JP2013066488A - アポリポタンパク質b発現のアンチセンス調節 - Google Patents
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Abstract
【解決手段】アンチセンス化合物、組成物および方法が、アポリポタンパク質Bの発現を調節するために提供される。この組成物は、アポリポタンパク質Bをコードする核酸に対して標的化されたアンチセンス化合物(特に、アンチセンスオリゴヌクレオチド)を含む。本発明の化合物を含む、薬学的組成物および他の組成物もまた提供される。この細胞中のアポリポタンパク質Bの発現を調節する方法がさらに提供される。
【選択図】なし
Description
本発明は、アポリポタンパク質Bの発現を調節するための組成物および方法を提供する。特に、本発明は、アポリポタンパク質Bをコードする核酸と特異的にハイブリダイズし得る化合物(特に、オリゴヌクレオチド)に関する。このような化合物は、アポリポタンパク質Bの発現を調節することが示されている。
本発明は、アポリポタンパク質Bをコードする核酸を標的化して、アポリポタンパク質Bの発現を調節する化合物(特に、アンチセンスオリゴヌクレオチド)に関する。本発明の化合物を含む、薬学的組成物および他の組成物もまた提供される。細胞または組織と、1以上の本発明のアンチセンス化合物または組成物とを接触させる工程を包含する、この細胞中または組織中のアポリポタンパク質Bの発現を調節する方法がさらに提供される。治療有効量または予防有効量の1以上の本発明のアンチセンス化合物または組成物を投与することによる、アポリポタンパク質Bの発現に関連する疾患もしくは状態を有する疑いがあるか、またはこのような疾患もしくは状態になる傾向がある疑いがある動物(特に、ヒト)を処置する方法がさらに提供される。
(a)配列番号3、および
(b)ストリンジェントな条件下で(a)のポリヌクレオチドの相補体にハイブリダイズする、天然に存在する改変体アポリポタンパク質Bをコード化するポリヌクレオチド
からなる群より選択されるポリヌクレオチドによってコードされる。この化合物は、配列番号127〜134、配列番号136、配列番号138〜174、配列番号176〜317、配列番号319〜321、配列番号323〜333、配列番号335〜339、配列番号341〜374、配列番号376〜416、配列番号418〜500、配列番号502〜510、配列番号512〜804、配列番号815、配列番号816、配列番号819〜821、配列番号824、配列番号825、配列番号827、配列番号828、配列番号830、配列番号831、配列番号833〜835、配列番号837〜839、配列番号842、配列番号843、および配列番号845〜854のいずれか1つのうちの少なくとも8個の連続した核酸塩基を含む。
(i)コレステロール粒子酸化;
(ii)血管内皮への単球の結合;
(iii)単球のマクロフェージへの分化;
(iv)酸化した脂質粒子のマクロファージ摂取およびサイトカイン(IL−1、TNF−α、TGF−βが挙げられるが、これらに限定されない)の放出;
(v)線維の線維脂肪障害および炎症の血小板形成;
(vi)血栓をもたらす内皮障害;および
(vii)心筋梗塞または脳卒中をもたらす血栓の危険性を減少させる方法を提供し、その方法はまた、個体に、アポリポタンパク質B発現を阻害するのに十分な量の本発明の化合物を投与する工程を包含する。
(a)ヒトアポリポタンパク質BをコードするmRNAに特異的にハイブリダイズし、かつ100nMの濃度での培養物中の80%コンフルエントなHepG2細胞において、16〜24時間後に少なくとも30%までかまたは少なくとも50%までヒトアポリポタンパク質BをコードするmRNAの発現を阻害する、長さが8〜50個の核酸塩基である非触媒化合物を含む組成物のある量と、肝細胞とを接触させる工程;および
(b)上記肝細胞によるリポタンパク質(a)の分泌を測定する工程
を包含する。
本発明はまた、以下の項目を提供する。
(項目1)
長さが8〜50個の核酸塩基であるアンチセンス化合物であって、該化合物は、配列番号3に示されるようなヌクレオチド2920〜3420と特異的にハイブリダイズし、そして150nMの濃度での培養物中の80%コンフルエントなHepG2細胞において、16〜24時間後に少なくとも30%までヒトアポリポタンパク質BをコードするmRNAの発現を阻害する、アンチセンス化合物。
(項目2)
前記化合物は、配列番号3に示されるヌクレオチド3230〜3288と特異的にハイブリダイズし、そして150nMの濃度での培地物中の80%コンフルエントなHepG2細胞において、16〜24時間後に少なくとも30%までがヒトアポリポタンパク質BをコードするmRNAの発現を阻害する、項目1に記載のアンチセンス化合物。
(項目3)
アンチセンスオリゴヌクレオチドである、項目2に記載のアンチセンス化合物。
(項目4)
前記アンチセンスオリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチド模倣化合物である、項目3に記載のアンチセンス化合物。
(項目5)
長さが12〜30個の核酸塩基である、項目2に記載のアンチセンス化合物。
(項目6)
長さが14〜20個の核酸塩基である、項目5に記載のアンチセンス化合物。
(項目7)
前記オリゴヌクレオチド模倣化合物は、少なくとも1つのホスホロチオエート結合を含む、項目4に記載のアンチセンス化合物。
(項目8)
前記オリゴヌクレオチド模倣化合物は、少なくとも1つの2’−O−メトキシエチル糖部分を含む、項目4に記載のアンチセンス化合物。
(項目9)
前記オリゴヌクレオチド模倣化合物は、少なくとも1つの5−メチルシトシンを含む、項目4に記載のアンチセンス化合物。
(項目10)
前記アンチセンス化合物は、キメラアンチセンス化合物である、項目2に記載のアンチセンス化合物。
(項目11)
前記キメラアンチセンス化合物は、キメラホスホロチオエートアンチセンス化合物である、項目10に記載のアンチセンス化合物。
(項目12)
前記キメラホスホロチオエートアンチセンス化合物は、2’−メトキシエトキシヌクレオチドウイングおよび2’−デオキシヌクレオチドギャップを含む、項目11に記載のアンチセンス化合物。
(項目13)
前記キメラホスホロチオエートアンチセンス化合物は、10個の2’−デオキシヌクレオチドを含む、項目12に記載のアンチセンス化合物。
(項目14)
前記アンチセンス化合物は、150nMの濃度での培養物中の80%コンフルエントなHepG2細胞において、16〜24時間後に少なくとも50%までヒトアポリポタンパク質BをコードするmRNAの発現を阻害する、項目1〜13のいずれか1項に記載のアンチセンス化合物。
(項目15)
少なくとも1つの核酸塩基は、結合体に共有結合されている、項目1〜13のいずれか1項に記載のアンチセンス化合物。
(項目16)
項目1〜13のいずれか1項に記載のアンチセンス化合物と、薬学的に許容可能な担体もしくは希釈剤とを含む、組成物。
(項目17)
コロイド分散系をさらに含む、項目16に記載の組成物。
(項目18)
相補鎖にハイブリダイズされた項目1〜13のいずれか1項に記載のアンチセンス化合物を含む、組成物。
(項目19)
前記アンチセンス化合物の相補鎖へのハイブリダイゼーションは、少なくとも1つの平滑末端を形成する、項目18に記載の組成物。
(項目20)
前記アンチセンス化合物の相補鎖へのハイブリダイゼーションは、2つの平滑末端を形成する、項目19に記載の組成物。
(項目21)
長さが8〜50個の核酸塩基であり、配列番号247の少なくとも8個の連続したヌクレオチドを含む、アンチセンスオリゴヌクレオチド化合物。
(項目22)
前記アンチセンスオリゴヌクレオチド化合物は、配列番号247を含む配列を有する、項目21に記載のアンチセンスオリゴヌクレオチド化合物。
(項目23)
長さが12〜30個の核酸塩基である、項目22に記載のアンチセンスオリゴヌクレオチド化合物。
(項目24)
長さが14〜20個の核酸塩基である、項目23に記載のアンチセンスオリゴヌクレオチド化合物。
(項目25)
前記アンチセンスオリゴヌクレオチド化合物は、配列番号247からなる配列を有する、項目24に記載のアンチセンスオリゴヌクレオチド化合物。
(項目26)
前記アンチセンスオリゴヌクレオチド化合物は、オリゴヌクレオチド模倣化合物である、項目25に記載のアンチセンスオリゴヌクレオチド化合物。
(項目27)
前記オリゴヌクレオチド模倣化合物は、キメラホスホロチオエートオリゴヌクレオチド化合物である、項目26に記載のアンチセンスオリゴヌクレオチド化合物。
(項目28)
前記キメラホスホロチオエートオリゴヌクレオチド化合物は、2’−メトキシエトキシヌクレオチドウイングおよび2’−デオキシヌクレオチドギャップを含む、項目27に記載のアンチセンスオリゴヌクレオチド化合物。
(項目29)
前記キメラホスホロチオエートオリゴヌクレオチド化合物は、10個の2’−デオキシヌクレオチドを含む、項目28に記載のアンチセンスオリゴヌクレオチド化合物。
(項目30)
少なくとも1つのオリゴヌクレオチドは、結合体に共有結合されている、項目21〜29のいずれか1項に記載のアンチセンスオリゴヌクレオチド化合物。
(項目31)
項目21〜29のいずれか1項に記載のアンチセンスオリゴヌクレオチド化合物と、薬学的に許容可能な担体もしくは希釈剤とを含む、組成物。
(項目32)
コロイド分散系をさらに含む、項目31に記載の組成物。
(項目33)
相補鎖にハイブリダイズされた項目22〜29のいずれか1項に記載のオリゴヌクレオチド化合物を含む、組成物。
(項目34)
前記オリゴヌクレオチド化合物の相補鎖へのハイブリダイゼーションは、少なくとも1つの平滑末端を形成する、項目33に記載の組成物。
(項目35)
前記オリゴヌクレオチド化合物の相補鎖へのハイブリダイゼーションは、2つの平滑末端を形成する、項目34に記載の組成物。
(項目36)
細胞または組織中でのアポリポタンパク質Bの発現を阻害する方法であって、該細胞または組織を、アポリポタンパク質Bの発現が阻害されるような条件下で、項目2に記載の化合物と接触させる工程を包含する、方法。
(項目37)
細胞または組織中でのアポリポタンパク質Bの発現を阻害する方法であって、該細胞または組織を、アポリポタンパク質Bの発現が阻害されるような条件下で、項目21に記載の化合物と接触させる工程を包含する、方法。
(項目38)
前記細胞または組織は、インビボで接触される、項目36または項目37に記載の方法。(項目39)
前記接触させる工程は、前記化合物を動物に投与する工程を包含する、項目38に記載の方法。
(項目40)
前記動物はヒトである、項目39に記載の方法。
(項目41)
前記ヒトは、アポリポタンパク質Bの発現に関連する疾患または状態を有し、治療有効量または予防有効量の前記化合物が投与される、項目40に記載の方法。
(項目42)
前記ヒトは、脂質代謝異常に関連する状態を有する、項目41に記載の方法。
(項目43)
前記ヒトは、コレステロール代謝異常に関連する状態を有する、項目41に記載の方法。
(項目44)
前記ヒトは、心疾患を有する、項目41に記載の方法。
(項目45)
前記心疾患は、アテローム性動脈硬化症である、項目44に記載の方法。
(項目46)
前記ヒトは、アポリポタンパク質Bの発現に関連する代謝異常状態を有する、項目41に記載の方法。
(項目47)
前記代謝異常状態は、高脂血症である、項目46に記載の方法。
(項目48)
前記ヒトは、糖尿病を有する、項目41に記載の方法。
(項目49)
前記ヒトは、肥満である、項目41に記載の方法。
(項目50)
有効量の前記化合物は、アポリポタンパク質Bの発現に関連する疾患または状態を予防するために投与される、項目40に記載の方法。
(項目51)
有効量の前記化合物は、アポリポタンパク質Bの発現に関連する疾患または状態を遅延させるために投与される、項目40に記載の方法。
(項目52)
動物におけるグルコースレベルの上昇開始を予防または遅延させる方法であって、治療有効量または予防有効量の項目1に記載の化合物を、該動物に投与する工程を包含する、
方法。
(項目53)
動物におけるグルコースレベルの上昇開始を予防または遅延させる方法であって、治療有効量または予防有効量の項目22に記載の化合物を、該動物に投与する工程を包含する、方法。
(項目54)
前記動物は、ヒトである、項目52または項目53に記載の方法。
(項目55)
前記グルコースレベルは、血清グルコースレベルまたは血漿グルコースレベルである、項目54に記載の方法。
(項目56)
動物における血清コレステロールレベルを調節する方法であって、治療有効量または予防有効量の項目1または21に記載の化合物を、該動物に投与する工程を包含する、方法。
(項目57)
前記動物は、ヒトである、項目56に記載の方法。
(項目58)
動物におけるリポタンパク質レベルを調節する方法であって、治療有効量または予防有効量の項目1に記載の化合物を、該動物に投与する工程を包含する、方法。
(項目59)
動物におけるリポタンパク質レベルを調節する方法であって、治療有効量または予防有効量の項目22に記載の化合物を、該動物に投与する工程を包含する、方法。
(項目60)
前記動物は、ヒトである、項目58または項目59に記載の方法。
(項目61)
前記リポタンパク質は、VLDLである、項目60に記載の方法。
(項目62)
前記リポタンパク質は、HDLである、項目60に記載の方法。
(項目63)
前記リポタンパク質は、LDLである、項目60に記載の方法。
(項目64)
前記化合物は、静脈投与される、項目39、52、53、56、58および59のいずれか1項に記載の方法。
(項目65)
前記化合物は、皮下投与される、項目39、52、53、56、58および59のいずれか1項に記載の方法。
(項目66)
配列番号247に示される核酸塩基配列を有し、かつ核酸塩基2、3、5、9、12、15、17、19および20に5−メチルシチジンを含む、長さが20個の核酸塩基であるアンチセンスオリゴヌクレオチド化合物であって、ここで、各ヌクレオチド間結合はフォスフォチオエート結合であり、核酸塩基1〜5および16〜20は、2’−メトキシエトキシル修飾を含み、そして核酸塩基6〜15はデオキシヌクレオチドである、アンチセンスオリゴヌクレオチド化合物。
(項目67)
少なくとも1つのオリゴヌクレオチドは、結合体に共有結合されている、項目66に記載のアンチセンスオリゴヌクレオチド化合物。
(項目68)
項目66に記載のアンチセンスオリゴヌクレオチド化合物と、薬学的に許容可能な担体もしくは希釈剤とを含む、組成物。
(項目69)
コロイド分散系をさらに含む、項目68に記載の組成物。
(項目70)
相補鎖にハイブリダイズされた項目66に記載のアンチセンスオリゴヌクレオチド化合物を含む、組成物。
(項目71)
細胞または組織においてアポリポタンパク質Bの発現を阻害する方法であって、該細胞または組織を、アポリポタンパク質Bの発現が阻害されるように、項目66に記載の化合物と接触させる工程を包含する、方法。
(項目72)
前記細胞または組織は、インビボで接触される、項目71に記載の方法。
(項目73)
前記接触させる工程は、前記化合物を動物に投与する工程を包含する、項目72に記載の方法。
(項目74)
前記動物はヒトである、項目73に記載の方法。
(項目75)
前記ヒトは、アポリポタンパク質Bの発現に関連する疾患または状態を有し、そして治療有効量または予防有効量の前記化合物が投与される、項目74に記載の方法。
(項目76)
前記ヒトは、脂質代謝異常に関連する状態を有する、項目75に記載の方法。
(項目77)
前記ヒトは、コレステロール代謝異常に関連する状態を有する、項目75に記載の方法。
(項目78)
前記ヒトは、心疾患を有する、項目75に記載の方法。
(項目79)
前記心疾患は、アテローム性動脈硬化症である、項目78に記載の方法。
(項目80)
前記ヒトは、アポリポタンパク質Bの発現に関連する代謝異常状態を有する、項目75に記載の方法。
(項目81)
前記代謝異常状態は、高脂血症である、項目80に記載の方法。
(項目82)
前記ヒトは、糖尿病を有する、項目75に記載の方法。
(項目83)
前記ヒトは、肥満である、項目75に記載の方法。
(項目84)
有効量の前記化合物は、アポリポタンパク質Bの発現に関連する疾患または状態を予防するために投与される、項目74に記載の方法。
(項目85)
有効量の前記化合物は、アポリポタンパク質Bの発現に関連する疾患または状態を遅延させるために投与される、項目74に記載の方法。
(項目86)
動物におけるグルコースレベルの上昇開始を予防または遅延させる方法であって、治療有効量または予防有効量の項目66に記載の化合物を、該動物に投与する工程を包含する、方法。
(項目87)
グルコースレベルは、血清グルコースレベルである、項目86に記載の方法。
(項目88)
グルコースレベルは、血漿グルコースレベルである、項目86に記載の方法。
(項目89)
ヒトにおける血清コレステロールレベルを調節する方法であって、治療有効量または予防有効量の項目66に記載の化合物を、該ヒトに投与する工程を包含する、方法。
(項目90)
ヒトにおけるリポタンパク質レベルを調節する方法であって、治療有効量または予防有効量の項目66に記載の化合物を、該ヒトに投与する工程を包含する、方法。
(項目91)
前記リポタンパク質は、VLDLである、項目90に記載の方法。
(項目92)
前記リポタンパク質は、HDLである、項目90に記載の方法。
(項目93)
前記リポタンパク質は、LDLである、項目90に記載の方法。
(項目94)
前記化合物は、静脈投与される、項目73〜93のいずれか1項に記載の方法。
(項目95)
前記化合物は、皮下投与される、項目73〜93のいずれか1項に記載の方法。
(項目96)
前記化合物は、経口投与される、項目73〜93のいずれか1項に記載の方法。
(項目97)
項目1〜15、項目21〜30、および項目66〜67のいずれか1項に記載の化合物を含む、キット。
(項目98)
第2の核酸塩基鎖にハイブリダイズされた第1の核酸塩基鎖を含む化合物であって、各鎖は長さが8〜50個の核酸塩基であり、該第1の核酸塩基鎖は、配列番号3に示される配列の少なくとも8個の連続した核酸塩基の配列を含み、該第2の核酸塩基鎖は、安定したハイブリダイゼーションを可能にするように該第1の鎖に対して十分に相補的な配列を含み、該化合物は、100nMの濃度での培養物中の80%コンフルエントなHepG2細胞において、16〜24時間後に少なくとも30%までヒトアポリポタンパク質BをコードするmRNAの発現を阻害する、化合物。
(項目99)
前記第1の鎖は、配列番号3に示される配列の12〜30個の連続した核酸塩基の配列を含む、項目98に記載の化合物。
(項目100)
前記第1の鎖は、配列番号3に示された配列の20個の連続した核酸塩基の配列を含む、項目98に記載の化合物。
(項目101)
前記第2の鎖は、配列番号3に示された配列の少なくとも8個の連続した核酸塩基に対して完全に相補的な配列を含む、項目98、99または100に記載の化合物。
(項目102)
前記第2の鎖は、配列番号3に示される配列の12〜30個の連続した核酸塩基に対して完全に相補的な配列を含む、項目101に記載の化合物。
(項目103)
前記第2の核酸塩基鎖は、配列番号3に示される配列の20個の連続した核酸塩基に対して完全に相補的な配列を含む、項目101に記載の化合物。
(項目104)
少なくとも1つの鎖は、RNAを含む、項目98〜103のいずれかに記載の化合物。
(項目105)
少なくとも1つの鎖は、1つまたはそれ以上のデオキシヌクレオシドを含む、項目98〜104のいずれかに記載の化合物。
(項目106)
前記ハイブリダイズした鎖は、少なくとも1つの突出末端を形成する、項目98〜105のいずれかに記載の化合物。
(項目107)
前記突出末端は、少なくとも1つの修飾塩基を含む、項目106に記載の化合物。
(項目108)
前記化合物は、150nMの濃度での培養物中の80%コンフルエントなHepG2細胞において、少なくとも16〜24時間後に、少なくとも50%までヒトアポリポタンパク質BをコードするmRNAの発現を阻害する、項目98〜107のいずれかに記載の化合物。
