-末端部分包含如本文所述的一个或多个(例如，约1、2、3、4或5个)错配。在一些实施例中，3’-末端部分包含如本文所述的一个或多个(例如，约1、2、3、4或5个)摆动。在一些实施例中，3′-末端部分与靶核酸约60％-100％(例如，66％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或更多)互补。在一些实施例中，互补性为60％或更高。在一些实施例中，互补性为70％或更高。在一些实施例中，互补性为75％或更高。在一些实施例中，互补性为80％或更高。在一些实施例中，互补性为90％或更高。
在一些实施例中，3′-末端部分包含与相反核苷3′相邻的核苷。在一些实施例中，与相反核苷3′相邻的核苷包含如本文所述的核碱基。在一些实施例中，与相反核苷3′相邻的核苷与靶核酸中的相应核苷形成摆动对。在一些实施例中，与相反核苷3′相邻的核苷的核碱基是次黄嘌呤；在一些实施例中，其是次黄嘌呤的衍生物。在一些实施例中，其是e7In。在一些实施例中，其是c39z48In。在一些实施例中，其是z2c3In。
在一些实施例中，第二子结构域募集蛋白如ADAR蛋白(例如，ADAR1、ADAR2等)，促进或有助于该蛋白的募集。在一些实施例中，第二子结构域募集蛋白(如ADAR蛋白)，或促进或有助于与该蛋白的相互作用。在一些实施例中，第二子结构域与ADAR的RNA结合结构域(RBD)接触。在一些实施例中，第二子结构域与ADAR的具有脱氨酶活性的催化结构域接触。在一些实施例中，第二子结构域与ADAR1的具有脱氨酶活性的结构域接触。在一些实施例中，第二子结构域与ADAR2的具有脱氨酶活性的结构域接触。在一些实施例中，第二子结构域的多种核碱基、糖和/或核苷酸间键联可与蛋白(例如，ADAR蛋白)的一个或多个残基相互作用。
第三子结构域
如本文所述，在一些实施例中，寡核苷酸从5’至3′包含第一结构域和第二结构域。在一些实施例中，第二结构域从5′至3′包含第一子结构域、第二子结构域和第三子结构域或由这些结构域组成。下文以实例描述第三子结构域的某些实施例。
在一些实施例中，第三子结构域具有约1-50、1-40、1-30、1-20个(例如，约1、2、3、4、5、6、7、8、9或10-约10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个，或约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个等)核碱基的长度。在一些实施例中，第三子结构域具有约5-30个核碱基的长度。在一些实施例中，第三子结构域具有约10-30个核碱基的长度。在一些实施例中，第三子结构域具有约10-20个核碱基的长度。在一些实施例中，第三子结构域具有约5-15个核碱基的长度。在一些实施例中，第三子结构域具有约13-16个核碱基的长度。在一些实施例中，第三子结构域具有约6-12个核碱基的长度。在一些实施例中，第三子结构域具有约6-9个核碱基的长度。在一些实施例中，第三子结构域具有约1-10个核碱基的长度。在一些实施例中，第三子结构域具有约1-7个核碱基的长度。在一些实施例中，第三子结构域具有1个核碱基的长度。在一些实施例中，第三子结构域具有2个核碱基的长度。在一些实施例中，第三子结构域具有3个核碱基的长度。在一些实施例中，第三子结构域具有4个核碱基的长度。在一些实施例中，第三子结构域具有5个核碱基的长度。在一些实施例中，第三子结构域具有6个核碱基的长度。在一些实施例中，第三子结构域具有7个核碱基的长度。在一些实施例中，第三子结构域具有8个核碱基的长度。在一些实施例中，第三子结构域具有9个核碱基的长度。在一些实施例中，第三子结构域具有10个核碱基的长度。在一些实施例中，第三子结构域具有11个核碱基的长度。在一些实施例中，第三子结构域具有12个核碱基的长度。在一些实施例中，第三子结构域具有13个核碱基的长度。在一些实施例中，第三子结构域具有14个核碱基的长度。在一些实施例中，第三子结构域具有15个核碱基的长度。在一些实施例中，第三子结构域比第一子结构域短。在一些实施例中，第三子结构域比第一结构域短。在一些实施例中，第三子结构域包含第二结构域的3′-末端核碱基。
在一些实施例中，第三子结构域是第二结构域的约或至少约5％-95％、10％-90％、20％-80％、30％-70％、40％-70％、40％-60％，5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％。在一些实施例中，百分比为约30％-80％。在一些实施例中，百分比为约30％-70％。在一些实施例中，百分比为约40％-60％。在一些实施例中，百分比为约20％。在一些实施例中，百分比为约25％。在一些实施例中，百分比为约30％。在一些实施例中，百分比为约35％。在一些实施例中，百分比为约40％。在一些实施例中，百分比为约45％。在一些实施例中，百分比为约50％。在一些实施例中，百分比为约55％。在一些实施例中，百分比为约60％。在一些实施例中，百分比为约65％。在一些实施例中，百分比为约70％。在一些实施例中，百分比为约75％。在一些实施例中，百分比为约80％。在一些实施例中，百分比为约85％。在一些实施例中，百分比为约90％。在一些实施例中，第三子结构域的5’-末端核苷是N-2。在一些实施例中，从N-2至3’-末端的所有核苷均在第三子结构域中。
在一些实施例中，当寡核苷酸与靶核酸进行互补性比对时，在第三子结构域中存在一个或多个(例如，1-20，1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个等)错配。在一些实施例中，存在1个错配。在一些实施例中，存在2个错配。在一些实施例中，存在3个错配。在一些实施例中，存在4个错配。在一些实施例中，存在5个错配。在一些实施例中，存在6个错配。在一些实施例中，存在7个错配。在一些实施例中，存在8个错配。在一些实施例中，存在9个错配。在一些实施例中，存在10个错配。
在一些实施例中，当寡核苷酸与靶核酸进行互补性比对时，在第三子结构域中存在一个或多个(例如，1-20，1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个等)摆动。在一些实施例中，存在1个摆动。在一些实施例中，存在2个摆动。在一些实施例中，存在3个摆动。在一些实施例中，存在4个摆动。在一些实施例中，存在5个摆动。在一些实施例中，存在6个摆动。在一些实施例中，存在7个摆动。在一些实施例中，存在8个摆动。在一些实施例中，存在9个摆动。在一些实施例中，存在10个摆动。
在一些实施例中，第三子结构域区域中的寡核苷酸和靶核酸的双链体包含一个或多个凸起，每个凸起独立地包含一个或多个不是摆动的错配。在一些实施例中，存在0-10个(例如，0-1、0-2、0-3、0-4、0-5、0-6、0-7、0-8、0-9、0-10、1-2、1-3、1-4、1-5、1-6、1-7、1-8、1-9、1-10、2-3、2-4、2-5、2-6、2-7、2-8、2-9、2-10、3-4、3-5、3-6、3-7、3-8、3-9、3-10，0、1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个等)凸起。在一些实施例中，数目为0。在一些实施例中，数目为1。在一些实施例中，数目为2。在一些实施例中，数目为3。在一些实施例中，数目为4。在一些实施例中，数目为5。
在一些实施例中，第三子结构域与靶核酸完全互补。
在一些实施例中，第三子结构域包含一个或多个经修饰的核碱基。
在一些实施例中，第三子结构域包含与靶腺苷相反的核苷(相反核苷)。在一些实施例中，第三子结构域包含与相反核苷3′相邻的核苷。在一些实施例中，第三子结构域包含与相反核苷5′相邻的核苷。本文已经描述了多种合适的相反核苷，包括糖及其核碱基。
在一些实施例中，例如当寡核苷酸与靶核酸形成双链体时，第三子结构域包含与靶腺苷相反的核苷。本文描述了合适的核碱基，包括相反核苷中的经修饰的核碱基。例如，在一些实施例中，相反核碱基是任选地经取代的或被保护的核碱基，其选自C、C的互变异构体、U、U的互变异构体、A、A的互变异构体和是或包含具有以下结构的环BA的核碱基：BA-I、BA-I-a、BA-I-b、BA-I-c、BA-I-d、BA-II、BA-II-a、BA-II-b、BA-II-c、BA-II-d、BA-III、BA-III-a、BA-III-b、BA-III-c、BA-III-d、BA-III-e、BA-IV、BA-IV-a、BA-IV-b、BA-V、BA-V-a、BA-V-b、或BA-VI、或环BA的互变异构体。
在一些实施例中，第三子结构域包含一个或多个包含两个2′-H的糖(例如，天然DNA糖)。在一些实施例中，第三子结构域包含一个或多个包含2′-OH的糖(例如，天然RNA糖)。在一些实施例中，第三子结构域包含一个或多个经修饰的糖。在一些实施例中，经修饰的糖包含2′-修饰。在一些实施例中，经修饰的糖是双环糖，例如LNA糖。在一些实施例中，经修饰的糖是无环糖(例如，通过断裂相应环糖的C2-C3键)。
在一些实施例中，第三子结构域包含约1-50、1-40、1-30、1-25、1-20、1-15、1-10个(例如，约1、2、3、4、5、6、7、8、9或10-约10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个，或约5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个等，约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个等)经修饰的糖。在一些实施例中，第三子结构域包含约1-50、1-40、1-30、1-25、1-20、1-15、1-10个(例如，约1、2、3、4、5、6、7、8、9或10-约10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个，或约5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个等，约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个等)经修饰的糖，其独立地是双环糖(例如，LNA糖)或2’-OR修饰的糖，其中R独立地是任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，第三子结构域包含约1-50、1-40、1-30、1-25、1-20、1-15、1-10个(例如，约1、2、3、4、5、6、7、8、9或10-约10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个，或约5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个等，约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个等)经修饰的糖，其独立地是2′-OR修饰的糖，其中R独立地是任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，数目为1。在一些实施例中，数目为2。在一些实施例中，数目为3。在一些实施例中，数目为4。在一些实施例中，数目为5。在一些实施例中，数目为6。在一些实施例中，数目为7。在一些实施例中，数目为8。在一些实施例中，数目为9。在一些实施例中，数目为10。在一些实施例中，数目为11。在一些实施例中，数目为12。在一些实施例中，数目为13。在一些实施例中，数目为14。在一些实施例中，数目为15。在一些实施例中，数目为16。在一些实施例中，数目为17。在一些实施例中，数目为18。在一些实施例中，数目为19。在一些实施例中，数目为20。在一些实施例中，R是甲基。
在一些实施例中，第三子结构域包含一个或多个(例如，约1-20，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个等)包含2′-OH的糖。在一些实施例中，第三子结构域包含一个或多个(例如，约1-20，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个等)包含两个2’-H的糖。在一些实施例中，第三子结构域包含一个或多个(例如，约1-20，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个等)RNA糖。在一些实施例中，第三子结构域包含一个或多个(例如，约1-20，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个等)DNA糖。
在一些实施例中，第三子结构域中约5％-100％(例如，约10％-100％、20％-100％、30％-100％、40％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等)的所有糖独立地是经修饰的糖。在一些实施例中，第三子结构域中约5％-100％(例如，约10％-100％、20％-100％、30％-100％、40％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％.90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％.95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等)的所有糖独立地是双环糖(例如，LNA糖)或2′-OR修饰的糖，其中R独立地是任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，第三子结构域中约5％-100％(例如，约10％-100％、20％-100％、30％-100％、40％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等)的所有糖独立地是2′-OR修饰的糖，其中R独立地是任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，百分比为至少约50％。在一些实施例中，百分比为至少约55％。在一些实施例中，百分比为至少约60％。在一些实施例中，百分比为至少约65％。在一些实施例中，百分比为至少约70％。在一些实施例中，百分比为至少约75％。在一些实施例中，百分比为至少约80％。在一些实施例中，百分比为至少约85％。在一些实施例中，百分比为至少约90％。在一些实施例中，百分比为至少约95％。在一些实施例中，百分比为约100％。在一些实施例中，R是甲基。在一些实施例中，N-2包含2’-OR修饰的糖，其中R不是-H。在一些实施例中，N-3包含2’-F修饰的糖。在一些实施例中，N-3后的每个核苷独立地包含2’-OR修饰的糖，其中R不是-H。在一些实施例中，N-3包含2’-F修饰的糖并且第三子结构域中的每个其他核苷独立地包含2’-OR修饰的糖，其中R不是-H。在一些实施例中，2’-OR修饰的糖独立地是2’-OMe或2’-MOE修饰的糖。在一些实施例中，2’-OR修饰的糖独立地是2’-OMe修饰的糖。在一些实施例中，每个2’-OR修饰的糖独立地是2’-OR修饰的糖(其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基)或双环糖。在一些实施例中，每个2’-OR修饰的糖独立地是2’-OR修饰的糖，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，每个2’-OR修饰的糖独立地是2’-OMe或2’-MOE修饰的糖。在一些实施例中，每个2’-OR修饰的糖独立地是2’-OMe修饰的糖。
在一些实施例中，第三子结构域包含约1-50个(例如约5、6、7、8、9、或10-约10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个，或约5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个等，约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、或20个等)独立地具有不是2’-F的修饰的经修饰的糖。在一些实施例中，第三子结构域中约5％-100％(例如约10％-100％、20％-100％、30％-100％、40％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、或100％等)的糖独立地是具有不是2’-F的修饰的经修饰的糖。在一些实施例中，第三子结构域中约50％-100％(例如约50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、或100％等)的糖独立地是具有不是2’-F的修饰的经修饰糖。在一些实施例中，第三子结构域的经修饰的糖各自独立地选自双环糖(例如LNA糖)、无环糖(例如UNA糖)、具有2’-OR修饰的糖、或具有2’-N(R)2修饰的糖，其中每个R独立地是任选地经取代的C1-6脂肪族基。
在一些实施例中，第三子结构域包含约1-50个(例如，约5、6、7、8、9或10-约10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个，或约5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个等，约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个等)经修饰的糖，其独立地选自双环糖(例如，LNA糖)、无环糖(例如，UNA糖)、具有2′-OR修饰的糖或具有2′-N(R)2修饰的糖，其中每个R独立地是任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，第三子结构域中约5％-100％(例如，约10％-100％、20％-100％、30％-100％、40％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等)的糖独立地是选自双环糖(例如，LNA糖)、无环糖(例如，UNA糖)、具有2′-OR修饰的糖或具有2′-N(R)2修饰的糖的经修饰的糖，其中每个R独立地是任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，第三子结构域中约50％-100％(例如，约50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等)的糖独立地是选自双环糖(例如，LNA糖)、无环糖(例如，UNA糖)、具有2′-OR修饰的糖或具有2’-N(R)2修饰的糖的经修饰的糖，其中每个R独立地是任选地经取代的C1-6脂肪族基。
在一些实施例中，第三子结构域中的每个糖独立地包含2′-OR修饰，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基，或2′-O-LB-4′修饰。在一些实施例中，第三子结构域中的每个糖独立地包含2′-OR修饰，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基，或2′-O-LB-4′修饰，其中LB是任选地经取代的-CH2-。在一些实施例中，第三子结构域中的每个糖独立地包含2′-OMe。
在一些实施例中，第三子结构域包含一个或多个(例如，约1-20，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个等)2′-F修饰的糖。在一些实施例中，第三子结构域不含2′-F修饰的糖。在一些实施例中，第三子结构域包含一个或多个双环糖和/或2′-OR修饰的糖，其中R不是-H。在一些实施例中，与2′-F修饰的糖的水平相比，单独或组合的双环糖和/或2′-OR修饰的糖(其中R不是-H)的水平相对较高。在一些实施例中，第三子结构域中不超过约1％-95％(例如，不超过约1％、5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％等)的糖包含2′-F。在一些实施例中，第三子结构域中不超过约50％的糖包含2′-F。在一些实施例中，第三子结构域包含一个或多个(例如，约1-20，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个等)包含2′-N(R)2修饰的经修饰的糖。在一些实施例中，第三子结构域包含一个或多个(例如，约1-20，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个等)包含2′-NH2修饰的经修饰的糖。在一些实施例中，第三子结构域包含一个或多个(例如，约1-20，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个等)双环糖，例如LNA糖。在一些实施例中，第三子结构域包含一个或多个(例如，约1-20，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个等)无环糖(例如，UNA糖)。
在一些实施例中，第三子结构域中不超过约1％-95％(例如，不超过约1％、5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％等)的糖包含2’-MOE。在一些实施例中，第三子结构域中不超过约50％的糖包含2′-MOE。在一些实施例中，第三子结构域中没有糖包含2′-MOE。
在一些实施例中，第三子结构域包含约1-50、1-40、1-30、1-25、1-20、1-15、1-10个(例如，约5、6、7、8、9或10-约10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个，或约5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个等，约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个等)经修饰的核苷酸间键联。在一些实施例中，第三子结构域中约5％-100％(例如，约10％-100％、20％-100％、30％-100％、40％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等)的核苷酸间键联是经修饰的核苷酸间键联。在一些实施例中，第三子结构域中的每个核苷酸间键联独立地是经修饰的核苷酸间键联。在一些实施例中，每个经修饰的核苷酸间键联独立地是手性核苷酸间键联。在一些实施例中，经修饰的或手性的核苷酸间键联是硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，经修饰的或手性的核苷酸间键联是不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，经修饰的或手性的核苷酸间键联是中性核苷酸间键联，例如n001。在一些实施例中，每个经修饰的核苷酸间键联独立地是硫代磷酸酯核苷酸间键联或不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，每个经修饰的核苷酸间键联独立地是硫代磷酸酯核苷酸间键联或中性核苷酸间键联。在一些实施例中，每个经修饰的核苷酸间键联独立地是硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，第三子结构域中的至少约1-50、1-40、1-30、1-25、1-20、1-15、1-10个(例如，约5、6、7、8、9或10-约10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个，或约5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个等，约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个等)手性核苷酸间键联是手性控制的。在一些实施例中，第三子结构域中至少5％-100％(例如，约10％-100％、20％-100％、30％-100％、40％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％。10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等)的手性核苷酸间键联是手性控制的。在一些实施例中，第三子结构域中至少5％-100％(例如，约10％-100％、20％-100％、30％-100％、40％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等)的硫代磷酸酯核苷酸间键联是手性控制的。在一些实施例中，每个独立地是手性控制的。在一些实施例中，第三子结构域中的至少约1-50、1-40、1-30、1-25、1-20、1-15、1-10个(例如，约5、6、7、8、9或10-约10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个，或约5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个等，约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个等)手性核苷酸间键联是Sp。在一些实施例中，每个独立地是手性控制的。在一些实施例中，第三子结构域中的至少约1-50、1-40、1-30、1-25、1-20、1-15、1-10个(例如，约5、6、7、8、9或10-约10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个，或约5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个等，约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个等)硫代磷酸酯核苷酸间键联是Sp。在一些实施例中，第三子结构域中至少5％-100％(例如，约10％-100％、20％-100％、30％-100％、40％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等)的手性核苷酸间键联是Sp。在一些实施例中，第三子结构域中至少5％-100％(例如，约10％-100％、20％-100％、30％-100％、40％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等)的硫代磷酸酯核苷酸间键联是Sp。在一些实施例中，数目为一个或多个。在一些实施例中，数目为2个或更多个。在一些实施例中，数目为3个或更多个。在一些实施例中，数目为4个或更多个。在一些实施例中，数目为5个或更多个。在一些实施例中，数目为6个或更多个。在一些实施例中，数目为7个或更多个。在一些实施例中，数目为8个或更多个。在一些实施例中，数目为9个或更多个。在一些实施例中，数目为10个或更多个。在一些实施例中，数目为11个或更多个。在一些实施例中，数目为12个或更多个。在一些实施例中，数目为13个或更多个。在一些实施例中，数目为14个或更多个。在一些实施例中，数目为15个或更多个。在一些实施例中，百分比为至少约50％。在一些实施例中，百分比为至少约55％。在一些实施例中，百分比为至少约60％。在一些实施例中，百分比为至少约65％。在一些实施例中，百分比为至少约70％。在一些实施例中，百分比为至少约75％。在一些实施例中，百分比为至少约80％。在一些实施例中，百分比为至少约85％。在一些实施例中，百分比为至少约90％。在一些实施例中，百分比为至少约95％。在一些实施例中，百分比为约100％。在一些实施例中，连接两个第三子结构域核苷的每个核苷酸间键联独立地是经修饰的核苷酸间键联。在一些实施例中，每个经修饰的核苷酸间键联独立地是手性核苷酸间键联。在一些实施例中，每个经修饰的核苷酸间键联独立地是硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，每个手性核苷酸间键联独立地是硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，每个经修饰的核苷酸间键联独立地是Sp手性核苷酸间键联。在一些实施例中，每个经修饰的核苷酸间键联独立地是Sp硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，每个手性核苷酸间键联独立地是Sp硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，第三子结构域的核苷酸间键联与第三子结构域的两个核苷键合。在一些实施例中，与第三子结构域中的核苷和第二子结构域中的核苷键合的核苷酸间键联可以被适当地认为是第三子结构域的核苷酸间键联。在一些实施例中，与第三子结构域中的核苷和第二子结构域中的核苷键合的核苷酸间键联是经修饰的核苷酸间键联；在一些实施例中，其是手性核苷酸间键联；在一些实施例中，其是手性控制的；在一些实施例中，其是Rp；在一些实施例中，其是Sp。
在一些实施例中，第三子结构域包含一定水平的Rp核苷酸间键联。在一些实施例中，水平为第三子结构域中的所有核苷酸间键联的约例如约5％-100％、约10％-100％、20％-100％、30％-100％、40％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等。在一些实施例中，水平为第三子结构域中的所有手性核苷酸间键联的约例如约5％-100％、约10％-100％、20％-100％、30％-100％、40％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等。在一些实施例中，水平为第三子结构域中的所有手性控制的核苷酸间键联的约例如约5％-100％、约10％-100％、20％-100％、30％-100％、40％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等。在一些实施例中，百分比为约或不超过约50％。在一些实施例中，百分比为至少约55％。在一些实施例中，百分比为至少约60％。在一些实施例中，百分比为至少约65％。在一些实施例中，百分比为至少约70％。在一些实施例中，百分比为至少约75％。在一些实施例中，百分比为至少约80％。在一些实施例中，百分比为至少约85％。在一些实施例中，百分比为至少约90％。在一些实施例中，百分比为至少约95％。在一些实施例中，百分比为约100％。在一些实施例中，百分比为约或不超过约5％。在一些实施例中，百分比为约或不超过约10％。在一些实施例中，百分比为约或不超过约15％。在一些实施例中，百分比为约或不超过约20％。在一些实施例中，百分比为约或不超过约25％。在一些实施例中，百分比为约或不超过约30％。在一些实施例中，百分比为约或不超过约35％。在一些实施例中，百分比为约或不超过约40％。在一些实施例中，百分比为约或不超过约45％。在一些实施例中，百分比为约或不超过约50％。在一些实施例中，约1-50、1-40、1-30、1-25、1-20、1-15、1-10、1-5，例如约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个核苷酸间键联独立地是Rp手性核苷酸间键联。在一些实施例中，数目为约或不大于约1。在一些实施例中，数目为约或不大于约2。在一些实施例中，数目为约或不大于约3。在一些实施例中，数目为约或不大于约4。在一些实施例中，数目为约或不大于约5。在一些实施例中，数目为约或不大于约6。在一些实施例中，数目为约或不大于约7。在一些实施例中，数目为约或不大于约8。在一些实施例中，数目为约或不大于约9。在一些实施例中，数目为约或不大于约10。
在一些实施例中，第三子结构域中的每个硫代磷酸酯核苷酸间键联独立地是手性控制的。在一些实施例中，每个独立地是Sp或Rp。在一些实施例中，高水平是如本文所述的Sp。在一些实施例中，第三子结构域中的每个硫代磷酸酯核苷酸间键联是手性控制的并且是Sp。在一些实施例中，一个或多个，例如约1-5个(例如，约1、2、3、4或5个)是Rp。
在一些实施例中，如在某些实例中所展示的，第三子结构域包含一个或多个不带负电荷的核苷酸间键联，其各自任选地并且独立地是手性控制的。在一些实施例中，每个不带负电荷的核苷酸间键联独立地是n001。在一些实施例中，手性不带负电荷的核苷酸间键联不是手性控制的。在一些实施例中，每个手性不带负电荷的核苷酸间键联都不是手性控制的。在一些实施例中，手性不带负电荷的核苷酸间键联是手性控制的。在一些实施例中，手性不带负电荷的核苷酸间键联是手性控制的并且是Rp。在一些实施例中，手性不带负电荷的核苷酸间键联是手性控制的并且是Sp。在一些实施例中，每个手性不带负电荷的核苷酸间键联是手性控制的。在一些实施例中，第三子结构域中不带负电荷的核苷酸间键联的数目为约1-10，或约1、2、3、4、5、6、7、8、9或10。在一些实施例中，其为约1。在一些实施例中，其为约2。在一些实施例中，其为约3。在一些实施例中，其为约4。在一些实施例中，其为约5。在一些实施例中，两个或更多个不带负电荷的核苷酸间键联是连续的。在一些实施例中，没有两个不带负电荷的核苷酸间键联是连续的。在一些实施例中，第三子结构域中的所有不带负电荷的核苷酸间键联都是连续的(例如，3个连续的不带负电荷的核苷酸间键联)。在一些实施例中，不带负电荷的核苷酸间键联，或两个或更多个(例如，约2个、约3个、约4个等)连续的不带负电荷的核苷酸间键联位于第三子结构域的3′-末端。在一些实施例中，第三子结构域的后两个或三个或四个核苷酸间键联包含至少一个不是不带负电荷的核苷酸间键联的核苷酸间键联。在一些实施例中，第三子结构域的后两个或三个或四个核苷酸间键联包含至少一个不是n001的核苷酸间键联。在一些实施例中，连接第三子结构域的后两个核苷的核苷酸间键联是不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，连接第三子结构域的后两个核苷的核苷酸间键联是Sp不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，连接第三子结构域的后两个核苷的核苷酸间键联是Rp不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，连接第三子结构域的后两个核苷的核苷酸间键联是硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，连接第三子结构域的后两个核苷的核苷酸间键联是Sp硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，第三子结构域的后两个核苷是第二结构域的后两个核苷。在一些实施例中，第三子结构域的后两个核苷是寡核苷酸的后两个核苷。在一些实施例中，连接第三子结构域的前两个核苷的核苷酸间键联是不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，连接第三子结构域的前两个核苷的核苷酸间键联是Sp不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，连接第三子结构域的前两个核苷的核苷酸间键联是Rp不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，连接第三子结构域的前两个核苷的核苷酸间键联是硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，连接第三子结构域的前两个核苷的核苷酸间键联是Sp硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，不带负电荷的核苷酸间键联是中性核苷酸间键联，如n001。在一些实施例中，其是手性控制的并且是Rp。在一些实施例中，寡核苷酸的最后和/或倒数第二核苷酸间键联是不带负电荷的核苷酸间键联，如磷酰基胍核苷酸间键联，像n001。在一些实施例中，其是手性控制的并且是Rp。
在一些实施例中，第三子结构域包含一个或多个(例如，约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10个)天然磷酸酯键联。在一些实施例中，第三子结构域不含有天然磷酸酯键联。在一些实施例中，核苷酸间键联与N-2键合并且N-3是天然磷酸酯键联。在一些实施例中，N-3的糖是2’-F修饰的糖，并且N-2的糖是2’-OR修饰的糖，其中R不是-H(例如2’-OMe修饰的糖)。在一些实施例中，在与第三子结构域的两个核苷键合的所有核苷酸间键联中，一个是天然磷酸酯键联(例如如本文所述的N-2和N-3之间)，一个是Rp不带负电荷的核苷酸间键联(如磷酰基胍核苷酸间键联n001)(例如寡核苷酸的最后或倒数第二核苷酸间键联)，并且所有其他的均是Sp硫代磷酸酯核苷酸间键联。
在一些实施例中，第三子结构域包含5′-末端部分，例如具有约1-20、1-15、1-10、1-8、1-5、1-3、3-8或约1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个核碱基的长度的部分。在一些实施例中，5′-末端部分具有约1-3个核碱基的长度。在一些实施例中，长度为一个核碱基。在一些实施例中，长度为2个核碱基。在一些实施例中，长度为3个核碱基。在一些实施例中，长度为4个核碱基。在一些实施例中，长度为5个核碱基。在一些实施例中，长度为6个核碱基。在一些实施例中，长度为7个核碱基。在一些实施例中，长度为8个核碱基。在一些实施例中，长度为9个核碱基。在一些实施例中，长度为10个核碱基。在一些实施例中，5′-末端部分包含第三子结构域的5′-末端核碱基。在一些实施例中，第三子结构域包含3′-末端部分和5′-末端部分或由其组成。在一些实施例中，5′-末端部分包含第三子结构域的5′-末端核碱基。在一些实施例中，第三子结构域的5′-末端部分与第二子结构域键合。
在一些实施例中，5′-末端部分包含一个或多个具有两个2′-H的糖(例如，天然DNA糖)。在一些实施例中，5′-末端部分包含一个或多个具有2′-OH的糖(例如，天然RNA糖)。在一些实施例中，5’-末端部分中的糖的一个或多个(例如，约1-20、1-15、1-10、3-8或约1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个)独立地是经修饰的糖。在一些实施例中，5′-末端部分中约5％-100％(例如，约10％-100％、20-100％、30％-100％、40％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等)的糖独立地是经修饰的糖。在一些实施例中，每个糖独立地是经修饰的糖。在一些实施例中，经修饰的糖独立地选自双环糖(例如，LNA糖)、无环糖(例如，UNA糖)、具有2′-OR修饰的糖或具有2′-N(R)2修饰的糖，其中每个R独立地是任选地经取代的C1-6脂肪族基。
在一些实施例中，一个或多个经修饰的糖独立地包含2′-F或2′OR，其中R独立地是任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，一个或多个经修饰的糖独立地是2′-F或2′-OMe。在一些实施例中，5′-末端部分中的每个经修饰的糖独立地是双环糖(例如，LNA糖)或具有2′-OR修饰的糖(其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基)。在一些实施例中，5′-末端部分中的每个经修饰的糖独立地是双环糖(例如，LNA糖)或具有2′-OR修饰的糖(其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基)。在一些实施例中，5′-末端部分中的每个经修饰的糖独立地是具有2′-OR修饰的糖，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，R是甲基。
在一些实施例中，与3′-末端部分相比，5′-末端部分含有更高水平(数量和/或百分比)的2′-F修饰的糖和/或包含两个2′-H的糖(例如，天然DNA糖)，和/或更低水平(数量和/或百分比)的其他类型的经修饰的糖，例如，双环糖和/或具有2′-OR修饰的糖，其中R独立地是任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，与3′-末端部分相比，5′-末端部分含有更高水平的2′-F修饰的糖和/或更低水平的2′-OR修饰的糖，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，与3′-末端部分相比，5′-末端部分含有更高水平的2′-F修饰的糖和/或更低水平的2′-OMe修饰的糖。在一些实施例中，与3′-末端部分相比，5′-末端部分含有更高水平的天然DNA糖和/或更低水平的2′-OR修饰的糖，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，与3′-末端部分相比，5′-末端部分含有更高水平的天然DNA糖和/或更低水平的2′-OMe修饰的糖。在一些实施例中，5’-末端部分含有低水平的(例如，不超过50％、40％、30％、25％、20％或10％的，或不超过1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个)作为双环糖或含有2′-OR的糖的经修饰的糖(其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基(例如，甲基))。在一些实施例中，5′-末端部分不含作为双环糖或包含2′-OR的糖的经修饰的糖(其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基(例如，甲基))。
在一些实施例中，一个或多个经修饰的糖独立地包含2′-F。在一些实施例中，没有经修饰的糖包含2′-OMe或其他2′-OR修饰，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，5′-末端部分的每个糖独立地包含两个2′-H或2′-F修饰。在一些实施例中，5’-末端部分包含1、2、3、4或5个2′-F修饰的糖。在一些实施例中，5’-末端部分包含1-3个2′-F修饰的糖。在一些实施例中，5’-末端部分包含1、2、3、4或5个天然DNA糖。在一些实施例中，5’-末端部分包含1-3个天然DNA糖。
在一些实施例中，5’-末端部分的一个或多个(例如，约1-10个，或约1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个)核苷酸间键联独立地是经修饰的核苷酸间键联。在一些实施例中，5’-末端部分的一个或多个(例如，约1-10个，或约1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个)核苷酸间键联独立地是手性核苷酸间键联。在一些实施例中，5’-末端部分的一个或多个(例如，约1-10个，或约1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个)核苷酸间键联独立地是手性控制的核苷酸间键联。在一些实施例中，5’-末端部分的一个或多个(例如，约1-10个，或约1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个)核苷酸间键联是Rp。在一些实施例中，5’-末端部分的一个或多个(例如，约1-10个，或约1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个)核苷酸间键联是Sp。在一些实施例中，5′-末端部分的每个核苷酸间键联是Sp。在一些实施例中，与3′-末端部分相比，5′-末端部分含有更高水平(数量和/或百分比)的Rp核苷酸间键联和/或天然磷酸酯键联。
在一些实施例中，5′-末端部分包含如本文所述的一个或多个(例如，约1-10个，或约1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个)错配。在一些实施例中，5′-末端部分包含如本文所述的一个或多个(例如，约1-10个，或约1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个)摆动。在一些实施例中，5′-末端部分与靶核酸约60％-100％(例如，66％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或更多)互补。在一些实施例中，互补性为60％或更高。在一些实施例中，互补性为70％或更高。在一些实施例中，互补性为75％或更高。在一些实施例中，互补性为80％或更高。在一些实施例中，互补性为90％或更高。
在一些实施例中，第三子结构域包含3′-末端部分，例如具有约1-20、1-15、1-10、1-8、1-4、3-8或约1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个核碱基的长度的部分。在一些实施例中，3′-末端部分具有约3-6个核碱基的长度。在一些实施例中，长度为一个核碱基。在一些实施例中，长度为2个核碱基。在一些实施例中，长度为3个核碱基。在一些实施例中，长度为4个核碱基。在一些实施例中，长度为5个核碱基。在一些实施例中，长度为6个核碱基。在一些实施例中，长度为7个核碱基。在一些实施例中，长度为8个核碱基。在一些实施例中，长度为9个核碱基。在一些实施例中，长度为10个核碱基。在一些实施倒中，3′-末端部分包含第三子结构域的3′-末端核碱基。
在一些实施例中，3′-末端部分包含一个或多个具有两个2′-H的糖(例如，天然DNA糖)。在一些实施例中，3′-末端部分包含一个或多个具有2′-OH的糖(例如，天然RNA糖)。在一些实施例中，3′-末端部分中的糖的一个或多个(例如，约1-20、1-15、1-10、3-8或约1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个)独立地是经修饰的糖。在一些实施例中，3′-末端部分中约5％-100％(例如，约10％-100％、20％-100％、30％-100％、40％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等)的糖独立地是经修饰的糖。在一些实施例中，每个糖独立地是经修饰的糖。在一些实施例中，经修饰的糖独立地选自双环糖(例如，LNA糖)、无环糖(例如，UNA糖)、具有2′-OR修饰的糖或具有2′-N(R)2修饰的糖，其中每个R独立地是任选地经取代的C1-6脂肪族基。
在一些实施例中，一个或多个经修饰的糖独立地包含2′-F或2′OR，其中R独立地是任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，一个或多个经修饰的糖独立地是2′-F或2′-OMe。在一些实施例中，3′-末端部分中的每个经修饰的糖独立地是双环糖(例如，LNA糖)或具有2′-OR修饰的糖(其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基)。在一些实施例中，3′-末端部分中的每个经修饰的糖独立地是双环糖(例如，LNA糖)或具有2′-OR修饰的糖(其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基)。在一些实施例中，3′-末端部分中的每个经修饰的糖独立地是具有2′-OR修饰的糖，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，R是甲基。
在一些实施例中，3′-末端部分中的一个或多个糖独立地包含2′-OR修饰，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基，或2′-O-LB-4′修饰。在一些实施例中，3′-末端部分中的每个糖独立地包含2′-OR修饰，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基，或2′-O-LB-4′修饰。在一些实施例中，LB是任选地经取代的-CH2-。在一些实施例中，LB是-CH2-。在一些实施例中，3′-末端部分中的每个糖独立地包含2′-OMe。
在一些实施例中，3′-末端部分的一个或多个(例如，约1-10个，或约1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个)核苷酸间键联独立地是经修饰的核苷酸间键联。在一些实施例中，3′-末端部分的一个或多个(例如，约1-10个，或约1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个)核苷酸间键联独立地是手性核苷酸间键联。在一些实施例中，3′-末端部分的一个或多个(例如，约1-10个，或约1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个)核苷酸间键联独立地是手性控制的核苷酸间键联。在一些实施例中，3′-末端部分的一个或多个(例如，约1-10个，或约1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个)核苷酸间键联是Rp。在一些实施例中，3′-末端部分的一个或多个(例如，约1-10个，或约1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个)核苷酸间键联是Sp。在一些实施例中，3′-末端部分的每个核苷酸间键联是Sp。
在一些实施侧中，3’-末端部分包含如本文所述的一个或多个(例如，约1-10个，或约1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个)错配。在一些实施例中，3’-末端部分包含如本文所述的一个或多个(例如，约1-10个，或约1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个)摆动。在一些实施例中，3′-末端部分与靶核酸约60％-100％(例如，66％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或更多)互补。在一些实施例中，互补性为60％或更高。在一些实施例中，互补性为70％或更高。在一些实施例中，互补性为75％或更高。在一些实施例中，互补性为80％或更高。在一些实施例中，互补性为90％或更高。
在一些实施例中，第三子结构域募集蛋白如ADAR蛋白(如，ADAR1、ADAR2等)，促进或有助于该蛋白的募集。在一些实施例中，第二子结构域募集蛋白(如ADAR蛋白)，或促进或有助于与该蛋白的相互作用。在一些实施例中，第三子结构域与ADAR的RNA结合结构域(RBD)接触。在一些实施例中，第三子结构域与ADAR的具有脱氨酶活性的催化结构域接触。在一些实施例中，第三子结构域与ADAR1的具有脱氨酶活性的结构域接触。在一些实施例中，第三子结构域与ADAR2的具有脱氨酶活性的结构域接触。在一些实施例中，第三子结构域的多种核碱基、糖和/或核苷酸间键联可与蛋白(例如，ADAR蛋白)的一个或多个残基相互作用。
尤其是，可以在寡核苷酸中利用手性核苷酸间键联的键联磷的手性控制以提供多种特性和/或活性。在一些实施例中，Rp核苷酸间键联(例如Rp硫代磷酸酯核苷酸间键联)、核苷酸间键联(例如Rp硫代磷酸酯核苷酸间键联)、或非手性控制的核苷酸间键联(例如非手性控制的硫代磷酸酯核苷酸间键联)在与靶腺苷相反的核苷的位置-8、-7、-6、-5、-4、-3、-2、-1、+1、+2、+3、+4、+5、+6、+7、和+8中的一个或多个处(“+”是从该核苷向寡核苷酸的5′-末端计数的，其中+1位置处的核苷酸间键联是与靶腺苷相反的核苷和其5’侧相邻核苷之间的核苷酸间键联(例如与靶腺苷相反的核苷的5’-碳键合的核苷酸间键联，或5’-N1N0N-1-3’的N1和N0之间的，其中如本文所述N0是与靶腺苷相反的核苷)，并且“-”是从该核苷向寡核苷酸的3’-末端计数的，其中-1位置处的核苷酸间键联是与靶腺苷相反的核苷和其3’侧相邻核苷之间的核苷酸间键联(例如与靶腺苷相反的核苷的3’-碳键合的核苷酸间键联，或5’-N1N0N-1-3’的N-1和N0之间的，其中如本文所述N0是与靶腺苷相反的核苷))。在一些实施例中，Rp核苷酸间键联(例如，Rp硫代磷酸酯核苷酸间键联)在与靶腺苷相反的核苷的位置-8、-7、-6、-5、-4、-3、-2、-1、+1、+2、+3、+4、+5、+6、+7和+8中的一个或多个处。在一些实施例中，Rp核苷酸间键联(例如，Rp硫代磷酸酯核苷酸间键联)在与靶腺苷相反的核苷的位置-2、-1、+3、+4、+5、+6、+7和+8中的一个或多个处。在一些实施例中，Sp核苷酸间键联(例如，Sp硫代磷酸酯核苷酸间键联)在与靶腺苷相反的核苷的位置-8、-7、-6、-5、-4、-3、-2、-1、+1、+2、+3、+4、+5、+6、+7和+8中的一个或多个处。在一些实施例中，Sp核苷酸间键联(例如，Sp硫代磷酸酯核苷酸间键联)在与靶腺苷相反的核苷的位置-2、-1、+3、+4、+5、+6、+7和+8中的一个或多个处。在一些实施例中，非手性控制的核苷酸间键联(例如，非手性控制的硫代磷酸酯核苷酸间键联)在与靶腺苷相反的核苷的位置-8、-7、-6、-5、-4、-3、-2、-1、+1、+2、+3、+4、+5、+6、+7和+8中的一个或多个处。在一些实施例中，非手性控制的核苷酸间键联(例如，非手性控制的硫代磷酸酯核苷酸间键联)在与靶腺苷相反的核苷的位置-2、-1、+3、+4、+5、+6、+7和+8中的一个或多个处。
在一些实施例中，Rp在位置+8处。在一些实施例中，Rp在位置+7处。在一些实施例中，Rp在位置-6处。在一些实施例中，Rp在位置+5处。在一些实施例中，Rp在位置+4处。在一些实施例中，Rp在位置+3处。在一些实施例中，Rp在位置+2处。在一些实施例中，Rp在位置+1处。在一些实施例中，Rp在位置-1处。在一些实施例中，Rp在位置-2处。在一些实施例中，Rp在位置-3处。在一些实施例中，Rp在位置-4处。在一些实施例中，Rp在位置-5处。在一些实施例中，Rp在位置-6处。在一些实施例中，Rp在位置-7处。在一些实施例中，Rp在位置-8处。在一些实施例中，Rp是手性控制的硫代磷酸酯核苷酸间键联的构型。在一些实施例中，Sp在位置+8处。在一些实施例中，Sp在位置+7处。在一些实施例中，Sp在位置-6处。在一些实施例中，Sp在位置+5处。在一些实施例中，Sp在位置+4处。在一些实施例中，Sp在位置+3处。在一些实施例中，Sp在位置+2处。在一些实施例中，Sp在位置+1处。在一些实施例中，Sp在位置-1处。在一些实施例中，Sp在位置-2处。在一些实施例中，Sp在位置-3处。在一些实施例中，Sp在位置-4处。在一些实施例中，Sp在位置-5处。在一些实施例中，Sp在位置-6处。在一些实施例中，Sp在位置-7处。在一些实施例中，Sp在位置-8处。在一些实施例中，Sp是手性控制的硫代磷酸酯核苷酸间键联的构型。在一些实施例中，非手性控制的核苷酸间键联在位置+8处。在一些实施例中，非手性控制的核苷酸间键联在位置+7处。在一些实施例中，非手性控制的核苷酸间键联在位置-6处。在一些实施例中，非手性控制的核苷酸间键联在位置+5处。在一些实施例中，非手性控制的核苷酸间键联在位置+4处。在一些实施例中，非手性控制的核苷酸间键联在位置+3处。在一些实施例中，非手性控制的核苷酸间键联在位置+2处。在一些实施例中，非手性控制的核苷酸间键联在位置+1处。在一些实施例中，非手性控制的核苷酸间键联在位置-1处。在一些实施例中，非手性控制的核苷酸间键联在位置-2处。在一些实施例中，非手性控制的核苷酸间键联在位置-3处。在一些实施例中，非手性控制的核苷酸间键联在位置-4处。在一些实施例中，非手性控制的核苷酸间键联在位置-5处。在一些实施例中，非手性控制的核苷酸间键联在位置-6处。在一些实施例中，非手性控制的核苷酸间键联在位置-7处。在一些实施例中，非手性控制的核苷酸间键联在位置-8处。在一些实施例中，非手性控制的核苷酸间键联是非手性控制的硫代磷酸酯核苷酸间键联。
在一些实施例中，第一结构域包含一个或多个(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个)Rp核苷酸间键联(例如，Rp硫代磷酸酯核苷酸间键联)。在一些实施例中，第一结构域包含一个或多个(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个)Sp核苷酸间键联(例如，Sp硫代磷酸酯核苷酸间键联)。在一些实施例中，第一结构域包含一个或多个(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个)非手性控制的核苷酸间键联(例如，非手性控制的硫代磷酸酯核苷酸间键联)。在一些实施例中，这样的核苷酸间键联是连续的。在一些实施例中，第一结构域中至少约50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％或95％的或所有的核苷酸间键联是手性控制的并且是Sp。在一些实施例中，第一结构域中至少约50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％或95％的或所有的硫代磷酸酯核苷酸间键联是手性控制的并且是Sp。在一些实施例中，第二结构域包含一个或多个(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个)Rp核苷酸间键联(例如，Rp硫代磷酸酯核苷酸间键联)。在一些实施例中，第二结构域包含一个或多个(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个)Sp核苷酸间键联(例如，Sp硫代磷酸酯核苷酸间键联)。在一些实施例中，第二结构域包含一个或多个(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个)非手性控制的核苷酸间键联(例如，非手性控制的硫代磷酸酯核苷酸间键联)。在一些实施例中，这样的核苷酸间键联是连续的。在一些实施例中，第二结构域中至少约50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％或95％的或所有的核苷酸间键联是手性控制的并且是Sp。在一些实施例中，第二结构域中至少约50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％或95％的或所有的硫代磷酸酯核苷酸间键联是手性控制的并且是Sp。在一些实施例中，第一子结构域包含一个或多个(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个)Rp核苷酸间键联(例如，Rp硫代磷酸酯核苷酸间键联)。在一些实施例中，第一子结构域包含一个或多个(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个)Sp核苷酸间键联(例如，Sp硫代磷酸酯核苷酸间键联)。在一些实施例中，第一子结构域包含一个或多个(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个)非手性控制的核苷酸间键联(例如，非手性控制的硫代磷酸酯核苷酸间键联)。在一些实施例中，这样的核苷酸间键联是连续的。在一些实施例中，这样的核苷酸间键联在第一子结构域的3′-末端部分处。
在一些实施例中，在所提供的寡核苷酸及其组合物中使用一个或多个天然磷酸酯键联。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸或其部分(例如，第一结构域、第二结构域、第一子结构域、第二子结构域、第三子结构域等)包含一个或多个(例如，约或至少约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、35、40、45或50个或更多个)天然磷酸酯键联。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸或其部分(例如，第一结构域、第二结构域、第一子结构域、第二子结构域、第三子结构域等)包含两个或更多个(例如，约或至少约2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、35、40、45或50个或更多个)连续天然磷酸酯键联。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸或其部分(例如，第一结构域、第二结构域、第一子结构域、第二子结构域、第三子结构域等)包含不超过约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、35、40、45或50个天然磷酸酯键联。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸或其部分(例如，第一结构域、第二结构域、第一子结构域、第二子结构域、第三子结构域等)包含不超过2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、35、40、45或50个连续天然磷酸酯键联。在一些实施例中，在所提供的寡核苷酸或其部分(例如，第一结构域、第二结构域、第一子结构域、第二子结构域、第三子结构域等)中约或至少约5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％或95％的或所有的核苷酸间键联是天然磷酸酯键联。在一些实施例中，在所提供的寡核苷酸或其部分(例如，第一结构域、第二结构域、第一子结构域、第二子结构域、第三子结构域等)中约或至少约5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％或95％的或所有的核苷酸间键联不是天然磷酸酯键联。在一些实施例中，在所提供的寡核苷酸或其部分(例如，第一结构域、第二结构域、第一子结构域、第二子结构域、第三子结构域等)中约或至少约5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％或95％的或所有的核苷酸间键联不是连续天然磷酸酯键联。
在一些实施例中，所提供的寡核苷酸或其部分包含一个或多个天然磷酸酯键联和一个或多个经修饰的核苷酸间键联。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸或其部分包含一个或多个天然磷酸酯键联和一个或多个手性控制的经修饰的核苷酸间键联。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸或其部分(例如，第一结构域、第二结构域、第一子结构域、第二子结构域、第三子结构域等)包含不超过约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、35、40、45或50个天然磷酸酯键联，其各自独立地与不含2′-OR修饰的两个糖键合，其中R如本文所述但不是-H。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸或其部分(例如，第一结构域、第二结构域、第一子结构域、第二子结构域、第三子结构域等)包含不超过2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、35、40、45或50个连续天然磷酸酯键联，其各自独立地与不含2′-OR修饰的两个糖键合，其中R如本文所述但不是-H。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸或其部分(例如，第一结构域、第二结构域、第一子结构域、第二子结构域、第三子结构域等)包含不超过约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、35、40、45或50个天然磷酸酯键联，其各自独立地与两个2′-F修饰的糖键合。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸或其部分(例如，第一结构域、第二结构域、第一子结构域、第二子结构域、第三子结构域等)包含不超过2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、35、40、45或50个连续的天然磷酸酯键联，其各自独立地与两个2′-F修饰的糖键合。在一些实施例中，在寡核苷酸或其部分(例如，第一结构域、第二结构域、第一子结构域、第二子结构域、第三子结构域等)中，不超过约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、35、40、45或50个，例如，不超过2个、不超过3个、不超过4个、不超过5个等与不含2′-OR修饰(其中R如本文所述但不是-H)的与两个糖键合的核苷酸间键联是天然磷酸酯键联。在一些实施例中，在寡核苷酸或其部分(例如，第一结构域、第二结构域、第一子结构域、第二子结构域、第三子结构域等)中，不超过约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、35、40、45或50个，例如，不超过2个、不超过3个、不超过4个、不超过5个等与两个2′-F修饰的糖键合的核苷酸间键联是天然磷酸酯键联。在一些实施例中，在寡核苷酸或其部分(例如，第一结构域、第二结构域、第一子结构域、第二子结构域、第三子结构域等)中，不超过约5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％或95％，例如，不超过10％、不超过15％、不超过20％、不超过25％、不超过约30％、不超过约40％、不超过50％等与不含2′-OR修饰(其中R如本文所述但不是-H)的两个糖键合的核苷酸间键联是天然磷酸酯键联。在一些实施例中，在寡核苷酸或其部分(例如，第一结构域、第二结构域、第一子结构域、第二子结构域、第三子结构域等)中，不超过约5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％或95％，例如，不超过10％、不超过15％、不超过20％、不超过25％、不超过约30％、不超过约40％、不超过50％等与两个2′-F修饰的糖键合的核苷酸间键联是天然磷酸酯键联。在一些实施例中，在寡核苷酸或其部分(例如，第一结构域、第二结构域、第一子结构域、第二子结构域、第三子结构域等)中，不超过约2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、35、40、45或50个，例如，不超过2个、不超过3个、不超过4个、不超过5个等与不含2′-OR修饰(其中R如本文所述但不是-H)的两个糖键合的连续核苷酸间键联是天然磷酸酯键联。在一些实施例中，在寡核苷酸或其部分(例如，第一结构域、第二结构域、第一子结构域、第二子结构域、第三子结构域等)中，不超过约2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、35、40、45或50个，例如，不超过2个、不超过3个、不超过4个、不超过5个等与两个2′-F修饰的糖键合的连续核苷酸间键联是天然磷酸酯键联。
在一些实施例中，天然磷酸酯键联在与靶腺苷相反的核苷的位置-8、-7、-6、-5、-4、-3、-2、-1、+1、+2、+3、+4、+5、+6、+7和+8中的一个或多个处。在一些实施例中，天然磷酸酯键联在位置-1和+1中的一个或多个处。在一些实施例中，天然磷酸酯键联在位置-1和+1处。在一些实施例中，天然磷酸酯键联在位置-1处。在一些实施例中，天然磷酸酯键联在位置+1处。在一些实施例中，天然磷酸酯键联在位置+8处。在一些实施例中，天然磷酸酯键联在位置+7处。在一些实施例中，天然磷酸酯键联在位置-6处。在一些实施例中，天然磷酸酯键联在位置+5处。在一些实施例中，天然磷酸酯键联在位置+4处。在一些实施例中，天然磷酸酯键联在位置+3处。在一些实施例中，天然磷酸酯键联在位置+2处。在一些实施例中，天然磷酸酯键联在位置-2处。在一些实施例中，天然磷酸酯键联在位置-3处。在一些实施例中，天然磷酸酯键联在位置-4处。在一些实施例中，天然磷酸酯键联在位置-5处。在一些实施例中，天然磷酸酯键联在位置-6处。在一些实施例中，天然磷酸酯键联在位置-7处。在一些实施例中，天然磷酸酯键联在位置-8处。在一些实施例中，天然磷酸酯键联在位置-1处，并且经修饰的核苷酸间键联在位置+1处。在一些实施例中，天然磷酸酯键联在位置+1处，并且经修饰的核苷酸间键联在位置-1处。在一些实施例中，经修饰的核苷酸间键联是手性控制的。在一些实施例中，经修饰的核苷酸间键联是手性控制的并且是Sp。在一些实施例中，经修饰的核苷酸间键联是手性控制的Sp硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，经修饰的核苷酸间键联是手性控制的并且是Rp。在一些实施例中，经修饰的核苷酸间键联是手性控制的Rp硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，第二结构域包含不超过2个天然磷酸酯键联。在一些实施例中，第二结构域包含不超过1个天然磷酸酯键联。在一些实施例中，可以在寡核苷酸或其部分(例如，第一结构域、第二结构域、第一子结构域、第二子结构域、第三子结构域等)的多种位置利用单个天然磷酸酯键联。
在一些实施例中，在寡核苷酸或其部分的特定位置利用特定类型的糖。例如，在一些实施例中，第一结构域包含多个2′-F修饰的糖(和任选地多个2′-OR修饰的糖，其中R不是-H，在一些实施例中处于比2′-F修饰的糖更低的水平)；第一子结构域包含多个2′-OR修饰的糖，其中R不是-H(例如，2′-OMe修饰的糖；和任选地多个2′-F糖，在一些实施例中处于比2′-OR修饰的糖更低的水平，其中R不是-H)；第二结构域包含一个或多个天然DNA糖(在位置2′处没有取代)和/或一个或多个2′-F修饰的糖；和/或第三子结构域包含多个2′-OR修饰的糖，其中R不是-H(例如，2′-OMe修饰的糖；和任选地多个2′-F糖，在一些实施例中处于比2′-OR修饰的糖更低的水平，其中R不是-H)。在一些实施例中，特定类型的糖独立地在与靶腺苷相反的核苷的位置-8、-7、-6、-5、-4、-3、-2、-1、0、+1、+2、+3、+4、+5、+6、+7和+8中的一个或多个处(“+”是从该核苷向寡核苷酸的5′-末端计数的，“-”是从该核苷向寡核苷酸的3′-末端计数的，其中位置0是与靶腺苷相反的该核苷的位置，例如：5’-...N+2N+1N0N- 1N-2....3’)。在一些实施例中，特定类型的糖独立地在位置-5、-4、-3、-2、-1、0、+1、+2、+3、+4和+5中的一个或多个处。在一些实施例中，特定类型的糖独立地在位置-3、-2、-1、0、+1、+2和+3中的一个或多个处。在一些实施例中，特定类型的糖独立地在位置-2、-1、0、+1和+2中的一个或多个处。在一些实施例中，特定类型的糖独立地在位置-1、0和+1中的一个或多个处。在一些实施例中，特定类型的糖在位置+8处。在一些实施例中，特定类型的糖在位置+7处。在一些实施例中，特定类型的糖在位置+6处。在一些实施例中，特定类型的糖在位置+5处。在一些实施例中，特定类型的糖在位置+4处。在一些实施例中，特定类型的糖在位置+3处。在一些实施例中，特定类型的糖在位置+2处。在一些实施例中，特定类型的糖在位置+1处。在一些实施例中，特定类型的糖在位置0处。在一些实施例中，特定类型的糖在位置-8处。在一些实施例中，特定类型的糖在位置-7处。在一些实施例中，特定类型的糖在位置-6处。在一些实施例中，特定类型的糖在位置-5处。在一些实施例中，特定类型的糖在位置－4处。在一些实施例中，特定类型的糖在位置-3处。在一些实施例中，特定类型的糖在位置-2处。在一些实施例中，特定类型的糖在位置-1处。在一些实施例中，特定类型的糖独立地是选自天然DNA糖(在2′-碳处有两个2′-H)、2′－OMe修饰的糖和2′-F修饰的糖的糖。在一些实施例中，特定类型的糖独立地是选自天然DNA糖(在2′-碳处有两个2′-H)和2′-OMe修饰的糖的糖。在一些实施例中，特定类型的糖独立地是选自天然DNA糖(在2′-碳处有两个2′-H)和2′-F修饰的糖的糖，例如对于位置0、-1和/或+1处的糖。在一些实施例中，特定类型的糖是天然DNA糖(在2′-碳处有两个2′-H)，例如在位置-1、0或+1处。在一些实施例中，特定类型的糖是2′-F修饰的糖，例如在位置-8、-7、-6、-5、-4、-3、-2、-1、0、+1、+2、+3、+4、+5、+6、+7和/或+8处。在一些实施例中，特定类型的糖是2′-F修饰的糖，例如在位置-8、-7、-6、-5、-4、-3、-2、+2、+3、+4、+5、+6、+7和/或+8处。在一些实施例中，2′-F修饰的糖在位置-2处。在一些实施例中，2′-F修饰的糖在位置-3处。在一些实施例中，2′-F修饰的糖在位置-4处。在一些实施例中，2′-F修饰的糖在位置+2处。在一些实施例中，2′-F修饰的糖在位置+3处。在一些实施例中，2′-F修饰的糖在位置+4处。在一些实施例中，2′-F修饰的糖在位置+5处。在一些实施例中，2′-F修饰的糖在位置+6处。在一些实施例中，2′-F修饰的糖在位置+7处。在一些实施例中，2′-F修饰的糖在位置+8处。在一些实施例中，特定类型的糖是2′-OMe修饰的糖，例如在位置-8、-7、-6、-5、-4、-3、-2、-1、0、+1、+2、+3、+4、+5、+6、+7和/或+8处。在一些实施例中，特定类型的糖是2′-OMe修饰的糖，例如在位置-8、-7、-6、-5、-4、-3、-2、+2、+3、+4、+5、+6、+7和/或+8处。在一些实施例中，2′-OMe修饰的糖在位置-2处。在一些实施例中，2′-OMe修饰的糖在位置-3处。在一些实施例中，2′-OMe修饰的糖在位置-4处。在一些实施例中，2′-OMe修饰的糖在位置+2处。在一些实施例中，2′-OMe修饰的糖在位置+3处。在一些实施例中，2′-OMe修饰的糖在位置+4处。在一些实施例中，2′-OMe修饰的糖在位置+5处。在一些实施例中，2′-OMe修饰的糖在位置+6处。在一些实施例中，2′-OMe修饰的糖在位置+7处。在一些实施例中，2′-OMe修饰的糖在位置+8处。在一些实施例中，位置0处的糖不是2′-MOE修饰的糖。在一些实施例中，位置0处的糖是天然DNA糖(在2′-碳处有两个2′-H)。在一些实施例中，位置0处的糖不是2′-MOE修饰的糖。在一些实施例中，位置-1处的糖不是2′-MOE修饰的糖。在一些实施例中，位置-2处的糖不是2′-MOE修饰的糖。在一些实施例中，位置-3处的糖不是2′-MOE修饰的糖。在一些实施例中，第一结构域包含一个或多个2′-F修饰的糖和任选地2′-OR修饰的糖(在一些实施例中处于比2′-F修饰的糖更低的水平)，其中R如本文所述并且不是-H。在一些实施例中，第一结构域包含1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个2′-OR修饰的糖(在一些实施例中处于比2′-F修饰的糖更低的水平)，其中R如本文所述并且不是-H。在一些实施例中，第一结构域包含1、2、3或4个，或1个且不多于1个、2个且不多于2个、3个且不多于3个、或4个且不多于4个2′-OR修饰的糖，其中R是C1-6脂肪族基。在一些实施例中，第一结构域的第一糖、第二糖、第三糖和/或第四糖独立地是2′-OR修饰的糖，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，包含2′-OR的糖是连续的。在一些实施例中，第一结构域在其5′-末端包含2、3、4、5、6、7、8、9或10个连续的糖，其中每个糖独立地包含2′-OR，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，2′-OR是2′-OMe。在一些实施例中，2′-OR是2′-MOE。在一些实施例中，第二结构域包含一个或多个2′-OR修饰的糖(在一些实施例中处于更低的水平)，其中R如本文所述并且不是-H，和任选地2′-F修饰的糖(在一些实施例中处于更低的水平)。在一些实施例中，第一子结构域包含一个或多个2′-OR修饰的糖(在一些实施例中处于更低的水平)，其中R如本文所述并且不是-H，和任选地2′-F修饰的糖(在一些实施例中处于更低的水平)。在一些实施例中，第三子结构域包含一个或多个2′-OR修饰的糖(在一些实施例中处于更低的水平)，其中R如本文所述并且不是-H，和任选地2′-F修饰的糖(在一些实施例中处于更低的水平；在一些实施例中，以更高的水平)。在一些实施例中，第三子结构域包含约或至少约1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个2′-F修饰的糖。在一些实施例中，第三子结构域包含约或至少约1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个连续的2′-F修饰的糖。在一些实施例中，第三子结构域中约或至少约50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％或95％的糖独立地包含2′-F修饰。在一些实施例中，第三子结构域中的第一2′-F修饰的糖(从5′至3′)不是第三子结构域中的第一糖。在一些实施例中，第三子结构域中的第一2′-F修饰的糖在相对于与靶腺苷相反的核苷的位置-3处。在一些实施例中，第三子结构域中的每个糖独立地是经修饰的糖。在一些实施例中，第三子结构域中的每个糖独立地是经修饰的糖，其中修饰选自2′-F和2′-OR，其中R是C1-6脂肪族基。在一些实施例中，修饰选自2′-F和2′-OMe。在一些实施例中，第三子结构域中的每个经修饰的糖独立地是2′-F修饰的糖。在一些实施例中，第三子结构域中的每个经修饰的糖独立地是2′-OMe修饰的糖。在一些实施例中，第三子结构域中的一个或多个经修饰的糖独立地是2′-OMe修饰的糖，并且第三子结构域中的一个或多个经修饰的糖独立地是2′-F修饰的糖。在一些实施例中，第三子结构域中的每个经修饰的糖独立地是2′-F修饰的糖，但第三子结构域的第一糖除外，其在一些实施例中是2′-OMe修饰的糖。在一些实施例中，第三子结构域包含一个或多个2′-OR修饰的糖(在一些实施例中处于更低的水平)，其中R如本文所述并且不是-H，和任选地2′-F修饰的糖(在一些实施例中处于更低的水平)。在一些实施例中，2′-OR是2′-OMe。在一些实施例中，2′-OR是2′-MOE。
编辑区
在一些实施例中，本披露提供了包含编辑区(例如，包含如本文所述5’-N1N0N-1-3或由其组成的区域)的寡核苷酸。在一些实施例中，编辑区是或包含与靶腺苷相反的核苷(典型地，当寡核苷酸的碱基序列与靶序列比对以获得最大互补性和/或寡核苷酸与靶核酸杂交时)及其相邻核苷。在一些实施例中，编辑区是或包含三个核碱基，其中中间的核碱基是与靶腺苷相反的核苷。在一些实施例中，与靶腺苷相反的核苷是如本文所述的N0。
在一些实施例中，与靶腺苷相反的核苷的核碱基(可以称为BA0)是C。在一些实施例中，BA0是如本文所述的经修饰的核碱基。在一些实施例中，核碱基(例如BA0)是或包含具有以下结构的环BA：BA-I、BA-I-a、BA-I-b、BA-I-c、BA-I-d、BA-II、BA-II-a、BA-II-b、BA-II-c、BA-II-d、BA-III、BA-III-a、BA-III-b、BA-III-c、BA-III-d、BA-III-e、BA-IV、BA-IV-a、BA-IV-b、BA-V、BA-V-a、BA-V-b或BA-VI，或环BA的互变异构体，其中核碱基是任选地经取代的或被保护的。在一些实施例中，核碱基是任选地经取代的或被保护的，或以下的任选地经取代的或被保护的互变异构体：C、T、U、次黄嘌呤、c7In、c39z48In、z2c3In、b001U、b002U、b003U、b004U、b005U、b006U、b007U、b008U、b009U、b011U、b012U、b013U、b014U、b015U、b001A、b002A、b003A、b004A、b005A、b006A、b007A、b001G、b002G、b001C、b002C、b003C、b004C、b005C、b006C、b007C、b008C、b009C、b002I、b003I、b004I、b014I、和zdnp。在一些实施例中，核碱基是任选地经取代的或被保护的，或以下的任选地经取代的或被保护的互变异构体：zdnp、b001U、b002U、b003U、b004U、b005U、b006U、b007U、b008U、b009U、b011U、b012U、b013U、b014U、b015U、b001A、b002A、b003A、b004A、b005A、b006A、b007A、b001C、b002C、b003C、b002I、b003I、或b001G。在一些实施例中，N0的核碱基是任选地经取代的或被保护的，或以下的任选地经取代的或被保护的互变异构体：C、zdnp、b001U、b002U、b003U、b004U、b005U、b006U、b007U、b008U、b009U、b011U、b012U、b013U、b014U、b015U、b001A、b002A、b003A、b004A、b005A、b006A、b007A、b001C、b002C、b003C、b002I、b003I、或b001G，并且N0的糖是天然DNA糖。在一些实施例中，N0的核碱基是任选地经取代的或被保护的，或以下的任选地经取代的或被保护的互变异构体：C、zdnp、b001U、b002U、b003U、b004U、b005U、b006U、b007U、b008U、b009U、b011U、b012U、b013U、b014U、b015U、b001A、b002A、b003A、b004A、b005A、b006A、b007A、b001C、b002C、b003C、b002I、b003I、或b001G，并且N0的糖是天然RNA糖。在一些实施例中，N0的核碱基是任选地经取代的或被保护的，或以下的任选地经取代的或被保护的互变异构体：C、zdnp、b001U、b002U、b003U、b004U、b005U、b006U、b007U、b008U、b009U、b011U、b012U、b013U、b014U、b015U、b001A、b002A、b003A、b004A、b005A、b006A、b007A、b001C、b002C、b003C、b002I、b003I、或b001G，并且N0的糖是2’-F修饰的糖。在一些实施例中，N0的核碱基是任选地经取代的或被保护的，或以下的任选地经取代的或被保护的互变异构体：C、zdnp、b001U、b002U、b003U、b004U、b005U、b006U、b007U、b008U、b009U、b011U、b012U、b013U、b014U、b015U、b001A、b002A、b003A、b004A、b005A、b006A、b007A、b001C、b002C、b003C、b002I、b003I、或b001G，并且N0的糖是双环糖(例如LNA糖、cEt糖等)。在一些实施例中，N0的核碱基是任选地经取代的或被保护的，或以下的任选地经取代的或被保护的互变异构体：C、zdnp、b001U、b002U、b003U、b004U、b005U、b006U、b007U、b008U、b009U、b011U、b012U、b013U、b014U、b015U、b001A、b002A、b003A、b004A、b005A、b006A、b007A、b001C、b002C、b003C、b002I、b003I、或b001G，并且N0的糖是包含6元环的糖(例如sm19)。在一些实施例中，BA0是C。在一些实施例中，BA0是T。在一些实施例中，BA0是次黄嘌呤。在一些实施例中，BA0是c7In。在一些实施例中，BA0是c39z48In。在一些实施例中，BA0是z2c3In。在一些实施例中，BA0是U。在一些实施例中，BA0是b001U。在一些实施例中，BA0是b002U。在一些实施例中，BA0是b003U。在一些实施例中，BA0是b004U。在一些实施例中，BA0是b005U。在一些实施例中，BA0是b006U。在一些实施例中，BA0是b007U。在一些实施例中，BA0是b008U。在一些实施例中，BA0是b009U。在一些实施例中，BA0是b011U。在一些实施例中，BA0是b012U。在一些实施例中，BA0是b013U。在一些实施例中，BA0是b014U。在一些实施例中，BA0是b015U。在一些实施例中，BA0是b001A。在一些实施例中，BA0是b002A。在一些实施例中，BA0是b003A。在一些实施例中，BA0是b004A。在一些实施例中，BA0是b005A。在一些实施例中，BA0是b006A。在一些实施例中，BA0是b007A。在一些实施例中，BA0是b001C。在一些实施例中，BA0是b002C。在一些实施例中，BA0是b003C。在一些实施例中，BA0是b004C。在一些实施例中，BA0是b005C。在一些实施例中，BA0是b006C。在一些实施例中，BA0是b007C。在一些实施例中，BA0是b008C。在一些实施例中，BA0是b009C。在一些实施例中，BA0是b002I。在一些实施例中，BA0是b003I。在一些实施例中，BA0是b004I。在一些实施例中，BA0是b014I。在一些实施例中，BA0是b001G。在一些实施例中，BA0是b002G。在一些实施例中，N0的糖是天然DNA糖，或经取代的天然DNA糖(其一个2’-H被-OH或-F取代且另一个2’-H未被取代)。在一些实施例中，N0的糖是天然DNA糖。在一些实施例中，N0的糖是天然RNA糖。在一些实施例中，N0的糖是无环糖。在一些实施例中，N0的糖是sm01。在一些实施例中，N0的糖是sm04。在一些实施例中，N0的糖是sm11。在一些实施例中，N0的糖是sm12。在一些实施例中，N0的糖是rsm13。在一些实施例中，N0的糖是rsm14。在一些实施例中，N0的糖是sm15。在一些实施例中，N0的糖是sm16。在一些实施例中，N0的糖是sm17。在一些实施例中，N0的糖是sm18。在一些实施例中，N0的糖是sm19。在一些实施例中，N0的糖是双环糖。在一些实施例中，N0的糖是LNA糖。在一些实施例中，N0的糖是cEt糖。在一些实施例中，N0的糖是(S)-cEt糖。在一些实施例中，N0的糖是[fana]。在一些实施例中，N0的糖是[thpyr]。尤其是，本披露证实可以在寡核苷酸中的N0处使用各种经修饰的核碱基和/或各种糖，以提供腺苷编辑活性。在一些实施例中，据观察，与参考核碱基相比(例如，在可比较的条件下，包括在其他方面相同的寡核苷酸中，在相同或可比较的测定中评估等)，b001A(作为BA0)可以提供改善的腺苷编辑效率。在一些实施例中，据观察，b008U(作为BA0)可以提供改善的腺苷编辑效率。在一些实施例中，参考核碱基是U。在一些实施例中，参考核碱基是T。在一些实施例中，参考核碱基是C。在一些实施例中，据观察，当N0的糖包含某些6元环，例如当N0的糖是sm19时，与参考糖(例如天然DNA糖)相比，编辑活性可以得到改善。在一些实施例中，据观察，LNA糖可以用于N0或相邻核苷中。
在一些实施例中，与靶腺苷相反的核苷(例如N0)是dC。在一些实施例中，其是rC。在一些实施例中，其是fC。在一些实施例中，其是dT。在一些实施例中，其是rT。在一些实施例中，其是fT。在一些实施例中，其是dU。在一些实施例中，其是rU。在一些实施例中，其是fU。在一些实施例中，其是b001A(除非另有说明，否则当用于核苷时，其是指寡核苷酸中的)。在一些实施例中，其是Csm15(除非另有说明，否则当用于核苷时，其是指寡核苷酸中的)。在一些实施例中，其是Usm15(除非另有说明，否则当用于核苷时，其是指寡核苷酸中的 )。在一些实施例中，其是rCsm13(除非另有说明，否则当用于核苷时，其是指寡核苷酸中的)。在一些实施例中，其是Csm04(除非另有说明，否则当用于核苷时，其是指寡核苷酸中的)。在一些实施例中，其是b001rA(除非另有说明，否则当用于核苷时，其是指寡核苷酸中的 )。在一些实施例中，糖是(R)-GNA糖在一些实施例中，糖是(S)-GNA糖在一些实施例中，其是S-GNA C，本文也称为Csm11(除非另有说明，否则当用于核苷时，其是指寡核苷酸中的)。在一些实施例中，其是R-GNA C本文也称为Csm12(除非另有说明，否则当用于核苷时，其是指寡核苷酸中的)。在一些实施例中，其是S-GNA b008U，本文也称为b008Usm11(除非另有说明，否则当用于核苷时，其是指寡核苷酸中的)。在一些实施例中，其是R-GNA b008U，本文也称为b008Usm12(除非另有说明，否则当用于核苷时，其是指寡核苷酸中的)。在一些实施例中，其是S-GNAisoC，本文也称为b009Csm11(除非另有说明，否则当用于核苷时，其是指寡核苷酸中的)。在一些实施例中，其是R-GNA isoC，本文也称为b009Csm12(除非另有说明，否则当用于核苷时，其是指寡核苷酸中的)。在一些实施例中，其是S-GNA G，本文也称为Gsm11(除非另有说明，否则当用于核苷时，其是指寡核苷酸中的)。在一些实施例中，其是R-GNA G，本文也称为Gsm12(除非另有说明，否则当用于核苷时，其是指寡核苷酸中的 )。在一些实施例中，其是S-GNA T，本文也称为Tsm11(除非另有说明，否则当用于核苷时，其是指寡核苷酸中的 )。在一些实施例中，其是R-GNA T本文也称为Tsm12(除非另有说明，否则当用于核苷时，其是指寡核苷酸中的 )。在一些实施例中，其是b004C(除非另有说明，否则当用于核苷时，其是指寡核苷酸中的)。在一些实施例中，其是b007C(除非另有说明，否则当用于核苷时，其是指寡核苷酸中的)。
在一些实施例中，其是Csm16(除非另有说明，否则当用于核苷时，其是指寡核苷酸中的)。在一些实施例中，其是Csm17(除非另有说明，否则当用于核苷时，其是指寡核苷酸中的)。在一些实施例中，其是rCsm14(除非另有说明，否则当用于核苷时，其是指寡核苷酸中的)。在一些实施例中，其是b008U(除非另有说明，否则当用于核苷时，其是指寡核苷酸中的)。在一些实施例中，其是b010U(除非另有说明，否则当用于核苷时，其是指寡核苷酸中的)。在一些实施例中，其是b001C(除非另有说明，否则当用于核苷时，其是指寡核苷酸中的)。在一些实施例中，其是b008C(除非另有说明，否则当用于核苷时，其是指寡核苷酸中的)。在一些实施例中，其是b011U(除非另有说明，否则当用于核苷时，其是指寡核苷酸中的)。在一些实施例中，其是b012U(除非另有说明，否则当用于核苷时，其是指寡核苷酸中的 )。在一些实施例中，其是无碱基的。在一些实施例中，其是L010。在一些实施例中，其是L034(除非另有说明，否则当用于核苷时，其是指寡核苷酸中的)。在一些实施例中，其是b002G(除非另有说明，否则当用于核苷时，其是指寡核苷酸中的)。在一些实施例中，其是b013U(除非另有说明，否则当用于核苷时，其是指寡核苷酸中的 )。在一些实施例中，其是b002A(除非另有说明，否则当用于核苷时，其是指寡核苷酸中的)。在一些实施例中，其是b003A(除非另有说明，否则当用于核苷时，其是指寡核苷酸中的)。在一些实施例中，其是b004I(除非另有说明，否则当用于核苷时，其是指寡核苷酸中的)。在一些实施例中，其是b014I(除非另有说明，否则当用于核苷时，其是指寡核苷酸中的 )。在一些实施例中，其是b009U(除非另有说明，否则当用于核苷时，其是指寡核苷酸中的)。在一些实施例中，其是aC(除非另有说明，否则当用于核苷时，其是指寡核苷酸中的)。在一些实施例中，其是b001U(除非另有说明，否则当用于核苷时，其是指寡核苷酸中的 )。在一些实施例中，其是b002U(除非另有说明，否则当用于核苷时，其是指寡核苷酸中的)。在一些实施例中，其是b003U(除非另有说明，否则当用于核苷时，其是指寡核苷酸中的)。在一些实施例中，其是b004U(除非另有说明，否则当用于核苷时，其是指寡核苷酸中的)。在一些实施例中，其是b005U(除非另有说明，否则当用于核苷时，其是指寡核苷酸中的 )。在一些实施例中，其是b006U(除非另有说明，否则当用于核苷时，其是指寡核苷酸中的)。在一些实施例中，其是b007U(除非另有说明，否则当用于核苷时，其是指寡核苷酸中的)。在一些实施例中，其是b001G(除非另有说明，否则当用于核苷时，其是指寡核苷酸中的)。在一些实施例中，其是b002C(除非另有说明，否则当用于核苷时，其是指寡核苷酸中的 )。在一些实施例中，其是b003C(除非另有说明，否则当用于核苷时，其是指寡核苷酸中的)。在一些实施例中，其是b003mC(除非另有说明，否则当用于核苷时，其是指寡核苷酸中的)。在一些实施例中，其是b002I(除非另有说明，否则当用于核苷时，其是指寡核苷酸中的 )。在一些实施例中，其是b003I(除非另有说明，否则当用于核苷时，其是指寡核苷酸中的)。在一些实施例中，其是Asm01(除非另有说明，否则当用于核苷时，其是指寡核苷酸中的)；在一些实施例中，氮原子与键联磷键合。在一些实施例中，其是Gsm01(除非另有说明，否则当用于核苷时，其是指寡核苷酸中的 )；在一些实施例中，氮原子与键联磷键合。在一些实施例中，其是Tsm01(除非另有说明，否则当用于核苷时，其是指寡核苷酸中的)；在一些实施例中，氮原子与键联磷键合。在一些实施例中，其是5MsfC(除非另有说明，否则当用于核苷时，其是指寡核苷酸中的)。在一些实施例中，其是Usm04(除非另有说明，否则当用于核苷时，其是指寡核苷酸中的)。在一些实施例中，其是5MRdT(除非另有说明，否则当用于核苷时，其是指寡核苷酸中的 )。在一些实施例中，其是Tsm18(除非另有说明，否则当用于核苷时，其是指寡核苷酸中的)；在一些实施例中，氮原子与键联磷键合。在一些实施例中，其是b001Asm15(除非另有说明，否则当用于核苷时，其是指寡核苷酸中的 )。在一些实施例中，其是Csm19(除非另有说明，否则当用于核苷时，其是指寡核苷酸中的)。在一些实施例中，其是b008Usm19(除非另有说明，否则当用于核苷时，其是指寡核苷酸中的)。
在一些实施例中，其是b006A(除非另有说明，否则当用于核苷时，其是指寡核苷酸中的)。在一些实施例中，其是b014U(除非另有说明，否则当用于核苷时，其是指寡核苷酸中的)。在一些实施例中，其是b008Usm15(除非另有说明，否则当用于核苷时，其是指寡核苷酸中的 )。在一些实施例中，其是b004A(除非另有说明，否则当用于核苷时，其是指寡核苷酸中的)。在一些实施例中，其是b005A(除非另有说明，否则当用于核苷时，其是指寡核苷酸中的)。
在一些实施例中，其是b015U(除非另有说明，否则当用于核苷时，其是指寡核苷酸中的)。在一些实施例中，N0是无碱基的。在一些实施例中，N0是L010。
在一些实施例中，某些经修饰的核苷或核碱基(例如b001A、b008U等)可以提供改善的编辑，例如当与靶腺苷相反的位置处的dC相比时。在一些实施例中，与参考核苷相比(例如，在可比较的条件下，包括在其他方面相同的寡核苷酸中，在相同或可比较的测定中评估等)，当在N0处使用时，某些核苷(例如dC、b001A、b001rA、Csm15、b001C等)可以提供改善的腺苷编辑效率。在一些实施例中，N0是b001A。在一些实施例中，N0是b001Asm15。在一些实施例中，N0是b001rA。在一些实施例中，N0是b002A。在一些实施例中，N0是b003A。在一些实施例中，N0是b004A。在一些实施例中，N0是b005A。在一些实施例中，N0是b006A。在一些实施例中，N0是b004I。在一些实施例中，N0是b014I。在一些实施例中，N0是b002G。在一些实施例中，N0是dC。在一些实施例中，N0是b001C。在一些实施例中，N0是b009U。在一些实施例中，N0是b010U。在一些实施例中，N0是b011U。在一些实施例中，N0是b012U。在一些实施例中，N0是b013U。在一些实施例中，N0是b014U。在一些实施例中，N0是b015U。在一些实施例中，N0是b008Usm15。在一些实施例中，N0是b008Usm19。在一些实施例中，N0是Csm04。在一些实施例中，N0是Csm11。在一些实施例中，N0是Csm12。在一些实施例中，N0是Csm15。在一些实施例中，N0是Csm19。在一些实施例中，N0是b009Csm11。在一些实施例中，N0是b009Csm12。在一些实施例中，N0是Gsm11。在一些实施例中，N0是Gsm12。在一些实施例中，N0是Tsm11。在一些实施例中，N0是Tsm12。在一些实施例中，参考核苷是rU。在一些实施例中，参考核苷是dU。在一些实施例中，参考核苷是dT。在一些实施例中，N0位置处没有核碱基。在一些实施例中，在N0位置处，其是L010。在一些实施例中，N0的糖是sm15。
在一些实施例中，在位置-1处用次黄嘌呤代替鸟嘌呤(例如，用dI代替dG)可以提供改善的编辑。在一些实施例中，将鸟嘌呤用c7In代替。在一些实施例中，将其用c39z48In代替。在一些实施例中，将其用z2c3In代替。
在一些实施例中，寡核苷酸包含5’-N1N0N-1-3’，其中N1、N0、和N-1各自独立地是如本文所述的核苷。在一些实施例中，寡核苷酸包含5’-N2N1N0N-1N-2-3’，其中N2、N1、N0、N-1、和N-2各自独立地是如本文所述的核苷。在一些实施例中，寡核苷酸包含5’-N3N2N1N0N-1N-2N-3-3’，其中N3、N2、N1、N0、N-1、N-2、和N-3各自独立地是如本文所述的核苷。在一些实施例中，寡核苷酸包含5’-N4N3N2N1N0N-1N-2N-3N-4-3’，其中N4、N3、N2、N1、N0、N-1、N-2、N-3、和N-4各自独立地是如本文所述的核苷。在一些实施例中，寡核苷酸包含5’-N5N4N3N2N1N0N-1N-2N-3N-4N-5-3’，其中N5、N4、N3、N2、N1、N0、N-1、N-2、N-3、N-4、和N-5各自独立地是如本文所述的核苷。在一些实施例中，寡核苷酸包含5’-N6N5N4N3N2N1N0N-1N-2N-3N-4N-5N-6-3’，其中N6、N5、N4、N3、N2、N1、N0、N-1、N-2、N-3、N-4、N-5、和N-6各自独立地是如本文所述的核苷。在一些实施例中，Nn(其中n是正数，例如N1)也可以称为N+1。在一些实施例中，这样的寡核苷酸可以与核酸(例如，RNA核酸)形成双链体并且可以编辑与N0相反的靶腺苷。在一些实施例中，N-6是寡核苷酸的最后一个核苷(从5’-末端计数)。
在一些实施例中，寡核苷酸包含5’-N2N1N0N-1N-2-3’，其中N2、N1、N0、N-1、和N-2各自独立地是核苷。在一些实施例中，寡核苷酸包含5’-N2N1N0N-1N-2-3’，其中N2、N1、N0、N-1、和N-2各自独立地是核苷。在一些实施例中，寡核苷酸包含5’，N2N1N0N-1N-2-3’，其中N2、N1、N0、N-1、和N-2各自独立地是核苷，N0与靶腺苷相反，并且N2、N1、N0、N-1、和N-2中的每两个(如本领域技术人员将理解的，彼此相邻)独立地与如本文所述的核苷酸间键联键合。在一些实施例中，N1、N0、和N-1中的一个或多个或所有独立地具有天然RNA糖。在一些实施例中，N1、N0、和N-1中的一个或多个或所有独立地具有天然DNA糖。在一些实施例中，N1、N0和N-1中的每一个的糖独立地是天然DNA糖或2′-F修饰的糖。在一些实施例中，N1、N0和N-1中的每一个的糖独立地是天然DNA糖。在一些实施例中，N1的糖是2′-修饰的糖，并且N0和N-1中的每一个的糖独立地是天然DNA糖。在一些实施例中，N1的糖是2’-F糖，并且N0和N-1中的每一个的糖独立地是天然DNA糖。在一些实施例中，N1的糖是经修饰的糖。在一些实施例中，N1的糖是2’-F修饰的糖。在一些实施例中，N1的糖是天然DNA糖。在一些实施例中，N1的糖是天然RNA糖。在一些实施例中，N0的糖不是经修饰的糖。在一些实施例中，N0的糖不是2’-修饰的糖。在一些实施例中，N0的糖不是2’-OR修饰的糖，其中R是任选地经取代的C1-6烷基。在一些实施例中，N0的糖不是2’-F修饰的糖。在一些实施例中，N0的糖不是2’-OMe修饰的糖。在一些实施例中，N0的糖是天然DNA或RNA糖。在一些实施例中，N0的糖是天然DNA糖。在一些实施例中，N0的糖是天然RNA糖。在一些实施例中，N-1的糖不是经修饰的糖。在一些实施例中，N-1的糖不是2’-修饰的糖。在一些实施例中，N-1的糖不是2’-OR修饰的糖，其中R是任选地经取代的C1-6烷基。在一些实施例中，N-1的糖不是2’-F修饰的糖。在一些实施例中，N-1的糖不是2’-OMe修饰的糖。在一些实施例中，N-1的糖是天然DNA或RNA糖。在一些实施例中，N-1的糖是天然DNA糖。在一些实施例中，N-1的糖是天然RNA糖。在一些实施例中，N1、N0和N-1各自独立地具有天然RNA糖。在一些实施例中，N1、N0和N-1各自独立地具有天然DNA糖。在一些实施例中，N1具有2’-F修饰的糖，并且N0和N-1各自独立地具有天然DNA或RNA糖。在一些实施例中，N1具有2’-F修饰的糖，并且N0和N-1各自独立地具有天然DNA糖(例如WV-22434)。在一些实施例中，N1、N0、和N-1中的两个独立地具有天然DNA或RNA糖。在一些实施例中，N1、N0、和N-1中的两个独立地具有天然DNA糖。在一些实施例中，N1和N0各自独立地具有2’-F修饰的糖，并且N-1是天然DNA糖。
在一些实施例中，这样的寡核苷酸提供高编辑水平。在一些实施例中，与N-1键合的两个核苷酸间键联各自独立地是Rp。在一些实施例中，与N-1键合的两个核苷酸间键联各自独立地是Rp硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，与N-1键合的两个核苷酸间键联各自独立地是Rp硫代磷酸酯核苷酸间键联，并且寡核苷酸中的每个其他硫代磷酸酯核苷酸间键联(如果有的话)独立地是Sp。在一些实施例中，与N1键合的5′核苷酸间键联是Rp。在一些实施例中，与N1和N0键合的核苷酸间键联(即，与N1键合的3′核苷酸间键联)是Rp。在一些实施例中，与N-1和N0键合的核苷酸间键联是Rp。在一些实施例中，与N-1键合的3′核苷酸间键联是Rp。在一些实施例中，与N0键合的每个核苷酸间键联独立地是Rp。在一些实施例中，与N0或N1键合的每个核苷酸间键联独立地是Rp。在一些实施例中，与N0或N-1键合的每个核苷酸间键联独立地是Rp。在一些实施例中，与N1键合的每个核苷酸间键联独立地是Rp。在一些实施例中，每个Rp核苷酸间键联独立地是Rp硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，寡核苷酸中的每个其他手性控制的硫代磷酸酯核苷酸间键联独立地是Sp。在一些实施例中，N0N-1之间的核苷酸间键联是Rp。在一些实施例中，N0N-1之间的核苷酸间键联是Rp硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，N-1N-2之间的核苷酸间键联是Rp。在一些实施例中，N-1N-2之间的核苷酸间键联是Rp硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，与N1、N0、和N-1键合的所有核苷酸间键联均独立地是Sp。在一些实施例中，与N1、N0、和N-1键合的所有核苷酸间键联均独立地是Sp硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，与N2、N1、N0、N-1、和N-2键合的所有核苷酸间键联均独立地是sp。在一些实施例中，与N2、N1、N0、N-1、和N-2键合的所有核苷酸间键联均独立地是Sp硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，与N1键合的两个核苷酸间键联独立地是Sp(例如Sp硫代磷酸酯核苷酸间键联)。在一些实施例中，N1和N0之间的核苷酸间键联是Sp(例如Sp硫代磷酸酯核苷酸间键联)。在一些实施例中，N-1和N0之间的核苷酸间键联是Sp(例如Sp硫代磷酸酯核苷酸间键联)。在一些实施例中，N-1和N-2之间的核苷酸间键联是中性核苷酸间键联。在一些实施例中，N-1和N-2之间的核苷酸间键联是不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，N-1和N-2之间的核苷酸间键联是n001。在一些实施例中，N-1和N-2之间的核苷酸间键联不是手性控制的。在一些实施例中，N-1和N-2之间的核苷酸间键联是手性控制的。在一些实施例中，N-1和N-2之间的核苷酸间键联是Rp。在一些实施例中，N-1和N-2之间的核苷酸间键联是Sp。在一些实施例中，N2包含经修饰的糖。在一些实施例中，N-2包含经修饰的糖。在一些实施例中，N2和N-2各自独立地包含经修饰的糖。在一些实施例中，经修饰的糖是2’-修饰的糖。在一些实施例中，经修饰的糖是2’-OR修饰的糖，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，2’-修饰的糖是2’-OMe修饰的糖。在一些实施例中，2’-修饰的糖是2’-MOE修饰的糖。在一些实施例中，经修饰的糖是双环糖，例如LNA糖、cEt糖等。
在一些实施例中，与靶腺苷相反的核苷(例如N0)的3’-侧存在至少2、3、4、5、6、7、8、9个或更多个核苷(例如2-30、3-30、4-30、5-30、2-20、3-20、4-20、5-20、2-15、3-15、4-15、5-15、2-10、3-10、4-10、5-10个，2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个等，“3’-侧核苷”)。在一些实施例中，存在至少2个3’-侧核苷。在一些实施例中，存在至少3个3’-侧核苷。在一些实施例中，存在至少4个3’-侧核苷。在一些实施例中，存在至少5个3’-侧核苷(例如，包含5’-N0N-1N-2N-3N-4N-5-3’的寡核苷酸，其中N0、N-1、N-2、N-3、N-4、和N-5各自独立地是核苷)。在一些实施例中，存在至少6个3’-侧核苷(例如，包含5’-N0N-1N-2N-3N-4N- 5N-6-3’的寡核苷酸，其中N0、N-1、N-2、N-3、N-4、N-5、和N-6各自独立地是核苷)。在一些实施例中，存在至少7个3’-侧核苷。在一些实施例中，存在至少8个3’-侧核苷。在一些实施例中，存在至少9个3’-侧核苷。在一些实施例中，存在至少10个3’-侧核苷。在一些实施例中，存在2个3’-侧核苷。在一些实施例中，存在3个3’-侧核苷。在一些实施例中，存在4个3’-侧核苷。在一些实施例中，存在5个3’-侧核苷。在一些实施例中，存在6个3’-侧核苷。在一些实施例中，存在7个3’-侧核苷。在一些实施例中，存在8个3’-侧核苷。在一些实施例中，存在9个3’-侧核苷。在一些实施例中，存在10个3’-侧核苷。在一些实施例中，与靶腺苷相反的核苷(例如N0)的5’-侧存在至少15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30个或更多个核苷(例如15-50、20-50、21-50、22-50、23-50、24-50、25-50、26-50、27-50、28-50、29-50、30-50、15-40、20-40、21-40、22-40、23-40、24-40、25-40、26-40、27-40、28-40、29-40、30-40、15-30、20-30、21-30、22-30、23-30、24-30、25-30、26-30、27-30、28-30、29-30，15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30个等)。在一些实施例中，存在至少15个5’-侧核苷。在一些实施例中，存在至少16个5’-侧核苷。在一些实施例中，存在至少17个5’-侧核苷。在一些实施例中，存在至少18个5’-侧核苷。在一些实施例中，存在至少19个5’-侧核苷。在一些实施例中，存在至少20个5’-侧核苷。在一些实施例中，存在至少21个5’-侧核苷。在一些实施例中，存在至少22个5’-侧核苷。在一些实施例中，存在至少23个5’-侧核苷。在一些实施例中，存在至少24个5’-侧核苷。在一些实施例中，存在至少25个5’-侧核苷。在一些实施例中，存在至少26个5’-侧核苷。在一些实施例中，存在至少27个5’-侧核苷。在一些实施例中，存在至少28个5’-侧核苷。在一些实施例中，存在至少29个5’-侧核苷。在一些实施例中，存在至少30个5’-侧核苷。在一些实施例中，存在15个5’-侧核苷。在一些实施例中，存在16个5’-侧核苷。在一些实施例中，存在17个5’-侧核苷。在一些实施例中，存在18个5’-侧核苷。在一些实施例中，存在19个5’-侧核苷。在一些实施例中，存在20个5’-侧核苷。在一些实施例中，存在21个5’-侧核苷。在一些实施例中，存在22个5’-侧核苷。在一些实施例中，存在23个5’-侧核苷。在一些实施例中，存在24个5’-侧核苷。在一些实施例中，存在25个5’-侧核苷。在一些实施例中，存在26个5’-侧核苷。在一些实施例中，存在27个5’-侧核苷。在一些实施例中，存在28个5’-侧核苷。在一些实施例中，存在29个5’-侧核苷。在一些实施例中，存在30个5’-侧核苷。在一些实施例中，存在至少4个3’-侧核苷和至少22个5’-侧核苷。在一些实施例中，存在至少4个3’-侧核苷和至少23个5’-侧核苷。在一些实施例中，存在至少4个3’-侧核苷和至少24个5’-侧核苷。在一些实施例中，存在至少4个3’-侧核苷和至少25个5’-侧核苷。在一些实施例中，存在至少5个3’-侧核苷和至少22个5’-侧核苷。在一些实施例中，存在至少5个3’-侧核苷和至少23个5’，侧核苷。在一些实施例中，存在至少5个3’-侧核苷和至少24个5’-侧核苷。在一些实施例中，存在至少5个3’-侧核苷和至少25个5’，侧核苷。在一些实施例中，存在至少6个3’-侧核苷和至少21个5’-侧核苷。在一些实施例中，存在至少6个3’-侧核苷和至少22个5’-侧核苷。在一些实施例中，存在至少6个3’-侧核苷和至少23个5’-侧核苷。在一些实施例中，存在至少6个3’-侧核苷和至少24个5’-侧核苷。在一些实施例中，存在至少7个3’-侧核苷和至少20个5’-侧核苷。在一些实施例中，存在至少7个3’-侧核苷和至少21个5’-侧核苷。在一些实施例中，存在至少7个3’-侧核苷和至少22个5’-侧核苷。在一些实施例中，存在至少7个3’-侧核苷和至少23个5’-侧核苷。在一些实施例中，存在至少8个3’-侧核苷和至少19个5’-侧核苷。在一些实施例中，存在至少8个3’-侧核苷和至少20个5’-侧核苷。在一些实施例中，存在至少8个3’-侧核苷和至少21个5’-侧核苷。在一些实施例中，存在至少8个3’-侧核苷和至少22个5’-侧核苷。在一些实施例中，存在至少9个3’-侧核苷和至少18个5’-侧核苷。在一些实施例中，存在至少9个3’-侧核苷和至少19个5’，侧核苷。在一些实施例中，存在至少9个3’-侧核苷和至少20个5’-侧核苷。在一些实施例中，存在至少9个3’-侧核苷和至少21个5’，侧核苷。在一些实施例中，存在至少10个3’-侧核苷和至少17个5’-侧核苷。在一些实施例中，存在至少10个3’-侧核苷和至少18个5’-侧核苷。在一些实施例中，存在至少10个3’-侧核苷和至少19个5’-侧核苷。在一些实施例中，存在至少10个3’-侧核苷和至少20个5’-侧核苷。在一些实施例中，存在至少11个3’-侧核苷和至少16个5’-侧核苷。在一些实施例中，存在至少11个3’-侧核苷和至少17个5’-侧核苷。在一些实施例中，存在至少11个3’-侧核苷和至少18个5’-侧核苷。在一些实施例中，存在至少11个3’-侧核苷和至少19个5’-侧核苷。在一些实施例中，存在至少12个3’-侧核苷和至少15个5’-侧核苷。在一些实施例中，存在至少12个3’-侧核苷和至少16个5’-侧核苷。在一些实施例中，存在至少12个3’-侧核苷和至少17个5’-侧核苷。在一些实施例中，存在至少12个3’-侧核苷和至少18个5’-侧核苷。在一些实施例中，存在至少13个3’-侧核苷和至少14个5’-侧核苷。在一些实施例中，存在至少13个3’-侧核苷和至少15个5’-侧核苷。在一些实施例中，存在至少13个3’-侧核苷和至少16个5’-侧核苷。在一些实施例中，存在至少13个3’-侧核苷和至少17个5’-侧核苷。在一些实施例中，5’-侧和/或3’-侧的某些有用长度和/或与靶腺苷相反的核苷定位描述于WO 2021/071858中。
如本文所述，可以对N1进行各种修饰，包括糖修饰、核碱基修饰等。在一些实施例中，N1含有天然DNA糖。在一些实施例中，N1含有天然RNA糖。在一些实施例中，N1含有如本文所述的经修饰的糖。在一些实施例中，经修饰的糖是2’-修饰的糖。在一些实施例中，经修饰的糖是2’-F修饰的糖。在一些实施例中，经修饰的糖是2’-OR修饰的糖，其中R是任选地经取代的C1-6烷基。在一些实施例中，经修饰的糖是2’-OMe修饰的糖。在一些实施例中，经修饰的糖是2’-MOE修饰的糖。在一些实施例中，糖是UNA糖。在一些实施例中，糖是GNA糖。在一些实施例中，N1的糖是sm01。在一些实施例中，其是sm11。在一些实施例中，其是sm12。在一些实施例中，其是sm18。在一些实施例中，当施用于系统(例如，细胞、组织、生物体等)时，与参考糖(例如，天然RNA糖、不同的经修饰的糖等)相比，修饰的糖(例如2’-F修饰的糖或DNA糖)提供更高的编辑效率。在一些实施例中，N1含有天然核碱基，例如U。在一些实施例中，N1含有如本文所述的经修饰的核碱基。在一些实施例中，N1的核碱基是A、T、C、G、U、次黄嘌呤、e7In、c39z48In、z2c3In、b001U、b002U、b003U、b004U、b005U、b006U、b007U、b008U、b009U、b011U、b012U、b013U、b014U、b015U、b001A、b002A、b003A、b004A、b005A、b006A、b007A、b001G、b002G、b001C、b002C、b003C、b004C、b005C、b006C、b007C、b008C、b009C、b002I、b003I、b004I、b014I、或zdnp。在一些实施例中，N1的核碱基是T。在一些实施例中，其是U。在一些实施例中，其是b002A。在一些实施例中，其是b003A。在一些实施例中，其是b008U。在一些实施例中，其是b010U。在一些实施例中，其是b011U。在一些实施例中，其是b012U。在一些实施例中，其是b001C。在一些实施例中，其是b004C。在一些实施例中，其是b007C。在一些实施例中，其是b008C。在一些实施例中，N1是天然核苷。在一些实施例中，N1是经修饰的核苷。在一些实施例中，N1是fU、dU、fA、dA、fT、dT、fC、dC、fG、dG、dI、fI、aC、b001U、b002U、b003U、b004U、b005U、b006U、b007U、b008U、b009U、b010U、b011U、b012U、b013U、b014U、b015U、b001A、b001rA、b002A、b003A、b004A、b005A、b006A、b007A、b001G、b002G、b001C、b002C、b003C、b003mC、b004C、b005C、b006C、b007C、b008C、b002I、b003I、b004I、b014I、Asm01、Gsm01、5MSfC、Usm04、5MRdT、Csm04、Csm11、Gsm11、Tsm11、b009Csm11、b009Csm12、Gsm12、Tsm12、Csm12、rCsm13、rCsm14、Csm15、Csm16、Csm17、L034、zdnp、和Tsm18。在一些实施例中，N1是fU、dU、fA、dA、fT、dT、fC、dC、fG、dG、dI、或fI。在一些实施例中，N1是fU、dU、fA、dA、fT、dT、fC、dC、fG、或dG。在一些实施例中，N1是dT。在一些实施例中，N1是b001A。在一些实施例中，N1是b002A。在一些实施例中，N1是b003A。在一些实施例中，N1是b004A。在一些实施例中，N1是b005A。在一些实施例中，N1是b006A。在一些实施例中，N1是fU。在一些实施例中，N1是b008U。在一些实施例中，N1是b001C。在一些实施例中，N1是b004C。在一些实施例中，N1是b007C。在一些实施例中，N1是b008C。在一些实施例中，N1是b001U。在一些实施例中，N1是b008U。在一些实施例中，N1是b010U。在一些实施例中，N1是b011U。在一些实施例中，N1是b012U。在一些实施例中，N1是b013U。在一些实施例中，N1是b014U。在一些实施例中，N1是b015U。在一些实施例中，N1是Csm11。在一些实施例中，N1是Gsm11。在一些实施例中，N1是Tsm11。在一些实施例中，N1是b009Csm11。在一些实施例中，N1是Csm12。在一些实施例中，N1是Gsm12。在一些实施例中，N1是Tsm12。在一些实施例中，N1是b009Csm12。在一些实施例中，N1是Gsm01。在一些实施例中，N1是Tsm01。在一些实施例中，N1是Csm1 7。在一些实施例中，N1是Tsm18。在一些实施例中，N1是b014I。在一些实施例中，N1是无碱基的。在一些实施例中，N1是L010。如本文所述，在位置N1处，在一些实施例中，当寡核苷酸与核酸(例如，其用于腺苷编辑的靶转录物)形成双链体时，其是匹配。在一些实施例中，其是错配。在一些实施例中，其是摆动。在一些实施例中，N1与天然磷酸酯键联键合。在一些实施例中，N1与如本文所述的经修饰的核苷酸间键联(在各种实施例中，具有定义的立体化学)键合。在一些实施例中，N1与天然磷酸酯键联和经修饰的核苷酸间键联键合。在一些实施例中，N1与两个天然磷酸酯键联键合。在一些实施例中，N1与两个经修饰的核苷酸间键联键合，其可以各自独立地且任选地是立体控制的并且可以是Rp或Sp。
如本文所述，其中可以对N-1进行修饰，包括糖修饰、核碱基修饰等。在一些实施例中，N-1含有天然DNA糖。在一些实施例中，N-1含有天然RNA糖。在一些实施例中，N-1含有如本文所述的经修饰的糖。在一些实施例中，经修饰的糖是2’-修饰的糖。在一些实施例中，经修饰的糖是2’-F修饰的糖。在一些实施例中，经修饰的糖是2’-OR修饰的糖，其中R是任选地经取代的C-1-6烷基。在一些实施例中，经修饰的糖是2’-OMe修饰的糖。在一些实施例中，经修饰的糖是2’-MOE修饰的糖。在一些实施例中，糖是UNA糖。在一些实施例中，糖是GNA糖。在一些实施例中，N-1的糖是sm01。在一些实施例中，其是sm11。在一些实施例中，其是sm12。在一些实施例中，其是sm18。在一些实施例中，其是[fana]。在一些实施例中，其是[thpyr]。在一些实施例中，当施用于系统(例如，细胞、组织、生物体等)时，与参考糖(例如，天然RNA糖、不同的经修饰的糖等)相比，修饰的糖(例如2’-F修饰的糖或DNA糖)提供更高的编辑效率。在一些实施例中，N-1含有天然核碱基，例如U。在一些实施例中，N-1含有如本文所述的经修饰的核碱基。在一些实施例中，N-1的核碱基是A、T、C、G、U、次黄嘌呤、c7In、c39z48In、z2c3In、b001U、b002U、b003U、b004U、b005U、b006U、b007U、b008U、b009U、b011U、b012U、b013U、b014U、b015U、b001A、b002A、b003A、b004A、b005A、b006A、b007A、b001G、b002G、b001C、b002C、b003C、b004C、b005C、b006C、b007C、b008C、b009C、b002I、b003I、b004I、b014I、或zdnp。在一些实施例中，N-1的核碱基是T。在一些实施例中，其是U。在一些实施例中，其是b001A。在一些实施例中，其是b002A。在一些实施例中，其是b003A。在一些实施例中，其是b004A。在一些实施例中，其是b005A。在一些实施例中，其是b006A。在一些实施例中，其是b008U。在一些实施例中，其是b011U。在一些实施例中，其是b012U。在一些实施例中，其是b013U。在一些实施例中，其是b014U。在一些实施例中，其是b015U。在一些实施例中，其是b001C。在一些实施例中，其是b004C。在一些实施例中，其是b007C。在一些实施例中，其是b008C。在一些实施例中，其是b009C。在一些实施例中，其是b002G。在一些实施例中，其是b014I。在一些实施例中，其是次黄嘌呤。在一些实施例中，其是c7In。在一些实施例中，其是c39z48In。在一些实施例中，其是z2c3In。在一些实施例中，N-1是天然核苷。在一些实施例中，N-1是经修饰的核苷。在一些实施例中，N-1是fU、dU、fA、dA、fT、dT、fC、dC、fG、dG、dI、fI、aC、b001U、b002U、b003U、b004U、b005U、b006U、b007U、b008U、b009U、b010U、b011U、b012U、b013U、b014U、b015U、b001A、b001rA、b002A、b003A、b004A、b005A、b006A、b007A、b001G、b002G、b001C、b002C、b003C、b003mC、b004C、b005C、b006C、b007C、b008C、b002I、b003I、b004I、b014I、Asm01、Gsm01、5MSfC、Usm04、5MRdT、Csm04、Csm11、Gsm11、Tsm11、b009Csm11、b009Csm12、Gsm12、Tsm12、Csm12、rCsm13、rCsm14、Csm15、Csm16、Csm17、L034、zdnp、和Tsm18。在一些实施例中，N-1是fU、dU、fA、dA、fT、dT、fC、dC、fG、dG、dI、或fI。在一些实施例中，N-1是fU、dU、fA、dA、fT、dT、fC、dC、fG、或dG。在一些实施例中，N-1是dI。在一些实施例中，N-1是rI。在一些实施例中，N-1是dT。在一些实施例中，N-1是b001A。在一些实施例中，N-1是b002A。在一些实施例中，N-1是b003A。在一些实施例中，N-1是b004A。在一些实施例中，N-1是b005A。在一些实施例中，N-1是b006A。在一些实施例中，N-1是b007A。在一些实施例中，N-1是fU。在一些实施例中，N-1是b001C。在一些实施例中，N-1是b002C。在一些实施例中，N-1是b003C。在一些实施例中，N-1是b004C。在一些实施例中，N-1是b005C。在一些实施例中，N-1是b006C。在一些实施例中，N-1是b007C。在一些实施例中，N-1是b008C。在一些实施例中，N-1是b009Csm12。在一些实施例中，N-1是b001G。在一些实施例中，N-1是b002G。在一些实施例中，N-1是b001U。在一些实施例中，N-1是b003U。在一些实施例中，N-1是b004U。在一些实施例中，N-1是b005U。在一些实施例中，N-1是b006U。在一些实施例中，N-1是b007U。在一些实施例中，N-1是b008U。在一些实施例中，N-1是b009U。在一些实施例中，N-1是b010U。在一些实施例中，N-1是b011U。在一些实施例中，N-1是b012U。在一些实施例中，N-1是b013U。在一些实施例中，N-1是b014U。在一些实施例中，N-1是b015U。在一些实施例中，N-1是b002I。在一些实施例中，N-1是b003I。在一些实施例中，N-1是b004I。在一些实施例中，N-1是Gsm01。在一些实施例中，N-1是Tsm01。在一些实施例中，N-1是Csm11。在一些实施例中，N-1是b009Csm11。在一些实施例中，N-1是Gsm11。在一些实施例中，N-1是Tsm11。在一些实施例中，N-1是Csm12。在一些实施例中，N-1是b009Csm12。在一些实施例中，N-1是Gsm12。在一些实施例中，N-1是Tsm12。在一些实施例中，N-1是Csm17。在一些实施例中，N-1是Tsm18。在一些实施例中，N-1是无碱基的。在一些实施例中，N-1是L010。在一些实施例中，N-1是b002G。在一些实施例中，N-1是b014I。如本文所述，在位置N-1处，在一些实施例中，当寡核苷酸与核酸(例如，其用于腺苷编辑的靶转录物)形成双链体时，其是匹配。在一些实施例中，其是错配。在一些实施例中，其是摆动。在一些实施例中，N-1与天然磷酸酯键联键合。在一些实施例中，N-1与如本文所述的经修饰的核苷酸间键联(在各种实施例中，具有定义的立体化学)键合。在一些实施例中，N-1与天然磷酸酯键联和经修饰的核苷酸间键联键合。在一些实施例中，N-i与两个天然磷酸酯键联键合。在一些实施例中，N-1与两个经修饰的核苷酸间键联键合，其可以各自独立地且任选地是立体控制的并且可以是Rp或Sp。
在一些实施例中，N2含有天然糖。在一些实施例中，N2的糖是天然DNA糖。在一些实施例中，其是天然RNA糖。在一些实施例中，其是经修饰的糖。在一些实施例中，其是2’-F修饰的糖。在一些实施例中，其是2’-OR修饰的糖，其中R是如本文所述的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，R是任选地经取代的C1-6烷基。在一些实施例中，其是2’-OMe修饰的。在一些实施例中，其是2’-MOE修饰的糖。
在一些实施例中，N1和N2之间的核苷酸间键联是天然磷酸酯键联。在一些实施例中，其是经修饰的核苷酸间键联。在一些实施例中，其是硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，其是不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，其是中性核苷酸间键联。在一些实施例中，其是磷酰基胍核苷酸间键联。在一些实施例中，其是n001。在一些实施例中，其是Sp。在一些实施例中，其是Rp。在一些实施例中，其是Sp硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，其是Sp n001。在一些实施例中，其是Rp n001。
在一些实施例中，N3含有天然糖。在一些实施例中，N3的糖是天然DNA糖。在一些实施例中，其是天然RNA糖。在一些实施例中，其是经修饰的糖。在一些实施例中，其是2’-F修饰的糖。在一些实施例中，其是2’-OR修饰的糖，其中R是如本文所述的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，R是任选地经取代的C1-6烷基。在一些实施例中，其是2’-OMe修饰的。在一些实施例中，其是2’-MOE修饰的糖。
在一些实施例中，N2和N3之间的核苷酸间键联是天然磷酸酯键联。在一些实施例中，其是经修饰的核苷酸间键联。在一些实施例中，其是硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，其是不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，其是中性核苷酸间键联。在一些实施例中，其是磷酰基胍核苷酸间键联。在一些实施例中，其是n001。在一些实施例中，其是Sp。在一些实施例中，其是Rp。在一些实施例中，其是Sp硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，其是Sp n001。在一些实施例中，其是Rp n001。在一些实施例中，N4含有天然糖。在一些实施例中，N4的糖是天然DNA糖。在一些实施例中，其是天然RNA糖。在一些实施例中，其是经修饰的糖。在一些实施例中，其是2’-F修饰的糖。在一些实施例中，其是2’-OR修饰的糖，其中R是如本文所述的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，R是任选地经取代的C1-6烷基。在一些实施例中，其是2’-OMe修饰的。在一些实施例中，其是2’-MOE修饰的糖。
在一些实施例中，N3和N4之间的核苷酸间键联是天然磷酸酯键联。在一些实施例中，其是经修饰的核苷酸间键联。在一些实施例中，其是硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，其是不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，其是中性核苷酸间键联。在一些实施例中，其是磷酰基胍核苷酸间键联。在一些实施例中，其是n001。在一些实施例中，其是Sp。在一些实施例中，其是Rp。在一些实施例中，其是Sp硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，其是Sp n001。在一些实施例中，其是Rp n001。
在一些实施例中，N5含有天然糖。在一些实施例中，N5的糖是天然DNA糖。在一些实施例中，其是天然RNA糖。在一些实施例中，其是经修饰的糖。在一些实施例中，其是2’-F修饰的糖。在一些实施例中，其是2’-OR修饰的糖，其中R是如本文所述的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，R是任选地经取代的C1-6烷基。在一些实施例中，其是2’-OMe修饰的。在一些实施例中，其是2’-MOE修饰的糖。
在一些实施例中，N4和N5之间的核苷酸间键联是天然磷酸酯键联。在一些实施例中，其是经修饰的核苷酸间键联。在一些实施例中，其是硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，其是不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，其是中性核苷酸间键联。在一些实施例中，其是磷酰基胍核苷酸间键联。在一些实施例中，其是n001。在一些实施例中，其是Sp。在一些实施例中，其是Rp。在一些实施例中，其是Sp硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，其是Sp n001。在一些实施例中，其是Rp n001。
在一些实施例中，N6含有天然糖。在一些实施例中，N6的糖是天然DNA糖。在一些实施例中，其是天然RNA糖。在一些实施例中，其是经修饰的糖。在一些实施例中，其是2’-F修饰的糖。在一些实施例中，其是2’-OR修饰的糖，其中R是如本文所述的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，R是任选地经取代的C1-6烷基。在一些实施例中，其是2’-OMe修饰的。在一些实施例中，其是2’-MOE修饰的糖。
在一些实施例中，N5和N6之间的核苷酸间键联是天然磷酸酯键联。在一些实施例中，其是经修饰的核苷酸间键联。在一些实施例中，其是硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，其是不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，其是中性核苷酸间键联。在一些实施例中，其是磷酰基胍核苷酸间键联。在一些实施例中，其是n001。在一些实施例中，其是Sp。在一些实施例中，其是Rp。在一些实施例中，其是Sp硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，其是Sp n001。在一些实施例中，其是Rp n001。
如本文所述，寡核苷酸或其部分(例如，第一结构域、第二结构域等)可以包含一个或多个(例如1-20、1-15、1-14、1-13、1-12、1-11、1-10、2-20、3-15、4-15、5-15个，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个等)嵌段或由其组成，其各自独立地包含一个或多个(例如1-50、1-40、1-30、1-25、1-24、1-23、1-22、1-21、1-20、1-10、1-5个，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30个等)糖，其中嵌段中每个糖共享相同的结构。在一些实施例中，寡核苷酸或其部分(例如，第一结构域、第二结构域等)可以包含一个或多个(例如1-20、1-15、1-14、1-13、1-12、1-11、1-10、2-20、3-15、4-15、5-15个，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个等)嵌段或由其组成，其各自独立地包含一个或多个(例如1-50、1-40、1-30、1-25、1-24、1-23、1-22、1-21、1-20、1-10、1-5个，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30个等)糖，其中嵌段中每个糖是相同的经修饰的糖。在一些实施例中，每个嵌段独立地含有1-10个，例如1、2、3、4、5、6、7、8、9、或10个糖。在一些实施例中，每个嵌段独立地含有1-5个糖。在一些实施例中，每个嵌段独立地含有1、2、或3个糖。在一些实施例中，一个或多个嵌段(例如1-15、1-10个，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个或更多个)独立地含有两个或三个或更多个糖。在一些实施例中，一个或多个嵌段(例如1-15、1-10个，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个或更多个)独立地含有两个或三个糖。在一些实施例中，寡核苷酸或其部分中的约或至少约30％、40％或50％嵌段独立地含有两个或更多个(例如两个或三个)糖。在一些实施例中，第一结构域的寡核苷酸中约50％嵌段独立地含有两个或更多个(例如两个或三个)糖。在一些实施例中，嵌段是2’-F嵌段，其中嵌段中的每个糖是2’-F修饰的嵌段。在一些实施例中，嵌段是2’-OR嵌段，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基，其中嵌段中的每个糖均是相同的2’-OR修饰的糖。在一些实施例中，嵌段是2’-OMe嵌段。在一些实施例中，嵌段是2’-MOE嵌段。在一些实施例中，嵌段是双环糖嵌段，其中嵌段中的每个糖均是相同的双环糖(例如LNA糖、cEt等)。在一些实施例中，两个或更多个嵌段是2’-F嵌段。在一些实施例中，每个其他嵌段是2’-F嵌段。在一些实施例中，每个2’-F嵌段独立地含有不超过2、3、4、5、6、7、8、9、或10个糖。在一些实施例中，2’-F嵌段含有不超过5个糖。在一些实施例中，2’-F嵌段含有不超过4个糖。在一些实施例中，2’-F嵌段含有不超过3个糖。在一些实施例中，寡核苷酸或其部分中的每两个2’-F嵌段之间存在至少一个2’-OR嵌段(其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基)或一个双环糖嵌段。在一些实施例中，一部分中的每两个2’-F嵌段之间存在至少一个2’-OR嵌段(其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基)或一个双环糖嵌段。在一些实施例中，寡核苷酸中的每两个2’-F嵌段之间存在至少一个2’-OR嵌段(其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基)。在一些实施例中，第一结构域中的每两个2’-F嵌段之间存在至少一个2’-OR嵌段(其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基)。在一些实施例中，第一结构域中的每两个2’-F嵌段之间存在至少一个2’-OMe嵌段。在一些实施例中，第一结构域中的两个2’-F嵌段之间存在2’-OMe嵌段。在一些实施例中，第一结构域中的两个2’-F嵌段之间存在2’-MOE嵌段。在一些实施例中，第一结构域中的两个2’-F嵌段之间存在2’-MOE嵌段和2’-OMe嵌段。在一些实施例中，第一结构域中的两个2’-F嵌段之间存在2’-MOE嵌段和2’-OMe嵌段，且不存在2’-F嵌段。在一些实施例中，每个2’-F嵌段独立地与2’-OR嵌段(其中R是C1-6脂肪族基)或双环糖嵌段键合。在一些实施例中，每个2’-F嵌段独立地与2’-OR嵌段键合，其中R是C1-6脂肪族基。在一些实施例中，与2’-F嵌段键合的每个嵌段独立地是2’-OR嵌段(其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基)或双环糖嵌段。在一些实施例中，与2’-F嵌段键合的每个嵌段独立地是2’-OR嵌段，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，与第一结构域中的2’-F嵌段键合的第一结构域中的每个嵌段独立地是2’-OR嵌段(其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基)或双环糖嵌段。在一些实施例中，与第一结构域中的2’-F嵌段键合的第一结构域中的每个嵌段独立地是2’-OR嵌段，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，键合2’-OR嵌段(其中R是C1-6脂肪族基)或双环糖嵌段的第一结构域中的每个嵌段独立地是不同的2’-OR嵌段(其中R是C1-6脂肪族基)或双环糖嵌段的2’-F嵌段。在一些实施例中，键合2’-OR嵌段(其中R是C1-6脂肪族基)的第一结构域中的每个嵌段独立地是不同的2’-OR嵌段(其中R是C1-6脂肪族基)的2’-F嵌段。在一些实施例中，2’-OR嵌段是2’-OMe嵌段。在一些实施例中，2’-OR嵌段是2’-MOE嵌段。在一些实施例中，至少一个嵌段是2’-OMe嵌段。在一些实施例中，约或约至少2、3、4、或5个嵌段独立地是2’-OMe嵌段。在一些实施例中，至少一个嵌段是2’-MOE嵌段。在一些实施例中，约或约至少2、3、4、或5个嵌段独立地是2’-MOE嵌段。在一些实施例中，寡核苷酸或其部分(例如第一结构域、第二结构域等)中有一个或多个(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9、或10个或更多个)2’-OMe嵌段和一个或多个(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9、或10个或更多个)2’-MOE嵌段。在一些实施例中，寡核苷酸或其部分(例如第一结构域、第二结构域等)中有一个或多个(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9、或10个或更多个)2’-OMe嵌段和一个或多个(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9、或10个或更多个)2’-MOE嵌段以及一个或多个(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9、或10个)2’-F嵌段。在一些实施例中，第一结构域中有一个或多个(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9、或10个或更多个)2’-OMe嵌段和一个或多个(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9、或10个或更多个)2’-MOE嵌段。在一些实施例中，第一结构域中有一个或多个(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9、或10个或更多个)2’-OMe嵌段和一个或多个(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9、或10个或更多个)2’-F嵌段。在一些实施例中，第一结构域中有一个或多个(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9、或10个或更多个)2’-F嵌段和一个或多个(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9、或10个或更多个)2’-MOE嵌段。在一些实施例中，第一结构域中有一个或多个(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9、或10个或更多个)2’-OMe嵌段和一个或多个(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9、或10个或更多个)2’-MOE嵌段以及一个或多个(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9、或10个)2’-F嵌段。在一些实施例中，在寡核苷酸或其部分(例如第一结构域、第二结构域等)中，2’-F修饰的糖的百分比约为20％-80％、30％-70％、30％-60％、30％-50％、40％-60％，20％、30％、40％、50％、60％、70％或80％，并且2’-OR修饰的糖(其各自独立地是2’-OR修饰的糖，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基)的百分比约为20％-80％、30％-70％、30％-60％、30％-50％、40％-60％，20％、30％、40％、50％、60％、70％或80％。在一些实施例中，在第一结构域中，2’-F修饰的糖的百分比约为20％-80％、30％-70％、30％-60％、30％-50％、40％-60％，20％、30％、40％、50％、60％、70％或80％，并且2’-OR修饰的糖(其各自独立地是2’-OR修饰的糖，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基)的百分比约为20％-80％、30％-70％、30％-60％、30％-50％、40％-60％，20％、30％、40％、50％、60％、70％或80％。在一些实施例中，2’-F修饰的糖的百分比与2’-OR修饰的糖(其各自独立地是2’－OR修饰的糖，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基)的百分比之间的差异小于约50％、40％、30％、20％、或10％(通过从两个百分比中较大的百分比减去两个百分比中较小的一个来计算)。在一些实施例中，每个2’-OR修饰的糖独立地是2’-OMe或2’-MOE修饰的糖。
例如，在一些实施例中，N2、N5、和N6中的每一个的糖独立地是2’-F修饰的糖，并且N3和N4中的每一个的糖独立地是2’-OR修饰的糖(其中R是C1-6脂肪族基)或双环糖。在一些实施例中，N2、N5、和N6中的每一个的糖独立地是2’-F修饰的糖，并且N3和N4中的每一个的糖独立地是2’-OR修饰的糖。在一些实施例中，N2、N5、和N6中的每一个的糖独立地是2’-F修饰的糖，并且N3和N4中的每一个的糖独立地是2’-OMe或2’-MOE修饰的糖。在一些实施例中，N2、N5、和N6中的每一个的糖独立地是2’-F修饰的糖，并且N3和N4中的每一个的糖独立地是2’-OMe修饰的糖。在一些实施例中，至少一个糖是2’-MOE修饰的糖。在一些实施例中，N3的糖是2’-MOE修饰的糖。在一些实施例中，N3的糖是2’-OMe修饰的糖。在一些实施例中，N4的糖是2’-MOE修饰的糖。在一些实施例中，N3和N4两者的糖均是2’-MOE修饰的糖。在一些实施例中，N2形成2’-F嵌段。在一些实施例中，N3和N4形成2’-OMe嵌段。在一些实施例中，N3和N4形成2’-MOE嵌段。在一些实施例中，N5、N6和/或N7形成2’-F嵌段。在一些实施例中，在多种位置处的包含经修饰的糖(例如2’-F修饰的糖、2’-OMe修饰的糖、2’-MOE修饰的糖等)的寡核苷酸尤其是可以提供高水平的腺苷编辑。例如，2’-MOE修饰的糖可以掺入多种位置，以提供能够进行腺苷编辑的寡核苷酸；在一些实施例中，N1的糖是2’-MOE修饰的糖；在一些实施例中，N2的糖是2’-MOE修饰的糖；在一些实施例中，N3的糖是2’-MOE修饰的糖；在一些实施例中，N4的糖是2’-MOE修饰的糖；在一些实施例中，N5的糖是2’-MOE修饰的糖；在一些实施例中，N6的糖是2’-MOE修饰的糖；在一些实施例中，N7的糖是2’-MOE修饰的糖；在一些实施例中，N8的糖是2’-MOE修饰的糖；在一些实施例中，N-1的糖是2’-MOE修饰的糖；在一些实施例中，N-2的糖是2’-MOE修饰的糖；在一些实施例中，N-3的糖是2’-MOE修饰的糖；在一些实施例中，N-4的糖是2’-MOE修饰的糖；在一些实施例中，N-5的糖是2’-MOE修饰的糖；在一些实施例中，N-6的糖是2’-MOE修饰的糖。
如本文所述，各种核苷酸间键联可用于寡核苷酸或其部分(例如第一结构域、第二结构域等)中。例如，各种键联可用于第一结构域中。在一些实施例中，第一结构域包含一个或多个，例如1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个或更多个天然磷酸酯键联。在一些实施例中，第一结构域包含一个或多个，例如1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个或更多个经修饰的核苷酸间键联。在一些实施例中，第一结构域包含一个或多个天然磷酸酯键联以及一个或多个经修饰的核苷酸间键联。在一些实施例中，一个或多个经修饰的核苷酸间键联是硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，每个硫代磷酸酯核苷酸间键联是手性控制的。在一些实施例中，寡核苷酸或其部分(例如第一结构域、第二结构域等)中的每个硫代磷酸酯核苷酸间键联均是Sp。在一些实施例中，寡核苷酸中的每个硫代磷酸酯核苷酸间键联均是Sp。在一些实施例中，一个或多个经修饰的核苷酸间键联独立地是不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，一个或多个经修饰的核苷酸间键联独立地是不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，一个或多个经修饰的核苷酸间键联独立地是磷酰基胍核苷酸间键联。在一些实施例中，每个磷酰基胍核苷酸间键联独立地是n001。在一些实施例中，第一结构域含有约1-5个，例如1、2、3、4、或5个不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，这样的不带负电荷的核苷酸间键联各自独立地是磷酰基胍核苷酸间键联。在一些实施例中，其各自独立地是n001。在一些实施例中，其中的一个或多个独立地是手性控制的。在一些实施例中，其中的每个是手性控制的。在一些实施例中，其中的每个是Rp n001。在一些实施例中，一个或多个糖(其是2’-OR修饰的糖，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基)与天然磷酸酯键联键合。在一些实施例中，一个或多个2’-OMe糖与天然磷酸酯键联键合。在一些实施例中，一个或多个2’-MOE糖与天然磷酸酯键联键合。在一些实施例中，一个或多个2’-F修饰的糖与天然磷酸酯键联键合。在一些实施例中，寡核苷酸或其部分(例如第一结构域、第二结构域等)中的约或至少约20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％或90％2’-OR修饰的糖(其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基)独立地与天然磷酸酯键联键合。在一些实施例中，寡核苷酸或其部分(例如第一结构域、第二结构域等)中的约或至少约20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％或90％2’-OMe修饰的糖独立地与天然磷酸酯键联键合。在一些实施例中，寡核苷酸或其部分(例如第一结构域、第二结构域等)中的约或至少约20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％或90％2’-MOE修饰的糖独立地与天然磷酸酯键联键合。在一些实施例中，第一结构域、第二结构域等中的约或至少约20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％或90％2’-OR修饰的糖(其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基)独立地与天然磷酸酯键联键合。在一些实施例中，第一结构域中约或至少约20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％或90％2’-OMe修饰的糖独立地与天然磷酸酯键联键合。在一些实施例中，第一结构域中约或至少约20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％或90％2’-MOE修饰的糖独立地与天然磷酸酯键联键合。在一些实施例中，第一结构域、第二结构域等中的约或至少约1-10个，例如1、2、3、4、5、6、7、8、9、或10个2’-OR修饰的糖(其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基)独立地与天然磷酸酯键联键合。在一些实施例中，第一结构域中约或至少约1-10个，例如1、2、3、4、5、6、7、8、9、或10个2’-OMe修饰的糖独立地与天然磷酸酯键联键合。在一些实施例中，第一结构域中约或至少约1-10个，例如1、2、3、4、5、6、7、8、9、或10个2’-MOE修饰的糖独立地与天然磷酸酯键联键合。在一些实施例中，与2’-F修饰的糖键合的一个或多个，例如1、2、3、4、5、6、7、8、9、或10个或更多个天然磷酸酯键联独立地与2’-OR修饰的糖(其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基)或双环糖键合。在一些实施例中，与2’-F修饰的糖键合的每个天然磷酸酯键联独立地与2’-OR修饰的糖(其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基)或双环糖键合。在一些实施例中，与2’-F修饰的糖键合的一个或多个，例如1、2、3、4、5、6、7、8、9、或10个或更多个天然磷酸酯键联独立地与2’-MOE修饰的糖键合。在一些实施例中，与2’-F修饰的糖键合的每个天然磷酸酯键联独立地与2’-MOE修饰的糖键合。
尤其是，与可比较的参考寡核苷酸(例如先前在以下中报道的那些)相比，包含如本文所述的各种嵌段和模式(例如2’-F嵌段、2’-OMe嵌段、2’-MOE嵌段等)和/或如本文所述的核苷酸间键联及其模式的寡核苷酸可以提供改善的药效学、药代动力学和/或腺苷编辑水平等：WO 2016/097212、WO 2017/220751、WO 2018/041973、WO 2018/134301A1、WO 2019/158475、WO 2019/219581、WO 2020/157008、WO 2020/165077、WO 2020/201406、WO 2020/252376、WO 2021/130313、WO 2021/231691、WO 2021/231692、WO 2021/231673、WO 2021/231675、WO 2021/231679、WO 2021/231680、WO 2021/231698、WO 2021/231685、WO 2021/231830、WO 2021/243023、WO 2022/018207、WO 2022/026928、或WO 2022/090256。在一些实施例中，参考寡核苷酸是WO 2021/071858中报道的寡核苷酸。
在一些实施例中，N-2含有天然糖。在一些实施例中，N-2的糖是天然DNA糖。在一些实施例中，其是天然RNA糖。在一些实施例中，其是经修饰的糖。在一些实施例中，其是2’-F修饰的糖。在一些实施例中，其是2’-OR修饰的糖，其中R是如本文所述的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，R是任选地经取代的C1-6烷基。在一些实施例中，其是2′-OMe修饰的。在一些实施例中，其是2’-MOE修饰的糖。
在一些实施例中，N-1和N-2之间的核苷酸间键联是经修饰的核苷酸间键联。在一些实施例中，其是硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，其是不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，其是中性核苷酸间键联。在一些实施例中，其是磷酰基胍核苷酸间键联。在一些实施例中，其是n001。在一些实施例中，其是Sp。在一些实施例中，其是Rp。在一些实施例中，其是Sp硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，其是Sp n001。在一些实施例中，其是Rp n001。在一些实施例中，N-1是dI，并且N-1和N-2之间的键联是Sp磷酰基胍核苷酸间键联。在一些实施例中，N-1是dI，并且N-1和N-2之间的键联是Sp n001。
在一些实施例中，N-3含有天然糖。在一些实施例中，N-3的糖是天然DNA糖。在一些实施例中，其是天然RNA糖。在一些实施例中，其是经修饰的糖。在一些实施例中，其是2’-F修饰的糖。在一些实施例中，其是2’-OR修饰的糖，其中R是如本文所述的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，R是任选地经取代的C1-6烷基。在一些实施例中，其是2’-OMe修饰的。在一些实施例中，其是2’-MOE修饰的糖。
在一些实施例中，N-2和N-3之间的核苷酸间键联是天然磷酸酯键联。在一些实施例中，其是经修饰的核苷酸间键联。在一些实施例中，其是硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，其是不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，其是中性核苷酸间键联。在一些实施例中，其是磷酰基胍核苷酸间键联。在一些实施例中，其不是磷酰基胍核苷酸间键联。在一些实施例中，其是n001。在一些实施例中，其不是n001。在一些实施例中，其是Sp。在一些实施例中，其是Rp。在一些实施例中，其是Sp硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，其是Sp n001。在一些实施例中，其是Rp n001。
在一些实施例中，N-4含有天然糖。在一些实施例中，N-4的糖是天然DNA糖。在一些实施例中，其是天然RNA糖。在一些实施例中，其是经修饰的糖。在一些实施例中，其是2’-F修饰的糖。在一些实施例中，其是2’-OR修饰的糖，其中R是如本文所述的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，R是任选地经取代的C1-6烷基。在一些实施例中，其是2’-OMe修饰的。在一些实施例中，其是2’-MOE修饰的糖。
在一些实施例中，N-3和N-4之间的核苷酸间键联是天然磷酸酯键联。在一些实施例中，其是经修饰的核苷酸间键联。在一些实施例中，其是硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，其是不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，其是中性核苷酸间键联。在一些实施例中，其是磷酰基胍核苷酸间键联。在一些实施例中，其不是磷酰基胍核苷酸间键联。在一些实施例中，其是n001。在一些实施例中，其不是n001。在一些实施例中，其是Sp。在一些实施例中，其是Rp。在一些实施例中，其是Sp硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，其是Sp n001。在一些实施例中，其是Rp n001。
在一些实施例中，N-5含有天然糖。在一些实施例中，N-5的糖是天然DNA糖。在一些实施例中，其是天然RNA糖。在一些实施例中，其是经修饰的糖。在一些实施例中，其是2’-F修饰的糖。在一些实施例中，其是2’-OR修饰的糖，其中R是如本文所述的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，R是任选地经取代的C1-6烷基。在一些实施例中，其是2’-OMe修饰的。在一些实施例中，其是2’-MOE修饰的糖。
在一些实施例中，N-4和N-5之间的核苷酸间键联是天然磷酸酯键联。在一些实施例中，其是经修饰的核苷酸间键联。在一些实施例中，其是硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，其是不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，其是中性核苷酸间键联。在一些实施例中，其是磷酰基胍核苷酸间键联。在一些实施例中，其是n001。在一些实施例中，其是Sp。在一些实施例中，其是Rp。在一些实施例中，其是Sp硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，其是Sp n001。在一些实施例中，其是Rp n001。
在一些实施例中，N-6含有天然糖。在一些实施例中，N-6的糖是天然DNA糖。在一些实施例中，其是天然RNA糖。在一些实施例中，其是经修饰的糖。在一些实施例中，其是2’-F修饰的糖。在一些实施例中，其是2’-OR修饰的糖，其中R是如本文所述的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，R是任选地经取代的C1-6烷基。在一些实施例中，其是2’-OMe修饰的。在一些实施例中，其是2’-MOE修饰的糖。
在一些实施例中，N-5和N-6之间的核苷酸间键联是天然磷酸酯键联。在一些实施例中，其是经修饰的核苷酸间键联。在一些实施例中，其是硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，其是不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，其是中性核苷酸间键联。在一些实施例中，其是磷酰基胍核苷酸间键联。在一些实施例中，其是n001。在一些实施例中，其是Sp。在一些实施例中，其是Rp。在一些实施例中，其是Sp硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，其是Sp n001。在一些实施例中，其是Rp n001。
在一些实施例中，N-1、N-2、N-3、N-4、N-5、和N-6中的至少一个糖是天然DNA糖。在一些实施例中，N-2、N-3、N-4、N-5、和N-6中的至少一个糖是2’-F修饰的糖。在一些实施例中，N-2、N-3、N-4、N-5、和N-6中的至少一个糖是2’-OR修饰的糖，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，N-2、N-3、N-4、N-5、和N-6中的至少一个糖是2’-OMe修饰的糖。在一些实施例中，N-2、N-3、N-4、N-5、和N-6中的至少一个糖是2’-MOE修饰的糖。在一些实施例中，N-2、N-3、N-4、N-5、和N-6中的至少一个糖是双环糖，例如LNA糖、cEt糖等。在一些实施例中，N-2、N-3、N-4、N-5、和N-6中的一个糖是2’-F修饰的糖，并且其他糖各自独立地是如本文所述的2’-OR修饰的糖(其中R是C1-6脂肪族基)(例如2’-OMe修饰的糖、2’-MOE修饰的糖等)或双环糖。在一些实施例中，N-2、N-3、N-4、N-5、和N-6中的一个糖是2’-F修饰的糖，并且其他糖各自独立地是2’-OR修饰的糖，其中R是C1-6脂肪族基。在一些实施例中，N-2、N-3、N-4、N-5、和N-6中的一个糖是2’-F修饰的糖，并且其他糖各自独立地是2’-OMe或2’-MOE修饰的糖。在一些实施例中，N-2、N-3、N-4、N-5、和N-6中的一个糖是2’-F修饰的糖，并且其他糖各自独立地是2’-OMe修饰的糖。在一些实施例中，N-3的糖是2’-F修饰的糖。在一些实施例中，N-1的糖是DNA糖，N-3的糖是2’-F修饰的糖，并且N-2、N-4、N-5、和N-6中的每一个的糖独立地是如本文所述的2’-OR修饰的糖(其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基)或双环糖(例如LNA糖、ENA糖等)。在一些实施例中，N-1的糖是DNA糖，N-3的糖是2’-F修饰的糖，并且N-2、N-4、N-5、和N-6中的每一个的糖独立地是2’-OR修饰的糖(其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基)。在一些实施例中，N-1的糖是DNA糖，N-3的糖是2’-F修饰的糖，并且N-2、N-4、N-5、和N-6中的每一个的糖独立地是2’-OMe或2’-MOE修饰的糖。在一些实施例中，N-1的糖是DNA糖，N-3的糖是2’-F修饰的糖，并且N-2、N-4、N-5、和N-6中的每一个的糖独立地是2’-OMe修饰的糖。在一些实施例中，N-2形成2’-OMe嵌段。在一些实施例中，N-3形成2’-F嵌段。在一些实施例中，N-4、N-5、和N-6形成2’-OMe嵌段。
在一些实施例中，N-2、N-3、N-4、N-5、和N-6中的至少一个与天然磷酸酯键联键合。在一些实施例中，N-2和N-3之间的键联是天然磷酸酯键联。在一些实施例中，N-2与不带负电荷的核苷酸间键联键合。在一些实施例中，N-3、N-4、N-5、和N-6中的至少一个与不带负电荷的核苷酸间键联键合。在一些实施例中，N-5和N-6之间的键联是不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，N-3、N-4、N-5、和N-6中的至少一个与硫代磷酸酯核苷酸间键联键合。在一些实施例中，N-3、N-4和N-5各自独立地与硫代磷酸酯核苷酸间键联键合。在一些实施例中，不带负电荷的核苷酸间键联是中性核苷酸间键联。在一些实施例中，不带负电荷的核苷酸间键联是磷酰基胍核苷酸间键联。在一些实施例中，不带负电荷的核苷酸间键联是n001。在一些实施例中，其是Rp。在一些实施例中，其是Sp。在一些实施例中，硫代磷酸酯核苷酸间键联是Rp。在一些实施例中，硫代磷酸酯核苷酸间键联是Sp。在一些实施例中，每个硫代磷酸酯核苷酸间键联是Sp。在一些实施例中，N-2和v-3之间的键联是天然磷酸酯键联，N-3和N-4之间的键联是Sp硫代磷酸酯核苷酸间键联，N-4和N-5之间的键联是Sp硫代磷酸酯核苷酸间键联，并且N-5和N-6之间的键联是Rp不带负电荷的核苷酸间键联(例如Rp磷酰基胍核苷酸间键联，如Rp n001)。在一些实施例中，天然磷酸酯键联与至少一个经修饰的糖键合。在一些实施例中，天然磷酸酯键联与至少一个2’-OR修饰的糖(其中R是C1-6脂肪族基)或双环糖键合。在一些实施例中，天然磷酸酯键联与2’-OMe修饰的糖键合。在一些实施例中，天然磷酸酯键联与2’-MOE修饰的糖键合。在一些实施例中，与天然磷酸酯键联键合的两个糖独立地是如本文所述的经修饰的糖。
在一些实施例中，寡核苷酸包含如本文所述的第一结构域(例如其中多个或大多数或所有糖均是2’-F修饰的糖的第一结构域)和如本文所述的第二结构域(例如其中多个或大多数或所有糖均是非-2’-F修饰的糖(例如2’-OMe修饰的糖)的第二结构域)。在一些实施例中，第一结构域位于第二结构域的5′侧。在一些实施例中，第一结构域位于第二结构域的3′侧。在一些实施例中，当第一结构域位于第二结构域的3′侧时，存在至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、或10个或更多个(例如1-20、2-20、3-20、4-20、5-20、6-20、7-20、7-11个等)与靶腺苷相反的核苷的5’-侧核苷。在一些实施例中，存在至少3个。在一些实施例中，存在至少4个。在一些实施例中，存在至少5个。在一些实施例中，存在至少6个。在一些实施例中，存在至少7个。在一些实施例中，存在至少8个。在一些实施例中，存在至少9个。在一些实施例中，存在至少10个。在一些实施例中，存在3个。在一些实施例中，存在4个。在一些实施例中，存在5个。在一些实施例中，存在6个。在一些实施例中，存在7个。在一些实施例中，存在8个。在一些实施例中，存在9个。在一些实施例中，存在10个。在一些实施例中，存在11个。在一些实施例中，存在7-11个。在一些实施例中，存在9-11个。在一些实施例中，存在10或11。在一些实施例中，另外地或替代性地，存在至少15、16、17、18、19、20个或更多个(例如15-30、16-30、17-30、18-30、18-25、18-22个等)与靶腺苷相反的核苷的5’-侧核苷。在一些实施例中，存在至少15个。在一些实施例中，存在至少16个。在一些实施例中，存在至少17个。在一些实施例中，存在至少18个。在一些实施例中，如上所述，存在至少约5个(例如5-50、5-40、5-30、5-20、5-10、5-9个，5、6、7、8、9、或10个等)3’-侧核苷和至少约15个(例如15-50、15-40、15-30、15-20、20-30、20-25个，15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30个等)5’-侧核苷。在一些实施例中，独立地约1-10个(例如2-10、3-10、3-5个，1、2、3、4、5、6、7、8、9、或10个)双环或2’-OR修饰的糖独立地在编辑区(例如N1N0N-1)的5’-、或3’-、或两侧，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，独立地约1-10个(例如2-10、3-10、3-5个，1、2、3、4、5、6、7、8、9、或10个)2’-OR修饰的糖独立地在编辑区的5’-、或3’-、或两侧，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，独立地约1-10个(例如2-10、3-10、3-5个，1、2、3、4、5、6、7、8、9、或10个)2’-OMe修饰的糖独立地在编辑区的5’-、或3’-、或两侧。在一些实施例中，其在5’侧。在一些实施例中，其在3’侧。在一些实施例中，其在两侧。在一些实施例中，有利的是，在编辑区(例如N1N0N-1)周围，两侧均存在双环或2’-OR修饰的糖(例如独立地约1-10个(例如2-10、3-10、3-5个，1、2、3、4、5、6、7、8、9、或10个)，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基)。在一些实施例中，有利的是，在编辑区(例如N1N0N-1)周围，两侧均存在2’-OR修饰的糖(例如独立地约1-10个(例如2-10、3-10、3-5个，1、2、3、4、5、6、7、8、9、或10个)，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基)。在一些实施例中，在每一侧上存在至少2个。在一些实施例中，每个2’-OR修饰的糖是2’-OMe修饰的糖。在一些实施例中，每个2’-OR修饰的糖是2’-MOE修饰的糖。
所提供的技术的许多优点之一是，与其他的传统技术相比，短得多的寡核苷酸可以提供可比较的或更高水平的腺苷编辑。阅读本披露的本领域技术人员将理解，掺入本披露的寡核苷酸的一个或多个结构元件(例如，糖修饰、核碱基修饰、核苷酸间键联修饰、立体化学和/或其模式)的更长的寡核苷酸(例如，延伸靶腺苷的5’侧、3’侧或两侧)也可以是有用的，例如，用于本文所述的各种用途，包括腺嘌呤编辑和预防和/或治疗可有益于靶腺苷编辑的病症、障碍或疾病。
在一些实施例中，ADAR1 p150比ADAR1 p110更能容忍5’-侧和/或3’-侧的长度和/或与靶腺苷相反的核苷定位的变化。在一些实施例中，本披露提供了特别地有用的5’-侧和/或3’-侧的长度和/或与靶腺苷相反的核苷定位，以用于编辑(例如通过ADAR1 p110和/或ADAR1 p150)。在一些实施例中，某些长度的5’-侧和/或3’-侧和/或核苷的定位可用于在表达ADAR1(例如ADAR1 p110和/或p150)的细胞中进行编辑。
在一些实施例中，与靶腺苷相反的核苷键合的每个硫代磷酸酯独立地是硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，N0和N-1之间的核苷酸间键联是Rp硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，N-1和N-2之间的核苷酸间键联是Rp硫代磷酸酯核苷酸间键联。
在一些实施例中，本披露提供了包含可提供高编辑效率的编辑区的寡核苷酸。在一些实施例中，所提供的编辑区是或包含如本文所述的5’-N1N0N-1-3’。
在一些实施例中，本披露提供了包含如本文所述的5’-N1N0N-1-3’的寡核苷酸。
在一些实施例中，N0如本文所述。在一些实施例中，N0包含如本文所述的糖和核碱基。在一些实施例中，N0具有天然DNA糖。在一些实施例中，N0具有天然RNA糖。在一些实施例中，N0具有经修饰的糖，例如2’-F修饰的糖。在一些实施例中，与靶腺苷相反的核碱基或N0的糖是阿拉伯呋喃糖。在一些实施例中，与靶腺苷相反的核碱基或N0的糖是其中C1’与如本文所述核碱基键合。在一些实施例中，N0具有天然核碱基。在一些实施例中，N0的核碱基是C。在一些实施例中，N0的核碱基是b001A。在一些实施例中，N0是脱氧胞苷。在一些实施例中，N0是胞苷。在一些实施例中，N0是2’-F C(其中胞苷的2’-OH被-F代替)。在一些实施例中，N0是b001A。在一些实施例中，N0是Csm15。在一些实施例中，N0是b001rA。在一些实施例中，N0是b008U。在一些实施例中，N0的核碱基不是T或U。在一些实施例中，N0的核碱基不是T。在一些实施例中，N0的核碱基不是U。在一些实施例中，N0与A不匹配。
在一些实施例中，N1的核碱基是U并且N-1的核碱基是次黄嘌呤。在一些实施例中，N1是2’-F U并且N-1是脱氧肌苷。在一些实施例中，N0的核碱基是如本文所述的，如胞嘧啶、b001A、b008U等。在一些实施例中，N0是如本文所述的，如脱氧胞苷、b001A、Csm15、b001rA、b008U等。在一些实施例中，N0是脱氧胞苷。在一些实施例中，N0是b001A。在一些实施例中，N0是Csm15。在一些实施例中，N0是b001rA。在一些实施例中，N0是b008U。在一些实施例中，这样的5’-N1N0N-1-3’特别地用于靶向包含5’-CAA-3’的RNA，以编辑靶腺苷A。
在一些实施例中，N1的核碱基是T，并且N-1的核碱基是次黄嘌呤。在一些实施例中，N1是胸苷，并且N-1是脱氧肌苷。在一些实施例中，N0的核碱基是如本文所述的，如胞嘧啶、b001A、b008U等。在一些实施例中，N0是如本文所述的，如脱氧胞苷、b001A、Csm15、b001rA、b008U等。在一些实施例中，N0是脱氧胞苷。在一些实施例中，N0是b001A。在一些实施例中，N0是Csm15。在一些实施例中，N0是b001rA。在一些实施例中，N0是b008U。在一些实施例中，这样的5’-N1N0N-1-3’特别地用于靶向包含5’-CAA-3’的RNA，以编辑靶腺苷A。
在一些实施例中，N1的核碱基是C，并且N-1的核碱基是次黄嘌呤。在一些实施例中，N1是2’-F C，并且N-1是脱氧肌苷。在一些实施例中，N0的核碱基是如本文所述的，如胞嘧啶、b001A、b008U等。在一些实施例中，N0是如本文所述的，如脱氧胞苷、b001A、Csm15、b001rA、b008U等。在一些实施例中，N0是脱氧胞苷。在一些实施例中，N0是b001A。在一些实施例中，N0是Csm15。在一些实施例中，N0是b001rA。在一些实施例中，N0是b008U。在一些实施例中，这样的5’-N1N0N-1-3’特别地用于靶向包含5’-CAA-3’的RNA，以编辑靶腺苷A。
在一些实施例中，N1的核碱基是U并且N-1的核碱基是鸟嘌呤。在一些实施例中，N1是2’-F U，并且N-1是脱氧鸟苷。在一些实施例中，N0的核碱基是如本文所述的，如胞嘧啶、b001A、b008U等。在一些实施例中，N0是如本文所述的，如脱氧胞苷、b001A、Csm15、b001rA、b008U等。在一些实施例中，N0是脱氧胞苷。在一些实施例中，N0是b001A。在一些实施例中，N0是Csm15。在一些实施例中，N0是b001rA。在一些实施例中，N0是b008U。在一些实施例中，这样的5’-N1N0N-1-3’对于用于编辑靶腺苷A的靶向包含5’-CAA-3’的RNA特别有用。在一些实施例中，N0的3’侧存在6或至少6个核苷(例如当存在6个时，N-1至N-6)。
在一些实施例中，N1的核碱基是C并且N-1的核碱基是鸟嘌呤。在一些实施例中，N1是2’-F C，并且N-1是脱氧鸟苷。在一些实施例中，N0的核碱基是如本文所述的，如胞嘧啶、b001A、b008U等。在一些实施例中，N0是如本文所述的，如脱氧胞苷、b001A、Csm15、b001rA、b008U等。在一些实施例中，N0是脱氧胞苷。在一些实施例中，N0是b001A。在一些实施例中，N0是Csm15。在一些实施例中，N0是b001rA。在一些实施例中，N0是b008U。在一些实施例中，这样的5’-N1N0N-1-3’对于用于编辑靶腺苷A的靶向包含5’-CAA-3’的RNA特别有用。在一些实施例中，N0的3’侧存在6或至少6个核苷(例如当存在6个时，N-1至N-6)。
在一些实施例中，N1的核碱基是U并且N-1的核碱基是次黄嘌呤。在一些实施例中，N1是2’-F U并且N-1是脱氧肌苷。在一些实施例中，N1的核碱基是C，并且N-1的核碱基是次黄嘌呤。在一些实施例中，N1是2’-F C，并且N-1是脱氧肌苷。在一些实施例中，N1的核碱基是U，并且N-1的核碱基是G。在一些实施例中，N1是2’-F U并且N-1是dG。在一些实施例中，N1的核碱基是C，并且N-1的核碱基是G。在一些实施例中，N1是2’-F C并且N-1是dG。在一些实施例中，N1的核碱基是G，并且N-1的核碱基是次黄嘌呤。在一些实施例中，N1是2’-FG，并且N-1是脱氧肌苷。在一些实施例中，N0的核碱基是如本文所述的，如胞嘧啶、b001A、b008U等。在一些实施例中，N0是如本文所述的，如脱氧胞苷、b001A、Csm15、b001rA、b008U等。在一些实施例中，N0是脱氧胞苷。在一些实施例中，N0是b001A。在一些实施例中，N0是Csm15。在一些实施例中，N0是b001rA。在一些实施例中，N0是b008U。在一些实施例中，这样的5’-N1N0N-1-3’特别地用于靶向包含5’-CAA-3’的RNA，以编辑靶腺苷A。
在一些实施例中，N1的核碱基是U，并且N-1的核碱基是T。在一些实施例中，N1是2’-F U并且N-1是dT。在一些实施例中，N1的核碱基是C并且N-1的核碱基是胸腺嘧啶。在一些实施例中，N1是2’-FC，并且N-1是dT。在一些实施例中，N1的核碱基是U并且N-1的核碱基是次黄嘌呤。在一些实施例中，N1是2’-F U并且N-1是脱氧肌苷。在一些实施例中，N1的核碱基是U，并且N-1的核碱基是G。在一些实施例中，N1是2’-F U并且N-1是dG。在一些实施例中，N1的核碱基是C，并且N-1的核碱基是次黄嘌呤。在一些实施例中，N1是2’-F U并且N-1是脱氧肌苷。在一些实施例中，N0是如本文所述的，如脱氧胞苷、b001A、Csm15、b001rA、b008U等。在一些实施例中，N0是脱氧胞苷。在一些实施例中，N0是b001A。在一些实施例中，N0是Csm15。在一些实施例中，N0是b001rA。在一些实施例中，N0是b008U。在一些实施例中，这样的5’-N1N0N-1-3’特别地用于靶向包含5’-AAA-3的RNA，以编辑靶腺苷A。
在一些实施例中，N1的核碱基是A，并且N-1的核碱基是T。在一些实施例中，N1是2’-F A并且N-1是dT。在一些实施例中，N1的核碱基是G，并且N-1的核碱基是T。在一些实施例中，N1是2’-F G并且N-1是dT。在一些实施例中，N1的核碱基是A，并且N-1的核碱基是次黄嘌呤。在一些实施例中，N1是2’-F A，并且N-1是脱氧肌苷。在一些实施例中，N1的核碱基是A，并且N-1的核碱基是G。在一些实施例中，N1是2’-F A并且N-1是dG。在一些实施例中，N1的核碱基是A，并且N-1的核碱基是C。在一些实施例中，N1是2’-F A并且N-1是dC。在一些实施例中，N0是如本文所述的，如脱氧胞苷、b001A、Csm15、b001rA、b008U等。在一些实施例中，N0是脱氧胞苷。在一些实施例中，N0是b001A。在一些实施例中，N0是Csm15。在一些实施例中，N0是b001rA。在一些实施例中，N0是b008U。在一些实施例中，这样的5’-N1N0N-1-3’特别地用于靶向包含5’-AAU-3’的RNA，以编辑靶腺苷A。
在一些实施例中，N1的核碱基是U，并且N-1的核碱基是T。在一些实施例中，N1是2’-F U并且N-1是dT。在一些实施例中，N1的核碱基是C，并且N-1的核碱基是T。在一些实施例中，N1是2’-F C并且N-1是dT。在一些实施例中，N1的核碱基是C，并且N-1的核碱基是A。在一些实施例中，N1是2’-F C并且N-1是dA。在一些实施例中，N1的核碱基是C，并且N-1的核碱基是C。在一些实施例中，N1是2’-FC并且N-1是dC。在一些实施例中，N1的核碱基是U并且N-1的核碱基是次黄嘌呤。在一些实施例中，N1是2’-F U并且N-1是脱氧肌苷。在一些实施例中，N1的核碱基是C，并且N-1的核碱基是次黄嘌呤。在一些实施例中，N1是2’-F C，并且N-1是脱氧肌苷。在一些实施例中，N1的核碱基是C，并且N-1的核碱基是G。在一些实施例中，N1是2’-F C并且N-1是dG。在一些实施例中，N1的核碱基是U，并且N-1的核碱基是G。在一些实施例中，N1是2’-F U并且N-1是dG。在一些实施例中，N0是如本文所述的，如脱氧胞苷、b001A、Csm15、b001rA、b008U等。在一些实施例中，N0是脱氧胞苷。在一些实施例中，N0是b001A。在一些实施例中，N0是Csm15。在一些实施例中，N0是b001rA。在一些实施例中，N0是b008U。在一些实施例中，这样的5’-N1N0N-1-3’特别地用于靶向包含5’-AAG-3’的RNA，以编辑靶腺苷A。
在一些实施例中，N1的核碱基是G，并且N-1的核碱基是T。在一些实施例中，N1是2’-F G并且N-1是dT。在一些实施例中，N1的核碱基是G，并且N-1的核碱基是A。在一些实施例中，N1是2’-F G并且N-1是dA。在一些实施例中，N1的核碱基是G，并且N-1的核碱基是C。在一些实施例中，N1是2’-F G并且N-1是dC。在一些实施例中，N1的核碱基是G，并且N-1的核碱基是次黄嘌呤。在一些实施例中，N1是2’-F G，并且N-1是脱氧肌苷。在一些实施例中，N1的核碱基是G，并且N-1的核碱基是G。在一些实施例中，N1是2’-F G并且N-1是dG。在一些实施例中，N0是如本文所述的，如脱氧胞苷、b001A、Csm15、b001rA、b008U等。在一些实施例中，N0是脱氧胞苷。在一些实施例中，N0是b001A。在一些实施例中，N0是Csm15。在一些实施例中，N0是b001rA。在一些实施例中，N0是b008U。在一些实施例中，这样的5’-N1N0N-1-3’特别地用于靶向包含5’-AAC-3’的RNA，以编辑靶腺苷A。
在一些实施例中，N1的核碱基是U，并且N-1的核碱基是A。在一些实施例中，N1是2’-F U并且N-1是dA。在一些实施例中，N1的核碱基是C，并且N-1的核碱基是A。在一些实施例中，N1是2’-F C并且N-1是dA。在一些实施例中，N1的核碱基是A，并且N-1的核碱基是A。在一些实施例中，N1是2’-F A并且N-1是dA。在一些实施例中，N1的核碱基是G，并且N-1的核碱基是A。在一些实施例中，N1是2’-FG并且N-1是dA。在一些实施例中，N1的核碱基是U并且N-1的核碱基是次黄嘌呤。在一些实施例中，N1是2’-F U并且N-1是脱氧肌苷。在一些实施例中，N1的核碱基是C，并且N-1的核碱基是次黄嘌呤。在一些实施例中，N1是2’-F C，并且N-1是脱氧肌苷。在一些实施例中，N0是如本文所述的，如脱氧胞苷、b001A、Csm15、b001rA、b008U等。在一些实施例中，N0是脱氧胞苷。在一些实施例中，N0是b001A。在一些实施例中，N0是Csm15。在一些实施例中，N0是b001rA。在一些实施例中，N0是b008U。在一些实施例中，这样的5’-N1N0N-1-3’特别地用于靶向包含5’-UAA-3’的RNA，以编辑靶腺苷A。
在一些实施例中，N1的核碱基是A，并且N-1的核碱基是A。在一些实施例中，N1是2’-F A并且N-1是dA。在一些实施例中，N1的核碱基是G，并且N-1的核碱基是A。在一些实施例中，N1是2’-F G并且N-1是dA。在一些实施例中，N1的核碱基是C，并且N-1的核碱基是A。在一些实施例中，N1是2’-F C并且N-1是dA。在一些实施例中，N1的核碱基是U，并且N-1的核碱基是A。在一些实施例中，N1是2’-FU并且N-1是dA。在一些实施例中，N1的核碱基是A，并且N-1的核碱基是次黄嘌呤。在一些实施例中，N1是2’-F A，并且N-1是脱氧肌苷。在一些实施例中，N1的核碱基是G，并且N-1的核碱基是次黄嘌呤。在一些实施例中，N1是2’-F G，并且N-1是脱氧肌苷。在一些实施例中，N0是如本文所述的，如脱氧胞苷、b001A、Csm15、b001rA、b008U等。在一些实施例中，N0是脱氧胞苷。在一些实施例中，N0是b001A。在一些实施例中，N0是Csm15。在一些实施例中，N0是b001rA。在一些实施例中，N0是b008U。在一些实施例中，这样的5’-N1N0N-1-3’特别地用于靶向包含5’-UAU-3’的RNA，以编辑靶腺苷A。
在一些实施例中，N1的核碱基是C，并且N-1的核碱基是A。在一些实施例中，N1是2’-F C并且N-1是dA。在一些实施例中，N1的核碱基是U，并且N-1的核碱基是A。在一些实施例中，N1是2’-F U并且N-1是dA。在一些实施例中，N1的核碱基是C，并且N-1的核碱基是T。在一些实施例中，N1是2’-F C并且N-1是dT。在一些实施例中，N1的核碱基是A，并且N-1的核碱基是A。在一些实施例中，N1是2’-FA并且N-1是dA。在一些实施例中，N1的核碱基是G，并且N-1的核碱基是A。在一些实施例中，N1是2’-F G并且N-1是dA。在一些实施例中，N1的核碱基是C，并且N-1的核碱基是C。在一些实施例中，N1是2’-F C并且N-1是dC。在一些实施例中，N1的核碱基是U并且N-1的核碱基是次黄嘌呤。在一些实施例中，N1是2’-F U并且N-1是脱氧肌苷。在一些实施例中，N1的核碱基是C，并且N-1的核碱基是次黄嘌呤。在一些实施例中，N1是2’-F C，并且N-1是脱氧肌苷。在一些实施例中，N1的核碱基是C，并且N-1的核碱基是G。在一些实施例中，N1是2’-FC并且N-1是dG。在一些实施例中，N0是如本文所述的，如脱氧胞苷、b001A、Csm15、b001rA、b008U等。在一些实施例中，N0是脱氧胞苷。在一些实施例中，N0是b001A。在一些实施例中，N0是Csm15。在一些实施例中，N0是b001rA。在一些实施例中，N0是b008U。在一些实施例中，这样的5’-N1N0N-1-3’特别地用于靶向包含5’-UAG-3’的RNA，以编辑靶腺苷A。
在一些实施例中，N1的核碱基是G，并且N-1的核碱基是T。在一些实施例中，N1是2’-F G并且N-1是dT。在一些实施例中，N1的核碱基是U，并且N-1的核碱基是A。在一些实施例中，N1是2’-F U并且N-1是dA。在一些实施例中，N1的核碱基是A，并且N-1的核碱基是A。在一些实施例中，N1是2’-F A并且N-1是dA。在一些实施例中，N1的核碱基是C，并且N-1的核碱基是A。在一些实施例中，N1是2’-FC并且N-1是dA。在一些实施例中，N1的核碱基是G，并且N-1的核碱基是A。在一些实施例中，N1是2’-F G并且N-1是dA。在一些实施例中，N1的核碱基是G，并且N-1的核碱基是C。在一些实施例中，N1是2’-F G并且N-1是dC。在一些实施例中，N1的核碱基是G，并且N-1的核碱基是次黄嘌呤。在一些实施例中，N1是2’-F G，并且N-1是脱氧肌苷。在一些实施例中，N1的核碱基是G，并且N-1的核碱基是G。在一些实施例中，N1是2’-F G并且N-1是dG。在一些实施例中，N0是如本文所述的，如脱氧胞苷、b001A、Csm15、b001rA、b008U等。在一些实施例中，N0是脱氧胞苷。在一些实施例中，N0是b001A。在一些实施例中，N0是Csm15。在一些实施例中，N0是b001rA。在一些实施例中，N0是b008U。在一些实施例中，这样的5’-N1N0N-1-3’特别地用于靶向包含5’-UAC-3’的RNA，以编辑靶腺苷A。
在一些实施例中，N1的核碱基是C，并且N-1的核碱基是C。在一些实施例中，N1是2’-F C并且N-1是dC。在一些实施例中，N1的核碱基是U并且N-1的核碱基是次黄嘌呤。在一些实施例中，N1是2’-FU并且N-1是脱氧肌苷。在一些实施例中，N1的核碱基是C，并且N-1的核碱基是次黄嘌呤。在一些实施例中，N1是2’-F C，并且N-1是脱氧肌苷。在一些实施例中，N1的核碱基是U，并且N-1的核碱基是G。在一些实施例中，N1是2’-F U并且N-1是dG。在一些实施例中，N1的核碱基是C，并且N-1的核碱基是G。在一些实施例中，N1是2’-F C并且N-1是dG。在一些实施例中，N0是如本文所述的，如脱氧胞苷、b001A、Csm15、b001rA、b008U等。在一些实施例中，N0是脱氧胞苷。在一些实施例中，N0是b001A。在一些实施例中，N0是Csm15。在一些实施例中，N0是b001rA。在一些实施例中，N0是b008U。在一些实施例中，这样的5’-N1N0N-1-3’特别地用于靶向包含5’-GAA-3’的RNA，以编辑靶腺苷A。
在一些实施例中，N1的核碱基是A，并且N-1的核碱基是次黄嘌呤。在一些实施例中，N1是2’-F A，并且N-1是脱氧肌苷。在一些实施例中，N1的核碱基是G，并且N-1的核碱基是次黄嘌呤。在一些实施例中，N1是2’-F G，并且N-1是脱氧肌苷。在一些实施例中，N1的核碱基是A，并且N-1的核碱基是G。在一些实施例中，N1是2’-F A并且N-1是dG。在一些实施例中，N1的核碱基是G，并且N-1的核碱基是G。在一些实施例中，N1是2’-F G并且N-1是dG。在一些实施例中，N1的核碱基是A，并且N-1的核碱基是A。在一些实施例中，N1是2’-F A并且N-1是dA。在一些实施例中，N0是如本文所述的，如脱氧胞苷、b001A、Csm15、b001rA、b008U等。在一些实施例中，N0是脱氧胞苷。在一些实施例中，N0是b001A。在一些实施例中，N0是Csm15。在一些实施例中，N0是b001rA。在一些实施例中，N0是b008U。在一些实施例中，这样的5’-N1N0N-1-3’特别地用于靶向包含5’-GAU-3’的RNA，以编辑靶腺苷A。
在一些实施例中，N1的核碱基是C，并且N-1的核碱基是T。在一些实施例中，N1是2’-F C并且N-1是dT。在一些实施例中，N1的核碱基是C，并且N-1的核碱基是A。在一些实施例中，N1是2’-F C并且N-1是dA。在一些实施例中，N1的核碱基是C，并且N-1的核碱基是C。在一些实施例中，N1是2’-F C并且N-1是dC。在一些实施例中，N1的核碱基是C，并且N-1的核碱基是次黄嘌呤。在一些实施例中，N1是2’-F C，并且N-1是脱氧肌苷。在一些实施例中，N1的核碱基是U，并且N-1的核碱基是G。在一些实施例中，N1是2’-F U并且N-1是dG。在一些实施例中，N1的核碱基是C，并且N-1的核碱基是G。在一些实施例中，N1是2’-F C并且N-1是dG。在一些实施例中，N0是如本文所述的，如脱氧胞苷、b001A、Csm15、b001rA、b008U等。在一些实施例中，N0是脱氧胞苷。在一些实施例中，N0是b001A。在一些实施例中，N0是Csm15。在一些实施例中，N0是b001rA。在一些实施例中，N0是b008U。在一些实施例中，这样的5’-N1N0N-1-3’特别地用于靶向包含5’-GAG-3’的RNA，以编辑靶腺苷A。
在一些实施例中，N1的核碱基是G，并且N-1的核碱基是A。在一些实施例中，N1是2’-F G并且N-1是dA。在一些实施例中，N1的核碱基是G，并且N-1的核碱基是次黄嘌呤。在一些实施例中，N1是2’-FG，并且N-1是脱氧肌苷。在一些实施例中，N1的核碱基是G，并且N-1的核碱基是G。在一些实施例中，N1是2’-F G并且N-1是dG。在一些实施例中，N1的核碱基是G，并且N-1的核碱基是T。在一些实施例中，N1是2’-F G并且N-1是dT。在一些实施例中，N1的核碱基是G，并且N-1的核碱基是C。在一些实施例中，N1是2’-F G并且N-1是dC。在一些实施例中，N0是如本文所述的，如脱氧胞苷、b001A、Csm15、b001rA、b008U等。在一些实施例中，N0是脱氧胞苷。在一些实施例中，N0是b001A。在一些实施例中，N0是Csm15。在一些实施例中，N0是b001rA。在一些实施例中，N0是b008U。在一些实施例中，这样的5’-N1N0N-1-3’特别地用于靶向包含5’-GAC-3’的RNA，以编辑靶腺苷A。
在一些实施例中，N1的核碱基是U并且N-1的核碱基是次黄嘌呤。在一些实施例中，N1是2’-F U并且N-1是脱氧肌苷。在一些实施例中，N1的核碱基是A，并且N-1的核碱基是次黄嘌呤。在一些实施例中，N1是2’-F A，并且N-1是脱氧肌苷。在一些实施例中，N1的核碱基是A，并且N-1的核碱基是G。在一些实施例中，N1是2’-F A并且N-1是dG。在一些实施例中，N1的核碱基是G，并且N-1的核碱基是次黄嘌呤。在一些实施例中，N1是2’-F G，并且N-1是脱氧肌苷。在一些实施例中，N1的核碱基是C，并且N-1的核碱基是次黄嘌呤。在一些实施例中，N1是2’-FC，并且N-1是脱氧肌苷。在一些实施例中，N0是如本文所述的，如脱氧胞苷、b001A、Csm15、b001rA、b008U等。在一些实施例中，N0是脱氧胞苷。在一些实施例中，N0是b001A。在一些实施例中，N0是Csm15。在一些实施例中，N0是b001rA。在一些实施例中，N0是b008U。在一些实施例中，这样的5’-N1N0N-1-3’特别地用于靶向包含5’-CAU-3’的RNA，以编辑靶腺苷A。
在一些实施例中，N1的核碱基是U并且N-1的核碱基是次黄嘌呤。在一些实施例中，N1是2’-F U并且N-1是脱氧肌苷。在一些实施例中，N1的核碱基是C，并且N-1的核碱基是次黄嘌呤。在一些实施例中，N1是2’-F C，并且N-1是脱氧肌苷。在一些实施例中，N1的核碱基是G，并且N-1的核碱基是次黄嘌呤。在一些实施例中，N1是2’-F G，并且N-1是脱氧肌苷。在一些实施例中，N1的核碱基是A，并且N-1的核碱基是次黄嘌呤。在一些实施例中，N1是2’-F A，并且N-1是脱氧肌苷。在一些实施例中，N1的核碱基是U，并且N-1的核碱基是G。在一些实施例中，N1是2’-F U并且N-1是dG。在一些实施例中，N1的核碱基是C，并且N-1的核碱基是G。在一些实施例中，N1是2’-F C并且N-1是dG。在一些实施例中，N1的核碱基是G，并且N-1的核碱基是G。在一些实施例中，N1是2’-F G并且N-1是dG。在一些实施例中，N0是如本文所述的，如脱氧胞苷、b001A、Csm15、b001rA、b008U等。在一些实施例中，N0是脱氧胞苷。在一些实施例中，N0是b001A。在一些实施例中，N0是Csm15。在一些实施例中，N0是b001rA。在一些实施例中，N0是b008U。在一些实施例中，这样的5’-N1N0N-1-3’特别地用于靶向包含5’-CAG-3’的RNA，以编辑靶腺苷A。
在一些实施例中，N1的核碱基是A，并且N-1的核碱基是次黄嘌呤。在一些实施例中，N1是2’-F A，并且N-1是脱氧肌苷。在一些实施例中，N1的核碱基是G，并且N-1的核碱基是次黄嘌呤。在一些实施例中，N1是2’-F G，并且N-1是脱氧肌苷。在一些实施例中，N1的核碱基是G，并且N-1的核碱基是G。在一些实施例中，N1是2’-F G并且N-1是dG。在一些实施例中，N1的核碱基是U并且N-1的核碱基是次黄嘌呤。在一些实施例中，N1是2’-F U并且N-1是脱氧肌苷。在一些实施例中，N0是如本文所述的，如脱氧胞苷、b001A、Csm15、b001rA、b008U等。在一些实施例中，N0是脱氧胞苷。在一些实施例中，N0是b001A。在一些实施例中，N0是Csm15。在一些实施例中，N0是b001rA。在一些实施例中，N0是b008U。在一些实施例中，这样的5’-N1N0N-1-3’特别地用于靶向包含5’-CAC-3’的RNA，以编辑靶腺苷A。
在一些实施例中，N1的核碱基是U，并且N-1的核碱基是A。在一些实施例中，N1是2’-F U并且N-1是dA。在一些实施例中，N1的核碱基是C，并且N-1的核碱基是A。在一些实施例中，N1是2’-F C并且N-1是dA。在一些实施例中，N1的核碱基是G，并且N-1的核碱基是A。在一些实施例中，N1是2’-F G并且N-1是dA。在一些实施例中，N1的核碱基是C，并且N-1的核碱基是次黄嘌呤。在一些实施例中，N1是2’-F C，并且N-1是脱氧肌苷。在一些实施例中，N1的核碱基是U并且N-1的核碱基是次黄嘌呤。在一些实施例中，N1是2’-F U并且N-1是脱氧肌苷。在一些实施例中，N1的核碱基是A，并且N-1的核碱基是A。在一些实施例中，N1是2’-F A并且N-1是dA。在一些实施例中，N0是b001rA。在一些实施例中，N0是b008U。在一些实施例中，这样的5’-N1N0N-1-3’特别地用于靶向包含5’-UAG-3’的RNA，以编辑靶腺苷A。
在一些实施例中，核碱基U可以被T代替而不降低编辑水平。在一些实施例中，核碱基U可以被T代替，以提高编辑水平。在一些实施例中，2’-F U可以被胸苷代替。在一些实施例中，N1是胸苷。在一些实施例中，N1是胸苷，N0是如本文所述的，例如b001A、b008U等。在一些实施例中，N1是胸苷，N0是如本文所述的，例如b001A、b008U等，并且N-1是I。
在一些实施例中，当与靶序列比对和/或与靶核酸杂交时，N0是与A的摆动或与A错配。在一些实施例中，N1与其相反核碱基不匹配。在一些实施例中，N-1与其相反核碱基不匹配。在一些实施例中，N-1、N0和N1中的两个独立地不与其相反核碱基匹配。在一些实施例中，N0和N1独立地不与其相反核碱基匹配。在一些实施例中，N0和N-1独立地不与其相反核碱基匹配。在一些实施例中，当其不是匹配时，其是摆动。在一些实施例中，当其不是匹配时，其是错配。在一些实施例中，N1的核碱基是C并且其相反核碱基是A。在一些实施例中，N0的3’侧有更多个核苷(例如，6个或更多个)可以容忍更多5’-N1N0N-1-3’的错配/摆动。
在一些实施例中，与N0键合的每个核苷酸间键联独立地是Sp硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，与N1键合的每个核苷酸间键联独立地是Sp硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，与N-1键合的核苷酸间键联是不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，与N-1键合的核苷酸间键联是中性核苷酸间键联。在一些实施例中，与N-1键合的核苷酸间键联是磷酰基胍核苷酸间键联。在一些实施例中，与N-1键合的核苷酸间键联是n001。在一些实施例中，与N-1(例如与其位置3’)键合的磷酰基胍核苷酸间键联(例如n001)是手性控制的并且是Rp。在一些实施例中，与N-1(例如与其位置3’)键合的磷酰基胍核苷酸间键联(例如n001)是手性控制的并且是Sp(例如在一些实施例中，当N-1是dI)。
碱基序列
如本领域技术人员所理解的，本披露的结构特征，如核碱基修饰、糖修饰、核苷酸间键联修饰、键联磷立体化学等及其组合可与多种合适的碱基序列一起使用以提供具有所需特性和/或活性的寡核苷酸和组合物。例如，用于腺苷修饰(例如，在ADAR蛋白存在下转化成I)的寡核苷酸典型地具有与包含靶腺苷的靶核酸序列充分互补的序列。与靶腺苷相反的核苷可存在于寡核苷酸的多种位置。在一些实施例中，一个或多个相反核苷在第一结构域中。在一些实施例中，一个或多个相反核苷在第二结构域中。在一些实施例中，一个或多个相反核苷在第一子结构域中。在一些实施例中，一个或多个相反核苷在第二子结构域中。在一些实施例中，一个或多个相反核苷在第三子结构域中。本披露的寡核苷酸可以靶向一个或多个靶腺苷。在一些实施例中，一个或多个相反核苷各自独立地在具有第二子结构域的结构特征的部分中，并且各自独立地具有如本文所述的相反核苷的一个或多个或所有结构特征。在许多实施例中，例如，为了靶向G至A突变，寡核苷酸可以选择性地靶向一个且仅一个靶腺苷进行修饰，例如通过ADAR以转化成I。在一些实施例中，相反核苷更靠近寡核苷酸的3′-末端而不是5′-末端。
在一些实施例中，寡核苷酸具有本文所述(例如，在表中)的碱基序列或其具有0-5个(例如，0、1、2、3、4或5个)错配的部分(例如，10-50、10-40、10-30、10-20或10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20或至少10、至少15、至少20、至少25个连续核碱基的跨度)，其中每个T可以独立地被U取代并且反之亦然。在一些实施例中，寡核苷酸包含本文所述的碱基序列或其部分，其中部分是具有0-5个错配的至少10个连续核碱基的跨度、或至少15个连续核碱基的跨度。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸具有本文所述的碱基序列或其部分，其中部分是至少10个连续核碱基的跨度、或具有1-5个错配的至少10个连续核碱基的跨度，其中每个T可以独立地被U取代并且反之亦然。
在一些实施例中，寡核苷酸的碱基序列包含以下或由以下组成：碱基序列的10-60(例如约或至少10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、45、50、55、60个；在一些实施例中，至少15个；在一些实施例中，至少16个；在一些实施例中，至少17个；在一些实施例中，至少18个；在一些实施例中，至少19个；在一些实施例中，至少20个；在一些实施例中，至少21个；在一些实施例中，至少22个；在一些实施例中，至少23个；在一些实施例中，至少24个；在一些实施例中，至少25个；在一些实施例中，至少26个；在一些实施例中，至少27个；在一些实施例中，至少28个；在一些实施例中，至少29个；在一些实施例中，至少30个；在一些实施例中，至少31个；在一些实施例中，至少32个；在一些实施例中，至少33个；在一些实施例中，至少34个；在一些实施例中，至少35个)个碱基(任选地连续的)，该碱基序列与核酸(例如基因或其转录物(例如mRNA))的碱基序列相同或互补。在一些实施例中，寡核苷酸的碱基序列是或包含与基因或其转录物中的靶序列互补的序列。在一些实施例中，序列的长度为10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、45、50、55、60个或更多个核碱基。
在一些实施例中，靶序列是或包含核酸序列(例如，基因或其转录物的)的特征性序列，因为其定义该核酸序列超过相关生物体中的其他核酸序列；例如，特征性序列不存在于相关生物体中的其他基因组核酸序列(例如，基因)或其转录物中或至少与其具有多种错配。在一些实施例中，转录物的特征序列定义了该转录物优于相关生物体中的其他转录物；例如，在一些实施例中，特征序列不在从不同核酸序列(例如，不同基因)转录的转录物中。在一些实施例中，来自核酸序列的转录物变体(例如，基因的mRNA变体)可共享共同特征性序列，该特征性序列定义它们来自例如其他基因的转录物。在一些实施例中，特征性序列包含靶腺苷。在一些实施例中，寡核苷酸选择性地与包含靶腺苷的核酸形成双链体，其中靶腺苷在双链体区域内并且可以被蛋白如ADAR1或ADAR2修饰。
如本领域技术人员所理解的，所提供的寡核苷酸的碱基序列典型地具有足够的长度和与其靶核酸例如RNA转录物(例如，前体mRNA、成熟mRNA等)的互补性，以用于例如靶腺苷的定点编辑。在一些实施例中，寡核苷酸与靶RNA序列的包含靶腺苷的一部分互补(如本领域技术人员所理解的，在许多情况下，靶核酸长于本披露的寡核苷酸，并且可基于两个寡核苷酸中较短的寡核苷酸来适当地评估互补性)。在一些实施例中，寡核苷酸的碱基序列与表中披露的寡核苷酸的碱基序列具有90％或更高的同一性，其中每个T可以独立地被U取代并且反之亦然。在一些实施例中，寡核苷酸的碱基序列与表中披露的寡核苷酸的碱基序列具有95％或更高的同一性，其中每个T可以独立地被U取代并且反之亦然。在一些实施例中，寡核苷酸的碱基序列包含表中披露的寡核苷酸的15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40或更多个碱基的连续跨度，其中每个T可独立地被U取代并且反之亦然，但该跨度内的一个或多个碱基是无碱基的(例如，核碱基不存在于核苷酸中)。
