JP2019193676A - 細胞免疫療法のための方法および組成物 - Google Patents
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Abstract
Description
本発明は、米国保健福祉省およびLeukemia and Lymphoma Societyからの助成金の形態の政府援助により行った。米国政府は、本発明において一定の権利を有する。
本発明は、例えば、以下の項目も提供する。
(項目1)
a)リガンド結合ドメインをコードするポリヌクレオチドであって、該リガンド結合ドメインがリガンドに結合し、該リガンドが、腫瘍特異的分子、ウイルス分子、またはリンパ球による認識および除去を媒介するのに適する、標的細胞集団上で発現する任意の他の分子である、ポリヌクレオチドと、
b)該リガンドに特異的な長さのポリペプチドスペーサーをコードするポリヌクレオチドであって、該スペーサーが、該リガンドに応答して、基準キメラ受容体と比較したT細胞増殖および/またはサイトカイン産生の増大をもたらす、ポリヌクレオチドと、
c)膜貫通ドメインをコードするポリヌクレオチドと、
d)細胞内シグナル伝達ドメインをコードするポリヌクレオチドと
を含む、キメラ受容体核酸。
(項目2)
前記リガンド結合ドメインが、抗体断片である、項目1に記載のキメラ受容体核酸。
(項目3)
前記リガンド結合ドメインが、単鎖可変断片である、項目2に記載のキメラ受容体核酸。
(項目4)
前記腫瘍特異的分子が、CD19、CD20、CD22、CD23、CD123、CS−1、ROR1、メソテリン、c−Met、PSMA、Her2、GD−2、MAGE A3 TCR、およびこれらの組合せからなる群から選択される、項目1から3のいずれか一項に記載のキメラ受容体核酸。
(項目5)
前記スペーサーが、X1PPX2Pのアミノ酸配列を含む、項目1から4のいずれか一項に記載のキメラ受容体核酸。
(項目6)
前記スペーサー領域が、ヒト抗体のヒンジ領域の一部分を含む、項目5に記載のキメラ受容体核酸。
(項目7)
前記スペーサー領域が、ヒンジ領域ならびにCH1、CH2、CH3、およびこれらの組合せからなる群から選択されるヒト抗体のFcドメインのうちの少なくとも1つの他の部分を含む、項目5に記載のキメラ受容体核酸。
(項目8)
前記スペーサー領域が、12アミノ酸以下、119アミノ酸以下、および229アミノ酸以下からなる群から選択される長さである、項目1から7のいずれか一項に記載のキメラ受容体核酸。
(項目9)
前記リガンド結合ドメインが、ROR1上でリガンドに結合し、前記スペーサー領域が、配列番号4および配列番号49(ヒンジ−CH3)からなる群から選択される、項目5に記載のキメラ受容体核酸。
(項目10)
前記リンパ球活性化ドメインが、CD27、CD28、4−1BB、OX−40、CD30、CD40、PD−1、ICOS、LFA−1、CD2、CD7、NKG2C、B7−H3、およびこれらの組合せからなる群から選択される共刺激ドメインと組み合わせたCD3ゼータの全部または一部分を含む、項目1から9のいずれか一項に記載のキメラ受容体核酸。
(項目11)
前記細胞内シグナル伝達ドメインが、CD3ゼータの一部分および4−1BBの一部分、CD28の一部分、または両方を含む、項目10に記載のキメラ受容体核酸。
(項目12)
前記リガンド結合ドメインが、ROR1に結合し、前記スペーサー領域が、12アミノ酸以下であり、配列番号4の配列を有する、項目4から11のいずれか一項に記載のキメラ受容体核酸。
(項目13)
前記リガンド結合ドメインが、ROR1に結合し、前記スペーサー領域が、配列番号50の配列を有する、項目4から11のいずれか一項に記載のキメラ受容体核酸。
(項目14)
前記リガンド結合ドメインが、CD19に結合し、前記スペーサー領域が、12アミノ酸以下であり、配列番号4の配列を有する、項目4から11のいずれか一項に記載のキメラ受容体核酸。
(項目15)
前記リガンド結合ドメインが、Her2に結合し、前記スペーサー領域が、配列番号50の配列を有する、項目4から11のいずれか一項に記載のキメラ受容体核酸。
(項目16)
マーカー配列をコードする核酸をさらに含む、項目1から15のいずれか一項に記載のキメラ受容体核酸。
(項目17)
項目1から16のいずれか一項に記載のキメラ受容体核酸によりコードされるキメラ受容体ポリペプチド。
(項目18)
項目1から16のいずれか一項に記載の単離キメラ受容体核酸を含む発現ベクター。
(項目19)
項目1から16のいずれか一項に記載の核酸または項目18に記載の発現ベクターを含む宿主細胞。
(項目20)
ナイーブCD8+ T細胞、セントラルメモリーCD8+ T細胞、エフェクターメモリーCD8+ T細胞、およびバルクCD8+ T細胞からなる群から選択されるCD8+細胞傷害性Tリンパ球細胞である、項目19に記載の宿主細胞。
(項目21)
前記CD8+細胞傷害性Tリンパ球細胞が、セントラルメモリーT細胞であり、前記セントラルメモリーT細胞が、CD45RO+、CD62L+、およびCD8+について陽性である、項目20に記載の宿主細胞。
(項目22)
ナイーブCD4+ T細胞、セントラルメモリーCD4+ T細胞、エフェクターメモリーCD4+ T細胞、およびバルクCD4+ T細胞からなる群から選択されるCD4+ ヘルパーTリンパ球細胞である、項目19に記載の宿主細胞。
(項目23)
前記CD4+ ヘルパーリンパ球細胞が、ナイーブCD4+ T細胞であり、前記ナイーブCD4+ T細胞が、CD45RA+、CD62L+、およびCD4+について陽性であり、CD45ROについて陰性である、項目22に記載の宿主細胞。
(項目24)
薬学的に許容される賦形剤中に項目19から23のいずれか一項に記載の宿主細胞を含む組成物。
(項目25)
項目20または21に記載の宿主細胞および項目23または34に記載の宿主細胞を含む、項目24に記載の組成物。
(項目26)
