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ES2342665T3 - Secuenciacion desde dos extremos. - Google Patents

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ES2342665T3
ES2342665T3 ES04706053T ES04706053T ES2342665T3 ES 2342665 T3 ES2342665 T3 ES 2342665T3 ES 04706053 T ES04706053 T ES 04706053T ES 04706053 T ES04706053 T ES 04706053T ES 2342665 T3 ES2342665 T3 ES 2342665T3
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primer
baselineskip
sequencing
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primers
Prior art date
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Expired - Lifetime
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ES04706053T
Other languages
English (en)
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Yi-Ju Chen
John H. Leamon
Kenton Lohman
Michael T. Ronan
Maithreyan Srinivasan
Jonathan Rothberg
Michael Weiner
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454 Life Science Corp
Original Assignee
454 Life Science Corp
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Publication date
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Abstract

Método de secuenciación de una molécula de ácido nucleico, que comprende las etapas de: (a) hibridar dos o más cebadores de secuenciación con una o una pluralidad de cadenas individuales de la molécula de ácido nucleico, en la que todos los cebadores excepto uno son cebadores reversiblemente bloqueados, (b) incorporar por lo menos una base en la molécula de ácido nucleico mediante elongación de polimerasa a partir de un cebador no bloqueado, (c) bloquear la elongación adicional de dicho cebador no bloqueado, (d) desbloquear uno de los cebadores reversiblemente bloqueados, formando un cebador desbloqueado, (e) repetir las etapas (b) a (d) hasta que por lo menos uno de los cebadores reversiblemente bloqueados se haya desbloqueado y utilizado para determinar una secuencia mediante secuenciación pirofosfato.

Description

Secuenciación desde dos extremos.
Campo de la invención
La presente invención se refiere a métodos para secuenciar tanto la cadena sentido como la cadena antisentido de un ácido nucleico.
Antecedentes
La presente invención se refiere a un método para la secuenciación de las bases de ácido desoxirribonucleico (ADN). Más específicamente, la presente invención se refiere a métodos para secuenciar tanto la cadena sentido como la cadena antisentido de ADN mediante la utilización de cebadores de secuenciación bloqueados y no bloqueados.
La secuenciación del genoma ofrece la posibilidad de diagnóstico, terapia y prevención de enfermedades, así como la modificación dirigida del genoma humano. Resultan necesarios métodos de secuenciación rápida que permitan la utilización de este potencial. La secuenciación de bases del ácido desoxirribonucleico (ADN) y del ácido ribonucleico (ARN) es una de las técnicas analíticas más importantes de la biotecnología, la industria farmacéutica, la industria alimentaria, el diagnóstico médico y otros campos de aplicación.
Se encuentran disponibles muchos métodos de secuenciación del ADN, tales como la secuenciación de Sanger utilizando la terminación dideoxi y la electroforesis en gel desnaturalizante (Sanger F. et al., Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 75:5463-5467, 1977), la secuenciación de Maxam-Gilbert utilizando el corte químico y la electroforesis en gel desnaturalizante (Maxam A.M. y Gilbert W., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 74:560-564, 1977), la pirosecuencación, mediante la detección del pirofosfato (PPi) liberado durante la reacción de la ADN polimerasa (Ronaghi M. et al., Science 281:363-365, 1998) y la secuenciación mediante hibridación (SBH) utilizando oligonucleótidos (Lysov I. et al., Dok1 Akad Nauk SSSR 303:1508-1511, 1988; Bains W. y Smith G.C., J. Theor. Biol. 135:303-307, 1988; Dmanac R. et al., Genomics 4:114-128, 1989; Khrapko K.R. et al., FEBS Lett. 256:118-122, 1989; Pevzner P.A., J. Biomol. Struct. Dyn. 7:63-73, 1989; Southern E.M. et al., Genomics 13:1008-1017, 1992).
Ronaghi et al. (Anal. Biochem. 267:65-71, 1999) se refieren a un método de secuenciación de ambas cadenas de un ácido nucleico. El método implica la amplificación por PCR de un ácido nucleico molde con un cebador biotinilado y un cebador no biotinilado. El producto amplificado, que comprende una cadena biotinilada y una cadena no biotinilada se separa en cadenas. Los autores se refieren a la utilización de perlas recubiertas con estreptavidina para la separación de cadenas. La cadena biotinilada queda unida a las perlas, mientras que la cadena no biotinilada se separa de la perla bajo condiciones desnaturalizantes. Las dos cadenas (biotinilada y no biotinilada) se secuencian separadamente. Al contrario que en la presente invención, que utiliza la secuenciación en fase sólida para ambas cadenas, dicho método utiliza la secuenciación en fase sólida para la cadena biotinilada y la secuenciación en fase solución para la secuencia de la cadena no biotinilada. Por lo tanto, el método de Ronaghi es similar al método tradicional de secuenciación del ADN que comprende la separación de las cadenas (por ejemplo utilizando un gel de urea) de un molde antes de la secuenciación. De esta manera, el método de Ronaghi adolece de la misma desventaja que los métodos tradicionales: el requisito de una etapa laboriosa de separación de cadenas y de aislamiento de las cadenas individuales antes de la secuenciación. Las desventajas del método de Ronaghi se incrementan geométricamente a medida que se incrementa el número de reacciones de secuenciación paralela. Por ejemplo, la secuenciación paralela de 1.000 moldes de doble cadena requeriría 1.000 separaciones y 2.000 aislamientos de cadenas individuales. Además, el método de Ronaghi, al igual que todos los métodos basados en la separación de cadenas, se limita a la determinación de secuencias a partir de dos cebadores (uno para cada cadena) por cada molde de doble cadena.
La secuenciación basada en el corte químico ha demostrado ser difícil de automatizar. Otros métodos de secuenciación son laboriosos debido a la necesidad de llevar a cabo una etapa de hibridación por cada esfuerzo de secuenciación. En muchas situaciones, la etapa de hibridación es la etapa limitante de la velocidad de una reacción de secuenciación.
Se han realizado intentos para llevar a cabo la secuenciación a partir de los dos extremos de un ácido nucleico, utilizando, por ejemplo, dos cebadores de secuenciación marcados diferentemente (por ejemplo Li-Cor, de Lincoln, Nebraska) en una reacción de secuenciación de Sanger (Sanger F. et al., Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 75:5463-5467, 1977). Estos métodos son variaciones de la secuenciación manual y requieren una etapa de fraccionamiento por tamaño (por ejemplo un gel) para determinar una secuencia. Aunque el fraccionamiento por tamaño puede resultar adecuado para tamaños de muestra reducidos, la secuenciación genómica que utilizase técnicas de fraccionamiento por tamaño requeriría 1.500.000 geles de fraccionamiento por tamaño (suponiendo una capacidad optimista de 2.000 pb por gel). Por estos motivos, los métodos de secuenciación que implican el fraccionamiento por tamaño no han sido adaptados para la secuenciación de genomas humanos.
Wiemarn et al., Analytical Biochemistry 234(2):166-174, 1996, páginas 166 a 174, describen una técnica "dúplex" de secuenciación del ADN que posibilita obtener simultáneamente dos secuencias independientes a partir de una reacción de secuenciación con la utilización de cebadores no marcados y el marcaje interno.
Descripción resumida de la invención
La presente invención proporciona un método de secuenciación de un ácido nucleico a partir de múltiples cebadores con una única etapa de hibridación de cebador. En este método, se hibridan dos o más cebadores de secuenciación al ADN molde que debe secuenciarse. El ADN molde puede ser de una cadena o de doble cadena desnaturalizado. A continuación, se bloquean todos los cebadores de secuenciación excepto uno. Se lleva a cabo nuevamente la secuenciación (por ejemplo la secuenciación a partir de pirofosfato) mediante elongación del cebador no bloqueado. Se deja que continúe la elongación hasta completarse (con polimerasa adicional y dNTPs, en caso necesario) o se termina (mediante polimerasa, ddNTPs y opcionalmente dNTPs); en cualquier caso impidiendo la elongación adicional del cebador no bloqueado. Se eliminan los reactivos de completado de cadena y/o de terminación. Seguidamente, se desbloquea uno de los cebadores bloqueados y se lleva a cabo la secuenciación pirofosfato mediante elongación del cebador nuevamente desbloqueado. Se continúa este procedimiento hasta desbloquear y secuenciar todos los cebadores de secuenciación. En una realización preferente, se utilizan dos cebadores (uno bloqueado y uno no bloqueado) para secuenciar ambos extremos de un ácido nucleico de doble cadena.
Breve descripción de los dibujos
Figura 1 ilustra un procedimiento ejemplar de secuenciación desde dos extremos;
Figura 2 ilustra los resultados de la demostración de la secuenciación desde los dos extremos en un aparato de pirosecuenciación de 454 Corp.;
Figura 3 ilustra los resultados del análisis de secuenciación desde los dos extremos, mostrando que se determina la secuencia de ambos extremos de un molde de ADN. SEC ID nº 6: atgcacatggttgacacagtggt; SEC ID nº 7: atgcacatggtt
gacacagtgg; SEC ID nº 8: atgccaccgacctagtctcaaactt;
Figura 4 ilustra una perla ejemplar de captura de ADN;
Figura 5 ilustra la encapsulación de una perla que comprende dos secuencias oligonucleótidas para la secuenciación de una doble cadena.
Figura 6 ilustra la PCR en fase solución y el procedimiento de direccionamiento a perla - una etapa en una realización preferente de la secuenciación desde dos extremos;
Figura 7 ilustra la rotura de emulsión y la recuperación de ADN molde amplificado en una perla - una etapa en una realización preferente de secuenciación desde dos extremos;
Figura 8 es una representación esquemática de un método preferente de secuenciación desde los dos extremos;
Figura 9 ilustra los resultados de la secuenciación de un genoma de Staphylococcus aureus;
Figura 10 ilustra las longitudes de lectura medias en un experimento que implicaba la secuenciación desde los dos extremos;
Figura 11 ilustra el número de pocillos para cada tramo del genoma en un experimento de secuenciación desde los dos extremos; y
Figura 12 ilustra un resultado y cadena de alineación típicos de un procedimiento de secuenciación desde los dos extremos. Las secuencias, mostradas en orden, de arriba a abajo, son: SEC ID nº 9 a SEC ID nº 22.
Descripción detallada de la invención y exposición
Tradicionalmente, la secuenciación de dos extremos de una molécula de ADN de doble cadena requeriría como mínimo la hibridación de cebador, la secuenciación de un extremo, la hibridación de un segundo cebador y la secuenciación del otro extremo. El método alternativo es separar las cadenas individuales del ácido nucleico de doble cadena y secuenciar individualmente cada cadena. La presente invención proporciona una tercera alternativa que es más rápida y menos laboriosa que los primeros dos métodos.
La presente invención proporciona un método de secuenciación de una molécula de ácidos nucleicos según se define posteriormente en las reivindicaciones. La presente invención también proporciona un método para determinar un haplotipo molecular de una muestra de ADN en múltiples locus, según se define posteriormente en las reivindicaciones. La invención según se define posteriormente en las reivindicaciones se describe, así como otros métodos que forman parte de la exposición.
La presente invención y la presente exposición proporcionan un método de secuenciación secuencial de ácidos nucleicos a partir de múltiples cebadores. Las referencias a la secuenciación del ADN en la presente solicitud se refieren a la secuenciación utilizando una polimerasa en la que la secuencia se determina a medida que se incorporan nucleótidos trifosfato (NTPs) en la cadena en crecimiento de un cebador de secuenciación. Un ejemplo de este tipo de secuenciación es el método de pirosecuenciación de detección de pirofosfatos (ver, por ejemplo, las patentes US nº 6.274.320, nº 6.258.568 y nº 6.210.891).
En una realización, se proporciona un método de secuenciación de dos extremos de un ácido nucleico molde de doble cadena. El ADN de doble cadena comprende dos ADNs de una cadena, denominados en la presente memoria primer ADN de una cadena y segundo ADN de una cadena. Se hibrida un primer cebador con el primer ADN de una cadena y se hibrida un segundo cebador con el segundo ADN de una cadena. El primer cebador no se encuentra bloqueado, mientras que el segundo cebador se encuentra bloqueado.
Las expresiones "bloqueado" o "cebador bloqueado" se definen en la presente exposición como cualquier cebador en el que se ha impedido la elongación que realizaría una polimerasa. El bloqueo puede ser con un grupo de bloqueo químico que impida que un cebador sea polimerizado por la ADN polimerasa. Además, el bloqueo con un grupo químico debería ser reversible, de manera que, tras la reversión, el oligonucleótido nuevamente pueda servir como cebador de secuenciación. De esta manera, "bloqueo" significa lo mismo que "bloqueado", "bloqueado" significa lo mismo que "protegido", y "desbloqueado" significa lo mismo que "desbloqueo".
Los términos "protección", "protegido", "bloqueo" y "bloqueado" se definen en la presente exposición como la adición de un grupo químico a sitios reactivos en el cebador que evitan la polimerización de un cebador por parte de la ADN polimerasa. Además, la adición de dichos grupos químicos protectores debería ser reversible, de manera que, tras la reversión, el cebador ahora desprotegido nuevamente es capaz de servir como cebador de secuenciación. La secuencia de ácidos nucleicos se determina en una dirección (por ejemplo desde un extremo del molde) mediante elongación del primer cebador con ADN polimerasa utilizando métodos convencionales, tales como la secuenciación de pirofosfato. A continuación, se desprotege el segundo cebador y se determina la secuencia mediante elongación del segundo cebador en la otra dirección (por ejemplo desde el otro extremo del molde) utilizando ADN polimerasa y métodos convencionales, tales como la secuenciación de pirofosfato. Las secuencias del primer y segundo cebadores están diseñadas específicamente para hibridarse con los dos extremos del ADN de doble cadena o en cualquier localización a lo largo del molde en este método.
Además de la definición anterior, la protección y el bloqueo también pueden ser extrínsecos al cebador. Por ejemplo, puede unirse un anticuerpo u otra proteína a un sitio cadena abajo (por ejemplo una proteína de unión a ADN específica de una secuencia) para crear un cebador bloqueado, aunque el cebador no sea químicamente diferente a un cebador no bloqueado. Por ejemplo, el bloqueo y la protección pueden estar mediados por una proteína de unión a ADN que se una cadena abajo de un ácido nucleico cebador e impida la elongación. En este caso, el cebador se considera bloqueado o protegido. Además, en el caso de que la proteína de unión a ADN pueda ser desplazada, el cebador se considera que se encuentra bloqueado o protegido reversiblemente. Una proteína de unión a ADN es cualquier proteína de unión a ADN sintética o natural o equivalente funcional de la misma.
En otra realización se proporciona un método de secuenciación de un ácido nucleico a partir de múltiples cebadores. En este método, se hibridan varios cebadores de secuenciación con el ácido nucleico molde que debe secuenciarse. Todos los cebadores de secuenciación se encuentran reversiblemente bloqueados excepto uno. Un cebador bloqueado es un cebador oligonucleótido que no puede extenderse con una polimerasa y dNTPs utilizados comúnmente en las reacciones de secuenciación de ADN. Un cebador reversiblemente bloqueado es un cebador bloqueado que puede desbloquearse. Todos los cebadores bloqueados a los que se hace referencia en la presente invención se encuentran reversiblemente bloqueados. Tras el desbloqueo, un cebador reversiblemente bloqueado funciona como un cebador de secuenciación normal y es capaz de participar en una reacción de secuenciación normal.
Se proporciona un método de secuenciación secuencial de un ácido nucleico a partir de múltiples cebadores. El método comprende las etapas siguientes: en primer lugar, se proporciona uno o más ácidos nucleicos de molde que deben secuenciarse. En segundo lugar, se hibrida una pluralidad de cebadores de secuenciación con el ácido o ácidos nucleicos de molde. El número de cebadores de secuenciación puede representarse con el número n, en donde n puede ser cualquier número positivo superior a 1. Ese número puede ser, por ejemplo, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 ó superior. De entre los cebadores un número n-1 puede encontrarse bloqueado con un grupo bloqueante. Por lo tanto, por ejemplo, en el caso de que n sea 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 ó 10, n-1 sería 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8 y 9, respectivamente. El cebador remanente (por ejemplo un número n de cebadores - un número (n-1) de cebadores bloqueados= un cebador remanente) no se encuentra bloqueado. En tercer lugar, el cebador no bloqueado se extiende y se determina la secuencia del ADN molde mediante métodos convencionales, tales como, por ejemplo, la secuenciación pirofosfato. En cuarto lugar, tras la secuenciación del primer cebador, se desbloquea uno de los cebadores bloqueados restantes. En quinto lugar, se extiende un cebador desbloqueado y se determina la secuencia del ADN molde mediante métodos convencionales, tales como, por ejemplo, la secuenciación pirofosfato. Opcionalmente puede repetirse el método hasta llevar a cabo la secuenciación a partir de todos los cebadores bloqueados.
En otro aspecto, se proporciona un método de secuenciación secuencial de un ácido nucleico, que comprende las etapas siguientes: (a) hibridar 2 ó más cebadores de secuenciación con el ácido nucleico, en el que todos los cebadores excepto uno se encuentran reversiblemente bloqueados, (b) determinar una secuencia de una cadena del ácido nucleico mediante elongación con polimerasa a partir del cebador no bloqueado, (c) desbloquear uno de los cebadores reversiblemente bloqueados formando un cebador desbloqueado, (d) repetir las etapas (b) y (c) hasta el desbloqueo de todos los cebadores reversiblemente bloqueados y su utilización para determinar una secuencia. En una realización, el presente método comprende una etapa adicional entre las etapas (b) y (c), es decir, la etapa de terminar la elongación del cebador desbloqueado mediante la puesta en contacto del cebador desbloqueado con ADN polimerasa y uno o más nucleótidos trifosfato o dideoxinucleótido trifosfatos. En todavía otra realización, el presente método comprende además una etapa adicional entre dichas etapas (b) y (c), es decir, terminar la elongación del cebador desbloqueado mediante la puesta en contacto del cebador desbloqueado con ADN polimerasa y un dideoxinucleótido trifosfato de entre ddATP, ddTTP, ddCTP, ddGTP o una combinación de los mismos.
En otro aspecto, se proporciona un método de secuenciación de un ácido nucleico, que comprende:
(a) hibridar un primer cebador no bloqueado con una primera cadena del ácido nucleico, (b) hibridar un segundo cebador bloqueado con una segunda cadena, (c) exponer la primera y segunda cadenas a polimerasa, de manera que el primer cebador no bloqueado se extienda a lo largo de la primera cadena, (d) bloquear la elongación adicional del primer cebador de secuenciación (a lo que también se hace referencia como completar la extensión del primer cebador de secuenciación), (e) desbloquear el segundo cebador de secuenciación, y (f) exponer la primera y segunda cadenas a polimerasa de manera que se extienda el segundo cebador de secuenciación a lo largo de la segunda cadena. Puede bloquearse la elongación adicional (es decir, puede completarse la elongación) mediante cualquier medio adecuado, incluyendo el permitir que caiga el cebador o la adición de una caperuza al cebador (por ejemplo con ddNTPs o por medios químicos). En una realización preferente, bloquear la elongación adicional o el completado comprende la adición de caperuza o la terminación de la elongación.
En otra realización, se proporciona un método de secuenciación de dos extremos de un ácido nucleico molde de doble cadena que comprende una primer y un segundo ADN de una cadena. En la presente realización, se hibrida un primer cebador con el primer ADN de una cadena y se hibrida un segundo cebador con el segundo ADN de una cadena en la misma etapa. El primer cebador no se encuentra bloqueado, mientras que el segundo cebador se encuentra bloqueado.
Tras la hibridación, se determina la secuencia del ácido nucleico en una dirección (por ejemplo desde un extremo del molde) mediante elongación del primer cebador con ADN polimerasa utilizando métodos convencionales, tales como la secuenciación pirofosfato. En una realización preferente, la polimerasa no presenta actividad exonucleasa 3' a 5'. Seguidamente se desbloquea el segundo cebador, y se determina su secuencia mediante elongación del segundo cebador en la otra dirección (por ejemplo desde el otro extremo del molde) con ADN polimerasa utilizando métodos convencionales, tales como la secuenciación pirofosfato. Tal como se ha indicado anteriormente, las secuencias del primer y segundo cebadores están diseñadas para hibridarse a los dos extremos del ADN de doble cadena o en cualquier localización a lo largo del molde. Esta técnica resulta especialmente útil para la secuenciación de muchos ADNs de molde que contienen sitios únicos de hibridación de cebador de secuenciación en los dos extremos. Por ejemplo, muchos vectores de clonación son provistos de sitios únicos de hibridación de cebador de secuenciación flanqueando el sitio de inserción para facilitar la posterior secuenciación de cualquier secuencia clonada (por ejemplo Bluescript, Stratagene, La Jolla, CA).
Un beneficio de dicho método es que ambos cebadores pueden hibridarse en una única etapa. Los beneficios de este método y de otros métodos resultan especialmente útiles en sistemas de secuenciación en paralelo, en los que las hibridaciones son más complicadas de lo normal. Se dan a conocer ejemplos de sistemas de secuenciación paralela en la solicitud copendiente de patente US nº de serie 10/104, 280, publicada como la solicitud de patente número 2003/0068629.
Los oligonucleótidos cebadores utilizados en los métodos descritos en la presente memoria pueden sintetizarse mediante tecnología convencional, por ejemplo con un sintetizador comercial de oligonucleótidos y/o mediante ligación entre sí de subfragmentos que han sido sintetizados de esta manera.
En otra realización, puede determinarse la longitud del ácido nucleico molde de doble cadena. Los métodos para determinar la longitud de un ácido nucleico de doble cadena son conocidos de la técnica. La determinación de la longitud puede llevarse a cabo antes o después de la secuenciación del ácido nucleico. Entre los métodos conocidos de determinación de la longitud de la molécula de ácido nucleico se incluyen la electroforesis en gel, la electroforesis en gel de campo pulsado, la espectrometría de masas y similares. Debido a que un ácido nucleico de doble cadena de extremos romos comprende dos cadenas individuales de longitud idéntica, la determinación de la longitud de una cadena de un ácido nucleico resulta suficiente para determinar la longitud de la doble cadena correspondiente.
La reacción de secuenciación según la presente invención también permite determinar la longitud del ácido nucleico molde. En primer lugar, una secuencia completa de un extremo del ácido nucleico hasta el otro extremo permitirá determinar la longitud. En segundo lugar, la determinación de la secuencia de los dos extremos puede solaparse en la parte intermedia, permitiendo unir las dos secuencias. La secuencia completa puede determinarse y obtenerse la longitud. Por ejemplo, en el caso de que el molde presente una longitud de 100 pb, la secuenciación desde un extremo puede determinar las bases 1 a 75; la secuenciación desde el otro extremo puede determinar las bases 25 a 100; de esta manera existe un solapamiento de 51 bases en la parte intermedia entre las bases 25 y 75, y a partir de esta información, puede determinarse la secuencia completa entre 1 y 100 y obtenerse la longitud, de 100 bases, a partir de la secuencia completa.
Otro método comprende las etapas siguientes. En primer lugar, una pluralidad de cebadores de secuenciación, presentando cada uno una secuencia diferente, se hibrida con un ADN que debe secuenciarse. El número de cebadores de secuenciación puede ser cualquier valor superior a uno, tal como, por ejemplo, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 ó más. Todos estos cebadores se encuentran reversiblemente bloqueados excepto uno. Este cebador no bloqueado se elonga en una reacción posterior y se determina la secuencia. Habitualmente, tras elongarse por completo un cebador, no puede extenderse y no afectará a la secuenciación posterior a partir de otro cebador. Si se desea, el cebador secuenciado puede terminarse utilizando un exceso de polimerasa y dNTPs, o utilizando ddNTPs. En el caso de que se realiza una etapa de terminación, los reactivos de terminación (dNTPs y ddNTPs) deben eliminarse tras la etapa. A continuación, se desbloquea uno de los cebadores reversiblemente bloqueados y se produce la secuenciación a partir del segundo cebador. Las etapas de desbloqueo de un cebador, la secuenciación a partir del cebador desbloqueado y, opcionalmente, la terminación de la secuenciación a partir del cebador se repiten hasta el desbloqueo de todos los cebadores bloqueados y su utilización en la secuenciación.
Los cebadores reversiblemente bloqueados deberían bloquearse con diferentes grupos químicos. Mediante la elección del método apropiado de desbloqueo, puede desbloquearse un cebador sin afectar a los grupos bloqueantes de los demás cebadores. En una realización preferente, el grupo bloqueante es PO_{4}. Es decir, el segundo cebador se bloquea con PO_{4} y el desbloqueo se lleva a cabo con la polinucleótido quinasa de T4 (utilizando su actividad de 3'-fosfatasa) o fosfatasa alcalina intestinal bovina (CLAP) o cualquier fosfatasa adecuada. En otra realización preferente, el bloqueante es un grupo tiol o un grupo fosforotiol.
El ácido nucleico molde puede ser un ADN, ARN o ácido nucleico péptido (APN). Aunque el ADN es el molde preferente, puede convertirse el ARN y el APN en ADN mediante técnicas conocidas, tales como la PCR con cebadores aleatorios, la transcripción inversa, la RT-PCR o cualquier combinación de estas técnicas. Además, los métodos de la invención resultan útiles para secuenciar ácidos nucleicos de secuencia desconocida y conocida. La secuenciación de un ácido nucleico de secuencia conocida resultaría útil, por ejemplo, para confirmar la secuencia del ADN sintetizado o para confirmar la identidad del patógeno sospechado con una secuencia de ácidos nucleicos conocida. Los ácidos nucleicos pueden ser una mezcla de más de una población de ácidos nucleicos. Es conocido que un cebador de secuenciación con suficiente especificidad (por ejemplo 20 bases, 25 bases, 30 bases, 35 bases, 40 bases, 45 bases o 50 bases) puede utilizarse para secuenciar un subconjunto de secuencias en un ácido nucleico largo o en una población de ácidos nucleicos no relacionados. De esta manera, por ejemplo, el molde puede ser una secuencia de 10 Kb o diez secuencias de 1 Kb cada una. En una realización preferente, el ADN molde presenta una longitud de entre 50 pb y 700 pb. El ADN puede ser de una cadena o de doble cadena.
En el caso de que el ácido nucleico molde sea de una cadena, pueden hibridarse varios cebadores con el ácido nucleico molde, tal como se muestra a continuación:
1
En el presente caso, resulta preferente que el cebador no bloqueado inicial sea el cebador que se hibrida en el extremo más 5' del molde. Ver el cebador 1 en la ilustración anterior. En esta orientación, la elongación del cebador 1 no desplazaría (mediante desplazamiento de cadena) el cebador 2, 3 ó 4. Tras finalizar la secuenciación desde el cebador 1, puede desbloquearse el cebador 2 e iniciarse la secuenciación del ácido nucleico. La secuenciación a partir del cebador 2 puede desplazar el cebador 1 o la versión elongada del cebador uno, pero no presentará ningún efecto sobre los cebadores bloqueados restantes (cebadores 3 y 4). Utilizando este orden, puede utilizarse cada cebador secuencialmente y una reacción de secuenciación a partir de un cebador que no afectaría a la secuenciación a partir de un cebador posterior.
Una característica de la invención es la capacidad de utilizar múltiples cebadores de secuenciación en uno o más ácidos nucleicos y la capacidad de secuenciar a partir de múltiples cebadores utilizando únicamente una etapa de hibridación. En la etapa de hibridación, pueden hibridarse todos los cebadores de secuenciación (por ejemplo el número n de cebadores de secuenciación) con el ácido o ácidos nucleicos molde simultáneamente. En la secuenciación convencional, habitualmente resulta necesaria una etapa de hibridación para la secuenciación a partir de un cebador. Una característica de la invención es que la secuenciación a partir de n cebadores (tal como se ha definido anteriormente) puede llevarse a cabo mediante una única etapa de hibridación. Esto elimina efectivamente n-1 etapas de hibridación.
En una realización preferente, las secuencias de los n cebadores son suficientemente diferentes para que los cebadores no se hibriden cruzadamente o se autohibriden. La hibridación cruzada se refiere a la hibridación de un cebador con otro cebador debido a la complementariedad de secuencias. Una forma de hibridación cruzada se denomina comúnmente "cebador dímero". En el caso de un cebador dímero, los extremos 3' de los dos cebadores son complementarios y forman una estructura que, al elongarse, es aproximadamente la suma de la longitud de los dos cebadores. La autohibridación se refiere a la situación en la que el extremo 5' de un cebador es complementario al extremo 3' del cebador. En este caso, el cebador presenta una tendencia a autohibridarse para formar una estructura similar a una horquilla.
Un cebador puede interaccionar o asociarse específicamente con la molécula de molde. Los términos "interaccionar" o "asociarse" se refieren en la presente memoria a que dos sustancias o compuestos (por ejemplo cebador y molde, grupo químico y nucleótido) se unen (por ejemplo se enlazan, se unen, se hibridan, se juntan, se unen covalentemente o se asocian de otra manera) entre sí suficientemente para que el ensayo pretendido pueda llevarse a cabo. Los términos "específico" o "específicamente" se refieren en la presente memoria a que dos componentes se unen selectivamente entre sí. Los parámetros requeridos para conseguir interacciones específicas pueden determinarse rutinariamente, por ejemplo utilizando métodos convencionales de la técnica.
Para obtener más sensibilidad o para ayudar en el análisis de mezclas complejas, los cebadores bloqueados pueden modificarse (por ejemplo derivatizarse) con grupos químicos diseñados para proporcionar señales únicas claras. Por ejemplo, cada cebador bloqueado puede derivatizarse con un aminoácido natural o sintético diferente unido mediante un enlace amida a la cadena oligonucleótida en una o más posiciones a lo largo de la parte hibridante de la cadena. La modificación química puede detectarse, evidentemente, después de escindirse del ácido nucleico diana, o mientras se encuentra asociada al ácido nucleico diana. Permitiendo que cada ácido nucleico diana bloqueado se identifique de una manera distinguible resulta posible someter a ensayo (por ejemplo para el cribado) un gran número de diferentes ácidos nucleicos diana en un único ensayo. Pueden llevarse a cabo muchos ensayos de este tipo de manera rápida y fácil. Este tipo de ensayo o conjunto de ensayos puede llevarse a cabo, por lo tanto, con eficiencia de alto rendimiento según se define en la presente invención.
En los métodos de la exposición, tras elongarse un primer cebador y determinarse la secuencia del ADN molde, se desbloquea y se secuencia un segundo cebador. No se produce interferencia entre la reacción de secuenciación del primer cebador y la reacción de secuenciación del segundo, ahora desbloqueado, cebador, debido a que el primer cebador se ha elongado completamente o se ha terminado. Debido a que el primer cebador se ha elongado por completo, la secuenciación a partir del segundo cebador, utilizando métodos convencionales tales como la secuenciación pirofosfato, no resultará afectada por la presencia del primer cebador elongado. La exposición también proporciona un método para reducir cualquier posible señal contaminante del primer cebador. La contaminación de las señales se refiere a las incidencias en las que el primer cebador no se ha elongado por completo. En este caso, el primer cebador continuará elongándose al desbloquear y elongar un cebador posterior. La elongación de tanto el primer como segundo cebadores podría interferir con la determinación de la secuencia del ADN.
En una realización preferente, la reacción de secuenciación (por ejemplo la reacción de elongación de cadena) a partir de un cebador en primer lugar se termina o se completa antes de iniciar una reacción de secuenciación en un segundo cebador. Una reacción de elongación de cadena de ADN puede terminarse mediante la puesta en contacto del ADN molde con ADN polimerasa y dideoxinucleótidos trifosfato (ddNTPs), tales como ddATP, ddTTP, ddGTP y ddCTP. Tras la terminación, los dideoxinucleótidos trifosfato pueden eliminarse mediante lavado de la reacción con una solución sin ddNTPs. Un segundo método para bloquear la elongación adicional de un cebador es añadir nucleótidos trifosfato (dNTPs, tales como dATP, dTTP, dGTP y dCTP) y ADN polimerasa a una reacción para extender por completo cualquier cebador no completamente extendido. Tras completarse la extensión, los dNTPs y las polimerasas se eliminan antes de desbloquear el siguiente cebador. Mediante el completado o terminación de un cebador antes de desbloquear otro cebador, puede mejorarse la relación señal-ruido de la reacción de secuenciación (por ejemplo la secuenciación pirofosfato). Un tercer método puede implicar enzimas, proteínas u otros agentes que puedan reconocer una región de doble cadena >25 bases y cortar en la parte no extendida de la región de una cadena.
Las etapas de: (a) opcionalmente terminar o completar la secuenciación, (b) desbloquear un nuevo cebador, y (c) secuenciar a partir del cebador desbloqueado pueden repetirse hasta determinar una secuencia a partir de la elongación de cada cebador. En este método, la etapa de hibridación comprende "n" cebadores y un cebador no bloqueado. El cebador no bloqueado se secuencia en primer lugar y las etapas (a), (b) y (c) anteriormente indicadas pueden repetirse.
En una realización preferente, se utiliza la secuenciación pirofosfato para todas las secuenciaciones realizadas de acuerdo con el método de la presente exposición.
En otra realización preferente, la secuenciación desde los dos extremos se lleva a cabo según el procedimiento descrito de manera general en la figura 1. Este procedimiento puede dividirse en seis etapas: (1) creación de una perla de captura (figuras 1A y B), (2) amplificación mediante PCR en emulsión (figura 1C), (3) hibridación de cebadores bloqueados y desbloqueados (figura 1D), (4) secuenciación de la primera cadena mediante extensión del cebador desbloqueado (por ejemplo mediante secuenciación pirofosfato) (figura 1E), (4A) terminación/completado opcional de la secuenciación a partir de la primera cadena (figura 1E), seguido de la extracción de los reactivos de terminación/completado (figura 1F), (5) preparación de la segunda cadena mediante desbloqueo de un cebador previamente bloqueado (figuras 1H), (6) secuenciación de la segunda cadena mediante la adición de polimerasa (figuras 11) y secuenciación mediante elongación del cebador desbloqueado (figura 1J). Los datos recogidos de la secuenciación de ambas cadenas se muestran en la figura 2. Estos datos se analizaron adicionalmente para proporcionar los datos de secuencia en la figura 3.
En la etapa 1, se acopló una perla de captura activada con N-hidroxisuccinimida (NHS) (por ejemplo Amersham Biosciences, Piscataway, NJ) (figura 1A, figura 4) a dos cebadores diferentes mediante un grupo marcado con 5'-amina. Los dos cebadores corresponden al extremo 5' de la cadena sentido (cebador de captura directo) y antisentido (cebador de captura inverso) del molde que debe amplificarse (figura 1B). Lo anterior resultaría en una perla con ambos cebadores de captura en la orientación 5' a 3'. Estos cebadores son 40-meros y consisten de dos partes: un cebador de PCR de 20 bases unido a un cebador de secuenciación de 20 bases. Los cebadores de PCR 20-meros se utilizan para la amplificación mediante PCR y los cebadores de secuenciación 20-meros se utilizan para derivar información de secuencia de moléculas de ADN extendidas a partir de los cebadores de captura de ADN. El acoplamiento a NHS forma un enlace amida químicamente estable con ligandos que contienen grupos de amina primaria. Además, puede acoplarse biotina a la perla de captura además de utilizar biotina marcada en la amina. El grupo biotina proporciona un mecanismo útil para la unión de reactivos de secuenciación adicionales (por ejemplo reactivos de secuenciación pirofosfato) a la perla. Las perlas (es decir, los soportes sólidos de captura de ácidos nucleicos) utilizados en la presente invención pueden ser de cualquier tamaño conveniente y fabricarse a partir de cualquier número de materiales conocidos.
Entre los ejemplos de dichos materiales se incluyen: compuestos inorgánicos, polímeros naturales y polímeros sintéticos. Entre los ejemplos específicos de estos materiales se incluyen: celulosa, derivados de celulosa, resinas acrílicas, vidrio, geles de sílice, poliestireno, gelatina, polivinilpirrolidona, copolímeros de vinilo y acrilamida, poliestireno entrecruzado con divinilbenceno o similar (ver Merrifield, Biochemistry 3:1385-1390, 1964), poliacrilamidas, geles de látex, poliestireno, dextrano, caucho, silicona, plásticos, nitrocelulosa, celulosas, esponjas naturales, geles de sílice, vidrio, metales plásticos, celulosa, dextranos entrecruzados (por ejemplo Sephadex^{TM}) y gel de agarosa (Sepharose^{TM}) y soportes de fase sólida conocidos por el experto en la materia. En una realización preferente, las perlas de captura son perlas de sefarosa de diámetro comprendido entre aproximadamente 25 y 30 \mum.
El ácido nucleico molde puede unirse a la perla de captura de cualquier manera conocida de la técnica. Existen numerosos métodos en la técnica para unir el ADN a una perla microscópica. La unión química covalente del ADN a la perla puede conseguirse mediante la utilización de agentes acoplantes estándares, tales como carbodiimida soluble en agua, para unir el fosfato 5' en el ADN a microesferas recubiertas de amina mediante un enlace fosfoamidato. Otra alternativa es acoplar en primer lugar línkers oligonucleótidos específicos a la perla utilizando una reacción química similar, y después utilizar ADN ligasa para unir el ADN al línker en la perla. Entre otras químicas de unión se incluyen la utilización de N-hidroxisuccinamida (NHS) y derivados de la misma, para unir el oligonucleótido a las perlas. En este método, un extremo del oligonucleótido puede contener un grupo reactivo (tal como un grupo amida) que forma un enlace covalente con el soporte sólido, mientras que el otro extremo del línker contiene otro grupo reactivo que puede unirse con el oligonucleótido que debe inmovilizarse. En una realización preferente, el oligonucleótido se une a la perla de captura de ADN mediante enlace covalente. Sin embargo, los enlaces no covalentes, tales como la quelación o los complejos de antígeno-anticuerpo, pueden utilizarse para unir el oligonucleótido a la perla.