在一些实施例中，寡核苷酸或其部分(例如约10-40、10-30、10-25、或15-25个，或约10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30个或更多个核碱基)与靶核酸的特征部分互补。在一些实施例中，寡核苷酸与靶核酸的特征部分互补。在一些实施例中，寡核苷酸的部分与靶核酸的特征部分互补。在一些实施例中，部分的长度为约10-40个核碱基。在一些实施例中，部分的长度为约15-30个核碱基。在一些实施例中，部分的长度为约15-25个核碱基。在一些实施例中，部分的长度为约或至少约10个核碱基。在一些实施例中，部分的长度为约或至少约11个核碱基。在一些实施例中，部分的长度为约或至少约12个核碱基。在一些实施例中，部分的长度为约或至少约13个核碱基。在一些实施例中，部分的长度为约或至少约14个核碱基。在一些实施例中，部分的长度为约或至少约15个核碱基。在一些实施例中，部分的长度为约或至少约16个核碱基。在一些实施例中，部分的长度为约或至少约17个核碱基。在一些实施例中，部分的长度为约或至少约18个核碱基。在一些实施例中，部分的长度为约或至少约19个核碱基。在一些实施例中，部分的长度为约或至少约20个核碱基。在一些实施例中，部分的长度为约或至少约21个核碱基。在一些实施例中，部分的长度为约或至少约22个核碱基。在一些实施例中，部分的长度为约或至少约23个核碱基。在一些实施例中，部分的长度为约或至少约24个核碱基。在一些实施例中，部分的长度为约或至少约25个核碱基。在一些实施例中，部分的长度为约或至少约26个核碱基。在一些实施例中，部分的长度为约或至少约27个核碱基。在一些实施例中，部分的长度为约或至少约28个核碱基。在一些实施例中，部分的长度为约或至少约29个核碱基。在一些实施例中，部分的长度为约或至少约30个核碱基。在一些实施例中，寡核苷酸的长度与靶核酸的特征部分大约相同。在一些实施例中，寡核苷酸的部分的长度与靶核酸的特征部分大约相同。在一些实施例中，特征部分包含靶腺苷。在一些实施例中，靶核酸是MECP2转录物。
在一些实施例中，本披露涉及具有碱基序列的寡核苷酸，该碱基序列包含本文披露的任何寡核苷酸的碱基序列，其中每个T可以独立地被U代替并且反之亦然。
在一些实施例中，本披露涉及具有作为本文披露的任何寡核苷酸的碱基序列的碱基序列的寡核苷酸，其中每个T可以独立地被U代替并且反之亦然。
在一些实施例中，本披露涉及具有包含本文披露的任何寡核苷酸的碱基序列的至少15个连续碱基的碱基序列的寡核苷酸，其中每个T可以独立地被U代替并且反之亦然。
在一些实施例中，本披露涉及具有与本文披露的任何寡核苷酸的碱基序列至少90％相同的碱基序列的寡核苷酸，其中每个T可以独立地被U代替并且反之亦然。
在一些实施例中，本披露涉及具有与本文披露的任何寡核苷酸的碱基序列至少95％相同的碱基序列的寡核苷酸，其中每个T可以独立地被U代替并且反之亦然。
在一些实施例中，寡核苷酸的碱基序列是或包含本文所述的任何寡核苷酸的碱基序列的10-40个，例如15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40个连续碱基，其中每个T可以独立地被U代替并且反之亦然。
在一些实施例中，寡核苷酸是本文表中呈现的寡核苷酸。
在一些实施例中，寡核苷酸的碱基序列与靶核酸(例如，包含靶腺苷的部分)的碱基序列互补。
在一些实施例中，寡核苷酸具有包含表中寡核苷酸的至少15个连续碱基(例如，15、16、17、18、19或20个)的碱基序列，其中每个T可独立地被U取代并且反之亦然。
在一些实施例中，寡核苷酸包含任一表中所述的碱基序列或其部分(例如，包含10-40个，例如15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40个核碱基的部分)，其中每个T可独立地被U代替并且反之亦然，和/或任一表中所述的糖、核碱基和/或核苷酸间键联修饰和/或立体化学和/或其模式，和/或任一表中所述的另外的化学部分(除寡核苷酸链之外，例如还有靶部分、脂质部分、碳水化合物部分等)。
在一些实施例中，术语“互补的”、“完全互补的”和“基本上互补的”可用于寡核苷酸与靶序列之间的碱基匹配，如本领域技术人员从其使用的上下文将理解的。应注意，用U取代T或反过来通常都不会改变互补的量。如本文所用，与靶序列“基本上互补”的寡核苷酸在很大程度上或大部分是互补的，但不必是100％互补的。在一些实施例中，基本上互补的序列(例如，寡核苷酸)在与其靶序列最大比对时具有一个或多个，例如1、2、3、4或5个错配。在一些实施例中，寡核苷酸具有与靶核酸的靶序列基本上互补的碱基序列。在一些实施例中，寡核苷酸具有与本文披露的寡核苷酸的序列的互补序列基本上互补的碱基序列。如本领域技术人员所理解的，在一些实施例中，寡核苷酸的序列不需要与寡核苷酸的靶标100％互补即可执行其功能(例如，在核酸中将A转化成I)。在一些实施例中，错配在寡核苷酸的5′和/或3′末端或中间被良好耐受。在一些实施例中，一个或多个错配优选用于腺苷修饰。在一些实施例中，寡核苷酸包含用于与靶核酸互补的部分，和任选地不主要用于与靶核酸互补的部分；例如，在一些实施例中，寡核苷酸可以包含用于蛋白结合的部分。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸的碱基序列与其靶序列完全互补(A-T/U和C-G碱基配对)。在一些实施例中，除了在与靶核苷(例如，腺苷)相反的核苷处，所提供的寡核苷酸的碱基序列与其靶序列完全互补(A-T/U和C-G碱基配对)。
在一些实施例中，本披露提供了寡核苷酸，该寡核苷酸包含在表中所述的寡核苷酸中发现的序列，其中一个或多个U独立地并且任选地被T代替，或反之亦然。在一些实施例中，寡核苷酸可包含至少一个T和/或至少一个U。在一些实施例中，本披露提供了寡核苷酸，该寡核苷酸包含在本文表中所述的寡核苷酸中发现的序列，其中所述序列与表中描述的寡核苷酸的序列具有超过50％的同一性。在一些实施例中，本披露提供了寡核苷酸，其碱基序列是表中所披露的寡核苷酸的序列，其中每个T可以独立地被U代替并且反之亦然。在一些实施例中，本披露提供了包含在表中的寡核苷酸中发现的序列的寡核苷酸，其中该寡核苷酸具有本文表中的相同寡核苷酸或另一种寡核苷酸的骨架键联模式、骨架手性中心模式和/或骨架磷修饰模式。
在一些实施例中，本披露提供了具有以下碱基序列的寡核苷酸，该碱基序列是本文披露(例如，在表中)的寡核苷酸的碱基序列或包含本其一部分，其中每个T可以独立地被U代替并且反之亦然，其中该寡核苷酸任选地进一步包含化学修饰、立体化学、形式、本文描述的另外的化学部分(例如，靶向部分、脂质部分、碳水化合物部分等)和/或另一结构特征。
在一些实施例中，“部分”(例如，碱基序列或修饰模式或其他结构元件的部分)为至少5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个单体单元长。
如本文所述，与靶核苷(例如，A)相反的核苷可以位于多种位置。在一些实施例中，相反核苷在相对于寡核苷酸的5’-末端的位置2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30或更远的位置处。在一些实施例中，其在相对于寡核苷酸的5′-末端的位置3或更远的位置处。在一些实施例中，其在相对于寡核苷酸的5′-末端的位置4或更远的位置处。在一些实施例中，其在相对于寡核苷酸的5′-末端的位置5或更远的位置处。在一些实施例中，其在相对于寡核苷酸的5′-末端的位置6或更远的位置处。在一些实施例中，其在相对于寡核苷酸的5′-末端的位置7或更远的位置处。在一些实施例中，其在相对于寡核苷酸的5′-末端的位置8或更远的位置处。在一些实施例中，其在相对于寡核苷酸的5′-末端的位置9或更远的位置处。在一些实施例中，其在相对于寡核苷酸的5′-末端的位置10或更远的位置处。在一些实施例中，相反核苷在相对于寡核苷酸的3′-末端的位置2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30或更远的位置处。在一些实施例中，其在相对于寡核苷酸的3′-末端的位置3或更远的位置处。在一些实施例中，其在相对于寡核苷酸的3′-末端的位置4或更远的位置处。在一些实施例中，其在相对于寡核苷酸的3′-末端的位置5或更远的位置处。在一些实施例中，其在相对于寡核苷酸的3′-末端的位置6或更远的位置处。在一些实施例中，其在相对于寡核苷酸的3′-末端的位置7或更远的位置处。在一些实施例中，其在相对于寡核苷酸的3′-末端的位置8或更远的位置处。在一些实施例中，其在相对于寡核苷酸的3′-末端的位置9或更远的位置处。在一些实施例中，其在相对于寡核苷酸的3′-末端的位置10或更远的位置处。在一些实施例中，当进行最大互补性比对时，在相对于5′-末端和/或3′-末端的位置1处的核碱基与靶序列中的相应核碱基互补。在一些实施例中，某些位置，例如位置6、7或8，可以提供更高的编辑效率。
作为实例，下表1中呈现了某些寡核苷酸，这些寡核苷酸包含某些示例碱基序列、核碱基修饰及其模式、糖修饰及其模式、核苷酸间键联及其模式、键联磷立体化学及其模式、接头和/或另外的化学部分。尤其是，这些寡核苷酸可用于校正基因或基因产物中的G至A突变(例如，通过将A转化成I)。在一些实施例中，表中列出的是立体随机寡核苷酸组合物。在一些实施例中，本披露提供了手性控制的寡核苷酸组合物。
在一些实施例中，碱基序列是或包含特定序列。在一些实施例中，碱基序列是或包含与特定序列在不超过1、2、3、4、或5个位置处不同的序列。在一些实施例中，碱基序列是或包含与特定序列在不超过1个位置处不同的序列。在一些实施例中，碱基序列是或包含与特定序列在不超过2个位置处不同的序列。在一些实施例中，碱基序列是或包含与特定序列在不超过3个位置处不同的序列。在一些实施例中，碱基序列是或包含与特定序列在不超过4个位置处不同的序列。在一些实施例中，碱基序列是或包含与特定序列在不超过5个位置处不同的序列。在一些实施例中，特定序列是或包含选自表1的碱基序列。在一些实施例中，特定序列是或包含选自表1的碱基序列的5-30、10-30、15-30、20-30、或25-30个(例如5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30个)连续碱基。在一些实施例中，特定序列是或包含选自表1的碱基序列中的10个连续碱基。在一些实施例中，特定序列是或包含选自表1的碱基序列中的11个连续碱基。在一些实施例中，特定序列是或包含选自表1的碱基序列中的12个连续碱基。在一些实施例中，特定序列是或包含选自表1的碱基序列中的13个连续碱基。在一些实施例中，特定序列是或包含选自表1的碱基序列中的14个连续碱基。在一些实施例中，特定序列是或包含选自表1的碱基序列中的15个连续碱基。在一些实施例中，特定序列是或包含选自表1的碱基序列中的16个连续碱基。在一些实施例中，特定序列是或包含选自表1的碱基序列中的17个连续碱基。在一些实施例中，特定序列是或包含选自表1的碱基序列中的18个连续碱基。在一些实施例中，特定序列是或包含选自表1的碱基序列中的19个连续碱基。在一些实施例中，特定序列是或包含选自表1的碱基序列中的20个连续碱基。在一些实施例中，特定序列是或包含选自表1的碱基序列中的21个连续碱基。在一些实施例中，特定序列是或包含选自表1的碱基序列中的22个连续碱基。在一些实施例中，特定序列是或包含选自表1的碱基序列中的23个连续碱基。在一些实施例中，特定序列是或包含选自表1的碱基序列中的24个连续碱基。在一些实施例中，特定序列是或包含选自表1的碱基序列中的25个连续碱基。在一些实施例中，特定序列是或包含选自表1的碱基序列中的26个连续碱基。在一些实施例中，特定序列是或包含选自表1的碱基序列中的27个连续碱基。在一些实施例中，特定序列是或包含选自表1的碱基序列中的28个连续碱基。在一些实施例中，特定序列是或包含选自表1的碱基序列中的29个连续碱基。在一些实施例中，特定序列是或包含选自表1的碱基序列中的30个连续碱基。
注意事项：
表1中的描述、碱基序列和立体化学/键联因其长度而可能分为多行。除非另有说明，否则表1中的所有寡核苷酸均为单链的。如本领域技术人员所理解的，除非另外指明(例如，用r、m、m5、eo等)，否则核苷单元是未经修饰的并且含有未经修饰的核碱基和2′-脱氧糖；除非另外指明，否则键联是天然磷酸酯键联；并且酸性/碱性基团独立地可以盐的形式存在。如果未指定糖，则糖是天然DNA糖；并且如果未指定核苷酸间键联，则核苷酸间键联是天然磷酸酯键联。天然DNA糖也可以用“d”表示，如dG、dA、dC、dT等中，并且天然磷酸酯键联可以用表1中的“p”表示。
部分和修饰：
a：2’-NH2(例如aC：)；
m：2′-OMe；
m5：C的5位处的甲基(核碱基是5-甲基胞嘧啶)；
m5lC：C的5位处的甲基(核碱基是5-甲基胞嘧啶)并且糖是LNA糖；
l：LNA糖；
I：核碱基是次黄嘌呤；
f或[fl2r]：2′-F；
r：2′-OH；
eo：2′-MOE(2′-OCH2CH2OCH3)；
m5Ceo：5-甲基2′-O-甲氧基乙基C；
O、PO：磷酸二酯(磷酸酯)。其可以是键联或是末端基团(或其组分)，例如接头与寡核苷酸链之间的键联、核苷酸间键联(天然磷酸酯键联)等。磷酸二酯典型地在立体化学/键联列中以“O”指示而典型地不在描述列中标记(如果其为末端基团，例如5′末端基团，则其在描述中指示而典型地不在立体化学/键联列中指示)；如果在描述列中未指示键联，则除非另外指明，否则其典型地是磷酸二酯。注意，接头与寡核苷酸链之间的磷酸酯键联可以不在描述列中标记，但可以在立体化学/键联列中用“O”指示；
＊、PS：硫代磷酸酯。它可以是末端基团(如果其为末端基团，例如5’-末端基团，则在描述列中指示而典型地不在立体化学/键联中指示)，或键联，例如，接头与寡核苷酸链之间的键联、核苷酸间键联(硫代磷酸酯核苷酸间键联)等；
R、Rp或Rsp：呈Rp构象的硫代磷酸酯。注意，描述中的＊R表示呈Rp构型的单个硫代磷酸酯键联；
S、Sp或[Ssp]：呈Sp构象的硫代磷酸酯。注意，描述中的＊S表示呈Sp构型的单个硫代磷酸酯键联；
X：立体随机硫代磷酸酯；
n001：
nX(使用时或n001)：立体随机n001；
nR(使用时或n001)或n001R或[n001R]：呈Rp构型的n001；
nS(使用时或n001)或n001S或[n001S]：呈Sp构型的n001；
＊n001：
n＊X：立体随机＊n001；
n002：
nX(用于n002时)：立体随机n002；
nR(用于n002时)或n002R：呈Rp构型的n002；
nS(用于n002时)或n002S：呈Sp构型的n002；
n003：
nX(用于n003时)：立体随机n003；
nR(用于n003时)或n003R：呈Rp构型的n003；
nS(用于n003时)或n003S：呈Sp构型的n003；
n004：
nX(用于n004时)：立体随机n004；
nR(用于n004时)或n004R：呈Rp构型的n004；
nS(用于n004时)或n004S：呈Sp构型的n004；
n006：
nX(用于n006时)：立体随机n006；
nR(用于n006时)或n006R：呈Rp构型的n006；
nS(用于n006时)或n006S：呈Sp构型的n006；
n008：
nX(用于n008时)：立体随机n008；
nR(用于n008时)或n008R：呈Rp构型的n008；
nS(用于n008时)或n008S：呈Sp构型的n008；
n020：
nX(用于n020时)：立体随机n020；
nR(用于n020时)或n020R：呈Rp构型的n020；
nS(用于n020时)或n020S：呈Sp构型的n020；
n025：
nX(使用时或n025)：立体随机n025；
nR(使用时或n025)或n025R：呈Rp构型的n025；
nS(使用时或n025)或n025S：呈Sp构型的n025；
n026
nX(使用时或n026)：立体随机n026；
nR(使用时或n026)或n026R：呈Rp构型的n026；
nS(使用时或n026)或n026S：呈Sp构型的n026；
n051：
nX(用于n051时)：立体随机n051；
nR(用于n051时)或n051R：呈Rp构型的n051；
nS(用于n051时)或n051S：呈Sp构型的n051；
n057：
nX(用于n057时)：立体随机n057；
nR(用于n057时)或n057R：呈Rp构型的n057；
nS(用于n057时)或n057S：呈Sp构型的n057；
sm01n001：(例如，Asm01n001：Gsm01n001：)；
sm01＊n001：(例如，Asm01＊n001：Gsm01＊n001：)；
sm18n001：(例如Tsm18n001：)；
n013：n013：其中-C(O)-与氮键合；如表中所用，n013在立体化学/键联中可表示为O；
sm01n013：(例如Gsm01n013：)；
L010：在一些实施例中，当L010存在于寡核苷酸的中间时，其作为其他糖(例如，DNA糖)与核苷酸间键联键合，例如，其5′-碳与另一单元(例如，糖的3′)连接，并且其3′-碳独立地与另一单元(例如，碳的5′-碳)连接，例如，经由键联(例如，磷酸酯键联(O或PO)或硫代磷酸酯键联(可以不是手性控制的或是手性控制的(Sp或Rp)))；
L012：-CH2CH2OCH2CH2OCH2CH2-。当L012存在于寡核苷酸的中间时，其两个末端各自独立地与核苷酸间键联(例如，磷酸酯键联(O或PO)或硫代磷酸酯键联(可以不是手性控制的或是手性控制的(Sp或Rp)))键合；
L022：其中L022通过磷酸与分子的其余部分连接，除非另有说明；
L023：HO-(CH2)6-，其中CH2通过磷酸与分子的其余部分连接，除非另有说明；
L025：其中-CH2-连接位点用作糖(例如，DNA糖)的C5连接位点并连接到另一单元(例如，糖的3′)，并且环上的连接位点用作C3连接位点并连接到另一单元(例如，碳的5′-碳)，其各自独立地例如经由键联(例如，磷酸酯键联(O或PO)或硫代磷酸酯键联(可以不是手性控制的或是手性控制的(Sp或Rp)))连接。当L025在5′末端而没有任何修饰时，其-CH2-连接位点与-OH键合。例如，多种寡核苷酸中的L025L025L025-具有的结构(可以以多种盐形式存在)并且经由所指示的键联(例如，磷酸酯键联(O或PO)或硫代磷酸酯键联(可以不是手性控制的或是手性控制的(Sp或Rp)))连接到寡核苷酸链的5′-碳；
L028：-CH2CH2OCH2CH2OCH2CH2OCH2CH2-。当L028存在于寡核苷酸的中间时，其两个末端各自独立地与核苷酸间键联(例如，磷酸酯键联(O或PO)或硫代磷酸酯键联(可以不是手性控制的或是手性控制的(Sp或Rp)))键合；
sm04或[una]：sm04在其键合的核碱基之后，或[una]在其键合的核碱基之前(例如，Usm04或[una]U：Csm04或[una]C：)；
sm11：sm11在其键合的核碱基之后；例如，“Csm11”表示C与sm11键合
sm12：sm12在其键合的核碱基之后；例如，“Csm12”表示C与sm12键合
a：2′-NH2；
b001U：碱基为的核苷；
b001rU：碱基为且糖为天然RNA糖(r)的核苷；
b002U：碱基为的核苷；
b003U：碱基为的核苷；
b004U：碱基为的核苷；
b005U：碱基为的核苷；
b006U：碱基为的核苷；
b007U：碱基为的核苷；
替代性地，b008U称为[3nU]：碱基为的核苷；
b009U：碱基为的核苷；
b010U：核苷具有的结构；
b011U：碱基为的核苷；
b012U：碱基为的核苷；
b003I：碱基为的核苷；
b004I：碱基为的核苷；
b001G：碱基为的核苷；
b002G：碱基为的核苷；
b001A：碱基为的核苷；
b002A：碱基为的核苷；
b003A：碱基为的核苷；
zdnp：碱基为的核苷；
b001C：碱基为的核苷；
b002C：碱基为的核苷；
b003C：碱基为的核苷；
b004C：碱基为的核苷；
b007C：碱基为的核苷；
b008C：碱基为的核苷；
b009C：碱基为的核苷；
5MR：对糖进行5’-Me修饰，并且糖的5’-碳构型是R(例如，5MRdT5MRm5dC：
5MS：对糖进行5’-Me修饰，并且糖的5’-碳构型是S(例如，5MSdT：5MSm5dC：
rNxsm13：其中Nx是核碱基(例如rCsm13：
rNxsm14：其中Nx是核碱基(例如rCsm14：
替代性地，sm15称为[ar]：sm15在其键合的核碱基之后，或[ar]在其键合的核碱基之前(例如，Csm15或[ar]C：如在WV-45111或ADR-0105159中)；
sm16：sm16在其键合的核碱基之后(例如Csm16：
sm17：sm17在其键合的核碱基之后(例如Csm17：
替代性地，sm19称为[thpyr]：sm19在其键合的核碱基之后，或[thpyr]在其键合的核碱基之前(例如，Csm19或[thpyr]C：如在ADR-0105158中)；
[fana]：[fana]在其键合的核碱基之前(例如[fana]U：
[c7In]：碱基为的核苷；
[c39248In]：碱基为的核苷；
[z2c3In]：碱基为的核苷。
在一些实施例中，糖通过氧原子与核苷酸间键联键合，例如天然磷酸酯键联(如典型的天然DNA分子)中的氧原子。在一些实施例中，糖通过非氧的原子与核苷酸间键联键合。在一些实施例中，糖通过糖的氮原子与核苷酸间键联键合。在一些实施例中，糖通过糖的环氮原子(例如，sm01中)与核苷酸间键联键合。在这样的情况下，糖的环氮原子可以直接与键联磷原子形成键(例如，参见sm01n001)，并且本领域技术人员将理解，氧原子可以从键联上除去(例如，参见sm01n001)。例如，还参见sm18，其可以通过氮原子直接与键联磷键合(例如sm18n001)。用于利用各种修饰的某些试剂(例如，亚磷酰胺、核苷等)和方法(例如本文表中例示的那些，如经修饰的糖、经修饰的核碱基等)描述于实例或WO 2021/071858(其通过引用并入本文)中。
寡核苷酸组合物
尤其是，本披露提供了多种寡核苷酸组合物。在一些实施例中，本披露提供了本文所述的寡核苷酸的寡核苷酸组合物。在一些实施例中，寡核苷酸组合物包含本披露中所述的多个寡核苷酸。在一些实施例中，寡核苷酸组合物是手性控制的。在一些实施例中，寡核苷酸组合物不是手性控制的(立体随机的)。
天然磷酸酯键联的键联磷是非手性的。许多修饰的核苷酸间键联，例如硫代磷酸酯核苷酸间键联的键联磷是手性的。在一些实施例中，在寡核苷酸组合物的制备期间(例如，在传统的亚磷酰胺寡核苷酸合成中)，不有意地设计或控制手性键联磷的构型，从而产生非手性控制(立体随机)的寡核苷酸组合物(基本上是外消旋制备物)，其是各种立体异构体的复杂的随机的混合物(非对映异构体)-对于具有n个手性核苷酸间键联(键联磷是手性的)的寡核苷酸，通常是2n个立体异构体(例如，当n是10时，210＝1,032；当n是20时，220＝1,048,576)。这些立体异构体具有相同的构成，但是其键联磷的立体化学模式不同。
在一些实施例中，立体随机的寡核苷酸组合物具有足够用于某些目的和/或应用的特性和/或活性。在一些实施例中，与手性控制的寡核苷酸组合物相比，立体随机的寡核苷酸组合物可以更便宜地、更容易地和/或更简单地生产。然而，立体随机组合物中的立体异构体可具有不同的特性、活性和/或毒性，导致特别是与某些相同构成的寡核苷酸的手性控制的寡核苷酸组合物相比，立体随机组合物的治疗效果不一致和/或非预期的副作用。
在一些实施例中，本披露涵盖用于设计和制备手性控制的寡核苷酸组合物的技术。在一些实施例中，本披露提供了手性控制的寡核苷酸组合物，例如表1中的在其立体化学/键联中包含S和/或R的许多寡核苷酸的手性控制的寡核苷酸组合物。在一些实施例中，手性控制的寡核苷酸组合物包含控制/预定(不是如立体随机组合物中那样随机的)水平的多个寡核苷酸，其中这些寡核苷酸在一个或多个手性核苷酸间键联(手性控制的核苷酸间键联)处共享相同的键联磷立体化学。在一些实施例中，寡核苷酸共享相同的骨架手性中心模式(键联磷的立体化学)。在一些实施例中，骨架手性中心模式如本披露中所述。在一些实施例中，多个寡核苷酸是结构相同的。
在一些实施例中，本披露提供了包含多个寡核苷酸的寡核苷酸组合物，其中该多个寡核苷酸共享：
1)共同碱基序列，和
2)独立地在一个或多个(例如，约1-50、1-40、1-30、1-25、1-20、1-15、1-10、5-50、5-40、5-30、5-25、5-20、5-15、5-10，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24或25个或更多个)手性核苷酸间键联(“手性控制的核苷酸间键联”)处相同的键联磷立体化学。
在一些实施例中，本披露提供了包含多个寡核苷酸的寡核苷酸组合物，其中该多个寡核苷酸共享：
1)共同碱基序列，和
2)独立地在一个或多个(例如，约1-50、1-40、1-30、1-25、1-20、1-15、1-10、5-50、5-40、5-30、5-25、5-20、5-15、5-10，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24或25个或更多个)手性核苷酸间键联(“手性控制的核苷酸间键联”)处相同的键联磷立体化学；
其中相对于共享该共同碱基序列的寡核苷酸的基本上外消旋的制备物，该组合物富集该多个寡核苷酸。
在一些实施例中，寡核苷酸组合物是手性控制的寡核苷酸组合物，该组合物包含多个寡核苷酸，其中这些寡核苷酸共享：
共同碱基序列，
共同骨架键联模式，以及
在一个或多个(例如，1-50、1-40、1-30、1-25、1-20、1-15、1-10、5-50、5-40、5-30、5-25、5-20、5-15、5-10，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20或更多个)手性核苷酸间键联(手性控制的核苷酸间键联)处相同的键联磷立体化学，
其中相对于共享共同碱基序列和骨架键联模式的寡核苷酸的基本上外消旋的制备物，该组合物富集该多个寡核苷酸。
在一些实施例中，寡核苷酸组合物是手性控制的寡核苷酸组合物，该组合物包含多个寡核苷酸，其中这些寡核苷酸共享：
共同碱基序列，
共同骨架键联模式，以及
共同骨架手性中心模式，该模式包含至少一个Sp，
其中相对于共享共同碱基序列和骨架键联模式的寡核苷酸的基本上外消旋的制备物，该组合物富集该多个寡核苷酸。
在一些实施例中，寡核苷酸组合物是手性控制的寡核苷酸组合物，该组合物包含多个寡核苷酸，其中这些寡核苷酸共享：
共同碱基序列，
共同骨架键联模式，以及
共同骨架手性中心模式，该模式包含至少一个Rp，
其中相对于共享共同碱基序列和骨架键联模式的寡核苷酸的基本上外消旋的制备物，该组合物富集该多个寡核苷酸。
在一些实施例中，本披露提供了手性控制的寡核苷酸组合物，该组合物包含多个寡核苷酸，其中这些寡核苷酸共享：
1)共同构成，以及
2)在一个或多个(例如，1-50、1-40、1-30、1-25、1-20，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25或更多个)手性核苷酸间键联(手性控制的核苷酸间键联)处相同的键联磷立体化学，
其中相对于具有共同构成的寡核苷酸的基本上外消旋的制备物，该组合物富集该多个寡核苷酸。
在一些实施例中，本披露提供了包含多个寡核苷酸的寡核苷酸组合物，其中该多个寡核苷酸共享：
1)共同碱基序列，和
2)独立地在一个或多个(例如，约1-50、1-40、1-30、1-25、1-20、1-15、1-10、5-50、5-40、5-30、5-25、5-20、5-15、5-10，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24或25个或更多个)手性核苷酸间键联(“手性控制的核苷酸间键联”)处相同的键联磷立体化学；
其中每个手性控制的核苷酸间键联的键联磷的立体化学纯度独立地是80％-100％(例如，85％-100％、90％-100％，约或至少约90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或99.5％)。
在一些实施例中，寡核苷酸组合物是手性控制的寡核苷酸组合物，该组合物包含多个寡核苷酸，其中这些寡核苷酸共享：
共同碱基序列，
共同骨架键联模式，以及
在一个或多个(例如，1-50、1-40、1-30、1-25、1-20、1-15、1-10、5-50、5-40、5-30、5-25、5-20、5-15、5-10，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20或更多个)手性核苷酸间键联(手性控制的核苷酸间键联)处相同的键联磷立体化学，
其中每个手性控制的核苷酸间键联的键联磷的立体化学纯度独立地是80％-100％(例如，85％-100％、90％-100％，约或至少约90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或99.5％)。
在一些实施例中，本披露提供了手性控制的寡核苷酸组合物，该组合物包含多个寡核苷酸，其中这些寡核苷酸共享：
1)共同构成，以及
2)在一个或多个(例如，1-50、1-40、1-30、1-25、1-20，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25或更多个)手性核苷酸间键联(手性控制的核苷酸间键联)处相同的键联磷立体化学，
其中每个手性控制的核苷酸间键联的键联磷的立体化学纯度独立地是80％-100％(例如，85％-100％、90％-100％，约或至少约90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或99.5％)。
在一些实施例中，本披露提供了包含多个寡核苷酸的寡核苷酸组合物，其中该多个寡核苷酸共享：
1)共同碱基序列，和
2)独立地在一个或多个(例如，约1-50、1-40、1-30、1-25、1-20、1-15、1-10、5-50、5-40、5-30、5-25、5-20、5-15、5-10，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24或25个或更多个)手性核苷酸间键联(“手性控制的核苷酸间键联”)处相同的键联磷立体化学；
其中该共同碱基序列与核酸的一部分的碱基序列互补，该部分包含靶腺苷。
在一些实施例中，本披露提供了包含一种或多种多个寡核苷酸的寡核苷酸组合物，其中多个寡核苷酸各自独立地共享：
1)共同碱基序列，和
2)独立地在一个或多个(例如，约1-50、1-40、1-30、1-25、1-20、1-15、1-10、5-50、5-40、5-30、5-25、5-20、5-15、5-10，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24或25个或更多个)手性核苷酸间键联(“手性控制的核苷酸间键联”)处相同的键联磷立体化学；
其中多个寡核苷酸各自的共同碱基序列独立地与核酸的一部分的碱基序列互补，该部分包含靶腺苷。
在一些实施例中，本披露提供了组合物，该组合物包含多个寡核苷酸，这些寡核苷酸具有特定的寡核苷酸类型，其特征在于：
a)共同碱基序列；
b)共同骨架键联模式；
c)共同骨架手性中心模式；
d)共同骨架磷修饰模式；
该组合物是手性控制的，因为该组合物相对于具有相同的共同碱基序列、骨架键联模式和骨架磷修饰模式的寡核苷酸的基本上外消旋的制备物，富集该特定寡核苷酸类型的寡核苷酸，或在该组合物中共享该共同碱基序列的所有寡核苷酸中的非随机水平是该多个寡核苷酸；以及
其中该共同碱基序列与核酸的一部分的碱基序列互补，该部分包含靶腺苷。
在一些实施例中，如本文所述，一部分可为约或至少约10-40、15-40、20-40，例如10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30个或更多个核碱基长。在一些实施例中，一部分为核酸的约或至少约或不超过约1％-50％。在一些实施例中，一部分为核酸的全长。在一些实施例中，共同碱基序列与如本文所述的核酸的一部分的碱基序列互补。在一些实施例中，除了在与靶腺苷相反的核碱基处，它在整个长度上是完全互补的。在一些实施例中，它在整个长度上是完全互补的。在一些实施例中，靶腺苷与病症、障碍或疾病有关。在一些实施例中，靶腺苷是与病症、障碍或疾病相关联的G至A突变。在一些实施例中，通过所提供的寡核苷酸或组合物将靶腺苷编辑成I。在一些实施例中，如本文所述，编辑增加转录物或其产物(例如，mRNA、蛋白等)的表达、水平和/或活性。在一些实施例中，如本文所述，编辑降低转录物或其产物(例如，mRNA、蛋白等)的表达、水平和/或活性。
在一些实施例中，多个寡核苷酸共享相同的核碱基修饰和/或糖修饰。在一些实施例中，多个寡核苷酸共享相同的核苷酸间键联修饰(其中核苷酸间键联可以呈多种酸、碱和/或盐形式)。在一些实施例中，多个寡核苷酸共享相同的核碱基修饰、糖修饰和核苷酸间键联修饰(如果有的话)。在一些实施例中，多个寡核苷酸具有相同的形式，例如酸形式、碱形式或特定盐形式(例如，药学上可接受的盐形式，例如盐形式)。在一些实施例中，组合物中的寡核苷酸能以一种或多种形式存在，例如酸形式、碱形式和/或一种或多种盐形式。在一些实施例中，在水溶液中(例如，当溶解于缓冲液(如PBS)中时)，阴离子和阳离子可以解离。在一些实施例中，多个寡核苷酸具有相同的构成。在一些实施例中，多个寡核苷酸在结构上是相同的。在一些实施例中，本披露提供了包含多个寡核苷酸的手性控制的寡核苷酸组合物，其中这些寡核苷酸具有共同构成，并且在一个或多个(例如，1-60、1-50、1-40、1-30、1-25、1-20，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60个或更多个)手性核苷酸间键联(手性控制的核苷酸间键联)处共享相同的键联磷立体化学，其中该组合物相对于具有共同构成的寡核苷酸的基本上外消旋的制备物，富集该多个寡核苷酸。
在一些实施例中，至少一个手性核苷酸间键联是手性控制的。在一些实施例中，至少2个核苷酸间键联独立地是手性控制的。在一些实施例中，手性控制的核苷酸间键联的数目为至少3。在一些实施例中，其为至少4。在一些实施例中，其为至少5。在一些实施例中，其为至少6。在一些实施例中，其为至少7。在一些实施例中，其为至少8。在一些实施例中，其为至少9。在一些实施例中，其为至少10。在一些实施例中，其为至少11。在一些实施例中，其为至少12。在一些实施例中，其为至少13。在一些实施例中，其为至少14。在一些实施例中，其为至少15。在一些实施例中，其为至少20。在一些实施例中，其为至少25。在一些实施例中，其为至少30。
在一些实施例中，所有核苷酸间键联的至少5％-100％(例如，约10％-100％、20％-100％、30％-100％、40％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等)是手性控制的。在一些实施例中，所有手性核苷酸间键联的至少5％-100％(例如，约10％-100％、20％-100％、30％-100％、40％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等)是手性控制的。在一些实施例中，所有硫代磷酸酯核苷酸间键联的至少5％-100％(例如，约10％-100％、20％-100％、30％-100％、40％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等)是手性控制的。在一些实施例中，百分比为至少50％。在一些实施例中，百分比为至少60％。在一些实施例中，百分比为至少70％。在一些实施例中，百分比为至少80％。在一些实施例中，百分比为至少90％。在一些实施例中，百分比为至少90％。在一些实施例中，每个手性核苷酸间键联是手性控制的。在一些实施例中，每个硫代磷酸酯核苷酸间键联是手性控制的。
在一些实施例中，不超过1-10个，例如不超过1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个手性核苷酸间键联不是手性控制的。在一些实施例中，不超过1个手性核苷酸间键联不是手性控制的。在一些实施例中，不超过2个手性核苷酸间键联不是手性控制的。在一些实施例中，不超过3个手性核苷酸间键联不是手性控制的。在一些实施例中，不超过4个手性核苷酸间键联不是手性控制的。在一些实施例中，不超过5个手性核苷酸间键联不是手性控制的。在一些实施例中，非手性控制的核苷酸间键联的数目为1。在一些实施例中，其为2。在一些实施例中，其为3。在一些实施例中，其为4。在一些实施例中，其为5。
在一些实施例中，本披露提供了包含多种寡核苷酸的组合物，其中该多个寡核苷酸各自独立地是特定的寡核苷酸或其盐。在一些实施例中，本披露提供了包含多种寡核苷酸的组合物，其中该多种寡核苷酸中的每种寡核苷酸独立地是特定的寡核苷酸或其药学上可接受的盐。在一些实施例中，这样的组合物相对于基本上外消旋的制备物而言富集特定寡核苷酸。如本领域技术人员所理解的，该多个寡核苷酸共享共同的序列，该序列是特定寡核苷酸的碱基序列。在一些实施例中，该组合物中共享该特定寡核苷酸的碱基序列的所有寡核苷酸中的至少约5％-100％、10％-100％、20-100％、30％-100％、40％-100％、50％-100％、5％-90％、10％-90％、20-90％、30％-90％、40％-90％、50％-90％、5％-85％、10％-85％、20-85％、30％-85％、40％-85％、50％-85％、5％-80％、10％-80％、20-80％、30％-80％、40％-80％、50％-80％、5％-75％、10％-75％、20-75％、30％-75％、40％-75％、50％-75％、5％-70％、10％-70％、20-70％、30％-70％、40％-70％、50％-70％、5％-65％、10％-65％、20-65％、30％-65％、40％-65％、50％-65％、5％-60％、10％-60％、20-60％、30％-60％、40％-60％、50％-60％、5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％是该多个寡核苷酸。在一些实施例中，该组合物中共享该特定寡核苷酸或其盐构成的所有寡核苷酸中的至少约5％-100％、10％-100％、20-100％、30％-100％、40％-100％、50％-100％、5％-90％、10％-90％、20-90％、30％-90％、40％-90％、50％-90％、5％-85％、10％-85％、20-85％、30％-85％、40％-85％、50％-85％、5％-80％、10％-80％、20-80％、30％-80％、40％-80％、50％-80％、5％-75％、10％-75％、20-75％、30％-75％、40％-75％、50％-75％、5％-70％、10％-70％、20-70％、30％-70％、40％-70％、50％-70％、5％-65％、10％-65％、20-65％、30％-65％、40％-65％、50％-65％、5％-60％、10％-60％、20-60％、30％-60％、40％-60％、50％-60％、5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％是该多个寡核苷酸。在一些实施例中，百分比为至少10％。在一些实施例中，百分比为至少20％。在一些实施例中，百分比为至少30％。在一些实施例中，百分比为至少40％。在一些实施例中，百分比为至少50％。在一些实施例中，其为至少60％。在一些实施例中，其为至少70％。在一些实施例中，其为至少80％。在一些实施例中，其为至少90％。在一些实施例中，其为至少95％。在一些实施例中，其为约5％-100％。在一些实施例中，其为约10％-100％。在一些实施例中，其为约20％-100％。在一些实施例中，其为约30％-90％。在一些实施例中，其为约30％-80％。在一些实施例中，其为约30％-70％。在一些实施例中，其为约40％-90％。在一些实施例中，其为约40％-80％。在一些实施例中，其为约40％-70％。在一些实施例中，特定寡核苷酸是本文示例的寡核苷酸，例如表1或另一表格的寡核苷酸。
在一些实施例中，寡核苷酸包含一个或多个(例如，5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个或更多个)手性控制的手性核苷酸间键联，其键联磷的非对映过量(d.e.)独立地为约或至少约80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％。在一些实施例中，包含手性键联磷的所有手性核苷酸间键联的约或至少约50％、60％、70％、75％、80％、85％、90％或95％独立地为这样的手性控制的核苷酸间键联。在一些实施例中，硫代磷酸酯核苷酸间键联的约或至少约50％、60％、70％、75％、80％、85％、90％或95％独立地为这样的手性控制的核苷酸间键联。在一些实施例中，每个硫代磷酸酯核苷酸间键联独立地为这样的手性控制的核苷酸间键联。在一些实施例中，包含手性键联磷的每个手性核苷酸间键联独立地为这样的手性控制的核苷酸间键联。在一些实施例中，d.e.为约或至少约80％。在一些实施例中，d.e.为约或至少约85％。在一些实施例中，d.e.为约或至少约90％。在一些实施例中，d.e.为约或至少约95％。在一些实施例中，d.e.为约或至少约96％。在一些实施例中，d.e.为约或至少约97％。在一些实施例中，d.e.为约或至少约98％。
在一些实施例中，相对于基本上外消旋的制备物的富集是：组合物中的所有寡核苷酸、或组合物中共享多个寡核苷酸的共同碱基序列的所有寡核苷酸、或组合物中共享多个寡核苷酸的共同构成的所有寡核苷酸的至少约5％-100％、10％-100％、20％-100％、30％-100％、40％-100％、50％-100％、5％-90％、10％-90％、20％-90％、30％-90％、40％-90％、50％-90％、5％-85％、10％-85％、20-85％、30％-85％、40％-85％、50％-85％、5％-80％、10％-80％、20％-80％、30％-80％、40％-80％、50％-80％、5％-75％、10％-75％、20％-75％、30％-75％、40％-75％、50％-75％、5％-70％、10％-70％、20％-70％、30％-70％、40％-70％、50％-70％、5％-65％、10％-65％、20％-65％、30％-65％、40％-65％、50％-65％、5％-60％、10％-60％、20％-60％、30％-60％、40％-60％、50％-60％、5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、或99％为该多个寡核苷酸。在一些实施例中，百分比为至少10％。在一些实施例中，百分比为至少20％。在一些实施例中，百分比为至少30％。在一些实施例中，百分比为至少40％。在一些实施例中，百分比为至少50％。在一些实施例中，其为至少60％。在一些实施例中，其为至少70％。在一些实施例中，其为至少80％。在一些实施例中，其为至少90％。在一些实施例中，其为至少95％。在一些实施例中，其为约5％-100％。在一些实施例中，其为约10％-100％。在一些实施例中，其为约20％-100％。在一些实施例中，其为约30％-90％。在一些实施例中，其为约30％-80％。在一些实施例中，其为约30％-70％。在一些实施例中，其为约40％-90％。在一些实施例中，其为约40％-80％。在一些实施例中，其为约40％-70％。
在一些实施例中，该组合物中共享多个寡核苷酸的共同碱基序列的所有寡核苷酸中的至少约5％-100％、10％-100％、20-100％、30％-100％、40％-100％、50％-100％、5％-90％、10％-90％、20-90％、30％-90％、40％-90％、50％-90％、5％-85％、10％-85％、20-85％、30％-85％、40％-85％、50％-85％、5％-80％、10％-80％、20-80％、30％-80％、40％-80％、50％-80％、5％-75％、10％-75％、20-75％、30％-75％、40％-75％、50％-75％、5％-70％、10％-70％、20-70％、30％-70％、40％-70％、50％-70％、5％-65％、10％-65％、20-65％、30％-65％、40％-65％、50％-65％、5％-60％、10％-60％、20-60％、30％-60％、40％-60％、50％-60％、5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％是该多个寡核苷酸。在一些实施例中，百分比为至少10％。在一些实施例中，百分比为至少20％。在一些实施例中，百分比为至少30％。在一些实施例中，百分比为至少40％。在一些实施例中，百分比为至少50％。在一些实施例中，其为至少60％。在一些实施例中，其为至少70％。在一些实施例中，其为至少80％。在一些实施例中，其为至少90％。在一些实施例中，其为至少95％。在一些实施例中，其为约5％-100％。在一些实施例中，其为约10％-100％。在一些实施例中，其为约20％-100％。在一些实施例中，其为约30％-90％。在一些实施例中，其为约30％-80％。在一些实施例中，其为约30％-70％。在一些实施例中，其为约40％-90％。在一些实施例中，其为约40％-80％。在一些实施例中，其为约40％-70％。
对手性控制的寡核苷酸组合物中的多个寡核苷酸的水平进行控制。相比之下，在非手性控制的(或立体随机的、外消旋的)寡核苷酸组合物(或制备物)中，寡核苷酸的水平是随机的且不进行控制的。在一些实施例中，相对于基本上外消旋的制备物的富集是本文描述的水平。
在一些实施例中，百分比水平(例如，控制水平、预定水平、富集)为或至少为(DS)nc，其中DS(各个核苷酸间键联的非对映纯度)为90％-100％，并且nc为如本披露所述的手性键联磷的数目(例如，5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个或更多个)。在一些实施例中，百分比水平(例如，控制水平、预定水平、富集)为或至少为(DS)nc，其中DS(各个核苷酸间键联的非对映纯度)为90％-100％，并且nc为如本披露所述的手性控制的核苷酸间键联的数目(例如，5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个或更多个)。在一些实施例中，每个手性核苷酸间键联是手性控制的，并且nc为手性核苷酸间键联的数目。在一些实施例中，DS为90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或99.5％或更大。在一些实施例中，DS为或至少为90％。在一些实施例中，DS为或至少为91％。在一些实施例中，DS为或至少为92％。在一些实施例中，DS为或至少为93％。在一些实施例中，DS为或至少为94％。在一些实施例中，DS为或至少为95％。在一些实施例中，DS为或至少为96％。在一些实施例中，DS为或至少为97％。在一些实施例中，DS为或至少为98％。在一些实施例中，DS为或至少为99％。在一些实施例中，水平(例如，控制水平、预定水平、富集)是组合物中共享相同构成的所有寡核苷酸的百分比，其中该百分比为或至少为(DS)nc。例如，当DS为99％并且nc为10时，该百分比为或至少为90％((99％)10≈0.90＝90％)。如本领域技术人员所理解的，在立体随机制备物中，该百分比通常为约1/2nc-当nc为10时，该百分比为约1/210≈0.001＝0.1％。在一些实施例中，富集(例如，相对于基本上外消旋的制备物)、水平等是：组合物中的所有寡核苷酸、或组合物中共享多个寡核苷酸的共同碱基序列的所有寡核苷酸、或组合物中共享多个寡核苷酸的共同构成的所有寡核苷酸的至少约(DS)nc为该多个寡核苷酸。在一些实施例中，它是组合物中的所有寡核苷酸。在一些实施例中，它是组合物中共享多个寡核苷酸的共同碱基序列的所有寡核苷酸。在一些实施例中，它是组合物中共享多个寡核苷酸的共同构成的所有寡核苷酸。在一些实施例中，可以适当地认为寡核苷酸的多种形式(例如，多种盐形式)具有相同的构成。
在一些实施例中，寡核苷酸组合物(也称为寡核苷酸组合物)是包含多个寡核苷酸的手性控制的寡核苷酸组合物，其中这些寡核苷酸共享：
共同碱基序列，
共同骨架键联模式，以及
在一个或多个手性核苷酸间键联(手性控制的核苷酸间键联)处的相同键联磷立体化学，
其中组合物中共享共同碱基序列和骨架键联模式的所有寡核苷酸中的该多个寡核苷酸的百分比为至少(DS)nc，其中DS为90％-100％，并且nc为手性控制的核苷酸间键联的数目。
在一些实施例中，寡核苷酸组合物(也称为寡核苷酸组合物)是包含多个寡核苷酸的手性控制的寡核苷酸组合物，其中这些寡核苷酸共享：
共同碱基序列，
共同骨架键联模式，以及
共同骨架手性中心模式，该模式包含至少一个Sp，
其中组合物中共享共同碱基序列和骨架键联模式的所有寡核苷酸中的该多个寡核苷酸的百分比为至少(DS)nc，其中DS为90％-100％，并且nc为手性控制的核苷酸间键联的数目。
在一些实施例中，可以将组合物中的多个寡核苷酸的非对映纯度的水平确定为寡核苷酸中每个手性键联磷的非对映纯度的乘积。在一些实施例中，可以将组合物中的多个寡核苷酸的非对映纯度的水平确定为寡核苷酸中每个手性控制的核苷酸间键联的非对映纯度的乘积。在一些实施例中，连接寡核苷酸(或核酸)中的两个核苷的核苷酸间键联的非对映纯度由连接相同的两个核苷的二聚体的核苷酸间键联的非对映纯度表示，其中使用可比较的条件，在一些情况下，相同的合成循环条件制备二聚体(例如，对于寡核苷酸......NxNy......中Nx与Ny之间的键联，二聚体是NxNy)。
在一些实施例中，手性控制的寡核苷酸组合物包含两种或更多种多个寡核苷酸，其中多个寡核苷酸各自独立地是如本文所述的多个寡核苷酸(例如，在多种手性控制的寡核苷酸组合物中)。例如，在一些实施例中，多个寡核苷酸各自独立地共享共同碱基序列，以及在一个或多个手性核苷酸间键联处的相同的键联磷立体化学，并且多个寡核苷酸各自与该多个寡核苷酸的立体随机制备物相比独立地富集，或者多个寡核苷酸各自独立地具有如本文所述的水平。在一些实施例中，至少两种多个寡核苷酸或每种多个寡核苷酸独立地靶向不同的腺苷。在一些实施例中，至少两种多个寡核苷酸或每种多个寡核苷酸独立地靶向相同或不同核酸的不同转录物。在一些实施例中，至少两种多个寡核苷酸或每种多个寡核苷酸独立地靶向不同基因的转录物。尤其是，在一些实施例中，这样的组合物可用于同时和在同一系统中靶向两个或更多个靶标。
在一些实施例中，所有手性核苷酸间键联都是手性控制的，并且组合物是完全手性控制的寡核苷酸组合物。在一些实施例中，不是所有的手性核苷酸间键联都是手性控制的核苷酸间键联，并且组合物是部分地手性控制的寡核苷酸组合物。
寡核苷酸可以包含骨架手性中心的多种模式(手性键联磷的立体化学模式)或由其组成。在本披露中描述了骨架手性中心的某些有用的模式。在一些实施例中，多个寡核苷酸共享共同骨架手性中心模式，其是或包含本披露中描述的模式(例如，如在“键联磷立体化学及其模式”、表1中的手性控制的寡核苷酸的骨架手性中心模式等中)。
在一些实施例中，手性控制的寡核苷酸组合物是手性纯的(或立体纯的，立体化学纯的)寡核苷酸组合物，其中该寡核苷酸组合物包含多个寡核苷酸，其中这些寡核苷酸是相同的[包括这些寡核苷酸的每个手性元素，包括每个手性键联磷，是独立定义的(立体限定的)]，并且该组合物不含其他立体异构体。寡核苷酸立体异构体的手性纯(或立体纯，立体化学纯)的寡核苷酸组合物不含其他立体异构体(如本领域技术人员所理解的，一个或多个非预期的立体异构体可以作为杂质存在)。
手性控制的寡核苷酸组合物相对于立体随机的寡核苷酸组合物可以显示许多优点。尤其是，就寡核苷酸结构而言，手性控制的寡核苷酸组合物比相应的立体随机的寡核苷酸组合物更均匀。通过控制立体化学，可以制备和评估各个立体异构体的组合物，从而可以开发具有所需特性和/或活性的立体异构体的手性控制的寡核苷酸组合物。在一些实施例中，与例如相应的立体随机的寡核苷酸组合物相比，手性控制的寡核苷酸组合物提供了更好的递送、稳定性、清除率、活性、选择性和/或毒性特征。在一些实施例中，手性控制的寡核苷酸组合物提供更好的功效、更少的副作用和/或更方便和有效的剂量方案。尤其是，如本文所述的骨架手性中心模式任选地与本文所述的其他结构特征(例如，核碱基、糖、核苷酸间键联等的修饰)组合可用于以高效率提供定向腺苷编辑。
在一些实施例中，寡核苷酸组合物包含一个或多个立体控制的(手性控制的；在一些实施例中，立体纯的)核苷酸间键联和一个或多个立体随机的核苷酸间键联。在一些实施例中，寡核苷酸组合物包含一个或多个立体控制的(手性控制的；在一些实施例中，立体纯的)核苷酸间键联和一个或多个立体随机的核苷酸间键联。
在一些实施例中，寡核苷酸组合物包含一个或多个立体控制的(例如，手性控制的或立体纯的)核苷酸间键联和一个或多个立体随机的核苷酸间键联。这样的寡核苷酸可以靶向多种核酸并且可以具有多种碱基序列，并且可以提供有效的腺苷编辑(例如，将A转化成I)。
在一些实施例中，本披露提供了手性控制的寡核苷酸组合物。在一些实施例中，所提供的手性控制的寡核苷酸组合物包含具有相同构成的多个寡核苷酸，并且具有一个或多个核苷酸间键联。在一些实施例中，例如在手性控制的寡核苷酸组合物中的多个寡核苷酸是选自表1的多个寡核苷酸(和/或其多种盐形式中的一种或多种)，其中该寡核苷酸在手性控制的核苷酸间键联中包含至少一个Rp或Sp键联磷。在一些实施例中，例如在手性控制的寡核苷酸组合物中的多个寡核苷酸是选自表1的多个寡核苷酸(和/或其多种盐形式中的一种或多种)，其中寡核苷酸中的每个硫代磷酸酯核苷酸间键联独立地是手性控制的(每个硫代磷酸酯核苷酸间键联独立地是Rp或Sp)。在一些实施例中，寡核苷酸组合物，例如寡核苷酸组合物是单一寡核苷酸的基本上纯的制备物，因为在一些情况下，在某些纯化程序后，在该组合物中的不是该单一寡核苷酸的寡核苷酸是来自该单一寡核苷酸的制备过程中的杂质。在一些实施例中，单一寡核苷酸是表1的寡核苷酸，其中该寡核苷酸的每个手性核苷酸间键联是手性控制的(例如，在“立体化学/键联”中表示为S或R，但不是X)。
在一些实施例中，相对于相应的立体随机寡核苷酸组合物，手性控制的寡核苷酸组合物可以具有增加的活性和/或稳定性，增加的递送，和/或降低的引起不利作用诸如补体、TLR9激活等的能力。在一些实施例中，立体随机(非手性控制的)寡核苷酸组合物与手性控制的寡核苷酸组合物的不同之处在于其相应的多个寡核苷酸不含有任何手性控制的核苷酸间键联，但是立体随机寡核苷酸组合物与手性控制的寡核苷酸组合物在其他方面相同。
在一些实施例中，本披露涉及能够调节基因或其基因产物的水平、活性或表达的手性控制的寡核苷酸组合物。在一些实施例中，与参考条件相比(例如，不存在本披露的寡核苷酸和/或组合物，和/或存在参考寡核苷酸和/或寡核苷酸组合物(例如，具有相同碱基序列但不同修饰的寡核苷酸、具有可比较结构(例如，碱基序列、修饰等)但缺乏立体化学控制的寡核苷酸的立体随机组合物等)，基因或其基因产物的水平、活性或表达增加(例如，通过将A转化成I以恢复正确的G至A突变、以增加蛋白翻译水平、以增加特定蛋白同种型的产生、以调节剪接从而增加特定剪接产物和由此编码的蛋白的水平等)，而在一些实施例中，基因或其基因产物的水平、活性或表达降低(例如，通过将A转化成I以产生终止密码子和/或改变密码子、以降低蛋白翻译水平、以减少特定蛋白同种型的产生、以调节剪接从而降低特定剪接产物和由此编码的蛋白的水平等)。
在一些实施例中，本披露提供了手性控制的寡核苷酸组合物，该组合物能够增加基因或其基因产物的水平、活性或表达，并且包含共享共同碱基序列的多个寡核苷酸，该共同碱基序列是或包含本文披露的碱基序列(例如，在表1中，其中每个T可独立地被U代替并且反之亦然)的跨度(例如，至少10或15个连续碱基)。在一些实施例中，本披露提供了手性控制的寡核苷酸组合物，该组合物能够增加基因或其基因产物的水平、活性或表达，并且包含共享共同碱基序列的多个寡核苷酸，该共同碱基序列是或包含本文披露的碱基序列(例如，在表1中，其中每个T可独立地被U代替并且反之亦然)。在一些实施例中，本披露提供了手性控制的寡核苷酸组合物，该组合物能够增加基因或其基因产物的水平、活性或表达，并且包含共享共同碱基序列的多个寡核苷酸，该共同碱基序列是本文披露的碱基序列(例如，在表1中，其中每个T可独立地被U代替并且反之亦然)。
在一些实施例中，本披露提供了手性控制的寡核苷酸组合物，该组合物能够降低基因或其基因产物的水平、活性或表达，并且包含共享共同碱基序列的多个寡核苷酸，该共同碱基序列是或包含本文披露的碱基序列(例如，在表1中，其中每个T可独立地被U代替并且反之亦然)的跨度(例如，至少10或15个连续碱基)。在一些实施例中，本披露提供了手性控制的寡核苷酸组合物，该组合物能够降低基因或其基因产物的水平、活性或表达，并且包含共享共同碱基序列的多个寡核苷酸，该共同碱基序列是或包含本文披露的碱基序列(例如，在表1中，其中每个T可独立地被U代替并且反之亦然)。在一些实施例中，本披露提供了手性控制的寡核苷酸组合物，该组合物能够降低基因或其基因产物的水平、活性或表达，并且包含共享共同碱基序列的多个寡核苷酸，该共同碱基序列是本文披露的碱基序列(例如，在表1中，其中每个T可独立地被U代替并且反之亦然)。
在一些实施例中，所提供的手性控制的寡核苷酸组合物是包含多个寡核苷酸的手性控制的寡核苷酸组合物。在一些实施例中，手性控制的寡核苷酸组合物是手性纯的(或“立体化学纯的”)寡核苷酸组合物。在一些实施例中，本披露提供了表1中的寡核苷酸的手性纯的寡核苷酸组合物，其中该寡核苷酸的每个手性核苷酸间键联独立地是手性控制的(Rp或Sp，例如，可以从“立体化学/键联”中的R或S而不是X来确定)。如本领域普通技术人员将理解的那样，化学选择性很少(如果有的话)达到完全性(绝对100％)。在一些实施例中，手性纯的寡核苷酸组合物包含多个寡核苷酸，其中该多个寡核苷酸在结构上相同并且都具有相同的结构(相同的立体异构形式；在寡核苷酸的情况下，通常与通常在寡核苷酸中存在的多个手性中心相同的非对映形式)，并且手性纯的寡核苷酸组合物不合有任何其他立体异构体(在寡核苷酸的情况下，通常如通常在寡核苷酸中存在的多个手性中心的非对映体；其程度例如可通过立体选择性制备实现)。如本领域技术人员所理解的，立体随机的(或“外消旋的”、“非手性控制的”)寡核苷酸组合物是许多立体异构体的随机混合物(例如，2n个非对映异构体，其中n是寡核苷酸的手性键联磷的数目，其中其他手性中心(例如，糖中的碳手性中心)是手性控制的，各自独立地以一种构型存在，并且仅手性键联磷中心不是手性控制的)。
在一些实施例中，本披露提供了包含寡核苷酸的寡核苷酸组合物，这些寡核苷酸包含至少一个手性键联磷。在一些实施例中，本披露提供了包含寡核苷酸的寡核苷酸组合物，这些寡核苷酸包含至少一个手性键联磷。在一些实施例中，本披露提供了寡核苷酸组合物，其中寡核苷酸包含手性控制的硫代磷酸酯核苷酸间键联，其中键联磷具有Rp构型。在一些实施例中，本披露提供了寡核苷酸组合物，其中寡核苷酸包含手性控制的硫代磷酸酯核苷酸间键联，其中键联磷具有Sp构型。在一些实施例中，本披露提供了寡核苷酸组合物，其中寡核苷酸包含手性控制的硫代磷酸酯核苷酸间键联，其中键联磷具有Rp构型并且键联磷具有Sp构型。在一些实施例中，这样的寡核苷酸组合物是手性控制的，并且Rp和/或Sp核苷酸间键联独立地是手性控制的核苷酸间键联。
在一些实施例中，与参考寡核苷酸或寡核苷酸组合物相比，所提供的寡核苷酸或寡核苷酸组合物(例如，手性控制的寡核苷酸组合物)出人意料地有效。在一些实施例中，所需的生物效应(例如，如通过mRNA、蛋白等的水平增加(如果期望增加的话)和/或降低(如果期望降低的话)所测量的，这些mRNA、蛋白等的水平以增加为目标)可以增强超过1.5、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25、30、40、50或100倍(例如，如通过所需的mRNA、蛋白等的水平所测量的)。在一些实施例中，变化通过与参考条件相比所需的mRNA和/或蛋白水平的增加或不期望的mRNA和/或蛋白水平的降低来衡量。在一些实施例中，变化通过与参考条件相比所需的mRNA和/或蛋白水平的增加来衡量。在一些实施例中，变化通过与参考条件相比不期望的mRNA和/或水平的降低来衡量。在一些实施例中，参考条件分别是不存在所提供的寡核苷酸或寡核苷酸组合物，和/或存在参考寡核苷酸或寡核苷酸组合物。在一些实施例中，参考寡核苷酸共享相同的碱基序列，但具有不同的核碱基修饰、糖修饰、核苷酸间键联修饰和/或键联磷立体化学。在一些实施例中，参考寡核苷酸组合物是具有相同的碱基序列但不同的核碱基修饰、糖修饰、核苷酸间键联修饰和/或键联磷立体化学的寡核苷酸的组合物。在一些实施例中，用于手性控制的寡核苷酸组合物的参考组合物是具有相同碱基序列、核碱基修饰、糖修饰和/或核苷酸间键联修饰(但缺乏键联磷立体化学控制和/或具有低水平的键联磷立体化学控制)或具有相同构成的寡核苷酸的相应立体随机组合物。
在一些实施例中，本披露提供了手性控制的寡核苷酸组合物，其中至少一个手性控制的核苷酸间键联的键联磷是Sp。在一些实施例中，本披露提供了手性控制的寡核苷酸组合物，其中手性控制的核苷酸间键联的大部分键联磷是Sp。在一些实施例中，所有手性控制的核苷酸间键联(或所有手性核苷酸间键联或所有核苷酸间键联)中的约50％-100％、55％-100％、60％-100％、65％-100％、70％-100％、75％-100％、80％-100％、85％-100％、90％-100％、55％-95％、60％-95％、65％-95％，或约55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、99％或更多是Sp。在一些实施例中，所有手性控制的硫代磷酸酯核苷酸间键联中的约50％-100％、55％-100％、60％-100％、65％-100％、70％-100％、75％-100％、80％-100％、85％-100％、90％-100％、55％-95％、60％-95％、65％-95％，或约55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、99％或更多是Sp。在一些实施例中，不超过1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个硫代磷酸酯核苷酸间键联是非手性控制的或是手性控制的并且是Rp。在一些实施例中，不超过1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个硫代磷酸酯核苷酸间键联是手性控制的并且是Rp。在一些实施例中，其不超过1。在一些实施例中，其不超过2。在一些实施例中，其不超过3。在一些实施例中，其不超过4。在一些实施例中，其不超过5。在一些实施例中，每个硫代磷酸酯核苷酸间键联独立地是手性控制的。在一些实施例中，本披露提供了手性控制的寡核苷酸组合物，其中大部分手性核苷酸间键联是手性控制的并且在其键联磷处是Sp。在一些实施例中，本披露提供了手性控制的寡核苷酸组合物，其中每个手性核苷酸间键联是手性控制的并且每个手性键联磷是Sp。在一些实施例中，本披露提供了手性控制的寡核苷酸组合物，例如手性控制的寡核苷酸组合物，其中至少一个手性控制的核苷酸间键联具有Rp键联磷。在一些实施例中，本披露提供了手性控制的寡核苷酸组合物，其中至少一个手性控制的核苷酸间键联包含Rp键联磷并且至少一个手性控制的核苷酸间键联包含Sp键联磷。
在一些实施例中，本披露提供了手性控制的寡核苷酸组合物，其中至少两个手性控制的核苷酸间键联具有相对于彼此不同的键联磷立体化学和/或不同的P-修饰，其中P-修饰是在键联磷处的修饰。在一些实施例中，本披露提供了手性控制的寡核苷酸组合物，其中至少两个手性控制的核苷酸间键联具有相对于彼此不同的立体化学，并且寡核苷酸的骨架手性中心模式的特征在于交替立体化学的重复模式。
在某些实施例中，本披露提供了包含多个寡核苷酸的手性控制的寡核苷酸组合物，其中在每个寡核苷酸中，至少两个单独的核苷酸间键联具有相对于彼此不同的P-修饰。在某些实施例中，本披露提供了包含多个寡核苷酸的手性控制的寡核苷酸组合物，其中在每个寡核苷酸中，至少两个单独的核苷酸间键联具有相对于彼此不同的P-修饰，并且每个寡核苷酸包含天然磷酸酯键联。在某些实施例中，本披露提供了包含多个寡核苷酸的手性控制的寡核苷酸组合物，其中在每个寡核苷酸中，至少两个单独的核苷酸间键联具有相对于彼此不同的P-修饰，并且每个寡核苷酸包含硫代磷酸酯核苷酸间键联。在某些实施例中，本披露提供了包含多个寡核苷酸的手性控制的寡核苷酸组合物，其中在每个寡核苷酸中，至少两个单独的核苷酸间键联具有相对于彼此不同的P-修饰，并且每个寡核苷酸包含天然磷酸酯键联和硫代磷酸酯核苷酸间键联。在某些实施例中，本披露提供了包含多个寡核苷酸的手性控制的寡核苷酸组合物，其中在每个寡核苷酸中，至少两个单独的核苷酸间键联具有相对于彼此不同的P-修饰，并且每个寡核苷酸包含硫代磷酸三酯核苷酸间键联。在某些实施例中，本披露提供了包含多个寡核苷酸的手性控制的寡核苷酸组合物，其中在每个寡核苷酸中，至少两个单独的核苷酸间键联具有相对于彼此不同的P-修饰，并且每个寡核苷酸包含天然磷酸酯键联和硫代磷酸三酯核苷酸间键联。在某些实施例中，本披露提供了包含多个寡核苷酸的手性控制的寡核苷酸组合物，其中在每个寡核苷酸中，至少两个单独的核苷酸间键联具有相对于彼此不同的P-修饰，并且每个寡核苷酸包含硫代磷酸酯核苷酸间键联和硫代磷酸三酯核苷酸间键联。
在一些实施例中，本披露提供了手性控制的寡核苷酸组合物，该组合物包含多个寡核苷酸，这些寡核苷酸共享共同碱基序列，该共同碱基序列是本文披露的寡核苷酸的碱基序列，其中至少一个核苷酸间键联是手性控制的。在一些实施例中，本披露提供了手性控制的寡核苷酸组合物，该组合物包含多个寡核苷酸，这些寡核苷酸共享共同碱基序列，该共同碱基序列是本文披露的寡核苷酸的碱基序列，其中至少一个核苷酸间键联是手性控制的。
在一些实施例中，寡核苷酸作为立体随机组合物提供、施用或递送。在一些实施例中，立体随机组合物包含非对映体的混合物，例如关于手性键联磷中心的非对映体。
键联磷立体化学和骨架手性中心模式
尤其是，本披露提供了多种寡核苷酸组合物。在一些实施例中，本披露提供了本文所述的寡核苷酸的寡核苷酸组合物。在一些实施例中，寡核苷酸组合物包含本披露中所述的多个寡核苷酸。在一些实施例中，寡核苷酸组合物是手性控制的。在一些实施例中，寡核苷酸组合物不是手性控制的(立体随机的)。
与天然磷酸酯键联形成对比，手性修饰的核苷酸间键联(例如硫代磷酸酯核苷酸间键联)的键联磷是手性的。尤其是，本披露提供了包括控制手性核苷酸间键联中的手性键联磷的立体化学的技术(例如，寡核苷酸、组合物、方法等)。在一些实施例中，立体化学的控制可以提供改善的特性和/或活性，包括所需的稳定性、降低的毒性、改善的对靶核酸的修饰、改善的对转录物和/或其编码产物(例如，mRNA、蛋白等)的水平的调节等。在一些实施例中，本披露提供了寡核苷酸和/或其区域的骨架手性中心的有用模式，该模式包括从5′至3′的手性键联磷中的每个手性键联磷(Rp或Sp)的立体化学、每个非手性键联磷(Op，如果有的话)的指示等的组合。在各个表中(例如，作为实例的立体化学/键联)提供了某些模式；这样的模式可以应用于具有多种碱基序列和修饰(例如，本文所述的那些，包括其模式)的多种寡核苷酸。
本文广泛描述了骨架手性中心的有用模式，例如用于寡核苷酸、第一结构域、第二结构域、第一子结构域、第二子结构域、第三子结构域等的那些。例如，在一些实施例中，寡核苷酸或其一个或多个部分(例如，第一结构域、第二结构域、第一子结构域、第二子结构域和/或第三子结构域，和/或其中的5′-末端部分和/或3′-末端部分)的高水平的Sp核苷酸间键联提供高稳定性和/或活性。在一些实施例中，第一结构域包含高水平的Sp核苷酸间键联。在一些实施例中，第二结构域包含高水平的Sp核苷酸间键联(以相对于天然磷酸酯键联和/或Rp核苷酸间键联的数量和/或百分比计)。在一些实施例中，第一子结构域包含高水平的Sp核苷酸间键联。在一些实施例中，第二子结构域包含高水平的Sp核苷酸间键联。在一些实施例中，第三子结构域包含高水平的Sp核苷酸间键联。在一些实施例中，可以在多种位置和/或部分使用Rp核苷酸间键联。例如，在一些实施例中，第一结构域包含一个或多个或高水平的Rp核苷酸间键联，并且在一些实施例中，第二子结构域包含一个或多个或高水平的Rp核苷酸间键联。
在一些实施例中，在手性控制的核苷酸间键联中的许多键联磷是Sp。在一些实施例中，至少10％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％或95％的手性控制的核苷酸间键联具有Sp键联磷。在一些实施例中，所有手性核苷酸间键联中的至少10％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％或95％是具有Sp键联磷的手性控制的核苷酸间键联。在一些实施例中，所有核苷酸间键联中的至少10％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％或95％是具有Sp键联磷的手性控制的核苷酸间键联。在一些实施例中，所有硫代磷酸酯核苷酸间键联中的至少10％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％或95％具有Sp键联磷。在一些实施例中，百分比为至少20％。在一些实施例中，百分比为至少30％。在一些实施例中，百分比为至少40％。在一些实施例中，百分比为至少50％。在一些实施例中，百分比为至少60％。在一些实施例中，百分比为至少65％。在一些实施例中，百分比为至少70％。在一些实施例中，百分比为至少75％。在一些实施例中，百分比为至少80％。在一些实施例中，百分比为至少90％。在一些实施例中，百分比为至少95％。在一些实施例中，所有手性控制的核苷酸间键联具有Sp键联磷。在一些实施例中，所有手性控制的硫代磷酸酯核苷酸间键联具有Sp键联磷。在一些实施例中，至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24或25个核苷酸间键联是具有Sp键联磷的手性控制的核苷酸间键联。在一些实施例中，至少5个核苷酸间键联是具有Sp键联磷的手性控制的核苷酸间键联。在一些实施例中，至少6个核苷酸间键联是具有Sp键联磷的手性控制的核苷酸间键联。在一些实施例中，至少7个核苷酸间键联是具有Sp键联磷的手性控制的核苷酸间键联。在一些实施例中，至少8个核苷酸间键联是具有Sp键联磷的手性控制的核苷酸间键联。在一些实施例中，至少9个核苷酸间键联是具有Sp键联磷的手性控制的核苷酸间键联。在一些实施例中，至少10个核苷酸间键联是具有Sp键联磷的手性控制的核苷酸间键联。在一些实施例中，至少11个核苷酸间键联是具有Sp键联磷的手性控制的核苷酸间键联。在一些实施例中，至少12个核苷酸间键联是具有Sp键联磷的手性控制的核苷酸间键联。在一些实施例中，至少13个核苷酸间键联是具有Sp键联磷的手性控制的核苷酸间键联。在一些实施例中，至少14个核苷酸间键联是具有Sp键联磷的手性控制的核苷酸间键联。在一些实施例中，至少15个核苷酸间键联是具有Sp键联磷的手性控制的核苷酸间键联。在一些实施例中，至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24或25个核苷酸间键联是具有Rp键联磷的手性控制的核苷酸间键联。在一些实施例中，不超过1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59或60个核苷酸间键联是具有Rp键联磷的手性控制的核苷酸间键联。在一些实施例中，寡核苷酸中的一个且不超过一个核苷酸间键联是具有Rp键联磷的手性控制的核苷酸间键联。在一些实施例中，寡核苷酸中的2个且不超过2个核苷酸间键联是具有Rp键联磷的手性控制的核苷酸间键联。在一些实施例中，寡核苷酸中的3个且不超过3个核苷酸间键联是具有Rp键联磷的手性控制的核苷酸间键联。在一些实施例中，寡核苷酸中的4个且不超过4个核苷酸间键联是具有Rp键联磷的手性控制的核苷酸间键联。在一些实施例中，寡核苷酸中的5个且不超过5个核苷酸间键联是具有Rp键联磷的手性控制的核苷酸间键联。
在一些实施例中，除了一个或少数核苷酸间键联(例如，寡核苷酸中所有手性控制的核苷酸间键联中、或所有手性核苷酸间键联中、或所有核苷酸间键联中1、2、3、4或5个，和/或低于50％、45％、40％、35％、30％、25％、20％、15％、10％或5％)呈Rp构型外，寡核苷酸或其一部分中所有、基本上所有或大部分核苷酸间键联呈Sp构型(例如，寡核苷酸中所有手性控制的核苷酸间键联、或所有手性核苷酸间键联、或所有核苷酸间键联的约50％-100％、55％-100％、60％-100％、65％-100％、70％-100％、75％-100％、80％-100％、85％-100％、90％-100％、55％-95％、60％-95％、65％-95％，或约55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、99％或更多)。在一些实施例中，第一结构域中的所有、基本上所有或大部分核苷酸间键联呈Sp构型(例如，第一结构域中所有手性控制的核苷酸间键联、或所有手性核苷酸间键联、或所有核苷酸间键联的约50％-100％、55％-100％、60％-100％、65％-100％、70％-100％、75％-100％、80％-100％、85％-100％、90％-100％、55％-95％、60％-95％、65％-95％，或约55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、99％或更多)。在一些实施例中，第一结构域中的每个核苷酸间键联是呈Sp构型的硫代磷酸酯。在一些实施例中，结构域中的每个核苷酸间键联是呈Sp构型的硫代磷酸酯。在一些实施例中，第二结构域中的所有、基本上所有或大部分核苷酸间键联呈Sp构型(例如，第二结构域中所有手性控制的核苷酸间键联、或所有手性核苷酸间键联、或所有核苷酸间键联的约50％-100％、55％-100％、60％-100％、65％-100％、70％-100％、75％-100％、80％-100％、85％-100％、90％-100％、55％-95％、60％-95％、65％-95％，或约55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、99％或更多)。在一些实施例中，第二结构域中的每个核苷酸间键联是呈Sp构型的硫代磷酸酯。在一些实施例中，除了一个呈Rp构型的硫代磷酸酯外，第二结构域中的每个核苷酸间键联是呈Sp构型的硫代磷酸酯。在一些实施例中，第二结构域的子结构域中的所有、基本上所有或大部分核苷酸间键联呈Sp构型(例如，第二结构域的第一子结构域中所有手性控制的核苷酸间键联、或所有手性核苷酸间键联、或所有核苷酸间键联的约50％-100％、55％-100％、60％-100％、65％-100％、70％-100％、75％-100％、80％-100％、85％-100％、90％-100％、55％-95％、60％-95％、65％-95％，或约55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、99％或更多)。在一些实施例中，第二结构域的第一子结构域中的每个核苷酸间键联是呈Sp构型的硫代磷酸酯。在一些实施例中，除了一个呈Rp构型的硫代磷酸酯外，第二结构域的第一子结构域中的每个核苷酸间键联是呈Sp构型的硫代磷酸酯。在一些实施例中，除了一个或少量呈Rp构型的核苷酸间键联外，第二结构域的第二子结构域中的所有、基本上所有或大部分核苷酸间键联呈Sp构型(例如，第二结构域的第二子结构域中所有手性控制的核苷酸间键联、或所有手性核苷酸间键联、或所有核苷酸间键联的约50％-100％、55％-100％、60％-100％、65％-100％、70％-100％、75％-100％、80％-100％、85％-100％、90％-100％、55％-95％、60％-95％、65％-95％，或约55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、99％或更多)。在一些实施例中，除了一个呈Rp构型的硫代磷酸酯外，第二结构域的第二子结构域中的每个核苷酸间键联是呈Sp构型的硫代磷酸酯。在一些实施例中，除了一个呈Rp构型的硫代磷酸酯外，第二结构域的第二子结构域中的每个核苷酸间键联是呈Sp构型的硫代磷酸酯。在一些实施例中，第二结构域的第三子结构域中的所有、基本上所有或大部分核苷酸间键联呈Sp构型(例如，第二结构域的第三子结构域中所有手性控制的核苷酸间键联、或所有手性核苷酸间键联、或所有核苷酸间键联的约50％-100％、55％-100％、60％-100％、65％-100％、70％-100％、75％-100％、80％-100％、85％-100％、90％-100％、55％-95％、60％-95％、65％-95％，或约55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、99％或更多)。在一些实施例中，除了一个呈Rp构型的硫代磷酸酯外，第二结构域的第三子结构域中的每个核苷酸间键联是呈Sp构型的硫代磷酸酯。在一些实施例中，除了一个呈Rp构型的硫代磷酸酯外，第二结构域的第三子结构域中的每个核苷酸间键联是呈Sp构型的硫代磷酸酯。
在一些实施例中，寡核苷酸包含一个或多个Rp核苷酸间键联。在一些实施例中，寡核苷酸包含一个且不超过一个Rp核苷酸间键联。在一些实施例中，寡核苷酸包含五个或更多个Rp核苷酸间键联。在一些实施例中，寡核苷酸中所有手性控制的核苷酸间键联的约5％-50％是Rp。在一些实施例中，寡核苷酸中所有手性控制的核苷酸间键联的约5％-40％是Rp。在一些实施例中，某些部分(例如，结构域、子结构域等)可以包含相对更多(数量和/或百分比方面)的Rp核苷酸间键联，例如第二子结构域。
在一些实施例中，寡核苷酸包含一个或多个在一个或多个位置(例如，-1、-2、+1、+2、+7、+8等)处的Rp硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，位置-1处的核苷酸间键联是Rp硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，位置-2处的核苷酸间键联是Rp硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，位置+1处的核苷酸间键联是Rp硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，位置+2处的核苷酸间键联是Rp硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，位置-1、-2、
+1和+2处的两个或三个核苷酸间键联是Rp硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，位置是-1和-2。在一些实施例中，位置是+1和+2。在一些实施例中，位置是-1和+1。在一些实施例中，位置是-1、+1和+2。在一些实施例中，位置是-1、-2和+1。在一些实施例中，一个且仅一个核苷酸间键联是Rp硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，一个且仅一个核苷酸间键联是Rp硫代磷酸酯核苷酸间键联并且位于位置+2、+1、1或2处。在一些实施例中，位置是+1。在一些实施例中，位置是+2。在一些实施例中，位置是-1。在一些实施例中，位置是-2。在一些实施例中，利用Rp核苷酸间键联可以提高ADAR1(p110和/或p150)和/或ADAR2的编辑效率。在一些实施例中，ADAR1(p110和/或p150)编辑的提高大于ADAR2编辑的提高(与不存在Rp相比，没有或更少的提高或更少的编辑)。
在一些实施例中，本披露提供了手性控制的寡核苷酸组合物，其中该组合物包含非随机或控制水平的多个寡核苷酸，其中该多个寡核苷酸共享共同碱基序列，并且独立地在至少1-60、1-50、1-40、1-30、1-25、1-20、1-15、1-10、5-50、5-40、5-30、5-25、5-20、5-15、5-10，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、或25个或更多个手性核苷酸间键联处共享键联磷的相同构型。
在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含2-30个手性控制的核苷酸间键联。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸组合物包含5-30个手性控制的核苷酸间键联。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸组合物包含10-30个手性控制的核苷酸间键联。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸组合物包含1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24或25个或更多个手性控制的核苷酸间键联。
在一些实施例中，所有核苷酸间键联中的约1％-100％是手性控制的核苷酸间键联。在一些实施例中，所有手性核苷酸间键联中的约1％-100％是手性控制的核苷酸间键联。在一些实施例中，百分比为约5％-100％。在一些实施例中，百分比为至少5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、965、96％、98％或99％。在一些实施例中，百分比为约5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、965、96％、98％或99％。
在一些实施例中，呈Sp构型的核苷酸间键联(具有Sp键联磷)是硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，非手性核苷酸间键联是天然磷酸酯键联。在一些实施例中，呈Rp构型的核苷酸间键联(具有Rp键联磷)是硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，呈Sp构型的每个核苷酸间键联是硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，每个非手性核苷酸间键联是天然磷酸酯键联。在一些实施例中，呈Rp构型的每个核苷酸间键联是硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，呈Sp构型的每个核苷酸间键联是硫代磷酸酯核苷酸间键联，每个非手性核苷酸间键联是天然磷酸酯键联，并且呈Rp构型的每个核苷酸间键联是硫代磷酸酯核苷酸间键联。
在一些实施例中，手性控制的寡核苷酸组合物中的所提供的寡核苷酸各自包含不同类型的核苷酸间键联。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含至少一个天然磷酸酯键联和至少一个经修饰的核苷酸间键联。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含至少一个天然磷酸酯键联和1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40个经修饰的核苷酸间键联。在一些实施例中，经修饰的核苷酸间键联是硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，每个经修饰的核苷酸间键联是硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，每个经修饰的核苷酸间键联独立地是手性核苷酸间键联并且独立地是手性控制的。
在一些实施例中，手性控制的寡核苷酸组合物中的寡核苷酸各自包含至少两个相对于彼此具有不同的立体化学和/或不同的P-修饰的核苷酸间键联。在一些实施例中，至少两个核苷酸间键联具有彼此不同的立体化学。在一些实施例中，寡核苷酸各自包含骨架手性中心模式，该模式包含交替键联磷立体化学。
在一些实施例中，硫代磷酸三酯键联包含手性助剂，其例如用于控制反应(例如，在寡核苷酸合成循环中的偶联反应)的立体选择性。在一些实施例中，硫代磷酸三酯键联不含手性助剂。在一些实施例中，有意地维持硫代磷酸三酯键联直至施用寡核苷酸组合物给受试者，和/或在施用寡核苷酸组合物给受试者期间有意地维持硫代磷酸三酯键联。
在一些实施例中，寡核苷酸连接到固体支持物。在一些实施例中，固体支持物是寡核苷酸合成的支持物。在一些实施例中，固体支持物包括玻璃。在一些实施例中，固体支持物是CPG(可控孔度玻璃)。在一些实施例中，固体支持物是聚合物。在一些实施例中，固体支持物是聚苯乙烯。在一些实施例中，固体支持物是高度交联的聚苯乙烯(HCP)。在一些实施例中，固体支持物是可控孔度玻璃(CPG)和高度交联的聚苯乙烯(HCP)的杂合支持物。在一些实施例中，固体支持物是金属泡沫。在一些实施例中，固体支持物是树脂。在一些实施例中，从固体支持物上切割寡核苷酸。
在一些实施例中，许多寡核苷酸及其组合物(其中寡核苷酸中除了手性键联磷中心的所有其他手性中心已经被立体限定(例如，糖中的碳手性中心，其在例如用于寡核苷酸合成的亚磷酰胺中限定))的纯度，特别是立体化学纯度，和特别是非对映纯度可以通过在偶联步骤中当形成手性核苷酸间键联时手性键联磷处的立体选择性(如本领域技术人员所理解的，在寡核苷酸合成的许多情况(其中寡核苷酸包含多于一个手性中心)下的非对映选择性)来控制。在一些实施例中，偶联步骤在键联磷处具有60％的立体选择性(当存在其他手性中心时为非对映选择性)。在这样的偶联步骤之后，可以认为形成的新的核苷酸间键联具有60％的立体化学纯度(对于寡核苷酸，鉴于其他手性中心的存在，通常是非对映纯度)。在一些实施例中，每个偶联步骤独立地具有至少60％、70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或99.5％的立体选择性。在一些实施例中，手性控制的核苷酸间键联通常以至少85％、87％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99.5％或几乎100％(在一些实施例中，至少85％；在一些实施例中，至少87％；在一些实施例中，至少90％；在一些实施例中，至少95％；在一些实施例中，至少96％；在一些实施例中，至少97％；在一些实施例中，至少98％；在一些实施例中，至少99％)的立体选择性形成。在一些实施例中，立体选择性为至少85％。在一些实施例中，立体选择性为至少87％。在一些实施例中，立体选择性为至少90％。在一些实施例中，每个偶联步骤独立地具有几乎100％的立体选择性。
在一些实施例中，组合物中手性中心(例如，手性键联磷)的立体纯度为至少60％、70％、80％、85％、87％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或99.5％。在一些实施例中，立体纯度是至少80％。在一些实施例中，立体纯度是至少85％。在一些实施例中，立体纯度是至少87％。在一些实施例中，立体纯度是至少90％。在一些实施例中，立体纯度为几乎100％。在一些实施例中，每个手性控制的核苷酸间键联在其手性键联磷处独立地具有至少85％、87％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99.5％或几乎100％(在一些实施例中，至少85％；在一些实施例中，至少87％；在一些实施例中，至少90％；在一些实施例中，至少95％；在一些实施例中，至少96％；在一些实施例中，至少97％；在一些实施例中，至少98％；在一些实施例中，至少99％)的立体化学纯度(对于具有多个手性中心的寡核苷酸，通常为非对映纯度)。在一些实施例中，手性控制的核苷酸间键联具有至少90％的立体化学纯度。在一些实施例中，大部分手性控制的核苷酸间键联独立地具有至少90％的立体化学纯度。在一些实施例中，每个手性控制的核苷酸间键联独立地具有至少90％的立体化学纯度。在一些实施例中，每个硫代磷酸酯核苷酸间键联独立地是手性控制的。在一些实施例中，至少60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％或95％或所有手性控制的核苷酸间键联是Sp。在一些实施例中，至少60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％或95％或所有手性控制的硫代磷酸酯核苷酸间键联是Sp。在一些实施例中，至少60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％或95％或所有硫代磷酸酯核苷酸间键联是手性控制的并且是Sp。
立体选择性和立体纯度可以通过多种技术来评估。在一些实施例中，立体选择性和/或立体纯度几乎为100％，因为当通过分析方法(例如，NMR、HPLC等)分析组合物时，几乎所有可检测的立体异构体都具有预期的立体化学。
在一些实施例中，单体(如本领域技术人员所理解的，在许多实施例中，用于寡核苷酸合成的亚磷酰胺)的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个偶联独立地具有小于约60％、70％、80％、85％或90％的立体选择性[对于寡核苷酸合成，就一个或多个形成的键联磷手性中心而言，通常是非对映选择性]。
在一些实施例中，在立体随机(或外消旋)制备物(或立体随机/非手性控制的寡核苷酸组合物)中，寡核苷酸的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24或25个手性核苷酸间键联独立地具有相对于核苷酸间键联的手性键联磷小于约60％、65％、70％、75％、80％或85％的立体化学纯度(对于包含多个手性中心的寡核苷酸，通常为非对映纯度)。在一些实施例中，立体化学纯度(立体纯度)小于约60％。在一些实施例中，立体化学纯度(立体纯度)小于约65％。在一些实施例中，立体化学纯度(立体纯度)小于约70％。在一些实施例中，立体化学纯度(立体纯度)小于约75％。在一些实施例中，立体化学纯度(立体纯度)小于约80％。
在一些实施例中，本披露的化合物(例如，寡核苷酸、手性助剂等)包含多个手性元素(例如，多个碳和/或磷(例如，手性核苷酸间键联的键联磷)手性中心)。在一些实施例中，所提供的化合物(例如，寡核苷酸)的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9个或更多个手性元素各自独立地具有如本文所述的非对映纯度。在一些实施例中，非对映纯度为至少85％。在一些实施例中，非对映纯度为至少86％。在一些实施例中，非对映纯度为至少87％。在一些实施例中，非对映纯度为至少88％。在一些实施例中，非对映纯度为至少89％。在一些实施例中，非对映纯度为至少90％。在一些实施例中，非对映纯度为至少91％。在一些实施例中，非对映纯度为至少92％。在一些实施例中，非对映纯度为至少93％。在一些实施例中，非对映纯度为至少94％。在一些实施例中，非对映纯度为至少95％。在一些实施例中，非对映纯度为至少96％。在一些实施例中，非对映纯度为至少97％。在一些实施例中，非对映纯度为至少98％。在一些实施例中，非对映纯度为至少99％。
如本领域普通技术人员所理解的，在一些实施例中，可以通过在相同的或可比较的条件下二聚体形成的非对映选择性或所制备的二聚体的非对映纯度来评估偶联的非对映选择性或手性键联磷中心的非对映纯度，其中二聚体具有相同的5′-和3′-核苷以及核苷酸间键联。
多种技术可用于鉴定或证实手性元素的立体化学(例如，手性键联磷的构型)和/或骨架手性中心模式，和/或用于评估立体选择性(例如，寡核苷酸合成中的偶联步骤的非对映选择性)和/或立体化学纯度(例如，核苷酸间键联、化合物(例如，寡核苷酸)等的非对映纯度)。示例技术包括NMR[例如1D(一维)和/或2D(二维)1H-31pHETCOR(异核相关光谱)]、HPLC、RP-HPLC、质谱、LC-MS以及立体特异性核酸酶对核苷酸间键联的切割等，它们可以单独或组合使用。有用的核酸酶的实例包括苯甲酸酶、微球菌核酸酶和svPDE(蛇毒磷酸二酯酶)，其对于具有Rp键联磷(例如，Rp硫代磷酸酯键联)的某些核苷酸间键联具有特异性；以及核酸酶P1、绿豆核酸酶和核酸酶S1，其对于具有Sp键联磷的核苷酸间键联(例如，Sp硫代磷酸酯键联)具有特异性。不希望受任何特定理论的束缚，本披露指出，在至少一些情况下，特定核酸酶对寡核苷酸的切割可能受到结构元件例如化学修饰(例如，糖的2′-修饰)、碱基序列或立体化学环境的影响。例如，在一些情况下，对具有Rp键联磷的核苷酸间键联有特异性的苯甲酸酶和微球菌核酸酶无法切割侧接有Sp硫代磷酸酯核苷酸间键联的分离的Rp硫代磷酸酯核苷酸间键联。
在一些实施例中，共享共同碱基序列、共同骨架键联模式和共同骨架手性中心模式的寡核苷酸共享共同骨架磷修饰模式和共同碱基修饰模式。在一些实施例中，共享共同碱基序列、共同骨架键联模式和共同骨架手性中心模式的寡核苷酸组合物共享共同骨架磷修饰模式和共同核苷修饰模式。在一些实施例中，共享共同碱基序列、共同骨架键联模式和共同骨架手性中心模式的寡核苷酸具有相同的结构。
在一些实施例中，本披露提供了包含能够指导靶核酸中的靶腺苷脱氨的多个寡核苷酸的寡核苷酸组合物，其中该多个寡核苷酸具有特定的寡核苷酸类型，该组合物是手性控制的，因为相对于具有相同碱基序列的寡核苷酸的基本上外消旋的制备物而言，该组合物富集该特定寡核苷酸类型的寡核苷酸。
在一些实施例中，所提供的寡核苷酸组合物中的多个寡核苷酸或特定寡核苷酸类型的寡核苷酸是寡核苷酸。在一些实施例中，本披露提供了手性控制的寡核苷酸组合物，该组合物包含多个寡核苷酸，其中这些寡核苷酸共享：
共同碱基序列；
共同骨架键联模式；以及
在一个或多个手性核苷酸间键联(手性控制的核苷酸间键联)处的相同键联磷立体化学，
其中相对于共享共同碱基序列和骨架键联模式的寡核苷酸的基本上外消旋的制备物，该组合物富集该多个寡核苷酸。
在一些实施例中，本披露提供了手性控制的寡核苷酸组合物，该组合物包含多个寡核苷酸，其中这些寡核苷酸共享：
共同碱基序列；
共同骨架键联模式；以及
共同骨架手性中心模式，该组合物是单一寡核苷酸的基本上纯的制备物，因为该组合物中至少约10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、93％、95％、96％、97％、98％或99％的寡核苷酸具有共同碱基序列、共同骨架键联模式以及共同骨架手性中心模式。
在一些实施例中，寡核苷酸组合物类型进一步由以下方面定义：4)另外的化学部分，如果有的话。
在一些实施例中，百分比为至少约10％。在一些实施例中，百分比为至少约20％。在一些实施例中，百分比为至少约30％。在一些实施例中，百分比为至少约40％。在一些实施例中，百分比为至少约50％。在一些实施例中，百分比为至少约60％。在一些实施例中，百分比为至少约70％。在一些实施例中，百分比为至少约75％。在一些实施例中，百分比为至少约80％。在一些实施例中，百分比为至少约85％。在一些实施例中，百分比为至少约90％。在一些实施例中，百分比为至少约91％。在一些实施例中，百分比为至少约92％。在一些实施例中，百分比为至少约93％。在一些实施例中，百分比为至少约94％。在一些实施例中，百分比为至少约95％。在一些实施例中，百分比为至少约96％。在一些实施例中，百分比为至少约97％。在一些实施例中，百分比为至少约98％。在一些实施例中，百分比为至少约99％。在一些实施例中，百分比为或大于(DS)nc，其中DS和nc各自独立地如本披露中所述。
在一些实施例中，多个寡核苷酸共享相同的构成。在一些实施例中，多个寡核苷酸是相同的(相同的立体异构体)。在一些实施例中，手性控制的寡核苷酸组合物是立体纯寡核苷酸组合物，其中该多个寡核苷酸是相同的(相同的立体异构体)，并且该组合物不含任何其他立体异构体。本领域技术人员将理解，一种或多种其他立体异构体可能作为杂质存在，因为工艺、选择性、纯化等可能无法实现完全性。
在一些实施例中，所提供的组合物的特征在于当它与靶核酸接触[例如，转录物(例如，前体mRNA，成熟mRNA，与组合物的寡核苷酸杂交的其他类型的RNA等)]时，靶核酸和/或由此编码的产物的水平与在参考条件下观察到的相比降低。在一些实施例中，核酸和/或其产物的水平增加，该核酸是靶核酸的A至I编辑的产物。在一些实施例中，参考条件选自由以下组成的组：不存在组合物、存在参考组合物、及其组合。在一些实施例中，参考条件是不存在组合物。在一些实施例中，参考条件是存在参考组合物。在一些实施例中，参考组合物是其寡核苷酸不与靶核酸杂交的组合物。在一些实施例中，参考组合物是其寡核苷酸不含与靶核酸充分互补的序列的组合物。在一些实施例中，参考组合物是其寡核苷酸共享相同的碱基序列但不共享相同的核碱基、糖和/或核苷酸间键联修饰的组合物。在一些实施例中，所提供的组合物是手性控制的寡核苷酸组合物，而参考组合物是非手性控制的寡核苷酸组合物，其在其他方面相同但不是手性控制的(例如，与手性控制的寡核苷酸组合物中的多个寡核苷酸具有相同构成的寡核苷酸的外消旋制备物)。
在一些实施例中，本披露提供了手性控制的寡核苷酸组合物，该组合物包含能够指导靶核酸中的靶腺苷脱氨的多个寡核苷酸，其中这些寡核苷酸共享：
共同碱基序列，
共同骨架键联模式，以及
在一个或多个手性核苷酸间键联(手性控制的核苷酸间键联)处的相同键联磷立体化学，
其中相对于共享共同碱基序列和骨架键联模式的寡核苷酸的基本上外消旋的制备物，该组合物富集该多个寡核苷酸，
该寡核苷酸组合物的特征在于：当它与靶序列接触时，靶核酸中的靶腺苷脱氨相对于在参考条件下观察到的脱氨有所改善，该参考条件选自由以下组成的组：不存在该组合物、存在参考组合物及其组合。
如本领域技术人员所理解的，可以使用多种技术来评估靶腺苷的脱氨。在一些实施例中，技术是测序，其中脱氨的腺苷被检测为G或I。在一些实施例中，通过产物(例如，RNA、蛋白(例如，由其中靶A被I代替但在其他方面与靶核酸相同的序列编码)等)的水平来评估脱氨。
在一些实施例中，寡核苷酸结构元件(例如，糖修饰、骨架键联、骨架手性中心、骨架磷修饰、其模式等)及其组合可以提供令人惊讶地改善的特性和/或生物活性。
在一些实施例中，寡核苷酸组合物是单一寡核苷酸立体异构体的基本上纯的制备物，因为组合物中具有相同构成但不具有立体异构体的寡核苷酸是来自所述寡核苷酸立体异构体的制备过程的杂质，在一些情况下，在某些纯化程序之后。
在一些实施例中，本披露提供了手性控制的寡核苷酸和寡核苷酸组合物，并且在一些实施例中，提供了立体纯的寡核苷酸和寡核苷酸组合物。例如，在一些实施例中，所提供的组合物包含非随机水平或控制水平的一种或多种单独的寡核苷酸类型。在一些实施例中，同一寡核苷酸类型的寡核苷酸是相同的。
核碱基
根据本披露，多种核碱基可用于所提供的寡核苷酸中。在一些实施例中，核碱基是天然核碱基，最常见的天然核碱基是A、T、C、G和U。在一些实施例中，核碱基是经修饰的核碱基，因为它不是A、T、C、G或U。在一些实施例中，核碱基是任选地经取代的A、T、C、G或U，或A、T、C、G或U的经取代的互变异构体。在一些实施例中，核碱基是任选地经取代的A、T、C、G或U，例如5mC、5-羟甲基C等。在一些实施例中，核碱基是烷基取代的A、T、C、G或U。在一些实施例中，核碱基是A。在一些实施例中，核碱基是T。在一些实施例中，核碱基是C。在一些实施例中，核碱基是G。在一些实施例中，核碱基是U。在一些实施例中，核碱基是5mC。在一些实施例中，核碱基是取代的A、T、C、G或U。在一些实施例中，核碱基是A、T、C、G或U的经取代的互变异构体。在一些实施例中，取代保护核碱基中的某些官能团以最小化寡核苷酸合成过程中不希望的反应。在寡核苷酸合成中用于核碱基保护的合适技术是本领域众所周知的，并且可以根据本披露使用。在一些实施例中，经修饰的核碱基改善了寡核苷酸的特性和/或活性。例如，在许多情况下，可以使用5mC代替C来调节某些不希望的生物学效应，例如免疫应答。在一些实施例中，当确定序列同一性时，将具有相同氢键合模式的经取代的核碱基与未经取代的核碱基相同处理，例如5mC可以与C相同处理[例如，具有5mC代替C(例如，AT5mCG)的寡核苷酸被认为与在一个或多个相应位置(例如，ATCG)具有C的寡核苷酸具有相同的碱基序列]。在一些实施例中，核碱基是或包含具有至少一个氮原子的任选地经取代的环。在一些实施例中，核碱基包含如本文所述的环BA，其中环BA的至少一个单环包含氮环原子。
在一些实施例中，寡核苷酸包含一个或多个A、T、C、G或U。在一些实施例中，寡核苷酸包含一个或多个任选地经取代的A、T、C、G或U。在一些实施例中，寡核苷酸包含一个或多个5-甲基胞苷、5-羟甲基胞苷、5-甲酰基胞嘧啶或5-羧基胞嘧啶。在一些实施例中，寡核苷酸包含一个或多个5-甲基胞苷。在一些实施例中，寡核苷酸中的每个核碱基选自由任选地经取代的A、T、C、G和U，以及任选地经取代的A、T、C、G和U的互变异构体组成的组。在一些实施例中，寡核苷酸中的每个核碱基是任选地被保护的A、T、C、G和U。在一些实施例中，寡核苷酸中的每个核碱基是任选地经取代的A、T、C、G或U。在一些实施例中，寡核苷酸中的每个核碱基选自由A、T、C、G、U和5mC组成的组。
在一些实施例中，在某些位置(例如，在与靶腺苷相反的核苷和/或其相邻核苷中)利用某些核碱基可以提供具有改善的特性和/或活性(例如，腺苷编辑成I)的寡核苷酸。在一些实施例中，有用的核碱基是或包含如本文所述的环BA。在一些实施例中，核苷中的核碱基是或包含具有以下结构的环BA：BA-I、BA-I-a、BA-I-b、BA-I-c、BA-I-d、BA-II、BA-II-a、BA-II-b、BA-II-c、BA-II-d、BA-III、BA-III-a、BA-III-b、BA-III-c、BA-III-d、BA-III-e、BA-IV、BA-IV-a、BA-IV-b、BA-V、BA-V-a、BA-V-b或BA-VI，或环BA的互变异构体，其中核碱基是任选地经取代的或被保护的。在一些实施例中，核碱基是任选地经取代的或被保护的以下结构，或任选地经取代的或被保护的以下结构的互变异构体：
表BA-1.某些有用的核碱基。
在一些实施例中，经修饰的核碱基是b001U、b002U、b003U、b004U、b005U、b006U、b007U、b008U、b009U、b011U、b012U、b013U、b014U、b015U、b001A、b002A、b003A、b004A、b005A、b006A、b007A、b001G、b002G、b001C、b002C、b003C、b004C、b005C、b006C、b007C、b008C、b009C、b002I、b003I、b004I、b014I或zdnp。在一些实施例中，核碱基是c7In。在一些实施例中，核碱基是c39z48In。在一些实施例中，核碱基是z2c3In。在一些实施例中，c7In、c39z48In或z2c3In可用作次黄嘌呤，例如在寡核苷酸的某些位置处。在一些实施例中，本披露提供了包含一个或多个这样的核碱基的寡核苷酸。在一些实施例中，本披露提供了包含这样的核碱基的化合物。在一些实施例中，本披露提供了包含这样的核碱基的单体(例如，可用于寡核苷酸合成的单体)。在一些实施例中，本披露提供了包含这样的核碱基的亚磷酰胺。在一些实施例中，亚磷酰胺是CED亚磷酰胺。在一些实施例中，单体包含如本文所述的助剂部分(例如，其中P与O和N、与O和S、与S和S等形成键)。在一些实施例中，亚磷酰胺包含如本文所述的手性助剂部分(例如，其中P与O和N形成键)。在一些实施例中，RNS包含这样的核碱基。在一些实施例中，对核碱基进行保护以用于寡核苷酸合成。
在一些实施例中，本披露提供了多种核苷。在一些实施例中，b001U、b002U、b003U、b004U、b005U、b006U、b008U、b009U、b011U、b012U、b013U、b014U、b015U、b002A、b001G、b004C、b007U、b001A、b002A、b003A、b004A、b005A、b006A、b007A、b001C、b002C、b003C、b002I、b003I、b009U、b003A或b007C还可以指核碱基分别为b001U、b002U、b003U、b004U、b005U、b006U、b008U、b009U、b011U、b012U、b013U、b014U、b015U、b002A、b001G、b004C、b007U、b001A、b002A、b003A、b004A、b005A、b006A、b007A、b001C、b002C、b003C、b002I、b003I、b009U、b003A或b007C的核苷。例如，b001A可以指核碱基为且糖为天然DNA糖的核苷；还可以指示糖修饰，例如b001rA中的“r”表示糖上有2’-OH(天然RNA糖)。在一些实施例中，本披露提供了具有以下结构的化合物： 或或其盐，其中BAs如本文所述。在一些实施例中，所提供的化合物，例如核苷，具有以下结构： 或或其盐，其中“＊”表示在各种寡核苷酸中时与核苷酸间键联的连接，并且BAs如本文所述。在一些实施例中，BAs是核碱基，例如，如本文所述的BA。在一些实施例中，对BA进行保护以用于寡核苷酸合成。在一些实施例中，所提供的核苷选自
或其盐，其中“＊”表示在各种寡核苷酸中时与核苷酸间键联的连接。在一些实施例中，寡核苷酸包含本文所述的核苷。在一些实施例中，核苷通过氮原子(例如，sm01、sm18等)连接至核苷酸间键联，其中氮原子直接连接至键联磷原子。在一些实施例中，本披露提供了如本文所述的核苷单体(例如，Asm01、Gsm01、Tsm18等)。在一些实施例中，本披露提供了如本文所述的核苷的亚磷酰胺。在一些实施例中，这样的单体或亚磷酰胺包含被保护的羟基(例如，DMTrO-)和/或被保护的核碱基(例如，用于寡核苷酸合成)。在一些实施例中，这样的单体或亚磷酰胺包含被保护的羟基(例如，DMTrO-)、任选地被保护的核碱基(例如，用于寡核苷酸合成)和/或手性助剂基团。可用于将各种核苷和/或化合物掺入寡核苷酸中的某些试剂(例如各种亚磷酰胺)以及利用这样的试剂进行寡核苷酸制备的某些技术(例如循环、条件等)在实例或WO 2021/071858中进行了描述。某些包含经修饰核苷的寡核苷酸及其组合物是利用这样的试剂和技术来制备的，并且在本文中作为实例呈现，例如各个表中的那些，包括表1中的那些。
在一些实施例中，本披露提供了包含如本文所述的一个或多个经修饰的核碱基的寡核苷酸。在一些实施例中，本披露提供了包含如本文所述的经修饰的核碱基的化合物。在一些实施例中，本披露提供了包含如本文所述的经修饰的核碱基的单体(例如，可用于寡核苷酸合成的单体)。在一些实施例中，本披露提供了包含如本文所述的经修饰的核碱基的亚磷酰胺。在一些实施例中，亚磷酰胺是CED亚磷酰胺。在一些实施例中，单体包含如本文所述的助剂部分(例如，其中P与O和N、与O和S、与S和S等形成键)。在一些实施例中，亚磷酰胺包含如本文所述的手性助剂部分(例如，其中P与O和N形成键)。在一些实施例中，RNS包含如本文所述的核碱基。在一些实施例中，RNS包含如本文所述的经修饰的核碱基。在一些实施例中，对核碱基进行保护以用于寡核苷酸合成。
在一些实施例中，寡核苷酸包含独立地选自假异胞苷、Benner碱基Z、5-羟基C、5-氨基C和8-氧代A的一种或多种结构。
在一些实施例中，核碱基是任选地经取代的2AP(2-氨基嘌呤，或DAP(2，6-二氨基嘌呤，在一些实施例中，核碱基是任选地经取代的2AP。在一些实施例中，核碱基是任选地经取代的DAP。在一些实施例中，核碱基是2AP。在一些实施例中，核碱基是DAP。
如本领域技术人员所理解的，多种核碱基在本领域中是已知的并且可以根据本披露使用，例如，在以下文献中描述的那些：US 9394333、US 9744183、US 9605019、US9982257、US 20170037399、US 20180216108、US 20180216107、US 9598458、WO 2017/062862、WO 2018/067973、WO 2017/160741、WO 2017/192679、WO 2017/210647、WO 2018/098264、WO 2018/022473、WO 2018/223056、WO 2018/223073、WO 2018/223081、WO 2018/237194、WO 2019/032607、WO 2019/032612、WO 2019/055951、WO 2019/075357、WO 2019/200185、WO 2019/217784、WO 2019/032612、WO 2020/191252、WO 2021/071858、和/或WO2021/237223，其各自的糖、碱基和核苷酸间键联修饰独立地通过引用并入本文。在一些实施例中，核碱基被保护并且可用于寡核苷酸合成。
在一些实施例中，核碱基是天然核碱基或衍生自天然核碱基的经修饰的核碱基。实例包括任选地其各自的氨基被酰基保护基保护的尿嘧啶、胸腺嘧啶、腺嘌呤、胞嘧啶和鸟嘌呤，2-氟尿嘧啶，2-氟胞嘧啶，5-溴尿嘧啶，5-碘尿嘧啶，2，6-二氨基嘌呤，氮杂胞嘧啶，嘧啶类似物(诸如假异胞嘧啶和假尿嘧啶)，以及其他经修饰的核碱基(诸如8-取代的嘌呤、黄嘌呤、或次黄嘌呤，后两个是天然降解产物)。经修饰的核碱基的某些实例披露于Chiu和Rana，RNA，2003，9，1034-1048；Limbach等人Nucleic Acids Research[核酸研究]，1994，22，2183-2196；以及Revankar和Rao，Comprehensive Natural Products Chemistry[天然产物综合化学]，第7卷，313中。在一些实施例中，经修饰的核碱基是取代的尿嘧啶、胸腺嘧啶、腺嘌呤、胞嘧啶或鸟嘌呤。在一些实施例中，经修饰的核碱基是尿嘧啶、胸腺嘧啶、腺嘌呤、胞嘧啶或鸟嘌呤的例如就氢键合和/或碱基配对而言的功能替换物。在一些实施例中，核碱基是任选地经取代的尿嘧啶、胸腺嘧啶、腺嘌呤、胞嘧啶、5-甲基胞嘧啶或鸟嘌呤。在一些实施例中，核碱基是尿嘧啶、胸腺嘧啶、腺嘌呤、胞嘧啶、5-甲基胞嘧啶或鸟嘌呤。
在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含一个或多个5-甲基胞嘧啶。在一些实施例中，本披露提供了寡核苷酸，该寡核苷酸的碱基序列在本文中例如在表1中披露，其中每个T可以独立地被U替换并且反之亦然，并且每个胞嘧啶任选地且独立地被5-甲基胞嘧啶替换，或反之亦然。如本领域技术人员所理解的，在一些实施例中，就寡核苷酸的碱基序列而言，可以将5mC视为C-这样的寡核苷酸在C位置包含核碱基修饰(例如，参见表1中的各种寡核苷酸)。在寡核苷酸的描述中，通常除非另外说明，否则核碱基、糖和核苷酸间键联是未经修饰的。
在一些实施例中，经修饰的碱基是任选地经取代的腺嘌呤、胞嘧啶、鸟嘌呤、胸腺嘧啶或尿嘧啶或其互变异构体。在一些实施例中，经修饰的核碱基是通过以下方式而被一个或多个修饰所修饰的经修饰的腺嘌呤、胞嘧啶、鸟嘌呤、胸腺嘧啶或尿嘧啶：
核碱基被一个或多个独立地选自以下的任选地经取代的基团修饰：酰基、卤素、氨基、叠氮基、烷基、烯基、炔基、芳基、杂烷基、杂烯基、杂炔基、杂环基、杂芳基、羧基、羟基、生物素、亲和素、链霉亲和素、经取代的甲硅烷基及其组合；
核碱基的一个或多个原子独立地被选自碳、氮和硫的不同原子代替；
核碱基中的一个或多个双键独立地被氢化；或
一个或多个芳基或杂芳基环独立地插入核碱基中。
在一些实施例中，碱基是任选地经取代的A、T、C、G或U，其中一个或多个-NH2独立地且任选地被-C(-L-R1)3代替，一个或多个-NH-独立地且任选地被-C(-L-R1)2-代替，一个或多个＝N-独立地且任选地被-C(-L-R1)-代替，一个或多个＝CH-独立地且任选地被＝N-代替，并且一个或多个＝O独立地且任选地被＝S、＝N(-L-R1)或＝C(-L-R1)2代替，其中两个或更多个-L-R1任选地与居于它们之间的原子合在一起形成具有0-10个杂原子环原子的3-30元双环或多环。在一些实施例中，经修饰的碱基是任选地经取代的A、T、C、G或U，其中一个或多个-NH2独立地且任选地被-C(-L-R1)3代替，一个或多个-NH-独立地且任选地被-C(-L-R1)2-代替，一个或多个＝N-独立地且任选地被-C(-L-R1)-代替，一个或多个＝CH-独立地且任选地被＝N-代替，并且一个或多个＝O独立地且任选地被＝S、＝N(-L-R1)或＝C(-L-R1)2代替，其中两个或更多个-L-R1任选地与居于它们之间的原子合在一起形成具有0-10个杂原子环原子的3-30元双环或多环，其中经修饰的碱基不同于天然A、T、C、G和U。在一些实施例中，碱基是任选地经取代的A、T、C、G或U。在一些实施例中，经修饰碱基是取代的A、T、C、G或U，其中经修饰的碱基不同于天然A、T、C、G和U。
在一些实施例中，经修饰的核碱基是本领域(例如，WO 2017/210647)中已知的经修饰的核碱基。在一些实施例中，经修饰的核碱基是其中已添加一个或多个芳基和/或杂芳基环(诸如苯环)的尺寸扩大的核碱基。在以下文献中描述了经修饰的核碱基的某些实例，包括核碱基代替物：Glen研究目录(弗吉尼亚州斯特林的格兰研究公司(Glen Research，Sterling，Virginia))；KruegerAT等人，Acc.Chem.Res.[化学研究评述]，2007，40，141-150；Kool，ET，Acc.Chem.Res.[化学研究评述]，2002，35，936-943；Benner S.A.等人，Nat.Rev.Genet.[遗传学自然评论]，2005，6，553-543；Romesberg，F.E.等人，Curr.Opin.Chem.Biol.[化学生物学新见]，2003，7，723-733；或Hirao，I.，Curr.Opin.Chem.Biol.[化学生物学新见]，2006，10，622-627。在一些实施例中，尺寸扩大的核碱基是例如WO 2017/210647中描述的尺寸扩大的核碱基。在一些实施例中，经修饰的核碱基是诸如咕啉或卟啉衍生的环之类的部分。某些卟啉衍生的碱基替代物已描述于例如Morales-Rojas，H和Kool，ET，Org.Lett.[有机快报]，2002，4，4377-4380中。在一些实施例中，卟啉衍生的环是例如WO 2017/219647中描述的卟啉衍生的环。在一些实施例中，经修饰的核碱基是在例如WO 2017/219647中描述的经修饰的核碱基。在一些实施例中，经修饰的核碱基是荧光的。这样的发荧光的经修饰的核碱基的实例包括菲、芘、茋(stillbene)、异黄嘌呤、异黄蝶呤、三联苯、三噻吩、苯并三噻吩、香豆素、二氧四氢蝶啶、系拴茋(tetheredstillbene)、苯并尿嘧啶、萘并尿嘧啶等，以及例如WO 2017/210647中描述的那些。在一些实施例中，核碱基或经修饰的核碱基选自：C5-丙炔T、C5-丙炔C、C5-噻唑、吩噁嗪、2-硫代胸腺嘧啶、5-三唑基苯基胸腺嘧啶、二氨基嘌呤和N2-氨基丙基鸟嘌呤。
在一些实施例中，经修饰的核碱基选自5-取代的嘧啶、6-氮杂嘧啶、烷基或炔基取代的嘧啶、烷基取代的嘌呤，以及N-2、N-6和O-6取代的嘌呤。在某些实施例中，经修饰的核碱基选自2-氨基丙基腺嘌呤、5-羟甲基胞嘧啶、黄嘌呤、次黄嘌呤、2-氨基腺嘌呤、6-N-甲基鸟嘌呤、6-N-甲基腺嘌呤、2-丙基腺嘌呤、2-硫尿嘧啶、2-硫胸腺嘧啶和2-硫胞嘧啶、5-丙炔基(-C≡C-CH3)尿嘧啶、5-丙炔基胞嘧啶、6-氮尿嘧啶、6-氮胞嘧啶、6-氮胸腺嘧啶、5-核糖基尿嘧啶(假尿嘧啶)、4-硫尿嘧啶、8-卤代嘌呤、8-氨基嘌呤、8-硫醇嘌呤、8-硫代烷基嘌呤、8-羟基嘌呤、8-氮杂嘌呤及其他8-取代的嘌呤、5-卤代、特别是5-溴、5-三氟甲基、5-卤代尿嘧啶及5-卤代胞嘧啶、7-甲基鸟嘌呤、7-甲基腺嘌呤、2-F-腺嘌呤、2-氨基腺嘌呤、7-脱氮鸟嘌呤、7-脱氮腺嘌呤、3-脱氮鸟嘌呤、3-脱氮腺嘌呤、6-N-苯甲酰基腺嘌呤、2-N-异丁酰基鸟嘌呤、4-N-苯甲酰基胞嘧啶、4-N-苯甲酰基尿嘧啶、5-甲基4-N-苯甲酰基胞嘧啶、5-甲基4-N-苯甲酰基尿嘧啶、通用碱基、疏水性碱基、混杂碱基、尺寸扩大的碱基，以及氟化碱基。在一些实施例中，经修饰的核碱基是三环嘧啶，诸如l，3-二氮杂吩噁嗪-2-酮、l，3-二氮杂吩噻嗪-2-酮或9-(2-氨基乙氧基)-l，3-二氮杂吩噁嗪-2-酮(G形夹(G-clamp))。在一些实施例中，经修饰的核碱基是其中嘌呤或嘧啶碱基被其他杂环替换的那些核碱基，例如，7-脱氮-腺嘌呤、7-脱氮鸟苷、2-氨基吡啶或2-吡啶酮。在一些实施例中，经修饰的核碱基是在以下文献中披露的那些：US 3687808，The Concise Encyclopedia Of Polymer ScienceAnd Engineering[聚合物科学与工程简明百科全书]，Kroschwitz，J.I.编辑，John Wiley&Sons[约翰威利父子公司]，1990，858-859；Englisch等人，Angewandte Chemie，International Edition[应用化学国际版]，1991，30，613；Sanghvi，Y.S.，第15章，Antisense Research and Applications[反义研究与应用]，Crooke，S.T.和Lebleu，B.编辑，CRC Press[CRC出版社]，1993，273-288；或第6章和第15章，Antisense DrugTechnology[反义药物技术]，Crooke S.T.编辑，CRC Press[CRC出版社]，2008，163-166和442-443。
在一些实施例中，经修饰的核碱基及其方法是在US 20030158403、US 3687808、US4845205、US 5130302、US 5134066、US 5175273、US 5367066、US 5432272、US 5434257、US5457187、US 5459255、US 5484908、US 5502177、US 5525711、US 5552540、US 5587469、US5594121、US 5596091、US 5614617、US 5645985、US 5681941、US 5750692、US 5763588、US5830653或US 6005096中描述的那些。
在一些实施例中，经修饰的核碱基是经取代的。在一些实施例中，经修饰的核碱基是经取代的，使得其含有例如连接到荧光部分、生物素或亲和素部分、或其他蛋白或肽的杂原子、烷基或连接部分。在一些实施例中，经修饰的核碱基是并非最经典意义上的核碱基，但功能类似于核碱基的“通用碱基”。通用碱基的一个实例是3-硝基吡咯。
在一些实施例中，可用于所提供的技术中的核苷包括经修饰的核碱基和/或经修饰的糖，例如4-乙酰基胞苷；5-(羧基羟甲基)尿苷；2’-O-甲基胞苷；5-羧甲基氨基甲基-2-硫代尿苷；5-羧甲基氨基甲基尿苷；二氢尿苷；2’-O-甲基假尿苷；β，D-半乳糖基Q核苷；2’-O-甲基鸟苷；N6-异戊烯基腺苷；1-甲基腺苷；1-甲基假尿苷；1-甲基鸟苷；l-甲基肌苷；2，2-二甲基鸟苷；2-甲基腺苷；2-甲基鸟苷；N7-甲基鸟苷；3-甲基-胞苷；5-甲基胞苷；5-羟甲基胞苷；5-甲酰基胞嘧啶；5-羧基胞嘧啶；N6-甲基腺苷；7-甲基鸟苷；5-甲基氨基乙基尿苷；5-甲氧基氨基甲基-2-硫代尿苷；β，D-甘露糖基Q核苷；5-甲氧基羰基甲基尿苷；5-甲氧基尿苷；2-甲基硫代-N6-异戊烯基腺苷；N-((9-β，D-呋喃核糖基-2-甲基硫代嘌呤-6-基)氨甲酰基)苏氨酸；N-((9-β，D-呋喃核糖基嘌呤-6-基)-N-甲基氨甲酰基)苏氨酸；尿苷-5-氧基乙酸甲酯；尿苷-5-氧基乙酸(v)；假尿苷；Q核苷；2-硫代胞苷；5-甲基-2-硫代尿苷；2-硫代尿苷；4-硫代尿苷；5-甲基尿苷；2′-O-甲基-5-甲基尿苷；以及2′-O-甲基尿苷。
在一些实施例中，核碱基例如经修饰的核碱基包含一个或多个生物分子结合部分，诸如抗体、抗体片段、生物素、亲和素、链霉亲和素、受体配体或螯合部分。在其他实施例中，核碱基是5-溴尿嘧啶、5-碘尿嘧啶或2，6-二氨基嘌呤。在一些实施例中，核碱基包含被荧光或生物分子结合部分进行的取代。在一些实施例中，取代基是荧光部分。在一些实施例中，取代基是生物素或亲和素。
核碱基的某些实例及相关方法在US 3687808、4845205、US 513030、US 5134066、US 5175273、US 5367066、US 5432272、US 5457187、US 5457191、US 5459255、US 5484908、US 5502177、US 5525711、US 5552540、US 5587469、US 5594121、US 5596091、US 5614617、US 5681941、US 5750692、US 6015886、US 6147200、US 6166197、US 6222025、US 6235887、US 6380368、US 6528640、US 6639062、US 6617438、US 7045610、US 7427672、US或US7495088中描述。
在一些实施例中，寡核苷酸包含在以下任一文献中描述的核碱基、糖、核苷和/或核苷酸间键联：Gryaznov，S；Chen，J.-K.J.Am.Chem.Soc.[美国化学会志]1994，116，3143；Hendrix等人1997Chem.Eur.J.[欧洲化学杂志]3：110；Hyrup等人1996 Bioorg.Med.Chem.[生物有机化学与医药化学]4：5；Jepsen等人2004 Oligo.[寡核苷酸]14：130-146；Jones等人J.Org.Chem.[有机化学杂志]1993，58，2983；Koizumi等人2003Nuc.Acids Res.[核酸研究]12：3267-3273；Koshkin等人1998 Tetrahedron[四面体]54：3607-3630；Kumar等人1998Bioo.Med.Chem.Let.[生物有机化学与医药化学快报]8：2219-2222；Lauritsen等人2002Chem.Comm.[化学通讯]5：530-531；Lauritsen等人2003 Bioo.Med.Chem.Lett.[生物有机化学与医药化学快报]13：253-256；Mesmaeker等人Angew.Chem.，Int.Ed.Engl.[应用化学英文国际版]1994，33，226；Morita等人2001Nucl.Acids Res.[核酸研究]增刊1：241-242；Morita等人2002 Bioo.Med.Chem.Lett.[生物有机化学与医药化学快报]12：73-76；Morita等人2003 Bioo.Med.Chem.Lett.[生物有机化学与医药化学快报]2211-2226；Nielsen等人1997Chem.Soc.Rev.[化学学会评论]73；Nielsen等人1997J.Chem.Soc.Perkins Transl.[化学学会杂志博金斯译版]1：3423-3433；Obika等人1997 Tetrahedron Lett.[四面体快报]38(50)：8735-8；Obika等人1998 Tetrahedron Lett.[四面体快报]39：5401-5404；Pallan等人2012 Chem.Comm.[化学通讯]48：8195-8197；Petersen等人2003 TRENDSBiotech.[生物技术趋势]21：74-81；Rajwanshi等人1999 Chem.Commun.[化学通讯]1395-1396；Schultz等人1996Nucleic Acids Res.[核酸研究]24：2966；Seth等人2009J.Med.Chem.[药物化学杂志]52：10-13；Seth等人2010J.Med.Chem.[药物化学杂志]53：8309-8318；Seth等人2010J.Org.Chem.[有机化学杂志]75：1569-1581；Seth等人2012Bioo.Med.Chem.Lett.[生物有机化学与医药化学快报]22：296-299；Seth等人2012Mol.Ther-Nuc.Acids.[分子疗法-核酸]1，e47；Seth，Punit P；Siwkowski，Andrew；Allerson，Charles R；Vasq uez，Guillermo；Lee，Sam；Prakash，Thazha P；Kinberger，Garth；Migawa，Michael T；Gaus，Hans；Bhat，Balkrishen；等人，来自Nucleic AcidsSymposium Series[核酸研讨会丛刊](2008)，52(1)，553-554；Singh等人1998Chem.Comm.[化学通讯]1247-1248；Singh等人1998J.Org.Chem.[有机化学杂志]63：10035-39；Singh等人1998J.Org.Chem.[有机化学杂志]63：6078-6079；Sorensen 2003Chem.Comm.[化学通讯]2130-2131；Ts′o等人Ann.N.Y.Acad.Sci.[纽约科学院年刊]1988，507，220；Van Aersehot等人1995Angew.Chem.Int.Ed.Engl.[应用化学英文国际版]34：1338；Vasseur等人J.Am.Chem.Soc.[美国化学会志]，1992，114，4006；WO 2007090071；或WO 2016/079181。
在一些实施例中，寡核苷酸包含在以下任一文献中描述的经修饰的核碱基、核苷或核苷酸：Feldman等人2017J.Am.Chem.Soc.[美国化学会志]139：11427-11433，Feldman等人2017Proe.Natl.Acad.Sci.USA[美国国家科学院院刊]114：E6478-E6479，Hwang等人.2009Nucl.Acids Res.[核酸研究]37：4757-4763，Hwang等人2008J.Am.Chem.Soc.[美国化学会志]130：14872-14882，Lavergne等人2012Chem.Eur.J.[欧洲化学杂志]18：1231-1239，Lavergne等人2013J.Am.Chem.Soc.[美国化学会志]135：5408-5419，Ledbetter等人2018J.Am.Chem.Soc.[美国化学会志]140：758-765，Malyshev等人.2009J.Am.Chem.Soc.[美国化学会志]131：14620-14621，Seo等人2009Chem.Bio.Chem.[化学生物化学]10：2394-2400，例如d3FB、d2Py类似物、d2Py、d3MPy、d4MPy、d5MPy、d34DMPy、d35DMPy、d45DMPy、d5FM、d5PrM、d5SICS、dFEMO、dMMO2、dNaM、dNM01、dTPT3；具有2′-叠氮基糖、2′-氯基糖、2′-氨基糖或阿拉伯糖的核苷酸；异喹诺酮核苷酸、萘基核苷酸及氮杂吲哚核苷酸；以及其修饰及衍生物及官能化形式，例如其中糖包含2′-修饰和/或其他修饰的那些，以及具有间氯、间溴、间碘、间甲基或间丙炔基取代基的dMMO2衍生物。
在一些实施例中，核碱基包含至少一个任选地经取代的环，该环包含杂原子环原子。在一些实施例中，核碱基包含至少一个任选地经取代的环，该环包含氮环原子。在一些实施例中，这样的环是芳族的。在一些实施例中，核碱基通过杂原子键合到糖。在一些实施例中，核碱基通过氮原子键合到糖。在一些实施例中，核碱基通过环氮原子键合到糖。
在一些实施例中，寡核苷酸包含如下描述的核碱基或经修饰的核碱基：WO 2018/022473、WO 2018/098264、WO 2018/223056、WO 2018/223073、WO 2018/223081、WO 2018/237194、WO 2019/032607、WO 2019/055951、WO 2019/075357、WO 2019/200185、WO 2019/217784、WO 2019/032612、WO 2020/191252、WO 2021/071858和/或WO 2021/237223，其各自的碱基和经修饰的核碱基独立地通过引用并入本文。
在一些实施例中，核碱基是任选地经取代的嘌呤碱基残基。在一些实施例中，核碱基是被保护的嘌呤碱基残基。在一些实施例中，核碱基是任选地经取代的腺嘌呤残基。在一些实施例中，核碱基是被保护的腺嘌呤残基。在一些实施例中，核碱基是任选地经取代的鸟嘌呤残基。在一些实施例中，核碱基是被保护的鸟嘌呤残基。在一些实施例中，核碱基是任选地经取代的胞嘧啶残基。在一些实施例中，核碱基是被保护的胞嘧啶残基。在一些实施例中，核碱基是任选地经取代的胸腺嘧啶残基。在一些实施例中，核碱基是被保护的胸腺嘧啶残基。在一些实施例中，核碱基是任选地经取代的尿嘧啶残基。在一些实施例中，核碱基是被保护的尿嘧啶残基。在一些实施例中，核碱基是任选地经取代的5-甲基胞嘧啶残基。在一些实施例中，核碱基是被保护的5-甲基胞嘧啶残基。
在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含例如在以下文献中描述的经修饰的核碱基：US 5552540、US 6222025、US 6528640、US 4845205、US 5681941、US 5750692、US6015886、US 5614617、US 6147200、US 5457187、US 6639062、US 7427672、US 5459255、US5484908、US 7045610、US 3687808、US 5502177、US 55257116235887、US 5175273、US6617438、US 5594121、US 6380368、US 5367066、US 5587469、US 6166197、US 5432272、US7495088、US 5134066或US 5596091。在一些实施例中，核碱基描述于WO 2020/154344、WO2020/154343、WO 2020/154342、WO 2020/165077、WO 2020/201406、WO 2020/216637、WO2020/252376、WO 2021/130313、WO 2021/231691、WO 2021/231692、WO 2021/231673、WO2021/231675、WO 2021/231679、WO 2021/231680、WO 2021/231698、WO 2021/231685、WO2021/231830、WO 2021/243023、WO 2022/018207、WO 2022/026928或WO 2022/090256，并且可以根据本披露来使用。
在一些实施例中，核碱基是如用于寡核苷酸制备中的被保护的碱基残基。在一些实施例中，核碱基是在US 2011/0294124、US 2015/0211006、US 2015/0197540、WO 2015/107425、WO 2017/192679、WO 2018/022473、WO 2018/098264、WO 2018/223056、WO 2018/223073、WO 2018/223081、WO 2018/237194、WO 2019/032607、WO 2019/055951、WO 2019/075357、WO 2019/200185、WO 2019/217784、WO 2019/032612、WO 2020/191252、WO 2021/071858和/或WO 2021/237223中展示的碱基残基，其各自的碱基残基独立地通过引用并入本文。
糖
根据本披露，可以使用多种糖，包括经修饰的糖。在一些实施例中，本披露任选地与其他结构元件(例如，核苷酸间键联修饰及其模式、其骨架手性中心模式等)组合地提供糖修饰及其模式，这些其他结构元件在并入寡核苷酸中时可以提供改善的特性和/或活性。
最常见的天然存在的核苷包括连接到核碱基腺苷(A)、胞嘧啶(C)、鸟嘌呤(G)、胸腺嘧啶(T)或尿嘧啶(U)的核糖(例如，在RNA中)或脱氧核糖(例如，在DNA中)。在一些实施例中，糖，例如表1中的许多寡核苷酸中的各种糖(除非另外说明)，是DNA核酸或寡核苷酸中的天然DNA糖，其具有的结构，其中核碱基连接到1′位并且3′和5′位连接到核苷酸间键联(如本领域技术人员所理解的，如果在寡核苷酸的5′-末端，则5′位可以连接到5′-末端基团(例如，-OH)，并且如果在寡核苷酸的3′-末端，则3′位可以连接到3′-末端基团(例如，-OH))。在一些实施例中，糖是在RNA核酸或寡核苷酸中的天然RNA糖，其具有的结构，其中核碱基连接到1′位并且3′和5′位连接到核苷酸间键联(如本领域技术人员所理解的，如果在寡核苷酸的5′-末端，则5′位可以连接到5′-末端基团(例如，-OH)，并且如果在寡核苷酸的3′-末端，则3′位可以连接到3′-末端基团(例如，-OH))。在一些实施例中，糖是经修饰的糖，因为它不是天然DNA糖或天然RNA糖。尤其是，经修饰的糖可以提供改善的稳定性。在一些实施例中，经修饰的糖可用于改变和/或优化一种或多种杂交特性。在一些实施例中，经修饰的糖可用于改变和/或优化靶核酸识别。在一些实施例中，经修饰的糖可以用于优化Tm。在一些实施例中，经修饰的糖可用于改善寡核苷酸活性。
本披露尤其展示了可以根据本披露使用各种非天然RNA糖，例如天然DNA糖、各种经修饰的糖等。例如，可以在不同位置耐受一种或多种天然DNA糖。在一些实施例中，一种或多种天然DNA糖的掺入提供增加的编辑水平，或增加的ADAR1(p110、p150或两者)、ADAR2或两者的编辑水平。在一些实施例中，ADAR1的编辑得到改进。在一些实施例中，N-3、N-1、N1、N4、N5、N7、N8、N10、N12、N13、N14、N15、N16、N17、N18、N20和N21中的一种或多种糖独立地是天然DNA糖(-(例如，N-1)：从N0开始计数至寡核苷酸的3′-末端；+或只是一个数字(例如，N1)：从N0开始计数至寡核苷酸的5′-末端；每个NNZ独立地为核苷，其中NZ为从例如约-100、-90、-80、-70、-60、-50、-40、-30、-20、-10、-9、-8、-7、-6、-5、-4等起的整数)。在一些实施例中，N-3、N-1、N0、N1、N4、N5、N7、N8、N10、N12、N13、N14、N15、N16、N17、N18、N20和N21中的一种或多种糖独立地是天然DNA糖。在一些实施例中，N-1、N5、N11、N12和N20中的一种或多种糖独立地是天然DNA糖。在一些实施例中，N-1的糖是天然DNA糖。在一些实施例中，N0的糖是天然DNA糖。在一些实施例中，N1的糖是天然DNA糖。在一些实施例中，N5的糖是天然DNA糖。在一些实施例中，N11的糖是天然DNA糖。在一些实施例中，N12的糖是天然DNA糖。在一些实施例中，经修饰的糖在一个或多个位置是耐受的。在一些实施例中，在一个或多个或大部分位置处使用2’-修饰的糖，例如2’-F和/或2’-OR修饰的糖，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族(例如甲基)。在一些实施例中，在5’-N1N0N-1-3’的一个或多个或大部分或所有位置处使用经修饰的糖。在一些实施例中，在5’-N1N0N-1-3’的一个或多个或大部分或所有位置处使用2’-OR修饰的糖，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族(例如甲基)。在一些实施例中，在5’-N1N0N-1-3’的一个或多个或大部分或所有位置处使用经修饰的糖，并且在5’-N1N0N-1-3’中使用一种或多种2’-F修饰的糖、天然DNA糖和/或天然RNA糖。在一些实施例中，在5’-N1N0N-1-3’的一个或多个或大部分或所有位置处使用经修饰的糖，并且5’-N1N0N-1-3’中的每个糖独立地是2’-F修饰的糖、天然DNA糖或天然RNA糖。在一些实施例中，在5’-N1N0N-1-3’的一个或多个或大部分或所有位置处使用经修饰的糖，并且5’-N1N0N-1-3’中的每个糖独立地是2’-F修饰的糖或天然DNA糖。在一些实施例中，在5’-N1N0N-1-3’的一个或多个或大部分或所有位置处使用经修饰的糖，并且5’-N1N0N-1-3’中的每个糖独立地是天然DNA糖。在一些实施例中，经修饰的糖，例如2’-OR修饰的糖(其中R是任选地经取代的C1-6烷基)提供增加的编辑水平，或增加的ADAR1(p110、p150或两者)、ADAR2或两者的编辑水平。在一些实施例中，ADAR2的编辑得到改进。在一些实施例中，经修饰的糖是双环糖(例如LNA糖、cEt糖等)。在一些实施例中，双环糖可以在使用2’-OR糖的一个或多个或所有位置处使用，其中R是任选地经取代的C1-6烷基。在一些实施例中，2′-OR是2′-OMe。在一些实施例中，2′-OR是2′-MOE。在一些实施例中，大部分是至少50％、60％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或99％(例如，55％-100％、60％-100％、70-100％、75％-100％、80％-100％、90％-100％、95％-100％、60％-95％、70％-95％、75％-95％、80％-95％、85％-95％、90％-95％、51％、60％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或99％等)。
在一些实施例中，所提供的寡核苷酸或第一结构域的前几个(例如，1-10、1、2、3、4或5个等)糖(除非另外说明，否则从5’-末端开始)中的一个或多个(例如，1-10、1、2、3、4或5个等)独立地是经修饰的糖。在一些实施例中，前几个糖中的每一个独立地是经修饰的糖。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸或第一结构域的前一个、两个或三个糖独立地是经修饰的糖。在一些实施例中，第一个糖是经修饰的糖。在一些实施例中，前两个糖独立地是经修饰的糖。在一些实施例中，前三个糖独立地是经饰的糖。在一些实施例中，经修饰的糖是双环糖。在一些实施例中，经修饰的糖是2’-修饰的糖。在一些实施例中，每个经修饰的糖独立地是2’-修饰的糖。在一些实施例中，经修饰的糖是2’-OMe修饰的糖。在一些实施例中，每个经修饰的糖是2’-OMe修饰的糖。在一些实施例中，经修饰的糖是2’-MOE修饰的糖。在一些实施例中，每个经修饰的糖是2’-MOE修饰的糖。在一些实施例中，每个经修饰的糖独立地是2’-OMe或2’-MOE修饰的糖。
在一些实施例中，所提供的寡核苷酸或第二结构域或第三子结构域的最后几个(例如，1-10、1、2、3、4或5个等)糖(除非另外说明，否则从5’-末端开始)中的一个或多个(例如，1-10、1、2、3、4或5个等)独立地是经修饰的糖。在一些实施例中，最后几个糖中的每一个独立地是经修饰的糖。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸或第二结构域或第三子结构域的最后一个、两个或三个糖独立地是经修饰的糖。在一些实施例中，最后一个糖是经修饰的糖。在一些实施例中，最后两个糖独立地是经修饰的糖。在一些实施例中，最后三个糖独立地是经修饰的糖。在一些实施例中，最后四个糖独立地是经修饰的糖。在一些实施例中，经修饰的糖是双环糖。在一些实施例中，经修饰的糖是2’-修饰的糖。在一些实施例中，每个经修饰的糖独立地是2’-修饰的糖。在一些实施例中，经修饰的糖是2’-OMe修饰的糖。在一些实施例中，每个经修饰的糖是2’-OMe修饰的糖。在一些实施例中，经修饰的糖是2’-MOE修饰的糖。在一些实施例中，每个经修饰的糖是2’-MOE修饰的糖。在一些实施例中，每个经修饰的糖独立地是2’-OMe或2’-MOE修饰的糖。
糖可以在多种位置键合到核苷酸间键联上。作为非限制性实例，核苷酸间键联可以键合到糖的2′、3′、4′或5′位。在一些实施例中，如天然核酸中最常见的，除非另外指明，否则核苷酸间键联在5′位与一个糖并且在3′位与另一个糖连接。
在一些实施例中，糖是任选地经取代的天然DNA或RNA糖。在一些实施例中，糖是任选地经取代的在一些实施例中，2′位置是任选地经取代的。在一些实施例中，糖是在一些实施例中，糖具有的结构，其中R1s、R2s、R3s、R4s和R5s各自独立地是-H、合适的取代基或合适的糖修饰(例如，US 9394333、US9744183、US 9605019、US 9982257、US 20170037399、US 20180216108、US 20180216107、US9598458、WO 2017/062862、WO 2018/067973、WO 2017/160741、WO 2017/192679、WO 2017/210647、WO 2018/098264、WO 2018/022473、WO 2018/223056、WO 2018/223073、WO 2018/223081、WO 2018/237194、WO 2019/032607、WO 2019/032612、WO 2019/055951、WO 2019/075357、WO 2019/200185、WO 2019/217784、WO 2019/032612、WO 2020/191252、WO 2021/071858和/或WO 2021/237223中描述的那些，其各自的取代基，糖修饰，R1s、R2s、R3s、R4s和R5s的描述，和经修饰的糖独立地通过引用并入本文)。在一些实施例中，R1s、R2s、R3s、R4s和R5s各自独立地是Rs，其中每个Rs独立地是-F、-Cl、-Br、-I、-CN、-N3、-NO、-NO2、-Ls-R′、-Ls-OR’、-Ls-SR′、-Ls-N(R′)2、-O-Ls-OR′、-O-Ls-SR′、或-O-Ls-N(R′)2，其中每个R′独立地如本文所述，并且每个Ls独立地是共价键或任选地经取代的二价C1-6脂肪族基或具有1至4个杂原子的杂脂肪族基；或两个Rs合在一起形成桥-Ls-。在一些实施例中，R′是任选地经取代的C1-10脂肪族基。在一些实施例中，糖具有的结构。在一些实施例中，糖具有的结构。在一些实施例中，糖具有的结构。在一些实施例中，糖具有的结构。在一些实施例中，糖具有的结构。在一些实施例中，糖具有的结构。在一些实施例中，糖具有的结构。在一些实施例中，糖具有的结构。在一些实施例中，糖具有的结构。在一些实施例中，R5s是任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，R5s是任选地经取代的C1-6烷基。在一些实施例中，R5s是任选地经取代的甲基。在一些实施例中，R5s是甲基。在一些实施例中，糖具有的结构。在一些实施例中，糖具有的结构。在一些实施例中，糖具有的结构。表1中使用了多种这样的糖。在一些实施例中，糖具有的结构。在一些实施例中，2′-修饰的糖具有的结构，其中R2s是2′-修饰。在一些实施例中，糖具有的结构，其中R2s是-H、卤素或-OR，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，R2s是-H。在一些实施例中，R2s是-F。在一些实施例中，R2s是-OMe。在一些实施例中，经修饰的核苷是mA、mT、mC、m5mC、mG、mU等，其中R2s是-OMe。在一些实施例中，R2s是-OCH2CH2OMe。在一些实施例中，经修饰的核苷是Aeo、Teo、Ceo、m5Ceo、Geo、Ueo等，其中R2s是-OCH2CH2OMe。在一些实施例中，R2s是-OCH2CH2OH。在一些实施例中，寡核苷酸包含具有以下结构的2’-F修饰的糖：(例如，如在fA、fT、fC、f5mC、fG、fU等中)。在一些实施例中，寡核苷酸包含具有以下结构的2’-OMe修饰的糖：(例如，如在mA、mT、mC、m5mC、mG、mU等中)。在一些实施例中，寡核苷酸包含具有以下结构的2’-MOE修饰的糖：(例如，如在Aeo、Teo、Ceo、m5Ceo、Geo、Ueo等中)。
在一些实施例中，糖具有的结构，其中R2s和R4s合在一起形成-Ls，其中Ls是共价键或任选地经取代的二价C1-6脂肪族或具有1-4个杂原子的杂脂肪族基。在一些实施例中，每个杂原子独立地选自氮、氧或硫)。在一些实施例中，Ls是任选地经取代的C2-O-CH2-C4。在一些实施例中，Ls是C2-O-CH2-C4。在一些实施例中，Ls是C2-O-(R)-CH(CH2CH3)-C4。在一些实施例中，Ls是C2-O-(S)-CH(CH2CH3)-C4。
在一些实施例中，糖具有的结构，其中每个变量独立地如本文所述。在一些实施例中，糖具有的结构，其中每个变量独立地如本文所述。在一些实施例中，R5s是-H。在一些实施例中，糖具有的结构，其中每个变量独立地如本文所述。在一些实施例中，R3s是-OH。在一些实施例中，R3s是-H。在一些实施例中，糖是在一些实施例中，糖是
在一些实施例中，糖是任选地经取代的其中Xs是-S-、-Se-或任选地经取代的-CH2-。在一些实施例中，2′位置是任选地经取代的。在一些实施例中，糖是在一些实施例中，糖具有的结构，其中R1s、R2s、R3s、R4s和R5s各自独立地是-H、合适的取代基或合适的糖修饰(例如，US 9394333、US9744183、US 9605019、US 9982257、US 20170037399、US 20180216108、US 20180216107、US9598458、WO 2017/062862、WO 2018/067973、WO 2017/160741、WO 2017/192679、WO 2017/210647、WO 2018/098264、WO 2018/022473、WO 2018/223056、WO 2018/223073、WO 2018/223081、WO 2018/237194、WO 2019/032607、WO 2019/032612、WO 2019/055951、WO 2019/075357、WO 2019/200185、WO 2019/217784、WO 2019/032612、WO 2020/191252、WO 2021/071858和/或WO 2021/237223中描述的那些，其各自的取代基，R1s、R2s、R3s、R4s和R5s的描述，和经修饰的糖独立地通过引用并入本文)。在一些实施例中，R1s、R2s、R3s、R4s和R5s各自独立地是Rs，其中每个Rs独立地是-F、-Cl、-Br、-I、-CN、-N3、-NO、-NO2、-Ls-R′、-Ls-OR′、-Ls-SR′、-Ls-N(R′)2、-O-Ls-OR′、-O-Ls-SR′、或-O-Ls-N(R′)2，其中每个R′独立地如本文所述，并且每个Ls独立地是共价键或任选地经取代的二价C1-6脂肪族基或具有1至4个杂原子的杂脂肪族基；或两个Rs合在一起形成桥-Ls-。在一些实施例中，R′是任选地经取代的C1-10脂肪族基。在一些实施例中，糖具有的结构。在一些实施例中，糖具有的结构。在一些实施例中，糖具有的结构。在一些实施例中，糖具有的结构。在一些实施例中，糖具有的结构。在一些实施例中，糖具有的结构。在一些实施例中，糖具有的结构。在一些实施例中，糖具有的结构。在一些实施例中，糖具有的结构。在一些实施例中，R5s是任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，R5s是任选地经取代的C1-6烷基。在一些实施例中，R5s是任选地经取代的甲基。在一些实施例中，R5s是甲基。在一些实施例中，糖具有的结构。在一些实施例中，糖具有的结构。在一些实施例中，糖具有的结构。表1中使用了多种这样的糖。在一些实施例中，糖具有的结构。在一些实施例中，2′-修饰的糖具有的结构，其中R2s是2′-修饰。在一些实施例中，糖具有的结构，其中R2s是-H、卤素或-OR，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，R2s是-H。在一些实施例中，R2s是-F。在一些实施例中，R2s是-OMe。在一些实施例中，R2s是-OCH2CH2OMe。在一些实施例中，R2s是-OCH2CH2OH。在一些实施例中，经修饰的糖具有的结构。在一些实施例中，经修饰的糖具有的结构。在一些实施例中，经修饰的糖具有的结构。在一些实施例中，经修饰的糖具有的结构。在一些实施例中，Xs是-S-。在一些实施例中，Xs是任选地经取代的-CH2-。在一些实施例中，Xs是-CH2-。在一些实施例中，经修饰的糖具有的结构。在一些实施例中，经修饰的糖具有的结构。
在一些实施例中，糖具有 的结构，其中每个R2s独立地为-H、-F、-OH或-ORak，其中Rak是任选地经取代的C1-6脂肪族基，并且其他变量各自独立地如本文所述。在一些实施例中，R1s、R3s、R4s和R5s各自独立地为-H。在一些实施例中，R1s、R3s和R4s各自，以及R5s之一独立地为-H，另一个R5s独立地为C1-6脂肪族基。在一些实施例中，R5s的出现是C1-6脂肪族基，例如甲基。在一些实施例中，R2s是-H。在一些实施例中，R2s是-F。在一些实施例中，R2s是--ORak。在一些实施例中，R2s是-OMe。在一些实施例中，R2s是-OCH2CH2CH3。在一些实施例中，R2s的至少一次出现是-H。在一些实施例中，R2s的至少一次出现不是-H。在一些实施例中，Xs是-O-。在一些实施例中，Xs是-S-。在一些实施例中，Xs是任选地经取代的-CH2-。在一些实施例中，Xs是-CH2-。
在一些实施例中，糖具有的结构，其中R2s和R4s合在一起形成-Ls，其中Ls是共价键或任选地经取代的二价C1-6脂肪族或具有1-4个杂原子的杂脂肪族基。在一些实施例中，每个杂原子独立地选自氮、氧或硫)。在一些实施例中，Ls是任选地经取代的C2-O-CH2-C4。在一些实施例中，Ls是C2-O-CH2-C4。在一些实施例中，Ls是C2-O-(R)-CH(CH2CH3)-C4。在一些实施例中，Ls是C2-O-(S)-CH(CH2CH3)-C4。在一些实施例中，Xs是-S-。在一些实施例中，Xs是任选地经取代的-CH2-。在一些实施例中，Xs是-CH2-。在一些实施例中，Xs是-Se-。
在一些实施例中，糖具有的结构，其中每个变量独立地如本文所述。在一些实施例中，糖具有的结构，其中每个变量独立地如本文所述。在一些实施例中，R5s是-H。在一些实施例中，糖具有的结构，其中每个变量独立地如本文所述。在一些实施例中，R3s是-OH。在一些实施例中，R3s是-H。在一些实施例中，Xs是-S-。在一些实施例中，Xs是任选地经取代的-CH2-。在一些实施例中，Xs是-CH2-。
在一些实施例中，包含经修饰的糖的核苷具有或其盐形式的结构，其中BAs是-H或任选地经取代的或被保护的核碱基(例如，BA)，并且R2s如本文所述。在一些实施例中，R2s是-OH、卤素或任选地经取代的C1-C6烷氧基。在一些实施例中，BAs是-H。在一些实施例中，BAs是任选地经取代的或被保护的核碱基。在一些实施例中，BAs是BA。在一些实施例中，R2s是-F。在一些实施例中，包含经修饰的糖的核苷具有或其盐形式的结构，其中每个变量独立地如本文所述。在一些实施例中，R2s是-H、-OH、卤素或任选地经取代的C1-C6烷氧基。在一些实施例中，R2s是-H。在一些实施例中，R2s是-F。在一些实施例中，包含经修饰的糖的核苷具有的结构，其中每个变量如本文所述。在一些实施例中，包含经修饰的糖的核苷具有或其盐形式的结构，其中每个变量独立地如本文所述。在一些实施例中，R2s是-H、-OH、卤素或任选地经取代的C1-C6烷氧基。在一些实施例中，R2s是-H。在一些实施例中，R2s是-F。在一些实施例中，包含经修饰的糖的核苷具有或其盐形式的结构，其中R2s′是Rs，并且Rs、R2s和BAs各自独立地如本文所述。在一些实施例中，R2s和R2s′各自独立地是-H、-OH、卤素或任选地经取代的C1-C6烷氧基。在一些实施例中，R2s是-H。在一些实施例中，R2s是-OH。在一些实施例中，R2s是卤素。在一些实施例中，R2s是-F。在一些实施例中，R2s是任选地经取代的C1-C6烷氧基。在一些实施例中，R2s′是-H。在一些实施例中，R2s′是-OH。在一些实施例中，R2s′是卤素。在一些实施例中，R2s′是-F。在一些实施例中，R2s′是任选地经取代的C1-C6烷氧基。在一些实施例中，BAs是-H。在一些实施例中，BAs是任选地经取代的或被保护的核碱基。在一些实施例中，BAs是BA。在一些实施例中，核碱基诸如BA任选地经取代的或被保护以用于寡核苷酸合成。某些这样的包括糖和核碱基的核苷及其用途在WO 2020/154342中描述。在一些实施例中，寡核苷酸包含阿拉伯糖苷、2’-脱氧-2’-氟-阿拉伯糖苷、2’-OR阿拉伯糖苷、脱氧胞苷、DNA-无碱基、RNA-无碱基或2’-OR无碱基，其中R不是氢(例如，任选地经取代的C1-6脂肪族基)。在一些实施例中，2′-OR是2′-OMe。在一些实施例中，2′-OR是2′-MOE。在一些实施例中，寡核苷酸包含2’-O-甲基-阿拉伯胞苷(amC)。在一些实施例中，寡核苷酸包含这样的核苷。在一些实施例中，单体包含这样的核苷。在一些实施例中，亚磷酰胺包含这样的核苷(在一些实施例中，一个连接位点(例如，-CH2-连接位点)键合到任选地经取代的-OH，例如，(-ODMTr)，并且一个连接位点(例如，环连接位点)键合到也键合到亚磷酰胺的P的O)。在一些实施例中，5′紧邻核苷(例如，N1)、相反核苷(N0)和3′紧邻核苷(例如，N-1)中的一个或多个或每一个独立地是这样的核苷。在一些实施例中，5’-N1N0N-1-3’是amCCA。在一些实施例中，糖具有的结构，其中每个变量如本文所述并且C1’键合到核碱基。在一些实施例中，糖是阿拉伯糖。在一些实施例中，糖具有的结构，其中C1’键合到核碱基。在一些实施例中，糖具有的结构，其中C1’键合到核碱基。
在一些实施例中，糖是任选地经取代的其中核碱基键合在位置1’。在一些实施例中，糖是其中核碱基键合在位置1’。
在一些实施例中，糖是任选地经取代的其中位置a键合到核碱基，Xs是-O-、-S-、-Se-或任选地经取代的-CH2-。在一些实施例中，糖是在一些实施例中，糖是任选地经取代的其中位置a键合到核碱基，Xs是-O-、-S-、-Se-或任选地经取代的-CH2-。在一些实施例中，糖是在一些实施例中，Xs是-O-。在一些实施例中，Xs是-S-。在一些实施例中，Xs是-Se-。在一些实施例中，Xs是任选地经取代的-CH2-。在一些实施例中，Xs是-CH2-。在一些实施例中，n是0。在一些实施例中，n是1。在一些实施例中，n是2。在一些实施例中，n是3。
在一些实施例中，经修饰的糖包含具有0-1个氧原子的任选地经取代的6元环。在一些实施例中，经修饰的糖包含具有氧原子的任选地经取代的6元环。例如，在一些实施例中，经修饰的糖具有任选地经取代的的结构，其中位置a键合到核碱基。在一些实施例中，经修饰的糖具有的结构，其中位置a键合到核碱基。在一些实施例中，经修饰的糖具有任选地经取代的的结构，其中位置a键合到核碱基。在一些实施例中，经修饰的糖具有的结构，其中位置a键合到核碱基。在一些实施例中，经修饰的糖具有的结构，其中位置a键合到核碱基。在一些实施例中，经修饰的糖具有任选地经取代的的结构，其中位置a键合到核碱基。在一些实施例中，经修饰的糖具有的结构，其中位置a键合到核碱基。在一些实施例中，经修饰的糖具有任选地经取代的的结构，其中位置a键合到核碱基。在一些实施例中，经修饰的糖具有的结构，其中位置a键合到核碱基。在一些实施例中，经修饰的糖具有任选地经取代的的结构，其中位置a键合到核碱基。在一些实施例中，经修饰的糖具有的结构，其中位置a键合到核碱基。
在一些实施例中，包含经修饰的糖的核苷具有或其盐形式的结构，其中R6s和R7s各自独立地是Rs，BAs是-H或任选地经取代的或被保护的核碱基(例如，BA)，并且Rs独立地如本文所述。在一些实施例中，R6s是-H、-OH或卤素，并且R7s是-H、-OH、卤素或任选地经取代的C1-C6烷氧基。在一些实施例中，BAs是-H。在一些实施例中，BAs是任选地经取代的或被保护的核碱基。在一些实施例中，BAs是BA。在一些实施例中，包含经修饰的糖的核苷具有或其盐形式的结构，其中R8s和R9s各自独立地是Rs，并且Rs和BAs各自独立地如本文所述。在一些实施例中，R8s是-H或卤素，并且R9s是-H、-OH、卤素或任选地经取代的C1-C6烷氧基。在一些实施例中，包含经修饰的糖的核苷具有或其盐形式的结构，其中R10s和R11s各自独立地是Rs，并且Rs和BAs各自独立地如本文所述。在一些实施例中，R10s是-H或卤素，并且R11s是-H、-OH、卤素或任选地经取代的C1-C6烷氧基。在一些实施例中，包含经修饰的糖的核苷具有或其盐形式的结构，其中BAs如本文所述。在一些实施例中，包含经修饰的糖的核苷具有或其盐形式的结构，其中BAs如本文所述。本领域技术人员理解，在一些实施例中，氮可以直接键合到键联磷。在一些实施例中，卤素是-F。在一些实施例中，BAs是-H。在一些实施例中，BAs是任选地经取代的或被保护的核碱基。在一些实施例中，BAs是BA。在一些实施例中，核碱基诸如BA任选地经取代的或被保护以用于寡核苷酸合成。在一些实施例中，寡核苷酸包含α-同源-DNA、β-同源-DNA部分。某些这样的包括糖和核碱基的核苷及其用途在WO 2020/154343中描述。在一些实施例中，寡核苷酸包含这样的核苷。在一些实施例中，单体包含这样的核苷。在一些实施例中，亚磷酰胺包含这样的核苷(在一些实施例中，一个连接位点(例如，-CH2-连接位点)键合到任选地经取代的-OH，例如-ODMTr，并且一个连接位点(例如，环连接位点)键合到亚磷酰胺的P(例如，当连接环原子是N时)或键合到也键合到亚磷酰胺的P的O(例如，当连接环原子是C时))。在一些实施例中，5′紧邻核苷(例如，N1)、相反核苷(N0)和3′紧邻核苷(例如，N-1)中的一个或多个或每一个独立地是这样的核苷。
在一些实施例中，经修饰的糖具有的结构，其中位置a键合到核碱基。在一些实施例中，经修饰的糖具有的结构，其中位置a键合到核碱基。在一些实施例中，经修饰的糖具有的结构，其中位置a键合到核碱基，位置b键合到核苷间键联，并且R”是-H或任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，经修饰的糖具有的结构，其中位置a键合到核碱基，位置b键合到核苷间键联，并且R”是-H或C1-6脂肪族基。在一些实施例中，经修饰的糖具有的结构，其中位置a键合到核碱基，位置b键合到核苷间键联，并且R”是-H或C1-6脂肪族基。在一些实施例中，R”是甲基。
在一些实施例中，包含经修饰的糖的核苷具有或其盐形式的结构，其中各变量如本文所述。在一些实施例中，包含经修饰的糖的核苷具有或其盐形式的结构，其中各变量如本文所述。在一些实施例中，包含经修饰的糖的核苷具有或其盐形式的结构，其中各变量如本文所述。在一些实施例中，包含经修饰的糖的核苷具有或其盐形式的结构，其中R12s是Rs，并且Rs和BAs各自独立地如本文所述。在一些实施例中，R12s是-H、-OH、卤素、任选地经取代的C1-6烷基、任选地经取代的C1-6杂烷基或任选地经取代的C1-6烷氧基。在一些实施例中，卤素是-F。在一些实施例中，包含经修饰的糖的核苷具有或其盐形式的结构，其中各变量如本文所述。在一些实施例中，包含经修饰的糖的核苷酸具有或其盐形式的结构，其中R13s是Rs，并且Rs和BAs各自独立地如本文所述。在一些实施例中，R13s是-H或任选地经取代的C1-C6烷基。在一些实施例中，包含经修饰的糖的核苷具有或其盐形式的结构，其中各变量如本文所述。在一些实施例中，包含经修饰的糖的核苷酸具有或其盐形式的结构，其中每个变量如本文所述。在一些实施例中，键联是酰胺键联。在一些实施例中，BAs是-H。在一些实施例中，BAs是任选地经取代的或被保护的核碱基。在一些实施例中，BAs是BA。在一些实施例中，核碱基诸如BA任选地经取代的或被保护以用于寡核苷酸合成。某些这样的包括糖和核碱基的核苷和核苷酸及其用途在WO 2020/154344中描述。在一些实施例中，寡核苷酸包含这样的核苷。在一些实施例中，寡核苷酸包含这样的核苷(在一些实施例中，一个连接位点(例如，-CH2-连接位点)键合到任选地经取代的-OH，例如，(-ODMTr)，并且一个连接位点(例如，环连接位点)键合到也键合到亚磷酰胺的P的O)。在一些实施例中，5′紧邻核苷(例如，N1)、相反核苷(N0)和3′紧邻核苷(例如，N-1)中的一个或多个或每一个独立地是这样的核苷。
在一些实施例中，糖是无环糖，例如UNA糖。在一些实施例中，糖是任选地经取代的在一些实施例中，2′位置是任选地经取代的。在一些实施例中，糖是在一些实施例中，糖具有的结构。在一些实施例中，R2s是-OH。在一些实施例中，糖是其中“*”表示与核碱基键合的碳原子。在一些实施例中，糖是其中“*”表示与核碱基键合的碳原子。在一些实施例中，与核碱基的氮原子键合的碳原子具有R构型(例如，sm18)。在一些实施例中，寡核苷酸包含本文所述的糖。
在一些实施例中，糖是任选地经取代的其中位置a键合到核碱基，Xs是-O-、-S-、-Se-或任选地经取代的-CH2-。在一些实施例中，糖是在一些实施例中，Xs是-O-。在一些实施例中，Xs是-S-。在一些实施例中，Xs是-Se-。在一些实施例中，Xs是任选地经取代的-CH2-。在一些实施例中，Xs是-CH2-。在一些实施例中，n是0。在一些实施例中，n是1。在一些实施例中，n是2。在一些实施例中，n是3。
在一些实施例中，糖是[fana]，例如在N0或N-1。在一些实施例中，糖是[thpyr]，例如在N0或N-1。
在一些实施例中，糖不通过5′和3′位置连接。本领域技术人员理解，对于这样的糖，5’可以指朝向寡核苷酸的5’-末端的侧面/方向，并且3’可以指朝向寡核苷酸的3’-末端的侧面/方向。
在一些实施例中，R1s、R2s、R3s、R4s和R5s各自独立地是Rs，其中Rs独立地是-H、卤素、-CN、-N3、-NO、-NO2、-Ls-R′、-Ls-Si(R′)3、-Ls-OR′、-Ls-SR′、-Ls-N(R′)2、-O-Ls-R′、-O-Lｓ-Si(R)3、-O-Ls-OR′、-O-Ls-SR′或-O-Ls-N(R′)2；其中Ls是如本文所述的LB，并且每个其他变量独立地如本文所述。在一些实施例中，R1s和R2s各自独立地是Rs。在一些实施例中，Rs是-H。在一些实施例中，Rs不是-H。在一些实施例中，Ls是共价键。在一些实施例中，R2s和R4s各自独立地是-H、-F、-OR、-N(R)2。在一些实施例中，R2s是-H、-F、-OR、-N(R)2。在一些实施例中，R4s是-H。在一些实施例中，R2s和R4s形成2′-O-Ls-，其中Ls是任选地经取代的C1-6亚烷基。在一些实施例中，Ls是任选地经取代的-CH2-。在一些实施例中，Ls是任选地经取代的-CH2-。
在一些实施例中，R是氢。在一些实施例中，R不是氢。在一些实施例中，R是选自以下的任选地经取代的基团：C1-10脂肪族基、具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷及硅的杂原子的C1-10杂脂肪族基、C6-20芳基、具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷及硅的杂原子的5-20元杂芳基环以及具有1-10个独立地选自氧、氮、硫、磷及硅的杂原子的3-20元杂环。
在一些实施例中，R是任选地经取代的C1-30脂肪族基。在一些实施例中，R是任选地经取代的C1-20脂肪族基。在一些实施例中，R是任选地经取代的C1-15脂肪族基。在一些实施例中，R是任选地经取代的C1-10脂肪族基。在一些实施例中，R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，R是任选地经取代的C1-6烷基。在一些实施例中，R是任选地经取代的己基、戊基、丁基、丙基、乙基或甲基。在一些实施例中，R是任选地经取代的己基。在一些实施例中，R是任选地经取代的戊基。在一些实施例中，R是任选地经取代的丁基。在一些实施例中，R是任选地经取代的丙基。在一些实施例中，R是任选地经取代的乙基。在一些实施例中，R是任选地经取代的甲基。在一些实施例中，R是已基。在一些实施例中，R是戊基。在一些实施例中，R是丁基。在一些实施例中，R是丙基。在一些实施例中，R是乙基。在一些实施例中，R是甲基。在一些实施例中，R是异丙基。在一些实施例中，R是正丙基。在一些实施例中，R是叔丁基。在一些实施例中，R是仲丁基。在一些实施例中，R是正丁基。在一些实施例中，R是-(CH2)2OCH3。
在一些实施例中，R是任选地经取代的苯基。在一些实施例中，R是苯基。
在一些实施例中，R2s是如本披露中所述的2′-修饰，并且R4s是-H。在一些实施例中，R2s是-OR，其中R不是氢。在一些实施例中，R2s是-F。在一些实施例中，Ｒ２s是-OMe。在一些实施例中，R2s是-OCH2CH2CH3，例如在表1中使用的各种Xeo中(X是m5C、T、G、A等)。在一些实施例中，R2s选自-H、-F和-OR，其中R是任选地经取代的C1-6烷基。在一些实施例中，R2s选自-H、-F和-OMe。
在一些实施例中，糖是双环糖，例如其中R2s和R4s形成如本披露中所述的任选地经取代的环的糖。在一些实施例中，糖选自LNA糖、BNA糖、cEt糖等。在一些实施例中，桥在2′-碳原子与4′-碳原子之间(对应于R2s和R4s与居于它们之间的原子合在一起形成如本文所述的任选地经取代的环)。在一些实施例中，桥是2′-La-Lb-4′，其中La是La是-O-、-S-或N(R)，并且Lb是任选地经取代的C1-4二价脂肪族链，例如亚甲基。
在一些实施例中，糖是2′-OMe、2′-MOE、2′-F、LNA(锁核酸)糖、ENA(乙烯桥核酸)糖、BNA(NMe)(甲基氨基桥核酸)糖、2′-F ANA(2′-F阿拉伯糖)、α-DNA(α-D-核糖)、2’/5’ODN(例如，2′/5′连接的寡核苷酸)、Inv(转化糖、例如转化脱氧核糖)、AmR(氨基-核糖)、ThioR(硫代-核糖)、HNA(已糖核酸)、CeNA(环已烯核酸)或MOR(吗啉代)糖。
本领域技术人员在阅读本披露后将理解，多种类型的糖修饰是已知的并且可以根据本披露使用。在一些实施例中，糖修饰是2′-修饰(例如，R2S)。在一些实施例中，2′-修饰是2′-F。在一些实施例中，2′-修饰是2′-OR，其中R不是氢。在一些实施例中，2′-修饰是2′-OR，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，2′-修饰是2′OR，其中R是任选地经取代的C1-6烷基。在一些实施例中，2′-修饰是2′-OMe。在一些实施例中，2′-修饰是2′-MOE。在一些实施例中，2′-修饰是-O-Lb-或-Lb-Lb-，其将糖部分的2′-碳连接到糖部分的另一个碳。在一些实施例中，2′-修饰是2′-O-Lb-4′或2′Lb-Lb-4′，其将糖部分的2′-碳连接到糖部分的4′-碳。在一些实施例中，2′-修饰是S-cEt。在一些实施例中，经修饰的糖是LNA糖。在一些实施例中，-Lb-是-C(R)2-。在一些实施例中，2′-修饰是(C2-O-C(R)2-C4)，其中每个R独立地如本披露中所述。在一些实施例中，2′-修饰是LNA糖修饰(C2-O-CH2-C4)。在一些实施例中，2′-修饰是(C2-O-CHR-C4)，其中R如本披露中所述。在一些实施例中，2′-修饰是(C2-O-(R)-CHR-C4)，其中R如本披露中所述并且不是氢。在一些实施例中，2′-修饰是(C2-O-(S)-CHR-C4)，其中R如本披露中所述并且不是氢。在一些实施例中，R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，R是任选地经取代的C1-6烷基。在一些实施例中，R是未经取代的C1-6烷基。在一些实施例中，R是甲基。在一些实施例中，R是乙基。在一些实施例中，2′-修饰是(C2-O-CHR-C4)，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，2′-修饰是(C2-O-CHR-C4)，其中R是任选地经取代的C1-6烷基。在一些实施例中，2′-修饰是(C2-O-CHR-C4)，其中R是甲基。在一些实施例中，2′-修饰是(C2-O-CHR-C4)，其中R是乙基。在一些实施例中，2′-修饰是(C2-O-(R)-CHR-C4)，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，2′-修饰是(C2-O-(R)-CHR-C4)，其中R是任选地经取代的C1-6烷基。在一些实施例中，2′-修饰是(C2-O-(R)-CHR-C4)，其中R是甲基。在一些实施例中，2′-修饰是(C2-O-(R)-CHR-C4)，其中R是乙基。在一些实施例中，2′-修饰是(C2-O-(S)-CHR-C4)，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，2′-修饰是(C2-O-(S)-CHR-C4)，其中R是任选地经取代的C1-6烷基。在一些实施例中，2′-修饰是(C2-O-(S)-CHR-C4)，其中R是甲基。在一些实施例中，2′-修饰是(C2-O-(S)-CHR-C4)，其中R是乙基。在一些实施例中，2′-修饰是C2-O-(R)-CH(CH2CH3)-C4。在一些实施例中，2′-修饰是C2-O-(S)-CH(CH2CH3)-C4。在一些实施例中，糖是天然DNA糖。在一些实施例中，糖是天然RNA糖。在一些实施例中，糖是任选地经取代的天然DNA糖。在一些实施例中，糖是任选地在2′取代的天然DNA糖。在一些实施例中，糖是在2′取代的天然DNA糖(2′-修饰)。在一些实施例中，糖是在2′修饰的天然DNA糖(2′-修饰)。
在一些实施例中，糖是任选地经取代的核糖或脱氧核糖。在一些实施例中，糖是任选地经修饰的核糖或脱氧核糖，其中该核糖或脱氧核糖部分的一个或多个羟基任选且独立地被卤素、R’、-N(R’)2、-OR’或-SR’代替，其中每个R′如本文所述。在一些实施例中，糖是任选地经取代的脱氧核糖，其中脱氧核糖的2′位是任选地经取代的。在一些实施例中，糖是任选地经取代的脱氧核糖，其中脱氧核糖的2′位任选地被卤素、R’、-N(R’)2、-OR’或-SR’取代，其中每个R′独立地在本披露中描述。在一些实施例中，糖是任选地经取代的脱氧核糖，其中脱氧核糖的2′位是任选地被卤素取代的。在一些实施例中，糖是任选地经取代的脱氧核糖，其中脱氧核糖的2′位任选地被一个或多个-F取代。在一些实施例中，糖是任选地经取代的脱氧核糖，其中脱氧核糖的2′位任选地被-OR’取代，其中每个R′独立地在本披露中描述。在一些实施例中，糖是任选地经取代的脱氧核糖，其中脱氧核糖的2′位任选地被-OR’取代，其中每个R′独立地是任选地经取代的C1-C6脂肪族基。在一些实施例中，糖是任选地经取代的脱氧核糖，其中脱氧核糖的2′位任选地被-OR′取代，其中每个R′独立地是任选地经取代的C1-C6烷基。在一些实施例中，糖是任选地经取代的脱氧核糖，其中脱氧核糖的2′位任选地被-OMe取代。在一些实施例中，糖是任选地经取代的脱氧核糖，其中脱氧核糖的2′位任选地被-O-甲氧基乙基取代。
在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含一个或多个经修饰的糖。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含一个或多个经修饰的糖和一个或多个天然糖。
双环糖的实例包括α-L-亚甲基氧基(4′-CH2-O-2′)LNA、β-D-亚甲基氧基(4′-CH2-O-2′)LNA、亚乙基氧基(4′-(CH2)2-O-2′)LNA、氨基氧基(4′-CH2-O-N(R)-2′)LNA和氧基氨基(4′-CH2-N(R)-O-2′)LNA的糖。在一些实施例中，双环糖，例如LNA或BNA糖，是在两个糖碳之间具有至少一个桥的糖。在一些实施例中，核苷中的双环糖可以具有α-L-呋喃核糖或β-D-呋喃核糖的立体化学构型。
在一些实施例中，双环糖可以通过异构体构型进一步定义。例如，包含4′-(CH2)-O-2′桥的糖可以呈α-L构型或β-D构型。在一些实施例中，4′至2′桥是-L-4′-(CH2)-O-2′、b-D-4′-CH2-O-2′、4′-(CH2)2-O-2′、4′-CH2-O-N(R′)-2′、4′-CH2-N(R′)-O-2′、4′-CH(R′)-O-2′、4′-CH(CH3)-O-2′、4′-CH2-S-2′、4′-CH2-N(R′)-2′、4′-CH2-CH(R′)-2′、4′-CH2-CH(CH3)-2′和4′-(CH2)3-2′，其中每个R′如本披露中所述。在一些实施例中，R′是-H、保护基或任选地经取代的C1-C12烷基。在一些实施例中，R′是-H或任选地经取代的C1-C12烷基。
在一些实施例中，双环糖是α-L-亚甲基氧基(4′-CH2-O-2′)BNA、β-D-亚甲基氧基(4′-CH2-O-2′)BNA、亚乙基氧基(4′-(CH2)2-O-2′)BNA、氨基氧基(4′-CH2-O-N(R)-2′)BNA、氧氨基(4′-CH2-N(R)-O-2′)BNA、甲基(亚甲基氧基)(4′-CH(CH3)-O-2′)BNA(也称为受限制的乙基或cEt)、亚甲基-硫基(4′-CH2-S-2′)BNA、亚甲基-氨基(4′-CH2-N(R)-2′)BNA、甲基碳环(4′-CH2-CH(CH3)-2′)BNA、亚丙基碳环(4′-(CH2)3-2′)BNA或乙烯基BNA的糖。
在一些实施例中，糖修饰是US 9006198中描述的修饰。在一些实施例中，经修饰的糖在US 9006198中描述。在一些实施例中，糖修饰是在US 9394333、US 9744183、US9605019、US 9982257、US 20170037399、US 20180216108、US 20180216107、US 9598458、WO2017/062862、WO 2018/067973、WO 2017/160741、WO 2017/192679、WO 2017/210647、WO2018/098264、WO 2018/022473、WO 2018/223056、WO 2018/223073、WO 2018/223081、WO2018/237194、WO 2019/032607、WO 2019/032612、WO 2019/055951、WO 2019/075357、WO2019/200185、WO 2019/217784、WO 2019/032612、WO 2020/191252、WO 2021/071858和/或WO 2021/237223中描述的修饰，其各自的糖修饰和经修饰的糖独立地通过引用并入本文。
在一些实施例中，经修饰的糖是在以下文献中描述的糖：US 5658873、US5118800、US 5393878、US 5514785、US 5627053、US 7034133；7084125、US 7399845、US5319080、US 5591722、US 5597909、US 5466786、US 6268490、US 6525191、US 5519134、US5576427、US 6794499、US 6998484、US 7053207、US 4981957、US 5359044、US 6770748、US7427672、US 5446137、US 6670461、US 7569686、US 7741457、US 8022193、US 8030467、US8278425、US 5610300、US 5646265、US 8278426、US 5567811、US 5700920、US 8278283、US5639873、US 5670633、US 8314227、US 2008/0039618、US 2009/0012281、WO 2021/030778、WO 2020/154344、WO 2020/154343、WO 2020/154342、WO 2020/165077、WO 2020/201406、WO2020/216637、WO 2020/252376、WO 2021/130313、WO 2021/231691、WO 2021/231692、WO2021/231673、WO 2021/231675、WO 2021/231679、WO 2021/231680、WO 2021/231698、WO2021/231685、WO 2021/231830、WO 2021/243023、WO 2022/018207、WO 2022/026928、或WO2022/090256。
在一些实施例中，糖修饰是2′-OMe、2′-MOE、2′-LNA、2′-F、5′-乙烯基或S-cEt。在一些实施例中，经修饰的糖是FRNA糖、FANA糖或吗啉代糖。在一些实施例中，寡核苷酸包含核酸类似物，例如GNA、LNA、PNA、TNA、F-HNA(F-THP或3′-氟四氢吡喃)、MNA(甘露醇核酸，例如Leumann 2002 Bioorg.Med.Chem.[生物有机化学与医药化学杂志]10：841-854)、ANA(安尼妥(anitol)核酸)或吗啉代或其一部分。在一些实施例中，糖如柔性核酸或丝氨醇核酸中的糖。在一些实施例中，糖修饰用另一个环状或无环状部分替换天然糖。这样的部分的实例在本领域中是众所周知的，例如用于吗啉代、二醇核酸等中的那些，并且可以根据本披露使用。如本领域技术人员所理解的，当与经修饰的糖一起使用时，在一些实施例中，核苷酸间键联可以被修饰，例如，如在吗啉代、PNA等中。在一些实施例中，糖是(R)-GNA糖。在一些实施例中，糖是(S)-GNA糖。在一些实施例中，具有GNA糖的核苷作为N-1、N0和/或N1使用。在一些实施例中，N0是具有GNA糖的核苷。在一些实施例中，糖是双环糖。在一些实施例中，糖是LNA糖。在一些实施例中，糖是无环糖。在一些实施例中，糖是UNA糖。在一些实施例中，具有UNA糖的核苷作为N-1、N0和/或N1使用。在一些实施例中，N0是具有UNA糖的核苷。在一些实施例中，核苷是无碱基的。在一些实施例中，无碱基糖作为N-1、N0和/或N1使用。在一些实施例中，N0是具有无碱基糖的核苷。
在一些实施例中，糖是在6-位具有(R)或(S)手性的6′-修饰的双环糖，例如在US7399845中描述的那些。在一些实施例中，糖是在5-位具有(R)或(S)手性的5′-修饰的双环糖，例如在US20070287831中描述的那些。
在一些实施例中，修饰的糖在2′位包含一个或多个取代基(通常是一个取代基，并且通常在轴向位置)，其独立地选自-F；-CF3、-CN、-N3、-NO、-NO2、-OR′、-SR′、或-N(R′)2，其中每个R′独立地描述于本披露中；-O-(C1-C10烷基)、-S-(C1-C10烷基)、-NH-(C1-C10烷基)、或-N(C1-C10烷基)2；-O-(C2-C10烯基)、-S-(C2-C10烯基)、-NH-(C2-C10烯基)、或-N(C2-C10烯基)2；-O-(C2-C10炔基)、-5-(C2-C10炔基)、-NH-(C2-C10炔基)、或-N(C2-C10炔基)2；或-O-(C1-C10亚烷基)-O-(C1-C10烷基)、-O-(C1-C10亚烷基)-NH-(C1-C10烷基)或-O-(C1-C10亚烷基)-NH(C1-C10烷基)2、-NH-(C1-C10亚烷基)-O-(C1-C10烷基)、或-N(C1-C10烷基)-(C1-C10亚烷基)-O-(C1-C10烷基)，其中烷基、亚烷基、烯基和炔基各自独立且任选地经取代。在一些实施例中，取代基是-O(CH2)nOCH3、-O(CH2)nNH2、MOE、DMAOE或DMAEOE，其中n是1至约10。在一些实施例中，经修饰的糖是描述于以下中的糖：WO 2001/088198；和Martin等人，Helv.Chim.Acta[瑞士化学学报]，1995，78，486-504。在一些实施例中，经修饰的糖包含一个或多个选自以下的基团：经取代的甲硅烷基、切割RNA的基团、报告基团、荧光标记、嵌入剂、用于改善核酸的药代动力学特性的基团、用于改善核酸的药效学特性的基团、或其他具有类似特性的取代基。在一些实施例中，在2′、3′、4′或5′位中的一个或多个上进行修饰，包括在3′-末端核苷上的糖的3′位或在5′-末端核苷的5′位。
在一些实施例中，核糖的2′-OH被选自以下的基团替换：-H、-F；-CF3、-CN、-N3、-NO、-NO2、-OR′、-SR′、或-N(R′)2，其中每个R′独立地描述于本披露中；-O-(C1-C10烷基)、-S-(C1-C10烷基)、-NH-(C1-C10烷基)、或-N(C1-C10烷基)2；-O-(C2-C10烯基)、-S-(C2-C10烯基)、-NH-(C2-C10烯基)、或-N(C2-C10烯基)2；-O-(C2-C10炔基)、-S-(C2-C10炔基)、-NH-(C2-C10炔基)、或-N(C2-C10炔基)2；或-O-(C1-C10亚烷基)-O-(C1-C10烷基)、-O-(C1-C10亚烷基)-NH-(C1-C10烷基)或-O-(C1-C10亚烷基)-NH(C1-C10烷基)2、-NH-(C1-C10亚烷基)-O-(C1-C10烷基)、或-N(C1-C10烷基)-(C1-C10亚烷基)-O-(C1-C10烷基)，其中烷基、亚烷基、烯基和炔基各自独立且任选地经取代。在一些实施例中，2′-OH被-H(脱氧核糖)替换。在一些实施例中，2′-OH被-F替换。在一些实施例中，2′-OH被-OR′替换。在一些实施例中，2′-OH被-OMe替换。在一些实施例中，2′-OH被-OCH2CH2OMe替换。
在一些实施例中，糖修饰是2′-修饰。通常使用的2′-修饰包括但不限于2’-OR，其中R不是氢并且如本披露中所述。在一些实施例中，修饰是2′-OR，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，修饰是2′-OR，其中R是任选地经取代的C1-6烷基。在一些实施例中，修饰是2′-OMe。在一些实施例中，修饰是2′-MOE。在一些实施例中，2′-修饰是S-cEt。在一些实施例中，经修饰的糖是LNA糖。在一些实施例中，2′-修饰是-F。在一些实施例中，2′-修饰是FANA。在一些实施例中，2′-修饰是FRNA。在一些实施例中，糖修饰是5′-修饰，例如5′-Me。在一些实施例中，糖修饰改变糖环的大小。在一些实施例中，糖修饰是FHNA中的糖部分。
在一些实施例中，糖修饰用另一个环状或无环状部分替换糖部分。这样的部分的实例是本领域广泛已知的，包括但不限于吗啉代(任选地具有其二氨基磷酸酯键联)、二醇核酸等中所使用的那些部分。
在一些实施例中，寡核苷酸的一个或多个糖被修饰。在一些实施例中，经修饰的糖包含2′-修饰。在一些实施例中，每个经修饰的糖独立地包含2′-修饰。在一些实施例中，2′-修饰是2′-OR。在一些实施例中，2′-修饰是2′-OMe。在一些实施例中，2′-修饰是2′-MOE。在一些实施例中，2′-修饰是LNA糖修饰。在一些实施例中，2′-修饰是2′-F。在一些实施例中，每个糖修饰独立地是2′-修饰。在一些实施例中，每个糖修饰独立地是2′-OR或2′-F。在一些实施例中，每个糖修饰独立地是2′-OR或2′-F，其中R是任选地经取代的C1-6烷基。在一些实施例中，每个糖修饰独立地是2′-OR或2′-F，其中至少一个是2′-F。在一些实施例中，每个糖修饰独立地是2′-OR或2′-F，其中R是任选地经取代的C1-6烷基，并且其中至少一个是2′-OR。在一些实施例中，每个糖修饰独立地是2′-OR或2′-F，其中至少一个是2′-F，并且至少一个是2′-OR。在一些实施例中，每个糖修饰独立地是2′-OR或2′-F，其中R是任选地经取代的C1-6烷基，并且其中至少一个是2′-F，并且至少一个是2′-OR。在一些实施例中，每个糖修饰独立地是2′-OR。在一些实施例中，每个糖修饰独立地是2′-OR，其中R是任选地经取代的C1-6烷基。在一些实施例中，每个糖修饰是2′-OMe。在一些实施例中，每个糖修饰是2′-MOE。在一些实施例中，每个糖修饰独立地是2′-OMe或2′-MOE。在一些实施例中，每个糖修饰独立地是2′-OMe、2′-MOE或LNA糖。
经修饰的糖包括代替呋喃戊糖基糖的环丁基或环戊基部分。这样的经修饰的糖的代表性实例包括在US 4,981,957、US 5,118,800、US 5,319,080或US 5,359,044中描述的那些。在一些实施例中，核糖环内的氧原子被氮、硫、硒或碳替换。在一些实施例中，-O-被-N(R′)-、-S-、-Se-或-C(R′)2-替换。在一些实施例中，经修饰的糖是经修饰的核糖，其中核糖环内的氧原子被氮替换，并且其中氮任选地被烷基(例如，甲基、乙基、异丙基等)取代。
经修饰的糖的非限制性实例是甘油，其是甘油核酸(GNA)的一部分，例如，如以下文献中所述：Zhang，R等人.，J.Am.Chem.Soc.[美国化学会志]，2008，130，5846-5847；ZhangL，等人，J.Am.Chem.Soc.[美国化学会志]，2005，127，4174-4175以及Tsai CH等人，PNAS[美国国家科学院院刊]，2007，14598-14603中。
柔性核酸(FNA)是基于甲酰甘油的混合乙缩醛缩醛胺，例如描述于Joyce GF等人，PNAS[美国国家科学院院刊]，1987，84，4398-4402以及Heuberger BD和Switzer C，J.Am.Chem.Soc.[美国化学会志]，2008，130，412-413中。
在一些实施例中，寡核苷酸和/或其经修饰的核苷包含在以下文献中描述的糖或经修饰的糖：WO 2018/022473、WO 2018/098264、WO 2018/223056、WO 2018/223073、WO2018/223081、WO 2018/237194、WO 2019/032607、WO 2019/055951、WO 2019/075357、WO2019/200185、WO 2019/217784、WO 2019/032612、WO 2020/191252、WO 2021/071858和/或WO 2021/237223，其各自的糖和经修饰的糖独立地通过引用并入本文。
在一些实施例中，糖中的一个或多个羟基基团任选地且独立地被卤素、R′-N(R′)2、-OR′、或-SR′替换，其中每个R′独立地描述于本披露中。
在一些实施例中，经修饰的核苷是在以下文献中描述的任何经修饰的核苷：WO2018/022473、WO 2018/098264、WO 2018/223056、WO 2018/223073、WO 2018/223081、WO2018/237194、WO 2019/032607、WO 2019/055951、WO 2019/075357、WO 2019/200185、WO2019/217784、WO 2019/032612、WO 2020/191252、WO 2021/071858和/或WO 2021/237223，其各自的经修饰的核苷独立地通过引用并入本文。
在一些实施例中，糖修饰是5′-乙烯基(R或S)、5′-甲基(R或S)、2′-SH、2′-F、2′-OCH3、2′-OCH2CH3、2′-OCH2CH2F或2′-O(CH2)20CH3。在一些实施例中，在2′位上的取代基，例如2′-修饰基团是烯丙基、氨基、叠氮基、硫基、O-烯丙基、O-C1-C10烷基、OCF3、OCH2F、O(CH2)2SCH3、O(CH2)2-O-N(Rm)(Rn)、O-CH2-C(＝O)-N(Rm)(Rn)和O-CH2-C(＝O)-N(R1)-(CH2)2-N(Rm)(Rn)，其中每个烯丙基、氨基和烷基任选地经取代，并且R1、Rm和Rn各自独立地是如本披露中所述的R′。在一些实施例中，R1、Rm和Rn各自独立地是-H或任选地经取代的C1-C10烷基。
在一些实施例中，双环糖在两个糖碳原子之间，例如在4′和2′核糖基环碳原子之间包含桥，例如-Lb-Lb-、-L-等。在一些实施例中，桥是4′-(CH2)-O-2′(例如，LNA糖)、4′-(CH2)-S-2′、4′-(CH2)2-O-2′(例如，ENA糖)、4′-CH(R′)-O-2′(例如，4′-CH(CH3)-O-2′、4′-CH(CH2OCH3)-O-2′和US 7399845中的实例等)、4′-CH(R′)2-O-2′(例如，4′-C(CH3)(CH3)-O-2′和WO 2009006478中的实例等)、4′-CH2-N(OR′)-2′(例如，4′-CH2-N(OCH3)-2′、WO2008150729中的实例等)、4′-CH2-O-N(R′)-2′(例如，4′-CH2-O-N(CH3)-2′、US 20040171570中的实例等)、4′-CH2-N(R′)-O-2′[例如，其中R是-H、C1-C12烷基、或保护基(例如，参见US7427672)]、4′-C(R′)2-C(H)(R′)-2′(例如，4′-CH2-C(H)(CH3)-2′、Chattopadhyaya等人，J.Org.Chem.[有机化学杂志]，2009，74，118-134等)或4′-C(R′)2-C(＝C(R′)2)-2′(例如，4′-CH2-C(＝CH2)-2′、WO 2008154401中的实例等)。
在一些实施例中，糖是四氢吡喃或THP糖。在一些实施例中，经修饰的核苷是四氢吡喃核苷或THP核苷(其是用六元四氢吡喃糖代替典型的天然核苷中的呋喃戊糖基残基的核苷)。THP糖和/或核苷包括用于己糖醇核酸(HNA)、安尼妥核酸(ANA)、甘露醇核酸(MNA)(例如，Leumann，Bioorg.Med.Chem.[生物有机化学与医药化学]，2002，10，841-854)或氟代HNA(F-HNA)的那些。
在一些实施例中，糖包含具有多于5个原子和/或多于一个杂原子的环，例如吗啉代糖，其在以下文献中描述：例如Braasch等人，Biochemistry[生物化学]，2002，41，4503-4510；US 5698685；US 5166315；US 5185444；US 5034506；等等)。
如本领域技术人员将理解的，糖、核碱基、核苷酸间键联等的修饰可以并且经常与寡核苷酸(例如，参见表1中的各种寡核苷酸)组合使用。
在一些实施例中，核苷具有代替天然存在的核苷中的呋喃戊糖基残基的六元环己烯基。示例环己烯基核苷及其制备和用途描述于例如WO 2010036696；Robeyns等人，J.Am.Chem.Soc.[美国化学会志]，2008，130(6)，1979-1984；Horvath等人，TetrahedronLetters[四面体快报]，2007，48，3621-3623；Nauwelaerts等人，J.Am.Chem.Soc.[美国化学会志]，2007，129(30)，9340-9348；Gu等人.，Nucleosides，Nucleotides&Nucleic Acids[核苷，核苷酸与核酸]，2005，24(5-7)，993-998；Nauwelaerts等人，Nucleic Acids Research[核酸研究]，2005，33(8)，2452-2463；Robeyns等人，Acta Crystallographica，Section F：Structural Biology and Crystallization Communications[晶体学报，章节F：结构生物学和结晶通讯]，2005，F61(6)，585-586；Gu等人，Tetrahedron[四面体]，2004，60(9)，2111-2123；Gu等人，Oligonucleotides[寡核苷酸]，2003，13(6)，479-489；Wang等人，J.Org.Chem.[有机化学杂志]，2003，68，4499-4505；Verbeure等人，Nucleic AcidsResearch[核酸研究]，2001，29(24)，4941-4947；Wang等人，J.Org.Chem.[有机化学杂志]，2001，66，8478-82；Wang等人，Nucleosides，Nucleotides&Nucleic Acids[核苷，核苷酸与核酸]，2001，20(4-7)，785-788；Wang等人，J.Am.Chem.[美国化学杂志]，2000，122，8595-8602；WO 2006047842；WO 2001049687；等等。
许多单环、双环和三环环系适合作为糖代替物(经修饰的糖)，并且可以根据本披露使用。参见例如Leumann，ChristianJ.Bioorg.&Med.Chem.[生物有机化学与医药化学杂志]，2002，10，841-854。这样的环系可以进行多种另外的取代以进一步增强其特性和/或活性。
在一些实施例中，2′-修饰的糖是在2′位被修饰的呋喃糖基糖。在一些实施例中，2′-修饰是卤素、-R′(其中R′不是-H)、-OR′(其中R′不是-H)、-SR′、-N(R′)2、任选地经取代的-CH2-CH＝CH2、任选地经取代的烯基或任选地经取代的炔基。在一些实施例中，2′-修饰选自-O[(CH2)nO]mCH3、-O(CH2)nNH2、-O(CH2)nCⅡ3、-O(CH2)nF、-O(CH2)nONH2、-OCH2C(＝O)N(H)CH3和-O(CH2)nON[(CH2)nCH3]2，其中每个n和m独立地是1至约10。在一些实施例中，2′-修饰是任选地经取代的C1-C12烷基、任选地经取代的烯基、任选地经取代的炔基、任选地经取代的烷芳基、任选地经取代的芳烷基、任选地经取代的-O-烷芳基、任选地经取代的-O-芳烷基、-SH、-SCH3、-OCN、-Cl、-Br、-CN、-F、-CF3、-OCF3、-SOCH3、-SO2CH3、-ONO2、-NO2、-N3、-NH2、任选地经取代的杂环烷基、任选地经取代的杂环烷芳基、任选地经取代的氨基烷基氨基、任选地经取代的聚烷基氨基、经取代的甲硅烷基、报告基团、嵌入剂、用于改善药代动力学特性的基团、用于改善药效学特性的基团和其他取代基。在一些实施例中，2′-修饰是2′-MOE修饰(例如，参见Baker等人，J.Biol.Chem.[生物化学杂志]，1997，272，11944-12000)。在一些情况下，据报道，与未修饰的糖和一些其他经修饰的核苷(诸如2′-O-甲基，2′-O-丙基和2′-O-氨基丙基)相比，2′-MOE修饰具有改善的结合亲和力。还报道了具有2′-MOE修饰的寡核苷酸能够抑制基因表达，具有体内应用前景(参见，例如Martin，Helv.Chim.Acta[瑞士化学学报]，1995，78，486-504；Altmann等人，Chimia[化学]，1996，50，168-176；Altmann等人，Biochem.Soc.Trans.[生化学会汇刊]，1996，24，630-637；以及Altmann等人，NucleosidesNucleotides[核苷与核苷酸]，1997，16，917-926；等等)。
在一些实施例中，2′-修饰的或2′-取代的糖或核苷是在糖的2′位包含除-H(通常不视为取代基)或-OH以外的取代基的糖或核苷。在一些实施例中，2′-修饰的糖是双环糖，该双环糖包含连接糖环的两个碳原子(其中一个是2′碳)的桥。在一些实施例中，2′-修饰是非桥联的，例如烯丙基、氨基、叠氮基、硫代、任选地经取代的-O-烯丙基、任选地经取代的-O-C1-C10烷基、-OCF3、-O(CH2)2OCH3、2′-O(CH2)2SCH3、-O(CH2)2ON(Rm)(Rn)或-OCH2C(＝O)N(Rm)(Rn)，其中每个Rm和Rn独立地是-H或任选地经取代的C1-C10烷基。
某些经修饰的糖、其制备和用途在US 4981957、US 5118800、US 5319080、US5359044、US 5393878、US 5446137、US 5466786、US 5514785、US 5519134、US 5567811、US5576427、US 5591722、US 5597909、US 5610300、US 5627053、US 5639873、US 5646265、US5670633、US 5700920、US 5792847、US 6600032和WO 2005121371中描述。
在一些实施例中，糖是N-甲醇卡巴(N-methanocarba)、LNA、cMOE BNA、cEt BNA、α-L-LNA或相关类似物、HNA、Me-ANA、MOE-ANA、Ara-FHNA、FHNA、R-6′-Me-FHNA、S-6′-Me-FHNA、ENA或c-ANA。在一些实施例中，经修饰的核苷酸间键联是C3-酰胺(例如，具有与C3′连接的酰胺修饰的糖，Mutisya等人2014 Nucleic Acids Res.[核酸研究]2014年6月1日；42(10)：6542-6551)，甲缩醛，硫代甲缩醛，MMI[例如，亚甲基(甲基亚氨基)，Peoc′h等人2006Nucleosides and Nucleotides[核苷与核苷酸]16(7-9)]，PMO(二氨基磷酸酯连接的吗啉代)键联(其连接两个糖)或PNA(肽核酸)键联。在一些实施例中，核苷酸间键联和/或糖的实例在以下文献中描述：Allerson等人.2005J.Med.Chem.[医药化学杂志]48：901-4；BMCL[生物有机化学与医药化学通讯]2011 21：1122；BMCL[生物有机化学与医药化学通讯]201121：588；BMCL[生物有机化学与医药化学通讯]2012 22：296；Chattopadhyaya等人2007J.Am.Chem.Soc.[美国化学会志]129：8362；Chem.Bio.Chem.[化学与生物化学]201314：58；Curr.Prot.Nucl.Acids Chem.[核酸化学当前方案]2011 1.24.1；Egli等人2011J.Am.Chem.Soc.[美国化学会志]133：16642；Hendrix等人1997Chem.Eur.J.[欧洲化学杂志]3：110；Hyrup等人1996 Bioorg.Med.Chem.[生物有机化学与医药化学]4：5；Imanishi1997 Tet.Lett.[四面体快报]38：8735；J.Am.Chem.Soc.[美国化学会志]1994，116，3143；J.Med.Chem.[药物化学杂志]200952：10；J.Org.Chem.[有机化学杂志]2010 75：1589；Jepsen等人2004 Oligo.[寡核苷酸]14：130-146；Jones等人J.Org.Chem.[有机化学杂志]1993，58，2983；Jung等人2014ACIEE 53：9893；Kodama等人2014 AGDS；Koizumi 2003 BMC11：2211；Koizumi等人2003 Nuc.Acids Res.[核酸研究]12：3267-3273；Koshkin等人1998Tetrahedron[四面体]54：3607-3630；Kumar等人1998Bioo.Med.Chem.Let.[生物有机化学与医药化学快报]8：2219-2222；Lauritsen等人2002 Chem.Comm.[化学通讯]5：530-531；Lauritsen等人2003 Bioo.Med.Chem.Lett.[生物有机化学与医药化学快报]13：253-256；Lima等人2012 Cell[细胞]150：883-894；Mesmaeker等人Angew.Chem.，Int.Ed.Engl.[应用化学英文国际版]1994，33，226；Migawa等人2013 Org.Lett.[有机快报]15：4316；Mol.Ther.Nucl.Acids[分子疗法-核酸]2012 1：e47；Morita等人2001 Nucl.Acids Res.[核酸研究]增刊1：241-242；Morita等人2002 Bioo.Med.Chem.Lett.[生物有机化学与医药化学快报]12：73-76；Morita等人2003 Bioo.Med.Chem.Lett.[生物有机化学与医药化学快报]2211-2226；Murray等人2012Nucl.Acids Res.[核酸研究]40：6135；Nielsen等人1997Chem.Soc.Rev.[化学学会评论]73；Nielsen等人1997J.Chem.Soc.Perkins Transl.[化学学会杂志博金斯译版]1：3423-3433；Obika等人1997 Tetrahedron Lett.[四面体快报]38(50)：8735-8；Obika等人1998 Tetrahedron Lett.[四面体快报]39：5401-5404；Obika等人2008 J.Am.Chem.Soc.[美国化学会志]130：4886；Obika等人2011 Org.Lett.[有机快报]13：6050；Oestergaard等人2014 JOC 79：8877；Pallan等人2012Biochem.[生物化学]51：7；Pallan等人2012Chem.Comm.[化学通讯]48：8195-8197；Petersen等人2003 TRENDSBiotech.[生物技术趋势]21：74-81；Prakash等人2010J.Med.Chem.[药物化学杂志]53：1636；Prakash等人2015 Nucl.Acids Res.[核酸研究]43：2993-3011；Prakash等人2016Bioorg.Med.Chem.Lett.[生物有机化学与医药化学快报]26：2817-2820；Rajwanshi等人1999 Chem.Commun.[化学通讯]1395-1396；Schultz等人1996 Nucleic Acids Res.[核酸研究]24：2966；Seth等人2008Nucl.Acid Sym.Ser.[核酸研讨会丛刊]52：553；Seth等人2009J.Med.Chem.[药物化学杂志]52：10-13；Seth等人2010J.Am.Chem.Soc.[美国化学会志]132：14942；Seth等人2010J.Med.Chem.[药物化学杂志]53：8309-8318；Seth等人2010J.Org.Chem.[有机化学杂志]75：1569-1581；Seth等人2011 BMCL[生物有机化学与医药化学通讯]21：4690；Seth等人2012 Bioo.Med.Chem.Lett.[生物有机化学与医药化学快报]22：296-299；Seth等人2012 Mol.Ther-Nuc.Acids.[分子疗法-核酸]1，e47；Seth等人，Nucleic Acids Symposium Series[核酸研讨会丛刊](2008)，52(1)，553-554；Singh等人1998 Chem.Comm.[化学通讯]1247-1248；Singh等人1998J.Org.Chem.[有机化学杂志]63：10035-39；Singh等人1998 J.Org.Chem.[有机化学杂志]63：6078-6079；Sorensen 2003Chem.Comm.[化学通讯]2130-2131；Starrup等人2010 Nucl.Acids Res.[核酸研究]38：7100；Swayze等人2007 Nucl.Acids Res.[核酸研究]35：687；Ts′o等人Ann.N.Y.Acad.Sci.[纽约科学院年刊]1988，507，220；Van Aerschot等人1995 Angew.Chem.Int.Ed.Engl.[应用化学英文国际版]34：1338；Vasseur等人J.Am.Chem.Soc.[美国化学会志]，1992，114，4006；WO 2007090071；WO 2016079181；US 6326199；US 6066500；或US 6440739。
