RU2824141C2

RU2824141C2 - Новые бициклические нуклеозиды и олигомеры, полученные из них

Info

Publication number: RU2824141C2
Application number: RU2019113673A
Authority: RU
Inventors: Кристиан ЛЮМАНН; Дэмьен ЭВАКОЗ
Original assignee: Университет Берн
Priority date: 2016-11-30
Filing date: 2017-11-29
Publication date: 2024-08-06

Abstract

Изобретение относится к новым соединениям формулы (I) и олигонуклеотидам, полученным из них. В частности, настоящее изобретение относится к соединению формулы (I)

где один из T₁ и Т₂ представляет собой OR₁ или OR₂; и другой из T₁ и Т₂ представляет собой OR₁ или OR₂; где R₁ представляет собой Н или гидроксил-защитную группу, где указанная гидроксил-защитная группа независимо в каждом случае выбрана из ацетила, бензила, трет-бутилдиметилсилила, трет-бутилдифенилсилила, тритила, 4-монометокситритила, 4,4'-диметокситритила (DMTr), 4,4',4''-триметокситритила (TMTr), 9-фенилксантин-9-ила (пиксила) и 9-(п-метоксифенил)ксантин-9-ила (МОХ), и R₂ представляет собой фосфорсодержащий фрагмент, где указанный фосфорсодержащий фрагмент представляет собой фосфорамидитный фрагмент, представленный формулой (X)

где R₅ представляет собой С₁-С₉ алкил, замещенный циано; R₆ и R₇ независимо представляют собой С₁-С₉ алкил; или совместно с атомом азота, к которому они присоединены, образуют гетероциклическое кольцо, где указанное гетероциклическое кольцо выбрано из пирролидинила, пиперидинила или морфолинила, где указанное гетероциклическое кольцо необязательно замещено C₁-С₃ алкилом; и где Вх представляет собой пуриновое основание или пиримидиновое основание. Технический результат: получены новые олигонуклеотиды, которые могут быть применимы в качестве антисмыслового агента для предупреждения или лечения заболевания, где указанное заболевание представляет собой мышечную дистрофию, предпочтительно мышечную дистрофию Дюшенна. 2 н. и 22 з.п. ф-лы, 12 табл., 59 пр., 12 ил.

Description

Настоящее изобретение относится к новым бициклическим нуклеозидам и олигомерам, полученным из них. В частности, настоящее изобретение относится к соединению формулы (I), к олигомеру, содержащему по меньшей мере одно соединение формулы (IV), к указанным соединениям или олигомеру согласно настоящему изобретению для применения в качестве лекарственного средства для предупреждения, лечения или диагностики заболевания и к фармацевтической композиции, содержащей по меньшей мере одно соединение или по меньшей мере один олигомер согласно настоящему изобретению. Изобретение также относится к применению in vitro олигомера согласно настоящему изобретению для связывания с последовательностью нуклеиновой кислоты-мишени и к способу твердофазного синтеза олигомера согласно настоящему изобретению.

УРОВЕНЬ ТЕХНИКИ

Антисмысловая терапия стала важной платформой для разработки инновационных лекарственных средств. Аналоги олигонуклеотидов, обладающие сильным и последовательность-специфическим связыванием с одноцепочечными РНК или двухцепочечными РНК и имеющие устойчивость к ферментному разрушению, являются возможными кандидатами для терапевтического применения в качестве ингибиторов или модуляторов экспрессии белка. Химически модифицированные нуклеозиды встраивают в антисмысловые соединения для усиления их свойств, таких как устойчивость к нуклеазе, фармакокинетика или аффинность в отношении РНК-мишени.

В последние годы основным направлением развития в области синтетической биологии являлась разработка антисмысловых систем с улучшенной активностью и эффективностью, полученных без использования известных молекулярных компонентов, встречающихся в природе. Основным требованием для решения этой задачи является разработка искусственных генетических полимеров, часто называемых ксено-нуклеиновыми кислотами (КсНК), которые выполняют функцию натуральных ДНК или РНК (Herdewijn et al., Chem. Biodiversity 2009, 6, 791). Ожидается, что доступность таких систем и их внедрение в живые организмы придаст им новые свойства, которые представляют интерес в области биотехнологии и медицины.

Возможность применения в качестве альтернативного генетического материала была изучена лишь у нескольких кандидатов среди огромного количества модификаций нуклеиновых кислот, появившихся за последние 30 лет.В ходе одной из попыток встраивания не встречающихся в природе компонентов в естественный генетический аппарат с внесением минимальных химических изменений было показано, что тимидин в геноме штаммов Е. coli может быть заменен на 5-хлоруридин в рамках эволюционного процесса до достижения минимального остаточного содержания тимидина (Marliere et al., Angewandte Chemie, Int. Edition 2011, 50, 7109). В рамках другого подхода сообщалось, что не встречающиеся в природе нуклеиновые кислоты, такие как 1,5-ангидрогекситол-нуклеиновая кислота (HNA; Hendrix et al., Chem. Eur. J. 1997, 3, 110) и циклогексен-нуклеиновая кислота (CeNA; Nauwelaerts et al., Nucleic Acids Res. 2005, 33, 2452), фторарабиноолигонуклеотиды (FANA; Wilds et al., J. Nucleic Acids Res. 2000, 28, 3625), арабинонуклеиновые кислоты (ANA; Damha et al., J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 12976), треоза-нуклеиновые кислоты (TNA; Schoning et al., Science 2000, 290, 1347) и закрытая нуклеиновая кислота (LNA; Koshkin et al., J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 13252; Obika et al., Tetrahedron Lett. 1998, 39, 5401), могут быть транскрибированы из ДНК и обратно транскрибированы в ДНК под действием ДНК-полимераз.

В альтернативном подходе остовную структуру РНК и ДНК изменяют путем замены места присоединения межнуклеозидного фосфатного звена к сахару с 3'- на 2'-атом кислорода (2',5'-ДНК или 2',5'-РНК). В то время как 2',5'-РНК представляет собой встречающийся в природе биополимер, который впервые был обнаружен в бактериях в форме 2',5'-полиаденилатов, 2',5'-ДНК не встречается в природе (Trujillo et al., Eur. J. Biochem. 1987, 169, 167). Ранее были изучены свойства спаривания оснований и репликации обоих полимеров. Было показано, что 2',5'-РНК связывается с комплементарной РНК, но не с ДНК. Дуплексы с РНК являются чуть менее стабильными по сравнению с чистыми дуплексами РНК, а дуплексы чистых последовательностей 2',5'-РНК существуют, но являются еще менее стабильными (Wasner et al., J. Biochemistry 1998, 37, 7478). Кроме того, в экспериментах с расширением матрицы праймеров было показано, что удлиненные фрагменты, содержащие до четырех 2',5'-связанных нуклеотидов, в матрице могут быть обратно транскрибированы в ДНК под действием полимераз или обратных транскриптаз даже в отсутствие значительной аффинности 2',5'-ДНК к природной ДНК (Sinha et al., J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 40).

Для энтропийной стабилизации образования комплекса с комплементарными природными нуклеиновыми кислотами был разработан бициклический аналог ДНК, который отличается от природной ДНК наличием дополнительного этиленового мостика, расположенного между центрами С(3') и С(5'). Места присоединения линкерных фосфодиэфирных звеньев являются такими же, что и в природных нуклеиновых кислотах, т.е. при 3'- и 5'-концах. Такое изменение углеродного скелета обеспечивает закрытую конформацию сахара, которая приводит к тому, что в бициклодеоксинуклеозидах имеет место повышенная преорганизация одиночных нитей для образования дуплекса. Декамеры бициклодеоксиаденозина и бициклотимидина связываются с натуральными комплементами РНК и ДНК, а также друг с другом, с образованием двойных и тройных спиральных структур. По сравнению с природной ДНК образование дуплекса связано с пониженной энтальпией и энтропией спаривания оснований и компенсирует свободную энергию образования дуплекса (Bolli et al., Nucleic Acids Res. 1996, 24, 4660).

Тем не менее, спустя более чем три десятилетия исследований в области антисмысловой терапии клинические применения по-прежнему ограничены низкой биологической стабильностью, слабыми фармакокинетическими показателями и нецелевой токсичностью данного класса соединений.

Таким образом, по-прежнему существует потребность в антисмысловых соединениях, которые устойчивы к ферментному разрушению in vivo и обладают сильным и последовательность-специфическим связыванием с нуклеиновыми кислотами.

КРАТКОЕ ОПИСАНИЕ ИЗОБРЕТЕНИЯ

Согласно первому аспекту в изобретении предложено соединение формулы (I):

где один из T₁ и Т₂ представляет собой OR₁ или OR₂;

и другой из T₁ и Т₂ представляет собой OR₁ или OR₂; причем

R₁ представляет собой Н или гидроксил-защитную группу, и

R₂ представляет собой фосфорсодержащий фрагмент; и

Вх представляет собой азотистое основание.

Согласно второму аспекту в изобретении предложен олигомер, содержащий по меньшей мере одно соединение формулы (IV)

где независимо в каждом из указанного по меньшей мере одного соединения формулы (IV) один из Т₃ или Т₄ представляет собой нуклеозидную линкерную группу;

другой из Т₃ и Т₄ представляет собой OR₁, OR₂, 5'-концевую группу, 7'-концевую группу или нуклеозидную линкерную группу, где R₁ представляет собой Н или гидроксил-защитную группу, и R₂ представляет собой фосфорсодержащий фрагмент; и Вх представляет собой азотистое основание.

Согласно третьему аспекту в настоящем изобретении предложено соединение формулы (I), (II) или (III) согласно изобретению или олигомер согласно изобретению для применения в качестве лекарственного средства для предупреждения или лечения заболевания.

Согласно дополнительному аспекту в настоящем изобретении предложен олигомер согласно изобретению, предпочтительно олигомер формулы (V) согласно изобретению для применения в качестве лекарственного средства для предупреждения, лечения или диагностики заболевания, где указанное заболевание представляет собой мышечную дистрофию, и предпочтительно указанное заболевание представляет собой мышечную дистрофию Дюшенна.

Согласно дополнительному аспекту в изобретении предложена фармацевтическая композиция, содержащая по меньшей мере одно соединение, выбранное из формул (I), (II) или (III), или по меньшей мере один олигомер согласно изобретению.

Согласно дополнительному аспекту олигомер согласно изобретению применяют in vitro для связывания с последовательностью нуклеиновой кислоты-мишени.

Согласно дополнительному аспекту в изобретении предложен способ твердофазного синтеза олигомера согласно изобретению.

В изобретении, описанном в настоящем документе, предложены новые соединения, где положение группы, используемой для связывания с другими фрагментами, такой как нуклеозидная линкерная группа, смещено по сравнению с соединениями, известными из уровня техники. Таким образом, соединения согласно изобретению связаны или могут быть связаны через 5'-конец и 7'-конец бициклического сахара с другими соединениями, такими как нуклеозиды или нуклеотиды (ФИГ. 1С и ФИГ. 1D). В противоположность этому, согласно уровню техники нуклеозиды или нуклеотиды связаны через 3'- и 5'-концы, как в случае известных нуклеозидов или нуклеотидов, содержащих бициклический сахар (ФИГ. 1 В), так и в природных ДНК или РНК (ФИГ. 1А).

Как следствие указанного смещения линкерной группы изменяется геометрия остова олигомера в соединениях согласно изобретению. Указанное изменение геометрии остова в свою очередь приводит к изменению стэкинга азотистых оснований в соединениях согласно изобретению по сравнению со спиралями природных нуклеиновых кислот. Следовательно, олигомеры согласно изобретению принимают конформации спирали, которые значительно отличаются от природной ДНК. Кроме того, с учетом этих фактов можно ожидать, что олигомеры согласно изобретению, образующие дуплексные структуры, будут иметь геометрию, отличающуюся от традиционных канонических дуплексов.

Несмотря на изменения геометрии остова и стэкинга азотистых оснований авторы изобретения неожиданно обнаружили, что олигомеры согласно изобретению образуют пары с основаниями природных ДНК и РНК, а дуплексы, образованные из олигомеров согласно изобретению, имеют термическую стабильность, которая находится в тех же пределах, что и у дуплексов природных ДНК. Следовательно, олигомеры согласно изобретению имеют структурные свойства и свойства спаривания оснований, необходимые для того, чтобы рассматриваться в качестве новых ксенонуклеиновых кислот, которые могут выполнят функцию природной ДНК. Кроме того, олигомеры согласно изобретению имеют сравнимую селективность спаривания оснований и даже еще более выраженную способность распознавания ошибочного спаривания по сравнению с аналогичной природной ДНК. Улучшение распознавания ошибочного спаривания, как правило, снижает возможные побочные эффекты и, таким образом, является привлекательным свойством для потенциального антисмыслового агента.

ОПИСАНИЕ ГРАФИЧЕСКИХ МАТЕРИАЛОВ

ФИГ. 1: А) α-моноциклическая ДНК; В) бициклическая (bc-)ДНК; С) 7',5'-β-bc-ДНК, т.е. предложенное соединение формулы (III); D) 7',5'-α-bc-ДНК, т.е. предложенное соединение формулы (II).

ФИГ. 2: Сравнение 7',5'-β-bc-ДНК, т.е. предложенного соединения формулы (III), изображенного слева, и 7',5'-α-bc-ДНК, т.е. предложенного соединения формулы (II), изображенного справа.

ФИГ. 3: Рентгеновская структура а) 5'-O-n-нитробензоил-7',5'-α-bc-Т, b) 5'-O-ацетил-7',5'-α-bc-GAc. Неполярные атомы водорода опущены для ясности.

ФИГ. 4: Встраивание 7',5'-α-bc-ДНК с обращенной полярностью внутрь β-ДНК.

ФИГ. 5: Кривые УФ-плавления (260 нм) олигонуклеотида ON21 (SEQ ID NO: 21) с полностью модифицированным параллельным (олигонуклеотид ON22; SEQ ID NO: 22) и антипараллельным (олигонуклеотид ON23; SEQ ID NO: 23) комплементом, параллельной ДНК и параллельной РНК и их сравнение с соответствующим дуплексом природных ДНК. Общая концентрация цепей: 2 мкМ в 10 мМ NaH₂PO₄, 150 мМ NaCl, рН 7,0.

ФИГ. 6: Спектры КД дуплексов а) ДНК⋅РНК, b) ON21⋅PHK и с) ON21⋅ДНК, d) ON21⋅ON22 при 20°С. Условия эксперимента: Общая концентрация цепей 2 мкМ в 10 мМ NaH₂PO₄, 150 мМ NaCl, рН 7,0.

ФИГ. 7: Фрагмент изображения геля, а) Контрольный эксперимент с ДНК. Реакция разрушения ДНК, через b) 1 час, с) 2 часа, d) 4 часа, е) 24 часа; f) контрольный эксперимент с олигонуклеотидом ON21; реакция разрушения ON21, через g) 1 час, h) 2 часа, i) 4 часа, j) 24 часа.

ФИГ. 8: Результаты активации комплемента С3; РО обозначает фосфатные нуклеозидные линкеры, PS обозначает фосфоротиоатные нуклеозидные линкеры, bc-ДНК обозначает остов 7',5'-α-bc-ДНК, tc-ДНК обозначает трициклический остов. Каждое измерение проводили по меньшей мере в 3 повторностях. Последовательность аналогична для 5 ON.

ФИГ. 9: Сравнение уровня экспрессии мРНК после инкубации с PS-α-bc-ДНК или PS-tc-ДНК. Последовательность аналогична для двух ON. Сокращения такие, как указано для ФИГ. 8.

ФИГ. 10: Рентгеновская структура 7'-O-п-нитробензоил-7',5'-β-bc-Т. Атомы водорода опущены для ясности.

ФИГ. 11: Кривые УФ-плавления (260 нм) гомодуплекса 7',5'-β-bc-ДНК и их сравнение с соответствующим дуплексом природных ДНК. Общая концентрация цепей:

2 мкМ в 10 мМ NaH₂PO₄, 150 мМ NaCl, рН 7,0.

ФИГ. 12: Спектры КД трех дуплексов a) ON13⋅ON14, b) ON13⋅ДНК и с) ДНК⋅ДНК при температуре от 10 до 80°С. Условия эксперимента: Общая концентрация цепей 2 мкМ в 10 мМ NaH₂PO₄, 1 М NaCl, рН 7,0, 10°С.

ПОДРОБНОЕ ОПИСАНИЕ ИЗОБРЕТЕНИЯ

Если отсутствуют иные определения, то все технические и научные термины, используемые в настоящем документе, имеют значения, общепринятые специалистами в области техники, к которой относится настоящее изобретение.

Термины «защитная группа амино», «защитная группа аминогруппы» или «амино-защитная группа», которые используют в настоящем документе взаимозаменяемо, хорошо известны в данной области техники и включают те, что подробно описаны в Protecting Groups in Organic Synthesis, Т.W. Greene and P. G. M. Wilts, 3^е издание, John Wiley & Sons, 1999, Greene's Protective Groups in Organic Synthesis, P. G. M. Wuts, 5^е издание, John Wiley & Sons, 2014, и Current Protocols in Nucleic Acid Chemistry, под ред. S.L. Beaucage et al. 06/2012, и, в частности, в разделе 2. «Амино-защитные группы», подходящие для настоящего изобретения, включают и, как правило, и предпочтительно независимо в каждом случае выбраны из метилкарбамата, этилкарбамата, 9-флуоренилметилкарбамата (Fmoc), 9-(2-сульфо)флуоренилметилкарбамата, 2,7-ди-трет-бутил-[9-(10,10-диоксо-10,10,10,10-тетрагидротиоксантил)]метилкарбамата (DBD-Tmoc), 4-метоксифенацилкарбамата (Phenoc), 2,2,2-трихлорэтилкарбамата (Troc), 2-триметилсилилэтилкарбамата (Теос), 2-фенилэтилкарбамата (hZ), 1,1-диметил-2,2-дибромэтилкарбамата (DB-t-BOC), 1,1-диметил-2,2,2-трихлорэтилкарбамата (ТСВОС), бензилкарбамата (Cbz), n-метоксибензилкарбамата (Moz) и 2,4,6-триметилбензилкарбамата; а также формамида, ацетамида, бензамида.

Термины «защитная группа гидроксила», «защитная группа гидроксильной группы» или «гидроксил-защитная группа», которые используют в настоящем документе взаимозаменяемо, хорошо известны в данной области техники и включают те, что подробно описаны в Protecting Groups in Organic Synthesis, Т.W. Greene and P. G. M. Wuts, 3^е издание, John Wiley & Sons, 1999; Greene's Protective Groups in Organic Synthesis, P. G. M. Wuts, 5^e издание, John Wiley & Sons, 2014, и в Current Protocols in Nucleic Acid Chemistry, под ред. S.L. Beaucage et al. 06/2012, и, в частности, в разделе 2. В определенном варианте реализации «гидроксил-защитные группы» согласно настоящему изобретению включают и, как правило, и предпочтительно независимо в каждом случае выбраны из ацетила, бензоила, бензила, β-метоксиэтоксиметилового эфира (MEM), диметокситритила, [бис-(4-метоксифенил)фенилметила] (DMTr), метоксиметилового эфира (MOM), метокситритила [(4-метоксифенил)дифенилметила] (ММТ), п-метоксибензилового эфира (РМВ), метилтиометилового эфира, пивалоила (Piv), тетрагидропиранила (ТНР), тетрагидрофурана (ТГФ), тритила (трифенилметила, Tr), простого силильного эфира, такого как трет-бутилдифенилсилильный эфир (TBDPS), три метил сил ильный (TMS), трет-бутилдиметилсилильный (TBDMS), три-изопропилсилилоксиметильный (ТОМ) и триизопропилсилильный (TIPS) эфиры; простых метиловых эфиров, простых этоксиэтиловых эфиров (ЕЕ).

В предпочтительном варианте реализации «гидроксил-защитные группы» согласно настоящему изобретению включают и, как правило, и предпочтительно независимо в каждом случае выбраны из ацетила, трет-бутила, трет-бутоксиметила, метоксиметила, тетрагидропиранила, 1-этоксиэтила, 1-(2-хлорэтокси)этила, 2-триметилсилилэтила, n-хлорфенила, 2,4-динитрофенила, бензила, бензоила, n-фенилбензоила, 2,6-дихлорбензила, дифенилметила, п-нитробензила, трифенилметила (тритила), 4,4'-диметокситритила, триметилсилила, триэтилсилила, трет-бутилдиметилсилила (TBDMS), трет-бутилдифенилсилила (TBDPS), трифенилсилила, три изопр опил сил ила, бензоилформиата, хлорацетила, трихлорацетила, трифторацетила, пивалоила, 9-флуоренилметилкарбоната, мезилата, тозилата, трифлата, 4-монометокситритила (MMTr), 4,4'-диметокситритила (DMTr) и 4,4',4''-триметокситритила (TMTr), 2-цианоэтила (СЕ или Cne), 2-(триметилсилил)этила (TSE), 2-(2-нитрофенил)этила, 2-(4-цианофенил)этила, 2-(4-нитрофенил)этила (NPE), 2-(4-нитрофенилсульфонил)этила, 3,5-дихлорфенила, 2,4-диметилфенила, 2-нитрофенила, 4-нитрофенила, 2,4,6-триметилфенила, 2-(2-нитрофенил)этила, бутилтиокарбонила, 4,4',4''-трис(бензоилокси)тритила, дифенилкарбамоила, левулинила, 2-(дибромметил)бензоила (Dbmb), 2-(изопропилтиометоксиметил)бензоила (Ptmt), 9-фенилксантен-9-ила (пиксила) или 9-(п-метоксифенил)ксантин-9-ила (МОХ).

В некоторых вариантах реализации гидроксил-защитная группа независимо в каждом случае выбрана из ацетила, бензила, трет-бутилдиметилсилила, трет-бутилдифенилсилила, тритила, 4-монометокситритила, 4,4'-диметокситритила (DMTr), 4,4',4''-триметокситритила (TMTr), 9-фенилксантин-9-ила (пиксила) и 9-(п-метоксифенил)ксантин-9-ила (МОХ). В предпочтительных вариантах реализации гидроксил-защитная группа независимо в каждом случае выбрана из трифенилметила (тритила), 4-монометокситритила, 4,4'-диметокситритила (DMTr), 4,4',4''-триметокситритила (TMTr), 9-фенилксантин-9-ила (пиксила) и 9-(п-метоксифенил)-ксантин-9-ила (МОХ). В дополнительных предпочтительных вариантах реализации гидроксил-защитная группа независимо в каждом случае выбрана из тритильной, 4-монометокситритильной и 4,4'-диметокситритильной группы. В особенно предпочтительном варианте реализации указанная гидроксил-защитная группа независимо в каждом случае выбрана из трифенилметила (тритила), 4-монометокситритила, 4,4'-диметокситритила (DMTr), 4,4',4''-триметокситритила (TMTr), 9-фенилксантин-9-ила (пиксила) и 9-(п-метоксифенил)ксантин-9-ила (МОХ). В более предпочтительном варианте реализации гидроксил-защитные группы согласно настоящему изобретению представляют собой ацетил, диметокситритил (DMTr), трет-бутилдиметилсилил (TBDMS), три-изопропилсилилоксиметил (ТОМ) или трет-бутилдифенилсилильный эфир (TBDPS). В еще одном особенно предпочтительном варианте реализации указанная гидроксил-защитная группа независимо в каждом случае выбрана из 4,4'-диметокситритила (DMTr) или 4-монометокситритила. В еще одном дополнительном особенно предпочтительном варианте реализации указанная гидроксил-защитная группа представляет собой 4,4'-диметокситритил (DMTr).

Термин «фосфорсодержащий фрагмент» в настоящем документе относится к фрагменту, содержащему атом фосфора в валентном состоянии P^III или P^V, представленному формулой (VII)

где W представляет собой О, S или Se, или W представляет собой электронную пару;

R₃ и R₄ независимо друг от друга представляют собой Н, галоген, ОН, OR₅, NR₆R₇, SH, SR₈, C₁-С₆ алкил, C₁-С₆ галогеналкил, C₁-C₆ алкокси, C₁-C₆ галогеналкокси, C₁-С₆ аминоалкил; где R₅ представляет собой С₁-С₉ алкил, C₁-C₆ алкокси, каждый из которых независимо от остальных необязательно замещен циано, нитро, галогеном, -NHC(O)C₁-C₃ алкилом, -NHC(O)C₁-C₃ галогеналкилом, C₁-С₃ алкилсульфонилом; арил, C₁-C₆ алкиленарил, C₁-C₆ алкилендиарил, каждый из которых независимо от остальных необязательно замещен циано, нитро, галогеном, С₁-С₄ алкокси, С₁-С₄ галогеналкилом, C₁-С₄ галогеналкокси, NHC(O)C₁-C₃ алкилом, NHC(O)C₁-C₃ галогеналкилом, С₁-С₃ алкилсульфонилом; ацетил; гидроксил-защитную группу; где R₆ и R₇ независимо друг от друга представляют собой водород, С₁-С₉ алкил, необязательно замещенный циано, нитро, галогеном, С₂-С₆ алкенилом, С₃-С₆ циклоалкилом, C₁-С₃ алкокси; арил, необязательно замещенный циано, нитро, галогеном, C₁-С₃ алкилом, C₁-С₃ алкокси; амино-защитную группу; или совместно с атомом азота, к которому они присоединены, образуют гетероциклическое кольцо, причем предпочтительно указанное гетероциклическое кольцо выбрано из пирролидинила, пиперидинила, морфолинила, пиперазинила и гомопиперазина, и указанное гетероциклическое кольцо необязательно замещено C₁-С₃ алкилом; и R₈ представляет собой тиол-защитную группу; и волнистая линия обозначает место присоединения к атому кислорода в указанной группе OR₂. Если W представляет собой О, S или Se, то указанный атом Р в указанном фосфорсодержащем фрагменте находится в валентном состоянии P^V. Если W представляет собой электронную пару, то указанный атом Р в указанном фосфорсодержащем фрагменте имеет валентность P^III. Фрагмент формулы (VII) включает любые возможные стереоизомеры. Кроме того, указанные фрагменты, представленные формулой (VII), включают их соли, где, как правило, предпочтительно указанные соли образуются в результате обработки неорганическими основаниями или аминами и, как правило, предпочтительно представляют собой соли, полученные в результате реакции, где группы ОН или SH (независимо друг от друга) представляют собой указанные R₃ и R₄. Предпочтительные неорганические основания или амины, которые образуют соли с группами ОН или SH, хорошо известны в данной области техники и, как правило, предпочтительно представляют собой триметиламин, диэтиламин, метиламин или гидроксид аммония. Указанные фосфорсодержащие фрагменты, включенные в настоящее изобретение, если это уместно, также сокращенно называют «O^-НВ⁺», где указанный НВ⁺ относится к образующемуся катиону.

В предпочтительном варианте реализации в «фосфорсодержащем фрагменте» R₃ и R₄ независимо друг от друга представляют собой Н, ОН, OR₅, NR₆R₇, C₁-С₆ алкил, C₁-C₆ алкил, C₁-C₆ галогеналкил, C₁-С₆ алкокси, C₁-С₆ галогеналкокси, C₁-С₆ аминоалкил; где R₅ представляет собой С₁-С₉ алкил, необязательно замещенный циано, нитро, галогеном; арил, C₁-С₆ алкиленарил, каждый из которых независимо от остальных необязательно замещен циано, нитро, галогеном; ацетил; гидроксил-защитную группу; R₆ и R₇ независимо друг от друга представляют собой водород, С₁-С₉ алкил, необязательно замещенный циано, нитро, галогеном; арил, необязательно замещенный циано, нитро, галогеном, С₁-С₃ алкилом, С₁-С₃ алкокси; амино-защитную группу; и R₈ представляет собой тиол-защитную группу; и волнистая линия обозначает место присоединения к атому кислорода в указанной группе OR₂.

Термин «фосфорсодержащий фрагмент» в настоящем документе включает и, как правило, предпочтительно независимо в каждом случае выбран из фрагмента, полученного из фосфонатов, фосфитного триэфира, монофосфата, дифосфата, трифосфата, фосфатного триэфира, фосфатного диэфира, тиофосфатного эфира, дитиофосфонатного эфира или фосфорамидитов.

Таким образом, в предпочтительном варианте реализации указанный OR₂ независимо в каждом случае выбран из фосфонатов, фосфитного триэфира, монофосфата, дифосфата, трифосфата, фосфатного триэфира, фосфатного диэфира, тиофосфатного эфира, дитиофосфатного эфира или фосфорамидитов, и предпочтительно указанный OR₂ представляет собой фосфорамидит или фосфатный триэфир, более предпочтительно фосфорамидит.

В предпочтительном варианте реализации фосфорсодержащий фрагмент получен из фосфоната, представленного формулой (VII), где W представляет собой О, R₃ выбран из C₁-С₆ алкила, C₁-С₆ галогеналкила, C₁-C₆ алкокси, C₁-С₆ галогеналкокси, C₁-С₆ аминоалкила, и R₄ представляет собой ОН или O^-НВ⁺; и волнистая линия обозначает место присоединения к атому кислорода в указанной группе OR₂. В другом варианте реализации фосфорсодержащий фрагмент формулы (VII) представляет собой Н-фосфонат, где W представляет собой О, R₃ представляет собой водород, и R₄ представляет собой ОН или О^- НВ⁺; и предпочтительно указанный O^-НВ⁺ представляет собой HNEt₃ ⁺. В дополнительном варианте реализации фосфорсодержащий фрагмент формулы (VII) представляет собой алкилфосфонат, где W представляет собой О, R₃ представляет собой алкил, и R₄ представляет собой ОН или O^-НВ⁺; и предпочтительно указанный O^-НВ⁺ представляет собой HNEt₃ ⁺. Более предпочтительно фосфорсодержащий фрагмент формулы (VII) представляет собой метилфосфонат, где W представляет собой О, R₃ представляет собой водород, и R₄ представляет собой ОН или O^-НВ⁺; и предпочтительно указанный О^-HB⁺ представляет собой HNEt₃ ⁺. В другом варианте реализации фосфорсодержащий фрагмент формулы (VII) представляет собой фосфонокарбоксилат, где R₃ или R₄ независимо друг от друга представляют собой карбоновую кислоту. Предпочтительно указанный фосфонокарбоксилат представляет собой фосфоноуксусную кислоту или фосфономуравьиную кислоту. В дополнительном варианте реализации фосфорсодержащий фрагмент формулы (VII) представляет собой 2-аминоэтилфосфонат.

В предпочтительном варианте реализации R₃ и R₄ в фосфорсодержащем фрагменте формулы (VII) независимо друг от друга представляют собой Н, ОН, галоген, OR₅, NR₆R₇, SH, SR₈, С₁-С₄ алкил, предпочтительно С₁-С₂ алкил, С₁-С₄ галогеналкил, предпочтительно С₁-С₂ галогеналкил, С₁-С₄ алкокси, предпочтительно С₁-С₂ алкокси, С₁-С₄ галогеналкокси, предпочтительно С₁-С₂ галогеналкокси, С₁-С₄ аминоалкил, предпочтительно С₁-С₂ аминоалкил; где R₅ представляет собой C₁-C₆ алкил, предпочтительно C₁-С₃ алкил, каждый из которых независимо от остальных необязательно замещен циано, нитро, галогеном, NHC(O)C₁-C₃ алкилом, NHC(O)C₁-C₃ галогеналкилом, С₁-С₃ алкилсульфонилом; арил, C₁-С₃ алкиленарил, C₁-С₃ алкилендиарил, каждый из которых независимо от остальных необязательно замещен циано, нитро, галогеном, С₁-С₄ алкокси, С₁-С₄ галогеналкилом, C₁-С₄ галогеналкокси, NHC(O)C₁-C₃ алкилом, NHC(O)C₁-C₃ галогеналкилом, C₁-С₃ алкилсульфонилом; ацетил; гидроксил-защитную группу; и R₆ и R₇ независимо друг от друга представляют собой водород, C₁-C₆ алкил, предпочтительно С₁-С₄ алкил, каждый из которых независимо от остальных необязательно замещен циано, нитро, галогеном, С₂-С₄ алкенилом, С₃-С₆ циклоалкилом, C₁-С₃ алкокси; арил, необязательно замещенный циано, нитро, галогеном, C₁-С₃ алкилом, C₁-С₃ алкокси; амино-защитную группу; или совместно с атомом азота, к которому они присоединены, образуют гетероциклическое кольцо, где предпочтительно указанное гетероциклическое кольцо выбрано из пирролидинила, пиперидинила, морфолинила, пиперазинила и гомопиперазина, причем указанное гетероциклическое кольцо необязательно замещено C₁-С₃ алкилом; и R₈ представляет собой тиол-защитную группу; и волнистая линия обозначает место присоединения к атому кислорода в указанной группе OR₂.

В другом предпочтительном варианте реализации R₃ или R₄ в фосфорсодержащем фрагменте формулы (VII) независимо в каждом случае и друг от друга представляют собой галоген, предпочтительно хлор, или OR₅, где R₅ представляет собой гидроксил-защитную группу. Дополнительные фосфорсодержащие фрагменты, применяемые в изобретении, описаны в статье Tetrahedron №309 (Beaucage and Iyer, Tetrahedron, 1992, 48, 2223-2311).

Термин «фосфорсодержащий фрагмент» в настоящем документе предпочтительно относится к группе R₂, содержащей атом фосфора в валентном состоянии P^III или P^V, представленной независимо в каждом случае формулой (VIII), формулой (IX) или формулой (X)

где Y представляет собой О, S или Se, и Y предпочтительно представляет собой О или S, более предпочтительно Y представляет собой О; и R₅ и R_5' независимо в каждом случае и друг от друга представляют собой водород, С₁-С₉ алкил, C₁-С₆ алкокси, каждый из которых независимо от остальных необязательно замещен циано, нитро, галогеном, -NHC(O)C₁-C₃ алкилом, -NHC(O)C₁-C₃ галогеналкилом, С₁-С₃ алкилсульфонилом; арил, C₁-C₆ алкиленарил, C₁-C₆ алкилендиарил, каждый из которых независимо от остальных необязательно замещен циано, нитро, галогеном, С₁-С₄ алкокси, С₁-С₄ галогеналкилом, C₁-С₄ галогеналкокси, -NHC(O)C₁-C₃ алкилом, NHC(O)C₁-C₃ галогеналкилом, С₁-С₃ алкилсульфонилом; гидроксил-защитную группу; где R₆ и R₇ независимо друг от друга представляют собой водород, С₁-С₉ алкил, необязательно замещенный циано, нитро, галогеном, С₂-С₆ алкенилом, С₃-С₆ циклоалкилом, С₁-С₃ алкокси; арил, предпочтительно фенил, необязательно замещенный циано, нитро, галогеном, C₁-С₃ алкилом, C₁-С₃ алкокси; амино-защитную группу; или совместно с атомом азота, к которому они присоединены, образуют гетероциклическое кольцо, причем предпочтительно указанное гетероциклическое кольцо выбрано из пирролидинила, пиперидинила, морфолинила, пиперазинила и гомопиперазина, где указанное гетероциклическое кольцо необязательно замещено C₁-С₃ алкилом; и R₈ представляет собой тиол-защитную группу; и волнистая линия обозначает место присоединения к атому кислорода в указанной группе OR₂.

В предпочтительном варианте реализации указанный фосфорсодержащий фрагмент R₂ представлен формулой (VIII)

где Y представляет собой О, S или Se, причем Y предпочтительно представляет собой О или S, наиболее предпочтительно Y представляет собой О; и R₅ и R_5' независимо в каждом случае и друг от друга представляют собой водород, С₁-С₉ алкил, C₁-С₆ алкокси, каждый из которых независимо от остальных необязательно замещен циано, нитро, галогеном, -NHC(O)C₁-C₃ алкилом, -NHC(O)C₁-C₃ галогеналкилом, С1-С3 алкилсульфонилом; арил, C₁-C₆ алкиленарил, C₁-C₆ алкилендиарил, каждый из которых независимо от остальных необязательно замещен циано, нитро, галогеном, С₁-С₄ алкокси, С₁-С₄ галогеналкилом, С₁-С₄ галогеналкокси, -NHC(O)C₁-C₃ алкилом, NHC(O)C₁-C₃ галогеналкилом, C₁-С₃ алкилсульфонилом; гидроксил-защитную группу; P(O)(OR₉)(OR_9'), P(O)OP(O)(OR₉)(OR_9'); где R₉ и R_9' независимо в каждом случае и друг от друга представляют собой водород, С₁-С₉ алкил, необязательно замещенный циано, нитро, галогеном, -NHC(O)C₁-C₃ алкилом, -NHC(O)C₁-C₃ галогеналкилом, С₁-С₃ алкилсульфонилом; арил, C₁-С₆ алкиленарил, C₁-С₆ алкилендиарил, каждый из которых независимо от остальных необязательно замещен циано, нитро, галогеном, С₁-С₄ алкокси, С₁-С₄ галогеналкилом, С₁-С₄ галогеналкокси, -NHC(O)C₁-C₃ алкилом, NHC(O)C₁-C₃ галогеналкилом, С₁-С₃ алкилсульфонилом; гидроксил-защитную группу; и волнистая линия обозначает место присоединения к атому кислорода в указанной группе OR₂.

В предпочтительном варианте реализации R₅ и R_5' в формуле (VIII) независимо в каждом случае и друг от друга представляют собой водород, C₁-С₆ алкил, предпочтительно С₁-С₃ алкил, С₁-С₄ алкокси, предпочтительно С₁-С₂ алкокси, каждый их которых независимо от остальных необязательно замещен циано, нитро, галогеном, -NHC(O)C₁-C₃ алкилом, -NHC(O)C₁-C₃ галогеналкилом, C₁-С₃ алкилсульфонилом; арил, предпочтительно фенил, С₁-С₄ алкиленарил, С₁-С₄ алкилендиарил, каждый из которых независимо от остальных необязательно замещен циано, нитро, галогеном, С₁-С₄ алкокси, С₁-С₄ галогеналкилом, С₁-С₄ галогеналкокси, -NHC(O)C₁-C₃ алкилом, NHC(O)C₁-C₃ галогеналкилом, C₁-С₃ алкилсульфонилом; гидроксил-защитную группу.

В предпочтительном варианте реализации R₅ и R_5' в формуле (VIII) независимо друг от друга представляют собой С₁-С₄ алкил или арил, предпочтительно фенил. В другом предпочтительном варианте реализации R₅ и R_5' в формуле (VIII) независимо друг от друга представляют собой метил или этил. В дополнительном предпочтительном варианте реализации R₅ и R_5' в формуле (VIII) независимо друг от друга представляют собой фенил или бензил. В другом предпочтительном варианте реализации R₅ и R_5' независимо в каждом случае и друг от друга представляют собой водород или гидроксил-защитную группу, предпочтительно гидроксил-защитную группу. В предпочтительном варианте реализации в формуле (VIII) R₅ и R_5' независимо в каждом случае и друг от друга представляют собой водород, С₁-С₉ алкил, C₁-С₆ алкокси, каждый из которых независимо от остальных необязательно замещен циано, нитро, галогеном; арил, C₁-C₆ алкиленарил, каждый из которых независимо от остальных необязательно замещен циано, нитро, галогеном; или гидроксил-защитную группу. Как правило, предпочтительно указанный фосфорсодержащий фрагмент R₂, представленный формулой (VIII), называют в настоящем документе «фосфатным фрагментом».

В предпочтительном варианте реализации указанный фосфорсодержащий фрагмент R₂ представлен формулой (IX)

где Y представляет собой О, S или Se, и Y предпочтительно представляет собой О или S, наиболее предпочтительно Y представляет собой О; и

R₅ независимо в каждом случае представляет собой водород, С₁-С₉ алкил, C₁-С₆ алкокси, каждый из которых независимо от остальных необязательно замещен циано, нитро, галогеном, -NHC(O)C₁-C₃ алкилом, -NHC(O)C₁-C₃ галогеналкилом, C₁-С₃ алкилсульфонилом; арил, C₁-C₆ алкиленарил, C₁-С₆ алкилендиарил, каждый из которых независимо от остальных необязательно замещен циано, нитро, галогеном, С₁-С₄ алкокси, С₁-С₄ галогеналкилом, С₁-С₄ галогеналкокси, -NHC(O)C₁-C₃ алкилом, NHC(O)C₁-C₃ галогеналкилом, C₁-С₃ алкилсульфонилом; гидроксил-защитную группу;

R₆ и R₇ независимо друг от друга представляют собой водород, С₁-С₉ алкил, необязательно замещенный циано, нитро, галогеном, С₂-С₆ алкенилом, С₃-С₆ циклоалкилом, С₁-С₃ алкокси; арил, предпочтительно фенил, необязательно замещенный циано, нитро, галогеном, С₁-С₃ алкилом, С₁-С₃ алкокси; амино-защитную группу; или совместно с атомом азота, к которому они присоединены, образуют гетероциклическое кольцо, где предпочтительно указанного гетероциклическое кольцо выбрано из пирролидинила, пиперидинила, морфолинила, пиперазинила и гомопиперазина, причем указанное гетероциклическое кольцо необязательно замещено С₁-С₃ алкилом; и волнистая линия обозначает место присоединения к атому кислорода в указанной группе OR₂. Как правило, предпочтительно указанный фосфорсодержащий фрагмент R₂, представленный формулой (IX), называют в настоящем документе «фосфорамидатным фрагментом» или используемым взаимозаменяемо термином «фосфороамидатный фрагмент».

В предпочтительном варианте реализации указанный фосфорсодержащий фрагмент R₂ представлен формулой (X)

где R₅ представляет собой водород, С₁-С₉ алкил, C₁-C₆ алкокси, каждый из которых независимо от остальных необязательно замещен циано, нитро, галогеном, -NHC(O)C₁-C₃ алкилом, -NHC(O)C₁-C₃ галогеналкилом, C₁-С₃ алкилсульфонилом; арил, C₁-С₆ алкиленарил, C₁-C₆ алкилендиарил, независимо друг от друга необязательно замещенные циано, нитро, галогеном, С₁-С₄ алкокси, С₁-С₄ галогеналкилом, С₁-С₄ галогеналкокси, -NHC(O)C₁-C₃ алкилом, NHC(O)C₁-C₃ галогеналкилом, C₁-С₃ алкилсульфонилом, гидроксил-защитную группу; и

R₆ и R₇ независимо друг от друга представляют собой водород, С₁-С₉ алкил, необязательно замещенный циано, нитро, галогеном, С₂-С₆ алкенилом, С₃-С₆ циклоалкилом, С₁-С₃ алкокси; арил, предпочтительно фенил, необязательно замещенный циано, нитро, галогеном, С₁-С₃ алкилом, С₁-С₃ алкокси; или совместно с атомом азота, к которому они присоединены, образуют гетероциклическое кольцо, где предпочтительно указанное гетероциклическое кольцо выбрано из пиррол ид инила, пиперидинила, морфолинила, пиперазинила и гомопиперазина, причем указанное гетероциклическое кольцо необязательно замещено С₁-С₃ алкилом, и волнистая линия обозначает место присоединения к атому кислорода в указанной группе OR₂. Как правило, предпочтительно указанный фосфорсодержащий фрагмент R₂, представленный формулой (X), называют в настоящем документе «фосфорамидитным фрагментом» или используемым взаимозаменяемо термином «фосфороамидитный фрагмент».

В предпочтительном варианте реализации в формуле (IX) указанный Y представляет собой О; указанный R₅ независимо в каждом случае представляет собой водород, С₁-С₉ алкил, C₁-C₆ алкокси, каждый из которых независимо от остальных необязательно замещен циано, нитро, галогеном; арил, C₁-С₆ алкиленарил, каждый из которых независимо от остальных необязательно замещен циано, нитро, галогеном; гидроксил-защитную группу; где R₆ и R₇ независимо друг от друга представляют собой водород, С₁-С₉ алкил, необязательно замещенный циано, нитро, галогеном, С₂-С₆ алкенилом; арил, необязательно замещенный циано, нитро, галогеном, С₁-С₃ алкилом, С₁-С₃ алкокси; амино-защитную группу; и волнистая линия обозначает место присоединения к атому кислорода в указанной группе OR₂.

В предпочтительном варианте реализации в формуле (X) указанный R₅ независимо в каждом случае представляет собой водород, С₁-С₉ алкил, C₁-С₆ алкокси, каждый из которых независимо от остальных необязательно замещен циано, нитро, галогеном; арил, C₁-С₆ алкиленарил, каждый из которых независимо от остальных необязательно замещен циано, нитро, галогеном; гидроксил-защитную группу; где R₆ и R₇ независимо друг от друга представляют собой водород, С₁-С₉ алкил, необязательно замещенный циано, нитро, галогеном, С₂-С₆ алкенилом; арил, необязательно замещенный циано, нитро, галогеном, C₁-С₃ алкилом, C₁-С₃ алкокси; амино-защитную группу; и волнистая линия обозначает место присоединения к атому кислорода в указанной группе OR₂.

В особенно предпочтительном варианте реализации указанный фосфорсодержащий фрагмент R₂ независимо в каждом случае выбран из фосфатного фрагмента, фосфорамидатного фрагмента и фосфорамидитного фрагмента.

В дополнительном предпочтительном варианте реализации указанный R₅ независимо в каждом случае представляет собой водород, C₁-С₆ алкил, предпочтительно С₁-С₄ алкил, С₁-С₄ алкокси, каждый из которых независимо от остальных необязательно замещен циано, нитро, галогеном, -NHC(O)C₁-C₃ алкилом, -NHC(O)C₁-C₃ галогеналкилом, C₁-С₃ алкилсульфонилом; арил, С₁-С₄ алкиленарил, С₁-С₄ алкилендиарил, каждый из которых независимо от остальных необязательно замещен циано, нитро, галогеном, С₁-С₄ алкокси, С₁-С₄ галогеналкилом, С₁-С₄ галогеналкокси, -NHC(O)C₁-C₃ алкилом, NHC(O)C₁-C₃ галогеналкилом, C₁-С₃ алкилсульфонилом; гидроксил-защитную группу; где R₆ и R₇ независимо друг от друга представляют собой водород, C₁-С₆ алкил, необязательно замещенный циано, нитро, галогеном, С₂-С₄ алкенилом, С₃-С₆ циклоалкилом, C₁-С₃ алкокси; арил, необязательно замещенный циано, нитро, галогеном, C₁-С₃ алкилом, C₁-С₃ алкокси; амино-защитную группу; или совместно с атомом азота, к которому они присоединены, образуют гетероциклическое кольцо, где предпочтительно указанное гетероциклическое кольцо выбрано из пирролидинила, пиперидинила, морфолинила, пиперазинила и гомопиперазина, причем указанное гетероциклическое кольцо необязательно замещено C₁-С₃ алкилом; и волнистая линия обозначает место присоединения к атому кислорода в указанной группе OR₂.

В дополнительном предпочтительном варианте реализации указанный R₅ представляет собой C₁-С₃ алкил, необязательно замещенный циано, хлором, фтором или бромом; арил, С₁-С₃ алкиленарил, С₁-С₃ алкилендиарил, каждый из которых независимо от остальных необязательно замещен циано, нитро, хлором, фтором, бромом, С₁-С₂ алкокси, C₁ галогеналкилом. В более предпочтительном варианте реализации указанный R₅ представляет собой C₁-С₃ алкил, необязательно и предпочтительно замещенный циано, хлором, фтором или бромом; предпочтительно замещенный циано. В еще более предпочтительном варианте реализации указанный R₅ представляет собой С₂ алкил, замещенный циано, предпочтительно указанный R₅ представляет собой -CH₂CH₂-CN.

В дополнительном предпочтительном варианте реализации указанный R₅ представляет собой С₁-С₄ алкил, предпочтительно метил или этил; арил, предпочтительно фенил или бензил; хлорид или гидроксил-защитную группу. В дополнительном предпочтительном варианте реализации указанный R₅ представляет собой метил или гидроксил-защитную группу.

В дополнительном предпочтительном варианте реализации указанный R₅ представляет собой C₁-C₆ алкокси, необязательно замещенный циано, хлором, фтором или бромом.

В дополнительном предпочтительном варианте реализации указанные R₆ и R₇ независимо друг от друга представляют собой Н или С₁-С₃ алкил; или совместно с атомом азота, к которому они присоединены, образуют гетероциклическое кольцо, где указанное гетероциклическое кольцо выбрано из пирролидинила, пиперидинила, морфолинила, пиперазинила, причем указанное гетероциклическое кольцо необязательно замещено метилом. В дополнительном предпочтительном варианте реализации указанные R₆ и R₇ независимо друг от друга представляют собой C₁-С₃ алкил, алкокси или арил, где арил предпочтительно представляет собой фенил или бензил, необязательно замещенный циано, нитро, хлором, фтором, бромом. В дополнительном предпочтительном варианте реализации указанный R₆ представляет собой водород, и R₇ представляет собой (i) С₁-С₉ алкил или (ii) арил, (i) или (ii), необязательно замещенный циано, нитро, галогеном, арилом, где предпочтительно R₇ представляет собой C₁-С₃ алкил, фенил или бензил.

В дополнительном предпочтительном варианте реализации указанные R₆ и R₇ независимо друг от друга выбраны из метила, этила, изопропила или изобутила. В более предпочтительном варианте реализации указанные R₆ и R₇ независимо друг от друга представляют собой изопропил.

В другом особенно предпочтительном варианте реализации указанный фосфорсодержащий фрагмент R₂ представлен формулой (X), где указанный R₅ представляет собой (i) С₁-С₉ алкил; (ii) арил, предпочтительно фенил; или (iii) указанный (i) или указанный (ii), необязательно замещенный циано, нитро, галогеном, арилом; и указанные R₆ и R₇ независимо друг от друга представляют собой С₁-С₉ алкил, предпочтительно изопропил.

В другом особенно предпочтительном варианте реализации указанный фосфорсодержащий фрагмент R₂ представлен формулой (X), где R₅ представляет собой C₁-С₉ алкил, необязательно замещенный циано, нитро, галогеном, -NHC(O)C₁-C₃ алкилом, -NHC(O)C₁-C₃ галогеналкилом, C₁-С₃ алкилсульфонилом; арил, C₁-C₆ алкиленарил, C₁-С₆ алкилендиарил, независимо друг от друга необязательно замещенные циано, нитро, галогеном, С₁-С₄ алкокси, С₁-С₄ галогеналкилом, С₁-С₄ галогеналкокси, -NHC(O)C₁-C₃ алкилом, -NHC(O)C₁-C₃ галогеналкилом, C₁-С₃ алкилсульфонилом; и R₆ и R₇ независимо друг от друга представляют собой С₁-С₉ алкил, необязательно замещенный циано, нитро, галогеном, С₂-С₆ алкенилом, С₃-С₆ циклоалкилом, C₁-С₃ алкокси, фенил, необязательно замещенный циано, нитро, галогеном, C₁-С₃ алкилом, C₁-С₃ алкокси; или совместно с атомом азота, к которому они присоединены, образуют гетероциклическое кольцо, где предпочтительно указанное гетероциклическое кольцо выбрано из пирролидинила, пиперидинила, морфолинила, пиперазинила и гомопиперазина, причем указанное гетероциклическое кольцо необязательно замещено С₁-С₃ алкилом; и волнистая линия обозначает место присоединения к атому кислорода в указанной группе OR₂.

