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大そうじへの備え
joker.hatenablog.com
目的 ノートPCを利用していると、職場ではプロキシ環境、自宅ではプロキシなしといった状況が出てくる。このとき、Mac では、通常、ネットワーク接続から簡単にネットワーク環境を切り替えることができるため、職場用と自宅用の設定を用意しておくことで（自動切替ではないが）解決する。 一方、Mac のターミナルでは、実は上記のネットワーク環境を通さないで接続されてしまうため、別途プロキシ設定をする必要がある。ホーム配下に .bash_profile あたりに設定を書き込めば良い。今回は、この「書き込む」が問題なのだ。職場でプロキシ設定を書き込む。自宅ではその設定を消す（コメントアウトする）。いちいち、ターミナルを開いて.bash_profileを開いて、対応する行まで移動して、コメントアウトしたり外したり、面倒だ。そこで、プロキシ設定を読み込むかどうかをスクリプトで書けば環境に合わせて自動で切り替え
目的 PDF書類のファイルサイズを、無料で、できるだけ可読性を保ったまま、小さくしたい。 方法 ghostscriptを利用する。ghostscriptは(\LaTeX)でおなじみだと思われる。知らない方は、Mac OSであれば、Homebrewでインストールできる。 % brew install ghostscript Unixの方はもともと入っている（？）のだろうか。 Windowsの方はGhostscript: Ghostscript, GhostPCL, GhostXPS and MuPDF Downloadsからダウンロードできる。 サンプルコード .bash_profileに以下を記述する。 # Usage: cpdf [input file] [output file] [dpi] [Gray*|CMYK|RGB] [screen*|ebook|printer|prepres
目的 \(\LaTeX\) で作成したPDFファイルの書類のプロファイルを設定したり、PDF内のハイパーリンクに色を付けたりしたい 準備 hyperref.sty これはおそらくデフォルトで入っている pxjahyper.sty ---> zr-tex8r/PXjahyper · GitHubからダウンロードして、 \(\TeX\)ソースファイルと同じフォルダに置くか（推奨）、 [TEX_HOME]/share/texmf-***/tex/ に置いて、ターミナルで $ mktexlsr を行う。 方法 プリアンブルに以下を書く。 \usepackage[dvipdfmx, draft=false, % /true hyperrefの全ての機能を無効にする（デフォルトはfalse） % しおりの設定 bookmarks=true, % /false しおりを作るか、否か（デフォルトはtrue
Beamer マニュアル はじめに ドキュメントクラスとフレーム Beamer作成手順は、LaTeX文書とほぼ同じ。 ドキュメントクラス TeXファイルの1行目に書く。 \documentclass[オプション]{document class} まず、document classはbeamerを指定する。 日本語を扱う場合は、オプションにdvipdfmを書いておく。 内容は、\begin{document}〜\end{document}に書く。 \begin{document} %内容 \end{document} フレーム スライド一枚ごとに、\begin{frame}〜\end{frame}で囲む。 \begin{frame}<オーバーレイ>[デフォルトオーバーレイ][オプション]{タイトル}{サブタイトル} %スライドの内容 \end{frame} タイトル、サブタイトルはスライドの
BREWFILE: brewでインストールされるアプリのリスト。デフォルトで/usr/local/Library/Brewfileにある。 こんなときは... 新しいアプリを入れるとき brew file install <Application> OR brew file brew cask install <Application> アップデートをチェックするとき brew file update && brew file cask_upgrade 現在のアプリ情報をもとに、BREWFILEを初期化したいとき brew file init 各コマンドの意味 brew file install パッケージをインストールする。 --preupdateオプションを付けると、インストール前にbrew updateする。 brew file brew 通常のbrewコマンドを実行した後、BREW
1. 背景 Mac限定の方法だが、Appleは各デバイスごとに数値計算アルゴリズムを最適化しており、accelerate.framework（vecLib）といった名前で標準装備されている。 BLASやLAPACKなどが実装されている。 Rへの適用方法は、BLASのシンボリックリンクを変更するだけだ。 2. 方法 ターミナル上で cd /Library/Frameworks/R.framework/Resources/lib ln -sf /System/Library/Frameworks/Accelerate.framework/Versions/Current/Frameworks/vecLib.framework/Versions/Current/libBLAS.dylib libRblas.dylib とすることで適用される。 Rstudioでも適用される。 3. テスト これを
