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JP2023139036A - オリゴヌクレオチド組成物及びその使用方法 - Google Patents

オリゴヌクレオチド組成物及びその使用方法 Download PDF

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Abstract

【課題】オリゴヌクレオチド組成物及びその使用方法に関する。【解決手段】とりわけ、本開示は、設計されたオリゴヌクレオチド、その組成物及び使用方法を提供する。一部の実施形態において、本開示は、転写物のレベルを低減するのに有用な技術を提供する。一部の実施形態において、本開示は、転写物スプライシングを調節するのに有用な技術を提供する。一部の実施形態において、提供される技術は、ジストロフィン(DMD)転写物のスプライシングを変化させることができる。一部の実施形態において、本開示は、デュシェンヌ型筋ジストロフィー、ベッカーの筋ジストロフィー等の疾患を治療する方法を提供する。【選択図】図1

Description

関連出願の相互参照
本願は、2018年4月12日に出願された米国仮特許出願第62/656,949号、2018年5月11日に出願された同第62/670,709号、2018年8月7日に出願された同第62/715,684号、2018年8月27日に出願された同第62/723,375号及び2018年12月6日に出願された同第62/776,432号に対する優先権を主張するものであり、これらの各々の全体は、参照により本明細書に援用される。
背景
オリゴヌクレオチドは、治療、診断、研究及びナノマテリアル適用において有用である。天然に存在する核酸(例えば、非修飾DNA又はRNA)を治療薬に使用するには、例えば、細胞外及び細胞内ヌクレアーゼに対するその不安定性及び/又はその細胞透過及び分布の不足に起因して限界があり得る。新規の改良されたオリゴヌクレオチド及びオリゴヌクレオチド組成物、例えば筋ジストロフィーの治療のためジストロフィンのエクソンスキッピングを調節する能力を有する新規オリゴヌクレオチド及びオリゴヌクレオチド組成物などが必要とされている。
概要
とりわけ、本開示は、塩基配列、化学修飾(例えば、糖、塩基及び/又はインターヌクレオチド結合の修飾及びそのパターン)、及び/又は立体化学(例えば、骨格キラル中心(キラルインターヌクレオチド結合)の立体化学、及び/又はそのパターン)などのオリゴヌクレオチドの構造要素が、例えば、タンパク質結合特性、安定性、スプライシングを変化させる能力等によって媒介され得るとおりのオリゴヌクレオチド特性、例えば活性、毒性に大きい影響を与え得るという認識を包含する。一部の実施形態において、本開示は、制御された構造要素、例えば制御された化学修飾及び/又は制御された骨格立体化学パターンを有するオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物が、限定はされないが、ある種の活性、毒性等を含め、予想外の特性をもたらすことを実証する。一部の実施形態において、本開示は、化学修飾(例えば、糖、塩基、インターヌクレオチド結合等の修飾)、キラル構造(例えば、キラルインターヌクレオチド結合の立体化学及びそのパターン等)及び/又はこれらの組み合わせにより、オリゴヌクレオチド特性、例えば活性、毒性等を調節し得ることを実証する。
一部の実施形態において、本開示は、オリゴヌクレオチド又はオリゴヌクレオチド組成物を提供する。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド又はオリゴヌクレオチド組成物は、DMDオリゴヌクレオチド又はDMDオリゴヌクレオチド組成物である。一部の実施形態において、DMDオリゴヌクレオチド又はDMDオリゴヌクレオチド組成物は、標的遺伝子ジストロフィン(DMD)の1つ以上のエクソンのスキッピングを調節する能力を有するオリゴヌクレオチド又はオリゴヌクレオチド組成物である。一部の実施形態において、DMDオリゴヌクレオチド又はDMDオリゴヌクレオチド組成物は、筋ジストロフィーの治療に有用である。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド又はオリゴヌクレオチド組成物は、非負電荷インターヌクレオチド結合を含むオリゴヌクレオチド又はオリゴヌクレオチド組成物である。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合を含むオリゴヌクレオチド又はオリゴヌクレオチド組成物は、限定はされないが、RNアーゼH依存性機構、立体障害、RNA干渉、1つ以上のエクソンのスキッピングの調節等を含めた任意の機構による、限定はされないが、遺伝子標的又はその遺伝子産物の発現、レベル及び/又は活性を増加又は低下させる能力を含めた、遺伝子標的又はその遺伝子産物の発現、レベル及び/又は活性を調節する能力を有する。一部の実施形態において、本開示は、本明細書に記載される任意の他の構造又は化学的部分と組み合わせた、非負電荷インターヌクレオチド結合を含むオリゴヌクレオチド又はオリゴヌクレオチド組成物に関する。一部の実施形態において、本開示は、非負電荷インターヌクレオチド結合を含むDMDオリゴヌクレオチド又はDMDオリゴヌクレオチド組成物に関する。
一部の実施形態において、本開示は、転写物及び/又はそれによってコードされるタンパク質のレベルを低減するためのオリゴヌクレオチド又はオリゴヌクレオチド組成物に関する技術を提供する。一部の実施形態において、本明細書に記載される例示的データによって実証されるとおり、提供される技術は、mRNA及び/又はそれによってコードされるタンパク質のレベルを低減するのに特に有用である。
一部の実施形態において、本開示は、転写物の遺伝子発現、レベル及び/又はスプライシングを変化させるための技術、例えばオリゴヌクレオチド、組成物及び方法等を提供する。一部の実施形態において、転写物は、ジストロフィン(DMD)である。プレmRNAなど、転写物のスプライシングは、多くの高等真核生物において転写物がその生物学的機能を果たすのに不可欠なステップである。一部の実施形態において、本開示は、特に本開示に記載される塩基配列、及び/又は化学修飾、及び/又は立体化学パターン(及び/又はそのパターン)を有するオリゴヌクレオチドを含む組成物によってスプライシングを標的化すると、疾患関連突然変異及び/又は異常スプライシングが有効に修正され、及び/又は有益なスプライシングが導入及び/又は亢進され、それが、修復され得るか、回復し得るか、又は新規の望ましい生物学的機能、例えば1つ以上のジストロフィン機能を追加し得る望ましい産物、例えばmRNA、タンパク質等につながり得ることを認識する。
一部の実施形態において、本開示は、DMD転写物のスプライシングを変化させるための組成物及び方法を提供し、ここで、変化したスプライシングは、疾患関連突然変異を含む1つ又は複数のエクソンを欠失させるか又は補償する。
例えば、一部の実施形態において、ジストロフィン遺伝子は、疾患、例えば筋ジストロフィー(限定はされないが、デュシェンヌ型(デュシェンヌの)筋ジストロフィー(DMD)及びベッカー型(ベッカーの)筋ジストロフィー(BMD)を含む)に関連する1つ以上の突然変異を含むエクソンを含み得る。一部の実施形態において、疾患関連エクソンは、エクソンに突然変異(例えば、ミスセンス突然変異、フレームシフト突然変異、ナンセンス突然変異、未成熟終止コドン等)を含む。一部の実施形態において、本開示は、より短い(例えば、内部でトランケートされている)ながらも、部分的に機能性のジストロフィンが産生され得るようにリーディングフレームを維持するか又は回復させつつ、1つ若しくは複数の疾患関連ジストロフィンエクソン及び/又は1つ若しくは複数の異なる若しくは隣接するエクソンを有効にスキッピングするための組成物及び方法を提供する。当業者は、提供される技術(オリゴヌクレオチド、組成物、方法等)が、本開示に従って、疾患及び/又は病態の治療のため、他のエクソン、例えば国際公開第2017/062862号に記載され、且つ参照により本明細書に援用されるもののスキッピングに利用され得ることを理解する。
とりわけ、本開示は、オリゴヌクレオチド組成物による転写物スプライシングの調節に化学修飾及び/又は立体化学を用い得ることを実証する。一部の実施形態において、本開示は、オリゴヌクレオチドの特性、例えば転写物のスプライシングを変化させるその能力を改良するための化学修飾及び立体化学の組み合わせを提供する。一部の実施形態において、本開示は、参照条件と比較したとき(例えば、その組成物が存在しないこと、参照組成物(例えば、同じ化学構成を有するオリゴヌクレオチドのステレオランダムな組成物(当業者が理解するとおり、特に指示されない限り、化学構成とは、概して、分子実体中の原子のアイデンティティ及び結合の方法(及び対応する結合多重度)の記述であって、但し、その空間配置から生じる任意の差異を省いた記述を指す)、異なるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物等)が存在すること、これらの組み合わせ等)と比較したとき、1つ以上の望ましい生物学的効果、例えば望ましいタンパク質の産生増加、フレームシフト突然変異及び/又は未成熟終止コドンを有するmRNAの産生による遺伝子のノックダウン、フレームシフト突然変異及び/又は未成熟終止コドンを有するmRNAを発現する遺伝子のノックダウン等を実現することのできるスプライシングの変化をもたらすキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。一部の実施形態において、参照条件と比較すると、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、驚くほど有効である。一部の実施形態において、望ましい生物学的効果は、(例えば、望ましいmRNA、タンパク質等のレベルの増加、望ましくないmRNA、タンパク質等のレベルの低下によって測定したとき)、5、10、15、20、25、30、40、50又は100倍超亢進させることができる。
本開示は、低毒性のオリゴヌクレオチド組成物及びその使用方法を提供することが課題であることを認識する。一部の実施形態において、本開示は、毒性が減少したオリゴヌクレオチド組成物及び方法を提供する。一部の実施形態において、本開示は、免疫応答が減少したオリゴヌクレオチド組成物及び方法を提供する。一部の実施形態において、本開示は、オリゴヌクレオチドによって引き起こされる様々な毒性がサイトカイン及び/又は補体活性化に関係することを認識する。一部の実施形態において、本開示は、サイトカイン及び/又は補体活性化が減少したオリゴヌクレオチド組成物及び方法を提供する。一部の実施形態において、本開示は、代替経路による補体活性化が減少したオリゴヌクレオチド組成物及び方法を提供する。一部の実施形態において、本開示は、古典経路による補体活性化が減少したオリゴヌクレオチド組成物及び方法を提供する。一部の実施形態において、本開示は、薬物誘発性血管外傷が減少したオリゴヌクレオチド組成物及び方法を提供する。一部の実施形態において、本開示は、注射部位炎症が減少したオリゴヌクレオチド組成物及び方法を提供する。一部の実施形態において、毒性の減少は、当業者に広く知られ、実践されている1つ以上のアッセイ、例えば完全活性化産物、タンパク質結合等のレベルの判定を通じて判定することができる。
一部の実施形態において、本開示は、hTLR9活性の拮抗作用が亢進したオリゴヌクレオチドを提供する。一部の実施形態において、ある種の疾患、例えばDMDは、例えば、筋組織の炎症を伴う。一部の実施形態において、提供される技術(例えば、オリゴヌクレオチド、組成物、方法等)は、亢進した活性(例えば、エクソンスキッピング活性)及び炎症を伴う1つ以上の病態及び/又は疾患に有益となり得るhTLR9アンタゴニスト活性の両方を提供する。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチド及び/又はその組成物は、エクソンスキッピング能と、毒性及び/又は炎症レベルの低下との両方を提供する。一部の実施形態において、本開示は、1つ以上の非負電荷インターヌクレオチド結合を含むオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、本オリゴヌクレオチドは、非負電荷インターヌクレオチド結合を含まないか、又はより少ない数の非負電荷インターヌクレオチド結合を含み、且つ他の点で同一である別のオリゴヌクレオチドと比べてTLR9活性をアゴナイズする作用が低い。一部の実施形態において、本開示は、1つ以上の非負電荷インターヌクレオチド結合を含むオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、本オリゴヌクレオチドは、非負電荷インターヌクレオチド結合を含まないか、又はより少ない数の非負電荷インターヌクレオチド結合を含む、他の点で同一のオリゴヌクレオチドと比べてTLR9活性をアゴナイズする作用が低い。一部の実施形態において、本開示は、少なくとも1つの非負電荷インターヌクレオチド結合を含むオリゴヌクレオチドに関する。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチドのものは、n001、n002、n003、n004、n005、n006、n007、n008、n009若しくはn010又はn001、n002、n003、n004、n005、n006、n007、n008、n009若しくはn010のキラル制御された立体異性体から選択される。一部の実施形態において、本開示は、少なくとも2つの非負電荷インターヌクレオチド結合を含むオリゴヌクレオチドに関し、ここで、これらの結合は、互いに異なる。一部の実施形態において、本開示は、CpGモチーフを含むオリゴヌクレオチドに関し、ここで、CpG中又はCpGの(オリゴヌクレオチドの5’末端に向かって)直ちに上流若しくはCpGの(オリゴヌクレオチドの3’末端に向かって)直ちに下流にある少なくとも1つのインターヌクレオチド結合(例えば、CpG中のp)は、非負電荷インターヌクレオチド結合である。一部の実施形態において、TLR9は、ヒトTLR9である。一部の実施形態において、TLR9は、マウスTLR9である。
一部の実施形態において、本開示は、化学修飾を通じてオリゴヌクレオチド特性、例えば活性、毒性等を調節できることを実証する。一部の実施形態において、本開示は、共通の塩基配列を有する複数のオリゴヌクレオチドであって、1つ以上の修飾インターヌクレオチド結合(即ち「非天然インターヌクレオチド結合」、天然DNA及びRNAに見られる天然リン酸インターヌクレオチド結合(-OP(O)(OH)O-、これは、生理的pHで塩形態(-OP(O)(O)O-)として存在し得る)ではないが、その代わりに利用することができる結合)、1つ以上の修飾糖部分及び/又は1つ以上の天然リン酸結合を含む複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物を提供する。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、2つ以上のタイプの修飾インターヌクレオチド結合を含み得る。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、非負電荷インターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、中性インターヌクレオチド結合である。一部の実施形態において、中性インターヌクレオチド結合は、トリアゾール、アルキン又はグアニジン(例えば、環状グアニジン)部分を含む。かかる部分は、任意選択で置換されている。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、中性インターヌクレオチド結合と、中性骨格ではない別のインターヌクレオチド結合とを含む。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、中性インターヌクレオチド結合と、ホスホロチオエートインターヌクレオチド結合とを含む。一部の実施形態において、複数のオリゴヌクレオチドを含む提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、キラル制御されており、組成物中の複数のオリゴヌクレオチドのレベルは、制御されているか又は予め決められており、複数のオリゴヌクレオチドは、1つ以上のキラルインターヌクレオチド結合に共通の立体化学配置を共有する。例えば、一部の実施形態において、複数のオリゴヌクレオチドは、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、35、40、45、50個又はそれを超えるキラルインターヌクレオチド結合に共通の立体化学配置を共有し、その各々が独立にRp又はSpであり;一部の実施形態において、複数のオリゴヌクレオチドは、各キラルインターヌクレオチド結合に共通の立体化学配置を共有する。一部の実施形態において、組成物の制御されたレベルのオリゴヌクレオチドが共通の立体化学配置(独立にRp又はSp配置)を共有する場合のキラルインターヌクレオチド結合は、キラル制御されたインターヌクレオチド結合と称される。
一部の実施形態において、修飾インターヌクレオチド結合は、あるpH(例えば、ヒトの生理的pH(約7.4)、送達部位(例えば、細胞小器官、細胞、組織、器官、生物等)のpH等)でその大部分(例えば、少なくとも5%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%等;一部の実施形態では、少なくとも30%;一部の実施形態では、少なくとも40%;一部の実施形態では、少なくとも50%;一部の実施形態では、少なくとも60%;一部の実施形態では、少なくとも70%;一部の実施形態では、少なくとも80%;一部の実施形態では、少なくとも90%;一部の実施形態では、少なくとも99%等)が、それぞれ中性型又はカチオン型として(アニオン型(例えば、-O-P(O)(O)-O-(天然リン酸結合のアニオン型)、-O-P(O)(S)-O-(ホスホロチオエート結合のアニオン型)等)と比較したとき)存在する点で非負電荷(中性又はカチオン性)インターヌクレオチド結合である。一部の実施形態において、修飾インターヌクレオチド結合は、あるpHでその大部分が中性型として存在する点で中性インターヌクレオチド結合である。一部の実施形態において、修飾インターヌクレオチド結合は、あるpHでその大部分がカチオン型として存在する点でカチオン性インターヌクレオチド結合である。一部の実施形態において、pHは、ヒトの生理的pH(約7.4)である。一部の実施形態において、修飾インターヌクレオチド結合は、水溶液中pH7.4で少なくとも90%のインターヌクレオチド結合がその中性型として存在する点で中性インターヌクレオチド結合である。一部の実施形態において、修飾インターヌクレオチド結合は、オリゴヌクレオチドの水溶液中で少なくとも50%、60%、70%、80%、90%、95%又は99%のインターヌクレオチド結合がその中性型として存在する点で中性インターヌクレオチド結合である。一部の実施形態において、パーセンテージは、少なくとも90%である。一部の実施形態において、パーセンテージは、少なくとも95%である。一部の実施形態において、パーセンテージは、少なくとも99%である。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合、例えば中性インターヌクレオチド結合は、その中性型にあるとき、8、9、10、11、12、13又は14未満のpKaである部分を有しない。一部の実施形態において、本開示におけるインターヌクレオチド結合のpKaは、CH-そのインターヌクレオチド結合-CH(即ちそのインターヌクレオチド結合によって連結された2つのヌクレオシド単位を2つの-CH基に置き換える)のpKaによって表すことができる。いかなる特定の理論によっても拘束されることを望むものではないが、少なくとも一部の例では、オリゴヌクレオチド中の中性インターヌクレオチド結合は、中性インターヌクレオチド結合を含まない同等の核酸と比較して、特性及び/又は活性の改良、例えば送達の改良、エキソヌクレアーゼ及びエンドヌクレアーゼ耐性の改良、細胞取込みの改良、エンドソームエスケープの改良及び/又は核取込みの改良等をもたらすことができる。
一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、例えば、式I-n-1、式I-n-2、式I-n-3、式I-n-4、式II、式II-a-1、式II-a-2、式II-b-1、式II-b-2、式II-c-1、式II-c-2、式II-d-1、式II-d-2等の構造を有する。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、トリアゾール又はアルキン部分を含む。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、グアニジン部分を含む。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、環状グアニジン部分を含む。一部の実施形態において、環状グアニジン部分を含む修飾インターヌクレオチド結合は、

の構造を有する。一部の実施形態において、環状グアニジン部分を含む中性インターヌクレオチド結合は、キラル制御されている。一部の実施形態において、本開示は、少なくとも1つの中性インターヌクレオチド結合と少なくとも1つのホスホロチオエートインターヌクレオチド結合とを含むオリゴヌクレオチドを含む組成物に関する。
一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、n001、n002、n003、n004、n005、n006、n007又はn008である。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、キラル制御されており、例えばn001R、n002R、n003R、n004R、n005R、n006R、n007R、n008R、n009R、n001S、n002S、n003S、n004S、n005S、n006S、n007S、n008S、n009S等である。
一部の実施形態において、本開示は、少なくとも1つの中性インターヌクレオチド結合と少なくとも1つのホスホロチオエートインターヌクレオチド結合とを含むオリゴヌクレオチドを含む組成物に関し、ここで、ホスホロチオエートインターヌクレオチド結合は、Sp配置のキラル制御されたインターヌクレオチド結合である。
一部の実施形態において、本開示は、少なくとも1つの中性インターヌクレオチド結合と少なくとも1つのホスホロチオエートインターヌクレオチド結合とを含むオリゴヌクレオチドを含む組成物に関し、ここで、ホスホロチオエートインターヌクレオチド結合は、Rp配置のキラル制御されたインターヌクレオチド結合である。
一部の実施形態において、本開示は、任意選択で置換されているトリアゾリル基を含む中性インターヌクレオチド結合、任意選択で置換されているアルキニル基を含む中性インターヌクレオチド結合及び部分

を含む中性インターヌクレオチド結合から選択される少なくとも1つの中性インターヌクレオチド結合と、少なくとも1つのホスホロチオエートインターヌクレオチド結合とを含むオリゴヌクレオチドを含む組成物に関する。一部の実施形態において、本開示は、任意選択で置換されているトリアゾリル基を含む中性インターヌクレオチド結合、任意選択で置換されているアルキニル基を含む中性インターヌクレオチド結合及びTmg基

を含む中性インターヌクレオチド結合から選択される少なくとも1つの中性インターヌクレオチド結合と、少なくとも1つのホスホロチオエートインターヌクレオチド結合とを含むオリゴヌクレオチドを含む組成物に関する。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも1つの非負電荷インターヌクレオチド結合と少なくとも1つのホスホロチオエートインターヌクレオチド結合とを含む。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、n001である。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合及びホスホロチオエートインターヌクレオチド結合は、独立に、キラル制御されている。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合及びホスホロチオエートインターヌクレオチド結合の各々は、独立に、キラル制御されている。
一部の実施形態において、本開示は、任意選択で置換されているトリアゾリル基を含む中性インターヌクレオチド結合、任意選択で置換されているアルキニル基を含む中性インターヌクレオチド結合及びTmg基を含む中性インターヌクレオチド結合から選択される少なくとも1つの中性インターヌクレオチド結合と、少なくとも1つのホスホロチオエートとを含むオリゴヌクレオチドを含む組成物に関し、ここで、ホスホロチオエートは、Sp配置のキラル制御されたインターヌクレオチド結合である。
一部の実施形態において、本開示は、任意選択で置換されているトリアゾリル基を含む中性インターヌクレオチド結合、任意選択で置換されているアルキニル基を含む中性インターヌクレオチド結合及びTmg基を含む中性インターヌクレオチド結合から選択される少なくとも1つの中性インターヌクレオチド結合と、少なくとも1つのホスホロチオエートとを含むオリゴヌクレオチドを含む組成物に関し、ここで、ホスホロチオエートは、Rp配置のキラル制御されたインターヌクレオチド結合である。
インターヌクレオチド結合の様々なタイプは、特性が異なる。いかなる理論による拘束も望むものではないが、天然リン酸結合(リン酸ジエステルインターヌクレオチド結合)は、アニオン性であり、他の化学修飾なしに単独で使用したときにインビボで不安定なこともあり;ホスホロチオエートインターヌクレオチド結合は、アニオン性であり、概してインビボでの安定性が天然リン酸結合より高く、概して疎水性がより高く;環状グアニジン部分を含む、本開示で例示されるものなどの中性インターヌクレオチド結合は、生理的pHで中性であり、インビボでの安定性が天然リン酸結合より高く、且つ疎水性がより高いものであり得ることを本開示は指摘しておく。
一部の実施形態において、インターヌクレオチド結合(例えば、非負電荷インターヌクレオチド結合、キラル制御された非負電荷インターヌクレオチド結合等)は、生理的pHで中性であり、キラル制御されており、インビボで安定であり、疎水性であり、及びエンドソームエスケープを増加させ得る。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド又はオリゴヌクレオチド組成物は、DMDオリゴヌクレオチド又はオリゴヌクレオチド組成物;非負電荷インターヌクレオチド結合を含むオリゴヌクレオチド又はオリゴヌクレオチド組成物;又は非負電荷インターヌクレオチド結合を含むDMDオリゴヌクレオチドである。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、非限定的な例として、ウィング-コア-ウィング、ウィング-コア、コア-ウィング、ウィング-ウィング-コア-ウィング-ウィング、ウィング-ウィング-コア-ウィング又はウィング-コア-ウィング-ウィング構造を有する(一部の実施形態において、ウィング-ウィングは、第1のウィングと第2のウィングとを含むか又はそれからなり、ここで、第1のウィングは、第2のウィングと異なり、第1及び第2のウィングは、コアと異なる)。ウィング又はコアは、任意の構造要素、及び/又はそのパターン、及び/又は組み合わせによって定義され得る。一部の実施形態において、ウィング及びコアは、ヌクレオシド修飾、糖修飾及び/又はインターヌクレオチド結合によって定義され、ここで、ウィングは、コア領域が有しないヌクレオシド修飾、糖修飾、及び/又はインターヌクレオチド結合、及び/又はそのパターン、及び/又は組み合わせを含むか又は逆も同様である。一部の実施形態において、本開示のオリゴヌクレオチドは、5’末端領域、中間領域及び3’末端領域を含むか又はそれからなる。一部の実施形態において、5’末端領域は、5’ウィング領域である。一部の実施形態において、5’ウィング領域は、5’末端領域である。一部の実施形態において、3’末端領域は、3’ウィング領域である。一部の実施形態において、3’ウィング領域は、3’末端領域である。一部の実施形態において、コア領域は、中間領域である。
一部の実施形態において、各ウィング領域(又は5’末端及び3’末端領域の各々)は、独立に、1つ以上の修飾リン酸結合を含み、且つ天然リン酸結合を含まず、コア領域(中間領域)は、1つ以上の修飾インターヌクレオチド結合と1つ以上の天然リン酸結合とを含む。一部の実施形態において、各ウィング領域(又は5’末端及び3’末端領域の各々)は、独立に、1つ以上の天然リン酸結合と任意選択で1つ以上の修飾インターヌクレオチド結合とを含み、コア(又は中間領域)は、1つ以上の修飾インターヌクレオチド結合と任意選択で1つ以上の天然リン酸結合とを含む。一部の実施形態において、ウィング(又は5’末端又は3’末端領域)は、修飾糖部分を含む。一部の実施形態において、修飾インターヌクレオチド結合は、ホスホロチオエートインターヌクレオチド結合である。
とりわけ、本開示は、ステレオランダムなオリゴヌクレオチド製剤が、例えば、オリゴヌクレオチド鎖内の個々の骨格キラル中心の立体化学構造の点で互いに異なる複数の個別的な化学的実体を含むという認識を包含する。骨格キラル中心の立体化学の制御がない場合、ステレオランダムなオリゴヌクレオチド製剤は、不確定なレベルのオリゴヌクレオチド立体異性体を含む制御されない(又はステレオランダムな)組成物を提供する。これらの立体異性体が同じ塩基配列及び/又は化学修飾を有し得るとしても、その骨格立体化学が異なることに少なくとも起因して、それらは、異なる化学的実体であり、それらは、本明細書において実証されるとおり、異なる特性、例えば活性、毒性、分布等を有し得る。とりわけ、本開示は、目的のオリゴヌクレオチドの特定の立体異性体であるか又はそれを含むキラル制御された組成物を提供し;キラル制御されていない組成物と対照的に、キラル制御された組成物は、オリゴヌクレオチドの特定の立体異性体の制御されたレベルを含む。一部の実施形態において、特定の立体異性体は、例えば、その塩基配列、その骨格結合のパターン、その骨格キラル中心のパターン及び骨格リン修飾のパターン等によって定義され得る。当技術分野において理解されるとおり、一部の実施形態において、塩基配列とは、単にひと続きの塩基を指し、及び/又はオリゴヌクレオチド中のヌクレオシド残基の(例えば、アデニン、シトシン、グアノシン、チミン及びウラシルなどの標準的な天然に存在するヌクレオチドと比べた糖及び/又は塩基成分の)アイデンティティ及び/又は修飾状態を指し、及び/又はかかる残基のハイブリダイゼーション特性(即ち特定の相補的残基とハイブリダイズする能力)を指し得る。一部の実施形態において、本開示は、オリゴヌクレオチド内における特定のキラル構造の包含及び/又は位置によって実現する特性の改良(例えば、改良された活性、低下した毒性等)が、化学修飾、例えば特定の骨格結合、残基修飾等を用いることによって(例えば、ある種の修飾リン酸[例えば、ホスホロチオエート、置換ホスホロチオエート等]、糖修飾[例えば、2’-修飾等]及び/又は塩基修飾[例えば、メチル化等]を用いることによって)実現するものと同等であるか又はそれよりむしろ良好であり得ることを実証する。一部の実施形態において、本開示は、ある種の化学修飾(例えば、2’-F、2’-OMe、ホスホロチオエートインターヌクレオチド結合、脂質コンジュゲーション等)を含むオリゴヌクレオチドのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物が予想外に高いエクソンスキッピング効率を実証することを実証する。
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、ブロックマーである。一部の実施形態において、ブロックマーは、1つ以上のブロックを含むオリゴヌクレオチドである。
一部の実施形態において、ブロックは、オリゴヌクレオチドの一部分である。一部の実施形態において、ブロックは、ウィング又はコアである。一部の実施形態において、ブロックマーは、1つ以上のブロックを含む。一部の実施形態において、5’ブロックは、5’末端領域又は5’ウィングである。一部の実施形態において、3’ブロックは、3’末端領域又は3’ウィングである。
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、アルトマーである。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、交互に並んだブロックを含むアルトマーである。一部の実施形態において、ブロックマー又はアルトマーは、化学修飾(存在の有無を含む)、例えば塩基修飾、糖修飾、インターヌクレオチド結合修飾、立体化学等によって定義され得る。
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、異なるインターヌクレオチド結合を含むブロックを含む。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、修飾インターヌクレオチド結合及び/又は天然リン酸結合を含むブロックを含む。
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、糖修飾を含むブロックを含む。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、1つ以上の2’-F修飾を含むブロック(2’-Fブロック)を1つ以上含む。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、連続する2’-F修飾を含むブロックを含む。一部の実施形態において、ブロックは、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個又はそれを超える連続する2’-F修飾を含む。
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、1つ以上の2’-OR修飾を含むブロック(2’-ORブロック)を1つ以上含み、式中、Rは、独立に、本明細書及び以下に定義及び記載されるとおりである。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、2’-Fブロック及び2’-ORブロックの両方を含む。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、交互に並んだ2’-Fブロック及び2’-ORブロックを含む。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、5’末端に第1の2’-Fブロック及び3’末端に第2の2’-Fブロックを含み、その各々は、独立に、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個又はそれを超える連続する2’-F修飾を含む。
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、5’ブロックを含み、ここで、5’ブロックの各糖部分は、2’-F修飾を含む。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、3’ブロックを含み、ここで、3’ブロックの各糖部分は、2’-F修飾を含む。一部の実施形態において、かかる提供されるオリゴヌクレオチドは、5’及び3’の2’-Fブロック間に1つ以上の2’-ORブロック及び任意選択で1つ以上の2’-Fブロックを含む。一部の実施形態において、かかる提供されるオリゴヌクレオチドは、5’及び3’の2’-Fブロック間に1つ以上の2’-ORブロック及び1つ以上の2’-Fブロックを含む(例えば、WV-3047、WV-3048等)。
一部の実施形態において、ブロックは、立体化学ブロックである。一部の実施形態において、ブロックは、ブロックの各インターヌクレオチド結合がRpである点でRpブロックである。一部の実施形態において、5’ブロックは、Rpブロックである。一部の実施形態において、3’ブロックは、Rpブロックである。一部の実施形態において、ブロックは、ブロックの各インターヌクレオチド結合がSpである点でSpブロックである。一部の実施形態において、5’ブロックは、Spブロックである。一部の実施形態において、3’ブロックは、Spブロックである。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、Rpブロック及びSpブロックの両方を含む。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、1つ以上のRpを含むが、Spブロックを含まない。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、1つ以上のSpを含むが、Rpブロックを含まない。
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、各インターヌクレオチド結合が天然リン酸結合であるPOブロックを1つ以上含む。
一部の実施形態において、5’ブロックは、各糖部分が2’-F修飾を含むSpブロックである。一部の実施形態において、5’ブロックは、各インターヌクレオチド結合が修飾インターヌクレオチド結合であり、且つ各糖部分が2’-F修飾を含むSpブロックである。一部の実施形態において、5’ブロックは、各インターヌクレオチド結合がホスホロチオエート結合であり、且つ各糖部分が2’-F修飾を含むSpブロックである。一部の実施形態において、5’ブロックは、4つ以上のヌクレオシド単位を含む。
一部の実施形態において、3’ブロックは、各糖部分が2’-F修飾を含むSpブロックである。一部の実施形態において、3’ブロックは、各インターヌクレオチド結合が修飾インターヌクレオチド結合であり、且つ各糖部分が2’-F修飾を含むSpブロックである。一部の実施形態において、3’ブロックは、各インターヌクレオチド結合がホスホロチオエート結合であり、且つ各糖部分が2’-F修飾を含むSpブロックである。一部の実施形態において、3’ブロックは、4つ以上のヌクレオシド単位を含む。
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、異なる修飾糖部分及び/又は非修飾糖部分を含む交互に並んだブロックを含む。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、異なる修飾糖部分及び非修飾糖部分を含む交互に並んだブロックを含む。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、異なる修飾糖部分を含む交互に並んだブロックを含む。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、異なる修飾糖部分を含む交互に並んだブロックを含み、ここで、修飾糖部分は、異なる2’-修飾を含む。例えば、一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、それぞれ2’-OMe及び2’-Fを含む交互に並んだブロックを含む。
一部の実施形態において、本開示は、
1)転写物中の標的配列に相補的な共通の塩基配列を有し;及び
2)1つ以上の修飾糖部分及び修飾インターヌクレオチド結合を含む、
複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物を提供する。
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、それが転写物スプライシングシステム内の転写物と接触されるとき、その組成物が存在しないこと、参照組成物が存在すること及びこれらの組み合わせからなる群から選択される参照条件下で観察されるものに対して転写物のスプライシングが変化されることを特徴とする。
一部の実施形態において、参照条件は、その組成物が存在しないことである。一部の実施形態において、参照条件は、参照組成物が存在することである。参照の複数のオリゴヌクレオチドを含む例示的参照組成物については、本開示に詳細に記載される。一部の実施形態において、参照の複数のオリゴヌクレオチドは、提供される組成物における複数のオリゴヌクレオチドと比較して異なる構造要素(化学修飾、立体化学等)を有する。一部の実施形態において、参照組成物は、同じ化学修飾を有するオリゴヌクレオチドのステレオランダムな製剤である。一部の実施形態において、参照組成物は、立体異性体の混合物である一方、提供される組成物は、1つの立体異性体のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物である。一部の実施形態において、参照の複数のオリゴヌクレオチドは、提供される組成物における複数のオリゴヌクレオチドと同じ塩基配列、同じ糖修飾、同じ塩基修飾、同じインターヌクレオチド結合修飾及び/又は同じ立体化学を有するが、異なる化学修飾、例えば塩基修飾、糖修飾、インターヌクレオチド結合修飾等を有する。
例示的スプライシングシステムは、当技術分野において広く公知である。一部の実施形態において、スプライシングシステムは、関連性のある標的転写物のスプライシングを実現するのに十分な成分を含むインビボ又はインビトロシステムである。一部の実施形態において、スプライシングシステムは、スプライソソーム(例えば、タンパク質及び/又はそのRNA成分)であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、スプライシングシステムは、細胞小器官膜(例えば、核膜)及び/又は細胞小器官(例えば、核)であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、スプライシングシステムは、細胞又はその集団であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、スプライシングシステムは、組織であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、スプライシングシステムは、生物、例えば動物、例えばマウス、ラット、サル、イヌ、ヒト等の哺乳類であるか又はそれを含む。
一部の実施形態において、本開示は、
1)転写物中の標的配列に相補的な共通の塩基配列を有し;及び
2)1つ以上の修飾糖部分及び修飾インターヌクレオチド結合を含む、
複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物を提供し、このオリゴヌクレオチド組成物は、それが転写物スプライシングシステム内の転写物と接触されるとき、その組成物が存在しないこと、参照組成物が存在すること及びこれらの組み合わせからなる群から選択される参照条件下で観察されるものに対して転写物のスプライシングが変化されることを特徴とする。
一部の実施形態において、本開示は、
1)塩基配列;
2)骨格結合のパターン;
3)骨格キラル中心のパターン;及び
4)骨格リン修飾のパターン
によって定義される特定のオリゴヌクレオチドタイプの複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物を提供する。
一部の実施形態において、本開示は、
1)塩基配列;
2)骨格結合のパターン;
3)骨格キラル中心のパターン;及び
4)骨格リン修飾のパターン
によって定義される特定のオリゴヌクレオチドタイプの複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物を提供し、
この組成物は、キラル制御されており、及びそれは、同じ塩基配列を有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミ体の製剤と比べて特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドが強化されており、
このオリゴヌクレオチド組成物は、それが転写物スプライシングシステム内の転写物と接触されるとき、その組成物が存在しないこと、参照組成物が存在すること及びこれらの組み合わせからなる群から選択される参照条件下で観察されるものに対して転写物のスプライシングが変化されることを特徴とする。
一部の実施形態において、本開示は、
1)塩基配列;
2)骨格結合のパターン;
3)骨格キラル中心のパターン;及び
4)骨格リン修飾のパターン
によって特徴付けられる特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、この組成物は、組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約10%が共通の塩基配列及び長さ、共通の骨格結合のパターン並びに共通の骨格キラル中心のパターンを有する点で単一のオリゴヌクレオチドの実質的に純粋な製剤である。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドの各領域(例えば、ブロック、ウィング、コア、5’末端、3’末端又は中間領域等)は、独立に、3、4、5、6、7、8、9、10塩基以上を含む。一部の実施形態において、各領域は、独立に、3塩基以上を含む。一部の実施形態において、各領域は、独立に、4塩基以上を含む。一部の実施形態において、各領域は、独立に、5塩基以上を含む。一部の実施形態において、各領域は、独立に、6塩基以上を含む。一部の実施形態において、領域中の各糖部分は、修飾されている。一部の実施形態において、修飾は、2’-修飾である。一部の実施形態において、各修飾は、2’-修飾である。一部の実施形態において、修飾は、2’-Fである。一部の実施形態において、各修飾は、2’-Fである。一部の実施形態において、修飾は、2’-ORである。一部の実施形態において、各修飾は、2’-ORである。一部の実施形態において、修飾は、2’-ORである。一部の実施形態において、各修飾は、2’-OMeである。一部の実施形態において、各修飾は、2’-OMeである。一部の実施形態において、各修飾は、2’-MOEである。一部の実施形態において、各修飾は、2’-MOEである。一部の実施形態において、修飾は、LNA糖修飾である。一部の実施形態において、各修飾は、LNA糖修飾である。一部の実施形態において、領域中の各インターヌクレオチド結合は、キラルインターヌクレオチド結合である。一部の実施形態において、ウィング又は5’末端若しくは3’末端領域中の各インターヌクレオチド結合は、Spキラルインターヌクレオチド結合である。一部の実施形態において、キラルインターヌクレオチド結合は、ホスホロチオエート結合である。一部の実施形態において、コア又は中間領域は、1つ以上の天然リン酸結合と1つ以上の修飾インターヌクレオチド結合とを含む。一部の実施形態において、コア又は中間領域は、1つ以上の天然リン酸結合と1つ以上のキラルインターヌクレオチド結合とを含む。一部の実施形態において、コア領域は、1つ以上の天然リン酸結合と1つ以上のSpキラルインターヌクレオチド結合とを含む。一部の実施形態において、コア又は中間領域は、1つ以上の天然リン酸結合と1つ以上のSpホスホロチオエート結合とを含む。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドの領域(例えば、ブロック、ウィング、コア、5’末端、3’末端、中間領域等)は、例えば、式I-n-1、式I-n-2、式I-n-3、式I-n-4、式II、式II-a-1、式II-a-2、式II-b-1、式II-b-2、式II-c-1、式II-c-2、式II-d-1、式II-d-2等の非負電荷インターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、領域は、中性インターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、領域は、トリアゾール又はアルキン部分を含むインターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、領域は、環状グアニジングアニジンを含むインターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、領域は、環状グアニジン部分を含むインターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、領域は、

の構造を有するインターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、かかるインターヌクレオチド結合は、キラル制御されている。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドの塩基配列、例えば特定のオリゴヌクレオチドタイプの複数のオリゴヌクレオチドの塩基配列は、本明細書に開示される塩基配列(例えば、例示的オリゴヌクレオチド(例えば、表、実施例等に挙げられるもの)、標的配列等の塩基配列)(又は少なくとも10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29又は30塩基長であるその一部分)であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、任意の例示的オリゴヌクレオチドの塩基配列又は本明細書に開示される別の塩基配列を含む塩基配列及び最大30塩基の長さを有する。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、任意の例示的オリゴヌクレオチドの塩基配列又は本明細書に開示される別の塩基配列を含む塩基配列及び最大40塩基の長さを有する。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、任意の例示的オリゴヌクレオチドの塩基配列又は本明細書に開示される別の塩基配列を含む塩基配列及び最大50塩基の長さを有する。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチド例の塩基配列又は本明細書に開示される別の配列の少なくとも15隣接塩基を含む塩基配列及び最大30塩基の長さを有する。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチド例の塩基配列又は本明細書に開示される別の配列の少なくとも15隣接塩基を含む塩基配列及び最大40塩基の長さを有する。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチド例の塩基配列又は本明細書に開示される別の配列の少なくとも15隣接塩基を含む塩基配列及び最大50塩基の長さを有する。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、例示的オリゴヌクレオチドの塩基配列又は本明細書に開示される別の配列と比べて5個以下のミスマッチを有する配列を含む塩基配列及び最大30塩基の長さを有する。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、例示的オリゴヌクレオチドの塩基配列又は本明細書に開示される別の配列と比べて5個以下のミスマッチを有する配列を含む塩基配列及び最大40塩基の長さを有する。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、例示的オリゴヌクレオチドの塩基配列又は本明細書に開示される別の配列と比べて5個以下のミスマッチを有する配列を含む塩基配列及び最大50塩基の長さを有する。
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの塩基配列は、例示的オリゴヌクレオチドの塩基配列又は本明細書に開示される別の配列であり、及び骨格キラル中心のパターンは、ホスホロチオエート結合のSp結合リンである少なくとも1つのキラル制御された中心を含む。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの塩基配列は、例示的オリゴヌクレオチドの塩基配列又は本明細書に開示される別の配列であり、このオリゴヌクレオチドは、最大30塩基の長さを有し、及び骨格キラル中心のパターンは、ホスホロチオエート結合のSp結合リンである少なくとも1つのキラル制御された中心を含む。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの塩基配列は、例示的オリゴヌクレオチドの塩基配列又は本明細書に開示される別の配列であり、このオリゴヌクレオチドは、最大40塩基の長さを有し、及び骨格キラル中心のパターンは、ホスホロチオエート結合のSp結合リンである少なくとも1つのキラル制御された中心を含む。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの塩基配列は、任意の例示的オリゴヌクレオチド又は本明細書に開示される別の配列の少なくとも15隣接塩基を含み、このオリゴヌクレオチドは、最大30、40又は50塩基の長さを有し、及び骨格キラル中心のパターンは、ホスホロチオエート結合のSp結合リンである少なくとも1つのキラル制御された中心を含む。
一部の実施形態において、ミスマッチは、2つの配列を最大限にアラインメントして比較したときの塩基配列又は長さの違いである。非限定的な例として、ミスマッチは、一方の配列中の特定の位置にある塩基と、もう一方の配列中の対応する位置にある塩基との間に違いが存在する場合にカウントされる。従って、例えば、一方の配列中のある位置が特定の塩基(例えば、A)を有し、且つ他方の配列上の対応する位置が異なる塩基(例えば、G、C又はU)を有する場合、ミスマッチがカウントされる。また、例えば、一方の配列中のある位置がある塩基(例えば、A)を有し、且つ他方の配列上の対応する位置が塩基を有しない(例えば、その位置が、リン酸-糖骨格を含むが、塩基を含まない脱塩基ヌクレオチドである)又はその位置がスキップされる場合にもミスマッチがカウントされる。いずれか一方の配列中の(又はセンス鎖若しくはアンチセンス鎖中の)一本鎖ニックは、ミスマッチとしてカウントされなくてもよく、例えば一方の配列が配列5’-AG-3’を含むが、他方の配列が、AとGとの間に一本鎖ニックを有する配列5’-AG-3’を含む場合、ミスマッチは、カウントされないことになる。塩基修飾は、概して、ミスマッチと見なされず、例えば一方の配列がCを含み、他方の配列が同じ位置に修飾されたC(例えば、2’-修飾を有する)を含む場合、ミスマッチは、カウントされなくてもよい。
一部の実施形態において、特定のタイプのオリゴヌクレオチドは、それらが同じ塩基配列(長さを含めて)、糖及び塩基部分に対する同じパターンの化学修飾、同じ骨格結合のパターン(例えば、天然リン酸結合、ホスホロチオエート結合、ホスホロチオエートトリエステル結合、非負電荷結合及びこれらの組み合わせのパターン)、同じ骨格キラル中心のパターン(例えば、キラルインターヌクレオチド結合の立体化学(Rp/Sp)のパターン)及び同じ骨格リン修飾のパターン(例えば、式Iの-S及び-L-Rなど、インターヌクレオチドリン原子に対する修飾のパターン)を有する点で化学的に同一である。
一部の実施形態において、本開示は、多数の(例えば、5、6、7、8、9又は10個より多い)インターヌクレオチド結合を含むオリゴヌクレオチドの、及び特に多数の(例えば、5、6、7、8、9又は10個より多い)キラルインターヌクレオチド結合を含むオリゴヌクレオチドについてのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、ここで、オリゴヌクレオチドは、少なくとも1個、一部の実施形態では5、6、7、8、9又は10個より多いキラル制御されたインターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドのキラル制御された組成物中では、オリゴヌクレオチドの各キラルインターヌクレオチド結合は、独立に、キラル制御されたインターヌクレオチド結合である。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドのステレオランダムな又はラセミ体の組成物中では、各キラルインターヌクレオチド結合は、90:10、95:5、96:4、97:3又は98:2未満のジアステレオ選択性で形成される。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドの立体選択的な又はキラル制御された組成物中では、オリゴヌクレオチドの各キラル制御されたインターヌクレオチド結合は、独立に、そのキラル結合リンにおいて少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%又は99%の(Rp又はSpのいずれかの)ジアステレオ純度を有する。とりわけ、本開示は、高ジアステレオ純度のオリゴヌクレオチドを調製する技術を提供する。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド中のキラルインターヌクレオチド結合のジアステレオ純度は、モデル反応、例えば本質的に同じ又は同等の条件下での二量体の形成を通じて測定され得、ここで、二量体は、キラルインターヌクレオチド結合と同じインターヌクレオチド結合を有し、二量体の5’-ヌクレオシドは、キラルインターヌクレオチド結合の5’末端に対するヌクレオシドと同じであり、及び二量体の3’-ヌクレオシドは、キラルインターヌクレオチド結合の3’末端に対するヌクレオシドと同じである。
本明細書に記載されるとおり、提供される組成物及び方法は、転写物のスプライシングを変化させる能力を有する。一部の実施形態において、提供される組成物及び方法は、その組成物が存在しないこと、参照組成物が存在すること及びこれらの組み合わせからなる群から選択される参照条件に対して転写物のスプライシングパターンの改良をもたらす。改良とは、任意の望ましい生物学的機能の改良であり得る。一部の実施形態において、例えば、DMDでは、改良とは、生物学的活性が改良されたジストロフィンタンパク質を産生するmRNAの産生である。
一部の実施形態において、本開示は、標的転写物のスプライシングを変化させる方法であって、提供される組成物を投与することを含む方法を提供し、ここで、標的転写物のスプライシングは、その組成物が存在しないこと、参照組成物が存在すること及びこれらの組み合わせからなる群から選択される参照条件に対して変化される。
一部の実施形態において、本開示は、標的転写物からのスプライス産物の組を生成させる方法を提供し、この方法は、
その組成物が存在しないこと、参照組成物が存在すること及びこれらの組み合わせからなる群から選択される参照条件下で生成された組と異なるスプライス産物の組が生成されるのに十分な量、時間及び条件下において、標的転写物を含むスプライシングシステムを、複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物(例えば、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物)と接触させるステップ
を含む。
一部の実施形態において、本開示は、疾患を治療又は予防する方法を提供し、この方法は、本明細書に記載されるオリゴヌクレオチド組成物を対象に投与することを含む。
一部の実施形態において、本開示は、疾患を治療又は予防する方法を提供し、この方法は、
1)転写物中の標的配列に相補的な共通の塩基配列を有し;及び
2)1つ以上の修飾糖部分及び修飾インターヌクレオチド結合を含む、
複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物を対象に投与することを含み、このオリゴヌクレオチド組成物は、それが転写物スプライシングシステム内の転写物と接触されるとき、その組成物が存在しないこと、参照組成物が存在すること及びこれらの組み合わせからなる群から選択される参照条件下で観察されるものに対して転写物のスプライシングが変化されることを特徴とする。
一部の実施形態において、本開示は、疾患を治療又は予防する方法を提供し、この方法は、
1)塩基配列;
2)骨格結合のパターン;
3)骨格キラル中心のパターン;及び
4)骨格リン修飾のパターン
によって定義される特定のオリゴヌクレオチドタイプの複数のオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を対象に投与することを含み、
この組成物は、キラル制御されており、及びそれは、同じ塩基配列を有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミ体の製剤と比べて特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドが強化されており、
このオリゴヌクレオチド組成物は、それが転写物スプライシングシステム内の転写物と接触されるとき、その組成物が存在しないこと、参照組成物が存在すること及びこれらの組み合わせからなる群から選択される参照条件下で観察されるものに対して転写物のスプライシングが変化されることを特徴とする。
一部の実施形態において、疾患は、提供される組成物の投与後、1つ以上のスプライスされた転写物が修復されるか、回復するか、又は新規の有益な機能を導入するものである。例えば、DMDでは、1つ以上のエクソンのスキッピング後、ジストロフィンの機能は、トランケート型であるが、(少なくとも部分的に)活性なバージョンによって回復又は部分的に回復し得る。一部の実施形態において、疾患は、提供される組成物の投与後、1つ以上のスプライスされた転写物が修復され、その遺伝子転写物の選択的スプライシングによって遺伝子が有効にノックダウンされるものである。
一部の実施形態において、疾患は、限定はされないが、デュシェンヌ型(デュシェンヌの)筋ジストロフィー(DMD)及びベッカー型(ベッカーの)筋ジストロフィー(BMD)を含む筋ジストロフィーである。
一部の実施形態において、転写物は、ジストロフィン遺伝子又はその変異体のものである。
一部の実施形態において、本開示は、標的転写物中の標的配列と相補的なヌクレオチド配列を含む共通の塩基配列を共有する複数のオリゴヌクレオチドを含む組成物を投与することにより、疾患を治療する方法であって、このオリゴヌクレオチド組成物として、それが転写物スプライシングシステム内の転写物と接触されるとき、その組成物が存在しないこと、参照組成物が存在すること及びこれらの組み合わせからなる群から選択される参照条件下で観察されるものに対して転写物のスプライシングが変化されることを特徴とするキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を使用することを含むことを改良点とする、方法を提供する。
一部の実施形態において、共通の配列は、表A1にある任意のオリゴヌクレオチドの配列(又はその少なくとも15塩基長部分)を含む。
一部の実施形態において、本開示は、共通のヌクレオチド配列を有する複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物を投与する方法であって、
1つ以上の負電荷インターヌクレオチド結合と1つ以上の非負電荷インターヌクレオチド結合とをそれぞれ独立に含む複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物を投与することであって、オリゴヌクレオチド組成物は、任意選択でキラル制御されている、投与すること
を含むことを改良点とする、方法を提供する。
一部の実施形態において、本開示は、共通のヌクレオチド配列を有する複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物を投与する方法であって、
キラル制御されている複数のオリゴヌクレオチドを含み、且つ同じ共通のヌクレオチド配列の参照オリゴヌクレオチド組成物と比べて低下した毒性によって特徴付けられるオリゴヌクレオチド組成物を投与すること
を含むことを改良点とする、方法を提供する。
一部の実施形態において、本開示は、共通のヌクレオチド配列を有する複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物を投与する方法であって、
複数の各オリゴヌクレオチドが1つ以上の天然リン酸結合と1つ以上の修飾リン酸結合とを含むオリゴヌクレオチド組成物を投与すること
を含むことを改良点とする、方法を提供し、ここで、このオリゴヌクレオチド組成物は、そのオリゴヌクレオチドが天然リン酸結合を含まない、他の点で同等の参照組成物で観察される少なくとも1つのアッセイで試験したときの毒性の低下によって特徴付けられる。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、炎症促進反応を誘発し得る。一部の実施形態において、本開示は、炎症を低減する組成物及び方法を提供する。一部の実施形態において、本開示は、炎症促進反応を低減する組成物及び方法を提供する。一部の実施形態において、本開示は、提供される組成物を使用して注射部位炎症を低減する方法を提供する。一部の実施形態において、本開示は、提供される組成物を使用して薬物誘発性血管外傷を低減する方法を提供する。
一部の実施形態において、本開示は、共通の塩基配列の複数のオリゴヌクレオチドを含む組成物を投与することを含む方法を提供し、各々が共通の塩基配列も有するが、
参照の複数における個々のオリゴヌクレオチドが立体化学構造の点で互いに異なり;及び/又は
参照の複数における少なくとも一部のオリゴヌクレオチドが、その組成物の複数のオリゴヌクレオチドによって表される構造と異なる構造を有し;及び/又は
参照の複数における少なくとも一部のオリゴヌクレオチドがウィング領域及びコア領域を含まない
という点で複数のオリゴヌクレオチドと構造的に異なる複数のオリゴヌクレオチドを含む参照組成物と比較したとき、この組成物は、注射部位炎症の低下を呈する。
一部の実施形態において、本開示は、共通の塩基配列の複数のオリゴヌクレオチドを含む組成物を投与することを含む方法を提供し、各々が共通の塩基配列も有するが、
参照の複数における個々のオリゴヌクレオチドが立体化学構造の点で互いに異なり;及び/又は
参照の複数における少なくとも一部のオリゴヌクレオチドが、その組成物の複数のオリゴヌクレオチドによって表される構造と異なる構造を有し;及び/又は
参照の複数における少なくとも一部のオリゴヌクレオチドがウィング領域及びコア領域を含まない
という点で複数のオリゴヌクレオチドと構造的に異なる複数のオリゴヌクレオチドを含む参照組成物と比較したとき、この組成物は、タンパク質結合の変化を呈する。
一部の実施形態において、本開示は、共通のヌクレオチド配列を有する複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物を投与する方法であって、
同じ共通のヌクレオチド配列の参照オリゴヌクレオチド組成物と比べて変化したタンパク質結合によって特徴付けられる複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物を投与すること
を含むことを改良点とする、方法を提供する。
一部の実施形態において、本開示は、共通の塩基配列の複数のオリゴヌクレオチドを含む組成物を投与することを含む方法を提供し、各々が共通の塩基配列も有するが、
参照の複数における個々のオリゴヌクレオチドが立体化学構造の点で互いに異なり;及び/又は
参照の複数における少なくとも一部のオリゴヌクレオチドが、その組成物の複数のオリゴヌクレオチドによって表される構造と異なる構造を有し;及び/又は
参照の複数における少なくとも一部のオリゴヌクレオチドがウィング領域及びコア領域を含まない
という点で複数のオリゴヌクレオチドと構造的に異なる参照の複数のオリゴヌクレオチドを含む参照組成物と比較したとき、この組成物は、送達の改良を呈する。
一部の実施形態において、本開示は、共通のヌクレオチド配列を有する複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物を投与する方法であって、
同じ共通のヌクレオチド配列の参照オリゴヌクレオチド組成物と比べて改良された送達によって特徴付けられる複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドを投与すること
を含むことを改良点とする、方法を提供する。
一部の実施形態において、本開示は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドを含む組成物を提供する。一部の実施形態において、本開示は、本明細書に開示される任意のキラル制御されたオリゴヌクレオチドを含む組成物を提供する。
一部の実施形態において、本開示は、ジストロフィンエクソン45のスキッピングを媒介する能力を有する、本明細書に開示されるオリゴヌクレオチドを含む組成物を提供する。一部の実施形態において、本開示は、ジストロフィンエクソン51のスキッピングを媒介する能力を有する、本明細書に開示されるオリゴヌクレオチドを含む組成物を提供する。一部の実施形態において、本開示は、ジストロフィンエクソン53のスキッピングを媒介する能力を有する、本明細書に開示されるオリゴヌクレオチドを含む組成物を提供する。一部の実施形態において、本開示は、多重ジストロフィンエクソンのスキッピングを媒介する能力を有する、本明細書に開示される1つ又は複数のオリゴヌクレオチドを含む組成物を提供する。一部の実施形態において、かかる組成物は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物である。
一部の実施形態において、本開示は、1つのDMDエクソン又は多重DMDエクソンのスキッピングを媒介する能力を有するオリゴヌクレオチド又はオリゴヌクレオチド組成物に関する。一部の実施形態において、DMDエクソンは、エクソン51である。一部の実施形態において、DMDエクソンは、エクソン53である。一部の実施形態において、DMDエクソンは、エクソン45である。一部の実施形態において、本開示は、DMDエクソン53のスキッピングを媒介する能力を有するオリゴヌクレオチド組成物に関し、ここで、オリゴヌクレオチド組成物は、少なくとも1つのキラル制御されたインターヌクレオチド結合を含む。
一部の実施形態において、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物に関し、ここで、オリゴヌクレオチドは、DMDエクソン45のスキッピングを媒介する能力を有する。一部の実施形態において、本開示は、DMDエクソン45のスキッピングを媒介する能力を有するオリゴヌクレオチド組成物に関し、ここで、オリゴヌクレオチド組成物は、少なくとも1つのキラル制御されたインターヌクレオチド結合を含み、且つ少なくとも1つの非負電荷インターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物に関し、ここで、オリゴヌクレオチドは、DMDエクソン45のスキッピングを媒介する能力を有し、且つ少なくとも1つの非負電荷インターヌクレオチド結合を含む。
一部の実施形態において、本開示は、DMDエクソン45のスキッピングを媒介する能力を有するオリゴヌクレオチド組成物に関し、ここで、オリゴヌクレオチド組成物は、少なくとも1つの非負電荷インターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物に関し、ここで、オリゴヌクレオチドは、DMDエクソン45のスキッピングを媒介する能力を有し、且つ少なくとも1つの非負電荷インターヌクレオチド結合を含む。
一部の実施形態において、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物に関し、ここで、オリゴヌクレオチドは、DMDエクソン51のスキッピングを媒介する能力を有する。一部の実施形態において、本開示は、DMDエクソン51のスキッピングを媒介する能力を有するオリゴヌクレオチド組成物に関し、ここで、オリゴヌクレオチド組成物は、少なくとも1つのキラル制御されたインターヌクレオチド結合を含み、且つ少なくとも1つの非負電荷インターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物に関し、ここで、オリゴヌクレオチドは、DMDエクソン51のスキッピングを媒介する能力を有し、且つ少なくとも1つの非負電荷インターヌクレオチド結合を含む。
一部の実施形態において、本開示は、DMDエクソン51のスキッピングを媒介する能力を有するオリゴヌクレオチド組成物に関し、ここで、オリゴヌクレオチド組成物は、少なくとも1つの非負電荷インターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物に関し、ここで、オリゴヌクレオチドは、DMDエクソン51のスキッピングを媒介する能力を有し、且つ少なくとも1つの非負電荷インターヌクレオチド結合を含む。
一部の実施形態において、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物に関し、ここで、オリゴヌクレオチドは、DMDエクソン53のスキッピングを媒介する能力を有する。一部の実施形態において、本開示は、DMDエクソン53のスキッピングを媒介する能力を有するオリゴヌクレオチド組成物に関し、ここで、オリゴヌクレオチド組成物は、少なくとも1つのキラル制御されたインターヌクレオチド結合を含み、且つ少なくとも1つの非負電荷インターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物に関し、ここで、オリゴヌクレオチドは、DMDエクソン53のスキッピングを媒介する能力を有し、且つ少なくとも1つの非負電荷インターヌクレオチド結合を含む。
一部の実施形態において、本開示は、DMDエクソン53のスキッピングを媒介する能力を有するオリゴヌクレオチド組成物に関し、ここで、オリゴヌクレオチド組成物は、少なくとも1つの非負電荷インターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物に関し、ここで、オリゴヌクレオチドは、DMDエクソン53のスキッピングを媒介する能力を有し、且つ少なくとも1つの非負電荷インターヌクレオチド結合を含む。
一部の実施形態において、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物に関し、ここで、オリゴヌクレオチドは、多重DMDエクソンのスキッピングを媒介する能力を有する。一部の実施形態において、本開示は、多重DMDエクソンのスキッピングを媒介する能力を有するオリゴヌクレオチド組成物に関し、ここで、オリゴヌクレオチド組成物は、少なくとも1つのキラル制御されたインターヌクレオチド結合を含み、且つ少なくとも1つの非負電荷インターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物に関し、ここで、オリゴヌクレオチドは、多重DMDエクソンのスキッピングを媒介する能力を有し、且つ少なくとも1つの非負電荷インターヌクレオチド結合を含む。
一部の実施形態において、本開示は、DMDエクソンのスキッピングを媒介する能力を有するオリゴヌクレオチド組成物に関し、ここで、オリゴヌクレオチド組成物は、少なくとも1つの非負電荷インターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物に関し、ここで、オリゴヌクレオチドは、DMDエクソンのスキッピングを媒介する能力を有し、且つ少なくとも1つの非負電荷インターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物に関し、ここで、オリゴヌクレオチドは、多重DMDエクソンのスキッピングを媒介する能力を有する。一部の実施形態において、本開示は、多重DMDエクソンのスキッピングを媒介する能力を有するオリゴヌクレオチド組成物に関し、ここで、オリゴヌクレオチド組成物は、少なくとも1つのキラル制御されたインターヌクレオチド結合を含み、且つ少なくとも1つの非負電荷インターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物に関し、ここで、オリゴヌクレオチドは、多重DMDエクソンのスキッピングを媒介する能力を有し、且つ少なくとも1つの非負電荷インターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、DMDエクソンは、限定はされないが、エクソン45、エクソン51、エクソン52、エクソン53、エクソン55、エクソン56及びエクソン57を含めた、本明細書に開示される任意のDMDエクソンである。
一部の実施形態において、本開示は、多重DMDエクソンのスキッピングを媒介する能力を有するオリゴヌクレオチド組成物に関し、ここで、オリゴヌクレオチド組成物は、少なくとも1つの非負電荷インターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物に関し、ここで、オリゴヌクレオチドは、多重DMDエクソンのスキッピングを媒介する能力を有し、且つ少なくとも1つの非負電荷インターヌクレオチド結合を含む。
一部の実施形態において、本開示は、ジストロフィンエクソン51のスキッピングを媒介する能力を有するオリゴヌクレオチドのキラル制御された組成物を提供する。一部の実施形態において、本開示は、ジストロフィンエクソン51のスキッピングを媒介する能力を有し、且つ本明細書に開示されるオリゴヌクレオチドのキラル制御された組成物を提供する。
一部の実施形態において、本開示は、UCAAGGAAGAUGGCAUUUCU(式中、各Uは、任意選択で且つ独立に、Tに置き換えることができる)の塩基配列であるか、それを含むか、又はその15塩基部分を含む塩基配列を有するオリゴヌクレオチドの組成物を提供し、ここで、この組成物は、任意選択でキラル制御されている。一部の実施形態において、本開示は、UCAAGGAAGAUGGCAUUUCU(式中、各Uは、任意選択で且つ独立に、Tに置き換えることができる)である塩基配列を有するオリゴヌクレオチドの組成物を提供し、ここで、この組成物は、任意選択でキラル制御されている。一部の実施形態において、本開示は、UCAAGGAAGAUGGCAUUUCU(式中、各Uは、任意選択で且つ独立に、Tに置き換えることができる)を含む塩基配列を有するオリゴヌクレオチドの組成物を提供し、ここで、この組成物は、任意選択でキラル制御されている。一部の実施形態において、本開示は、UCAAGGAAGAUGGCAUUUCU(式中、各Uは、任意選択で且つ独立に、Tに置き換えることができる)の塩基配列の15塩基部分を含む塩基配列を有するオリゴヌクレオチドの組成物を提供し、ここで、この組成物は、任意選択でキラル制御されている。一部の実施形態において、本開示は、UCAAGGAAGAUGGCAUUUCU、UCAAGGAAGAUGGCAUUUC、UCAAGGAAGAUGGCAUUU、UCAAGGAAGAUGGCAUU、UCAAGGAAGAUGGCAU、UCAAGGAAGAUGGCA、CAAGGAAGAUGGCAUUUCU、AAGGAAGAUGGCAUUUCU、AGGAAGAUGGCAUUUCU、GGAAGAUGGCAUUUCU、GAAGAUGGCAUUUCU、CAAGGAAGAUGGCAUUUC、CAAGGAAGAUGGCAUUU、AAGGAAGAUGGCAUUUC、AAGGAAGAUGGCAUUU、AGGAAGAUGGCAUUU又はAAGGAAGAUGGCAUU(式中、各Uは、任意選択で且つ独立に、Tに置き換えることができる)のいずれかであるか、それを含むか、又はその15塩基部分を含む塩基配列を有するオリゴヌクレオチドの組成物を提供し、ここで、この組成物は、任意選択でキラル制御されている。
一部の実施形態において、本開示は、ジストロフィンエクソン53のスキッピングを媒介する能力を有するオリゴヌクレオチドのキラル制御された組成物を提供する。一部の実施形態において、本開示は、ジストロフィンエクソン53のスキッピングを媒介する能力を有し、且つ本明細書に開示されるオリゴヌクレオチドのキラル制御された組成物を提供する。
一部の実施形態において、本開示は、オリゴヌクレオチドWV-9517のキラル制御された組成物を提供する。一部の実施形態において、本開示は、オリゴヌクレオチドWV-9519のキラル制御された組成物を提供する。一部の実施形態において、本開示は、オリゴヌクレオチドWV-9521のキラル制御された組成物を提供する。一部の実施形態において、本開示は、オリゴヌクレオチドWV-9524のキラル制御された組成物を提供する。一部の実施形態において、本開示は、オリゴヌクレオチドWV-9714のキラル制御された組成物を提供する。一部の実施形態において、本開示は、オリゴヌクレオチドWV-9715のキラル制御された組成物を提供する。一部の実施形態において、本開示は、オリゴヌクレオチドWV-9747のキラル制御された組成物を提供する。一部の実施形態において、本開示は、オリゴヌクレオチドWV-9748のキラル制御された組成物を提供する。一部の実施形態において、本開示は、オリゴヌクレオチドWV-9749のキラル制御された組成物を提供する。一部の実施形態において、本開示は、オリゴヌクレオチドWV-9897のキラル制御された組成物を提供する。一部の実施形態において、本開示は、オリゴヌクレオチドWV-9898のキラル制御された組成物を提供する。一部の実施形態において、本開示は、オリゴヌクレオチドWV-9899のキラル制御された組成物を提供する。一部の実施形態において、本開示は、オリゴヌクレオチドWV-9900のキラル制御された組成物を提供する。一部の実施形態において、本開示は、オリゴヌクレオチドWV-9906のキラル制御された組成物を提供する。一部の実施形態において、本開示は、オリゴヌクレオチドWV-9912のキラル制御された組成物を提供する。一部の実施形態において、本開示は、オリゴヌクレオチドWV-10670のキラル制御された組成物を提供する。一部の実施形態において、本開示は、オリゴヌクレオチドWV-10671のキラル制御された組成物を提供する。一部の実施形態において、本開示は、オリゴヌクレオチドWV-10672のキラル制御された組成物を提供する。
一部の実施形態において、本開示は、CUCCGGUUCUGAAGGUGUUC(式中、各Uは、任意選択で且つ独立に、Tに置き換えることができる)の塩基配列であるか、それを含むか、又はその15塩基部分を含む塩基配列を有するオリゴヌクレオチドの組成物を提供し、ここで、この組成物は、任意選択でキラル制御されている。一部の実施形態において、本開示は、CUCCGGUUCUGAAGGUGUUC(式中、各Uは、任意選択で且つ独立に、Tに置き換えることができる)である塩基配列を有するオリゴヌクレオチドの組成物を提供し、ここで、この組成物は、任意選択でキラル制御されている。一部の実施形態において、本開示は、CUCCGGUUCUGAAGGUGUUC(式中、各Uは、任意選択で且つ独立に、Tに置き換えることができる)を含む塩基配列を有するオリゴヌクレオチドの組成物を提供し、ここで、この組成物は、任意選択でキラル制御されている。一部の実施形態において、本開示は、CUCCGGUUCUGAAGGUGUUC(式中、各Uは、任意選択で且つ独立に、Tに置き換えることができる)であるか、それを含むか、又はその15塩基部分を含む塩基配列を有するオリゴヌクレオチドの組成物を提供し、ここで、この組成物は、任意選択でキラル制御されている。一部の実施形態において、本開示は、CUCCGGUUCUGAAGGUGUUCC、UCCGGUUCUGAAGGUGUUC、UCCGGUUCUGAAGGUGUUC、CCGGUUCUGAAGGUGUUC、CGGUUCUGAAGGUGUUC、GGUUCUGAAGGUGUUC、GUUCUGAAGGUGUUC、CUCCGGUUCUGAAGGUGUU、CUCCGGUUCUGAAGGUGU、CUCCGGUUCUGAAGGUG、CUCCGGUUCUGAAGGU、CUCCGGUUCUGAAGG、UCCGGUUCUGAAGGUGUU、CCGGUUCUGAAGGUGUU、UCCGGUUCUGAAGGUGU、CCGGUUCUGAAGGUGU、UCCGGUUCUGAAGGUG、CGGUUCUGAAGGUGU、UCCGGUUCUGAAGGU、CCGGUUCUGAAGGUG、CGGUUCUGAAGGUGUU、UCCGGUUCUGAAGGUGUUC,UCCGGUUCUGAAGGUG,UCCGGUUCUGAAGGU、CGGUUCUGAAGGUGUU、GGUUCUGAAGGUGUU又はGGUUCUGAAGGUGUU(式中、各Uは、任意選択で且つ独立に、Tに置き換えることができる)であるか又はそれを含む塩基配列を有するオリゴヌクレオチドの組成物を提供し、ここで、この組成物は、任意選択でキラル制御されている。一部の実施形態において、本開示は、UUCUGAAGGUGUUCUUGUAC(式中、各Uは、任意選択で且つ独立に、Tに置き換えることができる)の塩基配列であるか、それを含むか、又はその15塩基部分を含む塩基配列を有するオリゴヌクレオチドの組成物を提供し、ここで、この組成物は、任意選択でキラル制御されている。一部の実施形態において、本開示は、UUCUGAAGGUGUUCUUGUAC(式中、各Uは、任意選択で且つ独立に、Tに置き換えることができる)である塩基配列を有するオリゴヌクレオチドの組成物を提供し、ここで、この組成物は、任意選択でキラル制御されている。一部の実施形態において、本開示は、UUCUGAAGGUGUUCUUGUAC(式中、各Uは、任意選択で且つ独立に、Tに置き換えることができる)を含む塩基配列を有するオリゴヌクレオチドの組成物を提供し、ここで、この組成物は、任意選択でキラル制御されている。一部の実施形態において、本開示は、UUCUGAAGGUGUUCUUGUAC(式中、各Uは、任意選択で且つ独立に、Tに置き換えることができる)の塩基配列の15塩基部分を含む塩基配列を有するオリゴヌクレオチドの組成物を提供し、ここで、この組成物は、任意選択でキラル制御されている。一部の実施形態において、本開示は、UUCUGAAGGUGUUCUUGUAC、UCUGAAGGUGUUCUUGUAC、CUGAAGGUGUUCUUGUAC、UGAAGGUGUUCUUGUAC、GAAGGUGUUCUUGUAC、AAGGUGUUCUUGUAC、UUCUGAAGGUGUUCUUGUA、UUCUGAAGGUGUUCUUGU、UUCUGAAGGUGUUCUUG、UUCUGAAGGUGUUCUU、UUCUGAAGGUGUUCU、UCUGAAGGUGUUCUUGUA、UCUGAAGGUGUUCUUGU、UCUGAAGGUGUUCUUG、UCUGAAGGUGUUCUU、CUGAAGGUGUUCUUGUA、CUGAAGGUGUUCUUGU、CUGAAGGUGUUCUUG、UGAAGGUGUUCUUGU又はUGAAGGUGUUCUUGUA(式中、各Uは、任意選択で且つ独立に、Tに置き換えることができる)であるか又はそれを含む塩基配列を有するオリゴヌクレオチドの組成物を提供し、ここで、この組成物は、任意選択でキラル制御されている。
一部の実施形態において、本開示は、本表のいずれかから選択されるオリゴヌクレオチドのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。一部の実施形態において、本開示は、本表のいずれかから選択されるオリゴヌクレオチドのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、ここで、オリゴヌクレオチドは、脂質又はターゲティング部分にコンジュゲートされている。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20塩基長以上、任意選択で25、30、35、40、45、50、55又は60塩基長以下である。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、25塩基長以下である。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、30塩基長以下である。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、35塩基長以下である。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、40塩基長以下である。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、45塩基長以下である。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、50塩基長以下である。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、55塩基長以下である。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、60塩基長以下である。一部の実施形態において、各塩基は、独立に、任意選択で置換されているA、T、C、G若しくはU又はA、T、C、G若しくはUの任意選択で置換されている互変異性体である。
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、そのオリゴヌクレオチド鎖(オリゴヌクレオチド骨格及び塩基)の他に追加の化学的部分、例えば脂質部分、ターゲティング部分等を含む。一部の実施形態において、脂質は、脂肪酸である。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、脂肪酸にコンジュゲートされる。一部の実施形態において、脂肪酸は、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30個又はそれを超える炭素原子を含む。
一部の実施形態において、脂質は、ステアリン酸又はツルビナル酸である。一部の実施形態において、脂質は、ステアリン酸酸である。一部の実施形態において、脂質は、ツルビナル酸である。
一部の実施形態において、脂質は、任意選択で置換されているC10~C80、C10~C60又はC10~C40飽和又は部分不飽和脂肪族基を含み、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、C~Cアルキレン、C~Cアルケニレン、-C≡C-、C~Cヘテロ脂肪族部分、-C(R’)-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)-、-N(R’)C(O)O-、-OC(O)N(R’)-、-S(O)-、-S(O)-、-S(O)N(R’)-、-N(R’)S(O)-、-SC(O)-、-C(O)S-、-OC(O)-及び-C(O)O-(式中、各可変要素は、独立に、本明細書に定義及び記載されるとおりである)によって置き換えられる。
一部の実施形態において、脂質は、ラウリン酸、ミリスチン酸、パルミチン酸、ステアリン酸、オレイン酸、リノール酸、αリノレン酸、γリノレン酸、ドコサヘキサエン酸(DHA又はシス-DHA)、ツルビナル酸及びジリノレイルからなる群から選択される。
一部の実施形態において、脂質は、任意選択で1つ以上のリンカー部を介してオリゴヌクレオチド鎖にコンジュゲートされる。一部の実施形態において、脂質は、オリゴヌクレオチド鎖にコンジュゲートされない。
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、任意選択でリンカーを介して化学的部分、例えば脂質部分、ペプチド部分、ターゲティング部分、炭水化物部分、スルホンアミド部分、抗体又はその断片にコンジュゲートされる。一部の実施形態において、提供される化合物、例えばオリゴヌクレオチドは、
-[-LLD-(RLD、A-[-L-(R、[(A-L-R、(A-L-(A又は(A-L-(R
(式中、
は、オリゴヌクレオチド鎖であり(例えば、H-A、[H]-A又は[H]-Aは、オリゴヌクレオチドであり);
aは、1~1000であり;
bは、1~1000であり;
LD及びLの各々は、独立に、リンカー部分であり;
LDは、脂質部分であり;及び
各Rは、独立に、脂質部分又はターゲティング部分である)
又はその塩の構造を有する。
一部の実施形態において、提供される化合物、例えばオリゴヌクレオチドは、
-[-LLD-(RLD、A-[-L-(R、[(A-L-R、(A-L-(A又は(A-L-(R
(式中、
は、オリゴヌクレオチド鎖であり(例えば、H-A、[H]-A又は[H]-Aは、オリゴヌクレオチドであり);
aは、1~1000であり;
bは、1~1000であり;
各Rは、独立に、RLD、RCD又はRTDであり;
CDは、C1~100脂肪族基及び1~30個のヘテロ原子を有するC1~100ヘテロ脂肪族基から選択される、任意選択で置換されている直鎖又は分枝状の基であり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、C1~6アルキレン、C1~6アルケニレン、-C≡C-、1~5個のヘテロ原子を有する二価C~Cヘテロ脂肪族基、-C(R’)-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)O-、-S(O)-、-S(O)-、-S(O)N(R’)-、-C(O)S-、-C(O)O-、-P(O)(OR’)-、-P(O)(SR’)-、-P(O)(R’)-、-P(O)(NR’)-、-P(S)(OR’)-、-P(S)(SR’)-、-P(S)(R’)-、-P(S)(NR’)-、-P(R’)-、-P(OR’)-、-P(SR’)-、-P(NR’)-、-P(OR’)[B(R’)]-、-OP(O)(OR’)O-、-OP(O)(SR’)O-、-OP(O)(R’)O-、-OP(O)(NR’)O-、-OP(OR’)O-、-OP(SR’)O-、-OP(NR’)O-、-OP(R’)O-又は-OP(OR’)[B(R’)]O-に置き換えられ;及び1つ以上のCH又は炭素原子は、任意選択で且つ独立に、Cyに置き換えられ;
LDは、任意選択で置換されている直鎖又は分枝状C1~100脂肪族基であり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、C1~6アルキレン、C1~6アルケニレン、-C≡C-、-C(R’)-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)O-、-S(O)-、-S(O)-、-S(O)N(R’)-、-C(O)S-、-C(O)O-、-P(O)(OR’)-、-P(O)(SR’)-、-P(O)(R’)-、-P(O)(NR’)-、-P(S)(OR’)-、-P(S)(SR’)-、-P(S)(R’)-、-P(S)(NR’)-、-P(R’)-、-P(OR’)-、-P(SR’)-、-P(NR’)-、-P(OR’)[B(R’)]-、-OP(O)(OR’)O-、-OP(O)(SR’)O-、-OP(O)(R’)O-、-OP(O)(NR’)O-、-OP(OR’)O-、-OP(SR’)O-、-OP(NR’)O-、-OP(R’)O-又は-OP(OR’)[B(R’)]O-に置き換えられ;及び1つ以上のCH又は炭素原子は、任意選択で且つ独立に、Cyに置き換えられ;
TDは、ターゲティング部分であり;
LD及びLの各々は、独立に、共有結合又はC1~100脂肪族基及び1~30個のヘテロ原子を有するC1~100ヘテロ脂肪族基から選択される、二価又は多価の、任意選択で置換されている直鎖若しくは分枝状の基であり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、C1~6アルキレン、C1~6アルケニレン、-C≡C-、1~5個のヘテロ原子を有する二価C~Cヘテロ脂肪族基、-C(R’)-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)O-、-S(O)-、-S(O)-、-S(O)N(R’)-、-C(O)S-、-C(O)O-、-P(O)(OR’)-、-P(O)(SR’)-、-P(O)(R’)-、-P(O)(NR’)-、-P(S)(OR’)-、-P(S)(SR’)-、-P(S)(R’)-、-P(S)(NR’)-、-P(R’)-、-P(OR’)-、-P(SR’)-、-P(NR’)-、-P(OR’)[B(R’)]-、-OP(O)(OR’)O-、-OP(O)(SR’)O-、-OP(O)(R’)O-、-OP(O)(NR’)O-、-OP(OR’)O-、-OP(SR’)O-、-OP(NR’)O-、-OP(R’)O-又は-OP(OR’)[B(R’)]O-に置き換えられ;及び1つ以上のCH又は炭素原子は、任意選択で且つ独立に、Cyに置き換えられ;
各-Cy-は、独立に、C3~20脂環族環、C6~20アリール環、1~10個のヘテロ原子を有する5~20員環ヘテロアリール環及び1~10個のヘテロ原子を有する3~20員環ヘテロシクリル環から選択される、任意選択で置換されている二価の基であり;
各Cyは、独立に、C3~20脂環族環、C6~20アリール環、1~10個のヘテロ原子を有する5~20員環ヘテロアリール環及び1~10個のヘテロ原子を有する3~20員環ヘテロシクリル環から選択される、任意選択で置換されている三価又は四価の基であり;
各R’は、独立に、-R、-C(O)R、-C(O)OR又は-S(O)Rであり;及び
各Rは、独立に、-H又はC1~30脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族、C6~30アリール、C6~30アリール脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC6~30アリールヘテロ脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有する5~30員環ヘテロアリール及び1~10個のヘテロ原子を有する3~30員環ヘテロシクリルから選択される、任意選択で置換されている基であるか、又は
2つのR基は、任意選択で且つ独立に、一緒になって共有結合を形成するか、又は
同じ原子上の2つ以上のR基は、任意選択で且つ独立に、その原子と一緒になって、その原子に加えて0~10個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている3~30員環単環式、二環式又は多環式環を形成するか、又は
2つ以上の原子上の2つ以上のR基は、任意選択で且つ独立に、それらの介在原子と一緒になって、それらの介在原子に加えて0~10個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている3~30員環単環式、二環式又は多環式環を形成する)
又はその塩の構造を有する。
一部の実施形態において、本開示は、
-[-LLD-(RLD、A-[-L-(R、[(A-L-R、(A-L-(A又は(A-L-(R
又はその塩の構造を各々有する複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物を提供する。
一部の実施形態において、[H]-Ac(式中、bは、1~1000である)は、表のいずれか1つのオリゴヌクレオチドである。一部の実施形態において、[H]-Acは、表A1のオリゴヌクレオチドである。
一部の実施形態において、aは、1~100である。一部の実施形態において、aは、1~50である。一部の実施形態において、aは、1~40である。一部の実施形態において、aは、1~30である。一部の実施形態において、aは、1~20である。一部の実施形態において、aは、1~15である。一部の実施形態において、aは、1~10である。一部の実施形態において、aは、1~9である。一部の実施形態において、aは、1~8である。一部の実施形態において、aは、1~7である。一部の実施形態において、aは、1~6である。一部の実施形態において、aは、1~5である。一部の実施形態において、aは、1~4である。一部の実施形態において、aは、1~3である。一部の実施形態において、aは、1~2である。一部の実施形態において、aは、1である。一部の実施形態において、aは、2である。一部の実施形態において、aは、3である。一部の実施形態において、aは、4である。一部の実施形態において、aは、5である。一部の実施形態において、aは、6である。一部の実施形態において、aは、7である。一部の実施形態において、aは、8である。一部の実施形態において、aは、9である。一部の実施形態において、aは、10である。一部の実施形態において、aは、10より大きい。一部の実施形態において、bは、1~100である。一部の実施形態において、bは、1~50である。一部の実施形態において、bは、1~40である。一部の実施形態において、bは、1~30である。一部の実施形態において、bは、1~20である。一部の実施形態において、bは、1~15である。一部の実施形態において、bは、1~10である。一部の実施形態において、bは、1~9である。一部の実施形態において、bは、1~8である。一部の実施形態において、bは、1~7である。一部の実施形態において、bは、1~6である。一部の実施形態において、bは、1~5である。一部の実施形態において、bは、1~4である。一部の実施形態において、bは、1~3である。一部の実施形態において、bは、1~2である。一部の実施形態において、bは、1である。一部の実施形態において、bは、2である。一部の実施形態において、bは、3である。一部の実施形態において、bは、4である。一部の実施形態において、bは、5である。一部の実施形態において、bは、6である。一部の実施形態において、bは、7である。一部の実施形態において、bは8、である。一部の実施形態において、bは、9である。一部の実施形態において、bは、10である。一部の実施形態において、bは、10より大きい。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、A-LLD-RLDの構造を有する。一部の実施形態において、Aは、その糖、塩基及び/又はインターヌクレオチド結合部分の1つ以上を介してコンジュゲートされる。一部の実施形態において、Aは、その5’-OH(5’-O-)を介してコンジュゲートされる。一部の実施形態において、Aは、その3’-OH(3’-O-)を介してコンジュゲートされる。一部の実施形態において、コンジュゲートする前、A-(H)(bは、Aの価数に応じて1~1000の整数である)は、本明細書に記載されるとおりのオリゴヌクレオチド、例えば表のいずれか1つに記載されるものの1つである。一部の実施形態において、Lは、-L-である。一部の実施形態において、Lは、ホスホロチオエート基を含む。一部の実施形態において、Lは、-C(O)NH-(CH-OP(=O)(S)-O-である。一部の実施形態において、例えば5’又は3’末端を介して-C(O)NH末端がRLDに連結され、-O-末端がオリゴヌクレオチドに連結される。一部の実施形態において、RLDは、任意選択で置換されているC10、C15、C16、C17、C18、C19、C20、C21、C22、C23、C24又はC25~C20、C21、C22、C23、C24、C25、C26、C27、C28、C29、C30、C35、C40、C45、C50、C60、C70又はC80脂肪族である。一部の実施形態において、RLDは、任意選択で置換されているC10~80脂肪族である。一部の実施形態において、RLDは、任意選択で置換されているC20~80脂肪族である。一部の実施形態において、RLDは、任意選択で置換されているC10~70脂肪族である。一部の実施形態において、RLDは、任意選択で置換されているC20~70脂肪族である。一部の実施形態において、RLDは、任意選択で置換されているC10~60脂肪族である。一部の実施形態において、RLDは、任意選択で置換されているC20~60脂肪族である。一部の実施形態において、RLDは、任意選択で置換されているC10~50脂肪族である。一部の実施形態において、RLDは、任意選択で置換されているC20~50脂肪族である。一部の実施形態において、RLDは、任意選択で置換されているC10~40脂肪族である。一部の実施形態において、RLDは、任意選択で置換されているC20~40脂肪族である。一部の実施形態において、RLDは、任意選択で置換されているC10~30脂肪族である。一部の実施形態において、RLDは、任意選択で置換されているC20~30脂肪族である。一部の実施形態において、RLDは、非置換C10、C15、C16、C17、C18、C19、C20、C21、C22、C23、C24又はC25~C20、C21、C22、C23、C24、C25、C26、C27、C28、C29、C30、C35、C40、C45、C50、C60、C70又はC80脂肪族である。一部の実施形態において、RLDは、非置換C10~80脂肪族である。一部の実施形態において、RLDは、非置換C20~80脂肪族である。一部の実施形態において、RLDは、非置換C10~70脂肪族である。一部の実施形態において、RLDは、非置換C20~70脂肪族である。一部の実施形態において、RLDは、非置換C10~60脂肪族である。一部の実施形態において、RLDは、非置換C20~60脂肪族である。一部の実施形態において、RLDは、非置換C10~50脂肪族である。一部の実施形態において、RLDは、非置換C20~50脂肪族である。一部の実施形態において、RLDは、非置換C10~40脂肪族である。一部の実施形態において、RLDは、非置換C20~40脂肪族である。一部の実施形態において、RLDは、非置換C10~30脂肪族である。一部の実施形態において、RLDは、非置換C20~30脂肪族である。
一部の実施形態において、脂質部分がオリゴヌクレオチドに取り込まれると、脂質部分を有しない、他の点で同一のオリゴヌクレオチドと比較して、オリゴヌクレオチドの少なくとも1つの特性が改良される。一部の実施形態において、改良される特性としては、活性の増加(例えば、有害なエクソンの望ましいスキッピングを誘導する能力の増加)、毒性の低下及び/又は組織への分布の改良が挙げられる。一部の実施形態において、組織は、筋組織である。一部の実施形態において、組織は、骨格筋、腓腹筋、三頭筋、心臓又は横隔膜である。一部の実施形態において、改良される特性としては、hTLR9アゴニスト活性の低減が挙げられる。一部の実施形態において、改良される特性としては、hTLR9アンタゴニスト活性が挙げられる。一部の実施形態において、改良される特性としては、hTLR9アンタゴニスト活性の増加が挙げられる。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド又はオリゴヌクレオチド組成物は、DMDオリゴヌクレオチド又はオリゴヌクレオチド組成物;非負電荷インターヌクレオチド結合を含むオリゴヌクレオチド又はオリゴヌクレオチド組成物;又は非負電荷インターヌクレオチド結合を含むDMDオリゴヌクレオチドである。
一部の実施形態において、本開示は、Rp又はSp配置の少なくとも1つのキラル制御されたホスホロチオエートインターヌクレオチド結合と、少なくとも1つの天然リン酸インターヌクレオチド結合と、少なくとも1つの非負電荷インターヌクレオチド結合とを含むDMDオリゴヌクレオチドを含む組成物に関する。一部の実施形態において、本開示は、少なくとも1つのホスホロチオエートインターヌクレオチド結合と、少なくとも1つの天然リン酸インターヌクレオチド結合と、少なくとも1つの非負電荷インターヌクレオチド結合とを含むDMDオリゴヌクレオチドを含む組成物に関する。一部の実施形態において、本開示は、少なくとも1つのホスホロチオエートインターヌクレオチド結合と、少なくとも1つの天然リン酸インターヌクレオチド結合と、少なくとも1つのキラル制御された非負電荷インターヌクレオチド結合とを含むDMDオリゴヌクレオチドを含む組成物に関する。一部の実施形態において、本開示は、Rp又はSp配置の少なくとも1つのキラル制御されたホスホロチオエートインターヌクレオチド結合と、少なくとも1つの天然リン酸インターヌクレオチド結合と、少なくとも1つのキラル制御された非負電荷インターヌクレオチド結合とを含むDMDオリゴヌクレオチドを含む組成物に関する。
一部の実施形態において、DMDオリゴヌクレオチド(例えば、同じ長さを有するDMD転写物又はDMD遺伝子配列の一部分にハイブリダイズしたとき、その塩基配列が5、4、3、2又は1個以下のミスマッチを含むオリゴヌクレオチド)は、ジストロフィン転写物の1つ以上のエクソンのスキッピングを媒介する能力を有する。
一部の実施形態において、DMDオリゴヌクレオチドは、本明細書に開示される例示的オリゴヌクレオチド(例えば、本表に挙げられるオリゴヌクレオチド)の塩基配列又は本明細書に記載される例示的オリゴヌクレオチドヌクレオチドの15塩基部分を含む塩基配列からなる塩基配列を有する。一部の実施形態において、DMDオリゴヌクレオチドは、15~50塩基の長さを有する。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、核酸塩基修飾、糖修飾及び/又はインターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、DMDオリゴヌクレオチドは、本明細書に記載される例示的オリゴヌクレオチド(又は少なくとも5塩基の長さを有するその任意の一部分)の核酸塩基修飾、糖修飾及び/又はインターヌクレオチド結合のパターンを有する。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、BrUである核酸塩基修飾を含む。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、2’-OMe、2’-F、2’-MOE又はLNAである糖修飾を含む。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、天然リン酸結合又はホスホロチオエートインターヌクレオチド結合であるインターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、ホスホロチオエートインターヌクレオチド結合は、キラル制御されていない。一部の実施形態において、ホスホロチオエートインターヌクレオチド結合は、キラル制御されたインターヌクレオチド結合(例えば、Sp又はRp)である。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、非負電荷インターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、DMDオリゴヌクレオチドは、中性インターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、中性インターヌクレオチド結合は、トリアゾール、アルキン又は環状グアニジン部分であるか又はそれを含む。
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチド、例えばDMDオリゴヌクレオチド中のトリアゾール部分(例えば、任意選択で置換されているトリアゾリル基)を含むインターヌクレオチド結合は、