項目19から23のいずれか一項に記載の宿主細胞を調製するためのin vitroの方法であって、
a)項目1から16または18のいずれか一項に記載のキメラ受容体をコードする核酸のライブラリーを提供するステップであって、該複数の核酸の各々が、長さが異なるキメラ受容体をコードする、ステップと、
b)該複数の核酸の各々を、別々の単離Tリンパ球集団へと導入し、各Tリンパ球集団をin vitroで増やすステップと、
c)各遺伝子改変Tリンパ球集団を、腫瘍を保有する動物モデルへと投与し、遺伝子改変Tリンパ球集団が、抗腫瘍有効性を有するのかどうかを決定するステップと、
d)in vitroおよび/または動物モデルにおいて抗腫瘍有効性をもたらす該キメラ受容体をコードする核酸を選択するステップと
を含む方法。
(項目27)
前記キメラ受容体をコードする選択された核酸を、宿主細胞へと導入するステップをさらに含む、項目26に記載の方法。
(項目28)
項目19から23のいずれか一項に記載の宿主細胞を調製するためのin vitroの方法であって、
a)項目1から16のいずれか一項に記載の核酸または項目18に記載の発現ベクターを、CD45RA−、CD45RO+、およびCD62L+の表現型を有するリンパ球集団へと導入するステップと、
b)抗CD3および/または抗CD28、ならびに少なくとも1つのホメオスタシスサイトカインの存在下で、該細胞が、細胞注入としての使用のために十分に増えるまで、該細胞を培養するステップと
を含む方法。
(項目29)
前記リンパ球が、CD8+またはCD4+である、項目26から28のいずれか一項に記載の方法。
(項目30)
がんまたはウイルス感染の処置における、項目19から23のいずれか一項に記載の宿主細胞または項目24から25に記載の組成物の使用。
(項目31)
前記がんが、固形腫瘍または血液悪性腫瘍である、項目30に記載の使用。
(項目32)
前記固形腫瘍が、乳がん、肺がん、結腸がん、腎臓がん、膵臓がん、前立腺がん、および卵巣がんからなる群から選択される、項目31に記載の使用。
(項目33)
がんまたはウイルス感染を有する被験体において細胞免疫療法を実施する方法であって、項目24から25のいずれか一項に記載の組成物または項目19から23に記載の宿主細胞を前記被験体へと投与するステップを含む方法。
(項目34)
前記がんが、固形腫瘍または血液悪性腫瘍から選択される、項目33に記載の方法。
(項目35)
前記固形腫瘍が、乳がん、肺がん、結腸がん、腎臓がん、膵臓がん、前立腺がん、および卵巣がんからなる群から選択される、項目34に記載の方法。
本開示は、キメラ受容体核酸、ならびにこのような核酸を含むベクターおよび宿主細胞を提示する。キメラ受容体核酸は、特異的標的分子に対するキメラ受容体をカスタマイズするために、切り出し、他の構成成分で置きかえうる多数のモジュラー構成成分を含む。本開示は、モジュラー構成成分のうちの1つを、スペーサー構成成分とすることを提示する。驚くべきことに、シグナル伝達能を有さないと仮定されているスペーサー領域の長さは、キメラ受容体を発現させるように改変されたT細胞のin vivoにおける有効性に影響を及ぼし、治療活性を増強するために、個別の標的分子に応じてカスタマイズする必要があることが見出された。
実施形態では、キメラ受容体核酸は、リガンド結合ドメインをコードするポリヌクレオチドを含む。実施形態では、リガンド結合ドメインは、腫瘍特異的抗原またはウイルス特異的抗原に特異的に結合する。実施形態では、リガンド結合ドメインは、抗体またはその断片である。抗体または抗体断片をコードする核酸配列は、容易に決定することができる。具体的な実施形態では、ポリヌクレオチドは、CD19に特異的に結合する単鎖Fvをコードする。他の具体的な実施形態では、ポリヌクレオチドは、ROR1に特異的に結合する単鎖Fvをコードする。これらの抗体の配列は、当業者により容易に決定されることが公知であるか、または当業者が容易に決定することができる。
実施形態では、キメラ受容体核酸は、スペーサー領域をコードするポリヌクレオチドを含む。驚くべきことに、シグナル伝達能を有さないと仮定されているスペーサー領域の長さは、キメラ受容体を発現させるように改変されたT細胞のin vivoにおける有効性に影響を及ぼし、最適な腫瘍細胞または標的細胞の認識のために、個別の標的分子に応じてカスタマイズする必要があることが見出された。実施形態では、キメラ受容体核酸は、スペーサー領域をコードするポリヌクレオチドのライブラリーから選択したカスタマイズ可能なスペーサー領域をコードするポリヌクレオチドを含む。実施形態では、エピトープの位置、エピトープに対する抗体のアフィニティー、ならびに/またはキメラ受容体を発現させるT細胞が、抗原認識に応答してin vitroおよび/もしくはin vivoにおいて増殖する能力に基づき、スペーサー長を選択する。
実施形態では、キメラ受容体核酸は、膜貫通ドメインをコードするポリヌクレオチドを含む。膜貫通ドメインは、キメラ受容体の膜内のアンカリングをもたらす。
実施形態では、キメラ受容体核酸は、細胞内シグナル伝達ドメインをコードするポリヌクレオチドを含む。細胞内シグナル伝達ドメインは、腫瘍細胞上の発現するリガンドに結合すると、キメラ受容体を発現させる形質導入細胞の1つの機能の活性化をもたらす。実施形態では、細胞内シグナル伝達ドメインは、1つまたは複数の細胞内シグナル伝達ドメインを含有する。実施形態では、細胞内シグナル伝達ドメインは、形質導入細胞の少なくとも1つの機能の活性化をもたらす、細胞内シグナル伝達ドメインの一部分および/または変異体である。
実施形態では、キメラ受容体核酸は、マーカー配列をコードするポリヌクレオチド配列を任意選択でさらに含む。マーカー配列は、形質導入細胞の選択および形質導入細胞の同定をもたらしうる。実施形態では、マーカー配列を、リンカー配列をコードするポリヌクレオチド配列に作動可能に連結する。実施形態では、リンカー配列は、切断可能なリンカー配列である。
Tリンパ球集団の選択および分取