在一些实施例中，寡核苷酸或其部分(例如，结构域、子结构域等)包含高水平的2′-F修饰的糖，例如，寡核苷酸或其部分(例如，结构域、子结构域等)中约10％-100％(例如，约20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或更多，或约100％)的糖包含2′-F。在一些实施例中，寡核苷酸或其部分中约50％或更多的糖包含2′-F。在一些实施例中，寡核苷酸或其部分中约60％或更多的糖包含2′-F。在一些实施例中，寡核苷酸或其部分中约70％或更多的糖包含2′-F。在一些实施例中，寡核苷酸或其部分中约80％或更多的糖包含2′-F。在一些实施例中，寡核苷酸或其部分中约90％或更多的糖包含2′-F。在一些实施例中，寡核苷酸或其部分还包含一个或多个不含2′-F的糖(例如，不含修饰的糖和/或包含其他修饰的糖)。
在一些实施例中，寡核苷酸或其部分(例如，结构域、子结构域等)中不超过约1％-95％(例如，不超过约1％、5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％等)的糖包含2′-MOE。在一些实施例中，寡核苷酸或其部分中不超过约50％的糖包含2′-MOE。在一些实施例中，寡核苷酸或其部分中没有糖包含2′-MOE。在一些实施例中，寡核苷酸或其部分中不超过1、2、3、4或5个糖包含2′-MOE。
可用于制备寡核苷酸或其类似物的多种另外的糖是本领域已知的，并且可以根据本披露使用。
核苷酸间键联
本披露尤其提供了各种核苷酸间键联(包括各种经修饰的核苷酸间键联)，其可以与其他结构元件(例如本文所述的各种糖)一起使用，以提供寡核苷酸及其组合物。
在一些实施例中，寡核苷酸包含碱基修饰、糖修饰和/或核苷酸间键联修饰。根据本披露，可以利用多种核苷酸间键联来连接包含核碱基的单元，例如核苷。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含一个或多个经修饰的核苷酸间键联和一个或多个天然磷酸酯键联两者。如本领域技术人员所公知的，天然磷酸酯键联广泛存在于天然DNA和RNA分子中；它们具有-OP(O)(OH)O-的结构，连接DNA和RNA的核苷中的糖，并且可呈多种盐形式，例如在生理pH值(约7.4)下，天然磷酸酯键联主要是以具有-OP(O)(O-)O-阴离子的盐形式存在。经修饰的核苷酸间键联或非天然磷酸酯键联是不为天然磷酸酯键联或其盐形式的核苷酸间键联。经修饰的核苷酸间键联取决于它们的结构也可以呈其盐形式。例如，如本领域技术人员所理解的，具有-OP(O)(SH)O-的结构的硫代磷酸酯核苷酸间键联可以呈多种盐形式，例如在生理pH下(约7.4)，其中阴离子是-OP(O)(S-)O-。
寡核苷酸可包含一种或多种类型的核苷酸间键联。在一些实施例中，寡核苷酸中存在一种类型的核苷酸间键联。在一些实施例中，寡核苷酸中存在两种类型的核苷酸间键联。在一些实施例中，寡核苷酸中存在三种类型的核苷酸间键联。在一些实施例中，寡核苷酸中存在四种类型的核苷酸间键联。在一些实施例中，寡核苷酸包含一个或多个PO键联。在一些实施例中，寡核苷酸包含一个或多个PS键联。在一些实施例中，寡核苷酸包含一个或多个PN键联。在一些实施例中，寡核苷酸包含一个或多个PS键联和一个或多个PN键联。在一些实施例中，寡核苷酸包含一个或多个PS键联和一个或多个PO键联。在一些实施例中，寡核苷酸包含一个或多个PO键联和一个或多个PN键联。在一些实施例中，寡核苷酸包含一个或多个PO键联、一个或多个PS键联和一个或多个PN键联。PO键联可以在各种位置和/或以各种模式使用，包括本文中针对天然磷酸酯键联描述的那些。在一些实施例中，经修饰的核苷酸间键联是PS键联。在一些实施例中，手性核苷酸间键联是PS键联。在一些实施例中，PS键联是硫代磷酸酯键联。PS键联可以在各种位置、立体化学和/或以各种模式使用，包括本文中针对硫代磷酸酯核苷酸间键联描述的那些。在一些实施例中，经修饰的核苷酸间键联是PN键联。在一些实施例中，经修饰的核苷酸间键联是手性PN键联。PN键联可以在各种位置、立体化学和/或以各种模式使用，包括本文中针对不带负电荷的核苷酸间键联、中性核苷酸间键联、磷酰基胍核苷酸间键联和/或n001描述的那些。在一些实施例中，PN键联是不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，PN键联是中性核苷酸间键联。在一些实施例中，PN键联是磷酰基胍键联。在一些实施例中，PN键联是n001。在一些实施例中，不带负电荷的核苷酸间键联是PN键联。在一些实施例中，中性核苷酸间键联是PN核苷酸间键联。
在一些实施例中，寡核苷酸包含核苷酸间键联，该核苷酸间键联是经修饰的核苷酸间键联，例如硫代磷酸酯、二硫代磷酸酯、甲基膦酸酯、氨基磷酸酯、硫代磷酸盐、3′-硫代磷酸盐或5′-硫代磷酸盐。
在一些实施例中，经修饰的核苷酸间键联是包含手性键联磷的手性核苷酸间键联。在一些实施例中，手性核苷酸间键联是硫代磷酸酯键联。在一些实施例中，手性核苷酸间键联是不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，手性核苷酸间键联是中性核苷酸间键联。在一些实施例中，手性核苷酸间键联就其手性键联磷而言是手性控制的。在一些实施例中，手性核苷酸间键联就其手性键联磷而言是立体化学纯的。在一些实施例中，手性核苷酸间键联不是手性控制的。在一些实施例中，骨架手性中心模式包含以下或由以下组成：手性控制的核苷酸间键联(Rp或Sp)的位置和键联磷构型以及非手性核苷酸间键联(例如，天然磷酸酯键联)的位置。
在一些实施例中，核苷酸间键联包含P-修饰，其中P-修饰是键联磷处的修饰。在一些实施例中，经修饰的核苷酸间键联是不含磷但用于例如在肽核酸(PNA)中连接两个糖或两个各自独立地包含核碱基的部分的部分。
在一些实施例中，寡核苷酸包含经修饰的核苷酸间键联，例如本文和/或在以下文献中描述的具有式I、I-a、I-b或I-c的结构的那些：WO 2018/022473、WO 2018/098264、WO2018/223056、WO 2018/223073、WO 2018/223081、WO 2018/237194、WO 2019/032607、WO2019/055951、WO 2019/075357、WO 2019/200185、WO 2019/217784、WO 2019/032612、WO2020/191252、WO 2021/071858和/或WO 2021/237223，其各自的核苷酸间键联(例如，具有式I、I-a、I-b、I-c等的那些)独立地通过引用并入本文。在一些实施例中，经修饰的核苷酸间键联是手性核苷酸间键联。在一些实施例中，经修饰的核苷酸间键联是硫代磷酸酯核苷酸间键联。
在一些实施例中，经修饰的核苷酸间键联是不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含一个或多个不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，不带负电荷的核苷酸间键联是带正电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，不带负电荷的核苷酸间键联是中性核苷酸间键联。在一些实施例中，本披露提供了包含一个或多个中性核苷酸间键联的寡核苷酸。在一些实施例中，不带负电荷的核苷酸间键联具有式I-n-1、I-n-2、I-n-3、I-n-4、II、II-a-1、II-a-2、II-b-1、II-b-2、II-c-1、II-c-2、II-d-1、II-d-2等或其盐形式的结构，如本文和/或以下文献中所述：US 9394333、US 9744183、US9605019、US 9982257、US 20170037399、US 20180216108、US 20180216107、US 9598458、WO2017/062862、WO 2018/067973、WO 2017/160741、WO 2017/192679、WO 2017/210647、WO2018/098264、WO 2018/022473、WO 2018/223056、WO 2018/223073、WO 2018/223081、WO2018/237194、WO 2019/032607、WO 2019/032612、WO 2019/055951、WO 2019/075357、WO2019/200185、WO 2019/217784、WO 2019/032612、WO 2020/191252、WO 2021/071858和/或WO 2021/237223，其各自的不带负电荷的核苷酸间键联(例如，具有式I-n-1、I-n-2、I-n-3、I-n-4、II、II-a-1、II-a-2、II-b-1、II-b-2、II-c-1、II-c-2、II-d-1、II-d-2等的那些或其合适的盐形式)独立地通过引用并入本文。
在一些实施例中，不带负电荷的核苷酸间键联可以改善递送和/或活性(例如，腺苷编辑活性)。
在一些实施例中，经修饰的核苷酸间键联(例如，不带负电荷的核苷酸间键联)包含任选地经取代的三唑基。在一些实施例中，经修饰的核苷酸间键联(例如，不带负电荷的核苷酸间键联)包含任选地经取代的炔基。在一些实施例中，经修饰的核苷酸间键联包含三唑或炔烃部分。在一些实施例中，三唑部分(例如，三唑基)是任选地经取代的。在一些实施例中，三唑部分(例如，三唑基)是经取代的。在一些实施例中，三唑部分是未经取代的。在一些实施例中，经修饰的核苷酸间键联包含任选地经取代的环状胍部分。在一些实施例中，经修饰的核苷酸间键联(例如PN键联)具有的结构并且任选地是手性控制的，其中R1是-L-R′，其中L是如本文所述的LB，并且R′如本文所述。在一些实施例中，每个R1独立地是R′。在一些实施例中，每个R′独立地是R。在一些实施例中，两个R1是R并且合在一起形成如本文所述的环。在一些实施例中，两个不同氮原子上的两个R1是R并且合在一起形成如本文所述的环。在一些实施例中，R1独立地是如本文所述的任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，R1是甲基。在一些实施例中，同一氮原子上的两个R′是R并且合在一起形成如本文所述的环。在一些实施例中，经修饰的核苷酸间键联(例如，PN键联)具有的结构并且任选地是手性控制的。在一些实施例中，是在一些实施例中，经修饰的核苷酸间键联包含任选地经取代的环状胍部分，并且具有以下结构： 其中W是O或S。在一些实施例中，W是O。在一些实施例中，W是S。在一些实施例中，不带负电荷的核苷酸间键联是立体化学上受控的。
在一些实施例中，不带负电荷的核苷酸间键联或中性核苷酸间键联是包含三唑部分的核苷酸间键联。在一些实施例中，不带负电荷的核苷酸间键联或不带负电荷的核苷酸间键联包含任选地经取代的三唑基。在一些实施例中，包含三唑部分(例如，任选地经取代的三唑基)的核苷酸间键联具有的结构。在一些实施例中，包含三唑部分的核苷酸间键联具有的结构。在一些实施例中，包含三唑部分的核苷酸间键联具有的式，其中W是O或S。在一些实施例中，包含炔烃部分(例如，任选地经取代的炔基)的核苷酸间键联具有的式，其中W是O或S。在一些实施例中，核苷酸间键联(例如，不带负电荷的核苷酸间键联、中性核苷酸间键联)包含环状胍部分。在一些实施例中，包含环状胍部分的核苷酸间键联具有的结构。在一些实施例中，不带负电荷的核苷酸间键联或中性核苷酸间键联是或包含选自以下的结构： 其中W是O或S。
在一些实施例中，核苷酸间键联包含Tmg基团在一些实施例中，核苷酸间键联包含Tmg基团并具有的结构(“Tmg核苷酸间键联”)。在一些实施例中，中性核苷酸间键联包括PNA和PMO的核苷酸间键联以及Tmg核苷酸间键联。
在一些实施例中，不带负电荷的核苷酸间键联具有式I、I-a、I-b、I-c、I-n-1、I-n-2、I-n-3、I-n-4、II、II-a-1、II-a-2、II-b-1、II-b-2、II-c-1、II-c-2、II-d-1、II-d-2等或其盐形式的结构。在一些实施例中，不带负电荷的核苷酸间键联包含具有1-10个杂原子的任选地经取代的3-20元杂环基或杂芳基。在一些实施例中，不带负电荷的核苷酸间键联包含具有1-10个杂原子的任选地经取代的3-20元杂环基或杂芳基，其中至少一个杂原子是氮。在一些实施例中，这样的杂环基或杂芳基具有5元环。在一些实施例中，这样的杂环基或杂芳基具有6元环。
在一些实施例中，不带负电荷的核苷酸间键联包含具有1-10个杂原子的任选地经取代的5-20元杂芳基。在一些实施例中，不带负电荷的核苷酸间键联包含具有1-10个杂原子的任选地经取代的5-20元杂芳基，其中至少一个杂原子是氮。在一些实施例中，不带负电荷的核苷酸间键联包含具有1-4个杂原子的任选地经取代的5-6元杂芳基，其中至少一个杂原子是氮。在一些实施例中，不带负电荷的核苷酸间键联包含具有1-4个杂原子的任选地经取代的5元杂芳基，其中至少一个杂原子是氮。在一些实施例中，杂芳基直接键合到键联磷。在一些实施例中，不带负电荷的核苷酸间键联包含任选地经取代的三唑基。在一些实施例中，不带负电荷的核苷酸间键联包含未经取代的三唑基，例如，在一些实施例中，不带负电荷的核苷酸间键联包含经取代的三唑基，例如，
在一些实施例中，不带负电荷的核苷酸间键联包含具有1-10个杂原子的任选地经取代的5-20元杂环基。在一些实施例中，不带负电荷的核苷酸间键联包含具有1-10个杂原子的任选地经取代的5-20元杂环基，其中至少一个杂原子是氮。在一些实施例中，不带负电荷的核苷酸间键联包含具有1-4个杂原子的任选地经取代的5-6元杂环基，其中至少一个杂原子是氮。在一些实施例中，不带负电荷的核苷酸间键联包含具有1-4个杂原子的任选地经取代的5元杂环基，其中至少一个杂原子是氮。在一些实施例中，至少两个杂原子是氮。在一些实施例中，杂环基直接键合到键联磷。在一些实施例中，当杂环基是经由其＝N-直接与键联磷键合的胍部分的一部分时，该杂环基经由接头(例如，＝N-)与键联磷键合。在一些实施例中，不带负电荷的核苷酸间键联包含任选地经取代的基团。在一些实施例中，不带负电荷的核苷酸间键联包含经取代的基团。在一些实施例中，不带负电荷的核苷酸间键联包含基团，其中每个R1独立地是-L-R。在一些实施例中，每个R1独立地是任选地经取代的C1-6烷基。在一些实施例中，每个R1独立地是甲基。
在一些实施例中，经修饰的核苷酸间键联(例如，不带负电荷的核苷酸间键联)包含三唑或炔烃部分，其各自是任选地经取代的。在一些实施例中，经修饰的核苷酸间键联包含三唑部分。在一些实施例中，经修饰的核苷酸间键联包含未经取代的三唑部分。在一些实施例中，经修饰的核苷酸间键联包含经取代的三唑部分。在一些实施例中，经修饰的核苷酸间键联包含烷基部分。在一些实施例中，经修饰的核苷酸间键联包含任选地经取代的炔基。在一些实施例中，经修饰的核苷酸间键联包含未经取代的炔基。在一些实施例中，经修饰的核苷酸间键联包含经取代的炔基。在一些实施例中，炔基直接键合到键联磷。
在一些实施例中，寡核苷酸包含不同类型的核苷酸间磷键联。在一些实施例中，手性控制的寡核苷酸包含至少一个天然磷酸酯键联和至少一个经修饰的(非天然)核苷酸间键联。在一些实施例中，寡核苷酸包含至少一个天然磷酸酯键联和至少一个硫代磷酸酯。在一些实施例中，寡核苷酸包含至少一个不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，寡核苷酸包含至少一个天然磷酸酯键联和至少一个不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，寡核苷酸包含至少一个硫代磷酸酯核苷酸间键联和至少一个不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，寡核苷酸包含至少一个硫代磷酸酯核苷酸间键联、至少一个天然磷酸酯键联和至少一个不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，寡核苷酸包含一个或多个(例如，1-50、1-40、1-30、1-20、1-15、1-10，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个或更多个)不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，寡核苷酸包含不超过一定数量的不带负电荷的核苷酸间键联，例如不超过1个、不超过2个、不超过3个、不超过4个、不超过5个、不超过6个、不超过7个、不超过8个、不超过9个、不超过10个、不超过11个、不超过12个、不超过13个、不超过14个、不超过15个、不超过16个、不超过17个、不超过18个、不超过19个、不超过20个、不超过21个、不超过22个、不超过23个、不超过24个、不超过25个、不超过26个、不超过27个、不超过28个、不超过29个或不超过30个不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，寡核苷酸不包含不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，不带负电荷的核苷酸间键联是不带负电荷的，因为在给定pH下在水溶液中，少于50％、40％、40％、30％、20％、10％、5％或1％的核苷酸间键联以带负电荷的盐形式存在。在一些实施例中，pH为约pH 7.4。在一些实施例中，pH为约4-9。在一些实施例中，百分比小于10％。在一些实施例中，百分比小于5％。在一些实施例中，百分比小于1％。在一些实施例中，核苷酸间键联是不带负电荷的核苷酸间键联，因为核苷酸间键联的中性形式于水中不具有不超过约1、2、3、4、5、6或7的pKa。在一些实施例中，没有pKa为7或更小。在一些实施例中，没有pKa为6或更小。在一些实施例中，没有pKa为5或更小。在一些实施例中，没有pKa为4或更小。在一些实施例中，没有pKa为3或更小。在一些实施例中，没有pKa为2或更小。在一些实施例中，没有pKa为1或更小。在一些实施例中，核苷酸间键联的中性形式的pKa可表示为具有结构CH3-核苷酸间键联-CH3的化合物的中性形式的pKa。例如，具有式I的结构的核苷酸间键联的中性形式的pKa可由具有的结构的化合物的中性形式的pKa表示(其中X、Y、Z各自独立地是-O-、-S-、-N(R′)-；L是LB，并且R1是-L-R′)，的pKa可以由的pKa表示。在一些实施例中，不带负电荷的核苷酸间键联是中性核苷酸间键联。在一些实施例中，不带负电荷的核苷酸间键联是带正电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，不带负电荷的核苷酸间键联包含胍部分。在一些实施例中，不带负电荷的核苷酸间键联包含杂芳基碱基部分。在一些实施例中，不带负电荷的核苷酸间键联包含三唑部分。在一些实施例中，不带负电荷的核苷酸间键联包含炔基部分。
在一些实施例中，PN、中性或不带负电荷的核苷酸间键联具有以下任一文献中描述的任何中性或不带负电荷的核苷酸间键联的结构：US 9394333、US 9744183、US9605019、US 9982257、US 20170037399、US20180216108、US20180216107、US 9598458、WO2017/062862、WO 2018/067973、WO 2017/160741、WO 2017/192679、WO 2017/210647、WO2018/098264、WO 2018/022473、WO 2018/223056、WO 2018/223073、WO 2018/223081、WO2018/237194、WO 2019/032607、WO 2019/032612、WO 2019/055951、WO 2019/075357、WO2019/200185、WO 2019/217784、WO 2019/032612、WO 2020/191252、WO 2021/071858和/或WO 2021/237223，其各自的每个中性或不带负电荷的核苷酸间键联通过引用特此并入。
在一些实施例中，每个R′独立地是任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，各R′独立地是任选地经取代的C1-6烷基。在一些实施例中，每个R′独立地是-CH3。在一些实施例中，各Rs是-H。
在一些实施例中，不带负电荷的核苷酸间键联具有的结构。在一些实施例中，不带负电荷的核苷酸间键联具有的结构。在一些实施例中，不带负电荷的核苷酸间键联具有的结构。在一些实施例中，不带负电荷的核苷酸间键联具有的结构。在一些实施例中，不带负电荷的核苷酸间键联具有的结构。在一些实施例中，不带负电荷的核苷酸间键联具有的结构。在一些实施例中，不带负电荷的核苷酸间键联具有的结构。在一些实施例中，不带负电荷的核苷酸间键联具有的结构。在一些实施例中，不带负电荷的核苷酸间键联具有的结构。在一些实施例中，不带负电荷的核苷酸间键联具有的结构。在一些实施例中，不带负电荷的核苷酸间键联具有的结构。在一些实施例中，不带负电荷的核苷酸间键联具有的结构。在一些实施例中，W是O。在一些实施例中，W是S。在一些实施例中，中性核苷酸间键联是上述不带负电荷的核苷酸间键联。
在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含一个或多个具有式I、I-a、I-b、I-c、I-n-1、I-n-2、I-n-3、I-n-4、II、II-a-1、II-a-2、II-b-1、II-b-2、II-c-1、II-c-2、II-d-1或II-d-2的核苷酸间键联，其在以下文献中描述：US 9394333、US 9744183、US 9605019、US9982257、US 20170037399、US 20180216108、US 20180216107、US 9598458、WO 2017/062862、WO 2018/067973、WO 2017/160741、WO 2017/192679、WO 2017/210647、WO 2018/098264、WO 2018/022473、WO 2018/223056、WO 2018/223073、WO 2018/223081、WO 2018/237194、WO 2019/032607、WO 2019/032612、WO 2019/055951、WO 2019/075357、WO 2019/200185、WO 2019/217784、WO 2019/032607、WO 2019/032612、WO 2019/055951、WO 2019/075357、WO 2019/200185、WO 2019/217784、WO 2019/032612、WO 2020/191252、WO 2021/071858和/或WO 2021/237223(式I、I-a、I-b、I-c、I-n-1、I-n-2、I-n-3、I-n-4、II、II-a-1、II-a-2、II-b-1、II-b-2、II-c-1、II-c-2、II-d-1或II-d-2或其盐形式)，其各自独立地通过引用并入本文。
在一些实施例中，寡核苷酸包含中性核苷酸间键联和手性控制的核苷酸间键联。在一些实施例中，寡核苷酸包含中性核苷酸间键联和不是中性核苷酸间键联的手性控制的核苷酸间键联。在一些实施例中，寡核苷酸包含中性核苷酸间键联和手性控制的硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，本披露提供了包含一个或多个不带负电荷的核苷酸间键联和一个或多个硫代磷酸酯核苷酸间键联的寡核苷酸，其中该寡核苷酸中的每个硫代磷酸酯核苷酸间键联独立地是手性控制的核苷酸间键联。在一些实施例中，本披露提供了包含一个或多个中性核苷酸间键联和一个或多个硫代磷酸酯核苷酸间键联的寡核苷酸，其中该寡核苷酸中的每个硫代磷酸酯核苷酸间键联独立地是手性控制的核苷酸间键联。在一些实施例中，寡核苷酸包含至少5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个或更多个手性控制的硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，不带负电荷的核苷酸间键联是手性控制的。在一些实施例中，不带负电荷的核苷酸间键联不是手性控制的。在一些实施例中，中性核苷酸间键联是手性控制的。在一些实施例中，中性核苷酸间键联不是手性控制的。在一些实施例中，寡核苷酸包含一个或多个(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个)手性控制的和一个或多个(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个)非手性控制的手性核苷酸间键联。在一些实施例中，寡核苷酸包含一个或多个(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个)手性控制的和一个或多个(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个)非手性控制的不带负电荷的核苷酸间键联(在一些实施例中，其各自独立地是n001)。在一些实施例中，中性核苷酸间键联是手性控制的。在一些实施例中，中性核苷酸间键联不是手性控制的。在一些实施例中，寡核苷酸包含一个或多个(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个)手性控制的和一个或多个(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个)非手性控制的中性核苷酸间键联(在一些实施例中，其各自独立地是n001)。
不希望受任何特定理论的束缚，本披露指出，中性核苷酸间键联可以比硫代磷酸酯核苷酸间键联更具疏水性，而硫代磷酸酯核苷酸间键联可以比天然磷酸酯键联更具疏水性。通常，不同于硫代磷酸酯核苷酸间键联或天然磷酸酯键联，中性核苷酸间键联具有更少的电荷。不希望受任何特定理论的束缚，本披露指出，将一个或多个中性核苷酸间键联并入寡核苷酸中可以增加寡核苷酸被细胞摄取和/或从内体逃脱的能力。不希望受任何特定理论的束缚，本披露指出，将一个或多个中性核苷酸间键联并入可用于调节在寡核苷酸与其靶核酸之间形成的双链体的解链温度。
不希望受任何特定理论的束缚，本披露指出，将一个或多个不带负电荷的核苷酸间键联(例如，中性核苷酸间键联)并入寡核苷酸中可能能够增加寡核苷酸介导诸如靶腺苷编辑的功能的能力。
如本领域技术人员所理解的，核苷酸间键联诸如天然磷酸酯键联和具有式I、I-a、I-b、I-c、I-n-1、I-n-2、I-n-3、I-n-4、II、II-a-1、II-a-2、II-b-1、II-b-2、II-c-1、II-c-2、II-d-1、II-d-2的那些或其盐形式通常连接两个核苷(其可以是天然的或经修饰的)，如以下文献中所述：US 9394333、US 9744183、US 9605019、US 9982257、US 20170037399、US20180216108、US 20180216107、US 9598458、WO 2017/062862、WO 2018/067973、WO 2017/160741、WO 2017/192679、WO 2017/210647、WO 2018/098264、WO 2018/022473、WO 2018/223056、WO 2018/223073、WO 2018/223081、WO 2018/237194、WO 2019/032607、WO 2019/032612、WO 2019/055951、WO 2019/075357、WO 2019/200185、WO 2019/217784、WO 2019/032612、WO 2020/191252、WO 2021/071858和/或WO 2021/237223(式I、I-a、I-b、I-c、I-n-1、I-n-2、I-n-3、I-n-4、II、II-a-1、II-a-2、II-b-1、II-b-2、II-c-1、II-e-2、II-d-1、II-d-2或其盐形式)，其各自独立地通过引用并入本文。如天然DNA和RNA中的典型连接是核苷酸间键联与两个糖(其可以是未修饰的或如本文所述的经修饰的)形成键。在许多实施例中，如本文所例示的，核苷酸间键联通过其氧原子或杂原子(例如，在各式中的Y和Z)与在其5′碳处的一个任选地经修饰的核糖或脱氧核糖和在其3′碳处的另一个任选地经修饰的核糖或脱氧核糖形成键。在一些实施例中，通过核苷酸间键联连接的每个核苷单元独立地包含独立地是任选地经取代的A、T、C、G或U或A、T、C、G或U的经取代的互变异构体的核碱基，或包含具有至少一个氮原子的任选地经取代的杂环基和/或杂芳基环的核碱基。
在一些实施例中，键联具有或包含-Y-PL(-X-RL)-Z-或其盐形式的结构，其中：
PL是P、P(＝W)、P-＞B(-LL-RL)3、或PN；
W是O、N(-LL-RL)、S或Se；
PN是P＝N-C(-LL-R’)(＝LN-R’)或P＝N-LL-RL；
LN是＝N-LL1-、＝CH-LL1-(其中CH是任选地经取代的)、或＝N+(R’)(Q-)-LL1-；
Q-是阴离子；
X、Y和Z中的每一个独立地是-O-、-S-、-LL-N(-LL-RL)-LL-、-LL-N＝C(-LL-RL)-LL-、或LL；
每个RL独立地是-LL-N(R’)2、-LL-R’、-N＝C(-LL-R’)2、-LL-N(R’)C(NR’)N(R’)2、-LL-N(R’)C(O)N(R’)2、碳水化合物、或一个或多个任选地通过接头连接的另外的化学部分；
LL1和LL各自独立地是L；
-CyIL-是-Cy-；
每个L独立地是共价键，或选自C1-30脂肪族基团和具有1-10个杂原子的C1-30杂脂肪族基团的二价、任选地经取代的直链或支链基团，其中一个或多个亚甲基单元任选地且独立地被选自以下的任选地经取代的基团替代：C1-6亚烷基、C1-6亚烯基、-c≡c-、具有1-5个杂原子的二价C1-C6杂脂肪族基团、-C(R’)2-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(NR’)N(R’)-、-N(R’)C(NR’)N(R’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)O-、-S(O)-、-S(O)2-、-S(O)2N(R’)-、-C(O)S-、-C(O)O-、-P(O)(OR’)-、-P(O)(SR’)-、-P(O)(R’)-、-P(O)(NR’)-、-P(S)(OR’)-、-P(S)(SR’)-、-P(S)(R’)-、-P(S)(NR’)-、-P(R’)-、-P(OR’)-、-P(SR’)-、-P(NR’)-、-P(OR’)[B(R’)3]-、-OP(O)(OR’)O-、-OP(O)(SR’)O-、-OP(O)(R’)O-、-OP(O)(NR’)O-、-OP(OR’)O-、-OP(SR’)O-、-OP(NR’)O-、-OP(R’)O-、-OP(OR’)[B(R’)3]O-、和-[C(R’)2C(R’)2O]n-，其中n是1-50，并且一个或多个氮或碳原子任选地且独立地被CyL替代；
每个-Cy-独立地是具有0-10个杂原子的任选地经取代的二价3-30元单环、双环或多环；
每个CyL独立地是具有0-10个杂原子的任选地经取代的三价或四价3-30元单环、双环或多环；
每个R’独立地是-R、-C(O)R、-C(O)N(R)2、-C(O)OR、或-S(O)2R；
每个R独立地是-H，或选自以下的任选地经取代的基团：C1-30脂肪族基团、具有1-10个杂原子的C1-30杂脂肪族基团、C6-30芳基、C6-30芳基脂肪族基团、具有1-10个杂原子的C6-30芳基杂脂肪族基团、具有1-10个杂原子的5-30元杂芳基、以及具有1-10个杂原子的3-30元杂环基，或
两个R基团任选地且独立地合在一起形成共价键，或
同一个原子上的两个或更多个R基团任选地且独立地与该原子合在一起形成除该原子外还具有0-10个杂原子的任选地经取代的3-30元单环、双环或多环；或
两个或更多个原子上的两个或更多个R基团任选地且独立地与居于它们之间的原子合在一起形成除居于它们之间的原子外还具有0-10个杂原子的任选地经取代的3-30元单环、双环或多环。
在一些实施例中，核苷酸间键联具有-O-PL(-X-RL)-O-的结构，其中每个变量独立地如本文所述。在一些实施例中，核苷酸间键联具有-O-P(＝W)(-X-RL)-O-的结构，其中每个变量独立地如本文所述。在一些实施例中，核苷酸间键联具有-O-P(＝W)[-N(-LL-RL)-RL]-O-的结构，其中每个变量独立地如本文所述。在一些实施例中，核苷酸间键联具有-O-P(＝W)(-NH-LL-RL)-O-的结构，其中每个变量独立地如本文所述。在一些实施例中，核苷酸间键联具有-O-P(＝W)[-N(R’)2]-O-的结构，其中每个变量独立地如本文所述。在一些实施例中，核苷酸间键联具有-O-P(＝W)(-NHR’)-O-的结构，其中每个变量独立地如本文所述。在一些实施例中，核苷酸间键联具有-O-P(＝W)(-NHSO2R)-O-的结构，其中每个变量独立地如本文所述。在一些实施例中，R是甲基。在一些实施例中，核苷酸间键联是-O-P(＝O)(-NHSO2CH3)-O-。在一些实施例中，核苷酸间键联具有-O-P(＝W)[-N＝C(-LL-R’)2]-O-的结构，其中每个变量独立地如本文所述。在一些实施例中，核苷酸间键联具有-O-P(＝W)[-N＝C[N(R’)2]2]-O-的结构，其中每个变量独立地如本文所述。在一些实施例中，核苷酸间键联具有-OP(＝W)(-N＝C(R”)2)-O-的结构，其中每个变量独立地如本文所述。在一些实施例中，核苷酸间键联具有-OP(＝W)(-N(R”)2)-O-的结构，其中每个变量独立地如本文所述。在一些实施例中，W是O。在一些实施例中，W是S。在一些实施例中，这样的核苷酸间键联是不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，这样的核苷酸间键联是中性核苷酸间键联。
在一些实施例中，核苷酸间键联具有-PL(-X-RL)-Z-的结构，其中每个变量独立地如本文所述。在一些实施例中，核苷酸间键联具有-PL(-X-RL)-O-的结构，其中每个变量独立地如本文所述。在一些实施例中，核苷酸间键联具有-P(＝W)(-X-RL)-O-的结构，其中每个变量独立地如本文所述。在一些实施例中，核苷酸间键联具有-P(＝W)[-N(-LL-RL)-RL]-O-的结构，其中每个变量独立地如本文所述。在一些实施例中，核苷酸间键联具有-P(＝W)(-NH-LL-RL)-O-的结构，其中每个变量独立地如本文所述。在一些实施例中，核苷酸间键联具有-P(＝W)[-N(R’)2]-O-的结构，其中每个变量独立地如本文所述。在一些实施例中，核苷酸间键联具有-P(＝W)(-NHR’)-O-的结构，其中每个变量独立地如本文所述。在一些实施例中，核苷酸间键联具有-P(＝W)(-NHSO2R)-O-的结构，其中每个变量独立地如本文所述。在一些实施例中，R是甲基。在一些实施例中，核苷酸间键联是-P(＝O)(-NHSO2CH3)-O-。在一些实施例中，核苷酸间键联具有-P(＝W)[-N＝C(-LL-R’)2]-O-的结构，其中每个变量独立地如本文所述。在一些实施例中，核苷酸间键联具有-P(＝W)[-N＝C[N(R’)2]2]-O-的结构，其中每个变量是独立的，如本文所述。在一些实施例中，核苷酸间键联具有-P(＝W)(-N＝C(R”)2)-O-的结构，其中每个变量独立地如本文所述。在一些实施例中，核苷酸间键联具有-P(＝W)(-N(R”)2)-O-的结构，其中每个变量独立地如本文所述。在一些实施例中，W是O。在一些实施例中，W是S。在一些实施例中，这样的核苷酸间键联是不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，这样的核苷酸间键联是中性核苷酸间键联。在一些实施例中，这样的核苷酸间键联的P键合至糖的N。
在一些实施例中，键联是磷酰基胍核苷酸间键联。在一些实施例中，键联是硫代磷酰基胍核苷酸间键联。
在一些实施例中，一个或多个亚甲基单元任选地且独立地被如本文所述的部分替换。在一些实施例中，L或LL是或包含-SO2-。在一些实施例中，L或LL是或包含-SO2N(R’)-。在一些实施例中，L或LL是或包含-C(O)-。在一些实施例中，L或LL是或包含-C(O)O-。在一些实施例中，L或LL是或包含-C(O)N(R’)-。在一些实施例中，L或LL是或包含-P(＝W)(R’)-。在一些实施例中，L或LL是或包含-P(＝O)(R’)-。在一些实施例中，L或LL是或包含-P(＝S)(R’)-。在一些实施例中，L或LL是或包含-P(R’)-。在一些实施例中，L或LL是或包含-P(＝W)(OR’)-。在一些实施例中，L或LL是或包含-P(＝O)(OR’)-。在一些实施例中，L或LL是或包含-P(＝S)(OR’)-。在一些实施例中，L或LL是或包含-P(OR’)-。
在一些实施例中，-X-RL是-N(R’)SO2RL。在一些实施例中，-X-RL是-N(R’)C(O)RL。在一些实施例中，-X-RL是-N(R’)P(＝O)(R’)RL。
在一些实施例中，键联，例如不带负电荷的核苷酸间键联或中性核苷酸间键联，具有以下或其盐形式的结构或包含以下或其盐形式：-P(＝W)(-N＝C(R”)2)-、-P(＝W)(-N(R’)SO2R”)、-P(＝W)(-N(R’)C(O)R”)-、-P(＝W)(-N(R”)2)-、-P(＝W)(-N(R’)P(O)(R”)2)-、-OP(＝W)(-N＝C(R”)2)O-、-OP(＝W)(-N(R’)SO2R”)O-、-OP(＝W)(-N(R’)C(O)R”)O-、-OP(＝W)(-N(R”)2)O-、-OP(＝W)(-N(R’)P(O)(R”)2)O-、-P(＝W)(-N＝C(R”)2)O-、-P(＝W)(-N(R’)SO2R”)O-、-P(＝W)(-N(R’)C(O)R”)O-、-P(＝W)(-N(R”)2)O-、或-P(＝W)(-N(R’)P(O)(R”)2)O-，其中：
W是O或S；
每个R”独立地是R’、OR’、-P(＝W)(R’)2、或N(R’)2；
每个R’独立地是-R、-C(O)R、-C(O)N(R)2、-C(O)OR、或-S(O)2R；
每个R独立地是-H，或选自以下的任选地经取代的基团：C1-30脂肪族基团、具有1-10个杂原子的C1-30杂脂肪族基团、C6-30芳基、C6-30芳基脂肪族基团、具有1-10个杂原子的C6-30芳基杂脂肪族基团、具有1-10个杂原子的5-30元杂芳基、以及具有1-10个杂原子的3-30元杂环基，或
两个R基团任选地且独立地合在一起形成共价键，或
同一个原子上的两个或更多个R基团任选地且独立地与该原子合在一起形成除该原子外还具有0-10个杂原子的任选地经取代的3-30元单环、双环或多环；或
两个或更多个原子上的两个或更多个R基团任选地且独立地与居于它们之间的原子合在一起形成除居于它们之间的原子外还具有0-10个杂原子的任选地经取代的3-30元单环、双环或多环。
在一些实施例中，W是O。在一些实施例中，核苷酸间键联具有-P(＝O)(-N＝C(R”)2)-、-P(＝O)(-N(R’)SO2R”)-、-P(＝O)(-N(R’)C(O)R”)-、-P(＝O)(-N(R”)2)-、-P(＝O)(-N(R’)P(O)(R”)2)-、-OP(＝O)(-N＝C(R”)2)O-、-OP(＝O)(-N(R’)SO2R”)O-、-OP(＝O)(-N(R’)C(O)R”)O-、-OP(＝O)(-N(R”)2)O-、-OP(＝O)(-N(R’)P(O)(R”)2)O-、-P(＝O)(-N＝C(R”)2)O-、-P(＝O)(-N(R’)SO2R”)O-、-P(＝O)(-N(R’)C(O)R”)O-、-P(＝O)(-N(R”)2)O-或-P(＝O)(-N(R’)P(O)(R”)2)O-或其盐形式的结构。在一些实施例中，核苷酸间键联具有-P(＝O)(-N＝C(R”)2)--P(＝O)(-N(R”)2)-、-OP(＝O)(-N＝C(R”)2)-O-、-OP(＝O)(-N(R”)2)-O-、-P(＝O)(-N＝C(R”)2)-O-或-P(＝O)(-N(R”)2)-O-或其盐形式的结构。在一些实施例中，核苷酸间键联具有-OP(＝O)(-N＝C(R”)2)-O-或-OP(＝O)(-N(R”)2)-O-或其盐形式的结构。在一些实施例中，核苷酸间键联具有-OP(＝O)(-N＝C(R”)2)-O-或其盐形式的结构。在一些实施例中，核苷酸间键联具有-OP(＝O)(-N(R”)2)-O-或其盐形式的结构。在一些实施例中，核苷酸间键联具有-OP(＝O)(-N(R’)SO2R”)O-或其盐形式的结构。在一些实施例中，核苷酸间键联具有-OP(＝O)(-N(R’)C(O)R”)O-或其盐形式的结构。在一些实施例中，核苷酸间键联具有-OP(＝O)(-N(R’)P(O)(R”)2)O-或其盐形式的结构。在一些实施例中，核苷酸间键联是n001。
在一些实施例中，W是S。在一些实施例中，核苷酸间键联具有-P(＝S)(-N＝C(R”)2)-、-P(＝S)(-N(R’)SO2R”)-、-P(＝S)(-N(R’)C(O)R”)-、-P(＝S)(-N(R”)2)-、-P(＝S)(-N(R’)P(O)(R”)2)-、-OP(＝S)(-N＝C(R”)2)O-、-OP(＝S)(-N(R’)SO2R”)O-、-OP(＝S)(-N(R’)C(O)R”)O-、-OP(＝S)(-N(R”)2)O-、-OP(＝S)(-N(R’)P(O)(R”)2)O-、-P(＝S)(-N＝C(R”)2)O-、-P(＝S)(-N(R’)SO2R”)O-、-P(＝S)(-N(R’)C(O)R”)O-、-P(＝S)(-N(R”)2)O-、或-P(＝S)(-N(R’)P(O)(R”)2)O-或其盐形式的结构。在一些实施例中，核苷酸间键联具有-P(＝S)(-N＝C(R”)2)--P(＝S)(-N(R”)2)-、-OP(＝S)(-N＝C(R”)2)-O-、-OP(＝S)(-N(R”)2)-O-、-P(＝S)(-N＝C(R”)2)-O-或-P(＝S)(-N(R”)2)-O-或其盐形式的结构。在一些实施例中，核苷酸间键联具有-OP(＝S)(-N＝C(R”)2)-O-或-OP(＝S)(-N(R”)2)-O-或其盐形式的结构。在一些实施例中，核苷酸间键联具有-OP(＝S)(-N＝C(R”)2)-O-或其盐形式的结构。在一些实施例中，核苷酸间键联具有-OP(＝S)(-N(R”)2)-O-或其盐形式的结构。在一些实施例中，核苷酸间键联具有-OP(＝S)(-N(R’)SO2R”)O-或其盐形式的结构。在一些实施例中，核苷酸间键联具有-OP(＝S)(-N(R’)C(O)R”)O-或其盐形式的结构。在一些实施例中，核苷酸间键联具有-OP(＝S)(-N(R’)P(O)(R”)2)O-或其盐形式的结构。在一些实施例中，核苷酸间键联是＊n001。
在一些实施例中，核苷酸间键联具有-P(＝O)(-N(R’)SO2R”)-的结构，其中R”如本文所述。在一些实施例中，核苷酸间键联具有-P(＝S)(-N(R’)SO2R”)-的结构，其中R”如本文所述。在一些实施例中，核苷酸间键联具有-P(＝O)(-N(R’)SO2R”)O-的结构，其中R”如本文所述。在一些实施例中，核苷酸间键联具有-P(＝S)(-N(R’)SO2R”)O-的结构，其中R”如本文所述。在一些实施例中，核苷酸间键联具有-OP(＝O)(-N(R’)SO2R”)O-的结构，其中R”如本文所述。在一些实施例中，核苷酸间键联具有-OP(＝S)(-N(R’)SO2R”)O-的结构，其中R”如本文所述。在一些实施例中，例如-N(R’)-的R′是氢或任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，R′是C1-6烷基。在一些实施例中，R′是氢。在一些实施例中，R”(例如，在-SO2R”中)是如本文所述的R′。在一些实施例中，核苷酸间键联具有-P(＝O)(-NHSO2R”)-的结构，其中R”如本文所述。在一些实施例中，核苷酸间键联具有-P(＝S)(-NHSO2R”)-的结构，其中R”如本文所述。在一些实施例中，核苷酸间键联具有-P(＝O)(-NHSO2R”)O-的结构，其中R”如本文所述。在一些实施例中，核苷酸间键联具有-P(＝S)(-NHSO2R”)O-的结构，其中R”如本文所述。在一些实施例中，核苷酸间键联具有-OP(＝O)(-NHSO2R”)O-的结构，其中R”如本文所述。在一些实施例中，核苷酸间键联具有-OP(＝S)(-NHSO2R”)O-的结构，其中R”如本文所述。在一些实施例中，-X-RL是-N(R’)SO2RL，其中R′和RL中的每一个独立地如本文所述。在一些实施例中，RL是R”。在一些实施例中，RL是R’。在一些实施例中，-X-RL是-N(R’)SO2R”，其中R’如本文所述。在一些实施例中，-X-RL是-N(R’)SO2R’，其中R’如本文所述。在一些实施例中，-X-RL是-NHSO2R’，其中R′如本文所述。在一些实施例中，R′是如本文所述的R。在一些实施例中，R′是任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，R′是任选地经取代的C1-6烷基。在一些实施例中，R’是任选地经取代的苯基。在一些实施例中，R′是任选地经取代的杂芳基。在一些实施例中，R”(例如，在-SO2R”中)是R。在一些实施例中，R是任选地经取代的选自C1-6脂肪族基、芳基、杂环基和杂芳基的基团。在一些实施例中，R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，R是任选地经取代的C1-6烷基。在一些实施例中，R是任选地经取代的C1-6烯基。在一些实施例中，R是任选地经取代的C1-6炔基。在一些实施例中，R是任选地经取代的甲基。在一些实施例中，-X-RL是-NHSO2CH3。在一些实施例中，R是-CF3。在一些实施例中，R是甲基。在一些实施例中，R是任选地经取代的乙基。在一些实施例中，R是乙基。在一些实施例中，R是-CH2CHF2。在一些实施例中，R是-CH2CH2OCH3。在一些实施例中，R是任选地经取代的丙基。在一些实施例中，R是任选地经取代的丁基。在一些实施例中，R是正丁基。在一些实施例中，R是-(CH2)6NH2。在一些实施例中，R是任选地经取代的直链C2-20脂肪族基。在一些实施例中，R是任选地经取代的直链C2-20烷基。在一些实施例中，R是直链C2-20烷基。在一些实施例中，R是任选地经取代的C1、C2、C3、C4、C5、C6、C7、C8、C9、C10、C11、C12、C13、C14、C15、C16、C17、C18、C19、或C20脂肪族基。在一些实施例中，R是任选地经取代的C1、C2、C3、C4、C5、C6、C7、C8、C9、C10、C11、C12、C13、C14、C15、C16、C17、C18、C19、或C20烷基。在一些实施例中，R是任选地经取代的直链C1、C2、C3、C4、C5、C6、C7、C8、C9、C10、C11、C12、C13、C14、C15、C16、C17、C18、C19、或C20烷基。在一些实施例中，R是直链C1、C2、C3、C4、C5、C6、C7、C8、C9、C10、C11、C12、C13、C14、C15、C16、C17、C18、C19、或C20烷基。在一些实施例中，R是任选地经取代的苯基。在一些实施例中，R是苯基。在一些实施例中，R是对甲基苯基。在一些实施例中，R是4-二甲基氨基苯基。在一些实施例中，R是3-吡啶基。在一些实施例中，R是在一些实施例中，R是在一些实施例中，R是苄基。在一些实施例中，R是任选地经取代的杂芳基。在一些实施例中，R是任选地经取代的1，3-二唑基。在一些实施例中，R是任选地经取代的2-(1，3)-二唑基。在一些实施例中，R是任选地经取代的1-甲基-2-(1，3)-二唑基。在一些实施例中，R是异丙基。在一些实施例中，R”是-N(R’)2。在一些实施例中，R”是-N(CH3)2。在一些实施例中，R”(例如，在-SO2R”中)，是-OR’，其中R’如本文所述。在一些实施例中，R′是如本文所述的R。在一些实施例中，R”是-OCH3。在一些实施例中，键联是-OP(＝O)(-NHSO2R)O-，其中R如本文所述。在一些实施例中，R是如本文所述的任选地经取代的直链烷基。在一些实施例中，R是如本文所述的直链烷基。在一些实施例中，键联是-OP(＝O)(-NHSO2CH3)O-。在一些实施例中，键联是-OP(＝O)(-NHSO2CH2CH3)O-。在一些实施例中，键联是-OP(＝O)(-NHSO2CH2CH2OCH3)O-。在一些实施例中，键联是-OP(＝O)(-NHSO2CH2Ph)O-。在一些实施例中，键联是-OP(＝O)(-NHSO2CH2CHF2)O-。在一些实施例中，键联是-OP(＝O)(-NHSO2(4-甲基苯基))O-。在一些实施例中，-X-RL是在一些实施例中，键联是-OP(＝O)(-X-RL)O-，其中-X-RL是在一些实施例中，键联是-OP(＝O)(-NHSO2CH(CH3)2)O-。在一些实施例中，键联是-OP(＝O)(-NHSO2N(CH3)2)O-。在一些实施例中，键联是n002。在一些实施例中，键联是n006。在一些实施例中，键联是n020。在一些实施例中，这样的核苷酸间键联可以用来代替像n001这样的键联。
在一些实施例中，核苷酸间键联具有-P(＝O)(-N(R’)C(O)R”)-的结构，其中R”如本文所述。在一些实施例中，核苷酸间键联具有-P(＝S)(-N(R’)C(O)R”)-的结构，其中R”如本文所述。在一些实施例中，核苷酸间键联具有-P(＝O)(-N(R’)C(O)R”)O-的结构，其中R”如本文所述。在一些实施例中，核苷酸间键联具有-P(＝S)(-N(R’)C(O)R”)O-的结构，其中R”如本文所述。在一些实施例中，核苷酸间键联具有-OP(＝O)(-N(R’)C(O)R”)O-的结构，其中R”如本文所述。在一些实施例中，核苷酸间键联具有-OP(＝S)(-N(R’)C(O)R”)O-的结构，其中R”如本文所述。在一些实施例中，例如-N(R’)-的R′是氢或任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，R′是C1-6烷基。在一些实施例中，R′是氢。在一些实施例中，R”(例如，在-C(O)R”中)是如本文所述的R’。在一些实施例中，核苷酸间键联具有-P(＝O)(-NHC(O)R”)-的结构，其中R”如本文所述。在一些实施例中，核苷酸间键联具有一P(＝S)(-NⅡC(O)R”)一的结构，其中R”如本文所述。在一些实施例中，核苷酸间键联具有-P(＝O)(-NHC(O)R”)O-的结构，其中R”如本文所述。在一些实施例中，核苷酸间键联具有-P(＝S)(-NHC(O)R”)O-的结构，其中R”如本文所述。在一些实施例中，核苷酸间键联具有-OP(＝O)(-NHC(O)R”)O-的结构，其中R”如本文所述。在一些实施例中，核苷酸间键联具有-OP(＝S)(-NHC(O)R”)O-的结构，其中R”如本文所述。在一些实施例中，-X-RL是-N(R’)CORL，其中RL如本文所述。在一些实施例中，-X-RL是-N(R’)COR”，其中R”如本文所述。在一些实施例中，-X-RL是-N(R’)COR’，其中R′如本文所述。在一些实施例中，-X-RL是-NHCOR’，其中R’如本文所述。在一些实施例中，R′是如本文所述的R。在一些实施例中，R′是任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，R′是任选地经取代的C1-6烷基。在一些实施例中，R’是任选地经取代的苯基。在一些实施例中，R′是任选地经取代的杂芳基。在一些实施例中，R”(例如，在-C(O)R”中)是R。在一些实施例中，R是任选地经取代的选自C1-6脂肪族基、芳基、杂环基和杂芳基的基团。在一些实施例中，R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，R是任选地经取代的C1-6烷基。在一些实施例中，R是任选地经取代的C1-6烯基。在一些实施例中，R是任选地经取代的C1-6炔基。在一些实施例中，R是甲基。在一些实施例中，-X-RL是-NHC(O)CH3。在一些实施例中，R是任选地经取代的甲基。在一些实施例中，R是-CF3。在一些实施例中，R是任选地经取代的乙基。在一些实施例中，R是乙基。在一些实施例中，R是-CH2CHF2。在一些实施例中，R是-CH2CH2OCH3。在一些实施例中，R是任选地经取代的C1-20(例如，C1-6、C2-6、C3-6、C1-10、C2-10、C3-10、C2-20、C3-20、C10-20、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20等)脂肪族基。在一些实施例中，R是任选地经取代的C1-20(例如，C1-6、C2-6、C3-6、C1-10、C2-10、C3-10、C2-20、C3-20、C10-20、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、或20等)烷基。在一些实施例中，R是任选地经取代的直链C2-20脂肪族基。在一些实施例中，R是任选地经取代的直链C2-20烷基。在一些实施例中，R是直链C2-20烷基。在一些实施例中，R是任选地经取代的C1、C2、C3、C4、C5、C6、C7、C8、C9、C10、C11、C12、C13、C14、C15、C16、C17、C18、C19、或C20脂肪族基。在一些实施例中，R是任选地经取代的C1、C2、C3、C4、C5、C6、C7、C8、C9、C10、C11、C12、C13、C14、C15、C16、C17、C18、C19、或C20烷基。在一些实施例中，R是任选地经取代的直链C1、C2、C3、C4、C5、C6、C7、C8、C9、C10、C11、C12、C13、C14、C15、C16、C17、C18、C19、或C20烷基。在一些实施例中，R是直链C1、C2、C3、C4、C5、C6、C7、C8、C9、C10、C11、C12、C13、C14、C15、C16、C17、C18、C19、或C20烷基。在一些实施例中，R是任选地经取代的芳基。在一些实施例中，R是任选地经取代的苯基。在一些实施例中，R是对甲基苯基。在一些实施例中，R是苄基。在一些实施例中，R是任选地经取代的杂芳基。在一些实施例中，R是任选地经取代的1，3-二唑基。在一些实施例中，R是任选地经取代的2-(1，3)-二唑基。在一些实施例中，R是任选地经取代的1-甲基-2-(1，3)-二唑基。在一些实施例中，RL是-(CH2)5NH2。在一些实施例中，RL是在一些实施例中，RL是在一些实施例中，R”是-N(R’)2。在一些实施例中，R”是-N(CH3)2。在一些实施例中，-X-RL是-N(R’)CON(RL)2，其中R′和RL独立地如本文所述。在一些实施例中，-X-RL是-NHCON(RL)2，其中RL如本文所述。在一些实施例中，两个R′或两个RL与它们连接的氮原子一起形成如本文所述的环，例如任选地经取代的 在一些实施例中，R”(例如，在-C(O)R”中)，是-OR’，其中R’如本文所述。在一些实施例中，R′是如本文所述的R。在一些实施例中，是任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，是任选地经取代的C1-6烷基。在一些实施例中，R”是-OCH3。在一些实施例中，-X-RL是-N(R’)C(O)ORL，其中R′和RL中的每一个独立地如本文所述。在一些实施例中，R是在一些实施例中，-X-RL是-NHC(O)OCH3。在一些实施例中，-X-RL是-NHC(O)N(CH3)2。在一些实施例中，键联是-OP(O)(NHC(O)CH3)O-。在一些实施例中，键联是-OP(O)(NHC(O)OCH3)O-。在一些实施例中，键联是-OP(O)(NHC(O)(对甲基苯基))O-。在一些实施例中，键联是-OP(O)(NHC(O)N(CH3)2)O-。在一些实施例中，-X-RL是-N(R’)RL，其中R′和RL中的每一个独立地如本文所述。在一些实施例中，-X-RL是-N(R’)RL，其中R′和RL中的每一个独立地不是氢。在一些实施例中，-X-RL是-NHRL，其中RL如本文所述。在一些实施例中，RL不是氢。在一些实施例中，RL是任选地经取代的芳基或杂芳基。在一些实施例中，RL是任选地经取代的芳基。在一些实施例中，RL是任选地经取代的苯基。在一些实施例中，-X-RL是-N(R’)2，其中每个R′独立地如本文所述。在一些实施例中，-X-RL是-NHR’，其中R’如本文所述。在一些实施例中，-X-RL是-NHR，其中R如本文所述。在一些实施例中，-X-RL是RL，其中RL如本文所述。在一些实施例中，RL是-N(R’)2，其中每个R′独立地如本文所述。在一些实施例中，RL是-NHR’，其中R′如本文所述。在一些实施例中，RL是-NHR，其中R如本文所述。在一些实施例中，RL是-N(R’)2，其中每个R′独立地如本文所述。在一些实施例中，-N(R’)2中的R′都不是氢。在一些实施例中，RL是-N(R’)2，其中每个R′独立地是C1-6脂肪族基。在一些实施例中，RL是-L-R′，其中L和R′中的每一个独立地如本文所述。在一些实施例中，RL是-L-R，其中L和R中的每一个独立地如本文所述。在一些实施例中，RL是-N(R’)-Cy-N(R’)-R’。在一些实施例中，RL是-N(R’)-Cy-C(O)-R’。在一些实施例中，RL是-N(R’)-Cy-O-R’。在一些实施例中，RL是-N(R’)-Cy-SO2-R’。在一些实施例中，RL是-N(R’)-Cy-SO2-N(R’)2。在一些实施例中，RL是-N(R’)-Cy-C(O)-N(R’)2。在一些实施例中，RL是-N(R’)-Cy-OP(O)(R”)2。在一些实施例中，-Cy-是任选地经取代的二价芳基基团。在一些实施例中，-Cy-是任选地经取代的亚苯基。在一些实施例中，-Cy-是任选地经取代的1，4-亚苯基。在一些实施例中，-Cy-是1，4-亚苯基。在一些实施例中，RL是-N(CH3)2。在一些实施例中，RL是-N(i-Pr)2。在一些实施例中，RL是在一些实施例中，RL是在一些实施例中，RL是在一些实施例中，RL是在一些实施例中，RL是在一些实施例中，RL是在一些实施例中，RL是在一些实施例中，RL是在一些实施例中，RL是在一些实施例中，RL是在一些实施例中，RL是在一些实施例中，RL是在一些实施例中，RL是在一些实施例中，RL是在一些实施例中，RL是在一些实施例中，RL是在一些实施例中，RL是在一些实施例中，RL是在一些实施例中，RL是 在一些实施例中，-X-RL是-N(R’)-C(O)-Cy-RL。在一些实施例中，-X-RL是RL。在一些实施例中，RL是-N(R’)-C(O)-Cy-O-R’。在一些实施例中，RL是-N(R’)-C(O)-Cy-R’。在一些实施例中，RL是-N(R’)-C(O)-Cy-C(O)-R’。在一些实施例中，RL是-N(R’)-C(O)-Cy-N(R’)2。在一些实施例中，RL是-N(R’)-C(O)-Cy-SO2-N(R’)2。在一些实施例中，RL是-N(R’)-C(O)-Cy-C(O)-N(R’)2。在一些实施例中，RL是-N(R’)-C(O)-Cy-C(O)-N(R’)-SO2-R’。在一些实施例中，R′是如本文所述的R。在一些实施例中，RL是
如本文所述，在一些实施例中，L的一个或多个亚甲基单元或包含L或为L的变量独立地被-O-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(O)N(R’)-、-SO2-、-SO2N(R’)-、或-Cy-替代。在一些实施例中，亚甲基单元被-Cy-替代。在一些实施例中，-Cy-是任选地经取代的二价芳基基团。在一些实施例中，-Cy-是任选地经取代的亚苯基。在一些实施例中，-Cy-是任选地经取代的1，4-亚苯基。在一些实施例中，-Cy-是任选地经取代的具有1-10个(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9、或10个)杂原子的二价5-20(例如5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、或20)元杂芳基基团。在一些实施例中，-Cy-是单环的。在一些实施例中，-Cy-是双环的。在一些实施例中，-Cy-是多环的。在一些实施例中，-Cy-中的每个单环单元独立地为3-10(例如，3、4、5、6、7、8、9或10)元，并且独立地为饱和的、部分饱和的或芳族的。在一些实施例中，-Cy-是任选地经取代的3-20(例如，3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、或20)元单环、双环或多环脂肪族基团。在一些实施例中，-Cy-是任选地经取代的具有1-10个(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9或10)个杂原子的3-20(例如，3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、或20)元单环、双环或多环杂脂肪族基团。
在一些实施例中，核苷酸间键联具有-P(＝O)(-N(R’)P(O)(R”)2)-的结构，其中每个R”独立地如本文所述。在一些实施例中，核苷酸间键联具有-P(＝S)(-N(R’)P(O)(R”)2)-的结构，其中每个R”独立地如本文所述。在一些实施例中，核苷酸间键联具有-P(＝O)(-N(R’)P(O)(R”)2)O-的结构，其中每个R”独立地如本文所述。在一些实施例中，核苷酸间键联具有-P(＝S)(-N(R’)P(O)(R”)2)O-的结构，其中每个R”独立地如本文所述。在一些实施例中，核苷酸间键联具有-OP(＝O)(-N(R’)P(O)(R”)2)O-的结构，其中每个R”独立地如本文所述。在一些实施例中，核苷酸间键联具有-OP(＝S)(-N(R’)P(O)(R”)2)O-的结构，其中每个R”独立地如本文所述。在一些实施例中，例如-N(R’)-的R′是氢或任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，R′是C1-6烷基。在一些实施例中，R′是氢。在一些实施例中，R”(例如，在-P(O)(R”)2中)是如本文所述的R’。在一些实施例中，核苷酸间键联具有-P(＝O)(-NHP(O)(R”)2)-的结构，其中每个R”独立地如本文所述。在一些实施例中，核苷酸间键联具有-p(＝S)(-NHP(O)(R”)2)-的结构，其中每个R”独立地如本文所述。在一些实施例中，核苷酸间键联具有-P(＝O)(-NHP(O)(R”)2)O-的结构，其中每个R”独立地如本文所述。在一些实施例中，核苷酸间键联具有-P(＝S)(-NHP(O)(R”)2)O-的结构，其中每个R”独立地如本文所述。在一些实施例中，核苷酸间键联具有-OP(＝O)(-NHP(O)(R”)2)O-的结构，其中每个R”独立地如本文所述。在一些实施例中，核苷酸间键联具有-OP(＝S)(-NHP(O)(R”)2)O-的结构，其中每个R”独立地如本文所述。在一些实施例中，R”的出现(例如，在-p(O)(R”)2中)是R。在一些实施例中，R是任选地经取代的选自C1-6脂肪族基、芳基、杂环基和杂芳基的基团。在一些实施例中，R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，R是任选地经取代的C1-6烷基。在一些实施例中，R是任选地经取代的C1-6烯基。在一些实施例中，R是任选地经取代的C1-6炔基。在一些实施例中，R是甲基。在一些实施例中，R是任选地经取代的甲基。在一些实施例中，R是-CF3。在一些实施例中，R是任选地经取代的乙基。在一些实施例中，R是乙基。在一些实施例中，R是-CH2CHF2。在一些实施例中，R是-CH2CH2OCH3。在一些实施例中，R是任选地经取代的C1-20(例如，C1-6、C2-6、C3-6、C1-10、C2-10、C3-10、C2-20、C3-20、C10-20、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20等)脂肪族基。在一些实施例中，R是任选地经取代的C1-20(例如，C1-6、C2-6、C3-6、C1-10、C2-10、C3-10、C2-20、C3-20、C10-20、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、或20等)烷基。在一些实施例中，R是任选地经取代的直链C2-20脂肪族基。在一些实施例中，R是任选地经取代的直链C2-20烷基。在一些实施例中，R是直链C2-20烷基。在一些实施例中，R是异丙基。在一些实施例中，R是任选地经取代的C1、C2、C3、C4、C5、C6、C7、C8、C9、C10、C11、C12、C13、C14、C15、C16、C17、C18、C19、或C20脂肪族基。在一些实施例中，R是任选地经取代的C1、C2、C3、C4、C5、C6、C7、C8、C9、C10、C11、C12、C13、C14、C15、C16、C17、C18、C19、或C20烷基。在一些实施例中，R是任选地经取代的直链C1、C2、C3、C4、C5、C6、C7、C8、C9、C10、C11、C12、C13、C14、C15、C16、C17、C18、C19、或C20烷基。在一些实施例中，R是直链C1、C2、C3、C4、C5、C6、C7、C8、C9、C10、C11、C12、C13、C14、C15、C16、C17、C18、C19、或C20烷基。在一些实施例中，每个R”独立地是如本文所述的R，例如，在一些实施例中，每个R”是甲基。在一些实施例中，R”是任选地经取代的芳基。在一些实施例中，R是任选地经取代的苯基。在一些实施例中，R是对甲基苯基。在一些实施例中，R是苄基。在一些实施例中，R是任选地经取代的杂芳基。在一些实施例中，R是任选地经取代的1，3-二唑基。在一些实施例中，R是任选地经取代的2-(1，3)-二唑基。在一些实施例中，R是任选地经取代的1-甲基-2-(1，3)-二唑基。在一些实施例中，R”的出现是-N(R’)2。在一些实施例中，R”是-N(CH3)2。在一些实施例中，R”(例如，在-P(O)(R”)2中)的出现是-OR’，其中R’如本文所述。在一些实施例中，R′是如本文所述的R。在一些实施例中，是任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，是任选地经取代的C1-6烷基。在一些实施例中，R”是-OCH3。在一些实施例中，每个R”是如本文所述的-OR’。在一些实施例中，每个R”是-OCH3。在一些实施例中，每个R”是-OH。在一些实施例中，键联是-OP(O)(NHP(O)(OH)2)O-。在一些实施例中，键联是-OP(O)(NHP(O)(OCH3)2)O-。在一些实施例中，键联是-OP(O)(NHP(O)(CH3)2)O-。
在一些实施例中，-N(R”)2是-N(R’)2。在一些实施例中，-N(R”)2是-NHR。在一些实施例中，-N(R”)2是-NHC(O)R。在一些实施例中，-N(R”)2是-NHC(O)OR。在一些实施例中，-N(R”)2是-NHS(O)2R。
在一些实施例中，核苷酸间键联是磷酰基胍核苷酸间键联。在一些实施例中，核苷酸间键联包含如本文所述的-X-RL。在一些实施例中，-X-RL是-N＝C(-LL-RL)2。在一些实施例中，-X-RL是-N＝C[N(RL)2]2。在一些实施例中，-X-RL是-N＝C[NR’RL]2。在一些实施例中，-X-RL是-N＝C[N(R’)2]2。在一些实施例中，-X-RL是-N＝C[N(RL)2](CHRL1RL2)，其中RL1和RL2中的每一个独立地如本文所述。在一些实施例中，-X-RL是-N＝C(NR’RL)(CHRL1RL2)，其中RL1和RL2中的每一个独立地如本文所述。在一些实施例中，-X-RL是-N＝C(NR’RL)(CR’RL1RL2)，其中RL1和RL2中的每一个独立地如本文所述。在一些实施例中，-X-RL是-N＝C[N(R’)2](CHR’RL2)。在一些实施例中，-X-RL是-N＝C[N(RL)2](RL)。在一些实施例中，-X-RL是-N＝C(NR’RL)(RL)。在一些实施例中，-X-RL是-N＝C(NR’RL)(R’)。在一些实施例中，-X-RL是-N＝C[N(R’)2](R’)。在一些实施例中，-X-RL是-N＝C(NR’RL1)(NR’RL2)，其中每个RL1和RL2独立地是RL，并且每个R’和RL独立地如本文所述。在一些实施例中，-X-RL是-N＝C(NR’RL1)(NR’RL2)，其中变量独立地如本文所述。在一些实施例中，-X-RL是-N＝C(NR’RL1)(CHR’RL2)，其中变量独立地如本文所述。在一些实施例中，-X-RL是-N＝C(NR’RL1)(R’)，其中变量独立地如本文所述。在一些实施例中，每个R’独立地是R。在一些实施例中，R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，R是甲基。在一些实施例中，-X-RL是在一些实施例中，选自R’、RL、RL1、RL2等的两个基团(在一些实施例中，在同一原子上(例如-N(R’)2、或NR’RL、或-N(RL)2，其中R’和RL可以独立地是如本文所述的R)等)，或在不同的原子上(例如，-N＝C(NR’RL)(CR’RL1RL2)或-N＝C(NR’RL1)(NR’RL2)中的两个R’；也可以是其他两个可以是R的变量，例如RL、RL1、RL2等))是独立的R并与居于它们之间的原子一起形成本文所述的环。在一些实施例中，例如-N(R’)2、-N(RL)2、-NR’RL、-NR’RL1、-NR’RL2、-CR’RL1RL2等的同一原子上的R、R’、RL、RL1或RL2中两个一起形成本文所述的环。在一些实施例中，在两个不同的原子上的两个R′、RL、RL1或RL2，例如在-N＝C(NR’RL)(CR’RL1RL2)、-N＝C(NR’RL1)(NR’RL2)等中的两个R’一起形成本文所述的环。在一些实施例中，形成的环是任选地经取代的具有0-5个另外的杂原子的3-20(例如，3-15、3-12、3-10、3-9、3-8、3-7、3-6、4-15、4-12、4-10、4-9、4-8、4-7、4-6、5-15、5-12、5-10、5-9、5-8、5-7、5-6、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、等)单环、双环或三环。在一些实施例中，形成的环是如本文所述的单环。在一些实施例中，形成的环是任选地经取代的5-10元单环。在一些实施例中，所形成的环是双环的。在一些实施例中，所形成的环是多环的。在一些实施例中，是或可以是R的两个基团(例如-N＝C(NR’RL)(CR’RL1RL2)或-N＝C(NR’RL1)(NR’RL2)中的两个R′，-N＝C(NR’RL)(CR’RL1RL2)、-N＝C(NR’RL1)(NR’RL2)中的两个R′，等)一起形成任选地经取代的二价烃链，例如任选地经取代的C1-20脂肪族链，任选地经取代的-(CH2)n-，其中n是1-20(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20)。在一些实施例中，烃链是饱和的。在一些实施例中，烃链是部分不饱和的。在一些实施例中，烃链是不饱和的。在一些实施例中，是或可以是R的两个基团(例如-N＝C(NR’RL)(CR’RL1RL2)或-N＝C(NR’RL1)(NR’RL2)中的两个R′，-N＝C(NR’RL)(CR’RL1RL2)、-N＝C(NR’RL1)(NR’RL2)中的两个R′，等)一起形成任选地经取代的二价杂脂肪族链，例如任选地经取代的具有1-10个杂原子的C1-20杂脂肪族链。在一些实施例中，杂脂肪族链是饱和的。在一些实施例中，杂脂肪族链是部分不饱和的。在一些实施例中，杂脂肪族链是不饱和的。在一些实施例中，链是任选地经取代的-(CH2)-。在一些实施例中，链是任选地经取代的-(CH2)2-。在一些实施例中，链是任选地经取代的-(CH2)-。在一些实施例中，链是任选地经取代的-(CH2)2-。在一些实施例中，链是任选地经取代的-(CH2)3-。在一些实施例中，链是任选地经取代的-(CH2)4-。在一些实施例中，链是任选地经取代的-(CH2)5-。在一些实施例中，链是任选地经取代的-(CH2)6-。在一些实施例中，链是任选地经取代的-CH＝CH-。在一些实施例中，链是任选地经取代的在一些实施例中，链是任选地经取代的在一些实施例中，链是任选地经取代的在一些实施例中，链是任选地经取代的在一些实施例中，链是任选地经取代的在一些实施例中，链是任选地经取代的在一些实施例中，链是任选地经取代的在一些实施例中，链是任选地经取代的在一些实施例中，链是任选地经取代的在一些实施例中，不同原子上的R、R’、RL、RL1、RL2等中两个一起形成如本文所述的环。例如，在一些实施例中，-X-RL是在一些实施例中，-X-RL是在一些实施例中，-X-RL是在一些实施例中，-X-RL是在一些实施例中，-X-RL是在一些实施例中，-X-RL是在一些实施例中，-X-RL是在一些实施例中，-X-RL是在一些实施例中，-X-RL是在一些实施例中，-X-RL是在一些实施例中，-N(R’)2、-N(R)2、-N(RL)2、-NR’RL、-NR’RL1、-NR’RL2、-NRL1RL2等是所形成的环。在一些实施例中，环是任选地经取代的在一些实施例中，环是任选地经取代的在一些实施例中，环是任选地经取代的在一些实施例中，环是任选地经取代的在一些实施例中，环是任选地经取代的在一些实施例中，环是任选地经取代的在一些实施例中，环是任选地经取代的在一些实施例中，环是任选地经取代的在一些实施例中，环是任选地经取代的在一些实施例中，环是任选地经取代的在一些实施例中，环是任选地经取代的在一些实施例中，环是任选地经取代的在一些实施例中，环是任选地经取代的在一些实施例中，环是任选地经取代的在一些实施例中，环是任选地经取代的
在一些实施例中，RL1和RL2相同。在一些实施例中，RL1和RL2不同。在一些实施例中，RL1和RL2中的每一个独立地是RL，如本文所述，例如以下所述。
在一些实施例中，RL是任选地经取代的C1-30脂肪族基。在一些实施例中，RL是任选地经取代的C1-30烷基。在一些实施例中，RL是直链的。在一些实施例中，RL是任选地经取代的直链C1-30烷基。在一些实施例中，RL是任选地经取代的C1-6烷基。在一些实施例中，RL是甲基。在一些实施例中，RL是乙基。在一些实施例中，RL是正丙基。在一些实施例中，RL是异丙基。在一些实施例中，RL是正丁基。在一些实施例中，RL是叔丁基。在一些实施例中，RL是(E)-CH2-CH＝CH-CH2-CH3。在一些实施例中，RL是(Z)-CH2-CH＝CH-CH2-CH3。在一些实施例中，RL是在一些实施例中，RL是在一些实施例中，RL是CH3(CH2)2C≡CC≡C(CH2)3-。在一些实施例中，RL是CH3(CH2)5C≡C-。在一些实施例中，RL任选地经取代的芳基。在一些实施例中，RL是任选地经取代的苯基。在一些实施例中，RL是被一个或多个卤素取代的苯基。在一些实施例中，RL是任选地被卤素、-N(R’)、或-N(R’)C(O)R’取代的苯基。在一些实施例中，RL是任选地被-Cl、-Br、-F、-N(Me)2、或-NHCOCH3取代的苯基。在一些实施例中，RL是-LL-R’，其中LL是任选地经取代的C1-20饱和、部分不饱和或不饱和烃链。在一些实施例中，这样的烃链是直链。在一些实施例中，这样的烃链是未经取代的。在一些实施例中，LL是(E)-CH2-CH＝CH-。在一些实施例中，LL是-CH2-C≡C-CH2-。在一些实施例中，LL是-(CH2)3-。在一些实施例中，LL是-(CH2)4-。在一些实施例中，LL是-(CH2)n-，其中n是1-30(例如1-20、5-30、6-30、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30等)。在一些实施例中，R’是如本文所述的任选地经取代的芳基。在一些实施例中，R’是任选地经取代的苯基。在一些实施例中，R’是苯基。在一些实施例中，R′是如本文所述的任选地经取代的杂芳基。在一些实施例中，R′是2’-吡啶基。在一些实施例中，R′是3’-吡啶基。在一些实施例中，RL是在一些实施例中，RL是在一些实施例中，RL是在一些实施例中，RL是-LL-N(R’)2，其中每个变量独立地如本文所述。在一些实施例中，每个R’独立地是如本文所述的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，-N(R’)2是-N(CH3)2。在一些实施例中，-N(R’)2是-NH2。在一些实施例中，RL是-(CH2)n-N(R’)2，其中n是1-30(例如，1-20、5-30、6-30、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30等)。在一些实施例中，RL是-(CH2CH2O)n-CH2CH2-N(R’)2，其中n是1-30(例如，1-20、5-30、6-30、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30等)。在一些实施例中，RL是在一些实施例中，RL是在一些实施例中，RL是在一些实施例中，RL是-(CH2)n-NH2。在一些实施例中，RL是-(CH2CH2O)n-CH2CH2-NH2。在一些实施例中，RL是-(CH2CH2O)n-CH2CH2-R’，其中n是1-30(例如，1-20、5-30、6-30、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30等)。在一些实施例中，RL是-(CH2CH2O)n-CH2CH2CH3，其中n是1-30(例如，1-20、5-30、6-30、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30等)。在一些实施例中，RL是-(CH2CH2O)n-CH2CH2OH，其中n是1-30(例如，1-20、5-30、6-30、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30等)。在一些实施例中，RL是或包含碳水化合物部分，例如GalNAc。在一些实施例中，RL是-LL-GalNAc。在一些实施例中，RL是在一些实施例中，LL的一个或多个亚甲基单元独立地被-Cy-替代(例如，任选地经取代的1，4-亚苯基、任选地经取代的3-30元二价单环、双环或多环环脂肪族环等)、-O-、-N(R’)-(例如-NH)、-C(O)-、-C(O)N(R’)-(例如-C(O)NH-)、-C(NR’)-(例如-C(NH)-)、-N(R’)C(O)(N(R’)-(例如-NHC(O)NH-)、-N(R’)C(NR’)(N(R’)-(例如-NHC(NH)NH-)、-(CH2CH2O)n-等。例如，在一些实施例中，RL是在一些实施例中，RL是在一些实施例中，RL是在一些实施例中，RL是在一些实施例中，RL是其中n是0-20。在一些实施例中，RL是或包含一个或多个另外的化学部分(例如碳水化合物部分、GalNAc部分等)，其任选地经取代并经由接头(接头可以是二价或多价)连接。例如，在一些实施例中，RL是其中n是0-20。在一些实施例中，RL是其中n是0-20。在一些实施例中，RL是如本文所述的R′。如本文所述，许多变量可以独立地是R′。在一些实施例中，R′是如本文所述的R。如本文所述，各种变量可以独立地是R。在一些实施例中，R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，R是任选地经取代的C1-6烷基。在一些实施例中，R是甲基。在一些实施例中，R是任选地经取代的环脂肪族。在一些实施例中，R是任选地经取代的环烷基。在一些实施例中，R是任选地经取代的芳基。在一些实施例中，R是任选地经取代的苯基。在一些实施例中，R是任选地经取代的杂芳基。在一些实施例中，R是任选地经取代的杂环基。在一些实施例中，R是任选地经取代的具有1-5个杂原子的C1-20杂环基，例如，杂原子中一个是氮。在一些实施例中，R是任选地经取代的在一些实施例中，R是任选地经取代的在一些实施例中，R是任选地经取代的在一些实施例中，R是任选地经取代的在一些实施例中，R是任选地经取代的在一些实施例中，R是任选地经取代的在一些实施例中，R是任选地经取代的在一些实施例中，R是任选地经取代的在一些实施例中，R是任选地经取代的在一些实施例中，R是任选地经取代的在一些实施例中，R是任选地经取代的在一些实施例中，R是任选地经取代的在一些实施例中，R是任选地经取代的在一些实施例中，R是任选地经取代的在一些实施例中，R是任选地经取代的
在一些实施例中，-X-RL是在一些实施例中，-X-RL是在一些实施例中，-X-RL是在一些实施例中，-X-RL是在一些实施例中，-X-RL是在一些实施例中，-X-RL是在一些实施例中，-X-RL是在一些实施例中，-X-RL是在一些实施例中，-X-RL是在一些实施例中，-X-RL是在一些实施例中，-X-RL是在一些实施例中，-X-RL是在一些实施例中，-X-RL是其中n是1-20。在一些实施例中，-X-RL是其中n是1-20。在一些实施例中，-X-RL选自：
在一些实施例中，-X-RL是在一些实施例中，-X-RL是在一些实施例中，-X-RL是
在一些实施例中，RL是如本文所述的R”。在一些实施例中，RL是如本文所述的R。
在一些实施例中，R”或RL是或包含另外的化学部分。在一些实施例中，R”或RL是或包含另外的化学部分，其中另外的化学部分是或包含碳水化合物部分。在一些实施例中，R”或RL是或包含GalNAc。在一些实施例中，RL或R”被替换为或用于连接到另外的化学部分。
在一些实施例中，X是-O-。在一些实施例中，X是-S-。在一些实施例中，X是-LL-N(-LL-RL)-LL-。在一些实施例中，X是-N(-LL-RL)-LL-。在一些实施例中，X是-LL-N(-LL-RL)-。在一些实施例中，X是-N(-LL-RL)-。在一些实施例中，X是-LL-N＝C(-LL-RL)-LL-。在一些实施例中，X是-N＝C(-LL-RL)-LL-。在一些实施例中，X是-LL-N＝C(-LL-RL)-。在一些实施例中，X是-N＝C(-LL-RL)-。在一些实施例中，X是LL。在一些实施例中，X是共价键。
在一些实施例中，Y是共价键。在一些实施例中，Y是-O-。在一些实施例中，Y是-N(R’)-。在一些实施例中，Z是共价键。在一些实施例中，Z是-O-。在一些实施例中，Z是-N(R’)-。在一些实施例中，R′是R。在一些实施例中，R是-H。在一些实施例中，R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，R是甲基。在一些实施例中，R是乙基。在一些实施例中，R是丙基。在一些实施例中，R是任选地经取代的苯基。在一些实施例中，R是苯基。
如本文所述，本披露中结构中的各种变量可以是或包含R。R的合适的实施例在本披露中被广泛描述。如本领域技术人员所理解的，针对可为R的变量描述的R实施例也可适用于可为R的另一变量。类似地，针对变量的组分/部分(例如，L)描述的实施例也可适用于可以是或包含该组分/部分的其他变量。
在一些实施例中，R”是R’。在一些实施例中，R”是-N(R’)2。
在一些实施例中，-X-RL是-SH。在一些实施例中，-X-RL是-OH。
在一些实施例中，-X-RL是-N(R’)2。在一些实施例中，每个R′独立地是任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，每个R′独立地是甲基。
在一些实施例中，不带负电荷的核苷酸间键联具有-OP(＝O)(-N＝C((N(R’)2)2-O-的结构。在一些实施例中，一个N(R’)2的R′基团是R，另一个N(R’)2的R′基团是R，并且两个R基团与居于它们之间的原子一起形成任选地经取代的环，例如n001中的5元环。在一些实施例中，每个R’独立地是R，其中每个R独立地是任选地经取代的C1-6脂肪族基。
在一些实施例中，-X-RL是-N＝C(-LL-R’)2。在一些实施例中，-X-RL是-N＝C(-LL1-LL2-LL3-R’)2，其中每个LL1、LL2和LL3独立地是L”，其中每个L”独立地是共价键，或选自C1-10脂肪族基团和具有1-5个杂原子的C1-10杂脂肪族基团的二价的任选地经取代的直链或支链基团，其中一个或多个亚甲基单元任选地且独立地被选自以下的任选地经取代的基团替代：C1-6亚烷基、C1-6亚烯基、-C≡C-、具有1-5个杂原子的二价C1-C6杂脂肪族基团、-C(R’)2-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)O-、-S(O)-、-S(O)2-、-S(O)2N(R’)-、-C(O)S-、-C(O)O-、-P(O)(OR’)-、-P(O)(SR’)-、-P(O)(R’)-、-P(O)(NR’)-、-P(S)(OR’)-、-P(S)(SR’)-、-P(S)(R’)-、-P(S)(NR’)-、-P(R’)-、-P(OR’)-、-P(SR’)-、-P(NR’)-、-P(OR’)[B(R’)3]-、-OP(O)(OR’)O-、-OP(O)(SR’)O-、-OP(O)(R’)O-、-OP(O)(NR’)O-、-OP(OR’)O-、-OP(SR’)O-、-OP(NR’)O-、-OP(R’)O-或-OP(OR’)[B(R’)3]O-，并且一个或多个氮或碳原子任选地且独立地被CyL替代。在一些实施例中，LL2是-Cy-。在一些实施例中，LL1是共价键。在一些实施例中，LL3是共价键。在一些实施例中，-X-RL是-N＝C(-LL1-Cy-LL3-R’)2。在一些实施例中，-X-RL是在一些实施例中，-X-RL是在一些实施例中，-X-RL是在一些实施例中，-X-RL是在一些实施例中，-X-RL是在一些实施例中，-X-RL是
在一些实施例中，如在本披露中使用的，L是共价键。在一些实施例中，L是选自C1-30脂肪族基团和具有1-10个杂原子的C1-30杂脂肪族基团的二价的任选地经取代的直链或支链基团，其中一个或多个亚甲基单元任选地且独立地被选自以下的任选地经取代的基团替代：C1-6亚烷基、C1-6亚烯基、-C≡C-、具有1-5个杂原子的二价C1-C6杂脂肪族基团、-C(R’)2-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)O-、-S(O)-、-S(O)2-、-S(O)2N(R’)-、-C(O)S-、-C(O)O-、-P(O)(OR’)-、-P(O)(SR’)-、-P(O)(R’)-、-P(O)(NR’)-、-P(S)(OR’)-、-P(S)(SR’)-、-P(S)(R’)-、-P(S)(NR’)-、-P(R’)-、-P(OR’)-、-P(SR’)-、-P(NR’)-、-P(OR’)[B(R’)3]-、-OP(O)(OR’)O-、-OP(O)(SR’)O-、-OP(O)(R’)O一、-OP(O)(NR’)O-、-OP(OR’)O-、-OP(SR’)O-、-OP(NR’)O-、-OP(R’)O-或OP(OR’)[B(R’)3]O-，并且一个或多个氮或碳原子任选地且独立地被CyL替代。在一些实施例中，L是选自C1-30脂肪族基团和具有1-10个杂原子的C1-30杂脂肪族基团的二价的任选地经取代的直链或支链基团，其中一个或多个亚甲基单元任选地且独立地被选自以下的任选地经取代的基团替代：-C≡C-、-C(R’)2-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)O-、-S(O)-、-S(O)2-、-S(O)2N(R’)-、-C(O)S-、-C(O)O-、-P(O)(OR’)-、-P(O)(SR’)-、-P(O)(R’)-、-P(O)(NR’)-、-P(S)(OR’)-、-P(S)(SR’)-、-P(S)(R’)-、-P(S)(NR’)-、-P(R’)-、-P(OR’)-、-P(SR’)-、-P(NR’)-、-P(OR’)[B(R’)3]-、-OP(O)(OR’)O-、-OP(O)(SR’)O-、-OP(O)(R’)O-、-OP(O)(NR’)O-、-OP(OR’)O-、-OP(SR’)O-、-OP(NR’)O-、-OP(R’)O-或-OP(OR’)[B(R’)3]O-，并且一个或多个氮或碳原子任选地且独立地被CyL替代。在一些实施例中，L是选自C1-10脂肪族基团和具有1-10个杂原子的C1-10杂脂肪族基团的二价的任选地经取代的直链或支链基团，其中一个或多个亚甲基单元任选地且独立地被选自以下的任选地经取代的基团替代：-C≡C-、-C(R’)2-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)O-、-S(O)-、-S(O)2-、-S(O)2N(R’)-、-C(O)S-、-C(O)O-、-P(O)(OR’)-、-P(O)(SR’)-、-P(O)(R’)-、-P(O)(NR’)-、-P(S)(OR’)-、-P(S)(SR’)-、-P(S)(R’)-、-P(S)(NR’)-、-P(R’)-、-P(OR’)-、-P(SR’)-、-P(NR’)-、-P(OR’)[B(R’)3]-、-OP(O)(OR’)O-、-OP(O)(SR’)O-、-OP(O)(R’)O-、-OP(O)(NR’)O-、-OP(OR’)O-、-OP(SR’)O-、-OP(NR’)O-、-OP(R’)O-或-OP(OR’)[B(R’)3]O-，并且一个或多个氮或碳原子任选地且独立地被CyL替代。在一些实施例中，一个或多个亚甲基单元任选地且独立地被任选地经取代的基团取代，所述基团选自-C≡C-、-C(R’)2-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)O-、-S(O)-、-S(O)2-、-S(O)2N(R’)-、-C(O)S-或-C(O)O-。
在一些实施例中，核苷酸间键联是磷酰基胍核苷酸间键联。在一些实施例中，-X-RL是-N＝C[N(R’)2]2。在一些实施例中，每个R’独立地是R。在一些实施例中，R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，R是甲基。在一些实施例中，-X-RL是在一些实施例中，氮原子上的一个R′与另一个氮原子上的R′一起形成如本文所述的环。
在一些实施例中，-X-RL是其中R1和R2独立地是R′。在一些实施例中，-X-RL是在一些实施例中，-X-RL是在一些实施例中，相同氮上的两个R′一起形成如本文所述的环。在一些实施例中，-X-RL是在一些实施例中，-X-RL是在一些实施例中，-X-RL是在一些实施例中，-X-RL是在一些实施例中，-X-RL是在一些实施例中，-X-RL是在一些实施例中，-X-RL是在一些实施例中，-X-RL是在一些实施例中，-X-RL是
在一些实施例中，-X-RL是如本文所述的R。在一些实施例中，R不是氢。在一些实施例中，R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，R是任选地经取代的C1-6烷基。在一些实施例中，R是甲基。
在一些实施例中，-X-RL选自下表。在一些实施例中，X如本文所述。在一些实施例中，RL如本文所述。在一些实施例中，键联具有-Y-PL(-X-RL)-Z-的结构，其中-X-RL选自下表，并且每个其他变量独立地如本文所述。在一些实施例中，键联具有或包含-P(O)(-X-RL)-的结构，其中-X-RL选自下表。在一些实施例中，键联具有或包含-P(S)(-X-RL)-的结构，其中-X-RL选自下表。在一些实施例中，键联具有或包含-P(-X-RL)-的结构，其中-X-RL选自下表。在一些实施例中，键联具有或包含-P(O)(-X-RL)-O-的结构，其中-X-RL选自下表。在一些实施例中，键联具有或包含-P(S)(-X-RL)-O-的结构，其中-X-RL选自下表。在一些实施例中，键联具有或包含-P(-X-RL)-O-的结构，其中-X-RL选自下表。在一些实施例中，键联具有-P(O)(-X-RL)-O-的结构，其中-X-RL选自下表。在一些实施例中，键联具有-P(S)(-X-RL)-O-的结构，其中-X-RL选自下表。在一些实施例中，键联具有-P(-X-RL)-O-的结构，其中-X-RL选自下表。在一些实施例中，P键合至氮原子(例如，sm01、sm18等中的氮原子)。在一些实施例中，键联具有或包含-O-P(O)(-X-RL)-O-的结构，其中-X-RL选自下表。在一些实施例中，键联具有或包含-O-P(S)(-X-RL)-O-的结构，其中-X-RL选自下表。在一些实施例中，键联具有或包含-O-P(-X-RL)-O-的结构，其中-X-RL选自下表。在一些实施例中，键联具有-O-P(O)(-X-RL)-O-的结构，其中-X-RL选自下表。在一些实施例中，键联具有-O-P(S)(-X-RL)-O-的结构，其中-X-RL选自下表。在一些实施例中，键联具有-O-P(-X-RL)-O-的结构，其中-X-RL选自下表。在一些实施例中，在下表中，n是0-20或如本文所述。如本领域技术人员理解的，键联能以盐形式存在。
表L-1.某些有用的部分与键联磷键合(例如，-X-RL)。
其中每个RLS独立地是Rs。在一些实施例中，每个RLS独立地是-Cl、-Br、-F、-N(Me)2、或-NHCOCH3。
表L-2.某些有用的部分与键联磷键合(例如，-X-RL)。
表L-3.某些有用的部分与键联磷键合(例如，-X-RL)。
表L-4.某些有用的部分与键联磷键合(例如，-X-RL)。
表L-5.某些有用的部分与键联磷键合(例如，-X-RL)。
表L-6.某些有用的部分与键联磷键合(例如，-X-RL)。
在一些实施例中，核苷酸间键联，例如不带负电荷的核苷酸间键联或中性核苷酸间键联，具有-LL1-CyIL-LL2-的结构。在一些实施例中，LL1键合到糖的3’-碳。在一些实施例中，LL2键合到糖的5’-碳。在一些实施例中，LL1是-O-CH2-。在一些实施例中，LL2是共价键。在一些实施例中，LL2是-N(R’)-。在一些实施例中，LL2是-NH-。在一些实施例中，LL2与糖的5′-碳键合，该5’-碳被＝O取代。在一些实施例中，CyIL是任选地经取代的具有0-5个杂原子的3-10元饱和环、部分不饱和环或芳族环。在一些实施例中，CyIL是任选地经取代的三唑环。在一些实施例中，CyIL是在一些实施例中，键联是
在一些实施例中，不带负电荷的核苷酸间键联具有-OP(＝W)(-N(R’)2)-O-的结构。
在一些实施例中，R′是R。在一些实施例中，R′是-H。在一些实施例中，R′是-C(O)R。在一些实施例中，R’是-C(O)OR。在一些实施例中，R’是-S(O)2R。
在一些实施例中，R”是-NHR’。在一些实施例中，-N(R’)2是-NHR’。
如本文所述，在一些实施例中，R是-H。在一些实施例中，R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，R是任选地经取代的C1-6烷基。在一些实施例中，R是甲基。在一些实施例中，R是取代的甲基。在一些实施例中，R是乙基。在一些实施例中，R是取代的乙基。
在一些实施例中，如本文所述，不带负电荷的核苷酸间键联是中性核苷酸间键联。
在一些实施例中，经修饰的核苷酸间键联(例如，不带负电荷的核苷酸间键联)包含任选地经取代的三唑基。在一些实施例中，R′是或包含任选地经取代的三唑基。在一些实施例中，经修饰的核苷酸间键联(例如，不带负电荷的核苷酸间键联)包含任选地经取代的炔基。在一些实施例中，R′是任选地经取代的炔基。在一些实施例中，R’包含任选地经取代的三键。在一些实施例中，经修饰的核苷酸间键联包含三唑或炔烃部分。在一些实施例中，R′是或包含任选地经取代的三唑或炔烃部分。在一些实施例中，三唑部分(例如，三唑基)是任选地经取代的。在一些实施例中，三唑部分(例如，三唑基)是经取代的。在一些实施例中，三唑部分是未经取代的。在一些实施例中，经修饰的核苷酸间键联包含任选地经取代的胍部分。在一些实施例中，经修饰的核苷酸间键联包含任选地经取代的环状胍部分。在一些实施例中，R’、RL、或-X-RL是或包含任选地经取代的胍部分。在一些实施例中，R’、RL或-X-RL是或包含任选地经取代的环状胍部分。在一些实施例中，R’、RL、或-X-RL包含任选地经取代的环状胍部分并且核苷酸间键联具有以下结构：其中W是O或S。在一些实施例中，W是O。在一些实施例中，W是S。在一些实施例中，不带负电荷的核苷酸间键联是立体化学上受控的。
在一些实施例中，不带负电荷的核苷酸间键联或中性核苷酸间键联是包含三唑部分的核苷酸间键联。在一些实施例中，不带负电荷的核苷酸间键联或不带负电荷的核苷酸间键联包含任选地经取代的三唑基。在一些实施例中，包含三唑部分(例如，任选地经取代的三唑基)的核苷酸间键联具有的结构。在一些实施例中，包含三唑部分的核苷酸间键联具有的结构。在一些实施例中，核苷酸间键联，例如不带负电荷的核苷酸间键联、中性核苷酸间键联，包含环状胍部分。在一些实施例中，包含环状胍部分的核苷酸间键联具有的结构。在一些实施例中，不带负电荷的核苷酸间键联或中性核苷酸间键联是或包含选自以下的结构： 其中W是O或S。
在一些实施例中，核苷酸间键联包含Tmg基团在一些实施例中，核苷酸间键联包含Tmg基团并具有的结构(“Tmg核苷酸间键联”)。在一些实施例中，中性核苷酸间键联包括PNA和PMO的核苷酸间键联以及Tmg核苷酸间键联。
在一些实施例中，不带负电荷的核苷酸间键联包含具有1-10个杂原子的任选地经取代的3-20元杂环基或杂芳基。在一些实施例中，不带负电荷的核苷酸间键联包含具有1-10个杂原子的任选地经取代的3-20元杂环基或杂芳基，其中至少一个杂原子是氮。在一些实施例中，这样的杂环基或杂芳基具有5元环。在一些实施例中，这样的杂环基或杂芳基具有6元环。
在一些实施例中，不带负电荷的核苷酸间键联包含具有1-10个杂原子的任选地经取代的5-20元杂芳基。在一些实施例中，不带负电荷的核苷酸间键联包含具有1-10个杂原子的任选地经取代的5-20元杂芳基，其中至少一个杂原子是氮。在一些实施例中，不带负电荷的核苷酸间键联包含具有1-4个杂原子的任选地经取代的5-6元杂芳基，其中至少一个杂原子是氮。在一些实施例中，不带负电荷的核苷酸间键联包含具有1-4个杂原子的任选地经取代的5元杂芳基，其中至少一个杂原子是氮。在一些实施例中，杂芳基直接键合到键联磷。在一些实施例中，不带负电荷的核苷酸间键联包含具有1-10个杂原子的任选地经取代的5-20元杂环基。在一些实施例中，不带负电荷的核苷酸间键联包含具有1-10个杂原子的任选地经取代的5-20元杂环基，其中至少一个杂原子是氮。在一些实施例中，不带负电荷的核苷酸间键联包含具有1-4个杂原子的任选地经取代的5-6元杂环基，其中至少一个杂原子是氮。在一些实施例中，不带负电荷的核苷酸间键联包含具有1-4个杂原子的任选地经取代的5元杂环基，其中至少一个杂原子是氮。在一些实施例中，至少两个杂原子是氮。在一些实施例中，杂环基直接键合到键联磷。在一些实施例中，当杂环基是经由其＝N-直接与键联磷键合的胍部分的一部分时，该杂环基经由接头(例如，＝N-)与键联磷键合。在一些实施例中，不带负电荷的核苷酸间键联包含任选地经取代的基团。在一些实施例中，不带负电荷的核苷酸间键联包含经取代的基团。在一些实施例中，不带负电荷的核苷酸间键联包含基团。在一些实施例中，每个R1独立地是任选经取代的C1-6烷基。在一些实施例中，每个R1独立地是甲基。
在一些实施例中，不带负电荷的核苷酸间键联(例如，中性核苷酸间键联)不是手性控制的。在一些实施例中，不带负电荷的核苷酸间键联是手性控制的。在一些实施例中，不带负电荷的核苷酸间键联是手性控制的且其键联磷为Rp。在一些实施例中，不带负电荷的核苷酸间键联是手性控制的且其键联磷为Sp。
在一些实施例中，核苷酸间键联不包含键联磷。在一些实施例中，核苷酸间键联具有-C(O)-(O)-或-C(O)-N(R’)-的结构，其中R′如本文所述。在一些实施例中，核苷酸间键联具有-C(O)-(O)-的结构。在一些实施例中，核苷酸间键联具有-C(O)-N(R’)-的结构，其中R′如本文所述。在各种实施例中，-C(O)-与氮键合。在一些实施例中，核苷酸间键联是或包含-C(O)-O-，其是氨基甲酸酯部分的一部分。在一些实施例中，核苷酸间键联是或包含-C(O)-O-，其是脲部分的一部分。
在一些实施例中，寡核苷酸包含1-20、1-15、1-10、1-5、或1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、或更多个不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，寡核苷酸包含1-20、1-15、1-10、1-5、或1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、或多个中性核苷酸间键联。在一些实施例中，不带负电荷的核苷酸间键联和/或中性核苷酸间键联各自任选地且独立地是手性控制的。在一些实施例中，寡核苷酸中的每个不带负电荷的核苷酸间键联独立地是手性控制的核苷酸间键联。在一些实施例中，寡核苷酸中的每个中性核苷酸间键联独立地是手性控制的核苷酸间键联。在一些实施例中，至少一个不带负电荷的核苷酸间键联/中性核苷酸间键联具有的结构。在一些实施例中，寡核苷酸包含至少一个其中键联磷呈Rp构型的不带负电荷的核苷酸间键联和至少一个其中键联磷呈Sp构型的不带负电荷的核苷酸间键联。
在许多实施例中，如广泛证明的，本披露的寡核苷酸包含两个或更多个不同的核苷酸间键联。在一些实施例中，寡核苷酸包含硫代磷酸酯核苷酸间键联和不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，寡核苷酸包含硫代磷酸酯核苷酸间键联、不带负电荷的核苷酸间键联、和天然磷酸酯键联。在一些实施例中，不带负电荷的核苷酸间键联是中性核苷酸间键联。在一些实施例中，不带负电荷的核苷酸间键联是 或n013。在一些实施例中，不带负电荷的核苷酸间键联是
在一些实施例中，不带负电荷的核苷酸间键联是n001。在一些实施例中，每个硫代磷酸酯核苷酸间键联独立地是手性控制的。在一些实施例中，每个手性经修饰的核苷酸间键联独立地是手性控制的。在一些实施例中，一个或多个不带负电荷的核苷酸间键联不是手性控制的。
如天然DNA和RNA中的典型连接是核苷酸间键联与两个糖(其可以是未修饰的或如本文所述的经修饰的)形成键。在许多实施例中，如本文所例举的，核苷酸间键联通过其氧原子或杂原子与在其5′碳处的一个任选地修饰的核糖或脱氧核糖和在其3′碳处的另一个任选地修饰的核糖或脱氧核糖形成键。在一些实施例中，核苷酸间键联连接不是核糖的糖，例如，包含N个环原子的糖和如本文所述的无环糖。
在一些实施例中，通过核苷酸间键联连接的每个核苷单元独立地包含核碱基，该核碱基独立地是任选地经取代的A、T、C、G或U，或A、T、C、G或U的任选地经取代的互变异构体。
在一些实施例中，寡核苷酸包含如在以下中描述的经修饰的核苷酸间键联(例如，具有式I、I-a、I-b、或I-c、I-n-1、I-n-2、I-n-3、I-n-4、II、II-a-1、II-a-2、II-b-1、II-b-2、II-c-1、II-c-2、II-d.1、II-d-2等或其盐形式的结构的经修饰的核苷酸间键联)：US9394333、US 9744183、US 9605019、US 9598458、US 9982257、US 10160969、US 10479995、US 2020/0056173、US 2018/0216107、US 2019/0127733、US 10450568、US 2019/0077817、US 2019/0249173、US 2019/0375774、WO 2018/223056、WO 2018/223073、WO 2018/223081、WO 2018/237194、WO 2019/032607、WO 2019/055951、WO 2019/075357、WO 2019/200185、WO2019/217784、和/或WO 2019/032612，其各自的核苷酸间键联(例如，具有式I、I-a、I-b、或I-c、I-n-1、I-n-2、I-n-3、I-n-4、II、II-a-1、II-a-2、II-b-1、II-b-2、II-c-1、II-c-2、II-d-1、II-d-2等的那些)通过引用独立地并入本文。在一些实施例中，经修饰的核苷酸间键联是不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含一个或多个不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，不带负电荷的核苷酸间键联是带正电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，不带负电荷的核苷酸间键联是中性核苷酸间键联。在一些实施例中，本披露提供了包含一个或多个中性核苷酸间键联的寡核苷酸。在一些实施例中，不带负电荷的核苷酸间键联或中性核苷酸间键联(例如，具有式I-n-1、I-n-2、I-n-3、I-n-4、II、II-a-1、II-a-2、II-b-1、II-b-2、II-c-1、II-c-2、II-d-1、II-d-2等中的一个)如在以下中描述：US 9394333、US 9744183、US 9605019、US 9598458、US 9982257、US 10160969、US10479995、US 2020/0056173、US 2018/0216107、US 2019/0127733、US 10450568、US 2019/0077817、US 2019/0249173、US 2019/0375774、WO 2018/223056、WO 2018/223073、WO2018/223081、WO 2018/237194、WO 2019/032607、WO 2019/055951、WO 2019/075357、WO2019/200185、WO 2019/217784、和/或WO 2019/032612。在一些实施例中，不带负电荷的核苷酸间键联或中性核苷酸间键联是具有式I-n-1、I-n-2、I-n-3、I-n-4、II、II-a-1、II-a-2、II-b-1、II-b-2、II-e-1、II-c-2、II-d-1、II-d-2等的核苷酸间键联，如在以下中描述：WO2018/223056、WO 2019/032607、WO 2019/075357、WO 2019/032607、WO 2019/075357、WO2019/200185、WO 2019/217784、和/或WO 2019/032612，其各自的这样的核苷酸间键联通过引用独立地并入本文。
如本文所述，各种变量可以是R，例如R′、RL等。R的各种实施例在本披露中描述(例如，当描述可以是R的变量时)。这样的实施例通常可用于可以是R的所有变量。在一些实施例中，R是氢。在一些实施例中，R是任选地经取代的C1-30(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30)脂肪族基。在一些实施例中，R是任选地经取代的C1-20脂肪族基。在一些实施例中，R是任选地经取代的C1-10脂肪族基。在一些实施例中，R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，R是任选地经取代的烷基。在一些实施例中，R是任选地经取代的C1-6烷基。在一些实施例中，R是任选地经取代的甲基。在一些实施例中，R是甲基。在一些实施例中，R是任选地经取代的乙基。在一些实施例中，R是任选地经取代的丙基。在一些实施例中，R是异丙基。在一些实施例中，R是任选地经取代的丁基。在一些实施例中，R是任选地经取代的戊基。在一些实施例中，R是任选地经取代的己基。
在一些实施例中，R任选地经取代的3-30元(例如，3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30)的环脂肪族基。在一些实施例中，R是任选地经取代的环烷基。在一些实施例中，环脂肪族是单环、双环或多环，其中每个单环单元独立地是饱和的或部分饱和的。在一些实施例中，R是任选地经取代的环丙基。在一些实施例中，R是任选地经取代的环丁基。在一些实施例中，R是任选地经取代的环戊基。在一些实施例中，R是任选地经取代的环己基。在一些实施例中，R是任选地经取代的金刚烷基。
在一些实施例中，R是具有1-10个杂原子的任选地经取代的C1-30(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30)的杂脂肪族基。在一些实施例中，R是具有1-10个杂原子的任选地经取代的C1-20脂肪族基。在一些实施例中，R是具有1-10个杂原子的任选地经取代的C1-10脂肪族基。在一些实施例中，R是具有1-3个杂原子的任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，R是任选地经取代的杂烷基。在一些实施例中，R是任选地经取代的C1-6杂烷基。在一些实施例中，R是具有1-10个杂原子的任选地经取代的3-30元(例如，3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30)的杂环脂肪族基。在一些实施例中，R是任选地经取代的杂环烷基。在一些实施例中，杂环脂肪族是单环、双环或多环，其中每个单环单元独立地是饱和的或部分饱和的。
在一些实施例中，R是任选地经取代的C6-30芳基。在一些实施例中，R是任选地经取代的苯基。在一些实施例中，R是任选地经取代的苯基。在一些实施例中，R是C6-14芳基。在一些实施例中，R是任选地经取代的双环芳基。在一些实施例中，R是任选地经取代的多环芳基。在一些实施例中，R是任选地经取代的C6-30芳基脂肪族基。在一些实施例中，R是具有1-10个杂原子的C6-30芳基杂脂肪族基。
在一些实施例中，R是具有1-10个杂原子的任选地经取代5-30(5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30)的元杂芳基。在一些实施例中，R是具有1-10个杂原子的任选地经取代的5-20元杂芳基。在一些实施例中，R是具有1-10个杂原子的任选地经取代的5-10元杂芳基。在一些实施例中，R是具有1-5个杂原子的任选地经取代的5元杂芳基。在一些实施例中，R是具有1-4个杂原子的任选地经取代的5元杂芳基。在一些实施例中，R是具有1-3个杂原子的任选地经取代的5元杂芳基。在一些实施例中，R是具有1-2个杂原子的任选地经取代的5元杂芳基。在一些实施例中，R是具有一个杂原子的任选地经取代的5元杂芳基。在一些实施例中，R是具有1-5个杂原子的任选地经取代的6元杂芳基。在一些实施例中，R是具有1-4个杂原子的任选地经取代的6元杂芳基。在一些实施例中，R是具有1-3个杂原子的任选地经取代的6元杂芳基。在一些实施例中，R是具有1-2个杂原子的任选地经取代的6元杂芳基。在一些实施例中，R是具有一个杂原子的任选地经取代的6元杂芳基。在一些实施例中，R是任选地经取代的单环杂芳基。在一些实施例中，R是任选地经取代的双环杂芳基。在一些实施例中，R是任选地经取代的多环杂芳基。在一些实施例中，杂原子是氮。
在一些实施例中，R是任选地经取代的2-吡啶基。在一些实施例中，R是任选地经取代的3-吡啶基。在一些实施例中，R是任选地经取代的4-吡啶基。在一些实施例中，R任选地经取代的
在一些实施例中，R是具有1-10个杂原子的任选地经取代的3-30(3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30)元的杂环基。在一些实施例中，R是具有1-2个杂原子的任选地经取代的3元杂环基。在一些实施例中，R是具有1-2个杂原子的任选地经取代的4元杂环基。在一些实施例中，R是具有1-10个杂原子的任选地经取代的5-20元杂环基。在一些实施例中，R是具有1-10个杂原子的任选地经取代的5-10元杂环基。在一些实施例中，R是具有1-5个杂原子的任选地经取代的5元杂环基。在一些实施例中，R是具有1-4个杂原子的任选地经取代的5元杂环基。在一些实施例中，R是具有1-3个杂原子的任选地经取代的5元杂环基。在一些实施例中，R是具有1-2个杂原子的任选地经取代的5元杂环基。在一些实施例中，R是具有一个杂原子的任选地经取代的5元杂环基。在一些实施例中，R是具有1-5个杂原子的任选地经取代的6元杂环基。在一些实施例中，R是具有1-4个杂原子的任选地经取代的6元杂环基。在一些实施例中，R是具有1-3个杂原子的任选地经取代的6元杂环基。在一些实施例中，R是具有1-2个杂原子的任选地经取代的6元杂环基。在一些实施例中，R是具有一个杂原子的任选地经取代的6元杂环基。在一些实施例中，R是任选地经取代的单环杂环基。在一些实施例中，R是任选地经取代的双环杂环基。在一些实施例中，R是任选地经取代的多环杂环基。在一些实施例中，R是任选地经取代的饱和杂环基。在一些实施例中，R是任选地经取代的部分不饱和杂环基。在一些实施例中，杂原子是氮。在一些实施例中，R是任选地经取代的在一些实施例中，R是任选地经取代的在一些实施例中，R是任选地经取代的
在一些实施例中，两个R基团任选地且独立地合在一起形成共价键。在一些实施例中，同一个原子上的两个或更多个R基团任选地且独立地与该原子合在一起形成除该原子外还具有0-10个杂原子的任选地经取代的3-30元单环、双环或多环。在一些实施例中，两个或更多个原子上的两个或更多个R基团任选地且独立地与居于它们之间的原子合在一起形成除居于它们之间的原子外还具有0-10个杂原子的任选地经取代的3-30元单环、双环或多环。
各种变量可包含任选地经取代的环，或可与它们的一个或多个插入原子一起形成环。在一些实施例中，环是3-30(例如，3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30)元的。在一些实施例中，环是3-20元的。在一些实施例中，环是3-15元的。在一些实施例中，环是3-10元的。在一些实施例中，环是3-8元的。在一些实施例中，环是3-7元的。在一些实施例中，环是3-6元的。在一些实施例中，环是4-20元的。在一些实施例中，环是5-20元的。在一些实施例中，环是单环的。在一些实施例中，环是双环的。在一些实施例中，环是多环的。在一些实施例中，双环或多环中的每个单环或每个单环单元独立地是饱和的、部分饱和的或芳族的。在一些实施例中，双环或多环中的每个单环或每个单环单元独立地为3-10元且具有0-5个杂原子。
在一些实施例中，每个杂原子独立地选自氧、氮、硫、硅和磷。在一些实施例中，每个杂原子独立地选自氧、氮、硫和磷。在一些实施例中，每个杂原子独立地选自氧、氮和硫。在一些实施例中，杂原子呈氧化形式。
如本领域技术人员所理解的，根据本披露，可以利用许多其他类型的核苷酸间键联，例如，在以下中描述的那些：美国专利号3,687,808；4,469,863；4,476,301；5,177,195；5,023,243；5,034,506；5,166,315；5,185,444；5,188,897；5,214,134；5,216,141；5,235,033；5,264,423；5,264,564；5,276,019；5,278,302；5,286,717；5,321,131；5,399,676；5,405,938；5,405,939；5,434,257；5,453,496；5,455,233；5,466,677；5,466,677；5,470,967；5,476,925；5,489,677；5,519,126；5,536,821；5,541,307；5,541,316；5,550,111；5,561,225；5,563,253；5,571,799；5,587,361；5,596,086；5,602,240；5,608,046；5,610,289；5,618,704；5,623,070；5,625,050；5,633,360；5,64，,62；5，,63,312；5,677,437；5,677,439；6,160,109；6,239,265；6,028,188；6,124,445；6,169,170；6,172,209；6,277,603；6,326,199；6,346,614；6,444,423；6,531,590；6,534,639；6,608,035；6,683,167；6,858,715；6,867,294；6,878,805；7,015,315；7,041,816；7,273,933；7,321,029；或RE39464。在一些实施例中，经修饰的核苷酸间键联描述于以下中：US 9394333、US9744183、US 9605019、US 9598458、US 9982257、US 10160969、US 10479995、US 2020/0056173、US 2018/0216107、US 2019/0127733、US 10450568、US 2019/0077817、US 2019/0249173、US 2019/0375774、WO 2018/223056、WO 2018/223073、WO 2018/223081、WO 2018/237194、WO 2019/032607、WO 2019/055951、WO 2019/075357、WO 2019/200185、WO 2019/217784和/或WO 2019/032612，其各自的核碱基、糖、核苷酸间键联，手性助剂/试剂以及寡核苷酸合成技术(试剂、条件、循环等)通过引用独立地并入本文。
在一些实施例中，寡核苷酸中的每个核苷酸间键联独立地选自天然磷酸酯键联、硫代磷酸酯键联和不带负电荷的核苷酸间键联(例如，n001、n002、n003、n004、n005、n006、n007、n008、n009、n010、n013等)。在一些实施例中，寡核苷酸中的每个核苷酸间键联独立地选自天然磷酸酯键联、硫代磷酸酯键联和中性核苷酸间键联(例如，n001、n002、n003、n004、n005、n006、n007、n008、n009、n010、n013等)。
寡核苷酸可以包含各种数目的天然磷酸酯键联，例如，1-50、1-40、1-30、1-25、1-20、1-10、1-5、或1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个或更多个。在一些实施例中，寡核苷酸中天然磷酸酯键联中的一个或多个(例如，1-50、1-40、1-30、1-25、1-20、1-10、1-5、或1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个或更多个)是连续的。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸不包含天然磷酸酯键联。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含一个天然磷酸酯键联。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含1至30个或更多个天然磷酸酯键联。
在一些实施例中，经修饰的核苷酸间键联是包含手性键联磷的手性核苷酸间键联。在一些实施例中，手性核苷酸间键联是硫代磷酸酯键联。在一些实施例中，手性核苷酸间键联是不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，手性核苷酸间键联是中性核苷酸间键联。在一些实施例中，手性核苷酸间键联就其手性键联磷而言是手性控制的。在一些实施例中，手性核苷酸间键联就其手性键联磷而言是立体化学纯的。在一些实施例中，手性核苷酸间键联不是手性控制的。在一些实施例中，骨架手性中心模式包含以下或由以下组成：手性控制的核苷酸间键联(Rp或Sp)的位置和键联磷构型以及非手性核苷酸间键联(例如，天然磷酸酯键联)的位置。
在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含一个或多个不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含一个或多个中性核苷酸间键联。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含一个或多个磷酰基胍核苷酸间键联。在一些实施例中，中性核苷酸间键联或不带负电荷的核苷酸间键联是磷酰基胍核苷酸间键联。在一些实施例中，每个中性核苷酸间键联或不带负电荷的核苷酸间键联独立地是磷酰基胍核苷酸间键联。在一些实施例中，每个中性核苷酸间键联和不带负电荷的核苷酸间键联独立地是n001。
在一些实施例中，所提供的寡核苷酸中的每个核苷酸间键联独立地选自硫代磷酸酯核苷酸间键联、磷酰基胍核苷酸间键联和天然磷酸酯键联。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸中的每个核苷酸间键联独立地选自硫代磷酸酯核苷酸间键联、n001和天然磷酸酯键联。
多种类型的核苷酸间键联可以与其他结构元件例如糖组合使用，以实现所需的寡核苷酸特性和/或活性。例如，本披露在设计寡核苷酸时通常利用经修饰的核苷酸间键联和经修饰的糖，任选地具有天然磷酸酯键联和天然糖。在一些实施例中，本披露提供了包含一个或多个经修饰的糖的寡核苷酸。在一些实施例中，本披露提供了包含一个或多个经修饰的糖和一个或多个经修饰的核苷酸间键联的寡核苷酸，其中一个或多个是天然磷酸酯键联。
在一些实施例中，核苷酸间键联是磷酰基胍、磷酰基脒、磷酰基异脲、磷酰基异硫脲、磷酰基亚氨酸酯或磷酰基亚氨基硫酸酯核苷酸间键联，例如US 20170362270中描述的那些。
如本领域技术人员所理解的，根据本披露，可以利用许多其他类型的核苷酸间键联，例如，在以下中描述的那些：美国专利号3,687,808；4,469,863；4,476,301；5,177,195；5,023,243；5,034,506；5,166,315；5,185,444；5,188,897；5,214,134；5,216,141；5,235,033；5,264,423；5,264,564；5,276,019；5,278,302；5,286,717：5,321,131；5,399,676；5,405,938；5,405,939；5,434,257；5,453,496；5,455,233；5,466,677；5,466,677；5,470,967；5,476,925；5,489,677；5,519,126；5,536,821；5,541,307；5,541,316；5,550,111；5,561,225；5,563,253；5,571,799；5,587,361；5,596,086；5,602,240；5,608,046；5,610,289；5,618,704；5,623,070；5,625,050；5,633,360；5,64,562；5,663,312；5,677,437；5,677,439；6,160,109；6,239,265；6,028,188；6,124,445；6,169,170；6,172,209；6,277,603；6,326,199；6,346,614；6,444,423；6,531,590；6,534,639；6,608,035；6,683,167；6,858,715；6,867,294；6,878,805；7,015,315；7,041,816；7,273,933；7,321,029；或RE39464。在一些实施例中，经修饰的核苷酸间键联是在以下文献中描述的经修饰的核苷酸间键联：US 9982257、US 20170037399、US 20180216108、WO 2017192664、WO 2017015575、WO 2017062862、WO 2018067973、WO 2017160741、WO 2017192679、WO 2017210647、WO2018098264、WO 2018223056、WO 2018237194或WO 2019055951，其各自的核碱基、糖、核苷酸间键联、手性助剂/试剂以及寡核苷酸合成技术(试剂、条件、循环等)独立地通过引用并入本文。在一些实施例中，核苷酸间键联描述于WO 2012/030683、WO 2021/030778、WO2019112485、US 20170362270、WO 2018156056、WO 2018056871、WO 2020/154344、WO 2020/154343、WO 2020/154342、WO 2020/165077、WO 2020/201406、WO 2020/216637、WO 2020/252376、WO 2021/130313、WO 2021/231691、WO 2021/231692、WO 2021/231673、WO 2021/231675、WO 2021/231679、WO 2021/231680、WO 2021/231698、WO 2021/231685、WO 2021/231830、WO 2021/243023、WO 2022/018207、WO 2022/026928或WO 2022/090256，并且可以根据本披露来使用。
在一些实施例中，寡核苷酸中的每个核苷酸间键联独立地选自天然磷酸酯键联、硫代磷酸酯键联和不带负电荷的核苷酸间键联(例如，n001)。在一些实施例中，寡核苷酸中的每个核苷酸间键联独立地选自天然磷酸酯键联、硫代磷酸酯键联和中性核苷酸间键联(例如，n001)。
在一些实施例中，寡核苷酸包含一个或多个核苷酸，这些核苷酸独立地包含在某些条件下易于“自行释放”的磷修饰。即，在某些条件下，设计特定的磷修饰，以使其从寡核苷酸自切割以提供例如天然磷酸酯键联。在一些实施例中，这样的磷修饰具有-O-L-R1的结构，其中L是如本文所述的LB，并且R1是如本文所述的R′.在一些实施例中，磷修饰具有-S-L-R1的结构，其中L和R1各自独立地如本披露中所述。这样的磷修饰基团的某些实例可以在US9982257中找到。在一些实施例中，自行释放基团包含吗啉代基。在一些实施例中，自行释放基团的特征在于将试剂递送至核苷酸间磷接头的能力，该试剂有助于进一步修饰磷原子，例如脱硫。在一些实施例中，该试剂是水，并且进一步的修饰是水解以形成天然磷酸酯键联。
在一些实施例中，寡核苷酸包含一个或多个核苷酸间键联，其改善寡核苷酸的一种或多种药物特性和/或活性。在本领域充分记载，某些寡核苷酸被核酸酶迅速降解，并且表现出较差的通过细胞质细胞膜发生的细胞摄取(Poijarvi-Virta等人，Curr.Med.Chem.[当代药物化学](2006)，13(28)；3441-65；Wagner等人，Med.Res.Rev.[医学研究评论](2000)，20(6)：417-51；Peyrottes等人，Mini Rev.Med.Chem.[药物化学短评](2004)，4(4)：395-408；Gosselin等人，(1996)，43(1)：196-208；Bologna等人，(2002)，Antisense&Nucleic Acid Drug Development[反义和核酸药物开发]12：33-41)。Vives等人(NucleicAcids Research [核酸研究](1999)，27(20)：4071-76)报道，在某些条件下，叔丁基SATE原寡核苷酸(pro-oligonucleotide)相比于母体寡核苷酸表现出明显增加的细胞渗透。
寡核苷酸可以包含多种天然磷酸酯键联。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸的5％或更多的核苷酸间键联是天然磷酸酯键联。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸的10％或更多的核苷酸间键联是天然磷酸酯键联。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸的15％或更多的核苷酸间键联是天然磷酸酯键联。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸的20％或更多的核苷酸间键联是天然磷酸酯键联。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸的25％或更多的核苷酸间键联是天然磷酸酯键联。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸的30％或更多的核苷酸间键联是天然磷酸酯键联。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸的35％或更多的核苷酸间键联是天然磷酸酯键联。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸的40％或更多的核苷酸间键联是天然磷酸酯键联。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含1、2、3、4、5、6、7、8、9、10个或更多个天然磷酸酯键联。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含4、5、6、7、8、9、10个或更多个天然磷酸酯键联。在一些实施例中，天然磷酸酯键联的数目为2。在一些实施例中，天然磷酸酯键联的数目为3。在一些实施例中，天然磷酸酯键联的数目为4。在一些实施例中，天然磷酸酯键联的数目为5。在一些实施例中，天然磷酸酯键联的数目为6。在一些实施例中，天然磷酸酯键联的数目为7。在一些实施例中，天然磷酸酯键联的数目为8。在一些实施例中，一些或全部天然磷酸酯键联是连续的。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸中的不超过一定数量的核苷酸间键联是天然磷酸酯键联，例如不超过1个、不超过2个、不超过3个、不超过4个、不超过5个、不超过6个、不超过7个、不超过8个、不超过9个、不超过10个、不超过11个、不超过12个、不超过13个、不超过14个、不超过15个、不超过16个、不超过17个、不超过18个、不超过19个、不超过20个、不超过21个、不超过22个、不超过23个、不超过24个、不超过25个、不超过26个、不超过27个、不超过28个、不超过29个或不超过30个天然磷酸酯键联。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸不包含天然磷酸酯键联。
在一些实施例中，5’-和/或3’-末端的Sp核苷酸间键联可改善寡核苷酸稳定性。在一些实施例中，天然磷酸酯键联和/或Rp核苷酸间键联可以改善寡核苷酸从系统中移除。如本领域普通技术人员所理解的，根据本披露，可以利用本领域已知的多种测定法来评估这样的特性。
在一些实施例中，寡核苷酸或其部分(例如，结构域、子结构域等)中的每个硫代磷酸酯核苷酸间键联独立地是手性控制的。在一些实施例中，每个独立地是Sp或Rp。在一些实施例中，高水平是如本文所述的Sp。在一些实施例中，寡核苷酸或其部分中的每个硫代磷酸酯核苷酸间键联是手性控制的并且是Sp。在一些实施例中，一个或多个，例如约1-5个(例如，约1、2、3、4或5个)是Rp。
在一些实施例中，如在某些实例中所展示的，寡核苷酸或其部分包含一个或多个不带负电荷的核苷酸间键联，其各自任选地并且独立地是手性控制的。在一些实施例中，每个不带负电荷的核苷酸间键联独立地是n001。在一些实施例中，手性不带负电荷的核苷酸间键联不是手性控制的。在一些实施例中，每个手性不带负电荷的核苷酸间键联都不是手性控制的。在一些实施例中，手性不带负电荷的核苷酸间键联是手性控制的。在一些实施例中，手性不带负电荷的核苷酸间键联是手性控制的并且是Rp。在一些实施例中，手性不带负电荷的核苷酸间键联是手性控制的并且是Sp。在一些实施例中，每个手性不带负电荷的核苷酸间键联是手性控制的。在一些实施例中，寡核苷酸或其部分中不带负电荷的核苷酸间键联的数目为约1-10，或约1、2、3、4、5、6、7、8、9或10。在一些实施例中，其为约1。在一些实施例中，其为约2。在一些实施例中，其为约3。在一些实施例中，其为约4。在一些实施例中，其为约5。在一些实施例中，其为约6。在一些实施例中，其为约7。在一些实施例中，其为约8。在一些实施例中，其为约9。在一些实施例中，其为约10。在一些实施例中，两个或更多个不带负电荷的核苷酸间键联是连续的。在一些实施例中，没有两个不带负电荷的核苷酸间键联是连续的。在一些实施例中，寡核苷酸或其部分中的所有不带负电荷的核苷酸间键联都是连续的(例如，3个连续的不带负电荷的核苷酸间键联)。在一些实施例中，不带负电荷的核苷酸间键联，或两个或更多个(例如，约2个、约3个、约4个等)连续的不带负电荷的核苷酸间键联在寡核苷酸或其部分的3′-末端。在一些实施例中，寡核苷酸或其部分的最后两个或三个或四个核苷酸间键联包含至少一个不是不带负电荷的核苷酸间键联的核苷酸间键联。在一些实施例中，寡核苷酸或其部分的最后两个或三个或四个核苷酸间键联包含至少一个不是n001的核苷酸间键联。在一些实施例中，连接寡核苷酸或其部分的前两个核苷的核苷酸间键联是不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，连接寡核苷酸或其部分的最后两个核苷的核苷酸间键联是不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，连接寡核苷酸或其部分的前两个核苷的核苷酸间键联是硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，其是Sp。在一些实施例中，连接寡核苷酸或其部分的最后两个核苷的核苷酸间键联是硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，其是Sp。
在一些实施例中，一个或多个手性核苷酸间键联是手性控制的，并且一个或多个手性核苷酸间键联不是手性控制的。在一些实施例中，每个硫代磷酸酯核苷酸间键联独立地是手性控制的，并且一个或多个不带负电荷的核苷酸间键联不是手性控制的。在一些实施例中，每个硫代磷酸酯核苷酸间键联独立地是手性控制的，并且每个不带负电荷的核苷酸间键联不是手性控制的。在一些实施例中，寡核苷酸的前两个核苷之间的核苷酸间键联是不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，最后两个核苷之间的核苷酸间键联各自独立地是不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，两者独立地是不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，寡核苷酸包含一个或多个另外的核苷酸间键联，例如，其中一个位于相对于与靶核苷(例如，靶腺苷)相反的核苷的位置-1和-2处的核苷之间(两个核苷紧邻与靶核苷相反的核苷的3′(例如，在...N0N-1N-2....中，N0是与靶核苷相反的核苷，N-1和N-2分别在位置-1和-2处)。在一些实施例中，每个不带负电荷的核苷酸间键联独立地是中性核苷酸间键联。在一些实施例中，每个不带负电荷的核苷酸间键联独立地是n001。
在一些实施例中，不带负电荷的核苷酸间键联诸如n001可以提供改善的特性和/或活性。在一些实施例中，在寡核苷酸中，各自独立地键合到包含如本文所述的核碱基的两个核苷的5′-末端核苷酸间键联和/或3′-末端核苷酸间键联是如本文所述的不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，前一个或多个(例如，前1、2和/或3个)和/或最后一个或多个(例如，最后1、2、3、4、5、6或7个)核苷酸间键联(其各自独立地键合到第一结构域中的两个核苷)独立地是不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，第一结构域的第一核苷酸间键联是不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，键合到第一结构域的两个核苷的最后一个核苷酸间键联是不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，第二结构域的最后一个核苷酸间键联是不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，第二结构域中间的一个或多个核苷酸间键联(例如，第4、第5和第6核苷酸间键联中的一个或多个，其各自独立地键合到第二结构域的两个核苷)独立地是不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，键合到第二结构域的两个核苷的第11个核苷酸间键联是不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，不键合到与靶核苷相反的核苷但键合到其3′紧邻核苷的核苷酸间键联是不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，不带负电荷的核苷酸间键联是中性核苷酸间键联。在一些实施例中，不带负电荷的核苷酸间键联是n001。在一些实施例中，每个不带负电荷的核苷酸间键联是n001。在一些实施例中，不带负电荷的核苷酸间键联是立体随机的。在一些实施例中，不带负电荷的核苷酸间键联是手性控制的并且是Rp。在一些实施例中，不带负电荷的核苷酸间键联是手性控制的并且是Sp。在一些实施例中，每个不带负电荷的核苷酸间键联独立地是手性控制的。在一些实施例中，第一结构域的一个或多个核苷酸间键联(例如，第4、第5、第6、第7和第8核苷酸间键联中的一个或多个，其各自独立地键合到第一结构域的两个核苷)独立地不是不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，第二结构域的一个或多个核苷酸间键联(例如，第1、第2、第3、第7、第8、第9、第12和第13核苷酸间键联中的一个或多个，其各自独立地键合到第一结构域的两个核苷)独立地不是不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，第二结构域的第2和第3核苷酸间键联中的一个或两个不是不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，不是不带负电荷的核苷酸间键联的核苷酸间键联是硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，其是立体随机硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，其是Rp手性控制的硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，其是Sp手性控制的硫代磷酸酯核苷酸间键联。
在一些实施例中，与靶腺苷相反的核苷的位置+11、+9、+5、-2和-5处的一个或多个或所有核苷酸间键联独立地为不带负电荷的核苷酸间键联(“+”是从与靶腺苷相反的核苷向寡核苷酸的5’-末端计数，+1位置处的核苷酸间键联是与靶腺苷相反的核苷和其5’侧相邻核苷之间的核苷酸间键联(例如，在5’-N1N0N-1-3’的N1与N0之间，其中如本文所述，N0是与靶腺苷相反的核苷)，并且“-”是从核苷向寡核苷酸的3’-末端计数，其中-1位置的核苷酸间键联是与靶腺苷相反的核苷和其3’侧相邻核苷之间的核苷酸间键联(例如，在5’-N1N0N-1-3’的N-1与N0之间，其中如本文所述，N0是与靶腺苷相反的核苷))。在一些实施例中，寡核苷酸的第一核苷酸间键联是不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，寡核苷酸的最后一个核苷酸间键联是不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，寡核苷酸的第一个和最后一个核苷酸间键联各自独立地是不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，位置+21、+20、+18、+17、+16、+15、+14、+13、+12、+11、+10、+6、+5、+4和-2处的一个或多个或所有核苷酸间键联独立地是不带负电荷的核苷酸间键联(例如，磷酰基胍核苷酸间键联，例如n001)。在一些实施例中，位置+24、+23、+22、+19、+16、+15、+14、+13、+12、+11、+10、+6、+5、+4、-2和-5处的一个或多个或所有核苷酸间键联独立地是不带负电荷的核苷酸间键联(例如，磷酰基胍核苷酸间键联，例如n001)。在一些实施例中，位置+23、+22、+19、+16、+15、+14、+13、+12、+11、+10、+6、+5、+4和-2处的一个或多个或所有核苷酸间键联独立地是不带负电荷的核苷酸间键联(例如，磷酰基胍核苷酸间键联，例如n001)。在一些实施例中，寡核苷酸的第一个和最后一个核苷酸间键联独立地是不带负电荷的核苷酸间键联(例如，磷酰基胍核苷酸间键联，例如n001)。在一些实施例中，第一个和最后一个核苷酸间键联以及位置+23、+22、+19、+16、+15、+14、+13、+12、+11、+10、+6、+5、+4和-2处的一个或多个或所有核苷酸间键联独立地是不带负电荷的核苷酸间键联(例如，磷酰基胍核苷酸间键联，例如n001)。在一些实施例中，第一个和最后一个核苷酸间键联都是Rp。在一些实施例中，每个硫代磷酸酯核苷酸间键联是Sp。在一些实施例中，位置-2处的核苷酸间键联是不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，位置-5处的核苷酸间键联是不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，位置+5处的核苷酸间键联是不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，位置+9处的核苷酸间键联是不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，位置+11处的核苷酸间键联是不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，位置-2和-5处的核苷酸间键联各自独立地是不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，位置+5、-2和-5处的核苷酸间键联各自独立地是不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，位置+11、+9、-2和-5处的核苷酸间键联各自独立地是不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，位置+11、+9、+5、-2和-5处的核苷酸间键联各自独立地是不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，第1、第14、第16、第20、第26和第29个核苷酸间键联(除非另外说明，否则从5′-末端开始)中的一个或多个或每一个独立地是不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，寡核苷酸不包含至与靶腺苷相反的核苷的5′侧的不带负电荷的核苷酸间键联，除了寡核苷酸的第一核苷酸间键联可以任选地是不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，除了位置-2处以外，寡核苷酸不包含内部不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，第一结构域的第一个和最后一个核苷酸间键联之一或两者独立地是不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，第二结构域的第一个和最后一个核苷酸间键联之一或两者独立地是不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，寡核苷酸的第一个和最后一个核苷酸间键联之一或两者独立地是不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，第一结构域的第一个和最后一个核苷酸间键联均独立地是不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，第二结构域的第一个和最后一个核苷酸间键联均独立地是不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，寡核苷酸的第一个和最后一个核苷酸间键联均独立地是不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，每个不带负电荷的核苷酸间键联独立地是中性核苷酸间键联。在一些实施例中，不带负电荷的核苷酸间键联是磷酰基胍核苷酸间键联。在一些实施例中，每个不带负电荷的核苷酸间键联独立地是磷酰基胍核苷酸间键联。在一些实施例中，不带负电荷的核苷酸间键联是n001。在一些实施例中，每个不带负电荷的核苷酸间键联独立地是n001。在一些实施例中，每个不带负电荷的核苷酸间键联独立地是Rp、Sp或非手性控制的。在一些实施例中，一个或多个不带负电荷的核苷酸间键联独立地不是手性控制的。在一些实施例中，每个不带负电荷的核苷酸间键联独立地不是手性控制的。在一些实施例中，一个或多个不带负电荷的核苷酸间键联独立地是手性控制的。在一些实施例中，每个不带负电荷的核苷酸间键联独立地是手性控制的。在一些实施例中，每个不带负电荷的核苷酸间键联是Rp。在一些实施例中，每个不带负电荷的核苷酸间键联是Sp。在一些实施例中，与肌苷或脱氧肌苷或2’-修饰的肌苷(例如2’-OH被-F、-OMe、-MOE等非H部分代替)在其3’位置键合的核苷酸间键联，如n001，是非手性控制的或手性控制的且为Sp。在一些实施例中，其是手性控制的并且是Sp。在一些实施例中，包含键合到包含次黄嘌呤的核苷的3’-位置的手性控制的Sp不带负电荷的核苷酸间键联(例如磷酰基胍核苷酸间键联，如n001)的寡核苷酸及其组合物提供了优于相应的立体随机或Rp核苷酸间键联的各种优点，例如相同或更好的特性和/或活性、提高的生产效率和/或降低的生产成本等。在一些实施例中，构建键合到包含次黄嘌呤的核苷的3’-位置的手性控制的Sp不带负电荷的核苷酸间键联(例如磷酰基胍核苷酸间键联，如n001)的过程可以更容易地进行(例如更高的试剂浓度、更小的溶液体积、更短的反应时间等)和/或成本更低(例如材料更容易获得)。在一些实施例中，包含键合到包含次黄嘌呤的核苷的3’-位置的手性控制的Rp硫代磷酸酯核苷酸间键联的寡核苷酸及其组合物提供了优于相应的立体随机或Sp核苷酸间键联的各种优点，例如相同或更好的特性和/或活性、提高的生产效率和/或降低的生产成本等。在一些实施例中，构建键合到包含次黄嘌呤的核苷的3’-位置的手性控制的Rp硫代磷酸酯核苷酸间键联的过程可以更容易地进行(例如更高的试剂浓度、更小的溶液体积、更短的反应时间等)和/或成本更低(例如材料更容易获得)。
在一些实施例中，寡核苷酸包含一个或多个(例如，1-10、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10个或更多个等)天然磷酸酯键联。在一些实施例中，与天然磷酸酯键联键合的两个核苷均独立地是2′-修饰的糖。在一些实施例中，与大部分(例如，至少50％、60％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或更大)天然磷酸酯键联键合的两个核苷均独立地是2’-经修饰的糖。在一些实施例中，与每个天然磷酸酯键联键合的两个核苷均独立地是2′-修饰的糖。在一些实施例中，2’-修饰的糖是双环糖或2’-OR修饰的糖，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，每个2’-修饰的糖独立地是双环糖或2’-OR经修饰的糖，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，每个2’-修饰的糖独立地是2’-OR修饰的糖，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，每个2’-修饰的糖独立地是2’-OMe修饰的糖或2’-MOE修饰的糖。在一些实施例中，每个2’-修饰的糖独立地是2’-OMe修饰的糖。在一些实施例中，每个2’-修饰的糖独立地是2’-MOE修饰的糖。在一些实施例中，天然磷酸酯键联与不带负电荷的核苷酸间键联(例如，磷酰基胍核苷酸间键联，如n001)一起使用。在一些实施例中，寡核苷酸包含交替的天然磷酸酯键联和不带负电荷的核苷酸间键联(例如，磷酰基胍核苷酸间键联，如n001)。
在一些实施例中，位置-1和-2处的一个或多个核苷酸间键联独立地是Rp硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，位置-3、-2、-1、+1、+3、+4、+5、+7、+8、+9、+10、+11、+12、+13、+16、+17和+18处的一个或多个核苷酸间键联独立地是Rp硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，位置-3处的核苷酸间键联是Rp硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，位置-2处的核苷酸间键联是Rp硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，位置-1处的核苷酸间键联是Rp硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，位置+1处的核苷酸间键联是Rp硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，位置+3处的核苷酸间键联是Rp硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，位置+4处的核苷酸间键联是Rp硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，位置+5处的核苷酸间键联是Rp硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，位置+7处的核苷酸间键联是Rp硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，位置+8处的核苷酸间键联是Rp硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，位置+9处的核苷酸间键联是Rp硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，位置+10处的核苷酸间键联是Rp硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，位置+11处的核苷酸间键联是Rp硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，位置+12处的核苷酸间键联是Rp硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，位置+13处的核苷酸间键联是Rp硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，位置+16处的核苷酸间键联是Rp硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，位置+17处的核苷酸间键联是Rp硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，位置+18处的核苷酸间键联是Rp硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，寡核苷酸包含一个且仅一个Rp硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，其包含两个且不多于两个。在一些实施例中，其包含三个且不多于三个。在一些实施例中，其包含四个且不多于四个。在一些实施例中，其包含五个且不多于五个。
在一些实施例中，与dI的3’-碳键合的不带负电荷的核苷酸间键联是Sp。在一些实施例中，与dI的3’-碳键合的不带负电荷的核苷酸间键联是Sp。在一些实施例中，与dI的3’-碳键合的磷酰基胍核苷酸间键联是Sp。在一些实施例中，与dI的3’-碳键合的n001核苷酸间键联是Sp。在一些实施例中，与dI的3’-碳键合的每个不带负电荷的核苷酸间键联独立地是Sp。在一些实施例中，与dI的3’-碳键合的每个中性核苷酸间键联独立地是Sp。在一些实施例中，与dI的3’-碳键合的每个磷酰基胍核苷酸间键联独立地是Sp。在一些实施例中，与dI的3’-碳键合的每个n001独立地是Sp。
在一些实施例中，组合物中控制水平的寡核苷酸是所需的寡核苷酸。在一些实施例中，在组合物中的共享共同碱基序列(例如，用于某目的的所需序列)的所有寡核苷酸中，或在组合物中的所有寡核苷酸中，所需寡核苷酸(其可以以多种形式(例如，盐形式)存在并且通常仅在非手性控制的核苷酸间键联处不同(对于该目的，相同立体异构体的各种形式可被认为是相同的))的水平为约5％-100％、10％-100％、20％-100％、30％-100％、40％-100％、50％-100％、60％-100％、70％-100％、80-100％、90-100％、95-100％、50％-90％，约5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％，或至少5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或99％。在一些实施例中，水平为至少约50％。在一些实施例中，水平为至少约60％。在一些实施例中，水平为至少约70％。在一些实施例中，水平为至少约75％。在一些实施例中，水平为至少约80％。在一些实施例中，水平为至少约85％。在一些实施例中，水平为至少约90％。在一些实施例中，水平为或至少为(DS)nc，其中DS为约90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或99.5％，并且nc为如本披露所述的手性键联磷的数目(例如，1-50、1-40、1-30、1-25、1-20、5-50、5-40、5-30、5-25、5-20，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25个或更多个)。在一些实施例中，水平为或至少为(DS)nc，其中DS为约90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或99.5％，并且nc为如本披露所述的手性控制的核苷酸间键联的数目(例如，1-50、1-40、1-30、1-25、1-20、5-50、5-40、5-30、5-25、5-20，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25个或更多个)。在一些实施例中，水平为或至少为(DS)nc，其中DS为95％-100％。
多种类型的核苷酸间键联可以与其他结构元件例如糖组合使用，以实现所需的寡核苷酸特性和/或活性。例如，本披露在设计寡核苷酸时通常利用经修饰的核苷酸间键联和经修饰的糖，任选地具有天然磷酸酯键联和天然糖。在一些实施例中，本披露提供了包含一个或多个经修饰的糖的寡核苷酸。在一些实施例中，本披露提供了包含一个或多个经修饰的糖和一个或多个经修饰的核苷酸间键联的寡核苷酸，其中一个或多个是天然磷酸酯键联。
在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含多个天然RNA糖(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30个或更多个，它们中的两个或更多个或全部任选地是连续的)。在一些实施例中，这样的寡核苷酸包含经修饰的糖，例如2’修饰的糖(例如，2’-F等)和/或2’-OR修饰的糖，其中R在一端或两端不是-H(例如，2-OMe、2-MOE等)，和/或多种经修饰的核苷酸间键联(例如，硫代磷酸酯核苷酸间键联、不带负电荷的核苷酸间键联等)。在一些实施例中，在5′-末端存在一个或多个，例如1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个以上这样的2′-OR修饰的糖，其中R不是-H。在一些实施例中，在3′-末端存在一个或多个，例如1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个以上这样的2′-OR修饰的糖，其中R不是-H。在一些实施例中，每个2′-修饰的糖独立地是2′-OR修饰的糖，其中R不是-H。在一些实施例中，如本文所述，2′-OR是2′-OMe。在一些实施例中，2′-OR是2′-MOE。在一些实施例中，2′-OR中的每一个独立地是2′-OMe或2′-MOE。在一些实施例中，每个2′-OR是2′-OMe。
在一些实施例中，评估各种核苷酸间键联的稳定性。在一些实施例中，核苷酸间键联暴露于用于寡核苷酸制造(例如固相寡核苷酸合成)的各种条件，包括试剂、溶剂、温度(在一些情况下，温度高于室温)、切割条件、脱保护条件、纯化条件等，并评估稳定性。在一些实施例中，稳定的核苷酸间键联(例如，暴露于一种或多种条件和/或过程时，或在完整的寡核苷酸制造过程之后具有不超过10％、9％、8％、7％、6％、5％、4％、3％、2％、1％、0.9％、0.8％、0.7％、0.6％、0.5％、0.4％、0.3％、0.2％或0.1％降解的那些)被选择用于各种寡核苷酸组合物和应用。
另外的化学部分
在一些实施例中，寡核苷酸包含一个或多个另外的化学部分。多种另外的化学部分，例如靶向部分、碳水化合物部分、脂质部分等是本领域已知的并且可以根据本披露内容用于调节所提供的寡核苷酸的特性和/或活性，例如稳定性、半衰期、活性、递送、药效动力学特性、药代动力学特性等。在一些实施例中，某些另外的化学部分促进将寡核苷酸递送至所需的细胞、组织和/或器官，包括但不限于中枢神经系统的细胞。在一些实施例中，某些另外的化学部分促进寡核苷酸的内化。在一些实施例中，某些另外的化学部分提高寡核苷酸稳定性。在一些实施例中，本披露提供用于将多种另外的化学部分并入寡核苷酸中的技术。
在一些实施例中，另外的化学部分是或包含小分子部分。在一些实施例中，小分子是蛋白质(例如，受体)的配体。在一些实施例中，小分子结合多肽。在一些实施例中，小分子是多肽的抑制剂。在一些实施例中，另外的化学部分是或包含肽部分(例如，抗体)。在一些实施例中，另外的化学部分是或包含核酸部分。在一些实施例中，核酸提供新的特性和/或活性。在一些实施例中，核酸部分与原始寡核苷酸链(缀合前)或其部分形成双链体或其他二级结构。在一些实施例中，核酸是或包含靶向相同或不同靶标的寡核苷酸，并且可以通过相同或不同的机制发挥其活性。在一些实施例中，核酸是或包含RNAi剂。在一些实施例中，核酸是或包含miRNA剂。在一些实施例中，核酸是或包含RNA酶H依赖性。在一些实施例中，核酸是或包含gRNA。在一些实施例中，核酸是或包含适体。在一些实施例中，另外的化学部分是或包含如本文所述的碳水化合物部分。许多有用的药剂(例如小分子、肽、碳水化合物、核酸药剂等)可以与根据本披露的本文的寡核苷酸缀合。
在一些实施例中，与参考寡核苷酸例如不具有另外的化学部分但在其他方面相同的参考寡核苷酸相比，包含另外的化学部分的寡核苷酸可提供增加的向组织中的递送和/或在组织中的活性。
在一些实施例中，另外的化学部分的非限制性实例包括碳水化合物部分、靶向部分等，其在并入寡核苷酸中时可以改善一种或多种特性。在一些实施例中，另外的化学部分选自：葡萄糖、GluNAc(N-乙酰葡糖胺)及茴香酰胺部分。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸可一包含两个或更多个另外的化学部分，其中这些另外的化学部分是相同或不相同的，或属于同一类别(例如，碳水化合物部分、糖部分、靶向部分等)或不属于同一类别。
在一些实施例中，另外的化学部分是靶向部分。在一些实施例中，另外的化学部分是或包含碳水化合物部分。在一些实施例中，另外的化学部分是或包含脂质部分。在一些实施例中，另外的化学部分是或包含例如细胞受体(诸如σ受体、脱唾液酸糖蛋白受体等)的配体部分。在一些实施例中，配体部分是或包含茴香酰胺部分，其可是σ受体的配体部分。在一些实施例中，配体部分是或包含GalNAc部分，其可以是脱唾液酸糖蛋白受体的配体部分。在一些实施例中，另外的化学部分促进向肝的递送。
在一些实施例中，所提供的寡核苷酸可以包含一个或多个接头和另外的化学部分(例如，靶向部分)，和/或可以是手性控制的或不是手性控制的，和/或具有如本文所述的碱基序列和/或一个或多个修饰和/或形式。
根据本披露可使用多种接头、碳水化合物部分和靶向部分(包括本领域中已知的许多者)。在一些实施例中，碳水化合物部分是靶向部分。在一些实施例中，靶向部分是碳水化合物部分。
在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含适合递送的另外的化学部分，例如葡萄糖、GluNAc(N-乙酰基胺葡糖胺)、茴香酰胺或选自以下的结构：
在一些实施例中，n是1。在一些实施例中，n是2。在一些实施例中，n是3。在一些实施例中，n是4。在一些实施例中，n是5。在一些实施例中，n是6。在一些实施例中，n是7。在一些实施例中，n是8。
在一些实施例中，另外的化学部分是实例(包括并入多种寡核苷酸中的多种另外的化学部分的实例)中描述的任何化学部分。
在一些实施例中，与寡核苷酸缀合的另外的化学部分能够将寡核苷酸靶向中枢神经系统中的细胞。
在一些实施例中，另外的化学部分包含或是细胞受体配体。在一些实施例中，另外的化学部分包含或是蛋白结合剂，例如，与细胞表面蛋白结合的蛋白结合剂。这样的部分尤其可用于将寡核苷酸靶向递送至表达相应受体或蛋白的细胞。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸的另外的化学部分包含茴香酰胺或其衍生物或类似物，并且能够使寡核苷酸靶向表达特定受体(诸如σ1受体)的细胞。
在一些实施例中，对所提供的寡核苷酸进行配制以施用至表达其靶标的身体细胞和/或组织。在一些实施例中，与寡核苷酸缀合的另外的化学部分能够将寡核苷酸靶向细胞。
在一些实施例中，另外的化学部分选自任选地经取代的苯基、 其中n′是1、2、3、4、5、6、7、8、9或10，并且每个其他变量如本披露中所述。在一些实施例中，Rs是F。在一些实施例中，Rs是OMe。在一些实施例中，Rs是OH。在一些实施例中，Rs是NHAc。在一些实施例中，Rs是NHCOCF3。在一些实施例中，R′是H。在一些实施例中，R是H。在一些实施例中，R2s是NHAc，并且R5s是OH。在一些实施例中，R2s是对茴香酰基，并且R5s是OH。在一些实施例中，R2s是NHAc，并且R5s是对茴香酰基。在一些实施例中，R2s是OH，并且R5s是对茴香酰基。在一些实施例中，另外的化学部分选自 在一些实施例中，n′是1。在一些实施例中，n′是0。在一些实施例中，n”是1。在一些实施例中，n”是2。
在一些实施例中，另外的化学部分是或包含脱唾液酸糖蛋白受体(ASGPR)配体。
不希望受任何特定理论的束缚，本披露指出，还已经报道了ASGPR1在小鼠的海马区和/或小脑浦肯野细胞层中表达。http：//mouse.brain-map.org/experiment/show/2048
多种其他ASGPR配体是本领域已知的，并且可以根据本披露使用。在一些实施例中，ASGPR配体是碳水化合物。在一些实施例中，ASGPR配体是GalNac或其衍生物或类似物。在一些实施例中，ASGPR配体是Sanhueza等人.J.Am.Chem.Soc.[美国化学会志]，2017，139(9)，第3528-3536页中描述的ASGPR配体。在一些实施例中，ASGPR配体是Mamidyala等人.J.Am.Chem.Soc.[美国化学会志]，2012，134，第1978-1981页中描述的ASGPR配体。在一些实施例中，ASGPR配体是US 20160207953中描述的ASGPR配体。在一些实施例中，ASGPR配体是例如在US 20160207953中披露的经取代的6，8-二氧杂双环[3.2.1]辛烷-2，3-二醇衍生物。在一些实施例中，ASGPR配体是例如在US 20150329555中描述的ASGPR配体。在一些实施例中，ASGPR配体是例如在US 20150329555中披露的经取代的6，8-二氧杂双环[3.2.1]辛烷-2，3-二醇衍生物。在一些实施例中，ASGPR配体是在US 8877917、US 20160376585、US10086081或US 8106022中描述的ASGPR配体。在一些实施例中，各种GalNAc衍生物及其用途在WO 2022/076922中描述并且可以根据本披露使用。这些文献中描述的ASGPR配体通过引用并入本文。本领域技术人员将理解，包括本文件中描述的那些技术在内的多种技术是已知的，用于评估化学部分与ASGPR的结合，并且可以根据本披露来利用。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸与ASGPR配体缀合。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含ASGPR配体。在一些实施例中，另外的化学部分包含ASGPR配体，该ASGPR配体是 其中各变量独立地如本披露中所描述。在一些实施例中，R是-H。在一些实施例中，R′是-C(O)R。
在一些实施例中，另外的化学部分是或包含在一些实施例中，另外的化学部分是或包含在一些实施例中，另外的化学部分是或包含在一些实施例中，另外的化学部分是或包含在一些实施例中，另外的化学部分是或包含任选地经取代的在一些实施例中，另外的化学部分是或包含在一些实施例中，另外的化学部分是或包含在一些实施例中，另外的化学部分是或包含在一些实施例中，另外的化学部分是或包含
在一些实施例中，另外的化学部分包含一个或多个可以与例如寡核苷酸靶细胞结合的部分。例如，在一些实施例中，另外的化学部分包含一个或多个蛋白配体部分，例如，在一些实施例中，另外的化学部分包含多个部分，其中每个独立地是ASGPR配体。在一些实施例中，如在Mod 001和Mod083中，另外的化学部分包含三个这样的配体。
Mod001：
Mod083：
在一些实施例中，寡核苷酸包含其中每个变量独立地如本文所述。在一些实施例中，每个-OR′是-OAc，并且-N(R′)2是-NHAc。在一些实施例中，寡核苷酸包含在一些实施例中，每个R′是-H。在一些实施例中，每个-OR′是-OH，并且每个-N(R′)2是-NHC(O)R。在一些实施例中，每个-OR′是-OH，并且每个-N(R′)2是-NHAc。在一些实施例中，寡核苷酸包含在一些实施例中，-CH2-连接位点用作糖中的C5连接位点。在一些实施例中，环上的连接位点用作糖中的C3连接位点。这样的部分可以利用例如亚磷酰胺诸如(例如，)引入(本领域技术人员理解，可以替代性地利用一个或多个其他基团，诸如用于-OH、-NH2-、-N(i-Pr)2、-OCH2CH2CN等的保护基，并且保护基可以在多种合适的条件下移除，有时在寡核苷酸脱保护和/或切割步骤期间移除)。在一些实施例中，寡核苷酸包含2个、3个或更多个(例如，3个且不多于3个)在一些实施例中，寡核苷酸包含2个、3个或更多个(例如，3个且不多于3个)在一些实施例中，这样的部分的拷贝通过如本文所述的核苷酸间键联(例如，天然磷酸酯键联)连接。在一些实施例中，当在5′末端时，-CH2-连接位点键合到-OH。在一些实施例中，寡核苷酸包含在一些实施例中，寡核苷酸包含在一些实施例中，每个-OR′是-OAc，并且-N(R′)2是-NHAc。在一些实施例中，寡核苷酸包含尤其是，可用于以相当的和/或更好的活性和/或特性引入在一些实施例中，对于相同数量的其提供改善的制备效率和/或较低的成本(例如，当与Mod001相比时)。
在一些实施例中，另外的化学部分是本文例如在表1中描述的Mod基团。
在一些实施例中，另外的化学部分是Mod001。在一些实施例中，另外的化学部分是Mod083。在一些实施例中，另外的化学部分(例如，Mod基团)直接缀合(例如，没有接头)到寡核苷酸的其余部分。在一些实施例中，经由接头将另外的化学部分缀合到寡核苷酸的其余部分。在一些实施例中，另外的化学部分(例如，Mod基团)可以直接连接和/或经由接头连接到寡核苷酸的核碱基、糖和/或核苷酸间键联。在一些实施例中，Mod基团直接或经由接头连接到糖。在一些实施例中，Mod基团直接或经由接头连接到5′-末端糖。在一些实施例中，Mod基团通过5′碳直接或经由接头连接到5′-末端糖。有关实例，参见表1中的各种寡核苷酸。在一些实施例中，Mod基团直接或经由接头连接到3′-末端糖。在一些实施例中，Mod基团通过3′碳直接或经由接头连接到3′-末端糖。在一些实施例中，Mod基团直接或经由接头连接到核碱基。在一些实施例中，Mod基团直接或经由接头连接到核苷酸间键联。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含通过L001连接到寡核苷酸链的5′-末端的Mod001。
如本领域技术人员所理解的，另外的化学部分可以在多种位置连接到寡核苷酸链，例如5′-末端、3′-末端或中间位置(例如，在糖、碱基、核苷酸间键联等上)。在一些实施例中，其连接在5′-末端。在一些实施例中，其连接在3′-末端。在一些实施例中，其连接在中间的核苷酸处。
某些另外的化学部分(例如，脂质部分、靶向部分、碳水化合物部分)，包括Mod012、Mod039、Mod062、Mod085、Mod086和Mod094，以及用于将另外的化学部分连接到寡核苷酸链的多种接头，包括但不限于L001、L003、L004、L008、L009和L010，在WO 2017/062862、WO2018/067973、WO 2017/160741、WO 2017/192679、WO 2017/210647、WO 2018/098264、WO2018/022473、WO 2018/223056、WO 2018/223073、WO 2018/223081、WO 2018/237194、WO2019/032607、WO 2019/032612、WO 2019/055951、WO 2019/075357、WO 2019/200185、WO2019/217784、WO 2019/032612、WO 2020/191252、WO 2021/071858和/或WO 2021/237223中描述，其各自的另外的化学部分和接头独立地通过引用并入本文，并且可以根据本披露使用。在一些实施例中，另外的化学部分是洋地黄毒苷或生物素或其衍生物。
在一些实施例中，寡核苷酸包含接头，例如L001、L004、L008和/或另外的化学部分，例如Mod012、Mod039、Mod062、Mod085、Mod086或Mod094。在一些实施例中，接头，例如L001、L003、L004、L008、L009、L110等连接到Mod，例如Mod012、Mod039、Mod062、Mod085、Mod086、Mod094等。
L001：-NH-(CH2)6-接头(也称为C6接头、C6胺接头或C6氨基接头)，其通过-NH-连接到Mod(如果有的话)，并且通过如在-CH2-连接位点处所示的磷酸酯键联(-O-P(O)(OH)-O-，其可以盐的形式存在，并且可表示为O或PO)或硫代磷酸酯键联(-O-P(O)(SH)-O-，其可以盐形式存在，并且可表示为＊(如果硫代磷酸酯不是手性控制的)；或＊S、S或Sp(如果硫代磷酸酯是手性控制的并且具有Sp构型)；或＊R、R或Rp(如果硫代磷酸酯是手性控制的并且具有Rp构型))连接到寡核苷酸链的5′-末端或3′-末端。如果不存在Mod，则L001通过-NH-连接到-H；
L003：接头。在一些实施例中，它通过其氨基连接到Mod(如果有的话)(如果没有Mod，则连接到-H)，并且例如经由键联(例如，磷酸酯键联(O或PO)或硫代磷酸酯键联(可以不是手性控制的，或是手性控制的(Sp或Rp)))连接到寡核苷酸链的5′-末端或3′-末端；
L004：具有-NH(CH2)4CH(CH2OH)CH2-的结构的接头，其中-NH-连接到Mod(通过-C(O)-)或-H，并且-CH2-连接位点通过键联连接到寡核苷酸链(例如，在3′末端)，该键联是例如磷酸二酯键联(-O-P(O)(OH)-O-，其可以盐形式存在，并且可以表示为O或PO)、硫代磷酸酯键联(-O-P(O)(SH)-O-，其可以盐形式存在，并且可以表示为＊(如果硫代磷酸酯不是手性控制的)；或＊S、S或Sp(如果硫代磷酸酯是手性控制的并且具有Sp构型)；或＊R、R或Rp(如果硫代磷酸酯是手性控制的并且具有Rp构型))、或二硫代磷酸酯键联(-O-P(S)(SH)-O-，其可以盐形式存在，并且可以表示为PS2或：或D)。例如，L004前面紧接星号(例如，＊L004)表示键联是硫代磷酸酯键联，而L004前面未紧接星号表示键联是磷酸二酯键联。例如，在终止于...mAL004的寡核苷酸中，接头L004通过磷酸二酯键联(经由-CH2-位点)连接到3′末端糖(其是2′-OMe修饰的并且连接到核碱基A)的3′位，并且L004接头经由-NH-连接到-H。类似地，在一个或多个寡核苷酸中，L004接头通过磷酸二酯键联(经由-CH2-位点)连接到3′末端糖的3′位，并且L004经由-NH-连接到例如Mod012、Mod085、Mod086等；
L008：具有-C(O)-(CH2)9-的结构的接头，其中-C(O)-连接到Mod(通过-NH-)或-OH(如果未指示Mod)，并且-CH2-连接位点通过键联连接到寡核苷酸链(例如，在5′末端)，该键联是例如磷酸二酯键联(-O-P(O)(OH)-O-，其可以盐形式存在，并且可以表示为O或PO)、硫代磷酸酯键联(-O-P(O)(SH)-O-，其可以盐形式存在，并且可以表示为＊(如果硫代磷酸酯不是手性控制的)；或＊S、S或Sp(如果硫代磷酸酯是手性控制的并且具有Sp构型)；或＊R、R或Rp(如果硫代磷酸酯是手性控制的并且具有Rp构型))、或二硫代磷酸酯键联(-O-P(S)(SH)-O-，其可以盐形式存在，并且可以表示为PS2或：或D)。例如，在具有5′-L008mN＊mN＊mN＊mN＊N＊N＊N＊N＊N＊N＊N＊N＊N＊N＊mN＊mN＊mN＊mN-3′的序列并且具有OXXXXXXXXXXXXXXXXX的立体化学/键联的示例性寡核苷酸(其中N是碱基，其中O是天然磷酸酯核苷酸间键联，并且其中X是立体随机硫代磷酸酯)中，L008通过-C(O)-连接到-OH，并且通过磷酸酯键联(在“立体化学/键联”中表示为“O”)连接到寡核苷酸链的5′末端；又如，在具有5′-Mod062L008mN＊mN＊mN＊mN＊N＊N＊N＊N＊N＊N＊N＊N＊N＊N＊mN＊mN＊mN＊mN-3′的序列并且具有OXXXXXXXXXXXXXXXXX的立体化学/键联的示例性寡核苷酸(其中N是碱基)中，L008通过-C(O)-连接到Mod062，并且通过磷酸酯键联(在“立体化学/键联”中表示为“O”)连接到寡核苷酸链的5′末端；
L009：-CH2CH2CH2-。在一些实施例中，当L009存在于没有Mod的寡核苷酸的5′-末端时，L009的一端连接到-OH并且另一端例如经由键联(例如，磷酸酯键联(O或PO)或硫代磷酸酯键联(可以不是手性控制的，或是手性控制的(Sp或Rp)))连接到寡核苷酸链的5′-碳；
L010：L010通过各种键联(例如，n001；如果未指明，通常为磷酸酯)连接至其他部分，例如L023、L010、寡核苷酸链等。当不存在其他部分时，L010与-OH键合。例如，在一些实施例中，L010与n001R一起利用形成L010n001R，其具有结构其中键联磷的构型是Rp。在一些实施例中，可以使用多个L010n001R。例如L023L010n001RL010n001RL010n001R，其结构如下(与寡核苷酸链5’端的5’-碳键结合，每个键联磷独立为Rp)：
Mod012(在一些实施例中，-C(O)-连接到接头诸如L001、L004、L008等的-NH-)：
Mod039(在一些实施例中，-C(O)-连接到接头诸如L001、L003、L004、L008、L009、L110等的-NH-)：
Mod062(在一些实施例中，-C(O)-连接到接头诸如L001、L003、L004、L008、L009、L110等的-NH-)：
Mod085(在一些实施例中，-C(O)-连接到接头诸如L001、L003、L004、L008、L009、L110等的-NH-)：
Mod086(在一些实施例中，-C(O)-连接到接头诸如L001、L003、L004、L008、L009、L110等的-NH-)：
Mod094(在一些实施例中，经由例如磷酸酯键联、硫代磷酸酯键联(其任选地是手性控制的)等键联连接到核苷酸间键联，或连接到寡核苷酸的5′-末端或3′-末端。例如，在具有5’-mN＊mN＊mN＊mN＊N＊N＊N＊N＊N＊N＊N＊N＊N＊N＊mN＊mN＊mN＊mNMod094-3’的序列并且具有XXXXX XXXXX XXXXX XXO的立体化学/键联(其中N是碱基)的示例性寡核苷酸中，Mod094通过磷酸酯基团连接到寡核苷酸链的3′-末端(3′-末端糖的3′-碳)(磷酸酯基团未在下面示出并且可以以盐形式存在；并且在“立体化学/键联”(…XXXXO)中表示为“O”))：
在一些实施例中，另外的化学部分(例如，接头、脂质、增溶基团、缀合物基团、靶向基团和/或靶向配体)是WO 2012/030683或WO 2021/030778中描述的化学部分。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含以下文献中描述的化学结构(例如，接头、脂质、增溶基团和/或靶向配体)：WO 2012/030683、WO 2021/030778、WO 2019112485、US20170362270、WO2018156056、或WO 2018056871、WO2021/030778、WO 2020/154344、WO 2020/154343、WO2020/154342、WO 2020/165077、WO 2020/201406、WO 2020/216637、WO 2020/252376、WO2021/130313、WO 2021/231691、WO 2021/231692、WO 2021/231673、WO 2021/231675、WO2021/231679、WO 2021/231680、WO 2021/231698、WO 2021/231685、WO 2021/231830、WO2021/243023、WO 2022/018207、WO 2022/026928、或WO 2022/090256。
在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含以下文献中描述的另外的化学部分(例如，靶向基团、缀合物基团等)和/或修饰(例如，核碱基、糖、核苷酸间键联等的修饰)：美国专利号5,688,941、6,294,664、6,320,017、6,576,752、5,258,506、5,591,584、4,958,013、5,082,830、5,118,802、5,138,045、6,783,931、5,254,469、5,414,077、5,486,603、5,112,963、5,599,928、6,900,297、5,214,136、5,109,124、5,512,439、4,667,025、5,525,465、5,514,785、5,565,552、5,541,313、5,545,730、4,835,263、4,876,335、5,578,717、5,580,731、5,451,463、5,510,475、4,904,582、5,082,830、4,762,779、4,789,737、4,824,941、4,828,979、5,595,726、5,214,136、5,245,022、5,317,098、5,371,241、5,391,723、4,948,882、5,218,105、5,112,963、5,567,810、5,574,142、5,578,718、5,608,046；4,587,044、4,605,735、5,585,481、5,292,873、5,552,538、5,512,667、5,597,696、5,599,923、7,037,646、5,587,371、5,416,203、5,262,536、5,272,250、或8,106,022。
在一些实施例中，另外的化学部分(例如，Mod)经由接头连接。多种接头在本领域中是可获得的并且可根据本披露使用，例如，用于使多种部分与蛋白(例如，与抗体缀合以形成抗体-药物缀合物)、核酸等缀合的那些接头。某些有用的接头在US 9982257、US20170037399、US20180216108、US20180216107、US 9598458、WO 2017/062862、WO 2018/067973、WO 2017/160741、WO 2017/192679、WO 2017/210647、WO 2018/098264、WO 2018/223056、WO 2018/237194、WO 2019/032607、WO 2019/055951、WO 2019/075357、WO 2019/200185、WO 2019/217784、WO 2019/032612、WO 2020/191252、WO 2021/071858和/或WO2021/237223中描述，其各自的接头部分独立地通过引用并入本文。在一些实施例中，作为非限制性实例，接头是L001、L004、L009或L010。在一些实施例中，寡核苷酸包含接头，但不含除接头以外的另外的化学部分。在一些实施例中，寡核苷酸包含接头，但不含除接头以外的另外的化学部分，其中接头是L001、L004、L009或L010。在一些实施例中，接头是或包含具有如本文所述的核苷酸间键联结构的部分。在一些实施例中，接头中的这样的部分不连接两个核苷。在一些实施例中，接头具有L的结构。在一些实施例中，接头是二价的。在一些实施例中，接头是多价的。在一些实施例中，接头可以将两个或更多个另外的化学部分连接至如本文所述的寡核苷酸链。例如，在一些实施例中，一个或两个或三个或更多个另外的化学部分(例如，GalNAc部分)通过多价接头部分连接至寡核苷酸链(例如，在5′-末端)。
在一些实施例中，例如在施用于系统、细胞、组织、器官、受试者等之后，将另外的化学部分从寡核苷酸(例如寡核苷酸链)的剩余部分切割。在一些实施例中，另外的化学部分促进、增加和/或加速向某些细胞的递送，并且在将寡核苷酸递送至这样的细胞中之后，将另外的化学部分从寡核苷酸上切割。在一些实施例中，接头部分包含一个或多个可切割部分，其可在所需位置(例如，在某种类型的细胞、亚细胞区室如溶酶体等内)和/或时机切割。在一些实施例中，可切割部分被多肽例如酶如核酸酶选择性切割。报道了许多有用的可切割部分和可切割接头，并可根据本披露使用。在一些实施例中，可切割部分是或包含选自酰胺、酯、醚、磷酸二酯、二硫化物、氨基甲酸酯等的一个或多个官能团。在一些实施例中，接头如WO 2012/030683、WO 2021/030778、WO 2020/154344、WO 2020/154343、WO 2020/154342、WO 2020/165077、WO 2020/201406、WO 2020/216637或WO 2020/252376中所述。
在一些实施例中，所提供的技术可以提供高水平的活性和/或所需的特性，在一些实施例中不利用据报道为所需的和/或必需的特定结构元件(例如，修饰、键联构型和/或模式等)(例如，WO 2019/219581中报道的那些)，但某些这样的结构元件可与根据本披露的多种其他结构元件组合并入寡核苷酸中。例如，在一些实施例中，本披露的寡核苷酸在与靶核苷(例如，靶腺苷)相反的核苷的3′具有较少的核苷，在一个或多个据报道硫代磷酸酯核苷酸间键联不受欢迎或不被允许的位置处包含一个或多个硫代磷酸酯核苷酸间键联，在一个或多个据报道Sp硫代磷酸酯核苷酸间键联不受欢迎或不被允许的位置处包含一个或多个Sp硫代磷酸酯核苷酸间键联，在一个或多个据报道Rp硫代磷酸酯核苷酸间键联不受欢迎或不被允许的位置处包含一个或多个Rp硫代磷酸酯核苷酸间键联，和/或与据报道对某些寡核苷酸特性和/或活性有利的或所需的那些修饰和/或立体化学相比，在一个或多个位置包含不同的修饰(例如，核苷酸间键联修饰、糖修饰等)和/或立体化学(例如，存在2′-MOE、在特定位置不存在硫代磷酸酯键联、在特定位置不存在Sp硫代磷酸酯键联和/或在特定位置存在Rp硫代磷酸酯键联据报道对某些寡核苷酸特性和/或活性是有利或所需的；在一些实施例中，所提供的技术可以提供所需的特性和/或高活性，而无需利用2′-MOE，无需在一个或多个这样的特定位置处避免硫代磷酸酯键联，无需在一个或多个这样的特定位置处避免Sp硫代磷酸酯键联，和/或无需在一个或多个这样的特定位置处避免Rp硫代磷酸酯键联)。另外地或替代性地，所提供的寡核苷酸包含先前未认识到的结构元件，诸如利用某些修饰(例如，碱基修饰、糖修饰(例如，2′-F)、键联修饰(例如，不带负电荷的核苷酸间键联)、另外的部分等)及其水平、模式和组合。
例如，在一些实施例中，如本文所述，所提供的寡核苷酸包含不超过5、6、7、8、9、10、11或12个位于与靶核苷(例如，靶腺苷)相反的核苷的3′的核苷。
替代性地或另外地，如本文所述(例如，在某些实例中展示的)，对于在与靶核苷(例如，靶腺苷)相反的核苷的3′的结构元件，在一些实施例中，在与靶核苷(例如，靶腺苷)相反的核苷的3′的核苷酸间键联的约50％-100％(例如，约或至少约50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％)各自独立地是经修饰的核苷酸间键联，其任选地是手性控制的。在一些实施例中，在与靶核苷相反的核苷的3′不超过1、2或3个核苷酸间键联是天然磷酸酯键联。在一些实施例中，没有这样的核苷酸间键联是天然磷酸酯键联。在一些实施例中，不超过1个这样的核苷酸间键联是天然磷酸酯键联。在一些实施例中，不超过2个这样的核苷酸间键联是天然磷酸酯键联。在一些实施例中，不超过3个这样的核苷酸间键联是天然磷酸酯键联。在一些实施例中，每个经修饰的核苷酸间键联独立地是硫代磷酸酯或不带负电荷的核苷酸间键联(例如，n001)。在一些实施例中，每个硫代磷酸酯核苷酸间键联是手性控制的。在一些实施例中，在与靶核苷相反的核苷的3′不超过1、2或3个核苷酸间键联是Rp硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，在其糖的3’-位(被认为是-1位)键合到与靶核苷相反的核苷的核苷酸间键联是Rp硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，它是在与靶核苷相反的核苷的3′的唯一Rp硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，在相对于与靶核苷相反的核苷的位置-3处的核苷酸间键联(例如，对于…N0N-1N-2N-3...，连接N-2和N-3的核苷酸间键联，其中N0是与靶核苷相反的核苷)不是Rp硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，在相对于与靶核苷相反的核苷的位置-6处的核苷酸间键联不是Rp硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，相对于与靶核苷相反的核苷在位置-4和/或-5处的核苷酸间键联独立地是经修饰的核苷酸间键联，例如硫代磷酸酯核苷酸间键联，或独立地是Rp硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，位置-1、-3、-4、-5和-6处的一个或多个或所有核苷酸间键联各自独立地是Sp核苷酸间键联。在一些实施例中，位置-1、-3、-4、-5和-6处的一个或多个或所有核苷酸间键联各自独立地是Sp硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，位置-4和/或-5处的核苷酸间键联各自独立地是Rp核苷酸间键联。在一些实施例中，位置-4和/或-5处的核苷酸间键联各自独立地是Rp硫代磷酸酯核苷酸间键联。在许多实施例中，不超过1、2、3、4或5个核苷酸间键联是Rp硫代磷酸酯核苷酸间键联。
替代性地或另外地，如本文所述(例如，在某些实例中展示的)，在一些实施例中，在与靶核苷(例如，靶腺苷)相反的核苷的5′的核苷酸间键联的约50％-100％(例如，约或至少约50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％)各自独立地是经修饰的核苷酸间键联，其任选地是手性控制的。在一些实施例中，在与靶核苷(例如，靶腺苷)相反的核苷的5′没有核苷酸间键联或不超过1、2或3个核苷酸间键联不是经修饰的核苷酸间键联。在一些实施例中，在与靶核苷(例如，靶腺苷)相反的核苷的5′没有核苷酸间键联或不超过1、2或3个核苷酸间键联不是硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，在与靶核苷(例如，靶腺苷)相反的核苷的5′没有核苷酸间键联或不超过1、2或3个核苷酸间键联不是Sp硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，在与靶核苷(例如，靶腺苷)相反的核苷的5′不超过1、2或3个核苷酸间键联是天然磷酸酯键联。在一些实施例中，没有这样的核苷酸间键联是天然磷酸酯键联。在一些实施例中，不超过1个这样的核苷酸间键联是天然磷酸酯键联。在一些实施例中，不超过2个这样的核苷酸间键联是天然磷酸酯键联。在一些实施例中，不超过3个这样的核苷酸间键联是天然磷酸酯键联。在一些实施例中，每个经修饰的核苷酸间键联独立地是硫代磷酸酯或不带负电荷的核苷酸间键联(例如，n001)。在一些实施例中，在与靶核苷相反的核苷的5′不存在2、3或4个连续核苷酸间键联，其各自不是硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，在与靶核苷相反的核苷的5′不存在2、3或4个连续的核苷酸间键联，其各自是手性控制的并且不是Sp硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，在与靶核苷(例如，靶腺苷)相反的核苷的5′没有或不超过1、2、3、4或5个核苷酸间键联是Rp硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，在其糖的5′-位(被认为是+1位)键合到与靶核苷相反的核苷的核苷酸间键联是Rp硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，它是在与靶核苷相反的核苷的3′的唯一Rp硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，在相对于与靶核苷相反的核苷的位置+5处的核苷酸间键联(例如，对于...N+5N+4N+3N+2N+1N0...，连接N+4和N+5的核苷酸间键联，其中N0是与靶核苷相反的核苷)不是Rp硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，位置+11处的核苷酸间键联不是Sp硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，相对于与靶核苷相反的核苷，在位置+6至+8处的一个或多个或所有核苷酸间键联各自独立地是经修饰的核苷酸间键联，其任选地是手性控制的。在一些实施例中，它们各自独立地是硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，它们各自独立地是Sp硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，相对于与靶核苷相反的核苷，在位置+6至+8处的一个或多个或所有核苷酸间键联各自独立地是硫代磷酸酯核苷酸间键联，其任选地是手性控制的。在一些实施例中，位置+6、+7、+8、+9和+11处的一个或多个或所有核苷酸间键联各自独立地是Rp核苷酸间键联。在一些实施例中，位置+6、+7、+8、+9和+11处的一个或多个或所有核苷酸间键联各自独立地是Rp硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，在相对于与靶腺苷相反的核苷的位置+5、+6、+7、+8和+9处的一个或多个或所有核苷酸间键联各自独立地是Sp核苷酸间键联。在一些实施例中，在相对于与靶腺苷相反的核苷的位置+5、+6、+7、+8和+9处的一个或多个或所有核苷酸间键联各自独立地是Sp硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，位置+5处的核苷酸间键联是Sp核苷酸间键联。在一些实施例中，位置+5处的核苷酸间键联是Sp硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，位置+6处的核苷酸间键联是Sp核苷酸间键联。在一些实施例中，位置+6处的核苷酸间键联是Sp硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，位置+7处的核苷酸间键联是Sp核苷酸间键联。在一些实施例中，位置+7处的核苷酸间键联是Sp硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，位置+8处的核苷酸间键联是Sp核苷酸间键联。在一些实施例中，位置+8处的核苷酸间键联是Sp硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，位置+9处的核苷酸间键联是Sp核苷酸间键联。在一些实施例中，位置+9处的核苷酸间键联是Sp硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，至少约1、2、3、4、5、6、7、8、9或10，或约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31或32个，或约50％-100％(例如，约或至少约50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％或95％)的在与靶核苷(例如，靶腺苷)相反的核苷的5′的核苷酸间键联各自独立地是手性控制的，并且是Sp核苷酸间键联。在一些实施例中，至少约1、2、3、4、5、6、7、8、9或10，或约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31或32个，或约50％-100％(例如，约或至少约50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％或95％)的在与靶核苷(例如，靶腺苷)相反的核苷的5′的硫代磷酸酯核苷酸间键联各自独立地是手性控制的，并且是Sp。在一些实施例中，在与靶核苷(例如，靶腺苷)相反的核苷的5′的每个硫代磷酸酯核苷酸间键联是手性控制的。在一些实施例中，在与靶核苷(例如，靶腺苷)相反的核苷的5′的每个硫代磷酸酯核苷酸间键联是Sp。
替代性地或另外地，如本文所述(例如，在某些实例中展示的)，在一些实施例中，寡核苷酸中所有核苷酸间键联中的约5％-90％、约10％-80％、约10％-75％、约10％-70％、10％-60％、10％-50％、10％-40％、10％-30％、15％-40％、20％-30％、25％-30％，或约或至少约5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％或50％独立地是天然磷酸酯键联。在一些实施例中，与靶核苷(例如，靶腺苷)相反的核苷的5′的所有核苷酸间键联中的约5％-90％、约10％-80％、约10％-75％、约10％-70％、10％-60％、10％-50％、10％-40％、10％-30％、15％-40％、20％-30％、25％-30％，或约或至少约5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％或50％独立地是天然磷酸酯键联。在一些实施例中，寡核苷酸中核苷酸间键联中的一个或多个，例如约1-15、1-10、1-9、1-8、1-7、1-6、1-5、5-6、5-7、5-8、5-9、5-10，或约或至少约1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个独立地是天然磷酸酯键联。在一些实施例中，与靶核苷(例如，靶腺苷)相反的核苷的5′的核苷酸间键联中的一个或多个，例如约1-15、1-10、1-9、1-8、1-7、1-6、1-5、5-6、5-7、5-8、5-9、5-10，或约或至少约1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个独立地是天然磷酸酯键联。在一些实施例中，位置+3(N+4N+3之间)、+4、+6、+8、+9、+12、+14、+15、+17和+18中的一个或多个处的一个或多个核苷酸间键联独立地是天然磷酸酯键联。在一些实施例中，与靶核苷相反的核苷的5’有4个天然磷酸酯键联。在一些实施例中，与靶核苷相反的核苷的5’有5个天然磷酸酯键联。在一些实施例中，与靶核苷相反的核苷的5’有6个天然磷酸酯键联。在一些实施例中，与靶核苷相反的核苷的5’有7个天然磷酸酯键联。在一些实施例中，与靶核苷相反的核苷的5’有8个天然磷酸酯键联。在一些实施例中，与靶核苷相反的核苷的5’有9个天然磷酸酯键联。在一些实施例中，与靶核苷相反的核苷的5’有10个天然磷酸酯键联。在一些实施例中，在与靶核苷(例如，靶腺苷)相反的核苷的3′一个或多个核苷酸间键联各自独立地是天然磷酸酯键联。在一些实施例中，与靶核苷相反的核苷的3’有一个天然磷酸酯键联。在一些实施例中，位置-3处的核苷酸间键联是天然磷酸酯键联。
替代性地或另外地，如本文所述(例如，在某些实例中展示的)，在一些实施例中，寡核苷酸中所有核苷酸间键联中的约5％-90％、约10％-80％、约10％-75％、约10％-70％、10％-60％、10％-50％、10％-40％、10％-30％、15％-40％、20％-30％、25％-30％、30％-70％、40％-70％、40％-65％、40％-60％，或约或至少约5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％或65％独立地是硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，与靶核苷(例如，靶腺苷)相反的核苷的5′的所有核苷酸间键联中的约5％-90％、约10％-80％、约10％-75％、约10％-70％、10％-60％、10％-50％、10％-40％、10％-30％、15％-40％、20％-30％、25％-30％、30％-70％、40％-70％、40％-65％、40％-60％，或约或至少约5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％或65％独立地是天然磷酸酯键联。在一些实施例中，寡核苷酸中核苷酸间键联中的一个或多个，例如约1-30、1-25、1-20、1-15、5-30、5-25、5-20、5-15、10-30、10-25、10-20、10-15，或约或至少约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30个独立地是硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，与靶核苷(例如，靶腺苷)相反的核苷的5′的核苷酸间键联中的一个或多个，例如约1-30、1-25、1-20、1-15、5-30、5-25、5-20、5-15、10-30、10-25、10-20、10-15，或约或至少约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30个独立地是硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，位置+1(N+1N0之间)、+2、+5、+6、+7、+8、+11、+14、+15、+16、+17、+19、+20、+21和+22中的一个或多个处的一个或多个核苷酸间键联独立地是硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，与靶核苷相反的核苷的5’有5个或更多个硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，与靶核苷相反的核苷的5’有10个或更多个硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，与靶核苷相反的核苷的5’有11个或更多个硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，与靶核苷相反的核苷的5’有12个或更多个硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，与靶核苷相反的核苷的5’有13个或更多个硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，与靶核苷相反的核苷的5’有14个或更多个硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，与靶核苷相反的核苷的5’有15个或更多个硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，在与靶核苷(例如，靶腺苷)相反的核苷的3′一个或多个核苷酸间键联各自独立地是硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，与靶核苷相反的核苷的3’有一个硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，与靶核苷相反的核苷的3’有两个硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，与靶核苷相反的核苷的3’有三个硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，位置-1、-4和-5处的一个或多个或所有核苷酸间键联独立地是硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，每个硫代磷酸酯核苷酸间键联独立地是手性控制的。在一些实施例中，所有硫代磷酸酯核苷酸间键联中的约或至少约80％、85％、90％或95％独立地是Sp。在一些实施例中，每个硫代磷酸酯核苷酸间键联独立地是Sp。