(項目109)
項目98〜項目108のいずれかに記載の化合物を含む、ベシクル。
(項目110)
前記ベシクルは、リポソームである、項目109に記載のベシクル。
(項目111)
項目98〜108のいずれか1項に記載の化合物と、薬学的に許容可能な担体もしくは希釈剤とを含む、組成物。
(項目112)
コロイド分散系をさらに含む、項目111に記載の組成物。
(項目113)
細胞または組織におけるアポリポタンパク質Bの発現を阻害する方法であって、該細胞または組織を、アポリポタンパク質Bの発現が阻害されるような条件下で、項目98〜108のいずれか1項に記載の化合物と接触させる工程を包含する、方法。
(項目114)
前記細胞または組織はインビボで接触される、項目113に記載の方法。
(項目115)
前記接触させる工程は、前記化合物を動物に投与する工程を包含する、項目114に記載の方法。
(項目116)
前記動物はヒトである、項目115に記載の方法。
(項目117)
前記ヒトは、アポリポタンパク質Bの発現に関連する疾患または状態をし、そして治療有効量または予防有効量の前記化合物が投与される、項目116に記載の方法。
(項目118)
前記状態は、脂質代謝異常に関連する、項目117に記載の方法。
(項目119)
前記状態は、コレステロール代謝異常に関連する、項目117に記載の方法。
(項目120)
前記状態は、心疾患である、項目117に記載の方法。
(項目121)
前記心疾患は、アテローム性動脈硬化症である、項目120に記載の方法。
(項目122)
前記状態は、アポリポタンパク質Bの発現に関連する代謝異常状態である、項目117に記載の方法。
(項目123)
前記アポリポタンパク質のB発現に関連する代謝異常状態は、高脂血症である、項目122に記載の方法。
(項目124)
前記状態は、糖尿病である、項目117に記載の方法。
(項目125)
前記状態は、肥満である、項目117に記載の方法。
(項目126)
有効量の前記化合物は、アポリポタンパク質Bの発現に関連する状態を予防するために投与される、項目116に記載の方法。
(項目127)
有効量の前記化合物は、アポリポタンパク質Bの発現に関連する状態を遅延させるために投与される、項目126に記載の方法。
(項目128)
肝細胞によるリポタンパク質(a)分泌を減少させる方法であって、以下:
(a)該肝細胞を、ヒトアポリポタンパク質BをコードするmRNAと特異的なハイブリダイズし、かつ150nMの濃度での培養物中の80%コンフルエントなHepG2細胞において、16〜24時間後に、少なくとも30%まで該mRNAの発現を阻害する、長さが8〜50個の核酸塩基である非触媒化合物を含む組成物のある量と接触させる工程であって、ここで、該量は、該肝細胞におけるアポリポタンパク質Bの発現を阻害するのに有効である、工程;および
(b)該肝細胞によるリポタンパク質(a)分泌を測定する工程
を包含する、方法。
(項目129)
前記非触媒化合物は、配列番号3に示されるヌクレオチド3230〜3288と特異的にハイブリダイズする、項目128に記載の方法。
(項目130)
前記非触媒化合物は、配列番号247に示される核酸塩基の配列を含む、項目129に記載の方法。
(項目131)
前記非触媒化合物は、アンチセンスオリゴヌクレオチド模倣物である、項目128〜130のいずれかに記載の方法。
(項目132)
霊長類におけるアポリポタンパク質Bに関連する状態を処置する方法であって、ヒトアポリポタンパク質BをコードするmRNAと特異的なハイブリダイズし、かつ150nMの濃度での培養中の80%コンフルエントなHepG2細胞において、16〜24時間後に、少なくとも30%まで該mRNAの発現を阻害する、長さが8〜50個の核酸塩基である非触媒化合物の治療有効量または予防有効量を、該霊長類に投与する工程を包含する、方法。
(項目133)
前記霊長類は、ヒトである、項目132に記載の方法。
(項目134)
前記状態は、脂質代謝異常、コレステロール代謝異常、心疾患、高脂血症、糖尿病および肥満からなる群より選択される、項目133に記載の方法。
(項目135)
動物の肝臓におけるアポリポタンパク質Bの発現を減少させる方法であって、150nMの濃度での培養中の80%コンフルエントなHepG2細胞において、少なくとも30%までアポリポタンパク質BをコードするmRNAと特異的にハイブリダイズする長さが8〜50個の核酸塩基である非触媒化合物を、2mg/kgと20mg/kgとの間の量で、該動物に投与する工程を包含する、方法。
(項目136)
前記化合物は、皮下投与される、項目135に記載の方法。
(項目137)
前記化合物は、静脈投与される、項目135に記載の方法。
(項目138)
前記化合物は、経口投与される、項目135に記載の方法。
(項目139)
前記動物への投与は、繰り返される、項目135〜138のいずれか1項に記載の方法。(項目140)
前記動物は、ヒトである、項目135〜139のいずれか1項に記載の方法。
(項目141)
医薬の製造における、項目1〜15、項目21〜30、項目66〜67、および項目98〜108のいずれか1項に記載の化合物の使用。
(項目142)
脂質代謝を変化させるための医薬における、項目1〜15、項目21〜30、項目66〜67、および項目98〜108のいずれか1項に記載の化合物の使用。
(項目143)
アポリポタンパク質Bの発現に関連する疾患または状態に対する医薬における、項目1〜15、項目21〜30、項目66〜67、および項目98〜108のいずれか1項に記載の化合物の使用。
(項目144)
項目98〜108のいずれか1項に記載の化合物を作製する方法であって、インビトロで第1の核酸塩基鎖を第2の核酸塩基鎖に特異的にハイブリダイズさせる工程を含み、該第1の核酸塩基鎖は配列番号3に示される配列の少なくとも8個の連続する核酸塩基の配列を含み、該第2の核酸塩基鎖は安定したハイブリダイゼーションを可能にするように該第1の鎖に対して十分に相補的な配列を含む、方法。
本発明は、アポリポタンパク質Bをコードする核酸分子の機能を調節する際に、最終的には、産生されるアポリポタンパク質Bの量を調節するために、オリゴマー化合物(特に、アンチセンスオリゴヌクレオチド)を用いる。これは、アポリポタンパク質Bをコードする1以上の核酸に特異的にハイブリダイズするアンチセンス化合物を提供することによって達成される。本明細書中で使用される場合、用語「標的核酸」および「アポリポタンパク質Bをコードする核酸」は、アポリポタンパク質BをコードするDNA、このようなDNAから転写されたRNA(プレ−mRNAおよびmRNAを包含する)、およびこのようなRNAから誘導されたcDNAもまた包含する。オリゴマー化合物の、その標的核酸との特異的ハイブリダイゼーションは、その核酸の正常な機能を妨害する。標的核酸に特異的にハイブリダイズする化合物による標的核酸の機能のこの調節は、一般に、「アンチセンス」といわれる。妨害されるべきDNAの機能としては、複製および転写が挙げられる。妨害されるべきRNAの機能としては、生命維持に必要な全ての機能(例えば、タンパク質翻訳部位へのRNAのトランスロケーション、RNAからのタンパク質の翻訳、1以上のmRNA種を生じるRNAスプライシング、およびRNAに関与し得るかまたはRNAによって促進され得る触媒活性など)が挙げられる。標的核酸機能のこのような妨害の全体的効果は、アポリポタンパク質Bの発現調節である。本発明に関連しては、「調節」とは、遺伝子発現の増大(刺激)または減少(阻害)のいずれかを意味する。本発明に関連しては、阻害は、遺伝子発現の好ましい調節形態であり、そしてmRNAが好ましい標的である。
本発明の組成物は、エマルジョンとして調製および処方され得る。エマルジョンは、代表的には、通常直径0.1μmを越える液滴の形態で別の液体中に分散される、ある液体の不均一系である。(Idson、Pharmaceutical Dosage Forms,Lieberman,RiegerおよびBanker(編),1988,Marcel Dekker,Inc.,New York,N.Y.,1巻、199頁;Rosoff,Pharmaceutical Dosage Forms,Lieberman,RiegerおよびBanker(編),1988,Marcel Dekker,Inc.,New York,N.Y.,1巻、245頁;Block、Pharmaceutical Dosage Forms,Lieberman,RiegerおよびBanker(編),1988,Marcel Dekker,Inc.,New York,N.Y.,2巻、335頁;Higuchiら、Remington’s Pharmaceutical Sciences,Mack Publishing Co.,Easton,PA,1985,301頁)。エマルジョンは、しばしば、互いで完全に混合および分散された2つの不混和性の液体相で構成される二相系である。一般的に、エマルジョンは、油中水(w/o)または水中油(o/w)種のいずれかであり得る。水相が、大量の油相に細かく分割され、そして微細な液滴として分散される場合、生じた組成物は、油中水(w/o)エマルジョンと呼ばれる。あるいは、油相が、大量の水相に細かく分割され、そして微細な液滴として分散される場合、生じた組成物は、水中油(o/w)エマルジョンと呼ばれる。エマルジョンは、分散された相および活性薬物(これは、水相、油相中で、またはそれ自体が別の相としてのいずれかで、溶液として存在し得る)に加えて、さらなる成分を含み得る。乳化剤、安定剤、色素、および抗酸化剤のような薬学的賦形剤もまた、必要に応じて、エマルジョン中に存在し得る。薬学的エマルジョンはまた、(例えば、油中水中油(o/w/o)エマルジョンおよび例えば、水中油中水(w/o/w)エマルジョンの場合のような)2つより多くの相で構成される複合エマルジョンであり得る。このような複雑な処方物は、しばしば単純な2成分のエマルジョンが成さない特定の利点を提供する。o/wエマルジョンの個々の油滴が、小さい水滴を囲む複合エマルジョンは、w/o/wエマルジョンを構成する。同様に、油の連続中に安定化された水の小球中に囲まれた油滴の系は、o/w/oエマルジョンを提供する。
マイクロエマルジョンの他に、薬物の処方物のために研究され、かつ用いられている、多くの組織化された界面活性剤構造がある。これらは、単層、ミセル、二重層およびビヒクルを含む。リポソームのようなビヒクルは、薬物送達の観点からそれらが提供する、それらの特異性および持続期間のため、大きな興味を引き付ける。本発明で用いられるとき、用語「リポソーム」は、球状二重層または二重層中に配列された両親媒性脂質で構成されるビヒクルを意味する。
1つの実施形態では、本発明は、種々の透過エンハンサーを採用し、動物の皮膚に、核酸、特にオリゴヌクレオチドの効率的な送達を行う。大部分の薬物は、イオン化形態および非イオン化形態の両方で存在する。しかし、通常、脂質可溶性または親油性薬物のみが容易に細胞膜を横切る。横切られるべき膜が透過エンハンサーで処理される場合、非親油性薬物でさえ、細胞膜を横切り得ることが発見された。細胞膜を横切る非親油性薬物の拡散を補助することに加え、透過エンハンサーはまた、親油性薬物の透過性を増大する。
キレート剤:本発明に関して使用される場合、キレート剤は、金属イオンと錯体を形成することによって溶液から金属イオンを除去し、その結果、粘膜を介するオリゴヌクレオチドの吸収が促進される化合物として定義され得る。本発明における浸透増強剤としてのそれらの使用に関して、キレート剤は、DNaseインヒビターとしても作用するというさらなる利点を有する。なぜなら、最も特徴付けられたDNAヌクレアーゼは、触媒のために二価の金属イオンを必要とし、従って、キレート剤によって阻害されるからである(Jarrett、J.Chromatogr.、1993、618、315−339)。本発明のキレート剤としては、以下が挙げられるが、これらに限定されない:エチレンジアミン四酢酸(EDTA)二ナトリウム、クエン酸、サリチレート(例えば、サリチル酸ナトリウム、5−メトキシサリチレートおよびホモバニレート(homovanilate))、コラーゲンのN−アシル誘導体、ラウレス(laureth)−9およびβ−ジケトンのN−アミノアシル誘導体(エナミン)(Leeら、Critical Reviews in Therapeutic Drug Carrier Systems、1991、92頁;Muranishi,Critical Reviews in Therapeutic Drug Carrier Systems、1990、7、1−33;Buurら、J.Control Rel.、1990、14、43−51)。
本発明の特定の組成物はまた、処方物中にキャリア化合物を含む。本明細書中で使用される場合、「キャリア化合物」または「キャリア」とは、核酸またはそれらのアナログをいい得、これは、不活性(すなわち、それ自体生物活性を有さない)であるが、例えば、生物学的に活性な核酸を分解すること、または循環から生物学的に活性な核酸を除去することを促進することによって、生物学的活性を有する核酸のバイオアベイラビリティーを減少させるインビボプロセスにより、核酸として認識される。核酸とキャリア化合物との同時投与(典型的に、後者の物質過剰である)は、おそらく、共通のレセプターについてのキャリア化合物と核酸との間の競合に起因して、肝臓、腎臓または他の体外循環レザバにおいて回収される核酸の量の実質的な減少を生じ得る。例えば、肝臓組織における部分的なホスホロチオエートオリゴヌクレオチドの回収は、ポリイノシン酸、硫酸デキストラン、ポリシチジン酸または4−アセトアミド−4’イソチオシアノ−スチルベン−2,2’−ジスルホン酸と同時投与される場合に減少され得る(Miyaoら、Antisense Res.Dev.、1995、5、115−121;Takakuraら、Antisense & Nucl.Acid Drug Dev.、1996、6、177−183)。
キャリア化合物とは対照的に、「薬物学的キャリア」または「賦形剤」は、薬学的に受容可能な溶媒、懸濁剤または動物に1つ以上の核酸を送達するための他の任意の薬物学的に不活性なビヒクルである。賦形剤は、液体でも固体でもよく、核酸と所定の薬学的組成物の他の成分とが組み合わされる場合、所望のバルク、粘稠度などが提供されるように考慮して計画された投与様式によって選択され得る。代表的な薬学的キャリアとしては、以下が挙げられるが、これらに限定されない:結合剤(例えば、予めゼラチン化したトウモロコシデンプン、ポリビニルピロリドンまたはヒドロキシプロピルメチルセルロースなど);充填剤(例えば、ラクトースおよび他の糖、微結晶性セルロース、ペクチン、ゼラチン、硫酸カルシウム、エチルセルロース、ポリアクリレートまたはリン酸水素カルシウムなど);滑沢剤(例えば、ステアリン酸マグネシウム、タルク、シリカ、コロイド状二酸化ケイ素、ステアリン酸、ステアリン酸金属、水素化植物油、トウモロコシデンプン、ポリエチレングリコール、安息香酸ナトリウム、酢酸ナトリウムなど);崩壊剤(例えば、デンプン、デンプングリコール酸ナトリウムなど);および湿潤剤(例えば、ラウリル硫酸ナトリウムなど)。
本発明の化合物はまた、拍動性送達によって投与され得る。「拍動性送達」とは、浸透増強剤と組み合わせた薬物の第1のパルスと浸透増強剤の第2のパルスを送達して、浸透増強剤の第1のパルスでの放出の際に吸収されない薬物の吸収を促進する薬学的処方物をいう。
(a)上記薬物と浸透増強剤とを含有するキャリア粒子の第1の集団であって、上記薬物および上記浸透増強剤は、腸の第1の位置において放出される、第1の集団;ならびに
(b)浸透増強剤と遅延放出コーティングもしくはマトリクスとを含有するキャリア粒子の第2の集団であって、浸透増強剤が第1の位置よりも下流にある腸の第2の位置において放出され、それによって、薬物が第2の位置に到達する場合に、薬物の吸収を増強する、第2の集団
を含む。
本発明の組成物は、薬学的組成物中に慣習的に見出される他のアジュバント成分を、当該分野で確立された使用レベルでさらに含み得る。したがって、例えば、組成物は、さらなる適合性の薬学的に活性な物質(例えば、かゆみ止め、収れん薬、局所麻酔剤または抗炎症剤)を含み得るか、あるいは本発明の組成物の、種々の投薬形態を生理学的に処方することにおいて有用なさらなる物質(例えば、色素、矯味剤、保存剤、酸化防止剤、乳白剤、増粘剤および安定剤)を含み得る。しかし、このような材料は、添加される場合に、本発明の組成物の成分の生物学的活性を過度に阻害するべきではない。これらの処方物は、安定化され得、そして所望される場合、処方物の核酸と有害に相互作用しない補助剤(例えば、滑沢剤、保存剤、安定剤、湿潤剤、乳化剤、浸透圧に影響する塩、緩衝剤、着色料、矯味物質および/または芳香物質など)と混合され得る。
本発明はまた、併用療法の方法も提供し、この方法において、1種以上の本発明の化合物および1種以上の他の治療/予防用化合物が投与されて、本明細書中に記載されるような状態および/または疾患状態を処置する。種々の局面において、本発明の化合物および治療/予防用化合物は、混合物として同時に投与されるか、または別々に投与される。1つの局面において、投与経路は、本発明の化合物および治療/予防用化合物について同じであるが、別の局面において、本発明の化合物および治療/予防用化合物は、異なる投与経路によって投与される。1つの実施形態において、本発明の化合物および治療/予防用化合物の投薬量は、別々に投与される場合に、各化合物について治療有効もしくは予防有効な量である。あるいは、併用投与は、別々に投与される場合の治療効果もしくは予防効果を達成するために必要とされるよりも低い投薬量の使用を可能にし、そして、このような方法は、化合物の用量を減らすことの1種以上の副作用を減らすことにおいて有用である。
別の局面において、本発明の化合物を、体内の特定の組織、器官または位置に標的化するための方法が提供される。例示的な標的としては、肝臓、肺、腎臓、心臓および血管内のアテローム性動脈硬化プラークが挙げられる。化合物を標的化する方法は、当該分野で周知である。
(オリゴヌクレオチド合成のためのヌクレオシドホスホルアミダイト)
(デオキシアミダイトおよび2’−アルコキシアミダイト)
2’−デオキシβ−シアノエチルジイソプロピルホスホルアミダイトおよび2’−メトキシβ−シアノエチルジイソプロピルホスホルアミダイトを、業者(例えば、Chemgenes,Needham,MA、またはGlen Research,Inc.、Sterling,Va.)から購入した。他の2’−O−アルコキシ置換されたヌクレオシドアミダイトを、米国特許第5,506,351号(本明細書中に参考として援用される)に記載されたように調製する。2’−アルコキシアミダイトを使用して合成されたオリゴヌクレオチドについて、テトラゾールおよび塩基のパルス送達後の待ち工程を360秒まで長くしたことを除いて、非改変オリゴヌクレオチドについての標準的なサイクルを利用した。
(2’−フルオロデオキシアデノシンアミダイト)
2’−フルオロオリゴヌクレオチドを、以前に記載されるように[Kawasakiら,J.Med.Chem.,1993,36,831−841および米国特許第5,670,633号(本明細書中に参考として援用される)]合成した。簡潔には、保護ヌクレオシドN6−ベンゾイル−2’−デオキシ−2’−フルオロアデノシンを、文献の手順を改変し、それによりこの2’−α−フルオロ原子を2’−β−トリチル基のSN2−置換により導入することによって、出発物質として市販の9−β−D−アラビノフラノシルアデニンを利用して合成した。従って、N6−ベンゾイル−9−β−D−アラビノフラノシルアデニンを、3’,5’−ジテトラヒドロピラニル(THP)中間体として、中程度の収量において選択的に保護した。THP基およびN6−ベンゾイル基の脱保護を、標準的な方法論を使用して達成し、そして標準的な方法を使用して、5’−ジメトキシトリチル(DMT)中間体および5’−DMT−3’−ホスホルアミダイト中間体を得た。