本明細書で記載される組成物は、CD4+ Tリンパ球および/またはCD8+ Tリンパ球をもたらす。Tリンパ球は、公知の技法に従い回収し、フローサイトメトリー選択および/または免疫磁気選択など、抗体へのアフィニティー結合など、公知の技法により濃縮するかまたは枯渇させることができる。濃縮ステップおよび/または枯渇ステップの後、公知の技法(Riddellらによる米国特許第6,040,177号において記載されている技法を含むがこれらに限定されない)または当業者に明らかなその変法に従い、所望のTリンパ球を、in vitroにおいて増やすことができる。実施形態では、T細胞は、患者から得られる自家T細胞である。
いくつかの実施形態では、機能的な遺伝子を、本開示に従う免疫療法において使用されるT細胞へと導入することが所望でありうる。例えば、導入される1つまたは複数の遺伝子は、移入T細胞の生存可能性および/または機能を促進することにより、治療の有効性を改善する場合もあり、in vivoにおける生存または遊走の選択および/または査定を可能とする遺伝子マーカーを提供する場合もあり、例えば、Lupton S. D.ら、Mol. and Cell Biol.、11巻:6頁(1991年);およびRiddellら、Human Gene Therapy、3巻:319〜338頁(1992年)(また、優性の陽性選択マーカーを、陰性選択マーカーと融合させることから導出される二官能性選択用の融合遺伝子の使用について記載する、LuptonらによるPCT/US91/08442およびPCT/US94/05601の公報も参照されたい)により記載されている通り、in vivoにおける陰性選択に対して感受性の細胞を作製することにより、免疫療法の安全性を改善する機能を組み込む場合もある。これは、公知の技法(例えば、Riddellらによる米国特許第6,040,177号の第14〜17欄を参照されたい)、または本開示に基づく、当業者に明らかなその変法に従い実行することができる。
本開示は、本明細書で記載される遺伝子改変Tリンパ球細胞調製物を含む養子細胞免疫療法組成物を提示する。
T細胞を含む。
本開示は、疾患または障害を有する被験体において、細胞免疫療法を実施するための、養子免疫療法組成物を作製する方法、またはこれらの組成物を使用する方法を提示する。実施形態では、本明細書で記載されるキメラ受容体改変T細胞は、in vivoで少なくとも3日間、または少なくとも10日間にわたり存続することが可能である。実施形態では、本明細書で記載されるキメラ受容体改変T細胞は、CFSE色素の希釈により決定される通り、in vivoで少なくとも2世代、または少なくとも3世代にわたり増殖しうる。キメラ受容体改変T細胞の増殖および存続は、疾患または障害の動物モデルを使用し、細胞を投与し、移入される細胞の存続能および/または増殖能を決定することにより決定することができる。他の実施形態では、抗原を保有する細胞による複数サイクルにわたる活性化を経ることにより、in vitroにおける増殖および活性化を調べることができる。
Tリンパ球およびCD8+ Tリンパ球の部分集団も、本明細書で記載される通りに単離し、製造法において組み合わせることができる。実施形態では、細胞集団の組合せを、細胞表面マーカーの均一性、少なくとも2世代にわたり増殖する能力、均一な細胞分化状態を有する能力について査定することができる。標的リガンドを発現させる細胞系を、キメラ受容体改変T細胞と共に共培養することにより、品質管理を実施して、当分野で公知の細胞傷害作用アッセイ、増殖アッセイ、またはサイトカイン産生アッセイを使用して、キメラ受容体改変T細胞が細胞系を認識するのかどうかを決定することができる。細胞分化状態およびキメラ受容体改変T細胞上の細胞表面マーカーは、フローサイトメトリーにより決定することができる。実施形態では、CD8+細胞上のマーカーおよび細胞分化状態は、CD3、CD8、CD62L、CD28、CD27、CD69、CD25、PD−1、CTLA−4、CD45RO、およびCD45RAを含む。実施形態では、CD4+細胞上のマーカーおよび細胞分化状態は、CD3、CD4、CD62L、CD28、CD27、CD69、CD25、PD−1、CTLA−4、CD45RO、およびCD45RAを含む。
T細胞を含む細胞傷害性Tリンパ球細胞調製物と、直接的な腫瘍認識を誘発し、細胞性免疫応答を媒介する遺伝子改変細胞傷害性Tリンパ球細胞調製物の能力を増進させる遺伝子改変ヘルパーTリンパ球細胞調製物であって、本明細書で記載される、腫瘍細胞表面分子に特異的なリガンド結合ドメイン、カスタマイズされたスペーサードメイン、膜貫通ドメイン、および細胞内シグナル伝達ドメインを含むキメラ受容体を有するCD4+ T細胞を含むヘルパーTリンパ球細胞調製物とを被験体へと投与するステップを含む。
スペーサードメインの長さおよびscFvのアフィニティーの、キメラ受容体により改変されたT細胞によるROR1の最適な認識のためのカスタマイズ
本発明者らは、慢性リンパ球性白血病、マントル細胞リンパ腫、急性リンパ芽球性白血病、ならびに乳がん、肺がん、前立腺がん、膵臓がん、および卵巣がんを含む多数のヒト悪性腫瘍上で発現するROR1分子に特異的なキメラ受容体を構築した。ROR1キメラ受容体は、アフィニティーが異なり、異なる長さの細胞外IgG4−Fcスペーサードメインを含有する、ROR1特異的scFvからデザインした。in vitroにおいて、ROR1+造血系腫瘍およびROR1+上皮腫瘍を認識し、免疫不全マウスへと生着させたヒトマントル細胞リンパ腫を除去する、各ROR−1特異的キメラ受容体を発現させるT細胞の能力を解析した。
ヒト被験体
末梢血単核細胞(PBMC)は、Fred Hutchinson Cancer Research Center(FHCRC)の治験審査委員会により承認された研究プロトコールについての書面による説明同意の後で、健常ドナーおよび患者から得た。