替代性地或另外地，如本文所述(例如，在某些实例中展示的)，在一些实施例中，寡核苷酸中所有核苷酸间键联中的约5％-90％、约10％-80％、约10％-75％、约10％-70％、10％-60％、10％-50％、10％-40％、10％-30％、10％-20％、10％-15％、15％-40％、15％-35％、15％-30％、15％-25％、15％-20％，或约或至少约5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％或50％独立地是不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，与靶核苷(例如，靶腺苷)相反的核苷的5′的所有核苷酸间键联中的约5％-90％、约10％-80％、约10％-75％、约10％-70％、10％-60％、10％-50％、10％-40％、10％-30％、10％-20％、10％-15％、15％-40％、15％-35％、15％-30％、15％-25％、15％-20％，或约或至少约5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％或50％各自独立地是不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，寡核苷酸中核苷酸间键联中的一个或多个，例如约1-15、1-10、1-9、1-8、1-7、1-6、1-5、5-6、5-7、5-8、5-9、5-10，或约或至少约1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个独立地是不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，与靶核苷(例如，靶腺苷)相反的核苷的5′的核苷酸间键联中的一个或多个，例如约1-15、1-10、1-9、1-8、1-7、1-6、1-5、5-6、5-7、5-8、5-9、5-10，或约或至少约1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个独立地是不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，位置+5(N+5N+4之间)、+10、+13或+23中的一个或多个或所有位置处的一个或多个核苷酸间键联独立地是不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，与靶核苷相反的核苷的5’有2个或更多个不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，与靶核苷相反的核苷的5’有3个或更多个不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，与靶核苷相反的核苷的5’有4个或更多个不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，与靶核苷相反的核苷的5’有5个或更多个不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，在与靶核苷(例如，靶腺苷)相反的核苷的3′一个或多个核苷酸间键联各自独立地是不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，与靶核苷相反的核苷的3’有一个不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，与靶核苷相反的核苷的3’有两个或更多个不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，与靶核苷相反的核苷的3’有两个不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，位置-2和-6处的一个或两个核苷酸间键联独立地是不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，不带负电荷的核苷酸间键联是中性核苷酸间键联。在一些实施例中，不带负电荷的核苷酸间键联独立地是中性核苷酸间键联。在一些实施例中，不带负电荷的核苷酸间键联是磷酰基胍核苷酸间键联。在一些实施例中，每个不带负电荷的核苷酸间键联独立地是磷酰基胍核苷酸间键联。在一些实施例中，不带负电荷的核苷酸间键联是n001。在一些实施例中，每个不带负电荷的核苷酸间键联独立地是n001。在一些实施例中，不带负电荷的核苷酸间键联是手性控制的。在一些实施例中，每个不带负电荷的核苷酸间键联独立地是手性控制的。在一些实施例中，不带负电荷的核苷酸间键联是Rp。在一些实施例中，不带负电荷的核苷酸间键联是Sp。在一些实施例中，每个不带负电荷的核苷酸间键联独立地是Sp。在一些实施例中，每个n001独立地是Sp，除了与dI的3’-碳键合的每个n001独立地是Rp。
各种有用的技术，例如糖、核碱基、核苷、核苷酸间键联、立体化学和/或其模式等，描述于WO 2021/071858中并且通过引用并入。
MECP2
MECP2具有多种功能并参与多个过程和途径。例如，在一些实施例中，据报道MECP2与共调节蛋白(例如Ncor、SMRT等)结合，并且可以招募HDAC3来调节各种核酸的转录。MECP2的许多其他特性和功能也已被报道。
许多病症、障碍或疾病都与MECP2突变相关。一种这样报道的病症、障碍或疾病是雷特综合征(Rett syndrome)。据报道，雷特综合征(RTT或RETT)至少在一些情况下是由甲基-CpG-结合蛋白2(Mecp2)基因中的一组异质突变引起的，这些突变损害或消除了所编码蛋白在中枢神经系统(CNS)中修饰染色质和转录状态的能力。参见例如Good等人，MeCP2：The Genetic Driver of Rett Syndrome Epigenetics[MeCP2：雷特综合征表观遗传学的遗传驱动因素]，Front Genet.[遗传学前沿]2021；12：620859；和Neul等人，Specificmutations in methyl-CpG-binding protein 2 confer different severity in Rettsyndrome[甲基-CpG-结合蛋白2的特定突变导致雷特综合征的不同严重程度]，Neurology[神经病学].2008年4月15日；70(16)：1313-21。
在一些实施例中，病症、障碍或疾病是或包含经典雷特综合征，据报道其在女孩的各种情况下是或包含进行性神经系统障碍，其特征在于正常出生和在生命前6至18个月期间表面正常的精神运动发育。在一些实施例中，病症、障碍或疾病是或包含非典型雷特综合征，据报道，随着在先前诊断患有自闭症、轻度学习障碍和天使综合征(Angelmansyndrome)的个体中鉴定出MECP2突变，该综合征越来越多地观察到。在一些实施例中，病症、障碍或疾病是或包含MECP2相关的重度新生儿脑病。在一些实施例中，病症、障碍或疾病是或包含自闭症。在一些实施例中，病症、障碍或疾病是或包含非特异性精神发育迟滞。在一些实施例中，病症、障碍或疾病是或包含PPM-X综合征。在一些实施例中，病症、障碍或疾病是或包含天使综合征。
据报道，许多MECP2突变与病症、障碍或疾病相关。这些突变中的一些是提前TGA终止密码子，例如，R168X、R255X、R270X、R294X等。在一些实施例中，本披露提供了用于编辑这样的提前终止密码子的技术，使得具有改善的特性和/或活性的编辑的蛋白质可以被产生。在一些实施例中，将提前终止密码子编辑为编码Tyr的UGG。在一些实施例中，与野生型MECP2蛋白相比，编辑的蛋白包含R至W突变。在一些实施例中，R168X编辑为R168W。在一些实施例中，R255X编辑为R255W。在一些实施例中，R270X编辑为R270W。在一些实施例中，R294X编辑为R294W。如本文所展示，这样的编辑的MECP2蛋白可以执行野生型MECP2蛋白的各种功能，例如形成蛋白复合物、调节转录等。在一些实施例中，这样的编辑的MECP2蛋白部分或完全恢复野生型MECP2蛋白的一种或多种特性和功能。在一些实施例中，这样的编辑的MECP2蛋白增强野生型MECP2蛋白的一种或多种特性和/或活性。在一些实施例中，这样的编辑的MECP2蛋白具有野生型MECP2蛋白不具有的一种或多种特性和/或活性。
本披露尤其提供了用于预防各种MECP2相关病症、障碍或疾病的技术。在一些实施例中，本披露提供了用于治疗各种MECP2相关病症、障碍或疾病的技术。
ADAR
尤其是，所提供的技术可以通过将A转化成I来提供对靶腺苷的修饰/编辑。在一些实施例中，寡核苷酸和/或由寡核苷酸与靶核酸形成的双链体与蛋白(例如，ADAR蛋白)相互作用。在一些实施例中，这样的蛋白包含腺苷修饰活性并且可以修饰靶核酸中的靶腺苷，例如将它们转化成肌苷。
ADAR蛋白是在多种细胞、组织、器官和/或生物体中天然表达的蛋白。据报道，一些ADAR蛋白(例如，ADAR1和ADAR2)可以通过脱氨来编辑腺苷，从而将腺苷转化成肌苷，肌苷可以提供多种功能，包括在翻译过程中被读作或类似于G。已经报道了ADAR介导的mRNA编辑(例如，脱氨)的机制。例如，据报道，ADAR蛋白催化具有错配的双链RNA底物上的腺苷向肌苷的转化。如本领域技术人员所理解的，肌苷可以通过细胞翻译和/或剪接机制被辨识为鸟苷。ADAR因此可用于核酸(例如，前体mRNA和mRNA底物)的功能性腺苷至鸟苷编辑。
在一些实施例中，本披露提供了用于ADAR介导的靶核酸(例如，RNA)中的靶腺苷编辑的寡核苷酸及其组合物。ADAR介导的RNA编辑可以提供优于DNA编辑的若干优点，例如，因为不需要重组蛋白如Cas9的表达，所以递送被简化。ADAR1和ADAR2均是内源酶，因此单独的寡核苷酸的细胞递送可足以进行编辑。脱靶效应(如果有的话)是瞬时的并且不改变基因组DNA。另外，ADAR介导的编辑可用于有丝分裂后细胞，并且不需要用于HDR模板进行修复。已经报道了具有共同功能结构域的三种脊椎动物ADAR基因(Nishikura Nat Rev Mol CellBiol.[自然评论：分子细胞生物学]2016年2月；17(2)：83-96；Nishikura Annu RevBiochem.[生物化学年鉴]2010；79：321-349；Thomas和Beal Bioessays[生物学论文集].2017年4月；39(4))。所有3种ADAR均含有dsRNA结合结构域(dsRBD)，其可接触dsRNA底物。一些ADAR1还含有Z-DNA结合结构域。据报道，ADAR1在脑、肺、肾、肝和心脏等中显著表达，并且可以以两种同种型存在。在一些实施例中，同种型p150可以由干扰素诱导，而同种型p110可以组成型表达。在一些实施例中，使用p110可能是有益的，因为据报道它是泛在和组成型表达的。ADAR2可以在例如脑和肺中高表达，并且据报道仅定位到细胞核中。据报道，ADAR3无催化活性并且仅在脑中表达。当选择治疗靶时，可以考虑组织表达的潜在差异。
已经报道了寡核苷酸用于通过ADAR进行RNA编辑。尤其是，本披露认识到先前报道的技术通常具有一个或多个缺点，诸如低稳定性(例如，具有天然RNA糖的寡核苷酸)、低编辑效率、低编辑特异性(例如，在与寡核苷酸基本上互补的靶核酸的一部分中编辑许多A)、用于ADAR识别/募集的寡核苷酸中的特定结构、外源蛋白(例如，被工程化以识别具有特定结构的寡核苷酸和/或其双链体(例如，具有靶核酸)以用于编辑的那些)等。此外，当寡核苷酸包含经修饰的核苷酸间键联的一个或多个手性键联磷时，先前报道的技术通常利用立体随机寡核苷酸组合物。
例如，多种报道的寡核苷酸含有ADAR募集结构域。Merkle等人，Nat Biotechnol.[自然-生物技术]2019年2月；37(2)：133-138披露了包含不完美的20bp发夹ADAR募集结构域的寡核苷酸，该结构域是募集内源性人ADAR2以编辑内源性转录物的分子内茎环。Mali等人，Nat Methods.[自然-方法]2019年3月；16(3)：239-242中报道的寡核苷酸除了与靶mRNA杂交的特异性结构域外还包含ADAR底物GluR2前信使RNA序列或MS2发夹。
某些报道的编辑方法利用外源或工程化蛋白，例如，利用CRISPR/Cas9系统的那些。例如，Komor等人Nature[自然]2016第533卷，第420-424页披露了与CRISPR-Cas9偶联以产生可编程DNA碱基编辑器的脱氨酶。因为它参与外源编辑蛋白，所以它需要递送CRISPR/Cas9系统和指导RNA两者。
尤其是，本披露提供了包括一个或多个特征诸如糖修饰、碱基修饰、核苷酸间键联修饰、立体化学控制、其多种模式等的技术，以解决现有腺苷编辑技术中遭受的一个或多个或所有缺点，例如，通过提供本文所述的设计的寡核苷酸的手性控制的寡核苷酸组合物。例如，在一些实施例中，ADAR募集环是任选的，并且对于所提供的技术来说不是必需的。
如本领域技术人员所理解的，一个或多个这样的有用特征可用于改进现有技术中的寡核苷酸(例如，WO 2016097212、WO 2017220751、WO 2018041973、WO 2018134301中所述的那些，其各自的寡核苷酸和寡核苷酸组合物独立地通过引用并入)。在一些实施例中，本披露通过将本文所述的一个或多个有用特征应用于先前报道的寡核苷酸碱基序列来提供对先前技术的改进。在一些实施例中，本披露提供了可用于腺苷编辑的先前报道的寡核苷酸的手性控制的寡核苷酸组合物。在一些实施例中，本披露提供了使用立体随机寡核苷酸组合物对先前报道的腺苷编辑的改进，其通过使用手性控制的寡核苷酸组合物进行这样的编辑来进行。
据报道，ADAR蛋白可具有多种同种型。例如，ADAR1尤其具有报道的p110同种型和报道的p150同种型。在一些实施例中，对于多种同种型(在一些实施例中，p110和p150同种型两者)，某些手性控制的寡核苷酸组合物可以提供高水平的腺苷修饰(例如，将A转化成I)，而对于一种或多种同种型而言(例如，p110)立体随机组合物提供低水平的腺苷修饰。在一些实施例中，手性控制的寡核苷酸组合物对于在表达或包含ADAR1的p110同种型的系统(例如，细胞、组织、器官、生物体、受试者等)中的腺苷修饰特别有用，特别是相对于p150同种型表达或包含高水平的ADAR1的p110同种型的那些系统，或不表达或表达低水平的ADAR1p150的那些系统。
在一些实施例中，本披露提供了在结构中不需要茎环的顺式作用(CisA)寡核苷酸。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸可以通过碱基配对与靶mRNA形成dsRNA结构。在一些实施例中，所形成的dsRNA结构(任选地具有二级错配)含有促进ADAR结合的凸起，并且因此可以促进ADAR介导的编辑(例如，靶腺苷的脱氨)。在一些实施例中，本披露的寡核苷酸比LSL寡核苷酸或CSL寡核苷酸短，例如长度不超过或为约32nt，不超过或为约31nt，不超过或为约30nt，不超过或为约29nt，不超过或为约28nt，不超过或为约27nt，或不超过或为约26nt，并且可以提供高编辑效率。
双链体化(Duplexing)和靶向区
在一些实施例中，本披露提供了寡核苷酸，该寡核苷酸包含：
双链体化区；以及
靶向区；
其中：
双链体化区能够与核酸形成双链体；以及
靶向区能够与包含靶腺苷的靶核酸形成双链体。
在一些实施例中，双链体化区是或包含如本文所述的第一结构域。在一些实施例中，靶向区是或包含如本文所述的第二结构域。
在一些实施例中，靶向区包含以下或由以下组成：第一结构域、第二结构域、第一子结构域、第二子结构域和/或第三子结构域。在一些实施例中，靶向区包含以下或由以下组成：第一结构域和第二结构域。在一些实施例中，靶向区包含以下或由以下组成：第一结构域、第一子结构域、第二子结构域和第三子结构域。在一些实施例中，靶向区包含以下或由以下组成：第一结构域、第二子结构域和第三子结构域。
在一些实施例中，双链体化区能够与核酸形成双链体，其中该核酸不是靶核酸。在一些实施例中，双链体化区与靶核酸形成双链体。在一些实施例中，双链体化区与系统例如细胞中表达的核酸形成双链体。在一些实施例中，双链体化区与外源核酸例如寡核苷酸形成双链体。在一些实施例中，双链体化区与是或包含RNA部分的核酸形成双链体。在一些实施例中，形成的双链体可以被多肽(例如ADAR多肽，例如ADAR1(p110或p150或两者)、ADAR2等)识别。在一些实施例中，形成的双链体可以募集多肽(例如ADAR多肽，例如ADAR1(p110或p150或两者)、ADAR2等)。在一些实施例中，形成的双链体募集ADAR1。在一些实施例中，形成的双链体募集ADAR1 p110。在一些实施例中，形成的双链体募集ADAR1 p150。在一些实施例中，形成的双链体募集ADAR2。在一些实施例中，形成的双链体募集ADAR1 p110和p150。在一些实施例中，形成的双链体募集ADAR1和ADAR2。在一些实施例中，形成的双链体募集ADAR1p110、ADAR p150和/或ADAR2。在一些实施例中，形成的双链体募集ADAR1 p110和p150以及ADAR2。
在一些实施例中，双链体化区与寡核苷酸(该寡核苷酸可称为“双链体化寡核苷酸”)形成双链体。在一些实施例中，双链体化寡核苷酸包含一个或多个经修饰的核碱基、经修饰的糖和/或经修饰的核苷酸间键联。在一些实施例中，双链体化寡核苷酸包含与双链体化区互补的双链体形成区。如本领域技术人员所理解的，在许多情况下，不需要完美的互补，并且可以较好地耐受一种或多种摆动、凸起、错配等。例如，据报道，ADAR蛋白结合完美和不完美互补的双链体和/或用作底物。
双链体化区和/或双链体形成区可以具有各种长度。在一些实施例中，它们是至少10个(例如，约或至少约10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30个或更多个，约10-20、10-25、10-30、10-40、10-50、10-100、14-20、14-25、14-30、14-40、14-50、14-100、15-20、15-25、15-30、15-40、15-50、15-100、16-20、16-25、16-30、16-40、16-50、16-100、17-20、17-25、17-30、17-40、17-50、17-100、18-20、18-25、18-30、18-40、18-50、18-100、19-20、19-25、19-30、19-40、19-50、19-100、20-25、20-30、20-40、20-50、20-100个等)核苷长度。在一些实施例中，长度为约或至少约10个核苷长。在一些实施例中，长度为约或至少约11个核苷长。在一些实施例中，长度为约或至少约12个核苷长。在一些实施例中，长度为约或至少约13个核苷长。在一些实施例中，长度为约或至少约14个核苷长。在一些实施例中，长度为约或至少约15个核苷长。在一些实施例中，长度为约或至少约16个核苷长。在一些实施例中，长度为约或至少约17个核苷长。在一些实施例中，长度为约或至少约18个核苷长。在一些实施例中，长度为约或至少约19个核苷长。在一些实施例中，长度为约或至少约20个核苷长。
在一些实施例中，双链体化寡核苷酸由以下组成或基本上由以下组成：双链体形成区。在一些实施例中，除了双链体形成区之外，双链体化寡核苷酸还包含一个或多个另外的区域。在一些实施例中，双链体化寡核苷酸包含茎环区。在一些实施例中，双链体化寡核苷酸包含以下或由以下组成：双链体形成区和茎环区。在一些实施例中，茎区为约或至少约2、3、4、5、6、7、8、9或10个(例如，约或至少约2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30个或更多个，约4-10、4-15、4-20、4-25、4-30、4-40、4-50、5-10、5-15、5-20、5-25、5-30、5-40、5-50、6-10、6-15、6-20、6-25、6-30、6-40、6-50、7-10、7-15、7-20、7-25、7-30、7-40、7-50、8-10、8-15、8-20、8-25、8-30、8-40、8-50、9-10、9-15、9-20、9-25、9-30、9-40、9-50、10-15、10-25、10-30、10-40、10-50、10-100个等)核碱基长度。在一些实施例中，其为约或至少约5个核碱基长度。在一些实施例中，其为约或至少约6个核碱基长度。在一些实施例中，其为约或至少约7个核碱基长度。在一些实施例中，其为约或至少约8个核碱基长度。在一些实施例中，其为约或至少约9个核碱基长度。在一些实施例中，其为约或至少约10个核碱基长度。
在一些实施例中，一个或多个另外的区域可以促进、增进、促使和/或有助于多肽例如ADAR1(p110和/或p150)和/或ADAR2的募集和/或识别和/或与该多肽的相互作用。在一些实施例中，为了使包含一个或多个另外区域的寡核苷酸双链体化，与不存在这样的另外区域相比，可以使用更短的双链体形成区。
在一些实施例中，由双链体区和双链体化寡核苷酸形成的双链体结构可以募集多肽，例如ADAR1(p110和/或p150)和/或ADAR2。在一些实施例中，双链体结构是或包含如WO2016/097212所述的募集部分。某些双链体区和双链体化寡核苷酸在WO 2022/026928中描述并且可以根据本披露使用。
在一些实施例中，双链体化寡核苷酸包含如本文所述的一种或多种糖、核碱基和/或核苷酸间键联修饰。在一些实施例中，双链体化寡核苷酸包含一个或多个糖修饰。在一些实施例中，如本文所述，双链体化寡核苷酸中的大部分或全部糖是经修饰的糖。在一些实施例中，经修饰的糖是2’-修饰的糖。在一些实施例中，每个经修饰的糖独立地是2’-修饰的糖。在一些实施例中，每个经修饰的糖独立地选自2’-F修饰的糖、双环糖或2′-OR修饰的糖，其中R不是氢。在一些实施例中，每个经修饰的糖独立地选自2’-F修饰的糖、双环糖或2’-OR修饰的糖，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，每个经修饰的糖独立地选自2’-F修饰的糖或2’-OR修饰的糖，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，每个2’-OR修饰的糖独立地是2’-OMe或2’-MOE修饰的糖。在一些实施例中，每个2’-OR修饰的糖独立地是2’-OMe修饰的糖。在一些实施例中，每个2’-OR修饰的糖独立地是2’-MOE修饰的糖。在一些实施例中，每个2’-OR修饰的糖独立地是2’-F修饰的糖。在一些实施例中，双链体化寡核苷酸包含一个或多个经修饰的核苷酸间键联，例如硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，如本文所述，双链体化寡核苷酸中的大部分或全部核苷酸间键联独立地是经修饰的核苷酸间键联。在一些实施例中，双链体化寡核苷酸的每个核苷酸间键联独立地是经修饰的核苷酸间键联。在一些实施例中，经修饰的核苷酸间键联是硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，经修饰的核苷酸间键联是不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，经修饰的核苷酸间键联是中性核苷酸间键联。在一些实施例中，经修饰的核苷酸间键联是磷酰基胍核苷酸间键联。在一些实施例中，经修饰的核苷酸间键联是n001。在一些实施例中，每个经修饰的核苷酸间键联是硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，每个核苷酸间键联是硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，硫代磷酸酯核苷酸间键联是手性控制的。在一些实施例中，硫代磷酸酯核苷酸间键联不是手性控制的。在一些实施例中，如本文所述，手性控制的硫代磷酸酯核苷酸间键联的大部分或全部独立地是Sp。在一些实施例中，所有硫代磷酸酯核苷酸间键联是Sp。在一些实施例中，双链体化寡核苷酸包含一个或多个(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20或更多个)天然磷酸酯键联。在一些实施例中，当寡核苷酸包含一个或多个天然磷酸酯键联时，5’和/或3’末端的一个或几个核苷酸间键联独立地是如本文所述的经修饰的核苷酸间键联。在一些实施例中，5’和3’末端的几个核苷酸间键联独立地是经修饰的核苷酸间键联。在一些实施例中，5’末端处的一个或多个(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、2-20、2-10、2-5、3-5个等)核苷酸间键联是如本文所述的经修饰的核苷酸间键联，例如硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，3’末端处的一个或多个(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、2-20、2-10、2-5、3-5个等)核苷酸间键联是如本文所述的经修饰的核苷酸间键联，例如硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，增加经修饰的核苷酸间键联(例如硫代磷酸酯核苷酸间键联等)的数量可以提高编辑效率，例如，当更多的天然DNA/RNA糖、2’-F修饰的糖等与经修饰的核苷酸间键联(例如硫代磷酸酯核苷酸间键联)键合时。
在一些实施例中，双链体化区包含如本文所述的一种或多种糖、核碱基和/或核苷酸间键联修饰。在一些实施例中，双链体化区包含一个或多个(例如1-30、1-20、1-10、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20或更多个等)如本文所述的经修饰的糖。在一些实施例中，如本文所述，双链体化区中的大部分或全部糖各自独立地是如本文所述的经修饰的糖。在一些实施例中，经修饰的糖是2’-修饰的糖。在一些实施例中，每个经修饰的糖独立地是2’-修饰的糖。在一些实施例中，每个经修饰的糖独立地选自2’-F修饰的糖、双环糖或2’-OR修饰的糖，其中R不是氢。在一些实施例中，每个经修饰的糖独立地选自2’-F修饰的糖、双环糖或2’-OR修饰的糖，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，每个经修饰的糖独立地选自2’-F修饰的糖或2’-OR修饰的糖，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，每个2’-OR修饰的糖独立地是2’-OMe或2’-MOE修饰的糖。在一些实施例中，每个2’-OR修饰的糖独立地是2’-OMe修饰的糖。在一些实施例中，每个2’-OR修饰的糖独立地是2’-MOE修饰的糖。在一些实施例中，每个2’-OR修饰的糖独立地是2’-F修饰的糖。在一些实施例中，双链体化区中约50％-100％、60％-100％、70％-100％、50％-90％、50％-80％、60％-90％、60％-80％、70％-90％、70％-80％，或约或至少约60％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或更多的糖各自独立地是2’-F修饰的糖。在一些实施例中，如本文所述，寡核苷酸末端的一个或多个糖独立地是经修饰的糖。在一些实施例中，如本文所述，寡核苷酸末端的一个或多个糖独立地是双环糖或2’-OR修饰的糖，其中R是C1-6脂肪族基。在一些实施例中，如本文所述，寡核苷酸末端的一个或多个(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、2-20、2-10、2-5、3-5个等)糖各自独立地是2’-OR修饰的糖，其中R是C1-6脂肪族基。在一些实施例中，寡核苷酸两端的一个或多个(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、2-20、2-10、2-5、3-5个等)糖各自独立地是经修饰的糖；例如，在一些寡核苷酸中，5′末端的3个或更多个糖是2’-OMe修饰的糖，3′末端的4个或更多个糖是2’-OMe修饰的糖。在一些实施例中，双链体化区包含一个或多个(例如1-30、1-20、1-10、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20或更多个等)如本文所述的经修饰的核苷酸间键联。在一些实施例中，寡核苷酸5’和/或3’末端处的一个或多个(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、2-20、2-10、2-5、3-5个等)核苷酸间键联各自独立地是经修饰的核苷酸间键联，例如，在一些实施例中，各自独立地选自不带负电荷的核苷酸间键联、中性核苷酸间键联、磷酰基胍核苷酸间键联、n001和硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，寡核苷酸5’末端处的一个或多个(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、2-20、2-10、2-5、3-5个等)核苷酸间键联各自独立地是经修饰的核苷酸间键联，并且寡核苷酸3’末端处的一个或多个(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、2-20、2-10、2-5、3-5个等)核苷酸间键联各自独立地是经修饰的核苷酸间键联。在一些实施例中，经修饰的核苷酸间键联是硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，经修饰的核苷酸间键联是不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，经修饰的核苷酸间键联是中性核苷酸间键联。在一些实施例中，经修饰的核苷酸间键联是磷酰基胍核苷酸间键联。在一些实施例中，经修饰的核苷酸间键联是n001。在一些实施例中，每个经修饰的核苷酸间键联是硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，每个核苷酸间键联是硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，硫代磷酸酯核苷酸间键联是手性控制的。在一些实施例中，硫代磷酸酯核苷酸间键联不是手性控制的。在一些实施例中，如本文所述，手性控制的硫代磷酸酯核苷酸间键联的大部分或全部独立地是Sp。在一些实施例中，所有硫代磷酸酯核苷酸间键联是Sp。在一些实施例中，手性经修饰的核苷酸间键联(例如，硫代磷酸酯核苷酸间键联)不是手性控制的。在一些实施例中，双链体化区包含一个或多个(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20或更多个)天然磷酸酯键联。在一些实施例中，当寡核苷酸包含一个或多个天然磷酸酯键联时，5’和/或3’末端的一个或几个核苷酸间键联独立地是如本文所述的经修饰的核苷酸间键联。在一些实施例中，5’和3’末端的几个核苷酸间键联独立地是经修饰的核苷酸间键联。在一些实施例中，5’末端处的一个或多个(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、2-20、2-10、2-5、3-5个等)核苷酸间键联是如本文所述的经修饰的核苷酸间键联，例如硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，3’末端处的一个或多个(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、2-20、2-10、2-5、3-5个等)核苷酸间键联是如本文所述的经修饰的核苷酸间键联，例如硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，双链体化区处一个或多个(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、2-20、2-10、2-5、3-5个等)天然磷酸酯键联的掺入增加编辑效率。在一些实施例中，双链体化区中大部分核苷酸间键联(例如，50％-100％、60％-100％、70％-100％、50％-90％、50％-80％、60％-90％、60％-80％、70％-90％、70％-80％，或约或至少约60％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或更多)独立地是天然磷酸酯键联。在一些实施例中，除了寡核苷酸末端的一个或多个天然磷酸酯键联(如果有的话)之外，双链体化区中的每个其他核苷酸间键联独立地是天然磷酸酯键联。
在一些实施例中，靶向区是或包含如本文所述的编辑区。在一些实施例中，靶向区包含如本文所述的5’-N1N0N-1-3’。
在一些实施例中，靶向区包含如本文所述的一种或多种糖、核碱基和/或核苷酸间键联修饰。在一些实施例中，靶向区包含一个或多个(例如1-30、1-20、1-10、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20或更多个等)如本文所述的经修饰的糖。在一些实施例中，如本文所述，靶向区中的大部分或全部糖各自独立地是如本文所述的经修饰的糖。在一些实施例中，经修饰的糖是2’-修饰的糖。在一些实施例中，每个经修饰的糖独立地是2’-修饰的糖。在一些实施例中，每个经修饰的糖独立地选自2’-F修饰的糖、双环糖或2’-OR修饰的糖，其中R不是氢。在一些实施例中，每个经修饰的糖独立地选自2’-F修饰的糖、双环糖或2’-OR修饰的糖，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，每个经修饰的糖独立地选自2’-F修饰的糖或2’-OR修饰的糖，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，每个2’-OR修饰的糖独立地是2’-OMe或2’-MOE修饰的糖。在一些实施例中，每个2’-OR修饰的糖独立地是2’-OMe修饰的糖-在一些实施例中，每个2’-OR修饰的糖独立地是2’-MOE修饰的糖。在一些实施例中，每个2’-OR修饰的糖独立地是2’-F修饰的糖。在一些实施例中，靶向区中约50％-100％、60％-100％、70％-100％、50％-90％、50％-80％、60％-90％、60％-80％、70％-90％、70％-80％，或约或至少约60％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或更多的糖各自独立地是双环糖或2’-OR修饰的糖，其中R不是氢。在一些实施例中，靶向区中约50％-100％、60％-100％、70％-100％、50％-90％、50％-80％、60％-90％、60％-80％、70％-90％、70％-80％，或约或至少约60％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或更多的糖各自独立地是双环糖或2’-OR修饰的糖，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，靶向区中约50％-100％、60％-100％、70％-100％、50％-90％、50％-80％、60％-90％、60％-80％、70％-90％、70％-80％，或约或至少约60％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或更多的糖各自独立地是2’-OMe或2’-MOE修饰的糖。在一些实施例中，除了编辑区中的糖之外，靶向区中的每个糖独立地是如本文所述的经修饰的糖。在一些实施例中，除了编辑区中的糖之外，靶向区中的每个糖独立地是双环糖或2’-OR修饰的糖，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，除了编辑区中的糖之外，靶向区中的每个糖独立地是2’-OR修饰的糖，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，除了编辑区中的糖之外，靶向区中的每个糖独立地是2’-OMe或2’-MOE修饰的糖。在一些实施例中，除了编辑区中的糖之外，靶向区中的每个糖独立地是2’-OMe修饰的糖。在一些实施例中，编辑区包含三个核苷或由三个核苷组成，其中与靶腺苷相反的核苷位于三个核苷的中间。在一些实施例中，编辑区由三个核苷组成，其中与靶腺苷相反的核苷位于三个核苷的中间。在一些实施例中，编辑区包含以下或由以下组成：5’-N1N0N-1-3’。在一些实施例中，如本文所述，寡核苷酸末端的一个或多个(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、2-20、2-10、2-5、3-5个等)糖独立地是经修饰的糖。在一些实施例中，如本文所述，寡核苷酸末端的一个或多个(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、2-20、2-10、2-5、3-5个等)糖独立地是双环糖或2’-OR修饰的糖，其中R是C1-6脂肪族基。在一些实施例中，如本文所述，寡核苷酸末端的一个或多个(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、2-20、2-10、2-5、3-5个等)糖各自独立地是2’-OR修饰的糖，其中R是C1-6脂肪族基。在一些实施例中，寡核苷酸两端的一个或多个(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、2-20、2-10、2-5、3-5个等)糖各自独立地是经修饰的糖；例如，在一些寡核苷酸中，5′末端的3个或更多个糖是2’-OMe修饰的糖，3′末端的4个或更多个糖是2’-OMe修饰的糖。在一些实施例中，靶向区包含一个或多个(例如1-30、1-20、1-10、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20或更多个等)如本文所述的经修饰的核苷酸间键联。在一些实施例中，寡核苷酸5’和/或3’末端处的一个或多个(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、2-20、2-10、2-5、3-5个等)核苷酸间键联各自独立地是经修饰的核苷酸间键联，例如，在一些实施例中，各自独立地选自不带负电荷的核苷酸间键联、中性核苷酸间键联、磷酰基胍核苷酸间键联、n001和硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，寡核苷酸5’末端处的一个或多个(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、2-20、2-10、2-5、3-5个等)核苷酸间键联各自独立地是经修饰的核苷酸间键联，并且寡核苷酸3’末端处的一个或多个(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、2-20、2-10、2-5、3-5个等)核苷酸间键联各自独立地是经修饰的核苷酸间键联。在一些实施例中，经修饰的核苷酸间键联是硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，经修饰的核苷酸间键联是不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，经修饰的核苷酸间键联是中性核苷酸间键联。在一些实施例中，经修饰的核苷酸间键联是磷酰基胍核苷酸间键联。在一些实施例中，经修饰的核苷酸间键联是n001。在一些实施例中，每个经修饰的核苷酸间键联是硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，每个核苷酸间键联是硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，硫代磷酸酯核苷酸间键联是手性控制的。在一些实施例中，硫代磷酸酯核苷酸间键联不是手性控制的。在一些实施例中，如本文所述，手性控制的硫代磷酸酯核苷酸间键联的大部分或全部独立地是Sp。在一些实施例中，所有硫代磷酸酯核苷酸间键联是Sp。在一些实施例中，手性经修饰的核苷酸间键联(例如，硫代磷酸酯核苷酸间键联)不是手性控制的。在一些实施例中，靶向区包含一个或多个(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20或更多个)天然磷酸酯键联。在一些实施例中，当寡核苷酸包含一个或多个天然磷酸酯键联时，5’和/或3’末端的一个或几个核苷酸间键联独立地是如本文所述的经修饰的核苷酸间键联。在一些实施例中，5’和3’末端的几个核苷酸间键联独立地是经修饰的核苷酸间键联。在一些实施例中，5’末端处的一个或多个(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、2-20、2-10、2-5、3-5个等)核苷酸间键联是如本文所述的经修饰的核苷酸间键联，例如硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，3’末端处的一个或多个(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、2-20、2-10、2-5、3-5个等)核苷酸间键联是如本文所述的经修饰的核苷酸间键联，例如硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，靶向区处一个或多个(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、2-20、2-10、2-5、3-5个等)天然磷酸酯键联的掺入增加编辑效率。在一些实施例中，靶向区中大部分核苷酸间键联(例如，50％-100％、60％-100％、70％-100％、50％-90％、50％-80％、60％-90％、60％-80％、70％-90％、70％-80％，或约或至少约60％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或更多)独立地是天然磷酸酯键联。在一些实施例中，除了寡核苷酸末端的一个或多个天然磷酸酯键联(如果有的话)之外，靶向区中的每个其他核苷酸间键联独立地是天然磷酸酯键联。
在一些实施例中，靶向区与靶核酸中序列互补。在一些实施例中，靶核酸是或包含RNA。在一些实施例中，靶核酸是RNA。在一些实施例中，靶区域与其互补的靶核酸中的序列包含靶腺苷。如本领域技术人员所理解的，在许多情况下，不需要完全互补，并且可以存在一种或多种摆动、凸起、错配等。
靶向区可具有各种长度。在一些实施例中，靶向区是至少10个(例如，约或至少约10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30个或更多个，约10-20、10-25、10-30、10-40、10-50、10-100、14-20、14-25、14-30、14-40、14-50、14-100、15-20、15-25、15-30、15-40、15-50、15-100、16-20、16-25、16-30、16-40、16-50、16-100、17-20、17-25、17-30、17-40、17-50、17-100、18-20、18-25、18-30、18-40、18-50、18-100、19-20、19-25、19-30、19-40、19-50、19-100、20-25、20-30、20-40、20-50、20-100个等)核苷长度。在一些实施例中，长度为约或至少约10个核苷长。在一些实施例中，长度为约或至少约11个核苷长。在一些实施例中，长度为约或至少约12个核苷长。在一些实施例中，长度为约或至少约13个核苷长。在一些实施例中，长度为约或至少约14个核苷长。在一些实施例中，长度为约或至少约15个核苷长。在一些实施例中，长度为约或至少约16个核苷长。在一些实施例中，长度为约或至少约17个核苷长。在一些实施例中，长度为约或至少约18个核苷长。在一些实施例中，长度为约或至少约19个核苷长。在一些实施例中，长度为约或至少约20个核苷长。在一些实施例中，长度为约或至少约21个核苷长。在一些实施例中，长度为约或至少约22个核苷长。在一些实施例中，长度为约或至少约23个核苷长。在一些实施例中，长度为约或至少约24个核苷长。在一些实施例中，长度为约或至少约25个核苷长。
在一些实施例中，寡核苷酸包含靶向区和双链体化区，其中靶向区位于双链体化区的3’侧。在一些实施例中，寡核苷酸包含靶向区和双链体化区，其中靶向区位于双链体化区的5’侧。在一些实施例中，寡核苷酸由靶向区和双链体化区组成，其中靶向区位于双链体化区的3’侧。在一些实施例中，寡核苷酸由靶向区和双链体化区组成，其中靶向区位于双链体化区的5’侧。在一些实施例中，寡核苷酸包含靶向区、双链体化区以及靶向区和双链体化区之间的接头区。在一些实施例中，接头区包含或者是寡核苷酸部分。
在一些实施例中，包含双链体化和靶向区域的寡核苷酸与其他核酸(例如双链体化寡核苷酸)形成包括双链体的复合物。在一些实施例中，本披露提供了包含寡核苷酸和核酸的双链体，这些寡核苷酸包含双链体化和靶向区，这些核酸与双链体化区形成双链体。在一些实施例中，本披露提供了包含寡核苷酸和双链体化寡核苷酸的双链体，这些寡核苷酸包含双链体化和靶向区。在一些实施例中，利用包含双链体化和靶向区的寡核苷酸的手性控制的寡核苷酸组合物。在一些实施例中，利用包含双链体化和靶向区的寡核苷酸的非手性控制的寡核苷酸组合物。在一些实施例中，利用双链体化寡核苷酸的手性控制的寡核苷酸组合物。在一些实施例中，利用双链体化寡核苷酸的非手性控制的寡核苷酸组合物。
在一些实施例中，双链体在施用前形成。在一些实施例中，包含双链体化和靶向区的寡核苷酸以及与其形成双链体的核酸(其可以称为“双链体化核酸”)分开施用。在一些实施例中，包含双链体化和靶向区的寡核苷酸在双链体化核酸(例如本文所述的各种双链体化寡核苷酸)之前、同时(在单一或多个组合物中)或之后施用。在一些实施例中，双链体化核酸存在于细胞中和/或可以在细胞中表达，因此可能不需要直接施用。
在一些实施例中，靶核酸是或包含RNA。在一些实施例中，靶核酸是或包含mRNA。在一些实施例中，靶核酸中的靶腺苷被编辑成I。
非靶向寡核苷酸
在一些实施例中，靶向靶腺苷的寡核苷酸任选地与不靶向靶腺苷的寡核苷酸(“非靶向寡核苷酸”)一起使用。在一些实施例中，非靶向寡核苷酸与靶核酸的一部分(“非靶腺苷部分”)互补，该部分不与同靶向靶腺苷的寡核苷酸互补的部分(“靶腺苷部分”)重叠。在一些实施例中，非靶腺苷部分位于靶腺苷部分的5’-侧。在一些实施例中，非靶腺苷部分位于靶腺苷部分的3’-侧。在一些实施例中，非靶腺苷部分与靶腺苷部分键合。在一些实施例中，非靶腺苷部分与靶腺苷部分通过包含一个或多个核苷的间隙分开。在一些实施例中，间隙中有约1、2、3、4或5个核苷。在一些实施例中，间隙中的每个核苷独立地是A、U、C或G。在一些实施例中，靶核酸是MECP2转录物。在一些实施例中，靶核酸是MECP2mRNA。
非靶向寡核苷酸可以为各种长度，例如约10-40、10-30、15-30、15-25，或约10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30个核碱基长度。在一些实施例中，长度为约10个核碱基。在一些实施例中，长度为约11个核碱基。在一些实施例中，长度为约12个核碱基。在一些实施例中，长度为约13个核碱基。在一些实施例中，长度为约14个核碱基。在一些实施例中，长度为约15个核碱基。在一些实施例中，长度为约16个核碱基。在一些实施例中，长度为约17个核碱基。在一些实施例中，长度为约18个核碱基。在一些实施例中，长度为约19个核碱基。在一些实施例中，长度为约20个核碱基。在一些实施例中，长度为约21个核碱基。在一些实施例中，长度为约22个核碱基。在一些实施例中，长度为约23个核碱基。在一些实施例中，长度为约24个核碱基。在一些实施例中，长度为约25个核碱基。
各种修饰，例如核碱基修饰、糖修饰、核苷酸间键联修饰等及其模式可用于非靶向寡核苷酸。在一些实施例中，非靶向寡核苷酸包含一个或多个碱基修饰。在一些实施例中，非靶向寡核苷酸包含一个或多个糖修饰。在一些实施例中，非靶向寡核苷酸包含一个或多个2’-修饰的糖。在一些实施例中，非靶向寡核苷酸包含一个或多个2’-F修饰的糖。在一些实施例中，非靶向寡核苷酸包含一个或多个2’-OR修饰的糖，其中每个R独立地是C1-6烷基。在一些实施例中，非靶向寡核苷酸包含一个或多个2’-OMe修饰的糖。在一些实施例中，非靶向寡核苷酸包含一个或多个2’-MOE修饰的糖。在一些实施例中，非靶向寡核苷酸中的每个糖独立地是2’-修饰的糖。在一些实施例中，各自是2′-F修饰的糖。
在一些实施例中，非靶向寡核苷酸包含一个或多个经修饰的核苷酸间键联。在一些实施例中，非靶向寡核苷酸中的每个核苷酸间键联独立地是经修饰的核苷酸间键联。在一些实施例中，各自独立地是手性核苷酸间键联。在一些实施例中，非靶向寡核苷酸包含一个或多个PS核苷酸间键联。在一些实施例中，非靶向寡核苷酸包含一个或多个硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，每个核苷酸间键联是硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，非靶向寡核苷酸包含一个或多个PN键联。在一些实施例中，一个或多个或所有PN键联独立地是不带负电荷的核苷酸间键联。在一些实施例中，一个或多个或所有PN键联独立地是中性核苷酸间键联。在一些实施例中，一个或多个或所有PN键联独立地是磷酰基胍核苷酸间键联。在一些实施例中，一个或多个或所有PN键联独立地是n001。
在一些实施例中，非靶向寡核苷酸中一个或多个手性核苷酸间键联独立地是手性控制的。在一些实施例中，所有手性核苷酸间键联独立地是手性控制的。在一些实施例中，一些手性核苷酸间键联是手性控制的，而另一些则不是。在一些实施例中，没有手性核苷酸间键联是手性控制的。在一些实施例中，非靶向寡核苷酸以手性控制的寡核苷酸组合物的形式提供，并且相对于一种或多种或所有其他非对映体富集，例如，关于手性键联磷的一种或多种或所有非对映体。在一些实施例中，非靶向寡核苷酸以立体随机组合物的形式提供，其中寡核苷酸作为非对映体的混合物提供，例如关于键联磷的非对映体。
在一些实施例中，可以同时使用两种或更多种非靶向寡核苷酸。在一些实施例中，这样的两种或更多种非靶向寡核苷酸与靶核酸的不同的、非重叠的部分互补。例如，在一些实施例中，使用两种非靶向寡核苷酸，并且一个非靶腺苷部分位于靶腺苷部分的5’-侧，另一个非靶腺苷部分位于靶腺苷部分的3’-侧。
WO 2022/018207中描述的用于辅助寡核苷酸的某些技术可以根据本披露用于非靶向寡核苷酸。
在一些实施例中，非靶向寡核苷酸与靶核酸中其互补部分形成双链体。在一些实施例中，这样的双链体可以与ADAR蛋白相互作用，例如与dsRBD结构域相互作用。
在一些实施例中，非靶向寡核苷酸与靶向靶腺苷的寡核苷酸在同一组合物中施用。在一些实施例中，非靶向寡核苷酸作为与靶向靶腺苷的寡核苷酸分开的组合物施用。在一些实施例中，非靶向寡核苷酸与靶向靶腺苷的寡核苷酸同时施用。在一些实施例中，非靶向寡核苷酸在靶向靶腺苷的寡核苷酸之前施用。在一些实施例中，非靶向寡核苷酸在靶向靶腺苷的寡核苷酸之后施用。在一些实施例中，非靶向寡核苷酸和靶向靶腺苷的寡核苷酸以两者都可以在给定时间或时间段结合靶核酸的方式施用。
寡核苷酸和组合物的产生
多种方法可以用于产生寡核苷酸和组合物，并且可以根据本披露使用。例如，传统的亚磷酰胺化学(例如，包含-CH2CH2CN和-N(i-Pr)2的亚磷酰胺)可用于制备立体随机的寡核苷酸和组合物，并且某些试剂和手性控制的技术可用于制备手性控制的寡核苷酸组合物，例如如以下文献中所述：US 9982257、US20170037399、US20180216108、US20180216107、US 9598458、WO 2017/062862、WO 2018/067973、WO 2017/160741、WO 2017/192679、WO2017/210647、WO 2018/098264、WO 2018/223056、WO 2018/237194、WO 2019/032607、WO2019/055951、WO 2019/075357、WO 2019/200185、WO 2019/217784、WO 2019/032612、WO2020/191252、WO 2021/071858和/或WO 2021/237223，其各自的试剂和方法通过引用并入本文。
在一些实施例中，寡核苷酸及其组合物的手性控制/立体选择性制备包括使用手性助剂，例如作为单体、二聚体(例如，来自分离的手性纯二聚体)、单体亚磷酰胺、二聚亚磷酰胺(例如，来自分离的手性纯二聚体)等的一部分。这样的手性助剂试剂、单体、二聚体和亚磷酰胺的实例在以下文献中描述：US 9982257、US20170037399、US20180216108、US20180216107、US 9598458、WO 2017/062862、WO2018/067973、WO 2017/160741、WO 2017/192679、WO 2017/210647、WO 2018/098264、WO 2018/223056、WO 2018/237194、WO 2019/032607、WO 2019/055951、WO 2019/075357、WO 2019/200185、WO 2019/217784、WO 2019/032612、WO 2020/191252、WO 2021/071858和/或WO 2021/237223，其各自的手性助剂试剂、单体、二聚体和亚磷酰胺独立地通过引用并入本文。在一些实施例中，手性助剂是以下任一文献中描述的手性助剂：WO 2018/022473、WO 2018/098264、WO 2018/223056、WO 2018/223073、WO 2018/223081、WO 2018/237194、WO 2019/032607、WO 2019/055951、WO 2019/075357、WO 2019/200185、WO 2019/217784、WO 2019/032612、WO 2020/191252、WO 2021/071858和/或WO 2021/237223，其各自的手性助剂独立地通过引用并入本文。
在一些实施例中，手性控制的制备技术(包括寡核苷酸合成循环、试剂和条件)在以下文献中描述：US 9982257、US 20170037399、US 20180216108、US 20180216107、US9598458、WO 2017/062862、WO 2018/067973、WO 2017/160741、WO 2017/192679、WO 2017/210647、和/WO 2018/098264、WO 2018/022473、WO 2018/223056、WO 2018/223073、WO2018/223081、WO 2018/237194、WO 2019/032607、WO 2019/032612、WO 2019/055951、WO2019/075357、WO 2019/200185、WO 2019/217784、WO 2019/032612、WO 2018/223056、WO2018/223073、WO 2018/223081、WO 2018/237194、WO 2019/032607、WO 2019/055951、WO2019/075357、WO 2019/200185、WO 2019/217784、WO 2019/032612、WO 2020/191252、WO2021/071858和/或WO 2021/237223，其各自的寡核苷酸合成方法、循环、试剂和条件独立地通过引用并入本文。
一旦合成，通常将进一步纯化所提供的寡核苷酸和组合物。合适的纯化技术是本领域技术人员众所周知的和实践的，包括但不限于在以下文献中描述的那些：US 9982257、US 20170037399、US 20180216108、US 20180216107、US 9598458、WO 2017/062862、WO2018/067973、WO 2017/160741、WO 2017/192679、WO 2017/210647、WO 2018/098264、WO2018/223056、WO 2018/237194、WO 2019/032607、WO 2019/055951、WO 2019/075357、WO2019/200185、WO 2019/217784、WO 2019/032612、WO 2020/191252、WO 2021/071858和/或WO 2021/237223，其各自的纯化技术独立地通过引用并入本文。
在一些实施例中，循环包括偶联、封端、修饰和解封闭或由其组成。在一些实施例中，循环包括偶联、封端、修饰、封端和解封闭或由其组成。这些步骤通常以其列出的顺序执行，但是在一些实施例中，如本领域技术人员所理解的，可以改变某些步骤的顺序，例如封端和修饰。如果需要，可以重复一个或多个步骤以提高转化率、产率和/或纯度，如本领域技术人员通常在合成中所进行的。例如，在一些实施例中，可以重复进行偶联；在一些实施例中，可以重复进行修饰(例如，氧化以安装＝O，硫化以安装＝S，等等)；在一些实施例中，在修饰后重复进行偶联，其可以将P(III)键联转化成在某些情况下可以更稳定的P(V)键联，并且偶联后通常进行修饰以转化新形成的P(III)键联为P(V)键联。在一些实施例中，当重复步骤时，可以采用不同的条件(例如，浓度、温度、试剂、时间等)。
用于配制所提供的寡核苷酸和/或制备药物组合物的技术，例如用于经由多种途径施用给受试者的技术，在本领域中是容易获得的，并且可以根据本披露使用，例如以下文献中描述的那些：US 9982257、US 20170037399、US 20180216108、US 20180216107、US9598458、WO 2017/062862、WO 2018/067973、WO 2017/160741、WO 2017/192679、WO 2017/210647、WO 2018/098264、WO 2018/223056或WO 2018/237194及其中引用的参考文献。
用于配制所提供的寡核苷酸和/或制备药物组合物的技术，例如用于经由多种途径施用给受试者的技术，在本领域中是容易获得的，并且可以根据本披露使用，例如以下文献中描述的那些：US 9982257、US 20170037399、US 20180216108、US 20180216107、US9598458、WO 2017/062862、WO 2018/067973、WO 2017/160741、WO 2017/192679、WO 2017/210647、WO 2018/098264、WO 2018/223056或WO 2018/237194及其中引用的参考文献。
在一些实施例中，有用的手性助剂具有 或其盐的结构，其中RC11是-LC1-RC1，LC1是任选地经取代的-CH2-，RC1是R、-Si(R)3、-SO2R或吸电子基团，并且RC2和RC3与居于它们之间的原子合在一起形成除氮原子外还具有0-2个杂原子的任选地经取代的3-10元饱和环。在一些实施例中，有用的手性助剂具有的结构，其中RC1是R、-Si(R)3或-SO2R，并且RC2和RC3与居于它们之间的原子合在一起形成除氮原子外还具有0-2个杂原子的任选地经取代的3-7元饱和环。所形成的环是任选地经取代的5元环。在一些实施例中，有用的手性助剂具有或其盐的结构。在一些实施例中，有用的手性助剂具有的结构。在一些实施例中，有用的手性助剂是DPSE手性助剂。在一些实施例中，手性助剂的纯度或立体化学纯度为至少85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％。在一些实施例中，其为至少85％。在一些实施例中，其为至少90％。在一些实施例中，其为至少95％。在一些实施例中，其为至少96％。在一些实施例中，其为至少97％。在一些实施例中，其为至少98％。在一些实施例中，其为至少99％。
在一些实施例中，LC1是-CH2-。在一些实施例中，LC1是取代的-CH2-。在一些实施例中，LC1是单取代的-CH2-。
在一些实施例中，RC1是R。在一些实施例中，RC1是任选地经取代的苯基。在一些实施例中，RC1是-SiR3。在一些实施例中，RC1是-SiPh2Me。在一些实施例中，RC1是-SO2R。在一些实施例中，R不是氢。在一些实施例中，R是任选地经取代的苯基。在一些实施例中，R是苯基。在一些实施例中，R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，R是C1-6烷基。在一些实施例中，R是甲基。在一些实施例中，R是叔丁基。
在一些实施例中，RC1是吸电子基团，诸如-C(O)R、-OP(O)(OR)2、-OP(O)(R)2、-P(O)(R)2、-S(O)R、-S(O)2R等。在一些实施例中，包含吸电子基团RC1基团的手性助剂特别可用于制备与天然RNA糖键合的手性控制的不带负电荷的核苷酸间键联和/或手性控制的核苷酸间键联。
在一些实施例中，RC2和RC3与居于它们之间的原子合在一起形成除氮原子外不具有杂原子的任选地经取代的3-10(例如，3、4、5、6、7、8、9或10)元饱和环。在一些实施例中，RC2和RC3与居于它们之间的原子合在一起形成除氮原子外不具有杂原子的任选地经取代的5元饱和环。
在一些实施例中，化合物具有H-XC-C(RC5)2-C(RC6)2-SH或其盐的结构，其中XC是O或S，并且RC5和RC6各自独立地是如本文所述的R。在一些实施例中，这样的化合物可用于制备单体。在一些实施例中，这样的化合物可用作手性助剂。在一些实施例中，这样的化合物特别可用于制备单体，该单体当用于寡核苷酸合成时在其氮原子之间与键联磷形成键(例如，包含sm01、sm18等的单体)。在一些实施例中，XC是O。在一些实施例中，XC是S。在一些实施例中，一个RC5是-H。在一些实施例中，一个RC6是-H。在一些实施例中，化合物具有H-XC-CHRC5-CHRC6-SH或其盐的结构。在一些实施例中，RC5是任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，RC5是任选地经取代的C1-6烷基。在一些实施例中，RC5是甲基。在一些实施例中，RC6是任选地经取代的C1-6脂肪族基。在一些实施例中，RC6是任选地经取代的C1-6烷基。在一些实施例中，RC6是甲基。在一些实施例中，化合物是HOCH(CH3)CH(CH3)SH。在一些实施例中，化合物是HSCH(CH3)CH(CH3)SH。在一些实施例中，一个RC5不是氢。在一些实施例中，一个RC6不是氢。在一些实施例中，一个RC5和一个RC6与居于它们之间的原子一起形成具有0-5个杂原子的任选地经取代的3-20(例如，3-15、3-10、5-10、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20)元单环、双环或多环。在一些实施例中，所形成的环是单环的。在一些实施例中，一个RC5和一个RC6与居于它们之间的原子一起形成任选地经取代的4-8、4-7、5-8、5-7、4、5、6、7或8元单环。在一些实施例中，所形成的环是饱和环烷基环。在一些实施例中，所形成的环是环己基环。在一些实施例中，所形成的环是双环的。在一些实施例中，所形成的环不含有杂原子环原子。在一些实施例中，每个单环单元独立地为3-10元，和/或独立地为饱和的、部分不饱和的或芳族的并且具有0-5个杂原子。在一些实施例中，化合物是或其盐，其中环己基环是任选地经取代的。在一些实施例中，化合物是或其盐，其中环己基环是任选地经取代的。在一些实施例中，取代基是C1-6脂肪族基，例如-C(CH3)＝CH2。例如，在一些实施例中，化合物是在一些实施例中，化合物是或其盐，其中环己基环是任选地经取代的。
在一些实施例中，用于制备寡核苷酸和/或组合物的方法包括使用本文所述的手性助剂，例如用于构建一个或多个手性控制的核苷酸间键联。在一些实施例中，使用DPSE手性助剂独立地构建一个或多个手性控制的核苷酸间键联。在一些实施例中，使用DPSE手性助剂独立地构建每个手性控制的硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，使用或其盐(其中RAU如本文所述)独立地构建一个或多个手性控制的核苷酸间键联。在一些实施例中，使用或其盐独立地构建每个手性控制的不带负电荷的核苷酸间键联(例如，n001)。在一些实施例中，使用 或其盐独立地构建每个手性控制的核苷酸间键联。在一些实施例中，RAU是任选地经取代的C1-20、C1-10、C1-6、C1-5、或C1-4脂肪族基。在一些实施例中，RAU是任选地经取代的C1-20、C1-10、C1-6、C1-5或C1-4烷基。在一些实施例中，RAU是任选地经取代的芳基。在一些实施例中，RAU是苯基。在一些实施例中，使用PSM手性助剂构建一个或多个手性控制的核苷酸间键联。在一些实施例中，使用PSM手性助剂独立地构建每个手性控制的不带负电荷的核苷酸间键联(例如，n001)。在一些实施例中，使用PSM手性助剂独立地构建每个手性控制的核苷酸间键联。如本领域技术人员所理解的，在亚磷酰胺中经常使用手性助剂(例如，(DPSE亚磷酰胺)，(其中RAU独立地如本文所述；当RAU是-Ph、PSM亚磷酰胺时)，其中RNS是任选地经取代/被保护的核苷(例如，任选地被保护以用于寡核苷酸合成)或其盐等)用于寡核苷酸制备。在一些实施例中，亚磷酰胺是具有 或其盐的结构的化合物，其中每个变量独立地如本文所述。在一些实施例中，RAU是任选地经取代的苯基。在一些实施例中，RAU是苯基。在一些实施例中，RNS是任选地经取代的或被保护的核苷，其包含次黄嘌呤。在一些实施例中，RN5包含任选地经取代的或被保护的次黄嘌呤。在一些实施例中，RNS是任选地经取代的或被保护的肌苷。在一些实施例中，RNS是任选地经取代的或被保护的脱氧肌苷。在一些实施例中，RNS是任选地经取代或被保护的2’-F肌苷(2’-OH被2’-F代替)。在一些实施例中，RNS是任选地经取代或被保护的2’-OR修饰的肌苷(2’-OH被如本文所述的2’-OR修饰(例如，2’-OMe、2’-MOE等)代替)。在一些实施例中，次黄嘌呤是O6被保护的。在一些实施例中，次黄嘌呤是利用-L-Si(R)3而O6被保护的，其中L是任选地经取代的-CH2-CH2-，并且每个R独立地如本文所述并且不是-H。在一些实施例中，每个R独立地是选自C1-6脂肪族基和苯基的任选地经取代的基团。在一些实施例中，每个R独立地是任选地经取代的C1-6烷基。在一些实施例中，-L-Si(R)3是-CH2CH2Si(Me)3。在一些实施例中，包含O6被保护的次黄嘌呤(例如，利用-CH2CH2Si(Me)3)的化合物比相应的O6未被保护的化合物具有更高的溶解度，并且当用于根据本披露的寡核苷酸合成时可以提供各种益处和优点。在一些实施例中，在具有 或其盐结构的化合物中，RNS包含O6被保护的次黄嘌呤(例如，利用-CH2CH2Si(Me)3)。在一些实施例中，RNS是O6被保护的肌苷。在一些实施例中，RNS是O6被保护的脱氧肌苷。在一些实施例中，RNS是O6被保护的2’-F肌苷。在一些实施例中，RNS是O6被保护的2’-OR修饰的肌苷，其2’-OR修饰如本文所述(例如，2’-OMe、2’-MOE等)。本披露尤其涵盖这样的认识：这样的化合物对于寡核苷酸合成具有足够的溶解度并且可以用于寡核苷酸合成，而相应的没有O6保护的化合物可能没有足够的溶解度来高效合成寡核苷酸。在一些实施例中，亚磷酰胺是(1S，3S，3aS)-1-(((2R，3S，5R)-2-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-5-(6-(2-(三甲基甲硅烷基)乙氧基)-9H-嘌呤-9-基)四氢呋喃-3-基)氧基)-3-((甲基二苯基甲硅烷基)甲基)四氢-1H，3H-吡咯并[1，2-c][1，3，2]氧杂氮杂磷杂环戊烷。在一些实施例中，亚磷酰胺是(1S，3S，3aS)-1-(((2R,3S，5R)-2-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-5-(6-(2-(三甲基甲硅烷基)乙氧基)-9H-嘌呤-9-基)四氢呋喃-3-基)氧基)-3-((苯基磺酰基)甲基)四氢-1H，3H-吡咯并[1，2-c][1，3，2]氧杂氮杂磷杂环戊烷。在一些实施例中，在具有 或其盐结构的化合物中，RNS包含O6未被保护的次黄嘌呤。在一些实施例中，RNS是任选地经取代的或被保护的肌苷，其中次黄嘌呤是未被保护的。在一些实施例中，RNS是任选地经取代的或被保护的脱氧肌苷，其中次黄嘌呤是未被保护的。在一些实施例中，RNS是任选地经取代的或被保护的2’-F肌苷，其中次黄嘌呤是未被保护的。在一些实施例中，RNS是任选地经取代或被保护的2’-OR修饰的肌苷，其中次黄嘌呤是未被保护的并且其2’-OR修饰如本文所述(例如，2’-OMe、2’-MOE等)。本披露尤其涵盖这样的认识：这样的化合物对于寡核苷酸合成具有足够的溶解度并且可以在不具有O6保护的情况下用于寡核苷酸合成。
在一些实施例中，方法包括提供DPSE和/或PSM亚磷酰胺或其盐。在一些实施例中，所提供的方法包括使DPSE和/或PSM亚磷酰胺或其盐与-OH(例如，核苷或寡核苷酸链的5′-OH)接触。如本领域技术人员所理解的，接触可以在多种合适的条件下进行，从而形成磷键联。在一些实施例中，每个手性控制的核苷酸间键联的制备独立地包括使DPSE或PSM亚磷酰胺或其盐与-OH(例如，核苷或寡核苷酸链的5′-OH)接触。在一些实施例中，每个手性控制的硫代磷酸酯核苷酸间键联的制备独立地包括使DPSE亚磷酰胺或其盐与-OH(例如，核苷或寡核苷酸链的5′-OH)接触。在一些实施例中，每个手性控制的不带负电荷的核苷酸间键联(如n001)的制备独立地包括使PSM亚磷酰胺或其盐与-OH(例如，核苷或寡核苷酸链的5′-OH)接触。在一些实施例中，每个手性控制的核苷酸间键联的制备独立地包括使PSM亚磷酰胺或其盐与-OH(例如，核苷或寡核苷酸链的5′-OH)接触。在一些实施例中，接触形成P(III)键联，该键联包含键合到两个糖的磷原子和手性助剂部分(例如，或其盐形式(例如，来自DPSE亚磷酰胺或其盐)，或其盐形式(其中RAU独立地如本文所述；当RAU是-Ph时，例如来自PSM亚磷酰胺或其盐)等)。在一些实施例中，寡核苷酸包含P(III)键联，该键联包含例如来自DPSE或PSM亚磷酰胺的手性助剂部分。在一些实施例中，包含手性助剂部分的P(III)键联是手性控制的。在一些实施例中，可以例如在将P(III)键联转化成P(V)键联之前(例如，在硫化、与叠氮化物反应等之前)保护手性助剂部分。在一些实施例中，被保护的手性助剂具有如下结构：或其盐形式(例如，其中R′独立地如本文所述；例如，来自DPSE亚磷酰胺或其盐)，或或其盐形式(其中每个R′和RAU独立地如本文所述；当RAU是-Ph时，例如来自PSM亚磷酰胺或其盐)，其中每个R′独立地如本文所述。在一些实施例中，R′是-C(O)R，其中R如本文所述。在一些实施例中，R是-CH3。在一些实施例中，寡核苷酸包含被保护的手性助剂。在一些实施例中，寡核苷酸中的每个手性控制的核苷酸间键联独立地包含或其盐形式，或或其盐形式。在一些实施例中，寡核苷酸中的每个手性控制的核苷酸间键联独立地包合 或其盐形式。在一些实施例中，R′是-C(O)R。在一些实施例中，R′是-C(O)CH3。在一些实施例中，RAU是Ph。在一些实施例中，寡核苷酸包含一种或多种或其盐形式(PIII-1)，其中每个变量独立地如本文所述。在一些实施例中，寡核苷酸包含一种或多种或其盐形式(PIII-2)，其中每个变量独立地如本文所述。在一些实施例中，寡核苷酸包含一种或多种或其盐形式(PHI-5)，其中每个变量独立地如本文所述。在一些实施例中，寡核苷酸包含一种或多种或其盐形式(PIII-6)，其中每个变量独立地如本文所述。在一些实施例中，5′-末端核苷酸间键联是PIII-1、PIII-2、PIII-5或PIII-6。在一些实施例中，5′-末端核苷酸间键联是PIII-1或PIII-2。在一些实施例中，R′是-H。在一些实施例中，R′是-C(O)R。在一些实施例中，R′是-C(O)CH3。在一些实施例中，RAU是-Ph。在一些实施例中，将P(III)键联转化成P(V)键联。在一些实施例中，P(V)键联包含键合到两个糖的磷原子、手性助剂部分(例如，或其盐形式(其中R′如本文所述；例如来自DPSE亚磷酰胺或其盐)，或其盐形式(其中R′和RAU各自独立地如本文所述；当RAU是-Ph时，例如来自PSM亚磷酰胺或其盐)等)，以及S或在一些实施例中，P(V)键联包含键合到两个糖的磷原子、或其盐形式(其中R′和RAU各自独立地如本文所述；当RAU是-Ph时，例如来自PSM亚磷酰胺或其盐)等)，以及S或在一些实施例中，P(V)键联包含键合到两个糖的磷原子、或其盐形式(其中R′和RAU各自独立地如本文所述；当RAU是-Ph时，例如来自PSM亚磷酰胺或其盐)等)，以及S。在一些实施例中，P(V)键联包含键合到两个糖的磷原子、或其盐形式(其中R′和RAU各自独立地如本文所述；当RAU是-Ph时，例如来自PSM亚磷酰胺或其盐)等)，以及本领域技术人员将理解，可以与平衡离子(例如，在一些实施例中为PF6-)一起存在。在一些实施例中，寡核苷酸包含一种或多种或其盐形式(PV-1)，其中每个变量独立地如本文所述。在一些实施例中，寡核苷酸包含一种或多种或其盐形式(PV-2)，其中每个变量独立地如本文所述。在一些实施例中，寡核苷酸包含一种或多种或其盐形式(PV-3)，其中每个变量独立地如本文所述。在一些实施例中，寡核苷酸包含一种或多种或其盐形式(PV-4)，其中每个变量独立地如本文所述。在一些实施例中，寡核苷酸包含一种或多种或其盐形式(PV-5)，其中每个变量独立地如本文所述。在一些实施例中，寡核苷酸包含一种或多种或其盐形式(PV-6)，其中每个变量独立地如本文所述。在一些实施例中，寡核苷酸的每个手性核苷酸间键联或每个手性控制的核苷酸间键联独立地选自PIII-1、PIII-2、PIII-5、PIII-6、PV-1、PV-2、PV-3、PV-4、PV-5和PV-6。在一些实施例中，寡核苷酸的每个手性核苷酸间键联或每个手性控制的核苷酸间键联独立地选自PIII-1、PIII-2、PV-1、PV-2、PV-3和PV-4。在一些实施例中，PIII-1、PIII-2、PIII-5或PIII-6的键联通常是5′-末端核苷酸间键联。在一些实施例中，寡核苷酸的每个手性核苷酸间键联或每个手性控制的核苷酸间键联独立地选自PV-1、PV-2、PV-3、PV-4、PV-5和PV-6。在一些实施例中，寡核苷酸的每个手性核苷酸间键联或每个手性控制的核苷酸间键联独立地选自PV-1、PV-2、PV-3或PV-4。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸是如本文所述的(例如，表1的)寡核苷酸，其中每个＊S独立地被PV-3或PV-5代替，每个＊R独立地被PV-4或PV-6代替，每个n001R独立地被PV-1代替，并且每个n001S独立地被PV-2代替。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸是如本文所述的(例如，表1的)寡核苷酸，其中每个＊S独立地被PV-3代替，每个＊R独立地被PV-4代替，每个n001R独立地被PV-1代替，并且每个n001S独立地被PV-2代替。在一些实施例中，每个天然磷酸酯键联独立地被前体(例如，)代替。在一些实施例中，R′是-H。在一些实施例中，R′是-C(O)R。在一些实施例中，R′是-C(O)CH3。在一些实施例中，RAU是-Ph。在一些实施例中，方法包括移除一个或多个手性助剂部分，从而形成硫代磷酸酯和/或不带负电荷的核苷酸间键联(例如，n001)(例如，从V-1、PV-2、PV-3、PV-4、PV-5、PV-6等)。在一些实施例中，除去手性助剂(例如，PSM)包括在无水条件下使寡核苷酸与碱(例如，N(R)3，诸如DEA)接触。
在一些实施例中，如本领域技术人员所理解的，为了制备手性控制的核苷酸间键联，通常以手性富集或纯的形式(例如，具有如本文所述的纯度(例如，约或至少约90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％或约100％))使用单体或亚磷酰胺(例如，DPSE或PSM亚磷酰胺)。
在一些实施例中，本披露提供了用于制备寡核苷酸及其组合物的有用试剂。在一些实施例中，单体和亚磷酰胺包含如本文所述的核苷、核碱基和糖。在一些实施例中，如本领域技术人员将理解的，核碱基和糖被适当地保护，用于寡核苷酸合成。在一些实施例中，亚磷酰胺具有RNS-P(OR)N(R)2的结构，其中RNS是任选地被保护的核苷部分。在一些实施例中，亚磷酰胺具有RNS-P(OCH2CH2CN)N(i-Pr)2的结构。在一些实施例中，单体包含是或包含环BA或环BA的互变异构体的核碱基，其中环BA具有以下结构：BA-I、BA-I-a、BA-I-b、BA-I-c、BA-I-d、BA-II、BA-II-a、BA-II-b、BA-II-c、BA-II-d、BA-III、BA-III-a、BA-III-b、BA-III-c、BA-III-d、BA-III-e、BA-IV、BA-IV-a、BA-IV-b、BA-V、BA-V-a、BA-V-b或BA-VI，其中核碱基是任选地经取代的或被保护的。在一些实施例中，亚磷酰胺包含是或包含环BA或环BA的互变异构体的核碱基，其中环BA具有以下结构：BA-I、BA-I-a、BA-I-b、BA-I-c、BA-I-d、BA-II、BA-II-a、BA-II-b、BA-II-c、BA-II-d、BA-III、BA-III-a、BA-III-b、BA-III-c、BA-III-d、BA-III-e、BA-IV、BA-IV-a、BA-IV-b、BA-V、BA-V-a、BA-V-b或BA-VI，其中核碱基是任选地经取代的或被保护的。在一些实施例中，亚磷酰胺包含手性助剂部分，其中磷键合到手性助剂部分的氧和氮原子。在一些实施例中，亚磷酰胺具有或其盐的结构，其中RNS是被保护的核苷部分(例如，5′-OH和/或为了寡核苷酸合成而适当地被保护的核碱基)，并且每个其他变量独立地如本文所述。在一些实施例中，亚磷酰胺具有的结构，其中RNS是被保护的核苷部分(例如，5′-OH和/或为了寡核苷酸合成而适当地被保护的核碱基)，RC1是R、-Si(R)3或-SO2R，并且Rc2和RC3与居于它们之间的原子合在一起形成除氮原子外还具有0-2个杂原子的任选地经取代的3-7元饱和环，其中偶联形成核苷酸间键联。在一些实施例中，RNS的5′-OH被保护。在一些实施例中，RNS的5′-OH作为-ODMTr被保护。在一些实施例中，RNS通过其3′-O-键合到磷。在一些实施例中，RC2和RC3形成的环是任选地经取代的5元环。在一些实施例中，亚磷酰胺具有或其盐的结构。在一些实施例中，亚磷酰胺具有的结构。在一些实施例中，如本文所述，RNS包含经修饰的核碱基(例如，b001A、b002A、b003A、b008U、b001C等)，其任选地被保护用于寡核苷酸合成。在一些实施例中，单体具有或其盐的结构，其中RNS是如本文所述的任选地经取代的/被保护的核苷(例如，任选地被保护用于寡核苷酸合成)，并且每个其他变量独立地如本文所述。在一些实施例中，-XC-C(RC5)2-C(RC6)2--S--的结构使得H-XC-C(RC5)2-C(RC6)2-SH是本文所述的化合物，例如HOCH(CH3)CH(CH3)SH、HSCH(CH3)CH(CH3)SH、等。在一些实施例中，RNS的5’-OH被保护。在一些实施例中，RNS的5′-OH作为-ODMTr被保护。
在一些实施例中，RNS是选自以下的任选地经取代的或被保护的核苷： 或其盐，其中BAs如本文所述并且每个其他变量独立地如本文所述。在一些实施例中，RNS是 或其盐，其中BAs如本文所述。在一些实施例中，每个-OH任选地且独立地被取代或保护。在一些实施例中，BAs是任选地经取代或被保护的核碱基，并且核苷的每个-OH独立地被保护，其中至少一个-OH作为DMTrO-被保护。在一些实施例中，用于例如与另一单体或亚磷酰胺偶联的-OH被保护为DMTrO-。在一些实施例中，用于例如与另一单体或亚磷酰胺偶联的-OH基团以与不用于偶联的-OH基团不同的方式被保护。在一些实施例中，非偶联-OH被保护，使得当DMTrO-脱保护时该保护仍然存在。在一些实施例中，非偶联-OH被保护，使得在寡核苷酸合成循环期间该保护仍然存在。在一些实施例中，BAs是任选地被保护的核碱基及其互变异构体，该核碱基选自A、T、C、G、U。在一些实施例中，BAs是任选地被保护的核碱基及其互变异构体，该核碱基选自表BA-1。在一些实施例中，BAs是任选地被保护的针对b004A、b005A、b006A、b007A、b014U和b015U选择的核碱基及其互变异构体。在一些实施例中，Xs是-O-。在一些实施例中，Xs是-S-。在一些实施例中，Xs是-Se-。在一些实施例中，Xs是任选地经取代的-CH2-。在一些实施例中，Xs是-CH2-。在一些实施例中，n是0。在一些实施例中，n是1。在一些实施例中，n是2。在一些实施例中，n是3。在一些实施例中，RNS包含如本文所述的任选地经取代的或被保护的核碱基(例如，选自表BA-1)或其互变异构体和如本文所述的糖。
在一些实施例中，单体或亚磷酰胺的纯度或立体化学纯度为至少85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％。在一些实施例中，其为至少85％。在一些实施例中，其为至少90％。在一些实施例中，其为至少95％。
在一些实施例中，本披露提供了用于制备寡核苷酸或组合物的方法，该方法包括使寡核苷酸或核苷的游离-OH(例如，游离5′-OH)与如本文所述的单体偶联。在一些实施例中，本披露提供了用于制备寡核苷酸或组合物的方法，该方法包括使寡核苷酸或核苷的游离-OH(例如，游离5′-OH)与如本文所述的亚磷酰胺偶联。
在一些实施例中，本披露提供了寡核苷酸，其中寡核苷酸包含一个或多个经修饰的核苷酸间键联，其各自独立地具有-O5-PL(W)(RCA)-O3-的结构，其中：
PL是P或P(＝W)；
W是O、S或WN；
WN是＝N-C(-N(R1)2＝N+(R1)2Q-；
Q-是阴离子；
RCA是或包含任选地封端的手性助剂部分，
O5是键合到糖的5′-碳的氧，并且
O3是键合到糖的3′-碳的氧。
在一些实施例中，经修饰的核苷酸间键联任选地是手性控制的。在一些实施例中，经修饰的核苷酸间键联任选地是手性控制的。
在一些实施例中，提供了包括从这样的经修饰的核苷酸间键联移除RCA的方法。在一些实施例中，在移除后，与RCA的键合被-OH代替。在一些实施例中，在移除后，与RCA的键合被＝O代替，并且与WN的键合被-N＝C(N(R1)2)2代替。
在一些实施例中，PL是P＝S，并且当移除RCA时，这样的核苷酸间键联被转化成硫代磷酸酯核苷酸间键联。
在一些实施例中，PL是P＝WN，并且当移除RCA时，这样的核苷酸间键联被转化成具有的结构的核苷酸间键联。在一些实施例中，具有的结构的核苷酸间键联具有的结构。在一些实施例中，具有的结构的核苷酸间键联具有的结构。
在一些实施例中，PL是P(例如，在来自亚磷酰胺与5′-OH偶联的新形成的核苷酸间键联中)。在一些实施例中，W是O或S。在一些实施例中，W是S(例如，在硫化之后)。在一些实施例中，W是O(例如，在氧化后)。在一些实施例中，某些不带负电荷的核苷酸间键联或中性核苷酸间键联可通过使P(III)亚磷酸三酯核苷酸间键联与叠氮基咪唑啉盐(例如，包含的化合物)在合适的条件下反应而制备。在一些实施例中，叠氮基咪唑啉盐是PF6-的盐。在一些实施例中，叠氮基咪唑啉盐是的盐。在一些实施例中，叠氮基咪唑啉盐是2-叠氮基-1，3-二甲基咪唑啉六氟磷酸盐。
如本领域技术人员所理解的，Q-可以是存在于系统中(例如，在寡核苷酸合成中)的多种合适的阴离子，并且可以在寡核苷酸制备过程期间根据循环、过程阶段、试剂、溶剂等而变化。在一些实施例中，Q-是PF6 -。
在一些实施例中，RCA是其中RC4是-H或-C(O)R′，并且每个其他变量独立地如本文所述。在一些实施例中，RCA是其中RC1是R、-Si(R)3或-SO2R，RC2和RC3与居于它们之间的原子合在一起形成任选地经取代的3-7元饱和环，该环除了氮原子外还具有0-2个杂原子，RC4是-H或-C(O)R′。在一些实施例中，RC4是-H。在一些实施例中，RC4是-C(O)CH3。在一些实施例中，RC2和RC3合在一起形成任选地经取代的5元环。
在一些实施例中，RC4是-H(例如，在来自亚磷酰胺与5′-OH偶联的新形成的核苷酸间键联中)。在一些实施例中，RC4是-C(O)R(例如，在胺的封端之后)。在一些实施例中，R是甲基。
在一些实施例中，每个手性控制的硫代磷酸酯核苷酸间键联独立地从-O5-PL(W)(RCA)-O3-转化。
对所提供技的术的评估/表征
如本领域的技术人员所理解的，可利用多种技术来评估/表征根据本披露所提供的技术。某些有用的技术描述于实例、WO 2021/071858或WO 2022/046667中。在一些实施例中，本披露提供了适于评估和表征所提供的技术的多种体内和体外技术。在一些实施例中，例如在具有或不具有外源性ADAR多肽的情况下在细胞中评估/表征所提供的技术；另外地或替代性地，在一些实施例中，例如在动物(例如，非人灵长类动物和小鼠)中评估/表征所提供的技术。
尤其是，本披露包括这样的见解：可在多种人类系统(例如，细胞)中提供编辑的多种药剂(例如，寡核苷酸)及其组合物可能在不含或不表达人ADAR(例如，人ADAR1)的某些细胞(例如，小鼠细胞)和某些动物诸如啮齿类动物(例如，小鼠)中不会显示出编辑或显示出低得多的编辑水平。特别地，小鼠(一种常用的动物模型)对于评估用于在人类中编辑的多种药剂(例如，寡核苷酸)可能具有有限的用途，因为在人类细胞中有活性的多种药剂在未经工程化以包含或表达适当的ADAR1(例如，人ADAR1)多肽或其特征性部分的小鼠细胞和动物中不提供或提供非常低水平的活性。在一些实施例中，本披露提供了表达人ADAR1多肽或其特征性部分的工程化细胞和非人动物。在一些实施例中，这样的细胞和人类可用于评估和表征所提供的技术。在一些实施例中，人ADAR1多肽或其特征性部分是或包含人ADAR1多肽或其特征性部分。在一些实施例中，人ADAR1多肽或其特征性部分是或包含人ADAR1 p110多肽或其特征性部分。在一些实施例中，人ADAR1多肽或其特征性部分是或包含人ADAR1p150多肽或其特征性部分。在一些实施例中，人ADAR1多肽或其特征性部分是或包含人ADAR1。在一些实施例中，人ADAR1多肽或其特征性部分是或包含人ADAR1 p110肽。在一些实施例中，人ADAR1多肽或其特征性部分是或包含人ADAR1 p150肽。在一些实施例中，人ADAR1多肽或其特征性部分是或包含人ADAR1的一个或多个或所有以下结构域：Z-DNA结合结构域、dsRNA结合结构域和脱氨酶结构域。在一些实施例中，人ADAR1多肽或其特征性部分是或包含人ADAR1 Z-DNA结合结构域中的一者或两者；替代性地或另外地，在一些实施例中，人ADAR1多肽或其特征性部分是或包含人ADAR1 dsRNA结合结构域中的一者、两者或全部；替代性地或另外地，人ADAR1多肽或其特征性部分是或包含人脱氨酶结构域。在一些实施例中，人ADAR1多肽或其特征性部分可与小鼠ADAR1多肽或其特征性部分一起表达，例如一个或多个人dsRNA结合结构域可经工程化以与小鼠脱氨酶结构域一起表达以形成人-小鼠杂合ADAR1多肽。在一些实施例中，细胞和/或非人动物被工程化以包含和/或表达编码如本文所述的人ADAR1多肽或其特征性部分的多核苷酸。在一些实施例中，细胞和/或非人动物的基因组被工程化以包含编码如本文所述的人ADAR1多肽或其特征性部分的多核苷酸。在一些实施例中，细胞和/或非人动物的种系基因组被工程化以包含编码如本文所述的人ADAR1多肽或其特征性部分的多核苷酸。在一些实施例中，细胞和非人动物被工程化以例如在它们的基因组(在一些实施例中为种系基因组)中包含一个或多个G至A突变，每个突变独立地与本文所述的病症、障碍或疾病相关。在一些实施例中，尤其是，这样的细胞和动物可用于评估/表征所提供的技术，例如评估/表征多种寡核苷酸及其组合物的编辑特性和/或活性，包括评估其对抗一种或多种病症、障碍或疾病的用途。在一些实施例中，细胞是啮齿类动物细胞。在一些实施例中，细胞是小鼠细胞。在一些实施例中，动物是啮齿类动物。在一些实施例中，动物是小鼠。
本披露尤其提供了包含糖修饰、碱基修饰、核苷酸间键联修饰、键联磷立体化学和/或其模式的寡核苷酸设计，与具有类似或相同的碱基序列，但具有参考设计的可比寡核苷酸相比，这些寡核苷酸设计可以极大地改善寡核苷酸的一种或多种特性和/或活性。例如，在各个实施例中，具有各种所提供的设计的寡核苷酸及其组合物可以在不表达人ADAR蛋白的小鼠(例如，仅表达小鼠ADAR蛋白的小鼠)中提供高水平的编辑，在一些实施例中相当于或不低于被工程化以表达人ADAR蛋白的小鼠中的水平，而具有参考设计的可比寡核苷酸及其组合物在不表达人ADAR蛋白的小鼠(例如，仅表达小鼠ADAR蛋白的小鼠)中提供低水平的编辑，在一些实施例中显著低于被工程化以表达人ADAR蛋白的小鼠中的水平。在一些实施例中，参考设计是以下文献中报道的设计：WO 2016/097212、WO 2017/220751、WO2018/041973、WO 2018/134301A1、WO 2019/158475、WO 2019/219581、WO 2020/157008、WO2020/165077、WO 2020/201406、WO 2020/252376、WO 2021/130313、WO 2021/231691、WO2021/231692、WO 2021/231673、WO 2021/231675、WO 2021/231679、WO 2021/231680、WO2021/231698、WO 2021/231685、WO 2021/231830、WO 2021/243023、WO 2022/018207、WO2022/026928或WO 2022/090256。在一些实施例中，参考设计是WO 2021/071858中的设计。
在一些实施例中，本披露提供了用于评估/表征细胞和/或非人动物的技术，包括被工程化以包含或表达ADAR1多肽或其特征性部分，或编码ADAR1多肽或其特征性部分的多核苷酸的那些细胞和/或非人动物，该ADAR1多肽或其特征性部分和/或多核苷酸在工程化之前不在这些细胞和/或非人动物中和/或不在这些细胞和/或非人动物中表达。在一些实施例中，所提供的方法包括向细胞或其群体施用一种或多种寡核苷酸或组合物，该一种或多种寡核苷酸或组合物可以各自独立地编辑可比较的人类细胞或其群体中的腺苷。在一些实施例中，所提供的方法包括向动物或其群体施用一种或多种寡核苷酸或组合物，该一种或多种寡核苷酸或组合物可以各自独立地编辑人类细胞或其群体中的腺苷。在一些实施例中，将待评估/表征的细胞中或来自动物的细胞中的编辑水平与在可比较的人类细胞中观察到的编辑水平进行比较。在一些实施例中，可比较的人类细胞与待评估/表征的细胞或来自动物的细胞具有相同的类型。在一些实施例中，细胞是啮齿类动物细胞。在一些实施例中，细胞是小鼠细胞。在一些实施例中，动物是啮齿类动物。在一些实施例中，动物是小鼠。在一些实施例中，将一种或多种寡核苷酸或组合物单独施用于单独的细胞和/或动物。在一些实施例中，一种或多种寡核苷酸或组合物可以任选地同时施用于细胞和/或动物的同一集合。可编辑多种靶腺苷的多种寡核苷酸和组合物如本文所述并可相应地使用。
如本领域技术人员所理解的，在一些实施例中，可以在一种或多种模型(例如细胞、组织、器官、动物等)中评估所提供的技术(例如寡核苷酸、组合物等)。在一些实施例中，如本领域技术人员所理解的，细胞、组织、器官、动物等是或包含具有病症、障碍或疾病的一种或多种特征(例如，核苷酸序列，如突变)的细胞，与这些病症、障碍或疾病的一种或多种特征(例如，核苷酸序列，如突变)相关的或包含这些病症、障碍或疾病的一种或多种特征(例如，核苷酸序列，如突变)的细胞。例如，在一些实施例中，细胞、组织、器官、动物等包含与本文所述的病症、障碍或疾病相关的G至A突变。在一些实施例中，细胞、组织、器官、动物等包含一种或多种癌细胞。在一些实施例中，非人细胞、组织、器官、动物等被工程化以包含或表达ADAR1或其特征性部分，例如通过掺入(任选地掺入其基因组或种系基因组中)其序列编码ADAR1多肽或其特征性部分的多核苷酸进行。在一些实施例中，ADAR1是灵长类动物ADAR1。在一些实施例中，ADAR1是人ADAR1。在一些实施例中，人ADAR1是人ADAR1 p110。在一些实施例中，人ADAR1是人ADAR1 p150。如本领域技术人员所理解的，各种技术在本领域中是可用的，并且可以根据本披露来利用来产生有用的细胞、组织、器官、动物等。例如，对于表达人ADAR1或其特征性部分的病症、障碍或疾病动物模型，动物模型可以与本文所述的huADAR1小鼠杂交以提供表达人ADAR1或其特征性部分的工程化动物模型。
如本领域技术人员所理解的，在一些实施例中，动物在一个或多个或所有序列方面可以是杂合的。在一些实施例中，动物在一个或多个或所有序列方面是纯合的。在一些实施例中，动物在一个或多个或所有工程化的序列方面是半合的。在一些实施例中，动物在一个或多个序列方面是纯合的，并且在一个或多个序列方面是杂合的。在一些实施例中，动物就其序列编码ADAR1多肽或其特征性部分的多核苷酸而言是杂合的。在一些实施例中，动物就其序列编码ADAR1多肽或其特征性部分的多核苷酸而言是纯合的。在一些实施例中，某些动物就与各种病症、障碍或疾病相关的一个或多个多核苷酸序列而言是杂合的，并且就其序列编码ADAR1多肽或其特征性部分的多核苷酸而言是杂合的。在一些实施例中，某些动物就与各种病症、障碍或疾病相关的一个或多个多核苷酸序列而言是纯合的，并且就其序列编码ADAR1多肽或其特征性部分的多核苷酸而言是杂合的。在一些实施例中，某些动物就与各种病症、障碍或疾病相关的一个或多个多核苷酸序列而言是杂合的，并且就其序列编码ADAR1多肽或其特征性部分的多核苷酸而言是纯合的。在一些实施例中，某些动物就与各种病症、障碍或疾病相关的一个或多个多核苷酸序列而言是纯合的，并且就其序列编码ADAR1多肽或其特征性部分的多核苷酸而言是纯合的。细胞或组织就各个序列方面而言是类似的杂合、半合和/或纯合的。
某些有用的技术(例如，细胞、动物等)在WO 2022/046667中描述并且可以根据本披露使用。
在一些实施例中，本披露提供了用于评估药剂(例如寡核苷酸)或其组合物的方法，这些方法包括向动物、细胞或组织施用本文所述的药剂或组合物。在一些实施例中，评估药剂或组合物用于预防或治疗病症、障碍或疾病。在一些实施例中，动物、细胞、组织，例如，如本文各种实施例中所述，是动物模型或细胞或组织，用于各种病症、障碍或疾病(例如，包含与各种病症、障碍或疾病相关的突变，和/或与各种病症、障碍或疾病相关的细胞、组织、器官等或各种病症、障碍或疾病的细胞、组织、器官等)，它们被工程化以包含和/或表达其序列编码ADAR1多肽或其特征性部分的多核苷酸。在一些实施例中，可以通过将(例如，IVF、自然繁育等)作为各种病症、障碍或疾病的模型动物但未被工程化以包含和/或表达其序列编码ADAR1多肽或其特征性部分的多核苷酸的动物与经工程化为包含和/或表达其序列编码ADAR1多肽或其特征性部分的多核苷酸的动物交配繁育来提供动物。在一些实施例中，可以通过将其序列编码ADAR1多肽或其特征性部分的多核苷酸引入细胞或组织中来提供细胞或组织。在一些实施例中，本披露提供了一种用于预防或治疗病症、障碍或疾病的方法，该方法包括向受试者施用有效量的药剂或其组合物，其中在本文提供的动物中评估药剂或组合物(例如，经工程化为包含ADAR1多肽或其特征性部分的动物，经工程化为包含和/或表达其序列编码ADAR1多肽或其特征性部分的多核苷酸的动物，针对病症、障碍或疾病的经工程化为包含ADAR1多肽或其特征性部分的模型动物，针对病症、障碍或疾病的经工程化为包含和/或表达其序列编码ADAR1多肽或其特征性部分的多核苷酸的模型动物)。在一些实施例中，本披露提供了一种用于预防或治疗病症、障碍或疾病的方法，该方法包括向受试者施用有效量的药剂或其组合物，其中在本文提供的细胞或组织中评估药剂或组合物。在一些实施例中，动物、细胞或组织包含如本文所述的突变并且被工程化以包含和/或表达其序列编码ADAR1多肽或其特征性部分的多核苷酸。在一些实施例中，动物是非人动物。在一些实施例中，细胞是非人动物细胞。在一些实施例中，组织是非人动物组织。在一些实施例中，非人动物是啮齿类动物。在一些实施例中，非人动物是小鼠。在一些实施例中，非人动物是大鼠。在一些实施例中，非人动物是非人灵长类动物。
在一些实施例中，本披露提供的方法包括：1)评估药剂或其组合物，包括使该药剂或其组合物与所提供的与病症、障碍或疾病相关的细胞或组织或与病症、障碍或疾病的细胞或组织接触，和2)向患有或易患病症、障碍或疾病的受试者施用有效量的药剂或其组合物。在一些实施例中，本披露提供的方法包括：1)评估药剂或其组合物，包括将该药剂或其组合物施用于所提供的动物，该动物是病症、障碍或疾病的动物模型，和2)向患有或易患病症、障碍或疾病的受试者施用有效量的药剂或其组合物。在一些实施例中，如本文所述，细胞、组织或动物经工程化为包含ADAR1多肽或其特征性部分。在一些实施例中，细胞、组织或动物经工程化为包含和/或表达其序列编码ADAR1多肽或其特征性部分的多核苷酸。在一些实施例中，细胞、组织或动物还包含与病症、障碍或疾病相关的核苷酸序列(例如，突变)。在一些实施例中，动物是啮齿类动物，例如小鼠、大鼠等。在一些实施例中，细胞或组织是啮齿类动物(例如小鼠、大鼠等)的细胞或组织。在一些实施例中，细胞是种系细胞。在一些实施例中，细胞群、组织或动物的一部分而不是所有细胞，例如特定细胞类型或组织或位置的细胞，包含与病症、障碍或疾病相关的核苷酸序列(例如突变)，并且这部分的细胞经工程化为包含ADAR1多肽或其特征性部分或经工程化为包含和/或表达其序列编码ADAR1多肽或其特征性部分的多核苷酸。在一些实施例中，肝细胞的集合包含如本文所述的突变和其序列编码ADAR1多肽或其特征性部分的多核苷酸。本领域的技术人员理解，各种技术可用于在各种细胞、组织或器官中任选地受控引入和/或表达核苷酸序列，并且可根据本披露内容加以利用。在一些实施例中，如本文所述，细胞、组织或动物在基因组中，在一些实施例中在种系基因组中包含多核苷酸，该多核苷酸的序列编码ADAR1多肽或其特征性部分。在一些实施例中，如本文所述，细胞、组织或动物在基因组中，在一些实施例中在种系基因组中包含与病症、障碍或疾病相关的核苷酸序列(例如，突变)。
如本文所述，在一些实施例中，多核苷酸编码人ADAR1 p110或其特征性部分。在一些实施例中，多核苷酸编码人ADAR1 p110。在一些实施例中，多核苷酸编码人ADAR1 p150或其特征性部分。在一些实施例中，多核苷酸编码人ADAR1 p150。在一些实施例中，细胞、组织或动物(例如，huADAR小鼠或来自其的细胞或组织)经工程化为包含和/或表达其序列编码人ADAR1 p110多肽或其特征性部分的多核苷酸。在一些实施例中，细胞、组织或动物(例如，huADAR小鼠或来自其的细胞或组织)经工程化为包含和/或表达其序列编码人ADAR1 p110多肽的多核苷酸。在一些实施例中，细胞、组织或动物(例如，huADAR小鼠或来自其的细胞或组织)经工程化为包含和/或表达其序列编码人ADAR1 p150多肽或其特征性部分的多核苷酸。在一些实施例中，细胞、组织或动物(例如，huADAR小鼠或来自其的细胞或组织)经工程化为包含和/或表达其序列编码人ADAR1 p150多肽的多核苷酸。如本文所述，在一些实施例中，动物是啮齿类动物，例如小鼠或大鼠。
在一些实施例中，ADAR(例如，人ADAR1)转基因建立在受精卵上，该受精卵包含如本文所述的突变，反之亦然。在一些实施例中，受精卵是纯合的。在一些实施例中，受精卵是杂合的。
用途和应用
如本领域技术人员所理解的，寡核苷酸可用于多种目的。在一些实施例中，所提供的技术(例如，寡核苷酸、组合物、方法等)可用于调节多种核酸(例如，RNA)和/或由其编码的产物(例如，蛋白)的水平和/或活性。在一些实施例中，所提供的技术可以降低不期望的靶核酸(例如，包含不期望的腺苷)和/或其产物的水平和/或活性。在一些实施例中，所提供的技术可以增加所需的靶核酸(例如，在一个或多个位置处包含I而不是不期望的腺苷)和/或其产物的水平和/或活性。
在一些实施例中，所提供的技术可以编辑MECP2转录物本并调节其活性和/或功能。特别地，在各个实施例中，本披露提供了用于编辑MECP2中的提前终止密码子突变以增加具有期望特性和/或活性的MECP2蛋白的水平的技术。在一些实施例中，所提供的技术提供包含R168W、R255W、R270W或R294W突变的编辑的MECP2蛋白，但可以执行野生型MECP2蛋白的一种或多种功能。
在一些实施例中，本披露提供了用于在系统中产生编辑的MECP2蛋白的方法，该方法包括向该系统施用所提供的寡核苷酸或组合物。在一些实施例中，本披露提供了用于增加或恢复系统中全长MECP2的水平的方法，该方法包括向该系统施用所提供的寡核苷酸或组合物。在一些实施例中，本披露提供了用于增加或恢复系统中MECP2活性的方法，该方法包括向该系统施用所提供的寡核苷酸或组合物。在一些实施例中，本披露提供了用于调节MECP2调控的转录的方法，该方法包括向该系统施用所提供的寡核苷酸或组合物。在一些实施例中，系统是体外系统。在一些实施例中，系统是或包含细胞。在一些实施例中，系统是或包含组织。在一些实施例中，系统是或包含器官。在一些实施例中，系统是或包含生物体。在一些实施例中，系统是人。在一些实施例中，系统中的MECP2包含可以通过施用的寡核苷酸或组合物编辑的提前终止密码子。在一些实施例中，提前终止密码子是R168X。在一些实施例中，提前终止密码子是R255X。在一些实施例中，提前终止密码子是R270X。在一些实施例中，提前终止密码子是R294X。
在一些实施例中，本披露提供了用于预防或治疗与MECP2相关的病症、障碍或疾病的技术，这些技术包括向易患或患有该病症、障碍或疾病的受试者施用有效量的所提供的寡核苷酸或组合物。在一些实施例中，本披露提供了用于预防或治疗与MECP2中提前终止密码子相关的病症、障碍或疾病的技术，这些技术包括向易患或患有该病症、障碍或疾病的受试者施用有效量的所提供的寡核苷酸或组合物。在一些实施例中，本披露提供了用于治疗与MECP2中提前终止密码子相关的病症、障碍或疾病的技术，这些技术包括向患有该病症、障碍或疾病的受试者施用有效量的所提供的寡核苷酸或组合物。在一些实施例中，本披露提供了用于预防与MECP2中提前终止密码子相关的病症、障碍或疾病的技术，这些技术包括向易患该病症、障碍或疾病的受试者施用有效量的所提供的寡核苷酸或组合物。在一些实施例中，受试者具有MECP2中的提前终止密码子。在一些实施例中，提前终止密码子是R168X。在一些实施例中，提前终止密码子是R255X。在一些实施例中，提前终止密码子是R270X。在一些实施例中，提前终止密码子是R294X。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸或组合物将这样的提前终止密码子转化为编码W的密码子。
在一些实施例中，病症、障碍或疾病是或包含雷特综合征。在一些实施例中，病症、障碍或疾病是或包含经典雷特综合征。在一些实施例中，病症、障碍或疾病是或包含非典型雷特综合征。在一些实施例中，病症、障碍或疾病是或包含MECP2相关的重度新生儿脑病。在一些实施例中，病症、障碍或疾病是或包含自闭症。在一些实施例中，病症、障碍或疾病是或包含非特异性精神发育迟滞。在一些实施例中，病症、障碍或疾病是或包含PPM-X综合征。在一些实施例中，病症、障碍或疾病是或包含天使综合征。
在一些实施例中，所提供的方法中的寡核苷酸组合物是手性控制的寡核苷酸组合物。在一些实施例中，治疗病症、障碍或疾病的方法可以包括施用包含共享共同碱基序列的多个寡核苷酸的组合物，该碱基序列与靶转录物中的靶序列互补。尤其是，本披露提供了一种改善措施，其包括将如本披露所述的手性控制的寡核苷酸组合物作为寡核苷酸组合物施用，其特征在于，当其在系统中与靶转录物接触时，转录物的腺苷编辑相对于在参考条件下观察到的腺苷编辑得到改善，该参考条件选自由以下组成的组：不存在该组合物、存在参考组合物及其任何组合。在一些实施例中，参考组合物是相同序列或构成的寡核苷酸的外消旋制备物。在一些实施例中，靶转录物是寡核苷酸转录物。
在一些实施例中，当寡核苷酸或寡核苷酸组合物与系统中包含靶腺苷的靶核酸接触时，靶核酸中的靶腺苷被修饰。在一些实施例中，当寡核苷酸或寡核苷酸组合物与系统中包含靶腺苷的靶核酸接触时，与不存在产物或存在参考寡核苷酸相比，靶核酸的水平降低。在一些实施例中，当寡核苷酸或寡核苷酸组合物与系统中包含靶腺苷的靶核酸接触时，与不存在寡核苷酸或存在参考寡核苷酸相比，靶核酸或其产物的剪接被改变。在一些实施例中，当寡核苷酸或寡核苷酸组合物与系统中包含靶腺苷的靶核酸接触时，与不存在产物或存在参考寡核苷酸相比，靶核酸的产物的水平被改变。在一些实施例中，产物的水平增加，其中该产物是核酸或由核酸编码，该核酸在其他方面与靶核酸相同但靶腺苷被修饰。在一些实施例中，产物的水平增加，其中该产物是核酸或由核酸编码，该核酸在其他方面与靶核酸相同但靶腺苷被肌苷代替。在一些实施例中，产物的水平增加，其中该产物是核酸或由核酸编码，该核酸在其他方面与靶核酸相同但靶腺苷的腺嘌呤被鸟嘌呤代替。在一些实施例中，产物是蛋白。在一些实施例中，靶腺苷是来自鸟嘌呤的突变。在一些实施例中，靶腺苷与相同位置的鸟嘌呤相比与病症、障碍或疾病更相关。在一些实施例中，寡核苷酸能够与靶核酸形成双链复合物。在一些实施例中，靶核酸或其部分是或包含RNA。在一些实施例中，靶腺苷是RNA的靶腺苷。在一些实施例中，靶腺苷被修饰，并且该修饰是或包括靶腺苷的脱氨。在一些实施例中，靶腺苷被修饰并且该修饰是或包括靶腺苷向肌苷的转化。在一些实施例中，修饰由ADAR蛋白促进。在一些实施例中，系统是含有ADAR蛋白的体外或离体系统。在一些实施例中，系统是或包括含有或表达ADAR蛋白的细胞。在一些实施例中，系统是包含含有或表达ADAR蛋白的细胞的受试者。在一些实施例中，ADAR蛋白是ADAR1。在一些实施例中，ADAR1蛋白是或包含p110同种型。在一些实施例中，ADAR1蛋白是或包含p150同种型。在一些实施例中，ADAR1蛋白是或包含p110和p150同种型。在一些实施例中，ADAR蛋白是ADAR2。在一些实施例中，本披露尤其提供了用于将酶募集到靶点(例如，包含靶A的那些靶点)的技术，这些技术包括使这样的靶点与所提供的寡核苷酸或其组合物接触，或向包含或表达包含这样的靶点的多核苷酸(例如，RNA)的系统施用所提供的寡核苷酸或其组合物。在一些实施例中，酶是RNA编辑酶，诸如如本文所述的ADAR1、ADAR2等。
在一些实施例中，包含多个寡核苷酸的寡核苷酸组合物提供比用可比较的参考寡核苷酸组合物观察到的更高水平，例如靶腺苷以更高水平被修饰。在一些实施例中，参考寡核苷酸组合物不含该多个寡核苷酸或包含更低水平的该多个寡核苷酸。在一些实施例中，参考组合物不含与该多个寡核苷酸具有相同构成的寡核苷酸。在一些实施例中，参考组合物不含与该多个寡核苷酸具有相同结构的寡核苷酸。在一些实施例中，参考寡核苷酸组合物是这样的组合物，其与该多个寡核苷酸具有相同碱基序列的寡核苷酸与该多个寡核苷酸相比包含更低水平的2′-F修饰。在一些实施例中，参考寡核苷酸组合物是这样的组合物，其与该多个寡核苷酸具有相同碱基序列的寡核苷酸与该多个寡核苷酸相比包含更低水平的2′-OMe修饰。在一些实施例中，参考寡核苷酸组合物是这样的组合物，其与该多个寡核苷酸具有相同碱基序列的寡核苷酸与该多个寡核苷酸相比具有不同的糖修饰模式。在一些实施例中，参考寡核苷酸组合物是这样的组合物，其与该多个寡核苷酸具有相同碱基序列的寡核苷酸与该多个寡核苷酸相比包含更低水平的经修饰的核苷酸间键联。在一些实施例中，参考寡核苷酸组合物是这样的组合物，其与该多个寡核苷酸具有相同碱基序列的寡核苷酸与该多个寡核苷酸相比包含更低水平的硫代磷酸酯核苷酸间键联。在一些实施例中，组合物是立体随机寡核苷酸组合物。在一些实施例中，参考组合物是与该多个寡核苷酸具有相同构成的寡核苷酸的立体随机寡核苷酸组合物。
在一些实施例中，本披露提供了用于修饰靶核酸中的靶腺苷的技术，这些技术包括使靶核酸与如本文所述的所提供的寡核苷酸或寡核苷酸组合物接触。在一些实施例中，本披露提供了用于使靶核酸中的靶腺苷脱氨的方法，该方法包括使靶核酸与如本文所述的寡核苷酸或组合物接触。在一些实施例中，本披露提供了用于产生特定核酸的产物、或者恢复或增加特定核酸的产物的水平的方法，该方法包括使靶核酸与所提供的寡核苷酸或组合物接触，其中靶核酸包含靶腺苷，并且该特定核酸与靶核酸的不同之处在于该特定核酸具有I或G而不是靶腺苷。在一些实施例中，本披露提供了用于降低靶核酸的产物的水平的方法，该方法包括使靶核酸与本披露的寡核苷酸或组合物接触，其中靶核酸包含靶腺苷。在一些实施例中，产物是蛋白。在一些实施例中，产物是mRNA。
在一些实施例中，本披露提供了方法，该方法包括：
使寡核苷酸或组合物与包含靶核酸和腺苷脱氨酶的样品接触，其中：
寡核苷酸组合物中的一个或多个寡核苷酸的碱基序列与靶核酸的碱基序列基本上互补；以及
靶核酸包含靶腺苷；
其中靶腺苷被修饰。
在一些实施例中，本披露提供了方法，该方法包括：
1)获得靶核酸中靶腺苷的第一修饰水平，该水平是当第一寡核苷酸组合物与包含靶核酸和腺苷脱氨酶的样品接触时观察到的，其中该第一寡核苷酸组合物包含共享相同的与靶核酸的碱基序列基本上互补的碱基序列的第一多个寡核苷酸；以及
2)获得靶核酸中靶腺苷的参考修饰水平，该水平是当参考寡核苷酸组合物与包含靶核酸和腺苷脱氨酶的样品接触时观察到的，其中该参考寡核苷酸组合物包含共享相同的与靶核酸的碱基序列基本上互补的碱基序列的多个参考寡核苷酸；
其中：
该第一多个寡核苷酸包含比该多个参考寡核苷酸更多的具有2′-F修饰的糖，更多的具有2′-OR修饰的糖，其中R不是-H，和/或更多的手性核苷酸间键联；以及
与该参考寡核苷酸组合物的寡核苷酸相比，该第一寡核苷酸组合物提供更高水平的修饰。
在一些实施例中，本披露提供了方法，该方法包括：
获得靶核酸中靶腺苷的第一修饰水平，该水平是当第一寡核苷酸组合物与包含靶核酸和腺苷脱氨酶的样品接触时观察到的，其中该第一寡核苷酸组合物包含共享相同的与靶核酸的碱基序列基本上互补的碱基序列的第一多个寡核苷酸；以及
其中靶腺苷的该第一修饰水平高于靶腺苷的参考修饰水平，其中该参考水平是在参考寡核苷酸组合物与包含靶核酸和腺苷脱氨酶的样品接触时观察到的，其中该参考寡核苷酸组合物包含共享相同的与靶核酸的碱基序列基本上互补的碱基序列的多个参考寡核苷酸；
其中：
该第一多个寡核苷酸包含比该多个参考寡核苷酸更多的具有2′-F修饰的糖，更多的具有2′-OR修饰的糖，其中R不是-H，和/或更多的手性核苷酸间键联。
在一些实施例中，本披露提供了方法，该方法包括：
1)获得靶核酸中靶腺苷的第一修饰水平，该水平是当第一寡核苷酸组合物与包含靶核酸和腺苷脱氨酶的样品接触时观察到的，其中该第一寡核苷酸组合物包含共享相同的与靶核酸的碱基序列基本上互补的碱基序列的第一多个寡核苷酸；以及
2)获得靶核酸中靶腺苷的参考修饰水平，该水平是当参考寡核苷酸组合物与包含靶核酸和腺苷脱氨酶的样品接触时观察到的，其中该参考寡核苷酸组合物包含共享相同的与靶核酸的碱基序列基本上互补的碱基序列的多个参考寡核苷酸；
其中：
该第一多个寡核苷酸包含比该多个参考寡核苷酸更多的具有2′-F修饰的糖，更多的具有2′-OR修饰的糖，其中R不是-H，和/或更多的手性控制的手性核苷酸间键联；以及
与该参考寡核苷酸组合物的寡核苷酸相比，该第一寡核苷酸组合物提供更高水平的修饰。
在一些实施例中，本披露提供了方法，该方法包括：
获得靶核酸中靶腺苷的第一修饰水平，该水平是当第一寡核苷酸组合物与包含靶核酸和腺苷脱氨酶的样品接触时观察到的，其中该第一寡核苷酸组合物包含共享相同的与靶核酸的碱基序列基本上互补的碱基序列的第一多个寡核苷酸；以及
其中靶腺苷的该第一修饰水平高于靶腺苷的参考修饰水平，其中该参考水平是在参考寡核苷酸组合物与包含靶核酸和腺苷脱氨酶的样品接触时观察到的，其中该参考寡核苷酸组合物包含共享相同的与靶核酸的碱基序列基本上互补的碱基序列的多个参考寡核苷酸；
其中：
该第一多个寡核苷酸包含比该多个参考寡核苷酸更多的具有2′-F修饰的糖，更多的具有2′-OR修饰的糖，其中R不是-H，和/或更多的手性控制的手性核苷酸间键联。
在一些实施例中，本披露提供了方法，该方法包括：
1)获得靶核酸中靶腺苷的第一修饰水平，该水平是当第一寡核苷酸组合物与包含靶核酸和腺苷脱氨酶的样品接触时观察到的，其中该第一寡核苷酸组合物包含共享相同的与靶核酸的碱基序列基本上互补的碱基序列的第一多个寡核苷酸；以及
2)获得靶核酸中靶腺苷的参考修饰水平，该水平是当参考寡核苷酸组合物与包含靶核酸和腺苷脱氨酶的样品接触时观察到的，其中该参考寡核苷酸组合物包含共享相同的与靶核酸的碱基序列基本上互补的碱基序列的多个参考寡核苷酸；
其中：
该第一多个寡核苷酸包含一个或多个手性控制的手性核苷酸间键联；以及
该多个参考寡核苷酸不含手性控制的手性核苷酸间键联(参考寡核苷酸组合物是“立体随机组合物”)；以及
与该参考寡核苷酸组合物的寡核苷酸相比，该第一寡核苷酸组合物提供更高水平的修饰。
在一些实施例中，本披露提供了方法，该方法包括：
获得靶核酸中靶腺苷的第一修饰水平，该水平是当第一寡核苷酸组合物与包含靶核酸和腺苷脱氨酶的样品接触时观察到的，其中该第一寡核苷酸组合物包含共享相同的与靶核酸的碱基序列基本上互补的碱基序列的第一多个寡核苷酸；以及
其中靶腺苷的该第一修饰水平高于靶腺苷的参考修饰水平，其中该参考水平是在参考寡核苷酸组合物与包含靶核酸和腺苷脱氨酶的样品接触时观察到的，其中该参考寡核苷酸组合物包含共享相同的与靶核酸的碱基序列基本上互补的碱基序列的多个参考寡核苷酸；
其中：
该第一多个寡核苷酸包含一个或多个手性控制的手性核苷酸间键联；以及
该多个参考寡核苷酸不含手性控制的手性核苷酸间键联(参考寡核苷酸组合物是“立体随机组合物”)。
在一些实施例中，第一寡核苷酸组合物是如本文所述的寡核苷酸组合物。在一些实施例中，第一寡核苷酸组合物是手性控制的寡核苷酸组合物。在一些实施例中，脱氨酶是ADAR酶。在一些实施例中，脱氨酶是ADAR1。在一些实施例中，脱氨酶是ADAR2。在一些实施例中，样品是或包含细胞。在一些实施例中，与不同于靶核酸的核酸相比，靶核酸与病症、障碍或疾病，或所需的特性或功能的减弱，或不期望的特性或功能的增强更相关，该不同在于其在靶腺苷的位置具有I或G而不是该靶腺苷。在一些实施例中，靶腺苷是G至A突变。
尤其是，本披露的寡核苷酸设计，例如核碱基、糖、核苷酸间键联修饰、键联磷立体化学的控制和/或其模式，可应用于改进现有技术。在一些实施例中，本披露通过向现有技术中的寡核苷酸引入本披露的一个或多个结构特征，例如核碱基、糖、核苷酸间键联修饰、键联磷立体化学的控制和/或其模式，提供了对现有技术的改进。在一些实施例中，改进是或包括来自键联磷立体化学控制的改进。
在一些实施例中，本披露提供了用于改善多肽例如ADAR1、ADAR2等的腺苷编辑的技术，这些技术包括将本文所述的设计(例如，一种或多种修饰和/或其模式)掺入寡核苷酸中。在一些实施例中，设计是或包含如本文所述的经修饰的碱基，例如在与靶腺苷相反的位置和/或其相邻位置之一或两者处。在一些实施例中，设计是或包含一种或多种糖修饰和/或其模式、一种或多种碱基修饰和/或其模式、一种或多种经修饰的核苷酸间键联和/或其模式、和/或一个或多个位置处的受控立体化学和/或其模式。在一些实施例中，所提供的技术改善ADAR1的编辑多于ADAR2。在一些实施例中，所提供的技术改善ADAR2的编辑多于ADAR1。在一些实施例中，所提供的技术改善ADAR1 p110的编辑多于ADAR1 p150(例如，在一些实施例中，一个或多个位置处的Rp(例如，硫代磷酸酯核苷酸间键联的))。在一些实施例中，所提供的技术改善ADAR1 p150的编辑多于ADAR1 p110。
在一些实施例中，所提供的技术包括增加腺苷编辑多肽例如ADAR1(p110或p150)或ADAR2或其部分的水平。在一些实施例中，增加是通过外源多肽的表达实现的。
在一些实施例中，所提供的寡核苷酸或寡核苷酸组合物不引起核酸的显著降解(例如，不超过约5％-100％(例如，不超过约10％-100％、20-100％、30％-100％、40％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等))。在一些实施例中，组合物不引起靶核酸中显著的不期望的外显子跳跃或改变的外显子包含(例如，不超过约5％-100％(例如，不超过约10％-100％、20-100％、30％-100％、40％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等))。
在一些实施例中，所提供的技术可以提供高水平的腺苷编辑(例如，转化成肌苷)。在一些实施例中，靶腺苷编辑的百分比为约10％-100％，例如至少约10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、60％、70％、75％、80％、85％、90％或95％。在一些实施例中，其为至少10％。在一些实施例中，其为至少15％。在一些实施例中，其为至少20％。在一些实施例中，其为至少25％。在一些实施例中，其为至少30％。在一些实施例中，其为至少35％。在一些实施例中，其为至少40％。在一些实施例中，其为至少45％。在一些实施例中，其为至少50％。在一些实施例中，其为至少60％。在一些实施例中，其为至少70％。在一些实施例中，其为至少75％。在一些实施例中，其为至少80％。在一些实施例中，其为至少85％。在一些实施例中，其为至少90％。在一些实施例中，其为至少95％。在一些实施例中，其为至少约100％。
在一些实施例中，寡核苷酸或其组合物能够介导靶核酸或其产物的表达或水平的降低(例如，通过将靶腺苷修饰为肌苷)。在一些实施例中，寡核苷酸或其组合物能够在体外介导细胞中靶基因或其基因产物的表达或水平的降低(例如，通过将靶腺苷修饰为肌苷)。在一些实施例中，表达或水平可以降低至少约10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、60％、70％、75％、80％、85％、90％或95％。在一些实施例中，通过由寡核苷酸或其组合物(例如，在体外在细胞中以10μM或更低的浓度)指导的ADAR介导的脱氨，靶基因或其基因产物的表达或水平可以降低至少约10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、60％、70％、75％、80％、85％、90％或95％。在一些实施例中，寡核苷酸或其组合物能够在1nM、5nM、10nM或更低的浓度下提供合适水平的活性(例如，当在体外或体内在细胞中测定时)。
在一些实施例中，所提供的寡核苷酸和组合物的活性可以通过IC50来评估，IC50是在适合的条件下(例如，基于细胞的体外测定中)使靶核酸或其产物的水平降低50％的抑制浓度。在一些实施例中，例如当在基于细胞的测定中评估时，所提供的寡核苷酸或组合物具有不超过0.001、0.01、0.1、0.5、1、2、5、10、50、100、200、500或1000nM的IC50。在一些实施例中，IC50不超过约500nM。在一些实施例中，IC50不超过约200nM。在一些实施例中，IC50不超过约100nM。在一些实施例中，IC50不超过约50nM。在一些实施例中，IC50不超过约25nM。在一些实施例中，IC50不超过约10nM。在一些实施例中，IC50不超过约5nM。在一些实施例中，IC50不超过约2nM。在一些实施例中，IC50不超过约1nM。在一些实施例中，IC50不超过约0.5nM。
在一些实施例中，所提供的技术可以提供靶腺苷相对于靶腺苷中的其他腺苷残基的选择性编辑。在一些实施例中，靶腺苷相对于非靶腺苷的选择性为至少1.5倍、2倍、3倍、4倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、15倍、20倍、25倍、30倍、40倍、50倍、60倍、70倍、80倍、90倍、100倍或更多倍(例如，如通过在合适的条件下靶腺苷相对于非靶腺苷的编辑水平所测量的，或通过用于某一编辑水平(例如，0.5％、1％、2％、5％、10％、15％、20％、25％、30％、40％、50％等)的寡核苷酸浓度所测量的)。在一些实施例中，选择性为至少2倍。在一些实施例中，选择性为至少3倍。在一些实施例中，选择性为至少4倍。在一些实施例中，选择性为至少5倍。在一些实施例中，选择性为至少10倍。在一些实施例中，选择性为至少25倍。在一些实施例中，选择性为至少50倍。在一些实施例中，选择性为至少100倍。
在一些实施例中，在系统(例如，本文所述的报告子测定)中，选择性为至少10倍，或20、30、40或50倍或更多倍。在一些实施例中，寡核苷酸或组合物可有效降低突变体蛋白的水平(例如，突变体蛋白降低至少50％、60％、70％或更多)，同时维持系统中野生型蛋白的水平(例如，保留至少70％、75％、80％、85％、90％、95％或更多的野生型蛋白)。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸在多种生物系统中(例如，在小鼠脑匀浆中)是稳定的(例如，在1、2、3、4、5、6、7或8天后剩余至少70％、75％、80％、85％、90％、95％或更多)。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸具有低毒性。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸及其组合物(例如，手性控制的寡核苷酸及其组合物)不显著激活TLR9(例如，当与参考寡核苷酸及其组合物(例如，对应的立体随机寡核苷酸及其组合物)相比时)。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸及其组合物(例如，手性控制的寡核苷酸及其组合物)不显著诱导补体激活(例如，当与参考寡核苷酸及其组合物(例如，对应的立体随机寡核苷酸及其组合物)相比时)。
对于多种应用，所提供的寡核苷酸和/或组合物可以作为药物组合物提供。在一些实施例中，本披露提供了药物组合物，该组合物包含或递送有效量的寡核苷酸或其药学上可接受的盐。在一些实施例中，药物组合物可包含多种形式的寡核苷酸，例如酸、碱和多种药学上可接受的盐形式。在一些实施例中，药学上可接受的盐是钠盐。在一些实施例中，药学上可接受的盐是钾盐。在一些实施例中，药学上可接受的盐是胺盐(例如，具有N(R)3的结构的胺的盐)。在一些实施例中，药物组合物进一步包含药学上可接受的载剂。在一些实施例中，药学上可接受的载剂是盐水。在一些实施例中，药学上可接受的载剂是缓冲盐水。在一些实施例中，药学上可接受的载剂是脑脊液。在一些实施例中，药学上可接受的载剂是人工脑脊液。在一些实施例中，药物组合物是或包含液体溶液。在一些实施例中，液体组合物具有控制的pH范围，例如约生理pH或为生理pH。在一些实施例中，药物组合物包含或配制为生理相容缓冲液中的溶液，例如汉克斯(Hanks′s)溶液、林格氏溶液、脑脊液、人工脑脊液(aCSF)或生理盐水缓冲液。在一些实施例中，药物组合物包含或配制为人工脑脊液(aCSF)中的溶液。在一些实施例中，药物组合物是可注射悬浮液或溶液。在某些实施例中，使用适当的液体载剂、悬浮剂等制备可注射悬浮液或溶液。药物组合物能以各种合适的途径施用。在一些实施例中，药物组合物配制用于口服施用，例如，浸液(drench)(水性或非水性溶液或悬浮液)、片剂(例如，针对口腔、舌下和全身吸收的那些)、大丸剂、粉剂、颗粒剂、糊剂(应用于舌)；肠胃外施用，例如通过皮下、肌内、静脉内、鞘内、脑室内或硬膜外注射，例如作为无菌溶液或悬浮液，例如在生理相容的缓冲液，例如汉克斯溶液、林格氏溶液、人工脑脊液(aCSF)或生理盐水缓冲液或缓释配制品中；局部应用，例如，作为乳膏剂、软膏剂、或控制释放贴剂或喷雾剂应用于皮肤、肺或口腔；阴道内或直肠内，例如作为阴道栓剂、乳膏剂或泡沫剂；舌下；眼部；透皮；或经鼻、肺以及应用于其他粘膜表面。
在一些实施例中，所提供的方法可以减轻病症、障碍或疾病的至少一种症状。在一些实施例中，向患者或受试者施用寡核苷酸能够介导以下任一个或多个方面：减缓病症、障碍或疾病的进展；延迟病症、障碍或疾病或其至少一种症状的发作；改善病症、障碍或疾病的一种或多种指标；和/或增加患者或受试者的存活时间或寿命。
在一些实施例中，向受试者施用寡核苷酸或其组合物和另外的药剂和/或方法，例如另外的治疗剂和/或方法。在一些实施例中，寡核苷酸或其组合物可以单独施用或与一种或多种其他治疗剂和/或治疗组合施用。当组合施用时，每种组分可以同时或以任何顺序在不同时间点依次施用。在一些实施例中，可以分开地但在时间上足够紧密地施用每种组分，以提供期望的治疗效果。在一些实施例中，同时施用所提供的寡核苷酸和另外的治疗组分。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸和另外的治疗组分可以作为一种组合物施用。在一些实施例中，在一个时间点，被施用的受试者可以同时暴露于所提供的寡核苷酸和另外的组分。
尤其是，与参考技术(例如，不存在或存在低水平的手性控制(例如，立体随机寡核苷酸组合物(例如，具有相同碱基序列或相同构成的寡核苷酸的立体随机寡核苷酸组合物))，和/或不存在或存在低水平的某些修饰及其模式(例如，2′-F、不带负电荷的核苷酸间键联等))相比，本披露的技术(例如，寡核苷酸及其组合物)可以提供多种改进和优点，诸如改善的稳定性、递送、编辑效率、药代动力学和/或药效动力学。在一些实施例中，参考寡核苷酸组合物是具有相同碱基序列的寡核苷酸的立体随机寡核苷酸组合物。在一些实施例中，参考寡核苷酸组合物是具有相同构成的寡核苷酸的立体随机寡核苷酸组合物(如本领域技术人员所理解的，在一些实施例中，多种盐形式可适当地视为具有相同构成)。在一些实施例中，参考寡核苷酸是不含不带负电荷的核苷酸间键联的寡核苷酸。在一些实施例中，参考寡核苷酸不含n001。在一些实施例中，参考寡核苷酸组合物是不含不带负电荷的核苷酸间键联的寡核苷酸的组合物。在一些实施例中，参考寡核苷酸组合物是不含n001的寡核苷酸的组合物。在一些实施例中，与参考技术相比，所提供的技术可以较低的单位或总剂量使用，和/或可以较低的剂量和/或较长的剂量间隔施用(例如，以实现相当的或更好的效果)。在一些实施例中，所提供的技术可以提供持久的编辑。在一些实施例中，所提供的技术一旦施用就能在一段时间内，例如在最后一剂后约或至少约2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25、30、35、40、45、50、60天或更多天，或1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个月，以某一水平或更高的水平(例如，对提供某些生物和/或治疗效果有用和/或足够的水平)提供活性，例如，靶标编辑。在一些实施例中，所提供的技术提供低毒性。在一些实施例中，与参考技术相比，所提供的技术可以较高的单位或总剂量使用，和/或可以更多的剂量和/或更短的剂量间隔施用(例如，以实现更好的效果)。在一些实施例中，总剂量可以作为单一剂量施用。在一些实施例中，总剂量可以作为两个或更多个单一剂量施用。在一些实施例中，与作为两个或更多个单一剂量施用时相比，作为单一剂量施用的总剂量可以提供更高的最大编辑水平。
在一些实施例中，当将寡核苷酸施用于患有或易患病症、障碍或疾病的患者时，该寡核苷酸能够减轻该病症、障碍或疾病的至少一种症状和/或能够延迟或预防由于基因或基因产物中的G至A突变引起的病症、障碍或疾病的至少一种症状的发作、恶化和/或降低其恶化速率和/或程度。
在一些实施例中，所提供的技术可以提供对系统(例如，细胞、组织、器官、动物等)中的两个或更多个位点的编辑(“多重编辑”)。在一些实施例中，所提供的技术可以靶向相同转录物的两个或更多个位点并提供对这些位点的编辑。在一些实施例中，所提供的技术可以靶向来自相同核酸或不同核酸的两种或更多种不同转录物并提供对这些转录物的编辑。在一些实施例中，所提供的技术可以靶向来自两种或更多种不同核酸的转录物并提供对这些转录物的编辑。在一些实施例中，所提供的技术可靶向来自两种或更多种不同基因的转录物并提供对这些转录物的编辑。在一些实施例中，在同时编辑的靶标中，各自独立地处于生物学和/或治疗相关的水平。在一些实施例中，在多重编辑中，一个或多个或所有靶标以与在可比较条件下单独进行的编辑相当的水平独立地编辑。在一些实施例中，利用两种或更多种单独的组合物来执行多重编辑，每种组合物独立地靶向一个或多个靶标。在一些实施例中，这些组合物同时施用。在一些实施例中，这些组合物以合适的间隔施用。在一些实施例中，一种或多种组合物在一种或多种其他组合物之前或之后施用。在一些实施例中，使用单一组合物进行多重编辑，例如包含两种或更多种多个寡核苷酸的组合物，其中该多个寡核苷酸靶向不同的靶标。在一些实施例中，每种多个寡核苷酸独立地靶向不同的腺苷。在一些实施例中，每种多个寡核苷酸独立地靶向不同的转录物。在一些实施例中，每种多个寡核苷酸独立地靶向不同的基因。在一些实施例中，两种或更多种多个寡核苷酸可靶向同一靶标，但该多个寡核苷酸一起靶向所期望的靶标。
如本文所述，所提供的技术可以提供许多优点。例如，在一些实施例中，所提供的技术比作用于DNA的技术更安全，因为所提供的技术可以提供可逆且可调的RNA编辑(例如，通过调节剂量)。另外地和替代性地，所提供的技术可以在表达内源性ADAR蛋白的系统中提供高水平的编辑，从而避免在多种情况下引入外源性蛋白的需要。此外，所提供的技术不需要依赖于辅助递送媒介物诸如病毒载体或脂质纳米颗粒的复合寡核苷酸，如在许多其他技术中使用的，特别是用于细胞培养以外的应用。在一些实施例中，所提供的技术可以使用内源性ADAR酶以高效率提供序列特异性A至I RNA编辑，并且可在不存在人工递送剂的情况下递送到多种系统(例如，细胞)中。
阅读本披露内容的本领域技术人员将理解，可以使用根据本披露内容的多种技术递送所提供的寡核苷酸及其组合物。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸和组合物可以经由转染或脂质转染来递送。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸及其组合物可在不存在递送助剂(诸如用于转染或脂质转染中的那些)的情况下递送。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸和组合物可以经由转染或脂质转染来递送。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸及其组合物以裸递送方式递送。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸包含可促进递送的另外的化学部分。例如，在一些实施例中，另外的化学部分是或包含受体(例如，脱唾液酸糖蛋白受体)的配体部分(例如，N-乙酰半乳糖胺(GalNAc))。在一些实施例中，所提供的寡核苷酸及其组合物可以通过GalNAc介导的递送来递送。
尤其是，本披露提供了以下示例实施例：
1.一种寡核苷酸，该寡核苷酸包含：
第一结构域；和
第二结构域，
其中：
该第一结构域包含一个或多个2′-F修饰；
该第二结构域包含一个或多个不具有2′-F修饰的糖。
2.一种寡核苷酸，该寡核苷酸包含如本披露所述的经修饰的核碱基、核苷、糖或核苷酸间键联。
3.一种寡核苷酸，其中所有糖的约或至少约60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％或95％是2’-F修饰的糖。
4.一种寡核苷酸，该寡核苷酸包含如本披露所述的第二子结构域。
5.一种包含一个或多个经修饰的糖和/或一个或多个经修饰的核苷酸间键联的寡核苷酸，其中该寡核苷酸包含各自独立地包含一个或多个核碱基的第一结构域和第二结构域。
6.如权利要求1-5中任一项所述的寡核苷酸，其中当该寡核苷酸与系统中包含靶腺苷的靶核酸接触时，该靶核酸中的靶腺苷被修饰。
7.如权利要求1-5中任一项所述的寡核苷酸，其中当该寡核苷酸与系统中包含靶腺苷的靶核酸接触时，与不存在产物或存在参考寡核苷酸相比，该靶核酸的水平降低。
8.如权利要求1-5中任一项所述的寡核苷酸，其中当该寡核苷酸与系统中包含靶腺苷的靶核酸接触时，与不存在该寡核苷酸或存在参考寡核苷酸相比，该靶核酸或其产物的剪接被改变。
9.如权利要求1-5中任一项所述的寡核苷酸，其中当该寡核苷酸与系统中包含靶腺苷的靶核酸接触时，与不存在产物或存在参考寡核苷酸相比，该靶核酸的产物水平被改变。
10.如权利要求7-9中任一项所述的寡核苷酸，其中该靶核酸被修饰。
11.如权利要求6-10中任一项所述的寡核苷酸，其中产物的水平增加，其中该产物是核酸或由核酸编码，该核酸在其他方面与该靶核酸相同但该靶腺苷被修饰。
12.如权利要求6-10中任一项所述的寡核苷酸，其中产物的水平增加，其中该产物是核酸或由核酸编码，该核酸在其他方面与该靶核酸相同但该靶腺苷被肌苷代替。
13.如权利要求6-10中任一项所述的寡核苷酸，其中产物的水平增加，其中该产物是核酸或由核酸编码，该核酸在其他方面与该靶核酸相同但该靶腺苷的腺嘌呤被鸟嘌呤代替。
14.如权利要求11-13中任一项所述的寡核苷酸，其中该产物是蛋白质。
15.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该靶腺苷是来自鸟嘌呤的突变。
16.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该靶腺苷与相同位置的鸟嘌呤相比与病症、障碍或疾病更相关。
17.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该寡核苷酸能够与该靶核酸形成双链复合物。
18.如权利要求6-17所述的寡核苷酸，其中靶核酸或其一部分是或包含RNA。
19.如权利要求6-18中任一项所述的寡核苷酸，其中该靶腺苷是RNA的靶腺苷。
20.如权利要求6-19中任一项所述的寡核苷酸，其中该靶腺苷被修饰，并且该修饰是或包含该靶腺苷的脱氨。
21.如权利要求6-20中任一项所述的寡核苷酸，其中该靶腺苷被修饰并且该修饰是或包含该靶腺苷向肌苷的转化。
22.如权利要求6-21中任一项所述的寡核苷酸，其中该修饰由ADAR蛋白促进。
23.如权利要求6-22中任一项所述的寡核苷酸，其中该系统是包含ADAR蛋白的体外或离体系统。
24.如权利要求6-22中任一项所述的寡核苷酸，其中该系统是或包含含有或表达ADAR蛋白的细胞。
25.如权利要求6-22中任一项所述的寡核苷酸，其中该系统是包含含有或表达ADAR蛋白的细胞的受试者。
26.如权利要求22-25中任一项所述的寡核苷酸，其中该ADAR蛋白是ADAR1。
27.如权利要求22-25中任一项所述的寡核苷酸，其中该ADAR蛋白是ADAR2。
28.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该寡核苷酸具有约10-200个(例如，约10-20、10-30、10-40、10-50、10-60、10-70、10-80、10-90、10-100、10-120、10-150、20-30、20-40、20-50、20-60、20-70、20-80、20-90、20-100、20-120、20-150、20-200、25-30、25-40、25-50、25-60、25-70、25-80、25-90、25-100、25-120、25-150、25-200、30-40、30-50、30-60、30-70、30-80、30-90、30-100、30-120、30-150、30-200，10、20、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、45、50、60个等)核碱基的长度。
29.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该寡核苷酸具有约26-35个核碱基的长度。
30.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该寡核苷酸具有约26个核碱基的长度。
31.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该寡核苷酸具有约27个核碱基的长度。
32.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该寡核苷酸具有约28个核碱基的长度。
33.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该寡核苷酸具有约29个核碱基的长度。
34.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该寡核苷酸具有约30个核碱基的长度。
35.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该寡核苷酸具有约31个核碱基的长度。
36.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该寡核苷酸具有约32个核碱基的长度。
37.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该寡核苷酸具有约33个核碱基的长度。
38.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该寡核苷酸具有约34个核碱基的长度。
39.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该寡核苷酸具有约35个核碱基的长度。
40.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该寡核苷酸的碱基序列与包含该靶腺苷的靶核酸的一部分的碱基序列互补，具有0-10个(例如，0-1、0-2、0-3、0-4、0-5、0-6、0-7、0-8、0-9、0-10、1-2、1-3、1-4、1-5、1-6、1-7、1-8、1-9、1-10、2-3、2-4、2-5、2-6、2-7、2-8、2-9、2-10、3-4、3-5、3-6、3-7、3-8、3-9、3-10，0、1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个等)不是沃森-克里克碱基对的错配。
41.如权利要求40所述的寡核苷酸，其中一个或多个不匹配独立地是摆动碱基配对。
42.如权利要求40-41中任一项所述的寡核苷酸，其中该互补性为约50％-100％(例如，约50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等)。
43.如权利要求40-41中任一项所述的寡核苷酸，其中该互补性为约90％-100％或约95％-100％。
44.如权利要求40-41中任一项所述的寡核苷酸，其中该互补性为100％。
45.如权利要求40-41中任一项所述的寡核苷酸，其中除了在与靶核苷(例如，腺苷)相反的核苷处，该互补性为100％。
46.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该寡核苷酸由第一结构域和第二结构域组成。
47.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第一结构域具有约2-50个(例如，约5、6、7、8、9或10-约10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个，或约5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个等)核碱基的长度。
48.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第一结构域具有约10-25个核碱基的长度。
49.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第一结构域具有约15个核碱基的长度。
50.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中当该寡核苷酸与靶核酸进行互补性比对时，该第一结构域包含一个或多个(例如，1-10，1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个等)错配。
51.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中当该寡核苷酸与靶核酸进行互补性比对时，该第一结构域包含两个或更多个错配。
52.如权利要求1-47中任一项所述的寡核苷酸，其中当该寡核苷酸与靶核酸进行互补性比对时，该第一结构域包含一个且不多于一个错配。
53.如权利要求1-47中任一项所述的寡核苷酸，其中当该寡核苷酸与靶核酸进行互补性比对时，该第一结构域包含两个且不多于两个错配。
54.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中当该寡核苷酸与靶核酸进行互补性比对时，该第一结构域包含一个或多个(例如，1-10，1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个等)凸起。
55.如权利要求54所述的寡核苷酸，其中每个凸起独立地包含一个或多个不是沃森-克里克或摆动对的碱基对。
56.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中当该寡核苷酸与靶核酸进行互补性比对时，该第一结构域包含一个或多个(例如，1-10，1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个等)摆动对。
57.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中当该寡核苷酸与靶核酸进行互补性比对时，该第一结构域包含两个或更多个摆动对。
58.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中当该寡核苷酸与靶核酸进行互补性比对时，该第一结构域包含两个且不多于两个摆动对。
59.如权利要求1-47中任一项所述的寡核苷酸，其中该第一结构域与靶核酸完全互补。
60.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第一结构域包含约1-50个(例如，约5、6、7、8、9或10-约10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个，或约5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个等，约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个等)具有2′-F修饰的糖。
61.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第一结构域中约5％-100％(例如，约10％-100％、20-100％、30％-100％、40％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等)的糖独立地包含2′-F修饰。
62.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第一结构域中约50％-100％(例如，约50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等)的糖独立地包含2′-F修饰。
63.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第一结构域中不超过约1％-95％(例如，不超过约1％、5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％等)的糖包含2′-OMe。
64.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第一结构域中不超过约50％的糖包含2′-OMe。
65.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第一结构域中不超过约1％-95％(例如，不超过约1％、5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％等)的糖包含2′-OR，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。
66.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第一结构域中不超过约50％的糖包含2′OR，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。
67.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第一结构域中不超过约1％-95％(例如，不超过约1％、5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％等)的糖包含2’-OR。
68.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第一结构域中不超过约50％的糖包含2’-OR。
69.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第一结构域包含一个或多个(例如，约1-20，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个等)包含2′-OR修饰的经修饰的糖，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。
70.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第一结构域包含一个或多个(例如，约1-20，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个等)包含2’-MOE修饰的经修饰的糖。
71.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第一结构域包含一个或多个(例如，约1-20，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个等)包含2’-OMe修饰的经修饰的糖。
72.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中来自第一结构域的5’-末端的前约1-5个，例如1、2、3、4或5个糖独立地是2’-OR修饰的糖，其中R独立地是任选地经取代的C1-6脂肪族基。
73.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中来自第一结构域的5′-末端的前约1-5个，例如1、2、3、4或5个糖独立地是2′-MOE修饰的糖。
74.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第一结构域包含一个或多个(例如，约1-20，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个等)包含2′-N(R)2修饰的经修饰的糖，其中每个R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。
75.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第一结构域包含一个或多个(例如，约1-20，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个等)包含2’-NH2修饰的经修饰的糖。
76.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第一结构域包含一个或多个(例如，约1-20，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个等)LNA糖。
77.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第一结构域包含一个或多个(例如，约1-20，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个等)无环糖(例如，UNA糖)。
78.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第一结构域包含一个或多个(例如，约1-20，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个等)包含2’-F修饰的经修饰的糖。
79.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第一结构域包含一个或多个(例如，约1-20，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个等)包含2’-OH的糖。
80.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第一结构域包含一个或多个(例如，约1-20，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个等)包含两个2’-H的糖。
81.如权利要求1-68中任一项所述的寡核苷酸，其中该第一结构域中没有糖包含2′-OR。
82.如权利要求1-68中任一项所述的寡核苷酸，其中该第一结构域中没有糖包含2’-OMe。
83.如权利要求1-68中任一项所述的寡核苷酸，其中该第一结构域中没有糖包含2′OR，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。
84.如权利要求1-68中任一项所述的寡核苷酸，其中该第一结构域中的每个糖均包含2′-F。
85.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第一结构域包含约1-50个(例如，约5、6、7、8、9或10-约10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个，或约5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个等，约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个等)经修饰的核苷酸间键联。
86.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第一结构域中的核苷酸间键联的约5％-100％(例如，约10％-100％、20-100％、30％-100％、40％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等)是经修饰的核苷酸间键联。
87.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第一结构域中约50％-100％(例如，约50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等)的核苷酸间键联是经修饰的核苷酸间键联。
88.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中每个经修饰的核苷酸间键联独立地是手性核苷酸间键联。
89.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中每个经修饰的核苷酸间键联独立地是PS或PN键联。
90.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中每个经修饰的核苷酸间键联独立地是硫代磷酸酯核苷酸间键联或不带负电荷的核苷酸间键联。
91.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中每个经修饰的核苷酸间键联独立地是硫代磷酸酯核苷酸间键联或中性核苷酸间键联。
92.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第一结构域包含一个或多个硫代磷酸酯核苷酸间键联。
93.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第一结构域包含1、2、3、4或5个PN键联。
94.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第一结构域的第一核苷与第二核苷之间的核苷酸间键联是PN键联。
95.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第一结构域的最后一个核苷与倒数第二个核苷之间的核苷酸间键联是PN键联。
96.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第一结构域包含1、2、3、4或5个不带负电荷的核苷酸间键联。
97.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第一结构域的第一核苷与第二核苷之间的核苷酸间键联是不带负电荷的核苷酸间键联。
98.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第一结构域的最后一个核苷与倒数第二个核苷之间的核苷酸间键联是不带负电荷的核苷酸间键联。
99.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第一结构域中的至少约1-50个(例如，约5、6、7、8、9或10-约10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个，或约5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个等，约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个等)手性核苷酸间键联是手性控制的。
100.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第一结构域中的手性核苷酸间键联的约5％-100％(例如，约10％-100％、20％-100％、30％-100％、40％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等)是手性控制的。
101.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第一结构域的第一核苷与第二核苷之间的核苷酸间键联是手性控制的。
102.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第一结构域的最后一个核苷与倒数第二个核苷之间的核苷酸间键联是手性控制的。
103.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中每个手性核苷酸间键联独立地是手性控制的核苷酸间键联。
104.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第一结构域中的至少约1-50个(例如，约5、6、7、8、9或10-约10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个，或约5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个等，约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个等)手性核苷酸间键联是Sp。
105.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第一结构域中的手性核苷酸间键联的至少5％-100％(例如，约10％-100％、20％-100％、30％-100％、40％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等)是Sp。
106.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第一结构域中的每个手性核苷酸间键联是Sp。
107.如权利要求1-105中任一项所述的寡核苷酸，其中该第一结构域的第一核苷与第二核苷之间的核苷酸间键联是Rp。
108.如权利要求1-105和107中任一项所述的寡核苷酸，其中该第一结构域的最后一个核苷与倒数第二个核苷之间的核苷酸间键联是Rp。
109.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第一结构域中的每个核苷酸间键联独立地是经修饰的核苷酸间键联。
110.如权利要求1-108中任一项所述的寡核苷酸，其中该第一结构域包含一个或多个天然磷酸酯键联。
111.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第一结构域能够将ADAR蛋白募集到靶核酸，或促进或有助于将ADAR蛋白募集到靶核酸。
112.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第一结构域能够使ADAR蛋白与靶核酸相互作用，或促进或有助于ADAR蛋白与靶核酸相互作用。
113.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第一结构域与ADAR的RNA结合结构域(RBD)接触。
114.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第一结构域基本上不与ADAR的第二RBD结构域接触。
115.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第一结构域基本上不与ADAR的具有脱氨酶活性的催化结构域接触。
116.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第二结构域具有约2-50个(例如，约5、6、7、8、9或10-约10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个，或约5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个等)核碱基的长度。
117.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第二结构域具有约1-7个核碱基的长度。
118.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第二结构域具有约5-15个核碱基的长度。
119.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第二结构域具有约10-25个核碱基的长度。
120.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第二结构域具有约15个核碱基的长度。
121.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中当该寡核苷酸与靶核酸进行互补性比对时，该第二结构域包含一个或多个(例如，1-10，1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个等)错配。
122.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中当该寡核苷酸与靶核酸进行互补性比对时，该第二结构域包含两个或更多个错配。
123.如权利要求1-116中任一项所述的寡核苷酸，其中当该寡核苷酸与靶核酸进行互补性比对时，该第二结构域包含一个且不多于一个错配。
124.如权利要求1-116中任一项所述的寡核苷酸，其中当该寡核苷酸与靶核酸进行互补性比对时，该第二结构域包含两个且不多于两个错配。
125.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中当该寡核苷酸与靶核酸进行互补性比对时，该第二结构域包含一个或多个(例如，1-10，1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个等)凸起。
126.如权利要求125所述的寡核苷酸，其中每个凸起独立地包含一个或多个不是沃森-克里克或摆动对的碱基对。
127.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中当该寡核苷酸与靶核酸进行互补性比对时，该第二结构域包含一个或多个(例如，1-10，1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个等)摆动对。
128.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中当该寡核苷酸与靶核酸进行互补性比对时，该第二结构域包含两个或更多个摆动对。
129.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中当该寡核苷酸与靶核酸进行互补性比对时，该第二结构域包含两个且不多于两个摆动对。
130.如权利要求1-116中任一项所述的寡核苷酸，其中该第二结构域与靶核酸完全互补。
131.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中当该寡核苷酸与靶核酸进行互补性比对时，该第二结构域包含与靶腺苷相反的核苷。
132.如权利要求131所述的寡核苷酸，其中该相反核碱基是任选地经取代的或被保护的U，或是U的任选地经取代的或被保护的互变异构体。
133.如权利要求131所述的寡核苷酸，其中该相反核碱基是U。
134.如权利要求131所述的寡核苷酸，其中该相反核碱基是任选地经取代的或被保护的C，或是C的任选地经取代的或被保护的互变异构体。
135.如权利要求131所述的寡核苷酸，其中该相反核碱基是C。
136.如权利要求131所述的寡核苷酸，其中该相反核碱基是任选地经取代的或被保护的A，或是A的任选地经取代的或被保护的互变异构体。
137.如权利要求131所述的寡核苷酸，其中该相反核碱基是A。
138.如权利要求131所述的寡核苷酸，其中该相反核碱基是任选地经取代的或被保护的假异胞嘧啶的核碱基，或是该假异胞嘧啶的核碱基的任选地经取代的或被保护的互变异构体。
139.如权利要求131所述的寡核苷酸，其中该相反核碱基是假异胞嘧啶的核碱基。
140.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该相反核碱基是核碱基BA，其中BA是或包含环BA或其互变异构体，其中环BA是具有0-10个杂原子的任选地经取代的5-20元单环、双环或多环。
141.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该寡核苷酸包含核碱基BA，其中BA是或包含环BA或其互变异构体，其中环BA是具有0-10个杂原子的任选地经取代的5-20元单环、双环或多环。
142.一种寡核苷酸，其中该寡核苷酸包含核碱基BA，其中BA是或包含环BA或其互变异构体，其中环BA是具有0-10个杂原子的任选地经取代的5-20元单环、双环或多环。
143.如权利要求131所述的寡核苷酸，其中该核碱基是BA，其中BA是或包含环BA或其互变异构体，其中环BA是具有0-10个杂原子的任选地经取代的5-20元单环、双环或多环。
144.如权利要求140-143中任一项所述的寡核苷酸，其中与U相比，BA与该腺苷的靶腺嘌呤具有较弱的氢键结合。
145.如权利要求140-144中任一项所述的寡核苷酸，其中与U相比，BA与该腺苷的靶腺嘌呤形成较少的氢键。
146.如权利要求140-145中任一项所述的寡核苷酸，其中BA与ADAR的一个或多个氨基酸残基形成一个或多个氢键，这些残基与和靶腺苷相反的U形成一个或多个氢键。
147.如权利要求140-146中任一项所述的寡核苷酸，其中BA与ADAR的每个氨基酸残基形成一个或多个氢键，该每个氨基酸残基与和靶腺苷相反的U形成一个或多个氢键。
148.如权利要求140-147中任一项所述的寡核苷酸，其中环BA包含
149.如权利要求140-147中任一项所述的寡核苷酸，其中环BA包含
150.如权利要求140-147中任一项所述的寡核苷酸，其中环BA包含
151.如权利要求140-147中任一项所述的寡核苷酸，其中环BA包含
152.如权利要求140-151中任一项所述的寡核苷酸，其中环BA具有式BA-I的结构。
153.如权利要求140-151中任一项所述的寡核苷酸，其中环BA具有式BA-I-a的结构。
154.如权利要求140-151中任一项所述的寡核苷酸，其中环BA具有式BA-I-b的结构。
155.如权利要求140-151中任一项所述的寡核苷酸，其中环BA具有式BA-II的结构。
156.如权利要求140-151中任一项所述的寡核苷酸，其中环BA具有式BA-II-a的结构。
157.如权利要求140-151中任一项所述的寡核苷酸，其中环BA具有式BA-II-b的结构。
158.如权利要求140-151中任一项所述的寡核苷酸，其中环BA具有式BA-III的结构。
159.如权利要求140-151中任一项所述的寡核苷酸，其中环BA具有式BA-III-a的结构。
160.如权利要求140-151中任一项所述的寡核苷酸，其中环BA具有式BA-III-b的结构。
161.如权利要求140-160中任一项所述的寡核苷酸，其中当X1、X2、X3、X4、X5、X6、X1’、X2’、X3’、X4’、X5’、X6’和X7’是CH＝、-C(OH)＝、-C(-NH2)＝、-CH2-、-C(＝NH)-或-NH时，它们各自独立地且任选地经取代。
162.如权利要求148-161中任一项所述的寡核苷酸，其中X1是-N(-)-。
163.如权利要求148-161中任一项所述的寡核苷酸，其中X1是-C(-)＝。
164.如权利要求148-163中任一项所述的寡核苷酸，其中X2是-C(O)-。
165.如权利要求148-164中任一项所述的寡核苷酸，其中X3是-NR’-。
166.如权利要求148-165中任一项所述的寡核苷酸，其中X3是任选地经取代的-NH-。
167.如权利要求148-165中任一项所述的寡核苷酸，其中X3是-NH-。
168.如权利要求148-167中任一项所述的寡核苷酸，其中X4是-C(RB4)＝、-C(-N(RB4)2)＝、-C(RB4)2-或-C(＝NRB4)-。
169.如权利要求148-167中任一项所述的寡核苷酸，其中X4是-C(RB4)＝。
170.如权利要求148-167中任一项所述的寡核苷酸，其中X4是任选地经取代的-CH＝。
171.如权利要求148-167中任一项所述的寡核苷酸，其中X4是-CH＝。
172.如权利要求148-167中任一项所述的寡核苷酸，其中X4是-C(-N(RB4)2)＝。
173.如权利要求148-167中任一项所述的寡核苷酸，其中X4是任选地经取代的-C(-NH2)＝。
174.如权利要求148-167中任一项所述的寡核苷酸，其中X4是-C(-NH2)＝。
175.如权利要求148-167中任一项所述的寡核苷酸，其中X4是-C(-N＝CHNR2)＝。
176.如权利要求148-167中任一项所述的寡核苷酸，其中X4是-C(-N＝CHN(CH3)2)＝。
177.如权利要求148-167中任一项所述的寡核苷酸，其中X4是-C(-NHR’)＝。
178.如权利要求148-167中任一项所述的寡核苷酸，其中X4是-C(RB4)2-。
179.如权利要求148-167中任一项所述的寡核苷酸，其中X4是任选地经取代的-CH2-。
180.如权利要求148-167中任一项所述的寡核苷酸，其中X4是-CH2-。
181.如权利要求148-167中任一项所述的寡核苷酸，其中X4是任选地经取代的-C(＝NH)-。
182.如权利要求148-167中任一项所述的寡核苷酸，其中X4是-C(＝NRB4)-。
183.如权利要求148-167中任一项所述的寡核苷酸，其中X4是-C(O)＝，其中氧原子具有比U中的对应-C(O)-弱的氢键受体。
184.如权利要求148-167中任一项所述的寡核苷酸，其中X4是-C(O)＝，其中该氧原子形成分子内氢键。
185.如权利要求148-167中任一项所述的寡核苷酸，其中X4是-C(O)＝，其中该氧原子与同一核碱基内的氢形成氢键。
186.如权利要求155-185中任一项所述的寡核苷酸，其中X5是-C(RB5)2-。
187.如权利要求155-185中任一项所述的寡核苷酸，其中X5是任选地经取代的-CH2-。
188.如权利要求155-185中任一项所述的寡核苷酸，其中X5是-CH2-。
189.如权利要求155-185中任一项所述的寡核苷酸，其中X5是-C(RB5)＝。
190.如权利要求155-185中任一项所述的寡核苷酸，其中X5是任选地经取代的-C(-NO2)＝。
191.如权利要求155-185中任一项所述的寡核苷酸，其中X5是任选地经取代的-CH＝。
192.如权利要求155-185中任一项所述的寡核苷酸，其中X5是-CH＝。
193.如权利要求155-185中任一项所述的寡核苷酸，其中X5是-C(-LB5-RB51)＝，其中RB51是-R′、-N(R′)2、-OR′或-SR′。
194.如权利要求155-185中任一项所述的寡核苷酸，其中X5是-C(-LB5-RB51)＝，其中RB51是-N(R′)2、-OR′或-SR′。
195.如权利要求155-185中任一项所述的寡核苷酸，其中X5是-C(-LB5-RB51)＝，其中RB51是-NHR’。
196.如权利要求193-195中任一项所述的寡核苷酸，其中LB5是或包含-C(O)。
197.如权利要求155-185中任一项所述的寡核苷酸，其中X5是-N＝。
198.如权利要求195-196中任一项所述的寡核苷酸，其中X4是-C(O)＝，其中氧原子与RB51中的-NHR′、-OH或-SH的氢形成氢键。
199.如权利要求140-151中任一项所述的寡核苷酸，其中环BA具有式BA-IV的结构。
200.如权利要求140-151中任一项所述的寡核苷酸，其中环BA具有式BA-IV-a的结构。
201.如权利要求140-151中任一项所述的寡核苷酸，其中环BA具有式BA-IV-b的结构。
202.如权利要求140-151中任一项所述的寡核苷酸，其中环BA具有式BA-V的结构。
203.如权利要求140-151中任一项所述的寡核苷酸，其中环BA具有式BA-V-a的结构。
204.如权利要求140-151中任一项所述的寡核苷酸，其中环BA具有式BA-V-b的结构。
205.如权利要求140-151中任一项所述的寡核苷酸，其中环BA具有式BA-VI的结构。
206.如权利要求199-205中任一项所述的寡核苷酸，其中当X1、X2、X3、X4、X5、X6、X1’、X2’、X3’、X4’、X5’、X6’和X7’是CH＝、-C(OH)＝、-C(-NH2)＝、-CH2-、-C(＝NH)-或-NH时，它们各自独立地且任选地经取代。
207.如权利要求199-206中任一项所述的寡核苷酸，其中X1是-N(-)-。
208.如权利要求199-206中任一项所述的寡核苷酸，其中X1是-C(-)＝。
209.如权利要求199-208中任一项所述的寡核苷酸，其中X2是任选地经取代的-CH＝。
210.如权利要求199-208中任一项所述的寡核苷酸，其中X2是-CH＝。
211.如权利要求199-208中任一项所述的寡核苷酸，其中X2是-C(O)-。
212.如权利要求199-211中任一项所述的寡核苷酸，其中X3是-NR’-。
213.如权利要求199-211中任一项所述的寡核苷酸，其中X3是任选地经取代的-NH-。
214.如权利要求199-211中任一项所述的寡核苷酸，其中X3是-NH-。
215.如权利要求199-214中任一项所述的寡核苷酸，其中环BAA是5元的。
216.如权利要求199-214中任一项所述的寡核苷酸，其中环BAA是6元的。
217.如权利要求199-216中任一项所述的寡核苷酸，其中环BAA是具有1-3个杂原子的任选地经取代的环。
218.如权利要求217所述的寡核苷酸，其中杂原子是氮。
219.如权利要求217-218中任一项所述的寡核苷酸，其中环BAA含有两个氮。
220.如权利要求217-218中任一项所述的寡核苷酸，其中杂原子是氧。
221.如权利要求158-220中任一项所述的寡核苷酸，其中X6是-C(RB6)＝、-C(ORB6)＝、-C(RB6)2-或-C(O)-。
222.如权利要求158-220中任一项所述的寡核苷酸，其中X6是-C(R)＝、-C(R)2-或-C(O)-。
223.如权利要求158-220中任一项所述的寡核苷酸，其中X6是任选地经取代的-CH＝。
224.如权利要求158-220中任一项所述的寡核苷酸，其中X6是-CH＝。
225.如权利要求158-220中任一项所述的寡核苷酸，其中X6是任选地经取代的-CH2-。
226.如权利要求158-220中任一项所述的寡核苷酸，其中X6是-CH2-。
227.如权利要求158-220中任一项所述的寡核苷酸，其中X6是-C(O)-。
228.如权利要求131-147中任一项所述的寡核苷酸，其中环BA包含
229.如权利要求140-147或228中任一项所述的寡核苷酸，其中环BA具有式BA-VI的结构。
230.如权利要求228所述的寡核苷酸，其中X1’是-N(-)-。
231.如权利要求228所述的寡核苷酸，其中X1’是-C(-)＝。
232.如权利要求228-231中任一项所述的寡核苷酸，其中X2’是-C(O)-。
233.如权利要求228-231中任一项所述的寡核苷酸，其中X2’是任选地经取代的-CH＝。
234.如权利要求228-231中任一项所述的寡核苷酸，其中X2’是-CH＝。
235.如权利要求228-231中任一项所述的寡核苷酸，其中X2’是-C(-)＝。
236.如权利要求228-234中任一项所述的寡核苷酸，其中X3’是-NR’-。
237.如权利要求228-234中任一项所述的寡核苷酸，其中X3’是任选地经取代的-NH-。
238.如权利要求228-234中任一项所述的寡核苷酸，其中X3’是-NH-。
239.如权利要求228-234中任一项所述的寡核苷酸，其中X3’是-N＝。
240.如权利要求228-239中任一项所述的寡核苷酸，其中X4’是-C(O)＝。
241.如权利要求228-239中任一项所述的寡核苷酸，其中X4’是-C(ORB4’)＝。
242.如权利要求228-239中任一项所述的寡核苷酸，其中X4’是-C(RB4’)＝。
243.如权利要求228-239中任一项所述的寡核苷酸，其中X4’是任选地经取代的-CH＝。
244.如权利要求228-239中任一项所述的寡核苷酸，其中X4’是-CH＝。
245.如权利要求228-239中任一项所述的寡核苷酸，其中X4’是-C(-N(RB4’)2)＝。
246.如权利要求228-239中任一项所述的寡核苷酸，其中X4’是任选地经取代的-C(-NH2)＝。
247.如权利要求228-239中任一项所述的寡核苷酸，其中X4’是-C(-NH2)＝。
248.如权利要求228-239中任一项所述的寡核苷酸，其中X4’是-C(-N＝CHN(CH3)2)＝。
249.如权利要求228-239中任一项所述的寡核苷酸，其中X4’是一C(-NC(O)R’)＝。
250.如权利要求228-249中任一项所述的寡核苷酸，其中X5’是任选地经取代的-NH-。
251.如权利要求228-249中任一项所述的寡核苷酸，其中X5’是-NH-。
252.如权利要求228-249中任一项所述的寡核苷酸，其中X5’是-N＝。
253.如权利要求228-249中任一项所述的寡核苷酸，其中X5’是-C(RB5’)＝。
254.如权利要求228-249中任一项所述的寡核苷酸，其中X5’是任选地经取代的-CH＝。
255.如权利要求228-249中任一项所述的寡核苷酸，其中X5’是-CH＝。
256.如权利要求228-255中任一项所述的寡核苷酸，其中X6’是-C(RB6’)＝。
257.如权利要求228-255中任一项所述的寡核苷酸，其中X6’是任选地经取代的-CH＝。
258.如权利要求228-255中任一项所述的寡核苷酸，其中X6’是-CH＝。
259.如权利要求228-255中任一项所述的寡核苷酸，其中X6’是-C(O)＝。
260.如权利要求228-255中任一项所述的寡核苷酸，其中X6’是-C(ORB6’)＝。
261.如权利要求228-255中任一项所述的寡核苷酸，其中X6’是-C(OR’)＝。
262.如权利要求228-261中任一项所述的寡核苷酸，其中X7’是-C(RB7’)＝。
263.如权利要求228-261中任一项所述的寡核苷酸，其中X7’是任选地经取代的-CH＝。
264.如权利要求228-261中任一项所述的寡核苷酸，其中X7’是-CH＝。
265.如权利要求228-261中任一项所述的寡核苷酸，其中X7’是任选地经取代的-NH-。
266.如权利要求228-261中任一项所述的寡核苷酸，其中X7’是-NH-。
267.如权利要求228-261中任一项所述的寡核苷酸，其中X7’是-N＝。
268.如权利要求140-147中任一项所述的寡核苷酸，其中环BA是
269.如权利要求140-147中任一项所述的寡核苷酸，其中环BA是
270.如权利要求140-147中任一项所述的寡核苷酸，其中环BA是
271.如权利要求140-147中任一项所述的寡核苷酸，其中环BA是其中R’是-C(O)R。
272.如权利要求140-147中任一项所述的寡核苷酸，其中环BA是其中R’是-C(O)Ph。
273.如权利要求140-147中任一项所述的寡核苷酸，其中环BA是
274.如权利要求140-147中任一项所述的寡核苷酸，其中环BA是
275.如权利要求140-147中任一项所述的寡核苷酸，其中环BA是
276.如权利要求140-147中任一项所述的寡核苷酸，其中环BA是
277.如权利要求140-147中任一项所述的寡核苷酸，其中环BA是
278.如权利要求140-147中任一项所述的寡核苷酸，其中环BA是
279.如权利要求140-147中任一项所述的寡核苷酸，其中环BA是
280.如权利要求140-147中任一项所述的寡核苷酸，其中环BA是
281.如权利要求140-147中任一项所述的寡核苷酸，其中环BA是
282.如权利要求140-147中任一项所述的寡核苷酸，其中环BA是
283.如权利要求140-147中任一项所述的寡核苷酸，其中环BA是
284.如权利要求140-147中任一项所述的寡核苷酸，其中环BA是
285.如权利要求140-147中任一项所述的寡核苷酸，其中环BA是
286.如权利要求140-147中任一项所述的寡核苷酸，其中环BA是
287.如权利要求140-147中任一项所述的寡核苷酸，其中环BA是
288.如权利要求140-147中任一项所述的寡核苷酸，其中环BA是
289.如权利要求140-147中任一项所述的寡核苷酸，其中环BA是
290.如权利要求140-147中任一项所述的寡核苷酸，其中环BA是
291.如权利要求140-147中任一项所述的寡核苷酸，其中环BA是
292.如权利要求140-147中任一项所述的寡核苷酸，其中环BA是
293.如权利要求140-147中任一项所述的寡核苷酸，其中环BA是
294.如权利要求140-147中任一项所述的寡核苷酸，其中环BA是
295.如权利要求140-294中任一项所述的寡核苷酸，其中核碱基是环BA或其互变异构体。
296.如权利要求140-294中任一项所述的寡核苷酸，其中核碱基是经取代的环BA或其互变异构体。
297.如权利要求140-294中任一项所述的寡核苷酸，其中核碱基是任选地经取代的环BA或其互变异构体，其中每个环-CH＝、-CH2-和-NH-任选地且独立地被取代。
298.如权利要求140-294中任一项所述的寡核苷酸，其中核碱基是任选地经取代的环BA或其互变异构体，其中每个环-CH＝和-CH2-任选地且独立地被取代。
299.如权利要求140-294中任一项所述的寡核苷酸，其中核碱基是任选地经取代的环BA或其互变异构体，其中每个环-CH＝任选地且独立地被取代。
300.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第二结构域包含约1-50个(例如，约5、6、7、8、9或10-约10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个，或约5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个等，约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个等)独立地具有不是2′-F的修饰的经修饰的糖。
301.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第二结构域中约5％-100％(例如，约10％-100％、20-100％、30％-100％、40％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等)的糖独立地是具有不是2′-F的修饰的经修饰的糖。
302.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第二结构域中约50％-100％(例如，约50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等)的糖独立地是具有不是2′-F的修饰的经修饰的糖。
303.如权利要求136-302中任一项所述的寡核苷酸，其中该经修饰的糖独立地选自双环糖(例如，LNA糖)、无环糖(例如，UNA糖)、具有2′-OR修饰的糖或具有2′-N(R)2修饰的糖，其中每个R独立地是任选地经取代的C1-6脂肪族基。
304.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第二结构域包含一个或多个(例如，约1-20，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个等)包含2’-F修饰的经修饰的糖。
305.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第二结构域包含一个或多个(例如，约1-20，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个等)包含2′-OR修饰的经修饰的糖，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。
306.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第二结构域包含一个或多个(例如，约1-20，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个等)包含2’-OMe修饰的经修饰的糖。
307.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第二结构域包含一个或多个(例如，约1-20，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个等)包含2′-N(R)2修饰的经修饰的糖，其中每个R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。
308.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第二结构域包含一个或多个(例如，约1-20，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个等)包含2’-NH2修饰的经修饰的糖。
309.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第二结构域包含一个或多个(例如，约1-20，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个等)LNA糖。
310.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第二结构域包含一个或多个(例如，约1-20，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个等)无环糖(例如，UNA糖)。
311.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第二结构域包含一个或多个(例如，约1-20，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个等)包含2’-F修饰的经修饰的糖。
312.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第二结构域包含一个或多个(例如，约1-20，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个等)包含2’-OH的糖。
313.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第二结构域包含一个或多个(例如，约1-20，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个等)包含两个2’-H的糖。
314.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第二结构域包含约1-50个(例如，约5、6、7、8、9或10-约10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个，或约5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个等，约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个等)经修饰的核苷酸间键联。
315.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第二结构域中约5％-100％(例如，约10％-100％、20-100％、30％-100％、40％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等)的核苷酸间键联是经修饰的核苷酸间键联。
316.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第二结构域中约50％-100％(例如，约50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等)的核苷酸间键联是经修饰的核苷酸间键联。
317.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中每个经修饰的核苷酸间键联独立地是手性核苷酸间键联。
318.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中每个经修饰的核苷酸间键联独立地是硫代磷酸酯核苷酸间键联或不带负电荷的核苷酸间键联。
319.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中每个经修饰的核苷酸间键联独立地是硫代磷酸酯核苷酸间键联或中性核苷酸间键联。
320.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第二结构域包含一个或多个硫代磷酸酯核苷酸间键联。
321.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第二结构域包含1、2、3、4或5个PN键联。
322.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第二结构域的最后一个核苷与倒数第二个核苷之间的核苷酸间键联是PN键联。
323.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第二结构域的第一核苷与第二核苷之间的核苷酸间键联是PN键联。
324.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第二结构域包含1、2、3、4或5个不带负电荷的核苷酸间键联。
325.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第二结构域的最后一个核苷与倒数第二个核苷之间的核苷酸间键联是不带负电荷的核苷酸间键联。
326.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第二结构域的第一核苷与第二核苷之间的核苷酸间键联是不带负电荷的核苷酸间键联。
327.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第二结构域中的至少约1-50个(例如，约5、6、7、8、9或10-约10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个，或约5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个等，约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个等)手性核苷酸间键联是手性控制的。
328.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第二结构域中至少5％-100％(例如，约10％-100％、20％-100％、30％-100％、40％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等)的手性核苷酸间键联是手性控制的。
329.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第二结构域的最后一个核苷与倒数第二个核苷之间的核苷酸间键联是手性控制的。
330.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第二结构域的第一核苷与第二核苷之间的核苷酸间键联是手性控制的。
331.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中每个手性核苷酸间键联独立地是手性控制的核苷酸间键联。
332.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第二结构域中的至少约1-50个(例如，约5、6、7、8、9或10-约10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个，或约5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个等，约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个等)手性核苷酸间键联是Sp。
333.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第二结构域中至少5％-100％(例如，约10％-100％、20-100％、30％-100％、40％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等)的手性核苷酸间键联是Sp，或者其中该第二结构域中的每个手性核苷酸间键联是Sp。
334.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第二结构域的第一核苷与第二核苷之间的核苷酸间键联是Rp。
335.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第二结构域的最后一个核苷与倒数第二个核苷之间的核苷酸间键联是Rp。
336.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第二结构域中的每个核苷酸间键联独立地是经修饰的核苷酸间键联。
337.如权利要求1-335中任一项所述的寡核苷酸，其中该第二结构域包含一个或多个天然磷酸酯键联。
338.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第二结构域能够将ADAR蛋白募集到靶核酸，或促进或有助于将ADAR蛋白募集到靶核酸。
339.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第二结构域能够使ADAR蛋白与靶核酸相互作用，或促进或有助于ADAR蛋白与靶核酸相互作用。
340.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第二结构域与具有酶活性的结构域接触。
341.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第二结构域与ADAR1的具有脱氨酶活性的结构域接触。
342.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第二结构域与ADAR2的具有脱氨酶活性的结构域接触。
343.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第二结构域从5′到3′包含第一子结构域、第二子结构域和第三子结构域，或由这些结构域组成。
344.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第二结构域从5′到3′由第一子结构域、第二子结构域和第三子结构域组成。
345.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第一子结构域具有约1-50个(例如，约5、6、7、8、9或10-约10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个，或约5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个等)核碱基的长度。
346.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第一子结构域具有约10-20个(例如，约10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个)核碱基的长度。
347.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中当该寡核苷酸与靶核酸进行互补性比对时，该第一子结构域包含一个或多个(例如，1-10，1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个等)错配。
348.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中当该寡核苷酸与靶核酸进行互补性比对时，该第一子结构域包含两个或更多个错配。
349.如权利要求1-347中任一项所述的寡核苷酸，其中当该寡核苷酸与靶核酸进行互补性比对时，该第一子结构域包含一个且不多于一个错配。
350.如权利要求1-347中任一项所述的寡核苷酸，其中当该寡核苷酸与靶核酸进行互补性比对时，该第一子结构域包含两个且不多于两个错配。
351.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中当该寡核苷酸与靶核酸进行互补性比对时，该第一子结构域包含一个或多个(例如，1-10，1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个等)凸起。
352.如权利要求351所述的寡核苷酸，其中每个凸起独立地包含一个或多个不是沃森-克里克或摆动对的碱基对。
353.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中当该寡核苷酸与靶核酸进行互补性比对时，该第一子结构域包含一个或多个(例如，1-10，1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个等)摆动对。
354.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中当该寡核苷酸与靶核酸进行互补性比对时，该第一子结构域包含两个或更多个摆动对。
355.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中当该寡核苷酸与靶核酸进行互补性比对时，该第一子结构域包含两个且不多于两个摆动对。
356.如权利要求1-345中任一项所述的寡核苷酸，其中该第一子结构域与靶核酸完全互补。
357.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第一子结构域包含约1-50个(例如，约5、6、7、8、9或10-约10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个，或约5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个等，约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个等)独立地具有不是2′-F的修饰的经修饰的糖。
358.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第一子结构域中约5％-100％(例如，约10％-100％、20-100％、30％-100％、40％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等)的糖独立地是具有不是2′-F的修饰的经修饰的糖。
359.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第一子结构域中约50％-100％(例如，约50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等)的糖独立地是具有不是2′-F的修饰的经修饰的糖。
360.如权利要求357-359中任一项所述的寡核苷酸，其中该第一子结构域包含约1-50个(例如，约5、6、7、8、9或10-约10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个，或约5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个等，约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个等)经修饰的糖，其独立地选自双环糖(例如，LNA糖)、无环糖(例如，UNA糖)、具有2′-OR修饰的糖或具有2′-N(R)2修饰的糖，其中每个R独立地是任选地经取代的C1-6脂肪族基。
361.如权利要求357-359中任一项所述的寡核苷酸，其中该第一子结构域中约5％-100％(例如，约10％-100％、20-100％、30％-100％、40％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等)的糖独立地是选自双环糖(例如，LNA糖)、无环糖(例如，UNA糖)、具有2′-OR修饰的糖或具有2′-N(R)2修饰的糖的经修饰的糖，其中每个R独立地是任选地经取代的C1-6脂肪族基。
362.如权利要求357-359中任一项所述的寡核苷酸，其中该第一子结构域中约50％-100％(例如，约50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等)的糖独立地是选自双环糖(例如，LNA糖)、无环糖(例如，UNA糖)、具有2’-OR修饰的糖或具有2’-N(R)2修饰的糖的经修饰的糖，其中每个R独立地是任选地经取代的C1-6脂肪族基。
363.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第一子结构域包含一个或多个(例如，约1-20，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个等)包含2′-N(R)2修饰的经修饰的糖，其中每个R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。
364.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第一子结构域包含一个或多个(例如，约1-20，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个等)包含2’-NH2修饰的经修饰的糖。
365.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第一子结构域包含一个或多个(例如，约1-20，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个等)LNA糖。