В другом особенно предпочтительном варианте реализации указанный фосфорсодержащий фрагмент R₂ представлен формулой (X), где указанный R₅ представляет собой С₁-С₉ алкил, необязательно замещенный циано, нитро, хлором, фтором, бромом, -NHC(O)C₁-C₃ алкилом, -NHC(O)C₁-C₃ галогеналкилом; арил, C₁-С₆ алкиленарил, C₁-C₆ алкилендиарил, которые независимо друг от друга необязательно замещены циано, нитро, хлором, фтором, бромом, С₁-С₄ алкокси, С₁-С₄ галогеналкилом.

В другом особенно предпочтительном варианте реализации указанный фосфорсодержащий фрагмент R₂ представлен формулой (X), где указанный R₅ представляет собой С₁-С₃ алкил, необязательно замещенный циано, хлором, фтором и бромом; арил, C₁-С₃ алкиленарил, C₁-С₃ алкилендиарил, которые независимо друг от друга необязательно замещены циано, нитро, хлором, фтором, бромом, С₁-С₂ алкокси, C₁ галогеналкилом.

В другом особенно предпочтительном варианте реализации указанный фосфорсодержащий фрагмент R₂ представлен формулой (X), где указанный R₅ представляет собой С₁-С₃ алкил, 2-цианоэтил, 2,2,2-трихлорэтил, 2,2,2-трибромэтил, -(CH₂)_nNHC(O)CF₃, где n=3-6; фенил, C₁-С₃ алкиленфенил, бензгидрил, которые независимо друг от друга необязательно замещены циано, нитро, хлором, фтором, бромом, С₁-С₂ алкокси, -CF₃.

В другом особенно предпочтительном варианте реализации указанный фосфорсодержащий фрагмент R₂ представлен формулой (X), где указанный R₅ представляет собой метил, этил, 2-цианоэтил, предпочтительно 2-цианоэтил (CH₂)₂CN).

В другом особенно предпочтительном варианте реализации указанный фосфорсодержащий фрагмент R₂ представлен формулой (X), где указанные R₆ и R₇ независимо друг от друга представляют собой C₁-С₃ алкил или совместно с атомом азота, к которому они присоединены, образуют гетероциклическое кольцо, причем указанное гетероциклическое кольцо выбрано из пирролидина, пиперидина, морфолина, где указанное гетероциклическое кольцо необязательно замещено C₁-С₃ алкилом, и кроме того предпочтительно указанное гетероциклическое кольцо необязательно замещено метилом.

В другом особенно предпочтительном варианте реализации указанный фосфорсодержащий фрагмент R₂ представлен формулой (X), где R₆ является одинаковым с R₇, и R₆ и R₇ представляют собой изопропил или метил.

В другом особенно предпочтительном варианте реализации указанный фосфорсодержащий фрагмент R₂ представлен формулой (X), где указанный R₅ представляет собой метил, этил, 2-цианоэтил, предпочтительно 2-цианоэтил, и R₆ является одинаковым с R₇, и R₆ и R₇ представляют собой изопропил или метил.

Каждый алкильный фрагмент, отдельно или в составе более крупной группы, такой как алкокси или алкилен, представляет собой линейную или разветвленную цепь и предпочтительно представляет собой C₁-C₆ алкил, более предпочтительно С₁-С₃ алкил. Примеры включают метил, этил, н-пропил, проп-2-ил (изопропил; который взаимозаменяемо сокращенно называют в настоящем документе iPr или Pri, в частности, на изображенных химических формулах), н-бутил, бут-2-ил, 2-метилпроп-1-ил или 2-метилпроп-2-ил. Примеры алкокси включают метокси, этокси, пропокси, изопропокси, н-бутокси, втор-бутокси, трет-бутокси, н-пентокси, неопентокси, н-гексокси. Согласно настоящему описанию алкокси может включать дополнительные заместители, такие как атомы галогена, с образованием галогеналкокси-фрагментов.

Каждый алкиленовый фрагмент представляет собой линейную или разветвленную цепь и представляет собой, например, -CH₂-, -CH₂-CH₂-, -СН(СН₃)-, -CH₂-CH₂-CH₂-, -СН(СН₃)-CH₂- или -CH(CH₂CH₃)-.

Каждый алкенильный фрагмент, отдельно или в составе более крупной группы, такой как алкенилокси или алкенилен, представляет собой линейную или разветвленную цепь и предпочтительно представляет собой С₂-С₆ алкенил, более предпочтительно С₂-С₄ алкенил. Каждый фрагмент может иметь (E)- или (Z)-конфигурацию. Примеры включают винил и аллил. Соединение согласно настоящему изобретению, содержащее алкенильный фрагмент, таким образом, может включать, если это возможно, указанное соединение, содержащее алкенильный фрагмент в (E)-конфигурации, указанное соединение, содержащее указанный алкенильный фрагмент в (Z)-конфигурации, и их смеси в произвольном отношении.

Каждый алкинильный фрагмент, отдельно или в составе более крупной группы, такой как алкинилокси, представляет собой линейную или разветвленную цепь и предпочтительно представляет собой С₂-С₆ алкинил, более предпочтительно С₂-С₄ алкинил. Примерами являются этинил и пропаргил.

Галоген представляет собой фтор, хлор, бром или йод, предпочтительно хлор. В предпочтительном варианте реализации галогеновый заместитель представляет собой хлор.

Каждый галогеналкильный фрагмент, отдельно или в составе более крупной группы, такой как галогеналкокси, представляет собой алкильную группу, замещенную одним или более одинаковыми или различными атомами галогенов. Примеры включают дифторметил, трифторметил, хлордифторметил и 2,2,2-трифторэтил.

Термин «арил» в настоящем документе относится к одновалентному ароматическому углеводородному радикалу, содержащему 6-14 атомов углерода (С₆-С₁₄), полученному в результате удаления одного атома водорода от одного атома углерода в исходной ароматической системе колец, а также к указанному арилу, необязательно независимо замещенному одним или более заместителями, как правило, предпочтительно одним или двумя заместителями, такими как описано ниже. Арил включает бициклические радикалы, содержащие ароматическое кольцо, конденсированное с насыщенным, частично ненасыщенным кольцом или ароматическим карбоциклическим или гетероциклическим кольцом. Арильные группы необязательно независимо замещены одним или более заместителями, как правило, предпочтительно одним или двумя заместителями, где указанные заместители независимо в каждом случае выбраны из С₁-С₄ алкила, галогена, CF₃, ОН, C₁-С₃ алкокси, NR₂OR₂₁, C₆H₅, C₆H₅, замещенного галогеном, C₁-С₃ алкилом, C₁-С₃ алкокси, NR₂OR₂₁, где R₂₀, R₂₁ независимо в каждом случае представляют собой Н, С₁-С₃ алкил. Типовые арильные группы включают, но не ограничиваются ими, радикалы, полученные из бензола (фенил), замещенные фенилы, нафталин, антрацен, бифенил, инденил, инданил, 1,2-дигидронафталин, 1,2,3,4-тетрагидронафталин и т.д. Термин «арил» в настоящем документе предпочтительно относится к фенилу, необязательно замещенному 1-3 R₂₂, где R₂₂ независимо в каждом случае представляет собой галоген, -ОН, C₁-С₃ алкил, необязательно замещенный одним или двумя ОН, С₁-С₂ фторалкилами, С₁-С₂ алкокси, C₁-С₂ алкокси-С₁-С₃ алкилами, С₃-С₆ циклоалкилами, -NH₂, NHCH₃ или N(CH₃)₂.

Если указано, что группа является необязательно замещенной, то предпочтительно она необязательно содержит 1-5 заместителей, более предпочтительно необязательно 1-3 заместителей, еще более предпочтительно необязательно 1 или 2 заместителя. Если указано, что группа является необязательно замещенной, и в указанной группе содержится более чем один необязательный заместитель, то указанный более чем один заместитель в каждом случае может быть одинаковым или различным.

Термин «азотистое основание» в настоящем документе, сокращенно называемый В_х, относится к немодифицированным и встречающимся в природе азотистым основаниям, а также к модифицированным или не встречающимся в природе азотистым основаниям и их синтетическим миметикам. Азотистое основание представляет собой любое гетероциклическое основание, которое содержит один или более атомов или групп атомов, которые могут образовывать водородные связи с гетероциклическим основанием нуклеиновой кислоты.

В одном из вариантов реализации азотистое основание представляет собой пуриновое основание или пиримидиновое основание, где предпочтительно указанное пуриновое основание представляет собой пурин или замещенный пурин, и указанное пиримидиновое основание представляет собой пиримидин или замещенный пиримидин. Более предпочтительно, азотистое основание представляет собой (i) аденин (A), (ii) цитозин (С), (iii) 5-метилцитозин (МеС), (iv) гуанин (G), (v) урацил (U) или (vi) 5-метилурацил (MeU) или производное (i), (ii), (iii), (iv), (v) или (vi). Термины «производное (i), (ii), (iii), (iv), (v) или (vi)» и «производное азотистого основания» используют в настоящем документе взаимозаменяемо. Производные (i), (ii), (iii), (iv), (v) или (vi) и производные азотистых оснований, соответственно, известны специалистам в данной области техники и описаны, например, в Sharma V.К. et al., Med. Chem. Commun., 2014, 5, 1454-1471, и включают без ограничений 5-гидроксиметилцитозин, ксантин, гипоксантин, 2-аминоаденин, алкиладенин, такой как 6-метиладенин, 2-пропиладенин, алкилгуанин, такой как 6-метилгуанин, 2-пропилгуанин, 2-тиоурацил, 2-тиотимин и 2-тиоцитозин, 5-галогенурацил, 5-галогенцитозин, алкинилпиримидиновые основания, такие как 5-пропинил- (-С=С-СН₃)-урацил, 5-пропинил- (-С=С-СН₃)-цитозин, 6-азоурацил, 6-азоцитозин, 6-азотимин, псевдоурацил, 4-тиоурацил; 8-замещенные пуриновые основания, такие как 8-галоген-, 8-амино-, 8-тиол-, 8-тиоалкил-, 8-гидроксил-аденин или -гуанин, 5-замещенные пиримидиновые основания, такие как 5-галоген-, в частности, 5-бром-, 5-трифторметил-урацил или -цитозин; 7-метилгуанин, 7-метиладенин, 2-Е-аденин, 2-аминоаденин, 8-азагуанин и 8-азааденин, 7-деазагуанин, 7-деазааденин, 3-деазагуанин, 3-деазааденин, гидрофобные основания, смешанные основания, расширенные основания или фторированные основания. В определенных вариантах реализации азотистое основание включает без ограничений трициклические пиримидины, такие как 1,3-диазафеноксазин-2-он, 1,3-диазафенотиазин-2-он или 9-(2-аминоэтокси)-1,3-диазафеноксазин-2-он (G-зажим, англ. G-clamp). Термин «производное азотистого основания» также включает производные, в которых пуриновое или пиримидиновое основание заменено на другие гетероциклы, например, 7-деазааденин, 7-деазагуанозин, 2-аминопиридин или 2-пиридон. Дополнительные азотистые основания согласно изобретению включают без ограничений основания, известные специалистам (например, патент США №3687808; Swayze et al., The Medicinal Chemistry of Oligonucleotides, в Antisense a Drug Technology, глава 6, стр. 143-182 (Crooke, S.T., ред., 2008); The Concise Encyclopedia Of Polymer Science And Engineering, Kroschwitz, J.I., ред., John Wiley & Sons, 1990, стр. 858-859; Englisch et al., Angewandte Chemie, международное издание, 1991, Vol.30 (6), стр. 613-623; Sanghvi, Y.S., Antisense R₆search and Applications, Crooke, S.T. and Lebleu, В., ред., CRC Press, 1993, стр. 273-302).

Предпочтительные производные азотистых оснований включают метилированный аденин, гуанин, урацил и цитозин и производные азотистых оснований, предпочтительно (i), (ii), (iii) или (iv), где соответствующие аминогруппы, предпочтительно экзоциклические аминогруппы, защищены ацильными защитными группами или диалкилформамидино, предпочтительно диметилформамидино (DMF), и дополнительно включают производные азотистых оснований, такие как 2-фторурацил, 2-фторцитозин, 5-бромурацил, 5-йодурацил, 2,6-диаминопурин, азацитозин и аналоги пиримидина, такие как псевдоизоцитозин и псевдоурацил.

В дополнительном предпочтительном варианте реализации указанное производное азотистого основания выбрано из метилированного аденина, метилированного гуанина, метилированного урацила и метилированного цитозина и из производного азотистого основания (i), (ii), (iii) или (iv), где соответствующие аминогруппы, предпочтительно экзоциклические аминогруппы, защищены защитной группой.

В дополнительном предпочтительном варианте реализации указанное производное азотистого основания выбрано из метилированного аденина, метилированного гуанина, метилированного урацила и метилированного цитозина и производного азотистого основания (i), (ii), (iii) или (iv), где соответствующие аминогруппы, предпочтительно экзоциклические аминогруппы, защищены ацильными защитными группами или диалкилформамидино, предпочтительно диметилформамидино (DMF).

В дополнительном предпочтительном варианте реализации указанное производное азотистого основания выбрано из производного азотистого основания (i), (ii), (iii) или (iv), где соответствующие аминогруппы, предпочтительно экзоциклические аминогруппы, защищены защитной группой.

В дополнительном предпочтительном варианте реализации указанное производное азотистого основания представляет собой производное азотистого основания (i), (ii), (iii) или (iv), где экзоциклические аминогруппы защищены ацильными защитными группами или диалкилформамидино, предпочтительно диметилформамидино (DMF).

В дополнительном особенно предпочтительном варианте реализации указанная ацильная защитная группа указанной экзоциклической аминогруппы в указанном производном азотистого основания (i), (ii), (iii) или (iv) представляет собой -C(O)-R₁₁, где каждый Rn независимо от остальных выбран из C₁-С₁₀ алкила, С₆-С₁₀ арила, С₆-С₁₀ арил-C₁-С₁₀ алкилена или С₆-С₁₀ арилокси-C₁-C₁₀ алкилена, и указанная диалкилформамидино -защитная группа представляет собой =C(H)-NR₁₂R₁₃, причем R₁₂ и R₁₃ независимо друг от друга выбраны из С₁-С₄ алкила.

В дополнительном особенно предпочтительном варианте реализации указанная ацильная защитная группа указанной экзоциклической аминогруппы в указанном производном азотистого основания (i), (ii), (iii) или (iv) представляет собой -C(O)-R₁₄, где каждый R₁₄ независимо от остальных выбран из С₁-С₄ алкила; фенила; фенила, замещенного галогеном, C₁-C₆ алкилом, С₃-С₆ циклоалкилом, С₁-С₄ алкокси; бензила; бензила, замещенного галогеном, C₁-С₆ алкилом, С₃-С₆ циклоалкилом, С₁-С₄ алкокси; или фенилокси-С₁-С₂ алкилена, необязательно замещенного галогеном, C₁-C₆ алкилом, С₁-С₄ алкокси; и указанная диалкилформамидино-защитная группа представляет собой =С(Н)-NR₁₂R₁₃, где R₁₂ и R₁₃ независимо друг от друга выбраны из С₁-С₄ алкила.

В дополнительном особенно предпочтительном варианте реализации указанная ацильная защитная группа указанной экзоциклической аминогруппы в указанном производном азотистого основания (i), (ii), (iii) или (iv) представляет собой -C(O)-R₁₅, где каждый R₁₅ независимо от остальных выбран из С₁-С₄ алкила; фенила; фенила, замещенного галогеном, С₁-С₄ алкилом, C₅-С₆ циклоалкилом, С₁-С₄ алкокси; бензила; бензила, замещенного галогеном, С₁-С₄ алкилом, С₁-С₄ алкокси; или фенилоксиметилена (CH₂-OC₆H₅), где фенил необязательно замещен галогеном, С₁-С₄ алкилом, C₅-С₆ циклоалкилом, С₁-С₄ алкокси; и указанная диалкилформамидино-защитная группа представляет собой =C(H)-NR₁₂R₁₃, причем R₁₂ и R₁₃ независимо друг от друга выбраны из С₁-С₄ алкила.

В дополнительном особенно предпочтительном варианте реализации указанная ацильная защитная группа указанной экзоциклической аминогруппы в указанном производном азотистого основания (i), (ii), (iii) или (iv) представляет собой -C(O)-R₁₆, где каждый R₁₆ независимо от остальных выбран из C₁-С₃ алкила; фенила; фенила, замещенного C₁-С₃ алкилом, метокси; бензила; бензила, замещенного C₁-С₃ алкилом, метокси; или фенилоксиметилена (CH₂-ОС₆Н₅), где С₆Н₅ необязательно замещен C₁-С₃ алкилом, метокси; и указанная диалкилформамидино-защитная группа представляет собой =С(Н)-NR₁₂R₁₃, где R₁₂ и R₁₃ независимо друг от друга выбраны из С₁-С₄ алкила.

В дополнительном особенно предпочтительном варианте реализации указанная ацильная защитная группа указанной экзоциклической аминогруппы в указанном производном азотистого основания (i), (ii), (iii) или (iv) представляет собой -C(O)-R₁₇, где каждый R₁₇ независимо от остальных выбран из С₁-С₃ алкила; фенила; фенила, замещенного C₁-С₃ алкилом, метокси; бензила; бензила, замещенного C₁-С₃ алкилом, метокси; или фенилоксиметилена (CH₂-OC₆H₅), где C₆H₅ необязательно замещен C₁-С₃ алкилом, метокси; и указанная диалкилформамидино-защитная группа представляет собой диметилформамидино (DMF).

В дополнительном особенно предпочтительном варианте реализации указанная ацильная защитная группа указанной экзоциклической аминогруппы в указанном производном азотистого основания (i), (ii), (iii) или (iv) представляет собой -C(O)-R₁₈, где каждый R₁₈ независимо от остальных выбран из метила, изопропила, фенила, бензила или фенилоксиметилена (CH₂-ОС₆Н₅), где С₆Н₅ необязательно замещен С₁-С₃ алкилом, метокси; и указанная диалкилформамидино-защитная группа представляет собой диметилформамидино (DMF).

В дополнительном особенно предпочтительном варианте реализации указанная ацильная защитная группа указанной экзоциклической аминогруппы в указанном производном азотистого основания (i), (ii), (iii) или (iv) представляет собой -C(O)-R₁₉, где каждый R₁₉ независимо от остальных выбран из метила, изопропила, фенила, бензила или фенилоксиметилена (CH₂-OC₆H₅), где C₆H₅ необязательно замещен метилом, изопропилом; и указанная диалкилформамидино-защитная группа представляет собой диметилформамидино (DMF).

Термин «диалкилформамидино» в настоящем документе относится к =C(H)-NR₁₂R₁₃, где R₁₂ и R₁₃ независимо друг от друга выбраны из С₁-С₄ алкила. В предпочтительных вариантах реализации указанный диалкилформамидино представляет собой защитную группу указанной экзоциклической аминогруппы в указанном производном азотистого основания (i), (ii), (iii) или (iv). Полученные соединения могут иметь (Е)- или (Z)-конфигурацию или обе указанные формы, и их смеси в любом отношении должны быть включены в объем настоящего изобретения. В предпочтительном варианте реализации предложенные соединения содержат диалкилформамидино, предпочтительно диметилформамидино (DMF), в (Z)-конфигурации.

Согласно одному из вариантов реализации Вх выбрано из урацила, тимина, цитозина, 5-метилцитозина, аденина и гуанина. Предпочтительно Вх выбрано из тимина, 5-метилцитозина, аденина и гуанина. Согласно одному из вариантов реализации Вх представляет собой ароматический гетероциклический фрагмент, который может образовывать пары оснований при встраивании в олигомеры ДНК или РНК вместо оснований урацила, тимина, цитозина, 5-метилцитозина, аденина и гуанина.

Термин «нуклеозидная линкерная группа» в настоящем документе относится к любой линкерной группе, известной в данной области техники, которая может связывать, предпочтительно связывает, указанное предложенное соединение формулы (IV), (V) или (VI) с дополнительным соединением, предпочтительно нуклеозидным соединением, включая дополнительное предложенное соединение формулы (IV), (V) или (VI), в составе олигомеров согласно настоящему изобретению. Типовые патенты, в которых описаны указанные возможные линкерные группы, включают без ограничений патенты США №5034506; 5166315; 5185444; 5214134; 5216141; 5235033; 5264562; 5264564; 5405938; 5434257; 5466677; 5470967; 5489677; 5541307; 5561225; 5596086; 5602240; 5608046; 5610289; 5618704; 5623070; 5663312; 5633360; 5677437; 5677439; 5646269 и 5792608. Указанное дополнительное соединение выбрано из нуклеозидного соединения или ненуклеозидного соединения. Указанное нуклеозидное соединение включает без ограничений и, как правило, предпочтительно выбрано из по меньшей мере одного (i) нуклеозида, (ii) нуклеотида, (iii) олигонуклеотида или (iv) модификаций (i), (ii) или (iii). Указанное ненуклеозидное соединение включает и, как правило, предпочтительно выбрано из пептида, белка, силикатных соединений или даже твердой подложки. Твердая подложка включает без ограничений поверхности, гранулы, стеклянные подложки, полимеры или смолы. В предпочтительном варианте реализации стекло представляет собой стекло с заданным размером пор, предпочтительно с порами 500 Å, 1000 Å или 2000 Å. Гранулы включают без ограничений стеклянные гранулы, предпочтительно стекло с заданным размером пор или магнитные гранулы. Полимер включает без ограничений полистиролы, включая, например, дивинил бензол, стирол и хлорметилстирол. В предпочтительном варианте реализации твердая подложка представляет собой полистирольные гранулы с высокой степенью поперечной сшивки.

Термин «нуклеозидная линкерная группа» включает фосфорсодержащие линкерные группы и не содержащие фосфор линкерные группы. Не содержащие фосфор линкерные группы не содержат атом фосфора, и примеры не содержащих фосфор линкерных групп включают и, как правило, предпочтительно выбраны из алкила, арила, предпочтительно фенила, бензила или бензоила, циклоалкила, алкиленарила, алкилендиарила, алкокси, алкоксиалкилена, ал кил суль фонила, алкина, простого эфира, каждый из которых независимо от остальных необязательно замещен циано, нитро, галогеном; карбоксила, амида, амина, амино, имина, тиола, сульфида, сульфоксида, сульфона, сульфамата, сульфоната, сульфонамида, силоксана или их смесей. В предпочтительном варианте реализации не содержащая фосфор линкерная группа представляет собой аминопропил, длинноцепочечную алкиламиногруппу, инил, ацетиламид, аминометил, формацеталь, тиоформацеталь, тиоформацетил, рибоацетил, метиленимино, метиленгидразино или нейтральную неионную нуклеозидную линкерную группу, такую как амид-3 (3'-СН₂-C(=O)-N(H)-5') или амид-4 (3'-CH₂-N(H)-C(=O)-5'). В предпочтительном варианте реализации не содержащая фосфор линкерная группа включает соединение, выбранное из алкила, арила, предпочтительно фенила, бензила или бензоила, циклоалкила, алкиленарила, алкилендиарила, алкокси, алкоксиалкилена, алкилсульфонила, алкина или простого эфира, где соединение включает C₁-С₉, C₁-C₆ или С₁-С₄.

В предпочтительном варианте реализации указанная нуклеозидная линкерная группа представляет собой фосфорсодержащую линкерную группу, и указанная фосфорсодержащая линкерная группа относится к фрагменту, содержащему атом фосфора в валентном состоянии P^III или P^V, представленному формулой (XI):

где W представляет собой О, S, Se или электронную пару; предпочтительно W представляет собой О или S;

R₁₀ представляет собой Н, галоген, ОН, OR₅, NR₆R₇, SH, SR₈, C₁-C₆ алкил, C₁-С₆ галогеналкил, C₁-C₆ алкокси, C₁-С₆ галогеналкокси, C₁-C₆ аминоалкил; где R₅ представляет собой С₁-С₉ алкил, C₁-С₆ алкокси, каждый из которых независимо от остальных необязательно замещен циано, нитро, галогеном, -NHC(O)C₁-C₃ алкилом, -NHC(O)C₁-C₃ галогеналкилом, C₁-С₃ алкилсульфонилом; арил, C₁-С₆ алкиленарил, C₁-C₆ алкилендиарил, каждый из которых независимо от остальных необязательно замещен циано, нитро, галогеном, С₁-С₄ алкокси, С₁-С₄ галогеналкилом, С₁-С₄ галогеналкокси, NHC(O)C₁-C₃ алкилом, NHC(O)C₁-C₃ галогеналкилом, C₁-С₃ алкилсульфонилом; ацетил; гидроксил-защитную группу; где R₆ и R₇ независимо друг от друга представляют собой водород, C₁-С₉ алкил, необязательно замещенный циано нитро, галогеном, С₂-С₆ алкенилом, С₃-С₆ циклоалкилом, С₁-С₃ алкокси; арил, необязательно замещенный циано, нитро, галогеном, C₁-С₃ алкилом, C₁-С₃ алкокси; амино-защитную группу; или совместно с атомом азота, к которому они присоединены, образуют гетероциклическое кольцо, где предпочтительно указанное гетероциклическое кольцо выбрано из пирролидинила, пиперидинила, морфолинила, пиперазинила и гомопиперазина, причем указанное гетероциклическое кольцо необязательно замещено C₁-С₃ алкилом; и R₈ представляет собой тиол-защитную группу; и каждая из волнистых линий обозначает место присоединения указанной фосфорсодержащей линкерной группы формулы (XI) к дополнительному соединению, предпочтительно к нуклеозидному соединению, включая дополнительное предложенное соединение формулы (IV), (V) или (VI), в составе олигомеров согласно настоящему изобретению. Если W представляет собой О, S или Se, то указанный атом Р в указанном фосфорсодержащем фрагменте находится в валентном состоянии P^V. Если W представляет собой электронную пару, то указанный атом Р в указанном фосфорсодержащем фрагменте имеет валентность P^III. Фрагмент формулы (XI) включает любые возможные стереоизомеры. Кроме того, указанные фрагменты, представленные формулой (XI), включают их соли, где, как правило, и предпочтительно указанные соли образуются в результате обработки неорганическими основаниями или аминами и, как правило, и предпочтительно представляют собой соли, полученные в результате реакции, где группы ОН или SH (независимо друг от друга) представляют собой указанный R₁₀. Предпочтительные неорганические основания или амины, которые образуют соли с группами ОН или SH, хорошо известны в данной области техники и, как правило, предпочтительно, представляют собой триметиламин, диэтиламин, метиламин или гидроксид аммония. Указанные фосфорсодержащие фрагменты, включенные в настоящее изобретение, если это уместно, также сокращенно называют «O^-НВ⁺», где указанный НВ⁺ относится к образующемуся катиону.

В предпочтительном варианте реализации в фосфорсодержащей линкерной группе формулы (XI) R₆ и R₇ независимо друг от друга представляют собой водород, C₁-C₆ алкил, необязательно замещенный циано, нитро, галогеном, C₂-С₆ алкенилом; арил, необязательно замещенный циано, нитро, галогеном, C₁-С₃ алкилом; или амино-защитную группу.

В предпочтительном варианте реализации в фосфорсодержащей линкерной группе формулы (XI) W представляет собой О или S; R₁₀ представляет собой Н, ОН, OR₅, NR₆R₇, C₁-C₆ алкил, C₁-С₆ алкил, C₁-С₆ галогеналкил, C₁-C₆ алкокси, C₁-C₆ галогеналкокси, C₁-C₆ аминоалкил; где R₅ представляет собой С₁-С₉ алкил, C₁-C₆ алкокси, каждый из которых независимо от остальных необязательно замещен циано, нитро, галогеном, -NHC(O)C₁-C₃ алкилом, -NHC(O)C₁-C₃ галогеналкилом, С₁-С₃ алкилсульфонилом; арил, C₁-С₆ алкиленарил, C₁-C₆ алкилендиарил, каждый из которых независимо от остальных необязательно замещен циано, нитро, галогеном, С₁-С₄ алкокси, С₁-С₄ галогеналкилом, C₁-С₄ галогеналкокси, -NHC(O)C₁-C₃ алкилом, NHC(O)C₁-C₃ галогеналкилом, С₁-С₃ алкилсульфонилом; ацетил; или гидроксил-защитную группу; где R₆ и R₇ независимо друг от друга представляют собой водород, C₁-C₆ алкил, необязательно замещенный циано, нитро, галогеном, С₂-С₆ алкенилом, С₃-С₆ циклоалкилом, С₁-С₃ алкокси; арил, необязательно замещенный циано, нитро, галогеном, C₁-С₃ алкилом, C₁-С₃ алкокси; амино-защитную группу; и R₈ представляет собой тиол-защитную группу.

В дополнительном предпочтительном варианте реализации указанная нуклеозидная линкерная группа представляет собой фосфорсодержащую линкерную группу, и указанная фосфорсодержащая линкерная группа выбрана из фосфодиэфирной линкерной группы, фосфотриэфирной линкерной группы, фосфоротиоатной линкерной группы, фосфородитиоатной линкерной группы, фосфонатной линкерной группы, предпочтительно Н-фосфонатной линкерной группы или метилфосфонатной линкерной группы; фосфонотиоатной линкерной группы, предпочтительно Н-фосфонотиоатной линкерной группы, метилфосфонотиоатной линкерной группы; фосфинатной линкерной группы, фосфортиоамидатной линкерной группы, фосфорамидатной линкерной группы или фосфитной линкерной группы. В другом особенно предпочтительном варианте реализации указанная нуклеозидная линкерная группа представляет собой фосфорсодержащую линкерную группу, и указанная фосфорсодержащая линкерная группа выбрана из фосфодиэфирной линкерной группы, фосфотриэфирной линкерной группы, фосфоротиоатной линкерной группы или фосфонатной линкерной группы, где фосфонат предпочтительно представляет собой Н-фосфонатную линкерную группу или метилфосфонатную линкерную группу.

В другом особенно предпочтительном варианте реализации указанная нуклеозидная линкерная группа представляет собой фосфорсодержащую линкерную группу, и указанная фосфорсодержащая линкерная группа представляет собой фосфодиэфирную линкерную группу. В другом особенно предпочтительном варианте реализации указанная нуклеозидная линкерная группа представляет собой фосфорсодержащую линкерную группу, и указанная фосфорсодержащая линкерная группа представляет собой фосфоротиоатную линкерную группу.

В предпочтительном варианте реализации фосфорсодержащая линкерная группа выбрана из алкил-фосфодиэфирной линкерной группы, алкилен-фосфодиэфирной линкерной группы, тионоалкил-фосфодиэфирной линкерной группы или аминоалкил-фосфодиэфирной линкерной группы, алкил-фосфотриэфирной линкерной группы, алкилен-фосфотриэфирной линкерной группы, тионоалкил-фосфотриэфирной линкерной группы или аминоалкил-фосфотриэфирной линкерной группы, алкилфосфонатной линкерной группы, алкиленфосфонатной линкерной группы, аминоалкилфосфонатной линкерной группы, тионоалкилфосфонатной линкерной группы или хиральной фосфонатной линкерной группы. Более предпочтительно, указанная нуклеозидная линкерная группа представляет собой фосфорсодержащую линкерную группу, и указанная фосфорсодержащая линкерная группа представляет собой фосфодиэфирную линкерную группу -O-Р(=O)(ОН)O- или -O-Р(=O)(O^-)O-, где [НВ⁺] представляет собой противоион, фосфоротиоат -O-P(=S)(OH)O- или -O-P(=S)(O^-)O-, где [НВ⁺] представляет собой противоион, метилфосфонат -O-Р(=O)(СН₃)O-. Включены различные соли, смешанные соли и формы свободной кислоты фосфорсодержащей линкерной группы.

В дополнительном варианте реализации указанная нуклеозидная линкерная группа связывает нуклеозид, нуклеотид или олигонуклеотид с дополнительным нуклеозидом, нуклеотидом или олигонуклеотидом.

Волнистая линия на формулах (I) и (IV), обозначающая связь между Вх и бициклическим ядром предложенных соединений, указывает на то, что любые пространственные ориентации азотистого основания Вх охвачены формулой (I) или (IV). Это означает, что формулы (I) и (IV) включают альфа- или бета-конформацию или любую смесь альфа- и бета-аномеров предложенных соединений.

В настоящем документе термин «нуклеозид» относится к соединению, содержащему азотистое основание и сахар, ковалентно связанный с указанным азотистым основанием. Термин «нуклеотид» в настоящем документе относится к нуклеозиду, дополнительно содержащему нуклеозидную линкерную группу или фосфорсодержащий фрагмент, где указанная нуклеозидная линкерная группа или указанный фосфорсодержащий фрагмент ковалентно связан с сахаром в указанном нуклеозиде.

Предполагается, что в настоящем документе термин «нуклеозид» или «нуклеотид» включает все природные или модифицированные нуклеозиды или миметики нуклеозидов или природные или модифицированные нуклеотиды или миметики нуклеотидов, соответственно, которые могут быть встроены в олигомер методами естественного или химического синтеза олигомеров. Как правило, предпочтительно термин «нуклеозид» в настоящем документе относится к природному нуклеозиду, модифицированному нуклеозиду или миметику нуклеозидов. Как правило, предпочтительно, термин «нуклеотид» в настоящем документе относится к природному нуклеотиду, модифицированному нуклеотиду или миметику нуклеотидов.

Предполагается, что термин «модифицированные нуклеозиды» включает модификации сахара и/или азотистого основания в нуклеозиде, известные специалистам в данной области техники и описанные в настоящем документе. Предполагается, что термин «модифицированные нуклеотиды» включает модификации сахара и/или азотистого основания и/или нуклеозидной линкерной группы или фосфорсодержащего фрагмента в нуклеотиде, известные специалистам в данной области техники и описанные в настоящем документе.

Предполагается, что термин «миметик нуклеозидов» включает структуры, используемые для замены сахара и азотистого основания. Примеры миметиков нуклеозидов включают нуклеозиды, в которых азотистое основание заменено на феноксазиновый фрагмент (например, на 9-(2-аминоэтокси)-1,3-диазафеноксазин-2-оновую группу), а фрагмент сахара заменен на циклогексенильный или бицикло[3.1.0]гексильный фрагмент. Подразумевается, что термин «миметик нуклеотидов» в настоящем документе включает нуклеотиды, используемые для замены сахара и нуклеозидной линкерной группы. Примеры миметиков нуклеотидов включают пептидные нуклеиновые кислоты (PNA) или морфолино.

Термин «нуклеозид» или «нуклеотид» также включает комбинации модификаций, такие как более чем одна модификация азотистого основания, более чем одна модификация сахара или по меньшей мере одна модификация азотистого основания и по меньшей мере одна модификация сахара.

Сахар в нуклеозиде или нуклеотиде включает без ограничений моноциклическую, бициклическую или трициклическую систему колец, предпочтительно трициклическую или бициклическую систему или моноциклическую рибозу или де(з)оксирибозу. Модификации сахара дополнительно включают, но не ограничиваются ими, модифицированные стереохимические конфигурации, по меньшей мере одно замещение группы или по меньшей мере одну удаленную группу. Модифицированный сахар, как правило, предпочтительно представляет собой модифицированную версию рибозильного фрагмента, который обычно присутствует в РНК и ДНК (т.е. фуранозильный фрагмент), такую как бициклические сахара, тетрагидропираны, 2'-модифицированные сахара, 3'-модифицированные сахара, 4'-модифицированные сахара, 5'-модифицированные сахара или 4'-замещенные сахара. Примеры подходящих модификаций сахаров известны специалистам и включают, но не ограничиваются ими, 2'-, 3'- и/или 4'-замещенные нуклеозиды (например, 4'-S-модифицированные нуклеозиды); 2'-O-модифицированные нуклеотидные остатки РНК, такие как 2'-O-алкил или 2'-O-(замещенный)алкил, например, 2'-O-метил, 2'-O-(2-цианоэтил), 2'-O-(2-метокси)этил (2'-МОЕ), 2'-O-(2-тиометил)этил; 2'-O-(галогеналкокси)метил, например, 2'-O-(2-хлорэтокси)метил (МСЕМ), 2'-O-(2,2-дихлорэтокси)метил (DCEM); 2'-O-алкоксикарбонил, например, 2'-O-[2-(метоксикарбонил)этил] (МОСЕ), 2'-O-[2-(N-метилкарбамоил)этил] (MCE), 2'-O-[2-(N,N-диметилкарбамоил)этил] (DMCE), в частности, модификацию 2'-O-метил или 2'-O-метоксиэтил (2'-O-МОЕ); или другие модифицированные фрагменты сахаров, такие как морфолино (РМО), катионный морфолино (РМО-плюс) или модифицированная морфолино-группа, такая как РМО-Х. Термин «РМО-Х» относится к модифицированной морфолино-группе, содержащей по меньшей мере одну модификацию на 3'- или 5'-конце, такую как 3'-флуоресцентная метка, 3'-гаситель (например, 3'-карбоксифлуоресцеин, 3'-Gene Tools Blue, 3'-лиссамин, 3'-дабцил), 3'-аффинную метку и функциональные группы для образования химических линкеров (например, 3'-биотин, 3'-первичный амин, 3'-дисульфидамин, 3'-дитиопиридил), модификации 5'-конца (5'-первичный амин, 5'-дабцил), 3'-азид, 3'-алкин, 5'-азид, 5'-алкин, или как описано в WO 2011/150408 и заявке на патент США US 2012/0065169.

«Бициклические фрагменты сахара» содержат две взаимосвязанные системы колец, например, бициклические нуклеозиды, где фрагмент сахара содержит группу 2'-O-СН(алкил)-4' или 2'-O-CH₂-4', закрытую нуклеиновую кислоту (LNA), ксило-LNA, альфа-L-LNA, бета-D-LNA, cEt (затрудненная 2'-O,4'-С этилом) LNA, cMOEt (затрудненная 2'-O,4'-С метоксиэтилом) LNA, нуклеиновую кислоту с этиленовым мостиком (ENA), гексит нуклеиновую кислоту (HNA), фторированную HNA (F-HNA), пиранозил-РНК (п-РНК) или 3'-деоксипиранозил-ДНК (п-ДНК). В качестве альтернативы, сахар в нуклеозиде или нуклеотиде включает трициклический фрагмент сахара, такой как, например, описано в WO 2013/135900 и WO 2014/140348.

Термин «олигомер» в настоящем документе относится к соединению, содержащему два или более мономерных звеньев, связанных нуклеозидными линкерными группами, где по меньшей мере одно из указанных двух или более мономерных звеньев представляет собой соединение формулы (IV), предпочтительно соединение формулы (V) или соединение формулы (VI). В предпочтительном варианте реализации олигомер содержит по меньшей мере одно соединение формулы (IV), (V) или (VI) и по меньшей мере один рибонуклеотид или деоксирибонуклеотид. Более предпочтительно олигомер содержит по меньшей мере одно соединение формулы (IV), (V) или (VI) и по меньшей мере один деоксирибонуклеотид.

Предполагается, что термин «мономерное звено» в настоящем документе включает все мономерные звенья, доступные для синтеза олигомера, которые включают и, как правило, предпочтительно относятся к мономерным звеньям, таким как α-D-рибонуклеозиды, β-D-рибонуклеозиды, α-D-2'-деоксирибонуклеозиды, β-D-2'-деоксирибонуклеозиды, природные нуклеозиды, природные нуклеотиды, модифицированные нуклеозиды, модифицированные нуклеотиды, миметики нуклеозидов, миметики нуклеотидов и соединения, предложенные в настоящем изобретении, включая любые соединения любой из формул (I)-(VI).

В предпочтительном варианте реализации олигомер представляет собой олигонуклеотид. Термин «олигонуклеотид» в настоящем документе относится к соединению, содержащему по меньшей мере два нуклеозида, связанных друг с другом нуклеозидной линкерной группой. Таким образом, термин «олигонуклеотид» в настоящем документе включает и, как правило, предпочтительно относится к соединениям, содержащим по меньшей мере два нуклеозида, связанных нуклеозидными линкерными группами, где указанные по меньшей мере два нуклеозида независимо выбраны из природных нуклеозидов, модифицированных нуклеозидов или миметиков нуклеозидов. Таким образом, термин «олигонуклеотид» в настоящем документе включает соединения, содержащие природные нуклеотиды, модифицированные нуклеотиды или миметики нуклеотидов и, таким образом термин «олигонуклеотид» в настоящем документе включает олигонуклеотиды, имеющие модификации сахара и/или азотистого основания и/или нуклеозидной линкерной группы, известные специалистам в данной области техники и описанные в настоящем документе.

Олигомер может быть одноцепочечным или двухцепочечным. В одном из вариантов реализации олигомер является двухцепочечным (т.е. представляет собой дуплекс). В предпочтительном варианте реализации олигомер является одноцепочечным.

В предпочтительном варианте реализации олигомер связан с ненуклеозидным соединением, предпочтительно с твердой подложкой. Твердая подложка предпочтительно выбрана из гранул, полимеров или смол. В определенных вариантах реализации длина олигомера составляет до 40 мономерных звеньев, предпочтительно до 30 мономерных звеньев, более предпочтительно до 30 мономерных звеньев, еще более предпочтительно до 20 мономерных звеньев или до 15 мономерных звеньев. В дополнительном варианте реализации указанный олигомер содержит от 5 до 40 мономерных звеньев, предпочтительно от 8 до 30 мономерных звеньев, более предпочтительно от 8 до 25 мономерных звеньев, еще более предпочтительно от 8 до 20 мономерных звеньев.

В определенных вариантах реализации олигомер, такой как предложено в настоящем документе, модифицирован одной или более концевыми группами, присоединенными ковалентными связями к 5'- или 7'-концу олигомера. Концевая группа также может быть присоединена к любому концу олигомера.

Термин «'-конец» относится к концу или хвосту олигомера, последовательности нуклеиновой кислоты или соединения формулы (IV), (V) или (VI), где число (3', 5' или 7' и т.д.) обозначает атом углерода в сахаре, включенном в нуклеозид в составе олигомера, последовательности нуклеиновой кислоты или соединения формулы (IV), (V) или (VI). Термин «5'-концевая группа» или «7'-концевая группа» в настоящем документе относится к группе, расположенной на 5'-конце или 7'-конце, соответственно, сахара, включенного в соединение формулы (IV), (V) или (VI). Примеры «5'-концевой группы» или «7'-концевой группы» включают без ограничений кэп-группу, дифосфат, трифосфат, метку, такую как флуоресцентная метка (например, флуоресцеин или родамин), краситель, репортерную группу, подходящую для отслеживания олигомера, твердую подложку, ненуклеозидную группу, антитело или конъюгирующую группу. Предпочтительно «5'-концевая группа» или «7'-концевая группа» выбрана из дифосфата, трифосфата, флуоресцентной метки, красители, репортерной группы, при помощи которой можно отслеживать олигомер, твердой подложки, не нуклеозидной группы, антитела или конъюгирующей группы.

В определенных вариантах реализации олигомер, такой как предложено в настоящем документе, или соединение формулы (IV), (V) или (VI) модифицирован(-о) посредством ковалентного присоединения одной или более конъюгирующих групп. В целом, конъюгирующие группы модифицируют одно или более свойств соединений, к которым они присоединены. Указанные свойства включают без ограничений стабильность к действию нуклеазы, аффинность связывания, фармакодинамику, фармакокинетику, связывание, всасывание, распределение в клетках, захват клетками, доставку, заряд и клиренс. Конъюгирующие группы, которые обычно используют в области химии, связаны напрямую или через необязательную линкерную группу с исходным соединением, таким как олигомер. Термин «конъюгирующая группа» включает без ограничений и относится предпочтительно к интеркаляторам, полиаминам, полиамидам, полиэтиленгликолям, простым тиоэфирам, простым полиэфирам, холестеринам, тиохолестеринам, фрагментам холевой кислоты, фолату, липидам, фосфолипидам, биотину, феназину, фенантридину, антрахинону, адамантану, акридину, липофильным фрагментам или кумаринам.

Под терминами «нуклеиновая кислота» или «последовательность нуклеиновой кислоты», которые используют в настоящем документе взаимозаменяемо, понимают олигомерную или полимерную молекулу, содержащую по меньшей мере два взаимосвязанных нуклеотида или по меньшей мере два нуклеозида, связанных нуклеозидной линкерной группой. В контексте настоящего изобретения нуклеиновая кислота включает рибонуклеиновую кислоту (РНК) и дезоксирибонуклеиновую кислоту (ДНК) и предпочтительно выбрана из природной РНК, природной ДНК, модифицированной ДНК, модифицированной РНК, их смесей, таких как гибриды РНК-ДНК. Модификация может включать модификацию остова, такого как нуклеозидная линкерная группа и/или нуклеозид и/или сахар, такие как дополнительно описано в настоящем документе. Нуклеиновые кислоты могут быть синтезированы химическими методами или под действием ферментов полимераз.

Термины «натуральный» или «встречающийся в природе», которые используют в настоящем документе взаимозаменяемо, относятся к соединениям природного происхождения.

Термин «стереоизомеры» относится к соединениям, которые имеют одинаковый химический состав, но различное расположение атомов или групп в пространстве.

«Диастереомер» относится к стереоизомерам, содержащим два или более хиральных центров, где соединения не являются зеркальными отражениями друг друга. Диастереомеры имеют различные физические свойства, например, температуру плавления, температуру кипения, спектральные свойства и химическую и биологическую реакционную способность. Смеси диастереомеров можно разделять аналитическими способами с высоким разрешением, такими как электрофорез и хроматография.

«Энантиомеры» относятся к двум стереоизомерам соединения, которые являются не совпадающими при наложении зеркальными отражениями друг друга.

Стереохимические определения и условные обозначения, используемые в настоящем документе, в целом, соответствуют S.P. Parker, ред., McRaw-Hiff Dictionary of Chemical Terms (1984), McGraw-Hill Book Company, New York; и Eliel, E. and Wilen, S., "Stereochemistry of Organic Compounds", John Wiley & Sons, Inc., New York, 1994.

В настоящем документе «Т_пл» (температура плавления) представляет собой температуру, при которой разделяются две цепи дуплекса нуклеиновой кислоты. Т_пл часто используют как меру стабильности дуплекса антисмыслового соединения и комплементарной нуклеиновой кислоты.

Согласно первому аспекту в настоящем изобретении предложено соединение формулы (I):

а другой из T₁ и Т₂ представляет собой OR₁ или OR₂; где

Вх представляет собой азотистое основание.

В предпочтительном варианте реализации указанное соединение формулы (I) согласно изобретению представляет собой соединение формулы (II)

где

(i) T₁ представляет собой OR₁, и Т₂ представляет собой OR₁ или OR₂; или

(ii) T₁ представляет собой OR₁ или OR₂, Т₂ представляет собой OR₁:

где предпочтительно T₁ представляет собой OR₁ или OR₂, Т₂ представляет собой OR₁.

Соединение формулы (II) представляет собой альфа-аномер или альфа-аномерный мономер, который отличается от бета-аномера пространственной конфигурацией Вх при хиральном первом атоме углерода на 1'-конце.

В другом предпочтительном варианте реализации указанное соединение формулы (I) представляет собой соединение формулы (III)

где

где предпочтительно T₁ представляет собой OR₁, и Т₂ представляет собой OR₁ или OR₂.

Соединение формулы (III) представляет собой бета-аномер или бета-аномерный мономер, который отличается от альфа-аномера пространственной конфигурацией Вх при хиральном первом атоме углерода на 1'-конце.

В другом предпочтительном варианте реализации в соединении формулы (I) указанный фосфорсодержащий фрагмент R₂ выбран из фосфатного фрагмента, фосфорамидатного фрагмента и фосфорамидитного фрагмента. В другом предпочтительном варианте реализации в соединении формулы (II) указанный фосфорсодержащий фрагмент R₂ выбран из фосфатного фрагмента, фосфорамидатного фрагмента и фосфорамидитного фрагмента. В другом предпочтительном варианте реализации в соединении формулы (III) указанный фосфорсодержащий фрагмент R₂ выбран из фосфатного фрагмента, фосфорамидатного фрагмента и фосфорамидитного фрагмента.

В другом предпочтительном варианте реализации в соединении формулы (I), (II) или (III) указанное Вх выбрано из пуринового основания или пиримидинового основания, где предпочтительно Вх выбрано из (i) аденина (A), (ii) цитозина (С), (iii) 5-метилцитозина (MeC), (iv) гуанина (G), (v) урацила (U) или (vi) 5-метилурацила (MeU) или производного (i), (ii), (iii), (iv), (v) или (vi), и, кроме того, предпочтительно Вх выбрано из урацила, тимина, цитозина, 5-метилцитозина, аденина или гуанина. Еще более предпочтительно в соединении формулы (I), (II) или (III) Вх выбрано из тимина, 5-метилцитозина, аденина или гуанина.

В другом предпочтительном варианте реализации соединение формулы (I), (II) или (III) связано с ненуклеозидным соединением, предпочтительно с твердой подложкой.

В предпочтительном варианте реализации соединение формулы (I) выбрано из:

где независимо в каждом указанном по меньшей мере одном соединении формулы (IV) один из Т₃ или Т₄ представляет собой нуклеозидную линкерную группу; другой из Т₃ и Т₄ представляет собой OR₁, OR₂, 5'-концевую группу, 7'-концевую группу или нуклеозидную линкерную группу, где R₁ представляет собой Н или гидроксил-защитную группу, и R₂ представляет собой фосфорсодержащий фрагмент; и Вх представляет собой азотистое основание.

В предпочтительном варианте реализации олигомер согласно изобретению содержит по меньшей мере одно соединение формулы (IV), где указанное соединение формулы (IV) представляет собой соединение формулы (V):

где

(i) Т₃ представляет собой нуклеозидную линкерную группу, и Т₄ представляет собой 7'-концевую группу, OR₁ или OR₂, предпочтительно Т₄ представляет собой 7'-концевую группу или OR₁; или

(ii) Т₃ представляет собой 5'-концевую группу, OR₁ или OR₂, предпочтительно Т₃ представляет собой 5'-концевую группу или OR₂; и Т₄ представляет собой нуклеозидную линкерную группу; или

(iii) Т₃ и Т₄ независимо друг от друга представляют собой нуклеозидную линкерную группу.

