PCR、プライマーとDNA複製について

no.3のお礼のところで書かれていることであっているように思います。 もちろん鋳型は残ります。また鋳型に対して一度伸長した片側に長いtemplateも必ず入っています。 ただprimerで挟まれた領域に比べる量が全然違うので電気泳動して確認したときには目的のモノしか見えないのが普通です。 実験をして片方のprimerの設計を間違ったりすると上からしたまでスメアといって長さの違ういろいろなバンドやバンドにならない滝のようなパターンになりますが、それはprimerで挟まれていないために起きるのが原因のひとつです。 「換言しますと、たとえば片方の５’プライマーから作られたDNAは、なぜ、３’プライマーと同じ塩基配列の部分まで作ったら、複製の過程が終了するのか、という点が疑問です。」 の答えは、 複製が(増幅）が都合良く終わるのではなく、そのふえたものを鋳型にして帰り向き(あなたの言う3'プライマー）で次の鋳型を作るので、今度それを5' primerの鋳型にした場合にはprimerの一までしたその鋳型はないからですね。 疑問ははれましたか？

ちょっと説明不足でしたね 5'-GCATTAGCGT……GTAGTAACCG-3' 3'-CGTAATCGCA……CATCATTGGC-5' の塩基配列のうち 5'-TTAGCGT……GTAGT-3' 3'-AATCGCA……CATCA-5' の部分を増幅したいのだとしたら 5'-TTAGCGT-3'（本当はもっと長いプライマーを設計するが） 5'-ACTAC-3' の２つのプライマーを用意します。 すると一回目のアニーリングでは 5'-TTAGCGT-3' 3'-CGTAATCGCA……CATCATTGGC-5' と 5'-GCATTAGCGT……GTAGTAACCG-3' 3'-CATCA-5' とハイブリし、ここから5'-3'に伸張していきます。 そして 5'-TTAGCGT……GTAGTAACCG-3' 3'-CGTAATCGCA……CATCATTGGC-5' と 5'-GCATTAGCGT……GTAGTAACCG-3' 3'-CGTAATCGCA……CATCA-5' で伸長はとまります。 二回目のアニーリングでは、5'-TTAGCGT-3'は（片方省略） 3'-CGTAATCGCA……CATCATTGGC-5' と3'-CGTAATCGCA……CATCA-5' のどちらかにハイブリすることになります。 この操作を続けていけば、 5'-TTAGCGT……GTAGT-3' 3'-AATCGCA……CATCA-5' という配列が増幅されるわけです。 たぶんどっかの図を見たほうがわかりやすいですが

まず、根本的に勘違いされているようです PCRに使うのは二本の5'プライマーです。3'プライマーは用いません。 ＞５’プライマーから作られたDNAは、なぜ、３’プライマーと同じ塩基配列の部分まで作ったら、複製の過程が終了するのか それはもうこれ以上一本鎖部分がないため複製できないためです。