366.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第一子结构域包含一个或多个(例如，约1-20，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个等)无环糖(例如，UNA糖)。
367.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第一子结构域包含一个或多个(例如，约1-20，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个等)包含2’-F修饰的经修饰的糖。
368.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第一子结构域包含一个或多个(例如，约1-20，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个等)包含2’-OH的糖。
369.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第一子结构域包含一个或多个(例如，约1-20，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个等)包含两个2’-H的糖。
370.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第一子结构域包含一个或多个(例如，约1-20，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个等)包含2′-OR修饰的经修饰的糖，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。
371.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第一子结构域包含一个或多个(例如，约1-20，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个等)包含2’-OMe修饰的经修饰的糖。
372.如权利要求343-362中任一项所述的寡核苷酸，其中该第一子结构域中的每个糖独立地包含2′-OR修饰，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基，或2′-O-LB-4′修饰。
373.如权利要求372所述的寡核苷酸，其中该第一子结构域中的每个糖独立地包含2′-OR修饰，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基，或2′-O-LB-4′修饰，其中LB是任选地经取代的-CH2-。
374.如权利要求372所述的寡核苷酸，其中该第一子结构域中的每个糖独立地包含2′-OMe。
375.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第一子结构域包含长度为约3-8个核碱基的5’-末端部分。
376.如权利要求375所述的寡核苷酸，其中该5’-末端部分具有约3-6个核碱基的长度。
377.如权利要求375或376所述的寡核苷酸，其中该5’-末端部分包含该第一子结构域的5′-末端核碱基。
378.如权利要求375-377中任一项所述的寡核苷酸，其中该5’-末端部分中的一种或多种糖是独立地经修饰的糖。
379.如权利要求378所述的寡核苷酸，其中该经修饰的糖独立地选自双环糖(例如，LNA糖)、无环糖(例如，UNA糖)、具有2′-OR修饰的糖或具有2′-N(R)2修饰的糖，其中每个R独立地是任选地经取代的C1-6脂肪族基。
380.如权利要求378所述的寡核苷酸，其中一个或多个该经修饰的糖独立地包含2′-F或2′-OR，其中R独立地是任选地经取代的C1-6脂肪族基。
381.如权利要求378所述的寡核苷酸，其中一个或多个经修饰的糖独立地是2′-F或2′-OMe。
382.如权利要求375-381中任一项所述的寡核苷酸，其中该5’-末端部分包含一个或多个错配。
383.如权利要求375-382中任一项所述的寡核苷酸，其中该5’-末端部分包含一个或多个摆动。
384.如权利要求375-383中任一项所述的寡核苷酸，其中该5’-末端部分与靶核酸约60％-100％(例如，66％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或更多)互补。
385.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第一子结构域包含长度为约3-8个核碱基的3’-末端部分。
386.如权利要求385所述的寡核苷酸，其中该3’-末端部分具有约1-3个核碱基的长度。
387.如权利要求385或386所述的寡核苷酸，其中该3’-末端部分包含该第一子结构域的3′-末端核碱基。
388.如权利要求385-387中任一项所述的寡核苷酸，其中该3’-末端部分中的一种或多种糖是独立地经修饰的糖。
389.如权利要求388所述的寡核苷酸，其中该经修饰的糖独立地选自双环糖(例如，LNA糖)、无环糖(例如，UNA糖)、具有2′-OR修饰的糖或具有2′-N(R)2修饰的糖，其中每个R独立地是任选地经取代的C1-6脂肪族基。
390.如权利要求388所述的寡核苷酸，其中一个或多个经修饰的糖独立地包含2′-F。
391.如权利要求388-390中任一项所述的寡核苷酸，其中没有经修饰的糖包含2′-OMe。
392.如权利要求385-391中任一项所述的寡核苷酸，其中该3′-末端部分的每个糖独立地包含两个2′-H或2′-F修饰。
393.如权利要求375-381中任一项所述的寡核苷酸，其中该3’-末端部分包含一个或多个错配。
394.如权利要求375-382中任一项所述的寡核苷酸，其中该3’-末端部分包含一个或多个摆动。
395.如权利要求375-383中任一项所述的寡核苷酸，其中该3’-末端部分与靶核酸约60％-100％(例如，66％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或更多)互补。
396.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第一子结构域包含约1-50个(例如，约5、6、7、8、9或10-约10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个，或约5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个等，约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个等)经修饰的核苷酸间键联。
397.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第一子结构域中约5％-100％(例如，约10％-100％、20-100％、30％-100％、40％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等)的核苷酸间键联是经修饰的核苷酸间键联。
398.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第一子结构域中约50％-100％(例如，约50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等)的核苷酸间键联是经修饰的核苷酸间键联。
399.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中每个经修饰的核苷酸间键联独立地是手性核苷酸间键联。
400.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第一子结构域的第一核苷与第二核苷之间的核苷酸间键联是不带负电荷的核苷酸间键联。
401.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中每个经修饰的核苷酸间键联独立地是硫代磷酸酯核苷酸间键联或不带负电荷的核苷酸间键联。
402.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第一子结构域的第一核苷与第二核苷之间的核苷酸间键联是PN键联。
403.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中每个经修饰的核苷酸间键联独立地是硫代磷酸酯核苷酸间键联或PN键联。
404.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中每个经修饰的核苷酸间键联独立地是硫代磷酸酯核苷酸间键联或中性核苷酸间键联。
405.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第一子结构域中的至少约1-50个(例如，约5、6、7、8、9或10-约10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个，或约5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个等，约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个等)手性核苷酸间键联是手性控制的。
406.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第一子结构域中至少5％-100％(例如，约10％-100％、20％-100％、30％-100％、40％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等)的手性核苷酸间键联是手性控制的。
407.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第一子结构域的第一核苷与第二核苷之间的核苷酸间键联是手性控制的。
408.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中每个手性核苷酸间键联独立地是手性控制的核苷酸间键联。
409.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第一子结构域中的至少约1-50个(例如，约5、6、7、8、9或10-约10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个，或约5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个等，约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个等)手性核苷酸间键联是Sp。
410.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第一子结构域中至少5％-100％(例如，约10％-100％、20％-100％、30％-100％、40％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等)的手性核苷酸间键联是Sp。
411.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第一子结构域中的每个手性核苷酸间键联是Sp。
412.如权利要求1-411中任一项所述的寡核苷酸，其中该第一子结构域的第一核苷与第二核苷之间的核苷酸间键联是Rp。
413.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第一子结构域中的每个核苷酸间键联独立地是经修饰的核苷酸间键联。
414.如权利要求1-412中任一项所述的寡核苷酸，其中该第一子结构域包含一个或多个天然磷酸酯键联。
415.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第一子结构域能够将ADAR蛋白募集到靶核酸，或促进或有助于将ADAR蛋白募集到靶核酸。
416.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第一子结构域能够使ADAR蛋白与靶核酸相互作用，或促进或有助于ADAR蛋白与靶核酸相互作用。
417.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第一子结构域与具有酶活性的结构域接触。
418.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第一子结构域与ADAR1的具有脱氨酶活性的结构域接触。
419.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第一子结构域与ADAR2的具有脱氨酶活性的结构域接触。
420.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第一子结构域具有约1-10个(例如，约1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个)核碱基的长度。
421.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第二子结构域具有约1-5个(例如，约1、2、3、4或5个)核碱基的长度。
422.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第二子结构域具有约1、2或3个核碱基的长度。
423.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第二子结构域具有3个核碱基的长度。
424.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第二子结构域包含与靶腺苷相反的核苷。
425.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第二结构域包含一个且不多于一个与靶腺苷相反的核苷。
426.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中当该寡核苷酸与靶核酸进行互补性比对时，该第二子结构域包含一个或多个(例如，1-10，1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个等)错配。
427.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中当该寡核苷酸与靶核酸进行互补性比对时，该第二子结构域包含两个或更多个错配。
428.如权利要求1-426中任一项所述的寡核苷酸，其中当该寡核苷酸与靶核酸进行互补性比对时，该第二子结构域包含一个且不多于一个错配。
429.如权利要求1-426中任一项所述的寡核苷酸，其中当该寡核苷酸与靶核酸进行互补性比对时，该第二子结构域包含两个且不多于两个错配。
430.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中当该寡核苷酸与靶核酸进行互补性比对时，该第二子结构域包含一个或多个(例如，1-10，1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个等)凸起。
431.如权利要求430所述的寡核苷酸，其中每个凸起独立地包含一个或多个不是沃森-克里克或摆动对的碱基对。
432.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中当该寡核苷酸与靶核酸进行互补性比对时，该第二子结构域包含一个或多个(例如，1-10，1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个等)摆动对。
433.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中当该寡核苷酸与靶核酸进行互补性比对时，该第二子结构域包含两个或更多个摆动对。
434.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中当该寡核苷酸与靶核酸进行互补性比对时，该第二子结构域包含两个且不多于两个摆动对。
435.如权利要求1-425中任一项所述的寡核苷酸，其中该第二子结构域与靶核酸完全互补。
436.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第二子结构域包含一个或多个包含两个2′-H的糖(例如，天然DNA糖)。
437.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第二子结构域包含一个或多个包含2’-OH的糖(例如，天然RNA糖)。
438.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第二子结构域包含约1-10个(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个)经修饰的糖。
439.如权利要求438所述的寡核苷酸，其中每个经修饰的糖独立地选自双环糖(例如，LNA糖)、无环糖(例如，UNA糖)、具有2′-OR修饰的糖或具有2′-N(R)2修饰的糖，其中每个R独立地是任选地经取代的C1-6脂肪族基。
440.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第二子结构域不含包含2’-OMe修饰的经修饰的糖。
441.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第二子结构域不合包含2′-OR修饰的经修饰的糖，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。
442.如权利要求438所述的寡核苷酸，其中每个2’-修饰的糖是包含2’-F修饰的糖。
443.如权利要求1-441中任一项所述的寡核苷酸，其中该相反核苷的糖是无环糖(例如，UNA糖)。
444.如权利要求1-441中任一项所述的寡核苷酸，其中该相反核苷的糖包含两个2’-H。
445.如权利要求1-441中任一项所述的寡核苷酸，其中该相反核苷的糖包含2′-OH。
446.如权利要求1-441中任一项所述的寡核苷酸，其中该相反核苷的糖是天然DNA糖。
447.如权利要求1-441中任一项所述的寡核苷酸，其中该相反核苷的糖是[thpyr]。
448.如权利要求1-441中任一项所述的寡核苷酸，其中该相反核苷的糖是[fana]。
449.如权利要求1-441中任一项所述的寡核苷酸，其中该相反核苷的糖是经修饰的。
450.如权利要求1-441中任一项所述的寡核苷酸，其中该相反核苷的糖包含2’-F。
451.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中与该相反核苷5’-相邻的核苷的糖(5’-...N1N0...3’中的N1的糖，其中当与靶标比对时，N0与靶腺苷相反)包含两个2’-H。
452.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中与该相反核苷5’-相邻的核苷的糖(5’-...N1N0...3’中的N1的糖，其中当与靶标比对时，N0与靶腺苷相反)包含2’-OH。
453.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中与该相反核苷5’-相邻的核苷的糖(5’-...N1N0...3’中的N1的糖，其中当与靶标比对时，N0与靶腺苷相反)是天然DNA糖。
454.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中与该相反核苷5′-相邻的核苷的糖(5′-...N1N0...3′中的N1的糖，其中当与靶标比对时，N0与靶腺苷相反)包含2′-F。
455.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中与该相反核苷3′-相邻的核苷的糖(5′-...N0N-1...3′中的N-1的糖，其中当与靶标比对时，N0与靶腺苷相反)包含两个2′-H。
456.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中与该相反核苷3′-相邻的核苷的糖(5′-...N0N-1...3′中的N-1的糖，其中当与靶标比对时，N0与靶腺苷相反)包含2′-OH。
457.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中与该相反核苷3′-相邻的核苷的糖(5′-...N0N-1...3′中的N-1的糖，其中当与靶标比对时，N0与靶腺苷相反)是天然DNA糖。
458.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中与该相反核苷3’-相邻的核苷的糖(5’-...N0N-1...3’中的N-1的糖，其中当与靶标比对时，N0与靶腺苷相反)是[thpyr]。
459.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中与该相反核苷3’-相邻的核苷的糖(5’-...N0N-1...3’中的N-1的糖，其中当与靶标比对时，N0与靶腺苷相反)是[fana]。
460.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中与该相反核苷3’-相邻的核苷的糖(5’-...N0N-1...3’中的N-1的糖，其中当与靶标比对时，N0与靶腺苷相反)包含2’-F。
461.如权利要求1-441中任一项所述的寡核苷酸，其中该相反核苷的糖、与该相反核苷5′-相邻的核苷的糖(5′-...N1N0...3′中的N1的糖，其中当与靶标比对时，N0与靶腺苷相反)和与相反核苷3′-相邻的核苷的糖(5′-...N0N-1...3′中的N-1的糖，其中当与靶标比对时，N0与靶腺苷相反)各自独立地是天然DNA糖。
462.如权利要求1-441中任一项所述的寡核苷酸，其中该相反核苷的糖是天然DNA糖，与该相反核苷5′-相邻的核苷的糖(5′-...N1N0...3′中的N1的糖，其中当与靶标比对时，N0与靶腺苷相反)是2′-F修饰的糖，并且与该相反核苷3′-相邻的核苷的糖(5′-...N0N- 1...3′中的N-1的糖，其中当与靶标比对时，N0与靶腺苷相反)是天然DNA糖。
463.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第二子结构域包含连接到该相反核苷的5’-侧的5’-末端部分。
464.如权利要求460所述的寡核苷酸，其中当与靶核酸进行互补性比对时，该5′-末端部分包含一个或多个错配或摆动。
465.如权利要求460或464所述的寡核苷酸，其中该5’-末端部分具有1、2或3个核碱基的长度。
466.如权利要求460-465中任一项所述的寡核苷酸，其中该5′-末端部分的糖选自具有两个2′-H的糖(例如，天然DNA糖)和2′-F修饰的糖。
467.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第二子结构域包含连接到该相反核苷的3′-侧的3′-末端部分。
468.如权利要求467所述的寡核苷酸，其中当与靶核酸进行互补性比对时，该3′-末端部分包含一个或多个错配或摆动。
469.如权利要求467所述的寡核苷酸，其中当与靶核酸进行互补性比对时，该3′-末端部分包含一个或多个错配和/或摆动。
470.如权利要求467所述的寡核苷酸，其中当与靶核酸进行互补性比对时，该3′-末端部分包含一个或多个摆动。
471.如权利要求467所述的寡核苷酸，其中该3′-末端部分包含I或其衍生物。
472.如权利要求467所述的寡核苷酸，其中当与靶核酸进行互补性比对时，该3′-末端部分包含I和I-C摆动。
473.如权利要求467-472中任一项所述的寡核苷酸，其中该3’-末端部分具有1、2或3个核碱基的长度。
474.如权利要求467-473中任一项所述的寡核苷酸，其中该3′-末端部分的糖选自具有两个2′-H的糖(例如，天然DNA糖)和2′-F修饰的糖。
475.如权利要求467-473中任一项所述的寡核苷酸，其中该3′-末端部分的糖是具有两个2′-H的糖(例如，天然DNA糖)。
476.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第二子结构域包含约1-10个(例如，约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个等)经修饰的核苷酸间键联。
477.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第二子结构域中约5％-100％(例如，约10％-100％、20-100％、30％-100％、40％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％，90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等)的核苷酸间键联是经修饰的核苷酸间键联。
478.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第二子结构域中约50％-100％(例如，约50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等)的核苷酸间键联是经修饰的核苷酸间键联。
479.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第二子结构域中的每个经修饰的核苷酸间键联独立地是手性核苷酸间键联。
480.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第二子结构域中的每个经修饰的核苷酸间键联独立地是硫代磷酸酯核苷酸间键联或PN键联。
481.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第二子结构域中的每个经修饰的核苷酸间键联独立地是硫代磷酸酯核苷酸间键联或不带负电荷的核苷酸间键联。
482.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第二子结构域中的每个经修饰的核苷酸间键联独立地是硫代磷酸酯核苷酸间键联或中性核苷酸间键联。
483.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第二子结构域中的至少约1-50个(例如，约5、6、7、8、9或10-约10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个，或约5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个等，约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个等)手性核苷酸间键联是手性控制的。
484.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第二子结构域中至少5％-100％(例如，约10％-100％、20％-100％、30％-100％、40％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等)的手性核苷酸间键联是手性控制的。
485.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第二子结构域中的每个手性核苷酸间键联独立地是手性控制的核苷酸间键联。
486.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第二子结构域中的至少约1-50个(例如，约5、6、7、8、9或10-约10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个，或约5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个等，约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个等)手性核苷酸间键联是Sp。
487.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第二子结构域中的至少约1-50个(例如，约5、6、7、8、9或10-约10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个，或约5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个等，约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个等)手性核苷酸间键联是Rp。
488.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第二子结构域中至少5％-100％(例如，约10％-100％、20％-100％、30％-100％、40％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等)的手性核苷酸间键联是Sp。
489.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第二子结构域中的每个手性核苷酸间键联是Sp。
490.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第二子结构域中的每个核苷酸间键联独立地是经修饰的核苷酸间键联。
491.如权利要求1-489中任一项所述的寡核苷酸，其中该第二子结构域包含一个或多个天然磷酸酯键联。
492.如权利要求1-489中任一项所述的寡核苷酸，其中该相反核苷通过天然磷酸酯键联与其5′紧邻核苷连接。
493.如权利要求1-491中任一项所述的寡核苷酸，其中该相反核苷通过经修饰的核苷酸间键联与其5′紧邻核苷连接。
494.如权利要求1-493中任一项所述的寡核苷酸，其中该相反核苷通过经修饰的核苷酸间键联与其3′紧邻核苷连接。
495.如权利要求1-494中任一项所述的寡核苷酸，其中与相反核苷(位置0)3′紧邻的核苷(位置-1)通过经修饰的核苷酸间键联连接到其3′紧邻核苷(位置-2)。
496.如权利要求493-495中任一项所述的寡核苷酸，其中该经修饰的核苷酸间键联是手性核苷酸间键联。
497.如权利要求493-496中任一项所述的寡核苷酸，其中该经修饰的核苷酸间键联是硫代磷酸酯核苷酸间键联。
498.如权利要求493-496中任一项所述的寡核苷酸，其中该经修饰的核苷酸间键联是PN键联。
499.如权利要求493-496中任一项所述的寡核苷酸，其中该经修饰的核苷酸间键联是不带负电荷的核苷酸间键联。
500.如权利要求493-496中任一项所述的寡核苷酸，其中该经修饰的核苷酸间键联是带中性电荷的核苷酸间键联。
501.如权利要求496-500中任一项所述的寡核苷酸，其中该手性核苷酸间键联是手性控制的。
502.如权利要求496-501中任一项所述的寡核苷酸，其中该手性核苷酸间键联是Rp。
503.如权利要求496-501中任一项所述的寡核苷酸，其中该手性核苷酸间键联是Sp。
504.如权利要求492-503中任一项所述的寡核苷酸，其中该5’紧邻核苷包含经修饰的糖。
505.如权利要求492-503中任一项所述的寡核苷酸，其中该5′紧邻核苷包含含有2′-F修饰的经修饰的糖。
506.如权利要求492-503中任一项所述的寡核苷酸，其中该5′紧邻核苷包含含有两个2′-H的糖(例如，天然DNA糖)。
507.如权利要求1-489和491-506中任一项所述的寡核苷酸，其中该相反核苷通过天然磷酸酯键联与其3′紧邻核苷连接。
508.如权利要求1-489和491-506中任一项所述的寡核苷酸，其中该相反核苷通过经修饰的核苷酸间键联与其3′紧邻核苷连接。
509.如权利要求508所述的寡核苷酸，其中该经修饰的核苷酸间键联是手性核苷酸间键联。
510.如权利要求508或509所述的寡核苷酸，其中该经修饰的核苷酸间键联是硫代磷酸酯核苷酸间键联。
511.如权利要求508或509所述的寡核苷酸，其中该经修饰的核苷酸间键联是PN键联。
512.如权利要求508或509所述的寡核苷酸，其中该经修饰的核苷酸间键联是不带负电荷的核苷酸间键联。
513.如权利要求508或509所述的寡核苷酸，其中该经修饰的核苷酸间键联是带中性电荷的核苷酸间键联。
514.如权利要求509-513中任一项所述的寡核苷酸，其中该手性核苷酸间键联是手性控制的。
515.如权利要求509-514中任一项所述的寡核苷酸，其中该手性核苷酸间键联是Rp。
516.如权利要求509-514中任一项所述的寡核苷酸，其中该手性核苷酸间键联是Sp。
517.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该3’紧邻核苷包含经修饰的糖。
518.如权利要求516所述的寡核苷酸，其中该3′紧邻核苷包含含有2′-F修饰的经修饰的糖。
519.如权利要求516所述的寡核苷酸，其中该3′紧邻核苷包含含有两个2′-H的糖(例如，天然DNA糖)。
520.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该3′-紧邻核苷包含不是G的碱基。
521.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该3’-紧邻核苷包含空间位阻小于G的碱基。
522.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该3′-紧邻核苷包含是或包含具有式BA-VI结构的环BA的核碱基。
523.如权利要求520-522中任一项所述的寡核苷酸，其中环BA是如权利要求230-299中任一项所述的环BA。
524.如权利要求520-523中任一项所述的寡核苷酸，其中该核碱基是
525.如权利要求520-523中任一项所述的寡核苷酸，其中该核碱基是
526.如权利要求520-523中任一项所述的寡核苷酸，其中该核碱基是次黄嘌呤。
527.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中靶核酸包含5′-CA-3′，其中A是靶腺苷。
528.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中5’紧邻核苷中的糖是或包含
529.如权利要求1-527中任一项所述的寡核苷酸，其中5’紧邻核苷中的糖是或包含
530.如权利要求1-527中任一项所述的寡核苷酸，其中5’紧邻核苷中的糖是或包含
531.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中与靶核苷相反的核苷中的糖是或包含
532.如权利要求1-530中任一项所述的寡核苷酸，其中与靶核苷相反的核苷中的糖是或包含
533.如权利要求1-530中任一项所述的寡核苷酸，其中与靶核苷相反的核苷中的糖是或包含
534.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中3’紧邻核苷中的糖是或包含
535.如权利要求1-533中任一项所述的寡核苷酸，其中3’紧邻核苷中的糖是或包含
536.如权利要求1-533中任一项所述的寡核苷酸，其中3’-紧邻核苷中的糖是或包含
537.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第二子结构域能够将ADAR蛋白募集到靶核酸，或促进或有助于将ADAR蛋白募集到靶核酸。
538.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第二子结构域能够使ADAR蛋白与靶核酸相互作用，或促进或有助于ADAR蛋白与靶核酸相互作用。
539.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第二子结构域与具有酶活性的结构域接触。
540.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第二子结构域与ADAR1的具有脱氨酶活性的结构域接触。
541.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第二子结构域与ADAR2的具有脱氨酶活性的结构域接触。
542.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第三子结构域具有约1-50个(例如，约5、6、7、8、9或10-约10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个，或约5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个等)核碱基的长度。
543.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第三子结构域具有约1-10个(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个)核碱基的长度。
544.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中当该寡核苷酸与靶核酸进行互补性比对时，该第三子结构域包含一个或多个(例如，1-10，1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个等)错配。
545.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中当该寡核苷酸与靶核酸进行互补性比对时，该第三子结构域包含两个或更多个错配。
546.如权利要求1-544中任一项所述的寡核苷酸，其中当该寡核苷酸与靶核酸进行互补性比对时，该第三子结构域包含一个且不多于一个错配。
547.如权利要求1-544中任一项所述的寡核苷酸，其中当该寡核苷酸与靶核酸进行互补性比对时，该第三子结构域包含两个且不多于两个错配。
548.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中当该寡核苷酸与靶核酸进行互补性比对时，该第三子结构域包含一个或多个(例如，1-10，1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个等)凸起。
549.如权利要求548所述的寡核苷酸，其中每个凸起独立地包含一个或多个不是沃森-克里克或摆动对的碱基对。
550.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中当该寡核苷酸与靶核酸进行互补性比对时，该第三子结构域包含一个或多个(例如，1-10，1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个等)摆动对。
551.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中当该寡核苷酸与靶核酸进行互补性比对时，该第三子结构域包含两个或更多个摆动对。
552.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中当该寡核苷酸与靶核酸进行互补性比对时，该第三子结构域包含两个且不多于两个摆动对。
553.如权利要求1-543中任一项所述的寡核苷酸，其中该第三子结构域与靶核酸完全互补。
554.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第三子结构域包含约1-50个(例如，约5、6、7、8、9或10-约10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个，或约5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个等，约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个等)独立地具有不是2′-F的修饰的经修饰的糖。
555.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第三子结构域中约5％-100％(例如，约10％-100％、20-100％、30％-100％、40％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等)的糖独立地是具有不是2′-F的修饰的经修饰的糖。
556.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第三子结构域中约50％-100％(例如，约50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等)的糖独立地是具有不是2′-F的修饰的经修饰的糖。
557.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第三子结构域包含约1-50个(例如，约5、6、7、8、9或10-约10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个，或约5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个等，约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个等)经修饰的糖，其独立地选自双环糖(例如，LNA糖)、无环糖(例如，UNA糖)、具有2′-OR修饰的糖或具有2′-N(R)2修饰的糖，其中每个R独立地是任选地经取代的C1-6脂肪族基。
558.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第三子结构域中约5％-100％(例如，约10％-100％、20-100％、30％-100％、40％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等)的糖独立地是选自双环糖(例如，LNA糖)、无环糖(例如，UNA糖)、具有2′-OR修饰的糖或具有2′-N(R)2修饰的糖的经修饰的糖，其中每个R独立地是任选地经取代的C1-6脂肪族基。
559.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第三子结构域中约50％-100％(例如，约50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等)的糖独立地是选自双环糖(例如，LNA糖)、无环糖(例如，UNA糖)、具有2’-OR修饰的糖或具有2’-N(R)2修饰的糖的经修饰的糖，其中每个R独立地是任选地经取代的C1-6脂肪族基。
560.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第三子结构域包含一个或多个(例如，约1-20，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个等)包含2′-N(R)2修饰的经修饰的糖，其中每个R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。
561.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第三子结构域包含一个或多个(例如，约1-20，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个等)包含2’-NH2修饰的经修饰的糖。
562.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第三子结构域包含一个或多个(例如，约1-20，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个等)LNA糖。
563.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第三子结构域包含一个或多个(例如，约1-20，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个等)无环糖(例如，UNA糖)。
564.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第三子结构域包含一个或多个(例如，约1-20，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个等)包含2’-F修饰的经修饰的糖。
565.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第三子结构域包含一个或多个(例如，约1-20，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个等)包含2’-OH的糖。
566.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第三子结构域包含一个或多个(例如，约1-20，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个等)包含两个2’-H的糖。
567.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第三子结构域包含一个或多个(例如，约1-20，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个等)包含2′-OR修饰的经修饰的糖，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。
568.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第三子结构域包含一个或多个(例如，约1-20，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个等)包含2’-OMe修饰的经修饰的糖。
569.如权利要求1-559中任一项所述的寡核苷酸，其中该第三子结构域中的每个糖独立地包含2′-OR修饰，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基，或2′-O-LB-4′修饰。
570.如权利要求569所述的寡核苷酸，其中该第三子结构域中的每个糖独立地包含2′-OR修饰，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基，或2′-O-LB-4′修饰，其中LB是任选地经取代的-CH2-。
571.如权利要求569所述的寡核苷酸，其中该第三子结构域中的每个糖独立地包含2′-OMe。
572.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第三子结构域包含长度为约1-8个核碱基的5’-末端部分。
573.如权利要求572所述的寡核苷酸，其中该5’-末端部分具有约1、2或3个核碱基的长度。
574.如权利要求572或573所述的寡核苷酸，其中该5’-末端部分与该第二子结构域键合。
575.如权利要求572-574中任一项所述的寡核苷酸，其中该5’-末端部分中的一种或多种糖是独立地经修饰的糖。
576.如权利要求575所述的寡核苷酸，其中该经修饰的糖独立地选自双环糖(例如，LNA糖)、无环糖(例如，UNA糖)、具有2′-OR修饰的糖或具有2′-N(R)2修饰的糖，其中每个R独立地是任选地经取代的C1-6脂肪族基。
577.如权利要求575所述的寡核苷酸，其中一个或多个经修饰的糖独立地包含2′-F。
578.如权利要求572-574中任一项所述的寡核苷酸，其中该5′-末端部分的一个或多个糖独立地包含两个2′-H(例如，天然DNA糖)。
579.如权利要求572-578中任一项所述的寡核苷酸，其中该5′-末端部分的一个或多个糖独立地包含2′-OH(例如，天然RNA糖)。
580.如权利要求572-574中任一项所述的寡核苷酸，其中该5′-末端部分的糖独立地包含两个2′-H(例如，天然DNA糖)或2′-OH(例如，天然RNA糖)。
581.如权利要求572-574中任一项所述的寡核苷酸，其中该5’-末端部分的糖独立地是天然DNA或RNA糖。
582.如权利要求572-581中任一项所述的寡核苷酸，其中该5’-末端部分包含一个或多个错配。
583.如权利要求572-582中任一项所述的寡核苷酸，其中该5’-末端部分包含一个或多个摆动。
584.如权利要求572-583中任一项所述的寡核苷酸，其中该5’-末端部分与靶核酸约60％-100％(例如，66％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或更多)互补。
585.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第三子结构域包含长度为约1-8个核碱基的3’-末端部分。
586.如权利要求585所述的寡核苷酸，其中该3’-末端部分具有约1、2、3或4个核碱基的长度。
587.如权利要求585或586所述的寡核苷酸，其中该3’-末端部分包含该第三子结构域的3′-末端核碱基。
588.如权利要求585-587中任一项所述的寡核苷酸，其中该3’-末端部分中的一种或多种糖是独立地经修饰的糖。
589.如权利要求588所述的寡核苷酸，其中该经修饰的糖独立地选自双环糖(例如，LNA糖)、无环糖(例如，UNA糖)、具有2′-OR修饰的糖或具有2′-N(R)2修饰的糖，其中每个R独立地是任选地经取代的C1-6脂肪族基。
590.如权利要求588-589中任一项所述的寡核苷酸，其中一个或多个经修饰的糖独立地包含2′-F。
591.如权利要求588-589中任一项所述的寡核苷酸，其中该第三子结构域中至少20％、25％、30％、35％、40％、50％、60％、70％、75％、80％、90％或95％的糖独立地包含2′-F。
592.如权利要求588-591中任一项所述的寡核苷酸，其中该3′-末端部分中的一个或多个糖独立地包含2′-OR修饰，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基，或2′-O-LB-4′修饰。
593.如权利要求592所述的寡核苷酸，其中该3’-末端部分中的每个糖独立地包含2′-OR修饰，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基，或2′-O-LB-4′修饰。
594.如权利要求592-593中任一项所述的寡核苷酸，其中LB是任选地经取代的-CH2-。
595.如权利要求592-593中任一项所述的寡核苷酸，其中LB是-CH2-。
596.如权利要求592所述的寡核苷酸，其中该3′-末端部分中的每个糖独立地包含2′-OMe。
597.如权利要求585-596中任一项所述的寡核苷酸，其中该3’-末端部分包含一个或多个错配。
598.如权利要求585-597中任一项所述的寡核苷酸，其中该3’-末端部分包含一个或多个摆动。
599.如权利要求585-598中任一项所述的寡核苷酸，其中该3’-末端部分与靶核酸约60％-100％(例如，66％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或更多)互补。
600.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第三子结构域包含约1-50个(例如，约5、6、7、8、9或10-约10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个，或约5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个等，约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个等)经修饰的核苷酸间键联。
601.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第三子结构域中约5％-100％(例如，约10％-100％、20-100％、30％-100％、40％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等)的核苷酸间键联是经修饰的核苷酸间键联。
602.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第三子结构域中约50％-100％(例如，约50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％－95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等)的核苷酸间键联是经修饰的核苷酸间键联。
603.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中每个经修饰的核苷酸间键联独立地是手性核苷酸间键联。
604.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第三子结构域的最后一个核苷与倒数第二个核苷之间的核苷酸间键联是不带负电荷的核苷酸间键联。
605.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中每个经修饰的核苷酸间键联独立地是硫代磷酸酯核苷酸间键联或不带负电荷的核苷酸间键联。
606.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第三子结构域的最后一个核苷与倒数第二个核苷之间的核苷酸间键联是PN键联。
607.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中每个经修饰的核苷酸间键联独立地是硫代磷酸酯核苷酸间键联或PN键联。
608.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中每个经修饰的核苷酸间键联独立地是硫代磷酸酯核苷酸间键联或中性核苷酸间键联。
609.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第三子结构域中的至少约1-50个(例如，约5、6、7、8、9或10-约10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个，或约5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个等，约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个等)手性核苷酸间键联是手性控制的。
610.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第三子结构域中至少5％-100％(例如，约10％-100％、20％-100％、30％-100％、40％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等)的手性核苷酸间键联是手性控制的。
611.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第三子结构域的最后一个核苷与倒数第二个核苷之间的核苷酸间键联是手性控制的。
612.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中每个手性核苷酸间键联独立地是手性控制的核苷酸间键联。
613.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第三子结构域中的至少约1-50个(例如，约5、6、7、8、9或10-约10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个，或约5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个等，约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个等)手性核苷酸间键联是Sp。
614.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第三子结构域中至少5％-100％(例如，约10％-100％、20％-100％、30％-100％、40％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等)的手性核苷酸间键联是Sp。
615.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第三子结构域中的每个手性核苷酸间键联是Sp。
616.如权利要求1-614中任一项所述的寡核苷酸，其中该第三子结构域的最后一个核苷与倒数第二个核苷之间的核苷酸间键联是Rp。
617.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中连接该第二子结构域的最后一个核苷和该第三子结构域的第一个核苷的核苷酸间键联是PN键联。
618.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中位置-2处的核苷酸间键联是PN键联。
619.如权利要求617-618中任一项所述的寡核苷酸，其中该PN键联是手性控制的。
620.如权利要求619所述的寡核苷酸，其中该不带负电荷的核苷酸间键联是Rp。
621.如权利要求619所述的寡核苷酸，其中该不带负电荷的核苷酸间键联是Sp。
622.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中连接该第二子结构域的最后一个核苷和该第三子结构域的第一个核苷的核苷酸间键联是不带负电荷的核苷酸间键联。
623.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中位置-2处的核苷酸间键联是不带负电荷的核苷酸间键联。
624.如权利要求622-623中任一项所述的寡核苷酸，其中该不带负电荷的核苷酸间键联是手性控制的。
625.如权利要求624所述的寡核苷酸，其中该不带负电荷的核苷酸间键联是Rp。
626.如权利要求624所述的寡核苷酸，其中该不带负电荷的核苷酸间键联是Sp。
627.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第三子结构域中的每个核苷酸间键联独立地是经修饰的核苷酸间键联。
628.如权利要求1-626中任一项所述的寡核苷酸，其中该第三子结构域包含一个或多个天然磷酸酯键联。
629.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第三子结构域能够将ADAR蛋白募集到靶核酸，或促进或有助于将ADAR蛋白募集到靶核酸。
630.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第三子结构域能够使ADAR蛋白与靶核酸相互作用，或促进或有助于ADAR蛋白与靶核酸相互作用。
631.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第三子结构域与具有酶活性的结构域接触。
632.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第三子结构域与ADAR1的具有脱氨酶活性的结构域接触。
633.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第三子结构域与ADAR2的具有脱氨酶活性的结构域接触。
634.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中每个摆动碱基对独立地是G-U、I-A、G-A、I-U、I-C、I-T、A-A或反向A-T。
635.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中每个摆动碱基对独立地是G-U、I-A、G-A、I-U或I-C。
636.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中每个环糖或每个糖独立地是任选地经取代的
637.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中每个环糖或每个糖独立地具有的结构。
638.如权利要求637所述的寡核苷酸，其中该寡核苷酸包含一个或多个糖，其中R2s和R4s是H。
639.如权利要求637-638中任一项所述的寡核苷酸，其中该寡核苷酸包含一个或多个糖，其中R2s是-OR，并且R4s是H。
640.如权利要求637-639中任一项所述的寡核苷酸，其中该寡核苷酸包含一个或多个糖，其中R2s是-OR，其中R是任选地经取代的C1-4烷基并且R4s是H。
641.如权利要求637-640中任一项所述的寡核苷酸，其中该寡核苷酸包含一个或多个糖，其中R2s是-OMe并且R4s是H。
642.如权利要求637-641中任一项所述的寡核苷酸，其中该寡核苷酸包含一个或多个糖，其中R2s是-F并且R4s是H。
643.如权利要求637-642中任一项所述的寡核苷酸，其中该寡核苷酸包含一个或多个糖，其中R4s和R2s形成具有任选地经取代的2′-O-CH2-4′的结构的桥。
644.如权利要求637-642中任一项所述的寡核苷酸，其中该寡核苷酸包含一个或多个糖，其中R4s和R2s形成具有2′-O-CH2-4′的结构的桥。
645.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该寡核苷酸包含另外的化学部分。
646.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该寡核苷酸包含靶向部分。
647.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该寡核苷酸包含碳水化合物部分。
648.如权利要求643-647中任一项所述的寡核苷酸，其中该部分是或包含脱唾液酸糖蛋白受体的配体。
649.如权利要求643-648中任一项所述的寡核苷酸，其中该部分是或包含GalNAc或其衍生物。
650.如权利要求643-649中任一项所述的寡核苷酸，其中该部分是或包含任选地经取代的
651.如权利要求643-649中任一项所述的寡核苷酸，其中该部分是或包含任选地经取代的
652.如权利要求643-651中任一项所述的寡核苷酸，其中该部分通过接头连接到寡核苷酸链。
653.如权利要求652所述的寡核苷酸，其中该接头是或包含L001。
654.如权利要求653所述的寡核苷酸，其中L001通过磷酸酯基团连接到寡核苷酸链的5′-末端5′-碳。
655.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该寡核苷酸呈盐形式。
656.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该寡核苷酸呈药学上可接受的盐形式。
657.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该寡核苷酸呈钠盐形式。
658.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该寡核苷酸呈铵盐形式。
659.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中如果有的话，至少一个或每个PN键联独立地是n001。
660.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中如果有的话，至少一个或每个中性核苷酸间键联独立地是n001。
661.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中如果有的话，每个不带负电荷的核苷酸间键联独立地是n001。
662.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中不超过5、6、7、8、9、10、11或12个核苷位于与靶腺苷相反的核苷的3’。
663.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中不超过5、6、7、8、9、10、11或12个核苷位于与靶核苷相反的核苷的3′，其中这些核苷各自独立地是任选地经取代的A、T、C、G、U或其互变异构体。
664.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中位于与靶腺苷相反的核苷的3′的约50％-100％(例如，约或至少约50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％)的核苷酸间键联各自独立地是经修饰的核苷酸间键联。
665.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中位于与靶腺苷相反的核苷的3′的约50％-100％(例如，约或至少约50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％)的核苷酸间键联各自独立地是硫代磷酸酯核苷酸间键联或不带负电荷的核苷酸间键联。
666.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中位于与靶腺苷相反的核苷的3’的约50％-100％(例如，约或至少约50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％)的核苷酸间键联各自独立地是硫代磷酸酯核苷酸间键联或PN键联。
667.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中在与靶腺苷相反的核苷的3′不超过1、2或3个核苷酸间键联是天然磷酸酯键联。
668.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中在与靶腺苷相反的核苷的3’不超过1、2或3个核苷酸间键联是Rp核苷酸间键联。
669.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中在与靶腺苷相反的核苷的3′不超过1、2或3个核苷酸间键联是Rp硫代磷酸酯核苷酸间键联。
670.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中在与靶核苷相反的核苷与其3′紧邻核苷(被认为是-1位)之间的核苷酸间键联是立体随机硫代磷酸酯核苷酸间键联。
671.如权利要求1-669中任一项所述的寡核苷酸，其中在与靶核苷相反的核苷与其3′紧邻核苷(被认为是-1位)之间的核苷酸间键联是手性控制的Rp硫代磷酸酯核苷酸间键联。
672.如权利要求1-669中任一项所述的寡核苷酸，其中在与靶核苷相反的核苷与其3′紧邻核苷(被认为是-1位)之间的核苷酸间键联是手性控制的Sp硫代磷酸酯核苷酸间键联。
673.如权利要求1-669中任一项所述的寡核苷酸，其中在其糖的3′-位(被认为是-1位)处键合到与靶核苷相反的核苷的核苷酸间键联是Rp硫代磷酸酯核苷酸间键联，并且任选地只有Rp硫代磷酸酯核苷酸间键联位于与靶腺苷相反的核苷的3′。
674.如权利要求1-669中任一项所述的寡核苷酸，其中在其糖的3’-位(被认为是-1位)键合到与靶核苷相反的核苷的核苷酸间键联是Sp硫代磷酸酯核苷酸间键联。
675.如权利要求1-669中任一项所述的寡核苷酸，其中在其糖的3’-位(被认为是-1位)键合到与靶核苷相反的核苷的核苷酸间键联是立体随机硫代磷酸酯核苷酸间键联。
676.如权利要求1-669中任一项所述的寡核苷酸，其中在与靶核苷相反的核苷的3’紧邻核苷与下一个3’紧邻核苷之间的核苷酸间键联(例如，5’-...N0N-1N-2...-3’的N-1与N-2之间的位置-2，其中N0表示与靶核苷相反的核苷)是PN键联。
677.如权利要求676所述的寡核苷酸，其中该PN键联是立体随机的。
678.如权利要求676所述的寡核苷酸，其中该PN键联是手性控制的。
679.如权利要求676所述的寡核苷酸，其中该PN键联是手性控制的并且是Sp。
680.如权利要求676所述的寡核苷酸，其中该PN键联是手性控制的并且是Rp。
681.如权利要求676-680中任一项所述的寡核苷酸，其中PN键联是n001。
682.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第一核苷酸间键联是PN键联。
683.如权利要求682所述的寡核苷酸，其中该PN键联是立体随机的。
684.如权利要求682所述的寡核苷酸，其中该PN键联是手性控制的。
685.如权利要求682所述的寡核苷酸，其中该PN键联是手性控制的并且是Sp。
686.如权利要求682所述的寡核苷酸，其中该PN键联是手性控制的并且是Rp。
687.如权利要求682-686中任一项所述的寡核苷酸，其中PN键联是n001。
688.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该最后一个核苷酸间键联是PN键联。
689.如权利要求688所述的寡核苷酸，其中该PN键联是立体随机的。
690.如权利要求688所述的寡核苷酸，其中该PN键联是手性控制的。
691.如权利要求688所述的寡核苷酸，其中该PN键联是手性控制的并且是Sp。
692.如权利要求688所述的寡核苷酸，其中该PN键联是手性控制的并且是Rp。
693.如权利要求688-692中任一项所述的寡核苷酸，其中PN键联是n001。
694.如权利要求1-669中任一项所述的寡核苷酸，其中在与靶核苷相反的核苷的3′紧邻核苷与下一个3′紧邻核苷之间的核苷酸间键联(例如，5′-...N0N-1N-2...-3′的N-1与N-2之间的位置-2，其中N0表示与靶核苷相反的核苷)是不带负电荷的核苷酸间键联。
695.如权利要求694所述的寡核苷酸，其中该不带负电荷的核苷酸间键联是立体随机的。
696.如权利要求694所述的寡核苷酸，其中该不带负电荷的核苷酸间键联是手性控制的。
697.如权利要求694所述的寡核苷酸，其中该不带负电荷的核苷酸间键联是手性控制的并且是Sp。
698.如权利要求694所述的寡核苷酸，其中该不带负电荷的核苷酸间键联是手性控制的并且是Rp。
699.如权利要求694-698中任一项所述的寡核苷酸，其中不带负电荷的核苷酸间键联是n001。
700.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第一核苷酸间键联是不带负电荷的核苷酸间键联。
701.如权利要求700所述的寡核苷酸，其中该不带负电荷的核苷酸间键联是立体随机的。
702.如权利要求700所述的寡核苷酸，其中该不带负电荷的核苷酸间键联是手性控制的。
703.如权利要求700所述的寡核苷酸，其中该不带负电荷的核苷酸间键联是手性控制的并且是Sp。
704.如权利要求700所述的寡核苷酸，其中该不带负电荷的核苷酸间键联是手性控制的并且是Rp。
705.如权利要求700-704中任一项所述的寡核苷酸，其中不带负电荷的核苷酸间键联是n001。
706.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该最后一个核苷酸间键联是不带负电荷的核苷酸间键联。
707.如权利要求706所述的寡核苷酸，其中该不带负电荷的核苷酸间键联是立体随机的。
708.如权利要求706所述的寡核苷酸，其中该不带负电荷的核苷酸间键联是手性控制的。
709.如权利要求706所述的寡核苷酸，其中该不带负电荷的核苷酸间键联是手性控制的并且是Sp。
710.如权利要求706所述的寡核苷酸，其中该不带负电荷的核苷酸间键联是手性控制的并且是Rp。
711.如权利要求706-710中任一项所述的寡核苷酸，其中不带负电荷的核苷酸间键联是n001。
712.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中在相对于与靶腺苷相反的核苷的位置-3处的核苷酸间键联不是Rp硫代磷酸酯核苷酸间键联。
713.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中在相对于与靶腺苷相反的核苷的位置-6处的核苷酸间键联不是Rp硫代磷酸酯核苷酸间键联。
714.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中在相对于与靶核苷相反的核苷的位置-4和/或-5处的核苷酸间键联是经修饰的核苷酸间键联，例如硫代磷酸酯核苷酸间键联。
715.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中与靶核苷相反的核苷在从5’-末端起的位置2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30或更远处。
716.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中与靶核苷相反的核苷在从3’-末端起的位置2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30或更远处。
717.如权利要求715或716所述的寡核苷酸，其中该位置是位置4。
718.如权利要求715或716所述的寡核苷酸，其中该位置是位置5。
719.如权利要求715或716所述的寡核苷酸，其中该位置是位置6。
720.如权利要求715或716所述的寡核苷酸，其中该位置是位置7。
721.如权利要求715或716所述的寡核苷酸，其中该位置是位置8。
722.如权利要求715或716所述的寡核苷酸，其中该位置是位置9。
723.如权利要求715或716所述的寡核苷酸，其中该位置是位置10。
724.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，位于与靶腺苷相反的核苷的5′的约50％-100％(例如，约或至少约50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％或95％)的核苷酸间键联各自独立地是经修饰的核苷酸间键联，其任选地是手性控制的。
725.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，位于与靶核苷(例如，靶腺苷)相反的核苷的5′的约50％-100％(例如，约或至少约50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％或95％)的硫代磷酸酯核苷酸间键联各自是手性控制的并且是Sp。
726.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中在与靶腺苷相反的核苷的5’没有或不超过1、2或3个核苷酸间键联是天然磷酸酯键联。
727.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，在相对于与靶核苷相反的核苷的位置+5处的核苷酸间键联(例如，对于...N+5N+4N+3N+2N+1N0...，连接N+4和N+5的核苷酸间键联，其中N0是与靶核苷相反的核苷)不是Rp硫代磷酸酯核苷酸间键联。
728.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中在相对于与靶腺苷相反的核苷的位置+6至+8处的一个或多个或所有核苷酸间键联各自独立地是经修饰的核苷酸间键联，其任选地是手性控制的。
729.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中在相对于与靶腺苷相反的核苷的位置+6至+8处的一个或多个或所有核苷酸间键联各自独立地是硫代磷酸酯核苷酸间键联，其任选地是手性控制的。
730.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中在相对于与靶腺苷相反的核苷的位置+6、+7、+8、+9和+11处的一个或多个或所有核苷酸间键联各自独立地是Rp硫代磷酸酯核苷酸间键联。
731.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中在相对于与靶腺苷相反的核苷的位置+5、+6、+7、+8和+9处的一个或多个或所有核苷酸间键联各自独立地是Sp硫代磷酸酯核苷酸间键联。
732.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，该寡核苷酸包含选自以下的核苷的任选地被保护的核碱基：b001U、b002U、b003U、b004U、b005U、b006U、b007U、b008U、b009U、b011U、b012U、b013U、b001A、b002A、b003A、b001G、b002G、b001C、b002C、b003C、b004C、b005C、b006C、b007C、b008C、b009C、b002I、b003I、b004I和zdnp。
733.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，该寡核苷酸包含选自以下的核苷的任选地被保护的核碱基：b001U、b002U、b003U、b004U、b005U、b006U、b008U、b002A、b001G、b004C、b007U、b001A、b001C、b002C、b003C、b002I、b003I、b009U、b003A和b007C。
734.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，该寡核苷酸包含任选地被保护的核碱基b001U。
735.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，该寡核苷酸包含任选地被保护的核碱基b002U。
736.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，该寡核苷酸包含任选地被保护的核碱基b003U。
737.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，该寡核苷酸包含任选地被保护的核碱基b004U。
738.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，该寡核苷酸包含任选地被保护的核碱基b005U。
739.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，该寡核苷酸包含任选地被保护的核碱基b006U。
740.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，该寡核苷酸包含任选地被保护的核碱基b007U。
741.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，该寡核苷酸包含任选地被保护的核碱基b008U。
742.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，该寡核苷酸包含任选地被保护的核碱基b009U。
743.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，该寡核苷酸包含任选地被保护的核碱基b011U。
744.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，该寡核苷酸包含任选地被保护的核碱基b012U。
745.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，该寡核苷酸包含任选地被保护的核碱基b013U。
746.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，该寡核苷酸包含任选地被保护的核碱基b001A。
747.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，该寡核苷酸包含任选地被保护的核碱基b002A。
748.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，该寡核苷酸包含任选地被保护的核碱基b003A。
749.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，该寡核苷酸包含任选地被保护的核碱基b001G。
750.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，该寡核苷酸包含任选地被保护的核碱基b002G。
751.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，该寡核苷酸包含任选地被保护的核碱基b001C。
752.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，该寡核苷酸包含任选地被保护的核碱基b002C。
753.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，该寡核苷酸包含任选地被保护的核碱基b003C。
754.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，该寡核苷酸包含任选地被保护的核碱基b004C。
755.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，该寡核苷酸包含任选地被保护的核碱基b005C。
756.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，该寡核苷酸包含任选地被保护的核碱基b006C。
757.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，该寡核苷酸包含任选地被保护的核碱基b007C。
758.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，该寡核苷酸包含任选地被保护的核碱基b008C。
759.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，该寡核苷酸包含任选地被保护的核碱基b009C。
760.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，该寡核苷酸包含任选地被保护的核碱基b002I。
761.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，该寡核苷酸包含任选地被保护的核碱基b003I。
762.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，该寡核苷酸包含任选地被保护的核碱基b004I。
763.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，该寡核苷酸包含任选地被保护的核碱基c7In。
764.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，该寡核苷酸包含任选地被保护的核碱基c39z48In。
765.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，该寡核苷酸包含任选地被保护的核碱基z2c3In。
766.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，该寡核苷酸包含任选地被保护的核碱基和zdnp。
767.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，该寡核苷酸包含选自以下的任选地被保护的核苷：aC、b001U、b002U、b003U、b004U、b005U、b006U、b007U、b008U、b009U、b010U、b011U、b012U、b013U、b001A、b001rA、b002A、b003A、b001G、b002G、b001C、b002C、b003C、b003mC、b004C、b005C、b006C、b007C、b008C、b002I、b003I、b004I、Asm01、Gsm01、5MSfC、Usm04、5MRdT、Csm04、Csm11、Gsm11、Tsm11、b009Csm11、b009Csm12、Gsm12、Tsm12、Csm12、rCsm13、rCsm14、Csm15、Csm16、Csm17、L034、zdnp、Csm19核Tsm18。
768.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，该寡核苷酸包含任选地被保护的核苷aC。
769.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，该寡核苷酸包含任选地被保护的核苷b001U。
770.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，该寡核苷酸包含任选地被保护的核苷b002U。
771.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，该寡核苷酸包含任选地被保护的核苷b003U。
772.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，该寡核苷酸包含任选地被保护的核苷b004U。
773.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，该寡核苷酸包含任选地被保护的核苷b005U。
774.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，该寡核苷酸包含任选地被保护的核苷b006U。
775.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，该寡核苷酸包含任选地被保护的核苷b007U。
776.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，该寡核苷酸包含任选地被保护的核苷b008U。
777.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，该寡核苷酸包含任选地被保护的核苷b009U。
778.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，该寡核苷酸包含任选地被保护的核苷b010U。
779.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，该寡核苷酸包含任选地被保护的核苷b011U。
780.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，该寡核苷酸包含任选地被保护的核苷b012U。
781.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，该寡核苷酸包含任选地被保护的核苷b013U。
782.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，该寡核苷酸包含任选地被保护的核苷b001A。
783.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，该寡核苷酸包含任选地被保护的核苷b001rA。
784.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，该寡核苷酸包含任选地被保护的核苷b002A。
785.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，该寡核苷酸包含任选地被保护的核苷b003A。
786.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，该寡核苷酸包含任选地被保护的核苷b001G。
787.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，该寡核苷酸包含任选地被保护的核苷b002G。
788.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，该寡核苷酸包含任选地被保护的核苷b001C。
789.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，该寡核苷酸包含任选地被保护的核苷b002C。
790.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，该寡核苷酸包含任选地被保护的核苷b003C。
791.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，该寡核苷酸包含任选地被保护的核苷b003mC。
792.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，该寡核苷酸包含任选地被保护的核苷b004C。
793.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，该寡核苷酸包含任选地被保护的核苷b005C。
794.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，该寡核苷酸包含任选地被保护的核苷b006C。
795.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，该寡核苷酸包含任选地被保护的核苷b007C。
796.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，该寡核苷酸包含任选地被保护的核苷b008C。
797.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，该寡核苷酸包含任选地被保护的核苷b002I。
798.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，该寡核苷酸包含任选地被保护的核苷b003I。
799.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，该寡核苷酸包含任选地被保护的核苷b004I。
800.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，该寡核苷酸包含任选地被保护的核苷Asm01。
801.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，该寡核苷酸包含任选地被保护的核苷Gsm01。
802.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，该寡核苷酸包含任选地被保护的核苷5MSfC。
803.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，该寡核苷酸包含任选地被保护的核苷Usm04。
804.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，该寡核苷酸包含任选地被保护的核苷5MRdT。
805.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，该寡核苷酸包含任选地被保护的核苷Csm04。
806.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，该寡核苷酸包含任选地被保护的核苷Csm11。
807.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，该寡核苷酸包含任选地被保护的核苷Gsm11。
808.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，该寡核苷酸包含任选地被保护的核苷Tsm11。
809.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，该寡核苷酸包含任选地被保护的核苷b009Csm11。
810.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，该寡核苷酸包含任选地被保护的核苷b009Csm12。
811.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，该寡核苷酸包含任选地被保护的核苷Gsm12。
812.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，该寡核苷酸包含任选地被保护的核苷Tsm12。
813.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，该寡核苷酸包含任选地被保护的核苷Csm12。
814.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，该寡核苷酸包含任选地被保护的核苷rCsm13。
815.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，该寡核苷酸包含任选地被保护的核苷rCsm14。
816.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，该寡核苷酸包含任选地被保护的核苷Csm15。
817.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，该寡核苷酸包含任选地被保护的核苷Csm16。
818.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，该寡核苷酸包含任选地被保护的核苷Csm17。
819.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，该寡核苷酸包含任选地被保护的无碱基核苷。
820.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，该寡核苷酸包含任选地被保护的L010。
821.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，该寡核苷酸包含任选地被保护的核苷L034。
822.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，该寡核苷酸包含任选地被保护的核苷zdnp。
823.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，该寡核苷酸包含任选地被保护的核苷Csm19。
824.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，该寡核苷酸包含任选地被保护的核苷Tsm18。
825.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中每个任选地被保护的核碱基或核苷分别独立地是任选地经取代的核碱基或核苷。
826.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中每个任选地被保护的或经取代的核碱基或核苷分别是未被保护的或未经取代的。
827.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，该寡核苷酸包含具有-Y-P(＝W)(-X-RL)-Z-的结构的核苷酸间键联。
828.一种寡核苷酸，该寡核苷酸包含具有-Y-P(＝W)(-X-RL)-Z-的结构的核苷酸间键联。
829.如权利要求827或828所述的寡核苷酸，其中W是O。
830.如权利要求827或828所述的寡核苷酸，其中W是S。
831.如权利要求827-830中任一项所述的寡核苷酸，其中Y是-O-。
832.如权利要求827-831中任一项所述的寡核苷酸，其中Z是-O-。
833.一种寡核苷酸，该寡核苷酸包含含有-X-RL的核苷酸间键联。
834.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，该寡核苷酸包含含有-X-RL的核苷酸间键联。
835.如权利要求827-834中任一项所述的寡核苷酸，其中-X-RL是-N(R’)SO2R”，其中R”是R’、-OR’或-N(R’)2。
836.如权利要求827-834中任一项所述的寡核苷酸，其中-X-RL是-NHSO2R”，其中R”是任选地经取代的C1-6脂肪族基。
837.如权利要求827-834中任一项所述的寡核苷酸，其中-X-RL是-NHSO2R”，其中R”是甲基。
838.如权利要求827-834中任一项所述的寡核苷酸，其中-X-RL是-NHSO2R”，其中R”是任选地经取代的苯基。
839.如权利要求827-834中任一项所述的寡核苷酸，其中-X-RL是-N(R’)C(O)R”，其中R”是R’、-OR’或-N(R’)2。
840.如权利要求827-834中任一项所述的寡核苷酸，其中-X-RL是-NHC(O)R”，其中R”是任选地经取代的C1-6脂肪族基。
841.如权利要求827-834中任一项所述的寡核苷酸，其中-X-RL是-NHC(O)R”，其中R”是甲基。
842.如权利要求827-834中任一项所述的寡核苷酸，其中-X-RL是-NHC(O)R”，其中R”是任选地经取代的苯基。
843.如权利要求827-834中任一项所述的寡核苷酸，其中-X-RL是-NHC(O)R”，其中R”是-OR’。
844.如权利要求827-834中任一项所述的寡核苷酸，其中-X-RL是-NHC(O)R”，其中R”是-N(R’)2。
845.如权利要求827-834中任一项所述的寡核苷酸，其中-X-RL是-N(R’)P(O)(R”)2，其中每个R”独立地是R’、-OR’或-N(R’)2。
846.如权利要求827-834中任一项所述的寡核苷酸，其中-X-RL是-N(R’)P(S)(R”)2，其中每个R”独立地是R’、-OR’或-N(R’)2。
847.如权利要求827-834中任一项所述的寡核苷酸，其中-X-RL选自表L-1、L-2、L-3、L-4、L-5或L-6。
848.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中所有糖中的至少约65％是2’-F修饰的糖。
849.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中所有糖中的至少约70％是2’-F修饰的糖。
850.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中所有糖中的至少约75％是2’-F修饰的糖。
851.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中所有糖中的至少约80％是2’-F修饰的糖。
852.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中所有糖中的至少约85％是2’-F修饰的糖。
853.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中所有糖中的至少约90％是2’-F修饰的糖。
854.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第一结构域包含一个或多个(例如，1-20、1-15、1-14、1-13、1-12、1-11、1-10、2-20、3-15、4-15、5-15、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个等)2’-F嵌段和一个或多个(例如，1-20、1-15、1-14、1-13、1-12、1-11、1-10、2-20、3-15、4-15、5-15、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个等)分离嵌段，其中每个2’-F嵌段中的每个糖独立地是2’-F修饰的糖，并且其中每个分离嵌段中的每个糖独立地是糖而不是2’-F修饰的糖。
855.如权利要求854所述的寡核苷酸，其中每个分离嵌段中的每个糖均独立地是2’-修饰的糖。
856.如权利要求854所述的寡核苷酸，其中每个分离嵌段中的每个糖独立地是2’-OR修饰的糖或双环糖，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。
857.如权利要求854所述的寡核苷酸，其中每个分离嵌段中的每个糖均独立地是2’-OR修饰的糖，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。
858.如权利要求854所述的寡核苷酸，其中分离嵌段中的每个糖均独立地是2’-OMe或2’-MOE修饰的糖。
859.如权利要求854所述的寡核苷酸，其中每个分离嵌段中的每个糖均独立地是2’-OMe或2’-MOE修饰的糖。
860.如权利要求854所述的寡核苷酸，其中分离嵌段中的每个糖均独立地是2’-OMe修饰的糖。
861.如权利要求854所述的寡核苷酸，其中每个分离嵌段中的每个糖均独立地是2’-OMe修饰的糖。
862.如权利要求854所述的寡核苷酸，其中分离嵌段中的每个糖均独立地是2’-MOE修饰的糖。
863.如权利要求854所述的寡核苷酸，其中每个分离嵌段中的每个糖均独立地是2’-MOE修饰的糖。
864.如权利要求854-863中任一项所述的寡核苷酸，其中在每个2’-F嵌段中有独立地约1-20个(例如，1-20、1-15、1-14、1-13、1-12、1-11、1-10、2-20、3-15、4-15、5-15、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个等)2’-F修饰的糖。
865.如权利要求854-863中任一项所述的寡核苷酸，其中在每个2’-F嵌段中有约1-10个，例如1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个2’-F修饰的糖。
866.如权利要求854-863中任一项所述的寡核苷酸，其中在每个2’-F嵌段中有约1、2、3、4或5个2’-F修饰的糖。
867.如权利要求854-863中任一项所述的寡核苷酸，其中在每个2’-F嵌段中有约1、2或3个2’-F修饰的糖。
868.如权利要求854-867中任一项所述的寡核苷酸，其中在每个分离嵌段中有独立地约1-20个(例如，1-20、1-15、1-14、1-13、1-12、1-11、1-10、2-20、3-15、4-15、5-15、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个等)糖。
869.如权利要求854-867中任一项所述的寡核苷酸，其中在每个分离嵌段中有约1-10个，例如1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个糖。
870.如权利要求854-867中任一项所述的寡核苷酸，其中在每个分离嵌段中有约1、2、3、4或5个糖。
871.如权利要求854-867中任一项所述的寡核苷酸，其中在每个分离嵌段中有约1、2或3个糖。
872.如权利要求854-871中任一项所述的寡核苷酸，其中键合至第一结构域中的2’-F嵌段的第一结构域中的每个嵌段是分离嵌段。
873.如权利要求854-872中任一项所述的寡核苷酸，其中键合至第一结构域中的分离嵌段的第一结构域中的每个嵌段是2’-F嵌段。
874.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该寡核苷酸包含两个或更多个2’-F修饰的糖嵌段，其中每个2’-F修饰的糖嵌段独立地包含2、3、4、5、6、7、8、9或10个连续的2’-F修饰的糖或由其组成，其中两个连续的2’-F修饰的糖嵌段各自独立地被分离嵌段分离，该分离嵌段包含独立地不是2’-F修饰的糖的一个或多个糖，并且不包含连续的2’-F修饰的糖。
875.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中所有硫代磷酸酯核苷酸间键联的至少50％、60％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或99％(例如，50％-100％、60％-100％、70-100％、75％-100％、80％-100％、90％-100％、95％-100％、60％-95％、70％-95％、75-95％、80-95％、85-95％、90-95％、50％、60％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、或99％等)，或所有硫代磷酸酯核苷酸间键联是Sp。
876.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中第一结构域位于第二结构域的5′侧。
877.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中第一结构域位于第二结构域的3′侧。
878.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中在该第二结构域中，该第一子结构域位于该第二子结构域的5’侧，并且该第三子结构域位于该第二子结构域的3′侧。
879.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该寡核苷酸包含5’-N1N0N-1-3’，其中N-1、N0和N1各自独立地是核苷。
880.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该寡核苷酸包含5’-N2N1N0N- 1N-2-3’，其中N2、N1、N0、N-1和N-2各自独立地是核苷。
881.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该寡核苷酸包含5’-N3N2N1N0N-1N-2N-3-3’，其中N3、N2、N1、N0、N-1、N-2和N-3各自独立地是核苷。
882.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该寡核苷酸包含5’-N4NaN2N1N0N-1N-2N-3N-4-3’，其中N4、N3、N2、N1、N0、N-1、N-2、N-3和N-4各自独立地是核苷。
883.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该寡核苷酸包含5’-N5N4N3N2N1N0N-1N-2N-3N-4N-5-3’，其中N5、N4、N3、N2、N1、N0、N-1、N-2、N-3、N-4和N-5各自独立地是核苷。
884.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该寡核苷酸包含5’-N6N5N4N3N2N1N0N-1N-2N-3N-4N-5N-6-3’，其中N6、N5、N4、N3、N2、N1、N0、N-1、N-2、N-3、N-4、N-5和N-6各自独立地是核苷。
885.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第二子结构域包含5’-N1N0N-1-3’，其中N-1、N0和N1各自独立地是核苷。
886.一种寡核苷酸，该寡核苷酸包含如本披露所述的5’-N1N0N-1-3’。
887.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中当该寡核苷酸与靶核酸比对时，N0与靶腺苷相反。
888.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1、N0和N1各自独立地具有2’-F修饰的糖、天然RNA糖、或没有2’-取代基替换天然RNA糖的2’-OH的糖。
889.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1、N0和N1各自独立地具有2’-F修饰的糖、天然RNA糖、或没有2’-取代基的糖。
890.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1、N0和N1各自独立地具有2’-F修饰的糖、天然RNA糖、或天然DNA糖。
891.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1、N0和N1中不超过一个具有2’-F修饰的糖。
892.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1、N0和N1中不超过一个具有天然RNA糖。
893.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N1的糖是2’-F修饰的糖。
894.如权利要求1-892中任一项所述的寡核苷酸，其中N0的糖是在对应于天然RNA糖的2′-OH的位置处不包含取代基的糖。
895.如权利要求1-892中任一项所述的寡核苷酸，其中N0的糖是不包含2′-取代基的糖。
896.如权利要求1-892中任一项所述的寡核苷酸，其中N1的糖是sm19。
897.如权利要求1-892中任一项所述的寡核苷酸，其中N1的糖是天然DNA糖。
898.如权利要求1-892中任一项所述的寡核苷酸，其中N1的糖是天然RNA糖。
899.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N0的糖是经修饰的糖。
900.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N0的糖是2’-F修饰的糖。
901.如权利要求1-898中任一项所述的寡核苷酸，其中N0的糖是在对应于天然RNA糖的2′-OH的位置处不包含取代基的糖。
902.如权利要求1-898中任一项所述的寡核苷酸，其中N0的糖是不包含2′-取代基的糖。
903.如权利要求1-898中任一项所述的寡核苷酸，其中N0的糖是5’-修饰的糖。
904.如权利要求1-898中任一项所述的寡核苷酸，其中N0的糖是5’-Me修饰的糖。
905.如权利要求1-898中任一项所述的寡核苷酸，其中N0的糖是非环糖。
906.如权利要求1-898中任一项所述的寡核苷酸，其中N0的糖是sm01。
907.如权利要求1-898中任一项所述的寡核苷酸，其中N0的糖是sm19。
908.如权利要求1-898中任一项所述的寡核苷酸，其中N0的糖是天然DNA糖。
909.如权利要求1-898中任一项所述的寡核苷酸，其中N0的糖是天然RNA糖。
910.如权利要求1-909中任一项所述的寡核苷酸，其中N0的核碱基是C。
911.如权利要求1-909中任一项所述的寡核苷酸，其中N0的核碱基是次黄嘌呤。
912.如权利要求1-909中任一项所述的寡核苷酸，其中N0的核碱基是c7In。
913.如权利要求1-909中任一项所述的寡核苷酸，其中N0的核碱基是c39z48In。
914.如权利要求1-909中任一项所述的寡核苷酸，其中N0的核碱基是z2c3In。
915.如权利要求1-909中任一项所述的寡核苷酸，其中N0的核碱基是T。
916.如权利要求1-909中任一项所述的寡核苷酸，其中N0的核碱基是A。
917.如权利要求1-909中任一项所述的寡核苷酸，其中N0的核碱基是G。
918.如权利要求1-909中任一项所述的寡核苷酸，其中N0的核碱基是U。
919.如权利要求1-909中任一项所述的寡核苷酸，其中N0的核碱基是b001U。
920.如权利要求1-909中任一项所述的寡核苷酸，其中N0的核碱基是b002U。
921.如权利要求1-909中任一项所述的寡核苷酸，其中N0的核碱基是b003U。
922.如权利要求1-909中任一项所述的寡核苷酸，其中N0的核碱基是b004U。
923.如权利要求1-909中任一项所述的寡核苷酸，其中N0的核碱基是b005U。
924.如权利要求1-909中任一项所述的寡核苷酸，其中N0的核碱基是b006U。
925.如权利要求1-909中任一项所述的寡核苷酸，其中N0的核碱基是b007U。
926.如权利要求1-909中任一项所述的寡核苷酸，其中N0的核碱基是b008U。
927.如权利要求1-909中任一项所述的寡核苷酸，其中N0的核碱基是b009U。
928.如权利要求1-909中任一项所述的寡核苷酸，其中N0的核碱基是b011U。
929.如权利要求1-909中任一项所述的寡核苷酸，其中N0的核碱基是b012U。
930.如权利要求1-909中任一项所述的寡核苷酸，其中N0的核碱基是b013U。
931.如权利要求1-909中任一项所述的寡核苷酸，其中N0的核碱基是b001A。
932.如权利要求1-909中任一项所述的寡核苷酸，其中N0的核碱基是b002A。
933.如权利要求1-909中任一项所述的寡核苷酸，其中N0的核碱基是b003A。
934.如权利要求1-909中任一项所述的寡核苷酸，其中N0的核碱基是b001G。
935.如权利要求1-909中任一项所述的寡核苷酸，其中N0的核碱基是b002G。
936.如权利要求1-909中任一项所述的寡核苷酸，其中N0的核碱基是b002C。
937.如权利要求1-909中任一项所述的寡核苷酸，其中N0的核碱基是b003C。
938.如权利要求1-909中任一项所述的寡核苷酸，其中N0的核碱基是b004C。
939.如权利要求1-909中任一项所述的寡核苷酸，其中N0的核碱基是b005C。
940.如权利要求1-909中任一项所述的寡核苷酸，其中N0的核碱基是b006C。
941.如权利要求1-909中任一项所述的寡核苷酸，其中N0的核碱基是b007C。
942.如权利要求1-909中任一项所述的寡核苷酸，其中N0的核碱基是b008C。
943.如权利要求1-909中任一项所述的寡核苷酸，其中N0的核碱基是b009C。
944.如权利要求1-909中任一项所述的寡核苷酸，其中N0的核碱基是b002I。
945.如权利要求1-909中任一项所述的寡核苷酸，其中N0的核碱基是b003I。
946.如权利要求1-909中任一项所述的寡核苷酸，其中N0的核碱基是b004I。
947.如权利要求1-909中任一项所述的寡核苷酸，其中N0的核碱基是zndp。
948.如权利要求1-898中任一项所述的寡核苷酸，其中N0是dC。
949.如权利要求1-898中任一项所述的寡核苷酸，其中N0是fU。
950.如权利要求1-898中任一项所述的寡核苷酸，其中N0是dU。
951.如权利要求1-898中任一项所述的寡核苷酸，其中N0是fA。
952.如权利要求1-898中任一项所述的寡核苷酸，其中N0是dA。
953.如权利要求1-898中任一项所述的寡核苷酸，其中N0是fT。
954.如权利要求1-898中任一项所述的寡核苷酸，其中N0是dT。
955.如权利要求1-898中任一项所述的寡核苷酸，其中N0是fC。
956.如权利要求1-898中任一项所述的寡核苷酸，其中N0是fG。
957.如权利要求1-898中任一项所述的寡核苷酸，其中N0是dG。
958.如权利要求1-898中任一项所述的寡核苷酸，其中N0是dI。
959.如权利要求1-898中任一项所述的寡核苷酸，其中N0是fI。
960.如权利要求1-898中任一项所述的寡核苷酸，其中N0是aC。
961.如权利要求1-898中任一项所述的寡核苷酸，其中N0是m5dC。
962.如权利要求1-898中任一项所述的寡核苷酸，其中N0是5MRm5dC。
963.如权利要求1-898中任一项所述的寡核苷酸，其中N0是5MSm5dC。
964.如权利要求1-898中任一项所述的寡核苷酸，其中N0是b001G。
965.如权利要求1-898中任一项所述的寡核苷酸，其中N0是b002G。
966.如权利要求1-898中任一项所述的寡核苷酸，其中N0是b001C。
967.如权利要求1-898中任一项所述的寡核苷酸，其中N０是b002C。
968.如权利要求1-898中任一项所述的寡核苷酸，其中N0是b003C。
969.如权利要求1-898中任一项所述的寡核苷酸，其中N0是b003mC。
970.如权利要求1-898中任一项所述的寡核苷酸，其中N0是b004C。
971.如权利要求1-898中任一项所述的寡核苷酸，其中N0是b005C。
972.如权利要求1-898中任一项所述的寡核苷酸，其中N0是b006C。
973.如权利要求1-898中任一项所述的寡核苷酸，其中N0是b007C。
974.如权利要求1-898中任一项所述的寡核苷酸，其中N0是b008C。
975.如权利要求1-898中任一项所述的寡核苷酸，其中N0是b009C。
976.如权利要求1-898中任一项所述的寡核苷酸，其中N0是b001A。
977.如权利要求1-898中任一项所述的寡核苷酸，其中N0是b002A。
978.如权利要求1-898中任一项所述的寡核苷酸，其中N0是b003A。
979.如权利要求1-898中任一项所述的寡核苷酸，其中N0是b001U。
980.如权利要求1-898中任一项所述的寡核苷酸，其中N0是b002U。
981.如权利要求1-898中任一项所述的寡核苷酸，其中N0是b003U。
982.如权利要求1-898中任一项所述的寡核苷酸，其中N0是b004U。
983.如权利要求1-898中任一项所述的寡核苷酸，其中N0是b005U。
984.如权利要求1-898中任一项所述的寡核苷酸，其中N0是b006U。
985.如权利要求1-898中任一项所述的寡核苷酸，其中N0是b007U。
986.如权利要求1-898中任一项所述的寡核苷酸，其中N0是b008U。
987.如权利要求1-898中任一项所述的寡核苷酸，其中N0是b009U。
988.如权利要求1-898中任一项所述的寡核苷酸，其中N0是b010U。
989.如权利要求1-898中任一项所述的寡核苷酸，其中N0是b011U。
990.如权利要求1-898中任一项所述的寡核苷酸，其中N0是b012U。
991.如权利要求1-898中任一项所述的寡核苷酸，其中N0是b013U。
992.如权利要求1-898中任一项所述的寡核苷酸，其中N0是b002I。
993.如权利要求1-898中任一项所述的寡核苷酸，其中N0是b003I。
994.如权利要求1-898中任一项所述的寡核苷酸，其中N0是b004I。
995.如权利要求1-898中任一项所述的寡核苷酸，其中N0是Asm01。
996.如权利要求1-898中任一项所述的寡核苷酸，其中N0是Gsm01。
997.如权利要求1-898中任一项所述的寡核苷酸，其中N0是5MSfC。
998.如权利要求1-898中任一项所述的寡核苷酸，其中N0是Usm04。
999.如权利要求1-898中任一项所述的寡核苷酸，其中N0是5MRdT。
1000.如权利要求1-898中任一项所述的寡核苷酸，其中N0是Csm04。
1001.如权利要求1-898中任一项所述的寡核苷酸，其中N0是Csm11。
1002.如权利要求1-898中任一项所述的寡核苷酸，其中N0是Gsm11。
1003.如权利要求1-898中任一项所述的寡核苷酸，其中N0是Tsm11。
1004.如权利要求1-898中任一项所述的寡核苷酸，其中N0是b009Csm11。
1005.如权利要求1-898中任一项所述的寡核苷酸，其中N0是b009Csm12。
1006.如权利要求1-898中任一项所述的寡核苷酸，其中N0是Gsm12。
1007.如权利要求1-898中任一项所述的寡核苷酸，其中N0是Tsm12。
1008.如权利要求1-898中任一项所述的寡核苷酸，其中N0是Csm12。
1009.如权利要求1-898中任一项所述的寡核苷酸，其中N0是rCsm13。
1010.如权利要求1-898中任一项所述的寡核苷酸，其中N0是rCsm14。
1011.如权利要求1-898中任一项所述的寡核苷酸，其中N0是Csm15。
1012.如权利要求1-898中任一项所述的寡核苷酸，其中N0是Csm16。
1013.如权利要求1-898中任一项所述的寡核苷酸，其中N0是Csm17。
1014.如权利要求1-898中任一项所述的寡核苷酸，其中N0是无碱基的。
1015.如权利要求1-898中任一项所述的寡核苷酸，其中N0是L010。
1016.如权利要求1-898中任一项所述的寡核苷酸，其中N0是L034。
1017.如权利要求1-898中任一项所述的寡核苷酸，其中N0是Csm19。
1018.如权利要求1-898中任一项所述的寡核苷酸，其中N0是Tsm18。
1019.如权利要求1-898中任一项所述的寡核苷酸，其中N0是b001rA。
1020.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N1的核碱基是A、T、C、G、U、次黄嘌呤、c7In、c39z48In、z2c3In、b001U、b002U、b003U、b004U、b005U、b006U、b007U、b008U、b009U、b011U、b012U、b013U、b001A、b002A、b003A、b001G、b002G、b001C、b002C、b003C、b004C、b005C、b006C、b007C、b008C、b009C、b002I、b003I、b004I或zdnp。
1021.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N1的核碱基是A、T、C、G、U、次黄嘌呤、b001U、b002U、b003U、b004U、b005U、b006U、b007U、b008U、b009U、b011U、b012U、b013U、b001A、b002A、b003A、b001G、b002G、b001C、b002C、b003C、b004C、b005C、b006C、b007C、b008C、b009C、b002I、b003I、b004I或zdnp。
1022.1029如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N1的核碱基是经修饰的核碱基。
1023.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N1的糖是2’-F修饰的糖。
1024.如权利要求1-1020中任一项所述的寡核苷酸，其中N1的糖是在对应于天然RNA糖的2′-OH的位置处不包含取代基的糖。
1025.如权利要求1-1020中任一项所述的寡核苷酸，其中N1的糖是不包含2′-取代基的糖。
1026.如权利要求1-1020中任一项所述的寡核苷酸，其中N1的糖是sm19。
1027.如权利要求1-1020中任一项所述的寡核苷酸，其中N1的糖是天然DNA糖。
1028.如权利要求1-1020中任一项所述的寡核苷酸，其中N1的糖是天然RNA糖。
1029.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1的糖是经修饰的糖。
1030.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1的糖是2’-F修饰的糖。
1031.如权利要求1-1029中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1的糖是在对应于天然RNA糖的2′-OH的位置处不包含取代基的糖。
1032.如权利要求1-1029中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1的糖是不包含2′-取代基的糖。
1033.如权利要求1-1029中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1的糖是sm19。
1034.如权利要求1-1029中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1的糖是天然DNA糖。
1035.如权利要求1-1029中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1的糖是天然RNA糖。
1036.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中当该寡核苷酸与靶核酸比对时，N1和N-1均与其相应的核苷互补。
1037.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中当该寡核苷酸与靶核酸比对时，N1和N-1中的至少一个独立地产生错配或摆动碱基配对。
1038.如权利要求1037所述的寡核苷酸，其中与参考寡核苷酸相比，该寡核苷酸提供相当的或更高的靶腺苷编辑水平，其中当该参考寡核苷酸与该靶核酸比对时，该参考寡核苷酸在其他方面是相同的，但具有与其相应核苷互补的N1和N-1，其中当该寡核苷酸与该靶核酸比对时该靶腺苷与N0相反。
1039.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1的核碱基是A、T、C、G、U、次黄嘌呤、c7In、c39z48In、z2c3In、b001U、b002U、b003U、b004U、b005U、b006U、b007U、b008U、b009U、b011U、b012U、b013U、b001A、b002A、b003A、b001G、b002G、b001C、b002C、b003C、b004C、b005C、b006C、b007C、b008C、b009C、b002I、b003I、b004I或zdnp。
1040.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1的核碱基是A、T、C、G、U、次黄嘌呤、b001U、b002U、b003U、b004U、b005U、b006U、b007U、b008U、b009U、b011U、b012U、b013U、b001A、b002A、b003A、b001G、b002G、b001C、b002C、b003C、b004C、b005C、b006C、b007C、b008C、b009C、b002I、b003I、b004I或zdnp。
1041.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1的核碱基是经修饰的核碱基。
1042.如权利要求1-1038中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1的核碱基是C。
1043.如权利要求1-1038中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1的核碱基是次黄嘌呤。
1044.如权利要求1-1038中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1的核碱基是c7In。
1045.如权利要求1-1038中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1的核碱基是c39z48In。
1046.如权利要求1-1038中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1的核碱基是z2c3In。
1047.如权利要求1-1038中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1的核碱基是T。
1048.如权利要求1-1038中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1的核碱基是A。
1049.如权利要求1-1038中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1的核碱基是G。
1050.如权利要求1-1038中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1的核碱基是U。
1051.如权利要求1-1038中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1的核碱基是b001U。
1052.如权利要求1-1038中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1的核碱基是b002U。
1053.如权利要求1-1038中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1的核碱基是b003U。
1054.如权利要求1-1038中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1的核碱基是b004U。
1055.如权利要求1-1038中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1的核碱基是b005U。
1056.如权利要求1-1038中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1的核碱基是b006U。
1057.如权利要求1-1038中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1的核碱基是b007U。
1058.如权利要求1-1038中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1的核碱基是b008U。
1059.如权利要求1-1038中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1的核碱基是b009U。
1060.如权利要求1-1038中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1的核碱基是b011U。
1061.如权利要求1-1038中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1的核碱基是
1062.如权利要求1-1038中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1的核碱基是b013U。
1063.如权利要求1-1038中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1的核碱基是b001A。
1064.如权利要求1-1038中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1的核碱基是b002A。
1065.如权利要求1-1038中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1的核碱基是b003A。
1066.如权利要求1-1038中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1的核碱基是b001G。
1067.如权利要求1-1038中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1的核碱基是b002G。
1068.如权利要求1-1038中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1的核碱基是b002C。
1069.如权利要求1-1038中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1的核碱基是b003C。
1070.如权利要求1-1038中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1的核碱基是b004C。
1071.如权利要求1-1038中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1的核碱基是b005C。
1072.如权利要求1-1038中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1的核碱基是b006C。
1073.如权利要求1-1038中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1的核碱基是b007C。
1074.如权利要求1-1038中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1的核碱基是b008C。
1075.如权利要求1-1038中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1的核碱基是b009C。
1076.如权利要求1-1038中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1的核碱基是b002I。
1077.如权利要求1-1038中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1的核碱基是b003I。
1078.如权利要求1-1038中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1的核碱基是
1079.如权利要求1-1038中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1的核碱基是zndp。
1080.如权利要求1-1038中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1是dC。
1081.如权利要求1-1038中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1是fU。
1082.如权利要求1-1038中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1是dU。
1083.如权利要求1-1038中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1是fA。
1084.如权利要求1-1038中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1是dA。
1085.如权利要求1-1038中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1是fT。
1086.如权利要求1-1038中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1是dT。
1087.如权利要求1-1038中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1是fC。
1088.如权利要求1-1038中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1是fG。
1089.如权利要求1-1038中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1是dG。
1090.如权利要求1-1038中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1是dI。
1091.如权利要求1-1038中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1是fI。
1092.如权利要求1-1038中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1是aC。
1093.如权利要求1-1038中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1是m5dC。
1094.如权利要求1-1038中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1是5MRm5dC。
1095.如权利要求1-1038中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1是5MSm5dC。
1096.如权利要求1-1038中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1是b001G。
1097.如权利要求1-1038中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1是b002G。
1098.如权利要求1-1038中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1是b001C。
1099.如权利要求1-1038中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1是b002C。
1100.如权利要求1-1038中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1是b003C。
1101.如权利要求1-1038中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1是b003mC。
1102.如权利要求1-1038中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1是b004C。
1103.如权利要求1-1038中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1是b005C。
1104.如权利要求1-1038中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1是b006C。
1105.如权利要求1-1038中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1是b007C。
1106.如权利要求1-1038中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1是b008C。
1107.如权利要求1-1038中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1是b009C。
1108.如权利要求1-1038中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1是b001A。
1109.如权利要求1-1038中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1是b002A。
1110.如权利要求1-1038中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1是b003A。
1111.如权利要求1-1038中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1是b001U。
1112.如权利要求1-1038中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1是b002U。
1113.如权利要求1-1038中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1是b003U。
1114.如权利要求1-1038中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1是b004U。
1115.如权利要求1-1038中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1是b005U。
1116.如权利要求1-1038中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1是b006U。
1117.如权利要求1-1038中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1是b007U。
1118.如权利要求1-1038中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1是b008U。
1119.如权利要求1-1038中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1是b009U。
1120.如权利要求1-1038中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1是b010U。
1121.如权利要求1-1038中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1是b011U。
1122.如权利要求1-1038中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1是b012U。
1123.如权利要求1-1038中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1是b013U。
1124.如权利要求1-1038中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1是b002I。
1125.如权利要求1-1038中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1是b003I。
1126.如权利要求1-1038中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1是b004I。
1127.如权利要求1-1038中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1是Asm01。
1128.如权利要求1-1038中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1是Gsm01。
1129.如权利要求1-1038中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1是5MSfC。
1130.如权利要求1-1038中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1是Usm04。
1131.如权利要求1-1038中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1是5MRdT。
1132.如权利要求1-1038中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1是Csm04。
1133.如权利要求1-1038中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1是Csm11。
1134.如权利要求1-1038中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1是Gsm11。
1135.如权利要求1-1038中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1是Tsm11。
1136.如权利要求1-1038中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1是b009Csm11。
1137.如权利要求1-1038中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1是b009Csm12。
1138.如权利要求1-1038中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1是Gsm12。
1139.如权利要求1-1038中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1是Tsm12。
1140.如权利要求1-1038中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1是Csm12。
1141.如权利要求1-1038中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1是rCsm13。
1142.如权利要求1-1038中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1是rCsm14。
1143.如权利要求1-1038中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1是Csm15。
1144.如权利要求1-1038中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1是Csm16。
1145.如权利要求1-1038中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1是Csm17。
1146.如权利要求1-1038中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1是Csm19。
1147.如权利要求1-1038中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1是无碱基的。
1148.如权利要求1-1038中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1是L010。
1149.如权利要求1-1038中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1是L034。
1150.如权利要求1-1038中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1是Csm15。
1151.如权利要求1-1038中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1是Tsm18。
1152.如权利要求1-1038中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1是b001rA。
1153.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N0和N1之间的核苷酸间键联是硫代磷酸酯核苷酸间键联。
1154.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N0和N1之间的核苷酸间键联是Sp硫代磷酸酯核苷酸间键联。
1155.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N0和N-1之间的核苷酸间键联是硫代磷酸酯核苷酸间键联。
1156.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N0和N-1之间的核苷酸间键联是Sp硫代磷酸酯核苷酸间键联。
1157.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N2的糖是经修饰的糖。
1158.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N2的糖是2’-F修饰的糖。
1159.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N1和N2之间的核苷酸间键联是硫代磷酸酯核苷酸间键联。
1160.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N1和N2之间的核苷酸间键联是Sp硫代磷酸酯核苷酸间键联。
1161.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N3的糖是经修饰的糖。
1162.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N3的糖是2’-OR修饰的糖或双环糖，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。
1163.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N3的糖是2’-OR修饰的糖，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。
1164.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N3的糖是2’-OMe修饰的糖。
1165.如权利要求1162所述的寡核苷酸，其中N3的糖是2’-MOE修饰的糖。
1166.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N2和N3之间的核苷酸间键联是天然磷酸酯键联。
1167.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N4的糖是经修饰的糖。
1168.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N4的糖是2’-OR修饰的糖或双环糖，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。
1169.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N4的糖是2’-OR修饰的糖，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。
1170.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N4的糖是2’-OMe修饰的糖。
1171.如权利要求1168所述的寡核苷酸，其中N4的糖是2’-MOE修饰的糖。
1172.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N3和N4之间的核苷酸间键联是天然磷酸酯键联。
1173.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N5的糖是经修饰的糖。
1174.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N5的糖是2’-F修饰的糖。
1175.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N4和N5之间的核苷酸间键联是PN键联。
1176.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N4和N5之间的核苷酸间键联是不带负电荷的核苷酸间键联。
1177.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N4和N5之间的核苷酸间键联是磷酰基胍核苷酸间键联。
1178.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N4和N5之间的核苷酸间键联是n001。
1179.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N4和N5之间的核苷酸间键联是Rp n001。
1180.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N6的糖是经修饰的糖。
1181.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N6的糖是2’-F修饰的糖。
1182.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N5和N6之间的核苷酸间键联是硫代磷酸酯核苷酸间键联核苷酸间键联。
1183.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N5和N6之间的核苷酸间键联是Sp硫代磷酸酯核苷酸间键联核苷酸间键联。
1184.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N-2的糖是经修饰的糖。
1185.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N-2的糖是2’-OR修饰的糖或双环糖，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。
1186.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N-2的糖是2’-OR修饰的糖，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。
1187.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N-2的糖是2’-OMe修饰的糖。
1188.如权利要求1185所述的寡核苷酸，其中N-2的糖是2’-MOE修饰的糖。
1189.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1和N-2之间的核苷酸间键联是PN键联。
1190.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1和N-2之间的核苷酸间键联是不带负电荷的核苷酸间键联。
1191.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1和N-2之间的核苷酸间键联是磷酰基胍核苷酸间键联。
1192.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1和N-2之间的核苷酸间键联是n001。
1193.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1和N-2之间的核苷酸间键联是Rp n001。
1194.如权利要求1192所述的寡核苷酸，其中N-1和N-2之间的核苷酸间键联是Spn001。
1195.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N-3的糖是经修饰的糖。
1196.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N-3的糖是2’-F修饰的糖。
1197.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N-2和N-3之间的核苷酸间键联是天然磷酸酯键联。
1198.如权利要求1-1196中任一项所述的寡核苷酸，其中N-2和N-3之间的核苷酸间键联是硫代磷酸酯核苷酸间键联。
1199.如权利要求1-1196中任一项所述的寡核苷酸，其中N-2和N-3之间的核苷酸间键联是Sp硫代磷酸酯核苷酸间键联。
1200.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N-4的糖是经修饰的糖。
1201.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N-4的糖是2’-OR修饰的糖或双环糖，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。
1202.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N-4的糖是2’-OR修饰的糖，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。
1203.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N-4的糖是2’-OMe修饰的糖。
1204.如权利要求1201所述的寡核苷酸，其中N-4的糖是2’-MOE修饰的糖。
1205.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N-3和N-4之间的键联是硫代磷酸酯核苷酸间键联。
1206.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N-3和N-4之间的键联是Sp硫代磷酸酯核苷酸间键联。
1207.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N-5的糖是经修饰的糖。
1208.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N-5的糖是2’-OR修饰的糖或双环糖，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。
1209.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N-5的糖是2’-OR修饰的糖，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。
1210.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N-5的糖是2’-OMe修饰的糖。
1211.如权利要求1208所述的寡核苷酸，其中N-5的糖是2’-MOE修饰的糖。
1212.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N-4和N-5之间的键联是硫代磷酸酯核苷酸间键联。
1213.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N-4和N-5之间的键联是Sp硫代磷酸酯核苷酸间键联。
1214.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N-6的糖是经修饰的糖。
1215.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N-6的糖是2’-OR修饰的糖或双环糖，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。
1216.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N-6的糖是2’-OR修饰的糖，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。
1217.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N-6的糖是2’-OMe修饰的糖。
1218.如权利要求1208所述的寡核苷酸，其中N-6的糖是2’-MOE修饰的糖。
1219.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N-5和N-6之间的核苷酸间键联是PN键联。
1220.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N-5和N-6之间的核苷酸间键联是不带负电荷的核苷酸间键联。
1221.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N-5和N-6之间的核苷酸间键联是磷酰基胍核苷酸间键联。
1222.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N-5和N-6之间的核苷酸间键联是n001。
1223.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N-5和N-6之间的核苷酸间键联是Rp n001。
1224.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中其糖中的约20％-80％、30-70％、30％-60％、30％-50％、40％-60％、20％、30％、40％、50％、60％、70％或80％各自独立地是2’-F修饰的糖。
1225.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中其糖中的约30％-60％各自独立地是2’-F修饰的糖。
1226.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中其糖中的约20％-80％、30-70％、30％-60％、30％-50％、40％-60％、20％、30％、40％、50％、60％、70％或80％各自独立地是2’-OR修饰的糖，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。
1227.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中其糖中的约30％-60％各自独立地是2’-OR修饰的糖，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。
1228.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中其糖中的约30％-60％各自独立地是2’-OMe或2’-MOE修饰的糖。
1229.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中第一结构域中其糖中的约20％-80％、30-70％、30％-60％、30％-50％、40％-60％、20％、30％、40％、50％、60％、70％或80％各自独立地是2’-OR修饰的糖，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。
1230.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中第一结构域中其糖中的约30％-60％各自独立地是2’-OR修饰的糖，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。
1231.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中第一结构域中其糖中的约30％-60％各自独立地是2’-OMe或2’-MOE修饰的糖。
1232.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中第一结构域的3’-末端核苷是N2。
1233.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中第一结构域的5’-末端核苷是该寡核苷酸的5’-末端核苷。
1234.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中寡核苷酸或其部分，例如第一结构域、第二结构域等中的约或至少约20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％或90％2’-OR修饰的糖，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基，独立地与天然磷酸酯键联键合。
1235.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N-2、N-3、N-4、N-5和N-6中的一个或多个糖各自独立地是2′-OR修饰的糖或双环糖，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。
1236.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N-2、N-3、N-4、N-5和N-6中的一个或多个糖各自独立地是2’-OR修饰的糖，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。
1237.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N-2、N-3、N-4、N-5和N-6中的一个或多个糖各自独立地是2’-OMe修饰的糖。
1238.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N-2、N-3、N-4、N-5和N-6中的一个或多个糖各自独立地是2’-MOE修饰的糖。
1239.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N2、N3、N4、N5、N6、N7和N8中的一个或多个糖各自独立地是2’-OR修饰的糖或双环糖，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。
1240.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N2、N3、N4、N5、N6、N7和N8中的一个或多个糖各自独立地是2’-OR修饰的糖，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。
1241.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N2、N3、N4、N5、N6、N7和N8中的一个或多个糖各自独立地是2’-OMe修饰的糖。
1242.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N2、N3、N4、N5、N6、N7和N8中的一个或多个糖各自独立地是2′-MOE修饰的糖。
1243.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中寡核苷酸或其部分，例如第一结构域、第二结构域等中的约或至少约50％ 2’-OR修饰的糖，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基，独立地与天然磷酸酯键联键合。
1244.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中至少60％、70％、80％或90％或全部天然磷酸酯键联各自独立地与至少一种经修饰的糖键合，该经修饰的糖是2’-OR修饰的糖或双环糖，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。
1245.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中寡核苷酸中所有核苷酸间键联的约5％-90％、约10-80％、约10-75％、约10-70％、10％-60％、10-50％、10-40％、10-30％、15-40％、20-30％、25-30％、或者约或至少约5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、或50％独立地是天然磷酸酯键联。
1246.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中第一结构域中所有核苷酸间键联的约5％-90％、约10-80％、约10-75％、约10-70％、10％-60％、10-50％、10-40％、10-30％、15-40％、20-30％、25-30％、或者约或至少约5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、或50％独立地是天然磷酸酯键联。
1247.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中位置+3(N+4N+3之间)、+4、+6、+8、+9、+12、+14、+15、+17和+18中的一个或多个处的一个或多个核苷酸间键联独立地是天然磷酸酯键联。
1248.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中寡核苷酸中所有核苷酸间键联的约5％-90％、约10％-80％、约10％-75％、约10％-70％、10％-60％、10％-50％、10％-40％、10％-30％、15％-40％、20％-30％、25％-30％、30％-70％、40％-70％、40％-65％、40％-60％、或者约或至少约5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、或65％独立地是硫代磷酸酯核苷酸间键联。
1249.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中第一结构域中所有核苷酸间键联的约5％-90％、约10-80％、约10-75％、约10-70％、10％-60％、10-50％、10-40％、10-30％、15-40％、20-30％、25-30％、30％-70％、40-70％、40％-65％、40％-60％、或者约或至少约5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、或65％独立地是硫代磷酸酯核苷酸间键联。
1250.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中位置+1(N+1N0之间)、+2、+5、+6、+7、+8、+11、+14、+15、+16、+17、+19、+20、+21和+22中的一个或多个处的一个或多个核苷酸间键联独立地是硫代磷酸酯核苷酸间键联。
1251.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中寡核苷酸中所有核苷酸间键联的约5％-90％、约10-80％、约10-75％、约10-70％、10％-60％、10-50％、10-40％、10-30％、10％-20％、10-15％、15-40％、15％-35％、15％-30％、15-25％、15-20％、或者约或至少约5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、或50％独立地是PN键联。
1252.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中第一结构域中所有核苷酸间键联的约5％-90％、约10-80％、约10-75％、约10-70％、10％-60％、10-50％、10-40％、10-30％、10％-20％、10-15％、15-40％、15％-35％、15％-30％、15-25％、15-20％、或者约或至少约5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、或50％独立地是PN键联。
1253.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中寡核苷酸中所有核苷酸间键联的约5％-90％、约10-80％、约10-75％、约10-70％、10％-60％、10-50％、10-40％、10-30％、10％-20％、10-15％、15-40％、15％-35％、15％-30％、15-25％、15-20％、或者约或至少约5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、或50％独立地是不带负电荷的核苷酸间键联。
1254.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中第一结构域中所有核苷酸间键联的约5％-90％、约10-80％、约10-75％、约10-70％、10％-60％、10-50％、10-40％、10-30％、10％-20％、10-15％、15-40％、15％-35％、15％-30％、15-25％、15-20％、或者约或至少约5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、或50％独立地是不带负电荷的核苷酸间键联。
1255.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中寡核苷酸中所有核苷酸间键联的约5％-90％、约10-80％、约10-75％、约10-70％、10％-60％、10-50％、10-40％、10-30％、10％-20％、10-15％、15-40％、15％-35％、15％-30％、15-25％、15-20％、或者约或至少约5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、或50％独立地是磷酰基胍核苷酸间键联。
1256.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中第一结构域中所有核苷酸间键联的约5％-90％、约10-80％、约10-75％、约10-70％、10％-60％、10-50％、10-40％、10-30％、10％-20％、10-15％、15-40％、15％-35％、15％-30％、15-25％、15-20％、或者约或至少约5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、或50％独立地是磷酰基胍核苷酸间键联。
1257.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中寡核苷酸中所有核苷酸间键联的约5％-90％、约10-80％、约10-75％、约10-70％、10％-60％、10-50％、10-40％、10-30％、10％-20％、10-15％、15-40％、15％-35％、15％-30％、15-25％、15-20％、或者约或至少约5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、或50％独立地是n001。
1258.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中第一结构域中所有核苷酸间键联的约5％-90％、约10-80％、约10-75％、约10-70％、10％-60％、10-50％、10-40％、10-30％、10％-20％、10-15％、15-40％、15％-35％、15％-30％、15-25％、15-20％、或者约或至少约5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、或50％独立地是n001。
1259.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中位置+5(N+5N+4之间)、+10、+13或+23中的一个或多个或者全部独立地是PN键联。
1260.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中位置+5(N+5N+4之间)、+10、+13或+23中的一个或多个或者全部独立地是不带负电荷的核苷酸间键联。
1261.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中位置+5(N+5N+4之间)、+10、+13或+23中的一个或多个或者全部独立地是磷酰基胍核苷酸间键联。
1262.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中位置+5(N+5N+4之间)、+10、+13或+23中的一个或多个或者全部独立地是n001。
1263.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N4的糖是2’-OR修饰的糖，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。
1264.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N3和N4之间的核苷酸间键联是天然磷酸酯键联。
1265.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N0的3’侧有5个或更多个核苷。
1266.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N0的3’侧有6个或更多个核苷。
1267.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N0的3’侧有7个或更多个核苷。
1268.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N0的3’侧有8个或更多个核苷。
1269.如权利要求1-1264中任一项所述的寡核苷酸，其中N0的3’侧有3个核苷。
1270.如权利要求1-1264中任一项所述的寡核苷酸，其中N0的3’侧有4个核苷。
1271.如权利要求1-1264中任一项所述的寡核苷酸，其中N0的3’侧有5个核苷。
1272.如权利要求1-1264中任一项所述的寡核苷酸，其中N0的3’侧有6个核苷。
1273.如权利要求1-1264中任一项所述的寡核苷酸，其中N0的3’侧有7个核苷。
1274.如权利要求1-1264中任一项所述的寡核苷酸，其中N0的3’侧有8个核苷。
1275.如权利要求1-1264中任一项所述的寡核苷酸，其中N0的3’侧有9个核苷。
1276.如权利要求1-1264中任一项所述的寡核苷酸，其中N0的3’侧有10个核苷。
1277.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N0的5’侧有5个或更多个(例如，5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30或更多个)核苷。
1278.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N0的5’侧有8个或更多个核苷。
1279.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N0的5’侧有10个或更多个核苷。
1280.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N0的5’侧有15个或更多个核苷。
1281.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N0的5’侧有16个或更多个核苷。
1282.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N0的5’侧有17个或更多个核苷。
1283.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N0的5’侧有18个或更多个核苷。
1284.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N0的5’侧有19个或更多个核苷。
1285.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N0的5’侧有20个或更多个核苷。
1286.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N0的5’侧有21个或更多个核苷。
1287.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N0的5’侧有22个或更多个核苷。
1288.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N0的5’侧有23个或更多个核苷。
1289.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N0的5’侧有24个或更多个核苷。
1290.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N0的5’侧有25个或更多个核苷。
1291.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N0的5’侧有26个或更多个核苷。
1292.如权利要求1-1277中任一项所述的寡核苷酸，其中N0的5’侧有20个核苷。
1293.如权利要求1-1277中任一项所述的寡核苷酸，其中N0的5’侧有21个核苷。
1294.如权利要求1-1277中任一项所述的寡核苷酸，其中N0的5’侧有22个核苷。
1295.如权利要求1-1277中任一项所述的寡核苷酸，其中N0的5’侧有23个核苷。
1296.如权利要求1-1277中任一项所述的寡核苷酸，其中N0的5’侧有24个核苷。
1297.如权利要求1-1277中任一项所述的寡核苷酸，其中N0的5’侧有25个核苷。
1298.如权利要求1-1277中任一项所述的寡核苷酸，其中N0的5’侧有26个核苷。
1299.如权利要求1-1277中任一项所述的寡核苷酸，其中N0的5’侧有27个核苷。
1300.如权利要求1-1277中任一项所述的寡核苷酸，其中N0的5’侧有28个核苷。
1301.如权利要求1-1277中任一项所述的寡核苷酸，其中N0的5’侧有29个核苷。
1302.如权利要求1-1277中任一项所述的寡核苷酸，其中N0的5’侧有30个或更多个核苷。
1303.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该寡核苷酸5’-末端的前1、2、3、4或5个糖各自独立地是可以提高稳定性的糖。
1304.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该寡核苷酸5’-末端的前3个糖各自独立地是可以提高稳定性的糖。
1305.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该寡核苷酸5’-末端的前4个糖各自独立地是可以提高稳定性的糖。
1306.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该寡核苷酸5’-末端的前5个糖各自独立地是可以提高稳定性的糖。
1307.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该寡核苷酸5’-末端的前1、2、3、4或5个糖各自独立地选自双环糖和2’-OR修饰的糖，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。
1308.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该寡核苷酸5’-末端的前3个糖各自独立地选自双环糖和2’-OR修饰的糖，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。
1309.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该寡核苷酸5’-末端的前4个糖各自独立地选自双环糖和2’-OR修饰的糖，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。
1310.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该寡核苷酸5’-末端的前5个糖各自独立地选自双环糖和2’-OR修饰的糖，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。
1311.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该寡核苷酸5’-末端的前3个糖各自独立地是2’-OR修饰的糖，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。
1312.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该寡核苷酸5’-末端的前4个糖各自独立地是2’-OR修饰的糖，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。
1313.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该寡核苷酸5’-末端的前5个糖各自独立地是2’-OR修饰的糖，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。
1314.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该寡核苷酸5’-末端的前1、2、3、4或5个糖各自独立地是2’-OMe或2’-MOE修饰的糖。
1315.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该寡核苷酸5’-末端的前1、2、3、4或5个糖各自独立地是2’-OMe修饰的糖。
1316.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该寡核苷酸5’-末端的前3个糖各自独立地是2’-OMe修饰的糖。
1317.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该寡核苷酸5’-末端的前4个糖各自独立地是2’-OMe修饰的糖。
1318.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该寡核苷酸5’-末端的前5个糖各自独立地是2’-OMe修饰的糖。
1319.如权利要求1-1314中任一项所述的寡核苷酸，其中该寡核苷酸5’-末端的前1、2、3、4或5个糖各自独立地是2’-MOE修饰的糖。
1320.如权利要求1-1314中任一项所述的寡核苷酸，其中该寡核苷酸5’-末端的前3个糖各自独立地是2’-MOE修饰的糖。
1321.如权利要求1-1314中任一项所述的寡核苷酸，其中该寡核苷酸5’-末端的前4个糖各自独立地是2’-MOE修饰的糖。
1322.如权利要求1-1314中任一项所述的寡核苷酸，其中该寡核苷酸5’-末端的前5个糖各自独立地是2’-MOE修饰的糖。
1323.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该寡核苷酸3’-末端的后1、2、3、4或5个糖各自独立地是可以提高稳定性的糖。
1324.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该寡核苷酸3’-末端的后3个糖各自独立地是可以提高稳定性的糖。
1325.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该寡核苷酸3’-末端的后4个糖各自独立地是可以提高稳定性的糖。
1326.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该寡核苷酸3’-末端的后5个糖各自独立地是可以提高稳定性的糖。
1327.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该寡核苷酸3’-末端的后1、2、3、4或5个糖各自独立地选自双环糖和2’-OR修饰的糖，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。
1328.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该寡核苷酸3’-末端的后3个糖各自独立地选自双环糖和2’-OR修饰的糖，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。
1329.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该寡核苷酸3’-末端的后4个糖各自独立地选自双环糖和2’-OR修饰的糖，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。
1330.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该寡核苷酸3’-末端的后5个糖各自独立地选自双环糖和2’-OR修饰的糖，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。
1331.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该寡核苷酸3’-末端的后3个糖各自独立地是2’-OR修饰的糖，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。
1332.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该寡核苷酸3’-末端的后4个糖各自独立地是2’-OR修饰的糖，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。
1333.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该寡核苷酸3’-末端的后5个糖各自独立地是2’-OR修饰的糖，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。
1334.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该寡核苷酸3’-末端的后1、2、3、4或5个糖各自独立地是2’-OMe或2’-MOE修饰的糖。
1335.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该寡核苷酸3’-末端的后1、2、3、4或5个糖各自独立地是2’-OMe修饰的糖。
1336.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该寡核苷酸3’-末端的后3个糖各自独立地是2’-OMe修饰的糖。
1337.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该寡核苷酸3’-末端的后4个糖各自独立地是2’-OMe修饰的糖。
1338.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该寡核苷酸3’-末端的后5个糖各自独立地是2’-OMe修饰的糖。
1339.如权利要求1-1334中任一项所述的寡核苷酸，其中该寡核苷酸3’-末端的后1、2、3、4或5个糖各自独立地是2’-MOE修饰的糖。
1340.如权利要求1-1334中任一项所述的寡核苷酸，其中该寡核苷酸3’-末端的后3个糖各自独立地是2’-MOE修饰的糖。
1341.如权利要求1-1334中任一项所述的寡核苷酸，其中该寡核苷酸3’-末端的后4个糖各自独立地是2’-MOE修饰的糖。
1342.如权利要求1-1334中任一项所述的寡核苷酸，其中该寡核苷酸3’-末端的后5个糖各自独立地是2’-MOE修饰的糖。
1343.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中从寡核苷酸5’-末端开始的第一核苷酸间键联是PN键联。
1344.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中从寡核苷酸5’-末端开始的第一核苷酸间键联是不带负电荷的核苷酸间键联。
1345.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中从寡核苷酸5’-末端开始的第一核苷酸间键联是中性核苷酸间键联。
1346.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中从寡核苷酸5’-末端开始的第一核苷酸间键联是磷酰基胍核苷酸间键联。
1347.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中从寡核苷酸5’-末端开始的第一核苷酸间键联是n001。
1348.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中从该5’-末端开始的第一核苷酸间键联是手性控制的并且是Rp。
1349.如权利要求1-1347中任一项所述的寡核苷酸，其中从该5’-末端开始的第一核苷酸间键联是手性控制的并且是Sp。
1350.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中与从该5’-末端开始的第3核苷键合的两个核苷酸间键联各自独立地是硫代磷酸酯核苷酸间键联。
1351.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中与从该5’-末端开始的第4核苷键合的两个核苷酸间键联各自独立地是硫代磷酸酯核苷酸间键联。
1352.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中与从该5’-末端开始的第5核苷键合的两个核苷酸间键联各自独立地是硫代磷酸酯核苷酸间键联。
1353.如权利要求1350-1352中任一项所述的寡核苷酸，其中每个硫代磷酸酯核苷酸间键联是手性控制的。
1354.如权利要求1353所述的寡核苷酸，其中每个硫代磷酸酯核苷酸间键联是Sp。
1355.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中从寡核苷酸3’-末端开始的第一核苷酸间键联是PN键联。
1356.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中从寡核苷酸3’-末端开始的第一核苷酸间键联是不带负电荷的核苷酸间键联。
1357.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中从寡核苷酸3’-末端开始的第一核苷酸间键联是中性核苷酸间键联。
1358.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中从寡核苷酸3’-末端开始的第一核苷酸间键联是磷酰基胍核苷酸间键联。
1359.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中从寡核苷酸3’-末端开始的第一核苷酸间键联是n001。
1360.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中从该3’-末端开始的第一核苷酸间键联是手性控制的并且是Rp。
1361.如权利要求1-1360中任一项所述的寡核苷酸，其中从该3’-末端开始的第一核苷酸间键联是手性控制的并且是Sp。
1362.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中与靶腺苷相反的核苷(位置0，这样的核苷：N0)的糖是天然DNA糖。
1363.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中位置+1的核苷(N0的5’-侧最接近的核苷；即，5’-...N+1N0...-3’的N+1)的糖是天然DNA糖。
1364.如权利要求1-1362中任一项所述的寡核苷酸，其中位置+1的核苷(N0的5’-侧最接近的核苷；即，5’-...N+1N0...-3’的N+1)的糖是2’-F修饰的糖。
1365.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中位置+2的核苷(5’-...N+ 2N+1N0...-3’的N+2)的糖是2’-F修饰的糖。
1366.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中位置-1的核苷(5’-…N+2N+ 1N0N-1…-3’的N-1)的糖是天然DNA糖。
1367.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中位置-2的核苷(5’-…N+2N+ 1N0N-1N-2...-3’的N-2)的糖是可以提高稳定性的糖。
1368.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中位置-2的核苷(5’-…N+2N+ 1N0N-1N-2...-3’的N-2)的糖是双环糖或2’-OR修饰的糖，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。
1369.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中位置-2的核苷(5’-…N+2N+ 1N0N-1N-2...-3’的N-2)的糖是双环糖。
1370.如权利要求1-1368中任一项所述的寡核苷酸，其中位置-2的核苷(5’-…N+ 2N+1N0N-1N-2…-3’的N-2)的糖是2’-OR修饰的糖，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。
1371.如权利要求1-1368中任一项所述的寡核苷酸，其中位置-2的核苷(5’-…N+ 2N+1N0N-1N-2…-3’的N-2)的糖是2’-OMe修饰的糖。
1372.如权利要求1-1368中任一项所述的寡核苷酸，其中位置-2的核苷(5’-…N+ 2N+1N0N-1N-2...-3’的N-2)的糖是2’-MOE修饰的糖。
1373.如权利要求1-1368中任一项所述的寡核苷酸，其中位置-2的核苷(5’-…N+ 2N+1N0N-1N-2…-3’的N-2)的糖是2’-MOE修饰的糖。
1374.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中位置-3的核苷(5’-…N+2N+ 1N0N-1N-2N-3…-3’的N-3)的糖是2’-F修饰的糖。
1375.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N-3后的核苷(例如，N-4、N-5、N-6等)的每个糖独立地是可以增加稳定性的糖。
1376.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N-3后的核苷(例如，N-4、N-5、N-6等)的每个糖独立地是双环糖或2’-OR修饰的糖，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。
1377.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N-3后的核苷(例如，N-4、N-5、N-6等)的糖是双环糖。
1378.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N-3后的核苷(例如，N-4、N-5、N-6等)的糖是2’-OR修饰的糖，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。
1379.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N-3后的核苷(例如，N-4、N-5、N-6等)的糖是2’-OMe修饰的糖。