В другом предпочтительном варианте реализации олигомер согласно изобретению содержит по меньшей мере одно соединение формулы (IV), где указанное соединение формулы (IV) представляет собой соединение формулы (VI):

где

(i) Т₃ представляет собой нуклеозидную линкерную группу, и Т₄ представляет собой 7'-концевую группу, OR₁ или OR₂, предпочтительно Т₄ представляет собой 7'-концевую группу или OR₂; или

(ii) Т₃ представляет собой 5'-концевую группу, OR₁ или OR₂, предпочтительно Т₃ представляет собой 5'-концевую группу или OR₁; и Т₄ представляет собой нуклеозидную линкерную группу; или

В предпочтительном варианте реализации указанный олигомер представляет собой олигонуклеотид. В дополнительном предпочтительном варианте реализации указанный олигомер представляет собой олигонуклеотид, где указанное соединение формулы (IV) представляет собой соединение формулы (V). В другом предпочтительном варианте реализации указанный олигомер представляет собой олигонуклеотид, где указанное соединение формулы (IV) представляет собой соединение формулы (VI). В более предпочтительном варианте реализации олигомер, содержащий указанное по меньшей мере одно соединение формулы (IV), (V) или (VI), представляет собой ДНК.

В другом варианте реализации предложенный олигомер, содержащий указанное по меньшей мере одно соединение формулы (IV), (V) или (VI) дополнительно содержит по меньшей мере один нуклеотид, отличающийся от любого соединения формулы (IV), (V) или (VI), где предпочтительно по меньшей мере один отличный нуклеотид представляет собой (i) нуклеотид, содержащий моноциклический сахар, т.е. моноциклический нуклеотид, или (ii) нуклеотид, содержащий бициклический сахар, т.е. бициклический нуклеотид, или (iii) нуклеотид, содержащий трициклический сахар, т.е. трициклический нуклеотид. Предпочтительно указанный по меньшей мере один нуклеотид, отличающийся от соединения формулы (IV), (V) или (VI), представляет собой нуклеотид, содержащий бициклический сахар. Предпочтительно указанный по меньшей мере один нуклеотид, отличающийся от соединения формулы (IV), (V) или (VI), представляет собой нуклеотид, содержащий трициклический сахар. Более предпочтительно указанный по меньшей мере один нуклеотид, отличающийся от соединения формулы (IV), (V) или (VI), представляет собой нуклеотид, содержащий моноциклический сахар.

В другом предпочтительном варианте реализации предложенного олигомера указанное соединение формулы (IV) представляет собой соединение формулы (V), и указанный олигомер дополнительно содержит по меньшей мере один нуклеотид, отличающийся от соединения формулы (V), где предпочтительно по меньшей мере один отличающийся нуклеотид представляет собой (i) нуклеотид, содержащий моноциклический сахар, т.е. моноциклический нуклеотид, или (ii) нуклеотид, содержащий бициклический сахар, т.е. бициклический нуклеотид, или (iii) нуклеотид, содержащий трициклический сахар, т.е. трициклический нуклеотид. Предпочтительно указанный по меньшей мере один нуклеотид, отличающийся от соединения формулы (V), представляет собой нуклеотид, содержащий бициклический сахар. Предпочтительно указанный по меньшей мере один нуклеотид, отличающийся от соединения формулы (V), представляет собой нуклеотид, содержащий трициклический сахар. Более предпочтительно указанный по меньшей мере один нуклеотид, отличающийся от соединения формулы (V), представляет собой нуклеотид, содержащий моноциклический сахар.

В другом предпочтительном варианте реализации предложенного олигомера указанное соединение формулы (IV) представляет собой соединение формулы (VI), и указанный олигомер дополнительно содержит по меньшей мере один нуклеотид, отличающийся от соединения формулы (VI), где предпочтительно по меньшей мере один отличающийся нуклеотид представляет собой (i) нуклеотид, содержащий моноциклический сахар, т.е. моно циклический нуклеотид, или (ii) нуклеотид, содержащий бициклический сахар, т.е. бициклический нуклеотид, или (iii) нуклеотид, содержащий трициклический сахар, т.е. трициклический нуклеотид. Предпочтительно указанный по меньшей мере один нуклеотид, отличающийся от соединения формулы (VI), представляет собой нуклеотид, содержащий бициклический сахар. Предпочтительно указанный по меньшей мере один нуклеотид, отличающийся от соединения формулы (VI), представляет собой нуклеотид, содержащий трициклический сахар. Более предпочтительно указанный по меньшей мере один нуклеотид, отличающийся от соединения формулы (VI), представляет собой нуклеотид, содержащий моно циклический сахар.

В другом варианте реализации олигомер, содержащий соединение формулы (IV), (V) или (VI), дополнительно содержит по меньшей мере два нуклеотида, отличающихся от соединения формулы (IV), (V) или (VI), где указанные по меньшей мере два отличающихся нуклеотида связаны друг с другом через нуклеозидную линкерную группу, причем каждая нуклеозидная линкерная группа независимо от остальных выбрана из фосфодиэфирной линкерной группы, фосфотриэфирной линкерной группы, фосфоротиоатной линкерной группы, фосфородитиоатной линкерной группы, фосфонатной линкерной группы, фосфонотиоатной линкерной группы, фосфинатной линкерной группы, фосфоротиоамидатной линкерной группы или фосфорамидатной линкерной группы, и предпочтительно каждая нуклеозидная линкерная группа независимо от остальных представляет собой фосфодиэфирную линкерную группу или фосфоротиоатную линкерную группу, и еще более предпочтительно каждая нуклеозидная линкерная группа представляет собой фосфоротиоатную линкерную группу.

В другом предпочтительном варианте реализации предложенного олигомера указанное соединение формулы (IV) представляет собой соединение формулы (V), и указанный олигомер дополнительно содержит по меньшей мере два нуклеотида, отличающихся от соединения формулы (V), где указанные по меньшей мере два отличающихся нуклеотида связаны друг с другом через нуклеозидную линкерную группу, причем каждая нуклеозидная линкерная группа независимо от остальных выбрана из фосфодиэфирной линкерной группы, фосфотриэфирной линкерной группы, фосфоротиоатной линкерной группы, фосфородитиоатной линкерной группы, фосфонатной линкерной группы, фосфонотиоатной линкерной группы, фосфинатной линкерной группы, фосфортиоамидатной линкерной группы или фосфорамидатной линкерной группы, и предпочтительно каждая нуклеозидная линкерная группа независимо от остальных представляет собой фосфодиэфирную линкерную группу или фосфоротиоатную линкерную группу, и еще более предпочтительно каждая нуклеозидная линкерная группа представляет собой фосфоротиоатную линкерную группу.

В другом предпочтительном варианте реализации предложенного олигомера указанное соединение формулы (IV) представляет собой соединение формулы (VI), и указанный олигомер дополнительно содержит по меньшей мере два нуклеотида, отличающихся от соединения формулы (VI), где указанные по меньшей мере два отличающихся нуклеотида связаны друг с другом через нуклеозидную линкерную группу, причем каждая нуклеозидная линкерная группа независимо от остальных выбрана из фосфодиэфирной линкерной группы, фосфотриэфирной линкерной группы, фосфоротиоатной линкерной группы, фосфородитиоатной линкерной группы, фосфонатной линкерной группы, фосфонотиоатной линкерной группы, фосфинатной линкерной группы, фосфортиоамидатной линкерной группы или фосфорамидатной линкерной группы, и предпочтительно каждая нуклеозидная линкерная группа независимо от остальных представляет собой фосфодиэфирную линкерную группу или фосфоротиоатную линкерную группу, и еще более предпочтительно каждая нуклеозидная линкерная группа представляет собой фосфоротиоатную линкерную группу.

В другом предпочтительном варианте реализации в олигомере согласно изобретению Вх выбрано из пуринового основания или пиримидинового основания, где предпочтительно Вх выбрано из (i) аденина (A), (ii) цитозина (С), (iii) 5-метилцитозина (МеС), (iv) гуанина (G), (v) урацила (U) или (vi) 5-метилурацила (MeU) или производного (i), (ii), (iii), (iv), (v) или (vi), и еще более предпочтительно Вх выбрано из урацила, тимина, цитозина, 5-метилцитозина, аденина или гуанина. Более предпочтительно в олигомере согласно изобретению Вх выбрано из тимина, 5-метилцитозина, аденина или гуанина.

В другом предпочтительном варианте реализации в олигомере согласно изобретению каждая нуклеозидная линкерная группа независимо от остальных выбрана из фосфодиэфирной линкерной группы, фосфотриэфирной линкерной группы, фосфоротиоатной линкерной группы, фосфородитиоатной линкерной группы, фосфонатной линкерной группы, фосфонотиоатной линкерной группы, фосфинатной линкерной группы, фосфортиоамидатной линкерной группы или фосфорамидатной линкерной группы, и предпочтительно каждая нуклеозидная линкерная группа независимо от остальных представляет собой фосфодиэфирную линкерную группу или фосфоротиоатную линкерную группу, и еще более предпочтительно каждая нуклеозидная линкерная группа представляет собой фосфоротиоатную линкерную группу.

В другом варианте реализации олигомер согласно изобретению содержит от 1 до 5, предпочтительно от 1 до 4, более предпочтительно от 1 до 2, еще более предпочтительно от 1 до 2, еще более предпочтительно ровно одно соединение формулы (IV), (V) или (VI). В предпочтительном варианте реализации предложенного олигомера указанное соединение формулы (IV) представляет собой соединение формулы (VI), где указанный олигомер содержит от 1 до 5, предпочтительно от 1 до 4, более предпочтительно от 1 до 2, еще более предпочтительно от 1 до 2, еще более предпочтительно ровно одно соединение формулы (VI). Было обнаружено, что встраивание одного соединения формулы (VI) в олигонуклеотид и предпочтительно встраивание одного соединения формулы (VI), где Вх представляет собой метилцитозин, в дуплексы ДНК оказывает значительный стабилизирующий эффект. Таким образом, в особенно предпочтительном варианте реализации предложенного олигомера указанный олигомер содержит ровно одно соединение формулы (IV), где указанное соединение формулы (IV) представляет собой соединение формулы (VI), и указанное Вх представляет собой метилцитозин, причем указанный олигомер представляет собой олигонуклеотид и дополнительно содержит по меньшей мере один нуклеотид, отличающийся от соединения формулы (VI), где предпочтительно по меньшей мере один отличающийся нуклеотид представляет собой нуклеотид, содержащий моноциклический сахар.

В другом предпочтительном варианте реализации предложенного олигомера указанный олигомер содержит по меньшей мере два соединения формулы (IV) и дополнительно содержит по меньшей мере один нуклеотид, отличающийся от соединения формулы (IV), где указанное соединение формулы (IV) представляет собой соединение формулы (V), и КАЖДОЕ указанное соединение формулы (V) связано через 5'-конец с (i) 5'-концом указанного по меньшей мере одного нуклеотида, отличающегося от соединения формулы (IV), или (ii) 7'-концом другого соединения формулы (V); где указанное соединение формулы (V) связано через 7'-конец с (i) 3'-концом указанного по меньшей мере одного нуклеотида, отличающегося от соединения формулы (IV), или (ii) 5'-концом другого соединения формулы (V).

В другом варианте реализации предложенного олигомера указанный олигомер содержит по меньшей мере два соединения формулы (IV) и дополнительно содержит по меньшей мере один нуклеотид, отличающийся от соединения формулы (IV), где указанное соединение формулы (IV) представляет собой соединение формулы (VI), и КАЖДОЕ указанное соединение формулы (VI) связано через 5'-конец с (i) 3'-концом указанного по меньшей мере одного нуклеотида, отличающегося от соединения формулы (IV), или (ii) 3'-концом другого соединения формулы (VI); и КАЖДОЕ указанное соединение формулы (VI) связано через 3'-конец с (i) 5'-концом указанного по меньшей мере одного нуклеотида, отличающегося от соединения формулы (IV), или (ii) 5'-концом другого соединения формулы (VI).

В предпочтительном варианте реализации предложенного олигомера указанный олигомер дополнительно содержит по меньшей мере два нуклеотида, отличающихся от соединения формулы (IV), где указанное соединение формулы (IV) представляет собой соединение формулы (V), и КАЖДЫЙ указанный нуклеотид, отличающийся от соединения формулы (IV), связан через 3'-конец с (i) 7'-концом указанного соединения формулы (V), или (ii) 5'-концом другого нуклеотида, отличающегося от соединения формулы (IV), и КАЖДЫЙ указанный нуклеотид, отличающийся от соединения формулы (IV), связан через 5'-конец с (i) 5'-концом указанного соединения формулы (V), или (ii) 3'-концом другого нуклеотида, отличающегося от соединения формулы (IV).

В предпочтительном варианте реализации предложенного олигомера указанный олигомер дополнительно содержит по меньшей мере два нуклеотида, отличающихся от соединения формулы (IV), где указанное соединение формулы (IV) представляет собой соединение формулы (V), и каждое из по меньшей мере одного соединения формулы (V) связано через 5'-конец и 7'-конец с указанным нуклеотидом, отличающимся от соединения формулы (IV).

В предпочтительном варианте реализации предложенного олигомера указанный олигомер дополнительно содержит по меньшей мере два нуклеотида, отличающихся от соединения формулы (IV), где указанное соединение формулы (IV) представляет собой соединение формулы (VI), и каждое из по меньшей мере одного соединения формулы (VI) связано через 5'-конец и 7'-конец с указанным нуклеотидом, отличающимся от соединения формулы (IV).

В другом предпочтительном варианте реализации предложенного олигомера указанный олигомер содержит по меньшей мере два соединения формулы (IV) и дополнительно содержит по меньшей мере два нуклеотида, отличающихся от соединения формулы (IV), где указанное соединение формулы (IV) представляет собой соединение формулы (V), и каждое из указанного по меньшей мере одного соединения формулы (V) связано через 7'-конец с 3'-концом нуклеотида, отличающегося от соединения формулы (IV); и через 5'-конец с 5'-концом нуклеотида, отличающегося от соединения формулы (IV).

В другом предпочтительном варианте реализации предложенного олигомера указанный олигомер содержит по меньшей мере два соединения формулы (IV) и дополнительно содержит по меньшей мере два нуклеотида, отличающихся от соединения формулы (IV), где указанное соединение формулы (IV) представляет собой соединение формулы (VI), и каждое из по меньшей мере одного соединения формулы (VI) связано через 5'-конец с 3'-концом нуклеотида, отличающегося от соединения формулы (IV); и через 7'-конец с 5'-концом нуклеотида, отличающегося от соединения формулы (IV).

В предпочтительном варианте реализации предложенного олигомера указанный олигомер содержит по меньшей мере одно соединение формулы (IV), где указанное соединение представляет собой соединение формулы (VI), причем каждое из по меньшей мере одного соединения формулы (VI) связано через 5'-конец и через 7'-конец с нуклеотидом, отличающимся от соединения формулы (IV), и Вх представляет собой цитозин или 5-метилцитозин, предпочтительно 5-метилцитозин.

В дополнительном предпочтительном варианте реализации предложенного олигомера указанный олигомер содержит ровно одно соединение формулы (IV), где указанное соединение представляет собой соединение формулы (VI), причем указанное соединение формулы (VI) связано через 5'-конец и через 7'-конец с нуклеотидом, отличающимся от соединения формулы (IV), и Вх представляет собой цитозин или 5-метилцитозин, предпочтительно 5-метилцитозин.

В другом предпочтительном варианте реализации олигомер согласно изобретению содержит от 1 до 5, предпочтительно от 1 до 4, более предпочтительно от 1 до 2, еще более предпочтительно от 1 до 2, еще более предпочтительно ровно одно соединение формулы (IV), (V) или (VI), предпочтительно формулы (VI), где Вх представляет собой пиримидиновое основание, более предпочтительно цитозин или 5-метилцитозин, еще более предпочтительно 5-метилцитозин. В более предпочтительном варианте реализации олигомер согласно изобретению содержит ровно одно соединение формулы (VI), где Вх представляет собой цитозин или 5-метилцитозин, предпочтительно 5-метилцитозин. Встраивание ровно одного или нескольких соединений формулы (IV), (V) или (VI), предпочтительно формулы (VI), где Вх представляет собой пиримидиновое основание, приводит только к незначительной дестабилизации или даже стабилизирует образование дуплекса из олигомеров согласно изобретению. В частности, если азотистое основание представляет собой цитозин или производное цитозина, предпочтительно 5-метилцитозин, то происходит значительная стабилизация дуплексов олигомера согласно изобретению, содержащего соединения формулы (IV), (V) или (VI), предпочтительно формулы (VI), с комплементарной ДНК. Такой стабилизирующий эффект является более выраженным для нуклеозидов, содержащих 5-метилцитозин. В другом варианте реализации олигомер согласно изобретению содержит от 1 до 5, предпочтительно от 1 до 4, более предпочтительно от 1 до 2, еще более предпочтительно от 1 до 2, еще более предпочтительно ровно одно соединение формулы (IV), (V) или (VI), предпочтительно формулы (VI), где Вх представляет собой пуриновое основание. Азотистое основание пурин стабилизирует дуплексы олигомеров согласно изобретению, содержащих соединения формулы (IV), (V) или (VI), предпочтительно формулы (VI), с комплементарной РНК.

В другом предпочтительном варианте реализации олигомер согласно изобретению содержит или предпочтительно состоит из по меньшей мере двух смежных соединений формулы (IV), где каждое из смежных соединений формулы (IV) независимо связано с соседним смежным соединением формулы (IV) нуклеозидной линкерной группой, где нуклеозидная линкерная группа связывает 5'-конец и 7'-конец двух смежных соединений формулы (IV). В другом предпочтительном варианте реализации олигомер согласно изобретению содержит или предпочтительно состоит из по меньшей мере двух смежных соединений формулы (V), где каждое из смежных соединений формулы (V) независимо связано с соседним смежным соединением формулы (V) нуклеозидной линкерной группой, где нуклеозидная линкерная группа связывает 5'-конец и 7'-конец двух смежных соединений формулы (V). В другом предпочтительном варианте реализации олигомер согласно изобретению содержит или предпочтительно состоит из по меньшей мере двух смежных соединений формулы (VI), где каждое из смежных соединений формулы (VI) независимо связано с соседним смежным соединением формулы (VI) нуклеозидной линкерной группой, где нуклеозидная линкерная группа связывает 5'-конец и 7'-конец двух смежных соединений формулы (VI).

В дополнительном предпочтительном варианте реализации олигомер согласно изобретению содержит или предпочтительно состоит из 10-40 смежных соединений формулы (IV), предпочтительно 10-30 смежных соединений формулы (IV), более предпочтительно 10-25 смежных соединений формулы (IV), еще более предпочтительно 10-20 смежных соединений формулы (IV) или 10-15 смежных соединений формулы (IV). В дополнительном предпочтительном варианте реализации предложенного олигомера указанное по меньшей мере одно соединение формулы (IV) представляет собой соединение формулы (V), где указанный олигомер содержит или предпочтительно состоит из 10-40 смежных соединений формулы (V), предпочтительно 10-30 смежных соединений формулы (V), более предпочтительно 10-25 смежных соединений формулы (V), еще более предпочтительно 10-20 смежных соединений формулы (V) и еще более предпочтительно 10-15 смежных соединений формулы (V). В дополнительном предпочтительном варианте реализации предложенного олигомера указанное по меньшей мере одно соединение формулы (IV) представляет собой соединение формулы (VI), где указанный олигомер содержит или предпочтительно состоит из 10-40 смежных соединений формулы (VI), предпочтительно 10-30 смежных соединений формулы (VI), более предпочтительно 10-25 смежных соединений формулы (VI), еще более предпочтительно 10-20 смежных соединений формулы (VI) и еще более предпочтительно 10-15 смежных соединений формулы (VI).

В дополнительном предпочтительном варианте реализации предложенного олигомера указанное по меньшей мере одно соединение формулы (IV) представляет собой соединение формулы (V), где указанный олигомер содержит или предпочтительно состоит из 10-40 смежных соединений формулы (V), предпочтительно 10-30 смежных соединений формулы (V), более предпочтительно 10-25 смежных соединений формулы (V), еще более предпочтительно 10-20 смежных соединений формулы (V) и еще более предпочтительно 10-15 смежных соединений формулы (V), и каждое из смежных соединений формулы (V) независимо связано с соседним смежным соединением формулы (V) нуклеозидной линкерной группой, где нуклеозидная линкерная группа связывает 5'-конец и 7'-конец двух смежных соединений формулы (V), и указанная нуклеозидная линкерная группа представляет собой фосфорсодержащую линкерную группу, причем указанная фосфорсодержащая линкерная группа выбрана из фосфодиэфирной линкерной группы, фосфотриэфирной линкерной группы и фосфоротиоатной линкерной группы, предпочтительно указанная фосфорсодержащая линкерная группа представляет собой фосфодиэфирную линкерную группу или фосфоротиоатную линкерную группу.

В дополнительном предпочтительном варианте реализации олигомер согласно изобретению содержит или предпочтительно состоит из по меньшей мере одной последовательности нуклеиновой кислоты, где указанная последовательность нуклеиновой кислоты содержит указанное по меньшей мере одно соединение формулы (IV), и указанная последовательность нуклеиновой кислоты выбрана из SEQ ID NO: 1-24, предпочтительно SEQ ID NO: 24. В дополнительном предпочтительном варианте реализации олигомер согласно изобретению содержит или предпочтительно состоит из по меньшей мере одной последовательности нуклеиновой кислоты, где указанная последовательность нуклеиновой кислоты содержит указанное по меньшей мере одно соединение формулы (V), и указанная последовательность нуклеиновой кислоты выбрана из SEQ ID NO: 16-24, предпочтительно SEQ ID NO: 21-24, более предпочтительно SEQ ID NO: 24. В дополнительном предпочтительном варианте реализации олигомер согласно изобретению содержит или предпочтительно состоит из по меньшей мере одной последовательности нуклеиновой кислоты, где указанная последовательность нуклеиновой кислоты содержит указанное по меньшей мере одно соединение формулы (VI), и каждая указанная последовательность нуклеиновой кислоты выбрана из SEQ ID NO: 1-15, предпочтительно SEQ ID NO: 13-15. В более предпочтительном варианте реализации олигомер согласно изобретению состоит из последовательности нуклеиновой кислоты, выбранной из SEQ ID NO: 13-15 или 21-24, предпочтительно SEQ ID NO: 24. В другом предпочтительном варианте реализации указанный олигомер представляет собой последовательность нуклеиновой кислоты, выбранную из SEQ ID NO: 13-15 или 21-24, и предпочтительно указанный олигомер представляет собой SEQ ID NO: 24.

В дополнительном предпочтительном варианте реализации предложенного олигомера указанный олигомер содержит последовательность нуклеиновой кислоты, где указанная последовательность нуклеиновой кислоты состоит из по меньшей мере двух смежных соединений формулы (IV), где указанная последовательность нуклеиновой кислоты содержит на 5'-конце или 7'-конце по меньшей мере один нуклеотид или нуклеозид, отличающийся от соединения формулы (IV). В дополнительном предпочтительном варианте реализации предложенного олигомера указанный олигомер содержит последовательность нуклеиновой кислоты, где указанная последовательность нуклеиновой кислоты состоит из по меньшей мере двух смежных соединений формулы (V), где указанная последовательность нуклеиновой кислоты содержит на 5'-конце или 7'-конце по меньшей мере один нуклеотид или нуклеозид, отличающийся от соединения формулы (V), предпочтительно отличающийся от соединения формулы (V) или (VI) и более предпочтительно отличающийся от соединения формулы (IV). В дополнительном предпочтительном варианте реализации предложенного олигомера указанный олигомер содержит последовательность нуклеиновой кислоты, где указанная последовательность нуклеиновой кислоты состоит из по меньшей мере двух смежных соединений формулы (VI), где указанная последовательность нуклеиновой кислоты содержит на 5'-конце или 7'-конце по меньшей мере один нуклеотид или нуклеозид, отличающийся от соединения формулы (VI), предпочтительно отличающийся от соединения формулы (V) или (VI) и более предпочтительно от соединения формулы (IV).

В дополнительном предпочтительном варианте реализации предложенного олигомера указанный олигомер содержит последовательность нуклеиновой кислоты, где указанная последовательность нуклеиновой кислоты состоит из по меньшей мере двух смежных соединений формулы (IV), где указанная последовательность нуклеиновой кислоты содержит на 5'-конце и 7'-конце по меньшей мере один нуклеотид или нуклеозид, отличающийся от соединения формулы (IV). В дополнительном предпочтительном варианте реализации предложенного олигомера указанный олигомер содержит последовательность нуклеиновой кислоты, где указанная последовательность нуклеиновой кислоты состоит из по меньшей мере двух смежных соединений формулы (V), где указанная последовательность нуклеиновой кислоты содержит на 5'-конце и 7'-конце по меньшей мере один нуклеотид или нуклеозид, отличающийся от соединения формулы (V), предпочтительно отличающийся от соединения формулы (V) или (VI) и более предпочтительно отличающийся от соединения формулы (IV). В дополнительном предпочтительном варианте реализации предложенного олигомера указанный олигомер содержит последовательность нуклеиновой кислоты, где указанная последовательность нуклеиновой кислоты состоит из по меньшей мере двух смежных соединений формулы (VI), где указанная последовательность нуклеиновой кислоты содержит на 5'-конце и 7'-конце по меньшей мере один нуклеотид или нуклеозид, отличающийся от соединения формулы (VI), предпочтительно отличающийся от соединения формулы (V) или (VI) и более предпочтительно отличающийся от соединения формулы (IV).

В дополнительном предпочтительном варианте реализации предложенного олигомера указанный олигомер содержит последовательность нуклеиновой кислоты, где указанная последовательность нуклеиновой кислоты состоит из по меньшей мере двух смежных соединений формулы (V), где указанная последовательность нуклеиновой кислоты содержит на 5'-конце или 7'-конце по меньшей мере один нуклеотид или нуклеозид, отличающийся от соединения формулы (V), предпочтительно отличающийся от соединения формулы (V) или (VI) и более предпочтительно отличающийся от соединения формулы (IV), где 5'-конец указанной последовательности нуклеиновой кислоты связан с 5'-концом нуклеотида, отличающегося от соединения формулы (V), предпочтительно отличающийся от соединения формулы (V) или (VI) и более предпочтительно отличающийся от соединения формулы (IV); или где 7'-конец указанной последовательности нуклеиновой кислоты связан с 3'-концом нуклеотида или нуклеозида, отличающегося от соединения формулы (V), предпочтительно отличающегося от соединения формулы (V) или (VI) и более предпочтительно отличающегося от соединения формулы (IV).

В дополнительном предпочтительном варианте реализации предложенного олигомера указанный олигомер содержит последовательность нуклеиновой кислоты, где указанная последовательность нуклеиновой кислоты состоит из по меньшей мере двух смежных соединений формулы (V), где указанная последовательность нуклеиновой кислоты содержит на 5'-конце и 7'-конце по меньшей мере один нуклеотид или нуклеозид, отличающийся от соединения формулы (V), предпочтительно отличающийся от соединения формулы (V) или (VI) и более предпочтительно отличающийся от соединения формулы (IV), где 5'-конец указанной последовательности нуклеиновой кислоты связан с 5'-концом нуклеотида или нуклеозида, отличающегося от соединения формулы (V), предпочтительно отличающегося от соединения формулы (V) или (VI) и более предпочтительно отличающегося от соединения формулы (IV); и где 7'-конец указанной последовательности нуклеиновой кислоты связан с 3'-концом нуклеотида или нуклеозида, отличающегося от соединения формулы (V), предпочтительно отличающегося от соединения формулы (V) или (VI) и более предпочтительно отличающегося от соединения формулы (IV).

В дополнительном предпочтительном варианте реализации предложенного олигомера указанный олигомер содержит последовательность нуклеиновой кислоты, где указанная последовательность нуклеиновой кислоты состоит из по меньшей мере двух смежных соединений формулы (VI), где указанная последовательность нуклеиновой кислоты содержит на 5'-конце или 7'-конце по меньшей мере один нуклеотид или нуклеозид, отличающийся от соединения формулы (VI), предпочтительно отличающийся от соединения формулы (V) или (VI) и более предпочтительно отличающийся от соединения формулы (IV), где 5'-конец указанной последовательности нуклеиновой кислоты связан с 3'-концом нуклеотида или нуклеозида, отличающегося от соединения формулы (VI), предпочтительно отличающегося от соединения формулы (V) или (VI) и более предпочтительно отличающегося от соединения формулы (IV); или где 7'-конец указанной последовательности нуклеиновой кислоты связан с 5'-концом нуклеотида или нуклеозида, отличающегося от соединения формулы (VI), предпочтительно отличающегося от соединения формулы (V) или (VI) и более предпочтительно отличающегося от соединения формулы (IV).

В дополнительном предпочтительном варианте реализации предложенного олигомера указанный олигомер содержит последовательность нуклеиновой кислоты, где указанная последовательность нуклеиновой кислоты состоит из по меньшей мере двух смежных соединений формулы (VI), где указанная последовательность нуклеиновой кислоты содержит на 5'-конце и 7'-конце каждый из по меньшей мере одного нуклеотида или нуклеозида, отличающегося от соединения формулы (VI), предпочтительно отличающегося от соединения формулы (V) или (VI) и более предпочтительно отличающегося от соединения формулы (IV), где 5'-конец указанной последовательности нуклеиновой кислоты связан с 3'-концом нуклеотида или нуклеозида, отличающегося от соединения формулы (VI), предпочтительно отличающегося от соединения формулы (V) или (VI) и более предпочтительно отличающегося от соединения формулы (IV); и где 7'-конец указанной последовательности нуклеиновой кислоты связан с 5'-концом нуклеотида или нуклеозида, отличающегося от соединения формулы (VI), предпочтительно отличающегося от соединения формулы (V) или (VI) и более предпочтительно отличающегося от соединения формулы (IV).

В дополнительном предпочтительном варианте реализации предложенного олигомера указанное соединение формулы (IV) выбрано из

В дополнительном предпочтительном варианте реализации олигомер согласно изобретению является двухцепочечным. В определенном варианте реализации ровно одна или обе цепи в указанном двухцепочечном олигомере содержит(-ат) по меньшей мере одно соединение формулы (IV), (V) или (VI).

Согласно третьему аспекту в настоящем изобретении предложено соединение формулы (I), (II) или (III) или олигомер согласно изобретению для применения в качестве лекарственного средства для предупреждения, лечения или диагностики заболевания.

В определенном варианте реализации соединение формулы (I), (II) или (III) применяют в качестве лекарственного средства для предупреждения или лечения заболевания. В изобретении предложен способ предупреждения заболевания у пациента или лечения пациента, страдающего от заболевания, путем введения терапевтически эффективного количества соединения формулы (I), (II) или (III) пациенту. В другом варианте реализации соединение формулы (I), (II) или (III) применяют для получения лекарственного средства для предупреждения или лечения заболевания.

В дополнительном варианте реализации олигомер согласно изобретению применяют в качестве лекарственного средства для предупреждения или лечения заболевания. В изобретении предложен способ предупреждения заболевания у пациента или лечения пациента, страдающего от заболевания, путем введения терапевтически эффективного количества олигомера согласно изобретению пациенту. В другом предпочтительном варианте реализации олигомер согласно изобретению применяют для получения лекарственного средства для предупреждения или лечения заболевания.

Термин «пациент» в настоящем документе относится к человеку или животному, где животное предпочтительно представляет собой млекопитающее. Термин «пациент» не ограничен субъектами, у которых проявились симптомы заболевания или нарушения, но включает здоровых субъектов (т.е. не имеющих симптомы) или субъектов, имеющих риск появления симптома. «Терапевтически эффективное количество» относится к количеству, которое вводят субъекту в виде отдельной дозы или в рамках введения нескольких доз, и которое является эффективным для обеспечения желательного физиологического ответа или терапевтического эффекта у субъекта. Примеры желательных терапевтических эффектов включают без ограничений улучшение симптомов или патологии, замедление прогрессирования симптомов или патологии и замедление появления симптомов или патологии при заболевании. Терапевтически эффективное количество может быть различным в зависимости от природы применяемого состава и типа и состояния потребителя. Определение соответствующих количеств любой данной композиции входит в рамки общей компетенции в данной области техники и включает проведение стандартной последовательности испытаний, разработанных для оценки соответствующего терапевтического уровня. Типовые и предпочтительные терапевтически эффективные количества антисмыслового олигонуклеотида находятся в диапазоне от примерно 0,05 до 1000 мг/кг массы тела и, в частности, от примерно 5 до 500 мг/кг массы тела.

В дополнительном варианте реализации олигомер согласно изобретению представляет собой антисмысловой олигонуклеотид. В предпочтительном варианте реализации антисмысловой олигонуклеотид согласно изобретению применяют для предупреждения, лечения или диагностики заболевания. В настоящем документе термин «антисмысловой олигонуклеотид» относится к олигонуклеотиду, который может гибридизоваться с последовательностью нуклеиновой кислоты-мишени. В предпочтительном варианте реализации антисмысловой олигонуклеотид комплементарен последовательности нуклеиновой кислоты-мишени. Олигонуклеотид является комплементарным последовательности нуклеиновой кислоты-мишени, если достаточное количество комплементарных положений в олигонуклеотиде и нуклеиновой кислоте-мишени заняты комплементарными азотистыми основаниями, которые могут образовывать водородные связи друг с другом, в результате чего происходит специфическое связывание между олигонуклеотидом и нуклеиновой кислотой-мишенью. Например, аденин и тимин являются комплементарными азотистыми основаниями, которые формируют пару путем образования водородных связей. Гибридизация может происходить в различных условиях. В данной области техники понимают, что последовательность антисмыслового олигонуклеотида необязательно должна включать нуклеотиды, на 100% комплементарные нуклеотидам нуклеиновой кислоты-мишени, чтобы они могли гибридизоваться. В антисмысловом олигонуклеотиде могут гибридизоваться один или более нуклеотидов, и при этом встроенные или соседние нуклеотиды не участвуют в гибридизации. Фрагмент олигонуклеотида в антисмысловом олигонуклеотиде согласно настоящему изобретению предпочтительно должен иметь последовательность, по меньшей мере на 70% комплементарную целевому участку в нуклеиновой кислоте-мишени, более предпочтительно они должны иметь на 85% или 90% комплементарную последовательность и еще более предпочтительно иметь последовательность, на 95% комплементарную целевому участку в последовательности нуклеиновой кислоты-мишени.

В определенном варианте реализации олигомер согласно изобретению применяют для предупреждения или лечения заболевания, где олигомер может влиять на репликацию, трансляцию, транскрипцию, транслокацию, каталитическую активность, образование комплексов, сплайсинг или целостность нуклеиновой кислоты-мишени. В определенном варианте реализации олигомер согласно изобретению применяют для предупреждения или лечения заболевания, где олигомер может связываться с нуклеиновой кислотой-мишенью, понижать регуляцию экспрессии нуклеиновой кислоты-мишени, стерически блокировать последовательность нуклеиновой кислоты-мишени или запускать интерференцию нуклеиновой кислоты, заглушать ген, разрушать или нуклеиновую кислоту-мишень или запускать пропуск экзона. В предпочтительном варианте реализации олигомер согласно изобретению применяют для предупреждения или лечения заболевания, где олигомер может связываться с нуклеиновой кислотой-мишенью и понижать регуляцию экспрессии указанной нуклеиновой кислоты-мишени. В другом предпочтительном варианте реализации олигомер согласно изобретению применяют для предупреждения или лечения заболевания, где олигомер может связываться с нуклеиновой кислотой-мишенью, стерически блокировать указанную нуклеиновую кислоту-мишень и запускать пропуск экзона в указанной нуклеиновой кислоте-мишени. В предпочтительном варианте реализации указанная нуклеиновая кислота-мишень представляет собой ДНК или РНК. РНК предпочтительно представляет собой пре-мРНК (препроцессированная матричная РНК или предшественник матричной РНК) или созревшую РНК. РНК может представлять собой мРНК или функциональную форму некодирующей РНК, такую как длинная некодирующая РНК, микро-РНК, малая интерферирующая РНК, малая ядрышковая РНК, Piwi-взаимодействующая РНК, малая РНК, полученная из тРНК, РНК, полученная из малой рДНК, рРНК или тРНК. В определенном варианте реализации олигомер согласно изобретению применяют для предупреждения или лечения заболевания, где олигомер может изменять процесс сплайсинга в нуклеиновой кислоте-мишени, где предпочтительно нуклеиновая кислота-мишень представляет собой пре-мРНК. Предпочтительно указанный олигомер может запускать пропуск экзона в пре-мРНК-мишени. «Экзон» относится к определенному фрагменту нуклеиновой кислоты, который кодирует белок, или к последовательности нуклеиновой кислоты, которая присутствует в созревшей форме молекулы РНК после удаления фрагментов пре-мРНК в результате сплайсинга.

В дополнительном варианте реализации олигомер согласно изобретению применяют в качестве лекарственного средства для предупреждения или лечения заболевания, где указанное заболевание представляет собой генетическое заболевание. В предпочтительном варианте реализации олигомер согласно изобретению применяют в качестве лекарственного средства для предупреждения или лечения заболевания, где указанное заболевание представляет собой мышечную дистрофию, предпочтительно мышечную дистрофию Дюшенна. В другом предпочтительном варианте реализации олигомер для применения в качестве лекарственного средства для предупреждения, лечения или диагностики заболевания представляет собой последовательность нуклеиновой кислоты SEQ ID NO: 21 или последовательность нуклеиновой кислоты SEQ ID NO: 24, предпочтительно последовательность нуклеиновой кислоты SEQ ID NO: 24, и где заболевание представляет собой мышечную дистрофию, предпочтительно мышечную дистрофию Дюшенна. Олигомеры согласно изобретению и, в частности, SEQ ID NO: 24 сохраняют хорошую аффинность в отношении РНК, и олигомеры, состоящие из соединений формулы (V), вероятно, придают значительно улучшенную биологическую стабильность по сравнению с соответствующей природной ДНК. Кроме того, нуклеиновая кислота с SEQ ID NO: 24 не активирует в значительной степени комплемент, а активация комплемента представляет собой важный токсический ответ, часто связанный с применением in vivo антисмысловых олигонуклеотидов. Таким образом, олигомеры согласно изобретению, предпочтительно олигомеры, содержащие или предпочтительно состоящие из соединений формулы (V), являются многообещающими антисмысловыми агентами. Наконец, олигомеры, состоящие из соединений формулы (V), предпочтительно нуклеиновая кислота с SEQ ID NO: 24, могут с высокой активностью запускать пропуск экзона 23, двойной пропуск экзонов 22 и 23. Эти многообещающие результаты указывают на то, что олигомеры согласно изобретению, в частности олигомеры, состоящие из соединений формулы (V), удовлетворяют условиям для индуцирования высокоактивного терапевтического эффекта у пациентов, страдающих от мышечной дистрофии, такой как дистрофия Дюшенна.

Согласно другому аспекту в настоящем изобретении предложен олигомер согласно изобретению для применения в качестве лекарственного средства для предупреждения или лечения заболевания.

Согласно дополнительному аспекту олигомер согласно изобретению применяют для диагностики заболевания. Согласно дополнительному аспекту олигомер согласно изобретению применяют в качестве лекарственного средства для диагностики заболевания. В другом предпочтительном варианте реализации олигомер согласно изобретению применяют для получения лекарственного средства для диагностики заболевания. В изобретении предложен способ диагностики заболевания у пациента. Указанная постановка диагноза или указанная диагностика включает

(i) введение эффективного количества олигомера согласно изобретению пациенту, где олигомер является меченным, и

(ii) неинвазивную или инвазивную, предпочтительно неинвазивную, визуализацию in vivo меченного олигомера, или

(i') получение образца у пациента,

(ii') добавление олигомера согласно изобретению в образец, где олигомер является меченным, и

(iii') анализ образца для определения связывания меченного олигомера с нуклеиновыми кислотами, содержащимися в образце. В предпочтительном варианте реализации олигомер согласно изобретению, применяемый при диагностике заболевания, представляет собой олигонуклеотид, более предпочтительно антисмысловой олигонуклеотид. Образец, полученный у пациента, представляет собой кровь, сыворотку, спинномозговую жидкость или образец ткани. Термин «меченный олигомер» в настоящем документе относится к олигомеру, содержащему метку. Предпочтительно метка выбрана из флуоресцентной метки, красителя, репортерной группы или радиоактивной метки.

Согласно дополнительному аспекту в изобретении предложена фармацевтическая композиция, содержащая по меньшей мере одно соединение, выбранное из формулы (I), (II) или (III). Согласно дополнительному аспекту в изобретении предложена фармацевтическая композиция, содержащая по меньшей мере один олигомер согласно изобретению. В предпочтительном варианте реализации указанная фармацевтическая композиция содержит один или более олигомеров согласно изобретению, где по меньшей мере один из указанных одного или более олигомеров представляет собой олигонуклеотид, более предпочтительно антисмысловой олигонуклеотид. В предпочтительном варианте реализации фармацевтическая композиция содержит терапевтически эффективное количество по меньшей мере одного соединения формулы (I), (II) или (III) или по меньшей мере одного олигомера согласно изобретению, предпочтительно совместно с одним или более фармацевтически приемлемыми носителями. В одном из вариантов реализации стандартная доза фармацевтической композиции согласно изобретению содержит от примерно 1 микрограмма до 20000 микрограммов олигомера или соединения формулы (I), (II) или (III) на дозу и предпочтительно от примерно 10 до 1000 микрограммов. Для внутривенной доставки стандартная доза фармацевтического состава содержит предпочтительно от 0,5 до 500 микрограммов на кг массы тела, более предпочтительно от 5 до 300 микрограммов олигомера согласно изобретению на кг массы тела. В фармацевтических композициях согласно изобретению олигомер или соединение формулы (I), (II) или (III) обычно присутствует в количестве примерно 0,5-95% по массе в пересчете на общую массу композиции.

В предпочтительном варианте реализации фармацевтическая композиция, содержащая по меньшей мере одно соединение формулы (I), (II) или (III) или по меньшей мере один олигомер согласно изобретению, дополнительно содержит по меньшей мере один фармацевтически приемлемый носитель. Термин «фармацевтически приемлемый носитель» в настоящем документе обозначает фармацевтически приемлемое вещество, композицию или носитель, такое как жидкий или твердый наполнитель, разбавитель, вспомогательное вещество, технологическая добавка (например, смазывающее вещество, тальк, стеарат магния, кальция или цинка или стеариновая кислота) или материал, инкапсулирующий растворитель. Фармацевтически приемлемый носитель можно применять для переноса или транспорта предложенного соединения из одного органа или фрагмента организма в другой. Способы доставки нуклеиновых кислот описаны, например, в Akhtar et al., 1992, Trends Cell Bio., 2:139; и Delivery Strategies for Antisense Oligonucleotide Therapeutics, ред. Akhtar; Sullivan et al., PCT WO 94/02595. Указанные и другие протоколы можно применять для доставки практически любых молекул нуклеотидов или нуклеиновых кислот, включая соединение формулы (I), (II) или (III) и олигомеры согласно настоящему изобретению. В изобретении также предложена фармацевтическая композиция согласно изобретению, дополнительно содержащая ингибиторы Р-гликопротеина (такие как Pluronic Р85), которые могут способствовать поступлению лекарственных средств в различные ткани; биоразлагаемые полимеры, такие как микросферы поли-(DL-лактида-гликолида) для доставки с замедленным высвобождением после имплантации (Emerich, DF et al., 1999, Cell Transplant, 8, 47-58, Alkermes, Inc. Cambridge, Mass); наночастицы, такие как те, что получены из полибутилцианоакрилата, которые могут доставлять лекарственные средства через гематоэнцефалический барьер и изменять механизмы клеточного захвата (Prog Neuropsychopharmacol Biol Psychiatry, 23, 941-949, 1999); или липосомы, содержащие полиэтиленгликоль-липиды.

Введение фармацевтической композиции, соединения формулы (I), (II) или (III) или олигомера согласно изобретению можно проводить с использованием различных механизмов, известных в данной области техники. В предпочтительном варианте реализации фармацевтическую композицию, соединение формулы (I), (II) или (III) или олигомер согласно изобретению вводят местно или системно. В предпочтительном варианте реализации фармацевтическую композицию, соединение формулы (I), (II) или (III) или олигомер согласно изобретению вводят перорально (например, в виде водного или неводного раствора или суспензии, таблетки, болюса, порошка, гранулы, пасты), парентерально (например, путем подкожной, внутримышечной, внутривенной, интраперитонеальной или эпидуральной инъекции, например, в виде стерильного раствора или суспензии или состава с замедленным высвобождением), местно (например, в виде крема, мази или пластыря с замедленным высвобождением или распыляемого состава), внутривагинально или интраректально (например, в виде пессария, крема или пены), подъязычно, внутрь глаза, чрескожно, интраназально, внутриклеточно или путем прямой местной инъекции в опухоль. В предпочтительном варианте реализации фармацевтическую композицию, содержащую олигомер согласно изобретению применяют для понижения регуляции экспрессии нуклеиновой кислоты-мишени, стерического блокирования последовательности нуклеиновой кислоты-мишени или запуска интерференции нуклеиновой кислоты, сайленсинга гена, разрушения или пропуска экзона в нуклеиновой кислоте-мишени.

Согласно дополнительному аспекту олигомер согласно изобретению применяют in vitro для связывания с последовательностью нуклеиновой кислоты-мишени. В предпочтительном варианте реализации олигомер согласно изобретению применяют in vitro для понижения регуляции экспрессии нуклеиновой кислоты-мишени, стерического блокирования последовательности нуклеиновой кислоты-мишени или запуска интерференции нуклеиновой кислоты, сайленсинга гена, разрушения или пропуска экзона в нуклеиновой кислоте-мишени. В определенном варианте реализации олигомер согласно изобретению применяют in vitro для изменения репликации, трансляции, транскрипции, транслокации, каталитической активности, образования комплексов, сплайсинга или целостности нуклеиновой кислоты-мишени. В предпочтительном варианте реализации олигомер согласно изобретению применяют in vitro для связывания с нуклеиновой кислотой-мишенью, где в Ǻуказанной нуклеиновой кислоте-мишени запускается пропуск экзона. В предпочтительном варианте реализации в настоящем изобретении предложен способ in vitro понижения регуляции экспрессии гена-мишени в цитозоле клетки путем доставки олигомера согласно изобретению через клеточную мембрану. В предпочтительном варианте реализации нуклеиновая кислота-мишень представляет собой ДНК, пре-мРНК или созревшую мРНК.

Согласно дополнительному аспекту в изобретении предложен способ твердофазного синтеза олигомера согласно изобретению, включающий применение любого из соединений формулы (I)-(VI).

ПРИМЕРЫ

Общие способы

Все реакции проводили в высушенной стеклянной лабораторной посуде в инертной атмосфере аргона. Безводные растворители для проведения реакций получали путем фильтрования через активированный оксид алюминия или при хранении над молекулярными ситами (4 Ǻ). Колоночную хроматографию (КХ) проводили на силикагеле (SiliaFlash Р60, 40-63 мкм, 60 Ǻ). Метанол, применяемый в КХ, имел степень чистоты для ВЭЖХ, все другие растворители, применяемые в КХ, имели техническую степень чистоты и перегонялись перед использованием. Тонкослойную хроматографию проводили на пластинах с силикагелем (Macherey-Nagel, пластины для ТСХ с предварительно нанесенным покрытием Sil G-25 УФ254). Соединения визуализировали под УФ-лампой или путем погружения пластин в окрашивающий раствор с n-анисальдегидом [n-анисальдегид (3,7 мл), ледяная уксусная кислота (3,7 мл), концентрированная серная кислота (5 мл), этанол (135 мл)] и последующего нагревания феном. Спектры ЯМР получали при 300 или 400 МГц ¹Н), при 75 или 101 МГц (¹³С) и при 122 МГц (³¹Р) в CDCl₃, CD₃OD или CD₃CN. Химические сдвиги (δ) указаны относительно пика остаточного немодифицированного растворителя [CDCl₃: 7,26 ppm (¹H), 77,16 ppm (¹³С); CD₃OD: 3,31 ppm (¹H), 49,00 ppm (¹³С)]. Сигналы присваивали на основании APT и DEPT и экспериментов по определению корреляции ¹H, ¹H и ¹H, ¹³С (COSY, HSQC, НМВС). Массовую спектрометрию с высоким разрешением проводили с использованием ионизации электронным распылением в режиме детектирования положительных ионов (ионная ловушка, ИЭР⁺).

В разделе примеров для простоты указанные нуклеотиды или нуклеозиды относятся к бета-аномерам, если они конкретно не обозначены как альфа-аномеры. Кроме того, в соответствии с вышеуказанным, олигомеры или олигонуклеотиды, указанные в разделе примеров, содержат бета-аномеры, если конкретно не указано, что они содержат альфа-аномеры.

Температура плавления

Эксперименты для определения УФ-плавления проводили на спектрофотометре в УФ/видимой области спектра Varian Cary Bio 100. Эксперименты проводили при концентрации дуплекса 2 мкМ, 10 мМ NaH₂PO₄, 0 М - 150 мМ NaCl (альфа-аномер) или 0,05 М - 1,00 М NaCl (бета-аномер), рН доводили до 7,0. Образцы защищали от испарения с использованием защитного слоя диметилполисилоксана. Отслеживали поглощение при 260 нм. В каждом эксперименте проводили три цикла охлаждения-нагревания с температурным градиентом 0,5°С/мин. Определяли максимальные значения для первой производной кривой при помощи программного обеспечения Varian WinUV и указывали значения Т_пл как среднее для шести процедур изменения температуры.

Спектроскопия кругового дихроизма

Спектры КД получали на спектрополяриметре Jasco J-715, оборудованном регулятором температуры Jasco PFO-350S. Условия исследования образцов были такими же, что и в экспериментах для определения УФ-плавления. Спектры получали в диапазоне от 210 до 320 нм со скоростью 50 нм/мин, температуру измеряли непосредственно в образце. В каждом эксперименте исследовали пустой образец, который имел такие же концентрации солей, что и исследуемый образец. Указанные спектры получали с использованием сглаженного среднего спектра для трех сканов, из которого вычитали соответствующий спектр пустого образца.

ПРИМЕР 1

Синтез предложенных соединений

(Общий обзор)

Бициклические остовы 7 и 10, предназначенные для последующего синтеза нуклеозидов, можно получать из описанного ранее промежуточного соединения 1 ( M.; Bolli, М.; Schweizer, В.; Leumann, С. Helv. Chim. Acta 1993, 76, 481) (схема 1). Эпоксидное кольцо в 1 эффективно раскрывали путем внутримолекулярной элиминации, опосредованной LiHMDS, при -78°С с получением ненасыщенного сложного эфира 2 с хорошим выходом. Последующее катализируемое никелем восстановление 2 с использованием NaBH₄, которое происходило специфически с выпуклой стороны бициклической структуры ядра, приводило к получению сложного эфира 3 в качестве единственного поддающегося обнаружению диастереомера. Затем гидроксильную функциональную группу в 3 защищали с использованием TBDPS с получением 4 с количественным выходом. Затем промежуточное соединение 4 восстанавливали с использованием DIBAL при -78°С с получением альдегида 5. Затем ацетонидную защитную группу в 5 гидролизовали в мягких условиях с использованием In(OTf)₃ в качестве катализатора (Golden, K.С; Gregg, В.Т.; Quinn, J.F. Tetrahedron Lett. 2010, 51, 4010) в смеси MeCN и H₂O, и полученный бициклический гемиацеталь превращали в метилгликозид 6 путем простой замены растворителя на МеОН. Затем соединение 6 ацетилировали с получением защищенного предшественника 7, который использовали для синтеза соответствующих пуриновых нуклеозидов по методу Ворбрюггена.

