RU2017146154A - Способы прогнозирования рака предстательной железы - Google Patents

Claims (32)

1. Способ, включающий:

определение уровня генной экспрессии для сигнатурных генов: AZGP1, FBLN1, ILK, KRT15, MEIS2, MYBPC1, PAGE4, SRD5A2, COL1A1, COL3A1, COL5A2, INHBA, THBS2, VCAN, BGN, BIRC5 и DYRK2, и необязательно изоформ PDE4, включающих PDE4D5 и/ил PDE4D7, для получения субъективного профиля экспрессии для субъекта,

классификацию субъекта как имеющего благоприятный прогноз или неблагоприятный прогноз рака предстательной железы на основе субъективного профиля экспрессии, где благоприятный прогноз предполагает повышенную вероятность выживаемости в течение предопределенного периода после постановки первоначального диагноза и/или отсутствие прогрессирования заболевания после первоначального лечения, и неблагоприятный прогноз предполагает агрессивное заболевание, пониженную вероятность выживаемости, повышенную вероятность биохимического рецидива, клинического рецидива и/или наличия локальных или отдаленных метастазов в течение предопределенного периода времени после постановки первоначального диагноза; и/или

классификацию субъекта как имеющего или не имеющего предрасположенность к развитию рака предстательной железы, т.е. склонного к прогрессированию заболевания, на основе субъективного профиля экспрессии, где предрасположенность предполагает агрессивное заболевание, пониженную вероятность выживаемости, повышенную вероятность биохимического рецидива, клинического рецидива и/или наличия локальных или отдаленных метастазов в течение предопределенного периода времени после постановки первоначального диагноза.

2. Способ, включающий:

классификацию субъекта как имеющего благоприятный прогноз или неблагоприятный прогноз рака предстательной железы, на основе субъективного профиля экспрессии для субъекта, где субъективный профиль экспрессии включает уровень генной экспрессии сигнатурных генов: AZGP1, FBLN1, ILK, KRT15, MEIS2, MYBPC1, PAGE4, SRD5A2, COL1A1, COL3A1, COL5A2, INHBA, THBS2, VCAN, BGN, BIRC5 и DYRK2, и необязательно изоформ PDE4, включающих PDE4D5 и/или PDE4D7; и где благоприятный прогноз предполагает повышенную вероятность выживаемости в течение предопределенного периода после постановки первоначального диагноза и/или отсутствие прогрессирования заболевания после первоначального лечения, и неблагоприятный прогноз предполагает агрессивное заболевание, пониженную вероятность выживаемости, повышенную вероятность биохимического рецидива, клинического рецидива и/или наличия локальных или отдаленных метастазов в течение предопределенного периода времени после постановки первоначального диагноза; и/или

классификацию субъекта как имеющего или не имеющего предрасположенность к развитию рака предстательной железы, т.е. склонного к прогрессированию заболевания, на основе субъективного профиля экспрессии для субъекта, где субъективный профиль экспрессии включает уровень генной экспрессии сигнатурных генов: AZGP1, FBLN1, ILK, KRT15, MEIS2, MYBPC1, PAGE4, SRD5A2, COL1A1, COL3A1, COL5A2, INHBA, THBS2, VCAN, BGN, BIRC5 и DYRK2, и необязательно изоформ PDE4, включающих PDE4D5 и/или PDE4D7; где предрасположенность предполагает агрессивное заболевание, пониженную вероятность выживаемости, повышенную вероятность биохимического рецидива, клинического рецидива, и/или наличия локальных или отдаленных метастазов в течение предопределенного периода времени после постановки первоначального диагноза.

3. Способ по любому из пп.1 или 2, где субъективный профиль экспрессии преобразуется в индекс прогрессирования рака предстательной железы.

4. Способ по п.3, где индекс прогрессирования рака предстательной железы рассчитывается согласно следующему уравнению:

PCPI=(GEV_av_GOI_up) - (GEV_av_GOI_down)

где GEV_av_GOI_up представляет среднее значение генной экспрессии генов с положительной регуляцией, и где GEV_av_GOI_down представляет среднее значение генной экспрессии генов с отрицательной регуляцией, и где значения определены на основе нормализованных данных экспрессии генов по каждому образцу субъекта.

5. Способ по любому из пп.1-4, где уровень экспрессии ряда сигнатурных генов нормализуется к экспрессии референсного гена, где предпочтительно референсный ген является геном домашнего хозяйства, и где более предпочтительно ген домашнего хозяйства представляет TBP, HPRT1, ACTB, RPLP0, PUM1, POLR2A или B2M.