1. Homebrewの環境構築 1.1. Xcode Xcodeをインストールしてから、以下を実行し、Command Line Toolsをインストールする。 xcode-select --install 1.2. Homebrew ターミナルを起動して、以下を実行。 % ruby -e "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/master/install)" さらに、以下を実行。 % brew doctor 警告の指示通りに解消させておく。 これでHomebrewは利用可。 さらに拡張していく。 2. 拡張（brew-cask, brew-file） 2.1. 準備 2.1.1. Github gitをインストールしておく。 % brew install git 2.1.2. brew updat
まず普通にプロット． g <- ggplot(data=diamonds) g <- g + geom_point(aes(carat,price)) print(g) これを対数軸に変換 g <- g + scale_x_log10() g <- g + scale_y_log10() print(g) 目盛がおかしな値になる．そこで，breaksで目盛を付ける位置を，labelsで目盛の表示名をすることができる． xbreaks <- c(0.5,1,1.5,2,2.5,3) ybreaks <- seq(5000,20000,5000) g <- g + scale_x_log10(breaks=xbreaks,labels=xbreaks) g <- g + scale_y_log10(breaks=ybreaks,labels=ybreaks) print(g) さらに，その目盛
背景 「アプリを起動したいけれど、Dockには表示させたくない」なんてことがある。 自動的に非表示になってくれたり設定できたりしたら良いんだけれど、そうはできないアプリもある。 たとえば、minimumMenuやHardwareGrowlerなどがそうだ。 とても便利なアプリだけれど、Dockに表示させておく意味は無い。 起動さえしてくれていれば良い。 この方法だと、トラックパッドなどから直接アプリを操作することができなくなるみたい。 たとえば、minimumMenu.appをDockアイコン非表示にすると、クリックに反応しなくなってしまう。 どうすればアイコンだけ非表示にして操作可能になるのか分かる方は是非お教え下さい。 目的 アプリ起動中にDockアイコンは非表示にする。 方法 Info.plistに2行追記する。 対象のアプリをcontrol+クリック（つまり、副クリック）して、「パ
目的 プロキシ環境下で RStudio を利用すると、デフォルトではパッケージインストールが出来ない。 ネットワーク環境で設定していても、ターミナルでbash_profileとかに記載していてもダメ。 解決策は、以下にあった。 RStudio - 浅井拓也 研究室用ページ http://qh73xe.jimdo.com/r%E3%81%AE%E5%9F%BA%E6%9C%AC/r%E3%81%AE%E4%BE%BF%E5%88%A9%E3%81%AA%E9%96%A2%E9%80%A3%E3%82%BD%E3%83%95%E3%83%88/rstudio/ 方法 プロキシ環境が、proxy.xxx.yyy.zzz.jp:80 であるとき、 > vi ~/.Renviron http_proxy=http://proxy.xxx.yyy.zzz.jp:80 として、RStudioを再起動する
Microsoft Office PowerPoint を利用していると、スライド上のパーツ群を選択して、「画像として保存」することができる。 これを keynote.app でもできないか考えた。 ToyViewer.app を利用すると簡単に画像が作成できる。 keynote.app のスライドで、画像にしたいパーツ群を選択して「コピー」する ToyViewer.app で「ペーストボードから開く」 「形式を選択して保存」でいろんな形式で保存できる この方法だと、eps形式でもpdf形式でも画像保存できるので、keynote.app から保存した画像を TeX に入れたいときは便利。 Mac App Store - ToyViewer
目的 サーバへのアクセスの利便性と保守性を高めるために、SSH 接続する。 SSH 接続には、RSA 鍵が必要だ。 準備 （Linuxサーバで操作）サーバの OS やバージョンを確認 ここを参考にして、サーバ側で操作する。 cat /etc/`ls /etc -F | grep "release$\|version$"` ここではサーバが Cent OS であると仮定しています。 OS によってはファイルの場所などが違うかもしれないので、適宜読み替えてください。 （Linuxサーバで操作）ひとまずパスワード認証の接続を許可する これをしておかないと、後で作成する公開鍵をサーバ側へ送れない。 サーバ接続のために、ひとまずパスワード認証を許可しておく（ここを参考に）。 $ vi /etc/ssh/sshd_config ...（省略） PasswordAuthentication yes ..