Pueden utilizarse línkers oligonucleótidos que se hibridan específicamente a secuencias únicas en el extremo del fragmento de ADN, tal como el extremo solapante de un sitio de enzima de restricción o los "extremos cohesivos" de los vectores de clonación basados en el bacteriófago lambda, aunque las ligaciones de extremos romos también pueden utilizarse beneficiosamente. Estos métodos se describen en detalle en la patente US nº 5.674.743. Resulta preferente que en cualquier método utilizado para inmovilizar las perlas se continúe uniendo el oligonucleótido inmovilizado durante todas las etapas en los métodos de la invención. En una realización preferente, el oligonucleótido se une a la perla de captura de ADN mediante enlace covalente. Sin embargo, los enlaces no covalentes, tales como la quelación o los complejos de antígeno-anticuerpo, pueden utilizarse para unir el oligonucleótido a la perla.
En la etapa 2, se añade el ADN molde que presenta los cebadores directos e inversos como adaptadores y el ADN se amplifica mediante una estrategia de amplificación mediante PCR (figura 1C). En una realización, el ADN molde presenta un ADN adaptador ligado tanto en el extremo 5' como en el extremo 3'. Los adaptadores son 40-meros que contienen en tándem en una sola unidad las secuencias para la amplificación por PCR y la secuenciación. Se unen dos adaptadores diferentes a los extremos del ADN molde como parte del procedimiento de preparación de las muestras. En una realización, el ADN se amplifica mediante reacción en cadena de la polimerasa en emulsión, reacción en cadena de polimerasa dirigida a perlas, amplificación por círculo rodante o amplificación isotérmica mediante bucles. En una realización preferente, el ADN molde con adaptadores se añade de manera que una cadena de la molécula de ADN se hibride con uno de los cebadores en la perla de captura de ADN (contiene millones de cebadores de captura directos e inversos en la orientación 5' a 3'). Las perlas de captura de ADN seguidamente se resuspenden en una mezcla de reacción de PCR, que contiene los cebadores directos e inversos, se emulsiona y después se amplifica. La reacción de amplificación también consiste de dos etapas: a) cebadores de amplificación por PCR en fase solución que ayudan a amplificar el ADN molde a partir de una única molécula, y b) etapa de dirección a perla para capturar las moléculas de ADN amplificadas en la perla. En todas las situaciones, la cadena capturada sirve como molde para la extensión del cebador de captura. Debido a que los cebadores de captura se encuentran unidos covalentemente a las perlas, la cadena extendida a partir del cebador de captura también se encuentra covalentemente unida a las perlas. Un aspecto importante de este procedimiento es la orientación de las dos cadenas. Los dos cebadores de captura contienen secuencias que corresponden a los cebadores directos e inversos. Debido a que los dos cebadores de captura pueden hibridarse con dos cadenas separadas aunque complementarias del ADN, las perlas de captura contienen ambas cadenas del ADN molde. Además, debido a que los cebadores de captura se encuentran inmovilizados en el extremo 5', las dos cadenas se inmovilizan en la dirección 5' a 3'. Tras la amplificación, cada cebador de captura contiene una cadena inmovilizada y una cadena complementaria. A continuación, se agrupan las perlas y se tratan con álcali para liberar la cadena no inmovilizada. Las perlas ahora contienen un molde monocatenario que se encuentra listo para la secuenciación.
En la etapa 3, se añaden enzimas y reactivos de secuenciación a la reacción para facilitar la secuenciación mediante elongación del cebador (figura 1E). En una realización preferente, se suministran sulfurilasa y luciferasa (enzimas de secuenciación pirofosfato) en forma inmovilizada en una perla separada o acopladas a la perla de ADN mediante interacción biotina-estreptavidina. La adición de enzimas auxiliares durante un método de secuenciación ha sido dada a conocer en U.S.S.N. nº 10/104.280, publicada como la solicitud de patente US nº 2003/0068629.
En la etapa 4, se secuencia la primera cadena del ADN mediante elongación de un cebador no bloqueado. El método de secuenciación puede ser cualquier método conocido por el experto ordinario en la materia (por ejemplo la secuenciación pirofosfato) (figura 1E). En una realización preferente, las perlas de captura se cargan en una placa PicoTiter (PTP) y se secuencian automáticamente mediante secuenciación pirofosfato. En algunos casos, la secuencia de ácidos nucleicos que debe determinarse se encuentra próxima al extremo de un ADN molde. En este caso, la elongación del cebador de secuenciación se terminará naturalmente al alcanzar la polimerasa el final del ADN. En la mayoría de casos, el cebador de secuenciación no se encuentra próximo al extremo del ADN molde y tras determinar suficiente información a partir de la reacción de secuenciación, se termina la secuenciación mediante completado o terminación de la reacción de secuenciación.
La figura 1F muestra un método preferente para terminar la reacción de secuenciación mediante la adición de ddNTPs a la reacción. En la etapa 5, se prepara la segunda cadena del ácido nucleico mediante la adición de apirasa para eliminar los ddNTPs (figura 1G) y la polinucleótido quinasa (PNK), o fosfatasa alcalina intestinal bovina u otros enzimas capaces de eliminar el grupo 3' fosfato de la cadena del cebador bloqueado (figura 1H).
En la etapa 6, seguidamente se añade polimerasa para cebar la segunda cadena (figura 1I), seguido de la secuenciación de la segunda cadena según un método estándar conocido por el experto ordinario en la materia (fig. 1J). En la etapa 7, la secuencia tanto de la primera como de la segunda cadenas se analizan de manera que se determina una secuencia de ADN contiguo (figura 2).
Los métodos de la invención pueden llevarse a cabo a cualquier escala. Por ejemplo, puede utilizarse una única perla para la secuenciación en una probeta. En una realización preferente, se llevan a cabo los métodos de secuenciación en paralelo mediante la carga de las perlas sobre obleas. Se define una oblea como un sustrato con sitios posicionalmente definidos sobre la que puede inmovilizarse una pluralidad de perlas durante un periodo de tiempo suficientemente prolongado para que pueda llevarse a cabo una reacción de secuenciación en un ácido nucleico unido a la perla. Una oblea permite la secuenciación de dobles cadenas en paralelo a partir de una pluralidad de perlas. El diseño de las obleas (también denominadas placas PicoTiter y FORA) ha sido dado a conocer en los documentos USSN nº 10/104.280 y nº 09/14.338 (publicados como solicitudes de patente US nº 2003/0068629 y nº 7.244.559, respectivamente) y la patente US nº 6.274.320, publicada el 14 de agosto de 2001.
En un aspecto, la invención comprende un método de secuenciación de una molécula de ácido nucleico, que comprende las etapas de: a) hibridar dos o más cebadores de secuenciación a una cadena o a una pluralidad de cadenas de la molécula de ácido nucleico, en la que todos los cebadores excepto uno son cebadores reversiblemente bloqueados, b) incorporar por lo menos una base en la molécula de ácido nucleico mediante elongación por la polimerasa a partir de un cebador no bloqueado, c) bloquear la elongación adicional del cebador no bloqueado, d) desbloquear uno de los cebadores reversiblemente bloqueados para formar un cebador desbloqueado, y e) repetir las etapas (b) a (d) hasta que por lo menos uno de los cebadores reversiblemente bloqueados haya sido desbloqueado y utilizado para determinar una secuencia mediante secuenciación pirofosfato.
Para la utilización con dicho método, la etapa (c) de bloquear la elongación adicional puede comprender: i) completar la elongación a partir del cebador no bloqueado con polimerasa y dNTPs, o ii) terminar la elongación con polimerasa en un tampón que contenga manganeso, dNTPs y por lo menos un ddNTP, o iii) terminar la elongación químicamente. El método puede comprender además la etapa de eliminar la polimerasa, los dNTPs y ddNTPs antes de la etapa (d).
En dicho método, puede bloquearse por lo menos un cebador reversiblemente bloqueado con un grupo químico seleccionado de entre el grupo que consiste de un grupo PO_{4}, un grupo tio y un grupo fosforotiol. Además, por lo menos un cebador reversiblemente bloqueado puede incluir un extremo 3' desapareado que puede desbloquearse mediante la puesta en contacto del cebador con una exonucleasa. Por lo menos un cebador reversiblemente bloqueado puede incluir una o más bases no complementarias que forman un bucle y no se hibridan con la molécula de ácido nucleico, en la que la base o bases no se encuentran en el extremo 5' o 3' del cebador reversiblemente bloqueado, y en el que el cebador reversiblemente bloqueado comprende un dideoxinucleótido en su extremo 3'. Además, por lo menos un cebador reversiblemente bloqueado se desbloquea mediante digestión de endonucleasas de la base o bases no complementarias que forman una muesca en la base o bases no complementarias.
Según dicho método, la etapa (b) puede incluir la elongación por la polimerasa desde el corte mediante una polimerasa con capacidad de desplazamiento de cadena. Además, por lo menos un cebador reversiblemente bloqueado puede comprender una secuencia de 5'-NUX-3', en la que N representa una secuencia oligonucleótida de cualquier longitud, U es uracilo y X es un dideoxinucleótido. El cebador reversiblemente bloqueado puede desbloquearse con uracilo ADN glucosilasa y AP endonucleasa, generando un cebador desbloqueado con un extremo 3' extensible. Alternativamente, por lo menos un cebador reversiblemente bloqueado puede comprender una secuencia de 5'-NYZ-3', en la que N representa una secuencia oligonucleótida de cualquier longitud, es un nucleótido modificado y representa una única base de nucleótido, y en la que el nucleótido modificado puede desbloquearse con formamidopirimidina (fapy)-ADN glucosilasa.
Esta base modificada puede ser, por ejemplo, 8-oxoguanina, 8-oxoadenina, fapy-guanina, metil-fapyguanina, fapy-adenina, aflatoxina B_{1}-fapy-guanina, 5-hidroxicitosina y 5-hidroxiuracilo.
A título de ejemplos, la molécula de ácido nucleico utilizada con dicho método puede ser ADN genómico, ADNc o ADN episómico y puede presentar una longitud de entre 100 y 1.000 pb. Además, por lo menos una cadena de la molécula de ácido nucleico o de los cebadores puede unirse a un soporte sólido.
Preferentemente se inmoviliza por lo menos un cebador en un soporte sólido, formando un cebador inmovilizado, y se une por lo menos una cadena a un soporte sólido mediante hibridación con el cebador inmovilizado. El soporte sólido puede ser un soporte sólido móvil esférico. En algunos casos por lo menos un cebador comprende un marcaje detectable. Además, por lo menos un cebador de secuenciación puede hibridarse con una cadena sentido del ácido nucleico y por lo menos un cebador de secuenciación se hibrida con una cadena antisentido de la molécula de ácido nucleico en la etapa (a).
Según dicho método, la elongación por la polimerasa puede ser de entre 1 y 250 bases. El método puede llevarse a cabo, por ejemplo, en un recipiente de reacción tal como una probeta, una cámara de reacción de una placa PicoTiter, una cámara de reacción de una matriz, o una cámara de reacción microencapsulada de una emulsión de agua en aceite. La secuenciación puede llevarse a cabo mediante secuenciación pirofosfato o secuenciación de Sanger. Preferentemente la polimerasa no presenta actividad de exonucleasa 3' a 5'. La etapa de desbloqueo puede implicar poner en contacto un cebador reversiblemente bloqueado con un agente para eliminar un grupo PO_{4} en el cebador reversiblemente bloqueado. Este agente puede ser, por ejemplo, polinucleótido quinasa o fosfatasa alcalina. En una aplicación, el método puede utilizarse para determinar una primera secuencia de ácido nucleico próxima a un extremo de la molécula de ácido nucleico y una segunda secuencia de ácido nucleico próxima al segundo extremo de la molécula de ácido nucleico.
En otro aspecto, la invención comprende un método de secuenciación de una molécula de ácido nucleico según la reivindicación 1, en donde el método comprende: a) hibridar un primer cebador de secuenciación no bloqueado con una primera cadena de la molécula de ácido nucleico, b) hibridar un segundo cebador de secuenciación bloqueado con una segunda cadena de la molécula de ácido nucleico, c) incorporar por lo menos una base en la primera cadena mediante extensión del primer cebador no bloqueado con una polimerasa, d) bloquear la elongación adicional del cebador no bloqueado, e) desbloquear el segundo cebador de secuenciación, y f) incorporar por lo menos una base a la segunda cadena mediante extensión del segundo cebador con una polimerasa, en donde las etapas (a) y (b) se llevan a cabo en cualquier orden o simultáneamente.
Con dicho método, la etapa (d) puede incluir: i) completar la elongación a partir del cebador no bloqueado con una polimerasa y dNTPs, o b) terminar la elongación con polimerasa en un tampón que contenga manganeso, dNTPs y por lo menos un ddNTP, o c) terminar la elongación químicamente. El método puede comprender además una etapa de eliminación de la polimerasa, dNTPs y ddNTPs tras la etapa de bloqueo. En diversos aspectos el segundo cebador puede bloquearse con un grupo químico, tal como un grupo PO_{4}, un grupo tio y un grupo fosforotiol. El método puede utilizarse, por ejemplo, para determinar por lo menos una primera secuencia de ácido nucleico próxima a un primer extremo de la molécula de ácido nucleico y para determinar una segunda secuencia de ácido nucleico próxima a un segundo extremo de la molécula de ácido nucleico.
La invención también comprende un método para determinar un haplotipo molecular de una muestra de ADN en múltiples locus, que comprende las etapas de: a) hibridar 2 ó más cebadores de secuenciación contiguos a una pluralidad de locus en una muestra de ADN, en la que todos los cebadores excepto uno son cebadores reversiblemente bloqueados y en el que cada locus contiene una secuencia de ácido nucleico que determina un haplotipo, b) determinar un haplotipo en un locus mediante elongación por la polimerasa a partir de un cebador no bloqueado, c) bloquear la elongación adicional del cebador no bloqueado, d) desbloquear uno de los cebadores reversiblemente bloqueados, formando un cebador no bloqueado, e) repetir las etapas (b) a (d) hasta que todos los cebadores reversiblemente bloqueados han sido desbloqueados y utilizados para determinar un haplotipo molecular, y en donde la secuenciación se lleva a cabo mediante secuenciación pirofosfato.
En dicho método, la etapa (c) de bloquear la elongación adicional puede comprender: i) completar la elongación a partir del cebador no bloqueado con la polimerasa y dNTPs, o ii) terminar la elongación con polimerasa en un tampón que contenga manganeso, dNTPs y por lo menos un ddNTP, o iii) terminar la elongación químicamente. El método puede comprender además la etapa de eliminar la polimerasa, los dNTPs y los ddNTPs tras la etapa de bloqueo.
Además, la exposición comprende un método de secuenciación de una molécula de ácido nucleico que comprende las etapas de: a) hibridar un cebador de secuenciación con una cadena de la molécula de ácido nucleico, b) incorporar por lo menos una base en una cadena del ácido nucleico mediante elongación por la polimerasa a partir del cebador de secuenciación, c) bloquear la elongación adicional del cebador, y d) repetir las etapas (a) a (c) en la misma cadena de ácido nucleico o en una cadena diferente de ácido nucleico hasta determinar una cantidad deseada de secuencia.
Para determinados aspectos, la etapa (c) de dicho método comprende: i) completar la elongación a partir del cebador no bloqueado con polimerasa y dNTPs, o ii) terminar la elongación con polimerasa en un tampón que contenga manganeso, dNTPs y por lo menos un ddNTP, o iii) terminar la elongación químicamente. Además, el método puede comprender además la etapa de eliminar la polimerasa, los dNTPs y los ddNTPs después de la etapa de bloqueo.
La exposición comprende además un método de secuenciación de una pluralidad de moléculas de ácido nucleico de doble cadena, que comprende las etapas de: a) para cada una de las moléculas de doble cadena, separar dos cadenas de cada ácido nucleico de doble cadena y unir cada una de las dos cadenas complementarias a una única perla, generando una pluralidad de perlas en un único reactor, cada perla con ambas cadenas de la molécula de ácido nucleico unidas a la misma, b) determinar la identidad de por lo menos una base de una de las cadenas, y c) determinar la identidad de por lo menos una base de la cadena complementaria de la molécula de ácido nucleico.
Ejemplos Ejemplo 1 Control de calidad del molde
El éxito de la reacción de PCR en emulsión, una primera etapa en los métodos de la presente exposición, se encontró que se relacionaba con la calidad de la especie de molde monocatenario. De acuerdo con lo anterior, se evaluó la calidad del material de molde con dos controles de calidad separados antes de iniciar el protocolo de PCR en emulsión. En primer lugar, se corrió una alícuota del molde monocatenario en el analizador 2100 BioAnalyzer (Agilent). Se utilizó un chip RNA Pico para verificar que la muestra incluía una población heterogénea de fragmentos, de tamaño comprendido entre aproximadamente 200 y 500 bases. En segundo lugar, se cuantificó la biblioteca utilizando el ensayo de fluorescencia RiboGreen en un fluorímetro de placas Bio-Tek FL600. Las muestras en las que se determinó que las concentraciones de ADN eran inferiores a 5 ng/\mul se consideraron excesivamente diluidas para ser utilizadas.
Ejemplo 2 Síntesis de perlas de captura de ADN
Se extrajeron de la columna perlas empaquetadas de una columna de afinidad HP de sefarosa activada con 1 ml de éster de N-hidroxisuccinimida (NHS) (Amersham Biosciences, Piscataway, NJ). Las perlas de tamaño comprendido entre 25 y 30 \mum se seleccionaron mediante pase en serie a través de secciones de malla de filtro de poro de 30 \mum y 25 \mum (Sefar America, Depew, NY, USA). Las perlas que pasaron a través del primer filtro pero que resultaron retenidas por el segundo se recogieron y se activaron tal como se describe en la literatura del producto (protocolo de Amersham Pharmacia nº 71700600AP). Se obtuvieron dos cebadores de captura largos diferentes marcados en la amina con HEG (hexaetilenglicol), correspondientes al extremo 5' de las cadenas sentido y antisentido del molde que debía amplificarse (5'-amina-3-espaciadores HEG gcttacctgaccgacctctgcctatcccetgttgcgtgtc-3', SEC ID nº 23, y 5'-amina-3 espaciadores HEG ccattccccagctcgtcttgccatctgttccctccctgtc-3', SEC ID nº 24) (IDT Technologies, Coralville, IA, USA). Los cebadores se diseñaron para capturar ambas cadenas de los productos de amplificación, permitiendo la secuenciación desde los dos extremos, es decir, la secuenciación de la primera y segunda cadenas de los productos de amplificación. Los cebadores de captura se disolvieron en tampón fosfato 20 mM, pH 8,0, obteniendo una concentración final de 1 mM. Se unieron tres microlitros de cada cebador a las perlas tamizadas a través de 30-25 \mum (ver la figura 5). A continuación, las perlas se almacenaron en un tampón de almacenamiento de perlas (Tris 50 mM, Tween al 0,02% y azida sódica al 0,02%, pH 8).
Las perlas se cuantificaron utilizando un hemocitómetro (Hausser Scientific, Horsham, PA, USA) y se almacenaron a 4ºC hasta que se necesitaron.
Ejemplo 3 Preparación y formulación de mezcla de reacción de PCR
Al igual que en cualquier técnica de amplificación de moléculas individuales, la contaminación de las reacciones con amplicón foráneo o residual de otros experimentos podría interferir con un análisis de secuenciación. Para reducir la probabilidad de contaminación, la mezcla de reacción PCR se preparó en una campana de flujo laminar tratada con UV situada en una sala para PCR limpia. Por cada 600.000 reacciones de PCR en emulsión de perlas, se mezclaron los reactivos siguientes en un tubo de 1,5 ml: 225 \mul de mezcla de reacción (tampón HiFi Platinum 1X (Invitrogen), dNTPs 1 mM, MgSO_{4} 2,5 mM (Invitrogen), BSA al 0,1%, Tween al 0,01%, PPi-asa termoestable 0,003 U/\mul (NEB), cebador directo 0,125 \muM (5'-gcttacctgaccgacctctg-3', SEC ID nº 1) y cebador inverso 0,125 \muM (5'-ccattcccagctcgtcttg-3', SEC ID nº 2) (IDT Technologies, Coralville, IA, USA) y polimerasa Taq Hi-Fi Platinum 0,2 U/\mul (Invitrogen). Se extrajeron veinticinco microlitros de la mezcla de reacción y se almacenaron en un tubo para PCR individual de 200 \mul para la utilización como control negativo. Se almacenó tanto la mezcla de reacción como los controles negativos en hielo hasta que se necesitaron.
Ejemplo 4 Unión de especies de molde a perlas de captura de ADN
La amplificación de ADN clonal exitosa para la secuenciación se refiere al direccionamiento de un número controlado de especies de molde a cada perla. Para los experimentos descritos en la presente memoria, la concentración típica de molde diana se determinó que era de 0,5 copias de molde por cada perla de captura. A esta concentración, la distribución de Poisson dicta que 61% de las perlas no presentan asociado ningún molde, 30% presenta una especie de molde y 9% presentan dos o más especies de molde. La administración de un exceso de especies puede resultar en la unión y posterior amplificación de una población mixta (2 ó más especies) en una única perla, impidiendo la generación de datos de secuencia significativos. Sin embargo, la administración de un número excesivamente reducido de especies resultará en un menor número de pocillos que contengan molde (una especie por perla), reduciendo el grado de cobertura de la secuenciación. En consecuencia se consideró que la concentración de molde en la biblioteca de cadenas individuales era importante.
Se hibridaron moléculas de molde a cebadores complementarios en las perlas de captura de ADN mediante el método siguiente, llevado a cabo en una campana de flujo laminar tratada con UV. Se transfirieron seiscientas mil perlas de captura de ADN suspendidas en tampón de almacenamiento de perlas (ver el Ejemplo 9, posteriormente) a un tubo para PCR de 200 \mul. El tubo se centrifugó en una minicentrífuga de laboratorio durante 10 segundos, se hizo girar 180º y se centrifugó durante 10 segundos adicionales para asegurarse de que el pellet se formaba de manera uniforme. Se extrajo el sobrenadante y las perlas se lavaron con 200 \mul de tampón de hibridación (Tris 20 mM, pH 7,5 y acetato de magnesio 5 mM). El tubo se agitó con vórtex durante 5 segundos para resuspender las perlas y éstas se peletizaron tal como anteriormente. La totalidad excepto aproximadamente 10 \mul del sobrenadante presente sobre las perlas fue extraído y se añadieron 200 \mul adicionales de tampón de hibridación. Las perlas se agitaron con vórtex nuevamente durante 5 segundos, se dejaron reposar durante 1 minuto y después se peletizaron tal como anteriormente. Se descartó la totalidad excepto 10 \mul de sobrenadante.
A continuación, se añadieron a las perlas 1,5 \mul de 300.000 moléculas/\mul de biblioteca de molde. El tubo se agitó con vórtex durante 5 segundos para mezclar el contenido y los moldes se hibridaron con las perlas en un programa de desnaturalización/hibridación controlados preformado en un termociclador MJ. El programa permitió la incubación durante 5 minutos a 80ºC, seguido de una reducción de 0,1ºC/s hasta 70ºC, la incubación durante 1 minuto a 70ºC, la reducción en 0,1ºC/s hasta 60ºC, el mantenimiento a 60ºC durante 1 minuto, la reducción en 0,1ºC/s hasta 50ºC, el mantenimiento a 50ºC durante 1 minuto, la reducción en 0,1ºC/s hasta 20ºC, el mantenimiento a 20ºC. Tras completar el procedimiento de hibridación, se extrajeron las perlas del termociclador, se centrifugaron tal como se ha indicado anteriormente y se decantó cuidadosamente el tampón de hibridación. Las perlas de captura incluían, de promedio, 0,5 copias de ADN molde monocatenario unido a cada perla, y se almacenaron en hielo hasta que se necesitaron.
Ejemplo 5 Emulsificación
El procedimiento de emulsificación crea una emulsión de agua en aceite termoestable que contiene 10.000 microrreactores de PCR discretos por microlitro. Esto sirve como matriz para la amplificación clonal de cada molécula individual de las moléculas individuales de la biblioteca de diana. La mezcla de reacción y las perlas de captura de ADN para una sola reacción se emulsionaron de la manera siguiente. En una campana de flujo laminar tratada con UV se añadieron 200 \mul de solución para PCR (del Ejemplo 3) a un tubo que contenía 600.000 perlas de captura de ADN (del Ejemplo 4). Las perlas se resuspendieron mediante pipeteado repetido. A continuación, la mezcla de perlas para PCR se incubó a temperatura ambiente durante por lo menos 2 minutos, dejando que las perlas se equilibrasen con la solución para PCR. Simultáneamente, se añadió una alícuota de 450 \mul de aceite de emulsión (Span 80 al 4,5% (p/p), Atlox 4912 al 1% (p/p) (Uniqema, Delaware) en aceite mineral ligero (Sigma)) a un tubo de centrífuga de 2 ml de tapa plana (Dot Scientific) que contenía una barra de agitación magnética estéril de 1/4 de pulgada (Fischer). Este tubo seguidamente se introdujo en un soporte de plástico para tubos construido al efecto, que seguidamente se centró en una placa calefactora digital con agitación Fisher Isotemp (Fisher Scientific) funcionando a 450 rpm.
La solución de perlas para PCR se agitó con vórtex durante 15 segundos para resuspender las perlas. A continuación, se extrajo la solución con una jeringa de plástico desechable de 1 ml (Benton-Dickenson) en la que se había fijado una aguja de jeringa de seguridad de plástico (Henry Schein). La jeringa se introdujo en una bomba de jeringa (Cole-Parmer) modificada con una unidad de base de aluminio que orientaba la bomba verticalmente y no horizontalmente. El tubo con el aceite de emulsión se alineó en la placa de agitación de manera que se encontrase centrada en la parte inferior de la aguja de jeringa de plástico y la barra de agitación magnética girase correctamente. La bomba de jeringa se ajustó para dispensar 0,6 ml a un caudal de 5,5 ml/hora. La solución de perlas para PCR se añadió al aceite de emulsión gota a gota. Se procuró que las gotas no entrasen en contacto con las paredes del tubo al caer en el aceite bajo agitación.
Tras formarse la emulsión, se tuvo gran cuidado en minimizar la agitación de la emulsión durante el procedimiento de emulsificación y durante las etapas de distribución de alícuotas posteriores a la emulsificación. Se encontró que la agitación con vórtex, el pipeteado rápido o la mezcla excesiva podían provocar la rotura de la emulsión, destruyendo los microrreactores discretos. Al formar la emulsión, las dos soluciones se convirtieron en una mezcla blanca lechosa homogénea con la viscosidad de la mayonesa. Se vació el contenido de la jeringa en el aceite bajo agitación. A continuación, se sacó el tubo de emulsión del soporte y se golpeó suavemente con los dedos hasta que desaparecer cualquier capa residual de aceite presente en la parte superior de la emulsión. Se devolvió el tubo al dispositivo de soporte y se agitó con la barra de agitación magnética durante un minuto adicional. Se extrajo la barra de agitación de la emulsión haciendo correr una herramienta magnética de extracción a lo largo del exterior del tubo y se descartó la barra magnética.
Se extrajeron veinte microlitros de la emulsión de la parte intermedia del tubo utilizando una pipeta P100 y se vertieron sobre un portaobjetos de microscopía. Se utilizaron las puntas de pipeta más grandes, para minimizar las fuerzas de cizalla. Se observó la emulsión a una magnificación de 50X para garantizar que comprendía predominantemente perlas individuales en solución para PCR de microrreactores de 30 a 150 micrómetros de diámetro en aceite (figura esquemática mostrada en la figura 5). Tras el examen visual, se amplificaron inmediatamente las emulsiones.
Ejemplo 6 Amplificación
Se distribuyeron alícuotas de la emulsión en 7 ó 8 tubos para PCR separados. Cada tubo incluía aproximadamente 75 \mul de la emulsión. Se sellaron los tubos y se introdujeron en un termociclador MJ conjuntamente con los 25 \mul de control negativo indicados anteriormente. Se utilizaron los tiempos de ciclado siguientes: 1 ciclo de incubación durante 4 minutos a 94ºC (inicio en caliente), 30 ciclos de incubación durante 30 segundos a 94ºC y 150 segundos a 68ºC (amplificación) y 40 ciclos de incubación durante 30 segundos a 94ºC y 360 segundos a 68ºC (hibridación y extensión). Tras completar el programa de PCR, se sacaron los tubos y se rompieron las emulsiones inmediatamente o se
almacenaron las reacciones a 10ºC durante, como máximo, 16 horas para iniciar el proceso de rotura (ver la figura 6).
Ejemplo 7 Rotura de la emulsión y recuperación de las perlas
Tras la amplificación, se examinaron las emulsiones para rotura (separación de las fases aceitosa y acuosa). Las emulsiones no rotas se agruparon en un único tubo de microcentrífuga de 1,5 ml, mientras que la ocasional emulsión rota se descartó. Debido a que las muestras de emulsión eran bastante viscosas, quedaron cantidades significativas en cada tubo para PCR. La emulsión restante en los tubos se recuperó mediante la adición de 75 \mul de aceite mineral en cada tubo para PCR y pipeteando la mezcla. Esta mezcla se añadió al tubo de 1,5 ml que contenía la parte principal de material emulsionado. A continuación, se agitó con vórtex el tubo de 1,5 ml durante 30 segundos. Seguidamente, el tubo se centrifugó durante 20 minutos en la microcentrífuga de laboratorio a 13,2 Krpm (velocidad máxima).
Tras la centrifugación, la emulsión se separó en dos fases, con una gran interfase blanca. La fase aceite superior transparente se descartó, mientras que el material turbio de la interfase se dejó en el tubo. En una campana de humos químicos, se añadió 1 ml de hexanos a la fase inferior y capa de interfase. La mezcla se agitó con vórtex durante 1 minuto y se centrifugó a velocidad máxima durante 1 minuto en una microcentrífuga de laboratorio. La fase superior de aceite/hexano se separó y se descartó. A continuación, se añadió 1 ml de etanol al 80%/tampón de hibridación 1X a la fase acuosa, interfase y perlas restantes. Esta mezcla se agitó con vórtex durante 1 minuto o hasta disolver el material blanco de la interfase. Seguidamente se centrifugó la muestra en una microcentrífuga de laboratorio durante 1 minuto a velocidad máxima. El tubo se hizo girar 180 grados y se centrifugó nuevamente durante un minuto adicional. A continuación, se separó cuidadosamente el sobrenadante sin perturbar el pellet de perlas.
El pellet blanco de perlas se lavó dos veces con 1 ml de tampón de hibridación que contenía Tween 20 al 0,1%. Se descartó la solución de lavado y las perlas se peletizaron tras cada lavado, tal como se ha indicado anteriormente. El pellet se lavó con 1 ml de agua picopura. Las perlas se peletizaron mediante el método de centrifugación-giro-centrifugación utilizado anteriormente. Se separó cuidadosamente la fase acuosa. A continuación, las perlas se lavaron con 1 ml de EDTA 1 mM tal como anteriormente, excepto en que las perlas se agitaron con vórtex brevemente a un ajuste intermedio durante 2 segundos antes de la peletización y eliminación del sobrenadante.
El ADN amplificado, inmovilizado sobre las perlas de captura, se trató para obtener ADN monocatenario. La segunda cadena se separó mediante incubación en una solución básica de disociación. Posteriormente se añadió un ml de solución de disociación (NaOH 0,125 M, NaCl 0,2 M) a las perlas. El pellet se resuspendió mediante agitación con vórtex a un ajuste intermedio durante 2 segundos, y el tubo se introdujo en un agitador orbital para tubos Thermolyne LabQuake durante 3 minutos. A continuación, las perlas se peletizaron tal como anteriormente, y el sobrenadante se separó cuidadosamente y se descartó. La solución residual de disociación se neutralizó mediante la adición de 1 ml de tampón de hibridación. Seguidamente, las perlas se agitaron con vórtex a velocidad intermedia durante 2 segundos. Las perlas se peletizaron y el sobrenadante se eliminó tal como anteriormente. Se repitió el lavado con tampón de hibridación, excepto en que únicamente se separaron 800 \mul del tampón de hibridación tras la centrifugación. Las perlas y el tampón de hibridación restante se transfirieron a un tubo para PCR de 0,2 ml. Las perlas se utilizaron inmediatamente o se almacenaron a 4ºC durante, como máximo, 48 horas antes de continuar con el procedimiento de enriquecimiento.
El procedimiento en esta etapa se muestra esquemáticamente en la figura 7.
Ejemplo 8 Enriquecimiento de perlas
La masa de perlas incluía perlas con cadenas de ADN inmovilizadas amplificadas y perlas vacías o nulas. Tal como se ha indicado anteriormente, se calculó que 61% de las perlas no presentaba ADN molde durante el procedimiento de amplificación. Se utilizó el enriquecimiento para aislar selectivamente las perlas con ADN molde, maximizando de esta manera la eficiencia de la secuenciación. El procedimiento de enriquecimiento se describe en detalle posteriormente.
Las perlas con cadenas individuales del ejemplo anterior se peletizaron mediante el método de centrifugación-giro-centrifugación, y se eliminó la máxima cantidad posible de sobrenadante sin perturbar las perlas. Se añadieron quince microlitros de tampón de hibridación a las perlas, seguido de 2 \mul de cebador de enriquecimiento de 40 bases biotinilado 100 \muM (5'-biotina-espaciadores tetraetilenglicol ccattccccagctcgtcttgccatctgttccctccctgtctcag-3', SEC ID nº 3). El cebador era complementario a los sitios agrupados de amplificación y secuenciación (cada uno de 20 bases de longitud) en el extremo 3' de la perla-molde inmovilizado. La solución se mezcló mediante vórtex a un ajuste intermedio durante 2 segundos, y se hibridaron los cebadores de enriquecimiento con las cadenas de ADN inmovilizadas utilizando un programa de desnaturalización/hibridación controlada en un termociclador MJ. El programa consistía de los tiempos de ciclado y temperaturas siguientes: incubación durante 30 segundos a 65ºC, reducción de 0,1ºC/s hasta 58ºC, incubación durante 90 segundos a 58ºC y mantenimiento a 10ºC.
Aunque los cebadores se hibridaban, se resuspendieron perlas recubiertas de estreptavidina MyOne^{TM} de Dynal mediante movimientos circulares suaves. A continuación, se añadieron 20 \mul de las perlas MyOne^{TM} a un tubo de microcentrífuga de 1,5 ml que contenía 1 ml de líquido Potenciador (NaCl 2 M, Tris-HCl 10 mM, EDTA 1 mM, pH 7,5). La mezcla de perlas MyOne se agitó con vórtex durante 5 segundos y el tubo se introdujo en un imán MPC-S de Dynal. Las perlas paramagnéticas se peletizaron contra las paredes del tubo de microcentrífuga. Se eliminó cuidadosamente el sobrenadante y se descartó sin perturbar las perlas MyOne^{TM}. Se sacó el tubo del imán y se añadieron 100 \mul de líquido potenciador. El tubo se agitó con vórtex durante 3 segundos para resuspender las perlas y se almacenó en hielo hasta que se necesitó.
Tras completar el programa de hibridación, se añadieron 100 \mul de tampón de hibridación al tubo para PCR que contenía las perlas de captura de ADN y cebador de enriquecimiento. El tubo se agitó con vórtex durante 5 segundos y el contenido se transfirió a un tubo de microcentrífuga nuevo de 1,5 ml. El tubo para PCR en el que se había hibridado el cebador de enriquecimiento a las perlas de captura se lavó una vez con 200 \mul de tampón de hibridación y se añadió la solución de lavado al tubo de 1,5 ml. Las perlas se lavaron tres veces con 1 ml de tampón de hibridación, se agitaron con vórtex durante 2 segundos y se peletizaron tal como anteriormente. Se eliminó cuidadosamente el sobrenadante. Tras el tercer lavado, las perlas se lavaron dos veces con 1 ml de líquido potenciador helado. Las perlas se agitaron con vórtex, se peletizaron y el sobrenadante se eliminó tal como anteriormente. Las perlas se resuspendieron en 150 \mul de líquido potenciador helado y la solución de perlas se añadió a las perlas MyOne^{TM} lavadas.
La mezcla de perlas se agitó con vórtex durante 3 segundos y se incubó a temperatura ambiente durante 3 minutos en un agitador orbital para tubos LabQuake. Las perlas MyOne^{TM} recubiertas de estreptavidina se unieron a los cebadores de enriquecimiento biotinilados hibridados a los moldes inmovilizados en las perlas de captura de ADN. A continuación, las perlas se centrifugaron a 2.000 rpm durante 3 minutos, después de los cuales las perlas se agitaron con vórtex con pulsos de 2 segundos hasta su resuspensión. Las perlas resuspendidas se dejaron sobre hielo durante 5 minutos. Seguidamente, se añadieron 500 \mul de líquido potenciador frío a las perlas y el tubo se insertó en un imán MPC-S de Dynal. Las perlas se dejaron en reposo durante 60 segundos para permitir la peletización contra el imán. A continuación, el sobrenadante con exceso de MyOne^{TM} y de perlas de captura de ADN nulas se separó cuidadosamente y se descartó.