K562 T細胞系、Raji T細胞系、JeKo−1 T細胞系、MDA−MB−231 T細胞系、MDA−MB−468 T細胞系、および293T細胞系は、American Type Culture Collectionから得た。腎細胞がん系であるFARP、TREP、およびRWLは、Edus H.Warren博士(FHCRC)から恵与された。K562/ROR1およびRaji/ROR1は、レンチウイルスによる全長ROR1遺伝子の形質導入を介して生成した。JeKo−1/fflucを導出するため、天然のJeKo−1細胞に、T2A配列およびeGFPの上流でホタルルシフェラーゼ(ffluc)遺伝子をコードするレンチウイルスベクターを形質導入した。形質導入JeKo−1細胞を、eGFP発現について分取し、in vivo実験のために増やした。
PBMCおよび細胞系を、以下のコンジュゲートmAb:CD3、CD4、CD5、CD8、CD19、CD28、CD45RO、CD62L、CD314(NKG2D)、MICA/B、およびマッチさせたアイソタイプ対照(BD Biosciences)で染色した。生細胞/死細胞を弁別するために、ヨウ化プロピジウム(PI)染色を実施した。細胞の表面におけるROR1の発現は、ポリクローナルヤギ抗ヒトROR1抗体(R&D Systems)を使用して解析した。
2A2 mAb、R12 mAb、およびR11 mAb(ROR1)、ならびにFMC63 mAb(CD19)のVL鎖セグメントおよびVH鎖セグメントを使用してROR1特異的およびCD19特異的キメラ受容体を構築した(R11およびR12の可変領域配列は、Yangら、Plos One、6巻(6号):e21018頁、2011年6月15日において提示されている)。各scFvは、(G4S)3(配列番号12)ペプチドにより、「ヒンジ−CH2−CH3」配列(229アミノ酸;配列番号)、「ヒンジ−CH3」配列(119アミノ酸;配列番号)、または「ヒンジ」だけの配列(12アミノ酸;配列番号4)(図1)を含む、IgG4−Fcに由来するスペーサードメイン(Uniprotデータベース:P01861、配列番号13)へと連結した。全てのスペーサーは、天然のIgG4−Fcタンパク質の108位に位置する「ヒンジ」ドメイン内のS→P置換を含有したが、これらを、ヒトCD28の27アミノ酸の膜貫通ドメイン(Uniprot:P10747、配列番号14);およびそれらの各々が、ヒトCD3ζのアイソフォーム3の112アミノ酸の細胞質ドメイン(Uniprot:P20963、配列番号16)へと連結された、(i)天然のCD28タンパク質の186〜187位に位置するLL→GG置換を伴う、ヒトCD28の41アミノ酸の細胞質ドメイン(配列番号14);または(ii)ヒト4−1BBの42アミノ酸の細胞質ドメイン(Uniprot:Q07011、配列番号15)を含むシグナル伝達モジュールへと連結した。構築物は、キメラ受容体の下流において、T2Aリボソームスキップエレメント(配列番号8)およびtEGFR配列(配列番号9)をコードした。各トランス遺伝子をコードする、コドンを最適化したヌクレオチド配列を合成し(Life Technologies)、epHIV7レンチウイルスベクターへとクローニングした。
CD8+CD45RO+CD62L+セントラルメモリーT細胞(TCM)またはバルクCD4+T細胞を、正常ドナーのPBMCから分取し、抗CD3/CD28ビーズ(Life Technologies)で活性化し、活性化後の3日目において、1μg/mLのポリブレン(Millipore)を補充したレンチウイルス上清(MOI=3)を伴う800g、32℃で45分間にわたる遠心分離により形質導入した。T細胞は、組換えヒトIL−2を50U/mLの最終濃度まで補充した、10%のヒト血清、2mMのL−グルタミン、および1%のペニシリン−ストレプトマイシンを伴うRPMI(CTL培地)中で増やした。各T細胞系のtEGFR+サブセットは、ビオチンとコンジュゲートさせた抗EGFR mAb(ImClone Systems)およびストレプトアビジンビーズ(Miltenyi)を伴う免疫磁気選択により濃縮した。ROR1キメラ受容体およびtEGFR対照T細胞は、急速増殖プロトコール(Riddell SR、Greenberg PD、The use of anti−CD3 and anti−CD28 monoclonal antibodies to clone and
expand human antigen−specific T cells、J
Immunol Methods.、1990年、128巻(2号):189〜201頁、Epub 1990/04/17)を使用して増やした。CD19キメラ受容体により改変されたT細胞は、T細胞:LCL比を1:7とする、照射された(8,000ラド)B−LCLによる刺激を介して増やした。T細胞は、50U/mLのIL−2を伴うCTL培地中で培養した。
標的細胞を、51Cr(PerkinElmer)で標識し、洗浄し、3連、ウェル1つ当たりの細胞1〜2×103個で、エフェクターキメラ受容体により改変された多様なエフェクター対標的(E:T)比のT細胞と共にインキュベートした。4時間にわたるインキュベーションの後、γカウンティングのために上清を採取し、標準的な式を使用して、特異的溶解を計算した。サイトカイン分泌についての解析のため、5×104個のT細胞を、標的細胞と共に、3連、1:1(初代CLL)、2:1(Raji/ROR1;JeKo−1)、4:1(K562/ROR1、K562/CD19およびK562)、または10:1(MDA−MB−231)のE:T比で播種し、IFN−γ、TNF−α、およびIL−2を、24時間にわたるインキュベーションの後で除去される上清中のELISAまたはマルチプレックスサイトカインイムノアッセイ(Luminex)により測定した。NKG2Dシグナル伝達を遮断する実験では、抗NKG2D(クローン1D11)、抗MICA/B(クローン6D4;全てBDより)、および抗ULBP(FHCRCのVeronika Groh博士による恵与)を、飽和濃度で使用した。増殖についての解析では、T細胞を、0.2μMのカルボキシフルオレセインスクシンイミジルエステル(CFSE、Invitrogen)で標識し、洗浄し、外因性サイトカインを伴わずに、培地中の刺激細胞と共に3連で播種した。72時間にわたるインキュベーションの後、細胞を抗CD8 mAbおよびPIで標識し、フローサイトメトリーにより解析して、CD8+生T細胞の細胞分裂を評価した。