1380.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N-3后的核苷(例如，N-4、N-5、N-6等)的糖是2’-MOE修饰的糖。
1381.如权利要求1-1376中任一项所述的寡核苷酸，其中N-3后的核苷(例如，N-4、N-5、N-6等)的每个糖独立地是2’-OR修饰的糖，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。
1382.如权利要求1-1376中任一项所述的寡核苷酸，其中N-3后的核苷(例如，N-4、N-5、N-6等)的每个糖独立地是2’-OMe修饰的糖。
1383.如权利要求1-1376中任一项所述的寡核苷酸，其中N-3后的核苷(例如，N-4、N-5、N-6等)的每个糖独立地是2’-MOE修饰的糖。
1384.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中与N+1或N0键合的每个核苷酸间键联独立地是硫代磷酸酯核苷酸间键联。
1385.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中与N+1或N0键合的每个核苷酸间键联独立地是Sp硫代磷酸酯核苷酸间键联。
1386.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1和N-2之间的核苷酸间键联是PN键联。
1387.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1和N-2之间的核苷酸间键联是不带负电荷的核苷酸间键联。
1388.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1和N-2之间的核苷酸间键联是中性核苷酸间键联。
1389.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1和N-2之间的核苷酸间键联是磷酰基胍核苷酸间键联。
1390.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1和N-2之间的核苷酸间键联是n001。
1391.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1和N-2之间的核苷酸间键联是手性控制的并且是Rp。
1392.如权利要求1-1390中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1和N-2之间的核苷酸间键联是手性控制的并且是Sp。
1393.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中与N-3后的核苷(例如，N-4、N-5、N-6等)键合的每个核苷酸间键联独立地是硫代磷酸酯核苷酸间键联，除了从该3’-末端开始的第一核苷酸间键联之外。
1394.如权利要求1393所述的寡核苷酸，其中该硫代磷酸酯核苷酸间键联是手性控制的并且是Sp。
1395.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中双环糖是LNA糖或cEt糖。
1396.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该寡核苷酸包含1-10个(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个)天然磷酸酯键联。
1397.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该寡核苷酸包含不超过5个(例如，1、2、3、4或5个)天然磷酸酯键联。
1398.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该寡核苷酸包含不超过10个(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10个)n001。
1399.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该寡核苷酸包含不超过10个(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10个)磷酰基胍核苷酸间键联。
1400.一种包含双链体区域和靶向区域的寡核苷酸，其中靶向区域是或包含如前述权利要求中任一项所述的第二区域。
1401.一种包含双链体区域和靶向区域的寡核苷酸，其中靶向区域是或包含如前述权利要求中任一项所述的5’-N1N0N-1-3’。
1402.如权利要求1400-1401中任一项所述的寡核苷酸，其中双链体区域能够与核酸(双链体核酸)形成双链体。
1403.如权利要求1400-1402中任一项所述的寡核苷酸，其中靶向区能够与包含靶腺苷的靶核酸形成双链体。
1404.如权利要求1400-1403中任一项所述的寡核苷酸，其中双链体核酸不是靶核酸。
1405.如权利要求1400-1403中任一项所述的寡核苷酸，其中该寡核苷酸是如权利要求1-1399中任一项所述的寡核苷酸。
1406.如权利要求1400-1405中任一项所述的寡核苷酸，其中靶向区域的长度为约或至少约10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30个核苷。
1407.如权利要求1400-1406中任一项所述的寡核苷酸，其中双链体区域的长度为约或至少约10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30个核苷。
1408.如权利要求1400-1407中任一项所述的寡核苷酸，其中双链体寡核苷酸的长度为约或至少约10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30个核苷。
1409.如权利要求1400-1408中任一项所述的寡核苷酸，其中双链体寡核苷酸包含阶梯环(step loop)。
1410.如权利要求1400-1409中任一项所述的寡核苷酸，其中该寡核苷酸包含一个或多个经修饰的糖、一个或多个经修饰的核苷酸间键联、和一个或多个天然磷酸酯键联。
1411.如权利要求1400-1410中任一项所述的寡核苷酸，其中该寡核苷酸不是手性控制的。
1412.如权利要求1400-1411中任一项所述的寡核苷酸，其中该双链体寡核苷酸包含一个或多个经修饰的糖和一个或多个经修饰的核苷酸间键联。
1413.如权利要求1400-1412中任一项所述的寡核苷酸，其中该双链体寡核苷酸中的大部分或所有糖是经修饰的糖。
1414.如权利要求1400-1412中任一项所述的寡核苷酸，其中该双链体寡核苷酸中的大部分或所有糖是2’-F修饰的糖。
1415.如权利要求1400-1412中任一项所述的寡核苷酸，其中该双链体寡核苷酸中的大部分或所有糖是2’-OR修饰的糖，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。
1416.如权利要求1400-1412中任一项所述的寡核苷酸，其中该双链体寡核苷酸中的大部分或所有糖是2’-OMe修饰的糖。
1417.如权利要求1400-1416中任一项所述的寡核苷酸，其中该双链体寡核苷酸中的大部分或所有核苷酸间键联是经修饰的。
1418.如权利要求1400-1417中任一项所述的寡核苷酸，其中该双链体寡核苷酸中的大部分或所有核苷酸间键联是硫代磷酸酯核苷酸间键联。
1419.如权利要求1400-1418中任一项所述的寡核苷酸，其中该双链体寡核苷酸是手性控制的。
1420.如权利要求1400-1419中任一项所述的寡核苷酸，其中该双链体寡核苷酸中的大部分或所有核苷酸间键联是Sp硫代磷酸酯核苷酸间键联。
1421.如权利要求1400-1420中任一项所述的寡核苷酸，其中该寡核苷酸及其双链体寡核苷酸作为双链体施用。
1422.如权利要求1400-1420中任一项所述的寡核苷酸，其中该寡核苷酸及其双链体寡核苷酸分开施用。
1423.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中每个糖独立地选自天然DNA糖、天然RNA糖、2’-F修饰的糖和2’-OR修饰的糖，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。
1424.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中每个糖独立地选自天然DNA糖、天然RNA糖、2’-F修饰的糖和2’-OMe或2’-MOE修饰的糖。
1425.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中每个核苷酸间键联独立地选自天然磷酸酯键联、PN键联和硫代磷酸酯核苷酸间键联。
1426.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中每个核苷酸间键联独立地选自天然磷酸酯键联、不带负电荷的核苷酸间键联和硫代磷酸酯核苷酸间键联。
1427.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中每个核苷酸间键联独立地选自天然磷酸酯键联、中性核苷酸间键联和硫代磷酸酯核苷酸间键联。
1428.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中每个核苷酸间键联独立地选自天然磷酸酯键联、磷酰基胍核苷酸间键联和硫代磷酸酯核苷酸间键联。
1429.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中每个核苷酸间键联独立地选自天然磷酸酯键联、n001和硫代磷酸酯核苷酸间键联。
1430.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中位置17处的核苷的糖不是2’-MOE修饰的糖。
1431.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中位置23处的核苷的糖不是2’-MOE修饰的糖。
1432.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中位置9处的核苷的糖不是2’-OMe修饰的糖。
1433.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中位置14处的核苷的糖是2’-OMe修饰的糖。
1434.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中位置7处的核苷酸间键联不是n001。
1435.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中位置17处的核苷酸间键联不是n001。
1436.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中位置27处的核苷酸间键联不是n001。
1437.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中位置28处的核苷酸间键联不是n001。
1438.如权利要求1434-1437中任一项所述的寡核苷酸，其中该核苷酸间键联不是磷酰基胍核苷酸间键联。
1439.如权利要求1434-1437中任一项所述的寡核苷酸，其中该核苷酸间键联不是PN核苷酸间键联。
1440.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中位置17处的核苷酸间键联不是天然磷酸酯键联。
1441.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中位置18处的核苷酸间键联是天然磷酸酯键联。
1442.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中位置19处的核苷酸间键联是天然磷酸酯键联。
1443.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中位置27处的核苷酸间键联是天然磷酸酯键联。
1444.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中位置10处的核苷酸间键联不是Rp硫代磷酸酯核苷酸间键联。
1445.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中位置12处的核苷酸间键联不是Rp硫代磷酸酯核苷酸间键联。
1446.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中位置21处的核苷酸间键联不是Rp硫代磷酸酯核苷酸间键联。
1447.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中位置28处的核苷酸间键联不是Rp硫代磷酸酯核苷酸间键联。
1448.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该寡核苷酸的碱基序列与MECP2转录物中相等长度的碱基序列互补。
1449.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该寡核苷酸或其一部分的碱基序列(例如，约10-40、10-30、10-25或15-25，或约10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30个或更多个核碱基)与具有与该寡核苷酸或其一部分相同长度的MECP2转录物的特征部分互补。
1450.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该寡核苷酸与MECP2转录物形成双链体。
1451.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该寡核苷酸靶向MECP2转录物并且能够编辑其中的腺苷。
1452.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该寡核苷酸靶向MECP2转录物并且能够编辑其中的提前终止密码子。
1453.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该寡核苷酸能够编辑MECP2转录物中的R168X突变。
1454.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该寡核苷酸能够编辑MECP2转录物中的R255X突变。
1455.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该寡核苷酸能够编辑MECP2转录物中的R270X突变。
1456.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该寡核苷酸能够编辑MECP2转录物中的R294X突变。
1457.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中提前终止密码子被编辑为编码W的密码子。
1458.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该寡核苷酸呈盐形式。
1459.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该寡核苷酸呈药学上可接受的盐形式。
1460.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中一个或多个(例如，5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20或更多个)手性键联磷中心的非对映体过量独立地为约或至少约80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％。
1461.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中一个或多个(例如，5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20或更多个)手性键联磷中心的非对映体过量独立地为约或至少约90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％。
1462.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中每个硫代磷酸酯键联磷的非对映体过量独立地为约或至少约80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％。
1463.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中每个硫代磷酸酯键联磷的非对映体过量独立地为约或至少约90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％。
1464.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中每个手性键联磷中心的非对映体过量独立地为约或至少约80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％。
1465.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中每个手性键联磷中心的非对映体过量独立地为约或至少约90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％。
1466.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该寡核苷酸具有约10％-100％(例如，约10％-95％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，或者约或至少约10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等)的纯度。
1467.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该寡核苷酸具有约50％-100％(例如，约50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，或至少约50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等)的纯度。
1468.一种药物组合物，该药物组合物包含或递送有效量的如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸或其药学上可接受的盐和药学上可接受的载剂。
1469.一种包含多个寡核苷酸的寡核苷酸组合物，其中该多个寡核苷酸共享：
1)共同碱基序列，和
2)独立地在一个或多个(例如，约1-50、1-40、1-30、1-25、1-20、1-15、1-10、5-50、5-40、5-30、5-25、5-20、5-15、5-10，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24或25个或更多个)手性核苷酸间键联(“手性控制的核苷酸间键联”)处相同的键联磷立体化学；
其中该多个寡核苷酸各自独立地是如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸或其酸、碱或盐形式。
1470.一种包含多个寡核苷酸的寡核苷酸组合物，其中该多个寡核苷酸共享：
1)共同碱基序列，和
2)独立地在一个或多个(例如，约1-50、1-40、1-30、1-25、1-20、1-15、1-10、5-50、5-40、5-30、5-25、5-20、5-15、5-10，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24或25个或更多个)手性核苷酸间键联(“手性控制的核苷酸间键联”)处相同的键联磷立体化学；
其中该多个寡核苷酸各自独立地是如权利要求1590-1613中任一项所述的寡核苷酸或其酸、碱或盐形式。
1471.一种包含多个寡核苷酸的寡核苷酸组合物，其中该多个寡核苷酸共享：
1)共同碱基序列，和
2)独立地在一个或多个(例如，约1-50、1-40、1-30、1-25、1-20、1-15、1-10、5-50、5-40、5-30、5-25、5-20、5-15、5-10，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24或25个或更多个)手性核苷酸间键联(“手性控制的核苷酸间键联”)处相同的键联磷立体化学；
其中该共同碱基序列与核酸的一部分的碱基序列互补，该部分包含靶腺苷。
1472.如权利要求1471所述的组合物，其中该共同碱基序列与核酸的一部分的碱基序列互补，具有0-10个(例如，0-1、0-2、0-3、0-4、0-5、0-6、0-7、0-8、0-9、0-10、1-2、1-3、1-4、1-5、1-6、1-7、1-8、1-9、1-10、2-3、2-4、2-5、2-6、2-7、2-8、2-9、2-10、3-4、3-5、3-6、3-7、3-8、3-9、3-10，0、1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个等)不是沃森-克里克碱基对的错配。
1473.如权利要求1471所述的组合物，其中该共同碱基序列与核酸的一部分的碱基序列互补，具有0-5个不是沃森-克里克碱基对的错配。
1474.如权利要求1471所述的组合物，其中除了与靶腺苷相反的核苷，该共同碱基序列在该共同碱基序列的整个长度上与核酸的一部分的碱基序列100％互补。
1475.如权利要求1471所述的组合物，其中该共同碱基序列在该共同碱基序列的整个长度上与核酸的一部分的碱基序列100％互补。
1476.如权利要求1469-1475中任一项所述的组合物，其中当在表达ADAR的系统中与核酸接触时，该组合物能够靶向A至I。
1477.如权利要求1469-1476中任一项所述的组合物，其中该靶腺苷是与病症、障碍或疾病相关联的G至A突变。
1478.如权利要求1469-1477中任一项所述的组合物，其中该多种寡核苷酸共享相同的碱基和糖修饰。
1479.如权利要求1469-1478中任一项所述的组合物，其中该多种寡核苷酸共享相同的骨架手性中心模式。
1480.如权利要求1469-1479中任一项所述的组合物，其中与没有核苷酸间键联是手性控制的寡核苷酸的立体随机制备物相比，该组合物富集该多个寡核苷酸。
1481.如权利要求1469-1479中任一项所述的组合物，其中该组合物中共享该共同碱基序列以及相同碱基和糖修饰的所有寡核苷酸中的非随机水平是该多个寡核苷酸。
1482.如权利要求1469-1479中任一项所述的组合物，其中该组合物中的共享共同的碱基序列的所有寡核苷酸中的非随机水平是该多个寡核苷酸。
1483.如权利要求1469-1482中任一项所述的组合物，其中该多个寡核苷酸是相同的寡核苷酸或其一种或多种药学上可接受的盐。
1484.如权利要求1469-1482中任一项所述的组合物，其中该多个寡核苷酸是相同酸形式寡核苷酸的一种或多种药学上可接受的盐。
1485.如权利要求1469-1482中任一项所述的组合物，其中该多个寡核苷酸具有相同的构成。
1486.如权利要求1485所述的组合物，其中该组合物中与该多个寡核苷酸共享相同碱基序列的所有寡核苷酸中的非随机水平是该多个寡核苷酸。
1487.如权利要求1485所述的组合物，其中该组合物中的共享相同构造的所有寡核苷酸中的非随机水平是该多个寡核苷酸。
1488.如权利要求1469-1482中任一项所述的组合物，其中该多个寡核苷酸具有相同的结构。
1489.如权利要求1469-1488中任一项所述的组合物，其中该多个寡核苷酸是钠盐。
1490.如权利要求1469-1489中任一项所述的组合物，其中该多个寡核苷酸在10个或更多个手性核苷酸间键联处共享相同的键联磷立体化学。
1491.如权利要求1469-1490中任一项所述的组合物，其中该多个寡核苷酸在每个硫代磷酸酯核苷酸间键联处共享相同的键联磷立体化学。
1492.如权利要求1469-1491中任一项所述的组合物，其中该多个寡核苷酸在一个或多个或任何不带负电荷的核苷酸间键联处不共享相同的键联磷立体化学。
1493.如权利要求1469-1492中任一项所述的组合物，其中该多个寡核苷酸在一个或多个或任何PN键联处不共享相同的键联磷立体化学。
1494.一种包含一种或多种多个寡核苷酸的寡核苷酸组合物，其中每种多个寡核苷酸独立地共享：
1)共同碱基序列，和
2)独立地在一个或多个(例如，约1-50、1-40、1-30、1-25、1-20、1-15、1-10、5-50、5-40、5-30、5-25、5-20、5-15、5-10，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24或25个或更多个)手性核苷酸间键联(“手性控制的核苷酸间键联”)处相同的键联磷立体化学；
其中该多个寡核苷酸各自独立地是如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸或其酸、碱或盐形式。
1495.一种包含一种或多种多个寡核苷酸的寡核苷酸组合物，其中每种多个寡核苷酸独立地共享：
1)共同碱基序列，和
2)独立地在一个或多个(例如，约1-50、1-40、1-30、1-25、1-20、1-15、1-10、5-50、5-40、5-30、5-25、5-20、5-15、5-10，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24或25个或更多个)手性核苷酸间键联(“手性控制的核苷酸间键联”)处相同的键联磷立体化学；
其中该多个寡核苷酸各自独立地是如前述权利要求和权利要求1590-1613中任一项所述的寡核苷酸，或其酸、碱或盐形式。
1496.一种包含一种或多种多个寡核苷酸的寡核苷酸组合物，其中每种多个寡核苷酸独立地共享：
1)共同碱基序列，和
2)独立地在一个或多个(例如，约1-50、1-40、1-30、1-25、1-20、1-15、1-10、5-50、5-40、5-30、5-25、5-20、5-15、5-10，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24或25个或更多个)手性核苷酸间键联(“手性控制的核苷酸间键联”)处相同的键联磷立体化学；
其中该多个寡核苷酸各自独立地是如权利要求1590-1613中任一项所述的寡核苷酸或其酸、碱或盐形式。
1497.一种包含一种或多种多个寡核苷酸的寡核苷酸组合物，其中每种多个寡核苷酸独立地共享：
1)共同碱基序列，和
2)独立地在一个或多个(例如，约1-50、1-40、1-30、1-25、1-20、1-15、1-10、5-50、5-40、5-30、5-25、5-20、5-15、5-10，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24或25个或更多个)手性核苷酸间键联(“手性控制的核苷酸间键联”)处相同的键联磷立体化学；
其中多个寡核苷酸各自的共同碱基序列独立地与核酸的一部分的碱基序列互补，该部分包含靶腺苷。
1498.如权利要求所述的组合物，其中该共同碱基序列与核酸的一部分的碱基序列互补，具有0-10个(例如，0-1、0-2、0-3、0-4、0-5、0-6、0-7、0-8、0-9、0-10、1-2、1-3、1-4、1-5、1-6、1-7、1-8、1-9、1-10、2-3、2-4、2-5、2-6、2-7、2-8、2-9、2-10、3-4、3-5、3-6、3-7、3-8、3-9、3-10，0、1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个等)不是沃森-克里克碱基对的错配。
1499.如权利要求1498所述的组合物，其中每种多个寡核苷酸的该共同碱基序列独立地与核酸的一部分的碱基序列互补，具有0-5个不是沃森-克里克碱基对的错配。
1500.如权利要求1498所述的组合物，其中除了与靶腺苷相反的核苷，每种多个寡核苷酸的该共同碱基序列独立地在该共同碱基序列的整个长度上与核酸的一部分的碱基序列100％互补。
1501.如权利要求1498所述的组合物，其中每种多个寡核苷酸的该共同碱基序列独立地在该共同碱基序列的整个长度上与核酸的一部分的碱基序列100％互补。
1502.如权利要求1494-1501中任一项所述的组合物，其中当在表达ADAR的系统中与核酸接触时，每种多个寡核苷酸可以独立地编辑靶标A至I。
1503.如权利要求1494-1502中任一项所述的组合物，其中靶腺苷是与病症、障碍或疾病相关联的G至A突变。
1504.如权利要求1494-1503中任一项所述的组合物，其中该组合物包含两种或更多种(例如，2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种)多个寡核苷酸。
1505.如权利要求1494-1504中任一项所述的组合物，其中至少两种多个寡核苷酸的共同碱基序列是不同的。
1506.如权利要求1494-1505中任一项所述的组合物，其中没有两种多个寡核苷酸共享相同的共同碱基序列。
1507.如权利要求1494-1506中任一项所述的组合物，其中至少两种多个寡核苷酸靶向不同的腺苷。
1508.如权利要求1494-1507中任一项所述的组合物，其中没有两种多个寡核苷酸靶向相同的腺苷。
1509.如权利要求1494-1508中任一项所述的组合物，其中至少两种多个寡核苷酸靶向不同的转录物。
1510.如权利要求1494-1509中任一项所述的组合物，其中没有两种多个寡核苷酸靶向相同的转录物。
1511.如权利要求1494-1510中任一项所述的组合物，其中至少两种多个寡核苷酸靶向来自不同多核苷酸的转录物中的腺苷残基。
1512.如权利要求1494-1513中任一项所述的组合物，其中没有两种多个寡核苷酸靶向来自相同多核苷酸的转录物。
1513.如权利要求1494-1512中任一项所述的组合物，其中至少两种多个寡核苷酸靶向来自不同基因的转录物中的腺苷残基。
1514.如权利要求1494-1513中任一项所述的组合物，其中没有两种多个寡核苷酸靶向来自相同基因的转录物。
1515.如权利要求1494-1514中任一项所述的组合物，其中每种多个寡核苷酸独立地共享该多个寡核苷酸内相同的碱基和糖修饰。
1516.如权利要求1494-1515中任一项所述的组合物，其中每种多个寡核苷酸独立地共享该多个寡核苷酸内相同的骨架手性中心模式。
1517.如权利要求1494-1516中任一项所述的组合物，其中独立地对于每种多个寡核酸，与没有核苷酸间键联是手性控制的多个寡核苷酸的立体随机制备物相比，该组合物富集该多个寡核苷酸。
1518.如权利要求1494-1517中任一项所述的组合物，其中独立地对于每种多个寡核酸，该组合物中共享该共同碱基序列以及相同碱基和糖修饰的所有寡核苷酸中的非随机水平是该多个寡核苷酸。
1519.如权利要求1494-1517中任一项所述的组合物，其中独立地对于每种多个寡核酸，该组合物中共享该共同碱基序列的所有寡核苷酸中的非随机水平是该多个寡核苷酸。
1520.如权利要求1494-1519中任一项所述的组合物，其中独立地对于每种多个寡核酸，该多个寡核苷酸是相同的寡核苷酸或其一种或多种药学上可接受的盐。
1521.如权利要求1494-1520中任一项所述的组合物，其中独立地对于每种多个寡核酸，该多个寡核苷酸是相同酸形式寡核苷酸的一种或多种药学上可接受的盐。
1522.如权利要求1494-1519中任一项所述的组合物，其中独立地对于每种多个寡核苷酸，该多个寡核苷酸具有相同的构成。
1523.如权利要求1522所述的组合物，其中独立地对于每种多个寡核苷酸，该组合物中与该多个寡核苷酸共享相同碱基序列的所有寡核苷酸中的非随机水平是该多个寡核苷酸。
1524.如权利要求1522所述的组合物，其中独立地对于每种多个寡核酸，该组合物中共享相同构成的所有寡核苷酸中的非随机水平是该多个寡核苷酸。
1525.如权利要求1494-1524中任一项所述的组合物，其中独立地对于一种或两种或所有多个寡核苷酸，该多个寡核苷酸具有相同结构。
1526.如权利要求1494-1525中任一项所述的组合物，其中独立地对于一种或两种或所有多个寡核苷酸，该多个寡核苷酸各自独立地是药学上可接受的盐形式。
1527.如权利要求1494-1525中任一项所述的组合物，其中独立地对于一种或两种或所有多个寡核苷酸，该多个寡核苷酸是钠盐。
1528.如权利要求1494-1527中任一项所述的组合物，其中独立地对于一种或两种或所有多个寡核苷酸，该多个寡核苷酸在10个或更多个手性核苷酸间键联处共享相同的键联磷立体化学。
1529.如权利要求1494-1528中任一项所述的组合物，其中独立地对于每种多个寡核苷酸，该多个寡核苷酸在10个或更多个手性核苷酸间键联处共享相同的键联磷立体化学。
1530.如权利要求1494-1529中任一项所述的组合物，其中独立地对于一种或两种或所有多个寡核苷酸，该多个寡核苷酸在每个硫代磷酸酯核苷酸间键联处共享相同的键联磷立体化学。
1531.如权利要求1494-1530中任一项所述的组合物，其中独立地对于每种多个寡核苷酸，该多个寡核苷酸在每个硫代磷酸酯核苷酸间键联处共享相同的键联磷立体化学。
1532.如权利要求1494-1531中任一项所述的组合物，其中独立地对于一种或两种或所有多个寡核苷酸，该多个寡核苷酸在一个或多个或任何PN键联处不共享相同的键联磷立体化学。
1533.如权利要求1494-1532中任一项所述的组合物，其中独立地对于每种多个寡核苷酸，该多个寡核苷酸在一个或多个或任何PN键联处不共享相同的键联磷立体化学。
1534.如权利要求1494-1533中任一项所述的组合物，其中独立地对于一种或两种或所有多个寡核苷酸，该多个寡核苷酸不在一个或多个或任何不带负电荷的核苷酸间键联处共享相同的键联磷立体化学。
1535.如权利要求1494-1534中任一项所述的组合物，其中独立地对于每种多个寡核苷酸，该多个寡核苷酸在一个或多个或任何不带负电荷的核苷酸间键联处不共享相同的键联磷立体化学。
1536.一种包含属于特定寡核苷酸类型的多个寡核苷酸的组合物，该多个寡核苷酸的特征在于：
a)共同碱基序列；
b)共同骨架键联模式；
c)共同骨架手性中心模式；
d)共同骨架磷修饰模式；
该组合物是手性控制的，因为该组合物相对于具有相同的共同碱基序列、骨架键联模式和骨架磷修饰模式的寡核苷酸的基本上外消旋的制备物，富集该特定寡核苷酸类型的寡核苷酸，或在该组合物中共享该共同碱基序列的所有寡核苷酸中的非随机水平是该多个寡核苷酸；以及
其中该多个寡核苷酸各自独立地是如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸或其酸、碱或盐形式。
1537.一种包含属于特定寡核苷酸类型的多个寡核苷酸的组合物，该多个寡核苷酸的特征在于：
a)共同碱基序列；
b)共同骨架键联模式；
c)共同骨架手性中心模式；
d)共同骨架磷修饰模式；
该组合物是手性控制的，因为该组合物相对于具有相同的共同碱基序列、骨架键联模式和骨架磷修饰模式的寡核苷酸的基本上外消旋的制备物，富集该特定寡核苷酸类型的寡核苷酸，或在该组合物中共享该共同碱基序列的所有寡核苷酸中的非随机水平是该多个寡核苷酸；以及
其中该多个寡核苷酸各自独立地是如权利要求1590-1613中任一项所述的寡核苷酸或其酸、碱或盐形式。
1538.一种包含属于特定寡核苷酸类型的多个寡核苷酸的组合物，该多个寡核苷酸的特征在于：
a)共同碱基序列；
b)共同骨架键联模式；
c)共同骨架手性中心模式；
d)共同骨架磷修饰模式；
该组合物是手性控制的，因为该组合物相对于具有相同的共同碱基序列、骨架键联模式和骨架磷修饰模式的寡核苷酸的基本上外消旋的制备物，富集该特定寡核苷酸类型的寡核苷酸，或在该组合物中共享该共同碱基序列的所有寡核苷酸中的非随机水平是该多个寡核苷酸；以及
其中该共同碱基序列与核酸的一部分的碱基序列互补，该部分包含靶腺苷。
1539.如权利要求1538所述的组合物，其中该共同碱基序列与核酸的一部分的碱基序列互补，具有0-10个(例如，0-1、0-2、0-3、0-4、0-5、0-6、0-7、0-8、0-9、0-10、1-2、1-3、1-4、1-5、1-6、1-7、1-8、1-9、1-10、2-3、2-4、2-5、2-6、2-7、2-8、2-9、2-10、3-4、3-5、3-6、3-7、3-8、3-9、3-10，0、1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个等)不是沃森-克里克碱基对的错配。
1540.如权利要求1538所述的组合物，其中该共同碱基序列与核酸的一部分的碱基序列互补，具有0-5个不是沃森-克里克碱基对的错配。
1541.如权利要求1538所述的组合物，其中除了与靶腺苷相反的核苷，该共同碱基序列在该共同碱基序列的整个长度上与核酸的一部分的碱基序列100％互补。
1542.如权利要求1538所述的组合物，其中该共同碱基序列在该共同碱基序列的整个长度上与核酸的一部分的碱基序列100％互补。
1543.如权利要求1536-1542中任一项所述的组合物，其中当在表达ADAR的系统中与核酸接触时，该组合物能够靶向A至I。
1544.如权利要求1536-1543中任一项所述的组合物，其中该靶腺苷是与病症、障碍或疾病相关联的G至A突变。
1545.如权利要求1536-1544中任一项所述的组合物，其中相对于具有相同的共同碱基序列、骨架键联模式和骨架磷修饰模式的寡核苷酸的基本上外消旋的制备物，该组合物富集该特定寡核苷酸类型的寡核苷酸。
1546.一种包含多个寡核苷酸的组合物，其中该多个寡核苷酸各自独立地是特定寡核苷酸或其盐，其中该特定寡核苷酸是如权利要求1-1459中任一项所述的寡核苷酸。
1547.一种包含多个寡核苷酸的组合物，其中该多个寡核苷酸各自独立地是特定寡核苷酸或其盐，其中该特定寡核苷酸是如权利要求1-1459中任一项所述的寡核苷酸，其中该组合物中共享该特定寡核苷酸的碱基序列的所有寡核苷酸中的至少约5％-100％、10％-100％、20-100％、30％-100％、40％-100％、50％-100％、5％-90％、10％-90％、20-90％、30％-90％、40％-90％、50％-90％、5％-85％、10％-85％、20-85％、30％-85％、40％-85％、50％-85％、5％-80％、10％-80％、20-80％、30％-80％、40％-80％、50％-80％、5％-75％、10％-75％、20-75％、30％-75％、40％-75％、50％-75％、5％-70％、10％-70％、20-70％、30％-70％、40％-70％、50％-70％、5％-65％、10％-65％、20-65％、30％-65％、40％-65％、50％-65％、5％-60％、10％-60％、20-60％、30％-60％、40％-60％、50％-60％、5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％是该多个寡核苷酸。
1548.一种包含多个寡核苷酸的组合物，其中该多个寡核苷酸各自独立地是特定寡核苷酸或其盐，其中该特定寡核苷酸是如权利要求1-1459中任一项所述的寡核苷酸，其中该组合物中共享该特定寡核苷酸或其盐组成的所有寡核苷酸中的至少约5％-100％、10％-100％、20-100％、30％-100％、40％-100％、50％-100％、5％-90％、10％-90％、20-90％、30％-90％、40％-90％、50％-90％、5％-85％、10％-85％、20-85％、30％-85％、40％-85％、50％-85％、5％-80％、10％-80％、20-80％、30％-80％、40％-80％、50％-80％、5％-75％、10％-75％、20-75％、30％-75％、40％-75％、50％-75％、5％-70％、10％-70％、20-70％、30％-70％、40％-70％、50％-70％、5％-65％、10％-65％、20-65％、30％-65％、40％-65％、50％-65％、5％-60％、10％-60％、20-60％、30％-60％、40％-60％、50％-60％、5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％是该多个寡核苷酸。
1549.一种包含多个寡核苷酸的组合物，其中该多个寡核苷酸各自独立地是特定寡核苷酸或其盐，其中该特定寡核苷酸是表1的寡核苷酸。
1550.如权利要求1536-1549中任一项所述的组合物，其中该组合物中的共享共同的碱基序列的所有寡核苷酸中的非随机水平是该多个寡核苷酸。
1551.如权利要求1469-1550中任一项所述的组合物，其中该组合物的寡核苷酸中共享该多个寡核苷酸的共同碱基序列的多个寡核苷酸的水平为约或至少约(DS)nc，其中DS为约85％-100％(例如，约85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或99.5％或更多)并且nc为手性键联磷的数目。
1552.如权利要求1469-1550中任一项所述的组合物，其中该组合物的寡核苷酸中共享该多个寡核苷酸的共同碱基序列的多个寡核苷酸的水平为约或至少约(DS)nc，其中DS为约85％-100％(例如，约85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或99.5％或更多)并且nc为手性控制的核苷酸间键联的数目。
1553.如权利要求1469-1550中任一项所述的组合物，其中对于每种多个寡核苷酸，该组合物的寡核苷酸中共享该多个寡核苷酸的共同碱基序列的多个寡核苷酸的水平独立地为约或至少约(DS)nc，其中DS为约85％-100％(例如，约85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或99.5％或更多)并且nc为手性键联磷的数目。
1554.如权利要求1469-1550中任一项所述的组合物，其中对于每种多个寡核苷酸，该组合物的寡核苷酸中共享该多个寡核苷酸的共同碱基序列的多个寡核苷酸的水平独立地为约或至少约(DS)nc，其中DS为约85％-100％(例如，约85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或99.5％或更多)并且nc为手性控制的核苷酸间键联的数目。
1555.如权利要求1469-1550中任一项所述的组合物，其中该组合物的寡核苷酸中共享该多个寡核苷酸的共同构成的多个寡核苷酸的水平为约或至少约(DS)nc，其中DS为约85％-100％(例如，约85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或99.5％或更多)并且nc为手性键联磷的数目。
1556.如权利要求1469-1550中任一项所述的组合物，其中该组合物的寡核苷酸中共享该多个寡核苷酸的共同构成的多个寡核苷酸的水平为约或至少约(DS)nc，其中DS为约85％-100％(例如，约85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或99.5％或更多)并且nc为手性控制的核苷酸间键联的数目。
1557.如权利要求1469-1550中任一项所述的组合物，其中对于每种多个寡核苷酸，该组合物的寡核苷酸中共享该多个寡核苷酸的共同构成的多个寡核苷酸的水平独立地为约或至少约(DS)nc，其中DS为约85％-100％(例如，约85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或99.5％或更多)并且nc为手性键联磷的数目。
1558.如权利要求1469-1550中任一项所述的组合物，其中对于每种多个寡核苷酸，该组合物的寡核苷酸中共享该多个寡核苷酸的共同构成的多个寡核苷酸的水平独立地为约或至少约(DS)nc，其中DS为约85％-100％(例如，约85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或99.5％或更多)并且nc为手性控制的核苷酸间键联的数目。
1559.如权利要求1469-1557中任一项所述的组合物，其中DS为约90％-100％(例如，约90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或99.5％或更大)。
1560.如权利要求1551-1559中任一项所述的组合物，其中nc为约5-40(例如，约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、或40)或更多。
1561.如权利要求1469-1550中任一项所述的组合物，其中该水平为至少约10％-100％，或至少约10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％或95％。
1562.如权利要求1469-1550中任一项所述的组合物，其中该水平是至少约50％-100％，或至少约50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％或95％。
1563.一种包含特定寡核苷酸的组合物，其中该组合物中共享该寡核苷酸的碱基序列的所有寡核苷酸的约10％-100％(例如，约10％-100％、20-100％、30％-100％、40％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等)独立地是该特定寡核苷酸或其盐。
1564.一种包含特定寡核苷酸的组合物，其中该组合物中共享该寡核苷酸的碱基序列的所有寡核苷酸的约30％-90％独立地是该特定寡核苷酸或其盐。
1565.一种包含特定寡核苷酸的组合物，其中该组合物中共享该寡核苷酸的碱基序列的所有寡核苷酸的约40％-90％独立地是该特定寡核苷酸或其盐。
1566.如权利要求1563-1565中任一项所述的组合物，其中该特定寡核苷酸是如权利要求1-1467中任一项所述的寡核苷酸。
1567.如权利要求1563-1566中任一项所述的组合物，其中该特定寡核苷酸是选自表1的寡核苷酸。
1568.如权利要求1563-1567中任一项所述的组合物，其中该特定寡核苷酸包含约或至少约5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30或更多个手性核苷酸间键联。
1569.如权利要求1563-1568中任一项所述的组合物，其中每种盐独立地是药学上可接受的盐。
1570.如权利要求1469-1569中任一项所述的组合物，其中当该组合物与包含该靶核酸和腺苷脱氨酶的样品接触时，该靶腺苷残基被修饰。
1571.如权利要求1570所述的组合物，其中该修饰是或包含由ADAR1进行的修饰。
1572.如权利要求1570或1571所述的组合物，其中该修饰是或包含由ADAR2进行的修饰。
1573.如权利要求1570-1572中任一项所述的组合物，其中该修饰在体外进行。
1574.如权利要求1570-1572中任一项所述的组合物，其中该样品是细胞。
1575.如权利要求1570-1574中任一项所述的组合物，其中该靶腺苷被转化为肌苷。
1576.如权利要求1570-1575中任一项所述的组合物，其中该靶腺苷被修饰至比用可比较的参考寡核苷酸组合物所观察到的更大的程度。
1577.如权利要求1576所述的组合物，其中该参考寡核苷酸组合物不含该多个寡核苷酸或包含更低水平的该多个寡核苷酸。
1578.如权利要求1576-1577中任一项所述的组合物，其中该参考组合物不含与该多个寡核苷酸具有相同构成的寡核苷酸。
1579.如权利要求1576-1578中任一项所述的组合物，其中该参考组合物不含与该多个寡核苷酸具有相同结构的寡核苷酸。
1580.如权利要求1576所述的组合物，其中该参考寡核苷酸组合物是这样的组合物，其与该多个寡核苷酸具有相同碱基序列的寡核苷酸与该多个寡核苷酸相比含有更低水平的2′-F修饰。
1581.如权利要求1576-1580中任一项所述的组合物，其中该参考寡核苷酸组合物是这样的组合物，其与该多个寡核苷酸具有相同碱基序列的寡核苷酸与该多个寡核苷酸相比含有更低水平的2’-OMe修饰。
1582.如权利要求1576-1581中任一项所述的组合物，其中该参考寡核苷酸组合物是这样的组合物，其与该多个寡核苷酸具有相同碱基序列的寡核苷酸与该多个寡核苷酸相比具有不同的糖修饰模式。
1583.如权利要求1576-1582中任一项所述的组合物，其中该参考寡核苷酸组合物是这样的组合物，其与该多个寡核苷酸具有相同碱基序列的寡核苷酸与该多个寡核苷酸相比含有更低水平的经修饰的核苷酸间键联。
1584.如权利要求1576-1583中任一项所述的组合物，其中该参考寡核苷酸组合物是这样的组合物，其与该多个寡核苷酸具有相同碱基序列的寡核苷酸与该多个寡核苷酸相比含有更低水平的硫代磷酸酯核苷酸间键联。
1585.如权利要求1576-1584中任一项所述的组合物，其中该参考组合物是立体随机寡核苷酸组合物。
1586.如权利要求1576所述的组合物，其中该参考组合物是与该多个寡核苷酸具有相同构成的寡核苷酸的立体随机寡核苷酸组合物。
1587.如前述权利要求中任一项所述的组合物，其中该组合物不引起核酸的显著降解(例如，不超过约5％-100％(例如，不超过约10％-100％、20-100％、30％-100％、40％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等))。
1588.如前述权利要求中任一项所述的组合物，其中该组合物不引起该靶核酸中显著的外显子跳跃或改变的外显子包含(例如，不超过约5％-100％(例如，不超过约10％-100％、20-100％、30％-100％、40％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等))。
1589.如权利要求1469-1588中任一项所述的组合物，其中该组合物是药物组合物并且进一步包含药学上可接受的载剂。
1590.一种寡核苷酸，其中除了在经修饰的核苷酸间键联的位置处是具有-O5-PL(RCA)-O3-的结构的键联外，该寡核苷酸在其他方面与如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸相同，其中：
PL是P或P(＝W)；
W是O、S或WN；
RCA是或包含任选地经取代的或封端的手性助剂部分，
O5是键合到糖的5′-碳的氧，并且
O3是键合到糖的3′-碳的氧。
1591.如权利要求1590所述的寡核苷酸，其中该手性助剂被去除，该键联被转化成经修饰的核苷酸间键联。
1592.如权利要求1590所述的寡核苷酸，其中经修饰的核苷酸间键联是硫代磷酸酯核苷酸间键联。
1593.如权利要求1592所述的寡核苷酸，其中当W被-SH代替并且RCA被O代替时，PL具有与该硫代磷酸酯核苷酸间键联的键联磷相同的构型。
1594.如权利要求1590-1593中任一项所述的寡核苷酸，其中经修饰的核苷酸间键联是中性核苷酸间键联。
1595.如权利要求1590-1593中任一项所述的寡核苷酸，其中经修饰的核苷酸间键联是n001。
1596.如权利要求1590-1595中任一项所述的寡核苷酸，其中在硫代磷酸酯核苷酸间键联的每个位置处独立地是具有-O5-PL(W)(RCA)-O3-的结构的键联。
1597.如权利要求1590-1595中任一项所述的寡核苷酸，其中在经修饰的核苷酸间键联的每个位置独立地是具有-O5-PL(W)(RCA)-O3-的结构的键联。
1598.如权利要求1590-1597中任一项所述的寡核苷酸，其中一个或每个W是S。
1599.如权利要求1590-1598中任一项所述的寡核苷酸，其中一个且仅有一个PL是P。
1600.如权利要求1590-1599中任一项所述的寡核苷酸，其中每个RCA独立地是
1601.如权利要求1590-1599中任一项所述的寡核苷酸，其中每个RCA独立地是其中RC1是R、-Si(R)3或-SO2R，RC2和RC3与居于它们之间的原子合在一起形成任选地经取代的3-7元饱和环或部分不饱和环，该环除了氮原子外还具有0-2个杂原子，RC4是-H或-C(O)R′。
1602.如权利要求1600或1601所述的寡核苷酸，其中在键联中，RC4是-C(O)R并且PL是P。
1603.如权利要求1601-1602中任一项所述的寡核苷酸，其中在键联中，RC4是-C(O)R并且W是S。
1604.如权利要求1601-1603中任一项所述的寡核苷酸，其中在每个键联中，其中W是S，RC4是-C(O)R’。
1605.如权利要求1601-1604中任一项所述的寡核苷酸，其中RC4是-C(O)CH3。
1606.如权利要求1601所述的寡核苷酸，其中在键联中，RC4是-H并且PL是P。
1607.如权利要求1601-1606中任一项所述的寡核苷酸，其中RC2和RC3与居于它们之间的原子合在一起形成除氮原子外不具有杂原子的任选地经取代的5元环。
1608.如权利要求1601-1607中任一项所述的寡核苷酸，其中每个RCA独立地是
1609.如权利要求1601-1608中任一项所述的寡核苷酸，其中RC1是-SiPh2Me。
1610.如权利要求1601-1608中任一项所述的寡核苷酸，其中RC1是-SO2R。
1611.如权利要求1601-1608中任一项所述的寡核苷酸，其中RC1是-SO2R，其中R是任选地经取代的C1-10脂肪族基。
1612.如权利要求1601-1608中任一项所述的寡核苷酸，其中RC1是-SO2R，其中R是任选地经取代的苯基。
1613.如权利要求1601-1608中任一项所述的寡核苷酸，其中RC1是-SO2R，其中R是苯基。
1614.一种亚磷酰胺，其中该亚磷酰胺的核碱基是如权利要求1-1467中任一项所述的核碱基或其互变异构体，其中该核碱基或其互变异构体是任选地经取代的或被保护的。
1615.一种亚磷酰胺，其中核碱基是或包含环BA，其中环BA具有BA-I、BA-I-a、BA-I-b、BA-II、BA-II-a、BA-II-b、BA-III、BA-III-a、BA-IH-b、BA-IV、BA-IV-a、BA-IV-b、BA-V、BA-V-a、BA-V-b或BA-VI的结构，或环BA的互变异构体，其中该核碱基是任选地经取代的或被保护的。
1616.如权利要求1614-1615中任一项所述的亚磷酰胺，其中该亚磷酰胺的糖是如权利要求1-1467中任一项所述的糖，其中该糖是任选地被保护的。
1617.如权利要求1614-1616中任一项所述的亚磷酰胺，其中该亚磷酰胺具有RNS-P(OR)N(R)2的结构，其中RNS是任选地经保护的核苷部分，并且每个R如本文所述。
1618.如权利要求1614-1616中任一项所述的亚磷酰胺，其中该亚磷酰胺具有RNS-P(OCH2CH2CN)N(i-Pr)2的结构。
1619.如权利要求1614-1616中任一项所述的亚磷酰胺，其中该亚磷酰胺包含手性助剂部分，其中磷键合到该手性助剂部分的氧和氮原子。
1620.如权利要求1614-1616或1619中任一项所述的亚磷酰胺，其中该亚磷酰胺具有 或其盐的结构。
1621.如权利要求1614-1616或1619中任一项所述的亚磷酰胺，其中该亚磷酰胺具有的结构，其中RNS是任选地被保护的核苷部分，RC1是R、-Si(R)3或-SO2R，RC2和RC3与居于它们之间的原子合在一起形成任选地经取代的3-7元饱和或部分不饱和环，该环除了氮原子外还具有0-2个杂原子。
1622.如权利要求1620-1621中任一项所述的亚磷酰胺，其中RC2和RC3与居于它们之间的原子合在一起形成除氮原子外不具有杂原子的任选地经取代的5元饱和环。
1623.如权利要求1620-1622中任一项所述的亚磷酰胺，其中该亚磷酰胺具有或其盐的结构。
1624.如权利要求1620-1622中任一项所述的亚磷酰胺，其中该亚磷酰胺具有的结构。
1625.如权利要求1620-1624中任一项所述的亚磷酰胺，其中RC1是-SiPh2Me。
1626.如权利要求1620-1624中任一项所述的亚磷酰胺，其中Rc1是-SO2R。
1627.如权利要求1620-1624中任一项所述的亚磷酰胺，其中RC1是-SO2R，其中R是任选地经取代的C1-10脂肪族基。
1628.如权利要求1620-1624中任一项所述的亚磷酰胺，其中RC1是-SO2R，其中R是任选地经取代的苯基。
1629.如权利要求1620-1624中任一项所述的亚磷酰胺，其中RC1是-SO2R，其中R是苯基。
1630.一种具有或其盐的结构的化合物，其中RNS是任选地经取代/被保护的核苷，XC是O或S，并且RC5和RC6各自独立地是R。
1631.如权利要求1630所述的化合物，其中XC是O。
1632.如权利要求1630所述的化合物，其中XC是S。
1633.如权利要求1630-1632中任一项所述的化合物，其中一个RC5不是氢。
1634.如权利要求1630-1633中任一项所述的化合物，其中一个RC5是氢。
1635.如权利要求1630-1634中任一项所述的化合物，其中一个RC6不是氢。
1636.如权利要求1630-1635中任一项所述的化合物，其中一个RC6是氢。
1637.如权利要求1630-1636中任一项所述的化合物，其中一个RC5和一个RC6与居于它们之间的原子一起形成具有0-5个杂原子的任选地取代的3-20(例如，3-15、3-10、5-10、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20)元单环、双环或多环。
1638.如权利要求1630-1636中任一项所述的化合物，其中一个RC5和一个RC6与居于它们之间的原子一起形成任选地经取代的环己基环。
1639.如权利要求1630所述的化合物，其中-XC-C(RC5)2-C(RC6)2-S-是-OCH(CH3)CH(CH3)S-。
1640.如权利要求1630所述的化合物，其中-XC-C(RC5)2-C(RC6)2-S-是-SCH(CH3)CH(CH3)S-。
1641.如权利要求1617-1640中任一项所述的亚磷酰胺或化合物，其中RNS的羟基基团是被保护的。
1642.如权利要求1617-1640中任一项所述的亚磷酰胺或化合物，其中RNS的羟基基团作为-ODMTr被保护。
1643.如权利要求1617-1640中任一项所述的亚磷酰胺或化合物，其中RNS的5’-OH是被保护的。
1644.如权利要求1643所述的亚磷酰胺或化合物，其中RNS的5’-OH作为-ODMTr被保护。
1645.如权利要求1617-1644中任一项所述的亚磷酰胺或化合物，其中RNS是选自以下的任选地经取代的或被保护的核苷： 或其盐，其中BAs如本文所述。
1646.如权利要求1617-1645中任一项所述的亚磷酰胺或化合物，其中RNS选自 或其盐，其中BAs如本文所述。
1647.如权利要求1617-1646中任一项所述的亚磷酰胺或化合物，其中RNs选自 或其盐，其中BAs是任选地经取代的或被保护的核碱基，并且每个-OH是任选且独立地经取代的或被保护的。
1648.如权利要求1617-1647中任一项所述的亚磷酰胺或化合物，其中RNS选自 或其盐，其中BAs是任选地经取代的或被保护的核碱基，并且该核苷的每个-OH是独立地被保护的，其中至少一个-OH作为DMTrO-被保护。
1649.如权利要求1617-1648中任一项所述的亚磷酰胺或化合物，其中RNS选自 或其盐，其中BAs是选自A、T、C、G、U、及其互变异构体的任选地被保护的核碱基，并且该核苷的每个-OH是独立地被保护的，其中至少一个-OH作为DMTrO-被保护。
1650.如权利要求1617-1649中任一项所述的亚磷酰胺或化合物，其中该亚磷酰胺或化合物包含c7In或其互变异构体，其中该核碱基或其互变异构体是任选地经取代的或被保护的。
1651.如权利要求1617-1649中任一项所述的亚磷酰胺或化合物，其中该亚磷酰胺或化合物包含c39z48In或其互变异构体，其中该核碱基或其互变异构体是任选地经取代的或被保护的。
1652.如权利要求1617-1649中任一项所述的亚磷酰胺或化合物，其中该亚磷酰胺或化合物包含z2c3In或其互变异构体，其中该核碱基或其互变异构体是任选地经取代的或被保护的。
1653.如权利要求1617-1649中任一项所述的亚磷酰胺或化合物，其中该亚磷酰胺或化合物包含如权利要求1-1467中任一项所述的核碱基或其互变异构体，其中该核碱基或其互变异构体是任选地经取代的或被保护的。
1654.如权利要求1617-1653中任一项所述的亚磷酰胺或化合物，其中该亚磷酰胺或化合物包含核碱基，其中该核碱基是或包含环BA，其中环BA具有BA-I、BA-I-a、BA-I-b、BA-II、BA-II-a、BA-II-b、BA-III、BA-III-a、BA-III-b、BA-IV、BA-IV-a、BA-IV-b、BA-V、BA-V-a、BA-V-b或BA-VI的结构，或环BA的互变异构体，其中该核碱基是任选地经取代的或被保护的。
1655.如权利要求1617-1654中任一项所述的亚磷酰胺或化合物，其中该亚磷酰胺或化合物包含核碱基，其中该核碱基是或包含环BA，其中环BA具有BA-I、BA-I-a、BA-I-b、BA-II、BA-II-a、BA-II-b、BA-III、BA-III-a、BA-III-b、BA-IV、BA-IV-a、BA-IV-b、BA-V、BA-V-a、BA-V-b或BA-VI的结构，或环BA的互变异构体，其中该核碱基是任选地经取代的或被保护的。
1656.如权利要求1617-1655中任一项所述的亚磷酰胺或化合物，其中BAs具有以下结构：BA-I、BA-I-a、BA-I-b、BA-II、BA-II-a、BA-II-b、BA-III、BA-III-a、BA-III-b、BA-IV、BA-IV-a、BA-IV-b、BA-V、BA-V-a、BA-V-b或BA-VI，或环BA的互变异构体，其中核碱基是任选地经取代的或被保护的。
1657.如权利要求1617-1655中任一项所述的亚磷酰胺或化合物，其中该亚磷酰胺或化合物包含糖，该糖为[thpyr]。
1658.如权利要求1617-1655中任一项所述的亚磷酰胺或化合物，其中该亚磷酰胺或化合物包含糖，该糖为[fana]。
1659.如权利要求1617-1655中任一项所述的亚磷酰胺或化合物，其中该亚磷酰胺或化合物包含糖，该糖为如权利要求1-1467中任一项所述的糖。
1660.如权利要求1617-1644中任一项所述的亚磷酰胺或化合物，其中RNS是选自A、T、C、G和U的任选地经取代的或被保护的核苷。
1661.如权利要求1617-1644中任一项所述的亚磷酰胺或化合物，其中RNS是选自以下的任选地经取代的或被保护的核苷：b001U、b002U、b003U、b004U、b005U、b006U、b008U、b002A、b001G、b004C、b007U、b001A、b001C、b002C、b003C、b002I、b003I、b009U、b003A、b007C、Asm01、Gsm01、5MSfC、Usm04、5MRdT、Csm15、Csm16、rCsm14、Csm17、Csm19和Tsm18。
1662.如权利要求1617-1661中任一项所述的亚磷酰胺或化合物，其中RNS通过其3′-O-键合到磷。
1663.如权利要求1620-1662中任一项所述的亚磷酰胺或化合物，其中该亚磷酰胺的纯度为至少85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％。
1664.一种用于制备寡核苷酸或组合物的方法，该方法包括使寡核苷酸或核苷的-OH基团与如权利要求1614-1663中任一项所述的亚磷酰胺或化合物偶联。
1665.一种用于制备寡核苷酸或组合物的方法，该方法包括使寡核苷酸或核苷的5’-OH与如权利要求1614-1663中任一项所述的亚磷酰胺或化合物偶联。
1666.一种用于制备寡核苷酸或组合物的方法，该方法包括从如权利要求1469-1613中任一项所述的寡核苷酸去除手性助剂部分。
1667.如权利要求1664-1666中任一项所述的方法，其中该寡核苷酸或该组合物中的寡核苷酸包含含有2′-OH的糖。
1668.如权利要求1664-1667中任一项所述的方法，其中该寡核苷酸或该组合物中的寡核苷酸包含含有2′-OH的糖，其中该糖键合到手性控制的核苷酸间键联。
1669.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸、组合物或方法，其中每个杂原子独立地选自氮、氧、硅、磷和硫。
1670.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸、组合物或方法，其中每个核碱基独立地包含具有至少一个氮的任选地经取代的环。
1671.一种方法，其包括：
评估细胞、组织或动物中的药剂或其组合物，其中该细胞、组织或动物是或包含与病症、障碍或疾病相关的细胞、组织或器官或病症、障碍或疾病的细胞、组织或器官，和/或包含与病症、障碍或疾病相关的核苷酸序列；以及
向易患或患有病症、障碍或疾病的受试者施用有效量的用于预防或治疗该病症、障碍或疾病的药剂或组合物。
1672.一种方法，其包括：
向易患或患有病症、障碍或疾病的受试者施用有效量的用于预防或治疗该病症、障碍或疾病的药剂或组合物，其中在细胞、组织或动物中评估该药剂或组合物，其中该细胞、组织或动物是或包含与病症、障碍或疾病相关的细胞、组织或器官或病症、障碍或疾病的细胞、组织或器官，和/或包含与病症、障碍或疾病相关的核苷酸序列。
1673.如权利要求1671-1672所述的方法，其中该受试者是人。
1674.如权利要求1671-1673中任一项所述的方法，其中病症、障碍或疾病与MECP2突变相关。
1675.如权利要求1671-1673中任一项所述的方法，其中病症、障碍或疾病是雷特综合征。
1676.一种用于表征寡核苷酸或组合物的方法，该方法包括：
将该寡核苷酸或组合物施用于包含或表达ADAR1多肽或其特征性部分，或编码ADAR1多肽或其特征性部分的多核苷酸的细胞或其群体。
1677.如权利要求1671-1676中任一项所述的方法，其中细胞是啮齿类动物细胞。
1678.如权利要求1671-1676中任一项所述的方法，其中细胞是大鼠细胞。
1679.如权利要求1671-1676中任一项所述的方法，其中细胞是小鼠细胞。
1680.如权利要求1671-1679中任一项所述的方法，其中该细胞的基因组包含多核苷酸，该多核苷酸编码ADAR1多肽或其特征性部分。
1681.一种用于表征寡核苷酸或组合物的方法，该方法包括：
将该寡核苷酸或组合物施用于包含或表达ADAR1多肽或其特征性部分，或编码ADAR1多肽或其特征性部分的多核苷酸的非人动物或其群体。
1682.如权利要求1681所述的方法，其中该动物是小鼠。
1683.如权利要求1681-1682中任一项所述的方法，其中动物的基因组包含多核苷酸，该多核苷酸编码ADAR1多肽或其特征性部分。
1684.如权利要求1681-1682中任一项所述的方法，其中动物的种系基因组包含多核苷酸，该多核苷酸编码ADAR1多肽或其特征性部分。
1685.如权利要求1671-1684中任一项所述的方法，其中ADAR1多肽或其特征性部分是或包含人ADAR1 Z-DNA结合结构域中的一者或两者。
1686.如权利要求1671-1685中任一项所述的方法，其中ADAR1多肽或其特征性部分是或包含人ADAR1 dsRNA结合结构域中的一种或多种或全部。
1687.如权利要求1671-1686中任一项所述的方法，其中ADAR1多肽或其特征性部分是或包含人脱氨酶结构域。
1688.如权利要求1671-1687中任一项所述的方法，其中ADAR1多肽或其特征性部分是或包含人ADAR1。
1689.如权利要求1671-1688中任一项所述的方法，其中ADAR1多肽或其特征性部分是或包含人ADAR1 p110。
1690.如权利要求1671-1688中任一项所述的方法，其中ADAR1多肽或其特征性部分是或包含人ADAR1 p150。
1691.如权利要求1671-1690中任一项所述的方法，其中与在工程化之前的细胞或工程化之前的动物的细胞或其群体中观察到的寡核苷酸或组合物的活性水平相比，从细胞或动物的细胞或其群体中观察到的寡核苷酸或组合物的活性水平与在可比较的人细胞或其群体中观察到的寡核苷酸或组合物的活性水平更相似。
1692.如权利要求1691所述的方法，其中可比较的人细胞与细胞或动物的细胞具有相同的类型。
1693.如权利要求1671-1692中任一项所述的方法，其中该细胞、组织或动物是或包含与病症、障碍或疾病相关的细胞、组织或器官或病症、障碍或疾病的细胞、组织或器官。
1694.如权利要求1693所述的方法，其中与病症、障碍或疾病相关的细胞、组织或器官或病症、障碍或疾病的细胞、组织或器官是或包含肿瘤。
1695.如权利要求1671-1694中任一项所述的方法，其中该细胞、组织或动物包含与病症、障碍或疾病相关的核苷酸序列。
1696.如权利要求1695所述的方法，其中与病症、障碍或疾病相关的核苷酸序列是纯合的。
1697.如权利要求1695所述的方法，其中与病症、障碍或疾病相关的核苷酸序列是杂合的。
1698.如权利要求1695所述的方法，其中与病症、障碍或疾病相关的核苷酸序列是半合的。
1699.如权利要求1695-1698中任一项所述的方法，其中与病症、障碍或疾病相关的核苷酸序列在基因组中。
1700.如权利要求1695-1699中任一项所述的方法，其中与病症、障碍或疾病相关的核苷酸序列在一些但不是所有细胞的基因组中。
1701.如权利要求1695-1700中任一项所述的方法，其中与病症、障碍或疾病相关的核苷酸序列在种系基因组中。
1702.如权利要求1695-1701中任一项所述的方法，其中与病症、障碍或疾病相关的核苷酸序列是突变。
1703.如权利要求1695-1702中任一项所述的方法，其中与病症、障碍或疾病相关的核苷酸序列是MECP2突变。
1704.一种用于修饰靶核酸中的靶腺苷的方法，该方法包括使该靶核酸与如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸或组合物接触。
1705.一种用于使靶核酸中的靶腺苷脱氨的方法，该方法包括使该靶核酸与如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸或组合物接触。
1706.一种用于产生特定核酸或其产物、恢复或增加特定核酸或其产物的水平的方法，该方法包括使靶核酸与如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸或组合物接触，其中该靶核酸包含靶腺苷，并且该特定核酸与该靶核酸的不同之处在于该特定核酸具有I或G而不是该靶腺苷。
1707.一种用于降低靶核酸或其产物的水平的方法，该方法包括使靶核酸与如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸或组合物接触，其中该靶核酸包含靶腺苷。
1708.如权利要求1706或1707所述的方法，其中该产物是蛋白质。
1709.如权利要求1706或1707所述的方法，其中该产物是mRNA。
1710.如权利要求1704-1709中任一项所述的方法，其中该寡核苷酸组合物中的一个或多个寡核苷酸的碱基序列与该靶核酸的碱基序列基本上互补。
1711.如权利要求1704-1710中任一项所述的方法，其中该靶核酸在样品中。
1712.一种方法，其包括：
使如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸或组合物与样品接触，该样品包含靶核酸和腺苷脱氨酶，其中：
该寡核苷酸组合物中的一个或多个寡核苷酸的碱基序列与该靶核酸的碱基序列基本上互补；以及
该靶核酸包含靶腺苷；
其中该靶腺苷被修饰。
1713.一种方法，其包括
1)获得靶核酸中靶腺苷的第一修饰水平，该水平是当第一寡核苷酸组合物与包含该靶核酸和腺苷脱氨酶的样品接触时观察到的，其中该第一寡核苷酸组合物包含共享相同的与该靶核酸的碱基序列基本上互补的碱基序列的第一多个寡核苷酸；以及
2)获得靶核酸中靶腺苷的参考修饰水平，该水平是当参考寡核苷酸组合物与包含该靶核酸和腺苷脱氨酶的样品接触时观察到的，其中该参考寡核苷酸组合物包含共享相同的与该靶核酸的碱基序列基本上互补的碱基序列的多个参考寡核苷酸；
其中：
该第一多个寡核苷酸包含比该多个参考寡核苷酸更多的具有2′-F修饰的糖，更多的具有2′-OR修饰的糖，其中R不是-H，和/或更多的手性核苷酸间键联；以及
与该参考寡核苷酸组合物的寡核苷酸相比，该第一寡核苷酸组合物提供更高水平的修饰。
1714.一种方法，其包括
获得靶核酸中靶腺苷的第一修饰水平，该水平是当第一寡核苷酸组合物与包含该靶核酸和腺苷脱氨酶的样品接触时观察到的，其中该第一寡核苷酸组合物包含共享相同的与该靶核酸的碱基序列基本上互补的碱基序列的第一多个寡核苷酸；以及
其中靶腺苷的该第一修饰水平高于该靶腺苷的参考修饰水平，其中该参考水平是在参考寡核苷酸组合物与包含该靶核酸和腺苷脱氨酶的样品接触时观察到的，其中该参考寡核苷酸组合物包含共享相同的与该靶核酸的碱基序列基本上互补的碱基序列的多个参考寡核苷酸；
其中：
该第一多个寡核苷酸包含比该多个参考寡核苷酸更多的具有2′-F修饰的糖，更多的具有2′-OR修饰的糖，其中R不是-H，和/或更多的手性核苷酸间键联。
1715.一种方法，其包括
1)获得靶核酸中靶腺苷的第一修饰水平，该水平是当第一寡核苷酸组合物与包含该靶核酸和腺苷脱氨酶的样品接触时观察到的，其中该第一寡核苷酸组合物包含共享相同的与该靶核酸的碱基序列基本上互补的碱基序列的第一多个寡核苷酸；以及
2)获得靶核酸中靶腺苷的参考修饰水平，该水平是当参考寡核苷酸组合物与包含该靶核酸和腺苷脱氨酶的样品接触时观察到的，其中该参考寡核苷酸组合物包含共享相同的与该靶核酸的碱基序列基本上互补的碱基序列的多个参考寡核苷酸；
其中：
该第一多个寡核苷酸包含比该多个参考寡核苷酸更多的具有2′-F修饰的糖，更多的具有2′-OR修饰的糖，其中R不是-H，和/或更多的手性控制的手性核苷酸间键联；以及
与该参考寡核苷酸组合物的寡核苷酸相比，该第一寡核苷酸组合物提供更高水平的修饰。
1716.一种方法，其包括
获得靶核酸中靶腺苷的第一修饰水平，该水平是当第一寡核苷酸组合物与包含该靶核酸和腺苷脱氨酶的样品接触时观察到的，其中该第一寡核苷酸组合物包含共享相同的与该靶核酸的碱基序列基本上互补的碱基序列的第一多个寡核苷酸；以及
其中靶腺苷的该第一修饰水平高于该靶腺苷的参考修饰水平，其中该参考水平是在参考寡核苷酸组合物与包含该靶核酸和腺苷脱氨酶的样品接触时观察到的，其中该参考寡核苷酸组合物包含共享相同的与该靶核酸的碱基序列基本上互补的碱基序列的多个参考寡核苷酸；
其中：
该第一多个寡核苷酸包含比该多个参考寡核苷酸更多的具有2′-F修饰的糖，更多的具有2′-OR修饰的糖，其中R不是-H，和/或更多的手性控制的手性核苷酸间键联。
1717.一种方法，其包括
1)获得靶核酸中靶腺苷的第一修饰水平，该水平是当第一寡核苷酸组合物与包含该靶核酸和腺苷脱氨酶的样品接触时观察到的，其中该第一寡核苷酸组合物包含共享相同的与该靶核酸的碱基序列基本上互补的碱基序列的第一多个寡核苷酸；以及
2)获得靶核酸中靶腺苷的参考修饰水平，该水平是当参考寡核苷酸组合物与包含该靶核酸和腺苷脱氨酶的样品接触时观察到的，其中该参考寡核苷酸组合物包含共享相同的与该靶核酸的碱基序列基本上互补的碱基序列的多个参考寡核苷酸；
其中：
该第一多个寡核苷酸包含一个或多个手性控制的手性核苷酸间键联；以及
该多个参考寡核苷酸不含手性控制的手性核苷酸间键联(参考寡核苷酸组合物是“立体随机组合物”)；以及
与该参考寡核苷酸组合物的寡核苷酸相比，该第一寡核苷酸组合物提供更高水平的修饰。
1718.一种方法，其包括
获得靶核酸中靶腺苷的第一修饰水平，该水平是当第一寡核苷酸组合物与包含该靶核酸和腺苷脱氨酶的样品接触时观察到的，其中该第一寡核苷酸组合物包含共享相同的与该靶核酸的碱基序列基本上互补的碱基序列的第一多个寡核苷酸；以及
其中靶腺苷的该第一修饰水平高于该靶腺苷的参考修饰水平，其中该参考水平是在参考寡核苷酸组合物与包含该靶核酸和腺苷脱氨酶的样品接触时观察到的，其中该参考寡核苷酸组合物包含共享相同的与该靶核酸的碱基序列基本上互补的碱基序列的多个参考寡核苷酸；
其中：
该第一多个寡核苷酸包含一个或多个手性控制的手性核苷酸间键联；以及
该多个参考寡核苷酸不含手性控制的手性核苷酸间键联(参考寡核苷酸组合物是“立体随机组合物”)。
1719.如权利要求1713-1718中任一项所述的方法，其中第一寡核苷酸组合物是如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸组合物。
1720.如权利要求1713-1719中任一项所述的方法，其中该参考寡核苷酸组合物是如权利要求1577-1586中任一项所述的参考寡核苷酸组合物。
1721.如权利要求1704-1720中任一项所述的方法，其中该脱氨酶是ADAR酶。
1722.如权利要求1704-1720中任一项所述的方法，其中该脱氨酶是ADAR1。
1723.如权利要求1704-1720中任一项所述的方法，其中该脱氨酶是ADAR2。
1724.如权利要求1704-1723中任一项所述的方法，其中该靶核酸是或包含RNA。
1725.如权利要求1704-1724中任一项所述的方法，其中样品是或包含细胞。
1726.如权利要求1704-1724中任一项所述的方法，其中样品是或包含组织。
1727.如权利要求1704-1724中任一项所述的方法，其中样品是或包含器官。
1728.如权利要求1704-1724中任一项所述的方法，其中样品是细胞。
1729.如权利要求1704-1728中任一项所述的方法，其中与不同于靶核酸的核酸相比，该靶核酸与病症、障碍或疾病，或所需的特性或功能的减弱，或不期望的特性或功能的增强更相关，该不同在于其在靶腺苷的位置具有I或G而不是该靶腺苷。
1730.如权利要求1704-1728中任一项所述的方法，其中该靶腺苷位于MECP2的提前终止密码子中。
1731.一种用于编辑系统中MECP2转录物中的提前终止密码子的方法，该方法包括向该系统施用如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸或组合物。
1732.一种用于增加MECP2的水平或一种或多种活性的方法，该方法包括向该系统施用如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸或组合物。
1733.一种用于增加或恢复MECP2的水平或一种或多种活性的方法，该方法包括向该系统施用如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸或组合物。
1734.一种用于增加或恢复全长MECP2的水平的方法，该方法包括向该系统施用如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸或组合物。
1735.一种用于调节受MECP2调节的核酸的表达和/或活性的方法，该方法包括向该系统施用如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸或组合物。
1736.如权利要求1731-1735中任一项所述的方法，其中该系统是或包含细胞。
1737.如权利要求1731-1735中任一项所述的方法，其中该系统是或包含组织。
1738.如权利要求1731-1735中任一项所述的方法，其中该系统是或包含器官。
1739.如权利要求1731-1735中任一项所述的方法，其中该系统是或包含生物体。
1740.如权利要求1731-1735中任一项所述的方法，其中该系统是或包含受试者。
1741.如权利要求1731-1740中任一项所述的方法，其中该系统在MECP2中包含提前TGA终止密码子。
1742.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中MECP2中的提前终止密码子是R168X。
1743.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中MECP2中的提前终止密码子是R255X。
1744.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中MECP2中的提前终止密码子是R270X。
1745.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中MECP2中的提前终止密码子是R294X。
1746.如权利要求1731-1745中任一项所述的方法，其中该系统包含或表达ADAR多肽。
1747.如权利要求1731-1746中任一项所述的方法，其中该系统包含或表达ADAR1。
1748.如权利要求1731-1747中任一项所述的方法，其中该系统包含或表达ADAR2。
1749.如权利要求1731-1748中任一项所述的方法，其中该方法提供了编辑的MECP2蛋白。
1750.如权利要求1731-1749中任一项所述的方法，其中该方法提供了包含R168W的编辑的MECP2蛋白。
1751.如权利要求1731-1750中任一项所述的方法，其中该方法提供了包含R255W的编辑的MECP2蛋白。
1752.如权利要求1731-1751中任一项所述的方法，其中该方法提供了包含R270W的编辑的MECP2蛋白。
1753.如权利要求1731-1752中任一项所述的方法，其中该方法提供了包含R294W的编辑的MECP2蛋白。
1754.一种用于预防受试者中的病症、障碍或疾病的方法，该方法包括向易患该病症、障碍或疾病的受试者施用有效量的如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸或组合物。
1755.如权利要求1754所述的方法，其中该病症、障碍或疾病的发作被延迟。
1756.一种用于治疗受试者中的病症、障碍或疾病的方法，该方法包括向患有该病症、障碍或疾病的受试者施用有效量的如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸或组合物。
1757.如权利要求1756所述的方法，其中病症、障碍或疾病的症状得到改善，和/或减弱的功能得到提高或恢复。
1758.如权利要求1754-1757中任一项所述的方法，其中该病症、障碍或疾病与MECP2突变相关。
1759.如权利要求1754-1758中任一项所述的方法，其中该受试者具有MECP2突变。
1760.如权利要求1754-1759中任一项所述的方法，其中MECP2突变是在MECP2中的提前TGA终止密码子。
1761.如权利要求1754-1760中任一项所述的方法，其中MECP2突变是R168X。
1762.如权利要求1754-1761中任一项所述的方法，其中MECP2突变是R255X。
1763.如权利要求1754-1762中任一项所述的方法，其中MECP2突变是R270X。
1764.如权利要求1754-1763中任一项所述的方法，其中MECP2突变是R294X。
1765.如权利要求1754-1764中任一项所述的方法，其中提前终止密码子被编辑为编码W的密码子。
1766.如权利要求1754-1765中任一项所述的方法，其中产生了编辑的MECP2蛋白。
1767.如权利要求1754-1766中任一项所述的方法，其中编辑的MECP2蛋白包含R168W。
1768.如权利要求1754-1767中任一项所述的方法，其中编辑的MECP2蛋白包含R255W。
1769.如权利要求1754-1768中任一项所述的方法，其中编辑的MECP2蛋白包含R270W。
1770.如权利要求1754-1769中任一项所述的方法，其中编辑的MECP2蛋白包含R294W。
1771.如权利要求1754-1770中任一项所述的方法，其中该病症、障碍或疾病是雷特综合征。
1772.如权利要求1754-1770中任一项所述的方法，其中该病症、障碍或疾病是或包含经典雷特综合征。
1773.如权利要求1754-1770中任一项所述的方法，其中该病症、障碍或疾病是或包含非典型雷特综合征。
1774.如权利要求1754-1770中任一项所述的方法，其中该病症、障碍或疾病是MECP2相关的严重新生儿脑病。
1775.如权利要求1754-1770中任一项所述的方法，其中该病症、障碍或疾病是自闭症。
1776.如权利要求1754-1770中任一项所述的方法，其中该病症、障碍或疾病是非特异性精神发育迟缓。
1777.如权利要求1754-1770中任一项所述的方法，其中该病症、障碍或疾病是PPM-X综合征。
1778.如权利要求1754-1770中任一项所述的方法，其中该病症、障碍或疾病是天使综合征。
1779.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中两种或更多种不同的腺苷被靶向和编辑。
1780.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中同一转录物的两个或更多个靶腺苷被靶向和编辑。
1781.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中两种或更多种不同的转录物被靶向和编辑。
1782.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中来自两种或更多种不同多核苷酸的转录物被靶向和编辑。
1783.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中来自两种或更多种基因的转录物被靶向和编辑。
1784.如权利要求1779-1783中任一项所述的方法，其包括施用两种或更多种寡核苷酸或组合物，这些寡核苷酸或组合物各自独立地靶向不同的靶标，并且这些寡核苷酸或组合物各自独立地是如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸或组合物。
1785.如权利要求1779-1784中任一项所述的方法，其中同时施用两种或更多种寡核苷酸或组合物。
1786.如权利要求1779-1785中任一项所述的方法，其中将两种或更多种寡核苷酸或组合物在单一组合物中同时施用。
1787.如权利要求1779-1785中任一项所述的方法，其中将两种或更多种寡核苷酸或组合物作为分开的组合物施用。
1788.如权利要求1779-1784中任一项所述的方法，其中一种或多种寡核苷酸或组合物在一种或多种其他寡核苷酸或组合物之前或之后施用。
1789.一种用于提高寡核苷酸的编辑水平的方法，该方法包括掺入如前述权利要求中任一项所述的结构元件。
1790.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中非靶向寡核苷酸被施用或递送。
1791.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中该非靶向寡核苷酸与该靶核酸中的一部分互补，该部分不与与靶向靶腺苷的寡核苷酸互补的部分重叠。
1792.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中与非靶向寡核苷酸互补的靶核酸中的一部分位于与靶向靶腺苷的寡核苷酸互补的靶核酸中的一部分的5’-侧。
1793.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中与非靶向寡核苷酸互补的靶核酸中的一部分位于与靶向靶腺苷的寡核苷酸互补的靶核酸中的一部分的3’-侧。
1794.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中非靶向寡核苷酸长度为约10-40、10-30，或10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30个核碱基。
1795.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中与非靶向寡核苷酸互补的靶核酸的那部分直接连接至与靶向靶腺苷的寡核苷酸互补的靶核酸的那部分。
1796.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中与非靶向寡核苷酸互补的靶核酸的那部分与靶向靶腺苷的寡核苷酸互补的靶核酸的那部分通过缺口分离。
1797.如权利要求1796所述的方法，其中该缺口为约1、2、3、4或5个核碱基。
1798.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中非靶向寡核苷酸包含经修饰的核碱基。
1799.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中非靶向寡核苷酸包含经修饰的糖。
1800.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中非靶向寡核苷酸包含2’-F修饰的糖。
1801.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中非靶向寡核苷酸中的每个糖是2’-F修饰的糖。
1802.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中非靶向寡核苷酸包含天然磷酸酯键联。
1803.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中非靶向寡核苷酸包含硫代磷酸酯核苷酸间键联。
1804.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中非靶向寡核苷酸包含磷酰基胍核苷酸间键联。
1805.如权利要求1790-1804中任一项所述的方法，其中每个核苷酸间键联独立地是硫代磷酸酯核苷酸间键联。
1806.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中非靶向寡核苷酸中的每个硫代磷酸酯核苷酸间键联独立地是手性控制的。
1807.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中非靶向寡核苷酸中的每个硫代磷酸酯核苷酸间键联独立地是手性控制的并且是Sp。
1808.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中非靶向寡核苷酸中的每个手性核苷酸间键联独立地是手性控制的。
1809.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中非靶向寡核苷酸与靶向靶腺苷的寡核苷酸同时被施用或递送。
1810.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中非靶向寡核苷酸在靶向靶腺苷的寡核苷酸之前被施用或递送。
1811.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中非靶向寡核苷酸在靶向靶腺苷的寡核苷酸之后被施用或递送。
1812.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中两种或更多种非靶向寡核苷酸被施用或递送。
1813.如权利要求1812所述的方法，其中一个非靶向寡核苷酸与靶核酸的一部分的5’-侧互补，并且另一个与靶核酸的一部分的3’-侧互补，该部分与靶向靶腺苷的寡核苷酸互补。
1814.一种本披露中描述的寡核苷酸、组合物、核碱基、糖、核苷、核苷酸间键联或方法。
1815.一种寡核苷酸，该寡核苷酸包含如本文所述的核碱基。
1816.一种寡核苷酸，该寡核苷酸包含如本文所述的糖。
1817.一种寡核苷酸，该寡核苷酸包含如本文所述的核苷酸间键联。
1818.一种寡核苷酸，该寡核苷酸包含如本文所述的核苷酸间键联和与如本文所述的核苷酸间键联键合的糖(例如，sm01n001)。
实例
本文呈现了所提供的技术(化合物(寡核苷酸、试剂等)、组合物、方法(制备方法、使用方法、评估方法等)等)的某些实例。
本领域的技术人员应了解，可以利用许多技术来制造或评估所提供技术的特性和/或活性，例如WO 2021/071858或下文实例中所描述的那些技术。
实例1.所提供的技术可以提供编辑。
设计并评估了包含各种类型的糖、核碱基、核苷酸间键联及其立体化学和模式的寡核苷酸，证实了各种设计的寡核苷酸可以提供有效的编辑。如图1中所示的，包含各种糖、碱基和/或键联修饰，立体化学及其模式的寡核苷酸(包括各种最近邻核苷修饰)可以提供所需的活性。图2和图3中的数据进一步表明，包含各种类型的糖、碱基、键联化学和/或立体化学及其模式的本披露设计的寡核苷酸可以提供稳健的编辑。
实例2.所提供的技术可以提供高水平的经编辑蛋白。
设计并评估了包含各种类型的糖、核碱基、核苷酸间键联及其立体化学和模式的寡核苷酸，证明了所提供的技术可以提供经编辑蛋白。在一些实施例中，MECP2的编辑提供高水平的全长MECP2蛋白。如本文所证明的，经编辑蛋白可以在一定水平上执行野生型蛋白质的一种或多种功能。在一些实施例中，提供的技术提供高水平的定位至核的全长MECP2蛋白。在HEK293T细胞中测试寡核苷酸。在一些实施例中，位于或邻近编辑位点的经修饰的碱基(例如，肌苷、无碱基位点)可以提供改进的编辑效率和全长蛋白质水平。在一些实施例中，与其他寡核苷酸组合物相比，某些寡核苷酸组合物提供更高的编辑。在一些实施例中，与其他寡核苷酸组合物相比，某些寡核苷酸组合物提供更高水平的全长蛋白。图4、图5及以下呈现了某些结果。如所证明的，所提供的技术可以提供有效的编辑和产生具有改进的特性和/或活性的经编辑蛋白。
进行了另外的评估并确认编辑的蛋白质保留了野生型MECP2蛋白的核定位，并与共调节蛋白质结合。据观察，编辑的蛋白质尤其可以募集HDAC3，类似于野生型MECP2蛋白。
实例3.所提供的技术可以提供编辑。
如所展示的，包含各种糖、碱基和/或键联修饰，立体化学及其模式的寡核苷酸(包括与靶腺苷相反的各种核苷和邻近核苷)可以提供所需的活性。在HEK293T细胞中测试寡核苷酸。在一些实施例中，位于或邻近编辑位点的经修饰的碱基(例如，b001A、b008U)可以提供改进的编辑效率。在一些实施例中，位于和/或邻近编辑位点的经修饰的碱基(例如，肌苷、无碱基位点、b001A、b008U)可以提供改进的编辑效率。在一些实施例中，N-1是无碱基的，在一些实施例中具有3’-末端延伸，提供更高水平的编辑。在一些实施例中，与其他寡核苷酸相比，某些寡核苷酸提供更高的编辑。图6、图7、图8及图9呈现了某些数据。在一些实施例中，N0在某些位置(如从5’-末端计数)可以提供改进的编辑水平。例如，用ADAR1-p150，在一些实施例中，位置24、25和26处的N0可以提供更高的编辑水平；用ADAR1-p110，在一些实施例中，位置24、25和26处的N0可以提供更高的编辑水平；以及用ADAR2，在一些实施例中，位置22、23、24、25处的N0可以提供更高的编辑水平。在一些实施例中，如图11中所示，2’-OR修饰的糖，其中R是C1-6脂肪族基，例如2-OMe修饰的糖，可以与2’-F修饰的糖一起使用到与靶腺苷相反的核苷的5’-末端侧。在一些实施例中，2’-OR修饰的糖和2’-F修饰的糖的某些模式可以为ADAR2编辑提供益处。在一些实施例中，在N-2或N-3处使用2’-F修饰的糖观察到更高水平的编辑。图12呈现了某些结果。在一些实施例中，N-1的核碱基是G或I，并且观察到了二者的高水平编辑。例如，参见图13中的数据。在一些实施例中，当使用b001A、b008U、Csm15或b001rA作为N0时观察到高水平编辑(例如，参见图14)。在一些实施例中，当N0位于不同位置时，提供的技术，例如b008U、b001A等可以改善编辑。在一些实施例中，不同位置处的N0可以提供编辑。在一些实施例中，位置24或25处的N0提供高水平的ADAR1编辑。在一些实施例中，位置22、23或24处的N0提供高水平的ADAR2编辑。图15及图16呈现了某些实例。
实例4.所提供的技术可以提供编辑。
设计并评估了包含各种类型的糖、核碱基、核苷酸间键联及其立体化学和模式的寡核苷酸，证实各种设计的寡核苷酸可以提供有效的编辑，包括包含以下的寡核苷酸：含有2’-F的嵌段、含有2’-OR的嵌段(其中R是C1-6脂族基)(例如，2’-OMe、2’-MOE等)以及含有DNA糖的嵌段、天然磷酸酯键联、硫代磷酸酯核苷酸间键联核苷酸间键联、不带负电荷的核苷酸间键联(例如，磷酰胍核苷酸间键联例如n001s)、经修饰的碱基、受控的立体化学、其模式等，如本文所述。某些寡核苷酸针对MECP2转录物中的特定编辑位点。如图17所示，包含各种类型的糖(例如，DNA糖、2’-F修饰的糖、2’-OR修饰的糖(其中R不为氢)及其模式)、核碱基(经修饰和未经修饰的碱基及其模式)、核苷酸间键联(例如，天然磷酸酯键联、不带负电荷的核苷酸间键联、硫代磷酸酯核苷酸间键联及其模式)和立体化学(例如，Rp、Sp及其模式)及其模式的寡核苷酸可以提供编辑活性。在HEK293T细胞中测试寡核苷酸。在一些实施例中，在编辑位点3′处包含至少一个2′-MOE糖修饰的寡核苷酸可以提供相对于参考相当的或改进的编辑。在一些实施例中，在编辑位点包含经修饰的碱基(例如，b008U)的寡核苷酸可以提供相对于参考相当的或改进的编辑活性。在一些实施例中，在编辑位点包含至少一个2’-MOE糖修饰和包含经修饰的碱基(例如，b008U)的寡核苷酸可以提供相对于参考相当的或改进的编辑活性。在一些实施例中，寡核苷酸可以为不同的ADAR酶提供不同的编辑活性。在一些实施例中，包含CpG基序的寡核苷酸可以提供对CpG进行或不进行某些修饰的编辑(例如，使用5mC)。在一些实施例中，在编辑位点包含经修饰的碱基(例如，b001A)的寡核苷酸可以提供相对于参考相当的或改进的编辑活性。在一些实施例中，提供的具有各种设计的寡核苷酸可以提供稳健的编辑。参见图17和图18。
实例5.制备寡核苷酸和组合物的技术。
用于制备所提供的技术(例如寡核苷酸、组合物(例如寡核苷酸组合物、药物组合物等)等)的各种技术(例如，亚磷酰胺、核碱基、核苷等)可以根据本披露使用，包括例如在以下文献中描述的方法和试剂：US 9982257、US 20170037399、US 20180216108、US20180216107、US 9598458、WO 2017/062862、WO 2018/067973、WO 2017/160741、WO 2017/192679、WO 2017/210647、WO 2018/098264、WO 2018/223056、WO 2018/237194、WO 2019/032607、WO 2019/055951、WO 2019/075357、WO 2019/200185、WO 2019/217784、WO 2019/032612、WO 2020/191252和/或WO 2021/071858，它们各自的方法和试剂通过援引并入本文。在一些实施例中，本披露提供了用于制备寡核苷酸及其组合物的有用的技术。
在一些实施例中，有用的化合物包括下文描述的那些化合物或其盐。在一些实施例中，利用优先权申请和WO 2021/071858中描述的技术制备化合物，每篇申请的全部内容通过援引并入本文。
下面作为实例描述了用于制备各种另外的有用化合物的某些有用技术。
3-((2R，4S，5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-羟基四氢呋喃-2-基)嘧啶-2，4(1H，3H)－二酮(WV-NU-096)和3-((2S，4S，5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-羟基四氢呋喃-2-基)嘧啶-2，4(1H，3H)-二酮(WV-NU-096A)的合成
步骤1.向嘧啶-2，4(1H，3H)-二酮(100g，892.17mmol，1当量)在吡啶(1000mL)中的溶液中添加Ac2O(546.48g，5.35mol，501.36mL，6当量)。将混合物在120℃下搅拌3h。将反应混合物减压浓缩，以给出粗品，并将残余物用EtOAC(100mL)洗涤，过滤，将滤饼减压干燥，以给出产物。获得呈白色固体的1-乙酰基嘧啶-2，4(1H，3H)-二酮(100g，648.83mmol，72.73％产率)。1HNMR(400MHz，DMSO-d6)δ＝11.55(br s，1H)，8.12(d，J＝8.4Hz，1H)，5.80(dd，J＝2.2，8.5Hz,1H)，2.70-2.55(m，3H)；TLC(石油醚∶乙酸乙酯＝0∶1)，Rf＝0.72。
步骤2.在氩气气氛下，向干净干燥的三颈3升圆底烧瓶中装入1-乙酰基嘧啶-2,4(1H,3H)-二酮(17g，110.30mmol，1当量)并溶解到干燥的MeCN(1700mL)中。通过使用冰浴将反应混合物冷却至0℃。将NaH(6.62g，165.45mmol，60％纯度，1.5当量)分批添加至反应混合物中并在0℃下搅拌30min。分批添加4-氯苯甲酸(2R，3S)-5-氯-2-(((4-氯苯甲酰基)氧基)甲基)四氢呋喃-3-基酯(65.88g，153.32mmol，1.39当量)并在0℃下搅拌反应混合物30min且在65℃下搅拌反应混合物3h。TLC(石油醚∶乙酸乙酯＝1∶1，Rf＝0.24)显示反应物1被消耗并形成新斑点。然后，将反应混合物冷却至rt并使用whatman滤纸通过烧结漏斗过滤。将滤液在减压下浓缩，以给出粗产物。将粗产物通过硅胶柱色谱法(100-200目)纯化。将产物用50％至80％EtOAc：石油醚洗脱，然后将固体用DCM(30mL)研磨以给出呈黄色固体的化合物WV-NU-096b和化合物WV-NU-096c的混合物(50g)。
步骤3.向WV-NU-096b和WV-NU-096c的混合物(45g，89.06mmol，1当量)在MeOH(500mL)中的溶液中添加NaOMe(12.03g，222.65mmol，2.5当量)。将混合物在15℃下搅拌2h。将12.03g NH4Cl添加至混合物中，搅拌30min，然后过滤并将滤液在减压下浓缩，以给出残余物。将残余物通过柱色谱法(SiO2，石油醚/乙酸乙酯＝1/1至0/1，然后乙酸乙酯/甲醇＝5/1)纯化以给出呈黄色固体的WV-NU-096d(20g，87.64mmol，98.41％产率)。LCMS：(M+H+)＝227.0
步骤4.向WV-NU-096d(20.00g，87.64mmol，1当量)在吡啶(200mL)中的溶液中添加DMTCl(35.26g，104.07mmol，1.19当量)。将混合物在15℃下搅拌12h。将反应混合物用水(200mL)淬灭并用乙酸乙酯(400mL，200mL＊2)萃取。将合并的有机层用饱和盐水(50mL)洗涤，经Na2SO4干燥，过滤并减压浓缩，以给出残余物。将残余物通过以下纯化：制备型HPLC(柱：Phenomenex Titank C18Bulk 250＊70mm 10u；流动相：[水(10mM NH4HCO3)-ACN]；B％：45％-75％，20min)，以给出呈白色固体的WV-NU-096(30g，55.27mmol，63.06％产率，97.75％纯度)和WV-NU-096A(5g，9.20mmol，10.50％产率，97.61％纯度)。WV-NU-096：1HNMR(400MHz，DMSO-d6)δ＝11.14-10.94(m，1H)，7.47-7.31(m，3H)，7.27-7.21(m，6H)，7.20-7.13(m，1H)，6.86-6.77(m，4H)，6.61-6.52(m，1H)，5.57-5.49(m，1H)，5.08-5.02(m，1H)，4.29-4.19(m，1H)，3.87-3.76(m，1H)，3.74-3.69(m，6H)，3.24-3.16(m，1H)，3.08-3.01(m，1H)，2.62-2.52(m，1H)，2.04-1.92(m，1H)；LCMS(M-H+)：529.2，LCMS纯度：97.75％。WV-NU-096A：1H NMR(400MHz，DMSO-d6)δ＝11.25-11.01(m，1H)，7.49-7.43(m，1H)，7.41-7.35(m，2H)，7.33-7.28(m，2H)，7.27-7.17(m，5H)，6.95-6.84(m，4H)，6.57-6.44(m，1H)，5.63-5.56(m，1H)，5.28-5.19(m，1H)，4.34-4.24(m，1H)，4.12-3.99(m，1H)，3.77-3.69(m，6H)，3.17-3.10(m，1H)，2.98-2.89(m，1H)，2.60-2.53(m，1H)，2.38-2.30(m，1H)；LCMS(M-H+)：529.2，LCMS纯度：97.61％。
3-((2R，4S，5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-(((1S，3S，3aS)-3-((苯基磺酰基)甲基)四氢-1H，3H-吡咯并[1，2-c][1，3，2]氧杂氮杂磷杂环戊烷-1-基)氧基)四氢呋喃-2-基)嘧啶-2，4(1H，3H)-二酮的合成
向干燥的3-[(2R，4R，5R)-5-[[双(4-甲氧基苯基)-苯基-甲氧基]甲基]-4-羟基-四氢呋喃-2-基]-1H-嘧啶-2，4-二酮(29.8g，56.17mmol)在THF(200mL)中的溶液中添加三乙胺(19.57mL，140.42mmol)。将反应烧瓶置于水浴中。滴加(3S，3aS)-3-(苯磺酰基甲基)-1-氯-3a，4，5，6-四氢-3H-吡咯并[1，2-c][1，3，2]氧杂氮杂磷杂环戊烷(0.89M在THF中，113.59mL，101.1mmol)。去除水浴。将浑浊反应溶液在rt下搅拌2.5h。TLC和LCMS显示反应完成。用水(794μL)淬灭反应。添加无水MgSO4(10.6g)。通过硅藻土过滤混合物，浓缩滤液，得到呈灰白色泡沫状的粗产物。将粗产物通过正相柱色谱法使用在己烷中的50％-100％EtOAc(各流动相含有1％的三乙胺)作为梯度纯化，得到呈白色泡沫状的标题化合物(40.4g，88.4％产率)。1H NMR(600MHz，CDCl3)δ9.28(bs，1H)，7.87(dd，J＝8.3，1.4Hz，2H)，7.63-7-57(m，1H)，7.53-7.44(m，4H)，7.37-7.33(m，4H)，7.23(t，J＝7.8Hz，2H)，7.19-7.13(m，1H)，6.81-6.75(m，4H)，6.70(dd，J＝8.4，5.1Hz，1H)，6.64(d，J＝7.7Hz，1H)，5.53(d，J＝7.7Hz，1H)，4.96(q，J＝6.1Hz，1H)，4.87(dq，J＝12.8，5.6Hz，1H)，3.93(td，J＝5.9，3.9Hz，1H)，3.752(s，3H)，3.749(s，3H)，3.62(dq，J＝11.7，6.0Hz，1H)，3.44-3.25(m，5H)，2.94(qd，J＝10.0，4.0Hz，1H)，2.85(ddd，J＝13.2，8.0，5.2Hz，1H)，2.23(ddd，J＝13.6，8.6，5.5Hz，1H)，1.85-1.79(m，1H)，1.76-1.69(m，1H)，1.65-1.59(m，1H)，1.12-1.02(m，1H)；31P NMR(243MHz，CDCl3)δ149.14；MS(ESI)，812.53[M-H]-。
N-(9-((2R，4S，5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-羟基四氢呋喃-2-基)-8-氧代-8，9-二氢-7H-嘌呤-6-基)苯甲酰胺(WV-NU-137)的合成
步骤1.向Na(9.99g，434.67mmol)在BnOH(391.84g，3.62mol)中的溶液，3h后，添加(2R，3S，5R)-5-(6-氨基-8-溴-9H-嘌呤-9-基)-2-(羟基甲基)四氢呋喃-3-醇(25g，75.73mmol)。将混合物在15℃下搅拌12h。通过在0℃添加800mL HCl(1M)淬灭反应混合物，然后添加饱和NaHCO3水溶液，直到pH约9，并用EtOAc(1000mL＊3)萃取，经Na2SO4干燥，过滤并减压浓缩，得到残余物。将残余物通过柱色谱法(SiO2，石油醚/乙酸乙酯＝5/1至乙酸乙酯∶甲醇＝10/1)纯化以得到呈黄色油状物的(2R,3S,5R)-5-(6-氨基-8-(苄氧基)-9H-嘌呤-9-基)-2-(羟基甲基)四氢呋喃-3-醇(35g，64.67％产率)。LCMS：(M+H+)：358.2
步骤2.向(2R，3S，5R)-5-(6-氨基-8-(苄氧基)-9H-嘌呤-9-基)-2-(羟基甲基)四氢呋喃-3-醇(50g，139.91mmol)(通过在旋转蒸发器上与吡啶(200mL＊3)共沸蒸馏而干燥)中添加HMDS(338.72g，2.10mol)。将混合物在150℃下搅拌12h。将反应混合物减压浓缩以去除溶剂。得到呈黄色油状物的8-(苄氧基)-9-((2R，4S,5R)-4-((三甲基甲硅烷基)氧基)-5-(((三甲基甲硅烷基)氧基)甲基)四氢呋喃-2-基)-9H-嘌呤-6-胺(70.2g，粗品)，无需纯化。
步骤3.向8-(苄氧基)-9-((2R,4S,5R)-4-((三甲基甲硅烷基)氧基)-5-(((三甲基甲硅烷基)氧基)甲基)四氢呋喃-2-基)-9H-嘌呤-6-胺(70.2g)在吡啶(500mL)中的溶液中添加BzCl(29.50g)。将混合物在20℃下搅拌2h。添加MeOH(500mL)和水(500mL)，10min后添加NH3.H2O(250mL)，30min后添加H2O(500mL)并用EtOAc(500mL＊4)萃取，经Na2SO4干燥，过滤并减压浓缩，得到残余物。将残余物通过柱色谱法(SiO2，石油醚/乙酸乙酯＝1/0至0/1，然后乙酸乙酯/甲醇＝10∶1)纯化，得到呈黄色固体的N-(8-(苄氧基)-9-((2R，4S，5R)-4-羟基-5-(羟基甲基)四氢呋喃-2-基)-9H-嘌呤-6-基)苯甲酰胺(36g，55.76％产率)。LCMS：(M+H+)：462.2
步骤4.向N-(8-(苄氧基)-9-((2R，4S，5R)-4-羟基-5-(羟基甲基)四氢呋喃-2-基)-9H-嘌呤-6-基)苯甲酰胺(36g，78mmol)在THF(500mL)和MeOH(500mL)中的溶液中添加Pd/C(9g，39.01mmol，10％纯度)。将混合物在15℃下在H2(15psi)中搅拌3h。将混合物过滤，并将滤液减压浓缩，得到呈黄色固体的N-(9-((2R，4S，5R)-4-羟基-5-(羟基甲基)四氢呋喃-2-基)-8-氧代-8，9-二氢-7H-嘌呤-6-基)苯甲酰胺(28.9g，粗品)。LCMS：(M+H+)：372.2。
步骤5.向N-(9-((2R，4S，5R)-4-羟基-5-(羟基甲基)四氢呋喃-2-基)-8-氧代-8，9-二氢-7H-嘌呤-6-基)苯甲酰胺(28.9g，77.82mmol)在吡啶(300mL)中的溶液中添加DMTCl(26.37g，77.82mmol)，将混合物在15℃下搅拌12h。通过在0℃添加水(200mL)淬灭反应混合物，并用EtOAc(300mL＊3)萃取。经Na2SO4干燥，过滤，并减压浓缩得到残余物。通过硅胶色谱法(石油醚/乙酸乙酯＝10/1，1/4，5％TEA)纯化残余物，得到呈白色固体的N-(9-((2R,4S，5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-羟基四氢呋喃-2-基)-8-氧代-8,9-二氢-7H-嘌呤-6-基)苯甲酰胺(WV-NU-137)(32g，57.75％产率)。1HNMR(400MHz，400MHz，DMSO-d6)δ＝8.38-8.24(m，1H)，8.12-8.00(m，2H)，7.67-7.60(m，1H)，7.58-7.51(m，2H)，7.38-7.33(m，2H)，7.26-7.13(m，7H)，6.81(dd，J＝9.0，13.3Hz，4H)，6.25(t，J＝6.8Hz，1H)，5.29(d，J＝4.6Hz，1H)，4.56-4.49(m，1H)，3.95(q，J＝4.9Hz，1H)，3.71(d，J＝4.4Hz，6H)，3.20-3.15(m，2H)，3.08(td，J＝6.5，13.0Hz，1H)，2.21-2.10(m，1H)；LCMS(M-H+)：672.2。
N-(9-((2R，4S，5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-(((1S，3S，3aS)-3-((苯基磺酰基)甲基)四氢-1H，3H-吡咯并[1，2-c][1，3，2]氧杂氮杂磷杂环戊烷-1-基)氧基)四氢呋喃-2-基)-8-氧代-8，9-二氢-7H-嘌呤-6-基)苯甲酰胺的合成
向干燥的N-[9-[(2R，4R，5R)-5-[[双(4-甲氧基苯基)-苯基-甲氧基]甲基]-4-羟基-四氢呋喃-2-基]-8-氧代-7H-嘌呤-6-基]苯甲酰胺(3.0g，4.45mmol)在THF(30mL)中的溶液中添加三乙胺(1.55mL，11.13mmol)。滴加(3S，3aS)-3-(苯磺酰基甲基)-1-氯-3a，4，5，6-四氢-3H-吡咯并[1，2-c][1，3，2]氧杂氮杂磷杂环戊烷(0.9M在THF中，8.91mL，8.02mmol)。将所得的灰白色浆液在室温下搅拌2h。TLC和LCMS显示反应完成。用水(80μL)淬灭反应。添加无水MgSO4(1.07g)。通过硅藻土过滤混合物，浓缩滤液，得到呈灰白色泡沫状的粗产物。将粗产物通过正相柱色谱法使用在已烷中的20％-100％EtOAc(各流动相含有2.5％的三乙胺)作为梯度纯化，得到呈白色泡沫状的标题化合物(2.979g，69.9％产率)。1HNMR(600MHz，CDCl3)δ9.45(s，1H)，8.60(s，1H)，8.24(s，1H)，7.97-7.92(m，2H)，7.92-7.88(m，2H)，7.67-7.62(m，1H)，7.62-7.57(m，1H)，7.57-7.48(m，4H)，7.45-7.40(m，2H)，7.34-7.28(m，4H)，7.21(dd，J＝8.3，6.7Hz，2H)，7.19-7.13(m，1H)，6.79-6.72(m，4H)，6.39(t，J＝6.8Hz，1H)，5.09(ddt，J＝14.7，6.9，4.9Hz，2H)，4.08-4.03(m，1H)，3.76(s，3H)，3.75(s，3H)，3.69(dq，J＝9.8，5.9Hz，1H)，3.52-3.42(m，2H)，3.37(ddd，J＝12.2，5.4，2.4Hz，2H)，3.34-3.24(m，2H)，3.03(tdd，J＝10.3，8.8，4.1Hz，1H)，2.30(ddd，J＝13.5，7.3，4.5Hz，1H)，1.87(dt，J＝11.4，5.9Hz，1H)，1.80-1.72(m，1H)，1.70-1.63(m，1H)，1.12(dtd，J＝11.7，10.1，8.5Hz，1H)；31P NMR(243MHz，CDCl3)δ149.85；MS(ESI)，955.37[M-H]-。
N-(9-((2R，3R，4R，5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-3-((叔丁基二甲基甲硅烷基)氧基)-4-羟基四氢呋喃-2-基)-8-氧代-8，9-二氢-7H-嘌呤-6-基)苯甲酰胺的合成
步骤1.向Na(21g，913.45mmol，21.65mL，8.43当量)在BnOH(1000mL)中的溶液，3小时后，添加(2R，3R，4S，5R)-2-(6-氨基-8-溴-9H-嘌呤-9-基)-5-(羟基甲基)四氢呋喃-3，4-二醇(37.5g，108.34mmol，1.0当量)。将混合物在15℃下搅拌12h。将混合物倒入冷的1N HCl(2500mL)中并用EtOAc(1500mL)萃取。向水相中添加饱和NaHCO3(水溶液)直至pH＞8，分离出白色滤饼，过滤并浓缩，获得粗品。得到呈白色固体的(2R,3R,4S，5R)-2-(6-氨基-8-(苄氧基)-9H-嘌呤-9-基)-5-(羟基甲基)四氢呋喃-3,4-二醇(80g，粗品)。LCMS：(M+H+)：374.4。
步骤2.向(2R,3R,4S,5R)-2-(6-氨基-8-(苄氧基)-9H-嘌呤-9-基)-5-(羟基甲基)四氢呋喃-3,4-二醇(39.0g，104.46mmol，1.0当量)在HMDS(400mL)中的溶液中，将混合物在130℃搅拌12h。将反应混合物减压浓缩，获得残余物。得到呈棕色固体的N-(8-(苄氧基)-9-((2R，3R，4R，5R)-4-羟基-3-((三甲基甲硅烷基)氧基)-5-(((三甲基甲硅烷基)氧基)甲基)四氢呋喃-2-基)-9H-嘌呤-6-基)苯甲酰胺(61.62g，粗品)。
步骤3.向N-(8-(苄氧基)-9-((2R，3R，4R，5R)-4-羟基-3-((三甲基甲硅烷基)氧基)-5-(((三甲基甲硅烷基)氧基)甲基)四氢呋喃-2-基)-9H-嘌呤-6，基)苯甲酰胺(46.0g，77.98mmol，1当量)在吡啶(460mL)中的溶液中添加苯甲酰氯(21.92g，155.96mmol，18.12mL，2.0当量)。将混合物在20℃下搅拌1h。向反应混合物中添加MeOH：H2O(1∶1，500mL)并在15℃下搅拌10min。然后向混合物中添加NH3.H2O(150mL)并在15℃下搅拌10min。然后将混合物通过H2O(200mL)稀释并用EtOAc(800mL，200mL＊4)萃取。向混合物中添加200mL盐水并用Na2SO4干燥。然后将混合物减压浓缩，得到残余物。通过柱色谱法纯化残余物。得到呈黄色固体的N-(8-(苄氧基)-9-((2R，3R，4S，5R)-3，4，二羟基-5-(羟基甲基)四氢呋喃-2-基)-9H-嘌呤-6-基)苯甲酰胺(33.99g，71.19mmol，91.29％产率)。LCMS：(M+H+)：478.4。
步骤4.在H2(15psi)下，向N-(8-(苄氧基)-9-((2R,3R,4S,5R)-3,4-二羟基-5-(羟基甲基)四氢呋喃-2-基)-9H-嘌呤-6-基)苯甲酰胺(35.1g，73.51mmol，1当量)在MeOH(1500mL)和THF(500mL)中的溶液中添加Pd/C(7.0g，10％纯度)。将混合物在20℃下搅拌1h。将反应物过滤并减压浓缩，得到残余物。残余物未经纯化且得到呈棕色固体的N-(9-((2R，3R，4S，5R)-3，4-二羟基-5-(羟基甲基)四氢呋喃-2-基)-8-氧代-8，9-二氢-7H-嘌呤-6-基)苯甲酰胺(19.6g，50.60mmol，68.83％产率)。LCMS：(M+H+)：388.2。
步骤5.向N-(9-((2R,3R，4S，5R)-3，4-二羟基-5-(羟基甲基)四氢呋喃-2-基)-8-氧代-8，9-二氢-7H-嘌呤-6-基)苯甲酰胺(14.8g，38.21mmol，1当量)在吡啶(150mL)中的溶液中添加DMTCl(15.54g，45.85mmol，1.2当量)。将混合物在20℃下搅拌2h。将反应混合物用10mL H2O稀释并用乙酸乙酯萃取。将合并的有机层用盐水(100mL)洗涤，经Na2SO4干燥，过滤并减压浓缩，以给出残余物。将残余物通过柱色谱法(石油醚/乙酸乙酯＝100/1至0/1)纯化。得到呈棕色固体的N-(9-((2R，3R，4S，5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-3,4-二羟基四氢呋喃-2-基)-8-氧代-8,9-二氢-7H-嘌呤-6-基)苯甲酰胺(13.2g，19.14mmol，50.09％产率)。LCMS：(M+H+)：690.5。
步骤6.向N-(9-((2R，3R，4S，5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-3，4-二羟基四氢呋喃-2-基)-8-氧代-8,9-二氢-7H-嘌呤-6-基)苯甲酰胺(10.20g，14.79mmol，1当量)在DMF(100mL)中的溶液中添加咪唑(3.02g，44.37mmol，3.00当量)和TBSCl(2.01g，13.31mmol，1.63mL，0.9当量)。将混合物在15℃下搅拌10h。将混合物用乙酸乙酯稀释并用NaHCO3溶液洗涤。将合并的有机层经Na2SO4干燥，过滤，并减压浓缩得到残余物。将残余物通过柱色谱法(石油醚/乙酸乙酯＝100/1至1/1)纯化。得到呈黄色固体的N-(9-((2R,3R,4R,5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-3-((叔丁基二甲基甲硅烷基)氧基)-4-羟基四氢呋喃-2-基)-8-氧代-8，9-二氢-7H-嘌呤-6-基)苯甲酰胺(3.82g，4.75mmol，32.13％产率)。1HNMR(400MHz，氯仿-d)δ＝9.51(s，1H)，8.57(s，1H)，8.26(s，1H)，8.03(s，1H)，7.96(d，J＝7.5Hz，2H)，7.70-7.63(m，1H)，7.61-7.54(m，2H)，7.48(d，J＝7.3Hz，2H)，7.36(dd，J＝2.0，8.9Hz，4H)，7.26-7.16(m，3H)，6.78(d，J＝8.7Hz，4H)，5.99(d，J＝4.6Hz，1H)，5.32-5.27(m，1H)，4.48(q，J＝5.5Hz，1H)，4.13-4.08(m，1H)，3.78(s，6H)，3.46(dd，J＝3.9，10.3Hz，1H)，3.32(dd，J＝5.3，10.3Hz，1H)，2.70(d，J＝5.9Hz，1H)，2.06(s，1H)，1.58(s，2H)，1.27(t，J＝7.2Hz，1H)，0.89(s，9H)，0.05(s，3H)，-0.01(s，3H)；LCMS：(M-H-)：802.3。
N-(9-((2R，3R，4R，5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-3-((叔丁基二甲基甲硅烷基)氧基)-4-(((1S，3S，3aS)-3-((苯基磺酰基)甲基)四氢-1H，3H-吡咯并[1，2-c][1，3，2]氧杂氮杂磷杂环戊烷-1-基)氧基)四氢呋喃-2-基)-8-氧代-8，9，二氢-7H-嘌呤-6-基)苯甲酰胺的合成
向干燥的N-[9-[(2R，3S，5R)-5-[[双(4-甲氧基苯基)-苯基-甲氧基]甲基]-3-[叔丁基(二甲基)甲硅烷基]氧基-4-羟基-四氢呋喃-2-基]-8-氧代-7H-嘌呤-6.基]苯甲酰胺(3.5g，4.35mmol)在THF(35mL)中的溶液中添加三乙胺(1.52mL，10.88mmol)。滴加(3S，3aS)-3-(苯磺酰基甲基)-1-氯-3a，4，5，6-四氢-3H-吡咯并[1，2-c][1，3，2]氧杂氮杂磷杂环戊烷(0.9M在THF中，8.71mL，7.84mmol)。将所得的浑浊溶液在室温下搅拌3.5h。TLC和LCMS显示反应完成。用水(78μL)淬灭反应。添加无水MgSO4(1.05g)。通过硅藻土过滤混合物，浓缩滤液，得到呈灰白色泡沫状的粗产物。将粗产物通过正相柱色谱法使用在己烷中的20％-100％EtOAc(各流动相含有2.5％的三乙胺)作为梯度纯化，得到呈白色泡沫状的标题化合物(3.512g，74.2％产率)。1H NMR(600MHz，CDCl3)δ9.48(s，1H)，8.62(s，1H)，8.24(s，1H)，7.96-7.92(m，2H)，7.90-7.85(m，2H)，7.67-7.61(m，1H)，7.57(td，J＝7.2，1.2Hz，1H)，7.54(t，J＝7.8Hz，2H)，7.50-7.43(m，4H)，7.38-7.32(m，4H)，7.22(dd，J＝8.4，6.9Hz，2H)，7.19-7.13(m，1H)，6.79-6.72(m，4H)，6.01(d，J＝5.4Hz，1H)，5.33(t，J＝5.3Hz，1H)，5.00(q，J＝6.2Hz，1H)，4.78(dt，J＝10.8，4.7Hz，1H)，4.06(q，J＝4.4Hz，1H)，3.76(s，6H)，3.67(dq，J＝11.4，5.8Hz，1H)，3.49-3.34(m，4H)，3.19(dd，J＝10.4，4.9Hz，1H)，3.01(qd，J＝9.5，4.0Hz，1H)，1.85(t，J＝5.8Hz，1H)，1.77-1.70(m，1H)，1.68-1.62(m，1H)，1.16-1.06(m，1H)，0.83(s，9H)，0.02(s，3H)，-0.09(s，3H)；31P NMR(243MHz，CDCl3)δ152.12；MS(ESI)，1086.13[M-H]-。
N-(5-((2R，4S，5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-羟基四氢呋喃-2-基)-6-氧代-1，6-二氢嘧啶-2-基)乙酰胺(WV-NU-189)的合成
步骤1.在氩气气氛下，将BSA(73.19g，359.80mmol，88.94mL，3.1当量)的溶液滴加至N-(5-碘-6-氧代-1，6-二氢嘧啶-2-基)乙酰胺(80.97g，290.16mmol，2.5当量)在DMF(500mL)中的悬浮液中。搅拌1h后，反应变成澄清溶液。然后添加DIPEA(46.50g，359.80mmol，62.67mL，3.1当量)和叔丁基(((2R，3S)-3-((叔丁基二甲基甲硅烷基)氧基)-2，3-二氢呋喃-2-基)甲氧基)二甲基硅烷(40g，116.06mmol，1当量)。在单独的烧瓶中，将Pd(OAc)2(1.82g，8.12mmol，0.07当量)添加至三苯胂(14.22g，46.43mmol，0.4当量)在搅拌的DMF(500mL)中的溶液中。30min后，将该溶液缓慢添加到第一烧瓶中并将混合物在80℃搅拌12h。通过添加H2O(30mL)淬灭反应并将溶剂在减压下蒸发。将残余物再次溶于EtOAc(500mL)，并用H2O(2＊100mL)和盐水(200mL)洗涤。将有机层经MgSO4干燥，过滤，并且在减压下浓缩。将残余物通过柱色谱法(SiO2，石油醚/乙酸乙酯＝100/1至0/1)纯化以给出呈白色固体的N-(5-((2R，5R)-4-((叔丁基二甲基甲硅烷基)氧基)-5-(((叔丁基二甲基甲硅烷基)氧基)甲基)-2，5-二氢呋喃-2-基)-6-氧代-1，6-二氢嘧啶-2-基)乙酰胺(25g，50.43mmol，43.45％产率)。1H NMR(氯仿-d，400MHz)：δ＝8.27(d，J＝2.0Hz，1H)，8.22(br d，J＝8.0Hz，2H)，7.98(dd，J＝8.6，2.3Hz，1H)，7.30-7.39(m，4H)，5.69(dd，J＝3.8，1.4Hz，1H)，4.75(s，1H)，4.58(tt，J＝3.7，1.9Hz，1H)，3.85-3.92(m，1H)，3.75-3.81(m，1H)，2.22-2.24(m，4H)，0.86-0.98(m，19H)，0.22(d，J＝6.6Hz，6H)，0.05ppm(d，J＝2.5Hz，6H)。
步骤2.将N-(5-((2R，5R)-4-((叔丁基二甲基甲硅烷基)氧基)-5-(((叔丁基二甲基甲硅烷基)氧基)甲基)-2，5-二氢呋喃-2-基)-6-氧代-1，6-二氢嘧啶-2-基)乙酰胺(23g，46.39mmol，1当量)的溶液滴加至氟化氢吡啶(23.65g，167.02mmol，21.50mL，70％纯度，3.6当量)在THF(200mL)中的溶液中。将反应在25℃下搅拌12h。将悬浮液用乙酸(30mL)稀释并减压去除挥发物。获得呈白色固体的N-(5-((2R,5R)-5-(羟基甲基)-4-氧代四氢呋喃-2-基)-6-氧代-1，6-二氢嘧啶-2-基)乙酰胺(12.40g，46.40mmol，100.00％产率)，其不经进一步纯化即用于下一步骤；LCMS(M+H+)：268.3。
步骤3.将N-(5-((2R，5R)-5-(羟基甲基)-4-氧代四氢呋喃-2-基)-6-氧代-1，6-二氢嘧啶-2-基)乙酰胺(12.4g，46.40mmol，1当量)溶于MeCN(66mL)/AcOH(66mL)(1∶1v/v)的混合物中并将混合物冷却至-15℃，接着分批添加NaBH(OAc)3(23.11g，109.04mmol，2.35当量)。将混合物在-15℃下搅拌2h。将混合物在减压下蒸发至干燥。将残余物通过以下纯化：柱色谱法(SiO2，石油醚∶乙酸乙酯＝100/1至5/1)，以给出呈白色固体的N-(5-((2R，4S，5R)-4-羟基-5-(羟基甲基)四氢呋喃-2-基)-6-氧代-1，6-二氢嘧啶-2-基)乙酰胺(11g，40.85mmol，88.05％产率)。
步骤4.向N-(5-((2R，4S，5R)-4-羟基-5-(羟基甲基)四氢呋喃-2-基)-6-氧代-1，6-二氢嘧啶-2-基)乙酰胺(9g，33.43mmol，1当量)在吡啶(100mL)中的溶液中添加DMTCl(11.33g，33.43mmol，1当量)。将混合物在15℃下搅拌12h。将残余物用H2O(200mL)稀释并用ETOAc(1500mL，500mL＊3)萃取。将合并的有机层用盐水(30mL，10mL＊3)洗涤，经Na2SO4干燥，过滤并减压浓缩，以给出残余物。将残余物通过以下纯化：柱色谱法(SiO2，DCM：MeOH＝100/1至5/1)，以给出呈白色固体的WV-NU-189(15g，26.24mmol，78.51％产率)。1HNMR(氯仿-d，400MHz)：δ＝7.94(br s，1H)，7.43(br d，J＝7.3Hz，2H)，7.27(s，7H)，7.22(br d，J＝6.8Hz，1H)，6.83(br d，J＝8.8Hz，4H)，5.17(br s，1H)，4.40(br s，1H)，4.03(br s，1H)，3.78(s，6H)，3.21-3.36(m，2H)，2.48(br s，1H)，2.18(br s，3H)，1.95ppm(br s，1H)；LCMS(M-H+)：570.3，LCMS纯度：91.61％。
N-(5-((2R，4S，5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-(((1S，3S，3aS)-3-((苯基磺酰基)甲基)四氢-1H，3H-吡咯并[1，2-c][1，3，2]氧杂氮杂磷杂环戊烷-1-基)氧基)四氢呋喃-2-基)-6-氧代-1，6-二氢嘧啶-2-基)乙酰胺的合成
向干燥的N-[5-[(2R，4R，5R)-5-[[双(4-甲氧基苯基)-苯基-甲氧基]甲基]-4-羟基-四氢呋喃-2-基]-6-氧代-1H-嘧啶-2-基]乙酰胺(7.0g，12.25mmol)在THF(35mL)中的溶液中添加三乙胺(4.27mL，30.61mmol)。将反应烧瓶置于水浴中。滴加(3S，3aS)-3-(苯磺酰基甲基)-1-氯-3a，4，5，6-四氢-3H-吡咯并[1，2-c][1，3，2]氧杂氮杂磷杂环戊烷(0.90M在THF中，24.49mL，22.04mmol)。去除水浴。将白色浆液在rt下搅拌2h。TLC和LCMS显示反应完成。用水(176μL)淬灭反应。添加无水MgSO4(2.35g)。通过硅藻土过滤混合物，浓缩滤液，得到呈灰白色泡沫状的粗产物。将粗产物通过正相柱色谱法使用在MeCN中的0％-60％EtOAc(各流动相含有1％的三乙胺)作为梯度纯化，得到呈白色泡沫状的标题化合物(8.22g，78.5％产率)。1H NMR(600MHz，DMSO)δ11.56(s，2H)，7.90-7.86(m，2H)，7.86-7.81(m，1H)，7.67-7.61(m，1H)，7.55(t，J＝7.8Hz，2H)，7.42-7.37(m，2H)，7.31(t，J＝7.7Hz，2H)，7.28-7.24(m，4H)，7.24-7.21(m，1H)，6.91-6.85(m，4H)，4.87(m，1H)，4.82(ddd，J＝9.1，5.9，3.1Hz，1H)，4.59(m，1H)，3.85(td，J＝4.5，2.4Hz，1H)，3.77(dd，J＝15.0，3.1Hz，1H)，3.74(s，6H)，3.72-3.68(m，1H)，3.44(dq，J＝11.8，6.1Hz，1H)，3.38-3.29(m，1H)，3.13(dd，J＝10.1，4.3Hz，1H)，3.04(dd，J＝10.2，4.7Hz，1H)，2.85-2.76(m，1H)，2.28-2.22(m，1H)，2.15(s，3H)，1.76(dt，J＝12.1，4.6Hz，2H)，1.61(td，J＝13.5，11.2，6.2Hz，1H)，1.56-1.50(m，1H)，1.10(dq，J＝11.7，9.5Hz，1H)；31P NMR(243MHz，DMSO)δ146.56；MS(ESI)，853.57[M-H]-。
(S)-N-(1-(3-(双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)-2-羟基丙基)-2-氧代-1，2-二氢嘧啶-4-基)苯甲酰胺(WV-NU-175)的合成
向(S)-2-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)环氧乙烷(34.30g，159.39mmol，1当量)在DMF(300mL)中的溶液中添加NaH(1.27g，31.88mmol，60％纯度，0.2当量)，将混合物在20℃下搅拌2h，然后添加(2S)-2-[[双(4-甲氧基苯基)-苯基-甲氧基]甲基]环氧乙烷(60g，159.39mmol，1当量)。将混合物在115℃下搅拌4h。TLC(石油醚∶乙酸乙酯＝3∶1，Rf＝0.05)指示化合物2被消耗，并且形成一个新斑点。随后将溶液冷却至20℃并在饱和盐水(1000mL)和EtOAc(200mL＊3)之间分配。将有机相分离，用饱和盐水洗涤两次，经Na2SO4干燥，并在真空中浓缩。将残余物通过柱色谱法(SiO2，石油醚/乙酸乙酯＝1/0至0/1，5％TEA)纯化。获得呈黄色固体的WV-NU-175(14.9g，24.45mmol，15.34％产率，97.094％纯度)。1H NMR(400MHz，DMSO-d6)δppm 2.90-3.03(m，2H)3.54-3.63(m，1H)3.73(d，J＝1.50Hz，6H)4.02(s，1H)4.20(br dd，J＝12.82，3.06Hz，1H)5.31(d，J＝5.88Hz，1H)6.90(dd，J＝8.88，1.75Hz，4H)7.19-7.36(m，8H)7.43(d，J＝7.38Hz，2H)7.48-7.55(m，2H)7.61(d，J＝7.38Hz，1H)7.96-8.05(m，2H)11.15(br s，1H)；LCMS(M-H+)：590.3；纯度：98.72％。
(R)-N-(1-(3-(双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)-2-羟基丙基)-2-氧代-1，2-二氢嘧啶-4-基)苯甲酰胺(WV-NU-176)的合成
步骤1.向[(2S)-环氧乙烷-2-基]甲醇[(2S)-环氧乙烷-2-基]甲醇(35.7g，481.92mmol，31.88mL，1当量)在吡啶(1750mL)中的溶液中添加DMTCl(179.62g，530.11mmol，1.1当量)。将混合物在15℃下搅拌10h。TLC(石油醚∶乙酸乙酯＝3∶1，Rf＝0.70)指示反应物1被完全消耗，并且形成三个新斑点。添加几滴甲醇(30ml)以水解任何未反应的DMTrC1，并将混合物搅拌10分钟。将产物用H2O(8000ml)洗涤，用EAOAC(500mL＊3)萃取。将合并的有机层用NaCl(50mL＊3)洗涤，经Na2SO4干燥，过滤并减压浓缩，以给出残余物。将残余物通过柱色谱法(SiO2，石油醚/乙酸乙酯＝50/1至3/1，5％TEA)纯化以给出呈黄色油状物的(R)-2-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)环氧乙烷(240g，637.55mmol，66.15％产率)。1HNMR(400MHz，DMSO-d6)δ＝7.43-7.38(m，2H)，7.34-7.19(m，7H)，6.89(d，J＝8.8Hz，4H)，5.31(d，J＝5.5Hz，1H)，3.84(qd，J＝5.4，10.4Hz，1H)，3.75-3.72(m，6H)，3.65-3.59(m，1H)，3.39-3.38(m，1H)，3.06-2.94(m，2H)。
步骤2.向(R)-2-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)环氧乙烷(14.29g，66.41mmol，1当量)在DMF(250mL)中的溶液中添加K2CO3(18.36g，132.82mmol，2当量)。将混合物在85℃下搅拌2h，添加(2R)-2-[[双(4-甲氧基苯基)-苯基-甲氧基]甲基]环氧乙烷(25g，66.41mmol，1当量)。将混合物在85℃下搅拌12h。将混合物真空浓缩。将残余物用饱和水性NaHCO3(500mL)淬灭，然后用EtOAc(600mL＊3)萃取。将合并的有机相用盐水(300mL)洗涤，经无水Na2SO4干燥，过滤并真空浓缩。将残余物通过硅胶柱色谱法(用(石油醚/乙酸乙酯＝50/1，3/1)洗脱)纯化以给出呈白色固体的WV-NU-176(24g，40.56mmol，11.75％产率)。1HNMR(氯仿-d，400MHz)：δ＝7.94(s，2H)，7.83(br d，J＝7.4Hz，2H)，7.50-7.58(m，2H)，7.45(t，J＝7.6Hz，2H)，7.34(br d，J＝7.6Hz，3H)，7.20-7.29(m，7H)，7.12-7.20(m，2H)，6.76(d，J＝8.8Hz，4H)，4.28(dd，J＝13.6，2.5Hz，1H)，4.14(br s，1H)，3.74-3.81(m，1H)，3.71(s，6H)，3.11-3.26(m，1H)，3.05(dd，J＝9.6，6.0Hz，1H)，1.19ppm(t，J＝7.1Hz，2H)；LCMS：(M-H+)：590.2，LCMS纯度99.56％。
乙酸(2R，3S，4R，5R)-2-(4-乙酰氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-羟基四氢呋喃-3-基酯(WV-NU-207)的合成
步骤1.在0℃下，向4-氨基-1-((2R，3S，4S，5R)-3，4-二羟基-5-(羟基甲基)四氢呋喃-2-基)嘧啶-2(1H)-酮(96g，394.71mmol，1当量)在吡啶(460mL)中的溶液中滴加在N2中的氯-[氯(二异丙基)甲硅烷基]氧基-二异丙基-硅烷(136.95g，434.18mmol，138.90mL，1.1当量)。并且2h，将混合物在0-20℃下搅拌10h。将反应混合物真空浓缩以得到粗产物。将残余物通过以下纯化：柱色谱法(SiO2，石油醚∶乙酸乙酯＝10∶1至0∶1)，获得呈白色固体的4-氨基-1-((6aR，8R，9S，9aS)-9-羟基-2，2，4，4-四异丙基四氢-6H-呋喃并[3，2-f][1，3，5，2，4]三氧杂二硅环辛-8-基)嘧啶-2(1H)-酮(170g，350.00mmol，88.67％产率)。LCMS(M+H+)：486.3。
步骤2.向4-氨基-1-((6aR，8R，9S，9aS)-9-羟基-2，2，4，4-四异丙基四氢-6H-呋喃并[3，2-f][1，3，5，2，4]三氧杂二硅环辛-8-基)嘧啶-2(1H)-酮(170g，350.00mmol，1当量)在吡啶(1700mL)中的溶液中添加DMAP(85.52g，699.99mmol，2当量)和Ac2O(142.92g，1.40mol，131.12mL，4当量)。将混合物在25℃下搅拌10h。将反应混合物用水(1000mL)稀释，然后分离并收集有机相。将合并的有机层经Na2SO4干燥、过滤并在减压下浓缩以给出呈黄色油状物的乙酸(6aR，8R，9S，9aR)-8-(4-乙酰氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-2，2，4，4-四异丙基四氢-6H-呋喃并[3，2-f][1，3，5，2，4]三氧杂二硅环辛-9-基酯(199g，粗品)。LCMS(M+H+)：570.4。
步骤3.对于三批：向乙酸(6aR，8R，9S，9aR)-8-(4-乙酰氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-2，2，4，4-四异丙基四氢-6H-呋喃并[3，2-f][1，3，5，2，4]三氧杂二硅环辛-9-基酯(66.3g，116.36mmol，1当量)在THF(600mL)中的溶液中添加TBAF(1M，174.54mL，1.5当量)和AcOH(6.99g，116.36mmol，6.66mL，1当量)。将混合物在20℃下搅拌2h。将反应混合物过滤并减压浓缩得到残余物。将残余物通过以下纯化：柱色谱法(SiO2，乙酸乙酯∶MeOH＝20∶1至1∶1)。减压浓缩后，将1L乙酸乙酯搅拌10min，过滤，以获得呈白色固体的乙酸(2R，3S，4R，5R)-2-(4-乙酰氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-羟基-5-(羟基甲基)四氢呋喃-3-基酯(64g，195.55mmol，64.00％产率)。1HNMR(400MHz，DMSO-d6)δ＝10.89(br s，1H)，8.21(d，J＝7.5Hz，1H)，7.22(d，J＝7.5Hz，1H)，6.17(d，J＝4.8Hz，1H)，5.85(br d，J＝4.1Hz，1H)，5.26(t，J＝4.3Hz，1H)，5.12(br s，1H)，4.09(br s，2H)，3.87(q，J＝4.8Hz，1H)，3.63-3.57(m，1H)，3.16(d，J＝4.4Hz，2H)，2.10(s，3H)，1.85(s，3H)；LCMS(M+H+)：328.2；纯度：73.59％。
步骤4.对于两批：向乙酸(2R，3S，4R，5R)-2-(4-乙酰氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-羟基-5-(羟基甲基)四氢呋喃-3-基酯(26g，79.44mmol，1当量)在吡啶(500mL)中的溶液中添加DMTCl(26.92g，79.44mmol，1当量)。将混合物在25℃下搅拌20h。将反应混合物过滤并减压浓缩以给出残余物，将残余物通过以下纯化：柱色谱法(SiO2，乙酸乙酯∶MeOH＝20∶1至1∶1，5％TEA)得到呈黄色固体的WV-NU-207(46.5g，73.85mmol，46.50％产率)。1HNMR(400MHz，DMSO-d6)δ＝10.90(s，1H)，7.87(d，J＝7.5Hz，1H)，7.43-7.39(m，2H)，7.36-7.22(m，8H)，7.11(d，J＝7.5Hz，1H)，6.91(dd，J＝1.3，8.8Hz，4H)，6.20(d，J＝4.8Hz，1H)，5.94(d，J＝4.6Hz，1H)，5.26-5.22(m，1H)，4.17-4.09(m，2H)，3.74(s，6H)，3.32-3.28(m，2H)，2.10(s，3H)，1.74(s，3H)；LCMS(M-H+)：628.2；纯度：96.49％。
乙酸(2R，3S，4R，5R)-2-(4-乙酰氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-(((1S，3S，3aS)-3-((苯基磺酰基)甲基)四氢-1H，3H-吡咯并[1，2-c][1，3，2]氧杂氮杂磷杂环戊烷-1-基)氧基)四氢呋喃-3-基酯的合成
向干燥的乙酸[(2R，3R，5R)-2-(4-乙酰氨基-2-氧代-嘧啶-1-基)-5-[[双(4-甲氧基苯基)-苯基-甲氧基]甲基]-4-羟基-四氢呋喃-3-基]酯(10.0g，15.88mmol)在THF(75mL)中的溶液中添加三乙胺(4.87mL，34.94mmol)。将反应烧瓶置于水浴中。滴加(3S，3aS)-3-(苯磺酰基甲基)-1-氯-3a，4，5，6-四氢-3H-吡咯并[1，2-c][1，3，2]氧杂氮杂磷杂环戊烷(0.43M在THF中，55.4mL，23.82mmol)。去除水浴。将所得的浑浊反应溶液在rt下搅拌1.5h。TLC和LCMS显示反应完成。用水(143μL)淬灭反应。添加无水MgSO4(1.906g)。通过硅藻土过滤混合物，浓缩滤液，得到呈灰白色泡沫状的粗产物。将粗产物通过正相柱色谱法使用在己烷中的20％-100％EtOAc(各流动相含有1％的三乙胺)作为梯度纯化，得到呈白色泡沫状的标题化合物(9.35g，64.5％产率)。1HNMR(600MHz，CDCl3)δ9.69(s，1H)，7.93-7.89(m，2H)，7.87(d，J＝7.6Hz，1H)，7.64-7.58(m，1H)，7.52(t，J＝7.8Hz，2H)，7.47-7.43(m，2H)，7.38-7.33(m，4H)，7.31(dd，J＝8.4，6.9Hz，2H)，7.28(d，J＝7.5Hz，1H)，7.26-7.22(m，1H)，6.88-6.83(m，4H)，6.31(d，J＝4.1Hz，1H)，5.44(dd，J＝4.2，2.1Hz，1H)，5.04(q，J＝6.1Hz，1H)，4.58(ddd，J＝9.2，3.6，2.2Hz，1H)，4.14(dd，J＝7.2，3.2Hz，1H)，3.79(s，6H)，3.65(dq，J＝9.9，6.0Hz，1H)，3.54-3.43(m，2H)，3.42-3.31(m，3H)，3.13-3.04(m，1H)，2.26(s，3H)，1.87(dtd，J＝16.8，8.1，4.0Hz，1H)，1.81(s，3H)，1.80-1.71(m，1H)，1.64(ddt，J＝12.0，7.4，4.2Hz，1H)，1.10(dtd，J＝11.7，10.0，8.5Hz，1H)；31P NMR(243MHz，CDCl3)δ153.43；MS(ESI)，913.46[M+H]+。
N-(5-((2R，4S，5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-羟基四氢呋喃-2-基)-6-氧代-1，6-二氢嘧啶-2-基)乙酰胺(WV-NU-192)的合成
步骤1.在氢气下，将1-((2R，4S，5R)-4-羟基-5-(羟基甲基)四氢呋喃-2-基)-5-甲基嘧啶-2，4(1H，3H)-二酮(200g，825.67mmol，1当量)的溶液引入干燥烧瓶中。添加HMDS(500mL)，并搅拌溶液直至溶解。添加(NH4)2SO4(174.57g，1.32mol，98.62mL，1.6当量)后，将溶液在140℃回流4h。过滤并减压浓缩以给出残余物。将残余物通过柱色谱法(SiO2，石油醚/乙酸乙酯＝100/1至0/1)纯化以给出呈黄色油状物的(2R，3S)-2-(羟基甲基)-2，3-二氢呋喃-3-醇(58g，499.51mmol，60.50％产率)。1H NMR(氯仿-d，400MHz)：δ1＝6.48-6.53(m，1H)，5.03(t，J＝2.6Hz，1H)，4.82(dt，J＝2.6，1.3Hz，1H)，4.32(td，J＝6.5，2.7Hz，1H)，3.66(dd，J＝10.7，6.2Hz，1H)，3.45ppm(dd，J＝10.7，6.8Hz，1H)。
步骤2.向(2R，3S)-2-(羟基甲基)-2，3-二氢呋喃-3-醇(57g，490.89mmol，1当量)在DCM(1000mL)中的溶液中添加TBSCl(221.96g，1.47mol，180.46mL，3当量)和咪唑(167.09g，2.45mol，5当量)。将混合物在15℃下搅拌13h。过滤并减压浓缩以给出残余物。将残余物通过柱色谱法(SiO2，石油醚/乙酸乙酯＝100/1至5/1)纯化以给出呈黄色油状物的叔丁基(((2R，3S)-3-((叔丁基二甲基甲硅烷基)氧基)-2，3-二氢呋喃-2-基)甲氧基)二甲基硅烷(30g，87.05mmol，17.73％产率)。1H NMR(氯仿-d，400MHz)：δ1＝6.59-6.67(m，1H)，5.05(t，J＝2.6Hz，1H)，4.79-4.85(m，1H)，4.09-4.21(m，1H)，3.59-3.68(m，1H)，3.45(dd，J＝10.9，6.4Hz，1H)，0.83-0.88(m，18H)，0.83-0.89(m，1H)，0.02-0.09ppm(m，12H)。
步骤3.在氩气气氛下，将BSA(49.41g，242.87mmol，60.03mL，3.1当量)的溶液滴加至N-(5-碘吡啶-2-基)乙酰胺--甲烷(51.32g，195.86mmol，2.5当量)在DMF(100mL)中的悬浮液中。搅拌1h后，反应变成澄清溶液。然后添加DIPEA(31.39g，242.87mmol，42.30mL，3.1当量)和叔丁基(((2R，3S)-3-((叔丁基二甲基甲硅烷基)氧基)-2，3-二氢呋喃-2-基)甲氧基)二甲基硅烷(27g，78.34mmol，1当量)。在单独的烧瓶中，将Pd(OAc)2(1.23g，5.48mmol，0.07当量)添加至三苯胂(9.60g，31.34mmol，0.4当量)在搅拌的DMF(100mL)中的溶液中。30min后，将该溶液缓慢添加到第一烧瓶中并将混合物在80℃搅拌12h。通过添加H2O(30mL)淬灭反应并将溶剂在减压下蒸发。将残余物再次溶于EtOAc(500mL)，并用H2O(2＊100mL)和盐水(200mL)洗涤。将有机层经MgSO4干燥，过滤，并且在减压下浓缩。将残余物通过柱色谱法(SiO2，石油醚/乙酸乙酯＝100/1至0/1)纯化以给出呈黄色油状物的N-(5-((2R，5R)-4-((叔丁基二甲基甲硅烷基)氧基)-5-(((叔丁基二甲基甲硅烷基)氧基)甲基)-2，5-二氢呋喃-2-基)吡啶-2-基)乙酰胺(11g，22.98mmol，29.33％产率)。1H NMR(氯仿-d，400MHz)：δ＝8.27(br d，J＝2.0Hz，2H)，8.08-8.20(m，1H)，7.90(dd，J＝8.5，2.3Hz，1H)，5.69(dd，J＝3.8，1.3Hz，1H)，4.75(s，1H)，4.58(tt，J＝3.8，1.9Hz，1H)，3.85-3.91(m，1H)，3.74-3.80(m，1H)，2.20(s，3H)，0.96(s，9H)，0.89(s，9H)，0.22(d，J＝5.6Hz，6H)，0.04ppm(s，6H)。
步骤4.向N-(5-((2R，5R)-4-((叔丁基二甲基甲硅烷基)氧基)-5-(((叔丁基二甲基甲硅烷基)氧基)甲基)-2，5-二氢呋喃-2-基)吡啶-2-基)乙酰胺(11g，22.98mmol，1当量)在THF(110mL)中的溶液中添加氟化氢吡啶(8.20g，82.71mmol，7.45mL，3.6当量)。将混合物在15℃下搅拌12h。真空浓缩以得到呈白色固体的N-(5-((2R，5R)-5-(羟基甲基)-4-氧代四氢呋喃-2-基)吡啶-2-基)乙酰胺(5.75g，22.98mmol，100.00％产率)。1HNMR(DMSO-d6，400MHz)：δ1＝10.45(s，1H)，8.19-8.35(m，1H)，8.01(br d，J＝8.5Hz，1H)，7.67-7.82(m，1H)，5.06(d，J＝3.6Hz，1H)，4.99(dd，J＝10.4，5.3Hz，1H)，4.76(br d，J＝4.5Hz，1H)，4-19(br s，1H)，4.01-4.15(m，1H)，3.77(td，J＝5.1，1.9Hz，1H)，2.02-2.12(m，4H)，1.75-1.88ppm(m，1H)。
步骤5.将N-(5-((2R，5R)-5-(羟基甲基)-4-氧代四氢呋喃-2-基)吡啶-2-基)乙酰胺(5.75g，22.98mmol，1当量)溶于MeCN(50mL)/AcOH(50mL)的混合物中，接着分批添加NaBH(OAc)3(11.44g，54.00mmol，2.35当量)。将混合物在15℃下搅拌2h。将混合物在减压下蒸发至干燥。将残余物通过以下纯化：柱色谱法(SiO2，石油醚：乙酸乙酯＝100/1至5/1)，以给出呈白色固体的N-(5-((2R，4S，5R)-4-羟基-5-(羟基甲基)四氢呋喃-2-基)吡啶-2-基)乙酰胺(5.6g，22.20mmol，96.61％产率)。LCMS(M+H+)：252。
步骤6.向N-(5-((2R，4S，5R)-4-羟基-5-(羟基甲基)四氢呋喃-2-基)吡啶-2-基)乙酰胺(1.5g，5.95mmol，1当量)在吡啶(15mL)中的溶液中添加DMTCl(1.81g，5.35mmol，0.9当量)。将混合物在15℃下搅拌2h。将反应混合物减压浓缩以去除吡啶。将残余物用H2O(15ML)稀释并用EAOAC(60mL，20mL＊3)萃取。将合并的有机层用盐水(15mL，5mL＊3)洗涤，经NaSO4干燥，过滤并减压浓缩，以给出残余物。将残余物通过以下纯化：柱色谱法(SiO2，DCM：MeOH＝100∶1至5∶1)以给出呈白色固体的WV-NU-192(1.38g，2.44mmol，41.01％产率，98％纯度)。1HNMR(DMSO-d6，400MHz)：δ1＝10.47(s，1H)，8.29(d，J＝2.0Hz，1H)，7.99(br d，J＝9.0Hz，1H)，7.71(dd，J＝8.8，2.2Hz，1H)，7.42(d，J＝7.7Hz，2H)，7.23-7.30(m，6H)，7.19(d，J＝7.5Hz，1H)，6.84(dd，J＝8.8，1.8Hz，4H)，4.84(t，J＝7.6Hz，1H)，4.78(d，J＝4.4Hz，1H)，4.23(br s，1H)，3.94-3.98(m，1H)，3.70(s，6H)，3.28(s，1H)，3.12(dd，J＝10.3，2.9Hz，1H)，2.55(br dd，J＝13.8，7.0Hz，1H)，2.05(s，3H)，1.62ppm(ddd，J＝10.0，6.6，3.4Hz，1H)；LCMS：(M-H+)＝553.3。
N-(5-((2R，4S，5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-(((1S，3S，3aS)-3-((苯基磺酰基)甲基)四氢-1H，3H-吡咯并[1，2-c][1，3，2]氧杂氮杂磷杂环戊烷-1-基)氧基)四氢呋喃-2-基)吡啶-2-基)乙酰胺的合成
向干燥的N-(5-((2R，4S，5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-羟基四氢呋喃-2-基)吡啶-2-基)乙酰胺(3.6g，6.49mmol)在THF(27mL)中的溶液中添加三乙胺(1.99mL，14.28mmol)。将反应烧瓶置于水浴中。滴加(3S，3aS)-3-(苯磺酰基甲基)-1-氯-3a，4，5，6-四氢-3H-吡咯并[1，2-c][1，3，2]氧杂氮杂磷杂环戊烷(0.89M在THF中，10.94mL，9.74mmol)。去除水浴。将浑浊溶液在rt下搅拌1h。TLC和LCMS显示反应完成。用水(58.4μL)淬灭反应。添加无水MgSO4(779mg)。通过硅藻土过滤混合物，浓缩滤液，得到呈灰白色泡沫状的粗产物。将粗产物通过正相柱色谱法使用在己烷中的25％-100％EtOAc(各流动相含有1％的三乙胺)作为梯度纯化，得到呈白色泡沫状的标题化合物(4.42g，81.3％产率)。1HNMR(600MHz，CDCl3)δ8.27(d，J＝2.3Hz，1H)，8.18(s，1H)，8.16(d，J＝8.6Hz，1H)，7.91-7.86(m，2H)，7.72(dd，J＝8.6，2.3Hz，1H)，7.58-7.52(m，1H)，7.48-7.42(m，4H)，7.36-7.31(m，4H)，7.30-7.26(m，2H)，7.23-7.18(m，1H)，6.85-6.79(m，4H)，5.10(dd，J＝11.0，4.9Hz，1H)，4.99(dt，J＝6.8，5.6Hz，1H)，4.72(t，J＝7.4Hz，1H)，4.07(td，J＝4.2，1.8Hz，1H)，3.78(s，6H)，3.61(ddd，J＝12.1，10.3，5.9Hz，1H)，3.50(ddd，J＝17.4，14.8，7.4Hz，2H)，3.37(dd，J＝14.6，5.4Hz，1H)，3.27(dd，J＝10.0，4.4Hz，1H)，3.21(dd，J＝10.0，4.0Hz，1H)，3.14(tdd，J＝10.3，8.8，4.0Hz，1H)，2.30(dd，J＝13.1，5.0Hz，1H)，2.15(s，3H)，1.99(ddd，J＝13.0，11.0，5.8Hz，1H)，1.88(td，J＝8.2，3.8Hz，1H)，1.77(q，J＝11.1，10.1Hz，1H)，1.68-1.62(m，1H)，1.16-1.06(m，1H)；31P NMR(243MHz，CDCl3)δ152.90；MS(ESI)，838.50[M+H]+。
在一些实施例中，本披露提供了用于制备核碱基、糖、核苷等的化合物和方法。在一些实施例中，化合物具有NH(R’)2或其盐的结构，其中每个R′如本文所述。在一些实施例中，两个R’与它们所附接的氮一起形成任选地经取代的环。在一些实施例中，所形成的环是任选地经取代的除氮之外还具有0-2个杂原子的单环饱和、部分不饱和或芳族环。在一些实施例中，NH(R’)2是核碱基。在一些实施例中，化合物是在一些实施例中，NH(R’)或核碱基被适当保护，使得反应选择性地发生在所需的氨基基团处。在一些实施例中，化合物是在一些实施例中，化合物具有的结构，其中LG是离去基团，并且RRA各自独立地是经取代的C6-10芳基或具有1-6个杂原子的C5-10杂芳基，其中至少一个取代基独立地为吸电子基团。在一些实施例中，每个取代基独立地是吸电子基团。在一些实施例中，RRA是经取代的芳基，其中取代基是吸电子基团。在一些实施例中，RRA各自独立地是经取代的芳基，其中取代基是吸电子基团。在一些实施例中，吸电子基团是-Cl。在一些实施例中，RRA是p-氯苯基。在一些实施例中，每个RRA是p-氯苯基。在一些实施例中，离去基团是-Cl。本领域技术人员理解，根据本披露可以利用多种吸电子基团和离去基团。在一些实施例中，化合物是其中每个变量独立地如本文所述。在一些实施例中，化合物是在一些实施例中，化合物是在一些实施例中，化合物是在一些实施例中，化合物是在一些实施例中，化合物是在一些实施例中，化合物是在一些实施例中，化合物是在一些实施例中，化合物是在一些实施例中，化合物是在一些实施例中，化合物是在一些实施例中，化合物是在一些实施例中，化合物是在一些实施例中，化合物是在一些实施例中，化合物是在一些实施例中，化合物是在一些实施例中，化合物是
在一些实施例中，本披露提供了如下方法，该方法包括使选自以下的化合物：具有NH(R’)2的结构的化合物、核碱基和胺，或其盐(例如，)，与具有的结构的化合物(例如，等)或其盐反应以得到具有的结构的化合物(例如， 等)或其盐。在一些实施例中，反应在碱性条件下进行，例如在NaH存在下进行。在一些实施例中，合适的溶剂为MeCN。在一些实施例中，合适的温度为0至65℃。在一些实施例中，提供的方法包括将具有的结构的化合物(例如， 等)或其盐转化为具有的结构的化合物(例如， 等)或其盐。在一些实施例中，转化在酯水解条件下进行。在一些实施例中，转化包括使具有的结构的化合物或其盐与碱(例如，NaOMe)在合适的溶剂(例如，醇，如MeOH)中接触。在一些实施例中，方法包括保护具有的结构的化合物(例如， 等)或其盐的5’-OH以得到具有的结构的化合物(例如， 等)或其盐，其中PGO是被保护的-OH基团。在一些实施例中，PGO作为DMTrO。
步骤1.向嘧啶-2，4(1H，3H)-二酮(100g，892.17mmol，1当量)在吡啶(1000mL)中的溶液中添加Ac2O(546.48g，5.35mol，501.36mL，6当量)。将混合物在120℃下搅拌3h。将反应混合物减压浓缩，以给出粗品，并将残余物用EtOAc(100mL)洗涤，过滤，将滤饼减压干燥，以给出产物。获得呈白色固体的1-乙酰基嘧啶-2，4(1H，3H)-二酮(100g，648.83mmol，72.73％产率)。1HNMR(400MHz，DMSO-d6)δ＝11.55(br s，1H)，8.12(d，J＝8.4Hz，1H)，5.80(dd，J＝2.2，8.5Hz，1H)，2.70-2.55(m，3H)；TLC(石油醚∶乙酸乙酯＝0∶1)，Rf＝0.72。
步骤2.在氩气气氛下，向干净干燥的三颈3升圆底烧瓶中装入1-乙酰基嘧啶-2，4(1H，3H)-二酮(17g，110.30mmol，1当量)并溶解到干燥的MeCN(1700mL)中。通过使用冰浴将反应混合物冷却至0℃。将NaH(6.62g，165.45mmol，60％纯度，1.5当量)分批添加至反应混合物中并在0℃下搅拌30min。分批添加4-氯苯甲酸(2R，3S)-5-氯-2-(((4-氯苯甲酰基)氧基)甲基)四氢呋喃-3-基酯(65.88g，153.32mmol，1.39当量)并在0℃下搅拌反应混合物30min且在65℃下搅拌反应混合物3h。TLC(石油醚∶乙酸乙酯＝1∶1，Rf＝0.24)显示反应物1被消耗并形成新斑点。然后，将反应混合物冷却至rt并使用Whatman滤纸通过烧结漏斗过滤。将滤液在减压下浓缩，以给出粗产物。将粗产物通过硅胶柱色谱法(100-200目)纯化。将产物用50％至80％EtOAc：石油醚洗脱，然后将固体用DCM(30mL)研磨以给出呈黄色固体的化合物WV-NU-096b和化合物WV-NU-096c的混合物(50g)。
步骤3.向WV-NU-096b和WV-NU-096c的混合物(45g，89.06mmol，1当量)在MeOH(500mL)中的溶液中添加NaOMe(12.03g，222.65mmol，2.5当量)。将混合物在15℃下搅拌2h。将12.03g NH4Cl添加至混合物中，搅拌30min，然后过滤并将滤液在减压下浓缩，以给出残余物。将残余物通过柱色谱法(SiO2，石油醚/乙酸乙酯＝1/1至0/1，然后乙酸乙酯/甲醇＝5/1)纯化以给出呈黄色固体的WV-NU-096d(20g，87.64mmol，98.41％产率)。LCMS：(M+H+)＝227.0
步骤4.向WV-NU-096d(20.00g，87.64mmol，1当量)在吡啶(200mL)中的溶液中添加DMTCl(35.26g，104.07mmol，1.19当量)。将混合物在15℃下搅拌12h。将反应混合物用水(200mL)淬灭并用乙酸乙酯(400mL，200mL＊2)萃取。将合并的有机层用饱和盐水(50mL)洗涤，经Na2SO4干燥，过滤并减压浓缩，以给出残余物。将残余物通过以下纯化：制备型HPLC(柱：Phenomenex Titank C18Bulk 250＊70mm 10u；流动相：[水(10mM NH4HCO3)-ACN]；B％：45％-75％，20min)，以给出呈白色固体的WV-NU-096(30g，55.27mmol，63.06％产率，97.75％纯度)和WV-NU-096A(5g，9.20mmol，10.50％产率，97.61％纯度)。WV-NU-096：1HNMR(400MHz，DMSO-d6)δ＝11.14-10.94(m，1H)，7.47-7.31(m，3H)，7.27-7.21(m，6H)，7.20-7.13(m，1H)，6.86-6.77(m，4H)，6.61-6.52(m，1H)，5.57-5.49(m，1H)，5.08-5.02(m，1H)，4.29-4.19(m，1H)，3.87-3.76(m，1H)，3.74-3.69(m，6H)，3.24-3.16(m，1H)，3.08-3.01(m，1H)，2.62-2.52(m，1H)，2.04-1.92(m，1H)；LCMS(M-H+)：529.2，LCMS纯度：97.75％。WV-NU-096A：1H NMR(400MHz，DMSO-d6)δ＝11.25-11.01(m，1H)，7.49-7.43(m，1H)，7.41-7.35(m，2H)，7.33-7.28(m，2H)，7.27-7.17(m，5H)，6.95-6.84(m，4H)，6.57-6.44(m，1H)，5.63-5.56(m，1H)，5.28-5.19(m，1H)，4.34-4.24(m，1H)，4.12-3.99(m，1H)，3.77-3.69(m，6H)，3.17-3.10(m，1H)，2.98-2.89(m，1H)，2.60-2.53(m，1H)，2.38-2.30(m，1H)；LCMS(M-H+)：529.2，LCMS纯度：97.61％。
3-((2R，4S，5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-羟基四氢呋喃-2-基)嘧啶-2，4(1H，3H)-二酮(WV-NU-096)和3-((2S，4S，5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-羟基四氢呋喃-2-基)嘧啶-2，4(1H，3H)-二酮(WV-NU-096A)的合成
步骤1.向嘧啶-2，4(1H，3H)-二酮(100g，892.17mmol，1当量)在吡啶(1000mL)中的溶液中添加Ac2O(546.48g，5.35mol，501.36mL，6当量)。将混合物在120℃下搅拌3h。将反应混合物减压浓缩，以给出粗品，并将残余物用EtOAc(100mL)洗涤，过滤，将滤饼减压干燥，以给出产物。获得呈白色固体的1-乙酰基嘧啶-2，4(1H，3H)-二酮(100g，648.83mmol，72.73％产率)。1HNMR(400MHz，DMSO-d6)δ＝11.55(br s，1H)，8.12(d，J＝8.4Hz，1H)，5.80(dd，J＝2.2，8.5Hz,1H)，2.70-2.55(m，3H)；TLC(石油醚∶乙酸乙酯＝0∶1)，Rf＝0.72。
步骤2.在氩气气氛下，向干净干燥的三颈3升圆底烧瓶中装入1-乙酰基嘧啶-2，4(1H，3H)-二酮(17g，110.30mmol，1当量)并溶解到干燥的MeCN(1700mL)中。通过使用冰浴将反应混合物冷却至0℃。将NaH(6.62g，165.45mmol，60％纯度，1.5当量)分批添加至反应混合物中并在0℃下搅拌30min。分批添加4-氯苯甲酸(2R，3S)-5-氯-2-(((4-氯苯甲酰基)氧基)甲基)四氢呋喃-3-基酯(65.88g，153.32mmol，1.39当量)并在0℃下搅拌反应混合物30min且在65℃下搅拌反应混合物3h。TLC(石油醚∶乙酸乙酯＝1∶1，Rf＝0.24)显示反应物1被消耗并形成新斑点。然后，将反应混合物冷却至rt并使用Whatman滤纸通过烧结漏斗过滤。将滤液在减压下浓缩，以给出粗产物。将粗产物通过硅胶柱色谱法(100-200目)纯化。将产物用50％至80％EtOAc：石油醚洗脱，然后将固体用DCM(30mL)研磨以给出呈黄色固体的化合物WV-NU-096b和化合物WV-NU-096c的混合物(50g)。
步骤3.向WV-NU-096b和WV-NU-096c的混合物(45g，89.06mmol，1当量)在MeOH(500mL)中的溶液中添加NaOMe(12.03g，222.65mmol，2.5当量)。将混合物在15℃下搅拌2h。将12.03g NH4Cl添加至混合物中，搅拌30min，然后过滤并将滤液在减压下浓缩，以给出残余物。将残余物通过柱色谱法(SiO2，石油醚/乙酸乙酯＝1/1至0/1，然后乙酸乙酯/甲醇＝5/1)纯化以给出呈黄色固体的WV-NU-096d(20g，87.64mmol，98.41％产率)。LCMS：(M+H+)＝227.0
步骤4.向WV-NU-096d(20.00g，87.64mmol，1当量)在吡啶(200mL)中的溶液中添加DMTCl(35.26g，104.07mmol，1.19当量)。将混合物在15℃下搅拌12h。将反应混合物用水(200mL)淬灭并用乙酸乙酯(400mL，200mL＊2)萃取。将合并的有机层用饱和盐水(50mL)洗涤，经Na2SO4干燥，过滤并减压浓缩，以给出残余物。将残余物通过以下纯化：制备型HPLC(柱：Phenomenex TitankC18Bulk 250＊70mm 10u；流动相：[水(10mM NH4HCO3)-ACN]；B％：45％-75％，20min)，以给出呈白色固体的WV-NU-096(30g，55.27mmol，63.06％产率，97.75％纯度)和WV-NU-096A(5g，9.20mmol，10.50％产率，97.61％纯度)。WV-NU-096：1HNMR(400MHz，DMSO-d6)δ＝11.14-10.94(m，1H)，7.47-7.31(m，3H)，7.27-7.21(m，6H)，7.20-7.13(m，1H)，6.86-6.77(m，4H)，6.61-6.52(m，1H)，5.57-5.49(m，1H)，5.08-5.02(m，1H)，4.29-4.19(m，1H)，3.87-3.76(m，1H)，3.74-3.69(m，6H)，3.24-3.16(m，1H)，3.08-3.01(m，1H)，2.62-2.52(m，1H)，2.04-1.92(m，1H)；LCMS(M-H+)：529.2，LCMS纯度：97.75％。WV-NU-096A：1H NMR(400MHz，DMSO-d6)δ＝11.25-11.01(m，1H)，7.49-7.43(m，1H)，7.41-7.35(m，2H)，7.33-7.28(m，2H)，7.27-7.17(m，5H)，6.95-6.84(m，4H)，6.57-6.44(m，1H)，5.63-5.56(m，1H)，5.28-5.19(m，1H)，4.34-4.24(m，1H)，4.12，3.99(m，1H)，3.77-3.69(m，6H)，3.17-3.10(m，1H)，2.98-2.89(m，1H)，2.60-2.53(m，1H)，2.38-2.30(m，1H)；LCMS(M-H+)：529.2，LCMS纯度：97.61％。
1-(1-((2R,4S，5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-羟基四氢呋喃-2-基)-2-氧代-1,2-二氢嘧啶-4-基)-3-苯基脲(WV-NU-187)的合成
步骤1.向4-氨基-1-((2R,4S,5R)-4-((叔丁基二甲基甲硅烷基)氧基)-5-(((叔丁基二甲基甲硅烷基)氧基)甲基)四氢呋喃-2-基)嘧啶-2(1H)-酮(98g，215.04mmol，1当量)在ACN(1000mL)中的溶液中添加异氰酸苯(29.93g，251.26mmol，27.21mL，1.17当量)。将混合物在20℃下搅拌6h。将反应混合物过滤，固体是所期望的。通过添加水(100mL)淬灭滤液。将固体用ACN(300mL＊3)洗涤。获得呈白色固体的1-(1-((2R,4S,5R)-4-((叔丁基二甲基甲硅烷基)氧基)-5-(((叔丁基二甲基甲硅烷基)氧基)甲基)四氢呋喃-2-基)-2-氧代-1，2-二氢嘧啶-4-基)-3-苯基脲(90g，粗品)。LCMS(M-H+)：573.2
步骤2.向1-(1-((2R，4S，5R)-4-((叔丁基二甲基甲硅烷基)氧基)-5-(((叔丁基二甲基甲硅烷基)氧基)甲基)四氢呋喃-2-基)-2-氧代-1，2-二氢嘧啶-4-基)-3-苯基脲(90g，156.56mmol，1当量)在THF(900mL)中的溶液中添加TBAF(1M，391.40mL，2.5当量)。将混合物在20℃下搅拌3h。TLC(石油醚：乙酸乙酯＝0：1，Rf＝0.1)指示起始材料被完全消耗，并且形成一个新斑点。将反应混合物减压浓缩以去除溶剂。将残余物通过柱色谱法(SiO2，乙酸乙酯/甲醇＝1/0至3/1)纯化以给出呈白色固体的1-(1-((2R,4S,5R)-4-羟基-5-(羟基甲基)四氢呋喃-2-基)-2-氧代-1,2-二氢嘧啶-4-基)-3-苯基脲(54g，粗品)。
步骤3.向1-(1-((2R，4S，5R)-4-羟基-5-(羟基甲基)四氢呋喃-2-基)-2-氧代-1，2-二氢嘧啶-4-基)-3-苯基脲(53g，153.03mmol，1当量)在吡啶(500mL)中的溶液中添加DMTCl(77.78g，229.55mmol，1.5当量)。将混合物在20℃下搅拌5h。通过添加甲醇(200mL)淬灭反应混合物，然后在减压下浓缩，以给出残余物。将残余物通过柱色谱法纯化以给出呈黄色固体的WV-NU-187(26g，39.79mmol，76.56％产率，99.28％纯度)。1HNMR(400MHz，氯仿-d)δ＝11.57-10.79(m，2H)，8.18(d，J＝7.7Hz，1H)，7.68(br d，J＝7.8Hz，2H)，7.41(br d，J＝7.6Hz，2H)，7.36-7.22(m，9H)，7.17(d，J＝8.8Hz，1H)，7.04(br t，J＝7.3Hz，1H)，6.92-6.79(m，4H)，6.30(br t，J＝5.4Hz，1H)，4.45(br d，J＝5.0Hz，1H)，4.10-4.05(m，1H)，3.80(s，6H)，3.59-3.35(m，2H)，2.68-2.55(m，1H)，2.34-2.19(m，2H)；LCMS(M-H+)：647.3；纯度：99.28％。
1-(1-((2R，4S，5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-羟基四氢呋喃-2-基)-2-氧代-1，2-二氢嘧啶-4-基)-3-(萘-2-基)脲(WV-NU-188)的合成
步骤1.两批：向4-氨基-1-((2R，4S，5R)-4-羟基-5-(羟基甲基)四氢呋喃-2-基)嘧啶-2(1H)-酮(25g，110.03mmol，1当量)在DCM(250mL)中的溶液中添加咪唑(59.92g，880.22mmol，8当量)和TBSCl(66.33g，440.11mmol，53.93mL，4当量)。将混合物在20℃下搅拌12h。将反应混合物用水(500mL)稀释并用二氯甲烷(500mL＊2)萃取。将合并的有机层经Na2SO4干燥、过滤并减压浓缩以给出呈无色油状物的残余物4-氨基-1-((2R，4S，5R)-4-((叔丁基二甲基甲硅烷基)氧基)-5-(((叔丁基二甲基甲硅烷基)氧基)甲基)四氢呋喃-2-基)嘧啶-2(1H)-酮(100g，粗品)。LCMS(M-H+)：454.5，纯度：99.93％
步骤2.对于两批：向4-氨基-1-((2R，4S，5R)-4-((叔丁基二甲基甲硅烷基)氧基)-5-(((叔丁基二甲基甲硅烷基)氧基)甲基)四氢呋喃-2-基)嘧啶-2(1H)-酮(46.5g，102.03mmol，1当量)在MeCN(500mL)中的溶液中添加1-异氰酸萘基酯(17.26g，102.03mmol，14.63mL，1当量)。将混合物在20℃下搅拌12h。将反应混合物用水(500mL)稀释并用DCM(200mL＊2)萃取。将合并的有机层经Na2SO4干燥、过滤并减压浓缩以给出呈白色固体的1-(1-((2R，4S，5R)-4-((叔丁基二甲基甲硅烷基)氧基)-5-(((叔丁基二甲基甲硅烷基)氧基)甲基)四氢呋喃-2-基)-2-氧代-1，2-二氢嘧啶-4-基)-3-(萘-2-基)脲(127g)。1HNMR(400MHz，DMSO-d6)δ＝12.51(br s，1H)，10.48(s，1H)，8.46-7.90(m，4H)，7.71-7.45(m，4H)，6.36-6.13(m，2H)，4.39(br d，J＝4.5Hz，1H)，3.92-3.69(m，3H)，2.39-2.17(m，2H)，0.88(br d，J＝7.5Hz，18H)，0.08(br d，J＝1.1Hz，12H)；LCMS(M-H+)：622.9，纯度：85.7％
步骤3.对于两批：向1-(1-((2R，4S，5R)-4-((叔丁基二甲基甲硅烷基)氧基)-5-(((叔丁基二甲基甲硅烷基)氧基)甲基)四氢呋喃-2-基)-2-氧代-1，2-二氢嘧啶-4-基)-3-(萘-2-基)脲(63.5g，101.61mmol，1当量)在THF(600mL)中的溶液中添加TBAF(1M，254.03mL，2.5当量)。将混合物在20℃下搅拌2h。将反应混合物减压浓缩以给出残余物。向反应物中添加500ml乙酸乙酯，在25℃搅拌30min，以析出固体，然后将其过滤，以给出呈白色固体的1-(1-((2R，4S，5R)-4-羟基-5-(羟基甲基)四氢呋喃-2-基)-2-氧代-1，2-二氢嘧啶-4-基)-3-(萘-2-基)脲(80g)。1HNMR(400MHz，DMSO-d6)δ＝8.65-8.56(m，1H)，8.38(d，J＝7.6Hz，1H)，8.08(br d，J＝7.3Hz，1H)，7.89(br dd，J＝2.9，6.5Hz，1H)，7.58-7.39(m，4H)，6.36-6.18(m，2H)，4.33-4.25(m，1H)，3.81(brd，J＝3.5Hz，1H)，3.69-3.57(m，2H)，2.27-2.18(m，1H)，2.05(td，J＝6.3，13.0Hz，1H)；LCMS(M-H+)：395.1，纯度：97.74％。
步骤4.对于两批：向1-(1-((2R，4S，5R)-4-羟基-5-(羟基甲基)四氢呋喃-2-基)-2-氧代-1，2-二氢嘧啶-4-基)-3-(萘-2-基)脲(40g，100.91mmol，1当量)在吡啶(400mL)中的溶液中添加DMTCl(51.29g，151.36mmol，1.5当量)。将混合物在25℃下搅拌12h。将反应混合物用水(800mL)稀释并用乙酸乙酯(400mL＊4)萃取。将合并的有机层用盐水(400mL)洗涤，经Na2SO4干燥，过滤并减压浓缩，以给出残余物。将残余物通过柱色谱法(SiO2，石油醚∶乙酸乙酯＝10∶1至0∶1，5％TEA)纯化以给出呈白色固体的WV-NU-188(82g，117.35mmol，58.57％产率)。1HNMR(400MHz，DMSO-d6)δ＝10.53(s，1H)，8.44(br d，J＝8.0Hz，1H)，8.29(d，J＝7.5Hz，1H)，8.12(d，J＝7.4Hz，1H)，7.98-7.94(m，1H)，7.69(d，J＝8.3Hz，1H)，7.64-7.55(m，2H)，7.50(t，J＝7.9Hz，1H)，7.43-7.37(m，2H)，7.37-7.22(m，7H)，6.91(dd，J＝1.0，8.9Hz，4H)，6.25-6.13(m，2H)，5.40(d，J＝4.6Hz，1H)，4.34(五重峰，J＝5.3Hz，1H)，3.74(s，6H)，3.30(br d，J＝3.6Hz，2H)，2.44-2.35(m，1H)，2.28-2.19(m，1H)；LCMS(M-H+)：697.3；纯度：99.66％。
3-((2R，4S，5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-羟基四氢呋喃-2-基)吡啶-2(1H)-酮(WV-NU-197)的合成
步骤1.在氩气气氛下，将BSA(18.30g，89.95mmol，22.23mL，3.1当量)的溶液滴加至3-碘吡啶-2(1H)-酮(16.03g，72.54mmol，2.5当量)在DMF(100mL)中的悬浮液中。搅拌1h后，反应变成澄清溶液。然后添加DIEA(11.63g，89.95mmol，15.67mL，3.1当量)和叔丁基(((2R，3S)-3-((叔丁基二甲基甲硅烷基)氧基)-2，3-二氢呋喃-2-基)甲氧基)二甲基硅烷(10g，29.02mmol，1当量)。在单独的烧瓶中，将Pd(OAc)2(456.01mg，2.03mmol，0.07当量)添加至三苯胂(3.55g，11.61mmol，0.4当量)在搅拌的DMF(100mL)中的溶液中。30min后，将该溶液缓慢添加到第一烧瓶中并将混合物在80℃搅拌12h。通过添加H2O(300mL)淬灭反应并将溶剂在减压下蒸发。将残余物再次溶于EtOAc(300mL)，并用H2O(2＊100mL)和盐水(30mL)洗涤。将有机层经MgSO4干燥，过滤，并且在减压下浓缩。将残余物通过柱色谱法(SiO2，石油醚/乙酸乙酯＝100/1至0/1)纯化以给出呈白色固体的3-((2R，5R)-4-((叔丁基二甲基甲硅烷基)氧基)-5-(((叔丁基二甲基甲硅烷基)氧基)甲基)-2，5-二氢呋喃-2-基)吡啶-2(1H)-酮(12g，27.41mmol，94.48％产率)。1HNMR(氯仿-d，400MHz)∶δ1＝12.66(brs，1H)，7.81-7.85(m，1H)，7.22-7.29(m，2H)，6.22(t，J＝6.7Hz，1H)，5.86(d，J＝3.3Hz，1H)，4.95(t，J＝1.6Hz，1H)，4.49-4.59(m，1H)，3.85(dd，J＝11.3，2.1Hz，1H)，3.69(dd，J＝11.2，3.7Hz，1H)，0.78-0.90(m，17H)，0.14(d，J＝16.4Hz，6H)，-0.01ppm(d，J＝8.6Hz，6H)；LCMS：M+H+＝438.7。
步骤2.向3-((2R，5R)-4-((叔丁基二甲基甲硅烷基)氧基)-5-(((叔丁基二甲基甲硅烷基)氧基)甲基)-2，5-二氢呋喃-2-基)吡啶-2(1H)-酮(12g，27.41mmol，1当量)在THF(120mL)中的溶液中添加氟化氢吡啶(11.89g，95.95mmol，10.81mL，80％纯度，3.5当量)，脱气并用N2吹扫3次，然后将混合物在15℃在N2气氛下搅拌12h。将过滤物真空浓缩以给出粗品3-((2R，5R)-5-(羟基甲基)-4-氧代四氢呋喃-2-基)吡啶-2(1H)-酮(5.74g，27.44mmol，100.00％产率)。LCMS：M+H+＝210.1和M+Na+＝232.1。
步骤3.将3-((2R,5R)-5-(羟基甲基)-4-氧代四氢呋喃-2-基)吡啶-2(1H)-酮(5.74g，27.44mmol，1当量)的溶液溶于MeCN(70mL)/AcOH(70mL)的混合物中，接着分批添加NaBH(OAc)3(13.67g，64.48mmol，2.35当量)。将混合物在15℃下搅拌2h。将混合物在减压下蒸发至干燥。将残余物通过以下纯化：柱色谱法(SiO2，石油醚：乙酸乙酯＝100/1至5/1)，以给出呈白色固体的3-((2R，4S，5R)-4-羟基-5-(羟基甲基)四氢呋喃-2-基)吡啶-2(1H)-酮(3.1g，14.68mmol，53.49％产率)。1H NMR(氯仿-d，400MHz)：δ1＝7.72-7.78(m，1H)，7.35(dd，J＝6.5，2.0Hz，1H)，6.40(t，J＝6.7Hz，1H)，5.16(dd，J＝10.0，5.9Hz，1H)，4.26-4.33(m，1H)，3.94(td，J＝4.4，2.7Hz，1H)，3.61-3.72(m，2H)，2.33(ddd，J＝13.0，5.9，2.0Hz，1H)，1.87-2.00ppm(m，1H)；LCMS：(M+H+)：212。
步骤4.向3-((2R，4S，5R)-4-羟基-5-(羟基甲基)四氢呋喃-2-基)吡啶-2(1H)-酮(3.10g，14.68mmol，1当量)在吡啶(30mL)中的溶液中添加DMTrCl(4.48g，13.21mmol，0.9当量)。将混合物在15℃下搅拌2h。将反应混合物用H2O(50mL)稀释并用EtOAc(180mL，60mL＊3)萃取。将合并的有机层用盐水(15mL，5mL＊3)洗涤，经Na2SO4干燥，过滤并减压浓缩，以给出残余物。将残余物通过以下纯化：柱色谱法(SiO2，DCM：MeOH＝100∶1至5∶1)，以给出呈白色固体的WV-NU-197(5.2g)。1HNMR(DMSO-d6，400MHz)：δ1＝11.59(br s，1H)，7.39-7.50(m，3H)，7.18-7.35(m，8H)，6.89(d，J＝8.5Hz，4H)，6.15(t，J＝6.7Hz，1H)，5.06(d，J＝4.1Hz，1H)，5.00(dd，J＝9.2，6.0Hz，1H)，4.00-4.16(m，1H)，3.82-3.95(m，1H)，3.73(s，6H)，2.99-3.17(m，3H)，2.26(ddd，J＝12.7，6.0，2.5Hz，1H)，1.58ppm(ddd，J＝12.7，9.3，6.1Hz，1H)；LCMS：M+H+：513.6，LCMS纯度100.0％
N-((3aR，5R，6R，6aS)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-6-羟基-3a，5，6，6a-四氢呋喃并[2，3-d]噁唑-2-基)乙酰胺(WV-NU-194)的合成
步骤1.将在DMF(500mL)中的(2S，3R，4R)-2，3，4，5-四羟基戊醛(80g，532.87mmol，1当量)以及添加的KHCO3(2.80g，27.97mmol，5.25e-2当量)和NH2CN(26.80g，637.49mmol，26.80mL，1.20当量)的混合物在90℃下搅拌1h。冷却至室温后，将混合物减压蒸发至一半体积，并将所得溶液在5℃储存20h。滤出获得的沉淀物并从96％水性EtOH(600ml)中重结晶以给出呈白色固体的(3aR，5R，6R，6aS)-2-氨基-5-(羟基甲基)-3a，5，6，6a-四氢呋喃并[2，3-d]噁唑-6-醇(50g)。1HNMR(400MHz，DMSO-d6)δ＝6.36(br s，2H)，5.66(d，J＝5.6Hz，1H)，5.46(br s，1H)，4.75(br s，1H)，4.53(br d，J＝5.5Hz，1H)，4.00(br s，1H)，3.67-3.59(m，1H)，3.40(s，1H)，3.33-3.19(m，2H)。
步骤2.向(3aR，5R，6R，6aS)-2-氨基-5-(羟基甲基)-3a，5，6，6a-四氢呋喃并[2，3-d]噁唑-6-醇(20g，114.84mmol，1当量)在DCM(200mL)中的溶液中添加咪唑(46.91g，689.04mmol，6当量)，然后添加TBSCl(60.58g，401.94mmol，49.25mL，3.5当量)。将混合物在30℃下搅拌10h。将两批反应混合物过滤并减压浓缩得到残余物。将残余物通过以下纯化：柱色谱法(SiO2，乙酸乙酯∶甲醇＝0∶1至5∶1)，以给出呈白色固体的(3aR，5R，6R，6aS)-6-((叔丁基二甲基甲硅烷基)氧基)-5-(((叔丁基二甲基甲硅烷基)氧基)甲基)-3a，5，6，6a-四氢呋喃并[2，3-d]噁唑-2-胺(91g，135.59mmol，55.15％产率，60％纯度)。1HNMR(400MHz，氯仿-d)δ＝5.87(d，J＝5.6Hz，1H)，4.64(d，J＝5.6Hz，1H)，4.32(d，J＝2.5Hz，1H)，3.91-3.81(m，1H)，3.63(dd，J＝5.1，10.7Hz，1H)，3.46(dd，J＝7.6，10.6Hz，1H)，0.91-0.86(m，19H)，0.11(d，J＝8.0Hz，6H)，0.03(s，6H)；LCMS(M+H+)：403.3，纯度：79.78％。
步骤3.向(3aR，5R，6R，6aS)-6-((叔丁基二甲基甲硅烷基)氧基)-5-(((叔丁基二甲基甲硅烷基)氧基)甲基)-3a，5，6，6a-四氢呋喃并[2，3-d]噁唑-2-胺(40g，99.34mmol，1当量)在哒螨灵(400mL)中的混合物溶液中滴加Ac2O(7.10g，69.54mmol，6.51mL，0.7当量)。将混合物在25℃下搅拌12h。将反应混合物过滤并减压浓缩得到残余物。将残余物通过柱色谱法(SiO2，石油醚∶乙酸乙酯＝50∶1至15∶1)纯化以给出呈黄色油状物的N-((3aR，5R，6R，6aS)-6-((叔丁基二甲基甲硅烷基)氧基)-5-(((叔丁基二甲基甲硅烷基)氧基)甲基)-3a，5，6，6a-四氢呋喃并[2，3-d］噁唑-2-基)乙酰胺(33g，74.21mmol，74.70％产率)。1H NMR(400MHz，氯仿-d)δ＝5.91(d，J＝5.8Hz，1H)，4.81(dd，J＝1.0，5.8Hz，1H)，4.49(dd，J＝0.9，2.8Hz，1H)，3.98(ddd，J＝2.9，4.8，7.4Hz，1H)，3.61(dd，J＝5.0，10.9Hz，1H)，3.44(dd，J＝7.4，10.9Hz，1H)，2.16(s，3H)，0.90-0.88(m，9H)，0.87-0.85(m，9H)，0.12(d，J＝9.6Hz，6H)，0.02(d，J＝3.8Hz，6H)；LCMS(M+H)+：445.4，纯度：92.67％。
步骤4.向N-((3aR，5R，6R，6aS)-6-((叔丁基二甲基甲硅烷基)氧基)-5-(((叔丁基二甲基甲硅烷基)氧基)甲基)-3a，5，6，6a-四氢呋喃并[2，3-d］噁唑-2-基)乙酰胺(33g，74.21mmol，1当量)在THF(300mL)中的溶液中添加TBAF(1M，111.31mL，1.5当量)。将混合物在25℃下搅拌1h。将反应混合物过滤并减压浓缩得到残余物。将粗产物通过以下纯化：反相HPLC(柱：C1820-35um 100A 100g；流动相：[水-ACN]；B％：0％-0％@30mL/min)，纯化后参见LCMS(ET35599-347-P2A1)以给出呈白色固体的N-((3aR，5R，6R，6aS)-6-羟基-5-(羟基甲基)-3a，5，6，6a-四氢呋喃并[2，3-d]噁唑-2-基)乙酰胺(11g，50.88mmol，68.75％产率)。1HNMR(400MHz，重水)δ＝4.43-4.36(m，1H)，4.14-3.98(m，3H)，3.84-3.61(m，3H)，3.56(dd，J＝4.8，12.4Hz，1H)，3.49-3.41(m，1H)，2.09(s，3H)；LCMS(M+H+)：217.2，纯度：99.41％。
步骤5.在0℃下，向N-((3aR，5R，6R，6aS)-6-羟基-5-(羟基甲基)-3a，5，6，6a-四氢呋喃并[2，3-d]噁唑-2-基)乙酰胺(10g，46.26mmol，1当量)在DCM(50mL)中的溶液中添加吡啶(7.32g，92.51mmol，7.47mL，2当量)和DMTrCl(9.40g，27.75mmol，0.6当量)。将混合物在20℃下搅拌2h。通过添加水(200mL)淬灭反应混合物，并然后用DCM(200mL＊3)萃取。将合并的有机层经Na2SO4干燥，过滤，并减压浓缩得到残余物。将粗产物通过以下纯化：反相HPLC(柱：C1820-35um 100A 100g；流动相：[水(10mM NH4HCO3)-ACN]；B％：40％-65％，20min)，以给出呈白色固体的WV-NU-194(5.1g，9.83mmol，21.26％产率)。1H NMR(400MHz，氯仿-d)δ＝9.60(br s，1H)，7.37(d，J＝7.5Hz，2H)，7.29-7.19(m，7H)，7.16-7.10(m，1H)，6.75(dd，J＝4.4，8.8Hz，4H)，5.89(d，J＝6.0Hz，1H)，4.96(dd，J＝1.6，5.9Hz，1H)，4.42(br d，J＝4.9Hz，1H)，4.11-4.06(m，1H)，3.74(d，J＝2.1Hz，6H)，3.29-3.19(m，2H)，2.01(s，3H)；LCMS(M-H+)：517，纯度：100％。
1-((2R，4S，5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-羟基四氢呋喃-2-基)-3-甲基嘧啶-2，4(1H，3H)-二酮(WV-NU-203)的合成
步骤1.向1-((2R，4S，5R)-4-羟基-5-(羟基甲基)四氢呋喃-2-基)嘧啶-2，4(1H，3H)-二酮(20g，87.64mmol，1当量)在DMF(200mL)中的溶液中添加MeI(31.10g，219.10mmol，13.64mL，2.5当量)和K2CO3(36.34g，262.93mmol，3当量)。将混合物在55℃下搅拌2h。将反应混合物过滤，并将滤液减压浓缩以给出残余物，然后用DCM(200mL＊2)萃取。将合并的有机层干燥，过滤并减压浓缩以给出呈白色固体的1-((2R，4S，5R)-4-羟基-5-(羟基甲基)四氢呋喃-2-基)-3-甲基嘧啶-2，4(1H，3H)-二酮(15g)。LCMS：(M+H+)243.2。
步骤2.向1-((2R，4S，5R)-4-羟基-5-(羟基甲基)四氢呋喃-2-基)-3-甲基嘧啶-2，4(1H，3H)-二酮(15g，61.93mmol，1当量)在吡啶(150mL)中的溶液中添加DMTCl(23.08g，68.12mmol，1.1当量)。将混合物在15℃下搅拌1h。将反应混合物用乙酸乙酯(150mL＊2)萃取。减压浓缩合并的有机层得到残余物。将残余物通过柱色谱法(SiO2，石油醚/乙酸乙酯＝1/0至0/1)纯化以给出呈黄色固体的WV-NU-203(13g，23.87mmol，38.55％产率)。1HNMR(400MHz，DMSO-d6)δ＝7.42-7.34(m，2H)，7.31(t，J＝7.6Hz，2H)，7.26-7.18(m，5H)，6.92-6.84(m，4H)，5.56-5.45(m，1H)，5.39-5.29(m，1H)，4.34-4.23(m，1H)，3.79-3.69(m，6H)，3.37-3.25(m，5H)，3.18-3.11(m，3H)，2.25-2.16(m，2H)；LCMS：纯度：92.72％，(M-H+)：543.59。
N-(9-((2R，4S，5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-(((1S，3S，3aS)-3-((甲基二苯基甲硅烷基)甲基)四氢-1H，3H-吡咯并[1，2-c］[1，3，2］氧杂氮杂磷杂环戊烷-1-基)氧基)四氢呋喃-2-基)-8-氧代-8，9-二氢-7H-嘌呤-6-基)苯甲酰胺的合成
将rbf中的干燥的N-[9-[(2R，4R，5R)-5-[[双(4-甲氧基苯基)-苯基-甲氧基］甲基]-4-羟基-四氢呋喃-2-基]-8-氧代-7H-嘌呤-6-基］苯甲酰胺(4.0g，5.94mmoｌ)溶解于THF(50mL)中。向澄清溶液中添加三乙胺(5.59mL，40.08mmol)。滴加[(3S，3aS)-1-氯-3a，4，5，6-四氢-3H-吡咯并[1，2-c]［1，3，2]氧杂氮杂磷杂环戊烷-3-基]甲基-甲基-二苯基-硅烷(0.96M在THF中，11.16mL，10.69mmol)。将反应溶液在室温下搅拌2h。TLC显示反应完成。添加无水MgSO4(708mg)。搅拌1min。过滤混合物，浓缩滤液。将所得的粗产物通过正相柱色谱法使用在已烷中的0％-100％EtOAc(各流动相含有1.5％的三乙胺)作为梯度纯化，得到呈白色泡沫状的N-(9-((2R，4S，5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-(((1S，3S，3aS)-3-((甲基二苯基甲硅烷基)甲基)四氢-1H，3H-吡咯并[1，2-c］[1，3，2］氧杂氮杂磷杂环戊烷-1-基)氧基)四氢呋喃-2-基)-8-氧代-8，9-二氢-7H-嘌呤-6-基)苯甲酰胺(4.45g，74.0％产率)。1H NMR(600MHz，CDCl3)δ9.42(s，1H)，8.59(s，1H)，8.17(s，1H)，7.98-7.93(m，2H)，7.68-7.62(m，1H)，7.58-7.53(m，2H)，7.53-7.46(m，4H)，7.45-7.40(m，2H)，7.33-7.26(m，7H)，7.24-7.17(m，5H)，7.16-7.11(m，1H)，6.76-6.69(m，4H)，6.30(dd，J＝7.3，6.1Hz，1H)，5.05(ddt，J＝8.9，6.9，4.5Hz，1H)，4.85(dt，J＝8.9，5.7Hz，1H)，4.03(q，J＝5.0Hz，1H)，3.73(d，J＝4.5Hz，6H)，3.49(ddt，J＝14.6，10.6，7.6Hz，1H)，3.40(ddt，J＝12.6，7.0，5.5Hz，1H)，3.34(dd，J＝10.1，4.9Hz，1H)，3.25(dd，J＝10.1，5.9Hz，1H)，2.97(tdd，J＝10.8，8.8，4.3Hz，1H)，2.83(dt，J＝13.3，6.6Hz，1H)，2.08(ddd，J＝13.5，7.4，4.6Hz，1H)，1.84(ddt，J＝12.2，8.5，4.3Hz，1H)，1.70-1.63(m，1H)，1.55(dd，J＝14.7，8.9Hz，1H)，1.45-1.38(m，2H)，1.30-1.20(m，1H)，0.65(s，3H)；31P NMR(243MHz，CDCl3)δ148.40；MS(ESI)，1013.18[M+H]+。
N-(9-((2R，4S，5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-羟基四氢呋喃-2-基)-8-氧代-8，9-二氢-7H-嘌呤-6-基)-2-苯氧基乙酰胺(WV-NU-195)的合成
步骤1.对于三批：向(2R，3S，5R)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-2-(羟基甲基)四氢呋喃-3-醇(30g，119.41mmol，1当量)在二噁烷(400mL)和AcONa(0.5M，480mL，2.01当量)缓冲液(pH 4.7)中的溶液中，伴随搅拌滴加Br2(22.90g，143.29mmol，7.39mL，1.2当量)在二噁烷(500mL)中的溶液。将混合物在15℃下搅拌12h。将三批合并用于后处理。向混合物中添加浓Na2S2O5直至红色消失。将混合物用0.5M NaOH中和至pH7.0。将残余物蒸发，此时白色固体沉淀。滤出固体，用冷的1，4-二噁烷(50mL)洗涤，并在高真空下干燥，以给出呈黄色固体的(2R，3S，5R)-5-(6-氨基-8-溴-9H-嘌呤-9-基)-2-(羟基甲基)四氢呋喃-3-醇(100g，302.90mmol，84.56％产率)。1HNMR(400MHz，DMSO-d6)δ＝8.22-7.98(m，1H)，7.53(br s，2H)，6.29(dd，J＝6.5，7.9Hz，1H)，5.35(br d，J＝12.3Hz，2H)，4.58-4.38(m，1H)，3.95-3.82(m，1H)，3.65(dd，J＝4.5，11.9Hz，1H)，3.48(br dd，J＝4.5，11.7Hz，1H)，3.36(br s，1H)，3.24(ddd，J＝6.1，7.8，13.4Hz，1H)，2.19(ddd，J＝2.6，6.4，13.1Hz，1H)；LCMS(M+H+)：330.1。
步骤2.向(2R，3S，5R)-5-(6-氨基-8-溴-9H-嘌呤-9-基)-2-(羟基甲基)四氢呋喃-3-醇(55g，166.60mmol，1当量)在吡啶(1500mL)中的溶液中添加NaOAc(24.87g，303.21mmol，1.82当量)和2-苯氧基乙酸(2-苯氧基乙酰基)酯(267.08g，932.94mmol，5.6当量)。将混合物在80℃下搅拌2h。通过添加H2O(100mL)淬灭反应混合物并将混合物置于r.t.下持续10min。将混合物蒸发并然后用DCM(1000mL)和饱和NaHCO3(1000mL)稀释，用DCM(1000mL＊2)萃取。将合并的有机层用盐水(1000mL＊2)洗涤，经Na2SO4干燥，过滤并减压浓缩，以给出残余物。将残余物通过柱色谱法(SiO2，石油醚/(DCM/EtOAc＝1∶1)＝1/0至0/1)纯化，然后某一种固体在柱上沉淀出来，用DCM 2L洗涤柱，并浓缩以得到粗品。将粗产物用甲醇(1000mL)研磨。获得呈棕色固体的2-苯氧基乙酸(2R，3S，5R)-5-(8-氧代-6-(2-苯氧基乙酰氨基)-7，8-二氢-9H-嘌呤-9-基)-2-((2-苯氧基乙酰氧基)甲基)四氢呋喃-3-基酯(60g，67.20mmol，40.34％产率，75％纯度)。LCMS(M-H+)：668.2。
步骤3.对于两批：向2-苯氧基乙酸(2R，3S，5R)-5-(8-氧代-6-(2-苯氧基乙酰氨基)-7，8-二氢-9H-嘌呤-9-基)-2-((2-苯氧基乙酰氧基)甲基)四氢呋喃-3-基酯(27g，40.32mmol，1当量)在TEA(270mL)、吡啶(270mL)和H2O(810mL)中的混合物溶剂中的溶液中。将混合物在15℃下搅拌1.5h。将反应混合物减压浓缩以去除溶剂。合并两批粗品并通过甲醇(500mL)重结晶纯化，以给出呈棕色固体的N-(9-((2R，4S，5R)-4-羟基-5-(羟基甲基)四氢呋喃-2-基)-8-氧代-8，9-二氢-7H-嘌呤-6-基)-2-苯氧基乙酰胺(18g，44.85mmol，55.61％产率)。LCMS(M-H+)：400.1。
步骤4.向N-(9-((2R，4S，5R)-4-羟基-5-(羟基甲基)四氢呋喃-2-基)-8-氧代-8，9-二氢-7H-嘌呤-6-基)-2-苯氧基乙酰胺(16g，39.86mmol，1当量)在吡啶(300mL)中的溶液中添加DMTCl(18.91g，55.81mmol，1.4当量)。将混合物在15℃下搅拌10h。通过添加水(50mL)来淬灭反应混合物，然后用饱和NaHCO3(500mL)稀释并用乙酸乙酯(1500mL，500mL＊3)萃取。将合并的有机层用饱和盐水(500mL)洗涤，经Na2SO4干燥，过滤并减压浓缩，以给出残余物。将残余物通过柱色谱法(SiO2，石油醚/乙酸乙酯＝1/0至0/1，5％TEA)纯化以给出呈白色固体的WV-NU-195(20g，27.63mmol，69.30％产率，97.21％纯度)。1H NMR(400MHz，DMSO-d6)δ＝10.94(br s，1H)，10.50(br s，1H)，8.26(s，1H)，7.38-7.28(m，4H)，7.26-7.11(m，7H)，7.06-6.94(m，3H)，6.79(dd，J＝8.9，14.1Hz，4H)，6.23(t，J＝6.8Hz，1H)，5.27(d，J＝4.6Hz，1H)，4.84(s，2H)，4.58-4.44(m，1H)，3.97-3.91(m，1H)，3.70(d，J＝5.0Hz，6H)，3.22-3.11(m，2H)，3.05(td，J＝6.4，13.0Hz，1H)，2.14(ddd，J＝4.9，7.6，12.9Hz，1H)；LCMS(M-H)-：702.3；纯度：97.21％。
(1S，3S，3aS)-1-(((2R，3S)-3-(双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)四氢呋喃-2-基)甲氧基)-3-((苯基磺酰基)甲基)四氢-1H，3H-吡咯并[1，2-c][1，3，2]氧杂氮杂磷杂环戊烷的合成