El tubo se sacó del imán MPC-S y se añadió 1 ml de líquido potenciador frío a las perlas. Las perlas se resuspendieron con ligeros toques de los dedos. Era importante no agitar con vórtex las perlas en este momento, debido a que la mezcla vigorosa podría romper el enlace entre las perlas de captura MyOne^{TM} y las de captura de ADN. Las perlas se devolvieron al imán y se eliminó el sobrenadante. Este lavado se repitió tres veces adicionales para asegurarse de que se habían eliminado todas las perlas de captura nulas. Para separar los cebadores de enriquecimiento hibridados y las perlas MyOne^{TM}, se resuspendieron las perlas de captura de ADN en 400 \mul de solución de disociación, se agitaron con vórtex durante 5 segundos y se peletizaron con el imán. El sobrenadante con las perlas enriquecidas se transfirió a un tubo de microcentrífuga de 1,5 ml separado. Para una recuperación máxima de las perlas enriquecidas, se añadió una segunda alícuota de 400 \mul de solución de disociación al tubo que contenía las perlas MyOne^{TM}. Las perlas se agitaron con vórtex y se peletizaron tal como anteriormente. El sobrenadante del segundo lavado se separó y se agrupó con el primer bolo de perlas enriquecidas. El tubo de perlas MyOne^{TM} utilizadas se descartó.
El tubo de microcentrífuga de perlas de captura de ADN enriquecido se introdujo en el imán MPC-S de Dynal para peletizar cualquier perla MyOne^{TM} residual. Las perlas enriquecidas en el sobrenadante se transfirieron a un segundo tubo de microcentrífuga de 1,5 ml y se centrifugaron. Se separó el sobrenadante y las perlas se lavaron 3 veces con 1 ml de tampón de hibridación para neutralizar la solución de disociación residual. Tras el tercer lavado, se separaron 800 \mul del sobrenadante, y las perlas y solución restantes se transfirieron a un tubo para PCR de 0,2 ml. Las perlas enriquecidas se centrifugaron a 2.000 rpm durante 3 minutos y se decantó el sobrenadante. A continuación, se añadieron 20 \mul de tampón de hibridación y 3 \mul de dos cebadores de secuenciación 100 \muM diferentes (5'-ccatctgttccctccctgtc-3', SEC ID nº 4, y 5'-cctatcccctgttgcgtgtc-3' fosfato, SEC ID nº 5). El tubo se agitó con vórtex durante 5 segundos y se introdujo en un termociclador MJ para el programa de hibridación en 4 etapas siguiente: incubación durante 5 minutos a 65ºC, reducción a 0,1ºC/s hasta 50ºC, incubación durante 1 minuto a 50ºC, reducción a 0,1ºC/s hasta 40ºC, mantenimiento a 40ºC durante 1 minuto, reducción a 0,1ºC/s hasta 15ºC y mantenimiento a 15ºC.
Tras completar el programa de hibridación, las perlas se extrajeron del termociclador y se peletizaron mediante centrifugación durante 10 sgundos. El tubo se hizo girar 180º y se centrifugó durante 10 segundos adicionales. Se decantó el sobrenadante y se descartó y se añadieron 200 \mul de tampón de hibridación al tubo. Las perlas se resuspendieron con una segunda agitación con vórtex de 5 segundos y se peletizaron tal como anteriormente. Se separó el sobrenadante y las perlas se resuspendieron en 100 \mul de tampón de hibridación. En este punto las perlas se cuantificaron con un contador Coulter Multisizer 3 (Beckman Coulter). Las perlas se almacenaron a 4ºC y se mantuvieron estables durante por lo menos 1 semana.
Ejemplo 9 Secuenciación de doble cadena
Para la secuenciación de dobles cadenas, se utilizaron dos cebadores de secuenciación diferentes: un cebador MMP7A no modificado y un cebador MMP2Bp 3' fosforilado. En el procedimiento se siguen múltiples etapas. Este procedimiento se muestra esquemáticamente en la figura 8.
1)
Secuenciación de la primera cadena. La secuenciación de la primera cadena implica la extensión del cebador no modificado mediante una ADN polimerasa mediante la adición secuencial de nucleótidos durante un número predeterminado de ciclos.
2)
Adición de caperuza: la secuenciación de la primera cadena se terminó haciendo fluir un tampón de adición de caperuza que contenía tricina 25 mM, acetato de magnesio 5 mM, DTT 1 mM, PVP 0,4 mg/ml, BSA 0,1 mg/ml, Tween al 0,01% y 2 \muM de cada dideoxinucleótido y 2 \muM de cada desoxinucleótido.
3)
Lavado: los desoxinucleótidos y dideoxinucleótidos residuales se eliminaron haciendo fluir tampón apirasa que contenía tricina 25 mM, acetato de magnesio 5 mM, DTT 1 mM, PVP 0,4 mg/ml, BSA 0,1 mg/ml, Tween al 0,01% y 8,5 unidades/l de apirasa.
4)
Corte: el segundo cebador bloqueado se desbloqueó eliminando el grupo fosfato del extremo 3' del cebador 3' fosforilado modificado haciendo fluir un tampón de corte que contenía 5 unidades/ml de fosfatasas intestinales bovinas.
5)
Continuación: el segundo cebador desbloqueado se activó mediante la adición de polimerasa haciendo fluir 1.000 unidades/ml de ADN polimerasas para capturar todos los sitios de cebador disponibles.
6)
Secuenciación de la segunda cadena: la secuenciación de la segunda cadena mediante una ADN polimerasa mediante la adición secuencial de nucleótidos durante un número predeterminado de ciclos.
Mediante la utilización de los métodos descritos anteriormente, se secuenció el ADN genómico de Staphylococcus aureus. Los resultados se presentan en la figura 9. Se obtuvo un total de 31.785 lecturas basadas en 15.770 lecturas de la primera cadena y 16.015 lecturas de la segunda cadena. De entre éstas, un total de 11.799 lecturas se encontraban apareadas y 8.187 lecturas se encontraban desapareadas, obteniendo una cobertura total de 38%.
Las longitudes de lectura se encontraban comprendidas entre 60 y 130, con una media de 95 +/- 9 bases (figura 10).
La distribución del tramo genómico y el número de pocillos de cada tramo genómico se muestran en la figura 11. En la figura 12 se muestran series de alineación representativas de dicha secuenciación genómica.
Aunque en la presente memoria se han dado a conocer realizaciones particulares en detalle, ello se ha llevado a cabo a título de ejemplo con fines únicamente ilustrativos, y no se pretende que sean limitativas del alcance de la invención según las reivindicaciones adjuntas, proporcionadas posteriormente.
<110> Chen, Yi-Ju
\hskip1cm
Leamon, John H.
\hskip1cm
Lohman, Ken
\hskip1cm
Ronan, Michael T.
\hskip1cm
Srinivasan, Maithreyan
\hskip1cm
Rothberg, Jonathan
\hskip1cm
Weiner, Michael
\vskip0.400000\baselineskip
<120> Secuenciación desde los dos extremos
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<130> 21465-509 UTIL
\vskip0.400000\baselineskip
<150> US 60/443,471
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<151> 2003-01-29
\vskip0.400000\baselineskip
<150> US 60/465,071
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<151> 2003-04-23
\vskip0.400000\baselineskip
<150> US 60/476,592
\vskip0.400000\baselineskip
<151> 2003-06-06
\vskip0.400000\baselineskip
<150> US 60/476,504
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<151> 2003-06-06
\vskip0.400000\baselineskip
<150> US 60/476,592
\vskip0.400000\baselineskip
<151> 2003-06-06
\vskip0.400000\baselineskip
<150> US 60/476,602
\vskip0.400000\baselineskip
<151> 2003-06-06
\vskip0.400000\baselineskip
<150> US 60/497,985
\vskip0.400000\baselineskip
<151> 2003-08-25
\vskip0.400000\baselineskip
<160> 24
\vskip0.400000\baselineskip
<170> PatentIn versión 3.2
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 1
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<211> 20
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<212> ADN
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<213> Artificial
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<220>
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<223> oligonucleótido
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<400> 1
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gcttacctga ccgacctctg
\hfill
20
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<210> 2
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<211> 20
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<212> ADN
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<213> Artificial
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<220>
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<223> oligonucleótido
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<400> 2
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ccattcccca gctcgtcttg
\hfill
20
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<211> 44
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<212> ADN
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<213> Artificial
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<220>
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<223> oligonucleótido
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<400> 3
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ccattcccca gctcgtcttg ccatctgttc cctccctgtc tcag
\hfill
44
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<210> 4
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<212> ADN
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<213> Artificial
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<223> oligonucleótido
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ccatctgttc cctccctgtc
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20
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<211> 20
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<212> ADN
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<213> Artificial
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<220>
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<223> oligonucleótido
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<400> 5
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cctatcccct gttgcgtgtc
\hfill
20
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<210> 6
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<211> 23
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<212> ADN
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<213> Artificial
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<220>
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<223> oligonucleótido
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<400> 6
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atgcacatgg ttgacacagt ggt
\hfill
23
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<210> 7
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<211> 22
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<212> ADN
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<213> Artificial
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<220>
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<223> oligonucleótido
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<400> 7
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atgcacatgg ttgacacagt gg
\hfill
22
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<210> 8
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<211> 25
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<212> ADN
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<213> Artificial
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<220>
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<223> oligonucleótido
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<400> 8
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atgccaccga cctagtctca aactt
\hfill
25
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<210> 9
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<211> 51
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<212> ADN
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<213> Artificial
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<220>
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<223> Resultado de secuenciación
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<400> 9
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tattgttgat gctgtaaaaa gaagctactg gtgtagtatt tttatgaagt t
\hfill
51
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<210> 10
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<212> ADN
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<213> Artificial
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<220>
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<223> Resultado de secuenciación
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tgctcaaaga attcatttaa aatatgacca tatttcattg tatcttt
\hfill
47
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<212> ADN
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<213> Artificial
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<220>
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<223> Resultado de secuenciación
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aagcgaacag tcaagtacca cagtcagttg acttttacac aagcggat
\hfill
48
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<211> 47
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<213> Artificial
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<220>
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<223> Resultado de secuenciación
\newpage
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<400> 12
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\hskip-.1em\dddseqskip
tacaggtgtt ggtatgccat ttgcgatttg ttgcgcttgg ttagccg
\hfill
47
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<210> 13
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<211> 52
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<212> ADN
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<213> Artificial
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<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Resultado de secuenciación
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 13
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskip
aacatataaa catcccctat ctcaatttcc gcttccatgt aacaaaaaaa gc
\hfill
52
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 14
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 38
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<212> ADN
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<213> Artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Resultado de secuenciación
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 14
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\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskip
tagatatcac ttgcgtgtta ctggtaagca ggcatgag
\hfill
38
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 15
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 41
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<212> ADN
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<213> Artificial
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<220>
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<223> Resultado de secuenciación
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 15
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\hskip-.1em\dddseqskip
attcaactct ggaaatgctt tcttgatacg cctcgatgat g
\hfill
41
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 16
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<211> 40
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<212> ADN
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<213> Artificial
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<220>
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<223> Resultado de secuenciación
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 16
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\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskip
gatgaggagc tgcaatggca atgggttaaa ggcatcatcg
\hfill
40
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 17
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<211> 45
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<212> ADN
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<213> Artificial
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<220>
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<223> Resultado de secuenciación
\vskip1.000000\baselineskip
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<400> 17
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskip
tgtatctcga tttggattag ttgctttttg catcttcatt agacc
\hfill
45
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 18
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<211> 40
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<212> ADN
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<213> Artificial
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<220>
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<223> Resultado de secuenciación
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\vskip0.400000\baselineskip
<400> 18
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\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskip
cattaacatc tgcaccagaa atagcttcta atacgattgc
\hfill
40
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 19
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 46
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Artificial
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<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Resultado de secuenciación
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 19
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskip
gcgacgacgt ccagctaata acgctgcacc taaggctaat gataat
\hfill
46
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 20
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<211> 43
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<212> ADN
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<213> Artificial
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<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Resultado de secuenciación
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 20
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\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskip
aaaccatgca gatgctaaca aagctcaagc attaccagaa act
\hfill
43
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 21
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 44
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<212> ADN
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<213> Artificial
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<220>
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<223> Resultado de secuenciación
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 21
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskip
tgttgctgca tcataattta atactacatc atttaattct ttgg
\hfill
44
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 22
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<211> 51
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<212> ADN
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<213> Artificial
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<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Resultado de secuenciación
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 22
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskip
gcagatggtg tgactaacca agttggtcaa aatgccctaa atacaaaaga t
\hfill
51
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 23
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 39
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Artificial
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<223> oligonucleótido
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 23
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskip
gcttacctga ccgacctctg cctatcccct gttgcgtgt
\hfill
39
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 24
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<211> 40
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<212> ADN
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<213> Artificial
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<220>
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<223> oligonucleótido
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 24
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskip
ccattcccca gctcgtcttg ccatctgttc cctccctgtc
\hfill
40

Claims (34)

1. Método de secuenciación de una molécula de ácido nucleico, que comprende las etapas de:
(a) hibridar dos o más cebadores de secuenciación con una o una pluralidad de cadenas individuales de la molécula de ácido nucleico, en la que todos los cebadores excepto uno son cebadores reversiblemente bloqueados,
(b) incorporar por lo menos una base en la molécula de ácido nucleico mediante elongación de polimerasa a partir de un cebador no bloqueado,
(c) bloquear la elongación adicional de dicho cebador no bloqueado,
(d) desbloquear uno de los cebadores reversiblemente bloqueados, formando un cebador desbloqueado,
(e) repetir las etapas (b) a (d) hasta que por lo menos uno de los cebadores reversiblemente bloqueados se haya desbloqueado y utilizado para determinar una secuencia mediante secuenciación pirofosfato.
\vskip1.000000\baselineskip
2. Método según la reivindicación 1, en el que dicha etapa (c) de bloquear la elongación adicional comprende:
(a) completar la elongación a partir del cebador no bloqueado con polimerasa y dNTPS, o
(b) terminar la elongación con polimerasa en un tampón que contiene manganeso, dNTPs y por lo menos un ddNTP, o
(c) terminar la elongación químicamente.
\vskip1.000000\baselineskip
3. Método según la reivindicación 1, que comprende además la etapa de eliminar dicha polimerasa, dNTPs y ddNTPs antes de dicha etapa (d).
4. Método según la reivindicación 1, en el que por lo menos un cebador reversiblemente bloqueado se bloquea con un grupo químico seleccionado de entre el grupo que consiste de un grupo PO_{4}, un grupo tio y un grupo fosforotiol.
5. Método según la reivindicación 1, en el que por lo menos un cebador reversiblemente bloqueado presenta un extremo 3' desapareado que puede desbloquearse mediante la puesta en contacto de dicho cebador con una exonucleasa.
6. Método según la reivindicación 1, en el que por lo menos un cebador reversiblemente bloqueado presenta una o más bases no complementarias que forman un bucle y que no se hibridan con la molécula de ácido nucleico, en la que dicha base o bases no se encuentran en el extremo 5' ó 3' de dicho cebador reversiblemente bloqueado, y en el que dicho cebador reversiblemente bloqueado comprende un nucleótido dideoxi en su extremo 3'.
7. Método según la reivindicación 6, en el que dicho por lo menos un cebador reversiblemente bloqueado resulta desbloqueado mediante digestión de endonucleasa de dicha base o bases no complementarias, formando una muesca en dicha base o bases no complementarias.
8. Método según la reivindicación 7, en el que la etapa (b) comprende la elongación por polimerasa en dicha muesca por parte de una polimerasa con capacidad de desplazamiento de cadena.
9. Método según la reivindicación 1, en el que por lo menos un cebador reversiblemente bloqueado presenta una secuencia de 5'-NUX-3', en la que N representa una secuencia oligonucleótida de cualquier longitud, U es uracilo y X es un dideoxinucleótido.
10. Método según la reivindicación 9, en el que dicho cebador reversiblemente bloqueado resulta desbloqueado por la uracilo-ADN glucosilasa y AP endonucleasa, generando un cebador desbloqueado con un extremo 3' extensible.
11. Método según la reivindicación 1, en el que por lo menos un cebador reversiblemente bloqueado presenta una secuencia de 5'-NYZ-3', en la que N representa una secuencia oligonucleótida de cualquier longitud, Y es un nucleótido modificado, y Z representa una única base nucleótida, y en el que dicho nucleótido modificado puede ser desbloqueado por la formamidopirimidina (fapy)-ADN glucosilasa.
12. Método según la reivindicación 11, en el que dicha base modificada se selecciona de entre el grupo que consiste de 8-oxoguanina, 8-oxoadenina, fapy-guanina, metil-fapy-guanina, fapy-adenina, aflatoxina-B_{1}-fapy-guanina, 5-hidroxicitosina y 5-hidroxiuracilo.
13. Método según la reivindicación 1, en el que la molécula de ácido nucleico es un ADN genómico, ADNc o ADN episómico.
14. Método según la reivindicación 1, en el que por lo menos un cebador de secuenciación se hibrida con una cadena sentido del ácido nucleico y por lo menos un cebador de secuenciación se hibrida con una cadena antisentido de la molécula de ácido nucleico en la etapa (a).
15. Método según la reivindicación 1, en el que la elongación por polimerasa es de entre 1 y 250 bases.
16. Método según la reivindicación 1, en el que dicho método se lleva a cabo en un recipiente de reacción seleccionado de entre el grupo que consiste de una probeta, una cámara de reacción de una placa PicoTiter, una cámara de reacción de una matriz, y una cámara de reacción microencapsulada de una emulsión de agua en aceite.
17. Método según la reivindicación 1, en el que la molécula de ácido nucleico presenta una longitud de entre 100 y 1.000 pb.
18. Método según la reivindicación 1, en el que por lo menos una de dichas cadenas de molécula de ácido nucleico o por lo menos uno de dichos cebadores se une a un soporte sólido.
19. Método según la reivindicación 1, en el que por lo menos una cadena de dicha molécula de ácido nucleico se une a un soporte sólido.
20. Método según la reivindicación 18, en el que por lo menos uno de dichos cebadores se inmoviliza en un soporte sólido para formar un cebador inmovilizado y una de dichas cadenas se une a un soporte sólido mediante hibridación con dicho cebador inmovilizado.
21. Método según la reivindicación 20, en el que el soporte sólido es un soporte sólido móvil esférico.
22. Método según la reivindicación 1, en el que por lo menos un cebador comprende un marcaje detectable.
23. Método según la reivindicación 1, en el que la etapa de desbloqueo comprende poner en contacto un cebador reversiblemente bloqueado con un agente para eliminar un grupo PO_{4} de dicho cebador reversiblemente bloqueado.
24. Método según la reivindicación 23, en el que dicho agente se selecciona de entre el grupo que consiste de polinucleótido quinasa y fosfatasa alcalina.
25. Método según la reivindicación 1, en el que dicha polimerasa no presenta actividad exonucleasa 3' a 5'.
26. Método según la reivindicación 1, en el que dicho método determina una primera secuencia de ácido nucleico próxima a un extremo de dicha molécula de ácido nucleico y una segunda secuencia de ácido nucleico próxima a un segundo extremo de dicha molécula de ácido nucleico.
27. Método de secuenciación de una molécula de ácido nucleico según la reivindicación 1, que comprende:
(a) hibridar un primer cebador de secuenciación no bloqueado con una primera cadena de la molécula de ácido nucleico,
(b) hibridar un segundo cebador de secuenciación bloqueado con una segunda cadena de la molécula de ácido nucleico,
(c) incorporar por lo menos una base en dicha primera cadena mediante extensión de dicho primer cebador no bloqueado con una polimerasa,
(d) bloquear la elongación adicional de dicho cebador no bloqueado,
(e) desbloquear el segundo cebador de secuenciación, y
(f) incorporar por lo menos una base en dicha segunda cadena mediante extensión de dicho segundo cebador con una polimerasa,
en donde las etapas (a) y (b) se llevan a cabo en cualquier orden o simultáneamente.
\vskip1.000000\baselineskip
28. Método según la reivindicación 27, en el que dicha etapa (d) de bloquear la elongación adicional comprende:
(a) completar la elongación a partir del cebador no bloqueado con polimerasa y dNTPS, o
(b) terminar la elongación con polimerasa en un tampón que contiene manganeso, dNTPs y por lo menos un ddNTP, o
(c) terminar la elongación químicamente.
\vskip1.000000\baselineskip
29. Método según la reivindicación 28, que comprende además la eliminación de dichos polimerasa, dNTPs y ddNTPs después de dicha etapa de bloqueo.
30. Método según la reivindicación 27, en el que dicho segundo cebador se bloquea con un grupo químico seleccionado de entre el grupo que consiste de un grupo PO_{4}, un grupo tio y un grupo fosforotiol.
31. Método según la reivindicación 27, en el que dicho método determina por lo menos una primera secuencia de ácido nucleico próxima a un primer extremo de dicha molécula de ácido nucleico y determina una segunda secuencia de ácido nucleico próxima a un segundo extremo de dicha molécula de ácido nucleico.
32. Método para determinar un haplotipo molecular de una muestra de ADN en múltiples locus, que comprende las etapas de:
(a) hibridar 2 ó más cebadores de secuenciación contiguos a una pluralidad de locus en una muestra de ADN, en la que todos los cebadores excepto uno son cebadores reversiblemente bloqueados y en la que cada locus contiene una secuencia de ácido nucleico que determina un haplotipo,
(b) determinar un haplotipo en un locus mediante elongación de polimerasa a partir de un cebador no bloqueado,
(c) bloquear la elongación adicional de dicho cebador no bloqueado,
(d) desbloquear uno de los cebadores reversiblemente bloqueados, formando un cebador desbloqueado,
(e) repetir las etapas (b) a (d) hasta que la totalidad de los cebadores reversiblemente bloqueados ha sido desbloqueada y utilizada para determinar un haplotipo molecular,
y en el que la secuenciación se lleva a cabo mediante secuenciación pirofosfato.
\vskip1.000000\baselineskip
33. Método según la reivindicación 32, en el que dicha etapa (c) de bloquear la elongación adicional comprende:
(a) completar la elongación a partir del cebador no bloqueado con polimerasa y dNTPs, o
(b) terminar la elongación con polimerasa en un tampón que contiene manganeso, dNTPs y por lo menos un ddNTP, o
(c) terminar la elongación químicamente.
\vskip1.000000\baselineskip
34. Método según la reivindicación 33, que comprende además la etapa de eliminar dichos polimerasa, dNTPs y ddNTPs después de dicha etapa de bloqueo.
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Families Citing this family (1180)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US20030027126A1 (en) 1997-03-14 2003-02-06 Walt David R. Methods for detecting target analytes and enzymatic reactions
US7622294B2 (en) 1997-03-14 2009-11-24 Trustees Of Tufts College Methods for detecting target analytes and enzymatic reactions
EP1908832B1 (en) * 1997-07-07 2012-12-26 Medical Research Council A method for increasing the concentration of a nucleic acid molecule
GB9900298D0 (en) * 1999-01-07 1999-02-24 Medical Res Council Optical sorting method
CA2290731A1 (en) * 1999-11-26 2001-05-26 D. Jed Harrison Apparatus and method for trapping bead based reagents within microfluidic analysis system
US6432290B1 (en) 1999-11-26 2002-08-13 The Governors Of The University Of Alberta Apparatus and method for trapping bead based reagents within microfluidic analysis systems
US7846733B2 (en) * 2000-06-26 2010-12-07 Nugen Technologies, Inc. Methods and compositions for transcription-based nucleic acid amplification
MXPA02012735A (es) * 2000-06-26 2004-04-20 Nugen Tgechnologies Inc Metodos y composiciones para la amplificacion de acido nucleico a base de transcripcion.
US6858413B2 (en) 2000-12-13 2005-02-22 Nugen Technologies, Inc. Methods and compositions for generation of multiple copies of nucleic acid sequences and methods of detection thereof
US6946251B2 (en) * 2001-03-09 2005-09-20 Nugen Technologies, Inc. Methods and compositions for amplification of RNA sequences using RNA-DNA composite primers
WO2002102820A1 (en) 2001-06-20 2002-12-27 Nuevolution A/S Nucleoside derivatives for library preparation
JP2005520484A (ja) * 2001-07-06 2005-07-14 454 コーポレイション 多孔性フィルターを使用し、独立した並行する化学的微量反応を隔離するための方法
DE10147074A1 (de) * 2001-09-25 2003-05-08 Beru Ag Verfahren zum Betreiben einer aus mehreren Heizelementen bestehenden mehrstufigen elektrischen Heizung
US20030108664A1 (en) * 2001-10-05 2003-06-12 Kodas Toivo T. Methods and compositions for the formation of recessed electrical features on a substrate
JP4192097B2 (ja) * 2001-10-25 2008-12-03 バル−イラン ユニバーシティ 相互作用型透明個別細胞バイオチッププロセッサー
GB0127564D0 (en) 2001-11-16 2002-01-09 Medical Res Council Emulsion compositions
CN101006177B (zh) * 2002-03-15 2011-10-12 纽韦卢森公司 改善的用于合成模制分子的方法
US20030217923A1 (en) * 2002-05-24 2003-11-27 Harrison D. Jed Apparatus and method for trapping bead based reagents within microfluidic analysis systems
EP1539980B1 (en) * 2002-08-01 2016-02-17 Nuevolution A/S Library of complexes comprising small non-peptide molecules and double-stranded oligonucleotides identifying the molecules
US7595883B1 (en) 2002-09-16 2009-09-29 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Biological analysis arrangement and approach therefor
AU2003266932B2 (en) * 2002-09-27 2009-04-09 Mpm-Holding Aps Spatially encoded polymer matrix
DK2348125T3 (en) 2002-10-30 2017-10-02 Nuevolution As Process for the synthesis of a bifunctional complex
WO2004056994A2 (en) * 2002-12-19 2004-07-08 Nuevolution A/S Quasirandom structure and function guided synthesis methods
EP2404676A1 (en) * 2002-12-30 2012-01-11 The Regents of the University of California Microfluidic Control Structures
CA2727850C (en) * 2003-01-29 2013-04-30 454 Corporation Methods of amplifying and sequencing nucleic acids
US7575865B2 (en) * 2003-01-29 2009-08-18 454 Life Sciences Corporation Methods of amplifying and sequencing nucleic acids
US20070026397A1 (en) 2003-02-21 2007-02-01 Nuevolution A/S Method for producing second-generation library
JP4691014B2 (ja) 2003-02-26 2011-06-01 カリダ ゲノミクス,インコーポレーテッド ハイブリダイゼーションによるランダムアレイdna分析
IL154677A0 (en) * 2003-02-27 2003-09-17 Univ Bar Ilan A method and apparatus for manipulating an individual cell
US20100022414A1 (en) 2008-07-18 2010-01-28 Raindance Technologies, Inc. Droplet Libraries
US7041481B2 (en) 2003-03-14 2006-05-09 The Regents Of The University Of California Chemical amplification based on fluid partitioning
US20060078893A1 (en) 2004-10-12 2006-04-13 Medical Research Council Compartmentalised combinatorial chemistry by microfluidic control
GB0307403D0 (en) 2003-03-31 2003-05-07 Medical Res Council Selection by compartmentalised screening
GB0307428D0 (en) 2003-03-31 2003-05-07 Medical Res Council Compartmentalised combinatorial chemistry
EP1613778B1 (en) * 2003-04-14 2014-11-26 Nugen Technologies, Inc. Global amplification using a randomly primed composite primer
FR2856498B1 (fr) * 2003-06-19 2005-09-30 Goulven Jean Alain Vernois Distribution sous atmosphere controlee
US8597597B2 (en) * 2003-06-26 2013-12-03 Seng Enterprises Ltd. Picoliter well holding device and method of making the same
US7888110B2 (en) * 2003-06-26 2011-02-15 Seng Enterprises Ltd. Pico liter well holding device and method of making the same
US9200245B2 (en) 2003-06-26 2015-12-01 Seng Enterprises Ltd. Multiwell plate
EP2532745B1 (en) 2003-07-05 2015-09-09 The Johns Hopkins University Method and Compositions for Detection and Enumeration of Genetic Variations
EP1670939B1 (en) * 2003-09-18 2009-11-04 Nuevolution A/S A method for obtaining structural information concerning an encoded molecule and method for selecting compounds
EP1670944A4 (en) * 2003-09-19 2012-12-05 Life Technologies Corp MICROPLATES SUITABLE FOR CARRYING OUT NUCLEOTIDE AMPLIFICATION WITH TEMPERATURE CYCLE
US20060019264A1 (en) * 2003-12-01 2006-01-26 Said Attiya Method for isolation of independent, parallel chemical micro-reactions using a porous filter
US7972994B2 (en) 2003-12-17 2011-07-05 Glaxosmithkline Llc Methods for synthesis of encoded libraries
EP3175914A1 (en) 2004-01-07 2017-06-07 Illumina Cambridge Limited Improvements in or relating to molecular arrays
WO2005073410A2 (en) 2004-01-28 2005-08-11 454 Corporation Nucleic acid amplification with continuous flow emulsion
WO2005078122A2 (en) * 2004-02-17 2005-08-25 Nuevolution A/S Method for enrichment involving elimination by mismatch hybridisation
EP2380993B1 (en) * 2004-03-08 2015-12-23 Rubicon Genomics, Inc. Method for generating and amplifying DNA libraries for sensitive detection and analysis of DNA methylation
US20050221339A1 (en) 2004-03-31 2005-10-06 Medical Research Council Harvard University Compartmentalised screening by microfluidic control
US7622281B2 (en) * 2004-05-20 2009-11-24 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Methods and compositions for clonal amplification of nucleic acid
US7311794B2 (en) 2004-05-28 2007-12-25 Wafergen, Inc. Methods of sealing micro wells
US7799553B2 (en) * 2004-06-01 2010-09-21 The Regents Of The University Of California Microfabricated integrated DNA analysis system
US7264934B2 (en) * 2004-06-10 2007-09-04 Ge Healthcare Bio-Sciences Corp. Rapid parallel nucleic acid analysis
US8536661B1 (en) 2004-06-25 2013-09-17 University Of Hawaii Biosensor chip sensor protection methods
EP1763665A1 (en) * 2004-07-07 2007-03-21 Seng Enterprises Limited Method and device for identifying an image of a well in an image of a well-bearing component
US20080009051A1 (en) * 2004-08-25 2008-01-10 Seng Enterprises Ltd. Method and Device for Isolating Cells
CN101073002B (zh) 2004-09-15 2012-08-08 英特基因有限公司 微流体装置
US7968287B2 (en) * 2004-10-08 2011-06-28 Medical Research Council Harvard University In vitro evolution in microfluidic systems
US20060110764A1 (en) * 2004-10-25 2006-05-25 Tom Tang Large-scale parallelized DNA sequencing
US7785785B2 (en) 2004-11-12 2010-08-31 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Charge perturbation detection system for DNA and other molecules
US7485451B2 (en) * 2004-11-18 2009-02-03 Regents Of The University Of California Storage stable compositions of biological materials
WO2006063355A2 (en) * 2004-12-11 2006-06-15 Cytogenix , Inc. Cell free biosynthesis of high-quality nucleic acid and uses thereof
EP1866075B1 (en) * 2005-01-25 2010-09-08 Seng Enterprises Limited Microfluidic device for studying cells
EP2230316A1 (en) 2005-02-01 2010-09-22 AB Advanced Genetic Analysis Corporation Nucleic acid sequencing by performing successive cycles of duplex extension
JP2006211984A (ja) * 2005-02-04 2006-08-17 Univ Nagoya エマルジョンを利用した核酸増幅方法、及び核酸増幅反応用キット
US8374887B1 (en) 2005-02-11 2013-02-12 Emily H. Alexander System and method for remotely supervising and verifying pharmacy functions
CA2597947C (en) * 2005-02-16 2014-05-13 Genetic Technologies Limited Methods of genetic analysis involving the amplification of complementary duplicons
EP1861721B1 (en) * 2005-03-10 2017-05-03 Gen-Probe Incorporated Systems and methods to perform assays for detecting or quantifying analytes within samples
US20060269934A1 (en) * 2005-03-16 2006-11-30 Applera Corporation Compositions and methods for clonal amplification and analysis of polynucleotides
US7604940B1 (en) 2005-03-16 2009-10-20 Applied Biosystems, Llc Compositions and methods for analyzing isolated polynucleotides
US20060228721A1 (en) * 2005-04-12 2006-10-12 Leamon John H Methods for determining sequence variants using ultra-deep sequencing
CA2604095A1 (en) * 2005-04-12 2006-10-19 454 Life Sciences Corporation Methods for determining sequence variants using ultra-deep sequencing
ATE474937T1 (de) * 2005-04-29 2010-08-15 Synthetic Genomics Inc Amplifikation und klonierung einzelner dna- moleküle mittels rolling-circle-amplifikation
DE602006019855D1 (de) * 2005-05-10 2011-03-10 Oregon State Verfahren zur kartierung von polymorphismen und polymorphismus-mikroarrays
US20090233291A1 (en) * 2005-06-06 2009-09-17 454 Life Sciences Corporation Paired end sequencing
WO2007145612A1 (en) 2005-06-06 2007-12-21 454 Life Sciences Corporation Paired end sequencing
ES2365534T3 (es) 2005-06-09 2011-10-06 Praecis Pharmaceuticals Inc. Procedimientos para la síntesis de bibliotecas codificadas.
