KR20150065170A

KR20150065170A - 관심있는 화합물을 발현하는 형질전환된 박테리아를 포함하는 국소 조성물

Info

Publication number: KR20150065170A
Application number: KR1020157006097A
Authority: KR
Inventors: 노가 큐빗-라츠; 타헬 알트만
Original assignee: 탑제닉스, 인크.
Priority date: 2012-08-07
Filing date: 2013-08-07
Publication date: 2015-06-12
Also published as: IL237149A0; US20140044677A1; EP2882494A1; JP2015525800A; US20160000701A1; US9453232B2; US9868957B2; AU2013299605A1; WO2014025938A1; MX2015001751A; US9234204B2; US20140044653A1

Abstract

국소 적용용으로 조제된 형질전환 박테리아의 집단을 포함하는 조성물을 기술한다. 형질전환 박테리아의 집단은 비병원성 박테리아로부터 생성하였고 치료 또는 미용 목적을 위해 관심있는 화합물을 발현하도록 형질전환되었다. 일 실시양태에서, 이러한 조성물은 자외선으로부터 피부를 보호하기 위한 것이다.

Description

관심있는 화합물을 발현하는 형질전환된 박테리아를 포함하는 국소 조성물{TOPICAL COMPOSITION COMPRISING TRANSFORMED BACTERIA EXPRESSING A COMPOUND OF INTEREST}

관련 출원의 교차참조

본원은 2012년 8월 7일자로 출원된 미국 가출원 제61/680,620호 및 2013년 6월 18일자로 출원된 미국 가출원 제61/836,594호(이들 각각은 온전히 그대로 본원에 참고로 도입됨)의 이익을 주장한다.

기술분야

본원에 기재된 보호대상은 피부과 분야, 보다 구체적으로 국소 치료, 미용 또는 피부과 목적을 위한 분자 또는 화합물을 발현하는 형질전환된 박테리아(세균)를 포함하는 치료 조성물 및 방법에 관한 것이다.

통상적으로 국소 적용된 약제로 치료되는 광범위한 피부과 장애 및 질병이 존재한다. 일부 치료에서, 상기 약제는 치료 목적, 예를 들면, 건선, 습진 또는 피부염을 치료하거나 호전시키기 위해 제공된다. 다른 치료에서, 상기 약제는 미용 또는 보호 효과, 예컨대, 피부 미백제 또는 탈색제, 또는 자외선 차단제 효과를 제공한다. 미용 및 의학 목적을 위한 약제의 국소 적용은 일부 한계를 갖는다. 예를 들면, 적용된 약제는 피부로부터 용이하게 떨어져 나갈 수 있고 약제가 적용되는 제제가 천연 피부 미생물총(microbiota)의 균형을 방해할 수 있는 화학물질을 포함할 수 있다. 크림 및 연고는 지저분하고, 미끄럽고 번거로울 수 있고, 환자는 한정된 영역 및 단지 특정 해부학적 부위 상에서 한정된 수의 병변만을 치료할 수 있다. 그 결과, 국소 제제에 대한 거의 35% 처방전이 약국 카운터 뒤에 남아있고, 환자는 국소 처방전을 가져가지 않기로 선택한다. 대조적으로, 전신 약제용 처방전은 훨씬 더 잘 지불되고, 이때 14%만이 상환되지 않았다고 보고된다(Storm, A. et al., J. Am. Acad. Dermatol., 59:27-33 (2008)).

얼마나 자주 얼마나 많이 적용하는지에 대한 환자의 이해의 관점에서 국소 치료의 단점도 존재한다. 단지 한 예로서 자외선차단제의 경우, 사람들은 전형적으로 권장된 것보다 절반 미만의 두께로 보다 덜 빈번하게 자외선차단제를 적용하므로, 그들의 보호를 실질적으로 손상시킨다(Stern, R.S., N Engl J. Med, 350:1526-1534 (2004)).

의학, 미용 및 예방 목적을 위한 보다 효과적인 국소 치료 조성물에 대한 필요성이 남아있다. 예를 들면, UV가 피부암 또는 광노화의 증가하는 발생에 대한 주요 원인이기 때문에 보다 효과적인 UV 보호에 대한 필요성은 전세계적으로 인식되어 있다. 또 다른 예로서, 효과적인 장기간 치료법을 이용한 건선 및 습진, 및 다른 피부 장애의 국소 치료가 필요하다.

건강한 인간 표피는 모든 사람들에서 총 피부 미생물체(microbiome)의 약 60%를 보유하는 주요 5개 목(order)으로부터의 박테리아 구성원들을 포함하는 수천 개의 박테리아 종들에 의해 콜로니화된다. 건강한 인간 표피는 입방 센티미터 당 평균 대략 10⁸개의 박테리아를 생성하는 수조 개의 박테리아 세포들에 의해 콜로니화된다. 피부 미생물총은 피부의 독특한 속성을 활용하고 피부 생태계를 건강한 균형으로 유지하기 때문에 숙주와 공생 관계로 진화되었다(Grice A. E., Science, 324: 1190-1192 (2009). 상이한 피부과 필요성을 위해 피부 박테리아를 사용하는 치료법은 피부의 천연 생태계를 유지할 수 있을 것이고 특정 피부과 필요성을 해결하기 위해 천연 피부 박테리아를 증강시킬 것이다.

면역 억제를 유발하는 스트레스 조건 하에서 피부의 면역 기능을 개선하기 위한, 구체적으로 피부의 면역 활성을 정상화하고 이러한 조건 하에서 과다반응을 발생시킬 경향을 감소시키기 위한 프로바이오틱(probiotic) 미생물의 사용은 당분야, 예를 들면, 유럽 특허 제1322318호에 기재되어 있다. 피부 안색의 광채 손상을 치료하고/하거나 예방하는 데에 유용한 활성제로서 프로바이오틱 미생물의 미용 용도도 기재되어 있다(미국 특허 공보 제2012/0301452호). 프로바이오틱만의 사용은 국소 피부 치료를 위한 한 방법이지만, 보다 긴 기간 및/또는 보다 강력한 방법에 대한 필요성이 남아있다.

형질전환된 박테리아는 식품, 약학 및 생체촉매 적용을 위한 재조합 단백질 및 다양한 분자의 생성을 위해 현대 생명공학에서 집중적으로 사용되고 있다. 이종 유전자에 의해 코딩된 단백질을 생성하고 분비할 수 있는 박테리아는 약학 단백질, 예컨대, 인간 및 동물 성장 호르몬, 인슐린, 인터페론, 사이토킨 등의 산업적 제조를 위해 광범위하게 사용된다. 따라서, 산업적 제조를 위해 지금까지 사용되거나 제안된 이. 콜라이 이외의 유기체는 배양된 포유동물 및 곤충 세포, 효모 및 진균, 및 다수의 바실러스(Bacillus) 종을 비롯한 다양한 박테리아 종을 포함한다. 산업적 목적을 위해 이미 널리 사용되는 박테리아들 중에는 발효된 식품을 위한 출발 배양물, 향 증강제 및 보존제로서 사용되는 젖산 박테리아가 있다. 이들 성질은 특정 효소, 젖산 및 무해한 항미생물 폴리펩티드, 예컨대, 니신을 생성하는 이들 유기체들의 능력에 의존한다(예를 들면, 미국 특허 제6,221,648호 참조).

관련된 분야 및 이와 관련된 한계의 상기 예는 설명하기 위한 것이고 배제하기 위한 것이 아니다. 관련된 분야의 다른 한계는 본 명세서를 읽고 도면을 연구할 때 당업자에게 명확해질 것이다.

이하에 기재되고 설명되는 하기 양태들 및 이들의 실시양태는 예시하고 설명하기 위한 것이고 범위를 한정하기 위한 것이 아니다.

한 양태에서, 대상체에게 국소 적용되도록 제제화된 형질전환된 박테리아 집단을 포함하는 조성물을 제공하고, 이때 형질전환된 박테리아 집단은 관심있는 화합물을 발현하도록 형질전환된 비병원성 박테리아로부터 생성된다.

한 실시양태에서, 비병원성 박테리아 집단은 인간 피부 상에서 천연적으로 발생하는 박테리아를 포함한다. 즉, 상기 집단 내의 박테리아는 인간 피부 미생물체로부터 유래된다. 또 다른 실시양태에서, 비병원성 박테리아 집단은 관심있는 화합물을 발현하는, 한 실시양태에서 관심있는 화합물을 만성적으로 발현하는 생(살아있는) 박테리아 집단이다. 또 다른 실시양태에서, 비병원성 박테리아 집단은 온전한 약독화된 박테리아 또는 사멸된(죽은) 박테리아 또는 이의 단편의 집단이고, 이때 약독화 또는 사멸 전의 박테리아는 관심있는 화합물을 발현하였다.

한 실시양태에서, 관심있는 화합물은 자외선을 흡수할 수 있거나 반사할 수 있는 화합물이다. 또 다른 실시양태에서, 상기 화합물은 자외선 A(320 내지 400 nm), 자외선 B(315 내지 280 nm) 또는 이들 둘다를 흡수할 수 있거나 반사할 수 있다.

또 다른 실시양태에서, 형질전환된 박테리아에 의해 발현된 관심있는 화합물은 하기 화합물들로 구성된 군으로부터 선택된다: 마이코스포린(mycosporine), 가두솔(gadusols), 옥소-마이코스포린(oxo-mycosporines), 이미노-마이코스포린 및 마이코스포린 유사 아미노산(MAA), 스시토네민(scytonemin), 멜라닌(melanines), UV-스크리닝/관찰 아미노산 유사 분자, 플라보노이드(flavonoids), 베탈라닌(betalanines), UV-스크리닝/관찰 색소(예를 들면, 카로테노이드(carotenoids)/카르테노단백질, 잔토필(xanthopylls) 및 포피린(porphyrin)-기제/헴(heme)-포피린-기제), UV-스크리닝/관찰 보조인자(예를 들면, 테트라하이드로바이오프테린(tetrahydrobiopterin)), 페닐프로파노이드(phenylpropanoids), 폴리페놀(polyphenol)(예를 들면, 탄닌(tannins)), 피크노제놀(pycnogenol), 티로시나제(tyrosinases)(및 이의 기질 및 생성물), 알파 하이드록시산(AHA), 다당류(예를 들면, 글리코스아미노글리칸(GAG) 또는 점막다당류), 피부 관련 보조인자, 비타민 E, 중합체 및 추가 피부 관련 천연 화합물, 예컨대, 콜라겐, 케라틴, 엘라스틴, 리놀레산, 라미닌(laminin), 트레티노인(tretinoin), 타자로텐(tazarotene), 사르가퀴노산(sargaquinoic acid), 사르가크로메놀(sargachromenol), 푸코잔틴(fucoxanthin), 레티노이드, 소염 사이토킨(예컨대, IL-2), 코르티손(cortisone), 타크롤리무스(tacrolimus), 시클로스포린(ciclosporin), 레스베라트롤(resveratrol), 갈로카테콜(gallocatechol), 갈로카테킨(gallocatechin), 에피갈로카테킨 갈레이트(epigallocatechin gallate), 레티노이드, 비타민 A, 비타민 A 유도체, 베타-카로텐, 비타민 D, 비타민 A 유도체, 보습 화합물; 코르티손, 타크롤리무스 및 시클로스포린, DNA 복구 효소; 포토리아제(photolyase), 엔도뉴클레아제(endonuclease) 및 글리코실라제(glycosylase).

또 다른 실시양태에서, 형질전환된 박테리아 집단은 조성물로 cm² 당 적어도 약 10²개의 박테리아, 또는 cm² 당 적어도 약 10³개, 10⁴개, 10⁵개 또는 10⁶개의 박테리아를 제공하도록 제제화된다.

또 다른 실시양태에서, 조성물은 대상체에게 국소 적용되도록 제제화된 제2 형질전환된 박테리아 집단을 포함하고, 이때 상기 제2 형질전환된 박테리아 집단은 (i) 조성물 중의 제1 형질전환된 박테리아 집단과 상이한 비병원성 박테리아로부터 생성되거나, (ii) 조성물 중의 제1 형질전환된 박테리아 집단에 의해 발현된 관심있는 제1 화합물과 상이한 관심있는 화합물을 발현하도록 형질전환된다. 다른 실시양태에서, 조성물은 적어도 1개의 형질전환된 박테리아 집단, 적어도 2개의 형질전환된 박테리아 집단, 또는 2개 이상의 형질전환된 박테리아 집단을 포함한다.

한 실시양태에서, 제2 비병원성 박테리아 집단은 인간 피부 미생물체로부터 유래된다. 또 다른 실시양태에서, 제2 비병원성 박테리아 집단은 관심있는 화합물을 발현하는, 한 실시양태에서 관심있는 화합을 만성적으로 발현하는 살아있는 박테리아 집단이다. 또 다른 실시양태에서, 제2 비병원성 박테리아 집단은 온전한 약독화된 박테리아 또는 사멸된(죽은) 박테리아 또는 이의 단편의 집단이고, 이때 약독화 또는 사멸 전의 박테리아는 관심있는 화합물을 발현하였다.

또 다른 실시양태에서, 관심있는 화합물은 건선을 치료하기 위한 화합물이다. 예시적인 화합물은 레티노이드, 비타민 A, 베타-카로텐, 비타민 D 및 소염 사이토킨으로 구성된 군으로부터 선택된 화합물을 포함하나 이것으로 한정되지 않는다.

한 실시양태에서, 관심있는 화합물은 항산화제이다.

또 다른 실시양태에서, 화합물은 레스베라트롤, 비타민 E, 비타민 C, 에피갈로카테킨-3-갈레이트 및 레티닐 팔미테이트(레티노이드), 루테인(lutein), 타마린드(tamarind), 플라보노이드, 피크노제놀 및 리코펜(lycopene)으로 구성된 군으로부터 선택된다.

또 다른 실시양태에서, 관심있는 화합물은 미용 효과를 제공한다. 예를 들면, 상기 화합물은 코엔자임 Q10, 티로시나제, 콜라겐, 라미닌, 세라마이드, 리놀레산, 트레티노인, 타자로텐 및 콜라겐으로 구성된 군으로부터 선택될 수 있다. 또 다른 실시양태에서, 미용 효과는 노화방지이다.

또 다른 실시양태에서, 관심있는 화합물은 습진을 치료하는 화합물이다. 예시적인 관심있는 화합물은 코르티손, 타크롤리무스 및 시클로스포린으로 구성된 군으로부터 선택된 화합물을 포함한다.

또 다른 실시양태에서, 형질전환된 박테리아 집단을 포함하는 조성물은 안면에의 국소 적용을 위해 제제화된다. 또 다른 실시양태에서, 상기 조성물은 인간 신체의 점막 표면을 제외한 피부에의 국소 적용을 위한 제제이다.

또 다른 실시양태에서, 형질전환된 박테리아 집단은 인간에서 피부 상에 존재하는 비병원성 박테리아 집단으로부터 생성된다. 즉, 비병원성 박테리아 집단은 질환을 갖지 않은 건강한 인간에서 피부 상에 전형적으로 존재하는 박테리아를 포함한다.

일부 실시양태에서, 형질전환된 박테리아 집단은 악티노마이세탈레스(Actinomycetales), 언에어로코커스(Anaerococcus), 바실라레스(Bacillales), 비피도박테리움(Bifidobacterium), 엔히드로박터(Enhydrobacter), 피네골디아(Finegoldia), 카르노박테리움(Carnobacterium), 코리네오박테리움(Coryneobacterium), 락토바실러스(Lactobacillus), 락토코커스(Lactococcus), 레운코노스톡(Leunconostoc), 마크로오커스(Macrooccus), 마이크로코시네애(Micrococcineae), 오에노코커스(Oenococcus), 페디오코커스(Pediococcus), 펩토니필루스(Peptoniphilus), 프로피오니박테리움(Propionibacterium), 살리니코커스(Salinicoccus), 스핑고모나스(Sphingomonas), 스트레포코커스(Strepococcus), 테트라게노커스(Tetragenoccus) 및 웨이셀라(Weissella)로 구성된 군 내의 박테리아들로부터 선택된 비병원성 박테리아 구성원으로부터 생성된다.

다른 실시양태에서, 형질전환된 박테리아 집단 내의 형질전환된 박테리아는 프로피오니박테리움 액크네스(Propionibacterium acnes), 코리네박테리움의 병원성 균주, 스타필로코커스 아우레우스(S. aureus) 또는 스타필로코커스 에피데르미디스(S. epidermidis)가 아니다.

또 다른 실시양태에서, 형질전환된 박테리아 집단은 락토바실러스 카세이(Lactobacillus casei), 락토바실러스 레우테리(Lactobacillus reuteri), 락토바실러스 액시도필루스(Lactobacillus acidophilus), 락토바실러스 젠세니이(Lactobacillus jensenii), 비피도박테리움 로그눔(Bifidobacterium lognum), 피피도박테리움 레우테리(Bifidobacterium reuteri), 비피도박테리움 락티스(Bifidobacterium lactis), 비피도박테리움 브레베(Bifidobacterium breve), 비피도박테리움 애니말리스(Bifidobacterium animalis), 프로피오니박테리움 액시디프로피오니시(Propionibacterium acidipropionici), 프로피오니박테리움 프레우덴레이키이(Propionibacterium freudenreichii), 프로피오니박테리움 토에니이(Propionibacterium thoenii) 및 프로피오니박테리움 젠세니이(Propionibacterium jensenii)로 구성된 군 내의 박테리아들로부터 선택된 박테리아로부터 생성된다.

또 다른 실시양태에서, 형질전환된 박테리아 집단은 감마-프로테오박테리아(proteobacteria), 알파-프로테오박테리아 및 박테리오데테스(bacteriodetes)로 구성된 군으로부터 선택된 문(phylum) 내의 박테리아들로부터 선택된 박테리아로부터 생성된다.

다양한 실시양태에서, 형질전환된 박테리아 집단을 포함하는 국소 조성물은 크림, 로션, 에멀젼, 겔, 연고, 액체 또는 스프레이일 수 있다. 한 실시양태에서, 국소 조성물은 cm² 당 적어도 약 10²개의 박테리아를 제공하도록 제제화된다.

또 다른 양태에서, 치료 방법이 제공되고, 이때 본원에 기재된 조성물은 질환 예방을 위해, 또는 치료 또는 미용 목적을 위해 대상체, 바람직하게는 인간 대상체의 피부에 국소 적용된다. 한 실시양태에서, 국소 적용은 인간 신체의 점막 표면(코, 질, 직장, 구강 표면)에의 국소 적용을 제외한다.

전술된 예시적인 양태 및 실시양태 이외에, 추가 양태 및 실시양태가 도면을 참고하고 하기 설명을 연구함으로써 명확해질 것이다.

본 방법 및 조성물의 추가 실시양태 등은 하기 설명, 도면, 실시예 및 특허청구범위로부터 명확해질 것이다. 상기 및 하기 설명으로부터 인식될 수 있는 바와 같이, 본원에 기재된 각각의 모든 특징들, 및 이러한 특징들 중 둘 이상의 각각의 모든 조합이 본 개시내용의 범위 내에 포함되되, 이러한 조합 내에 포함되는 특징은 상호 불일치하지 않는다. 또한, 임의의 특징 또는 특징들의 조합은 본 발명의 임의의 실시양태로부터 구체적으로 제외될 수 있다. 본 발명의 추가 양태 및 장점은 특히, 수반되는 실시예 및 도면과 함께 고려될 때 하기 설명 및 특허청구범위에 기재되어 있다.

도 1a 내지 1c는 관심있는 화합물의 발현을 위해 박테리아를 형질전환시키기 위한 예시적인 플라스미드 또는 벡터의 맵이다.

1. 정의

다양한 양태들이 이하에 더 전체적으로 기재되어 있을 것이다. 그러나, 이러한 양태들은 많은 상이한 형태들로 구현될 수 있고 본원에 기재된 실시양태로 한정되는 것으로서 해석되어서는 안 되고; 오히려, 이들 실시양태들은 본 개시내용이 철저하고 완전하며 당업자에게 그의 범위를 전체적으로 전달하도록 제공된다.

값의 범위가 제공되는 경우, 그 범위의 상한과 하한 사이의 각각의 개재 값, 및 그 언급된 범위 내의 임의의 다른 언급된 또는 개재 값을 본 개시내용 내에 포함시키기 위한 것이다. 예를 들면, 1 ㎛ 내지 8 ㎛의 범위가 언급되는 경우, 2 ㎛, 3 ㎛, 4 ㎛, 5 ㎛, 6 ㎛ 및 7 ㎛뿐만 아니라, 1 ㎛ 이상의 값의 범위 및 8 ㎛ 이하의 값의 범위도 명시적으로 개시하기 위한 것이다.

본 명세서에서 사용된 바와 같이, 문맥이 달리 명시하지 않은 한, 단수형 용어는 복수 지시대상을 포함한다. 따라서, 예를 들면, "부형제"의 언급은 단일 부형제뿐만 아니라 동일한 또는 상이한 부형제들 중 2개 이상의 부형제도 포함한다.

"양친매성"은 친수성 성질 및 친지성(소수성) 성질을 겸비한 분자를 지칭한다.

"희석제"는 제제 중의 또 다른 성분을 용해시키거나, 분산시키거나 다른 방식으로 혼입시키기 위해 제제 내에 포함될 수 있다. 희석제의 예로는 물, 완충 수용액, 유기 친수성 희석제, 예컨대, 1가 알코올, 및 저분자량 글리콜 및 폴리올(예를 들면, 프로필렌 글리콜, 폴리프로필렌 글리콜, 글리세롤, 부틸렌 글리콜)이 있으나 이들로 한정되지 않는다.

"겔"은 분산된 상이 연속 상과 조합되어 반고체 물질, 예컨대, 젤리를 생성하고 있는 콜로이드이다.

본원에서 사용된 바와 같이, "친수성"은 물과 용이하게 상호작용하는 강한 극성 기를 갖는 물질을 지칭한다.

본원에서 사용된 바와 같이, "소수성"은 물에 대한 친화성을 결여하여 물을 밀어내고 흡수하지 않을 뿐만 아니라 물에 용해되거나 물과 혼합되지 않는 경향을 갖는 물질을 지칭한다.

본원에서 사용된 바와 같이, "지용성"은 소수성 액체, 예컨대, 피마자유에서 5 g/100 ㎖ 이상의 가용성을 갖는 물질을 지칭한다.

"친지성"은 지질에 대한 친화성을 갖는 화합물을 지칭한다. 친지성 물질의 예로는 천연 발생 오일, 합성 오일, 지방, 지방산, 레시틴, 트리글리세라이드 및 이들의 조합물이 있으나 이들로 한정되지 않는다.

"오일"은 적어도 95 중량%의 친지성 물질을 함유하는 조성물이다.

"피부"는 개체, 특히 인간의 표피 전부를 표시하기 위한 것이고, 일부 실시양태에서 특정된 경우 피부의 특정 영역, 예컨대, 안면, 목, 팔, 다리, 복부, 손, 등, 둔부 또는 발을 표시하기 위한 것이다.

본원에서 사용된 바와 같이, "수용성"은 물에서 5 g/100 ㎖ 이상의 가용성을 갖는 물질을 지칭한다.

II. 국소 조성물

본원에 기재된 조성물은 대상체에게의 국소 적용을 위해 제제화된 형질전환된 박테리아 집단으로 구성된다. 형질전환된 박테리아 집단을 생성하는 데에 적합한 예시적인 비병원성 박테리아가 하기 단락 A에 기재되어 있다. 형질전환된 박테리아 집단에 의해 발현될 관심있는 화합물이 단락 B에 기재되어 있고, 형질전환된 박테리아 집단을 생성하는 기법이 단락 C에 기재되어 있다. 형질전환된 박테리아 집단을 포함하는 국소 조성물이 단락 D에 개시되어 있다.

A. 예시적인 박테리아

본원에 기재된 조성물 및 기재된 방법에서 사용될 박테리아 집단은 관심있는 화합물을 발현하고/하거나, 생성하고/생성하거나 분비하도록 유전적으로 변경되어 있는 비병원성 박테리아로부터 생성된다. 예시적인 비병원성 박테리아가 이 단락에 기재되어 있다. 한 실시양태에서, 상기 집단 내의 박테리아는 비병원성 및 비침습성 미생물이고, 특정 실시양태에서 그람 양성 식품 등급 박테리아 균주일 수 있다. 또 다른 실시양태에서, 형질전환된 박테리아 집단은 피부 미생물체에서 천연적으로 발생하는 박테리아로부터 제조된다.

인간 피부는 피부 미생물체로서 지칭되는, 피부 상에 존재하는 미생물 집단을 갖는다. (건강한 (질환을 갖지 않는) 인간에서) 피부 상에 존재하는 박테리아 미생물은 통상적으로 비병원성 및 공생성(숙주에게 유해하지 않음) 및/또는 상리공생성(이익을 제공함)을 나타낸다. 인간 피부 상에 통상적으로 존재하는 박테리아는 후술되어 있고, 속(genus) 수준까지 그들의 계통발생적 계통으로 기재된 계통발생적 수준에 의해 표시되어 있다(Grice, E. A, et al., Science, 324(5931): 1190-1192 (2009); Costello, E.K., et al., Science, 326(5960): 1694-1697 (2009), Grice E. A. and J. A. Segre, Nature Reviews Microbiology, 9: 244-253 (2011)).

조성물 중의 박테리아 집단을 형성하고 관심있는 하나 이상의 화합물을 발현하도록 형질전환된 박테리아는 동일한 박테리아들의 집합체 또는 상이한 계통발생적 수준에서 상이한 박테리아들의 혼합물일 수 있다. 한 실시양태에서, 형질전환을 위한 박테리아 집단은 드문 이동 사건과는 별개로 다른 박테리아 군으로부터 분리되어 있는 영역에서 한 박테리아 종의 개체들의 군이다. 사실상, 상기 영역의 크기 및 성질(예를 들면, 피부 상의 영역, 예컨대, 턱 또는 이마의 크기 및 위치)은 원하는 목적을 위해 종종 임의로 정의된다. 또 다른 실시양태에서, 조성물을 제조하기 위해 형질전환될 박테리아는 공간 및 시간 면에서 함께 존재하는 상이한 박테리아 종들로 구성된 집단의 집합체를 의미하는 박테리아 공통체이다. 한 실시양태에서, 박테리아 공동체는 모든 종(즉, 모든 영양 수준 및/또는 계통발생적 수준에 걸쳐 모든 종)을 포함하거나, 대안적으로 모든 영양적으로 유사한 종들(예를 들면, 열대우림의 모든 식물들)을 포함한다. 또 다른 실시양태에서, 조성물을 제조하기 위해 형질전환될 박테리아는 집단들 사이의 이동에 의해 연관되어 있는 일련의 국소 집단들로서 존재하는 것으로 인지되는 집단 군을 의미하는 메타집단이다. 또 다른 실시양태에서, 조성물을 제조하기 위해 형질전환될 박테리아는 잠재적으로 상호작용하는 종들의 분산에 의해 연관되어 있는 일련의 국소 공동체들로서 존재하는 것으로 인지되는 영양적으로 유사한 개체 및 종의 집합체를 의미하는 메타공동체이다(Green, J.L et al., Science, 320(5879): 1039-43 (2008)).