の構造を有する。一部の実施形態において、トリアゾール部分を含むインターヌクレオチド結合は、

(式中、Wは、O又はSである)
の式を有する。一部の実施形態において、アルキン部分(例えば、任意選択で置換されているアルキニル基)を含むインターヌクレオチド結合は、

(式中、WはO又はSである)
の式を有する。一部の実施形態において、インターヌクレオチド結合は、グアニジン部分を含む。一部の実施形態において、インターヌクレオチド結合は、環状グアニジン部分を含む。一部の実施形態において、環状グアニジン部分を含むインターヌクレオチド結合は、

の構造を有する。一部の実施形態において、中性インターヌクレオチド結合又は環状グアニジン部分を含むインターヌクレオチド結合は、立体化学的に制御されている。
一部の実施形態において、DMDオリゴヌクレオチドは、脂質部分を含む。一部の実施形態において、インターヌクレオチド結合は、Tmg基

を含む。一部の実施形態において、インターヌクレオチド結合は、Tmg基を含み、

の構造を有する(「Tmgインターヌクレオチド結合」)。一部の実施形態において、中性インターヌクレオチド結合は、PNA及びPMOのインターヌクレオチド結合と、Tmgインターヌクレオチド結合とを含む。
一般に、本明細書に記載されるとおりのオリゴヌクレオチド組成物の特性は、任意の適切なアッセイを用いて評価することができる。典型的には、異なる組成物(例えば、立体制御された組成物対立体制御されていない組成物及び/又は別の立体制御された組成物)の相対毒性及び/又はタンパク質結合特性は、同じアッセイにおいて、一部の実施形態では実質的に同時に及び一部の実施形態では過去の結果を参照して望ましくは決定される。
当業者は、特定のオリゴヌクレオチド組成物に適切なアッセイを分かっており、及び/又はそれを容易に開発することができるであろう。本開示は、例えば、オリゴヌクレオチド組成物挙動の1つ以上の特徴、例えば補体活性化、注射部位炎症、タンパク質結合等を評価することにおいて有用であり得るある種の特定のアッセイについての説明を提供する。
例えば、オリゴヌクレオチド組成物の毒性及び/又はタンパク質結合特性を評価することにおいて有用であり得るある種のアッセイには、本明細書に説明及び/又は例示される任意のアッセイが含まれ得る。
とりわけ、一部の実施形態において、本開示は、
1)塩基配列;
2)骨格結合のパターン;
3)骨格キラル中心のパターン;及び
4)骨格リン修飾のパターン
によって定義される特定のオリゴヌクレオチドタイプの複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物を提供し、ここで、
複数のオリゴヌクレオチドは、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19又は20個のキラル制御されたインターヌクレオチド結合を含み;及び
このオリゴヌクレオチド組成物は、それが転写物スプライシングシステム内の転写物と接触されるとき、その組成物が存在しないこと、参照組成物が存在すること及びこれらの組み合わせからなる群から選択される参照条件下で観察されるものに対して転写物のスプライシングが変化されることを特徴とする。
一部の実施形態において、本開示は、
1)塩基配列;
2)骨格結合のパターン;
3)骨格キラル中心のパターン;及び
4)骨格リン修飾のパターン
によって定義される特定のオリゴヌクレオチドタイプの複数のオリゴヌクレオチドを含む組成物を提供し、
この組成物は、キラル制御されており、及びそれは、同じ塩基配列、骨格結合のパターン及び骨格リン修飾のパターンを有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミ体の製剤と比べて特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドが強化されており、
このオリゴヌクレオチド組成物は、それが転写物スプライシングシステム内の転写物と接触されるとき、その組成物が存在しないこと、参照組成物が存在すること及びこれらの組み合わせからなる群から選択される参照条件下で観察されるものに対してエクソンのスキッピングレベルが増加する点で転写物のスプライシングが変化されることを特徴とする。
一部の実施形態において、本開示は、
1)塩基配列;
2)骨格結合のパターン;及び
3)骨格リン修飾のパターン
によって定義される特定のオリゴヌクレオチドタイプの複数のオリゴヌクレオチドを含む組成物を提供し、ここで、
複数のオリゴヌクレオチドは、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19又は20個の非負電荷インターヌクレオチド結合を含み;
このオリゴヌクレオチド組成物は、それが転写物スプライシングシステム内の転写物と接触されるとき、その組成物が存在しないこと、参照組成物が存在すること及びこれらの組み合わせからなる群から選択される参照条件下で観察されるものに対してエクソンのスキッピングレベルが増加する点で転写物のスプライシングが変化されることを特徴とする。
一部の実施形態において、本開示は、
1)塩基配列;
2)骨格結合のパターン;及び
3)骨格リン修飾のパターン
によって定義される特定のオリゴヌクレオチドタイプの複数のオリゴヌクレオチドを含む組成物を提供し、ここで、
複数のオリゴヌクレオチドは、
1)2’-F修飾糖部分を含む1、2、3、4、5、6、7、8、9、10ヌクレオシド単位又はそれを超えるものを含む5’末端領域;
2)2’-F修飾糖部分を含む1、2、3、4、5、6、7、8、9、10ヌクレオシド単位又はそれを超えるものを含む3’末端領域;及び
3)リン酸ジエステル結合を含む1、2、3、4、5、6、7、8、9、10ヌクレオチド単位又はそれを超えるものを含む、5’末端領域と3’領域との間の中間領域
を含む。
一部の実施形態において、本開示は、
1)塩基配列;
2)骨格結合のパターン;
3)骨格キラル中心のパターン;及び
4)骨格リン修飾のパターン
によって定義される特定のオリゴヌクレオチドタイプの複数のオリゴヌクレオチドを含む組成物を提供し、ここで、
複数のオリゴヌクレオチドは、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19又は20個のキラル制御されたインターヌクレオチド結合を含み;及び
複数のオリゴヌクレオチドは、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19又は20個の非負電荷インターヌクレオチド結合を含む。
一部の実施形態において、本開示は、
1)塩基配列;
2)骨格結合のパターン;
3)骨格キラル中心のパターン;及び
4)骨格リン修飾のパターン
によって定義される特定のオリゴヌクレオチドタイプの複数のオリゴヌクレオチドを含む組成物を提供し、ここで、
複数のオリゴヌクレオチドは、コレステロール;L-カルニチン(アミド及びカルバメート結合);葉酸;切断可能な脂質(1,2-ジラウリン及びエステル結合);インスリン受容体リガンド;ガンボギン酸;CPP;グルコース(トリアンテナ及びヘキサアンテナ型);又はマンノース(トリアンテナ及びヘキサアンテナ型、α及びβ)を含む。
一部の実施形態において、本開示は、本開示のオリゴヌクレオチド又はオリゴヌクレオチド組成物と薬学的に許容可能な担体とを含む医薬組成物を提供する。
一部の実施形態において、本開示は、標的転写物のスプライシングを変化させる方法であって、本開示のオリゴヌクレオチド組成物を投与することを含む方法を提供する。一部の実施形態において、本開示は、転写物又はその産物のレベルを低減する方法であって、本開示のオリゴヌクレオチド組成物を投与することを含む方法を提供する。一部の実施形態において、本開示は、転写物又はその産物のレベルを増加させる方法であって、本開示のオリゴヌクレオチド組成物を投与することを含む方法を提供する。筋ジストロフィー、デュシェンヌ型(デュシェンヌの)筋ジストロフィー(DMD)又はベッカー型(ベッカーの)筋ジストロフィー(BMD)を治療する方法であって、それに罹り易いか又はそれに罹患している対象に、本開示に記載される組成物を投与することを含む方法である。
一部の実施形態において、本開示は、筋ジストロフィー、デュシェンヌ型(デュシェンヌの)筋ジストロフィー(DMD)又はベッカー型(ベッカーの)筋ジストロフィー(BMD)を治療する方法であって、それに罹り易いか又はそれに罹患している対象に、本明細書に開示される任意のDMDオリゴヌクレオチドを含む組成物を投与することを含む方法を提供する。
一部の実施形態において、本開示は、筋ジストロフィー、デュシェンヌ型(デュシェンヌの)筋ジストロフィー(DMD)又はベッカー型(ベッカーの)筋ジストロフィー(BMD)を治療する方法であって、(a)それに罹り易いか又はそれに罹患している対象に、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドを含む組成物を投与すること、及び(b)筋ジストロフィー、デュシェンヌ型(デュシェンヌの)筋ジストロフィー(DMD)又はベッカー型(ベッカーの)筋ジストロフィー(BMD)を予防するか、治療するか、改善するか、又はその進行を減速させる能力を有する追加の治療を対象に投与することを含む方法を提供する。
多重エクソンスキッピングの例を示す。 多重エクソンスキッピングを検出する方法の略画を示す。 様々な多重エクソンスキッピング戦略を示す。
定義
本明細書で使用される場合、別に記載のない限り、以下の定義が適用されるものとする。本開示の目的のために、化学元素は、元素周期表、CASバージョン、Handbook of Chemistry and Physics, 75th Edに従って同定される。加えて、有機化学の一般的原理は、“Organic Chemistry”, Thomas Sorrell, University Science Books, Sausalito: 1999並びに“March’s Advanced Organic Chemistry”, 5th Ed., Ed.: Smith, M. b. and March, J., John Wiley & Sons, New York: 2001に記載されている。
脂肪族:「脂肪族」又は「脂肪族基」という用語は、本明細書で使用される場合、完全に飽和であるか、又は1つ若しくは複数の不飽和の単位を含む直鎖(即ち非分岐)若しくは分岐、置換若しくは非置換炭化水素鎖或いは完全に飽和であるか又は1つ若しくは複数の不飽和の単位を含むが、芳香族ではない単環式炭化水素又は二環若しくは多環式炭化水素(本明細書では「炭素環」、「脂環式」又は「シクロアルキル」とも呼ばれる)又はそれらの組み合わせを意味する。一部の実施形態では、脂肪族基は、1~100個の脂肪族炭素原子を含む。一部の実施形態では、脂肪族基は、1~20個の脂肪族炭素原子を含む。他の実施形態では、脂肪族基は、1~10個の脂肪族炭素原子を含む。他の実施形態では、脂肪族基は、1~9個の脂肪族炭素原子を含む。他の実施形態では、脂肪族基は、1~8個の脂肪族炭素原子を含む。他の実施形態では、脂肪族基は、1~7個の脂肪族炭素原子を含む。他の実施形態では、脂肪族基は、1~6個の脂肪族炭素原子を含む。更に別の実施形態では、脂肪族基は、1~5個の脂肪族炭素原子を含み、また別の実施形態では、脂肪族基は、1、2、3又は4個の脂肪族炭素原子を含む。一部の実施形態において、「脂環族」(又は「炭素環」、又は「シクロアルキル」)は、完全に飽和しているか又は1つ以上の不飽和単位を含有するが、芳香族ではない単環式又は二環式又は多環式炭化水素を指す。一部の実施形態において、「脂環族」(又は「炭素環」又は「シクロアルキル」)は、完全に飽和しているか又は1つ以上の不飽和単位を含有するが、芳香族ではない単環式C~C炭化水素を指す。好適な脂肪族基として、限定はされないが、直鎖又は分岐状、置換又は非置換アルキル、アルケニル、アルキニル基並びに(シクロアルキル)アルキル、(シクロアルケニル)アルキル又は(シクロアルキル)アルケニルなどのハイブリッドが挙げられる。
アルケニル:本明細書で使用される場合、「アルケニル」という用語は、本明細書に定義するとおり、1つ又は複数の二重結合を有する脂肪族基を指す。
アルキル:本明細書で使用される場合、「アルキル」という用語には、当技術分野での通常の意味が付与され、直鎖アルキル基、分岐アルキル基、シクロアルキル(脂環式)基、アルキル置換シクロアルキル基及びシクロアルキル置換アルキル基をはじめとする飽和脂肪族基が挙げられる。一部の実施形態では、アルキルは、1~100炭素原子を有する。幾つかの実施形態では、直鎖又は分岐鎖アルキルは、その骨格に約1~20個の炭素原子(例えば、直鎖の場合にはC~C20、分岐鎖の場合にはC~C20)或いは約1~10個を有する。一部の実施形態では、シクロアルキル環は、その環構造に約3~10個の炭素原子を有し(その場合、こうした環は、単環、二環又は多環式である)或いはその環構造に約5、6又は7個の炭素を有する。一部の実施形態では、アルキル基は、低級アルキル基であり得、ここで、低級アルキル基は、1~4個の炭素原子(例えば、直鎖低級アルキルの場合、C~C)を含む。
アルキニル:本明細書で使用される場合、「アルキニル」という用語は、本明細書に定義するとおり、1つ又は複数の三重結合を有する脂肪族基を指す。
動物:本明細書で使用されるとき、用語「動物」は、動物界の任意のメンバーを指す。一部の実施形態において、「動物」は、任意の発育段階にあるヒトを指す。一部の実施形態において、「動物」は、任意の発育段階にある非ヒト動物を指す。特定の実施形態において、非ヒト動物は、哺乳類(例えば、げっ歯類、マウス、ラット、ウサギ、サル、イヌ、ネコ、ヒツジ、ウシ、霊長類及び/又はブタ)である。一部の実施形態において、動物には、限定はされないが、哺乳類、鳥類、爬虫類、両生類、魚類及び/又は虫が含まれる。一部の実施形態において、動物は、トランスジェニック動物、遺伝子操作された動物及び/又はクローンであり得る。
おおよそ:本明細書で使用される場合、数値に関する「おおよそ」又は「約」という用語は、一般に、別に記載がないか又は文脈から他の解釈が明らかでない限り、その数値の両方向で5%、10%、15%又は20%の範囲内にある(多いか又は少ない)数値を含むと解釈される(但し、そうした数値が、考えられる値の0%に満たなくなるか又は100%を超える場合を除く)。一部の実施形態では、投与量に関して「約」という用語を用いる場合、±5mg/kg/日を意味する。
アリール:本明細書で使用され、単独で又は「アラルキル」、「アラルコキシ」若しくは「アリールオキシアルキル」などのより大きい部分の一部として用いられる「アリール」という用語は、合計で例えば5~30環員を有する単環、二環又は多環系を指し、ここで、その系の少なくとも1つの環は、芳香環である。一部の実施形態では、アリール基は、合計で5~14環員を有する単環、二環又は多環系を指し、ここで、その系の少なくとも1つの環は芳香族であり、且つその系の環は各々、3~7の環員を含む。一部の実施形態では、アリール基は、ビアリール基である。「アリール」という用語は、用語「アリール環」と置き換え可能に用いられ得る。本発明の幾つかの実施形態では、「アリール」は、限定されないが、フェニル、ビフェニル、ナフチル、ビナフチル、アントラシルなどを含む芳香環系を指し、これは、1つ又は複数の置換基を含み得る。また、用語「アリール」の範囲には、本明細書で使用されるとおり、インダニル、フタリミジル、ナフチミジル、フェナントリジニル又はテトラヒドロナフチルなどの1つ又は複数の非芳香環に融合されている芳香環も含まれる。
特徴的配列:「特徴的配列」は、ポリペプチド又は核酸ファミリーの全てのメンバーに見られる配列であって、従ってそれを用いて当業者がファミリーのメンバーを定義することができる配列である。
同等の:「同等の」という用語は、本明細書において、得られる結果又は観察される現象の比較を可能にする上で互いに十分に類似する2つ(以上)のセットの条件又は状況を表すために使用される。一部の実施形態では、同等セットの条件又は状況は、複数の実質的に同一の特性と、1つ又は少数のまちまちの特性を特徴とする。当業者は、様々なセットの条件又は状況下で得られる結果又は観察される現象の差が、まちまちの特徴の相違に起因するか、又はそれを示すという合理的結論の根拠となるのに十分な数及び種類の実質的に同一の特性を特徴とするとき、複数のセットの条件が互いに同等であることを理解されよう。
脂環式:「脂環式」、「炭素環」、「カルボシクリル」、「炭素環式基」及び「炭素環」という用語は、置き換え可能に用いられ、本明細書で使用される場合、別に記載のない限り、3~30の環員を有する、本明細書に記載されるような、飽和又は部分不飽和であるが、非芳香族の環状脂肪族単環、二環又は多環系を指す。脂環式基として、限定はしないが、シクロプロピル、シクロブチル、シクロペンチル、シクロペンテニル、シクロヘキシル、シクロヘキセニル、シクロヘプチル、シクロヘプテニル、シクロオクチル、シクロオクテニル、ノルボルニル、アダマンチル及びシクロオクタジエニルが挙げられる。一部の実施形態では、脂環式基は、3~6個の炭素を有する。一部の実施形態では、脂環式基は、飽和であり、且つシクロアルキルである。「脂環式」という用語は、デカヒドロナフチル又は1,2,3,4-テトラヒドロナフト-1-イルなどの1つ又は複数の芳香環又は非芳香環に融合された脂環も含み得る。一部の実施形態では、脂環式基は二環式である。一部の実施形態では、脂環式基は三環式である。一部の実施形態では、脂環式基は多環式である。一部の実施形態では、「脂環式」は、完全に飽和であるか又は1つ若しくは複数の不飽和単位を含むが、芳香族ではないC~C単環式炭化水素又はC~C10二環式若しくは多環式炭化水素或いは完全に飽和であるか又は1つ若しくは複数の不飽和単位を含むが、芳香族ではないC~C16多環式炭化水素を指す。
投与レジメン:本明細書で使用されるとき、「投与レジメン」又は「治療レジメン」は、対象に個別に典型的には時間を空けて投与される単位用量(典型的には2用量以上)の組を指す。一部の実施形態において、所与の治療用薬剤には推奨投与レジメンがあり、これは、1用量以上を含み得る。一部の実施形態において、投与レジメンは、複数の用量を含み、その各々は、互いの間が同じ長さの時間だけ空けられている。一部の実施形態において、投与レジームは、複数の用量と、個々の用量間に空いた少なくとも2つの異なる時間とを含む。一部の実施形態において、投与レジメン内にある全ての用量は、同じ単位用量値である。一部の実施形態において、投与レジメン内の異なる用量は、異なる値である。一部の実施形態において、投与レジメンは、第1の用量値の第1の用量を含み、続いて第1の用量値と異なる第2の用量値の1つ以上の更なる用量を含む。一部の実施形態において、投与レジメンは、第1の用量値の第1の用量を含み、続いて第1の用量値と同じ第2の用量値の1つ以上の更なる用量を含む。
ヘテロ脂肪族:用語「ヘテロ脂肪族」は、C、CH、CH及びCHから選択される1つ以上の単位が独立に1個以上のヘテロ原子によって置き換えられている脂肪族基を指す。一部の実施形態において、ヘテロ脂肪族基は、ヘテロアルキルである。一部の実施形態において、ヘテロ脂肪族基は、ヘテロアルケニルである。
ヘテロアリール:「ヘテロアリール」及び「ヘテロアル-」という用語は、本明細書で使用される場合、単独で又はより大きい部分(例えば、「ヘテロアラルキル」若しくは「ヘテロアラルコキシ)の一部として用いられ、合計で例えば5~30環員を有する単環、二環又は多環系を指し、ここで、その系の少なくとも1つの環は、芳香族であり、少なくとも1つの芳香環原子は、ヘテロ原子である。一部の実施形態では、ヘテロアリール基は、5~10個の環原子(即ち単環、二環又は多環式)を有し、一部の実施形態では、5、6、9又は10個の環原子を有する。一部の実施形態では、ヘテロアリール基は、環状アレイ内に共有される6、10又は14π電子を有し;炭素原子の他に、1~5個のヘテロ原子を有する。ヘテロアリール基としては、限定しないが、チエニル、フラニル、ピロニル、イミダゾリル、ピラゾリル、トリアゾリル、テトラゾリル、オキサゾリル、イソキサゾリル、オキサジアゾリル、チアゾリル、イソチアゾリル、チアジアゾリル、ピリジル、ピリダジニル、ピリミジニル、ピラジニル、インドリジニル、プリニル、ナフチリジニル及びプテリジニルが挙げられる。一部の実施形態では、ヘテロアリールは、ビピリジルなどのヘテロビアリール基である。「ヘテロアリール」及び「ヘテロアル-」という用語は、本明細書で使用される場合、ヘテロ芳香環が、1つ又は複数のアリール、脂環式又はヘテロシクリル環と融合しており、結合基又は結合点がヘテロ芳香環上にある基も含む。非限定的な例として、インドリル、イソインドリル、ベンゾチエニル、ベンゾフラニル、ジベンゾフラニル、インダゾリル、ベンズイミダゾリル、ベンズチアゾリル、キノリル、イソキノリル、シンノリニル、フタラジニル、キナゾリニル、キノキザリニル、4H-キノリジニル、カルバゾリル、アクリジニル、フェナジニル、フェノチアジニル、フェノキサジニル、テトラヒドロキノリニル、テトラヒドロイソキノリニル及びピリド[2,3-b]-1,4-オキサジン-3(4H)-オンが挙げられる。ヘテロアリール基は、単環、二環又は多環式であり得る。「ヘテロアリール」という用語は、「ヘテロアリール環」、「ヘテロアリール基」又は「ヘテロ芳香族」という用語と置き換え可能に用い得、これらの用語は何れも、任意選択で置換されている環を含む。「ヘテロアラルキル」という用語は、ヘテロアリール基により置換されているアルキル基を指し、ここで、アルキル及びヘテロアリール部分は、独立に、任意選択で置換される。
ヘテロ原子:「ヘテロ原子」という用語は、炭素又は水素ではない原子を意味する。一部の実施形態では、ヘテロ原子は、酸素、硫黄、窒素、リン、ホウ素又はケイ素(窒素、硫黄、リン又はケイ素の任意の酸化型;複素環の任意の塩基性窒素又は置換可能な窒素の4級化型(例えば、3,4-ジヒドロ-2H-ピロリルの場合などのN)、NH(ピロリジニルの場合など)又はNR(N-置換ピロリジニルの場合など)などを含む)である。一部の実施形態において、ヘテロ原子は、ホウ素、窒素、酸素、ケイ素、硫黄又はリンである。一部の実施形態において、ヘテロ原子は、窒素、酸素、ケイ素、硫黄又はリンである。一部の実施形態において、ヘテロ原子は、窒素、酸素、硫黄又はリンである。一部の実施形態において、ヘテロ原子は、窒素、酸素又は硫黄である。
複素環:本明細書で使用される場合、「複素環」、「ヘテロシクリル」、「複素環式基」及び「複素環」という用語は、本明細書で用いられるとおり、置き換え可能に使用され、飽和又は部分不飽和で、1つ又は複数のヘテロ原子環原子を有する単環、二環又は多環式環部分(例えば、3~30員の)を指す。一部の実施形態では、ヘテロシクリル基は、飽和又は部分不飽和の何れかであり、且つ炭素原子以外に、1つ又は複数、好ましくは、1~4個のヘテロ原子(上に定義したとおり)を有する、安定な5~7員単環又は7~10員二環式複素環部分である。複素環の環原子に関して用いられるとき、「窒素」という用語は、置換窒素を含む。一例として、酸素、硫黄及び窒素から選択される0~3個のヘテロ原子を有する飽和又は部分不飽和環の場合、窒素は、N(3,4-ジヒドロ-2H-ピロリルの場合など)、NH(ピロリジニルの場合など)又はNR(N-置換ピロリジニルの場合など)であり得る。複素環は、任意のヘテロ原子又は炭素原子においてそのペンダント基に結合することができ、これにより、安定な構造が得られ、また、環原子の何れかを任意選択で置換することもできる。こうした飽和又は部分不飽和複素環式ラジカルの例としては、限定しないが、テトラヒドロフラニル、テトラヒドロチエニル、ピロリジニル、ピペリジニル、ピロリニル、テトラヒドロキノリニル、テトラヒドロイソキノリニル、デカヒドロキノリニル、オキサゾリジニル、ピペラジニル、ジオキサニル、ジオキソラニル、ジアゼピニル、オキサゼピニル、チアゼピニル、モルホリニル及びキヌクリジニルが挙げられる。「複素環」、「ヘテロシクリル」、「ヘテロシクリル環」、「複素環式基」、「複素環式部分」及び「複素環式ラジカル」という用語は、本明細書では置き換え可能に用いられ、更に、1つ又は複数のアリール、ヘテロアリール又は脂環、例えばインドリニル、3H-インドリル、クロマニル、フェナントリジニル又はテトラヒドロキノリニルに融合したヘテロシクリル環も含む。ヘテロシクリル基は、単環、二環又は多環式であり得る。「ヘテロシクリルアルキル」という用語は、ヘテロシクリルにより置換されているアルキル基を指し、ここで、アルキル及びヘテロシクリル部分は、独立に、任意選択で置換される。
腹腔内:語句「腹腔内投与」及び「腹腔内投与される」は、本明細書で使用されるとき、対象の腹膜中への化合物又は組成物の投与に関して当技術分野で理解されるその意味を有する。
インビトロ:本明細書で使用される場合、「インビトロ」という用語は、生物(例えば、動物、植物及び/又は微生物)内ではなく、人工の環境、例えば試験管又は反応容器、細胞培養物中で起こる事象を指す。
インビボ:本明細書で使用される場合、「インビボ」という用語は、生物(例えば、動物、植物及び/又は微生物)内で起こる事象を指す。
低級アルキル:用語「低級アルキル」は、C1~4直鎖又は分枝状アルキル基を指す。例示的な低級アルキル基は、メチル、エチル、プロピル、イソプロピル、ブチル、イソブチル及びtert-ブチルである。
低級ハロアルキル:用語「低級ハロアルキル」は、1つ以上のハロゲン原子で置換されているC1~4直鎖又は分枝状アルキル基を指す。
任意選択で置換されている:本明細書に記載される場合、本開示の化合物、例えばオリゴヌクレオチド、脂質、炭水化物等は、任意選択で置換されている部分を含み得る。一般に、用語「置換される」は、用語「任意選択で」が前に置かれるか否かに関わらず、指定部分の1つ又は複数の水素が好適な置換基で置換されることを意味する。別に指示されない限り、「任意選択で置換されている」基は、基の置換可能な位置の各々に好適な置換基を有することができ、何れか所与の構造内の2つ以上の位置が、指定された群から選択される2つ以上の置換基で置換され得る場合、置換基は、全ての位置で同じであるか又は異なり得る。本開示により考慮される置換基の組み合わせは、好ましくは、安定な又は化学的に実現可能な化合物の形成をもたらすものである。「安定な」という用語は、本明細書で使用される場合、その生産、検出並びに特定の実施形態ではその回収、精製及び本明細書に開示される1つ又は複数の目的のための使用を可能にする条件に付されたとき、実質的に変化しない化合物を指す。
好適な一価の置換基は、ハロゲン;-(CH0~4;-(CH0~4OR;-O(CH0~4、-O-(CH0~4C(O)OR;-(CH0~4CH(OR;-(CH0~4Ph(Rで置換され得る);-(CH0~4O(CH0~1Ph(Rで置換され得る);-CH=CHPh(Rで置換され得る);-(CH0~4O(CH0~1-ピリジル(Rで置換され得る);-NO;-CN;-N;-(CH0~4N(R;-(CH0~4N(R)C(O)R;-N(R)C(S)R;-(CH0~4N(R)C(O)N(R;-N(R)C(S)N(R;-(CH0~4N(R)C(O)OR;-N(R)N(R)C(O)R;-N(R)N(R)C(O)N(R;-N(R)N(R)C(O)OR;-(CH0~4C(O)R;-C(S)R;-(CH0~4C(O)OR;-(CH0~4C(O)SR;-(CH0~4C(O)OSi(R;-(CH0~4OC(O)R;-OC(O)(CH0~4SR、-SC(S)SR;-(CH0~4SC(O)R;-(CH0~4C(O)N(R;-C(S)N(R;-C(S)SR;-SC(S)SR、-(CH0~4OC(O)N(R;-C(O)N(OR)R;-C(O)C(O)R;-C(O)CHC(O)R;-C(NOR)R;-(CH0~4SSR;-(CH0~4S(O);-(CH0~4S(O)OR;-(CH0~4OS(O);-S(O)N(R;-(CH0~4S(O)R;-N(R)S(O)N(R;-N(R)S(O);-N(OR)R;-C(NH)N(R;-Si(R;-OSi(R;-P(R;-P(OR;-P(R)(OR);-OP(R;-OP(OR;-OP(R)(OR);-P[N(R-P(R)[N(R];-P(OR)[N(R];-OP[N(R;-OP(R)[N(R];-OP(OR)[N(R];-N(R)P(R;-N(R)P(OR;-N(R)P(R)(OR);-N(R)P[N(R;-N(R)P(R)[N(R];-N(R)P(OR)[N(R];-B(R;-B(R)(OR);-B(OR;-OB(R;-OB(R)(OR);-OB(OR;-P(O)(R;-P(O)(R)(OR);-P(O)(R)(SR);-P(O)(R)[N(R];-P(O)(OR;-P(O)(SR;-P(O)(OR)[N(R];-P(O)(SR)[N(R];-P(O)(OR)(SR);-P(O)[N(R;-OP(O)(R;-OP(O)(R)(OR);-OP(O)(R)(SR);-OP(O)(R)[N(R];-OP(O)(OR;-OP(O)(SR;-OP(O)(OR)[N(R];-OP(O)(SR)[N(R];-OP(O)(OR)(SR);-OP(O)[N(R;-SP(O)(R;-SP(O)(R)(OR);-SP(O)(R)(SR);-SP(O)(R)[N(R];-SP(O)(OR;-SP(O)(SR;-SP(O)(OR)[N(R];-SP(O)(SR)[N(R];-SP(O)(OR)(SR);-SP(O)[N(R;-N(R)P(O)(R;-N(R)P(O)(R)(OR);-N(R)P(O)(R)(SR);-N(R)P(O)(R)[N(R];-N(R)P(O)(OR;-N(R)P(O)(SR;-N(R)P(O)(OR)[N(R];-N(R)P(O)(SR)[N(R];-N(R)P(O)(OR)(SR);-N(R)P(O)[N(R;-P(R[B(R];-P(OR[B(R];-P(NR[B(R];-P(R)(OR)[B(R];-P(R)[N(R][B(R];-P(OR)[N(R][B(R];-OP(R[B(R];-OP(OR[B(R];-OP(NR[B(R];-OP(R)(OR)[B(R];-OP(R)[N(R][B(R];-OP(OR)[N(R][B(R];-N(R)P(R[B(R];-N(R)P(OR[B(R];-N(R)P(NR[B(R];-N(R)P(R)(OR)[B(R];-N(R)P(R)[N(R][B(R];-N(R)P(OR)[N(R][B(R];-P(OR’)[B(R’)]-;-(C1~4直鎖又は分枝状アルキレン)O-N(R;又は-(C1~4直鎖又は分枝状アルキレン)C(O)O-N(Rであり、式中、各Rは、以下に定義するとおり置換され得、独立に、水素、C1~20脂肪族、窒素と、酸素と、硫黄と、ケイ素と、リンとから独立に選択される1~5個のヘテロ原子を有するC1~20ヘテロ脂肪族、-CH-(C6~20アリール)、-O(CH0~1(C6~20アリール)、-CH-(窒素、酸素、硫黄、ケイ素及びリンから独立に選択される1~5個のヘテロ原子を有する5~20員環ヘテロアリール環)、窒素と、酸素と、硫黄と、ケイ素と、リンとから独立に選択される0~5個のヘテロ原子を有する5~20員環単環式、二環式又は多環式飽和、部分不飽和又はアリール環であるか、又は上記の定義にも関わらず、Rの2つの独立した存在がそれらの介在原子と一緒になって、窒素と、酸素と、硫黄と、ケイ素と、リンとから独立に選択される0~5個のヘテロ原子を有する3~20員環単環式、二環式又は多環式飽和、部分不飽和又はアリール環(以下に定義するとおり置換され得る)を形成する。
(又はRの2回の独立した出現により、それらの介在原子と一緒に形成される環)に対する好適な一価置換基は、独立に、ハロゲン、-(CH0~2、-(ハロR)、-(CH0~2OH、-(CH0~2OR、-(CH0~2CH(OR;-O(ハロR)、-CN、-N、-(CH0~2C(O)R、-(CH0~2C(O)OH、-(CH0~2C(O)OR、-(CH0~2SR、-(CH0~2SH、-(CH0~2NH、-(CH0~2NHR、-(CH0~2NR 、-NO、-SiR 、-OSiR 、-C(O)SR、-(C1~4直鎖又は分岐アルキレン)C(O)OR又は-SSR(ここで、各Rは、非置換であるか、又は「ハロ」が前に置かれる場合、1つ又は複数のハロゲンのみで置換されている)、並びに独立にC~C脂肪族、-CHPh、-O(CH0~1Ph、並びに独立に窒素、酸素、硫黄、ケイ素及びリンから選択される0~4個のヘテロ原子を有する5~6員飽和、部分不飽和又はアリール環である。Rの飽和炭素原子に対する好適な二価置換基は、=O及び=Sを含む。
例えば、好適な炭素原子、窒素原子上の好適な二価の置換基は、独立に、以下:=O、=S、=CR 、=NNR 、=NNHC(O)R、=NNHC(O)OR、=NNHS(O)、=NR、=NOR、-O(C(R ))2~3O-又は-S(C(R ))2~3S-であり、式中、各Rは、以下に定義するとおり置換され得、独立に、水素、C1~20脂肪族、窒素と、酸素と、硫黄と、ケイ素と、リンとから独立に選択される1~5個のヘテロ原子を有するC1~20ヘテロ脂肪族、-CH-(C6~20アリール)、-O(CH0~1(C6~20アリール)、-CH-(窒素、酸素、硫黄、ケイ素及びリンから独立に選択される1~5個のヘテロ原子を有する5~20員環ヘテロアリール環)、窒素と、酸素と、硫黄と、ケイ素と、リンとから独立に選択される0~5個のヘテロ原子を有する5~20員環単環式、二環式又は多環式飽和、部分不飽和又はアリール環であるか、又は上記の定義にも関わらず、Rの2つの独立した存在がそれらの介在原子と一緒になって、窒素と、酸素と、硫黄と、ケイ素と、リンとから独立に選択される0~5個のヘテロ原子を有する3~20員環単環式、二環式又は多環式飽和、部分不飽和又はアリール環(以下に定義するとおり置換され得る)を形成する。「任意選択で置換されている」基のビシナルな置換可能原子に結合する好適な二価の置換基としては、-O(CR 2~3O-が挙げられる。
(又はRの2つの独立した存在がそれらの介在原子と一緒になって形成する環)上の好適な一価の置換基は、独立に、ハロゲン、-(CH0~2、-(ハロR)、-(CH0~2OH、-(CH0~2OR、-(CH0~2CH(又は;-O(ハロR)、-CN、-N、-(CH0~2C(O)R、-(CH0~2C(O)OH、-(CH0~2C(O)OR、-(CH0~2SR、-(CH0~2SH、-(CH0~2NH、-(CH0~2NHR、-(CH0~2NR 、-NO、-SiR 、-OSiR 、-C(O)SR、-(C1~4直鎖又は分枝状アルキレン)C(O)OR又は-SSRであり、式中、各Rは、非置換であるか、又は「ハロ」が前に付く場合、1つ以上のハロゲンによってのみ置換され、C1~4脂肪族、-CHPh、-O(CH0~1Ph及び窒素と、酸素と、硫黄とから独立に選択される0~4個のヘテロ原子を有する5~6員環飽和、部分不飽和又はアリール環から独立に選択される。Rの飽和炭素原子上の好適な二価の置換基としては、=O及び=Sが挙げられる。
一部の実施形態において、「任意選択で置換されている」基の置換可能な窒素上の好適な置換基としては、-R、-NR 、-C(O)R、-C(O)OR、-C(O)C(O)R、-C(O)CHC(O)R、-S(O)、-S(O)NR 、-C(S)NR 、-C(NH)NR 又は-N(R)S(O)が挙げられる;式中、各Rは、独立に、水素、以下に定義するとおり置換され得るC1~6脂肪族、非置換-OPh又は窒素、酸素若しくは硫黄から独立に選択される0~4個のヘテロ原子を有する非置換5~6員環飽和、部分不飽和又はアリール環であるか、又は上記の定義にも関わらず、Rの2つの独立した存在がそれらの介在原子と一緒になって、窒素、酸素又は硫黄から独立に選択される0~4個のヘテロ原子を有する非置換3~12員環飽和、部分不飽和又はアリール単環式又は二環式環を形成する。
一部の実施形態において、Rの脂肪族基上の好適な置換基は、独立に、ハロゲン、-R、-(ハロR)、-OH、-OR、-O(ハロR)、-CN、-C(O)OH、-C(O)OR、-NH、-NHR、-NR 又は-NOであり、式中、各Rは、非置換であるか、又は「ハロ」が前に付く場合、1つ以上のハロゲンによってのみ置換され、独立に、C1~4脂肪族、-CHPh、-O(CH0~1Ph又は窒素、酸素若しくは硫黄から独立に選択される0~4個のヘテロ原子を有する5~6員環飽和、部分不飽和又はアリール環である。
経口:「経口投与」及び「経口投与される」という語句は、本明細書で使用される場合、それらが当技術分野で理解されている意味を有し、化合物又は組成物の口からの投与を指す。
非経口:「非経口投与」及び「非経口投与される」という語句は、本明細書で使用される場合、それらが当技術分野で理解されている意味を有し、腸及び局所投与以外の投与方法、通常は、注射による投与を指し、限定されないが、静脈内、筋肉内、動脈内、髄腔内、嚢内、眼内、心臓内、皮内、腹腔内、気管内、皮下、表皮下、関節内、被膜下、クモ膜下、脊髄内及び胸骨内注射及び注入が挙げられる。
部分不飽和:本明細書で使用される場合、「部分不飽和」という用語は、少なくとも1つの二重又は三重結合を含む環部分を指す。「部分不飽和」という用語は、複数の不飽和部位を有する環を包含することが意図されるが、本明細書に定義するとおり、アリール又はヘテロアリール部分を含むことは意図されない。
医薬組成物:本明細書で使用される場合、「医薬組成物」という用語は、1つ又は複数の薬学的に許容される担体と一緒に製剤化される活性剤を指す。一部の実施形態では、活性剤は、関連集団に投与されると、制御された治療効果を達成する統計的に有意な確率を示す治療レジメンでの投与に適切な単位用量で存在する。一部の実施形態では、医薬組成物は、固体又は液体剤形での投与のために専用に製剤化され得、それは、下記の投与の目的で設計されるものを含む:経口投与、例えば飲薬(水性又は非水性溶液又は懸濁液)、錠剤、例えば口腔、舌下及び全身吸収を目標とするもの、ボラス、粉末、顆粒、舌への適用のためのペースト;非経口投与、例えば滅菌溶液又は懸濁液又は徐放性製剤としての例えば皮下、筋肉内、静脈内又は硬膜外注射;局所適用、例えばクリーム、軟膏又は皮膚、肺若しくは口腔に適用される制御放出パッチ若しくはスプレー;膣内又は直腸内、例えばペッサリー、クリーム又はフォームとして;舌下;眼;経皮;又は鼻内、肺並びに他の粘膜表面への投与。
薬学的に許容される:本明細書で使用される場合、「薬学的に許容される」という語句は、信頼できる医学的判断の範囲内で、過剰な毒性、刺激、アレルギー反応又は他の障害若しくは合併症なしに、ヒト及び動物の組織と接触させる使用に好適であり、適正な利益/リスク比と相応する化合物、材料、組成物及び/又は剤形を指す。
薬学的に許容される担体:本明細書で使用される場合、「薬学的に許容される担体」という用語は、1つの器官、又は身体の一部分から対象化合物を別の器官、又は身体の部分に運搬又は輸送することに関与する、液体若しくは固体充填剤、希釈剤、賦形剤又は溶媒封入材などの薬学的に許容される材料、組成物又はビヒクルを意味する。各担体は、製剤の他の材料と適合性であり、且つ患者に対して有害ではないという意味で「許容可能」でなければならない。薬学的に許容される担体としては、以下のものが挙げられる:ラクトース、グルコース及びスクロースなどの糖;トウモロコシデンプン及びジャガイモデンプンなどのデンプン;セルロース並びにその誘導体、例えばナトリウムカルボキシメチルセルロース、エチルセルロース及び酢酸セルロース;粉末状トラガカンス;麦芽;タルク;ココアバター及び座剤蝋などの賦形剤;ピーナッツ油、綿実油、サフラワー油、ゴマ油、オリーブ油、トウモロコシ油及びダイズ油などの油;プロピレングリコールなどのグリコール;グリセリン、ソルビトール、マンニトール及びポリエチレングリコールなどのポリオール;オレイン酸エチル及びラウリン酸エチルなどのエステル;寒天;水酸化マグネシウム及び水酸化アルミニウムなどの緩衝剤;アルギニン酸;発熱性物質除去蒸留水;等張食塩水;リンガー液;エチルアルコール;pH緩衝溶液;ポリエステル;ポリカーボネート及び/又はポリ無水物;並びに医薬製剤に使用される他の非毒性適合性物質。
薬学的に許容される塩:「薬学的に許容される塩」という用語は、本明細書で使用される場合、製剤に関連する使用に適した化合物の塩、即ち信頼できる医学的判断の範囲内で、過度の毒性、刺激、アレルギー反応などを起こさずに、ヒト及び下等動物の組織と接触させる使用に好適であり、適正な利益/リスク比と相応する塩を指す。薬学的に許容される塩は、当技術分野で公知である。例えば、S. M. Berge, et al.は、J. Pharmaceutical Sciences, 66: 1-19 (1977)において、薬学的に許容される塩を詳細に記載している。一部の実施形態では、薬学的に許容される塩として、限定はされないが、非毒性酸付加塩があり、これらは、塩酸、臭化水素酸、リン酸、硫酸及び過塩素酸などの無機酸と一緒に又は酢酸、マレイン酸、酒石酸、クエン酸、コハク酸若しくはマロン酸などの有機酸と一緒に又はイオン交換など、当技術分野で使用される他の方法によって形成されるアミノ基の塩である。一部の実施形態では、薬学的に許容される塩として、限定はされないが、以下のものが挙げられる:アジピン酸塩、アルギニン酸塩、アスコルビン酸塩、アスパラギン酸塩、ベンゼンスルホン酸塩、安息香酸塩、重硫酸塩、ホウ酸塩、酪酸塩、ショウノウ酸塩、カンファー硫酸塩、クエン酸塩、シクロペンタンプロピオン酸塩、ジグルコン酸塩、ドデシル硫酸塩、エタン硫酸塩、ギ酸塩、フマル酸塩、グルコヘプタン酸塩、グリセロリン酸塩、グルコン酸塩、ヘミ硫酸塩、ヘプタン酸塩、ヘキサン酸塩、ヨウ化水素酸塩、2-ヒドロキシ-エタンスルホン酸塩、ラクトビオン酸塩、乳酸塩、ラウリン酸塩、ラウリル硫酸塩、リンゴ酸塩、マレイン酸塩、マロン酸塩、メタンスルホン酸塩、2-ナフタレンスルホン酸塩、ニコチン酸塩、硝酸塩、オレイン酸塩、シュウ酸塩、パルミチン酸塩、パモ酸塩、ペクチン酸塩、過硫酸塩、3-フェニルプロピオン酸塩、リン酸塩、ピクリン酸塩、ピバル酸塩、プロピオン酸塩、ステアリン酸塩、コハク酸塩、硫酸塩、酒石酸塩、チオシアン酸塩、p-トルエンスルホン酸塩、ウンデカン酸塩、吉草酸塩など。代表的なアルカリ金属塩又はアルカリ土類金属塩としては、ナトリウム、リチウム、カリウム、カルシウム、マグネシウムなどが挙げられる。一部の実施形態において、薬学的に許容可能な塩としては、適切な場合、ハロゲン化物、水酸化物、カルボン酸塩、硫酸塩、リン酸塩、硝酸塩、1~6個の炭素原子を有するアルキル、スルホン酸塩及びアリールスルホン酸塩などの対イオンを使用して形成される非毒性アンモニウム、第4級アンモニウム及びアミンカチオンが挙げられる。一部の実施形態では、提供される化合物は、1つ又は複数の酸性基、例えばオリゴヌクレオチドを含み、薬学的に許容される塩は、アルカリ、アルカリ土類金属又はアンモニウム(例えば、N(R)のアンモニウム塩、ここで、各Rは、独立に、本開示に定義され、記載されるとおりである)塩である。代表的なアルカリ又はアルカリ土類金属塩としては、ナトリウム、リチウム、カリウム、カルシウム、マグネシウムの塩などが挙げられる。一部の実施形態では、薬学的に許容される塩は、ナトリウム塩である。一部の実施形態では、薬学的に許容される塩は、カリウム塩である。一部の実施形態では、薬学的に許容される塩は、カルシウム塩である。一部の実施形態では、薬学的に許容される塩は、適切であれば、非毒性アンモニウム、4級アンモニウム並びにハロゲン化物、水酸化物、カルボン酸塩、硫酸塩、リン酸塩、硝酸塩、1~6個の炭素原子を有するアルキル、スルホン酸塩及びアリールスルホン酸塩などの対イオンを用いて形成されるアミンカチオンを含む。一部の実施形態では、提供される化合物は、1を超える酸性基を含み、例えば、提供されるオリゴヌクレオチドは、2つ以上の酸性基を含み得る(例えば、天然のリン酸結合及び/又は修飾されたインターヌクレオチド結合に)。一部の実施形態において、かかる化合物の薬学的に許容可能な塩又は一般的に塩は、同じであるか又は異なり得る2つ以上のカチオンを含む。一部の実施形態において、薬学的に許容可能な塩(又は一般的に、塩)では、十分な酸性度を有する各酸性基は、独立に、その塩形態として存在する(例えば、天然リン酸結合とホスホロチオエートインターヌクレオチド結合とを含むオリゴヌクレオチドでは、天然リン酸結合及びホスホロチオエートインターヌクレオチド結合の各々は、独立に、その塩形態として存在する)。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドの薬学的に許容可能な塩は、提供されるオリゴヌクレオチドのナトリウム塩である。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドの薬学的に許容可能な塩は、提供されるオリゴヌクレオチドのナトリウム塩であり、ここで、各酸性結合、例えば各天然リン酸結合及びホスホロチオエートインターヌクレオチド結合がナトリウム塩形態として存在する(全てナトリウム塩)。
保護基:「保護基」という用語は、本明細書で使用される場合、当技術分野で公知であり、Protecting Groups in Organic Synthesis, T. W. Greene及びP. G. M. Wuts, 3rd edition, John Wiley & Sons,1999(これらの全体が参照により本明細書に援用される)に詳細に記載されるものを含む。更に、ヌクレオシド及びヌクレオチドケミストリーのために専用に設計された保護基、例えばSerge L. Beaucage et al. 06/2012により編集されたCurrent Protocols in Nucleic Acid Chemistry(第2章の全体が参照により本明細書に援用される)に記載のものも含まれる。好適なアミノ保護基としては、以下のものが挙げられる:カルバミン酸メチル、カルバミン酸エチル、9-フルオレニルメチルカルバメート(Fmoc)、9-(2-スルホ)フルオレニルメチルカルバメート、9-(2,7-ジブロモ)フルオロエニルメチルカルバメート、2,7-ジ-t-ブチル-[9-(10,10-ジオキソ-10,10,10,10-テトラヒドロチオキサンチル)]メチルカルバメート(DBD-Tmoc)、4-メトキシフェナシルカルバメート(Phenoc)、2,2,2-トリクロロエチルカルバメート(Troc)、2-トリメチルシリルエチルカルバメート(Teoc)、2-フェニルエチルカルバメート(hZ)、1-(1-アダマンチル)-1-メチルエチルカルバメート(Adpoc)、1,1-ジメチル-2-ハロエチルカルバメート、1,1-ジメチル-2,2-ジブロモエチルカルバメート(DB-t-BOC)、1,1-ジメチル-2,2,2-トリクロロエチルカルバメート(TCBOC)、1-メチル-1-(4-ビフェニリル)エチルカルバメート(Bpoc)、1-(3,5-ジ-t-ビフェニルカルバメート)-1-メチルエチルカルバメート(t-Bumeoc)、2-(2’-及び4’-ピリジル)エチルカルバメート(Pyoc)、2-(N,N-ジシクロヘキシルカルボキサミド)エチルカルバメート、t-ブチルカルバメート(BOC)、1-アダマンチルカルバメート(Adoc)、ビニルカルバメート(Voc)、アリルカルバメート(Alloc)、1-イソプロピルアリルカルバメート(Ipaoc)、シンナミルカルバメート(Coc)、4-ニトロシンナミルカルバメート(Noc)、8-キノリルカルバメート、N-ヒドロキシピペリジニルカルバメート、アルキルジチオカルバメート、ベンジルカルバメート(Cbz)、p-メトキシベンジルカルバメート(Moz)、p-ニトロベンジルカルバメート、p-ブロモベンジルカルバメート、p-クロロベンジルカルバメート、2,4-ジクロロベンジルカルバメート、4-メチルスルフィニルベンジルカルバメート(Msz)、9-アントリルメチルカルバメート、ジフェニルメチルカルバメート、2-メチルチオエチルカルバメート、2-メチルスルホニルエチルカルバメート、2-(p-トルエンスルホニル)エチルカルバメート、[2-(1,3-ジチアニル)]メチルカルバメート(Dmoc)、4-メチルチオフェニルカルバメート(Mtpc)、2,4-ジメチル-チオフェニルカルバメート(Bmpc)、2-ホスフィノエチルカルバメート(Peoc)、2-トリフェニルホスホニオイソプロピルカルバメート(Ppoc)、1,1-ジメチル-2-シアノエチルカルバメート、m-クロロ-p-アシルオキシベンジルカルバメート、p-(ジヒドロキシボリル)ベンジルカルバメート、5-ベンズイソキサゾリルメチルカルバメート、2-(トリフルオロメチル)-6-クロモニルメチルカルバメート(Tcroc)、m-ニトロフェニルカルバメート、3,5-ジメトキシベンジルカルバメート、o-ニトロベンジルカルバメート、3,4-ジメトキシ-6-ニトロベンジルカルバメート、フェニル(o-ニトロフェニル)メチルカルバメート、フェノチアジニル-(10)-カルボニル誘導体、N’-p-トルエンスルホニルアミノカルボニル誘導体、N’-フェニルアミノチオカルボニル誘導体、t-アミルカルバメート、S-ベンジルチオカルバメート、p-シアノベンジルカルバメート、シクロブチルカルバメート、シクロヘキシルカルバメート、シクロペンチルカルバメート、シクロプロピルメチルカルバメート、p-デシロキシベンジルカルバメート、2,2-ジメトキシカルボニルビニルカルバメート、o-(N,N-ジメチル-カルボキサミド)ベンジルカルバメート、1,1-ジメチル-3-(N,N-ジメチル-カルボキサミド)プロピルカルバメート、1,1-ジメチル-プロピニルカルバメート、ジ(2-ピリジル)メチルカルバメート、2-フラニルメチルカルバメート、2-ヨードエチルカルバメート、イソボルニルカルバメート、イソブチルカルバメート、イソニコチルカルバメート、p-(p’-メトキシフェニルアゾ)ベンジルカルバメート、1-メチルシクロブチルカルバメート、1-メチルシクロヘキシルカルバメート、1-メチル-1-シクロプロピルメチルカルバメート、1-メチル-1-(3,5-ジメトキシフェニル)エチルカルバメート、1-メチル-1-(p-フェニルアゾフェニル)エチルカルバメート、1-メチル-1-フェニルエチルカルバメート、1-メチル-1-(4-ピリジル)エチルカルバメート、フェニルカルバメート、p-(フェニルアゾ)ベンジルカルバメート、2,4,6-トリ-t-ブチルフェニルカルバメート、4-(トリメチルアンモニウム)ベンジルカルバメート、2,4,6-トリメチルベンジルカルバメート、ホルムアミド、アセトアミド、クロロアセトアミド、トリクロロアセトアミド、トリフルオロアセトアミド、フェニルアセトアミド、3-フェニルプロパンアミド、ピコリンアミド、3-ピリジルカルボキサミド、N-ベンゾイルフェニルアラニル誘導体、ベンズアミド、p-フェニルベンズアミド、o-ニトロフェニルアセトアミド、o-ニトロフェノキシアセトアミド、アセトアセトアミド、(N’-ジチオベンジルオキシカルボニルアミノ)アセトアミド、3-(p-ヒドロキシフェニル)プロパンアミド、3-(o-ニトロフェニル)プロパンアミド、2-メチル-2-(o-ニトロフェノキシ)プロパンアミド、2-メチル-2-(o-フェニルアゾフェノキシ)プロパンアミド、4-クロロブタンアミド、3-メチル-3-ニトロブタンアミド、o-ニトロシンナミド、N-アセチルメチオニン誘導体、o-ニトロベンズアミド、o-(ベンゾイルオキシメチル)ベンズアミド、4,5-ジフェニル-3-オキサゾリン-2-オン、N-フタルイミド、N-ジチアスクシンイミド(Dts)、N-2,3-ジフェニルマレイミド、N-2,5-ジメチルピロール、N-1,1,4,4-テトラメチルジシリルアザシクロペンタン付加物(STABASE)、5-置換1,3-ジメチル-1,3,5-トリアザシクロヘキサン-2-オン、5-置換1,3-ジベンジル-1,3,5-トリアザシクロヘキサン-2-オン、1-置換3,5-ジニトロ-4-ピリドン、N-メチルアミン、N-アリルアミン、N-[2-(トリメチルシリル)エトキシ]メチルアミン(SEM)、N-3-アセトキシプロピルアミン、N-(1-イソプロピル-4-ニトロ-2-オキソ-3-ピロオリ-3-イル)アミン、4級アンモニウム塩、N-ベンジルアミン、N-ジ(4-メトキシフェニル)メチルアミン、N-5-ジベンゾスベリルアミン、N-トリフェニルメチルアミン(Tr)、N-[(4-メトキシフェニル)ジフェニルメチル]アミン(MMTr)、N-9-フェニルフルオレニルアミン(PhF)、N-2,7-ジクロロ-9-フルオレニルメチレンアミン、N-フェロセニルメチルアミノ(Fcm)、N-2-ピコリルアミノN’-オキシド、N-1,1-ジメチルチオメチレンアミン、N-ベンジリデンアミン、N-p-メトキシベンジリデンアミン、N-ジフェニルメチレンアミン、N-[(2-ピリジル)メシチル]メチレンアミン、N-(N’,N’-ジメチルアミノメチレン)アミン、N,N’-イソプロピリデンジアミン、N-p-ニトロベンジリデンアミン、N-サリチリデンアミン、N-5-クロロサリチリデンアミン、N-(5-クロロ-2-ヒドロキシフェニル)フェニルメチレンアミン、N-シクロヘキシリデンアミン、N-(5,5-ジメチル-3-オキソ-1-シクロヘキセニル)アミン、N-ボラン誘導体、N-ジフェニルボリン酸誘導体、N-[フェニル(ペンタカルボニルクロミウム-又はタングステン)カルボニル]アミン、N-銅キレート、N-亜鉛キレート、N-ニトロアミン、N-ニトロソアミン、アミンN-オキシド、ジフェニルホスフィンアミド(Dpp)、ジメチルチオホスフィンアミド(Mpt)、ジフェニルチオホスフィンアミド(Ppt)、ジアルキルホスホロアミデード、ジベンジルホスホロアミデード、ジフェニルホスホロアミデード、ベンゼンスルフェンアミド、o-ニトロベンゼンスルフェンアミド(Nps)、2,4-ジニトロベンゼンスルフェンアミド、ペンタクロロベンゼンスルフェンアミド、2-ニトロ-4-メトキシベンゼンスルフェンアミド、トリフェニルメチルスルフェンアミド、3-ニトロピリジンスルフェンアミド(Npys)、p-トルエンスルホンアミド(Ts)、ベンゼンスルホンアミド、2,3,6,-トリメチル-4-メトキシベンゼンスルホンアミド(Mtr)、2,4,6-トリメトキシベンゼンスルホンアミド(Mtb)、2,6-ジメチル-4-メトキシベンゼンスルホンアミド(Pme)、2,3,5,6-テトラメチル-4-メトキシベンゼンスルホンアミド(Mte)、4-メトキシベンゼンスルホンアミド(Mbs)、2,4,6-トリメチルベンゼンスルホンアミド(Mts)、2,6-ジメトキシ-4-メチルベンゼンスルホンアミド(iMds)、2,2,5,7,8-ペンタメチルクロマン-6-スルホンアミド(Pmc)、メタンスルホンアミド(Ms)、β-トリメチルシリルエタンスルホンアミド(SES)、9-アントラセンスルホンアミド、4-(4’,8’-ジメトキシナフチルメチル)ベンゼンスルホンアミド(DNMBS)、ベンジルスルホンアミド、トリフルオロメチルスルホンアミド及びフェナシルスルホンアミド。
好適に保護されたカルボン酸としては、シリル-、アルキル-、アルケニル-、アリール-及びアリールアルキル保護されたカルボン酸が更に挙げられるが、これらに限定されない。適切なシリル基の例としては、トリメチルシリル、トリエチルシリル、t-ブチルジメチルシリル、t-ブチルジフェニルシリル、トリイソプロピルシリルなどが挙げられる。好適なアルキル基の例としては、メチル、ベンジル、p-メトキシベンジル、3,4-ジメトキシベンジル、トリチル、t-ブチル、テトラヒドロピラン-2-イルが挙げられる。好適なアルケニル基の例としては、アリルが挙げられる。適切なアリール基の例としては、任意選択で置換されているフェニル、ビフェニル又はナフチルが挙げられる。好適なアリールアルキル基の例としては、任意選択で置換されているベンジル(例えば、p-メトキシベンジル(MPM)、3,4-ジメトキシベンジル、O-ニトロベンジル、p-ニトロベンジル、p-ハロベンジル、2,6-ジクロロベンジル、p-シアノベンジル)並びに2-及び4-ピコリルが挙げられる。
好適なヒドロキシル保護基としては、メチル、メトキシルメチル(MOM)、メチルチオメチル(MTM)、t-ブチルチオメチル、(フェニルジメチルシリル)メトキシメチル(SMOM)、ベンジルオキシメチル(BOM)、p-メトキシベンジルオキシメチル(PMBM)、(4-メトキシフェノキシ)メチル(p-AOM)、グアヤコールメチル(GUM)、t-ブトキシメチル、4-ペンテニルオキシメチル(POM)、シロキシメチル、2-メトキシエトキシメチル(MEM)、2,2,2-トリクロロエトキシメチル、ビス(2-クロロエトキシ)メチル、2-(トリメチルシリル)エトキシメチル(SEMOR)、テトラヒドロピラニル(THP)、3-ブロモテトラヒドロピラニル、テトラヒドロチオピラニル、1-メトキシシクロヘキシル、4-メトキシテトラヒドロピラニル(MTHP)、4-メトキシテトラヒドロチオピラニル、4-メトキシテトラヒドロチオピラニルS、S-ジオキシド、1-[(2-クロロ-4-メチル)フェニル]-4-メトキシピぺリジン-4-イル(CTMP)、1,4-ジオキサン-2-イル、テトラヒドロフラニル、テトラヒドロチオフラニル、2,3,3a,4,5,6,7,7a-オクタヒドロ-7,8,8-トリメチル-4,7-メタノベンゾフラン-2-イル、1-エトキシエチル、1-(2-クロロエトキシ)エチル、1-メチル-1-メトキシエチル、1-メチル-1-ベンジルオキシエチル、1-メチル-1-ベンジルオキシ-2-フルオロエチル、2,2,2-トリクロロエチル、2-トリメチルシリルエチル、2-(フェニルセレニル)エチル、t-ブチル、アリル、p-クロロフェニル、p-メトキシフェニル、2,4-ジニトロフェニル、ベンジル、p-メトキシベンジル、3,4-ジメトキシベンジル、o-ニトロベンジル、p-ニトロベンジル、p-ハロベンジル、2,6-ジクロロベンジル、p-シアノベンジル、p-フェニルベンジル、2-ピコリル、4-ピコリル、3-メチル-2-ピコリルN-オキシド、ジフェニルメチル、p,p’-ジニトロベンゾヒドリル、5-ジベンゾスベリル、トリフェニルメチル、α-ナフチルジフェニルメチル、p-メトキシフェニルジフェニルメチル、ジ(p-メトキシフェニル)フェニルメチル、トリ(p-メトキシフェニル)メチル、4-(4’-ブロモフェナシルオキシフェニル)ジフェニルメチル、4,4’,4’’-トリス(4,5-ジクロロフタルイミドフェニル)メチル、4,4’,4’’-トリス(レブリノイルオキシフェニル)メチル、4,4’,4’’-トリス(ベンゾイルオキシフェニル)メチル、3-(イミダゾール-1-イル)ビス(4’,4’’-ジメトキシフェニル)メチル、1,1-ビス(4-メトキシフェニル)-1’-ピレニルメチル、9-アントリル、9-(9-フェニル)キサンテニル、9-(9-フェニル-10-オキソ)アントリル、1,3-ベンゾジチオラン-2-イル、ベンゾイソチアゾリルS、S-ジオキシド、トリメチルシリル(TMS)、トリエチルシリル(TES)、トリイソプロピルシリル(TIPS)、ジメチルイソプロピルシリル(IPDMS)、ジエチルイソプロピルシリル(DEIPS)、ジメチルテキシルシリル、t-ブチルジメチルシリル(TBDMS)、t-ブチルジフェニルシリル(TBDPS)、トリベンジルシリル、トリ-p-キシルイルシリル、トリフェニルシリル、ジフェニルメチルシリル(DPMS)、t-ブチルメトキシフェニルシリル(TBMPS)、ギ酸塩、ギ酸ベンゾイル、酢酸塩、クロロ酢酸塩、ジクロロ酢酸塩、トリクロロ酢酸塩、トリフルオロ酢酸塩、メトキシ酢酸塩、トリフェニルメトキシ酢酸塩、フェノキシ酢酸塩、p-クロロフェノキシ酢酸塩、3-フェニルプロピオン酸塩、4-オキソ吉草酸塩(レブリナート)、4,4-(エチレンジチオ)ペンタン酸塩(レブリノイルジチオアセタール)、ピバロエート、アダマントエート、クロトナート、4-メトキシクロトナート、安息香酸塩、p-フェニル安息香酸塩、2,4,6-トリメチル安息香酸塩(メシトエート)、炭酸アルキルメチル、9-フルオレニルメチル炭酸塩(Fmoc)、炭酸アルキルエチル、アルキル2,2,2-トリクロロエチル炭酸塩(Troc)、2-(トリメチルシリル)エチル炭酸塩(TMSEC)、2-(フェニルスルホニル)エチル炭酸塩(Psec)、2-(トリフェニルホスホニオ)エチル炭酸塩(Peoc)、アルキルイソブチル炭酸塩、アルキルビニル炭酸塩、アルキルアリル炭酸塩、アルキルp-ニトロフェニル炭酸塩、アルキルベンジル炭酸塩、アルキルp-メトキシベンジル炭酸塩、アルキル3,4-ジメトキシベンジル炭酸塩、アルキルo-ニトロベンジル炭酸塩、アルキルp-ニトロベンジル炭酸塩、アルキルS-ベンジルチオ炭酸塩、4-エトキシ-1-ナフトチル炭酸塩、メチルジチオ炭酸塩、2-ヨード安息香酸塩、4-アジド酪酸塩、4-ニトロ-4-メチル吉草酸塩、o-(ジブロモメチル)安息香酸塩、2-ホルミルベンゼンスルホン酸塩、2-(メチルチオメトキシ)エチル、4-(メチルチオメトキシ)酪酸塩、2-(メチルチオメトキシメチル)安息香酸塩、2,6-ジクロロ-4-メチルフェノキシ酢酸、2,6-ジクロロ-4-(1,1,3,3-テトラメチルブチル)フェノキシ酢酸、2,4-ビス(1,1-ジメチルプロピル)フェノキシ酢酸、クロロジフェニル酢酸、イソ酪酸塩、モノスクシノエート、(E)-2-メチル-2-ブテン酸塩、o-(メトキシカルボニル)安息香酸塩、α-ナフトエ酸、硝酸塩、アルキルN,N,N’,N’-テトラメチルホスホロジアミデート、アルキルN-フェニルカルバミン酸塩、ホウ酸塩、ジメチルホスフィノチオイル、アルキル2,4-ジニトロフェニルスルフェン酸塩、硫酸塩、メタンスルホン酸塩(メシル酸塩)、ベンジルスルホン酸塩及びトシル酸塩(Ts)が挙げられる。1,2-又は1,3-ジオールを保護する場合、保護基としては、メチレンアセタール、エチリデンアセタール、1-t-ブチルエチリデンケタール、1-フェニルエチリデンケタール、(4-メトキシフェニル)エチリデンアセタール、2,2,2-トリクロロエチリデンアセタール、アセトニド、シクロペンチリデンケタール、シクロヘキシリデンケタール、シクロヘプチリデンケタール、ベンジリデンアセタール、p-メトキシベンジリデンアセタール、2,4-ジメトキシベンジリデンケタール、3,4-ジメトキシベンジリデンアセタール、2-ニトロベンジリデンアセタール、メトキシメチレンアセタール、エトキシメチレンアセタール、ジメトキシメチレンオルトエステル、1-メトキシエチリデンオルトエステル、1-エトキシエチリデンオルトエステル、1,2-ジメトキシエチリデンオルトエステル、α-メトキシベンジリデンオルトエステル、1-(N,N-ジメチルアミノ)エチリデン誘導体、α-(N,N’-ジメチルアミノ)ベンジリデン誘導体、2-オキサシクロペンチリデンオルトエステル、ジ-t-ブチルシリレン基(DTBS)、1,3-(1,1,3,3-テトライソプロピルジシロキサニリデン)誘導体(TIPDS)、テトラ-t-ブトキシジシロキサン-1,3-ジイリデン誘導体(TBDS)、環状炭酸塩、環状ボロン酸塩、ボロン酸エチル及びボロン酸フェニルが挙げられる。
一部の実施形態では、ヒドロキシル保護基は、アセチル、t-ブチル、tブトキシメチル、メトキシメチル、テトラヒドロピラニル、1-エトキシエチル、1-(2-クロロエトキシ)エチル、2-トリメチルシリルエチル、p-クロロフェニル、2,4-ジニトロフェニル、ベンジル、ベンゾイル、p-フェニルベンゾイル、2,6-ジクロロベンジル、ジフェニルメチル、p-ニトロベンジル、トリフェニルメチル(トリチル)、4,4’-ジメトキシトリチル、トリメチルシリル、トリエチルシリル、t-ブチルジメチルシリル、t-ブチルジフェニルシリル、トリフェニルシリル、トリイソプロピルシリル、ギ酸ベンゾイル、クロロアセチル、トリクロロアセチル、トリフルオロアセチル、ピバロイル、9-フルオレニルメチル炭酸塩、メシル酸塩、トシル酸塩、トリフレート、トリチル、モノメトキシトリチル(MMTr)、4,4’-ジメトキシトリチル、(DMTr)及び4,4’,4’’-トリメトキシトリチル(TMTr)、2-シアノエチル(CE又はCne)、2-(トリメチルシリル)エチル(TSE)、2-(2-ニトロフェニル)エチル、2-(4-シアノフェニル)エチル2-(4-ニトロフェニル)エチル(NPE)、2-(4-ニトロフェニルスルホニル)エチル、3,5-ジクロロフェニル、2,4-ジメチルフェニル、2-ニトロフェニル、4-ニトロフェニル、2,4,6-トリメチルフェニル、2-(2-ニトロフェニル)エチル、ブチルチオカルボニル、4,4’,4’’-トリス(ベンゾイルオキシ)トリチル、ジフェニルカルバモイル、レブリニル、2-(ジブロモメチル)ベンゾイル(Dbmb)、2-(イソプロピルチオメトキシメチル)ベンゾイル(Ptmt)、9-フェニルキサンテン-9-イル(ピキシル)又は9-(p-メトキシフェニル)キサンチン-9-イル(MOX)である。一部の実施形態では、ヒドロキシル保護基の各々は、独立して、アセチル、ベンジル、t-ブチルジメチルシリル、t-ブチルジフェニルシリル及び4,4’-ジメトキシトリチルから選択される。一部の実施形態では、ヒドロキシル保護基は、トリチル、モノメトキシトリチル及び4,4’-ジメトキシトリチル基からなる群から選択される。
一部の実施形態では、リン保護基は、オリゴヌクレオチド合成全体を通して、インターヌクレオチドリン結合に付加される基である。一部の実施形態では、リン保護基は、インターヌクレオチドホスホロチオエート結合の硫黄原子に付加される。一部の実施形態では、リン保護基は、インターヌクレオチドホスホロチオエート結合の酸素原子に付加される。一部の実施形態では、リン保護基は、インターヌクレオチドリン酸結合の酸素原子に付加される。一部の実施形態では、リン保護基は、2-シアノエチル(CE又はCne)、2-トリメチルシリルエチル、2-ニトロエチル、2-スルホニルエチル、メチル、ベンジル、o-ニトロベンジル、2-(p-ニトロフェニル)エチル(NPE又はNpe)、2-フェニルエチル、3-(N-tert-ブチルカルボキサミド)-1-プロピル、4-オキソペンチル、4-メチルチオ-l-ブチル、2-シアノ-1,1-ジメチルエチル、4-N-メチルアミノブチル、3-(2-ピリジル)-1-プロピル、2-[N-メチル-N-(2-ピリジル)]アミノエチル、2-(N-ホルミル、N-メチル)アミノエチル、4-[N-メチル-N-(2,2,2-トリフルオロアセチル)アミノ]ブチルである。
タンパク質:本明細書で使用されるとき、用語「タンパク質」は、ポリペプチド(即ちペプチド結合によって互いに結合したひと続きの少なくとも2個のアミノ酸)を指す。一部の実施形態において、タンパク質は、天然に存在するアミノ酸のみを含む。一部の実施形態において、タンパク質は、1つ以上の天然に存在しないアミノ酸(例えば、隣接アミノ酸と1つ以上のペプチド結合を形成する部分)を含む。一部の実施形態において、タンパク質鎖中の1つ以上の残基は、非アミノ酸部分(例えば、グリカン等)を含有する。一部の実施形態において、タンパク質は、例えば、1つ以上のジスルフィド結合によって結合するか、又は他の手段によって結び付いた2つ以上のポリペプチド鎖を含む。一部の実施形態において、タンパク質は、L-アミノ酸、D-アミノ酸又は両方を含有し;一部の実施形態において、タンパク質は、当技術分野において公知の1つ以上のアミノ酸修飾又は類似体を含有する。有用な修飾としては、例えば、末端アセチル化、アミド化、メチル化等が挙げられる。用語「ペプチド」は、概して、約100アミノ酸未満、約50アミノ酸未満、20アミノ酸未満又は10アミノ酸未満の長さを有するポリペプチドを指して用いられる。
対象:本明細書で使用される場合、「対象」又は「被験対象」という用語は、例えば、実験、診断、予防及び/又は治療目的のために、提供される化合物又は組成物が本開示に従って投与される任意の生物を指す。典型的な対象としては、動物(例えば、マウス、ラット、ウサギ、非ヒト霊長類及びヒトなどの哺乳類;昆虫;蠕虫;その他など)並びに植物が挙げられる。一部の実施形態では、対象は、疾患、障害及び/又は病態に罹患し得、及び/又はそれに罹り易いことができる。
実質的に:本明細書で使用される場合、「実質的に」という用語は、対象となる特徴又は特性の全て又はほとんど全ての範囲又は程度を示す定性条件を指す。生物学分野の当業者であれば、生物学的現象及び化学的現象が、あったとしも、めったに完結に到達しないこと及び/又は完了まで進行しないこと又は絶対的帰結を達成若しくは回避しないことを理解するであろう。従って、「実質的」という用語は、多くの生物学的現象及び/又は化学的現象に本来備わる完全性の潜在的欠如を捉えるために、本明細書で使用される。
に罹患している:疾患、障害及び/又は病態に「罹患している」個体は、疾患、障害及び/又は病態の1つ以上の症状を有すると診断され及び/又は示している。
罹り易い:疾患、障害及び/又は病態に「罹り易い」個体は、一般の人々よりも、その疾患、障害及び/又は病態を発生するリスクが高い個体である。一部の実施形態において、疾患、障害及び/又は病態に罹り易い個体は、その疾患、障害及び/又は病態と診断されていないこともある。一部の実施形態において、疾患、障害及び/又は病態に罹り易い個体は、その疾患、障害及び/又は病態の症状を呈することもある。一部の実施形態において、疾患、障害及び/又は病態に罹り易い個体は、その疾患、障害及び/又は病態の症状を呈しないこともある。一部の実施形態において、疾患、障害及び/又は病態に罹り易い個体は、その疾患、障害及び/又は病態を発症することになる。一部の実施形態において、疾患、障害及び/又は病態に罹り易い個体は、その疾患、障害及び/又は病態を発症することにはならない。
全身:語句「全身投与」、「全身投与される」、「末梢投与」及び「末梢投与される」は、本明細書で使用されるとき、それが被投与者の全身に入り込むような化合物又は組成物の投与を指して、その当技術分野で理解される意味を有する。
互変異性型:語句「互変異性型」は、本明細書で使用され、及び当技術分野において概して理解されるとおり、容易な相互変換能を有する有機化合物の異なる異性体形態を表して用いられる。互変異性体は、単結合及び隣接する二重結合の転換を伴う水素原子又はプロトンのホルマール移動によって特徴付けられ得る。一部の実施形態において、互変異性体は、プロトトロピック互変異性(即ちプロトンの再配置)によって生じ得る。一部の実施形態において、互変異性体は、原子価互変異性(即ち結合電子の急速な再編成)によって生じ得る。かかる互変異性型は、全て本開示の範囲内に含まれることが意図される。一部の実施形態において、化合物の互変異性型は、互いに可動平衡状態で存在し、そのため、別個の物質を調製しようと試みると、混合物が形成されることになる。一部の実施形態において、化合物の互変異性型は、分離可能及び単離可能な化合物である。本開示の一部の実施形態において、単一の互変異性型の化合物の純粋な製剤であるか又はそれを含む化学組成物が提供され得る。本開示の一部の実施形態において、化学組成物は、化合物の2つ以上の互変異性型の混合物として提供され得る。特定の実施形態において、かかる混合物は、異なる互変異性型を等量で含有し;特定の実施形態において、かかる混合物は、化合物の少なくとも2つの異なる互変異性型を異なる量で含有する。本開示の一部の実施形態において、化学組成物は、化合物の全ての互変異性型を含有し得る。本開示の一部の実施形態において、化学組成物は、化合物の全てには満たない互変異性型を含有し得る。本開示の一部の実施形態において、化学組成物は、化合物の1つ以上の互変異性型を、相互変換の結果として時間と共に変化する量で含有し得る。本開示の一部の実施形態において、互変異性は、ケト-エノール互変異性である。化学技術分野の当業者であれば、化学技術分野において公知の任意の好適な試薬を使用してケト-エノール互変異性体を「捕捉する」(即ちそれが「エノール」型のまま留まるように化学的に修飾する)ことによりエノール誘導体を提供することができ、続いてそれが、当技術分野において公知の1つ以上の好適な技法を用いて分離され得ることを認識するであろう。特に指示されない限り、本開示は、純粋な形態であるか又は互いの混合であるかに関わらず、関連性のある化合物の全ての互変異性型を包含する。
治療薬:本明細書で使用される場合、「治療薬」という語句は、対象に投与されると、治療効果を有し、及び/又は所望の生物学的作用及び/又は薬理学的作用を誘発する任意の薬剤を指す。一部の実施形態では、治療薬は、疾患、障害及び/又は病態の1つ以上の症状又は特徴を緩和、改善、軽減、阻害、予防する、その発症を遅延させる、その重症度を低下させ、及び/又はその発生率を低下させるために用いることができる任意の物質である。
治療有効量:本明細書で使用される場合、「治療有効量」という語は、治療レジメンの一環として投与されると、所望の生物学的応答を誘発する物質(例えば、治療薬、組成物及び/又は製剤)の量を意味する。一部の実施形態では、物質の治療有効量は、疾患、障害及び/又は病態に罹患するか又はそれに罹り易い対象に投与されるとき、その疾患、障害及び/又は病態を治療、診断、予防し、及び/又はその発症を遅延させる上で十分な量である。当業者によって理解されるように、物質の有効量は、所望の生物学的エンドポイント、送達される物質、標的細胞又は組織などといった要因に応じて変動し得る。例えば、疾患、障害及び/又は病態を治療するための製剤中の化合物の有効量は、その疾患、障害及び/又は病態の1つ又は複数の症状又は特徴を、緩和、改善、軽減、阻害、予防する、その発症を遅延させる、その重症度を低下させ、及び/又はその発生率を低下させる量である。一部の実施形態では、治療有効量は、単回用量で投与され;一部の実施形態では、複数の単位用量が、治療有効量を送達するために必要である。
治療する:本明細書で使用される場合、「治療する」、「治療」又は「治療すること」という用語は、疾患、障害及び/又は病態の1つ又は複数の症状又は特徴を、部分的に又は完全に、緩和、改善、軽減、阻害、予防する、その発症を遅延させる、その重症度を低下させ、及び/又はその発生率を低下させるために使用される任意の方法を指す。治療は、疾患、障害及び/又は病態の兆候を示さない対象に対して行い得る。一部の実施形態では、例えば、疾患、障害及び/又は病態に関連した病態を発生するリスクを低減する目的で、その疾患、障害及び/又は病態の初期兆候のみを示す対象に治療を行い得る。
単位用量:「単位用量」という表現は、本明細書で使用される場合、医薬組成物の単回投与として投与され、及び/又は物理的に別個の単位で投与される量を指す。多くの実施形態では、単位用量は、所定量の活性剤を含む。一部の実施形態では、単位用量は、薬剤の単回投与全体を含む。一部の実施形態では、2以上の単位用量が、全単回投与を達成するために投与される。一部の実施形態では、意図される効果を達成するために、複数の単位用量の投与が必要であるか又は必要であると予想される。単位用量は、例えば、所定量の1つ又は複数の治療薬、所定量の固形の1つ又は複数の治療薬を含有する液体(例えば、許容可能な担体)の体積であり得、所定量の1つ又は複数の治療薬を含有する徐放製剤又は薬剤送達デバイスであり得る。単位用量が、治療薬に加えて各種成分の何れかを含む製剤中に存在し得ることは理解されよう。例えば、許容可能な担体(例えば、薬学的に許容される担体)、希釈剤、安定剤、緩衝剤、防腐剤などが、後述するように含有され得る。当業者であれば、多くの実施形態において、特定の治療薬の適切な1日総投与量が、一部の単位用量又は複数の単位用量を含み得ること、これが、信頼できる医学的判断の範囲内で担当医により決定され得ることは理解されよう。一部の実施形態では、何れか特定の対象又は生物に対する具体的な有効用量レベルは、治療対象である障害及び障害の重症度、使用される具体的活性化合物の活性;使用される具体的組成物;対象の年齢、体重、健康状態、性別及び食事;使用される具体的な活性化合物の投与時間及びその排泄率;治療期間;使用される具体的な化合物と組み合わせて若しくは同時に用いられる薬物及び/又は追加療法並びに医学分野で公知の類似要因を含め、様々な要因に応じて変動し得る。
不飽和:用語「不飽和」は、本明細書で使用されるとき、ある部分が1つ以上の不飽和単位を有することを意味する。
野生型:本明細書で使用されるとき、用語「野生型」は、天然で「正常な」(突然変異体、罹患しているもの、改変されているもの等と対照的に)状態又はコンテクストにおいて見られるとおりの構造及び/又は活性を有する実体を指す、その当技術分野で理解される意味を有する。当業者は、野生型遺伝子及びポリペプチドが多くの場合に複数の異なる形態で存在する(例えば、アレル)ことを理解するであろう。
核酸:用語「核酸」には、任意のヌクレオチド、その類似体及びそのポリマーが含まれる。用語「ポリヌクレオチド」は、本明細書で使用されるとき、任意の長さのポリマー形態のヌクレオチド、リボヌクレオチド(RNA)若しくはデオキシリボヌクレオチド(DNA)のいずれか又はその類似体を指す。これらの用語は、分子の一次構造を指し、二本鎖及び一本鎖DNA並びに二本鎖及び一本鎖RNAを含む。これらの用語には、均等物として、ヌクレオチド類似体で作られているRNA又はDNAのいずれかの類似体、及び限定はされないが、メチル化、保護及び/又はキャッピングされたヌクレオチド又はポリヌクレオチドなど、修飾ポリヌクレオチドが含まれる。これらの用語は、ポリリボヌクレオチド又はオリゴリボヌクレオチド(RNA)及びポリデオキシリボヌクレオチド又はオリゴデオキシリボヌクレオチド(DNA);核酸塩基及び/又は修飾核酸塩基のN-グリコシド又はC-グリコシドから誘導されるRNA又はDNA;糖及び/又は修飾糖から誘導される核酸;及びリン酸架橋及び/又は修飾リン原子架橋(本明細書では「インターヌクレオチド結合」とも称される)から誘導される核酸を包含する。この用語は、核酸塩基、修飾核酸塩基、糖、修飾糖、天然の天然リン酸インターヌクレオチド結合又は非天然インターヌクレオチド結合の任意の組み合わせを含む核酸を包含する。例としては、リボース部分を含む核酸、デオキシリボース部分を含む核酸、リボース部分及びデオキシリボース部分の両方を含む核酸、リボース部分及び修飾リボース部分を含む核酸が挙げられるが、限定はされない。特に指定されない限り、接頭語ポリは、2~約10,000ヌクレオチド単量体単位を含む核酸を指し、ここで、接頭語オリゴは、2~約200ヌクレオチド単量体単位を含む核酸を指す。
ヌクレオチド:用語「ヌクレオチド」は、本明細書で使用されるとき、ヘテロ環式塩基、糖及び1つ以上のリン酸基又はリン含有インターヌクレオチド結合からなるポリヌクレオチドの単量体単位を指す。天然に存在する塩基(グアニン、(G)、アデニン、(A)、シトシン、(C)、チミン、(T)及びウラシル(U))は、プリン又はピリミジンの誘導体であるが、天然に存在する及び天然に存在しない塩基類似体も包含されることが理解されなければならない。天然に存在する糖としては、ペントース(五炭糖)デオキシリボース(これは、天然DNAに見られる)又はリボース(これは、天然RNAに見られる)が挙げられるが、天然に存在する及び天然に存在しない糖類似体、例えば2’-修飾を有する糖、ロックド核酸(LNA)及びホスホロジアミデートモルホリノオリゴマー(PMO)中の糖なども包含されることが理解されなければならない。ヌクレオチドは、インターヌクレオチド結合によって結合されて核酸又はポリヌクレオチドを形成する。多数のインターヌクレオチド結合が当技術分野において公知である(限定はされないが、天然リン酸結合、ホスホロチオエート結合、ボラノホスフェート結合など)。人工核酸には、PNA(ペプチド核酸)、リン酸トリエステル、ホスホロチオネート、H-ホスホン酸、ホスホロアミデート、ボラノホスフェート、メチルホスホネート、ホスホノアセテート、チオホスホノアセテート及び天然核酸のリン酸骨格の他のバリアント等が含まれる。一部の実施形態において、ヌクレオチドは、天然に存在する核酸塩基、天然に存在する糖及び天然リン酸結合を含む天然ヌクレオチドである。一部の実施形態において、ヌクレオチドは、天然ヌクレオチドの代わりに使用することのできる構造的類似体である修飾ヌクレオチド又はヌクレオチド類似体である。
修飾ヌクレオチド:「修飾ヌクレオチド」という用語は、天然のヌクレオチドとは構造的に異なるが、天然ヌクレオチドの少なくとも1つの機能を実施することができる任意の化学部分を含む。一部の実施形態では、修飾ヌクレオチドは、糖、塩基及び/又はインターヌクレオチド結合における修飾を含む。一部の実施形態では、修飾ヌクレオチドは、修飾糖、修飾核酸塩基及び/又は修飾インターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態では、修飾ヌクレオチドは、ヌクレオチドの少なくとも1つの機能、例えばポリマー中において、少なくとも相補的な塩基配列を含む核酸と塩基対合することができるサブユニットを形成することができる。
類似体:「類似体」という用語は、参照化学部分又は参照クラスの化学部分とは構造的に異なるが、そうした参照化学部分又は参照クラスの化学部分の少なくとも1つの機能を実施することができる任意の化学部分を含む。非限定的な例として、ヌクレオチド類似体は、ヌクレオチドと構造的に異なるが、ヌクレオチドの少なくとも1つの機能を果たす;核酸塩基類似体は、核酸塩基と構造的に異なるが、核酸塩基の少なくとも1つの機能を果たす;糖類似体は、核酸塩基と構造的に異なるが、糖の少なくとも1つの機能を果たす等である。
ヌクレオシド:用語「ヌクレオシド」は、核酸塩基又は修飾核酸塩基が糖又は修飾糖に共有結合的に結合している部分を指す。
修飾ヌクレオシド:用語「修飾ヌクレオシド」は、天然ヌクレオシドと化学的に異なるが、ヌクレオシドの少なくとも1つの機能を果たす能力を有する化学的部分を指す。一部の実施形態において、修飾ヌクレオシドは、天然ヌクレオシドから誘導されるか又はそれと化学的に類似しているが、しかし、これは、それを天然ヌクレオシドと区別する化学修飾を含む。修飾ヌクレオシドの非限定的な例として、塩基及び/又は糖の修飾を含むものがある。修飾ヌクレオシドの非限定的な例として、糖に2’修飾を有するものがある。更に、修飾ヌクレオシドの非限定的な例として、脱塩基ヌクレオシド(核酸塩基が欠失している)がある。一部の実施形態では、修飾ヌクレオシドは、ヌクレオシドの少なくとも1つの機能が可能であり、例えばポリマー中において、少なくとも相補的な塩基配列を含む核酸と塩基対合することができる部分を形成することができる。
ヌクレオシド類似体:「ヌクレオシド類似体」という用語は、天然ヌクレオシドとは化学的に異なるが、ヌクレオシドの少なくとも1つの機能を実施することができる化学部分を指す。一部の実施形態では、ヌクレオシド類似体は、糖の類似体及び/又は核酸塩基の類似体を含む。一部の実施形態では、修飾ヌクレオシドは、ヌクレオシドの少なくとも1つの機能、例えばポリマー中において、相補的な塩基配列を含む核酸と塩基対合することができる部分を形成することができる。
糖:「糖」という用語は、閉状態及び/又は開状態の単糖又は多糖を指す。一部の実施形態では、糖は、単糖である。一部の実施形態では、糖は、多糖である。糖としては、限定はされないが、リボース、デオキシリボース、ペントフラノース、ペントピラノース及びヘキソピラノース部分が挙げられる。本明細書で使用される場合、「糖」という用語は、例えば、グリコールのように、従来の糖分子に代わり使用される構造類似体も包含し、そのポリマーは、核酸類似体のグリコール核酸(GNA)などの骨格を形成する。本明細書で使用される場合、「糖」という用語は、天然又は天然に存在するヌクレオチドの代わりに用いられる構成類似体、例えば修飾糖及びヌクレオチド糖も含む。一部の実施形態において、糖は、D-2-デオキシリボースである。一部の実施形態において、糖は、β-D-デオキシリボフラノースである。一部の実施形態において、糖部分は、β-D-デオキシリボフラノース部分である。一部の実施形態において、糖は、D-リボースである。一部の実施形態において、糖は、β-D-リボフラノースである。一部の実施形態において、糖部分は、β-D-リボフラノース部分である。一部の実施形態において、糖は、任意選択で置換されているβ-D-デオキシリボフラノース又はβ-D-リボフラノースである。一部の実施形態において、糖部分は、任意選択で置換されているβ-D-デオキシリボフラノース又はβ-D-リボフラノース部分である。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド、核酸等における糖部分/単位は、インターヌクレオチド結合にそれぞれ独立に連結した1個以上の炭素原子を含む糖、例えばその5’-C及び/又は3’-Cがそれぞれ独立にインターヌクレオチド結合(例えば、天然リン酸結合、修飾インターヌクレオチド結合、キラル制御されたインターヌクレオチド結合等)に連結している、任意選択で置換されているβ-D-デオキシリボフラノース又はβ-D-リボフラノースである。
修飾糖:用語「修飾糖」は、糖を置き換えることのできる部分を指す。修飾糖は、糖の空間配置、電子特性又は他の何らかの物理化学的特性を模倣する。一部の実施形態において、修飾糖は、置換β-D-デオキシリボフラノース又はβ-D-リボフラノースである。一部の実施形態において、修飾糖は、2’-修飾を含む。一部の実施形態において、修飾糖は、例えば、LNAに見られるとおり、2つの糖炭素原子(例えば、C2及びC4)を連結するリンカー(例えば、任意選択で置換されている二価のヘテロ脂肪族)を含む。一部の実施形態において、リンカーは、-O-CH(R)-であり、式中、Rは、本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態において、リンカーは、-O-CH(R)-であり、式中、Oは、糖のC2に連結し、-CH(R)-は、C4に連結し、及びRは、本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態において、Rは、メチルである。一部の実施形態において、Rは、-Hである。一部の実施形態において、-CH(R)-は、S配置である。一部の実施形態において、-CH(R)-は、R配置である。
核酸塩基:「核酸塩基」という用語は、配列特異的な様式で1つの核酸鎖を別の相補的な鎖に結合する水素結合に関与する核酸の部分を指す。最も一般的な天然核酸塩基は、アデニン(A)、グアニン(G)、ウラシル(U)、シトシン(C)及びチミン(T)である。一部の実施形態において、修飾核酸塩基は、その核酸塩基がA、T、C、G、U及びその互変異性体から選択される置換核酸塩基である。一部の実施形態では、天然核酸塩基は、修飾されたアデニン、グアニン、ウラシル、シトシン又はチミンである。一部の実施形態では、天然核酸塩基は、メチル化されたアデニン、グアニン、ウラシル、シトシン又はチミンである。一部の実施形態では、核酸塩基は、「修飾核酸塩基」、例えばアデニン(A)、グアニン(G)、ウラシル(U)、シトシン(C)及びチミン(T)以外の核酸塩基である。一部の実施形態では、修飾核酸塩基は、メチル化されたアデニン、グアニン、ウラシル、シトシン又はチミンである。一部の実施形態では、修飾核酸塩基は、空間配置、電子的性質又は核酸塩基の何れか他の物理化学的特性を模倣し、配列特異的な様式で、1つの核酸鎖を別の核酸鎖に結合する水素結合の特性を保持する。一部の実施形態では、修飾核酸塩基は、融解挙動、細胞内酵素による認識又はオリゴヌクレオチド二重らせん鎖の活性に実質的に影響を及ぼすことなく、5種の全ての天然塩基(ウラシル、チミン、アデニン、シトシン又はグアニン)と対合することができる。本明細書で使用される場合、「核酸塩基」という用語は、天然又は天然に存在するヌクレオチドの代わりに用いられる構成類似体、例えば修飾核酸塩基及び核酸塩基類似体も含む。一部の実施形態において、核酸塩基は、任意選択で置換されているA、T、C、G若しくはU又はその核酸塩基がA、T、C、G、U及びその互変異性体から選択される置換核酸塩基である。
修飾核酸塩基:「修飾核酸塩基」、「修飾塩基」などといった用語は、核酸塩基と化学的に異なるが、核酸塩基の少なくとも1つの機能を実施することができる化学部分を指す。一部の実施形態では、修飾核酸塩基は、修飾を含む核酸塩基である。一部の実施形態では、修飾核酸塩基は、核酸塩基の少なくとも1つの機能が可能であり、例えばポリマー中において、少なくとも相補的な塩基配列を含む核酸と塩基対合することができる部分を形成することができる。一部の実施形態において、修飾核酸塩基は、その核酸塩基がA、T、C、G、U及びその互変異性体から選択される置換核酸塩基である。
キラルリガンド:用語「キラルリガンド」又は「キラル補助基」は、キラルである部分であって、反応が一定の立体選択性で行われ得るように反応に取り込むことのできる部分を指す。一部の実施形態において、この用語は、かかる部分を含む化合物も指し得る。
ブロッキング基:「ブロッキング基」という用語は、官能基の反応性をマスキングする基を指す。後に、ブロッキング基の除去により官能基をアンマスキングし得る。一部の実施形態では、ブロッキング基は、保護基である。
部分:「部分」という用語は、分子の官能基の特定のセグメントを指す。化学的部分は、分子中に埋め込まれるか又は分子に付加された、一般に認識されている化学的実体である。一部の実施形態において、化合物の部分は、化合物から1つ以上の-H及び/又はその均等物を除去することによってその化合物から形成される一価、二価又は多価の基である。一部の実施形態において、その文脈に応じて、「部分」は、その部分の誘導元の化合物又は実体も指し得る。
固体支持体:核酸、オリゴヌクレオチド又は他の化合物の調製に関連して使用される場合、「固体支持体」という用語は、核酸、オリゴヌクレオチド又は他の化合物の合成を可能にする任意の支持体を指す。一部の実施形態では、この用語は、ガラス又はポリマーを指し、それは、核酸を合成するために実施される反応ステップで使用される培地中で不溶性であり、誘導体化されて反応基を含有する。一部の実施形態では、固体支持体は、高度架橋ポリスチレン(HCP)又は制御ポアガラス(CPG)である。一部の実施形態では、固体支持体は、制御ポアガラス(CPG)である。一部の実施形態では、固体支持体は、制御ポアガラス(CPG)と高度架橋ポリスチレン(HCP)のハイブリッド支持体である。
リーディングフレーム:用語「リーディングフレーム」は、二本鎖DNA分子の、各方向に3つずつ、6つの可能なリーディングフレームの1つを指す。使用されるリーディングフレームにより、DNA分子のコード配列内でアミノ酸のコードにどのコドンが使用されるかが決まる。
アンチセンス:本明細書で使用されるとき、「アンチセンス」核酸分子は、タンパク質をコードする「センス」核酸に相補的な、例えば二本鎖cDNA分子のコード鎖に相補的な、mRNA配列に相補的な又は遺伝子のコード鎖に相補的なヌクレオチド配列を含む。従って、アンチセンス核酸分子は、水素結合によってセンス核酸分子と会合することができる。一部の実施形態において、転写物は、両方の鎖から生成され得る。一部の実施形態において、転写物は、タンパク質産物をコードしても又はコードしなくてもよい。一部の実施形態において、特定の核酸配列に向けられるとき又は標的化されるとき、「アンチセンス」配列は、その特定の核酸配列に相補的な配列を指し得る。
オリゴヌクレオチド:用語「オリゴヌクレオチド」は、核酸塩基、修飾核酸塩基、糖、修飾糖、天然リン酸結合又は非天然インターヌクレオチド結合の任意の組み合わせを含むヌクレオチド単量体のポリマー又はオリゴマーを指す。
オリゴヌクレオチドは、一本鎖又は二本鎖であり得る。本明細書で使用されるとき、用語「オリゴヌクレオチド鎖」は、一本鎖オリゴヌクレオチドを包含する。一本鎖オリゴヌクレオチドは、二本鎖領域を有することができ、二本鎖オリゴヌクレオチドは、一本鎖領域を有することができる。オリゴヌクレオチドの例として、限定はされないが、構造遺伝子、制御領域及び終結領域を含む遺伝子、例えばウイルスDNA又はプラスミドDNAなどの自己複製系、一本鎖及び二本鎖siRNA剤並びに他のRNA干渉試薬(RNAi剤又はiRNA剤)、shRNA、アンチセンスオリゴヌクレオチド、リボザイム、マイクロRNA、マイクロRNA模倣体、スーパーミア、アプタマー、アンチミア、アンタゴミア、Ulアダプター、三重鎖形成性オリゴヌクレオチド、G-四重鎖オリゴヌクレオチド、RNAアクチベーター、免疫賦活性オリゴヌクレオチド及びデコイオリゴヌクレオチドが挙げられる。
RNA干渉の誘導において有効な二本鎖及び一本鎖オリゴヌクレオチドは、siRNA、RNAi剤又はiRNA剤とも称され得る。一部の実施形態において、これらのRNA干渉を誘導するオリゴヌクレオチドは、RNAi誘導サイレンシング複合体(RISC)として公知の細胞質多タンパク質複合体と会合する。多くの実施形態において、一本鎖及び二本鎖RNAi剤は、十分な長さであるため内因性分子、例えばダイサーによって切断され得、RISC機構に入ってRISCの媒介による標的配列、例えば標的mRNAの切断に関与することのできる小型のオリゴヌクレオチドを生じ得る。
本開示のオリゴヌクレオシドは、様々な長さであり得る。詳細な実施形態において、オリゴヌクレオシドは、約2~約200ヌクレオシド長の範囲であり得る。様々な関連する実施形態において、一本鎖、二本鎖及び三本鎖のオリゴヌクレオシドは、長さが約4~約10ヌクレオシド、約10~約50ヌクレオシド、約20~約50ヌクレオシド、約15~約30ヌクレオシド、約20~約30ヌクレオシド長の範囲であり得る。一部の実施形態において、オリゴヌクレオシドは、約9~約39ヌクレオシド長である。一部の実施形態において、オリゴヌクレオシドは、少なくとも15ヌクレオシド長である。一部の実施形態において、オリゴヌクレオシドは、少なくとも20ヌクレオシド長である。一部の実施形態において、オリゴヌクレオシドは、少なくとも25ヌクレオシド長である。一部の実施形態において、オリゴヌクレオシドは、少なくとも30ヌクレオシド長である。一部の実施形態において、オリゴヌクレオシドは、少なくとも18ヌクレオシド長の相補鎖の二重鎖である。一部の実施形態において、オリゴヌクレオシドは、少なくとも21ヌクレオシド長の相補鎖の二重鎖である。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド長の目的上、考慮される各ヌクレオシドは、独立に、A、T、C、G、U及びその互変異性体から選択される、任意選択で置換されている核酸塩基を含む。
インターヌクレオチド結合:本明細書で使用されるとき、語句「インターヌクレオチド結合」は、概して、核酸又はオリゴヌクレオチドのヌクレオチド単位間の結合、典型的にはリン含有結合を指し、上記及び本明細書において使用されるとおり、「糖間結合」、「インターヌクレオシド結合」及び「リン原子架橋」と同義である。当業者が理解するとおり、天然DNA及びRNAは、天然リン酸結合を含有する。一部の実施形態において、インターヌクレオチド結合は、天然に存在するDNA及びRNA分子に見られるとおりの天然リン酸結合(-OP(O)(OH)O-、典型的には例えば約7.4のpHでそのアニオン型-OP(O)(O)O-として存在する)である。一部の実施形態において、インターヌクレオチド結合は、天然リン酸結合と構造的に異なるが、天然リン酸結合の代わりに利用し得る修飾インターヌクレオチド結合(又は非天然インターヌクレオチド結合)、例えばホスホロチオエートインターヌクレオチド結合、PMO結合等である。一部の実施形態において、インターヌクレオチド結合は、天然リン酸ジエステル結合の1つ以上の酸素原子が1つ以上の有機又は無機部分によって独立に置き換えられている修飾インターヌクレオチド結合である。一部の実施形態において、かかる有機又は無機部分は、限定はされないが、=S、=Se、=NR’、-SR’、-SeR’、-N(R’)、B(R’)、-S-、-Se-及び-N(R’)-(式中、各R’は、独立に、以下に定義及び記載されるとおりである)から選択される。一部の実施形態において、インターヌクレオチド結合はリン酸トリエステル結合である。一部の実施形態において、インターヌクレオチド結合は、ホスホロチオエートジエステル結合(ホスホロチオエートインターヌクレオチド結合、