全てのマウス実験は、Institutional Animal Care and
Use Committeeにより承認された。6〜8週齢の雌NOD.Cg−PrkdcscidIl2rgtm1Wjl/SzJ(NSG)マウスは、Jackson Laboratoryから得るか、施設内で飼育した。マウスに、尾静脈を介して、0.5×106個のJeKo−1/ffluc腫瘍細胞を注射し、その後もキメラ受容体により改変されたT細胞または対照T細胞の尾静脈注射を施した。
統計学的解析は、Prism Software(GraphPad(登録商標))を使用して実施した。スチューデントのt検定を、信頼区間を95%とする、対応のある両側検定として実施し、p値をp<0.05とする結果を有意と考えた。生存についての統計学的解析は、ログランク検定により行い、p値をp<0.05とする結果を有意と考えた。
2A2 ROR1キメラ受容体のスペーサードメインを切断することにより、ROR1+腫瘍の優れた認識が付与される
本発明者らは、ROR1−1のNH2末端の膜遠位Ig様/Frizzled部分におけるエピトープに結合する、2A2 scFvを使用するROR1特異的キメラ受容体のデザインについてかつて報告した。初期2A2 ROR1キメラ受容体は、IgG4−Fcの「ヒンジ−CH2−CH3」領域を含む229アミノ酸の長鎖スペーサーを有し、これには、CD28共刺激ドメインおよびCD3ζシグナル伝達ドメインが組み込まれた(Hudecek Mら、Blood、2010年)。このキメラ受容体は、ROR1+腫瘍の特異的認識を付与したが、本発明者らは、ROR1エピトープが膜遠位の位置にあるために、スペーサードメインを切断すれば、腫瘍認識およびT細胞シグナル伝達を増強しうるであろうと仮定した。したがって、本発明者らは、2つのさらなるキメラ受容体であって、IgG4−Fcスペーサードメインを逐次欠失させて、「ヒンジ−CH3」変異体(119アミノ酸、中間鎖)および「ヒンジだけ」の変異体(12アミノ酸、短鎖)を導出するキメラ受容体を構築した。新たな受容体の各々は、同一な2A2 scFvならびにCD28シグナル伝達モジュールおよびCD3ζシグナル伝達モジュールを含有した。トランス遺伝子カセットは、キメラ受容体により改変されたT細胞のための形質導入マーカー、選択マーカー、およびin vivoにおけるトラッキングマーカーとして用いられる切断型EGFR(tEGFR)を含んだ。
本発明者らは、精製CD8+T細胞に、ROR1のクリングルドメインに特異的なR11 scFvを含有し、全長IgG4−Fcスペーサーまたは切断型IgG4−Fcスペーサーを含有するROR1キメラ受容体(CH3およびヒンジだけ)を形質導入した。EGFR発現により測定される通り、短鎖(IgG4ヒンジだけ)ベクター、中間鎖(IgG4ヒンジ/CH3)ベクター、および長鎖(IgG4ヒンジ/CH2/CH3)ベクターの各々による形質導入効率は、同等(45〜51%)であった(図3A)。ベクターの各々を形質導入されたT細胞を、ROR1を発現させるかまたは発現させない白血病細胞またはリンパ腫細胞に応答する、細胞溶解(図3B)、増殖(図3C)、およびサイトカイン産生(図3D)についてアッセイした。示される通り、長鎖スペーサー配列を含有するR11キメラ受容体を形質導入されたT細胞だけが、ROR1+腫瘍を効率的に認識し、エフェクター機能を媒介することが可能であった。
本発明者らは次に、ROR1キメラ受容体を構築するのに使用されるscFvのアフィニティーを増大させることにより、腫瘍認識およびT細胞機能に影響を及ぼしうるのかどうかについて検討した。本発明者らは、ROR1特異的キメラ受容体を、2A2と同様に、ROR1のNH2末端のIg/Frizzledドメインにおいてエピトープに結合するが、>50倍の一価結合アフィニティーで結合するmAbであるR12から生成した。
ROR1およびCD19はいずれも、全ての初代CLL上で均一に発現するが(図6A)、腫瘍細胞1個当たりのROR1分子の絶対数は、CD19キメラ受容体T細胞を伴う臨床試験においてターゲティングに成功しているCD19の10分の1であると推定されている。本発明者らは、最適化されたR12 ROR1キメラ受容体を発現させるCD8+T細胞および最適化された2A2 ROR1キメラ受容体を発現させるCD8+T細胞による初代CLLの認識と、FMC63 scFvに由来するCD19キメラ受容体を発現させるCD8+T細胞による初代CLLの認識とを比較した。
ROR1キメラ受容体CD8+T細胞の増殖が、キメラ受容体を形質導入されたCD4+T細胞を添加した後では劇的に増大するが、形質導入されていないCD4+T細胞を添加した後では劇的に増大しないことを観察した(図8B)。とりわけ、CD4の支援を施された場合、本発明者らは、CLLに応答する、R12 ROR1キメラ受容体CD8+T細胞とCD19キメラ受容体CD8+T細胞との同等な増殖を観察したのに対し、低アフィニティー2A2 ROR1キメラ受容体を発現させるCD8+T細胞の増殖は低度にとどまった。まとめると、本発明者らのデータは、in vitroにおいて、高アフィニティーR12 ROR1キメラ受容体が、初代CLL細胞に対する、2A2 ROR1キメラ受容体と比較して優れた反応性を付与することを示す。