건강한 인간의 피부 상에 존재하는 박테리아는 인간의 안면 상에 전형적으로 존재하는 박테리아 종, 예컨대, 코리네박테리움(corynebacterium) 속 및 프로피오니박테리움(propionibacterium) 속 내의 박테리아들을 포함하는 악티노박테리아를 포함한다. 다른 실시양태에서, 건강한 인간 대상체의 피부 상에 존재하는 박테리아는 예를 들면, 박테로이데테스 및 프로테오박테리아 속 내의 박테리아를 포함하는, 안면 이외의 피부 상에 전형적으로 존재하는 박테리아 종을 포함한다. 피부 미생물체 내의 다른 박테리아는 본원에서 이하에 나열된 박테리아들을 포함한다.

한 실시양태에서, 박테리아는 하기 박테리아들을 포함하나 이들로 한정되지 않는 프로피오니박테리움 속으로부터 유래된다: 프로피오니박테리움 액시디파시엔스(Propionibacterium acidifaciens), 프로피오니박테리움 액시디프로피오니시(Propionibacterium acidipropionici), 프로피오니박테리움 액시디프로피오니시 균주 4900, 프로피오니박테리움 액크네스(Propionibacterium acnes), 프로피오니박테리움 아우스트랄리엔스(Propionibacterium australiense), 프로피오니박테리움 아비둠(Propionibacterium avidum), 프로피오니박테리움 사이클로헥사니쿰(Propionibacterium cyclohexanicum), 프로피오니박테리움 프레우덴레이키이(Propionibacterium freudenreichii) 하위종 프레우덴레이키이, 프로피오니박테리움 프레우덴레이키이 하위종 프레우덴레이키이 균주 20271, 프로피오니박테리움 프레우덴레이키이 하위종 셔마니이(Shermanii), 프로피오니박테리움 프레우덴레이키이 하위종 셔마니이 균주 4902, 프로피오니박테리움 프레우덴레이키이 하위종 셔마니이 균주 4902, 프로피오니박테리움 그라눌로숨(Propionibacterium granulosum), 프로피오니박테리움 이노쿠움(Propionibacterium innocuum), 프로피오니박테리움 젠세니이(Propionibacterium jensenii), 프로피오니박테리움 젠세니이 균주 20278, 프로피오니박테리움 림포필룸(Propionibacterium lymphophilum), 프로피오니박테리움 마이크로애로필룸(Propionibacterium microaerophilum), 프로피오니박테리움 프로피오니쿰(Propionibacterium propionicum), 프로피오니박테리움 토에니이(Propionibacterium thoenii), 및 프로피오니박테리움 토에니이 균주 20277.

또 다른 실시양태에서, 박테리아는 프로피오니박테리움 액시디프로피오니시, 프로피오니박테리움 프레우덴레이키이 하위종 프레우덴레이키이, 프로피오니박테리움 프레우덴레이키이 하위종 셔마니이, 프로피오니박테리움 젠세니이 및 프로피오니박테리움 토에니이를 포함하나 이들로 한정되지 않는, 프로피오니박테리움 속에서 "일반적으로 안전한 박테리아로서 간주된"(GRAS) 박테리아들로서 분류된 박테리아의 집단이다. 한 실시양태에서, 박테리아는 프로피오니박테리움 액크네스가 아니다.

한 실시양태에서, 박테리아는 하기 박테리아들을 포함하나 이들로 한정되지 않는 코리네박테리움 속으로부터 유래된다: 코리네박테리움 액콜렌스(C. accolens), 코리네박테리움 아페르멘탄(C. afermentan), 코리네박테리움 아미콜라툼(C. amycolatum), 코리네박테리움 아르젠토라텐스(C. argentoratense), 코리네박테리움 아쿠아티쿰(C. aquaticum), 코리네박테리움 아우리스(C. auris), 코리네박테리움 보비스(C. bovis), 코리네박테리움 디프테리아(C. diphtheria), 코리네박테리움 에퀴(C. equi)(현재 로도코커스 에퀴(Rhodococcus equi)), 코리네박테리움 플라베센스(C. flavescens), 코리네박테리움 글루쿠로놀라이티쿰(C. glucuronolyticum), 코리네박테리움 글루타미쿰(C. glutamicum), 코리네박테리움 그라눌로숨(C. granulosum), 코리네박테리움 해몰라이티쿰(C. haemolyticum), 코리네박테리움 할로파이티카(C. halofytica), 코리네박테리움 제이케이움(C. jeikeium)(군 JK), 코리네박테리움 맥긴레이이(C. macginleyi), 코리네박테리움 마트루초티이(C. matruchotii), 코리네박테리움 미누티시뭄(C. minutissimum), 코리네박테리움 파르붐(C. parvum)(프로피오니박테리움 액크네스), 코리네박테리움 프로핀쿠움(C. propinquum), 코리네박테리움 슈도디프테리티쿰(C. pseudodiphtheriticum)(코리네박테리움 호프만니이(C. hofmannii)), 코리네박테리움 슈도튜버큘로시스(C. pseudotuberculosis)(코리네박테리움 오비스(C. ovis)), 코리네박테리움 피오게네스(C. pyogenes), 코리네박테리움 우레아라이티쿰(C. urealyticum)(군 D2), 코리네박테리움 레날레(C. renale), 코리네박테리움 스펙(C. spec), 코리네박테리움 스트리아툼(C. striatum), 코리네박테리움 테누이스(C. tenuis), 코리네박테리움 울세란스(C. ulcerans), 코리네박테리움 우레아라이티쿰(C. urealyticum) 및 코리네박테리움 제로시스(C. xerosis). 친지성 기 및 비친지성 기를 갖는 박테리아가 고려되고, 비친지성 박테리아는 발효 코리네박테리아 및 비발효 코리네박테리아를 포함할 수 있다.

또 다른 실시양태에서, 박테리아는 코리네박테리움 암모니아게네스(Corynebacterium ammoniagenes), 코리네박테리움 카세이(Corynebacterium casei), 코리네박테리움 플라베센스(Corynebacterium flavescens) 및 코리네박테리움 배리아바일(Corynebacterium variabile)을 포함하나 이들로 한정되지 않는, 코리네박테리움 속에서 "일반적으로 안전한 박테리아로서 간주된"(GRAS) 박테리아들로서 분류된 박테리아들의 집단이다.

한 실시양태에서, 박테리아는 코리네박테리움 디프테리아, 코리네박테리움 아미콜라툼, 코리네박테리움 스트리아툼, 코리네박테리움 제이케이움, 코리네박테리움 우레아라이티쿰, 코리네박테리움 제로시스, 슈도튜버큘로시스, 코리네박테리움 테누이스, 코리네박테리움 스트리아툼 또는 코리네박테리움 미누티시뭄이 아니다(이는 이들이 병원성을 나타낼 수 있기 때문이다).

한 실시양태에서, 박테리아는 하기 GRAS 박테리아 종들을 포함하나 이들로 한정되지 않는 마이크로코시네애(Micrococcineae) 하위목으로부터 유래된다: 아쓰로박터 아릴라이텐시스(Arthrobacter arilaitensis), 아쓰로박터 베르게레이(Arthrobacter bergerei), 아쓰로박터 글로비포르미스(Arthrobacter globiformis), 아쓰로박터 니코티아내(Arthrobacter nicotianae), 코쿠리아 리조필라(Kocuria rhizophila), 코쿠리아 바리안스(Kocuria varians), 마이크로코커스 루테우스(Micrococcus luteus), 마이크로코커스 라일래(Micrococcus lylae), 마이크로박테리움 구베에넨스(Microbacterium gubbeenense), 브레비박테리움 아우란티아쿰(Brevibacterium aurantiacum), 브레비박테리움 카세이(Brevibacterium casei), 브레비박테리움 리넨스(Brevibacterium linens), 브라키박테리움 알리멘타리움(Brachybacterium alimentarium) 및 브라키박테리움 티로페르멘탄스(Brachybacterium tyrofermentans).

한 실시양태에서, 박테리아는 GRAS 박테리아 종인 스트렙토마이세스 그리세우스(Streptomyces griseus) 하위종 그리세우스(Griseus)를 포함하나 이것으로 한정되지 않는 악티노마이세탈레스(Actinomycetales) 목으로부터 유래된다. 한 실시양태에서, 박테리아 스트렙토마이세스 그리세우스는 티로시나제를 발현하지 않을 것이다.

또 다른 실시양태에서, 박테리아는 하기 박테리아들을 포함하나 이들로 한정되지 않는 스타필로코커스 속으로부터 유래된다: 스타필로코커스 아그네티스(Staphylococcus agnetis), 스타필로코커스 아를레태(S. arlettae), 스타필로코커스 아우리쿨라리스(S. auricularis), 스타필로코커스 카피티스(S. capitis), 스타필로코커스 카프래(S. caprae), 스타필로코커스 카르노서스(S. carnosus), 스타필로코커스 카세올라이티커스(Staphylococcus caseolyticus), 스타필로코커스 크로모게네스(S. chromogenes), 스타필로코커스 코니이(S. cohnii), 스타필로코커스 콘디멘트(S. condiment), 스타필로코커스 델피니(S. delphini), 스타필로코커스 데브리에세이(S. devriesei), 스타필로코커스 에쿠오룸(S. equorum), 스타필로코커스 펠리스(S. felis), 스타필로코커스 플레우레티이(S. fleurettii), 스타필로코커스 갈리나룸(S. gallinarum), 스타필로코커스 해몰라이티커스(S. haemolyticus), 스타필로코커스 호미니스(S. hominis), 스타필로코커스 하이커스(S. hyicus), 스타필로코커스 인터메디우스(S. intermedius), 스타필로코커스 클로오시이(S. kloosii), 스타필로코커스 레에이(S. leei), 스타필로코커스 렌투스(S. lentus), 스타필로코커스 루그두넨시스(S. lugdunensis), 스타필로코커스 루트래(S. lutrae), 스타필로코커스 마실리엔시스(S. massiliensis), 스타필로코커스 마이크로티(S. microti), 스타필로코커스 무스캐(S. muscae), 스타필로코커스 네팔렌시스(S. nepalensis), 스타필로코커스 파스테우리(S. pasteuri), 스타필로코커스 페텐코페리(S. pettenkoferi), 스타필로코커스 피스시페르멘탄스(S. piscifermentans), 스타필로코커스 슈딘테르메디우스(S. pseudintermedius), 스타필로코커스 슈도루그두넨시스(S. pseudolugdunensis), 스타필로코커스 풀베레리(S. pulvereri), 스타필로코커스 로스트라(S. rostra), 스타필로코커스 사카로라이티커스(S. saccharolyticus), 스타필로코커스 사프로파이티커스(S. saprophyticus), 스타필로코커스 슐레이페리(S. schleiferi), 스타필로코커스 스시우리(S. sciuri), 스타필로코커스 시미애(S. simiae), 스타필로코커스 시물란스(S. simulans), 스타필로코커스 스테파노비시이(S. stepanovicii), 스타필로코커스 석시누스(S. succinus), 스타필로코커스 비툴리누스(S. vitulinus), 스타필로코커스 와르네리(S. warneri) 및 스타필로코커스 자일로서스(S. xylosus).

또 다른 실시양태에서, 박테리아는 하기 박테리아들을 포함하나 이들로 한정되지 않는, 스타필로코커스 목에서 "일반적으로 안전한 박테리아로서 간주된"(GRAS) 박테리아로서 분류된 박테리아들의 집단이다: 스타필로코커스 카모서스(Staphylococcus camosus) 하위종 카모서스(Camosus), 스타필로코커스 카모서스 하위종 우틸리스(Utilis), 스타필로코커스 코니이(Staphylococcus cohnii), 스타필로코커스 콘디멘티(Staphylococcus condimenti), 스타필로코커스 에쿠오룸(Staphylococcus equorum) 하위종 에쿠오룸(Equorum), 스타필로코커스 에쿠오룸 하위종 리넨스(Linens), 스타필로코커스 플레우레티이(Staphylococcus fleurettii), 스타필로코커스 피스시페르멘탄스(Staphylococcus piscifermentans), 스타필로코커스 사프로파이티커스(Staphylococcus saprophyticus), 스타필로코커스 스두리(Staphylococcus sduri) 하위종 스두리(Sduri), 스타필로코커스 석시누스(Staphylococcus succinus) 하위종 석시누스(succinus), 스타필로코커스 석시누스 하위종 카세이(Casei), 스타필로코커스 비툴리누스(Staphylococcus vitulinus), 스타필로코커스 와메리(Staphylococcus wameri) 및 스타필로코커스 자일로서스(Staphylococcus xylosus).

한 실시양태에서, 박테리아는 스타필로코커스 아우레우스 또는 스타필로코커스 에피데르미디스가 아니다.

또 다른 실시양태에서, 박테리아는 하기 박테리아들을 포함하나 이들로 한정되지 않는 스트렙토코커스 속으로부터 유래된다: 스트렙토코커스 액시도미니무스(Streptococcus acidominimus), 스트렙토코커스 아드자센스(Streptococcus adjacens), 스트렙토코커스 아갈락티애(Streptococcus agalactiae), 스트렙토코커스 알락토라이티커스(Streptococcus alactolyticus), 스트렙토코커스 안기노서스(Streptococcus anginosus), 스트렙토코커스 아우스트랄리스(Streptococcus australis), 스트렙토코커스 보비스(Streptococcus bovis), 스트렙토코커스 카발리(Streptococcus caballi), 스트렙토코커스 캐니스(Streptococcus canis), 스트렙토코커스 카프리누스(Streptococcus caprinus), 스트렙토코커스 카스토레우스(Streptococcus castoreus), 스트렙토코커스 세코룸(Streptococcus cecorum), 스트렙토코커스 콘스텔라투스(Streptococcus constellatus), 스트렙토코커스 콘스텔라투스 하위종 콘스텔라투스(Constellatus), 스트렙토코커스 콘스텔라투스 하위종 파린기스(Pharyngis), 스트렙토코커스 크레모리스(Streptococcus cremoris), 스트렙토코커스 크리세티(Streptococcus criceti), 스트렙토코커스 크리스타투스(Streptococcus cristatus), 스트렙토코커스 다니엘리애(Streptococcus danieliae), 스트렙토코커스 데펙티베스(Streptococcus defectives), 스트렙토코커스 덴타프리(Streptococcus dentapri), 스트렙토코커스 덴티로우세티(Streptococcus dentirousetti), 스트렙토코커스 디델피스(Streptococcus didelphis), 스트렙토코커스 디피실리스(Streptococcus difficilis), 스트렙토코커스 두란스(Streptococcus durans), 스트렙토코커스 다이스갈락티애(Streptococcus dysgalactiae), 스트렙토코커스 다이스갈락티애 하위종 다이스갈락티애(Dysgalactiae), 스트렙토코커스 다이스갈락티애 하위종 에퀴시밀리스(Equisimilis), 스트렙토코커스 엔테리커스(Streptococcus entericus), 스트렙토코커스 에퀴(Streptococcus equi), 스트렙토코커스 에퀴 하위종 에퀴(Equi), 스트렙토코커스 에퀴 하위종 루미나토룸(Ruminatorum), 스트렙토코커스 에퀴 하위종 주에피데미커스(Zooepidemicus), 스트렙토코커스 에퀴네스(Streptococcus equines), 스트렙토코커스 패칼리스(Streptococcus faecalis), 스트렙토코커스 패시움(Streptococcus faecium), 스트렙토코커스 페루스(Streptococcus ferus), 스트렙토코커스 갈리나세우스(Streptococcus gallinaceus), 스트렙토코커스 갈로라이티커스(Streptococcus gallolyticus), 스트렙토코커스 갈로라이티커스 하위종 갈로라이티커스(Gallolyticus), 스트렙토코커스 갈로라이티커스 하위종 마세도니커스(Macedonicus), 스트렙토코커스 갈로라이티커스 하위종 파스테우리아누스(Pasteurianus), 스트렙토코커스 가르비에애(Streptococcus garvieae), 스트렙토코커스 고르도니이(Streptococcus gordonii), 스트렙토코커스 할리코에리(Streptococcus halichoeri), 스트렙토코커스 한세니이(Streptococcus hansenii), 스트렙토코커스 헨라이(Streptococcus henryi), 스트렙토코커스 히요인테스티날리스(Streptococcus hyointestinalis), 스트렙토코커스 히요바기날리스(Streptococcus hyovaginalis), 스트렙토코커스 익탈루리(Streptococcus ictaluri), 스트렙토코커스 인판타리우스(Streptococcus infantarius), 스트렙토코커스 인판타리우스 하위종 콜라이(Coli), 스트렙토코커스 인판타리우스 하위종 인판타리우스(Infantarius), 스트렙토코커스 인판티스(Streptococcus infantis), 스트렙토코커스 이니애(Streptococcus iniae), 스트렙토코커스 인터메디우스(Streptococcus intermedius), 스트렙토코커스 인테스티날리스(Streptococcus intestinalis), 스트렙토코커스 락타리우스(Streptococcus lactarius), 스트렙토코커스 락티스(Streptococcus lactis), 스트렙토코커스 락티스 하위종 크레모리스(Cremoris), 스트렙토코커스 락티스 하위종 디아세틸락티스(Diacetilactis), 스트렙토코커스 락티스 하위종 락티스(Lactis), 스트렙토코커스 루테티엔시스(Streptococcus lutetiensis), 스트렙토코커스 마카캐(Streptococcus macacae), 스트렙토코커스 마세도니커스(Streptococcus macedonicus), 스트렙토코커스 마리맘말리움(Streptococcus marimammalium), 스트렙토코커스 마실리엔시스(Streptococcus massiliensis), 스트렙토코커스 메리오니스(Streptococcus merionis), 스트렙토코커스 마이너(Streptococcus minor), 스트렙토코커스 미티스(Streptococcus mitis), 스트렙토코커스 모르빌로룸(Streptococcus morbillorum), 스트렙토코커스 뮤탄스(Streptococcus mutans), 스트렙토코커스 올리고페르멘탄스(Streptococcus oligofermentans), 스트렙토코커스 오랄리스(Streptococcus oralis), 스트렙토코커스 오리스라티(Streptococcus orisratti), 스트렙토코커스 오비스(Streptococcus ovis), 스트렙토코커스 파라산귀니스(Streptococcus parasanguinis), 스트렙토코커스 파라우베리스(Streptococcus parauberis), 스트렙토코커스 파르불루스(Streptococcus parvulus), 스트렙토코커스 파스테우리아누스(Streptococcus pasteurianus), 스트렙토코커스 페로리스(Streptococcus peroris), 스트렙토코커스 포캐(Streptococcus phocae), 스트렙토코커스 플란타룸(Streptococcus plantarum), 스트렙토코커스 플레오모르푸스(Streptococcus pleomorphus), 스트렙토코커스 플루라니말리움(Streptococcus pluranimalium), 스트렙토코커스 플루렉스토룸(Streptococcus plurextorum), 스트렙토코커스 뉴모니아(Streptococcus pneumonia), 스트렙토코커스 포르시(Streptococcus porci), 스트렙토코커스 포르시누스(Streptococcus porcinus), 스트렙토코커스 포르코룸(Streptococcus porcorum), 스트렙토코커스 슈도뉴모니애(Streptococcus pseudopneumoniae), 스트렙토코커스 슈도포르시누스(Streptococcus pseudoporcinus), 스트렙토코커스 피오게네스(Streptococcus pyogenes), 스트렙토코커스 라피놀락티스(Streptococcus raffinolactis), 스트렙토코커스 라티(Streptococcus ratti), 스트렙토코커스 루피카프래(Streptococcus rupicaprae), 스트렙토코커스 사카로라이티커스(Streptococcus saccharolyticus), 스트렙토코커스 살리바리우스(Streptococcus salivarius), 스트렙토코커스 살리바리우스 하위종 살리바리우스(Salivarius), 스트렙토코커스 살리바리우스 하위종 써모필루스(Thermophilus), 스트렙토코커스 산귀니스(Streptococcus sanguinis), 스트렙토코커스 실로이(Streptococcus shiloi), 스트렙토코커스 시넨시스(Streptococcus sinensis), 스트렙토코커스 소브리누스(Streptococcus sobrinus), 스트렙토코커스 수이스(Streptococcus suis), 스트렙토코커스 써모필루스(Streptococcus thermophilus), 스트렙토코커스 토랄텐시스(Streptococcus thoraltensis), 스트렙토코커스 티구리누스(Streptococcus tigurinus), 스트렙토코커스 트로글로다이태(Streptococcus troglodytae), 스트렙토코커스 트로글로다이티디스(Streptococcus troglodytidis), 스트렙토코커스 우베리스(Streptococcus uberis), 스트렙토코커스 우리날리스(Streptococcus urinalis), 스트렙토코커스 베스티불라리스(Streptococcus vestibularis) 및 스트렙토코커스 와이우스(Streptococcus waius).

또 다른 실시양태에서, 박테리아는 스트렙토코커스 써모필루스 균주 Th4, 스트렙토코커스 갈로라이티커스 하위종 마세도니커스, 스트렙토코커스 살리바리우스 하위종 살리바리우스 및 스트렙토코커스 살리바리우스 하위종 써모필루스를 포함하나 이들로 한정되지 않는, 스트렙토코커스 속에서 "일반적으로 안전한 박테리아로서 간주된"(GRAS) 박테리아로서 분류된 박테리아들의 집단이다.

또 다른 실시양태에서, 박테리아는 하기 박테리아들을 포함하나 이들로 한정되지 않는 락토바실러스(Lactobacillus) 속으로부터 유래된다: 락토코커스 가르비에애(Lactococcus garvieae), 락토코커스 락티스(Lactococcus lactis), 락토코커스 락티스 하위종 크레모리스(cremoris), 락토코커스 락티스 하위종 호르드니애(hordniae), 락토코커스 락티스, 락토코커스 락티스 하위종 락티스(Lactis), 락토코커스 피스시움(Lactococcus piscium), 락토코커스 플란타룸(Lactococcus plantarum), 락토코커스 라피놀락티스(Lactococcus raffinolactis), 락토바실러스 아세토톨레란스(Lactobacillus acetotolerans), 락토바실러스 액시도필루스(Lactobacillus acidophilus), 락토바실러스 아길리스(Lactobacillus agilis), 락토바실러스 알기두스(Lactobacillus algidus), 락토바실러스 알리멘타리우스(Lactobacillus alimentarius), 락토바실러스 아밀로라이티커스(Lactobacillus amylolyticus), 락토바실러스 아밀로필루스(Lactobacillus amylophilus), 락토바실러스 아밀로보루스(Lactobacillus amylovorus), 락토바실러스 애니말리스(Lactobacillus animalis), 락토바실러스 아비아리우스(Lactobacillus aviarius), 락토바실러스 아비아리우스 하위종 아라피노서스(araffinosus), 락토바실러스 아비아리우스 하위종 아비아리우스(aviarius), 락토바실러스 바바리커스(Lactobacillus bavaricus), 락토바실러스 비페르멘탄스(Lactobacillus bifermentans), 락토바실러스 브레비스(Lactobacillus brevis), 락토바실러스 부크네리(Lactobacillus buchneri), 락토바실러스 불가리커스(Lactobacillus bulgaricus), 락토바실러스 카르니스(Lactobacillus carnis), 락토바실러스 카세이(Lactobacillus casei), 락토바실러스 카세이 하위종 알락토서스(alactosus), 락토바실러스 카세이 하위종 카세이(casei), 락토바실러스 카세이 하위종 슈도플란타룸(pseudoplantarum), 락토바실러스 카세이 하위종 람노서스(rhamnosus), 락토바실러스 카세이 하위종 톨레란스(tolerans), 락토바실러스 카테나포르미스(Lactobacillus catenaformis), 락토바실러스 셀로바이오서스(Lactobacillus cellobiosus), 락토바실러스 콜리노이데스(Lactobacillus collinoides), 락토바실러스 콘푸서스(Lactobacillus confusus), 락토바실러스 코리니포르미스(Lactobacillus coryniformis), 락토바실러스 코리니포르미스 하위종 코르니포르미스(coryniformis), 락토바실러스 코리니포르미스 하위종 토르쿠엔스(torquens), 락토바실러스 크리스파투스(Lactobacillus crispatus), 락토바실러스 쿠르바투스(Lactobacillus curvatus), 락토바실러스 쿠르바투스 하위종 쿠르바투스(curvatus), 락토바실러스 쿠르바투스 하위종 멜리바이오서스(melibiosus), 락토바실러스 델브루엑키이(Lactobacillus delbrueckii), 락토바실러스 델브루엑키이 하위종 불가리커스(bulgaricus), 락토바실러스 델브루엑키이 하위종 델브루엑키이(delbrueckii), 락토바실러스 델브루엑키이 하위종 락티스(lactis), 락토바실러스 디베르겐스(Lactobacillus divergens), 락토바실러스 파르시미니스(Lactobacillus farciminis), 락토바실러스 페르멘툼(Lactobacillus fermentum), 락토바실러스 포르미칼리스(Lactobacillus formicalis), 락토바실러스 프럭티보란스(Lactobacillus fructivorans), 락토바실러스 프럭토서스(Lactobacillus fructosus), 락토바실러스 갈리나룸(Lactobacillus gallinarum), 락토바실러스 가세리(Lactobacillus gasseri), 락토바실러스 그라미니스(Lactobacillus graminis), 락토바실러스 할로톨레란스(Lactobacillus halotolerans), 락토바실러스 햄스테리(Lactobacillus hamsteri), 락토바실러스 헬베티커스(Lactobacillus helveticus), 락토바실러스 헤테로히오키이(Lactobacillus heterohiochii), 락토바실러스 힐가르디이(Lactobacillus hilgardii), 락토바실러스 호모히오키이(Lactobacillus homohiochii), 락토바실러스 이네르스(Lactobacillus iners), 락토바실러스 인테스티날리스(Lactobacillus intestinalis), 락토바실러스 젠세니이(Lactobacillus jensenii), 락토바실러스 존소니이(Lactobacillus johnsonii), 락토바실러스 칸들레리(Lactobacillus kandleri), 락토바실러스 케피리(Lactobacillus kefiri), 락토바실러스 케푸라노파시엔스(Lactobacillus kefuranofaciens), 락토바실러스 케피르그라눔(Lactobacillus kefirgranum), 락토바실러스 쿤케에이(Lactobacillus kunkeei), 락토바실러스 락티스(Lactobacillus lactis), 락토바실러스 레이크만니이(Lactobacillus leichmannii), 락토바실러스 린드네리(Lactobacillus lindneri), 락토바실러스 말레페르멘탄스(Lactobacillus malefermentans), 락토바실러스 말리(Lactobacillus mali), 락토바실러스 말타로미커스(Lactobacillus maltaromicus), 락토바실러스 만니호티보란스(Lactobacillus manihotivorans), 락토바실러스 마이너(Lactobacillus minor), 락토바실러스 미누투스(Lactobacillus minutus), 락토바실러스 무코새(Lactobacillus mucosae), 락토바실러스 무리누스(Lactobacillus murinus), 락토바실러스 나겔리이(Lactobacillus nagelii), 락토바실러스 오리스(Lactobacillus oris), 락토바실러스 파니스(Lactobacillus panis), 락토바실러스 파라부크네리(Lactobacillus parabuchneri), 락토바실러스 파라카세이(Lactobacillus paracasei), 락토바실러스 파라카세이 하위종 파라카세이(paracasei), 락토바실러스 파라카세이 하위종 톨레란스(tolerans), 락토바실러스 파라케피리(Lactobacillus parakefiri), 락토바실러스 파라리멘타리우스(Lactobacillus paralimentarius), 락토바실러스 파라플란타룸(Lactobacillus paraplantarum), 락토바실러스 펜토서스(Lactobacillus pentosus), 락토바실러스 페롤렌스(Lactobacillus perolens), 락토바실러스 피스시콜라(Lactobacillus piscicola), 락토바실러스 플란타룸(Lactobacillus plantarum), 락토바실러스 폰티스(Lactobacillus pontis), 락토바실러스 레우테리(Lactobacillus reuteri), 락토바실러스 람노서스(Lactobacillus rhamnosus), 락토바실러스 람노서스 균주 5/E5a, 락토바실러스 리매(Lactobacillus rimae), 락토바실러스 로고새(Lactobacillus rogosae), 락토바실러스 루미니스(Lactobacillus ruminis), 락토바실러스 사케이(Lactobacillus sakei), 락토바실러스 사케이 하위종 카모서스(camosus), 락토바실러스 사케이 하위종 사케이(sakei), 락토바실러스 살리바리우스(Lactobacillus salivarius), 락토바실러스 살리바리우스 하위종 살리시니우스(salicinius), 락토바실러스 살리바리우스 하위종 살리바리우스(salivarius), 락토바실러스 산프란시스센시스(Lactobacillus sanfranciscensis), 락토바실러스 샤르페애(Lactobacillus sharpeae), 락토바실러스 수에비커스(Lactobacillus suebicus), 락토바실러스 트리코데스(Lactobacillus trichodes), 락토바실러스 울리(Lactobacillus uli), 락토바실러스 백시노스테르커스(Lactobacillus vaccinostercus), 락토바실러스 바기날리스(Lactobacillus vaginalis), 락토바실러스 비리데센스(Lactobacillus viridescens), 락토바실러스 비툴리누스(Lactobacillus vitulinus), 락토바실러스 자일로서스(Lactobacillus xylosus), 락토바실러스 야마나쉬엔시스(Lactobacillus yamanashiensis), 락토바실러스 야마나쉬엔시스 하위종 말리(mali), 락토바실러스 야마나쉬엔시스 하위종 야마나쉬엔시스(Yamanashiensis) 및 락토바실러스 제애(Lactobacillus zeae).