、典型的には例えば約7.4のpHでそのアニオン型-OP(O)(S)O-として存在する)である。当業者によれば、インターヌクレオチド結合は、その結合中の酸又は塩基部分の存在に起因して所与のpHでアニオン又はカチオンとして存在し得ることが理解される。一部の実施形態において、インターヌクレオチド結合は、所与のpHで非負電荷インターヌクレオチド結合である。一部の実施形態において、インターヌクレオチド結合は、所与のpHで中性インターヌクレオチド結合である。一部の実施形態において、所与のpHは、pH約7.4である。一部の実施形態において、所与のpHは、pH約0、1、2、3、4、5、6又は7~pH約7、8、9、10、11、12、13又は14の範囲である。一部の実施形態において、所与のpHは、pH5~9の範囲である。一部の実施形態において、所与のpHは、pH6~8の範囲である。一部の実施形態において、インターヌクレオチド結合は、本開示に記載されるとおりの式I、式I-a、式I-b、式I-c、式I-n-1、式I-n-2、式I-n-3、式I-n-4、式II、式II-a-1、式II-a-2、式II-b-1、式II-b-2、式II-c-1、式II-c-2、式II-d-1、式II-d-2等の構造を有する。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、本開示に記載されるとおりの式I-n-1、式I-n-2、式I-n-3、式I-n-4、式II、式II-a-1、式II-a-2、式II-b-1、式II-b-2、式II-c-1、式II-c-2、式II-d-1、式II-d-2等の構造を有する。一部の実施形態において、インターヌクレオチド結合は、例えば、PNA(ペプチド核酸)又はPMO(ホスホロジアミデートモルホリノオリゴマー)結合の1つである。一部の実施形態において、インターヌクレオチド結合は、キラル結合リンを含む。一部の実施形態において、インターヌクレオチド結合は、キラル制御されたインターヌクレオチド結合である。一部の実施形態において、インターヌクレオチド結合は、s(ホスホロチオエート)、s1、s2、s3、s4、s5、s6、s7、s8、s9、s10、s11、s12、s13、s14、s15、s16、s17又はs18(ここで、s1、s2、s3、s4、s5、s6、s7、s8、s9、s10、s11、s12、s13、s14、s15、s16、s17及びs18の各々は、独立に、国際公開第2017/062862号に記載されるとおりである)から選択される。
特に指定されない限り、オリゴヌクレオチド配列の前に付されるRp/Spの表記は、キラル制御されたインターヌクレオチド結合中の結合リンの立体配置をオリゴヌクレオチド配列の5’から3’の順に記述する。例えば、(Rp,Sp)-ATsCs1GAでは、TとCとの間にある「s」結合中のリンがRp配置を有し、CとGとの間の「s1」結合中のリンがSp配置を有する。一部の実施形態において、「全(Rp)」又は「全(Sp)」は、キラル制御されたインターヌクレオチド結合中の全てのキラルな結合リン原子が同じRp配置又はSp配置をそれぞれ有することを示して使用される。例えば、全(Rp)-GsCsCsTsCsAsGsTsCsTsGsCsTsTsCsGsCsAsCsCは、オリゴヌクレオチド中の全てのキラル結合リン原子がRp配置を有することを示し;全(Sp)-GsCsCsTsCsAsGsTsCsTsGsCsTsTsCsGsCsAsCsCは、オリゴヌクレオチド中の全てのキラル結合リン原子がSp配置を有することを示す。
オリゴヌクレオチドタイプ:本明細書で使用されるとき、語句「オリゴヌクレオチドタイプ」は、特定の塩基配列、骨格結合のパターン(即ちインターヌクレオチド結合タイプ、例えば、天然リン酸結合、ホスホロチオエートインターヌクレオチド結合、負電荷インターヌクレオチド結合、中性インターヌクレオチド結合等のパターン)、骨格キラル中心のパターン(即ち結合リン立体化学(Rp/Sp)のパターン)及び骨格リン修飾のパターン(例えば、式I中「-X-L-R」基のパターン)を有するオリゴヌクレオチドを定義して使用される。一部の実施形態において、共通の表記の「タイプ」のオリゴヌクレオチドは、互いに構造的に同一である。
当技術分野の当業者であれば、本開示の合成方法が、オリゴヌクレオチド鎖合成を行う間にある程度の制御をもたらし、それによってそのオリゴヌクレオチド鎖の各ヌクレオチド単位が、結合リンで特定の立体化学及び/又は結合リンで特定の修飾、及び/又は特定の塩基、及び/又は特定の糖を有するように、事前に設計可能であり及び/又は選択可能であることを理解されるであろう。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド鎖は、結合リンで特定の組み合わせの立体中心を有するように、事前に設計及び/又は選択される。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド鎖は、結合リンで特定の組み合わせの修飾を有するように、設計及び/又は決定される。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド鎖は、特定の組み合わせの塩基を有するように、設計及び/又は選択される。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド鎖は、上述の構造特性の1つ又は複数の特定の組み合わせを有するように設計及び/又は選択される。本開示は、複数のオリゴヌクレオチド分子を含むか又はそれからなる組成物(例えば、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物)を提供する。一部の実施形態において、かかる分子は、全て同じタイプである。一部の実施形態において、かかる分子は、全て構造的に互いに同一である。一部の実施形態において、提供される組成物は、異なるタイプの複数のオリゴヌクレオチドを典型的には所定の(ランダムではない)相対量で含む。
キラル制御:本明細書で使用される場合、「キラル制御」とは、オリゴヌクレオチド内のキラルインターヌクレオチド結合中の、キラル結合リンの立体化学的指定の制御を指す。一部の実施形態では、制御は、オリゴヌクレオチドの糖部分及び塩基部分から非存在のキラル要素を介して達成され、例えば一部の実施形態では、制御は、本開示において例示されるように、オリゴヌクレオチド調製工程中に1つ以上のキラル補助基を介して達成され、このキラル補助剤は、多くの場合、オリゴヌクレオチド調製工程で用いられるキラルホスホロアミダイトの一部である。キラル制御とは対照的に、当業者は、キラル補助剤を使用しない従来のオリゴヌクレオチド合成は、こうした従来のオリゴヌクレオチド合成を用いてキラルインターヌクレオチド結合を形成する場合、キラルインターヌクレオチド結合での立体化学を制御することができないことを理解されよう。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド内のキラルインターヌクレオチド結合中の各キラル結合リンの立体化学指定が制御される。
キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物:用語「キラル制御された(立体制御された又は立体定義された)オリゴヌクレオチド組成物」、「キラル制御された(立体制御された又は立体定義された)核酸組成物」などは、本明細書で使用されるとき、1)共通の塩基配列、2)共通の骨格結合のパターン、3)共通の骨格キラル中心のパターン、及び4)共通の骨格リン修飾のパターンを共有する複数のオリゴヌクレオチド(又は核酸、キラル制御されたオリゴヌクレオチド若しくはキラル制御された核酸)(特定のタイプのオリゴヌクレオチド)を含む組成物を指し、ここで、複数のオリゴヌクレオチド(又は核酸)は、1つ以上のキラルインターヌクレオチド結合に同じ立体化学を共有する(キラル制御されたインターヌクレオチド結合、そのキラル結合リンがRp又はSpであり、キラル制御されていないインターヌクレオチド結合のようにランダムなRp及びSp混合物ではない)。キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中の複数のオリゴヌクレオチド(又は核酸)のレベルは、非ランダムである(予め決められている、制御されている)。キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、典型的には、例えばキラル制御されたオリゴヌクレオチド調製による1つ以上のキラルインターヌクレオチド結合の立体選択的な形成を通じて調製される(例えば、立体選択性を意図的に制御するためのキラル補助基又はキラル触媒を使用しない従来のホスホロアミダイトベースのオリゴヌクレオチド合成など、キラル制御されない(ステレオランダムな、非立体選択的な、ラセミの)オリゴヌクレオチド合成と比較して、本開示に例示されるとおりのキラル補助基を使用する)。キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、共通の塩基配列、共通の骨格結合のパターン及び共通の骨格リン修飾のパターンを有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミ体の製剤と比べて複数のオリゴヌクレオチドが強化されている。一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、1)塩基配列;2)骨格結合のパターン;3)骨格キラル中心のパターン;及び4)骨格リン修飾のパターンによって定義される特定のオリゴヌクレオチドタイプの複数のオリゴヌクレオチドを含み、ここで、同じ塩基配列、骨格結合のパターン及び骨格リン修飾のパターンを有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミ体の製剤と比べて、これは、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドが強化されている。当業者が容易に理解するとおり、かかる強化は、実質的にラセミ体の製剤と比較して、各キラル制御されたインターヌクレオチド結合において、より高いレベルの結合リンが望ましい立体配置を有することを特徴とし得る。一部の実施形態において、各キラル制御されたインターヌクレオチド結合は、独立に、そのキラル結合リンに関して少なくとも80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%又は99%のジアステレオ純度を有する。一部の実施形態において、それぞれが独立に少なくとも90%のジアステレオ純度を有する。一部の実施形態において、それぞれが独立に少なくとも95%のジアステレオ純度を有する。一部の実施形態において、それぞれが独立に少なくとも97%のジアステレオ純度を有する。一部の実施形態において、それぞれが独立に少なくとも98%のジアステレオ純度を有する。一部の実施形態において、複数のオリゴヌクレオチドは、同じ化学構成を有する。一部の実施形態において、複数のオリゴヌクレオチドは、同じ化学構成及び立体化学を有し、構造的に同一である。
一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中の複数のオリゴヌクレオチドは、同じ塩基配列、存在する場合には同じ核酸塩基、糖及びインターヌクレオチド結合修飾並びに1つ以上のキラル制御されたインターヌクレオチド結合の結合リンキラル中心における独立に同じ立体化学(Rp又はSp)を共有し、但し特定の結合リンキラル中心の立体化学は、異なることもある。一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中の全てのオリゴヌクレオチドの約0.1%~100%(例えば、約1%~100%、5%~100%、10%~100%、20%~100%、30%~100%、40%~100%、50%~100%、60%~100%、70%~100%、80~100%、90~100%、95~100%、50%~90%、又は約5%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%若しくは99%、又は少なくとも5%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%若しくは99%)が複数のオリゴヌクレオチドである。一部の実施形態において、共通の塩基配列を共有するキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中の全てのオリゴヌクレオチドの約0.1%~100%(例えば、約1%~100%、5%~100%、10%~100%、20%~100%、30%~100%、40%~100%、50%~100%、60%~100%、70%~100%、80~100%、90~100%、95~100%、50%~90%、又は約5%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%若しくは99%、又は少なくとも5%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%若しくは99%)が複数のオリゴヌクレオチドである。一部の実施形態において、共通の塩基配列、共通の骨格結合のパターン及び共通の骨格リン修飾のパターンを共有するキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中の全てのオリゴヌクレオチドの約0.1%~100%(例えば、約1%~100%、5%~100%、10%~100%、20%~100%、30%~100%、40%~100%、50%~100%、60%~100%、70%~100%、80~100%、90~100%、95~100%、50%~90%、又は約5%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%若しくは99%、又は少なくとも5%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%若しくは99%)が複数のオリゴヌクレオチドである。一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中の全てのオリゴヌクレオチド又は共通の塩基配列(例えば、複数のオリゴヌクレオチド又はオリゴヌクレオチドタイプのもの)を共有する組成物中の全てのオリゴヌクレオチド又は共通の塩基配列、共通の骨格結合のパターン及び共通の骨格リン修飾のパターン(例えば、複数のオリゴヌクレオチド又はオリゴヌクレオチドタイプのもの)を共有する組成物中の全てのオリゴヌクレオチド又は共通の塩基配列、共通の塩基修飾パターン、共通の糖修飾パターン、共通のインターヌクレオチド結合タイプパターン及び/又は共通のインターヌクレオチド結合修飾パターン(例えば、複数のオリゴヌクレオチド又はオリゴヌクレオチドタイプのもの)を共有する組成物中の全てのオリゴヌクレオチド又は同じ化学構成を共有する組成物中の全てのオリゴヌクレオチドの約0.1%~100%(例えば、約1%~100%、5%~100%、10%~100%、20%~100%、30%~100%、40%~100%、50%~100%、60%~100%、70%~100%、80~100%、90~100%、95~100%、50%~90%、又は約5%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%若しくは99%、又は少なくとも5%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%若しくは99%)が複数のオリゴヌクレオチドである。一部の実施形態において、パーセンテージは、少なくとも(DP)NCI(式中、DPは、85%~100%から選択されるパーセンテージであり、及びNCIは、キラル制御されたインターヌクレオチド結合の数である)である。一部の実施形態において、DPは、少なくとも85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%又は99%である。一部の実施形態において、DPは、少なくとも85%である。一部の実施形態において、DPは、少なくとも90%である。一部の実施形態において、DPは、少なくとも95%である。一部の実施形態において、DPは、少なくとも96%である。一部の実施形態において、DPは、少なくとも97%である。一部の実施形態において、DPは、少なくとも98%である。一部の実施形態において、DPは、少なくとも99%である。一部の実施形態において、DPは、キラル制御されたインターヌクレオチド結合の結合リンキラル中心のジアステレオ純度を反映する。一部の実施形態において、インターヌクレオチド結合の結合リンキラル中心のジアステレオ純度は、典型的には、かかるインターヌクレオチド結合と、そのインターヌクレオチド結合によって連結された2つのヌクレオシド単位とを含む適切な二量体を使用して評価され得る。一部の実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドは、約1~50(例えば、約1~10、1~20、5~10、5~20、10~15、10~20、10~25、10~30又は約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19若しくは20又は少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19若しくは20)のキラルインターヌクレオチド結合で、同じ立体化学を有する。一部の実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドは、キラルインターヌクレオチド結合の約0.1%~100%(例えば、約1%~100%、約5%~100%、10%~100%、20%~100%、30%~100%、40%~100%、50%~100%、60%~100%、70%~100%、80%~100%、90%~100%、95%~100%、50%~90%又は約5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%若しくは100%又は少なくとも5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%若しくは99%)で、同じ立体化学を有する。一部の実施形態では、各キラルインターヌクレオチド結合は、キラル制御されたインターヌクレオチド結合であり、組成物は、完全にキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物である。一部の実施形態では、キラルインターヌクレオチド結合の全てがキラル制御されたインターヌクレオチド結合であるのではなく、組成物は、部分的にキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物である。一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、所定レベルの個々のオリゴヌクレオチド又は核酸タイプを含む。例えば、一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、1つのオリゴヌクレオチドタイプを所定レベル(例えば、上記に記載されるとおり)で含む。一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、2つ以上のオリゴヌクレオチドタイプを、それぞれ独立に所定レベルで含む。一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、多数のオリゴヌクレオチドタイプをそれぞれ独立に所定レベルで含む。一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、あるオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドの組成物であり、この組成物は、所定レベルのそのオリゴヌクレオチドタイプの複数のオリゴヌクレオチドを含む。
キラル的に純粋:本明細書で使用されるとき、語句「キラル的に純粋」は、オリゴヌクレオチド分子の全て又はほぼ全て(残りは、不純物である)が結合リン原子に関して単一のジアステレオマー形態で存在するオリゴヌクレオチド又はその組成物を記載して使用される。多くの実施形態において、当業者が理解するとおり、キラル的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物は、組成物中のオリゴヌクレオチドの実質的に全てが構造的に同一である(同じ立体異性体である)点で実質的に純粋である。
結合リン:本明細書において定義されるとき、語句「結合リン」は、言及されている特定のリン原子がインターヌクレオチド結合に存在するリン原子であることを指して使用され、このリン原子は、天然に存在するDNA及びRNAに存在するとおりの天然リン酸結合のリン原子に対応する。一部の実施形態において、結合リン原子は、修飾インターヌクレオチド結合中のものである。一部の実施形態において、結合リン原子は、式IのPのPである。一部の実施形態において、結合リン原子は、キラルである。
P修飾:本明細書で使用されるとき、用語「P修飾」は、立体化学修飾以外の結合リンにおける任意の修飾を指す。一部の実施形態において、P修飾は、結合リンに共有結合的に結合するペンダント部分の付加、置換又は除去を含む。一部の実施形態において、「P修飾」は、式IのW、Y、Z又は-X-L-Rである。
ブロックマー:用語「ブロックマー」は、本明細書で使用されるとき、各個別のヌクレオチド単位を特徴付ける構造的特徴のパターンが、核酸塩基、糖及び/又はインターヌクレオチド結合に共通の構造的特徴を共有する少なくとも2つの連続するヌクレオチド単位の存在によって特徴付けられるオリゴヌクレオチドを指す。共通の構造的特徴とは、共通の化学及び/又は立体化学、例えば核酸塩基、糖及び/又はインターヌクレオチド結合における共通の修飾並びに結合リンキラル中心における共通の立体化学を意味する。一部の実施形態において、共通の構造的特徴を共有する少なくとも2つの連続するヌクレオチド単位は、「ブロック」と称される。
一部の実施形態において、ブロックマーは、「立体ブロックマー」であり、例えば少なくとも2つの連続するヌクレオチド単位が結合リンに同じ立体化学を有する。かかる少なくとも2つの連続するヌクレオチド単位は、「立体ブロック」を形成する。例えば、(Sp,Sp)-ATsCs1GAは、少なくとも2つの連続するヌクレオチド単位Ts及びCs1が結合リンに同じ立体化学(両方ともSp)を有するため、立体ブロックマーである。同じオリゴヌクレオチド(Sp,Sp)-ATsCs1GAにおいて、TsCs1がブロックを形成し、これは、立体ブロックである。
一部の実施形態において、ブロックマーは、「P修飾ブロックマー」であり、例えば少なくとも2つの連続するヌクレオチド単位が結合リンに同じ修飾を有する。かかる少なくとも2つの連続するヌクレオチド単位は、「P修飾ブロック」を形成する。例えば、(Rp,Sp)-ATsCsGAは、少なくとも2つの連続するヌクレオチド単位Ts及びCsが同じP修飾を有する(即ち両方ともホスホロチオエートジエステルである)ため、P修飾ブロックマーである。同じ(Rp,Sp)-ATsCsGAのオリゴヌクレオチドにおいて、TsCsがブロックを形成し、これは、P修飾ブロックである。
一部の実施形態において、ブロックマーは、「結合ブロックマー」であり、例えば少なくとも2つの連続するヌクレオチド単位が結合リンに同一の立体化学及び同一の修飾を有する。少なくとも2つの連続するヌクレオチド単位は、「結合ブロック」を形成する。例えば、(Rp,Rp)-ATsCsGAは、少なくとも2つの連続するヌクレオチド単位Ts及びCsが同じ立体化学(両方ともRp)及びP修飾(両方ともホスホロチオエート)を有するため、結合ブロックマーである。同じ(Rp,Rp)-ATsCsGAのオリゴヌクレオチドにおいて、TsCsがブロックを形成し、これは、結合ブロックである。
一部の実施形態において、ブロックマーは、「糖修飾ブロックマー」であり、例えば少なくとも2つの連続するヌクレオチド単位が同一の糖修飾を有する。一部の実施形態において、糖修飾ブロックマーは、2’-Fブロックマーであり、ここで、少なくとも2つの連続するヌクレオチド単位がそれらの糖に2’-F修飾を有する。一部の実施形態において、糖修飾ブロックマーは、2’-ORブロックマーであり、ここで、少なくとも2つの連続するヌクレオチド単位は、独立に、それらの糖に2’-OR修飾(式中、各Rは、独立に、本開示に記載されるとおりである)を有する。一部の実施形態において、糖修飾ブロックマーは、2’-OMeブロックマーであり、ここで、少なくとも2つの連続するヌクレオチド単位がそれらの糖に2’-OMe修飾を有する。一部の実施形態において、糖修飾ブロックマーは、2’-MOEブロックマーであり、ここで、少なくとも2つの連続するヌクレオチド単位がそれらの糖に2’-MOE修飾を有する。一部の実施形態において、糖修飾ブロックマーは、LNAブロックマーであり、ここで、少なくとも2つの連続するヌクレオチド単位がLNA糖を有する。
一部の実施形態において、ブロックマーは、糖修飾ブロック、立体ブロック、P修飾ブロック及び結合ブロックから独立に選択される1つ以上のブロックを含む。一部の実施形態において、ブロックマーは、1つのブロックに関して立体ブロックマーであり、及び/又は別のブロックに関してP修飾ブロックマーであり、及び/又は更に別のブロックに関して結合ブロックマーである。
アルトマー:用語「アルトマー」は、本明細書で使用されるとき、各個別のヌクレオチド単位を特徴付ける構造的特徴のパターンについて、核酸塩基、糖及び/又はインターヌクレオチドリン結合に特定の構造的特徴を共有する2つの連続するヌクレオチド単位がオリゴヌクレオチド鎖の中にないことが特徴であるオリゴヌクレオチドを指す。一部の実施形態において、アルトマーは、それが繰り返しパターンを含むように設計される。一部の実施形態において、アルトマーは、それが繰り返しパターンを含まないように設計される。
一部の実施形態において、アルトマーは、「立体アルトマー」であり、例えば結合リンに同じ立体化学を有する2つの連続するヌクレオチド単位がない。例えば、(Rp,Sp,Rp,Sp,Rp,Sp,Rp,Sp,Rp,Sp Rp,Sp,Rp,Sp,Rp,Sp,Rp,Sp,Rp)-GsCsCsTsCsAsGsTsCsTsGsCsTsTsCsGsCsAsCsCである。
ギャップマー:本明細書で使用されるとき、用語「ギャップマー」は、1つ以上のヌクレオチド単位(ギャップ)が、かかる1つ以上のヌクレオチド単位に両端で隣接するヌクレオチド単位に含まれる構造的特徴(例えば、核酸塩基修飾、糖修飾、インターヌクレオチド結合修飾、結合リン立体化学等)を有しないことを特徴とするオリゴヌクレオチドを指す。一部の実施形態において、ギャップマーは、両端に非天然インターヌクレオチド結合が独立に隣接する1つ以上の天然リン酸結合のギャップを含む。一部の実施形態において、ギャップマーは、糖修飾ギャップマーであり、ここで、ギャップマーは、両端の隣接するヌクレオチドが含む糖修飾を含まない1つ以上のヌクレオチド単位のギャップを含む。一部の実施形態において、ギャップマーは、ギャップを含み、ここで、ギャップ領域中の各ヌクレオチド単位は、両端でそのギャップに隣接するヌクレオチド単位に含まれる2’-修飾を含まない。一部の実施形態において、ギャップを含む、提供されるオリゴヌクレオチドであり、ここで、ギャップ領域中の各ヌクレオチド単位は、2’-OR修飾を含まないが、そのギャップに各端で隣接するヌクレオチド単位は、独立に、2’-OR修飾を含む。一部の実施形態において、ギャップを含む、提供されるオリゴヌクレオチドであり、ここで、ギャップ領域中の各ヌクレオチド単位は、2’-F修飾を含まないが、そのギャップに各端で隣接するヌクレオチド単位は、独立に、2’-F修飾を含む。
スキップマー:本明細書で使用されるとき、用語「スキップマー」は、オリゴヌクレオチド鎖の1つおきのインターヌクレオチドリン結合が、例えば天然に存在するDNA又はRNAに見られるものなど、リン酸ジエステル結合(天然リン酸結合)であり、且つオリゴヌクレオチド鎖の1つおきのインターヌクレオチドリン結合が修飾インターヌクレオチド結合(非天然インターヌクレオチド結合)であるギャップマーの一種を指す。
本開示の目的上、化学元素は、Periodic Table of the Elements, CAS version, Handbook of Chemistry and Physics, 67th Ed., 1986-87の内表紙に従って特定される。
特に指定されない限り、化合物(例えば、オリゴヌクレオチド、薬剤等)の塩、例えば薬学的に許容可能な酸付加塩又は塩基付加塩、立体異性型及び互変異性型が包含される。特に指定されない限り、単数形「1つの(a)」、「1つの(an)」及び「その」は、文脈上特に明確に指示されない限り複数形への言及を含む(及び逆も同様である)。従って、例えば、「化合物」への言及は、複数のかかる化合物を含み得る。
特定の実施形態の詳細な説明
合成オリゴヌクレオチドは、幅広い種類の適用において有用な分子ツールを提供する。例えば、オリゴヌクレオチドは、治療、診断、研究及び新規ナノマテリアル適用において有用である。天然に存在する核酸(例えば、非修飾DNA又はRNA)の使用は、例えば、エンドヌクレアーゼ及びエキソヌクレアーゼに対するその脆弱性によって制限される。そのため、こうした欠点を回避しようと様々な合成の対応物が開発されている。これには、とりわけそうした分子を、分解を受けにくいものにし、且つオリゴヌクレオチドの他の特性を改良する化学修飾、例えば、塩基修飾、糖修飾、骨格修飾等を含む合成オリゴヌクレオチドが含まれる。化学修飾は、毒性の増加等、ある種の望ましくない効果にもつながり得る。構造上の観点から、天然リン酸結合に対する修飾はキラリティーを導入することができ、オリゴヌクレオチドのある種の特性は、オリゴヌクレオチドの骨格を形成するリン原子の立体配置の影響を受け得る。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド又はオリゴヌクレオチド組成物は、DMDオリゴヌクレオチド又はオリゴヌクレオチド組成物;非負電荷インターヌクレオチド結合を含むオリゴヌクレオチド又はオリゴヌクレオチド組成物;又は非負電荷インターヌクレオチド結合を含むDMDオリゴヌクレオチドである。
一部の実施形態において、骨格のキラリティー(例えば、リン原子の立体配置)又は骨格における天然リン酸結合若しくは非天然インターヌクレオチド結合の包含及び/又は糖及び/又は核酸塩基の修飾及び/又は化学的部分の付加が、オリゴヌクレオチドの特性及び活性、例えば、DMDオリゴヌクレオチド(例えば、ジストロフィン(DMD)転写物配列にとってアンチセンスのオリゴヌクレオチド)が1つ以上のエクソンをスキップする能力及び/又は限定はされないが、安定性の増加、薬物動態の改良及び/又は免疫原性の低下等を含めたDMDオリゴヌクレオチドの他の特性に影響を及ぼし得る。提供される化合物、例えば、オリゴヌクレオチド及びその組成物の特性及び/又は活性の評価に好適なアッセイは当技術分野において広く公知であり、本開示において利用することができる。例えば、免疫原性を試験するため、インビボでマウス血清において様々なDMDオリゴヌクレオチドを試験して、サイトカインの活性化が最小限であることを実証したと共に、エキソビボでヒトPBMC(末梢血単核球)において様々なDMDオリゴヌクレオチドをサイトカイン活性(例えば、IL-12p40、IL-12p70、IL-1α、IL-1β、IL-6、MCP-1、MIP-1α、MIP-1β及びTNF-α)に関して試験した。
一部の実施形態において、本開示の技術(例えば、オリゴヌクレオチド、その組成物及び使用方法)を利用して、様々な核酸を標的化することができる(例えば、標的核酸の標的配列へのハイブリダイゼーション及び/又は標的核酸等のレベル低減、分解、スプライシング調節、転写抑制等の提供による)。一部の実施形態において、提供される技術は、転写物のスプライシングの調節、例えば、それによる望ましいスプライシング産物のレベルの増加及び/又は望ましくないスプライシング産物のレベルの低減に特に有用である。一部の実施形態において、提供される技術は、転写物、例えば、プレmRNA、RNA等のレベルの低減及び多くの場合、mRNA、タンパク質等、かかる転写物から生じる又はそれによってコードされる産物のレベルの低減に特に有用である。
一部の実施形態において、転写物はプレmRNAである。一部の実施形態において、スプライシング産物は成熟RNAである。一部の実施形態において、スプライシング産物はmRNAである。一部の実施形態において、スプライシング調節又は変化は、1つ以上のエクソンのスキッピングを含む。一部の実施形態において、転写物のスプライシングは、エクソンスキッピングがない場合と比較して改良された有益な活性を有するmRNA及びタンパク質のレベルがエクソンスキッピングにより増加する点で改良される。一部の実施形態において、フレームシフトを引き起こすエクソンがスキップされる。一部の実施形態において、望ましくない突然変異を含むエクソンがスキップされる。一部の実施形態において、未成熟終止コドンを含むエクソンがスキップされる。望ましくない突然変異は、タンパク質配列に変化を引き起こす突然変異であり得;これは、サイレント突然変異でもあり得る。一部の実施形態において、転写物はジストロフィン(DMD)の転写物である。
一部の実施形態において、転写物のスプライシングは、エクソンスキッピングがない場合と比較して望ましくない活性を有するmRNA及びタンパク質のレベルがエクソンスキッピングにより低下する点で改良される。一部の実施形態では、エクソンスキッピングを通じて、1つ以上のエクソンがスキップされることにより、それが未成熟終止コドン及び/又はフレームシフト突然変異を引き起こして標的がノックダウンされる。一部の実施形態において、提供される組成物中の提供されるオリゴヌクレオチド、例えば、複数のオリゴヌクレオチドは、塩基修飾、糖修飾及び/又はインターヌクレオチド結合修飾を含む。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、塩基修飾及び糖修飾を含む。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、塩基修飾及びインターヌクレオチド結合修飾を含む。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、糖修飾及びインターヌクレオチド修飾を含む。一部の実施形態において、提供される組成物は、塩基修飾、糖修飾及びインターヌクレオチド結合修飾を含む。塩基修飾、糖修飾、インターヌクレオチド結合修飾等の例示的化学修飾は、限定はされないが本開示に記載されるものを含め、当技術分野において広く公知である。一部の実施形態において、修飾塩基は、置換されたA、T、C、G又はUである。一部の実施形態において、糖修飾は2’-修飾である。一部の実施形態において、2’-修飾は2-F修飾である。一部の実施形態において、2’-修飾は2’-ORであり、式中、Rは水素でない。一部の実施形態において、2’-修飾は2’-ORであり、式中、Rは、任意選択で置換されているアルキルである。一部の実施形態において、2’-修飾は2’-OMeである。一部の実施形態において、2’-修飾は2’-MOEである。一部の実施形態において、修飾糖部分は架橋二環式又は多環式環である。一部の実施形態において、修飾糖部分は、5~20個の環原子を有する架橋二環式又は多環式環であり、ここで、1つ以上の環原子は、任意選択で且つ独立に、ヘテロ原子である。例示的環状構造は、BNA、LNA等に見られるものなど、当技術分野において広く公知である。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、1つ以上の修飾インターヌクレオチド結合と1つ以上の天然リン酸結合との両方を含む。一部の実施形態において、修飾インターヌクレオチド結合と天然リン酸結合との両方を含むオリゴヌクレオチド及びその組成物は、特性、例えば、活性及び毒性等の改良をもたらす。一部の実施形態において、修飾インターヌクレオチド結合は、キラルインターヌクレオチド結合である。一部の実施形態において、修飾インターヌクレオチド結合はホスホロチオエート結合である。一部の実施形態において、修飾インターヌクレオチド結合は置換ホスホロチオエート結合である。
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは1つ以上の非負電荷インターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は正電荷インターヌクレオチド結合である。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は中性インターヌクレオチド結合である。一部の実施形態において、修飾インターヌクレオチド結合(例えば、非負電荷インターヌクレオチド結合)は、任意選択で置換されているトリアゾリルを含む。一部の実施形態において、修飾インターヌクレオチド結合(例えば、非負電荷インターヌクレオチド結合)は、任意選択で置換されているアルキニルを含む。一部の実施形態において、修飾インターヌクレオチド結合はトリアゾール又はアルキン部分を含む。一部の実施形態において、トリアゾール部分、例えばトリアゾリル基は、任意選択で置換されている。一部の実施形態において、トリアゾール部分、例えばトリアゾリル基)は置換されている。一部の実施形態において、トリアゾール部分は、非置換である。一部の実施形態において、修飾インターヌクレオチド結合は、任意選択で置換されているグアニジン部分を含む。一部の実施形態において、修飾インターヌクレオチド結合は、任意選択で置換されている環状グアニジン部分を含む。一部の実施形態において、修飾インターヌクレオチド結合は、任意選択で置換されている環状グアニジン部分を含み、

(式中、WはO又はSである)
の構造を有する。一部の実施形態において、WはOである。一部の実施形態において、WはSである。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は立体化学的に制御されている。
一部の実施形態において、任意選択で置換されているグアニジン部分を含むインターヌクレオチド結合は、本明細書に記載されるとおりの式I-n-2、I-n-3、I-n-4、II-a-2、II-b-1、II-b-2、II-c-1、II-c-2、II-d-1又はII-d-2のインターヌクレオチド結合である。一部の実施形態において、任意選択で置換されている環状グアニジン部分を含むインターヌクレオチド結合は、式II-a-2、II-b-1、II-b-2、II-c-1、II-c-2、II-d-1又はII-d-2のインターヌクレオチド結合である。
とりわけ、本開示は、ステレオランダムなオリゴヌクレオチド製剤が、例えばオリゴヌクレオチド鎖内の個々の骨格結合リンキラル中心の立体化学構造の点で互いに異なる複数の個別的な化学的実体を含むという認識を包含する。骨格キラル中心の立体化学の制御がない場合、ステレオランダムなオリゴヌクレオチド製剤は、制御されないキラル中心、例えばキラル結合リンに関して不確定なレベルのオリゴヌクレオチド立体異性体を含む制御されない組成物を提供する。これらの立体異性体が同じ塩基配列を有し得るとしても、その骨格立体化学が異なることに少なくとも起因して、それらは異なる化学的実体であり、及びそれらは、本明細書において実証されるとおり、異なる特性、例えば、活性、毒性等を有し得る。とりわけ、本開示は、1つ以上の結合リンキラル中心の立体化学が独立に(例えば、キラル制御されたインターヌクレオチド結合の点で)制御されている新規オリゴヌクレオチド組成物を提供する。一部の実施形態において、本開示は、目的のオリゴヌクレオチドの特定の立体異性体であるか、又はそれを含有するキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、増加したレベルの1つ以上の同位体を含有する。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、例えば、1つ以上の元素、例えば、水素、炭素、窒素等の1つ以上の同位体によって標識される。一部の実施形態において、提供される組成物中の提供されるオリゴヌクレオチド、例えば、複数のオリゴヌクレオチドは、塩基修飾、糖修飾及び/又はインターヌクレオチド結合修飾を含み、ここで、オリゴヌクレオチドは強化されたレベルの重水素を含有する。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは1つ以上の位置で重水素によって(-Hを-Hに置き換えて)標識される。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド又はオリゴヌクレオチドにコンジュゲートされた任意の部分(例えば、ターゲティング部分、脂質等)の1つ以上のHがHに置換される。かかるオリゴヌクレオチドは、本明細書に記載される任意の組成物又は方法で使用することができる。
一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドにおいて、骨格キラル中心のパターンは、限定はされないが:1つ以上のエクソンのスキッピングの改良、安定性の増加、活性の増加、安定性及び活性の増加、低毒性、低免疫応答、タンパク質結合プロファイルの改良、特定のタンパク質への結合の増加及び/又は送達の亢進を含め、1つ又は複数の活性又は1つ又は複数の特性の改良をもたらすことができる。
一部の実施形態において、骨格キラル中心のパターンは、S、SS、SSS、SSSS、SSSSS、SSSSSS、SSSSSSS、SOS、SSOSS、SSSOSSS、SSSSOSSSS、SSSSSOSSSSS、SSSSSSOSSSSSS、SSSSSSSOSSSSSSS、SSSSSSSSOSSSSSSSS、SSSSSSSSSOSSSSSSSSS、SOSOSOSOS、SSOSOSOSOSS、SSSOSOSOSOSSS、SSSSOSOSOSOSSSS、SSSSSOSOSOSOSSSSS、SSSSSSOSOSOSOSSSSSS、SOSOSSOOS、SSOSOSSOOSS、SSSOSOSSOOSSS、SSSSOSOSSOOSSSS、SSSSSOSOSSOOSSSSS、SSSSSSOSOSSOOSSSSSS、SOSOOSOOS、SSOSOOSOOSS、SSSOSOOSOOSSS、SSSSOSOOSOOSSSS、SSSSSOSOOSOOSSSSS、SSSSSSOSOOSOOSSSSSS、SOSOSSOOS、SSOSOSSOOSO、SSSOSOSSOOSOS、SSSSOSOSSOOSOSS、SSSSSOSOSSOOSOSSS、SSSSSSOSOSSOOSOSSSS、SOSOOSOOSO、SSOSOOSOOSOS、SSSOSOOSOOSOS、SSSSOSOOSOOSOSS、SSSSSOSOOSOOSOSSS、SSSSSSOSOOSOOSOSSSS、SSOSOSSOO、SSSOSOSSOOS、SSSSOSOSSOOS、SSSSSOSOSSOOSS、SSSSSSOSOSSOOSSS、OSSSSSSOSOSSOOSSS、OOSSSSSSOSOSSOOS、OOSSSSSSOSOSSOOSS、OOSSSSSSOSOSSOOSSS、OOSSSSSSOSOSSOOSSSS、OOSSSSSSOSOSSOOSSSSS及び/又はOOSSSSSSOSOSSOOSSSSSS、RS、SR、SRS、SRSS、SSRS、RR、RRR、RRRR、RRRRR、SRR、RRS、SRRS、SSRRS、SRRSS、SRRR、RRRS、SRRRS、SSRRRS、SSRRRS、RSRRR、SRRRSR、SSSRSSS、SSSSRSSSS、SSSSSRSSSSS、SSSSSSRSSSSSS、SSSSSSSRSSSSSSS、SSSSSSSSRSSSSSSSS、SSSSSSSSSRSSSSSSSSS、SRSRSRSRS、SSRSRSRSRSS、SSSRSRSRSRSSS、SSSSRSRSRSRSSSS、SSSSSRSRSRSRSSSSS、SSSSSSRSRSRSRSSSSSS、SRSRSSRRS、SSRSRSSRRSS、SSSRSRSSRRSSS、SSSSRSRSSRRSSSS、SSSSSRSRSSRRSSSSS、SSSSSSRSRSSRRSSSSSS、SRSRRSRRS、SSRSRRSRRSS、SSSRSRRSRRSSS、SSSSRSRRSRRSSSS、SSSSSRSRRSRRSSSSS、SSSSSSRSRRSRRSSSSSS、SRSRSSRRS、SSRSRSSRRSR、SSSRSRSSRRSRS、SSSSRSRSSRRSRSS、SSSSSRSRSSRRSRSSS、SSSSSSRSRSSRRSRSSSS、SRSRRSRRSR、SSRSRRSRRSRS、SSSRSRRSRRSRS、SSSSRSRRSRRSRSS、SSSSSRSRRSRRSRSSS、SSSSSSRSRRSRRSRSSSS、SSRSRSSRR、SSSRSRSSRRS、SSSSRSRSSRRS、SSSSSRSRSSRRSS、SSSSSSRSRSSRRSSS、RSSSSSSRSRSSRRSSS、RRSSSSSSRSRSSRRS、RRSSSSSSRSRSSRRSS、RRSSSSSSRSRSSRRSSS、RRSSSSSSRSRSSRRSSSS、RRSSSSSSRSRSSRRSSSSS、(R)(S)、(S)(R)、(O)(R)(S)、(S)(O)、(O)(S)、(S)(R)(S)、(S)(O)(S)、(S)(O)(式中、t、m及びnは、独立に、1~20であり、Oは、非キラルインターヌクレオチド結合であり、Rは、Rpキラルインターヌクレオチド結合であり、及びSは、Spキラルインターヌクレオチド結合である)であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、非キラル中心は、リン酸ジエステル結合である。一部の実施形態において、Sp配置のキラル中心は、ホスホロチオエート結合である。
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの5’末端領域、例えば5’ウィングは、S、SS、SSS、SSSS、SSSSS、SSSSSS又はSSSSSSの立体化学パターンを含む。一部の実施形態において、各SはSpホスホロチオエートインターヌクレオチド結合であるか又はそれを表す。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの5’末端領域、例えば5’ウィングは、S、SS、SSS、SSSS、SSSSS、SSSSSS又はSSSSSS(式中、最初のSが、提供されるオリゴヌクレオチドの最初の(5’末端)インターヌクレオチド結合を表す)の立体化学パターンを含む。一部の実施形態において、5’末端領域にSpインターヌクレオチド結合を含む1つ以上のヌクレオチド単位は、独立に、-Fを含む。一部の実施形態において、5’末端領域にSpインターヌクレオチド結合を含む各ヌクレオチド単位は、独立に、-Fを含む。一部の実施形態において、5’末端領域にSpインターヌクレオチド結合を含む1つ以上のヌクレオチド単位は、独立に、糖修飾を含む。一部の実施形態において、5’末端領域にSpインターヌクレオチド結合を含む各ヌクレオチド単位は、独立に、糖修飾を含む。一部の実施形態において、各2’-修飾は同じである。一部の実施形態において、糖修飾は2’-修飾である。一部の実施形態において、2’-修飾は2’-ORである。一部の実施形態において、2’-修飾は2’-Fである。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの3’末端領域、例えば3’ウィングは、S、SS、SSS、SSSS、SSSSS、SSSSSS又はSSSSSSの立体化学パターンを含む。一部の実施形態において、各SはSpホスホロチオエートインターヌクレオチド結合であるか又はそれを表す。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの3’末端領域、例えば3’ウィングは、S、SS、SSS、SSSS、SSSSS、SSSSSS又はSSSSSS[最後のSが、提供されるオリゴヌクレオチドの最後の(3’末端)インターヌクレオチド結合を表す]の立体化学パターンを含む。一部の実施形態において、各SはSpホスホロチオエートインターヌクレオチド結合を表す。一部の実施形態において、3’末端領域にSpインターヌクレオチド結合を含む1つ以上のヌクレオチド単位は、独立に、-Fを含む。一部の実施形態において、3’末端領域にSpインターヌクレオチド結合を含む各ヌクレオチド単位は、独立に、-Fを含む。一部の実施形態において、3’末端領域にSpインターヌクレオチド結合を含む1つ以上のヌクレオチド単位は、独立に、糖修飾を含む。一部の実施形態において、3’末端領域にSpインターヌクレオチド結合を含む各ヌクレオチド単位は、独立に、糖修飾を含む。一部の実施形態において、各2’-修飾は同じである。一部の実施形態において、糖修飾は2’-修飾である。一部の実施形態において、2’-修飾は2’-ORである。一部の実施形態において、2’-修飾は2’-Fである。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、本明細書に記載されるとおり、5’末端領域、例えば5’ウィングと、3’末端領域、例えば3’末端ウィングとの両方を含む。一部の実施形態において、5’末端領域がSS(式中、最初のSが、提供されるオリゴヌクレオチドの最初のインターヌクレオチド結合を表す)の立体化学パターンを含み、3’末端領域がSSの立体化学パターンを含み、ここで、5’末端又は3’末端領域にSpインターヌクレオチド結合を含む1つ以上のヌクレオチド単位は-Fを含む。一部の実施形態において、5’末端領域がSS(式中、最初のSが、提供されるオリゴヌクレオチドの最初のインターヌクレオチド結合を表す)の立体化学パターンを含み、3’末端領域がSSの立体化学パターンを含み、ここで、5’末端又は3’末端領域にSpインターヌクレオチド結合を含む1つ以上のヌクレオチド単位は2’-F糖修飾を含む。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、5’末端領域と3’末端領域との間に、1つ以上の天然リン酸結合を含む中間領域、例えばコア領域を更に含む。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、5’末端領域と3’末端領域との間に、1つ以上の天然リン酸結合と1つ以上のインターヌクレオチド結合とを含む中間領域、例えばコア領域を更に含む。一部の実施形態において、中間領域は1つ以上の糖部分を含み、ここで、各糖部分は、独立に、2’-OR修飾を含む。一部の実施形態において、中間領域は、2’-F修飾を含まない1つ以上の糖部分を含む。一部の実施形態において、中間領域は1つ以上のSpインターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、中間領域は1つ以上のSpインターヌクレオチド結合と1つ以上の天然リン酸結合とを含む。一部の実施形態において、中間領域は1つ以上のRpインターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、中間領域は1つ以上のRpインターヌクレオチド結合と1つ以上の天然リン酸結合とを含む。一部の実施形態において、中間領域は1つ以上のRpインターヌクレオチド結合と1つ以上のSpインターヌクレオチド結合とを含む。
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは1つ以上の修飾インターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは1つ以上のキラル修飾インターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは1つ以上のキラル制御されたキラル修飾インターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは1つ以上の天然リン酸結合を含む。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは1つ以上の修飾インターヌクレオチド結合と1つ以上の天然リン酸結合とを含む。一部の実施形態において、修飾インターヌクレオチド結合はホスホロチオエート結合である。一部の実施形態において、各修飾インターヌクレオチド結合はホスホロチオエート結合である。一部の実施形態において、修飾インターヌクレオチド結合は、トリアゾール、置換トリアゾール、アルキン又はTmgを含む。
一部の実施形態において、本開示は、トリアゾール又はアルキン部分を含む修飾インターヌクレオチド結合を含む核酸に関する。一部の実施形態において、本開示は、任意選択で置換されているトリアゾリル又はアルキニルを含む修飾インターヌクレオチド結合を含む核酸に関する。一部の実施形態において、かかる核酸は、siRNA、二本鎖siRNA、一本鎖siRNA、オリゴヌクレオチド、ギャップマー、スキップマー、ブロックマー、アンチセンスオリゴヌクレオチド、アンタゴmir、マイクロRNA、プレマイクロRNA、アンチmir、スーパーmir、リボザイム、Ulアダプター、RNAアクチベーター、RNAi剤、デコイオリゴヌクレオチド、三重鎖形成性オリゴヌクレオチド、アプタマー又はアジュバントである。一部の実施形態において、本開示は、トリアゾール又はアルキン部分を含む修飾インターヌクレオチド結合を含むオリゴヌクレオチドに関する。一部の実施形態において、本開示は、トリアゾール又はアルキン部分を含む修飾インターヌクレオチド結合を含むDMDオリゴヌクレオチドに関する。一部の実施形態において、本開示は、トリアゾール部分を含む修飾インターヌクレオチド結合を含む核酸に関する。一部の実施形態において、本開示は、任意選択で置換されているトリアゾリルを含む修飾インターヌクレオチド結合を含む核酸に関する。一部の実施形態において、本開示は、置換トリアゾール部分を含む修飾インターヌクレオチド結合を含む核酸に関する。一部の実施形態において、本開示は、アルキン部分を含む修飾インターヌクレオチド結合を含む核酸に関する。一部の実施形態において、本開示は、5’末端に、式:

(式中、WはO又はSである)
の構造を含む核酸又はオリゴヌクレオチドに関する。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、5’末端に、式:

(式中、WはO又はSである)
の構造を含む一本鎖siRNAである。一部の実施形態において、修飾インターヌクレオチド結合は、Krishna et al. 2012 J. Am. Chem. Soc. 134: 11618-11631に記載される任意の修飾インターヌクレオチド結合である。
一部の実施形態において、本開示は、グアニジン部分を含む修飾インターヌクレオチド結合を含む核酸に関する。一部の実施形態において、本開示は、環状グアニジン部分を含む修飾インターヌクレオチド結合を含む核酸に関する。一部の実施形態において、本開示は、環状グアニジン部分を含む修飾インターヌクレオチド結合を含み、且つ

(式中、WはO又はSである)
の構造を有する核酸に関する。一部の実施形態において、中性インターヌクレオチド結合又は環状グアニジンを含むインターヌクレオチド結合は、キラル制御されている。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合又は環状グアニジン部分を含む修飾インターヌクレオチド結合を含む核酸は、siRNA、二本鎖siRNA、一本鎖siRNA、オリゴヌクレオチド、ギャップマー、スキップマー、ブロックマー、アンチセンスオリゴヌクレオチド、アンタゴmir、マイクロRNA、プレマイクロRNA、アンチmir、スーパーmir、リボザイム、Ulアダプター、RNAアクチベーター、RNAi剤、デコイオリゴヌクレオチド、三重鎖形成性オリゴヌクレオチド、アプタマー又はアジュバントである。一部の実施形態において、本開示は、環状グアニジン部分を含む修飾インターヌクレオチド結合を含むオリゴヌクレオチドに関する。一部の実施形態において、本開示は、

(式中、WはO又はSである)
の構造を有する修飾インターヌクレオチド結合を含むオリゴヌクレオチドに関する。一部の実施形態において、中性インターヌクレオチド結合又は環状グアニジン部分を含むインターヌクレオチド結合は、キラル制御されている。一部の実施形態において、本開示は、環状グアニジン部分を含む修飾インターヌクレオチド結合を含むDMDオリゴヌクレオチドに関する。一部の実施形態において、本開示は、

(式中、WはO又はSである)
の構造を有する修飾インターヌクレオチド結合を含むDMDオリゴヌクレオチドに関する。一部の実施形態において、中性インターヌクレオチド結合又は環状グアニジン部分を含むインターヌクレオチド結合は、キラル制御されている。一部の実施形態において、本開示は、環状グアニジン部分を含む修飾インターヌクレオチド結合を含む核酸に関する。一部の実施形態において、本開示は、

(式中、WはO又はSである)
の構造を有する修飾インターヌクレオチド結合を含む核酸に関する。一部の実施形態において、本開示は、5’末端に、環状グアニジン部分を含む構造を含む核酸又はオリゴヌクレオチドに関する。一部の実施形態において、本開示は、5’末端に、式:

(式中、WはO又はSである)
の構造を含む核酸又はオリゴヌクレオチドに関する。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、5’末端に、環状グアニジン部分を含む構造を含む一本鎖siRNAである。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、5’末端に、式:

(式中、WはO又はSである)
の構造を含む一本鎖siRNAである。一部の実施形態において、インターヌクレオチド結合は、

(式中、WはO又はSである)
を含み、キラル制御されている。
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは転写物に結合し、転写物のスプライシングパターンを変化させることができる。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、例えば本明細書に記載されるとおりの1つ以上の好適な条件下において同等のオリゴヌクレオチドと比べて高い効率で、エクソンのエクソンスキッピングを提供する。一部の実施形態において、提供されるスキッピング効率は、例えば本明細書に記載されるとおりの1つ以上の好適な条件下において同等のオリゴヌクレオチドより少なくとも10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、100%、110%、120%、130%、140%、150%、160%、170%、180%、190%高いか、又はその2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、30、40、50倍若しくはそれを超える。一部の実施形態において、同等のオリゴヌクレオチドとは、キラル制御されたインターヌクレオチド結合が少ない又は全くない及び/又は非負電荷インターヌクレオチド結合が少ない又は全くないが、他の点で同一のオリゴヌクレオチドである。
一部の実施形態において、本開示は、2’-F修飾がとりわけ、エクソンスキッピング効率を改良し得ることを実証する。一部の実施形態において、本開示は、5’末端及び3’末端におけるSpインターヌクレオチド結合がとりわけ、オリゴヌクレオチド安定性を改良し得ることを実証する。一部の実施形態において、本開示は、とりわけ、天然リン酸結合及び/又はRpインターヌクレオチド結合が、システムからのオリゴヌクレオチドの除去を改良し得ることを実証する。当業者が理解するとおり、本開示では、当技術分野において公知の様々なアッセイを利用してかかる特性を評価することができる。
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは1つ以上の修飾糖部分を含む。一部の実施形態において、修飾糖部分は2’-修飾を含む。一部の実施形態において、修飾糖部分は2’-修飾を含む。一部の実施形態において、2’-修飾は2’-ORである。一部の実施形態において、2’-修飾は2’-OMeである。一部の実施形態において、2’-修飾は2’-MOEである。一部の実施形態において、2’-修飾はLNA糖修飾である。一部の実施形態において、2’-修飾は2’-Fである。一部の実施形態において、各糖修飾は、独立に、2’-修飾である。一部の実施形態において、各糖修飾は、独立に、2’-OR又は2’-Fである。一部の実施形態において、各糖修飾は、独立に、2’-OR又は2’-Fであり、式中、Rは、任意選択で置換されているC1~6アルキルである。一部の実施形態において、各糖修飾は、独立に、2’-OR又は2’-Fであり、ここで、少なくとも1つは2’-Fである。一部の実施形態において、各糖修飾は、独立に、2’-OR又は2’-Fであり、式中、Rは、任意選択で置換されているC1~6アルキルであり、ここで、少なくとも1つは2’-ORである。一部の実施形態において、各糖修飾は、独立に、2’-OR又は2’-Fであり、ここで、少なくとも1つは2’-Fであり、及び少なくとも1つは2’-ORである。一部の実施形態において、各糖修飾は、独立に、2’-OR又は2’-Fであり、式中、Rは、任意選択で置換されているC1~6アルキルであり、ここで、少なくとも1つは2’-Fであり、及び少なくとも1つは2’-ORである。
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの糖部分の5%以上が修飾されている。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの糖部分の5%、10%、15%、20%、25%、30%、40%、50%、60%、70%、75%、80%、85%、90%、95%又はそれを超えて修飾されている。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの各糖部分が修飾されている。一部の実施形態において、修飾糖部分は2’-修飾を含む。一部の実施形態において、修飾糖部分は2’-修飾を含む。一部の実施形態において、2’-修飾は2’-ORである。一部の実施形態において、2’-修飾は2’-OMeである。一部の実施形態において、2’-修飾は2’-MOEである。一部の実施形態において、2’-修飾はLNA糖修飾である。一部の実施形態において、2’-修飾は2’-Fである。一部の実施形態において、各糖修飾は、独立に、2’-修飾である。一部の実施形態において、各糖修飾は、独立に、2’-OR又は2’-Fである。一部の実施形態において、各糖修飾は、独立に、2’-OR又は2’-Fであり、式中、Rは、任意選択で置換されているC1~6アルキルである。一部の実施形態において、各糖修飾は、独立に、2’-OR又は2’-Fであり、ここで、少なくとも1つは2’-Fである。一部の実施形態において、各糖修飾は、独立に、2’-OR又は2’-Fであり、式中、Rは、任意選択で置換されているC1~6アルキルであり、ここで、少なくとも1つは2’-ORである。一部の実施形態において、各糖修飾は、独立に、2’-OR又は2’-Fであり、ここで、少なくとも1つは2’-Fであり、及び少なくとも1つは2’-ORである。一部の実施形態において、各糖修飾は、独立に、2’-OR又は2’-Fであり、式中、Rは、任意選択で置換されているC1~6アルキルであり、ここで、少なくとも1つは2’-Fであり、及び少なくとも1つは2’-ORである。
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは1つ以上の2’-Fを含む。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは2つ以上の2’-Fを含む。
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、交互に並んだ2’-F修飾糖部分及び2’-OR修飾糖部分を含む。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、交互に並んだ2’-F修飾糖部分及び2’-OMe修飾糖部分、例えば、[(2’-F)(2’-OMe)]x、[(2’-OMe)(2’-F)]x等(式中、xは1~50である)を含む。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、少なくとも2対の交互に並んだ2’-F及び2’-OMe修飾を含む。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、交互に並んだリン酸ジエステル及びホスホロチオエートインターヌクレオチド結合、例えば、[(PO)(PS)]x、[(PS)(PO)]x等(式中、xは1~50である)を含む。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、少なくとも2対の交互に並んだリン酸ジエステル及びホスホロチオエートインターヌクレオチド結合を含む。
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは1つ以上の天然リン酸結合と1つ以上の修飾インターヌクレオチド結合とを含む。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは1つ以上の天然リン酸結合と1つ以上の修飾インターヌクレオチド結合と1つ以上の非負電荷インターヌクレオチド結合とを含む。
一部の実施形態において、本開示は、複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物を提供し、ここで、
複数のオリゴヌクレオチドは同じ塩基配列を有し;及び
複数のオリゴヌクレオチドは1つ以上の修飾糖部分を含むか、又は1つ以上の天然リン酸結合と1つ以上の修飾インターヌクレオチド結合とを含む。
一部の実施形態において、複数のオリゴヌクレオチドは1つ以上の修飾糖部分を含む。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは1つ以上の修飾糖部分を含む。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは2つ以上の修飾糖部分を含む。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは3つ以上の修飾糖部分を含む。
一部の実施形態において、提供される組成物が転写物スプライシングを変化させることにより、望ましくない標的及び/又は生物学的機能が抑制される。
一部の実施形態において、提供される組成物が転写物スプライシングを変化させることにより、望ましい標的及び/又は生物学的機能が亢進する。
一部の実施形態において、複数の各オリゴヌクレオチドは1つ以上の修飾糖部分と修飾インターヌクレオチド結合とを含む。
一部の実施形態において、複数の各オリゴヌクレオチドは約25個以下の連続する非修飾糖部分を含む。
一部の実施形態において、複数の各オリゴヌクレオチドは約95%以下の非修飾糖部分を含む。一部の実施形態において、複数の各オリゴヌクレオチドは約90%以下の非修飾糖部分を含む。一部の実施形態において、複数の各オリゴヌクレオチドは約85%以下の非修飾糖部分を含む。一部の実施形態において、複数の各オリゴヌクレオチドは約15個以下の連続する非修飾糖部分を含む。
一部の実施形態において、複数の各オリゴヌクレオチドは約95%以下の非修飾糖部分を含む。
一部の実施形態において、複数の各オリゴヌクレオチドは2つ以上の修飾インターヌクレオチド結合を含む。
一部の実施形態において、複数の各オリゴヌクレオチドにおけるインターヌクレオチド結合の約5%は修飾インターヌクレオチド結合である。
一部の実施形態において、複数の各オリゴヌクレオチドは約25個以下の連続する天然リン酸結合を含む。一部の実施形態において、複数の各オリゴヌクレオチドは約20個以下の天然リン酸結合を含む。
一部の実施形態において、複数のオリゴヌクレオチドは天然DNAヌクレオチド単位を含まない。一部の実施形態において、複数のオリゴヌクレオチドは30個以下の天然DNAヌクレオチドを含む。一部の実施形態において、複数のオリゴヌクレオチドは30個以下の連続するDNAヌクレオチドを含む。
一部の実施形態において、参照条件と比較して、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、意外にも有効である。一部の実施形態において、望ましい生物学的効果(例えば、望ましいmRNA、タンパク質等のレベルの増加、望ましくないmRNA、タンパク質等のレベルの低下によって測定されるとおりの)は、5、10、15、20、25、30、40、50又は100倍超亢進し得る。一部の実施形態において、変化は、参照条件と比較した望ましいmRNAレベルの増加によって測る。一部の実施形態において、変化は、参照条件と比較した望ましくないmRNAレベルの低下によって測る。一部の実施形態において、参照条件は、オリゴヌクレオチド処理が存在しないことである。一部の実施形態において、参照条件は、同じ塩基配列及び化学修飾を有するオリゴヌクレオチドのステレオランダムな組成物である。
一部の実施形態において、望ましい生物学的効果は、1つ以上のエクソンのスキッピングの改良、安定性の増加、活性の増加、安定性及び活性の増加、低毒性、低免疫応答、タンパク質結合プロファイルの改良、特定のタンパク質への結合の増加及び/又は送達の亢進である。一部の実施形態において、望ましい生物学的効果は、2倍、3倍、4倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、11倍、12倍、13倍、14倍、15倍、20倍、25倍、30倍、35倍、40倍、45倍、50倍、60倍、70倍、80倍、90倍、100倍、200倍又は500倍超亢進する。
一部の実施形態において、DMDオリゴヌクレオチドの構造は、ウィング-コア-ウィング、ウィング-コア又はコア-ウィング構造であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、5’ウィングは5’末端領域である。一部の実施形態において、3’ウィングは3’末端領域である。一部の実施形態において、コアは中間領域である。一部の実施形態において、5’末端領域は5’ウィング領域である。一部の実施形態において、3’末端領域は3’ウィング領域である。一部の実施形態において、中間領域はコア領域である。
一部の実施形態において、ウィング-コア-ウィング構造を有するオリゴヌクレオチドはギャップマーと呼ばれる。一部の実施形態において、ギャップマーは、一方のウィングの化学が他方のウィングの化学と異なる点で非対称である。一部の実施形態において、ギャップマーは、一方のウィングの化学が他方のウィングの化学と異なる点で非対称であり、ここで、これらのウィングは、糖修飾及び/又はインターヌクレオチド結合又はそのパターンが異なる。一部の実施形態において、ギャップマーは、一方のウィングの化学が他方のウィングの化学と異なる点で非対称であり、ここで、これらのウィングは糖修飾が異なり、一方のウィングが、他方のウィングに存在しない糖修飾を含む;又は両方のウィングが各々、他方のウィングに見られない糖修飾を含む;又は両方のウィングが、同じタイプの糖修飾の異なるパターンを含む;又は一方のウィングが1つのタイプの糖修飾のみを含み、一方、他方のウィングが2つのタイプの糖修飾を含む等である。
一部の実施形態において、ウィング領域とコア領域との間のインターヌクレオチド結合はウィング領域の一部と見なされる。一部の実施形態において、5’ウィング領域とコア領域との間のインターヌクレオチド結合はウィング領域の一部と見なされる。一部の実施形態において、3’ウィング領域とコア領域との間のインターヌクレオチド結合はウィング領域の一部と見なされる。一部の実施形態において、ウィング領域とコア領域との間のインターヌクレオチド結合はコア領域の一部と見なされる。一部の実施形態において、5’ウィング領域とコア領域との間のインターヌクレオチド結合はコア領域の一部と見なされる。一部の実施形態において、3’ウィング領域とコア領域との間のインターヌクレオチド結合はコア領域の一部と見なされる。
一部の実施形態において、領域(例えば、ウィング領域、コア領域、5’末端領域、中間領域、3’末端領域等)は、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25ヌクレオシド単位又はそれを超えるものを含む。
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは2つのウィング領域と1つのコア領域とを含む。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは5’-ウィング-コア-ウィング-3’構造を含む。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは5’-ウィング-コア-ウィング-3’ギャップマー構造のものである。一部の実施形態において、2つのウィング領域は同一である。一部の実施形態において、2つのウィング領域は異なる。一部の実施形態において、2つのウィング領域は化学修飾が同一である。一部の実施形態において、2つのウィング領域は2’-修飾が同一である。一部の実施形態において、2つのウィング領域はインターヌクレオチド結合修飾が同一である。一部の実施形態において、2つのウィング領域は骨格キラル中心のパターンが同一である。一部の実施形態において、2つのウィング領域は骨格結合のパターンが同一である。一部の実施形態において、2つのウィング領域は骨格結合タイプのパターンが同一である。一部の実施形態において、2つのウィング領域は骨格リン修飾のパターンが同一である。
ウィング領域は、ウィング領域がコア領域と異なる構造的特徴を含む点でコア領域と区別することができる。例えば、一部の実施形態において、ウィング領域は、それらが異なる糖修飾、塩基修飾、インターヌクレオチド結合、インターヌクレオチド結合立体化学等を有する点でコア領域と異なる。一部の実施形態において、ウィング領域は、それらが糖の異なる2’-修飾を有する点でコア領域と異なる。
一部の実施形態において、領域(例えば、ウィング領域、コア領域、5’末端領域、中間領域、3’末端領域等)は、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25個又はそれを超える修飾インターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、領域は2個以上の修飾インターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、領域は3個以上の修飾インターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、領域は4個以上の修飾インターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、領域は5個以上の修飾インターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、領域は6個以上の修飾インターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、領域は7個以上の修飾インターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、領域は8個以上の修飾インターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、領域は9個以上の修飾インターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、領域は10個以上の修飾インターヌクレオチド結合を含む。
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、各々が2’-OR修飾(式中、Rは水素でない)を含まない連続するヌクレオシド単位を含む。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、その2’位が独立に非置換であるか、又は2’-Fで置換されている連続するヌクレオシド単位を含む。一部の実施形態において、かかるオリゴヌクレオチドはDMDオリゴヌクレオチドである。一部の実施形態において、連続するヌクレオシド単位の各々は、独立に、修飾インターヌクレオチド結合の後及び/又は前にある。一部の実施形態において、連続するヌクレオシド単位の各々は、独立に、ホスホロチオエート結合の後及び/又は前にある。一部の実施形態において、連続するヌクレオシド単位の各々は、独立に、キラル制御された修飾インターヌクレオチド結合の後及び/又は前にある。一部の実施形態において、連続するヌクレオシド単位の各々は、独立に、キラル制御されたホスホロチオエート結合の後及び/又は前にある。
一部の実施形態において、修飾インターヌクレオチド結合は、式I、式I-a、式I-b、式I-c、式I-n-1、式I-n-2、式I-n-3、式I-n-4、式II、式II-a-1、式II-a-2、式II-b-1、式II-b-2、式II-c-1、式II-c-2、式II-d-1、式II-d-2、式III等、又はその塩形態の構造を有する。一部の実施形態において、修飾インターヌクレオチド結合は式I又はその塩形態の構造を有する。一部の実施形態において、修飾インターヌクレオチド結合は式I-a又はその塩形態の構造を有する。
一部の実施形態において、修飾インターヌクレオチド結合は、非負電荷インターヌクレオチド結合である。一部の実施形態において、修飾インターヌクレオチド結合は、正電荷インターヌクレオチド結合である。一部の実施形態において、修飾インターヌクレオチド結合は、中性インターヌクレオチド結合である。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、式I、式I-a、式I-b、式I-c、式I-n-1、式I-n-2、式I-n-3、式I-n-4、式II、式II-a-1、式II-a-2、式II-b-1、式II-b-2、式II-c-1、式II-c-2、式II-d-1、式II-d-2等、又はその塩形態の構造を有する。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、1~10個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている3~20員環ヘテロシクリル又はヘテロアリール基を含む。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、1~10個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている3~20員環ヘテロシクリル又はヘテロアリール基を含み、ここで、少なくとも1つのヘテロ原子は窒素である。一部の実施形態において、かかるヘテロシクリル又はヘテロアリール基は5員環である。一部の実施形態において、かかるヘテロシクリル又はヘテロアリール基は6員環である。
一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、1~10個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている5~20員環ヘテロアリール基を含む。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、1~10個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている5~20員環ヘテロアリール基を含み、ここで、少なくとも1つのヘテロ原子は窒素である。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、1~4個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている5~6員環ヘテロアリール基を含み、ここで、少なくとも1つのヘテロ原子は窒素である。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、1~4個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている5員環ヘテロアリール基を含み、ここで、少なくとも1つのヘテロ原子は窒素である。一部の実施形態において、ヘテロアリール基は結合リンに直接結合する。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、任意選択で置換されているトリアゾリル基を含む。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、非置換トリアゾリル基、例えば、