背景 で数字付きの箇条書きを作るには enumerate 環境を利用するが、デフォルトでは数字のみの箇条書きから始まるが、はじめから括弧付きで始めたり、英数字で始めたかったりする。 目的 enumerate 環境の箇条書きルールを自分で定義する。 方法 \renewcommand{\labelenum?}{XXX書式{enum?})} というコマンドを記入する。 ？には適用する段をi,ii,iii,...のように記述する。 XXXには囲む記号を記入する。 書式には表示する番号のルールを記入する。利用できる書式は以下の表の通り。 引数 書体 出力例 \arabic アラビア数字 (1,2,3,...) \roman 小文字のローマ数字 (i,ii,iii,...) \Roman 大文字のローマ数字 (I,II,III,...) \alph 小文字アルファベット (a,b,c,...) \Al
目的 以前、はてなブログで MathJax \(\alpha^{\beta^\gamma}\) - joker8phoenixの日記で、MathJax を用いた TeX 表記法を紹介した。 それ以前は、LaTeX Equations in HTML | CodeCogs Equation Editorを利用していた。 入力に関しては、明らかにMathJaxのほうが楽だが、見た目はどうだろうか。 ここで、対数正規分布の導出 - joker8phoenixの日記の内容を使って比較してみる。 比較 LaTeX Equations in HTML による方法 確率変数 の対数 が正規分布に従うとき， は対数正規分布に従うという． 対数正規分布の密度関数はこれ． 導出は以下． MathJax による方法 確率変数 \(X\) の対数 \(Y=\log X\) が正規分布に従うとき，\(X\) は対数
背景 はてなブログでの数式表示には、標準搭載のTeX表記を行える。 だが、TeX数式のWeb表現において、世界的に標準となりつつある MathJax を使いたい。 目的 はてなブログで MathJax による数式を書く。 方法 はてなブログで MathJax を利用して、MathML で数式を表示する - ksmakotoのhatenadiaryを参考に、はてなブログのサイドバーにあるモジュールを利用する。 右上の管理から、「デザイン」 → 「カスタマイズ」 → 「サイドバー」 → 「モジュールを追加」と進む。 モジュールの名前は任意に、内容に、 <script type="text/javascript" src="http://cdn.mathjax.org/mathjax/1.1-latest/MathJax.js?config=TeX-AMS-MML_HTMLorMML" ></s
色の変更のため，~/.bashrcを編集する． $ vi ~/.bashrcプロンプト（ユーザ名とかが表示されている部分）を変更するにはPS1を記入 export PS1="[\033[0YY;0ZZm\]XXX\[\033[0m\]"YYは文字色の番号を，ZZは背景色の番号を，XXXは表示される文字を表す． 色の数字表はASCII Table - ANSI Escape sequencesにも記載されているが，ここに挙げておく． Foreground colors 30 Black 31 Red 32 Green 33 Yellow 34 Blue 35 Magenta 36 Cyan 37 White Background colors 40 Black 41 Red 42 Green 43 Yellow 44 Blue 45 Magenta 46 Cyan 47 Whiteたとえば，
背景 Windows OSには対応しているが、それ以外のMac OSなどには対応していないプリンタは多い。 特に古いプリンタほど対応していない。 そこで、Mac OSに非対応のプリンタを、Windows機を経由してMac機から使用できないか、を考える。 目的 Windowsには対応しているがMacには対応していないプリンタを、MacからWindows経由で利用する。 方法 やることは意外に簡単で、「Windows機を仮想ポストスクリプトプリンタとする」（こことここを参照）。 必要なもの 経由させるWindows機に以下の道具を揃える。 GPL Ghostscript—Ghostscript プロジェクト日本語トップページ - SourceForge.JPのgs906w32.exeをダウンロード RedMon（Redirection Port Monitor）—RedMon - Redire
対処法 ~/ライブラリ/Caches/以下のファイルを（すべて）削除する teleportとは teleportは複数のMacを特定のMacから操作可能にするフリーツール。 これがないと作業効率は著しく低下するといっていい。マストなツールだ。 使い方は「mac teleport」とかのキーワードで検索すればたくさんヒットするからそちらを参考に。 問題 teleportは非常に便利だが、たまにうまく動作しないときがある。 よく起こる事態は、 複数台のMacを認識できない、 認識できているのに操作できない、 片側からは認識できていて操作もできるのに逆はできない、 といったこと。 解決法 簡単な解決策を発見したので報告する。 ~/ライブラリ/Caches/以下のファイルをすべて削除するだけ。 大体これでうまくいく。 （おそらくteleportの動作に関わるファイルのみを消すと良いのだろうが、そも