또 다른 실시양태에서, 박테리아는 하기 박테리아들을 포함하나 이들로 한정되지 않는, 락토바실러스 속에서 "일반적으로 안전한 박테리아로서 간주된"(GRAS) 박테리아로서 분류된 박테리아들의 집단이다: 락토바실러스 액시도필루스(Lactobacillus acidophilus) 균주 NP 28, 락토바실러스 액시도필루스 균주 NP51, 락토바실러스 하위종 락티스(lactis) 균주 NP7, 락토바실러스 레우테리(Lactobacillus reuteri) 균주 NCIMB 30242, 락토바실러스 카세이(Lactobacillus casei) 균주 쉬로타(Shirota), 락토바실러스 레우테리 균주 DSM 17938, 락토바실러스 레우테리 균주 NCIMB 30242, 락토바실러스 액시도필루스 NCFM, 락토바실러스 람노서스(Lactobacillus rhamnosus) 균주 HN001, 우유-기제 배지에서 생성된 락토바실러스 람노서스 균주 HN001, 락토바실러스 레우테리 균주 DSM 17938, 락토바실러스 카세이 하위종 람노서스 균주 GG, 락토바실러스 액시도필루스, 락토바실러스 락티스, 락토바실러스 아세톨레란스(Lactobacillus acetotolerans), 락토바실러스 액시디파리내(Lactobacillus acidifarinae), 락토바실러스 액시디피스즈(Lactobacillus acidipisds), 락토바실러스 액시도필루스, 락토바실러스 알리멘리우스(Lactobacillus alimenmrius), 락토바실러스 아밀로라이티커스(Lactobacillus amylolyticus), 락토바실러스 아밀로보루스(Lactobacillus amylovorus), 락토바실러스 브레비스(Lactobacillus brevis), 락토바실러스 부크네리(Lactobacillus buchneri), 락토바실러스 카카오눔(Lactobacillus cacaonum), 락토바실러스 카세이 하위종 카세이(Casei), 락토바실러스 콜리노이데스(Lactobacillus collinoides), 락토바실러스 콤포스티(Lactobacillus composti), 락토바실러스 코리니포르미스(Lactobacillus co-ryniformis) 하위종 코리니포르미스(Coryniformis), 락토바실러스 크리스파투스(Lactobacillus crispatus), 락토바실러스 크루스토룸(Lactobacillus crustorum), 락토바실러스 쿠르바투스(Lactobacillus curvatus) 하위종 쿠르바투스(Curvatus), 락토바실러스 델브루엑키이(Lactobacillus delbrueckii) 하위종 불가리커스(Bulgaricus), 락토바실러스 델브루엑키이 하위종 델브루엑키이(Delbrueckii), 락토바실러스 델브루엑키이 하위종 락티스(Lactis), 락토바실러스 덱스트리니커스(Lactobacillus dextrinicus), 락토바실러스 디올리보란스(Lactobacillus diolivorans), 락토바실러스 파비페르멘탄스(Lactobacillus fabifermentans), 락토바실러스 파르시미니스(Lactobacillus farciminis), 락토바실러스 페르멘툼(Lactobacillus fermentum), 락토바실러스 프럭티보란스(Lactobacillus fructivorans), 락토바실러스 프루멘티(Lactobacillus frumenti), 락토바실러스 가세리(Lactobacillus gasseri), 락토바실러스 가넨시스(Lactobacillus ghanensis), 락토바실러스 햄메시이(Lactobacillus hammesii), 락토바실러스 하르비넨시스(Lactobacillus harbinensis), 락토바실러스 헬베티커스(Lactobacillus helveticus), 락토바실러스 힐가르디이(Lactobacillus hilgardii), 락토바실러스 호모히오키이(Lactobacillus homohiochii), 락토바실러스 호르데이(Lactobacillus hordei), 락토바실러스 젠세니이(Lactobacillus jensenii), 락토바실러스 존소니이(Lactobacillus johnsonii), 락토바실러스 케피리(Lactobacillus kefiri), 락토바실러스 케피라노파덴스(Lactobacillus kefiranofadens) 하위종 케피라노파시엔스(Kefiranofaciens), 락토바실러스 케피라노파덴스 하위종 케피르그라눔(Kefirgranum), 락토바실러스 킴키이(Lactobacillus kimchii), 락토바실러스 키소넨시스(Lactobacillus kisonensis), 락토바실러스 말리(Lactobacillus mali), 락토바실러스 마니호티보란스(Lactobacillus manihotivorans), 락토바실러스 민덴시스(Lactobacillus mindensis), 락토바실러스 무코새(Lactobacillus mucosae), 락토바실러스 나겔리이(Lactobacillus nagelii), 락토바실러스 나무렌시스(Lactobacillus namurensis), 락토바실러스 난텐시스(Lactobacillus nantensis), 락토바실러스 노덴시스(Lactobacillus nodensis), 락토바실러스 오에니(Lactobacillus oeni), 락토바실러스 오타키엔시스(Lactobacillus otakiensis), 락토바실러스 파니스(Lactobacillus panis), 락토바실러스 파라브레비스(Lactobacillus parabrevis), 락토바실러스 파라부크네리(Lactobacillus parabuchneri), 락토바실러스 파라카세이(Lactobacillus paracasei) 하위종 파라카세이(Paracasei), 락토바실러스 파라케피리(Lactobacillus parakefiri), 락토바실러스 파라리멘타리우스(Lactobacillus paralimentarius), 락토바실러스 파라플란타룸(Lactobacillus paraplantarum), 락토바실러스 펜토서스(Lactobacillus pentosus), 락토바실러스 페롤렌스(Lactobacillus perolens), 락토바실러스 플란타룸(Lactobacillus plantarum) 하위종 플란타룸(Plantarum), 락토바실러스 포부지히이(Lactobacillus pobuzihii), 락토바실러스 폰즈(Lactobacillus ponds), 락토바실러스 라피(Lactobacillus rapi), 락토바실러스 레우테리(Lactobacillus reuteri), 락토바실러스 람노서스(Lactobacillus rhamnosus), 락토바실러스 로시애(Lactobacillus rossiae), 락토바실러스 사케이(Lactobacillus sakei) 하위종 카르노서스(carnosus), 락토바실러스 사케이 하위종 사케이(Sakei), 락토바실러스 살리바리우스(Lactobacillus salivarius) 하위종 살리바리우스(Salivarius), 락토바실러스 산프란시스센시스(Lactobacillus sanfranciscensis), 락토바실러스 사트수멘시스(Lactobacillus satsumensis), 락토바실러스 세칼리필루스(Lactobacillus secaliphilus), 락토바실러스 센마이주케이(Lactobacillus senmaizukei), 락토바실러스 실리기니스(Lactobacillus siliginis), 락토바실러스 스피케리(Lactobacillus spicheri), 락토바실러스 수에비커스(Lactobacillus suebicus), 락토바실러스 선키이(Lactobacillus sunkii), 락토바실러스 툭세티(Lactobacillus tucceti), 락토바실러스 백드노스테루스(Lactobacillus vacdnosterrus), 락토바실러스 베르스몰덴시스(Lactobacillus versmoldensis) 및 락토바실러스 야마나쉬엔시스(Lactobacillus yamanashiensis).

또 다른 실시양태에서, 박테리아는 락토코커스 슐레이페르(Lactococcus Schleifer), 락토코커스 춘강겐시스(Lactococcus chungangensis), 락토코커스 푸지엔시스(Lactococcus fujiensis), 락토코커스 가르비에애(Lactococcus garvieae), 락토코커스 락티스(Lactococcus lactis), 락토코커스 락티스 하위종 크레모리스(Cremoris), 락토코커스 락티스 하위종 호르드니애(Hordniae), 락토코커스 락티스 하위종 락티스(Lactis), 락토코커스 락티스 하위종 트룩태(Tructae), 락토코커스 피스시움(Lactococcus piscium), 락토코커스 플란타룸(Lactococcus plantarum) 및 락토코커스 라피놀락티(Lactococcus raffinolacti)를 포함하나 이들로 한정되지 않는 락토코커스 속으로부터 유래된다.

또 다른 실시양태에서, 박테리아는 락토코커스 락티스 하위종 크레모리스, 락토코커스 락티스 하위종 락티스 및 락토코커스 락티스 하위종 라피놀락티스를 포함하나 이들로 한정되지 않는, 락토코커스 속에서 "일반적으로 안전한 박테리아로서 간주된"(GRAS) 박테리아로서 분류된 박테리아들의 집단이다.

또 다른 실시양태에서, 박테리아는 GRAS 박테리아 종 엔테로코커스 두란스(Enterococcus durans), 엔테로코커스 패칼리스(Enterococcus faecalis) 및 엔테로코커스 패시움(Enterococcus faecium)을 포함하나 이들로 한정되지 않는 엔테로코커스 속으로부터 유래된다.

또 다른 실시양태에서, 박테리아는 테트라게노코커스 할로필루스(Tetragenococcus halophilus) 및 테트라게노코커스 코레엔시스(Tetragenococcus koreensis)를 포함하나 이들로 한정되지 않는 테트라게노코커스 속으로부터 유래된다.

또 다른 실시양태에서, 박테리아는 GRAS 박테리아 종 웨이셀라 코레엔시스(Weissella koreensis), 웨이셀라 파라메센테로이데스(Weissella paramesenteroides), 웨이셀라 타일란덴시스(Weissella thailandensis), 웨이셀라 콘푸사(Weissella confusa), 웨이셀라 베니넨시스(Weissella beninensis), 웨이셀라 시바리아(Weissella cibaria), 웨이셀라 파바리아(Weissella fabaria), 웨이셀라 가넨시스(Weissella ghanensis) 및 웨이셀라 헬레니카(Weissella hellenica)를 포함하나 이들로 한정되지 않는 웨이셀라 속으로부터 유래된다.

또 다른 실시양태에서, 박테리아는 GRAS 박테리아 종 류코노스톡 카르노숨(Leuconostoc carnosum), 류코노스톡 시트레움(Leuconostoc citreum), 류코노스톡 팔락스(Leuconostoc fallax), 류코노스톡 홀잡펠리이(Leuconostoc holzapfelii), 류코노스톡 인해(Leuconostoc inhae), 류코노스톡 킴키이(Leuconostoc kimchii), 류코노스톡 락티스(Leuconostoc lactis), 류코노스톡 메센테로이데스(Leuconostoc mesenteroides) 하위종 크레모리스(Cremoris), 류코노스톡 메센테로이데스 하위종 덱스트라니쿰(Dextranicum), 류코노스톡 메센테로이데스 하위종 메센테로이데스(Mesenteroides), 류코노스톡 팔매(Leuconostoc palmae) 및 류코노스톡 슈도메센테로이데스(Leuconostoc pseudomesenteroides)를 포함하나 이들로 한정되지 않는 류코노스톡 속으로부터 유래된다.

또 다른 실시양태에서, 박테리아는 오에노코커스 오에니(Oenococcus oeni)를 포함하나 이것으로 한정되지 않는 오에노코커스 속으로부터 유래된다.

또 다른 실시양태에서, 박테리아는 살리니코커스 벤토사(Salinicoccus Ventosa), 살리니코커스 알부스(Salinicoccus albus), 살리니코커스 알칼리필루스(Salinicoccus alkaliphilus), 살리니코커스 카르니칸크리(Salinicoccus carnicancri), 살리니코커스 할로두란스(Salinicoccus halodurans), 살리니코커스 히스파니커스(Salinicoccus hispanicus), 살리니코커스 이라넨시스(Salinicoccus iranensis), 살리니코커스 제오트갈리(Salinicoccus jeotgali), 살리니코커스 쿤밍겐시스(Salinicoccus kunmingensis), 살리니코커스 루테우스(Salinicoccus luteus), 살리니코커스 큉다오넨시스(Salinicoccus qingdaonensis), 살리니코커스 로세우스(Salinicoccus roseus), 살리니코커스 살시라이애(Salinicoccus salsiraiae), 살리니코커스 세수비이(Salinicoccus sesuvii) 및 살리니코커스 시아멘시스(Salinicoccus siamensis)를 포함하나 이들로 한정되지 않는 살리니코커스 속으로부터 유래된다.

또 다른 실시양태에서, 박테리아는 마크로코커스 카세올라이티커스(Macrococcus caseolyticus)를 포함하나 이것으로 한정되지 않는 마크로코커스 속으로부터 유래된다.

또 다른 실시양태에서, 박테리아는 GRAS 박테리아 종 바실러스 아밀로리쿠에파시엔스(Bacillus amyloliquefaciens), 바실러스 코아굴란스(Bacillus coagulans) 및 바실러스 서브틸리스(Bacillus subbtilis)를 포함하나 이들로 한정되지 않는 바실랄레스(Bacillales) 목으로부터 유래된다..

또 다른 실시양태에서, 집단 내의 박테리아는 피네골디아 마그나(Finegoldia magna)가 아니다.

또 다른 실시양태에서, 박테리아는 언에어로코커스 하이드로게날리스(Anaerococcus hydrogenalis), 언에어로코커스 락토라이티커스(Anaerococcus lactolyticus), 언에어로코커스 무르도키이(Anaerococcus murdochii), 언에어로코커스 옥타비우스(Anaerococcus octavius), 언에어로코커스 프레보티이(Anaerococcus prevotii), 언에어로코커스 테트라디우스(Anaerococcus tetradius) 및 언에어로코커스 바기날리스(Anaerococcus vaginalis) 종을 포함하나 이들로 한정되지 않는 언에어로코커스 속으로부터 유래된다.

또 다른 실시양태에서, 박테리아는 펩토니필루스 아사카로라이티커스(Peptoniphilus asaccharolyticus), 펩토니필루스 콕시이(Peptoniphilus coxii), 펩토니필루스 두에르데니이(Peptoniphilus duerdenii), 펩토니필루스 고르바키이(Peptoniphilus gorbachii), 펩토니필루스 하레이(Peptoniphilus harei), 펩토니필루스 인돌리커스(Peptoniphilus indolicus), 펩토니필루스 이보리이(Peptoniphilus ivorii), 펩토니필루스 코에노에네니애(Peptoniphilus koenoeneniae), 펩토니필루스 라크리말리스(Peptoniphilus lacrimalis), 펩토니필루스 메티오닌니보락스(Peptoniphilus methioninivorax), 펩토니필루스 올세니이(Peptoniphilus olsenii) 및 펩토니필루스 타이렐리애(Peptoniphilus tyrrelliae) 종을 포함하나 이들로 한정되지 않는 펩토니필루스 속으로부터 유래된다.

또 다른 실시양태에서, 박테리아는 엔히드로박터 애로사커스(Enhydrobacter aerosaccus) 종을 포함하나 이것으로 한정되지 않는 엔히드로박터 속으로부터 유래된다.

또 다른 실시양태에서, 박테리아는 하기 종들을 포함하나 이들로 한정되지 않는 스핑고모나스(Sphingomonas) 속으로부터 유래된다: 스핑고모나스 아바시(Sphingomonas abaci), 스핑고모나스 애드해시바(Sphingomonas adhaesiva), 스핑고모나스 애롤라타(Sphingomonas aerolata), 스핑고모나스 애스투아리이(Sphingomonas aestuarii), 스핑고모나스 알라스켄시스(Sphingomonas alaskensis), 스핑고모나스 알파인(Sphingomonas alpine), 스핑고모나스 아쿠아틸리스(Sphingomonas aquatilis), 스핑고모나스 아로마티시보란스(Sphingomonas aromaticivorans), 스핑고모나스 아사카로라이티카(Sphingomonas asaccharolytica), 스핑고모나스 아스탁산티니파시엔스(Sphingomonas astaxanthinifaciens), 스핑고모나스 아우란티아카(Sphingomonas aurantiaca), 스핑고모나스 아조티피겐스(Sphingomonas azotifigens), 스핑고모나스 캡슐레이트(Sphingomonas capsulate), 스핑고모나스 창바이엔시스(Sphingomonas changbaiensis), 스핑고모나스 클로로페놀리카(Sphingomonas chlorophenolica), 스핑고모나스 충부켄시스(Sphingomonas chungbukensis), 스핑고모나스 클로아캐(Sphingomonas cloacae), 스핑고모나스 사이나래(Sphingomonas cynarae), 스핑고모나스 데시카빌리스(Sphingomonas desiccabilis), 스핑고모나스 독도넨시스(Sphingomonas dokdonensis), 스핑고모나스 에키노이데스(Sphingomonas echinoides), 스핑고모나스 엔도파이티카(Sphingomonas endophytica), 스핑고모나스 패니(Sphingomonas faeni), 스핑고모나스 페니카(Sphingomonas fennica), 스핑고모나스 포르모센시스(Sphingomonas formosensis), 스핑고모나스 긴센기솔리(Sphingomonas ginsengisoli), 스핑고모나스 긴세노시디무탄스(Sphingomonas ginsenosidimutans), 스핑고모나스 글라시알리스(Sphingomonas glacialis), 스핑고모나스 할로아로마티카만스(Sphingomonas haloaromaticamans), 스핑고모나스 한쿠켄시스(Sphingomonas hankookensis), 스핑고모나스 헤르비시도보란스(Sphingomonas herbicidovorans), 스핑고모나스 히스티디닐라이티카(Sphingomonas histidinilytica), 스핑고모나스 인디카(Sphingomonas indica), 스핑고모나스 인슐래(Sphingomonas insulae), 스핑고모나스 자포니카(Sphingomonas japonica), 스핑고모나스 자스프시(Sphingomonas jaspsi), 스핑고모나스 제주엔시스(Sphingomonas jejuensis), 스핑고모나스 진주엔시스(Sphingomonas jinjuensis), 스핑고모나스 카이스텐시스(Sphingomonas kaistensis), 스핑고모나스 코레엔시스(Sphingomonas koreensis), 스핑고모나스 라테라리애(Sphingomonas laterariae), 스핑고모나스 레이다이(Sphingomonas leidyi), 스핑고모나스 마크로골리타비다(Sphingomonas macrogolitabida), 스핑고모나스 마크로골타비두스(Sphingomonas macrogoltabidus), 스핑고모나스 말리(Sphingomonas mali), 스핑고모나스 멜로니스(Sphingomonas melonis), 스핑고모나스 몰루스코룸(Sphingomonas molluscorum), 스핑고모나스 무코시스시마(Sphingomonas mucosissima), 스핑고모나스 나타토리아(Sphingomonas natatoria), 스핑고모나스 올리고페놀리카(Sphingomonas oligophenolica), 스핑고모나스 오리지테래(Sphingomonas oryziterrae), 스핑고모나스 판니(Sphingomonas panni), 스핑고모나스 파라파우시모빌리스(Sphingomonas parapaucimobilis), 스핑고모나스 파우시모빌리스(Sphingomonas paucimobilis), 스핑고모나스 파일로스패래(Sphingomonas phyllosphaerae), 스핑고모나스 피투이토사(Sphingomonas pituitosa), 스핑고모나스 폴리아로마티시보란스(Sphingomonas polyaromaticivorans), 스핑고모나스 프루니(Sphingomonas pruni), 스핑고모나스 슈도산귀니스(Sphingomonas pseudosanguinis), 스핑고모나스 로사(Sphingomonas rosa), 스핑고모나스 로세이플라바(Sphingomonas roseiflava), 스핑고모나스 루브라(Sphingomonas rubra), 스핑고모나스 산귀니스(Sphingomonas sanguinis), 스핑고모나스 산자니게넨스(Sphingomonas sanxanigenens), 스핑고모나스 세디미니콜라(Sphingomonas sediminicola), 스핑고모나스 솔리(Sphingomonas soli), 스핑고모나스 스타른베르겐시스(Sphingomonas starnbergensis), 스핑고모나스 스타이기아(Sphingomonas stygia), 스핑고모나스 수바르크티카(Sphingomonas subarctica), 스핑고모나스 수베리파시엔스(Sphingomonas suberifaciens), 스핑고모나스 수브테라네안(Sphingomonas subterranean), 스핑고모나스 태조넨시스(Sphingomonas taejonensis), 스핑고모나스 테래(Sphingomonas terrae), 스핑고모나스 트루에페리(Sphingomonas trueperi), 스핑고모나스 우르신콜라(Sphingomonas ursincola), 스핑고모나스 위티키이(Sphingomonas wittichii), 스핑고모나스 제노파가(Sphingomonas xenophaga), 스핑고모나스 진지앙겐시스(Sphingomonas xinjiangensis), 스핑고모나스 야부우키애(Sphingomonas yabuuchiae), 스핑고모나스 야노이쿠이애(Sphingomonas yanoikuyae) 및 스핑고모나스 유나넨시스(Sphingomonas yunnanensis) 종.

또 다른 실시양태에서, 박테리아는 하프니아 알베이(Hafnia alvei)를 제외한, 감마-프로테오박테리아 문 내의 GRAS 종, 예컨대, 할로모나스 엘롱가타(Halomonas elongata)이다.

또 다른 실시양태에서, 박테리아는 GRAS 종 아세토박터 아세티(Acetobacter aceti) 하위종 아세티(Aceti), 아세토박터 파바룸(Acetobacter fabarum), 아세토박터 로바니엔시스(Acetobacter lovaniensis), 아세토박터 말로룸(Acetobacter malorum), 아세토박터 오리엔탈리스(Acetobacter orientalis), 아세토박터 파스테우리아누스(Acetobacter pasteurianus) 하위종 파스테우리아누스(Pasteurianus), 아세토박터 포모룸(Acetobacter pomorum), 아세토박터 시지기이(Acetobacter syzygii), 아세토박터 트로피칼리스(Acetobacter tropicalis), 글루콘아세토박터 아조토캡탄스(Gluconacetobacter azotocaptans), 글루콘아세토박터 디아조트로피커스(Gluconacetobacter diazotrophicus), 글루콘아세토박터 엔타니이(Gluconacetobacter entanii), 글루콘아세토박터 유로패우스(Gluconacetobacter europaeus), 글루콘아세토박터 한세니이(Gluconacetobacter hansenii), 글루콘아세토박터 조한내(Gluconacetobacter johannae), 글루콘아세토박터 오보에디엔스(Gluconacetobacter oboediens), 글루콘아세토박터 옥시단스(Gluconobacter oxydans) 및 글루콘아세토박터 자일리누스(Gluconacetobacter xylinus)를 포함하나 이들로 한정되지 않는 알파-프로테오박테리아 문의 속으로부터 유래된다.

또 다른 실시양태에서, 박테리아는 자이모모나스 모빌리스(Zymomonas mobilis) 하위종 모빌리스(Mobilis)이다.

또 다른 실시양태에서, 박테리아는 박테리오데스 자일라니솔벤스(Bacteriodes xylanisolvens) 균주 DSM 23964를 포함하나 이것으로 한정되지 않는 박테리오데테스 문으로부터 유래된다.