Схема 1: (a) LiHMDS, ТГФ, -78°С, 2 ч, 74%; (b) NaBH₄, NiCl₂, EtOH, 0°С → комн. темп., 2 ч, 90%; (с) TBDPSCl, I₂, N-метилимидазол, ТГФ, комн. темп., 3 ч, колич.; (d) DiBAL-H, CH₂Cl₂, -78°С, 90 мин, 89%; (е) i) In(OTf)₃, MeCN/H₂O, комн. темп., 48 ч, ii) МеОН, 6 ч, 81%; (f) Ac₂O, DMAP, ДХМ, комн. темп., 2 ч, 96%; (g) i) TMSOTf, 2,6-лутидин, ДХМ, комн. темп., 60 мин, ii) TBAF, ТГФ, 0°С, 20 мин, 92%; (h) DMTr-Cl, AgOTf, ДХМ/лутидин, комн. темп., 4 ч, 93%; (i) TBAF, ТГФ, комн. темп., 20 ч, колич. Синтез предпочтительных пиримидиновых нуклеозидов согласно настоящему изобретению включал хорошо изученное β-стереоселективное индуцируемое NIH присоединение азотистых оснований к соответствующему бициклическому гликалю (Medvecky, М.; Istrate, A.; Leumann, С.J.J. Org. Chem. 2015, 80, 3556; Dugovic, В.; Leumann, С.J. Journal of Organic Chemistry 2014, 79, 1271; Lietard, J.; Leumann, C.J.J. Org. Chem. 2012, 77, 4566). Сначала для встраивания азотистого основания тимина проводили индуцируемое N-йодсукцинимидом (NIS) нуклеозидирование непосредственного предшественника гликаля 8, где R₁=TMS, который легко получали из 6 путем обработки только TMSOTf. Такой подход приводил к стереоселективному образованию соответствующего β-нуклеозида, тем не менее, содержащего значительное 7% количество примесного α-аномера, который невозможно было отделить стандартными способами хроматографии. Было сделано предположение о том, что β-селективность может быть повышена за счет увеличения стерического объема R₁ и уменьшения размера R₂, как в гликале 10. Это может способствовать первоначальному α-присоединению электрофильного йода по положению С(4). Для этого соединение 6 превращали в гликаль 8 с использованием TMSOTf, затем проводили краткосрочную обработку TBAF для селективного удаления свежевстроенной группы TMS. Затем промежуточное соединение 8 превращали в диметокситритильное соединение 9, в котором удаляли TBDPS-защитную группу с получением целевого компонента сахара 10.

NIS-нуклеозидирование защищенного TMS in situ гликаля 10 и последующее радикальное восстановление йодидного промежуточного соединения с использованием Bu₃SnH приводили к получению DMTr-защищенного производного тимидина 11 с хорошим выходом, содержащего только следовые количества (<2% согласно ¹Н ЯМР) α-аномера (схема 2). Конечное фосфорилирование 2-цианоэтил-N,N,N',N'-тетраизопропилфосфордиамидитом приводило к получению строительного блока тимидин-фосфорамидита 12. Синтез нуклеозида, содержащего 5-метилцитозин, проводили путем конверсии основного тимина. Для этого в нуклеозид 11 вводили защиту TMS и превращали его в соответствующий триазолид путем обработки 1,2,4-триазолом и POCl₃. Последующая обработка полученного триазолида в смеси аммиака и 1,4-диоксана приводила к получению соответствующего нуклеозида, содержащего 5-метилцитозин, в который непосредственно вводили защиту Bz₂O с получением 13 с выходом 88% за три стадии. Фосфорамидит 14 получали путем фосфитилирования, как описано выше.

Схема 2: (a) i) тимин, BSA, NIS, ДХМ, комн. темп., 7 ч; ii) Bu₃SnH, AIBN, толуол, 70°С, 30 мин, 73%; (b) 2-цианоэтил-N,N,N',N'-тетраизопропилфосфордиамидит, ЕТТ, ДХМ, комн. темп., 30 мин, 70% для 12, 75% для 14; (с) i) BSA, триазол, POCl₃, Et₃N, CH₃CN, комн. темп., 5 ч, ii) 1,4-диоксан/NH₄OH, комн. темп., 2 ч, iii) Bz₂O, Et₃N, ДМФ, комн. темп., 20 ч, 88%.

Классическое нуклеозидирование по Ворбрюггену, которое проводили для встраивания пуриновых азотистых оснований, в общем случае преимущественно приводило к образованию α-нуклеозидов. Конверсия предшественника 7 с использованием N⁶-бензоиладенина или 2-амино-6-хлорпурина приводила к получению неразделимой смеси аномеров 15 и 20, соответственно, с отношением α/β 4:1 и 7:3 (схема 3). Разделение аномеров становилось возможным после деацетилирования с получением чистых β-аномеров 16 и 21. При использовании данных соединений строительный блок аденина 19 можно получать путем стандартного диметокситритилирования (→17), последующего опосредованного TBAF отщепления силильной защитной группы (→19) и фосфитилирования. Для синтеза строительного блока гуанина требовалась конверсия азотистого основания 2-амино-6-хлорпурина. Ее проводили путем обработки 21 3-гидроксипропаннитрилом и TBD и последующей защиты 2-аминогруппы с использованием ДМФ, в результате чего получали защищенные производные гуанозина 22. Используя последовательность химических реакций, как описано выше, проводили синтез строительного блока гуанина 25 путем диметокситритилирования (→23), последующего удаления силильной защитной группы (→24) и фосфитилирования.

Схема 3: (а) N⁶-бензоиладенин, BSA, TMSOTf, MeCN, 70°С, 20 мин, 64%; (b) NaOH, ТГФ/МеОН/H₂O, 0°С, 20 мин, 69%; (с) DMTr-Cl, пиридин, комн. темп., 24 ч, 87%; (d) TBAF, ТГФ, комн. темп., 48 ч, 87%; (е) СЕР-Cl, DIPEA, ТГФ, комн. темп., 2 ч, 71%; (f) 2-амино-6-хлорпурин, BSA, TMSOTf, MeCN, 55°С, 50 мин, 77%; (g) NaOH, ТГФ/МеОН/H₂O, 0°С, 20 мин, 85%; (i) i) TBD, 3-гидроксипропаннитрил, ДХМ, 48 ч, ii) диметилацеталь N,N-диметилформамида, ДМФ, 55°С, 2 ч, 73%; (j) DMTr-Cl, пиридин, комн. темп., 18 ч, 70%; (к) TBAF, ТГФ, комн. темп., 7 ч, 87%; (l) 2-цианоэтил-N,N,N',N'-тетраизопропилфосфордиамидит, ЕТТ, ДХМ, комн. темп., 50 мин, 69%.

Была разработана схема синтеза четырех предпочтительных фосфорамидитных строительных блоков согласно настоящему изобретению с использованием защищенного сахара 7 в качестве исходного соединения. Обработка смеси сахара 7 и силилированного in situ тимина с использованием TMSOTf приводила к эффективному образованию нуклеотида 35, имеющего предпочтительное отношение аномеров α/β примерно 85:15 (которое определяли путем ¹Н ЯМР) (схема 4). Последовательность химических реакций, которая приводит к получению тимидин-фосфорамидита, содержащего группу DMTr в положении 5', не позволяет разделять аномеры стандартными хроматографическими способами. Таким образом, для введения модификации с обращенной полярностью в цепи ДНК группу DMTr вводили в положение 7'. Для этого удаляли силильную группу в 35 путем краткосрочной обработки TBAF (→36), затем проводили стандартное диметокситритилирование (→37). Разделение двух аномеров становилось возможным после проведения стандартного деацетилирования, в результате чего получали чистый а-аномер 38. Строительный блок тимидина 39 в итоге получали путем фосфитилирования 2-цианоэтил-N,N,N',N'-тетраизопропилфосфордиамидитом в присутствии 5-(этилтио)-1Н-тетразола. Промежуточное соединение 38 также обеспечивает короткий путь для получения нуклеозида, содержащего 5-метилцитозин, путем превращения защищенного TMS in situ нуклеозида 38 в соответствующий триазолид с использованием POCl₃ и 1,2,4-триазола и последующей обработки смесью аммиака и 1,4-диоксана. Прямое введение защиты с использованием Bz₂O в ДМФ приводило к эффективному образованию нуклеозида 40, в этом время отщеплялась лабильная силильная группа. Конечное фосфитилирование в условиях, таких как описано выше, приводило к получению 5-метилцитидин-фосфорамидита 41.

Схема 4: (а) тимин, BSA, TMSOTf, MeCN, комн. темп., 18 ч, 82%; (b) TBAF, ТГФ, 2 ч, 75%; (с) DMTr-Cl, пиридин, комн. темп., 24 ч, 96%; (d) K₂CO₃, МеОН, 3 ч, 86%; (е) 2-цианоэтил-N,N,N',N'-тетраизопропилфосфордиамидит, ЕТТ, ДХМ, комн. темп., 1 ч, 81% для 39, 30 мин, 80% для 41; f) i) BSA, 1,2,4-триазол, POCl₃, Et₃N, MeCN, комн. темп., 7 ч, ii) 1,4-диоксан/NH₄OH, комн. темп., 3 ч, iii) Bz₂O, Et₃N, ДМФ, комн. темп., 18 ч, 83%.

В случае пуриновых азотистых оснований введение пуринов проводили путем краткосрочного нуклеозидирования при незначительно повышенной температуре с использованием N⁶-бензоиладенина или 2-амино-6-хлорпурина, в результате чего получали нуклеозиды 15 и 20, соответственно, с отношением α/β 4:1 и 7:3 (схема 5). Для разделения аномеров удаляли ацетильные группы в мягких условиях с получением чистых α-аномеров 42 и 48. Для получения строительного блока аденозина повторно вводили ацетил-защитную группу (→ 43), удаляли TPDPS-защитную группу с использованием TBAF (→ 44), затем проводили стандартное диметокситритилирование (→ 45). Селективное удаление защитной ацетильной группы (→ 46) и последующее фосфитилирование в условиях, описанных выше, приводили к получению строительного блока аденина 47.

В случае строительного блока гуанина после разделения двух аномеров 6-хлорпурин превращали в азотистое основание гуанин путем обработки TBD и 3-гидроксипропаннитрилом, в результате чего получали нуклеозид гуанозин 49. Во время ацетилирования в течение 48 часов происходила сопутствующая защита 5'-гидрокси- и 2-аминогрупп, в результате чего получали защищенный нуклеозид 50. Аналогично приведенному выше описанию встраивали группу DMTr путем удаления силильной защитной группы с использованием TBAF (→ 51), последующего диметокситритилирования (→ 52). Две ацетильные группы удаляли путем обработки K₂CO₃ и в полученный полярный продукт напрямую вводили защиту ДМФ с получением нуклеозида гуанозина 53. Конечное фосфитилирование приводило к получению строительного блока 54.

Схема 5: а) N⁶-бензоиладенин, BSA, TMSOTf, MeCN, 70°С, 20 мин, 64%; (b) NaOH, ТГФ/МеОН/H₂O, 0°С, 20 мин, 51% α-аномера, 18% β-аномера; (с) Ac₂O, DMAP, ДХМ, комн. темп., 18 ч, 90%; (d) TBAF, ТГФ, комн. темп., 3,5 ч, 90%; (е) DMTr-Cl, пиридин, комн. темп., 24 ч, 89%; (f) NaOH, ТГФ/МеОН/H₂O, 0°С, 30 мин, 94% (g) 2-цианоэтил-N,N,N',N'-тетраизопропилфосфордиамидит, ЕТТ, ДХМ, комн. темп., 1 ч, 77% для 47, 50 мин, 67% для 54; (h) 2-амино-6-хлорпурин, BSA, TMSOTf, MeCN, 55°С, 50 мин, 77%; (i) NaOH, ТГФ/МеОН/H₂O, 0°С, 20 мин, 85%; (j) TBD, 3-гидроксипропаннитрил, ДХМ, 48 ч, 87%; (k) Ас₂О, DMAP, ДХМ, комн. темп., 48 ч, 76%; (1) TBAF, ТГФ, комн. темп., 4 ч, 87%; (m) DMTr-Cl, пиридин, комн. темп., 48 ч, 99%; (n) i) K₂CO₃, МеОН, комн. темп., 7 ч, ii) диметилацеталь N,N-диметилформамида, ДМФ, 55°С, 2 ч, 77%.

ПРИМЕР 2

Этил-(Е и Z,1'R,5'S,7'R)-(7'-гидрокси-3',3'-диметил-2',4'-диоксабицикло[3.3.0]окт-6'-илиден)ацетат (2а/b)

Раствор эпоксида 1 (4,46 г, 18,4 ммоль) в сухом ТГФ (100 мл) охлаждали до -78°С. Затем медленно добавляли LiHMDS (1М в ТГФ, 22,1 мл, 22,1 ммоль). Перемешивали раствор в течение 2 часов при -78°С, после чего оставляли нагреваться до комн. темп. и нейтрализовали путем добавления 1М водной HCl (22,1 мл). Затем смесь разбавляли EtOAc (100 мл) и удаляли ТГФ при пониженном давлении. Затем промывали смесь 0,5 М NaH₂PO₄ (50 мл) и экстрагировали водную фазу EtOAc (2×50 мл). Объединенные органические фазы сушили над MgSO₄, фильтровали и упаривали. Неочищенный продукт очищали путем КХ (EtOAc/гексан 3:1) с получением двух изомеров 2а/b (3,30 г, 74%) в виде светло-желтого твердого вещества.

Данные для 2а: R_f=0,37 (EtOAc/гексан 1:1);

¹Н ЯМР (300 МГц, CDCl₃) δ 6,07-5,98 (m, 1H, Н-С(2)), 5,59 (d, J=6,0 Гц, 1H, Н-С(5')), 4,94-4,81 (m, 1H, Н-С(1')), 4,65 (t, J=5,6 Гц, 1Н, Н-С(7')), 4,18 (q, J=7,1 Гц, 2Н, CH₃CH₂), 2,67 (шир., 1H, ОН), 2,37 (dd, J=13,5, 7,5 Гц, 1H, Н-С(8')), 1,55-1,42 (m, 1H, Н-С(8')), 1,40, 1,33 (2s, 6Н, (CH₃)₂С), 1,26 (t, J=7,1 Гц, 3H, CH₂CH₃).

¹³С ЯМР (75 МГц, CDCl₃) δ 165,75 (С(1)), 161,61 (С(6')), 116,53 (С(2)), 110,69 (С(3')), 76,55 (С(5')), 75,52 (С(1')), 71,63 (С(7')), 60,51 (СН₂СН₃), 37,46 (С(8')), 26,44, 24,11 ((CH₃)₂С), 14,27 (СН₂СН₃).

ИЭР⁺-МСВР m/z, расчет для C₁₂H₁₉O₅ ([М+Н]⁺) 243,1227, эксперимент 243,1231.

Данные для 2b: R_f=0,52 (EtOAc/гексан 1:1);

¹H ЯМР (300 МГц, CDCl₃) δ 6,15-6,05 (m, 1Н, Н-С(2)), 5,37-5,02 (m, 2Н, Н-С(5'), ОН), 4,87 (d, J=3,4 Гц, 1H, Н-С(1')), 4,67 (t, J=4,9 Гц, 1H, Н-С(7')), 4,20 (qd, J=7,1, 0,9 Гц, 2Н, CH₃CH₂), 2,55 (dd, J=14,6, 8,1 Гц, 1H, Н-С(8')), 1,94-1,77 (m, 1H, Н-С(8')), 1,39-1,25 (m, 9Н, (CH₃)₂С, CH₂CH₃).

¹³С ЯМР (75 МГц, CDCl₃) δ 167,91 (С(1)), 167,43 (С(6')), 120,13 (С(2)), 111,75 (С(3')), 81,62 (С(5')), 78,08 (С(1')), 70,85 (С(7')), 61,25 (СН₂СН₃), 36,53 (С(8')), 27,38, 25,45 ((CH₃)₂С), 14,19 (СН₂СН₃).

ИЭР⁺-МСВР m/z, расчет для C₁₂H₁₉O₅ ([М+Н]⁺) 243,1227, эксперимент 243,1227.

ПРИМЕР 3

Этил-(1'R,5'S,6'S,7'R)-(7'-гидрокси-3',3'-диметил-2',4'-диоксабицикло[3.3.0]окт-6'-ил)ацетат (3)

В раствор спиртов 2а/b (12,65 г, 52,2 ммоль) и гексагидрата хлорида никеля (2,48 г, 10,4 ммоль) в EtOH (300 мл) по частям добавляли боргидрид натрия (9,88 г, 261 ммоль) при 0°С. Полученный темный раствор перемешивали в течение 30 минут при 0°С и 90 минут при комн. темп.. Затем осторожно концентрировали для удаления EtOH при пониженном давлении, разбавляли полученное твердое вещество EtOAc (200 мл) и гасили избыток NaBH₄ путем добавления воды (100 мл) при 0°С, затем перемешивали при комн. темп. в течение 30 минут. Затем разделяли две фазы. Органическую фазу промывали водой (100 мл). Затем объединяли водные фазы, фильтровали и экстрагировали EtOAc (2×100 мл). Объединенные органические фазы сушили над MgSO₄, фильтровали и концентрировали. Неочищенный продукт очищали путем КХ (EtOAc/гексан 2:1) с получением 3 (11,4 г, 90%) в виде белого твердого вещества.

Данные для 3: R_f=0,40 (EtOAc/гексан 1:1);

¹Н ЯМР (300 МГц, CDCl₃) δ 4,65-4,52 (m, 2Н, H-C(1'), Н-С(5')), 4,15 (qd, J=7,1, 1,4 Гц, 2Н, CH₃CH₂), 4,05 (ddd, J=10,0, 9,99, 6,2 Гц, 1Н, Н-С(7')), 2,86 (шир. s, 1H, ОН), 2,65 (qd, J=16,9, 7,1 Гц, 2Н, Н-С(2)), 2,24 (dd, J=13,7, 6,2 Гц, 1Н, Н-С(8')), 1,93 (dt, J=12,7, 7,1 Гц, 1H, Н-С(6')), 1,56 (ddd, J=13,9, 10,2, 5,5 Гц, 1Н, Н-С(8')), 1,38 (s, 3H, (CH₃)₂С), 1,30-1,21 (m, 6Н, (CH₃)₂С, CH₂CH₃).

¹³С ЯМР (75 МГц, CDCl₃) δ 174,38 (С(1)), 109,06 (С(3')), 79,65 (С(5')), 77,19 (С(1'), 74,32 (С(7'), 60,80 (СН₂СН₃), 46,66 (С(6')), 40,38 (С(8')), 32,43 (С(2)), 26,00, 23,69 ((CH₃)₂С), 14,17 (СН₂СН₃).

ИЭР⁺-МСВР m/z, расчет для C₁₂H₂₁O₅ ([М+Н]⁺) 245,1384, эксперимент 245,1388.

ПРИМЕР 4

Этил-(1'R,5'S,6'S,7'R)-(7'-(трет-бутилдифенилсилил)окси)-3',3'-диметил-2',4'-диоксабицикло[3.3.0]окт-6'-ил)ацетат (4)

В раствор спирта 3 (2,50 г, 10,2 ммоль), N-метилимидазола (12,6 г, 153 ммоль) и йода (7,80 г, 30,6 ммоль) в сухом ТГФ (60 мл) по каплям добавляли трет-бутил(хлор)дифенилсилан (3,0 мл, 11,2 ммоль) при комн. темп.. Перемешивали раствор в течение 3 часов при комн. темп., а затем выпаривали ТГФ, разбавляли смесь EtOAc (50 мл) и промывали 10% водным Na₂O₃S₂ (2×40 мл). Затем объединяли водные фазы и экстрагировали EtOAc (50 мл). Объединенные органические фазы сушили над MgSO₄, фильтровали и выпаривали. Неочищенный продукт очищали путем КХ (EtOAc/гексан 1:10) с получением 4 (5,01 г, количественный выход) в виде белого твердого вещества.

Данные для 4: R_f=0,87 (ДХМ/МеОН 10:1);

¹Н ЯМР (300 МГц, CDCl₃) δ 7,77-7,59 (m, 4Н, Н-аром.), 7,51-7,32 (m, 6Н, Н-аром.), 4,61 (t, J=5,7 Гц, 1H, Н-С(5')), 4,49 (t, J=5,7 Гц, 1H, Н-С(1')), 4,15 (q, J=6,9 Гц, 2Н, CH₃CH₂), 3,96 (dd, J=15,5, 9,5 Гц, 1Н, Н-С(7')), 2,64-2,32 (m, 2Н, Н-С(2)), 2,15 (tt, J=9,0, 4,3 Гц, 1H, Н-С(6')), 1,83 (dd, J=12,7, 5,2 Гц, 1H, Н-С(8')), 1,61-1,45 (m, 1H, Н-С(8')), 1,27 (td, J=7,1, 1,9 Гц, 3H, CH₂CH₃), 1,18 (s, 6Н, (CH₃)₂С), 1,09, 1,08 (2s, 9Н, (CH₃)₃-C-Si).

¹³С ЯМР (75 МГц, CDCl₃) δ 173,07 (С(1)), 135,87, 135,85(СН-аром.), 134,08, 133,73 (С-аром.), 129,80, 129,75, 127,67, 127,58 (СН-аром.), 108,82 (С(3')), 77,92 (С(5')), 76,96 (С(1')), 74,93 (С(7')), 60,24 (СН₂СН₃), 47,27 (С(6')), 40,27 (С(8')), 31,10 (С(2)), 27,04 (CH₃)₃-C-Si), 25,86 ((СН₃)₂С), 23,83 ((CH₃)₂С), 19,23 (CH₃)₃-C-Si), 14,24 (СН₂-СН₃).

ИЭР⁺-МСВР m/z, расчет для C₂₈H₃₉O₅Si ([М+Н]⁺) 483,2561, эксперимент 483,2562.

ПРИМЕР 5

(1'R,5'S,6'S,7'R)-(7'-(трет-бутилдифенилсилил)окси)-3',3'-диметил-2',4'-диоксабицикло[3.3.0]окт-6'-ил)ацетальдегид (5)

Раствор сложного эфира 4 (8,56 г, 16,3 ммоль) в сухом ДХМ (120 мл) охлаждали до -78°С, а затем медленно добавляли DiBAL-H (1М в циклогексане, 18 мл, 18 ммоль). Раствор дополнительно перемешивали при -78°С в течение 90 минут, после чего оставляли нагреваться до комн. темп.. Реакцию гасили путем добавления 0,5 М водного NaH₂PO₄ (100 мл). Отделяли органическую фазу и дополнительно экстрагировали водную фазу ДХМ (2×100 мл). Объединенные органические фазы сушили над MgSO₄, фильтровали и выпаривали. Неочищенный продукт очищали путем КХ (EtOAc/гексан, от 2:10 до 2:1) с получением альдегида 5 (6,36 г, 89%) и спирта 34 (0,637 г, 9%).

Данные для 5: R_f=0,65 (EtOAc/гексан 2:1);

¹Н ЯМР (300 МГц, CDCl₃) δ 9,72 (s, 1H, Н-С(1)), 7,65 (td, J=8,0, 1,6 Гц, 4Н, Н-аром.), 7,47-7,33 (m, 6Н, Н-аром.), 4,57 (t, J=5,7 Гц, 1H, Н-С(5')), 4,51 (t, J=5,7 Гц, 1H, Н-С(1')), 3,99 (td, J=10,0, 5,9 Гц, 1H, Н-С(7')), 2,58-2,43 (m, 2Н, Н-С(2)), 2,20-2,08 (m, 1H, Н-С(6')), 1,87 (dd, J=13,5, 5,9 Гц, 1H, Н-С(8')), 1,53 (ddd, J=13,5, 10,1, 5,5 Гц, 1Н, Н-С(8')), 1,16 (d, J=3,5 Гц, 6Н, ((CH₃)₂С), 1,05 (s, 9Н, (CH₃)₃-C-Si).

¹³С ЯМР (75 МГц, CDCl₃) δ 201,87 (С(1)), 135,93, 135,90 (СН-аром.), 133,96, 133,73 (С-аром.), 129,96, 129,89, 127,79, 127,68 (СН-аром.), 108,89 (С(3')), 77,76 (С(5')), 77,17 (С(1')), 74,96 (С(7'), 45,44 (С(6')), 41,31 (С(2)), 40,16 (С(8')), 27,08 (CH₃)₃-C-Si), 25,87 ((СН₃)₂С), 23,79 ((СН₃)₂С), 19,25 (CH₃)₃-C-Si).

ИЭР⁺-МСВР m/z, расчет для C₂₆H₃₅O₄Si ([М+Н]⁺) 439,2299, эксперимент 439,2297.

ПРИМЕР 6

(3aR,4R,6R,6aS)-4-((трет-бутилдифенилсилил)окси)-2-метилгексагидро-2Н-циклопента[b]фуран-6-ол (6)

В раствор альдегида 5 (13,73 г, 31,31 ммоль) в MeCN (170 мл) и H₂O (19 мл) добавляли трифторметансульфонат индия (III) (703 мг, 1,25 ммоль). Раствор дополнительно перемешивали в течение 48 часов, а затем удаляли растворители при пониженном давлении и выпаривали совместно с толуолом. Растворяли остаток в сухом МеОН и перемешивали в течение 6 часов. После выпаривания растворителя очищали неочищенный продукт путем КХ (EtOAc/гексан 3:10) с получением смеси 6 (10,50 г, 81%) с отношение аномеров α/β≈4:1 в виде бесцветного маслянистого вещества.

Данные для 6: R_f=0,53 (EtOAc/гексан 1:1);

¹Н ЯМР (300 МГц, CDCl₃) δ 7,63 (dd, J=7,1, 0,6 Гц, 4Н, Н-аром.), 7,46-7,34 (m, 6Н, Н-аром.), 4,98 (d, J=4,8 Гц, 0,8Н, Н-С(2)), 4,91 (dd, J=5,9, 1,3 Гц, 0,2 Н, Н-С(2)), 4,63-4,54 (m, 1Н, Н-С(6а)), 4,53-4,37 (m, 1H, Н-С(6)), 4,09 (m, 0,2Н, Н-С(4)), 3,92 (шир., 0,8Н, Н-С(4)), 3,29, 3,27 (2s, 3Н, МеО), 2,79 (dd, J=17,0, 8,2 Гц, 0,8Н, Н-С(3а)), 2,64-2,51 (m, 0,2 Н, Н-С(3а)), 2,29 (d, J=8,1 Гц, 1H, ОН), 2,10-1,80 (m, 2,4 Н, Н-С(3), Н-С(5)), 1,65 (ddd, J=13,2, 9,1, 4,4 Гц, 0,8 Н, Н-С(5)), 1,44-1,34 (m, 0,2 Н, Н-С(3)), 1,22 (ddd, J=13,2, 8,1,4,9 Гц, 0,8 Н, Н-С(3)), 1,05 (s, 9Н, (CH₃)₃-C-Si).

¹³С ЯМР (75 МГц, CDCl₃) δ 135,78, 135,74 (СН-аром.), 133,96, 133,84 (С-аром.), 129,78, 127,72 (СН-аром.), 107,21, 106,50 (С(2)), 85,37, 81,76 (С(6а)), 78,11, 77,19 (С(4)), 73,03, 72,44 (С(6)), 55,30, 54,46 (МеО), 50,91, 49,67 (С(3а)), 41,13, 40,29 (С(3)), 38,16, 37,98 (С(5)), 26,96, 26,92 (CH₃)₃-C-Si), 19,07 (CH₃)₃-C-Si).

ИЭР⁺-МСВР m/z, расчет для C₂₆H₃₅O₄Si ([М+Н]⁺) 435,1962, эксперимент 435,1950.

ПРИМЕР 7

(3aR,4R,6R,6aS)-4-((трет-бутилдифенилсил)окси)-2-метоксигексагидро-2Н-циклопента[b]фуран-6-ил-ацетат (7)

В раствор сахара 6 (3,35 г, 8,12 ммоль) и 4-диметиламинопиридина(1,29 г, 10,6 ммоль) в сухом ДХМ (100 мл) добавляли ангидрид уксусной кислоты (3,8 мл, 41 ммоль) при комн. темп.. После перемешивания в течение 2 часов гасили реакцию путем медленного добавления нас. NaHCO₃ (10 мл). Затем разбавляли смесь нас. NaHCO₃ (50 мл) и экстрагировали ДХМ (3×50 мл). Объединенные органические фазы сушили над MgSO₄, фильтровали и выпаривали. Неочищенный продукт очищали путем КХ (EtOAc/гексан 1:2) с получением смеси 7 (3,53 г, 96%) с отношением аномеров α/β≈4:1 в виде бесцветного маслянистого вещества.

Данные для 7: R_f=0,42 (EtOAc/гексан 1:2);

¹H ЯМР (400 МГц, CDCl₃) δ 7,70-7,59 (m, 4H, Н-аром.), 7,48-7,34 (m, 6Н, Н-аром.), 5,41 (dt, J=11,0, 5,6 Гц, 0,8Н, Н-С(6)), 5,28 (ddd, J=11,7, 6,6, 5,2 Гц, 0,2Н, Н-С(6)), 4,99 (d, J=4,8 Гц, 0,8Н, Н-С(2)), 4,89 4,81 (m, 0,4Н, Н-С(2), Н-С(6а)), 4,76-4,69 (m, 0,8Н, Н-С(6а)), 4,11 (d, J=5,1 Гц, 0,2Н, Н-С(4)), 3,90 (d, J=4,0 Гц, 0,8Н, Н-С(4)), 3,27, 3,24 (2s, 3H, МеО), 2,81 (dd, J=16,6, 7,6 Гц, 0,8Н, Н-С(3а)), 2,60 (dd, J=10,1, 7,0 Гц, 0,2Н, Н-С(3а)), 2,30-2,18 (m, 0,2 Н, Н-С(5)), 2,12, 2,10 (2s, J=4,7 Гц, 3H, MeCO₂), 2,07-1,82 (m, 2,8Н, Н-С(5), Н-С(3)), 1,24 (ddd, J=12,9, 7,6, 3,7 Гц, 1H, Н-С(3)), 1,07 (s, 9Н, (CH₃)₃-C-Si).

¹³С ЯМР (75 МГц, CDCl₃) δ 170,75, 170,66 (MeCO₂), 135,77, 135,73, 135,72 (СН-аром.), 133,75, 133,65 (С-аром.), 129,82, 129,74, 127,76, 127,75, 127,71 (СН-аром.), 106,19, 106,15 (С(2)), 83,17, 79,80 (С(6а)), 77,49, 76,46 (С(4)), 75,64, 74,41 (С(6)), 54,34, 54,25 (МеО), 51,48, 50,17 (С(3а)), 38,05, 37,98 (С(3)), 36,96, 36,21 (С(5)), 26,95, 26,90 (CH₃)₃-C-Si), 21,09, 21,04 (MeCO₂), 19,04 (CH₃)₃-C-Si).

ИЭР⁺-МСВР m/z, расчет для C₂₆H₃₄O₅NaSi ([М+Na]⁺) 477,2068, эксперимент 477,2063.

ПРИМЕР 8

(3aR,4R,6R,6aS)-4-((трет-бутилдифенилсил)окси)-3а,5,6,6а-тетрагидро-4Н-циклопента[b]фуран-6-ол (8)

В раствор сахара 6 (2,08 г, 5,04 ммоль) в сухом ДХМ (35 мл) добавляли 2,6-лутидин (2,95 мл, 25,2 ммоль) при 0°С. После перемешивания в течение 20 минут при 0°С по каплям добавляли TMSOTf (2,73 мл, 15,1 ммоль), а затем оставляли раствор нагреваться до комн. темп, и перемешивали еще 60 минут. Затем гасили реакцию путем добавления нас. NaHCO₃ (40 мл). Отделяли органическую фазу и дополнительно экстрагировали водную фазу ДХМ (3×30 мл). Объединенные органические фазы сушили над MgSO₄, фильтровали и выпаривали.

Полученный продукт растворяли в сухом ТГФ (35 мл), охлаждали до 0°С и добавляли TBAF (1М в ТГФ, 5,6 мл, 5,6 ммоль). Перемешивали раствор в течение 10 минут, а затем разбавляли нас. NaHCO₃ (30 мл) и экстрагировали ДХМ (4×40 мл). Объединенные органические фазы сушили над MgSO₄, фильтровали и выпаривали. Неочищенный продукт очищали путем КХ (EtOAc/гексан 1:4) с получением гликаля 8 (1,76 г, 92%).

Данные для 8: R_f=0,49 (EtOAc/гексан 1:2);

¹H ЯМР (300 МГц, CDCl₃) δ 7,66 (m, 4Н, Н-аром.), 7,42 (m, 6Н, Н-аром.), 6,22 (t, J=2.1 Гц, 1H, Н-С(2)), 4,91 (dd, J=8,2, 5,3 Гц, 1H, Н-С(3)), 4,70 (dt, J=11,1, 5,6 Гц, 1H, Н-С(6)), 4,56 (t, J=2,8 Гц, 1H, Н-С(6а)), 3,97 (d, J=4,0 Гц, 1H, Н-С(4)), 3,24 (d, J=8,2 Гц, 1H, Н-С(3а)), 2,30 (шир., 1H, ОН), 2,03 (dd, J=12,6, 5,4 Гц, 1Н, Н-С(5)), 1,51 (ddd, J=12,7, 11,2, 4.2 Гц, 1Н, Н-С(5)), 1,08 (s, 9Н, (CH₃)₃-C-Si).

¹³С ЯМР (75 МГц, CDCl₃) δ 146,24 (С(2)), 135,72, 135,69 (СН-аром.), 134,03, 133,74 (С-аром.), 129,80, 129,78, 127,73 (СН-аром.), 101,84 (С(3)), 84,59 (С(6а)), 76,79(С(4)), 74,10 (С(6)), 55,56 (С(3а)), 39,38 (С(5)), 26,93 (CH₃)₃-C-Si), 19,08 (CH₃)₃-C-Si).

ИЭР⁺-МСВР m/z, расчет для C₂₃H₂₉O₃Si ([М+Н]⁺) 381,1880, эксперимент 381,1893.

ПРИМЕР 9

(3aR,4R,6R,6aS)-6-(бис(4-метоксифенил)(фенил)метокси)-3а,5,6,6а-тетрагидро-4Н-циклопента[b]фуран-4-ил)окси)(трет-бутил)дифенилсилан (9)

В раствор гликаля 8 (1,34 г, 3,52 ммоль) и DMTr-Cl (1,43 г, 4,23 ммоль) в смеси сухого ДХМ (15 мл) и сухого 2,6-лутидина (15 мл) по частям добавляли трифлат серебра (1,13 г, 4,40 ммоль), в результате чего получали темно-красную суспензию. После перемешивания в течение 2 часов при комн. темп. добавляли дополнительную порцию DMTr-Cl (239 мг, 0,705 ммоль). Суспензию дополнительно перемешивали в течение 2 часов, а затем фильтровали. Органическую фазу промывали нас. NaHCO₃ (100 мл) и экстрагировали водную фазу ДХМ (3×30 мл). Объединенные органические фазы сушили над MgSO₄, фильтровали и выпаривали. Неочищенный продукт очищали путем КХ (EtOAc/гексан 1:7, +0,5% Et₃N) с получением защищенного гликаля 9 (2,24 г, 93%) в виде белой пены.

Данные для 9: R_f=0,59 (EtOAc/гексан 1:2);

¹H ЯМР (400 МГц, CDCl₃) δ 7,76 (d, J=7,4 Гц, 2Н, Н-аром.), 7,69-7,60 (m, J=9,3, 5,9, 4,6 Гц, 8Н, Н-аром.), 7,56-7,39 (m, 8Н, Н-аром.), 7,33 (t, J=7,3 Гц, 1H, Н-аром.), 7,00-6,93 (m, 4Н, Н-аром.), 6,47-6,37 (m, 1H, Н-С(2)), 4,67-4,58 (m, 1H, Н-С(6)), 4,58-4,50 (m, 2Н, Н-С(3), Н-С(6а)), 3,86, 3,85 (2s, 6Н, МеО), 3,82 (d, J=4,0 Гц, 1H, Н-С(4)), 3,08 (d, J=8,1 Гц, 1Н, Н-С(3а)), 1,67 (td, J=12,4, 4,2 Гц, 1H, Н-С(5)), 1,28 (dd, J=12,7, 5,4 Гц, 1H, Н-С(5)), 1,11 (s, 9Н, (CH₃)₃-C-Si).

¹³С ЯМР (75 МГц, CDCl₃) δ 158,67 (МеО-С-аром.), 147,61 (С(2)), 146,26, 137,36, 137,21 (С-аром.), 135,81, 135,78 (СН-аром.), 134,17, 134,04 (С-аром.), 130,48, 129,83, 129,81, 128,37, 127,98, 127,76, 127,73, 126,79, 113,32, 113,28 (СН-аром.), 100,29 (С(3)), 86,96 (С(Ph)₃), 84,95 (С(6а)), 76,17 (С(6)), 76,07(С(4)), 55,26 (MeO-DMTr), 55,11 (С(3а)), 37,32 (С(5)), 27,04 (CH₃)₃-C-Si), 19,21 (CH₃)₃-C-Si).

ИЭР⁺-МСВР m/z, расчет для C₄₄H₄₆O₅NaSi ([М+Na]⁺) 705,3007, эксперимент 705,3021.

ПРИМЕР 10

(3aS,4R, 6R, 6aS)-6-(бис(4-метоксифенил)(фенил)метокси)-3а,5,6,6а-тетрагидро-4Н-циклопента[b]фуран-4-ол (10)

В раствор гликаля 9 (2,23 г, 3,27 ммоль) в сухом ТГФ (20 мл) добавляли TBAF (1M в ТГФ, 20 мл, 20 ммоль) при комн. темп.. Перемешивали раствор в течение 20 часов, а затем разбавляли нас. NaHCO₃ (100 мл) и экстрагировали ДХМ (3×80 мл). Объединенные органические фазы сушили над MgSO₄, фильтровали и выпаривали. Неочищенный продукт очищали путем КХ (0,5% МеОН в ДМХ, +0,5% Et₃N) с получением 10 (1,45 г, колич.) в виде белой пены.

Данные для 10: R_f=0,44 (EtOAc/гексан 1:1);

¹Н ЯМР (300 МГц, CDCl₃) δ 7,53-7,46 (m, 2Н, Н-аром.), 7,43-7,35 (m, 4Н, Н-аром.), 7,21 (dd, J=10,7, 5,3 Гц, 2 Н, Н-аром.), 7,16-7,08 (m, 1H, Н-аром.), 6,80-6,71 (m, 4Н, Н-аром.), 6,30 (t, J=2,1 Гц, 1H, Н-С(2)), 4,68 (t, J=2,8 Гц, 1H, Н-С(3)), 4,29-4,14 (m, 2Н, Н-С(6), Н-С(6а)), 3,71 (s, 6Н, МеО), 3,65 (d, J=3,5 Гц, 1H, Н-С(4)), 2,87 (d, J=7,9 Гц, 1H, Н-С(3а)), 1,59 (ddd, J=13,2, 11,6, 4,3 Гц, 1H, Н-С(5)), 1,05-0,95 (m, 2Н, Н-С(5), ОН).

¹³С ЯМР (75 МГц, CDCl₃) δ 158,54 (МеО-С-аром.), 147,64 (С(2)), 145,82, 137,12, 137,08 (С-аром.), 130,26, 128,29, 127,81, 126,71, 113,13 (СН-аром.), 100,17 (С(3)), 86,75 (C(Ph)₃), 84,42 С(6а)), 75,54 (С(6)), 74,59 (С(4)), 55,22 (MeO-DMTr), 54,25 (С(3а)), 37,56 (С(5)).

ИЭР⁺-МСВР m/z, расчет для С₃₀Н₂₇О₅ ([М+Н]⁺) 467,1853, эксперимент 467,1844.

ПРИМЕР 11

(3'S,5'R,7'R)-1-{2',3'-дидеокси-3',5'-этано-7'-гидрокси-5'-O-[(4,4'-диметокситрифенил)метил]-β-D-рибофуранозил}тимин (11)

В раствор гликаля 10 (1,45 г, 3,27 ммоль) в сухом ДХМ (45 мл) при 0°С по каплям добавляли BSA (2,0 мл, 8,18 ммоль), а затем оставляли раствор нагреваться до комн. темп.. После перемешивания в течение 45 минут добавляли тимин (595 мг, 4,91 ммоль) и дополнительно перемешивали реакционную смесь в течение 60 минут при комн. темп.. Затем охлаждали смесь до 0°С и добавляли N-йодсукцинимид (875 мг, 3,92 ммоль). После перемешивания в течение 3 часов при 0°С и 4 часов при комн. темп. разбавляли реакционную смесь EtOAc (100 мл) и затем промывали 10% водн. раствором Na₂S₂O₃ (100 мл) и нас. NaHCO₃ (100 мл). Объединяли водные фазы и экстрагировали ДХМ (3×50 мл). Объединенные органические фазы сушили над MgSO₄, фильтровали и выпаривали.

Неочищенный продукт растворяли в сухом толуоле (45 мл), а затем добавляли Bu₃SnH (1,32 мл, 4,91 ммоль) и азоизобутиронитрил (AIBN, 53 мг, 0,33 ммоль) при комн. темп.. После нагревания при 70°С в течение 30 минут охлаждали смесь до комн. темп, и добавляли TBAF (1M в ТГФ, 6,5 мл, 6,5 ммоль). Раствор дополнительно перемешивали в течение 25 минут и разбавляли нас. NaHCO₃ (100 мл) и экстрагировали ДХМ (4×70 мл). Объединенные органические фазы сушили над MgSO₄, фильтровали и выпаривали. Неочищенный продукт очищали путем КХ (3% МеОН в ДХМ, +0,5% Et₃N) с получением 11 (1,45 г, 73% за две стадии) в виде белой пены.

Данные для 11: R_f=0,29 (6% МеОН в ДХМ);

¹H ЯМР (400 МГц, CDCl₃) δ 9,37 (шир., 1Н, H-N(3)), 7,83 (d, J=1,1 Гц, 1Н, Н-С(6)), 7,58-7,52 (m, 2Н, Н-аром.), 7,48-7,41 (m, 4Н, Н-аром.), 7,28 (t, J=7,7 Гц, 2Н, Н-аром.), 7,21 (t, J=7,2 Гц, 1H, Н-аром.), 6,84 (dd, J=8,9, 1,2 Гц, 4Н, Н-аром.), 5,91 (dd, J=8,0, 5,5 Гц, 1Н, Н-С(1')), 4,25 (dt, J=10,8, 6,0 Гц, 1H, Н-С(5')), 4,13-4,08 (m, 1H, Н-С(4')), 3,86 (d,J=3,4 Гц, 1H, Н-С(7'), 3,79 (s, 6Н, МеО), 2,70 (ddd, J=12,8, 10,2, 5,5 Гц, 1H, Н-С(2')), 2,61 (dd, J=16,9, 8,2 Гц, 1Н, Н-С(3')), 1,84 (d, J=0,8 Гц, 3H, Ме-С(5)), 1,80 (шир., 1H, ОН), 1,60 (ddd, J=14,2, 10,5, 4,2 Гц, 1H, Н-С(6')), 1,33 (dt, J=12,9, 8,0 Гц, 1H, Н-С(2')), 1,14 (dd, J=13,7, 6,1 Гц, 1H, Н-С(6')).

¹³С ЯМР (101 МГц, CDCl₃) δ 164,17 (С(4)), 158,64 (МеО-С-аром.), 150,47 (С(2)), 145,65, 136,85, 136,71 (С-аром.), 135,52 (С(6)), 130,20, 128,12, 127,91, 126,90, 113,22, 113,21 (СН-аром.), 110,69 (С(5)), 87,21 (С(Ph)₃), 86,57 (С(1')), 82,02 (С(4')), 74,19 (С(5')), 74,13 (С(7')), 55,25 (MeO-DMTr), 49,40 (С(3')), 38,51 (С(6')), 37,64 (С(2')), 12,58 (Ме-С(5)).

ИЭР⁺-МСВР m/z, расчет для C₃₃H₃₄O₇N₂Na ([М+Na]⁺) 593,2258, эксперимент 593,2250.

ПРИМЕР 12

(3'S,5'R,7'R)-1-{7'-O-[(2-цианоэтокси)диизопропиламинофосфанил]-2',3'-дидеокси-3',5'-этано-5'-O-[(4,4,-диметокситрифенил)метил]-β-D-рибофуранозил}тимин (12)

В раствор нуклеозида 11 (232 мг, 0,406 ммоль) и 5-(этилтио)-1Н-тетразола (90 мг, 0,69 ммоль) в сухом ДХМ (10 мл) по каплям добавляли 2-цианоэтил-N,N,N',N'-тетраизопропилфосфордиамидит (0,26 мл, 0,81 ммоль) при комн. темп.. После перемешивания в течение 30 минут разбавляли реакционную смесь ДХМ (50 мл) и промывали нас. NaHCO₃ (2×30 мл) и нас. NaCl (30 мл). Объединяли водные фазы и экстрагировали ДХМ (50 мл). Объединенные органические фазы сушили над MgSO₄, фильтровали и выпаривали. Неочищенный продукт очищали путем КХ (1,8% МеОН в ДХМ, +0,5% Et₃N) с получением 12 (219 мг, смесь двух изомеров, 70%) в виде белой пены.

Данные для 11: R_f=0,68 (6% МеОН в ДХМ);

¹H ЯМР (300 МГц, CDCl₃) δ 8,93 (шир., 1Н, H-N(3)), 7,85 (d, J=1,2 Гц, 1H, Н-С(6)), 7,65-7,52 (m, 2Н, Н-аром.), 7,52-7,40 (m, 4Н, Н-аром.), 7,40-7,21 (m, 3H, Н-аром.), 6,96-6,81 (m, 4Н, Н-аром.), 6,00, 5,94 (2dd, J=8,3, 5,2 Гц, 1H, Н-С(1')), 4,29-4,17 (m, 1H, Н-С(5')), 4,12-3,89 (m, 2Н, Н-С(4'), Н-С(7')), 3,85, 3,84 (2s, 6Н, МеО), 3,81-3,63 (m, 2Н, OCH₂CH₂CN), 3,56-3,41 (m, 2Н, (Me₂CH)₂N), 2,88-2,69 (m, 2Н, Н-С(3'), Н-С(2')), 2,61, 2,56 (dt, J=12,9 6,3 Гц, 2Н, OCH₂CH₂CN), 1,92, 1,82 (2d, J=0,8 Гц, 3H, Ме-С(5)), 1,75-1,56 (m, 1H, Н-С(6')), 1,52-1,36 (m, 2Н, Н-С(6'), Н-С(2')), 1,22-1,01 (m, 12Н, (Me₂CH)₂N).

¹³С ЯМР (101 МГц, CDCl₃) δ 163,86 (С(4)), 158,66, 158,64 (МеО-С-аром.), 150,29, 150,27 (С(2)), 145,58, 145,52, 136,76, 136,71, 136,69, 136,60 (С-аром.), 135,49, 135,35 (С(6)), 130,21, 130,16, 128,17, 128,13, 127,88, 126,91, 126,89 (СН-аром.), 117,49 (OCH₂CH₂CN), 113,18 (СН-аром.), 110,74 (С(5)), 87,27, 87,25 (C(Ph)₃), 86,58, 86,45 (C(1')), 81,79, 81,68 (С(4')), 76,02, 75,50 (J_C,P=16,5, 15,7 Гц, С(7')), 74,22 (C(5')), 58,26, 58,06, 57,87 (OCH₂CH₂CN), 55,26, 55,22 (MeO-DMTr), 48,85, 48,62 (Jc,p=2,6, 5,0 Гц, C(3')), 43,10, 43,04 (Jc,p=12,3, 12,4 Гц (Me2Gtf)2N), 37,78 (J_C,P=5,3 Гц C(6')), 37,62, 37,48 (C(2')), 37,41 (J_C,P=3,6 Гц C(6')), 24,57, 24,53, 24,50, 24,46, 24,44, 24,39, 24,37 (Me₂CH)₂N), 20,35, 20,25 (J_C,P=7,1, 7,0 Гц, OCH₂CH₂CN, 12,58, 12,41 (7s, Me-C(5)).

³¹P ЯМР (122 МГц, CDCl₃) δ 147,32, 146,98.

ИЭР⁺-МСВР m/z, расчет для C₄₂H₅₂O₈N₄P ([M+H]⁺) 771,3517, эксперимент 771,3512.

ПРИМЕР 13

(3'S,5'R,7'R)-N4-бензоил-1-{2',3'-дидеокси-3',5'-этано-7'-гидрокси-5'-O-[(4,4'-диметокситрифенил)метил]-β-D-рибофуранозил}-5-метилцитозин (13)

В раствор нуклеозида 11 (302 мг, 0,530 ммоль) в сухом MeCN (5 мл) по каплям добавляли BSA (0,31 мл, 1,27 ммоль) при 0°С, а затем перемешивали раствор в течение ночи при комн. темп.. В другой колбе суспензию 1,2,4-триазола (1,28 г, 18,55 ммоль) в сухом MeCN (50 мл) охлаждали до 0°С и добавляли POCl₃ (0,40 мл, 4,2 ммоль) и Et₃N (2,96 мл, 21,2 ммоль). Суспензию перемешивали в течение 30 минут при 0°С, а затем в суспензию добавляли полученный ранее раствор силилированного соединения 11 и дополнительно перемешивали смесь в течение 5 часов при комн. темп.. Реакцию гасили путем добавления нас. NaHCO₃ (10 мл), удаляли MeCN при пониженном давлении и разбавляли полученную смесь нас. NaHCO₃ (35 мл) и экстрагировали ДХМ (3×40 мл). Объединенные органические фазы сушили над MgSO₄, фильтровали и выпаривали.

Затем неочищенный продукт растворяли в смеси 1,4-диоксана (10 мл) и конц. NH₄OH (10 мл). После перемешивания в течение 2 часов при комн. темп. концентрировали смесь до половины объема в вакууме, разбавляли нас. NaHCO₃ (30 мл) и экстрагировали ДХМ (4×30 мл). Объединенные органические фазы сушили над MgSO₄, фильтровали и выпаривали.