を含む。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、置換トリアゾリル基、例えば、

を含む。
一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、1~10個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている5~20員環ヘテロシクリル基を含む。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、1~10個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている5~20員環ヘテロシクリル基を含み、ここで、少なくとも1つのヘテロ原子は窒素である。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、1~4個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている5~6員環ヘテロシクリル基を含み、ここで、少なくとも1つのヘテロ原子は窒素である。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、1~4個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている5員環ヘテロシクリル基を含み、ここで、少なくとも1つのヘテロ原子は窒素である。一部の実施形態において、少なくとも2個のヘテロ原子が窒素である。一部の実施形態において、ヘテロシクリル基は結合リンに直接結合する。一部の実施形態において、ヘテロシクリル基は、リンカーを介して、例えば、結合リンにその=N-で直接結合するグアニジン部分の一部であるヘテロシクリル基の場合には=N-を介して結合リンに結合する。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、任意選択で置換されている

基を含む。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、任意選択で置換されている

基を含む。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、置換されている

基を含む。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、

基を含む。一部の実施形態において、各Rは、独立に、任意選択で置換されているC1~20アルキルである。一部の実施形態において、各Rは、独立に、任意選択で置換されているC1~6アルキルである。一部の実施形態において、各Rは、独立に、メチルである。一部の実施形態において、2つのR基は異なる;例えば、一部の実施形態において、一方Rがメチルであり、他方が-CH(CH10CHである。
一部の実施形態において、修飾インターヌクレオチド結合、例えば非負電荷インターヌクレオチド結合は、トリアゾール又はアルキン部分を含み、その各々が任意選択で置換されている。一部の実施形態において、修飾インターヌクレオチド結合は、トリアゾール部分を含む。一部の実施形態において、修飾インターヌクレオチド結合は、非置換トリアゾール部分を含む。一部の実施形態において、修飾インターヌクレオチド結合は、置換トリアゾール部分を含む。一部の実施形態において、修飾インターヌクレオチド結合は、アルキル部分を含む。一部の実施形態において、修飾インターヌクレオチド結合は、任意選択で置換されているアルキニル基を含む。一部の実施形態において、修飾インターヌクレオチド結合は、非置換アルキニル基を含む。一部の実施形態において、修飾インターヌクレオチド結合は、置換アルキニル基を含む。一部の実施形態において、アルキニル基は、結合リンに直接結合する。
一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合を含むオリゴヌクレオチドは、本明細書に記載される任意の構造、フォーマット又はその一部分を含むことができる。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合を含むオリゴヌクレオチドは、DMDオリゴヌクレオチドの一成分であるものとして本明細書に記載される任意の構造、フォーマット又はその一部分を含むことができる。一部の実施形態では、そのオリゴヌクレオチドがDMDを標的化するか否かに関わらず、又はそのオリゴヌクレオチドがDMDエクソンのスキッピングを媒介する能力を有するか否かに関わらず、非負電荷インターヌクレオチド結合を含む任意のオリゴヌクレオチドに、任意のDMDオリゴヌクレオチドの一成分であるものとして記載される任意の構造、フォーマット又はその一部分を使用することができる。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドは二本鎖又は一本鎖である。
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、それが転写物スプライシングシステム内の転写物と接触されるとき、その組成物が存在しないこと、参照組成物が存在すること及びこれらの組み合わせからなる群から選択される参照条件下で観察されるものに対して転写物のスプライシングが変化されることを特徴とする。一部の実施形態において、望ましいスプライシング産物が、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、100%若しくは2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、40、50、60、70、80、90、100、200、300、400、500、600、700、800、900、1000倍又はそれを超えて増加する。一部の実施形態において、望ましいスプライシング参照は、参照条件下に存在しない(例えば、定量的PCRによって確実に検出することができない)。一部の実施形態において、本開示に例示されるとおり、提供される組成物におけるその複数のオリゴヌクレオチド、例えば、ある複数のオリゴヌクレオチドのレベルは予め決められている。
一部の実施形態において、提供される組成物における提供されるオリゴヌクレオチド、例えば複数のオリゴヌクレオチドは、2つ以上の領域を含む。一部の実施形態において、提供されるのは、5’末端領域、3’末端領域及びその間の中間領域を含む。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは2つのウィング領域と1つのコア領域とを有する。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドはウィング-コア-ウィング構造である。一部の実施形態において、2つのウィング領域は同一である。一部の実施形態において、2つのウィング領域は異なる。一部の実施形態において、5’末端領域は5’ウィング領域である。一部の実施形態において、5’ウィング領域は5’末端領域である。一部の実施形態において、3’末端領域は3’ウィング領域である。一部の実施形態において、3’ウィング領域は3’末端領域である。一部の実施形態において、コア領域は中間領域である。
一部の実施形態において、領域(例えば、5’ウィング領域、3’ウィング、コア領域、5’末端領域、中間領域等)は、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25ヌクレオシド単位又はそれを超えるものを含む。一部の実施形態において、領域は2ヌクレオシド単位以上を含む。一部の実施形態において、領域は3ヌクレオシド単位以上を含む。一部の実施形態において、領域は4ヌクレオシド単位以上を含む。一部の実施形態において、領域は5ヌクレオシド単位以上を含む。一部の実施形態において、領域は6ヌクレオシド単位以上を含む。一部の実施形態において、領域は7ヌクレオシド単位以上を含む。一部の実施形態において、領域は8ヌクレオシド単位以上を含む。一部の実施形態において、領域は9ヌクレオシド単位以上を含む。一部の実施形態において、領域は10ヌクレオシド単位以上を含む。
一部の実施形態において、領域(例えば、5’ウィング領域、3’ウィング、コア領域、5’末端領域、中間領域等)は、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25個又はそれを超える修飾インターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、領域は2個以上の修飾インターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、1つ以上の修飾インターヌクレオチド結合は連続している。一部の実施形態において、領域は2個以上の連続する修飾インターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、領域中の各インターヌクレオチド結合は、独立に、修飾インターヌクレオチド結合であり、ここで、各キラルインターヌクレオチド結合は、任意選択で且つ独立に、キラル制御されている。一部の実施形態において、キラルインターヌクレオチド結合又は修飾インターヌクレオチド結合は式I又はその塩形態の構造を有する。一部の実施形態において、キラルインターヌクレオチド結合又は修飾インターヌクレオチド結合はホスホロチオエートインターヌクレオチド結合である。一部の実施形態において、各キラルインターヌクレオチド結合又は修飾インターヌクレオチド結合は、独立に、式I又はその塩形態の構造を有する。一部の実施形態において、各キラルインターヌクレオチド結合又は修飾インターヌクレオチド結合はホスホロチオエートインターヌクレオチド結合である。一部の実施形態において、領域は3個又は連続する修飾インターヌクレオチド結合を含む。
一部の実施形態において、ウィング領域は1つ以上の天然リン酸結合を含む。一部の実施形態において、コア領域は1つ以上の天然リン酸結合を含む。一部の実施形態において、5’末端領域は1つ以上の天然リン酸結合を含む。一部の実施形態において、3’末端領域は1つ以上の天然リン酸結合を含む。一部の実施形態において、中間領域は1つ以上の天然リン酸結合を含む。一部の実施形態において、1つ以上の天然リン酸結合は連続している。
一部の実施形態において、天然リン酸結合は、糖部分が2’-OR修飾(式中、Rは水素でない)を含むヌクレオシド単位の後にあるか(例えば、糖部分の3’位に連結する)、又はその前にある(例えば、糖部分の5’位に連結する)。一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されているC1~6脂肪族である。一部の実施形態において、修飾インターヌクレオチド結合は、糖部分が2’-OR修飾(式中、Rは水素でない)を含まないヌクレオシド単位(例えば、2’位に2個の2’-Hを有するもの、2’位に2’-H及び2’-Fを有する(2’-F修飾されている)もの等)の全て又はほとんど(例えば、55%、60%、70%、80%、90%、95%超等)の後にあるか(例えば、糖部分の3’位に連結する)、又はその前にある(例えば、糖部分の5’位に連結する)。
一部の実施形態において、領域は、糖修飾、例えば、2’-F、2’-OR、LNA糖修飾等を含む1つ以上のヌクレオシド単位を含む。一部の実施形態において、領域中の各糖は、独立に修飾されている。一部の実施形態において、ウィング、5’末端領域及び/又は3’末端領域中の各糖部分が修飾されている。一部の実施形態において、修飾は2’-修飾である。一部の実施形態において、例えば、2’-OR(式中、Rは-Hでない(例えば、任意選択で置換されているC1~6脂肪族である))、LNA糖修飾等、修飾は安定性を増加させることができる。一部の実施形態において、領域、例えばコア領域又は中間領域は糖修飾を含まない(又は2’-OR糖修飾/LNA修飾等を含まない)。一部の実施形態において、かかるコア/中間領域は、タンパク質、例えばRNアーゼHの認識/結合用のRNAと二重鎖を形成することができ、それによりタンパク質がその機能(例えば、RNアーゼHの場合、DNA/RNA二重鎖のその結合及び切断)の1つ以上を果たし得る。
領域及び/又は提供されるオリゴヌクレオチドは、様々な骨格キラル中心のパターンを有し得る。一部の実施形態において、領域中の各インターヌクレオチド結合は、キラル制御されたインターヌクレオチド結合であり、Spである。一部の実施形態において、5’末端及び/又は3’末端インターヌクレオチド結合は、キラル制御されたインターヌクレオチド結合であり、Spである。一部の実施形態において、ウィング領域、5’末端領域及び/又は3’末端領域の骨格キラル中心のパターンは、キラル制御されたインターヌクレオチド結合であり且つSpである5’末端及び/又は3’末端インターヌクレオチド結合であるか又はそれを含み、ここで、領域中の他のインターヌクレオチド結合は、独立に、天然リン酸結合、修飾インターヌクレオチド結合又はキラル制御されたインターヌクレオチド結合(Sp又はRp)である。一部の実施形態において、かかるパターンは安定性をもたらす。本開示には、多くの例示的な骨格キラル中心のパターンが記載される。
一部の実施形態において、本開示は、
1)共通の塩基配列;
2)共通の骨格結合のパターン;及び
3)共通の骨格キラル中心のパターン
を有することによって定義される複数のオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、この組成物は、組成物中の制御されたレベルのオリゴヌクレオチドが共通の塩基配列及び長さ、共通の骨格結合のパターン並びに共通の骨格キラル中心のパターンを有する点で単一のオリゴヌクレオチドの実質的に純粋な製剤である。
一部の実施形態において、共通の塩基配列を有するオリゴヌクレオチドは、同じパターンのヌクレオシド修飾、例えば糖修飾、塩基修飾等を有し得る。一部の実施形態において、ヌクレオシド修飾のパターンは、位置及び修飾の組み合わせによって表され得る。一部の実施形態において、非キラル結合(例えば、PO)は、全て省略され得る。一部の実施形態において、同じ塩基配列を有するオリゴヌクレオチドは、同じ化学構成を有する。
当業者が理解するとおり、オリゴヌクレオチドのステレオランダムな又はラセミ体の製剤は、典型的にはいかなるキラル補助基、キラル修飾試薬及び/又はキラル触媒も使用することなく、ヌクレオチド単量体の非立体選択的及び/又は低立体選択的カップリングにより調製される。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドの実質的にラセミ体の(又はキラル制御されていない)製剤では、全て又はほとんどのカップリングステップは、そのカップリングステップが亢進した立体選択性をもたらすように特別に行われない点でキラル制御されていない。オリゴヌクレオチドの例示的な実質的にラセミ体の製剤は、当技術分野で周知の方法である、一般的に使用されるホスホロアミダイトオリゴヌクレオチド合成からのテトラエチルチウラムジスルフィド又は(TETD)又は3H-1,2-ベンゾジチオール-3-オン1,1-ジオキシド(BDTD)のいずれかによる亜リン酸トリエステルの硫化を通じたホスホロチオエートオリゴヌクレオチドの製剤である。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドの実質的にラセミ体の製剤は、実質的にラセミ体のオリゴヌクレオチド組成物(又はキラル制御されていないオリゴヌクレオチド組成物)を提供する。一部の実施形態において、ヌクレオチド単量体の少なくとも1つのカップリングは、約60:40、70:30、80:20、85:15、90:10、91:9、92:8、97:3、98:2又は99:1より低いジアステレオ選択性を有する。一部の実施形態において、各インターヌクレオチド結合は、独立に、約60:40、70:30、80:20、85:15、90:10、91:9、92:8、97:3、98:2又は99:1より低いジアステレオ選択性を有する。一部の実施形態において、ジアステレオ選択性は約60:40より低い。一部の実施形態において、ジアステレオ選択性は約70:30より低い。一部の実施形態において、ジアステレオ選択性は約80:20より低い。一部の実施形態において、ジアステレオ選択性は約90:10より低い。一部の実施形態において、ジアステレオ選択性は約91:9より低い。一部の実施形態において、少なくとも1個のインターヌクレオチド結合が約90:10より低いジアステレオ選択性を有する。一部の実施形態において、少なくとも2個のインターヌクレオチド結合が約90:10より低いジアステレオ選択性を有する。一部の実施形態において、少なくとも3個のインターヌクレオチド結合が約90:10より低いジアステレオ選択性を有する。一部の実施形態において、少なくとも4個のインターヌクレオチド結合が約90:10より低いジアステレオ選択性を有する。一部の実施形態において、少なくとも5個のインターヌクレオチド結合が約90:10より低いジアステレオ選択性を有する。一部の実施形態において、各インターヌクレオチド結合は、独立に、約90:10より低いジアステレオ選択性を有する。一部の実施形態において、キラル制御されていないインターヌクレオチド結合は、90%、85%、80%、75%、70%、65%、60%又は55%以下のジアステレオマー純度を有する。一部の実施形態において、純度は90%以下である。一部の実施形態において、純度は85%以下である。一部の実施形態において、純度は80%以下である。
対照的に、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物のオリゴヌクレオチドのものなど、少なくとも1つ及び典型的には各キラル制御されたインターヌクレオチド結合は、独立に、キラル結合リンに関して90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%又はそれを超えるジアステレオマー純度を有する。一部の実施形態において、ジアステレオマー純度は95%以上である。一部の実施形態において、ジアステレオマー純度は96%以上である。一部の実施形態において、ジアステレオマー純度は97%以上である。一部の実施形態において、ジアステレオマー純度は98%以上である。一部の実施形態において、ジアステレオマー純度は99%以上である。とりわけ、本開示の技術は、高いジアステレオマー純度のキラル制御されたインターヌクレオチド結合をルーチンで提供する。
当業者が理解するとおり、カップリングのジアステレオ選択性又はインターヌクレオチド結合のジアステレオマー純度(ジアステレオ純度)は、同じ又は同等の条件下における二量体形成のジアステレオ選択性/形成された二量体のインターヌクレオチド結合のジアステレオマー純度によって評価することができ、ここで、二量体は同じ5’-及び3’-ヌクレオシド及びインターヌクレオチド結合を有する。
一部の実施形態において、本開示は、
1)共通の塩基配列;
2)共通の骨格結合のパターン;及び
3)共通の骨格キラル中心のパターン
を有することによって定義される複数のオリゴヌクレオチドを含むキラル制御された(及び/又は立体化学的に純粋な)オリゴヌクレオチド組成物を提供し、この組成物は、組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約10%が共通の塩基配列及び長さ、共通の骨格結合のパターン並びに共通の骨格キラル中心のパターンを有する点で単一のオリゴヌクレオチドの実質的に純粋な製剤である。
一部の実施形態において、本開示は、複数のオリゴヌクレオチドのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、ここで、この組成物は、同じオリゴヌクレオチドの実質的にラセミ体の製剤と比べて、単一のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドが強化されている。一部の実施形態において、本開示は、複数のオリゴヌクレオチドのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、ここで、この組成物は、同じオリゴヌクレオチドの実質的にラセミ体の製剤と比べて、
1)塩基配列;
2)骨格結合のパターン;
3)骨格キラル中心のパターン;及び
4)骨格リン修飾のパターン
によって定義される単一のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドが強化されている。
一部の実施形態において、本開示は、
1)塩基配列;
2)骨格結合のパターン;
3)骨格キラル中心のパターン;及び
4)骨格リン修飾のパターン
によって定義される特定のオリゴヌクレオチドタイプの複数のオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、
ここで、この組成物は、同じ塩基配列及び長さを有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミ体の製剤と比べて特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドが強化されている。
一部の実施形態において、共通の塩基配列、共通の骨格結合のパターン及び共通の骨格キラル中心のパターンを有するオリゴヌクレオチドは、共通の骨格リン修飾のパターン及び共通の塩基修飾パターンを有する。一部の実施形態において、共通の塩基配列、共通の骨格結合のパターン及び共通の骨格キラル中心のパターンを有するオリゴヌクレオチドは、共通の骨格リン修飾のパターン及び共通のヌクレオシド修飾パターンを有する。一部の実施形態において、共通の塩基配列、共通の骨格結合のパターン及び共通の骨格キラル中心のパターンを有するオリゴヌクレオチドは同一の構造を有する。
一部の実施形態において、あるオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドは、共通の骨格リン修飾のパターン及び共通の糖修飾パターンを有する。一部の実施形態において、あるオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドは、共通の骨格リン修飾のパターン及び共通の塩基修飾パターンを有する。一部の実施形態において、あるオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドは、共通の骨格リン修飾のパターン及び共通のヌクレオシド修飾パターンを有する。一部の実施形態において、特定のタイプのオリゴヌクレオチドは同じ化学構成を有する。一部の実施形態において、あるオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドは同一である。
一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、そのオリゴヌクレオチドタイプではない組成物中のオリゴヌクレオチドが、前記オリゴヌクレオチドタイプの調製過程からの、ある場合には特定の精製手順後の不純物である点で、オリゴヌクレオチドタイプの実質的に純粋な製剤である。
一部の実施形態において、組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%又は95%が、共通の塩基配列、共通の骨格結合のパターン及び共通の骨格キラル中心のパターンを有する。
一部の実施形態において、共通の塩基配列、共通の骨格結合のパターン及び共通の骨格キラル中心のパターンを有するオリゴヌクレオチドは、共通の骨格リン修飾のパターンを有する。一部の実施形態において、共通の塩基配列、共通の骨格結合のパターン及び共通の骨格キラル中心のパターンを有するオリゴヌクレオチドは、共通の骨格リン修飾のパターン及び共通のヌクレオシド修飾パターンを有する。一部の実施形態において、共通の塩基配列、共通の骨格結合のパターン及び共通の骨格キラル中心のパターンを有するオリゴヌクレオチドは、共通の骨格リン修飾のパターン及び共通の糖修飾パターンを有する。一部の実施形態において、共通の塩基配列、共通の骨格結合のパターン及び共通の骨格キラル中心のパターンを有するオリゴヌクレオチドは、共通の骨格リン修飾のパターン及び共通の塩基修飾パターンを有する。一部の実施形態において、共通の塩基配列、共通の骨格結合のパターン及び共通の骨格キラル中心のパターンを有するオリゴヌクレオチドは同一である。
一部の実施形態において、あるオリゴヌクレオチドタイプのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の純度は、組成物中にあるそのオリゴヌクレオチドタイプであるオリゴヌクレオチドのパーセンテージとして表される。一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約10%が、そのオリゴヌクレオチドタイプである。一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約20%が、そのオリゴヌクレオチドタイプである。一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約30%が、そのオリゴヌクレオチドタイプである。一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約40%が、そのオリゴヌクレオチドタイプである。一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約50%が、そのオリゴヌクレオチドタイプである。一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約60%が、そのオリゴヌクレオチドタイプである。一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約70%が、そのオリゴヌクレオチドタイプである。一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約80%が、そのオリゴヌクレオチドタイプである。一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約90%が、そのオリゴヌクレオチドタイプである。一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約92%が、そのオリゴヌクレオチドタイプである。一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約94%が、そのオリゴヌクレオチドタイプである。一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約95%が、そのオリゴヌクレオチドタイプである。一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約96%が同じオリゴヌクレオチドタイプである。一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約97%が、そのオリゴヌクレオチドタイプである。一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約98%が、そのオリゴヌクレオチドタイプである。一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約99%が、そのオリゴヌクレオチドタイプである。
一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の純度は、その調製過程における各カップリングステップの立体選択性によって制御することができる。一部の実施形態において、カップリングステップは60%の立体選択性(例えば、ジアステレオ選択性)を有する(そのカップリングステップから形成される新規インターヌクレオチド結合の60%が、意図した立体化学を有する)。かかるカップリングステップの後、形成される新規インターヌクレオチド結合は、60%純度を有すると言うことができる。一部の実施形態において、各カップリングステップは少なくとも60%の立体選択性を有する。一部の実施形態において、各カップリングステップは少なくとも70%の立体選択性を有する。一部の実施形態において、各カップリングステップは少なくとも80%の立体選択性を有する。一部の実施形態において、各カップリングステップは少なくとも85%の立体選択性を有する。一部の実施形態において、各カップリングステップは少なくとも90%の立体選択性を有する。一部の実施形態において、各カップリングステップは少なくとも91%の立体選択性を有する。一部の実施形態において、各カップリングステップは少なくとも92%の立体選択性を有する。一部の実施形態において、各カップリングステップは少なくとも93%の立体選択性を有する。一部の実施形態において、各カップリングステップは少なくとも94%の立体選択性を有する。一部の実施形態において、各カップリングステップは少なくとも95%の立体選択性を有する。一部の実施形態において、各カップリングステップは少なくとも96%の立体選択性を有する。一部の実施形態において、各カップリングステップは少なくとも97%の立体選択性を有する。一部の実施形態において、各カップリングステップは少なくとも98%の立体選択性を有する。一部の実施形態において、各カップリングステップは少なくとも99%の立体選択性を有する。一部の実施形態において、各カップリングステップは少なくとも99.5%の立体選択性を有する。一部の実施形態において、各カップリングステップは事実上100%の立体選択性を有する。一部の実施形態において、カップリングステップは、分析的方法(例えば、NMR、HPLC、ホスホロチオエートを立体選択的に切断するヌクレアーゼの使用等)によって検出可能なカップリングステップからの生成物全てが意図した立体選択性を有する点で事実上100%の立体選択性を有する。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド中のキラルインターヌクレオチド結合の立体選択性は、モデル反応、例えば本質的に同じ又は同等の条件下での二量体の形成を通じて測定され得、ここで、二量体は、キラルインターヌクレオチド結合と同じインターヌクレオチド結合を有し、二量体の5’-ヌクレオシドはキラルインターヌクレオチド結合の5’末端に対するヌクレオシドと同じであり、及び二量体の3’-ヌクレオシドはキラルインターヌクレオチド結合の3’末端に対するヌクレオシドと同じである(例えば、

については、fUSfCの二量体を通じて)。当業者が理解するとおり、製剤中におけるn個のキラル制御されたインターヌクレオチド結合を有する特定のタイプのオリゴヌクレオチドのパーセンテージは、DP×DP×DP×…DPとして計算することができ、式中、DP、DP、DP、...及びDPの各々は、独立に、1番目、2番目、3番目、...及びn番目のキラル制御されたインターヌクレオチド結合のジアステレオマー純度である。一部の実施形態において、DP、DP、DP、...及びDPの各々は、独立に、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、97%又は99%以上である。一部の実施形態において、DP、DP、DP、...及びDPの各々は、独立に、95%以上である。
一部の実施形態では、提供される組成物において、ある特定のオリゴヌクレオチドタイプ(1)塩基配列;2)骨格結合のパターン;3)骨格キラル中心のパターン;及び4)骨格リン修飾のパターンによって定義される)の塩基配列を有するオリゴヌクレオチドの少なくとも0.5%、1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、75%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、97%又は99%が、その特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドである。一部の実施形態において、ある特定のオリゴヌクレオチドタイプの塩基配列、骨格結合のパターン及び骨格リン修飾のパターンを有するオリゴヌクレオチドの少なくとも0.5%、1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、75%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、97%又は99%が、その特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドである。
一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中の特定のタイプのオリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチドのステレオランダムな製剤と比較して少なくとも5倍強化されている(特定のタイプのオリゴヌクレオチドは、5×(1/2)(式中、nはキラルインターヌクレオチド結合の数である)の割合のオリゴヌクレオチドが、その特定のオリゴヌクレオチドタイプの塩基配列、骨格結合のパターン及び骨格リン修飾のパターンを有する;又は特定のオリゴヌクレオチドタイプの塩基配列、骨格結合のパターン及び骨格リン修飾のパターンを有するが、その特定のオリゴヌクレオチドタイプではないオリゴヌクレオチドは、その特定のオリゴヌクレオチドタイプの塩基配列、骨格結合のパターン及び骨格リン修飾のパターンを有するオリゴヌクレオチドが[1-(1/2)]/5以下である)(特定のタイプのオリゴヌクレオチドは、典型的には、1/2(式中、nはキラルインターヌクレオチド結合の数である)の割合のオリゴヌクレオチドがその特定のオリゴヌクレオチドタイプの塩基配列、骨格結合のパターン及び骨格リン修飾のパターンを有するものと見なされ、及び特定のオリゴヌクレオチドタイプの塩基配列、骨格結合のパターン及び骨格リン修飾のパターンを有するが、特定のオリゴヌクレオチドタイプのものではないオリゴヌクレオチドは、典型的には、[1-(1/2)]の割合のオリゴヌクレオチドがその特定のオリゴヌクレオチドタイプの塩基配列、骨格結合のパターン及び骨格リン修飾のパターンを有するものと見なされる)。一部の実施形態において、強化は少なくとも20倍である。一部の実施形態において、強化は少なくとも30倍である。一部の実施形態において、強化は少なくとも40倍である。一部の実施形態において、強化は少なくとも50倍である。一部の実施形態において、強化は少なくとも60倍である。一部の実施形態において、強化は少なくとも70倍である。一部の実施形態において、強化は少なくとも80倍である。一部の実施形態において、強化は少なくとも90倍である。一部の実施形態において、強化は少なくとも100倍である。一部の実施形態において、強化は少なくとも20,000倍である。一部の実施形態において、強化は少なくとも(1.5)である。一部の実施形態において、強化は少なくとも(1.6)である。一部の実施形態において、強化は少なくとも(1.7)である。一部の実施形態において、強化は少なくとも(1.1)である。一部の実施形態において、強化は少なくとも(1.8)である。一部の実施形態において、強化は少なくとも(1.9)である。一部の実施形態において、強化は少なくとも2である。一部の実施形態において、強化は少なくとも3である。一部の実施形態において、強化は少なくとも4である。一部の実施形態において、強化は少なくとも5である。一部の実施形態において、強化は少なくとも6である。一部の実施形態において、強化は少なくとも7である。一部の実施形態において、強化は少なくとも8である。一部の実施形態において、強化は少なくとも9である。一部の実施形態において、強化は少なくとも10である。一部の実施形態において、強化は少なくとも15である。一部の実施形態において、強化は少なくとも20である。一部の実施形態において、強化は少なくとも25である。一部の実施形態において、強化は少なくとも30である。一部の実施形態において、強化は少なくとも40である。一部の実施形態において、強化は少なくとも50である。一部の実施形態において、強化は少なくとも100である。一部の実施形態において、強化は、特定のオリゴヌクレオチドタイプの塩基配列、骨格結合のパターン及び骨格リン修飾のパターンを有するオリゴヌクレオチド中の特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドの割合の増加によって測定される。一部の実施形態において、強化は、特定のオリゴヌクレオチドタイプの塩基配列、骨格結合のパターン及び骨格リン修飾のパターンを有するオリゴヌクレオチド中の特定のオリゴヌクレオチドタイプの塩基配列、骨格結合のパターン及び骨格リン修飾のパターンを有するが、特定のオリゴヌクレオチドタイプのものではないオリゴヌクレオチドの割合の低下によって測定される。
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドはアンチセンスオリゴヌクレオチドである。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドはsiRNAオリゴヌクレオチドである。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、アンチセンスオリゴヌクレオチド、アンタゴmir、マイクロRNA、プレマイクロRNA、アンチmir、スーパーmir、リボザイム、Ulアダプター、RNAアクチベーター、RNAi剤、デコイオリゴヌクレオチド、三重鎖形成性オリゴヌクレオチド、アプタマー又はアジュバントであり得るオリゴヌクレオチドのものである。一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物はアンチセンスオリゴヌクレオチドのものである。一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物はsiRNAオリゴヌクレオチドのものである。一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物はアンタゴmirオリゴヌクレオチドのものである。一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物はマイクロRNAオリゴヌクレオチドのものである。一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物はプレマイクロRNAオリゴヌクレオチドのものである。一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物はアンチmirオリゴヌクレオチドのものである。一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物はスーパーmirオリゴヌクレオチドのものである。一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物はリボザイムオリゴヌクレオチドのものである。一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物はUlアダプターオリゴヌクレオチドのものである。一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物はRNAアクチベーターオリゴヌクレオチドのものである。一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物はRNAi剤オリゴヌクレオチドのものである。一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物はデコイオリゴヌクレオチドのものである。一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は三重鎖形成性オリゴヌクレオチドのものである。一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物はアプタマーオリゴヌクレオチドのものである。一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物はアジュバントオリゴヌクレオチドのものである。
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは1つ以上のキラルな修飾リン酸結合を含む。一部の実施形態において、提供されるキラル制御された(及び/又は立体化学的に純粋な)製剤は、1つ以上の修飾骨格結合、塩基及び/又は糖を含むオリゴヌクレオチドのものである。
一部の実施形態において、提供されるキラル制御された(及び/又は立体化学的に純粋な)製剤は、約80%より高い立体化学純度である。一部の実施形態において、提供されるキラル制御された(及び/又は立体化学的に純粋な)製剤は、約85%より高い立体化学純度である。一部の実施形態において、提供されるキラル制御された(及び/又は立体化学的に純粋な)製剤は、約90%より高い立体化学純度である。一部の実施形態において、提供されるキラル制御された(及び/又は立体化学的に純粋な)製剤は、約91%より高い立体化学純度である。一部の実施形態において、提供されるキラル制御された(及び/又は立体化学的に純粋な)製剤は、約92%より高い立体化学純度である。一部の実施形態において、提供されるキラル制御された(及び/又は立体化学的に純粋な)製剤は、約93%より高い立体化学純度である。一部の実施形態において、提供されるキラル制御された(及び/又は立体化学的に純粋な)製剤は、約94%より高い立体化学純度である。一部の実施形態において、提供されるキラル制御された(及び/又は立体化学的に純粋な)製剤は、約95%より高い立体化学純度である。一部の実施形態において、提供されるキラル制御された(及び/又は立体化学的に純粋な)製剤は、約96%より高い立体化学純度である。一部の実施形態において、提供されるキラル制御された(及び/又は立体化学的に純粋な)製剤は、約97%より高い立体化学純度である。一部の実施形態において、提供されるキラル制御された(及び/又は立体化学的に純粋な)製剤は、約98%より高い立体化学純度である。一部の実施形態において、提供されるキラル制御された(及び/又は立体化学的に純粋な)製剤は、約99%より高い立体化学純度である。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドのインターヌクレオチド結合の少なくとも5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%又は100%が、独立に、キラルインターヌクレオチド結合である。一部の実施形態において、全てのキラルな修飾インターヌクレオチド結合が、キラルホスホロチオエートインターヌクレオチド結合である。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合を除く全てのキラルな修飾インターヌクレオチド結合が、キラルホスホロチオエートインターヌクレオチド結合である。一部の実施形態において、各キラルインターヌクレオチド結合がキラル制御されている。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドの少なくとも約10、20、30、40、50、60、70、80又は90%のキラルインターヌクレオチド結合がキラル制御されており、Sp配座である。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドの少なくとも約10、20、30、40、50、60、70、80又は90%のホスホロチオエートインターヌクレオチド結合がキラル制御されており、Sp配座である。一部の実施形態において、パーセンテージは少なくとも約10%である。一部の実施形態において、パーセンテージは少なくとも約20%である。一部の実施形態において、パーセンテージは少なくとも約30%である。一部の実施形態において、パーセンテージは少なくとも約40%である。一部の実施形態において、パーセンテージは少なくとも約50%である。一部の実施形態において、パーセンテージは少なくとも約60%である。一部の実施形態において、パーセンテージは少なくとも約70%である。一部の実施形態において、パーセンテージは少なくとも約80%である。一部の実施形態において、パーセンテージは少なくとも約90%である。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドの少なくとも約10、20、30、40、50、60、70、80又は90%のキラルインターヌクレオチド結合がキラル制御されており、Rp配座である。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドの少なくとも約10、20、30、40、50、60、70、80又は90%のキラルホスホロチオエートインターヌクレオチド結合がキラル制御されており、Rp配座である。一部の実施形態において、パーセンテージは少なくとも約10%である。一部の実施形態において、パーセンテージは少なくとも約20%である。一部の実施形態において、パーセンテージは少なくとも約30%である。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドの10、20、30、40、50、60、70、80又は90%以下のキラルインターヌクレオチド結合がキラル制御されており、Rp配座である。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドの10、20、30、40、50、60、70、80又は90%以下のホスホロチオエートインターヌクレオチド結合がRp配座である。一部の実施形態において、パーセンテージは10%以下である。一部の実施形態において、パーセンテージは20%以下である。一部の実施形態において、パーセンテージは30%以下である。
一部の実施形態において、提供されるキラル制御された(及び/又は立体化学的に純粋な)組成物は、1つ以上の修飾塩基を含有するオリゴヌクレオチドのものである。一部の実施形態において、提供されるキラル制御された(及び/又は立体化学的に純粋な)組成物は、修飾塩基を含有しないオリゴヌクレオチドのものである。当業者が理解するとおり、本開示では多くのタイプの修飾塩基を利用することができる。例示的修飾塩基は本明細書に記載される。
一部の実施形態において、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9又は10個の天然リン酸結合を含む。一部の実施形態において、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、少なくとも1個の天然リン酸結合を含む。一部の実施形態において、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、少なくとも2個の天然リン酸結合を含む。一部の実施形態において、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、少なくとも3個の天然リン酸結合を含む。
一部の実施形態において、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10個の天然リン酸結合を含む。一部の実施形態において、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは1個の天然リン酸結合を含む。一部の実施形態において、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは2個の天然リン酸結合を含む。一部の実施形態において、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは3個の天然リン酸結合を含む。一部の実施形態において、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは4個の天然リン酸結合を含む。一部の実施形態において、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは5個の天然リン酸結合を含む。一部の実施形態において、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは6個の天然リン酸結合を含む。一部の実施形態において、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは7個の天然リン酸結合を含む。一部の実施形態において、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは8個の天然リン酸結合を含む。一部の実施形態において、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは9個の天然リン酸結合を含む。一部の実施形態において、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは10個の天然リン酸結合を含む。
一部の実施形態において、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9又は10個の連続する天然リン酸結合を含む。一部の実施形態において、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、少なくとも2個の連続する天然リン酸結合を含む。一部の実施形態において、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、少なくとも3個の連続する天然リン酸結合を含む。
一部の実施形態において、本開示のオリゴヌクレオチドは、少なくとも8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70又は75核酸塩基長を有する。一部の実施形態において、本開示のオリゴヌクレオチドは、少なくとも8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70又は75核酸塩基長を含み、ここで、各核酸塩基は、独立に、任意選択で置換されているA、T、C、G、U又はその互変異性体である。
一部の実施形態において、提供される組成物は、糖部分において修飾されている1つ以上の残基を含有するオリゴヌクレオチドを含む。一部の実施形態において、提供される組成物は、糖部分の2’位において修飾されている1つ以上の残基を含有するオリゴヌクレオチドを含む(本明細書において「2’-修飾」と称される)。かかる修飾の例は本明細書に記載され、限定はされないが、2’-OMe、2’-MOE、2’-LNA、2’-F、FRNA、FANA、S-cEt等が挙げられる。一部の実施形態において、提供される組成物は、2’-修飾されている1つ以上の残基を含有するオリゴヌクレオチドを含む。例えば、一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、2’-O-メトキシエチル(2’-MOE)修飾残基である1つ以上の残基を含有する。一部の実施形態において、提供される組成物は、いかなる2’-修飾も含まないオリゴヌクレオチドを含む。一部の実施形態において、提供される組成物は、いかなる2’-MOE残基も含有しないオリゴヌクレオチドである。即ち、一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドはMOE修飾されていない。更なる例示的糖修飾が本開示に記載される。
一部の実施形態において、1つ以上とは、1である。一部の実施形態において、1つ以上とは、2である。一部の実施形態において、1つ以上とは、3である。一部の実施形態において、1つ以上とは、4である。一部の実施形態において、1つ以上とは、5である。一部の実施形態において、1つ以上とは、6である。一部の実施形態において、1つ以上とは、7である。一部の実施形態において、1つ以上とは、8である。一部の実施形態において、1つ以上とは、9である。一部の実施形態において、1つ以上とは、10である。一部の実施形態において、1つ以上とは、少なくとも1である。一部の実施形態において、1つ以上とは、少なくとも2である。一部の実施形態において、1つ以上とは、少なくとも3である。一部の実施形態において、1つ以上とは、少なくとも4である。一部の実施形態において、1つ以上とは、少なくとも5である。一部の実施形態において、1つ以上とは、少なくとも6である。一部の実施形態において、1つ以上とは、少なくとも7である。一部の実施形態において、1つ以上とは、少なくとも8である。一部の実施形態において、1つ以上とは、少なくとも9である。一部の実施形態において、1つ以上とは、少なくとも10である。
一部の実施形態において、塩基配列、例えば、複数のオリゴヌクレオチドの共通の塩基配列、特定のオリゴヌクレオチドタイプの塩基配列等は、遺伝子又は転写物(例えば、ジストロフィン又はDMDの)に相補的な配列を含むか又はそれである。一部の実施形態において、共通の塩基配列は、遺伝子に100%相補的な配列を含むか又はそれである。一部の実施形態において、共通の塩基配列は、遺伝子の特徴的配列エレメントに相補的な配列を含むか又はそれであり、この特徴的配列は、その遺伝子との相同性を共有する類似の配列とその遺伝子を区別するものである。一部の実施形態において、共通の塩基配列は、遺伝子の特徴的配列エレメントに100%相補的な配列を含むか又はそれであり、この特徴的配列は、その遺伝子の別のアレルとその遺伝子を区別するものである。一部の実施形態において、共通の塩基配列は、遺伝子の特徴的配列エレメントに100%相補的な配列を含むか又はそれであり、この特徴的配列は、その遺伝子と相同性を共有する類似の配列とその遺伝子を区別するものである。一部の実施形態において、共通の塩基配列は、標的遺伝子の特徴的配列エレメントに相補的な配列を含むか又はそれであり、この特徴的配列は、その遺伝子の他のコピー、例えば、その遺伝子の野生型コピー、その遺伝子の別の突然変異体コピー等に見られない突然変異を含むものである。一部の実施形態において、共通の塩基配列は、標的遺伝子の特徴的配列エレメントに100%相補的な配列を含むか又はそれであり、この特徴的配列は、その遺伝子の他のコピー、例えば、その遺伝子の野生型コピー、その遺伝子の別の突然変異体コピー等に見られない突然変異を含むものである。一部の実施形態において、共通の塩基配列は、遺伝子の特徴的配列エレメントに100%相補的な配列を含むか又はそれであり、この特徴的配列は、その遺伝子の別のアレルとその遺伝子を区別するものである。一部の実施形態において、特徴的配列エレメントは突然変異である。一部の実施形態において、特徴的配列エレメントはSNPである。
一部の実施形態において、キラルインターヌクレオチド結合は、式I、式I-a、式I-b、式I-c、式I-n-1、式I-n-2、式I-n-3、式I-n-4、式II、式II-a-1、式II-a-2、式II-b-1、式II-b-2、式II-c-1、式II-c-2、式II-d-1、式II-d-2、式III等、又はその塩形態の構造を有する。一部の実施形態において、キラルインターヌクレオチド結合の結合リンはキラル制御されている。一部の実施形態において、キラルインターヌクレオチド結合はホスホロチオエートインターヌクレオチド結合である。一部の実施形態において、提供される組成物のオリゴヌクレオチド中の各キラルインターヌクレオチド結合は、独立に、式Iの構造を有する。一部の実施形態において、提供される組成物のオリゴヌクレオチド中の各キラルインターヌクレオチド結合は、独立に、式IIの構造を有する。一部の実施形態において、提供される組成物のオリゴヌクレオチド中の各キラルインターヌクレオチド結合は、独立に、式IIIの構造を有する。一部の実施形態において、提供される組成物のオリゴヌクレオチド中の各キラルインターヌクレオチド結合はホスホロチオエートインターヌクレオチド結合である。
当業者が理解するとおり、インターヌクレオチド結合、例えば、式Iのもの、天然リン酸結合、ホスホロチオエートインターヌクレオチド結合等は、その環境のpHに応じてその塩形態で存在し得る。特に指示されない限り、かかるインターヌクレオチド結合が言及されるとき、かかる塩形態が本願に包含される。
一部の実施形態において、本開示のオリゴヌクレオチドは1つ以上の修飾糖部分を含む。一部の実施形態において、本開示のオリゴヌクレオチドは1つ以上の修飾塩基部分を含む。当業者に公知であり、且つ本開示に記載されるとおり、糖及び塩基部分に様々な修飾を導入することができる。例えば、一部の実施形態において、修飾は、米国特許第9006198号、国際公開第2014/012081号、国際公開第2015/107425号及び国際公開第2017/062862号(これらの各々の糖及び塩基修飾は、参照により本明細書に援用される)に記載される修飾である。
一部の実施形態において、糖修飾は2’-修飾である。よく使用される2’-修飾としては、限定はされないが、2’-OR(式中、Rは水素でない)が挙げられる。一部の実施形態において、修飾は2’-OR(式中、Rは、任意選択で置換されている脂肪族である)である。一部の実施形態において、修飾は2’-OMeである。一部の実施形態において、修飾は2’-O-MOEである。一部の実施形態において、本開示は、特定のキラル的に純粋なインターヌクレオチド結合の包含及び/又は位置が、修飾された骨格結合、塩基及び/又は糖を使用することにより実現されるものと同等か又はそれより良好な安定性の改良をもたらし得ることを実証する。一部の実施形態において、提供される組成物の提供される単一のオリゴヌクレオチドは糖に修飾を有しない。一部の実施形態において、提供される組成物の提供される単一のオリゴヌクレオチドは糖の2’位に修飾を有しない(即ち2’位の2つの基は-H/-H又は-H/-OHのいずれかである)。一部の実施形態において、提供される組成物の提供される単一のオリゴヌクレオチドはいかなる2’-MOE修飾も有しない。
一部の実施形態において、2’-修飾は、糖部分の2’-炭素を糖部分の別の炭素に連結する-O-L-又は-L-である。一部の実施形態において、2’-修飾は、糖部分の2’-炭素を糖部分の4’-炭素に連結する-O-L-又は-L-である。一部の実施形態において、2’-修飾はS-cEtである。一部の実施形態において、修飾糖部分はLNA糖部分である。
一部の実施形態において、2’-修飾は-Fである。一部の実施形態において、2’-修飾はFANAである。一部の実施形態において、2’-修飾はFRNAである。
一部の実施形態において、糖修飾は5’-修飾である。一部の実施形態において、修飾は5’-Rであり、式中、Rは水素でない。一部の実施形態において、糖修飾は5’-Rであり、式中、Rは水素でなく、他は本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態において、糖修飾は5’-Rであり、式中、Rは、任意選択で置換されているC1~6脂肪族である。一部の実施形態において、糖修飾は5’-Rであり、式中、Rは、任意選択で置換されているC1~6アルキルである。一部の実施形態において、糖修飾は5’-Rであり、式中、Rは、任意選択で置換されているメチルである。一部の実施形態において、糖修飾は5’-Rであり、式中、Rは、任意選択で置換されているメチルであり、ここで、メチル基の置換基はいずれも炭素原子を含まない。一部の実施形態において、5’-修飾はメチルである。一部の実施形態において、各置換基は、独立に、ハロゲンである。一部の実施形態において、置換5’-炭素はジアステレオ的に純粋である。一部の実施形態において、置換5’-炭素はR配置を有する。一部の実施形態において、置換5’-炭素はS配置を有する。一部の実施形態において、5’-修飾は5’-(R)-Meである。一部の実施形態において、5’-修飾は5’-(S)-Meである。
一部の実施形態において、糖部分は、ある位置、例えば、2’位、5’位等に修飾を1つ有し、且つ1つのみ有する。一部の実施形態において、2’-修飾は、天然RNA糖部分の2’-OHの位置に対応する位置をとる。一部の実施形態において、2’-修飾は、天然RNA糖部分の2’-Hの位置に対応する位置をとる。
一部の実施形態において、糖修飾は糖環のサイズを変える。一部の実施形態において、糖修飾は糖環の立体配座を変える。一部の実施形態において、糖修飾はFHNAの糖部分である。
一部の実施形態において、糖修飾は糖部分を別の環式又は非環式部分に置き換える。かかる部分の例は、限定はされないが、モルホリノ、グリコール核酸等に使用されるものを含め、当技術分野において広く公知である。
インターヌクレオチド結合、キラル制御されたオリゴヌクレオチド及びキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の特定の実施形態
とりわけ、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド及びキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。一部の実施形態において、本開示は、高い粗純度のキラル制御されたオリゴヌクレオチド及びキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。一部の実施形態において、本開示は、高いジアステレオマー純度のキラル制御されたオリゴヌクレオチド及びキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物における複数のオリゴヌクレオチドなど、1つ以上のキラル制御されたインターヌクレオチド結合を含むオリゴヌクレオチドである。一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25個又はそれを超えるキラル制御されたインターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドの5%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%又はそれを超えるキラルインターヌクレオチド結合は、独立に、キラル制御されたインターヌクレオチド結合である。一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド中の各キラルインターヌクレオチド結合がキラル制御されたインターヌクレオチド結合であり、キラル制御されたオリゴヌクレオチドはジアステレオ的に純粋である。
一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、組成物中にあるそのオリゴヌクレオチドタイプではないオリゴヌクレオチドが不純物である点で、あるオリゴヌクレオチドタイプの実質的に純粋な組成物である。一部の実施形態において、かかる不純物は、前記オリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドの調製過程中、ある場合には特定の精製手順後に形成される。
一部の実施形態において、本開示は、キラル結合リン(例えば、キラル制御されたインターヌクレオチド結合の結合リン)に関して1つ以上のジアステレオ的に純粋なインターヌクレオチド結合を含むオリゴヌクレオチドを提供する。一部の実施形態において、本開示は、式I、式I-a、式I-b、式I-c、式I-n-1、式I-n-2、式I-n-3、式I-n-4、式II、式II-a-1、式II-a-2、式II-b-1、式II-b-2、式II-c-1、式II-c-2、式II-d-1、式II-d-2、式III等、又はその塩形態の構造を有する1つ以上のジアステレオ的に純粋なインターヌクレオチド結合を含むオリゴヌクレオチドを提供する。一部の実施形態において、本開示は、キラル結合リンに関して1つ以上のジアステレオ的に純粋なインターヌクレオチド結合と、1つ以上の天然リン酸結合とを含むオリゴヌクレオチドを提供する(特に指示されない限り、天然リン酸結合及び適用可能な場合には他のタイプのインターヌクレオチド結合など、本願におけるインターヌクレオチド結合への言及には、かかる結合の塩形態が含まれる)。従って、ここでのジアステレオ的に純粋なインターヌクレオチド結合には、ジアステレオ的に純粋なインターヌクレオチド結合の塩形態が含まれ;ここでの天然リン酸結合には、天然リン酸結合の塩形態が含まれる。当業者は、天然リン酸結合など、多くのインターヌクレオチド結合が、多くの緩衝液中で生理的pHにあるとき(例えば、約7のpH、例えば、PH7.4を有するPBS緩衝液)等)、塩形態として存在することを理解する。一部の実施形態において、本開示は、式I、式I-a、式I-b、式I-c、式I-n-1、式I-n-2、式I-n-3、式I-n-4、式II、式II-a-1、式II-a-2、式II-b-1、式II-b-2、式II-c-1、式II-c-2、式II-d-1、式II-d-2、式III等、又はその塩形態の構造を有する1つ以上のジアステレオ的に純粋なインターヌクレオチド結合と、1つ以上の天然リン酸結合とを含むオリゴヌクレオチドを提供する。一部の実施形態において、本開示は、式I-cの構造を有する1つ以上のジアステレオ的に純粋なインターヌクレオチド結合と、1つ以上のリン酸ジエステル結合とを含むオリゴヌクレオチドを提供する。一部の実施形態において、かかるオリゴヌクレオチドは、本願において記載されるとおりの立体選択的なオリゴヌクレオチド合成を用いて調製され、キラル結合リンに関して設計されたジアステレオ的に純粋なインターヌクレオチド結合を形成する。
一部の実施形態において、本開示のオリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチドの範囲内又はその末端(例えば5’又は3’)に少なくとも1つのインターヌクレオチド結合、例えば、修飾されている(非天然の)インターヌクレオチド結合(例えば、非負電荷インターヌクレオチド結合)を含む。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドはオリゴヌクレオチドの範囲内又はその末端(例えば5’又は3’)にP修飾部分を含む。
一部の実施形態において、本開示のオリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチド内に少なくとも1つのキラル制御されたインターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、本開示のオリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチド内に少なくとも1つのキラル制御されたインターヌクレオチド結合と、少なくとも1つの天然リン酸結合とを含む。一部の実施形態において、本開示のオリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチド内に少なくとも1つのキラル制御されたインターヌクレオチド結合と、少なくとも1つの天然リン酸結合と、少なくとも1つのホスホロチオエートインターヌクレオチド結合とを含む。一部の実施形態において、本開示のオリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチド内に少なくとも1つのキラル制御されたインターヌクレオチド結合と、少なくとも1つのホスホロチオエートトリエステルインターヌクレオチド結合とを含む。一部の実施形態において、本開示のオリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチド内に少なくとも1つのキラル制御されたインターヌクレオチド結合と、少なくとも1つの天然リン酸結合と、少なくとも1つのホスホロチオエートトリエステルインターヌクレオチド結合とを含む。
一部の実施形態において、本開示のオリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチドの範囲内に、互いに対して異なる立体化学及び/又は異なるP修飾を有する少なくとも2つのキラル制御されたインターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、かかる少なくとも2つのインターヌクレオチド結合は異なる立体化学を有する。一部の実施形態において、かかる少なくとも2つのインターヌクレオチド結合は異なるP修飾を有する。一部の実施形態において、本開示のオリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチドの範囲内に、互いに対して異なるP修飾を有する少なくとも2つのキラル制御されたインターヌクレオチド結合と、少なくとも1つの天然リン酸結合とを含む。一部の実施形態において、本開示のオリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチドの範囲内に、互いに対して異なるP修飾を有する少なくとも2つのキラル制御されたインターヌクレオチド結合と、少なくとも1つの天然リン酸結合と、少なくとも1つのホスホロチオエートインターヌクレオチド結合とを含む。一部の実施形態において、本開示のオリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチドの範囲内に、互いに対して異なるP修飾を有する少なくとも2つのキラル制御されたインターヌクレオチド結合と、少なくとも1つのホスホロチオエートトリエステルインターヌクレオチド結合とを含む。一部の実施形態において、本開示のオリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチドの範囲内に、互いに対して異なるP修飾を有する少なくとも2つのキラル制御されたインターヌクレオチド結合と、少なくとも1つの天然リン酸結合と、少なくとも1つのホスホロチオエートトリエステルインターヌクレオチド結合とを含む。
特定の実施形態において、インターヌクレオチド結合(例えば、式Iが天然リン酸結合でない場合、修飾されている(非天然の)インターヌクレオチド結合)は、式I:

又はその塩形態の構造を有し、式中、
は、P(=W)、P又はP→B(R’)であり;
Wは、O、N(-L-R)、S又はSeであり;
及びRの各々は、独立に、-H、-L-R’、ハロゲン、-CN、-NO、-L-Si(R’)、-OR’、-SR’又は-N(R’)であり;
X、Y及びZの各々は、独立に、-O-、-S-、-N(-L-R)-又はLであり;
各Lは、独立に、共有結合又はC1~30脂肪族基及び1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族基から選択される、二価の、任意選択で置換されている直鎖若しくは分枝状の基であり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、C1~6アルキレン、C1~6アルケニレン、-C≡C-、1~5個のヘテロ原子を有する二価C~Cヘテロ脂肪族基、-C(R’)-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)O-、-S(O)-、-S(O)-、-S(O)N(R’)-、-C(O)S-、-C(O)O-、-P(O)(OR’)-、-P(O)(SR’)-、-P(O)(R’)-、-P(O)(NR’)-、-P(S)(OR’)-、-P(S)(SR’)-、-P(S)(R’)-、-P(S)(NR’)-、-P(R’)-、-P(OR’)-、-P(SR’)-、-P(NR’)-、-P(OR’)[B(R’)]-、-OP(O)(OR’)O-、-OP(O)(SR’)O-、-OP(O)(R’)O-、-OP(O)(NR’)O-、-OP(OR’)O-、-OP(SR’)O-、-OP(NR’)O-、-OP(R’)O-又は-OP(OR’)[B(R’)]O-に置き換えられ、及び1つ以上のCH又は炭素原子は、任意選択で且つ独立に、Cyに置き換えられ;
各-Cy-は、独立に、C3~20脂環族環、C6~20アリール環、1~10個のヘテロ原子を有する5~20員環ヘテロアリール環及び1~10個のヘテロ原子を有する3~20員環ヘテロシクリル環から選択される、任意選択で置換されている二価の基であり;
各Cyは、独立に、C3~20脂環族環、C6~20アリール環、1~10個のヘテロ原子を有する5~20員環ヘテロアリール環及び1~10個のヘテロ原子を有する3~20員環ヘテロシクリル環から選択される、任意選択で置換されている三価又は四価の基であり;
各R’は、独立に、-R、-C(O)R、-C(O)OR又は-S(O)Rであり;
各Rは、独立に、-H又はC1~30脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族、C6~30アリール、C6~30アリール脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC6~30アリールヘテロ脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有する5~30員環ヘテロアリール及び1~10個のヘテロ原子を有する3~30員環ヘテロシクリルから選択される、任意選択で置換されている基であるか、又は
2つのR基は、任意選択で且つ独立に、一緒になって共有結合を形成するか、又は
同じ原子上の2つ以上のR基は、任意選択で且つ独立に、その原子と一緒になって、その原子に加えて0~10個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている3~30員環単環式、二環式又は多環式環を形成するか、又は
2つ以上の原子上の2つ以上のR基は、任意選択で且つ独立に、それらの介在原子と一緒になって、それらの介在原子に加えて0~10個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている3~30員環単環式、二環式又は多環式環を形成する。
一部の実施形態において、式Iの結合は結合リン(P中のP)においてキラルである。一部の実施形態において、本開示は、式Iの修飾インターヌクレオチド結合を1つ以上含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供する。一部の実施形態において、本開示は、式Iの修飾インターヌクレオチド結合を1つ以上含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、オリゴヌクレオチド内の個々の式Iのインターヌクレオチド結合は、互いに対して異なるP修飾を有する。一部の実施形態において、本開示は、式Iの修飾インターヌクレオチド結合を1つ以上含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、オリゴヌクレオチド内の個々の式Iのインターヌクレオチド結合は、互いに対して異なる-X-L-Rを有する。一部の実施形態において、本開示は、式Iの修飾インターヌクレオチド結合を1つ以上含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、オリゴヌクレオチド内の個々の式Iのインターヌクレオチド結合は、互いに対して異なるXを有する。一部の実施形態において、本開示は、式Iの修飾インターヌクレオチド結合を1つ以上含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、オリゴヌクレオチド内の個々の式Iのインターヌクレオチド結合は、互いに対して異なる-L-Rを有する。一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、特定のオリゴヌクレオチドタイプのものである提供される組成物中のオリゴヌクレオチドである。一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、共通の塩基配列及び長さ、共通の骨格結合のパターン並びに共通の骨格キラル中心のパターンを有する提供される組成物中のオリゴヌクレオチドである。
本明細書に広く記載されるとおり、一部の実施形態において、-X-L-Rは、オリゴヌクレオチド調製に有用な部分である。例えば、一部の実施形態において、-X-L-Rは-OCHCHCN(例えば、キラル制御されていないインターヌクレオチド結合における)であり;一部の実施形態において、-X-L-Rは、任意選択で本明細書に記載されるとおりキャッピングされた、H-X-L-Rがキラル補助基であるような構造のものである(例えば、DPSE、PSM等;特にキラル制御されたインターヌクレオチド結合において、しかしながらキラル制御されていないインターヌクレオチド結合においてもあり得る(例えば、天然リン酸結合の前駆体))。
一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、特定のオリゴヌクレオチドタイプのものであるキラル制御された組成物中のオリゴヌクレオチドであり、及びキラル制御されたオリゴヌクレオチドは、そのタイプのものである。一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、共通の塩基配列、共通の骨格結合のパターン、共通の骨格キラル中心のパターン及び共通の骨格リン修飾のパターンを共有する制御されたレベルの複数のオリゴヌクレオチドを含む提供される組成物中のオリゴヌクレオチドであり、及びキラル制御されたオリゴヌクレオチドは、共通の塩基配列、共通の骨格結合のパターン、共通の骨格キラル中心のパターン及び共通の骨格リン修飾のパターンを共有する。
一部の実施形態において、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、オリゴヌクレオチド内の少なくとも2つのキラル制御されたインターヌクレオチド結合は、それらがその-XLR部分に異なるX原子を有する点において、及び/又はそれらがその-XLR部分に異なるL基を有する点において、及び/又はそれらがその-XLR部分に異なるR原子を有する点において、及び/又はそれらが異なる-XLR部分を有する点において、互いに対して異なるP修飾を有する。
一部の実施形態において、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、オリゴヌクレオチド内の個々のインターヌクレオチド結合の少なくとも2つは互いに対して異なる立体化学及び/又は異なるP修飾を有し、及びこのオリゴヌクレオチドは、以下の式によって表される構造を有する。
[Sn1Rn2Sn3Rn4...SnxRny]
式中、
各Rは、独立に、結合リンにR配置を有するヌクレオチド単位のブロックを表し;
各Sは、独立に、結合リンにS配置を有するヌクレオチド単位のブロックを表し;
n1~nyの各々は、互いに対して異なる立体化学の少なくとも2つの個々のインターヌクレオチド結合がオリゴヌクレオチドに含まれるように、少なくとも1つの奇数のn及び少なくとも1つの偶数のnが0以外でなければならないことを要件として、0又は整数であり;
ここで、n1~nyの合計は2~200であり、一部の実施形態では、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25又はそれを超えるものからなる群から選択される下限~5、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100、110、120、130、140、150、160、170、180、190及び200からなる群から選択される上限(上限は下限より大きい)の間である。
一部のかかる実施形態では、各nが同じ値を有する;一部の実施形態では、各偶数のnが他の各偶数のnと同じ値を有する;一部の実施形態では、各奇数のnが他の各奇数のnと同じ値を有する;一部の実施形態では、少なくとも2つの偶数のnが互いと異なる値を有する;一部の実施形態では、少なくとも2つの奇数のnが互いと異なる値を有する。
一部の実施形態では、少なくとも2つの隣接するnが互いに等しく、そのため提供されるオリゴヌクレオチドは、等しい長さの隣接するS立体化学結合ブロック及びR立体化学結合ブロックを含む。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、等しい長さのS及びR立体化学結合ブロックの繰り返しを含む。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドはS及びR立体化学結合ブロックの繰り返しを含み、ここで、少なくとも2つのかかるブロックが互いに異なる長さであり;一部のかかる実施形態では、各S立体化学ブロックが同じ長さであり、且つ任意選択で互いに同じ長さであり得る各R立体化学長さと異なる長さである。
一部の実施形態において、1つ間を飛ばして隣接する少なくとも2つのnが互いに等しく、そのため提供されるオリゴヌクレオチドは、互いに長さが等しい且つ他の立体化学の結合のブロックによって分離された第1の立体化学の結合の少なくとも2つのブロックを含み、この分離しているブロックは、第1の立体化学のブロックと同じ長さ又は異なる長さであり得る。
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの末端における結合ブロックに関連するnは同じ長さである。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは同じ結合立体化学の末端ブロックを有する。一部のかかる実施形態において、末端ブロックは他の結合立体化学の中間ブロックによって互いに分離されている。
一部の実施形態において、式[Sn1Rn2Sn3Rn4...SnxRny]の提供されるオリゴヌクレオチドは立体ブロックマーである。一部の実施形態において、式[Sn1Rn2Sn3Rn4...SnxRny]の提供されるオリゴヌクレオチドは立体スキップマーである。一部の実施形態において、式[Sn1Rn2Sn3Rn4...SnxRny]の提供されるオリゴヌクレオチドは立体アルトマーである。一部の実施形態において、式[Sn1Rn2Sn3Rn4...SnxRny]の提供されるオリゴヌクレオチドはギャップマーである。
一部の実施形態において、式[Sn1Rn2Sn3Rn4...SnxRny]の提供されるオリゴヌクレオチドは上記に記載されるパターンのいずれかであり、P修飾パターンを更に含む。例えば、一部の実施形態において、式[Sn1Rn2Sn3Rn4...SnxRny]の提供されるオリゴヌクレオチド及びは立体スキップマー及びP修飾スキップマーである。一部の実施形態において、式[Sn1Rn2Sn3Rn4...SnxRny]の提供されるオリゴヌクレオチド及びは立体ブロックマー及びP修飾アルトマーである。一部の実施形態において、式[Sn1Rn2Sn3Rn4...SnxRny]の提供されるオリゴヌクレオチド及びは立体アルトマー及びP修飾ブロックマーである。
一部の実施形態において、式Iのインターヌクレオチド結合は、

の構造を有し、式中、
は不斉リン原子であり、Rp又はSpのいずれかであり;
Wは、O、S又はSeであり;
X、Y及びZの各々は、独立に、-O-、-S-、-N(-L-R)-又はLであり;
Lは、共有結合又は任意選択で置換されている直鎖若しくは分枝状C~C10アルキレンであり、ここで、Lの1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、C~Cアルキレン、C~Cアルケニレン、-C≡C-、C~Cヘテロ脂肪族部分、-C(R’)-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)-、-N(R’)C(O)O-、-OC(O)N(R’)-、-S(O)-、-S(O)-、-S(O)N(R’)-、-N(R’)S(O)- -SC(O)-、-C(O)S-、-OC(O)-及び-C(O)O-によって置き換えられ;
は、ハロゲン、R又は任意選択で置換されているC~C50脂肪族であり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、C~Cアルキレン、C~Cアルケニレン、-C≡C-、C~Cヘテロ脂肪族部分、-C(R’)-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)-、-N(R’)C(O)O-、-OC(O)N(R’)-、-S(O)-、-S(O)-、-S(O)N(R’)-、-N(R’)S(O)- -SC(O)-、-C(O)S-、-OC(O)-及び-C(O)O-によって置き換えられ;
各R’は、独立に、-R、-C(O)R、-COR又は-SORであるか、又は
2つのR’がそれらの介在原子と一緒になって、任意選択で置換されているアリール環、炭素環式環、ヘテロ環式環又はヘテロアリール環を形成し;
-Cy-は、フェニレン、カルボシクリレン、アリーレン、ヘテロアリーレン及びヘテロシクリレンから選択される、任意選択で置換されている二価の環であり;
各Rは、独立に、水素であるか、又はC~C脂肪族、カルボシクリル、アリール、ヘテロアリール及びヘテロシクリルから選択される、任意選択で置換されている基であり;及び


は、独立に、ヌクレオシドとの連結を表す。
一部の実施形態において、Lは、共有結合又は任意選択で置換されている直鎖若しくは分枝状C~C10アルキレンであり、ここで、Lの1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、任意選択で置換されているC~Cアルキレン、C~Cアルケニレン、-C≡C-、-C(R’)-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)-、-N(R’)C(O)O-、-OC(O)N(R’)-、-S(O)-、-S(O)-、-S(O)N(R’)-、-N(R’)S(O)-、-SC(O)-、-C(O)S-、-OC(O)-又は-C(O)O-によって置き換えられ;
は、ハロゲン、R又は任意選択で置換されているC~C50脂肪族であり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、任意選択で置換されているC~Cアルキレン、C~Cアルケニレン、-C≡C-、-C(R’)-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)-、-N(R’)C(O)O-、-OC(O)N(R’)-、-S(O)-、-S(O)-、-S(O)N(R’)-、-N(R’)S(O)-、-SC(O)-、-C(O)S-、-OC(O)-又は-C(O)O-によって置き換えられ;
各R’は、独立に、-R、-C(O)R、-COR又は-SORであるか、又は
同じ窒素上の2つのR’がそれらの介在原子と一緒になって、任意選択で置換されているヘテロ環式環又はヘテロアリール環を形成するか、又は
同じ炭素上の2つのR’がそれらの介在原子と一緒になって、任意選択で置換されているアリール環、炭素環式環、ヘテロ環式環又はヘテロアリール環を形成し;
-Cy-は、フェニレン、カルボシクリレン、アリーレン、ヘテロアリーレン又はヘテロシクリレンから選択される、任意選択で置換されている二価の環であり;
各Rは、独立に、水素であるか、又はC~C脂肪族、フェニル、カルボシクリル、アリール、ヘテロアリール又はヘテロシクリルから選択される、任意選択で置換されている基であり;及び


は、独立に、ヌクレオシドとの連結を表す。
一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは1つ以上の修飾インターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、例えば、ホスホロチオエート又はホスホロチオエートトリエステルインターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドはキラル制御されたホスホロチオエートトリエステル結合を含む。一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24又は25個のキラル制御されたホスホロチオエートトリエステルインターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24又は25個のキラル制御されたホスホロチオエートインターヌクレオチド結合(-O-P(O)(SH)-O-又はその塩形態)を含む。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは異なる種類のインターヌクレオチドリン結合を含む。一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは少なくとも1つの天然リン酸結合と少なくとも1つの修飾されている(非天然の)インターヌクレオチド結合とを含む。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは少なくとも1つの天然リン酸結合と少なくとも1つのホスホロチオエートとを含む。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは少なくとも1つの非負電荷インターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは少なくとも1つの天然リン酸結合と少なくとも1つの非負電荷インターヌクレオチド結合とを含む。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは少なくとも1つのホスホロチオエートインターヌクレオチド結合と少なくとも1つの非負電荷インターヌクレオチド結合とを含む。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは少なくとも1つのホスホロチオエートインターヌクレオチド結合と、少なくとも1つの天然リン酸結合と、少なくとも1つの非負電荷インターヌクレオチド結合とを含む。
一部の実施形態において、インターヌクレオチド結合は、キラル補助基を含む。一部の実施形態において、式I、式I-a、式I-b、式I-c、式I-n-1、式I-n-2、式I-n-3、式I-n-4、式II、式II-a-1、式II-a-2、式II-b-1、式II-b-2、式II-c-1、式II-c-2、式II-d-1、式II-d-2等のインターヌクレオチド結合は、キラル補助基を含み、式中、PはP=Sである。一部の実施形態において、式I、式I-a、式I-b、式I-c、式I-n-1、式I-n-2、式I-n-3、式I-n-4、式II、式II-a-1、式II-a-2、式II-b-1、式II-b-2、式II-c-1、式II-c-2、式II-d-1、式II-d-2等のインターヌクレオチド結合は、キラル補助基を含み、式中、PはP=Oである。一部の実施形態において、ホスホロチオエートトリエステル結合は、キラル補助基を含み、これは、例えば、反応の立体選択性の制御に使用される。一部の実施形態において、ホスホロチオエートトリエステル結合は、キラル補助基を含まない。本開示において利用することができる例示的なキラル補助基としては、米国特許第9394333号、米国特許第9744183号、米国特許第9605019号、米国特許出願公開第20130178612号、米国特許出願公開第20150211006号、米国特許第9598458号、米国特許出願公開第20170037399号、国際公開第2017/015555号、国際公開第2017/062862号、国際公開第2018/237194号、国際公開第2019/055951号(これらの各々のキラル補助基は参照により本明細書に援用される)に記載されるものが挙げられる。一部の実施形態において、1つ以上の-X-L-Rは、独立に、任意選択で置換されているキラル補助基を含むか又はそれである。一部の実施形態において、1つ以上の-X-L-Rは、それぞれ独立に、H-X-L-Rが本明細書に記載されるキラル試薬/キラル補助基(例えば、式3-I、式3-AA等の構造を有するもの)であるような構造のものである。一部の実施形態において、H-X-L-Rは、本明細書に記載されるキャッピングされたキラル試薬/キラル補助基(例えば、式3-I、式3-AA等の構造を有するもの)であり、これは、キラル試薬/キラル補助基のアミノ基(例えば、H-W及びH-WはH-NG-であるか又はそれを含む)がキャッピングされている(例えば、R-NG-(例えば、R’C(O)-NG-、RS(O)-NG-等)を形成する)点でキャッピングされている。一部の実施形態において、R’は、任意選択で置換されているC1~6アルキルである。一部の実施形態において、R’はメチルである。一部の実施形態において、1つ以上の-X-L-Rは、それぞれ独立に、H-X-L-Rが、

であるような構造のものである。一部の実施形態において、1つ以上の-X-L-Rは、それぞれ独立に、H-X-L-Rが、

であるような構造のものである。一部の実施形態において、1つ以上の-X-L-Rは、それぞれ独立に、H-X-L-Rが、

であるような構造のものである。一部の実施形態において、1つ以上の-X-L-Rは、それぞれ独立に、H-X-L-Rが、表CA-1、表CA-2、表CA-3、表CA-4、表CA-5、表CA-6、表CA-7、表CA-8、表CA-9、表CA-10、表CA-11、表CA-12若しくは表CA-13から選択される化合物又はその関係する(同じ化学構成を有する)ジアステレオマー若しくはエナンチオマーであるような構造のものである。一部の実施形態において、1つ以上の-X-L-Rは、それぞれ独立に、H-X-L-Rが、

であるような構造のものである。一部の実施形態において、1つ以上の-X-L-Rは、それぞれ独立に、H-X-L-Rが、

であるような構造のものである。一部の実施形態において、1つ以上の-X-L-Rは、それぞれ独立に、H-X-L-Rは、

であるような構造のものである。一部の実施形態において、1つ以上の-X-L-Rは、それぞれ独立に、H-X-L-Rが、表CA-1、表CA-2、表CA-3、表CA-4、表CA-5、表CA-6、表CA-7、表CA-8、表CA-9、表CA-10、表CA-11、表CA-12若しくは表CA-13から選択される化合物又はその関係する(同じ化学構成を有する)ジアステレオマー若しくはエナンチオマーであるような構造のものであり、ここで、5員環ピロリジニルの-NH-は-N(R)-に置き換えられている。一部の実施形態において、1つ以上の-X-L-Rは、独立に、

である。一部の実施形態において、1つ以上の-X-L-Rは、独立に、

である。一部の実施形態において、1つ以上の-X-L-Rは、独立に、

である。一部の実施形態において、1つ以上の-X-L-Rは、それぞれ独立に、H-X-L-Rが、表CA-1、表CA-2、表CA-3、表CA-4、表CA-5、表CA-6、表CA-7、表CA-8、表CA-9、表CA-10、表CA-11、表CA-12若しくは表CA-13から選択される化合物又はその関係する(同じ化学構成を有する)ジアステレオマー若しくはエナンチオマーであるような構造のものであり、ここで、結合リンとの連結はアルコールヒドロキシル基を介する。一部の実施形態において、1つ以上の-X-L-Rは、独立に、

である。一部の実施形態において、1つ以上の-X-L-Rは、独立に、

である。一部の実施形態において、1つ以上の-X-L-Rは、独立に、

である。一部の実施形態において、1つ以上の-X-L-Rは、それぞれ独立に、H-X-L-Rが、表CA-1、表CA-2、表CA-3、表CA-4、表CA-5、表CA-6、表CA-7、表CA-8、表CA-9、表CA-10、表CA-11、表CA-12若しくは表CA-13から選択される化合物又はその関係する(同じ化学構成を有する)ジアステレオマー若しくはエナンチオマーであるような構造のものであり、ここで、5員環ピロリジニルの-NH-は-N(R)-に置き換えられ、ここで、結合リンとの連結はアルコールヒドロキシル基を介する。一部の実施形態において、1つ以上の-X-L-Rは、独立に、

であり、及び1つ以上の-X-L-Rは、独立に、

である。一部の実施形態において、1つ以上の-X-L-Rは、独立に、

であり、及び1つ以上の-X-L-Rは、独立に、

である。一部の実施形態において、1つ以上の-X-L-Rは、独立に、

であり、及び1つ以上の-X-L-Rは、独立に、

である。一部の実施形態において、Rは、オリゴヌクレオチド合成において利用されるキャッピング基である。一部の実施形態において、Rは-C(O)-R’である。一部の実施形態において、Rは-C(O)-R’であり、式中、R’は、任意選択で置換されているC1~6脂肪族である。一部の実施形態において、Rは-C(O)CHである。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド、例えば、キラル制御されたオリゴヌクレオチド、複数のオリゴヌクレオチド等は、固体支持体に結合される。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは固体支持体に結合されない。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは少なくとも1つの天然リン酸結合と少なくとも2つの連続するキラル制御された修飾インターヌクレオチド結合とを含む。一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは少なくとも1つの天然リン酸結合と少なくとも2つの連続するキラル制御されたホスホロチオエートインターヌクレオチド結合とを含む。
一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドはブロックマーである。一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは立体ブロックマーである。一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドはP修飾ブロックマーである。一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは結合ブロックマーである。
一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドはアルトマーである。一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは立体アルトマーである。一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドはP修飾アルトマーである。一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは結合アルトマーである。
一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドはユニマーである。
一部の実施形態において、ユニマーでは、鎖内の全てのヌクレオチド単位がインターヌクレオチドリン結合に少なくとも1つの共通の構造的特徴を共有する。一部の実施形態において、共通の構造的特徴は、結合リンにおける共通の立体化学又は結合リンにおける共通の修飾である。一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは立体ユニマーである。一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドはP修飾ユニマーである。一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは結合ユニマーである。
一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドはギャップマーである。
一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドはスキップマーである。
一部の実施形態において、本開示は、式I、式I-a、式I-b、式I-c、式I-n-1、式I-n-2、式I-n-3、式I-n-4、式II、式II-a-1、式II-a-2、式II-b-1、式II-b-2、式II-c-1、式II-c-2、式II-d-1、式II-d-2、式III又はその塩形態の構造を独立に有する1つ以上の修飾インターヌクレオチド結合を含むオリゴヌクレオチドを提供する。
一部の実施形態において、Lは、共有結合又は任意選択で置換されている直鎖若しくは分枝状C~C10アルキレンであり、ここで、Lの1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、任意選択で置換されているC~Cアルキレン、C~Cアルケニレン、-C≡C-、-C(R’)-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)-、-N(R’)C(O)O-、-OC(O)N(R’)-、-S(O)-、-S(O)-、-S(O)N(R’)-、-N(R’)S(O)-、-SC(O)-、-C(O)S-、-OC(O)-又は-C(O)O-によって置き換えられ;
は、ハロゲン、R又は任意選択で置換されているC~C50脂肪族であり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、任意選択で置換されているC~Cアルキレン、C~Cアルケニレン、-C≡C-、-C(R’)-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)-、-N(R’)C(O)O-、-OC(O)N(R’)-、-S(O)-、-S(O)-、-S(O)N(R’)-、-N(R’)S(O)-、-SC(O)-、-C(O)S-、-OC(O)-又は-C(O)O-によって置き換えられ;
各R’は、独立に、-R、-C(O)R、-COR又は-SORであるか、又は
同じ窒素上の2つのR’がそれらの介在原子と一緒になって、任意選択で置換されているヘテロ環式環又はヘテロアリール環を形成するか、又は
同じ炭素上の2つのR’がそれらの介在原子と一緒になって、任意選択で置換されているアリール環、炭素環式環、ヘテロ環式環又はヘテロアリール環を形成し;
-Cy-は、フェニレン、カルボシクリレン、アリーレン、ヘテロアリーレン又はヘテロシクリレンから選択される、任意選択で置換されている二価の環であり;
各Rは、独立に、水素であるか、又はC~C脂肪族、フェニル、カルボシクリル、アリール、ヘテロアリール又はヘテロシクリルから選択される、任意選択で置換されている基であり;及び


は、独立に、ヌクレオシドとの連結を表す。
一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは1つ以上の修飾インターヌクレオチドリン結合を含む。一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、例えば、ホスホロチオエート又はホスホロチオエートトリエステル結合を含む。一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドはホスホロチオエートトリエステル結合を含む。一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは少なくとも2つのホスホロチオエートトリエステル結合を含む。一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは少なくとも3つのホスホロチオエートトリエステル結合を含む。例示的な修飾インターヌクレオチドリン結合は本明細書に更に記載される。一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは異なるインターヌクレオチドリン結合を含む。一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは少なくとも1つのリン酸ジエステルインターヌクレオチド結合と少なくとも1つの修飾インターヌクレオチド結合とを含む。一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは少なくとも1つのリン酸ジエステルインターヌクレオチド結合と少なくとも1つのホスホロチオエートトリエステル結合とを含む。一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは少なくとも1つのリン酸ジエステルインターヌクレオチド結合と少なくとも2つのホスホロチオエートトリエステル結合とを含む。一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは少なくとも1つのリン酸ジエステルインターヌクレオチド結合と少なくとも3つのホスホロチオエートトリエステル結合とを含む。
一部の実施形態において、Pは不斉リン原子であり、Rp又はSpのいずれかである。一部の実施形態において、PはRpである。他の実施形態において、PはSpである。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは1つ以上の式Iのインターヌクレオチド結合を含み、式中、各Pは、独立に、Rp又はSpである。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは1つ以上の式Iのインターヌクレオチド結合を含み、式中、各PはRpである。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは1つ以上の式Iのインターヌクレオチド結合を含み、式中、各PはSpである。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは少なくとも1つの式Iのインターヌクレオチド結合を含み、式中、PはRpである。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは少なくとも1つの式Iのインターヌクレオチド結合を含み、式中、PはSpである。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、式中、PがRpである少なくとも1つの式Iのインターヌクレオチド結合と、式中、PがSpである少なくとも1つの式Iのインターヌクレオチド結合とを含む。
一部の実施形態において、Wは、O、S又はSeである。一部の実施形態において、WはOである。一部の実施形態において、WはSである。一部の実施形態において、WはSeである。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは少なくとも1つの式Iのインターヌクレオチド結合を含み、式中、WはOである。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは少なくとも1つの式Iのインターヌクレオチド結合を含み、式中、WはSである。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは少なくとも1つの式Iのインターヌクレオチド結合を含み、式中、WはSeである。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは少なくとも1つの式Iのインターヌクレオチド結合を含み、式中、WはOである。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは少なくとも1つの式Iのインターヌクレオチド結合を含み、式中、WはSである。
一部の実施形態において、Xは-O-である。一部の実施形態において、Xは-S-である。一部の実施形態において、Xは-O-又は-S-である。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは少なくとも1つの式Iのインターヌクレオチド結合を含み、式中、Xは-O-である。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは少なくとも1つの式Iのインターヌクレオチド結合を含み、式中、Xは-S-である。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、式中、Xが-O-である少なくとも1つの式Iのインターヌクレオチド結合と、式中、Xが-S-である少なくとも1つの式Iのインターヌクレオチド結合とを含む。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、式中、Xが-O-である少なくとも1つの式Iのインターヌクレオチド結合と、式中、Xが-S-である少なくとも1つの式Iのインターヌクレオチド結合と、式中、Lが、任意選択で置換されている直鎖又は分枝状C~C10アルキレンである[ここで、Lの1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、任意選択で置換されているC~Cアルキレン、C~Cアルケニレン、-C≡C-、-C(R’)-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)-、-N(R’)C(O)O-、-OC(O)N(R’)-、-S(O)-、-S(O)-、-S(O)N(R’)-、-N(R’)S(O)-、-SC(O)-、-C(O)S-、-OC(O)-又は-C(O)O-によって置き換えられる]少なくとも1つの式Iのインターヌクレオチド結合とを含む。
一部の実施形態において、Xは-N(-L-R)-である。一部の実施形態において、Xは-N(R)-である。一部の実施形態において、Xは-N(R’)-である。一部の実施形態において、Xは-N(R)-である。一部の実施形態において、Xは-NH-である。
一部の実施形態において、XはLである。一部の実施形態において、Xは共有結合である。一部の実施形態において、Xは、又は任意選択で置換されている直鎖又は分枝状C~C10アルキレンであり、ここで、Lの1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、任意選択で置換されているC~Cアルキレン、C~Cアルケニレン、-C≡C-、-C(R’)-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)-、-N(R’)C(O)O-、-OC(O)N(R’)-、-S(O)-、-S(O)-、-S(O)N(R’)-、-N(R’)S(O)-、-SC(O)-、-C(O)S-、-OC(O)-又は-C(O)O-によって置き換えられる。一部の実施形態において、Xは、任意選択で置換されているC~C10アルキレン又はC~C10アルケニレンである。一部の実施形態において、Xはメチレンである。
一部の実施形態において、Yは-O-である。一部の実施形態において、Yは-S-である。
一部の実施形態において、Yは-N(-L-R)-である。一部の実施形態において、Yは-N(R)-である。一部の実施形態において、Yは-N(R’)-である。一部の実施形態において、Yは-N(R)-である。一部の実施形態において、Yは-NH-である。
一部の実施形態において、YはLである。一部の実施形態において、Yは共有結合である。一部の実施形態において、Yは、又は任意選択で置換されている直鎖又は分枝状C~C10アルキレンであり、ここで、Lの1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、任意選択で置換されているC~Cアルキレン、C~Cアルケニレン、-C≡C-、-C(R’)-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)-、-N(R’)C(O)O-、-OC(O)N(R’)-、-S(O)-、-S(O)-、-S(O)N(R’)-、-N(R’)S(O)-、-SC(O)-、-C(O)S-、-OC(O)-又は-C(O)O-によって置き換えられる。一部の実施形態において、Yは、任意選択で置換されているC~C10アルキレン又はC~C10アルケニレンである。一部の実施形態において、Yはメチレンである。
一部の実施形態において、Zは-O-である。一部の実施形態において、Zは-S-である。
一部の実施形態において、Zは-N(-L-R)-である。一部の実施形態において、Zは-N(R)-である。一部の実施形態において、Zは-N(R’)-である。一部の実施形態において、Zは-N(R)-である。一部の実施形態において、Zは-NH-である。
一部の実施形態において、ZはLである。一部の実施形態において、Zは共有結合である。一部の実施形態において、Zは、又は任意選択で置換されている直鎖又は分枝状C~C10アルキレンであり、ここで、Lの1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、任意選択で置換されているC~Cアルキレン、C~Cアルケニレン、-C≡C-、-C(R’)-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)-、-N(R’)C(O)O-、-OC(O)N(R’)-、-S(O)-、-S(O)-、-S(O)N(R’)-、-N(R’)S(O)-、-SC(O)-、-C(O)S-、-OC(O)-又は-C(O)O-によって置き換えられる。一部の実施形態において、Zは、任意選択で置換されているC~C10アルキレン又はC~C10アルケニレンである。一部の実施形態において、Zはメチレンである。
一部の実施形態において、Lは、共有結合又は任意選択で置換されている直鎖若しくは分枝状C~C10アルキレンであり、ここで、Lの1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、任意選択で置換されているC~Cアルキレン、C~Cアルケニレン、-C≡C-、-C(R’)-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)-、-N(R’)C(O)O-、-OC(O)N(R’)-、-S(O)-、-S(O)-、-S(O)N(R’)-、-N(R’)S(O)-、-SC(O)-、-C(O)S-、-OC(O)-又は-C(O)O-によって置き換えられる。
一部の実施形態において、Lは共有結合である。一部の実施形態において、Lは、任意選択で置換されている直鎖又は分枝状C~C10アルキレンであり、ここで、Lの1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、任意選択で置換されているC~Cアルキレン、C~Cアルケニレン、-C≡C-、-C(R’)-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)-、-N(R’)C(O)O-、-OC(O)N(R’)-、-S(O)-、-S(O)-、-S(O)N(R’)-、-N(R’)S(O)-、-SC(O)-、-C(O)S-、-OC(O)-又は-C(O)O-によって置き換えられる。
一部の実施形態において、Lは、-L-V-の構造を有し、式中、
は、