또 다른 실시양태에서, 박테리아는 하기 박테리아들을 포함하나 이들로 한정되지 않는 비피도박테리움(Bifidobacterium) 속으로부터 유래된다: 비피도박테리움 아돌레센티스(Bifidobacterium adolescentis), 비피도박테리움 아돌레센티스 ATCC 15703, 비피도박테리움 아돌레센티스 L2-32, 비피도박테리움 안굴라툼(Bifidobacterium angulatum), 비피도박테리움 안굴라툼 DSM 20098 = JCM 7096, 비피도박테리움 애니말리스(Bifidobacterium animalis), 비피도박테리움 애니말리스 하위종 애니말리스(Animalis), 비피도박테리움 애니말리스 하위종 애니말리스 ATCC 25527, 비피도박테리움 애니말리스 하위종 락티스(Lactis), 비피도박테리움 애니말리스 하위종 락티스 AD011, 비피도박테리움 애니말리스 하위종 락티스 ATCC 27673, 비피도박테리움 애니말리스 하위종 락티스 B420, 비피도박테리움 애니말리스 하위종 락티스 BB-12, 비피도박테리움 애니말리스 하위종 락티스 Bi-07, 비피도박테리움 애니말리스 하위종 락티스 BI-04, 비피도박테리움 애니말리스 하위종 락티스 BLC1, 비피도박테리움 애니말리스 하위종 락티스 BS 01, 비피도박테리움 애니말리스 하위종 락티스 CNCM I-2494, 비피도박테리움 애니말리스 하위종 락티스 DSM 10140, 비피도박테리움 애니말리스 하위종 락티스 HN019, 비피도박테리움 애니말리스 하위종 락티스 V9, 비피도박테리움 아스테로이데스(Bifidobacterium asteroides), 비피도박테리움 아스테로이데스 PRL2011, 비피도박테리움 비아바티이(Bifidobacterium biavatii), 비피도박테리움 비피둠(Bifidobacterium bifidum), 비피도박테리움 비피둠 ATCC 29521 = JCM 1255, 비피도박테리움 비피둠 BGN4, 비피도박테리움 비피둠 CECT 7366, 비피도박테리움 비피둠 DSM 20215, 비피도박테리움 비피둠 IPLA 20015, 비피도박테리움 비피둠 JCM 1254, 비피도박테리움 비피둠 LMG 13195, 비피도박테리움 비피둠 NCIMB 41171, 비피도박테리움 비피둠 PRL2010, 비피도박테리움 비피둠 S17, 비피도박테리움 봄비(Bifidobacterium bombi), 비피도박테리움 보움(Bifidobacterium boum), 비피도박테리움 브레베(Bifidobacterium breve), 비피도박테리움 브레베 ACS-071-V-Sch8b, 비피도박테리움 브레베 CECT 7263, 비피도박테리움 브레베 DPC 6330, 비피도박테리움 브레베 DSM 20213 = JCM 1192, 비피도박테리움 브레베 EX336960VC18, 비피도박테리움 브레베 EX336960VC19, 비피도박테리움 브레베 EX336960VC21, 비피도박테리움 브레베 EX533959VC21, 비피도박테리움 브레베 HPH0326, 비피도박테리움 브레베 JCP7499, 비피도박테리움 브레베 S27, 비피도박테리움 브레베 UCC2003, 비피도박테리움 칼리트리코스(Bifidobacterium callitrichos), 비피도박테리움 카테눌라툼(Bifidobacterium catenulatum), 비피도박테리움 카테눌라툼 DSM 16992 = JCM 1194, 비피도박테리움 코에리눔(Bifidobacterium choerinum), 비피도박테리움 코에리눔 DSM 20434, 비피도박테리움 코아굴란스(Bifidobacterium coagulans), 비피도박테리움 인디쿰(Bifidobacterium indicum), 비피도박테리움 카쉬와노헨스(Bifidobacterium kashiwanohense), 비피도박테리움 카쉬와노헨스 JCM 15439, 비피도박테리움 롱굼(Bifidobacterium longum), 비피도박테리움 롱굼 3_1_37DFAAB, 비피도박테리움 롱굼 AGR2137, 비피도박테리움 롱굼 BORI, 비피도박테리움 롱굼 D2957, 비피도박테리움 롱굼 DJO10A, 비피도박테리움 롱굼 NCC2705, 비피도박테리움 롱굼 하위종 인판티스(Infantis), 비피도박테리움 롱굼 하위종 인판티스 157F, 비피도박테리움 롱굼 하위종 인판티스 ATCC 15697 = JCM 1222, 비피도박테리움 롱굼 하위종 인판티스 CCUG 52486, 비피도박테리움 롱굼 하위종 롱굼(Longum), 비피도박테리움 롱굼 하위종 롱굼 1-6B, 비피도박테리움 롱굼 하위종 롱굼 2-2B, 비피도박테리움 롱굼 하위종 롱굼 35B, 비피도박테리움 롱굼 하위종 롱굼 44B, 비피도박테리움 롱굼 하위종 롱굼 ATCC 55813, 비피도박테리움 롱굼 하위종 롱굼 BBMN68, 비피도박테리움 롱굼 하위종 롱굼 CECT 7347, 비피도박테리움 롱굼 하위종 롱굼 CMCC P0001, 비피도박테리움 롱굼 하위종 롱굼 F8, 비피도박테리움 롱굼 하위종 롱굼 JCM 1217, 비피도박테리움 롱굼 하위종 롱굼 JDM301, 비피도박테리움 롱굼 하위종 롱굼 KACC 91563, 비피도박테리움 롱굼 하위종 수이스(Suis), 비피도박테리움 마그눔(Bifidobacterium magnum), 비피도박테리움 마그눔 DSM 20222, 비피도박테리움 코리네포르메(Bifidobacterium coryneforme), 비피도박테리움 크루딜락티스(Bifidobacterium crudilactis), 비피도박테리움 쿠니쿨리(Bifidobacterium cuniculi), 비피도박테리움 덴티움(Bifidobacterium dentium), 비피도박테리움 덴티움 ATCC 27678, 비피도박테리움 덴티움 ATCC 27679, 비피도박테리움 덴티움 Bd1, 비피도박테리움 덴티움 JCM 1195, 비피도박테리움 덴티움 JCVIHMP022, 비피도박테리움 갈리쿰(Bifidobacterium gallicum), 비피도박테리움 갈리쿰 DSM 20093, 비피도박테리움 갈리나룸(Bifidobacterium gallinarum), 비피도박테리움 시미애(Bifidobacterium simiae), 비피도박테리움 스텔렌보쉔스(Bifidobacterium stellenboschense), 비피도박테리움 스테르코리스(Bifidobacterium stercoris), 비피도박테리움 서브타일(Bifidobacterium subtile), 비피도박테리움 서브타일 DSM 20096, 비피도박테리움 메리시쿰(Bifidobacterium merycicum), 비피도박테리움 미니뭄(Bifidobacterium minimum), 비피도박테리움 미니뭄 DSM 20102, 비피도박테리움 몬골리엔스(Bifidobacterium mongoliense), 비피도박테리움 슈도카테눌라툼(Bifidobacterium pseudocatenulatum), 비피도박테리움 슈도카테눌라툼 D2CA, 비피도박테리움 슈도카테눌라툼 DSM 20438 = JCM 1200, 비피도박테리움 슈도롱굼(Bifidobacterium pseudolongum), 비피도박테리움 슈도롱굼 AGR2145, 비피도박테리움 슈도롱굼 하위종 글로보숨(Globosum), 비피도박테리움 슈도롱굼 하위종 슈도롱굼(Pseudolongum), 비피도박테리움 사이크래로필룸(Bifidobacterium psychraerophilum), 비피도박테리움 풀로룸(Bifidobacterium pullorum), 비피도박테리움 풀로룸 ATCC 49618, 비피도박테리움 레우테리(Bifidobacterium reuteri), 비피도박테리움 루미난티움(Bifidobacterium ruminantium), 비피도박테리움 새쿨라레(Bifidobacterium saeculare), 비피도박테리움 사귀니(Bifidobacterium saguini), 비피도박테리움 스카르도비이(Bifidobacterium scardovii), 비피도박테리움 스카르도비이 JCM 12489, 비피도박테리움 써마시도필룸(Bifidobacterium thermacidophilum), 비피도박테리움 써마시도필룸 하위종 포르시눔(Porcinum), 비피도박테리움 써마시도필룸 하위종 써마시도필룸(Thermacidophilum), 비피도박테리움 써모필룸(Bifidobacterium thermophilum), 비피도박테리움 써모필룸 RBL67, 비피도박테리움 츠루미엔스(Bifidobacterium tsurumiense), 비피도박테리움 츠루미엔스 DSM 17777, 비피도박테리움 종 비피도박테리움 브레베(Bifidobacterium breve) M-16V, 비피도박테리움 애니말리스(Bifidobacterium animalis) 하위종 락티스 균주 HN019, Bi-07, BI-04 및 B420, 비피도박테리움 애니말리스 하위종 락티스 균주 Bf-6, 비피도박테리움 롱굼(Bifidobacterium longum) 균주 BB536, 및 비피도박테리움 락티스(Bifidobacterium lactis) 균주 Bb12.

또 다른 실시양태에서, 박테리아는 하기 박테리아들을 포함하나 이들로 한정되지 않는 카르노박테리움(Carnobacterium) 속으로부터 유래된다: 카르노박테리움 알테르펀디툼(Carnobacterium alterfunditum), 카르노박테리움 디베르겐스(Carnobacterium divergens), 카르노박테리움 펀디툼(Carnobacterium funditum), 카르노박테리움 갈리나룸(Carnobacterium gallinarum), 카르노박테리움 인히벤스(Carnobacterium inhibens), 카르노박테리움 제오트갈리(Carnobacterium jeotgali), 카르노박테리움 말타로마티쿰(Carnobacterium maltaromaticum), 카르노박테리움 말타로마티쿰 38b, 카르노박테리움 말타로마티쿰 ATCC 35586, 카르노박테리움 말타로마티쿰 LMA28, 카르노박테리움 모바일(Carnobacterium mobile), 카르노박테리움 플레이스토세니움(Carnobacterium pleistocenium), 카르노박테리움 비리디안스(Carnobacterium viridians), 카르노박테리움 종 '에일라티쿰(eilaticum) 021211', 카르노박테리움 종 11-1, 카르노박테리움 종 12266/2009, 카르노박테리움 종 13-3, 카르노박테리움 종 17-4, 카르노박테리움 종 22-6, 카르노박테리움 종 2673, 카르노박테리움 종 27L, 카르노박테리움 종 35L, 카르노박테리움 종 37-3-1, 카르노박테리움 종 38ANAV, 카르노박테리움 종 40L, 카르노박테리움 종 7196, 카르노박테리움 종 A, 카르노박테리움 종 A2S10L14, 카르노박테리움 종 A4, 카르노박테리움 종 A726, 카르노박테리움 종 aG53, 카르노박테리움 종 ARCTIC-P2, 카르노박테리움 종 ARCTIC-P26, 카르노박테리움 종 ARCTIC-P35, 카르노박테리움 종 AT12, 카르노박테리움 종 AT7, 카르노박테리움 종 B, 카르노박테리움 종 B5, 카르노박테리움 종 BA-8I, 카르노박테리움 종 BBDP54, 카르노박테리움 종 BBDP71, 카르노박테리움 종 BM-8, 카르노박테리움 종 BM-8I, 카르노박테리움 종 C-13, 카르노박테리움 종 c58, 카르노박테리움 종 cG53, 카르노박테리움 종 CM1, 카르노박테리움 종 D35, 카르노박테리움 종 D4, 카르노박테리움 종 D5, 카르노박테리움 종 EK-I53, 카르노박테리움 종 ES-11, 카르노박테리움 종 FBT1-19, 카르노박테리움 종 FBT1-22, 카르노박테리움 종 FBT3-14, 카르노박테리움 종 FBT3-9, 카르노박테리움 종 FBT4-1, 카르노박테리움 종 FBT4-18, 카르노박테리움 종 G1516J1L, 카르노박테리움 종 G4a-1, 카르노박테리움 종 G5a-1, 카르노박테리움 종 GCM1, 카르노박테리움 종 H126a, 카르노박테리움 종 Hg4-03, 카르노박테리움 종 I-Bh20-14, 카르노박테리움 종 I-Bh4-26, 카르노박테리움 종 KA-2, 카르노박테리움 종 KA-8, 카르노박테리움 종 KH1, 카르노박테리움 종 KOPRI80142, 카르노박테리움 종 KOPRI80153, 카르노박테리움 종 KOPRI80155, 카르노박테리움 종 L02-6127, 카르노박테리움 종 LIV10, 카르노박테리움 종 LMG 26642, 카르노박테리움 종 LV62:W1, 카르노박테리움 종 LV66, 카르노박테리움 종 M7-C10, 카르노박테리움 종 MARL15, 카르노박테리움 종 MKJ37, 카르노박테리움 종 NFU35-25, 카르노박테리움 종 NJ-46, 카르노박테리움 종 R-36982, 카르노박테리움 종 RI234, 카르노박테리움 종 S171, 카르노박테리움 종 S181, 카르노박테리움 종 Sd5t18, 카르노박테리움 종 Sd5t5, 카르노박테리움 종 Sd6t1, 카르노박테리움 종 Sd6t15, 카르노박테리움 종 Sd6t17, 카르노박테리움 종 Sd6t18, 카르노박테리움 종 SR2-31-I, 카르노박테리움 종 St2, 카르노박테리움 종 T301, 카르노박테리움 종 UI49, 카르노박테리움 종 UPAA77, 카르노박테리움 종 UST050418-652, 카르노박테리움 종 WFPIS001, 카르노박테리움 종 WN1359, 카르노박테리움 종 WN1370, 카르노박테리움 종 WN1371, 카르노박테리움 종 WN1372, 카르노박테리움 종 WN1373, 카르노박테리움 종 WN1374, 카르노박테리움 종 Y6, 카르노박테리움 디베르겐스(Carnobacterium divergens), 카르노박테리움 말타로마티쿰(Carnobacterium maltaromaticum), 카르노박테리움 피스시콜라(Carnobacterium piscicola), 카르노박테리움 말타로마티쿰 균주 CB1(살아있고 열-처리됨) 및 카르노박테리움 말타로마티쿰 균주 CB1.

또 다른 실시양태에서, 박테리아는 하기 박테리아들을 포함하나 이들로 한정되지 않는 페디오코커스(Pediococcus) 속으로부터 유래된다: 페디오코커스 액시딜락티시(Pediococcus acidilactici), 페디오코커스 액시딜락티시 7_4, 페디오코커스 액시딜락티시 D3, 페디오코커스 액시딜락티시 DSM 20284, 페디오코커스 액시딜락티시 MA18/5M, 페디오코커스 아르겐티니커스(Pediococcus argentinicus), 페디오코커스 셀리콜라(Pediococcus cellicola), 페디오코커스 클라우세니이(Pediococcus claussenii), 페디오코커스 클라우세니이 ATCC BAA-344, 페디오코커스 담노서스(Pediococcus damnosus), 페디오코커스 담노서스 9-6b, 페디오코커스 에탄올리두란스(Pediococcus ethanolidurans), 페디오코커스 이노피나투스(Pediococcus inopinatus), 페디오코커스 롤리이(Pediococcus lolii), 페디오코커스 롤리이 NGRI 0510Q, 페디오코커스 파르불루스(Pediococcus parvulus), 페디오코커스 파르불루스 CIRM 750, 페디오코커스 펜토사세우스(Pediococcus pentosaceus), 페디오코커스 펜토사세우스 ATCC 25745, 페디오코커스 펜토사세우스 IE-3, 페디오코커스 시아멘시스(Pediococcus siamensis), 페디오코커스 스틸레시이(Pediococcus stilesii), 페디오코커스 종 14.8.17, 페디오코커스 종 BGM59, 페디오코커스 종 BZ-2005, 페디오코커스 종 CAT-100BC, 페디오코커스 종 CR-6S, 페디오코커스 종 CRA51, 페디오코커스 종 EDB-LI4, 페디오코커스 종 epsi2-MSE-E3-2, 페디오코커스 종 epsi31-MSE-E3-2, 페디오코커스 종 FUA 3137, 페디오코커스 종 FUA 3140, 페디오코커스 종 FUA 3226, 페디오코커스 종 GS4, 페디오코커스 종 IBUN 186, 페디오코커스 종 IE3, 페디오코커스 종 IJ-K1, 페디오코커스 종 J-11, 페디오코커스 종 KDLLL3-1, 페디오코커스 종 L04, 페디오코커스 종 LAB4012, 페디오코커스 종 Lact10, 페디오코커스 종 LQC 1953, 페디오코커스 종 LQC 1957, 페디오코커스 종 LQC 1963, 페디오코커스 종 LQC 1966, 페디오코커스 종 LQC 1972, 페디오코커스 종 MB2C, 페디오코커스 종 MB2D, 페디오코커스 종 MFC1, 페디오코커스 종 MMZ60A, 페디오코커스 종 MUU10, 페디오코커스 종 MUU13, 페디오코커스 종 MUU2, 페디오코커스 종 MUU3, 페디오코커스 종 MUU4, 페디오코커스 종 NBRC 106004, 페디오코커스 종 NBRC 106014, 페디오코커스 종 NBRC 106015, 페디오코커스 종 NBRC 106028, 페디오코커스 종 NBRC 106032, 페디오코커스 종 NBRC 107178, 페디오코커스 종 NBRC 107186, 페디오코커스 종 NBRC 107193, 페디오코커스 종 NBRC 107213, 페디오코커스 종 NBRC 107218, 페디오코커스 종 NBRC 107221, 페디오코커스 종 NBRC 107222, 페디오코커스 종 NBRC 107244, 페디오코커스 종 NBRC 107250, 페디오코커스 종 NBRC 107256, 페디오코커스 종 NBRC 107260, 페디오코커스 종 NBRC 107264, 페디오코커스 종 NBRC 107299, 페디오코커스 종 NBRC 107306, 페디오코커스 종 NBRC 107309, 페디오코커스 종 NBRC 107310, 페디오코커스 종 NBRC 107331, 페디오코커스 종 NBRC 107343, 페디오코커스 종 NBRC 107346, 페디오코커스 종 NBRC 107350, 페디오코커스 종 NIR1, 페디오코커스 종 NIR3, 페디오코커스 종 오메가41-FH-E3-2, 페디오코커스 종 P14, 페디오코커스 종 Pom3, 페디오코커스 종 Pom4, 페디오코커스 종 Pom7, 페디오코커스 종 Pov5, 페디오코커스 종 Pov7, 페디오코커스 종 Pov8, 페디오코커스 종 QCH-42, 페디오코커스 종 QCH-66, 페디오코커스 종 QCH-67, 페디오코커스 종 QMA-03G, 페디오코커스 종 QMA-06CH, 페디오코커스 종 QMA-07G, 페디오코커스 종 QMA-11, 페디오코커스 종 QMA-21BC, 페디오코커스 종 QMA-23BC, 페디오코커스 종 QMA-24BC, 페디오코커스 종 QMA-27BC, 페디오코커스 종 Rrt8, 페디오코커스 종 Rrt9, 페디오코커스 종 Rrv1, 페디오코커스 종 Rrv3, 페디오코커스 종 S17, 페디오코커스 종 S18, 페디오코커스 종 SD2, 페디오코커스 종 샤사바르(Shahsavar), 페디오코커스 종 siga1, 페디오코커스 종 T1R1C23, 페디오코커스 종 T1R4C24, 페디오코커스 종 Te6, 페디오코커스 종 YCO-02, 페디오코커스 종 YCO-04, 페디오코커스 종 YCO-09, 페디오코커스 종 YCO-10, 페디오코커스 종 YCO-11, 페디오코커스 종 YCO-12, 페디오코커스 종 YCO-13, 페디오코커스 종 YCO-16, 페디오코커스 종 YCO-17, 페디오코커스 종 YCO-18, 페디오코커스 종 YCO-23, 페디오코커스 종 YCO-25, 페디오코커스 종 YCO-26, 페디오코커스 종 YCO-28, 페디오코커스 종 YXC-17, 페디오코커스 종 Z-17, 페디오코커스 액시딜락티시(Pediococcus acidilactici) 균주 NP3, 페디오코커스 액시딜락티시, 페디오코커스 파르불루스(Pediococcus parvulus) 및 페디오코커스 펜토사세우스(Pediococcus pentosaceus).

한 실시양태에서, 병원성을 나타내고/내거나 기회감염성 병원성 종인 것으로서 본원에 나열되어 있거나 다른 방식으로 공지되어 있는 임의의 박테리아는 제외된다. 또 다른 실시양태에서, 형질전환을 위해 선택되고 조성물에 포함될 박테리아는 본원에 나열되어 있는 박테리아 속의 어느 한 박테리아, 본원에 나열되어 있는 특정 박테리아 종의 어느 한 박테리아, 또는 본원에 나열되어 있는 제1 박테리아 및 제2 박테리아의 임의의 집합체이다.

한 실시양태에서, 조성물에서 사용될 박테리아는 피부, 특히 인간 피부 상에 존재할 수 있는 임의의 박테리아, 보다 구체적으로 인간 피부 상에 존재하고 병원성 및/또는 기회감염성 박테리아를 제외한 GRAS 박테리아인 박테리아이다.

한 실시양태에서, 조성물은 형질전환된 박테리아의 집단, 및 관심있는 화합물을 발현하도록 형질전환되지 않은 박테리아의 집단을 포함한다(예를 들면, 조성물은 형질전환된 박테리아 집단 및 천연 발생 또는 프로바이오틱 박테리아로 구성된다). 1개 초과의 박테리아 집단을 포함하는 조성물도 고려되고, 이때 각각의 집단은 각각의 개별 세포가 1개 초과의 관심있는 화합물을 발현할 수 있거나 각각의 개별 세포가 1개의 화합물을 발현하기 때문에 상이한 관심있는 화합물들의 발현을 위한 개별 형질전환된 박테리아들의 집합체이고 상이한 관심있는 분자를 발현하는 상이한 개체들의 집합체는 상이한 관심있는 화합물을 발현하거나, 한 집단은 형질전환되고 한 집단은 형질전환되지 않는다. 한 실시양태에서, 조성물은 대상체에게의 국소 적용을 위해 제제화된 제1 형질전환된 박테리아 집단 및 제2 형질전환된 박테리아 집단을 포함한다. 한 실시양태에서, 제2 형질전환된 박테리아 집단은 (i) 조성물 중의 제1 형질전환된 박테리아 집단과 상이한 비병원성 박테리아로부터 생성되거나, (ii) 조성물 중의 제1 형질전환된 박테리아 집단에 의해 발현된 관심있는 제1 화합물과 상이한 관심있는 화합물을 발현하도록 형질전환된다.

박테리아는 살아있는 형태, 약독화된 형태, 반활성 형태, 불활성화된 형태 또는 사멸된 형태로 조성물 내에 포함될 수 있다. 한 특정 실시양태에 따라, 이들 박테리아들은 살아있는 형태로 사용되고 이들이 제제화되어 있는 조성물의 국소 적용 시 관심있는 화합물을 만성적으로 발현할 수 있다. 이들은 세포 성분 분획의 형태 또는 대사물질의 형태로도 포함될 수 있다. 박테리아 종(들), 관심있는 분자(들) 또는 분획(들)은 동결건조된 분말의 형태, 배양 상청액의 형태, 회수된 화합물의 형태 및/또는 적절한 경우 농축된 형태로 도입될 수도 있다.

한 변경에 따라, 조성물은 2가 무기 양이온을 함유할 수도 있다. 조성물은 선택된 투여 방법을 위해 통상적으로 이용될 수 있는 임의의 생약 형태로 존재할 수 있다. 박테리아(한 실시양태에서 피부 박테리아)에 의해 합성된 활성 분자는 박테리아 내에 머무를 수 있거나 피부 외부로 분비될 수 있다.

한정 인자는 박테리아 생장을 조절할 수 있다. 이러한 한정 인자는 천연적으로 피부 상에 존재할 수 있고 한 실시양태에서 치료될 대상체에게 국소 적용될 조성물 내에 포함될 수 있다. 하나 이상의 한정 인자가 제제 내에 포함될 수 있다. 또 다른 실시양태에서, 한정 인자는 보완 제품, 예컨대, 비누, 신체 세척제, 샴푸 또는 로션에 첨가되어 조성물의 질을 높이거나 조성물에 영양분을 공급하고 조성물을 활성 또는 살아있는 상태로 유지한다. 한정 인자의 예로는 아미노산, 바이오틴, 니코틴아미드 및 티아민, 판토테네이트, 리보플라빈, 엽산, 케라틴, 지질, 락테이트 및 멜라닌이 있다. 바람직한 한정 인자는 아미노산 L-알라닌일 수 있다. 박테리아 생장은 박테리아 주기를 한정하기 위해 복제기점의 기작에 의해 조절될 수 있다. 박테리아 주기는 50 주기로 한정될 수 있거나, 박테리아 주기는 2 내지 40 주기로 한정될 수 있다. 박테리아 생장의 한정은 물리적 환경 인자, 예컨대, pH 및 온도에 의해 달성될 수도 있다.

B. 예시적인 관심있는 화합물

전술된 바와 같이, 조성물을 위해 선택된 박테리아 종을 공지된 재조합 기법을 이용하여 형질전환시켜 관심있는 화합물을 발현한다. 예시적인 관심있는 화합물은 이 화합물이 사용되는 피부 장애 또는 질병, 또는 목적의 표시와 함께 하기 표에 나열되어 있다.

한 실시양태에서, 자외선으로부터 피부를 보호하는 데에 사용될 조성물이 고려된다. 즉, 상기 조성물은 전형적으로 320 내지 400 nm의 파장에서 자외선 A 방사선을 흡수하거나 반사하거나, 전형적으로 315 내지 280 nm의 파장에서 자외선 B 방사선을 흡수하거나 반사하거나, 또는 UVA 및 UVB 둘다를 흡수하고/하거나 반사하기 위한 자외선차단제로서 사용되기 위한 것이다. 조성물 중의 형질전환된 박테리아는 하기 1 군, 2 군, 3 군, 4 군, 5 군, 6 군, 7 군, 8 군, 9 군, 10 군, 11 군 및 12 군 내의 예시적인 관심있는 화합물들 중 하나 이상을 발현한다:

1 군 - 마이코스포린, 가두솔, 옥소-마이코스포린, 이미노-마이코스포린 및 마이코스포린 유사 아미노산(MAA; 글리코실화되어 있거나 올리고당류에 공유결합되어 있음, 올리고당류-연결된 MAA); 및/또는 세포내 또는 세포외 가두솔, 데옥시가두), 4-데옥시가두솔(S2), 시노린, 포피라-334, 팔리틴, 팔리텐, 아스테리나-330, 팔리티놀, 마이코스포린-글리신, 마이코스포린-세리놀, 마이코스포린-타우린, 마이코스포린-글리신-발린, 마이코스포린-2-글리신, 마이코스포린-글리신-글루탐산, 마이코스포린-글루탐산-글리신, 마이코스포린-메틸아민-세린, 마이코스포린-메틸아민-트레오닌(쓰레오닌), 우수지렌, 데하이드록실우수지렌, 플레이텐산-337, 플레이텐산-335, 팔리틴-세린, 팔리틴-트레오닌, 팔리틴-트레오닌-설페이트, 플레이틴-세린-설페이트, 유할로테세, 마이코스포린-알라닌(2-(e)-2,3-디하이드록시프로-1-에닐이미노-마이코스포린-알라닌);

2 군 - 스시토네민;

3 군 - 멜라닌: 유멜라닌(또는 디하이드록시페닐알라닌(DOPA) 멜라닌), 페오멜라닌, 알로멜라닌, 피오멜라닌, 도파멜라닌, 뉴로멜라닌;

4 군 - UV-스크리닝/관찰 아미노산 유사 분자: 유로칸산;

5 군 - 플라보노이드: 안토시아닌 및 안토잔틴 및 안토시아니딘;

6 군 - 베탈라닌: 베타시아닌 및 베타잔틴;

7 군 - MAA에 대한 서열 유사성을 갖는 분자: 데하이드로퀴네이트 합성효소 상동체(DHQS 상동체) 및 ATP-그래스프;

8 군 - UV-스크리닝/관찰 색소: 카로테노이드/카르테노단백질, 카로텐, 리코펜, 잔토필, 루틴, 제아잔틴 및 포피린-기제/헴-포피린-기제의 클로로필-II;

9 군 - UV-스크리닝/관찰 보조인자, 예컨대, 테트라하이드로바이오프테린 및 바이오프테린;

10 군 - 페닐프로파노이드;

11 군 - 탄닌: 플로로탄닌, 디엑콜 및 엑콜;

군 12 - 사르가퀴노산, 사르가크로메놀, 스패로포린(뎁사이드(depside)), 판나린(뎁시돈); 및

13 군 - UV에의 노출에 의해 야기된 손상을 복구하는 DNA 복구 효소, 예컨대, 포토리아제, 엔도뉴클레아제 및 DNA 글리코실라제.

한 실시양태에서, 관심있는 화합물은 1 내지 13 군 중 어느 한 군에 나열된 화합물들 중 어느 한 화합물이다.