2’−デオキシ−2’−フルオログアノシンの合成を、テトライソプロピルジシロキサニル(TPDS)保護9−β−D−アラビノフラノシルグアニンを出発物質として使用して、その中間体ジイソブチリルアラビノフラノシルグアノシンへの変換により達成した。TPDS基の脱保護の次に、そのヒドロキシル基をTHPで保護して、ジイソブチリルジ−THP保護アラビノフラノシルグアニンを得た。選択的O−脱アシル化およびトリフレート化(triflation)の次に、フッ素で粗製生成物を処理し、次いで、THP基の脱保護を行った。
2’−デオキシ−2’−フルオロウリジンの合成を、文献の手順の改変によって達成した。この手順において、2,2’−無水−1−β−D−アラビノフラノシルウラシルを、70% フッ化水素−ピリジンで処理した。標準的な手順を使用して、その5’−DMTホスホルアミダイトおよび5’−DMT−3’ホスホルアミダイトを得た。
2’−デオキシ−2’−フルオロシチジンを、2’−デオキシ−2’−フルオロウリジンのアミノ化を介して合成し、続いて、選択的に保護して、N4−ベンゾイル−2’−デオキシ−2’−フルオロシチジンを得た。標準的な手順を使用して、その5’−DMTホスホルアミダイトおよび5’−DMT−3’ホスホルアミダイトを得た。
2’−O−メトキシエチル置換ヌクレオシドアミダイトを以下のように調製するか、または代わりに、Martin,P.,Helvetica Chimica Acta,1995,78,486−504の方法に従って調製する。
5−メチルウリジン(Yamasa,Choshi,Japanから市販されるリボシルチミン)(72.0g、0.279M)、ジフェニルカーボネート(90.0g、0.420M)および重炭酸ナトリウム(2.0g、0.024M)をDMF(300mL)に添加した。この混合物を、攪拌しながら加熱して還流し、発生した二酸化炭素ガスを制御された様式にて放出させた。1時間後、わずかに色が濃くなった溶液を、減圧下で濃縮した。この得られたシロップを、攪拌しながらジエチルエーテル(2.5L)に注いだ。この生成物はガム状物質を形成した。エーテルをデカントし、残渣を、最小量のメタノール(約400mL)に溶解した。この溶液を、新たなエーテル(2.5L)に注いで、硬いガム状物質を得た。このエーテルをデカントし、このガム状物質を、真空オーブンで乾燥して(60℃、1mmHgにて24時間)、固体を得、これを、淡い黄褐色粉末(57g、85%粗収率)に粉にした。そのNMRスペクトルは、その構造と一致し、そのナトリウム塩としてフェノールが混入していた(約5%)。さらなる反応のために、この物質を使用した(または酢酸エチル中のメタノール勾配(10〜25%)を使用するカラムクロマトグラフィーによりさらに精製されて、白色固体を獲得し得る(mp 222〜4℃))。
2,2’−無水−5−メチルウリジン(195g、0.81M)、トリス(2−メトキシエチル)ボレート(231g、0.98M)および2−メトキシエタノール(1.2L)を、2Lのステンレス鋼圧力容器に添加し、予め加熱した160℃の油浴に入れた。155〜160℃にて48時間加熱した後、この容器を開け、その溶液を乾燥するまでエバポレートし、MeOH(200mL)で摩砕した。その残渣を、熱アセトン(1L)中に再懸濁した。不溶性の塩を濾過し、アセトン(150mL)で洗浄し、濾液をエバポレートした。その残渣(280g)をCH3CN(600mL)中に溶解し、エバポレートした。シリカゲルカラム(3kg)を、0.5% Et3NHを含有するCH2Cl2/アセトン/MeOH(20:5:3)中にパックした。残渣を、CH2Cl2(250mL)中に溶解し、このカラムに装填する前に、シリカ(150g)に吸着させた。生成物を、パックした溶媒を用いて溶出して、160g(63%)の生成物を得た。さらなる物質を、不純物質画分を、再度作業することにより得た。
2’−O−メトキシエチル−5−メチルウリジン(160g、0.506M)を、ピリジン(250mL)とともに同時にエバポレートし、その乾燥した残渣を、ピリジン(1.3L)中に溶解した。ジメトキシトリチルクロリド(94.3g、0.278M)の第1のアリコートを添加し、その混合物を、室温にて1時間攪拌した。ジメトキシトリチルクロリドの第2のアリコート(94.3g、0.278M)を添加し、その反応系を、さらに1時間攪拌した。次いで、メタノール(170mL)を添加して、その反応系を停止させた。HPLCにより、約70%の生成物の存在が示された。その溶媒をエバポレートし、CH3CN(200mL)で摩砕した。その残渣を、CHCl3(1.5L)中に溶解し、2×500mLの飽和NaHCO3および2×500mLの飽和NaClで抽出した。その有機相をNa2SO4で乾燥し、濾過し、エバポレートした。275gの残渣を得た。この残渣を、充填され、0.5% Et3NHを含有するEtOAc/ヘキサン/アセトン(5:5:1)で溶出される3.5kgのシリカゲルカラムで精製した。この純粋画分をエバポレートして、164gの生成物を得た。さらに約20gを、不純物質画分から得て、合計収量183g(57%)を得た。
2’−O−メトキシエチル−5’−O−ジメトキシトリチル−5−メチルウリジン(106g、0.167M)、DMF/ピリジン(562mLのDMFと188mLのピリジンから調製した、750mLの3:1混合物)および、無水酢酸(24.38mL、0.258M)を合わせ、室温にて24時間攪拌した。この反応系を、最初にMeOHの添加によりTLCサンプルをクエンチすることによって、TLCによりモニターした。TLCにより判断した場合に、反応が完了した際に、MeOH(50mL)を添加し、この混合物を、35℃でエバポレートした。その残渣を、CHCl3(800mL)中に溶解し、2×200mLの飽和重炭酸ナトリウムおよび2×200mLの飽和NaClで抽出した。その水層を、200mLのCHCl3で逆抽出(back extract)した。合わせた有機物質を、硫酸ナトリウムで乾燥し、エバポレートして、122gの残渣(約90%生成物)を得た。その残渣を、3.5kgのシリカゲルカラムで精製し、EtOAc/ヘキサン(4:1)を使用して溶出した。純粋な生成物画分をエバポレートして、96g(84%)を得た。さらに1.5gを残りの画分から回収した。
第1の溶液を、CH3CN(700mL)中に3’−O−アセチル−2’−O−メトキシエチル−5’−O−ジメトキシトリチル−5−メチルウリジン(96g、0.144M)を溶解することによって調製し、とっておいた。トリエチルアミン(189mL、1.44M)を、CH3CN(1L)中のトリアゾール(90g、1.3M)の溶液に添加し、−5℃まで冷却し、オーバーヘッドスターラーを用いて0.5時間攪拌した。0〜10℃に維持した攪拌溶液に30分かけてPOCl3を滴下し、得られた混合物を、さらに2時間攪拌した。第1の溶液を、後者の溶液に45分かけて滴下した。得られた反応混合物を低温室に一晩保存した。塩を反応混合物から濾過し、その溶液をエバポレートした。その残渣をEtOAc(1L)に溶解し、不溶性固体を、濾過により除去した。その濾液を、1×300mLのNaHCO3および2×300mLの飽和NaClで洗浄し、硫酸ナトリウムで乾燥し、エバポレートした。その残渣を、EtOAcで粉砕して、標題化合物を得た。
ジオキサン(500mL)およびNH4OH(30mL)中の3’−O−アセチル−2’−O−メトキシエチル−5’−O−ジメトキシトリチル−5−メチル−4−トリアゾールウリジン(103g、0.141M)の溶液を、室温にて2時間攪拌した。このジオキサン溶液をエバポレートし、その残渣を、MeOH(2×200mL)で共沸した。その残渣をMeOH(300mL)中に溶解し、2lのステンレス鋼圧力容器に移した。NH3ガスで飽和させたMeOH(400mL)を添加し、この容器を、100℃まで2時間加熱した(TLCにより、完全な変換が示された)。この容器の内容物を、乾燥するまでエバポレートし、その残渣を、EtOAc(500mL)中に溶解し、飽和NaCl(200mL)で1回洗浄した。この有機物質を硫酸ナトリウムで乾燥し、溶媒をエバポレートして、85g(95%)の標題化合物を得た。
2’−O−メトキシエチル−5’−O−ジメトキシトリチル−5−メチル−シチジン(85g、0.134M)をDMF(800mL)中に溶解し、無水安息香酸(37.2g、0.165M)を攪拌しながら添加した。3時間攪拌した後、TLCにより、反応が約95%完了したことが示された。溶媒をエバポレートし、その残渣をMeOH(200mL)で共沸した。残渣をCHCl3(700mL)中に溶解し、飽和NaHCO3(2×300mL)および飽和NaCl(2×300mL)で抽出し、MgSO4で乾燥し、エバポレートして、残渣(96g)を得た。その残渣を、溶出溶媒として0.5% Et3NHを含有するEtOAc/ヘキサン(1:1)を使用して1.5kgのシリカカラムでクロマトグラフィーにかけた。純粋な生成物画分をエバポレートして、90g(90%)の標題化合物を得た。
N4−ベンゾイル−2’−O−メトキシエチル−5’−O−ジメトキシトリチル−5−メチルシチジン(74g、0.10M)を、CH2Cl2(1L)中に溶解した。テトラゾールジイソプロピルアミン(7.1g)および亜リン酸2−シアノエトキシ−テトラ(イソプロピル)(40.5mL、0.123M)を、窒素雰囲気下で攪拌しながら添加した。得られた混合物を、室温にて20時間攪拌した(TLCにより、反応が95%完了したことが示された)。反応混合物を、飽和NaHCO3(1×300mL)および飽和NaCl(3×300mL)で抽出した。この水性洗浄液を、CH2Cl2(300mL)で逆抽出し、その抽出物を合わせて、MgSO4で乾燥し、濃縮した。得られた残渣を、溶出溶媒としてEtOAc/ヘキサン(3:1)を使用して1.5kgのシリカカラムでクロマトグラフィーにかけた。純粋画分を合わせて、90.6g(87%)の標題化合物を得た。
(2’−(ジメチルアミノオキシエトキシ)ヌクレオシドアミダイト)
2’−(ジメチルアミノオキシエトキシ)ヌクレオシドアミダイト(当該分野で2’−O−(ジメチルアミノオキシエチル)ヌクレオシドアミダイトとしても公知)を、以下の段落に記載されるように調製する。アデノシン、シチジンおよびグアノシンのヌクレオシドアミダイトを、アデノシンおよびシチジンの場合には環外アミンをベンゾイル部分で保護し、グアノシンの場合にはイソブチリルで保護することを除いて、チミジン(5−メチルウリジン)と同様に調製する。
O2−2’−無水−5−メチルウリジン(Pro.Bio.Sint.,Varese,Italy,100.0g、0.416mmol)、ジメチルアミノピリジン(0.66g、0.013当量、0.0054mmol)を、機械的に攪拌しながらアルゴン雰囲気下で周囲温度にて乾燥ピリジン(500ml)中に溶解した。tert−ブチルジフェニルクロロシラン(125.8g、119.0mL、1.1当量、0.458mmol)を一部添加した。その反応系を、周囲温度にて16時間攪拌した。TLC(Rf 0.22、酢酸エチル)により、完全な反応が示された。この溶液を、減圧下で濃オイルになるまで濃縮した。これを、ジクロロメタン(1L)と、飽和重炭酸ナトリウム(2×1L)と、ブライン(1L)との間で分配した。その有機層を硫酸ナトリウムで乾燥し、減圧下で濃オイルになるまで濃縮した。このオイルを、酢酸エチルとエチルエーテルの1:1混合物(600mL)中に溶解し、この溶液を−10℃まで冷却した。得られた結晶生成物を、濾過により回収し、エチルエーテル(3×200mL)で洗浄し、149g(74.8%)の白色固体になるまで乾燥した(40℃、1mmHg、24時間)。TLCおよびNMRは、純粋生成物と一致した。
2Lのステンレス鋼の攪拌されない圧力反応器中に、テトラヒドロフラン(1.0M、2.0当量、622mL)中のボランを添加した。換気フードにおいて、手動で攪拌しながら、まず、水素ガスの蒸発が静まるまでエチレングリコール(350mL、過剰)を慎重に添加した。5’−O−tert−ブチルジフェニルシリル−O2−2’−無水−5−メチルウリジン(149g、0.311mol)および重炭酸ナトリウム(0.074g、0.003当量)を、手動で攪拌しながら添加した。反応器を封鎖し、内部温度が160℃に達するまで油浴中で加熱し、次いで、16時間維持した(圧力<100psig)。この反応容器を周囲温度まで冷却し、開けた。TLC(所望の生成物についてRf 0.67およびara−T副生成物についてRf 0.82、酢酸エチル)により、生成物の約70%の変換が示された。さらなる副生成物形成を避けるために、反応を停止し、より極端な条件を、エチレングリコールを除去するために用いて、温水浴(40〜100℃)中、減圧下(10〜1mmHg)で濃縮した(あるいは、一旦、低温での溶媒沸騰を行い、残りの溶液を、酢酸エチルと水との間で分配し得る。その生成物は、有機相中にある)。その残渣を、カラムクロマトグラフィー(2kgのシリカゲル、1:1〜4:1の酢酸エチル−ヘキサン勾配)により精製した。適切な画分を合わせ、ストリッピングし(strip)、白色の砕けやすい泡沫(crisp foam)(84g、50%)、混入した出発物質(17.4g)および純粋な再利用可能な出発物質(20g)として生成物を乾燥した。出発物資、あまり純粋でない回収された出発物質に基づく収率は、58%であった。TLCおよびNMRは、99%の純粋物質と一致した。
5’−O−tert−ブチルジフェニルシリル−2’−O−(2−ヒドロキシエチル)−5−メチルウリジン(20g、36.98mmol)を、トリフェニルホスフィン(11.63g、44.36mmol)およびN−ヒドロキシフタルイミド(7.24g、44.36mmol)と混合した。次いで、これを、40℃にて2日間、高減圧下で、P2O5で乾燥した。この反応混合物を、アルゴンでフラッシュし、乾燥THF(369.8mL、Aldrich、しっかりした封鎖瓶)を添加して、透明な溶液を得た。ジエチル−アゾジカルボキシレート(6.98mL、44.36mmol)を、反応混合物に滴下した。添加速度を、得られた濃赤色の着色が、次の滴下の前にちょうど脱色されるように維持した。添加を完了した後、この反応系を4時間攪拌した。そのときまでには、TLCにより、反応の完了が示される(60:40の酢酸エチル:ヘキサン)。溶媒を、真空中でエバポレートした。得られた残渣を、フラッシュカラムに配置し、酢酸エチル:ヘキサン(60:40)で溶出して、2’−O−([2−フタルイミドオキシ)エチル]−5’−t−ブチルジフェニルシリル−5−メチルウリジンを白色泡沫(21.819g、86%)として得た。
2’−O−([2−フタルイミドオキシ)エチル]−5’−t−ブチルジフェニルシリル−5−メチルウリジン(3.1g、4.5mmol)を、乾燥CH2Cl2(4.5mL)中に溶解し、メチルヒドラジン(300mL、4.64mmol)を−10℃〜0℃にて滴下した。1時間後、この混合物を濾過し、その濾液を、氷冷CH2Cl2で洗浄し、合わせた有機相を、水、ブラインで洗浄し、無水Na2SO4で乾燥した。この溶液を濃縮して、2’−O−(アミノオキシエチル)チミジンを得た。次いで、これを、MeOH(67.5mL)中に溶解した。これに、ホルムアルデヒド(20%水溶液、w/w、1.1当量)を添加し、得られた混合物を、1時間攪拌した。溶媒を、真空下で除去し;残渣をクロマトグラフィーにかけて、5’−O−tert−ブチルジフェニルシリル−2’−O−[(2−ホルムアドキシイミノオキシ)エチル]−5−メチルウリジンを白色泡沫(1.95g、78%)として得た。
5’−O−tert−ブチルジフェニルシリル−2’−O−[(2−ホルムアドキシイミノオキシ)エチル]−5−メチルウリジン(1.77g、3.12mmol)を、乾燥MeOH(30.6mL)中の1M p−トルエンスルホン酸ピリジニウム(PPTS)の溶液に溶解した。シアノホウ化水素ナトリウム(0.39g、6.13mmol)を、10℃にて不活性雰囲気下でこの溶液に添加した。この反応混合物を、10℃にて10分間攪拌した。その後、反応容器を氷浴から取り出し、室温にて2時間攪拌し、この反応系を、TLC(CH2Cl2中の5% MeOH)によりモニターした。NaHCO3水溶液(5%、10mL)を添加し、酢酸エチル(2×20mL)で抽出した。酢酸エチル相を、無水Na2SO4で乾燥し、乾燥するまでエバポレートした。残渣を、MeOH(30.6mL)中の1M PPTSの溶液に溶解した。ホルムアルデヒド(20% w/w、30mL、3.37mmol)を添加し、この反応混合物を、室温にて10分間攪拌した。この反応混合物を、氷浴中で10℃まで冷却し、シアノホウ化水素ナトリウム(0.39g、6.13mmol)を添加し、反応混合物を、10℃にて10分間攪拌した。10分後、この反応混合物を、氷浴から取り出し、室温にて2時間攪拌した。この反応混合物に、5% NaHCO3(25mL)溶液を添加し、酢酸エチル(2×25mL)で抽出した。酢酸エチル層を、無水Na2SO4で乾燥し、乾燥するまでエバポレートした。その得られた残渣を、フラッシュカラムクロマトグラフィーにより精製し、CH2Cl2中の5% MeOHで溶出して、5’−O−tert−ブチルジフェニルシリル−2’−O−[N,N−ジメチルアミノオキシエチル]−5−メチルウリジンを白色泡沫(14.6g、80%)として得た。
トリエチルアミントリヒドロフルオリド(3.91mL、24.0mmol)を、乾燥THFおよびトリエチルアミン(1.67mL、12mmol、乾燥、KOHで維持)中に溶解した。次いで、トリエチルアミン−2HFのこの混合物を、5’−O−tert−ブチルジフェニルシラン−2’−O−[N,N−ジメチルアミノオキシエチル]−5−メチルウリジン(1.40g、2.4mmol)に添加し、室温にて24時間攪拌した。反応系を、TLC(CH2Cl2中の5% MeOH)によりモニターした。溶媒を真空下で除去し、その残渣を、フラッシュカラムに配置し、CH2Cl2中の10% MeOHで溶出して、2’−O−(ジメチルアミノオキシエチル)−5−メチルウリジン(766mg、92.5%)を得た。
2’−O−(ジメチルアミノオキシエチル)−5−メチルウリジン(750mg、2.17mmol)を、P2O5で、高い減圧下で40℃にて一晩乾燥した。次いで、これを、無水ピリジン(20mL)とともに同時エバポレートした。得られた残渣を、アルゴン雰囲気下でピリジン(11mL)中に溶解した。4−ジメチルアミノピリジン(26.5mg、2.60mmol)、4,4’−ジメトキシトリチルクロリド(880mg、2.60mmol)を、この混合物に添加し、この反応混合物を、出発物質のすべてがなくなるまで、室温にて攪拌した。ピリジンを真空下で除去し、その残渣を、クロマトグラフィーにかけ、CH2Cl2中の10% MeOH(数滴のピリジンを含有する)で溶出して、5’−O−DMT−2’−O−(ジメチルアミノ−オキシエチル)−5−メチルウリジン(1.13g、80%)を得た。
5’−O−DMT−2’−O−(ジメチルアミノオキシエチル)−5−メチルウリジン(1.08g、1.67mmol)を、トルエン(20mL)と同時エバポレートした。この残渣に、N,N−ジイソプロピルアミンテトラゾニド(0.29g、1.67mmol)を添加し、そして高い減圧下、40℃で一晩、P2O5上で乾燥させた。次いで、この反応混合物を、無水アセトニトリル(8.4mL)に溶解し、そして2−シアノエチル−N,N,N1,N1−テトライソプロピルホスホルアミダイト(2.12mL、6.08mmol)を添加した。この反応混合物を、周囲温度で、4時間、不活性雰囲気下で撹拌した。この反応の進行を、TLC(ヘキサン:酢酸エチル 1:1)でモニタリングした。溶媒をエバポレートし、次いで、残渣を、酢酸エチル(70mL)に溶解し、そして5%NaHCO3水溶液(40mL)で洗浄した。酢酸エチル層を、無水Na2SO4で乾燥し、そして濃縮した。得られた残渣を、クロマトグラフィー(溶出液として酢酸エチル)にかけて、5’−O−DMT−2’−O−(2−N,N−ジメチルアミノオキシエチル)−5−メチルウリジン−3’−[(2−シアノエチル)−N,N−ジイソプロピルホスホルアミダイト]を泡状物として得た(1.04g、74.9%)。
2’−(アミノオキシエトキシ)ヌクレオシドアミダイト(2’−O−(アミノオキシエチル)ヌクレオシドアミダイトとしても当該分野で公知)を、以下のパラグラフにおいて記載するようにして調製する。アデノシンヌクレオシドアミダイト、シチジンヌクレオシドアミダイトおよびチミジンヌクレオシドアミダイトを、同じようにして調製する。