6. Способ по пп.1 или 2,

где субъект классифицируется как имеющий благоприятный прогноз, если индекс прогрессирования рака предстательной железы ниже выбранного порогового значения, или как имеющий неблагоприятный прогноз, если индекс прогрессирования рака предстательной железы выше выбранного порогового значения; и/или

субъект классифицируется как имеющий предрасположенность к развитию рака предстательной железы, т.е. склонный к прогрессированию заболевания, если индекс прогрессирования рака предстательной железы выше выбранного порогового значения, или как не имеющий предрасположенности к развитию рака предстательной железы, т.е. несклонный к прогрессированию заболевания, если индекс прогрессирования рака предстательной железы ниже выбранного порогового значения.

7. Способ по любому из пп.1-6, дополнительно включающий:

стратификацию субъекта на риск агрессивного заболевания по сравнению с неагрессивным заболеванием согласно определенному прогнозу или определенной предрасположенности; и/или

обеспечение подходящей терапии рака для субъекта, нуждающегося в этом, согласно определенному прогнозу или определенной предрасположенности.

8. Способ по любому из пп.1 или 2, где неблагоприятный прогноз или предрасположенность к раку предстательной железы, т.е. склонность к прогрессированию заболевания, указывает на пригодность субъекта для лечения одним или несколькими способами лечения, выбранными из группы, состоящей из хирургической операции на предстательной железе, удаления предстательной железы, химиотерапии, лучевой терапии, брахитерапии, ограниченной или расширенной диссекции лимфатических узлов, гормональной терапии.

9. Применение продукта, содержащего:

праймеры и/или зонды для определения уровня генной экспрессии сигнатурных генов: AZGP1, FBLN1, ILK, KRT15, MEIS2, MYBPC1, PAGE4, SRD5A2, COL1A1, COL3A1, COL5A2, INHBA, THBS2, VCAN, BGN, BIRC5 и DYRK2, и необязательно изоформ PDE4, включающих PDE4D5 и/или PDE4D7;

необязательно дополнительно содержащего праймеры и/или зонды для определения уровней экспрессии ряда генов, приведенных на фиг. 1 или 2, отличных от вышеуказанных генов; и/или

необязательно дополнительно содержащего праймеры и/или зонды для определения уровня генной экспрессии референсного гена, где предпочтительно референсный ген является геном домашнего хозяйства, и где более предпочтительно ген домашнего хозяйства представляет TBP, HPRT1, ACTB, RPLP0, PUM1, POLR2A или B2M

для установления прогноза для пациента с диагнозом рака предстательной железы, для стратификации пациента с диагнозом рака предстательной железы или для определения предрасположенности к развитию агрессивного или индолентного рака предстательной железы у пациента, имеющего рак предстательной железы.

10.Применение по п.9, где продукт представляет набор для постановки ПЦР, набор для секвенирования РНК или микрочип, или набор микрочипов.

11. Компьютерный программный продукт, содержащий считываемый компьютером код, хранящийся на машиночитаемом

носителе или загружаемый из сети связи, который при запуске на компьютере реализует одну или более стадий по любому из пп.1-8.

12. Система, содержащая компьютерный программный продукт по п.11 и продукт, содержащий:

праймеры и/или зонды для определения уровня генной экспрессии сигнатурных генов: AZGP1, FBLN1, ILK, KRT15, MEIS2, MYBPC1, PAGE4, SRD5A2, COL1A1, COL3A1, COL5A2, INHBA, THBS2, VCAN, BGN, BIRC5 и DYRK2, и необязательно изоформ PDE4, включающих PDE4D5 и/или PDE4D7;

необязательно дополнительно содержащий праймеры и/или зонды для определения уровней экспрессии ряда генов, приведенных на фиг. 1 или 2, отличных от вышеуказанных генов; и/или

необязательно дополнительно содержащий праймеры и/или зонды для определения уровня генной экспрессии референсного гена, где предпочтительно референсный ген является геном домашнего хозяйства, и где более предпочтительно ген домашнего хозяйства представляет TBP, HPRT1, ACTB, RPLP0, PUM1, POLR2A или B2M.

13. Система по п.12, где продукт представляет набор для постановки ПЦР, набор для секвенирования РНК или микрочип, или набор микрочипов.