~Cアルキレン、C~Cアルケニレン、カルボシクリレン、アリーレン、C~Cヘテロアルキレン、ヘテロシクリレン及びヘテロアリーレンから選択される、任意選択で置換されている基であり;
Vは、-O-、-S-、-NR’-、C(R’)、-S-S-、-B-S-S-C-、

又はC~CアルキレンとアリーレンとC~Cヘテロアルキレンとヘテロシクリレンとヘテロアリーレンとから選択される、任意選択で置換されている基から選択され;
Aは、=O、=S、=NR’又は=C(R’)であり;
B及びCの各々は、独立に、-O-、-S-、-NR’-、-C(R’)-又はC~Cアルキレンとカルボシクリレンとアリーレンとヘテロシクリレンと又はヘテロアリーレンとから選択される、任意選択で置換されている基であり;及び
各R’は、独立に、上記に定義し及び本明細書に記載するとおりである。
一部の実施形態において、Lは、

である。
一部の実施形態において、Lは、

であり、式中、環Cy’は、任意選択で置換されているアリレン、カルボシクリレン、ヘテロアリーレン又はヘテロシクリレンである。一部の実施形態において、Lは、任意選択で置換されている

である。一部の実施形態において、Lは、

である。
一部の実施形態において、LはXに連結する。一部の実施形態において、Lは、

から選択される、任意選択で置換されている基であり、及び硫黄原子はVに連結する。一部の実施形態において、Lは、

から選択される、任意選択で置換されている基であり、及び炭素原子はXに連結する。
一部の実施形態において、Lは、

の構造を有し、式中、
Eは、-O-、-S-、-NR’-又は-C(R’)-であり;

は、単結合又は二重結合であり;
2つのRL1は、それらが結合する2個の炭素原子と一緒になって、任意選択で置換されているアリール環、炭素環式環、ヘテロアリール環又はヘテロ環式環を形成し;及び各R’は、独立に、上記に定義し及び本明細書に記載するとおりである。
一部の実施形態において、Lは、

の構造を有し、式中、
Gは、-O-、-S-又は-NR’であり;

は、単結合又は二重結合であり;及び
2つのRL1は、それらが結合する2個の炭素原子と一緒になって、任意選択で置換されているアリール環、C~C10炭素環式環、ヘテロアリール環又はヘテロ環式環を形成する。
一部の実施形態において、Lは、

の構造を有し、式中、
Eは、-O-、-S-、-NR’-又は-C(R’)-であり;
Dは、=N-、=C(F)-、=C(Cl)-、=C(Br)-、=C(I)-、=C(CN)-、=C(NO)-、=C(CO-(C~C脂肪族))-又は=C(CF)-であり;及び
各R’は、独立に、上記に定義し及び本明細書に記載するとおりである。
一部の実施形態において、Lは、

の構造を有し、式中、
Gは、-O-、-S-又は-NR’であり;
Dは、=N-、=C(F)-、=C(Cl)-、=C(Br)-、=C(I)-、=C(CN)-、=C(NO)-、=C(CO-(C~C脂肪族))-又は=C(CF)-である。
一部の実施形態において、Lは、

の構造を有し、式中、
Eは、-O-、-S-、-NR’-又は-C(R’)-であり;
Dは、=N-、=C(F)-、=C(Cl)-、=C(Br)-、=C(I)-、=C(CN)-、=C(NO)-、=C(CO-(C~C脂肪族))-又は=C(CF)-であり;及び
各R’は、独立に、上記に定義し及び本明細書に記載するとおりである。
一部の実施形態において、Lは、

の構造を有し、式中、
Gは、-O-、-S-又は-NR’であり;
Dは、=N-、=C(F)-、=C(Cl)-、=C(Br)-、=C(I)-、=C(CN)-、=C(NO)-、=C(CO-(C~C脂肪族))-又は=C(CF)-である。
一部の実施形態において、Lは、

の構造を有し、式中、
Eは、-O-、-S-、-NR’-又は-C(R’)-であり;

は、単結合又は二重結合であり;
2つのRL1は、それらが結合する2個の炭素原子と一緒になって、任意選択で置換されているアリール環、C~C10炭素環式環、ヘテロアリール環又はヘテロ環式環を形成し;
及び各R’は、独立に、上記に定義し及び本明細書に記載するとおりである。
一部の実施形態において、Lは、

の構造を有し、式中、
Gは、-O-、-S-又は-NR’であり;

は、単結合又は二重結合であり;
2つのRL1は、それらが結合する2個の炭素原子と一緒になって、任意選択で置換されているアリール環、C~C10炭素環式環、ヘテロアリール環又はヘテロ環式環を形成し;
及び各R’は、独立に、上記に定義し及び本明細書に記載するとおりである。
一部の実施形態において、Lは、

の構造を有し、式中、
Eは、-O-、-S-、-NR’-又は-C(R’)-であり;
Dは、=N-、=C(F)-、=C(Cl)-、=C(Br)-、=C(I)-、=C(CN)-、=C(NO)-、=C(CO-(C~C脂肪族))-又は=C(CF)-であり;及び
各R’は、独立に、上記に定義し及び本明細書に記載するとおりである。
一部の実施形態において、Lは、

の構造を有し、式中、
Gは、-O-、-S-又は-NR’であり;
Dは、=N-、=C(F)-、=C(Cl)-、=C(Br)-、=C(I)-、=C(CN)-、=C(NO)-、=C(CO-(C~C脂肪族))-又は=C(CF)-であり;及び
各R’は、独立に、上記に定義し及び本明細書に記載するとおりである。
一部の実施形態において、Lは、

の構造を有し、式中、
Eは、-O-、-S-、-NR’-又は-C(R’)-であり;
Dは、=N-、=C(F)-、=C(Cl)-、=C(Br)-、=C(I)-、=C(CN)-、=C(NO)-、=C(CO-(C~C脂肪族))-又は=C(CF)-であり;及び
各R’は、独立に、上記に定義し及び本明細書に記載するとおりである。
一部の実施形態において、Lは、

の構造を有し、式中、
Gは、-O-、-S-又は-NR’であり;
Dは、=N-、=C(F)-、=C(Cl)-、=C(Br)-、=C(I)-、=C(CN)-、=C(NO)-、=C(CO-(C~C脂肪族))-又は=C(CF)-であり;及び
各R’は、独立に、上記に定義し及び本明細書に記載するとおりである。
一部の実施形態において、Lは、

の構造を有し、式中、
Eは、-O-、-S-、-NR’-又は-C(R’)-であり;

は、単結合又は二重結合であり;
2つのRL1は、それらが結合する2個の炭素原子と一緒になって、任意選択で置換されているアリール環、C~C10炭素環式環、ヘテロアリール環又はヘテロ環式環を形成し;及び各R’は、独立に、上記に定義し及び本明細書に記載するとおりである。
一部の実施形態において、Lは、

の構造を有し、式中、
Gは、-O-、-S-又は-NR’であり;

は、単結合又は二重結合であり;
2つのRL1は、それらが結合する2個の炭素原子と一緒になって、任意選択で置換されているアリール環、C~C10炭素環式環、ヘテロアリール環又はヘテロ環式環を形成し;及び各R’は、独立に、上記に定義し及び本明細書に記載するとおりである。
一部の実施形態において、Lは、

の構造を有し、式中、
Eは、-O-、-S-、-NR’-又は-C(R’)-であり;
Dは、=N-、=C(F)-、=C(Cl)-、=C(Br)-、=C(I)-、=C(CN)-、=C(NO)-、=C(CO-(C~C脂肪族))-又は=C(CF)-であり;及び
各R’は、独立に、上記に定義し及び本明細書に記載するとおりである。
一部の実施形態において、Lは、

の構造を有し、式中、
Gは、-O-、-S-又は-NR’であり;
Dは、=N-、=C(F)-、=C(Cl)-、=C(Br)-、=C(I)-、=C(CN)-、=C(NO)-、=C(CO-(C~C脂肪族))-又は=C(CF)-であり;及び
R’は、上記に定義し及び本明細書に記載するとおりである。
一部の実施形態において、Lは、

の構造を有し、式中、
Eは、-O-、-S-、-NR’-又は-C(R’)-であり;
Dは、=N-、=C(F)-、=C(Cl)-、=C(Br)-、=C(I)-、=C(CN)-、=C(NO)-、=C(CO-(C~C脂肪族))-又は=C(CF)-であり;及び
各R’は、独立に、上記に定義し及び本明細書に記載するとおりである。
一部の実施形態において、Lは、

の構造を有し、式中、
Gは、-O-、-S-又は-NR’であり;
Dは、=N-、=C(F)-、=C(Cl)-、=C(Br)-、=C(I)-、=C(CN)-、=C(NO)-、=C(CO-(C~C脂肪族))-又は=C(CF)-であり;及び
R’は、上記に定義し及び本明細書に記載するとおりである。
一部の実施形態において、Lは、

の構造を有し、式中、フェニル環は、任意選択で置換されている。一部の実施形態において、フェニル環は置換されていない。一部の実施形態において、フェニル環は置換されている。
一部の実施形態において、Lは、

の構造を有し、式中、フェニル環は、任意選択で置換されている。一部の実施形態において、フェニル環は置換されていない。一部の実施形態において、フェニル環は置換されている。
一部の実施形態において、Lは、

の構造を有し、式中、

は、単結合又は二重結合であり;及び
2つのRL1は、それらが結合する2個の炭素原子と一緒になって、任意選択で置換されているアリール環、C~C10炭素環式環、ヘテロアリール環又はヘテロ環式環を形成する。
一部の実施形態において、Lは、

の構造を有し、式中、
Gは、-O-、-S-又は-NR’であり;

は、単結合又は二重結合であり;及び
2つのRL1は、それらが結合する2個の炭素原子と一緒になって、任意選択で置換されているアリール環、C~C10炭素環式環、ヘテロアリール環又はヘテロ環式環を形成する。
一部の実施形態において、Eは、-O-、-S-、-NR’-又は-C(R’)-であり、式中、各R’は、独立に、上記に定義し及び本明細書に記載するとおりである。一部の実施形態において、Eは、-O-、-S-又は-NR’-である。一部の実施形態において、Eは-O-、-S-又は-NH-である。一部の実施形態において、Eは-O-である。一部の実施形態において、Eは-S-である。一部の実施形態において、Eは-NH-である。
一部の実施形態において、Gは、-O-、-S-又は-NR’であり、式中、各R’は、独立に、上記に定義し及び本明細書に記載するとおりである。一部の実施形態において、Gは-O-、-S-又は-NH-である。一部の実施形態において、Gは-O-である。一部の実施形態において、Gは-S-である。一部の実施形態において、Gは-NH-である。
一部の実施形態において、Lは-L-G-であり、式中、
は、任意選択で置換されているC~Cアルキレン又はアルケニレンであり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、-O-、-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-S(O)-、-S(O)-又は

によって置き換えられ;式中、G、R’及び環Cy’の各々は、独立に、上記に定義し及び本明細書に記載するとおりである。
一部の実施形態において、Lは-L-S-であり、式中、Lは、上記に定義し及び本明細書に記載するとおりである。一部の実施形態において、Lは-L-O-であり、式中、Lは、上記に定義し及び本明細書に記載するとおりである。一部の実施形態において、Lは-L-N(R’)-であり、式中、L及びR’の各々は、独立に、上記に定義し及び本明細書に記載するとおりである。一部の実施形態において、Lは-L-NH-であり、式中、L及びR’の各々は、独立に、上記に定義し及び本明細書に記載するとおりである。
一部の実施形態において、Lは、任意選択で置換されているCアルキレン又はアルケニレンであり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、-O-、-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-S(O)-、-S(O)-又は

によって置き換えられ、R’及び環Cy’の各々は、独立に、上記に定義し及び本明細書に記載するとおりである。一部の実施形態において、Lは、任意選択で置換されているCアルキレンである。一部の実施形態において、-L-G-は、

である。
一部の実施形態において、Lは、任意選択で置換されているCアルキレン又はアルケニレンであり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、-O-、-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-S(O)-、-S(O)-又は

によって置き換えられ、R’及びCy’の各々は、独立に、上記に定義し及び本明細書に記載するとおりである。
一部の実施形態において、-L-G-は、

である。
一部の実施形態において、Lは、任意選択で置換されているCアルキレン又はアルケニレンであり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、-O-、-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-S(O)-、-S(O)-又は

によって置き換えられ、R’及びCy’の各々は、独立に、上記に定義し及び本明細書に記載するとおりである。
一部の実施形態において、-L-G-は、

である。
一部の実施形態において、Lは、

である。一部の実施形態において、Lは、

である。一部の実施形態において、Lは、

である。
一部の実施形態において、Lは、任意選択で置換されているCアルキレン又はアルケニレンであり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、-O-、-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-S(O)-、-S(O)-又は

によって置き換えられ、R’及びCy’の各々は、独立に、上記に定義し及び本明細書に記載するとおりである。
一部の実施形態において、-L-G-は、

であり、式中、G及びCy’の各々は、独立に、上記に定義し及び本明細書に記載するとおりである。一部の実施形態において、Lは、

である。
一部の実施形態において、Lは-L-G-であり、式中、Lは、任意選択で置換されているC~Cアルキレンであり;及びGは、上記に定義し及び本明細書に記載するとおりである。一部の実施形態において、Lは-L-G-であり、式中、Lは、任意選択で置換されているC~Cアルキレンであり;Gは、上記に定義し及び本明細書に記載するとおりであり;及びGはRに連結する。一部の実施形態において、Lは-L-G-であり、式中、Lは、任意選択で置換されているメチレンであり;Gは、上記に定義し及び本明細書に記載するとおりであり;及びGはRに連結する。一部の実施形態において、Lは-L-G-であり、式中、Lはメチレンであり;Gは、上記に定義し及び本明細書に記載するとおりであり;及びGはRに連結する。一部の実施形態において、Lは-L-G-であり、式中、Lは、任意選択で置換されている-(CH-であり;Gは、上記に定義し及び本明細書に記載するとおりであり;及びGはRに連結する。一部の実施形態において、Lは-L-G-であり、式中、Lは-(CH-であり;Gは、上記に定義し及び本明細書に記載するとおりであり;及びGはRに連結する。
一部の実施形態において、Lは、

であり、式中、Gは、上記に定義し及び本明細書に記載するとおりであり、及びGはRに連結する。一部の実施形態において、Lは、

であり、式中、Gは、上記に定義し及び本明細書に記載するとおりであり、及びGはRに連結する。一部の実施形態において、Lは、

であり、式中、Gは、上記に定義し及び本明細書に記載するとおりであり、及びGはRに連結する。一部の実施形態において、Lは、

であり、式中、硫黄原子はRに連結する。一部の実施形態において、Lは、

であり、式中、酸素原子はRに連結する。
一部の実施形態において、Lは、

であり、式中、Gは、上記に定義し及び本明細書に記載するとおりである。
一部の実施形態において、Lは-S-RL3-又は-S-C(O)-RL3-であり、式中、RL3は、任意選択で置換されている直鎖又は分枝状C~Cアルキレンであり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、任意選択で置換されているC~Cアルキレン、C~Cアルケニレン、-C≡C-、-C(R’)-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)-、-N(R’)C(O)O-、-OC(O)N(R’)-、-S(O)-、-S(O)-、-S(O)N(R’)-、-N(R’)S(O)-、-SC(O)-、-C(O)S-、-OC(O)-又は-C(O)O-によって置き換えられ、式中、R’及び-Cy-の各々は、独立に、上記に定義し及び本明細書に記載するとおりである。一部の実施形態において、Lは-S-RL3-又は-S-C(O)-RL3-であり、式中、RL3は、任意選択で置換されているC~Cアルキレンである。一部の実施形態において、Lは-S-RL3-又は-S-C(O)-RL3-であり、式中、RL3は、任意選択で置換されているC~Cアルケニレンである。一部の実施形態において、Lは-S-RL3-又は-S-C(O)-RL3-であり、式中、RL3は、任意選択で置換されているC~Cアルキレンであり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、任意選択で置換されているC~Cアルケニレン、アリーレン又はヘテロアリーレンによって置き換えられる。一部の実施形態において、一部の実施形態において、RL3は、任意選択で置換されている-S-(C~Cアルケニレン)-、-S-(C~Cアルキレン)-、-S-(C~Cアルキレン)-アリーレン-(C~Cアルキレン)-、-S-CO-アリーレン-(C~Cアルキレン)-又は-S-CO-(C~Cアルキレン)-アリーレン-(C~Cアルキレン)-である。
一部の実施形態において、Lは、

である。
一部の実施形態において、Lは、

である。一部の実施形態において、Lは、

である。一部の実施形態において、

である。
一部の実施形態において、上記及び本明細書に記載されるLの実施形態中の硫黄原子はXに連結する。一部の実施形態において、上記及び本明細書に記載されるLの実施形態中の硫黄原子はRに連結する。
一部の実施形態において、Rは、ハロゲン、R又は任意選択で置換されているC~C50脂肪族であり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、任意選択で置換されているC~Cアルキレン、C~Cアルケニレン、-C≡C-、-C(R’)-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)-、-N(R’)C(O)O-、-OC(O)N(R’)-、-S(O)-、-S(O)-、-S(O)N(R’)-、-N(R’)S(O)-、-SC(O)-、-C(O)S-、-OC(O)-又は-C(O)O-によって置き換えられ、式中、各可変要素は、独立に、上記に定義し及び本明細書に記載するとおりである。一部の実施形態において、Rは、ハロゲン、R又は任意選択で置換されているC~C10脂肪族であり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、任意選択で置換されているC~Cアルキレン、C~Cアルケニレン、-C≡C-、-C(R’)-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)-、-N(R’)C(O)O-、-OC(O)N(R’)-、-S(O)-、-S(O)-、-S(O)N(R’)-、-N(R’)S(O)-、-SC(O)-、-C(O)S-、-OC(O)-又は-C(O)O-によって置き換えられ、式中、各可変要素は、独立に、上記に定義し及び本明細書に記載するとおりである。
一部の実施形態において、Rは水素である。一部の実施形態において、Rはハロゲンである。一部の実施形態において、Rは-Fである。一部の実施形態において、Rは-Clである。一部の実施形態において、Rは-Brである。一部の実施形態において、Rは-Iである。
一部の実施形態において、RはRであり、式中、Rは、上記に定義し及び本明細書に記載するとおりである。
一部の実施形態において、Rは水素である。一部の実施形態において、Rは、C~C50脂肪族、フェニル、カルボシクリル、アリール、ヘテロアリール又はヘテロシクリルから選択される、任意選択で置換されている基である。
一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されているC~C50脂肪族である。一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されているC~C10脂肪族である。一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されているC~C脂肪族である。一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されているC~Cアルキルである。一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されている直鎖又は分枝状ヘキシルである。一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されている直鎖又は分枝状ペンチルである。一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されている直鎖又は分枝状ブチルである。一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されている直鎖又は分枝状プロピルである。一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されているエチルである。一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されているメチルである。
一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されているフェニルである。一部の実施形態において、Rは置換フェニルである。一部の実施形態において、Rはフェニルである。
一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されているカルボシクリルである。一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されているC~C10カルボシクリルである。一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されている単環式カルボシクリルである。一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されているシクロヘプチルである。一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されているシクロヘキシルである。一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されているシクロペンチルである。一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されているシクロブチルである。一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されているシクロプロピルである。一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されている二環式カルボシクリルである。
一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されているC~C50多環式炭化水素である。一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されているC~C50多環式炭化水素であり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、任意選択で置換されているC~Cアルキレン、C~Cアルケニレン、-C≡C-、-C(R’)-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)-、-N(R’)C(O)O-、-OC(O)N(R’)-、-S(O)-、-S(O)-、-S(O)N(R’)-、-N(R’)S(O)-、-SC(O)-、-C(O)S-、-OC(O)-又は-C(O)O-によって置き換えられ、式中、各可変要素は、独立に、上記に定義し及び本明細書に記載するとおりである。一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されている

である。一部の実施形態において、Rは、

である。一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されている

である。
一部の実施形態において、Rは、1つ以上の任意選択で置換されている多環式炭化水素部分を含む任意選択で置換されているC~C50脂肪族である。一部の実施形態において、Rは、1つ以上の任意選択で置換されている多環式炭化水素部分を含む任意選択で置換されているC~C50脂肪族であり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、任意選択で置換されているC~Cアルキレン、C~Cアルケニレン、-C≡C-、-C(R’)-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)-、-N(R’)C(O)O-、-OC(O)N(R’)-、-S(O)-、-S(O)-、-S(O)N(R’)-、-N(R’)S(O)-、-SC(O)-、-C(O)S-、-OC(O)-又は-C(O)O-によって置き換えられ、式中、各可変要素は、独立に、上記に定義し及び本明細書に記載するとおりである。一部の実施形態において、Rは、1つ以上の任意選択で置換されている

を含む任意選択で置換されているC~C50脂肪族である。一部の実施形態において、Rは、

である。一部の実施形態において、Rは、

である。一部の実施形態において、Rは、

である。一部の実施形態において、Rは、

である。一部の実施形態において、Rは、

である。
一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されているアリールである。一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されている二環式アリール環である。
一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されているヘテロアリールである。一部の実施形態において、Rは、窒素、硫黄又は酸素から独立に選択される1~3個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている5~6員環単環式ヘテロアリール環である。一部の実施形態において、Rは、窒素、酸素又は硫黄から独立に選択される1~3個のヘテロ原子を有する置換5~6員環単環式ヘテロアリール環である。一部の実施形態において、Rは、窒素、硫黄又は酸素から独立に選択される1~3個のヘテロ原子を有する非置換5~6員環単環式ヘテロアリール環である。
一部の実施形態において、Rは、窒素、酸素又は硫黄から独立に選択される1~3個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている5員環単環式ヘテロアリール環である。一部の実施形態において、Rは、窒素、酸素又は硫黄から独立に選択される1~3個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている6員環単環式ヘテロアリール環である。
一部の実施形態において、Rは、窒素、酸素又は硫黄から選択される1個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている5員環単環式ヘテロアリール環である。一部の実施形態において、Rは、ピロリル、フラニル又はチエニルから選択される。
一部の実施形態において、Rは、窒素、酸素又は硫黄から独立に選択される2個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている5員環ヘテロアリール環である。特定の実施形態において、Rは、1個の窒素原子と、硫黄又は酸素から選択される追加のヘテロ原子とを有する、任意選択で置換されている5員環ヘテロアリール環である。例示的R基には、任意選択で置換されているピラゾリル、イミダゾリル、チアゾリル、イソチアゾリル、オキサゾリル又はイソオキサゾリルが含まれる。
一部の実施形態において、Rは、1~3個の窒素原子を有する6員環ヘテロアリール環である。他の実施形態において、Rは、1~2個の窒素原子を有する、任意選択で置換されている6員環ヘテロアリール環である。一部の実施形態において、Rは、2個の窒素原子を有する、任意選択で置換されている6員環ヘテロアリール環である。特定の実施形態において、Rは、1個の窒素を有する、任意選択で置換されている6員環ヘテロアリール環である。例示的R基には、任意選択で置換されているピリジニル、ピリミジニル、ピラジニル、ピリダジニル、トリアジニル又はテトラジニルが含まれる。
特定の実施形態において、Rは、窒素、酸素又は硫黄から独立に選択される1~4個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている8~10員環二環式ヘテロアリール環である。一部の実施形態において、Rは、窒素、酸素又は硫黄から独立に選択される1~4個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている5,6-縮合ヘテロアリール環である。他の実施形態において、Rは、窒素、酸素又は硫黄から独立に選択される1~2個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている5,6-縮合ヘテロアリール環である。特定の実施形態において、Rは、窒素、酸素又は硫黄から独立に選択される1個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている5,6-縮合ヘテロアリール環である。一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されているインドリルである。一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されているアザビシクロ[3.2.1]オクタニルである。特定の実施形態において、Rは、窒素、酸素又は硫黄から独立に選択される2個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている5,6-縮合ヘテロアリール環である。一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されているアザインドリルである。一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されているベンズイミダゾリルである。一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されているベンゾチアゾリルである。一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されているベンズオキサゾリルである。一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されているインダゾリルである。特定の実施形態において、Rは、窒素、酸素又は硫黄から独立に選択される3個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている5,6-縮合ヘテロアリール環である。
特定の実施形態において、Rは、窒素、酸素又は硫黄から独立に選択される1~4個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている6,6-縮合ヘテロアリール環である。一部の実施形態において、Rは、窒素、酸素又は硫黄から独立に選択される1~2個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている6,6-縮合ヘテロアリール環である。他の実施形態において、Rは、窒素、酸素又は硫黄から独立に選択される1個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている6,6-縮合ヘテロアリール環である。一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されているキノリニルである。一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されているイソキノリニルである。一態様によれば、Rは、窒素、酸素又は硫黄から独立に選択される2個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている6,6-縮合ヘテロアリール環である。一部の実施形態において、Rはキナゾリン又はキノキサリンである。
一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されているヘテロシクリルである。一部の実施形態において、Rは、窒素、酸素又は硫黄から独立に選択される1~2個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている3~7員環飽和又は部分不飽和ヘテロ環式環である。一部の実施形態において、Rは、窒素、酸素又は硫黄から独立に選択される1~2個のヘテロ原子を有する置換3~7員環飽和又は部分不飽和ヘテロ環式環である。一部の実施形態において、Rは、窒素、酸素又は硫黄から独立に選択される1~2個のヘテロ原子を有する非置換3~7員環飽和又は部分不飽和ヘテロ環式環である。
一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されているヘテロシクリルである。一部の実施形態において、Rは、窒素、酸素又は硫黄から独立に選択される1~2個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている6員環飽和又は部分不飽和ヘテロ環式環である。一部の実施形態において、Rは、窒素、酸素又は硫黄から独立に選択される2個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている6員環部分不飽和ヘテロ環式環である。一部の実施形態において、Rは、2個の酸素原子を有する、任意選択で置換されている6員環部分不飽和ヘテロ環式環である。
特定の実施形態において、Rは、窒素、酸素又は硫黄から独立に選択される1~2個のヘテロ原子を有する3~7員環飽和又は部分不飽和ヘテロ環式環である。特定の実施形態において、Rは、オキシラニル、オキセタニル、テトラヒドロフラニル、テトラヒドロピラニル、オキセパニル、アジリジニル、アゼチジニル、ピロリジニル、ピペリジニル、アゼパニル、チイラニル、チエタニル、テトラヒドロチオフェニル、テトラヒドロチオピラニル、チエパニル、ジオキソラニル、オキサチオラニル、オキサゾリジニル、イミダゾリジニル、チアゾリジニル、ジチオラニル、ジオキサニル、モルホリニル、オキサチアニル、ピペラジニル、チオモルホリニル、ジチアニル、ジオキセパニル、オキサゼパニル、オキサチエパニル、ジチエパニル、ジアゼパニル、ジヒドロフラノニル、テトラヒドロピラノニル、オキセパノニル、ピロリジノニル、ピペリジノニル、アゼパノニル、ジヒドロチオフェノニル、テトラヒドロチオピラノニル、チエパノニル、オキサゾリジノニル、オキサジナノニル、オキサゼパノニル、ジオキソラノニル、ジオキサノニル、ジオキセパノニル、オキサチオリノニル、オキサチアノニル、オキサチエパノニル、チアゾリジノニル、チアジナノニル、チアゼパノニル、イミダゾリジノニル、テトラヒドロピリミジノニル、ジアゼパノニル、イミダゾリジンジオニル、オキサゾリジンジオニル、チアゾリジンジオニル、ジオキソランジオニル、オキサチオランジオニル、ピペラジンジオニル、モルホリンジオニル、チオモルホリンジオニル、テトラヒドロピラニル、テトラヒドロフラニル、モルホリニル、チオモルホリニル、ピペリジニル、ピペラジニル、ピロリジニル、テトラヒドロチオフェニル又はテトラヒドロチオピラニルである。一部の実施形態において、Rは、窒素、酸素又は硫黄から独立に選択される1~2個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている5員環飽和又は部分不飽和ヘテロ環式環である。
特定の実施形態において、Rは、窒素、酸素又は硫黄から独立に選択される1~2個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている5~6員環部分不飽和単環式環である。特定の実施形態において、Rは、任意選択で置換されているテトラヒドロピリジニル、ジヒドロチアゾリル、ジヒドロオキサゾリル又はオキサゾリニル基である。
一部の実施形態において、Rは、窒素、酸素又は硫黄から独立に選択される1~4個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている8~10員環二環式飽和又は部分不飽和ヘテロ環式環である。一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されているインドリニルである。一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されているイソインドリニルである。一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されている1,2,3,4-テトラヒドロキノリンである。一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されている1,2,3,4-テトラヒドロイソキノリンである。
一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されているC~C10脂肪族であり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、任意選択で置換されているC~Cアルキレン、C~Cアルケニレン、-C≡C-、-C(R’)-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)-、-N(R’)C(O)O-、-OC(O)N(R’)-、-S(O)-、-S(O)-、-S(O)N(R’)-、-N(R’)S(O)-、-SC(O)-、-C(O)S-、-OC(O)-又は-C(O)O-によって置き換えられ、式中、各可変要素は、独立に、上記に定義し及び本明細書に記載するとおりである。一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されているC~C10脂肪族であり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、任意選択で-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)-、-N(R’)C(O)O-、-OC(O)N(R’)-、-S(O)-、-S(O)-、-S(O)N(R’)-、-N(R’)S(O)-、-OC(O)-又は-C(O)O-によって置き換えられ、式中、各R’は、独立に、上記に定義し及び本明細書に記載するとおりである。一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されているC~C10脂肪族であり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、任意選択で-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-OC(O)-又は-C(O)O-によって置き換えられ、式中、各R’は、独立に、上記に定義し及び本明細書に記載するとおりである。
一部の実施形態において、Rは、


である。
一部の実施形態において、Rは、CH-、

である。
一部の実施形態において、Rは、Lに連結する末端の任意選択で置換されている-(CH-部分を含む。かかるR基の例を以下に示す。
一部の実施形態において、Rは、Lに連結する末端の任意選択で置換されている-(CH)-部分を含む。かかるR基の例を以下に示す。
一部の実施形態において、Rは-S-RL2であり、式中、RL2は、任意選択で置換されているC~C脂肪族であり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、任意選択で置換されているC~Cアルキレン、C~Cアルケニレン、-C≡C-、-C(R’)-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)-、-N(R’)C(O)O-、-OC(O)N(R’)-、-S(O)-、-S(O)-、-S(O)N(R’)-、-N(R’)S(O)-、-SC(O)-、-C(O)S-、-OC(O)-又は-C(O)O-によって置き換えられ、R’及び-Cy-の各々は、独立に、上記に定義し及び本明細書に記載するとおりである。一部の実施形態において、Rは-S-RL2であり、ここで、硫黄原子はL基の硫黄原子に連結する。
一部の実施形態において、Rは-C(O)-RL2であり、式中、RL2は、任意選択で置換されているC~C脂肪族であり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、任意選択で置換されているC~Cアルキレン、C~Cアルケニレン、-C≡C-、-C(R’)-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)-、-N(R’)C(O)O-、-OC(O)N(R’)-、-S(O)-、-S(O)-、-S(O)N(R’)-、-N(R’)S(O)-、-SC(O)-、-C(O)S-、-OC(O)-又は-C(O)O-によって置き換えられ、R’及び-Cy-の各々は、独立に、上記に定義し及び本明細書に記載するとおりである。一部の実施形態において、Rは-C(O)-RL2であり、ここで、カルボニル基はL基のGと連結する。一部の実施形態において、Rは-C(O)-RL2であり、ここで、カルボニル基はL基の硫黄原子と連結する。
一部の実施形態において、RL2は、任意選択で置換されているC~C脂肪族である。一部の実施形態において、RL2は、任意選択で置換されているC~Cアルキルである。一部の実施形態において、RL2は、任意選択で置換されているC~Cアルケニルである。一部の実施形態において、RL2は、任意選択で置換されているC~Cアルキニルである。一部の実施形態において、RL2は、任意選択で置換されているC~C脂肪族であり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、-Cy-又は-C(O)-によって置き換えられる。一部の実施形態において、RL2は、任意選択で置換されているC~C脂肪族であり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、-Cy-によって置き換えられる。一部の実施形態において、RL2は、任意選択で置換されているC~C脂肪族であり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、任意選択で置換されているヘテロシクレンによって置き換えられる。一部の実施形態において、RL2は、任意選択で置換されているC~C脂肪族であり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、任意選択で置換されているアリレンによって置き換えられる。一部の実施形態において、RL2は、任意選択で置換されているC~C脂肪族であり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、任意選択で置換されているヘテロアリレンによって置き換えられる。一部の実施形態において、RL2は、任意選択で置換されているC~C脂肪族であり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、任意選択で置換されているC~C10カルボシクリレンによって置き換えられる。一部の実施形態において、RL2は、任意選択で置換されているC~C脂肪族であり、ここで、2つのメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、-Cy-又は-C(O)-によって置き換えられる。一部の実施形態において、RL2は、任意選択で置換されているC~C脂肪族であり、ここで、2つのメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、-Cy-又は-C(O)-によって置き換えられる。例示的RL2基を以下に示す。
一部の実施形態において、Rは、水素であるか、又は

-S-(C~C10脂肪族)、C~C10脂肪族、アリール、C~Cヘテロアルキル、ヘテロアリール及びヘテロシクリルから選択される、任意選択で置換されている基である。一部の実施形態において、Rは、

又は-S-(C~C10脂肪族)である。一部の実施形態において、Rは、

である。
一部の実施形態において、Rは、-S-(C~C脂肪族)、C~C10脂肪族、C~Cヘテロ脂肪族、アリール、ヘテロシクリル及びヘテロアリールから選択される、任意選択で置換されている基である。
一部の実施形態において、Rは、

である。
一部の実施形態において、上記及び本明細書に記載されるRの実施形態中の硫黄原子は、上記及び本明細書に記載されるLの実施形態中の硫黄原子、G、E又は-C(O)-部分と連結する。一部の実施形態において、上記及び本明細書に記載されるRの実施形態中の-C(O)-部分は、上記及び本明細書に記載されるLの実施形態中の硫黄原子、G、E又は-C(O)-部分と連結する。
一部の実施形態において、-L-Rは、上記及び本明細書に記載されるLの実施形態とRの実施形態との任意の組み合わせである。
一部の実施形態において、-L-Rは-L-G-Rであり、式中、各可変要素は、独立に、上記に定義し及び本明細書に記載するとおりである。
一部の実施形態において、-L-Rは-L-G-Rであり、式中、各可変要素は、独立に、上記に定義し及び本明細書に記載するとおりである。
一部の実施形態において、-L-Rは-L-G-S-RL2であり、式中、各可変要素は、独立に、上記に定義し及び本明細書に記載するとおりである。
一部の実施形態において、-L-Rは-L-G-C(O)-RL2であり、式中、各可変要素は、独立に、上記に定義し及び本明細書に記載するとおりである。
一部の実施形態において、-L-Rは、

であり、式中、RL2は、任意選択で置換されているC~C脂肪族であり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、任意選択で置換されているC~Cアルキレン、C~Cアルケニレン、-C≡C-、-C(R’)-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)-、-N(R’)C(O)O-、-OC(O)N(R’)-、-S(O)-、-S(O)-、-S(O)N(R’)-、-N(R’)S(O)-、-SC(O)-、-C(O)S-、-OC(O)-又は-C(O)O-によって置き換えられ、及び各Gは、独立に、上記に定義し及び本明細書に記載するとおりである。
一部の実施形態において、-L-Rは-RL3-S-S-RL2であり、式中、各可変要素は、独立に、上記に定義し及び本明細書に記載するとおりである。一部の実施形態において、-L-Rは-RL3-C(O)-S-S-RL2であり、式中、各可変要素は、独立に、上記に定義し及び本明細書に記載するとおりである。
一部の実施形態において、-L-Rは、

の構造を有し、式中、各可変要素は、独立に、上記に定義し及び本明細書に記載するとおりである。
一部の実施形態において、-L-Rは、

の構造を有し、式中、各可変要素は、独立に、上記に定義し及び本明細書に記載するとおりである。
一部の実施形態において、-L-Rは、

の構造を有し、式中、各可変要素は、独立に、上記に定義し及び本明細書に記載するとおりである。
一部の実施形態において、-L-Rは、

の構造を有し、式中、各可変要素は、独立に、上記に定義し及び本明細書に記載するとおりである。
一部の実施形態において、-L-Rは、

の構造を有し、式中、各可変要素は、独立に、上記に定義し及び本明細書に記載するとおりである。
一部の実施形態において、-L-Rは、

の構造を有し、式中、各可変要素は、独立に、上記に定義し及び本明細書に記載するとおりである。
一部の実施形態において、-L-Rは、

の構造を有し、式中、各可変要素は、独立に、上記に定義し及び本明細書に記載するとおりである。
一部の実施形態において、-L-Rは、

の構造を有し、式中、各可変要素は、独立に、上記に定義し及び本明細書に記載するとおりである。
一部の実施形態において、-L-Rは、

の構造を有し、式中、各可変要素は、独立に、上記に定義し及び本明細書に記載するとおりである。
一部の実施形態において、-L-Rは、

の構造を有し、式中、各可変要素は、独立に、上記に定義し及び本明細書に記載するとおりである。
一部の実施形態において、-L-Rは、

の構造を有し、式中、各可変要素は、独立に、上記に定義し及び本明細書に記載するとおりである。
一部の実施形態において、-L-Rは、

の構造を有し、式中、各可変要素は、独立に、上記に定義し及び本明細書に記載するとおりである。
一部の実施形態において、-L-Rは、

の構造を有し、式中、各可変要素は、独立に、上記に定義し及び本明細書に記載するとおりである。
一部の実施形態において、-L-Rは、

の構造を有し、式中、各可変要素は、独立に、上記に定義し及び本明細書に記載するとおりである。
一部の実施形態において、-L-Rは、

の構造を有し、式中、各可変要素は、独立に、上記に定義し及び本明細書に記載するとおりである。
一部の実施形態において、-L-Rは、

の構造を有し、式中、各可変要素は、独立に、上記に定義し及び本明細書に記載するとおりである。
一部の実施形態において、-L-Rは、

の構造を有し、式中、各可変要素は、独立に、上記に定義し及び本明細書に記載するとおりである。
一部の実施形態において、-L-Rは、

の構造を有し、式中、各可変要素は、独立に、上記に定義し及び本明細書に記載するとおりである。
一部の実施形態において、-L-Rは、

の構造を有し、式中、各可変要素は、独立に、上記に定義し及び本明細書に記載するとおりである。
一部の実施形態において、-L-Rは、

の構造を有し、式中、各可変要素は、独立に、上記に定義し及び本明細書に記載するとおりである。
一部の実施形態において、-L-Rは、

の構造を有し、式中、各可変要素は、独立に、上記に定義し及び本明細書に記載するとおりである。
一部の実施形態において、Lは、

の構造を有し、式中、各可変要素は、独立に、上記に定義し及び本明細書に記載するとおりである。
一部の実施形態において、-X-L-Rは、

の構造を有し、式中、
フェニル環は、任意選択で置換されており、及び
及びXの各々は、独立に、上記に定義し及び本明細書に記載するとおりである。
一部の実施形態において、-L-Rは、


である。
一部の実施形態において、-L-Rは、

である。
一部の実施形態において、-L-Rは、CH-、

である。一部の実施形態において、-L-Rは、

である。
一部の実施形態において、-L-Rは、Xに連結する末端の任意選択で置換されている-(CH-部分を含む。一部の実施形態において、-L-Rは、Xに連結する末端-(CH-部分を含む。かかる-L-R部分の例を以下に示す。
一部の実施形態において、-L-Rは、Xに連結する末端の任意選択で置換されている-(CH)-部分を含む。一部の実施形態において、-L-Rは、Xに連結する末端-(CH)-部分を含む。かかる-L-R部分の例を以下に示す。
一部の実施形態において、-L-Rは、

である。
一部の実施形態において、-L-Rは、CH-、

であり;及びXは-S-である。
一部の実施形態において、-L-Rは、CH-、

であり、Xは-S-であり、WはOであり、Yは-O-であり、及びZは-O-である。
一部の実施形態において、Rは、

又は-S-(C~C10脂肪族)である。
一部の実施形態において、Rは、

である。
一部の実施形態において、Xは-O-又は-S-であり、及びRは、

又は-S-(C~C10脂肪族)である。
一部の実施形態において、Xは-O-又は-S-であり、及びRは、

-S-(C~C10脂肪族)又は-S-(C~C50脂肪族)である。
一部の実施形態において、Lは共有結合であり、-L-RはRである。
一部の実施形態において、-L-Rは水素でない。
一部の実施形態において、-X-L-Rは、Rは、

-S-(C~C10脂肪族)又は-S-(C~C50脂肪族)である。
一部の実施形態において、-X-L-Rは、

の構造を有し、式中、

部分は、任意選択で置換されている。一部の実施形態において、-X-L-Rは、

である。一部の実施形態において、-X-L-Rは、

である。一部の実施形態において、-X-L-Rは、

である。一部の実施形態において、-X-L-Rは、

の構造を有し、式中、X’はO又はSであり、Y’は-O-、-S-又は-NR’-であり、及び

部分は、任意選択で置換されている。一部の実施形態において、Y’は、-O-、-S-又は-NH-である。一部の実施形態において、

は、

である。一部の実施形態において、

は、

である。一部の実施形態において、

は、

である。一部の実施形態において、-X-L-Rは、

の構造を有し、式中、X’はO又はSであり、及び

部分は、任意選択で置換されている。一部の実施形態において、

は、

である。一部の実施形態において、-X-L-Rは、

であり、式中、

は、任意選択で置換されている。一部の実施形態において、-X-L-Rは、

であり、式中、

は置換されている。一部の実施形態において、-X-L-Rは、

であり、式中、

は、非置換である。
一部の実施形態において、-X-L-RはR-C(O)-S-L-S-であり、式中、Lは、

から選択される、任意選択で置換されている基である。一部の実施形態において、Lは、

である。一部の実施形態において、-X-L-Rは(CHC-S-S-L-S-である。一部の実施形態において、-X-L-RはR-C(=X’)-Y’-C(R)-S-L-S-である。一部の実施形態において、-X-L-RはR-C(=X’)-Y’-CH-S-L-S-である。一部の実施形態において、-X-L-Rは、

である。
当業者は理解するであろうとおり、本明細書に記載される-X-L-R基の多くが切断可能であり、対象への投与後に-Xに変換され得る。一部の実施形態において、-X-L-Rは切断可能である。一部の実施形態において、-X-L-Rは-S-L-Rであり、対象への投与後に-Sに変換される。一部の実施形態において、変換は対象の酵素によって促進される。当業者は理解するとおり、-S-L-R基が投与後に-Sに変換されるかどうかを決定する方法は、薬物代謝及び薬物動態の研究に用いられるものを含め、当技術分野において広く公知であり、実践されている。
一部の実施形態において、式Iの構造を有するインターヌクレオチド結合は、

である。
一部の実施形態において、式Iのインターヌクレオチド結合は、式I-a:

の構造を有し、式中、各可変要素は、独立に、上記に定義し及び本明細書に記載するとおりである。
一部の実施形態において、式Iのインターヌクレオチド結合は、式I-b:

の構造を有し、式中、各可変要素は、独立に、上記に定義し及び本明細書に記載するとおりである。
一部の実施形態において、式Iのインターヌクレオチド結合は、式I-c:

の構造を有するホスホロチオエートトリエステル結合であり、式中、Lが共有結合であるとき、Rは-Hでない。
一部の実施形態において、式Iの構造を有するインターヌクレオチド結合は、

である。
一部の実施形態において、式I-cの構造を有するインターヌクレオチド結合は、

である。
一部の実施形態において、本開示は、1つ以上の天然リン酸結合と、I-a、I-b又はI-cの式を有する1つ以上の修飾インターヌクレオチド結合とを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供する。
一部の実施形態において、修飾インターヌクレオチド結合は、Iの構造を有する。一部の実施形態において、修飾インターヌクレオチド結合は、I-aの構造を有する。一部の実施形態において、修飾インターヌクレオチド結合は、I-bの構造を有する。一部の実施形態において、修飾インターヌクレオチド結合は、I-cの構造を有する。
一部の実施形態において、修飾インターヌクレオチド結合はホスホロチオエートインターヌクレオチド結合である。本開示において利用することができる式Iの構造を有するインターヌクレオチド結合の例としては、米国特許第9394333号、米国特許第9744183号、米国特許第9605019号、米国特許出願公開第20130178612号、米国特許出願公開第20150211006号、米国特許第9598458号、米国特許出願公開第20170037399号、国際公開第2017/015555号、国際公開第2017/062862号(これらの各々のインターヌクレオチド結合は参照により本明細書に援用される)に記載されるものが挙げられる。
本開示において利用することができるインターヌクレオチド結合の非限定的な例としては、限定はされないが、Gryaznov, S.; Chen, J.-K. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 3143、Jones et al. J. Org. Chem. 1993, 58, 2983、Koshkin et al. 1998 Tetrahedron 54: 3607-3630、Lauritsen et al. 2002 Chem. Comm. 5: 530-531、Lauritsen et al. 2003 Bioo. Med. Chem. Lett. 13: 253-256、Mesmaeker et al. Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 1994, 33, 226、Petersen et al. 2003 TRENDS Biotech. 21: 74-81、Schultz et al. 1996 Nucleic Acids Res. 24: 2966、Ts’o et al. Ann. N. Y. Acad. Sci. 1988, 507, 220及びVasseur et al. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 4006のいずれかに記載されるものを含め、当技術分野において記載されるものも挙げられる。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、1つ以上、例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個又はそれを超える非負電荷インターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、水溶液中の所与のpHにおいて負電荷塩形態で存在するインターヌクレオチド結合が50%、40%、40%、30%、20%、10%、5%又は1%未満である点で負電荷ではない。一部の実施形態において、pHは約pH7.4である。一部の実施形態において、pHは約4~9である。一部の実施形態において、パーセンテージは10%未満である。一部の実施形態において、パーセンテージは5%未満である。一部の実施形態において、パーセンテージは1%未満である。一部の実施形態において、インターヌクレオチド結合は、インターヌクレオチド結合の中性型が、水中で約1、2、3、4、5、6又は7以下であるpKaを有しない点で非負電荷インターヌクレオチド結合である。一部の実施形態において、7以下のpKaはない。一部の実施形態において、6以下のpKaはない。一部の実施形態において、5以下のpKaはない。一部の実施形態において、4以下のpKaはない。一部の実施形態において、3以下のpKaはない。一部の実施形態において、2以下のpKaはない。一部の実施形態において、1以下のpKaはない。一部の実施形態において、インターヌクレオチド結合の中性型のpKaは、CH-インターヌクレオチド結合-CHの構造を有する化合物の中性型のpKaによって表され得る。例えば、式Iの構造を有するインターヌクレオチド結合の中性型のpKaは、

の構造を有する化合物の中性型のpKaによって表され得、

のpKaは、pKa

によって表され得る。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は中性インターヌクレオチド結合である。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は正電荷インターヌクレオチド結合である。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合はグアニジン部分を含む。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合はヘテロアリール塩基部分を含む。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合はトリアゾール部分を含む。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合はアルキニル部分を含む。
一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合、例えば中性インターヌクレオチド結合は-P(-N=)-を含み、式中、Pは本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合、例えば、中性インターヌクレオチド結合は-P(-N=)-を含む。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合、例えば中性インターヌクレオチド結合は-P(=)(-N=)-を含む。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合、例えば中性インターヌクレオチド結合は-P(=O)(-N=)-を含む。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合、例えば中性インターヌクレオチド結合は-P(=S)(-N=)-を含む。
一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合、例えば中性インターヌクレオチド結合は、

を含み、式中、Pは本開示に記載されるとおりである。例えば、一部の実施形態において、PはPである;一部の実施形態において、PはP(O)である;一部の実施形態において、PはP(S)である等である。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合、例えば中性インターヌクレオチド結合は、

を含む。
一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、式I、式I-a、式I-b、式I-c、式I-n-1、式I-n-2、式I-n-3、式I-n-4、式II、式II-a-1、式II-a-2、式II-b-1、式II-b-2、式II-c-1、式II-c-2、式II-d-1、式II-d-2又はその塩形態(非負電荷)の構造を有する。一部の実施形態において、インターヌクレオチド結合、例えば非負電荷インターヌクレオチド結合は、式I-n-1又はその塩形態:

の構造を有する。
一部の実施形態において、Xは共有結合であり、及び-X-Cy-Rは-Cy-Rである。一部の実施形態において、-Cy-は、1~10個のヘテロ原子を有する5~20員環ヘテロアリール環及び1~10個のヘテロ原子を有する3~20員環ヘテロシクリル環から選択される、任意選択で置換されている二価の基である。一部の実施形態において、-Cy-は、1~10個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている二価の5~20員環ヘテロアリール環である。一部の実施形態において、-Cy-Rは、1~10個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている5~20員環ヘテロアリール環であり、ここで、少なくとも1つのヘテロ原子は窒素である。一部の実施形態において、-Cy-Rは、1~4個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている5員環ヘテロアリール環であり、ここで、少なくとも1つのヘテロ原子は窒素である。一部の実施形態において、-Cy-Rは、1~4個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている6員環ヘテロアリール環であり、ここで、少なくとも1つのヘテロ原子は窒素である。一部の実施形態において、-Cy-Rは、任意選択で置換されているトリアゾリルである。
一部の実施形態において、インターヌクレオチド結合、例えば非負電荷インターヌクレオチド結合は、式I-n-2:

又はその塩形態の構造を有する。
一部の実施形態において、RはR’である。一部の実施形態において、Lは共有結合である。一部の実施形態において、インターヌクレオチド結合、例えば非負電荷インターヌクレオチド結合は、式I-n-3:

又はその塩形態の構造を有する。
一部の実施形態において、異なる窒素原子上の2つのR’が一緒になって、記載されるとおりの環を形成する。一部の実施形態において、形成される環は5員環である。一部の実施形態において、形成される環は6員環である。一部の実施形態において、形成される環は置換されている。一部の実施形態において、一緒になって環を形成しない2つのR’基は、それぞれ独立に、Rである。一部の実施形態において、一緒になって環を形成しない2つのR’基は、それぞれ独立に、水素又は任意選択で置換されているC1~6脂肪族である。一部の実施形態において、一緒になって環を形成しない2つのR’基は、それぞれ独立に、水素又は任意選択で置換されているC1~6アルキルである。一部の実施形態において、一緒になって環を形成しない2つのR’基は同じである。一部の実施形態において、一緒になって環を形成しない2つのR’基は異なる。一部の実施形態において、その両方が-CHである。
一部の実施形態において、インターヌクレオチド結合、例えば非負電荷インターヌクレオチド結合は、式I-n-4:

又はその塩形態の構造を有し、式中、L及びLの各々は、独立に、L又は-N(R)-であり、他の各可変要素は、独立に、本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態において、Lは共有結合であり、及び式I-n-4のインターヌクレオチド結合は、

又はその塩形態の構造を有し、式中、各可変要素は、独立に、本開示に記載されるとおりである。
一部の実施形態において、Lは-N(R)-である。一部の実施形態において、Lは、本開示に記載されるとおりのLである。一部の実施形態において、Lは共有結合である。一部の実施形態において、Lは-N(R’)-である。一部の実施形態において、Lは-N(R)-である。一部の実施形態において、Lは-O-である。一部の実施形態において、Lは-S-である。一部の実施形態において、Lは-S(O)-である。一部の実施形態において、Lは-S(O)-である。一部の実施形態において、Lは-S(O)N(R’)-である。一部の実施形態において、Lは-N(R)-である。一部の実施形態において、Lは、本開示に記載されるとおりのLである。一部の実施形態において、Lは共有結合である。一部の実施形態において、Lは-N(R’)-である。一部の実施形態において、Lは-N(R)-である。一部の実施形態において、Lは-O-である。一部の実施形態において、Lは-S-である。一部の実施形態において、Lは-S(O)-である。一部の実施形態において、Lは-S(O)-である。一部の実施形態において、Lは-S(O)N(R’)-である。一部の実施形態において、LとLとは同じである。一部の実施形態において、LとLとは異なる。一部の実施形態において、L及びLの少なくとも一方は-N(R)-である。一部の実施形態において、L及びLの少なくとも一方は-O-である。一部の実施形態において、L及びLの少なくとも一方は-S-である。一部の実施形態において、L及びLの少なくとも一方は共有結合である。一部の実施形態において、本明細書に記載されるとおり、RはRである。一部の実施形態において、Rは-Hである。一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されているC1~10脂肪族である。一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されているC1~10アルキルである。一部の実施形態において、式I-n-4の構造は、式I-n-2の構造である。一部の実施形態において、式I-n-4の構造は、式I-n-3の構造である。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合、例えば、中性インターヌクレオチド結合は式Iの構造を有する。一部の実施形態において、例えば式I、式II等のXは-N(-L-R)-であり、式中、Rは、本明細書に記載されるとおりのRである。一部の実施形態において、Xは-NH-である。一部の実施形態において、L、例えば式I、式II等の-X-L-におけるLは-SO-を含む。一部の実施形態において、Lは-SO-である。一部の実施形態において、Lは共有結合である。一部の実施形態において、Lは-C(O)O-(C1~4アルキレン)-であり、式中、アルキレンは、任意選択で置換されている。一部の実施形態において、Lは-C(O)OCH-である。一部の実施形態において、例えば式I、式III等のRは、任意選択で置換されている環を含む。一部の実施形態において、Rは、本明細書に記載されるとおりのRである。一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されているフェニルである。一部の実施形態において、Rは4-メチルフェニルである。一部の実施形態において、Rは4-メトキシフェニルである。一部の実施形態において、Rは4-アミノフェニルである。一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されているヘテロ脂肪族環である。一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されている3~10(例えば、3、4、5、6、7又は8)員環ヘテロ脂肪族環である。一部の実施形態において、Rは、1~3個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている5員環又は6員環飽和単環式ヘテロ脂肪族環である。一部の実施形態において、環は5員環である。一部の実施形態において、環は6員環である。一部の実施形態において、1つ又は複数の環ヘテロ原子の数は1である。一部の実施形態において、環ヘテロ原子の数は2である。一部の実施形態において、ヘテロ原子は酸素である。一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されている

である。一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されている

である。一部の実施形態において、Rは、

である。一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されているC1~30脂肪族である。一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されているC1~10アルキルである。
一部の実施形態において、インターヌクレオチド結合、例えば非負電荷インターヌクレオチド結合は、式II又はその塩形態:

又はその塩形態の構造を有し、式中、
は、P(=W)、P又はP→B(R’)であり;
Wは、O、N(-L-R)、S又はSeであり;
X、Y及びZの各々は、独立に、-O-、-S-、-N(-L-R)-又はLであり;
は、-H、-L-R’、ハロゲン、-CN、-NO、-L-Si(R’)、-OR’、-SR’又は-N(R’)であり;
環Aは、0~10個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている3~20員環単環式、二環式又は多環式環であり;
各Rは、独立に、-H、ハロゲン、-CN、-N、-NO、-NO、-L-R’、-L-Si(R)、-L-OR’、-L-SR’、-L-N(R’)、-O-L-R’、-O-L-Si(R)、-O-L-OR’、-O-L-SR’又は-O-L-N(R’)であり;
gは、0~20であり;
各Lは、独立に、共有結合又はC1~30脂肪族基及び1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族基から選択される、二価の、任意選択で置換されている直鎖若しくは分枝状の基であり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、C1~6アルキレン、C1~6アルケニレン、-C≡C-、1~5個のヘテロ原子を有する二価C~Cヘテロ脂肪族基、-C(R’)-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)O-、-S(O)-、-S(O)-、-S(O)N(R’)-、-C(O)S-、-C(O)O-、-P(O)(OR’)-、-P(O)(SR’)-、-P(O)(R’)-、-P(O)(NR’)-、-P(S)(OR’)-、-P(S)(SR’)-、-P(S)(R’)-、-P(S)(NR’)-、-P(R’)-、-P(OR’)-、-P(SR’)-、-P(NR’)-、-P(OR’)[B(R’)]-、-OP(O)(OR’)O-、-OP(O)(SR’)O-、-OP(O)(R’)O-、-OP(O)(NR’)O-、-OP(OR’)O-、-OP(SR’)O-、-OP(NR’)O-、-OP(R’)O-又は-OP(OR’)[B(R’)]O-に置き換えられ、及び1つ以上のCH又は炭素原子は、任意選択で且つ独立に、Cyに置き換えられ;
各-Cy-は、独立に、C3~20脂環族環、C6~20アリール環、1~10個のヘテロ原子を有する5~20員環ヘテロアリール環及び1~10個のヘテロ原子を有する3~20員環ヘテロシクリル環から選択される、任意選択で置換されている二価の基であり;
各Cyは、独立に、C3~20脂環族環、C6~20アリール環、1~10個のヘテロ原子を有する5~20員環ヘテロアリール環及び1~10個のヘテロ原子を有する3~20員環ヘテロシクリル環から選択される、任意選択で置換されている三価又は四価の基であり;
各R’は、独立に、-R、-C(O)R、-C(O)OR又は-S(O)Rであり;
各Rは、独立に、-H又はC1~30脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族、C6~30アリール、C6~30アリール脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC6~30アリールヘテロ脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有する5~30員環ヘテロアリール及び1~10個のヘテロ原子を有する3~30員環ヘテロシクリルから選択される、任意選択で置換されている基であるか、又は
2つのR基は、任意選択で且つ独立に、一緒になって共有結合を形成するか、又は
同じ原子上の2つ以上のR基は、任意選択で且つ独立に、その原子と一緒になって、その原子に加えて0~10個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている3~30員環単環式、二環式又は多環式環を形成するか、又は
2つ以上の原子上の2つ以上のR基は、任意選択で且つ独立に、それらの介在原子と一緒になって、それらの介在原子に加えて0~10個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている3~30員環単環式、二環式又は多環式環を形成する。
一部の実施形態において、本開示の様々な構造中の環Aは、任意選択で置換されているアリール環である。一部の実施形態において、環Aは、任意選択で置換されているフェニル環である。一部の実施形態において、環Aは、任意選択で置換されている3~10(例えば、3、4、5、6、7又は8)員環ヘテロ脂肪族環である。一部の実施形態において、環Aは、1~3個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている5員環又は6員環飽和単環式ヘテロ脂肪族環である。一部の実施形態において、環は5員環である。一部の実施形態において、環は6員環である。一部の実施形態において、1つ又は複数の環ヘテロ原子の数は1である。一部の実施形態において、環ヘテロ原子の数は2である。一部の実施形態において、ヘテロ原子は酸素である。一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されているC~Cアルキル基である。一部の実施形態において、RはMeである。一部の実施形態において、RはORであり、式中、Rは水素又はC~Cアルキル基である。一部の実施形態において、RはOHである。一部の実施形態において、RはOMeである。一部の実施形態において、Rは-N(R’)である。一部の実施形態において、Rは-NHである。一部の実施形態において、

は、

である。一部の実施形態において、

は、

である。一部の実施形態において、

は、

である。一部の実施形態において、

は、

である。一部の実施形態において、インターヌクレオチド結合、例えば式I又は式IIの中性インターヌクレオチド結合は、n002(

これは、当業者が理解するであろうとおり、一定の条件下で

の形態で存在し得る)である。一部の実施形態において、インターヌクレオチド結合、例えば式I又は式IIの中性インターヌクレオチド結合は、n005(

これは、当業者が理解するであろうとおり、一定の条件下で

の形態で存在し得る)である。一部の実施形態において、インターヌクレオチド結合、例えば式I又は式IIの中性インターヌクレオチド結合は、n006(

これは、当業者が理解するであろうとおり、一定の条件下で

の形態で存在し得る)である。一部の実施形態において、インターヌクレオチド結合、例えば式I又は式IIの中性インターヌクレオチド結合は、n007(

これは、当業者は理解するであろうとおり、一定の条件下で

の形態で存在し得る)である。
一部の実施形態において、インターヌクレオチド結合、例えば、式IIの非負電荷インターヌクレオチド結合は、式II-a-1又はその塩形態:

又はその塩形態の構造を有する。
一部の実施形態において、インターヌクレオチド結合、例えば、式IIの非負電荷インターヌクレオチド結合は、式II-a-2又はその塩形態:

又はその塩形態の構造を有する。
一部の実施形態において、Aは炭素原子を介して-N=又はLに結合する。一部の実施形態において、インターヌクレオチド結合、例えば、式II又は式II-a-1、式II-a-2の非負電荷インターヌクレオチド結合は、式II-b-1又はその塩形態:

の構造を有する。
一部の実施形態において、式II-a-1又は式II-a-2の構造は、式II-aの構造を基準とし得る。一部の実施形態において、式II-b-1又は式II-b-2の構造は、式II-bの構造を基準とし得る。一部の実施形態において、式II-c-1又は式II-c-2の構造は、式II-cの構造を基準とし得る。一部の実施形態において、式II-d-1又は式II-d-2の構造は、式II-dの構造を基準とし得る。
一部の実施形態において、Aは炭素原子を介して-N=又はLに結合する。一部の実施形態において、インターヌクレオチド結合、例えば、式II又は式II-a-1、式II-a-2の非負電荷インターヌクレオチド結合は、式II-b-2又はその塩形態:

の構造を有する。
一部の実施形態において、環Aは、0~10個のヘテロ原子を(式II-bの2個の窒素原子に加えて)有する、任意選択で置換されている3~20員環単環式環である。一部の実施形態において、環Aは、任意選択で置換されている5員環単環式飽和環である。
一部の実施形態において、インターヌクレオチド結合、例えば、式II、式II-a又は式II-bの非負電荷インターヌクレオチド結合は、式II-c-1又はその塩形態:

の構造を有する。
一部の実施形態において、インターヌクレオチド結合、例えば、式II、式II-a又は式II-bの非負電荷インターヌクレオチド結合は、式II-c-2又はその塩形態:

の構造を有する。
一部の実施形態において、インターヌクレオチド結合、例えば、式II、式II-a、式II-b又は式II-cの非負電荷インターヌクレオチド結合は、式II-d-1又はその塩形態:

の構造を有する。
一部の実施形態において、インターヌクレオチド結合、例えば、式II、式II-a、式II-b又は式II-cの非負電荷インターヌクレオチド結合は、式II-d-2又はその塩形態:

の構造を有する。
一部の実施形態において、各R’は、独立に、任意選択で置換されているC1~6脂肪族である。一部の実施形態において、各R’は、独立に、任意選択で置換されているC1~6アルキルである。一部の実施形態において、各R’は、独立に、-CHである。一部の実施形態において、各Rは-Hである。
一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、

の構造を有する。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、

の構造を有する。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、

の構造を有する。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、

の構造を有する。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、

の構造を有する。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、

の構造を有する。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、

の構造を有する。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、

の構造を有する。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、

の構造を有する。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、

の構造を有する。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、

の構造を有する。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、

の構造を有する。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、

の構造を有する。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、

の構造を有する。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、

の構造を有する。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、

の構造を有する。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、

の構造を有する。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、

の構造を有する。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、

の構造を有する。実施形態、非負電荷インターヌクレオチド結合は、

の構造を有する。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、

の構造を有する。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、

の構造を有する。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、

の構造を有する。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、

の構造を有する。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、

の構造を有する。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、

の構造を有する。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、

の構造を有する。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、

の構造を有する。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、

の構造を有する。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、

の構造を有する。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、

の構造を有する。一部の実施形態において、WはOである。一部の実施形態において、WはSである。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、キラル制御されている。一部の実施形態において、結合リンはRpである。一部の実施形態において、結合リンはSpである。
一部の実施形態において、各非負電荷インターヌクレオチド結合又は中性インターヌクレオチド結合(例えば、式I-n-1、式I-n-2、式I-n-3、式I-n-4、式II、式II-a-1、式II-a-2、式II-b-1、式II-b-2、式II-c-1、式II-c-2、式II-d-1又は式II-d-2のもの)は、独立に、その結合リンにおいてRpである。一部の実施形態において、各負電荷キラルインターヌクレオチド結合は、その結合リンにおいてSpである。一部の実施形態において、各ホスホロチオエートインターヌクレオチド結合は、その結合リンにおいてSpである。一部の実施形態において、各天然リン酸結合は、独立に、2’-OR修飾(式中、Rは-Hでない)を含む糖に結合している。一部の実施形態において、各天然リン酸結合は、独立に、3’位に2’-OR修飾(式中、Rは-Hでない)を含む糖に結合している。一部の実施形態において、2’-OR修飾(式中、Rは-Hでない)を含有しない各糖は、独立に、少なくとも1つの非天然リン酸結合、多くの場合に2つの非天然の天然リン酸結合に結合している。一部の実施形態において、各2’-F修飾糖は、独立に、少なくとも1つの非天然リン酸結合、多くの場合、2つの非天然の天然リン酸結合に結合している。一部の実施形態において、各非天然リン酸結合はホスホロチオエートインターヌクレオチド結合である。一部の実施形態において、各非天然リン酸結合はSpホスホロチオエートインターヌクレオチド結合である。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合又は中性インターヌクレオチド結合(例えば、式I-n-1、式I-n-2、式I-n-3、式I-n-4、式II、式II-a-1、式II-a-2、式II-b-1、式II-b-2、式II-c-1、式II-c-2、式II-d-1又は式II-d-2のもの)に結合している各糖は、独立に、2’-ORを含有しない。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合又は中性インターヌクレオチド結合(例えば、式I-n-1、式I-n-2、式I-n-3、式I-n-4、式II、式II-a-1、式II-a-2、式II-b-1、式II-b-2、式II-c-1、式II-c-2、式II-d-1又は式II-d-2のもの)に結合している各糖は2’-F修飾糖である。
一部の実施形態において、本開示は、式O-I:

(式中、
5sは、独立に、R’又は-OR’であり;
各BAは、独立に、C3~30脂環族、C6~30アリール、1~10個のヘテロ原子を有するC5~30ヘテロアリール、1~10個のヘテロ原子を有するC3~30ヘテロシクリル、天然核酸塩基部分及び修飾核酸塩基部分から選択される、任意選択で置換されている基であり;
各Rは、独立に、-H、ハロゲン、-CN、-N、-NO、-NO、-L-R’、-L-Si(R)、-L-OR’、-L-SR’、-L-N(R’)、-O-L-R’、-O-L-Si(R)、-O-L-OR’、-O-L-SR’又は-O-L-N(R’)であり;
各sは、独立に、0~20であり;
各Lは、独立に、-C(R5s-又はLであり;
各Lは、独立に、共有結合又はC1~30脂肪族基及び1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族基から選択される、二価の、任意選択で置換されている直鎖若しくは分枝状の基であり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、C1~6アルキレン、C1~6アルケニレン、-C≡C-、1~5個のヘテロ原子を有する二価C~Cヘテロ脂肪族基、-C(R’)-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)O-、-S(O)-、-S(O)-、-S(O)N(R’)-、-C(O)S-、-C(O)O-、-P(O)(OR’)-、-P(O)(SR’)-、-P(O)(R’)-、-P(O)(NR’)-、-P(S)(OR’)-、-P(S)(SR’)-、-P(S)(R’)-、-P(S)(NR’)-、-P(R’)-、-P(OR’)-、-P(SR’)-、-P(NR’)-、-P(OR’)[B(R’)]-、-OP(O)(OR’)O-、-OP(O)(SR’)O-、-OP(O)(R’)O-、-OP(O)(NR’)O-、-OP(OR’)O-、-OP(SR’)O-、-OP(NR’)O-、-OP(R’)O-又は-OP(OR’)[B(R’)]O-に置き換えられ、及び1つ以上のCH又は炭素原子は、任意選択で且つ独立に、Cyに置き換えられ;
各-Cy-は、独立に、C3~20脂環族環、C6~20アリール環、1~10個のヘテロ原子を有する5~20員環ヘテロアリール環及び1~10個のヘテロ原子を有する3~20員環ヘテロシクリル環から選択される、任意選択で置換されている二価の基であり;
各Cyは、独立に、C3~20脂環族環、C6~20アリール環、1~10個のヘテロ原子を有する5~20員環ヘテロアリール環及び1~10個のヘテロ原子を有する3~20員環ヘテロシクリル環から選択される、任意選択で置換されている三価又は四価の基であり;
各環Aは、独立に、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される0~10個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている3~20員環単環式、二環式又は多環式環であり;
各Lは、独立に、インターヌクレオチド結合であり;
zは1~1000であり;
3EはL又は-L-L-であり;
3Eは、-R’、-L-R’、-OR’又は固体支持体であり;
各R’は、独立に、-R、-C(O)R、-C(O)OR又は-S(O)Rであり;
各Rは、独立に、-H又はC1~30脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族、C6~30アリール、C6~30アリール脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC6~30アリールヘテロ脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有する5~30員環ヘテロアリール及び1~10個のヘテロ原子を有する3~30員環ヘテロシクリルから選択される、任意選択で置換されている基であるか、又は
2つのR基は、任意選択で且つ独立に、一緒になって共有結合を形成するか、又は
同じ原子上の2つ以上のR基は、任意選択で且つ独立に、その原子と一緒になって、その原子に加えて0~10個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている3~30員環単環式、二環式又は多環式環を形成するか、又は
2つ以上の原子上の2つ以上のR基は、任意選択で且つ独立に、それらの介在原子と一緒になって、それらの介在原子に加えて0~10個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている3~30員環単環式、二環式又は多環式環を形成する)
又はその塩の構造を有する化合物、例えば、オリゴヌクレオチド、キラル制御されたオリゴヌクレオチド、提供される組成物のオリゴヌクレオチド(例えば、複数のオリゴヌクレオチドの)を提供する。
一部の実施形態において、各Lは、独立に、式I、式I-a、式I-b、式I-c、式I-n-1、式I-n-2、式I-n-3、式I-n-4、式II、式II-a-1、式II-a-2、式II-b-1、式II-b-2、式II-c-1、式II-c-2、式II-d-1、式II-d-2、式III又はその塩形態の構造を有する。一部の実施形態において、各Lは、独立に、式I、式I-a、式I-b、式I-c、式I-n-1、式I-n-2、式I-n-3、式I-n-4、式II、式II-a-1、式II-a-2、式II-b-1、式II-b-2、式II-c-1、式II-c-2、式II-d-1、式II-d-2又はその塩形態の構造を有する。一部の実施形態において、各Lは、独立に、式I、式I-a、式I-b、式I-c、式I-n-1、式I-n-2、式I-n-3、式II、式II-a-1、式II-a-2、式II-b-1、式II-b-2、式II-c-1、式II-c-2、式II-d-1、式II-d-2又はその塩形態の構造を有する。一部の実施形態において、インターヌクレオチド結合は、式I、式I-a、式I-b、式I-c、式I-n-1、式I-n-2、式I-n-3、式I-n-4、式II、式II-a-1、式II-a-2、式II-b-1、式II-b-2、式II-c-1、式II-c-2、式II-d-1、式II-d-2、式III又はその塩形態の構造を有する。一部の実施形態において、インターヌクレオチド結合は、式I、式I-a、式I-b、式I-c、式I-n-1、式I-n-2、式I-n-3、式I-n-4、式II、式II-a-1、式II-a-2、式II-b-1、式II-b-2、式II-c-1、式II-c-2、式II-d-1、式II-d-2又はその塩形態の構造を有する。一部の実施形態において、各インターヌクレオチド結合は、独立に、式I、式I-a、式I-b、式I-c、式I-n-1、式I-n-2、式I-n-3、式I-n-4、式II、式II-a-1、式II-a-2、式II-b-1、式II-b-2、式II-c-1、式II-c-2、式II-d-1、式II-d-2、式III又はその塩形態の構造を有する。一部の実施形態において、各インターヌクレオチド結合は、独立に、式I、式I-a、式I-b、式I-c、式I-n-1、式I-n-2、式I-n-3、式I-n-4、式II、式II-a-1、式II-a-2、式II-b-1、式II-b-2、式II-c-1、式II-c-2、式II-d-1、式II-d-2又はその塩形態の構造を有する。一部の実施形態において、インターヌクレオチド結合は、式I、式I-a、式I-b、式I-c、式I-n-1、式I-n-2、式I-n-3、式II、式II-a-1、式II-a-2、式II-b-1、式II-b-2、式II-c-1、式II-c-2、式II-d-1、式II-d-2又はその塩形態の構造を有する。一部の実施形態において、各インターヌクレオチド結合は、独立に、式I、式I-a、式I-b、式I-c、式I-n-1、式I-n-2、式I-n-3、式II、式II-a-1、式II-a-2、式II-b-1、式II-b-2、式II-c-1、式II-c-2、式II-d-1、式II-d-2又はその塩形態の構造を有する。
一部の実施形態において、各BAは、独立に、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1~10個のヘテロ原子を有するC5~30ヘテロアリールと、酸素、窒素、硫黄、リン、ホウ素及びケイ素から独立に選択される1~10個のヘテロ原子を有するC3~30ヘテロシクリルとから選択される、任意選択で置換されている基であり;
各環Aは、独立に、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される0~10個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている3~20員環単環式、二環式又は多環式環であり;及び
各Lは、独立に、式I、式I-a、式I-b、式I-c、式I-n-1、式I-n-2、式I-n-3、式I-n-4、式II、式II-a-1、式II-a-2、式II-b-1、式II-b-2、式II-c-1、式II-c-2、式II-d-1、式II-d-2、式III又はその塩形態の構造を有する。一部の実施形態において、各Lは、独立に、式I、式I-a、式I-b、式I-c、式I-n-1、式I-n-2、式I-n-3、式I-n-4、式II、式II-a-1、式II-a-2、式II-b-1、式II-b-2、式II-c-1、式II-c-2、式II-d-1、式II-d-2又はその塩形態の構造を有する。
一部の実施形態において、各BAは、独立に、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1~10個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されているC5~30ヘテロアリールであり、ここで、ヘテロアリールは、酸素及び窒素から選択される1個以上のヘテロ原子を含み;
各環Aは、独立に、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される0~5個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている5~10員環単環式又は二環式飽和環であり、ここで、環は、少なくとも1個の酸素原子を含み;及び
各Lは、独立に、式I、式I-a、式I-b、式I-c、式I-n-1、式I-n-2、式I-n-3、式I-n-4、式II、式II-a-1、式II-a-2、式II-b-1、式II-b-2、式II-c-1、式II-c-2、式II-d-1、式II-d-2、式III又はその塩形態の構造を有する。一部の実施形態において、各Lは、独立に、式I、式I-a、式I-b、式I-c、式I-n-1、式I-n-2、式I-n-3、式I-n-4、式II、式II-a-1、式II-a-2、式II-b-1、式II-b-2、式II-c-1、式II-c-2、式II-d-1、式II-d-2又はその塩形態の構造を有する。
一部の実施形態において、各BAは、独立に、任意選択で置換されているA、T、C、G若しくはU又はA、T、C、G若しくはUの任意選択で置換されている互変異性体であり;
各環Aは、独立に、1個以上の酸素原子を有する、任意選択で置換されている5~7員環単環式又は二環式飽和環であり;及び
各Lは、独立に、式I、式I-a、式I-b、式I-c、式I-n-1、式I-n-2、式I-n-3、式I-n-4、式II、式II-a-1、式II-a-2、式II-b-1、式II-b-2、式II-c-1、式II-c-2、式II-d-1、式II-d-2、式III又はその塩形態の構造を有する。一部の実施形態において、各Lは、独立に、式I、式I-a、式I-b、式I-c、式I-n-1、式I-n-2、式I-n-3、式I-n-4、式II、式II-a-1、式II-a-2、式II-b-1、式II-b-2、式II-c-1、式II-c-2、式II-d-1、式II-d-2又はその塩形態の構造を有する。
一部の実施形態において、各BAは、独立に、アデニン、シトシン、グアノシン、チミン及びウラシル並びにその互変異性体から選択される、任意選択で置換されている又は保護されている核酸塩基であり;
各環Aは、独立に、1個以上の酸素原子を有する、任意選択で置換されている5~7員環単環式又は二環式飽和環であり;及び
各Lは、独立に、式I、式I-a、式I-b、式I-c、式I-n-1、式I-n-2、式I-n-3、式I-n-4、式II、式II-a-1、式II-a-2、式II-b-1、式II-b-2、式II-c-1、式II-c-2、式II-d-1、式II-d-2、式III又はその塩形態の構造を有する。一部の実施形態において、各Lは、独立に、式I、式I-a、式I-b、式I-c、式I-n-1、式I-n-2、式I-n-3、式I-n-4、式II、式II-a-1、式II-a-2、式II-b-1、式II-b-2、式II-c-1、式II-c-2、式II-d-1、式II-d-2又はその塩形態の構造を有する。
一部の実施形態において、BAは、C3~30脂環族、C6~30アリール、酸素と、窒素と、硫黄と、リンと、ケイ素とから独立に選択される1~10個のヘテロ原子を有するC5~30ヘテロアリール、酸素と、窒素と、硫黄と、リンと、ケイ素とから独立に選択される1~10個のヘテロ原子を有するC3~30ヘテロシクリル、天然核酸塩基部分及び修飾核酸塩基部分から選択される、任意選択で置換されている基である。一部の実施形態において、BAは、酸素と、窒素と、硫黄と、リンと、ケイ素とから独立に選択される1~10個のヘテロ原子を有するC5~30ヘテロアリール、酸素と、窒素と、硫黄と、リンと、ケイ素とから独立に選択される1~10個のヘテロ原子を有するC3~30ヘテロシクリル、天然核酸塩基部分及び修飾核酸塩基部分から選択される、任意選択で置換されている基である。一部の実施形態において、BAは、酸素と、窒素と、硫黄と、リンと、ケイ素とから独立に選択される1~10個のヘテロ原子を有するC5~30ヘテロアリール、天然核酸塩基部分及び修飾核酸塩基部分から選択される、任意選択で置換されている基である。一部の実施形態において、BAは、酸素と、窒素と、硫黄とから独立に選択される1~10個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されているC5~30ヘテロアリールである。一部の実施形態において、BAは、任意選択で置換されている天然核酸塩基及びその互変異性体である。一部の実施形態において、BAは、保護されている天然核酸塩基及びその互変異性体である。オリゴヌクレオチド合成用の様々な核酸塩基保護基が公知であり、本開示において利用することができる。一部の実施形態において、BAは、アデニン、シトシン、グアノシン、チミン及びウラシル並びにその互変異性体から選択される、任意選択で置換されている核酸塩基である。一部の実施形態において、BAは、アデニン、シトシン、グアノシン、チミン及びウラシル並びにその互変異性体から選択される、任意選択で保護されている核酸塩基である。
一部の実施形態において、BAは、任意選択で置換されているC3~30脂環族である。一部の実施形態において、BAは、任意選択で置換されているC6~30アリールである。一部の実施形態において、BAは、任意選択で置換されているC3~30ヘテロシクリルである。一部の実施形態において、BAは、任意選択で置換されているC5~30ヘテロアリールである。一部の実施形態において、BAは、任意選択で置換されている天然塩基部分である。一部の実施形態において、BAは、任意選択で置換されている修飾塩基部分である。BAは、C3~30脂環族、C6~30アリール、C3~30ヘテロシクリル及びC5~30ヘテロアリールから選択される、任意選択で置換されている基である。一部の実施形態において、BAは、C3~30脂環族、C6~30アリール、C3~30ヘテロシクリル、C5~30ヘテロアリール及び天然核酸塩基部分から選択される、任意選択で置換されている基である。
一部の実施形態において、BAは、芳香環を介して連結する。一部の実施形態において、BAは、ヘテロ原子を介して連結する。一部の実施形態において、BAは、芳香環の環ヘテロ原子を介して連結する。一部の実施形態において、BAは、芳香環の環窒素原子を介して連結する。
一部の実施形態において、BAは、天然核酸塩基部分である。一部の実施形態において、BAは、任意選択で置換されている天然核酸塩基部分である。一部の実施形態において、BAは、置換天然核酸塩基部分である。一部の実施形態において、BAは、任意選択で置換されているA、T、C、U若しくはG又はA、T、C、U若しくはGの任意選択で置換されている互変異性体である。一部の実施形態において、BAは、天然核酸塩基A、T、C、U又はGである。一部の実施形態において、BAは、天然核酸塩基A、T、C、U及びGから選択される、任意選択で置換されている基である。
一部の実施形態において、BAは、任意選択で置換されているプリン塩基残基である。一部の実施形態において、BAは、保護されているプリン塩基残基である。一部の実施形態において、BAは、任意選択で置換されているアデニン残基である。一部の実施形態において、BAは、保護されているアデニン残基である。一部の実施形態において、BAは、任意選択で置換されているグアニン残基である。一部の実施形態において、BAは、保護されているグアニン残基である。一部の実施形態において、BAは、任意選択で置換されているシトシン残基である。一部の実施形態において、BAは、保護されているシトシン残基である。一部の実施形態において、BAは、任意選択で置換されているチミン残基である。一部の実施形態において、BAは、保護されているチミン残基である。一部の実施形態において、BAは、任意選択で置換されているウラシル残基である。一部の実施形態において、BAは、保護されているウラシル残基である。一部の実施形態において、BAは、任意選択で置換されている5-メチルシトシン残基である。一部の実施形態において、BAは、保護されている5-メチルシトシン残基である。
一部の実施形態において、BAは、オリゴヌクレオチド調製に使用されるとおりの保護されている塩基残基である。一部の実施形態において、BAは、米国特許出願公開第2011/0294124号、米国特許出願公開第2015/0211006号、米国特許出願公開第2015/0197540号及び国際公開第2015/107425号(この各々は参照により本明細書に援用される)に示される塩基残基である。
一部の実施形態において、R5s-L-は-CHOHである。一部の実施形態において、R5s-L-は-CH(R5s)-OHであり、式中、R5sは本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態において、Lは-CH-である。一部の実施形態において、Lは-CH(R5s)-であり、式中、R5sは-Hでない。一部の実施形態において、Lは-CH(R5s)-であり、式中、R5sは-Hでなく、他の場合にはRである。一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されているC1~6脂肪族である。一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されているC1~6アルキルである。一部の実施形態において、Rはメチルである。一部の実施形態において、-CH(R5s)-(式中、R5sは-Hでない)はRを有する、である。一部の実施形態において、-CH(R5s)-(式中、R5sは-Hでない)はSを有する、である。
可変要素、例えば、これらの式の各々の可変要素の例示的実施形態が本開示に更に記載され、これらは、独立に且つ任意選択で、組み合わされ得る。
一部の実施形態において、本開示は、キラル制御されているオリゴヌクレオチド及びオリゴヌクレオチド組成物を提供する。例えば、一部の実施形態において、提供される組成物は、制御されたレベルの1つ以上の個別のオリゴヌクレオチドタイプを含有し、ここで、オリゴヌクレオチドタイプは、:1)塩基配列;2)骨格結合のパターン;3)骨格キラル中心のパターン;及び4)骨格P修飾パターンによって定義される。一部の実施形態において、同じオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドは同一である。
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドはアルトマーである。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドはP修飾アルトマーである。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは立体アルトマーである。
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドはブロックマーである。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドはP修飾ブロックマーである。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは立体ブロックマーである。
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドはギャップマーである。
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドはスキップマーである。
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドはヘミマーである。一部の実施形態において、ヘミマーは、5’末端又は3’末端にオリゴヌクレオチドの残りの部分が有しない構造的特徴を備えた配列があるオリゴヌクレオチドである。一部の実施形態において、5’末端又は3’末端は2~20ヌクレオチドを有するか又はそれを含む。一部の実施形態において、構造的特徴は塩基修飾である。一部の実施形態において、構造的特徴は糖修飾である。一部の実施形態において、構造的特徴はP修飾である。一部の実施形態において、構造的特徴はキラルインターヌクレオチド結合の立体化学である。一部の実施形態において、構造的特徴は、塩基修飾、糖修飾、P修飾若しくはキラルインターヌクレオチド結合の立体化学又はこれらの組み合わせであるか又はそれを含む。一部の実施形態において、ヘミマーは、5’末端配列の各糖部分が共通の修飾を共有するオリゴヌクレオチドである。一部の実施形態において、ヘミマーは、3’末端配列の各糖部分が共通の修飾を共有するオリゴヌクレオチドである。一部の実施形態において、5’又は3’末端配列の共通の糖修飾は、オリゴヌクレオチドのいかなる他の糖部分によっても共有されない。一部の実施形態において、例示的ヘミマーは、一方の末端に置換又は非置換2’-O-アルキル糖修飾ヌクレオシド、二環式糖修飾ヌクレオシド、β-D-リボヌクレオシド又はβ-D-デオキシリボヌクレオシド(例えば、2’-MOE修飾ヌクレオシド及びLNA(商標)又はENA(商標)二環式糖修飾ヌクレオシド)の配列を含み、且つ他方の末端に異なる糖部分を有するヌクレオシド(置換又は非置換2’-O-アルキル糖修飾ヌクレオシド、二環式糖修飾ヌクレオシド又は天然のものなど)の配列を含むオリゴヌクレオチドである。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、ユニマー、アルトマー、ブロックマー、ギャップマー、ヘミマー及びスキップマーの1つ以上の組み合わせである。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、ユニマー、アルトマー、ブロックマー、ギャップマー及びスキップマーの1つ以上の組み合わせである。例えば、一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、アルトマー及びギャップマーの両方である。一部の実施形態において、提供されるヌクレオチドは、ギャップマー及びスキップマーの両方である。化学及び合成技術分野の当業者は、パターンの組み合わせを他にも多数利用可能であり、本開示の方法に係る提供されるオリゴヌクレオチドの合成に必要な構成要素が市販されているか及び/又は合成上利用可能かによってのみ制限されることを認識するであろう。一部の実施形態において、ヘミマー構造は有利な利益をもたらす。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、5’末端配列に修飾糖部分を含む5’-ヘミマーである。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、5’末端配列に修飾2’-糖部分を含む5’-ヘミマーである。
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、1つ以上の任意選択で置換されているヌクレオチドを含む。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、1つ以上の修飾ヌクレオチドを含む。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、1つ以上の任意選択で置換されているヌクレオシドを含む。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、1つ以上の修飾ヌクレオシドを含む。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、1つ以上の任意選択で置換されているヌクレオシド又はLNAの糖を含む。
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、1つ以上の任意選択で置換されている核酸塩基を含む。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、1つ以上の任意選択で置換されている天然核酸塩基を含む。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、1つ以上の任意選択で置換されている修飾核酸塩基を含む。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、1つ以上の5-メチルシチジン;5-ヒドロキシメチルシチジン、5-ホルミルシトシン又は5-カルボキシルシトシンを含む。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、1つ以上の5-メチルシチジンを含む。
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、1つ以上の任意選択で置換されている糖を含む。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、天然に存在するDNA及びRNAに見られる1つ以上の任意選択で置換されている糖を含む。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、1つ以上の任意選択で置換されているリボース又はデオキシリボースを含む。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、1つ以上の任意選択で置換されているリボース又はデオキシリボースを含み、ここで、リボース又はデオキシリボース部分の1つ以上のヒドロキシル基は、任意選択で且つ独立に、ハロゲン、R’、-N(R’)、-OR’又は-SR’(式中、各R’は、独立に、上記に定義し及び本明細書に記載するとおりである)によって置き換えられる。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、1つ以上の任意選択で置換されているデオキシリボースを含み、ここで、デオキシリボースの2’位は、任意選択で且つ独立に、R2s、ハロゲン、R’、-N(R’)、-OR’又は-SR’(式中、各R’は、独立に、上記に定義し及び本明細書に記載するとおりである)で置換される。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、1つ以上の任意選択で置換されているデオキシリボースを含み、ここで、デオキシリボースの2’位は、任意選択で且つ独立に、ハロゲンで置換される。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、1つ以上の任意選択で置換されているデオキシリボースを含み、ここで、デオキシリボースの2’位は、任意選択で且つ独立に、1つ以上の-F.ハロゲンで置換される。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、1つ以上の任意選択で置換されているデオキシリボースを含み、ここで、デオキシリボースの2’位は、任意選択で且つ独立に、-OR’(式中、各R’は、独立に、上記に定義し及び本明細書に記載するとおりである)で置換される。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、1つ以上の任意選択で置換されているデオキシリボースを含み、ここで、デオキシリボースの2’位は、任意選択で且つ独立に、-OR’(式中、各R’は、独立に、任意選択で置換されているC~C脂肪族である)で置換される。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、1つ以上の任意選択で置換されているデオキシリボースを含み、ここで、デオキシリボースの2’位は、任意選択で且つ独立に、-OR’(式中、各R’は、独立に、任意選択で置換されているC~Cアルキルである)で置換される。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、1つ以上の任意選択で置換されているデオキシリボースを含み、ここで、デオキシリボースの2’位は、任意選択で且つ独立に、-OMeで置換される。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、1つ以上の任意選択で置換されているデオキシリボースを含み、ここで、デオキシリボースの2’位は、任意選択で且つ独立に、-O-メトキシエチルで置換される。
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは一本鎖オリゴヌクレオチドである。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、ハイブリダイズしたオリゴヌクレオチド鎖である。特定の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、部分的にハイブリダイズしたオリゴヌクレオチド鎖である。特定の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、完全にハイブリダイズしたオリゴヌクレオチド鎖である。特定の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは二本鎖オリゴヌクレオチドである。特定の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは三本鎖オリゴヌクレオチド(例えば、三重鎖)である。
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドはキメラである。例えば、一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、DNA-RNAキメラ、DNA-LNAキメラ等である。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、国際公開第2012/030683号に記載されるオリゴヌクレオチドのキラル制御されたオリゴヌクレオチドバリアントである。例えば、一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドバリアントは、国際公開第2012/030683号におけるキラル制御されないキラルインターヌクレオチド結合のキラル制御されたバージョンを含む。一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドバリアントは、1つ以上の天然リン酸結合又は国際公開第2012/030683号におけるキラル制御されない修飾インターヌクレオチド結合を独立に置き換える1つ以上のキラル制御されたインターヌクレオチド結合を含む。
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、GNA、LNA、PNA、TNA又はモルホリノの一部分であるか又はそれを含む。
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは約15~約25ヌクレオチド単位長である。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは約5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24又は25ヌクレオチド単位長である。
一部の実施形態において、本開示は、結合リンにおいてキラルな、且つキラル制御されているものであり得る1つ以上の修飾インターヌクレオチド結合を含むオリゴヌクレオチドを提供する。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、1つ以上の結合LPO、LPA又はLPBを含み、式中、
各LPOは、独立に、