CA2611743C (en) 2005-06-15 2019-12-31 Callida Genomics, Inc. Nucleic acid analysis by forming and tracking aliquoted fragments of a target polynucleotide
AU2006259990B2 (en) * 2005-06-23 2011-01-27 Keygene N.V. Improved strategies for sequencing complex genomes using high throughput sequencing technologies
CN105039313B (zh) 2005-06-23 2018-10-23 科因股份有限公司 用于多态性的高通量鉴定和检测的策略
US20070031865A1 (en) * 2005-07-07 2007-02-08 David Willoughby Novel Process for Construction of a DNA Library
GB0514910D0 (en) 2005-07-20 2005-08-24 Solexa Ltd Method for sequencing a polynucleotide template
GB0514935D0 (en) 2005-07-20 2005-08-24 Solexa Ltd Methods for sequencing a polynucleotide template
US10081839B2 (en) 2005-07-29 2018-09-25 Natera, Inc System and method for cleaning noisy genetic data and determining chromosome copy number
US9424392B2 (en) 2005-11-26 2016-08-23 Natera, Inc. System and method for cleaning noisy genetic data from target individuals using genetic data from genetically related individuals
US11111544B2 (en) 2005-07-29 2021-09-07 Natera, Inc. System and method for cleaning noisy genetic data and determining chromosome copy number
US10083273B2 (en) * 2005-07-29 2018-09-25 Natera, Inc. System and method for cleaning noisy genetic data and determining chromosome copy number
US11111543B2 (en) 2005-07-29 2021-09-07 Natera, Inc. System and method for cleaning noisy genetic data and determining chromosome copy number
AU2006281994B2 (en) * 2005-08-19 2011-10-06 Commonwealth Scientific And Industrial Research Organisation Arachnocampa luciferases
EP2660482B1 (en) 2005-08-22 2019-08-07 Life Technologies Corporation Vorrichtung, System und Verfahren unter Verwendung von nichtmischbaren Flüssigkeiten mit unterschiedlichen Volumen
CA2621267A1 (en) 2005-09-07 2007-03-15 Nugen Technologies, Inc. Improved nucleic acid amplification procedure
WO2007035742A2 (en) * 2005-09-16 2007-03-29 454 Life Sciences Corporation Cdna library preparation
US10316364B2 (en) 2005-09-29 2019-06-11 Keygene N.V. Method for identifying the source of an amplicon
AU2006295556B2 (en) * 2005-09-29 2012-07-05 Keygene N.V. High throughput screening of mutagenized populations
AU2007249635B2 (en) * 2005-10-07 2012-05-31 Complete Genomics, Inc. High throughput genome sequencing on DNA arrays
CA2624896C (en) 2005-10-07 2017-11-07 Callida Genomics, Inc. Self-assembled single molecule arrays and uses thereof
US20070141555A1 (en) * 2005-10-11 2007-06-21 Mordechai Deutsch Current damper for the study of cells
WO2007050465A2 (en) * 2005-10-24 2007-05-03 The Johns Hopkins University Improved methods for beaming
KR100828714B1 (ko) 2005-10-25 2008-05-09 주식회사 엘지화학 리보핵산을 이용한 멀티플렉스 증폭방법
AU2006309096B2 (en) * 2005-10-28 2013-07-04 Glaxosmithkline Llc Methods for identifying compounds of interest using encoded libraries
GB0522310D0 (en) 2005-11-01 2005-12-07 Solexa Ltd Methods of preparing libraries of template polynucleotides
US8288120B2 (en) * 2005-11-03 2012-10-16 Seng Enterprises Ltd. Method for studying floating, living cells
US20090161100A1 (en) * 2005-11-08 2009-06-25 Minot Michael J Fiber Optic Interrogated Microslide, Microslide Kits and Uses Thereof
JP5166276B2 (ja) * 2005-11-14 2013-03-21 ケイヘーネ・エヌ・ブイ トランスポゾンタギング集団のハイスループットスクリーニングおよび挿入部位の大規模並行配列特定のための方法
GB0524069D0 (en) 2005-11-25 2006-01-04 Solexa Ltd Preparation of templates for solid phase amplification
PT3305900T (pt) 2005-12-01 2021-10-27 Nuevolution As Métodos de codificação enzimática para síntese eficaz de bibliotecas grandes
US20070128610A1 (en) * 2005-12-02 2007-06-07 Buzby Philip R Sample preparation method and apparatus for nucleic acid sequencing
JP5198284B2 (ja) * 2005-12-22 2013-05-15 キージーン ナムローゼ フェンノートシャップ 高処理量配列決定技術を使用する転写産物の特徴づけのための改良された戦略
EP2363504A1 (en) 2005-12-22 2011-09-07 Keygene N.V. Method for high-throughtput AFLP-based polymorphism detection
EP3913375A1 (en) * 2006-01-11 2021-11-24 Bio-Rad Laboratories, Inc. Microfluidic devices and methods of use in the formation and control of nanoreactors
US20090203148A1 (en) * 2006-01-19 2009-08-13 Vera Gorfinkel Methods and Devices For Detection and Identification of Encoded Beads and Biological Molecules
JP4891928B2 (ja) * 2006-01-20 2012-03-07 凸版印刷株式会社 反応容器及びdnaの増幅反応方法
US20070172839A1 (en) * 2006-01-24 2007-07-26 Smith Douglas R Asymmetrical adapters and methods of use thereof
US7749365B2 (en) 2006-02-01 2010-07-06 IntegenX, Inc. Optimized sample injection structures in microfluidic separations
WO2008030631A2 (en) 2006-02-03 2008-03-13 Microchip Biotechnologies, Inc. Microfluidic devices
DE102006005287B4 (de) * 2006-02-06 2012-12-27 Siemens Ag Verfahren zum Nachweis von Zielnukleinsäuren
WO2007091064A1 (en) * 2006-02-08 2007-08-16 Solexa Limited End modification to prevent over-representation of fragments
SG169356A1 (en) 2006-02-08 2011-03-30 Illumina Cambridge Ltd Method for sequencing a polynucleotide template
ES2626620T3 (es) * 2006-02-16 2017-07-25 454 Life Sciences Corporation Sistema y método para corregir errores de extensión de cebadores en datos de secuencias de ácidos nucleicos
US8364417B2 (en) * 2007-02-15 2013-01-29 454 Life Sciences Corporation System and method to correct out of phase errors in DNA sequencing data by use of a recursive algorithm
US11237171B2 (en) 2006-02-21 2022-02-01 Trustees Of Tufts College Methods and arrays for target analyte detection and determination of target analyte concentration in solution
US8460878B2 (en) 2006-02-21 2013-06-11 The Trustees Of Tufts College Methods and arrays for detecting cells and cellular components in small defined volumes
SG10201405158QA (en) * 2006-02-24 2014-10-30 Callida Genomics Inc High throughput genome sequencing on dna arrays
US7766033B2 (en) * 2006-03-22 2010-08-03 The Regents Of The University Of California Multiplexed latching valves for microfluidic devices and processors
WO2007111937A1 (en) * 2006-03-23 2007-10-04 Applera Corporation Directed enrichment of genomic dna for high-throughput sequencing
CN101460953B (zh) 2006-03-31 2012-05-30 索雷克萨公司 用于合成分析的序列的系统和装置
ES2645661T3 (es) 2006-04-04 2017-12-07 Keygene N.V. Detección de alto rendimiento de marcadores moleculares basada en fragmentos de restricción
US7439014B2 (en) 2006-04-18 2008-10-21 Advanced Liquid Logic, Inc. Droplet-based surface modification and washing
US8809068B2 (en) 2006-04-18 2014-08-19 Advanced Liquid Logic, Inc. Manipulation of beads in droplets and methods for manipulating droplets
US20090062129A1 (en) * 2006-04-19 2009-03-05 Agencourt Personal Genomics, Inc. Reagents, methods, and libraries for gel-free bead-based sequencing
US10522240B2 (en) 2006-05-03 2019-12-31 Population Bio, Inc. Evaluating genetic disorders
US7702468B2 (en) * 2006-05-03 2010-04-20 Population Diagnostics, Inc. Evaluating genetic disorders
US9562837B2 (en) 2006-05-11 2017-02-07 Raindance Technologies, Inc. Systems for handling microfludic droplets
EP2481815B1 (en) 2006-05-11 2016-01-27 Raindance Technologies, Inc. Microfluidic devices
US9074242B2 (en) 2010-02-12 2015-07-07 Raindance Technologies, Inc. Digital analyte analysis
WO2007136736A2 (en) * 2006-05-19 2007-11-29 Codon Devices, Inc. Methods for nucleic acid sorting and synthesis
US20080124726A1 (en) * 2006-05-26 2008-05-29 Althea Technologies, Inc. Biochemical analysis of partitioned cells
US11001881B2 (en) 2006-08-24 2021-05-11 California Institute Of Technology Methods for detecting analytes
US8569416B2 (en) 2006-06-06 2013-10-29 Dow Corning Corporation Single phase silicone acrylate formulation
DK2024406T3 (da) * 2006-06-06 2012-11-05 Dow Corning Siliconacrylat-hybridpræparat
US8614278B2 (en) 2006-06-06 2013-12-24 Dow Corning Corporation Silicone acrylate hybrid composition and method of making same
US20080124707A1 (en) * 2006-06-09 2008-05-29 Agency For Science, Technology And Research Nucleic acid concatenation
EP3406736B1 (en) 2006-06-14 2022-09-07 Verinata Health, Inc. Methods for the diagnosis of fetal abnormalities
EP2029780A4 (en) * 2006-06-16 2010-03-31 Pacific Biosciences California CONTROLLED INITIATION OF A PRIMARY EXTENSION
EP2038425B1 (en) 2006-07-12 2010-09-15 Keygene N.V. High throughput physical mapping using aflp
US11525156B2 (en) 2006-07-28 2022-12-13 California Institute Of Technology Multiplex Q-PCR arrays
US8048626B2 (en) 2006-07-28 2011-11-01 California Institute Of Technology Multiplex Q-PCR arrays
US9328378B2 (en) 2006-07-31 2016-05-03 Illumina Cambridge Limited Method of library preparation avoiding the formation of adaptor dimers
EP2077912B1 (en) 2006-08-07 2019-03-27 The President and Fellows of Harvard College Fluorocarbon emulsion stabilizing surfactants
US11560588B2 (en) 2006-08-24 2023-01-24 California Institute Of Technology Multiplex Q-PCR arrays
WO2008027558A2 (en) 2006-08-31 2008-03-06 Codon Devices, Inc. Iterative nucleic acid assembly using activation of vector-encoded traits
WO2008039998A2 (en) * 2006-09-28 2008-04-03 President And Fellows Of Harvard College Methods for sequencing dna
US8399188B2 (en) 2006-09-28 2013-03-19 Illumina, Inc. Compositions and methods for nucleotide sequencing
US7754429B2 (en) 2006-10-06 2010-07-13 Illumina Cambridge Limited Method for pair-wise sequencing a plurity of target polynucleotides
WO2008045575A2 (en) * 2006-10-13 2008-04-17 J. Craig Venter Institute, Inc. Sequencing method
US8841116B2 (en) * 2006-10-25 2014-09-23 The Regents Of The University Of California Inline-injection microdevice and microfabricated integrated DNA analysis system using same
US7910354B2 (en) * 2006-10-27 2011-03-22 Complete Genomics, Inc. Efficient arrays of amplified polynucleotides
US8338109B2 (en) 2006-11-02 2012-12-25 Mayo Foundation For Medical Education And Research Predicting cancer outcome
CA2668639C (en) 2006-11-06 2017-06-27 Clondiag Gmbh Assays
US20090111706A1 (en) 2006-11-09 2009-04-30 Complete Genomics, Inc. Selection of dna adaptor orientation by amplification
ES2679996T3 (es) * 2006-11-15 2018-09-03 Biospherex Llc Secuenciación multi-etiqueta y análisis ecogenómico
US20080242560A1 (en) * 2006-11-21 2008-10-02 Gunderson Kevin L Methods for generating amplified nucleic acid arrays
US7902345B2 (en) 2006-12-05 2011-03-08 Sequenom, Inc. Detection and quantification of biomolecules using mass spectrometry
US8262900B2 (en) 2006-12-14 2012-09-11 Life Technologies Corporation Methods and apparatus for measuring analytes using large scale FET arrays
GB2457851B (en) 2006-12-14 2011-01-05 Ion Torrent Systems Inc Methods and apparatus for measuring analytes using large scale fet arrays
US8349167B2 (en) 2006-12-14 2013-01-08 Life Technologies Corporation Methods and apparatus for detecting molecular interactions using FET arrays
US20080145898A1 (en) * 2006-12-14 2008-06-19 Applera Corporation Sequencing methods
US11339430B2 (en) 2007-07-10 2022-05-24 Life Technologies Corporation Methods and apparatus for measuring analytes using large scale FET arrays
US7932034B2 (en) * 2006-12-20 2011-04-26 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Heat and pH measurement for sequencing of DNA
WO2008093098A2 (en) 2007-02-02 2008-08-07 Illumina Cambridge Limited Methods for indexing samples and sequencing multiple nucleotide templates
WO2008115626A2 (en) 2007-02-05 2008-09-25 Microchip Biotechnologies, Inc. Microfluidic and nanofluidic devices, systems, and applications
US8772046B2 (en) 2007-02-06 2014-07-08 Brandeis University Manipulation of fluids and reactions in microfluidic systems
US9152150B1 (en) 2007-02-22 2015-10-06 Applied Biosystems, Llc Compositions, systems, and methods for immiscible fluid discrete volume manipulation
US9029085B2 (en) 2007-03-07 2015-05-12 President And Fellows Of Harvard College Assays and other reactions involving droplets
US8617816B2 (en) 2007-03-16 2013-12-31 454 Life Sciences, A Roche Company System and method for detection of HIV drug resistant variants
US20100151465A1 (en) 2008-03-27 2010-06-17 Jingyue Ju Selective Capture and Release of Analytes
US20080239867A1 (en) * 2007-03-28 2008-10-02 Gilbert Donna J Adjustable stir
US20080243865A1 (en) * 2007-03-28 2008-10-02 Oracle International Corporation Maintaining global state of distributed transaction managed by an external transaction manager for clustered database systems
JP2008245612A (ja) * 2007-03-30 2008-10-16 Hitachi Ltd 試料調製法および装置
US8592221B2 (en) 2007-04-19 2013-11-26 Brandeis University Manipulation of fluids, fluid components and reactions in microfluidic systems
CN101720359A (zh) * 2007-06-01 2010-06-02 454生命科学公司 从多重混合物中识别个别样本的系统和方法
US7883265B2 (en) * 2007-06-01 2011-02-08 Applied Biosystems, Llc Devices, systems, and methods for preparing emulsions
CN101802218A (zh) * 2007-06-28 2010-08-11 454生命科学公司 在核酸测序中用于自适应试剂控制的系统和方法
EP2395113A1 (en) * 2007-06-29 2011-12-14 Population Genetics Technologies Ltd. Methods and compositions for isolating nucleic acid sequence variants
WO2009015296A1 (en) * 2007-07-24 2009-01-29 The Regents Of The University Of California Microfabricated dropley generator
EP2173909A1 (en) 2007-07-26 2010-04-14 Roche Diagnostics GmbH Target preparation for parallel sequencing of complex genomes
JP5020734B2 (ja) * 2007-07-31 2012-09-05 株式会社日立ハイテクノロジーズ 核酸解析方法及び装置
ATE549419T1 (de) 2007-08-29 2012-03-15 Sequenom Inc Verfahren und zusammensetzungen für die universelle grössenspezifische polymerasekettenreaktion
JP2010537643A (ja) 2007-08-29 2010-12-09 アプライド バイオシステムズ, エルエルシー 代替的な核酸配列決定法
US20090093378A1 (en) * 2007-08-29 2009-04-09 Helen Bignell Method for sequencing a polynucleotide template
JP5503540B2 (ja) * 2007-08-30 2014-05-28 トラスティーズ・オブ・タフツ・カレッジ 溶液中の分析物濃度を決定する方法
CN101795744A (zh) * 2007-09-11 2010-08-04 阿尔利克斯公司 用于分选物体的结合方法和仪器
US7998676B2 (en) * 2007-09-13 2011-08-16 Arryx, Inc. Methods and apparatuses for sorting objects in forensic DNA analysis and medical diagnostics
CA2699803C (en) * 2007-09-13 2013-01-15 Applied Precision, Inc. Method of dispersing immersion liquid on a specimen substrate for high resolution imaging and lithographie
US8716190B2 (en) 2007-09-14 2014-05-06 Affymetrix, Inc. Amplification and analysis of selected targets on solid supports
US9388457B2 (en) 2007-09-14 2016-07-12 Affymetrix, Inc. Locus specific amplification using array probes
EP2188386A2 (en) * 2007-09-17 2010-05-26 Universite De Strasbourg Method for detecting or quantifying a truncating mutation
US20090118129A1 (en) * 2007-09-28 2009-05-07 Pacific Biosciences Of California, Inc. Virtual reads for readlength enhancement
EP2212434A1 (en) * 2007-10-01 2010-08-04 Applied Biosystems Inc. Chase ligation sequencing
US20100086914A1 (en) * 2008-10-03 2010-04-08 Roche Molecular Systems, Inc. High resolution, high throughput hla genotyping by clonal sequencing
EP2053132A1 (en) 2007-10-23 2009-04-29 Roche Diagnostics GmbH Enrichment and sequence analysis of geomic regions
WO2009055597A2 (en) * 2007-10-25 2009-04-30 Monsanto Technology Llc Methods for identifying genetic linkage
US9145540B1 (en) 2007-11-15 2015-09-29 Seng Enterprises Ltd. Device for the study of living cells
US8592150B2 (en) 2007-12-05 2013-11-26 Complete Genomics, Inc. Methods and compositions for long fragment read sequencing
CN101946010B (zh) 2007-12-21 2014-08-20 哈佛大学 用于核酸测序的系统和方法
EP2237887A2 (en) * 2007-12-26 2010-10-13 Seng Enterprises Ltd. Device for the study of living cells
US8189186B2 (en) * 2007-12-27 2012-05-29 Lawrence Livermore National Security, Llc. Signal enhancement using a switchable magnetic trap
US20090181390A1 (en) * 2008-01-11 2009-07-16 Signosis, Inc. A California Corporation High throughput detection of micrornas and use for disease diagnosis
EP3360972B1 (en) 2008-01-17 2019-12-11 Sequenom, Inc. Single molecule nucleic acid sequence analysis processes
EP2234916A4 (en) * 2008-01-22 2016-08-10 Integenx Inc UNIVERSAL SPECIMEN PREPARATION SYSTEM AND ITS USE IN AN INTEGRATED ANALYSIS SYSTEM
US7767400B2 (en) * 2008-02-03 2010-08-03 Helicos Biosciences Corporation Paired-end reads in sequencing by synthesis
US20090203086A1 (en) * 2008-02-06 2009-08-13 454 Life Sciences Corporation System and method for improved signal detection in nucleic acid sequencing
WO2009102878A2 (en) * 2008-02-12 2009-08-20 Nugen Technologies, Inc. Method for archiving and clonal expansion
US20090203531A1 (en) * 2008-02-12 2009-08-13 Nurith Kurn Method for Archiving and Clonal Expansion
US12060554B2 (en) 2008-03-10 2024-08-13 Illumina, Inc. Method for selecting and amplifying polynucleotides
AU2009223671B2 (en) * 2008-03-11 2014-11-27 Sequenom, Inc. Nucleic acid-based tests for prenatal gender determination
ES2528971T3 (es) 2008-03-17 2015-02-13 Stichting Genetwister Ip Descubrimientos de genes vinculados a la expresión
US10745740B2 (en) 2008-03-19 2020-08-18 Qiagen Sciences, Llc Sample preparation
WO2009117698A2 (en) 2008-03-21 2009-09-24 Nugen Technologies, Inc. Methods of rna amplification in the presence of dna
CN102084001B (zh) * 2008-03-28 2015-03-18 加利福尼亚太平洋生物科学股份有限公司 用于核酸测序的组合物和方法
MX2010010798A (es) * 2008-04-04 2011-01-21 Allopartis Biotechnologies Inc Metodo para incrementar la actividad enzimatica.
JP5227062B2 (ja) 2008-04-08 2013-07-03 株式会社日立製作所 Dna分析装置
TWI460602B (zh) * 2008-05-16 2014-11-11 Counsyl Inc 廣用的懷孕前篩檢裝置
US20110136683A1 (en) 2008-05-28 2011-06-09 Genomedx Biosciences, Inc. Systems and Methods for Expression-Based Discrimination of Distinct Clinical Disease States in Prostate Cancer
US10407731B2 (en) 2008-05-30 2019-09-10 Mayo Foundation For Medical Education And Research Biomarker panels for predicting prostate cancer outcomes
EP2307577B1 (en) 2008-06-25 2015-06-03 Life Technologies Corporation Methods for measuring analytes using large scale fet arrays
US7888034B2 (en) 2008-07-01 2011-02-15 454 Life Sciences Corporation System and method for detection of HIV tropism variants
US8198028B2 (en) 2008-07-02 2012-06-12 Illumina Cambridge Limited Using populations of beads for the fabrication of arrays on surfaces
WO2010009426A2 (en) * 2008-07-17 2010-01-21 Life Technologies Corporation Devices and methods for reagent delivery
US20100068711A1 (en) 2008-07-18 2010-03-18 Xenomics, Inc. Methods of PCR-Based Detection of "Ultra Short" Nucleic Acid Sequences
US12038438B2 (en) 2008-07-18 2024-07-16 Bio-Rad Laboratories, Inc. Enzyme quantification
US20100035252A1 (en) * 2008-08-08 2010-02-11 Ion Torrent Systems Incorporated Methods for sequencing individual nucleic acids under tension
WO2010025310A2 (en) 2008-08-27 2010-03-04 Westend Asset Clearinghouse Company, Llc Methods and devices for high fidelity polynucleotide synthesis
GB2467691A (en) 2008-09-05 2010-08-11 Aueon Inc Methods for stratifying and annotating cancer drug treatment options
US8795961B2 (en) 2008-09-05 2014-08-05 Pacific Biosciences Of California, Inc. Preparations, compositions, and methods for nucleic acid sequencing
US8476013B2 (en) 2008-09-16 2013-07-02 Sequenom, Inc. Processes and compositions for methylation-based acid enrichment of fetal nucleic acid from a maternal sample useful for non-invasive prenatal diagnoses
US8962247B2 (en) 2008-09-16 2015-02-24 Sequenom, Inc. Processes and compositions for methylation-based enrichment of fetal nucleic acid from a maternal sample useful for non invasive prenatal diagnoses
US20110218123A1 (en) 2008-09-19 2011-09-08 President And Fellows Of Harvard College Creation of libraries of droplets and related species
US8951939B2 (en) 2011-07-12 2015-02-10 Bio-Rad Laboratories, Inc. Digital assays with multiplexed detection of two or more targets in the same optical channel
US9417190B2 (en) 2008-09-23 2016-08-16 Bio-Rad Laboratories, Inc. Calibrations and controls for droplet-based assays
WO2010039189A2 (en) * 2008-09-23 2010-04-08 Helicos Biosciences Corporation Methods for sequencing degraded or modified nucleic acids
US20100075862A1 (en) * 2008-09-23 2010-03-25 Quanterix Corporation High sensitivity determination of the concentration of analyte molecules or particles in a fluid sample
US11130128B2 (en) 2008-09-23 2021-09-28 Bio-Rad Laboratories, Inc. Detection method for a target nucleic acid
US9399215B2 (en) 2012-04-13 2016-07-26 Bio-Rad Laboratories, Inc. Sample holder with a well having a wicking promoter
WO2011120020A1 (en) 2010-03-25 2011-09-29 Quantalife, Inc. Droplet transport system for detection
US8633015B2 (en) 2008-09-23 2014-01-21 Bio-Rad Laboratories, Inc. Flow-based thermocycling system with thermoelectric cooler
US9132394B2 (en) 2008-09-23 2015-09-15 Bio-Rad Laboratories, Inc. System for detection of spaced droplets
US10512910B2 (en) 2008-09-23 2019-12-24 Bio-Rad Laboratories, Inc. Droplet-based analysis method
US9492797B2 (en) 2008-09-23 2016-11-15 Bio-Rad Laboratories, Inc. System for detection of spaced droplets
US20110159499A1 (en) * 2009-11-25 2011-06-30 Quantalife, Inc. Methods and compositions for detecting genetic material
US9156010B2 (en) 2008-09-23 2015-10-13 Bio-Rad Laboratories, Inc. Droplet-based assay system
US8222047B2 (en) * 2008-09-23 2012-07-17 Quanterix Corporation Ultra-sensitive detection of molecules on single molecule arrays
US9222128B2 (en) 2011-03-18 2015-12-29 Bio-Rad Laboratories, Inc. Multiplexed digital assays with combinatorial use of signals
US8709762B2 (en) 2010-03-02 2014-04-29 Bio-Rad Laboratories, Inc. System for hot-start amplification via a multiple emulsion
US8663920B2 (en) 2011-07-29 2014-03-04 Bio-Rad Laboratories, Inc. Library characterization by digital assay
US9764322B2 (en) 2008-09-23 2017-09-19 Bio-Rad Laboratories, Inc. System for generating droplets with pressure monitoring
US12090480B2 (en) 2008-09-23 2024-09-17 Bio-Rad Laboratories, Inc. Partition-based method of analysis
US20100075439A1 (en) * 2008-09-23 2010-03-25 Quanterix Corporation Ultra-sensitive detection of molecules by capture-and-release using reducing agents followed by quantification
US20100261189A1 (en) 2008-10-03 2010-10-14 Roche Molecular Systems, Inc. System and method for detection of HLA Variants
US20100087325A1 (en) * 2008-10-07 2010-04-08 Illumina, Inc. Biological sample temperature control system and method
EP2340314B8 (en) 2008-10-22 2015-02-18 Illumina, Inc. Preservation of information related to genomic dna methylation
US20100137143A1 (en) * 2008-10-22 2010-06-03 Ion Torrent Systems Incorporated Methods and apparatus for measuring analytes
US20100301398A1 (en) 2009-05-29 2010-12-02 Ion Torrent Systems Incorporated Methods and apparatus for measuring analytes
US9080211B2 (en) 2008-10-24 2015-07-14 Epicentre Technologies Corporation Transposon end compositions and methods for modifying nucleic acids
CA2750054C (en) 2008-10-24 2018-05-29 Epicentre Technologies Corporation Transposon end compositions and methods for modifying nucleic acids
TWI394839B (zh) * 2008-10-27 2013-05-01 Qiagen Gaithersburg Inc 快速結果雜交捕捉法及系統
WO2010062775A2 (en) 2008-11-03 2010-06-03 The Regents Of The University Of California Methods for detecting modification resistant nucleic acids
JP2010110262A (ja) * 2008-11-06 2010-05-20 Hitachi Maxell Ltd ウェルプレートを用いた核酸増幅法
US9365901B2 (en) 2008-11-07 2016-06-14 Adaptive Biotechnologies Corp. Monitoring immunoglobulin heavy chain evolution in B-cell acute lymphoblastic leukemia
US8748103B2 (en) 2008-11-07 2014-06-10 Sequenta, Inc. Monitoring health and disease status using clonotype profiles
US9528160B2 (en) 2008-11-07 2016-12-27 Adaptive Biotechnolgies Corp. Rare clonotypes and uses thereof
SG195652A1 (en) 2008-11-07 2013-12-30 Sequenta Inc Methods of monitoring conditions by sequence analysis
US9506119B2 (en) 2008-11-07 2016-11-29 Adaptive Biotechnologies Corp. Method of sequence determination using sequence tags
US9394567B2 (en) 2008-11-07 2016-07-19 Adaptive Biotechnologies Corporation Detection and quantification of sample contamination in immune repertoire analysis
US8628927B2 (en) 2008-11-07 2014-01-14 Sequenta, Inc. Monitoring health and disease status using clonotype profiles
US9495515B1 (en) 2009-12-09 2016-11-15 Veracyte, Inc. Algorithms for disease diagnostics
US10236078B2 (en) 2008-11-17 2019-03-19 Veracyte, Inc. Methods for processing or analyzing a sample of thyroid tissue
JP6257125B2 (ja) * 2008-11-17 2018-01-10 ベラサイト インコーポレイテッド 疾患診断のための分子プロファイリングの方法および組成物
AU2009323128B2 (en) 2008-12-05 2015-01-22 Keygene N.V. Farmesene synthase
EP3587594B1 (en) 2008-12-19 2022-04-13 President and Fellows of Harvard College Particle-assisted nucleic acid sequencing
WO2010075188A2 (en) 2008-12-23 2010-07-01 Illumina Inc. Multibase delivery for long reads in sequencing by synthesis protocols
CN102341691A (zh) 2008-12-31 2012-02-01 尹特根埃克斯有限公司 具有微流体芯片的仪器
ES2403312T3 (es) 2009-01-13 2013-05-17 Keygene N.V. Nuevas estrategias para la secuenciación del genoma
US20100179074A1 (en) * 2009-01-15 2010-07-15 Honeywell International Inc. Methods and apparatus for fluid delivery and removal of micron scale structures
DK2387627T3 (en) 2009-01-15 2016-07-04 Adaptive Biotechnologies Corp Adaptive immunity profiling and methods for producing monoclonal antibodies
AU2010206843B2 (en) * 2009-01-20 2015-01-29 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Single cell gene expression for diagnosis, prognosis and identification of drug targets
US20100331204A1 (en) 2009-02-13 2010-12-30 Jeff Jeddeloh Methods and systems for enrichment of target genomic sequences
US9347092B2 (en) 2009-02-25 2016-05-24 Roche Molecular System, Inc. Solid support for high-throughput nucleic acid analysis
JP5457222B2 (ja) 2009-02-25 2014-04-02 エフ.ホフマン−ラ ロシュ アーゲー 小型化ハイスループット核酸分析
US9074258B2 (en) 2009-03-04 2015-07-07 Genomedx Biosciences Inc. Compositions and methods for classifying thyroid nodule disease
KR101793744B1 (ko) 2009-03-13 2017-11-03 프레지던트 앤드 펠로우즈 오브 하바드 칼리지 유동 포커싱 미세유동 장치의 규모 확장
EP2408936A4 (en) * 2009-03-18 2013-01-30 Sequenom Inc USE OF HEAT-STAINED ENDONUCLEASES FOR THE PREPARATION OF REPORTER MOLECULES
GB0904957D0 (en) 2009-03-23 2009-05-06 Univ Erasmus Medical Ct Tumour gene profile
GB0904934D0 (en) 2009-03-23 2009-05-06 Geneseqe As Method and apparatus for detecting molecules
EP2411148B1 (en) 2009-03-23 2018-02-21 Raindance Technologies, Inc. Manipulation of microfluidic droplets
WO2010115100A1 (en) 2009-04-03 2010-10-07 L&C Diagment, Inc. Multiplex nucleic acid detection methods and systems
WO2010117456A2 (en) * 2009-04-08 2010-10-14 Applied Biosystems, Llc Column enrichment of pcr beads comprising tethered amplicons
US9090663B2 (en) * 2009-04-21 2015-07-28 The Trustees Of Columbia University In The City Of New York Systems and methods for the capture and separation of microparticles
EP2425240A4 (en) 2009-04-30 2012-12-12 Good Start Genetics Inc METHOD AND COMPOSITION FOR EVALUATING GENETIC MARKERS
US12129514B2 (en) 2009-04-30 2024-10-29 Molecular Loop Biosolutions, Llc Methods and compositions for evaluating genetic markers
EP2248914A1 (en) 2009-05-05 2010-11-10 Max-Planck-Gesellschaft zur Förderung der Wissenschaften e.V. The use of class IIB restriction endonucleases in 2nd generation sequencing applications
EP3360978A3 (en) 2009-05-07 2018-09-26 Veracyte, Inc. Methods for diagnosis of thyroid conditions
US8003329B2 (en) * 2009-05-12 2011-08-23 Becton Dickinson & Company Molecular counting by color-coded micelles
US8574835B2 (en) 2009-05-29 2013-11-05 Life Technologies Corporation Scaffolded nucleic acid polymer particles and methods of making and using
EP3301104B1 (en) 2009-05-29 2019-10-30 Life Technologies Corporation Scaffolded nucleic acid polymer particles and methods of making and using
US8776573B2 (en) 2009-05-29 2014-07-15 Life Technologies Corporation Methods and apparatus for measuring analytes
US8673627B2 (en) 2009-05-29 2014-03-18 Life Technologies Corporation Apparatus and methods for performing electrochemical reactions
US20120261274A1 (en) 2009-05-29 2012-10-18 Life Technologies Corporation Methods and apparatus for measuring analytes
EP2438154A1 (en) 2009-06-02 2012-04-11 Integenx Inc. Fluidic devices with diaphragm valves
WO2010141921A1 (en) 2009-06-05 2010-12-09 Integenx Inc. Universal sample preparation system and use in an integrated analysis system
US9524369B2 (en) 2009-06-15 2016-12-20 Complete Genomics, Inc. Processing and analysis of complex nucleic acid sequence data
CN102459643B (zh) 2009-06-25 2016-06-01 弗雷德哈钦森癌症研究中心 检测获得性免疫的方法
WO2011002319A2 (en) * 2009-07-02 2011-01-06 Zygem Corporation Limited Combined nucleic acid blocking, extraction, and detection in a single reaction vessel
JP5099455B2 (ja) * 2009-07-16 2012-12-19 独立行政法人科学技術振興機構 エマルジョンを用いたrnaの選択的増幅法
DK2456892T3 (en) * 2009-07-24 2014-12-08 Illumina Inc Procedure for sequencing of a polynukleotidskabelon
MX2012001214A (es) * 2009-07-29 2012-06-25 Pyrobett Pte Ltd Metodo y aparato para conducir un ensayo.
US9416409B2 (en) * 2009-07-31 2016-08-16 Ibis Biosciences, Inc. Capture primers and capture sequence linked solid supports for molecular diagnostic tests
CN102597256B (zh) 2009-08-25 2014-12-03 伊鲁米那股份有限公司 选择和扩增多核苷酸的方法
BR112012004719A2 (pt) 2009-09-02 2016-04-05 Harvard College emulsões múltiplas criadas por uso de jateamento e outras técnicas
WO2011028539A1 (en) * 2009-09-02 2011-03-10 Quantalife, Inc. System for mixing fluids by coalescence of multiple emulsions
US10174368B2 (en) 2009-09-10 2019-01-08 Centrillion Technology Holdings Corporation Methods and systems for sequencing long nucleic acids
CN102858995B (zh) 2009-09-10 2016-10-26 森特瑞隆技术控股公司 靶向测序方法
EP2480883B1 (en) 2009-09-23 2020-04-01 Celmatix, Inc. Methods for assessing infertility and/or egg quality
EP2854056A3 (en) 2009-09-30 2015-06-03 Natera, Inc. Methods for non-invasive pre-natal ploidy calling
US10520500B2 (en) 2009-10-09 2019-12-31 Abdeslam El Harrak Labelled silica-based nanomaterial with enhanced properties and uses thereof
US8609339B2 (en) 2009-10-09 2013-12-17 454 Life Sciences Corporation System and method for emulsion breaking and recovery of biological elements
EP3461558B1 (en) 2009-10-27 2021-03-17 President and Fellows of Harvard College Droplet creation techniques
WO2011050981A2 (en) 2009-10-30 2011-05-05 Roche Diagnostics Gmbh Method for detecting balanced chromosomal aberrations in a genome
WO2011053845A2 (en) 2009-10-30 2011-05-05 Illumina, Inc. Microvessels, microparticles, and methods of manufacturing and using the same
WO2011056872A2 (en) * 2009-11-03 2011-05-12 Gen9, Inc. Methods and microfluidic devices for the manipulation of droplets in high fidelity polynucleotide assembly
CN102712954A (zh) 2009-11-06 2012-10-03 小利兰·斯坦福大学托管委员会 器官移植患者移植排斥的非侵入性诊断
US20120276524A1 (en) * 2009-11-16 2012-11-01 Genomictree, Inc. Genotyping method
US9216414B2 (en) 2009-11-25 2015-12-22 Gen9, Inc. Microfluidic devices and methods for gene synthesis
WO2011066186A1 (en) 2009-11-25 2011-06-03 Gen9, Inc. Methods and apparatuses for chip-based dna error reduction
US8584703B2 (en) 2009-12-01 2013-11-19 Integenx Inc. Device with diaphragm valve
US10446272B2 (en) 2009-12-09 2019-10-15 Veracyte, Inc. Methods and compositions for classification of samples
WO2011071382A1 (en) 2009-12-10 2011-06-16 Keygene N.V. Polymorfphic whole genome profiling
JP2013514079A (ja) 2009-12-17 2013-04-25 キージーン・エン・フェー 制限酵素に基づく全ゲノムシーケンシング
AU2010330940A1 (en) 2009-12-18 2012-08-02 Keygene N.V. Improved bulked mutant analysis
EP2516680B1 (en) 2009-12-22 2016-04-06 Sequenom, Inc. Processes and kits for identifying aneuploidy
EP2517025B1 (en) 2009-12-23 2019-11-27 Bio-Rad Laboratories, Inc. Methods for reducing the exchange of molecules between droplets
WO2011085075A2 (en) 2010-01-07 2011-07-14 Gen9, Inc. Assembly of high fidelity polynucleotides
AU2010343279B2 (en) 2010-01-19 2015-04-23 Verinata Health, Inc. Sequencing methods and compositions for prenatal diagnoses
US20120100548A1 (en) 2010-10-26 2012-04-26 Verinata Health, Inc. Method for determining copy number variations
ES2596655T3 (es) 2010-02-01 2017-01-11 Illumina Inc. Procedimientos de enfoque y sistemas y conjuntos ópticos que usan los mismos
US20110195457A1 (en) * 2010-02-09 2011-08-11 General Electric Company Isothermal amplification of nucleic acid using primers comprising a randomized sequence and specific primers and uses thereof
US10351905B2 (en) 2010-02-12 2019-07-16 Bio-Rad Laboratories, Inc. Digital analyte analysis
US9366632B2 (en) 2010-02-12 2016-06-14 Raindance Technologies, Inc. Digital analyte analysis
US9399797B2 (en) 2010-02-12 2016-07-26 Raindance Technologies, Inc. Digital analyte analysis
CA2790434A1 (en) 2010-02-18 2011-08-25 Anthony P. Shuber Compositions and methods for treating cancer
CA2825984A1 (en) * 2010-02-25 2011-09-01 Advanced Liquid Logic, Inc. Method of making nucleic acid libraries
US20110318748A1 (en) 2010-02-26 2011-12-29 Life Technologies Corporation Modified Proteins and Methods of Making and Using Same
US9678068B2 (en) * 2010-03-01 2017-06-13 Quanterix Corporation Ultra-sensitive detection of molecules using dual detection methods
US8236574B2 (en) 2010-03-01 2012-08-07 Quanterix Corporation Ultra-sensitive detection of molecules or particles using beads or other capture objects
ES2544635T3 (es) 2010-03-01 2015-09-02 Quanterix Corporation Métodos para extender el rango dinámico en ensayos para la detección de moléculas o partículas
US8415171B2 (en) 2010-03-01 2013-04-09 Quanterix Corporation Methods and systems for extending dynamic range in assays for the detection of molecules or particles
US8399198B2 (en) 2010-03-02 2013-03-19 Bio-Rad Laboratories, Inc. Assays with droplets transformed into capsules
US8716467B2 (en) 2010-03-03 2014-05-06 Gen9, Inc. Methods and devices for nucleic acid synthesis
CN202281746U (zh) 2010-03-06 2012-06-20 伊鲁米那股份有限公司 检测来自样品光信号的测定设备及其光学组件和光学系统
US20110311963A1 (en) * 2010-03-16 2011-12-22 Life Technologies Corporation Method and Apparatus for Addressable Flow Cells in Single Molecule Sequencing
JP2013524169A (ja) 2010-03-25 2013-06-17 クァンタライフ・インコーポレーテッド 液滴によるアッセイ用の検出システム
EP2550528B1 (en) 2010-03-25 2019-09-11 Bio-Rad Laboratories, Inc. Droplet generation for droplet-based assays
WO2011123246A2 (en) 2010-04-01 2011-10-06 Illumina, Inc. Solid-phase clonal amplification and related methods
US20190300945A1 (en) 2010-04-05 2019-10-03 Prognosys Biosciences, Inc. Spatially Encoded Biological Assays
US10787701B2 (en) 2010-04-05 2020-09-29 Prognosys Biosciences, Inc. Spatially encoded biological assays
CN102834526B (zh) 2010-04-05 2015-12-02 普罗格诺西斯生物科学公司 空间编码的生物学测定
WO2011127933A1 (en) 2010-04-16 2011-10-20 Nuevolution A/S Bi-functional complexes and methods for making and using such complexes
US20110269194A1 (en) * 2010-04-20 2011-11-03 Swift Biosciences, Inc. Materials and methods for nucleic acid fractionation by solid phase entrapment and enzyme-mediated detachment
WO2011135041A1 (en) 2010-04-30 2011-11-03 Roche Diagnostics Gmbh System and method for purification and use of inorganic pyrophosphatase from aquifex aeolicus
US9930297B2 (en) * 2010-04-30 2018-03-27 Becton, Dickinson And Company System and method for acquiring images of medication preparations
EP2388337B1 (en) * 2010-04-30 2014-07-02 Nxp B.V. Sensing device and manufacturing method thereof
SG10201503540QA (en) 2010-05-06 2015-06-29 Ibis Biosciences Inc Integrated sample preparation systems and stabilized enzyme mixtures
WO2011139371A1 (en) 2010-05-06 2011-11-10 Sequenta, Inc. Monitoring health and disease status using clonotype profiles
EP2566984B1 (en) 2010-05-07 2019-04-03 The Board of Trustees of the Leland Stanford Junior University Measurement and comparison of immune diversity by high-throughput sequencing
WO2011143194A2 (en) 2010-05-10 2011-11-17 Life Technologies Corporation System and method for processing a biological sample
CN106498076A (zh) 2010-05-11 2017-03-15 威拉赛特公司 用于诊断病状的方法和组合物
US11322224B2 (en) 2010-05-18 2022-05-03 Natera, Inc. Methods for non-invasive prenatal ploidy calling
US10316362B2 (en) 2010-05-18 2019-06-11 Natera, Inc. Methods for simultaneous amplification of target loci
US20190010543A1 (en) 2010-05-18 2019-01-10 Natera, Inc. Methods for simultaneous amplification of target loci
US9677118B2 (en) 2014-04-21 2017-06-13 Natera, Inc. Methods for simultaneous amplification of target loci
US11939634B2 (en) 2010-05-18 2024-03-26 Natera, Inc. Methods for simultaneous amplification of target loci
US11339429B2 (en) 2010-05-18 2022-05-24 Natera, Inc. Methods for non-invasive prenatal ploidy calling
US11332793B2 (en) 2010-05-18 2022-05-17 Natera, Inc. Methods for simultaneous amplification of target loci
US11332785B2 (en) 2010-05-18 2022-05-17 Natera, Inc. Methods for non-invasive prenatal ploidy calling
US11408031B2 (en) 2010-05-18 2022-08-09 Natera, Inc. Methods for non-invasive prenatal paternity testing
EP2854057B1 (en) 2010-05-18 2018-03-07 Natera, Inc. Methods for non-invasive pre-natal ploidy calling
US11326208B2 (en) 2010-05-18 2022-05-10 Natera, Inc. Methods for nested PCR amplification of cell-free DNA
US20110287432A1 (en) 2010-05-21 2011-11-24 454 Life Science Corporation System and method for tailoring nucleotide concentration to enzymatic efficiencies in dna sequencing technologies
US8512538B2 (en) 2010-05-28 2013-08-20 Integenx Inc. Capillary electrophoresis device
EP3290529B1 (en) 2010-06-11 2019-05-22 Life Technologies Corporation Alternative nucleotide flows in sequencing-by-synthesis methods
WO2011159942A1 (en) 2010-06-18 2011-12-22 Illumina, Inc. Conformational probes and methods for sequencing nucleic acids
CA2803940C (en) 2010-06-30 2019-07-02 Bgi Shenzhen Co., Limited Application of a pcr sequencing method, based on dna barcoding technique and dna incomplete shearing strategy, in hla genotyping
CN103080739B (zh) 2010-06-30 2016-12-21 生命科技公司 用于测试isfet阵列的方法和装置
TWI624665B (zh) 2010-06-30 2018-05-21 生命技術公司 離子感測電荷累積電路及方法
US8772698B2 (en) 2010-06-30 2014-07-08 Life Technologies Corporation CCD-based multi-transistor active pixel sensor array
US11307166B2 (en) 2010-07-01 2022-04-19 Life Technologies Corporation Column ADC
JP5876044B2 (ja) 2010-07-03 2016-03-02 ライフ テクノロジーズ コーポレーション 低濃度ドープドレインを有する化学的感応性センサ
US9650629B2 (en) * 2010-07-07 2017-05-16 Roche Molecular Systems, Inc. Clonal pre-amplification in emulsion
WO2012008831A1 (en) 2010-07-13 2012-01-19 Keygene N.V. Simplified de novo physical map generation from clone libraries
US8465707B2 (en) 2010-07-22 2013-06-18 Gencell Biosystems Ltd. Composite liquid cells
DK2601609T3 (en) 2010-08-02 2017-06-06 Population Bio Inc COMPOSITIONS AND METHODS FOR DISCOVERING MUTATIONS CAUSING GENETIC DISORDERS
US10533223B2 (en) 2010-08-06 2020-01-14 Ariosa Diagnostics, Inc. Detection of target nucleic acids using hybridization
US11031095B2 (en) 2010-08-06 2021-06-08 Ariosa Diagnostics, Inc. Assay systems for determination of fetal copy number variation
US8700338B2 (en) 2011-01-25 2014-04-15 Ariosa Diagnosis, Inc. Risk calculation for evaluation of fetal aneuploidy
US20130040375A1 (en) * 2011-08-08 2013-02-14 Tandem Diagnotics, Inc. Assay systems for genetic analysis
US20130261003A1 (en) 2010-08-06 2013-10-03 Ariosa Diagnostics, In. Ligation-based detection of genetic variants
US20140342940A1 (en) 2011-01-25 2014-11-20 Ariosa Diagnostics, Inc. Detection of Target Nucleic Acids using Hybridization
US11203786B2 (en) 2010-08-06 2021-12-21 Ariosa Diagnostics, Inc. Detection of target nucleic acids using hybridization
US10167508B2 (en) 2010-08-06 2019-01-01 Ariosa Diagnostics, Inc. Detection of genetic abnormalities
US20120034603A1 (en) 2010-08-06 2012-02-09 Tandem Diagnostics, Inc. Ligation-based detection of genetic variants
WO2012024658A2 (en) 2010-08-20 2012-02-23 IntegenX, Inc. Integrated analysis system
WO2012024657A1 (en) 2010-08-20 2012-02-23 IntegenX, Inc. Microfluidic devices with mechanically-sealed diaphragm valves
CA2810520C (en) 2010-09-10 2019-03-12 Bio-Rad Laboratories, Inc. Size selection of dna for chromatin analysis
US9618475B2 (en) 2010-09-15 2017-04-11 Life Technologies Corporation Methods and apparatus for measuring analytes
AU2011226766A1 (en) 2010-09-24 2012-04-12 Life Technologies Corporation Matched pair transistor circuits
KR20130113447A (ko) 2010-09-24 2013-10-15 더 보드 어브 트러스티스 어브 더 리랜드 스탠포드 주니어 유니버시티 고정된 프라이머들을 이용하여 표적 dna의 직접적인 캡쳐, 증폭 및 서열화
US8759038B2 (en) 2010-09-29 2014-06-24 Illumina Cambridge Limited Compositions and methods for sequencing nucleic acids
US20120077716A1 (en) 2010-09-29 2012-03-29 454 Life Sciences Corporation System and method for producing functionally distinct nucleic acid library ends through use of deoxyinosine
WO2012045012A2 (en) 2010-09-30 2012-04-05 Raindance Technologies, Inc. Sandwich assays in droplets
GB201016484D0 (en) 2010-09-30 2010-11-17 Geneseque As Method
MX344363B (es) 2010-10-04 2016-12-14 Genapsys Inc * Sistemas y métodos para reacciones biológicas paralelas reutilizables automatizadas.