背景と目的 keynote.app で作成したスライドを、 A1 や A2 などの紙規格サイズを指定して印刷したい。 方法 keynote.app はピクセル単位でスライドサイズを調整する。 調整のために、ピクセル単位とミリ単位の変換を行う。 ピクセル変換式 一辺の長さ [ピクセル] = 一辺の長さ [mm] x 解像度 [dpi] ÷ 25.4 keynote.app の解像度 [dpi] は、PNG等への書き出し: Apple サポートコミュニティ によると、72 dpi らしい。 対応表 紙規格サイズ （ミリ単位）は以下のとおり。 規格 幅（ミリ） 高さ（ミリ） 規格 幅（ミリ） 高さ（ミリ） A0 841 1,189 B0 1030 1456 A1 594 841 B1 728 1030 A2 420 594 B2 515 728 A3 297 420 B3 364 515 A4
ggplot2の軸名に数式を入れる方法． labsとexpressionを用いる． 例えば，次のような図がある． この軸名ラベルやタイトルを数式にする．（数式は適当） このときのソースは次のようなもの． # data - normal distribution x <- seq(-4,4,0.01) fx <- dnorm(x) norm <- data.frame(x=x,fx=fx) # graph using ggplot2 g <- ggplot(norm) g <- g + geom_line(aes(x,fx)) g <- g + theme_grey(24) g <- g + labs(x=expression(paste(frac(1, sqrt(2*pi)*sigma), " ", plain(e)^{frac(-(x-mu)^2, 2*sigma^2)})), y=ex
背景と目的 さまざまな統計データを扱う上で、グラフなどへの可視化はとても重要な手段である。ggplot2 は統計的ツールとして有名な R のグラフライブラリであり、本ブログでもその使い方を紹介している。ここでは、その具体的な例として、三重大の奥村先生が公開しているグラフの描き方に描かれている素晴らしい統計的グラフの数々を、練習をかねて ggplot2 で描いてみる。 テーマのカスタマイズ ggplot2 ではデフォルトでも十分美しいグラフが描ける。ここでは、グラフの描き方により近いグラフを描くために、一貫してggplot2 のテーマを作成 - joker8phoenix の日記のテーマを利用する。このテーマをmyggplot2.Rとして保存して、 source("~/[ファイルの場所]/myggplot2.R") とすれば、mytheme()というテーマを定義できる。 棒グラフ・柱状グラフ
2012-10-31追記—ggplot2 0.9.2 のテーマを作成 - joker8phoenixの日記 （以下の内容は0.9.1以前の古いバージョンに対応しています。） ggplot2 ではデフォルトでも十分美しいグラフが描ける。しかし、灰色の背景や、フォント、軸線、などなどを変更したいかもしれない。ここでは、テーマを定義し利用する。このテーマを自分でカスタマイズすれば、ある程度思い通りのグラフが描けるだろう。ここで作成しているテーマは、mytheme()という関数名にしている。その内部に定義している変数（axis.text.xなど）はggplot2の凡例やタイトルの色や位置を変更 -- opts()でできること - joker8phoenix の日記を参照すると良い。 library(ggplot2) library(ggExtra) quartzFonts(HiraMaru=qua
ggplot2は、バージョン0.9.2からテーマ関連が大幅に変更された。それに合わせて、以前公開したggplot2 のテーマを作成 - joker8phoenixの日記 も以下の内容に更新。 library(ggplot2) library(reshape) library(scales) library(grid) ############# ### the…
jfreechart で軸目盛を変更したいときは，NumberFormatやTickUnitsクラスを利用 JFreeChart chart = ChartFactory.createHistogram(title, xAxisLabel, yAxisLabel,createData(x, bins), PlotOrientation.VERTICAL, legend, true, true); XYPlot plot = (XYPlot) chart.getPlot(); ValueAxis xAxis = plot.getDomainAxis(); // 表示形式を指数とかで ((NumberAxis) xAxis).setNumberFormatOverride(new DecimalFormat("0.0E0")); // 目盛間隔を変更 TickUnits tickUnits =