또 다른 실시양태에서, 산화 스트레스의 감소를 제공하는 데에 사용될, 예컨대, 미용 또는 노화방지 조성물로서 사용될 조성물이 고려된다. 상기 조성물은 항산화제 조성물로서 UV 노출로부터의 감소를 제공할 수 있다. 조성물 중의 형질전환된 박테리아는 하기 1 군, 2 군, 3 군, 4 군, 5 군, 6 군 및 7 군 내의 예시적인 관심있는 화합물들 중 하나 이상의 화합물을 발현한다:

1 군 - 티로시나제(및 이의 기질 및 생성물);

2 군 - 알파 하이드록시산(AHA): 글리콜산, 젖산 및 시트르산;

3 군 - 다당류: 글리코스아미노글리칸(GAG), 점막다당류 및 히알루로난(히알루론산, 히알루로네이트 또는 HA로서도 지칭됨);

4 군 - 피부 관련 보조인자: 비타민 C 또는 L-아스코르브산, 또는 단순히 아스코르베이트, 비타민 A, 바이오프테린, 보조효소 A(CoA, CoASH, 또는 HSCoA), 보조효소 Q10(유비퀴논, 유비데카레논, 보조효소 Q, CoQ10) 및 몰리브도프테린;

5 군 - 비타민 E: 알파-토코페롤, 베타-토코페롤, 감마-토코페롤, 델타-토코페롤, 알파-토코트리에놀, 베타-토코트리에놀, 감마-토코트리에놀 및 델타-토코트리에놀;

6 군 - 중합체: 폴리올 및 글리세롤;

7 군 - 추가 피부 관련 천연 화합물, 예컨대, 콜라겐, 케라틴, 엘라스틴, 리놀레산, 라미닌, 트레티노인, 타자로텐, 사르가퀴노산, 사르가크로메놀, 푸코잔틴, 레티노이드, 소염 사이토킨(예컨대, IL-2), 코르티손, 타크롤리무스, 시클로스포린, 레스베라트롤, 갈로카테콜, 갈로카테킨 및 에피갈로카테킨 갈레이트.

다른 실시양태에서, 활성 피부염, 여드름, 화상, 곤충 자상, 두드러기, 비듬 및 신체 악취를 치료하는 데에 사용될 조성물이 고려된다. 당업자는 이들 질병들의 치료를 위해 형질전환된 박테리아에서 발현될 관심있는 화합물을 확인할 수 있다.

상기 표에 나열된 화합물들의 서열에 대한 서열 유사성을 갖는 화합물들도 고려되고 동일한 화합물로서 간주될 수 있다. 2개의 서열들은 후술된 바와 같이 최대 상응성에 대해 정렬될 때 2개의 서열들에서 뉴클레오티드 또는 아미노산 잔기의 서열이 적어도 40%의 유사성을 갖는 경우 "실질적으로 동일하거나 동일하다"고 주장된다. 대안적으로, % 동일성은 20% 내지 100%일 수 있다. 보다 바람직한 실시양태는 후술된 바와 같이 본원에 기재된 프로그램, 예컨대, 표준 파라미터를 사용한 BLAST를 사용할 때 기준 서열(예를 들면, 서열 번호 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14 또는 18)에 비해 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99%를 포함한다. 이 정의는 시험 서열이 기준 서열에 대한 실질적인 동일성을 가질 때 시험 서열의 상보체도 지칭한다.

상기 표에 나열된 화합물의 단백질의 도메인의 서열에 대한 서열 유사성을 갖는 보존된 단백질 도메인을 갖는 화합물도 고려되고 동일한 화합물로서 간주될 수 있다.

서열 비교를 위해, 전형적으로 한 서열은 시험 서열과 비교되는 기준 서열로서 작용한다. 서열 비교 알고리즘을 사용할 때, 시험 서열 및 기준 서열은 컴퓨터 내로 도입되고, 필요하다면 하위서열 좌표가 지정되고, 서열 알고리즘 프로그램 파라미터가 지정된다. 디폴트 프로그램 파라미터가 사용될 수 있거나, 대안적 파라미터가 지정될 수 있다. 그 다음, 서열 비교 알고리즘이 프로그램 파라미터를 기초로 기준 서열에 비해 상대적으로 시험 서열에 대한 % 서열 동일성을 계산한다.

비교를 위한 서열 정렬 방법은 당분야에서 잘 공지되어 있다. (국립 생명공학 정보 센터에 의해 제공된) 하기 프로그램이 상동성/동일성을 측정하기 위해 사용될 수 있다: 디폴트 파라미터와 함께 사용될 수 있는 BLAST, 갭(gapped) BLAST, BLASTN 및 PSI-BLAST. 비교를 위한 최적 서열 정렬은 당분야에서 공지되어 있는 상이한 방법들, 예컨대, 워터만(Waterman), 니들만(Needleman) 또는 피어슨(Pearson)(그러나, 이들로 한정되지 않음)에 의해, 또는 수동 정렬 및 시각적 조사에 의해 수행될 수 있다.

유전 코드의 축퇴성 때문에, 다수의 기능적으로 동일한 핵산이 임의의 주어진 단백질을 코딩한다. 당업자는 관심있는 화합물의 코딩을 가능하게 하기 위해 코딩된 서열에서 단일 아미노산 또는 작은 백분율의 아미노산을 변경시키거나, 추가하거나 결실시키는, 핵산, 펩티드, 폴리펩티드 또는 단백질 서열에 대한 개별 코돈 용법을 인식할 것이다.

조성물은 동일한 또는 또 다른 장애 또는 질병의 치료를 위해 의도된 기존 국소 조성물과 함께 사용될 수 있다는 것이 인식될 것이다. 예를 들면, 자외선차단제로서 사용될 본원에 기재된 조성물은 하기 물질들을 포함하는 공지된 자외선차단 제품과 함께 사용될 수 있다: 이산화티탄(Ti0₂), 산화아연(ZnO), 파라-아미노벤조산, 아보벤존(avobenzone), 부틸 메톡시디벤조일메탄, 엔술리졸(ensulizole), 2-페닐벤즈이미다졸-5-설폰산, 호모살레이트(homosalate), 호모멘틸살리실레이트(homomenthylsalicylate), 메라디메이트(meradimate), 멘틸(menthyl) 2-미노벤조에이트, 멘틸안쓰라닐레이트(menthylanthranilate), 옥티녹세이트(octinoxate), 멘틸 2-미노벤조에이트 멘틸안쓰라닐레이트, 옥티살레이트(octisalate), 2-에틸헥실 살리실레이트, 옥틸 살리실레이트, 옥토크릴렌(octocrylene), 2-에틸헥실-2-시아노-3,3 디페닐아크릴레이트, 옥시벤존(oxybenzone), 벤조페논-3,2-하이드록시-4-메톡시벤조페논, 술리소벤존(sulisobenzone), 벤조페논-4, 드로메트리졸트리실록산(drometrizoletrisiloxane), 멕소릴(mexoryl) XL, 엔자카멘(enzacamene), 4-메틸벤질리덴 캄포르, 파디메이트(padimate)-O, 옥틸 디메틸 PABA, σ-PABA, 테레프탈릴리덴 디캄포르 설폰산, 멕소릴 SX, 3,3'-(1,4-페닐렌디메틸리덴) 비스[7,7-디메틸-2-옥소비사이클로[2.2.1]헵트-1-일 메탄설폰산), 시녹세이트(cinoxate), 2-에톡시에틸 3-(4-메톡시페닐) 프로페노에이트, 디에탄올아민-메톡시신나메이트, 디옥시벤존, 벤조페논-8, (2-하이드록시-4-메톡시페닐)-(2-하이드록시페닐) 메탄온, 트리에탄올아민 살리실레이트 및 트롤아민 살리실레이트.

관심있는 화합물을 코딩하는 핵산 서열은 당업자에 의해 확인될 수 있고, 여러 예가 다음과 같이 본원에 기재되어 있다:

서열 번호 1: 시노린(shinorine) 오페론에 대한 DNA 서열;

서열 번호 2: 시노린 노스톡(shinorine nostoc)에 대한 DNA 서열;

서열 번호 3: 아미노산 아데닐화_Ava_3855에 대한 아미노산 서열;

서열 번호 4: ATP-그래스프 효소 유사 단백질_Ava_3856에 대한 아미노산 서열;

서열 번호 5: O-메틸트랜스퍼라제 패밀리 3_Ava_3857에 대한 아미노산 서열;

서열 번호 6: 3-데하이드로퀴네이트 합성효소_Ava_3858에 대한 아미노산 서열;

서열 번호 7: DNA Ava_3858_3_데하이드로퀴네이트 합성효소;

서열 번호 8: DNA 스페이서1_4804128_4803953;

서열 번호 9: DNA Ava_3857_O-메틸트랜스퍼라제;

서열 번호 10: DNA 스페이서2_4803114_4803099;

서열 번호 11: DNA Ava_3856_ATP-그래스프 효소 유사 단백질;

서열 번호 12: DNA 스페이서3_4804128_4803953;

서열 번호 13: DNA Ava_3855_아미노산 아데닐화;

서열 번호 16: 시노린 오페론에 대한 DNA 정방향 프라이머;

서열 번호 17: 시노린 오페론에 대한 DNA 역방향 프라이머; 및

서열 번호 18: 티로시나제에 대한 DNA 서열.

C. 재조합 분자 기술

본원에 열거하거나 또는 아니면 당분야에 공지된 임의의 박테리아 종의 형질전환을 위한 기술은 당분야의 숙련가가 이해하고 있다. 몇몇 기술이 간략하게 본원에 기술되어 있으며, 1. 모듈 구성; 2 벡터 유형; 3. 발현 및 개선된 발현 기술; 4. 삽입물의 발현 및 검증; 및 5. 형질전환을 포함하여, 이러한 기술들에서 고려되는 인자들을 이하에 기술한다.

1. 모듈 구성

형질전환된 박테리아 종은 당분야에 공지된 임의의 방법(본원에 참조하여 편입되는 미국 특허 제4,259,444호)에 의해서 재조합 단백질을 생산하는 세포 공장, 또는 비히클로 간주될 수 있고, 전형적으로 적합한 벡터에 목적 화합물을 코딩하는 단리된 핵산 분자의 클로닝을 포함한다. 발현 벡터는 개별 조건에서 각 성분의 독립적인 디자인 및 모든 필수 성분의 용이한 교환을 허락하는, 모듈 구성으로 구축된다. 이러한 모듈 벡터에서, 필수 성분은 전형적으로 MICE 시스템(Mierau I and Kleerebezem M., AppI Microbiol Biotechnol. 68:705-17(2005))과 같거나, 또는 잠재 플라스미드(Shareck J. et al., Crit Rev Biotechnol. 24:155-208 (2004))를 기반으로 하는, 몇몇 시스템에서 볼 수 있는 바와 같이, 레플리콘, 프로모터(조절 시스템을 구비한 유도성 또는 항상성), 목적 유전자, 마커 또는 리포터, 내성 또는 제한 인자, 복수 클로닝 부위(MCS), 샤인-달가르노(리보솜 결합 부위), 및 종결인자를 포함한다.

프로모터 서열, 종결인자 단편, 폴리아데닐화 서열, 인핸서 서열, 및 다른 적합한 서열을 포함하는, 적절한 조절 서열을 함유하는, 적합한 벡터를 선택하거나, 또는 제작할 수 있다. 서열이 리보솜 결합 부위 및 번역 출발 코돈을 포함하는 추가적인 서열을 상기 기술된 바대로 부가할 수 있다.

적절한 박테리아 발현 벡터는 문헌 [Molecular Cloning: a Laboratory Manual: 2nd edition, Sambrook et al., 1989, Cold Spring Harbor Laboratory Press]에 기술된 대로 당분야의 숙련가들에게 공지되어 있으며, [Wang T. T. and Lee B. H., Plasmids in Lactobacillus. Crit Rev Biotechnol. 17:227-72 (1997)]에 기술된 대로 LAB 균주용 발현 벡터를 열거한 몇몇 연구가 있고,, 특히 [Nguyen T. T. et al., J Agric Food Chem. 59:5617-24 (2011)]에 의한 식품 산업에서의 발현 벡터들에 대한 연구들도 존재한다.

목적 분자의 적합한 발현을 위한, 상이한 조합의, 골격 플라스미드의 모듈 조직을 가능하게 하는, 예시적인 벡터의 필수 빌딩 블록을 이하 표에 열거하였다.

모듈 구성은 박테리아 숙주 세포에 의해 코딩 서열을 발현할 수 있는 구성체이다. 구체적으로, 이러한 벡터는 예를 들면, [Steidler L. et al., Nature Biotechnology, 21_(7):785-789 (2003)], 또는 [Perez-Arellano I. et al., Plasmid 46:106-16 (2001)]에 기술된 바와 같이, 발현 벡터이거나 또는 염색체 통합 벡터이다.

박테리아의 형질전환용 벡터는 당분야의 숙련가가 디자인할 수 있다. 예로는 도 1에 기재되어 있고, 서열 번호 15의 서열과 같을 수 있으며, 서열 번호 14와 같은 제한 효소를 가질 수 있다. 일 실시양태에서, 벡터는 사용되는 박테리아 균주에 대해 상용성인 골격 복제 기원, 목적 분자의 발현을 위한 상용성 프로모터, 및 상용성 내성 유전자를 함유한다. 플라스미드는 제한 효소의 서열을 함유할 수 있다.

2. 벡터 유형

4가지 주요 벡터 유형은 플라스미드, 바이러스 벡터, 코스미드, 및 인공 염색체이다. 모든 조작 벡터에서 공통점은 복제 기원, 복수 클로닝 부위, 및 선별 마커이다. 임의의 이들은 본원에서 사용하기 적합하다.

목적 분자를 코딩하는 서열은 클론, 벡터, 셔틀, 플라스미드, BAC에 삽입될 수 있거나, 또는 박테리아 게놈에 통합될 수도 있다.

플라스미드의 복제수는 세포 당 5 내지 500 복제수일 수 있다.

예시적인 플라스미드 및 발현 벡터는 제한없이, p252, p256, p353-2(Leer et al. 1992), p8014-2, pA1, pACYC, pAJ01, pAI-유래(Vujcic & Topisirovic 1993), pall, pAM-beta1,2,3,5,8(simon and chopin 1988), pAR1411, pBG10, pBK, pBM02, pBR322, pBR328, pBS-slpGFP, pC194(McKenzie et al. 1986, 1987; Horinouchi & Weisblum 1982b), PC194/PUB110, pC30i1, pC30il(Skaugen 1989), pCD034-1, pCD034-2, pCD256, pCl2000, pCl305, pCl528, pClS3, pCL2.1, pCT1138, pD125, pE194, pE194/PLS1, pEGFP-C1, pEH, pF8801, pFG2, pFK-시리즈, pGK-시리즈, pGK12, pGK13, plA, plAV1,5,6,7,9, pIL.CatT, plL252/3, pIL253, pIL7, pISA(이.콜라이에 대해서는 낮음), pJW563, pKRV3, pLAB1000(Josson et al. 1990), pLB4(Bates & Gilbert 1989, pLBS, pLE16, pLEB124, pLEB590, pLEB591, pLEB600, pLEB604, pLEP24Mcop, pLJ1(Takiguchi et al. 1989), pLKS, pLTK2, pWCFS101 및 pMD5057(Bates & Gilbert, 1989; Skaugen, 1989; Leer et al., 1992; Vujcic & Topisirovic, 1993; Eguchi et al., 2000; Kaneko et al., 2000; Danielsen, 2002; Darning et al., 2003; de las Rivas et al., 2004; van Kranenburg et al., 2005), pLP1/18/30, pLP18, pLP317, pLP317cop, pLP3537, pLP3537xyl, pLP402, pLP825, pLP825 및 pLPE323, pLP82H, pLPC37, pLPE23M, pLPE323, pLPE350, pLPI (Bouia et al. 1989), pLS1 , pLS1 및 pE194(Lacks et al. 1986; Horinouchi & Weisblum 1982a), plul631 , 에리쓰로마이신-내성 유전자를 보유한 엘. 레우테리(L. reuteri) 유래 pLUL631, pM3, pM4, pMD5057, pMG36e, pND324, pNZ-시리즈, pPSC 시리즈, pSH71(de vos, 1987), pSIP-시리즈, pSK11L, pSL2, PSN2, pSN2(Khan & Novick 1982), pT181(Koepsel et al. 1987), (Khan & Novick 1983), pT181, pC194 및 pE194(비. 서브틸리스에서는 무기능)(Gruss et al. 1987), pT181, pE194/pLS1, pC194/pUB110 및 pSN2(Khan, 2005), pTL, pTRK 패밀리, pTRT 패밀리, pTUAT35, pUBIIO 및 pC194(McKenzie et al. 1986, 1987; Horinouchi & Weisblum 1982b), pUCL22, pULP8/9, pVS40, pWC1, pWCFS101, pWV02, pWV04, pWV05, RepA, 시스템 BetL을 포함한다.

일 실시양태에서, 락토스 포스포트랜스퍼라아제 시스템은 이. 콜라이 박테리오파지 T7 프로모터; 엘. 락티스(L. lactis) nisA 프로모터 시스템; 환경 조건에 의해 조절되는 프로모토를 포함하는 벡터, 예컨대 저 pH에서만 활성인 P170 프로모터에 작동적으로 연결된다. 다른 예시적인 벡터는 람다 파지 cos 서열을 함유하는 하이브리드 플라스미드(흔히 클로닝 벡터라고 사용됨)인 코스미드(cos 부위 + 플라스미드 = 코스미드)이다. DNA 서열은 원래 람파 파지로부터 유래하였고, 코스미드는 게놈 라이브러리를 구축하는데 사용될 수 있다. 다른 예로는 박테리아 인공 염색체(BAC)가 있으며, 이는 박테리아, 일반적으로 이.콜라이에서의 형질전환 및 클로닝을 위해 사용되는, 기능적 번식 플라스미드(또는 F-플라스미드)를 기반으로하는 DNA 구성체이다. 프로모터 서열, 종결인자 단편, 폴리아데닐화 서열, 인핸서 서열, 마커 유전자 및 다른 적절한 서열을 포함하는, 적절한 조절 서열을 함유하는 적합한 벡터를 선택하거나 또는 제작할 수 있다. 적절한 박테리아 발현 벡터는 [Nouaille S. et al., Genetics and Molecular Research, 2:102-1 1 1 (2003)], 및 [Maniatis, Sambrook and Fritscb. 1982, Molecular Cloning: A Laboratory Manual]에 기술된 바와 같이 당분야의 숙련가에게 공지이다.

3. 발현 및 개선된 발현 기술

용어 이종성 발현은 단백질, 또는 목적 유전자가 예를 들면, 세포에 그러한 단백질, 또는 핵산, 단백질, 또는 벡터를 정상적으로는 제조(즉, 발현)하지 않는 세포에 실험적으로 넣는 것을 의미하며, 그러한 세포, 핵산, 단백질 또는 벡터가 이종성 핵산 또는 단백질의 도입에 의해 개질되거나 또는 천연 핵산 또는 단백질의 변경을 의미하거나, 또는 세포가 그렇게 개질된 세포로부터 유래된 것을 의미한다. 따라서, 예를 들면, 재조합 세포는 그렇지 않으면 비정상적으로 발현되거나 발현 저하되거나 또는 전혀 발현되지 않는 천연 유전자를 발현하거나 또는 천연(비재조합) 세포 형태에서 발견되지 않는 유전자를 발현한다. 또한, 핵산은 전형적으로 재조합적으로 생산되고, 새로운 기능적 핵산, 예를 들면 하나의 공급원 유래의 프로모터 및 다른 공급원 유래의, 목적 분자에 대한 코딩 영역을 만들도록 배열된 비관련 유전자 유래의 2 이상의 서열을 가질 수 있다.

숙주 세포에서 특정 핵산의 전사를 허용하는 일련의 특정 핵산 성분들을 갖는, 재조합적으로 또는 합성적으로 생성된 핵산을 "발현 카세트"라고 한다. 발현 카세트는 플라스미드, 바이러스, 또는 핵산 단편의 일부일 수 있다. 전형적으로, 발현 벡터는 프로모터에 작동적으로 연결되어 전사되는 핵산을 포함한다.

또한, 발현 카세트는 본 발명의 목적 화합물의 발현 및 국재화를 조절하는 다양한 성분들을 포함할 수 있다. 예를 들면, 발현 카세트는 프로모터 성분, 신호 서열 코딩 서열, 목적 화합물에 대한 코딩 서열, 종결인자 및 앵커 서열을 포함한다.

프로모터 - 이종성 목적 화합물의 발현은 항상성이거나 또는 유도성일 수 있다. 사용되는 프로모터는 예를 들면, 유도성 락토바실러스 lac 프로모터, LdhL, Slp, ernB, orfX이거나, 또는 인공적으로 항상성일 수 있다(Rud I. et al., Microbiology, 152:101 1-92 (2006).

프로모터의 예는 모듈 구성 표에 열거되어 있고, 예를 들면, 제한없이, P₅₉(van der Vossen et al., Appl. Environ. Microbiol. 58:3142-3149 (1992)), P₂₃(Elliot et al., Cell 36:21 1-219 (1984)) 프로모터들), 락토바실러스 카제이(Lactobacillus casei)L(+)-락테이트 디히드로게나아제 프로모터(Pouwels et al., 1993, Genetics of lactobacilli: plasmids and gene expression, Antonie van Leeuwenhoek 64:85-107), 바실러스 아밀라아제의 프로모터(Weickert et al., J. Bacteriol. 171 :3656-66 (1989)) 또는 자일로스(Kim et al. Gene 181 :71-76 (1996)) 프로모터를 비롯하여 락토코커스 니신(Lactococcus nisin) 프로모터(Eichenbaum et al., Appl. Environ. Microbiol. 64:2763-2769 (1998))가 유도성 발현을 유도하는데 사용될 수 있다. 추가적인 프로모터는 락토코커스 락티스 플룩토스-1,6-디포스포알돌라아제의 발현을 제어하는 p32 프로모터(Van de Guchte et al., 1990, Appl. Environ. Microbiol. 56:2606-2611), T7 유전자 10 프로모터(Wells et al, 1993, Mol. Microbiol. 8:1155-1162), 락토바실러스 아밀로바이러스(Lactobacillus amylovirus)의 알파 아밀라아제 프로모터 서열(Pouwels et al., 1993, Genetics of lactobacilli; plasmids and gene expression, Antonie van Leeuwenhoek 64:85-107), 및 [Kim JH, and Mills DA. Plasmid. 58:275-83 (2007)]에 기재된 바와 같이, LdhL, Slp, ermB, orfX, p6(pLA6), pLT71, T7, p11, lacTp, dltp, ccpAp, pip, 및 lac 프로모터로서 유도성 락토바실러스 LdhL, Slp, ernB, orfX의 발현을 제어하는 프로모터들일 수 있다.

발현, 또는 클로닝 및 성분의 발현을 개선시키기 위한 몇몇 재조합 기술들이 공지되어 있는데, 분자 생물학적 방법, 핵산 및 클론 제작, 돌연변이유발법, 서열분석법, 세포로 DNA 도입, 및 단백질 분석법이 포함되며, 구체적으로는 [Current Protocols in Molecular Biology, Ausubel et al. eds., John Wiley & Sons, 1992, and in Molecular Cloning: a Laboratory Manual: 2nd edition, Sambrook et al., 1989, Cold Spring Harbor Laboratory Press]에 기술되어 있다. 또한, 보다 나은 발현을 위해 프로모터 수 및 그들의 길이를 설정하는 것이 가능하다(Yagur-Kroll S. et al., Bioeng Bugs, 2010 1 :151-3 (2010).

레플리콘의 복제 기전은 쎄타-복제 플라스미드에 의하거나 또는 RCR 기전에 의할 수 있다. 내성 유전자는 제한없이, 항생제, 박테리아 마커, 열쇼크, 또는 당 활용능, 예컨대 타이미딜레이트 신타아제(thyA), 락토스 포스포트랜스퍼라아제(lacF), 포스-베타-갈락토시다아제(lac G), 또는 알라닌 레세마아제(air)를 기반으로 할 수 있다. 종결인자는 보다 효율적인 발현을 제공하도록 상이한 위치에 부가시킬 수 있다. 막, 세포외 공간 또는 세포벽에 폴리펩티드의 발현을 지정하도록 다양한 신호 및 앵커 서열들이 공지되어 있다(예를 들면, 펩티도글리칸에 공유 부착시킴).

목적하는 유전자를 포함하는 것 이외에도, 미생물은 또한 박테리아에 의해 목적 분자의 바람직한 발현 생성을 촉진시키는 다른 서열 성분을 코딩하도록 조작될 수 있다. 이러한 서열 성분은 제한없이, 단백질의 항상성 또는 유도성 발현을 촉진하거나 또는 박테리아에서 단백질의 과발현을 촉진하는 프로모터/조절 서열을 포함한다. 추가적인 서열 성분은 또한 박테리아로부터 단백질의 분비, 박테리아 내 단백질의 축적, 및/또는 박테리아로부터 단백질이 방출되도록 박테리아의 프로그램화 용균을 촉진하는 것들을 포함한다. 상기 언급된 많은 서열 성분은 당분야의 숙련가에게 공지이다(Maniatis, Sambrook and Fritsch. 1982. Molecular Cloning: A Laboratory Manual).

4. 삽입물의 발현 및 검증

이종성 유전자의 발현은 생명공학, 특히 풍미, 식감 및 보존에 기여하는, 산업적 식품 발효에서 광범위하게 사용된다.

서열은 새로운 서열분석에 의해서 또는 PCR 증폭에 의해 벡터에 삽입될 수 있다. 새로운 합성은 모세관 전기영동법에 의해 수행되거나, 또는 DNA 서열이 DNA 주형 상의 각 염기에서, DNA 중합 효소가 오직 그 염기에 상보적인 뉴클레오티드를 도입하기 때문에 높은 신뢰성으로 복제될 경우 Sanger 서열분석법(Sanger et al. (1974))을 기반으로 수행된다. 티미딘(T)은 아데닌(A)에 상보적이고 구아닌(G)은 시토신(C)에 상보적인데 이들이 서로 수소 결합을 형성할 수 있기 때문이다.

클로닝된 유전자 및 합성 서열의 서열은 예를 들면 [Wallace et al., Gene 16:21-26 (1981)]의 이중 가닥 주형을 서열분석하기 위한 사슬 종결 방법을 이용해 클로닝 후 검증할 수 있다.

본 발명의 목적 화합물을 코딩하기 위한 유전자를 동정하기 위한 적절한 프라이머 및 프로브는 당분야에 기술된 서열로부터 유도될 수 있다. PCR의 일반적인 개요를 위해서, 문헌 [Innis et al., PCR Protocols: A Guide to Methods and Applications, Academic Press, San Diego (1990)]을 참조한다.

숙주 박테리아에서 발현되는 목적 분자의 농도는 0.1 mM∼100 mM로 다양할 수 있다. 이러한 농도는 다양한 매개변수, 예컨대 박테리아의 농도, 플라스미드의 복제수, 프로모터의 활성, 및 목적 분자의 동역학에 의해 제어될 수 있다.

목적 화합물의 기지 서열은 본원에서 보다 상세하게 기술하는 바와 같이, 상업적으로 입수가능한 데이타베이스에서 확인할 수 있다.