US9399217B2 (en) 2010-10-04 2016-07-26 Genapsys, Inc. Chamber free nanoreactor system
US9184099B2 (en) 2010-10-04 2015-11-10 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Biosensor devices, systems and methods therefor
EP3561159B1 (en) 2010-10-08 2023-09-20 President and Fellows of Harvard College High-throughput single cell barcoding
US20120322665A1 (en) 2010-10-08 2012-12-20 454 Life Sciences Corporation System and method for detection of hiv-1 clades and recombinants of the reverse transcriptase and protease regions
WO2012051327A2 (en) * 2010-10-12 2012-04-19 Cornell University Method of dual-adapter recombination for efficient concatenation of multiple dna fragments in shuffled or specified arrangements
US10093981B2 (en) 2010-10-19 2018-10-09 Northwestern University Compositions and methods for identifying depressive disorders
US10233501B2 (en) 2010-10-19 2019-03-19 Northwestern University Biomarkers predictive of predisposition to depression and response to treatment
US20150218639A1 (en) 2014-01-17 2015-08-06 Northwestern University Biomarkers predictive of predisposition to depression and response to treatment
US20150225792A1 (en) 2014-01-17 2015-08-13 Northwestern University Compositions and methods for identifying depressive disorders
WO2012055929A1 (en) 2010-10-26 2012-05-03 Illumina, Inc. Sequencing methods
US10273540B2 (en) 2010-10-27 2019-04-30 Life Technologies Corporation Methods and apparatuses for estimating parameters in a predictive model for use in sequencing-by-synthesis
US9387476B2 (en) 2010-10-27 2016-07-12 Illumina, Inc. Flow cells for biological or chemical analysis
WO2012058459A2 (en) 2010-10-27 2012-05-03 Life Technologies Corporation Predictive model for use in sequencing-by-synthesis
US9096899B2 (en) 2010-10-27 2015-08-04 Illumina, Inc. Microdevices and biosensor cartridges for biological or chemical analysis and systems and methods for the same
CA3215088A1 (en) 2010-11-01 2012-05-10 Bio-Rad Laboratories, Inc. System for forming emulsions
EP2637780B1 (en) 2010-11-12 2022-02-09 Gen9, Inc. Protein arrays and methods of using and making the same
CA3132011A1 (en) 2010-11-12 2012-06-14 Gen9, Inc. Methods and devices for nucleic acids synthesis
WO2012074855A2 (en) 2010-11-22 2012-06-07 The Regents Of The University Of California Methods of identifying a cellular nascent rna transcript
JP2013545472A (ja) 2010-12-01 2013-12-26 モルフォシス・アー・ゲー 単一細胞内の生体分子の同時検出
EP3709303A1 (en) 2010-12-14 2020-09-16 Life Technologies Corporation Systems and methods for run-time sequencing run quality monitoring
ES2770342T3 (es) 2010-12-22 2020-07-01 Natera Inc Procedimientos para pruebas prenatales no invasivas de paternidad
US9163281B2 (en) 2010-12-23 2015-10-20 Good Start Genetics, Inc. Methods for maintaining the integrity and identification of a nucleic acid template in a multiplex sequencing reaction
EP2659408B1 (en) 2010-12-29 2019-03-27 Life Technologies Corporation Time-warped background signal for sequencing-by-synthesis operations
WO2013025998A1 (en) 2011-08-18 2013-02-21 Life Technologies Corporation Methods, systems, and computer readable media for making base calls in nucleic acid sequencing
EP3582224A1 (en) 2010-12-30 2019-12-18 Life Technologies Corporation Models for analyzing data from sequencing-by-synthesis operations
US20130060482A1 (en) 2010-12-30 2013-03-07 Life Technologies Corporation Methods, systems, and computer readable media for making base calls in nucleic acid sequencing
US10241075B2 (en) 2010-12-30 2019-03-26 Life Technologies Corporation Methods, systems, and computer readable media for nucleic acid sequencing
BR112013016708B1 (pt) 2010-12-30 2021-08-17 Foundation Medicine, Inc Otimização de análise multigene de amostras de tumor
US8951781B2 (en) 2011-01-10 2015-02-10 Illumina, Inc. Systems, methods, and apparatuses to image a sample for biological or chemical analysis
US20130005591A1 (en) * 2011-01-13 2013-01-03 Halgen Corporation Method for parallel amplification of nucleic acids
CN103476946A (zh) 2011-01-14 2013-12-25 关键基因股份有限公司 基于配对末端随机序列的基因分型
US9217132B2 (en) 2011-01-20 2015-12-22 Ibis Biosciences, Inc. Microfluidic transducer
US8756020B2 (en) 2011-01-25 2014-06-17 Ariosa Diagnostics, Inc. Enhanced risk probabilities using biomolecule estimations
US11270781B2 (en) 2011-01-25 2022-03-08 Ariosa Diagnostics, Inc. Statistical analysis for non-invasive sex chromosome aneuploidy determination
US10131947B2 (en) 2011-01-25 2018-11-20 Ariosa Diagnostics, Inc. Noninvasive detection of fetal aneuploidy in egg donor pregnancies
US9994897B2 (en) 2013-03-08 2018-06-12 Ariosa Diagnostics, Inc. Non-invasive fetal sex determination
US9952237B2 (en) 2011-01-28 2018-04-24 Quanterix Corporation Systems, devices, and methods for ultra-sensitive detection of molecules or particles
US20130316358A1 (en) 2011-01-31 2013-11-28 Yeda Research And Development Co. Ltd. Methods of diagnosing disease using overlap extension pcr
EP2670863B1 (en) 2011-01-31 2018-06-27 H. Hoffnabb-La Roche Ag Methods of identifying multiple epitopes in cells
BR112013020220B1 (pt) 2011-02-09 2020-03-17 Natera, Inc. Método para determinar o estado de ploidia de um cromossomo em um feto em gestação
EP3412778A1 (en) 2011-02-11 2018-12-12 Raindance Technologies, Inc. Methods for forming mixed droplets
US12097495B2 (en) 2011-02-18 2024-09-24 Bio-Rad Laboratories, Inc. Methods and compositions for detecting genetic material
EP3736281A1 (en) 2011-02-18 2020-11-11 Bio-Rad Laboratories, Inc. Compositions and methods for molecular labeling
US20120244523A1 (en) 2011-03-25 2012-09-27 454 Life Sciences Corporation System and Method for Detection of HIV Integrase Variants
US20120252682A1 (en) 2011-04-01 2012-10-04 Maples Corporate Services Limited Methods and systems for sequencing nucleic acids
WO2012139125A2 (en) 2011-04-07 2012-10-11 Life Technologies Corporation System and methods for making and processing emulsions
US9121047B2 (en) * 2011-04-07 2015-09-01 Life Technologies Corporation System and methods for making and processing emulsions
EP3366782B1 (en) 2011-04-08 2021-03-10 Life Technologies Corporation Phase-protecting reagent flow orderings for use in sequencing-by-synthesis
WO2012142301A2 (en) 2011-04-12 2012-10-18 Quanterix Corporation Methods of determining a treatment protocol for and/or a prognosis of a patients recovery from a brain injury
GB201106254D0 (en) 2011-04-13 2011-05-25 Frisen Jonas Method and product
EP3907299A1 (en) 2011-04-15 2021-11-10 The Johns Hopkins University Safe sequencing system
WO2012149042A2 (en) 2011-04-25 2012-11-01 Bio-Rad Laboratories, Inc. Methods and compositions for nucleic acid analysis
US8450061B2 (en) 2011-04-29 2013-05-28 Sequenom, Inc. Quantification of a minority nucleic acid species
WO2012158603A2 (en) * 2011-05-13 2012-11-22 Bioo Scientific Corporation Pooled adapter strategy for reducing bias in small rna characterization
CN112592960B (zh) * 2011-05-20 2024-08-27 富鲁达公司 核酸编码反应
US9238206B2 (en) 2011-05-23 2016-01-19 President And Fellows Of Harvard College Control of emulsions, including multiple emulsions
CN103827318B (zh) * 2011-05-27 2018-05-08 生命技术公司 用于操作生物分子的方法
US8585973B2 (en) 2011-05-27 2013-11-19 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Nano-sensor array
US9926596B2 (en) 2011-05-27 2018-03-27 Genapsys, Inc. Systems and methods for genetic and biological analysis
US8841071B2 (en) 2011-06-02 2014-09-23 Raindance Technologies, Inc. Sample multiplexing
DE202012013668U1 (de) 2011-06-02 2019-04-18 Raindance Technologies, Inc. Enzymquantifizierung
WO2012169893A1 (en) 2011-06-10 2012-12-13 Stichting Technologisch Topinstituut Groene Genetica (Foundation Technological Top Institute Green Genetics) Transcription factor modulating terpene biosynthesis
CN107881166A (zh) 2011-06-15 2018-04-06 Gen9股份有限公司 制备性体外克隆的方法
US9752176B2 (en) 2011-06-15 2017-09-05 Ginkgo Bioworks, Inc. Methods for preparative in vitro cloning
WO2013009654A1 (en) 2011-07-08 2013-01-17 Life Technologies Corporation Method and apparatus for automated sample manipulation
EP2729580B1 (en) 2011-07-08 2015-09-16 Keygene N.V. Sequence based genotyping based on oligonucleotide ligation assays
US9513253B2 (en) 2011-07-11 2016-12-06 Advanced Liquid Logic, Inc. Droplet actuators and techniques for droplet-based enzymatic assays
US8658430B2 (en) 2011-07-20 2014-02-25 Raindance Technologies, Inc. Manipulating droplet size
WO2013019714A1 (en) 2011-07-29 2013-02-07 The Trustees Of Columbia University In The City Of New York Mems affinity sensor for continuous monitoring of analytes
US9670538B2 (en) 2011-08-05 2017-06-06 Ibis Biosciences, Inc. Nucleic acid sequencing by electrochemical detection
SG10201606991RA (en) 2011-08-23 2016-10-28 Foundation Medicine Inc Novel kif5b-ret fusion molecules and uses thereof
CN104066844B (zh) 2011-08-26 2016-12-07 Gen9股份有限公司 用于核酸的高保真组装的组合物和方法
US10704164B2 (en) 2011-08-31 2020-07-07 Life Technologies Corporation Methods, systems, computer readable media, and kits for sample identification
US8712697B2 (en) 2011-09-07 2014-04-29 Ariosa Diagnostics, Inc. Determination of copy number variations using binomial probability calculations
US9249460B2 (en) 2011-09-09 2016-02-02 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Methods for obtaining a sequence
US10385475B2 (en) 2011-09-12 2019-08-20 Adaptive Biotechnologies Corp. Random array sequencing of low-complexity libraries
EP2758552A4 (en) * 2011-09-23 2015-09-09 Univ Columbia ISOLATION AND ENRICHMENT OF NUCLEIC ACIDS ON A MICROCHIP
PT3290528T (pt) 2011-09-23 2019-10-14 Illumina Inc Métodos e composições para sequenciamento de ácido nucleico
AU2012316218B2 (en) 2011-09-26 2016-03-17 Gen-Probe Incorporated Algorithms for sequence determinations
US10378051B2 (en) 2011-09-29 2019-08-13 Illumina Cambridge Limited Continuous extension and deblocking in reactions for nucleic acids synthesis and sequencing
WO2013049504A1 (en) * 2011-09-30 2013-04-04 Stc.Unm Dna sample preparation and sequencing
DE102011054101A1 (de) 2011-09-30 2013-04-04 Albert-Ludwigs-Universität Freiburg Verfahren zur räumlichen Anordnung von Probenfragmenten zur Amplifikation und Immobilisierung für weitere Derivatisierungen
EP2766483B1 (en) 2011-10-10 2022-03-23 The Hospital For Sick Children Methods and compositions for screening and treating developmental disorders
CN102329876B (zh) * 2011-10-14 2014-04-02 深圳华大基因科技有限公司 一种测定待检测样本中疾病相关核酸分子的核苷酸序列的方法
EP2766498B1 (en) 2011-10-14 2019-06-19 President and Fellows of Harvard College Sequencing by structure assembly
WO2013056178A2 (en) 2011-10-14 2013-04-18 Foundation Medicine, Inc. Novel estrogen receptor mutations and uses thereof
WO2013058907A1 (en) 2011-10-17 2013-04-25 Good Start Genetics, Inc. Analysis methods
WO2013059746A1 (en) 2011-10-19 2013-04-25 Nugen Technologies, Inc. Compositions and methods for directional nucleic acid amplification and sequencing
US20150136604A1 (en) 2011-10-21 2015-05-21 Integenx Inc. Sample preparation, processing and analysis systems
US10865440B2 (en) 2011-10-21 2020-12-15 IntegenX, Inc. Sample preparation, processing and analysis systems
US9279159B2 (en) 2011-10-21 2016-03-08 Adaptive Biotechnologies Corporation Quantification of adaptive immune cell genomes in a complex mixture of cells
DE102011085473A1 (de) 2011-10-28 2013-05-02 Albert-Ludwigs-Universität Freiburg Verfahren zur Identifikation von Aptameren
WO2013067451A2 (en) 2011-11-04 2013-05-10 Population Diagnostics Inc. Methods and compositions for diagnosing, prognosing, and treating neurological conditions
EP2776165A2 (en) 2011-11-07 2014-09-17 Illumina, Inc. Integrated sequencing apparatuses and methods of use
WO2013070634A1 (en) 2011-11-07 2013-05-16 Ingenuity Systems, Inc. Methods and systems for identification of causal genomic variants
GB201120711D0 (en) 2011-12-01 2012-01-11 Univ Erasmus Medical Ct Method for classifying tumour cells
CN104105797B (zh) 2011-12-01 2016-08-31 吉纳普赛斯股份有限公司 用于高效电子测序与检测的系统和方法
US9970984B2 (en) 2011-12-01 2018-05-15 Life Technologies Corporation Method and apparatus for identifying defects in a chemical sensor array
US20130143774A1 (en) * 2011-12-05 2013-06-06 The Regents Of The University Of California Methods and compositions for generating polynucleic acid fragments
EP2788509B1 (en) 2011-12-09 2018-07-11 Adaptive Biotechnologies Corporation Diagnosis of lymphoid malignancies and minimal residual disease detection
US9200274B2 (en) 2011-12-09 2015-12-01 Illumina, Inc. Expanded radix for polymeric tags
KR101830778B1 (ko) 2011-12-09 2018-02-22 삼성전자주식회사 발열 입자를 포함하는 오일 층을 이용하는 핵산 증폭 장치 및 방법
US9499865B2 (en) 2011-12-13 2016-11-22 Adaptive Biotechnologies Corp. Detection and measurement of tissue-infiltrating lymphocytes
AU2012352153B2 (en) 2011-12-13 2018-07-26 Veracyte, Inc. Cancer diagnostics using non-coding transcripts
US20130189679A1 (en) 2011-12-20 2013-07-25 The Regents Of The University Of Michigan Pseudogenes and uses thereof
US9334491B2 (en) 2011-12-22 2016-05-10 Ibis Biosciences, Inc. Systems and methods for isolating nucleic acids from cellular samples
WO2013096819A2 (en) 2011-12-22 2013-06-27 Ibis Biosciences, Inc. Macromolecule positioning by electrical potential
ES2952728T3 (es) 2011-12-22 2023-11-03 Harvard College Métodos para la detección de analitos
WO2013096838A2 (en) 2011-12-22 2013-06-27 Ibis Biosciences, Inc. Systems and methods for isolating nucleic acids
US11021737B2 (en) 2011-12-22 2021-06-01 President And Fellows Of Harvard College Compositions and methods for analyte detection
WO2013102091A1 (en) 2011-12-28 2013-07-04 Ibis Biosciences, Inc. Nucleic acid ligation systems and methods
US9823246B2 (en) 2011-12-28 2017-11-21 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Fluorescence enhancing plasmonic nanoscopic gold films and assays based thereon
WO2013102081A2 (en) 2011-12-29 2013-07-04 Ibis Biosciences, Inc. Macromolecule delivery to nanowells
WO2013101741A1 (en) 2011-12-30 2013-07-04 Abbott Molecular, Inc. Channels with cross-sectional thermal gradients
AU2013208757A1 (en) 2012-01-09 2014-07-24 Oslo Universitetssykehus Hf Methods and biomarkers for analysis of colorectal cancer
CN108611398A (zh) 2012-01-13 2018-10-02 Data生物有限公司 通过新一代测序进行基因分型
US8821798B2 (en) 2012-01-19 2014-09-02 Life Technologies Corporation Titanium nitride as sensing layer for microwell structure
US8747748B2 (en) 2012-01-19 2014-06-10 Life Technologies Corporation Chemical sensor with conductive cup-shaped sensor surface
AU2013213349B2 (en) 2012-01-25 2018-02-01 Gencell Biosystems Limited Biomolecule isolation
CN104093890B (zh) 2012-01-26 2016-04-20 纽亘技术公司 用于靶向核酸序列富集和高效文库产生的组合物和方法
WO2013116698A2 (en) 2012-02-02 2013-08-08 Invenra, Inc. High throughput screen for biologically active polypeptides
US8597882B2 (en) 2012-02-03 2013-12-03 Pyrobett Pte. Ltd. Method and apparatus for conducting an assay
WO2013117595A2 (en) * 2012-02-07 2013-08-15 Illumina Cambridge Limited Targeted enrichment and amplification of nucleic acids on a support
US10407724B2 (en) 2012-02-09 2019-09-10 The Hospital For Sick Children Methods and compositions for screening and treating developmental disorders
WO2013124738A2 (en) 2012-02-21 2013-08-29 Oslo Universitetssykehus Hf Methods and biomarkers for detection and prognosis of cervical cancer
US20130217023A1 (en) 2012-02-22 2013-08-22 454 Life Sciences Corporation System And Method For Generation And Use Of Compact Clonally Amplified Products
EP2820129A1 (en) 2012-03-02 2015-01-07 Sequenom, Inc. Methods and processes for non-invasive assessment of genetic variations
EP2823060B1 (en) 2012-03-05 2018-02-14 Adaptive Biotechnologies Corporation Determining paired immune receptor chains from frequency matched subunits
NO2694769T3 (es) 2012-03-06 2018-03-03
US20150111758A1 (en) 2012-03-06 2015-04-23 Oslo Universitetssykehus Hf Gene signatures associated with efficacy of postmastectomy radiotherapy in breast cancer
US9150853B2 (en) 2012-03-21 2015-10-06 Gen9, Inc. Methods for screening proteins using DNA encoded chemical libraries as templates for enzyme catalysis
US20130261984A1 (en) 2012-03-30 2013-10-03 Illumina, Inc. Methods and systems for determining fetal chromosomal abnormalities
BR112014024789B1 (pt) 2012-04-03 2021-05-25 Illumina, Inc aparelho de detecção e método para formação de imagem de um substrato
ES2716995T3 (es) 2012-04-03 2019-06-18 Univ Michigan Regents Biomarcadores asociados con el síndrome del intestino irritable y la enfermedad de Crohn
US8209130B1 (en) 2012-04-04 2012-06-26 Good Start Genetics, Inc. Sequence assembly
US8812422B2 (en) 2012-04-09 2014-08-19 Good Start Genetics, Inc. Variant database
US20130274148A1 (en) 2012-04-11 2013-10-17 Illumina, Inc. Portable genetic detection and analysis system and method
CN103374518B (zh) * 2012-04-12 2018-03-27 维里纳塔健康公司 拷贝数变异的检测和分类
US10227635B2 (en) 2012-04-16 2019-03-12 Molecular Loop Biosolutions, Llc Capture reactions
EP2839026B1 (en) 2012-04-19 2016-08-10 Life Technologies Corporation Nucleic acid amplification
SG10201802883UA (en) 2012-04-19 2018-05-30 Life Technologies Corp Nucleic acid amplification
WO2013163210A1 (en) * 2012-04-23 2013-10-31 Philip Alexander Rolfe Method and system for detection of an organism
US10081807B2 (en) 2012-04-24 2018-09-25 Gen9, Inc. Methods for sorting nucleic acids and multiplexed preparative in vitro cloning
WO2013165594A1 (en) * 2012-04-30 2013-11-07 Life Technologies Corporation Modules and calibration method for a robotic polynucleotide sample preparation system
EP2844767A4 (en) 2012-05-02 2015-11-18 Ibis Biosciences Inc SYSTEMS AND METHODS FOR NUCLEIC ACID SEQUENCING
BR112014027309A2 (pt) 2012-05-08 2017-07-11 Adaptive Biotechnologies Corp composições e métodos para medir e calibrar a tendên-cia de amplificação em reações de pcr multiplexadas
US9646132B2 (en) 2012-05-11 2017-05-09 Life Technologies Corporation Models for analyzing data from sequencing-by-synthesis operations
US10192024B2 (en) 2012-05-18 2019-01-29 454 Life Sciences Corporation System and method for generation and use of optimal nucleotide flow orders
US10289800B2 (en) 2012-05-21 2019-05-14 Ariosa Diagnostics, Inc. Processes for calculating phased fetal genomic sequences
EP4148142A1 (en) * 2012-05-21 2023-03-15 The Scripps Research Institute Methods of sample preparation
US9920361B2 (en) 2012-05-21 2018-03-20 Sequenom, Inc. Methods and compositions for analyzing nucleic acid
CN102766574B (zh) * 2012-05-24 2013-12-25 中国科学院北京基因组研究所 用于dna测序仪的反应仓
US9617589B2 (en) * 2012-05-25 2017-04-11 The University Of North Carolina At Chapel Hill Microfluidic devices, solid supports for reagents and related methods
US8786331B2 (en) 2012-05-29 2014-07-22 Life Technologies Corporation System for reducing noise in a chemical sensor array
WO2013184754A2 (en) 2012-06-05 2013-12-12 President And Fellows Of Harvard College Spatial sequencing of nucleic acids using dna origami probes
US9012022B2 (en) 2012-06-08 2015-04-21 Illumina, Inc. Polymer coatings
US8895249B2 (en) 2012-06-15 2014-11-25 Illumina, Inc. Kinetic exclusion amplification of nucleic acid libraries
US9957549B2 (en) 2012-06-18 2018-05-01 Nugen Technologies, Inc. Compositions and methods for negative selection of non-desired nucleic acid sequences
WO2014004393A1 (en) 2012-06-25 2014-01-03 Gen9, Inc. Methods for nucleic acid assembly and high throughput sequencing
WO2014005076A2 (en) 2012-06-29 2014-01-03 The Regents Of The University Of Michigan Methods and biomarkers for detection of kidney disorders
WO2014008448A1 (en) 2012-07-03 2014-01-09 Sloan Kettering Institute For Cancer Research Quantitative assessment of human t-cell repertoire recovery after allogeneic hematopoietic stem cell transplantation
US20150011396A1 (en) 2012-07-09 2015-01-08 Benjamin G. Schroeder Methods for creating directional bisulfite-converted nucleic acid libraries for next generation sequencing
AU2013290102B2 (en) 2012-07-13 2018-11-15 Sequenom, Inc. Processes and compositions for methylation-based enrichment of fetal nucleic acid from a maternal sample useful for non-invasive prenatal diagnoses
US9092401B2 (en) 2012-10-31 2015-07-28 Counsyl, Inc. System and methods for detecting genetic variation
US9977861B2 (en) 2012-07-18 2018-05-22 Illumina Cambridge Limited Methods and systems for determining haplotypes and phasing of haplotypes
GB201212775D0 (en) * 2012-07-18 2012-08-29 Dna Electronics Ltd Sensing apparatus and method
AU2013292287A1 (en) 2012-07-19 2015-02-19 Ariosa Diagnostics, Inc. Multiplexed sequential ligation-based detection of genetic variants
KR101890466B1 (ko) * 2012-07-24 2018-08-21 내테라, 인코포레이티드 고도의 다중 pcr 방법 및 조성물
EP2880448B1 (en) 2012-08-03 2022-06-29 Foundation Medicine, Inc. Human papilloma virus as predictor of cancer prognosis
WO2014026032A2 (en) 2012-08-08 2014-02-13 Apprise Bio, Inc. Increasing dynamic range for identifying multiple epitopes in cells
GB2539836B (en) 2012-08-13 2017-03-29 Univ California Methods for detecting target nucleic acids in sample lysate droplets
US9701998B2 (en) 2012-12-14 2017-07-11 10X Genomics, Inc. Methods and systems for processing polynucleotides
US10323279B2 (en) 2012-08-14 2019-06-18 10X Genomics, Inc. Methods and systems for processing polynucleotides
US20150005199A1 (en) * 2012-08-14 2015-01-01 10X Technologies, Inc. Compositions and methods for sample processing
CN114891871A (zh) 2012-08-14 2022-08-12 10X基因组学有限公司 微胶囊组合物及方法
US10273541B2 (en) 2012-08-14 2019-04-30 10X Genomics, Inc. Methods and systems for processing polynucleotides
US10752949B2 (en) 2012-08-14 2020-08-25 10X Genomics, Inc. Methods and systems for processing polynucleotides
US9951386B2 (en) 2014-06-26 2018-04-24 10X Genomics, Inc. Methods and systems for processing polynucleotides
US20140378322A1 (en) * 2012-08-14 2014-12-25 10X Technologies, Inc. Compositions and methods for sample processing
US10221442B2 (en) 2012-08-14 2019-03-05 10X Genomics, Inc. Compositions and methods for sample processing
US10584381B2 (en) 2012-08-14 2020-03-10 10X Genomics, Inc. Methods and systems for processing polynucleotides
US11591637B2 (en) 2012-08-14 2023-02-28 10X Genomics, Inc. Compositions and methods for sample processing
US20150005200A1 (en) * 2012-08-14 2015-01-01 10X Technologies, Inc. Compositions and methods for sample processing
US20140378345A1 (en) * 2012-08-14 2014-12-25 10X Technologies, Inc. Compositions and methods for sample processing
NL2017959B1 (en) 2016-12-08 2018-06-19 Illumina Inc Cartridge assembly
DK3435084T3 (da) 2012-08-16 2023-05-30 Mayo Found Medical Education & Res Prostatakræftprognose under anvendelse af biomarkører
US20140100126A1 (en) 2012-08-17 2014-04-10 Natera, Inc. Method for Non-Invasive Prenatal Testing Using Parental Mosaicism Data
US10876152B2 (en) 2012-09-04 2020-12-29 Guardant Health, Inc. Systems and methods to detect rare mutations and copy number variation
US11913065B2 (en) 2012-09-04 2024-02-27 Guardent Health, Inc. Systems and methods to detect rare mutations and copy number variation
WO2014043143A1 (en) 2012-09-11 2014-03-20 Life Technologies Corporation Nucleic acid amplification
EP3257952B1 (en) 2012-09-11 2020-02-12 Life Technologies Corporation Nucleic acid amplification
CN104797718B (zh) * 2012-09-12 2020-05-08 加利福尼亚大学董事会 通过单链扩增和测序对单个细胞进行精确基因组测序
DK2895621T3 (da) 2012-09-14 2020-11-30 Population Bio Inc Fremgangsmåder og sammensætning til diagnosticering, prognose og behandling af neurologiske tilstande
EP2900835A4 (en) 2012-09-27 2016-05-11 Population Diagnotics Inc METHODS AND COMPOSITIONS FOR DETECTING AND TREATING DEVELOPMENTAL DISORDERS
CN105189779B (zh) 2012-10-01 2018-05-11 适应生物技术公司 通过适应性免疫受体多样性和克隆性表征进行的免疫能力评估
US10329608B2 (en) 2012-10-10 2019-06-25 Life Technologies Corporation Methods, systems, and computer readable media for repeat sequencing
US9177098B2 (en) 2012-10-17 2015-11-03 Celmatix Inc. Systems and methods for determining the probability of a pregnancy at a selected point in time
US10162800B2 (en) 2012-10-17 2018-12-25 Celmatix Inc. Systems and methods for determining the probability of a pregnancy at a selected point in time
USRE50065E1 (en) 2012-10-17 2024-07-30 10X Genomics Sweden Ab Methods and product for optimising localised or spatial detection of gene expression in a tissue sample
US10150996B2 (en) 2012-10-19 2018-12-11 Adaptive Biotechnologies Corp. Quantification of adaptive immune cell genomes in a complex mixture of cells
WO2014068407A2 (en) * 2012-10-26 2014-05-08 Sysmex Inostics Gmbh Emulsion systems and emulsion-based amplification of nucleic acid
US9651539B2 (en) 2012-10-28 2017-05-16 Quantapore, Inc. Reducing background fluorescence in MEMS materials by low energy ion beam treatment
EP2912468B1 (en) 2012-10-29 2018-09-12 The Johns Hopkins University Papanicolaou test for ovarian and endometrial cancers
EP2914621B1 (en) 2012-11-05 2023-06-07 Foundation Medicine, Inc. Novel ntrk1 fusion molecules and uses thereof
US9776182B2 (en) 2012-11-27 2017-10-03 Gencell Biosystems Ltd. Handling liquid samples
US20150275285A1 (en) * 2012-12-03 2015-10-01 Yilin Zhang Compositions and methods of nucleic acid preparation and analyses
US10533221B2 (en) 2012-12-14 2020-01-14 10X Genomics, Inc. Methods and systems for processing polynucleotides
US9836577B2 (en) 2012-12-14 2017-12-05 Celmatix, Inc. Methods and devices for assessing risk of female infertility
EP3567116A1 (en) 2012-12-14 2019-11-13 10X Genomics, Inc. Methods and systems for processing polynucleotides
EP2746405B1 (en) 2012-12-23 2015-11-04 HS Diagnomics GmbH Methods and primer sets for high throughput PCR sequencing
US9080968B2 (en) 2013-01-04 2015-07-14 Life Technologies Corporation Methods and systems for point of use removal of sacrificial material
US9841398B2 (en) 2013-01-08 2017-12-12 Life Technologies Corporation Methods for manufacturing well structures for low-noise chemical sensors
US9932626B2 (en) 2013-01-15 2018-04-03 Quanterix Corporation Detection of DNA or RNA using single molecule arrays and other techniques
CN105190656B (zh) 2013-01-17 2018-01-16 佩索纳里斯公司 用于遗传分析的方法和系统
CA3150658A1 (en) 2013-01-18 2014-07-24 Foundation Medicine, Inc. Methods of treating cholangiocarcinoma
WO2014116729A2 (en) 2013-01-22 2014-07-31 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Haplotying of hla loci with ultra-deep shotgun sequencing
US8962366B2 (en) 2013-01-28 2015-02-24 Life Technologies Corporation Self-aligned well structures for low-noise chemical sensors
US9411930B2 (en) 2013-02-01 2016-08-09 The Regents Of The University Of California Methods for genome assembly and haplotype phasing
EP3885446A1 (en) 2013-02-01 2021-09-29 The Regents of The University of California Methods for genome assembly and haplotype phasing
KR20230003659A (ko) 2013-02-08 2023-01-06 10엑스 제노믹스, 인크. 폴리뉴클레오티드 바코드 생성
US9512422B2 (en) 2013-02-26 2016-12-06 Illumina, Inc. Gel patterned surfaces
WO2014135669A1 (en) 2013-03-08 2014-09-12 Roche Diagnostics Gmbh Egfr mutation blood testing
US10138509B2 (en) 2013-03-12 2018-11-27 President And Fellows Of Harvard College Method for generating a three-dimensional nucleic acid containing matrix
CN105378108A (zh) 2013-03-13 2016-03-02 雅培分子公司 用于分离核酸的系统和方法
EP3597774A1 (en) 2013-03-13 2020-01-22 Sequenom, Inc. Primers for dna methylation analysis
US8963216B2 (en) 2013-03-13 2015-02-24 Life Technologies Corporation Chemical sensor with sidewall spacer sensor surface
US10443092B2 (en) 2013-03-13 2019-10-15 President And Fellows Of Harvard College Methods of elongating DNA
US8841217B1 (en) 2013-03-13 2014-09-23 Life Technologies Corporation Chemical sensor with protruded sensor surface
EP2971171A4 (en) 2013-03-14 2016-11-02 Abbott Molecular Inc SYSTEMS AND METHODS FOR MULTIPLEX AMPLIFICATION SPECIFIC TO METHYLATION
EP2971159B1 (en) 2013-03-14 2019-05-08 Molecular Loop Biosolutions, LLC Methods for analyzing nucleic acids
US9146248B2 (en) 2013-03-14 2015-09-29 Intelligent Bio-Systems, Inc. Apparatus and methods for purging flow cells in nucleic acid sequencing instruments
US20140296080A1 (en) 2013-03-14 2014-10-02 Life Technologies Corporation Methods, Systems, and Computer Readable Media for Evaluating Variant Likelihood