Затем неочищенный продукт растворяли в сухом ДМФ (13 мл), добавляли Et₃N (90 мкл, 0,64 ммоль), а после него Bz₂O (300 мг, 1,33 ммоль) при комн. темп. и перемешивали раствор в течение ночи. Полученный коричневый раствор гасили, осторожно добавляя нас. NaHCO₃ (50 мл), и экстрагировали ДХМ (4×50 мл). Объединенные органические фазы сушили над MgSO₄, фильтровали и выпаривали. Неочищенный продукт очищали путем КХ (гексан/EtOAc 1:2, +0,5% Et₃N) с получением 13 (315 мг, 88%) в виде белой пены.

Данные для 13: R_f=0,57 (4% МеОН в ДХМ);

¹H ЯМР (300 МГц, CDCl₃) δ 13,39 (шир., 1Н, NH), 8,46-8,26 (m, 2Н, Н-аром.), 8,13 (d, J=0,5 Гц, 1H, С(6)), 7,61 (d, J=7,3 Гц, 2Н, Н-аром.), 7,58-7,43 (m, 7Н, Н-аром.), 7,34 (t, J=7,4 Гц, 2Н, Н-аром.), 7,30-7,23 (m, 1H, Н-аром.), 6,89 (d, J=8,8 Гц, 4Н, Н-аром.), 5,96 (dd, J=7,5, 5,8 Гц, 1Н, Н-С(1')), 4,38-4,25 (m, 1Н, Н-С(5')), 4,22-4,12 (m, 1H, Н-С(4')), 3,90 (d, J=3,6 Гц, 1H, Н-С(7')), 3,83 (s, 6Н, МеО), 2,82 (ddd, J=13,3, 10,2, 5,7 Гц, 1H, Н-С(2')), 2,66 (dd, J=17,0, 8,1 Гц, 1Н, Н-С(3')), 2,08 (s, 3H, Ме-С(5)), 1,77 (шир., 1Н, ОН), 1,71-1,57 (m, 1H, Н-С(6')), 1,49-1,36 (m, 1Н, Н-С(2')), 1,21 (dd, J=13,7, 6,2 Гц, 1H, Н-С(6')).

¹³С ЯМР (75 МГц, CDCl₃) δ 179,56 (CONH), 160,01 (С(4)), 158,70 (МеО-С-аром.), 147,96 (С(2)), 145,65 (С-аром.), 137,26 (С(6)), 136,99, 136,83, 136,71 (С-аром.), 132,41, 130,22, 129,89, 128,16, 128,14, 127,95, 126,94, 113,25 (СН-аром.), 111,57 (С(5)), 87,34 (С(Ph)₃), 87,32 (С(1')), 82,57 (С(4')), 74,30 (С(5')), 74,16 (С(7')), 55,27 (MeO-DMTr), 49,56 (С(3')), 38,52 (С(6')), 38,00 (С(2')), 13,63 (Ме-С(5)).

ИЭР⁺-МСВР m/z, расчет для C₄₀H₄₀O₇N₃ ([М+Н]⁺) 674,2861, эксперимент 674,2862.

ПРИМЕР 14

(3'R,5'R,7'R)-N4-бензоил-1-{7'-O-[(2-цианоэтокси)диизопропиламинофосфанил]-2',3'-дидеокси-3',5'-этано-5'-O-[(4,4'-диметокситрифенил)метил]-β-D-рибофуранозил}-5-метилцитозин (14)

В раствор нуклеозида 13 (276 мг, 0,409 ммоль) и 5-(этилтио)-1Н-тетразола (69 мг, 0,53 ммоль) в сухом ДХМ (10 мл) по каплям добавляли 2-цианоэтил-N,N,N',N'-тетраизопропилфосфордиамидит (0,20 мл, 0,61 ммоль) при комн. темп.. После перемешивания в течение 60 минут разбавляли реакционную смесь ДХМ (50 мл) и промывали нас. NaHCO₃ (2×30 мл) и нас.NaCl (30 мл). Объединяли водные фазы и экстрагировали ДХМ (50 мл). Объединенные органические фазы сушили над MgSO₄, фильтровали и выпаривали. Неочищенный продукт очищали путем КХ (EtOAc/гексан 2:3,+0,5% Et₃N) с получением 14 (268 мг, смесь двух изомеров, 75%) в виде белой пены.

Данные для 14: R_f=0,77 (5% МеОН в ДХМ);

¹Н ЯМР (400 МГц, CDCl₃) δ 13,32 (s, 1H, NH), 8,41-8,28 (m, 2Н, Н-аром.), 8,13-8,04 (m, 1H, С(6)), 7,61-7,51 (m, 3H, Н-аром.), 7,51-7,40 (m, 6Н, Н-аром.), 7,37-7,29 (m, 2Н, Н-аром.), 7,29-7,20 (m, 1H, Н-аром.), 6,92-6,82 (m, 4Н, Н-аром.), 6,07-5,87 (m, 1H, Н-С(1')), 4,24 (dq, J=11,7, 5,8 Гц, 1H, Н-С(5')), 4,13-4,00 (m, 1H, Н-С(4')), 3,94 (ddd, J=14,5, 10,5, 2,8 Гц, 1H, Н-С(7')), 3,83, 3,82 (2s, 6Н, МеО), 3,69 (m, 2Н, OCH₂CH₂CN), 3,53 3,40 (m, 2Н, (Me₂CH)₂N), 2,91-2,70 (m, 2Н, Н-С(2'), Н-С(3')), 2,57, 2,53 (2t, J=6,3 Гц, 2Н, OCH₂CH₂CN), 2,08, 1,99 (2d, J=0,6 Гц, 3H, Ме-С(5)), 1,72-1,56 (m, 1H, Н-С(6')), 1,54-1,36 (m, 2Н, Н-С(2'), Н-С(6')), 1,10 (m, 12Н, (Me₂CH)₂N).

¹³С ЯМР (101 МГц, CDCl₃) δ 179,54 (CONH), 159,98 (С(4)), 158,69 (МеО-С-аром.), 147,90 (С(2)), 145,58, 145,54 (С-аром.), 137,30, 136,93 (С(6)), 136,81, 136,80, 136,73, 136,70, 136,67, 136,60 (С-аром.), 132,37, 132,35, 130,22, 130,17, 129,89, 128,17, 128,15, 128,11, 127,93, 126,94 (СН-аром.), 117,49 (OCH₂CH₂CN), 113,23 (СН-аром.), 111,60 (С(5)), 87,36, 87,35 (С(Ph)₃), 87,33, 87,25 (С(1')), 82,33, 82,25 (С(4')), 76,05, 75,52 (J_C,P=16,4, 15,6 Гц, С(7')), 74,32 (С(5')), 58,18, 57,98 (J_C,P=19,5 Гц OCH₂CH₂CN), 55,28, 55,24 (MeO-DMTr), 48,93, 48,72 (J_C,P=2,7, 4,9 Гц, С(3')), 43,11, 43,05 (J_C,P=12,4 Гц (Me₂CH)₂N), 38,02, 37,88 (С(2')), 37,74, 37,40 (J_C,P=5,3, 3,4 Гц, С(6')), 24,58, 24,54, 24,50, 24,47, 24,40, 24,38 (6s, Me₂CH)₂N), 20,36, 20,26 (J_C,P=7,1 Гц, OCH₂CH₂CN),), 13,66, 13,49 (Ме-С(5)).

³¹Р ЯМР (122 МГц, CDCl₃) δ 147,37, 147,07.

ИЭР⁺-МСВР m/z, расчет для C₄₉H₅₇O₈N₅P ([М+Н]⁺) 874,3939, эксперимент 874,3937.

ПРИМЕР 15

(3'R,5'R,7'R)-N6-бензоил-9-{5'-O-ацетил-7'-[(трет-бутилдифенилсилил)окси]-2',3'-дидеокси-3',5'-этано-α,β-D-рибофуранозил}аденин (15)

В суспензию сахара 7 (1,86 г, 4,10 ммоль) и N⁶-бензоиладенина (1,96 г, 8,20 ммоль) в сухом MeCN (40 мл) добавляли BSA (4,00 мл, 16,4 ммоль) при комн. темп.. После перемешивания в течение 25 минут суспензия превращалась в прозрачный раствор, и затем ее нагревали до 70°С. По каплям добавляли TMSOTf (1,48 мл, 8,20 ммоль) и дополнительно перемешивали раствор в течение 20 минут при 70°С. Затем охлаждали раствор до комн. темп., гасили путем добавления нас. NaHCO₃ (100 мл) и экстрагировали EtOAc (4×50 мл). Объединенные органические фазы сушили над MgSO₄, фильтровали и выпаривали. Неочищенный продукт очищали путем КХ (2% МеОН в ДХМ) с получением смеси 15 (1,74 г, 64%) с отношением аномеров α/β≈4:1 в виде белой пены.

Данные для 15: R_f=0,33 (EtOAc/гексан 4:1);

¹Н ЯМР (400 МГц, CDCl₃) δ 9,33 (шир., 1H, NH), 8,68 (d, J=5,4 Гц, 0,8Н, Н-С(2)), 8,64 (d, J=5,6 Гц, 0,2Н, Н-С(2)), 8,10 (d,J=1,5 Гц, 0,2Н, Н-С(8)), 7,99 (d, J=7,3 Гц, 2Н, Н-аром.), 7,95 (s, 0,8Н, Н-С(8)), 7,63 (t, J=8,7 Гц, 4Н, Н-аром.), 7,55 (dd, J=13,0, 6,4 Гц, 1Н, Н-аром.), 7,50-7,34 (m, 8Н, Н-аром.), 6,20 (dd, J=6,3, 2,5 Гц, 0,8Н, Н-С(1')), 6,05 (t, J=6,5 Гц, 0,2Н, Н-С(1')), 5,43-5,32 (m, 1H, Н-С(5')), 5,03-4,97 (m, 0,8Н, Н-С(4')), 4,83 (t, J=6,0 Гц, 0,2Н, Н-С(4')), 4,14 (шир., 0,2Н, Н-С(7')), 4,08 (d, J=3,7 Гц, 0,8Н, Н-С(7')), 3,02 (dd, J=16,1, 6,6 Гц, 0,8Н, Н-С(3')), 2,83 (dd, J=16,9, 7,7 Гц, 0,2Н, Н-С(3')), 2,59-2,39 (m, 1H, Н-С(2')), 2,18-2,11 (m, 1H, Н-С(6')), 2,07 (d, J=1,6 Гц, 2,4Н, МеСО₂), 2,02 (d, J=1,9 Гц, 0,6Н, МеСО₂), 2,01-1,92 (m, 1Н, Н-С(6')), 1,91-1,80 (m, 1H, Н-С(3')), 1,07 (s, 9Н, (CH₃)₃-C-Si).

¹³С ЯМР (101 МГц, CDCl₃) δ 170,57, 170,49 (МеСО₂), 164,82 (CONH), 152,50 (С(2)), 151,27 (С(4)), 149,56 (С(6)), 141,37, 141,06 (С(8)), 135,72, 135,68, 135,66 (СН-аром.), 133,67, 133,57, 133,24, 133,22 (С-аром.), 132,73, 130,03, 129,98, 128,80, 128,78, 127,92, 127,86, 127,85 (СН-аром.), 123,61 (С(5)), 87,19, 86,17 (С(1')), 83,22, 80,96 (С(4'), 76,50, 76,04 (С(7')), 74,38 (С(5')), 51,07 (С(3')), 37,29, 37,15, 36,80, 36,60 (С(2'), С(6')), 26,89 (CH₃)₃-C-Si), 20,97, 20,90 (МеСО₂), 19,01 (CH₃)₃-C-Si).

ИЭР⁺-МСВР m/z, расчет для C₃₇H₄₀O₅N₅Si ([М+Н]⁺) 662,2793, эксперимент 662,2787.

ПРИМЕР 16

(3'R,5'R, 7'R)-N6-бензоил-9-{7'-[(трет-бутилдифенилсилил)окси]-2',3'-дидеокси-3',5'-этано-β-D-рибофуранозил}аденин (16):

Нуклеозид 15 (1,74 г, 2,64 ммоль) растворяли в 0,15 М NaOH в смеси ТГФ/метанол/H₂O (5:4:1, 80 мл) при 0°С. Перемешивали реакционную смесь в течение 20 минут и гасили реакцию путем добавления NH₄Cl (1,06 г). Затем удаляли растворители при пониженном давлении и очищали продукт путем КХ (5% изопропанола в ДХМ) с получением 16 (287 мг, 18%) и соответствующего α-аномера (836 мг, 51%) в виде белой пены.

Данные для 16: R_f=0,44 (6% МеОН в ДХМ);

¹Н ЯМР (300 МГц, CDCl₃) δ 8,70 (s, 1H, Н-С(2)), 8,09-7,98 (m, 2Н, Н-аром.), 7,97 (s, 1H, Н-С(8)), 7,63 (ddd, J=7,4, 5,7, 1,5 Гц, 4Н, Н-аром.), 7,59-7,55 (m, 1H, Н-аром.), 7,51 (m, 2Н, Н-аром.), 7,44-7,33 (m, 6Н, Н-аром.), 6,02 (dd, J=9,4, 5,5 Гц, 1H, Н-С(1')), 4,57 (dd, J=8,1, 5,0 Гц, 1H, Н-С(4')), 4,43 (dd, J=11,8, 5,3 Гц, 1H, Н-С(5')), 4,26 (шир., 1H, Н-С(7')), 2,78 (q, J=8,9 Гц, 1H, Н-С(3')), 2,32-1,80 (m, 5Н, Н-С(2'), Н-С(6'), ОН), 1,06 (s, 9Н, (CH₃)₃-C-Si).

¹³С ЯМР(101 МГц, CDCl₃) δ 164,85 (CONH), 152,56 (С(2)), 151,17 (С(4)), 149,86 (С(6)), 141,25 (С(8)), 135,68 (СН-аром.), 133,87, 133,39 (С-аром.), 132,78, 129,92, 128,78, 128,01, 127,78 (СН-аром.), 123,51 (С(5)), 87,65 (С(1')), 82,91 (С(4')), 76,66 (С(7')), 72,54 (С(5')), 50,44 (С(3')), 41,42 (С(6')), 36,17 (С(2')), 26,89 (CH₃)₃-C-Si), 19,03 (CH₃)₃-C-Si).

ИЭР⁺-МСВР m/z, расчет для C₃₅H₃₈O₄N₅Si ([М+Н]⁺) 620,2688, эксперимент 620,2671.

ПРИМЕР 17

(3'R,5'R,7'R)-N6-бензоил-9-{7'-[(трет-бутилдифенилсилил)окси]-2',3'-дидеокси-3',5'-этано-5'-O-[(4,4'-диметокситрифенил)метил]-β-D-рибофуранозил}аденин (17)

В раствор нуклеозида 16 (307 мг, 0,495 ммоль) в сухом пиридине (6 мл) добавляли DMTr-Cl (503 мг, 1,49 ммоль) при комн. темп.. Перемешивали раствор в течение 1 дня, а затем разбавляли нас. NaHCO₃ (50 мл) и экстрагировали ДХМ (3×70 мл). Объединенные органические фазы сушили над MgSO₄, фильтровали и выпаривали. Неочищенный продукт очищали путем КХ (1,5% МеОН в ДХМ, +0,5% Et₃N) с получением 17 (395 мг, 87%) в виде желтой пены.

Данные для 17: R_f=0,65 (5% МеОН в ДХМ);

¹НЯМР (300 МГц, MeOD) δ 8,64 (s, 1H, Н-С(2)), 8,61 (s, 1H, Н-С(8)), 8,08 (d, J=1,2 Гц, 2Н, Н-аром.), 7,68-7,17 (m, 22Н, Н-аром.), 6,86-6,75 (m, 4Н, Н-аром.), 6,14 (dd, J=7,4, 6,3 Гц, 1H, Н-С(1')), 4,48-4,31 (m, 1Н, Н-С(5')), 4,28-4,15 (m, 1Н, Н-С(4')), 3,88 (d, J=3,8 Гц, 1Н, Н-С(7')), 3,75, 3,74 (2s, 6Н, МеО), 2,67 (dd, J=16,6, 6,7 Гц, 1H, Н-С(3')), 2,47 (ddd, J=13,3, 10,2, 6,1 Гц, 1H, Н-С(2')), 2,15-1,94 (m, 1Н, Н-С(6')), 1,71 (ddd, J=13,0, 11,3, 4,4 Гц, 1H, Н-С(2')), 1,11 (dd, J=12,2, 4,9 Гц, 1H, Н-С(6')), 0,95 (s, 9Н, (CH₃)₃-C-Si).

¹³С ЯМР (75 МГц, CDCl₃) δ 164,69 (CONH), 158,61, 158,60 (МеО-С-аром.), 152,42 (С(2)), 151,27 (С(4)), 149,41 (С(6)), 145,81 (С-аром.), 141,25 (С(8)), 137,00, 136,85 (С-аром.), 135,60, 135,57 (СН-аром.), 133,80, 133,69, 133,43 (С-аром.), 132,70, 130,28, 130,25, 129,85, 129,81, 128,84, 128,18, 127,89, 127,71, 127,65, 126,78 (СН-аром.), 123,52 (С(5)), 113,22, 113,19 (СН-аром.), 87,09 (C(Ph)₃), 86,41 (С(1')), 83,52 (С(4')), 76,05 (С(7')), 74,78 (С(5')), 55,20 (MeO-DMTr), 50,43 (С(3')), 38,10 (С(2'), С(6')), 26,84 (CH₃)₃-C-Si), 19,00 (CH₃)₃-C-Si).

ИЭР⁺-МСВР m/z, расчет для C₅₆H₅₆O₆N₅Si ([М+Н]⁺) 922,3994, эксперимент 922,3953.

ПРИМЕР 18

(3'S,5'R,7'R)-N6-бензоил-9-{2',3'-дидеокси-3',5'-этано-7'-гидрокси-5'-O-[(4,4'-диметокситрифенил)метил]-β-D-рибофуранозил}аденин (18)

В раствор нуклеозида 17 (376 мг, 0,408 ммоль) в сухом ТГФ (9 мл) добавляли TBAF (1М в ТГФ, 1,22 мл, 1,22 ммоль) при комн. темп.. Перемешивали раствор в течение 2 дней, а затем разбавляли нас. NaHCO₃ (25 мл) и экстрагировали ДХМ (4 × 25 мл). Объединенные органические фазы сушили над MgSO₄, фильтровали и выпаривали. Неочищенный продукт очищали путем КХ (4% МеОН в ДХМ,+0,5% Et₃N) с получением 18 (242 мг, 87%) в виде белой пены.

Данные для 18: R_f=0,33 (5% МеОН в ДХМ);

¹Н ЯМР (300 МГц, CD₃CN) δ 9,35 (шир., 1H, NH), 8,67 (s, 1H, С(2)), 8,46 (s, 1H, С(8)), 8,01 (d, J=7,4 Гц, 2Н, Н-аром.), 7,54 (m, 5Н, Н-аром.), 7,35 (m, 4Н, Н-аром.), 7,30-7,17 (m, 3Н, Н-аром.), 6,84 (d, J=8,9 Гц, 4Н, Н-аром.), 6,09 (dd, J=7,8, 6,2 Гц, 1H, Н-С(1')), 4,12 (dt, J=11,2, 5,8 Гц, 1H, С(5')), 3,87-3,79 (m, 2Н, С(4'), С(7')), 3,75 (s, 6Н,МеО), 2,83-2,64 (m, 2Н, С(2'), ОН), 2,58 2,46 (m, 1H, С(3')), 2,21 (dd, J=13,9, 7,1 Гц, 1H, С(2')), 1,92 1,82 (m, 1Н, С(6')), 1,29-1,17(m, 1H, С(6')).

¹³С ЯМР (75 МГц, CDCl₃) δ 165,03 (CONH), 158,57 (МеО-С-аром.), 152,40 (С(2)), 151,23 (С(4)), 149,52 (С(6)), 145,68 (С-аром.), 141,49 (С(8)), 136,86, 136,84, 133,77 (С-аром.), 132,77, 130,22, 128,81, 128,16, 128,02, 127,89, 126,84 (СН-аром.), 123,40 (С(5)), 113,19 (СН-аром.), 87,06 (С(Ph)₃), 86,74 (C(1')), 83,58 (С(4')), 74,62 (С(5')), 74,38 (С(8')), 55,25 (МеО-DMTr), 49,77 (С(3')), 38,55, 38,32 (С(6'), С(2')).

ИЭР⁺-МСВР m/z, расчет для C₄₀H₃₈O₆N₅ ([М+Н]⁺) 684,2817, эксперимент 684,2830.

ПРИМЕР 19

(3'R,5'R,7,R)-N6-бензоил-9-{7'-O-[(2-цианоэтокси)диизопропиламинофосфанил]-2',3'-дидеокси-3',5'-этано-5'-O-[(4,4'-диметокситрифенил)метил]-β-D-рибофуранозил}аденин (19)

В раствор нуклеозида 18 (173 мг, 0,253 ммоль) и N,N-диизопропилэтиламина (0,18 мл, 1,0 ммоль) в сухом ТГФ (8 мл) добавляли N,N-диизопропилхлорфосфорамидит (0,11 мл, 0,50 ммоль) при комн. темп.. Перемешивали раствор в течение 2 часов, а затем разбавляли нас.NaHCO₃ (40 мл) и экстрагировали ДХМ (4 X 40 мл). Объединенные органические фазы сушили над MgSO₄, фильтровали и выпаривали. Неочищенный продукт очищали путем КХ (EtOAc,+0,5% Et₃N) с получением 19 (177 мг, смесь двух изомеров, 71%) в виде белой пены.

Данные для 19: R_f=0,38, 0,44 (EtOAc);

¹Н ЯМР (400 МГц, CDCl₃) δ 9,05 (шир., 1H, NH), 8,70, 8,70 (2s, 1H, Н-С(2)), 8,47, 8,46 (2s, 1H, Н-С(8)), 7,97 (d, J=7,5 Гц, 2Н, Н-аром.), 7,57-7,50 (m, 1H, Н-аром.), 7,49-7,41 (m, 4Н, Н-аром.), 7,39-7,31 (m, 4Н, Н-аром.), 7,24-7,17 (m, 5,4 Гц, 2Н, Н-аром.), 7,13 (dt, J=12,5, 6,2 Гц, 1Н, Н-аром.), 6,83-6,70 (m, 4Н, Н-аром.), 6,14-5,97 (m, 1Н, Н-С(1')), 4,14 (ddd, J=11,1, 7,8, 3,4 Гц, 1H, Н-С(5')), 3,91 -3,74 (m, 2Н, Н-(4'), Н-С(7')), 3,71, 3,70 (2s, 6Н, МеО), 3,65-3,50 (m, 2Н, OCH₂CH₂CN), 3,37 (ddq, J=13,9, 10,2, 6,8 Гц, 2Н, (Me₂CH)₂N), 2,90-2,76 (m, 1H, Н-С(2')), 2,75-2,60 (m, 1H, Н-С(3')), 2,47, 2,42 (2t, J=6,3 Гц, 2Н, OCH₂CH₂CN 2,11 (dt, J=12,7, 6,1 Гц, 1H, Н-С(2')), 1,73 (ddt, J=13,6, 10,4, 5,1 Гц, 1Н, Н-С(6')), 1,39 (ddd, J=50,2, 13,4, 6,2 Гц, 1H, Н-С(6')), 1,10-0,89 (т, 12Н, (Me₂CH)₂N).

¹³С ЯМР (101 МГц, CDCl₃) δ 164,66 (CONH), 158,57 (МеО-С-аром.), 152,46 (С(2)), 151,32, 151,26 (С(4)), 149,45, 149,43 (С(6)), 145,60, 145,59 (С-аром.), 141,52, 141,47 (С(8)), 136,88, 136,83, 136,81, 133,78 (С-аром.), 132,75, 132,73, 130,22, 130,21, 130,19, 130,17, 128,87, 128,17, 127,87, 126,82, 126,80 (СН-аром.), 123,59 (С(5)), 117,53, 117,50 (OCH₂CH₂CN), 113,17 (СН-аром.), 87,10, 87,07 (C(Ph)₃), 86,72, 86,68 (C(1')), 83,36, 83,25 (C(4')), 76,55, 75,81 (J_C,P=16,9, 15,7 Гц, C(7')), 74,63, 74,60 (C(5')), 58,24, 57,86 (J_C,P=19,1, 19,2 Гц OCH₂CH₂CN), 55,25, 55,21 (MeO-DMTr), 49,29, 49,08 (J_C,P=2,6, 4,7 Гц, C(3')), 43,12, 43,00 (J_C,P=2,4, 2,3 Гц (Me₂CH)₂N), 38,27, 38,23 (C(2')), 37,41, 37,22 (J_C,P=5,3, 3,5 Гц, C(6')) 24,56, 24,53, 24,49, 24,47, 24,43, 24,41, 24,36, 24,33 (8s, Me₂CH)₂N), 20,36, 20,25 (J_C,P=7,2, 7,0 Гц, OCH₂CH₂CN).

³¹P ЯМР (122 МГц, CDCl₃) δ 147,64, 146,87.

ИЭР⁺-МСВР m/z, расчет для C₄₉H₅₅O₇N₇ ([M+Н]⁺) 884,3895, эксперимент 884,3898.

ПРИМЕР 20

(3'R,5'R,7'R)-2-амино-6-хлор-9-{5'-O-ацетил-7'-[(трет-бутилдифенилсилил)окси]-2',3'-дидеокси-3',5'-этано-α,β-D-рибофуранозил}пурин (20)

В суспензию сахара 7 (1,75 г, 3,85 ммоль) и 2-амино-6-хлорпурина (1,05 г, 6,17 ммоль) в сухом MeCN (20 мл) добавляли BSA (3,80 мл, 15,4 ммоль) при комн. темп.. Нагревали суспензию до 55°С и перемешивали в течение 30 минут. Затем по каплям добавляли TMSOTf (1,05 мл, 5,78 ммоль) и дополнительно перемешивали раствор в течение 50 минут при 55°С. Охлаждали раствор до комн. темп., гасили путем добавления нас. NaHCO₃ (10 мл), разбавляли EtOAc (50 мл) и фильтровали через небольшую подложку с SiO₂. Промывали SiO₂ дополнительным количеством EtOAc. Затем промывали смесь нас. NaHCO₃ (2 × 80 мл), объединяли водные фазы и экстрагировали EtOAc (3 × 50 мл). Объединенные органические фазы сушили над MgSO₄, фильтровали и выпаривали. Неочищенный продукт очищали путем КХ (2,5% МеОН в ДХМ) с получением смеси 20 (1,77 г, 77%) с отношением аномеров α/β ≈ 7:3 в виде белой пены.

Данные для 20: R_f=0,54 (EtOAc/гексан 5:1);

¹Н ЯМР (300 МГц, CDCl₃) δ 7,86 (s, 0,3Н, Н-С(8)), 7,69 (s, 0,7Н, Н-С(8)), 7,68-7,60 (m, 4Н, Н-аром.), 7,47-7,34 (m, 6Н, Н-аром.), 6,04 (dd, J=6,9, 3,0 Гц, 0,7Н, Н-С(Г)), 5,87 (dd, J=8,0, 6,2 Гц, 0,3Н, Н-С(1')), 5,37 (dt, J=14,2, 4,6 Гц, 1H, Н-С(5')), 5,16 (шир., 2Н, 1H2), 4,91 (dd, J=6,5, 5,1 Гц, 0,7Н, Н-С(4')), 4,79 (dd, J=6,9, 5,2 Гц, 0,3Н, Н-С(4')), 4,13 (шир., 0,3Н, Н-С(7')), 4,06 (d, J=4,0 Гц, 0,7Н, Н-С(7')), 2,95 (dd, J=16,3, 6,6 Гц, 0,7Н, Н-С(3')), 2,81 (dd, J=17,0, 7,4 Гц, 0,3H, Н-С(3')), 2,49-2,30 (m, 1H, Н-С(2')), 2,14 (dd, J=13,1, 6,7 Гц, 1H, Н-С(6')), 2,08 (s, 2,1H,MeCO₂), 2,02 (s, 0,9Н, МеС02), 2,02-1,91 (m, 1H, Н-С(6')), 1,80 (td, J=13,4, 6,8 Гц, 1H, Н-С(2')), 1,07, 1,06 (2s, 9Н, (CH₃)₃-C-Si).

¹³С ЯМР (75 МГц, CDCl₃) δ 170,55, 170,44 (MeCO₂), 158,98, 158,91 (С(2)), 153,18, 152,95 (С(4)), 151,40, 151,34 (С(6)), 140,38, 140,14 (С(8)), 135,73, 135,70 (СН-аром.), 133,78, 133,62, 133,24, 133,17 (С-аром.), 130,03, 130,00, 127,88, 127,86 (СН-аром.), 125,65, 125,57 (С(5)), 86,59, 85,74 (С(Г)), 82,93, 80,99 (С(4')), 76,57, 76,14 (С(7')), 74,34, 74,32 (С(5')), 51,15, 51,10 (С(3')), 37,19, 36,99 (С(б')), 36,70, 36,25 (С(2')), 26,87 (CH₃)₃-C-Si), 20,95, 20,86 (МеСО₂), 19,00 (CH₃)₃-C-Si).

ИЭР⁺-МСВР m/z, расчет для C₃₀H₃₅O₄N₅ClSi ([М+Н]⁺) 592,2141, эксперимент 592,2158.

ПРИМЕР 21

(3'R,5'R,7'R)-2-амино-6-хлор-9-{7'-[(трет-бутилдифенилсилил)окси]-2,,3'-дидеокси-3',5'-этано-β-D-рибофуранозил}пурин (22b)

Нуклеозид 20 (1,78 г, 3,01 ммоль) растворяли в 0,5 М NaOH в смеси ТГФ/метанол/H₂O (5:4:1, 15 мл) при 0°С. Перемешивали реакционную смесь в течение 20 минут при 0°С и гасили реакцию путем добавления NH₄Cl (484 мг). Затем разбавляли суспензию нас.NaHCO₃ (100 мл) и экстрагировали ДХМ (4 × 75 мл). Объединенные органические фазы сушили над MgSO₄, фильтровали и выпаривали. Неочищенный продукт очищали путем КХ (3% МеОН в ДХМ) с получением 21 (428 мг, 25%) и соответствующего а-аномера (992 мг, 60%) в виде белой пены.

Данные для 21: R_f=0,43 (5% МеОН в ДХМ);

¹Н ЯМР (300 МГц, CDCl₃) δ 7,71 (s, 1H, Н-С(8)), 7,68-7,60 (m, 4Н, Н-аром.), 7,44 -7,33 (т, 6Н, Н-аром.), 5,85 (dd, J=9,3, 5,8 Гц, 1H, Н-С(1')), 5,33 (шир., 2Н, ~NH2), 4,62 (dd, J=8,4, 4,9 Гц, 1Н, Н-С(4')), 4,44 (dd,J=10,7, 5,3 Гц, 1H, Н-С(5')), 4,40-4,15 (m, 2Н, Н-С(7'), ОН), 2,79 (q, J=8,7 Гц, 1H, Н-С(3')), 2,22 (dd, J=15,2, 9,3 Гц, 1Н, Н-С(6')), 2,11-2,02 (m, 1H, Н-С(6')), 2,02-1,85 (m, 2Н, Н-С(2')), 1,06 (s, 9Н, (CH₃)₃-C-Si).

¹³С ЯМР (75 МГц, CDCl₃) δ 158,73 (С(2)), 152,78 (С(4)), 151,94 (С(6)), 140,70 (С(8)), 135,70 (СН-аром.), 133,91, 133,48 (С-аром.), 129,90, 127,78 (СН-аром.), 125,97 (С(5)), 87,96 (С(Г)), 82,88 (С(5')), 76,85 (С(7')), 72,36 (С(5')), 50,41 (С(3')), 41,96 (С(б')), 35,73 (С(2')), 26,90 (CH₃)₃-C-Si), 19,02 (CH₃)₃-C-Si).

ИЭР⁺-МСВР m/z, расчет для C₂₈H₃₃O₃N₅ClSi ([М+Н]⁺) 550,2036, эксперимент 550,2015.

ПРИМЕР 22

(3'R,5'R,7'R)-N2-(N,N-димвтилформамидино)-9-{7'-[(трет-бутилдифенилсилил)окси]-2',3'-дидеокси-3',5'-этано-β-D-рибофуранозил}гуанин (22)

В раствор 21 (380 мг, 0,645 ммоль) и 3-гидроксипропаннитрила (0,22 мл, 3,23 ммоль) в сухом ДХМ (15 мл) добавляли 1,5,7-триазабицикло[4.4.0]дец-5-ен (400 мг, 2,87 ммоль) при 0°С.Перемешивали раствор в течение 3 часов при 0°С, а затем 2 дня при комн. темп.. Останавливали реакцию путем добавления оксида кремния. После выпаривания растворителя отфильтровывали порошок SiO₂, промывали МеОН и выпаривали растворитель с получением коричневой пены.

Неочищенный продукт растворяли в сухом ДМФ (5 мл) и добавляли диметилацеталь N,N-диметилформамида (0,43 мл, 3,2 ммоль). Перемешивали раствор в течение 2 часов при 55°С, а затем удаляли растворители при пониженном давлении. Неочищенный продукт очищали путем КХ (6% МеОН в ДХМ) с получением 23 (274 мг, 73%) в виде желтоватой пены.

Данные для 22: R_f=0,45 (12% МеОН в ДХМ);

¹H ЯМР (300 МГц, CDCl₃) δ 9,52 (s, 1H, NH), 8,46 (s, 1H, NC#N(CH3)2), 7,63 (dd, J=7,7, 1,5 Гц, 4H, Н-аром.), 7,50 (s, 1H, H-C(8)), 7,44-7,30 (m, 6H, Н-аром.), 5,83 (dd, J=9,3, 6,0 Гц, 1H, Н-С(Г)), 4,61 (dd, J=8,7, 5,0 Гц, 1H, Н-С(4')), 4,43-4,32 (m, 1H, Н-С(5')), 4,29 (dd, J=7,0, 4,8 Гц, 1H, Н-С(7')), 3,95 (d, J=5,1 Гц, 1Н, ОН), 2,98 (s, 6Н, NCHN(CH₃)₂), 2,79 (dd, J=18,0, 7,0 Гц, 1Н, Н-С(3')), 2,20 (dt,J=12,8, 5,4 Гц, 1H, Н-С(6')), 2,09-1,88 (m, 3Н, Н-С(б'), Н-С(2')), 1,05 (s, 9Н, (CH₃)₃-C-Si)).

¹³С ЯМР (75 МГц, CDCl₃) δ 158,73 (С(2)), 157,79 (С(6)), 156,91 (NCHN(CH₃)₂), 149,84 (С(4)), 137,00 (С(8)), 135,70, 135,67 (СН-аром.), 133,78, 133,60 (С-аром.), 129,93, 129,86, 127,78, 127,72 (СН-аром.), 121,61 (С(5)), 88,04 (С(Г)), 82,21 (С(4')), 77,49 (С(7')), 71,94 (С(5')), 50,13 (С(3')), 42,23 (С(6')), 41,20 (NCHN(CH₃)₂), 35,50 (С(2')), 34,97 (NCHN(CH₃)₂), 26,87 (CH₃)₃-C-Si), 19,02 (CH₃)₃-C-Si).

ИЭР⁺-МСВР m/z, расчет для C₃₁H₃₈O₄N₆Si ([М+Н]⁺) 586,2718, эксперимент 586,2703.

ПРИМЕР 23

(3'R,5'R,7'R)-М2-(N,N-димвтилформамидино)-9-{7'-[(трет-бутилдифенилсилил)окси]-2',3'-дидеокси-3',5'-этано-5'-O-[(4,4'-диметокситрифенил)метил]-β-D-рибофуранозил}гуанин (23)

В раствор 22 (139 мг, 0,237 ммоль) в сухом пиридине (2 мл) добавляли DMTr-Cl (240 мг, 0,708 ммоль) шестью порциями за 3 часа при комн. темп.. После перемешивания в течение ночи разбавляли оранжевый раствор нас. NaHCO₃ (20 мл) и экстрагировали ДХМ (3 X 20 мл). Объединенные органические фазы сушили над MgSO₄, фильтровали и выпаривали. Неочищенный продукт очищали путем КХ (4% МеОН в ДХМ,+0,5% Et₃N) с получением 23 (148 мг, 70%) в виде желтоватой пены.

Данные для 23: R_f=0,52 (10% МеОН в ДХМ);

¹H ЯМР (400 МГц, CDCl₃) δ 9,49 (s, 1H, NH), 8,38 (s, 1Н, NCHN(CH₃)₂), 7,80 (s, 1H, C(8)), 7,50-7,43 (m, 2H, Н-аром.), 7,42-7,27 (m, 10Н, Н-аром.), 7,26-7,15 (m, 6H, Н-аром.), 7,14-7,08 (m, 1H, Н-аром.), 6,77-6,68 (m, 4H, Н-аром.), 5,78 (dd, J=8,2, 5,9 Гц, 1H, H-С(1')), 4,25 (dt, J=11,0, 5,6 Гц, 1H, H-C(5')), 4,14-4,03 (m, 1H, H-C(4')), 3,70-3,64 (m, 7H, MeO, H-C(7')), 3,00 (s, 3H, NCHN(CH₃)₂), 2,97 (s, 3H, NCHN(CH₃)₂), 2,43 (dd, J=16,7, 7,5 Гц, 1H, H-C(3')), 2,24 (ddd, J=13,3, 10,1, 5,8 Гц, 1H, H-C(2')), 1,62 (td,J=13,1, 4,3 Гц, 1H, H-C(6')), 1,43 (dt, J=13,5, 8,0 Гц, 1H, H-C(2')), 0,99 (dd, J=13,3, 6,2 Гц, 1H), 0,86 (s, 9H, (CH₃)₃-C-Si)).

¹³C ЯМР (101 МГц, CDCl₃) δ 158,51, 158,49 (МеО-С-аром.), 158,04 (C(2)), 157,91 (C(6)), 156,60 (NCHN(CH₃)₂), 149,76 (C(4)), 145,83, 137,12, 136,94 (С-аром.), 136,01 (C(8)), 135,60, 135,59 (СН-аром.), 133,81, 133,47 (С-аром.), 130,32, 130,26, 129,77, 128,24, 127,82, 127,65, 127,62, 126,67 (СН-аром.), 120,65 (С(5)), 113,13, 113,09 (СН-аром.), 86,82 (C(Ph)₃), 85,01 (С(1')), 82,26 (С(4')), 76,14 (С(7')), 74,61 (С(5')), 55,19 (MeO-DMTr), 50,18 (С(3')), 41,29 (NCHN(CH₃)₂), 38,01 (С(б')), 37,76 (С(2')), 35,14 (NCHN(CH₃)₂) 26,81 87 (CH₃)₃-C-Si), 19,01 (CH₃)₃-C-Si).

ИЭР⁺-МСВР m/z, расчет для C₅₂H₅₇O₆N₆Si ([М+Н]⁺) 889,4103, эксперимент 889,4128.

ПРИМЕР 24

(3'S,5'R,7'R)-М2-(N,N-диметилформамидино)-9-{2',3'-дидеокси-3',5'-этано-7'-гидрокси-5'-O-[(4,4'-диметокситрифенил)метил]-β-D-рибофуранозил}гуанин (24)

В раствор 23 (243 мг, 0,273 ммоль) в сухом ТГФ (2 мл) добавляли TBAF (1М в ТГФ, 1,65 мл, 1,63 ммоль) при комн. темп.. Перемешивали раствор в течение 7 часов, а затем разбавляли нас.NaHCO₃ (30 мл) и экстрагировали ДХМ (4 × 30 мл). Объединенные органические фазы сушили над MgSO₄, фильтровали и выпаривали. Неочищенный продукт очищали путем КХ (7% МеОН в ДХМ,+0,5% Et₃N) с получением 24 (155 мг, 87%) в виде белой пены, в которой сохранялись следы TBAF.

Данные для 24: R_f=0,44 (10% МеОН в ДХМ);

¹H ЯМР (400 МГц, CDCl₃) δ 9,55 (s, 1H, NH), 8,45 (s, 1H, NCHN(CH₃)₂), 8,00 (s, 1H, H-С(8)), 7,60-7,50 (m, 2Н, Н-аром.), 7,49-7,39 (m, 4Н, Н-аром.), 7,31-7,23 (m, 2Н, Н-аром.), 7,21-7,12 (m, 1H, Н-аром.), 6,81 (d,J=8,5 Гц, 4Н, Н-аром.), 5,93 (dd, J=7,5, 6,1 Гц, 1H, Н-С(1')), 4,26 (dt,J=11,1, 5,8 Гц, 1H, Н-С(5')), 4,07-3,98 (m, 1H, Н-С(4')), 3,91 (d,J=4,3 Гц, 1H, Н-С(7')), 3,77 (s, 6Н, МеО), 3,14 (s, 3Н, NCHN(CH₃)₂), 3,04 (s, 3Н, NCHN(CH₃)₂), 2,73 (ddd, J=13,3, 10,1, 6,0 Гц, 1H, Н-С(2')), 2,63-2,48 (m, 1H, Н-С(3')), 2,12 (шир., 1Н, ОН), 1,95- 1,82 (m, 2Н, Н-С(б'), Н-С(2')), l,14(dd,J=13,4, 6,1 Гц, 1H, Н-С(6')).

¹³С ЯМР (101 МГц, CDCl₃) δ 158,52 (МеО-С-аром.), 158,12 (С(2)), 157,88 (С(6)), 156,65 (NCHN(CH₃)₂), 149,78 (С(4)), 145,69, 137,02, 136,99 (С-аром.), 136,07 (С(8)), 130,26, 128,26, 127,82, 126,74 (СН-аром.), 120,53 (С(5)), 113,12 (СН-аром.), 86,81 (С(РЬ)з), 85,35 (С(1')), 82,64 (С(4')), 74,61 (С(7')), 74,48 (С(5')), 55,23 (MeO-DMTr), 49,63 (С(3')), 41,37 (NCHN(CH₃)₂), 38,55 (С(6')), 38,23 (С(2')), 35,14 (NCHN(CH₃)₂).

ИЭР⁺-МСВР m/z, расчет для C₃₆H₃₉O₆N₆ ([М+Н]⁺) 651,2926, эксперимент 651,2912.

ПРИМЕР 25

(3'R,5'R,7'R)-N2-(N,N-диметилформамидино)-9-{7'-O-[(2-цианоэтокси)диизопропиламинофосфанил]-2',3'-дидеокси-3',5'-этано-5'-O-[(4,4'-диметокситрифенил)метил]-β-D-рибофуранозил}гуанин (25)

В раствор нуклеозида 24 (143 мг, 0,220 ммоль) и 5-(этилтио)-1Н-тетразола (43 мг, 0,33 ммоль) в сухом ДХМ (10 мл) по каплям добавляли 2-цианоэтил-N,N,N',N'-тетраизопропилфосфордиамидит (0,12 мл, 0,38 ммоль) при комн. темп.. После перемешивания в течение 50 минут разбавляли реакционную смесь нас.NaHCO₃ (20 мл) и экстрагировали ДХМ (3 × 20 мл). Объединенные органические фазы сушили над MgSO₄, фильтровали и выпаривали. Неочищенный продукт очищали путем КХ (3,5% МеОН в ДХМ,+0,5% Et₃N) с получением 25 (130 мг, смесь двух изомеров, 69%) в виде белой пены.

Данные для 25: R_f=0,60 (10% МеОН в ДХМ);

¹Н ЯМР (300 МГц, CDCl₃) δ 9,54, 9,47 (2s, 1H, NH), 8,54, 8,52 (2s, 1H, NC#N(CH3)2), 8,02, 8,00 (2s, 1H, H-C(8)), 7,58-7,49 (m, 2H, Н-аром.), 7,46-7,36 (m, 4H, Н-аром.), 7,25 (dd, J=11,0, 3,5 Гц, 2H, Н-аром.), 7,21-7,13 (m, 1H, Н-аром.), 6,80 (dd, J=8,8, 2,2 Гц, 4H, H-аром.), 6,00-5,82 (m, 1H, H-C(1')), 4,16 (dd, J=10,7, 5,4 Гц, 1H, H-C(5')), 4,00-3,82 (m, 2H, H-C(4'), H-C(7')), 3,77, 3,77 (2s, 6H,MeO), 3,62 (dt, J=12,2, 6,1 Гц, 2H, OCH₂CH₂CN), 3,51-3,33 (m, 2H, (Me₂CH)₂N), 3,15, 3,14 (2s, 3H, NCHN(CH₃)₂), 3,07 (s, 3H, NCHN(CH₃)₂), 2,85-2,61 (m, 2H, C(2'), C(3')), 2,59-2,44 (m, 2H, OCH₂CH₂CN), 2,00-1,79 (m, 2H, H-(C2'), H-C(6')), 1,53-1,26 (m, 1H, H-C(6')), 1,10, 1,01 (2t, J=6,4 Гц, 12H, (Me₂CH)₂N).

¹³C ЯМР (101 МГц, CDCl₃) δ 158,50 (МеО-С-аром.), 158,04, 158,00 (C(2)), 157,93 (C(6)), 156,61, 156,60 (NCHN(CH₃)₂), 149,73, 149,72 (C(4)), 145,62, 145,62, 136,97, 136,94 (C-аром.), 136,14(C(8)), 130,27, 130,24,130,22, 128,26,127,81, 126,73 (СН-аром.), 120,81, 120,76 (C(5)), 117,67, 117,56 (OCH₂CH₂CN), 113,10 (СН-аром.), 86,88, 86,85 (С(РЬ)з), 85,58, 85,37 (C(1')), 82,41, 82,07 (C(4')), 77,08, 76,01 (J_C,P=37,0, 15,1 Гц, C(7')), 74,52, 74,46 (C(5')), 58,19, 57,74 (J_C,P=18,9, 19,0 Гц OCH₂CH₂CN), 55,25, 55,21 (MeO-DMTr), 49,10, 48,83 (J_C,P=2,2, 4,8 Гц, C(3')), 43,12, 43,00 ((Me₂CH)₂N), 41,34, 41,33 (NCHN(CH₃)₂), 38,48, 38,41 (C(2'))s 37,23, 36,92 (J_C,P=5,7, 3,3 Гц C(6')), 35,17 ((Me₂CH)₂N), 24,56, 24,53, 24,48, 24,47, 24,43, 25,36, 24,35 (7s, Me₂CH)₂N), 20,39, 20,28 (J_C,P=7,1, 6,9 Гц, OCH₂CH₂CN).

³¹P ЯМР (122 МГц, CDCl₃) δ 147,69, 146,37.

ИЭР⁺-МСВР m/z, расчет для C₄₅H₅₆O₇N₈P ([M+H]+) 851,4004, эксперимент 851,4018.

ПРИМЕР 26

(3'S,5'R,7'R)-1-{7'-[(трет-бутилдифенилсилил)окси]-2',3'-дидеокси-3',5'-этано-β-В-рибофуранозил}урацил (26)

В раствор сахара 6 (669 мг, 1,62 ммоль) в сухом ДХМ (13 мл) добавляли 2,6-лутидин (0,94 мл, 8,10 ммоль) при 0°С. После перемешивания в течение 20 минут при 0°С по каплям добавляли TMSOTf (0,89 мл, 4,86 ммоль), а затем оставляли раствор нагреваться до комн. темп, и перемешивали еще 3 часа. Затем гасили реакцию путем добавления нас. NaHCO₃ (20 мл). Отделяли органическую фазу и дополнительно экстрагировали водную фазу ДХМ (2 × 20 мл). Объединенные органические фазы сушили над MgSO₄, фильтровали и выпаривали.

Неочищенный продукт растворяли в сухом ДХМ (12 мл), а затем добавляли урацил (545 мг, 4,86 ммоль) и BSA (1,8 мл, 7,29 ммоль) при комн. темп.. После перемешивания в течение 60 минут при комн. темп, охлаждали полученную тонкодисперсную суспензию до 0°С и добавляли N-йодсукцинимид (578 мг, 2,52 ммоль). После перемешивания в течение 30 минут при 0°С и 4 часов при комн. темп, разбавляли реакционную смесь ЕЮ Ас (50 мл) и затем промывали 10% водн. раствором Na₂S₂O₃ (30 мл) и нас.NaHCO₃ (30 мл). Объединяли водные фазы и экстрагировали ДХМ (2 × 20 мл). Объединенные органические фазы сушили над MgSO₄, фильтровали и выпаривали.

Неочищенный продукт растворяли в сухом толуоле (15 мл), а затем добавляли Bu₃SnH (0,65 мл, 2,43 ммоль) и азоизобутиронитрил (AIBN, 13 мг, 0,081 ммоль) при комн. темп.. После нагревания при 95°С в течение 2 часов охлаждали смесь до КТ и добавляли МеОН (7 мл) и HCl (1М в воде, 1,6 мл, 1,6 ммоль). Дополнительно перемешивали раствор в течение 15 минут, а затем разбавляли нас.NaHCO₃ (50 мл) и экстрагировали ДХМ (3 × 50 мл). Объединенные органические фазы сушили над MgSO₄, фильтровали и выпаривали. Неочищенный продукт очищали путем КХ (EtOAc/гексан 4:1) с получением 26 (490 мг, 61% за три стадии) в виде белой пены.

Данные для 26: R_f=0,15 (EtOAc/гексан 2:1);

¹Н ЯМР (300 МГц, CDCl₃) δ 9,95 (шир., 1Н, H-N(3)), 7,69 (d, J=6,4 Гц, 4Н, Н-аром.), 7,54-7,39 (m, 7Н, Н-С(6), Н-аром.), 5,98 (dd, J=9,3, 5,6 Гц, 1H, Н-С(1')), 5,71 (d, J=8,1 Гц, 1H, Н-С(5)), 4,51 (dd, J=13,7, 6,3 Гц, 2Н, Н-С(4'), Н-С(5')), 4,14 (шир., 1H, Н-С(7')), 3,25 (шир., 1H, ОН), 2,74 (dd, J=17,1, 8,7 Гц, 1H, Н-С(3')), 2,26-1,87 (m, 3Н, Н-С(2'), Н-С(6')), 1,49-1,19 (m, 1Н, Н-С(2')), 1,12 (s, 9Н, (CH₃)₃-C-Si).

¹³С ЯМР (75 МГц, CDCl₃) δ 163,65 (С(4)), 150,46 (С(2)), 139,85 (С(6)), 135,69, 135,66 (СН-аром.), 133,71, 133,42 (С-аром.), 129,98, 129,93, 127,85, 127,81 (СН-аром.), 102,84 (С(5)), 86,17 (С(1')Х 81,83 (С(4')), 76,94 (С(7')), 72,45 (С(5')), 50,09 (С(3')), 40,93 (С(б')), 35,83 (С(2')), 26,91 (CH₃)₃-C-Si), 19,03 (CH₃)₃-C-Si).

ИЭР⁺-МСВР m/z, расчет для C₂₇H₃₂O₅N₂NaSi ([М+Na]⁺) 515,1973, эксперимент 515,1963.