又はその塩形態であり;
各LPAは、独立に、

又はその塩形態の構造を有するインターヌクレオチド結合であり;
各LPBは、独立に、

又はその塩形態の構造を有するインターヌクレオチド結合であり;
は、-N(-L-R)-L-R

であり;及び
は、=N-L-R

であり;
ここで、他の各可変要素は、独立に、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態において、各LPOは、独立に、

又はその塩形態である。
一部の実施形態において、-O-L-Rは-OHである。一部の実施形態において、例えばLPO中の-X-L-Rは-OCHCHCNである。一部の実施形態において、-S-L-Rは-SHである。一部の実施形態において、LPAは、指定される立体化学を有するホスホロチオエートインターヌクレオチド結合である。一部の実施形態において、LPBは、指定される立体化学を有するホスホロチオエートインターヌクレオチド結合である。一部の実施形態において、Xは-O-であり、及び-X-L-Rは、本開示に記載されるとおりであり、例えば、-X-L-Rは、

であり、式中、各可変要素は、独立に、本開示に係るものであるか、又はH-X-L-Rは、本明細書に記載されるとおりのキラル補助基である。一部の実施形態において、-X-L-Rは、

であり、式中、GとGとは一緒になって、本明細書に記載されるとおりの任意選択で置換されている環を形成する。一部の実施形態において、-X-L-Rは、

である。一部の実施形態において、Gは、本明細書に記載されるとおりの-CHSi(R)である。一部の実施形態において、Gは-CHSi(Ph)Meである。一部の実施形態において、Gは、本明細書に記載されるとおりの電子求引基を含み、例えば、一部の実施形態において、Gは、本明細書に記載されるとおりの-CHSORである。一部の実施形態において、Gは-CHSOPhである。
一部の実施形態において、Nは-N(-L-R)-L-Rであり、かかるN基を有するインターヌクレオチド結合は、式I(式中、PはP=Oであり、Y及びZは-O-であり、及びXは-N(-L-R)-である)の構造を有するインターヌクレオチド結合であり、ここで、結合リン立体化学は指定されるとおりである。一部の実施形態において、Nは、

であり、かかるN基を有するインターヌクレオチド結合は、式II(式中、PはP=Oであり、Y及びZは-O-であり、及びXは-N(-L-R)-である)の構造を有するインターヌクレオチド結合であり、ここで、結合リン立体化学は指定されるとおりである。一部の実施形態において、Nは、

である。一部の実施形態において、Nは、

である。一部の実施形態において、Nは、

である。一部の実施形態において、Nは、

である。一部の実施形態において、Nは、

であり、かかるN基を有するインターヌクレオチド結合は、式I-n-3(式中、PはP=Oであり、且つY及びZは-O-である)の構造を有するインターヌクレオチド結合であり、ここで、結合リン立体化学は指定されるとおりである。一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されているアルキルである。一部の実施形態において、Rはメチルである。一部の実施形態において、Nは、

である。一部の実施形態において、同じ窒素上の2つのRが独立に一緒になって、本明細書に記載されるとおりの任意選択で置換されている環、例えば、1~3個のヘテロ原子をその窒素原子に加えて有する、任意選択で置換されている5員環又は6員環を形成する。一部の実施形態において、環は飽和である。一部の実施形態において、環は単環式である。一部の実施形態において、Nは、

である。一部の実施形態において、Nは、

である。一部の実施形態において、Nは、

である。当業者は、構造又は式中の2つの-N(R基が、存在する場合、同じであるか又は異なり得ることを理解するであろう。一部の実施形態において、Nは、

であり、かかるN基を有するインターヌクレオチド結合は、式I-n-4(式中、PはP=Oであり、Lは共有結合であり、且つY及びZは-O-である)の構造を有するインターヌクレオチド結合であり、ここで、結合リン立体化学は指定されるとおりである。一部の実施形態において、Nは、

であり、かかるN基を有するインターヌクレオチド結合は、式II-a-1(式中、PはP=Oであり、Lは共有結合であり、且つY及びZは-O-である)の構造を有するインターヌクレオチド結合であり、ここで、結合リン立体化学は指定されるとおりである。一部の実施形態において、Nは、

であり、かかるN基を有するインターヌクレオチド結合は、式II-b-1(式中、PはP=Oであり、Lは共有結合であり、且つY及びZは-O-である)の構造を有するインターヌクレオチド結合であり、ここで、結合リン立体化学は指定されるとおりである。一部の実施形態において、Nは、

であり、かかるN基を有するインターヌクレオチド結合は、式II-c-1(式中、PはP=Oであり、Lは共有結合であり、且つY及びZは-O-である)の構造を有するインターヌクレオチド結合であり、ここで、結合リン立体化学は指定されるとおりである。一部の実施形態において、Nは、

であり、かかるN基を有するインターヌクレオチド結合は、式II-d-1(式中、PはP=Oであり、Lは共有結合であり、且つY及びZは-O-である)の構造を有するインターヌクレオチド結合であり、ここで、結合リン立体化学は指定されるとおりである。一部の実施形態において、R’又はRは、任意選択で置換されているアルキルである。一部の実施形態において、R’又はRは-CHである。一部の実施形態において、R’又はRは-CH(CH10CHである。一部の実施形態において、Rは-Hである。一部の実施形態において、Nは、

である。一部の実施形態において、Nは、

である。
一部の実施形態において、P=Wは、本明細書に記載されるとおりのP基である。一部の実施形態において、Wは、

であり、式中、各可変要素は、本明細書に(例えば、Nにおいて)記載されるとおりである。一部の実施形態において、Wは、

である。一部の実施形態において、本明細書に記載されるとおりR’又はRは、任意選択で置換されているアルキル又は-Hである。一部の実施形態において、R’は-CHである。一部の実施形態において、R’は-CH(CH10CHである。一部の実施形態において、Rは-Hである。一部の実施形態において、Wは、

である。一部の実施形態において、Wは、

である。一部の実施形態において、Wは=N-L-Rであり、式中、各可変要素は、本明細書に記載されるとおりである。例えば、一部の実施形態において、Lは-SO-である。一部の実施形態において、Lは-C(O)OCH-である。一部の実施形態において、本明細書に記載されるとおり、Rは、任意選択で置換されている環であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、Rは、本明細書に記載されるとおりのRである。一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されているフェニルである。一部の実施形態において、Rは4-メチルフェニルである。一部の実施形態において、Rは4-メトキシフェニルである。一部の実施形態において、Rは4-アミノフェニルである。一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されているヘテロ脂肪族環である。一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されている3~10(例えば、3、4、5、6、7又は8)員環ヘテロ脂肪族環である。一部の実施形態において、Rは、1~3個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている5員環又は6員環飽和単環式ヘテロ脂肪族環である。一部の実施形態において、環は5員環である。一部の実施形態において、環は6員環である。一部の実施形態において、1つ又は複数の環ヘテロ原子の数は1である。一部の実施形態において、環ヘテロ原子の数は2である。一部の実施形態において、ヘテロ原子は酸素である。一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されている

である。一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されている

である。一部の実施形態において、Rは、

である。一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されているC1~30脂肪族である。一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されているC1~10アルキルである。一部の実施形態において、Wは、

である。一部の実施形態において、Wは、

である。一部の実施形態において、Wは、

である。一部の実施形態において、Wは、

である。一部の実施形態において、Wは、

である。一部の実施形態において、Wは、

である。一部の実施形態において、Wは、

である。一部の実施形態において、Wは、

である。一部の実施形態において、Wは、

である。一部の実施形態において、Wは、

である。一部の実施形態において、QはPF である。
一部の実施形態において、

中の-X-L-Rは、

である。一部の実施形態において、

中の-X-L-Rは、

である。一部の実施形態において、Gは、本明細書に記載されるとおりの-CHSi(R)である。一部の実施形態において、Gは-CHSi(Ph)Meである。一部の実施形態において、

中の-X-L-Rは、

である。一部の実施形態において、

中の-X-L-Rは、

である。一部の実施形態において、Gは、本明細書に記載されるとおりの電子求引基を含む。一部の実施形態において、Gは-CHSORであり、式中、Rは-Hでない。一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されているフェニルである。一部の実施形態において、Gは-CHSOPhである。一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されているC1~6脂肪族、例えばt-ブチルである。一部の実施形態において、本明細書に記載されるとおり、Rは-C(O)R’である。一部の実施形態において、Rは-C(O)CHである。一部の実施形態において、Rは-Hである。
一部の実施形態において、LPOは天然リン酸結合である。一部の実施形態において、LPAはRpホスホロチオエートインターヌクレオチド結合である。一部の実施形態において、LPAはRp非負電荷インターヌクレオチド結合、例えばn001である。一部の実施形態において、LPBはSpホスホロチオエートインターヌクレオチド結合である。一部の実施形態において、LPBはSp非負電荷インターヌクレオチド結合、例えばn001である。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは1つ以上の結合LPOを含む。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは1つ以上の結合LPAを含む。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは1つ以上の結合LPBを含む。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、LPO、LPA及びLPBから独立に選択される1つ以上のインターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、各インターヌクレオチド結合は、LPO、LPA及びLPBから独立に選択される。一部の実施形態において、各インターヌクレオチド結合は、LPA及びLPBから独立に選択される。一部の実施形態において、少なくとも1つのインターヌクレオチド結合はLPA又はLPBである。一部の実施形態において、各キラル制御されたインターヌクレオチド結合は、LPA及びLPBから独立に選択される。
一部の実施形態において、本開示は、オリゴヌクレオチド(例えば、キラル制御されたオリゴヌクレオチド)及びその組成物(例えば、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物)を提供し、ここで、オリゴヌクレオチド又はその領域のインターヌクレオチド結合は、以下の連続するインターヌクレオチド結合であるか又はそれを含む(5’から3’に):
(LPX/LPO)t[(LPA)n(LPB)m]y、(LPX/LPO)t[(LPO)n(LPB)m]y、(LPX/LPO)t[(LPO/LPA)n(LPB)m]y、[(LPA)n(LPB)m]y、[(LPO)n(LPB)m]y、((LPB)t[(LPA)n(LPB)m]y、(LPB)t[(LPO)n(LPB)m]y、(LPB)t[(LPO/LPA)n(LPB)m]y、[(LPA)n(LPB)m]y、[(LPO)n(LPB)m]y、[(LPO/LPA)n(LPB)m]y、(LPA)t(LPX)n(LPA)m、(LPA)t(LPB)n(LPA)m、(LPA)t[(LPX/LPO)n]y(LPA)m、(LPA)t[(LPB/LPX)n]y(LPA)m、(LPA)t[(LPB/LPO)n]y(LPA)m、(LPX/LPO)t(LPX)n(LPX/LPO)m、(LPX/LPO)t(LPB)n(LPX/LPO)m、(LPX/LPO)t[(LPX/LPO)n]y(LPX/LPO)m、(LPX/LPO)t[(LPB/LPO)n]y(LPX/LPO)m、(LPX/LPO)t[(LPB/LPO)n]y(LPX/LPO)m、(LPA/LPO)t(LPX)n(LPA/LPO)m、(LPA/LPO)t(LPB)n(LPA/LPO)m、(LPA/LPO)t[(LPX/LPO)n]y(LPA/LPO)m、(LPA/LPO)t[(LPB/LPO)n]y(LPA/LPO)m若しくは(LPA/LPO)t[(LPB/LPO)n]y(LPA/LPO)m又はこれらの組み合わせ、式中、
各LPXは、独立に、LPA又はLPBであり;及び
他の各可変要素は、独立に、本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチド又はその領域のインターヌクレオチド結合は、連続するインターヌクレオチド結合[(LPA)n(LPB)m]y、[(LPO)n(LPB)m]y、(LPB)t[(LPA)n(LPB)m]y又は(LPB)t[(LPO)n(LPB)m]yを含むか又はそれである。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチド又はその領域のインターヌクレオチド結合は、連続するインターヌクレオチド結合(LPA)(LPB)mを含むか又はそれである。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチド又はその領域のインターヌクレオチド結合は、連続するインターヌクレオチド結合[(LPA)(LPB)m]yを含むか又はそれである。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチド又はその領域のインターヌクレオチド結合は、連続するインターヌクレオチド結合(LPB)t(LPA)(LPB)mを含むか又はそれである。一部の実施形態において、連続するインターヌクレオチド結合の2つの間にある各糖は、独立に、2’-修飾を含有しない。一部の実施形態において、連続するインターヌクレオチド結合の2つの間にある各糖は、独立に、

である。一部の実施形態において、nは1である。一部の実施形態において、yは1である。一部の実施形態において、yは2~10である。一部の実施形態において、tは1である。一部の実施形態において、tは2~10である。一部の実施形態において、tは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10であり、nは1であり、及びmは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10である。一部の実施形態において、tは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10であり、nは1であり、及びmは、2、3、4、5、6、7、8、9又は10である。一部の実施形態において、tは2~10であり、nは1であり、及びmは2~10である。一部の実施形態において、各LPAは、独立に、

又はその塩形態である。一部の実施形態において、各LPBは、独立に、

又はその塩形態である。一部の実施形態において、各LPAは、独立に、

又はその塩形態であり、及び各LPBは、独立に、

又はその塩形態である。
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチド又はその領域のインターヌクレオチド結合は、連続するインターヌクレオチド結合(5’から3’に)(LPO)m(LPA/LPB)n、LPO(LPA/LPB)n、(LPO)m(LPB)n、LPO(LPB)n、[(LPO)m(LPA/LPB)n]y、[LPO(LPA/LPB)n]y、[(LPO)m(LPB)n]y、[LPO(LPB)n]y、(LPA/LPB)t(LPO)m(LPA/LPB)n、(LPA/LPB)tLPO(LPA/LPB)n、(LPA/LPB)t(LPO)m(LPB)n、(LPA/LPB)tLPO(LPB)n、(LPA/LPB)t[(LPO)m(LPA/LPB)n]y、(LPA/LPB)t[LPO(LPA/LPB)n]y、(LPA/LPB)t[(LPO)m(LPB)n]y、(LPA/LPB)t[LPO(LPB)n]y、(LPO)m(LPA/LPB)n(LPA/LPB)t、LPO(LPA/LPB)n(LPA/LPB)t、(LPO)m(LPB)n(LPA/LPB)t、LPO(LPB)n(LPA/LPB)t、[(LPO)m(LPA/LPB)n]y(LPA/LPB)t、[LPO(LPA/LPB)n]y(LPA/LPB)t、[(LPO)m(LPB)n]y(LPA/LPB)t、[LPO(LPB)n]y(LPA/LPB)t、(LPA/LPB)t[(LPO)m(LPA/LPB)n]y(LPA/LPB)t、LPB(LPA/LPB)t[(LPO)m(LPA/LPB)n]y(LPA/LPB)tLPB、(LPA/LPB)t[(LPO)m(LPB)n]y(LPA/LPB)t、LPB(LPA/LPB)t[(LPO)m(LPB)n]y(LPA/LPB)tLPB、(LPA/LPB)t[(LPO)(LPA/LPB)]y(LPA/LPB)t、LPB(LPA/LPB)t[(LPO)(LPA/LPB)]y(LPA/LPB)tLPB、(LPA/LPB)t[(LPO)(LPB)]y(LPA/LPB)t、LPB(LPA/LPB)t[(LPO)(LPB)]y(LPA/LPB)tLPB又はこれらの組み合わせ(式中、各可変要素は、独立に、本明細書に記載されるとおりである)を含むか又はそれである。一部の実施形態において、(LPA/LPB)tの少なくとも1つのLPA/LPBはLPAである。一部の実施形態において、(LPA/LPB)tの少なくとも1つのLPA/LPBはLPBである。一部の実施形態において、(LPA/LPB)tの少なくとも1つのLPA/LPBはLPAであり、及び(LPA/LPB)tの少なくとも1つのLPA/LPBはLPBである。一部の実施形態において、(LPA/LPB)mの少なくとも1つのLPA/LPBはLPAである。一部の実施形態において、(LPA/LPB)mの少なくとも1つのLPA/LPBはLPBである。一部の実施形態において、(LPA/LPB)mの少なくとも1つのLPA/LPBはLPAであり、及び(LPA/LPB)mの少なくとも1つのLPA/LPBはLPBである。一部の実施形態において、(LPA/LPB)mの各LPA/LPBがLPBである。一部の実施形態において、LPO結合にその3’-炭素で結合する糖は2’-修飾を含み、ここで、この2’-修飾は2’-Fでない。一部の実施形態において、LPO結合にその3’-炭素で結合する糖は、独立に、

であり、式中、R2sは-H又は-OHでない。一部の実施形態において、LPO結合にその3’-炭素で結合する各糖は、独立に、

であり、式中、R2sは-H又は-OHでない。一部の実施形態において、LPO結合にその3’-炭素で結合する各糖は、独立に、

であり、式中、R2sは-H又は-OHでない。一部の実施形態において、R4sは-Hである。一部の実施形態において、R2sは-H、-F又は-OHでない。一部の実施形態において、LPO結合にその3’-炭素で結合する各糖は、独立に、

であり、式中、R2sは-H、-F又は-OHでない。一部の実施形態において、R2sは-ORであり、式中、Rは、任意選択で置換されているC1~6脂肪族である。一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されているC1~6アルキルである。一部の実施形態において、R2sは-OMeである。一部の実施形態において、5’末端糖、3’末端糖及び/又はLPA/LPBとLPA/LPBとの間の糖は2’-F修飾を含む。一部の実施形態において、5’末端糖、3’末端糖及び/又はLPA/LPBとLPA/LPBとの間の糖は、

であり、式中、R2sは-Fである。一部の実施形態において、各糖が2’-Fを含み、修飾インターヌクレオチド結合に例えばその3’-炭素で結合する。一部の実施形態において、修飾インターヌクレオチド結合はLPA又はLPBである。一部の実施形態において、各LPAは、独立に、

又はその塩形態である。一部の実施形態において、各LPBは、独立に、

又はその塩形態である。一部の実施形態において、tは2~10である。一部の実施形態において、各LPAは、独立に、

又はその塩形態であり、及び各LPBは、独立に、

又はその塩形態である。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチド中の各修飾インターヌクレオチド結合は、独立に、LPO(式中、-X-L-Rは-Hでない)、

又はその塩形態である。一部の実施形態において、各修飾インターヌクレオチド結合は、独立に、

又はその塩形態である。一部の実施形態において、各修飾インターヌクレオチド結合は、独立に、

又はその塩形態である。一部の実施形態において、mは1である。一部の実施形態において、各mは1である。一部の実施形態において、nは2以上である。一部の実施形態において、各nは2以上である。一部の実施形態において、tは1である。一部の実施形態において、tは2以上である。一部の実施形態において、tは3である。一部の実施形態において、tは4である。一部の実施形態において、tは5である。一部の実施形態において、tは6である。一部の実施形態において、tは7である。一部の実施形態において、tは8である。一部の実施形態において、tは9である。一部の実施形態において、tは10である。一部の実施形態において、各tは、独立に、2以上である。一部の実施形態において、各tは、独立に、3以上である。一部の実施形態において、各tは、独立に、4以上である。一部の実施形態において、各tは、独立に、5以上である。
一部の実施形態において、LPO、LPA及びLPBの各々は、独立に、その3’-炭素を介して5’-糖に、及びその5’-炭素を介して3’-糖に結合し、例えば、各LPAは、独立に、

又はその塩形態の構造を有するインターヌクレオチド結合であり;各LPBは、独立に、

又はその塩形態の構造を有するインターヌクレオチド結合である。例示的な糖構造は本明細書に記載され、例えば、一部の実施形態において、各糖部分は、独立に、

の構造を有し、式中、各可変要素は、独立に、本開示に記載されるとおりである。
一部の実施形態において、LPOは、本明細書に天然リン酸結合に関して記載されるとおりのパターン、位置、数、パーセンテージ等を有する。一部の実施形態において、LPAは、本明細書にRpインターヌクレオチド結合に関して記載されるとおりのパターン、位置、数、パーセンテージ等を有する。一部の実施形態において、Rpインターヌクレオチド結合はRpホスホロチオエートインターヌクレオチド結合である。一部の実施形態において、Rpインターヌクレオチド結合はRp非負電荷インターヌクレオチド結合(例えば、n001)である。一部の実施形態において、LPBは、本明細書にSpインターヌクレオチド結合に関して記載されるとおりのパターン、位置、数、パーセンテージ等を有する。一部の実施形態において、Spインターヌクレオチド結合はSpホスホロチオエートインターヌクレオチド結合である。一部の実施形態において、Spインターヌクレオチド結合はSp非負電荷インターヌクレオチド結合(例えば、n001)である。
一部の実施形態において、本開示は、オリゴヌクレオチドを提供し、ここで、5’末端からの第1のインターヌクレオチド結合がO5Pのインターヌクレオチド結合であり、他の各インターヌクレオチド結合が、O*PD*PDS、*PDR、*N*NS及び*NR(式中、
5Pは、

PO、LPA、LPB又はその塩形態であり;
各Oは、独立に、LPOであり;
*PDは、独立に、

又はその塩形態であり;
*PDSは、独立に、

又はその塩形態であり;
*PDRは、独立に、

又はその塩形態であり;
*Nは、独立に、

又はその塩形態であり;
*NSは、独立に、

又はその塩形態であり;及び
*NRは、独立に、

又はその塩形態であり;
式中、各可変要素は、独立に、本明細書に記載されるとおりであり、式中、-X-L-Rは-OHでない)から独立に選択される。
一部の実施形態において、O5Pは、独立に、

PO、LPA、LPB又はその塩形態である。一部の実施形態において、各Oは、独立に、LPOである。一部の実施形態において、各*PDは、独立に、

又はその塩形態である。一部の実施形態において、各*PDSは、独立に、

又はその塩形態である。一部の実施形態において、各*PDRは、独立に、

又はその塩形態である。一部の実施形態において、各*Nは、独立に、

又はその塩形態である。一部の実施形態において、各*NSは、独立に、

又はその塩形態である。一部の実施形態において、各*NRは、独立に、

又はその塩形態である。
一部の実施形態において、Xは-O-である。一部の実施形態において、-L-Rは電子求引基を含有する。一部の実施形態において、-L-Rは-CHであり、ここで、メチレン単位は、任意選択で置換されている。一部の実施形態において、-L-Rは-CH(R’)Gである。一部の実施形態において、Gはキラル要素を含まず、及びGは、本明細書に記載されるとおりの電子求引基を含み、例えば、一部の実施形態において、Gは-CHCN(例えば、O5P、O*PD又は*Nにおけるもの、ここで、結合リンはキラル制御されていない)である。一部の実施形態において、Gはキラル要素を含み、例えば、ここで、結合リンはキラル制御されている。一部の実施形態において、-X-L-Rは、H-X-L-Rが本明細書に記載されるキラル試薬又は本明細書に記載されるキャッピングされたキラル試薬であって、そのアミノ基(典型的には-W-H又は-W-Hのもの、これはアミノ基-NHG-を含む)が例えば-C(O)R’(-Hを置き換えるもの、例えば、-N[-C(O)R’]G-)でキャッピングされているキラル試薬であるような構造のものである。一部の実施形態において、-X-L-Rは、

であり、式中、各可変要素は、独立に、本開示に係るものである。一部の実施形態において、-X-L-Rは、

であり、式中、各可変要素は、独立に、本開示に係るものである。一部の実施形態において、Rは-H又は-C(O)R’である。一部の実施形態において、式中、Rは、例えばO5Pにおける-Hである。一部の実施形態において、Rは、-C(O)R’(例えば、O5P、O*PDS、*PDR、*NS、*NR等における)である。一部の実施形態において、RはCHC(O)-である。一部の実施形態において、本明細書に記載されるとおり、Gは、一部の実施形態において、Gは-C(R)Si(R)であり、式中、-C(R)-は、任意選択で置換されている-CH-であり、及び-Si(R)の各Rは、独立に、C1~10脂肪族、ヘテロシクリル、ヘテロアリール及びアリールから選択される、任意選択で置換されている基である。一部の実施形態において、Gは-CHSi(Me)(Ph)である。一部の実施形態において、例えば、*PDS、*PDR等の中で、Gは-CHSi(Me)(Ph)である。一部の実施形態において、Gは、本明細書に記載されるとおりの電子求引基を含む。一部の実施形態において、Gは-C(R)SOR’であり、式中、-C(R)-は、任意選択で置換されている-CH-であり、及びR’は、C1~10脂肪族、ヘテロシクリル、ヘテロアリール及びアリールから選択される、任意選択で置換されている基である。一部の実施形態において、R’はフェニルである。一部の実施形態において、例えば、*NS、*NR等の中で、Gは-CHSOPhである。
一部の実施形態において、本開示はオリゴヌクレオチド(「第1のオリゴヌクレオチド」)を提供し、これは、本明細書の表に記載されるオリゴヌクレオチド又は例えば、米国特許出願公開第20150211006号、米国特許出願公開第20170037399号、米国特許出願公開第20180216107号、米国特許出願公開第20180216108号、米国特許出願公開第20190008986号、国際公開第2017/015555号、国際公開第2017/015575号、国際公開第2017/062862号、国際公開第2017/160741号、国際公開第2017/192664号、国際公開第2017/192679号、国際公開第2017/210647号、国際公開第2018/022473号、国際公開第2018/067973号、国際公開第2018/098264号、国際公開第2018/223056号、国際公開第2018/223073号、国際公開第2018/223081号、国際公開第2018/237194号、国際公開第2019/032607号、国際公開第2019/032612号等(これらの各々のオリゴヌクレオチドは参照により本明細書に援用される)に記載されるオリゴヌクレオチド(「第2のオリゴヌクレオチド」)であって、修飾インターヌクレオチド結合を含む第2のオリゴヌクレオチドと同一の構造を有するが、但し、第2のオリゴヌクレオチドと比較して、第1のオリゴヌクレオチドでは、
5’末端からの第1のインターヌクレオチド結合がO5Pのインターヌクレオチド結合であり;及び残りの結合について、
第2のオリゴヌクレオチドにおいてリン酸結合がある各位置に、独立に、第1のオリゴヌクレオチドではOの結合があり;
第2のオリゴヌクレオチドにおいてステレオランダムなホスホロチオエート結合がある各位置に、独立に、第1のオリゴヌクレオチドでは*PDの結合があり;
第2のオリゴヌクレオチドにおいてSpホスホロチオエート結合がある各位置に、独立に、第1のオリゴヌクレオチドでは*PDSの結合があり;
第2のオリゴヌクレオチドにおいてRpホスホロチオエート結合がある各位置に、独立に、第1のオリゴヌクレオチドでは*PDRの結合があり;
第2のオリゴヌクレオチドにおいてステレオランダムな非負電荷インターヌクレオチド結合がある各位置に、独立に、第1のオリゴヌクレオチドでは*Nの結合があり;
第2のオリゴヌクレオチドにおいてSp非負電荷インターヌクレオチド結合がある各位置に、独立に、第1のオリゴヌクレオチドでは*NSの結合があり;
第2のオリゴヌクレオチドにおいてRp非負電荷インターヌクレオチド結合がある各位置に、独立に、第1のオリゴヌクレオチドでは*NRの結合があり、及び
第1のオリゴヌクレオチドにおける各核酸塩基が、任意選択で且つ独立に、保護されており(例えば、オリゴヌクレオチド合成の場合のように)、及び存在する場合、第1のオリゴヌクレオチド中の追加の各化学的部分が、任意選択で且つ独立に、保護されている(例えば、-OAcとして保護されている炭水化物部分中の-OH)
点は例外とする。
一部の実施形態において、第2のオリゴヌクレオチドにおいてリン酸結合がある各位置に、独立に、第1のオリゴヌクレオチドではOの結合があり;第2のオリゴヌクレオチドにおいてステレオランダムなホスホロチオエート結合がある各位置に、独立に、第1のオリゴヌクレオチドでは*PDの結合があり;第2のオリゴヌクレオチドにおいてSpホスホロチオエート結合がある各位置に、独立に、第1のオリゴヌクレオチドでは*PDSの結合があり;第2のオリゴヌクレオチドにおいてRpホスホロチオエート結合がある各位置に、独立に、第1のオリゴヌクレオチドでは*PDRの結合があり;第2のオリゴヌクレオチドにおいてステレオランダムな非負電荷インターヌクレオチド結合がある各位置に、独立に、第1のオリゴヌクレオチドでは*Nの結合があり;第2のオリゴヌクレオチドにおいてSp非負電荷インターヌクレオチド結合がある各位置に、独立に、第1のオリゴヌクレオチドでは*NSの結合があり;第2のオリゴヌクレオチドにおいてRp非負電荷インターヌクレオチド結合がある各位置に、独立に、第1のオリゴヌクレオチドでは*NRの結合があり、及び第1のオリゴヌクレオチドにおける各核酸塩基は、任意選択で且つ独立に、保護されており(例えば、オリゴヌクレオチド合成の場合のように)、及び存在する場合、第1のオリゴヌクレオチド中の追加の各化学的部分が、任意選択で且つ独立に、保護されており(例えば、-OAcとして保護されている炭水化物部分中の-OH);式中、O5P、O*PD*PDS、*PDR、*N*NS及び*NRの各々は、独立に、本明細書に記載されるとおりである。一部の実施形態において、かかるオリゴヌクレオチドは支持体に結合し、任意選択でリンカー、例えばCNAリンカーを介してCPGに結合する。一部の実施形態において、当業者が理解するとおり、-X-L-Rの除去処理後、O5P、O*PD*PDS、*PDR、*N*NS又は*NRの結合が、それを置き換える結合になる。一部の実施形態において、かかるオリゴヌクレオチド(例えば、第1のオリゴヌクレオチド)は、その対応するオリゴヌクレオチド(例えば、第2のオリゴヌクレオチド)の調製に有用な中間体である。一部の実施形態において、本開示は、提供される第1のオリゴヌクレオチド又はその立体異性体のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。
一部の実施形態において、当業者が理解するとおり、Wは、そのN-部分が、それを置き換える非負電荷インターヌクレオチド結合のN-部分と同じ非水素原子及び非水素原子の連結を(単結合、二重結合又は三重結合等を考慮することなく)有するような構造のものである。例えば、一部の実施形態において、*N中のPは、

(かかる*Nはn001である)であり、及びその対応する非負電荷インターヌクレオチド結合はn001である。
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、本明細書の表(例えば、表A1)に挙げられるオリゴヌクレオチドと同じ「説明」を有し、但し、以下を除くものとする:
オリゴヌクレオチドはOの結合を少なくとも1つ含み、及び/又はリン酸結合があるオリゴヌクレオチド中の各位置に、独立に、Oの結合があり、式中、Oは、

であり;
ステレオランダムなホスホロチオエート結合がある各位置に、独立に、*PDの結合があり、式中、*PDは、

であり;
Spホスホロチオエート結合がある各位置に、独立に、*PDSの結合があり、式中、*PDSは、

であり;
Rpホスホロチオエート結合がある各位置に、独立に、*PDRの結合があり、式中、*PDRは、

であり;
ステレオランダムなn001がある各位置に、独立に、*Nの結合があり、式中、*Nは、

であり(当業者が理解するとおり、これはアニオン(例えば、PF などのQ(これは修飾ステップにおけるアニオンであり得る))と会合する);
Sp n001がある各位置に、独立に、*NSの結合があり、式中、*NSは、

であり(当業者が理解するとおり、これはアニオン(例えば、PF などのQ(これは修飾ステップにおけるアニオンであり得る))と会合する);及び
Rp n001がある各位置に、独立に、*NRの結合があり、式中、*NRは、

であり(当業者が理解するとおり、これはアニオン(例えば、PF などのQ(これは修飾ステップにおけるアニオンであり得る))と会合する);及び
オリゴヌクレオチドは、任意選択で、固体支持体に任意選択でリンカーを介して連結される。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは固体支持体、例えば、CPG、ポリスチレン支持体等に連結される。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、リンカー、例えばCNAリンカーを介して固体支持体に連結される。一部の実施形態において、かかるオリゴヌクレオチドは、式O-I又はその塩形態のオリゴヌクレオチドである。
立体化学及び骨格キラル中心のパターンの特定の実施形態
とりわけ、本開示は、1つ以上のキラル制御されたインターヌクレオチド結合を含むオリゴヌクレオチドを提供する。一部の実施形態において、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの各キラル結合リンは、独立にキラル制御されている(立体制御されている)(例えば、それぞれ独立に、少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%又は99%の立体純度(ジアステレオ純度)を(例えば、典型的には、結合リンを含有するインターヌクレオチド結合と、そのインターヌクレオチド結合によって結合している2つのヌクレオシド単位とを含む適切な二量体を使用して評価したとき)有する)。一部の実施形態において、立体純度は少なくとも90%である。一部の実施形態において、立体純度は少なくとも95%である。一部の実施形態において、立体純度は少なくとも96%である。一部の実施形態において、立体純度は少なくとも97%である。一部の実施形態において、立体純度は少なくとも98%である。一部の実施形態において、立体純度は少なくとも99%である。立体化学及び他の修飾(例えば、塩基修飾、糖修飾、インターヌクレオチド結合修飾等)を完全に制御する能力に伴い、本開示は、対応するキラル制御されていない技術と比較して改良された特性及び/又は活性の技術を提供する。
一部の実施形態において、領域、特にコア領域若しくは中間領域の又はオリゴヌクレオチド(例えば、複数のオリゴヌクレオチド中のオリゴヌクレオチド)の骨格キラル中心のパターンは、(Np/Op)t[(Rp)n(Sp)m]y、(Np/Op)t[(Op)n(Sp)m]y、(Np/Op)t[(Op/Rp)n(Sp)m]y、(Sp)t[(Rp)n(Sp)m]y、(Sp)t[(Op)n(Sp)m]y、(Sp)t[(Op/Rp)n(Sp)m]y、[(Rp)n(Sp)m]y、[(Op)n(Sp)m]y、[(Op/Rp)n(Sp)m]y、(Rp)t(Np)n(Rp)m、(Rp)t(Sp)n(Rp)m、(Rp)t[(Np/Op)n]y(Rp)m、(Rp)t[(Sp/Np)n]y(Rp)m、(Rp)t[(Sp/Op)n]y(Rp)m、(Np/Op)t(Np)n(Np/Op)m、(Np/Op)t(Sp)n(Np/Op)m、(Np/Op)t[(Np/Op)n]y(Np/Op)m、(Np/Op)t[(Sp/Op)n]y(Np/Op)m、(Np/Op)t[(Sp/Op)n]y(Np/Op)m、(Rp/Op)t(Np)n(Rp/Op)m、(Rp/Op)t(Sp)n(Rp/Op)m、(Rp/Op)t[(Np/Op)n]y(Rp/Op)m、(Rp/Op)t[(Sp/Op)n]y(Rp/Op)m又は(Rp/Op)t[(Sp/Op)n]y(Rp/Op)m(特に指定されない限り、修飾及び立体化学パターンの記載は、当技術分野において典型的に用いられるとおり5’から3’である)であるか又はそれを含み、式中、Spはキラル修飾インターヌクレオチド結合のキラル結合リンのS配置を示し、Rpはキラル修飾インターヌクレオチド結合のキラル結合リンのR配置を示し、Opは天然リン酸結合のアキラルな結合リンを示し、各Npは、独立に、Rp又はSpであり、m、n、t及びyの各々は、独立に、本開示に記載されるとおり1~50である。一部の実施形態において、骨格キラル中心のパターンは[(Rp/Op)n(Sp)m]yであるか又はそれを含む。一部の実施形態において、骨格キラル中心のパターンは[(Rp)n(Sp)m]yであるか又はそれを含む。一部の実施形態において、骨格キラル中心のパターンは[(Op)n(Sp)m]yであるか又はそれを含む。一部の実施形態において、骨格キラル中心のパターンは(Np/Op)t[(Rp/Op)n(Sp)m]yであるか又はそれを含む。一部の実施形態において、骨格キラル中心のパターンは(Np/Op)t[(Rp)n(Sp)m]yであるか又はそれを含む。一部の実施形態において、骨格キラル中心のパターンは(Np/Op)t[(Op)n(Sp)m]yであるか又はそれを含む。一部の実施形態において、骨格キラル中心のパターンは(Sp)t[(Rp/Op)n(Sp)m]yであるか又はそれを含む。一部の実施形態において、骨格キラル中心のパターンは(Sp)t[(Rp)n(Sp)m]yであるか又はそれを含む。一部の実施形態において、骨格キラル中心のパターンは(Sp)t[(Op)n(Sp)m]yであるか又はそれを含む。一部の実施形態において、骨格キラル中心のパターンは(Rp)t(Np)n(Rp)mであるか又はそれを含む。一部の実施形態において、骨格キラル中心のパターンは(Rp)t(Sp)n(Rp)mであるか又はそれを含む。一部の実施形態において、骨格キラル中心のパターンは(Rp)t[(Np/Op)n]y(Rp)mであるか又はそれを含む。一部の実施形態において、骨格キラル中心のパターンは(Rp)t[(Sp/Np)n]y(Rp)mであるか又はそれを含む。一部の実施形態において、骨格キラル中心のパターンは(Rp)t[(Sp/Op)n]y(Rp)mであるか又はそれを含む。一部の実施形態において、骨格キラル中心のパターンは(Np/Op)t(Np)n(Np/Op)mであるか又はそれを含む。一部の実施形態において、骨格キラル中心のパターンは(Np/Op)t(Sp)n(Np/Op)mであるか又はそれを含む。一部の実施形態において、骨格キラル中心のパターンは(Np/Op)t[(Np/Op)n]y(Np/Op)mであるか又はそれを含む。一部の実施形態において、骨格キラル中心のパターンは(Np/Op)t[(Sp/Op)n]y(Np/Op)mであるか又はそれを含む。一部の実施形態において、骨格キラル中心のパターンは(Np/Op)t[(Sp/Op)n]y(Np/Op)mであるか又はそれを含む。一部の実施形態において、骨格キラル中心のパターンは(Rp/Op)t(Np)n(Rp/Op)mであるか又はそれを含む。一部の実施形態において、骨格キラル中心のパターンは(Rp/Op)t(Sp)n(Rp/Op)mであるか又はそれを含む。一部の実施形態において、骨格キラル中心のパターンは(Rp/Op)t[(Np/Op)n]y(Rp/Op)mであるか又はそれを含む。一部の実施形態において、骨格キラル中心のパターンは(Rp/Op)t[(Sp/Op)n]y(Rp/Op)mであるか又はそれを含む。一部の実施形態において、骨格キラル中心のパターンは(Rp)(Rp/Op)t[(Sp/Op)n]y(Rp/Op)m(Rp)であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、nは1である。例えば、一部の実施形態において、骨格キラル中心のパターンは(Sp)t[Op(Sp)m]yであるか又はそれを含み;一部の実施形態において、骨格キラル中心のパターンは(Sp)t[Rp(Sp)m]yであるか又はそれを含む。一部の実施形態において、yは1である。一部の実施形態において、mは2以上である。一部の実施形態において、tは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10であり、nは1であり、及びmは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10である。一部の実施形態において、tは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10であり、nは1であり、及びmは、2、3、4、5、6、7、8、9又は10である。一部の実施形態において、Rp又はOpの前に少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10個のインターヌクレオチド結合があり、及び後に少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10個のインターヌクレオチド結合がある。一部の実施形態において、前及び/又は後に少なくとも2個のインターヌクレオチド結合がある。一部の実施形態において、前及び/又は後に少なくとも3個のインターヌクレオチド結合がある。一部の実施形態において、前及び/又は後に少なくとも4個のインターヌクレオチド結合がある。一部の実施形態において、前及び/又は後に少なくとも5個のインターヌクレオチド結合がある。一部の実施形態において、前及び/又は後に少なくとも6個のインターヌクレオチド結合がある。一部の実施形態において、前及び/又は後に少なくとも7個のインターヌクレオチド結合がある。一部の実施形態において、前及び/又は後に少なくとも8個のインターヌクレオチド結合がある。一部の実施形態において、前及び/又は後に少なくとも9個のインターヌクレオチド結合がある。一部の実施形態において、前及び/又は後に少なくとも10個のインターヌクレオチド結合がある。一部の実施形態において、yは1である。一部の実施形態において、yは2以上である。一部の実施形態において、yは2、3、4又は5である。一部の実施形態において、yは2である。一部の実施形態において、yは3である。一部の実施形態において、yは4である。一部の実施形態において、yは5である。一部の実施形態において、かかる骨格キラル中心のパターンを有する領域は、その糖部分に2’-修飾を含まず、ここで、2’-修飾は、2’-OR又は2’-O-L-(式中、Rは水素でなく、及びLは炭素原子を含み、且つ糖部分の別の炭素原子に連結する)である。一部の実施形態において、かかる骨格キラル中心のパターンを有する領域の各糖部分は、独立に、天然DNA糖部分である(

。当業者が理解するとおり、天然DNA中の天然DNA糖部分については、C1が塩基に連結され、C3及びC5が、それぞれ独立に、インターヌクレオチド結合又は-OH(5’末端又は3’末端にあるとき)に連結される)。かかる骨格キラル中心のパターンによって提供される特定の利益/利点が、米国特許出願公開第20170037399号、国際公開第2017/015555号及び国際公開第2017/062862号に記載されている。
一部の実施形態において、y、t、n及びmは各々、独立に、本開示に記載されるとおり1~20である。一部の実施形態において、yは1である。一部の実施形態において、yは、少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14又は15である。一部の実施形態において、yは、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14又は15である。一部の実施形態において、yは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10である。一部の実施形態において、yは1である。一部の実施形態において、yは2である。一部の実施形態において、yは3である。一部の実施形態において、yは4である。一部の実施形態において、yは5である。一部の実施形態において、yは6である。一部の実施形態において、yは7である。一部の実施形態において、yは8である。一部の実施形態において、yは9である。一部の実施形態において、yは10である。
一部の実施形態において、nは1である。一部の実施形態において、nは、少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14又は15である。一部の実施形態において、nは、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14又は15である。一部の実施形態において、nは1~10である。一部の実施形態において、nは、1、2、3、4、5、6、7又は8である。一部の実施形態において、nは1である。一部の実施形態において、nは、2、3、4、5、6、7又は8である。一部の実施形態において、nは、3、4、5、6、7又は8である。一部の実施形態において、nは、4、5、6、7又は8である。一部の実施形態において、nは、5、6、7又は8である。一部の実施形態において、nは、6、7又は8である。一部の実施形態において、nは、7又は8である。一部の実施形態において、nは1である。一部の実施形態において、nは2である。一部の実施形態において、nは3である。一部の実施形態において、nは4である。一部の実施形態において、nは5である。一部の実施形態において、nは6である。一部の実施形態において、nは7である。一部の実施形態において、nは8である。一部の実施形態において、nは9である。一部の実施形態において、nは10である。
一部の実施形態において、mは0~50である。一部の実施形態において、mは1~50である。一部の実施形態において、mは1である。一部の実施形態において、mは2~50である。一部の実施形態において、mは、少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14又は15である。一部の実施形態において、mは、2、3、4、5、6、7又は8である。一部の実施形態において、mは、3、4、5、6、7又は8である。一部の実施形態において、mは、4、5、6、7又は8である。一部の実施形態において、mは、5、6、7又は8である。一部の実施形態において、mは、6、7又は8である。一部の実施形態において、mは、7又は8である。一部の実施形態において、mは0である。一部の実施形態において、mは1である。一部の実施形態において、mは2である。一部の実施形態において、mは3である。一部の実施形態において、mは4である。一部の実施形態において、mは5である。一部の実施形態において、mは6である。一部の実施形態において、mは7である。一部の実施形態において、mは8である。一部の実施形態において、mは9である。一部の実施形態において、mは10である。一部の実施形態において、mは11である。一部の実施形態において、mは12である。一部の実施形態において、mは13である。一部の実施形態において、mは14である。一部の実施形態において、mは15である。一部の実施形態において、mは16である。一部の実施形態において、mは17である。一部の実施形態において、mは18である。一部の実施形態において、mは19である。一部の実施形態において、mは20である。一部の実施形態において、mは21である。一部の実施形態において、mは22である。一部の実施形態において、mは23である。一部の実施形態において、mは24である。一部の実施形態において、mは25である。一部の実施形態において、mは少なくとも2である。一部の実施形態において、mは少なくとも3である。一部の実施形態において、mは少なくとも4である。一部の実施形態において、mは少なくとも5である。一部の実施形態において、mは少なくとも6である。一部の実施形態において、mは少なくとも7である。一部の実施形態において、mは少なくとも8である。一部の実施形態において、mは少なくとも9である。一部の実施形態において、mは少なくとも10である。一部の実施形態において、mは少なくとも11である。一部の実施形態において、mは少なくとも12である。一部の実施形態において、mは少なくとも13である。一部の実施形態において、mは少なくとも14である。一部の実施形態において、mは少なくとも15である。一部の実施形態において、mは少なくとも16である。一部の実施形態において、mは少なくとも17である。一部の実施形態において、mは少なくとも18である。一部の実施形態において、mは少なくとも19である。一部の実施形態において、mは少なくとも20である。一部の実施形態において、mは少なくとも21である。一部の実施形態において、mは少なくとも22である。一部の実施形態において、mは少なくとも23である。一部の実施形態において、mは少なくとも24である。一部の実施形態において、mは少なくとも25である。一部の実施形態において、mは、少なくとも25より大きい。
一部の実施形態において、tは1~20である。一部の実施形態において、tは1である。一部の実施形態において、tは、少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14又は15である。一部の実施形態において、tは、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14又は15である。一部の実施形態において、tは1~5である。一部の実施形態において、tは2である。一部の実施形態において、tは3である。一部の実施形態において、tは4である。一部の実施形態において、tは5である。一部の実施形態において、tは6である。一部の実施形態において、tは7である。一部の実施形態において、tは8である。一部の実施形態において、tは9である。一部の実施形態において、tは10である。一部の実施形態において、tは11である。一部の実施形態において、tは12である。一部の実施形態において、tは13である。一部の実施形態において、tは14である。一部の実施形態において、tは15である。一部の実施形態において、tは16である。一部の実施形態において、tは17である。一部の実施形態において、tは18である。一部の実施形態において、tは19である。一部の実施形態において、tは20である。
一部の実施形態において、t及びmの各々は、独立に、少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14又は15である。一部の実施形態において、t及びmの各々は、独立に、少なくとも3である。一部の実施形態において、t及びmの各々は、独立に、少なくとも4である。一部の実施形態において、t及びmの各々は、独立に、少なくとも5である。一部の実施形態において、t及びmの各々は、独立に、少なくとも6である。一部の実施形態において、t及びmの各々は、独立に、少なくとも7である。一部の実施形態において、t及びmの各々は、独立に、少なくとも8である。一部の実施形態において、t及びmの各々は、独立に、少なくとも9である。一部の実施形態において、t及びmの各々は、独立に、少なくとも10である。
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、t個のセクションの又はそれを含む骨格キラル中心のパターン、例えば、(Sp)t、(Rp)t、(Np/Op)t、(Rp/Op)t等を有するブロック、例えば、第1のブロック、5’ウィング等と、y個又はn個のセクションの又はそれを含む骨格キラル中心のパターン、例えば、(Np)n、(Sp)n、[(Np/Op)n]y、[(Rp/Op)n]y、[(Sp/Op)n]y等を有するブロック、例えば、第2のブロック、コア等と、m個のセクションの又はそれを含む骨格キラル中心のパターン、例えば、(Sp)m、(Rp)m、(Np/Op)m、(Rp/Op)m等を有するブロック、例えば、第3のブロック、3’ウィング等とを含む。
一部の実施形態において、Np又はRpを含むt個、y個、n個又はm個のセクション、例えば、(Rp)t、(Np/Op)t、(Rp/Op)t、(Np)n、[(Np/Op)n]y、[(Rp/Op)n]y、(Rp)m、(Np/Op)m、(Rp/Op)m等は、独立に、少なくとも10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、75%、80%、85%、90%若しくは95%又は100%のRpを含む。一部の実施形態において、Np又はRpを含むt個又はm個のセクションは、独立に、少なくとも10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、75%、80%、85%、90%若しくは95%又は100%のRpを含む。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、少なくとも10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、75%、80%、85%、90%若しくは95%又は100%のRpを含む。一部の実施形態において、パーセンテージは少なくとも10%である。一部の実施形態において、パーセンテージは少なくとも20%である。一部の実施形態において、パーセンテージは少なくとも30%である。一部の実施形態において、パーセンテージは少なくとも40%である。一部の実施形態において、パーセンテージは少なくとも50%である。一部の実施形態において、パーセンテージは少なくとも60%である。一部の実施形態において、パーセンテージは少なくとも70%である。一部の実施形態において、パーセンテージは少なくとも75%である。一部の実施形態において、パーセンテージは少なくとも80%である。一部の実施形態において、パーセンテージは少なくとも85%である。一部の実施形態において、パーセンテージは少なくとも90%である。一部の実施形態において、パーセンテージは少なくとも95%である。一部の実施形態において、パーセンテージは100%である。
一部の実施形態において、3’でRp又はOp結合リンに結合した各糖部分は、独立に、修飾を含む。一部の実施形態において、5’でRp又はOp結合リンに結合した各糖部分は、独立に、修飾を含む。一部の実施形態において、3’でRp結合リンに結合した各糖部分は、独立に、修飾を含む。一部の実施形態において、5’でRp結合リンに結合した各糖部分は、独立に、修飾を含む。一部の実施形態において、3’でOp結合リンに結合した各糖部分は、独立に、修飾を含む。一部の実施形態において、5’でOp結合リンに結合した各糖部分は、独立に、修飾を含む。一部の実施形態において、3’でSp結合リンに結合した各糖部分は、独立に、修飾を含む。一部の実施形態において、5’でSp結合リンに結合した各糖部分は、独立に、修飾を含む。一部の実施形態において、各糖部分は、独立に、修飾を含む。一部の実施形態において、修飾は2’-修飾である。一部の実施形態において、修飾は2’-ORであり、式中、Rは水素でない。一部の実施形態において、修飾は2’-ORであり、式中、Rは、任意選択で置換されているC1~6アルキルである。一部の実施形態において、修飾は2’-ORであり、式中、Rは置換C1~6アルキルである。一部の実施形態において、修飾は2’-ORであり、式中、Rは、任意選択で置換されているC2~6アルキルである。一部の実施形態において、修飾は2’-ORであり、式中、Rは置換C2~6アルキルである。一部の実施形態において、Rは-CHCHOMeである。一部の実施形態において、修飾は、2個の糖炭素を連結する-L-、例えばLNAに見られるものであるか又はそれを含む。一部の実施形態において、修飾は、糖部分のC2とC4とを連結する-L-である。一部の実施形態において、Lは-CH-CH(R)-であり、式中、Rは本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態において、Lは-CH-CH(R)-であり、式中、Rは本開示に記載されるとおりであり、且つ水素でない。一部の実施形態において、Lは-CH-(R)-CH(R)-であり、式中、Rは本開示に記載されるとおりであり、且つ水素でない。一部の実施形態において、Lは-CH-(S)-CH(R)-であり、式中、Rは本開示に記載されるとおりであり、且つ水素でない。一部の実施形態において、ブロック、ウィング、コア又はオリゴヌクレオチドは、本開示に記載されるとおりの糖修飾を有する。
一部の実施形態において、提供される骨格キラル中心のパターンは(Rp/Sp)-(全Rp又は全Sp)-(Rp/Sp)であるか又はそれを含み、式中、各Rp/Spは、独立に、Rp又はSpである。一部の実施形態において、提供される骨格キラル中心のパターンは、(Rp)-(全Sp)-(Rp)であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、提供される骨格キラル中心のパターンは、(Sp)-(全Sp)-(Sp)であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、提供される骨格キラル中心のパターンは、(Sp)-(全Rp)-(Sp)であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、提供される骨格キラル中心のパターンは、(Rp/Sp)-(繰り返しの(Sp)m(Rp)n)-(Rp/Sp)であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、提供される骨格キラル中心のパターンは、(Rp/Sp)-(繰り返しのSpSpRp)-(Rp/Sp)であるか又はそれを含む。
ブロック
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、塩基修飾、糖修飾、インターヌクレオチド結合のタイプ、結合リンの立体化学等によって特徴付けられる1つ以上のブロックを含む。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、5’-第1のブロック-第2のブロック-第3のブロック-3’構造を含むか又はその構造である。一部の実施形態において、第1のブロックは5’ウィングである。一部の実施形態において、第1のブロックは5’末端領域である。一部の実施形態において、第2のブロックはコアである。一部の実施形態において、第2のブロックは、5’末端領域と3’末端領域との間の中間領域である。一部の実施形態において、第3のブロック 3’ウィング。一部の実施形態において、第3のブロックは3’末端領域である。5’ウィング、5’末端領域、コア、中間領域、3’ウィング及び3’末端領域の各々は、独立に、ブロックであり得る。
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、5’-ウィング-コア-ウィング-3’、5’-ウィング-コア-3’又は5’-コア-ウィング-3’構造を含むか又はその構造である。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの第1のブロック、第2のブロック、第3のブロック、ウィング(例えば、5’ウィング、3’ウィング)及び/又はコアは、それぞれ独立に、本開示に記載されるとおりのブロックであるか又は1つ以上のブロックを含む。
本開示では、米国特許出願公開第20150211006号、米国特許出願公開第20150211006号、国際公開第2017015555号、国際公開第2017015575号、国際公開第2017062862号、国際公開第2017160741号(これらの各々のブロック、5’ウィング、3’ウィング及びコアは参照により本明細書に援用される)に記載されるものを含め、様々なブロック、5’ウィング、3’ウィング及びコアを利用することができる。
一部の実施形態において、ブロックは結合リン立体化学ブロックである。例えば、一部の実施形態において、ブロックは、Rp、Sp又はOp結合リンのみを含む。一部の実施形態において、ブロックは、Rp結合リンのみを含むRpブロックである。一部の実施形態において、ブロックは、Rp/Op結合リンのみを含むRp/Opブロックである。一部の実施形態において、ブロックは、Sp/Op結合リンのみを含むSp/Opブロックである。一部の実施形態において、ブロックはOpブロックである。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド又はその領域(第1のブロック、第2のブロック、第3のブロック、ウィング、コア等)は、Rpブロック、Spブロック及び/又はOpブロックの1つ以上を含む。一部の実施形態において、ブロックは、1つ以上、例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個又はそれを超える結合リンを含む。
一部の実施形態において、ブロックは糖修飾ブロックである。一部の実施形態において、ブロックは、ブロックの各糖部分が独立に2’-修飾を含む2’-修飾ブロックである。一部の実施形態において、2’-修飾は2’-ORであり、式中、Rは本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態において、2’-修飾は2’-ORであり、式中、Rは水素でない。一部の実施形態において、2’-修飾は2’-OMeである。一部の実施形態において、2’-修飾は2’-MOEである。一部の実施形態において、修飾はLNA修飾である。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド又はその領域(第1のブロック、第2のブロック、第3のブロック、ウィング、コア等)は、それぞれ独立にそれ自体糖修飾のものである1つ以上の糖修飾ブロックを含む。一部の実施形態において、ブロックは、1つ以上、例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20又はそれを超える糖部分を含む。
本明細書に例示されるとおり、ブロックは様々な長さであり得る。一部の実施形態において、ブロックは1~30、例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19又は20核酸塩基長である。一部の実施形態において、5’-第1のブロック-第2のブロック-第3のブロック-3’又は5’-ウィング-コア-ウィング-3’は、5-10-5、3-10-4、3-10-6、4-12-4等である。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド又はブロック又はその領域(例えば、5’末端領域、5’ウィング、中間領域、コア領域、3’末端領域、3’-環等)は、1つ以上、例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個又はそれを超える本開示に記載されるとおりの非負電荷インターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、2つ以上、例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個又はそれを超える連続する非負電荷インターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、ブロック又は領域は、2つ以上、例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個又はそれを超える連続する非負電荷インターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、数は1である。一部の実施形態において、数は2である。一部の実施形態において、数は3である。一部の実施形態において、数は4である。一部の実施形態において、数は5である。一部の実施形態において、数は6である。一部の実施形態において、数は7である。一部の実施形態において、数は8である。一部の実施形態において、数は9である。一部の実施形態において、数は10以上である。一部の実施形態において、ブロック、例えば、5’末端領域、5’ウィング中のヌクレオシド単位間の各インターヌクレオチド結合は、非負電荷インターヌクレオチド結合であり、但し、ブロックの5’末端からのブロックの2つのヌクレオシド単位間にある1番目のインターヌクレオチド結合は例外とする。一部の実施形態において、ブロック、例えば、3’末端領域、3’ウィング中のヌクレオシド単位間にある各インターヌクレオチド結合は、非負電荷インターヌクレオチド結合であり、但し、ブロックの3’末端からのブロックの2つのヌクレオシド単位間にある1番目のインターヌクレオチド結合は例外とする。一部の実施形態において、領域、例えば、5’末端領域、5’ウィング中のヌクレオシド単位間にある各インターヌクレオチド結合は、非負電荷インターヌクレオチド結合であり、但し、領域の5’末端からの領域の2つのヌクレオシド単位間にある1番目のインターヌクレオチド結合は例外とする。一部の実施形態において、領域、例えば、3’末端領域、3’ウィング中のヌクレオシド単位間にある各インターヌクレオチド結合は、非負電荷インターヌクレオチド結合であり、但し、領域の3’末端からの領域の2つのヌクレオシド単位間にある第1のインターヌクレオチド結合は例外とする。一部の実施形態において、領域又はブロック、例えば、5’末端領域、5’ウィング、中間領域、コア領域、3’末端領域、3’-環等の各インターヌクレオチド結合は、独立に、非負電荷インターヌクレオチド結合、天然リン酸インターヌクレオチド結合又はRpキラルインターヌクレオチド結合である。一部の実施形態において、領域又はブロック中の各インターヌクレオチド結合は、独立に、非負電荷インターヌクレオチド結合、天然リン酸インターヌクレオチド結合又はRpホスホロチオエートインターヌクレオチド結合である。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド又は領域又はブロック、例えば、5’末端領域、5’ウィング、中間領域、コア領域、3’末端領域、3’-環等のインターヌクレオチド結合の約40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%又はそれを超えるものは、独立に、非負電荷インターヌクレオチド結合、天然リン酸インターヌクレオチド結合又はRpキラルインターヌクレオチド結合である。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド又は領域又はブロックのインターヌクレオチド結合の約40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%又はそれを超えるものが、独立に、非負電荷インターヌクレオチド結合、天然リン酸インターヌクレオチド結合又はRpホスホロチオエートインターヌクレオチド結合である。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド又は領域又はブロックのインターヌクレオチド結合の約40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%又はそれを超えるものが、独立に、非負電荷インターヌクレオチド結合又は天然リン酸インターヌクレオチド結合である。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド又は領域又はブロックのインターヌクレオチド結合の約40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%又はそれを超えるものが、独立に、非負電荷インターヌクレオチド結合である。一部の実施形態において、パーセンテージは45%以上である。一部の実施形態において、パーセンテージは50%以上である。一部の実施形態において、パーセンテージは60%以上である。一部の実施形態において、パーセンテージは70%以上である。一部の実施形態において、パーセンテージは80%以上である。一部の実施形態において、パーセンテージは90%以上である。一部の実施形態において、領域又はブロックはウィングである。一部の実施形態において、領域又はブロックは5’ウィングである。一部の実施形態において、領域又はブロックは3’ウィングである。一部の実施形態において、領域又はブロックはコアである。本明細書に記載されるとおり、領域又はブロック、例えば、ウィング、コア等は、例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20核酸塩基又はそれを超えるものを含む様々な長さを有し得る。一部の実施形態において、各核酸塩基は、独立に、任意選択で置換されているA、T、C、G、U又はA、T、C、G若しくはUの任意選択で置換されている互変異性体である。
長さ
本開示に記載されるとおりの、提供されるオリゴヌクレオチドは、様々な長さ、例えば、2~200、10~15、10~25、15~20、15~25、15~40、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、50、60、70、80、90、100、150核酸塩基長であり得、ここで、各核酸塩基は、独立に、任意選択で置換されているA、T、C、G若しくはU又はA、T、C、G若しくはUの任意選択で置換されている互変異性体である。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチド、例えば、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物における複数のオリゴヌクレオチドは、15核酸塩基長である。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは16核酸塩基長である。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは17核酸塩基長である。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは18核酸塩基長である。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは19核酸塩基長である。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは20核酸塩基長である。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは21核酸塩基長である。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは22核酸塩基長である。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは23核酸塩基長である。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは24核酸塩基長である。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは25核酸塩基長である。
本開示に記載されるとおり、提供されるオリゴヌクレオチド、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物における複数のオリゴヌクレオチドは、様々な修飾、例えば、塩基修飾、糖修飾、インターヌクレオチド結合修飾等を含み得る。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド組成物は、少なくとも1つの修飾ヌクレオチド、少なくとも1つの修飾糖部分、少なくとも1つのモルホリノ部分、少なくとも1つの2’-デオキシリボヌクレオチド、少なくとも1つのロックドヌクレオチド及び/又は少なくとも1つの二環式ヌクレオチドを含む。
核酸塩基
一部の実施形態において、核酸塩基は天然核酸塩基である。一部の実施形態において、核酸塩基は修飾核酸塩基(非天然核酸塩基)である。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチド中の核酸塩基、例えばBAは、天然核酸塩基(例えば、アデニン、シトシン、グアノシン、チミン又はウラシル)又は天然核酸塩基に由来する修飾核酸塩基、例えば、任意選択で置換されているアデニン、シトシン、グアノシン、チミン若しくはウラシル又はその互変異性型である。例としては、限定はされないが、そのそれぞれのアミノ基を保護基、例えば-R、-C(O)R等の1つ以上で保護したウラシル、チミン、アデニン、シトシン及びグアニン並びにその互変異性型が挙げられる。例示的な保護基は、オリゴヌクレオチド合成に有用なものを含め、当技術分野において広く公知であり、本開示において利用することができる。一部の実施形態において、保護されている核酸塩基及び/又は誘導体は、1つ以上のアシル保護基を有する核酸塩基、2-フルオロウラシル、2-フルオロシトシン、5-ブロモウラシル、5-ヨードウラシル、2,6-ジアミノプリン、アザシトシン、プソイドイソシトシン及びプソイドウラシルなどのピリミジン類似体並びに他の修飾核酸塩基、例えば、8-置換プリン、キサンチン又はヒポキサンチン(後者2つは天然分解産物である)から選択される。例示的な修飾核酸塩基は、Chiu and Rana, RNA, 2003, 9, 1034-1048、Limbach et al. Nucleic Acids Research, 1994, 22, 2183-2196及びRevankar and Rao, Comprehensive Natural Products Chemistry, vol. 7, 313にも開示されている。一部の実施形態において、修飾核酸塩基は、置換ウラシル、チミン、アデニン、シトシン又はグアニンである。一部の実施形態において、修飾核酸塩基は、ウラシル、チミン、アデニン、シトシン又はグアニンの、例えば水素結合及び/又は塩基対合の点での機能的置き換えである。一部の実施形態において、核酸塩基は、任意選択で置換されているウラシル、チミン、アデニン、シトシン、5-メチルシトシン又はグアニンである。一部の実施形態において、核酸塩基は、ウラシル、チミン、アデニン、シトシン、5-メチルシトシン又はグアニンである。
一部の実施形態において、修飾塩基は、任意選択で置換されているアデニン、シトシン、グアニン、チミン又はウラシルである。一部の実施形態において、修飾核酸塩基は、独立に、1つ以上の修飾であって、
(1)核酸塩基が、アシル、ハロゲン、アミノ、アジド、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアルキル、ヘテロアルケニル、ヘテロアルキニル、ヘテロシクリル、ヘテロアリール、カルボキシル、ヒドロキシル、ビオチン、アビジン、ストレプトアビジン、置換シリル及びこれらの組み合わせから独立に選択される1つ以上の任意選択で置換されている基によって修飾される修飾;
(2)核酸塩基の1つ以上の原子が、独立に、炭素、窒素又は硫黄から選択される異なる原子で置き換えられる修飾;
(3)核酸塩基中の1つ以上の二重結合が、独立に、水素化される修飾;又は
(4)1つ以上の任意選択で置換されているアリール環又はヘテロアリール環が、独立に、核酸塩基に挿入される修飾
によって修飾されているアデニン、シトシン、グアニン、チミン又はウラシルである。
修飾核酸塩基には、フェニル環など、1つ以上のアリール環が付加されている拡大サイズの核酸塩基も含まれる。Glen Researchカタログ(Glen Researchのウェブサイトにて利用可能);Krueger AT et al, Acc. Chem. Res., 2007, 40, 141-150;Kool, ET, Acc. Chem. Res., 2002, 35, 936-943;Benner S.A., et al., Nat. Rev. Genet., 2005, 6, 553-543;Romesberg, F.E., et al., Curr. Opin. Chem. Biol., 2003, 7, 723-733;Hirao, I., Curr. Opin. Chem. Biol., 2006, 10, 622-627に記載される核塩基の置き換えが、本開示のオリゴヌクレオチドに有用なものとして企図される。
一部の実施形態において、修飾核酸塩基は、限定はされないが、コリン誘導環又はポルフィリン誘導環などの構造を含む。ポルフィリン誘導塩基の置き換えについて、Morales-Rojas, H and Kool, ET, Org. Lett., 2002, 4, 4377-4380に記載されている。以下に、核酸塩基の置き換えとして使用することのできるポルフィリン誘導環の例を示す。
一部の実施形態において、修飾核酸塩基は蛍光である。かかる蛍光修飾核酸塩基の例としては、フェナントレン、ピレン、スチルベン、イソキサンチン、イソキサントプテリン、テルフェニル、テルチオフェン、ベンゾテルチオフェン、クマリン、ルマジン、テザー型スチルベン、ベンゾウラシル及びナフトウラシルが挙げられる。
一部の実施形態において、修飾核酸塩基は、ユニバーサル塩基又は縮重塩基、例えば、3-ニトロピロール、5’-ニトロインドール、P、K等である。
一部の実施形態において、他のヌクレオシドも、本開示に開示される技術において使用することができ、修飾核酸塩基又は修飾糖に共有結合的に結合した核酸塩基を取り込むヌクレオシドが挙げられる。修飾核酸塩基を取り込むヌクレオシドの一部の例としては、4-アセチルシチジン;5-(カルボキシヒドロキシルメチル)ウリジン;2’-O-メチルシチジン;5-カルボキシメチルアミノメチル-2-チオウリジン;5-カルボキシメチルアミノメチルウリジン;ジヒドロウリジン;2’-O-メチルプソイドウリジン;β,D-ガラクトシルキューオシン;2’-O-メチルグアノシン;N-イソペンテニルアデノシン;1-メチルアデノシン;1-メチルプソイドウリジン;1-メチルグアノシン;1-メチルイノシン;2,2-ジメチルグアノシン;2-メチルアデノシン;2-メチルグアノシン;N-メチルグアノシン;3-メチルシチジン;5-メチルシチジン;5-ヒドロキシメチルシチジン;5-ホルミルシトシン;5-カルボキシルシトシン;N-メチルアデノシン;7-メチルグアノシン;5-メチルアミノエチルウリジン;5-メトキシアミノメチル-2-チオウリジン;β,D-マンノシルキューオシン;5-メトキシカルボニルメチルウリジン;5-メトキシウリジン;2-メチルチオ-N-イソペンテニルアデノシン;N-((9-β,D-リボフラノシル-2-メチルチオプリン-6-イル)カルバモイル)スレオニン;N-((9-β,D-リボフラノシルプリン-6-イル)-N-メチルカルバモイル)スレオニン;ウリジン-5-オキシ酢酸メチルエステル;ウリジン-5-オキシ酢酸(v);プソイドウリジン;キューオシン;2-チオシチジン;5-メチル-2-チオウリジン;2-チオウリジン;4-チオウリジン;5-メチルウリジン;2’-O-メチル-5-メチルウリジン;及び2’-O-メチルウリジンが挙げられる。
一部の実施形態において、核酸塩基は、任意選択で置換されているA、T、C、G又はUであり、ここで、1つ以上の-NHは、独立に且つ任意選択で、-C(-L-Rに置き換えられ、1つ以上の-NH-は、独立に且つ任意選択で、-C(-L-R-に置き換えられ、1つ以上の=N-は、独立に且つ任意選択で、-C(-L-R)-に置き換えられ、1つ以上の=CH-は、独立に且つ任意選択で、=N-に置き換えられ、及び1つ以上の=Oは、独立に且つ任意選択で、=S、=N(-L-R)又は=C(-L-Rに置き換えられ、ここで、2つ以上の-L-Rは、任意選択で、それらの介在原子と一緒になって、0~10個のヘテロ原子環原子を有する3~30員環二環式又は多環式環を形成する。一部の実施形態において、修飾核酸塩基は、任意選択で置換されているA、T、C、G又はUであり、ここで、1つ以上の-NHは、独立に且つ任意選択で、-C(-L-Rに置き換えられ、1つ以上の-NH-は、独立に且つ任意選択で、-C(-L-R-に置き換えられ、1つ以上の=N-は、独立に且つ任意選択で、-C(-L-R)-に置き換えられ、1つ以上の=CH-は、独立に且つ任意選択で、=N-に置き換えられ、及び1つ以上の=Oは、独立に且つ任意選択で、=S、=N(-L-R)又は=C(-L-Rに置き換えられ、ここで、2つ以上の-L-Rは、任意選択で、それらの介在原子と一緒になって、0~10個のヘテロ原子環原子を有する3~30員環二環式又は多環式環を形成し、ここで、修飾塩基は天然A、T、C、G及びUと異なる。一部の実施形態において、核酸塩基は、任意選択で置換されているA、T、C、G又はUである。一部の実施形態において、修飾塩基は、置換されているA、T、C、G又はUであり、ここで、修飾塩基は天然A、T、C、G及びUと異なる。
一部の実施形態において、修飾核酸塩基は、任意選択で置換され得る。一部の実施形態において、修飾核酸塩基は、1つ以上の、例えば、ヘテロ原子、アルキル基又は蛍光部分、ビオチン若しくはアビジン部分或いは他のタンパク質若しくはペプチドに連結した結合部分を含有する。一部の実施形態において、核酸塩基又は修飾核酸塩基は、例えば、抗体、抗体断片、ビオチン、アビジン、ストレプトアビジン、受容体リガンド又はキレート部分など、1つ以上の生体分子結合部分を含むか又はそれとコンジュゲートしている。一部の実施形態において、修飾核酸塩基は、蛍光又は生体分子結合部分による置換によって修飾される。一部の実施形態において、核酸塩基又は修飾核酸塩基上の置換基は蛍光部分である。一部の実施形態において、核酸塩基又は修飾核酸塩基上の置換基はビオチン又はアビジンである。
例示的な核酸塩基は、米国特許出願公開第20110294124号、米国特許出願公開第20120316224号、米国特許出願公開第20140194610号、米国特許出願公開第20150211006号、米国特許出願公開第20150197540号、国際公開第2015107425号、国際公開第2017/015555号、国際公開第2017/015575号及び国際公開第2017/062862号(これらの各々の核酸塩基は参照により本明細書に援用される)にも記載されている。

一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは天然糖部分に加えて1つ以上の修飾糖部分を含む。一部の実施形態において、糖は天然糖である。一部の実施形態において、糖は修飾糖(非天然糖)である。最も一般的に見られる天然に存在するヌクレオチドは、核酸塩基アデノシン(A)、シトシン(C)、グアニン(G)及びチミン(T)又はウラシル(U)に結合したリボース糖で構成される。本開示には、インターヌクレオチド結合が糖又は修飾糖の様々な位置に結合している修飾ヌクレオチドも含まれる。非限定的な例として、インターヌクレオチド結合は糖の2’、3’、4’又は5’位に結合することができる。
一部の実施形態において、糖部分は、

であり、式中、各可変要素は、独立に、本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態において、糖部分は、

であり、式中、Lは-C(R5s-であり、式中、各R5sは、独立に、本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態において、糖部分は、

の構造を有し、式中、各可変要素は、独立に、本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態において、糖部分は、

の構造を有し、式中、各可変要素は、独立に、本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態において、糖は、

の構造を有するか又はそれから誘導され、式中、各可変要素は、独立に、本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態において、ヌクレオシドは、

の構造を有し、式中、各可変要素は、独立に、本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態において、ヌクレオシド部分は、

の構造を有するか又はそれを含み、式中、各可変要素は、独立に、本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態において、Lは-CH(R)-であり、式中、Rは本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態において、Rは-Hである。一部の実施形態において、Rは-Hでなく、及びLは-(R)-CH(R)-である。一部の実施形態において、Rは-Hでなく、及びLは-(S)-CH(R)-である。一部の実施形態において、本開示に記載されるとおりのRは、任意選択で置換されているC1~6アルキルである。一部の実施形態において、Rはメチルである。
様々なタイプの糖修飾が公知であり、本開示において利用することができる。一部の実施形態において、糖修飾は、2’-修飾(例えばR2s(例えば、