(N2−イソブチリル−6−O−ジフェニルカルバモイル−2’−O−(2−エチルアセチル)−5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)グアノシン−3’−[(2−シアノエチル)−N,N−ジイソプロピルホスホルアミダイト])
2’−O−アミノオキシエチルグアノシンアナログは、ジアミノプリンリボシドの選択的2’−O−アルキル化によって得られ得る。数グラム量のジアミノプリンリボシドを、Schering AG(Berlin)から購入して、少量の3’−O−異性体と共に、2’−O−(2−エチルアセチル)ジアミノプリンリボシドを提供し得る。2’−O−(2−エチルアセチル)ジアミノプリンリボシドを溶解し得、そしてアデノシンデアミナーゼを用いる処理によって、2’−O−(2−エチルアセチル)グアノシンに変換し得る(McGee,D.P.C.,Cook,P.D.,Guinosso,C.J.,WO 94/02501 A1 940203)。標準的な保護手順により、2’−O−(2−エチルアセチル)−5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)グアノシンおよび2−N−イソブチリル−6−O−ジフェニルカルバモイル−2’−O−(2−エチルアセチル)−5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)グアノシンを得、これらを還元して、2−N−イソブチリル−6−ジフェニルカルバモイル−2’−O−(2−ヒドロキシエチル)−5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)グアノシンを提供し得る。上記のように、ヒドロキシル基を、Mitsunobu反応によってN−ヒドロキシフタルイミドで置換し得、そしてこの保護されたヌクレオシドを、従来どおり、亜リン酸化して、2−N−イソブチリル−6−O−ジフェニルカルバモイル−2’−O−([2−フタルイミドキシ(phthalmidoxy)]エチル)−5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)グアノシン−3’−[(2−シアノエチル)−N,N−ジイソプロピルホスホルアミダイト]を得ることができる。
2’−ジメチルアミノエトキシエトキシヌクレオシドアミダイト(2’−O−ジメチルアミノエトキシエチル(すなわち、2’−O−CH2−O−CH2−N(CH2)2)または2’−DMAEOEヌクレオシドアミダイトとしても当該分野で公知)を、以下のようにして調製する。他のヌクレオシドアミダイトも、同じようにして調製する。
2[2−(ジメチルアミノ)エトキシ]エタノール(Aldrich,6.66g,50mmol)を、100mLの容器(bomb)中で撹拌しながら、ボランのテトラヒドロフラン溶液(1M,10mL,10mmol)にゆっくりと添加する。この固体が溶解するにつれて、水素ガスが発生する。O2−,2’−アンヒドロ−5−メチルウリジン(1.2g,5mmol)および炭酸水素ナトリウム(2.5mg)を添加し、そしてこの容器を密閉し、油浴に入れ、そして155℃で26時間加熱する。この容器を、室温まで冷却し、そして開ける。粗溶液を濃縮し、そして残渣を水(200mL)とヘキサン(200mL)との間で分配する。過剰のフェノールをヘキサン層に抽出する。水層を、酢酸エチル(3×200mL)で抽出し、そして合わせた有機層を、水で1回洗浄し、無水硫酸ナトリウムで乾燥し、そして濃縮する。残渣を、1:20のメタノール/塩化メチレン(これは2%のトリエチルアミンを含む)を溶出液として使用するシリカゲルカラムにかける。このカラムの画分を濃縮すると、無色の固体が形成され、これを回収して、表題化合物を白色固体として得る。
無水ピリジン(8mL)中の0.5g(1.3mmol)の2’−O−[2(2−N,N−ジメチルアミノ−エトキシ)エチル)]−5−メチルウリジンに、トリエチルアミン(0.36mL)およびジメトキシトリチルクロリド(DMT−Cl,0.87g、2当量)を添加し、1時間撹拌する。この反応混合物を、水(200mL)に注ぎ入れ、そしてCH2Cl2(2×200mL)で抽出する。合わせたCH2Cl2層を、飽和NaHCO3溶液で洗浄し、続いて、飽和NaCl溶液で洗浄し、そして無水硫酸ナトリウムで乾燥する。溶媒をエバポレートし、続いて、MeOH:CH2Cl2:Et3N(20:1,v/v,1%のトリエチルアミンを含む)を使用するシリカゲルクロマトグラフィーにかけて、表題化合物を得る。
ジイソプロピルアミノテトラゾリド(0.6g)および2−シアノエトキシ−N,N−ジイソプロピルホスホルアミダイト(1.1mL、2当量)を、アルゴン雰囲気下で、CH2Cl2(20mL)に溶解した5’−O−ジメトキシトリチル−2’−O−[2(2−N,N−ジメチルアミノエトキシ)エチル)]−5−メチルウリジン(2.17g,3mmol)の溶液に添加する。この反応混合物を、一晩撹拌し、そして溶媒をエバポレートする。得られた残渣を、酢酸エチルを溶出液として使用するシリカゲルフラッシュカラムクロマトグラフィーにより精製して、表題化合物を得る。
(オリゴヌクレオチドの合成)
非置換および置換のホスホジエステル(P=O)オリゴヌクレオチドを、ヨウ素による酸化を用いる標準的なホスホルアミダイト化学を使用して、自動DNA合成機(Applied Biosystemsモデル380B)で合成する。
(オリゴヌクレオシドの合成)
メチレンメチルイミノ結合オリゴヌクレオシド(MMI結合オリゴヌクレオシドとしても特定される)、メチレンジメチルヒドラゾ結合オリゴヌクレオシド(MDH結合オリゴヌクレオシドとしても特定される)、およびメチレンカルボニルアミノ結合オリゴヌクレオシド(アミド−3結合オリゴヌクレオシドとしても特定される)、およびメチレンアミノカルボニル結合オリゴヌクレオシド(アミド−4結合オリゴヌクレオシドとしても特定される)、ならびに例えば、MMI結合とP=O結合またはP=S結合とを交互に有する混合骨格化合物を、米国特許第5,378,825号、同第5,386,023号、同第5,489,677号、同第5,602,240号および同第5,610,289号(これら全ては本明細書中で参考として援用される)に記載されるようにして調製する。
(PNAの合成)
ペプチド核酸(PNA)を、以下に言及される様々な手順のいずれかに従って調製する:Peptide Nucleic Acids(PNA):Synthesis,Properties and Potential Applications,Bioorganic & Medicinal Chemistry,1996,4,5−23。これらをまた、米国特許第5,539,082号、同第5,700,922号および同第5,719,262号(本明細書中で参考として援用される)に従って調製し得る。
(キメラオリゴヌクレオチドの合成)
本発明のキメラオリゴヌクレオチド、キメラオリゴヌクレオシドまたは混合オリゴヌクレオチド/オリゴヌクレオシドは、いくつかの異なるタイプのものであり得る。これらとしては、第1のタイプ(結合ヌクレオシドの「ギャップ」セグメントが、結合ヌクレオシドの5’「ウイング」セグメントと3’「ウイング」セグメントとの間に位置する)、および第2の「開放端」タイプ(ここで「ギャップ」セグメントは、オリゴマー化合物の3’末端または5’末端のいずれかに位置する)が挙げられる。第1のタイプのオリゴヌクレオチドは、「ギャップマー(gapmer)」またはギャップオリゴヌクレオチドとしても当該分野で公知である。第2のタイプのオリゴヌクレオチドは、「ヘミマー(hemimer)」または「ウイングマー(wingmer)」としても当該分野で公知である。
2’−O−アルキルホスホロチオエートオリゴヌクレオチドセグメントおよび2’−デオキシホスホロチオエートオリゴヌクレオチドセグメントを有するキメラオリゴヌクレオチドを、上記のように、Applied Biosystemsの自動DNA合成機モデル380Bを使用して合成する。オリゴヌクレオチドを、DNA部分については2’−デオキシ−5’−ジメトキシトリチル−3’−O−ホスホルアミダイトを、5’ウイングおよび3’ウイングについては5’−ジメトキシトリチル−2’−O−メチル−3’−O−ホスホルアミダイトを使用して、自動合成機を使用して合成する。標準的な合成サイクルを、テトラゾールおよび塩基の送達の後に待つ工程を600sまでのばし、RNAについては4回、2’−O−メチルについては2回繰り返すことによって改変する。完全に保護されたオリゴヌクレオチドを、支持体から切断し、そしてホスフェート基を、3:1のアンモニア/エタノール中、室温で一晩脱保護し、次いで乾固するまで凍結乾燥する。室温で24時間、メタノール性アンモニアで処理して、全ての塩基を脱保護し、サンプルを再び、乾固するまで凍結乾燥する。このペレットを、THF中1MのTBAFに、室温で24時間再懸濁して、2’位を脱保護する。次いで、この反応を、1M TEAAでクエンチし、次いで、このサンプルを、rotovacによって2分の1の容量になるまで減らし、その後G25サイズ排除カラムで脱塩する。次いで、回収したオリゴを、収率においては分光光度計によって、そして純度についてはキャピラリー電気泳動および質量分析法によって分析する。
[2’−O−(2−メトキシエチル)]−−[2’−デオキシ]−−[2’−O−(メトキシエチル)]キメラホスホロチオエートオリゴヌクレオチドを、2’−O−メチルアミダイトの代わりに2’−O−(メトキシエチル)アミダイトを使用したこと以外は、2’−O−メチルキメラオリゴヌクレオチドについて上で記載された手順に従って調製した。
[2’−O−(2−メトキシエチル)ホスホジエステル]−−[2’−デオキシホスホロチオエート]−−[2’−O−(メトキシエチル)ホスホジエステル]キメラオリゴヌクレオチドを、2’−O−メチルアミダイトの代わりに2’−O−(メトキシエチル)アミダイトを使用したこと以外は、2’−O−メチルキメラオリゴヌクレオチドについて上で記載された手順に従って調製する。ヨウ素を用いる酸化により、ホスホジエステルヌクレオチド間結合をキメラ構造のウイング部分内に形成し、そして3,H−1,2ベンゾジチオール−3−オン1,1ジオキシド(Beaucage試薬)を利用する硫黄化により、中心ギャップについてホスホロチオエートヌクレオチド間結合を生成する。
(オリゴヌクレオチドの単離)
オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオシドを、制御型多孔質ガラスカラム(controlled pore glass column)(Applied Biosystems)から切断し、55℃で18時間、濃水酸化アンモニウム中で脱ブロック化した後、このオリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオシドを、2.5容量のエタノールを用いて2回、0.5MのNaClから沈殿させることにより精製する。合成されたオリゴヌクレオチドを、変性ゲルを用いるポリアクリルアミドゲル電気泳動により分析し、全長の少なくとも85%の物質であると判断した。合成で得られたホスホロチオエート結合およびホスホジエステル結合の相対量を、31P核磁気共鳴分光法によって定期的にチェックし、そしていくつかの研究のために、オリゴヌクレオチドを、Chiangら、J.Biol.Chem.1991,266,18162−18171に記載されるようにHPLCによって精製した。HPLCで精製した物質について得られた結果は、HPLCで精製していない物質について得られた結果と類似していた。
(オリゴヌクレオチドの合成−96ウェルプレート様式)
オリゴヌクレオチドを、固相P(III)ホスホルアミダイト化学によって、標準的な96ウェル様式で同時に96の配列を構築し得る自動合成機で合成した。ホスホジエステルヌクレオチド間結合を、水性ヨウ素を用いて酸化することによって得た。無水アセトニトリル中で、3,H−1,2ベンゾジチオール−3−オン−1,1ジオキシド(Beaucage試薬)を利用して硫黄化することによって、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合を生成した。標準的な塩基保護されたβ−シアノエチルジイソプロピルホスホルアミダイトを、商業的販売業者(例えば、PE−Applied Biosystems,Foster City,CA、またはPharmacia,Piscataway,NJ)から購入した。非標準的なヌクレオシドを、公知の文献または特許方法によって合成する。これらを、塩基保護されたβ−シアノエチルジイソプロピルホスホルアミダイトとして利用する。
(オリゴヌクレオチドの分析−96ウェルプレート様式)
各ウェル中のオリゴヌクレオチドの濃度を、サンプルの希釈およびUV吸収分光法によって評価した。個々の生成物の全長完全性を、キャピラリー電気泳動(CE)によって、96ウェル様式(Beckman P/ACETM MDQ)、または別々の調製されたサンプルについては、市販のCE装置(例えば、Beckman P/ACETM 5000,ABI 270)のいずれかで評価した。塩基および骨格の組成を、エレクトロスプレー質量分光法を利用する化合物の質量分析により確認した。全てのアッセイ試験プレートを、シングルチャネルロボット式ピペッターおよびマルチチャネルロボット式ピペッターを使用して、マスタープレートから希釈した。このプレート上の化合物の少なくとも85%が、全長の少なくとも85%である場合、プレートを許容可能であると判断した。
(細胞培養およびオリゴヌクレオチド処理)
標的核酸が、測定可能なレベルで存在している限り、標的核酸発現に対するアンチセンス化合物の効果を、種々の細胞型の任意のものにおいて試験し得る。これは、例えば、PCRまたはノーザンブロット分析を使用して、慣用的に決定され得る。以下の7個の細胞型を、例示目的のために示すが、選択された細胞型で標的が発現される限り、他の細胞型が慣用的に使用され得る。これは、当該分野で慣用的な方法(例えば、ノーザンブロット分析、リボヌクレアーゼ保護アッセイまたはRT−PCR)によって容易に決定され得る。
ヒト移行細胞の膀胱癌細胞株T−24を、American Type Culture Collection(ATCC)(Manassas,VA)から入手した。T−24細胞を、McCoyの5A基本完全培地(Gibco/Life Technologies,Gaithersburg,MD)(10%ウシ胎仔血清(Gibco/Life Technologies,Gaithersburg,MD)、100単位/mLのペニシリン、および100μg/mLのストレプトマイシン(Gibco/Life Technologies,Gaithersburg,MD)を補充)中で慣用的に培養した。細胞が90%のコンフルエンスに達したら、トリプシン処理および希釈によって、慣用的に継代した。RT−PCR分析で使用するために、細胞を、96ウェルプレート(Falcon−Primaria #3872)に、7000細胞/ウェルの密度で播種した。
ヒト肺癌細胞株A549を、American Type Culture Collection(ATCC)Manassas,VA)から入手した。A549細胞を、DMEM基本培地(Gibco/Life Technologies,Gaithersburg,MD)(10%ウシ胎仔血清(Gibco/Life Technologies,Gaithersburg,MD)、100単位/mLのペニシリン、および100μg/mLのストレプトマイシン(Gibco/Life Technologies,Gaithersburg,MD)を補充)中で、慣用的に培養した。細胞が90%のコンフルエンスに達したら、トリプシン処理および希釈によって、慣用的に継代した。
ヒト新生児皮膚線維芽細胞(NHDF)を、Clonetics Corporation(Walkersville、MD)から得た。NHDFを、供給業者によって推奨されるように、補充された線維芽細胞増殖培地(Clonetics Corporation、Walkersville、MD)中で慣用的に維持した。細胞を、供給業者によって推奨されるように、10継代まで維持した。
ヒト胚性ケラチノサイト(HEK)を、Clonetics Corporation(Walkersville、MD)から得た。HEKを、供給業者によって推奨されるように処方した、ケラチノサイト増殖培地(Clonetics Corporation、Walkersville、MD)において慣用的に維持した。細胞を、供給業者によって推奨されるように、10継代まで慣用的に維持した。
ヒト肝芽細胞腫細胞株HepG2を、American Type Culture Collection(Manassas,VA)から得た。HepG2細胞を、10%ウシ胎仔血清、非必須アミノ酸、および1mMピルビン酸ナトリウムを補充したEagleのMEM(Gibco/Life Technologies,Gaithersburg、MD)中で慣用的に培養した。細胞が、90%コンフルエンスに達したら、トリプシン処理および希釈によって、慣用的に継代した。細胞を、RT−PCR分析における使用のために7000細胞/ウェルの密度で、96ウェルプレート(Falcon−Primaria #3872)に播種した。
AML12(αマウス肝臓12)細胞株を、TGFαについてトランスジェニックであるマウス(CD1系統、系列MT42)由来の肝細胞から樹立した。細胞を、0.005mg/mlインスリン、0.005mg/mlトランスフェリン、5ng/mlセレン、および40ng/mlデキサメタゾンならびに90%;10%ウシ胎仔血清を含む、Dulbecco改変Eagle培地とHamのF12培地との1:1混合物中で培養する。継代培養するために、使用済培地を除去し、そして0.25%トリプシン、0.03%EDTA溶液の新鮮培地を添加する。新鮮トリプシン溶液(1〜2ml)を添加し、そしてこの培養物を、細胞が剥がれるまで室温で静置する。
初代マウス肝細胞を、Charles River Labs(Wilmington,MA)から購入したCD−1マウスから調製し、そして10%ウシ胎仔血清(Gibco/Life Technologies,Gaithersburg、MD)、250nMデキサメタゾン(Sigma)、および10nMウシインスリン(Sigma)を補充したHepatocyte Attachment Media(Gibco)中で慣用的に培養した。細胞を、RT−PCR分析における使用のために10000細胞/ウェルの密度で、96ウェルプレート(Falcon−Primaria #3872)に播種した。
ヒト肝細胞癌細胞株Hep3Bを、American Type Culture Collection(Manassas,VA)から入手した。Hep3B細胞を、10%ウシ胎仔血清、L−グルタミンおよびピリドキシンヒドロクロリドを補充したDulbeccos MEM高グルコース(Gobco/Life Technologies,Gaithersburg,MD)中で慣用的に培養した。90%コンフルエントに達した場合に、細胞を、トリプシン化および希釈によって慣用的に継代させた。細胞を、RT−PCR分析における使用のために、50,000細胞/ウェルの密度で、24ウェルプレート(Falcon−Primaria #3846)に播種した。
初代ウサギ肝細胞を、Invitro Technologies(Gaithersburg,MD)から購入し、Dulbecco改変Eagle培地(Gibco)中で維持した。購入したときに、細胞を、RT−PCRにおいて使用するために、96ウェルプレートに播種しており、それらはコンフルエントであった。