벡터 내 목적 분자의 예시적인 서열은 분자 스크리닝 UV를 코딩하는 유전자를 갖는 것들이다. 구체적으로, 100-500 nm 범위인 분자 스크리닝 UV를 코딩하는 유전자가 고려된다. 벡터 내 목적 분자의 서열은 산화 스트레스를 감소시키는 분자를 코딩하는 유전자, 예컨대 UV에 의해 초래되는 산화 스트레스를 감소시키는 분자, 항산화제, 항반응성 산소종(항-ROS)을 코딩하는 유전자를 갖는 것이다. 목적 유전자를 코딩하는 서열은 시아노박테리아 종 유래의 scyA-F일 수 있다. 일광 차단 화합물, 예컨대 시노린은 산호(스틸로포라 피스탈라타(Stylophora pistallata)), 어류(스카루스 슈레겔(Scarus schlegeli)리 및 클로루루스 소르디두스(Chlorurus sordidus)), 조류(포르피라 엄빌리칼리스(Porphyra umbilicalis)), 미세 조류, 및 시아노박테리움 노스톡(cyanobacterium Nostoc) 종(노스톡 플라젤리포름(Nostoc flagelliforme)) 또는 노스톡 종 PCC 7524) 린그비아(Lyngbya) 종, 아나바에나(Anabaena) 종, 및 노둘라리아(Nodularia) 종 노스독 펑티포름(Nostoc punctiforme) PCC 73102 아나바에나(Anabaena) 종, 아나바에나 바리아빌리스(Anabaena variabilis), 아나바에나 실린드리카(Anabaena cylindrica) PCC 7122, 시아노테스(Cyanothece) 종 PCC 7424, 시아노테스 종 PCC 8802, 리불라리아(Rivularia) 종 PCC 7116, 크루코시디옵시스 써말리스(Chroococcidiopsis thermalis) PCC 7203, 시린드로스페멈 스타그네이트(Cylindrospermum stagnate) PCC 7417, 스타니에리아 시아노스패라(Stanieria cyanosphaera) PCC 7437, 크리날리움 에핍삼멈(Crinalium epipsammum) PCC 9333, 크리날리움 에핍삼멈 PCC 9333, 아나바에나 종 90 염색체 chANAOI, 글로에캅사(Gloeocapsa) 종 PCC 7428, 클로로글로에옵시스 프리트쉬(Chlorogloeopsis fritschii), 트리코데스미움 에리트라에움( Trichodesmium erythraeum) IMS101, 마이크로시스티스 애루지노사(Microcystis aeruginosa) PCC 7806, 마이크로시스티스 애루지노사 균주 UV027, 플랑크토트릭스 루베센스(Planktothrix rubescens) NIVA-CYA 98, 마이크로시스티스 종 NIVA-CYA 172/5, 노스톡 종 GSV224, 또는 오실라토리아 니그로-비리디스(Oscillatoria nigro-viridis) PCC 7112 유래와 같은 박테리아로부터 얻을 수 있다.

일 실시양태에서, 목적 화합물의 발현을 위한 서열은 박테리아의 게놈에 도입된다.

플라스미드의 복제수는 세포 당 5-500 복제수일 수 있다. 프로모터는 항상성이거나 또는 유도성일 수 있다.

일 실시양태에서, 목적 분자의 정제를 위해서 벡터 DNA 및 아미노산 성분에 예컨대, His-태그를 부가하는 것이 가능하다. 또한 막 밖으로 목적 분자를 뺄 수 있는, usp45와 같은 성분을 부가하는 것이 가능하다.

일 실시양태에서, 코돈 용법은 목적 분자의 보다 나은 발현을 위해 개선시킬 수 있다. 또한 발현 벡터의 GC%를 변화시키고/시키거나 감소시킬 수 있다.

일 실시양태에서, 벡터는 제한 인자를 포함하거나, 또는 다른 실시양태에서, 제한 인자는 상동성 재조합을 통해 박테리아 게놈에 도입된다.

5. 형질전환

형질전환 기술과 관련하여, 적절한 박테리아 숙주 균주는 예를 들면 그들의 형질전환 능력, 이종성 단백질 발현 능력에 대해 선택된다. 박테리아 숙주는 표준 기술, 예컨대 염화루비듐 방법 또는 전기천공법을 이용해 형질전환에 능숙하게 된다(Maniatis, Sambrook and Fritsch. 1982. Molecular Cloning: A Laboratory Manual).

LAB 균주의 형질전환을 위한 특정 방법은 이하 실험 파트에서 제공하지만, 당분야의 예시적인 기술이며, 제한하려는 의도는 아니다.

전기천공에 의한 락토코커스 락티스의 형질전환은 예를 들면, 문헌 [Luchansky et al. (J. Dairy Sci. 74: 3293-3302 (1991)에 기술된 바와 같은 표준 방법을 변형시켜 수행할 수 있다. 간략하게, 신선하게 접종된 락토바실러스 종을 MRS 액체배지에서 배양시킨다(예를 들면, 37℃ 및 5% CO₂에서 OD₆₀₀ = 0.4-0.8까지). 박테리아 세포를 회수하고, 세척하며 수크로스 및 MgCl₂의 냉(예를 들면, 4℃) 용액에 재현탁시킨다. 이어 컴피턴트 세포를 DNA와 혼합하고 차가운 갭 큐벳에 놓고 전기천공시킨다. 이후, 세포는 사전승온된 액체배지에서 회복(예를 들면, 37℃에서 약 2시간 동안)시킨 후, 항생제 다른 선별제를 함유하는 선택적 한천 평판배지 상에 플레이팅한다.

락토바실러스에서 전기천공의 최적화: 이들 질 락토바실러스 균주에서 클로닝 및 이종성 단백질 발현을 지원하기 위해서, 전기천공 방법은 피부 박테리아에 대한 적용을 위해 개발되었다. 배양 배지, 세포 성장기, DNA 농도, 세척 또는 전기천공 완충액 조성, 큐뱃 뱁 크기, 전압을 포함한, 다양한 매개변수들이 우리 수집물의 WT 락토바실러스 균주에 대한 형질전환 빈도를 개선시키는 조건을 결정하기 위해 평가되었다. 이.콜라이-유래 플라스미드는 변형된 [Luchansky et al. (J. Dairy Sci. 74:3293-302 (1991))]에 따라 전기천공을 통해 락토바실러스 균주를 형질전환시켰다. 간략하게, 신선하게 접종된 락토바실러스 균주를 37℃ 및 5% CO₂에서 OD₆₀₀을 0.6-0.7까지 MRS 액체배지에서 배양하였다. 박테리아 세포를 회수하고, 세척하였고, 4℃에서 952 mM 수크로스 및 3.5 mM MgCl₂에 재현탁시켰다. 사전냉각된 0.2 cm 갭 큐벳을 이용하여, 컴피턴트 세포를 1∼2 ㎍의 플라스미드 DNA와 부가하고 2.5 kV/cm 및 200 ohms에서 즉시 전기천공하였다. 이어서, 세포를 37℃에서 2시간 동안 사전승온된 MRS 액체배지에서 회복시킨 후, 20 ㎍/㎖의 에리쓰로마이신 항생제를 함유하는 선택적 MRS 한천 평판배지에 플레이팅하였다.

6. 수확

유전자 조작법은 상이한 세포주에서, 다양한 발현된 이종성 목적 단백질의 과생산을 가능하게 한다. 과발현, 피부 박테리아로부터 생물학적 재조합 분자의 회수, 목적 분자의 수확은 생명공학 산업의 정수이고 당분야의 숙련가에게 공지이다(Eugene Russo, Nature, 421 456-457 (2003).

박테리아로부터 추출된 분자는 UV 보호용과 같은 피부과적 혜택을 위해 사용된다.

수확 과정은 박테리아 세포를 비드-비팅하는 기계적 방법, 또는 라이소자임을 이용하여 화학적으로 파괴하는 방법이 포함될 수 있다.

발현된 분자의 단리는 5%-90%와 같은, 다양한 세정도일 수 있고, 예를 들면, HPLC, HIS-태그 등과 같은 분자 및 화학적 기술을 통해 이용할 수 있고, 당분야의 숙련가에게 공지이다.

수확된 화합물의 농도는 추출 전의 1-50%의 생물량일 수 있다.

박테리아 세포 및/또는 박테리아 세포의 입자를 포함하는 다양한 화합물이 추출물에 용해되거나 또는 현탁될 수 있다. 최종 추출물은 지질단백질, 지질펩티드, 펩티도글리칸, 지질올리고당, 리포테이코산 및 테이코산을 포함할 수 있다. 용해 과정 동안, 박테리아 세포 중 분자는 화학적으로 개질될 수 있다. pH, 출발 부피 및 온도 등과 같은 다양한 매개변수가 수확량을 증가시키도록 포괄될 수 있다.

D. 예시적인 국소 조성물

형질전환된, 비병원성 박테리아 집단은 피험체의 피부에 국소 적용하기 위해 제제화될 수 있다. 제한하려는 의도는 없지만, 예시적인 실시양태의 목적으로, 이러한 제제는 겔, 연고, 로션, 에멀젼, 크림, 발포체, 무스, 액체, 스프레이, 현탁물, 분산물 또는 에어로졸일 수 있음을 고려한다. 제제는 피부에 효과적인 도포, 도포범위, 부착을 위해, 바람직한 형상 및 바람직한 점도, 유동성 또는 다른 물리 또는 화학적 특징을 제공하도록 1 이상의 부형제를 포함한다.

제제 중 부형제는 목적하는 제제 유형을 기반으로 선택된다. 표준 부형제는 젤라틴, 카세인, 레시틴, 검 아카시아, 콜레스테롤, 트라가칸트, 스테아르산, 벤즈알코늄 클로라이드, 칼슘 스테아레이트, 글리세릴 모노스테아레이트, 세토스테아릴 알콜, 세토마크로골 유화 왁스, 솔비탄 에스테르, 폴리옥시에틸렌 알킬 에테르, 폴리옥시에틸렌 캐스터유 유도체, 폴리옥시에틸렌 솔비탄 지방산 에스테르, 폴리에틸렌글리콜, 폴리옥시에틸렌 스테아레이트, 콜로이드성 이산화규소, 포스페이트, 나트륨 도데실 설페이트, 카르복시메틸셀룰로스 칼슘, 카르복시메틸셀룰로스 나트륨, 메틸셀룰로스, 히드록시에틸셀룰로스, 히드록시프로필셀룰로스, 히드록시프로필메틸셀룰로스 프탈레이트, 비결정질 셀룰로스, 마그네슘 알루미늄 실리케이트, 트리에탄올아민, 폴리비닐 알콜, 폴리비닐피롤리돈, 설탕, 및 전분을 포함한다.

에멀젼은 제2 액체의 몸통 전체에 소구체로 분포된 액체의 조제물이다. 분산된 액체는 불연속상이고, 분산 매질은 연속상이다. 기름이 분산 액체이고 수용액이 연속상인 경우, 수중유 에멀젼으로 알려져 있고, 물 또는 수용액이 분산상이고 기름 또는 기름성 물질이 연속상인 경우, 유중수 에멀젼으로 알려져 있다. 기름상은 적어도 부분적으로 추진제, 예컨대 HFA 추진제로 이루어진다. 기름상 및 수성상 중 하나 또는 둘 모두는 1 이상의 계면활성제, 유화제, 에멀젼 안정화제, 완충제, 및 다른 부형제를 함유할 수 있다. 바람직한 부형제는 계면활성제, 특히 비이온성 계면활성제, 유화제, 특히 유화 왁스: 및 액상 비휘발성 비수성 물질, 특히 글리콜 예컨대 프로필렌 글리콜을 포함한다. 기름상은 다른 기름성 약학적 승인 부형제를 함유할 수 있다. 예를 들면, 히드록실화 캐스터유 또는 깨유와 같은 물질을 계면활성제 또는 유화제로 기름상에서 사용할 수 있다.

"연화제"는 피부를 연화 또는 진정시키는 외부 도포제이고 일반적으로 당분야에 알려져 있으며, 예컨대 ["Handbook of Pharmaceutical Excipients", 4^th Ed., Pharmaceutical Press, 2003]와 같은 개요서에 열거되어 있다. 이들은 제한없이, 알몬드유, 캐스터유, 세라토니아 추출물, 세토스테아로일 알콜, 세틸 알콜, 세틸 에스테르 왁스, 콜레스테롤, 면실유, 시클로메티콘, 에틸렌 글리콜 팔미토스테아레이트, 글리세린, 글리세린 모노스테아레이트, 글리세릴 모노올레에이트, 이소프로필 미리스테이트, 이소프로필 팔미테이트, 라놀린, 레시틴, 연질 미네랄유, 중쇄 트리글리세리드, 미네랄유 및 라놀린 알콜, 페트롤라텀, 페트롤라텀 및 라놀린 알콜, 대두유, 전분, 스테아릴 알콜, 해바라기유, 자일리톨 및 이의 조합을 포함한다. 일 실시양태에서, 연화제는 에틸헥실스테아레이트 및 에틸헥실 팔미테이트이다.

"계면활성제"는 표면 장력을 저하시켜서 생성물의 유화, 발포, 분산, 퍼짐 및 습윤 특성을 증가시키는 표면-활성제이다. 적합한 비이온성 계면활성제는 유화 왁스, 글리세릴 모노올레에이트, 폴리옥시에틸렌 알킬 에테르, 폴리옥시에틸렌 캐스터유 유도체, 폴리솔베이트, 솔비탄 에스테르, 벤질 알콜, 벤질 벤조에이트, 시클로덱스트린, 글리세린 모노스테아레이트, 폴록사머, 포비돈 및 이의 조합을 포함한다. 일 실시양태에서, 비이온성 계면활성제는 스테아릴 알콜이다.

"유화제"는 다른 액체중 한 액체의 현탁을 촉진하고 안정한 혼합물, 또는 기름과 물의 에멀젼의 형성을 촉진하는 표면 활성 물질이다. 일반적인 유화제는 금속성 비누, 일부 동물 및 식물 기름, 및 다양한 극성 화합물이다. 적합한 유화제는 아카시아, 음이온성 유화 왁스, 칼슘 스테아레이트, 카보머, 세토스테아릴 알콜, 세틸 알콜, 콜레스테롤, 디에탄올아민, 에틸렌 글리콜 팔미토스테아레이트, 글리세린 모노스테아레이트, 글리세릴 모노올레에이트, 히드록시프로필 셀룰로스 히드로멜로스, 라놀린, 히드러스, 라놀린 알콜, 레시틴, 중쇄 트리글리세리드, 메틸셀룰로스, 미네랄유 및 라놀린 알콜, 1염기성 인산나트륨, 모노에탄올아민, 비이온성 유화 왁스, 올레산, 폴록사머, 폴록사머들, 폴리옥시에틸렌 알킬 에테르, 폴리옥시에틸렌 캐스터유 유도체, 폴리옥시에틸렌 솔비탄 지방산 에스테르, 폴리옥시에틸렌 스테아레이트, 프로필렌 글리콜 알기네이트, 자가 유화성 글리세릴 모노스테아레이트, 나트륨 시트레이트 디히드레이트, 나트륨 라우릴 설페이트, 솔비탄 에스테르, 스테아르산, 해바라기유, 트라가칸트, 트리에탄올아민, 잔탄검 및 이의 조합을 포함한다. 일 실시양태에서, 유화제는 글리세롤 스테아레이트이다.

"로션"은 저점도 내지 중점도 액상 제제이다. 로션은 현탁제 및 분산제 이용을 통해 분산 매질에 용해되는 미분 물질을 함유할 수 있다. 다르게, 로션은 비히클과 비혼화성이고 일반적으로 유화제 또는 다른 적합한 안정화제를 통해 분산되는 분산상으로서 액체 물질을 가질 수 있다. 일 실시양태에서, 로션은 점도가 100 내지 1000 센티스토크인 에멀젼 형태이다. 로션의 유동성은 광범위한 표면 영역 상에 신속하고 균일한 도포를 가능하게 한다. 로션은 전형적으로 피부 표면 상의 약효 성분의 얇은 코팅을 남기고 피부상에서 건조되는 경향이 있다.

"크림"은 "수중유" 또는 "유중수" 유형의 반고상 에멀젼 또는 점성 액체이다. 크림은 유화제 및/또는 다른 안정화제를 함유할 수 있다. 일 실시양태에서, 제제는 점도가 1000 센티스토크를 넘고, 전형적으로 20,000-50,000 센티스토크 범위인 크림 형태이다. 크림은 일반적으로 퍼지기 더 용이하고 제거하기 더 용이하므로 연고보다 흔히 바람직하다.

크림과 로션의 기본적인 차이는 점성이며, 이는 제제를 제조하는데 사용된 물이 비율 및 다양한 기름의 사용/양에 따라 좌우된다. 크림은 전형적으로 로션보다 걸쭉하고, 다양한 용도를 가지며 흔히 피부에 대한 바람직한 효과에 따라서, 보다 다양한 기름/버터를 사용한다. 크림 제제에서, 물-베이스 비율은 약 60-75%이고 기름-베이스는 전체의 약 20-30%이며, 다른 비율은 총 100%에 대해 유화제, 보존제 및 부가제이다.

"연고"는 연고 베이스 및 경우에 따라 1 이상의 활성제를 함유하는 반고체 조제물이다. 적합한 연고 베이스의 예에는 탄화수소 베이스(예를 들면, 페트로라텀, 백색 페트로라텀, 노란색 연고, 및 미네랄유); 흡착 베이스(친수성 페트로라텀, 무수 라놀린, 라놀린, 및 콜드 크림); 수-제거성 베이스(예를 들면, 친수성 연고), 및 수가용성 베이스(예를 들면, 폴리에틸렌 글리콜 연고)가 포함된다. 페이스트는 전형적으로 그들이 보다 많은 비율의 고체를 함유하는 점에서 연고와 다르다. 페이스트는 전형적으로 동일 성분으로 제조된 연고 보다 더욱 흡착성이고 덜 지성이다.

"겔"은 액체 비히클에 용해 또는 현탁된 증점제 또는 중합성 물질의 작용에 의해 반고체가 되는 액체 비히클 중 수형 또는 대형 분자의 분산물을 함유하는 반고체 시스템이다. 액체는 친지성 성분, 수성 성분 또는 둘 모두를 포함할 수 있다. 일부 에멀젼은 겔이거나 또는 아니면 겔 성분을 포함한다. 그러나, 일부 겔은 그들이 비혼화성 성분의 균질화 블렌드를 함유하지 않으므로 에멀젼이 아니다. 적합한 겔화제는 제한없이, 개질된 셀룰로스, 예컨대 히드록시프로필 셀룰로스 및 히드록시에틸 셀룰로스; 카르보폴 동종중합체 및 공중합체; 및 이의 조합을 포함한다. 적합한 액체 비히클 중 용매는 제한없이, 디글리콜 모노에틸 에테르; 알크렌 글리콜, 예컨대 프로필렌 글리콜; 디메틸 이소솔비드; 알콜, 예컨대 이소프로필 알콜 및 에탄올을 포함한다. 용매는 전형적으로 약물을 용해시키는 그들의 능력에 따라 선택된다. 피부 촉감 및/또는 제제의 연화성을 개선시키는 다른 첨가제가 또한 도입될 수 있다. 이러한 첨가제의 예에는 제한없이, 이소프로필 미리스테이트, 에틸 아세테이트, C12-C15 알킬 벤조에이트, 미테랄유, 스쿠알란, 시클로메티콘, 카프르산/카프릴산 트리글리세리드, 및 이의 조합이 포함된다.

발포체는 기체성 추진제와 조합된 에멀젼으로 이루어진다. 기체성 추진제는 우선적으로 히드로플루오로알칸(HFA)로 이루어진다. 적합한 추진제는 HFA 예컨대 1,1,1,2-테트라플루오로에탄(HFA 134a) 및 1,1,1,2,3,3,3-헵타플루오로프로판(HFA 227)을 포함하지만, 이들의 혼합물 및 혼화물 및 최근 승인되었거나 또는 의학용으로 승인될 수 있는 다른 HFA가 적합하다. 추진제는 바람직하게는 분무 동안 가연성 또는 폭발성 증기를 생산할 수 있는 탄화수소 추진제 가스가 아니다. 또한, 조성물은 바람직하게는 사용 동안 가연성 또는 폭발성 증기를 생산할 수 있는 휘발성 알콜을 함유하지 않는다.

완충제는 조성물의 pH를 제어하기 위해 사용된다. 바람직하게, 완충제는 조성물의 pH를 약 4 내지 약 7.5, 보다 바람직하게는 약 4 내지 약 7의 pH, 가장 바람직하게는 약 5 내지 약 7의 pH로 완충시킨다. 바람직한 실시양태에서, 완충제는 트리에탄올아민이다.

보존제는 진균 및 미생물의 성장을 방지하기 위해 사용될 수 있다. 적합한 항진균 및 항미생물 활성제는 제한없이, 벤조산, 부틸파라벤, 에틸 파라벤, 메틸 파라벤, 프로필파라벤, 나트륨 벤조에이트, 나트륨 프로피오네이트, 벤즈알코늄 클로라이드, 벤제토늄 클로라이드, 벤질 알콜, 세틸피리디늄 클로라이드, 클로로부탄올, 페놀, 페닐에틸 알콜, 및 티머로살을 포함한다. 일 실시양태에서, 진균 성장을 방지하는데 효과적인 보존제의 농도는 국소 적용시 그 의도하는 목적에 대해 조성물의 효능에 영향이 없도록 선택된다.

흡수 촉진제는 피부를 통한, 특히 각질층을 통한 약물의 경피 전달을 촉진하는데 흔히 사용된다. 일부 흡수 촉진제는 피부 자극, 피부 독성 및 피부 알레르기를 야기한다. 그러나, 보다 통용되는 것에는 우레아, (카르보닐디아미드), 이미드우레아, N,N-디에틸포름아미드, N-메틸-2-피롤리딘, 1-도데칼-아자시클로펩탄-2-온, 칼슘 트오글리케이트, 2-피롤리딘, N,N-디에틸-m-톨루아미드, 올레산 및 이의 에스테르 유도체, 예컨대 메틸, 에틸, 프로필, 이소프로필, 부틸, 비닐 및 글리세릴모노올레에이트, 솔비탄 에스테르, 예컨대 솔비탄 모노라우레이트 및 솔비탄 모노올레에이트, 다른 지방산 에스테르 예컨대 이소프로필 라우레이트, 이소프로필 미리스테이트, 이소프로필 팔미테이트, 디이소프로필 아디페이트, 프로필렌 글리콜 모노라우레이트, 프로필렌 글리콜 모노올레에이트 및 비이온성 계면활성제 예컨대 BRIJ^® 76(스테아릴 폴리(10 옥시에틸렌 에테르), BRIJ^® 78(스테아릴 폴리(20)옥시에틸렌 에테르), BRIJ^® 96(올레일 폴리(10)옥시에틸렌 에테르), 및 BRIJ^® 721(스테아릴 폴리(21)옥시에틸렌 에테르)(ICI Americas Inc. Corp.)를 포함한다.

미생물은 ㎠ 당 적어도 10² 콜로니 형성 유닛(cfu) 내지 10²⁰ cfu, 구체적으로 ㎠ 당 10⁵ cfu 내지 10¹² cfu의 단위 용량 당(또는 ㎠ 당) 유효량으로 전달될 수 있다. [Balskus, et al.(Science 2010)]에 기술된 방법에 따라서, UV 성분은 10⁶ cfu 당 적어도 0.5 mM 내지 1 mM로 생산된다. 이를 기반으로, 당분야의 숙련가는 임의의 다른 cfu 용량에서 생성된 성분의 범위를 계산할 수 있다.

생물학적 조성물은 제제 중에 1 이상의 유효한 화합물을 더 포함할 수 있는데, 예를 들면 UV 보호 및 화학적(또는 생물학적 생산)으로 부가된 비타민 A를 포함할 수 있다.

조성물은 임의의 공지되거나 또는 아니면 선택된 생산물 형태를 제제 또는 제작하기 위해 유효한 방법으로 제조될 수 있다. 일 실시양태에서, 조성물은 점성 표면, 예컨대 비내, 질내, 직장내, 경구 표면을 배제하려는 의도로, 피험체의 피부 상피 표면에 도포하기 위해 제제화된다. 일 실시양태에서, 국소 적용은 구강을 비롯하여 다른 신체 점성 표면은 배제한다.

조성물은 목적 화합물의 바람직한 농도를 산출하도록 특정 농도로 형질전환된 박테리아를 포함하게 제제화될 수 있다. 예를 들면, 조성물은 미생물이 ㎠ 당 적어도 약 10² 콜로니 형성 유닛(cfu) 내지 약 10²⁰ cfu, 구체적으로 ㎠ 당 약 10² cfu 내지 약 10²⁰ cfu의 단위 용량 당(또는 ㎠ 당) 유효량을 전달하도록하는 양의 형질전환된 박테리아를 포함할 수 있다. 조성물은 형질전환된 박테리아가 조성물의 총 중량에 대해 적어도 약 0.0001%(건조 중량 기준)의 비율, 구체적으로 약 0.0001% 내지 약 99%의 비율, 보다 구체적으로는 약 0.001 중량% 내지 약 90 중량%의 비율, 특히 약 0.01 중량% 내지 약 80 중량%, 특히 약 0.1 중량% 내지 약 70 중량%의 비율이도록 제제화될 수 있다. 대체로, 국소 투여하고자 하는 조성물은 생미생물의 경우, 약 10 내지 약 10¹⁵ cfu/g, 구체적으로 약 10⁵ 내지 약 10¹⁵ cfu/g, 보다 구체적으로 약 10⁷ 내지 약 10¹² cfu/g의 캐리어 그램 당 미생물, 또는 불활성 또는 사멸 미생물에 대해 또는 박테리아 분획 또는 생산된 대사산물에 대해 계산된 등가 용량을 포함할 수 있다. 일 실양태에서, 국고 투여해야하는 조성물에서, 각 박테리아 균주 및/또는 상응하는 분획 및/또는 대사산물의 농도는 약 5 x 10⁵ 내지 약 10¹⁵ cfu/d, 구체적으로, 약 10⁷ 내지 약 10¹²cfu/d 범위의 용량(박테리아 등가물로 표현)에 상응하도록 조정될 수 있다. 국소 적용용 조성물은 대체로 박테리아를 약 10² 내지 약 10¹⁵ cfu/g, 구체적으로 약 10⁵ 내지 약 10¹² cfu/g, 보다 구체적으로 약 10⁶ 내지 약 10¹² cfu/g으로 포함할 수 있다. 조성물이 목적 화합물을 포함하는 경우, 조성물 내 목적 화합물은 실질적으로 약 10³ 내지 약 10¹⁵ cfu, 구체적으로 약 10⁵ 내지 약 10¹² cfu, 보다 구체적으로 약 10⁶ 내지 약 10¹² cfu의 캐리어 그램 당 목적 화합물에 의해 생산될 수 있는 함량에 상응한다.