ПРИМЕР 27

(3'S,5'R,7'R)-1-{7'-[(трет-бутилдифенилсилил)окси]-2',3'-дидеокси-3',5'-этано-5'-O-[(4,4,-димвтокситрифенил)метил]-β-D)-рибофуранозил}урацил (27)

В раствор нуклеозида 26 (438 мг, 0,889 ммоль) в сухом пиридине (7 мл) добавляли DMTr-Cl (1,20 г, 3,55 ммоль) при комн. темп.. Перемешивали раствор в течение 1 дня при комн. темп., а затем разбавляли нас.NaHCO₃ (30 мл) и экстрагировали ДХМ (3 × 40 мл). Объединенные органические фазы сушили над MgSO₄, фильтровали и выпаривали. Неочищенный продукт очищали путем КХ (1,5% МеОН в ДХМ,+0,5% Et₃N) с получением 27 (601 мг, 80%) в виде желтой пены.

Данные для 27: R_f=0,48 (EtOAc/гексан 2:1);

¹Н ЯМР (300 МГц, CDCl₃) δ 9,26 (шир., 1Н, H-N(3)), 7,84 (d, J=8,1 Гц, 1Н, Н-С(6)), 7,40-7,08 (m, 19Н, Н-аром.), 6,69 (dd, J=8,8, 4,9 Гц, 4H, Н-аром.), 5,70 (dd, J=7,8, 5,8 Гц, 1Н, H-C(1')), 5,49 (dd, J=8,1, 1,5 Гц, 1H, H-C(5)), 4,24-4,11 (m, 1H, H-C(5')), 4,05-3,95 (m, 1H, H-C(4')), 3,65 (d, J=1,7 Гц, 6H, МеО), 3,62 (d, J=3,0 Гц, 1H, H-C(7')), 2,41 (dd, J=17,2, 8,5 Гц, 1H, H-C(3')), 2,24 (ddd, J=13,5, 10,2, 5,7 Гц, 1H, H-C(2')), 1,39-1,24 (m, 1H, H-C(6')), 1,04 (dd, J=13,1, 5,7 Гц, 1H, H-C(6')), 0,89 (dt, J=13,8, 8,3 Гц, 1H, H-C(2')), 0,81 (s, 9H, (CH₃)₃-C-Si).

¹³C ЯМР (75 МГц, CDCl₃) δ 163,58 (C(4)), 158,66 (МеО-С-аром.), 150,38 (C(2)), 145,61 (С-аром.), 139,92 (C(6)), 136,71, 136,56(С-аром.), 135,61, 135,55 (СН-аром.), 133,55, 133,41 (С-аром.), 130,30, 129,92, 129,84, 128,16, 127,90, 127,74, 127,67, 126,90, 113,19, 113,15 (СН-аром.), 102,12 (С(5)), 87,41 (C(Ph)₃), 86,80 (C(1')), 82,32 (С4')), 75,54 (С(7')), 74,41 (С(5')), 55,23 (MeO-DMTr), 50,05 (С(3')), 38,49 (С(б')), 37,53 (С(2')), 26,81 (CH₃)₃-C-Si), 18,99 (CH₃)₃-C-Si).

ИЭР⁺-МСВР m/z, расчет для C₄₈H₅₀O₇N₂NaSi ([М+Na]⁺) 817,3279, эксперимент 817,3286.

ПРИМЕР 28

(3'S,5'R,7'R)-1-{7'-[(трет-бутилдифенилсилил)окси]-2',3'-дидеокси-3',5'-этано-5'-O-[(4,4,-диметокситрифенил)метил]-β-D-рибофуранозил}цитозин (28)

В суспензию 1,2,4-триазола (1,83 г, 26,5 ммоль) в сухом MeCN (70 мл) при 0°С добавляли POCl₃ (0,57 мл, 6,05 ммоль), а затем Et₃N (4,2 мл, 30,2 ммоль). Перемешивали суспензию в течение 30 минут при 0°С, а затем добавляли раствор нуклеозида 27 (601 мг, 0,756 ммоль) в сухом MeCN (4 мл) при 0°С. После перемешивания в течение 4 часов при комн. темп, гасили реакцию путем добавления нас.NaHCO₃ (20 мл), удаляли MeCN при пониженном давлении и разбавляли полученную смесь нас. NaHCO₃ (30 мл) и экстрагировали ДХМ (3 × 60 мл). Объединенные органические фазы сушили над MgSO₄, фильтровали и выпаривали.

Затем растворяли неочищенный продукт в смеси 1,4-диоксана (18 мл) и конц. NH4OH (18 мл). После перемешивания в течение 3 часов при комн. темп, концентрировали смесь до половины объема в вакууме, разбавляли нас. NaHCO₃ (30 мл) и экстрагировали ДХМ (3 × 30 мл). Объединенные органические фазы сушили над MgSO₄, фильтровали и выпаривали. Неочищенный продукт очищали путем КХ (5% МеОН в ДХМ,+0,5% Et₃N) с получением 28 (520 мг, 87%) в виде белой пены.

Данные для 28: R_f=0,41 (10% МеОН в ДХМ);

¹Н ЯМР (300 МГц, CDCl₃) δ 7,96 (d, J=7,4 Гц, 1Н,Н-С(6)), 7,45 (d, J=7,4 Гц, 2Н, Н-аром.), 7,38-7,08 (m, 17Н, Н-аром.), 6,73 (dd, J=8,7, 4,7 Гц, 4Н, Н-аром.), 5,73 (t, J=8,6 Гц, 2Н, Н-С(5), Н-С(1')), 4,32-4,16 (m, 1H, Н-С(5')), 4,03 (t, J=5,6 Гц, 1H, Н-С(4')), 3,66 (d, J=0,9 Гц, 6Н,МеО), 3,61 (d, J=2,9 Гц, 1H, Н-С(7')), 2,50-2,33 (m, 2Н, Н-С(2'), Н-С(3')), 1,47-1,28 (m, 1H, Н-С(6')), 1,03 (dd, J=12,9, 5,6 Гц, 1H, Н-С(6')), 0,92-0,75 (m, 10Н, Н-С(2'), (CH₃)₃-C-Si).

¹³С ЯМР (75 МГц, CDCb) 8 165,78 (С(4)), 158,59 (МеО-С-аром.), 155,94 (С(2)), 145,88 (С-аром.), 140,68 (С(6)), 136,93, 136,78 (С-аром.), 135,59, 135,53 (СН-аром.), 133,60, 133,54 (С-аром.), 130,31, 129,86, 129,77, 128,15, 127,88, 127,71, 127,64, 126,79, 113,18, 113,14 (СН-аром.), 94,53 (С(5)), 87,55 (C(Ph)₃), 87,22 (C(1')), 82,23 (С(4')), 75,76 (С(7')), 74,68 (С(5')), 55,21 (MeO-DMTr), 50,18 (С(3')), 38,25 (С(б')), 38,08 (С(2')), 26,83 (CH₃)₃-C-Si), 19,00 (CH₃)₃-C-Si).

ИЭР⁺-МСВР m/z, расчет для C₄₈H₅₂O₆N₃Si ([М+Н]⁺) 794,3620, эксперимент 794,3649.

ПРИМЕР 29

(3'S,5'R,7'R)-N4-бензоил-1-{7'-[(трет-бутилдифенилсилил)окси]-2',3'-дидеокси-3',5'-этано-5'-O-[(4,4,-диметокситрифенил)метил]-β-D-рибофуранозил}цитозин (29)

В раствор нуклеозида 28 (519 мг, 0,653 ммоль) в сухом ДМФ (15 мл) добавляли Et₃N (110 мкл, 0,784 ммоль), а затем BZ₂O (370 мг, 1633 ммоль) при комн. темп, и перемешивали раствор в течение ночи. Затем гасили реакцию в растворе путем осторожного добавления нас.NaHCO₃ (60 мл) и экстрагировали ДХМ (3 × 70 мл). Объединенные органические фазы сушили над MgSO₄, фильтровали и выпаривали. Неочищенный продукт очищали путем КХ (гексан/EtOAc 2:3,+0,5% Et₃N) с получением 29 (580 мг, 99%) в виде белой пены.

Данные для 29: R_f=0,51 (EtOAc);

¹Н ЯМР (300 МГц, CDCl₃) δ 8,61 (d, J=7,4 Гц, 1H, Н-С(6)), 7,81 (d, J=7,5 Гц, 2Н, Н-аром.), 7,49-7,13 (m, 24Н, Н-аром., Н-С(5)), 6,77 (dd, J=8,5, 4,4 Гц, 4Н, Н-аром.), 5,73 (t, J=6,4 Гц, 1Н, H-C(l')), 4,39-4,20 (m, 1H, H-C(5')), 4,05 (t, J=6,1 Гц, 1H, H-C(4')), 3,70 (s, 6H,MeO), 3,63 (d, J=2,3 Гц, 1H, H-C(7')), 2,72-2,55 (m, 1H, H-C(2')), 2,48 (dd,J=16,0, 8,4 Гц, 1H, H-C(3')), 1,42- 1,29 (m, 1H, H-C(6')), 1,19-1,11 (m, 1H, H-C(6')), 1,07-0,96 (m, 1H, H-C(2')), 0,85 (s, 9H, (CH₃)₃-C-Si).

¹³C ЯМР (75 МГц, CDCl₃) δ 166,64 (CONH), 162,25 (C(4)), 158,70 (МеО-С-аром.), 154,84 (C(2)), 145,71 (С-аром.), 144,84 (C(6)), 136,74, 136,67 (С-аром.), 135,59, 135,51 (СН-аром.), 133,52, 133,42, 133,24 (С-аром.), 133,11, 130,30, 129,92, 129,85,129,02,128,12, 127,97, 127,76, 127,68, 127,61, 126,94, 113,25, 113,22(СН-аром.), 96,22 (С(5)), 89,07 (C(Ph)₃), 87,53 (C(1')), 83,46 (С(4')), 75,59 (С(7')), 74,71 (С(5')), 55,24 (MeO-DMTr), 50,35 (С(3')), 38,61 (С(б')), 38,15 (С(2')), 26,82 (CH₃)₃-C-Si), 19,00 (CH₃)₃-C-Si).

ИЭР⁺-МСВР m/z, расчет для C₅₅H₅₆O₇N₃Si ([М+Н]⁺) 898,3882, эксперимент 898,3898.

ПРИМЕР 30

(3'S,5'R,7'R)-N4-бензоил-1-{-2',3'-дидеокси-3',5'-этано-7'-гидрокси-5'-O-[(4,4'-диметокситрифенил)метил]-β-D-рибофуранозил}цитозин (30)

В раствор 29 (580 мг, 0,648 ммоль) в сухом ТГФ (14 мл) добавляли TBAF (1М в ТГФ, 3,25 мл, 3,25 ммоль) при комн. темп.. Перемешивали раствор в течение 1 дня, а затем разбавляли нас. NaHCO₃ (50 мл) и экстрагировали ДХМ (3 × 40 мл). Объединенные органические фазы сушили над MgSO₄, фильтровали и выпаривали. Неочищенный продукт очищали путем КХ (3% МеОН в ДХМ,+0,5% Et₃N) с получением 30 (366 мг, 85%) в виде белой пены.

Данные для 30: R_f=0,31 (5% МеОН в ДХМ);

¹H ЯМР (300 МГц, CDCl₃) δ 8,90 (шир., 1Н, NH), 8,73 (d, J=7,5 Гц, 1H, Н-С(6)), 7,82 (d, J=7,3 Гц, 2Н, Н-аром.), 7,55-7,31 (m, ЮН, Н-аром., Н-С(5)), 7,28-7,09 (m, 3Н, Н-аром.), 6,76 (dd, J=8,8, 1,7 Гц, 4Н, Н-аром.), 5,73 (t, J=6,3 Гц, 1H, Н-С(1')), 4,28-4,13 (m, 1H, Н-С(5')), 3,83 (t, J=6,0 Гц, 1H, Н-С(4')), 3,75 (d, J=3,6 Гц, 1H, Н-С(7')), 3,70 (s, 6Н, МеО), 2,86 (d, J=14,7 Гц, 1H, Н-С-(2')), 2,54 (dd, J=17,4, 7,4 Гц, 1Н, Н-С(3')), 1,68-1,55 (m, 1Н, Н-С(6')), 1,45-1,13 (m, 3Н, Н-С(2'), Н-С(6'), ОН).

¹³С ЯМР (75 МГц, CDCl₃) δ 166,63 (CONH), 162,34 (С(4)), 158,65 (МеО-С-аром.), 155,00 (С(2)), 145,62 (С-аром.), 145,11 (С(6)), 136,72, 136,64, 133,16 (С-аром.), 130,25, 129,02, 128,12, 127,93, 127,61, 126,95, 113,20 (СН-аром.), 96,24 (С(5)), 89,20 (С(Ph)₃), 87,48 (С(Г)), 83,40 (С(4')), 74,50, (С(5')) 73,90 (С(7')), 55,25 (MeO-DMTr), 50,05 (С(3')), 38,90 (С(б')), 38,40 (С(2')).

ИЭР⁺-МСВР m/z, расчет для C₃₉H₃₈O₇N₃ ([М+Н]⁺) 660,2704, эксперимент 660,2707.

ПРИМЕР 31

(3'S,5'R,7'R)-N4-бензоил-1-{7'-O-[(2-цианоэтокси)диизопропиламинофосфанил]-2',3'-дидеокси-3',5'-этано-5'-O-[(4,4'-диметокситрифенил)метил]-β-D-рибофуранозил}цитозин (31)

В раствор нуклеозида 30 (67 мг, 0,101 ммоль) и 5-(этилтио)-1Н-тетразола (22 мг, 0,17 ммоль) в сухом ДХМ (3 мл) по каплям добавляли 2-цианоэтил-N,N,N',N'-тетраизопропилфосфордиамидит (65 мкл, 0,20 ммоль) при комн. темп. После перемешивания в течение 40 минут разбавляли реакционную смесь ДХМ (20 мл) и промывали нас.NaHCO₃ (2 × 15 мл) и нас. NaCl (15 мл). Объединяли водные фазы и экстрагировали ДХМ (20 мл). Объединенные органические фазы сушили над MgSO₄, фильтровали и выпаривали. Неочищенный продукт очищали путем КХ (EtOAc,+0,5% Et₃N) с получением 31 (75 мг, смесь двух изомеров, 86%) в виде белой пены.

Данные для 31: R_f=0,67 (4% МеОН в ДХМ);

¹Н ЯМР (300 МГц, CDCl₃) δ 8,88 (s, 1H, NH), 8,79 (d, J=7,5 Гц, 1H, Н-С(6)), 7,93 (d, J=7,5 Гц, 2Н, Н-аром.), 7,67-7,40 (m, 10Н, Н-аром., Н-С(5)), 7,39-7,22 (m, 3Н, Н-аром.), 6,93-6,79 (m, 4Н, Н-аром.), 5,97-5,77 (m, 1Н, Н-С(1')), 4,22 (dt, J=14,5, 5,6 Гц, 1Н, Н-(5')), 3,98-3,84 (m, 2Н, Н-С(4'), Н-С(7')), 3,82 (s, 6Н,МеО), 3,66 (ddd, J=16,8, 13,5, 6,7 Гц, 2Н, OCH₂CH₂CN), 3,53-3,37 (m, 2Н, (Me₂CH)₂N), 3,14-2,93 (m, 1H, Н-С(2')), 2,84-2,66 (m, 1H, Н-С(3')), 2,53 (dt, J=12,4, 6,3 Гц, 2Н, OCH₂CH₂CN), 1,83-1,56 (m, 2Н, Н-С(6')), 1,46 (td, J=14,1, 7,0 Гц, 1H, Н-С(2')), 1,18-0,97 (m, 12Н, (Me₂CH)₂N).

¹³С ЯМР (75 МГц, CDCl₃) δ 166,70 (CONH), 162,32, 162,28 (С(4)), 158,68 (МеО-С-аром.), 154,93 (С(2)), 145,53 (С-аром.), 144,95, 144,89 (С(6)), 136,69, 136,63, 136,56, 136,52, 133,24 (С-аром.), 133,10, 130,24, 130,20, 129,01, 128,10, 127,94, 127,60, 126,96 (СН-аром.), 117,53 (OCH₂CH₂CN), 113,20 (СН-аром.), 96,24 (С(5)), 89,15, 89,10 (C(Ph)₃), 87,55, 87,54 (С(1')), 83,11, 83,04 (С(4')), 75,93, 75,37 (J_C,P=16,7, 15,5 Гц, С(7')), 74,48 (С(5')), 58,25, 57,99 (J_C,P=17,9, 18,1 Гц OCH₂CH₂CN), 55,27, 55,24 (MeO-DMTr), 49,27, 49,03 (J_C,P=3,1, 4,8 Гц, С(3')), 43,15, 42,98 ((Me₂CH)₂N), 38,89, 38,80 (С(2')), 37,44, 37,24 (J_C,P=5,2, 3,2 Гц, С(6')), 24,58, 24,54, 24,48, 24,45, 24,35 (5s, Me₂CH)₂N 20,33, 20,24 (J_C,P=5,8, 5,7 Гц, OCH₂CH₂CN).

³¹Р ЯМР (121 МГц, CDCl₃) δ 147,19, 146,94.

ИЭР⁺-МСВР m/z, расчет для C₄₈H₅₅O₈N₅P ([М+Н]⁺) 860,3783, эксперимент 860,3791.

ПРИМЕР 32

(3'S,5'R,7'R)-1-{2',3'-дидеокси-3',5'-этано-7'-O-(4-нитробензоат)-5'-O-[(4,4'-диметокситрифенил)метил]-β-D-рибофурантил}тимин (32)

В раствор нуклеозида 11 (100 мг, 0,175 ммоль) и 4-диметиламинопиридина (26 мг, 0,21 ммоль) в сухом ДХМ (8 мл) добавляли 4-нитробензоилхлорид (59 мг, 0,315 ммоль) при комн. темп.. После перемешивания в течение 6 часов гасили реакцию путем добавления нас. NaHCO₃ (5 мл). Затем разбавляли смесь нас. NaHCO₃ (15 мл) и экстрагировали ДХМ (3 X 15 мл). Объединенные органические фазы сушили над MgSO₄, фильтровали и выпаривали. Неочищенный продукт очищали путем КХ (2,5% МеОН в ДХМ,+0,5% Et₃N) с получением 32 (98 мг, 78%) в виде белой пены, содержащей следы Et₃N.

Данные для 32: R_f=0,42 (5% МеОН в ДХМ);

¹Н ЯМР (300 МГц, CDCl₃) δ 8,26 (t, J=7,3 Гц, 3Н, Н-аром., HN(3)), 8,00 (d, J=8,9 Гц, 2Н, Н-аром.), 7,72 (d, J=1,0 Гц, 1H, Н-С(6)), 7,55 (d, J=6,9 Гц, 2Н, Н-аром.), 7,44 (dd, J=8,8, 6,6 Гц, 4Н, Н-аром.), 7,35-7,18 (m, 3Н, Н-аром.), 6,83 (dd, J=9,0, 2,6 Гц, 4Н, Н-аром.), 6,01 (dd,J=8,2, 5,2 Гц, 1Н, Н-С(Г)), 4,96 (d,J=3,3 Гц, 1H, Н-С(7')), 4,33 -4,24 (m, 1Н, Н-С(4')), 4,24-4,13 (m, 1H, Н-С(5')), 3,78 (d, J=0,9 Гц, 6Н,МеО), 2,92-2,72 (m, 2Н, Н-С(3'), Н-С(2')), 1,81 (d, J=0,6 Гц, 3Н, Ме-С(5)), 1,79-1,62 (m, 2Н, Н-С(6')), 1,22 (d, J=5,9 Гц, 1Н, Н-С(2')).

¹³С ЯМР (75 МГц, CDCl₃) δ 164,05, 163,84 (С(4), C02R), 158,81 (МеО-С-аром.), 150,64, 150,52 (02N-C-apoM., С(2)), 145,29, 136,43, 136,34 (С-аром.), 135,18 (С(6)), 130,62, 130,20, 130,17, 128,16, 128,01, 127,15, 123,58, 113,30, 113,27 (С-аром.), 111,17 (С(5)), 87,53 (С(РЬ)з), 86,29 (С(Г)), 81,59 (С(4')), 78,65 (С(7')), 74,16 (С(5')), 55,26 (MeO-DMTr), 47,07 (С(3')), 37,35 (С(2')), 35,71 (С(б')), 12,51 (Ме-С(5)).

ИЭР⁺-МСВР m/z, расчет для C₄₀H₃₇O₁₀N₃Na ([М+Na]⁺) 742,2371, эксперимент 742,2375.

ПРИМЕР 33

((3'S,5'R,7'R)-1-{2',3'-дидеокси-3',5'-этано-7'-O-(4-нитробензоат)-β-D-рибофуранозил}тимин (33)

В раствор 32 (60 мг, 0,083 ммоль) в смеси сухого ДХМ (1 мл) и МеОН (0,4 мл) по каплям добавляли дихлоруксусную кислоту (0,2 мл) при комн. темп.. После перемешивания в течение 3 часов разбавляли смесь нас.NaHCO₃ (15 мл) и экстрагировали ДХМ (3 × 10 мл). Объединенные органические фазы сушили над MgSO₄, фильтровали и выпаривали. Неочищенный продукт очищали путем КХ (5% МеОН в ДХМ) с получением 33 (29 мг, 84%) в виде белой пены. Кристаллы, подходящие для рентгеновского анализа, получали путем перекристаллизации в смеси H₂O/МеОН.

Данные для 33: R_f=0,18 (5% МеОН в ДХМ);

¹Н ЯМР (400 МГц, ДМСО) δ 11,33 (s, 1Н, H-N(3)), 8,34 (d, J=8,8 Гц, 2Н, Н-аром.), 8,27-8,13 (m, 2Н, Н-аром.), 7,78 (s, 1H, Н-С(6)), 5,96 (dd, J=9,3, 5,6 Гц, 1H, Н-С(1')), 5,18 (t, J=3,8 Гц, 1H, Н-С(7')), 5,12 (d, J=6,0 Гц, 1H, ОН), 4,33 (dd, J=7,3, 4,7 Гц, 1H, Н-С(4')), 4,27 (td, J=10,5, 5,5 Гц, 1H, Н-С(5')), 2,90 (dd, J=17,2, 8,5 Гц, 1H, Н-С(3')), 2,58-2,46 (m, 1Н, Н-С(2')), 2,30 (ddd, J=13,8, 8,8, 5,3 Гц, 1Н, Н-С(6')), 2,03 (dd, J=9,6, 4,2 Гц, 1H, Н-С(6')), 1,92-1,76 (m, 4Н, Н-С(2'), Ме-С(5)).

¹³С ЯМР (101 МГц, ДМСО) δ 164,33, 164,23 (С(4), C02R), 150,91, 150,75 (02N-C-apoM., С(2)), 136,79 (С-аром.), 135,69 (С(6)), 131,20, 124,32 (СН-аром.), 109,89 (С(5)), 85,31 (С(1')), 81,48 (С(4')), 80,07 (С(7')), 71,72 (С(5')), 47,18 (С(3')), 37,77 (С(6')), 35,48 (С(2')), 12,66 12,58 (Ме-С(5)).

ИЭР⁺-МСВР m/z, расчет для C₁₉H₂₀O₈N₃ ([М+Н]⁺) 418,1245, эксперимент 418,1242.

ПРИМЕР 35

(3'R,5'R,7'R)-1-{5'-O-ацетил-7'-[(трет-бутилдифенилсилил)окси]-2',3'-дидеокси-3',5'-этано-α,β-D-рибофуранозил}тимин (35)

В раствор сахара 7 (933 мг, 2,05 ммоль) и тимина (372 мг, 3,08 ммоль) в сухом MeCN (12 мл) по каплям добавляли BSA (1,5 мл, 6,15 ммоль) при комн. темп.. После перемешивания в течение 50 минут при комн. темп, охлаждали раствор до 0°С и по каплям добавляли TMSOTf (0,45 мл, 2,5 ммоль). После дополнительного перемешивания в течение 3 часов при 0°С и 15 часов при комн. темп, разбавляли реакционную смесь нас.NaHCO₃ (100 мл) и экстрагировали ДХМ (4 × 40 мл). Объединенные органические фазы сушили над MgSO₄, фильтровали и выпаривали. Неочищенный продукт очищали путем КХ (2,5% изопропанола в ДХМ) с получением смеси 35 (924 мг, 82%) с отношением аномеров α/β ≈ 85:15 в виде белой пены.

Данные для 35: R_f=0,56 (7% МеОН в ДХМ);

¹Н ЯМР (300 МГц, CDCl₃) δ 9,14 (шир., 1H, H-N(3)), 7,53 (dd, J=7,7, 1,6 Гц, 4Н, Н-аром.), 7,39-7,23 (m, 6Н, Н-аром.), 7,09 (d, J=1,0 Гц, 0,15 Н, Н-С(6)), 6,87 (d, J=1,0 Гц, 0,85 Н, Н-С(6)), 5,83 (t, J=6,2 Гц, 0,85 Н, Н-С(Г)), 5,80-5,70 (т, 0Д5Н, Н-С(1')), 5,36 -5,04 (m, 1Н, Н-С(5')), 4,89 (dd, J=6,3, 5,2 Гц, 1H, Н-С(4')), 4,62 (dd, J=7,1, 5,6 Гц, 0Д5Н, Н-С(4')), 4,01-3,85 (m, 1H, Н-С(7')), 2,76-2,55 (m, 1H, Н-С(3')), 2,09-1,91 (m, 4Н, Н-С(6'), МеСО₂), 1,90-1,58 (m, 6Н, Н-С(6'), Н-С(2'), Ме-С(5)), 0,96 (s, 9Н, (CH₃)₃-C-Si).

13СЯМР (75 МГц, CDCl₃) δ 170,70 (MeCO₂), 163,87 (С(4)), 150,29 (С(2)), 135,69, 135,67 (СН-аром.), 134,99 (С(6)), 133,58, 133,18 (С-аром.), 130,03, 127,87 (СН-аром.), 111,05 (С(5)), 87,56 (С(1')) 82,85 (С(4')), 76,50 (С(7')), 74,76 (С(5')), 50,72 (С(3')), 37,79 (С(6')), 36,94 (С(2')), 26,88 ((CH₃)₃-C-Si), 20,95 (МеСО₂), 19,01 ((CH₃)₃-C-Si), 12,63 (Ме-С(5)).

ИЭР⁺-МСВР m/z, расчет для C₃₀H₃₇O₆N₂Si ([М+Н]⁺) 549,2415, эксперимент 549,2401.

ПРИМЕР 36

(3'S,5'R,7'R)-1-{5'-О-ацетил-2',3'-дидеокси-3',5'-этано-7,-гидрокси-α,β-D-рибофуранозил}тимин (36)

В раствор нуклеозида 35 (924 мг, 1,68 ммоль) в сухом ТГФ (10 мл) добавляли TBAF (1М в ТГФ, 3,4 мл, 3,4 ммоль) при комн. темп.. После перемешивания в течение 2 часов при комн. темп. разбавляли реакционную смесь нас. NaHCO₃ (80 мл) и экстрагировали EtOAc (3 X 80 мл) и ДХМ (2 X 80 мл). Объединенные органические фазы сушили над MgSO₄, фильтровали и выпаривали. Неочищенный продукт очищали путем КХ (5% МеОН в ДХМ) с получением смеси аномеров 36 (391 мг, 75%).

Данные для 36: R_f=0,24 (7% МеОН в ДХМ);

¹Н ЯМР (400 МГц, CDCl₃) δ 9,66 (шир., 0,15Н, H-N(3)), 9,63 (шир., 0,85Н, H-N(3)), 7,27 (d, J=1,0 Гц, 0,15Н, Н-С(6)), 7,06 (d, J=1,0 Гц, 0,85Н, Н-С(6)), 6,00 (t, J=6,1 Гц, 0,85Н, Н-С(1')), 5,91 (dd, J=8,8, 5,5 Гц, 0,15Н, Н-С(1')), 5,26-5,10 (m, 1H, Н-С(5')), 4,92 (dd, J=6,5, 5,3 Гц, 0,85Н, Н-С(4')), 4,65 (dd, J=6,9, 5,7 Гц, 0,15Н, Н-С(4')), 4,19-4,03 (m, 1H, Н-С(7')), 2,91-2,72 (m, 2Н, Н-С(3'), ОН), 2,64 (ddd, J=13,3, 9,8, 5,5 Гц, 0,15Н, Н-С(2')), 2,25-2,15 (m, 1,70Н, Н-С(2')), 2,05 (s, 0,45Н, MeCO₂), 2,04 (s, 2,55Н, MeCO₂), 2,03-1,89 (m, 2Н, Н-С(6')), 1,88 (d, J=0,7 Гц, 0,45Н, Ме-С(5)), 1,85 (d, J=0,6 Гц, 2,55Н, Ме-С(5)), 1,42-1,28 (m, 0,15Н, Н-С(2')).

¹³С ЯМР (101 МГц, CDCl₃) δ 170,87 (MeCO₂), 164,26 (С(4)), 150,66 (С(2)), 135,54 (С(6)), 111,22 (С(5)), 87,97 (С(1'), 82,97 (С(4')), 75,08 (С(7')), 74,52 (С(5')), 50,07 (С(3')), 37,81 (С(2')), 37,23 (С(6')), 21,02 (MeCO₂), 12,67 (Ме-С(5)).

ИЭР⁺-МСВР m/z, расчет для C₁₄H₁₉O₆N₂ ([М+Н]⁺) 311,1238, эксперимент 311,1234.

ПРИМЕР 37

(3'S,5'R,7'R)-1-{5'-О-ацетил-2',3'-дидеокси-3',5'-этано-7'-O-[(4,4'-диметокситрифенил)метил]-α,β-D-рибофуранозил}тимин (37)

В раствор нуклеозида 36 (364 мг, 1,17 ммоль) в сухом пиридине (7 мл) добавляли DMTr-Cl (1,19 г, 3,51 ммоль) при комн. темп.. Перемешивали раствор в течение 1 дня, а затем разбавляли нас. NaHCO₃ (50 мл) и экстрагировали ДХМ (3 X 50 мл). Объединенные органические фазы сушили над MgSO₄, фильтровали и выпаривали. Неочищенный продукт очищали путем КХ (EtOAc/гексан 2:1, +0,5% Et₃N) с получением смеси аномеров 37 (690 мг, 96%) в виде желтой пены.

Данные для 37: R_f=0,70 (8% МеОН в ДХМ);

¹H ЯМР (300 МГц, CDCl₃) δ 9,17 (шир., 0,85Н, H-N(3)), 8,56 (шир., 0,15Н, H-N(3)), 7,38-7,32 (m, 2Н, Н-аром.), 7,29-7,15 (m, 7Н, Н-аром.), 6,82 (d, J=1,1 Гц, 1H, Н-С(6)), 6,76 (d, J=8,9 Гц, 4Н, Н-аром.), 5,86 (t, J=6,0 Гц, 0,85Н, Н-С(1')), 5,71 (dd, J=8,9, 5,4 Гц, 0,15Н, Н-С(1')), 5,25 (dd, J=10,2, 5,6 Гц, 0,15Н, Н-С(5')), 5,21-5,11 (m, 0,85Н, Н-(С5')), 4,78 (dd, J=6,7, 4,8 Гц, 0,85Н, Н-С(4')), 4,49 (dd, J=7,1, 5,3 Гц, 0,15Н, Н-С(4')), 3,84 (шир., 1Н, Н-С(7')), 3,72, 3,71 (2s, 6Н, МеО), 2,34-2,23 (m, 1Н, Н-С(3')), 2,01, 1,99 (2s, 3Н, MeCO₂), 1,82 (d, J=0,5 Гц, Ме-С(5)), 1,80-1,56 (m, 4Н, Н-С(2'), Н-С(6')).

¹³С ЯМР (75 МГц, CDCl₃) δ 170,69 (MeCO₂), 163,91 (С(4)), 158,82 (МеО-С-аром.), 150,33 (С(2)), 145,34, 136,64, 136,58 (С-аром.), 135,00 (С(6)), 130,25, 128,39, 128,07, 127,15, 113,41 (СН-аром.), 111,04 (С(5)), 87,70 (C(Ph)₃), 87,31 (С(1')), 83,15 (С(4')), 77,16 (С(7')), 74,96 (С(5')), 55,37 (MeO-DMTr), 49,12 (С(3')), 37,55 (С(2')), 36,82 (С(6')), 21,07 (MeCO₂), 12,66 (Ме-С(5)).

ИЭР⁺-МСВР m/z, расчет для C₃₅H₃₆O₈N₂ ([М+Н]⁺) 612,2466, эксперимент 612,2453.

ПРИМЕР 38

(3'S,5'R,7'R)-1-{2',3'-дидеокси-3',5'-этано-7,-O-[(4,4'-диметокситрифенил)метил]-α-D-рибофуранозил}тимин (38)

В раствор нуклеозида 37 (690 мг, 1,12 ммоль) в сухом МеОН (10 мл) добавляли K₂CO₃ (467 мг, 3,36 ммоль) при комн. темп.. Перемешивали раствор в течение 3 часов, а затем разбавляли нас. NaCl (60 мл) и экстрагировали ДХМ (3 X 60 мл). Объединенные органические фазы сушили над MgSO₄, фильтровали и выпаривали. Неочищенный продукт очищали путем КХ (3% изопропанола в Et₂O, +0,5% Et₃N) с получением α-аномера 38 (550 мг, 86%) в виде белого твердого вещества.

Данные для 38: R_f=0,39 (5% МеОН в ДХМ);

¹Н ЯМР (400 МГц, CDCl₃) δ 9,37 (шир., s, 1H, H-N(3)), 7,39-7,31 (m, 2Н, Н-аром.), 7,25 (d, J=8,3 Гц, 4Н, Н-аром.), 7,20 (t, J=1,1 Гц, 2Н, Н-аром.), 7,16-7,08 (m, 1H, Н-аром.), 6,78 (d, J=1,1 Гц, 1H, Н-С(6)), 6,74 (d, J=8,8 Гц, 4Н, Н-аром.), 5,91 (dd, J=6,5, 4,9 Гц, 1Н, Н-С(1')), 4,57 (dd, J=7,2, 4,4 Гц, 1H, Н-С(4')), 4,35-4,18 (m, 1H, Н-С(5')), 3,86 (d, J=4,7 Гц, 1H, Н-С(7')), 3,69 (s, 6Н, МеО), 2,53 (шир., 1Н, ОН), 2,22 (dd, J=15,3, 6,3 Гц, 1Н, Н-С(3')), 1,85-1,69 (m, 5Н, Ме-С(5), Н-С(2'), Н-С(6')), 1,66-1,49 (m, 2Н, Н-С(2'), Н-С(6')).

¹³С ЯМР (101 МГц, CDCl₃) δ 163,98 (С(4)), 158,67 (МеО-С-аром.), 150,47 (С(2)), 145,48, 136,80, 136,75 (С-аром.), 134,94 (С(6)), 130,19, 130,18, 128,35, 127,97, 127,01, 113,31 (СН-аром.), 111,04 (С(5)), 87,82 (С(Ph)₃), 87,05 (С(1')), 85,74 (С(4')), 78,26 (С(7')), 73,33 (С(5')), 55,31 (MeO-DMTr), 48,81 (С(3')), 40,21 (С(6')), 37,68 (С(2')), 12,65 (Ме-С(5)).

ИЭР⁺-МСВР m/z, расчет для C₃₃H₃₅O₇N₂ ([М+Н]⁺) 571,2439, эксперимент 571,2421.

ПРИМЕР 39

(3'S,5'R,7'R)-1-{5,-O-[(2-цианоэтокси)диизопропиламинофосфанил]-2',3'-дидеокси-3',5'-этано-7'-O-[(4,4,-диметокситрифенил)метил]-α-D-рибофуранозил}тимин (39)

В раствор нуклеозида 38 (200 мг, 0,350 ммоль) и 5-(этилтио)-1Н-тетразола (59 мг, 0,46 ммоль) в сухом ДХМ (7 мл) по каплям добавляли 2-цианоэтил-N,N,N',N'-тетраизопропилфосфордиамидит (0,17 мл, 0,53 ммоль) при комн. темп.. После перемешивания в течение 1 часа разбавляли реакционную смесь ДХМ (50 мл) и промывали нас. NaHCO₃ (2 X 25 мл) и нас. NaCl (25 мл). Объединяли водные фазы и экстрагировали ДХМ (30 мл). Объединенные органические фазы сушили над MgSO₄, фильтровали и выпаривали. Неочищенный продукт очищали путем КХ (2% МеОН в ДХМ, +0,5% Et₃N) с получением 39 (220 мг, смесь двух изомеров, 81%) в виде белого твердого вещества.

Данные для 39: R_f=0,44 (4% МеОН в ДХМ);

¹Н ЯМР (300 МГц, CDCl₃) δ 9,03 (шир., 1H, H-N(3)), 7,36 (d, J=8,1 Гц, 2Н, Н-аром.), 7,30-7,07 (m, 7Н, Н-аром.), 6,84 (s, 1H, Н-С(6)), 6,80-6,69 (m, 4Н, Н-аром.), 5,95, 5,88 (2dd, J=6,6, 4,8 Гц, 1H, Н-С(1')), 4,70, 4,61 (2dd, J=7,3, 4,3 Гц, 1Н, Н-С(4')), 4,41-4,20 (m, 1H, Н-С(5')), 3,94-3,82 (m, 1Н, Н-С(7')), 3,81-3,62 (m, 8Н, МеО, OCH₂CH₂CN), 3,59-3,40 (m, 2Н, (Ме₂СН)₂N), 2,61-2,46 (m, 2Н, OCH₂CH₂CN), 2,28 (ddd, J=14,1, 13,2, 7,3 Гц, 1H, Н-С(3')), 1,91-1,73 (m, 5Н, Ме-С(5), Н-С(6'), Н-С(2')), 1,72-1,46 (m, 2Н, Н-С(6'), Н-С(2')), 1,16-1,00 (m, 12Н, (Me₂CH)₂N).

¹³С ЯМР (75 МГц, CDCl₃) δ 164,01, 163,98 (С(4)), 158,70 (МеО-С-аром.), 150,39, 150,17 (С(2)), 145,52, 136,84, 136,78 (С-аром.), 135,44, 135,39 (С(6)), 130,21, 128,36, 128,32, 128,00, 127,03 (СН-аром.), 118,02, 117,76 (OCH₂CH₂CN), 113,32 (СН-аром.), 110,91, 110,59 (С(5)), 88,31, 88,06 (С(Ph)₃), 87,11, 87,06 (С(1')), 85,44, 85,39 (J_C,P=4,6, 3,1 Гц, С(4')), 78,25, 78,13 (С(7')), 74,70, 74,34 (J_C,P=13,5, 18,5 Гц, С(5')), 58,73, 58,47 (J_C,P=18,9, 20,1 Гц, (OCH₂CH₂CN)), 55,35, 55,32 (MeO-DMTr), 48,80, 48,64 (С(3')), 43,22, 43,06 (J_C,P=12,4, 11,0 Гц (Ме₂СН)₂N), 39,68, 39,63 (С(6')), 38,06, 37,93 (С(2')), 24,81, 24,74, 24,71, 24,68, 24,65, 24,59 (6s, Ме2СЯ)2Щ 20,37, 20,35 (J_C,P=7,1, 6,8 Гц, OCH₂CH₂CN), 12,66 (Ме-С(5)).

³¹Р ЯМР (122 МГц, CDCl₃) δ 148,18, 147,80.

ИЭР⁺-МСВР m/z, расчет для C₄₂H₅₂O₈N₄P ([М+Н]⁺) 771,3517, эксперимент 771,3517.

ПРИМЕР 40

(3'S,5'R,7'R)-N4-бензоил-1-{2',3'-дидеокси-3',5'-этано-7'-O-[(4,4'-диметокситрифенил)метил]-α-D-рибофуранозил}-5-метилцитозин (40)

В раствор нуклеозида 38 (268 мг, 0,470 ммоль) в сухом MeCN (5 мл) по каплям добавляли BSA (0,28 мл, 1,13 ммоль) при 0°C, а затем перемешивали раствор в течение ночи при комн. темп.. В другой колбе суспензию 1,2,4-триазола (1,14 г, 16,5 ммоль) в сухом MeCN (50 мл) охлаждали до 0°C и добавляли POCl₃ (0,35 мл, 3,8 ммоль), затем Et₃N (2,62 мл, 18,8 ммоль). Перемешивали суспензию в течение 30 минут при 0°C, а затем в суспензию добавляли полученный ранее раствор силилированного соединения 38 и дополнительно перемешивали смесь в течение 7 часов при комн. темп.. Реакцию гасили путем добавления нас. NaHCO₃ (10 мл), удаляли MeCN при пониженном давлении и разбавляли полученную смесь нас. NaHCO₃ (30 мл) и экстрагировали ДХМ (3 X 30 мл). Объединенные органические фазы сушили над MgSO₄, фильтровали и выпаривали.

Затем растворяли неочищенный продукт в смеси 1,4-диоксана (10 мл) и конц. NH₄OH (10 мл). После перемешивания в течение 3 часов при комн. темп, концентрировали смесь до половины объема в вакууме, разбавляли нас. NaHCO₃ (25 мл) и экстрагировали ДХМ (4 X 30 мл). Объединенные органические фазы сушили над MgSO₄, фильтровали и выпаривали.

Затем растворяли неочищенный продукт в сухом ДМФ (10 мл). Добавляли Et₃N (80 мкл, 0,56 ммоль), затем Bz₂O (266 мг, 1,18 ммоль) при комн. темп, и перемешивали раствор в течение ночи. Реакцию в полученном коричневатом растворе гасили, осторожно добавляя нас. NaHCO₃ (40 мл), и экстрагировали ДХМ (4 X 40 мл). Объединенные органические фазы сушили над MgSO₄, фильтровали и выпаривали. Неочищенный продукт очищали путем КХ (EtOAc/гексан 1:1, +0,5% Et₃N) с получением 40 (263 мг, 83%) в виде белой пены.

Данные для 40: R_f=0,53 (EtOAc/гексан 3:1);

¹H ЯМР (300 МГц, CDCl₃) δ 13,11 (шир., 1H, NH), 8,30-8,10 (m, 2Н, Н-аром.), 7,47-7,29 (m, 5Н, Н-аром.), 7,28-7,06 (m, 7Н, Н-аром.), 7,00 (d, J=0,8 Гц, 1H, Н-С(6)), 6,74 (d, J=8,6 Гц, 4Н, Н-аром.), 5,89 (dd, J=6,3, 4,6 Гц, 1H, Н-С(1')), 4,61 (dd, J=7,2, 4,5 Гц, 1H, Н-С(4')), 4,33-4,20 (m, 1H, Н-С(5')), 3,87 (шир., 1Н, Н-С(7')), 3,69 (s, 6Н, МеО), 2,32-2,13 (m, 2Н, Н-С(3'), ОН), 1,99 (s, 3Н, Ме-С(5)), 1,87-1,73 (m, 2Н, Н-С(2'), Н-С(6')), 1,66-1,47 (m, 2Н, Н-С(2'), Н-С(6')).

¹³С ЯМР (75 МГц, CDCl₃) δ 179,61 (CONH), 159,76 (С(4)), 158,74 (МеО-С-аром.), 147,87 (С(2)), 145,47 (С-аром.), 137,17 (С(6)), 136,77, 136,68, 136,03 (С-аром.), 132,55, 130,21, 129,98, 128,34, 128,21, 128,03, 127,07, 113,35 (СН-аром.), 111,81 (С(5)), 88,74 (С(Ph)₃), 87,13 (С(1')), 86,12 (С(4')), 78,17 (С(7')), 73,31 (С(5')), 55,35 (MeO-DMTr), 48,63 (С(3')), 40,35 (С(6')), 38,06 (С(2')), 13,78 (Ме-С(5)).

ИЭР⁺-МСВР m/z, расчет для C₄₀H₄₀O₇N₃ ([М+Н]⁺) 674,2861, эксперимент 674,2877.

ПРИМЕР 41

(3'S,5'R,7'R)-N4-бензоил-1-{5'-O-[(2-цианоэтокси)диизопропиламинофосфанил]-2',3'-дидеокси-3',5'-этано-7,-O-[(4,4'-диметокситрифенил)метил]-α-D-рибофуранозил}-5-метилцитозин (41)

В раствор нуклеозида 40 (250 мг, 0,371 ммоль) и 5-(этилтио)-1Н-тетразола (73 мг, 0,56 ммоль) в сухом ДХМ (8 мл) по каплям добавляли 2-цианоэтил-N,N,N',N'-тетраизопропилфосфордиамидит (0,20 мл, 0,63 ммоль) при комн. темп.. После перемешивания в течение 30 минут разбавляли реакционную смесь ДХМ (30 мл) и промывали нас. NaHCO₃ (2 X 20 мл) и нас. NaCl (20 мл). Объединяли водные фазы и экстрагировали ДХМ (20 мл). Объединенные органические фазы сушили над MgSO₄, фильтровали и выпаривали. Неочищенный продукт очищали путем КХ (EtOAc/гексан 1:1, +0,5% Et₃N) с получением 41 (260 мг, смесь двух изомеров, 80%) в виде белой пены.

Данные для 41: R_f=0,57 (EtOAc/гексан 1:1);

¹Н ЯМР (300 МГц, CDCl₃) δ 13,26 (шир., 1H, NH), 8,32 (d, J=7,2 Гц, 2Н, Н-аром.), 7,58-7,39 (m, 5Н, Н-аром.), 7,38-7,14 (m, 8Н, Н-аром., Н-С(6)), 6,88-6,77 (m, 4Н, Н-аром.), 6,01, 5,96 (2dd, J=6,3, 4,6 Гц, 1H, Н-С(1')), 4,82, 4,74 (2dd, J=7,3, 4,3 Гц, 1H, Н-С(4')), 4,42 (td, J=10,6, 6,0 Гц, 1H, Н-С(5')), 3,97 (шир., 1Н, Н-С(7')), 3,91-3,68 (m, 8Н, МеО, OCH₂CH₂CN), 3,59 (dtd, J=16,7, 6,7, 3,4 Гц, 2Н, (Me₂CH)₂N)), 2,62 (dt, J=15,5, 6,4 Гц, 2Н, OCH₂CH₂CN), 2,49-2,23 (m, 1H, Н-С(3')), 2,11, 2,09 (2d, J=0,5 Гц, 3Н, Ме-С(5)), 2,00-1,82 (m, 2Н, Н-С(6'), Н-С(2')), 1,82-1,55 (m, 2Н, Н-С(6'), Н-С(2')), 1,17 (dd, J=16,3, 6,8 Гц, 12Н, (Me₂CH)₂N).

¹³С ЯМР (101 МГц, CDCl₃) δ 179,60 (CONH), 159,97 (С(4)), 158,76 (МеО-С-аром.), 147,81, 147,70 (С(2)), 145,54 (С-аром.), 137,34, 136,83 (С(6)), 136,77, 136,72, 136,65, 136,55 (С-аром.), 132,45, 130,22, 130,20, 129,96, 128,34, 128,31, 128,18, 128,00, 127,04 (СН-аром.), 117,89, 117,71 (OCH₂CH₂CN), 113,35 (СН-аром.), 111,60, 111,36 (С(5)), 89,24, 89,01 (С(Ph)₃), 87,16, 87,12 (С(1')), 85,78, 85,62 (J_C,P=4,3, 3,2 Гц, С(4')), 78,20, 77,98 (С(7')), 74,68, 74,37(J_C,P=13,4, 18,2 Гц, С(5')), 58,70, 58,44 (J_C,P=18,5, 20,0 Гц, (OCH₂CH₂CN)), 55,36, 55,33 (МеО-DMTr), 48,65, 48,44 (С(3')), 43,27, 43,14 (J_C,P=12,4, 12,3 Гц (Me₂CH₂)₂N), 39,87, 39,64 (J_C,P=3,4, 3,7 Гц (С(6')), 38,30, 38,22 (С(2')), 24,80, 24,72, 24,70, 24,67, 24,63 (Me₂CH)₂N), 20,39, 20,37 (J_C,P=7,2, 6,8 Гц, OCH₂CH₂CN), 13,72 (Ме-С(5)).

³¹Р ЯМР (121 МГц, CDCl₃) δ 148,18, 147,96.

ИЭР⁺-NCBP m/z, расчет для C₄₉H₅₇O₈N₅P ([М+Н]⁺) 874,3939, эксперимент 874,3946.

ПРИМЕР 42

(3'R,5'R,7'R)-N6-бензоил-9-{7'-[(трет-бутилдифенилсилил)окси]-2',3'-дидеокси-3',5'-этано-α-D-рибофуранозил}аденин (42)

Нуклеозид 15 (1,74 г, 2,64 ммоль) растворяли в 0,15 М NaOH в смеси ТГФ/метанол/H₂O (5:4:1, 80 мл) при 0°C. Перемешивали реакционную смесь в течение 20 минут и гасили реакцию путем добавления NH₄Cl (1,06 г). Затем удаляли растворители при пониженном давлении и очищали продукт путем КХ (5% изопропанола в ДХМ) с получением 42 (α-аномер, 836 мг, 51%) и 16 (β-аномер, 287 мг, 18%) в виде белой пены.

Данные для 42: R_f=0,35 (5% МеОН в ДХМ);

¹Н ЯМР (300 МГц, CDCl₃) δ 9,34 (s, 1H, NH), 8,71 (s, 1H, Н-С(2)), 8,02 (d, J=7,4 Гц, 2Н, Н-аром.)), 7,92 (s, 1Н, Н-С(8)), 7,68-7,58 (m, 4Н, Н-аром.), 7,58-7,31 (m, 9Н, Н-аром.), 6,23 (dd, J=6,7, 2,4 Гц, 1H, Н-С(1')), 4,74 (dd, J=6,6, 4,9 Гц, 1H, Н-С(4')), 4,49 (dt, J=12,5, 6,3 Гц, 1H, Н-С(5')), 4,10 (шир., 1H, Н-С(7')), 3,07 (d, J=6,1 Гц, 1H, ОН), 2,92 (dd,J=15,4, 7,3 Гц, 1H, Н-С(3')), 2,52-2,35 (m, 1Н, Н-С(2')), 2,10-1,97 (m, 1H, Н-С(6')), 1,94-1,77 (m, 2Н, Н-С(2'), Н-С(6')), 1,06 (s, 9Н, (CH₃)₃-C-Si).

¹³С ЯМР (75 МГц, CDCl₃) δ 164,98 (CONH), 152,65 (С(2)), 151,31 (С(4)), 149,69 (С(6)), 140,93 (С(8)), 135,74 (СН-аром.), 133,82, 133,68, 133,39 (С-аром.), 132,77, 130,02, 129,98, 128,76, 128,06, 127,87, 127,85 (СН-аром.), 123,38 (С(5)), 87,16 (С(1')), 85,35 (С(4')), 77,40 (С(7')), 72,79 (С(5')), 50,63 (С(3')), 40,86 (С(6')), 37,25 (С(2')), 26,94 ((CH₃)₃-C-Si), 19,05 ((CH₃)₃-C-Si).