ヒト上皮細胞癌細胞株HaLaを、American Type Culture Collection(Manassas,VA)から入手した。HaLa細胞を、10%ウシ胎仔血清(Invitrogen Corporation,Carsbad,CA)を補充したDulbeccos MEM高グルコース(Invitrogen Corporation,Carsbad,CA)中で慣用的に培養した。細胞を、RT−PCR分析における使用のために、50,000細胞/ウェルの密度で、24ウェルプレート(Falcon−Primaria #3846)に播種した。90%コンフルエントに達した場合に、細胞を、トリプシン化および希釈によって慣用的に継代させた。細胞を、RT−PCR分析における使用のために、50,000細胞/ウェルの密度で、96ウェルプレート(Falcon−Primaria #3872)に播種した。ノーザンブロット分析または他の分析のために、細胞を、100mmまたは他の標準的な組織培養プレート上に播種し得、適切な容積の培地およびオリゴヌクレオチドを使用して同様に処理し得る。
正常なヒト乳房上皮細胞(HMEC)を、American Type Culture Collection(Manassas,VA)から入手した。HMECを、10%ウシ胎仔血清(Gibco/Life Technologies,Gaithersburg,MD)を補充したDulbeccos MEM低グルコース(Gibco/Life Technologies,Gaithersburg,MD)中で慣用的に培養した。90%コンフルエントに達した場合に、細胞を、トリプシン化および希釈によって慣用的に継代させた。細胞を、RT−PCR分析における使用のために、7000細胞/ウェルの密度で、96ウェルプレート(Falcon−Primaria #353872,BD Biosciences,Bedford,MA)に播種した。ノーザンブロット分析または他の分析のために、細胞を、100mmまたは他の標準的な組織培養プレート上に播種し得、適切な容積の培地およびオリゴヌクレオチドを使用して同様に処理し得る。
細胞が80%コンフルエンスに達したときに、これらを、オリゴヌクレオチドで処理した。96ウェルプレートで増殖された細胞に関して、ウェルを一度200μL OPTI−MEMTM−1低血清培地(Gibco BRL)で洗浄し、次いで、3.75μg/mL LIPOFECTINTM(Gibco BRL)および所望の濃度のオリゴヌクレオチドを含む130μLのOPTI−MEMTM−1で処理した。4〜7時間の処理後、培地を、新鮮な培地と置き換えた。細胞をオリゴヌクレオチド処理の16〜24時間後に収穫した。
(アポリポタンパク質B発現のオリゴヌクレオチド阻害の分析)
アポリポタンパク質B発現のアンチセンス調節を、当該分野で公知の種々の方法でアッセイし得る。例えば、アポリポタンパク質B mRNAレベルを、例えば、ノーザンブロット分析、競合的ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)、またはリアルタイムPCR(RT−PCR)によって定量し得る。リアルタイム定量的PCRが、ここでは好ましい。RNA分析を、全細胞RNAまたはポリ(A)+mRNAに対して実施し得る。RNA単離の方法は、例えば、Ausubel,F.M.ら,Current Protocols in Molecular Biology,第1巻,4.1.1〜4.2.9頁および4.5.1〜4.5.3頁,John Wiley & Sons,Inc.,1993に教示される。ノーザンブロット分析は、当該分野において慣用的であり、例えば、Ausubel,F.M.ら,Current Protocols in Molecular Biology,第1巻,4.2.1〜4.2.9頁,John Wiley & Sons,Inc.,1996に教示される。リアルタイム定量的(PCR)は、市販のABI PRISMTM 7700 Sequence Detection System(PE−Applied Biosystems,Foster City,CAから入手可能であり、そして製造業者の指示に従って使用される)を使用して簡便に達成し得る。
(ポリ(A)+mRNA単離)
ポリ(A)+mRNAを、Miuraら,Clin.Chem,,1996,42,1758−1764に従って単離した。ポリ(A)+mRNA単離のための他の方法は、例えば、Ausubel,F.M.ら,Current Protocols in Molecular Biology,第1巻,4.5.1〜4.5.3頁,John Wiley & Sons,Inc.,1993に教示される。簡単に述べると、96ウェルプレートで増殖された細胞について、増殖培地を、その細胞から除去し、そして各ウェルを、200μLの冷PBSで洗浄した。60μLの溶解緩衝液(10mM Tris−HCl、pH7.6、1mM EDTA、0.5M NaCl、0.5% NP−40、20mM バナジル−リボヌクレオシド複合体)を各ウェルに添加し、そのプレートを穏やかに攪拌し、次いで、室温で5分間インキュベートした。55μLの溶解物を、Oligo d(T)コーティング済み96ウェルプレート(AGCT Inc.,Irvine CA)に移した。プレートを60分間室温でインキュベートし、200μLの洗浄緩衝液(10mM Tris−HCl、pH7.6、1mM EDTA、0.3M NaCl)で3回洗浄した。最後の洗浄の後、プレートをペーパータオル上で吸い取らせて過剰な洗浄緩衝液を除去し、次いで、5分間風乾した。60μLの溶出緩衝液(5mM Tris−HCl pH7.6)(70℃まで予備加熱した)を、各ウェルに添加し、そのプレートを、90℃のホットプレート上で5分間インキュベートし、次いで、その溶出物を、新しい96ウェルプレートに移した。
(全RNA単離)
全RNAを、Qiagen Inc.(Valencia,CA)から購入したRNEASY 96TMキットおよび緩衝液を製造業者の推奨する手順に従って使用して、単離した。簡単に述べると、96ウェルプレート上で増殖した細胞に対して、増殖培地を、その細胞から除去し、そして各ウェルを200μLの冷PBSで洗浄した。100μLの緩衝液RLTを各ウェルに添加し、そしてそのプレートを20秒間激しく攪拌した。次いで、100μLの70%エタノールを各ウェルに添加し、そして内容物を、3回ピペッティングして出し入れすることによって混合した。次いで、そのサンプルを、廃液収集トレイを備え減圧供給源に取り付けられたQIAVACTMマニホルドに取り付けられた、RNEASY96TMウェルプレートに移した。減圧を15秒間適用した。1mLの緩衝液RW1を、RNEASY96TMプレートの各ウェルに添加し、そして再び減圧を15秒間適用した。次いで、1mLの緩衝液RPEをRNEASY96TMプレートの各ウェルに添加し、そして減圧を15秒間適用した。次いで、緩衝液RPE洗浄を繰り返し、そして減圧をさらに10分間適用した。次いで、そのプレートをQIAVACTMマニホルドから取り外し、そしてペーパータオル上にて吸い取らせて乾かした。次いで、そのプレートを、1.2mLコレクションチューブを備えるコレクションチューブラックを備え付けたQIAVACTMマニホルドに、再び取り付けた。次いで、各ウェルに60μLの水をピペッティングし、1分間インキュベートし、次いで、30秒間減圧を適用することによって、RNAを溶出した。この溶出工程を、さらに60μLの水を用いて繰り返した。
(アポリポタンパク質B mRNAレベルのリアルタイム定量的PCR分析)
アポリポタンパク質B mRNAレベルの定量を、ABI PRISMTM 7700 Sequence Detection System(PE−Applied Biosystems,Foster City,CA)を製造業者の指示に従って使用して、リアルタイム定量的PCRによって決定した。これは、ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)生成物をリアルタイムでハイスループット定量することを可能にする、閉鎖管式で非ゲルベースの蛍光検出システムである。PCRが完了した後に増幅生成物を定量する標準的なPCRに対して、リアルタイム定量的PCRにおける生成物は、それらが蓄積するにつれて定量される。これは、順方向PCRプライマーと逆方向PCRプライマーとの間で特異的にアニールしかつ2つの蛍光色素を含むオリゴヌクレオチドプローブを、このPCR反応において含むことによって達成される。レポーター色素(例えば、Operon Technologies Inc.,Alameda,CAまたはPE−Applied Biosystems,Foster City,CAのいずれかから入手される、JOE、FAM、またはVIC)を、そのプローブの5’末端に結合させ、そしてクエンチャー色素(例えば、Operon Technologies Inc.,Alameda,CAまたはPE−Applied Biosystems,Foster City,CAのいずれかから入手される、TAMRA)を、そのプローブの3’末端に結合させる。そのプローブおよび色素がインタクトである場合、レポーター色素発光は、3’クエンチャー色素が近いことにより、クエンチされる。増幅の間、そのプローブが標的配列にアニールすることによって、Taqポリメラーゼの5’エキソヌクレアーゼ活性によって切断され得る基質が、生成される。PCR増幅サイクルの伸長期の間、Taqポリメラーゼによりそのプローブが切断されると、そのプローブの残りから(それ故、クエンチャー部分から)レポーター色素が遊離され、そして配列特異的蛍光シグナルが生成される。各サイクルに伴い、さらなるレポーター色素分子が、それらの個々のプローブから切断される。そしてその蛍光強度を、ABI PRISMTM7700 Sequence Detection Systemに組み込まれたレーザーオプティクスによって、規則的間隔でモニターする。各アッセイにおいて、未処理のコントロールサンプル由来のmRNAの系列希釈物を含む一連の並行反応を使用して、試験サンプルのアンチセンスオリゴヌクレオチド処理後の阻害%を定量するために使用する標準曲線を作成する。
(アポリポタンパク質B mRNAレベルのノーザンブロット分析)
アンチセンス処理の18時間後、細胞単層を、冷PBSで2回洗浄し、そして1mL RNAZOLTM(TEL−TEST ”B” Inc.,Friendswood,TX)中に溶解させた。全RNAを、製造業者の推奨するプロトコルに従って、調製した。20μgの全RNAを、MOPS緩衝液系(AMRESCO,Inc.Solon,OH)を使用して、1.1%ホルムアルデヒドを含む1.2%アガロースゲルを通す電気泳動によって分画した。RNAを、ノーザン/サザントランスファー緩衝液系(TEL−TEST ”B” Inc.,Friendswood,TX)を使用する一晩のキャピラリートランスファーによって、そのゲルからHYBONDTM−N+ナイロン膜(Amersham Pharmacia Biotech,Piscataway,NJ)に移した。RNAトランスファーを、UV可視化によって確認した。膜を、STRATALINKERTM UV Crosslinker 2400(Stratagene,Inc,La Jolla,CA)を使用するUV架橋によって固定し、次いで、ストリンジェントな条件についての製造業者の推奨を使用して、QUICKHYBTMハイブリダイゼーション溶液(Stratagene,La Jolla,CA)を使用してプロービングした。
(2’−MOEウィングとデオキシギャップとを有するキメラホスホロチオエートオリゴヌクレオチドによる、ヒトアポリポタンパク質B発現のアンチセンス阻害)
本発明に従って、公開された配列(GenBank登録番号NM_000384(本明細書中で配列番号3として援用される)を使用して、ヒトアポリポタンパク質B mRNAの異なる領域を標的とするように、一連のオリゴヌクレオチドを設計した。それらのオリゴヌクレオチドを表1に示す。「標的部位」とは、そのオリゴヌクレオチドが結合する特定の標的配列上で最初の(最も5’側の)ヌクレオチド番号を示す。表1におけるすべての化合物が、20ヌクレオチド長のキメラオリゴヌクレオチド(「ギャップマー(gapmer)」)であり、これは、10個の2’−デオキシヌクレオチドからなる中心「ギャップ」領域と、それに両方の側(5’方向および3’方向)で隣接する5ヌクレオチドの「ウィング(wing)」から構成されている。このウィングは、2’−メトキシエチル(2’−MOE)ヌクレオチドから構成されている。ヌクレオシド間(骨格)結合は、そのオリゴヌクレオチド全体にわたってホスホロチオエート(P=S)結合である。シチジン残基はすべて5’−メチルシチジンである。これらの化合物を、HepG2細胞におけるヒトアポリポタンパク質B mRNAレベルに対する効果について、本明細書中の他の実施例に記載されるような定量的リアルタイムPCRによって分析した。データは、2回の実験からの平均である。「N.D.」が存在する場合、それは「データなし」を示す。
(2’−MOEウィングとデオキシギャップとを有するキメラホスホロチオエートオリゴヌクレオチドによるヒトアポリポタンパク質B mRNAレベルの阻害)
(2’−MOEウィング(wing)とデオキシギャップとを有するキメラホスホロチオエートオリゴヌクレオチドによるヒトアポリポタンパク質B発現のアンチセンス阻害−用量応答研究)
本発明に従って、実施例15におけるアンチセンスオリゴヌクレオチドの部分集合を、用量応答研究においてさらに調査した。処理用量は、50nM、150nMおよび250nMであった。これらの化合物を、HepG2細胞におけるヒトアポリポタンパク質B mRNAレベルに対する効果について、本明細書中の他の実施例に記載されるような定量的リアルタイムPCRによって分析した。データは、2回の実験からの平均であり、そのデータを表2に示す。
(2’−MOEウィングとデオキシギャップとを有するキメラホスホロチオエートオリゴヌクレオチドによるヒトアポリポタンパク質B mRNAレベルの阻害)
(2’−MOEウィングとデオキシギャップとを有するキメラホスホロチオエートオリゴヌクレオチドによるマウスアポリポタンパク質B発現のアンチセンス阻害)
本発明に従って、公開された配列(GenBank登録番号M35186(本明細書中で配列番号10として援用される)を使用して、マウスアポリポタンパク質B mRNAの異なる領域を標的とする、一連のオリゴヌクレオチドを設計した。それらのオリゴヌクレオチドを表3に示す。「標的部位」とは、そのオリゴヌクレオチドが結合する特定の標的配列上で最初の(最も5’側の)ヌクレオチド番号を示す。表3におけるすべての化合物が、20ヌクレオチド長のキメラオリゴヌクレオチド(「ギャップマー(gapmer)」)であり、これは、10個の2’−デオキシヌクレオチドからなる中心「ギャップ」領域と、それに両方の側(5’方向および3’方向)で隣接する5ヌクレオチドの「ウィング(wing)」から構成されている。このウィングは、2’−メトキシエチル(2’−MOE)ヌクレオチドから構成されている。ヌクレオシド間(骨格)結合は、そのオリゴヌクレオチド全体にわたってホスホロチオエート(P=S)結合である。シチジン残基はすべて5’−メチルシチジンである。これらの化合物を、初代肝細胞におけるマウスアポリポタンパク質B mRNAレベルに対する効果について、本明細書中の他の実施例に記載されるような定量的リアルタイムPCRによって分析した。データは、2回の実験からの平均である。「N.D.」が存在する場合、それは「データなし」を示す。
(2’−MOEウィングとデオキシギャップとを有するキメラホスホロチオエートオリゴヌクレオチドによるマウスアポリポタンパク質B mRNAレベルの阻害)
(2’−MOEウィングとデオキシギャップとを有するキメラホスホロチオエートオリゴヌクレオチドによるマウスアポリポタンパク質B発現のアンチセンス阻害−用量応答研究)
本発明に従って、実施例17におけるアンチセンスオリゴヌクレオチドの部分集合を、用量応答研究においてさらに調査した。処理用量は、50nM、150nMおよび300nMであった。これらの化合物を、初代肝細胞におけるヒトアポリポタンパク質B mRNAレベルに対する効果について、本明細書中の他の実施例に記載されるような定量的リアルタイムPCRによって分析した。データは、2回の実験からの平均であり、そのデータを表4に示す。
(2’−MOEウィングとデオキシギャップとを有するキメラホスホロチオエートオリゴヌクレオチドによるマウスアポリポタンパク質B mRNAレベルの阻害)
(アポリポタンパク質Bタンパク質レベルのウェスタンブロット分析)
ウェスタンブロット分析(イムノブロット分析)を、標準的方法を使用して行った。細胞をオリゴヌクレオチド処理の16〜20時間後に採集し、PBSで1回洗浄し、Laemmli緩衝液(100μl/ウェル)中に懸濁し、5分間沸騰させ、そして16% SDS−PAGEゲル上にローディングした。ゲルを150Vにて1.5時間泳動させ、そしてウェスタンブロッティング用の膜にトランスファーした。アポリポタンパク質Bに対する適切な一次抗体を、その一次抗体種に対する放射標識二次抗体または蛍光標識二次抗体とともに使用した。バンドを、PHOSPHORIMAGERTM(Molecular Dynamics,Sunnyvale CA)を使用して可視化した。
(C57BL/6マウスにおけるアポリポタンパク質B(ISIS 147764)のアンチセンス阻害の効果:やせた動物対高脂肪食動物)
高脂血症誘導性アテローム性動脈硬化症性プラーク形成に対して感受性であると報告されている系統であるC57BL/6マウスを、以下の研究において使用して、やせたマウス対高脂肪食マウスにおける潜在的脂質減少化合物としてのアンチセンスオリゴヌクレオチドを評価した。
(やせたマウスおよび高脂肪マウスにおける、アポリポタンパク質B mRNAレベル、コレステロールレベル、脂質レベル、トリグリセリドレベル、肝臓酵素レベルおよびグルコースレベルに対するISIS 147764処理の効果)
(高脂肪食マウスに対するアポリポタンパク質B(ISIS 147764)のアンチセンス阻害効果;6週間時間経過研究)
本発明に従って、6週間の時間経過研究を実施して、高脂肪食マウスにおける脂質代謝およびグルコース代謝に対するISIS 147764の効果をさらに調査した。
(高脂肪食マウスにおけるアポリポタンパク質B(ISIS 147764)のアンチセンス阻害の効果−肝臓におけるmRNA発現)
高脂肪食(60% kcal脂肪)を与えた雄C57BL/6マウス(n=8)を、mRNA発現に対するISIS 147764の効果について6週間の時間経過にわたって評価した。コントロール動物には、生理食塩水処理(50mg/kg)を与えた。マウスに、一晩絶食させた後に、5mg/kg ISIS 147764(配列番号109)、25mg/kg ISIS 147764(配列番号109)、50mg/kg ISIS 147764(配列番号109)または生理食塩水(50mg/kg)を、3日間ごと(1週間に2回)に6週間、腹腔内投与した。研究終了時に、最後の注射の48時間後に動物を屠殺し、そして肝臓中の標的mRNAレベルについて評価した。ISIS 147764は、5mg/kg用量、25mg/kg用量、および50mg/kg用量において、mRNAレベルをそれぞれ15%、75%、および88%減少させる、用量応答効果を示した。
(血清中コレステロールレベルおよびトリグリセリドレベルに対するアポリポタンパク質B(ISIS 147764)のアンチセンス阻害の効果)
高脂肪食(60% kcal脂肪)を与えた雄C57BL/6マウス(n=8)を、血清中コレステロールレベルおよびトリグリセリドレベルに対するISIS 147764の効果について6週間の時間経過にわたって評価した。コントロール動物には、生理食塩水処理(50mg/kg)を与えた。マウスに、一晩絶食させた後に、5mg/kg ISIS 147764(配列番号109)、25mg/kg ISIS 147764(配列番号109)、50mg/kg ISIS 147764(配列番号109)または生理食塩水(50mg/kg)を、3日間ごと(1週間に2回)に6週間、腹腔内投与した。
(ISIS 147764によるマウスアポリポタンパク質Bコレステロールレベルの阻害パーセント)
(リポタンパク質レベルに対するアポリポタンパク質B(ISIS 147764)のアンチセンス阻害の効果)
