ナンバー変更時の車庫証明発行手数料について

車庫証明を取るのに 承諾書か 駐車場契約の写しと書いてあったので 警察にコピーして持って行ったところ 車庫証明が取れました。 後日内容が変わった事を不動産の方に連絡したところ 今回はいいが次回からは車庫証明発行手数料払ってくださいと言われました。 警察で契約書の写しＯＫでもお金を払って手続きしなければ いけないのでしょうか。 ※車庫証明書発行手数料の費用がかかる事が契約書には 　書いてはありましたが契約書の写し以外で駄目な場合 　発行してもらう書類の費用だと思ってました。