高アフィニティーR12キメラ受容体により改変されたT細胞の優れたin vitro活性が、in vivoにおける抗腫瘍活性の改善へと転換されるのかどうか、そして、ROR1のターゲティングは、CD19のターゲティングといかにして比較されるのかは、依然として不確定であった。これらの問題に取り組むため、本発明者らは、免疫不全NSGマウスのコホートに、ヒトMCL細胞系であるJeKo−1/fflucを、尾静脈注射により接種し、腫瘍が播種された7日後に、マウスを、R12 ROR1キメラ受容体CD8+T細胞、2A2 ROR1キメラ受容体CD8+T細胞、またはCD19キメラ受容体CD8+T細胞の単回の静脈内投与で処置した。対照マウスは、tEGFR T細胞で処置するかまたは処置しなかった。全てのキメラ受容体は、最適な短鎖スペーサーおよび4−1BB共刺激ドメインを有した。処置されなかったNSG/JeKo−1マウスは、進行性全身性リンパ腫を急速に発症し、腫瘍接種のおよそ4週間後における安楽死を必要とした(図9A〜C)。
ROR1は、多くの上皮腫瘍上で検出されているが、ROR1の発現が、ROR1キメラ受容体T細胞による認識に十分であるのかどうかは未知である。フローサイトメトリーを使用して、本発明者らは、乳がん系であるMDA−MB−231上およびMDA−MB−468上のROR1、ならびに腎細胞癌細胞系であるFARP上、TREP上、およびRWL上の発現を確認した(図10A)。次いで、本発明者らは、最適な短鎖スペーサーおよび4−1BBドメインを伴うR12 ROR1キメラ受容体を形質導入されたCD8+T細胞による腫瘍認識について解析し、MDA−MB−231、MDA−MB−468、FARP、TREP、およびRWLの効率的な認識について観察した(図11A)。本発明者らは、MDA−MB−231との共培養の後における、R12 ROR1キメラ受容体により改変されたT細胞および2A2 ROR1キメラ受容体により改変されたT細胞によるサイトカイン分泌およびこれらの増殖について解析し、R12 ROR1キメラ受容体によるサイトカイン産生および増殖の増大について観察した(図11B、C)。本発明者らが、ROR1+B細胞悪性腫瘍について観察したことと同様に、MDA−MB−231による刺激の後におけるR12 ROR1キメラ受容体T細胞の優れた活性化は、AICDの増大と関連しなかった(R12:9.8%対2A2:10.9%)。
ROR1は、多くのBリンパ球様がんならびに肺がん、結腸直腸がん、および腎細胞がんのサブセットを含む上皮がんの表面におけるその発現に起因して、がん免疫療法の潜在的標的としての関心を惹きつけてきた。本発明者らはかつて、CLLおよびMCLが、ROR1特異的キメラ受容体を発現させるように改変されたT細胞により特異的に認識されることを示した(Hudecek Mら、Blood、2010年、116巻(22号):4532〜41頁、Epub 2010/08/13)。ROR1キメラ受容体のデザインおよび機能は、細胞外スペーサードメインを改変し、キメラ受容体を高アフィニティーのscFvから導出することにより改善されており、デザインされたROR1キメラ受容体により改変されたT細胞は、ROR1+B細胞リンパ腫に対するin vivo活性、および広範囲にわたる上皮腫瘍に対するin vitro活性を有することを裏付けている。
T cell activation、J Immunol.、1998年、160巻(1号):145〜54頁、Epub 1998/04/29)。
細胞外スペーサードメインの長さの、腫瘍細胞膜に対して近位に位置するエピトープを認識するHer2特異的キメラ受容体による腫瘍細胞の溶解の誘発に対する効果
細胞外スペーサー長の、キメラ受容体改変T細胞による腫瘍細胞の認識に対する効果についての本実施例では、HerceptinキメラmAbのVH+L配列から構築されたscFvを含むキメラ受容体を使用した。Choら(Nature、421巻:756頁、2003年)による研究により、Herceptinのエピトープの位置が、HER2(ERRB2)細胞外ドメイン上の膜近位位置へと位置特定された(図12A)。ヒトIgG4ヒンジ:Fc変異体の構造(図12B)についての本発明者らの理解に基づき、本発明者らは、細胞外腫瘍細胞抗原上のターゲティングエピトープの膜近位位置であれば、長鎖スペーサーをコードするキメラ受容体を発現させるエフェクターT細胞により最もよく認識されることを仮定する。本発明者らのデータは、短鎖スペーサーHerceptinキメラ受容体を発現させるT細胞によるバックグラウンドに近い活性から、中位の長さのスペーサーキメラ受容体を発現させるT細胞による中間の活性、および長鎖スペーサーキメラ受容体を発現させるT細胞による最大の溶解に至る細胞溶解活性の勾配を裏付ける。したがって、細胞外スペーサーは、T細胞による腫瘍の認識に対して決定的な効果を及ぼし、このデータは、標的分子を発現させた腫瘍のエピトープの位置に基づき、キメラ受容体のデザインを調整する必要についてのさらなる裏付けをもたらす。
キメラ受容体により改変されたT細胞によるCD19の最適な認識およびCD19に対するin vivo有効性のためのスペーサー長および配列のカスタマイズ
ヒト被験体
血液試料は、Fred Hutchinson Cancer Research Center(FHCRC)の治験審査委員会により承認された研究プロトコールに参加する説明同意文書を提出した健常ドナーから得た。末梢血単核細胞(PBMC)は、Ficoll−Hypaque(Sigma、St.Louis、MO)上の遠心分離により単離し、RPMI、20%のヒト血清、および10%のジメチルスルホキシド中で極低温保存した。
K562、Raji、JeKo−1、および293T細胞系は、American Type Culture Collection(Manassas、VA)から得、指示の通りに培養した。T2A配列およびeGFPの上流でffluc遺伝子をコードするレンチウイルスを293T細胞内で産生させ、Raji腫瘍細胞およびJeKo−1腫瘍細胞に形質導入するのに使用した。Raji細胞およびJeKo−1細胞は、レンチウイルスによる形質導入の後で増やし、eGFP陽性サブセットを分取精製した。