WO2014152937A1 (en) 2013-03-14 2014-09-25 Ibis Biosciences, Inc. Nucleic acid control panels
US9591268B2 (en) 2013-03-15 2017-03-07 Qiagen Waltham, Inc. Flow cell alignment methods and systems
WO2014151117A1 (en) 2013-03-15 2014-09-25 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Identification and use of circulating nucleic acid tumor markers
CA2905410A1 (en) 2013-03-15 2014-09-25 Abbott Molecular Inc. Systems and methods for detection of genomic copy number changes
WO2014144092A1 (en) 2013-03-15 2014-09-18 Nugen Technologies, Inc. Sequential sequencing
CN105408496A (zh) 2013-03-15 2016-03-16 夸登特健康公司 检测稀有突变和拷贝数变异的系统和方法
WO2014152625A1 (en) 2013-03-15 2014-09-25 Genapsys, Inc. Systems and methods for biological analysis
US9128044B2 (en) 2013-03-15 2015-09-08 Life Technologies Corporation Chemical sensors with consistent sensor surface areas
US10767221B2 (en) 2013-03-15 2020-09-08 Illumina, Inc. Enzyme-linked nucleotides
US20140264472A1 (en) 2013-03-15 2014-09-18 Life Technologies Corporation Chemical sensor with consistent sensor surface areas
US9816088B2 (en) 2013-03-15 2017-11-14 Abvitro Llc Single cell bar-coding for antibody discovery
WO2014151764A2 (en) 2013-03-15 2014-09-25 Veracyte, Inc. Methods and compositions for classification of samples
WO2014149779A1 (en) 2013-03-15 2014-09-25 Life Technologies Corporation Chemical device with thin conductive element
US9116117B2 (en) 2013-03-15 2015-08-25 Life Technologies Corporation Chemical sensor with sidewall sensor surface
US11976329B2 (en) 2013-03-15 2024-05-07 Veracyte, Inc. Methods and systems for detecting usual interstitial pneumonia
DK3611262T3 (da) * 2013-03-15 2021-01-25 Lineage Biosciences Inc Fremgangsmåder til sekvensering af immunrepertoire
US9835585B2 (en) 2013-03-15 2017-12-05 Life Technologies Corporation Chemical sensor with protruded sensor surface
ES2716094T3 (es) 2013-03-15 2019-06-10 Ibis Biosciences Inc Métodos para analizar la contaminación en la secuenciación del ADN
US9708658B2 (en) * 2013-03-19 2017-07-18 New England Biolabs, Inc. Enrichment of target sequences
EP3597772A1 (en) 2013-04-17 2020-01-22 Agency For Science, Technology And Research Method for generating extended sequence reads
EP2986704B1 (en) * 2013-04-19 2019-04-03 Siemens Healthcare Diagnostics Inc. Non-contact micro droplet dispenser
RU2578009C2 (ru) * 2013-05-08 2016-03-20 Закрытое акционерное общество "ЕВРОГЕН" Способ идентификации нативных пар фрагментов днк или рнк, присутствующих в одних и тех же живых клетках
US20140336063A1 (en) 2013-05-09 2014-11-13 Life Technologies Corporation Windowed Sequencing
US10160995B2 (en) 2013-05-13 2018-12-25 Qiagen Waltham, Inc. Analyte enrichment methods and compositions
US9862997B2 (en) 2013-05-24 2018-01-09 Quantapore, Inc. Nanopore-based nucleic acid analysis with mixed FRET detection
EP3005200A2 (en) 2013-06-03 2016-04-13 Good Start Genetics, Inc. Methods and systems for storing sequence read data
EP3003392B1 (en) 2013-06-04 2019-10-23 President and Fellows of Harvard College Rna-guideded transcriptional regulation
US10458942B2 (en) 2013-06-10 2019-10-29 Life Technologies Corporation Chemical sensor array having multiple sensors per well
KR101648252B1 (ko) * 2014-01-28 2016-08-16 연세대학교 산학협력단 염기서열 확인 과정에서 분리된 핵산 단편들을 회수하는 방법
US10526640B2 (en) 2013-06-19 2020-01-07 Industry-Academic Cooperation Foundation, Yonsei University Methods for retrieving sequence-verified nucleic acid fragments and apparatuses for amplifying sequence verified nucleic acid fragments
EP3013983B1 (en) 2013-06-25 2023-02-15 Prognosys Biosciences, Inc. Spatially encoded biological assays using a microfluidic device
IL273519B2 (en) 2013-07-01 2023-04-01 Illumina Inc Surface activation and polymer assembly without a catalyst
US9708657B2 (en) 2013-07-01 2017-07-18 Adaptive Biotechnologies Corp. Method for generating clonotype profiles using sequence tags
ES2628485T3 (es) 2013-07-03 2017-08-03 Illumina, Inc. Secuenciación mediante síntesis ortogonal
US9926597B2 (en) 2013-07-26 2018-03-27 Life Technologies Corporation Control nucleic acid sequences for use in sequencing-by-synthesis and methods for designing the same
SG11201600853UA (en) 2013-08-05 2016-03-30 Twist Bioscience Corp De novo synthesized gene libraries
WO2015021228A1 (en) 2013-08-08 2015-02-12 Illumina, Inc. Fluidic system for reagent delivery to a flow cell
US20150051117A1 (en) * 2013-08-16 2015-02-19 President And Fellows Of Harvard College Assembly of Nucleic Acid Sequences in Emulsions
EP2840148B1 (en) 2013-08-23 2019-04-03 F. Hoffmann-La Roche AG Methods for nucleic acid amplification
EP2848698A1 (en) 2013-08-26 2015-03-18 F. Hoffmann-La Roche AG System and method for automated nucleic acid amplification
US10395758B2 (en) 2013-08-30 2019-08-27 10X Genomics, Inc. Sequencing methods
CN105916689A (zh) 2013-08-30 2016-08-31 Illumina公司 在亲水性或斑驳亲水性表面上的微滴操纵
EP3039161B1 (en) 2013-08-30 2021-10-06 Personalis, Inc. Methods and systems for genomic analysis
CA2959978A1 (en) * 2013-09-24 2015-04-02 The Regents Of The University Of California Encapsulated sensors and sensing systems for bioassays and diagnostics and methods for making and using them
US10262755B2 (en) 2014-04-21 2019-04-16 Natera, Inc. Detecting cancer mutations and aneuploidy in chromosomal segments
US10577655B2 (en) 2013-09-27 2020-03-03 Natera, Inc. Cell free DNA diagnostic testing standards
GB2535066A (en) 2013-10-03 2016-08-10 Personalis Inc Methods for analyzing genotypes
US11901041B2 (en) 2013-10-04 2024-02-13 Bio-Rad Laboratories, Inc. Digital analysis of nucleic acid modification
US10410739B2 (en) 2013-10-04 2019-09-10 Life Technologies Corporation Methods and systems for modeling phasing effects in sequencing using termination chemistry
DK3572527T3 (da) 2013-10-17 2021-08-23 Illumina Inc Fremgangsmåder og præparater til fremstilling af nukleinsyrebiblioteker
EP3058096A1 (en) 2013-10-18 2016-08-24 Good Start Genetics, Inc. Methods for assessing a genomic region of a subject
US10851414B2 (en) 2013-10-18 2020-12-01 Good Start Genetics, Inc. Methods for determining carrier status
US9897986B2 (en) 2013-10-29 2018-02-20 Regal Beloit America, Inc. System and method for enabling a motor controller to communicate using multiple different communication protocols
CN103540672B (zh) * 2013-10-29 2015-04-08 中国科学技术大学 一种亲和核酸分子的快速鉴定和分离方法
WO2015069798A1 (en) * 2013-11-05 2015-05-14 The Regents Of The University Of California Single-cell forensic short tandem repeat typing within microfluidic droplets
JP7451070B2 (ja) 2013-11-07 2024-03-18 ザ ボード オブ トラスティーズ オブ ザ レランド スタンフォード ジュニア ユニバーシティー ヒトミクロビオームおよびその成分の分析のための無細胞核酸
US20160279068A1 (en) 2013-11-08 2016-09-29 President And Fellows Of Harvard College Microparticles, methods for their preparation and use
EP2891722B1 (en) 2013-11-12 2018-10-10 Population Bio, Inc. Methods and compositions for diagnosing, prognosing, and treating endometriosis
EP3068902B1 (en) 2013-11-12 2018-08-29 Life Technologies Corporation System and method for emulsion breaking
CN104630202A (zh) * 2013-11-13 2015-05-20 北京大学 一种能够减小微量核酸物质整体扩增时产生偏倚的扩增方法
US9546399B2 (en) 2013-11-13 2017-01-17 Nugen Technologies, Inc. Compositions and methods for identification of a duplicate sequencing read
WO2015073999A1 (en) 2013-11-18 2015-05-21 Integenx Inc. Cartridges and instruments for sample analysis
EP3628747B1 (en) 2013-12-05 2022-10-05 Centrillion Technology Holdings Corporation Fabrication of patterned arrays
WO2015085268A1 (en) 2013-12-05 2015-06-11 Centrillion Technology Holdings Corporation Modified surfaces
WO2015085274A1 (en) 2013-12-05 2015-06-11 Centrillion Technology Holdings Corporation Methods for sequencing nucleic acids
CA2931533C (en) 2013-12-09 2023-08-08 Illumina, Inc. Methods and compositions for targeted nucleic acid sequencing
WO2015089238A1 (en) * 2013-12-11 2015-06-18 Genapsys, Inc. Systems and methods for biological analysis and computation
EP3080605B1 (en) 2013-12-11 2019-02-20 The Regents of the University of California Method for labeling dna fragments to reconstruct physical linkage and phase
US9944977B2 (en) 2013-12-12 2018-04-17 Raindance Technologies, Inc. Distinguishing rare variations in a nucleic acid sequence from a sample
US9909181B2 (en) 2013-12-13 2018-03-06 Northwestern University Biomarkers for post-traumatic stress states
US9824068B2 (en) 2013-12-16 2017-11-21 10X Genomics, Inc. Methods and apparatus for sorting data
WO2015095355A2 (en) 2013-12-17 2015-06-25 The Brigham And Women's Hospital, Inc. Detection of an antibody against a pathogen
EP3524694B1 (en) 2013-12-28 2020-07-15 Guardant Health, Inc. Methods and systems for detecting genetic variants
WO2015103367A1 (en) 2013-12-31 2015-07-09 Raindance Technologies, Inc. System and method for detection of rna species
US10537889B2 (en) 2013-12-31 2020-01-21 Illumina, Inc. Addressable flow cell using patterned electrodes
WO2015107430A2 (en) 2014-01-16 2015-07-23 Oslo Universitetssykehus Hf Methods and biomarkers for detection and prognosis of cervical cancer
US9587268B2 (en) 2014-01-29 2017-03-07 Agilent Technologies Inc. Fast hybridization for next generation sequencing target enrichment
US9387451B2 (en) * 2014-02-03 2016-07-12 International Business Machines Corporation Flow cell array and uses thereof
CN106029885A (zh) 2014-02-10 2016-10-12 基因细胞生物系统有限公司 复合液体池(clc)介导的核酸文库制备装置及其使用方法
WO2015131107A1 (en) 2014-02-28 2015-09-03 Nugen Technologies, Inc. Reduced representation bisulfite sequencing with diversity adaptors
AU2015227054A1 (en) 2014-03-05 2016-09-22 Adaptive Biotechnologies Corporation Methods using randomer-containing synthetic molecules
EP3736344A1 (en) 2014-03-13 2020-11-11 Sequenom, Inc. Methods and processes for non-invasive assessment of genetic variations
WO2015141649A1 (ja) * 2014-03-20 2015-09-24 ユニバーサル・バイオ・リサーチ株式会社 核酸増幅自動化装置、及び核酸増幅分析自動化装置
US11060139B2 (en) 2014-03-28 2021-07-13 Centrillion Technology Holdings Corporation Methods for sequencing nucleic acids
US11390921B2 (en) 2014-04-01 2022-07-19 Adaptive Biotechnologies Corporation Determining WT-1 specific T cells and WT-1 specific T cell receptors (TCRs)
US10066265B2 (en) 2014-04-01 2018-09-04 Adaptive Biotechnologies Corp. Determining antigen-specific t-cells
US20150284715A1 (en) * 2014-04-07 2015-10-08 Qiagen Gmbh Enrichment Methods
JP6726659B2 (ja) 2014-04-10 2020-07-22 10エックス ジェノミクス, インコーポレイテッド 試薬をカプセル化およびパーティション化するための流体デバイス、システム、および方法、ならびにそれらの応用
WO2015161054A2 (en) 2014-04-18 2015-10-22 Genapsys, Inc. Methods and systems for nucleic acid amplification
RU2717641C2 (ru) 2014-04-21 2020-03-24 Натера, Инк. Обнаружение мутаций и плоидности в хромосомных сегментах
US11053548B2 (en) 2014-05-12 2021-07-06 Good Start Genetics, Inc. Methods for detecting aneuploidy
WO2015179098A1 (en) 2014-05-21 2015-11-26 Integenx Inc. Fluidic cartridge with valve mechanism
US10760109B2 (en) 2014-06-06 2020-09-01 The Regents Of The University Of Michigan Compositions and methods for characterizing and diagnosing periodontal disease
WO2015191877A1 (en) 2014-06-11 2015-12-17 Life Technologies Corporation Systems and methods for substrate enrichment
WO2015191815A1 (en) * 2014-06-13 2015-12-17 Life Technologies Corporation Multiplex nucleic acid amplification
CN105392902B (zh) 2014-06-24 2021-10-29 生物辐射实验室股份有限公司 数字式pcr条码化
CN106575322B (zh) 2014-06-26 2019-06-18 10X基因组学有限公司 核酸序列装配的方法和系统
KR20230070325A (ko) 2014-06-26 2023-05-22 10엑스 제노믹스, 인크. 개별 세포 또는 세포 개체군으로부터 핵산을 분석하는 방법
EP3160654A4 (en) 2014-06-27 2017-11-15 The Regents of The University of California Pcr-activated sorting (pas)
EP3161490B1 (en) 2014-06-27 2019-10-02 Abbott Laboratories Compositions and methods for detecting human pegivirus 2 (hpgv-2)
WO2016007839A1 (en) 2014-07-11 2016-01-14 President And Fellows Of Harvard College Methods for high-throughput labelling and detection of biological features in situ using microscopy
EP3169811A4 (en) 2014-07-17 2017-12-27 Celmatix Inc. Methods and systems for assessing infertility and related pathologies
CA2955771C (en) 2014-07-24 2022-08-30 Abbott Molecular Inc. Compositions and methods for the detection and analysis of mycobacterium tuberculosis
CA2956925C (en) 2014-08-01 2024-02-13 Dovetail Genomics, Llc Tagging nucleic acids for sequence assembly
WO2016022696A1 (en) 2014-08-05 2016-02-11 The Trustees Of Columbia University In The City Of New York Method of isolating aptamers for minimal residual disease detection
GB201413929D0 (en) 2014-08-06 2014-09-17 Geneseque As Method
CA2957633A1 (en) 2014-08-06 2016-02-11 Nugen Technologies, Inc. Digital measurements from targeted sequencing
WO2016025452A1 (en) 2014-08-11 2016-02-18 Luminex Corporation Probes for improved melt discrimination and multiplexing in nucleic acids assays
GB2543728B (en) 2014-08-12 2019-04-17 Nextgen Jane Inc Medical kit and method for processing a biological sample
US10435685B2 (en) 2014-08-19 2019-10-08 Pacific Biosciences Of California, Inc. Compositions and methods for enrichment of nucleic acids
EP3183577B1 (en) 2014-08-21 2020-08-19 Illumina Cambridge Limited Reversible surface functionalization
WO2016036403A1 (en) 2014-09-05 2016-03-10 Population Diagnostics Inc. Methods and compositions for inhibiting and treating neurological conditions
CN107076606A (zh) 2014-09-08 2017-08-18 贝克顿·迪金森公司 用于药物制备系统的输入装置的符合空气动力学的流线型外壳
WO2016040446A1 (en) 2014-09-10 2016-03-17 Good Start Genetics, Inc. Methods for selectively suppressing non-target sequences
CN105400864B (zh) * 2014-09-12 2020-04-14 深圳华大基因股份有限公司 用于基于血液样品构建测序文库的方法及其在确定胎儿遗传异常中的用途
CN106715713B (zh) * 2014-09-12 2020-11-03 深圳华大智造科技有限公司 试剂盒及其在核酸测序中的用途
EP3192869B1 (en) * 2014-09-12 2019-03-27 MGI Tech Co., Ltd. Isolated oligonucleotide and use thereof in nucleic acid sequencing
NZ767927A (en) 2014-09-15 2024-08-30 Abvitro Llc High-throughput nucleotide library sequencing
ES2788692T3 (es) 2014-09-17 2020-10-22 Ibis Biosciences Inc Secuenciación por síntesis usando óptica de lectura por pulsos
CA2960840A1 (en) 2014-09-18 2016-03-24 Illumina, Inc. Methods and systems for analyzing nucleic acid sequencing data
JP2017536087A (ja) 2014-09-24 2017-12-07 グッド スタート ジェネティクス, インコーポレイテッド 遺伝子アッセイのロバストネスを増大させるためのプロセス制御
CN107109472B (zh) 2014-10-10 2021-05-11 昆塔波尔公司 利用互相猝灭的荧光标记物的基于纳米孔的聚合物分析
US10676787B2 (en) 2014-10-13 2020-06-09 Life Technologies Corporation Methods, systems, and computer-readable media for accelerated base calling
WO2016058121A1 (zh) * 2014-10-13 2016-04-21 深圳华大基因科技有限公司 一种核酸片段化方法和序列组合
US10434507B2 (en) 2014-10-22 2019-10-08 The Regents Of The University Of California High definition microdroplet printer
US10690627B2 (en) 2014-10-22 2020-06-23 IntegenX, Inc. Systems and methods for sample preparation, processing and analysis
JP6757316B2 (ja) * 2014-10-24 2020-09-16 クアンタポール, インコーポレイテッド ナノ構造のアレイを使用するポリマーの効率的光学分析
WO2016069886A1 (en) 2014-10-29 2016-05-06 Adaptive Biotechnologies Corporation Highly-multiplexed simultaneous detection of nucleic acids encoding paired adaptive immune receptor heterodimers from many samples
US20160122817A1 (en) 2014-10-29 2016-05-05 10X Genomics, Inc. Methods and compositions for targeted nucleic acid sequencing
EP4026913A1 (en) 2014-10-30 2022-07-13 Personalis, Inc. Methods for using mosaicism in nucleic acids sampled distal to their origin
CA2965578C (en) 2014-10-31 2024-03-19 Illumina Cambridge Limited Polymers and dna copolymer coatings
CN107109320B (zh) * 2014-11-04 2021-08-06 凸版印刷株式会社 核酸导入方法、核酸检测方法、生物体成分解析方法及试剂盒、生物体成分定量用阵列器件
JP7356788B2 (ja) 2014-11-05 2023-10-05 ベラサイト インコーポレイテッド 機械学習および高次元転写データを使用して経気管支生検における特発性肺線維症を診断するシステムおよび方法
US9975122B2 (en) 2014-11-05 2018-05-22 10X Genomics, Inc. Instrument systems for integrated sample processing
CN111024936A (zh) 2014-11-05 2020-04-17 纳迈达斯生物科技中心 用于增强成像的金属复合物
US9828627B2 (en) 2014-11-05 2017-11-28 Illumina Cambridge Limited Reducing DNA damage during sample preparation and sequencing using siderophore chelators
US10246701B2 (en) 2014-11-14 2019-04-02 Adaptive Biotechnologies Corp. Multiplexed digital quantitation of rearranged lymphoid receptors in a complex mixture
US11789906B2 (en) 2014-11-19 2023-10-17 Arc Bio, Llc Systems and methods for genomic manipulations and analysis
CN107208143A (zh) 2014-11-20 2017-09-26 安普里怀斯公司 用于核酸扩增和分析的组合物、方法、系统和试剂盒
US10233490B2 (en) 2014-11-21 2019-03-19 Metabiotech Corporation Methods for assembling and reading nucleic acid sequences from mixed populations
CA2968543C (en) 2014-11-25 2024-04-02 Adaptive Biotechnologies Corporation Characterization of adaptive immune response to vaccination or infection using immune repertoire sequencing
AU2015357573B2 (en) 2014-12-05 2022-04-07 Foundation Medicine, Inc. Multigene analysis of tumor samples
TWI756167B (zh) 2014-12-18 2022-03-01 美商生命技術公司 積體電路裝置、感測器裝置及積體電路
WO2016100895A1 (en) 2014-12-18 2016-06-23 Life Technologies Corporation Calibration panels and methods for designing the same
US10077472B2 (en) 2014-12-18 2018-09-18 Life Technologies Corporation High data rate integrated circuit with power management
TWI684004B (zh) 2014-12-18 2020-02-01 美商生命技術公司 用於使用大規模fet陣列量測分析物之方法及設備
WO2016105199A1 (en) 2014-12-24 2016-06-30 Keygene N.V. Backbone mediated mate pair sequencing
WO2016112073A1 (en) 2015-01-06 2016-07-14 Good Start Genetics, Inc. Screening for structural variants
MX367432B (es) 2015-01-12 2019-08-08 10X Genomics Inc Procesos y sistemas para la preparación de bibliotecas de secuenciación de ácido nucleico y bibliotecas preparadas con estos.
US10650912B2 (en) 2015-01-13 2020-05-12 10X Genomics, Inc. Systems and methods for visualizing structural variation and phasing information
GB201501012D0 (en) * 2015-01-21 2015-03-04 Base4 Innovation Ltd Improved droplet sequencing apparatus and method
US20180013998A1 (en) * 2015-01-30 2018-01-11 Ent. Services Development Corporation Lp Relationship preserving projection of digital objects
GB2548763B (en) 2015-02-02 2021-07-21 Hitachi High Tech Corp Multicolor fluorescence analysis device
WO2016125251A1 (ja) * 2015-02-03 2016-08-11 株式会社日立製作所 単一細胞解析用フローセルデバイス及び単一細胞解析装置
CN115011670A (zh) 2015-02-04 2022-09-06 加利福尼亚大学董事会 通过在离散实体中条形码化对核酸进行测序
US10669304B2 (en) 2015-02-04 2020-06-02 Twist Bioscience Corporation Methods and devices for de novo oligonucleic acid assembly
WO2016126987A1 (en) 2015-02-04 2016-08-11 Twist Bioscience Corporation Compositions and methods for synthetic gene assembly
MX2017010142A (es) 2015-02-09 2017-12-11 10X Genomics Inc Sistemas y metodos para determinar variacion estructural y ajuste de fases con datos de recuperacion de variantes.
US9464318B2 (en) * 2015-02-11 2016-10-11 Paragon Genomics, Inc. Methods and compositions for reducing non-specific amplification products
US10421993B2 (en) 2015-02-11 2019-09-24 Paragon Genomics, Inc. Methods and compositions for reducing non-specific amplification products
CN107250383B (zh) 2015-02-17 2022-09-06 深圳华大智造科技股份有限公司 使用受控的链置换的dna序列测定
EP3259696A1 (en) 2015-02-17 2017-12-27 Dovetail Genomics LLC Nucleic acid sequence assembly
US10641772B2 (en) 2015-02-20 2020-05-05 Takara Bio Usa, Inc. Method for rapid accurate dispensing, visualization and analysis of single cells
EP3262407B1 (en) 2015-02-24 2023-08-30 10X Genomics, Inc. Partition processing methods and systems
EP3936619A1 (en) 2015-02-24 2022-01-12 10X Genomics, Inc. Methods for targeted nucleic acid sequence coverage
EP3262196B1 (en) 2015-02-24 2020-12-09 Adaptive Biotechnologies Corp. Method for determining hla status using immune repertoire sequencing
WO2016149096A1 (en) 2015-03-13 2016-09-22 President And Fellows Of Harvard College Determination of cells using amplification
US9976174B2 (en) 2015-03-24 2018-05-22 Illumina Cambridge Limited Methods, carrier assemblies, and systems for imaging samples for biological or chemical analysis
US11807896B2 (en) 2015-03-26 2023-11-07 Dovetail Genomics, Llc Physical linkage preservation in DNA storage
WO2016160965A1 (en) * 2015-03-30 2016-10-06 Rubicon Genomics, Inc. Methods and compositions for repair of dna ends by multiple enzymatic activities
US20160287152A1 (en) * 2015-03-30 2016-10-06 Verily Life Sciences Llc Functionalized Nanoparticles, Methods and In Vivo Diagnostic System
WO2016161273A1 (en) 2015-04-01 2016-10-06 Adaptive Biotechnologies Corp. Method of identifying human compatible t cell receptors specific for an antigenic target
EP3277840A1 (en) 2015-04-02 2018-02-07 The Jackson Laboratory Method for detecting genomic variations using circularised mate-pair library and shotgun sequencing
DK3530752T3 (da) 2015-04-10 2021-04-26 Spatial Transcriptomics Ab Rumligt adskilt, multipleks nukleinsyreanalyse af biologiske prøver
WO2016172377A1 (en) 2015-04-21 2016-10-27 Twist Bioscience Corporation Devices and methods for oligonucleic acid library synthesis
US11180522B2 (en) 2015-05-08 2021-11-23 Centrillion Technology Holdings Corporation Disulfide-linked reversible terminators
EP3294906B1 (en) 2015-05-11 2024-07-10 Natera, Inc. Methods for determining ploidy
SG11201708689RA (en) 2015-05-11 2017-11-29 Illumina Inc Platform for discovery and analysis of therapeutic agents
CN107969138B (zh) 2015-05-14 2022-04-12 生命科技公司 条形码序列和有关系统与方法
US10640809B2 (en) * 2015-05-29 2020-05-05 Epicentre Technologies Corporation Methods of analyzing nucleic acids
WO2016201111A1 (en) 2015-06-09 2016-12-15 Centrillion Technology Holdings Corporation Methods for sequencing nucleic acids
US10344336B2 (en) 2015-06-09 2019-07-09 Life Technologies Corporation Methods, systems, compositions, kits, apparatus and computer-readable media for molecular tagging
CN107924121B (zh) 2015-07-07 2021-06-08 亿明达股份有限公司 经由纳米压印的选择性表面图案化
WO2017011538A1 (en) 2015-07-14 2017-01-19 Abbott Molecular Inc. Purification of nucleic acids using copper-titanium oxides
CN108184327A (zh) 2015-07-14 2018-06-19 雅培分子公司 用于鉴定耐药性结核的组合物和方法
ES2945607T3 (es) 2015-07-17 2023-07-04 Illumina Inc Láminas de polímero para aplicaciones de secuenciación
US10150994B2 (en) 2015-07-22 2018-12-11 Qiagen Waltham, Inc. Modular flow cells and methods of sequencing
AU2016298541B2 (en) 2015-07-30 2019-10-31 Illumina, Inc. Orthogonal deblocking of nucleotides
JP6946292B2 (ja) 2015-08-06 2021-10-06 エイアールシー バイオ リミテッド ライアビリティ カンパニー ゲノム分析のためのシステムおよび方法
US11286531B2 (en) 2015-08-11 2022-03-29 The Johns Hopkins University Assaying ovarian cyst fluid
WO2017034868A1 (en) 2015-08-24 2017-03-02 Illumina, Inc. In-line pressure accumulator and flow-control system for biological or chemical assays
CN107921432A (zh) 2015-09-02 2018-04-17 伊卢米纳剑桥有限公司 改善流控系统中的液滴操作的系统和方法
US9938572B1 (en) 2015-09-08 2018-04-10 Raindance Technologies, Inc. System and method for forming an emulsion
US10647981B1 (en) 2015-09-08 2020-05-12 Bio-Rad Laboratories, Inc. Nucleic acid library generation methods and compositions
KR20180050411A (ko) 2015-09-18 2018-05-14 트위스트 바이오사이언스 코포레이션 올리고핵산 변이체 라이브러리 및 그의 합성
KR20180058772A (ko) 2015-09-22 2018-06-01 트위스트 바이오사이언스 코포레이션 핵산 합성을 위한 가요성 기판
US10465232B1 (en) 2015-10-08 2019-11-05 Trace Genomics, Inc. Methods for quantifying efficiency of nucleic acid extraction and detection
AU2016338907B2 (en) 2015-10-13 2022-07-07 President And Fellows Of Harvard College Systems and methods for making and using gel microspheres
JP7300831B2 (ja) 2015-10-19 2023-06-30 ダブテイル ゲノミクス エルエルシー ゲノムアセンブリ、ハプロタイプフェージング、および標的に依存しない核酸検出のための方法
CN108474022A (zh) 2015-11-03 2018-08-31 哈佛学院董事及会员团体 用于包含三维核酸的基质容积成像的设备和方法
US11371094B2 (en) 2015-11-19 2022-06-28 10X Genomics, Inc. Systems and methods for nucleic acid processing using degenerate nucleotides
CA3006867A1 (en) 2015-12-01 2017-06-08 Twist Bioscience Corporation Functionalized surfaces and preparation thereof
EP4144861B1 (en) 2015-12-04 2024-09-11 10X Genomics, Inc. Methods and compositions for nucleic acid analysis
WO2017096110A1 (en) * 2015-12-04 2017-06-08 Siemens Healthcare Diagnostics Inc. Method and device for optimizing the process of identification of pathogens
EP3400298B1 (en) 2016-01-08 2024-03-06 Bio-Rad Laboratories, Inc. Multiple beads per droplet resolution
JP2019508669A (ja) 2016-01-11 2019-03-28 イラミーナ インコーポレーテッド マイクロフルオロメータ、流体システム、およびフローセルラッチクランプモジュールを有する検出装置
CN108495938B (zh) * 2016-01-12 2023-07-14 生物辐射实验室股份有限公司 利用相位移区块合成条码化序列及其用途
WO2017123758A1 (en) 2016-01-12 2017-07-20 Seqwell, Inc. Compositions and methods for sequencing nucleic acids
WO2017127670A1 (en) 2016-01-22 2017-07-27 Purdue Research Foundation Charged mass labeling system
JP6685138B2 (ja) 2016-01-27 2020-04-22 シスメックス株式会社 核酸増幅の精度管理方法、精度管理用試薬およびその試薬キット
CN108779442B (zh) 2016-02-08 2022-07-12 瑞尔基因公司 多种连接酶的组合物、系统以及方法
WO2017138984A1 (en) 2016-02-11 2017-08-17 10X Genomics, Inc. Systems, methods, and media for de novo assembly of whole genome sequence data
JP2017143783A (ja) * 2016-02-17 2017-08-24 国立大学法人 筑波大学 並列反応用懸濁液、並列反応方法、スクリーニング方法および検査方法
SG11201807117WA (en) 2016-02-23 2018-09-27 Dovetail Genomics Llc Generation of phased read-sets for genome assembly and haplotype phasing
WO2017155858A1 (en) 2016-03-07 2017-09-14 Insilixa, Inc. Nucleic acid sequence identification using solid-phase cyclic single base extension
CN109477127A (zh) 2016-03-14 2019-03-15 R基因股份有限公司 超热稳定的赖氨酸-突变型ssDNA/RNA连接酶
EP4071250A1 (en) 2016-03-22 2022-10-12 Myriad Women's Health, Inc. Combinatorial dna screening
EP3978627A1 (en) 2016-03-25 2022-04-06 Karius, Inc. Methods using synthetic nucleic acid spike-ins
CN108463287B (zh) 2016-03-28 2021-01-15 亿明达股份有限公司 多平面微阵列
US11355328B2 (en) 2016-04-13 2022-06-07 Purdue Research Foundation Systems and methods for isolating a target ion in an ion trap using a dual frequency waveform
WO2017180909A1 (en) 2016-04-13 2017-10-19 Nextgen Jane, Inc. Sample collection and preservation devices, systems and methods
ITUA20162640A1 (it) * 2016-04-15 2017-10-15 Menarini Silicon Biosystems Spa Metodo e kit per la generazione di librerie di dna per sequenziamento massivo parallelo
CN109415761B (zh) 2016-04-25 2022-09-20 哈佛学院董事及会员团体 用于原位分子检测的杂交链反应方法
CN105821482B (zh) * 2016-04-29 2018-04-10 李星军 一种生化微反应体系、高通量测序的建库仪及应用
US10077459B2 (en) 2016-05-04 2018-09-18 General Electric Company Cell-free protein expression using rolling circle amplification product
US10619205B2 (en) 2016-05-06 2020-04-14 Life Technologies Corporation Combinatorial barcode sequences, and related systems and methods
AU2017263810B2 (en) 2016-05-13 2023-08-17 Dovetail Genomics Llc Recovering long-range linkage information from preserved samples
WO2017197338A1 (en) 2016-05-13 2017-11-16 10X Genomics, Inc. Microfluidic systems and methods of use
AU2017267653B2 (en) 2016-05-18 2021-05-13 Illumina, Inc. Self assembled patterning using patterned Hydrophobic surfaces
US11299783B2 (en) 2016-05-27 2022-04-12 Personalis, Inc. Methods and systems for genetic analysis
WO2017214561A1 (en) 2016-06-10 2017-12-14 Life Technologies Corporation Methods and compositions for nucleic acid amplification
EP3469097B1 (en) * 2016-06-14 2020-02-19 Base4 Innovation Limited Method for the separation of a modified polynucleotide
WO2018013509A1 (en) 2016-07-11 2018-01-18 Arizona Board Of Regents On Behalf Of The University Of Arizona Compositions and methods for diagnosing and treating arrhythmias
CN116397014A (zh) 2016-07-20 2023-07-07 测序健康公司 用于核酸测序的系统和方法
US11460405B2 (en) 2016-07-21 2022-10-04 Takara Bio Usa, Inc. Multi-Z imaging and dispensing with multi-well devices
US11142791B2 (en) 2016-08-10 2021-10-12 The Regents Of The University Of California Combined multiple-displacement amplification and PCR in an emulsion microdroplet
NZ751137A (en) 2016-08-22 2024-07-05 Biolumic Ltd System, device and methods of seed treatment
GB2568444A (en) 2016-08-22 2019-05-15 Twist Bioscience Corp De novo synthesized nucleic acid libraries
WO2018039490A1 (en) 2016-08-24 2018-03-01 Genomedx Biosciences, Inc. Use of genomic signatures to predict responsiveness of patients with prostate cancer to post-operative radiation therapy
JP7057348B2 (ja) 2016-08-31 2022-04-19 プレジデント アンド フェローズ オブ ハーバード カレッジ 蛍光in situ配列決定を用いた単一アッセイに生体分子の検出を組み合わせる方法
MX2019002376A (es) * 2016-08-31 2019-06-20 Harvard College Metodos de amplificacion digital del genoma completo.