高脂肪食(60% kcal脂肪)を与えた雄C57BL/6マウス(n=8)を、リポタンパク質(VLDL、LDL、およびHDL)レベルに対するISIS 147764の効果について6週間の時間経過にわたって評価した。コントロール動物には、生理食塩水処理(50mg/kg)を与えた。マウスに、一晩絶食させた後に、5mg/kg ISIS 147764(配列番号109)、25mg/kg ISIS 147764(配列番号109)、50mg/kg ISIS 147764(配列番号109)または生理食塩水(50mg/kg)を、3日間ごと(1週間に2回)に6週間、腹腔内投与した。
(アトロバスタチンと比較した、ISIS 147764によるマウスアポリポタンパク質Bリポタンパク質レベルの阻害パーセント)
(血清中ASTレベルおよび血清中ALTレベルに対するアポリポタンパク質B(ISIS 147764)のアンチセンス阻害の効果)
高脂肪食(60% kcal脂肪)を与えた雄C57BL/6マウス(n=8)を、肝臓酵素(ASTおよびALT)レベルに対するISIS 147764の効果について6週間の時間経過にわたって評価した。コントロール動物には、生理食塩水処理(50mg/kg)を与えた。マウスに、一晩絶食させた後に、5mg/kg ISIS 147764(配列番号109)、25mg/kg ISIS 147764(配列番号109)、50mg/kg ISIS 147764(配列番号109)または生理食塩水(50mg/kg)を、3日間ごと(1週間に2回)に6週間、腹腔内投与した。ASTレベルおよびALTレベルを、6週間目に測定した。
(血清中グルコースレベルに対するアポリポタンパク質B(ISIS 147764)のアンチセンス阻害の効果)
高脂肪食(60% kcal脂肪)を与えた雄C57BL/6マウス(n=8)を、血清中グルコースレベルに対するISIS 147764の効果について6週間の時間経過にわたって評価した。コントロール動物には、生理食塩水処理(50mg/kg)を与えた。マウスに、一晩絶食させた後に、5mg/kg ISIS 147764(配列番号109)、25mg/kg ISIS 147764(配列番号109)、50mg/kg ISIS 147764(配列番号109)または生理食塩水(50mg/kg)を、3日間ごと(1週間に2回)に6週間、腹腔内投与した。
(体重、脾臓重量、肝臓重量および脂肪パッド重量に対するアポリポタンパク質B(ISIS 147764)のアンチセンス阻害の効果)
高脂肪食(60% kcal脂肪)を与えた雄C57BL/6マウス(n=8)を、体重、脾臓重量、肝臓重量および脂肪パッド重量に対するISIS 147764の効果について6週間の時間経過にわたって評価した。コントロール動物には、生理食塩水処理(50mg/kg)を与えた。マウスに、一晩絶食させた後に、5mg/kg ISIS 147764(配列番号109)、25mg/kg ISIS 147764(配列番号109)、50mg/kg ISIS 147764(配列番号109)または生理食塩水(50mg/kg)を、3日間ごと(1週間に2回)に6週間、腹腔内投与した。
(体重または器官重量に対するマウスアポリポタンパク質Bのアンチセンス阻害の効果)
(B6.129P−Apoetm1Uncノックアウトマウスにおけるアポリポタンパク質B(ISIS 147764)のアンチセンス阻害の効果:やせた動物対高脂肪食動物)
Jackson Laboratory(Bar Harbor,ME)から得たB6.129P−Apoetm1Uncノックアウトマウス(本明細書中でApoEノックアウトマウスと呼ぶ)は、Apoetm1Unc変異についてホモ接合性であり、年齢によっても性別によっても影響を受けない全血漿コレステロールレベルの顕著な増加を示す。これらの動物は、3ヶ月齢にて、近位大動脈中に脂肪線条を示す。これらの病変は、年齢とともに増加し、そして脂質が少ないがより細長い細胞を含む病変(アテローム性動脈硬化症性病変のより進行した病期特有である)へと進行する。
(ApoEノックアウトマウスにおけるアポリポタンパク質B mRNAレベル、コレステロールレベル、グルコースレベル、脂質レベル、トリグリセリドレベルおよび肝臓酵素レベルに対する、ISIS 147764処理の効果)
(2’−MOEウィングおよびデオキシギャップを持つキメラホスホロチオエートオリゴヌクレオチドによるヒトアポリポタンパク質B発現のアンチセンス阻害:追加オリゴヌクレオチド)
本発明によれば、公開されている配列(GenBank受託番号NM000384.1、本明細書では配列番号3として援用する)を用いて、別系列のオリゴヌクレオチドを設計してヒトアポリポタンパク質B RNAの異なる領域を標的にする。オリゴヌクレオチドを表10に示す。「標的部位(target site)」は、オリゴヌクレオチドが結合する特定の標的配列上の第1の(5’最末端の)ヌクレオチド番号を示す。表10のすべての化合物が20ヌクレオチド長のキメラオリゴヌクレオチド(ギャップマー(gapmer))であり、10個の2’−デオキシヌクレオチドからなる中央「ギャップ」領域から構成され、該領域の両側(5’方向および3’方向)に5ヌクレオチドの「ウィング」が隣接している。これらのウィングは、2’−メトキシエチル(2’−MOE)ヌクレオチドから構成される。ヌクレオシド間(主鎖)結合は、オリゴヌクレオチドの全体にわたって、ホスホロチオエート(P=S)である。全てのシチジン残基は、5−メチルシチジンである。これらの化合物を、本明細書中の他の実施例で述べられるように、定量的リアルタイムPCRによってHepG2細胞でのヒトアポリポタンパク質B mRNAレベルに対する該化合物の効果について分析した。データは、HepG2細胞を表10に示す150nMの化合物で処理した2回の実験から得られた平均値である。「N.D.」が表示されている場合、これは「データ無し」を示す。
(2’−MOEウィングおよびデオキシギャップを有するキメラホスホロチオエートオリゴヌクレオチドによるヒトアポリポタンパク質B mRNAレベルの阻害)
(アポリポタンパク質Bのアンチセンス阻害−ジーンウオーク(gene walk))
本発明にもとづいて、別系列のオリゴヌクレオチドを設計してヒトアポリポタンパク質B RNA(GenBank受託番号NM000384.1、本明細書では配列番号3として援用)の複数の領域(配列番号が224または247である標的部位の近傍)を標的にする「ジーンウオーク(gene walk)」を実施した。上記オリゴヌクレオチドを表11に示す。「標的部位(target site)」は、オリゴヌクレオチドが結合する特定の標的配列上の第1(5’−末端)のヌクレオチド番号を示す。表11のすべての化合物が20ヌクレオチド長のキメラオリゴヌクレオチド(ギャップマー(gapmer))であり、10個の2’−デオキシヌクレオチドからなる中央「ギャップ」領域から構成され、該領域の両側(5’方向および3’方向)に5ヌクレオチドの「ウィング」が隣接している。これらのウィングは、2’−メトキシエチル(2’−MOE)ヌクレオチドから構成される。ヌクレオシド間(主鎖)結合は、オリゴヌクレオチドの全体にわたって、ホスホロチオエート(P=S)である。全てのシチジン残基は、5−メチルシチジンである。これらの化合物を、本明細書中の他の実施例で述べられるように、定量的リアルタイムPCRによってHepG2細胞でのヒトアポリポタンパク質B mRNAレベルに対する該化合物の効果について分析した。処理用量は、50nMおよび150nMであり、表11に示される。データは、2回の実験から得られた平均値である。「N.D.」が表示されている場合、これは「データ無し」を示す。
(2’−MOEウィングおよびデオキシギャップを有するキメラホスホロチオエートオリゴヌクレオチドによるヒトアポリポタンパク質B mRNAレベルの阻害 − ジーンウオーク)
(2’−MOEウィングおよびデオキシギャップを持つキメラホスホロチオエートオリゴヌクレオチドによるヒトアポリポタンパク質B発現のアンチセンス阻害:GenBank受託番号M14162.1の標的化)
本発明によれば、公開されている配列(GenBank受託番号M14162.1、本明細書では配列番号318として援用する)を用いて、別系列のオリゴヌクレオチドを設計してヒトアポリポタンパク質B RNAの異なる領域を標的にする。オリゴヌクレオチドを表12に示す。「標的部位」は、オリゴヌクレオチドが結合する特定の標的配列上の第1の(5’最末端の)ヌクレオチド番号を示す。表12のすべての化合物が20ヌクレオチド長のキメラオリゴヌクレオチド(ギャップマー)であり、10個の2’−デオキシヌクレオチドからなる中央「ギャップ」領域から構成され、該領域の両側(5’方向および3’方向)に5ヌクレオチドの「ウィング」が隣接している。これらのウィングは、2’−メトキシエチル(2’−MOE)ヌクレオチドから構成される。ヌクレオシド間(主鎖)結合は、オリゴヌクレオチドの全体にわたって、ホスホロチオエート(P=S)である。全てのシチジン残基は、5−メチルシチジンである。これらの化合物を、本明細書中の他の実施例で述べられるように、定量的リアルタイムPCRによってHepG2細胞でのヒトアポリポタンパク質B mRNAレベルに対する該化合物の効果について分析した。データは、HepG2細胞を表12に示す150nMの化合物で処理した2回の実験から得られた平均値である。「N.D.」が表示されている場合、これは「データ無し」を示す。
(2’−MOEウィングおよびデオキシギャップを有するキメラホスホロチオエートオリゴヌクレオチドによるヒトアポリポタンパク質B mRNAレベルの阻害)
(ヒトアポリポタンパク質Bのアンチセンス阻害−GenBank受託番号M14162.1を標的とするジーンウオーク)
本発明にもとづいて、別系列のオリゴヌクレオチドを設計してヒトアポリポタンパク質B RNA(GenBank受託番号14162.1、本明細書では配列番号318として援用)の複数の領域(配列番号が319である標的部位の近傍)を標的にする「ジーンウオーク(gene walk)」を実施した。上記オリゴヌクレオチドを表13に示す。「標的部位」は、オリゴヌクレオチドが結合する特定の標的配列上の第1(5’−末端)のヌクレオチド番号を示す。表13のすべての化合物が20ヌクレオチド長のキメラオリゴヌクレオチド(ギャップマー)であり、10個の2’−デオキシヌクレオチドからなる中央「ギャップ」領域から構成され、該領域の両側(5’方向および3’方向)に5ヌクレオチドの「ウィング」が隣接している。これらのウィングは、2’−メトキシエチル(2’−MOE)ヌクレオチドから構成される。ヌクレオシド間(主鎖)結合は、オリゴヌクレオチドの全体にわたって、ホスホロチオエート(P=S)である。全てのシチジン残基は、5−メチルシチジンである。これらの化合物を、本明細書中の他の実施例で述べられるように、定量的リアルタイムPCRによってHepG2細胞でのヒトアポリポタンパク質B mRNAレベルに対する該化合物の効果について分析した。処理用量は、50nMおよび150nMであり、表13に示される。データは、2回の実験から得られた平均値である。「N.D.」が表示されている場合、これは「データ無し」を示す。
(2’−MOEウィングおよびデオキシギャップを有するキメラホスホロチオエートオリゴヌクレオチドによるヒトアポリポタンパク質B mRNAレベルの阻害)
(2’−MOEウィングおよびデオキシギャップを持つキメラホスホロチオエートオリゴヌクレオチドによるヒトアポリポタンパク質B発現のアンチセンス阻害:ゲノム配列の標的化)
本発明によれば、公開されている配列(ゲノム配列を表すGenBank受託番号MT_022227.9のヌクレオチド39835ないし83279の相補体、本明細書では配列番号334として援用する)を用いて、別系列のオリゴヌクレオチドを設計してヒトアポリポタンパク質B RNAの異なる領域を標的にする。オリゴヌクレオチドを表14に示す。「標的部位」は、オリゴヌクレオチドが結合する特定の標的配列上の第1の(5’最末端の)ヌクレオチド番号を示す。表14のすべての化合物が20ヌクレオチド長のキメラオリゴヌクレオチド(ギャップマー)であり、10個の2’−デオキシヌクレオチドからなる中央「ギャップ」領域から構成され、該領域の両側(5’方向および3’方向)に5ヌクレオチドの「ウィング」が隣接している。これらのウィングは、2’−メトキシエチル(2’−MOE)ヌクレオチドから構成される。ヌクレオシド間(主鎖)結合は、オリゴヌクレオチドの全体にわたって、ホスホロチオエート(P=S)である。全てのシチジン残基は、5−メチルシチジンである。これらの化合物を、本明細書中の他の実施例で述べられるように、定量的リアルタイムPCRによってHepG2細胞でのヒトアポリポタンパク質B mRNAレベルに対する該化合物の効果について分析した。データは、HepG2細胞を表14に示す150nMの化合物で処理した2回の実験から得られた平均値である。「N.D.」が表示されている場合、これは「データ無し」を示す。
(2’−MOEウィングおよびデオキシギャップを有するキメラホスホロチオエートオリゴヌクレオチドによるヒトアポリポタンパク質B mRNAレベルの阻害)
(2’−MOEウィングおよびデオキシギャップを持つキメラホスホロチオエートオリゴヌクレオチドによるヒトアポリポタンパク質B発現のアンチセンス阻害 − GenBank受託番号AI249040.1)
本発明によれば、公開されている配列(GenBank受託番号AI249040.1を持つ配列の相補体、本明細書では配列番号503として援用する)を用いて、別系列のオリゴヌクレオチドを設計してヒトアポリポタンパク質B RNAの異なる領域を標的にする。オリゴヌクレオチドを表15に示す。「標的部位」は、オリゴヌクレオチドが結合する特定の標的配列上の第1の(5’最末端の)ヌクレオチド番号を示す。表15のすべての化合物が20ヌクレオチド長のキメラオリゴヌクレオチド(ギャップマー)であり、10個の2’−デオキシヌクレオチドからなる中央「ギャップ」領域から構成され、該領域の両側(5’方向および3’方向)に5ヌクレオチドの「ウィング」が隣接している。これらのウィングは、2’−メトキシエチル(2’−MOE)ヌクレオチドから構成される。ヌクレオシド間(主鎖)結合は、オリゴヌクレオチドの全体にわたって、ホスホロチオエート(P=S)である。全てのシチジン残基は、5−メチルシチジンである。これらの化合物を、本明細書中の他の実施例で述べられるように、定量的リアルタイムPCRによってHepG2細胞でのヒトアポリポタンパク質B mRNAレベルに対する該化合物の効果について分析した。データは、HepG2細胞を表15に示す150nMの化合物で処理した2回の実験から得られた平均値である。「N.D.」が表示されている場合、これは「データ無し」を示す。
(2’−MOEウィングおよびデオキシギャップを有するキメラホスホロチオエートオリゴヌクレオチドによるヒトアポリポタンパク質B mRNAレベルの阻害)
(2’−MOEウィングおよびデオキシギャップを持つキメラホスホロチオエートオリゴヌクレオチドによるヒトアポリポタンパク質B発現のアンチセンス阻害 − ギャップの位置での変異)
本発明によれば、公開されている配列(GenBank受託番号NM_000384.1、本明細書では配列番号3として援用する)を用いて、別系列のオリゴヌクレオチドを設計してヒトアポリポタンパク質B RNAの異なる領域を標的にする。化合物を表16に示す。「標的部位」は、オリゴヌクレオチドが結合する特定の標的配列上の第1の(5’最末端の)ヌクレオチド番号を示す。表16のすべての化合物が20ヌクレオチド長のキメラオリゴヌクレオチド(ギャップマー)である。「ギャップ」領域は、2’−デオキシヌクレオチドから構成され、該領域の片側または両側(5’方向および3’方向)に2’−メトキシエチル(2’−MOE)ヌクレオチドから構成される「ウィング」が隣接している。2’−MOEヌクレオチドの全数が常に10に等しく、かつキメラオリゴヌクレオチドの全長が20ヌクレオチドである。「ギャップ構造」および「2’−デオキシヌクレオチド」を太字で示すことで、各オリゴヌクレオチドの正確な構造を表16に示した。例えば、8〜10〜2の設計は、第1の(5’最末端の)8ヌクレオチドおよび最後の(3’最末端の)2ヌクレオチドが2’−MOEヌクレオチドであり、ギャップにある10ヌクレオチドが2’−デオキシヌクレオチドである。ヌクレオシド間(主鎖)結合は、オリゴヌクレオチドの全体にわたって、ホスホロチオエート(P=S)である。全てのシチジン残基は、5−メチルシチジンである。これらの化合物を、本明細書中の他の実施例で述べられるように、定量的リアルタイムPCRによってHepG2細胞でのヒトアポリポタンパク質B mRNAレベルに対する該化合物の効果について分析した。データ(表16に示す)は、HepG2細胞を50nMおよび150nMの用量の本発明のアンチセンスオリゴヌクレオチドで処理した3回の実験から得られた平均値である。「N.D.」が表示されている場合、これは「データ無し」を示す。
(2’−MOEウィングおよび可変デオキシギャップを有するキメラホスホロチオエートオリゴヌクレオチドによるヒトアポリポタンパク質B mRNAレベルの阻害)
(2’−MOEウィングおよびデオキシギャップを持つキメラホスホロチオエートオリゴヌクレオチドによるヒトアポリポタンパク質B発現のアンチセンス阻害 −配列番号319および515の位置での変異)
本発明に従って、ギャップ構造に変異を持つ一連のアンチセンス化合物を配列番号319および515を基づいて設計した。これらの化合物を表17に示す。「標的部位」は、化合物が結合する特定の標的配列上の第1の(5’最末端の)ヌクレオチド番号を示す。表17のすべての化合物が20ヌクレオチド長のキメラオリゴヌクレオチド(ギャップマー)である。「ギャップ」領域は、2’−デオキシヌクレオチドからなり、2’−メトキエチル(2’−MOE)ヌクレオチドから構成される「ウィング」が、片方または両側(5’および3’方向)に隣接している。ギャップの各々の側にある2’−MOEヌクレオチドの数は、2’−MOEヌクレオチドの合計が常に10に等しく、かつキメラオリゴヌクレオチドの全長が20ヌクレオチドとなるように、変動する。「ギャップ構造」および「2’−デオキシヌクレオチド」を太字で示すことで、各オリゴヌクレオチドの正確な構造を表17に示した。例えば、8〜10〜2の設計は、第1の(5’最末端の)8ヌクレオチドおよび最後の(3’最末端の)2ヌクレオチドが2’−MOEヌクレオチドであり、ギャップにある10ヌクレオチドが2’−デオキシヌクレオチドであることを示す。ヌクレオシド間(主鎖)結合は、オリゴヌクレオチドの全体にわたって、ホスホロチオエート(P=S)である。全てのシチジン残基は、5−メチルシチジンである。これらの化合物を、本明細書中の他の実施例で述べられるように、定量的リアルタイムPCRによってHepG2細胞でのヒトアポリポタンパク質B mRNAレベルに対する該化合物の効果について分析した。データ(表17に示す)は、HepG2細胞を50nMおよび150nMの用量の本発明のアンチセンスオリゴヌクレオチドで処理した3回の実験から得られた平均値である。「N.D.」が表示されている場合、これは「データ無し」を示す。
(2’−MOEウィングおよび可変デオキシギャップを有するキメラホスホロチオエートオリゴヌクレオチドによるヒトアポリポタンパク質B mRNAレベルの阻害)
(アポリポタンパク質Bで同定された好ましい標的セグメントの配列および位置)
(ヒトアポリポタンパク質B発現のアンチセンス阻害 − オリゴヌクレオチドの用量応答)
本発明に従って、実施例29および31に記載した12オリゴヌクレオチドを、用量応答試験でさらに調べた。この試験で用いた対照オリゴヌクレオチドは、ISIS 18076(配列番号805)およびISIS 13650(配列番号806)であった。
(2’−MOEウィングおよびデオキシギャップを持つキメラホスホロチオエートオリゴヌクレオチドによるアポリポタンパク質B mRNAレベルの阻害 − 用量応答)
(ヒトアポリポタンパク質B発現のアンチセンス阻害 − 用量応答 − 低用量範囲)
本発明に従って、実施例29、31、35、および36に記載した7オリゴヌクレオチドを、用量応答試験でさらに調べた。この試験で用いた対照オリゴヌクレオチドは、ISIS 18076(配列番号805)、ISIS 13650(配列番号806)、およびISIS 129695(配列番号807)であった。