ИЭР⁺-NCBP m/z, расчет для C₃₅H₃₈O₄N₅Si ([М+Н]⁺) 620,2688, эксперимент 620,2671.

ПРИМЕР 43

(3'R,5'R,7'R}-N6-бензоил-9-{5'-O-ацетил-7'-[(трет-бутилдифенилсилил)окси]-2',3'-дидеокси-3',5'-этано-α-D-рибофуранозил}аденин (43)

В раствор нуклеозида 42 (1,09 г, 1,75 ммоль) и 4-диметиламинопиридина (321 мг, 2,63 ммоль) в сухом ДХМ (50 мл) добавляли ангидрид уксусной кислоты (0,83 мл, 8,8 ммоль) при комн. темп. После перемешивания в течение ночи гасили реакцию путем добавления нас. NaHCO₃ (50 мл). Разделяли фазы и дополнительно экстрагировали водную фазу ДХМ (2 X 80 мл). Объединенные органические фазы сушили над MgSO₄, фильтровали и выпаривали. Неочищенный продукт очищали путем КХ (2,5% МеОН в ДХМ) с получением 43 (1,04 г, 90%) в виде белой пены.

Данные для 43: R_f=0,33 (EtOAc/гексан 4:1);

¹H ЯМР (300 МГц, CDCl₃) 5 8,99 (шир., 1H, NH), 8,73 (s, 1Н, Н-С(2)), 8,09-7,99 (m, 2Н, Н-аром.), 7,98 (s, 1H, Н-С(8)), 7,70-7,58 (m, 5Н, Н-аром.), 7,57-7,48 (m, 2Н, Н-аром.), 7,47-7,34 (m, 6Н, Н-аром.), 6,22 (dd, J=6,8, 3,2 Гц, 1H, Н-С(1')), 5,45-5,35 (m, 1H, Н-С(5')), 5,01 (dd, J=6,7, 5,0 Гц, 1Н, Н-С(4')), 4,09 (d, J=4,1 Гц, 1H, Н-С(7')), 3,02 (dt, J=9,5, 6,5 Гц, 1H, Н-С(3')), 2,55 (ddd, J=13,5, 10,0, 3,2 Гц, 1H, Н-С(2')), 2,15 (dd, J=13,2, 6,2 Гц, 1H, Н-С(6')), 2,09 (s, 3Н, MeCO₂), 2,01 (dt, J=8,0, 3,5 Гц, 1H, Н-С(2')), 1,88 (dt, J=13,6, 5,3 Гц, 1H, Н-С(6')), 1,08 (s, 9Н, (CH₃)₃-C-Si).

¹³С ЯМР (101 МГц, CDCl₃) δ 170,61 (MeCO₂), 164,75 (CONH), 152,67 (С(2)), 151,37 (С(4)), 149,64 (С(6)), 141,41 (С(8)), 135,85 (СН-аром.), 133,71, 133,38 (С-аром.), 132,91, 130,15, 130,10, 128,99, 128,02, 127,99, 127,97 (СН-аром.), 123,64 (С(5)), 87,37 (С(1')), 83,37 (С(4')), 76,63 (С(7')), 74,51 (С(5')), 51,19 (С(3')), 37,44 (С(2')), 37,32 (С(6')), 27,01 ((СН₃)₃-C-Si), 21,08 (MeCO₂), 19,14 ((CH₃)₃-C-Si).

ИЭР⁺-NCBP m/z, расчет для C₃₇H₄₀O₅N₅Si ([М+Н]⁺) 662,2793, эксперимент 662,2787.

ПРИМЕР 44

(3'S,5'R,7'R)-N6-бензоил-9-{5'-O-ацетил-2',3'-дидеокси-3',5'-этано-7'-гидрокси-α-D-рибофуранозил}аденин (44)

В раствор нуклеозида 43 (990 мг, 1,50 ммоль) в сухом ТГФ (50 мл) добавляли TBAF (1М в ТГФ, 3,0 мл, 3,0 ммоль) при комн. темп.. После перемешивания в течение 3,5 часа при комн. темп, разбавляли раствор EtOAc (30 мл) и удаляли ТГФ при пониженном давлении. Затем разбавляли смесь нас. NaHCO₃ (50 мл) и экстрагировали ДХМ (4 X 50 мл). Объединенные органические фазы сушили над MgSO₄, фильтровали и выпаривали. Неочищенный продукт очищали путем КХ (6% МеОН в ДХМ) с получением 44 (570 мг, 90%) в виде белой пены, содержащей следы TBAF.

Данные для 44: R_f=0,33 (10% МеОН в ДХМ);

¹Н ЯМР (400 МГц, CDCl₃) δ 9,60 (шир., 1H, NH), 8,67 (s, 1H, Н-С(2)), 8,09 (s, 1H, Н-С(8)), 7,96 (d, J=7,4 Гц, 2Н, Н-аром.), 7,51 (t, J=7,4 Гц, 1H, Н-аром.), 7,42 (t, J=7,5 Гц, 2Н, Н-аром.), 6,33 (dd, J=6,7, 3,1 Гц, 1H, Н-С(1')), 5,25 (ddd, J=9,7, 6,4, 5,3 Гц, 1H, Н-С(5')), 4,92 (dd, J=6,4, 5,4 Гц, 1Н, Н-С(1')), 4,14 (шир., 2Н, Н-С(7'), ОН), 3,06 (dd, J=16,0, 6,6 Гц, 1Н, Н-С(3')), 2,87 (ddd, J=13,2, 9,9, 3,0 Гц, 1H, Н-С(2')), 2,26-2,17 (m, 1H, Н-С2')), 2,10-1,98 (m, 5Н, Н-С(6'), MeCO₂).

¹³С ЯМР (75 МГц, CDCl₃) δ 170,64 (MeCO₂), 165,27 (CONH), 152,49 (С(2)), 151,26 (С(4)), 149,58 (С(6)), 141,64 (С(8)), 133,60 (С-аром.), 132,82, 128,76, 128,06 (СН-аром.), 123,30 (С(5)), 87,30 (С(1')), 83,17 (С(4')), 74,67 (С(7')), 74,20 (С(5')), 50,41 (С(3')), 37,43 (С(2')), 36,92 (С(6')), 20,96 (MeCO₂).

ИЭР⁺-NCBP m/z, расчет для C₂₁H₂₂O₅N₅ ([М+Н]⁺) 424,1615, эксперимент 424,1623.

ПРИМЕР 45

(3'S,5'R,7'R)-N6-бензоил-9-{5'-О-ацетил-2',3'-дидеокси-3',5'-этано-7'-O-[(4,4'-диметокситрифенил)метил]-α-D-рибофуранозил}аденин (45)

В раствор нуклеозида 44 (570 мг, 1,35 ммоль) в сухом пиридине (16 мл) добавляли DMTr-Cl (1,37 г, 4,04 ммоль) при комн. темп.. Перемешивали раствор в течение 1 дня, а затем разбавляли нас. NaHCO₃ (100 мл) и экстрагировали ДХМ (3 X 80 мл). Объединенные органические фазы сушили над MgSO₄, фильтровали и выпаривали. Неочищенный продукт очищали путем КХ (2% МеОН в ДХМ, +0,5% Et₃N) с получением 45 (876 мг, 89%) в виде желтой пены.

Данные для 45: R_f=0,81 (5% МеОН в ДХМ);

¹H ЯМР (300 МГц, CDCl₃) δ 9,42 (d, J=14,6 Гц, 1H, NH), 8,73 (s, 1H, Н-С(2)), 8,03 (d, J=7,6 Гц, 2Н, Н-аром.), 7,93 (s, 1H, Н-С(8)), 7,66-7,55 (m, 1H, Н-аром.), 7,55-7,45 (m, 4Н, Н-аром.), 7,45-7,22 (m, 7Н, Н-аром.), 6,87 (d, J=8,7 Гц, 4Н, Н-аром.), 6,25 (dd, J=6,6, 2,4 Гц, 1H, Н-С(1')), 5,47-5,33 (m, 1H, Н-С(5')), 4,89 (dd, J=6,7, 4,9 Гц, 1H, Н-С(4')), 4,02 (d, J=2,5 Гц, 1H, Н-С(7')), 3,79 (s, 6Н, МеО), 2,58 (dd, J=16,0, 6,9 Гц, 1H, Н-С(3')), 2,38 (ddd, J=12,7, 10,0, 2,4 Гц, 1H, Н-С(2')), 2,11 (s, 3Н, MeCO₂), 2,09-1,87 (m, 3Н, Н-С(2'), Н-С(6')).

¹³С ЯМР (75 МГц, CDCl₃) δ 170,40 (MeCO₂), 164,84 (CONH), 158,66 (МеО-С-аром.), 152,45 (С(2)), 151,22 (С(4)), 149,51 (С(6)), 145,23 (С-аром.), 141,23 (С(8)), 136,51, 133,65 (С-аром.), 132,68, 130,12, 128,75, 128,33, 127,95, 127,90, 127,03 (СН-аром.), 123,55 (С(5)), 113,27 (СН-аром.), 87,19 (C(Ph)₃), 87,12 (C(1')), 83,25 (С(4')), 77,16 (С(7')), 74,41 (С(5')), 55,23 (MeO-DMTr), 49,23 (С(3')), 37,61 (С(2')), 36,22 (С(6')), 20,98 (MeCO₂).

ИЭР⁺-NCBP m/z, расчет для C₄₂H₄₀O₇N₅ ([М+Н]⁺) 726,2922, эксперимент 726,2905.

ПРИМЕР 46

(3'S,5'R,7'R)-N6-бензоил-9-{2',3'-дидеокси-3',5'-этано-7'-O-[(4,4'-диметокситрифенил)метил]-α-D-рибофуранозил}аденин (46)

Нуклеозид 45 (870 мг, 1,20 ммоль) растворяли в 0,1 М NaOH в смеси ТГФ/метанол/H₂O (5:4:1, 50 мл) при 0°C. Перемешивали реакционную смесь в течение 30 минут при 0°C, а затем гасили реакцию путем добавления NH₄Cl (321 мг). Разбавляли раствор нас. NaHCO₃ (100 мл) и экстрагировали ДХМ (4 X 80 мл). Объединенные органические фазы сушили над MgSO₄, фильтровали и выпаривали. Неочищенный продукт очищали путем КХ (3% МеОН в ДХМ, +0,5% Et₃N) с получением 46 (777 мг, 94%) в виде белой пены.

Данные для 46: R_f=0,26 (5% МеОН в ДХМ);

¹Н ЯМР (300 МГц, CDCl₃) δ 9,39 (s, 1H, NH), 8,61 (s, 1H, Н-С(2)), 7,93 (d, J=7,4 Гц, 2Н, Н-аром.), 7,75 (s, 1H, Н-С(8)), 7,46 (t, J=7,3 Гц, 1H, Н-аром.), 7,40-7,31 (m, 4Н, Н-аром.), 7,29-7,16 (m, 6Н, Н-аром.), 7,11 (t, J=7,2 Гц, 1H, Н-аром.), 6,73 (d, J=8,7 Гц, 4Н, Н-аром.), 6,12 (dd, J=6,5, 1,9 Гц, 1H, Н-С(1')), 4,53 (dd, J=7,5, 4,5 Гц, 1H, Н-С(4')), 4,32 (шир., 1H, Н-С(5')), 3,90 (t, J=4,5 Гц, 1H, Н-С(7')), 3,66, 3,65 (2s, 6Н, МеО), 3,31 (шир., 1H, ОН), 2,36 (dd, J=16,5, 8,1 Гц, 1Н, Н-С(3')), 2,04 (ddd, J=12,0, 9,9, 2,0 Гц, 1H, Н-С(2')), 1,92-1,69 (m, 3Н, Н-С(2'), Н-С(6')).

¹³С ЯМР (75 МГц, CDCl₃) δ 164,92 (CONH), 158,64 (МеО-С-аром.), 152,60 (С(2)), 151,28 (С(4)), 149,61 (С(6)), 145,44 (С-аром.), 140,71 (С(8)), 136,77, 133,65 (С-аром.), 132,72, 130,15, 130,12, 128,73, 128,39, 128,04, 127,96, 127,02 (СН-аром.), 123,27 (С(5)), 113,28 (СН-аром.), 87,11 (С(1')), 87,01 (С(Ph)₃), 85,60 (С(4')), 78,16 (С(7')), 72,72 (С(5')), 55,28 (МеО-DMTr), 48,89 (С(3')), 39,93 (С(6')), 37,55 (С(2')).

ИЭР⁺-NCBP m/z, расчет для C₄₀H₃₈O₆N₅ ([М+Н]⁺) 684,2817, эксперимент 684,2800.

ПРИМЕР 47

(3'S,5'R,7'R)-N6-бензоил-9-{5'-O-[(2-цианоэтокси)диизопропиламинофосфанил]-2',3'-дидеокси-3',5'-этано-7'-O-[(4,4'-диметокситрифенил)метил]-α-D-рибофуранозил}аденин (47)

В раствор нуклеозида 46 (199 мг, 0,290 ммоль) и 5-(этилтио)-1Н-тетразола (57 мг, 0,44 ммоль) в сухом ДХМ (7 мл) по каплям добавляли 2-цианоэтил-N,N,N',N'-тетраизопропилфосфордиамидит (0,16 мл, 0,49 ммоль) при комн. темп.. После перемешивания в течение 60 минут разбавляли реакционную смесь нас. NaHCO₃ (20 мл) и экстрагировали ДХМ (3 X 20 мл). Объединенные органические фазы сушили над MgSO₄, фильтровали и выпаривали. Неочищенный продукт очищали путем КХ (EtOAc, +0,5% Et₃N) с получением 47 (197 мг, смесь двух изомеров, 77%) в виде белой пены.

Данные для 47: R_f=0,75 (5% МеОН в ДХМ);

¹H ЯМР (300 МГц, CDCl₃) δ 8,98 (шир., 1H, NH), 8,68, 8,67 (2s, 1H, С(2)), 7,94 (d, J=7,6 Гц, 2Н, Н-аром.), 7,90, 7,84 (2s, 1Н, С(8)), 7,56-7,49 (m, 1H, Н-аром.), 7,48-7,34 (m, 4Н, Н-аром.), 7,30-7,10 (m, 7Н, Н-аром.), 6,80-6,69 (m, 4Н, Н-аром.), 6,21, 6,15 (2dd, J=6,8, 2,2 Гц, 1H, Н-С(1')), 4,69, 4,59 (2dd, J=7,3, 4,5 Гц, 1H, Н-С(4')), 4,44 (tt, J=12,3, 6,3 Гц, 1Н, Н-С(5')), 3,90 (dd, J=9,0, 3,8 Гц, 1H, Н-С(5')), 3,82-3,63 (m, 8Н, МеО, OCH₂CH₂CN), 3,59-3,43 (m, 2Н, (Me₂CH₂)₂N), 2,61-2,49 (m, 2Н, OCH₂CH₂CN), 2,47-2,07 (m, 2Н, Н-С(3'), Н-С(2')), 1,98-1,66 (m, 3Н, Н-С(2'), Н-С(6')), 1,15-1,03 (m, 12Н, (Me₂CH)₂N).

¹³С ЯМР (101 МГц, CDCl₃) δ 164,67 (CONH), 158,77 (МеО-С-аром.), 152,58 (С(2)), 151,34, 151,29 (С(4)), 149,46 (С(6)), 145,55, 145,54 (С-аром.), 141,58, 141,50 (С(8)), 136,87, 136,85, 136,84, 133,85 (С-аром.), 132,85, 130,26, 130,23, 130,20, 128,97, 128,47, 128,43, 128,02, 127,96, 127,08 (СН-аром.), 123,62, 123,58 (С(5)), 117,91, 117,70 (OCH₂CH₂CN), 113,37 (СН-аром.), 87,80, 87,67 (С(1')), 87,20, 87,14 (C(Ph)₃), 85,29, 85,22 ((J_C,P=4,2, 3,1 Гц, С(4')), 78,16, 77,96 (С(7')), 74,28, 73,98 (J_C,P=14,8, 18,4 Гц, С(5')), 58,80, 58,61 (J_C,P=16,2, 17,3 Гц OCH₂CH₂CN), 55,37, 55,35 (MeO-DMTr), 49,02, 48,91 (С(3')), 43,29, 43,16 (J_C,P=8,9, 9,0 Гц, ((Me₂CH)₂N), 39,09 (С(6')), 37,99, 37,95 (С(2')), 24,82, 24,77, 24,74, 24,70, 24,64 ((Me₂CH)₂N), 20,43, 20,42 (J_C,P=1,4, 1,9 Гц, OCH₂CH₂CN).

³¹РЯМР (121 МГц, CDCl₃) δ 148,14, 148,11.

ИЭР⁺-NCBP m/z, расчет для C₄₅H₅₆O₇N₈P ([М+Н]⁺) 884,3895, эксперимент 884,3904.

ПРИМЕР 48

(3'R,5'R,7'R)-2-амино-6-хлор-9-{7'-[(трет-бутилдифенилсилил)окси]-2',3'-дидеокси-3',5'-этано-α-D-рибофуранозил}пурин (48)

Нуклеозид 20 (1,78 г, 3,01 ммоль) растворяли в 0,5 М NaOH в смеси ТГФ/метанол/H₂O (5:4:1, 15 мл) при 0°C. Перемешивали реакционную смесь в течение 20 минут при 0°C и гасили реакцию путем добавления NH₄Cl (484 мг). Затем разбавляли суспензию нас. NaHCO₃ (100 мл) и экстрагировали ДХМ (4 X 75 мл). Объединенные органические фазы сушили над MgSO₄, фильтровали и выпаривали. Неочищенный продукт очищали путем КХ (3% МеОН в ДХМ) с получением 48 (α-аномер, 992 мг, 60%) и 21 (β-аномер, 428 мг, 25%) в виде белой пены.

Данные для 48: R_f=0,34 (5% МеОН в ДХМ);

¹Н ЯМР (400 МГц, CDCl₃) δ 7,71-7,60 (m, 5Н, Н-аром., Н-(С(8)), 7,49-7,34 (m, 6Н, Н-аром.), 6,08 (dd, J=6,9, 2,6 Гц, 1H, Н-С(1')), 5,26 (s, 2Н, NH₂), 4,70 (dd, J=7,5, 4,8 Гц, 1H, Н-С(4')), 4,47 (dt, J=10,0, 5,1 Гц, 1H, Н-С(5')), 4,11 (t, J=3,3 Гц, 1H, Н-С(7')), 2,87 (dd, J=16,5, 7,7 Гц, 1Н, Н-С(3')), 2,57 (шир., 1H, ОН), 2,27 (ddd, J=14,0, 9,9, 2,6 Гц, 1Н, Н-С(2')), 2,10-2,01 (m, 1Н, Н-С(6')), 1,92-1,76 (m, 2Н, Н-С(2'), Н-С(6')), 1,06 (s, 9Н, (CH₃)₃-C-Si).

¹³С ЯМР (75 МГц, CDCl₃) δ 159,09 (С(2)), 153,05 (С(4)), 151,46 (С(6)), 139,91 (С(8)), 135,71 (СН-аром.), 133,96, 133,27 (С-аром.), 130,00, 129,96, 127,86, 127,83 (СН-аром.), 125,52 (С(5)), 86,46 (С(1')), 84,92 (С(4')), 77,40 (С(7')), 72,63 (С(5')), 50,55 (С(3')), 40,92 (С(6')), 36,78 (С(2')), 26,88 ((CH₃)₃-C-Si), 19,01 ((CH₃)₃-C-Si).

ИЭР⁺-NCBP m/z, расчет для C₂₈H₃₃O₃N₅ClSi ([М+Н]⁺) 550,2036, эксперимент 550,2019.

ПРИМЕР 49

(3'R,5'R,7'R)-9-{7'-[(трет-бутилдифенилсилил)окси]-2',3'-дидеокси-3',5'-этано-α-D-рибофуранозил}гуанин (49)

В раствор нуклеозида 48 (610 мг, 1,03 ммоль) в сухом ДХМ (15 мл) добавляли 3-гидроксипропаннитрил (0,28 мл, 4,12 ммоль), затем 1,5,7-триазабицикло[4.4.0]дец-5-ен (287 мг, 2,06 ммоль) при комн. темп.. После перемешивания в течение 4 часов при комн. темп, добавляли вторые порции 3-гидроксипропаннитрила (0,28 мл, 3,23 ммоль), затем 1,5,7-триазабицикло[4.4.0]дец-5-ена (287 мг, 2,06 ммоль). Дополнительно перемешивали реакционную смесь в течение 2 дней, а затем непосредственно очищали путем КХ (10% МеОН в ДХМ) с получением 49 (500 мг, 87%) в виде белой пены.

Данные для 49: R_f=0,30 (10% МеОН в ДХМ);

¹H ЯМР (400 МГц, MeOD) δ 7,73-7,61 (m, 5Н, Н-аром., Н-С(8)), 7,53-7,32 (m, 6Н, Н-аром.), 6,06 (dd, J=6,9, 3,7 Гц, 1H, Н-С(1')), 4,74 (dd, J=7,0, 4,6 Гц, 1H, Н-С(4')), 4,46-4,36 (m, 1H, Н-С(5')), 4,11 (шир., 1H, Н-С(7')), 2,91 (dd, J=16,2, 6,6 Гц, 1H, Н-С(3')), 2,31 (ddd, J=13,8, 10,0, 3,7 Гц, 1H, Н-С(2')), 1,98-1,78 (m, 3Н, Н-С(2'), Н-С(3')), 1,07 (s, 9Н, (CH₃)₃-C-Si).

¹³С ЯМР (101 МГц, MeOD) δ 159,30 (С(2)), 155,14 (С(6)), 152,38 (С(4)), 137,28 (С(8)), 136,93, 136,88 (СН-аром.), 135,13, 134,78 (С-аром.), 131,07, 131,06, 128,91, 128,89 (СН-аром.), 117,98 (С(5)), 87,72 (С(1')), 86,25 (С(4')), 79,21, (С(7')) 73,87 (С(5')), 52,13 (С(3')), 41,44 (С(6')), 38,35 (С(2')), 27,42 ((CH₃)₃-C-Si), 19,82 ((CH₃)₃-C-Si)).

ИЭР⁺-NCBP m/z, расчет для C₂₈H₃₄O₄N₅Si ([М+Н]⁺) 532,2386, эксперимент 532,2367.

ПРИМЕР 50

(3'R,5'R,7'R)-N2-ацетил-9-{5'-O-ацетил-7'-[(трет-бутилдифенилсилил)окси]-2',3'-дидеокси-39,59-этано-α-D-рибофуранозил}гуанин (50)

В раствор нуклеозида 49 (500 мг, 0,940 ммоль) и 4-диметиламинопиридина (276 мг, 2,4 ммоль) в сухом ДХМ (15 мл) добавляли ангидрид уксусной кислоты (1,0 мл, 10,3 ммоль) при комн. темп.. После перемешивания в течение 2 дней гасили реакцию путем добавления нас. NaHCO₃ (30 мл). Затем экстрагировали смесь ДХМ (3 X 30 мл). Объединенные органические фазы сушили над MgSO₄, фильтровали и выпаривали. Неочищенный продукт очищали путем КХ (3,5% МеОН в ДХМ) с получением 50 (441 мг, 76%) в виде белой пены.

Данные для 50: R_f=0,62 (10% МеОН в ДХМ);

¹Н ЯМР (300 МГц, CDCl₃) δ 12,11 (шир., 1H, NH-C(4)), 9,94 (шир., 1H, H-N(1)), 7,62 (d, J=6,7 Гц, 5Н, Н-аром., Н-С(8)), 7,46-7,31 (m, 6Н, Н-аром.), 6,03 (dd, J=6,7, 2,7 Гц, 1Н, Н-С(1')), 5,31 (dt, J=10,3, 5,2 Гц, 1H, Н-(С5')), 4,99-4,81 (m, 1H, Н-С(4')), 4,02 (d, J=3,8 Гц, 1H, Н-С(7')), 2,88 (dd, J=16,0, 6,6 Гц, 1H, Н-С(3')), 2,44-2,20 (m, 4Н, MeCONH, Н-С(2')), 2,12-1,73 (m, 6Н, MeCO₂, Н-С(6'), Н-С(2')), 1,04 (s, 9Н, (CH₃)₃-C-Si).

¹³С ЯМР (75 МГц, CDCl₃) δ 172,73 (MeCONH), 170,46 (MeCO₂), 155,87 (С(6)), 148,09 (С(4)), 147,47 (С(2)), 137,13 (С(8)), 135,74 (СН-аром.), 133,62, 133,29 (С-аром.), 130,13, 130,09, 127,96, 127,93 (СН-аром.), 121,54 (С(5)), 86,47 (С(1')), 82,81 (С(4')), 76,60 (С(7')), 74,37 (С(5')), 51,23 (С(3')), 37,04, 37,01, (С(2'), С(6')) 26,92 ((CH₃)₃-C-Si), 24,46 (MeCONH), 21,00 (MeCO₂), 19,05 ((CH₃)₃-C-Si).

ИЭР⁺-NCBP m/z, расчет для C₁₇H₃₈O₆N₅Si ([М+Н]⁺) 616,2586, эксперимент 616,2580.

ПРИМЕР 51

(3'S,5'R,7'R)-N2-ацетил-9-{5'-O-ацетил-2',3'-дидеокси-3',5'-этано-7'-гидрокси-α-D-рибофуранозил}гуанин (51)

В раствор нуклеозида 50 (440 мг, 0,714 ммоль) в сухом ТГФ (5 мл) добавляли TBAF (1М в ТГФ, 1,1 мл, 1,1 ммоль) при комн. темп.. Перемешивали раствор в течение 4 часов при комн. темп., а затем непосредственно очищали путем КХ (13% МеОН в ДХМ) с получением 51 (235 мг, 87%) в виде белой пены. Кристаллы, подходящие для рентгеновского анализа, получали путем перекристаллизации в смеси H₂O/МеОН.

Данные для 51: R_f=0,25 (13% МеОН в ДХМ);

¹H ЯМР (300 МГц, MeOD) δ 8,03 (s, 1H, Н-С(8)), 6,28 (dd, J=7,0, 3,8 Гц, 1H, Н-С(1')), 5,21 (ddd, J=9,2, 6,8, 5,1 Гц, 1H, Н-С(5')), 4,98 (dd, J=6,7, 5,0 Гц, 1H, Н-(4')), 4,13-4,05 (m, 1H, Н-С(7')), 3,17-3,05 (m, 1H, Н-С(3')), 2,86 (ddd, J=13,8, 10,0, 3,8 Гц, 1H, Н-С(2')), 2,39-2,27 (m, 1Н, Н-С(2')), 2,24 (s, 3Н, MeCONH), 2,16-2,00 (m, 5Н, MeCO₂, Н-С(6')).

¹³С ЯМР (101 МГц, MeOD) δ 174,95 (MeCONH), 172,32 (MeCO₂), 157,50 (С(6)), 149,96 (С(4)), 149,38 (С(2)), 139,66 (С(8)), 121,76 (С(5)), 88,23 (С(1')), 84,23 (С(4')), 75,83 (С(5'), С(7')), 51,65 (С(3')), 38,04, 37,93 (С(2'), С(6')), 23,83 (MeCONH), 20,71 (MeCO₂).

ИЭР⁺-NCBP m/z, расчет для C₁₆H₂₀O₆N₅ ([М+Н]⁺) 378,1408, эксперимент 378,1419.

ПРИМЕР 52

(3'S,5'R,7'R)-N2-ацетил-9-{5'-O-ацетил-2',3'-дидеокси-3',5'-этано-7'-O-[(4,4'-диметокситрифенил)метил]-α-D-рибофуранозил}гуанин (52)

В раствор нуклеозида 51 (186 мг, 0,492 ммоль) в сухом пиридине (10 мл) добавляли DMTr-Cl (501 мг, 1,48 ммоль) при комн. темп.. Перемешивали раствор в течение 2 дней, а затем разбавляли нас. NaHCO₃ (40 мл) и экстрагировали ДХМ (3 X 30 мл). Объединенные органические фазы сушили над MgSO₄, фильтровали и выпаривали. Неочищенный продукт очищали путем КХ (3% МеОН в ДХМ, +0,5% Et₃N) с получением 52 (333 мг, 99%) в виде желтой пены.

Данные для 52: R_f=0,56 (10% МеОН в ДХМ);

¹Н ЯМР (300 МГц, CDCl₃) δ 12,05 (шир., 1H, NH-C(4)), 9,90 (шир., 1H, H-N(1)), 7,40 (s, 1H, Н-С(8)), 7,38-7,31 (m, 2Н, Н-аром.), 7,28-7,08 (m, 7Н, Н-аром.), 6,75 (dd, J=9,0, 2,7 Гц, 4Н, Н-аром.), 5,95-5,85 (m, 1H, Н-С(1')), 5,30-5,10 (m, 1H, Н-С(5')), 4,70-4,58 (m, 1Н, Н-С(4')), 3,81 (шир., 1H, Н-С(7')), 3,68, 3,68 (2s, 6Н, МеО), 2,25-2,07(m, 5H, MeCONH, Н-С(3'), Н-С(2')), 1,96-1,79 (m, 5Н, MeCO₂, Н-С(2'), Н-С(6')), 1,74-1,59 (m, 1H, Н-С(6')).

¹³С ЯМР (75 МГц, CDCl₃) δ 172,65 (MeCONH), 170,42 (MeCO₂), 158,73, 158,70 (МеО-С-аром.), 155,86 (С(6)), 147,96 (С(4)), 147,43 (С(2)), 145,31 (С-аром.), 137,17 (С(8)), 136,69, 136,44 (С-аром.), 130,32, 130,21, 128,29, 128,05, 127,09 (СН-аром.), 121,53 (С(5)), 113,38, 113,35 (СН-аром.), 87,25 (С(Ph)₃), 86,73 (С(1')), 82,77 (С(4')), 77,19 (С(7')), 74,37 (С(5')), 55,38 (MeO-DMTr), 49,28 (С(3')), 37,25 (С(2')), 36,06 (С(6')), 24,40 (MeCONH), 21,01 (MeCO₂).

ИЭР⁺-NCBP m/z, расчет для C₃₇H₃₈O₈N₅ ([М+Н]⁺) 680,2715, эксперимент 680,2718.

ПРИМЕР 53

(3'S,5'R,7'R)-N2-(N,N-диметилформамидино)-9-{2',3'-дидеокси-3',5'-этано-7'-O-[(4,4'-диметокситрифенил)метил]-α-D-рибофуранозил}гуанин (53)

В раствор нуклеозида 52 (333 мг, 0,490 ммоль) в сухом МеОН (10 мл) добавляли K₂CO₃ (305 мг, 2,20 ммоль) при комн. темп.. Перемешивали суспензию в течение 7 часов при комн. темп., затем добавляли NH₄Cl (78 мг, 1,46 ммоль) и фильтровали полученную смесь через небольшую подложку SiO₂. Промывали SiO₂ дополнительным количеством МеОН, а затем выпаривали растворитель.

Растворяли неочищенный продукт в сухом ДМФ (10 мл) и добавляли диметилацеталь N,N-диметилформамида (0,33 мл, 2,5 ммоль). Перемешивали раствор в течение 2 часов при 55°C, а затем удаляли растворители при пониженном давлении. Неочищенный продукт очищали путем КХ (7% МеОН в ДХМ, +0,5% Et₃N) с получением 53 (245 мг, 77%) в виде белой пены, содержащей следы Et₃N.

Данные для 53: R_f=0,32 (12% МеОН в ДХМ);

¹Н ЯМР (300 МГц, CDCl₃) δ 9,75 (шир., 1H, H-N(1)), 8,25 (s, 1H, NCHN(CH₃)₂), 7,37 (d, J=7,3 Гц, 2H, Н-аром.), 7,29-7,08 (m, 8Н, Н-аром., Н-С(8)), 6,74 (d,J=8,1 Гц, 4Н, Н-аром.), 6,03 (dd, J=6,7, 2,8 Гц, 1Н, Н-С(1')), 4,57 (dd, J=7,5, 4,6 Гц, 1H, Н-С(4')), 4,37-4,26 (m, 1Н, Н-С(5')), 3,89 (t, J=3,9 Гц, 1H, Н-С(7')), 3,67, 3,67 (2s, 6Н, МеО), 3,24 (шир., 1Н, ОН), 2,94 (s, 3Н, NCHN(CH₃)₂), 2,87 (s, 3Н, NCHN(CH₃)₂), 2,35 (dd, J=15,9, 7,6 Гц, 1H, Н-С(3')), 1,94-1,68 (m, 4Н, Н-С(2'), Н-С(6')).

¹³С ЯМР (75 МГц, CDCl₃) δ 158,61 (МеО-С-аром.), 158,28 (С(2)), 157,92 (NCHN(CH₃)₂), 156,69 (С(6)), 149,90 (С(4)), 145,52, 136,86, 136,77 (С-аром.), 135,50 (С(8)), 130,15, 128,32, 127,92, 126,95 (СН-аром.), 120,27 (С(5)), 113,24 (СН-аром.), 86,92 (С(Ph)₃), 85,57 (С(1')), 85,12 (С(4')), 78,31 (С(1')), 72,69 (С(5')), 55,28 (MeO-DMTr), 49,28 (С(3')), 41,38 (NCHN(CH₃)₂), 39,77 (С(6')), 37,58 (С(2')), 35,04 (NCHN(CH₃)₂).

ИЭР⁺-NCBP m/z, расчет для C₃₆H₃₉O₆N₆ ([М+Н]⁺) 651,2926, эксперимент 651,2921.

ПРИМЕР 54

(3'S,5'R,7'R)-N2-(N,N-диметилформамидино)-9-{5'-O-[(2-цианоэтокси)диизопропиламинофосфанил]-2',3'-дидеокси-3',5'-этано-7'-O-[(4,4'-диметокситрифенил)метил]-α-D-рибофуранозил}гуанин (54)

В раствор нуклеозида 53 (245 мг, 0,377 ммоль) и 5-(этилтио)-1Н-тетразола (74 мг, 0,57 ммоль) в сухом ДХМ (15 мл) по каплям добавляли 2-цианоэтил-N,N,N',N'-тетраизопропилфосфордиамидит (0,20 мл, 0,64 ммоль) при комн. темп.. После перемешивания в течение 50 минут разбавляли реакционную смесь нас. NaHCO₃ (25 мл) и экстрагировали ДХМ (3 X 25 мл). Объединенные органические фазы сушили над MgSO₄, фильтровали и выпаривали. Неочищенный продукт очищали путем КХ (3% МеОН в ДХМ, +0,5% Et₃N) с получением 54 (212 мг, смесь двух изомеров, 67%) в виде белой пены.

Данные для 54: R_f=0,42 (7% МеОН в ДХМ);

¹H ЯМР (300 МГц, CDCl₃) δ 9,35 (шир., 1H, H-N(1)), 8,51, 8,49 (2s, 1Н, NCHN(CH₃)₂), 7,41-7,10 (m, 10Н, Н-аром., H-C(8)), 6,83-6,70 (m, 4Н, Н-аром.), 6,15-6,00 (m, 1H, Н-С(1')), 4,64-4,36 (m, 2Н, Н-С(4'), Н-С(5')), 3,90-3,82 (m, 1H, Н-С(7')), 3,80-3,62 (m, 8Н, МеО, OCH₂CH₂CN), 3,59-3,43 (m, 2Н, (Me₂CH)₂N), 3,04, 3,02 (2s, 6Н, NCHN(CH₃)₂), 2,67-2,48 (m, 2Н, OCH₂CH₂CN), 2,32 (ddd, J=24,1, 15,1, 6,7 Гц, 1H, Н-С(3')), 2,02-1,63 (m, 4Н, Н-С(2'), Н-С(6')), 1,14-1,03 (m, 12Н, (Me₂CH)₂N).

¹³С ЯМР (101 МГц, CDCl₃) δ 158,76 (МеО-С-аром.), 158,17, 158,12 (С(2)), 158,03 (NCHN(CH₃)₂), 156,66, 156,59 (С(6)), 149,85, 149,79 (С(4)), 145,51, 145,49, 136,84, 136,77, 136,73, 136,71 (С-аром.), 135,76, 135,59 (С(8)), 130,24, 130,20, 128,41, 128,33, 128,02, 127,10, 127,08 (СН-аром.), 120,74, 120,70 (С(5)), 117,98, 117,72 (OCH₂CH₂CN), 113,34 (СН-аром.), 87,16, 87,10 (C(Ph)₃), 86,00, 85,72 (С(1')), 84,13, 84,10 (J_C,P=3,6, 2,5 Гц, С(4')), 78,02, 77,67 (С(7')), 74,15, 73,74 (J_C,P=15,3, 18,7 Гц, С(5')), 58,90, 58,67 (J_C,P=18,7, 19,7 Гц OCH₂CH₂CN), 55,38, 55,36 (MeO-DMTr), 49,20, 49,09 (С(3')), 43,20, 43,15 (J_C,P=12,4, 12,6 Гц, ((Me₂CH)₂N), 41,42, 41,38 (NCHN(CH₃)₂), 38,68, 38,65 (С(6')), 37,97, 37,84 (C(2')), 35,25 (NCHN(CH₃)₂), 24,83, 24,75, 24,68, 24,60, 24,53 ((Me₂CH)₂N), 20,35, 20,28 (OCH₂CH₂CN).

³¹P ЯМР (121 МГц, CDCl₃) δ 148,21, 148,01.

ИЭР⁺-МСВР m/z, расчет для C₄₅H₅₆O₇N₈P ([M+H]⁺) 851,4004, эксперимент 851,4013.

ПРИМЕР 55

(3aR,4R,6R,6aS)-4-((трет-бутилдифенилсилил)окси)-2-метоксигексагидро-2Н-циклопента[b]фуран-6-ил-(4-нитробензоат) (55)

В раствор сахара 6 (195 мг, 0,437 ммоль) и 4-диметиламинопиридина (70 мг, 0,568 ммоль) в сухом ДХМ (10 мл) добавляли 4-нитробензоилхлорид (158 мг, 0,850 ммоль) при комн. темп.. После перемешивания в течение ночи гасили реакцию путем медленного добавления нас. NaHCO₃ (3 мл). Затем разбавляли смесь нас. NaHCO₃ (15 мл) и экстрагировали ДХМ (3 X 15 мл). Объединенные органические фазы сушили над MgSO₄, фильтровали и выпаривали. Неочищенный продукт очищали путем КХ (EtOAc/гексан 1:5) с получением смеси 55 (260 мг, 98%) с отношением аномеров α/β≈4:1 в виде белого твердого вещества.

Данные для 55: R_f=0,62 (EtOAc/гексан 1:2);

¹Н ЯМР (300 МГц, CDCl₃) δ 8,33-8,17 (m, 4Н, Н-аром.), 7,72-7,61 (m, 4Н, Н-аром.), 7,51-7,32 (m, 6Н, Н-аром.), 5,65-5,47 (m, 1H, Н-С(6)), 4,97 (dd, J=9,2, 5,6 Гц, 1H, Н-С(2)), 4,87 (t, J=5,8 Гц, 1Н, Н-С(6а)), 4,18 (d, J=5,0 Гц, 0,2Н, Н-С(4)), 3,98 (d, J=3,5 Гц, 0,8Н, Н-С(4)), 3,21 (d, J=15,1 Гц, 3Н, МеО), 2,88 (dd, J=16,6, 7,9 Гц, 0,8Н, Н-С(3а)), 2,75-2,62 (m, 0,2Н, Н-С(3а)), 2,49-2,34 (m, 0,2Н, Н-С(5)), 2,24-1,83 (m, 2,8Н, Н-(5), Н-С(3)), 1,28 (ddd, J=13,0, 7,9, 4,9 Гц, 1H, Н-С(3)), 1,09 (s, 9Н, (CH₃)₃-C-Si).

¹³С ЯМР (75 МГц, CDCl₃) δ 164,46, 164,41 (CO₂R), 150,63 (O₂N-C-аром.), 135,87, 135,82 (СН-аром.), 134,07, 133,75, 133,69 (СН-аром.), 130,98, 130,89, 129,98, 129,96, 129,91, 127,89, 127,87, 127,85, 123,59 (СН-аром.), 106,49, 106,39 (С(2)), 83,21, 79,87 (С(6а)), 76,54 (С(4)), 76,09 (С(6)), 54,55, 54,47 (МеО), 51,69, 50,30 (С(3а), 38,07 (С(3)), 37,17, 36,65 (С(5)), 27,04, 26,99 90 ((CH₃)₃-C-Si), 19,14 ((CH₃)₃-C-Si).

ИЭР⁺-МСВР m/z, расчет для C₃₁H₃₅O₇NaSi ([М+Na]⁺) 584,2075, эксперимент 584,2085.

ПРИМЕР 56

(3'R,5'R,7,'R)-1-{7,-[(трет-бутилдифенилсилил)окси]-2',3'-дидеокси-3',5'-этано-5'-О-(4-нитробензоат)-α,β-D-рибофуранозил}тимин (56)

В раствор сахара 55 (260 мг, 0,463 ммоль) и тимина (84 мг, 0,695 ммоль) в сухом MeCN (3 мл) по каплям добавляли BSA (0,34 мл, 1,4 ммоль) при комн. темп.. После перемешивания в течение 30 минут при комн. темп, охлаждали раствор до 0°С и по каплям добавляли TMSOTf (0,10 мл, 1,3 ммоль). После дополнительного перемешивания в течение 2 часов при 0°С и 18 часов при комн. темп, разбавляли реакционную смесь нас. NaHCO₃ (30 мл) и экстрагировали ДХМ (4 X 40 мл). Объединенные органические фазы сушили над MgSO₄, фильтровали и выпаривали. Неочищенный продукт очищали путем КХ (2% МеОН в ДХМ) с получением смеси 56 (240 мг, 79%) с отношением аномеров α/β≈88:12 в виде белой пены.

Данные для 56: R_f=0,56 (ДХМ+3% МеОН);

¹H ЯМР (300 МГц, CDCl₃) δ 9,38 (шир., 1H, (s, 1Н, H-N(3)), 8,32-8,23 (m, 2Н, Н-аром.), 8,22 8,11 (m, 2Н, Н-аром.), 7,65 (dd, J=7,7, 1,5 Гц, 4Н, Н-аром.), 7,50-7,36 (m, 6Н, Н-аром.), 6,95 (d, J=0,9 Гц, 1H, Н-С(6)), 5,96 (t, J=6,3 Гц, 1H, Н-С(1')), 5,55 (dt, J=9,9, 6,0 Гц, 1Н, Н-С(5')), 5,13 (dd, J=6,4, 5,4 Гц, 1H, Н-С(4')), 4,20-4,05 (m, 1Н, Н-С(7')), 2,94-2,78 (m, 1H, Н-С(3')), 2,22 (dd, J=13,3, 6,4 Гц, 1Н, Н-С(6')), 2,09-1,73 (m, 6Н, Н-С(6'), Н-С(2'), Ме-С(5)), 1,09 (s, 9Н, (CH₃)₃-C-Si).

¹³С ЯМР (75 МГц, CDCl₃) δ 164,32, 163,79 (С(4), CO₂R), 150,65, 150,39 (O₂N-C-аром., С(2)), 135,70, 135,68 (СН-аром.), 135,13 (С-аром.), 134,83 (С(6)), 133,46, 133,10 (С-аром.), 130,91, 130,73, 130,11, 127,93, 123,60 (СН-аром.), 111,30 (С(5)), 87,26 (С(1')), 82,44 (С(4')), 76,40 (С(7')), 76,07 (С(5')), 50,76 (С(3')), 37,94 (С(6')), 36,68 (С(2')), 26,89 ((CH₃)₃-C-Si), 19,03 ((CH₃)₃-C-Si), 12,62 (Ме-С(5)).

ИЭР⁺-МСВР m/z, расчет для C₃₅H₃₇O₈N₃NaSi ([М+Na]⁺) 678,2242, эксперимент 678,2254.

ПРИМЕР 57

(3'R,5'R,7'R)-1-{2',3'-дидеокси-3',5'-этано-7'-гидрокси-5'-О-(4-нитробензоат)-α,β-D-рибофуранозил}тимин (57)

В раствор нуклеозида 56 (220 мг, 0,335 ммоль) в сухом ТГФ (2 мл) добавляли TBAF (1М в ТГФ, 0,84 мл, 0,84 ммоль) при комн. темп.. После перемешивания в течение 4 часов при комн. темп. разбавляли реакционную смесь нас. NaHCO₃ (20 мл) и экстрагировали EtOAc (3 X 20 мл) и ДХМ (2 X 80 мл). Объединенные органические фазы сушили над MgSO₄, фильтровали и выпаривали. Неочищенный продукт очищали путем КХ (5% МеОН в ДХМ) с получением смеси аномеров 57 (101 мг, 72%). Кристаллы, подходящие для рентгеновского анализа, получали путем перекристаллизации в EtOAc.

Данные для 57: R_f=0,50 (ДХМ+7% МеОН);

¹Н ЯМР (300 МГц, CDCl₃) δ 8,96 (шир., 1H, H-N(3)), 8,34-8,17 (m, 4Н, Н-аром.), 7,07 (d, J=1,1 Гц, 1Н, Н-С(6)), 6,11 (t, J=6,3 Гц, 1H, Н-С(1')), 5,57-5,45 (m, 1H, Н-С(5')), 5,15 (dd, J=6,6, 5,4 Гц, 1H, Н-С(4')), 4,38-4,23 (m, 1H, Н-С(7')), 2,96 (dd, J=13,5, 6,9 Гц, 1H, Н-С(3')), 2,26 (ddd, J=13,1, 10,3, 5,4 Гц, 4H, Н-С(2'), Н-С(6')), 1,91 (d, J=0,9 Гц, 3Н, Ме-С(5)).

ИЭР⁺-МСВР m/z, расчет для C₁₉H₁₉O₈N₃Na ([М+Na]⁺) 440,1064, эксперимент 440,1072.

ПРИМЕР 58

Разработка и синтез олигомеров из альфа-аномерных мономеров

Для оценки встраивания модификаций в натуральную цепь β-ДНК получали пять олигонуклеотидов (ON16-20) со вставками одного или нескольких строительных блоков тимидина 39. Для соответствия геометрии β-ДНК модификации вводили с обращением полярности, в результате чего получали 3'-7' и 5'-'5 нуклеозидные линкеры (см. ФИГ. 1 и 4). Для исследования свойств спаривания указанной новой системы с натуральной нуклеиновой кислотой, а также самой с собой, получали полностью модифицированный ON21, содержащий все четыре азотистых основания, а также его антипараллельный (ON22) и параллельный (ON23) полностью модифицированные комплементы. Наконец, синтезировали полностью модифицированную цепь с фосфоротиоатным ликером (ON24) для исследования возможных антисмысловых свойств. Синтез проводили на автоматическом синтезаторе в соответствии с классической химией фосфорамидитов. Полностью модифицированные цепи синтезировали в направлении 5'→7'. Таким образом, для полного отщепления защитной группы DMTr от положения 7' требовался 5% раствор дихлоруксусной кислоты в дихлорэтане. В указанных условиях выход связывания нуклеотидов составлял >98% согласно анализу количества тритила. Полностью модифицированные цепи можно начисто отщеплять от универсальной твердой подложки путем эффективной обработки концентрированным аммиаком при 55°С в течение ночи (дополнительные подробности синтеза и анализа см. ниже).

Способ синтеза, удаления защитных групп и очистки альфа-аномерного олигонуклеотида

Синтез олигонуклеотидов проводили на синтезаторе ДНК Pharmaci-Gene-Assembler-Plus в масштабе 1,3 мкмоль. Фосфорамидиты для натуральной ДНК (dT, dC4bz, dG2DMF, dA6Bz) и твердую подложку (dA-Q-CPG 500, dmf-dG-Q-CPG 500, Glen Unysupport 500) приобретали в Glen Research. Фосфорамидиты для натуральной ДНК получали в виде 0,1 М раствора в MeCN, продолжительность стадии связывания составляла 4 минуты. Фосфорамидиты для 7',5'-α-bc-ДНК получали в виде 0,1 М раствора в 1,2-дихлорэтане, связывание проводили на длительной стадии в течение 12 минут. В качестве агента сочетания использовали 5-(этилтио)-1Н-тетразол (0,25 М в MeCN). Детритилирование модифицированного нуклеозида проводили с использованием 5% раствора дихлоруксусной кислоты в дихлорэтане. Сульфуризацию проводили с использованием 0,2 М раствора фенилацетилдисульфида в смеси MeCN/пиридин (1:1), продолжительность реакции составляла 3,5 мин. Введение концевой группы и окисление проводили в стандартных условиях. Отщепление от твердой подложки и удаление защитных групп в олигонуклеотиде проводили путем обработки концентрированным аммиаком при 55°С в течение 16 часов. После центрифугирования собирали надосадочную жидкость, дополнительно промывали гранулы Н₂О (0,5 мл Х2) и выпаривали полученные растворы досуха. Неочищенные олигонуклеотиды очищали путем ионообменной ВЭЖХ (Dionex - DNAPac РА200). 25 мМ буферный раствор Trizma в Н₂О, рН 8,0, использовали в качестве подвижной фазы «А», и 25 мМ Trizma, 1,25 М NaCl в Н₂О, рН 8,0, использовали в качестве подвижной фазы «В». Для фосфоротиоатной цепи 10 мМ буферный раствор NaOH в Н₂О, рН 12,0, использовали в качестве подвижной фазы «А», и 10 мМ NaOH, 2,50 М NaCl в Н₂О, рН 12,0, использовали в качестве подвижной фазы «В». Затем удаляли соли из очищенных нуклеотидов в картриджах Sep-pack С-18. Концентрацию определяли путем измерения поглощения при 260 нм на спектрофотометре Nanodrop с использованием коэффициента экстинкции, соответствующего олигонуклеотидам натуральной ДНК. Определение характеристик олигонуклеотидов проводили путем ИЭР^- масс-спектрометрии или ЖХ-МС.

ПРИМЕР 59

Свойства спаривания модифицированных олигодеоксинуклеотидов, синтезированных из альфа-аномерных мономеров, с комплементарными ДНК и РНК

Стабильность дуплекса олигонуклеотидов оценивали при помощи кривых УФ-плавления при 260 нм, и соответствующие значения Т_пл сравнивали с натуральными аналогичными ДНК (таблица 1). Олигонуклеотиды ON16-17 с единственной вставкой обеспечивали сильную дестабилизацию при спаривании с комплементарной ДНК и слегка более низкую дестабилизацию при спаривании с РНК. Ухудшение свойств при включении вставок, вероятно, нарастает, и ON18, имеющий модификации по двум указанным ранее положениям, еще больше снижал значения Т_пл. Тем не менее, при последовательном встраивании двух или пяти модификаций (ON19-20) дестабилизация, обеспечиваемая одной модификацией, уменьшалась до примерно -3°С для ДНК и -1,3°С для РНК. Эти данные позволяют предположить, что соединение ДНК с 7',5'-α-bc-ДНК инициирует сильную дестабилизацию, где уменьшение Т_пл составляет от -4 до -9°С в зависимости от рассматриваемой последовательности. Указанную дестабилизацию при связывании с гетероциклическими остовами ранее уже наблюдали для α-ДНК (Aramini et al., Nucleic Acids Res 1998, 26, 5644, Aramini et al., Biochemistry 1997, 36, 9715) и для α-LNA (Nielsen et al., Chemistry - A European Journal 2002, 8, 712). Указанная дестабилизация может быть компенсирована за счет введения модификаций в виде блока.