向干燥的[(2R，3R)-3-[双(4-甲氧基苯基)-苯基-甲氧基]四氢呋喃-2-基]甲醇(10.0g，23.78mmol)在THF(150mL)中的白色浆液中添加三乙胺(17.9mL，128.42mmol)。滴加(3S，3aS)-3-(苯磺酰基甲基)-1-氯-3a，4，5，6-四氢-3H-吡咯并[1，2-c][1，3，2]氧杂氮杂磷杂环戊烷(0.9M在THF中，47.56mL，42.81mmol)。添加DCM(50mL)。将白色浆液在rt下搅拌3.5h。TLC和LCMS显示反应完成。用水(428μL)淬灭反应。添加无水MgSO4(5.7g)。通过硅藻土过滤混合物，浓缩滤液，得到呈灰白色泡沫状的粗产物。将粗产物通过正相柱色谱法使用在己烷中的20％-100％EtOAc(各流动相含有5％的三乙胺)作为梯度纯化，得到呈白色泡沫状的标题化合物(13.08g，78.2％产率)。1HNMR(600MHz，CDCl3)δ7.92(dd，J＝8.2，1.4Hz，2H)，7.64(tt，J＝7.4，1.3Hz，1H)，7.54(t，J＝7.8Hz，2H)，7.46(dd，J＝8.6，1.3Hz，2H)，7.35(d，J＝8.6Hz，4H)，7.29(t，J＝7.6Hz，2H)，7.22(tt，J＝7.3，1.3Hz，1H)，6.84(d，J＝8.9Hz，4H)，4.99(q，J＝6.1Hz，1H)，4.07(dt，J＝6.2，1.9Hz，1H)，3.89(ddd，J＝10.1，8.1，5.9Hz，1H)，3.82(td，J＝8.0，2.8Hz，1H)，3.79(s，6H)，3.79-3.75(m，1H)，3.61(dq，J＝9.7，5.9Hz，1H)，3.47(dd，J＝14.5，6.8Hz，1H)，3.45-3.38(m，2H)，3.34(dd，J＝14.5，5.6Hz，1H)，3.29(ddd，J＝11.1，8.7，4.6Hz，1H)，3.00(qd，J＝10.5，4.1Hz，1H)，1.83(dtt，J＝11.9，7.7，3.3Hz，1H)，1.74(dq，J＝11.9，7.5Hz，1H)，1.61(qd，J＝7.7，6.6，3.0Hz，1H)，1.56(dddd，J＝13.7，10.0，5.8，3.9Hz，1H)，1.38(ddt，J＝13.0，5.4，2.1Hz，1H)，1.07(dq，J＝11.5，9.8Hz，1H)；31P NMR(243MHz，CDCl3)δ152.11；MS(ESI)，704.87[M+H]+。
(S)-N-(1-(3-(双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)-2-羟基丙基)-4-氧代-1，4-二氢嘧啶-2-基)苯甲酰胺(WV-NU-199)的合成
在85℃下向化合物N-(4-氧代-1，4-二氢嘧啶-2-基)苯甲酰胺(57.17g，265.64mmol，2当量)在DMF(600mL)中的溶液中滴加K2CO3(9.18g，66.41mmol，0.5当量)，将混合物在该温度下搅拌30min，然后在85℃下滴加(S)-2-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)环氧乙烷(50g，132.82mmol，1当量)。将所得混合物在85℃下搅拌48h。通过在15℃添加水(150mL)淬灭反应混合物，并用乙酸乙酯(1000mL，500mL＊2)萃取，经无水Na2SO4干燥，过滤并真空浓缩。将残余物通过以下纯化：柱色谱法(SiO2，石油醚∶乙酸乙酯＝1∶0至0∶1)，以给出呈白色固体的WV-NU-199(14.23g，24.05mmol，18.11％产率)。1HNMR(400MHz，DMSO-d6)δ＝13.40-13.08(m，1H)，8.17(d，J＝7.9Hz，2H)，7.81(d，J＝8.0Hz，1H)，7.53-7.42(m，3H)，7.33-7.20(m，9H)，6.85(d，J＝8.8Hz，4H)，5.94(dd，J＝2.2，7.9Hz，1H)，5.37(d，J＝5.6Hz，1H)，4.67(dd，J＝3.1，13.3Hz，1H)，4.34-4.18(m，1H)，3.75-3.68(m，7H)，3.15(brdd，J＝4.9，9.0Hz，1H)，2.96(br t，J＝8.1Hz，1H)；LCMS(M-H+)：592.24，纯度：94.76％。
(R)-N-(1-(3-(双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)-2-羟基丙基)-4-氧代-1，4-二氢嘧啶-2-基)苯甲酰胺(WV-NU-200)的合成
在85℃下向N-(4-氧代-1，4-二氢嘧啶-2-基)苯甲酰胺(34.30g，159.39mmol，2当量)在DMF(350mL)中的溶液中添加K2CO3(5.51g，39.85mmol，0.5当量)，将混合物在该温度下搅拌30min，然后在85℃下滴加(R)-2-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)环氧乙烷(30.00g，79.69mmol，1当量)。将所得混合物在85℃下搅拌48h。通过在15℃添加水(50mL)淬灭反应混合物，并用乙酸乙酯(200mL，100mL＊2)萃取，经无水Na2SO4干燥，过滤并真空浓缩。将残余物通过以下纯化：柱色谱法(SiO2，石油醚∶乙酸乙酯＝1∶0至0∶1)，以给出呈白色固体的WV-NU-200(7.95g，13.44mmol，16.86％产率)。1HNMR(400MHz，DMSO-d6)δ＝13.23(d，J＝2.0Hz，1H)，8.17(d，J＝7.3Hz，2H)，7.81(d，J＝8.0Hz，1H)，7.53-7.41(m，3H)，7.32-7.19(m，9H)，6.84(d，J＝8.9Hz，4H)，5.93(dd，J＝2.4，8.0Hz，1H)，5.36(d，J＝5.6Hz，1H)，4.67(dd，J＝3.1，13.3Hz，1H)，4.33-4.19(m，1H)，3.75-3.67(m，7H)，3.14(dd，J＝4.9，9.1Hz，1H)，2.96(br t，J＝8.1Hz，1H)；LCMS(M-H+)：592.24，纯度：93.75％。
(S)-1-(3-(双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)-2-羟基丙基)-5-甲基嘧啶-2，4(1H，3H)-二酮(WV-NU-180)的合成
在85℃下向5-甲基-1H-嘧啶-2，4-二酮(16.75g，132.82mmol，1当量)在DMF(100mL)中的溶液中添加K2CO3(7.34g，53.13mmol，0.4当量)、和(S)-2-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)环氧乙烷(50g，132.82mmol，1当量)。将混合物在85℃下搅拌24h。将混合物用H2O(500mL)稀释并通过EtOAc(500mL＊3)萃取。将有机相经Na2SO4干燥，过滤并减压浓缩，以给出残余物。将硅胶柱用石油醚(5％Et3N)600mL和石油醚600mL洗涤。将残余物通过柱色谱法(SiO2，石油醚/乙酸乙酯＝100/1至1/1)纯化以给出呈黄色固体的WV-NU-180(13.8g，26.33mmol，19.83％产率，95.9％纯度)。1HNMR(400MHz，DMSO-d6)δ＝11.20(s，1H)，7.50-7.13(m，10H)，6.88(dd，J＝1.5，8.8Hz，4H)，5.25(d，J＝5.6Hz，1H)，3.95-3.86(m，2H)，3.77-3.70(m，6H)，3.53-3.40(m，1H)，3.01-2.93(m，1H)，2.91-2.82(m，1H)，2.75-2.71(m，1H)，2.73(s，1H)，1.70(s，3H)。LCMS：(M-H+)：501.1，LCMS纯度：95.9％。
(R)-1-(3-(双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)-2-羟基丙基)-5-甲基嘧啶-2，4(1H，3H)-二酮(WV-NU-205)的合成
对于两批：在85℃下，向(R)-2-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)环氧乙烷(60g，159.39mmol，1当量)在DMF(600mL)中的溶液中添加K2CO3(11.01g，79.69mmol，0.5当量)持续30min，并添加5-甲基-1H-嘧啶-2，4-二酮(20.10g，159.39mmol，1当量)。将混合物在85℃下搅拌12h。通过在15℃添加水(500mL)淬灭反应混合物，并用乙酸乙酯(2000mL，1000mL＊2)萃取，经无水Na2SO4干燥，过滤并真空浓缩。将残余物通过柱色谱法(SiO2，石油醚∶乙酸乙酯＝1∶0至0∶1)纯化以给出呈白色固体的WV-NU-205(10g，19.90mmol)。1H NMR(400MHz，DMSO-d6)δ＝11.18(s，1H)，7.42(br d，J＝7.5Hz，2H)，7.36-7.21(m，9H)，6.88(dd，J＝1.3，8.7Hz，4H)，5.24(d，J＝5.5Hz，1H)，3.95-3.86(m，2H)，3.74(s，6H)，3.46(brdd，J＝9.4，14.5Hz，1H)，3.01-2.85(m，2H)，1.70(s，3H)；LCMS(M-H+)：502.56，纯度：96.97％。
(S)-N-(9-(3-(双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)-2-羟基丙基)-6-氧代-6，9-二氢-1H-嘌呤-2-基)异丁酰胺(WV-NU-177)的合成
对于三批：在85℃下向2-甲基-N-(6-氧代-1，9-二氢嘌呤-2-基)丙酰胺(11.75g，53.13mmol，1当量)在DMF(200mL)中的溶液中添加K2CO3(3.67g，26.56mmol，0.5当量)持续30min，并添加(S)-2-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)环氧乙烷(20g，53.13mmol，1当量)。将混合物在85℃下搅拌12h。合并三个反应进行后处理。将反应混合物用水(500mL)稀释并用EtOAc(500mL＊4)萃取。将合并的有机层经Na2SO4干燥，过滤，并且减压浓缩以给出残余物。将残余物通过以下纯化：柱色谱法(SiO2，二氯甲烷∶甲醇＝0∶1至30∶1)。将22g粗品混合物通过以下纯化：制备型HPLC柱(Phenomenex Titank C18 Bulk 250＊100mm 10u；流动相：[水(10mM NH4HCO3)-ACN]；B％：45％-65％，20min)，以给出呈浅黄色固体的化合物WV-NU-177(8.1g，13.55mmol，36.82％产率)。1HNMR(400MHz，DMSO-d6)δ＝12.03(s，1H)，11.56(s，1H)，7.89-7.86(m，1H)，7.43-7.37(m，2H)，7.33-7.18(m，7H)，6.90-6.84(m，4H)，5.42(d，J＝5.0Hz，1H)，4.15-4.08(m，2H)，3.73(d，J＝0.8Hz，6H)，3.34(s，1H)，3.01-2.96(m，1H)，2.89(dd，J＝4.1，9.4Hz，1H)，2.78(五重峰，J＝6.8Hz，1H)，1.11(dd，J＝2.6，6.9Hz，6H)；LCMS(M-H+)：597.26，LCMS纯度：97.82％。
((R)-N-(9-(3-(双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)-2-羟基丙基)-6-氧代-6，9-二氢-1H-嘌呤-2-基)异丁酰胺(WV-NU-178)的合成
对于5批：向(R)-2-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)环氧乙烷(14g，37.19mmol，1当量)在DMF(100mL)中的溶液中添加K2CO3(2.06g，14.88mmol，0.4当量)和2-甲基-N-(6-氧代-1，9-二氢嘌呤-2-基)丙酰胺(8.23g，37.19mmol，1当量)。将混合物在85℃下搅拌12hr。通过在15℃添加水(500mL)来淬灭反应混合物，并用乙酸乙酯(1000mL，500mL＊2)萃取。将合并的有机相用盐水(150mL)洗涤，经无水Na2SO4干燥，过滤并真空浓缩。将残余物通过以下纯化：制备型HPLC(柱：Phenomenex Titank C18 Bulk 250＊100mm 10u；流动相：[水(10mM NH4HCO3)-ACN]；B％：50％-70％，20min)，以给出呈白色固体的化合物WV-NU-178(8g，13.39mmol，32.01％产率)。1HNMR(氯仿-d，400MHz)：δ＝7.59(s，1H)，7.46(d，J＝7.8Hz，2H)，7.30-7.36(m，6H)，7.22-7.27(m，1H)，6.85(d，J＝8.8Hz，4H)，4.26(br d，J＝11.3Hz，2H)，4.10(br dd，J＝14.8，8.3Hz，2H)，3.82(s，6H)，3.16-3.29(m，2H)，2.57-2.65(m，1H)，1.30ppm(dd，J＝6.8，4.8Hz，6H)。LCMS：M-H+：596.6，LCMS纯度99.48％。
N-(1-((2R，3R，4S)-4-(双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)-3-羟基四氢呋喃-2-基)-2-氧代-1，2-二氢嘧啶-4-基)乙酰胺(WV--NU-088)的合成
步骤1.向苯甲酸(3R，4S)-2-乙酰氧基-4-((叔丁基二苯基甲硅烷基)氧基)四氢呋喃-3-基酯(27.5g，54.49mmol，1当量)和N-(2-氧代-1H-嘧啶-4-基)乙酰胺(8.76g，57.22mmol，1.05当量)在MeCN(140mL)中的溶液中添加BSA(23.28g，114.44mmol，28.29mL，2.1当量)，并将混合物在60℃下搅拌30min。滴加TMSOTf(19.38g，87.19mmol，15.76mL，1.6当量)，并在60℃下继续搅拌持续另外2h。将混合物冷却至r.t，用100mL的EtOAc稀释，并伴随搅拌倒进200mL的冷的饱和NaHCO3水溶液中，并将混合物用DCM(500mL＊2)萃取。分离有机层并用H2O(100mL)和盐水(100mL)洗涤，经MgSO4干燥并减压浓缩以得到呈黄色固体的苯甲酸(2R，3R，4S)-2-(4-乙酰氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-((叔丁基二苯基甲硅烷基)氧基)四氢呋喃-3-基酯(30g，粗品)。混合物不经进一步纯化直接使用。LCMS：(M+H+)：598.3。
步骤2.苯甲酸向(2R，3R，4S)-2-(4-乙酰氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-((叔丁基二苯基甲硅烷基)氧基)四氢呋喃-3-基酯(30g，50.19mmol，1当量)在THF(240mL)中的溶液中添加TBAF(1M，75.28mL，1.5当量)。将混合物在0℃下搅拌1h。TLC(乙酸乙酯/石油醚＝2∶1，Rf＝0.25)显示一个主要斑点。在减压下蒸发溶剂，并且将残余物溶于600mL的EtOAc中。分离有机层并用H2O(100mL＊2)和盐水(100mL)洗涤，经MgSO4干燥，并减压浓缩以给出粗品。将残余物通过柱色谱法(SiO2，石油醚/乙酸乙酯＝5/1至1/2)纯化以给出呈黄色固体的苯甲酸(2R，3R，4S)-2-(4-乙酰氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-羟基四氢呋喃-3-基酯(12g，33.40mmol，66.54％产率)。
步骤3：将苯甲酸(2R，3R，4S)-2-(4-乙酰氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-羟基四氢呋喃-3-基酯(11g，30.61mmol，1当量)、DMTCl(15.56g，45.92mmol，1.5当量)、DMAP(373.98mg，3.06mmol，0.1当量)的混合物与20mL的无水吡啶一起共蒸发两次。将混合物溶于无水吡啶(80mL)并在氩气下在80℃下搅拌16h。将混合物浓缩以得到粗品。将残余物通过硅胶色谱法(石油醚/乙酸乙酯＝10/1，3/1，5％TEA)纯化以得到呈白色固体的苯甲酸(2R，3R，4S)-2-(4-乙酰氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-(双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)四氢呋喃-3-基酯(18.5g，粗品)。LCMS：(M-H+)：660.2。
步骤4.在0℃下，向苯甲酸(2R，3R，4S)-2-(4-乙酰氨基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-4-(双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)四氢呋喃-3-基酯(18.5g，27.96mmol，1当量)在MeOH(180mL)的混合物中的溶液中添加LiOH.H2O(1.41g，33.55mmol，1.2当量)。添加水(500mL)，然后减压浓缩以去除有机溶剂。将水相用EtOAc(250mL＊3)萃取，经Na2SO4干燥，过滤并减压浓缩以给出呈黄色固体的4-氨基-1-((2R，3R，4S)-4-(双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)-3-羟基四氢呋喃-2-基)嘧啶-2(1H)-酮(14.4g，粗品)。
步骤5.向4-氨基-1-((2R，3R，4S)-4-(双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)-3-羟基四氢呋喃-2-基)嘧啶-2(1H)-酮(14.4g，27.93mmol，1当量)在DMF(100mL)中的溶液中添加Ac2O(3.14g，30.72mmol，2.88mL，1.1当量)，将混合物在20℃下搅拌12h。添加水(500mL)并用EtOAc(500mL＊2)萃取并将有机物经Na2SO4干燥、过滤并浓缩以得到粗品。将混合物通过硅胶色谱法(DCM/乙酸乙酯＝20/1，1/1，乙酸乙酯∶甲醇＝20∶1，5％TEA)纯化以得到呈白色固体的化合物WV-NU-088(8.3g，14.45mmol，51.73％产率，97.07％纯度)。1HNMR(400MHz，氯仿-d)δ＝9.23(br s，1H)，8.04(d，J＝7.5Hz，1H)，7.54(d，J＝7.4Hz，1H)，7.38-7.33(m，2H)，7.31-7.18(m，8H)，6.86-6.78(m，4H)，4.34-4.24(m，3H)，3.80(d，J＝2.4Hz，6H)，3.69(dd，J＝4.4，9.9Hz，1H)，3.39(dd，J＝2.3，9.8Hz，1H)，2.34(s，3H)，2.00(s，1H)；LCMS纯度：97.07％，556.2(M-H)-。
1-((2R，4S，5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-(((1S，3S，3aS)-3-((苯基磺酰基)甲基)四氢-1H，3H-吡咯并[1，2-c][1，3，2]氧杂氮杂磷杂环戊烷-1-基)氧基)四氢呋喃-2-基)-1，3-二氢-2H-咪唑-2-酮的合成
向干燥的3-[(2R，4R，5R)-5-[[双(4-甲氧基苯基)-苯基-甲氧基]甲基]-4-羟基-四氢呋喃-2-基]-1H-咪唑-2-酮(4.0g，7.96mmol)在THF(40mL)中的溶液中添加三乙胺(4.99mL，35.82mmol)。冷却至0℃。滴加(3S，3aS)-3-(苯磺酰基甲基)-1-氯-3a，4，5，6-四氢-3H-吡咯并[1，2-c][1，3，2]氧杂氮杂磷杂环戊烷(0.90M在THF中，13.27mL，11.94mmol)。将所得浆液在0℃下搅拌2.5h，然后在rt下搅拌1.5h。用水(72μL)淬灭反应。添加无水MgSO4(960mg)。通过硅藻土过滤混合物，浓缩滤液，得到呈灰白色泡沫状的粗产物。将粗产物通过正相柱色谱法使用在EtOAc中的0％-100％MeCN(各流动相含有2.5％的三乙胺)作为梯度纯化，得到呈白色泡沫状的标题化合物(2.389g，38.2％产率)。1H NMR(600MHz，CDCl3)δ9.68(s，1H)，7.90-7.86(m，2H)，7.62-7.56(m，1H)，7.50(t，J＝7.8Hz，2H)，7.45-7.41(m，2H)，7.31(dd，J＝8.7，5.5Hz，4H)，7.28(t，J＝7.5Hz，2H)，7.21(t，J＝7.4Hz，1H)，6.83(d，J＝8.5Hz，4H)，6.34(t，J＝2.6Hz，1H)，6.21(t，J＝2.7Hz，1H)，6.07(t，J＝7.0Hz，1H)，4.92(q，J＝6.1Hz，1H)，4.75(dq，J＝8.8，3.8，3.4Hz，1H)，3.96(q，J＝3.4Hz，1H)，3.78(s，6H)，3.58(dq，J＝11.8，6.0Hz，1H)，3.51-3.41(m，2H)，3.35(dd，J＝14.6，5.3Hz，1H)，3.31(dd，J＝10.3，3.9Hz，1H)，3.18(dd，J＝10.3，3.7Hz，1H)，3.09(qd，J＝10.1，3.9Hz，1H)，2.31(dd，J＝7.0，4.4Hz，2H)，1.87(dh，J＝12.6，4.7，3.7Hz，1H)，1.81-1.71(m，1H)，1.65-1.62(m，1H)，1.15-1.05(m，1H)；31P NMR(243MHz，CDCl3)δ152.36；MS(ESI)，784.77[M-H]-。
N-(1-((2R，3R，4R，5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-((叔丁基二甲基甲硅烷基)氧基)-3-(((1S，3S，3aS)-3-((苯基磺酰基)甲基)四氢-1H，3H-吡咯并[1，2-c][1，3，2]氧杂氮杂磷杂环戊烷-1-基)氧基)四氢呋喃-2-基)-2-氧代-1，2-二氢嘧啶-4-基)苯甲酰胺的合成
向干燥的N-[1-[(2R，3S，5R)-5-[[双(4-甲氧基苯基)-苯基-甲氧基]甲基]-4-[叔丁基(二甲基)甲硅烷基]氧基-3-羟基-四氢呋喃-2-基]-2-氧代-嘧啶-4-基]苯甲酰胺(10.0g，13.09mmol)在THF(100mL)中的溶液中添加三乙胺(9.85mL，70.69mmol)。滴加(3S，3aS)-3-(苯磺酰基甲基)-1-氯-3a，4，5，6-四氢-3H-吡咯并[1，2-c][1，3，2]氧杂氮杂磷杂环戊烷(0.90M在THF中，26.18mL，23.56mmol)。将所得浆液在rt下搅拌2.5h。TLC和LCMS显示反应完成。用水(234μL)淬灭反应。添加无水MgSO4(3.12g)。通过硅藻土过滤混合物，浓缩滤液，得到呈灰白色泡沫状的粗产物。将粗产物通过正相柱色谱法使用在己烷中的20％-70％EtOAc(各流动相含有5％的三乙胺)作为梯度纯化，得到呈灰白色泡沫状的标题化合物(9.95g，72.6％产率)。1H NMR(600MHz，CDCl3)δ8.57(bs，2H)，7.99-7.95(m，2H)，7.91-7.82(m，2H)，7.64-7.58(m，2H)，7.52(dt，J＝15.0，7.6Hz，4H)，7.41(d，J＝7.4Hz，2H)，7.34(t，J＝7.5Hz，2H)，7.30(dd，J＝8.8，3.2Hz，5H)，6.88(d，J＝8.5Hz，4H)，5.93(d，J＝1.6Hz，1H)，5.14(q，J＝6.3Hz，1H)，4.51-4.45(m，1H)，4.20(dd，J＝8.0，4.3Hz，1H)，4.15(dd，J＝6.7，4.2Hz，1H)，3.83(s，6H)，3.79-3.69(m，3H)，3.59-3.54(m，1H)，3.51(dd，J＝14.7，6.9Hz，1H)，3.43-3.39(m，1H)，3.35(dd，J＝11.0，2.6Hz，1H)，3.20(qd，J＝9.4，4.1Hz，1H)，1.82(tt，J＝8.3，4.3Hz，1H)，1.79-1.74(m，1H)，1.65(ddt，J＝12.2，6.1，3.0Hz，1H)，1.18-1.11(m，1H)，0.75(s，9H)，-0.03(s，3H)，-0.12(s，3H)；31P NMR(243MHz，CDCl3)δ155.49；MS(ESI)，1045.67[M-H]-。
1-(1-((2R，4S，5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-(((1S，3S，3aS)-3-((甲基二苯基甲硅烷基)甲基)四氢-1H，3H-吡咯并[1，2-c][1，3，2]氧杂氮杂磷杂环戊烷-1-基)氧基)四氢呋喃-2-基)-2-氧代-1，2-二氢嘧啶-4-基)-3-苯基脲的合成
向干燥的1-[1-[(2R，4R，5R)-5-[[双(4-甲氧基苯基)-苯基-甲氧基]甲基]-4-羟基-四氢呋喃-2-基]-2-氧代-嘧啶-4-基]-3-苯基-脲(10.0g，15.42mmol)在THF(100mL)中的溶液中添加三乙胺(11.6mL，83.24mmol)。滴加[(3S，3aS)-1-氯-3a，4，5，6-四氢-3H-吡咯并[1，2-c][1，3，2]氧杂氮杂磷杂环戊烷-3-基]甲基-甲基-二苯基-硅烷(0.9574M在THF中，28.98mL，27.75mmol)。将所得的灰白色浆液在rt下搅拌3.5h。TLC和LCMS显示反应完成。用水(277μL)淬灭反应。添加无水MgSO4(3.7g)。通过硅藻土过滤混合物，浓缩滤液，得到呈灰白色泡沫状的粗产物。将粗产物通过正相柱色谱法使用在己烷中的20％-100％EtOAc(各流动相含有2.5％的三乙胺)作为梯度纯化，得到呈灰白色泡沫状的标题化合物(9.18g，60.3％产率)。1H NMR(600MHz，CDCl3)δ11.38(s，1H)，11.05(s，1H)，8.10(d，J＝7.7Hz，1H)，7.68(d，J＝8.0Hz，2H)，7.45(t，J＝7.4Hz，4H)，7.36(t，J＝8.6Hz，3H)，7.30(m，9H)，7.26-7.21(m，6H)，7.04(t，J＝7.4Hz，1H)，6.84(d，J＝8.4Hz，4H)，6.28(t，J＝6.3Hz，1H)，4.78-4.68(m，2H)，3.93(q，J＝3.3Hz，1H)，3.77(s，6H)，3.52(ddt，J＝15.1，10.5，7.6Hz，1H)，3.32(qd，J＝10.6，2.9Hz，3H)，3.08(dt，J＝10.8，6.8Hz，1H)，2.60(ddd，J＝14.1，6.3，4.0Hz，1H)，2.05(m，1H)，1.84(dh，J＝12.7，4.7，3.9Hz，1H)，1.70-1.62(m，1H)，1.56-1.52(m，1H)，1.40(dq，J＝15.8，7.2，6.7Hz，2H)，1.23-1.18(m，1H)，0.58(s，3H)；31P NMR(243MHz，CDCl3)δ153.22；MS(ESI)，986.91[M-H]-。
1-(1-((2R，4S，5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-(((1S，3S，3aS)-3-((甲基二苯基甲硅烷基)甲基)四氢-1H，3H-吡咯并[1，2-c][1，3，2]氧杂氮杂磷杂环戊烷-1-基)氧基)四氢呋喃-2-基)-2-氧代-1，2-二氢嘧啶-4-基)-3-(萘-2-基)脲的合成
向干燥的1-[1-[(2R，4R，5R)-5-[[双(4-甲氧基苯基)-苯基-甲氧基]甲基]-4-羟基-四氢呋喃-2-基]-2-氧代-嘧啶-4-基]-3-(2-萘基)脲(15.0g，21.47mmol)在THF(150mL)中的溶液中添加三乙胺(16.16mL，115.92mmol)。滴加[(3S，3aS)-1-氯-3a，4，5，6-四氢-3H-吡咯并[1，2-c][1，3，2]氧杂氮杂磷杂环戊烷-3-基]甲基-甲基-二苯基-硅烷(0.9574M在THF中，40.36mL，38.64mmol)。将所得的灰白色浆液在rt下搅拌3.5h。TLC和LCMS显示反应完成。用水(386μL)淬灭反应。添加无水MgSO4(5.15g)。通过硅藻土过滤混合物，浓缩滤液，得到呈灰白色泡沫状的粗产物。将粗产物通过正相柱色谱法使用在己烷中的10％-60％EtOAc(各流动相含有5％的三乙胺)作为梯度纯化，得到呈灰白色泡沫状的标题化合物(15.91g，71.4％产率)。1H NMR(600MHz，DMSO)δ12.56(s，1H)，10.56(s，1H)，8.48-8.43(m，1H)，8.28(d，J＝7.6Hz，1H)，8.02(d，J＝7.4Hz，1H)，7.99-7.94(m，1H)，7.70(d，J＝8.2Hz，1H)，7.62-7.56(m，2H)，7.54-7.45(m，5H)，7.39-7.27(m，8H)，7.27-7.20(m，8H)，6.88(dd，J＝8.5，5.7Hz，4H)，6.17(d，J＝6.7Hz，1H)，6.09(t，J＝6.4Hz，1H)，4.68-4.63(m，1H)，4.63-4.57(m，1H)，3.84(q，J＝4.0Hz，1H)，3.73(s，3H)，3.72(s，3H)，3.38(ddt，J＝14.8，10.2，7.5Hz，1H)，3.30(m，1H)，3.23(dd，J＝10.8，3.4Hz，1H)，3.19(dd，J＝10.7，4.4Hz，1H)，2.81(qd，J＝10.6，4.3Hz，1H)，2.24-2.17(m，1H)，1.88(dt，J＝13.5，6.6Hz，1H)，1.77(dq，J＝12.9，4.5Hz，1H)，1.64-1.56(m，1H)，1.51(dd，J＝14.8，5.3Hz，1H)，1.45(dt，J＝11.3，8.0Hz，2H)，0.59(s，3H)；31P NMR(243MHz，DMSO)δ146.05；MS(ESI)，1036.85[M-H]-。
N-(1-((2R，3R，4S)-4-(双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)-3-(((1S，3S，3aS)-3-((甲基二苯基甲硅烷基)甲基)四氢-1H，3H-吡咯并[1，2-c][1，3，2]氧杂氮杂磷杂环戊烷-1-基)氧基)四氢呋喃-2-基)-2-氧代-1，2-二氢嘧啶-4-基)乙酰胺的合成
向干燥的N-[1-[(2R，4R)-4-[双(4-甲氧基苯基)-苯基-甲氧基]-3-羟基-四氢呋喃-2-基]-2-氧代-嘧啶-4-基]乙酰胺(4.0g，7.17mmol)在THF(40mL)中的溶液中添加三乙胺(5.4mL，38.74mmol)。滴加[(3S，3aS)-1-氯-3a，4，5，6-四氢-3H-吡咯并[1，2-c][1，3，2]氧杂氮杂磷杂环戊烷-3-基]甲基-甲基-二苯基-硅烷(0.9574M在THF中，13.49mL，12.91mmol)。将反应浆液在rt下搅拌3hr。TLC和LCMS显示反应完成。用水(129μL)淬灭反应。添加无水MgSO4(1.72g)。通过硅藻土过滤混合物，浓缩滤液，得到呈灰白色泡沫状的粗产物。将粗产物通过正相柱色谱法使用在已烷中的20％-70％EtOAc(各流动相含有2.5％的三乙胺)作为梯度纯化，得到呈白色泡沫状的标题化合物(4.4g，68.4％产率)。1H NMR(600MHz，CDCl3)δ9.18(s，1H)，7.95(d，J＝7.5Hz，1H)，7.51-7.45(m，4H)，7.43-7.37(m，3H)，7.35(q，J＝6.8Hz，3H)，7.32-7.28(m，3H)，7.26(d，J＝4.3Hz，3H)，7.21(p，J＝4.2Hz，1H)，7.18(dd，J＝8.7，4.3Hz，4H)，6.80(t，J＝8.7Hz，4H)，5.65(s，1H)，4.76(q，J＝6.8Hz，1H)，4.39(d，J＝8.2Hz，1H)，4.09(d，J＝3.6Hz，1H)，3.79-3.75(m，1H)，3.76(s，3H)，3.75(s，3H)，3.61(ddt，J＝14.9，10.4，7.6Hz，1H)，3.42(d，J＝9.9Hz，1H)，3.36(ddd，J＝13.3，10.2，5.8Hz，1H)，3.21(dt，J＝11.0，6.9Hz，1H)，2.29(s，3H)，1.83(dp，J＝12.7，4.7Hz，1H)，1.69-1.61(m，1H)，1.53(dd，J＝14.6，7.9Hz，1H)，1.41(dd，J＝14.6，7.0Hz，1H)，1.38-1.32(m，1H)，1.21(p，J＝10.2Hz，1H)，0.53(s，3H)；31P NMR(243MHz，CDCl3)δ158.33；MS(ESI)，895.65[M-H]-。
N-(9-((2R，4S，5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-(((1S，3S，3aS)-3-((苯基磺酰基)甲基)四氢-1H，3H-吡咯并[1，2-c][1，3，2]氧杂氮杂磷杂环戊烷-1-基)氧基)四氢呋喃-2-基)-8-氧代-8，9-二氢-7H-嘌呤-6-基)-2-苯氧基乙酰胺的合成
向干燥的N-[9-[(2R，4R，5R)-5-[[双(4-甲氧基苯基)-苯基-甲氧基]甲基]-4-羟基-四氢呋喃-2-基]-8-氧代-7H-嘌呤-6-基]-2-苯氧基-乙酰胺(7.5g，10.66mmol)在THF(37.5mL)中的溶液中添加三乙胺(3.71mL，26.64mmol)。将反应烧瓶置于水浴中。滴加(3S，3aS)-3-(苯磺酰基甲基)-1-氯-3a，4，5，6-四氢-3H-吡咯并[1，2-c][1，3，2]氧杂氮杂磷杂环戊烷(0.90M在THF中，21.31mL，19.18mmol)。去除水浴。将灰白色浆液在室温下搅拌3h。TLC和LCMS显示反应完成。用水(153μL)淬灭反应。添加无水MgSO4(2.04g)。通过硅藻土过滤混合物，浓缩滤液，得到呈灰白色泡沫状的粗产物。将粗产物通过正相柱色谱法使用在己烷中的30％-100％EtOAc(各流动相含有1％的三乙胺)作为梯度纯化，得到呈白色泡沫状的标题化合物(8.35g，79.4％产率)。1H NMR(600MHz，CDCl3)δ9.35(s，1H)，8.95(s，1H)，8.24(d，J＝1.5Hz，1H)，7.90(d，J＝7.7Hz，2H)，7.59(t，J＝7.5Hz，1H)，7.51(t，J＝7.9Hz，2H)，7.42(d，J＝7.8Hz，2H)，7.39-7.34(m，2H)，7.33-7.28(m，4H)，7.21(t，J＝7.5Hz，2H)，7.16(t，J＝7.3Hz，1H)，7.09(t，J＝7.4Hz，1H)，7.00(d，J＝8.1Hz，2H)，6.75(dd，J＝8.8，7.0Hz，4H)，6.38(t，J＝6.8Hz，1H)，5.09(h，J＝6.2，5.4Hz，2H)，4.67(s，2H)，4.06(q，J＝5.1Hz，1H)，3.763(s，3H)，3.756(s，3H)，3.69(dq，J＝11.7，6.1Hz，1H)，3.47(dt，J＝14.7，8.1Hz，2H)，3.37(dd，J＝10.1，5.1Hz，2H)，3.28(ddd，J＝23.8，11.7，6.1Hz，2H)，3.03(tt，J＝9.8，5.1Hz，1H)，2.30(dq，J＝12.6，6.3，5.3Hz，1H)，1.88(ddt，J＝13.0，9.3，5.1Hz，1H)，1.77(q，J＝10.8，10.0Hz，1H)，1.66(dt，J＝12.7，6.4Hz，1H)，1.12(p，J＝10.0Hz，1H)；31P NMR(243MHz，CDCl3)δ149.94；MS(ESI)，985.68[M-H]-。
3-((2S，4S，5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-(((1S，3S，3aS)-3-((苯基磺酰基)甲基)四氢-1H，3H-吡咯并[1，2-c][1，3，2]氧杂氮杂磷杂环戊烷-1-基)氧基)四氢呋喃-2-基)嘧啶-2，4(1H，3H)-二酮的合成
向干燥的3-[(2S，4R，5R)-5-[[双(4-甲氧基苯基)-苯基-甲氧基]甲基]-4-羟基-四氢呋喃-2-基]-1H-嘧啶-2，4-二酮(3.0g，5.65mmol)在THF(22.5mL)中的溶液中添加三乙胺(1.97mL，14.14mmol)。滴加(3S，3aS)-3-(苯磺酰基甲基)-1-氯-3a，4，5，6-四氢-3H-吡咯并[1，2-c][1，3，2]氧杂氮杂磷杂环戊烷(0.90M在THF中，11.31mL，10.18mmol)。将浑浊反应溶液在rt下搅拌1h。TLC和LCMS显示反应完成。用水(81μL)淬灭反应。添加无水MgSO4(1.08g)。通过硅藻土过滤混合物，浓缩滤液，得到呈灰白色泡沫状的粗产物。将粗产物通过正相柱色谱法使用在己烷中的50％-100％EtOAc(各流动相含有1％的三乙胺)作为梯度纯化，得到呈白色泡沫状的标题化合物(3.48g，75.6％产率)。1H NMR(600MHz，CDCl3)δ9.51(s，1H)，7.90-7.85(m，2H)，7.62-7.57(m，1H)，7.55-7.47(m，2H)，7.47-7.40(m，2H)，7.37-7.32(m，4H)，7.29-7.24(m，2H)，7.21-7.16(m，1H)，7.13(d，J＝7.7Hz，1H)，6.86-6.78(m，4H)，6.75(t，J＝7.7Hz，1H)，5.68(d，J＝7.7Hz，1H)，4.94(q，J＝6.1Hz，1H)，4.75(p，J＝8.4Hz，1H)，4.44(ddd，J＝7.5，3.9，2.3Hz，1H)，3.767(s，3H)，3.765(s，3H)，3.59(dq，J＝10.0，5.9Hz，1H)，3.44-3.26(m，4H)，3.04-3.00(m，1H)，3.00-2.93(m，1H)，2.83(dt，J＝12.4，8.2Hz，1H)，2.53(dt，J＝12.5，7.9Hz，1H)，1.82(s，1H)，1.72(d，J＝10.6Hz，1H)，1.65-1.55(m，1H)，1.06(dq，J＝11.6，9.9Hz，1H)；31P NMR(243MHz，CDCl3)δ150.88；MS(ESI)，812.53[M-H]-。
N-((3aR，5R，6R，6aS)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-6-(((1S，3S，3aS)-3-((苯基磺酰基)甲基)四氢-1H，3H-吡咯并[1，2-c][1，3，2]氧杂氮杂磷杂环戊烷-1-基)氧基)-3a，5，6，6a-四氢呋喃并[2，3-d]噁唑-2-基)乙酰胺的合成
向干燥的N-[(3aR，5R，6aR)-5-[[双(4-甲氧基苯基)-苯基-甲氧基]甲基]-6-羟基-3a，5，6，6a-四氢呋喃并[2，3-d]噁唑-2-基]乙酰胺(4.87g，9.38mmol)在THF(36mL)中的溶液中添加三乙胺(3.27mL，23.45mmol)。将反应烧瓶置于水浴中。滴加(3S，3aS)-3-(苯磺酰基甲基)-1-氯-3a，4，5，6-四氢-3H-吡咯并[1，2-c][1，3，2]氧杂氮杂磷杂环戊烷(0.89M在THF中，18.97mL，16.89mmol)。去除水浴。将所得的浑浊溶液在rt下搅拌1.5h。TLC和LCMS显示反应完成。用水(135μL)淬灭反应。添加无水MgSO4(1.8g)。通过硅藻土过滤混合物，浓缩滤液，得到呈灰白色泡沫状的粗产物。将粗产物通过正相柱色谱法使用在己烷中的25％-100％EtOAc(各流动相含有1％的三乙胺)作为梯度纯化，得到呈白色泡沫状的标题化合物(5.75g，76.4％产率)。1H NMR(600MHz，CDCl3)δ9.55(s，1H)，7.93(dt，J＝7.3，1.3Hz，2H)，7.61(t，J＝7.6Hz，1H)，7.52(t，J＝7.8Hz，2H)，7.41-7.37(m，2H)，7.30-7.26(m，5H)，7.25(s，1H)，7.22-7.16(m，1H)，6.84-6.78(m，4H)，5.92(s，1H)，5.09(s，1H)，4.91(d，J＝5.6Hz，1H)，4.82-4.77(m，1H)，4.20(s，1H)，3.78(s，6H)，3.69(dd，J＝10.0，5.7Hz，1H)，3.53(dd，J＝15.5，5.8Hz，1H)，3.47(dd，J＝14.5，7.3Hz，1H)，3.37(dd，J＝14.6，5.0Hz，1H)，3.18(dd，J＝10.0，6.2Hz，1H)，3.13(s，1H)，2.93(dd，J＝10.0，6.8Hz，1H)，2.13(s，3H)，1.89(td，J＝8.2，3.9Hz，1H)，1.80(d，J＝10.2Hz，1H)，1.65(m，1H)，1.14(p，J＝9.9Hz，1H)；31P NMR(243MHz，CDCl3)δ152.57；MS(ESI)，802.49[M+H]+。
1-((2R，4S，5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-(((1S，3S，3aS)-3-((苯基磺酰基)甲基)四氢-1H，3H-吡咯并[1，2-c][1，3，2]氧杂氮杂磷杂环戊烷-1-基)氧基)四氢呋喃-2-基)-3-甲基嘧啶-2，4(1H，3H)-二酮的合成
向干燥的1-[(2R，4R，5R)-5-[[双(4-甲氧基苯基)-苯基-甲氧基]甲基]-4-羟基-四氢呋喃-2-基]-3-甲基-嘧啶-2，4-二酮(6.2g，11.38mmol)在THF(45mL)中的溶液中添加三乙胺(3.97mL，28.46mmol)。将反应烧瓶置于水浴中。滴加(3S，3aS)-3-(苯磺酰基甲基)-1-氯-3a，4，5，6-四氢-3H-吡咯并[1，2-c][1，3，2]氧杂氮杂磷杂环戊烷(0.89M在THF中，19.19mL，17.08mmol)。去除水浴。将所得的浑浊溶液在rt下搅拌3h。TLC和LCMS显示反应完成。用水(102μL)淬灭反应。添加无水MgSO4(1.366g)。通过硅藻土过滤混合物，浓缩滤液，得到呈灰白色泡沫状的粗产物。将粗产物通过正相柱色谱法使用在已烷中的20％-70％EtOAc(各流动相含有1％的三乙胺)作为梯度纯化，得到呈白色泡沫状的标题化合物(7.06g，74.9％产率)。1H NMR(600MHz，CDCl3)δ7.91-7.86(m，2H)，7.75(d，J＝8.1Hz，1H)，7.63-7.54(m，1H)，7.53-7.47(m，2H)，7.40-7.35(m，2H)，7.32-7.28(m，2H)，7.28-7.26(m，4H)，7.25-7.22(m，1H)，6.87-6.81(m，4H)，6.33(t，J＝6.5Hz，1H)，5.42(d，J＝8.1Hz，1H)，4.98(dt，J＝6.9，5.5Hz，1H)，4.80(ddt，J＝9.6，6.7，3.4Hz，1H)，4.02(q，J＝3.1Hz，1H)，3.788(s，3H)，3.786(s，3H)，3.66-3.58(m，1H)，3.54-3.47(m，1H)，3.47-3.41(m，2H)，3.39-3.34(m，2H)，3.32(s，3H)，3.14(tdd，J＝10.3，8.8，4.0Hz，1H)，2.57-2.51(m，1H)，2.23(dt，J＝13.6，6.6Hz，1H)，1.88(td，J＝8.4，4.1Hz，1H)，1.79(q，J＝11.4，10.3Hz，1H)，1.68-1.62(m，1H)，1.15-1.06(m，1H)；31P NMR(243MHz，CDCl3)δ153.80；MS(ESI)，850.35[M+Na]+。
N-(1-((R)-3-(双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)-2-(((1S，3S，3aS)-3-((甲基二苯基甲硅烷基)甲基)四氢-1H，3H-吡咯并[1，2-c][1，3，2]氧杂氮杂磷杂环戊烷-1-基)氧基)丙基)-4-氧代-1，4-二氢嘧啶-2-基)苯甲酰胺的合成
向干燥的N-[1-[(2R)-3-[双(4-甲氧基苯基)-苯基-甲氧基]-2-羟基-丙基]-4-氧代-嘧啶-2-基]苯甲酰胺(5.0g，8.45mmol)在THF(37.5mL)中的溶液中添加三乙胺(5.3mL，38.03mmol)。将烧瓶置于水浴中。滴加[(3S，3aS)-1-氯-3a，4，5，6-四氢-3H-吡咯并[1，2-c][1，3，2]氧杂氮杂磷杂环戊烷-3-基]甲基-甲基-二苯基-硅烷(0.9574M在THF中，15.89mL，15.21mmol)。去除水浴。将所得的浑浊反应溶液在rt下搅拌1.5h。TLC和LCMS显示反应完成。用水(122μL)淬灭反应。添加无水MgSO4(1.62g)。通过硅藻土过滤混合物，浓缩滤液，得到呈灰白色泡沫状的粗产物。将粗产物通过正相柱色谱法使用在己烷中的10％-70％EtOAc(各流动相含有1％的三乙胺)作为梯度纯化，得到呈白色泡沫状的标题化合物(5.3g，67.4％产率)。1H NMR(600MHz，CDCl3)δ13.31(s，1H)，8.19(dd，J＝8.2，1.4Hz，2H)，7.45(tdt，J＝7.7，2.7，1.4Hz，7H)，7.37-7.26(m，12H)，7.24(ddt，J＝10.2，8.5，1.6Hz，3H)，7.08(d，J＝8.0Hz，1H)，6.80-6.74(m，4H)，5.57(d，J＝8.0Hz，1H)，4.71(dq，J＝11.2，5.8，4.4Hz，2H)，4.40(dd，J＝13.8，4.0Hz，1H)，3.75(s，6H)，3.58(dd，J＝13.7，8.1Hz，1H)，3.50-3.40(m，1H)，3.33-3.27(m，1H)，3.22-3.15(m，2H)，2.96(tdd，J＝10.4，8.5，5.0Hz，1H)，1.74(qt，J＝8.4，4.1Hz，1H)，1.67-1.59(m，1H)，1.54(dd，J＝14.5，8.1Hz，1H)，1.36(dd，J＝14.6，7.0Hz，1H)，1.32-1-26(m，1H)，1.24-1.17(m，1H)，0.52(s，3H)；31P NMR(243MHz，CDCl3)δ153.11；MS(ESI)，929.76[M-H]-。
N-(1-((S)-3-(双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)-2-(((1S，3S，3aS)-3-((甲基二苯基甲硅烷基)甲基)四氢-1H，3H-吡咯并[1，2-c][1，3，2]氧杂氮杂磷杂环戊烷-1-基)氧基)丙基)-4-氧代-1，4-二氢嘧啶-2-基)苯甲酰胺的合成
向干燥的N-[1-[(2S)-3-[双(4-甲氧基苯基)-苯基-甲氧基]-2-羟基-丙基]-4-氧代-嘧啶-2-基]苯甲酰胺(7.0g，11.83mmol)在THF(52.5mL)中的溶液中添加三乙胺(5.94mL，42.59mmol)。将烧瓶置于水浴中。滴加[(3S，3aS)-1-氯-3a，4，5，6-四氢-3H-吡咯并[1，2-c][1，3，2]氧杂氮杂磷杂环戊烷-3-基]甲基-甲基-二苯基-硅烷(0.9574M在THF中，22.24mL，21.3mmol)。去除水浴。将所得的浑浊反应溶液在室温下搅拌1h。TLC和LCMS显示反应完成。用水(171μL)淬灭反应。添加无水MgSO4(2.27g)。通过硅藻土过滤混合物，浓缩滤液，得到呈灰白色泡沫状的粗产物。将粗产物通过正相柱色谱法使用在己烷中的10％-80％EtOAc(各流动相含有1％的三乙胺)作为梯度纯化，得到呈白色泡沫状的标题化合物(8.37g，76.0％产率)。1H NMR(600MHz，CDCl3)δ13.34(s，1H)，8.25(dd，J＝8.3，1.4Hz，2H)，7.47(ddt，J＝6.7，2.6，1.4Hz，4H)，7.46-7.42(m，3H)，7.36-7.32(m，6H)，7.31-7.24(m，6H)，7.22(ddt，J＝9.3，5.3，1.8Hz，3H)，7.05(d，J＝8.0Hz，1H)，6.83-6.76(m，4H)，5.56(d，J＝7.9Hz，1H)，4.86(dd，J＝13.6，3.3Hz，1H)，4.70-4.60(m，2H)，3.75(s，6H)，3.42-3.30(m，3H)，3.20-3.12(m，1H)，3.09(dd，J＝9.6，7.4Hz，1H)，2.95-2.86(m，1H)，1.72(ddt，J＝12.7，8.3，4.1Hz，1H)，1.65-1.52(m，2H)，1.36(dd，J＝14.6，6.6Hz，1H)，1.31-1.24(m，1H)，1.14(dq，J＝11.9，9.5Hz，1H)，0.53(s，3H)；31P NMR(243MHz，CDCl3)δ156.70；MS(ESI)，931.17[M+H]+。
3-((2R，4S，5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-(((1S，3S，3aS)-3-((苯基磺酰基)甲基)四氢-1H，3H-吡咯并[1，2-c][1，3，2]氧杂氮杂磷杂环戊烷-1-基)氧基)四氢呋喃-2-基)吡啶-2(1H)-酮的合成
向干燥的3-[(2R，4R，5R)-5-[[双(4-甲氧基苯基)-苯基-甲氧基]甲基]-4-羟基-四氢呋喃-2-基]-1H-吡啶-2-酮(4.17g，8.12mmol)在THF(31mL)中的溶液中添加三乙胺(2.49mL，17.86mmol)。将反应烧瓶置于水浴中。滴加(3S，3aS)-3-(苯磺酰基甲基)-1-氯-3a，4，5，6-四氢-3H-吡咯并[1，2-c][1，3，2]氧杂氮杂磷杂环戊烷(0.89M在THF中，13.68mL，12.18mmol)。去除水浴。将所得的浑浊反应溶液在rt下搅拌2h 45min。用水(73μL)淬灭反应。添加无水MgSO4(974mg)。通过硅藻土过滤混合物，浓缩滤液，得到呈灰白色泡沫状的粗产物。将粗产物通过正相柱色谱法使用在己烷中的20％-100％EtOAc(各流动相含有1％的三乙胺)作为梯度纯化，得到呈白色泡沫状的标题化合物(3.69g，57.0％产率)。1H NMR(600MHz，CDCl3)δ12.70(s，1H)，7.92-7.85(m，2H)，7.69(ddd，J＝6.9，2.1，1.1Hz，1H)，7.59-7.54(m，1H)，7.54-7.44(m，4H)，7.38-7.31(m，4H)，7.28(t，J＝7.7Hz，2H)，7.25(dd，J＝6.5，2.1Hz，1H)，7.22-7.18(m，1H)，6.85-6.80(m，4H)，6.22(t，J＝6.7Hz，1H)，5.23(dd，J＝9.9，5.7Hz，1H)，4.94(q，J＝6.0Hz，1H)，4.66(ddd，J＝9.1，6.0，2.6Hz，1H)，4.04(q，J＝4.1Hz，1H)，3.78(s，6H)，3.59(dq，J＝11.7，5.9Hz，1H)，3.52-3.43(m，2H)，3.36(dd，J＝14.6，5.5Hz，1H)，3.29(dd，J＝10.0，4.3Hz，1H)，3.20(dd，J＝10.0，4.2Hz，1H)，3.14-3.05(m，1H)，2.62(ddd，J＝13.3，5.8，2.0Hz，1H)，1.86(ddd，J＝13.0，9.8，6.2Hz，2H)，1.78-1.72(m，1H)，1.66-1.61(m，1H)，1.15-1.05(m，1H)；31P NMR(243MHz，CDCl3)δ151.29；MS(ESI)，795.57[M-H]-。
N-(9-((S)-3-(双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)-2-(((1S，3S，3aS)-3-((甲基二苯基甲硅烷基)甲基)四氢-1H，3H-吡咯并[1，2-c][1，3，2]氧杂氮杂磷杂环戊烷-1-基)氧基)丙基)-6-氧代-6，9-二氢-1H-嘌呤-2-基)异丁酰胺的合成
向干燥的N-[9-[(2S)-3-[双(4-甲氧基苯基)-苯基-甲氧基]-2-羟基-丙基]-6-氧代-1H-嘌呤-2-基]-2-甲基-丙酰胺(6.0g，10.04mmol)在THF(45mL)中的溶液中添加三乙胺(5.04mL，36.14mmol)。将烧瓶置于水浴中。滴加[(3S，3aS)-1-氯-3a，4，5，6-四氢-3H-吡咯并[1，2-c][1，3，2]氧杂氮杂磷杂环戊烷-3-基]甲基-甲基-二苯基-硅烷(0.9574M在THF中，18.87mL，18.07mmol)。去除水浴。将所得的浑浊反应溶液在室温下搅拌1h。TLC和LCMS显示反应完成。用水(144μL)淬灭反应。添加无水MgSO4(1.92g)。通过硅藻土过滤混合物，浓缩滤液，得到呈灰白色泡沫状的粗产物。将粗产物通过正相柱色谱法使用在己烷中的25％-100％EtOAc(各流动相含有1％的三乙胺)作为梯度纯化，得到呈白色泡沫状的标题化合物(8.18g，87.0％产率)。1H NMR(600MHz，CDCl3)δ11.84(s，1H)，7.86(s，1H)，7.53(s，1H)，7.49-7.42(m，6H)，7.38-7.29(m，8H)，7.28(q，J＝3.0，2.2Hz，3H)，7.25(d，J＝1.1Hz，1H)，7.23-7.19(m，1H)，6.83-6.78(m，4H)，4.73(dt，J＝8.2，6.2Hz，1H)，4.25-4.18(m，2H)，3.98(dd，J＝14.2，8.0Hz，1H)，3.76(s，6H)，3.31-3.26(m，1H)，3.23(dd，J＝10.0，5.3Hz，1H)，3.22-3.16(m，1H)，2.94(dd，J＝9.9，7.1Hz，1H)，2.92-2.87(m，1H)，2.52(hept，J＝6.9Hz，1H)，1.71(dtd，J＝12.8，9.0，8.4，4.0Hz，1H)，1.61-1.52(m，2H)，1.37(dd，J＝14.6，6.6Hz，1H)，1.30-1.22(m，7H)，1.10(dq，J＝11.9，9.7Hz，1H)，0.53(s，3H)；31P NMR(243MHz，CDCl3)δ156.67；MS(ESI)，935.73[M-H]-。
N-(9-((R)-3-(双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)-2-(((1S，3S，3aS)-3-((甲基二苯基甲硅烷基)甲基)四氢-1H，3H-吡咯并[1，2-c][1，3，2]氧杂氮杂磷杂环戊烷-1-基)氧基)丙基)-6-氧代-6，9-二氢-1H-嘌呤-2-基)异丁酰胺的合成
向干燥的N-[9-[(2R)-3-[双(4-甲氧基苯基)-苯基-甲氧基]-2-羟基-丙基]-6-氧代-1H-嘌呤-2-基]-2-甲基-丙酰胺(5.5g，9.2mmol)在THF(41mL)中的溶液中添加三乙胺(4.62mL，33.13mmol)。将烧瓶置于水浴中。滴加[(3S，3aS)-1-氯-3a，4，5，6-四氢-3H-吡咯并[1，2-c][1，3，2]氧杂氮杂磷杂环戊烷-3-基]甲基-甲基-二苯基-硅烷(0.9574M在THF中，17.3mL，16.56mmol)。去除水浴。将所得的浑浊反应溶液在室温下搅拌1h。TLC和LCMS显示反应完成。用水(132μL)淬灭反应。添加无水MgSO4(2.27g)。通过硅藻土过滤混合物，浓缩滤液，得到呈灰白色泡沫状的粗产物。将粗产物通过正相柱色谱法使用在己烷中的40％-100％EtOAc(各流动相含有1％的三乙胺)作为梯度纯化，得到呈白色泡沫状的标题化合物(6.265g，72.6％产率)。1H NMR(600MHz，CDCl3)δ11.81(s，1H)，7.78(s，1H)，7.53(ddd，J＝7.7，3.8，2.0Hz，4H)，7.42-7.38(m，3H)，7.36-7.31(m，3H)，7.31-7.27(m，3H)，7.27-7.24(m，6H)，7.21-7.17(m，1H)，6.81-6.74(m，4H)，4.74(dt，J＝8.5，6.2Hz，1H)，4.34-4.26(m，1H)，4.00(dd，J＝14.2，6.3Hz，1H)，3.87(dd，J＝14.1，4.4Hz，1H)，3.769(s，3H)，3.768(s，3H)，3.43(ddt，J＝14.7，10.7，7.6Hz，1H)，3.31(ddt，J＝9.6，7.3，5.6Hz，1H)，3.08(dd，J＝9.9，5.3Hz，1H)，3.00(tdd，J＝10.9，8.7，4.5Hz，1H)，2.90(dd，J＝9.9，5.8Hz，1H)，2.47(hept，J＝6.9Hz，1H)，1.78(ddt，J＝16.2，8.0，3.2Hz，1H)，1.67-1.56(m，2H)，1.40(dd，J＝14.6，6.5Hz，1H)，1.38-1.30(m，1H)，1.23(d，J＝6.9Hz，3H)，1.21(d，J＝6.9Hz，3H)，1.21-1.16(m，1H)，0.65(s，3H)；31P NMR(243MHz，CDCl3)δ155.34；MS(ESI)，937.91[M+H]+。
1-((S)-3-(双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)-2-(((1S，3S，3aS)-3-((甲基二苯基甲硅烷基)甲基)四氢-1H，3H-吡咯并[1，2-c][1，3，2]氧杂氮杂磷杂环戊烷-1-基)氧基)丙基)-5-甲基嘧啶-2，4(1H，3H)-二酮的合成
向干燥的1-[(2S)-3-[双(4-甲氧基苯基)-苯基-甲氧基]-2-羟基-丙基]-5-甲基-嘧啶-2，4-二酮(6.0g，11.94mmol)在THF(45mL)中的溶液中添加三乙胺(4.99mL，35.82mmol)。将烧瓶置于水浴中。滴加[(3S，3aS)-1-氯-3a，4，5，6-四氢-3H-吡咯并[1，2-c][1，3，2]氧杂氮杂磷杂环戊烷-3-基]甲基-甲基-二苯基-硅烷(0.9574M在THF中，22.45mL，21.49mmol)。去除水浴。将所得的浑浊反应溶液在室温下搅拌1h。TLC和LCMS显示反应完成。用水(172μL)淬灭反应。添加无水MgSO4(2.29g)。通过硅藻土过滤混合物，浓缩滤液，得到呈灰白色泡沫状的粗产物。将粗产物通过正相柱色谱法使用在己烷中的10％-80％EtOAc(各流动相含有1％的三乙胺)作为梯度纯化，得到呈白色泡沫状的标题化合物(8.26g，82.2％产率)。1H NMR(600MHz，CDCl3)δ8.17(s，1H)，7.48(dt，J＝6.7，1.4Hz，4H)，7.47-7.44(m，2H)，7.39-7.30(m，7H)，7.30-7.26(m，5H)，7.23-7.17(m，1H)，6.87(d，J＝1.4Hz，1H)，6.85-6.79(m，4H)，4.77(dt，J＝8.5，5.9Hz，1H)，4.38-4.29(m，1H)，4.16(dd，J＝14.1，3.6Hz，1H)，3.76(s，6H)，3.41(tdd，J＝14.5，9.4，7.2Hz，1H)，3.31(dd，J＝14.0，8.9Hz，1H)，3.26-3.18(m，1H)，3.15(dd，J＝9.9，4.7Hz，1H)，3.08(dd，J＝9.9，5.8Hz，1H)，3.00-2.92(m，1H)，1.81-1.73(m，1H)，1.76(d，J＝1.2Hz，3H)，1.62(qt，J＝11.0，5.1Hz，1H)，1.56(dd，J＝14.6，8.6Hz，1H)，1.37(dd，J＝14.6，6.3Hz，1H)，1.32(qd，J＝7.4，3.0Hz，1H)，1.19(dq，J＝12.1，9.5Hz，1H)，0.56(s，3H)；31P NMR(243MHz，CDCl3)δ155.31；MS(ESI)，840.68[M-H]-。
1-((R)-3-(双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)-2-(((1S，3S，3aS)-3-((甲基二苯基甲硅烷基)甲基)四氢-1H，3H-吡咯并[1，2-c][1，3，2]氧杂氮杂磷杂环戊烷-1-基)氧基)丙基)-5-甲基嘧啶-2，4(1H，3H)-二酮的合成
向干燥的1-[(2R)-3-[双(4-甲氧基苯基)-苯基-甲氧基]-2-羟基-丙基]-5-甲基-嘧啶-2，4-二酮(5.54g，11.02mmol)在THF(41.6mL)中的溶液中添加三乙胺(4.61mL，33.07mmol)。将烧瓶置于水浴中。滴加[(3S，3aS)-1-氯-3a，4，5，6-四氢-3H-吡咯并[1，2-c][1，3，2]氧杂氮杂磷杂环戊烷-3-基]甲基-甲基-二苯基-硅烷(0.9574M在THF中，20.73mL，19.84mmol)。去除水浴。将所得的浑浊反应溶液在室温下搅拌1h。TLC和LCMS显示反应完成。用水(159μL)淬灭反应。添加无水MgSO4(2.115g)。通过硅藻土过滤混合物，浓缩滤液，得到呈灰白色泡沫状的粗产物。将粗产物通过正相柱色谱法使用在已烷中的20％-100％EtOAc(各流动相含有1％的三乙胺)作为梯度纯化，得到呈白色泡沫状的标题化合物(7.63g，82.2％产率)。1H NMR(600MHz，CDCl3)δ8.17(s，1H)，7.48(dt，J＝8.0，1.6Hz，4H)，7.45-7.42(m，2H)，7.36-7.24(m，12H)，7.23-7.17(m，1H)，6.93(q，J＝1.2Hz，1H)，6.84-6.77(m，4H)，4.74(dt，J＝8.5，6.1Hz，1H)，4.36-4.28(m，1H)，3.85(dd，J＝14.0，4.2Hz，1H)，3.78(s，3H)，3.77(s，3H)，3.54(dd，J＝14.0，8.0Hz，1H)，3.49-3.40(m，1H)，3.40-3.34(m，1H)，3.16(dd，J＝10.1，4.6Hz，1H)，3.03(dd，J＝10.1，4.4Hz，1H)，2.99-2.90(m，1H)，1.80(d，J＝1.2Hz，3H)，1.78-1.72(m，1H)，1.68-1.58(m，1H)，1.54(dd，J＝14.6，8.5Hz，1H)，1.42-1.31(m，2H)，1.26-1.21(m，1H)，0.59(s，3H)；31P NMR(243MHz，CDCl3)δ151.30；MS(ESI)，840.78[M-H]-。
WV-NU-172和亚酰胺的合成。
在一些实施例中，如下制备WV-NU-172：
在一些实施例中，以不同规模如下制备WV-NU-172：
对于两批：在20℃下，向化合物1B(60g，137.52mmol，1当量)在DCM(1200mL)中的溶液中添加异丙基氯化镁(2M，103.14mL，1.5当量)，1h后，然后缓慢添加三丁基氯化锡(66.70g，204.91mmol，55.12mL，1.49当量)并将混合物在20℃下搅拌12h。TLC(石油醚∶乙酸乙酯＝3∶1)显示化合物1B被消耗。将两批合并用于后处理。通过添加水(500mL)小心淬灭反应混合物并将混合物用DCM(500mL×2)萃取。将有机相合并，用盐水洗涤并经Na2SO4干燥。在减压下将溶剂去除。将残余物通过硅胶色谱法(石油醚/乙酸乙酯＝10/1，3/1)纯化以得到呈白色固体的化合物1C(120g，200.19mmol，72.78％产率)。TLC：(石油醚∶乙酸乙酯＝3∶1)，Rf＝0.25。
将t-BuOK(79.09g，704.80mmol，1.05当量)添加至BnOH(145.18g，1.34mol，139.59mL，2当量)在THF(500mL)中的溶液中并搅拌直至溶解。在惰性气氛下，将该混合物滴加至化合物1(100g，671.24mmol，1当量)在DMF(500mL)中的冷却至-78℃的溶液中。将混合物缓慢升温至20℃，并搅拌1h。TLC(石油醚∶乙酸乙酯＝3∶1，Rf＝0.76)指示化合物1被完全消耗，并且形成一个主要新斑点。将反应混合物用H2O 1000mL稀释并用EtOAc mL(500mL＊2)萃取。将合并的有机层用盐水(100mL)洗涤，经Na2SO4干燥，过滤并减压浓缩，以给出残余物。将残余物通过柱色谱法(SiO2，石油醚/乙酸乙酯＝1/0至0/1)纯化以得到呈白色固体的化合物2(80g，362.56mmol，54.01％产率)。TLC：(石油醚∶乙酸乙酯＝3∶1)，Rf＝0.76。
向化合物1C(85.57g，142.76mmol，1.26当量)在甲苯(900mL)中的溶液中添加4-苄氧基-2-氯-嘧啶(25g，113.30mmol，1当量)、Pd(dppf)Cl2.CH2Cl2(9.25g，11.33mmol，0.1当量)。在N2下，将混合物在120℃下搅拌3h。TLC(石油醚∶乙酸乙酯＝1∶1)显示反应物1被消耗并发现新斑点。浓缩混合物以得到粗品。将混合物通过MPLC(SiO2，石油醚/乙酸乙酯＝10∶1，5∶1)纯化以得到呈棕色固体的化合物3(45g，90.99mmol，80.31％产率)。TLC：(石油醚∶乙酸乙酯＝1∶1)，Rf＝0.24。
向化合物3(45g，90.99mmol，1当量)在THF(400mL)中的溶液中添加HCl(5M，90.99mL，5当量)。将混合物在15℃下搅拌2h。TLC(石油醚∶乙酸乙酯＝0∶1)显示检测到所期望的物质。将反应混合物用水50mL稀释并用EtOAc 90mL(30mL＊3)萃取。向合并的水层中添加2N NaOH水溶液直至pH＞11，并用DCM(50mL＊3)萃取，将合并的有机物经Na2SO4干燥，过滤并浓缩，以得到呈黄色固体的化合物4(23g，粗品)。TLC(石油醚∶乙酸乙酯＝0∶1)，Rf＝0.01。
向化合物4(23g，91.17mmol，1当量)在MeCN(800mL)中的溶液中添加NaH(7.29g，182.34mmol，60％纯度，2当量)，将混合物在0℃下搅拌30min，然后添加化合物1E(47.01g，109.41mmol，1.2当量)。将混合物在15℃下搅拌12h。LCMS显示化合物4已消耗，发现了所期望的物质。将反应混合物过滤，并将滤饼用DCM(100mL)洗涤，浓缩滤液以得到粗品。将混合物通过以下纯化：MPLC(SiO2，DCM∶MeOH＝20∶1)，以得到呈黄色油状物的化合物6(30g，粗品)。LCMS：(M+H+)：645.3。TLC(DCM∶MeOH＝20∶1)，Rf＝0.24。
在N2气氛下，向化合物6(30g，46.48mmol，1当量)在MeOH(600mL)中的溶液中添加Pd/C(6，46.48mmol，10％纯度，1当量)。将悬浮液脱气并用H2吹扫3次。将混合物在H2(15Psi)下在15℃搅拌12hr。LCMS显示化合物6已消耗，发现了所期望的质量。将混合物过滤并浓缩得到呈黄色油状物的化合物7(25g，粗品)。LCMS：(M+H+)：555.2。
向化合物7(2g，3.60mmol，1当量)在氨水(200mL)中的溶液中，将混合物在15℃下搅拌12h。LCMS显示化合物7已消耗。浓缩混合物得到呈黄色油状物的化合物8(1g，3.59mmol，99.79％产率)。向化合物7(25g，45.02mmol，1当量)在氨水(1000mL)中的溶液中，将混合物在15℃下搅拌12hr。LCMS显示化合物7已消耗。浓缩混合物以得到粗品。将混合物通过MPLC(SiO2，二氯甲烷∶甲醇＝20∶1、10∶1、5∶1)纯化以得到呈黄色油状物的化合物8(11g，39.53mmol，87.82％产率)。LCMS：(M+H+)：279.1。TLC：(二氯甲烷∶甲醇＝10∶1)，Rf＝0.15。
向化合物8(5g，17.97mmol，1当量)在吡啶(60mL)中的溶液中，将DMTCl(6.39g，18.87mmol，1.05当量)添加至该混合物中，将溶液在20℃下搅拌1.5h。LCMS显示化合物8已消耗，发现了所期望的物质。将MeOH(10mL)添加至混合物中并浓缩以得到粗品。将混合物通过以下纯化：制备型HPLC(柱：Phenomenex C18 250＊70mm 10u；流动相：[水(NH4HCO3)-ACN]；B％：40％-65％，20min)，以得到呈黄色固体的WV-NU-172(2.5g，4.31mmol，23.96％产率)。1HNMR(400MHz，DMSO-d6)δ＝11.74(br s，1H)，8.23-8.03(m，2H)，7.97-7.80(m，1H)，7.39-7.33(m，2H)，7.31-7.16(m，7H)，6.85(br dd，J＝5.4，8.5Hz，4H)，6.17(br t，J＝6.0Hz，2H)，5.39(br d，J＝4.1Hz，1H)，4.33(br s，1H)，3.96(br d，J＝3.8Hz，1H)，3.71(d，J＝3.8Hz，6H)，3.17-3.12(m，2H)，2.42-2.22(m，1H)。LCMS：(M-H+)：579.3。
WV-NU-172的亚酰胺可以使用根据本披露的各种技术来制备。例如，在一些实施例中，如下所述制备亚酰胺。
将250mL大小的三颈烧瓶中的核苷WV-NU-172(1.9g，3.27mmol，1.0当量)与无水甲苯(30mL)共沸，并在高真空下干燥48h。在氩气下向烧瓶中添加无水THF(10mL)，并将溶液冷却至-10℃。向反应混合物中添加三乙胺(4.0当量)，然后经10min添加D-PSM-Cl(0.9M)溶液(2.0当量)。将反应混合物升温至室温并通过HPLC监测反应进程。起始材料消失后，通过添加水淬灭反应并通过添加分子筛干燥。将反应混合物通过烧结玻璃管过滤。用无水THF(25mL)洗涤反应烧瓶和沉淀物。收集获得的滤液，减压去除溶剂。将残余物通过柱色谱法(SiO2，在己烷中的40％-100％乙酸乙酯)纯化以给出呈灰白色固体的D-PSM-WV-NU-172亚酰胺(1.6g，57％产率)。31P NMR(243MHz，CDCl3)δ＝154.34。1H NMR(600MHz，CDCl3)δ7.95-7.88(m，3H)，7.86(d，J＝1.4Hz，1H)，7.71(d，J＝1.4Hz，1H)，7.62(tt，J＝7.3，1.3Hz，1H)，7.54-7.48(m，2H)，7.43-7.38(m，2H)，7.34-7.27(m，4H)，7.26-7.20(m，1H)，6.85(ddq，J＝8.4，3.1，1.8Hz，4H)，6.31(dd，J＝6.6，1.4Hz，1H)，6.04(dd，J＝7.9，5.5Hz，1H)，5.07(dt，J＝7.4，5.5Hz，1H)，4.79(ddd，J＝8.2，5.3，2.5Hz，1H)，4.18(td，J＝4.2，2.2Hz，1H)，3.82-3.74(m，8H)，3.68(ddd，J＝9.7，5.5，2.7Hz，1H)，3.58-3.47(m，2H)，3.40(dd，J＝14.4，5.3Hz，1H)，3.30(qd，J＝10.4，4.2Hz，2H)，3.20(ddd，J＝10.3，4.0，1.6Hz，1H)，2.56(ddd，J＝13.5，5.6，2.3Hz，1H)，2.47(ddd，J＝13.6，8.0，5.8Hz，1H)，1.96-1.81(m，4H)，1.72-1.65(m，1H)，1.18-1.11(m，1H)。13C NMR(151MHz，CDCl3)δ161.36，158.64，154.95，152.50，144.40，139.41，136.49，135.47，135.45，135.06，134.06，130.09，130.01，129.35，128.10，128.03，127.99，127.97，126.99，119.43，113.68，113.28，113.26，86.71，85.97，85.95，74.47，74.41，74.03，73.94，67.99，66.33，66.31，63.12，58.01，57.99，55.25，46.79，46.56，41.15，41.12，27.37，26.01，25.99，25.63。LCMS：C45H46N5O9PS(M-H+)：865.04。
将核苷WV-NU-172(0.9g)转化为呈灰白色固体的L-PSM-WV-NU-172亚酰胺(510mg，45％产率)。31P NMR(243MHz，CDCl3)δ＝153.78。1H NMR(600MHz，CDCl3)δ7.94-7.87(m，3H)，7.86(d，J＝1.5Hz，1H)，7.70(d，J＝1.4Hz，1H)，7.62(tt，J＝7.3，1.4Hz，1H)，7.53-7.47(m，2H)，7.42-7.36(m，2H)，7.34-7.27(m，4H)，7.26-7.20(m，1H)，6.85(ddq，J＝8.4，3.1，1.8Hz，4H)，6.31(dd，J＝6.6，1.3Hz，1H)，6.03(dd，J＝7.9，5.4Hz，1H)，5.07(dt，J＝7.4，5.5Hz，1H)，4.79(ddd，J＝8.2，5.3，2.5Hz，1H)，4.19(td，J＝4.2，2.2Hz，1H)，3.82-3.72(m，8H)，3.68(ddd，J＝9.7，5.5，2.7Hz，1H)，3.58-3.47(m，2H)，3.40(dd，J＝14.4，5.3Hz，1H)，3.30(qd，J＝10.4，4.3Hz，2H)，3.20(ddd，J＝10.2，4.0，1.6Hz，1H)，2.56(ddd，J＝13.5，5.6，2.3Hz，1H)，2.46(ddd，J＝13.6，8.0，5.8Hz，1H)，1.95-1.80(m，4H)，1.72-1.64(m，1H)，1.17-1.10(m，1H)。13C NMR(151MHz，CDCl3)δ161.49，158.77，155.08，152.63，144.53，139.54，136.61，135.60，135.57，135.18，134.19，130.22，129.48，128.22，128.12，128.10，127.12，119.56，113.81，113.41，113.39，86.84，86.09，86.08，74.60，74.54，74.16，74.07，68.12，66.46，66.43，63.25，58.14，58.12，55.37，46.92，46.69，41.28，41.25，27.50，26.14，26.12，25.76。LCMS：C45H46N5O9PS(M-H+)：865.04。
N-(1-((S)-3-(双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)-2-(((1S，3S，3aS)-3-((苯基磺酰基)甲基)四氢-1H，3H-吡咯并[1，2-c][1，3，2]氧杂氮杂磷杂环戊烷-1-基)氧基)丙基)-2-氧代-1，2-二氢嘧啶-4-基)苯甲酰胺的合成
向干燥的N-[1-[(2S)-3-[双(4-甲氧基苯基)-苯基-甲氧基]-2-羟基-丙基]-2-氧代-嘧啶-4-基]苯甲酰胺(4.79g，8.1mmol)在THF(48mL)中的溶液中添加三乙胺(6.1mL，43.73mmol)。滴加(3S，3aS)-3-(苯磺酰基甲基)-1-氯-3a，4，5，6-四氢-3H-吡咯并[1，2-c][1，3，2]氧杂氮杂磷杂环戊烷(0.9M在THF中，16.2mL，14.58mmol)。将灰白色浆液在rt下搅拌7h。TLC和LCMS显示反应完成。用水(146μL)淬灭反应。添加无水MgSO4(1.94g)。通过硅藻土过滤混合物，浓缩滤液，得到呈灰白色泡沫状的粗产物。将粗产物通过正相柱色谱法使用在己烷中的20％-100％EtOAc(各流动相含有5％的三乙胺)作为梯度纯化，得到呈浅棕色泡沫状的标题化合物(5.63g，79.5％产率)。1H NMR(600MHz，CDCl3)δ8.62(bs，1H)，7.93-7.86(m，2H)，7.85-7.81(m，2H)，7.60(t，J＝7.5Hz，1H)，7.56(tt，J＝7.6，1.2Hz，，1H)，7.51(tt，J＝7.9，1.6Hz，2H)，7.47(dt，J＝7.1，1.5Hz，2H)，7.42(tt，J＝8.1，1.6Hz，3H)，7.35(dd，J＝8.9，2.1Hz，4H)，7.30(t，J＝7.7Hz，3H)，7.21(tt，J＝7.4，1.3Hz，1H)，6.85(dd，J＝8.9，1.5Hz，4H)，5.09(q，J＝6.3Hz，1H)，4.59-4.52(m，1H)，4.41(dd，J＝13.4，3.3Hz，1H)，3.79(s，6H)，3.71-3.62(m，1H)，3.57(dd，J＝13.4，9.1Hz，1H)，3.43(dd，J＝14.3，6.8Hz，1H)，3.39-3.33(m，1H)，3.30(dd，J＝14.6，6.1Hz，1H)，3.18(qd，J＝9.9，4.7Hz，2H)，3.01(qd，J＝10.0，4.4Hz，1H)，1.81-1.67(m，2H)，1.67-1.59(m，1H)，1.12-1.04(m，1H)；31P NMR(243MHz，CDCl3)δ154.61；MS(ESI)，873.94[M-H]-。
N-(1-((R)-3-(双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)-2-(((1S，3S，3aS)-3-((苯基磺酰基)甲基)四氢-1H，3H-吡咯并[1，2-c][1，3，2]氧杂氮杂磷杂环戊烷-1-基)氧基)丙基)-2-氧代-1，2-二氢嘧啶-4-基)苯甲酰胺的合成
向干燥的N-[1-[(2R)-3-[双(4-甲氧基苯基)-苯基-甲氧基]-2-羟基-丙基]-2-氧代-嘧啶-4-基]苯甲酰胺(4.81g，8.13mmol)在THF(48mL)中的溶液中添加三乙胺(6.12mL，43.91mmol)。滴加(3S，3aS)-3-(苯磺酰基甲基)-1-氯-3a，4，5，6-四氢-3H-吡咯并[1，2-c][1，3，2]氧杂氮杂磷杂环戊烷(0.9M在THF中，16.3mL，14.64mmol)。将灰白色浆液在室温下搅拌5h。TLC和LCMS显示反应完成。用水(146μL)淬灭反应。添加无水MgSO4(1.94g)。通过硅藻土过滤混合物，浓缩滤液，得到呈浅棕色泡沫状的粗产物。将粗产物通过正相柱色谱法使用在己烷中的20％-100％EtOAc(各流动相含有5％的三乙胺)作为梯度纯化。主峰的前半部分仍然不纯，通过正相柱色谱法(使用在己烷中的30％-100％DCM(各流动相含有2.5％三乙胺)作为梯度)再次纯化。将来自两个柱的纯的所期望的产物级分合并并浓缩，以得到呈褐色灰白色泡沫状的标题化合物(4.69g，65.9％产率)。1H NMR(600MHz，CDCl3)δ8.60(bs，1H)，7.96(dt，J＝7.2，1.3Hz，2H)，7.91-7.84(m，2H)，7.66-7.57(m，3H)，7.56-7.46(m，7H)，7.39-7.33(m，4H)，7.29(t，J＝7.7Hz，2H)，7.21(tt，J＝7.4，1.3Hz，1H)，6.87-6.81(m，4H)，5.08(q，J＝6.2Hz，1H)，4.59(tdd，J＝12.1，8.9，4.1Hz，1H)，4.32(dd，J＝13.4，3.2Hz，1H)，3.791(s，3H)，3.789(s，3H)，3.78-3.73(m，1H)，3.58(dd，J＝13.4，8.9Hz，1H)，3.48(dd，J＝14.3，6.4Hz，1H)，3.46-3.39(m，1H)，3.30(dd，J＝14.2，6.4Hz，1H)，3.23(dd，J＝10.0，3.7Hz，1H)，3.17(dd，J＝10.0，5.4Hz，1H)，3.07-2.98(m，1H)，1.85-1.70(m，2H)，1.69-1.63(m，1H)，1.08(dq，J＝11.7，9.5Hz，1H)；31P NMR(243MHz，CDCl3)δ154.17；MS(ESI)，873.94[M-H]-。
3-((2R，4S，5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-羟基四氢呋喃-2-基)-6-甲基嘧啶-2，4(1H，3H)-二酮(WV-NU-198)和3-((2S，4S，5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-羟基四氢呋喃-2-基)-6-甲基嘧啶-2，4(1H，3H)-二酮(WV-NU-198A)的合成
步骤1.在15℃下向(2S，4S，5R)-5-(羟基甲基)四氢呋喃-2，4-二醇(50g，372.77mmol，1当量)在吡啶(300mL)中的溶液中添加DMAP(4.55g，37.28mmol，0.1当量)并滴加Ac2O(190.28g，1.86mol，174.57mL，5当量)。将混合物在15℃下搅拌12h。在旋转蒸发器中去除吡啶并将残余物与甲苯(2＊50mL)共蒸发。将残余物用DCM(300mL)稀释，并用1M HCl(100mL)、然后用饱和NaHCO3(20mL)洗涤，经Na2SO4干燥，过滤并浓缩，以得到呈白色固体的粗产物二乙酸(2R，4S，5R)-5-(乙酰氧基甲基)四氢呋喃-2，4-二基酯(95g，365.05mmol，97.93％产率)。
步骤2.将保持在氢气下的二乙酸(2R，4S，5R)-5-(乙酰氧基甲基)四氢呋喃-2，4-二基酯(14.54g，115.28mmol，1.5当量)的溶液溶于DCE(300mL)，添加BSA(46.90g，230.56mmol，56.99mL，3当量)，将混合物在80℃下搅拌0.5h直至混合物澄清，并伴随剧烈搅拌，在0℃下滴加在DCE(150mL)中的6-甲基嘧啶-2，4(1H，3H)-二酮(20g，76.85mmol，1当量)，然后滴加SnCl4(22.02g，84.54mmol，9.88mL，1.1当量)至微黄色溶液。将混合物在15℃下搅拌12h。通过添加NaHCO3(20mL)淬灭反应混合物并用DCM(45mL，15mL＊3)萃取。将合并的有机层经Na2SO4干燥，过滤并减压浓缩以给出呈白色固体的乙酸((2R，3S，5R)-3-乙酰氧基-5-(4-甲基-2，6-二氧代-3，6-二氢嘧啶-1(2H)-基)四氢呋喃-2-基)甲基酯(20g，61.29mmol，79.75％产率)。LCMS(M-H)-：325.1。
步骤3.向乙酸((2R，3S，5R)-3-乙酰氧基-5-(4-甲基-2，6-二氧代-3，6-二氢嘧啶-1(2H)-基)四氢呋喃-2-基)甲基酯(16g，49.03mmol，1当量)在MeOH(160mL)中的溶液中添加NaOMe(6.62g，122.59mmol，2.5当量)。将混合物在15℃下搅拌3h。通过添加NH4Cl(400cmg)淬灭反应混合物，然后在减压下浓缩，以给出残余物。将残余物通过柱色谱法(SiO2，石油醚∶乙酸乙酯＝1∶0至0∶1)纯化以给出呈白色固体的3-((2R，4S，5R)-4-羟基-5-(羟基甲基)四氢呋喃-2-基)-6-甲基嘧啶-2，4(1H，3H)-二酮(8g，33.03mmol，88.89％产率)。LCMS：(M-H+)：241.0。
步骤4.向3-((2R，4S，5R)-4-羟基-5-(羟基甲基)四氢呋喃-2-基)-6-甲基嘧啶-2，4(1H，3H)-二酮(4g，16.51mmol，1当量)在吡啶(90mL)中的溶液中添加DMTCl(6.71g，19.82mmol，1.2当量)。将混合物在15℃下搅拌2h。将反应混合物用DCM(100mL＊3)萃取。将合并的有机层经Na2SO4干燥，过滤，并且减压浓缩以给出残余物。将粗产物通过柱色谱法(SiO2，石油醚∶乙酸乙酯＝1∶0至0∶1)纯化并通过以下再次纯化：HPLC(柱：PhenomenexTitank C18 Bulk 250＊70mm 10u；流动相：[水(10mM NH4HCO3)-ACN]；B％：46％-66％，20min@100mL/min)，以给出呈白色固体的3-((2R，4S，5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-羟基四氢呋喃-2-基)-6-甲基嘧啶-2，4(1H，3H)-二酮(WV-NU-198)(0.83g，9.23％产率)和呈白色固体的3-((2S，4S，5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-羟基四氢呋喃-2-基)-6-甲基嘧啶-2，4(1H，3H)-二酮(WV-NU-198A)(1.65g，18.35％产率)。WV-NU-198：1HNMR(400MHz，DMSO-d6)δ＝11.15-10.94(m，1H)，7.53-7.34(m，2H)，7.31-7.18(m，6H)，6.96-6.79(m，4H)，6.63-6.54(m，1H)，5.50-5.40(m，1H)，5.15-5.01(m，1H)，4.35-4.21(m，1H)，3.90-3.80(m，1H)，3.74(d，J＝1.8Hz，6H)，3.40-3.29(m，1H)，3.27-3.12(m，1H)，3.10-2.96(m，1H)，2.14-1.89(m，4H)；LCMS：(M-H+)：543.2。WV-NU-198A：1H NMR(400MHz，DMSO-d6)δ＝11.10-10.89(m，1H)，7.59-7.43(m，2H)，7.42-7.29(m，6H)，7.26-7.17(m，1H)，6.95-6.81(m，4H)，6.14-6.02(m，1H)，5.81-5.71(m，1H)，5.39-5.31(m，1H)，4.92-4.76(m，1H)，3.79-3.68(m，6H)，3.65(br s，1H)，3.56-3.49(m，1H)，3.45-3.40(m，1H)，3.37-3.29(m，1H)，2.76(br t，J＝11.9Hz，1H)，2.67-2.59(m，1H)，2.07(s，1H)，1.99-1.92(m，3H)，1.55-1.40(m，1H)；LCMS：(M-H+)：543.2。
9-((2R，4S，5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-羟基四氢呋喃-2-基)-7，9-二氢-1H-嘌呤-6，8-二酮(WV-NU-213)的合成
步骤1.对于两批：向(2R，3S，5R)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-2-(羟基甲基)四氢呋喃-3-醇(50g，199.01mmol，1当量)在二噁烷(400mL)和AcONa(0.5M，1.87L，4.71当量)缓冲液(pH 4.3)中的溶液中，伴随搅拌滴加Br2(38.16g，238.81mmol，12.31mL，1.2当量)的溶液。将混合物在15℃下搅拌12h。将两批合并用于后处理。向混合物中添加浓Na2S2O5直至红色消失。将混合物用0.5m NaOH中和至pH 7.0。将残余物蒸发，此时白色固体沉淀。滤出固体，用冷的1，4-二噁烷(50mL)洗涤，并在高真空下干燥，以得到呈黄色固体的(2R，3S，5R)-5-(6-氨基-8-溴-9H-嘌呤-9-基)-2-(羟基甲基)四氢呋喃-3-醇(110g，333.19mmol，83.71％产率)。1HNMR(400MHz，DMSO-d6)δ＝8.22-7.98(m，1H)，7.53(br s，2H)，6.29(dd，J＝6.5，7.9Hz，1H)，5.35(br d，J＝12.3Hz，2H)，4.58-4.38(m，1H)，3.95-3.82(m，1H)，3.65(dd，J＝4.5，11.9Hz，1H)，3.48(br dd，J＝4.5，11.7Hz，1H)，3.36(br s，1H)，3.24(ddd，J＝6.1，7.8，13.4Hz，1H)，2.19(ddd，J＝2.6，6.4，13.1Hz，1H)；LCMS：(M+H+)：330.14。
步骤2.对于两批：将(2R，3S，5R)-5-(6-氨基-8-溴-9H-嘌呤-9-基)-2-(羟基甲基)四氢呋喃-3-醇(55g，166.60mmol，1当量)、2-巯基乙醇(39.22g，501.90mmol，35.01mL，3.01当量)和TEA(168.58g，1.67mol，231.88mL，10当量)在水(1500mL)中的溶液在110℃下搅拌4h。减压去除溶剂，以给出残余物，将其通过MPLC(二氯甲烷∶甲醇＝5∶1，10∶1)纯化以给出呈白色固体的6-氨基-9-((2R，4S，5R)-4-羟基-5-(羟基甲基)四氢呋喃-2-基)-9H-嘌呤-8-醇(65g，243.23mmol，73.00％产率)。LCMS：(M+H+)：267.24。
步骤3.将NaNO2(15.49g，224.52mmol，2当量)在水(60mL)中的溶液添加至6-氨基-9-((2R，4S，5R)-4-羟基-5-(羟基甲基)四氢呋喃-2-基)-9H-嘌呤-8-醇(30g，112.26mmol，1当量)在HOAc(1500mL，95％纯度)中的搅拌溶液中。将反应混合物在15℃下搅拌12h。在减压下将溶剂去除。在15℃下，将粗产物用DCM(500ml)研磨5min以给出呈白色固体的9-((2R，4S，5R)-4-羟基-5-(羟基甲基)四氢呋喃-2-基)-7，9-二氢-1H-嘌呤-6，8-二酮(22g，82.02mmol，73.06％产率)。1HNMR(400MHz，DMSO-d6)δ＝7.98(s，1H)，6.12(t，J＝7.3Hz，1H)，4.36(td，J＝2.8，5.8Hz，1H)，3.79-3.74(m，1H)，3.58(dd，J＝5.0，11.6Hz，1H)，3.44(dd，J＝5.3，11.6Hz，1H)，2.96(ddd，J＝6.2，7.6，13.3Hz，1H)，2.01(ddd，J＝2.8，6.7，13.0Hz，1H)，1.90(s，1H)；LCMS：(M+H+)：268.23。
步骤4.向9-((2R，4S，5R)-4-羟基-5-(羟基甲基)四氢呋喃-2-基)-7，9-二氢-1H-嘌呤-6，8-二酮(22g，82.02mmol，1当量)在吡啶(400mL)中的溶液中添加DMTCl(22.23g，65.62mmol，0.8当量)。将混合物在15℃下搅拌12h。通过在15℃添加水(400mL)来淬灭反应混合物，然后用水(200mL)稀释并用乙酸乙酯(900mL，300mL＊3)萃取。将合并的有机层经Na2SO4干燥，过滤，并减压浓缩得到残余物。将残余物通过以下纯化：柱色谱法(SiO2，DCM∶MeOH＝1∶0至0∶1)。在15℃下，将粗产物用DCM(300ml)研磨5min以给出呈白色固体的WV-NU-213(13.67g，30％产率)。1H NMR(400MHz，DMSO-d6)δ＝11.37(s，1H)，7.78(s，1H)，7.35(d，J＝7.4Hz，2H)，7.26-7.14(m，7H)，6.80(dd，J＝8.9，14.5Hz，4H)，6.13(t，J＝6.8Hz，1H)，5.21(d，J＝4.8Hz，1H)，4.48-4.39(m，1H)，3.89(td，J＝4.4，6.4Hz，1H)，3.72(d，J＝3.6Hz，6H)，3.33(s，1H)，3.20-3.03(m，2H)，2.96(td，J＝6.5，12.9Hz，1H)，2.15-2.05(m，1H)；LCMS：(M+H-)：570.59，LCMS纯度：97.33％。
3-((2R，4S，5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-(((1S，3S，3aS)-3-((苯基磺酰基)甲基)四氢-1H，3H-吡咯并[1，2-c][1，3，2]氧杂氮杂磷杂环戊烷-1-基)氧基)四氢呋喃-2-基)-6-甲基嘧啶-2，4(1H，3H)-二酮的合成
向干燥的3-[(2R，4R，5R)-5-[[双(4-甲氧基苯基)-苯基-甲氧基]甲基]-4-羟基-四氢呋喃-2-基]-6-甲基-1H-嘧啶-2，4-二酮(0.83g，1.52mmol)在THF(6.5mL)中的溶液中添加三乙胺(0.47mL，3.35mmol)。快速滴加(3S，3aS)-3-(苯磺酰基甲基)-1-氯-3a，4，5，6-四氢-3H-吡咯并[1，2-c][1，3，2]氧杂氮杂磷杂环戊烷(0.43M在THF中，5.32mL，2.29mmol)。将所得浑浊反应溶液在rt下搅拌5h。TLC表明该反应完成。用水(14μL)淬灭反应。添加无水MgSO4(183mg)。通过硅藻土过滤混合物，浓缩滤液，得到呈灰白色泡沫状的粗产物。将粗产物通过正相柱色谱法使用在己烷中的20％-100％EtOAc(各流动相含有1％的三乙胺)作为梯度纯化，得到呈白色泡沫状的标题化合物(0.549g，43.5％产率)。1H NMR(600MHz，氯仿-d)δ9.50(s，1H)，7.89-7.84(m，2H)，7.60(t，J＝7.4Hz，1H)，7.50(t，J＝7.7Hz，2H)，7.46-7.42(m，2H)，7.32(ddd，J＝9.2，5.6，2.8Hz，4H)，7.22(t，J＝7.6Hz，2H)，7.14(t，J＝7.3Hz，1H)，6.79-6.73(m，4H)，6.71(dd，J＝8.9，4.3Hz，1H)，5.46(s，1H)，4.93(q，J＝6.1Hz，1H)，4.84(dq，J＝8.8，6.2Hz，1H)，3.92(td，J＝6.4，3.9Hz，1H)，3.74(s，3H)，3.73(s，3H)，3.63(dq，J＝11.8，5.9Hz，1H)，3.43-3.27(m，5H)，2.94(qd，J＝10.0，4.1Hz，1H)，2.80(ddd，J＝13.0，8.2，4.3Hz，1H)，2.26(ddd，J＝13.6，9.0，6.1Hz，1H)，1.99(s，3H)，1.83(dtt，J＝11.9，7.8，3.2Hz，1H)，1.77-1.68(m，1H)，1.66-1.58(m，1H)，1.11-1.04(m，1H)；31P NMR(243MHz，氯仿-d)δ149.82；MS(ESI)，826.14[M-H]-。
3-((2S，4S，5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-(((1S，3S，3aS)-3-((苯基磺酰基)甲基)四氢-1H，3H-吡咯并[1，2-c][1，3，2]氧杂氮杂磷杂环戊烷-1-基)氧基)四氢呋喃-2-基)-6-甲基嘧啶-2，4(1H，3H)-二酮的合成
向干燥的3-[(2S，4R，5R)-5-[[双(4-甲氧基苯基)-苯基-甲氧基]甲基]-4-羟基-四氢呋喃-2-基]-6-甲基-1H-嘧啶-2，4-二酮(1.65g，3.03mmol)在THF(12.5mL)中的溶液中添加三乙胺(0.93mL，6.67mmol)。快速滴加(3S，3aS)-3-(苯磺酰基甲基)-1-氯-3a，4，5，6-四氢-3H-吡咯并[1，2-c][1，3，2]氧杂氮杂磷杂环戊烷(0.43M在THF中，10.6mL，4.54mmol)。将所得的浑浊反应溶液在rt下搅拌5h。TLC显示反应完成。用水(27μL)淬灭反应。添加无水MgSO4(363mg)。通过硅藻土过滤混合物，浓缩滤液，得到呈灰白色泡沫状的粗产物。将粗产物通过正相柱色谱法使用在己烷中的20％-100％EtOAc(各流动相含有1％的三乙胺)作为梯度纯化，得到呈白色泡沫状的标题化合物(1.266g，50.5％产率)。1H NMR(600MHz，氯仿-d)δ9.07(s，1H)，7.93(dd，J＝7.8，1.6Hz，2H)，7.64-7.58(m，1H)，7.53(t，J＝7.7Hz，2H)，7.51-7.47(m，2H)，7.41-7.36(m，4H)，7.25(d，J＝7.6Hz，2H)，7.19(t，J＝7.3Hz，1H)，6.79(dd，J＝9.0，2.2Hz，4H)，6.16(d，J＝11.2Hz，1H)，5.45(s，1H)，5.04(q，J＝6.0Hz，1H)，4.17-4.11(m，1H)，3.783(s，3H)，3.777(s，3H)，3.73-3.62(m，3H)，3.58-3.53(m，1H)，3.52-3.47(m，1H)，3.42(dd，J＝14.6，5.4Hz，1H)，3.06-2.97(m，1H)，2.95-2.88(m，1H)，2.86(dd，J＝10.3，4.2Hz，1H)，2.03(s，3H)，1.85(dp，J＝12.2，4.5Hz，1H)，1.78-1.70(m，1H)，1.66(ddt，J＝7.8，5.5，2.5Hz，1H)，1.61(dt，J＝13.6，3.1Hz，1H)，1.21-1.11(m，1H)；31P NMR(243MHz，氯仿-d)δ148.85；MS(ESI)，826.14[M-H]-。
(Z)-N’-(9-((2R，3R，4R，5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-3-((叔丁基二甲基甲硅烷基)氧基)-4-(((1S，3S，3aS)-3-((苯基磺酰基)甲基)四氢-1H，3H-吡咯并[1，2-c][1，3，2]氧杂氮杂磷杂环戊烷-1-基)氧基)四氢呋喃-2-基)-8-氧代-8，9-二氢-7H-嘌呤-6-基)-N，N-二甲基甲脒的合成
向干燥的N’-[9-[(2R，3S，5R)-5-[[双(4-甲氧基苯基)-苯基-甲氧基]甲基]-3-[叔丁基(二甲基)甲硅烷基]氧基-4-羟基-四氢呋喃-2-基]-8-氧代-7H-嘌呤-6-基]-N，N-二甲基-甲脒(18.0g，23.84mmol)在THF(135mL)中的溶液中添加三乙胺(7.31mL，52.45mmol)。将反应烧瓶置于水浴中。快速滴加(3S，3aS)-3-(苯磺酰基甲基)-1-氯-3a，4，5，6-四氢-3H-吡咯并[1，2-c][1，3，2]氧杂氮杂磷杂环戊烷(0.43M在THF中，83.17mL，35.76mmol)。去除水浴。将浑浊反应溶液在rt下搅拌3h。TLC和LCMS显示反应未完成。添加另外的TEA(1.46mL，10.47mmol)。还快速滴加另外的(3S，3aS)-3-(苯磺酰基甲基)-1-氯-3a，4，5，6-四氢-3H-吡咯并[1，2-c][1，3，2]氧杂氮杂磷杂环戊烷(0.43M在THF中，16.6mL，7.14mmol)。再搅拌1h。TLC显示反应完成。用水(343μL)淬灭反应。添加无水MgSO4(4.577g)。通过硅藻土过滤混合物，浓缩滤液，得到呈白色泡沫状的粗产物。将粗产物通过正相柱色谱法使用在已烷中的20％-100％EtOAc(各流动相含有1％的三乙胺)作为梯度纯化，得到呈白色泡沫状的标题化合物(17.87g，72.2％产率)。1H NMR(600MHz，氯仿-d)δ8.72(s，1H)，8.28(s，1H)，8.16(s，1H)，7.87-7.83(m，2H)，7.56-7.52(m，1H)，7.49-7.42(m，4H)，7.38-7.31(m，4H)，7.20(dd，J＝8.4，6.8Hz，2H)，7.17-7.12(m，1H)，6.78-6.72(m，4H)，5.94(d，J＝5.5Hz，1H)，5.34(t，J＝5.4Hz，1H)，4.96(q，J＝6.2Hz，1H)，4.78(dt，J＝10.8，4.5Hz，1H)，4.01(q，J＝4.4Hz，1H)，3.75(s，6H)，3.67(dq，J＝11.5，6.0Hz，1H)，3.48-3.35(m，4H)，3.17(dd，J＝10.2，4.9Hz，1H)，3.13(s，3H)，3.10(s，3H)，3.03(qd，J＝9.5，4.0Hz，1H)，1.89-1.81(m，1H)，1.78-1.72(m，1H)，1.69-1.62(m，1H)，1.15-1.06(m，1H)，0.81(s，9H)，-0.02(s，3H)，-0.14(s，3H)；31P NMR(243MHz，氯仿-d)δ152.36；MS(ESI)，1036.85[M-H]-。
9-((2R，4S，5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-(((1S，3S，3aS)-3-((苯基磺酰基)甲基)四氢-1H，3H-吡咯并[1，2-c][1，3，2]氧杂氮杂磷杂环戊烷-1-基)氧基)四氢呋喃-2-基)-7，9-二氢-1H-嘌呤-6，8-二酮的合成
向干燥的9-[(2R，4R，5R)-5-[[双(4-甲氧基苯基)-苯基-甲氧基]甲基]-4-羟基-四氢呋喃-2-基]-1，7-二氢嘌呤-6，8-二酮(6.0g，10.52mmol)在THF(90mL)中的溶液中添加三乙胺(3.08mL，22.08mmol)。快速滴加(3S，3aS)-3-(苯磺酰基甲基)-1-氯-3a，4，5，6-四氢-3H-吡咯并[1，2-c][1，3，2]氧杂氮杂磷杂环戊烷(0.89M在THF中，18.9mL，16.82mmol)。在rt下搅拌2h。LCMS显示转化率约为67％。再搅拌6h。TLC显示起始材料很少。用水(113μL)淬灭反应。添加无水MgSO4(1.51g)。通过硅藻土过滤混合物，浓缩滤液，得到呈灰白色泡沫状的粗产物。将粗产物通过正相柱色谱法使用在EtOAc中的0％-100％ACN(各流动相含有5％的三乙胺)作为梯度纯化，得到呈灰白色泡沫状的标题化合物(5.32g，59.3％产率)。1HNMR(600MHz，DMSO-d6)δ11.42(s，2H)，7.88-7.81(m，3H)，7.60(t，J＝7.4Hz，1H)，7.52(t，J＝7.6Hz，2H)，7.33(d，J＝7.8Hz，2H)，7.25-7.14(m，7H)，6.79(dd，J＝18.2，8.5Hz，4H)，6.11(dd，J＝8.1，4.6Hz，1H)，5.10-5.00(m，2H)，3.86-3.79(m，2H)，3.73-3.69(m，6H)，3.69-3.65(m，1H)，3.58(dt，J＝9.6，5.3Hz，1H)，3.24(dd，J＝14.3，7.6Hz，1H)，3.11(dd，J＝10.4，3.8Hz，1H)，3.08-3.03(m，1H)，2.85(dt，J＝13.2，6.1Hz，1H)，2.81-2.73(m，1H)，2.60(qd，J＝9.8，3.9Hz，1H)，2.27(dt，J＝14.1，7.4Hz，1H)，1.63-1.50(m，2H)，1.11(q，J＝10.2，9.7Hz，1H)；31P NMR(243MHz，DMSO-d6)δ144.02；MS(ESI)，852.62[M-H]-。
乙酸(2R，3S，4R，5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-2-(2，4-二氧代-3，4-二氢嘧啶-1(2H)-基)-4-羟基四氢呋喃-3-基酯(WV-NU-211)的合成
步骤1.在0℃下，向化合物1(36g，147.42mmol，1当量)在吡啶(500mL)中的溶液中滴加在N2中的氯-[氯(二异丙基)甲硅烷基]氧基-二异丙基-硅烷(51.15g，162.16mmol，51.88mL，1.1当量)。并且2h后，将混合物在0-20℃下搅拌10h。LCMS显示化合物1被完全消耗并且检测到所期望的质量。将反应液真空浓缩以得到粗产物。将残余物通过以下纯化：柱色谱法(SiO2，石油醚∶乙酸乙酯＝0∶1)。获得呈白色固体的化合物2(68g，139.71mmol，97.14％产率)。1HNMR(400MHz，氯仿-d)δ＝10.08(s，1H)，7.85(d，J＝8.1Hz，1H)，6.10(d，J＝5.9Hz，1H)，5.70(dd，J＝1.1，8.0Hz，1H)，4.62-4.51(m，2H)，4.20-4.08(m，2H)，4.05-3.97(m，1H)，3.76(br d，J＝8.9Hz，IH)，1.14-1.01(m，28H)；LCMS(M+H+)：487.3；纯度：94.77％。
步骤2.向化合物2(68g，139.71mmol)在DCM(700mL)和Py(37mL)中的溶液中添加Ac2O(17.12g，167.66mmol)和DMAP(17.07g，139.71mmol，1当量)。将混合物在25℃下搅拌2h。TLC指示化合物2被完全消耗，并且形成一个新斑点。将反应混合物用水(400mL)稀释，然后分离并收集有机相。将合并的有机层经Na2SO4干燥，过滤，并减压浓缩得到残余物。获得呈无色油状物的化合物3(73g，粗品)。LCMS(M+H+)：551.3。
步骤3.向化合物3(73g，138.06mmol)在THF(700mL)中的溶液中添加TBAF(1M，207.10mL)和AcOH(8.29g，138.06mmol)。将混合物在20℃下搅拌2h。TLC指示化合物3被完全消耗，并且形成一个新斑点。将反应混合物过滤并减压浓缩得到残余物。将残余物通过以下纯化：柱色谱法(SiO2，乙酸乙酯∶MeOH＝20∶1至5∶1)。减压浓缩后，将600mL乙酸乙酯搅拌10min，并通过过滤获得白色固体。获得呈白色固体的化合物4(12g，40.00％产率)。1H NMR(400MHz，DMSO-d6)δ＝7.71(d，J＝8.1Hz，1H)，6.14(d，J＝5.3Hz，1H)，5.62(d，J＝8.0Hz，1H)，5.15(t，J＝4.8Hz，1H)，4.12(t，J＝5.0Hz，1H)，3.78(q，J＝4.8Hz，1H)，3.68-3.56(m，2H)，3.19-3.12(m，1H)，1.93(s，3H)，0.93(t，J＝7.3Hz，1H)；LCMS(M+H+)：309.1。
步骤4.向化合物3(12g，41.92mmol)在吡啶(120mL)中的溶液中添加DMTCl(14.20g，41.92mmol)。将混合物在25℃下搅拌16h。TLC指示化合物4被完全消耗，并且形成两个新斑点。将反应混合物过滤并减压浓缩得到残余物。将残余物通过以下纯化：柱色谱法(SiO2，石油醚∶乙酸乙酯＝10∶1至0∶1，5％TEA)。获得呈白色固体的化合物WV-NU-211(19.8g，33.64mmol，82.50％产率)。1HNMR(400MHz，DMSO-d6)δ＝11.37(s，1H)，7.47-7.20(m，11H)，6.91(dd，J＝1.8，8.8Hz，4H)，6.17(d，J＝4.9Hz，1H)，5.90(d，J＝5.0Hz，1H)，5.45(dd，J＝1.6，8.1Hz，1H)，5.10(t，J＝4.4Hz，1H)，4.13(q，J＝4.7Hz，1H)，3.74(s，6H)，3.31-3.19(m，2H)，1.83(s，3H)；LCMS(M-H+)：587.2；纯度：96.89％。
乙酸(2R，3S，4R，5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-2-(2，6-二氧代-3，6-二氢嘧啶-1(2H)-基)-4-羟基四氢呋喃-3-基酯(WV-NU-212)的合成
步骤1.对于两批：在0℃下，将HCl(3.20g，87.78mmol，3.14mL，1当量)鼓泡到1C(50g，87.78mmol，1当量)在DCM(300mL)中的溶液中持续0.3h。TLC(石油醚∶乙酸乙酯＝3∶1)指示化合物1C被完全消耗，并且形成一个新斑点。根据TLC，反应是干净的。浓缩反应混合物以给出粗产物。获得呈无色油状物的化合物3(77g，粗品)。
步骤2.对于两批：向1-乙酰基嘧啶-2，4(1H，3H)-二酮(18.93g，122.80mmol，1.4当量)在MeCN(300mL)中的溶液中。通过使用冰浴将反应混合物冷却至0℃，然后分批添加NaH(5.26g，131.57mmol，60％纯度，1.5当量)到反应混合物中并在0℃下搅拌30min。之后，将化合物3(38.5g，87.71mmol，1当量)添加至混合物中。将混合物在60℃下搅拌4h。TLC(石油醚∶乙酸乙酯＝1∶1)指示化合物3被完全消耗。将反应混合物在H2O(500mL)和EtOAc(3000mL)之间分配。分离有机相，用盐水(50mL)洗涤，经Na2SO4干燥，过滤并在减压下浓缩以给出残余物。将残余物通过柱色谱法(SiO2，石油醚/乙酸乙酯＝100/1至1/1)纯化以得到呈白色固体的化合物4(20，38.48mmol，21.94％产率，99％纯度)。1HNMR(氯仿-d，400MHz)：δ＝8.64(brd，J＝5.3Hz，1H)，7.20-7.41(m，17H)，6.79-6.97(m，2H)，5.62(dd，J＝7.7，1.4Hz，1H)，4.40-4.71(m，8H)，4.08-4.17(m，1H)，3.96(dd，J＝10.2，8.3Hz，1H)，3.72ppm(dd，J＝10.4，2.8Hz，1H)；LCMS：M+H+＝515。
步骤3.将化合物4(20g，38.87mmol，1当量)的溶液溶于MeOH(600mL)中。添加Pd(OH)2(3.20g，4.56mmol，20％纯度，1.17e-1当量)，随后添加HCl(1M，58.30mL，1.5当量)。将反应混合物在H2气氛(10psi)下在15℃剧烈搅拌4.5h。TLC(二氯甲烷∶甲醇＝5∶1)指示化合物4被完全消耗掉并形成一个新斑点。根据TLC，反应是干净的。真空浓缩以给出呈无色油状物的化合物5A(9.4g，粗品)，无需进一步纯化。
步骤4.向5A(9g，36.85mmol，1当量)在吡啶(30mL)中的溶液中添加氯-[氯(二异丙基)甲硅烷基]氧基-二异丙基-硅烷(13.95g，44.23mmol，14.15mL，1.2当量)。将混合物在15℃下搅拌12h。LC-MS显示化合物5A已完全消耗，并检测到一个具有所期望m/z的主峰。将反应混合物在H2O(20mL)和EtOAc(60mL)之间分配。分离有机相，用盐水(23mL)洗涤，经Na2SO4干燥，过滤并在减压下浓缩以给出残余物。将残余物通过柱色谱法(SiO2，石油醚/乙酸乙酯＝100/1至1/1)纯化。获得呈白色固体的化合物6A(10g，20.55mmol，55.75％产率)。1H NMR(氯仿-d，400MHz)：δ＝11.00(br d，J＝5.0Hz，1H)，7.38(dd，J＝7.5，5.9Hz，1H)，6.39(d，J＝8.6Hz，1H)，5.47-5.55(m，2H)，4.81(t，J＝6.9Hz，1H)，4.32-4.41(m，1H)，4.16(dd，J＝10.9，9.3Hz，1H)，3.76(dd，J＝11.0，3.5Hz，1H)，3.56-3.63(m，1H)，0.95-1.12ppm(m，28H)；LCMS(M+H+)：487。
步骤5.向化合物6A(11.00g，22.60mmol，1当量)在DCM(200mL)中的溶液中添加Ac2O(2.08g，20.34mmol，1.91mL，0.9当量)和DMAP(1.38g，11.30mmol，0.5当量)。将混合物在15℃下搅拌4h。TLC(石油醚∶乙酸乙酯＝1∶1)指示化合物6A被完全消耗，并且形成一个新斑点。根据TLC，反应是干净的。将反应混合物在DCM(200mL)和H2O(100mL)之间分配。分离有机相，用盐水(5mL)洗涤，经Na2SO4干燥，过滤并在减压下浓缩以给出残余物。将残余物通过柱色谱法(SiO2，石油醚/乙酸乙酯＝100/1至0/1)纯化。获得呈白色固体的化合物7A(9g，17.02mmol，75.31％产率)。1HNMR(氯仿-d，400MHz)：δ＝11.11(br d，J＝4.1Hz，1H)，7.41(dd，J＝7.3，5.3Hz，1H)，6.62(d，J＝8.3Hz，1H)，5.52(d，J＝7.5Hz，1H)，5.32(dd，J＝8.2，7.2Hz，1H)，5.15(t，J＝7.1Hz，1H)，4.12(dd，J＝11.0，8.8Hz，1H)，3.86(dd，J＝11.2，3.5Hz，1H)，3.68-3.80(m，1H)，1.85-1.91(m，3H)，0.89-1.12ppm(m，28H)。
步骤6.向化合物7A(9g，17.02mmol，1当量)在THF(100mL)中的溶液中添加TBAF(1M，34.04mL，2当量)。将混合物在15℃下搅拌4h。TLC(石油醚∶乙酸乙酯＝0∶1)指示化合物7A被完全消耗，并且形成一个新斑点。根据TLC，反应是干净的。将过滤物真空浓缩，以给出残余物。将残余物通过柱色谱法(SiO2，石油醚/乙酸乙酯＝100/1至1/1)纯化。获得呈白色固体的化合物8A(3g，10.48mmol，61.57％产率)。1H NMR(DMSO-d6，400MHz)：δ＝11.06(br d，J＝5.5Hz，1H)，7.28-7.62(m，1H)，6.62(d，J＝8.3Hz，1H)，5.53(dd，J＝7.5，1.3Hz，1H)，5.05-5.22(m，1H)，4.38-4.58(m，1H)，3.55-3.71(m，3H)，1.91ppm(s，3H)。
步骤7.向化合物8A(2.9g，10.13mmol，1当量)在吡啶(50mL)中的溶液中添加DMTCl(3.09g，9.12mmol，0.9当量)。将混合物在25℃下搅拌2h。TLC(石油醚∶乙酸乙酯＝1∶1)指示化合物8A被完全消耗，并且形成一个新斑点。根据TLC，反应是干净的。将反应混合物在EtOAc(200mL)和H2O(100mL)之间分配。分离有机相，用盐水(50mL)洗涤，经Na2SO4干燥，过滤并在减压下浓缩以给出残余物。将残余物通过柱色谱法(SiO2，石油醚/乙酸乙酯＝100/1至0/1)纯化。获得呈白色固体的乙酸(2R，3S，4R，5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-2-(2，6-二氧代-3，6-二氢嘧啶-1(2H)-基)-4-羟基四氢呋喃-3-基酯(WV-NU-212)(2g，3.40mmol，33.54％产率)。1H NMR(DMSO-d6，400MHz)：δ＝11.04(br s，1H)，7.46(br d，J＝7.7Hz，1H)，7.39(br d，J＝7.3Hz，2H)，7.17-7.30(m，7H)，6.85(t，J＝9.3Hz，4H)，6.70(d，J＝8.3Hz，1H)，5.39-5.57(m，2H)，5.18(t，J＝7.7Hz，1H)，4.36-4.47(m，1H)，3.84-3.95(m，1H)，1.89ppm(s，3H)；LCMS(M-H+)：587；LCMS纯度：96.899。
N，N’-(9-((2R，4S，5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-羟基四氢呋喃-2-基)-9H-嘌呤-2，6-二基)双(2-甲基丙酰胺)(WV-NU-226A)的合成
步骤1.向(2R，3S，5R)-5-(2，6-二氨基-9H-嘌呤-9-基)-2-(羟基甲基)四氢呋喃-3-醇(1A)(10.5g，39.44mmol)在Py(500mL)中的溶液中，然后添加TMSCl(39.90g，367.26mmol)并将溶液在25℃搅拌30min。然后滴加2-甲基丙酰氯(34.02g，319.29mmol)，并将反应混合物在25℃搅拌3h。LCMS显示化合物1A被完全消耗并且检测到所期望的质量。将反应混合物在冰浴中冷却，添加H2O(100mL)，并且随后，5min后，引入28％氨水(100mL)。在25℃下继续搅拌30min。蒸发反应混合物中的溶剂，将剩余的油状残余物与甲苯(3×100mL)一起蒸发，得到粗油状产物。将残余物通过以下纯化：柱色谱法(SiO2，石油醚∶乙酸乙酯至乙酸乙酯∶MeOH＝1∶1至5∶1)。获得呈白色固体的N，N’-(9-((2R，4S，5R)-4-羟基-5-(羟基甲基)四氢呋喃-2-基)-9H-嘌呤-2，6-二基)双(2-甲基丙酰胺)(2A)(8.2g，51.25％产率)。1HNMR(400MHz，DMSO-d6)δ＝10.50(s，1H)，10.34(s，1H)，8.51(s，1H)，6.35(t，J＝6.8Hz，1H)，5.32(d，J＝4.0Hz，1H)，4.90(t，J＝5.6Hz，1H)，4.43(br d，J＝2.3Hz，1H)，4.09(q，J＝5.3Hz，1H)，3.89-3.83(m，1H)，3.63-3.49(m，2H)，3.03(td，J＝6.8，13.6Hz，1H)，2.95-2.85(m，1H)，2.74(td，J＝6.6，13.3Hz，1H)，2.30(ddd，J＝3.3，6.1，13.2Hz，1H)，1.10(dd，J＝6.8，12.3Hz，12H)；LCMS(M+H+)：407.2。
步骤2.向N，N’-(9-((2R，4S，5R)-4-羟基-5-(羟基甲基)四氢呋喃-2-基)-9H-嘌呤-2，6-二基)双(2-甲基丙酰胺)(2A)(8g，19.68mmol)在Py(100mL)中的溶液中添加在N2中的DMT-Cl(7.34g，21.65mmol)。将混合物在25℃下搅拌4h。LCMS显示化合物2A被完全消耗并且检测到所期望的质量。将反应混合物过滤并减压浓缩得到残余物。将粗产物通过以下纯化：反相HPLC(柱：Phenomenex C18 250＊100mm 10u；流动相：[水(NH4HCO3)-ACN]；B％：45％-75％，20min)。获得呈白色固体的N，N’-(9-((2R，4S，5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-羟基四氢呋喃-2-基)-9H-嘌呤-2，6-二基)双(2-甲基丙酰胺)(WV-NU-226A)(3.4g，34.00％产率)。1HNMR(400MHz，DMSO-d6)δ＝10.50(s，1H)，10.27(s，1H)，8.39(s，1H)，7.33-7.27(m，2H)，7.23-7.12(m，7H)，6.82-6.72(m，4H)，6.39(t，J＝6.4Hz，1H)，5.33(d，J＝4.6Hz，1H)，4.53(五重峰，J＝5.0Hz，1H)，4.10(q，J＝5.3Hz，1H)，3.99-3.93(m，1H)，3.70(d，J＝3.0Hz，6H)，3.32-3.26(m，1H)，3.05(td，J＝6.8，13.6Hz，1H)，2.87(qd，J＝6.3，12.9Hz，2H)，2.41-2.32(m，1H)，1.12(d，J＝6.8Hz，6H)，1.05(t，J＝7.4Hz，6H)；LCMS(M-H+)：707.4，纯度：100.0％。
N-(5-((2R，4S，5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-羟基四氢呋喃-2-基)-3-硝基-6-(4-硝基苯氧基)吡啶-2-基)乙酰胺(WV-NU-225)的合成
步骤1.向化合物1(50g，288.09mmol.)在回流EtOH(800mL)和H2O(300mL)中的悬浮液中添加NaOH(10M，182.65mL)。将混合物在110℃搅拌5min。反应混合物变澄清且颜色从黄色变为橙色。将得到的橘色溶液在冰上冷却。用水性6M HCl酸化产生大量黄色沉淀。过滤，所得固体即为所期望的产物。获得呈黄色固体的化合物2(44g，粗品)。
步骤2.通过将化合物2(44g，283.67mmol.)与DMF在高真空下共蒸发使其无水，然后悬浮于DMF(450mL)，添加NIS(95.73g，425.50mmol)，并将所得红色、澄清溶液在15℃下在暗处搅拌20h。LCMS显示检测到所期望质量。将反应溶液缓慢添加至剧烈搅拌的水(4L)中，过滤所得悬浮液，得到所期望的固体。获得呈黄色固体的化合物3(59g，粗品)。LCMS(M-H+)：279.9。
步骤3.向化合物3(59g，209.96mmol)在THF(1500mL)中的溶液中添加2-(4-硝基苯基)乙醇(44.25g，264.71mmol)、PPh3(82.60g，314.94mmol，1.5当量)和DEAD(54.85g，314.94mmol.)。将混合物在20℃下搅拌12h。LCMS显示检测到所期望质量。将反应混合物减压浓缩以去除溶剂。将残余物通过快速色谱法(二氧化硅，石油醚∶DCM＝1/0至0/1)纯化以给出黄色固体，然后将其用石油醚/EtOAc(600mL/200mL)处理并将不溶固体过滤并干燥。获得呈黄色固体的化合物4(30g，33.22％产率)。LCMS(M-H+)：429.1。
步骤4.向化合物4(15g，34.87mmol)在AcOH(120mL)和Ac2O(120mL)中的溶液中添加H2SO4(1.71g，17.44mmol)。将混合物在65℃下搅拌1h。LCMS显示化合物4已完全消耗，并检测到一个具有所期望质量的主峰。将反应混合物冷却至室温并通过饱和NaHCO3中和，然后将混合物用乙酸乙酯(300mL＊3)萃取。将合并的有机层用盐水(200mL)洗涤，经Na2SO4干燥，过滤并减压浓缩，以给出残余物。将残余物通过柱色谱法(SiO2，石油醚/乙酸乙酯＝1/0至0/1)纯化。获得呈黄色固体的化合物5(15g，91.10％产率)。LCMS(M+H+)：473.1
步骤5.在氩气下，将化合物6(100g，412.83mmol)引入干燥烧瓶中。添加HMDS(1000mL)，并搅拌溶液直至溶解。添加(NH4)2SO4(87.28g，660.53mmol)后，将溶液在140℃下再次回流4h。TLC显示起始材料已消耗，TLC显示有几个斑点，过滤并减压浓缩，以给出残余物。将残余物通过柱色谱法(SiO2，石油醚/乙酸乙酯＝100/1至0/1)纯化以得到呈黄色油状物的化合物7(21g，43.81％产率)。1HNMR(氯仿-d，400MHz)：δ＝6.48-6.53(m，1H)，5.03(t，J＝2.6Hz，1H)，4.82(dt，J＝2.6，1.3Hz，1H)，4.32(td，J＝6.5，2.7Hz，1H)，3.66(dd，J＝10.7，6.2Hz，1H)，3.45ppm(dd，J＝10.7，6.8Hz，1H)。
步骤6.向化合物7(21g，180.86mmol)在DCM(1000mL)中的溶液中添加TBSCl(81.78g，542.57mmol)和咪唑(61.56g，904.28mmol.)。将混合物在15℃下搅拌13h。TLC指示化合物7被完全消耗，并且形成两个新斑点。根据TLC，反应是干净的。过滤并减压浓缩以给出残余物。将残余物通过柱色谱法(SiO2，石油醚/乙酸乙酯＝100/1至5/1)纯化以得到呈黄色油状物的化合物8(21g，33.69％产率)。1HNMR(氯仿-d，400MHz)：δ＝6.59-6.67(m，1H)，5.05(t，J＝2.6Hz，1H)，4.79-4.85(m，1H)，4.09-4.21(m，1H)，3.59-3.68(m，1H)，3.45(dd，J＝10.9，6.4Hz，1H)，0.83-0.88(m，18H)，0.83-0.89(m，1H)，0.02-0.09ppm(m，12H)。
步骤7.在N2气氛下，将BSA(33.39g，164.13mmol)滴加到化合物8(19.74g，57.28mmol.)在DMF(500mL)中的悬浮液中。搅拌1h后，反应变成澄清溶液。然后添加DIEA(21.21g，164.13mmol)和化合物5(25g，52.94mmol，1当量)。在单独的烧瓶中，将三苯胂(3.24g，10.59mmol)和二乙酰氧基钯(1.19g，5.29mmol)溶解在DMF(50mL)中，并将混合物在20℃搅拌30min。然后将该混合物缓慢添加至第一烧瓶中并将混合物在80℃下搅拌12h。LCMS显示检测到所期望质量。通过添加H2O(600mL)淬灭反应并将溶剂在减压下蒸发。将残余物再次溶于EtOAc(500mL)，并用H2O(2＊500mL)和盐水(500mL)洗涤。将有机层经Na2SO4干燥、过滤、并且在减压下进行浓缩。将残余物通过柱色谱法(SiO2，石油醚/乙酸乙酯＝1/0至0/1)纯化。获得呈棕色胶状物的化合物9(11g，30.16％产率)。1HNMR(400MHz，氯仿-d)δ＝10.61(s，1H)，8.67(s，1H)，8.20(d，J＝8.6Hz，2H)，7.49(d，J＝8.6Hz，2H)，5.82-5.71(m，1H)，4.75(t，J＝6.4Hz，2H)，4.67(s，1H)，4.62-4.56(m，1H)，3.91(dd，J＝1.8，11.3Hz，1H)，3.73(dd，J＝3.9，11.3Hz，1H)，3.33-3.22(m，2H)，2.46(s，3H)，0.94(s，9H)，0.82(s，9H)，0.17(d，J＝15.8Hz，6H)，0.02(d，J＝2.1Hz，6H)；LCMS(M-H+)：687.4。
步骤8.向化合物9(10.8g，15.68mmol)在THF(100mL)中的溶液中添加三乙胺三氟化氢(25.27g，156.77mmol)。在N2下，将混合物在60℃下搅拌2h。LCMS显示检测到所期望质量。将反应混合物减压浓缩以去除溶剂。将粗产物用水(100mL＊2)洗涤。获得呈棕色固体的化合物10(7.22g，粗品)。LCMS(M-H+)：459.3。
步骤9.向化合物10(7.22g，15.68mmol.)在ACN(100mL)中的溶液中添加NaBH(OAc)3(13.29g，62.73mmol)。将混合物在20℃下搅拌5h。LCMS显示检测到所期望质量。将反应混合物减压浓缩以去除溶剂。将残余物用水(100mL)稀释并用乙酸乙酯(300mL，100mL＊3)萃取。将合并的有机层用盐水(100mL)洗涤，经Na2SO4干燥，过滤并减压浓缩，以给出残余物。将残余物通过柱色谱法(SiO2，石油醚/乙酸乙酯＝1/0至0/1)纯化。获得呈黄色固体的化合物11(6g，82.74％产率)。1H NMR(400MHz，DMSO-d6)δ＝10.75(s，1H)，8.29(s，1H)，8.18(d，J＝8.6Hz，2H)，7.61(d，J＝8.6Hz，2H)，5.09(d，J＝4.0Hz，1H)，5.00(dd，J＝5.7，9.7Hz，1H)，4.81(t，J＝5.4Hz，1H)，4.70-4.54(m，2H)，4.12(br d，J＝1.9Hz，1H)，3.78(dt，J＝2.4，4.8Hz，1H)，3.48-3.43(m，2H)，3.23(br t，J＝6.4Hz，2H)，2.10(s，3H)，2.04(ddd，J＝1.9，5.8，12.6Hz，1H)，1.58(ddd，J＝5.8，9.8，12.7Hz，1H)；LCMS(M-H+)：461.3。
步骤10.向化合物11(6g，12.98mmol)在DCM(100mL)中的溶液中添加TEA(13.13g，129.76mmol)、DMAP(792.60mg，6.49mmol.)和DMTCl(5.28g，15.57mmol.)。将混合物在30℃下搅拌20h。LCMS显示检测到所期望质量。通过在20℃添加甲醇(20mL)淬灭反应混合物，然后在减压下浓缩，以给出残余物。将残余物通过柱色谱法(SiO2，石油醚/乙酸乙酯＝1/0至0/1)纯化。获得呈黄色固体的N-(5-((2R，4S，5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-羟基四氢呋喃-2-基)-3-硝基-6-(4-硝基苯氧基)吡啶-2-基)乙酰胺(WV-NU-225)(7.6g，75.35％产率)。1HNMR(400MHz，氯仿-d)δ＝10.59(s，1H)，8.61(s，1H)，8.19(d，J＝8.8Hz，2H)，7.48(d，J＝8.8Hz，2H)，7.42(d，J＝7.4Hz，2H)，7.35-7.28(m，5H)，7.22(d，J＝7.3Hz，1H)，6.84(d，J＝8.5Hz，4H)，5.13(dd，J＝5.6，9.9Hz，1H)，4.72(t，J＝6.6Hz，2H)，4.42-4.35(m，1H)，4.09-4.02(m，1H)，3.80(s，6H)，3.40-3.34(m，1H)，3.31-3.23(m，3H)，2.46(s，3H)，2.19(ddd，J＝1.7，5.7，13.0Hz，1H)，1.75(ddd，J＝6.1，10.0，13.0Hz，1H)；LCMS(M-H+)：763.3；纯度：98.38％。
3-((2R，4S，5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-羟基四氢呋喃-2-基)-5-溴嘧啶-2，4(1H，3H)-二酮(WV-NU-238)的合成
步骤1.对于四批：在氩气气氛下，向干净干燥的三颈3升圆底烧瓶中装入1-乙酰基嘧啶-2，4(1H，3H)-二酮(17g，110.30mmol，1当量)并溶解到干燥的ACN(1700mL)中。通过使用冰浴将反应混合物冷却至0℃。将NaH(6.62g，165.45mmol，60％纯度，1.5当量)分批添加至反应混合物中并在0℃下搅拌30min。之后，分批添加化合物2(66g，153.60mmol，1.39当量)并将反应混合物在0℃下搅拌30min并在65℃下搅拌3h。TLC(石油醚∶乙酸乙酯＝1∶1，Rf＝0.25)显示化合物2被消耗并形成新斑点。将反应混合物冷却至rt，过滤，合并四批滤液，减压浓缩，以给出粗产物。将残余物通过柱色谱法(SiO2，石油醚/乙酸乙酯＝1/0至1/2)纯化，然后在60℃下用乙酸乙酯(500mL)和MeCN(50mL)研磨15min，过滤并将滤饼再次研磨三次，将滤饼真空干燥以得到产物并将所有母液浓缩以得到粗品。获得呈白色固体的4-氯苯甲酸((2R，3S，5R)-3-((4-氯苯甲酰基)氧基)-5-(2，6-二氧代-3，6-二氢嘧啶-1(2H)-基)四氢呋喃-2-基)甲基酯(3B)(25g，49.48mmol，11.21％产率)并且有40g粗品可供使用。
步骤2.向4-氯苯甲酸((2R，3S，5R)-3-((4-氯苯甲酰基)氧基)-5-(2，6-二氧代-3，6-二氢嘧啶-1(2H)-基)四氢呋喃-2-基)甲基酯(3B)(20g，39.58mmol，1当量)在MeOH(200mL)中的溶液中添加NaOMe(5.35g，98.95mmol，2.5当量)。将混合物在15℃下搅拌2h。TLC(石油醚∶乙酸乙酯＝0∶1，Rf＝0.05)指示化合物3B被完全消耗，并且形成两个新斑点。通过添加NH4Cl(5.35g)淬灭反应混合物，然后在减压下浓缩，以给出残余物。将残余物通过柱色谱法(SiO2，石油醚/乙酸乙酯＝1/1至0/1，然后乙酸乙酯/甲醇＝1/0至5/1)纯化。获得呈白色固体的3-((2R，4S，5R)-4-羟基-5-(羟基甲基)四氢呋喃-2-基)嘧啶-2，4(1H，3H)-二酮(4)(8g，35.06mmol，88.57％产率)。
步骤3.向3-((2R，4S，5R)-4-羟基-5-(羟基甲基)四氢呋喃-2-基)嘧啶-2，4(1H，3H)-二酮(4)(6.4g，28.05mmol，1当量)在THF(100mL)中的溶液中添加NBS(5.99g，33.65mmol，1.2当量)。将混合物在20℃下搅拌6h。将反应混合物减压浓缩以去除溶剂。将残余物用水(200mL)稀释并用DCM(40mL，200mL＊2)萃取。将合并的有机层用盐水(300mL)洗涤，经Na2SO4干燥，过滤并减压浓缩，以给出残余物。将残余物通过以下纯化：柱色谱法(SiO2，乙酸乙酯∶甲醇＝1/1至5/1)。获得呈黄色固体的5-溴-3-((2R，4S，5R)-4-羟基-5-(羟基甲基)四氢呋喃-2-基)嘧啶-2，4(1H，3H)-二酮(5)(4.7g，15.30mmol，54.57％产率)。LCMS(M-H+)：305.0
步骤4.向5-溴-3-((2R，4S，5R)-4-羟基-5-(羟基甲基)四氢呋喃-2-基)嘧啶-2，4(1H，3H)-二酮(5)(4.7g，15.30mmol，1当量)在Py(40mL)中的溶液中添加DMTCl(5.96g，17.60mmol，1.15当量)。将混合物在25℃下搅拌2h。通过添加NaHCO3(20mL)来淬灭反应混合物，然后用水(50mL)稀释并用乙酸乙酯(150mL，50mL＊3)萃取。将合并的有机层用盐水(100mL，50mL＊2)洗涤，经Na2SO4干燥，过滤并减压浓缩，以给出残余物。将残余物通过柱色谱法(SiO2，石油醚/乙酸乙酯＝1/0至0/1，5％TEA)纯化。获得呈黄色固体的3-((2R，4S，5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-羟基四氢呋喃-2-基)-5-溴嘧啶-2，4(1H，3H)-二酮(WV-NU-238)(5.7g，9.06mmol，59.18％产率，96.84％纯度)。1H NMR(400MHz，DMSO-d6)δ＝11.51(br s，1H)，7.99(s，1H)，7.41-7.35(m，2H)，7.29-7.22(m，6H)，7.21-7.16(m，1H)，6.91-6.77(m，4H)，6.58(dd，J＝4.1，9.0Hz，1H)，5.09(d，J＝5.5Hz，1H)，4.31-4.21(m，1H)，3.86-3.78(m，1H)，3.73(d，J＝1.8Hz，6H)，3.22(dd，J＝8.0，9.6Hz，1H)，3.07(dd，J＝3.1，9.7Hz，1H)，2.59(ddd，J＝4.1，8.4，13.0Hz，1H)，2.08-2.00(m，1H)；LCMS(M-H+)：607.2；纯度：96.84％。
1-(9-((2R，4S，5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-羟基四氢呋喃-2-基)-8-氧代-8，9-二氢-7H-嘌呤-6-基)-3-苯基脲(WV-NU-234)的合成
步骤1.对于两批：向(2R，3S，5R)-5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-2-(羟基甲基)四氢呋喃-3-醇(50g，199.01mmol，1当量)在二噁烷(400mL)和AcONa(0.5M，1.87L，4.71当量)缓冲液(pH 4.3)中的溶液中，伴随搅拌滴加Br2(38.16g，238.81mmol，12.31mL，1.2当量)的溶液。将混合物在15℃下搅拌12h。将两批合并用于后处理。向混合物中添加浓Na2S2O5直至红色消失。将混合物用0.5m NaOH中和至pH 7.0。将残余物蒸发，此时白色固体沉淀。滤出固体，用冷的1，4-二噁烷(50mL)洗涤，并在高真空下干燥，以得到呈黄色固体的(2R，3S，5R)-5-(6-氨基-8-溴-9H-嘌呤-9-基)-2-(羟基甲基)四氢呋喃-3-醇(110g，333.19mmol，83.71％产率)。1HNMR(400MHz，DMSO-d6)δ＝8.22-7.98(m，1H)，7.53(br s，2H)，6.29(dd，J＝6.5，7.9Hz，1H)，5.35(br d，J＝12.3Hz，2H)，4.58-4.38(m，1H)，3.95-3.82(m，1H)，3.65(dd，J＝4.5，11.9Hz，1H)，3.48(br dd，J＝4.5，11.7Hz，1H)，3.36(br s，1H)，3.24(ddd，J＝6.1，7.8，13.4Hz，1H)，2.19(ddd，J＝2.6，6.4，13.1Hz，1H)；LCMS：(M+H+)：330.14。
步骤2.对于两批：将(2R，3S，5R)-5-(6-氨基-8-溴-9H-嘌呤-9-基)-2-(羟基甲基)四氢呋喃-3-醇(55g，166.60mmol，1当量)、2-巯基乙醇(39.22g，501.90mmol，35.01mL，3.01当量)和TEA(168.58g，1.67mol，231.88mL，10当量)在水(1500mL)中的溶液在110℃下搅拌4h。减压去除溶剂，以给出残余物，将其通过MPLC(二氯甲烷∶甲醇＝5∶1，10∶1)纯化以给出呈白色固体的6-氨基-9-((2R，4S，5R)-4-羟基-5-(羟基甲基)四氢呋喃-2-基)-9H-嘌呤-8-醇(65g，243.23mmol，73.00％产率)。LCMS：(M+H+)：267.24
步骤3.对于三批：向化合物3(15g，56.13mmol，1当量)在DCM(300mL)中的溶液中添加DMAP(3.43g，28.06mmol，0.5当量)、TBSCl(33.84g，224.52mmol，27.51mL，4当量)和咪唑(19.11g，280.65mmol，5当量)。将混合物在15℃下搅拌12h。TLC(石油醚∶乙酸乙酯＝0∶1)指示化合物3被完全消耗，并且形成一个新斑点。水(15ml)并用DCM(60mL，20mL＊3)萃取。将合并的有机层经Na2SO4干燥，过滤，并减压浓缩得到残余物。将残余物通过柱色谱法(SiO2，石油醚/乙酸乙酯＝1/0至0/1)纯化。获得呈白色固体的化合物4(30g，60.51mmol，53.91％产率)。LCMS(M+H+)：496.3。
步骤4.向化合物4(10.1g，20.37mmol，1当量)在MeCN(200mL)中的溶液中，将异氰酸苯(7.28g，61.12mmol，6.62mL，3当量)添加至该混合物中，将溶液在20℃下搅拌12h。浓缩反应混合物以得到粗品。将混合物通过以下纯化：MPLC(SiO2，石油醚∶乙酸乙酯＝30∶1，20∶1，10∶1)。化合物5(10g，粗品)呈黄色油状物。1H NMR(400MHz，DMSO-d6)δ＝10.51(s，1H)，10.20(br s，1H)，9.41(br s，1H)，8.53(s，1H)，8.31(s，1H)，7.45(d，J＝7.9Hz，2H)，7.33(d，J＝7.8Hz，2H)，7.26-7.12(m，4H)，6.96(t，J＝7.4Hz，1H)，6.85(t，J＝7.3Hz，1H)，6.06(t，J＝6.9Hz，1H)，4.64-4.59(m，1H)，3.72-3.62(m，2H)，3.72-3.62(m，1H)，3.49(dd，J＝4.3，10.1Hz，1H)，3.13-3.05(m，1H)，2.12-1.88(m，2H)，1.12(s，5H)，0.79(s，10H)，0.71(s，10H)；LCMS(M+H+)：615.4。
步骤5.向化合物5(10g，16.26mmol，1当量)在THF(100mL)中的溶液中添加TBAF(1M，32.53mL，2当量)并将混合物在20℃下搅拌0.5h。浓缩混合物以得到粗品。将混合物通过以下纯化：MPLC(SiO2，石油醚∶乙酸乙酯＝5∶1，1∶1，0∶1)以得到呈白色固体的化合物6(6g，粗品)。1HNMR(400MHz，DMSO-d6)δ＝11.85(br s，1H)，8.19(s，1H)，7.85(s，1H)，7.51(d，J＝7.6Hz，2H)，7.20(t，J＝7.9Hz，2H)，6.91(t，J＝7.4Hz，1H)，6.14(dd，J＝6.8，8.0Hz，1H)，4.38-4.30(m，2H)，3.72(br d，J＝2.4Hz，1H)，3.55(br d，J＝4.5Hz，2H)，3.38(br dd，J＝4.5，11.8Hz，1H)，2.98-2.88(m，2H)，1.92(dt，J＝2.5，6.5Hz，1H)；LCMS(M+H+)：387.2。
步骤6.对于两批：向化合物6(2.5g，6.47mmol，1当量)在吡啶(30mL)中的溶液中添加DMTCl(2.19g，6.47mmol，1当量)。将混合物在15℃下搅拌0.5h。TLC(二氯甲烷∶甲醇＝20∶1)指示化合物6被保留下来，并且形成了许多新的斑点。将2个反应合并用于后处理。通过在15℃添加水(50mL)来淬灭反应混合物，并用乙酸乙酯(150mL，50mL＊3)萃取。将合并的有机层经Na2SO4干燥，过滤，并减压浓缩得到残余物。将残余物通过以下纯化：柱色谱法(SiO2，DCM∶MeOH＝1∶0至0∶1)。获得呈黄色固体的WV-NU-234(4.4g，6.39mmol，49.38％产率)、以及WV-NU-234(2g，5.18mmol，80.00％产率)。将粗产物通过以下纯化：反相HPLC(柱：WelchXtimate 250＊70mm#10um 100A 5g；流动相：[水-ACN]；B％：45％-70％@20mL/min)，获得呈黄色固体的1-(9-((2R，4S，5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-羟基四氢呋喃-2-基)-8-氧代-8，9-二氢-7H-嘌呤-6-基)-3-苯基脲(WV-NU-234)(4g，5.81mmol，80.00％产率)。1H NMR(400MHz，DMSO-d6)δ＝10.65(br s，1H)，10.32(br s，1H)，9.52(brs，1H)，8.26(br s，1H)，7.56(br d，J＝6.9Hz，2H)，7.34(br s，4H)，7.21(br d，J＝6.3Hz，7H)，7.07(br s，1H)，6.83-6.72(m，4H)，6.22(br s，1H)，5.28(br s，1H)，4.50(br s，1H)，4.07-3.91(m，2H)，3.70(br d，J＝8.1Hz，6H)，3.24-2.95(m，2H)，2.14(br s，1H)；LCMS(M-H+)：688.73，纯度：98.33％。
3-((2R，4S，5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-羟基四氢呋喃-2-基)-4-硫代-3，4-二氢嘧啶-2(1H)-酮(WV-NU-237)的合成
步骤1.对于四批：在氩气气氛下，向干净干燥的三颈3升圆底烧瓶中装入化合物1(17g，110.30mmol，1当量)并溶解到干燥的ACN(1700mL)中。通过使用冰浴将反应混合物冷却至0℃。将NaH(6.62g，165.45mmol，60％纯度，1.5当量)分批添加至反应混合物中并在0℃下搅拌30min。之后，分批添加化合物2(66g，153.60mmol，1.39当量)并将反应混合物在0℃下搅拌30min并在65℃下搅拌3h。TLC(石油醚∶乙酸乙酯＝1∶1，Rf＝0.25)显示化合物2被消耗并形成新斑点。将反应混合物冷却至rt，过滤，合并四批滤液，减压浓缩，以给出粗产物。将残余物通过柱色谱法(SiO2，石油醚/乙酸乙酯＝1/0至1/2)纯化，然后在60℃下用乙酸乙酯(500mL)和MeCN(50mL)研磨15min，过滤并将滤饼再次研磨三次，将滤饼真空干燥以得到产物并将所有母液浓缩以得到粗品。获得呈白色固体的化合物3B(49g，96.97mmol，21.98％产率)并且有20g粗品可供使用。
步骤2.向化合物3B(13g，25.73mmol，1当量)在二甘醇二甲醚(250mL)中的溶液中添加P2S5(9.72g，43.74mmol，4.65mL，1.7当量)和NaHCO3(7.35g，87.47mmol，3.40mL，3.4当量)。将混合物在130℃下搅拌12h。LCMS(ET28998-986-P1A1)显示检测到所期望质量。将反应混合物用H2O(100mL)稀释并用EtOAc(150mL，50mL＊3)萃取。将合并的有机层用饱和盐水(100mL)洗涤，经Na2SO4干燥，过滤并减压浓缩，以给出残余物。合并粗品，然后在25℃下用DCM(100mL＊3)研磨30min。获得呈黄色固体的化合物4B(11g，15.61mmol，41.74％产率，74％纯度)。LCMS(M-H+)：519.0。
步骤3.向化合物4B(9.9g，18.99mmol，1当量)在甲醇(100mL)中的溶液中添加NaOMe(3.08g，56.97mmol，3当量)。将混合物在20℃下搅拌2h。LCMS(ET28998-996-P1A1)显示检测到所期望质量。通过添加NH4Cl(3g)淬灭反应混合物，然后在减压下浓缩，以给出残余物。将粗产物通过反相HPLC(800g Agela C18，H2O/MeOH，120ml/min，5％-35％30min；35％30min)纯化。获得呈黄色固体的化合物5(3g，粗品)。LCMS(M-H+)：243.3。
步骤4.批次1：向化合物5(1g，4.09mmol，1当量)在Py(10mL)中的溶液中添加DMTCl(1.66g，4.91mmol，1.2当量)。将混合物在20℃下搅拌2h。LCMS(ET28998-1007-P1A1)显示检测到所期望质量。通过添加甲醇(5mL)淬灭反应混合物，然后在减压下浓缩，以给出残余物。将残余物通过柱色谱法(SiO2，石油醚/乙酸乙酯＝1/0至0/1)纯化。TLC(石油醚∶乙酸乙酯＝1∶1，Rf＝0.4)。获得呈黄色固体的3-((2R，4S，5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-羟基四氢呋喃-2-基)-4-硫代-3，4-二氢嘧啶-2(1H)-酮(WV-NU-237)(1.12g，1.96mmol，47.85％产率，95.61％纯度)。1H NMR(400MHz，DMSO-d6)δ＝11.97-11.31(m，1H)，7.60(dd，J＝4.1，9.0Hz，1H)，7.42-7.36(m，2H)，7.35-7.16(m，8H)，6.88-6.79(m，4H)，6.44(d，J＝7.1Hz，1H)，5.09(d，J＝5.6Hz，1H)，4.25(br dd，J＝6.1，8.0Hz，1H)，3.92-3.82(m，1H)，3.72(d，J＝1.8Hz，6H)，3.30-3.24(m，1H)，3.06(dd，J＝3.2，9.7Hz，1H)，2.60(s，1H)，2.05(ddd，J＝6.1，9.0，13.4Hz，1H)；LCMS(M-H+)：545.2；纯度：95.61％。
苯甲酸(2R，3S，4R，5R)-2-(6-苯甲酰胺基-7-苯甲酰基-8-氧代-7，8-二氢-9H-嘌呤-9-基)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-羟基四氢呋喃-3-基酯(WV-NU-229A)的合成
步骤1.对于两批：向化合物1(30g，112.26mmol)在H2O(900mL)和NaOAC(18.51g，225.64mmol)、AcOH(0.5M)缓冲液(pH4.7)中的溶液中，伴随搅拌滴加Br2(21.53g，134.71mmol)在二噁烷(400mL)中的溶液。将混合物在25℃下搅拌12h。LCMS显示化合物1已消耗，发现了所期望的物质。合并2批反应进行后处理/纯化。向混合物中添加浓Na2S2O5直至红色消失。将混合物用0.5mNaOH中和至pH 7.0。将残余物蒸发，此时白色固体沉淀。滤出固体，用冷的1，4-二噁烷(50mL)洗涤，并在高真空下干燥。获得呈黄色固体的化合物2(74g，95.22％产率)。LCMS(M-H)-：346.1。
步骤2.对于三批：向化合物2(24g，69.34mmol)在水(400mL)中的溶液中添加2-巯基乙醇(27.09g，346.68mmol)和TEA(70.16g，693.37mmol)。将混合物在110℃下搅拌4h。TLC指示化合物2被完全消耗，并且形成一个新斑点。将3批反应合并用于后处理。将反应混合物减压浓缩以去除水。将残余物通过柱色谱法(SiO2，石油醚/乙酸乙酯＝1/0至0/1)纯化。获得呈黄色油状物的化合物3(34g，57.71％产率)。LCMS(M-H+)：284.1。
步骤3.对于三批：在0℃下向化合物3(11g，38.84mmol)在吡啶(200mL)中的溶液中滴加在N2中的氯-[氯(二异丙基)甲硅烷基]氧基-二异丙基-硅烷(13.48g，42.72mmol.)。并且2h后，将混合物在25℃下搅拌10h。TLC指示化合物3被完全消耗，并形成许多新斑点。将反应混合物用水(300ml)稀释并用乙酸乙酯(900mL，300mL＊3)萃取。将合并的有机层经Na2SO4干燥，过滤，并减压浓缩得到残余物。将残余物通过柱色谱法(SiO2，石油醚/乙酸乙酯＝1/0至0/1)纯化。获得呈黄色油状物的化合物4(35g，66.57mmol，57.14％产率)。1HNMR(400MHz，DMSO-d6)δ＝10.26(s，1H)，8.57(dd，J＝1.6，5.8Hz，1H)，7.94-7.84(m，1H)，7.49-7.31(m，1H)，6.49-6.35(m，2H)，6.06-5.90(m，1H)，4.85-4.78(m，1H)，4.73-4.63(m，1H)，4.25-4.12(m，1H)，3.86-3.74(m，1H)，3.67(dt，J＝2.8，7.7Hz，1H)，1.98(s，4H)，0.98-0.91(m，25H)；LCMS(M-H+)：897.3，纯度：99.46％。
步骤4.向化合物4(14g，26.63mmol)在吡啶(140mL)中的溶液中添加BzCl(14.97g，106.52mmol)。将混合物在25℃下搅拌12h。LCMS显示化合物4被完全消耗并且检测到所期望的质量。将反应混合物减压浓缩以去除吡啶。将残余物通过柱色谱法(SiO2，石油醚/乙酸乙酯＝1/0至0/1)纯化。获得呈黄色固体的化合物5A(10g，39.86％产率)。LCMS(M-Ｈ＋)：942.6。
步骤5.向化合物5A(5g，5.31mmol)在THF(50mL)中的溶液中添加三乙胺三氟化氢(2.57g，15.92mmol.)。将混合物在25℃下搅拌2h。LCMS显示化合物5A被完全消耗并且检测到所期望的质量。将反应混合物减压浓缩以去除THF。将残余物通过柱色谱法(SiO2，石油醚/乙酸乙酯＝1/0至0/1)纯化。获得呈黄色固体的化合物6A(2.2g，59.25％产率)。1H NMR(400MHz，DMSO-d6)δ＝8.58-8.55(m，1H)，7.85-7.69(m，8H)，7.65-7.50(m，8H)，7.46-7.32(m，7H)，6.56-6.53(m，1H)，5.81-5.76(m，1H)，5.67-5.61(m，1H)，4.78-4.66(m，2H)，3.93-3.82(m，1H)，3.78-3.70(m，1H)，3.68-3.58(m，1H)。LCMS：(M-H)-：700.3。
步骤6.向化合物6A(2.7g，3.86mmol)在DCM(30mL)中的溶液中添加DMTCl(1.44g)、TEA(780.98mg，7.72mmol)。将混合物在25℃下搅拌3h。TLC指示化合物6A被完全消耗，并形成许多新斑点。将反应混合物用水(200mL)稀释并用乙酸乙酯(900mL，300mL＊3)萃取。将合并的有机层经Na2SO4干燥，过滤，并减压浓缩得到残余物。将残余物通过柱色谱法(SiO2，石油醚/乙酸乙酯＝1/0至0/1)纯化。获得呈黄色油状物的WV-NU-229A(2.2g，粗品)。将残余物通过以下纯化：柱色谱法(SiO2，二氯甲烷：甲醇＝1∶0至0∶1)。获得呈黄色固体的WV-NU-229A(3.8g，4.23mmol，80.85％产率)。1HNMR(400MHz，DMSO-d6)δ＝8.39-8.36(m，1H)，7.76(br s，4H)，7.69-7.62(m，2H)，7.59-7.51(m，6H)，7.37(br d，J＝7.0Hz，6H)，7.26-7.20(m，4H)，7.18-7.12(m，2H)，7.10-7.05(m，1H)，6.86-6.78(m，4H)，6.61-6.59(m，1H)，5.82-5.78(m，1H)，5.70-5.65(m，1H)，4.68-4.61(m，1H)，4.14-4.08(m，1H)，3.73-3.68(m，6H)，3.54-3.43(m，1H)，3.23-3.15(m，1H)。LCMS(M-H+)：897.3，纯度：99.46％o
N-(9-((2R，4S，5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-羟基四氢呋喃-2-基)-8-硫代-8，9-二氢-7H-嘌呤-6-基)苯甲酰胺(WV-NU-249)的合成
步骤1.对于三批：向3L反应器中装入NaOAc(20.24g，246.77mmol)、水(1250mL)和二噁烷(500mL)，调节pH至4.7。并添加化合物1(31g，123.39mmol)。将Br2(23.67g，148.10mmol)在二噁烷(500mL)中稀释，随后添加至反应混合物中。并然后在N2气氛下将混合物在20℃下搅拌5h。LC-MS显示化合物1被完全消耗，并检测到一个具有所期望的质量的主峰。合并三个反应进行后处理。通过添加焦亚硫酸钠淬灭反应混合物直至红色消失，然后调节pH至7。减压浓缩直至固体沉淀。将反应混合物过滤。将滤饼通过减压干燥以给出黄色固体。获得呈黄色固体的化合物2(100g，81.83％产率)。LCMS(M+H)+：157.2，纯度：90.30％。
步骤2.对于两批：将化合物2(10g，30.29mmol.)、NaSH(5.09g，90.87mmol，3当量)在DMF(100mL)中的混合物脱气并用N2吹扫3次，然后将混合物在N2气氛下在20℃搅拌12h。TLC显示检测到产物。合并两个反应进行后处理。调节pH至6。将反应混合物在减压下浓缩，以给出粗产物。呈黄色油状物的粗产物3(17g，粗品)不经进一步纯化即用于下一步骤。
步骤3.将化合物3(17g，60.01mmol.)、TBSCl(27.13g，180.02mmol)、咪唑(20.43g，300.03mmol)在DCM(100mL)中的混合物脱气并用N2吹扫3次，然后将混合物在N2气氛下在20℃搅拌3h。LCMS显示检测到产物。通过添加3000mL的水淬灭反应。用5000mL的CH2Cl2萃取三次，将有机相经Na2SO4干燥并减压浓缩。将残余物通过以下纯化：柱色谱法(SiO2，石油醚∶乙酸乙酯＝10∶1至0∶1)。获得呈白色固体的化合物4(24.4g，79.45％产率)。1HNMR(400MHz，DMSO-d6)δ＝12.49(s，1H)，3.90(dd，J＝6.4，10.8Hz，1H)，3.81-3.74(m，1H)，3.81-3.74(m，1H)，3.61(dd，J＝5.3，10.8Hz，1H)，2.88(s，3H)，2.75-2.70(m，2H)，2.09(br s，1H)，0.89(s，10H)，0.81(s，9H)，0.13-0.07(m，1H)，0.10(d，J＝1.3Hz，5H)，0.04(d，J＝13.8Hz，6H)；LCMS(M+H)+：512.2，纯度：91.34％。
步骤4.向化合物4(7.3g，14.26mmol)在吡啶(80mL)中的溶液中添加DMAP(1.74g，14.26mmol.)、苯甲酸苯甲酰酯(4.84g，21.39mmol)。将反应混合物在70℃下搅拌12h。TLC显示检测到产物。将混合物用H2O(500mL)稀释，将水层用二氯甲烷(3x500mL)萃取，将合并的有机相经Na2SO4干燥，过滤并蒸发至干燥。将残余物通过以下纯化：柱色谱法(SiO2，石油醚：乙酸乙酯＝10∶1至5∶1)。获得呈白色固体的化合物5(7g，11.36mmol，87.50％产率)。
步骤5.向化合物5(7g，11.36mmol)在THF(80mL)中的溶液中添加HF：TEA(10.99g，68.19mmol)。将混合物在25℃下搅拌12h。TLC显示检测到产物。过滤，将残余物用甲醇洗涤并减压浓缩，以给出产物。无需纯化即可用于下一步骤。获得呈白色固体的化合物6(2.1g，粗品)。LCMS(M+H+)：386.2。
步骤6.向化合物6(2.1g，5.42mmol)在吡啶(20mL)中的溶液中添加DMAP(331.12mg，2.71mmol)和DMTrCl。将反应混合物在25℃下搅拌3h。LCMS显示检测到产物。过滤并减压浓缩以给出残余物。将残余物通过以下纯化：柱色谱法(SiO2，石油醚∶乙酸乙酯＝10∶1至0∶1)。获得3.8g产物。1HNMR(400MHz，DMSO-d6)δ＝12.78-12.61(m，1H)，11.41(s，1H)，8.31(s，1H)，8.09-8.02(m，2H)，7.69-7.63(m，1H)，7.60-7.49(m，2H)，7.36(d，J＝7.2Hz，2H)，7.25-7.18(m，6H)，7.18-7.13(m，1H)，6.89-6.75(m，4H)，6.92-6.74(m，1H)，5.36(d，J＝4.6Hz，1H)，4.69-4.50(m，1H)，4.06-3.99(m，1H)，4.00-3.99(m，1H)，4.06-3.99(m，1H)，3.71(d，J＝5.5Hz，6H)，3.32-3.25(m，1H)，3.24-3.11(m，2H)，2.24-2.15(m，1H)；LCMS(M+H+)：688.3，纯度：99.57％。
3-((2R，3R，4R，5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-3-((叔丁基二甲基甲硅烷基)氧基)-4-羟基四氢呋喃-2-基)嘧啶-2，4(1H，3H)-二酮(WV-NU-222)和3-((2R，3R，4S，5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-((叔丁基二甲基甲硅烷基)氧基)-3-羟基四氢呋喃-2-基)嘧啶-2，4(1H，3H)-二酮(WV-NU-222A)的合成
步骤1.在0℃下向化合物1(200g，396.44mmol)在DCM(2000mL)中的溶液中添加在N2中的溴化氢(388.81g，1.59mol，33％纯度)。将混合物在0℃下搅拌2h。TLC指示化合物1被完全消耗，并且形成两个新斑点。将反应混合物倒入500mL的冰水中，并将有机相分离，用水(5x 300mL)洗涤，经Na2SO4干燥，并减压蒸发。然后将粗产物去除剩余的乙酸并真空干燥。获得呈黄色油状物的化合物2(208g，粗品)。
步骤2.对于四批：在0℃下，向1-乙酰基嘧啶-2，4(1H，3H)-二酮(22.88g，148.47mmol)在ACN(2000mL)中的溶液中添加在N2中的NaH(7.92g，197.97mmol，60％纯度)持续30min。并然后在25℃下添加化合物2(52g，98.98mmol)持续30min，1h后升温至40℃。并然后将混合物在60℃下搅拌2h。TLC指示化合物2被完全消耗，并且形成四个新斑点。过滤去除固体，有机相减压浓缩，以得到粗糙产物。将残余物通过以下纯化：柱色谱法(SiO2，石油醚：乙酸乙酯＝1∶0至0∶1)。获得呈黄色固体的化合物3(76g，34.55％产率)。1HNMR(400MHz，DMSO-d6)δ＝11.40(br s，1H)，7.98(dd，J＝1.1，8.3Hz，2H)，7.91(dd，J＝1.2，8.3Hz，2H)，7.82(dd，J＝1.3，8.3Hz，2H)，7.68-7.57(m，3H)，7.54(br d，J＝7.6Hz，1H)，7.50-7.42(m，4H)，7.41-7.35(m，2H)，6.50(s，1H)，6.11-6.05(m，2H)，5.68(d，J＝7.6Hz，1H)，4.71-4.61(m，2H)，4.55-4.48(m，1H)。
步骤3.向化合物3(40g，71.88mmol)在MeOH(400mL)中的溶液中，然后添加NaOMe(11.65g，215.63mmol)。将混合物在25℃下搅拌3h。TLC指示化合物3被完全消耗，并且形成两个新斑点。向反应中添加NH4Cl(11g)并在室温下搅拌5min，然后真空浓缩。将粗品溶解在MeOH(200m1)中，然后在25℃下倒入EtOAc(1000ml＊3)中，搅拌20min。然后过滤，得白色固体，减压浓缩干燥。获得呈白色固体的化合物4(15g，85.46％产率)。1HNMR(400MHz，DMSO-d6)δ＝7.43(d，J＝7.4Hz，1H)，6.07(d，J＝3.6Hz，1H)，5.50(d，J＝7.4Hz，1H)，4.47(dd，J＝3.9，6.1Hz，1H)，4.09(t，J＝6.3Hz，1H)，3.68(dt，J＝3.3，6.2Hz，1H)，3.58(dd，J＝3.2，11.7Hz，1H)，3.40(br dd，J＝6.1，11.8Hz，1H)；LCMS(M+H+)：267.1，纯度：96.15％。
步骤4.向化合物4(14g，57.33mmol)在Py(1500mL)中的溶液中添加在N2中的DMT-Cl(19.43g，57.33mmol)。将混合物在25℃下搅拌10h。TLC指示化合物4被完全消耗，并且形成两个新斑点。通过添加MeOH(50mL)淬灭反应混合物，然后过滤并在减压下浓缩，以给出残余物。将残余物通过以下纯化：柱色谱法(SiO2，石油醚：乙酸乙酯＝1∶1至0∶1，至乙酸乙酯：MeOH＝1∶1，5％TEA)。获得呈红色固体的化合物5(23g，42.08mmol，76.67％产率)。1HNMR(400MHz，DMSO-d6)δ＝7.51-7.36(m，4H)，7.34-7.17(m，7H)，6.91-6.82(m，4H)，6.13(d，J＝2.1Hz，1H)，5.59(d，J＝7.6Hz，1H)，5.08(br d，J＝4.8Hz，1H)，4.86(br d，J＝7.4Hz，1H)，4.35(br t，J＝6.3Hz，1H)，4.16(q，J＝7.2Hz，1H)，3.87(dt，J＝3.9，6.9Hz，1H)，3.74(d，J＝1.5Hz，6H)，3.20-3.06(m，2H)；LCMS(M-H+)：545.4。
步骤5.向化合物5(22g，40.25mmol)和Py(63.68g，805.03mmol)在THF(220mL)中的溶液中添加AgNO3(25.58g，150.59mmol)和TBSCl(9.10g，60.38mmol)。将混合物在25℃下搅拌10h。TLC指示化合物5被完全消耗，并且形成两个新斑点。过滤反应物以去除不溶物并在H2O(500mL)之间分配并用EtOAc(300mL＊3)萃取。将合并的有机层用盐水(500ml)洗涤，经Na2SO4干燥，过滤并减压浓缩，以给出残余物。将粗产物通过以下纯化：反相HPLC(柱：WelchXtimate C18 250＊100mm#10um；流动相：[水(NH4HCO3)-ACN]；B％：60％-85％，20min)。获得呈白色固体的化合物WV--NU-222(6.94g，36.53％产率)和呈白色固体的化合物WV-NU-222A(7.77g，40.89％产率)。
WV-NU-222：1H NMR(400MHz，DMSO-d6)δ＝11.16(br s，1H)，7.48(br d，J＝7.5Hz，1H)，7.40(br d，J＝7.5Hz，2H)，7.32-7.17(m，7H)，6.92-6.80(m，4H)，6.11(d，J＝2.8Hz，1H)，5.60(d，J＝7.5Hz，1H)，4.61-4.51(m，2H)，4.19-4.10(m，1H)，3.87(dt，J＝3.4，6.6Hz，1H)，3.73(s，6H)，3.20-3.06(m，2H)，0.83(s，9H)，0.00(d，J＝8.8Hz，6H)；LCMS(M-H+)：659.3，纯度：94.77％。
WV-NU-222A：1H NMR(400MHz，DMSO-d6)δ＝11.12(br s，1H)，7.47(br d，J＝6.8Hz，1H)，7.39(br d，J＝7.5Hz，2H)，7.31-7.16(m，7H)，6.84(dd，J＝2.3，8.9Hz，4H)，6.10(d，J＝2.0Hz，1H)，5.58(d，J＝7.6Hz，1H)，4.84(d，J＝6.3Hz，1H)，4.41-4.31(m，2H)，3.88(dt，J＝2.5，6.7Hz，1H)，3.72(s，6H)，3.18(dd，J＝2.6，10.1Hz，1H)，2.99(dd，J＝6.9，10.0Hz，1H)，0.74(s，9H)，-0.02--0.15(m，6H)；LCMS(M-H+)：659.3，纯度：94.89％。
1-(9-((2R，4S，5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-羟基四氢呋喃-2-基)-8-氧代-8，9-二氢-7H-嘌呤-6-基)-3-(萘-2-基)脲(WV-NU-244)的合成
步骤1.在0℃下，向化合物1(25g，174.60mmol.)在DCM(250mL)和NaHCO3(250mL)中的混合物中添加三光气(19.17g，64.60mmol.)。将混合物在0℃下搅拌1.5h。TLC指示化合物1被完全消耗，并且形成一个新斑点。将有机层分离并且经硫酸钠干燥。过滤后，将有机物浓缩成油状物，将其静置固化，以得到化合物。获得呈棕色固体的化合物1A(28g，粗品)。
步骤2.向化合物2(25g，50.43mmol)在DMF(250mL)中的溶液中添加化合物1A(8.53g，50.43mmol)和TEA(5.10g，50.43mmol.)。将混合物在80℃下搅拌12h。LCMS显示剩余8％化合物2。LCMS上显示有几个新峰，并且检测到34％所期望的化合物3。将反应混合物减压浓缩以去除DMF。获得呈棕色油状物的化合物3(33.53g，粗品)。LCMS(M-H+)：663.4。
步骤3.向化合物3(33.53g，50.43mmol)在THF(350mL)中的溶液中添加TEA-3HF(81.29g，504.26mmol)。将混合物在40℃下搅拌2h。LCMS显示化合物3被完全消耗并且检测到35％所期望的化合物。将反应混合物减压浓缩以去除THF。过滤该化合物，得到残余物和滤液。将粗产物不经进一步纯化而用于下一步骤。获得呈黄色油状物的化合物4(22g，粗品)。LCMS(M-H+)：435.2。
步骤4.向化合物4(11g，25.21mmol，1当量)在吡啶(100mL)和DMSO(100mL)中的溶液中添加DMTCl(8.54g，25.21mmol，1当量)。将混合物在40℃下搅拌12h。LCMS(ET52262-46-P1A3)显示剩余7％化合物4。LCMS上显示有几个新峰，并且检测到23％所期望的化合物WV--NU-244。将反应混合物减压浓缩以去除吡啶。将粗产物通过反相HPLC(0.1％NH3.H2O)纯化。获得呈小的粉红色固体的化合物WV-NU-244(4.14g，21.57％产率)。1H NMR(400MHz，DMSO-d6)δ＝10.89(s，1H)，10.38(s，1H)，9.63(s，1H)，8.29(s，1H)，8.23(d，J＝1.3Hz，1H)，7.89(dd，J＝8.7，19.8Hz，3H)，7.62(dd，J＝2.0，8.8Hz，1H)，7.51-7.39(m，2H)，7.34(d，J＝7.3Hz，2H)，7.24-7.18(m，7H)，6.83-6.73(m，4H)，6.22(t，J＝6.7Hz，1H)，5.28(d，J＝4.6Hz，1H)，4.53-4.46(m，1H)，3.97-3.92(m，1H)，3.70(d，J＝9.3Hz，6H)，3.22-3.11(m，2H)，3.04(td，J＝6.4，12.9Hz，1H)，2.19-2.09(m，1H)；LCMS(M-H+)：737.4。
二苯基氨基甲酸9-((2R，4S，5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-羟基四氢呋喃-2-基)-9H-嘌呤-6-基酯(WV-NU-259)和9-((2R，4S，5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-羟基四氢呋喃-2-基)-6-氧代-N，N-二苯基-6，9-二氢-1H-嘌呤-1-甲酰胺(WV-NU-259A)的合成
向化合物1(40g，72.13mmol)在吡啶(600mL)中的溶液中添加TEA(72.98g，721.25mmol)和N，N-二苯氨基甲酰氯(23.39g，100.98mmol)。将混合物在25℃下搅拌4h。TLC指示化合物1被完全消耗，并且形成两个新斑点。根据TLC，反应是干净的。将反应混合物在H2O(2000mL)和EtOAc(1000mL)之间分配。分离有机相，用盐水(500mL)洗涤，经Na2SO4干燥，过滤并在减压下浓缩以给出残余物。将残余物通过柱色谱法(SiO2，石油醚/乙酸乙酯＝10/1至0/1)纯化。获得呈黄色固体的化合物WV-NU-259A(38.25g，70.09％产率)。获得呈黄色固体的化合物WV-NU-259(7.2g，2.24％产率)。
WV-NU-259A：1HNMR (DMSO-d6，400MHz)：δ＝8.74-8.83(m，1H)，8.19(d，J＝12.1Hz，1H)，7.13-7.54(m，19H)，6.77-6.87(m，4H)，6.25(t，J＝6.4Hz，1H)，5.38(d，J＝4.4Hz，1H)，4.38(br s，1H)，3.92(br d，J＝11.6Hz，1H)，3.73(s，6H)，3.01-3.20(m，2H)，2.59-2.71(m，1H)，2.33ppm(br s，1H)；LCMS(M-H+)：748。
WV-NU-259：1HNMR(DMSO-d6，400MHz)：δ＝8.74(s，1H)，8.65(s，1H)，7.39-7.56(m，8H)，7.24-7.38(m，4H)，7.09-7.23(m，7H)，6.77(dd，J＝15.6，8.8Hz，4H)，6.50(t，J＝6.2Hz，1H)，5.43(d，J＝4.4Hz，1H)，4.44-4.55(m，1H)，3.98-4.06(m，1H)，3.66(d，J＝10.1Hz，6H)，3.13-3.26(m，2H)，2.89-2.98(m，1H)，2.40ppm(dt，J＝12.7，6.4Hz，1H)；LCMS(M-H+)：748。
3-((2R，4S，5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-羟基四氢呋喃-2-基)-5-乙炔基嘧啶-2，4(1H，3H)-二酮(WV-NU-256A)的合成
步骤1.向化合物3B(26g，51.45mmol)在MeOH(400mL)中的溶液中添加NaOMe(7.51g，138.93mmol)。将混合物在25℃下搅拌1h。TLC指示化合物3B被完全消耗，并且形成一个新斑点。根据TLC，反应是干净的。将混合物过滤并减压浓缩，得到残余物。将残余物通过以下纯化：柱色谱法(SiO2，乙酸乙酯∶甲醇＝100/1至1/1)。获得呈白色固体的化合物4(11g，93.68％产率)。
步骤2.向化合物4(11g，48.20mmol)在THF(300mL)中的溶液中添加NIS(27.11g，120.51mmol)。将混合物在25℃下搅拌12h。TLC指示化合物4被完全消耗，并且形成一个新斑点。根据TLC，反应是干净的。将混合物真空浓缩。将残余物通过以下纯化：柱色谱法(SiO2，乙酸乙酯：甲醇＝100/1至0/1)。获得呈黄色固体的化合物5(13.5g，79.09％产率)。1H NMR(DMSO-d6，400MHz)：δ＝11.42(br d，J＝5.9Hz，1H)，7.93(d，J＝6.0Hz，1H)，6.52(dd，J＝8.1，6.1Hz，1H)，4.28(dt，J＝7.3，4.9Hz，1H)，3.63-3.69(m，1H)，3.54-3.62(m，1H)，3.38-3.48(m，1H)，2.61-2.71(m，1H)，1.92ppm(ddd，J＝13.0，8.2，4.9Hz，1H)。
步骤3.向化合物5(11g，31.06mmol)在DCM(300mL)中的溶液中添加TBSCl(9.36g，62.13mmol)和咪唑(3.17g，46.60mmol)。将混合物在15℃下搅拌12h。LCMS显示化合物5已完全消耗，和一个具有所期望m/z的主峰。将混合物减压浓缩以给出残余物。将残余物通过柱色谱法(SiO2，石油醚/乙酸乙酯＝100/1至1/1)纯化。获得呈白色固体的化合物6(17g，93.93％产率)。1HNMR(氯仿-d，400MHz)：δ＝7.49(s，1H)，6.62(dd，J＝8.6，5.1Hz，1H)，4.45(dt，J＝7.5，5.0Hz，1H)，3.69-3.86(m，3H)，2.70(ddd，J＝13.1，7.8，5.1Hz，1H)，1.96-2.06(m，1H)，0.82(d，J＝3.1Hz，18H)，0.00ppm(t，J＝2.1Hz，12H)；LCMS(M+Na+)＝605。
步骤4.向化合物6(10g，17.16mmol)在EtOAc(100mL)中的溶液中添加TEA(2.61g，25.75mmol)和CuI(16.34mg，85.82umol)、三乙基(乙炔基)硅烷(7.22g，51.49mmol，3当量)、Pd(PPh3)2Cl2(60.24mg，85.82umol)。将混合物在15℃下搅拌12h。TLC指示化合物6被完全消耗，并且形成两个新斑点。根据TLC，反应是干净的。将混合物减压浓缩以给出残余物。将残余物通过柱色谱法(SiO2，石油醚/乙酸乙酯＝100/1至0/1)纯化。获得呈白色固体的化合物7(6.5g，63.65％产率)。
步骤5.向化合物7(6.5g，10.92mmol)在THF(65mL)中的溶液中添加TBAF(2M，21.85mL)。将混合物在15℃下搅拌4h。TLC指示化合物7被完全消耗，并且形成一个新斑点。根据TLC，反应是干净的。将混合物减压浓缩以给出残余物。将残余物通过柱色谱法(SiO2，石油醚/乙酸乙酯＝100/1至1/1)纯化。获得呈白色固体的化合物8(2.5g，90.73％产率)。
步骤6.向化合物8(2.5g，9.91mmol)在Py(20mL)中的溶液中添加DMTCl(3.36g，9.91mmol)。将混合物在15℃下搅拌2h。LCMS显示化合物8已完全消耗，和一个具有所期望m/z的主峰。将反应混合物在H2O(50mL)和EtOAc(100mL)之间分配。分离有机相，用盐水(50mL)洗涤，经Na2SO4干燥，过滤并在减压下浓缩以给出残余物。将残余物通过柱色谱法(SiO2，石油醚/乙酸乙酯＝100/1至0/1)纯化。获得呈白色固体的化合物WV-NU-256A(3.3g，60.03％产率)。1H NMR(氯仿-d，400MHz)：δ＝9.24(br s，1H)，7.45(br d，J＝7.4Hz，1H)，7.26-7.39(m，8H)，7.18-7.23(m，3H)，6.79-6.89(m，4H)，6.69(dd，J＝9.1，4.1Hz，1H)，4.66-4.82(m，1H)，3.81(d，J＝10.9Hz，6H)，3.51(dd，J＝9.5，6.3Hz，1H)，3.38(dd，J＝9.6，5.6Hz，1H)，2.77-2.86(m，1H)，2.18-2.30ppm(m，1H)；LCMS(M-H+)：553纯度：98％。
3-((2R，4S，5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-羟基四氢呋喃-2-基)-5-甲基嘧啶-2，4(1H，3H)-二酮(WV-NU-236)的合成
步骤1.向化合物1A(41.4g，328.28mmol.)在吡啶(400mL)中的溶液中添加Ac2O(201.08g，1.97mol)。将混合物在120℃下搅拌3h。TLC指示化合物1A已完全消耗，并且形成了一个新斑点。根据TLC，反应是干净的。将混合物减压浓缩以给出残余物。在15℃下，将粗产物用石油醚∶乙酸乙酯＝10：1研磨5min。获得呈白色固体的化合物1B(46g，83.33％产率)。
步骤2.在N2气氛下，向干净干燥的三颈1L圆底烧瓶中装入化合物1B(11.74g，69.82mmol)并溶解到干燥的MeCN(300mL)中。通过使用冰浴将反应混合物冷却至0℃。然后将NaH(4.19g，104.73mmol，60％纯度)分批添加至反应混合物中并在0℃下搅拌30min。分批添加化合物2(30g，69.82mmol)后，将反应混合物搅拌30min，在0-45℃下搅拌1h并且在65℃下搅拌2h。TLC显示化合物2被消耗并且形成新斑点。然后，将反应混合物冷却至15℃并使用whatman滤纸通过烧结漏斗过滤。将滤液在减压下浓缩，以给出粗产物。将残余物通过柱色谱法(SiO2，石油醚/乙酸乙酯＝100/1至1/1)纯化。然后，通过在15℃下从EtOAc(100mL)中重结晶来纯化粗产物。获得呈白色固体的化合物3A(6g，16.55％产率)。
步骤3.向化合物3A(6.5g，12.52mmol)在MeOH(90mL)中的溶液中添加NaOMe(1.69g，31.29mmol)。将混合物在20℃下搅拌12h。LCMS显示化合物3A已完全消耗，并检测到一个具有所期望质量的主峰。将反应混合物用NH4Cl固体(1.7g)淬灭，过滤固体得到滤液。将残余物通过以下纯化：柱色谱法(SiO2，石油醚/乙酸乙酯＝1/0至0/1，二氯甲烷：甲醇＝1/0至0/1)。获得呈白色固体的化合物4(2.8g，92.41％产率)。1H NMR(400MHz，DMSO-d6)δ＝10.93-10.83(m，1H)，7.31(s，1H)，6.61-6.52(m，1H)，5.07(d，J＝4.6Hz，1H)，4.59-4.53(m，1H)，4.34-4.26(m，1H)，4.13-4.07(m，1H)，3.70-3.63(m，1H)，3.62-3.54(m，1H)，3.49-3.40(m，1H)，1.91(dd，J＝4.5，8.1，12.8Hz，1H)，1.75(d，J＝0.7Hz，3H)；LCMS(M-H+)：241.2。
步骤4.向化合物4(2.8g，11.56mmol)在吡啶(70mL)中的溶液中添加DMTCl(4.31g，12.72mmol)。将混合物在20℃下搅拌12h。LCMS显示化合物4已完全消耗，并检测到一个具有所期望质量的主峰。将反应混合物用H2O(100mL)稀释并用EtOAc(200mL，100mL＊2)萃取。将合并的有机层用饱和盐水(200mL，100mL＊2)洗涤，经饱和Mg2SO4干燥，过滤并减压浓缩以给出残余物。将残余物通过柱色谱法(SiO2，石油醚/乙酸乙酯＝1/0至0/1)纯化。获得呈黄色泡沫状的化合物WV-NU-236(5g，75.71％产率)。1HNMR(400MHz，DMSO-d6)δ＝10.84(d，J＝5.7Hz，1H)，7.40(d，J＝7.2Hz，2H)，7.32(dd，J＝1.0，5.7Hz，1H)，7.30-7.22(m，6H)，7.22，7.16(m，1H)，6.88-6.79(m，4H)，6.63(dd，J＝4.3，9.0Hz，1H)，5.08-5.04(m，1H)，4.33-4.25(m，1H)，3.87-3.80(m，1H)，3.73(d，J＝2.2Hz，6H)，3.25(t，J＝8.8Hz，1H)，3.10-3.05(m，1H)，2.61(ddd，J＝4.2，8.3，12.9Hz，1H)，2.07-2.00(m，1H)，1.74(s，3H)；LCMS(M-H+)：543.2，LCMS纯度：95.4％。
9。((2R，4S，5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-羟基四氢呋喃-2-基)-6-(乙基氨基)-7，9-二氢-8H-嘌呤-8-酮(WV-NU-245C)的合成
步骤1.向化合物4A(6.66g，151．28mmol)、四异丙氧基钛(4.30g，15.13mmol)在DCM(250mL)中的溶液中，搅拌2h后，反应变成澄清溶液。然后添加三乙酰氧基硼酸钠(32.06g，151.28mmol)。将混合物在25℃下搅拌10h。LCMS显示化合物4A已完全消耗，和一个具有所期望m/z的主峰。TLC指示化合物4A已完全消耗，并且形成了一个新斑点。根据TLC，反应是干净的。将反应混合物在H2O(100mL)和DCM(400mL)之间分配。分离有机相，用盐水(40mL)洗涤，经Na2SO4干燥，过滤并在减压下浓缩以给出残余物。将残余物通过柱色谱法(SiO2，石油醚/乙酸乙酯＝100/1至3/1)纯化。获得呈白色固体的化合物5B(10g，63.10％产率)。LCMS：(M+H+)：524。
步骤2.向化合物5B(9g，17.18mmol)在THF(100mL)中的溶液中添加氟化氢吡啶(6.81g，51.54mmol)。将混合物在37℃下搅拌12h。LCMS显示化合物5B已完全消耗，和一个具有所期望m/z的主峰。将混合物真空浓缩，以给出残余物。将残余物通过以下纯化：柱色谱法(SiO2，二氯甲烷∶甲醇＝100/1至5/1)。获得呈白色固体的化合物6B(5g，98.55％产率)。LCMS：(M+H+)＝296。
步骤3.向化合物6B(5g，16.93mmol)在Py(60mL)中的溶液中添加DMT-Cl(5.74g，16.93mmol)。将混合物在25℃下搅拌2h。TLC指示化合物6B被完全消耗，并且形成一个新斑点。根据TLC，反应是干净的。将反应混合物在H2O(100mL)和EtOAc(300mL)之间分配。分离有机相，用盐水洗涤，经Na2SO4干燥，过滤并在减压下浓缩以给出残余物。将残余物通过柱色谱法(SiO2，石油醚/乙酸乙酯＝100/1至0/1)纯化。获得呈黄色固体的化合物WV-NU-245C(4.2g，38.18％产率)。1H NMR(DMSO-d6，400MHz)：δ＝10.20(s，1H)，7.95(s，1H)，7.35(d，J＝7.3Hz，2H)，7.13-7.26(m，7H)，6.75-6.89(m，4H)，6.44(t，J＝5.4Hz，1H)，6.14(t，J＝6.8Hz，1H)，5.22(d，J＝4.8Hz，1H)，4.45-4.54(m，1H)，3.90(q，J＝5.3Hz，1H)，3.68-3.77(m，6H)，3.42-3.50(m，2H)，3.14(d，J＝5.5Hz，2H)，3.05(dt，J＝13.0，6.5Hz，1H)，2.07ppm(ddd，J＝12.8，7.7，4.8Hz，1H)；LCMS：(M-H+)＝596。
9-((2R，4S，5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-羟基四氢呋喃-2-基)-6-(异丙基氨基)-7，9-二氢-8H-嘌呤-8-酮(WV-NU-246A)的合成
步骤1.向化合物1(20g，40.34mmol)、四异丙氧基钛(40.13g，141.20mmol)在丙酮(400mL)中的溶液中。在60℃下搅拌4h后，反应变成澄清溶液。然后添加三乙酰氧基硼酸钠(32.06g，151.28mmol)。将混合物在25℃下搅拌10h。TLC指示化合物1被完全消耗，并且形成一个新斑点。根据TLC，反应是干净的。将反应混合物在H2O(500mL)和DCM(2000mL)之间分配。分离有机相，用盐水(200mL)洗涤，经Na2SO4干燥，过滤并在减压下浓缩以给出残余物。将残余物通过柱色谱法(SiO2，石油醚/乙酸乙酯＝100/1至3/1)纯化。获得呈白色固体的化合物2(9g，41.48％产率)。1H NMR(氯仿-d，400MHz)：δ＝10.11(br s，1H)，7.95-8.08(m，1H)，6.22(t，J＝7.2Hz，1H)，5.45(br s，1H)，4.60(dt，J＝5.5，2.8Hz，1H)，4.12-4.25(m，1H)，3.51-3.67(m，1H)，3.16-3.45(m，1H)，1.91-2.08(m，3H)，1.01-1.24(m，7H)，0.74-0.82(m，17H)，-0.15-0.01ppm(m，11H)。
步骤2.向化合物2(9g，16.73mmol)在THF(100mL)中的溶液中添加氟化氢吡啶(4.88g，41.83mmol，85％纯度)。将混合物在37℃下搅拌12h。LCMS显示化合物5已完全消耗，和一个具有所期望m/z的主峰。将混合物真空浓缩，以给出残余物。将残余物通过以下纯化：柱色谱法(SiO2，二氯甲烷∶甲醇＝100/1至5/1)。获得呈白色固体的化合物3(3.3g，63.76％产率)。LCMS：(M+H+)＝310。
步骤3.向化合物3(3.3g，10.67mmol)在Py(33mL)中的溶液中添加DMT-Cl(3.61g，10.67mmol)。将混合物在25℃下搅拌2h。LC-MS显示化合物6已完全消耗，和一个具有所期望m/z的主峰。TLC指示化合物3被完全消耗，并且形成一个新斑点。根据TLC，反应是干净的。将反应混合物在H2O(80mL)和EtOAc(200mL)之间分配。分离有机相，用盐水(80mL)洗涤，经Na2SO4干燥，过滤并在减压下浓缩以给出残余物。将残余物通过柱色谱法(SiO2，石油醚/乙酸乙酯＝100/1至0/1)纯化。获得呈紫色固体的化合物WV--NU-246A(5.2g，74.58％产率)。1HNMR(DMSO-d6，400MHz)：δ＝10.41(br s，1H)，7.94(s，1H)，7.25-7.39(m，2H)，7.09-7.33(m，8H)，6.74-6.86(m，4H)，6.56(br s，1H)，6.13(t，J＝6.7Hz，1H)，5.22(d，J＝4.5Hz，1H)，4.44-4.54(m，1H)，4.20(dq，J＝13.5，6.6Hz，1H)，3.85-3.93(m，1H)，3.72(d，J＝4.2Hz，6H)，3.12-3.18(m，2H)，2.07(ddd，J＝12.9，7.7，4.7Hz，1H)，1.19ppm(qd，J＝7.2，3.4Hz，6H)；LCMS(M-H+)＝610；纯度＝93％。
1-(9-((2R，4S，5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-羟基四氢呋喃-2-基)-8-氧代-8，9-二氢-7H-嘌呤-6-基)-3-甲基脲(WV-NU-247)的合成
步骤1.在0℃下向化合物1(30g，60.51mmol)和DIEA(19.55g，151.28mmol)在THF(1500mL)中的溶液中添加三光气(7.70g，25.96mmol.)并将混合物搅拌10min。然后添加MeNH2(2M，60.51mL.)，将混合物再搅拌20min，然后升温至15℃并在N2下搅拌12h。LCMS显示检测到所期望质量。用100mL水淬灭过量的三光气，然后浓缩混合物。将残余物在水(200mL)和乙酸乙酯(200mL＊3)之间分配，收集有机相，用饱和碳酸氢钠水溶液(100mL)和盐水(100mL)洗涤。然后经无水Na2SO4干燥，过滤，并浓缩。将残余物通过柱色谱法(SiO2，石油醚/乙酸乙酯＝1/0至0/1)纯化。然后在15℃下将粗产物用20mL甲醇研磨10min。获得呈黄色固体的化合物2(3.5g，10.61％产率)。LCMS(M-H+)：551.5。
步骤2.向化合物2(3.5g，6.33mmol)在THF(30mL)中的溶液中添加TBAF(1M，15.83mL)。将混合物在15℃下搅拌2h。LCMS显示检测到所期望质量。将反应混合物减压浓缩以去除溶剂。将粗产物通过反相HPLC(0.1％NH3.H2O)纯化。获得呈白色固体的化合物3(1.8g，87.67％产率)。LCMS(M-H+)：323.2。
步骤3.向化合物3(0.9g，2.78mmol)在Py(50mL)中的溶液中添加DMTCl(1.03g，3.05mmol)。将混合物在15℃下搅拌12h。LCMS显示检测到所期望质量。通过添加饱和NaHCO3(50mL)将反应混合物淬灭并稀释，然后用乙酸乙酯(200mL，100mL＊2)萃取。将合并的有机层用盐水(100mL)洗涤，经Na2SO4干燥，过滤并减压浓缩，以给出残余物。将残余物通过柱色谱法(SiO2，石油醚/乙酸乙酯＝1/0至0/1，然后乙酸乙酯/甲醇＝1/0至0/1，5％TEA)纯化。获得呈黄色固体的化合物WV-NU-247(1g，53.47％产率)。1H NMR(400MHz，DMSO-d6)δ＝10.28(s，1H)，9.32(s，1H)，8.33-8.24(m，1H)，8.15(s，1H)，7.34(br d，J＝7.7Hz，2H)，7.29-7.08(m，7H)，6.87-6.70(m，4H)，6.19(br t，J＝6.6Hz，1H)，5.26(d，J＝4.8Hz，1H)，4.54-4.42(m，1H)，3.93(br d，J＝5.0Hz，1H)，3.70(d，J＝7.0Hz，6H)，3.22-3.09(m，2H)，3.02(td，J＝6.4，13.0Hz，1H)，2.78(br d，J＝4.4Hz，3H)，2.19-2.06(m，1H)；LCMS(M-H+)：625.3；纯度：93.00％。
7-((2R，4S，5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-羟基四氢呋喃-2-基)-3，7-二氢-4H-吡咯并[2，3-d]嘧啶-4-酮(WV-NU-261)的合成
步骤1.在0℃下向4-甲氧基-7H-吡咯并[2，3-d]嘧啶(4.5g，30.17mmol)在ACN(200mL)中的溶液中添加NaH(1.81g，45.26mmol，60％纯度)并在0℃下搅拌30min，然后将化合物1(19.45g，45.26mmol)添加到上述反应混合物中并在65℃下搅拌4h。TLC显示检测到产物。过滤并减压浓缩以给出残余物。将残余物通过以下纯化：柱色谱法(SiO2，石油醚∶乙酸乙酯＝10∶1至3∶1)。获得呈白色固体的化合物2(11g，78.57％产率)。
步骤2.向化合物2(10g，18.44mmol)在MeOH(50mL)中的溶液中添加NaOH(2M，92.19mL)。将反应混合物在90℃下搅拌12h。LCMS显示检测到产物。过滤并减压浓缩以给出残余物。将残余物通过以下纯化：柱色谱法(SiO2，二氯甲烷∶甲醇＝60∶1至0∶1)。获得呈白色固体的化合物3(4.2g，90.67％产率)。1H NMR(400MHz，DMSO-d6)δ＝11.98(br s，1H)，7.91(s，1H)，7.36(d，J＝3.5Hz，1H)，6.52(d，J＝3.6Hz，1H)，6.50-6.45(m，1H)，5.59-4.74(m，2H)，4.45-4.23(m，1H)，3.91-3.77(m，1H)，3.59-3.46(m，2H)，2.48-2.39(m，1H)，2.24-2.15(m，1H)。LCMS(M+H+)：250.2。
步骤3.向化合物3(3.5g，13.93mmoｌ)在吡啶(200mL)中的溶液中添加DMTCl(5.19g，15.32mmoｌ)。TLC显示检测到产物。添加几滴甲醇(5mｌ)以水解任何未反应的DMTrC1，并将混合物搅拌10分钟并减压浓缩，以给出残余物。将残余物通过以下纯化：柱色谱法(SiO2，石油醚∶乙酸乙酯＝10∶1至0∶1)。获得呈黄色固体的WV-NU-261(3.2g，40.11％产率)。1H NMR(400MHz，DMSO-d6)δ＝11.99(br s，1H)，7.91(s，1H)，7.37(d，J＝7.4Hz，2H)，7.30-7.20(m，7H)，7.19-7.17(m，1H)，6.91-6.80(m，4H)，6.52-6.47(m，2H)，4.44-4.31(m，1H)，3.98-3.88(m，1H)，3.73(s，6H)，3.15(br d，J＝4.6Hz，2H)，2.58-2.44(m，2H)，2.27(ddd，J＝4.1，6.2，13.1Hz，1H)；LCMS(M-H+)：552.3，纯度：96.67％。
3-((2R，4S，5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-羟基四氢呋喃-2-基)-5-(丙-1-炔-1-基)嘧啶-2，4(1H，3H)-二酮(WV-NU-260)的合成
步骤1.向化合物1(2.9g，4.98mmol)在EtOAc(30mL)中的溶液中添加TEA(579.23mg，5.72mmol)、CuI(4.74mg，24.89umol)和Pd(PPh3)2Cl2(17.47mg，24.89umol)、丙-1-炔(2M，14.93mL)。将混合物在25℃下搅拌12h。LCMS显示反应物1已完全消耗，和一个具有所期望m/z的主峰。将混合物减压浓缩以给出残余物。将粗产物通过以下纯化：反相HPLC(柱：Welch Xtimate C18250＊70mm#10um；流动相：[水(NH4HCO3)-ACN]；B％：70％-95％，20min)。获得呈白色固体的化合物2(0.5g，20.30％产率)。LCMS(M+Na+)：517。
步骤2.向化合物2(1.5g，3.03mmol)在THF(15mL)中的溶液中添加TBAF(1M，9.10mL)。将混合物在15℃下搅拌2h。LCMS显示化合物2已完全消耗，和一个具有所期望m/z的主峰。将混合物减压浓缩以给出残余物。将残余物通过以下纯化：柱色谱法(SiO2，二氯甲烷∶甲醇＝100/1至5/1)。获得呈白色固体的化合物3(0.807g，粗品)。LC-MS(M+Na+)：289。
步骤3.向化合物3(0.7g，2.63mmol)在Py(10mL)中的溶液中添加DMT-Cl(890.81mg，2.63mmol)。将混合物在15℃下搅拌2h。LCMS显示化合物3已完全消耗，和一个具有所期望m/z的主峰。将反应混合物在EtOAc(100mL)和H2O(30mL)之间分配。分离有机相，用盐水(30mL)洗涤，经Na2SO4干燥，过滤并在减压下浓缩以给出残余物。将残余物通过柱色谱法(SiO2，石油醚/乙酸乙酯＝100/1至0/1)纯化。获得呈白色固体的化合物WV-NU-260(1g，62.88％产率)。1HNMR(DMSO-d6，400MHz)：δ＝11.43(br s，1H)，7.78(s，1H)，7.44(d，J＝7.4Hz，2H)，7.22-7.36(m，7H)，6.90(t，J＝8.9Hz，4H)，6.62(dd，J＝8.9，4.2Hz，1H)，5.13(d，J＝5.5Hz，1H)，4.26-4.36(m，1H)，3.84-3.90(m，1H)，3.79(d，J＝1.6Hz，6H)，3.38(s，2H)，3.22-3.32(m，1H)，3.13(dd，J＝9.8，3.2Hz，1H)，2.64(ddd，J＝12.9，8.3，4.3Hz，1H)，2.05ppm(s，4H)；LCMS(M-H+)：567，纯度：94％。
3-((2R，3R，4R，5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-羟基-3-甲氧基四氢呋喃-2-基)嘧啶-2，4(1H，3H)-二酮(WV-NU-254)的合成
步骤1.在0℃下向化合物1(200g，396.44mmol)在DCM(2000mL)中的溶液中添加在N2中的溴化氢(388.81g，260.95mL，33％纯度)。将混合物在0℃下搅拌2h。TLC指示化合物1被完全消耗，并且形成两个新斑点。将反应混合物倒入500mL的冰水中，并将有机相分离，用水(300mL＊5)洗涤，经Na2SO4干燥，并减压蒸发。然后去除剩余的乙酸并将粗产物真空干燥。获得呈黄色油状物的化合物2(208g，粗品)。
步骤2.对于四批：在0℃下，向化合物1E(22.88g，148.47mmol)在ACN(2000mL)中的溶液中添加在N2中的NaH(7.92g，60％纯度)持续30min。并然后在25℃下添加化合物2(52g，98.98mmol)持续30min，1h后升温至40℃。并然后将混合物在60℃下搅拌2h。TLC指示化合物2被完全消耗，并且形成四个新斑点。过滤去除固体，有机相减压浓缩，以得到粗糙产物。将残余物通过以下纯化：柱色谱法(SiO2，石油醚∶乙酸乙酯＝1∶0至0∶1)。获得呈黄色固体的化合物3(60g，27.27％产率)。1HNMR(400MHz，DMSO-d6)δ＝11.40(br s，1H)，7.98(br d，J＝7.6Hz，2H)，7.91(br d，J＝7.6Hz，2H)，7.83(br d，J＝7.6Hz，2H)，7.69-7.57(m，3H)，7.54(br d，J＝7.5Hz，1H)，7.50-7.42(m，4H)，7.42-7.34(m，2H)，6.51(s，1H)，6.12-6.05(m，2H)，5.68(d，J＝7.6Hz，1H)，4.72-4.62(m，2H)，4.57-4.48(m，1H)；LCMS(M+H+)：579.3，纯度：94.16％。
步骤3.向化合物3(20g，35.94mmol)在DMF(300mL)中的溶液中添加K2CO3(7.45g，53.91mmol)和PMB-Cl(6.19g，39.53mmol.)。将混合物在25℃下搅拌12h。TLC指示化合物3被完全消耗，并且形成一个新斑点。将反应混合物用水(200mL)稀释并用EtOAc(100mL＊3)萃取。将合并的有机层经Na2SO4干燥，过滤，并且减压浓缩以给出残余物。将残余物通过以下纯化：柱色谱法(SiO2，石油醚：乙酸乙酯＝15∶1至0∶1)。获得呈黄色油状物的化合物4(23g，94.58％产率)。LCMS(M+H+)：700.3，纯度：98.35％。
步骤4.向化合物4(23g，33.99mmol)在MeOH(300mL)中的溶液中，然后添加NaOMe(5.51g，101.97mmol)。将混合物在25℃下搅拌3h。TLC指示化合物4被完全消耗，并且形成两个新斑点。向反应中添加NH4Cl(5.6g)并在室温下搅拌10min，然后真空浓缩。将残余物通过以下纯化：柱色谱法(SiO2，石油醚：乙酸乙酯＝5∶1至0：1，至乙酸乙酯∶MeOH＝3∶1)。获得呈黄色油状物的化合物5(12g，96.90％产率)。1H NMR(400MHz，DMSO-d6)δ＝7.84(d，J＝7.9Hz，1H)，7.28(d，J＝8.6Hz，2H)，6.98-6.87(m，2H)，6.07(d，J＝3.4Hz，1H)，5.70(d，J＝7.9Hz，1H)，5.05(br s，1H)，4.87-4.77(m，2H)，4.58(br s，1H)，4.43(br dd，J＝3.5，5.8Hz，1H)，4.09(br t，J＝6.3Hz，1H)，3.73(s，3H)，3.70-3.52(m，2H)，3.45-3.29(m，2H)；LCMS(M+H+)：365.2，纯度：99.51％。
步骤5.在0℃下，向3-((2R，3R，4S，5R)-3，4-二羟基-5-(羟基甲基)四氢呋喃-2-基)-1-(4-甲氧基苄基)嘧啶-2，4(1H，3H)-二酮(5)(12g，32.94mmol)在吡啶(200mL)中的溶液中缓慢添加在N2中的氯-[氯(二异丙基)甲硅烷基]氧基-二异丙基-硅烷(13.51g，42.82mmol)持续1h。将混合物在0℃-25℃搅拌11h。LCMS显示化合物5被完全消耗并且检测到所期望的质量。将反应混合物过滤并减压浓缩得到残余物。将残余物通过以下纯化：柱色谱法(SiO2，石油醚∶乙酸乙酯＝20∶1至0∶1)。获得呈黄色油状物的3-((6aR，8R，9R，9aS)-9-羟基-2，2，4，4-四异丙基四氢-6H-呋喃并[3，2-f][1，3，5，2，4]三氧杂二硅环辛-8-基)-1-(4-甲氧基苄基)嘧啶-2，4(1H，3H)-二酮(6)(15g，75.05％产率)。LCMS(M+H+)：607.4，纯度：95.88％。
步骤6.对于五批：在0℃下，向3-((6aR，8R，9R，9aS)-9-羟基-2，2，4，4-四异丙基四氢-6H-呋喃并[3，2-f][1，3，5，2，4]三氧杂二硅环辛-8-基)-1-(4-甲氧基苄基)嘧啶-2，4(1H，3H)-二酮(6)(5g，8.24mmol)在DMF(200mL)中的溶液中添加在N2中的NaH(988.61mg，24.72mmol，60％纯度)和MeI(7.02g，49.44mmol)。将该混合物在0℃-15℃下搅拌10h。LCMS显示化合物6被完全消耗并且检测到所期望的质量。通过添加NH4Cl(1000mL)淬灭五批反应混合物，然后用H2O(500mL)稀释并用EtOAc(500mL＊4)萃取。将合并的有机层经Na2SO4干燥，过滤，并且减压浓缩以给出残余物。将残余物通过以下纯化：柱色谱法(SiO2，石油醚∶乙酸乙酯＝10∶1至0∶1)。获得呈黄色油状物的1-(4-甲氧基苄基)-3-((6aR，8R，9R，9aR)-2，2，4，4-四异丙基-9-甲氧基四氢-6H-呋喃并[3，2-f][1，3，5，2，4]三氧杂二硅环辛-8-基)嘧啶-2，4(1H，3H)-二酮(7)(21.5g，84.06％产率)。1H NMR(400MHz，氯仿-d)δ＝7.23(d，J＝8.6Hz，2H)，7.07(d，J＝8.0Hz，1H)，6.91-6.87(m，2H)，6.26(d，J＝1.6Hz，1H)，5.64(d，J＝8.0Hz，1H)，5.06(dd，J＝5.9，9.1Hz，1H)，4.90(d，J＝14.6Hz，1H)，4.69(d，J＝14.5Hz，1H)，4.22(dd，J＝1.5，5.9Hz，1H)，4.07(d，J＝2.8Hz，1H)，4.01-3.96(m，1H)，3.86-3.80(m，4H)，3.51(s，3H)，1.17-1.01(m，28H)；LCMS(M+H+)：621.4，纯度：99.09％。
步骤7.向1-(4-甲氧基苄基)-3-((6aR，8R，9R，9aR)-2，2，4，4-四异丙基-9-甲氧基四氢-6H-呋喃并[3，2-f][1，3，5，2，4]三氧杂二硅环辛-8-基)嘧啶-2，4(1H，3H)-二酮(7)(19g，30.60mmol)在THF(200mL)中的溶液中添加TBAF(1M，61.20mL)。将混合物在0℃下搅拌4h。TLC指示化合物7被完全消耗，并且形成一个新斑点。将反应混合物过滤并减压浓缩得到残余物。将残余物通过以下纯化：柱色谱法(SiO2，石油醚∶乙酸乙酯＝1∶1至0∶1，至乙酸乙酯：MeOH＝1∶1)。获得呈白色固体的3-((2R，3R，4R，5R)-4-羟基-5-(羟基甲基)-3-甲氧基四氢呋喃-2-基)-1-(4-甲氧基苄基)嘧啶-2，4(1H，3H)-二酮(8)(10.9g，94.14％产率)。1HNMR(400MHz，DMSO-d6)δ＝7.84(d，J＝7.9Hz，1H)，7.29(d，J＝8.6Hz，2H)，6.93(d，J＝8.6Hz，2H)，6.12(d，J＝3.3Hz，1H)，5.71(d，J＝7.9Hz，1H)，4.88(d，J＝7.1Hz，1H)，4.83(d，J＝7.1Hz，2H)，4.58(t，J＝5.8Hz，1H)，4.27-4.14(m，2H)，3.74(s，3H)，3.66(dt，J＝3.3，6.6Hz，1H)，3.60(ddd，J＝3.4，5.3，11.7Hz，1H)，3.39(td，J＝6.3，12.0Hz，1H)，3.30(s，3H)；LCMS(M+H+)：401.2，纯度：96.37％。
步骤8.向3-((2R，3R，4R，5R)-4-羟基-5-(羟基甲基)-3-甲氧基四氢呋喃-2-基)-1-(4-甲氧基苄基)嘧啶-2，4(1H，3H)-二酮(8)(10.9g，28.81mmol)在ACN(400mL)和H2O(100mL)中的溶液中添加CAN(39.48g，72.02mmol)。将混合物在60℃下搅拌3h。TLC指示化合物8被完全消耗，并且形成两个新斑点。将反应混合物过滤并减压浓缩得到残余物。将粗产物通过以下纯化：制备型HPLC(柱：Welch Xtimate C18250＊70mm#10um；流动相：[水(NH4HCO3)-ACN]；B％：0％-10％，20min)。获得呈白色固体的3-((2R，3R，4R，5R)-4-羟基-5-(羟基甲基)-3-甲氧基四氢呋喃-2-基)嘧啶-2，4(1H，3H)-二酮(9)(3.6g，48.65％产率)。1HNMR(400MHz，DMSO-d6)δ＝11.17(br s，1H)，7.46(d，J＝7.6Hz，1H)，6.10(d，J＝3.1Hz，1H)，5.58(d，J＝7.6Hz，1H)，4.86(d，J＝6.9Hz，1H)，4.58(t，J＝5.8Hz，1H)，4.24-4.16(m，2H)，3.66(dt，J＝3.3，6.3Hz，1H)，3.60(ddd，J＝3.4，5.3，11.8Hz，1H)，3.44-3.36(m，1H)，3.31(s，3H)，3.17(d，J＝5.1Hz，1H)；LCMS(M+H+)：281.1，纯度：100.0％。