PBMCおよびT細胞系を、以下のコンジュゲートモノクローナル抗体:CD3、CD4、CD8、CD25、CD45RA、CD45RO、CD62L、CD69、およびマッチさせたアイソタイプ対照(BD Biosciences)のうちの1つまたは複数で染色した。生細胞/死細胞を弁別するために、製造元により指示される通りに、ヨウ化プロピジウム(PI、BD Biosciences)による染色を実施した。フロー解析は、FACSCanto上で行い、分取精製は、FACSAriaII(Becton
Dickinson)上で行い、データは、FlowJoソフトウェア(Treestar)を使用して解析した。
CD19特異的キメラ受容体は、以下を使用して構築した:(1)(G4S)3リンカー(配列番号12)ペプチド(VL−リンカー−VH)により連結された、CD19特異的mAbであるFMC63(配列番号3)のVL鎖セグメントおよびVH鎖セグメント;(2)ヒンジ−CH2−CH3部分(229アミノ酸(配列番号))またはヒンジだけ(12アミノ酸(配列番号4))を含むIgG4−Fc(Uniprotデータベース:P01861(配列番号13))に由来するスペーサードメイン。スペーサーのいずれも、天然のIgG4−Fcタンパク質の108位に位置するヒンジドメイン内のS→P置換を含有した;ヒトCD28の27アミノ酸の膜貫通ドメイン(Uniprotデータベース:P10747(配列番号14));(4)(iii)ヒトCD3ζのアイソフォーム3の112アミノ酸の細胞質ドメイン(Uniprotデータベース:P20963(配列番号16))へと連結された、(i)天然のCD28タンパク質(配列番号14)の186〜187位に位置するLL→GG置換を伴う、ヒトCD28の41アミノ酸の細胞質ドメイン;および/または(ii)ヒト4−1BBの42アミノ酸の細胞質ドメイン(Uniprotデータベース:Q07011(配列番号15))を含むシグナル伝達モジュール;自己切断型T2A配列(配列番号8);ならびに(6)切断型上皮成長因子受容体(EGFR)配列(配列番号9)。
正常ドナーの分取精製CD8+CD45RA−CD45RO+CD62L+セントラルメモリーT細胞(TCM)を、製造元の指示書に従い抗CD3/CD28ビーズ(Life Technologies)で活性化し、活性化後の3日目において、2,100rpm、32℃で45分間にわたる遠心分離により、これに、1μg/mLのポリブレン(Millipore)を補充したレンチウイルス上清(MOI=3)を形質導入した。T細胞は、組換えヒト(rh)IL−2を50U/mLの最終濃度まで補充した、RPMI、10%のヒト血清、2mMのL−グルタミン、および1%のペニシリン−ストレプトマイシン(CTL培地)中で、48時間ごとに増やした。増殖の後、各形質導入されたT細胞系のアリコートを、ビオチンとコンジュゲートした抗EGFR(上皮成長因子受容体)抗体およびストレプトアビジンビーズ(Miltenyi)で染色し、免疫磁気選択によりtEGFR+ T細胞を単離した。
標的細胞を、51Cr(PerkinElmer)で一晩にわたり標識し、洗浄し、3連、ウェル1つ当たりの細胞1〜2×103個で、多様なエフェクター対標的(E:T)比のエフェクターT細胞と共にインキュベートした。4時間にわたるインキュベーションの後、γカウンティングのために上清を採取し、標準的な式を使用して、特異的溶解を計算した。サイトカイン分泌についての解析のため、標的細胞およびエフェクター細胞を、3連のウェル内、2:1(Raji)または4:1(K562/CD19およびK562)のE:T比で播種し、INF−γ、TNF−α、IL−2、IL−4、IL−6、およびIL−10を、24時間にわたるインキュベーションの後で除去される上清中のマルチプレックスサイトカインイムノアッセイ(Luminex)により測定した。
全てのマウス実験は、FRCRC Institutional Animal Care and Use Committeeにより承認された。6〜8週齢の雌NOD.CBI7−Prkdcscid/J(NOD/SCID)およびNOD.Cg−PrkdcscidIl2rgtmlWjl/SzJ(NSG)マウスは、Jackson Laboratoryから得るか、施設(FRCRC)内で飼育した。マウスに、尾静脈注射を介して、0.5×106個のRaji−ffluc腫瘍細胞を静脈内(i.v.)注射し、かつ、尾静脈注射を介して、指し示される通り、キメラ受容体により改変されたT細胞、対照T細胞、またはPBSを注射した。
統計学的解析は、Prism Software(GraphPad、CA)を使用して実施した。スチューデントのt検定を、信頼区間を95%とする両側検定として実施し、p値をp<0.05とする結果を有意と考えた。生存についての統計学的解析は、ログランク検定により行い、p値をp<0.05とする結果を有意と考えた。
長鎖細胞外スペーサーを伴うCD19キメラ受容体を発現させるポリクローナルCD8+TCMおよび短鎖細胞外スペーサーを伴うCD19キメラ受容体を発現させるポリクローナルCD8+TCMに由来する細胞系の調製
本発明者らは、コドンを最適化したCD19キメラ受容体遺伝子のパネルをコードする個別のレンチウイルスベクターを構築して、細胞外スペーサー長の、CD19キメラ受容体により改変されたT細胞のin vitroにおける機能およびin vivoにおける抗腫瘍活性に対する影響を検討した。各キメラ受容体は、CD19特異的mAbであるFMC63の配列に対応する単鎖可変断片(scFv:VL−VH)、「ヒンジ−CH2−CH3」ドメイン(229アミノ酸、長鎖スペーサー)または「ヒンジ」ドメインだけ(12アミノ酸、短鎖スペーサー)を含むIgG4−Fcに由来するスペーサー、および膜近位CD28共刺激ドメインまたは4−1BB共刺激ドメインを単独またはタンデムで伴う、CD3ζのシグナル伝達モジュールを含んだ(図13A)。トランス遺伝子カセットは、キメラ受容体遺伝子から下流において切断型EGFR(tEGFR)を含み、切断可能なT2Aエレメントで隔てられて、キメラ受容体により改変されたT細胞のための形質導入マーカー、選択マーカー、およびin vivoにおけるトラッキングマーカーとして用いられた。