WO2018045181A1 (en) 2016-08-31 2018-03-08 President And Fellows Of Harvard College Methods of generating libraries of nucleic acid sequences for detection via fluorescent in situ sequencing
WO2018045162A1 (en) 2016-09-01 2018-03-08 Biogen Ma Inc. Biomarkers predictive of primary progressive multiple sclerosis and uses thereof
WO2018049260A1 (en) * 2016-09-09 2018-03-15 Tl Biolabs Corp . Reusable microarray compositions and methods
EP3516528A4 (en) 2016-09-21 2020-06-24 Twist Bioscience Corporation NUCLEIC ACID BASED DATA STORAGE
US10428325B1 (en) 2016-09-21 2019-10-01 Adaptive Biotechnologies Corporation Identification of antigen-specific B cell receptors
EA201990599A1 (ru) 2016-09-27 2019-10-31 Способ и система для получения и секвенирования библиотеки на основе crispr
WO2018064116A1 (en) 2016-09-28 2018-04-05 Illumina, Inc. Methods and systems for data compression
US11485996B2 (en) 2016-10-04 2022-11-01 Natera, Inc. Methods for characterizing copy number variation using proximity-litigation sequencing
US10190155B2 (en) 2016-10-14 2019-01-29 Nugen Technologies, Inc. Molecular tag attachment and transfer
IL290157B2 (en) 2016-10-14 2023-09-01 Illumina Inc cartridge kit
US11725232B2 (en) 2016-10-31 2023-08-15 The Hong Kong University Of Science And Technology Compositions, methods and kits for detection of genetic variants for alzheimer's disease
US10255990B2 (en) 2016-11-11 2019-04-09 uBiome, Inc. Method and system for fragment assembly and sequence identification
US10011870B2 (en) 2016-12-07 2018-07-03 Natera, Inc. Compositions and methods for identifying nucleic acid molecules
WO2018112426A1 (en) 2016-12-16 2018-06-21 Twist Bioscience Corporation Variant libraries of the immunological synapse and synthesis thereof
WO2018118971A1 (en) 2016-12-19 2018-06-28 Bio-Rad Laboratories, Inc. Droplet tagging contiguity preserved tagmented dna
JP6847499B2 (ja) * 2016-12-20 2021-03-24 エフ.ホフマン−ラ ロシュ アーゲーF. Hoffmann−La Roche Aktiengesellschaft 環状コンセンサスシークエンシングのための一本鎖環状dnaライブラリー
WO2018119301A1 (en) 2016-12-21 2018-06-28 The Regents Of The University Of California Single cell genomic sequencing using hydrogel based droplets
US10011872B1 (en) 2016-12-22 2018-07-03 10X Genomics, Inc. Methods and systems for processing polynucleotides
US10815525B2 (en) 2016-12-22 2020-10-27 10X Genomics, Inc. Methods and systems for processing polynucleotides
US10550429B2 (en) 2016-12-22 2020-02-04 10X Genomics, Inc. Methods and systems for processing polynucleotides
CN110114476B (zh) * 2016-12-27 2024-04-23 青岛华大智造科技有限责任公司 一种基于单荧光染料的测序方法
WO2018129214A1 (en) * 2017-01-04 2018-07-12 Complete Genomics, Inc. Stepwise sequencing by non-labeled reversible terminators or natural nucleotides
GB201704754D0 (en) 2017-01-05 2017-05-10 Illumina Inc Kinetic exclusion amplification of nucleic acid libraries
WO2018132459A1 (en) 2017-01-10 2018-07-19 Paragon Genomics, Inc. Methods and compositions for reducing redundant molecular barcodes created in primer extension reactions
EP3571322B9 (en) 2017-01-20 2023-10-04 VERACYTE SD, Inc. Molecular subtyping, prognosis, and treatment of bladder cancer
CN117512066A (zh) 2017-01-30 2024-02-06 10X基因组学有限公司 用于基于微滴的单细胞条形编码的方法和系统
GB201701689D0 (en) 2017-02-01 2017-03-15 Illumia Inc System and method with fiducials of non-closed shapes
GB201701686D0 (en) 2017-02-01 2017-03-15 Illunina Inc System & method with fiducials having offset layouts
GB201701688D0 (en) 2017-02-01 2017-03-15 Illumia Inc System and method with fiducials in non-recliner layouts
US10240205B2 (en) 2017-02-03 2019-03-26 Population Bio, Inc. Methods for assessing risk of developing a viral disease using a genetic test
US10995333B2 (en) 2017-02-06 2021-05-04 10X Genomics, Inc. Systems and methods for nucleic acid preparation
CA3049139A1 (en) 2017-02-21 2018-08-30 Natera, Inc. Compositions, methods, and kits for isolating nucleic acids
JP2020508661A (ja) 2017-02-22 2020-03-26 ツイスト バイオサイエンス コーポレーション 核酸ベースのデータ保存
GB201703049D0 (en) 2017-02-24 2017-04-12 Univ I Tromsø - Norges Arktiske Univ Single-strand binding protein
EP4218738B1 (en) 2017-02-24 2024-10-16 The Regents of The University of California Particle-drop structures and methods for making and using the same
JP6931540B2 (ja) * 2017-02-27 2021-09-08 シスメックス株式会社 検体処理チップを用いた送液方法、検体処理チップの送液装置
US11873532B2 (en) 2017-03-09 2024-01-16 Decipher Biosciences, Inc. Subtyping prostate cancer to predict response to hormone therapy
WO2018170169A1 (en) 2017-03-15 2018-09-20 Twist Bioscience Corporation Variant libraries of the immunological synapse and synthesis thereof
WO2018175399A1 (en) 2017-03-24 2018-09-27 Bio-Rad Laboratories, Inc. Universal hairpin primers
WO2018187013A1 (en) 2017-04-04 2018-10-11 Omniome, Inc. Fluidic apparatus and methods useful for chemical and biological reactions
WO2018186930A1 (en) * 2017-04-06 2018-10-11 MyOmicsDx, Inc Method and kit for constructing nucleic acid library
US10697008B2 (en) 2017-04-12 2020-06-30 Karius, Inc. Sample preparation methods, systems and compositions
CA3019250A1 (en) 2017-04-14 2019-10-13 President And Fellows Of Harvard College Methods for generation of cell-derived microfilament network
WO2018195091A1 (en) 2017-04-18 2018-10-25 Dovetail Genomics, Llc Nucleic acid characteristics as guides for sequence assembly
US10161003B2 (en) 2017-04-25 2018-12-25 Omniome, Inc. Methods and apparatus that increase sequencing-by-binding efficiency
JP2018183097A (ja) * 2017-04-26 2018-11-22 株式会社エンプラス 細胞由来の解析用液滴の単離方法、および細胞の解析方法
CA3062716A1 (en) 2017-05-12 2018-11-15 Decipher Biosciences, Inc. Genetic signatures to predict prostate cancer metastasis and identify tumor agressiveness
CN106957842B (zh) * 2017-05-15 2020-05-22 青岛安德贝生命科技有限公司 Bac克隆dna的提取方法
WO2018213774A1 (en) 2017-05-19 2018-11-22 10X Genomics, Inc. Systems and methods for analyzing datasets
US10400235B2 (en) 2017-05-26 2019-09-03 10X Genomics, Inc. Single cell analysis of transposase accessible chromatin
EP4230746A3 (en) 2017-05-26 2023-11-01 10X Genomics, Inc. Single cell analysis of transposase accessible chromatin
CN110997934A (zh) * 2017-05-31 2020-04-10 生捷科技控股公司 具有电子检测系统的寡核苷酸探针阵列
JP7315478B2 (ja) 2017-06-08 2023-07-26 ザ ブリガム アンド ウィメンズ ホスピタル インコーポレイテッド エピトープを特定するための方法および組成物
IL271205B1 (en) 2017-06-12 2024-10-01 Twist Bioscience Corp Methods for assembling contiguous nucleic acids
WO2018231864A1 (en) 2017-06-12 2018-12-20 Twist Bioscience Corporation Methods for seamless nucleic acid assembly
US11001885B2 (en) * 2017-06-13 2021-05-11 Personal Genomics Taiwan, Inc. Apparatus for single molecular sequencing and method of sequencing nucleic acid molecules
CN110770356B (zh) 2017-06-20 2024-06-07 生物辐射实验室股份有限公司 使用珠寡核苷酸的mda
EP3642358A1 (en) 2017-06-21 2020-04-29 Bluedot LLC Systems and methods for identification of nucleic acids in a sample
US11217329B1 (en) 2017-06-23 2022-01-04 Veracyte, Inc. Methods and systems for determining biological sample integrity
US11725305B2 (en) * 2017-07-17 2023-08-15 SeqOnce Biosciences, Inc. Rapid library construction for high throughput sequencing
AU2018317826B2 (en) 2017-08-15 2022-11-24 Pacific Biosciences Of California, Inc. Scanning apparatus and methods useful for detection of chemical and biological analytes
WO2019038594A2 (en) 2017-08-21 2019-02-28 Biolumic Limited TRANSGENIC PLANTS WITH HIGH GROWTH AND HIGH RUSTICITY
WO2019040788A1 (en) 2017-08-24 2019-02-28 Takara Bio Usa, Inc. METHODS FOR PRODUCING NUCLEIC ACIDS USING STIMULUS-MODIFIED OLIGONUCLEOTIDES
JP2020536504A (ja) 2017-09-11 2020-12-17 ツイスト バイオサイエンス コーポレーション Gpcr結合タンパク質およびその合成
JP2020536051A (ja) 2017-09-20 2020-12-10 リジェネロン・ファーマシューティカルズ・インコーポレイテッドRegeneron Pharmaceuticals, Inc. 腫瘍が高いパッセンジャー遺伝子変異量を担持する患者の免疫療法剤
CA3076378A1 (en) 2017-09-21 2019-03-28 Genapsys, Inc. Systems and methods for nucleic acid sequencing
WO2019060716A1 (en) 2017-09-25 2019-03-28 Freenome Holdings, Inc. SAMPLE EXTRACTION METHODS AND SYSTEMS
JP2020535951A (ja) * 2017-09-29 2020-12-10 ザ リージェンツ オブ ザ ユニバーシティ オブ カリフォルニア 単分散エマルションを生成する方法
US10837047B2 (en) 2017-10-04 2020-11-17 10X Genomics, Inc. Compositions, methods, and systems for bead formation using improved polymers
EP3691662A4 (en) 2017-10-06 2021-05-12 The University of Chicago T-LYMPHOCYTES SCREENING FOR CANCER-SPECIFIC ANTIGENS
US10501739B2 (en) 2017-10-18 2019-12-10 Mission Bio, Inc. Method, systems and apparatus for single cell analysis
EP3697932A1 (en) 2017-10-19 2020-08-26 Omniome, Inc. Simultaneous background reduction and complex stabilization in binding assay workflows
US11099202B2 (en) 2017-10-20 2021-08-24 Tecan Genomics, Inc. Reagent delivery system
US10894242B2 (en) 2017-10-20 2021-01-19 Twist Bioscience Corporation Heated nanowells for polynucleotide synthesis
WO2019084043A1 (en) 2017-10-26 2019-05-02 10X Genomics, Inc. METHODS AND SYSTEMS FOR NUCLEIC ACID PREPARATION AND CHROMATIN ANALYSIS
WO2019084165A1 (en) 2017-10-27 2019-05-02 10X Genomics, Inc. METHODS AND SYSTEMS FOR SAMPLE PREPARATION AND ANALYSIS
WO2019089959A1 (en) 2017-11-02 2019-05-09 Bio-Rad Laboratories, Inc. Transposase-based genomic analysis
WO2019099751A1 (en) 2017-11-15 2019-05-23 10X Genomics, Inc. Functionalized gel beads
US10829815B2 (en) 2017-11-17 2020-11-10 10X Genomics, Inc. Methods and systems for associating physical and genetic properties of biological particles
AU2018372906A1 (en) 2017-11-22 2020-06-11 The Regents Of The University Of Michigan Compositions and methods for treating cancer
US11427867B2 (en) 2017-11-29 2022-08-30 Xgenomes Corp. Sequencing by emergence
SG11202004649SA (en) 2017-11-29 2020-06-29 Xgenomes Corp Sequencing of nucleic acids by emergence
US11254980B1 (en) 2017-11-29 2022-02-22 Adaptive Biotechnologies Corporation Methods of profiling targeted polynucleotides while mitigating sequencing depth requirements
WO2019108851A1 (en) 2017-11-30 2019-06-06 10X Genomics, Inc. Systems and methods for nucleic acid preparation and analysis
JP2021506342A (ja) 2017-12-14 2021-02-22 ティーエーアイ ダイアグノスティックス インコーポレイテッドTai Diagnostics,Inc. 移植のための移植片適合性の評価
CN111712579B (zh) 2017-12-22 2024-10-15 10X基因组学有限公司 用于处理来自一个或多个细胞的核酸分子的系统和方法
WO2019136058A1 (en) 2018-01-02 2019-07-11 The Regents Of The University Of Michigan Multi-droplet capture
SG11202006460SA (en) 2018-01-04 2020-08-28 Twist Bioscience Corp Dna-based digital information storage
US20190237163A1 (en) 2018-01-12 2019-08-01 Life Technologies Corporation Methods for flow space quality score prediction by neural networks
EP4324962A3 (en) 2018-01-31 2024-05-08 Bio-Rad Laboratories, Inc. Methods and compositions for deconvoluting partition barcodes
EP3746566A1 (en) 2018-01-31 2020-12-09 Dovetail Genomics, LLC Sample prep for dna linkage recovery
SG11202007686VA (en) 2018-02-12 2020-09-29 10X Genomics Inc Methods characterizing multiple analytes from individual cells or cell populations
US11639928B2 (en) 2018-02-22 2023-05-02 10X Genomics, Inc. Methods and systems for characterizing analytes from individual cells or cell populations
CN110184325A (zh) * 2018-02-22 2019-08-30 张家港万众一芯生物科技有限公司 基于微孔阵列芯片的单分子文库pcr扩增的基因测序方法
WO2019169028A1 (en) 2018-02-28 2019-09-06 10X Genomics, Inc. Transcriptome sequencing through random ligation
US12054772B2 (en) * 2018-03-13 2024-08-06 Sarmal, Inc. Methods for single molecule sequencing
CA3095292A1 (en) 2018-04-02 2019-10-10 Progenity, Inc. Methods, systems, and compositions for counting nucleic acid molecules
WO2019195166A1 (en) 2018-04-06 2019-10-10 10X Genomics, Inc. Systems and methods for quality control in single cell processing
EP3553182A1 (en) 2018-04-11 2019-10-16 Université de Bourgogne Detection method of somatic genetic anomalies, combination of capture probes and kit of detection
AU2019251504A1 (en) 2018-04-14 2020-08-13 Natera, Inc. Methods for cancer detection and monitoring by means of personalized detection of circulating tumor DNA
AU2019255987A1 (en) 2018-04-19 2020-12-10 Pacific Biosciences Of California, Inc. Improving accuracy of base calls in nucleic acid sequencing methods
AU2019261218A1 (en) 2018-04-26 2020-11-26 Pacific Biosciences Of California, Inc. Methods and compositions for stabilizing nucleic acid-nucleotide-polymerase complexes
WO2019213619A1 (en) 2018-05-04 2019-11-07 Abbott Laboratories Hbv diagnostic, prognostic, and therapeutic methods and products
CN108588200A (zh) * 2018-05-06 2018-09-28 湖南大地同年生物科技有限公司 一种R-Loop高通量测序文库构建方法
WO2019217758A1 (en) 2018-05-10 2019-11-14 10X Genomics, Inc. Methods and systems for molecular library generation
SG11202011467RA (en) 2018-05-18 2020-12-30 Twist Bioscience Corp Polynucleotides, reagents, and methods for nucleic acid hybridization
US10801064B2 (en) 2018-05-31 2020-10-13 Personalis, Inc. Compositions, methods and systems for processing or analyzing multi-species nucleic acid samples
US11814750B2 (en) 2018-05-31 2023-11-14 Personalis, Inc. Compositions, methods and systems for processing or analyzing multi-species nucleic acid samples
US11180794B2 (en) * 2018-05-31 2021-11-23 Omniome, Inc. Methods and compositions for capping nucleic acids
EP3802874A1 (en) 2018-05-31 2021-04-14 Omniome, Inc. Increased signal to noise in nucleic acid sequencing
US11932899B2 (en) 2018-06-07 2024-03-19 10X Genomics, Inc. Methods and systems for characterizing nucleic acid molecules
US11703427B2 (en) 2018-06-25 2023-07-18 10X Genomics, Inc. Methods and systems for cell and bead processing
US11525159B2 (en) 2018-07-03 2022-12-13 Natera, Inc. Methods for detection of donor-derived cell-free DNA
US11421262B2 (en) 2018-07-24 2022-08-23 Pacific Biosciences Of California, Inc. Serial formation of ternary complex species
US20200032335A1 (en) 2018-07-27 2020-01-30 10X Genomics, Inc. Systems and methods for metabolome analysis
SG11202101934SA (en) 2018-07-30 2021-03-30 Readcoor Llc Methods and systems for sample processing or analysis
EP4177356B1 (en) 2018-08-08 2024-05-08 PML Screening, LLC Methods for assessing risk of developing a viral disease using a genetic test
US12065688B2 (en) 2018-08-20 2024-08-20 10X Genomics, Inc. Compositions and methods for cellular processing
WO2020041293A1 (en) 2018-08-20 2020-02-27 Bio-Rad Laboratories, Inc. Nucleotide sequence generation by barcode bead-colocalization in partitions
US11519033B2 (en) 2018-08-28 2022-12-06 10X Genomics, Inc. Method for transposase-mediated spatial tagging and analyzing genomic DNA in a biological sample
US20220048940A1 (en) 2018-09-28 2022-02-17 Centrillion Technology Holdings Corporation Disulfide-linked reversible terminators
WO2020076976A1 (en) 2018-10-10 2020-04-16 Readcoor, Inc. Three-dimensional spatial molecular indexing
AU2019364418A1 (en) 2018-10-25 2021-04-22 Illumina, Inc. Methods and compositions for identifying ligands on arrays using indexes and barcodes
US20240011086A1 (en) 2018-11-15 2024-01-11 Omniome, Inc. Electronic detection of nucleic acid structure
WO2020112964A1 (en) * 2018-11-29 2020-06-04 Xgenomes Corp. Sequencing by coalascence
GB2578528B (en) 2018-12-04 2021-02-24 Omniome Inc Mixed-phase fluids for nucleic acid sequencing and other analytical assays
KR20210125476A (ko) 2018-12-07 2021-10-18 옥탄트, 인크. 단백질-단백질 상호작용 스크리닝을 위한 시스템
US11459607B1 (en) 2018-12-10 2022-10-04 10X Genomics, Inc. Systems and methods for processing-nucleic acid molecules from a single cell using sequential co-partitioning and composite barcodes
SG11202105441WA (en) 2018-12-13 2021-06-29 Dna Script Direct oligonucleotide synthesis on cells and biomolecules
DK3899037T3 (da) * 2018-12-19 2023-11-06 Illumina Inc Fremgangsmåder til forbedring af polynukleotidklyngeklonalitetsprioritet
EP3899032A2 (en) 2018-12-20 2021-10-27 Omniome, Inc. Temperature control for analysis of nucleic acids and other analytes
CN111378557B (zh) 2018-12-26 2023-06-06 财团法人工业技术研究院 用于产生液珠的管状结构及液珠产生方法
CN109738469A (zh) * 2018-12-29 2019-05-10 赛纳生物科技(北京)有限公司 一种fop表面微坑镀膜的致密性检测方法
WO2020142768A1 (en) 2019-01-04 2020-07-09 Northwestern University Storing temporal data into dna
US11649485B2 (en) 2019-01-06 2023-05-16 10X Genomics, Inc. Generating capture probes for spatial analysis
US11926867B2 (en) 2019-01-06 2024-03-12 10X Genomics, Inc. Generating capture probes for spatial analysis
US11845983B1 (en) 2019-01-09 2023-12-19 10X Genomics, Inc. Methods and systems for multiplexing of droplet based assays
JP2022517963A (ja) 2019-01-10 2022-03-11 アイオバンス バイオセラピューティクス,インコーポレイテッド 養子細胞療法のクローン性及び持続性をモニタリングする系及び方法
WO2020167656A1 (en) * 2019-02-11 2020-08-20 Ultima Genomics, Inc. Methods for nucleic acid analysis
WO2020168013A1 (en) 2019-02-12 2020-08-20 10X Genomics, Inc. Methods for processing nucleic acid molecules
US11851683B1 (en) 2019-02-12 2023-12-26 10X Genomics, Inc. Methods and systems for selective analysis of cellular samples
US11467153B2 (en) 2019-02-12 2022-10-11 10X Genomics, Inc. Methods for processing nucleic acid molecules
WO2020167574A1 (en) 2019-02-14 2020-08-20 Omniome, Inc. Mitigating adverse impacts of detection systems on nucleic acids and other biological analytes
EP3927467A4 (en) 2019-02-20 2022-12-14 Pacific Biosciences of California, Inc. SCANNING APPARATUS AND METHODS FOR DETECTING CHEMICAL OR BIOLOGICAL ANALYTES
US11655499B1 (en) 2019-02-25 2023-05-23 10X Genomics, Inc. Detection of sequence elements in nucleic acid molecules
US11492728B2 (en) 2019-02-26 2022-11-08 Twist Bioscience Corporation Variant nucleic acid libraries for antibody optimization
AU2020229349A1 (en) 2019-02-26 2021-10-14 Twist Bioscience Corporation Variant nucleic acid libraries for GLP1 receptor
SG11202111242PA (en) 2019-03-11 2021-11-29 10X Genomics Inc Systems and methods for processing optically tagged beads
EP3937780A4 (en) 2019-03-14 2022-12-07 InSilixa, Inc. METHODS AND SYSTEMS FOR TIMED FLUORESCENCE-BASED DETECTION
NL2023310B1 (en) 2019-03-21 2020-09-28 Illumina Inc Training data generation for artificial intelligence-based sequencing
NL2023316B1 (en) 2019-03-21 2020-09-28 Illumina Inc Artificial intelligence-based sequencing
WO2020205296A1 (en) 2019-03-21 2020-10-08 Illumina, Inc. Artificial intelligence-based generation of sequencing metadata
NL2023311B9 (en) 2019-03-21 2021-03-12 Illumina Inc Artificial intelligence-based generation of sequencing metadata
NL2023312B1 (en) 2019-03-21 2020-09-28 Illumina Inc Artificial intelligence-based base calling
US11210554B2 (en) 2019-03-21 2021-12-28 Illumina, Inc. Artificial intelligence-based generation of sequencing metadata
NL2023314B1 (en) 2019-03-21 2020-09-28 Illumina Inc Artificial intelligence-based quality scoring
EP3947718A4 (en) 2019-04-02 2022-12-21 Enumera Molecular, Inc. METHODS, SYSTEMS AND COMPOSITIONS FOR COUNTING NUCLEIC ACID MOLECULES
WO2020210544A1 (en) * 2019-04-09 2020-10-15 University Of Washington Systems and methods for providing similarity based retrieval of information stored in dna
CN109853047A (zh) * 2019-04-10 2019-06-07 翌圣生物科技(上海)有限公司 一种基因组dna测序文库快速构建方法及配套试剂盒
MX2021003760A (es) 2019-04-29 2021-09-21 Illumina Inc Identificacion y analisis de muestras microbianas por incubacion rapida y enriquecimiento de acido nucleico.
WO2020227382A1 (en) * 2019-05-08 2020-11-12 Qiagen Sciences, Llc Sequential sequencing methods and compositions
US11593649B2 (en) 2019-05-16 2023-02-28 Illumina, Inc. Base calling using convolutions
EP3973074A4 (en) 2019-05-22 2023-09-06 Mission Bio, Inc. METHOD AND DEVICE FOR SIMULTANEOUS TARGETED SEQUENCING OF DNA, RNA AND PROTEIN
CN113853440A (zh) * 2019-05-22 2021-12-28 牛津纳米孔科技公开有限公司 用于检测细胞内一个或多个dna分子内相互作用的方案
CN114585741A (zh) 2019-05-28 2022-06-03 奥科坦特公司 转录中继系统
WO2020243579A1 (en) 2019-05-30 2020-12-03 10X Genomics, Inc. Methods of detecting spatial heterogeneity of a biological sample
US11644406B2 (en) 2019-06-11 2023-05-09 Pacific Biosciences Of California, Inc. Calibrated focus sensing
CA3144644A1 (en) 2019-06-21 2020-12-24 Twist Bioscience Corporation Barcode-based nucleic acid sequence assembly
AU2020302791A1 (en) 2019-06-27 2022-02-03 Dovetail Genomics, Llc Methods and compositions for proximity ligation
WO2021003255A1 (en) 2019-07-01 2021-01-07 Mission Bio Method and apparatus to normalize quantitative readouts in single-cell experiments
WO2021011803A1 (en) 2019-07-16 2021-01-21 Omniome, Inc. Synthetic nucleic acids having non-natural structures
US10656368B1 (en) 2019-07-24 2020-05-19 Omniome, Inc. Method and system for biological imaging using a wide field objective lens
CN110499361B (zh) * 2019-07-31 2022-11-25 齐鲁工业大学 一种末端碱基流式荧光测序微球的制备方法及应用
CA3147613A1 (en) 2019-08-19 2021-02-25 Chang-Seok Ki Method for detecting chromosomal abnormality by using information about distance between nucleic acid fragments
US11180520B2 (en) 2019-09-10 2021-11-23 Omniome, Inc. Reversible modifications of nucleotides
CN114051535A (zh) 2019-09-20 2022-02-15 Illumina公司 使用索引和条形码在阵列上识别配体的方法和组合物
EP4034566A4 (en) 2019-09-23 2024-01-24 Twist Bioscience Corporation VARIANT NUCLEIC ACID LIBRARIES FOR CRTH2
CN114829626A (zh) 2019-10-10 2022-07-29 1859公司 用于微流体筛选的方法和系统
CN118186063A (zh) * 2019-10-18 2024-06-14 加利福尼亚太平洋生物科学股份有限公司 用于对核酸加帽的方法和组合物
JP2023500054A (ja) 2019-11-07 2023-01-04 オンクセルナ セラピューティクス,インコーポレイテッド 腫瘍微小環境の分類
EP4055185A1 (en) 2019-11-08 2022-09-14 10X Genomics, Inc. Spatially-tagged analyte capture agents for analyte multiplexing
WO2021092433A2 (en) 2019-11-08 2021-05-14 10X Genomics, Inc. Enhancing specificity of analyte binding
CN110951852B (zh) * 2019-11-25 2022-11-25 齐鲁工业大学 单碱基连续延伸流式靶向测序法
WO2021107676A1 (ko) 2019-11-29 2021-06-03 주식회사 녹십자지놈 인공지능 기반 염색체 이상 검출 방법
EP4424843A3 (en) 2019-12-23 2024-09-25 10X Genomics, Inc. Methods for spatial analysis using rna-templated ligation
WO2021133842A1 (en) 2019-12-23 2021-07-01 10X Genomics, Inc. Compositions and methods for using fixed biological samples in partition-based assays
JP2023511279A (ja) 2020-01-13 2023-03-17 フルーエント バイオサイエンシーズ インコーポレイテッド 単一細胞シーケンシング
WO2021146187A1 (en) 2020-01-13 2021-07-22 Fluent Biosciences Inc. Emulsion based drug screening
CA3167719A1 (en) 2020-01-13 2021-07-22 Fluent Biosciences Inc. Methods and systems for single cell gene profiling
US11702693B2 (en) 2020-01-21 2023-07-18 10X Genomics, Inc. Methods for printing cells and generating arrays of barcoded cells
US11732299B2 (en) 2020-01-21 2023-08-22 10X Genomics, Inc. Spatial assays with perturbed cells
US11821035B1 (en) 2020-01-29 2023-11-21 10X Genomics, Inc. Compositions and methods of making gene expression libraries
WO2021152586A1 (en) 2020-01-30 2021-08-05 Yeda Research And Development Co. Ltd. Methods of analyzing microbiome, immunoglobulin profile and physiological state
US12076701B2 (en) 2020-01-31 2024-09-03 10X Genomics, Inc. Capturing oligonucleotides in spatial transcriptomics
US12110541B2 (en) 2020-02-03 2024-10-08 10X Genomics, Inc. Methods for preparing high-resolution spatial arrays
US11898205B2 (en) 2020-02-03 2024-02-13 10X Genomics, Inc. Increasing capture efficiency of spatial assays
US12059674B2 (en) 2020-02-03 2024-08-13 Tecan Genomics, Inc. Reagent storage system
CN115243792A (zh) 2020-02-04 2022-10-25 加利福尼亚太平洋生物科学股份有限公司 流通池及其制造和使用方法
US11732300B2 (en) 2020-02-05 2023-08-22 10X Genomics, Inc. Increasing efficiency of spatial analysis in a biological sample
US12129516B2 (en) 2020-02-07 2024-10-29 10X Genomics, Inc. Quantitative and automated permeabilization performance evaluation for spatial transcriptomics
US11835462B2 (en) 2020-02-11 2023-12-05 10X Genomics, Inc. Methods and compositions for partitioning a biological sample
CN115349128A (zh) 2020-02-13 2022-11-15 齐默尔根公司 宏基因组文库和天然产物发现平台
US20210265018A1 (en) 2020-02-20 2021-08-26 Illumina, Inc. Knowledge Distillation and Gradient Pruning-Based Compression of Artificial Intelligence-Based Base Caller
US11891654B2 (en) 2020-02-24 2024-02-06 10X Genomics, Inc. Methods of making gene expression libraries
US11926863B1 (en) 2020-02-27 2024-03-12 10X Genomics, Inc. Solid state single cell method for analyzing fixed biological cells
US11768175B1 (en) 2020-03-04 2023-09-26 10X Genomics, Inc. Electrophoretic methods for spatial analysis
US11866782B2 (en) 2020-03-16 2024-01-09 Fluent Biosciences Inc. Multi-omic analysis in monodisperse droplets
CN111455469B (zh) * 2020-04-07 2023-08-18 深圳易倍科华生物科技有限公司 一种单链快速建库方法及建库仪器
WO2021214766A1 (en) 2020-04-21 2021-10-28 Yeda Research And Development Co. Ltd. Methods of diagnosing viral infections and vaccines thereto
EP4242325A3 (en) 2020-04-22 2023-10-04 10X Genomics, Inc. Methods for spatial analysis using targeted rna depletion
EP4146822A1 (en) 2020-05-05 2023-03-15 Pacific Biosciences of California, Inc. Compositions and methods for modifying polymerase-nucleic acid complexes
US11188778B1 (en) 2020-05-05 2021-11-30 Illumina, Inc. Equalization-based image processing and spatial crosstalk attenuator
US20230203592A1 (en) 2020-05-05 2023-06-29 Akershus Universitetssykehus Hf Compositions and methods for characterizing bowel cancer
US11851700B1 (en) 2020-05-13 2023-12-26 10X Genomics, Inc. Methods, kits, and compositions for processing extracellular molecules
US10941453B1 (en) 2020-05-20 2021-03-09 Paragon Genomics, Inc. High throughput detection of pathogen RNA in clinical specimens
EP4414459A3 (en) 2020-05-22 2024-09-18 10X Genomics, Inc. Simultaneous spatio-temporal measurement of gene expression and cellular activity
AU2021275906A1 (en) 2020-05-22 2022-12-22 10X Genomics, Inc. Spatial analysis to detect sequence variants
WO2021242834A1 (en) 2020-05-26 2021-12-02 10X Genomics, Inc. Method for resetting an array
CA3179313A1 (en) 2020-05-27 2021-12-02 Gillian Sue Dite Methods of assessing risk of developing a severe response to coronavirus infection
EP4158054A1 (en) 2020-06-02 2023-04-05 10X Genomics, Inc. Spatial transcriptomics for antigen-receptors
WO2021247543A2 (en) 2020-06-02 2021-12-09 10X Genomics, Inc. Nucleic acid library methods
US12031177B1 (en) 2020-06-04 2024-07-09 10X Genomics, Inc. Methods of enhancing spatial resolution of transcripts
EP4162074B1 (en) 2020-06-08 2024-04-24 10X Genomics, Inc. Methods of determining a surgical margin and methods of use thereof
EP4446430A2 (en) 2020-06-10 2024-10-16 10X Genomics, Inc. Methods for determining a location of an analyte in a biological sample
EP4450639A2 (en) 2020-06-25 2024-10-23 10X Genomics, Inc. Spatial analysis of dna methylation
US11981960B1 (en) 2020-07-06 2024-05-14 10X Genomics, Inc. Spatial analysis utilizing degradable hydrogels
US11761038B1 (en) 2020-07-06 2023-09-19 10X Genomics, Inc. Methods for identifying a location of an RNA in a biological sample
US20240279725A1 (en) 2020-07-08 2024-08-22 Roche Sequencing Solutions, Inc. Targeted depletion of non-target library molecules using poison primers during target capture of next-generation sequencing libraries
EP4185301A1 (en) 2020-07-24 2023-05-31 The Regents Of The University Of Michigan Compositions and methods for detecting and treating high grade subtypes of uterine cancer
US11492662B2 (en) * 2020-08-06 2022-11-08 Singular Genomics Systems, Inc. Methods for in situ transcriptomics and proteomics
US11981958B1 (en) 2020-08-20 2024-05-14 10X Genomics, Inc. Methods for spatial analysis using DNA capture
US11926822B1 (en) 2020-09-23 2024-03-12 10X Genomics, Inc. Three-dimensional spatial analysis
WO2022098736A1 (en) * 2020-11-03 2022-05-12 Fluent Biosciences Inc. Methods and systems for detecting pathogenic microbes in a patient
US12084715B1 (en) 2020-11-05 2024-09-10 10X Genomics, Inc. Methods and systems for reducing artifactual antisense products
WO2022104138A1 (en) * 2020-11-14 2022-05-19 Life Technologies Corporation System and method for automated repeat sequencing
US11827935B1 (en) 2020-11-19 2023-11-28 10X Genomics, Inc. Methods for spatial analysis using rolling circle amplification and detection probes
KR20220074088A (ko) 2020-11-27 2022-06-03 주식회사 지씨지놈 인공지능 기반 암 진단 및 암 종 예측방법
AU2021409136A1 (en) 2020-12-21 2023-06-29 10X Genomics, Inc. Methods, compositions, and systems for capturing probes and/or barcodes
EP4277740A1 (en) 2021-01-13 2023-11-22 Pacific Biosciences of California, Inc. Surface structuring with colloidal assembly
WO2022174054A1 (en) 2021-02-13 2022-08-18 The General Hospital Corporation Methods and compositions for in situ macromolecule detection and uses thereof
EP4294571B8 (en) 2021-02-19 2024-07-10 10X Genomics, Inc. Method of using a modular assay support device
WO2022182682A1 (en) 2021-02-23 2022-09-01 10X Genomics, Inc. Probe-based analysis of nucleic acids and proteins
WO2022198068A1 (en) 2021-03-18 2022-09-22 10X Genomics, Inc. Multiplex capture of gene and protein expression from a biological sample
AU2022245985A1 (en) 2021-03-22 2023-09-21 Illumina Cambridge Limited Methods for improving nucleic acid cluster clonality
WO2022208171A1 (en) 2021-03-31 2022-10-06 UCL Business Ltd. Methods for analyte detection
US20220336052A1 (en) * 2021-04-19 2022-10-20 University Of Utah Research Foundation Systems and methods for facilitating rapid genome sequence analysis
KR20220160806A (ko) 2021-05-28 2022-12-06 주식회사 지씨지놈 세포유리 핵산단편 말단 서열 모티프 빈도 및 크기를 이용한 암 진단 및 암 종 예측방법
WO2022256503A1 (en) 2021-06-03 2022-12-08 10X Genomics, Inc. Methods, compositions, kits, and systems for enhancing analyte capture for spatial analysis
EP4355476A1 (en) 2021-06-15 2024-04-24 Illumina, Inc. Hydrogel-free surface functionalization for sequencing
US11859241B2 (en) 2021-06-17 2024-01-02 Element Biosciences, Inc. Compositions and methods for pairwise sequencing
US11236388B1 (en) 2021-06-17 2022-02-01 Element Biosciences, Inc. Compositions and methods for pairwise sequencing
CN113174388B (zh) * 2021-06-28 2021-09-10 中国农业大学 一种功能核酸纳米杆与功能核酸纳米花的制备及形貌转换方法
US11455487B1 (en) 2021-10-26 2022-09-27 Illumina Software, Inc. Intensity extraction and crosstalk attenuation using interpolation and adaptation for base calling
EP4374343A1 (en) 2021-07-19 2024-05-29 Illumina, Inc. Intensity extraction with interpolation and adaptation for base calling
GB202110479D0 (en) 2021-07-21 2021-09-01 Dnae Diagnostics Ltd Compositions, kits and methods for sequencing target polynucleotides
WO2023002203A1 (en) 2021-07-21 2023-01-26 Dnae Diagnostics Limited Method and system comprising a cartridge for sequencing target polynucleotides
GB202110485D0 (en) 2021-07-21 2021-09-01 Dnae Diagnostics Ltd Compositions, kits and methods for sequencing target polynucleotides
CN117813391A (zh) 2021-07-23 2024-04-02 因美纳有限公司 制备用于dna测序的基底表面的方法
EP4388129A2 (en) * 2021-08-20 2024-06-26 Ultima Genomics, Inc. Systems and methods for sample preparation for sequencing
EP4196605A1 (en) 2021-09-01 2023-06-21 10X Genomics, Inc. Methods, compositions, and kits for blocking a capture probe on a spatial array
WO2023049215A1 (en) 2021-09-22 2023-03-30 Illumina, Inc. Compressed state-based base calling
CA3234961A1 (en) 2021-10-20 2023-04-27 Illumina, Inc. Methods for capturing library dna for sequencing
EP4426489A2 (en) * 2021-11-03 2024-09-11 Abbott Laboratories Systems and methods for sample analysis
WO2023108014A1 (en) 2021-12-07 2023-06-15 Luminex Corporation Methods and compositions for nucleic acid analysis
WO2023114190A1 (en) * 2021-12-13 2023-06-22 Cz Biohub Sf, Inc. Single-cell epigenomic profiling using fluidics and hydrogels
WO2023122363A1 (en) 2021-12-23 2023-06-29 Illumina Software, Inc. Dynamic graphical status summaries for nucelotide sequencing
US20230215515A1 (en) 2021-12-23 2023-07-06 Illumina Software, Inc. Facilitating secure execution of external workflows for genomic sequencing diagnostics
KR20240131386A (ko) 2021-12-29 2024-08-30 일루미나, 인코포레이티드 유전체 분석 애플리케이션을 위한 변이 분석 모델 버전 자동 스위칭
WO2023135485A1 (en) 2022-01-13 2023-07-20 Oslo Universitetssykehus Hf Prostate cancer markers and uses thereof
AU2023208743A1 (en) 2022-01-20 2024-01-04 Illumina, Inc. Methods of detecting methylcytosine and hydroxymethylcytosine by sequencing
WO2023152568A2 (en) 2022-02-10 2023-08-17 Oslo Universitetssykehus Hf Compositions and methods for characterizing lung cancer
WO2023175037A2 (en) * 2022-03-15 2023-09-21 Illumina, Inc. Concurrent sequencing of forward and reverse complement strands on separate polynucleotides for methylation detection
US20230343414A1 (en) 2022-03-25 2023-10-26 Illumina, Inc. Sequence-to-sequence base calling
CN114592023B (zh) * 2022-03-31 2023-03-24 杭州优玛达生物科技有限公司 一种细胞裂解自组装多肽复合物、自组装方法、自组装多肽制剂及应用
EP4253550A1 (en) 2022-04-01 2023-10-04 GenCC GmbH 6 Co. KG Method for the manufacture of a viral system, a vector system or any transport system for cancer-specific crispr complexes
US11680293B1 (en) 2022-04-21 2023-06-20 Paragon Genomics, Inc. Methods and compositions for amplifying DNA and generating DNA sequencing results from target-enriched DNA molecules
US12091715B2 (en) 2022-04-21 2024-09-17 Paragon Genomics, Inc. Methods and compositions for reducing base errors of massive parallel sequencing using triseq sequencing
US20230392201A1 (en) 2022-06-06 2023-12-07 Element Biosciences, Inc. Methods for assembling and reading nucleic acid sequences from mixed populations
WO2023239917A1 (en) 2022-06-09 2023-12-14 Illumina, Inc. Dependence of base calling on flow cell tilt
WO2024050450A1 (en) 2022-08-31 2024-03-07 Gigamune, Inc. Engineered enveloped vectors and methods of use thereof
US20240133892A1 (en) 2022-09-27 2024-04-25 Nautilus Subsidiary, Inc. Polypeptide capture, in situ fragmentation and identification
WO2024123733A1 (en) 2022-12-05 2024-06-13 Twist Bioscience Corporation Enzymes for library preparation
WO2024129672A1 (en) 2022-12-12 2024-06-20 The Broad Institute, Inc. Trafficked rnas for assessment of cell-cell connectivity and neuroanatomy
US20240209419A1 (en) 2022-12-14 2024-06-27 Illumina, Inc. Systems and Methods for Capture and Enrichment of Clustered Beads on Flow Cell Substrates
WO2024220475A1 (en) 2023-04-21 2024-10-24 Twist Bioscience Corporation Polymerase variants
CN118086457A (zh) * 2024-02-22 2024-05-28 纳昂达(南京)生物科技有限公司 Dna文库的构建方法及应用

Family Cites Families (235)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US4175054A (en) 1976-11-11 1979-11-20 Petrolite Corporation Use of hydrocarbon polymers in demulsification
US5821058A (en) 1984-01-16 1998-10-13 California Institute Of Technology Automated DNA sequencing technique
US5171534A (en) 1984-01-16 1992-12-15 California Institute Of Technology Automated DNA sequencing technique
US4683195A (en) 1986-01-30 1987-07-28 Cetus Corporation Process for amplifying, detecting, and/or-cloning nucleic acid sequences
US4683202A (en) 1985-03-28 1987-07-28 Cetus Corporation Process for amplifying nucleic acid sequences
US4965188A (en) 1986-08-22 1990-10-23 Cetus Corporation Process for amplifying, detecting, and/or cloning nucleic acid sequences using a thermostable enzyme
US4801529A (en) 1985-06-18 1989-01-31 Brandeis University Methods for isolating mutant microoganisms using microcapsules coated with indicator material
US4863849A (en) 1985-07-18 1989-09-05 New York Medical College Automatable process for sequencing nucleotide
US4811218A (en) 1986-06-02 1989-03-07 Applied Biosystems, Inc. Real time scanning electrophoresis apparatus for DNA sequencing
US5252494A (en) 1986-06-25 1993-10-12 Trustees Of Tufts College Fiber optic sensors, apparatus, and detection methods using controlled release polymers and reagent formulations held within a polymeric reaction matrix
US5254477A (en) 1986-06-25 1993-10-19 Trustees Of Tufts College Flourescence intramolecular energy transfer conjugate compositions and detection methods
US5143853A (en) 1986-06-25 1992-09-01 Trustees Of Tufts College Absorbance modulated fluorescence detection methods and sensors
US4822746A (en) 1986-06-25 1989-04-18 Trustees Of Tufts College Radiative and non-radiative energy transfer and absorbance modulated fluorescence detection methods and sensors
US4994372A (en) 1987-01-14 1991-02-19 President And Fellows Of Harvard College DNA sequencing
US5525464A (en) 1987-04-01 1996-06-11 Hyseq, Inc. Method of sequencing by hybridization of oligonucleotide probes
IL86724A (en) 1987-06-19 1995-01-24 Siska Diagnostics Inc Methods and kits for amplification and testing of nucleic acid sequences
ATE92538T1 (de) 1988-01-21 1993-08-15 Genentech Inc Verstaerkung und nachweis von nukleinsaeuresequenzen.
