このカテゴリーは、[WindowsMe]のカテゴリーのはずなので、Meだけなら、"DOSプロンプト"と"コマンドプロンプト"は同じ物という回答になりますが、
shouyaさんは先日2000のインストール方法を質問されておられたので(全然お役に立たなかったようですが、他の質問を見ると無事インストールできたようですね)、2000の"コマンドプロンプト"との違いをお尋ねのことと解釈しますと、
Meの"DOSプロンプト"と2000の"コマンドプロンプト"は厳密には違います。
Meの"DOSプロンプト"で起動されるプログラムは、"command.com"というMS-DOS時代からあるコマンドプロセッサーですが、
2000の"コマンドプロンプト"で起動されるプログラムは、"cmd.exe(Win32コマンドコンソール)"と呼ばれるプログラムで、起動と同時にVDM(仮想DOSマシン)というものが起動され、VDM上でプログラムが実行されます。
また、2000にも"コマンドプロンプト"とは別に"DOSプロンプト"を起動するための"command.com"があって、[スタート]-[ファイル名を指定して実行]から"command.com"を実行すれば、"DOSプロンプト"が起動します。