本発明者らは、CD28共刺激シグナル伝達部分および4−1BB共刺激シグナル伝達部分、ならびに短鎖(「短鎖/CD28」;「短鎖/4−1BB」)細胞外スペーサードメインまたは長鎖(「長鎖/CD28」;「長鎖/4−1BB」)細胞外スペーサードメインのそれぞれを伴うCD19キメラ受容体を発現させるように改変されたTCMに由来するT細胞系のエフェクター機能を比較した。4つのCD19キメラ受容体構築物の各々を発現させるT細胞は、CD19+Rajiリンパ腫細胞およびJeKo−1リンパ腫細胞、ならびにCD19を安定的にトランスフェクトされており、天然のCD19−K562細胞ではないK562細胞に対する特異的細胞溶解活性を付与した(図14A)。マルチプレックスサイトカインアッセイ(Luminex)による、K562/CD19腫瘍細胞またはRaji腫瘍細胞による刺激に応答するサイトカイン産生についての定量的解析は、CD19キメラ受容体の各々を発現させるT細胞による、IFN−γ、TNF−α、IL−2、IL−4、IL−6、およびIL−10の産生を示した(図14B)。CD28共刺激ドメインを伴うCD19キメラ受容体を発現させるT細胞は、4−1BB共刺激ドメインを伴う、対応する構築物と比較して、著明に高度なレベルのIFN−γ、TNF−α、IL−2、およびIL−10を産生した(図14B、C)。CD19「長鎖/CD28」キメラ受容体を発現させるT細胞により、「短鎖/CD28」キメラ受容体を発現させるT細胞と比較して、著明に高度なIFN−γ産生および著明に低度のIL−4産生が認められた。4−1BB共刺激シグナル伝達モジュールを伴うCD19キメラ受容体のうち、本発明者らは、短鎖スペーサードメインを伴う構築物を発現させるT細胞内で、著明に高度なレベルのIFN−γ、TNF−α、IL−2、IL−4、およびIL−10の分泌を検出した(図14B、C)。
本発明者らは次に、生物発光造影を使用して、CD19キメラ受容体の各々により改変されたT細胞のin vivoにおける抗腫瘍有効性を、腫瘍の負荷および分布についての逐次的な定量的解析を可能とする、ホタルルシフェラーゼをトランスフェクトされたRaji細胞(Raji−ffluc)を移植された免疫不全(NOD/SCID)マウスにおいて査定した。尾静脈注射を介して、0.5×106個のRaji−ffluc細胞を接種されたNOD/SCIDマウスは、処置しなければおよそ3.5週間後に後肢の麻痺をもたらす、播種性リンパ腫を発症し、安楽死を必要とした。腫瘍を保有するマウスは、腫瘍接種後の2および9日目に投与される、CD19キメラ受容体の各々により改変されたT細胞に由来するCD8+ TCMの2回にわたる投与、またはtEGFR対照ベクターで処置した(図15A)。
長鎖スペーサードメインを伴うCD19キメラ受容体により改変されたT細胞で処置されたマウスでは、in vivoにおける抗腫瘍有効性が欠如し、存続するキメラ受容体T細胞のレベルも低下することから、有効性は、キメラ受容体T細胞の用量を増大させるか、またはCD28ドメインおよび4−1BBドメインの両方を、キメラ受容体へと組み入れて、共刺激シグナル伝達を増進させることにより改善しうることが示唆された。この可能性を査定するために、本発明者らは、CD8+ TCMを、「長鎖/CD28」CD19キメラ受容体ベクター、「短鎖CD28」CD19キメラ受容体ベクター、および「長鎖/CD28_4−1BB」CD19キメラ受容体ベクターで改変し、CD19+標的細胞を認識した後で、「長鎖/CD28_4−1BB」CD19キメラ受容体が、in vitroにおける特異的溶解およびサイトカイン産生を付与することを確認した(図18A〜C)。
vivoにおける活性化誘導型細胞死を経る
本発明者らは、長鎖スペーサードメインを伴うCD19キメラ受容体を発現させるT細胞のin vivoにおける抗腫瘍活性の低さの根底をなす潜在的機構を決定しようと試みた。血液中に存在する、長鎖スペーサードメインを伴うCD19キメラ受容体を発現させるように改変された移入T細胞の数は少なかったため、本発明者らは、in vivoにおいて、T細胞が、腫瘍細胞により効率的に活性化されないか、または逆に、in vivoにおいて、T細胞が、活性化誘導型のT細胞死を受ける可能性について検討した。したがって、本発明者らは、CD19キメラ受容体により改変されたT細胞および対応する対照T細胞を、CFSEで標識し、これらのT細胞を、腫瘍を保有するNSG/Rajiマウスへと投与して、in vivoの腫瘍部位における、CD19キメラ受容体構築物の各々により改変されたT細胞の活性化、増殖および生存について検討した(図19A)。それらのin vitroにおける増殖を終え、CFSEによる標識化および確立されたRaji腫瘍を保有するNSGマウスへと注入される直前において、CD19キメラ受容体の各々を形質導入されたT細胞は、低レベルの活性化マーカーであるCD69およびCD25を発現させた(図19B)。
vivoにおいて腫瘍を認識するにもかかわらず、in vivoにおいて高レベルの活性化誘導型細胞死を誘導し、確立されたリンパ腫を根絶することに失敗することの証拠を提示する。
キメラ受容体とは、細胞外抗原結合scFv、scFvの細胞膜からの隔離をもたらすスペーサードメイン、およびT細胞の活性化を媒介する細胞内シグナル伝達モジュールを含む人工の受容体である。本明細書で研究したCD19特異的FMC63 mAbに由来するscFvを含有するキメラ受容体は、B細胞悪性腫瘍を伴う患者での臨床試験における検査へと進んでいる。抗腫瘍活性およびT細胞の存続は、異なる試験では、実質的に変化している。これらの臨床試験の各々は、異なる遺伝子導入ベクター、細胞培養法、およびCD19キメラ受容体T細胞を移入する前の馴致レジメンを含む、潜在的に極めて重要な変数が異なった。
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- 本明細書に記載の発明。
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