はてなブログではてなダイアリーのスーパーpre記法がすべての言語に対応したようだ。アクセス解析で見られるデータを過去30日分に増やしました - はてなブログ開発ブログ 試してみる。まずは、はてな記法を利用可にする。 「見たままモード」から「はてな記法モード」へ ブログの管理画面→[設定]→[編集モード]で「はてな記法モード」にチェック→[変更する]ボタンをクリック はてな記法でソースコードを入力 「Hello, World!」のJavaソースを>|java|〜||<で囲んで、 >|java| public static void main(String args[]){ System.out.printf("%s","Hello, World!"); } ||<とすると、 public static void main(String args[]){ System.out.printf("
Rでデータを扱う際，データフレームにしておくと色々と便利である． 特に，最近興味を持っているggplot2を扱うなら，データフレームにしておくべき． ということで，ちょっとかじったデータフレーム作成方法についてメモ． time <- c(1,2,3) value <- c(10, 20, 30) place <- "学校" x <- data.frame(T = time, V = value, P = place) こうすると > x T V P [1] 1 10 学校 [2] 2 20 学校 [3] 3 30 学校 となる．これにデータを追加したい場合，簡単な方法は同じ列名を持つデータフレームを作成し，結合すること． > y T V P [1] 9 100 公園 [2] 10 200 公園 [3] 11 300 公園 というデータフレーム y と x を結合させる． x <- rbin
ggplot2は、バージョン0.9.2からテーマ関連が大幅に変更された。それに合わせて、以前公開したggplot2 のテーマを作成 - joker8phoenixの日記 も以下の内容に更新。 library(ggplot2) library(reshape) library(scales) library(grid) ############# ### theme ### ############# mytheme <- function ( base_size=18, margin.top=1, margin.side=0.5, base_family="Helvetica", number_family="Helvetica", ls=0, strip.ls=0, border="grey50", legend="right", major=NA,#"grey50", minor=NA
背景 ggplot2でデータを図示するとき，data.frame()の形にしておくことが必須！ でも，巷に存在するデータは必ずしも適したdata.frame()の形になっていない． このような統計データが巷には多く存在する．横軸に時間，縦軸にカテゴリである． > sdata <- read.csv("reshape_data.csv",header=T) > sdata X X2003 X2004 X2005 X2006 X2007 X2008 1 A 0.639303353 0.1606200 0.49761181 0.05821738 0.28906559 0.86778986 2 B 0.151501818 0.9834539 0.73344139 0.89570543 0.40995754 0.02346937 3 C 0.003360582 0.8289247 0.8455568
背景 統計的にデータを扱う場合，データの種類は大きく分けて次の3つ． 順次的（sequential） 定性的（qualitative） 発散的（diverging） これらを可視化するとき，色分けすると便利．ただし，色使いには注意が必要 目的 ggplot2で可視化するとき，データの種類によって色を使い分ける方法を模索 方法 ggplot2で色を分けて可視化するときの手段として ggplot2のscale_gradient, scale_gradient2, scale_gradientn を利用 RパッケージのRColorBrewerを利用 自分で定義 の3つが考えられる． ここで問題．適切な色とは何か？ W. S. Cleveland の The Elements of Graphing Data によれば，CMYKをベースに考えて次のパタンがオススメらしい 順次的データ cyan か
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