にあるもの))である。一部の実施形態において、2’-修飾は2’-Fである。一部の実施形態において、2’-修飾は2’-ORであり、式中、Rは水素でない。一部の実施形態において、2’-修飾は2’-ORであり、式中、Rは、任意選択で置換されているC1~6脂肪族である。一部の実施形態において、2’-修飾は2’-ORであり、式中、Rは、任意選択で置換されているC1~6アルキルである。一部の実施形態において、2’-修飾は2’-OMeである。一部の実施形態において、2’-修飾は2’-MOEである。一部の実施形態において、2’-修飾はLNA糖修飾(C2-O-CH-C4)である。一部の実施形態において、2’-修飾は(C2-O-C(R)-C4)であり、式中、各Rは、独立に、本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態において、2’-修飾は(C2-O-CHR-C4)であり、式中、Rは本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態において、2’-修飾は(C2-O-(R)-CHR-C4)であり、式中、Rは本開示に記載されるとおりであり、且つ水素でない。一部の実施形態において、2’-修飾は(C2-O-(S)-CHR-C4)であり、式中、Rは本開示に記載されるとおりであり、且つ水素でない。一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されているC1~6脂肪族である。一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されているC1~6アルキルである。一部の実施形態において、Rは、非置換C1~6アルキルである。一部の実施形態において、Rはメチルである。一部の実施形態において、Rはエチルである。一部の実施形態において、2’-修飾は(C2-O-CHR-C4)であり、式中、Rは、任意選択で置換されているC1~6脂肪族である。一部の実施形態において、2’-修飾は(C2-O-CHR-C4)であり、式中、Rは、任意選択で置換されているC1~6アルキルである。一部の実施形態において、2’-修飾は(C2-O-CHR-C4)であり、式中、Rはメチルである。一部の実施形態において、2’-修飾は(C2-O-CHR-C4)であり、式中、Rはエチルである。一部の実施形態において、2’-修飾は(C2-O-(R)-CHR-C4)であり、式中、Rは、任意選択で置換されているC1~6脂肪族である。一部の実施形態において、2’-修飾は(C2-O-(R)-CHR-C4)であり、式中、Rは、任意選択で置換されているC1~6アルキルである。一部の実施形態において、2’-修飾は(C2-O-(R)-CHR-C4)であり、式中、Rはメチルである。一部の実施形態において、2’-修飾は(C2-O-(R)-CHR-C4)であり、式中、Rはエチルである。一部の実施形態において、2’-修飾は(C2-O-(S)-CHR-C4)であり、式中、Rは、任意選択で置換されているC1~6脂肪族である。一部の実施形態において、2’-修飾は(C2-O-(S)-CHR-C4)であり、式中、Rは、任意選択で置換されているC1~6アルキルである。一部の実施形態において、2’-修飾は(C2-O-(S)-CHR-C4)であり、式中、Rはメチルである。一部の実施形態において、2’-修飾は(C2-O-(S)-CHR-C4)であり、式中、Rはエチルである。一部の実施形態において、2’-修飾はC2-O-(R)-CH(CHCH)-C4である。一部の実施形態において、2’-修飾はC2-O-(S)-CH(CHCH)-C4である。一部の実施形態において、糖部分は天然DNA糖部分である。一部の実施形態において、糖部分は、2’で修飾された(2’-修飾)天然DNA糖部分である。一部の実施形態において、糖部分は、任意選択で置換されている天然DNA糖部分である。一部の実施形態において、糖部分は、2’-置換天然DNA糖部分である。
本開示のオリゴヌクレオチド内には多くの修飾糖を取り込むことができる。一部の実施形態において、修飾糖は、以下の1つを含め、2’位に1つ以上の置換基を含有する:-F;-CF、-CN、-N、-NO、-NO、-OR’、-SR’又は-N(R’)(式中、各R’は、独立に、本開示に記載されるとおりである);-O-(C~C10アルキル)、-S-(C~C10アルキル)、-NH-(C~C10アルキル)又は-N(C~C10アルキル);-O-(C~C10アルケニル)、-S-(C~C10アルケニル)、-NH-(C~C10アルケニル)又は-N(C~C10アルケニル);-O-(C~C10アルキニル)、-S-(C~C10アルキニル)、-NH-(C~C10アルキニル)又は-N(C~C10アルキニル);又は-O-(C~C10アルキレン)-O-(C~C10アルキル)、-O-(C~C10アルキレン)-NH-(C~C10アルキル)又は-O-(C~C10アルキレン)-NH(C~C10アルキル)、-NH-(C~C10アルキレン)-O-(C~C10アルキル)又は-N(C~C10アルキル)-(C~C10アルキレン)-O-(C~C10アルキル)(式中、アルキル、アルキレン、アルケニル及びアルキニルは、置換又は非置換であり得る)。置換基の例としては、限定はされないが、-O(CHOCH及び-O(CHNH(式中、nは1~約10である)、MOE、DMAOE及びDMAEOEが挙げられる。特定の修飾糖が、国際公開第2001/088198号、国際公開第2017/062862号及びMartin et al., Helv. Chim. Acta, 1995, 78, 486-504に記載されている。一部の実施形態において、修飾糖は、置換シリル基、RNA切断基、レポーター基、蛍光標識、インターカレーター、オリゴヌクレオチドの薬物動態特性を改良する基、オリゴヌクレオチドの薬力学的特性を改良する基又は類似の特性を有する他の置換基から選択される1つ以上の基を含む。一部の実施形態において、修飾は、3’末端ヌクレオシド上の糖の3’位又は5’末端ヌクレオシド上の5’位を含め、糖の2’、3’、4’、5’又は6’位の1つ以上で行われる。一部の実施形態において、RNAは、2’-OH又は2’-OMeを含めた2’-OR(式中、ORは、任意選択で置換されているアルキルである)を2’位に有する糖を含む。
一部の実施形態において、2’-修飾は2’-Fである。
一部の実施形態において、リボースの2’-OHは、以下の1つを含む置換基(例えば、R2s)に置き換えられる:-H、-F;-CF、-CN、-N、-NO、-NO、-OR’、-SR’又は-N(R’)(式中、各R’は、独立に、上記に定義し及び本明細書に記載するとおりである);-O-(C~C10アルキル)、-S-(C~C10アルキル)、-NH-(C~C10アルキル)又は-N(C~C10アルキル);-O-(C~C10アルケニル)、-S-(C~C10アルケニル)、-NH-(C~C10アルケニル)又は-N(C~C10アルケニル);-O-(C~C10アルキニル)、-S-(C~C10アルキニル)、-NH-(C~C10アルキニル)又は-N(C~C10アルキニル);又は-O-(C~C10アルキレン)-O-(C~C10アルキル)、-O-(C~C10アルキレン)-NH-(C~C10アルキル)又は-O-(C~C10アルキレン)-NH(C~C10アルキル)、-NH-(C~C10アルキレン)-O-(C~C10アルキル)又は-N(C~C10アルキル)-(C~C10アルキレン)-O-(C~C10アルキル)(式中、アルキル、アルキレン、アルケニル及びアルキニルは、置換又は非置換であり得る)。一部の実施形態において、2’-OHは-Hに置き換えられる(デオキシリボース)。一部の実施形態において、2’-OHは-Fに置き換えられる。一部の実施形態において、2’-OHは-OR’に置き換えられる。一部の実施形態において、2’-OHは-OMeに置き換えられる。一部の実施形態において、2’-OHは-OCHCHOMeに置き換えられる。
一部の実施形態において、修飾糖はロックド核酸(LNA)中の糖である。一部の実施形態において、糖炭素原子上の2個の置換基が一緒になって、二価の部分を形成する。一部の実施形態において、2個の置換基は2個の異なる糖炭素原子上にある。一部の実施形態において、形成される二価の部分は、本明細書に定義するとおりの-L-の構造を有する。一部の実施形態において、-L-は-O-CH-であり、式中、-CH-は、任意選択で置換されている。一部の実施形態において、-L-は-O-CH-である。一部の実施形態において、-L-は-O-CH(Me)-である。一部の実施形態において、-L-は-O-CH(Et)-である。一部の実施形態において、-L-は、糖部分のC2とC4との間にある。一部の実施形態において、ロックド核酸糖は、以下に示される構造(式中、R2sは-OCHC4’-である)を有する。
一部の実施形態において、修飾糖は、例えば、Seth et al., J Am Chem Soc. 2010 October 27; 132(42): 14942-14950に記載されるものなど、ENA糖又は修飾ENA糖である。一部の実施形態において、修飾糖は、XNA(ゼノ核酸)に見られるもののいずれか、例えば、アラビノース、アンヒドロヘキシトール、トレオース、2’フルオロアラビノース又はシクロヘキセンである。
一部の実施形態において、修飾糖は、国際公開第2017/062862号に記載されるものである。
一部の実施形態において、修飾糖は、ペントフラノシルの代わりにシクロブチル又はシクロペンチル部分など、糖模倣体である。かかる修飾糖構造の調製について教示する代表的な米国特許としては、限定はされないが、米国特許第4,981,957号;同第5,118,800号;同第5,319,080号;及び同第5,359,044号が挙げられる。一部の実施形態において、修飾糖は、リボース環内の酸素原子が窒素、硫黄、セレン又は炭素によって置き換えられている糖である。一部の実施形態において、修飾糖は、リボース環内の酸素原子が窒素に置き換えられている、且つその窒素が、アルキル基(例えば、メチル、エチル、イソプロピル等)で任意選択で置換されている修飾リボースである。
修飾糖の非限定的な例としてはグリセロールが挙げられる、これはグリセロール核酸(GNA)類似体を形成する。一部の実施形態において、GNA類似体について、Zhang, R et al., J. Am. Chem. Soc., 2008, 130, 5846-5847;Zhang L, et al., J. Am. Chem. Soc., 2005, 127, 4174-4175及びTsai CH et al., PNAS, 2007, 14598-14603に記載されている。
一部の実施形態において、GNA誘導類似体の別の例、ホルミルグリセロールの混合アセタールアミナールをベースとするフレキシブル核酸(FNA)が、Joyce GF et al., PNAS, 1987, 84, 4398-4402及びHeuberger BD and Switzer C, J. Am. Chem. Soc., 2008, 130, 412-413に記載されている。
修飾糖の更なる非限定的な例としては、ヘキソピラノシル(6’→4’)、ペントピラノシル(4’→2’)、ペントピラノシル(4’→3’)又はテトロフラノシル(3’→2’)糖が挙げられる。
一部の実施形態において、糖部分中の1つ以上のヒドロキシル基は、任意選択で且つ独立に、ハロゲン、R’-N(R’)、-OR’又は-SR’(式中、各R’は、独立に、上記に定義し及び本明細書に記載するとおりである)に置き換えられる。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド、例えば、キラル制御されたオリゴヌクレオチド、オリゴヌクレオチド組成物の複数のオリゴヌクレオチド中のオリゴヌクレオチド等における糖の少なくとも1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、11%、12%、13%、14%、15%、16%、17%、18%、19%、20%、21%、22%、23%、24%、25%、26%、27%、28%、29%、30%、31%、32%、33%、34%、35%、36%、37%、38%、39%、40%、41%、42%、43%、44%、45%、46%、47%、48%、49%、50%又はそれを超えるもの(例えば、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%又はそれを超えるもの)(端点を含む)が修飾されている。一部の実施形態において、プリンヌクレオシドの糖及び一部の実施形態ではプリンヌクレオシドのみの糖が修飾されている(例えば、プリンヌクレオシドの約1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、11%、12%、13%、14%、15%、16%、17%、18%、19%、20%、21%、22%、23%、24%、25%、26%、27%、28%、29%、30%、31%、32%、33%、34%、35%、36%、37%、38%、39%、40%、41%、42%、43%、44%、45%、46%、47%、48%、49%、50%又はそれを超えるもの[例えば、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%又はそれを超えるもの]が修飾されている)。一部の実施形態において、ピリミジンヌクレオシドの糖及び一部の実施形態ではピリミジンヌクレオシドのみの糖が修飾されている(例えば、ピリミジンヌクレオシドの約1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、11%、12%、13%、14%、15%、16%、17%、18%、19%、20%、21%、22%、23%、24%、25%、26%、27%、28%、29%、30%、31%、32%、33%、34%、35%、36%、37%、38%、39%、40%、41%、42%、43%、44%、45%、46%、47%、48%、49%、50%又はそれを超えるもの[例えば、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%又はそれを超えるもの]が修飾されている)。一部の実施形態において、プリンヌクレオシド及びピリミジンヌクレオシドの両方が修飾されている。
一部の実施形態において、修飾糖としては、以下に記載されるものが挙げられる:A. Eschenmoser, Science (1999), 284:2118;M. Bohringer et al, Helv. Chim. Acta (1992), 75:1416-1477;M. Egli et al, J. Am. Chem. Soc. (2006), 128(33):10847-56;A. Eschenmoser in Chemical Synthesis: Gnosis to Prognosis, C. Chatgilialoglu and V. Sniekus, Ed., (Kluwer Academic, Netherlands, 1996), p.293;K.-U. Schoning et al, Science (2000), 290:1347-1351;A. Eschenmoser et al, Helv. Chim. Acta (1992), 75:218;J. Hunziker et al, Helv. Chim. Acta (1993), 76:259;G. Otting et al, Helv. Chim. Acta (1993), 76:2701;K. Groebke et al, Helv. Chim. Acta (1998), 81:375;及びA. Eschenmoser, Science (1999), 284:2118。2’修飾に対する修飾については、Verma, S. et al. Annu. Rev. Biochem. 1998, 67, 99-134及びその中にある全ての参考文献を参照することができる。一部の実施形態において、修飾糖は、国際公開第2012/030683号に記載されるものである。一部の実施形態において、修飾糖は、Gryaznov, S; Chen, J.-K. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 3143;Hendrix et al. 1997 Chem. Eur. J. 3: 110;Hyrup et al. 1996 Bioorg. Med. Chem. 4: 5;Jepsen et al. 2004 Oligo. 14: 130-146;Jones et al. J. Org. Chem. 1993, 58, 2983;Koizumi et al. 2003 Nuc. Acids Res. 12: 3267-3273;Koshkin et al. 1998 Tetrahedron 54: 3607-3630;Kumar et al. 1998 Bioo. Med. Chem. Let. 8: 2219-2222;Lauritsen et al. 2002 Chem. Comm. 5: 530-531;Lauritsen et al. 2003 Bioo. Med. Chem. Lett. 13: 253-256;Mesmaeker et al. Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 1994, 33, 226;Morita et al. 2001 Nucl. Acids Res. Supp. 1: 241-242;Morita et al. 2002 Bioo. Med. Chem. Lett. 12: 73-76;Morita et al. 2003 Bioo. Med. Chem. Lett. 2211-2226;Nielsen et al. 1997 Chem. Soc. Rev. 73;Nielsen et al. 1997 J. Chem. Soc. Perkins Transl. 1: 3423-3433;Obika et al. 1997 Tetrahedron Lett. 38 (50): 8735-8;Obika et al. 1998 Tetrahedron Lett. 39: 5401-5404;Pallan et al. 2012 Chem. Comm. 48: 8195-8197;Petersen et al. 2003 TRENDS Biotech. 21: 74-81;Rajwanshi et al. 1999 Chem. Commun. 1395-1396;Schultz et al. 1996 Nucleic Acids Res. 24: 2966;Seth et al. 2009 J. Med. Chem. 52: 10-13;Seth et al. 2010 J. Med. Chem. 53: 8309-8318;Seth et al. 2010 J. Org. Chem. 75: 1569-1581;Seth et al. 2012 Bioo. Med. Chem. Lett. 22: 296-299;Seth et al. 2012 Mol. Ther-Nuc. Acids. 1, e47;Seth, Punit P;Siwkowski, Andrew;Allerson, Charles R;Vasquez, Guillermo;Lee, Sam;Prakash, Thazha P;Kinberger, Garth;Migawa, Michael T;Gaus, Hans;Bhat, Balkrishen;et al. From Nucleic Acids Symposium Series (2008), 52(1), 553-554;Singh et al. 1998 Chem. Comm. 1247-1248;Singh et al. 1998 J. Org. Chem. 63: 10035-39;Singh et al. 1998 J. Org. Chem. 63: 6078-6079;Sorensen 2003 Chem. Comm. 2130-2131;Ts’o et al. Ann. N. Y. Acad. Sci. 1988, 507, 220;Van Aerschot et al. 1995 Angew. Chem. Int. Ed. Engl. 34: 1338;Vasseur et al. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 4006;国際公開第20070900071号;国際公開第20070900071号;又は国際公開第2016/079181号のいずれかに記載される任意の修飾糖である。
一部の実施形態において、修飾糖部分は、任意選択で置換されているペントース又はヘキソース部分である。一部の実施形態において、修飾糖部分は、任意選択で置換されているペントース部分である。一部の実施形態において、修飾糖部分は、任意選択で置換されているヘキソース部分である。一部の実施形態において、修飾糖部分は、任意選択で置換されているリボース又はヘキシトール部分である。一部の実施形態において、修飾糖部分は、任意選択で置換されているリボース部分である。一部の実施形態において、修飾糖部分は、任意選択で置換されているヘキシトール部分である。
一部の実施形態において、糖はD-2-デオキシリボースである。一部の実施形態において、糖はβ-D-デオキシリボフラノースである。一部の実施形態において、糖部分はβ-D-デオキシリボフラノース部分である。一部の実施形態において、糖はD-リボースである。一部の実施形態において、糖はβ-D-リボフラノースである。一部の実施形態において、糖部分はβ-D-リボフラノース部分である。一部の実施形態において、糖は、任意選択で置換されているβ-D-デオキシリボフラノース又はβ-D-リボフラノースである。一部の実施形態において、糖部分は、任意選択で置換されているβ-D-デオキシリボフラノース又はβ-D-リボフラノース部分である。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド、核酸等における糖部分/単位は、インターヌクレオチド結合にそれぞれ独立に連結した1個以上の炭素原子を含む糖、例えば、その5’-C及び/又は3’-Cがそれぞれ独立にインターヌクレオチド結合(例えば、天然リン酸結合、修飾インターヌクレオチド結合、キラル制御されたインターヌクレオチド結合等)に連結している任意選択で置換されているβ-D-デオキシリボフラノース又はβ-D-リボフラノースである。
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの各ヌクレオシドは2’-O-メトキシエチル糖修飾を含む。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド組成物は、少なくとも1つのロックド核酸(LNA)ヌクレオチドを含む。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド組成物は、2’位で修飾されている修飾糖部分を含む少なくとも1つの修飾ヌクレオチドを含む。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド組成物は、H、OR、R、ハロゲン、SH、SR、NH、NHR、NR及びON(式中、Rは、任意選択で置換されているC~Cアルキル、アルケニル又はアルキニルであり、及びハロゲンはF、Cl、Br又はIである)からなる群から選択される2’-置換基を含む修飾糖部分を含む。
一部の実施形態において、修飾核酸塩基、糖、ヌクレオシド、ヌクレオチド及び/又は修飾インターヌクレオチド結合は、Ts’o et al. Ann. N. Y. Acad. Sci. 1988, 507, 220;Gryaznov, S.; Chen, J.-K. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 3143;Mesmaeker et al. Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 1994, 33, 226;Jones et al. J. Org. Chem. 1993, 58, 2983;Vasseur et al. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 4006;Van Aerschot et al. 1995 Angew. Chem. Int. Ed. Engl. 34: 1338;Hendrix et al. 1997 Chem. Eur. J. 3: 110;Koshkin et al. 1998 Tetrahedron 54: 3607-3630;Hyrup et al. 1996 Bioorg. Med. Chem. 4: 5;Nielsen et al. 1997 Chem. Soc. Rev. 73;Schultz et al. 1996 Nucleic Acids Res. 24: 2966;Obika et al. 1997 Tetrahedron Lett. 38 (50): 8735-8;Obika et al. 1998 Tetrahedron Lett. 39: 5401-5404;Singh et al. 1998 Chem. Comm. 1247-1248;Kumar et al. 1998 Bioo. Med. Chem. Let. 8: 2219-2222;Nielsen et al. 1997 J. Chem. Soc. Perkins Transl. 1: 3423-3433;Singh et al. 1998 J. Org. Chem. 63: 6078-6079;Seth et al. 2010 J. Org. Chem. 75: 1569-1581;Singh et al. 1998 J. Org. Chem. 63: 10035-39;Sorensen 2003 Chem. Comm. 2130-2131;Petersen et al. 2003 TRENDS Biotech. 21: 74-81;Rajwanshi et al. 1999 Chem. Commun. 1395-1396;Jepsen et al. 2004 Oligo. 14: 130-146;Morita et al. 2001 Nucl. Acids Res. Supp. 1: 241-242;Morita et al. 2002 Bioo. Med. Chem. Lett. 12: 73-76;Morita et al. 2003 Bioo. Med. Chem. Lett. 2211-2226;Koizumi et al. 2003 Nuc. Acids Res. 12: 3267-3273;Lauritsen et al. 2002 Chem. Comm. 5: 530-531;Lauritsen et al. 2003 Bioo. Med. Chem. Lett. 13: 253-256;国際公開第20070900071号;Seth et al., Nucleic Acids Symposium Series (2008), 52(1), 553-554;Seth et al. 2009 J. Med. Chem. 52: 10-13;Seth et al. 2012 Mol. Ther-Nuc. Acids. 1, e47;Pallan et al. 2012 Chem. Comm. 48: 8195-8197;Seth et al. 2010 J. Med. Chem. 53: 8309-8318;Seth et al. 2012 Bioo. Med. Chem. Lett. 22: 296-299;国際公開第2016/079181号;米国特許第6,326,199号;米国特許第6,066,500号;及び米国特許第6,440,739号に記載されるものから選択される。
一部の実施形態において、糖及びヌクレオシドは、6’位に(R)又は(S)-キラリティーのいずれかを有する、それぞれ6’-修飾二環式糖及びヌクレオシド、例えば米国特許第7,399,845号に記載されるものを含む。他の実施形態において、糖及びヌクレオシドは、5’位に(R)又は(S)-キラリティーのいずれかを有する、それぞれ5’-修飾二環式糖及びヌクレオシド、例えば米国特許出願公開第20070287831号に記載されるものを含む。
一部の実施形態において、修飾糖、核酸塩基、ヌクレオシド、ヌクレオチド及び/又はインターヌクレオチド結合は、米国特許第3,687,808号並びに米国特許第4,845,205号;同第5,130,30号;同第5,134,066号;同第5,175,273号;同第5,367,066号;同第5,432,272号;同第5,457,187号;同第5,457,191号;同第5,459,255号;同第5,484,908号;同第5,502,177号;同第5,525,711号;同第5,552,540号;同第5,587,469号;同第5,594,121号、同第5,596,091号;同第5,614,617号;同第5,681,941号;同第5,750,692号;同第6,015,886号;同第6,147,200号;同第6,166,197号;同第6,222,025号;同第6,235,887号;同第6,380,368号;同第6,528,640号;同第6,639,062号;同第6,617,438号;同第7,045,610号;同第7,427,672号;及び同第7,495,088号(これらの各々の糖、核酸塩基、ヌクレオシド、ヌクレオチド及びインターヌクレオチド結合は参照によって援用される)に記載される。
一部の実施形態において、修飾糖、核酸塩基、ヌクレオシド、ヌクレオチド及び/又はインターヌクレオチド結合は、Gryaznov, S; Chen, J.-K. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 3143;Hendrix et al. 1997 Chem. Eur. J. 3: 110;Hyrup et al. 1996 Bioorg. Med. Chem. 4: 5;Jepsen et al. 2004 Oligo. 14: 130-146;Jones et al. J. Org. Chem. 1993, 58, 2983;Koizumi et al. 2003 Nuc. Acids Res. 12: 3267-3273;Koshkin et al. 1998 Tetrahedron 54: 3607-3630;Kumar et al. 1998 Bioo. Med. Chem. Let. 8: 2219-2222;Lauritsen et al. 2002 Chem. Comm. 5: 530-531;Lauritsen et al. 2003 Bioo. Med. Chem. Lett. 13: 253-256;Mesmaeker et al. Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 1994, 33, 226;Morita et al. 2001 Nucl. Acids Res. Supp. 1: 241-242;Morita et al. 2002 Bioo. Med. Chem. Lett. 12: 73-76;Morita et al. 2003 Bioo. Med. Chem. Lett. 2211-2226;Nielsen et al. 1997 Chem. Soc. Rev. 73;Nielsen et al. 1997 J. Chem. Soc. Perkins Transl. 1: 3423-3433;Obika et al. 1997 Tetrahedron Lett. 38 (50): 8735-8;Obika et al. 1998 Tetrahedron Lett. 39: 5401-5404;Pallan et al. 2012 Chem. Comm. 48: 8195-8197;Petersen et al. 2003 TRENDS Biotech. 21: 74-81;Rajwanshi et al. 1999 Chem. Commun. 1395-1396;Schultz et al. 1996 Nucleic Acids Res. 24: 2966;Seth et al. 2009 J. Med. Chem. 52: 10-13;Seth et al. 2010 J. Med. Chem. 53: 8309-8318;Seth et al. 2010 J. Org. Chem. 75: 1569-1581;Seth et al. 2012 Bioo. Med. Chem. Lett. 22: 296-299;Seth et al. 2012 Mol. Ther-Nuc. Acids. 1, e47;Seth, Punit P;Siwkowski, Andrew;Allerson, Charles R;Vasquez, Guillermo;Lee, Sam;Prakash, Thazha P;Kinberger, Garth;Migawa, Michael T;Gaus, Hans;Bhat, Balkrishen;et al. From Nucleic Acids Symposium Series (2008), 52(1), 553-554;Singh et al. 1998 Chem. Comm. 1247-1248;Singh et al. 1998 J. Org. Chem. 63: 10035-39;Singh et al. 1998 J. Org. Chem. 63: 6078-6079;Sorensen 2003 Chem. Comm. 2130-2131;Ts’o et al. Ann. N. Y. Acad. Sci. 1988, 507, 220;Van Aerschot et al. 1995 Angew. Chem. Int. Ed. Engl. 34: 1338;Vasseur et al. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 4006;国際公開第20070900071号;国際公開第20070900071号;及び国際公開第2016/079181号のいずれかに記載されるものである。
一部の実施形態において、修飾糖、核酸塩基、ヌクレオシド、ヌクレオチド及び/又はインターヌクレオチド結合は、HNA、PNA、2’-フルオロN3’-P5’-ホスホロアミデート、LNA、β-D-オキシ-LNA、2’-O,3’-C結合二環式、PS-LNA、β-D-チオ-LNA、β-D-アミノ-LNA、キシロ-LNA[c]、α-L-LNA、ENA、β-D-ENA、アミド結合LNA、メチルホスホネート-LNA、(R,S)-cEt、(R,S)-cMOE、(R,S)-5’-Me-LNA、S-Me cLNA、メチレン-cLNA、3’-Me-α-L-LNA、R-6’-Me-α-L-LNA、S-5’-Me-α-L-LNA又はR-5’-Me-α-L-LNAを含むか又はその中にあるものを含む。特定の修飾糖、核酸塩基、ヌクレオシド、ヌクレオチド及び/又はインターヌクレオチド結合については、米国特許第9394333号、米国特許第9744183号、米国特許第9605019号、米国特許出願公開第20130178612号、米国特許出願公開第20150211006号、米国特許第9598458号、米国特許出願公開第20170037399号、国際公開第2017/015555号、国際公開第2017/062862号(これらの各々の修飾糖、核酸塩基、ヌクレオシド、ヌクレオチド及びインターヌクレオチド結合は、参照により本明細書に援用される)に記載されている。
ジストロフィン
一部の実施形態において、本開示は、ジストロフィン(DMD)遺伝子又はそれによってコードされる産物(転写物、タンパク質(例えば、ジストロフィンタンパク質の様々な変異体)等)に関する技術、例えば、オリゴヌクレオチド、組成物、方法等を提供する。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドの塩基配列は、その配列がDMD遺伝子又はその産物(例えば、転写物、mRNA等)(かかるオリゴヌクレオチド-DMDオリゴヌクレオチド)の配列であるか又はそれに相補的な(例えば、85%、90%、95%、100%;多くの実施形態において、100%)配列であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、DMD遺伝子又はその産物のかかる配列は、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、20、31、32、33、34、35核酸塩基又はそれを超えるものを含む。一部の実施形態において、DMD遺伝子又はその産物のかかる配列は少なくとも10核酸塩基を含む。一部の実施形態において、DMD遺伝子又はその産物のかかる配列は少なくとも15核酸塩基を含む。一部の実施形態において、DMD遺伝子又はその産物のかかる配列は少なくとも16核酸塩基を含む。一部の実施形態において、DMD遺伝子又はその産物のかかる配列は少なくとも17核酸塩基を含む。一部の実施形態において、DMD遺伝子又はその産物のかかる配列は少なくとも18核酸塩基を含む。一部の実施形態において、DMD遺伝子又はその産物のかかる配列は少なくとも19核酸塩基を含む。一部の実施形態において、DMD遺伝子又はその産物のかかる配列は少なくとも20核酸塩基を含む。一部の実施形態において、本開示は、限定はされないが、デュシェンヌ型筋ジストロフィー(DMDとも略される)及びベッカー型筋ジストロフィー(BMD)を含めた筋ジストロフィーの治療のための、DMDオリゴヌクレオチド並びにその組成物及び使用方法を含む技術を提供する。一部の実施形態において、DMDは1つ以上の突然変異を含む。一部の実施形態において、かかる突然変異は、筋ジストロフィーに罹患している又はそれに罹り易い対象におけるジストロフィンタンパク質の生物学的機能の低下に関連する。
一部の実施形態において、ジストロフィン(DMD)遺伝子又はその産物又はその変異体若しくは一部分は、DMD、BMD、CMD3B、DXS142、DXS164、DXS206、DXS230、DXS239、DXS268、DXS269、DXS270、DXS272、MRX85又はジストロフィン;外部ID:OMIM:300377MGI:94909;HomoloGene:20856;GeneCards:DMD;ヒトにおいて:Entrez:1756;Ensembl:ENSG00000198947;UniProt:P11532;RefSeq(mRNA):NM_000109;NM_004006;NM_004007;NM_004009;NM_004010;RefSeq(タンパク質):NP_000100;NP_003997;NP_004000;NP_004001;NP_004002;位置(UCSC):Chr X:31.1-33.34Mb;マウスにおいて:Entrez:13405;Ensembl:ENSMUSG00000045103;UniProt:P11531;RefSeq(mRNA):NM_007868;NM_001314034;NM_001314035;NM_001314036;NM_001314037;RefSeq(タンパク質):NP_001300963;NP_001300964;NP_001300965;NP_001300966;NP_001300967;位置(UCSC):Chr X:82.95-85.21Mbと称されることもある。
DMD遺伝子は、報告によれば、X染色体上の遺伝子スペースの230万bpにわたって分布する79エクソンを含有する。しかしながら、タンパク質への翻訳に使用されるのは(コード配列)、約14,000bpのみ(1%未満)であることが報告されている。230万bpの当初のヘテロ核RNA転写物から、その遺伝子配列の約99.5%であるイントロン配列がスプライシングにより除去されて、ジストロフィンタンパク質産生の鍵となるあらゆる情報を含む成熟14,000bp mRNAが提供されることが報告されている。一部の実施形態において、DMD患者はこのDMD遺伝子に、野生型DMD mRNAの適切な構築及び/又は野生型ジストロフィンタンパク質の産生を妨げる1つ又は複数の突然変異を有し、DMD患者は、その筋肉に顕著なジストロフィン欠損を示すことが多い。
一部の実施形態において、ジストロフィン転写物、例えば、mRNA又はタンパク質は、選択的スプライシングに関係する又はそれから産生されるものを包含する。例えば、骨格筋、脳及び心臓組織におけるDMD遺伝子のスプライシングパターンの分析後、ジストロフィン遺伝子の16の選択的転写物が報告された。Sironi et al. 2002 FEBS Letters 517: 163-166。
ジストロフィンには幾つかのアイソフォームがあることが報告される。一部の実施形態において、ジストロフィンとは、特定のアイソフォームを参照する。各々組織特異的プロモーターによって制御される、少なくとも3つの完全長ジストロフィンアイソフォームが報告されている。Klamut et al. 1990 Mol. Cell. Biol. 10: 193-205;Nudel et al. 1989 Nature 337: 76-78;Gorecki et al. 1992 Hum. Mol. Genet. 1: 505-510。筋肉アイソフォームは、報告によれば主に骨格筋に発現するが、平滑筋及び心筋にも発現し[Bies, R.D., Phelps, S.F., Cortez, M.D., Roberts, R., Caskey, C.T. and Chamberlain, J.S. 1992 Nucleic Acids Res. 20: 1725-1731]、脳ジストロフィンは、報告によれば皮質ニューロンに特異的であるが、心臓及び小脳ニューロンにも検出することができ、一方、プルキンエ細胞型は、報告によれば、ほぼ全ての小脳ジストロフィンを占める[Gorecki et al. 1992 Hum. Mol. Genet. 1: 505-510]。選択的スプライシングは、報告によれば、ジストロフィン多様化手段を提供する:報告によれば、この遺伝子の3’領域が選択的スプライシングを受けると、脳ニューロン、心臓プルキンエ線維及び平滑筋細胞に組織特異的転写物が生じ[Bies et al. 1992 Nucleic Acids Res. 20: 1725-1731;及びFeener et al. 1989 Nature 338: 509-511]、一方で骨格筋ではこの遺伝子の5’領域に12パターンの選択的スプライシングが報告されている[Surono et al. 1997 Biochem. Biophys. Res. Commun. 239: 895-899]。
一部の実施形態において、ジストロフィンmRNA、遺伝子又はタンパク質は、復帰突然変異体バージョンである。とりわけ、復帰突然変異体ジストロフィンについては、例えば:Hoffman et al. 1990 J. Neurol. Sci. 99:9-25;Klein et al. 1992 Am. J. Hum. Genet. 50: 950-959;及びChelly et al. 1990 Cell 63: 1239-1348;Arahata et al. 1998 Nature 333: 861-863;Bonilla et al. 1988 Cell 54: 447-452;Fanin et al. 1992 Neur. Disord. 2: 41-45;Nicholson et al. 1989 J. Neurol. Sci. 94: 137-146;Shimizu et al. 1988 Proc. Jpn. Acad. Sci. 64: 205-208;Sicinzki et al. 1989 Science 244: 1578-1580;及びSherratt et al. Am. J. Hum. Genet. 53: 1007-1015に報告された。
DMD遺伝子における様々な突然変異は、筋ジストロフィーを引き起こし得るものであり、及び/又は引き起こすことが報告された。
筋ジストロフィー
本明細書に記載される1つ以上のDMDオリゴヌクレオチドを含む組成物は、筋ジストロフィーの治療に使用することができる。一部の実施形態において、筋ジストロフィー(MD)は、時間と共に骨格筋の(進行性)脱力及び破壊を生じる一群の筋病態、疾患又は障害の任意のものである。こうした病態、疾患又は障害は、主にどの筋肉が冒されるか、症状が現れたときの脱力の程度及び症状が悪化する速さの点で異なる。多くのMD患者は、最終的には歩行困難になる。多くの場合、筋ジストロフィーは致死的である。型によっては、中枢神経系を含めた他の器官の障害も伴う。一部の実施形態において、筋ジストロフィーは、デュシェンヌ型(デュシェンヌの)筋ジストロフィー(DMD)又はベッカー型(ベッカーの)筋ジストロフィー(BMD)である。
一部の実施形態において、デュシェンヌ型筋ジストロフィーの症状は、筋消耗を伴う筋脱力であり、随意筋、特に、股関節、骨盤領域、大腿、肩及びふくらはぎの随意筋が最初に冒される。筋脱力は、後に腕、頸部及び他の領域にも起こり得る。ふくらはぎが肥大することが多い。症状は通常、6歳までに現れ、乳児期早期に現れ得る。他の身体症状は、ぎこちない歩き方、足の踏み出し方又は走り方(ある場合には、患者は、腓筋の筋緊張が増加するため、その前足部で歩行する傾向がある)、頻繁な転倒、疲労、運動技能(例えば、走る、跳ぶ、飛び越える)の障害、股関節屈筋の短縮につながる可能性のある腰椎脊柱前弯過度、全体的姿勢及び/又は歩き方、足の踏み出し方又は走り方の異常、アキレス腱及び膝腱の筋拘縮が機能を損なう、進行性の歩行困難、筋線維の変形、舌及び腓筋の仮性肥大(腫大)、脳内ジストロフィンの消失又は機能不全の結果であると考えられている神経行動障害(例えば、ADHD)、学習障害(例えば、失読症)及び特定の認知技能(例えば、短期言語記憶)の非進行性の低下のリスク上昇、最終的な歩行能力の喪失(通常は12歳までに喪失)、骨格変形(ある場合には脊柱側彎症を含む)及び臥位又は座位からの起立困難である。
一部の実施形態において、ベッカー型筋ジストロフィー(BMD)は、短くなった、しかしインフレームである転写物を生じる結果、トランケートされているが部分的には機能性の1つ又は複数のタンパク質の産生をもたらす突然変異によって引き起こされる。かかる部分的に機能性の1つ又は複数のタンパク質は、決定的に重要なアミノ末端、システインリッチ及びC末端ドメインを保持しているが、通常、機能的意義が低いと報告される中心桿状ドメインのエレメントを欠いていることが報告された。England et al. 1990 Nature, 343, 180-182。
一部の実施形態において、BMD表現型の範囲は、突然変異の詳細及びジストロフィンの産生レベルに応じて軽度DMDから事実上無症候にまで及ぶ。Yin et al. 2008 Hum. Mol. Genet. 17: 3909-3918。
一部の実施形態において、アウトオブフレーム突然変異を有するジストロフィー患者は、概して、重症度の高いデュシェンヌ型筋ジストロフィーと診断され、インフレーム突然変異を有するジストロフィー患者は、概して、重症度の低いベッカー型筋ジストロフィーと診断される。しかしながら、インフレーム欠失を有する患者の少数は、エクソン47~51、48~51及び49~53の欠失など、ヒンジ領域の一部をコードするエクソン50又は51を始端又は終端とする欠失突然変異を有する患者を含め、デュシェンヌ型筋ジストロフィーと診断される。いかなる特定の理論によっても拘束されることを望むものではないが、本開示は、同じエクソン欠失が存在するにも関わらず疾患重症度に患者間変動がある点が、報告によれば、mRNAスプライシング効率及び/又はパターン;ゲノム再配列後の翻訳又は転写効率;及びトランケート型タンパク質構造の安定性又は機能に及ぼす具体的な欠失区切り点の効果に関係し得ることを指摘しておく。Yokota et al. 2009 Arch. Neurol. 66: 32。
筋ジストロフィーの治療としてのエクソンスキッピング
一部の実施形態において、筋ジストロフィーの治療は、1つ以上のジストロフィンエクソンのスキッピングを媒介する能力を有するDMDオリゴヌクレオチドの使用を含む。一部の実施形態において、本開示は、筋ジストロフィーを治療する方法を提供し、この方法は、それに罹患している又はそれに罹り易い対象に、DMDオリゴヌクレオチド又はDMDオリゴヌクレオチドを含む組成物を投与することを含む。特に、とりわけ、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド/キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物が、予想外にも、他の点で同一の、しかしキラル制御されていないオリゴヌクレオチド/オリゴヌクレオチド組成物と比較してエクソンスキッピングの調節に有効であることを実証する。一部の実施形態において、本開示は、1つ以上の非負電荷インターヌクレオチド結合の取込みが送達及び/又は全体的なエクソンスキッピング効率を大きく改良し得ることを実証する。
一部の実施形態において、筋ジストロフィーの治療には、DMDオリゴヌクレオチドの使用が用いられ、ここで、このオリゴヌクレオチドは、1つ以上のエクソンのスキッピングを提供する能力を有する。1つ以上の(例えば、多重)DMDエクソンのスキッピングにより、例えば、1つ又は複数の突然変異エクソンを除去することができるか、又はスキップされないエクソンにおける1つ又は複数の突然変異を補償する(例えば、突然変異がフレームシフト突然変異である場合にリーディングフレームを回復させる)ことができる。一部の実施形態において、DMDオリゴヌクレオチドは、突然変異(例えば、フレームシフト、挿入、欠失、ミスセンス若しくはナンセンス突然変異又は他の突然変異)を含むエクソンのスキッピングを媒介する能力を有し、ここで、エクソンのスキッピングにより、DMD遺伝子の適切なリーディングフレームが維持され(又は回復し)、翻訳によってトランケート型であるが、機能性の(又は概ね機能性の)DMDタンパク質が産生される。一部の実施形態において、DMDオリゴヌクレオチドは、別のエクソン(そのフレームシフト突然変異を含むものではない)のスキッピングを提供し、ひいてはDMD遺伝子のリーディングフレームを回復させることにより、フレームシフト突然変異を含むエクソンを補償する。一部の実施形態において、筋ジストロフィーを有する患者はDMD遺伝子の1つのエクソンにフレームシフト突然変異を有し;及びこの患者は、突然変異を有するエクソンのスキッピングを引き起こさないが、別のエクソンのスキッピングを引き起こし、それによりDMD遺伝子のリーディングフレームが回復して機能性のDMDタンパク質が産生されるようになるDMDオリゴヌクレオチドで治療される(及びフレームシフト突然変異を有するエクソンの3’側に欠失エクソンがある場合、この機能性DMDタンパク質は、フレームシフト突然変異から欠失エクソンの3’側にあるエクソンにまでわたる、通常DMDに見られないアミノ酸の配列を除いては正常なDMDタンパク質のアミノ酸を概して有することになる)。
一部の実施形態において、DMDオリゴヌクレオチドを含む組成物は、中枢神経系のジストロフィン関連障害の治療に有用である。一部の実施形態において、本開示は、中枢神経系のジストロフィン関連障害を治療する方法に関し、ここで、この方法は、中枢神経系のジストロフィン関連障害に罹患している患者に治療有効量のDMDオリゴヌクレオチドを投与するステップを含む。一部の実施形態において、DMDオリゴヌクレオチドは、中枢神経系のジストロフィン関連障害に罹患している患者に対して中枢神経系外(非限定的な例として、静脈内又は筋肉内)に投与され、このDMDオリゴヌクレオチドは、血液脳関門を通過して中枢神経系に入り込む能力を有する。一部の実施形態において、DMDオリゴヌクレオチドは中枢神経系に直接(非限定的な例として、髄腔内、脳室内、頭蓋内等の送達により)投与される。
一部の実施形態において、中枢神経系のジストロフィン関連障害又はその症状は、知能低下、長期記憶低下、短期記憶低下、言語機能障害、てんかん、自閉症スペクトラム障害、注意欠陥多動障害(ADHD)、強迫性障害、学習障害、行動障害、脳容積の低下、灰白質容積の低下、低い白質異方性度、高い白質半径方向拡散率、頭蓋形状の異常又は海馬、淡蒼球、尾状核被殻、視床下部、前交連、中脳水道周囲灰白質、内包、扁桃、脳梁、中隔核、側坐核、海馬采、脳室若しくは中脳視床の容積若しくは構造の有害な変化のいずれか1つ以上であり得る。一部の実施形態では、筋ジストロフィーの筋肉関連症状を呈する患者が、中枢神経系のジストロフィン関連障害の症状も呈する。
一部の実施形態において、中枢神経系のジストロフィン関連障害は、完全長ジストロフィン又は限定はされないが、Dp260、Dp140、Dp116、Dp71又はDp40を含めたジストロフィンの小型アイソフォームなど、ジストロフィン遺伝子の遺伝子産物のレベル、活性、発現及び/又は分布の異常に関係し、それを伴い、及び/又はそれによって引き起こされる。一部の実施形態において、DMDオリゴヌクレオチドは、中枢神経系のジストロフィン関連障害の1つ以上のシステムの改善のために、筋ジストロフィー患者の中枢神経系に投与される。一部の実施形態において、中枢神経系のジストロフィン関連障害は、完全長ジストロフィン又は限定はされないが、Dp260、Dp140、Dp116、Dp71又はDp40を含めたジストロフィンの小型アイソフォームなど、ジストロフィン遺伝子の遺伝子産物のレベル、活性、発現及び/又は分布の異常に関係し、それを伴い、及び/又はそれによって引き起こされる。一部の実施形態において、中枢神経系のジストロフィン関連障害に罹患している患者にDMDオリゴヌクレオチドを投与することにより、ジストロフィン遺伝子の遺伝子産物のレベル、活性及び/又は発現が増加し、及び/又は分布が改良される。
一部の実施形態において、本開示は、ジストロフィンプレmRNAスプライシングを調節する技術を提供し、これによれば選択のエクソンが切り出されることにより、フレームシフトを起こす突然変異の周囲で成熟mRNAからナンセンス突然変異が除去されるか、又はリーディングフレームが回復する。一部の実施形態において、エクソンのスキッピング能力を有するDMDオリゴヌクレオチドは、リーディングフレームを回復させる能力を有する。
非限定的な例として、エクソン50の欠失を有するデュシェンヌ型筋ジストロフィー患者では、エクソン49がエクソン51にスプライスされるアウトオブフレーム転写物が生成される。結果として、エクソン51に終止コドンが生じ、それによりジストロフィン合成が途中で終了する。一部の実施形態において、本開示は、エクソン51のスキッピングを媒介し、転写物のオープンリーディングフレームを回復させて、且つベッカー型筋ジストロフィー(BMD)患者と同様のトランケート型ジストロフィンの産生を可能にすることができるオリゴヌクレオチドを提供する。
一部の実施形態において、DMD患者では、DMD遺伝子が、突然変異を含むエクソンを含み、障害は、少なくとも一部には、1つ以上のエクソン(例えば、突然変異を含むエクソン、又は突然変異を含むエクソンに隣接するエクソン、又は突然変異を含むエクソンを包含する連続するエクソンの組)のスキッピングによって治療される。
一部の実施形態において、DMD患者では、DMD遺伝子又は転写物が1つ又は複数のエクソンに突然変異を有し、この突然変異は、ミスセンス又はナンセンス突然変異及び/又は欠失、挿入、逆位、転座又は重複である。一部の実施形態において、DMD患者では、DMD遺伝子又は転写物が1つ又は複数のエクソンに、フレームシフト、未成熟終止コドン又は適切なリーディングフレームの他の摂動を生じさせる突然変異を有する。
一部の実施形態において、筋ジストロフィーの治療では、DMDのエクソンがスキップされ、ここで、このエクソンは、DMDタンパク質機能に必須でない一続きのアミノ酸をコードするか、又はそのスキッピングが完全に又は部分的に機能性のDMDタンパク質をもたらし得るものである。一部の実施形態において、筋ジストロフィーの治療では、DMDのエクソンがスキップされ、ここで、スキップされる1つ又は複数のエクソンは、突然変異を含むエクソン又は突然変異を含むエクソンに隣接する(例えば、フランキングする)エクソンを含むか、又はここで、複数のエクソンがスキップされ、スキップされるエクソンは、任意選択で、突然変異を含むエクソンを含む。一部の実施形態において、筋ジストロフィーの治療では、2つ以上のエクソンがスキップされ、ここで、スキップされるエクソンは、突然変異を含むエクソン又は突然変異を含むエクソンに隣接する(例えば、フランキングする)エクソンを含む。一部の実施形態において、筋ジストロフィーの治療では、エクソンはフレームシフト突然変異を含み、別のエクソンのスキッピングが(フレームシフト突然変異を有するエクソンをその場に残しつつ)、適切なリーディングフレームを回復させる。
一部の実施形態において、筋ジストロフィーの治療では、DMDオリゴヌクレオチドが1つ以上のDMDエクソンのスキッピングを媒介する能力を有し、それにより適切なリーディングフレームが回復するか若しくは維持され、及び/又は生物学的活性の少なくとも部分的な改良又は完全な回復をもたらす人工的な内部トランケート型DMDが作り出される。
一部の実施形態において、DMDオリゴヌクレオチドは、報告によればその一部分がタンパク質機能に重要なエクソン64及びエクソン70ではない、及び/又は最初又は最後のエクソンではない1つ又は複数のエクソンをスキップする。一部の実施形態において、DMDオリゴヌクレオチドは1つ又は複数のエクソンをスキップするが、その1つ又は複数のエクソンのスキッピングは、N末端領域における1つ以上又は全てのアクチン結合部位の欠失を引き起こさない。
一部の実施形態において、スキップされた1つ又は複数のエクソンを有するジストロフィン転写物から産生される内部トランケート型DMDタンパク質は、例えばアウトオブフレーム欠失を有するジストロフィン転写物から産生される末端トランケート型DMDタンパク質と比べて機能性がより高い。
一部の実施形態において、スキップされた1つ又は複数のエクソンを有するジストロフィン転写物から産生される内部トランケート型DMDタンパク質は、例えばアウトオブフレーム欠失を有するジストロフィン転写物から産生される末端トランケート型DMDタンパク質を分解することのできるナンセンス変異依存分解機構に対する耐性がより高い。
一部の実施形態において、筋ジストロフィーの治療には、DMDオリゴヌクレオチドの使用が用いられ、ここで、このオリゴヌクレオチドは、1つ以上のエクソンのスキッピングを提供する能力を有する。1つ以上の(例えば、多重)DMDエクソンのスキッピングにより、例えば、突然変異エクソンを除去することができるか、又はスキップされないエクソンにおける突然変異を補償する(例えば、フレームシフト突然変異についてそれから回復させる)ことができる。
一部の実施形態において、本開示は、エクソンスキッピング戦略の設計にDMD突然変異の性質及び位置を利用し得るという認識を包含する。一部の実施形態において、DMD患者がエクソンに突然変異を有する場合、その突然変異エクソンのスキッピングにより、内部的にトランケートされた(内部的に短くなった)が、少なくとも部分的に機能性のDMDタンパク質産物が産生され得る。
一部の実施形態において、DMD患者は、例えば、スプライシングに必要な部位を不活性化することによるか、又は潜在部位を活性化し、そのためそれがスプライシングに際して活性になることによるか、又は代替的な(例えば、非天然の)スプライス部位を作り出すことによってDMD転写物のスプライシングを変化させる突然変異を有する。一部の実施形態において、かかる突然変異は、低活性又は不活性のタンパク質の産生を引き起こす。一部の実施形態において、スプライシング調節、例えば、エクソンスキッピング、かかる突然変異の抑制等を用いると、例えば、適切なスプライシングの回復による活性が回復したタンパク質の産生又は活性が改良された若しくは回復した内部トランケート型ジストロフィンタンパク質の産生等により、かかる突然変異の効果を除去又は低減することができる。
一部の実施形態において、DMD患者は、1つ又は幾つかのエクソンの重複である突然変異を有し、本開示は、重複を欠失させる、及び/又はリーディングフレームを回復させるエクソンスキッピング技術を提供する。
一部の実施形態において、DMD患者は、エクソンのスキッピングを引き起こす、ひいてはフレームシフトを引き起こし得る突然変異を有する。一部の実施形態において、本開示は、追加の1つ又は複数のエクソンのスキッピングを提供してリーディングフレームを回復させ得る技術を提供する。例えば、フレームシフトを生じさせるエクソン51の欠失には、リーディングフレームを回復させるエクソン50又は52のスキッピングにより対処し得る。一部の実施形態において、DMD患者は、フレームシフトを引き起こす1つのエクソンに突然変異を有し、別の1つ又は複数のエクソン(例えば、別のエクソン又は突然変異エクソンの直ちに5’側又は3’側に隣接する又はフランキングする1つ又は複数のエクソン)の欠失がリーディングフレームを回復させる。
一部の実施形態において、リーディングフレームを回復させると、アウトオブフレーム突然変異をインフレーム突然変異に変換することができる;一部の実施形態において、ヒトでは、かかる変化により、重度のデュシェンヌ型筋ジストロフィーをより軽度のベッカー型筋ジストロフィーに変えることができる。
一部の実施形態において、DMD患者又はDMDを有する疑いがある患者は、DMDオリゴヌクレオチドを含む組成物の投与前にDMD遺伝子型に関して分析される。
一部の実施形態において、DMD患者又はDMDを有する疑いがある患者は、DMDオリゴヌクレオチドを含む組成物の投与前にDMD表現型に関して分析される。
一部の実施形態において、DMD患者は、DMDオリゴヌクレオチドを含む組成物の投与前にDMD遺伝子型及びDMD表現型の関係を決定するため遺伝子型及び表現型に関して分析される。
一部の実施形態において、患者は、DMDオリゴヌクレオチドを含む組成物の投与前にジストロフィーを有することが遺伝的に確認される。
一部の実施形態において、DMD遺伝子型の分析又はDMD若しくは患者の遺伝的確認は、患者がDMDに1つ以上の有害な突然変異を有するかどうかを決定することを含む。
一部の実施形態において、DMD遺伝子型の分析又はDMD若しくは患者の遺伝的確認は、患者がDMDに1つ以上の有害な突然変異を有するかどうかを決定すること、及び/又はDMDスプライシングを分析すること、及び/又はDMDのスプライス変異体を検出することを含み、ここで、スプライス変異体は、異常なDMDスプライシングによって産生される。
一部の実施形態において、DMD遺伝子型の分析又はDMDの遺伝的確認は、治療に有用なDMDオリゴヌクレオチドを含む組成物の選択に関する情報を与える。
一部の実施形態では、異常な又は突然変異体のDMD遺伝子又はその一部分が患者又は患者の1つ又は複数の細胞又は1つ又は複数の組織から除去又はコピーされ、異常な若しくは突然変異体のDMD遺伝子又は異常若しくは突然変異を含むその一部分若しくはそのコピーが細胞に挿入される。一部の実施形態では、この細胞を使用して、DMDオリゴヌクレオチドを含む様々な組成物を試験することにより、かかる組成物が患者にとって治療として有用となり得るかどうかを予測することができる。一部の実施形態において、細胞は筋芽細胞又は筋細管である。
一部の実施形態において、個体又は患者は、DMDオリゴヌクレオチドによる治療前、DMDの1つ以上のスプライス変異体を産生し得、多くの場合に各変異体が極めて低レベルで産生される。一部の実施形態では、実施例20に記載されるような方法を用いることにより、DMDオリゴヌクレオチドの投与前、投与中又は投与後に患者において低レベルのスプライス変異体が産生されていることを検出し得る。
一部の実施形態において、患者及び/又はその組織は、DMDオリゴヌクレオチドを含む組成物の投与前に、DMD遺伝子の様々なスプライシング変異体の産生に関して分析される。
一部の実施形態において、本開示は、DMDオリゴヌクレオチド(例えば、1つ以上のDMDのエクソンのスキッピングを媒介する能力を有するオリゴヌクレオチド)の設計方法を提供する。一部の実施形態において、本開示は本明細書に記載される合理的設計及び任意選択でシーケンスウォークを利用して、例えば、1つ以上のアッセイ及び/又は条件におけるエクソンスキッピングの試験用のオリゴヌクレオチドを設計する。一部の実施形態では、所与の生体システムの様々な情報を用いることを含め、合理的設計後に効果的なオリゴヌクレオチドが開発される。
一部の実施形態において、DMDオリゴヌクレオチドの開発方法では、オリゴヌクレオチドは、1つ以上の潜在的なスプライシング関連モチーフにアニールするように設計され、次にエクソンスキッピングを媒介するその能力が試験される。一部の実施形態において、スプライシング関連モチーフとしては、限定はされないが、標的エクソンのアクセプター、エクソン認識配列(ERS)、エクソンスプライスエンハンサー(ESE)部位、スプライシングエンハンサー配列(SES)、分岐点配列及びドナースプライス部位のいずれか1つ以上が挙げられる。スプライシングに関与し得る特定の配列が、例えば、Disset et al. 2006 Human Mol. Gen. 15: 999-1013に報告された。
一部の実施形態において、RESCUE-ESE、ESEfinder及びPESXサーバなどのソフトウェアパッケージを利用して推定ESE部位を予測し得る(Fairbrother et al. 2002 Science 297: 1007-1013;Cartegni et al. 2003 Nat. Struct. Biol. 120-125;Zhang and Chasin 2004 Gen. Dev. 18: 1241-1250;Smith et al. 2006 Hum. Mol. Genet. 15: 2490-2508)。
一部の実施形態において、DMDエクソンのアクセプター、エクソン認識配列(ERS)、エクソンスプライスエンハンサー(ESE)部位又はドナースプライス部位を標的とする又はそれと相互作用するDMDオリゴヌクレオチドは、別の(例えば、オフターゲット)遺伝子の配列とは相互作用しないか、又はそれと大きく相互作用することはない。
一部の実施形態において、DMDオリゴヌクレオチド設計の合理的手法では、オリゴヌクレオチドは、ジストロフィン転写物、例えばmRNAの二次構造を考慮して設計される。設計されたオリゴヌクレオチドは、次にエクソンスキッピングに関して評価することができる。本開示に記載される合理的手法を用いて幾つもの有効なDMDオリゴヌクレオチドが設計されている。
一部の実施形態において、それに代えて又は加えて、シーケンスウォーク、例えばエクソン配列のシーケンスウォークを実施して効果的なDMDオリゴヌクレオチド配列が探索され得る。
一部の実施形態において、提供される方法は、シーケンスウォークを行うことを含む。一部の実施形態において、オーバーラップオリゴヌクレオチドの組が生成される。一部の実施形態において、組内のオリゴヌクレオチドは同じ長さを有し、その組内のオリゴヌクレオチドの5’末端は均等な間隔で隔てられている。一部の実施形態において、オーバーラップオリゴヌクレオチドの組は、エクソン全体又はその1つ又は複数の一部分を包含する。ウォークにおけるオリゴヌクレオチドの5’末端は、例えば、1塩基間隔、2塩基間隔、3塩基間隔等、好適な距離で均等に隔てられ得る。とりわけ、本開示は、配列を最適化し得ること、及び本開示の化学及び/又は立体化学技術と組み合わせて高度に有効なオリゴヌクレオチド(並びにその組成物及び使用方法)を調製し得ることを実証する。
オリゴヌクレオチド及びオリゴヌクレオチド組成物を評価する例示的技術
本開示において、オリゴヌクレオチドの特性及び/又は活性の評価には、例えば、米国特許出願公開第20170037399号、国際公開第2017/015555号、国際公開第2017/015575号、国際公開第2017/192664号、国際公開第2017/062862号、国際公開第2017/192679号、国際公開第2017/210647号等、様々な技術を利用することができる。
例えば、DMDオリゴヌクレオチドは、エクソンスキッピングを媒介するその能力に関して、本開示に係るインビトロ及びインビボアッセイを含めた様々なアッセイで判定することができる。インビトロアッセイは、限定はされないが、Δ48-50患者由来筋芽細胞を含め、本明細書に記載される又は当技術分野において公知の様々な試験細胞で実施することができる。インビボ試験は、限定はされないが、マウス、ラット、ネコ、ブタ、イヌ、サル又は非ヒト霊長類を含め、本明細書に記載される又は当技術分野において公知の試験動物で実施することができる。
非限定的な例として、DMDオリゴヌクレオチドの特性/活性を評価するための幾つものアッセイを以下に記載する。様々な他の好適なアッセイが利用可能であり、エクソンスキッピング用に設計されるのでないオリゴヌクレオチドのものを含め、オリゴヌクレオチド特性/活性の評価に利用し得る(例えば、標的転写物レベルの低下にRNアーゼHが関わり得るオリゴヌクレオチドについては、米国特許出願公開第20170037399号、国際公開第2017/015555号、国際公開第2017/015575号、国際公開第2017/192664号、国際公開第2017/192679号、国際公開第2017/210647号等に記載されるアッセイ)。
DMDオリゴヌクレオチドは、エクソンのスキッピングを媒介するその能力に関してジストロフィンRNAで判定することができ、これは、非限定的な例として、ネステッドPCR、qRT-PCR及び/又はシーケンシングを用いて試験することができる。
DMDオリゴヌクレオチドは、タンパク質の回復(例えば、スキップされたエクソンにコードされるコドンに対応するアミノ酸を欠く内部トランケート型タンパク質の産生、これは、エクソンスキッピング前に産生されるタンパク質(存在する場合)と比較して改良された機能を有する)を媒介するその能力に関して判定することができ、これは、ウエスタンブロット、免疫染色等、幾つものタンパク質検出及び/又は定量化方法によって判定することができる。ジストロフィンに対する抗体は、市販されているか、又は必要に応じて所望の目的に合わせて開発することができる。
DMDオリゴヌクレオチドは、回復した安定タンパク質の産生を媒介するその能力に関して判定することができる。回復したタンパク質の安定性は、非限定的な例では、血清及び組織安定性に関するアッセイで試験することができる。
DMDオリゴヌクレオチドは、アルブミンなどのタンパク質と結合するその能力に関して判定することができる。例示的な関連技術としては、例えば、国際公開第2017/015555号、国際公開第2017/015575号等に記載されるものが挙げられる。
DMDオリゴヌクレオチドは、免疫活性に関して、例えば、サイトカイン活性化、補体活性化、TLR9活性等に関するアッセイを通じて判定することができる。例示的な関連技術としては、例えば、国際公開第2017/015555号、国際公開第2017/015575号、国際公開第2017/192679号、国際公開第2017/210647号等に記載されるものが挙げられる。
一部の実施形態において、DMDオリゴヌクレオチドの有効性は、例えば、インシリコ解析及び予測、無細胞抽出物、人工的コンストラクトをトランスフェクトした細胞、ヒトジストロフィントランス遺伝子又はその一部分を有するマウスなどの動物、正常な及びジストロフィー性のヒト筋原細胞株及び/又は臨床試験で試験することができる。正常な及びジストロフィー性のヒト筋原細胞株は時に、一定の条件下で異なる有効性結果を生じ得るため、2つ以上のアッセイを利用することが望ましい場合もある(Mitrpant et al. 2009 Mol. Ther. 17: 1418)。
一部の実施形態において、DMDオリゴヌクレオチドは、インビトロで細胞において試験することができる。一部の実施形態において、細胞におけるインビトロでの試験は、1つ又は複数のオリゴヌクレオチドのジムノシスによる送達又はデリバリー剤又はトランスフェクタントを使用した送達を伴い、これらの多くは当技術分野において公知であり、本開示において利用し得る。
一部の実施形態において、DMDオリゴヌクレオチドは、インビトロで正常ヒト骨格筋細胞(hSkMC)において試験することができる。例えば、Arechavala et al. 2007 Hum. Gene Ther. 18: 798-810を参照のこと。
一部の実施形態において、DMDオリゴヌクレオチドは、DMD患者からの筋外植片で試験することができる。DMD患者からの筋外植片については、例えば、Fletcher et al. 2006 J. Gene Med. 8: 207-216;McClorey et al. 2006 Neur. Dis. 16: 583-590;及びArechavala et al. 2007 Hum. Gene Ther. 18: 798-810に報告されている。
一部の実施形態において、細胞は、DMD患者からの培養筋細胞であるか又はそれを含む。例えば、Aartsma-Rus et al. 2003 Hum. Mol. Genet. 8: 907-914を参照のこと。
一部の実施形態において、個別のDMDオリゴヌクレオチドは、ある状況下では、エクソンをスキップするその能力について実験間変動を示し得る。一部の実施形態において、個別のDMDオリゴヌクレオチドは、どの細胞が使用されるか、成長条件及び他の実験要因に応じて、1つ又は複数のエクソンをスキップするその能力について変動を示し得る。変動を制御するため、典型的には試験しようとするオリゴヌクレオチド及び対照オリゴヌクレオチドが同じ又は実質的に同じ条件下で評価される。
インビトロ実験には、患者由来筋芽細胞で行われるものも含まれる。かかる実験の特定の結果は本明細書に記載した。特定のかかる実験では、細胞を骨格成長培地において培養して、細胞を分裂/未熟筋芽細胞状態に保った。次に培地を「分化」培地(インスリン及び2%ウマ血清を含有する)に交換し、同時に投与のため培地中のオリゴヌクレオチドをスパイクした。細胞は、それが好適な期間、例えばRNA実験について合計4日及びタンパク質実験について6日にわたって投与を受けるにつれ筋管に分化した(かかる条件は「0日間前分化」(RNAについて0日+4日、タンパク質について0日+6日)として参照される)。
いかなる特定の理論によっても拘束されることを望むものではないが、本開示は、DMDオリゴヌクレオチドが成熟筋管に入り込み、その細胞並びに「未熟」細胞においてスキッピングを誘導可能かどうかが分かっていることが望ましい場合もあることを指摘しておく。一部の実施形態において、本開示は、筋管におけるDMDオリゴヌクレオチドの効果を試験するアッセイを提供した。一部の実施形態では、「0日間前分化」と異なる投薬スケジュールを使用しており、ここで、筋芽細胞を分化培地で数日間(4日又は7日又は10日)にわたって筋管に予め分化させ、次にDMDオリゴヌクレオチドを投与した。特定の関連するプロトコルについては実施例19に記載する。
一部の実施形態において、本開示は、前分化実験において、投与前に細胞を分化培地で培養した日数に関わらず、DMDオリゴヌクレオチド(PMOであるものを除く)が通常、ほぼ同じレベルのRNAスキッピング及びジストロフィンタンパク質回復をもたらすことを実証した。一部の実施形態において、本開示は、筋芽細胞及び筋管に入り込み、そこで活性となることが可能であり得るオリゴヌクレオチドを提供する。一部の実施形態において、DMDオリゴヌクレオチドは、インビトロでΔ45-52 DMD患者細胞(D45-52又はdel45-52とも称される)又はΔ52 DMD患者細胞(D52又はdel52とも称される)において0、4又は7日の前分化を伴い試験される。
一部の実施形態において、DMDオリゴヌクレオチドは、非哺乳類及び哺乳類モデルを含め;非限定的な例として、線虫属(Caenorhabditis)、ショウジョウバエ属(Drosophila)、ゼブラフィッシュ、マウス、ラット、ネコ、イヌ及びブタを含め、様々な動物モデルのいずれか1つ以上で試験することができる。例えば、McGreevey et al. 2015 Dis. Mod. Mech. 8: 195-213にあるレビューを参照のこと。
mdxマウスの例示的な使用が、例えば、Lu et al. 2003 Nat. Med. 9: 1009;Jearawiriyapaisarn et al. 2008 Mol. Ther., 16, 1624-1629;Yin et al. 2008 Hum. Mol. Genet., 17, 3909-3918;Wu et al. 2009 Mol. Ther., 17, 864-871;Wu et al. 2008 Proc. Natl Acad. Sci. USA, 105, 14814-14819;Mann et al. 2001 Proc. Nat. Acad. Sci. USA 98: 42-47;及びGebski et al. 2003 Hum. Mol. Gen. 12: 1801-1811に報告されている。
DMDオリゴヌクレオチドの有効性は、ゴールデン・レトリバー筋ジストロフィー(GRMD)動物モデルなど、イヌで試験することができる。Lu et al. 2005 Proc. Natl. Acad. Sci. USA 102:198-203;Alter et al. 2006 Nat. Med. 12:175-7;McClorey et al. 2006 Gene Ther. 13:1373-81;及びYokota et al. 2012 Nucl. Acid Ther. 22: 306。
DMDオリゴヌクレオチドは、様々な組織(例えば、骨格筋、心筋及び/又は横隔膜筋)への効率的な送達に関して試験動物においてインビボで判定することができる;これは、非限定的な例において、ハイブリダイゼーションELISA及び動物組織における分布に関する試験によって試験することができる。
DMDオリゴヌクレオチドは、血漿PKに関して試験動物においてインビボで判定することができる;これは、非限定的な例として、AUC(曲線下面積)及び半減期をアッセイすることにより試験され得る。
一部の実施形態において、DMDオリゴヌクレオチドは、インビボで試験動物の筋肉への筋肉内投与によって試験することができる。
一部の実施形態において、DMDオリゴヌクレオチドは、インビボで試験動物の腓腹筋への筋肉内投与によって試験することができる。
一部の実施形態において、DMDオリゴヌクレオチドは、インビボでマウスの腓腹筋への筋肉内投与によって試験することができる。
一部の実施形態において、DMDオリゴヌクレオチドは、インビボで、ヒトジストロフィン遺伝子座全体がトランスジェニックのマウスモデルの腓腹筋への筋肉内投与によって試験することができる。例えば、Bremmer-Bout et al. 2004 Mol. Ther. 10, 232-240を参照のこと。
DMOオリゴヌクレオチドの有効性を判定するために実施することのできる追加の試験としては、中心核線維数及びジストロフィン陽性線維数及び機能性握力分析が挙げられる。非限定的な例として、Yin et al. 2009 Hum. Mol. Genet. 18: 4405-4414に報告される実験プロトコルを参照のこと。
DMDオリゴヌクレオチドの追加の試験方法としては、非限定的な例として、Kinali et al. 2009 Lancet 8: 918;Bertoni et al. 2003 Hum. Mol. Gen. 12: 1087-1099に報告される方法が挙げられる。
オリゴヌクレオチド及びその組成物の特定の実施形態
とりわけ、本開示は、様々な遺伝子の、それによってコードされる産物及び/又はそれに関連する病態、疾患及び/又は障害を含めたターゲティングに有用なオリゴヌクレオチド並びにその組成物及び使用方法を提供する。一部の実施形態において、本開示は、DMDについてのオリゴヌクレオチド並びにその組成物及び使用方法を提供する。一部の実施形態において、本開示はDMDオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、DMDオリゴヌクレオチドの塩基配列は、本明細書に挙げられる任意のDMDオリゴヌクレオチド配列の少なくとも15隣接塩基であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、本開示はDMDオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、DMDオリゴヌクレオチドの塩基配列は、本明細書に挙げられる任意のDMDオリゴヌクレオチド配列の少なくとも15隣接塩基であるか又はそれを含み、ここで、DMDオリゴヌクレオチドは約50塩基長未満である。一部の実施形態において、本開示は、非負電荷インターヌクレオチド結合を含むオリゴヌクレオチド又はオリゴヌクレオチド組成物を提供する。
一部の実施形態において、本開示は、DMDオリゴヌクレオチド(複数のDMDオリゴヌクレオチド)のキラル制御された組成物を提供し、ここで、DMDオリゴヌクレオチドの塩基配列は、本明細書に挙げられる任意のDMDオリゴヌクレオチド配列の少なくとも15隣接塩基であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、本開示は、DMDオリゴヌクレオチドのキラル制御された組成物を提供し、ここで、DMDオリゴヌクレオチドの塩基配列は、本明細書に挙げられる任意のDMDオリゴヌクレオチド配列の少なくとも15隣接塩基であるか又はそれを含み、ここで、DMDオリゴヌクレオチドは約50塩基長未満である。
一部の実施形態において、本開示は、表A1に挙げられる任意のオリゴヌクレオチドに見られる配列又はその15塩基部分からなるか、又はそれを含む配列を有するキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、1つ以上のUは、任意選択で且つ独立に、Tに置き換えられ得るか又は逆も同様である。
一部の実施形態において、本開示は、UCAAGGAAGAUGGCAUUUCU、CUCCGGUUCUGAAGGUGUUC若しくはUUCUGAAGGUGUUCUUGUAC又はその一部分の少なくとも15塩基長(式中、各Uは、任意選択で且つ独立に、Tに置き換えることができる)の配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、少なくとも1つのインターヌクレオチド結合は、キラル制御されたインターヌクレオチド結合である。一部の実施形態において、本開示は、UCAAGGAAGAUGGCAUUUCU、CUCCGGUUCUGAAGGUGUUC若しくはUUCUGAAGGUGUUCUUGUAC又はその一部分の少なくとも15塩基長(式中、各Uは、任意選択で且つ独立に、Tに置き換えることができる)の配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、少なくとも1つのキラル制御されたインターヌクレオチド結合は、式I、式I-a、式I-b、式I-c、式I-n-1、式I-n-2、式I-n-3、式I-n-4、式II、式II-a-1、式II-a-2、式II-b-1、式II-b-2、式II-c-1、式II-c-2、式II-d-1、式II-d-2、式III又はその塩形態の構造を有する。一部の実施形態において、本開示は、UCAAGGAAGAUGGCAUUUCU、CUCCGGUUCUGAAGGUGUUC若しくはUUCUGAAGGUGUUCUUGUAC又はその一部分の少なくとも15塩基長(式中、各Uは、任意選択で且つ独立に、Tに置き換えることができる)の配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、少なくとも1つのキラル制御されたインターヌクレオチド結合は、式I、式I-a、式I-b、式I-c、式I-n-1、式I-n-2、式I-n-3、式I-n-4、式II、式II-a-1、式II-a-2、式II-b-1、式II-b-2、式II-c-1、式II-c-2、式II-d-1、式II-d-2又はその塩形態の構造を有する。一部の実施形態において、本開示は、UCAAGGAAGAUGGCAUUUCU、CUCCGGUUCUGAAGGUGUUC若しくはUUCUGAAGGUGUUCUUGUAC又はその一部分の少なくとも15塩基長(式中、各Uは、任意選択で且つ独立に、Tに置き換えることができる)の配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、各インターヌクレオチド結合は、式I、式I-a、式I-b、式I-c、式I-n-1、式I-n-2、式I-n-3、式I-n-4、式II、式II-a-1、式II-a-2、式II-b-1、式II-b-2、式II-c-1、式II-c-2、式II-d-1、式II-d-2又はその塩形態の構造を有する。一部の実施形態において、本開示は、UCAAGGAAGAUGGCAUUUCU、CUCCGGUUCUGAAGGUGUUC若しくはUUCUGAAGGUGUUCUUGUAC又はその一部分の少なくとも15塩基長(式中、各Uは、任意選択で且つ独立に、Tに置き換えることができる)の配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、少なくとも1つのインターヌクレオチド結合は、式I-c又はその塩形態の構造を有する。一部の実施形態において、本開示は、UCAAGGAAGAUGGCAUUUCU、CUCCGGUUCUGAAGGUGUUC若しくはUUCUGAAGGUGUUCUUGUAC又はその一部分の少なくとも15塩基長(式中、各Uは、任意選択で且つ独立に、Tに置き換えることができる)の配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、少なくとも1つのインターヌクレオチド結合は、式I-c又はその塩形態の構造を有し、及び少なくとも1つのインターヌクレオチド結合は、非負電荷インターヌクレオチド結合である。一部の実施形態において、本開示は、UCAAGGAAGAUGGCAUUUCU、CUCCGGUUCUGAAGGUGUUC若しくはUUCUGAAGGUGUUCUUGUAC又はその一部分の少なくとも15塩基長(式中、各Uは、任意選択で且つ独立に、Tに置き換えることができる)の配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、少なくとも1つのインターヌクレオチド結合は、キラル制御されたホスホロチオエートインターヌクレオチド結合であり、及び少なくとも1つのインターヌクレオチド結合は、式I-n-1、式I-n-2、式I-n-3、式I-n-4、式II、式II-a-1、式II-a-2、式II-b-1、式II-b-2、式II-c-1、式II-c-2、式II-d-1、式II-d-2又はその塩形態の構造を有する非負電荷インターヌクレオチド結合である。一部の実施形態において、本開示は、UCAAGGAAGAUGGCAUUUCU、CUCCGGUUCUGAAGGUGUUC若しくはUUCUGAAGGUGUUCUUGUAC又はその一部分の少なくとも15塩基長(式中、各Uは、任意選択で且つ独立に、Tに置き換えることができる)の配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、各インターヌクレオチド結合はリン酸ジエステルである。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、一定の条件下で「自己放出」を起こし易いリン修飾を含む1つ以上のインターヌクレオチド結合を含む。即ち、一定の条件下で、特定のリン修飾は、それがオリゴヌクレオチドから自己切断して、例えば、天然に存在するDNA及びRNAに見られるものなどのリン酸ジエステルを提供するように設計される。一部の実施形態において、かかるリン修飾は-O-L-Rの構造を有し、式中、L及びRの各々は、独立に、本開示に記載されるとおりである。
一部の実施形態において、本開示の提供されるオリゴヌクレオチドは、望ましい特性を送達する、例えば、標的細胞/組織/器官に薬力学、薬物動態等を送達する化学修飾及び/又は立体化学を含む。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、結合リンに、限定はされないが、CYP1A1、CYP1A2、CYP1B1、CYP2A6、CYP2A7、CYP2A13、CYP2B6、CYP2C8、CYP2C9、CYP2C18、CYP2C19、CYP2D6、CYP2E1、CYP2F1、CYP2J2、CYP2R1、CYP2S1、CYP2U1、CYP2W1、CYP3A4、CYP3A5、CYP3A7、CYP3A43、CYP4A11、CYP4A22、CYP4B1、CYP4F2、CYP4F3、CYP4F8、CYP4F11、CYP4F12、CYP4F22、CYP4V2、CYP4X1、CYP4Z1、CYP5A1、CYP7A1、CYP7B1、CYP8A1(プロスタサイクリン合成酵素)、CYP8B1(胆汁酸生合成)、CYP11A1、CYP11B1、CYP11B2、CYP17A1、CYP19A1、CYP20A1、CYP21A2、CYP24A1、CYP26A1、CYP26B1、CYP26C1、CYP27A1(胆汁酸生合成)、CYP27B1(ビタミンD3 1-αヒドロキシラーゼ、ビタミンD3を活性化する)、CYP27C1(機能不明)、CYP39A1、CYP46A1及びCYP51A1(ラノステロール14-αデメチラーゼ)を含めた、1つ以上のエステラーゼ、ヌクレアーゼ及び/又はシトクロムP450酵素によって天然リン酸結合に変換されることのできる修飾を含む。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、結合リンに、プロドラッグ部分である修飾を含み、例えばP修飾部分が、除去前、望ましい位置へのオリゴヌクレオチドの送達を促進する。例えば、一部の実施形態において、P修飾部分は結合リンにおけるペグ化によって生じる。関連性のある技術分野の当業者は、様々なPEG鎖長が有用であること、及び鎖長の選択は、一部には、ペグ化によって実現しようとする結果により決まることになることを理解するであろう。例えば、一部の実施形態において、ペグ化は、オリゴヌクレオチドのRES取込みを低減し、及びインビボ循環寿命を延長させるために達成される。
一部の実施形態において、本開示に係る使用のためのペグ化試薬は約300g/mol~約100,000g/molの分子量である。一部の実施形態において、ペグ化試薬は約300g/mol~約10,000g/molの分子量である。一部の実施形態において、ペグ化試薬は約300g/mol~約5,000g/molの分子量である。一部の実施形態において、ペグ化試薬は約500g/molの分子量である。一部の実施形態において、約1000g/molの分子量のペグ化試薬。一部の実施形態において、ペグ化試薬は約3000g/molの分子量である。一部の実施形態において、ペグ化試薬は約5000g/molの分子量である。
特定の実施形態において、ペグ化試薬はPEG500である。特定の実施形態において、ペグ化試薬はPEG1000である。特定の実施形態において、ペグ化試薬はPEG3000である。特定の実施形態において、ペグ化試薬はPEG5000である。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、PKエンハンサーとして働くP修飾部分、例えば、脂質、PEG化脂質等を含む。
一部の実施形態において、本開示のオリゴヌクレオチド、例えばDMDオリゴヌクレオチドは、膜破壊性脂質又はペプチドなど、細胞への侵入及び/又はエンドソームエスケープを促進するP修飾部分を含む。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、ターゲティング部分として働くP修飾部分を含む。一部の実施形態において、P修飾部分はターゲティング部分であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、標的部分は、目的のペイロード(例えば、オリゴヌクレオチド又はオリゴヌクレオチド組成物)と会合している実体であり、また目的の標的部位とも相互作用して、それによりターゲティング部分と会合したとき目的のペイロードを目的の標的部位へと、目的のペイロードがターゲティング部分に会合しないときの、他の点で同等の条件下で観察されるものと比べて実質的に大きい程度まで標的化する。ターゲティング部分は、例えば、小分子部分、核酸、ポリペプチド、炭水化物等を含めた種々の化学的部分のいずれかであるか又はそれを含み得る。ターゲティング部分については、例えば、Adarsh et al.,“Organelle Specific Targeted Drug Delivery - A Review,”International Journal of Research in Pharmaceutical and Biomedical Sciences, 2011, p. 895に記載されている。
かかるターゲティング部分の例としては、限定はされないが、タンパク質(例えばトランスフェリン)、オリゴペプチド(例えば、環状及び非環状RGD含有オリゴペプチド)、抗体(モノクローナル及びポリクローナル抗体、例えば、IgG、IgA、IgM、IgD、IgE抗体)、糖類/炭水化物(例えば、単糖類及び/又はオリゴ糖類(マンノース、マンノース-6-リン酸塩、ガラクトースなど))、ビタミン類(例えば、葉酸塩)又は他の小型生体分子が挙げられる。一部の実施形態において、ターゲティング部分は、ステロイド分子(例えば、コール酸、デオキシコール酸、デヒドロコール酸を含む胆汁酸;コルチゾン;ジゴキシゲニン;テストステロン;コレステロール;コルチゾン環の3位で二重結合によって結合したトリメチルアミノメチルヒドラジド基を有するコルチゾンなど、カチオン性ステロイド系等)である。一部の実施形態において、ターゲティング部分は、脂溶性分子(例えば、脂環式炭化水素、飽和及び不飽和脂肪酸、ワックス、テルペン並びにアダマンタン及びバックミンスターフラーレンなどの多脂環式炭化水素)である。一部の実施形態において、脂溶性分子は、ビタミンA、レチノイン酸、レチナール又はデヒドロレチナールなどのテルペノイドである。一部の実施形態において、ターゲティング部分はペプチドである。
一部の実施形態において、P修飾部分は、-X-L-R(式中、X、L及びRの各々は、独立に、本開示に記載されるとおりである)の構造を有するターゲティング部分である。
一部の実施形態において、P修飾部分は細胞特異的送達を促進する。
一部の実施形態において、P修飾部分は1つ又は2つ以上の機能を果たし得る。例えば、一部の実施形態において、P修飾部分はPKエンハンサー及びターゲティングリガンドとして働く。一部の実施形態において、P修飾部分はプロドラッグ及びエンドソームエスケープ剤として働く。多くの他のかかる組み合わせが可能であり、本開示に包含される。
オリゴヌクレオチド及び組成物の特定の例
一部の実施形態において、本開示は、様々な目的、例えば、スキッピングの調節、転写物のレベルの低減、有益なタンパク質のレベルの改良、病態、疾患及び障害の治療等に有用なオリゴヌクレオチド及び/又はオリゴヌクレオチド組成物を提供する。一部の実施形態において、本開示は、改良された特性、例えば、増加した活性、低下した毒性等を備えるオリゴヌクレオチド組成物を提供する。とりわけ、本開示のオリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチドの様々な特性及び活性を改良することのできる化学修飾、立体化学及び/又はこれらの組み合わせを含む。非限定的な例を表A1に挙げる。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドタイプは、表A1のオリゴヌクレオチドの塩基配列、骨格結合のパターン、骨格キラル中心のパターン及び骨格リン修飾のパターンによって定義されるとおりのタイプであり、ここで、オリゴヌクレオチドは、少なくとも1つのキラル制御されたインターヌクレオチド結合(「立体化学/結合」中の少なくとも1つのR又はS)を含む。一部の実施形態において、特定のオリゴヌクレオチドタイプの複数のオリゴヌクレオチドは、表A1の複数のオリゴヌクレオチドである(例えば、複数のオリゴヌクレオチドは複数のWV-1095である)。一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中の複数のオリゴヌクレオチドは、表A1の複数のオリゴヌクレオチドであり(例えば、複数のオリゴヌクレオチドは複数のWV-1095であり)、ここで、オリゴヌクレオチドは、少なくとも1つのキラル制御されたインターヌクレオチド結合(「立体化学/結合」の少なくとも1つのR又はS)を含む。
表A1には、DMDオリゴヌクレオチドの非限定的な例を挙げる。表A1のオリゴヌクレオチドは、全てDMDオリゴヌクレオチドであり、但し、WV-12915、WV-12914、WV-12913、WV-12912、WV-12911、WV-12910、WV-12909、WV-12908、WV-12907、WV-12906、WV-12905、WV-12904、WV-15887、WV-24100、WV-24101、WV-24102、WV-24103、WV-24104、WV-24105、WV-24106、WV-24107、WV-24108、WV-24109、WV-24110、WV-XBD108、WV-XBD 109、WV-XBD 110、WV-XKCD108、WV-XKCD 109、WV-XKCD 110は除くものとし、これらは、全てDMDと異なる遺伝子標的であるMalat-1を標的とする。
一部の実施形態において、本開示はオリゴヌクレオチド又はオリゴヌクレオチド組成物に関し、ここで、オリゴヌクレオチドの塩基配列は、表A1に開示されるDMDオリゴヌクレオチドの塩基配列の少なくとも15隣接塩基を、1~3個のミスマッチを伴い含む。一部の実施形態において、本開示は、オリゴヌクレオチド又はオリゴヌクレオチド組成物に関し、ここで、オリゴヌクレオチドの塩基配列は、表A1に開示されるDMDオリゴヌクレオチドの塩基配列の少なくとも15隣接塩基を含む。一部の実施形態において、本開示は、オリゴヌクレオチド又はオリゴヌクレオチド組成物に関し、ここで、オリゴヌクレオチドの塩基配列は、表A1に開示されるDMDオリゴヌクレオチドの塩基配列を含む。一部の実施形態において、本開示は、オリゴヌクレオチド又はオリゴヌクレオチド組成物に関し、ここで、オリゴヌクレオチドの塩基配列は、表A1に開示されるDMDオリゴヌクレオチドの塩基配列である。
一部の実施形態において、本開示は、オリゴヌクレオチド又はオリゴヌクレオチド組成物に関し、ここで、オリゴヌクレオチドの塩基配列は、表A1に開示されるDMDオリゴヌクレオチドの塩基配列の少なくとも15隣接塩基を1~3個のミスマッチを伴い含むか、又はオリゴヌクレオチドの塩基配列は、表A1に開示されるDMDオリゴヌクレオチドの塩基配列の少なくとも15隣接塩基を含むか、又はオリゴヌクレオチドの塩基配列は、表A1に開示されるDMDオリゴヌクレオチドの塩基配列を含むか、又はオリゴヌクレオチドの塩基配列は、表A1に開示されるDMDオリゴヌクレオチドの塩基配列であり;ここで、オリゴヌクレオチドはステレオランダムであるか(例えば、キラル制御されておらず)、又はオリゴヌクレオチドはキラル制御されており、及び/又はオリゴヌクレオチドは、キラル制御されている少なくとも1つのインターヌクレオチド結合を含み、及び/又はオリゴヌクレオチドは、任意選択で、LNAである糖修飾を含み、及び/又はオリゴヌクレオチドは、天然デオキシリボース、2’-OMe又は2’-MOEである糖を含む。一部の実施形態において、本開示は、DMDエクソンのスキッピングを媒介する能力を有するオリゴヌクレオチドに関し、ここで、オリゴヌクレオチドは少なくとも1つのLNAを含む。
以下の表において、「ID」は識別情報又はオリゴヌクレオチド番号を示し;及び「説明」は修飾配列を示す。
表A1(表A1.1.、表A1.2、表A1.3等を含む)において、
表A1のスペースは形式化及び読み易さのために利用され、例えば、OXXXXX XXXXX XXXXX XXXXはOXXXXXXXXXXXXXXXXXXXと同じ立体化学を示す;*S及び*Sは、両方とも、結合リンがSp配置を有するホスホロチオエートインターヌクレオチド結合を示す、等である。
表A1に挙げられるオリゴヌクレオチドは、全て一本鎖である。本願に記載されるとおり、これらは一本鎖として使用され得るか、又は1つ以上の他の鎖と複合体を形成する鎖として使用され得る。
一部の配列は、その長さに起因して複数行に分割している。
ID:オリゴヌクレオチドの識別番号
WV-8806、WV-13405、WV-13406及びWV-13407は完全PMO(モルホリノオリゴヌクレオチド;表中の[全PMO])である。
表中の略語:
m5Ceo:5-メチル2’-メトキシエチルC