(2’−MOEウィングおよびデオキシギャップを持つホスホロチオエートオリゴヌクレオチドによるアポリポタンパク質B mRNAのレベルの阻害 − 用量応答)
(RNA合成)
一般に、RNA合成化学は、戦略的中間反応での種々の保護基の選択的取り込みに基づいている。有機合成で保護基を使用することは、当業者が理解することではあるが、保護基の有用な種類としてシリルエーテル類があげられる。特に、大きなシリルエーテル類は2’−ヒドロキシル上の酸に不安定なオルトエステル保護基との組み合わせで5’−ヒドロキシルを保護するのに用いられる。このような組みを成した保護基を次に標準固相合成技術とともに用いる。他の全ての合成ステップの後、最後に酸性の不安定なオルソエステル保護基を除去することが重要である。さらに、合成過程でシリル保護基を早めに使用することで、望ましくない2’−ヒドロキシルの脱保護を生ずることなく、必要に応じた容易な除去が確実になる。
(アポリポタンパク質Bを標的とする二重鎖アンチセンス化合物の設計およびスクリーニング)
本発明に従って、本発明のアンチセンス化合物を含む一連の核酸二重鎖とそれらの相補体とを、アポリポタンパク質Bを標的とするために設計する。二重鎖のアンチセンス鎖の核酸塩基配列は、本明細書に記載したオリゴヌクレオチドの少なくとも一部を含む。1種類以上の天然または修飾核酸塩基を付加することで、上記鎖の末端を修飾して突出部分を形成することができる。つぎに、dsRNAのセンス鎖をアンチセンスの相補体として設計および合成する。このセンス鎖は、いずれかの末端に対する修飾または付加を含むものであってもよい。例えば、一実施形態では、dsRNA二重鎖の両鎖が、中心にある複数の核酸塩基にわたって相補的であり、各々が一方の終端または両方の終端で突出部分を持つことになる。二重鎖のアンチセンスおよびセンス鎖は、約17ないし25ヌクレオチド、または約19ないし23ヌクレオチドから構成される。あるいは、アンチセンスおよびセンス鎖は、20、21、または22ヌクレオチドから構成される。
cgagaggcggacgggaccgTT アンチセンス鎖
|||||||||||||||||||
TTgctctccgcctgccctggc 相補体
。
cgagaggcggacgggaccg アンチセンス鎖
|||||||||||||||||||
gctctccgcctgccctggc 相補体
。
(アポリポタンパク質B阻害剤を使用するための表現型アッセイの設計および生体内(in vivo)試験)
(表現型アッセイ)
アポリポタンパク質B阻害剤が本明細書に開示された方法によって同定され次第、該化合物を1種類以上の表現型アッセイでさらに調べ、各々が特定の症状または状態の処理に有効であることを予示する測定可能な指標を持つ。表現型アッセイ、該アッセイの使用のためのキットおよび試薬は、当業者に周知であり、本明細書では健康および疾患状態でのアポリポタンパク質Bの役割および/または関連を調べるために用いられる。代表的な表現型アッセイ(いくつかの製造業者のいずれからでも購入することができる)として、細胞生存率、細胞毒性、増殖、または細胞の生存を測定するもの(Molecular Probes,Eugene,OR;PerkinElmer,Boston,MA)、酵素アッセイ等のタンパク質をベースとしたアッセイ(Panvera,LLC,Madison,WI;BD Biosciences,Franklin Lakes,NJ;Oncogene Research Products,San Diego,CA)、細胞制御、シグナル伝達、炎症、酸化的プロセス、およびアポトーシス (Assay Designs Inc.,Ann Arbor,MI)、トリグリセリドアキュミュレーション(Sigma−Aldrich,St.Louis,MO)、血管形成アッセイ、管形成アッセイ、サイトカインおよびホルモンアッセイ、ならびに代謝アッセイ(Chemicon International Inc.,Temecula,CA;Amersham Biosciences,Piscataway,NJ)が挙げられる。
本明細書に記載したインビボ試験の個々の被験体は、温血脊椎動物であり、ヒトも含まれる。
(2’−MOEウィングとデオキシギャップとを持つキメラホスホロチオエートオリゴヌクレオチドによるウサギアポリポタンパク質B発現のアンチセンス阻害)
本発明に従って、ウサギアポリポタンパク質Bの異なる領域を標的とするために、一連のオリゴヌクレオチドを設計した。この設計にあたっては、公開された配列を用いた(GenBank受託番号X07480.1(本明細書では配列番号808として援用)、GenBank受託番号M17780.1(本明細書では配列番号809として援用))、さらに既に記載したウサギアポリポタンパク質BのmRNAを表現するプライマー(Tanaka,Journ.Biol.Chem.,1993,268,12713−12718)を用いて一配列を誘導した(本明細書では配列番号810として援用))。オリゴヌクレオチドを表21に示す。「標的部位」は、オリゴヌクレオチドが結合する特定の標的配列上の第1の(5’最末端の)ヌクレオチド番号を示す。表21のすべての化合物が20ヌクレオチド長のキメラオリゴヌクレオチド(ギャップマー)であり、10個の2’−デオキシヌクレオチドからなる中央「ギャップ」領域から構成され、該領域の両側(5’方向および3’方向)に5ヌクレオチドの「ウィング」が隣接している。これらのウィングは、2’−メトキシエチル(2’−MOE)ヌクレオチドから構成される。ヌクレオシド間(主鎖)結合は、オリゴヌクレオチドの全体にわたって、ホスホロチオエート(P=S)である。全てのシチジン残基は、5−メチルシチジンである。これらの化合物を、本明細書中の他の実施例で述べられるように、定量的リアルタイムPCRによってウサギ一次肝細胞でのアポリポタンパク質B mRNAレベルに対する該化合物の効果について分析した。ウサギ一次肝細胞を表21に示す150nMの化合物で処理した。ウサギアポリポタンパク質Bに関して、PCRプライマーを、
順方向プライマー:AAGCACCCCCAATGTCACC(配列番号811)および逆方向プライマー:GGGATGGCAGAGCCAATGTA(配列番号812)
とし、さらにPCRプローブをFAM−TCCTGGATTCAAGCTTCTATGTGCCTTCA−TAMRA(配列番号813)とした。ここで、FAM(PE−Applied Biosystems、Foster City,CA)は蛍光レポーター色素であり、TAMRA(PE−Applied Biosystems、Foster City,CA)はクエンチャー色素である。データは、2回の実験から得られた平均値である。「N.D.」が表示されている場合、これは「データ無し」を示す。
(2’−MOEウィングとデオキシギャップとを持つキメラホスホロチオエートオリゴヌクレオチドによるウサギアポリポタンパク質B mRNAレベルの阻害)
(2’−MOEウィングとデオキシギャップとを持つキメラホスホロチオエートオリゴヌクレオチドによるウサギアポリポタンパク質B発現のアンチセンス阻害 − 用量応答試験)
本発明に従って、実施例42のアンチセンスオリゴヌクレオチドのサブセットを、用量応答試験でさらに調べた。処理用量を10、50、150、および300nMとした。ISIS 233160(配列番号324)、ISIS 233166(配列番号830)、ISIS 233172(配列番号835)、ISIS 233175(配列番号838)、およびISIS 233183(配列番号846)を、本明細書中の他の実施例で述べられるように、定量的リアルタイムPCRによってウサギ一次肝細胞でのアポリポタンパク質B mRNAレベルに対する該化合物の効果について分析した。データは、2回の実験から得られた平均値であり、表22に示す。
(2’−MOEウィングとデオキシギャップとを持つキメラホスホロチオエートオリゴヌクレオチドによるウサギアポリポタンパク質B発現の阻害)
(LDLr−/−マウスでのアポリポタンパク質Bのアンチセンス阻害の効果 − 用量応答)
アポリポタンパク質B mRNAを修飾できないことから全くアポリポタンパク質B−100のみ合成する株であるLDL受容体欠損マウス(LDLr(−/−)マウス)は、著しく上昇したLDLコレステロールおよびアポリポタンパク質B−100のレベルが著しく上昇し、広範囲にわたるアテローム性動脈硬化を呈する。
(アポリポタンパク質B mRNA、肝臓酵素、コレステロール、およびトリグリセリドのレベルに対するオスおよびメスのLDLr−/−マウスでのISIS 147764処理の効果)
(カニクイザルでのアポリポタンパク質Bのアンチセンス阻害の効果)
アテローム誘発食を与えられたカニクイザルは、ヒトのアテローム性動脈硬化と多くの類似性があるアテローム性動脈硬化を発症する。メスのカニクイザルは、リポタンパク質および心血管系でヒトといくつかの類似性を共有する。これらの特徴に加え、類似点が生殖生物学にある。カニクイザルのメスは、女性の場合と同様に月経周期が28日である。血漿ホルモン濃度の測定は、カニクイザルの月経周期全体を通じておこない、卵胞期および黄体期の継続期間、該周期中の血漿エストラジオールおよびプロゲステロン濃度もまた、女性のものと著しく類似している。
(カニクイザル(Macaca fascicularis)アポリポタンパク質Bの好ましい標的セグメントの配列決定)
本発明に従って、当技術分野で入手不可能なカニクイザルアポリポタンパク質Bの一部分を増幅した。ヒトアポリポタンパク質B mRNA配列(GenBank受託番号NM_000384.1、本明細書では配列番号3として援用)の位置2920ないし3420は、ISIS 301012がハイブリダイズする好ましい標的セグメントを含むことから、カニクイサルのアポリポタンパク質B mRNAの対応セグメントを増幅して、その配列を決定した。ヒトアポリポタンパク質BにおいてISIS 301012にハイブリダイズする部位の増幅を、5’側位置2920と3’側位置3420とにプライマーを置くことよって、おこなった。カニクイザル肝細胞をIn Vitro Technologies (Gaithersburg,MD)から購入した。500bpフラグメントをヒトおよびカニクイザル1°肝細胞cDNAを用いて生産し、また精製された全RNAの逆転写とそれに続く40ラウンドのPCR増幅によって生産した。ヒトおよびカニクイザルの単位複製配列のゲル精製に続いて、各生成物の正方向および逆方向の配列決定反応をRetrogen(Invitrogenのキットを用いて単鎖cDNAを生成し、Amplitaq PCR反応のための試薬を提供)によっておこなった。本明細書では、このカニクイザル配列を配列番号855として援用するもので、該カニクイザル配列はヒトアポリポタンパク質B mRNAの位置2920ないし3420と96%相同である。
(C57BL/6NTac−TgN(APOB100)標的マウスでのヒトアポリポタンパク質B遺伝子のアンチセンス阻害の効果(ISIS 281625および301012))
C57BL/6NTac−TgN(APOB100)トランスジェニックマウスは、導入(「ノックイン」)されたヒトアポリポタンパク質B遺伝子を有する。該マウスは、高レベルのヒトアポリポタンパク質B100を発現し、LDLコレステロールの血清レベルが上昇したマウスを生ずる。これらのマウスは、上昇したLDLコレステロールレベルとアテローム性動脈硬化のリスクとを減少させる化合物の同定および評価に有用である。高脂肪コレステロール食餌を与えた場合、これらのマウスは、内皮の下に横たわり、かつ中膜内にある泡末細胞の著しい蓄積を生じ、対照群の動物よりも著しく複雑なアテローム硬化型の病変を持つ。
(マウスでのISIS 281625および301012処理のアポリポタンパク質B mRNA、肝臓酵素、コレステロール、およびトリグリセリドレベルに対する効果)
(C57BL/6マウスでのアポリポタンパク質B(ISIS 233172、233175、281625、301012、および301027)のアンチセンス阻害の効果)
C57BL/6マウス(高脂血症によって誘発されたアテローム硬化型プラーク形成に感受性であると報告された株)を、ヒトまたはウサギのアポリポタンパク質Bを標的とするいくつかのアンチセンスオリゴヌクレオチドのマウスでの毒性を評価する以下の試験に用いた。
(マウスアポリポタンパク質B mRNA、肝臓酵素、コレステロール、トリグリセリドレベルに対するヒトまたはウサギアポリポタンパク質Bを標的化したアンチセンスオリゴヌクレオチドの効果)
(2つの異なる用量でのオリゴヌクレオチドの経時的評価)
C57BL/6マウス(高脂血症によって誘発されたアテローム硬化型プラーク形成に感受性であると報告された株)を、ヒトアポリポタンパク質Bを標的とするいくつかのアンチセンスオリゴヌクレオチドのマウスでの毒性を評価する以下の試験に用いた。
(2および4週間後のISIS 281625、301012、または301027で処理したマウスでのASTおよびATLレベル)
(ob/obマウスでのアポリポタンパク質B(ISIS 147483および147764)のアンチセンス阻害の効果)
レプチンは、食欲を調整する脂肪によって生産されるホルモンである。このホルモンがヒトおよびヒト以外の動物で欠乏すると肥満なる。ob/obマウスは、肥満および高血糖が生ずるレプチン遺伝子の突然変異を有する。それなりに、これらのマウスは、肥満および糖尿病の試験、さらにはそれらの状態を処理するように設計された処理にとって、有用なモデルである。
(ob/obマウスでのISIS 147483および147764処理のアポリポタンパク質B mRNA、コレステロール、脂質、トリグリセリド、肝臓酵素、グルコース、およびPTENレベルの効果)
(高脂肪摂食マウスでのアポリポタンパク質Bのアンチセンス阻害:時間依存効果)
本発明の別の実施形態では、マウスでのアポリポタンパク質B mRNAレベルを、肝臓オリゴヌクレオチド濃度、全コレステロール、LDLコレステロール、およびHDLコレステロールと比較した。高脂肪食餌(60%)を与えられたオスC57B1/6マウスを、6週間にわたって、50mg/kgのISIS 147764(配列番号109)または50mg/kgの対照オリゴヌクレオチドISIS 141923(配列番号858)を腹腔内に週に2回注射することによる処理の効果について評価した。対照動物に対して、生理食塩水による処理を施した。2日間の処理後ならびに1、2、4、および6週間の処理後に、動物を犠牲にした。各時点での各処理群のマウスの数を8匹とした。
(ISIS 147764処理中の肝臓薬物濃度と、アポリポタンパク質B mRNA発現と、血清脂質との相関関係)
(投薬停止後の肝臓薬物濃度と、アポリポタンパク質B mRNA発現と、血清脂質との相関)
(C57BL/6NTac−TgN(APOB100)トランスジェニックマウスでの301012によるヒトアポリポタンパク質B遺伝子のアンチセンス阻害の効果:投薬試験)
C57BL/6NTac−TgN(APOB100)トランスジェニックマウスは、導入(「ノックイン」)されたヒトアポリポタンパク質B遺伝子を有する。該マウスは、高レベルのヒトアポリポタンパク質B100を発現し、LDLコレステロールの血清レベルが上昇したマウスを生ずる。これらのマウスは、上昇したLDLコレステロールレベルとアテローム性動脈硬化のリスクとを減少させる化合物の同定および評価に有用である。高脂肪コレステロール食餌を与えた場合、これらのマウスは、内皮の下に横たわり、かつ中膜内にある泡末細胞の著しい蓄積を生じ、対照群の動物よりも著しく複雑なアテローム斑の病変を持つ。
(ISIS 301012処理後のトランスジェニックマウス血清でのヒトアポリポタンパク質Bタンパク質の減少)
(ヒトアポリポタンパク質Bトランス遺伝子マウスの血清脂質に対するISIS 301012の効果)
(トランスジェニックマウスでのヒトおよびマウスアポリポタンパク質B mRNAレベルに対するISIS 301012の効果)
(ISIS 301012のインビトロ免疫活性化効果の評価)
免疫活性化活性は、炎症誘発性因子への暴露に対するサイトカインの生産によって定義される。本発明のさらに別の実施形態では、ISIS 301012を免疫活性化(または炎症誘発性)活性について試験した。これらの試験は、MDS Pharma Services (Saint Germain sur l’Arbresle,France)によっておこなわれた。ウイルス、化学、または放射線による処理を故意に受けていない野生型B6C3F1マウスから全血を採取した。培養血液細胞を0.5、5、または50μMのISIS 301012に対して、14ないし16時間にわたって晒した。炎症誘発活性を持つことが知られているアンチセンスオリゴヌクレオチドを正の対照群として用いた。各々の処理を三回繰り返しておこなった。処理期間が終わる時点で、上清を採取し、マウス炎症CBAキット(Becton Dickinson,Franklin Lakes,NJ)によってフローサイトメトリー法を用いて、サイトカイン分析をおこなった。結果は、ISIS 301012は、試験したサイトカイン(インターロイキン−12p70(IL−12p70)、腫瘍壊死因子アルファ(TNF−α)、インターフェロンγ(IFN−γ)、インターロイキン6(IL−6)、マクロファージ走化因子タンパク質−1(MCP−1)、およびインターロイキンー10(IL−10))のいずれの放出も刺激しないことを明らかにした。したがって、ISIS 301012は、インビトロ免疫活性化アッセイで決定されたように、免疫活性化作用を持たない。
(アポリポタンパク質Bの比較ゲノム分析)
本発明に従って、ヒト、マウス、およびサルに由来するアポリポタンパク質B配列の比較ゲノム分析をおこなったところ、アポリポタンパク質B配列は種を超えて保存される。ヒトおよびマウスのアポリポタンパク質B遺伝子の組織化もまた、高度に保存される。ヒトおよびマウス遺伝子は、29および26個のエキソンからそれぞれ構成されている。マウスmRNAは、ヒト配列に対して約81%相同性である。ヒト以外の霊長類におけるアポリポタンパク質Bの完全配列および遺伝子構造は同定されていなかった。しかし、実施例46に説明したように、ISIS 301012標的配列を含む500塩基対フラグメントは、ヒト配列に対して約96%同一性を示す。
(ヒト、サル、およびマウスのアポリポタンパク質B配列のあいだでのISIS 301012結合部位の比較)
マウスアポリポタンパク質B配列とヒトアポリポタンパク質B配列とのあいだのISIS 147764結合部位の比較
(ISIS 301012のBLAST分析)
本発明に従って、ISIS 301012が完全な相補性でハイブリダイズするヒトゲノム内の領域の数を測定した。標的核酸の一領域とのアンチセンス化合物のパーセント相補性の測定は、当業者に公知のBLASTプログラム(ベーシックローカルアラインメントサーチツール)およびPowerBLASTプログラム(Altschulら、J.Mol.Biol.,1990,215,403−410;Zhang and Madden,Genome Res.,1997,7,649−656)を用いておこなった。この分析は、ゲノムまたはプレmRNA領域およびコード配列での配列相補性を評価した。
(ヒト一次肝細胞でのアポリポタンパク質Bのアンチセンス阻害:用量応答試験)
本発明によれば、ヒト一次肝細胞における用量応答試験で、ヒトアポリポタンパク質Bを標的化したアンチセンスオリゴヌクレオチドを試験した。プレ培養ヒト一次肝細胞を、InVitro Technologies (Baltimore,MD)から購入した。細胞の培養は、高10%ウシ胎仔血清(Invitrogen Corporation,Carlsbad,CA)と100単位/mLおよび100μg/mLのストレプトマイシン(Invitrogen Corporation,Carlsbad,CA)とを添加した高グルコースDMEM(Invitrogen Corporation,Carlsbad,CA)で、おこなった。