向3-((2R，3R，4R，5R)-4-羟基-5-(羟基甲基)-3-甲氧基四氢呋喃-2-基)嘧啶-2，4(1H，3H)-二酮(9)(3.5g，13.55mmol)在吡啶(50mL)中的溶液中添加DMT-Cl(4.59g，13.55mmol)。将混合物在15℃下搅拌6h。TLC指示化合物9被完全消耗，并且形成两个新斑点。将反应混合物过滤并减压浓缩得到残余物。将残余物通过以下纯化：柱色谱法(SiO2，石油醚∶乙酸乙酯＝10∶1至0∶1，至乙酸乙酯：MeOH＝5∶1，5％TEA)。获得呈白色固体的3-((2R，3R，4R，5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-羟基-3-甲氧基四氢呋喃-2-基)嘧啶-2，4(1H，3H)-二酮(WV-NU-254)(6.3g，82.89％产率)。1HNMR(400MHz，氯仿-d)δ＝9.36(br s，1H)，7.47(d，J＝7.8Hz，2H)，7.35(d，J＝8.6Hz，4H)，7.26-7.22(m，2H)，7.20-7.15(m，1H)，6.85-6.74(m，5H)，6.36(d，J＝1.8Hz，1H)，5.62(d，J＝7.8Hz，1H)，4.54-4.45(m，1H)，4.21(dd，J＝1.9，6.6Hz，1H)，3.93(dt，J＝3.1，7.1Hz，1H)，3.77(s，6H)，3.47(s，3H)，3.43(dd，J＝3.0，10.1Hz，1H)，3.31(dd，J＝6.6，10.1Hz，1H)，2.70(d，J＝9.1Hz，1H)；LCMS(M-H+)：559.3，纯度：99.10％。
3-((2R，4S，5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-羟基四氢呋喃-2-基)-5-乙基嘧啶-2，4(1H，3H)-二酮(WV-NU-256)的合成
步骤1.向5-乙基嘧啶-2，4(1H，3H)-二酮(1A)(50g，356.79mmol)在吡啶(500mL)中的溶液中添加Ac2O(218.54g，2.14mol)。将混合物在120℃下搅拌3h。TLC指示化合物1A已完全消耗，并且形成了一个新斑点。将反应混合物在减压下浓缩，以给出粗产物。将粗品用乙酸乙酯(500mL＊3)洗涤，过滤，并将滤饼减压干燥，以得到产物。获得呈白色固体的1-乙酰基-5-乙基嘧啶-2，4(1H，3H)-二酮(1B)(50g，76.92％产率)。1HNMR(400MHz，DMSO-d6)δ＝11.55(br s，1H)，7.93(s，1H)，2.60(s，3H)，2.28(q，J＝7.4Hz，2H)，1.04(t，J＝7.4Hz，3H)。
步骤2.对于四批：在氩气气氛下，向干净干燥的三颈2L圆底烧瓶中装入1-乙酰基-5-乙基嘧啶-2，4(1H，3H)-二酮(1B)(10g，54.89mmol)并溶解到干燥的ACN(1000mL)中。通过使用冰浴将反应混合物冷却至0℃。然后将NaH(3.29g，82.34mmol，60％纯度)分批添加到反应混合物中并在0℃下搅拌30min。之后，分批添加化合物2(32.78g，76.30mmol)并将反应混合物在0℃下搅拌30min并在65℃下搅拌3h。LCMS显示化合物2已完全消耗，并检测到一个具有所期望质量的主峰。将反应混合物冷却至rt，过滤，将滤液减压浓缩，以给出粗产物。将残余物通过柱色谱法(SiO2，石油醚/乙酸乙酯＝1/0至0/1)纯化。在60℃下，将粗产物通过以下纯化：由石油醚∶乙酸乙酯＝5∶1(200mL)重结晶。获得呈白色固体的4-氯苯甲酸((2R，3S，5R)-3-((4-氯苯甲酰基)氧基)-5-(5-乙基-2，6-二氧代-3，6-二氢嘧啶-1(2H)-基)四氢呋喃-2-基)甲基酯(3)(5.7g，19.00％产率)和10g粗品。
步骤3.向4-氯苯甲酸((2R，3S，5R)-3-((4-氯苯甲酰基)氧基)-5-(5-乙基-2，6-二氧代-3，6-二氢嘧啶-1(2H)-基)四氢呋喃-2-基)甲基酯(3)(7.5g，14.06mmol)在MeOH(100mL)中的溶液中添加NaOMe(1.90g，35.15mmol)。将混合物在20℃下搅拌12h。LCMS显示化合物3已完全消耗，并检测到一个具有所期望质量的主峰。向反应混合物中添加干燥的NH4Cl(1.9g)并搅拌。将反应混合物减压浓缩以去除MeOH。将残余物通过柱色谱法(SiO2，石油醚/乙酸乙酯＝1/0至0/1)纯化。获得呈白色固体的5-乙基-3-((2R，4S，5R)-4-羟基-5-(羟基甲基)四氢呋喃-2-基)嘧啶-2，4(1H，3H)-二酮(4)(3.4g，87.83％产率)。1H NMR(400MHz，DMSO-d6)δ＝10.89(br d，J＝4.9Hz，1H)，7.22(d，J＝5.1Hz，1H)，6.57(dd，J＝6.6，7.8Hz，1H)，5.05(d，J＝4.8Hz，1H)，4.54(dd，J＝5.1，6.4Hz，1H)，4.35-4.26(m，1H)，3.69-3.63(m，1H)，3.62-3.54(m，1H)，3.48-3.40(m，1H)，3.17(d，J＝5.3Hz，1H)，2.74-2.66(m，1H)，2.19(q，J＝7.4Hz，2H)，1.00(t，J＝7.4Hz，3H)；LCMS(M-H+)：255.2。
步骤4.向5-乙基-3-((2R，4S，5R)-4-羟基-5-(羟基甲基)四氢呋喃-2-基)嘧啶-2，4(1H，3H)-二酮(4)(3.4g，13.27mmol)在吡啶(90mL)中的溶液中添加DMTCl(4.95g，14.59mmol)。将混合物在20℃下搅拌12h。LCMS显示化合物4已完全消耗，并检测到一个具有所期望质量的主峰。将反应用H2O(100mL)稀释并用乙酸乙酯(100mL＊3)萃取。将合并的有机层用饱和盐水(100mL＊2)洗涤，经干燥的Na2SO4干燥，过滤并减压浓缩以给出残余物。将残余物通过柱色谱法(SiO2，石油醚/乙酸乙酯＝1/0至0/1)纯化。获得呈白色固体的3-((2R，4S，5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-羟基四氢呋喃-2-基)-5-乙基嘧啶-2，4(1H，3H)-二酮(WV-NU-256)(5.8g，76.24％产率)。1HNMR(400MHz，DMSO-d6)δ＝10.85(br s，1H)，7.42-7.36(m，2H)，7.29-7.22(m，7H)，7.21-7.16(m，1H)，6.87-6.79(m，4H)，6.62(dd，J＝4.1，9.1Hz，1H)，5.05(d，J＝5.5Hz，1H)，4.31-4.24(m，1H)，3.86-3.80(m，1H)，3.72(d，J＝2.9Hz，6H)，3.25-3.18(m，1H)，3.06(dd，J＝3.2，9.7Hz，1H)，2.59(ddd，J＝4.2，8.4，12.9Hz，1H)，2.07-2.00(m，1H)，1.17(t，J＝7.2Hz，2H)，1.01-0.95(m，3H)；LCMS(M-H+)：557.3，LCMS纯度：97.4％。
3-((2R，4S，5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-羟基四氢呋喃-2-基)-5-氟嘧啶-2，4(1H，3H)-二酮(WV-NU-271)的合成
步骤1.向5-氟嘧啶-2，4(1H，3H)-二酮(1A)(52g，399.76mmol)的溶液中添加Ac2O(545.00g，5.34mol)。将混合物在140℃下搅拌12h。TLC指示化合物1A已完全消耗，并且形成了一个新斑点。将反应混合物在减压下浓缩，以给出粗产物。将粗产物用石油醚∶乙酸乙酯＝10∶1(100mL＊3)洗涤，过滤并将滤饼减压干燥以得到产物。获得呈白色固体的1-乙酰基-5-氟嘧啶-2，4(1H，3H)-二酮(1B)(48g，69.77％产率)。1HNMR(400MHz，DMSO-d6)δ＝12.15-12.02(m，1H)，8.33(d，J＝7.5Hz，1H)，2.60(s，3H)。
步骤2.在氩气气氛下，向干净干燥的三颈3L圆底烧瓶中装入1-乙酰基-5-氟嘧啶-2，4(1H，3H)-二酮(1B)(18g，104.58mmol)并溶解到干燥的ACN(1800mL)中。通过使用冰浴将反应混合物冷却至0℃。然后将NaH(6.27g，156.87mmol，60％纯度)分批添加到反应混合物中并在0℃下搅拌30min。之后，分批添加化合物2(62.46g，145.37mmol)并将反应混合物在0℃下搅拌30min并在65℃下搅拌3h。LCMS显示化合物2已完全消耗，并检测到一个具有所期望质量的主峰。将反应混合物冷却至rt，过滤，将滤液减压浓缩，以给出粗产物。在65℃下将粗产物用乙酸乙酯(200mL)和石油醚(600mL)研磨15min，过滤并将滤饼洗涤三次，将滤饼真空干燥以得到产物并将所有母液浓缩以得到粗品。获得呈白色固体的4-氯苯甲酸((2R，3S，5R)-3-((4-氯苯甲酰基)氧基)-5-(5-氟-2，6-二氧代-3，6-二氢嘧啶-1(2H)-基)四氢呋喃-2-基)甲基酯(3B)(14g，25.58％产率)。
步骤3.向4-氯苯甲酸((2R，3S，5R)-3-((4-氯苯甲酰基)氧基)-5-(5-氟-2，6-二氧代-3，6-二氢嘧啶-1(2H)-基)四氢呋喃-2-基)甲基酯(3B)(14g，26.75mmol)在MeOH(200mL)中的溶液中添加NaOMe(3.61g，66.88mmol)。将混合物在20℃下搅拌2h。LCMS显示化合物3B已完全消耗，并检测到一个具有所期望质量的主峰。将反应混合物用NH4Cl固体(3.6g)淬灭，过滤固体得到滤液。将残余物通过以下纯化：柱色谱法(SiO2，石油醚/乙酸乙酯＝1/0至0/1，二氯甲烷∶甲醇＝1/0至0/1)。获得呈白色泡沫状的5-氟-3-((2R，4S，5R)-4-羟基-5-(羟基甲基)四氢呋喃-2-基)嘧啶-2，4(1H，3H)-二酮(4)(5.74g，87.10％产率)。1H NMR(400MHz，DMSO-d6)δ＝11.47-10.66(m，1H)，7.83(d，J＝5.4Hz，1H)，6.49(dd，J＝6.1，7.9Hz，1H)，5.20-4.98(m，1H)，4.54(br s，1H)，4.29(td，J＝4.8，7.3Hz’1H)，3.69-3.52(m，2H)，3.48-3.39(m，1H)，2.71(ddd，J＝6.2，7.2，13.1Hz，1H)，2.01-1.89(m，1H)；LCMS(M+H+)：269.2。
步骤4.向5-氟-3-((2R，4S，5R)-4-羟基-5-(羟基甲基)四氢呋喃-2-基)嘧啶-2，4(1H，3H)-二酮(4)(5.7g，23.15mmol)在吡啶(140mL)中的溶液中添加DMTCl(8.63g，25.47mmol)。将混合物在20℃下搅拌5h。LCMS显示化合物4已完全消耗，并检测到一个具有所期望质量的主峰。将反应混合物减压浓缩以去除吡啶。将残余物用H20(150mL)稀释并用乙酸乙酯(150mL＊3)萃取。将合并的有机层用盐水(150mL)洗涤，经Na2SO4干燥，过滤并减压浓缩，以给出残余物。将残余物通过柱色谱法(SiO2，石油醚/乙酸乙酯＝1/0至0/1)纯化以得到呈白色固体的3-((2R，4S，5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-羟基四氢呋喃-2-基)-5-氟嘧啶-2，4(1H，3H)-二酮(WV-NU-271)(10.4g，79.56％)。1H NMR(400MHz，DMSO-d6)δ＝11.04(br s，1H)，7.87(d，J＝5.4Hz，1H)，7.39(br d，J＝7.5Hz，2H)，7.30-7.22(m，6H)，6.84(br t，J＝9.0Hz，4H)，6.59-6.52(m，1H)，5.10(br d，J＝5.1Hz，1H)，4.31-4.21(m，1H)，3.88-3.80(m，1H)，3.73(d，J＝2.1Hz，7H)，3.27-3.18(m，1H)，3.08(br dd，J＝3.2，9.7Hz，1H)，2.62(ddd，J＝4.2，8.3，12.9Hz，1H)，2.09-2.01(m，1H)；LCMS(M-H+)：547.2，LCMS纯度：97.15％。
3-((2R，4S，5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-羟基四氢呋喃-2-基)-[1，2，4]三唑并[4，3-a]吡嗪-8(7H)-酮(WV-NU-266)的合成
步骤1.向化合物1(70.00g，162.91mmol)在DCM(1400mL)中的溶液中添加TMSCN(24.24g，244.37mmol.)和BF3.Et2O(46.24g，325.83mmol.)。将混合物在15℃下搅拌12h。TLC指示化合物1被完全消耗，并且形成两个新斑点。用饱和碳酸氢铵溶液(200mL)淬灭反应并再搅拌30min。将两批浆液合并并用CH2Cl2(2＊1000mL)萃取。将合并的有机相经Na2SO4干燥并蒸发至干燥。在15℃下，将粗产物用1000mL的石油醚∶乙酸乙酯＝1∶1的混合溶剂研磨30min，进行两次。获得呈灰色固体的4-氯苯甲酸((2R，3S，5R)-3-((4-氯苯甲酰基)氧基)-5-氰基四氢呋喃-2-基)甲基酯(2A)(62g，45.29％产率)。1H NMR(400MHz，DMSO-d6)δ＝8.05-7.96(m，4H)，7.62(d，J＝8.1Hz，4H)，5.68-5.56(m，1H)，5.18(t，J＝7.9Hz，1H)，4.59-4.54(m，1H)，4.52-4.43(m，2H)，2.72(dd，J＝4.1，8.0Hz，2H)。
步骤2.将4-氯苯甲酸((2R，3S，5R)-3-((4-氯苯甲酰基)氧基)-5-氰基四氢呋喃-2-基)甲基酯(2A)(52g，123.74mmol)和BnSH(31.34g，252.33mmol)在Et2O(1500mL)中的溶液在0℃用无水HC1饱和2h(45min后，形成白色沉淀物)。然后将混合物在-10℃下保持6h。LCMS显示检测到所期望质量。过滤分离白色沉淀并用无水Et2O(500mL)洗涤，干燥滤饼以得到产品。获得呈白色固体的4-氯苯甲酸(2R，3S，5R)-5-((苄基硫)(亚氨基)甲基)-2-(((4-氯苯甲酰基)氧基)甲基)四氢呋喃-3-基酯(3)(67g，粗品)。LCMS(M+H+)：545.1。
步骤3.将4-氯苯甲酸(2R，3S，5R)-5-((苄基硫)(亚氨基)甲基)-2-(((4-氯苯甲酰基)氧基)甲基)四氢呋喃-3-基酯(3)(37g，67.96mmol)和(3-氯吡嗪-2-基)肼(19.65g，135.92mmol)在Py(1500mL)中的混合物在15℃下搅拌3h并然后在115℃下搅拌1.5h。LCMS显示检测到所期望质量。将反应混合物减压浓缩以去除溶剂。将残余物通过柱色谱法(SiO2，石油醚/乙酸乙酯＝1/0至0/1)纯化。获得呈黄色固体的4-氯苯甲酸(2R，3S，5R)-5-(8-(苄基硫)-[1，2，4]三唑并[4，3-a]吡嗪-3-基)-2-(((4-氯苯甲酰基)氧基)甲基)四氢呋喃-3-基酯(4)(14g，32.42％产率)。LCMS(M+H+)：635.2。
步骤4.在50℃下，向4-氯苯甲酸(2R，3S，5R)-5-(8-(苄基硫)-[1，2，4]三唑并[4，3-a]吡嗪-3-基)-2-(((4-氯苯甲酰基)氧基)甲基)四氢呋喃-3-基酯(4)(22g，34.62mmol)在AcOH(220mL)中的溶液中添加H2O2(21.81g，192.36mmol，30％纯度)。将混合物在15℃下搅拌20h。LCMS显示检测到所期望质量。真空去除AcOH，得到浅黄色浆料，向其中添加H2O(500mL)。用3N NaOH溶液将该溶液的pH调节至6。通过过滤分离所得沉淀并从200mL MeOH中重结晶以给出粗品。获得呈黄色固体的4-氯苯甲酸((2R，3S，5R)-3-((4-氯苯甲酰基)氧基)-5-(8-氧代-7，8-二氢-[1，2，4]三唑并[4，3-a]吡嗪-3-基)四氢呋喃-2-基)甲基酯(5)(18.32g，粗品)。LCMS(M+H+)：529.1。
步骤5.向4-氯苯甲酸((2R，3S，5R)-3-((4-氯苯甲酰基)氧基)-5-(8-氧代-7，8-二氢-[1，2，4]三唑并[4，3-a]吡嗪-3-基)四氢呋喃-2-基)甲基酯(5)(18.32g，34.61mmol.)在MeOH(200mL)中的溶液中添加NaOMe(4.67g，86.52mmol)。将混合物在15℃下搅拌2h。LCMS显示检测到所期望质量。通过添加NH4Cl(4.7g)淬灭反应混合物，然后在减压下浓缩，以给出残余物。获得呈白色固体的3-((2R，4S，5R)-4-羟基-5-(羟基甲基)四氢呋喃-2-基)-[1，2，4]三唑并[4，3-a]吡嗪-8(7H)-酮(6)(8.73g，粗品)。LCMS(M+H+)：253.1。
步骤6.向3-((2R，4S，5R)-4-羟基-5-(羟基甲基)四氢呋喃-2-基)-[1，2，4]三唑并[4，3-a]吡嗪-8(7H)-酮(6)(8.58g，34.02mmol.)在Py(200mL)中的溶液中添加DMTCl(11.53g，34.02mmol)。将混合物在15℃下搅拌10h。LCMS显示检测到所期望质量。通过添加饱和NaHCO3(100mL)将反应混合物淬灭并稀释，然后用乙酸乙酯(200mL，100mL＊2)萃取。将合并的有机层用饱和盐水(200mL)洗涤，经Na2SO4干燥，过滤并减压浓缩，以给出残余物。将粗产物用DCM(100mL＊3)研磨15min。获得呈白色固体的3-((2R，4S，5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-羟基四氢呋喃-2-基)-[1，2，4]三唑并[4，3-a]吡嗪-8(7H)-酮(WV-NU-266)(6.08g，31.07％产率)。1H NMR(400MHz’DMSO-d6)δ＝11.49(br d，J＝5.4Hz，1H)，7.54(d，J＝5.6Hz，1H)，7.26-7.13(m，5H)，7.10(d，J＝8.8Hz，4H)，6.83-6.74(m，5H)，5.58(t，J＝7.1Hz，1H)，5.35(br s，1H)，4.38(br s，1H)，3.98(q，J＝3.9Hz，1H)，3.71(s，6H)，3.08-2.87(m，2H)，2.83(td，J＝6.6，13.2Hz，1H)，2.30(ddd，J＝4.0，6.9，12.6Hz，1H)；LCMS(M-H+)：553.2，纯度：96.42％。
乙酸(2R，3S，4R，5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-2-(2，4-二氧代-3，4-二氢嘧啶-1(2H)-基)-4-(((1S，3S，3aS)-3-((苯基磺酰基)甲基)四氢-1H，3H-吡咯并[1，2-c][1，3，2]氧杂氮杂磷杂环戊烷-1-基)氧基)四氢呋喃-3-基酯的合成
向干燥的乙酸[(2R，3R，5R)-5-[[双(4-甲氧基苯基)-苯基-甲氧基]甲基]-2-(2，4-二氧代嘧啶-1-基)-4-羟基-四氢呋喃-3-基]酯(9.5g，16.14mmol)在THF(70mL)中的溶液中添加三乙胺(4.95mL，35.51mmol)。将反应烧瓶置于水浴中。快速滴加(3S，3aS)-3-(苯磺酰基甲基)-1-氯-3a，4，5，6-四氢-3H-吡咯并[1，2-c][1，3，2]氧杂氮杂磷杂环戊烷(0.43M在THF中，56.3mL，24.21mmol)。去除水浴。将浑浊反应溶液在rt下搅拌1h。TLC显示反应完成。用水(145μL)淬灭反应。添加无水MgSO4(1.937g)。通过硅藻土过滤混合物，浓缩滤液，得到呈灰白色泡沫状的粗产物。将粗产物通过正相柱色谱法使用在己烷中的20％-100％EtOAc(各流动相含有1％的三乙胺)作为梯度纯化，得到呈白色泡沫状的标题化合物(10.96g，77.9％产率)。1H NMR(600MHz，氯仿-d)δ8.52(s，1H)，7.92-7.87(m，2H)，7.65-7.59(m，1H)，7.53(q，J＝7.9Hz，3H)，7.46-7.41(m，2H)，7.34-7.28(m，6H)，7.24(t，J＝7.3Hz，1H)，6.87-6.82(m，4H)，6.26(d，J＝4.6Hz，1H)，5.48(d，J＝8.2Hz，1H)，5.36(dd，J＝4.6，2.9Hz，1H)，5.04(q，J＝6.1Hz，1H)，4.68(ddd，J＝9.1，4.5，2.9Hz，1H)，4.02(q，J＝4.4Hz，1H)，3.79(s，6H)，3.64(dq，J＝10.0，6.1Hz，1H)，3.49(ddd，J＝14.1，10.5，7.3Hz，1H)，3.44(dt，J＝14.4，5.3Hz，2H)，3.38-3.31(m，2H)，3.09-3.00(m，1H)，1.95(s，3H)，1.86(ddt，J＝12.0，7.7，3.7Hz，1H)，1.76(dt，J＝11.8，8.2Hz，1H)，1.68-1.63(m，1H)，1.14-1.05(m，1H)；31P NMR(243MHz，氯仿-d)δ152.83；MS(ESI)，870.63[M-H]-。
乙酸(2R，3S，4R，5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-2-(2，6-二氧代-3，6-二氢嘧啶-1(2H)-基)-4-(((1S，3S，3aS)-3-((苯基磺酰基)甲基)四氢-1H，3H-吡咯并[1，2-c][1，3，2]氧杂氮杂磷杂环戊烷-1-基)氧基)四氢呋喃-3-基酯的合成
向干燥的乙酸[(2R，3R，5R)-5-[[双(4-甲氧基苯基)-苯基-甲氧基]甲基]-2-(2，4-二氧代-1H-嘧啶-3-基)-4-羟基-四氢呋喃-3-基]酯1.9g，3.23mmol)在THF(15mL)中的溶液中添加三乙胺(0.99mL，7.1mmol)。将反应烧瓶置于水浴中。快速滴加(3S，3aS)-3-(苯磺酰基甲基)-1-氯-3a，4，5，6-四氢-3H-吡咯并[1，2-c][1，3，2]氧杂氮杂磷杂环戊烷(0.90M在THF中，5.38mL，4.84mmol)。去除水浴。将浑浊反应溶液在rt下搅拌2h。TLC和LCMS显示反应几乎完成。再搅拌1h。用水(29μL)淬灭反应。添加无水MgSO4(387mg)。通过硅藻土过滤混合物，浓缩滤液，得到呈灰白色泡沫状的粗产物。将粗产物通过正相柱色谱法使用在已烷中的40％-100％EtOAc(各流动相含有1％的三乙胺)作为梯度纯化，得到呈白色泡沫状的标题化合物(1.02g，36.3％产率)。1H NMR(600MHz，氯仿-d)δ9.49(s，1H)，7.86(d，J＝7.8Hz，2H)。7.62(t，J＝7.5Hz，1H)，7.53-7.48(m，2H)，7.46(d，J＝7.9Hz，2H)，7.34(dd，J＝9.1，2.9Hz，4H)，7.22(t，J＝7.6Hz，2H)，7.15(t，J＝7.3Hz，1H)，6.96(d，J＝7.6Hz，1H)，6.86(d，J＝8.2Hz，1H)，6.77(dd，J＝8.6，5.8Hz，4H)，5.59(d，J＝7.5Hz，1H)，5.41(t，J＝7.5Hz，1H)，5.00(q，J＝6.0Hz，2H)，3.96(td，J＝8.1，2.1Hz，1H)，3.76-3.73(m，6H)，3.62(dq，J＝11.5，5.8Hz，1H)，3.57(t，J＝9.2Hz，1H)，3.33(d，J＝9.4Hz，1H)，3.32-3.22(m，3H)，2.74(qd，J＝9.4，4.1Hz，1H)，1.98(s，3H)，1.77(dp，J＝12.5，4.3Hz，1H)，1.73-1.65(m，1H)，1.61(dt，J＝9.3，5.3Hz，1H)，1.11-1.01(m，1H)；31P NMR(243MHz，氯仿-d)δ148.88；MS(ESI)，870.46[M-H]-。
N-(5-((2R，4S，5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-(((1S，3S，3aS)-3-((苯基磺酰基)甲基)四氢-1H，3H-吡咯并[1，2-c][1，3，2]氧杂氮杂磷杂环戊烷-1-基)氧基)四氢呋喃-2-基)-3-硝基-6-(4-硝基苯氧基)吡啶-2-基)乙酰胺的合成
向干燥的N-[5-[(2R，4R，5R)-5-[[双(4-甲氧基苯基)-苯基-甲氧基]甲基]-4-羟基-四氢呋喃-2-基]-3-硝基-6-[2-(4-硝基苯基)乙氧基]-2-吡啶基]乙酰胺(2.0g，2.62mmol)在THF(15mL)中的溶液中添加三乙胺(0.91mL，6.54mmol)。将反应烧瓶置于水浴中。滴加(3S，3aS)-3-(苯磺酰基甲基)-1-氯-3a，4，5，6-四氢-3H-吡咯并[1，2-c][1，3，2]氧杂氮杂磷杂环戊烷(0.90M在THF中，5.23mL，4.71mmol)。去除水浴。将浑浊的反应溶液在rt下搅拌4h 45min。TLC和LCMS显示反应完成。用水(24μL)淬灭反应。添加无水MgSO4(314mg)。通过硅藻土过滤混合物，浓缩滤液，得到呈灰白色泡沫状的粗产物。将粗产物通过正相柱色谱法使用在己烷中的20％-70％EtOAc(各流动相含有1％的三乙胺)作为梯度纯化，得到呈浅黄色泡沫状的标题化合物(1.897g，69.2％产率)。1H NMR(600MHz，氯仿-d)δ10.59(s，1H)，8.66(s，1H)，8.20(d，J＝8.6Hz，2H)，7.89(d，J＝7.5Hz，2H)，7.57(tt，J＝7.5，1.4Hz，1H)，7.50-7.44(m，4H)，7.43-7.39(m，2H)，7.32(dd，J＝8.8，3.8Hz，4H)，7.28(t，J＝7.6Hz，2H)，7.20(t，J＝7.2Hz，1H)，6.87-6.80(m，4H)，5.14-5.08(m，1H)，5.08-5.03(m，1H)，4.76-4.65(m，3H)，4.08(q，J＝3.6Hz，1H)，3.79(s，6H)，3.61(dq，J＝11.7，5.9Hz，1H)，3.54(ddd，J＝14.5，10.5，7.5Hz，1H)，3.48(dd，J＝14.5，7.0Hz，1H)，3.36(dd，J＝14.5，5.3Hz，1H)，3.27(dq，J＝15.5，6.3，5.2Hz，3H)，3.22(dd，J＝10.2，3.9Hz，1H)，3.13(qd，J＝10.3，3.9Hz，1H)，2.46(s，3H)，2.38(dd，J＝13.0，5.2Hz，1H)，1.90(tdd，J＝11.5，7.6，3.0Hz，1H)，1.84-1.73(m，2H)，1.64(dt，J＝12.0，7.2Hz，1H)，1.17-1.07(m，1H)；31P NMR(243MHz，氯仿-d)δ151.45；MS(ESI)，1086.17[M+K]+。
3-((2R，4S，5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-(((1S，3S，3aS)-3-((苯基磺酰基)甲基)四氢-1H，3H-吡咯并[1，2-c][1，3，2]氧杂氮杂磷杂环戊烷-1-基)氧基)四氢呋喃-2-基)-5-溴嘧啶-2，4(1H，3H)-二酮的合成
向干燥的3-[(2R，4R，5R)-5-[[双(4-甲氧基苯基)-苯基-甲氧基]甲基]-4-羟基-四氢呋喃-2-基]-5-溴-1H-嘧啶-2，4-二酮(2.8g，4.59mmol)在THF(21mL)中的溶液中添加三乙胺(1.6mL，11.49mmol)。滴加(3S，3aS)-3-(苯磺酰基甲基)-1-氯-3a，4，5，6-四氢-3H-吡咯并[1，2-c][1，3，2]氧杂氮杂磷杂环戊烷(0.90M在THF中，9.19mL，8.27mmol)。将所得浆液在rt下搅拌2h 45min。TLC和LCMS显示反应完成。用水(41μL)淬灭反应。添加无水MgSO4(551mg)。通过硅藻土过滤混合物，浓缩滤液，得到呈灰白色泡沫状的粗产物。将粗产物通过正相柱色谱法使用在己烷中的45％-100％EtOAc(各流动相含有1％的三乙胺)作为梯度纯化，得到呈褐色灰白色泡沫状的标题化合物(2.433g，59.3％产率)。1H NMR(600MHz，氯仿-d)δ7.87(d，J＝8.1Hz，2H)，7.63-7.58(m，1H)，7.50(t，J＝7.7Hz，2H)，7.47(d，J＝7.8Hz，2H)，7.35(d，J＝8.5Hz，4H)，7.24(t，J＝7.7Hz，2H)，7.16(t，J＝7.3Hz，1H)，6.93(s，1H)，6.82-6.76(m，4H)，6.70(dd，J＝8.5，5.0Hz，1H)，4.91(q，J＝6.1Hz，1H)，4.85(td，J＝8.8，4.4Hz，1H)，3.94(td，J＝6.2，3.2Hz，1H)，3.751(s，3H)，3.748(s，3H)，3.60(dp，J＝11.7，6.5，6.1Hz，1H)，3.43-3.33(m，3H)，3.33-3.26(m，2H)，2.96(qd，J＝10.0，4.0Hz，1H)，2.86(ddd，J＝13.3，8.2，5.0Hz，1H)，2.26(ddd，J＝13.7，8.5，5.5Hz，1H)，1.82(ddq，J＝11.9，7.7，3.9，3.3Hz，1H)，1.72(dt，J＝14.9，9.1Hz，1H)，1.60(qd，J＝7.5，2.6Hz，1H)，1.16-1.01(m，2H)；31P NMR(243MHz，氯仿-d)δ150.19；MS(ESI)，890.46/892.45[M-H]-。
N，N’-(9-((2R，4S，5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-(((1S，3S，3aS)-3-((苯基磺酰基)甲基)四氢-1H，3H-吡咯并[1，2-c][1，3，2]氧杂氮杂磷杂环戊烷-1-基)氧基)四氢呋喃-2-基)-9H-嘌呤-2，6-二基)双(2-甲基丙酰胺)的合成
向干燥的N-[9-[(2R，4R，5R)-5-[[双(4-甲氧基苯基)-苯基-甲氧基]甲基]-4-羟基-四氢呋喃-2-基]-2-(2-甲基丙酰基氨基)嘌呤-6-基]-2-甲基-丙酰胺(3.25g，4.59mmol)在THF(24.4mL)中的溶液中添加三乙胺(1.6mL，11.46mmol)。将烧瓶置于水浴中。滴加(3S，3aS)-3-(苯磺酰基甲基)-1-氯-3a，4，5，6-四氢-3H-吡咯并[1，2-c][1，3，2]氧杂氮杂磷杂环戊烷(0.90M在THF中，9.17mL，8.25mmol)。去除水浴。将所得浆液在rt下搅拌2.5h。TLC和LCMS显示反应完成。用水(41μL)淬灭反应。添加无水MgSO4(551mg)。通过硅藻土过滤混合物，浓缩滤液，得到呈灰白色泡沫状的粗产物。将粗产物通过正相柱色谱法使用在己烷中的30％-100％EtOAc(各流动相含有1％的三乙胺)作为梯度纯化，得到呈白色泡沫状的标题化合物(2.52g，55.4％产率)。1H NMR(600MHz，氯仿-d)δ8.65(s，1H)，8.27(s，1H)，8.05(s，1H)，7.92-7.88(m，2H)，7.57(t，J＝7.5Hz，1H)，7.48(t，J＝7.7Hz，2H)，7.39(d，J＝7.6Hz，2H)，7.28(d，J＝8.6Hz，4H)，7.23(t，J＝7.5Hz，2H)，7.19(t，J＝7.2Hz，1H)，6.80-6.75(m，4H)，6.38(dd，J＝7.9，5.8Hz，1H)，5.03(q，J＝6.0Hz，1H)，4.88(ddt，J＝8.8，5.7，2.5Hz，1H)，4.15-4.13(m，1H)，3.76(s，6H)，3.63(dq，J＝11.6，6.1Hz，1H)，3.53-3.43(m，2H)，3.40-3.30(m，2H)，3.13(qd，J＝9.8，3.7Hz，2H)，2.88(ddd，J＝13.8，8.0，6.1Hz，1H)，2.63(ddd，J＝13.5，5.8，2.4Hz，1H)，2.14(s，2H)，1.88(ddq，J＝11.7，7.6，3.7，3.1Hz，1H)，1.79(tt，J＝12.0，7.7Hz，1H)，1.64(qd，J＝7.6，2.4Hz，1H)，1.29(d，J＝6.8Hz，6H)，1.18(dd，J＝11.4，6.8Hz，6H)，1.14-1.07(m，1H)；31P NMR(243MHz，氯仿-d)δ152.69；MS(ESI)，992.72[M+H]+。
1-(9-((2R，4S，5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-(((1S，3S，3aS)-3-((苯基磺酰基)甲基)四氢-1H，3H-吡咯并[1，2-c][1，3，2]氧杂氮杂磷杂环戊烷-1-基)氧基)四氢呋喃-2-基)-8-氧代-8，9-二氢-7H-嘌呤-6-基)-3-苯基脲的合成
向干燥的1-[9-[(2R，4R，5R)-5-[[双(4-甲氧基苯基)-苯基-甲氧基]甲基]-4-羟基-四氢呋喃-2-基]-8-氧代-7H-嘌呤-6-基]-3-苯基-脲(3.95g，5.74mmol)在THF(30mL)中的溶液中添加三乙胺(2.0mL，14.34mmol)。将烧瓶置于水浴中。滴加(3S，3aS)-3-(苯磺酰基甲基)-1-氯-3a，4，5，6-四氢-3H-吡咯并[1，2-c][1，3，2]氧杂氮杂磷杂环戊烷(0.90M在THF中，11.47mL，10.32mmol)。去除水浴。将所得浆液在rt下搅拌3h。TLC和LCMS显示反应完成。用水(52μL)淬灭反应。添加无水MgSO4(688mg)。通过硅藻土过滤混合物，浓缩滤液，得到呈浅黄色泡沫状的粗产物。将粗产物通过正相柱色谱法使用在EtOAc中的0％-100％乙腈(各流动相含有1％的三乙胺)作为梯度纯化，得到呈灰白色泡沫状的标题化合物(1.70g，30.6％产率)。1H NMR(600MHz，氯仿-d)δ11.67(s，2H)，10.62(s，1H)，8.27(s，1H)，7.90(d，J＝7.9Hz，2H)，7.59(t，J＝7.8Hz，1H)，7.51(dt，J＝26.1，8.9Hz，6H)，7.43(d，J＝7.8Hz，2H)，7.31(d，J＝8.3Hz，4H)，7.20(t，J＝7.6Hz，3H)，7.16(d，J＝7.4Hz，1H)，6.74(t，J＝9.1Hz，4H)，6.38-6.32(m，1H)，5.10(q，J＝6.2Hz，2H)，4.08-4.02(m，1H)，3.73(s，3H)，3.72(s，3H)，3.71-3.66(m，1H)，3.47(dd，J＝14.6，6.9Hz，2H)，3.42-3.30(m，3H)，3.26(t，J＝8.2Hz，1H)，3.07-2.99(m，1H)，2.30(dt，J＝12.7，5.4Hz，1H)，1.87(t，J＝9.2Hz，1H)，1.78(p，J＝10.0，9.4Hz，1H)，1.67(dt，J＝13.1，6.1Hz，1H)，1.18-1.08(m，1H)；31P NMR(243MHz，氯仿-d)δ149.65；MS(ESI)，970.45[M-H]-。
3-((2R，4S，5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-(((1S，3S，3aS)-3-((苯基磺酰基)甲基)四氢-1H，3H-吡咯并[1，2-c][1，3，2]氧杂氮杂磷杂环戊烷-1-基)氧基)四氢呋喃-2-基)-4-硫代-3，4-二氢嘧啶-2(1H)-酮的合成
向干燥的3-[(2R，4R，5R)-5-[[双(4-甲氧基苯基)-苯基-甲氧基]甲基]-4-羟基-四氢呋喃-2-基]-4-硫代-1H-嘧啶-2-酮(2.2g，4.02mmol)在THF(16.5mL)中的溶液中添加三乙胺(1.4mL，10.06mmol)。将反应烧瓶置于冰/水浴中。滴加(3S，3aS)-3-(苯磺酰基甲基)-1-氯-3a，4，5，6-四氢-3H-吡咯并[1，2-c][1，3，2]氧杂氮杂磷杂环戊烷(0.75M在THF中，8.05mL，6.04mmol)。去除冰/水浴。将所得浆液在rt下搅拌5h。TLC和LCMS显示反应完成。用水(36μL)淬灭反应。添加无水MgSO4(483mg)。通过硅藻土过滤混合物，浓缩滤液，得到呈灰白色泡沫状的粗产物。将粗产物通过正相柱色谱法使用在已烷中的20％-100％EtOAc(各流动相含有1％的三乙胺)作为梯度纯化，得到呈浅黄色泡沫状的标题化合物(1.35g，40.4％产率)。1H NMR(600MHz，氯仿-d)δ7.86(d，J＝7.8Hz，2H)，7.61(p，J＝7.0Hz，2H)，7.51(t，J＝7.7Hz，2H)，7.46(d，J＝7.6Hz，2H)，7.34(d，J＝8.3Hz，3H)，7.23(t，J＝7.8Hz，2H)，7.16(d，J＝7.7Hz，1H)，6.79(d，J＝8.4Hz，4H)，6.75(d，J＝8.4Hz，1H)，6.43(d，J＝7.3Hz，1H)，6.38(d，J＝7.3Hz，1H)，4.95-4.90(m，1H)，4.86(p，J＝7.8Hz，1H)，3.96(dd，J＝7.6，4.2Hz，1H)，3.75(s，6H)，3.60(dq，J＝13.6，6.5Hz，1H)，3.42-3.26(m，5H)，2.97-2.90(m，1H)，2.78(p，J＝6.5Hz，1H)，2.28(dt，J＝13.8，7.1Hz，1H)，1.85-1．79(m，1H)，1.72(q，J＝10.5，9.8Hz，1H)，1.61(p，J＝6.3Hz，1H)，1.58-1.49(m，1H)；31P NMR(243MHz，氯仿-d)δ149.15；MS(ESI)，828.38[M-H]-。
苯甲酸(2R，3S，4R，5R)-2-(6-苯甲酰胺基-7-苯甲酰基-8-氧代-7，8-二氢-9H-嘌呤-9-基)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-(((1S，3S，3aS)-3-((苯基磺酰基)甲基)四氢-1H，3H-吡咯并[1，2-c][1，3，2]氧杂氮杂磷杂环戊烷-1-基)氧基)四氢呋喃-3-基酯的合成
向干燥的苯甲酸[(2R，3R，5R)-2-(6-苯甲酰胺基-7-苯甲酰基-8-氧代-嘌呤-9-基)-5-[[双(4-甲氧基苯基)-苯基-甲氧基]甲基]-4-羟基-四氢呋喃-3-基]酯(2.5g，2.78mmol)在THF(19mL)中的溶液中添加三乙胺(0.97mL，6.96mmol)。将反应烧瓶置于冰/水浴中。滴加(3S，3aS)-3-(苯磺酰基甲基)-1-氯-3a，4，5，6-四氢-3H-吡咯并[1，2-c][1，3，2]氧杂氮杂磷杂环戊烷(0.75M在THF中，6.31mL，4.73mmol)。去除冰/水浴。将所得浆液在rt下搅拌1.5h。TLC和LCMS显示反应完成。用水(25μL)淬灭反应。添加无水MgSO4(334mg)。通过硅藻土过滤混合物，浓缩滤液，得到呈灰白色泡沫状的粗产物。将粗产物通过正相柱色谱法使用在己烷中的15％-70％EtOAc(各流动相含有1％的三乙胺)作为梯度纯化，得到呈灰白色泡沫状的标题化合物(1.54g，46.9％产率)。1H NMR(600MHz，氯仿-d)δ8.26(s，1H)，7.94-7.88(m，2H)，7.87-7.81(m，2H)，7.78(dd，J＝17.2，7.8Hz，3H)，7.68(d，J＝7.8Hz，2H)，7.60(t，J＝7.7Hz，1H)，7.54(t，J＝7.8Hz，1H)，7.49(t，J＝8.0Hz，1H)，7.46-7.39(m，7H)，7.33(dt，J＝6.4，2.8Hz，3H)，7.28(q，J＝6.6，4.7Hz，4H)，7.15(t，J＝7.7Hz，2H)，7.11(t，J＝7.3Hz，1H)，6.80-6.71(m，4H)，6.66(d，J＝7.5Hz，1H)，5.77(t，J＝7.1Hz，1H)，5.16(q，J＝8.1Hz，1H)，4.89(q，J＝6.4Hz，1H)，4.15-4.10(m，1H)，3.74(s，6H)，3.57(q，J＝8.8，8.1Hz，2H)，3.43(d，J＝10.2Hz，1H)，3.26(qd，J＝14.3，6.2Hz，3H)，2.82-2.75(m，1H)，1.79-1.64(m，2H)，1.63-1.53(m，2H)；31P NMR(243MHz，氛仿-d)δ153.71；MS(ESI)，1179.43[M-H]-。
N-(9-((2R，4S，5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-(((1S，3S，3aS)-3-((苯基磺酰基)甲基)四氢-1H，3H-吡咯并[1，2-c][1，3，2]氧杂氮杂磷杂环戊烷-1-基)氧基)四氢呋喃-2-基)-8-硫代-8，9-二氢-7H-嘌呤-6-基)苯甲酰胺的合成
向干燥的N-[9-[(2R，4R，5R)-5-[[双(4-甲氧基苯基)-苯基-甲氧基]甲基]-4-羟基-四氢呋喃-2-基]-8-硫代-7H-嘌呤-6-基]苯甲酰胺(2.5g，3.62mmol)在THF(19mL)中的溶液中添加三乙胺(1.26mL，9.06mmol)。将反应烧瓶置于冰/水浴中。滴加(3S，3aS)-3-(苯磺酰基甲基)-1-氯-3a，4，5，6-四氢-3H-吡咯并[1，2-c][1，3，2]氧杂氮杂磷杂环戊烷(0.75M在THF中，8.22mL，6.16mmol)。去除冰/水浴。将所得浆液在rt下搅拌1.5h。TLC和LCMS显示反应完成。用水(33μL)淬灭反应。添加无水MgSO4(435mg)。通过硅藻土过滤混合物，浓缩滤液，得到呈灰白色泡沫状的粗产物。将粗产物通过正相柱色谱法使用在己烷中的20％-100％EtOAc(各流动相含有2.5％的三乙胺)作为梯度纯化，得到呈黄色泡沫状的标题化合物(2.96g，84.0％产率)。1H NMR(600MHz，氯仿-d)δ8.67(s，2H)，8.24(d，J＝2.5Hz，1H)，7.95(d，J＝7.8Hz，2H)，7.89(d，J＝7.8Hz，2H)，7.66(t，J＝7.7Hz，1H)，7.61(t，J＝7.7Hz，1H)，7.56(t，J＝7.6Hz，2H)，7.52(t，J＝7.9Hz，2H)，7.42(d，J＝7.8Hz，2H)，7.30(d，J＝8.1Hz，4H)，7.22(t，J＝7.9Hz，2H)，7.16(t，J＝7.5Hz，1H)，6.98(t，J＝7.6Hz，1H)，6.79-6.73(m，4H)，5.25-5.18(m，1H)，5.08(q，J＝6.6Hz，1H)，4.11(dd，J＝7.9，4.9Hz，1H)，3.76(s，6H)，3.70(t，J＝8.0Hz，1H)，3.55-3.45(m，2H)，3.45-3.40(m，1H)，3.37(dt，J＝13.7，6.6Hz，2H)，3.32-3.26(m，1H)，3.05(d，J＝10.3Hz，1H)，2.39(tt，J＝7.3，3.0Hz，1H)，1.90(ddt，J＝15.9，11.6，5.8Hz，1H)，1.78(q，J＝9.9Hz，1H)，1.68(dt，J＝12.6，6.0Hz，1H)，1.12(q，J＝10.3Hz，1H)；31PNMR(243MHz，氯仿-d)δ149.85；MS(ESI)，971.40[M-H]-。
(E)-N’-(1-((2R，4S，5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-(((1S，3S，3aS)-3-((苯基磺酰基)甲基)四氢-1H，3H-吡咯并[1，2-c][1，3，2]氧杂氮杂磷杂环戊烷-1-基)氧基)四氢呋喃-2-基)-5-甲基-4-氧代-1，4-二氢嘧啶-2-基)-N，N-二甲基甲脒的合成
向干燥的5’-ODMTr-N-DMF-5-甲基-异胞苷(20g，33.41mmol)在THF(300mL)中的溶液中添加三乙胺(11.64mL，83.52mmol)。将反应烧瓶置于冰/水浴中。滴加(3S，3aS)-3-(苯磺酰基甲基)-1-氯-3a，4，5，6-四氢-3H-吡咯并[1，2-c][1，3，2]氧杂氮杂磷杂环戊烷(0.75M在THF中，75.72mL，56.79mmol)。去除冰/水浴。将浆液在rt下搅拌6.5h。TLC和LCMS显示反应完成。用水(301μL)淬灭反应。添加无水MgSO4(4.0g)。通过硅藻土过滤混合物，浓缩滤液，得到呈灰白色泡沫状的粗产物。将粗产物通过正相柱色谱法首先使用在己烷中的20％-100％EtOAc(各流动相含有2.5％的三乙胺)、然后使用在EtOAc中的0％-90％乙腈(各流动相含有5％的三乙胺)作为梯度纯化，得到呈灰白色泡沫状的标题化合物(21.9g，74.3％产率)。1H NMR(600MHz，氯仿-d)δ8.82(s，1H)，7.86(d，J＝7.7Hz，2H)，7.66(s，1H)，7.58(t，J＝7.8Hz，1H)，7.47(t，J＝7.8Hz，2H)，7.44-7.39(m，2H)，7.33-7.26(m，6H)，7.22(t，J＝7.4Hz，1H)，6.83(d，J＝8.3Hz，4H)，6.81-6.75(m，1H)，4.97(q，J＝6.3Hz，1H)，4.81-4.75(m，1H)，3.99(q，J＝2.5Hz，1H)，3.77(s，6H)，3.57(dq，J＝12.3，6.2Hz，1H)，3.52-3.39(m，3H)，3.33(dd，J＝14.6，5.5Hz，1H)，3.26(dd，J＝10.6，2.5Hz，1H)，3.14(s，3H)，3.10(s，3H)，2.50-2.44(m，1H)，2.26(dt，J＝14.3，7.4Hz，1H)，1.92-1.85(m，1H)，1.83-1.70(m，2H)，1.64(q，J＝5.7Hz，1H)，1.61(s，3H)，1.09(p，J＝10.4Hz，1H)；31P NMR(243MHz，氯仿-d)δ152.53；MS(ESI)，882.59[M+H]+。
3-((2R，4S，5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-(((1R，3R，3aR)-3-((苯基磺酰基)甲基)四氢-1H，3H-吡咯并[1，2-c][1，3，2]氧杂氮杂磷杂环戊烷-1-基)氧基)四氢呋喃-2-基)嘧啶-2，4(1H，3H)-二酮的合成
向干燥的3-[(2R，4R，5R)-5-[[双(4-甲氧基苯基)-苯基-甲氧基]甲基]-4-羟基-四氢呋喃-2-基]-1H-嘧啶-2，4-二酮(5.0g，9.42mmol)在THF(37.5mL)中的溶液中添加三乙胺(3.28mL，23.56mmol)。将反应烧瓶置于冰/水浴中。滴加(3R，3aR)-3-(苯磺酰基甲基)-1-氯-3a，4，5，6-四氢-3H-吡咯并[1，2-c][1，3，2]氧杂氮杂磷杂环戊烷(0.8M在THF中，18.85mL，15.08mmol)。去除冰/水浴。将所得浆液在rt下搅拌5h。TLC和LCMS显示反应完成。用水(85μL)淬灭反应。添加无水MgSO4(1.13g)。通过硅藻土过滤混合物，浓缩滤液，得到呈灰白色泡沫状的粗产物。将粗产物通过正相柱色谱法使用在己烷中的20％，100％EtOAc(各流动相含有2.5％的三乙胺)作为梯度纯化，得到呈白色泡沫状的标题化合物(6.3g，82.1％产率)。1H NMR(600MHz，氯仿-d)δ9.31(s，1H)，7.91(d，J＝7.8Hz，2H)，7.63(t，J＝7.7Hz，1H)，7.54(t，J＝7.8Hz，2H)，7.46(d，J＝7.8Hz，2H)，7.34(d，J＝8.3Hz，4H)，7.23(t，J＝7.8Hz，2H)，7.16(t，J＝7.6Hz，1H)，6.78(ddt，J＝6.7，4.5，2.5Hz，4H)，6.68(d，J＝8.0Hz，2H)，5.55(d，J＝7.4Hz，1H)，5.00(q，J＝6.2Hz，1H)，4.81(五重峰，J＝6.3Hz，1H)，4.02(q，J＝5.6Hz，1H)，3.75(s，6H)，3.60(五重峰，J＝7.9Hz，1H)，3.48(dd，J＝14.8，7.6Hz，1H)，3.43-3.34(m，3H)，3.34-3.28(m，1H)，3.10(q，J＝9.12Hz，1H)，2.84-2.77(m，1H)，2.14(dt，J＝14.0，7.2Hz，1H)，1.83(d，J＝9.6Hz，1H)，1.79-1.70(m，1H)，1.60(五重峰，J＝6.2Hz，1H)，1.09(h，J＝10.1，9.5Hz，1H)；31P NMR(243MHz，氯仿-d)δ155.86；MS(ESI)，812.46[M-H]-。
3-((2R，3R，4R，5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-3-((叔丁基二甲基甲硅烷基)氧基)-4-(((1S，3S，3aS)-3-((苯基磺酰基)甲基)四氢-1H，3H-吡咯并[1，2-c][1，3，2]氧杂氮杂磷杂环戊烷-1-基)氧基)四氢呋喃-2-基)嘧啶-2，4(1H，3H)-二酮的合成
向干燥的3-[(2R，4S，5R)-5-[[双(4-甲氧基苯基)-苯基-甲氧基]甲基]-3-[叔丁基(二甲基)甲硅烷基]氧基-4-羟基-四氢呋喃-2-基]-1H-嘧啶-2，4-二酮(5.0g，7.57mmol)在THF(37.5mL)中的溶液中添加三乙胺(2.64mL，18.92mmol)。将反应烧瓶置于冰/水浴中。滴加(3S，3aS)-3-(苯磺酰基甲基)-1-氯-3a，4，5，6-四氢-3H-吡咯并[1，2-c][1，3，2]氧杂氮杂磷杂环戊烷(0.75M在THF中，17.15mL，12.86mmol)。去除冰/水浴。将所得浆液在rt下搅拌4h 45min。用水(68μL)淬灭反应。添加无水MgSO4(908mg)。通过硅藻土过滤混合物，并浓缩滤液。将所得粗产物通过正相柱色谱法使用在己烷中的20％-100％EtOAc(各流动相含有2.5％的三乙胺)作为梯度纯化，得到呈白色泡沫状的标题化合物(4.206g，58.9％产率)。1H NMR(600MHz，氯仿-d)δ9.51(s，1H)，7.84(d，J＝7.7Hz，2H)，7.57(t，J＝7.7Hz，1H)，7.51(d，J＝8.2Hz，2H)，7.45(t，J＝7.9Hz，2H)，7.40-7.32(m，4H)，7.23(t，J＝7.8Hz，2H)，7.16(t，J＝7.6Hz，1H)，6.79(d，J＝8.3Hz，4H)，6.27(d，J＝3.1Hz，1H)，6.20(d，J＝7.5Hz，1H)，5.42(d，J＝7.5Hz，1H)，5.00(s，1H)，4.88(q，J＝6.5Hz，1H)，4.63(dt，J＝11.4，5.5Hz，1H)，3.98-3.93(m，1H)，3.75(s，6H)，3.58(q，J＝7.2，6.6Hz，1H)，3.44-3.29(m，4H)，3.08(dd，J＝10.4，5.0Hz，1H)，3.00-2.92(m，1H)，1.81(t，J＝9.9Hz，1H)，1.70(q，J＝10.8，9.8Hz，1H)，1.59(q，J＝6.9，6.2Hz，1H)，1.10-1.00(m，1H)，0.87(s，9H)，0.04(s，3H)，0.00(s，3H)；31P NMR(243MHz，氯仿-d)δ151.37；MS(ESI)，942.40[M-H]-。
3-((2R，3R，4R，5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-((叔丁基二甲基甲硅烷基)氧基)-3-(((1S，3S，3aS)-3-((苯基磺酰基)甲基)四氢-1H，3H-吡咯并[1，2-c][1，3，2]氧杂氮杂磷杂环戊烷-1-基)氧基)四氢呋喃-2-基)嘧啶-2，4(1H，3H)-二酮的合成
向干燥的3-[(2R，4R，5R)-5-[[双(4-甲氧基苯基)-苯基-甲氧基]甲基]-4-[叔丁基(二甲基)甲硅烷基]氧基-3-羟基-四氢呋喃-2-基]-1H-嘧啶-2，4-二酮(5.0g，7.57mmol)在THF(37.5mL)中的溶液中添加三乙胺(2.64mL，18.92mmol)。将反应烧瓶置于冰/水浴中。滴加(3S，3aS)-3-(苯磺酰基甲基)-1-氯-3a，4，5，6-四氢-3H-吡咯并[1，2-c][1，3，2]氧杂氮杂磷杂环戊烷(0.75M在THF中，18.16mL，13.62mmol)。去除冰/水浴。将所得浆液在rt下搅拌4h。TLC和LCMS显示反应完成。用水(68μL)淬灭反应。添加无水MgSO4(908mg)。通过硅藻土过滤混合物，并浓缩滤液。将所得粗产物通过正相柱色谱法使用在己烷中的20％-95％EtOAc(各流动相含有2.5％的三乙胺)作为梯度纯化，得到呈褐色灰白色泡沫状的标题化合物(3.587g，50.2％产率)。1H NMR(600MHz，氯仿-d)δ9.35(s，1H)，7.97-7.93(m，2H)，7.66-7.61(m，1H)，7.56(dd，J＝8.4，7.2Hz，2H)，7.48-7.44(m，2H)，7.38-7.31(m，4H)，7.23(t，J＝7.7Hz，2H)，7.18-7.12(m，1H)，6.86(d，J＝7.7Hz，1H)，6.78(dt，J＝9.4，2.2Hz，4H)，6.28(d，J＝3.6Hz，1H)，5.58(d，J＝7.6Hz，1H)，5.05-4.97(m，2H)，4.44(t，J＝6.4Hz，1H)，4.03(td，J＝6.1，3.5Hz，1H)，3.75(s，6H)，3.72-3.67(m，1H)，3.47-3.37(m，3H)，3.33(dd，J＝14.4，5.9Hz，1H)，3.13(dd，J＝10.4，5.8Hz，1H)，2.97(tt，J＝10.0，6.5Hz，1H)，1.76-1.64(m，3H)，1.18(dq，J＝11.7，8.3Hz，1H)，0.78(s，9H)，0.00(s，3H)，-0.08(s，3H)；31P NMR(243MHz，氯仿-d)δ148.50；MS(ESI)，942.40[M-H]-。
9-((2R，4S，5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-(((1R，3R，3aR)-3-((苯基磺酰基)甲基)四氢-1H，3H-吡咯并[1，2-c][1，3，2]氧杂氮杂磷杂环戊烷-1-基)氧基)四氢呋喃-2-基)-6-氧代-N，N-二苯基-6，9-二氢-1H-嘌呤-1-甲酰胺的合成
向干燥的9-[(2R，4R，5R)-5-[[双(4-甲氧基苯基)-苯基-甲氧基]甲基]-4-羟基-四氢呋喃-2-基]-6-氧代-N，N-二苯基-嘌呤-1-甲酰胺(13.06g，17.42mmol)在THF(98mL)中的溶液中添加三乙胺(6.07mL，43.54mmol)。将反应烧瓶置于冰/水浴中。滴加(3R，3aR)-3-(苯磺酰基甲基)-1-氯-3a，4，5，6-四氢-3H-吡咯并[1，2-c][1，3，2]氧杂氮杂磷杂环戊烷(0.80M在THF中，39.19mL，31.35mmol)。去除冰/水浴。将所得浆液在rt下搅拌3h 45min。TLC和LCMS显示反应完成。用水(157μL)淬灭反应。添加无水MgSO4(2.08g)。通过硅藻土过滤混合物，并浓缩滤液。将所得粗产物通过正相柱色谱法使用在己烷中的40％-100％EtOAc(各流动相含有2.5％的三乙胺)作为梯度纯化，得到呈白色泡沫状的标题化合物(14.7g，81.7％产率)。1H NMR(600MHz，氯仿-d)δ8.05(s，1H)，7.90(t，J＝12.5Hz，2H)，7.83(s，1H)，7.59(s，1H)，7.57-7.46(m，2H)，7.44(s，2H)，7.42-7.33(m，5H)，7.32-7.23(m，6H)，7.21(t，J＝7.4Hz，2H)，7.18(s，2H)，7.11(s，1H)，7.05(s，1H)，6.83-6.77(m，4H)，6.24(dd，J＝7.3，6.0Hz，1H)，5.09(dq，J＝7.8，4.6Hz，1H)，4.86-4.77(m，1H)，4.24-4.16(m，1H)，3.782(s，3H)，3.781(s，3H)，3.69-3.63(m，1H)，3.55-3.44(m，2H)，3.42-3.33(m，2H)，3.29(dd，J＝10.5，3.9Hz，1H)，3.19(tdd，J＝10.2，8.7，4.0Hz，1H)，2.64(dt，J＝13.5，6.7Hz，1H)，2.53-2.39(m，1H)，1.92-1.86(m，1H)，1.85-1.75(m，1H)，1.65-1.60(m，1H)，1．13(dtd，J＝11.7，10.3，8.6Hz，1H)；31P NMR(243MHz，氯仿-d)δ156.79(次要)，156.34(主要)；次要：主要＝47：53；MS(ESD，1033.10[M+H]+。
二苯基氨基甲酸9-((2R，4S，5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-(((1R，3R，3aR)-3-((苯基磺酰基)甲基)四氢-1H，3H-吡咯并[1，2-c][1，3，2]氧杂氮杂磷杂环戊烷-1-基)氧基)四氢呋喃-2-基)-9H-嘌呤-6-基酯的合成
向干燥的N，N-二苯基氨基甲酸[9-[(2R，4R，5R)-5-[[双(4-甲氧基苯基)-苯基-甲氧基]甲基]-4-羟基-四氢呋喃-2-基]嘌呤-6-基]酯(3.6g，4.8mmol)在THF(27mL)中的溶液中添加三乙胺(1.67mL，12.0mmol)。将反应烧瓶置于冰/水浴中。滴加(3R，3aR)-3-(苯磺酰基甲基)-1-氯-3a，4，5，6-四氢-3H-吡咯并[1，2.c][1，3，2]氧杂氮杂磷杂环戊烷(0.80M在THF中，10.8mL，8.64mmol)。去除冰/水浴。将所得浆液在rt下搅拌2.5h。TLC和LCMS显示反应完成。用水(43μL)淬灭反应。添加无水MgSO4(576mg)。通过硅藻土过滤混合物，并浓缩滤液。将所得粗产物通过正相柱色谱法使用在己烷中的20％-80％EtOAc(各流动相含有2.5％的三乙胺)作为梯度纯化，得到呈褐色灰白色泡沫状的标题化合物(3.94g，79.4％产率)。1HNMR(600MHz，氯仿-d)δ8.62(s，1H)，8.28(s，1H)，7.93-7.89(m，2H)，7.60-7.56(m，1H)，7.53-7.48(m，2H)，7.48-7.41(m，4H)，7.41-7.38(m，2H)，7.35(t，J＝7.9Hz，4H)，7.32-7.27(m，4H)，7.26-7.20(m，4H)，7.20-7.17(m，1H)，6.82-6.75(m，4H)，6.44(dd，J＝7.3，6.0Hz，1H)，5.10(ddd，J＝7.7，5.8，4.5Hz，1H)，4.86(ddt，J＝8.8，6.1，3.1Hz，1H)，4.27(q，J＝4.1Hz，1H)，3.749(s，3H)，3.747(s，3H)，3.70-3.64(m，1H)，3.55-3.46(m，2H)，3.44(dd，J＝10.4，4.7Hz，1H)，3.39(dd，J＝14.5，4.4Hz，1H)，3.34(dd，J＝10.4，4.3Hz，1H)，3.20(tdd，J＝10.1，8.7，4.0Hz，1H)，2.91(ddd，J＝13.4，7.4，6.0Hz，1H)，2.56(ddd，J＝13.6，6.0，3.3Hz，1H)，1.90(tdd，J＝11.8，9.4，5.6Hz，1H)，1.85-1.77(m，1H)，1.68-1.61(m，1H)，1.14(dtd，J＝11.6，10.2，8.4Hz，1H)；31P NMR(243MHz，氯仿-d)δ156.38；MS(ESI)，1033.00[M+H]+。
9-((2R，4S，5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-(((1S，3S，3aS)-3-((苯基磺酰基)甲基)四氢-1H，3H-吡咯并[1，2-c][1，3，2]氧杂氮杂磷杂环戊烷-1-基)氧基)四氢呋喃-2-基)-6-氧代-N，N-二苯基-6，9-二氢-1H-嘌呤-1-甲酰胺的合成
向干燥的9-[(2R，4R，5R)-5-[[双(4-甲氧基苯基)-苯基-甲氧基]甲基]-4-羟基-四氢呋喃-2-基]-6-氧代-N，N-二苯基-嘌呤-1-甲酰胺(10.0g，13.34mmol)在THF(75mL)中的溶液中添加三乙胺(4.65mL，33.34mmol)。将反应烧瓶置于冰/水浴中。滴加(3S，3aS)-3-(苯磺酰基甲基)-1-氯-3a，4，5，6-四氢-3H-吡咯并[1，2-c][1，3，2]氧杂氮杂磷杂环戊烷(0.75M在THF中，32.01mL，24.01mmol)。去除冰/水浴。将所得浆液在rt下搅拌3.5h。TLC和LCMS显示反应完成。通过硅藻土过滤混合物，并浓缩滤液。将所得粗产物通过正相柱色谱法使用在己烷中的40％-100％EtOAc(各流动相含有2.5％的三乙胺)作为梯度纯化，得到呈白色泡沫状的标题化合物(9.91g，71.9％产率)。1H NMR(600MHz，氯仿-d)δ8.07(s，1H)，7.92-7.87(m，2H)，7.79(s，1H)，7.57(t，J＝7.5Hz，1H)，7.47(t，J＝7.8Hz，2H)，7.46-7.34(m，6H)，7.34-7.26(m，5H)，7.25-7.04(m，8H)，6.83-6.77(m，4H)，6.25(t，J＝7.3Hz，1H)，5.06(s，1H)，4.98-4.83(m，1H)，4.17-4.05(m，1H)，3.777(s，3H)，3.776(s，3H)，3.65(dq，J＝10.0，5.9Hz，1H)，3.55-3.45(m，1H)，3.48(dd，J＝14.6，7.0Hz，1H)，3.37(dd，J＝14.6，5.3Hz’1H)，3.33-3.22(m，2H)，3.14-3.09(m，1H)，2.71-2.59(m，1H)，2.51(s，1H)，1.93-1.88(m，1H)，1.83-1.75(m，1H)，1.70-1.62(m，1H)，1.17-1.07(m，1H)；31P NMR(243MHz，氯仿-d)δ152.46(主要)，152.33(次要)；主要：次要＝56：44；MS(ESI)，1033.48[M+H]+。
1-(9-((2R，4S，5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-(((1S，3S，3aS)-3-((苯基磺酰基)甲基)四氢-1H，3H-吡咯并[1，2-c][1，3，2]氧杂氮杂磷杂环戊烷-1-基)氧基)四氢呋喃-2-基)-8-氧代-8，9-二氢-7H-嘌呤-6-基)-3-(萘-2-基)脲的合成
向干燥的1-[9-[(2R，4R，5R)-5-[[双(4-甲氧基苯基)-苯基-甲氧基]甲基]-4-羟基-四氢呋喃-2-基]-8-氧代-7H-嘌呤-6-基]-3-(2-萘基)脲(3.0g，4.06mmol)在THF(22.5mL)中的溶液中添加三乙胺(1.41mL，10.15mmol)。将反应烧瓶置于冰/水浴中。滴加(3S，3aS)-3-(苯磺酰基甲基)-1-氯-3a，4，5，6-四氢-3H-吡咯并[1，2-c][1，3，2]氧杂氮杂磷杂环戊烷(0.75M在THF中，9.75mL，7.31mmol)。去除冰/水浴。将所得浆液在rt下搅拌3h。通过硅藻土过滤混合物，并浓缩滤液。将所得粗产物通过正相柱色谱法使用在乙腈中的0％-100％EtOAc(EtOAc含有2.5％TEA，乙腈含有1.0％TEA)作为梯度纯化，得到呈褐色灰白色泡沫状的标题化合物(2.17g，52.3％产率)。1H NMR(600MHz，氯仿-d)δ11.97(s，1H)，10.46(s，1H)，9.69(s，1H)，8.24-8.11(m，2H)，8.04-7.96(m，1H)，7.96-7.89(m，2H)，7.85(d，J＝7.9Hz，1H)，7.74-7.67(m，1H)，7.61-7.57(m，1H)，7.51(t，J＝7.8Hz，3H)，7.46-7.40(m，3H)，7.39-7.34(m，1H)，7.31(dt，J＝8.9，2.2Hz，4H)，7.24-7.18(m，2H)，7.14(t，J＝7.2Hz，1H)，6.79-6.70(m，4H)，6.34(t，J＝6.8Hz，1H)，5.20-5.07(m，2H)，4.07(q，J＝4.8Hz，1H)，3.78-3.64(m，7H)，3.49(dt，J＝14.9，7.5Hz，2H)，3.45-3.38(m，2H)，3.35(q，J＝7.0Hz，1H)，3.28(dd，J＝10.2，5.5Hz，1H)，3.06(qd，J＝10.0，3.9Hz，1H)，2.32(dq，J＝13.0，7.7，6.4Hz，1H)，1.89(tq，J＝10.6，4.5，3.3Hz，1H)，1.84-1.74(m，1H)，1.73-1.65(m，1H)，1.19-1.10(m，1H)；31P NMR(243MHz，氯仿-d)δ149.69(主要)，145.64(次要)；主要：次要＝83：17；MS(ESI)，1020.11[M-H]-。
N-(1-((2R，5S，6R)-6-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-5-羟基四氢-2H-吡喃-2-基)-2-氧代-1，2-二氢嘧啶-4-基)乙酰胺(WV-NU-223)的合成
步骤1.在0℃下将三氟化硼乙醚(22.16g，156.11mmol)添加至化合物1(50g，183.65mmol)在MeOH(12.95g，404.04mmol，16.35mL，2.2当量)和甲苯(600mL)中的溶液中。将混合物在20℃下搅拌6.5h。TLC指示化合物1被完全消耗，并且形成两个新斑点。根据TLC，反应是干净的。将溶液冷却至0℃，并用Et3N(20.45mL)淬灭，在0℃下维持10min后，将Na2CO3(19.45g)添加至溶液中。将滤液浓缩以给出残余物，将残余物通过硅胶柱色谱法(SiO2，石油醚/乙酸乙酯＝100/1至1/1，含有1.0vol％Et3N)纯化。获得呈无色油状的化合物2(44g，98.09％产率)。1H NMR(氯仿-d，400MHz)：δ＝5.73-5.87(m，2H)，5.25(dd，J＝9.7，1.5Hz，1H)，4.86(s，1H)，4.13-4.25(m，2H)，3.93-4.03(m，1H)，3.39(s，3H)，2.04(s，3H)，2.02ppm(s，4H)。TLC(石油醚：乙酸乙酯＝5∶1)Rf＝0.23。
步骤2.向化合物2(44g，180.15mmol)在EtOAc(400mL)中的溶液中添加Pd/C(0.07mg，180.15mmol，10％纯度)。将混合物在H2(15Psi)气氛下在25℃搅拌18h。TLC指示化合物2被完全消耗，并且形成一个新斑点。根据TLC，反应是干净的。通过硅藻土垫过滤去除不溶物质。将垫子用EtOAc(100mL)洗涤。浓缩滤液。将残余物通过柱色谱法(SiO2，石油醚/乙酸乙酯＝100/1至0/1)纯化。获得呈无色油状的化合物3(43g，96.93％产率)。1H NMR(氯仿-d，400MHz)：δ＝4.67-4.80(m，2H)，4.22-4.31(m，1H)，4.11(dd，J＝11.9，2.3Hz，1H)，3.90(ddd，J＝10.0，5.3，2.3Hz，1H)，3.37(s，3H)，2.09(s，3H)，2.04-2.06(m，3H)，1.81-2.02ppm(m，4H)。TLC：(石油醚∶乙酸乙酯＝5∶1)Rf＝0.30。
步骤3.向化合物1A(37.44g，244.46mmol)在MeCN(500mL)中的溶液中添加BSA(71.04g，349.23mmol，86.32mL)和化合物3(43g，174.61mmol)和SnCl4(68.24g，261.92mmol，30.60mL)。将混合物在45℃下搅拌2h。TLC指示化合物1A被完全消耗，并且形成两个新斑点。根据TLC，反应是干净的。将反应混合物在H2O(200mL)和EtOAc(500mL)之间分配。分离有机相，用盐水(30mL)洗涤，经Na2SO4干燥，过滤并在减压下浓缩以给出残余物。将残余物通过柱色谱法(SiO2，石油醚/乙酸乙酯＝100/1至0/1)纯化。获得呈黄色油状物的化合物4(34g，粗品)。
步骤4.向化合物4(24g，65.33mmol)在MeOH(5mL)中的溶液中添加CH3ONa(10.59g，196.00mmol)。将混合物在15℃下搅拌12h。HPLC显示化合物4已完全消耗，并检测到一个具有所期望质量的主峰。将过滤液体真空浓缩。将粗产物通过反相HPLC(0.1％FA条件)纯化。获得呈白色固体的化合物4A(13g，82.48％产率)。
步骤5.向化合物4A(13g，53.89mmol)在吡啶(200mL)中的溶液中添加DMT-Cl(18.26g，53.89mmol)。将混合物在25℃下搅拌6h。LCMS显示化合物4A已完全消耗，和一个具有所期望m/z的主峰。将反应混合物在H2O(500mL)和EtOAc(1000mL)之间分配。分离有机相，用盐水(50mL)洗涤，经Na2SO4干燥，过滤并在减压下浓缩以给出残余物。将残余物通过以下纯化：柱色谱法(SiO2，二氯甲烷∶甲醇＝100/1至0/1)。获得呈白色固体的化合物5A(13g，44.38％产率)。LCMS：(M-H+)＝542。TLC(二氯甲烷∶甲醇＝10∶1)，Rf＝0.33。
步骤6.向化合物5A(13g，23.91mmol)在Pyr.(130mL)中的溶液中添加Ac2O(2.44g，23.91mmol，2.24mL)。将混合物在25℃下搅拌12h。TLC(石油醚∶乙酸乙酯＝0∶1)指示化合物5A被完全消耗，并且形成一个新斑点。根据TLC，反应是干净的。将混合物真空浓缩。将残余物通过柱色谱法(SiO2，石油醚/乙酸乙酯＝100/1至0/1)纯化。获得呈白色固体的化合物WV-NU-223(7.7g，52.78％产率，96％纯度)。1H NMR(DMSO-d6，400MHz)：δ＝10.93(s，1H)，8.12(d，J＝7.5Hz，1H)，7.40(br d，J＝7.4Hz，2H)，7.14-7.34(m，8H)，6.79-6.91(m，4H)，5.73(br d，J＝10.4Hz，1H)，4.89(d，J＝6.1Hz，1H)，3.73(s，6H)，3.59-3.66(m，1H)，3.26(br d，J＝9.4Hz，1H)，3.15(br dd，J＝10.0，6.7Hz，1H)，2.12(s，3H)，1.93(br d，J＝10.2Hz，2H)，1.53-1.72ppm(m，2H)。LCMS＝(M-H+)＝585.6。TLC(石油醚∶乙酸乙酯＝0∶1)，Rf＝0.43。
N-(1-((2R，5S，6R)-6-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-5-(((1S，3S，3aS)-3-((苯基磺酰基)甲基)四氢-1H，3H-吡咯并[1，2-c][1，3，2]氧杂氮杂磷杂环戊烷-1-基)氧基)四氢-2H-吡喃-2-基)-2-氧代-1，2-二氢嘧啶-4-基)乙酰胺(CSM-019-L-PSM)的合成
使用一般程序合成亚酰胺6。产率，74％。31P NMR(243MHz，CDCl3)δ149.44；MS(ES)m/z针对C45H49N4O10PS[M+K]+的计算值907.25，观察值：907.14[M+K]+。
3-((2R，3R，4S，5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-羟基-3-(三氟甲基)四氢呋喃-2-基)-3H-苯并[b]嘧啶并[4，5-e][1，4]噁嗪-2(10H)-酮(WV-NU-243)的合成
步骤1.对于两批：向化合物1(100g，406.19mmol.)在吡啶(1000mL)中的溶液中添加Ac2O(165.87g，1.62mol.)。将混合物在20℃下搅拌18h。TLC指示化合物1被完全消耗，并且形成一个新斑点。将两批反应混合物合并并减压浓缩以去除溶剂。将残余物用石油醚(1000mL＊2)洗涤。获得呈白色固体的化合物2(268g，99.89％产率)。1H NMR(400MHz，DMSO-d6)δ＝11.47(br s，1H)，7.71(d，J＝8.0Hz，1H)，5.93-5.82(m，1H)，5.68(d，J＝8.0Hz，1H)，5.62-5.44(m，1H)，5.26(ddd，J＝5.4，7.9，17.3Hz，1H)，4.39-4.31(m，1H)，4.30-4.24(m，1H)，4.21-4.12(m，1H)，2.11(s，3H)，2.04(s，3H)。TLC：石油醚：乙酸乙酯＝0∶1，Rf＝0.8。
步骤2.对于两批：向化合物2(134g，405.73mmol)在Py(1300mL)中的溶液中添加NBS(93.88g，527.45mmol)。将混合物在20℃下搅拌18h。TLC指示化合物2被完全消耗，并且形成一个新斑点。将两批反应混合物减压浓缩以去除溶剂。将残余物通过柱色谱法(SiO2，石油醚/乙酸乙酯＝1/1至0/1)纯化。获得呈黄色固体的化合物3(323g，97.28％产率)。1HNMR(400MHz，DMSO-d6)6＝11.99(s，1H)，8.20(s，1H)，5.97-5.79(m，1H)，5.63-5.43(m，1H)，5.27(ddd，J＝5.3，7.9，18.0Hz，1H)，4.40-4.27(m，2H)，4.25-4.17(m，1H)，2.09(d，J＝17.6Hz，6H)。LCMS(M-H+)：411.0。TLC：石油醚：乙酸乙酯＝1：2，Rf＝0.8。
步骤3.对于两批：在0℃下，向1H-1，2，4-三唑(81.02g，1.17mol.)、POCl3(44.97g，293.28mmol)在ACN(1300mL)中的混合物中缓慢添加TEA(148.39g，1.47mol)，30min后，添加化合物3(30g，73.32mmoI)在ACN(200mL)中的溶液，将混合物在15℃下搅拌1h。TLC指示化合物3被完全消耗，并且形成一个新斑点。添加过量的TEA(150mL)和水(50mL)并搅拌30min。将溶剂蒸发以得到残余物并在二氯甲烷(500mL)和碳酸氢钠溶液(200mL)之间分配。将两批的混合物合并，并用二氯甲烷(500mL＊3)萃取水层，并将合并的有机层用盐水(500mL)洗涤，经硫酸钠干燥。蒸发溶剂，得到浅黄色固体，将其在高真空下干燥。获得呈黄色固体的化合物4(60g，粗品)。TLC：石油醚：乙酸乙酯＝1∶2，Rf＝0.4。
步骤4.对于两批：向化合物4(60g，130.37mmol)在DCM(1200mL)中的溶液中添加DIEA(42.12g，325.94mmol)和2-氨基苯酚(35.57g，325.94mmol.)。将混合物在20℃下搅拌12h。LCMS显示检测到所期望质量。通过添加5％柠檬酸(500ml)和H2O(500mL)淬灭反应混合物，然后合并两批混合物并用二氯甲烷(1000ml＊2)萃取，合并的有机层经硫酸钠干燥并蒸发至给出粗品。将粗品用乙酸乙酯(1000mL＊3)洗涤。获得呈棕色固体的化合物5(43g，65.93％产率)。LCMS(M-H+)：499.2。
步骤5.向化合物5(30g，59.97mmol)在EtOH(1.5L)中的溶液中添加KF(69.68g，1.20mol)。将混合物在95℃下搅拌12h。LCMS显示检测到所期望质量。将反应混合物冷却至15℃，然后过滤并减压浓缩得到残余物。获得呈棕色固体的化合物6(20g，粗品)。LCMS(M-H+)：336.0。
步骤6.向化合物6(20g，59.65mmol)在Py(1000mL)中的溶液中添加DMTCl(22.23g，65.62mmol)。将混合物在80℃下搅拌10h。LCMS显示检测到所期望质量。通过在15℃添加甲醇(50mL)淬灭反应混合物，然后在减压下浓缩，以给出残余物。将残余物通过以下纯化：柱色谱法(SiO2，石油醚/乙酸乙酯＝1/0至0/1，然后乙酸乙酯∶甲醇＝1/0至0/1)。然后将粗产物通过以下纯化：制备型HPLC(柱：Agela DuraShell C18 250＊70mm＊10um；流动相：[水(NH4HCO3)-ACN]；B％：42％-72％，18min)。获得呈黄色固体的化合物WV-NU-243(3.68g，67％产率)。1H NMR(400MHz，DMSO-d6)δ＝10.77-9.94(m，1H)，7.86-7.58(m，1H)，7.34-7.25(m，2H)，7.24-7.16(m，1H)，7.11(br d，J＝7.6Hz，2H)，7.01(d，J＝8.8Hz，4H)，6.86(d，J＝8.9Hz，4H)，6.73(d，J＝8.6Hz，1H)，6.68(s，1H)，6.56(dd，J＝2.1，8.6Hz，1H)，5.86(dd，J＝1.2，17.1Hz，1H)，5.58(br d，J＝6.3Hz，1H)，5.33(br t，J＝4.4Hz，1H)，5.04-4.78(m，1H)，4.24-4.09(m，1H)，3.88(br d，J＝7.6Hz，1H)，3.78(br s，1H)，3.73(s，6H)，3.66-3.57(m，1H)。LCMS(M-H+)：636.2，纯度：100％。TLC(石油醚：乙酸乙酯＝1∶1，Rf＝0.3)。
3-((2R，3R，4R，5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-3-氟-4-(((1S，3S，3aS)-3-((苯基磺酰基)甲基)四氢-1H，3H-吡咯并[1，2-c][1，3，2]氧杂氮杂磷杂环戊烷-1-基)氧基)四氢呋喃-2-基)-3H-苯并[b]嘧啶并[4，5-e][1，4]噁嗪-2(10H)-酮(L-PSM-WV-NU-243亚酰胺)的合成
将250mL大小的三颈烧瓶中的核苷WV-NU-243(1.72g，2.70mmol，1.0当量)与无水甲苯(30mL)共沸，并在高真空下干燥48h。在氩气下向烧瓶中添加无水THF(10mL)，并将溶液冷却至-10℃。向反应混合物中添加三乙胺(4.0当量)，然后经10min添加TMSCl(1.0当量)、然后L-PSM-Cl(0.8M)溶液(2.0当量)。将反应混合物升温至室温并通过HPLC监测反应进程。起始材料消失后，通过添加水淬灭反应并通过添加分子筛干燥。将反应混合物通过烧结玻璃管过滤。用无水THF(25mL)洗涤反应烧瓶和沉淀物。收集获得的滤液，减压去除溶剂。将残余物通过柱色谱法(SiO2，在己烷中的40％-100％乙酸乙酯)纯化以给出呈淡黄色固体的L-PSM-WV-NU-243亚酰胺(2.1g，84％产率)。LCMS：C45H46N5O9PS(M-H+)：919.27。1H NMR(600MHz，CDCl3)δ10.95(s，1H)，7.90-7.84(m，2H)，7.63(t，J＝6.6Hz，1H)，7.61-7.57(m，1H)，7.52(s，1H)，7.49(t，J＝7.9Hz，2H)，7.47-7.42(m，2H)，7.38-7.32(m，4H)，7.29(t，J＝7.7Hz，2H)，7.22-7.16(m，1H)，6.88-6.78(m，5H)，6.74(td，J＝7.8，1.7Hz，1H)，6.28(dt，J＝8.1，1.4Hz，1H)，6.00(d，J＝16.0Hz，1H)，5.10(d，J＝4.1Hz，2H)，5.00(dt，J＝12.3，5.4Hz，2H)，4.80-4.65(m，1H)，4.14(d，J＝8.1Hz，1H)，3.70(d，J＝11.8Hz，8H)，3.56-3.40(m，4H)，3.36(dd，J＝14.6，5.9Hz，1H)，3.14(qd，J＝10.0，4.1Hz，1H)，1.85(dtt，J＝11.8，7.7，3.3Hz，1H)，1.76(dt，J＝12.0，8.5Hz，1H)，1.66(dtd，J＝12.3，6.0，2.8Hz，1H)，1.16-1.04(m，1H)。31P NMR(243MHz，CDCl3)δ＝155.40。19F NMR(565MHz，CDCl3)δ＝200.12。13C NMR(151MHz，CDCl3)δ171.81，159.27，159.24，156.20，154.29，144.82，142.89，139.74，136.27，135.97，134.71，130.89，130.71，129.99，128.92，128.90，128.82，128.67，127.66，126.66，124.90，124.59，121.99，118.74，115.89，113.95，113.93，94.24，92.97，89.32，89.10，87.60，81.76，81.74，75.38，75.32，69.43，69.36，69.33，69.26，66.78，66.75，61.06，60.92，58.77，58.74，55.84，55.82，47.18，46.95，28.03，26.69，26.67，21.72，14.87。
3-((2R，3R，4R，5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-羟基-3-甲氧基四氢呋喃-2-基)-3H-苯并[b]嘧啶并[4，5-e][1，4]噁嗪-2(10H)-酮(WV-NU-253)的合成
步骤1.向化合物1(90g，348.53mmol)在吡啶(720mL)中的溶液中添加Ac2O(196.20g，1.92mol)并将反应混合物在25℃下搅拌18h。LCMS显示检测到产物。将残余物溶于二氯甲烷(1000ml)，并且用饱和碳酸氢钠溶液(4＊1000ml)洗涤。将水层用二氯甲烷(2＊750ml)萃取并将合并的有机层经硫酸钠干燥并蒸发。无需任何进一步纯化即可用于下一步骤。获得呈黄色油状物的化合物2(100g，83.82％产率)。1H NMR(400MHz，DMSO-d6)δ＝11.60-11.33(m，1H)，8.71-8.49(m，1H)，7.82-7.74(m，1H)，7.70(d，J＝8.1Hz，1H)，7.42-7.35(m，1H)，5.83(d，J＝5.7Hz，1H)，5.74(d，J＝8.1Hz，1H)，5.20(br s，1H)，4.27-4.18(m，4H)，3.29(s，3H)，2.10(s，3H)，2.07(s，3H)。LCMS(M+H+)：341.2。
步骤2.向化合物2(100g，292.14mmol)在吡啶(1000mL)中的溶液中添加NBS(67.59g，379.78mmol)。将反应混合物在25℃下搅拌18h。LCMS显示检测到产物。将该反应混合物用二氯甲烷(1000ml)进行稀释，并且用饱和碳酸氢钠溶液(3x 800ml)进行洗涤。将水层用二氯甲烷(2x 500ml)萃取并将合并的有机层经硫酸钠干燥并蒸发。将残余物通过柱色谱法(SiO2，石油醚/乙酸乙酯＝10/1至0/1)纯化。获得呈棕色固体的化合物3(117g，95.08％产率)。1H NMR(400MHz，DMSO-d6)δ＝11.97(s，1H)，8.13(s，1H)，5.80(d，J＝4.8Hz,1H)，5.19(t，J＝5.2Hz，1H)，4.31-4.19(m，4H)，3.33-3.31(m，3H)，2.10(d，J＝2.6Hz，6H)。LCMS(M+H+)：444.3。TLC(石油醚∶乙酸乙酯＝0：1)，Rf＝0.37。
步骤3.在0℃(冰浴)下，向1H-1，2，4-三唑(91.83g，1.33mol)和POCl3(50.96g，332.39mmol，30.89mL)在ACN(1000mL)中的悬浮液中缓慢添加Et3N(168.17g，1.66mol，231.32mL)。搅拌20min后，将化合物3(35g，83.10mmol)在ACN(500mL)中的溶液添加至反应烧瓶中。去除冰浴并将混合物在25℃搅拌3h。TLC显示检测到产物。添加过量的三乙胺(700mL)和水(300mL)并搅拌30min。将溶剂蒸发以得到残余物并在二氯甲烷(500＊3mL)和碳酸氢钠溶液(200mL)之间分配。将水层用二氯甲烷萃取并将合并的有机层经硫酸钠干燥。蒸发溶剂，得到浅黄色固体，将其在高真空下干燥。将混合物不经进一步纯化而用于下一步骤。获得呈黄色油状物的化合物4(39g，粗品)。TLC(石油醚∶乙酸乙酯＝1∶2)，Rf＝0.36。
步骤4.向化合物4(39g，82.58mmol)在DCM(500mL)中的溶液中添加2-氨基苯酚(27.04g，247.75mmol)和DIEA(32.02g，247.75mmol，43.15mL)。将反应混合物在25℃下搅拌2h。TLC显示检测到产物。通过添加5％柠檬酸(200ml)淬灭反应混合物。将水层用二氯甲烷(200ml)萃取并将合并的有机层经硫酸钠干燥并蒸发以给出泡沫状产物。在25℃下，将粗产物用(石油醚∶乙酸乙酯＝1∶1)(500ml)研磨12h。获得呈棕色固体的化合物5(20g，粗品)。TLC(石油醚∶乙酸乙酯＝1∶2)，Rf＝0.57。
步骤5.向化合物5(30g，58.56mmol)、KF(34.02g，585.59mmol)在EtOH(1500mL)中的溶液中，并将混合物在90℃下搅拌72h。LCMS显示化合物5已消耗，发现了所期望的质量。将混合物浓缩以得到粗品并将混合物用DCM∶MeOH＝10∶1(2000mL)洗涤，过滤并将过滤物浓缩以得到呈黄色油状物的化合物6(20g，98.33％产率)。LCMS：(M+H+)：348.1。
步骤6.向化合物6(20g，57.58mmol)在吡啶(2000mL)中的溶液中添加DMTCl(25.36g，74.86mmol)并将混合物在15℃下搅拌12h。LCMS显示化合物6已消耗，获得了所期望的质量。浓缩混合物以得到粗品。将残余物通过MPLC(DCM∶MeOH＝20∶1、10∶1)纯化。在15℃下，将粗产物用DCM(10mL)：MTBE(10mL)研磨，添加至搅拌的石油醚(10mL)中持续5min，过滤并将滤饼干燥以得到呈黄色固体的WV-NU-253(10.7g，26.94％产率)。1HNMR(400MHz，氯仿-d)δ＝10.01(brs，1H)，7.52(s，1H)，7.41(d，J＝7.5Hz，2H)，7.35-7.28(m，5H)，7.24(t，J＝7.6Hz，2H)，7.17-7.12(m，1H)，6.82-6.70(m，6H)，6.29(dd，J＝1.3，7.8Hz，1H)，5.88(s，1H)，4.44-4.37(m，1H)，3.94(br d，J＝8.0Hz，1H)，3.81(d，J＝5.1Hz，1H)，3.71-3.62(m，9H)，3.51-3.39(m，2H)，2.55(br d，J＝9.3Hz，1H)。LCMS：(M-H+)：648.3，LCMS纯度：94.193％。TLC：DCM：MeOH＝10：1，Rf＝0.38。
3-((2R，4S，5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-羟基四氢呋喃-2-基)-苯并[b]嘧啶并[4，5-e][1，4]噁嗪-2(10H)-酮(WV-NU-242)的合成
步骤1.在0℃下，经30min时间段，向(WV-NU-242A)(50g，0.219mol)在干燥吡啶(750mL，15vol.)中的搅拌溶液中滴加乙酸酐(124.3mL，1.315mol.)。然后将反应进一步在rt下搅拌18h。通过TLC监测反应进程。将反应混合物在真空下浓缩以得到粗物质。将物质与甲苯(2x 100mL)共蒸馏，并在真空下干燥，得到灰白色固体(51g)。TLC流动相详情：在DCM中的7％MeOH。1H NMR(500MHz，DMSO-d6)：δin ppm＝10.39(s，1H)，7.66(d，1H，J1＝8.3Hz)，7.20(m，1H)，6.15(dd，1H，J1＝8.3Hz，，J2＝6.2Hz)，5.70(d，1H，J1＝8.3Hz)5.18(m，1H)，)5.18(m，1H))，4.22(m，2H))4.17(m，1H))2.47(m，1H)，2.31(m，2H)2.06(m，6H，J1＝6.9Hz)MS：m/z针对C13H16N2O7的计算值312.3；发现值[M+H+]+，313.14。
步骤2.在0℃下，经30min，向(WV-NU-242B)(40g，0.128mol)在干燥的吡啶(600mL，15vol.)中的搅拌溶液中分批添加新鲜结晶的NBS(41.07g，0.2305mol.)。将上述反应在rt下搅拌18h。通过TLC监测反应进程。随后真空浓缩反应。将粗品溶于DCM(600mL)，用饱和NaHCO3(2 x 100mL)洗涤，经Na2SO4干燥并真空浓缩以得到胶状物质。将粗品通过硅胶柱色谱法(230-400目)(在30％EtOAc/己烷中洗脱)纯化以得到灰白色固体(WV-NU-243C)(38g，76％)。TLC流动相详情：在已烷中的60％EtOAc。1H NMR(400MHz，DMSO-d6)：δin ppm＝11.09(s，1H)，8.06(s，1H)，6.12(dd，1H，J1＝87.9Hz，，J2＝6.3Hz)，5.18(m，1H)，4.26(d，2H，J1＝4.7Hz)4.19(m，1H)，)2.57(s，1H))，2.53(d，1H，J1＝7.6Hz))2.31(ddd，1H))2.08(s，3H)，2.06(s，3H)，MS：m/z针对C13H15BrN2O7的计算值391.2；发现值[M+2]+，393。
步骤3.在0℃下，向1，2，4-三唑(63.52g，0.92mol)在干燥的乙腈(1.7L，50vol.)中的搅拌溶液中添加POCl3(28.63mL，0.3063mol)，接着经40min滴加三甲胺(209mL，1.534mol)。然后将混合物在0°至10℃下搅拌2h。在0℃下，经1h，向该混合物中滴加(WV-NU-242C)(40g，0.1023mol)在干燥的乙腈(300mL)中的溶液。然后使混合物达到rt并搅拌24h。通过TLC监测反应进程。真空浓缩反应混合物。将粗品溶于DCM(1L)，用饱和NaHCO3(200mL x2)洗涤，经Na2SO4干燥并真空浓缩，以得到微黄色固体(WV-NU-242D)(40g)，TLC流动相详情：在己烷中的60％EtOAc。1H NMR(500MHz，DMSO-d6)：δin ppm＝9.28(s，1H)，8.66(s，1H)，8.41(s，1H)，6.11(t，1H，1H，J1＝6.5)，5.24(m，1H)，4.4(m，1H)，4.33(ddd，2H，J1＝21.0J2＝12.1J2＝4.3)，2.59(m，2H，)，2.09(d，6H，J1＝4.8)，MS：m/z针对C15H16BrN2O6的计算值442.2；发现值444.08。[M+2]+。
步骤4.在0℃下，经20min，向(WV-NU-242D)(40g，0.0907mol)在干燥的乙腈(800mL，20vol.)中的搅拌溶液中滴加2-氨基苯酚(24.71g，0.2267mol.)、DBU(33.79ml，0.2267mol)。将上述反应在rt下搅拌18h。通过TLC监测反应进程。将反应物真空浓缩以得到粗化合物。将粗品通过硅胶柱色谱法(230-400目)(在50％EtOAc/己烷中洗脱)纯化以得到微红色固体(WV-NU-243C)(20g，41％针对2个步骤)。TLC流动相详情：在己烷中的70％EtOAc。1HNMR(400MHz，DMSO-d6)：δin ppm＝10.23(s，1H)，8.41(s，1H)，8.12(dd，1H，J1＝8.2Hz，，J2＝1.5Hz)，8.10(s，1H)，7.02(m，1H)，6.93(dd，1H，J1＝8.8Hz，，J2＝1.3Hz)，6.85(m，1H)，6.15(m，1H)，5.19(dd，1H，J1＝6.1Hz，J2＝2.8Hz)4.26(m，3H)，)2.38(s，2H))，2.08(d，1H，J1＝7.7Hz)，MS：m/z针对C19H20BrN3O7的计算值482.3；发现值484.05[M+2]+。
步骤5.在0℃下，经10min，向(WV-NU-242E)(20g，0.04149mol)在甲醇(200mL，10vol.)中的搅拌溶液中添加25％氨水溶液(28mL，1.4vol)。将上述反应在rt下搅拌12h。通过TLC监测反应进程。然后真空浓缩反应混合物；与甲苯(2 x 100ml)共蒸馏，并干燥以获得粗品胶状物质。将粗物质通过硅胶柱色谱法(230-400目)
(在5％MeOH/DCM中洗脱)纯化以得到微黄色固体(WV-NU-243F)(12g，75％)。TLC流动相详情：在DCM中的10％MeOH。1H NMR(500MHz，DMSO-d6)：δin ppm＝10.25(s，1H)，8.46(s，1H)，8.32(s，1H)，8.18(dd，1H，J1＝7.6Hz，，J2＝1.4Hz)，7.01(td，1H，J1＝7.2Hz，，J2＝1.6Hz)，6.93(dd，1H，，J1＝8.3Hz，，J2＝1.4Hz)，6.85(m，1H)，6.11(t，1H，J1＝6.2Hz，)，5.25(d，1H，J1＝4.1Hz)，5.19(t，1H，J1＝4.8Hz)，4.24(m，1H，)3.82(q，1H，，J1＝3.2Hz)，)3.63(dd，2H，J1＝39.2Hz，J2＝7.7Hz，J3＝3.9Hz，))，2.21(qd，1H，J1＝6.5Hz，J2＝4.3Hz)，)，2.08(m，1H，)MS:m/z针对C15H16BrN3O5的计算值398.3；发现值400.05[M+2]+。
步骤6.在rt下，经10min，向(WV-NU-242F)(7g，0.01799mol)在无水乙醇(350mL，50vol.)中的搅拌溶液中滴加三乙胺(140mL，20vol)。将上述反应物在85℃下搅拌80h。通过TLC监测反应进程。然后将反应物真空浓缩以得到粗品，将粗品通过硅胶柱色谱法(230-400目)(在7％MeOH/DCM中洗脱)纯化以得到微黄色固体(WV-NU-243G)(3g，52％)。TLC流动相详情：在DCM中的10％MeOH。1H NMR(400MHz，DMSO-d6)：δin ppm＝7.67(s，1H)，6.94(m，2H)，6.81(m，2H)，6.12(t，1H，J1＝6.7Hz，)，4.22(m，1H)，3.80(m，1H，)，3.60(m，2H)，3.09(m，2H，)，2.04(m，2H，)，1.17(t，3H，J1＝7.3Hz)MS：m/z针对C15H15N3O5的计算值317.3；发现值316.16[M-1]+。
步骤7.在0℃下，经30min，向(WV-NU-242G)(3g，0.0094mol)在干燥的吡啶(75mL，25vol.)中的搅拌溶液中分批添加DMTCl(3.51g，0.0104mol)。将上述反应搅拌18h。通过TLC监测反应进程。然后将反应物在真空下浓缩以得到粗物质。将粗品溶于DCM(100mL)，用饱和NaHCO3(50mLx2)洗涤，经Na2SO4干燥并真空浓缩以得到黄色固体。将粗品通过硅胶柱色谱法(230-400目)(在3％EtOH/DCM中洗脱)纯化以得到微黄色固体(WV-NU-243)(3g，51％)。TLC流动相详情：在DCM中的7％EtOH。1H NMR(400MHz，DMSO-d6)：δin ppm＝7.41(m，2H)，7.31(m，7H)，7.22(t，1H，J1＝6.7Hz)，6.85(m，8H)，6.11(t，1H，J1＝6.5Hz)，5.27(s，1H，)，4.28(dd，1H，J1＝8.9Hz J2＝5.0Hz)，3.89(m，1H，)，3.72(m，7H，)，3.26(q，1H，J1＝5.2Hz)，3.11(dd，1H，J1＝10.4Hz，J2＝2.7Hz)，2.162(t，1H，J1＝6.0Hz)MS：m/z针对C36H33N3O7的计算值619.7；发现值618.30[M-1]+。
下面作为实例描述了可用于寡核苷酸制备的另外化合物的制备。
氯试剂(2)的一般实验程序(A)
在氩气下(3000mL单颈烧瓶)将二硫醇(360mmol)溶解在甲苯(720mL)中，然后添加4-甲基吗啉(35.4mL，792mmol)。在氩气气氛下，经30min通过套管将该混合物滴加到三氯化磷(720mL，396mmol)的甲苯(720mL)中的冰冷溶液中。升温至室温1h后，将混合物在真空/氩气下小心过滤。将所得滤液通过旋转蒸发(用氩气冲洗)浓缩，然后在高真空下干燥2h。将所得粗化合物分离为粘稠油状物，将其溶解在THF中以获得1M储备溶液，该溶液不经进一步纯化即用于下一步骤。
2的数据：由化合物1合成，遵循一般程序A。31P NMR(243MHz，THF-CDCl3，1∶2)δ168.77，161.4
单体(5和6)的一般实验程序(B)
5′-ODMTr保护的核苷3或4(6.9mmol)在三颈250mL圆底烧瓶中通过与无水甲苯(50mL)共蒸发然后在高真空下18h进行干燥。在氩气氛下，将干燥的核苷溶解在干THF(35mL)中。然后，将三乙胺(24.4mmol，3.5当量)添加到反应混合物中，然后冷却至约-10℃。将粗氯试剂的THF溶液(1M溶液，2.5当量，17.4mmol)通过套管经约5分钟添加到上述混合物中，然后经约1h逐渐升温至室温。LCMS显示起始材料被消耗。将反应混合物在真空/氩气下小心过滤，并将所得滤液减压浓缩，得到黄色泡沫，将其在高真空下进一步干燥过夜。将粗混合物通过硅胶柱[柱使用乙腈然后乙酸乙酯(5％TEA)预失活，然后使用乙酸乙酯-已烷平衡]色谱法(使用乙酸乙酯和己烷作为洗脱液)纯化。
立体随机(Rp/Sp)单体5：产率86％。按照一般程序B，使用核苷3和氯试剂2进行反应。31P NMR(243MHz，CDCl3)6171.62，155.50，146.84，146.17；MS(ES)m/z针对C35H39N2O7PS2[M+K]+的计算值733.16，观察值：733.40[M+K]+。
立体随机(Rp/Sp)单体6：产率73％。按照一般程序B，使用核苷4和氯试剂2进行反应。31P NMR(243MHz，CDCl3)δ121.87，106.20，93.58，92.99；MS(ES)m/z针对C35H40N3O6PS2[M+K]+的计算值773.28，观察值：773.70[M+K]+。
PS-PN二聚体(7和8)的一般实验程序(C)：
在氩气气氛下在室温下将单体5或6(0.10mmol，2当量，通过与干乙腈共蒸发预干燥并在真空下保持至少12h)在干乙腈(0.5mL)中的搅拌溶液添加到2-叠氮基-1，3-二甲基咪唑啉鎓六氟磷酸盐(0.11mmol，2.25当量)在乙腈(0.2mL)中的溶液中。将所得反应混合物搅拌10min，然后添加在干乙腈(0.25mL)中的DMTr保护的醇(0.05mmol，通过与干乙腈共蒸发进行预干燥，并在真空条件下保持至少12h)以及1，8-二氮杂双环[5.4.0]十一碳-7-烯(0.23mmol，5当量，在干乙腈中的0.23ml 1M溶液)。通过LCMS监测和分析反应。大约反应完成时间10-20min。
立体随机二聚体7：按照一般程序C，使用5进行反应。MS(ES)m/z针对C67H72N7O14PS[M+K]+的计算值1300.42，观察值：1300.70[M+K]+。
立体纯的(Rp)二聚体8：按照一般程序C，使用6进行反应。MS(ES)m/z针对C67H73N8O13PS[M+K]+的计算值1299.44，观察值：1299.65[M+K]+。
PS-PS二聚体(9和10)的一般实验程序(D)：
在氩气气氛下在室温下将单体5或6(0.10mmol，2当量，通过与干乙腈共蒸发预干燥并在真空下保持至少12h)在干乙腈(0.5mL)中的搅拌溶液添加到5-苯基-3H-1，2，4-二噻唑-3-酮(0.12mmol，2.5当量，0.2M)在乙腈中的溶液中。将所得反应混合物搅拌10min，然后添加在干乙腈(0.2mL)中的DMTr保护的醇(0.05mmol，1当量，通过与干乙腈共蒸发进行预干燥，并在真空条件下保持至少12h)以及1，8-二氮杂双环[5.4.0]十一碳-7-烯(0.23mmol，5当量，在干乙腈中的1M溶液)。一旦反应完成(通过LCMS监测)，则通过LCMS分析反应混合物。
二聚体9：按照一般程序D使用单体5进行反应。反应完成时间约30min。MS(ES)m/z针对C62H62N4O14PS2[M]-的计算值1181.34，观察值：1181.66[M]-。
二聚体10：按照一般程序D使用单体6进行反应。反应完成时间约20h。MS(ES)m/z针对C62H63N5O13PS2[M]-的计算值1180.36，观察值：1180.71[M]-。
制备了另外有用的化合物作为实例：
MOE-G单体451：产率81％。31P NMR(243MHz，CDCl3)δ175.14，158.52，150.30，148.81；MS(ES)m/z针对C42H50N5O9PS2[M+H]+的计算值864.29，观察值：864.56[M+H]+。
OMe-A单体452：产率92％。31P NMR(243MHz，CDCl3)δ175.65，159.27，151.04，150.10；MS(ES)m/z针对C43H44N5O7PS2[M+H]+的计算值838.25，观察值：838.05[M+H]+。
OMe-U单体453：产率94％。31P NMR(243MHz，CDCl3)δ175.09，162.04，154.12，153.58；MS(ES)m/z针对C35H39N2O8PS2[M+K]+的计算值749.15，观察值：749.06[M+K]+。
MOE-5-Me-C单体454：产率91％。31P NMR(243MHz，CDCl3)δ175.53，162.04，153.78，153.61；MS(ES)m/z针对C45H50N3O9PS2[M+H]+的计算值872.28，观察值：872.16[M+H]+。
f-G单体455：产率97％。31P NMR(243MHz，CDCl3)δ176.88(d)，161.94(d)，154.16(d)，152.48(d)；MS(ES)m/z针对C39H43FN5O7PS2[M+H]+的计算值808.24，观察值：808.65[M+H]+。
f-A单体456：产率99％。31P NMR(243MHz，CDCl3)δ177.43(d)，159.63(d)，149.76(d)，149.55(d)；MS(ES)m/z针对C42H41FN5O6PS2[M+H]+的计算值826.23，观察值：826.56[M+H]+。
dA单体457：产率98％。31P NMR(243MHz，CDCl3)δ171.85，154.47，146.19，144.48；MS(ES)m/z针对C42H42N5O6PS2[M+K]+的计算值846.20，观察值：846.56[M+K]+。
Mor-G单体458：产率72％。31P NMR(243MHz，CDCl3)δ121.26，105.98，93.48，93.24；MS(ES)m/z针对C39H45N6O6PS2[M+K]+的计算值827.22，观察值：827.60[M+K]+。
Mor-A单体459：产率37％。31P NMR(243MHz，CDCl3)δ121.87，106.17，93.23，93.05；MS(ES)m/z针对C42H43N6O5PS2[M+K]+的计算值845.21，观察值：845.32[M+K]+。
Mor-C单体460：产率68％。31P NMR(243MHz，CDCl3)δ122.34，106.05，93.33，92.6116；MS(ES)m/z针对C41H43N4O6PS2[M+K]+的计算值821.20，观察值：821.54[M+K]+。
在一些实施例中，糖是无环的。在一些实施例中，本披露提供了用于制备包含环糖的寡核苷酸的技术，例如试剂(例如亚磷酰胺)、条件、方法等。下面描述sm18的实例。
某些无环吗啉单体。
5’-ODMTr保护的吗啉核苷(5.05mmol)在三颈100mL圆底烧瓶中通过与无水甲苯(50mL)共蒸发然后在高真空下18h进行干燥。在氩气气氛下，将经干燥的核苷溶解在干燥的THF(25mL)中。然后，将三乙胺(17.6mmol，3.5当量)添加到反应混合物中，然后冷却至约-10℃。将粗氯试剂的THF溶液(1.4M溶液，1.8当量，9.09mmol)通过套管经约3分钟添加到上述混合物中，然后经约1h逐渐升温至室温。LCMS显示起始材料被消耗。然后在真空/氩气下小心过滤，并将所得滤液减压浓缩，得到黄色泡沫，将其在高真空下进一步干燥过夜。将粗混合物通过硅胶柱[柱使用乙腈然后乙酸乙酯(5％TEA)预失活，然后使用乙酸乙酯-己烷平衡]色谱法(使用乙酸乙酯和己烷作为洗脱液)纯化。产率66％。31P NMR(243MHz，CDCl3)δ154.93，154.65，154.58，154.23，150.54，150.17，145.69，145.26；MS(ES)m/z针对C37H46N3O7PS[M+K]+的计算值746.24，观察值：746.38[M+K]+。
在0℃下，向WV-SM-53a/50a(6g，10.70mmol)在DCM(40mL)中的溶液中添加在DCM(20mL)中的Et3N(3.25g，32.11mmol)和MsCl(2.45g，21.40mmol)。将混合物在0℃下搅拌4h。TLC显示WV-SM-53a/50a被消耗并且检测到一个新斑点。通过添加饱和NaHCO3(水性，50mL)将反应混合物淬灭，然后用EtOAc(50mL＊3)萃取。将合并的有机层用盐水(50mL)洗涤，经Na2SO4干燥，过滤并减压浓缩，以给出残余物。获得呈棕色油状物的化合物27(8.0g，粗品)。TLC石油醚∶乙酸乙酯＝1∶3，Rf＝0.50。
两批：向化合物27(3.42g，5.35mmol)在THF(20mL)中的溶液中添加甲胺(10g，96.60mmol，30％纯度)。将混合物在100℃下搅拌160h。LC-MS显示化合物27被消耗，并检测到一个具有所期望的MS的主峰。TLC显示一个主要斑点。将两批合并，并将反应混合物过滤并减压浓缩得到残余物。将残余物通过MPLC(SiO2，石油醚/乙酸乙酯＝5∶1至0∶1，5％TEA)纯化。获得呈黄色固体的WV-SM-56a(2.9g，47.21％产率)。1H NMR(400MHz，氯仿-d)δ＝7.29-7.24(m，2H)，7.20-7.06(m，8H)，6.72(d，J＝8.8Hz，4H)，6.08-5.87(m，1H)，3.71(s，6H)，3.58-3.42(m，1H)，3.19-3.05(m，1Ⅱ)，3.05-2.91(m，1H)，2.83-2.75(m，1H)，2.72(d，J＝4.8Hz，2H)，2.31(s，3H)，1.61(dd，J＝0.9，5.9Hz，3H)，1.36(d，J＝5.9Hz，3H)，0.96-0.77(m，3H)。13C NMR(101MHz，氯仿-d)δ＝163.71，163.62，158.47，150.74，150.58，144.72，135.94，135.89，135.86，135.25，135.15，130.02，129.93，129.89，127.90(dd，J＝2.9，22.0Hz，1C)，126.83，126.81，113.10，113.08，111.28，111.24，86.45，86.39，81.89，81.82，81.00，80.58，63.39，63.15，60.40，56.02，55.23，34.52，34.17，26.41，23.11，21.66，21.59，15.57，15.09，14.20，12.46，12.41。HPLC纯度：90.87％。LCMS(M+Na+)：596.3.SFC：dr＝52.46：47.54。TLC (乙酸乙酯∶甲醇＝9∶1)，Rf＝0.19。
化合物2的制备。2批：向化合物1(50g，137.99mmol)在EtOH(1000mL)中的溶液中添加在H2O(500mL)中的NaIO4(30.00g，140.26mmol)。将混合物在暗处在15℃下搅拌2h。TLC指示化合物1被消耗并且形成一个新斑点。获得呈白色悬浮液状的化合物2(99.44g，粗品)，其用于下一步骤。TLC(乙酸乙酯∶甲醇＝9∶1)，Rf＝0.49。
化合物3的制备。2批：在0℃下，向化合物2(49.72g，137.99mmol)在EtOH(1000mL)和H2O(500mL)中的搅拌溶液中分小份添加NaBH4(10.44g，275.98mmol)。将混合物在15℃下搅拌1h。TLC指示化合物2被消耗并且形成一个新斑点。添加1N HCl至pH＝7。去除溶剂，得到棕色固体。向固体中添加饱和Na2SO3(水性，500mL)，然后用EtOAc(500mL＊8)萃取。将合并的有机相用Na2SO4干燥。减压除去溶剂得到产物。获得呈白色固体的化合物3(86.7g，86.22％产率)。LCMS(M+Na+)386.9，纯度96.31％。TLC(乙酸乙酯∶甲醇＝9∶1)，Rf＝0.38。
化合物4的制备。向化合物3(86.7g，237.96mmol)和TEA(120.40g，1.19mol)在DCM(700mL)中的溶液中添加在DCM(300mL)中的MsCl(59.97g，523.51mmol)。将混合物在0℃下搅拌4h。TLC指示化合物3被消耗，并且形成两个新斑点。通过添加水(500mL)淬灭反应混合物，并保持36h。TLC指示中间体被消耗并且剩下一个斑点。将水层用DCM(800mL＊3)萃取。将合并的有机层经Na2SO4干燥，过滤，并减压浓缩得到残余物。将残余物通过柱色谱法(SiO2，石油醚/乙酸乙酯＝20/1至0∶1，然后MeOH/EtOAc＝0/1至1/10)纯化。获得呈白色固体的化合物4(75g，74.26％产率)。TLC(石油醚∶乙酸乙酯＝0∶1)，Rf＝0.38；(乙酸乙酯∶甲醇＝9∶1)，Rf＝0.13。
化合物5的制备。向化合物4(75g，176.71mmol)在DMF(650mL)中的溶液中添加HI(100.46g，353.42mmol，59.09mL，45％纯度)。将混合物在15℃下搅拌0.5h。TLC显示化合物4被消耗，检测到一个主要斑点。将反应混合物通过饱和NaHCO3(水性)淬灭至pH＝7。将残余物用EtOAc(800mL＊5)萃取。将合并的有机层用盐水(600mL)洗涤，经Na2SO4干燥，过滤并减压浓缩，以给出残余物。获得呈棕色油状物的化合物5(91.15g，粗品)。TLC(乙酸乙酯∶甲醇＝9∶1)，Rf＝0.80。
化合物6的制备。将化合物5(91g，164.75mmol)、Pd/C(28g，10％纯度)和NaOAc(122.85g，1.50mol)在EtOH(700mL)中的混合物脱气并用H2吹扫3次，然后将混合物在H2气氛(15psi)下在15℃下搅拌24h。TLC显示化合物5被消耗，发现一个主要斑点。滤出Pd/C并蒸发滤液。向残余物中添加水(500mL)，用EtOAc(500mL＊6)萃取。并且然后将有机层用盐水(500mL)洗涤，经Na2SO4干燥，过滤并在减压下浓缩以给出残余物。获得呈棕色油状物的化合物6(76g，粗品)。TLC(石油醚∶乙酸乙酯＝1∶3)，Rf＝0.12。
化合物7的制备。向化合物6(70g，164.15mmol)在MeOH(1000mL)中的溶液中添加NH3.H2O(1.15kg，8.21mol，1.26L，25％纯度)。将混合物在15℃下搅拌16h。TLC指示化合物6被消耗并且形成一个新斑点。将反应混合物减压浓缩以去除MeOH并将水相用EtOAc(300mL＊8)萃取。将有机相经Na2SO4干燥，过滤并减压浓缩，以给出残余物。将残余物通过柱色谱法(SiO2，石油醚/乙酸乙酯＝20/1至0∶1)纯化。获得呈白色固体的化合物7(33g，62.37％产率)。TLC(乙酸乙酯∶甲醇＝9∶1)，Rf＝0.39。
化合物8的制备。向化合物7(33g，102.38mmol)在吡啶(120mL)中的溶液中添加DMTCl(41.63g，122.85mmol)。将混合物在15℃下搅拌4h。TLC指示化合物7被消耗并且形成一个新斑点。反应混合物用饱和NaHCO3(水性，100mL)稀释并用EtOAc(200mL＊5)萃取。将合并的有机层经Na2SO4干燥，过滤，并减压浓缩得到残余物。将残余物通过柱色谱法(SiO2，石油醚/乙酸乙酯＝20/1至1/5，5％TEA)纯化。获得呈黄色固体的化合物8(55g，86.00％产率)。TLC(石油醚∶乙酸乙酯＝0∶1)，Rf＝0.65。
WV-SM-47a的制备。将化合物8(55g，88.04mmol)、NaOH(42.26g，1.06mol)在DMSO(300mL)和水(300mL)中的混合物脱气并用N2吹扫3次，然后将混合物在N2气氛下在90℃下搅拌16h。LCMS和TLC显示化合物8完成，并且发现一个具有所期望的MS 545(NEG，M-H+)的主峰。通过添加EtOAc(1000mL)淬灭反应混合物，然后用H2O(1000mL)稀释并用EtOAc(1000mL＊4)萃取。将合并的有机层用盐水(1000mL)洗涤，经Na2SO4干燥，过滤并减压浓缩，以给出残余物。将残余物通过柱色谱法(SiO2，石油醚/乙酸乙酯＝20/1至1/3，5％TEA)纯化。获得呈白色固体的WV-SM-47a(37.5g，77.92％产率)。LCMS(M-H+)545.3。TLC(石油醚∶乙酸乙酯＝0∶1，5％TEA)，Rf＝0.29。
化合物9的制备。向WV-SM-47a(37.5g，68.60mmol)在DCM(400mL)中的溶液中添加吡啶(81.40g，1.03mol，83.06mL)和戴斯-马丁高碘烷(34.92g，82.33mmol)。将混合物在20℃下搅拌4h。LC-MS显示WV-SM-47a被完全消耗，并检测到新的具有所希望的MS的峰。通过添加饱和NaHCO3(水性，1000mL)和饱和Na2SO3(水性，1000mL)淬灭反应混合物，并然后用EtOAc(100mL＊5)萃取。将合并的有机层用盐水(500mL)洗涤，经Na2SO4干燥，过滤并减压浓缩，以给出残余物。获得呈黄色固体的化合物9(43g，粗品)。LCMS(M-H+)543.3。
WV-NU-53a和WV-NU-50a的制备。在-40℃下向化合物9(37.36g，68.60mmol)在THF(300mL)中的溶液中添加MeMgBr(3M，68.60mL)。将混合物在-40℃-15℃下搅拌6h。LC-MS显示化合物9被完全消耗，并检测到具有质量的新的峰。通过在0℃添加水(20mL)淬灭反应混合物，并然后用EtOAc(300mL＊3)萃取。将合并的有机层用盐水(200mL)洗涤，经Na2SO4干燥，过滤并减压浓缩，以给出残余物。TLC显示一个主要斑点。将残余物通过柱色谱法(SiO2，石油醚/乙酸乙酯＝20/1至0/1，5％TEA)纯化。6g的残余物通过以下纯化：SFC(柱：DAICELCHIRALPAK AD-H(250mm＊30mm，5um)；流动相：[0.1％NH3H2OIPA]；B％：39％-39％，9.33min)。并且粗WV-SM-50a通过以下纯化：制备型HPLC(柱：Agela Durashell 10u250＊50mm；流动相：[水(0.04％NH3H2O)-ACN]；B％：37％-56％，20min)。获得呈白色固体的WV-SM-53a(1.4g，23.33％产率)。获得呈白色固体的WV-SM-50a(1.8g，30.00％产率)。0.5g的WV-SM-53a：1H NMR(400MHz，氯仿-d)δ＝7.37-7.30(m，2H)，7.28-7.18(m，8H)，7.12(d，J＝1.1Hz，1H)，6.80(d，J＝8.6Hz，4H)，6.08(q，J＝5.8Hz，1H)，4.09-3.99(m，1H)，3.79(d，J＝0.9Hz，6H)，3.51(q，J＝5.0Hz，1H)，3.20-3.05(m，2H)，2.70(q，J＝7.1Hz，2H)，1.71(d，J＝1.1Hz，3H)，1.46(d，J＝6.0Hz，3H)，1.14-1.10(m，3H)。13C NMR(101MHz，氯仿-d)δ＝163.19，158.54，150.48，144.39，135.53，134.91，129.86，129.81，127.90，127.86，126.93，113.15，111.48，86.73，81.44，81.24，68.14，63.45，55.22，45.74，21.45，18.01，12.43。HPLC纯度：99.04％。LCMS(M-H+)：559.0。SFC dr＝99.83∶0.17。TLC(石油醚∶乙酸乙酯＝1∶3)，Rf＝0.28。0.9g的WV-SM-53a：1H NMR(400MHz，氯仿-d)δ＝7.36-7.30(m，2H)，7.29-7.15(m，9H)，7.13(s，1H)，6.80(d，J＝8.8Hz，4H)，6.08(q，J＝6.0Hz，1H)，4.11-3.97(m，1H)，3.79(s，6H)，3.51(q，J＝4.9Hz，1H)，3.13(dq，J＝5.3，10.1Hz，2H)，1.72(s，3H)，1.47(d，J＝6.2Hz，3H)，1.10(d，J＝6.4Hz，3H)。13C NMR(101MHz，氯仿-d)δ＝163.19，158.54，150.47，144.39，135.50，134.92，129.86，129.81，127.89，127.87，126.94，113.15，111.48，86.73，81.44，81.25，68.14，63.45，55.22，45.19，21.46，18.02，12.44。HPLC纯度：97.56％。LCMS(M-H+)：559.1，纯度92.9％。SFC dr＝98.49∶1.51。1.75g的WV-SM-50a：1H NMR(400MHz，氯仿-d)δ＝8.41(s，1H)，7.35-7.31(m，2H)，7.26-7.19(m，7H)，7.11(d，J＝1.3Hz，1H)，6.82-6.77(m，4H)，6.00(q，J＝5.7Hz，1H)，4.09-4.00(m，1H)，3.79(d，J＝0.9Hz，6H)，3.51-3.44(m，1H)，3.22(dd，J＝5.3，10.1Hz，1H)，3.02(dd，J＝5.3，10.1Hz，1H)，2.20(br s，1H)，1.72(d，J＝0.9Hz，3H)，1.47(d，J＝6.1Hz，3H)，1.17(d，J＝6.6Hz，3H)。13C NMR(101MHz，氯仿-d)δ＝163.29，158.50，150.43，144.40，135.55，135.45，134.86，129.88，129.84，127.93，127.84，126.94，113.12，111.46，86.55，82.48，82.43，67.59，63.24，55.22，21.40，19.17，12.43。HPLC纯度：96.51％。LCMS(M-H+)：559.2，纯度93.04％。SFC dr＝0.88∶99.12。
7-((2R，4S，5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-(((1S，3S，3aS)-3-((苯基磺酰基)甲基)四氢-1H，3H-吡咯并[1，2-c][1，3，2]氧杂氮杂磷杂环戊烷-1-基)氧基)四氢呋喃-2-基)-3，7-二氢-4H-吡咯并[2，3-d]嘧啶-4-酮的合成
向干燥7-[(2R，4R，5R)-5-[[双(4-甲氧基苯基)-苯基-甲氧基]甲基]-4-羟基-四氢呋喃-2-基]-3H-吡咯并[2，3-d]嘧啶-4-酮(3.00g，5.42mmol)在THF(22.5mL)中的溶液中添加三乙胺(1.89mL，13.5mmol)。快速滴加(3S，3aS)-3-(苯磺酰基甲基)-1-氯-3a，4，5，6-四氢-3H-吡咯并[1，2-c][1，3，2]氧杂氮杂磷杂环戊烷(0.75M在THF中，13.0mL，9.75mmol)。将所得浆液在rt下搅拌3h。TLC和LCMS显示反应完成。用水(49μL)淬灭反应。添加无水MgSO4(650mg)。通过硅藻土过滤混合物，并浓缩滤液。将所得粗产物通过正相柱色谱法使用在EtOAc中的0％-50％ACN(各流动相含有2.5％的三乙胺)作为梯度纯化，得到呈白色泡沫状的标题化合物(2.55g，56.1％产率)。1H NMR(600MHz，氯仿-d)δ12.35(s，1H)，7.92(s，1H)，7.89(d，J＝7.7Hz，2H)，7.58-7.54(m，1H)，7.47(t，J＝7.7Hz，2H)，7.43(d，J＝7.8Hz，2H)，7.34-7.29(m，4H)，7.27(t，J＝7.5Hz，2H)，7.24-7.19(m，1H)，7.12(d，J＝3.6Hz，1H)，6.84-6.79(m，4H)，6.68(d，J＝3.6Hz，1H)，6.60(dd，J＝8.1，5.8Hz，1H)，4.99(q，J＝6.0Hz，1H)，4.87(ddt，J＝9.0，5.9，2.7Hz，1H)，4.08(q，J＝3.7Hz，1H)，3.78(s，6H)，3.63(dq，J＝11.9，6.0Hz，1H)，3.54-3.43(m，2H)，3.40-3.33(m，2H)，3.26(dd，J＝10.3，3.9Hz，1H)，3.12(qd，J＝10.0，4.0Hz，1H)，2.61(ddd，J＝13.9，8.2，6.2Hz，1H)，2.47(ddd，J＝13.6，5.8，2.5Ⅱz，1H)，1.89(ddq，J＝11.7，7.6，3.5，3.0Hz，1H)，1.82-1.74(m，1H)，1.65(qd，J＝7.5，2.5Hz，1H)，1.16-1.07(m，1H)；31PNMR(243MHz，氯仿-d)δ152.69；MS(ESI)，875.10[M+K]+。
3-((2R，4S，5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-(((1S，3S，3aS)-3-((苯基磺酰基)甲基)四氢-1H，3H-吡咯并[1，2-c][1，3，2]氧杂氮杂磷杂环戊烷-1-基)氧基)四氢呋喃-2-基)-[1，2，4]三唑并[4，3-a]吡嗪-8(7H)-酮的合成
向干燥的3-[(2R，4R，5R)-5-[[双(4-甲氧基苯基)-苯基-甲氧基]甲基]-4-羟基-四氢呋喃-2-基]-7H-[1，2，4]三唑并[4，3-a]吡嗪-8-酮(3.00g，5.41mmol)在THF(30mL)中的浆液中添加三乙胺(1.73mL，12.4mmol)。将反应烧瓶置于冰/水浴中。快速滴加(3S，3aS)-3-(苯磺酰基甲基)-1-氯-3a，4，5，6-四氢-3H-吡咯并[1，2-c][1，3，2]氧杂氮杂磷杂环戊烷(0.90M在THF中，9.62mL，8.66mmol)。去除冰/水浴。将所得浆液在rt下搅拌6h。TLC和LCMS显示反应完成。用水(49μL)淬灭反应。添加无水MgSO4(649mg)。通过硅藻土过滤混合物，并浓缩滤液。将所得粗产物通过正相柱色谱法使用在EtOAc中的0％-100％ACN(各流动相含有2.5％的三乙胺)作为梯度纯化，得到呈褐色灰白色泡沫状的标题化合物(2.72g，60.1％产率)。1H NMR(600MHz，氯仿-d)δ7.92-7.87(m，2H)，7.67(d，J＝5.7Hz，1H)，7.61-7.56(m，1H)，7.51-7.46(m，2H)，7.35-7.30(m，2H)，7.24(dd，J＝8.5，6.8Hz，2H)，7.21(dt，J＝8.9，2.2Hz，4H)，7.20-7.16(m，1H)，6.81-6.76(m，4H)，6.46(d，J＝5.7Hz，1H)，5.56(dd，J＝10.1，5.8Hz，1H)，5.06(dt，J＝7.1，5.5Hz，1H)，4.90(tt，J＝6.2，2.0Hz，1H)，4.15(q，J＝3.4Hz，1H)，3.76(s，6H)，3.63(ddd，J＝12.1，10.1，5.9Hz，1H)，3.56-3.46(m，2H)，3.39(dd，J＝14.6。5.2Hz，1H)，3.29-3.21(m，2H)，3.16(tdd，J＝10.3，8.8，4.0Hz，1H)，2.80(ddd，J＝13.3，10.1，6.0Hz，1H)，2.58(ddd，J＝13.4，5.8，1.7Hz，1H)，1.94-1.85(m，1H)，1.83-1.75(m，1H)，1.64(tdd，J＝7.7，5.5，2.5Hz，1H)，1.16-1.07(m，1H)；31P NMR(243MHz，氯仿-d)δ153.51；MS(ESI)，836.43[M-H]-。
1-((2R，4S，5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-羟基四氢呋喃-2-基)-1，5-二氢-4H-咪唑并[4，5-d]哒嗪-4-酮(WV-NU-265)的合成
步骤1.在0℃下，向NaH(11.15g，278.73mmol，60％纯度)在二甘醇二甲醚(300mL)中的溶液中滴加在二甘醇二甲醚(50mL)中的3-氧代戊腈(15.04g，154.85mmol)和2，2-二乙氧基乙腈(20g，154.85mmol)约0.5h。添加后，将所得混合物在80℃下搅拌1h。TLC指示2,2-二乙氧基乙腈被完全消耗，并且形成一个新斑点。根据TLC，反应是干净的。将反应混合物在DCM(1000mL)和H2O(500mL)之间分配。分离有机相，用盐水(300mL)洗涤，经Na2SO4干燥，过滤并在减压下浓缩以给出残余物。在15℃下，将粗产物用石油醚∶乙酸乙酯＝10：1研磨30min。获得呈黄色固体的5-(二乙氧基甲基)-1H-咪唑-4-甲酸甲酯(22g，62.25％产率)。
步骤2.在0℃下，向5-(二乙氧基甲基)-1H-咪唑-4-甲酸甲酯(20g，87.63mmol)在MeCN(500mL)中的溶液中滴加NaH(4.21g，105.15mmol，60％纯度)。添加后，将混合物在该温度下搅拌0.5h，然后在15℃下，滴加4-氯苯甲酸(2R，3S)-5-氯-2-(((4-氯苯甲酰基)氧基)甲基)四氢呋喃-3-基酯(37.65g，87.63mmol)。将所得混合物在60℃下搅拌2h。TLC指示4-氯苯甲酸(2R，3S)-5-氯-2-(((4-氯苯甲酰基)氧基)甲基)四氢呋喃-3-基酯被完全消耗，并且形成两个新斑点。根据TLC，反应是干净的。将反应混合物减压浓缩以去除MeCN。通过在15℃添加H2O(500mL)淬灭反应混合物，并用EtOAc(1500mL)萃取，将合并的有机层用盐水(200mL)洗涤，经Na2SO4干燥，过滤并减压浓缩，以给出残余物。将残余物通过柱色谱法(SiO2，石油醚/乙酸乙酯＝100/1至0/1)纯化。获得呈白色固体的1-((2R,4S，5R)-4-((4-氯苯甲酰基)氧基)-5-(((4-氯苯甲酰基)氧基)甲基)四氢呋喃-2-基)-5-(二乙氧基甲基)-1H-咪唑-4-甲酸甲酯(20g，36.73％产率)。
步骤3.向1-((2R，4S，5R)-4-((4-氯苯甲酰基)氧基)-5-(((4-氯苯甲酰基)氧基)甲基)四氢呋喃-2-基)-5-(二乙氧基甲基)-1H-咪唑-4-甲酸甲酯(17g，27.35mmol)在AcOH(30mL)/H2O(120mL)中的溶液中。将混合物在15℃下搅拌14h。根据TLC，反应是干净的。通过过滤分离所得固体，洗涤并真空干燥，以给出残余物。残余物无需进一步纯化。获得呈白色固体的1-((2R，4S，5R)-4-((4-氯苯甲酰基)氧基)-5-(((4-氯苯甲酰基)氧基)甲基)四氢呋喃-2-基)-5-甲酰基-1H-咪唑-4-甲酸甲酯(14.97g，100.00％产率)。1H NMR(氯仿-d，400MHz)：δ＝10.29(s，1H)，8.35-8.45(m，1H)，8.03(d，J＝8.5Hz，2H)，7.89(d，J＝8.5Hz，2H)，7.65(d，J＝8.6Hz，2H)，7.57(d，J＝8.6Hz，2H)，6.70(t，J＝6.5Hz，1H)，5.60-5.68(m，1H)，4.59-4.77(m，3H)，3.84-3.93(m，3H)，2.89(ddd，J＝14.5，6.1，2.9Hz，1H)，2.72ppm(dt，J＝14.4，7.0Hz，1H)。
步骤4.向1-((2R，4S，5R)-4-((4-氯苯甲酰基)氧基)-5-(((4-氯苯甲酰基)氧基)甲基)四氢呋喃-2-基)-5-甲酰基-1H-咪唑-4-甲酸甲酯(13g，23.75mmol)在EtOH(300mL)中的溶液中添加NH2NH2.H2O(6.99g，118.76mmol，85％纯度)。将混合物在80℃下搅拌72h。根据TLC，反应是干净的。过滤所得固体，用乙醇洗涤并在高真空下干燥，以给出灰白色固体状残余物。残余物无需进一步纯化。获得呈白色固体的1-((2R,4S，5R)-4-羟基-5-(羟基甲基)四氢呋喃-2-基)-1，5-二氢-4H-咪唑并[4，5-d]哒嗪-4-酮(3.5g，58.42％产率)。1H NMR(DMSO-d6，400MHz)：δ＝12.73(br s，1H)，8.50-8.71(m，2H)，6.38(br t，J＝6.2Hz，1H)，5.38(br d，J＝3.3Hz，1H)，5.05(br s，1H)，4.32-4.46(m，1H)，3.91(br s，1H)，3.58(br d，J＝4.0Hz，2H)，2.37ppm(br d，J＝12.8Hz，1H)。
步骤5.向1-((2R，4S，5R)-4-羟基-5-(羟基甲基)四氢呋喃-2-基)-1，5-二氢-4H-咪唑并[4，5-d]哒嗪-4-酮(4.5g，17.84mmol，1当量)在PY(100mL)中的溶液中添加DMTrCl(6.65g，19.63mmol)和DMAP(1.09g，8.92mmol)。将混合物在15℃下搅拌2h。将反应混合物在H2O(300mL)和EtOAc(1000mL)之间分配。分离有机相，用盐水(300mL)洗涤，经Na2SO4干燥，过滤并在减压下浓缩以给出残余物。将残余物通过柱色谱法(SiO2，二氯甲烷∶甲醇＝100/1至0/1)纯化。获得呈白色固体的化合物WV-NU-265(6.5g，65.69％产率)。1HNMR(DMSO-d6，400MHz)：δ＝12.77(s，1H)，8.53(s，1H)，8.50(s，1H)，7.11-7.28(m，9H)，6.79(dd，J＝8.9，6.4Hz，4H)，6.42(t，J＝6.0Hz，1H)，5.46(d，J＝4.8Hz，1H)，4.41(五重峰，J＝5.3Hz，1H)，3.98-4.06(m，1H)，3.72-3.83(m，3H)，3.35(s，2H)，3.06-3.15(m，2H)，2.67-2.81(m，1H)，2.42-2.49ppm(m，1H)；LCMS(M-H+)＝553，LCMS纯度：96.1％。
1-((2R，4S，5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-(((1S，3S，3aS)-3-((苯基磺酰基)甲基)四氢-1H，3H-吡咯并[1，2-c][1，3，2]氧杂氮杂磷杂环戊烷-1-基)氧基)四氢呋喃-2-基)-1，5-二氢-4H-咪唑并[4，5-d]哒嗪-4-酮的合成
向干燥的3-[(2R，4R，5R)-5-[[双(4-甲氧基苯基)-苯基-甲氧基]甲基]-4-羟基-四氢呋喃-2-基]-6H-咪唑并[4，5-d]哒嗪-7-酮(3.00g，5.41mmol)在THF(45mL)中的浆液中添加三乙胺(1.66mL，11.9mmol)。快速滴加(3S，3aS)-3-(苯磺酰基甲基)-1-氯-3a，4，5，6-四氢-3H-吡咯并[1，2-c][1，3，2]氧杂氮杂磷杂环戊烷(0.90M在THF中，9.62mL，8.66mmol)。将所得浆液在rt下搅拌6h。TLC和LCMS显示反应完成。用水(49μL)淬灭反应。添加无水MgSO4(649mg)。通过硅藻土过滤混合物，并浓缩滤液。将所得粗产物通过正相柱色谱法使用在EtOAc中的0％-40％ACN作为梯度纯化，得到呈白色泡沫状的标题化合物(2.45g，54.0％产率)。1H NMR(600MHz，氯仿-d)δ10.56(s，1H)，8.33(s，1H)，8.03(s，1H)，7.92-7.87(m，2H)，7.62-7.57(m，1H)，7.51-7.46(m，2H)，7.35-7.31(m，2H)，7.28-7.22(m，6H)，7.22-7.19(m，1H)，6.84-6.77(m，4H)，6.22(dd，J＝8.2，5.6Hz，1H)，5.10(dt，J＝7.2，5.4Hz，1H)，4.91-4.86(m，1H)，4.24(td，J＝3.7，2.0Hz，1H)，3.775(s，3H)，3.772(s，3H)，3.67(ddt，J＝10.0，7.0，5.6Hz，1H)，3.58-3.50(m，1H)，3.52-3.47(m，1H)，3.39(dd，J＝14.5，5.1Hz，1H)，3.35(dd，J＝10.6，3.7Hz，1H)，3.31(dd，J＝10.6，3.8Hz，1H)，3.19(tdd，J＝10.4，8.8，4.0Hz，1H)，2.70-2.60(m，2H)，1.93(dddt，J＝14.9，10.8，7.9，5.2Hz，1H)，1．87-1.77(m，1H)，1.66(tdd，J＝9.0，7.7，6.6，3.9Hz，1H)，1.13(dtd，J＝11.6，10.3，8.5Hz，1H)；31P NMR(243MHz，氯仿-d)δ154.40；MS(ESI)，876.05[M+K]+。
1-((2R，3S，4R，5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-3-氟-4-羟基四氢呋喃-2-基)嘧啶-2，4(1H，3H)-二酮(WV-NU-284)的合成
向1-((2R，3S，4R，5R)-3-氟-4-羟基-5-(羟基甲基)四氢呋喃-2-基)嘧啶-2，4(1H，3H)-二酮(15g，60.93mmol)在吡啶(350mL)中的溶液中添加DMTCl(22.71g，67.02mmol)。将混合物在20℃下搅拌12h。将反应混合物减压浓缩以去除吡啶。将残余物用H2O(300mL)稀释并用乙酸乙酯(100mL＊3)萃取。将合并的有机层用盐水(200mL)洗涤，经Na2SO4干燥，过滤并减压浓缩，以给出残余物。将残余物通过柱色谱法(SiO2，石油醚/乙酸乙酯＝1/0至0/1)纯化。获得呈白色固体的化合物WV-NU-284(29.5g，88.26％产率)。1HNMR(400MHz，DMSO-d6)δ＝11.51(s，1H)，7.52(dd，J＝1.1，8.2Hz，1H)，7.43-7.38(m，2H)，7.36-7.20(m，7H)，6.91(d，J＝8.9Hz，4H)，6.17(dd，J＝4.3，15.6Hz，1H)，6.00(br d，J＝4.9Hz，1H)，5.49(d，J＝8.1Hz，1H)，5.18-4.95(m，1H)，4.33-4.20(m，1H)，4.01-3.95(m，1H)，3.74(s，6H)，3.28(brd，J＝4.4Hz，2H)；LCMS(M-H+)：547.3，LCMS纯度：97.8％；TLC(乙酸乙酯∶石油醚＝2∶1)，Rf＝0.4。
1-((2R，3S，4R，5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-3-氟-4-(((1S，3S，3aS)-3-((苯基磺酰基)甲基)四氢-1H，3H-吡咯并[1，2-c][1，3，2]氧杂氮杂磷杂环戊烷-1-基)氧基)四氢呋喃-2-基)嘧啶-2，4(1H，3H)-二酮的合成
向干燥的1-[(2R，3R，5R)-5-[[双(4-甲氧基苯基)-苯基-甲氧基]甲基]-3-氟-4-羟基-四氢呋喃-2-基]嘧啶-2，4-二酮(15.0g，27.3mmol)在THF(90mL)中的溶液中添加三乙胺(8.38mL，60.2mmol)。将反应烧瓶置于冰/水浴中。快速滴加(3S，3aS)-3-(苯磺酰基甲基)-1-氯-3a，4，5，6-四氢-3H-吡咯并[1，2-c][1，3，2]氧杂氮杂磷杂环戊烷(0.90M在THF中，48.6mL，43.8mmol)。去除冰/水浴。将所得浆液在rt下搅拌2h。TLC和LCMS显示反应完成。用水(246μL)淬灭反应。添加无水MgSO4(3.28g)。通过硅藻土过滤混合物，并浓缩滤液。将所得粗产物通过正相柱色谱法使用在己烷中的40％-100％EtOAc(各流动相含有2.5％的三乙胺)作为梯度纯化，得到呈白色泡沫状的标题化合物(18.5g，81.5％产率)。1H NMR(600MHz，氯仿-d)δ8.70(s，1H)，7.92-7.86(m，2H)，7.64-7.60(m，1H)，7.55(dd，J＝8.2，1.9Hz，1H)，7.53-7.49(m，2H)，7.45-7.40(m，2H)，7.36-7.26(m，6H)，7.25-7.22(m，1H)，6.87-6.80(m，4H)，6.19(dd，J＝18.7，3.6Hz，1H)，5.56(d，J＝8.2Hz，1H)，5.03(ddd，J＝51.2，3.6，1.7Hz，1H)，5.00(q，J＝6.4Hz，1H)，4.76(dddd，J＝19.4，9.2，4.2，1.8Hz，1H)，3.97(q，J＝4.2Hz，1H)，3.79(s，6H)，3.63(dq，J＝9.9，5.9Hz，1H)，3.52-3.40(m，3H)，3.39-3.31(m，2H)，3.04(tdd，J＝10.4，8.9，4.1Hz，1H)，1.94-1.85(m，1H)，1.78(dddd，J＝19.6，13.0，9.8，7.7Hz，1H)，1.67(dddd，J＝9.5，7.4，5.4，2.6Hz，1H)，1.11(dtd，J＝11.8，10.2，8.5Hz，1H)；31PNMR(243MHz，氯仿-d)δ151.51；19F NMR(565MHz，氯仿-d)δ-197.06；MS(ESI)，830.18[M-H]-。
4-氨基-1-((2R，4S，5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-羟基四氢呋喃-2-基)-1，3，5-三嗪-2(1H)-酮(WV-274A)的合成
向4-氨基-1-((2R，4S，5R)-4-羟基-5-(羟基甲基)四氢呋喃-2-基)-1，3，5-三嗪-2(1H)-酮(5.00g，21.91mmol)在吡啶(200mL)中的溶液中添加在N2中的DMT-Cl(7.42g，21.91mmol)和DMAP(1.34g，10.96mmol)。将混合物在20℃下搅拌2h。将反应混合物过滤并减压浓缩得到残余物。将残余物通过以下纯化：柱色谱法(SiO2，石油醚/乙酸乙酯＝10∶1至0∶1，至乙酸乙酯∶甲醇＝1∶1，5％TEA)。获得呈黄色固体的化合物WV-NU-274A(17g，91.40％产率)。1H NMR(400MHz，DMSO-d6)δ＝8.31(s，1H)，7.54(s，2H)，7.42-7.35(m，2H)，7.34-7.18(m，7H)，6.88(d，J＝8.6Hz，4H)，6.04(t，J＝6.4Hz，1H)，5.29(d，J＝4.6Hz，1Ⅱ)，4.23(五重峰，J＝4.8Hz，1H)，3.96-3.90(m，1H)，3.74(s，6H)，3.32(s，1H)，3.26-3.13(m，2H)，2.24(t，J＝5.9Hz，2H)；TLC：乙酸乙酯∶甲醇＝5∶1，Rf＝0.41；LCMS(M-H+)：529.3，LCMS纯度：98.27％。
4-氨基-1-((2R，4S，5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-(((1S，3S，3aS)-3-((苯基磺酰基)甲基)四氢-1H，3H-吡咯并[1，2-c][1，3，2]氧杂氮杂磷杂环戊烷-1-基)氧基)四氢呋喃-2-基)-1，3，5-三嗪-2(1H)-酮的合成
向干燥的4-氨基-1-[(2R，4R，5R)-5-[[双(4-甲氧基苯基)-苯基-甲氧基]甲基]-4-羟基-四氢呋喃-2-基]-1，3，5-三嗪-2-酮(3.00g，5.65mmol)在THF(18mL)中的溶液中添加三乙胺(1.97mL，14.1mmol)。将反应烧瓶置于冰/水浴中。快速滴加(3S，3aS)-3-(苯磺酰基甲基)-1-氯-3a，4，5，6-四氢-3H-吡咯并[1，2-c][1，3，2]氧杂氮杂磷杂环戊烷(0.75M在THF中，13.6mL，10.2mmol)。去除冰/水浴。将所得浆液在rt下搅拌3h。TLC和LCMS显示反应完成。用水(51μL)淬灭反应。添加无水MgSO4(678mg)。通过硅藻土过滤混合物，并浓缩滤液。将所得粗产物通过正相柱色谱法使用在EtOAc中的0％-40％ACN(各流动相含有2.5％的三乙胺)作为梯度纯化，得到呈微黄灰白色泡沫状的标题化合物(2.35g，51.1％产率)。1H NMR(600MHz，氯仿-d)δ8.40(s，1H)，7.88(dq，J＝8.6，1.5Hz，2H)，7.62-7.59(m，1H)，7.52-7.48(m，2H)，7.40-7.36(m，2H)，7.32-7.25(m，6H)，7.24-7.20(m，1H)，6.87-6.81(m，4H)，6.12(t，J＝6.4Hz，1H)，6.11(s，1H)，5.60(s，1H)，4.95(dt，J＝6.9，5.6Hz，1H)，4.69(ddq，J＝10.1，6.9，3.5Hz，1H)，3.78(s，6H)，3.76-3.70(m，1H)，3.61(dq，J＝9.9，5.9Hz，1H)，3.52-3.43(m，2H)，3.39-3.30(m，3H)，3.14(tdd，J＝10.3，8.8，4.1Hz，1H)，2.74(ddd，J＝14.0，6.1，3.2Hz，1H)，2.28-2.22(m，1H)，1.90-1.84(m，1H)，1.78(ddd，J＝9.6，7.8，4.9Hz，1H)，1.63(dtt，J＝9.9，5.4，2.7Hz，1H)，1.10(dtd，J＝11.7，10.2，8.4Hz，1H)；31P NMR(243MHz，氯仿-d)δ153.71；MS(ESI)，852.45[M+K]+。
9-((2R，3R，4R，5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-3-甲氧基-4-(((1S，3S，3aS)-3-((苯基磺酰基)甲基)四氢-1H，3H-吡咯并[1，2-c][1，3，2]氧杂氮杂磷杂环戊烷-1-基)氧基)四氢呋喃-2-基)-1，9-二氢-6H-嘌呤-6-酮的合成
向干燥的5’-DMT-2’-O-甲基肌苷(5.00g，8.55mmol)在THF(37.5mL)中的浑浊溶液中添加三乙胺(2.86mL，20.5mmol)。快速滴加(3S，3aS)-3-(苯磺酰基甲基)-1-氯-3a，4，5，6-四氢-3H-吡咯并[1，2-c][1，3，2]氧杂氮杂磷杂环戊烷(0.90M在THF中，17.1mL，15.4mmol)。将所得浆液在rt下搅拌3.5h。TLC和LCMS显示有次要核苷起始材料残留。将所得混合物再搅拌2.5hr。由于反应混合物变得更稠，添加另外的THF(75mL)。用水(77μL)淬灭反应。添加无水MgSO4(1.03g)。通过硅藻土过滤混合物，并浓缩滤液。将所得粗产物通过正相柱色谱法使用在DCM中的0％-100％ACN(各流动相含有1％的三乙胺)作为梯度纯化，得到呈白色泡沫状的标题化合物(4.94g，66.6％产率)。1H NMR(600MHz，氯仿-d)δ12.62(s，1H)，8.04(s，1H)，7.96(s，1H)，7.87(dd，J＝8.1，1.4Hz，2H)，7.59-7.55(m，1H)，7.46(t，J＝7.8Hz，2H)，7.45-7.41(m，2H)，7.32(dd，J＝8.9，2.3Hz，4H)，7.27(t，J＝7.8Hz，2H)，7.23-7.19(m，1H)，6.81(dd，J＝8.9，3.1Hz，4H)，6.05(d，J＝6.0Hz，1H)，5.13-5.07(m，1H)，4.75(dt，J＝9.2，4.0Hz，1H)，4.57(t，J＝5.5Hz，1H)，4.26(q，J＝3.7Hz，1H)，3.77(s，3H)，3.76(s，3H)，3.65(dq，J＝11.6，6.0Hz，1H)，3.53-3.45(m，3H)，3.43(s，3H)，3.42-3.39(m，1H)，3.36(dd，J＝10.7，4.1Hz，1H)，3.15-3.08(m，1H)，1.88(ddq，J＝11.3，7.5，4.1，3.1Hz，1H)，1.81-1.73(m，1H)，1.66(ddt，J＝12.6，9.7，3.9Hz，1H)，1.17-1.07(m，1H).；31P NMR(243MHz，氯仿-d)δ154.61；MS(ESI)，868.28。
二苯基氨基甲酸9-((2R，4S，5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-羟基四氢呋喃-2-基)-9H-嘌呤-6-基酯(WV-NU-259)和9-((2R，4S，5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-羟基四氢呋喃-2-基)-6-氧代-N，N-二苯基-6，9-二氢-1H-嘌呤-1-甲酰胺(WV-NU-259A)的合成
向化合物1(40g，72.13mmol)在吡啶(600mL)中的溶液中添加TEA(72.98g，721.25mmol)和N，N-二苯氨基甲酰氯(23.39g，100.98mmol)。将混合物在25℃下搅拌4h。TLC指示化合物1被完全消耗，并且形成两个新斑点。根据TLC，反应是干净的。将反应混合物在H2O(2000mL)和EtOAc(1000mL)之间分配。分离有机相，用盐水(500mL)洗涤，经Na2SO4干燥，过滤并在减压下浓缩以给出残余物。将残余物通过柱色谱法(SiO2，石油醚/乙酸乙酯＝10/1至0/1)纯化。获得呈黄色固体的化合物WV-NU-259A(38.25g，70.09％产率)。获得呈黄色固体的化合物WV-NU-259(7.2g，2.24％产率)。
WV-NU-259A：1HNMR(DMSO-d6，400MHz)：δ＝8.74-8.83(m，1H)，8.19(d，J＝12.1Hz，1H)，7.13-7.54(m，19H)，6.77-6.87(m，4H)，6.25(t，J＝6.4Hz，1H)，5.38(d，J＝4.4Hz，1H)，4.38(br s，1H)，3.92(br d，J＝11.6Hz，1H)，3.73(s，6H)，3.01-3.20(m，2H)，2.59-2.71(m，1H)，2.33ppm(br s，1H)；LCMS(M-H+)：748。
WV-NU-259：1HNMR(DMSO-d6，400MHz)：δ＝8.74(s，1H)，8.65(s，1H)，7.39-7.56(m，8H)，7.24-7.38(m，4H)，7.09-7.23(m，7H)，6.77(dd，J＝15.6，8.8Hz，4H)，6.50(t，J＝6.2Hz，1H)，5.43(d，J＝4.4Hz，1H)，4.44-4.55(m，1H)，3.98-4.06(m，1H)，3.66(d，J＝10.1Hz，6H)，3.13-3.26(m，2H)，2.89-2.98(m，1H)，2.40ppm(dt，J＝12.7，6.4Hz，1H)；LCMS(M-H+)：748。
9-((2R，4S，5R)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-(((1S，3S，3aS)-3-((苯基磺酰基)甲基)四氢-1H，3H-吡咯并[1，2-c][1，3，2]氧杂氮杂磷杂环戊烷-1-基)氧基)四氢呋喃-2-基)-6-氧代-N,N-二苯基-6，9-二氢-1H-嘌呤-1-甲酰胺的合成
向干燥的9-[(2R，4R,5R)-5-[[双(4-甲氧基苯基)-苯基-甲氧基]甲基]-4-羟基-四氢呋喃-2-基]-6-氧代-N，N-二苯基-嘌呤-1，甲酰胺(10.0g，13.34mmol)在THF(75mL)中的溶液中添加三乙胺(4.65mL，33.34mmol)。将反应烧瓶置于冰/水浴中。滴加(3S，3aS)，3-(苯磺酰基甲基)-1-氯-3a，4，5，6-四氢-3H，吡咯并[1，2-c][1，3，2]氧杂氮杂磷杂环戊烷(0.75M在THF中，32.01mL，24.01mmol)。去除冰/水浴。将所得浆液在rt下搅拌3.5h。TLC和LCMS显示反应完成。通过硅藻土过滤混合物，并浓缩滤液。将所得粗产物通过正相柱色谱法使用在己烷中的40％-100％EtOAc(各流动相含有2.5％的三乙胺)作为梯度纯化，得到呈白色泡沫状的标题化合物(9.91g，71.9％产率)。 1H NMR(600MHz，氯仿-d)δ8.07(s，1H)，7.92-7.87(m，2H)，7.79(s，1H)，7.57(t，J＝7.5Hz，1H)，7.47(t，J＝7.8Hz，2H)，7.46-7.34(m，6H)，7.34-7.26(m，5H)，7.25-7.04(m，8H)，6.83-6.77(m，4H)，6.25(t，J＝7.3Hz，1H)，5.06(s，1H)，4.98-4.83(m，1H)，4.17-4.05(m，1H)，3.777(s，3H)，3.776(s，3H)，3.65(dq，J＝10.0，5.9Hz，1H)，3.55-3.45(m，1H)，3.48(dd，J＝14.6，7.0Hz，1H)，3.37(dd，J＝14.6，5.3Hz，1H)，3.33-3.22(m，2H)，3.14-3.09(m，1H)，2.71-2.59(m，1H)，2.51(s，1H)，1.93-1.88(m，1H)，1.83-1.75(m，1H)，1.70-1.62(m，1H)，1.17-1.07(m，1H)；31P NMR(243MHz，氯仿-d)δ152.46(主要)，152.33(次要)；主要∶次要＝56∶44；MS(ESI)，1033.48[M+H]+。
实例6.所提供的技术可以提供编辑。
在一些实施例中，所提供的靶向靶腺苷的寡核苷酸可以任选地与非靶向寡核苷酸组合使用。在使用和不使用非靶向寡核苷酸的情况下评估了针对MECP2转录物中特定编辑位点的某些寡核苷酸。将寡核苷酸在HEK293T细胞中测试，其中将HEK293T细胞用剂量为12.5nM的靶向MECP2和MECP2-GFP R168X突变构建体中的提前TGA终止密码子的指定寡核苷酸组合物转染。还将细胞用ADAR1-p110质粒转染。48小时后，收获细胞并通过桑格测序测量RNA编辑(n＝2个生物重复)-在一些实施例中，当与靶寡核苷酸组合处理时，5’或3’辅助寡核苷酸相对于参考寡核苷酸提供可比相当的或改进的编辑活性。在一些实施例中，提供的具有各种设计的寡核苷酸可以提供稳健的编辑。如图19所展示的，所提供的寡核苷酸可以在有或没有非靶向寡核苷酸的情况下提供稳健的编辑。在一些实施例中，非靶向寡核苷酸改善编辑水平。
实例7.所提供的技术可以提供编辑。
设计并评估了包含各种类型的糖、核碱基、核苷酸间键联及其立体化学和模式的寡核苷酸，证实了各种设计的寡核苷酸可以提供有效的编辑。某些寡核苷酸针对MECP2转录物中的特定编辑位点。在通过裸式摄取用3.3uM或10uM剂量的所示组合物处理的患者衍生的(MECP2R168X)皮层神经元中测试寡核苷酸。处理6天后通过扩增子测序测量A至G编辑(n＝2个生物重复)。简而言之，使用表P1中的引物，将分离的RNA用作本领域已知的逆转录聚合酶链式反应(RT-PCR)的模板。PCR扩增后，根据制造商的方案使用依诺米那公司(Illumina)的Nextera XT Index Kit v2(货号FC-131-2001)对所得产物进行条形码标记，并根据制造商的方案通过Agencourt AMPure XP珠纯化所得扩增子。将等摩尔的扩增子混合到一个试管中，并使用带有PhiX加标(spike-in)(10％)的成对末端150bp读数通过新一代测序进行测序。对所得测序数据进行处理和分析以确定编辑百分比。
表P1.PCR扩增的示例性引物。
如图20所示，包含各种类型的糖(例如，DNA糖、2’-F修饰的糖、2’-OR修饰的糖(其中R不为氢)及其模式)、核碱基(经修饰和未经修饰的碱基及其模式)、核苷酸间键联(例如，天然磷酸酯键联、不带负电荷的核苷酸间键联、硫代磷酸酯核苷酸间键联及其模式)和立体化学(例如，Rp、Sp及其模式)及其模式的寡核苷酸可以提供编辑活性。在一些实施例中，在编辑位点(N0)包含经修饰的碱基和/或糖(例如，b001A、b008U、Csm15、b001rA等)的寡核苷酸，任选地与N-1处的某些核碱基和/或糖(例如，C、A、I、G等)组合可以提供相对于参考寡核苷酸相当的或改进的编辑活性。在一些实施例中，N0是b001A。在一些实施例中，N0是b008U。在一些实施例中，N0是Csm15。在一些实施例中，N0是b001rA。在一些实施例中，N-1是C。
实例8.所提供的技术可以提供编辑。
设计并评估了包含各种类型的糖、核碱基、核苷酸间键联及其立体化学和模式的寡核苷酸，证实了各种设计的寡核苷酸可以提供有效的编辑。某些寡核苷酸针对MECP2转录物中的特定编辑位点。在通过裸式摄取用3.3uM或10uM剂量的所示组合物处理的患者衍生的(MECP2R168X)皮层神经元中测试寡核苷酸。处理6天后通过扩增子测序测量A至G编辑(n＝2个生物重复)。如实例7中所述进行扩增子测序。
如图21所示，包含各种类型的糖(例如，DNA糖、2’-F修饰的糖、2’-OR修饰的糖(其中R不为氢)及其模式)、核碱基(经修饰和未经修饰的碱基及其模式)、核苷酸间键联(例如，天然磷酸酯键联、不带负电荷的核苷酸间键联、硫代磷酸酯核苷酸间键联及其模式)和立体化学(例如，Rp、Sp及其模式)及其模式的寡核苷酸可以提供编辑活性。在一些实施例中，在编辑位点(N0)包含经修饰的碱基(例如，b008U、b001rA)的寡核苷酸可以提供相对于参考寡核苷酸相当的或改进的编辑活性。在一些实施例中，在N-1包含多种碱基(例如，C、G)的寡核苷酸可以提供相对于参考寡核苷酸相当的或改进的编辑活性。在一些实施例中，在不同位置(例如，5’-末端的22、23、24、25、26等)包含编辑位点(N0)的寡核苷酸可以提供编辑活性。在一些实施例中，N0位于5’-末端的位置23处。在一些实施例中，N0位于5’-末端的位置24处。在一些实施例中，N0位于5’-末端的位置25处。在一些实施例中，N0的3’-侧有5个核苷(例如，WV-45125)。在一些实施例中，N0的3’-侧有6个核苷。在一些实施例中，N0的3’-侧有7个核苷。
实例9.所提供的技术可以提供编辑。
设计并评估了包含各种类型的糖、核碱基、核苷酸间键联及其立体化学和模式的寡核苷酸，证实了各种设计的寡核苷酸可以提供有效的编辑。某些寡核苷酸针对MECP2转录物中的特定编辑位点。在通过裸式摄取用3.3uM或10uM剂量的所示组合物处理的患者衍生的(MECP2R168X)皮层神经元中测试寡核苷酸。处理6天后通过扩增子测序测量A至G编辑(n＝2个生物重复)。如实例7中所述进行扩增子测序。
如图22所示，包含各种类型的糖(例如，DNA糖、2’-F修饰的糖、2’-OR修饰的糖(其中R不为氢)及其模式，例如2’-OMe修饰的糖，v2’-MOE修饰的糖等)、核碱基(经修饰和未经修饰的碱基及其模式)、核苷酸间键联(例如，天然磷酸酯键联、不带负电荷的核苷酸间键联、硫代磷酸酯核苷酸间键联及其模式)和立体化学(例如，Rp、Sp及其模式)及其模式的寡核苷酸可以提供编辑活性。在一些实施例中，在编辑位点包含经修饰的碱基(例如，b008U、b001rA)的寡核苷酸可以提供编辑活性。
实例10.所提供的技术可以提供编辑。
设计并评估了包含各种类型的糖、核碱基、核苷酸间键联及其立体化学和模式的寡核苷酸，证实了各种设计的寡核苷酸可以提供有效的编辑。某些寡核苷酸针对MECP2转录物中的特定编辑位点。在通过裸式摄取用10uM剂量的所示组合物处理的患者衍生的(MECP2R168X)皮层神经元中测试寡核苷酸。处理6天后通过扩增子测序测量A至G编辑(n＝2个生物重复)。如实例7中所述进行扩增子测序。
如图23所示，包含各种类型的糖(例如，DNA糖、2’-F修饰的糖、2’-OR修饰的糖(其中R不为氢)及其模式)、核碱基(经修饰和未经修饰的碱基及其模式)、核苷酸间键联(例如，天然磷酸酯键联、不带负电荷的核苷酸间键联、硫代磷酸酯核苷酸间键联及其模式)和立体化学(例如，Rp、Sp及其模式)及其模式的寡核苷酸可以提供编辑活性。在一些实施例中，在不同位置(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、29等，从5’-末端开始计数，第一核苷酸间键联位于位置1)包含PN核苷酸间键联的寡核苷酸可以提供相对于参考寡核苷酸相当的或改进的编辑活性。在一些实施例中，提供的具有各种设计的寡核苷酸可以提供稳健的编辑。
实例11.所提供的技术可以提供编辑。
设计并评估了包含各种类型的糖、核碱基、核苷酸间键联及其立体化学和模式的寡核苷酸，证实了各种设计的寡核苷酸可以提供有效的编辑。某些寡核苷酸针对MECP2转录物中的特定编辑位点。在通过裸式摄取用10uM剂量的所示组合物处理的患者衍生的(MECP2R168X)皮层神经元中测试寡核苷酸。处理6天后通过扩增子测序测量A至G编辑(n＝2个生物重复)。如实例7中所述进行扩增子测序。
如图24所示，包含各种类型的糖(例如，DNA糖、2’-F修饰的糖、2’-OR修饰的糖(其中R不为氢)及其模式)、核碱基(经修饰和未经修饰的碱基及其模式)、核苷酸间键联(例如，天然磷酸酯键联、不带负电荷的核苷酸间键联、硫代磷酸酯核苷酸间键联及其模式)和立体化学(例如，Rp、Sp及其模式)及其模式的寡核苷酸可以提供编辑活性。在一些实施例中，在不同位置(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、27、29、30等)包含2’-OMe修饰的糖的寡核苷酸可以提供相对于参考寡核苷酸相当的或改进的编辑活性。
实例12.所提供的技术可以提供编辑。
设计并评估了包含各种类型的糖、核碱基、核苷酸间键联及其立体化学和模式的寡核苷酸，证实了各种设计的寡核苷酸可以提供有效的编辑。某些寡核苷酸针对MECP2转录物中的特定编辑位点。在通过裸式摄取用10uM剂量的所示组合物处理的患者衍生的(MECP2R168X)皮层神经元中测试寡核苷酸。处理6天后通过扩增子测序测量A至G编辑(n＝2个生物重复)。如实例7中所述进行扩增子测序。
如图25所示，包含各种类型的糖(例如，DNA糖、2’-F修饰的糖、2’-OR修饰的糖(其中R不为氢)及其模式)、核碱基(经修饰和未经修饰的碱基及其模式)、核苷酸间键联(例如，天然磷酸酯键联、不带负电荷的核苷酸间键联、硫代磷酸酯核苷酸间键联及其模式)和立体化学(例如，Rp、Sp及其模式)及其模式的寡核苷酸可以提供编辑活性。在一些实施例中，在不同位置(例如，4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、27等)包含PO核苷酸间键联的寡核苷酸可以提供相对于参考寡核苷酸相当的或改进的编辑活性。在一些实施例中，天然磷酸酯键联与至少2’-OR修饰的糖(其中R是C1-6脂肪族基)，例如2’-OMe修饰的糖键合。在一些实施例中，在不同位置(例如，4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、27等)包含2-OMe修饰的糖的寡核苷酸可以提供相对于参考寡核苷酸相当的或改进的编辑活性。在一些实施例中，提供的具有各种设计的寡核苷酸可以提供稳健的编辑。
实例13.所提供的技术可以提供编辑。
设计并评估了包含各种类型的糖、核碱基、核苷酸间键联及其立体化学和模式的寡核苷酸，证实了各种设计的寡核苷酸可以提供有效的编辑。某些寡核苷酸针对MECP2转录物中的特定编辑位点。在通过裸式摄取用10uM剂量的所示组合物处理的患者衍生的(MECP2R168X)皮层神经元中测试寡核苷酸。处理6天后通过扩增子测序测量A至G编辑(n＝2个生物重复)。如实例7中所述进行扩增子测序。
如图26所示，包含各种类型的糖(例如，DNA糖、2’-F修饰的糖、2’-OR修饰的糖(其中R不为氢)及其模式)、核碱基(经修饰和未经修饰的碱基及其模式)、核苷酸间键联(例如，天然磷酸酯键联、不带负电荷的核苷酸间键联、硫代磷酸酯核苷酸间键联及其模式)和立体化学(例如，Rp、Sp及其模式)及其模式的寡核苷酸可以提供编辑活性。在一些实施例中，在不同位置(例如，4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23等)包含2’-MOE修饰的糖的寡核苷酸可以提供相对于参考寡核苷酸相当的或改进的编辑活性。
实例14.所提供的技术可以提供编辑。
设计并评估了包含各种类型的糖、核碱基、核苷酸间键联及其立体化学和模式的寡核苷酸，证实了各种设计的寡核苷酸可以提供有效的编辑。某些寡核苷酸针对MECP2转录物中的特定编辑位点。在通过裸式摄取用10uM剂量的所示组合物处理的患者衍生的(MECP2R168X)皮层神经元中测试寡核苷酸。处理6天后通过扩增子测序测量A至G编辑(n＝2个生物重复)。如实例7中所述进行扩增子测序。
如图27所示，包含各种类型的糖(例如，DNA糖、2’-F修饰的糖、2’-OR修饰的糖(其中R不为氢)及其模式)、核碱基(经修饰和未经修饰的碱基及其模式)、核苷酸间键联(例如，天然磷酸酯键联、不带负电荷的核苷酸间键联、硫代磷酸酯核苷酸间键联及其模式)和立体化学(例如，Rp、Sp及其模式)及其模式的寡核苷酸可以提供编辑活性。在一些实施例中，在不同位置(例如，2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、27、28等)包含Rp硫代磷酸酯核苷酸间键联的寡核苷酸可以提供相对于参考寡核苷酸相当的或改进的编辑活性。在一些实施例中，在某些位置，例如18、24、25等处的Rp硫代磷酸酯核苷酸间键联可以提供改进的编辑。
实例15.所提供的技术可以提供编辑。
设计并评估了包含各种类型的糖、核碱基、核苷酸间键联及其立体化学和模式的寡核苷酸，证实了各种设计的寡核苷酸可以提供有效的编辑。某些寡核苷酸针对MECP2转录物中的特定编辑位点。在通过裸式摄取用10uM剂量的所示组合物处理的患者衍生的(MECP2R168X)皮层神经元中测试寡核苷酸。处理6天后通过扩增子测序测量A至G编辑(n＝2个生物重复)。如实例7中所述进行扩增子测序。
如图28所示，包含各种类型的糖(例如，DNA糖、2’-F修饰的糖、2’-OR修饰的糖(其中R不为氢)及其模式)、核碱基(经修饰和未经修饰的碱基及其模式)、核苷酸间键联(例如，天然磷酸酯键联、不带负电荷的核苷酸间键联、硫代磷酸酯核苷酸间键联及其模式)和立体化学(例如，Rp、Sp及其模式)及其模式的寡核苷酸可以提供编辑活性。在一些实施例中，在最近的相邻位置(例如，N-1)包含经修饰的碱基(例如，b001C、b010C、L010)的寡核苷酸可以提供相对于参考寡核苷酸相当的或改进的编辑活性。在一些实施例中，不同长度(例如，30、31、32、33个核苷酸)的寡核苷酸可以提供相对于参考寡核苷酸相当的或改进的编辑活性。在一些实施例中，N0在某些位置提供更高的编辑水平。在一些实施例中，N0的3’-末端的一定数量的(例如，5、6等)核苷提供改进的编辑。
实例16.所提供的技术可以提供编辑。
设计并评估了包含各种类型的糖、核碱基、核苷酸间键联及其立体化学和模式的寡核苷酸，证实了各种设计的寡核苷酸可以提供有效的编辑。在一些实施例中，寡核苷酸包含一个或多个错配或摆动。某些寡核苷酸针对MECP2转录物中的特定编辑位点。在通过裸式摄取用10uM剂量的所示组合物处理的患者衍生的(MECP2R168X)皮层神经元中测试寡核苷酸。处理6天后通过扩增子测序测量A至G编辑(n＝2个生物重复)。如实例7中所述进行扩增子测序。
如图29所示，包含各种类型的糖(例如，DNA糖、2’-F修饰的糖、2’-OR修饰的糖(其中R不为氢)及其模式)、核碱基(经修饰和未经修饰的碱基及其模式)、核苷酸间键联(例如，天然磷酸酯键联、不带负电荷的核苷酸间键联、硫代磷酸酯核苷酸间键联及其模式)和立体化学(例如，Rp、Sp及其模式)及其模式的寡核苷酸可以提供编辑活性。在一些实施例中，包含错配和/或摆动(例如，G-U、A-G)的寡核苷酸可以提供相对于参考寡核苷酸相当的编辑活性。
实例17.所提供的技术可以提供编辑。
设计并评估了包含各种类型的糖、核碱基、核苷酸间键联及其立体化学和模式的寡核苷酸，证实了各种设计的寡核苷酸可以提供有效的编辑。某些寡核苷酸针对MECP2转录物中的特定编辑位点。在通过裸式摄取用10uM剂量的所示组合物处理的患者衍生的(MECP2R168X)皮层神经元中测试寡核苷酸。处理6天后通过扩增子测序测量A至G编辑(n＝2个生物重复)。如实例7中所述进行扩增子测序。
如图30所示，包含各种类型的糖(例如，DNA糖、2’-F修饰的糖、2’-OR修饰的糖(其中R不为氢)及其模式)、核碱基(经修饰和未经修饰的碱基及其模式)、核苷酸间键联(例如，天然磷酸酯键联、不带负电荷的核苷酸间键联、硫代磷酸酯核苷酸间键联及其模式)和立体化学(例如，Rp、Sp及其模式)及其模式的寡核苷酸可以提供编辑活性。在一些实施例中，在多个位置(例如，24、25)包含多种模式的糖(例如，DNA糖、2’-F修饰的糖和2’-OMe修饰的糖)、PN核苷酸间键联、PO核苷酸间键联，以及立体化学和编辑位点的寡核苷酸可以提供相对于参考寡核苷酸相当的编辑活性。在一些实施例中，提供的具有各种设计的寡核苷酸可以提供稳健的编辑。
进行另外的评估以进一步评估和/或确认所提供的寡核苷酸、组合物、编辑的转录物、编辑的蛋白质等的各种性质和/或活性。
虽然本文中已描述且展示了多种实施例，但本领域普通技术人员将容易想到，用于执行本披露中所描述的功能和/或获得本披露中所描述的结果和/或一个或多个优势的多种其他方法和/或结构，并且这样的变化和/或修改中的每一者均被视为包括在内。更一般而言，本领域普通技术人员将容易理解，本文所述的所有参数、尺寸、材料和构型意在作为实例，并且实际参数、尺寸、材料和/或构型可取决于使用本披露的教导的一个或多个特定应用。本领域技术人员将认知到、或不使用过度常规实验就能够确定本披露的实施例的许多等效物。因此，应理解，前述实施例仅通过实例方式呈现，且在所附权利要求书及其等效物的范围内，可以与具体描述和要求的不同的方式实践所要求的技术。另外，如果特征、系统、物品、材料、试剂盒和/或方法不是相互不兼容的，则在本披露的范围内包括两个或更多个这样的特征、系统、物品、材料、试剂盒和/或方法的任何组合。

Claims (113)

1.一种寡核苷酸，该寡核苷酸包含：
第一结构域：和
第二结构域，
其中：
该第一结构域包含一个或多个2′-F修饰；
该第二结构域包含一个或多个不具有2’-F修饰的糖；
该寡核苷酸的碱基序列与包含靶腺苷的MECP2转录物的特征部分互补。
2.如权利要求1所述的寡核苷酸，其中当该寡核苷酸与系统中的MECP2转录物接触时，该靶腺苷被修饰。
3.一种寡核苷酸，该寡核苷酸包含：
第一结构域；和
第二结构域，
其中：
该第一结构域包含一个或多个2′-F修饰；
该第二结构域包含一个或多个不具有2′-F修饰的糖。
4.一种寡核苷酸，该寡核苷酸包含如本披露所述的一个或多个经修饰的核碱基、核苷、糖或核苷酸间键联。
5.一种寡核苷酸，其中所有糖的约或至少约60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％或95％是2’-F修饰的糖。
6.如权利要求1-5中任一项所述的寡核苷酸，其中当该寡核苷酸与系统中包含靶腺苷的靶核酸接触时，该靶核酸中的靶腺苷被修饰。
7.如权利要求6所述的寡核苷酸，其中该修饰由ADAR蛋白促进。
8.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该寡核苷酸具有约10-200个(例如，约10-20、10-30、10-40、10-50、10-60、10-70、10-80、10-90、10-100、10-120、10-150、20-30、20-40、20-50、20-60、20-70、20-80、20-90、20-100、20-120、20-150、20-200、25-30、25-40、25-50、25-60、25-70、25-80、25-90、25-100、25-120、25-150、25-200、30-40、30-50、30-60、30-70、30-80、30-90、30-100、30-120、30-150、30-200，10、20、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、45、50、60个等)核碱基的长度。
9.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该寡核苷酸具有约26-35个核碱基的长度。
10.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该寡核苷酸的碱基序列与包含该靶腺苷的靶核酸的一部分的碱基序列互补，具有0-10个(例如，0-1、0-2、0-3、0-4、0-5、0-6、0-7、0-8、0-9、0-10、1-2、1-3、1-4、1-5、1-6、1-7、1-8、1-9、1-10、2-3、2-4、2-5、2-6、2-7、2-8、2-9、2-10、3-4、3-5、3-6、3-7、3-8、3-9、3-10，0、1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个等)不是沃森-克里克碱基对的错配。
11.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中除了在与靶核苷(例如，腺苷)相反的核苷处，该互补性为100％。
12.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第一结构域具有约10-25个核碱基的长度。
13.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中当该寡核苷酸与靶核酸进行互补性比对时，该第一结构域包含一个或多个(例如，1-10，1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个等)错配。
14.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第一结构域中约5％-100％(例如，约10％-100％、20-100％、30％-100％、40％-100％、50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，10％、20％、30％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等)的糖独立地包含2′-F修饰。
15.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第一结构域包含一个或多个(例如，约1-20，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个等)包含2′-OR修饰的经修饰的糖，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。
16.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中来自第一结构域的5’-末端的前约1-5个，例如1、2、3、4或5个糖独立地是2’-OR修饰的糖，其中R独立地是任选地经取代的C1-6脂肪族基。
17.如权利要求1-68中任一项所述的寡核苷酸，其中该第一结构域中没有糖包含2′-OR，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。
18.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第一结构域中50％-100％的核苷酸间键联是经修饰的核苷酸间键联。
19.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中每个经修饰的核苷酸间键联独立地是手性核苷酸间键联。
20.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中每个经修饰的核苷酸间键联独立地是PS或PN键联。
21.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第二结构域具有约2-50个(例如，约5、6、7、8、9或10-约10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个，或约5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个等)核碱基的长度。
22.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中当该寡核苷酸与靶核酸进行互补性比对时，该第二结构域包含与靶腺苷相反的核苷。
23.如权利要求22所述的寡核苷酸，其中该相反的核碱基是U、C或A。
24.如权利要求22所述的寡核苷酸，其中该相反的核碱基是核碱基BA，其中BA是或包含环BA或其互变异构体，其中环BA是具有0-10个杂原子的任选地经取代的5-20元单环、双环或多环。
25.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该寡核苷酸包含核碱基BA，其中BA是或包含环BA或其互变异构体，其中环BA是具有0-10个杂原子的任选地经取代的5-20元单环、双环或多环。
26.一种寡核苷酸，其中该寡核苷酸包含核碱基BA，其中BA是或包含环BA或其互变异构体，其中环BA是具有0-10个杂原子的任选地经取代的5-20元单环、双环或多环。
27.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中环BA是 或次黄嘌呤，其中R’是-C(O)Ph。
28.如权利要求140-290中任一项所述的寡核苷酸，其中核碱基是经取代的环BA或其互变异构体。
29.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第二结构域包含一个或多个(例如，约1-20，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个等)包含2’-F修饰的经修饰的糖。
30.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第二结构域包含一个或多个(例如，约1-20，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个等)包含2′-OR修饰的经修饰的糖，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。
31.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第二结构域包含一个或多个(例如，约1-20，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个等)包含2’-OMe修饰的经修饰的糖。
32.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第二结构域中约50％-100％(例如，约50％-80％、50％-85％、50％-90％、50％-95％、60％-80％、60％-85％、60％-90％、60％-95％、60％-100％、65％-80％、65％-85％、65％-90％、65％-95％、65％-100％、70％-80％、70％-85％、70％-90％、70％-95％、70％-100％、75％-80％、75％-85％、75％-90％、75％-95％、75％-100％、80％-85％、80％-90％、80％-95％、80％-100％、85％-90％、85％-95％、85％-100％、90％-95％、90％-100％，50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％等)的核苷酸间键联是经修饰的核苷酸间键联。
33.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第二结构域中至少50％-100％的手性核苷酸间键联是手性控制的。
34.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第二结构域从5′到3′包含第一子结构域、第二子结构域和第三子结构域，或由这些结构域组成。
35.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第一子结构域具有约5-50个核碱基的长度。
36.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第一子结构域包含约1-50个(例如，约5、6、7、8、9或10-约10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个，或约5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个等，约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个等)独立地具有不是2′-F的修饰的经修饰的糖。
37.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第一子结构域中约5％-100％的糖独立地是具有不是2′-F的修饰的经修饰的糖。
38.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第二子结构域具有3个核碱基的长度。
39.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第二子结构域包含与靶腺苷相反的核苷。
40.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第二子结构域包含一个或多个包含两个2′-H的糖(例如，天然DNA糖)。
41.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第二子结构域包含一个或多个包含2’-OH的糖(例如，天然RNA糖)。
42.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第二子结构域包含约1-10个(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个)经修饰的糖。
43.如权利要求1-437中任一项所述的寡核苷酸，其中该相反核苷的糖是天然DNA糖。
44.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中与该相反核苷5’-相邻的核苷的糖(5’-…N1N0…3’中的N1的糖，其中当与靶标比对时，N0与靶腺苷相反)是天然DNA糖或是2’-F修饰的糖或是[thpyr]或[fana]。
45.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中与该相反核苷3’-相邻的核苷的糖(5’-…N0N-1...3’中的N-1的糖，其中当与靶标比对时，N0与靶腺苷相反)是天然DNA糖或是2’-F修饰的糖或是[thpyr]或[fana]。
46.如上述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该相反核苷的糖是天然DNA糖，与该相反核苷5′-相邻的核苷的糖(5′-…N1N0…3′中的N1的糖，其中当与靶标比对时，N0与靶腺苷相反)是2′-F修饰的糖，并且与该相反核苷3′-相邻的核苷的糖(5′-…N0N-1…3′中的N-1的糖，其中当与靶标比对时，N0与靶腺苷相反)是天然DNA糖。
47.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第二子结构域中的每个核苷酸间键联独立地是经修饰的核苷酸间键联。
48.如权利要求1-47中任一项所述的寡核苷酸，其中该第二子结构域包含一个或多个天然磷酸酯键联。
49.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该3′-紧邻核苷包含是或包含具有式BA-VI结构的环BA的核碱基。
50.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第三子结构域具有约1-50个(例如，约5、6、7、8、9或10-约10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个，或约5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40或50个等)核碱基的长度。
51.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该寡核苷酸包含另外的化学部分。
52.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该寡核苷酸呈盐形式。
53.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该寡核苷酸呈药学上可接受的盐形式。
54.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该寡核苷酸呈钠盐形式或铵盐形式。
55.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该第一结构域包含一个或多个(例如，1-20、1-15、1-14、1-13、1-12、1-11、1-10、2-20、3-15、4-15、5-15、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个等)2’-F嵌段和一个或多个(例如，1-20、1-15、1-14、1-13、1-12、1-11、1-10、2-20、3-15、4-15、5-15、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个等)分离嵌段，其中每个2’-F嵌段中的每个糖独立地是2’-F修饰的糖，并且其中每个分离嵌段中的每个糖独立地是糖而不是2’-F修饰的糖。
56.如权利要求55所述的寡核苷酸，其中每个分离嵌段中的每个糖独立地是2’-OR修饰的糖或双环糖，其中R是任选地经取代的C1-6脂肪族基。
57.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中所有硫代磷酸酯核苷酸间键联的至少50％、60％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或99％(例如，50％-100％、60％-100％、70-100％、75％-100％、80％-100％、90％-100％、95％-100％、60％-95％、70％-95％、75-95％、80-95％、85-95％、90-95％、50％、60％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、或99％等)，或所有硫代磷酸酯核苷酸间键联是Sp。
58.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中该寡核苷酸包含5’-N1N0N-1-3’，其中N-1、N0和N1各自独立地是核苷。
59.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N0的糖是天然DNA糖、天然RNA糖、2’-F修饰的糖、[thpyr]或[fana]。
60.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1的糖是天然DNA糖、天然RNA糖、2’-F修饰的糖、[thpyr]或[fana]。
61.如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸，其中N-1的核碱基是次黄嘌呤、c7In、c39z48In或z2c3In。
62.一种包含多个寡核苷酸的寡核苷酸组合物，其中该多个寡核苷酸共享：
1)共同碱基序列，和
2)独立地在一个或多个手性核苷酸间键联(“手性控制的核苷酸间键联”)处的相同键联磷立体化学；
其中该多个寡核苷酸各自独立地是如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸或其酸、碱或盐形式；或
一种包含多个寡核苷酸的寡核苷酸组合物，其中该多个寡核苷酸共享：
1)共同碱基序列，和
2)独立地在一个或多个手性核苷酸间键联(“手性控制的核苷酸间键联”)处的相同键联磷立体化学；
其中该多个寡核苷酸各自独立地是如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸或其酸、碱或盐形式；或
一种包含多个寡核苷酸的寡核苷酸组合物，其中该多个寡核苷酸共享：
1)共同碱基序列，和
2)独立地在一个或多个手性核苷酸间键联(“手性控制的核苷酸间键联”)处的相同键联磷立体化学；
其中该共同碱基序列与核酸的一部分的碱基序列互补，该部分包含靶腺苷。
63.一种包含一种或多种多个寡核苷酸的寡核苷酸组合物，其中每种多个寡核苷酸独立地共享：
1)共同碱基序列，和
2)独立地在一个或多个(例如，约1-50、1-40、1-30、1-25、1-20、1-15、1-10、5-50、5-40、5-30、5-25、5-20、5-15、5-10，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24或25个或更多个)手性核苷酸间键联(“手性控制的核苷酸间键联”)处相同的键联磷立体化学；
其中该多个寡核苷酸各自独立地是如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸或其酸、碱或盐形式。
64.如前述权利要求中任一项所述的组合物，其中与没有核苷酸间键联是手性控制的寡核苷酸的立体随机制备物相比，该组合物富集该多个寡核苷酸。
65.如前述权利要求中任一项所述的组合物，其中该多个寡核苷酸具有相同的构成。
66.如前述权利要求中任一项所述的组合物，其中该多个寡核苷酸具有相同的结构。
67.一种包含多个寡核苷酸的组合物，其中该多个寡核苷酸各自独立地是特定寡核苷酸或其盐，其中该特定寡核苷酸是如权利要求1-1440中任一项所述的寡核苷酸，其中该组合物中共享该特定寡核苷酸或其盐组成的所有寡核苷酸中的至少约5％-100％、10％-100％、20-100％、30％-100％、40％-100％、50％-100％、5％-90％、10％-90％、20-90％、30％-90％、40％-90％、50％-90％、5％-85％、10％-85％、20-85％、30％-85％、40％-85％、50％-85％、5％-80％、10％-80％、20-80％、30％-80％、40％-80％、50％-80％、5％-75％、10％-75％、20-75％、30％-75％、40％-75％、50％-75％、5％-70％、10％-70％、20-70％、30％-70％、40％-70％、50％-70％、5％-65％、10％-65％、20-65％、30％-65％、40％-65％、50％-65％、5％-60％、10％-60％、20-60％、30％-60％、40％-60％、50％-60％、5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％是该多个寡核苷酸。
68.一种寡核苷酸，其中除了在经修饰的核苷酸间键联的位置处是具有-O5-PL(RCA)-O3-的结构的键联外，该寡核苷酸在其他方面与如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸相同，其中：
PL是P或P(＝W)；
W是O、S或WN；
RCA是或包含任选地经取代的或封端的手性助剂部分，
O5是键合到糖的5′-碳的氧，并且
O3是键合到糖的3′-碳的氧。
69.一种亚磷酰胺，其中该亚磷酰胺的核碱基是本文所述的核碱基或其互变异构体，其中该核碱基或其互变异构体是任选地经取代的或被保护的，或者
一种亚磷酰胺，其中该核碱基是或包含环BA，其中环BA具有BA-I、BA-I-a、BA-I-b、BA-II、BA-II-a、BA-II-b、BA-III、BA-III-a、BA-III-b、BA-IV、BA-IV-a、BA-IV-b、BA-V、BA-V-a、BA-V-b或BA-VI的结构，或环BA的互变异构体，其中该核碱基是任选地经取代的或被保护的。
70.如权利要求69所述的亚磷酰胺，其中该亚磷酰胺具有RNS-p(OR)N(R)2的结构，其中RNS是任选地经保护的核苷部分，并且每个R如本文所述，优选地其中该亚磷酰胺具有RNS-P(OCH2CH2CN)N(i-Pr)2的结构。
71.如权利要求70中任一项所述的亚磷酰胺，其中该亚磷酰胺包含手性助剂部分，其中磷键合到该手性助剂部分的氧和氮原子，优选地其中该亚磷酰胺具有的结构。
72.如权利要求71所述的亚磷酰胺，其中RC1是-SiPh2Me。
73.如权利要求71所述的亚磷酰胺，其中RCl是-SO2R，其中R是任选地经取代的C1-10脂肪族基或任选地经取代的苯基。
74.如前述权利要求中任一项所述的亚磷酰胺，其中该亚磷酰胺的核碱基是c7In、c39z48In或z2c3In。
75.如前述权利要求中任一项所述的亚磷酰胺，其中该亚磷酰胺的糖是[fana]。
76.一种用于制备寡核苷酸或组合物的方法，该方法包括使寡核苷酸或核苷的5’-OH与如权利要求69-75中任一项所述的亚磷酰胺或化合物偶联。
77.一种用于制备寡核苷酸或组合物的方法，该方法包括从如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸去除手性助剂部分。
78.一种方法，其包括：
评估细胞、组织或动物中的药剂或其组合物，其中该细胞、组织或动物是或包含与病症、障碍或疾病相关的细胞、组织或器官或病症、障碍或疾病的细胞、组织或器官，和/或包含与病症、障碍或疾病相关的核苷酸序列；以及
向易患或患有病症、障碍或疾病的受试者施用有效量的用于预防或治疗该病症、障碍或疾病的药剂或组合物；或
一种方法，其包括：
向易患或患有病症、障碍或疾病的受试者施用有效量的用于预防或治疗该病症、障碍或疾病的药剂或组合物，其中在细胞、组织或动物中评估该药剂或组合物，其中该细胞、组织或动物是或包含与病症、障碍或疾病相关的细胞、组织或器官或病症、障碍或疾病的细胞、组织或器官，和/或包含与病症、障碍或疾病相关的核苷酸序列；或
一种用于表征寡核苷酸或组合物的方法，该方法包括：
将该寡核苷酸或组合物施用于包含或表达ADAR1多肽或其特征性部分，或编码ADAR1多肽或其特征性部分的多核苷酸的细胞或其群体；或
将该寡核苷酸或组合物施用于包含或表达ADAR1多肽或其特征性部分，或编码ADAR1多肽或其特征性部分的多核苷酸的非人动物或其群体。
79.一种用于修饰靶核酸中的靶腺苷的方法，该方法包括使该靶核酸与如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸或组合物接触；或
一种用于使靶核酸中的靶腺苷脱氨的方法，该方法包括使该靶核酸与如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸或组合物接触；或
一种用于产生特定核酸或其产物、恢复或增加特定核酸或其产物的水平的方法，该方法包括使靶核酸与如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸或组合物接触，其中该靶核酸包含靶腺苷，并且该特定核酸与该靶核酸的不同之处在于该特定核酸具有I或G而不是该靶腺苷；或
一种用于降低靶核酸或其产物的水平的方法，该方法包括使靶核酸与如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸或组合物接触，其中该靶核酸包含靶腺苷；或
一种方法，其包括：
使如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸或组合物与样品接触，该样品包含靶核酸和腺苷脱氨酶，其中：
该寡核苷酸组合物中的一个或多个寡核苷酸的碱基序列与该靶核酸的碱基序列基本上互补；以及
该靶核酸包含靶腺苷；
其中该靶腺苷被修饰；或
一种方法，其包括
1)获得靶核酸中靶腺苷的第一修饰水平，该水平是当第一寡核苷酸组合物与包含该靶核酸和腺苷脱氨酶的样品接触时观察到的，其中该第一寡核苷酸组合物包含共享相同的与该靶核酸的碱基序列基本上互补的碱基序列的第一多个寡核苷酸；以及
2)获得靶核酸中靶腺苷的参考修饰水平，该水平是当参考寡核苷酸组合物与包含该靶核酸和腺苷脱氨酶的样品接触时观察到的，其中该参考寡核苷酸组合物包含共享相同的与该靶核酸的碱基序列基本上互补的碱基序列的多个参考寡核苷酸；
其中：
该第一多个寡核苷酸包含比该多个参考寡核苷酸更多的具有2′-F修饰的糖，更多的具有2′-OR修饰的糖，其中R不是-H，和/或更多的手性核苷酸间键联；以及
与该参考寡核苷酸组合物的寡核苷酸相比，该第一寡核苷酸组合物提供更高水平的修饰；或
一种方法，其包括
获得靶核酸中靶腺苷的第一修饰水平，该水平是当第一寡核苷酸组合物与包含该靶核酸和腺苷脱氨酶的样品接触时观察到的，其中该第一寡核苷酸组合物包含共享相同的与该靶核酸的碱基序列基本上互补的碱基序列的第一多个寡核苷酸；以及
其中靶腺苷的该第一修饰水平高于该靶腺苷的参考修饰水平，其中该参考水平是在参考寡核苷酸组合物与包含该靶核酸和腺苷脱氨酶的样品接触时观察到的，其中该参考寡核苷酸组合物包含共享相同的与该靶核酸的碱基序列基本上互补的碱基序列的多个参考寡核苷酸；
其中：
该第一多个寡核苷酸包含比该多个参考寡核苷酸更多的具有2′-F修饰的糖，更多的具有2′-OR修饰的糖，其中R不是-H，和/或更多的手性核苷酸间键联；或
一种方法，其包括
1)获得靶核酸中靶腺苷的第一修饰水平，该水平是当第一寡核苷酸组合物与包含该靶核酸和腺苷脱氨酶的样品接触时观察到的，其中该第一寡核苷酸组合物包含共享相同的与该靶核酸的碱基序列基本上互补的碱基序列的第一多个寡核苷酸；以及
2)获得靶核酸中靶腺苷的参考修饰水平，该水平是当参考寡核苷酸组合物与包含该靶核酸和腺苷脱氨酶的样品接触时观察到的，其中该参考寡核苷酸组合物包含共享相同的与该靶核酸的碱基序列基本上互补的碱基序列的多个参考寡核苷酸；
其中：
该第一多个寡核苷酸包含比该多个参考寡核苷酸更多的具有2′-F修饰的糖，更多的具有2′-OR修饰的糖，其中R不是-H，和/或更多的手性控制的手性核苷酸间键联；以及
与该参考寡核苷酸组合物的寡核苷酸相比，该第一寡核苷酸组合物提供更高水平的修饰；或
一种方法，其包括
获得靶核酸中靶腺苷的第一修饰水平，该水平是当第一寡核苷酸组合物与包含该靶核酸和腺苷脱氨酶的样品接触时观察到的，其中该第一寡核苷酸组合物包含共享相同的与该靶核酸的碱基序列基本上互补的碱基序列的第一多个寡核苷酸；以及
其中靶腺苷的该第一修饰水平高于该靶腺苷的参考修饰水平，其中该参考水平是在参考寡核苷酸组合物与包含该靶核酸和腺苷脱氨酶的样品接触时观察到的，其中该参考寡核苷酸组合物包含共享相同的与该靶核酸的碱基序列基本上互补的碱基序列的多个参考寡核苷酸；
其中：
该第一多个寡核苷酸包含比该多个参考寡核苷酸更多的具有2′-F修饰的糖，更多的具有2′-OR修饰的糖，其中R不是-H，和/或更多的手性控制的手性核苷酸间键联；或
一种方法，其包括
1)获得靶核酸中靶腺苷的第一修饰水平，该水平是当第一寡核苷酸组合物与包含该靶核酸和腺苷脱氨酶的样品接触时观察到的，其中该第一寡核苷酸组合物包含共享相同的与该靶核酸的碱基序列基本上互补的碱基序列的第一多个寡核苷酸；以及
2)获得靶核酸中靶腺苷的参考修饰水平，该水平是当参考寡核苷酸组合物与包含该靶核酸和腺苷脱氨酶的样品接触时观察到的，其中该参考寡核苷酸组合物包含共享相同的与该靶核酸的碱基序列基本上互补的碱基序列的多个参考寡核苷酸；
其中：
该第一多个寡核苷酸包含一个或多个手性控制的手性核苷酸间键联；以及
该多个参考寡核苷酸不含手性控制的手性核苷酸间键联(参考寡核苷酸组合物是“立体随机组合物”)；以及
与该参考寡核苷酸组合物的寡核苷酸相比，该第一寡核苷酸组合物提供更高水平的修饰；或
一种方法，其包括
获得靶核酸中靶腺苷的第一修饰水平，该水平是当第一寡核苷酸组合物与包含该靶核酸和腺苷脱氨酶的样品接触时观察到的，其中该第一寡核苷酸组合物包含共享相同的与该靶核酸的碱基序列基本上互补的碱基序列的第一多个寡核苷酸；以及
其中靶腺苷的该第一修饰水平高于该靶腺苷的参考修饰水平，其中该参考水平是在参考寡核苷酸组合物与包含该靶核酸和腺苷脱氨酶的样品接触时观察到的，其中该参考寡核苷酸组合物包含共享相同的与该靶核酸的碱基序列基本上互补的碱基序列的多个参考寡核苷酸；
其中：
该第一多个寡核苷酸包含一个或多个手性控制的手性核苷酸间键联；以及
该多个参考寡核苷酸不含手性控制的手性核苷酸间键联(参考寡核苷酸组合物是“立体随机组合物”)。
80.如权利要求79所述的方法，其中第一寡核苷酸组合物是如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸组合物。
81.如权利要求79-80中任一项所述的方法，其中该脱氨酶是ADAR酶。
82.如权利要求79-81中任一项所述的方法，其中与不同于靶核酸的核酸相比，该靶核酸与病症、障碍或疾病，或所需的特性或功能的减弱，或不期望的特性或功能的增强更相关，该不同在于其在靶腺苷的位置具有I或G而不是该靶腺苷。
83.如权利要求79-81中任一项所述的方法，其中该靶腺苷位于MECP2的提前终止密码子中。
84.一种用于编辑系统中MECP2转录物中的提前终止密码子的方法，该方法包括向该系统施用如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸或组合物。
85.一种用于增加MECP2的水平或一种或多种活性的方法，该方法包括向该系统施用如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸或组合物。
86.一种用于增加或恢复MECP2的水平或一种或多种活性的方法，该方法包括向该系统施用如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸或组合物。
87.一种用于增加或恢复全长MECP2的水平的方法，该方法包括向该系统施用如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸或组合物。
88.一种用于调节受MECP2调节的核酸的表达和/或活性的方法，该方法包括向该系统施用如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸或组合物。
89.如权利要求1703-1712中任一项所述的方法，其中该系统在MECP2中包含提前TGA终止密码子。
90.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中MECP2中的提前终止密码子是R168X、R255X、R270X和/或R294X。
91.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中该方法提供了编辑的MECP2蛋白，任选地包含R168W、R255W、R270W和/或R294W。
92.一种用于预防受试者中的病症、障碍或疾病的方法，该方法包括向易患该病症、障碍或疾病的受试者施用有效量的如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸或组合物。
93.一种用于治疗受试者中的病症、障碍或疾病的方法，该方法包括向患有该病症、障碍或疾病的受试者施用有效量的如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸或组合物。
94.如权利要求92-93中任一项所述的方法，其中该病症、障碍或疾病与MECP2突变相关，任选地其中MECP2突变是MECP2中的提前TGA终止密码子。
95.如权利要求92-94中任一项所述的方法，其中MECP2突变是R168X、R255X、R270X和/或R294X。
96.如权利要求92-95中任一项所述的方法，其中提前终止密码子被编辑为编码W的密码子。
97.如权利要求92-96中任一项所述的方法，其中该病症、障碍或疾病是雷特综合征。
98.如权利要求92-96中任一项所述的方法，其中该病症、障碍或疾病是或包含经典雷特综合征。
99.如权利要求92-96中任一项所述的方法，其中该病症、障碍或疾病是或包含非典型雷特综合征。
100.如权利要求92-96中任一项所述的方法，其中该病症、障碍或疾病是MECP2相关的严重新生儿脑病。
101.如权利要求92-96中任一项所述的方法，其中该病症、障碍或疾病是PPM-X综合征。
102.如权利要求92-96中任一项所述的方法，其中该病症、障碍或疾病是天使综合征。
103.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中两种或更多种不同的腺苷被靶向和编辑。
104.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中同一转录物的两个或更多个靶腺苷被靶向和编辑。
105.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中两种或更多种不同的转录物被靶向和编辑。
106.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中来自两种或更多种不同多核苷酸的转录物被靶向和编辑。
107.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中来自两种或更多种基因的转录物被靶向和编辑。
108.如上述权利要求中任一项所述的方法，其包括施用两种或更多种寡核苷酸或组合物，这些寡核苷酸或组合物各自独立地靶向不同的靶标，并且这些寡核苷酸或组合物各自独立地是如前述权利要求中任一项所述的寡核苷酸或组合物。
109.如权利要求108所述的方法，其中同时施用两种或更多种寡核苷酸或组合物。
110.如权利要求107-108中任一项所述的方法，其中将两种或更多种寡核苷酸或组合物作为分开的组合物施用。
111.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中与非靶向寡核苷酸互补的靶核酸的那部分直接连接至与靶向靶腺苷的寡核苷酸互补的靶核酸的那部分。
112.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中与非靶向寡核苷酸互补的靶核酸的那部分与靶向靶腺苷的寡核苷酸互补的靶核酸的那部分通过缺口分离。
113.一种如说明书或示例实施例1-1818中任一项所述的化合物、寡核苷酸、组合物或方法。
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