일 실시양태에서, UV 보호를 위한 피부 국소 도포용 조성물을 고려한다. 광노화는 일광으로부터의 자외선 방사에 대한 장기간 또는 반복적 노출 결과로 인한 피부의 구조, 기능 및 외양 변화이다. 이는 남성과 여성 모두에서의 나이 연관된 미용성 피부 문제의 90%를 차지하고, 중간 내지 심한 광노화 징후가 30세 이하의 남성 72% 및 여성의 47%에서 관찰된다. 자외선 방사는 짧은 파장 및 고에너지의 비가시성 스페트럼 영역의 빛이고, 대략 150 nm 내지 400 nm 범위이다. 대부분의 최고 에너지 UV 방사(280 nm 미만 파장에서의 UVC 방사)는 오존 및 성층권 산소에 의해 흡수된다. 280-320 nm의 파장으로 구성된 UVB 방사 및 320-400 nm 파장으로 구성된 UVA 방사는 유기체에서 손상의 주요 2가지 원인이다. UVB는 DNA에 의한 그 흡광이 체내 다른 DNA, 지질 및 단백질에 손상을 주는 시클로부탄 피리미딘 이량체를 생성하기 때문에 유기체에 특히 유해하다. 이는 피부암의 일반적인 원인이다. UVA는 피부층 깊숙히 침투하므로 유기체에 특히 유해하다. 일 실시양태로 본원에서 고려하는 조성물은 UVA 및 UVB 중 하나 또는 둘 모두로부터 보호하기 위해 1 이상의 목적 화합물을 발현하도록 형질전환된 1 이상의 박테리아를 포함한다. 조성물은 화학적(예를 들면, 아미노벤조산(PABA), 아보벤존, 시녹세이트, 디옥시벤존, 엔술리졸, 호모살레이트, 멘틸 안트라닐레이트, 메라디메이트, 옥토크릴렌, 옥틸 메톡시신나메이트, 옥티살레이트, 옥틸 살리실레이트, 옥토크릴렌, 옥시벤존, 파디메이트-O, 페닐벤즈이미다졸 설폰산, 설리소벤존, 및 미네랄: 이산화티타늄, 트롤라민 살리실레이트, 산화아연) 또는 물리적 성질의 현존 자외선 차단제와 조합하여 피부에 도포될 수 있다.

형질전환된 박테리아의 조성물은 바람직하게는 피부를 UV 흡수로부터 보호하고, 시아노박테리아, 진류 및 조류와 같은 다양한 유기체에 의해 합성되는, UV 방사를 흡수하는 천연 마이코스포린 유사 아미노산(MAA) 소형 분자인 시노린일 수 있는 화합물을 발현한다. 일 실시양태에서, 형질전환된 박테리아의 집단을 포함하는 조성물은 피부에 도포되는 비누 또는 바디 워시 조성물이다.

미생물은 ㎠ 당 적어도 약 10² 콜로니 형성 유닛(cfu) 내지 약 10²⁰ cfu, 구체적으로 ㎠ 당 약 10² cfu 내지 약 10²⁰ cfu의 유닛 용량 당(또는 ㎠ 당) 유효량을 전달할 수 있다. 목적 화합물이 UV 보호용인 실시양태에서, UV 성분은 10²-10²⁰ cfu에 대해 적어도 약 0.1 mM 내지 약 100 mM이 생성된다. 이를 기반으로, 당분야의 숙련가는 임의의 다른 cuf 용량에서 생산된 성분의 범위를 계산할 수 있다. 국소 적용되어야 하는 조성물의 특정 경우에서, 각 박테리아 균주 및/또는 상응하는 분획 및/또는 대사산물의 농도는 약 5 x 10⁵ 내지 약 10¹⁵ cfu/d, 구체적으로 약 10⁷ 내지 약 10¹²cfu/d 범위의 용량(박테리아 등가물로 표시)에 상응하도록 조정될 수 있다.

국소 적용용 조성물은 대체로 약 10² 내지 약 10¹⁵ cfu/g, 구체적으로 약 10⁵ 내지 약 10¹² cfu/g, 보다 구체적으로 약 10⁶ 내지 약 10¹² cfu/g의 박테리아를 포함한다.

일 실시양태에서, 형질전환된 박테리아는 UV 손상으로부터 보호, 냄새 개선, 수의학적 피부과 요구를 해결하기 위해, 동물의 피부, 예컨대 개 및 고양이를 포함하는 애완동물에 도포된다.

III. 치료 방법

다른 측면에서, 피부와 연관된 질병 또는 병태를 치료하거나 또는 예방하는 방법을 고려한다. 1 이상의 목적 화합물을 발현하는 형질전환된 박테리아의 1 이상의 집단을 포함하는 상기 기술된 조성물은 목적 화합물(들)의 치료 유효량을 제공하기에 효과적인 양으로 피부에 도포된다. 본원에서 사용되는, 치료 유효량은 환자 또는 피험체에 투여시, 국소 영역 또는 국소 조성물 도포된 근처에서 피부 질병 또는 병태가 완화, 제거 및/또는 억제되는 국소 조성물의 양이다.

일 실시양태에서, 일광 노출로 인한 손상으로부터 피부를 보호하는 방법이 제공된다. UV에 의해 야기된 산화적 스트레스의 경감을 위한 치료 방법, 항산화제, 항반응성 산소종(항-ROS)을 제공하는 방법, 피부 보습을 제공하는 방법, 항노화를 촉진하는 방법, 및 건선, 습진, 활성 피부염, 여드름, 상처 치유(당뇨병성 상처 또는 궤양 포함), 간찰진/기저귀 발진, 화상, 벌레 물림, 두드러기, 비듬(딱지)을 치료하는 방법, 및 냄새 제어 또는 제거를 제공하는 방법을 고려한다.

IV. 조성물의 포장

제제화 후, 조성물은 전달 및 최종 사용자에 의한 사용에 적합한 방식으로 포장된다.

일 실시양태에서, 조성물은 적절한 분배기에 위치되어 최종 사용자에 운송된다. 최종 용기의 예에는 펌프병, 눌러짜는 병, 단지, 튜브, 캡슐 또는 바이알을 포함할 수 있다.

일부 실시양태에서, 포장은 조성물 내 형질전환 박테리아의 성질을 고려한다. 예를 들면, 호흡을 통해 성장하는 락토코커스는 발효 세포 보다 장기간 보관 후에 두드러지게 양호하게 생존한다(Gaudu et al., Antonie van Leeuwenhoek, 82:263-269 (2002)). 이러한 장기 생존은 아마도 산화 스트레스로부터 세포를 보호하는 사이토크롬의 유도에 의한 것이다. 산화 스트레스로부터 또한 보호하는, 세포내 글루타티온의 존재는 또한 보존 시 락토코커스의 생존능을 개선시킬 수 있다(Li et al., Appl. Environ. Microbiol, 69(10):5739 (2003)). 보존시 락토코커스의 생존능을 개선시키는 다른 접근법은 분무-건조 공정의 채택, 및 공정 보조제, 예컨대 박테리아 입자를 코팅하는데 사용될 수 있는, 미정질 셀룰로스, 카르복시메틸셀룰로스, 히드록시프로필메틸셀룰로스 아세테이트 숙시네이트, 또는 나트륨 알기네이트의 사용(EP 1789529 A2)이 있다. 락토코커스에 대한 이러한 예들은 당분야의 숙련가가 본원에 기술된 임의의 박테리아를 동정할 수 있는 포장 접근법의 유형을 예시하려는 것이다.

다른 실시양태에서, 조성물 중 박테리아는 피부에 도포 전 또는 후에 재구성하기 위해, 동결건조 또는 냉동 건조된다. 일 실시양태에서, 동결건조 또는 냉동 건조는 형질전환된 박테리아의 보관 수명을 개선시키기 위해, 1 이상의 부형제, 예컨대 글리세롤 또는 다른 당 알콜을 사용해 수행된다. 일 실시양태에서, 동결건조된 조성물은 트레할로스(a-D-글루코피라노실-1,1-a-D-글루코피라노시드)를 포함하지 않는다.

조성물의 포장은 1 이상의 용기의 키트 형태일 수 있다. 예를 들면, 단일 병, 튜브, 용기 또는 캡슐이 동일하거나 또는 동일하지 않은 2 부분으로 분리될 수 있으며 여기서 한 부분은 그 포장 형태(냉공 건조/불활성화 등)의 박테리아를 포함하고, 다른 부분은 액체 또는 겔일 수 있는 활성화 물질을 포함한다. 단일 병 또는 용기는 최종 사용자가 한번에 힘을 용기에 가하여 2개 용기 부분 내 내용물의 전부 또는 일부를 분배하여서, 형질전환된 박테리아 및 활성화 물질을 피부 또는 다른 표면 상에 분배할 수 있도록 디자인될 수 있다. 키트는 또한 2 이상의 용기를 포함하는 형태일 수 있는데, 한 용기에는 형질전환된 박테리아의 집단(들)을 가지며 다른 용기에는 형질전환된 박테리아의 집단과 혼합되는 제제를 갖는다. 다른 예에서, 형질전환된 박테리아의 집단을 갖는 한 용기, 형질전환되지 않은 천연 비병원성 피부 박테리아를 갖는 다른 용기, 그리고 형질전환된 박테리아의 집단과 혼합하기 위한 제제를 갖는 제3 용기로 2 이상의 용기를 포함할 수 있다. 다른 예에서, 단일 병을 포함하는 2 이상의 용기는 2개의 개별 튜브에 연결된 하나의 펌프를 가지며, 각각 상이한 챔버로부터 배수된다. 키트는 또한 1 이상의 보완적인 산물, 예컨대 비누, 바디 워시 또는 일정 pH의 보습 로션, 활성 화합물, 박테리아 및 제한 인자 등을 함유하는 로션 또는 크림을 포함할 수 있다. 다른 실시양태에서, 보완적인 산물은 화합물의 지속적이거나 또는 연속적인 발현을 제공하도록 목적 화합물의 발현, 활성 및/또는 성장을 증가시키는 제한 인자이다. 보완적인 산물은 원래 산물의 활성에 이로운 임의의 화합물을 포함할 수 있고, 지속적인 효율로 그 활성을 향상시킨다.

다른 고려되는 포장은 형질전환된 박테리아의 집단이 박테리아의 활성화를 가능하게 하고, 경우에 따라서 또한 재생/성장 인자를 제한할 수 있는 밴드/필름의 제2 층과 배합되어 밴드 또는 필름 상에 층으로서 유지되는 것이다.

다른 실시양태에서, 최종 산물은 박테리아가 그들의 활성 상태로 존재하도록, 냉장으로 보관될 수 있다.

다른 실시양태에서, 박테리아는 수용성 셀룰로스의 소형 비드에 보관된다. 비드는 임의의 용액 예컨대 자외선차단제/보습제/바디 워시 또는 비누에 혼합될 수 있다.

III. 실시예

이하 실시예는 사실상 예시적인 것이며, 한정하려는 의도는 없다.

실시예 1

벡터 BTOP1-시노린1을 이용해 시노린 성분을 갖는 락토코커스 락티스

A. 박테리아

엘. 락티스 균주의 박테리아를 사용한다. 균주의 스톡 용액은 -20℃에서 0.5% 당이 보충된 GM17/M17 액체배지중 50% 글리세롤에 보관한다. 박테리아는 0.5% 당이 보충된 GM17 배지//M17 액체배지 또는 MRS 배지에서 배양시킨다. 16시간 항온배양 후, 박테리아는 원심분리를 통해 회수하고 2×10⁹박테리아/100 ㎕로 BM9 배지에 10배 농축시켰다. 플레이트 또는 슬랜트 상에서, 균주는 2-3주 생존하게 된다.

박테리아의 스톡 조제물은 슬랜트로부터의 세포를 갖는 5 ㎖ 액체배지를 항온배양하여 준비한다. 세포를 30℃에서 밤새 성장시켰다. 이어서, 3 ㎖의 완전하게 성장한 배지를 1 ㎖의 60% 글리세롤에 부가하고 -80℃에서 보관하였다.

B. 벡터로 게놈 통합

pBTOP_시노린은 시노린 DNA 서열에 대한 완전한 오페론(서열 번호 1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14)을 함유하고 목적 화합물의 생산에 사용된다. 시노린의 오페론은 2가지 예시적인 방법; 분자 클로닝 방법(Balskus et al., Science, 329:1653-1656 (2010)), 및 시노린 오페론과 함께 플라스미드 서열의 새로운 서열분석 합성법을 이용해 벡터에 통합된다.

B1: 분자 클로닝

시노린의 서열은 몇몇 공급원, 예컨대 게놈 아나바에나 바리아빌리스 ATCC 29413으로부터 증폭, 아나바에나 바리아빌리스 또는 노스톡 종의 완전 게놈에 따른 신규한 서열분석, 또는 아나바에나 바리아빌리스의 성장 배양물로부터 증폭으로 얻을 수 있다. [Balskus, et al. (상동)]에 기재된 방법에 따라서, 완전한 시노린 유전자 클러스터는 포워드 프라이머 ava3858-start1(NdeI 제한효소 부위 가짐-5'-GAGATCCCATATGAGTATCGTCCAAGCAAAG-3'; 서열 번호 16) 및 리버스 프라이머 ava3855-stop1(XhoI 제한효소 부위 가짐 5'- GTACCTCGAGTCATGAATTATTTTCCAGACAATCTTG-3'; 서열 번호 17)를 이용해, 아나바에나 바리아빌리스의 게놈 DNA로부터 PCR 증폭하였다. 프라이머는 미태깅된 유전자 산물을 코딩하도록 pBTOP1 벡터에 결찰할 수 있게 디자인하였다. PCR 반응물은 총 부피 50 ㎕ 중에 25 ㎕의 마스터 믹스, 2 ng의 DNA 주형, 및 17 pmole의 각 프라이머를 함유한다. 열순환은 다음의 매개변수를 이용해 PCR 기계 상에서 수행하였다: 95℃에서 1분간 변성 후, 95℃에서 30초, 50℃에서 1분, 70℃에서 6분의 50 주기, 및 70℃에서 5분간 최종 연장.

증폭된 단편을 37℃에서 2.5시간 동안 제한 효소 NdeI및 XhoI으로 분해하였다. 분해물은 2 ㎕의 물, 6 ㎕의 NEB 완충액 4(10x), 6 ㎕의 BSA(10x), 40 ㎕의 PCR 산물, 3 ㎕의 NdeI(20 U/㎕), 및 3 ㎕의 XhoI(20 U/㎕)을 함유하였다. 제한효소 분해물은 직접 아가로스 겔 전기영동을 이용해 정제하였고, 겔 단편은 Illustra GFX 키트를 이용해 추가 정제하였다. 분해물은 T4 DNA 리가아제를 이용해 선형 pBTOPI 발현 벡터에 결찰시켰다. 결찰물은 실온에서 2시간 동안 항온반응시켰고 3 ㎕의 물, 1 ㎕의 T4 리가아제 완충액(10x), 1 ㎕의 분해된 벡터, 3 ㎕의 분해된 삽입 DNA, 및 2 ㎕의 T4 DNA 리가아제(400 U/㎕)를 함유한다. 5 ㎕의 각 결찰물을 이용해 선택된 박테리아 균주의 단일 튜브를 형질전환시켰다. 얻어진 pBTOPI 구성체(시노린 서열)의 확인은 정제된 플라스미드 DNA의 서열분석을 통해 검증하였다.

B2: 서열분석

시노린 오페론의 완전한 서열은 NCBI의 공지 데이타베이스를 이용해 검색하고 확인하였으며, 플라스미드에 삽입물로서 합성하기 위한 신규 서열분석의 주형으로 사용할 수 있거나, 또는 플라스미드 내에 합성할 수 있는 서열 번호 1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,18로 기재하였다.

C. 형질전환

시노린 서열(서열번호 1)을 갖는 시노린 벡터, 또는 인간 피부 상에 도포하기 위한 UV 방사선 차단 목적으로 제작된 임의의 벡터를 다음의 단계를 포함하는, 하기 프로토콜에 따라 엘. 락티스 균주를 형질전환시켰다: 박테리아 세포의 준비, 형질전환, 플라스미드 추출, 박테리아의 성장, 분광분석 측정, 및 형질전환된 박테리아의 보관.

세포의 준비: 간략하게, 24시간 동안 30℃에서 성장시킨 -80℃ 스톡 유래 1-10 ㎖의 엘. 락티스를 접종하였다. 배양물을 10X로 희석하고, 24시간 동안 30℃에서 성장시켰다. 50 ㎖ 배양물을 10X로 희석하고 OD₆₀₀이 0.2-0.3(약 3시간)이 될때까지 성장시키고, 4℃에서 6000 x g로 20분간 세포를 원심분리하였다. 400 ㎕의 0.5 M 수크로스, 10% 글리세롤(4℃)로 세포를 세척하고 원심분리(6000 x g)하였으며, 세포를 200 ㎕의 0.5 M 수크로스, 10% 글리세롤, 50 mM EDTA(4℃)에 재현탁시키고, 현탁액을 15분간 얼음 상에 유지시키고 원심분리하였다. 세포를 100 ㎖의 0.5 M 수크로스, 10% 글리세롤(4℃)에 현탁시키고 원심분리하였다(6000 x g). 세포를 4 ㎖의 0.5 M 수크로스, 10% 글리세롤(4℃)에 재현탁시켰다. 샘플 당 40 ㎕(얼음 상에 존재)를 사용하거나, 또는 세포를 작은 부분으로 -80℃에 유지시켜서 사용전에 얼음 상에서 해동시킨다.

전기천공을 통해 세포를 형질전환시키는 프로토콜: 1 ㎕ DNA(TE 완충액에 재구성시킴)를 갖는 사전냉각시킨 전기천공 큐벳에 10-100 ㎕ 세포를 넣고, 큐벳을 얼음에 유지시킨다. 다음과 같이 조정된 Biorad Genepulser를 이용한다: 2000 V, 25 F, 200 Ω. 펄스(정상 판독은 4.5-5 msec)를 가하고, 1 ㎖의 성장 배지 + 20 mg MgCl₂ + 2 mM CaCl₂를 부가한다. 큐벳을 5분간 얼음에 유지시키고 30℃에서 1-1.5시간 항온배양시킨다. 글루코스 또는 락토스 및 제한 성분(플라스미드에 따라 좌우됨)을 갖는 M17 한천 배지 상에 10 ㎕, 100 ㎕, 900 ㎕를 플레이팅하고, 30℃에서 1-2일 동안 항온배양시키고 분광분석을 위해 액체 배지에 박테리아를 성장시키고, 플라스미드를 추출한다.

세포는 또한 열충력을 통해 형질전환될 수 있다.

3가지 샘플(형질전환된 박테리아(벡터(서열번호 15)에 삽입된 목적 분자로 형질전환된 엘. 락티스, 박테리아 세포 단독(형질전환 안됨); 및 삽입된 시노린 서열 없이 디자인된 벡터를 갖는 박테리아 균주)를 1시간에서 최대 10일 동안 10분 마다 270 nm, 310 nm, 330 nm, 및 360 nm의 UV 파장, 또는 1시간 내지 최대 10일 동안 10분마다 200-400 nm의 UV 파장을 이용해 정기적인 분광분석기에서 검토하였다.

다수의 예시적인 측면 및 실시양태를 상기에서 기술하였지만, 당분야의 숙련가는 일정한 변형, 치환, 부가 및 이의 하위조합을 인지하게 될 것이다. 따라서, 이하의 첨부된 청구항 및 이하 도입된 청구항은 그들의 범주 및 사조에 속하는 바와 같이 이러한 모든 변형, 치환, 부가 및 하위 조합을 포함시키는 것으로 이해되고자 한다.