(ヒト一次細胞でのアンチセンスオリゴヌクレオチドによるアポリポタンパク質B mRNAの阻害)
(ISIS301012によるヒト一次肝細胞からのアポリポタンパク質Bタンパク質分泌の阻害)
(ISIS 271009、ISIS 281625、およびISIS 301027によるヒトアポリポタンパク質B mRNAのアンチセンス阻害)
(アポリポタンパク質(a)発現に対するアポリポタンパク質B−100 アンチセンスオリゴヌクレオチドの効果)
リポタンパク質(a)[Lp(a)]は、ジスフィルド結合した2つの異なるタンパク質であるアポリポタンパク質(a)とアポリポタンパク質Bとを含む(Rainwater and Kammerer,J.Exp.Zool.,1998,282,54−61)。本発明に従って、アポリポタンパク質Bを標的化したアンチセンスオリゴヌクレオチドを、ヒト一次肝細胞に含まれるリポタンパク質(a)のアポリポタンパク質(a)成分の発現に対する効果について調べた。
順方向プライマー:CAGCTCCTTATTGTTATACGAGGGA(配列番号861)および
逆方向プライマー:TGCGTCTGAGCATTGCGT(配列番号862)
とし、PCRプローブをFAM−CCCGGTGTCAGGTGGGAGTACTGC−TAMRA(配列番号863)とした。ここで、FAMは蛍光色素、またTAMRAはクエンチャー色素である。
(アポリポタンパク質(a)発現に対するアポリポタンパク質Bアンチセンスオリゴヌクレオチドの効果)
(アポリポタンパク質B−100を標的化したアンチセンスオリゴヌクレオチドによるリポタンパク質(a)粒子分泌の阻害)
本発明に従って、1つのアポリポタンパク質B分子に共有結合した1つのアポリポタンパク質(a)分子から構成されるリポタンパク質(a)粒子の評価をリポタンパク質(a)のアポリポタンパク質B成分に対して標的化されたアンチセンスオリゴヌクレオチドにより処理したヒト一次肝細胞でおこなった。
(アポリポタンパク質Bを標的化したアンチセンスオリゴヌクレオチドによるリポタンパク質(a)粒子分泌の阻害)
(ISIS 301012のミスマッチおよび切断誘導体)
本明細書で示すように、ISIS 301012(配列番号247)は、ヒト一次肝細胞と同様に培養ヒト細胞系統のアポリポタンパク質B mRNAレベルを減少させる。本発明のさらに別の実施形態では、ISIS 301012のヌクレオチド配列誘導体を用いて、試験をおこなった。ISIS 301012配列の中心から開始して1ないし7塩基がミスマッチしている一連のオリゴヌクレオチドを設計した。この系列は、ISIS 301012とその標的mRNA配列とのあいだでワトソンクリック塩基対形成の連続的損失が導入されるように設計された。これらの化合物を表40に示す。ISIS 3012と比較してミスマッチしたヌクレオチドを持つアンチセンス化合物は、20ヌクレオチド長のキメラオリゴヌクレオチド(ギャップマー)であり、10個の2’−デオキシヌクレオチドからなる中央「ギャップ」領域から構成され、該領域の両側(5’方向および3’方向)に5ヌクレオチドの「ウィング」が隣接している。これらのウィングは、2’−メトキシエチル(2’−MOE)ヌクレオチドから構成される。ヌクレオシド間(主鎖)結合は、オリゴヌクレオチドの全体にわたって、ホスホロチオエート(P=S)である。
(HepG2細胞でのアポリポタンパク質B発現に対するISIS 301012ミスマッチオリゴヌクレオチドと均一2’−MOEオリゴヌクレオチドとの効果)
(HepG2細胞でのアポリポタンパク質B発現に対するISIS 301012の効果)
(dsRNA標的ヒトアポリポタンパク質Bの設計およびスクリーニング)
本発明によれば、本発明のアンチセンス化合物とその相補体とを含む一連の核酸二本鎖を、標的アポリポタンパク質Bを標的とするために設計し、表42に示す。表42にある全ての化合物は、20ヌクレオチドのオリゴリボヌクレオチドであり、化合物全体にわたってホスホジエステルヌクレオシド間結合(主鎖)を有する。該化合物を、平滑末端を持つものとして調製した。表41は、dsRNAのアンチセンス鎖であり、該センス鎖をアンチセンス鎖の相補体として合成した。これらの配列は、ウラシル(U)を含むものとして表されているが、当業者はウラシル(U)がDNA配列のチミン(T)によって概ね置き換えられることを容易に理解する。「標的部位」は、化合物が結合する特定の標的配列上の第1の(5’最末端)ヌクレオチド番号を示している。表42で複数の化合物からなるサブセットは、本明細書で記載したDNAアンチセンスオリゴヌクレオチドのRNA等価物であり、必要に応じて、このことは「ISIS番号のRNA等価物」欄にあるDNAオリゴヌクレオチドのISIS番号によって示される。
(ヒトアポリポタンパク質Bを標的とするdsRNA)
(HepG2細胞でのdsRNAによるアポリポタンパク質B mRNAの阻害)
(カニクイザル一次肝細胞でのアポリポタンパク質Bのアンチセンス阻害)
実施例46で示したように、ISIS 301012がハイブリダイズする標的部位を含む領域は、カニクイザルアポリポタンパク質B mRNA配列の対応領域と96%の同一性を共有する。ISIS 301012は、それがハイブリダイズするカニクイザルアポリポタンパク質B mRNAに関連した2つのミスマッチ配列を含む。本発明の別の実施形態では、オリゴヌクレオチドの設計は、このサルのアポリポタンパク質B mRNAの領域を標的とするためにおこなわれ、本明細書に記載した部分的なカニクイザルアポリポタンパク質B配列(配列番号855)とカニクイザルアポリポタンパク質B RNA配列の別の部分(配列番号890として本明細書に援用)とが用いられる。標的部位は、オリゴヌクレオチドが結合する特定の標的配列上にある第1の(5’最末端)ヌクレオチド番号を示す。ISIS 326358(GCCTCAGTCTGCTTTACACC、配列番号891)に関しては、標的部位は配列番号855のヌクレオチド168であり、ISIS 315089(AGATTACCAGCCATATGCAG、配列番号892)に関しては、標的部位は配列番号890のヌクレオチド19である。ISIS 326358およびISIS 315089は、20ヌクレオチド長のキメラオリゴヌクレオチド(ギャップマー)であり、10個の2’−デオキシヌクレオチドからなる中央「ギャップ」領域から構成され、該領域の両側(5’方向および3’方向)に、5ヌクレオチドの「ウィング」が隣接している。これらのウィングは、2’−メトキシエチル(2’−MOE)ヌクレオチドから構成される。ヌクレオシド間(主鎖)結合は、オリゴヌクレオチドの全体にわたって、ホスホロチオエート(P=S)である。全てのシチジンは、5−メチルシチジンである。ISIS 326358およびISIS 315089は、それぞれヒトアポリポタンパク質BアンチセンスオリゴヌクレオチドISIS 301012(配列番号247)およびISIS 281625(配列番号224)のカニクイザル等価物である。
(ISIS 301012およびISIS 326358によるカニクイザルアポリポタンパク質B mRNAの阻害)
(アンチセンスオリゴヌクレオチド処理後のカニクイザル肝細胞から分泌されたアポリポタンパク質Bの減少)
(カニクイザル一次肝細胞でのアポリポタンパク質B mRNA発現のアンチセンス阻害)
(アンチセンスオリゴヌクレオチド処理に続いてカニクイザル肝細胞から分泌されたアポリポタンパク質Bタンパク質の減少)
(カニクイザル肝細胞でのアポリポタンパク質B mRNA発現のアンチセンス阻害)
(アンチセンスオリゴヌクレオチド処理に続くカニクイザル肝細胞から分泌されたアポリポタンパク質Bタンパク質の減少)
(肝脂肪症を評価する方法)
肝脂肪症は、肝臓への脂肪の蓄積または「脂肪肝」のことをいい、しばしばアルコール消費、糖尿病、および高脂血症に起因する脂質をいう。アポリポタンパク質Bを標的とするアンチセンスオリゴヌクレオチドによって処置された動物の肝臓を、脂肪症の存在について評価した。脂肪症は、肝臓組織の組織学分析と肝臓トリグリセリドレベルの測定とによって評価される。
(痩せたマウスでのISIS 301012によるアンチセンス阻害の効果:長期試験)
本発明によれば、ISIS 301012(配列番号247)の毒性をマウスで長期間(3ヶ月間)にわたって調べる。3ヶ月齢の雄および雌CD−1マウス(Charles River Laboratories,Wilmington,MA)に2、5、12.5、25、または50mg/kgのISIS 301012を5週間にわたって週2回、さらにその後4日毎に投与する。マウスを標準的な齧歯目の食餌で飼育する。生理食塩水および対照オリゴヌクレオチド動物を対照とし、同一のスケジュールで注射をおこなった。各処理群は、各々の性のマウスを6ないし10匹含み、また各処理群を複製し、一方の群では1ヶ月で試験を終了させ、他方の群では3ヶ月で試験を終了させた。1または3ヶ月の処理期間後、マウスを犠牲にして、肝臓内での標的発現、血清中の脂質レベル、および毒性の指標について、評価をおこなった。肝臓試料を生産し、RNAを単離してアポリポタンパク質B mRNA発現を、本明細書の他の実施例で記載されたように、リアル/タイムPCRで測定する。血清脂質(総コレステロール、LDLコレステロール、HDLコレステロール、およびトリグリセリドを含む)は、Olympus Clinical Analyzer (Olympus America Inc.,Melville,NY)を用いて、日常的な臨床分析によって、評価される。LDLコレステロールとHDLコレステロールとの比、ならびに総コレステロールとHDLコレステロールとの比も計算する。血清ALTおよびAST、組織の炎症性浸潤および組織中の好塩基顆粒は、上記処理に関連した毒性の評価をもたらす。肝脂肪症または肝臓への脂質の蓄積は、オイルレッドO染色による日常的な組織学的分析およびTriglyceride GPO Assay(Sigma−Aldrich,St.Louis,MO)を用いる肝臓組織トリグリセリドの測定によって評価される。
(痩せたカニクイザルでのISIS 301012によるアンチセンス阻害の効果:長期試験)
実施例45で議論したように、アポリポタンパク質B mRNAまたはタンパク質レベルを低下させるそれらの可能性に関連して、カニクイザル(雄または雌)を用いてアンチセンスオリゴヌクレオチド、同様にアポリポタンパク質Bに関連した表現型の指標を評価するために用いられ、該指標として心血管指標、アテローム性動脈硬化、脂質疾患、肥満、およびク形成が挙げられる。したがって、本発明の別の実施形態では、ISIS 301012(配列番号247)に対するその効果について、およびカニクイザルの血清脂質について、調べられる。そのような長期試験もまた、アンチセンス化合物の毒性評価に用いられる。
(痩せたカニクイザルでのISIS 301012によるアンチセンス阻害の効果)
(マイクロアレイ:高脂肪食餌マウスに対する痩せたマウスにおける遺伝子発現パターン)
雄C57Bl/6マウスを次の群に分割した。この群は、(1)生理食塩水を注射した貧弱な食餌を与えられたマウス(痩せ対照);(2)高脂肪食餌を与えられたマウス;(3)50mg/kgの対照オリゴヌクレオチド141923(配列番号858)を注射した高脂肪食餌を与えられたマウス;(4)20mg/kgのアトバスタチンカルシウム(Lipitor(登録商標)、Pfizer Inc.)を投与された高脂肪食餌を与えられたマウス;(5)10mg/kg、25mg/kgまたは50mg/kgのISIS 147764(配列番号109)を注射された高脂肪食餌を与えられたマウスで構成され、各マウスは5体から構成されている。生理食塩水およびオリゴヌクレオチド処理では、6週間、週に2回、腹腔内に投与した。アトバスタチンを、6週間、毎日、投与した。試験終了時では、肝臓試料を各動物から分離し、RNAを定性的ノーザンブロット評価法、デオキシRNAマイクロアレイおよび定量的リアルタイムPCRで分離した。ノーザンブロット評価法および定量的リアルタイムPCRを、この明細書に記載された他の実施例によって記述されているように実行した。
(アポリポタンパク質Bアンチセンスオリゴヌクレオチドで処理された動物における肝性脂肪症の評価)
アポリポタンパク質Bを標的にしたアンチセンスオリゴヌクレオチドで処理された動物の肝臓を脂肪症の存在で評価した。脂肪症は、肝組織の組織学的分析および肝臓トリグリセリドレベルの測定によって評価される。
ISIS 147764(配列番号109)および実施例21で記述された対照処理動物からの肝組織を、その後に6週間処理を行う試験終了時において脂肪症で評価した。組織切片をオイルレッドOおよびヘマトキシリンで染色して、脂質および核をそれぞれ視覚化した。また、組織切片をヘマトキシリン−エオシンで染色して、核および原形質をそれぞれ視覚化した。いずれかの方法で染色した組織切片の組織学的分析は、生理食塩水で処理された動物とISIS 147764で処理された動物とでは脂肪症において差異がないことを示し、ISIS 147764で6週間処理した切片が肝臓中への脂質の蓄積に至らないことを示している。
雄C57Bl/6マウスを、6週間、12週間および20週間、週に2回、25mg/kgのISIS 147764(配列番号109)または25mg/kgのISIS 141923(配列番号858)の腹腔内注射で処理した。生理食塩水で処理した動物を対照として役立てた。各処理群には4匹の動物を含めた。動物を6週間、12週間および20週間後に殺処理し、組織学的分析および組織トリグリセリド含有量の測定のために調達した。その結果は、ISIS 147764で処理した動物を生理食塩水で処理した動物に比較したときに肝組織中のトリグリセリド含有量に有意な差異を示さない。さらに、肝組織の切片の組織学的分析は、高脂肪食餌を受けた生理食塩水による対照動物に比べて、ISIS 147764で処理された高脂肪食餌マウスの脂肪症が12週および20週で緩和されている。
肝組織中への脂質の蓄積を痩せマウスに対しても評価した。生後6週から7週までの雄C67Bl/6マウス(Charles River laboratories (Wilmington,MA))を標準齧歯目用食餌で維持し、6週間、週に2回、25mg/kgまたは50mg/kgのISIS 147764(配列番号109)またはISIS 147483(配列番号79)の腹腔内注射で処理した。生理食塩水で処理した動物を対照として役立てた。各処理群を4匹の動物で構成した。動物を6週間後に、肝組織および血清を採取して殺処理した。
(痩せマウスにおけるアポリポタンパク質BのmRNAのアンチセンス阻害)
(ISIS 147764およびISIS 147483で処理した痩せマウスにおける血清脂質および肝臓酵素のレベル)
アポリポタンパク質Bを標的にしたアンチセンスオリゴヌクレオチドで処理されたマウスの長期間治療は、アンチセンス化合物での延長処理の毒性学的および薬理学的な効果を評価するのに使用される。月齢2ヶ月の雌雄C57Bl/6マウスを、2mg/kg、5mg/kg、25mg/kgまたは50mg/kgのアポリポタンパク質Bのアンチセンスオリゴヌクレオチドで処理する。処理は、第1週において2日ごとに、その後においては4日ごとに腹腔内に投与される。生理食塩水だけ、あるいは対照オリゴヌクレオチドで処理したマウスを対照群として役立てた。各処理群には25から30匹のマウスを含めている。6月間の処理後に、各処理群のマウスの一部を犠牲にする。残りのマウスには、処理しない3月間の回復期間を与え、その後に犠牲にする。肝臓におけるアポリポタンパク質BのmRNAの発現を、この明細書の他の方法によって記述されているように、リアルタイムPCRによって測定する。肝組織は、Triglyceride GPO Assay (Sigma−Aldrich,St.Louis,MO)を用いたトリグリセリド含有量の測定用にも調製される。血清を採取しかつ、Olympus Clinical Analyzer(Olympus America Inc.,Melville,NY)を用いて、総コレステロール、LDLコレステロール、HDLコレステロールおよびトリグリセリドを含む脂質の含有量を評価する。また、血清中の肝臓酵素ALTおよびASTをも、Olympus Clinical Analyzerを用いて測定する。血清試料を、アポリポタンパク質B(Santa Cruz Biotechnology,Inc.,Santa Cruz,CA)に対する抗体を用いて、免疫ブロット分析にかける。肝臓、腎臓および他の組織は組織学的分析用のルーチン処置によって調製される。組織は、好塩基顆粒および炎症性浸潤の存在を評価する。脂肪症は、肝組織切片のオイルレッドO染色剤によって評価される。
(アテローム硬化型プラーク形成に対するマウスモデル:LDL受容体遺伝子を持たないヒトアポリポタンパク質Bトランスジェニックマウス)
LDL受容体は、アポリポタンパク質B含有LDL粒子の除去を担っている。LDL受容体を持たないと、動物は、アポリポタンパク質B含有LDL粒子をプラズマから効果的に除去することができない。したがって、アポリポタンパク質BおよびLDLコレステロールの血清レベルは著しく上昇する。ヒトアポリポタンパク質Bトランスジーンを発現するマウス(TgN−hApoB+/+)およびLDL受容体欠損マウス(LDLr−/−)両方をアテローム硬化型プラーク発生の動物モデルとして用いる。LDL受容体欠損遺伝子型をヒトアポリポタンパク質Bトランスジェニック遺伝子型と組み合わせる(TgN−hApoB+/+;LDLr−/−)場合、アテローム硬化型プラークは急速に発生する。本発明にしたがって、このような遺伝的バックグラウンドであるマウスを用いて、アテローム性動脈硬化およびプラーク形成を防ぐ化合物の能力を調べる。
(アテローム硬化型プラーク形成に対するウサギモデル)
ワタナベ遺伝性高脂血症(WHHL)系統のウサギをアテローム硬化型プラーク形成に対するモデルとして用いる。高脂肪食を与えたニュージーランド白ウサギもアテローム硬化型プラーク形成のモデルとして用いる。WHHLまたは高脂血症食を与えたニュージーランド白ウサギに対するアポリポタンパク質Bアンチセンス化合物による処理を用いて、アテローム硬化型プラーク疾患に対する治療的または予防的処理としてのそれらの潜在能力について試験する。ウサギに、アポリポタンパク質Bを標的化したアンチセンスオリゴヌクレオチド5、10、25、または50mg/kgを注射する。生理食塩水のみまたは対照オリゴヌクレオチドによる処理を施した動物は、対照としての役割を果たす。処理全体を通して、血清試料を採取し、ELISAキット(ALerCHEK Inc.,Portland,ME)によってアポリポタンパク質Bタンパク質レベルを評価し、日常的な臨床分析によって血清脂質(コレステロール、LDLコレステロール、VLDLコレステロール、HDLコレステロール、トリグリセリド)を評価する。肝臓組織トリグリセリド含有量を、Triglyceride GPO Assay(Sigma−Aldrich,St.Louis,MO)を用いて測定する。肝臓、腎臓、心臓、大動脈、および他の組織を入手し、日常的な手順を用いて組織学的分析のために調製する。好塩基性顆粒および炎症性湿潤の形跡について、肝臓および腎臓組織を調べる。オイルレッドO系統を用いて、脂肪変性について肝臓組織を評価する。さらに、オイルレッドO系統およびヘマトキシリンで染色した大動脈切片を試験して、アテローム硬化型の病変の形成について評価する。
(アポリポタンパク質B阻害剤の経口送達)
インビボでの送達のために、許容される剤形で、例えば非経口または非非経口配合物としてオリゴヌクレオチドを配合することが可能である。非経口配合物としては、静脈内(IV)、皮下(SC)、腹腔内(IP)、硝子体内、および筋肉内(IM)配合物と、肺吸入、鼻腔内投与、局所的投与等を介した送達用の配合物が挙げられる。非非経口配合物としては、消化管、例えば経口投与、直腸投与、空腸内点滴注入等を介した送達用の配合物が挙げられる。直腸投与としては、浣腸剤または座剤としての投与が挙げられる。経口投与としては、カプセル、ゲルカプセル、丸薬、エリキシル剤等としての投与が挙げられる。
579)。
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