CA1340807C (en) 1988-02-24 1999-11-02 Lawrence T. Malek Nucleic acid amplification process
GB8810400D0 (en) 1988-05-03 1988-06-08 Southern E Analysing polynucleotide sequences
SE8801070D0 (sv) 1988-03-23 1988-03-23 Pharmacia Ab Method for immobilizing a dna sequence on a solid support
US4971903A (en) 1988-03-25 1990-11-20 Edward Hyman Pyrophosphate-based method and apparatus for sequencing nucleic acids
US5225332A (en) 1988-04-22 1993-07-06 Massachusetts Institute Of Technology Process for manipulation of non-aqueous surrounded microdroplets
EP0411038B1 (en) 1988-04-22 1994-12-28 Massachusetts Institute Of Technology Process for forming and using microdroplets
US5700637A (en) 1988-05-03 1997-12-23 Isis Innovation Limited Apparatus and method for analyzing polynucleotide sequences and method of generating oligonucleotide arrays
US6054270A (en) 1988-05-03 2000-04-25 Oxford Gene Technology Limited Analying polynucleotide sequences
GB8822228D0 (en) 1988-09-21 1988-10-26 Southern E M Support-bound oligonucleotides
US5512439A (en) * 1988-11-21 1996-04-30 Dynal As Oligonucleotide-linked magnetic particles and uses thereof
US4938876A (en) 1989-03-02 1990-07-03 Ohsol Ernest O Method for separating oil and water emulsions
US5629158A (en) * 1989-03-22 1997-05-13 Cemu Bitecknik Ab Solid phase diagnosis of medical conditions
JPH02299598A (ja) 1989-04-14 1990-12-11 Ro Inst For Molecular Genetics & Geneteic Res 微視的サイズの別個の粒子と結合している核酸試料中のごく短い配列の全部または一部のオリゴヌクレチドプローブとのハイブリダイゼーションによる決定法
US5143854A (en) 1989-06-07 1992-09-01 Affymax Technologies N.V. Large scale photolithographic solid phase synthesis of polypeptides and receptor binding screening thereof
US5871928A (en) 1989-06-07 1999-02-16 Fodor; Stephen P. A. Methods for nucleic acid analysis
US5800992A (en) 1989-06-07 1998-09-01 Fodor; Stephen P.A. Method of detecting nucleic acids
US5744101A (en) 1989-06-07 1998-04-28 Affymax Technologies N.V. Photolabile nucleoside protecting groups
US5302509A (en) * 1989-08-14 1994-04-12 Beckman Instruments, Inc. Method for sequencing polynucleotides
US5545522A (en) 1989-09-22 1996-08-13 Van Gelder; Russell N. Process for amplifying a target polynucleotide sequence using a single primer-promoter complex
AU638762B2 (en) 1989-10-05 1993-07-08 Optein Inc Cell-free synthesis and isolation of novel genes and polypeptides
JP3087907B2 (ja) * 1990-02-16 2000-09-18 エフ.ホフマン ― ラ ロシュ アーゲー ポリメラーゼチェイン反応の特異性と簡便性の改良
CA2036946C (en) * 1990-04-06 2001-10-16 Kenneth V. Deugau Indexing linkers
JPH04223A (ja) * 1990-04-16 1992-01-06 Toshiba Corp 無線電話装置、その充電方法および無線電話充電システム
ATE189482T1 (de) 1990-10-11 2000-02-15 Advanced Res & Tech Inst Verfahren und vorrichtung für die fragmentation von biomaterialien
US5506100A (en) * 1990-10-11 1996-04-09 Indiana University Foundation Process and apparatus for fragmenting biomaterials
US5250264A (en) 1991-01-25 1993-10-05 Trustees Of Tufts College Method of making imaging fiber optic sensors to concurrently detect multiple analytes of interest in a fluid sample
US5320814A (en) 1991-01-25 1994-06-14 Trustees Of Tufts College Fiber optic array sensors, apparatus, and methods for concurrently visualizing and chemically detecting multiple analytes of interest in a fluid sample
US5244636A (en) 1991-01-25 1993-09-14 Trustees Of Tufts College Imaging fiber optic array sensors, apparatus, and methods for concurrently detecting multiple analytes of interest in a fluid sample
US5114984A (en) 1991-04-26 1992-05-19 Olin Corporation Process for producing an antimicrobially effective polyurethane
JPH06509473A (ja) 1991-08-10 1994-10-27 メディカル・リサーチ・カウンシル 細胞個体群の処理
US5474796A (en) 1991-09-04 1995-12-12 Protogene Laboratories, Inc. Method and apparatus for conducting an array of chemical reactions on a support surface
WO1993005183A1 (en) * 1991-09-09 1993-03-18 Baylor College Of Medicine Method and device for rapid dna or rna sequencing determination by a base addition sequencing scheme
CZ291877B6 (cs) * 1991-09-24 2003-06-18 Keygene N.V. Způsob amplifikace přinejmenším jednoho restrikčního fragmentu z výchozí DNA a způsob přípravy sestavy amplifikovaných restrikčních fragmentů
US5270170A (en) 1991-10-16 1993-12-14 Affymax Technologies N.V. Peptide library and screening method
WO1993009668A1 (en) 1991-11-22 1993-05-27 Affymax Technology N.V. Combinatorial strategies for polymer synthesis
US5445971A (en) 1992-03-20 1995-08-29 Abbott Laboratories Magnetically assisted binding assays using magnetically labeled binding members
GB9208733D0 (en) 1992-04-22 1992-06-10 Medical Res Council Dna sequencing method
GB9210176D0 (en) 1992-05-12 1992-06-24 Cemu Bioteknik Ab Chemical method
DE4223169C1 (de) 1992-07-10 1993-11-25 Ferring Arzneimittel Gmbh Verfahren zur Mikroverkapselung wasserlöslicher Wirkstoffe
GB9214873D0 (en) * 1992-07-13 1992-08-26 Medical Res Council Process for categorising nucleotide sequence populations
US6114114A (en) 1992-07-17 2000-09-05 Incyte Pharmaceuticals, Inc. Comparative gene transcript analysis
RU2048522C1 (ru) 1992-10-14 1995-11-20 Институт белка РАН Способ размножения нуклеиновых кислот, способ их экспрессии и среда для их осуществления
US5436143A (en) * 1992-12-23 1995-07-25 Hyman; Edward D. Method for enzymatic synthesis of oligonucleotides
US5298741A (en) 1993-01-13 1994-03-29 Trustees Of Tufts College Thin film fiber optic sensor array and apparatus for concurrent viewing and chemical sensing of a sample
IL104384A (en) 1993-01-13 1996-11-14 Yeda Res & Dev Method for screening catalytic non-enzyme polypeptides and proteins
CA2155186A1 (en) 1993-02-01 1994-08-18 Kevin M. Ulmer Methods and apparatus for dna sequencing
US5436149A (en) 1993-02-19 1995-07-25 Barnes; Wayne M. Thermostable DNA polymerase with enhanced thermostability and enhanced length and efficiency of primer extension
US5714320A (en) 1993-04-15 1998-02-03 University Of Rochester Rolling circle synthesis of oligonucleotides and amplification of select randomized circular oligonucleotides
CA2160457A1 (en) 1993-04-19 1994-10-27 Stuart A. Kauffman Random chemistry for the generation of new compounds
CA2160878A1 (en) 1993-04-19 1994-10-27 Sandra Gertrude Mcelligott Encapsulation of nucleic acids with conjugates that facilitate and target cellular uptake and gene expression
GB9315847D0 (en) 1993-07-30 1993-09-15 Isis Innovation Tag reagent and assay method
US5482845A (en) 1993-09-24 1996-01-09 The Trustees Of Columbia University In The City Of New York Method for construction of normalized cDNA libraries
US5429807A (en) 1993-10-28 1995-07-04 Beckman Instruments, Inc. Method and apparatus for creating biopolymer arrays on a solid support surface
ES2176308T3 (es) * 1993-10-28 2002-12-01 Houston Advanced Res Ct Dispositivo de microestructura porosa que permite un flujo.
WO1995011922A1 (en) 1993-10-29 1995-05-04 Affymax Technologies N.V. In vitro peptide and antibody display libraries
GB9401833D0 (en) 1994-02-01 1994-03-30 Isis Innovation Method for discovering ligands
US5834252A (en) 1995-04-18 1998-11-10 Glaxo Group Limited End-complementary polymerase reaction
US5928905A (en) 1995-04-18 1999-07-27 Glaxo Group Limited End-complementary polymerase reaction
EP0804249A2 (en) 1994-03-15 1997-11-05 Brown University Research Foundation Polymeric gene delivery system
EP0812211A4 (en) * 1994-03-18 1998-12-16 Gen Hospital Corp METHODS OF DETECTING ENHANCED POLYMORPHISMS AND RESTRICTION SITE CLIVES
JP2556293B2 (ja) 1994-06-09 1996-11-20 日本電気株式会社 Mos ota
US5512490A (en) 1994-08-11 1996-04-30 Trustees Of Tufts College Optical sensor, optical sensing apparatus, and methods for detecting an analyte of interest using spectral recognition patterns
US6013445A (en) 1996-06-06 2000-01-11 Lynx Therapeutics, Inc. Massively parallel signature sequencing by ligation of encoded adaptors
US5695934A (en) * 1994-10-13 1997-12-09 Lynx Therapeutics, Inc. Massively parallel sequencing of sorted polynucleotides
US5604097A (en) 1994-10-13 1997-02-18 Spectragen, Inc. Methods for sorting polynucleotides using oligonucleotide tags
US5795716A (en) 1994-10-21 1998-08-18 Chee; Mark S. Computer-aided visualization and analysis system for sequence evaluation
FR2726286B1 (fr) 1994-10-28 1997-01-17 Genset Sa Procede d'amplification d'acides nucleiques en phase solide et trousse de reactifs utile pour la mise en oeuvre de ce procede
US5919673A (en) 1995-03-22 1999-07-06 The Scripps Research Institute One-pot enzymatic sulfation process using 3'-phosphoadenosine-5'-phosphosulfate and recycled phosphorylated adenosine intermediates
DE69621507T2 (de) * 1995-03-28 2003-01-09 Japan Science And Technology Corp., Kawaguchi Verfahren zur molekularen Indexierung von Genen unter Verwendung von Restriktionsenzymen
GB9507238D0 (en) 1995-04-07 1995-05-31 Isis Innovation Detecting dna sequence variations
US5750341A (en) 1995-04-17 1998-05-12 Lynx Therapeutics, Inc. DNA sequencing by parallel oligonucleotide extensions
WO1996034112A1 (en) 1995-04-24 1996-10-31 Chromaxome Corp. Methods for generating and screening novel metabolic pathways
US5648245A (en) 1995-05-09 1997-07-15 Carnegie Institution Of Washington Method for constructing an oligonucleotide concatamer library by rolling circle replication
DE19518505A1 (de) * 1995-05-19 1996-11-21 Max Planck Gesellschaft Verfahren zur Genexpressionsanalyse
US5690894A (en) 1995-05-23 1997-11-25 The Regents Of The University Of California High density array fabrication and readout method for a fiber optic biosensor
US5814444A (en) * 1995-06-07 1998-09-29 University Of Washington Methods for making and using single-chromosome amplfication libraries
US5910408A (en) 1995-06-07 1999-06-08 The General Hospital Corporation Catalytic DNA having ligase activity
EP0748860B1 (en) 1995-06-14 2001-08-29 Tonen Corporation Demulsification by microorganisms
US5728529A (en) 1995-06-23 1998-03-17 Baylor College Of Medicine Alternative dye-labeled ribonucleotides, deoxyribonucleotides, and dideoxyribonucleotides for automated DNA analysis
US6200737B1 (en) 1995-08-24 2001-03-13 Trustees Of Tufts College Photodeposition method for fabricating a three-dimensional, patterned polymer microstructure
US5843655A (en) 1995-09-18 1998-12-01 Affymetrix, Inc. Methods for testing oligonucleotide arrays
US5871697A (en) 1995-10-24 1999-02-16 Curagen Corporation Method and apparatus for identifying, classifying, or quantifying DNA sequences in a sample without sequencing
DE19646372C1 (de) 1995-11-11 1997-06-19 Evotec Biosystems Gmbh Genotyp und Phänotyp koppelnde Verbindung
US5962228A (en) 1995-11-17 1999-10-05 Lynx Therapeutics, Inc. DNA extension and analysis with rolling primers
US5780231A (en) 1995-11-17 1998-07-14 Lynx Therapeutics, Inc. DNA extension and analysis with rolling primers
US5854033A (en) 1995-11-21 1998-12-29 Yale University Rolling circle replication reporter systems
AU714486B2 (en) 1995-11-21 2000-01-06 Yale University Unimolecular segment amplification and detection
US5633972A (en) 1995-11-29 1997-05-27 Trustees Of Tufts College Superresolution imaging fiber for subwavelength light energy generation and near-field optical microscopy
US5814524A (en) 1995-12-14 1998-09-29 Trustees Of Tufts College Optical sensor apparatus for far-field viewing and making optical analytical measurements at remote locations
US5851772A (en) 1996-01-29 1998-12-22 University Of Chicago Microchip method for the enrichment of specific DNA sequences
WO1997029211A1 (en) * 1996-02-09 1997-08-14 The Government Of The United States Of America, Represented By The Secretary, Department Of Health And Human Services RESTRICTION DISPLAY (RD-PCR) OF DIFFERENTIALLY EXPRESSED mRNAs
EP0886681A1 (en) * 1996-03-04 1998-12-30 Genetrace Systems, Inc. Methods of screening nucleic acids using mass spectrometry
GB9608540D0 (en) 1996-04-25 1996-07-03 Medical Res Council Isolation of enzymes
US5770637A (en) * 1996-05-01 1998-06-23 Johnson & Johnson Vision Products, Inc. Anti-bacterial, UV absorbable, tinted, metal-chelating polymers
US6022688A (en) * 1996-05-13 2000-02-08 Sequenom, Inc. Method for dissociating biotin complexes
US5846727A (en) 1996-06-06 1998-12-08 Board Of Supervisors Of Louisiana State University And Agricultural & Mechanical College Microsystem for rapid DNA sequencing
WO1997046704A1 (en) * 1996-06-06 1997-12-11 Lynx Therapeutics, Inc. Sequencing by ligation of encoded adaptors
US6083693A (en) 1996-06-14 2000-07-04 Curagen Corporation Identification and comparison of protein-protein interactions that occur in populations
US5916524A (en) 1997-07-23 1999-06-29 Bio-Dot, Inc. Dispensing apparatus having improved dynamic range
US5846721A (en) 1996-09-19 1998-12-08 The Trustees Of Columbia University In The City Of New York Efficient and simpler method to construct normalized cDNA libraries with improved representations of full-length cDNAs
GB9620209D0 (en) 1996-09-27 1996-11-13 Cemu Bioteknik Ab Method of sequencing DNA
EP0915976A2 (en) 1996-09-27 1999-05-19 Icos Corporation Method to identify compounds for disrupting protein/protein interactions
US6124092A (en) 1996-10-04 2000-09-26 The Perkin-Elmer Corporation Multiplex polynucleotide capture methods and compositions
US5900481A (en) 1996-11-06 1999-05-04 Sequenom, Inc. Bead linkers for immobilizing nucleic acids to solid supports
US6133436A (en) 1996-11-06 2000-10-17 Sequenom, Inc. Beads bound to a solid support and to nucleic acids
US6887665B2 (en) 1996-11-14 2005-05-03 Affymetrix, Inc. Methods of array synthesis
DE19648372A1 (de) 1996-11-22 1998-05-28 Serck Como Gmbh Verfahren und Vorrichtung zum Eindampfen von Abwässern
US6395524B2 (en) 1996-11-27 2002-05-28 University Of Washington Thermostable polymerases having altered fidelity and method of identifying and using same
US6310354B1 (en) 1996-12-03 2001-10-30 Erkki Soini Method and a device for monitoring nucleic acid amplification reactions
US6060245A (en) * 1996-12-13 2000-05-09 Stratagene Methods and adaptors for generating specific nucleic acid populations
US20020172965A1 (en) * 1996-12-13 2002-11-21 Arcaris, Inc. Methods for measuring relative amounts of nucleic acids in a complex mixture and retrieval of specific sequences therefrom
GB9626815D0 (en) 1996-12-23 1997-02-12 Cemu Bioteknik Ab Method of sequencing DNA
AU738328B2 (en) 1997-01-21 2001-09-13 General Hospital Corporation, The Selection of proteins using RNA-protein fusions
CA2196496A1 (en) 1997-01-31 1998-07-31 Stephen William Watson Michnick Protein fragment complementation assay for the detection of protein-protein interactions
WO1998033939A1 (fr) 1997-01-31 1998-08-06 Hitachi, Ltd. Procede pour determiner une sequence de base d'acide nucleique et appareil correspondant
WO1998035012A2 (en) 1997-02-12 1998-08-13 Chan Eugene Y Methods and products for analyzing polymers
GB9703369D0 (en) 1997-02-18 1997-04-09 Lindqvist Bjorn H Process
US5994068A (en) * 1997-03-11 1999-11-30 Wisconsin Alumni Research Foundation Nucleic acid indexing
US6023540A (en) 1997-03-14 2000-02-08 Trustees Of Tufts College Fiber optic sensor with encoded microspheres
AU6571598A (en) 1997-03-18 1998-10-12 Chromaxome Corporation Methods for screening compounds using encapsulated cells
US5891477A (en) 1997-03-28 1999-04-06 Biohybrid Technologies, Inc. Non-steroidal anti-inflammatory agents inhibition of fibrotic response to an implanted device
EP0972081B1 (en) * 1997-04-01 2007-06-13 Solexa Ltd. Method of nucleic acid amplification
ATE269908T1 (de) * 1997-04-01 2004-07-15 Manteia S A Methode zur sequenzierung von nukleinsäuren
US6143496A (en) 1997-04-17 2000-11-07 Cytonix Corporation Method of sampling, amplifying and quantifying segment of nucleic acid, polymerase chain reaction assembly having nanoliter-sized sample chambers, and method of filling assembly
US6406845B1 (en) 1997-05-05 2002-06-18 Trustees Of Tuft College Fiber optic biosensor for selectively detecting oligonucleotide species in a mixed fluid sample
AU7206498A (en) * 1997-05-13 1998-12-08 Display Systems Biotech A/S A method to clone mrnas and display of differentially expressed transcripts (dodet)
EP1908832B1 (en) 1997-07-07 2012-12-26 Medical Research Council A method for increasing the concentration of a nucleic acid molecule
JP3610231B2 (ja) * 1997-08-01 2005-01-12 キヤノン株式会社 反応場アレー、反応場アレーの製造方法、反応場アレーを用いた反応方法及び反応場アレーを用いた試料溶液中の物質の定量方法
EP0895083B1 (en) 1997-08-01 2009-09-23 Canon Kabushiki Kaisha Reaction site array, preparation of it, reaction process using it and quantitative determination method of substance in sample solution using it
US5961228A (en) * 1997-08-22 1999-10-05 Paxar Corporation Modular printer
US20010006630A1 (en) 1997-09-02 2001-07-05 Oron Yacoby-Zeevi Introducing a biological material into a patient
US6087099A (en) * 1997-09-08 2000-07-11 Myriad Genetics, Inc. Method for sequencing both strands of a double stranded DNA in a single sequencing reaction
US6475722B1 (en) 1997-12-03 2002-11-05 Curagen Corporation Surface treatments for DNA processing devices
NL1007781C2 (nl) 1997-12-12 1999-06-15 Packard Instr Bv Microtiterplaat.
AU1926899A (en) 1997-12-19 1999-07-12 Affymetrix, Inc. Exploiting genomics in the search for new drugs
EP1042497B1 (en) 1997-12-22 2008-07-16 Hitachi Chemical Co., Ltd. Direct rt-pcr on oligonucleotide-immobilized pcr microplates
KR100280219B1 (ko) * 1998-02-26 2001-04-02 이수빈 삼핵산 반복 서열을 이용한 신경정신 질환의 진단 방법 및 진단 시약
US5882874A (en) 1998-02-27 1999-03-16 The Trustees Of Columbia University In The City Of New York Reciprocal subtraction differential display
US6210910B1 (en) 1998-03-02 2001-04-03 Trustees Of Tufts College Optical fiber biosensor array comprising cell populations confined to microcavities
US6378527B1 (en) 1998-04-08 2002-04-30 Chondros, Inc. Cell-culture and polymer constructs
WO1999055886A1 (en) * 1998-04-24 1999-11-04 Genova Pharmaceuticals Corporation Function-based gene discovery
JP2981547B1 (ja) 1998-07-02 1999-11-22 農林水産省食品総合研究所長 クロスフロー型マイクロチャネル装置及び同装置を用いたエマルションの生成または分離方法
WO2000004139A1 (en) 1998-07-17 2000-01-27 Mirus Corporation Micellar systems
US6210896B1 (en) 1998-08-13 2001-04-03 Us Genomics Molecular motors
US6263286B1 (en) 1998-08-13 2001-07-17 U.S. Genomics, Inc. Methods of analyzing polymers using a spatial network of fluorophores and fluorescence resonance energy transfer
CA2247545C (en) 1998-09-15 2008-12-30 Dynal As Method of isolation of primer extension products with modular oligonucleotides
US6287825B1 (en) * 1998-09-18 2001-09-11 Molecular Staging Inc. Methods for reducing the complexity of DNA sequences
US6203989B1 (en) 1998-09-30 2001-03-20 Affymetrix, Inc. Methods and compositions for amplifying detectable signals in specific binding assays
AR021833A1 (es) 1998-09-30 2002-08-07 Applied Research Systems Metodos de amplificacion y secuenciacion de acido nucleico
AU2595300A (en) * 1998-12-31 2000-07-31 City Of Hope Method for detecting mutations in nucleic acids
GB9900298D0 (en) 1999-01-07 1999-02-24 Medical Res Council Optical sorting method
US20020150909A1 (en) 1999-02-09 2002-10-17 Stuelpnagel John R. Automated information processing in randomly ordered arrays
JP4669614B2 (ja) * 1999-02-22 2011-04-13 ソレクサ・インコーポレイテッド 多型dnaフラグメントおよびその使用
US6255476B1 (en) 1999-02-22 2001-07-03 Pe Corporation (Ny) Methods and compositions for synthesis of labelled oligonucleotides and analogs on solid-supports
AU3174600A (en) * 1999-03-10 2000-09-28 Asm Scientific, Inc. A method for direct nucleic acid sequencing
US6225061B1 (en) 1999-03-10 2001-05-01 Sequenom, Inc. Systems and methods for performing reactions in an unsealed environment
JP2004512807A (ja) * 1999-03-18 2004-04-30 コンプリート ゲノミックス エイエス 可読情報を有するフラグメント鎖のクローニングおよび生成方法
US6506594B1 (en) 1999-03-19 2003-01-14 Cornell Res Foundation Inc Detection of nucleic acid sequence differences using the ligase detection reaction with addressable arrays
GB9907812D0 (en) 1999-04-06 1999-06-02 Medical Biosystems Ltd Sequencing
US6284465B1 (en) * 1999-04-15 2001-09-04 Agilent Technologies, Inc. Apparatus, systems and method for locating nucleic acids bound to surfaces
US6355431B1 (en) * 1999-04-20 2002-03-12 Illumina, Inc. Detection of nucleic acid amplification reactions using bead arrays
EP1196630B2 (en) 1999-04-20 2018-10-17 Illumina, Inc. Detection of nucleic acid reactions on bead arrays
US20030108867A1 (en) 1999-04-20 2003-06-12 Chee Mark S Nucleic acid sequencing using microsphere arrays
US6221653B1 (en) 1999-04-27 2001-04-24 Agilent Technologies, Inc. Method of performing array-based hybridization assays using thermal inkjet deposition of sample fluids
WO2000075373A2 (en) 1999-05-20 2000-12-14 Illumina, Inc. Combinatorial decoding of random nucleic acid arrays
US20020051971A1 (en) 1999-05-21 2002-05-02 John R. Stuelpnagel Use of microfluidic systems in the detection of target analytes using microsphere arrays
US6300070B1 (en) * 1999-06-04 2001-10-09 Mosaic Technologies, Inc. Solid phase methods for amplifying multiple nucleic acids
US6340589B1 (en) 1999-07-23 2002-01-22 Mj Research, Inc. Thin-well microplate and methods of making same
GB9921155D0 (en) 1999-09-08 1999-11-10 Medical Res Council Selection system
US7244559B2 (en) 1999-09-16 2007-07-17 454 Life Sciences Corporation Method of sequencing a nucleic acid
US6274320B1 (en) 1999-09-16 2001-08-14 Curagen Corporation Method of sequencing a nucleic acid
US7211390B2 (en) 1999-09-16 2007-05-01 454 Life Sciences Corporation Method of sequencing a nucleic acid
AU2438501A (en) 1999-12-21 2001-07-03 Government Of The United States Of America, As Represented By The Secretary Of The Navy, The Expression of proteins from amplified, immobilized nucleic acids
CN1500150A (zh) * 1999-12-29 2004-05-26 ��Ĭ���� 在固相载体上扩增和检测多个多核苷酸的方法
EP1248860A2 (en) 2000-01-20 2002-10-16 Rosetta Inpharmatics Inc. Barcoded synthetic lethal screening to identify drug targets
AU2001238067B2 (en) 2000-02-07 2007-01-25 Illumina, Inc. Nucleic acid detection methods using universal priming
US7582420B2 (en) 2001-07-12 2009-09-01 Illumina, Inc. Multiplex nucleic acid reactions
US6714874B1 (en) 2000-03-15 2004-03-30 Applera Corporation Method and system for the assembly of a whole genome using a shot-gun data set
JP3442338B2 (ja) 2000-03-17 2003-09-02 株式会社日立製作所 Dna分析装置、dna塩基配列決定装置、dna塩基配列決定方法、および反応モジュール
CN1189159C (zh) 2000-05-05 2005-02-16 欧莱雅 含水溶性美容活性组分水性核的微胶囊及含其的组合物
US6475736B1 (en) * 2000-05-23 2002-11-05 Variagenics, Inc. Methods for genetic analysis of DNA using biased amplification of polymorphic sites
US6808874B2 (en) 2000-06-13 2004-10-26 Cyclacel Ltd. Methods of monitoring enzyme activity
WO2002012897A2 (en) 2000-08-09 2002-02-14 Illumina, Inc. Automated information processing in randomly ordered arrays
GB0021977D0 (en) 2000-09-07 2000-10-25 Pyrosequencing Ab Method of sequencing DNA
GB0022069D0 (en) * 2000-09-08 2000-10-25 Pyrosequencing Ab Method
GB0022458D0 (en) 2000-09-13 2000-11-01 Medical Res Council Directed evolution method
WO2002027029A2 (en) * 2000-09-27 2002-04-04 Lynx Therapeutics, Inc. Method for determining relative abundance of nucleic acid sequences
US6632610B2 (en) 2000-10-12 2003-10-14 Gensat S.A. Methods of identification and isolation of polynucleotides containing nucleic acid differences
US20020172980A1 (en) * 2000-11-27 2002-11-21 Phan Brigitte Chau Methods for decreasing non-specific binding of beads in dual bead assays including related optical biodiscs and disc drive systems
JP2002257070A (ja) 2001-02-28 2002-09-11 Toyota Industries Corp 真空ポンプにおける軸封構造
US6936264B2 (en) 2001-03-05 2005-08-30 The Procter & Gamble Company Delivery of reactive agents via multiple emulsions for use in shelf stable products
US6996287B1 (en) 2001-04-20 2006-02-07 Adobe Systems, Inc. Method and apparatus for texture cloning
GB0114854D0 (en) 2001-06-18 2001-08-08 Medical Res Council Selective gene amplification
GB0114856D0 (en) 2001-06-18 2001-08-08 Medical Res Council Selection by avidity capture
JP2005520484A (ja) * 2001-07-06 2005-07-14 454 コーポレイション 多孔性フィルターを使用し、独立した並行する化学的微量反応を隔離するための方法
US20030064400A1 (en) 2001-08-24 2003-04-03 Li-Cor, Inc. Microfluidics system for single molecule DNA sequencing
US6956114B2 (en) 2001-10-30 2005-10-18 '454 Corporation Sulfurylase-luciferase fusion proteins and thermostable sulfurylase
US6902921B2 (en) * 2001-10-30 2005-06-07 454 Corporation Sulfurylase-luciferase fusion proteins and thermostable sulfurylase
GB0127564D0 (en) 2001-11-16 2002-01-09 Medical Res Council Emulsion compositions
CN100360722C (zh) 2001-11-21 2008-01-09 艾普勒拉公司 数字化分析
US7198897B2 (en) * 2001-12-19 2007-04-03 Brandeis University Late-PCR
CA2481495C (en) * 2002-04-04 2011-08-30 Biotage Ab Primer extension based method employing nucleotides labelled via cleavable linkers
WO2004083443A1 (en) 2002-12-20 2004-09-30 Caliper Life Sciences, Inc. Single molecule amplification and detection of dna
AU2004206206A1 (en) * 2003-01-15 2004-08-05 Wyeth Novel high throughput method of generating and purifying labeled cRNA targets for gene expression analysis
US7575865B2 (en) 2003-01-29 2009-08-18 454 Life Sciences Corporation Methods of amplifying and sequencing nucleic acids
CA2727850C (en) * 2003-01-29 2013-04-30 454 Corporation Methods of amplifying and sequencing nucleic acids
US8150627B2 (en) 2003-05-15 2012-04-03 Illumina, Inc. Methods and compositions for diagnosing lung cancer with specific DNA methylation patterns
EP2532745B1 (en) * 2003-07-05 2015-09-09 The Johns Hopkins University Method and Compositions for Detection and Enumeration of Genetic Variations
WO2005073410A2 (en) 2004-01-28 2005-08-11 454 Corporation Nucleic acid amplification with continuous flow emulsion
US7682816B2 (en) 2005-04-07 2010-03-23 454 Life Sciences Corporation Thin film coated microwell arrays and methods of using same
US7785862B2 (en) 2005-04-07 2010-08-31 454 Life Sciences Corporation Thin film coated microwell arrays
WO2007145612A1 (en) 2005-06-06 2007-12-21 454 Life Sciences Corporation Paired end sequencing
US8364417B2 (en) 2007-02-15 2013-01-29 454 Life Sciences Corporation System and method to correct out of phase errors in DNA sequencing data by use of a recursive algorithm
ES2626620T3 (es) 2006-02-16 2017-07-25 454 Life Sciences Corporation Sistema y método para corregir errores de extensión de cebadores en datos de secuencias de ácidos nucleicos
AU2007261445B2 (en) 2006-06-19 2013-04-18 The Johns Hopkins University Single-molecule PCR on microparticles in water-in-oil emulsions
US7585865B2 (en) 2006-07-21 2009-09-08 The Penn State Research Foundation Protein kinase C zeta inhibition to treat vascular permeability
US8617816B2 (en) 2007-03-16 2013-12-31 454 Life Sciences, A Roche Company System and method for detection of HIV drug resistant variants
EP3404009B1 (en) 2017-05-16 2019-12-25 Arkema France Method for manufacturing 1,4-bis(4-phenoxybenzoyl)benzene in supersaturation conditions

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