ПРИМЕР 60

Свойства спаривания полностью модифицированных олигонуклеотидов, синтезированных из альфа-аномерных мономеров

Как и ожидалось, все три полностью модифицированные последовательности ON21-23 обладали взаимоусиливающими характеристиками плавления с параллельными комплементами ДНК и РНК (фигура 5), но не с антипараллельными комплементами. Полученные дуплексы 7',5'-α-bc-ДНК/ДНК были слегка менее стабильными по сравнению с природными аналогами, и дестабилизация составляла от -0,1 до -0,5°С на модификацию (таблица 2). Неожиданно было обнаружено, что ON21-23 образовывали очень стабильные дуплексы с РНК, для которых увеличение стабилизации составляло от 1,3 до 1,5°С на модификацию. Существует достаточно неожиданное различие в эффектах стабилизации между полностью модифицированными цепями и цепями натуральных олигодеоксинуклеотидов с одиночной вставкой или несколькими вставками. Это подчеркивает важность синтеза полностью модифицированных цепей для определения характеристик новой системы спаривания.

Для исследования распознавания ошибочного спаривания проводили эксперименты УФ-плавления с использованием ON21 и параллельных комплементов ДНК, содержащих все три альтернативных азотистых основания в положении 4 (таблица 3). Указанное ошибочное спаривание обеспечивает сильную дестабилизацию и уменьшает Т_пл на величину от -9,6 до -14,3°С. По сравнению с природным аналогом 7',5'-α-bc-ДНК обладает лучшей способностью распознавания ошибочного связывания, где дополнительное уменьшение Т_пл составляет от -1,0 до -2,4°С. Улучшение распознавания ошибочного спаривания должно уменьшать возможные побочные эффекты и, таким образом, является многообещающим свойством для возможных антисмысловых агентов. Модификация фосфоротиоатным линкером хорошо встраивается в контекст 7',5'-α-bc-ДНК, и для указанной модификации описан дестабилизирующий эффект, который составляет порядка -0,5°С на нуклеотид (Kurreck, J. European journal of biochemistry/FEBS 2003, 270, 1628). ON24 сохраняет хорошую аффинность в отношении РНК, причем стабилизирующий эффект составляет 0,6°С по сравнению с натуральной ДНК.

Что касается родственных олигонуклеотидов, то ON21 образовывал очень стабильный дуплекс с антипараллельным комплементом ON22, для которого получали неожиданное значение Т_пл 83,6°С. Из-за такой высокой Т_пл полный классический изгиб на сигмоидальной кривой можно наблюдать только в отсутствие хлорида натрия, в этом случае Т_пл снижается до 68,6°С (таблица 4). Интересно, что образование дуплекса обеспечивало низкий гипохромизм, который составлял только 10% (фигура 5). Это является показателем стэкинга оснований, отличающейся от классической спирали, и, таким образом, можно ожидать образования дуплекса, имеющего геометрию, отличную от канонических А- или В-дуплексов. С другой стороны, для ON21 и его параллельного комплемента ON23 переход на сигмоидальной кривой, соответствующий плавлению, не наблюдали (фигура 5). Происходящее изменение гипохромизма не отличается от результатов экспериментов по УФ-плавлению, которые проводили для двух одиночных цепей по отдельности, что связывали со стэкингом оснований внутри одиночных цепей. Для исследования способности 7',5'-α-bc-ДНК укладываться в А-подобную спираль проводили эксперимент плавления с использованием трицикло-ДНК (tc-ДНК), конформационно ограниченного аналога РНК (Renneberg et al., Journal of the American Chemical Society 2002, 124, 5993.). При смешении ON21 с комплементарной параллельной цепью tc-ДНК (Tc1) неожиданно наблюдали высокую Т_пл 81°С, это демонстрирует способность 7',5'-α-bc-ДНК встраиваться в данной геометрию спирали.

ПРИМЕР 61

Термодинамические данные образование дуплекса из альфа-аномерных олигомеров

Термодинамические данные образования дуплексов ON21 с ДНК и РНК и их натуральных аналогов получали путем подстановки в экспериментальные кривые плавления согласно установленной методике (Petersheim et al., Biochemistry 1983, 22, 256) (таблица 5). Как и ожидалось, профиль свободной энергии ΔG при 25°С схож с данными Т_пл, где ON21⋅РНК является наиболее предпочтительным дуплексом. Что касается натуральной системы, то ON21 связывается с натуральными нуклеиновыми кислотами с более низкой энтальпией. Тем не менее, эта дестабилизация компенсируется приростом энтропии. Такие характеристики типичны для класса bc-ДНК и определяются конформационной жесткостью, придаваемой этиленовым мостиком. Интересно отметить, что селективность 7',5'-α-bc-ДНК в отношении РНК по сравнению с ДНК определяется, главным образом, фактором энтальпии.

ПРИМЕР 62

Спектроскопия КД альфа-аномерного олигомера

Получали спектры КД дуплексов ON21 с ДНК, РНК или ON22 и сравнивали с соответствующим натуральным дуплексом ДНК/РНК (фигура 6). Дуплексы ON21 с ДНК или РНК имели характеристики КД, примерно схожие с натуральной А/В-спиралью. Тем не менее, в дуплексе ON21/ДНК отсутствовал отрицательный сигнал при 210 нм, и наблюдалось синее смещение на 5 нм эллиптичности при 226 нм и соответствующее увеличение амплитуды. Дуплекс ON21/РНК также имел пик с повышенной положительной амплитудой при 226 нм, и положительная эллиптичность при 266 нм была смещена в коротковолновую область на 4 нм и имела более острый пик. С другой стороны, модифицированный гомо-дуплекс имел крайне нестандартный профиль КД, характеризующийся широкой отрицательной эллиптичностью в диапазоне от 275 до 300 нм с небольшой амплитудой и двумя положительными пиками при 259 нм и 218 нм. В соответствии с низким изменением гипохромизма при образовании дуплекса спектр КД гомо-дуплекса указывает на образование структуры, отличающейся от традиционной спирали.

ПРИМЕР 63

Биологическая стабильность альфа-аномерных олигомеров

Биологическую стабильность полностью модифицированного олигонуклеотида ON21 исследовали в искусственных физиологических условиях и сравнивали с соответствующим натуральным олигонуклеотидом. Олигонуклеотиды инкубировали в смеси 1:1 H₂O и человеческой сыворотки при 37°С и анализировали продукты реакции путем ПААГ с 20% денатурацией. Более конкретно, ON21 и соответствующий натуральный олигонуклеотид разбавляли до 10 мкМ в смеси 1:1 H₂O и человеческой сыворотки (из АВ плазмы мужчины, родившегося в США, стерильно отфильтрованная (Sigma)). Реакцию проводили в объеме 20 мкл и инкубировали смеси при 37°С. Контрольные реакции (a, f) проводили путем инкубации олигонуклеотидов в концентрации 10 мкМ в H₂O при 37°С в течение 24 часов. Реакции останавливали в конкретные моменты времени путем добавления формамида (20 мкл). Полученные смеси хранили при -20°С, после чего денатурировали путем нагревания в течение 5 минут при 90°С, а затем анализировали путем ПААГ с 20% денатурацией. Визуализацию проводили с использованием раствора с универсальным красителем.

В эксперименте было показано полное расщепление натуральной цепи ДНК уже через 4 часа (d), при этом модифицированный олигонуклеотид оставался полностью стабильным даже через 24 часа (j) (фигура 7). Вероятно, модификация 7',5'-α-bc-ДНК придает значительно улучшенную биологическую стабильность.

ПРИМЕР 64

Активация комплемента С3 альфа-аномерными олигомерами

Активация комплемента представляет собой важный токсический ответ, часто связанный с использованием in vivo антисмысловых ON. Кроме того, в исследованиях in vivo, которые проводили с использованием tc-ДНК, иногда проявлялась указанная острая токсичность, что, соответственно, ограничивает возможность их применения. В данном контексте особенно интересно исследование активации комплемента при использовании 7',5'-α-bc-ДНК, содержащей фосфоротиоатные нуклеозидные линкеры, и ее сравнение с хорошо охарактеризованными модифицированными или натуральными ON. Эксперименты проводили путем инкубации образцов сыворотки мышей с 4 мг/мл исследуемых ON при 37°С в течение 45 минут. Затем активацию мышиного комплемента С3 анализировали путем ELISA с использованием реагента PanSpecific С3 и набора SC5b-9.

Инкубация с ON24 (остов PS-7',5'-α-bc-ДНК) обеспечивала более низкий уровень белка-комплемента С3 по сравнению с натуральной ДНК, но более высокий по сравнению с PS-ДНК (фигура 8). Уровень белка был схожим с нетоксичной PO-tc-ДНК. Полученные многообещающие результаты указывают на то, что ON24 не активирует комплемент в значительной степени.

ПРИМЕР 65

Антисмысловая активность

Мышечная дистрофия Дюшенна (МДД) представляет собой смертельное мышечное дегенеративное заболевание, которое вызвано мутацией гена DMD, в результате чего образуются транскрипты дистрофина вне рамки считывания и, в конечном итоге, исчезает функциональный белок дистрофии. При МДД функция нарушенных связанных с заболеванием транскриптов пре-мРНК может быть восстановлена с использованием антисмысловых олигонуклеотидов (АО). Указанные АО могут изменять профиль сплайсинга и корректировать нарушенные транскрипты дистрофина вне рамки считывания путем исключения специфических экзонов дистрофина. Тем самым восстанавливается открытая рамка считывания и образуется укороченный, но функциональный белковый продукт дистрофии (Yang et al., PloS one 2013, 8, e61584). Способность остова 7',5'-α-bc-ДНК запускать пропуск экзона оценивали in vitro путем трансфекции миобластов мышей mdx - мышиная модель мышечной дистрофии Дюшенна - ON24 с использованием липофектамина LTX. Миобласты Mdx инкубировали совместно с 7',5'-α-bc-ДНК, выделяли РНК, амплифицировали путем гнездовой ОТ-ПЦР и анализировали с использованием гелей (ПААГ).

Результаты указывают на высокий уровень пропуска экзона 23, а также на значительный уровень двойного пропуска экзонов 22 и 23 (фигура 9). Указанный двойной пропуск экзонов, который часто наблюдают для соединений, которые эффективно восстанавливают нарушенные рамки считывания (Mann et al., Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 2001, 98, 42; Mann et al., The journal of gene medicine 2002, 4, 644; Yin et al., J. Molecular therapy. Nucleic acids 2013, 2, e124; Yang et al., PloS one 2013, 8, e61584), свидетельствует о высокой активности ON24 в отношении пропуска экзонов в терапевтических целях при мышечной дистрофии. Кроме того, 7',5'-α-bc-ДНК инициировала пропуск экзонов в более высокой степени по сравнению с модификацией tc-ДНК, которая, как известно, обеспечивает значительный терапевтический эффект у мышей (Goyenvalle et al., Nat Med 2015, 21, 270). Таким образом, остов 7',5'-α-bc-ДНК удовлетворяет всем требованиям, чтобы запускать высокоактивный пропуск экзонов в терапевтических целях.

ПРИМЕР 66

Рентгеновское определение кристаллической структуры альфа-аномеров

Кристаллы мономеров получали, главным образом, для подтверждения относительной конфигурации класса 7',5'-α-bc-ДНК, но также для сравнения данной структуры со структурой с минимальной энергией, полученной на основании начальных вычислений. Для получения кристаллов тимидиновых и гуанозиновых мономеров п-нитробензоат встраивали по положению О3' для возможности кристаллизации мономеров Т (соединение 57). При совместной кристаллизации полученной молекулы с EtOAc получали кристаллы низкого качества. Полученная структура (фигура 3а) приобретала С1'-эндо,O4'-экзо-конформацию сахара и С6'-эндо-конформацию карбоциклического кольца. Эта конформация ориентирует заместитель при С5' в псевдоэкваториальное положение, а С7'-гидроксильную группу в псевдоаксиальное положение. Конформация сахара в данной структуре отличается от структур с минимальной энергией, предсказываемых по результатам начальных вычислений. Тем не менее, в дополнительном анализе было продемонстрировано, что п-нитробензоатный заместитель нарушал конформацию сахара. Для защищенного гуанозина 51 получали кристаллы хорошего качества. В этом случае (фигура 3b) фураноза приобретала практически идеальную С1'-экзо-конформацию, при этом карбоциклическое кольцо приобретало геометрическую форму, такую как описано выше. В данном случае структура идеально совпадает с одним из конформеров с минимальной энергией, предсказываемых на основании начальных вычислений.

Соединение 57: Бесцветный прозрачный кристалл [C₁₉H₁₉N₃O₈]₂[0,5(C₄H₈O₂)] размещали на открытом воздухе и использовали для рентгеновского определения структуры в условиях окружающей среды. Все измерения проводили на дифрактометре с двумерным детектором Oxford Diffraction SuperNova (Dupradeau et al., Nucleic Acids Res 2008, 36, D360) с использованием монохроматического излучения Mo Kα (λ=0,71073 Ǻ), пропущенного через зеркальную оптику и отфильтрованного Al (Lu et al., Nature protocols 2008, 3, 1213). Ребра элементарной ячейки и матрицу ориентации для сбора данных получали по результатам уточнения по методу наименьших квадратов установочных углов отражения в диапазоне 1,7°<θ<28,07°. Всего получали 440 фреймов с использованием ω-сканов, время экспозиции 15+15 секунд, угол вращения 1° на фрейм, расстояние кристалл-детектор 65,1 мм, Т=223(2) K. Преобразование данных проводили при помощи программы CrysAlisPro (Dupradeau et al., Nucleic Acids Res 2008, 36, D360). Проводили коррекцию интенсивности для учета силы Лоренца и поляризационного эффекта и вводили поправку на поглощение в рамках способа многократного сканирования с использованием SCALE3 ABSPACK в пакете CrysAlisPro. Параметры сбора данных и уточнения приведены в таблице 6. Структуру определяли прямыми способами с использованием программы SHELXT, которая показывала положение всех отличных от водорода атомов в титульном соединении. Проводили анизотропное уточнение положения всех атомов, отличных от водорода. Все атомы Н помещали в геометрически вычисленные положения и уточняли при помощи модели «наездника», где каждому атому Н присваивали фиксированное значение изотропного параметра замещения, равное 1,2 Uэкв. исходного атома. Уточнение структуры проводили по F² с использованием полноматричного метода наименьших квадратов, в котором минимизировали функцию Σw(F_o ²-F_c ²)². Схема взвешивания была основана на вычислительной статистике и включала фактор для снижения веса интенсивных отражений. Все вычисления проводили в программе SHELXL-2014/7. Соединение кристаллизуется с образованием моноклинной пространственной группы С 2, где моноклинный угол практически равен 90 градусам, это указывает на псевдо-мероэдрическое образование двойников, которое не может быть легко обращено вспять. Кроме того, п-NO₂-бензоатная группа в основной молекуле разупорядочена на две конформации, а сокристаллизующийся ацетатный растворитель разупорядочен относительно оси второго порядка. С учетом всех указанных причин определение и уточнение структуры были в некоторой степени затруднены, вычисляли только короткие межмолекулярные контакты, а абсолютную конфигурацию было невозможно определить (параметр Флэка был недостижимым), но ее присваивали в соответствии с последовательностью реакций.

Соединение 57: Бесцветный прозрачный кристалл [C₁₆H₁₉N₅O₆]⋅(CH₄O) размещали на открытом воздухе и использовали для рентгеновского определения структуры в условиях окружающей среды. Все измерения проводили на дифрактометре с двумерным детектором Oxford Diffraction SuperNova (Dupradeau et al., Nucleic Acids Res 2008, 36, D360) с использованием монохроматического излучения Mo Kα (λ=0,71073 Ǻ), пропущенного через зеркальную оптику и отфильтрованного Al. Ребра элементарной ячейки и матрицу ориентации для сбора данных получали по результатам уточнения по методу наименьших квадратов установочных углов отражения в диапазоне 1,5°<θ<27,2°. Всего получали 970 фреймов с использованием ω-сканов, время экспозиции 45+45 секунд, угол вращения 1° на фрейм, расстояние кристалл-детектор 65,1 мм, Т=123(2) K. Преобразование данных проводили при помощи программы CrysAlisPro. Проводили коррекцию интенсивности для учета силы Лоренца и поляризационного эффекта и вводили поправку на поглощение в рамках способа многократного сканирования с использованием SCALE3 ABSPACK в пакете CrysAlisPro. Параметры сбора данных и уточнения приведены в таблице 7. Структуру определяли прямыми способами с использованием программы SHELXT, которая показывала положение всех отличных от водорода атомов в титульном соединении. Проводили анизотропное уточнение положения всех атомов, отличных от водорода. Все атомы Н помещали в геометрически вычисленные положения и уточняли при помощи модели «наездника», где каждому атому Н присваивали фиксированное значение изотропного параметра замещения, равное 1,2 Uэкв. исходного атома. Уточнение структуры проводили по F² с использованием полноматричного метода наименьших квадратов, в котором минимизировали функцию Σw(F_o ²-F_c ²)². Схема взвешивания была основана на вычислительной статистике и включала фактор для снижения веса интенсивных отражений. Все вычисления проводили в программе SHELXL-97 (Lu et al., Nature protocols 2008, 3, 1213).

ПРИМЕР 67

Разработка и синтез олигомеров из бета-аномерных мономеров

Ряд олигонуклеотидов, содержащих один или несколько строительных блоков 12, 14, 19 и 25, а также полностью модифицированные последовательности, синтезировали в автоматическом синтезаторе согласно классической химии фосфорамидитов (подробности синтеза и анализа см. всп. инф.). Олигонуклеотиды, содержащие одну или несколько модификаций, получали, главным образом, для определения влияния модификаций на Т_пл при образовании комплекса с комплементарными ДНК и РНК, а также для определения селективности спаривания оснований по Уотсону-Крику. Полностью модифицированные олигонуклеотиды синтезировали для определения характеристик спаривания не только с натуральными ДНК и РНК, но также для изучения внутреннего спаривания в 7',5'-bc-ДНК. Основное внимание в этом случае уделяли тому, может ли указанный новый структурный аналог ДНК образовывать независимую систему спаривания оснований, которая может представлять интерес в качестве альтернативной генетической системы.

Способ синтеза, удаления защитных групп и очистки бета-аномерного олигонуклеотида

Синтез олигонуклеотидов проводили на синтезаторе ДНК Pharmaci-Gene-Assembler-Plus в масштабе 1,3 мкмоль. Фосфорамидиты для натуральной ДНК (dT, dC^4bz, dG^2DMF, dA^6Bz) и твердую подложку (dA-Q-CPG 500, dmf-dG-Q-CPG 500, Glen Unysupport 500) приобретали в Glen Research. Фосфорамидиты для натуральной ДНК получали в виде 0,1 М раствора в MeCN, продолжительность стадии связывания составляла 4 минуты. Фосфорамидиты для bc-ДНК получали в виде 0,1 М раствора в 1,2-дихлорэтане, связывание проводили на длительной стадии в течение 12 минут. В качестве агента сочетания использовали 5-(этилтио)-1H-тетразол (0,25 М в MeCN). Введение концевой группы, окисление и детритилирование проводили в стандартных условиях. Отщепление от твердой подложки и удаление защитных групп в олигонуклеотидах проводили путем обработки концентрированным аммиаком при 55°С в течение 16 часов. После центрифугирования собирали надосадочную жидкость, дополнительно промывали гранулы H₂O (0,5 мл Х2) и выпаривали полученные растворы досуха. Полностью модифицированные последовательности дополнительно обрабатывали NaOH (0,4 М в смеси H₂O/МеОН 1:1) в течение 1 часа при комн. темп, для полного отщепления от линкера универсальной подложки, а затем фильтровали через спин-колонки (центрифужные фильтры Amicon Ultra 0,5 мл, НОММ 3 кДа). Неочищенные олигонуклеотиды очищали путем ионообменной ВЭЖХ (Dionex-DNAPac РА200). 25 мМ буферный раствор Trizma в H₂O, рН 8,0, использовали в качестве подвижной фазы «А», и 25 мМ Trizma, 1,25 М NaCl в Н₂О, рН 8,0, использовали в качестве подвижной фазы «В». Затем удаляли соли из очищенных нуклеотидов в картриджах Sep-pack С-18. Концентрацию определяли путем измерения поглощения при 260 нм на спектрофотометре Nanodrop с использованием коэффициента экстинкции, соответствующего олигонуклеотидам натуральной ДНК. Определение характеристик олигонуклеотидов проводили путем ИЭР^- масс-спектрометрии.

ПРИМЕР 68

Свойства спаривания модифицированных β-олигодеоксинуклеотидов с комплементарными ДНК и РНК

Для определения влияния встраивания одной и нескольких модификаций на стабильность дуплекса получали модифицированные олигодеоксинуклеотиды ON1-ON11, приведенные в таблице 8, и измеряли значения Т_пл дуплексов с комплементарными ДНК и РНК путем анализа кривых УФ-плавления.

Согласно данным ΔТ_пл/мод. влияние отдельных или двойных модификаций на термическую стабильность дуплекса было относительно незначительным. Модификации пурина (ON6, 7) приводили к дестабилизации дуплексов с комплементарной ДНК, но слегка увеличивали Т_пл дуплексов с комплементарной РНК. В ряду пиримидинов, тем не менее, наблюдалось больше различий. Модифицированные тимидиновые нуклеозиды (ON1-3), как правило, обеспечивали небольшое снижение Т_пл при использовании РНК в качестве комплемента, при этом явные закономерности для дуплексов с ДНК не наблюдались. Интересно отметить, что обе модификации цитозина (ON4, 5, 8-10) значительно стабилизировали дуплексы с комплементарной ДНК и при этом в меньшей степени влияли на Т_пл дуплексов с комплементарной РНК. Стабилизирующий эффект был более выраженным для 5-метилцитозиновых нуклеозидов, что подчеркивает возможность усиления стэкинг-взаимодействия между соседними парами оснований при их использовании.

Для определения селективности спаривания оснований измеряли значения Т_пл комплексов ON2 с комплементарной ДНК, содержащей все три возможных ошибочных основания напротив модифицированного участка (таблица 9). Значения Т_пл дуплексов с ошибочным спариванием понижались на величину от 5,1 до 13°С, причем неоднозначная пара GT, как и ожидалось, обеспечивала наименьшую дестабилизацию. Полученные данные хорошо согласуются с результатами, полученными для полностью натурального ряда нуклеиновых кислот с ошибочным спариванием, это указывает на отсутствие значительного изменения селективности спаривания оснований при введении модификаций.

ПРИМЕР 69

Свойства спаривания полностью модифицированных Р-олигонуклеотидов с

комплементарными ДНК и РНК

Полностью модифицированный нонамер, состоящий только из пиримидиновых оснований (ON12), а также 3 додекамера (ON13-15), содержащих все четыре основания, получали для исследования аффинности в отношении комплементарных ДНК или РНК в антипараллельной или параллельной ориентации. Согласно соответствующим данным Т_пл (таблица 10) становится понятно, что связывание в целом было слабым. Даже в условиях с повышенным содержанием соли (1 М NaCl) переход на кривой, соответствующий плавлению, для смесей ON12 с антипараллельными комплементами ДНК или РНК при температуре в диапазоне 5-80°С отсутствовал, это позволяет предположить, что дуплексы не образовывались. Тем не менее, для более длинных додекамеров ON13-15 наблюдали переходы для дуплексов с комплементарными антипараллельными ДНК и РНК. Значения Тип для указанных дуплексов были примерно на 30°С ниже по сравнению с натуральными контрольными дуплексами, что дает среднее значение ΔТ_пл/мод. -2,5°С. Такой результат был неожиданным с учетом экспериментов по определению Т_пл при встраивании отдельных модификаций (таблица 8) и подчеркивает важность полностью модифицированных олигонуклеотидов при определении характеристик новых систем спаривания. Важно отметить, что при использовании соответствующих параллельных комплементов ДНК и РНК признаки образования дуплексов обнаружены не были. Это явным образом демонстрирует, что 7',5'-bc-ДНК может взаимодействовать с натуральными нуклеиновыми кислотами в рамках антипараллельных структур дуплексов, хотя и при значительно более низком уровне аффинности.

ПРИМЕР 70

Внутренне спаривание 7',5'-β-bc-ДНК

Были разработаны ON14, который является антипараллельным комплементом, и ON15, который является параллельным комплементом ON13. Благодаря этому, появилась возможность изучения внутреннего спаривания 7',5'-bc-ДНК в обеих ориентациях. Было показано, что антипараллельный дуплекс ON13⋅ON14 имел классический сигмоидальный профиль плавления (фигура 11), где Т_пл составляла 54,5°С. Это значение было выше на 5,4°С по сравнению с натуральным дуплексом с такой же последовательностью. Интересно отметить, что гиперхромизм при 260 нм дуплекса 7',5'-bc-ДНК составлял только 20% от значения для натурального дуплекса. Это указывает на значительно отличающийся стэкинг оснований для двух конформаций дуплекса. В случае параллельной ориентации (ON13-ON15) переход на кривой отсутствовал, что демонстрирует неспособность образования параллельного дуплекса в 7',5'-bc-ДНК.

ПРИМЕР 71

Термодинамические данные образования дуплекса бета-аномерных олигомеров

Для дуплекса ON13⋅ON14 и соответствующего натурального дуплекса определяли энтальпию и энтропию перехода путем подстановки данных в экспериментальные кривые плавления аналогично известным способам (таблица 11) (Petersheim et al., Biochemistry 1983, 22, 256). Полученные данные позволяют предположить, что натуральный дуплекс имеет энтальпийную стабилизацию, при этом дуплекс 7',5'-bc-ДНК стабилизирован энтропийной составляющей. Это соответствует полученным ранее результатам для ряда bc-ДНК и указывает на то, что конформационные ограничения остова 7',5'-bc-ДНК лежат в основе энтропийной стабилизации. Значения свободной энтальпии образования дуплекса (AG) согласуются с данными Т_пл, что позволяет рассматривать их как меру термодинамической стабильности дуплекса.

ПРИМЕР 72

Спектроскопия КД бета-аномерных олигомеров

Для выяснения структурных свойств гомо-дуплекса 7',5'-bc-ДНК и гибридного дуплекса 7',5'-bc-ДНК/ДНК получали спектры КД и сравнивали их со спектром соответствующего натурального дуплекса ДНК (фигура 12). Как и ожидалось, натуральный дуплекс имел классические признаки дуплекса В-ДНК. Гомо-дуплекс 7',5'-bc-ДНК, тем не менее, имел профиль КД, значительно отличающийся от двойных спиралей А- или В-типа. Он характеризуется двумя минимумами эллиптичности примерно при 215 и 265 нм и максимумом при 243 нм. Гибридный комплекс имеет профиль, который в большей степени похож на дуплекс ДНК. По сравнению с В-ДНК наблюдалось красное смешение минимума эллиптичности при 260 нм примерно на 15 нм и красное смещение максимума эллиптичности при 288 нм примерно на 7 нм и снижение амплитуды. Различия спектров КД, таким образом, указывают на различное расположение оснований в стэкинге, вызванное изменением геометрии остова в каждой цепи. Это согласуется различным значениям гиперхромизма для двух систем спаривания на соответствующих кривых УФ-плавления (фигура 11).

ПРИМЕР 73

Рентгеновская структура кристалла мономера 7',5'- β-bc-ДНК

Получали аналог 7',5'-bc-Т, содержащий п-нитробензоатную группу при O7'. Полученное соединение может быть кристаллизовано, и его структура была определена (фигура 10). Помимо фактического подтверждения относительной конфигурации для ряда 7',5'-bc-ДНК авторы также получили информацию о предпочтительной конформации бициклического сахарного остова. Явным образом показано, что фуранозный фрагмент существует в идеальной 1'-экзо-конформации, при этом карбоциклическое кольцо присутствует в 6'-эндо-конфигурации, таким образом, окси-заместитель при С7' находится в псевдоаксиальном положении, а 5'ОН группа в псевдоэкваториальном положении. Данная структура в точности соответствует одному из двух низкоэнергетических конформеров, определенных по результатам начальных вычислений.

Соединение 33: Бесцветный прозрачный кристалл [C₁₉H₁₉N₃O₈] размещали на открытом воздухе и использовали для рентгеновского определения структуры в условиях окружающей среды. Все измерения проводили на дифрактометре с двумерным детектором Oxford Diffraction SuperNova (Oxford Diffraction (2010)) с использованием монохроматического излучения Mo Kα=0,71073 ), пропущенного через зеркальную оптику и отфильтрованного Al (Macchi et al., J. Appl. Cryst 2011, 44, 763). Ребра элементарной ячейки и матрицу ориентации для сбора данных получали по результатам уточнения по методу наименьших квадратов установочных углов отражения в диапазоне 2°<θ<27°. Всего получали 530 фреймов с использованием ω-сканов, время экспозиции 2,5+2,5 секунды, угол вращения 1° на фрейм, расстояние кристалл-детектор 65,1 мм, Т=173(2) K. Преобразование данных проводили при помощи программы CrysAlisPro (версия 1.171.34.44, Oxford Diffraction Ltd., Y., Oxfordshire, UK). Проводили коррекцию интенсивности для учета силы Лоренца и поляризационного эффекта и вводили поправку на поглощение в рамках способа многократного сканирования с использованием SCALE3 ABSPACK в пакете CrysAlisPro. Параметры сбора данных и уточнения приведены в таблице 12. Структуру определяли прямыми способами с использованием программы SHELXS-97 (Sheldrick, ActaCryst. 2008, A64, 112-122), которая показывала положение всех отличных от водорода атомов в титульном соединении. Проводили анизотропное уточнение положения всех атомов, отличных от водорода. Все атомы Н помещали в геометрически вычисленные положения и уточняли при помощи модели «наездника», где каждому атому Н присваивали фиксированное значение изотропного параметра замещения, равное 1,211 экв. исходного атома. Уточнение структуры проводили по с использованием полноматричного метода наименьших квадратов, в котором минимизировали функцию ∑w(F_o ²-F_c ²)². Схема взвешивания была основана на вычислительной статистике и включала фактор для снижения веса интенсивных отражений. Все вычисления проводили в программе SHELXL-97 (Macchi et al., J. Appl. Cryst 2011, 44, 763).

--->

СПИСОК ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ

<110> Universitдt Bern

<120> Новые бициклические нуклеозиды и олигомеры, полученные из них

<130> P5164PC00

<150> EP16201350.2

<151> 2016-11-30

<160> 24

<170> PatentIn версия 3.5

<210> 1

<211> 12

<212> ДНК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетический конструкт

<220>

<221> прочий_признак

<222> (9)..(9)

<223> 7',5'-связанный фосфодиэфиром бета-аномерный тиминовый нуклеотид,

содержащий бициклический сахар (бициклический сахар изображен на

формуле (V))

<400> 1

ggatgttcnc ga 12

<210> 2

<211> 12

<212> ДНК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетический конструкт

<220>

<221> прочий_признак

<222> (4)..(4)

формуле (V))

<400> 2

ggangttctc ga 12

<210> 3

<211> 12

<212> ДНК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетический конструкт

<220>

<221> прочий_признак

<222> (6)..(7)

формуле (V))

<400> 3

ggatgnnctc ga 12

<210> 4

<211> 12

<212> ДНК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетический конструкт

<220>

<221> прочий_признак

<222> (8)..(8)

<223> 7',5'-связанный фосфодиэфиром бета-аномерный 5'-метилцитозиновый

нуклеотид, содержащий бициклический сахар (бициклический сахар

изображен на формуле (V))

<400> 4

ggatgttntc ga 12

<210> 5

<211> 12

<212> ДНК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетический конструкт

<220>

<221> прочий_признак

<222> (10)..(10)

<223> 7',5'-связанный фосфодиэфиром бета-аномерый 5-метилцитозиновый

изображен на формуле (V))

<400> 5

ggatgttctn ga 12

<210> 6

<211> 12

<212> ДНК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетический конструкт

<220>

<221> прочий_признак

<222> (3)..(3)

<223> 7',5'-связанный фосфодиэфиром бета-аномерный адениновый нуклеотид,

формуле (V))

<400> 6

ggntgttctc ga 12

<210> 7

<211> 12

<212> ДНК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетический конструкт

<220>

<221> прочий_признак

<222> (5)..(5)

<223> 7',5'-связанный фосфодиэфиром бета-аномерный гуаниновый нуклеотид,

формуле (V))

<400> 7

ggatnttctc ga 12

<210> 8

<211> 12

<212> ДНК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетический конструкт

<220>

<221> прочий_признак

<222> (8)..(8)

<223> 7',5'-связанный фосфодиэфиром бета-аномерный цитозиновый нуклеотид,

формуле (V))

<400> 8

ggatgttntc ga 12

<210> 9

<211> 12

<212> ДНК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетический конструкт

<220>

<221> прочий_признак

<222> (10)..(10)

формуле (V))

<400> 9

ggatgttctn ga 12

<210> 10

<211> 12

<212> ДНК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетический конструкт

<220>

<221> прочий_признак

<222> (8)..(8)

формуле (V))

<220>

<221> прочий_признак

<222> (10)..(10)

формуле (V))

<400> 10

ggatgttntn ga 12

<210> 11

<211> 12

<212> ДНК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетический конструкт

<220>

<221> прочий_признак

<222> (4)..(8)

формуле (V))

<400> 11

gcannnnnac cg 12

<210> 12

<211> 9

<212> ДНК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетический конструкт

<220>

<221> прочий_признак

<222> (1)..(4)

формуле (V))

<220>

<221> прочий_признак

<222> (5)..(5)

<223> 7',5'-связанный фосфодиэфиром бета-аномерный 5-метилцитозиновый

изображен на формуле (V))

<220>

<221> прочий_признак

<222> (6)..(6)

формуле (V))

<220>

<221> прочий_признак

<222> (7)..(8)

изображен на формуле (V))

<220>

<221> прочий_признак

<222> (9)..(9)

формуле (V))

<400> 12

nnnnnnnnn 9

<210> 13

<211> 12

<212> ДНК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетический конструкт

<220>

<221> прочий_признак

<222> (1)..(2)

формуле (V))

<220>

<221> прочий_признак

<222> (3)..(3)

формуле (V))

<220>

<221> прочий_признак

<222> (4)..(4)

формуле (V))

<220>

<221> прочий_признак

<222> (5)..(5)

формуле (V))

<220>

<221> прочий_признак

<222> (6)..(7)

формуле (V))

<220>

<221> прочий_признак

<222> (8)..(8)

изображен на формуле (V))

<220>

<221> прочий_признак

<222> (9)..(9)

формуле (V))

<220>

<221> прочий_признак

<222> (10)..(10)

изображен на формуле (V))

<220>

<221> прочий_признак

<222> (11)..(11)

формуле (V))

<220>

<221> прочий_признак

<222> (12)..(12)

формуле (V))

<400> 13

nnnnnnnnnn nn 12

<210> 14

<211> 12

<212> ДНК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетический конструкт

<220>

<221> прочий_признак

<222> (1)..(1)

формуле (V))

<220>

<221> прочий_признак

<222> (2)..(2)

изображен на формуле (V))

<220>

<221> прочий_признак

<222> (3)..(3)

формуле (V))

<220>

<221> прочий_признак

<222> (4)..(4)

формуле (V))

<220>

<221> прочий_признак

<222> (5)..(5)

формуле (V))

<220>

<221> прочий_признак

<222> (6)..(7)

формуле (V))

<220>

<221> прочий_признак

<222> (8)..(8)

изображен на формуле (V))

<220>

<221> прочий_признак

<222> (9)..(9)

формуле (V))

<220>

<221> прочий_признак

<222> (10)..(10)

формуле (V))

<220>

<221> прочий_признак

<222> (11)..(12)

изображен на формуле (V))

<400> 14

nnnnnnnnnn nn 12

<210> 15

<211> 12

<212> ДНК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетический конструкт

<220>

<221> прочий_признак

<222> (1)..(2)

изображен на формуле (V))

<220>

<221> прочий_признак

<222> (3)..(3)

формуле (V))

<220>

<221> прочий_признак

<222> (4)..(4)

формуле (V))

<220>

<221> прочий_признак

<222> (5)..(5)

изображен на формуле (V))

<220>

<221> прочий_признак

<222> (6)..(7)

формуле (V))

<220>

<221> прочий_признак

<222> (8)..(8)

формуле (V))

<220>

<221> прочий_признак

<222> (9)..(9)

формуле (V))

<220>

<221> прочий_признак

<222> (10)..(10)

формуле (V))

<220>

<221> прочий_признак

<222> (11)..(11)

изображен на формуле (V))

<220>

<221> прочий_признак

<222> (12)..(12)

формуле (V))

<400> 15

nnnnnnnnnn nn 12

<210> 16

<211> 12

<212> ДНК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетический конструкт

<220>

<221> прочий_признак

<222> (9)..(9)

формуле (IV))

<400> 16

ggatgttcnc ga 12

<210> 17

<211> 12

<212> ДНК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетический конструкт

<220>

<221> прочий_признак

<222> (4)..(4)

формуле (IV))

<400> 17

ggangttctc ga 12

<210> 18

<211> 12

<212> ДНК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетический конструкт

<220>

<221> прочий_признак

<222> (4)..(4)

формуле (IV))

<220>

<221> прочий_признак

<222> (9)..(9)

формуле (IV))

<400> 18

ggangttcnc ga 12

<210> 19

<211> 12

<212> ДНК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетический конструкт

<220>

<221> прочий_признак

<222> (6)..(7)

формуле (IV))

<400> 19

ggatgnnctc ga 12

<210> 20

<211> 12

<212> ДНК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетический конструкт

<220>

<221> прочий_признак

<222> (4)..(8)

формуле (IV))

<400> 20

gcannnnnac cg 12

<210> 21

<211> 12

<212> ДНК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетический конструкт

<220>

<221> прочий_признак

<222> (1)..(1)

формуле (IV))

<220>

<221> прочий_признак

<222> (2)..(2)

формуле (IV))

<220>

<221> прочий_признак

<222> (3)..(3)

изображен на формуле (IV))

<220>

<221> прочий_признак

<222> (4)..(4)

формуле (IV))

<220>

<221> прочий_признак

<222> (5)..(5)

изображен на формуле (IV))

<220>

<221> прочий_признак

<222> (6)..(7)

формуле (IV))

<220>

<221> прочий_признак

<222> (8)..(8)

формуле (IV))

<220>

<221> прочий_признак

<222> (9)..(9)

формуле (IV))

<220>

<221> прочий_признак

<222> (10)..(10)

формуле (IV))

<220>

<221> прочий_признак

<222> (11)..(12)

формуле (IV))

<400> 21

nnnnnnnnnn nn 12

<210> 22

<211> 12

<212> ДНК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетический конструкт

<220>

<221> прочий_признак

<222> (1)..(2)

изображен на формуле (IV))

<220>

<221> прочий_признак

<222> (3)..(3)

формуле (IV))

<220>

<221> прочий_признак

<222> (4)..(4)

формуле (IV))

<220>

<221> прочий_признак

<222> (5)..(5)

изображен на формуле (IV))

<220>

<221> прочий_признак

<222> (6)..(7)

формуле (IV))

<220>

<221> прочий_признак

<222> (8)..(8)

формуле (IV))

<220>

<221> прочий_признак

<222> (9)..(9)

формуле (IV))

<220>

<221> прочий_признак

<222> (10)..(10)

формуле (IV))

<220>

<221> прочий_признак

<222> (11)..(11)

изображен на формуле (IV))

<220>

<221> прочий_признак

<222> (12)..(12)

формуле (IV))

<400> 22

nnnnnnnnnn nn 12

<210> 23

<211> 12

<212> ДНК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетический конструкт

<220>

<221> прочий_признак

<222> (1)..(1)

формуле (IV))

<220>

<221> прочий_признак

<222> (1)..(12)

изображен на формуле (IV))

<220>

<221> прочий_признак

<222> (2)..(2)

изображен на формуле (IV))

<220>

<221> прочий_признак

<222> (3)..(3)

формуле (IV))

<220>

<221> прочий_признак

<222> (4)..(4)

формуле (IV))

<220>

<221> прочий_признак

<222> (5)..(5)

формуле (IV))

<220>

<221> прочий_признак

<222> (6)..(7)

формуле (IV))

<220>

<221> прочий_признак

<222> (8)..(8)

изображен на формуле (IV))

<220>

<221> прочий_признак

<222> (9)..(9)

формуле (IV))

<220>

<221> прочий_признак

<222> (10)..(10)

формуле (IV))

<400> 23

nnnnnnnnnn nn 12

<210> 24

<211> 15

<212> ДНК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетический конструкт

<220>

<221> прочий_признак

<222> (1)..(1)

<223> 7',5'-связанный фосфоротиоатом бета-аномерный тиминовый нуклеотид,

формуле (IV))

<220>

<221> прочий_признак

<222> (2)..(3)

<223> 7',5'-связанный фосфоротиоатом бета-аномерный 5-метилцитозиновый

изображен на формуле (IV))

<220>

<221> прочий_признак

<222> (4)..(4)

<223> 7',5'-связанный фосфоротиоатом бета-аномерный адениновый нуклеотид,

формуле (IV))

<220>

<221> прочий_признак

<222> (5)..(6)

формуле (IV))

<220>

<221> прочий_признак

<222> (7)..(7)

изображен на формуле (IV))

<220>

<221> прочий_признак

<222> (8)..(9)

<223> 7',5'-связанный фосфоротиоатом бета-аномерный гуаниновый нуклеотид,

формуле (IV))

<220>

<221> прочий_признак

<222> (10)..(10)

изображен на формуле (IV))

<220>

<221> прочий_признак

<222> (11)..(11)

формуле (IV))

<220>

<221> прочий_признак

<222> (12)..(13)

изображен на формуле (IV))

<220>

<221> прочий_признак

<222> (14)..(15)

формуле (IV))

<400> 24

nnnnnnnnnn nnnnn 15

<---

Claims

1. Соединение формулы (I)

и другой из T₁ и Т₂ представляет собой OR₁ или OR₂; где

R₁ представляет собой Н или гидроксил-защитную группу, где указанная гидроксил-защитная группа независимо в каждом случае выбрана из ацетила, бензила, трет-бутилдиметилсилила, трет-бутилдифенилсилила, тритила, 4-монометокситритила, 4,4'-диметокситритила (DMTr), 4,4',4''-триметокситритила (TMTr), 9-фенилксантин-9-ила(пиксила) и 9-(п-метоксифенил)ксантин-9-ила (МОХ), и

R₂ представляет собой фосфорсодержащий фрагмент, где указанный фосфорсодержащий фрагмент представляет собой фосфорамидитный фрагмент, представленный формулой (X)

где R₅ представляет собой С₁-С₉ алкил, замещенный циано;

R₆ и R₇ независимо представляют собой С₁-С₉ алкил; или совместно с атомом азота, к которому они присоединены, образуют гетероциклическое кольцо, где указанное гетероциклическое кольцо выбрано из пирролидинила, пиперидинила или морфолинила, где указанное гетероциклическое кольцо необязательно замещено C₁-С₃ алкилом; и где

Вх представляет собой пуриновое основание или пиримидиновое основание.

2. Соединение по п. 1, в котором Вх выбран из урацила, тимина, цитозина, 5-метилцитозина, аденина или гуанина.

3. Соединение по п. 1 или 2, в котором указанное соединение формулы (I) представляет собой соединение формулы (II)

где (i) T₁ представляет собой OR₁ и Т₂ представляет собой OR₁ или OR₂; или

(ii) Т₁ представляет собой OR₁ или OR₂, Т₂ представляет собой OR₁.

4. Соединение по п. 3, в котором T₁ представляет собой OR₁ или OR₂ и Т₂ представляет собой OR₁.

5. Соединение по п. 1 или 2, в котором указанное соединение формулы (I) представляет собой соединение формулы (III)

где (i) Т₁ представляет собой OR₁ и Т₂ представляет собой OR₁ или OR₂; или

6. Соединение по п. 5, в котором T₁ представляет собой OR₁ и Т₂ представляет собой OR₁ или OR₂.

7. Соединение по любому из пп. 1-6, в котором указанный фосфорсодержащий фрагмент R₂ представляет собой фосфорамидитный фрагмент формулы (X), где R₅ представляет собой 2-цианоэтил, и каждый из R₆ и R₇ представляют собой изопропил.

8. Соединение по п. 1, в котором указанное соединение выбрано из:

9. Олигонуклеотид, содержащий по меньшей мере одно мономерное звено формулы (IV)

где независимо в каждом из указанных по меньшей мере одном мономерном звене формулы (IV) один из Т₃ или Т₄ представляет собой нуклеозидную линкерную группу;

другой из Т₃ и Т₄ представляет собой OR₁, OR₂, 5'-концевую группу, 7'-концевую группу или нуклеозидную линкерную группу, причем R₁ представляет собой Н и R₂ представляет собой фосфорсодержащий фрагмент, где указанный фосфорсодержащий фрагмент представляет собой фосфорамидитный фрагмент, представленный формулой (X)

R₆ и R₇ независимо представляют собой С₁-С₉ алкил; или совместно с атомом азота, к которому они присоединены, образуют гетероциклическое кольцо, где указанное гетероциклическое кольцо выбрано из пирролидинила, пиперидинила или морфолинила, где указанное гетероциклическое кольцо необязательно замещено С₁-С₃ алкилом; и

10. Олигонуклеотид по п. 9, в котором Вх выбран из урацила, тимина, цитозина, 5-метилцитозина, аденина и гуанина.

11. Олигонуклеотид по п. 9 или 10, в котором указанное мономерное звено формулы (IV) представляет собой мономерное звено формулы (V)

где (i) Т₃ представляет собой нуклеозидную линкерную группу и Т₄ представляет собой 7'-концевую группу, OR₁ или OR₂; или

(ii) Т₃ представляет собой 5'-концевую группу, OR₁ или OR₂ и Т₄ представляет собой нуклеозидную линкерную группу; или

12. Олигонуклеотид по п. 11, в котором

(i) Т₃ представляет собой нуклеозидную линкерную группу и Т₄ представляет собой 7'-концевую группу или OR₁; или

(ii) Т₃ представляет собой 5'-концевую группу или OR₂ и Т₄ представляет собой нуклеозидную линкерную группу; или

13. Олигонуклеотид по п. 9, в котором указанное мономерное звено формулы (IV) представляет собой мономерное звено формулы (VI)

14. Олигонуклеотид по п. 13, в котором

(i) Т₃ представляет собой нуклеозидную линкерную группу и Т₄ представляет собой 7'-концевую группу или OR₂; или

(ii) Т₃ представляет собой 5'-концевую группу или OR₁ и Т₄ представляет собой нуклеозидную линкерную группу; или

15. Олигонуклеотид по любому из пп. 9-14, в котором каждая нуклеозидная линкерная группа независимо от остальных выбрана из фосфодиэфирной линкерной группы, фосфотриэфирной линкерной группы, фосфоротиоатной линкерной группы, фосфородитиоатной линкерной группы, фосфонатной линкерной группы, фосфонотиоатной линкерной группы, фосфинатной линкерной группы, фосфоротиоамидатной линкерной группы или фосфорамидатной линкерной группы.

16. Олигонуклеотид по п. 15, в котором каждая нуклеозидная линкерная группа независимо от остальных представляет собой фосфодиэфирную линкерную группу или фосфоротиоатную линкерную группу.

17. Олигонуклеотид по любому из пп. 9-16, содержащий по меньшей мере два смежных мономерных звена формулы (IV), где каждое из указанных смежных мономерных звеньев формулы (IV) независимо связано с соседним смежным мономерным звеном формулы (IV) нуклеозидной линкерной группой, где указанная нуклеозидная линкерная группа связывает 5'-конец и 7'-конец двух смежных мономерных звеньев формулы (IV).

18. Олигонуклеотид по любому из пп. 9-17, в котором указанный олигонуклеотид содержит по меньшей мере одну последовательность нуклеиновой кислоты, где указанная последовательность нуклеиновой кислоты содержит указанное по меньшей мере одно мономерное звено формулы (IV) и где указанная последовательность нуклеиновой кислоты выбрана из любой из SEQ ID NO: 1-24.

19. Олигонуклеотид по п. 18, в котором указанная последовательность нуклеиновой кислоты представляет собой SEQ ID NO: 24.

20. Олигонуклеотид по любому из пп. 9-12 или 15-19, в котором указанный олигонуклеотид содержит последовательность нуклеиновой кислоты, где указанная последовательность нуклеиновой кислоты состоит из по меньшей мере двух смежных мономерных звеньев формулы (V), причем указанная последовательность нуклеиновой кислоты содержит на 5'-конце и на 7'-конце по меньшей мере один нуклеотид или нуклеозид, отличный от мономерного звена формулы (V),

где 5'-конец указанной последовательности нуклеиновой кислоты связан с 5'-концом указанного нуклеотида или нуклеозида, отличного от мономерного звена формулы (V), и где 7'-конец указанной последовательности нуклеиновой кислоты связан с 3'-концом указанного нуклеотида или нуклеозида, отличного от мономерного звена формулы (V).

21. Олигонуклеотид по любому из пп. 9-10 или 13-19, в котором указанный олигонуклеотид содержит последовательность нуклеиновой кислоты, где указанная последовательность нуклеиновой кислоты состоит из по меньшей мере двух смежных мономерных звеньев формулы (VI), причем указанная последовательность нуклеиновой кислоты содержит на 5'-конце и на 7'-конце по меньшей мере один нуклеотид или нуклеозид, отличный от мономерного звена формулы (VI),

где 5'-конец указанной последовательности нуклеиновой кислоты связан с 3'-концом указанного нуклеотида или нуклеозида, отличного от мономерного звена формулы (VI), и где 7'-конец указанной последовательности нуклеиновой кислоты связан с 5'-концом указанного нуклеотида или нуклеозида, отличного от мономерного звена формулы (VI).

22. Олигонуклеотид по любому из пп. 9-21, в котором указанное мономерное звено формулы (IV) выбрано из:

23. Олигонуклеотид по любому из пп. 9-22 для применения в качестве лекарственного средства для предупреждения, лечения или диагностики заболевания.

24. Олигонуклеотид по п. 23, в котором указанное заболевание представляет собой мышечную дистрофию.