SEQUENCE LISTING <110> TopGeniX, Inc. Qvit-Raz, Noga Altman, Tahel <120> Topical Composition Comprising Transformed Bacteria Expressing a Compound of Interest <130> 093242-0013 <140> Not Yet Assigned <141> Filed Herewith <150> US 61/680,620 <151> 2012-08-07 <150> US 61/836,594 <151> 2013-06-18 <160> 18 <170> PatentIn version 3.5 <210> 1 <211> 6459 <212> DNA <213> Anabaena variabilis <400> 1 atgaattatt ttccagacaa tcttgtaaac gctgtgctaa aacctgtaca tggggttcta 60 gaacaaacga ataatggttt ccagggacat caataatctt aatttcttga gccgccatta 120 cagaaaataa ttctacccaa actaaggtcg ggtcaggagc cataatatgt ttttccctgg 180 ctcgaaatac agtgactttt cctggatatg gttgtcttat ataggaataa gttgctttta 240 aagttcccac caaaacatca agaatacggc gattattttg acgttctaca ccaggcggga 300 atattctagc gctccgtgct ttatcaatga tgtaattaat tttttcttct acagttaaat 360 tttctatttc ttcaggtgtg actagattat cttgaccaaa cataccgcca aaaactctgg 420 agagaacacc aactaaataa acgtcatcaa tgggtttttg tttatccagc agaatcggta 480 cgtaagaatc taatattgct agtaaagata cttcttgtcc ttgtctatgt aactgctgtg 540 ctacttcata agctacgact ccaccaaatg accacccccc gacacgataa ggcccttggg 600 gttgaaattc tctaatagtt ttgacgtaga gactagccat atcttcaact cgcgtcaagg 660 gtgcttcatc tccataaaat ccttgagctt gtaagccata aaatggttgg tcagttccta 720 tatattgtgc gagtttaaaa tagcataaaa catgaccacc agcaggatgt atacaaaaga 780 aaggctgctg cttaccttgt ggttgaattg gaactagggg tgaattatgg atttggttgt 840 ttgcttgaat aaccttggct aaatctgcaa ttactggatt tgttaaaagt gttgctaagg 900 atatctcttt agcaaataac tcttcaattt gagaaattaa atgtagagct ttgagggaat 960 taccaccaat agcgaaaaag ttttctgtca cacctacttt aggtaaatgc agaatattcg 1020 accagatttg tactaatttt tcttcaactt cattccgagg cgctacatag gaattatgtt 1080 cactataatt aaataaatca ggcttaggta atgccttacg gtctacttta ccactgggag 1140 ttaaaggaag atgctccagc atcacaaaag cggctggaat cataaaatca ggtagccttg 1200 cttttaggaa atcacgcaga ttatcaagct gaggtttgat ggagttatag gtaatataag 1260 cgatgatttg tttttcttga gcgttatcat cccgcgctat gactacagct tctctgactt 1320 gtgggtgtga agataaaaca ttttcaatct cgccaatttc aattctataa ccccgaattt 1380 ttacttgata atctgttcta ccaagatatt caatatttcc atcgggtaaa taacgagcta 1440 aatcacctgt tttataaagt cgcttaaact cagaattggg aaagggatta ataataaatt 1500 tttctttggt caattcttct ttattcaaat aaccacgagc aacccctaca ccaccaatat 1560 aaatttcacc agtgacacca atatttactg gttgtaaatc ggcatcaaga atataaattt 1620 gagtattagc aatgggacga ccaataggta cactctttaa attactatct tttctacatt 1680 gccaaaatgt gacatcaatt gctgcttctg tcgggccata gaggttatgt aattcacatt 1740 gcaaatgctg gaaaaatcta ttttgtaaat ctatagataa agcttcaccg ctacaaataa 1800 ctctttttag agagctgcat ttgcttacat ggcgattttg taaaaacact tgcagcattg 1860 aggggacaaa atgcaacgta gtgatttgtt cttgagtaat taaatcgatg aggtaagcac 1920 tatctttatg tccgcctggt ttggctatta ccaaacgtgc gccagttaat aaagtccaaa 1980 agaactccca aacggaaaca tcaaaactaa agggggtttt ttgtaaaatg ctatctgtgg 2040 aatcgatttg ataagcttcc tgcatccaca ataagcgatt acagatacct ttgtgggtgt 2100 tcattgcacc ttttggttta ccagtggaac cagaggtgta aattacataa gcaagattat 2160 ccgtttttat attacttttg ggattggtat tagcttgtgt ggaaattttc tcccattccc 2220 tatctacaca gatagtttgt gcttgatggt ggggaatttg attgagtaat ttttcttgag 2280 ttagtagtac cttcacctga gaatcttcta gcatataagc tatgcgttct tgaggatatt 2340 cagggtcaat aggaacataa gcacccccag ctttgaggat tcctaaaaga cagataacca 2400 tttctaagga acgttctaaa caaacgccta ccagggtttc tggctggact cctaatgttt 2460 gtaaataatg tcctagctgg tttgctttat gatttagttc ttgataagtt agttgttgct 2520 tgtcaaaggt gacagcgatc gcctcaggtg ttcgttctac ttgagctaca attagttcat 2580 gtaaactctg ggaaagatca taatctctgt gggtcgcgtt ccactctaca agtaacttac 2640 gaatattaaa atctatagtc tgcatatctt ctaactttgc tcaataataa aaaatttctc 2700 acgcagagac gcagagaaaa cacactccgc gtccctctct cttgaaaagt ttcctacgga 2760 gggaaaccct cctccagaac ttttcgctgc gctaacctca gcgtccctct gcgtttaaaa 2820 actaatctcc ccccaattcc accaacttcc caatattgaa atctatccgc gtccaacctt 2880 taagacgacg caaattattc aataacagta ggggaatttg ccaatgatgt accatcaaaa 2940 acggtaaggg gtcatctggc tgataaatcg catcagtccc gcgccaaata ttccccagcc 3000 atctttgcaa ctgggtgaaa gaacggatac cagttaaacg ccaaacttcg tgataagtcc 3060 aataggtagg cttgcttgtc gttagtggtt gtatggtttc agtcgtcggt gcttgactca 3120 agtacgcttc tgctacctgg gggtggtcgt aaaatgtggt aattgctgaa tgtgtgcggg 3180 ggttacactc gatggcgtaa actgttccgt cttcggcttg gataaagtca aaggaaatct 3240 gtcctgtcag tttcagttcc ttgacaaaat gctgtaccca ttcggtaatt tgcgggttat 3300 ttacattctc ataattaact tggaaggctg aagattcgca acagcaatgc agtctgagtt 3360 ccccattccg aacggtgcta tgggtgcaga attccttacc ggggataaat tcctgcataa 3420 tccacggttt ttcgggagta attggcaaac ttctgacgaa tgctgctgtt tcctctggag 3480 tagcacaggg gagtttggtt aagtccaacc gccgcactga gtcgtaggga atgcttttga 3540 ggatgtattt acgtgtctct ccagaaaaat cgaagttgat gacttgttct ggtgaggtaa 3600 ttttaaagga tttgggtact gataaaccaa gcgatcgcgc tttttgtgtc aacgcaaatt 3660 tatcatccaa catttgggta atatctgcgt caaagtgaaa cacttcgcaa taatgggata 3720 actctggttt ggctaatgag tcgtagtagc tacccactgg actggtgacg ggaatataaa 3780 catcgatgtt ttcttgtttg acgatatcta ccaaagcctg aatgtaagct tggggattgt 3840 cctggggtgc ggggactgtg taaaacttat ccactgcttg ggaaaaacga tgaccagtca 3900 accagtattt atgggtttcc accaagacaa ctctatgtcc agccgcgtgg aatgaccttg 3960 ctagttgtaa agctttggtc atcttaccgc cactgataag aatggtttgg gggtttgctg 4020 ctttgacctt ttgcggtcgg aagactaaca aggatataaa aacaatggtg gcattaatgg 4080 gcaatgctag taataacaaa gccaaagtgc agatattttg gataattgcg gctattttcg 4140 tctgggaagg aagagacggt gtagcaggtg cggaagaaag gggaagggat tgtgccatag 4200 tcgattggac aattaaggtt gtattctgcg gataattgtt aaaccatctc gcaacggcaa 4260 caaaacctgt tctacacggg ggtctatagc tactgtatga ttaaattgcg cgatcgcttc 4320 accattgacg ctacgttcct ctgctggtag ataaacttcc ccttgtaata aggtgttatc 4380 tacacaaata aagccatctg gtgctaacaa actgctacct agcaacttgt gaaaataggc 4440 tacatactct tttttatctg cgtcgataaa taccaagtca aaagactccc cagcttctgc 4500 taacttatca agagttgcta aggctgcatc caattccaca cgaatctttc caccgtgggg 4560 agattgttga aaggctttct gtccaatttc cgccgcgtaa gggtcaactt cacaagccac 4620 aagcagtcca tcctctggta atgcttccgc catcgccagc gccgaataac cggtaaacat 4680 cccaatttct aagacttttt tagctttggt catgtgaaca aacatcttta aggtttgtcc 4740 ttcgatatga ccagaaagca 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ggaacatggg tagacgaggc gcaagttcca aggtgggact 5640 ccaagtgtga ccgtaagcaa tcaccctatc taggtctaac tcatgcaggt tgggaacttc 5700 caattccaac atcttatgga tagctttgta agtcaaacga tgggctattt ctttaatctc 5760 tggagttgca tctatattgc caaaatgagt acgtagtaat tcttcgccgt acttctccaa 5820 caattcaaaa acttcttgat gcgctactac agcgattttt accaattccg ccatcccgtt 5880 acgtacttgg tctgtaggga gagtacgcaa caaggagaaa tctaaaaata ctttgcgaga 5940 agcatgataa gcacccaaac ggtttttcag tttgcgatga ttaactgcta ccttaattgc 6000 tacactggca tcaattaatc caatcaatgt agtaggaatg cggatgtaat tgctgctgcg 6060 acgatatgta gaacaagcaa agccgacaac atctgtaatt aaaccgccac ccacgactaa 6120 tactggttct ttgcggacta atttgaaatc tgcaaagaca tctataactc tctcgaaagt 6180 ttgaatagtc ttatctggtt cagtaatggt aataggaaat agcctcagtt ctataccata 6240 atactggaaa tatgcctgaa tttgattacc atacaaccga ctgacgttag catctacaat 6300 cgccaagcat cgtccaaaac cttgatatac atctgctagt gcagaattct ggatttcaaa 6360 aataccatct acatacacca aatcatactc aatcttttcg taaccttcta catgaaaaga 6420 tgtttcctta gcttcaaact 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aattggtaca gtttttaaat tactgtgctt ttgacactgc caaaaagtga 1680 catcaatagc tgcttctgta gggccgtaca ggttatataa ttcgcagtcc aaacgctcaa 1740 aaaatctatt ttgtaaatct acaggtaaag cttcaccact acaaattact ctttgaagag 1800 aagtacattt ttctatacca cgactagcta aaaacatttg cagcatggag gggacaaaat 1860 gcacagtagt gatttgctct tgaataatca gattaattaa ataattacta tctctatgtc 1920 cacccggttg agcaattact aggcgcgcgc ctgttaataa agtccaaaag aattcccaga 1980 cagagacatc aaagctaaaa ggtgtttttt gtaaaatgct atctgtagaa tttatttgat 2040 aagtttcttg catccacagc aagcgattac atataccttt gtgggtgttc attgcaccct 2100 tgggtttacc agtagaacca gaagtgtaga tgacataagc aagattatct gcttttactt 2160 cactttgggg attagtcttt ggttgtgtag aaattttgtt ccattctgta tctacacaaa 2220 tagtatgtgc ttgatggtgg ggaatttgat ttagtaattt ttcttgggtt agtaatacct 2280 gaatttggga atcttctagc atataagcta tgcgttcttg gggatattct gggtcaatgg 2340 gtacataagc accaccagct ttgagaattc ccaataaaca cacaaccatt tctaaggaac 2400 gttctagaca aacaccaact aatgtttctt gttgaactcc tagtgtgtgt aaatgatgtg 2460 ctagttgatt ggctctatta tttaattctt gataggttat ttgttgctgt tcaaacttta 2520 cagctatggc gttgggggtg cgttctactt gcgttgtaaa taactcatgt aaaccttgag 2580 aaaggtcgta atctctgtgt gtagcgtcgg gatttatttg tgtggtttgc atttttaaat 2640 cagggaaaaa tgtcggttaa tggctttgtg gaatgggggt gatttactca cccagagatg 2700 caaagacgca aaaaaaccta atcttttctt ctttgcgcct ttgcgccttt gcgtgagata 2760 aaaaaaatcc ttaatctccc ccgaattcga ctaatttacc gatgttgaaa tctatccgcg 2820 tccagccttt gagttgacgg agattattta acaacaacag aggaatttgc cagtgatgta 2880 ccatcaaaaa tggtagggga tcatgtagct gtaaaattgc atctgttccg cgccaaatgt 2940 ttttcagcca tgtcttcaac tgggtgaagg aacgaatacc agtcaagcgc caaatttcgt 3000 gataagtcca ataggttggt ttgctggttg ctaatggttg taaggtttcc gccattggtt 3060 gtttaccaat gtaagcttct gcaacttggg ggtggttgta gaaggtggta atagctgagt 3120 gtgtgcgggg gttacactcg atcgcgtata cttgtccgtc ttcagtttgg atgaagtcga 3180 aggatatctg tcctgtgagt ttgagttctt tgacaaagtg tctcacccat tccaagattt 3240 gcgggttttc tatgttctca tagttgactt ggaaggctga tgattcgcaa caacagtgta 3300 gtcgaatttc tccgtcccta actgtgctgt gggtgcagaa ttcttttcct gggatgaatt 3360 cttgcataat ccacggtttt tcgggactga tgggtagttt tctgacgaag gctgctgttt 3420 cctctggggt ggcgcagggg agtttggtta agtccaaacg ccgcactgag tcgtaagcaa 3480 tgcttttgag gatgtatttg cgagtctcac gggaaaagtc gaagttgatg acttgttcgc 3540 cagaggtgat tttaaaggat ttgggtactg ataaaccaag cgatcgcgct ttctctgcca 3600 ttgcaaattt atcatccaac atttgggtga tctctgcatc aaaatgaaac acttcgcaat 3660 ggtgagataa ctctggtttg gctaaggagt cgtaataact cccgacagga ctggtaacgg 3720 gaatgtatac atcaatgttt tcccgtttga ctatatctac taaagctttg atatagtctt 3780 ctggtttttt ttgcggtgcg ggagttgtgt aaaatttatc gaccgcttgg gaaaatcgat 3840 gtcccgttaa ccaatattta tgtgtttcca gcaataccac ccgatgtcca tctgcgtgga 3900 atgaccttgc tagttgcaaa gctttggtca tttttccgcc actgatcagg atatttttgg 3960 ggttgctggt ttttgtagtt tggggacgga agatagtacc caaaaccaaa gctatgcaaa 4020 caataatggc gttgatgggc aatgctaata gtagcaaagc caaagtcaga atattttgga 4080 taattgcggc tatttttgtc tctaaaccta gagacggtgt agcaggtgag gagtcaaagg 4140 aaatagattg 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catgatttaa aggtgtagcc acataaatta gaaaattgct gattgctcaa 5040 agcctgaaag caactgaatt aagactcagc actcatcact ttcctacagc actccctaca 5100 agttccttct gactgctgag aggatacata tctacaccct caccaccacg aggatattga 5160 ctacaaagtt ccttatgttc agctaaagct gcggctgatt cggcttttgt caggtcattg 5220 acgaagaaac attctccaat aggtcttggc atagcagctc tgagtaaacc atctctagtt 5280 agggtgatag actcagtagc acgccataat aactcctcat ccaacagagg atggtcgagg 5340 gctagaccta tacgactcat caatcctaaa atgcgatcgc gctcttgagt agtaatgtag 5400 cctctccgtg ctgcaatagt cgcagacaaa gccatatcaa tattgactgc gtgaccgtgg 5460 aacataggta tatgtggcgc aagttccaag gtcggactcc aagtatgacc gtaagcaatt 5520 accctatcta ggtctaattc gtggaggttg ggtacttcca actccaacat ctttttaatc 5580 gctttgtagg tcacttcatg ggctacatct ttaatttctg gcatagcgtc aatattgcca 5640 aaatgcgtat gcagtaagtc ttccccgtac ttctccaaca actcaaatac ttctttgtga 5700 gcaactacgg cgattttgac taattccgcc ataccgttac gtacttggtc agttggtaga 5760 gtccgtaaaa aggagaaatc taagaaaact tgacgagaag catgatatgc acccaaacgg 5820 tttttcagct tcttgtggtt aactgcgacc ttgatggcaa cactagcatc aattaagcca 5880 attaatgtag taggaatacg gatataatta ctgctgcgac ggtatgcaga gcaagcaaaa 5940 ccgacaacat ctgtaatcaa gccaccacca actactaata ctggttcttt gcgaactaat 6000 ttgaaatctg caaagacatc taccactttc tcaaatgttt gaatggtctt gtttggctca 6060 gtaatagtaa tggggaaaag agtcaagtca atgccgtgat actggaaata tttttgaatt 6120 tgtgtactgt agaactgact cacattagca tctacaacag ccaagcaacg tccaaaattt 6180 ttgtagatat ctgctaattg gtgattttta atctcaaaaa ctccatctac ataaactaag 6240 tcgtactcaa ttttttcgta gccttcaatg tgaaaagctg ctgcttgcgc ttcaaacttt 6300 gcttggacga tgctcatatt ctttgacctt tagtgcagta aatgactgta tgtgttgact 6360 ggaatatttg actcaagcca aaattgaata attctagtcc tagaattaaa ccgattgatt 6420 ggcataccaa ataactctaa tttctcatca agaaatagag gtaatcgctg gcagaatttg 6480 aggtaatcaa aacttgattg taaaaagcag aacgttgatt atatataacg tacagctttt 6540 taaatatagt gaatgacttg tgagtcttgg ttgaactgta agactctgca aatacgagca 6600 aactacatta agtttctact gttttgcagt gatggtacta aatgaagtcc atcatgattg 6660 atctgattgt agacagatat agtatgccag aagttagtag aaatttgctc aaaaatctta 6720 agattttctt cacgatttta aagataacat tatttgcgaa atatttgtac ataattatga 6780 gatttttcta agaaatctca taactataag ctgcaactta gtttatataa gcatcataat 6840 ttttgatctg aactgcaaac caaagaaatt agaggagagt ttgatattaa tttttatcat 6900 aagtatcagc actactaaaa accatgaatt ttaatcaaca cacagcaaat gtttccccta 6960 attctgaatc aagaacagga gtatggaagg aaaatttaca gcagattgtt gttaattaga 7020 aatacaaaaa tggagtgcta aagataaagc acatctactt ttatgagcgc agcagaaatg 7080 tcattggcat tggctaaaac ttaaggcttc taccaatact tgtaacaaaa cttaactaat 7140 ttgctctcat ttttaagtta gtgacactaa tgaaagtcct aagcaatagc ggactttttg 7200 cagttgggca 7210 <210> 3 <211> 888 <212> PRT <213> Anabaena variabilis <400> 3 Met Gln Thr Ile Asp Phe Asn Ile Arg Lys Leu Leu Val Glu Trp Asn 1 5 10 15 Ala Thr His Arg Asp Tyr Asp Leu Ser Gln Ser Leu His Glu Leu Ile 20 25 30 Val Ala Gln Val Glu Arg Thr Pro Glu Ala Ile Ala Val Thr Phe Asp 35 40 45 Lys Gln Gln Leu Thr Tyr Gln Glu Leu Asn His Lys Ala Asn Gln Leu 50 55 60 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ctccccacgg tggaaagatt cgtgtggaat tggatgcagc cttagcaact 540 cttgataagt tagcagaagc tggggagtct tttgacttgg tatttatcga cgcagataaa 600 aaagagtatg tagcctattt tcacaagttg ctaggtagca gtttgttagc accagatggc 660 tttatttgtg tagataacac cttattacaa ggggaagttt atctaccagc agaggaacgt 720 agcgtcaatg gtgaagcgat cgcgcaattt aatcatacag tagctataga cccccgtgta 780 gaacaggttt tgttgccgtt gcgagatggt ttaacaatta tccgcagaat acaaccttaa 840 <210> 10 <211> 14 <212> DNA <213> Anabaena variabili <400> 10 ttgtccaatc gact 14 <210> 11 <211> 1377 <212> DNA <213> Anabaena variabilis <400> 11 atggcacaat cccttcccct ttcttccgca cctgctacac cgtctcttcc ttcccagacg 60 aaaatagccg caattatcca aaatatctgc actttggctt tgttattact agcattgccc 120 attaatgcca ccattgtttt tatatccttg ttagtcttcc gaccgcaaaa ggtcaaagca 180 gcaaaccccc aaaccattct tatcagtggc ggtaagatga ccaaagcttt acaactagca 240 aggtcattcc acgcggctgg acatagagtt gtcttggtgg aaacccataa atactggttg 300 actggtcatc gtttttccca agcagtggat aagttttaca cagtccccgc accccaggac 360 aatccccaag cttacattca ggctttggta gatatcgtca aacaagaaaa catcgatgtt 420 tatattcccg tcaccagtcc agtgggtagc tactacgact cattagccaa accagagtta 480 tcccattatt gcgaagtgtt tcactttgac gcagatatta cccaaatgtt ggatgataaa 540 tttgcgttga cacaaaaagc gcgatcgctt ggtttatcag tacccaaatc ctttaaaatt 600 acctcaccag aacaagtcat caacttcgat ttttctggag agacacgtaa atacatcctc 660 aaaagcattc cctacgactc agtgcggcgg ttggacttaa ccaaactccc ctgtgctact 720 ccagaggaaa cagcagcatt cgtcagaagt ttgccaatta ctcccgaaaa accgtggatt 780 atgcaggaat ttatccccgg taaggaattc tgcacccata gcaccgttcg gaatggggaa 840 ctcagactgc attgctgttg cgaatcttca gccttccaag ttaattatga gaatgtaaat 900 aacccgcaaa ttaccgaatg ggtacagcat tttgtcaagg aactgaaact gacaggacag 960 atttcctttg actttatcca agccgaagac ggaacagttt acgccatcga gtgtaacccc 1020 cgcacacatt cagcaattac cacattttac gaccaccccc aggtagcaga agcgtacttg 1080 agtcaagcac cgacgactga aaccatacaa ccactaacga caagcaagcc tacctattgg 1140 acttatcacg aagtttggcg tttaactggt atccgttctt tcacccagtt gcaaagatgg 1200 ctggggaata tttggcgcgg gactgatgcg 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agatagggaa tgggagaaaa tttccacaca agctaatacc 480 aatcccaaaa gtaatataaa aacggataat cttgcttatg taatttacac ctctggttcc 540 actggtaaac caaaaggtgc aatgaacacc cacaaaggta tctgtaatcg cttattgtgg 600 atgcaggaag cttatcaaat cgattccaca gatagcattt tacaaaaaac cccctttagt 660 tttgatgttt ccgtttggga gttcttttgg actttattaa ctggcgcacg tttggtaata 720 gccaaaccag gcggacataa agatagtgct tacctcatcg atttaattac tcaagaacaa 780 atcactacgt tgcattttgt cccctcaatg ctgcaagtgt ttttacaaaa tcgccatgta 840 agcaaatgca gctctctaaa aagagttatt tgtagcggtg aagctttatc tatagattta 900 caaaatagat ttttccagca tttgcaatgt gaattacata acctctatgg cccgacagaa 960 gcagcaattg atgtcacatt ttggcaatgt agaaaagata gtaatttaaa gagtgtacct 1020 attggtcgtc ccattgctaa tactcaaatt tatattcttg atgccgattt acaaccagta 1080 aatattggtg tcactggtga aatttatatt ggtggtgtag gggttgctcg tggttatttg 1140 aataaagaag aattgaccaa agaaaaattt attattaatc cctttcccaa ttctgagttt 1200 aagcgacttt ataaaacagg tgatttagct cgttatttac ccgatggaaa tattgaatat 1260 cttggtagaa cagattatca agtaaaaatt 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attgcttgtg 11040 ggttagcacc acgagtgccg agagtttata tagattaa 11078 <210> 16 <211> 31 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> synthetic primer <400> 16 gagatcccat atgagtatcg tccaagcaaa g 31 <210> 17 <211> 37 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> synthetic primer <400> 17 gtacctcgag tcatgaatta ttttccagac aatcttg 37 <210> 18 <211> 982 <212> DNA <213> Streptomyces glaucescens <400> 18 ggtccccacc ccgcgggccg ccgcccgggc ggcgtcgacg aactccaggg cgcgcggctg 60 ctgccgttcc ccgccaactg acccgccccg cgctctcttg gagcactcgc acatgaccgt 120 ccggaagaac caggccaccc tgaccgccga cgagaagcgg cgcttcgtcg ccgccgtcct 180 ggaactcaag cgcagcggcc gctacgacga gttcgtcacc acccacaacg ccttcatcat 240 cggcgacacc gacgcgggtg agcgcaccgg ccaccgctcg ccctcgttcc tgccctggca 300 ccgcagatac ctgctggagt tcgagcgggc cctgcagagc gtggacgcct cggtcgccct 360 cccctactgg gactggtccg ccgaccgcac cgcacgggcc tcgctgtggg cgcccgactt 420 cctcggcggc accgggcgca gcctggacgg ccgggtcatg gacggaccgt tcgccgcctc 480 ggccggcaac tggccgatca acgtgcgcgt 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Claims

관심있는 화합물을 발현하도록 형질전환된 비병원성 박테리아의 집단(population)을 포함하고, 피험체에 국소 적용을 위해 제제화된 조성물.
제1항에 있어서, 비병원성 박테리아의 집단은 관심있는 화합물을 발현하는 생(live) 박테리아의 집단인 조성물.
제2항에 있어서, 비병원성 박테리아의 집단은 약독화 전 또는 후 또는 사멸 전에 관심있는 화합물을 발현하는 약독화 박테리아 또는 사멸 박테리아인 조성물.
제3항에 있어서, 비병원성 박테리아의 집단은 형질전환된, 비병원성 박테리아의 단편을 포함하는 것인 조성물.
제1항에 있어서, 형질전환된 박테리아는 ㎠ 당 약 10² 이상의 박테리아를 제공하도록 조성물로 제제화되는 것인 조성물.
제1항에 있어서, 화합물은 자외선 광을 흡수 또는 반사할 수 있는 것인 조성물.
제6항에 있어서, 화합물은 자외선 A(320-400 nm), 자외선 B(315-280 nm), 또는 둘 모두를 흡수 또는 반사할 수 있는 것인 조성물.
제6항에 있어서, 형질전환된 박테리아에 의해 발현되는 관심있는 화합물은 마이코스포린 아미노산 유사 분자(MAA; 글리코실화되거나 또는 올리고당에 공유 결합됨, 올리고당 연결된 MAA, 세포내 또는 세포외), 가두솔(gadusol), 데옥시가두솔, 4-데옥시가두솔(S2), 시노린(shinorine), 포피라(porphyra)-334, 팔리틴(palythine), 팔리텐(palythene), 아스테리나(asterina)-330, 팔리티놀(palythinol), 마이코스포린-글리신, 마이코스포린 세리놀, 마이코스포린-타우린, 마이코스포린-글리신-발린, 마이코스포린-2-글리신, 마이코스포린-글리신-글루탐산, 마이코스포린-글루탐산-글리신, 마이코스포린-메틸아민-세린, 마이코스포린-메틸아민-트레오닌, 우수지렌(usujirene), 데히드록실우수지렌, 플레이텐산(playthenic acid)-337, 플레이텐산-335, 팔리틴-세린, 팔리틴-트레오닌, 팔리틴-트레오닌-설페이트, 플레이틴(playthine)-세린-설페이트, 유할로테스(euhalothece), 마이코스포린-알라닌(2-(e)-2,3-디히드록시프로-1-에닐리미노-마이코스포린-알라닌), 및 스시토네민(scytonemin)으로 이루어진 군에서 선택되는 것인 조성물.
제1항에 있어서, 관심있는 화합물은 건선을 치료하기 위한 것인 조성물.
제9항에 있어서, 화합물은 레티노이드, 비타민 A, 비타민 A의 유도체, 베타-카로텐, 비타민 D, 비타민 D의 유도체, 항염증성 사이토킨으로 이루어진 군에서 선택되는 것인 조성물.
제1항에 있어서, 관심있는 화합물은 항산화제인 조성물.
제11항에 있어서, 화합물은 레스베라트롤, 비타민 E, 비타민 C, -에피갈로카테킨-3-갈레이트, 및 레티닐 팔미테이트(레티노이드), 루테인, 타마린드, 플라보노이드, 피크노제놀, 리코펜으로 이루어진 군에서 선택되는 것인 조성물.
제1항에 있어서, 관심있는 화합물은 미용(cosmetic) 효과를 제공하는 것인 조성물.
제13항에 있어서, 화합물은 코엔자임 Q10, 티로시나아제, 콜라겐, 라미닌, 세라미드, 리놀레산, 트레티노인, 타자로텐 및 콜라겐으로 이루어진 군에서 선택되는 것인 조성물.
제13항 또는 제14항에 있어서, 미용 효과는 항노화인 조성물.
제13항에 있어서, 미용 효과는 보습인 조성물.
제1항에 있어서, 관심있는 화합물은 습진을 치료하는 것인 조성물.
제17항에 있어서, 화합물은 코르티손, 타크롤리무스 및 시클로스포린으로 이루어진 군에서 선택되는 것인 조성물.
제1항에 있어서, 관심있는 화합물은 체취(body odor)를 예방하거나 또는 억제하는 것인 조성물.
제1항 내지 제19항 중 어느 한 항에 있어서, 형질전환된 박테리아의 집단은 얼굴에 국소 적용을 위해 제제화되는 것인 조성물.
제1항 내지 제20항 중 어느 한 항에 있어서, 형질전환된 박테리아의 집단은 인간 피부 상에 거주하는 비병원성 박테리아의 집단으로부터 생성되는 것인 조성물.
제1항 내지 제21항 중 어느 한 항에 있어서, 형질전환된 박테리아의 집단은 아시네토박터(Acinetobacter), 악티노마이세탈레스(Actinomycetales), 언에어로코커스(Anaerococcus), 바실라레스(Bacillales), 비피도박테리움(Bifidobacterium), 엔히드로박터(Enhydrobacter), 엔테로코커스(Enterococcus), 피네골디아(Finegoldia), 카르노박테리움(Carnobacterium), 코리네박테리움(Coryneobacterium), 락토바실러스(Lactobacillus), 락토코커스(Lactococcus), 류코노스톡(Leunconostoc), 마크로코커스(Macrooccus), 마이크로코시네애(Micrococcineae), 오에노코커스(Oenococcus), 페디오코커스(Pediococcus), 펩토니필루스(Peptoniphilus), 프로피오니박테리움(Propionibacterium), 살리니코커스(Salinicoccus), 스핑고모나스(Sphingomonas), 스트렙토코커스(Strepococcus), 테트라게노커스(Tetragenoccus), 및 웨이셀라(Weissella)로 이루어진 군 내의 박테리아로부터 선택되는 비병원성 박테리아 구성원(member)으로부터 생성되는 것인 조성물.
제22항에 있어서, 형질전환된 박테리아는 프로피오니박테리움 액크네스(Propionibacterium acnes), 코리네박테리움의 병원성 균주, 에스. 아우레우스(S. aureus), 또는 에스. 에피데르미디스(S. epidermidis)가 아닌 것인 조성물.
제1항 내지 제23항 중 어느 한 항에 있어서, 형질전환된 박테리아의 집단은 락토바실러스 카세이(Lactobacillus casei), 락토바실러스 레우테리(Lactobacillus reuteri), 락토바실러스 액시도필루스(Lactobacillus acidophilus), 락토바실러스 젠세니이(Lactobacillus jensenii), 비피도박테리움 롱굼(Bifidobacterium lognum), 비피도박테리움 레우테리(Bifidobacterium reuteri), 비피도박테리움 락티스(Bifidobacterium lactis), 비피도박테리움 브레베(Bifidobacterium breve), 비피도박테리움 애니말리스(Bifidobacterium animalis), 프로피오니박테리움 액시디프로피오니시(Propionibacterium acidipropionici), 프로피오니박테리움 프레우덴레이키이(Propionibacterium freudenreichii), 프로피오니박테리움 토에니이(Propionibacterium thoenii), 및 프로피오니박테리움 젠세니이(Propionibacterium jensenii)로 이루어진 군 내의 박테리아로부터 선택되는 박테리아로부터 생성되는 것인 조성물.
제1항 내지 제24항 중 어느 한 항에 있어서, 형질전환된 비병원성 박테리아 구성원의 집단은 감마-프로테오박테리아(proteobacteria), 알파-프로테오박테리아, 및 박테리오데테스(bacteriodetes)로 이루어진 군에서 선택되는 문(phylum) 내의 박테리아로부터 생성되는 것인 조성물.
제22항 내지 제24항 중 어느 한 항에 있어서, 형질전환된 박테리아의 집단은 비병원성 피부 박테리아의 집단으로부터 생성되는 것인 조성물.
제1항 내지 제26항 중 어느 한 항에 있어서, 형질전환된 박테리아의 집단은 크림, 로션, 에멀젼, 연고, 또는 액체로서 국소 적용을 위한 조성물로 제제화되는 것인 조성물.
제27항에 있어서, 형질전환된 박테리아의 집단은 ㎠ 당 약 10² 이상의 박테리아를 제공하도록 조성물로 제제화되는 것인 조성물.
제1항 내지 제28항 중 어느 한 항에 따른 조성물을 국소 투여하는 단계를 포함하는 치료 방법.
치료 또는 미용 목적을 위해 피부에 화합물을 전달하는 방법으로서,
관심있는 화합물을 발현하도록 형질전환된 비병원성 박테리아의 집단을 포함하는 조성물을 피부에 적용하는 단계를 포함하고, 박테리아의 집단은 피부 미생물체(skin microbiome)의 박테리아 균주를 포함하는 것인 전달 방법.
제30항에 있어서, 비병원성 박테리아의 집단은 관심있는 화합물을 발현하는 생 박테리아인 전달 방법.
제30항에 있어서, 비병원성 박테리아의 집단은 약독화 전 또는 후 또는 사멸 전에 관심있는 화합물을 발현하는 약독화 박테리아 또는 사멸 박테리아인 전달 방법.
제32항에 있어서, 비병원성 박테리아의 집단은 형질전환된, 비병원성 박테리아의 단편을 포함하는 것인 전달 방법.
피부 미생물체 유래의 비병원성 박테리아의 집단을 포함하는 조성물로서, 박테리아의 집단의 적어도 일부가 관심있는 화합물을 발현하도록 형질전환되고, 조성물은 피험체에 국소 적용을 위해 제제화된 것인 조성물.
제34항에 있어서, 비병원성 박테리아의 집단은 관심있는 화합물을 발현하는 생 박테리아의 집단인 조성물.
제34항에 있어서, 비병원성 박테리아의 집단은 약독화 전 또는 후 또는 사멸 전에 관심있는 화합물을 발현하는 약독화 박테리아 또는 사멸 박테리아인 조성물.
제36항에 있어서, 비병원성 박테리아의 집단은 형질전환된, 비병원성 박테리아의 단편을 포함하는 것인 조성물.