5MS:糖部分の5’-(S)-CH修飾;
5MSfC:2’-F-5’-(S)-メチルC(オリゴヌクレオチド中、

式中、BAは核酸塩基Cであり、及びR2sは-Fであり、5’及び3’位は、独立に、-OH、インターヌクレオチド結合、リンカー/結合-H、リンカー/結合-Mod等に連結する。ヌクレオシド形態は、

であり、式中、BAは核酸塩基Cであり、及びR2sは-Fである);
C6:C6アミノリンカー(L001、-NH-(CH-、式中、-NH-はModに(例えば、Modの-C(O)-を介して)又は-Hに連結され、及び-(CH-はオリゴヌクレオチド鎖の5’末端(又は指示される場合には3’末端)に、例えばリン酸ジエステル(-O-P(O)(OH)-O-。塩形態として存在し得る。表中ではO又はPOとして示されることもある)、ホスホロチオエート(-O-P(O)(SH)-O-。塩形態として存在し得る。表中では、ホスホロチオエートがキラル制御されていない場合、;キラル制御されていて、且つSp配置を有する場合、S、S又はSp、キラル制御されされていて、且つRp配置を有する場合、R、R又はRpとして示されることもある)又はホスホロジチオエート(-O-P(S)(SH)-O-。塩形態として存在し得る。表中ではPS2又は:又はDとして示されることもある)結合を介して連結される。また、C6リンカー又はC6アミンリンカーと称されることもある);
:又はD:ホスホジチオエート(ホスホロジチオエート)、D又はコロン(:)によって表される;
n001:非負電荷結合

(これは(例えば、n001R又はn001Sのように)特に指示されない限りステレオランダムである);
n002:非負電荷結合

(これは(例えば、n002R又はn002Sのように)特に指示されない限りステレオランダムである);
n003:非負電荷結合

(これは(例えば、n003R又はn003Sのように)特に指示されない限りステレオランダムである);
n004:非負電荷結合

(これは(例えば、n004R又はn004Sのように)特に指示されない限りステレオランダムである);
n005:非負電荷結合

(これは(例えば、n005R又はn005Sのように)特に指示されない限りステレオランダムである);
n006:非負電荷結合

(これは(例えば、n006R又はn006Sのように)特に指示されない限りステレオランダムである);
n007:非負電荷結合

(これは特に指示されない限り結合リンにおいてステレオランダムである(例えば、n007R又はn007Sのように));
n008:非負電荷結合

(これは(例えば、n008R又はn008Sのように)特に指示されない限りステレオランダムである);
n009:非負電荷結合

(これは(例えば、n009R又はn009Sのように)特に指示されない限りステレオランダムである);
n010:非負電荷結合

(これは(例えば、n010R又はn010Sのように)特に指示されない限りステレオランダムである);
n001R:キラル制御されていて、且つRp配置を有するn001;
n002R:キラル制御されていて、且つRp配置を有するn002;
n003R:キラル制御されていて、且つRp配置を有するn003;
n004R:キラル制御されていて、且つRp配置を有するn004;
n005R:キラル制御されていて、且つRp配置を有するn005;
n006R:キラル制御されていて、且つRp配置を有するn006;
n007R:キラル制御されていて、且つRp配置を有するn007;
n008R:キラル制御されていて、且つRp配置を有するn008;
n009R:キラル制御されていて、且つRp配置を有するn009;
n010R:キラル制御されていて、且つRp配置を有するn010;
n001S:キラル制御されていて、且つSp配置を有するn001;
n002S:キラル制御されていて、且つSp配置を有するn002;
n003S:キラル制御されていて、且つSp配置を有するn003;
n004S:キラル制御されていて、且つSp配置を有するn004;
n005S:キラル制御されていて、且つSp配置を有するn005;
n006S:キラル制御されていて、且つSp配置を有するn006;
n007S:キラル制御されていて、且つSp配置を有するn007;
n008S:キラル制御されていて、且つSp配置を有するn008;
n009S:キラル制御されていて、且つSp配置を有するn009;
n010S:キラル制御されていて、且つSp配置を有するn010;
nO、nX:「結合/立体化学」中、nO又はnXはステレオランダムなn001を示す;
nR:「結合/立体化学」中、nRは、キラル制御されていて、且つRp配置を有する結合、例えば、n001、n002、n003、n004、n005、n006、n007、n008、n009等を示す(例えば、n001については、「説明」にあるn001R);
nS:「結合/立体化学」中、nSは、キラル制御されていて、且つSp配置を有する結合、例えば、n001、n002、n003、n004、n005、n006、n007、n008、n009等を示す(例えば、n001については、「説明」にあるn001R);
BrfU:核酸塩基がBrU

であり、及び糖が2’-F(f)修飾

を有するヌクレオシド単位;
BrmU:核酸塩基がBrU

であり、及び糖が2’-OMe(m)修飾

を有するヌクレオシド単位;
BrdU:核酸塩基がBrU

であり、及び糖が2-デオキシリボース(天然DNAに広く見られるとおり;2’-デオキシ(d))

であるヌクレオシド単位;
L004:-NH(CHCH(CHOH)CH-の構造を有するリンカー、式中、-NH-はModに(例えば、Mod中の-C(O)-を介して)又は-Hに連結され、及び-CH-連結部位は、結合、例えばリン酸ジエステル(-O-P(O)(OH)-O-。塩形態として存在し得る。表中ではO又はPOとして示されることもある)、ホスホロチオエート(-O-P(O)(SH)-O-。塩形態として存在し得る。表中では、ホスホロチオエートがキラル制御されていない場合、;キラル制御されていて、且つSp配置を有する場合、S、S又はSp及びキラル制御されていて、且つRp配置を有する場合、R、R又はRpとして示されることもある)又はホスホロジチオエート(-O-P(S)(SH)-O-。塩形態として存在し得る。表中ではPS2又は:又はDとして示されることもある)結合に、指示されるとおりオリゴヌクレオチド鎖の5’末端又は3’末端において連結される。例えば、L004の直前にあるアスタリスク(例えば、L004)は、その結合がホスホロチオエート結合であることを示し、L004の直後にいかなる他の結合の指示もないことは、その結合がリン酸ジエステル結合であることを示す。例えば、fUL004で終わるWV-9858では、リンカーL004は、3’末端糖(これは2’-Fであり、核酸塩基Uに連結される)の3’位においてリン酸ジエステル結合に(-CH-部位を介して)連結され、及びL004リンカーは-NH-を介して-Hに連結される;同様に、WV-10886、WV-10887及びWV-10888では、L004リンカーは3’末端糖の3’位においてリン酸ジエステル結合に(-CH-部位を介して)連結され、及びL004は-NH-を介してMod012(WV-10886)、Mod085(WV-10887)又はMod086(WV-10888)に連結される;
L005:-NH(CHC(O)N(CHCHOH)CHCH-の構造を有するリンカー、式中、-NH-はModに(例えば、Mod中の-C(O)-を介して)又は-Hに連結され、及び-CH-連結部位は、結合、例えばリン酸ジエステル(-O-P(O)(OH)-O-。塩形態として存在し得る。表中ではO又はPOとして示されることもある)、ホスホロチオエート(-O-P(O)(SH)-O-。塩形態として存在し得る。表中では、ホスホロチオエートがキラル制御されていない場合、;キラル制御されていて、且つSp配置を有する場合、S、S又はSp及びキラル制御されていて、且つRp配置を有する場合、R、R又はRpとして示されることもある)又はホスホロジチオエート(-O-P(S)(SH)-O-。塩形態として存在し得る。表中ではPS2又は:又はDとして示されることもある)結合に、指示されるとおりオリゴヌクレオチド鎖の5’末端又は3’末端において連結される。例えば、L005の直前にあるアスタリスク(例えば、L005)は、その結合がホスホロチオエート結合であることを示し、L005の直後にいかなる他の結合の指示もないことは、その結合がリン酸ジエステル結合であることを示す。例えば、WV-12571では、L005は-H(L005の後にModはない;-NH-部位を介して)及び3’末端糖の3’位においてリン酸ジエステル結合(-CH-部位を介して)に連結される;及びWV-12572では、L005はMod020(-NH-部位を介して)及び3’末端糖の3’位においてリン酸ジエステル結合(-CH-部位を介して)に連結される;
L001L005:-NH(CHC(O)N(CHCH-O-P(O)(OH)-O-(CHNH-)CHCH-の構造を有するリンカー、式中、2つの-NH-の各々は、独立に、Modに(例えば、-C(O)-を介して)又は-Hに連結され、及び-CH-連結部位は、結合、例えば、リン酸ジエステル(-O-P(O)(OH)-O-。塩形態として存在し得る。表中ではO又はPOとして示されることもある)、ホスホロチオエート(-O-P(O)(SH)-O-。塩形態として存在し得る。表中では、ホスホロチオエートがキラル制御されていない場合、;キラル制御されていて、且つSp配置を有する場合、S、S又はSp及びキラル制御されていて、且つRp配置を有する場合、R、R又はRpとして示されることもある)又はホスホロジチオエート(-O-P(S)(SH)-O-。塩形態として存在し得る。表中ではPS2又は:又はDとして示されることもある)結合に、指示されるとおりオリゴヌクレオチド鎖の5’末端又は3’末端において連結される。
eo:前にあるヌクレオシドに対する2’-MOE(2’-OCHCHOCH)修飾(例えば、Aeo(

式中、BAは核酸塩基Aである));
F、f:後ろにあるヌクレオシドに対する2’-F修飾(例えば、fA(

式中、BAは核酸塩基Aである));
m:後ろにあるヌクレオシドに対する2’-OMe修飾(例えば、mA(

式中、BAは核酸塩基Aである));
r:後ろにあるヌクレオシドに対する2’-OH(例えば、rA(

式中、BAは核酸塩基Aである、天然RNAに存在するとおり));
L012:-O-P(O)[O(CHO(CHO(CHOH]-O-の構造を有するインターヌクレオチド結合。表中ではOOとして示されることもある;
、PS:ホスホロチオエート;
PS2、:D:ホスホロジチオエート(例えば、WV-3078、ここで、コロン(:)はホスホロジチオエートを示す);
R、R、Rp:Rp配座のホスホロチオエート;
S、S、Sp:Sp配座のホスホロチオエート;
X:ステレオランダムなホスホロチオエート;
Acet5fU:

Acet5mU:

NA:該当なし;
O、PO:リン酸ジエステル(リン酸)。2つのヌクレオシド単位間におけるインターヌクレオチド結合が指定されない場合、そのインターヌクレオチド結合はリン酸ジエステル結合(天然リン酸結合)である。Modとリンカー、例えばL001との間の結合を指示するために使用される場合、Oは-C(O)-を示すこともある(ModとL001とを連結する、例えば:Mod013l001fU*SfC*SfA*SfA*SfG*SfG*SmAfA*SmGmA*SfU*SmGmGfC*SfA*SfU*SfU*SfU*SfC*SfU(「説明」)、

(「結合/立体化学」)。

(「結合/立体化学」)中の2番目のOは、L001とオリゴヌクレオチド鎖の5’末端糖の5’-O-とを連結するリン酸ジエステル結合を表すことに留意されたい(以下の図を参照されたい。代わりに、5’-O-はリン酸ジエステル結合(又はホスホロチオエート結合など、別のタイプの結合)の一部と見なされ得、その場合、リン酸ジエステル結合(又はホスホロチオエート結合など、別のタイプの結合)は、オリゴヌクレオチド鎖の5’末端糖の5’位に連結される)。一部の例では、-C(O)-についての「O」(ModとL001とを連結する)は省略される(例えば、Mod013l001fU*SfC*SfA*SfA*SfG*SfG*SmAfA*SmGmA*SfU*SmGmGfC*SfA*SfU*SfU*SfU*SfC*SfUについて、「結合/立体化学」OSSSSSSOSOSSOOSSSSSS);
様々なMod:
Mod001(例えばL001などのリンカーの-NH-に連結する-C(O)-を含む):

ラウリン酸(Mod013において)、ミリスチン酸(Mod014において)、パルミチン酸(Mod005において)、ステアリン酸(Mod015において)、オレイン酸(Mod016において)、リノール酸(Mod017において)、αリノレン酸(Mod018において)、γリノレン酸(Mod019において)、DHA(Mod006において)、ツルビナル酸(Mod020において)、ジリノール酸(Mod021において)、トリGlcNAc(Mod024において)、トリαマンノース(Mod026において)、モノスルホンアミド(Mod027において)、トリスルホンアミド(Mod029において)、ラウリン酸(Mod030において)、ミリスチン酸(Mod031において)、パルミチン酸(Mod032において)及びステアリン酸(Mod033において):ラウリン酸(Mod013について)、ミリスチン酸(Mod014について)、パルミチン酸(Mod005について)、ステアリン酸(Mod015について)、オレイン酸(Mod016について)、リノール酸(Mod017について)、αリノレン酸(Mod018について)、γリノレン酸(Mod019について)、ドコサヘキサエン酸(Mod006について)、ツルビナル酸(Mod020について)、ジリノレイルのアルコール(Mod021について)、トリGlcNAcのための酸(Mod024について)、トリαマンノースのための酸(Mod026について)、モノスルホンアミドのための酸(Mod027について)、トリスルホンアミドのための酸(Mod029について)、ラウリルアルコール(Mod030について)、ミリスチルアルコール(Mod031について)、パルミチルアルコール(Mod032について)及びステアリルアルコール(Mod033について)であって、それぞれ例えばアミド基、リンカー(例えば、C6アミノリンカー(L001))及び/又は結合基(例えば、リン酸ジエステル結合(PO)、ホスホロチオエート結合(PS)等)を介してオリゴヌクレオチド鎖にコンジュゲートされるもの:例えば、Mod013(C6アミノリンカー及びPO又はPSを含むラウリン酸)、Mod014(C6アミノリンカー及びPO又はPSを含むミリスチン酸)、Mod005(C6アミノリンカー及びPO又はPSを含むパルミチン酸)、Mod015(C6アミノリンカー及びPO又はPSを含むステアリン酸)、Mod016(C6アミノリンカー及びPO又はPSを含むオレイン酸)、Mod017(C6アミノリンカー及びPO又はPSを含むリノール酸)、Mod018(C6アミノリンカー及びPO又はPSを含むαリノレン酸)、Mod019(C6アミノリンカー及びPO又はPSを含むγリノレン酸)、Mod006(C6アミノリンカー及びPO又はPSを含むDHA)、Mod020(C6アミノリンカー及びPO又はPSを含むツルビナル酸)、Mod021(PO又はPSを含むアルコール(下記参照))、Mod024(C6アミノリンカー及びPO又はPSを含む酸(下記参照))、Mod026(C6アミノリンカー及びPO又はPSを含む酸(下記参照))、Mod027(C6アミノリンカー及びPO又はPSを含む酸(下記参照))、Mod029(C6アミノリンカー及びPO又はPSを含む酸(下記参照))、Mod030(PO又はPSを含むラウリルアルコール)、Mod031(PO又はPSを含むミリスチルアルコール)、Mod032(PO又はPSを含むパルミチルアルコール)及びMod033(PO又はPSを含むステアリルアルコール)、各オリゴヌクレオチドについてPO又はPSが表A1に指示される。例えば、PSを介してWV-3473のオリゴヌクレオチド鎖にコンジュゲートしたWV-3557ステアリルアルコール:Mod033*fU*SfC*SfA*SfA*SfG*SfG*SmAfA*SmGmA*SfU*SmGmGfC*SfA*SfU*SfU*SfU*SfC*SfU(「説明」)、XSSSSSSOSOSSOOSSSSSS(「立体化学」);及び
アミド基、C6及びPSを介してWV-3473のオリゴヌクレオチド鎖にコンジュゲートしたWV-4106ステアリン酸:Mod015l001*fU*SfC*SfA*SfA*SfG*SfG*SmAfA*SmGmA*SfU*SmGmGfC*SfA*SfU*SfU*SfU*SfC*SfU(「説明」)、XSSSSSSOSOSSOOSSSSSS(「立体化学」)。コンジュゲーションの特定の部分及び例示的試薬(その多くは既に公知であったものであり、市販されているか、又は本開示に係る公知の技術を用いて容易に調製することができ、例えば、ラウリン酸(Mod013について)、ミリスチン酸(Mod014について)、パルミチン酸(Mod005について)、ステアリン酸(Mod015について)、オレイン酸(Mod016について)、リノール酸(Mod017について)、αリノレン酸(Mod018について)、γリノレン酸(Mod019について)、ドコサヘキサエン酸(Mod006について)、ツルビナル酸(Mod020について)、ジリノレイルのアルコール(Mod021について)、ラウリルアルコール(Mod030について)、ミリスチルアルコール(Mod031について)、パルミチルアルコール(Mod032について)、ステアリルアルコール(Mod033について)等)を以下に挙げる。オリゴヌクレオチド鎖とのコンジュゲーションのための特定の例示的部分(例えば、脂質部分、ターゲティング部分等)及び/又は例示的調製試薬(例えば、酸、アルコール等)としては、リンカーの非限定的な例と共に、以下が挙げられる:
Mod005(例えばL001などのリンカーの-NH-に連結する-C(O)-を含む)及びパルミチン酸:

Mod005L001(オリゴヌクレオチド鎖の5’-O-に連結するPO又はPSを含む):

Mod006(例えばL001などのリンカーの-NH-に連結する-C(O)-を含む)及びDHA:

Mod006L001(オリゴヌクレオチド鎖の5’-O-に連結するPO又はPSを含む):

Mod009(例えばL001などのリンカーの-NH-に連結する-C(O)-を含む):

Mod012(例えばL001などのリンカーの-NH-に連結する-C(O)-を含む):

Mod013(例えばL001などのリンカーの-NH-に連結する-C(O)-を含む)及びラウリン酸:

Mod013L001(オリゴヌクレオチド鎖の5’-O-に連結するPO又はPSを含む):

Mod014(例えばL001などのリンカーの-NH-に連結する-C(O)-を含む)及びミリスチン酸:

Mod014L001(オリゴヌクレオチド鎖の5’-O-に連結するPO又はPSを含む):

Mod015(例えばL001などのリンカーの-NH-に連結する-C(O)-を含む)及びステアリン酸:

Mod015L001(オリゴヌクレオチド鎖の5’-O-に連結するPO又はPSを含む):

Mod016(例えばL001などのリンカーの-NH-に連結する-C(O)-を含む)及びオレイン酸:

Mod016L001(オリゴヌクレオチド鎖の5’-O-に連結するPO又はPSを含む):

Mod017(例えばL001などのリンカーの-NH-に連結する-C(O)-を含む)及びリノール酸:

Mod017L001(オリゴヌクレオチド鎖の5’-O-に連結するPO又はPSを含む):

Mod018(例えばL001などのリンカーの-NH-に連結する-C(O)-を含む)及びαリノレン酸:

Mod018L001(オリゴヌクレオチド鎖の5’-O-に連結するPO又はPSを含む):

Mod019(例えばL001などのリンカーの-NH-に連結する-C(O)-を含む)及びγリノレン酸:

Mod019L001(オリゴヌクレオチド鎖の5’-O-に連結するPO又はPSを含む):

Mod020(例えばL001などのリンカーの-NH-に連結する-C(O)-を含む)及びツルビナル酸:

Mod020L001(オリゴヌクレオチド鎖の5’-O-に連結するPO又はPSを含む):

Mod021(オリゴヌクレオチド鎖の5’-O-に連結するPO又はPSを含む)及びアルコール:

Mod024(例えばL001などのリンカーの-NH-に連結する-C(O)-を含む)及び酸:

Mod024L001(オリゴヌクレオチド鎖の5’-O-に連結するPO又はPSを含む):

Mod026(例えばL001などのリンカーの-NH-に連結する-C(O)-を含む)及び酸:

Mod026L001(オリゴヌクレオチド鎖の5’-O-に連結するPO又はPSを含む):

Mod027(例えばL001などのリンカーの-NH-に連結する-C(O)-を含む)及び酸:

Mod027L001(オリゴヌクレオチド鎖の5’-O-に連結するPO又はPSを含む):

Mod028(例えばL001などのリンカーの-NH-に連結する-C(O)-を含む):

Mod029(例えばL001などのリンカーの-NH-に連結する-C(O)-を含む)及び酸:

Mod029L001(オリゴヌクレオチド鎖の5’-O-に連結するPO又はPSを含む):

Mod030(オリゴヌクレオチド鎖の5’-O-に連結するPO又はPSを含む)及びラウリルアルコール:

Mod031(オリゴヌクレオチド鎖の5’-O-に連結するPO又はPSを含む)及びミリスチルアルコール:

Mod032(オリゴヌクレオチド鎖の5’-O-に連結するPO又はPSを含む)及びパルミチルアルコール:

Mod033(オリゴヌクレオチド鎖の5’-O-に連結するPO又はPSを含む)及びステアリルアルコール:

Mod053(例えばL001などのリンカーの-NH-に連結する-C(O)-を含む):

Mod070(例えばL001などのリンカーの-NH-に連結する-C(O)-を含む):

Mod071(例えばL001などのリンカーの-NH-に連結する-C(O)-を含む):

Mod086(例えばL001などのリンカーの-NH-に連結する-C(O)-を含む):

Mod092(例えばL001などのリンカーの-NH-に連結する-C(O)-を含む):

Mod093(例えばL001などのリンカーの-NH-に連結する-C(O)-を含む):

Mod007(例えばL001などのリンカーの-NH-に連結する-C(O)-を含む):

Mod050(例えばL001などのリンカーの-NH-に連結する-C(O)-を含む):

Mod043(例えばL001などのリンカーの-NH-に連結する-C(O)-を含む):

Mod057(例えばL001などのリンカーの-NH-に連結する-C(O)-を含む):

Mod058(例えばL001などのリンカーの-NH-に連結する-C(O)-を含む):

Mod059(例えばL001などのリンカーの-NH-に連結する-C(O)-を含む):

Mod066(例えばL001などのリンカーの-NH-に連結する-C(O)-を含む):

Mod074(例えばL001などのリンカーの-NH-に連結する-C(O)-を含む):

Mod085(例えばL001などのリンカーの-NH-に連結する-C(O)-を含む):

Mod091L001(オリゴヌクレオチド鎖の5’-O-に連結するPO又はPSを含む):

(例えば、WV-11114では、X=O(PO)であり、オリゴヌクレオチド鎖の5’-O-に連結する)
Mod097(例えばL001などのリンカーの-NH-に連結する-C(O)-を含む):

Mod098(例えばL001などのリンカーの-NH-に連結する-C(O)-を含む):

Mod099(例えばL001などのリンカーの-NH-に連結する-C(O)-を含む):

Mod100(例えばL001などのリンカーの-NH-に連結する-C(O)-を含む):

Mod102(例えばL001などのリンカーの-NH-に連結する-C(O)-を含む):

Mod103(例えばL001などのリンカーの-NH-に連結する-C(O)-を含む):

Mod104(例えばL001などのリンカーの-NH-に連結する-C(O)-を含む):

Mod105(例えばL001などのリンカーの-NH-に連結する-C(O)-を含む):

Mod106(オリゴヌクレオチド鎖の5’-O-に連結するPO又はPSを含む):

(例えば、WV-15844では、X=O(PO)であり、オリゴヌクレオチド鎖の5’-O-に連結する)
Mod107(オリゴヌクレオチド鎖の5’-O-に連結するPO又はPSを含む):

(例えば、WV-15845及びWV-16011では、X=O(PO)であり、オリゴヌクレオチド鎖の5’-O-に連結する)
Mod108(例えばL001などのリンカーの-NH-に連結する-C(O)-を含む):

Mod109:

Mod109L001(オリゴヌクレオチド鎖の5’-O-に連結するPO又はPSを含む):

(例えば、WV-19792では、X=O)
Mod110:

Mod110L001(オリゴヌクレオチド鎖の5’-O-に連結するPO又はPSを含む):

(例えば、WV-19793では、X=O)
Mod111:

Mod111L001(オリゴヌクレオチド鎖の5’-O-に連結するPO又はPSを含む):

(例えば、WV-19794では、X=O)
Mod112:

Mod112L001(オリゴヌクレオチド鎖の5’-O-に連結するPO又はPSを含む):

(例えば、WV-19795では、X=O)
Mod113:

Mod113L001(オリゴヌクレオチド鎖の5’-O-に連結するPO又はPSを含む):

(例えば、WV-19796では、X=O)
Mod114:

Mod114L001(オリゴヌクレオチド鎖の5’-O-に連結するPO又はPSを含む):

(例えば、WV-19797では、X=O)
Mod115:

Mod115L001(オリゴヌクレオチド鎖の5’-O-に連結するPO又はPSを含む):

(例えば、WV-19798では、X=O)
Mod118:

Mod118L001(オリゴヌクレオチド鎖の5’-O-に連結するPO又はPSを含む):

Mod119:

Mod119L001(オリゴヌクレオチド鎖の5’-O-に連結するPO又はPSを含む):

Mod120:

Mod120L001(オリゴヌクレオチド鎖の5’-O-に連結するPO又はPSを含む):

L009n001L009n001L009n001L009:オリゴヌクレオチド鎖の5’末端糖(例えば、WV-23576及びWV-23578について、fUの糖)の5’位にリン酸ジエステルを介して連結される。

L009n001L009n001L009n001:オリゴヌクレオチド鎖の5’末端糖(例えば、WV-23577及びWV-23579について、fUの糖)の5’位にn001を介して連結される。

L010n001L010n001L010n001L009:オリゴヌクレオチド鎖の5’末端糖(例えば、WV-23936及びWV-23938について、fUの糖)の5’位にリン酸ジエステルを介して連結される。

L010n001L010n001L010n001:オリゴヌクレオチド鎖の5’末端糖(例えば、WV-23937及びWV-23939について、fUの糖)の5’位にn001を介して連結される。
一部の実施形態において、一部の官能基は、任意選択で保護され、例えば、Mod024及び/又はMod026について、オリゴヌクレオチド鎖とのコンジュゲーション前及び/又はその最中にヒドロキシル基が任意選択でAcO-として保護され、この官能基、例えばヒドロキシル基は、例えばオリゴヌクレオチド切断及び/又は脱保護の間に脱保護することができる。
本出願人は、表A1に提供されるものが、提供されるオリゴヌクレオチドの構造を提示する例示的な方法であることを注記し、例えば、WV-3546(Mod020l001fU*SfC*SfA*SfA*SfG*SfG*SmAfA*SmGmA*SfU*SmGmGfC*SfA*SfU*SfU*SfU*SfC*SfU)は、脂質部分(Mod020、

)が-C(O)-(

表A1にあるように、この

は省略され得る)を介して-NH-(CH-の-NH-[ここで、-(CH-は、リン酸ジエステル結合

を介してオリゴヌクレオチド鎖の5’末端に連結される]に連結されているものとして提示することができる。当業者は、提供されるオリゴヌクレオチドが、脂質、リンカー及びオリゴヌクレオチド鎖単位の多くの異なる方法での組み合わせとして提示され得ることを理解し、ここで、各方法において、単位の組み合わせは同じオリゴヌクレオチドを提供する。例えば、WV-3546は、A-[-LLD-(RLD(式中、aは、1であり、bは、1である)の構造を有し、及びそのオリゴヌクレオチド鎖(A)単位に-C(O)-NH-(CH-OP(=O)(OH)-O-の構造を有するリンカーLLDを介して連結した[ここで、-C(O)-がRLDに連結され、-O-がAに(オリゴヌクレオチド鎖の5’-O-として)連結される]

)の脂質部分RLDを有すると見なすことができる;多くの代替的方法の1つは、RLD

であり、LLDが-NH-(CH-OP(=O)(OH)-O-である[ここで、-NH-がRLDに連結され、-O-がAに(オリゴヌクレオチド鎖の5’-O-として)連結される]というものである。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドの各ホスホロチオエートインターヌクレオチド結合は、独立に、キラル制御されたインターヌクレオチド結合である。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、表A1に挙げられるオリゴヌクレオチドタイプのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物であり、ここで、オリゴヌクレオチドの各ホスホロチオエートインターヌクレオチド結合は、独立に、キラル制御されたインターヌクレオチド結合である。
一部の実施形態において、本開示は、複数の提供されるオリゴヌクレオチドを含むか又はそれからなる組成物(例えば、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物)を提供する。一部の実施形態において、複数の全てのオリゴヌクレオチドが同じタイプであり、即ち全てが同じ塩基配列、骨格結合のパターン、骨格キラル中心のパターン及び骨格リン修飾のパターンを有する。一部の実施形態において、同じタイプのオリゴヌクレオチドは、全て構造的に同一である。一部の実施形態において、提供される組成物は、複数のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドを、典型的には制御された量で含む。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、2つ以上の提供されるオリゴヌクレオチドタイプの組み合わせを含む。
一部の実施形態において、本開示のオリゴヌクレオチド組成物は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物であり、ここで、その複数のオリゴヌクレオチドの配列は、表A1に挙げられる塩基配列を含むか又はそれからなる。
一部の実験では、提供されるオリゴヌクレオチドは、意外にも、例えばドリサペルセン及び/又はエテプリルセンと比較したとき高い活性を提供することができる。例えば、WV-887、WV-892、WV-896、WV-1714、WV-2444、WV-2445、WV-2526、WV-2527、WV-2528及びWV-2530並びに他の多数のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、各々が、ドリサペルセン及び/又はエテプリルセンと比較して、ジストロフィンにおけるエクソンのスキッピングを媒介する優れた能力を示し、一部の実施形態では何倍も高かった。特定のデータを本開示に例として提供する。
一部の実施形態において、本開示は、本明細書に挙げられる任意のDMDオリゴヌクレオチド又は本明細書に挙げられる任意のDMDオリゴヌクレオチドの少なくとも15連続塩基を含む塩基配列を有する任意のDMDオリゴヌクレオチドから選択されるキラル制御されたオリゴヌクレオチドを含む組成物に関する。
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは25塩基長以下である。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは25~60塩基長以下である。一部の実施形態において、Uは、Tに置き換えられ得るか又は逆も同様である。
一部の実施形態において、マウスにおいて例示的オリゴヌクレオチドをアッセイするとき、オリゴヌクレオチド(例えば、WV-3473、WV-3545、WV-3546、WV-942等)は雄C57BL/10ScSndmdmdxマウス(4~5週齢)の尾静脈に、被験量、例えば10mg/kg、30mg/kg等で静脈内注射される。一部の実施形態において、注射後の被験時点、例えば2、7及び/又は14日目等の例えば日数で組織が回収され、一部の実施形態では、液体窒素中に新鮮凍結されて、分析時まで-80℃で保存される。
本開示では、様々なアッセイを用いてオリゴヌクレオチドレベルを評価することができる。一部の実施形態では、ハイブリッドELISAを用いて、被験物質段階希釈を標準曲線として使用して組織中のオリゴヌクレオチドレベルが定量化される:例えば、例示的手順では、無水マレイン酸で活性化した96ウェルプレート(Pierce 15110)を50μlの捕捉プローブによって2.5%NaHCO3(Gibco、25080-094)中500nMで37℃において2時間コートした。このプレートを次にPBST(PBS+0.1%Tween-20)で3回洗浄し、5%無脂肪乳-PBSTで37℃において1時間ブロックした。被験物質オリゴヌクレオチドをマトリックス中に段階希釈した。この標準を元の試料と共に溶解緩衝液(4Mグアニジン;0.33%N-ラウリルサルコシン;25mMクエン酸ナトリウム;10mM DTT)で希釈し、全ての試料中のオリゴヌクレオチド量が100ng/mL未満となるようにした。20μlの希釈試料と、PBST中に希釈した180μlの333nM検出プローブとを混合し、次にPCR機で変性させた(65℃、10分、95℃、15分、4C ∞)。50μlの変性試料を、ブロックしたELISAプレートにトリプリケートで分配し、4℃で一晩インキュベートした。PBSTで3回洗浄した後、PBST中の1:2000ストレプトアビジン-APをウェル当たり50μlで加え、室温で1時間インキュベートした。大量のPBSTで洗浄した後、100μlのAttoPhos(Promega S1000)を加え、暗所下室温で10分間インキュベートし、プレートリーダー(Molecular Device、M5)蛍光チャンネル:Ex435nm、Em555nmで読み取った。試料中のオリゴヌクレオチドを標準曲線に基づき4パラメータ回帰式によって計算した。
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは血漿及び組織ホモジネートの両方で安定している。
ジストロフィン(DMD)オリゴヌクレオチド及び組成物を含めたオリゴヌクレオチド及び組成物の更なる実施形態及び例
とりわけ、本開示は、スプライシングを調節し、標的レベルを低減し、様々な病態、障害、疾患等を治療するためのオリゴヌクレオチド、組成物及び方法を提供する。例えば、一部の実施形態において、本開示は、様々な目的に有用なジストロフィン(DMD)オリゴヌクレオチド及び/又はDMDオリゴヌクレオチド組成物を提供する。一部の実施形態において、DMDオリゴヌクレオチド及び/又は組成物は、マウスDMD遺伝子のエクソン23のスキッピングを媒介する能力を有する。一部の実施形態において、DMDオリゴヌクレオチド及び/又は組成物は、ヒト又はマウスDMD遺伝子のエクソン44のスキッピングを媒介する能力を有する。一部の実施形態において、DMDオリゴヌクレオチド及び/又は組成物は、ヒト又はマウスDMD遺伝子のエクソン46のスキッピングを媒介する能力を有する。一部の実施形態において、DMDオリゴヌクレオチド及び/又は組成物は、ヒト又はマウスDMD遺伝子のエクソン47のスキッピングを媒介する能力を有する。一部の実施形態において、DMDオリゴヌクレオチド及び/又は組成物は、ヒト又はマウスDMD遺伝子のエクソン51のスキッピングを媒介する能力を有する。一部の実施形態において、DMDオリゴヌクレオチド及び/又は組成物は、ヒト又はマウスDMD遺伝子のエクソン52のスキッピングを媒介する能力を有する。一部の実施形態において、DMDオリゴヌクレオチド及び/又は組成物は、ヒト又はマウスDMD遺伝子のエクソン53のスキッピングを媒介する能力を有する。一部の実施形態において、DMDオリゴヌクレオチド及び/又は組成物は、ヒト又はマウスDMD遺伝子のエクソン54のスキッピングを媒介する能力を有する。一部の実施形態において、DMDオリゴヌクレオチド及び/又は組成物は、ヒト又はマウスDMD遺伝子のエクソン55のスキッピングを媒介する能力を有する。
一部の実施形態において、DMDオリゴヌクレオチド及び/又は組成物は、ヒト又はマウスDMD遺伝子の多重エクソンのスキッピングを媒介する能力を有する。
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチド、例えばDMDオリゴヌクレオチドは修飾を含む。一部の実施形態において、DMDオリゴヌクレオチドは糖修飾を含む。一部の実施形態において、DMDオリゴヌクレオチドは2’位に糖修飾を含む。一部の実施形態において、DMDオリゴヌクレオチドは2’位に、2’-F、2’-OMe及び2’-MOEから選択される糖修飾を含む。
一部の実施形態において、DMDオリゴヌクレオチドは2’-F、2’-OMe及び/又は2’-MOEを含む。一部の実施形態において、DMDオリゴヌクレオチドは2’-Fを含む。一部の実施形態において、DMDオリゴヌクレオチド中、各糖が2’-Fを含む。
一部の実施形態において、DMDオリゴヌクレオチドは2’-OMeを含む。一部の実施形態において、DMDオリゴヌクレオチド中、各糖が2’-OMeを含む。一部の実施形態において、DMDオリゴヌクレオチドは2’-MOEを含む。一部の実施形態において、DMDオリゴヌクレオチド中、各糖が2’-MOEを含む。
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチド、例えばDMDオリゴヌクレオチドは2’-OMe及び2’-Fを含む。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチド、例えばDMDオリゴヌクレオチドは2’糖修飾パターンを含み、ここで、このパターンは、fm、mf、ffm、fffm、ffffm、fffffm、ffffffm、fffffffm、ffffffffm、fffffffffm、mf、mff、mfff、mffff、mfffff、mffffff、mfffffff、mfffffff、fmf、fmmf、fmmmf、fmmmmf、fmmmmmf、fmmmmmmf、fmmmmmmmf、fmmmmmmmmf、fmmmmmmmmmf、ffffffmmmmmmmmffffff、fffffmmmmmmmmmmfffff、ffffmmmmmmmmmmmmffff、fffmmmmmmmmmmmmmmfff、ffmmmmmmmmmmmmmmmmff、fmmmmmmmmmmmmmmmmmmf、ffffffffffmmmmmmmmmm、fffffmmmmmmmmffffff、ffffmmmmmmmmmmfffff、fffmmmmmmmmmmmmffff、ffmmmmmmmmmmmmmmfff、fmmmmmmmmmmmmmmmmff、mmmmmmmmmmmmmmmmmmf、fffffffffmmmmmmmmmm、ffffmmmmmmmmffffff、fffmmmmmmmmmmfffff、ffmmmmmmmmmmmmffff、fmmmmmmmmmmmmmmfff、mmmmmmmmmmmmmmmmff、mmmmmmmmmmmmmmmmmf、ffffffffmmmmmmmmmm、fffmmmmmmmmffffff、ffmmmmmmmmmmfffff、fmmmmmmmmmmmmffff、mmmmmmmmmmmmmmfff、mmmmmmmmmmmmmmmff、mmmmmmmmmmmmmmmmf、fffffffmmmmmmmmmm、ffmmmmmmmmffffff、fmmmmmmmmmmfffff、mmmmmmmmmmmmffff、mmmmmmmmmmmmmfff、mmmmmmmmmmmmmmff、mmmmmmmmmmmmmmmf、ffffffmmmmmmmmmm、fmmmmmmmmffffff、mmmmmmmmmmfffff、mmmmmmmmmmmffff、mmmmmmmmmmmmfff、mmmmmmmmmmmmmff、mmmmmmmmmmmmmmf、fffffmmmmmmmmmm、mmmmmmmmffffff、mmmmmmmmmfffff、mmmmmmmmmmffff、mmmmmmmmmmmfff、mmmmmmmmmmmmff、mmmmmmmmmmmmmf、ffffmmmmmmmmmm、ffffffmmmmmmmmfffff、fffffmmmmmmmmmmffff、ffffmmmmmmmmmmmmfff、fffmmmmmmmmmmmmmmff、ffmmmmmmmmmmmmmmmmf、fmmmmmmmmmmmmmmmmmm、ffffffffffmmmmmmmmm、ffffffmmmmmmmmffff、fffffmmmmmmmmmmfff、ffffmmmmmmmmmmmmff、fffmmmmmmmmmmmmmmf、ffmmmmmmmmmmmmmmmm、fmmmmmmmmmmmmmmmmm、ffffffffffmmmmmmmm、ffffffmmmmmmmmfff、fffffmmmmmmmmmmff、ffffmmmmmmmmmmmmf、fffmmmmmmmmmmmmmm、ffmmmmmmmmmmmmmmm、fmmmmmmmmmmmmmmmm、ffffffffffmmmmmmm、ffffffmmmmmmmmff、fffffmmmmmmmmmmf、ffffmmmmmmmmmmmm、fffmmmmmmmmmmmmm、ffmmmmmmmmmmmmmm、fmmmmmmmmmmmmmmm、ffffffffffmmmmmm、ffffffmmmmmmmmf、fffffmmmmmmmmmm、ffffmmmmmmmmmmm、fffmmmmmmmmmmmm、ffmmmmmmmmmmmmm、fmmmmmmmmmmmmmm、ffffffffffmmmmm、ffffffmmmmmmmm、fffffmmmmmmmmm、ffffmmmmmmmmmm、fffmmmmmmmmmmm、ffmmmmmmmmmmmm、fmmmmmmmmmmmmm、ffffffffffmmmm、ffffffmmmmmmm、fffffmmmmmmmm、ffffmmmmmmmmm、fffmmmmmmmmmm、ffmmmmmmmmmmm、fmmmmmmmmmmmm、ffffffffffmmm、ffffffmmmmmm、fffffmmmmmmm、ffffmmmmmmmm、fffmmmmmmmmm、ffmmmmmmmmmm、fmmmmmmmmmmm、ffffffffffmm、ffffffmmmmm、fffffmmmmmm、ffffmmmmmmm、fffmmmmmmmm、ffmmmmmmmmm、fmmmmmmmmmm、ffffffffffm、mmmmmmmmmmffffffffff、ffffffmmmmmmmmmmmmmm、mmmmmmmmmmmmmmffffff、ffmmmmmmmmfmmfmfffff、mmffffffffmffmfmmmmm、mfmfmfmfmfmfmfmfmfmf、mmmmmmffffffffmmmmmm、ffffffmmmmmmmmffffff、mfmmffmmfmmfffmmmmfm、fmffmmffmffmmmffffmf、fmff、mffm、fmffm、mfmmf、fmmf、fmffmm、mfmmff、mmff、fmmff、mmffm、fmffmmf、mfmmffm、mfmm、mfmmf、mfmmff、fmffmmf、mfmmffm、mmffm、ffmmf、fmfff、mfffm、fmfffm、fmfffmm、mfmmfff、mmfff、fmmfff、mmfffm、fmfffmmf、mfmmfffm、mfmm、mfmmf、mfmmfff、fmfffmmf、mfmmfffm、mmfffm、fffmmf、mfmmmf、fmmmf、fmffmmm、mfmmmff、mmmff、fmmmff、mmmffm、fmffmmmf、mfmmmffm、mfmmm、mfmmmf、mfmmmff、fmffmmmf、mfmmmffm、mmmffm、ffmmmf又は少なくとも5個の連続する修飾を含むその任意の一部分(式中、fは2’-Fであり、及びmは2’-OMeである)から選択される配列を含む。
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチド、例えばDMDオリゴヌクレオチドは、O、OO、OOO、OOOO、OOOOO、OOOOOO、OOOOOOO、OOOOOOOO、OOOOOOOOO、OOOOOOOOOO、OOOOOOOOOOO、S、SS、SSS、SSSS、SSSSS、SSSSSS、SSSSSSS、SSSSSSSS、SSSSSSSSS、SSSSSSSSSS、SSSSSSSSSSS、X、XX、XXX、XXXX、XXXXX、XXXXXX、XXXXXXX、XXXXXXXX、XXXXXXXXX、XXXXXXXXXX、XXXXXXXXXXX、R、RR、RRR、RRRR、RRRRR、RRRRRR、RRRRRRR、RRRRRRRR、RRRRRRRRR、RRRRRRRRRR、RRRRRRRRRRR、OSOOO、OSOO、OSO、SOOO、OXOOO、OXOO、OXO、XOO、ROOOR、ROROR、ROROR、ROORR、RROOR、ROOR、OOR、RRROR、RRRO、RROR、ROR、SOOOR、ROOOS、ROOO、ROO、RO、OOOS、SOOOS、SOOO、SOOSS、SOSOS、SOSO、OSOS、SOS、SSOOS、SSOO、SSO、SOO、SSSOS、SSSO、SOS、XOOOX、XOOO、XOO、XO、OOOX、OOX、OX、SOOOS、SOOO、SOO、SO、OOOS、OOS、XXXXXXXXXXXXX、XXXXXXXXXXXX、XXXXXXXXXXX、XXXXXXXXXX、XXXXXXXXX、XXXXXXXX、XXXXXXX、XXXXXX、XXXXX、XXXX、SSSSRSSRSS、SSSSRSSRS、SSSSRSSR、SSSSRSS、SSSSRS、SSSS、SSS、SSSRSSRSS、SSRSSRSS、SRSSRSS、RSSRSS、SSRSS、SSRS、SSSRSSRSSS、SSRSSRSSS、SSSRSSRSS、SSRSSRSSSS、SRSSRSSSS、SSRSSRSSS、SSRSSSSSSS、SRSSSSSSS、SSRSSSSSS、SSSSSSRSSS、SSSSSRSSS、SSSSSSRSS、SSO、SOS、OSO、OSSO、SSOS、SSOSS、SSOSSO、SSOSSOS、SSOSSOSS、XO、XXO、XOX、XXOX、XXOXX、XXXOXX、XXXOX、XXOXX、XXXOXXX、XXOXXO、XXOXX、XXOXXOX若しくはXXOXXOXX又は少なくとも5個の連続するインターヌクレオチド結合を含むその任意の一部分(式中、Xはステレオランダムなホスホロチオエート結合であり、SはSp配置のホスホロチオエート結合であり、及びRはRp配置のホスホロチオエート結合である)のいずれかを含むパターンを含む。
これらの修飾及びそのパターン又はその一部分を有する様々なオリゴヌクレオチドが、DMDオリゴヌクレオチドを含め、表A1に挙げられるものを含めて本開示に記載される。
一部の実施形態において、DMDオリゴヌクレオチドは、非負電荷インターヌクレオチド結合を含む。かかるオリゴヌクレオチドの非限定的な例としては、とりわけ、WV-11237、WV-11238、WV-11239、WV-11340、WV-11341、WV-11342、WV-11343、WV-11344、WV-11345、WV-11346、WV-11347、WV-12123、WV-12124、WV-12125、WV-12126、WV-12127、WV-12128、WV-12129、WV-12130、WV-12131、WV-12132、WV-12133、WV-12134、WV-12135、WV-12136、WV-12553、WV-12554、WV-12555、WV-12556、WV-12557、WV-12558、WV-12559、WV-12872、WV-12873、WV-12876、WV-12877、WV-12878、WV-12879、WV-12880、WV-12881、WV-12882、WV-12883、WV-12884、WV-12885、WV-12887、WV-12888、WV-13408、WV-13409、WV-13594、WV-13595、WV-13596、WV-13597、WV-13812、WV-13813、WV-13814、WV-13815、WV-13816、WV-13817、WV-13820、WV-13821、WV-13822、WV-13823、WV-13824、WV-13825、WV-13857、WV-13858、WV-13859、WV-13860、WV-13861、WV-13862、WV-13863、WV-13864、WV-13865、WV-14342、WV-14343、WV-14344、WV-14345、WV-14522、WV-14523、WV-14525、WV-14526、WV-14528、WV-14529、WV-14530、WV-14532、WV-14533、WV-14565、WV-14566、WV-14773、WV-14774、WV-14776、WV-14777、WV-14778、WV-14779、WV-14790、WV-14791、WV-15052、WV-15053、WV-15143、WV-15322、WV-15323、WV-15324、WV-15325、WV-15326、WV-15327、WV-15328、WV-15329、WV-15330、WV-15331、WV-15332、WV-15333、WV-15334、WV-15335、WV-15336、WV-15337、WV-15338、WV-15366、WV-15369、WV-15589、WV-15647、WV-15844、WV-15845、WV-15846、WV-15850、WV-15851、WV-15852、WV-15853、WV-15854、WV-15855、WV-15856、WV-15857、WV-15858、WV-15859、WV-15860、WV-15861、WV-15862、WV-15912、WV-15913、WV-15928、WV-15929、WV-15930、WV-15931、WV-15932、WV-15933、WV-15934、WV-15935、WV-15937、WV-15939、WV-15940、WV-15941、WV-15942、WV-15943、WV-15944、WV-15945、WV-15946、WV-15947、WV-15948、WV-15949、WV-15962、WV-15963、WV-15964、WV-15965、WV-15966、WV-15967、WV-15968、WV-15969、WV-15970、WV-15971、WV-15972、WV-15973、WV-16004、WV-16005、WV-16010、WV-16011、WV-16366、WV-16368、WV-16369、WV-16371、WV-16372、WV-16499、WV-16505、WV-16506、WV-16507、WV-17765、WV-17774、WV-17775、WV-17801、WV-17802、WV-17803、WV-17831、WV-17832、WV-17833、WV-17834、WV-17838、WV-17839、WV-17840、WV-17841、WV-17842、WV-17843、WV-17854、WV-17855、WV-17856、WV-17857、WV-17858、WV-17859、WV-17860、WV-17861、WV-17862、WV-17863、WV-17864、WV-17865、WV-17866、WV-17881、WV-17882、WV-17883、WV-18853、WV-18854、WV-18855、WV-18856、WV-18857、WV-18858、WV-18859、WV-18860、WV-18861、WV-18862、WV-18863、WV-18864、WV-18865、WV-18866、WV-18867、WV-18868、WV-18869、WV-18870、WV-18871、WV-18872、WV-18873、WV-18874、WV-18875、WV-18876、WV-18877、WV-18878、WV-18879、WV-18880、WV-18881、WV-18882、WV-18883、WV-18884、WV-18885、WV-18886、WV-18887、WV-18888、WV-18889、WV-18890、WV-18891、WV-18892、WV-18893、WV-18894、WV-18895、WV-18896、WV-18897、WV-18898、WV-18899、WV-18900、WV-18901、WV-18902、WV-18903、WV-18904、WV-18905、WV-18906、WV-18907、WV-18908、WV-18909、WV-18910、WV-18911、WV-18912、WV-18913、WV-18914、WV-18915、WV-18916、WV-18917、WV-18918、WV-18919、WV-18920、WV-18921、WV-18922、WV-18923、WV-18924、WV-18925、WV-18926、WV-18927、WV-18928、WV-18929、WV-18930、WV-18931、WV-18932、WV-18933、WV-18934、WV-18935、WV-18936、WV-18937、WV-18938、WV-18939、WV-18940、WV-18941、WV-18942、WV-18944、WV-18945、WV-19790、WV-19791、WV-19792、WV-19793、WV-19794、WV-19795、WV-19796、WV-19797、WV-19798、WV-19803、WV-19804、WV-19805、WV-19806、WV-19886、WV-19887、WV-19888、WV-19889、WV-19890、WV-19891、WV-19892、WV-19893、WV-19894、WV-19895、WV-19896、WV-19897、WV-19898、WV-19899、WV-19900、WV-19901、WV-19902、WV-19903、WV-19904、WV-19905、WV-19906、WV-19907、WV-19908、WV-19909、WV-19910、WV-19911、WV-19912、WV-19913、WV-19914、WV-19915、WV-19916、WV-19917、WV-19918、WV-19919、WV-19920、WV-19921、WV-19922、WV-19923、WV-19924、WV-19925、WV-19926、WV-19927、WV-19928、WV-19929、WV-19930、WV-19931、WV-19932、WV-19933、WV-19934、WV-19935、WV-19936、WV-19937、WV-19938、WV-19939、WV-19940、WV-19941、WV-19942、WV-19943、WV-19944、WV-19945、WV-19946、WV-19947、WV-19948、WV-19949、WV-19950、WV-19951、WV-19952、WV-19953、WV-19954、WV-19955、WV-19956、WV-19957、WV-19958、WV-19959、WV-19960、WV-19961、WV-19962、WV-19963、WV-19964、WV-19965、WV-19966、WV-19967、WV-19968、WV-19969、WV-19970、WV-19971、WV-19972、WV-19973、WV-19974、WV-19975、WV-19976、WV-19977、WV-19978、WV-19979、WV-19980、WV-19981、WV-19982、WV-19983、WV-19984、WV-19985、WV-19986、WV-19987、WV-19988、WV-19989、WV-19990、WV-19991、WV-19992、WV-19993、WV-19994、WV-19995、WV-19996、WV-19997、WV-19998、WV-19999、WV-20000、WV-20001、WV-20002、WV-20003、WV-20004、WV-20005、WV-20006、WV-20007、WV-20008、WV-20009、WV-20010、WV-20011、WV-20012、WV-20013、WV-20014、WV-20015、WV-20016、WV-20017、WV-20018、WV-20019、WV-20020、WV-20021、WV-20022、WV-20023、WV-20024、WV-20025、WV-20026、WV-20027、WV-20028、WV-20029、WV-20030、WV-20031、WV-20032、WV-20033、WV-20034、WV-20035、WV-20036、WV-20037、WV-20038、WV-20039、WV-20040、WV-20041、WV-20042、WV-20043、WV-20044、WV-20045、WV-20046、WV-20047、WV-20048、WV-20049、WV-20050、WV-20051、WV-20052、WV-20053、WV-20054、WV-20055、WV-20056、WV-20057、WV-20058、WV-20059、WV-20060、WV-20061、WV-20062、WV-20063、WV-20064、WV-20065、WV-20066、WV-20067、WV-20068、WV-20069、WV-20070、WV-20071、WV-20072、WV-20073、WV-20074、WV-20075、WV-20076、WV-20077、WV-20078、WV-20079、WV-20080、WV-20081、WV-20082、WV-20083、WV-20084、WV-20085、WV-20086、WV-20087、WV-20088、WV-20089、WV-20090、WV-20091、WV-20092、WV-20093、WV-20094、WV-20095、WV-20096、WV-20097、WV-20098、WV-20099、WV-20100、WV-20101、WV-20102、WV-20103、WV-20104、WV-20105、WV-20106、WV-20107、WV-20108、WV-20109、WV-20110、WV-20111、WV-20112、WV-20113、WV-20114、WV-20115、WV-20116、WV-20117、WV-20118、WV-20119、WV-20120、WV-20121、WV-20122、WV-20123、WV-20124、WV-20125、WV-20
126、WV-20127、WV-20128、WV-20129、WV-20130、WV-20131、WV-20132、WV-20133、WV-20134、WV-20135、WV-20136、WV-20137、WV-20138、WV-20139、WV-20140、WV-20141、WV-20142、WV-20143、WV-20144、WV-20145、WV-20146、WV-20147、WV-20148、WV-20149、WV-20150、WV-20151、WV-20152、WV-20153、WV-20154、WV-20155、WV-20156、WV-20157、WV-20158、WV-20159、WV-20160、WV-21210、WV-21211、WV-21212、WV-21217、WV-21218、WV-21219、WV-21226、WV-21245、WV-21252、WV-21253、WV-21257、WV-21258、WV-21374、WV-21375、WV-21376、WV-21377、WV-21378、WV-21379、WV-21380、WV-21381、WV-21382、WV-21383、WV-21384、WV-21385、WV-21386、WV-21387、WV-21388、WV-21389、WV-21390、WV-21578、WV-21579、WV-21580、WV-21581、WV-21582、WV-21583、WV-21584、WV-21585、WV-21586、WV-21587、WV-21588、WV-21589、WV-21590、WV-21591、WV-21592、WV-21593、WV-21594、WV-21595、WV-21596、WV-21597、WV-21598、WV-21599、WV-21600、WV-21601、WV-21602、WV-21603、WV-21604、WV-21605、WV-21606、WV-21607、WV-21608、WV-21609、WV-21610、WV-21611、WV-21612、WV-21613、WV-21614、WV-21615、WV-21616、WV-21617、WV-21618、WV-21619、WV-21620、WV-21621、WV-21622、WV-21623、WV-21624、WV-21625、WV-21626、WV-21627、WV-21628、WV-21629、WV-21630、WV-21631、WV-21632、WV-21633、WV-21634、WV-21635、WV-21636、WV-21637、WV-21638、WV-21639、WV-21640、WV-21641、WV-21642、WV-21643、WV-21644、WV-21645、WV-21646、WV-21647、WV-21648、WV-21649、WV-21650、WV-21651、WV-21652、WV-21653、WV-21654、WV-21655、WV-21656、WV-21657、WV-21658、WV-21659、WV-21660、WV-21661、WV-21662、WV-21663、WV-21664、WV-21665、WV-21666、WV-21667、WV-21668、WV-21669、WV-21670、WV-21671、WV-21672、WV-21673、WV-21723、WV-21724、WV-21725、WV-21726、WV-21727、WV-21728、WV-21729、WV-21730、WV-21731、WV-21732、WV-21733、WV-21734、WV-21735、WV-21736、WV-21737、WV-21738、WV-21739、WV-21740、WV-21741、WV-21742、WV-21743、WV-21744、WV-21745、WV-21746、WV-21747、WV-21748、WV-21749、WV-21750、WV-21751、WV-21752、WV-21753、WV-21754、WV-21755、WV-21756、WV-21757、WV-21758、WV-21759、WV-21760、WV-21761、WV-21762、WV-21763、WV-21764、WV-21765、WV-21766、WV-21767、WV-21768、WV-21769、WV-21770、WV-21771、WV-21772、WV-21773、WV-21774、WV-21775、WV-21776、WV-21777、WV-21778、WV-21779、WV-21780、WV-21781、WV-21782、WV-21783、WV-21784、WV-21785、WV-21786、WV-21787、WV-21788、WV-21789、WV-21790、WV-21791、WV-21792、WV-21793、WV-21794、WV-21795、WV-21796、WV-21797、WV-21798、WV-21799、WV-21800、WV-21801、WV-21802、WV-21803、WV-21804、WV-21805、WV-21806、WV-21807、WV-21808、WV-21809、WV-21810、WV-21811、WV-21812、WV-21813、WV-21814、WV-21815、WV-21816、WV-21817、WV-21818、WV-22753、WV-23576、WV-23577、WV-23578、WV-23579、WV-23936、WV-23937、WV-23938及びWV-23939が挙げられる。
エクソン23のエクソンスキッピングのための例示的ジストロフィンオリゴヌクレオチド及び組成物
一部の実施形態において、本開示は、マウスDMDのエクソン23のスキッピングを媒介するためのオリゴヌクレオチド、オリゴヌクレオチド組成物及びその使用方法を提供する。非限定的な例としては、WV-10256、WV-10257、WV-10258、WV-10259、WV-10260、WV-1093、WV-1094、WV-1095、WV-1096、WV-1097、WV-1098、WV-1099、WV-1100、WV-1101、WV-1102、WV-1103、WV-1104、WV-1105、WV-1106、WV-1121、WV-1122、WV-1123、WV-11231、WV-11232、WV-11233、WV-11234、WV-11235、WV-11236、WV-1124、WV-1125、WV-1126、WV-1127、WV-1128、WV-1129、WV-1130、WV-11343、WV-11344、WV-11345、WV-11346、WV-11347、WV-1141、WV-1142、WV-1143、WV-1144、WV-1145、WV-1146、WV-1147、WV-1148、WV-1149、WV-1150、WV-1678、WV-1679、WV-1680、WV-1681、WV-1682、WV-1683、WV-1684、WV-1685、WV-2733、WV-2734、WV-4610、WV-4611、WV-4614、WV-4615、WV-4616、WV-4617、WV-4618、WV-4619、WV-4620、WV-4621、WV-4622、WV-4623、WV-4624、WV-4625、WV-4626、WV-4627、WV-4628、WV-4629、WV-4630、WV-4631、WV-4632、WV-4633、WV-4634、WV-4635、WV-4636、WV-4637、WV-4638、WV-4639、WV-4640、WV-4641、WV-4642、WV-4643、WV-4644、WV-4645、WV-4646、WV-4647、WV-4648、WV-4649、WV-4650、WV-4651、WV-4652、WV-4653、WV-4654、WV-4655、WV-4656、WV-4657、WV-4658、WV-4659、WV-4660、WV-4661、WV-4662、WV-4663、WV-4664、WV-4665、WV-4666、WV-4667、WV-4668、WV-4669、WV-4670、WV-4671、WV-4672、WV-4673、WV-4674、WV-4675、WV-4676、WV-4677、WV-4678、WV-4679、WV-4680、WV-4681、WV-4682、WV-4683、WV-4684、WV-4685、WV-4686、WV-4687、WV-4688、WV-4689、WV-4690、WV-4691、WV-4692、WV-4693、WV-4694、WV-4695、WV-4696、WV-4697、WV-6010、WV-7677、WV-7678、WV-7679、WV-7680、WV-7681、WV-7682、WV-7683、WV-7684、WV-7685、WV-7686、WV-7687、WV-7688、WV-7689、WV-7690、WV-7691、WV-7692、WV-7693、WV-7694、WV-7695、WV-7696、WV-7697、WV-7698、WV-7699、WV-7700、WV-7701、WV-7702、WV-7703、WV-7704、WV-7705、WV-7706、WV-7707、WV-7708、WV-7709、WV-7710、WV-7711、WV-7712、WV-7713、WV-7714、WV-7715、WV-7716、WV-7717、WV-7718、WV-7719、WV-7720、WV-7721、WV-7722、WV-7723、WV-7724、WV-7725、WV-7726、WV-7727、WV-7728、WV-7729、WV-7730、WV-7731、WV-7732、WV-7733、WV-7734、WV-7735、WV-7736、WV-7737、WV-7738、WV-7739、WV-7740、WV-7741、WV-7742、WV-7743、WV-7744、WV-7745、WV-7746、WV-7747、WV-7748、WV-7749、WV-7750、WV-7751、WV-7752、WV-7753、WV-7754、WV-7755、WV-7756、WV-7757、WV-7758、WV-7759、WV-7760、WV-7761、WV-7762、WV-7763、WV-7764、WV-7765、WV-7766、WV-7767、WV-7768、WV-7769、WV-7770、WV-7771、WV-9163、WV-9164、WV-9165、WV-9166、WV-9167、WV-9168、WV-9169、WV-9170、WV-9171、WV-9172、WV-9173、WV-9174、WV-9175、WV-9176、WV-9177、WV-9178、WV-9179、WV-9180、WV-9181、WV-9182、WV-9183、WV-9184、WV-9185、WV-9186、WV-9187、WV-9188、WV-9189、WV-9190、WV-9191、WV-9192、WV-9193、WV-9194、WV-9195、WV-9196、WV-9197、WV-9198、WV-9199、WV-9200、WV-9201、WV-9202、WV-9203、WV-9204、WV-9205、WV-9206、WV-9207、WV-9208、WV-9209、WV-9210、WV-9408、WV-9409、WV-9410、WV-9411、WV-9412、WV-9413、WV-9414、WV-9415、WV-9416、WV-9417、WV-9418、WV-9419、WV-9420、WV-943、WV-9875、WV-9876、WV-9877、WV-9878及びWV-9879のオリゴヌクレオチド及び組成物並びにこれらのDMDオリゴヌクレオチドのいずれかの少なくとも15隣接塩基を含む塩基配列を有する他のオリゴヌクレオチドが挙げられる。
一部の実施形態において、DMDオリゴヌクレオチドは、エクソン23のスキッピングを媒介する能力を有する。かかるDMDオリゴヌクレオチドの非限定的な例としては、WV-12566、WV-12567、WV-12568、WV-12884、WV-12885、WV-12886、WV-12887、WV-12888、WV-12571及びWV-12572並びにこれらのDMDオリゴヌクレオチドのいずれかの少なくとも15隣接塩基を含む塩基配列を有する他のDMDオリゴヌクレオチドが挙げられる。
DMDエクソン23及び他のエクソンのエクソンスキッピングは、患者由来細胞株及びmdxマウスモデルからの細胞(このモデルはインフレームのエクソン23にナンセンス点突然変異を保因する(Sicinski et al. 1989 Science 244: 1578-1580)。エクソン23をスキップすることにより、リーディングフレームは維持されながらもナンセンス突然変異が回避される)においてアッセイされ得る。更なるmdxマウス系統が、mdx2cv、mdx4cv及びmdx5cvアレルを含め、Wha Bin Im et al. 1996 Hum. Mol. Gen. 5: 1149-1153によって報告された。
本明細書には、とりわけ、表1A.1、表1A.2、表1A.3及び表25C.1~表25C.5に、様々なDMDオリゴヌクレオチドがエクソン23のスキッピングを媒介する能力を示すデータが示される。
エクソン44及びエクソン44の3’側の隣接イントロン領域を標的化する例示的ジストロフィンオリゴヌクレオチド及び組成物
一部の実施形態において、DMDオリゴヌクレオチドはDMDエクソン44又はDMDエクソン44の3’側の隣接イントロン領域を標的化する。
一部の実施形態において、DMDオリゴヌクレオチドはDMDエクソン44又はDMDエクソン44の3’側の隣接イントロン領域を標的化し、このオリゴヌクレオチドは、多重エクソンスキッピング(例えば、エクソン45~55又は45~57の)を媒介する能力を有する。
報告によれば、バックスプライシングとして公知の現象が起こることもあり、ここで、例えば、エクソン55の3’末端の一部分がエクソン45の5’末端の一部分と相互作用して環状RNA(circRNA)を形成し、ひいてはそれにより多重エクソン、例えばエクソン45~55(端点を含む)の全てのエクソンがスキップされ得る。この現象は、報告によれば、エクソン57とエクソン45との間でも起こり、多重エクソン、例えばエクソン45~57(端点を含む)の全てのエクソンがスキップされることもある。バックスプライシングについては、文献、例えば、Suzuki et al. 2016 Int. J. Mol. Sci. 17に記載されている。
いかなる特定の理論によっても拘束されることを望むものではないが、本開示は、DMDエクソン44又はエクソン44の3’側の隣接イントロン領域を標的化するDMDオリゴヌクレオチドがエクソン45~55又はエクソン45~57のスプライシングを媒介可能であり得、これらのエクソンは、それぞれ45-55(又は55-45)又は45-57(又は57-45)と表記される単一の環状RNA(circRNA)片として切り出される可能性があり得ることを提案する。
エクソン44若しくはイントロン44又はエクソン44及びイントロン44にまたがるものを標的化するように幾つかのオリゴヌクレオチドを設計した。一部の実施形態において、エクソン44若しくはイントロン44又はエクソン44及びイントロン44にまたがるものを標的化するように設計されたオリゴヌクレオチドは、それによりバックスプライシング及び/又は多重エクソンスキッピングの量が増加し得るかどうかを決定するため試験される。
一部の実施形態において、本開示は、ヒトDMDにおいてエクソンスキッピングを媒介するためのオリゴヌクレオチド、オリゴヌクレオチド組成物及びその使用方法を提供し、ここで、オリゴヌクレオチドの塩基配列は、エクソン44若しくはイントロン44の配列又はエクソン44とイントロン44との両方の一部分である。非限定的な例としては、WV-13963、WV-13964、WV-13965、WV-13966、WV-13967、WV-13968、WV-13969、WV-13970、WV-13971、WV-13972、WV-13973、WV-13974、WV-13975、WV-13976、WV-13977、WV-13978、WV-13979、WV-13980、WV-13981、WV-13982、WV-13983、WV-13984、WV-13985、WV-13986、WV-13987、WV-13988、WV-13989、WV-13990、WV-13991、WV-13992、WV-13993、WV-13994、WV-13995、WV-13996、WV-13997、WV-13998、WV-13999、WV-14000、WV-14001、WV-14002、WV-14003、WV-14004、WV-14005、WV-14006、WV-14007、WV-14008、WV-14009、WV-14010、WV-14011、WV-14012、WV-14013、WV-14014、WV-14015、WV-14016、WV-14017、WV-14018、WV-14019、WV-14020、WV-14021、WV-14022、WV-14023、WV-14024、WV-14025、WV-14026、WV-14027、WV-14028、WV-14029、WV-14030、WV-14031、WV-14032、WV-14033、WV-14034、WV-14035、WV-14036、WV-14037、WV-14038、WV-14039、WV-14040、WV-14041、WV-14042、WV-14043、WV-14044、WV-14045、WV-14046、WV-14047、WV-14048、WV-14049、WV-14050、WV-14051、WV-14052、WV-14053、WV-14054、WV-14055、WV-14056、WV-14057及びWV-14058のオリゴヌクレオチド及び組成物並びにこれらのDMDオリゴヌクレオチドのいずれかの少なくとも15隣接塩基を含む塩基配列を有する他のオリゴヌクレオチドが挙げられる。
エクソン44又はエクソン44の3’側の隣接イントロンを標的化する様々なDMDオリゴヌクレオチドの能力を示すデータを表22A.2及び表22A.3に示す。
エクソン45のエクソンスキッピングのための例示的ジストロフィンオリゴヌクレオチド及び組成物
一部の実施形態において、本開示は、DMD(例えば、マウス、ヒト等の)におけるエクソン45のスキッピングを媒介するためのオリゴヌクレオチド、オリゴヌクレオチド組成物及びその使用方法を提供する。
一部の実施形態において、提供されるDMDオリゴヌクレオチド及び/又は組成物は、エクソン45のスキッピングを媒介する能力を有する。かかるDMDオリゴヌクレオチド及び組成物の非限定的な例としては、WV-11047、WV-11048、WV-11049、WV-11050、WV-11051、WV-11052、WV-11053、WV-11054、WV-11055、WV-11056、WV-11057、WV-11058、WV-11059、WV-11060、WV-11061、WV-11062、WV-11063、WV-11064、WV-11065、WV-11066、WV-11067、WV-11068、WV-11069、WV-11070、WV-11071、WV-11072、WV-11073、WV-11074、WV-11075、WV-11076、WV-11077、WV-11078、WV-11079、WV-11080、WV-11081、WV-11082、WV-11083、WV-11084、WV-11085、WV-11086、WV-11087、WV-11088、WV-11089、WV-11090、WV-11091、WV-11092、WV-11093、WV-11094、WV-11095、WV-11096、WV-11097、WV-11098、WV-11099、WV-11100、WV-11101、WV-11102、WV-11103、WV-11104、WV-11105、WV-9594、WV-9595、WV-9596、WV-9597、WV-9598、WV-9599、WV-9600、WV-9601、WV-9602、WV-9603、WV-9604、WV-9605、WV-9606、WV-9607、WV-9608、WV-9609、WV-9610、WV-9611、WV-9612、WV-9613、WV-9614、WV-9615、WV-9616、WV-9617、WV-9618、WV-9619、WV-9620、WV-9621、WV-9622、WV-9623、WV-9624、WV-9625、WV-9626、WV-9627、WV-9628、WV-9629、WV-9630、WV-9631、WV-9632、WV-9633、WV-9634、WV-9635、WV-9636、WV-9637、WV-9638、WV-9639、WV-9640、WV-9641、WV-9642、WV-9643、WV-9644、WV-9645、WV-9646、WV-9647、WV-9648、WV-9649、WV-9650、WV-9651、WV-9652、WV-9653、WV-9654、WV-9655、WV-9656、WV-9657、WV-9658、WV-9659、WV-9762、WV-9763、WV-9764、WV-9765、WV-9766、WV-9767、WV-9768、WV-9769、WV-9770、WV-9771、WV-9772、WV-9773、WV-9774、WV-9775、WV-9776、WV-9777、WV-9778、WV-9779、WV-9780、WV-9781、WV-9782、WV-9783、WV-9784、WV-9785、WV-9786、WV-9787、WV-9788、WV-9789、WV-9790、WV-9791、WV-9792、WV-9793、WV-9794、WV-9795、WV-9796、WV-9797、WV-9798、WV-9799、WV-9800、WV-9801、WV-9802、WV-9803、WV-9804、WV-9805、WV-9806、WV-9807、WV-9808、WV-9809、WV-9810、WV-9811、WV-9812、WV-9813、WV-9814、WV-9815、WV-9816、WV-9817、WV-9818、WV-9819、WV-9820、WV-9821、WV-9822、WV-9823、WV-9824、WV-9825及びWV-9826のもの並びにこれらのDMDオリゴヌクレオチドのいずれかの少なくとも15隣接塩基を含む塩基配列を有する他のDMDオリゴヌクレオチドが挙げられる。
表1~表22の様々な表(及びその一部)に示すとおり、様々なエクソンのスキッピングに関して様々な修飾パターンを含む様々なDMDオリゴヌクレオチドを試験した。これらの表は、特定のDMDオリゴヌクレオチドの試験結果を示す。DMDのエクソンスキッピングをアッセイするため、Δ52ヒト患者由来筋芽細胞(DEL52とも称される)及び/又はΔ45-52ヒト患者由来筋芽細胞(エクソン52又はエクソン45~52が既に欠失したヒト細胞、DEL45-52とも称される)において特定のDMDオリゴヌクレオチドをインビトロで試験した。特に注記しない限り、様々な実験において、オリゴヌクレオチドはジムノシスにより送達した。表中、概して、100.00であれば100%のスキッピングを表し、0.0であれば0%のスキッピングを表す。様々なDMDオリゴヌクレオチドについては表A1に詳細に記載する。
以下の表1A.4は、エクソン45のスキッピングにおける一部のDMDオリゴヌクレオチドの例示的データを示す。手順:Δ48-50(Del48-50又はD48-50)筋芽細胞を分化培地において10uMオリゴヌクレオチドで4日間処理した。
表1B.1.及び1B.2.特定のオリゴヌクレオチドの例示的データ
以下の表は、エクソン45のスキッピングにおける一部のDMDオリゴヌクレオチドの例示的データを示す。手順:Δ48-50(Del48-50又はDEL48-50又はD48-50)筋芽細胞を分化培地において10又は3uMオリゴヌクレオチドで4日間処理した。
DEL48-50筋芽細胞においてオリゴヌクレオチドを10μM及び3μMで4日間投与した。特定のオリゴヌクレオチドは、表A1に詳述するとおり、非負電荷インターヌクレオチド結合を含む。
DMDエクソン45を標的化するDMDオリゴヌクレオチドによって媒介される多重エクソンスキッピングに関する更なるデータを表22A.1.に示す。
エクソン46を標的化する例示的ジストロフィンオリゴヌクレオチド及び組成物
一部の実施形態において、本開示は、ヒトDMDにおけるエクソン46を標的化するための、及び/又はエクソン46のスキッピングを媒介するためのオリゴヌクレオチド、オリゴヌクレオチド組成物及びその使用方法を提供する。非限定的な例としては、WV-13701、WV-13702、WV-13703、WV-13704、WV-13705、WV-13706、WV-13707、WV-13708、WV-13709、WV-13710、WV-13711、WV-13712、WV-13713、WV-13714、WV-13715、WV-13716、WV-13780及びWV-13781のオリゴヌクレオチド及び組成物並びにこれらのDMDオリゴヌクレオチドのいずれかの少なくとも15隣接塩基を含む塩基配列を有する他のオリゴヌクレオチドが挙げられる。
一部の実施形態では、初めにDMDオリゴヌクレオチドを単一のエクソンスキッピングに関して試験して好適なオリゴヌクレオチドを選択し、次にマルチエクソンスキッピングに関して組み合わせ的に(別のDMDオリゴヌクレオチドとの組み合わせで)試験する。
一部の実施形態では、初めにDMDエクソン46、47、52、54又は55を標的化するDMDオリゴヌクレオチドを単一のエクソンスキッピングに関して試験して好適なオリゴヌクレオチドを選択し、次にマルチエクソンスキッピングに関して組み合わせ的に(別のDMDオリゴヌクレオチドとの組み合わせで)試験する。
エクソン47を標的化する例示的ジストロフィンオリゴヌクレオチド及び組成物
一部の実施形態において、本開示は、ヒトDMDにおけるエクソン47を標的化するための、及び/又はエクソン47のスキッピングを媒介するためのオリゴヌクレオチド、オリゴヌクレオチド組成物及びその使用方法を提供する。非限定的な例としては、エクソン47オリゴのオリゴヌクレオチド及び組成物が挙げられ、WV-13717、WV-13718、WV-13719、WV-13720、WV-13721、WV-13722、WV-13723、WV-13724、WV-13725、WV-13726、WV-13727、WV-13728、WV-13729、WV-13730、WV-13731、WV-13732、WV-13788及びWV-13789並びにこれらのDMDオリゴヌクレオチドのいずれかの少なくとも15隣接塩基を含む塩基配列を有する他のオリゴヌクレオチドが挙げられる。
エクソン51のエクソンスキッピングのための例示的ジストロフィンオリゴヌクレオチド及び組成物
一部の実施形態において、本開示は、DMD(例えば、マウス、ヒト等の)におけるエクソン51のスキッピングを媒介するためのオリゴヌクレオチド、オリゴヌクレオチド組成物及びその使用方法を提供する。
一部の実施形態において、提供されるDMDオリゴヌクレオチド及び/又は組成物は、エクソン51のスキッピングを媒介する能力を有する。かかるDMDオリゴヌクレオチド及び組成物の非限定的な例としては、ONT-395、WV-10255、WV-10261、WV-10262、WV-10634、WV-10635、WV-10636、WV-10637、WV-10868、WV-10869、WV-10870、WV-10871、WV-10872、WV-10873、WV-10874、WV-10875、WV-10876、WV-10877、WV-10878、WV-10879、WV-10880、WV-10881、WV-10882、WV-10883、WV-10884、WV-10885、WV-10886、WV-10887、WV-10888、WV-1107、WV-1108、WV-1109、WV-1110、WV-1111、WV-1112、WV-1113、WV-1114、WV-1115、WV-1116、WV-1117、WV-1118、WV-1119、WV-1120、WV-11237、WV-11238、WV-11239、WV-1131、WV-1132、WV-1133、WV-1134、WV-1135、WV-1136、WV-1137、WV-1138、WV-1139、WV-1140、WV-1151、WV-1152、WV-1153、WV-1154、WV-1155、WV-1156、WV-1157、WV-1158、WV-1159、WV-1160、WV-1709、WV-1710、WV-1711、WV-1712、WV-1713、WV-1714、WV-1715、WV-1716、WV-2095、WV-2096、WV-2097、WV-2098、WV-2099、WV-2100、WV-2101、WV-2102、WV-2103、WV-2104、WV-2105、WV-2106、WV-2107、WV-2108、WV-2109、WV-2165、WV-2179、WV-2180、WV-2181、WV-2182、WV-2183、WV-2184、WV-2185、WV-2186、WV-2187、WV-2188、WV-2189、WV-2190、WV-2191、WV-2192、WV-2193、WV-2194、WV-2195、WV-2196、WV-2197、WV-2198、WV-2199、WV-2200、WV-2201、WV-2202、WV-2203、WV-2204、WV-2205、WV-2206、WV-2207、WV-2208、WV-2209、WV-2210、WV-2211、WV-2212、WV-2213、WV-2214、WV-2215、WV-2216、WV-2217、WV-2218、WV-2219、WV-2220、WV-2221、WV-2222、WV-2223、WV-2224、WV-2225、WV-2226、WV-2227、WV-2228、WV-2229、WV-2230、WV-2231、WV-2232、WV-2233、WV-2234、WV-2235、WV-2236、WV-2237、WV-2238、WV-2239、WV-2240、WV-2241、WV-2242、WV-2243、WV-2244、WV-2245、WV-2246、WV-2247、WV-2248、WV-2249、WV-2250、WV-2251、WV-2252、WV-2253、WV-2254、WV-2255、WV-2256、WV-2257、WV-2258、WV-2259、WV-2260、WV-2261、WV-2262、WV-2263、WV-2264、WV-2265、WV-2266、WV-2267、WV-2268、WV-2273、WV-2274、WV-2275、WV-2276、WV-2277、WV-2278、WV-2279、WV-2280、WV-2281、WV-2282、WV-2283、WV-2284、WV-2285、WV-2286、WV-2287、WV-2288、WV-2289、WV-2290、WV-2291、WV-2292、WV-2293、WV-2294、WV-2295、WV-2296、WV-2297、WV-2298、WV-2299、WV-2300、WV-2301、WV-2302、WV-2303、WV-2304、WV-2305、WV-2306、WV-2307、WV-2308、WV-2309、WV-2310、WV-2311、WV-2312、WV-2313、WV-2314、WV-2315、WV-2316、WV-2317、WV-2318、WV-2319、WV-2320、WV-2321、WV-2322、WV-2323、WV-2324、WV-2325、WV-2326、WV-2327、WV-2328、WV-2329、WV-2330、WV-2331、WV-2332、WV-2333、WV-2334、WV-2335、WV-2336、WV-2337、WV-2338、WV-2339、WV-2340、WV-2341、WV-2342、WV-2343、WV-2344、WV-2345、WV-2346、WV-2347、WV-2348、WV-2349、WV-2350、WV-2351、WV-2352、WV-2353、WV-2354、WV-2361、WV-2362、WV-2363、WV-2364、WV-2365、WV-2366、WV-2367、WV-2368、WV-2369、WV-2370、WV-2381、WV-2382、WV-2383、WV-2384、WV-2385、WV-2432、WV-2433、WV-2434、WV-2435、WV-2436、WV-2437、WV-2438、WV-2439、WV-2440、WV-2441、WV-2442、WV-2443、WV-2444、WV-2445、WV-2446、WV-2447、WV-2448、WV-2449、WV-2526、WV-2527、WV-2528、WV-2529、WV-2530、WV-2531、WV-2532、WV-2533、WV-2534、WV-2535、WV-2536、WV-2537、WV-2538、WV-2578、WV-2579、WV-2580、WV-2581、WV-2582、WV-2583、WV-2584、WV-2585、WV-2586、WV-2587、WV-2588、WV-2625、WV-2627、WV-2628、WV-2660、WV-2661、WV-2662、WV-2663、WV-2664、WV-2665、WV-2666、WV-2667、WV-2668、WV-2669、WV-2670、WV-2737、WV-2738、WV-2739、WV-2740、WV-2741、WV-2742、WV-2743、WV-2744、WV-2745、WV-2746、WV-2747、WV-2748、WV-2749、WV-2750、WV-2752、WV-2783、WV-2784、WV-2785、WV-2786、WV-2787、WV-2788、WV-2789、WV-2790、WV-2791、WV-2792、WV-2793、WV-2794、WV-2795、WV-2796、WV-2797、WV-2798、WV-2799、WV-2800、WV-2801、WV-2802、WV-2803、WV-2804、WV-2805、WV-2806、WV-2807、WV-2808、WV-2812、WV-2813、WV-2814、WV-3017、WV-3018、WV-3019、WV-3020、WV-3022、WV-3023、WV-3024、WV-3025、WV-3026、WV-3027、WV-3028、WV-3029、WV-3030、WV-3031、WV-3032、WV-3033、WV-3034、WV-3035、WV-3036、WV-3037、WV-3038、WV-3039、WV-3040、WV-3041、WV-3042、WV-3043、WV-3044、WV-3045、WV-3046、WV-3047、WV-3048、WV-3049、WV-3050、WV-3051、WV-3052、WV-3053、WV-3054、WV-3055、WV-3056、WV-3057、WV-3058、WV-3059、WV-3060、WV-3061、WV-3070、WV-3071、WV-3072、WV-3073、WV-3074、WV-3075、WV-3076、WV-3077、WV-3078、WV-3079、WV-3080、WV-3081、WV-3082、WV-3083、WV-3084、WV-3085、WV-3086、WV-3087、WV-3088、WV-3089、WV-3113、WV-3114、WV-3115、WV-3116、WV-3117、WV-3118、WV-3120、WV-3121、WV-3152、WV-3153、WV-3357、WV-3358、WV-3359、WV-3360、WV-3361、WV-3362、WV-3363、WV-3364、WV-3365、WV-3366、WV-3463、WV-3464、WV-3465、WV-3466、WV-3467、WV-3468、WV-3469、WV-3470、WV-3471、WV-3472、WV-3473、WV-3506、WV-3507、WV-3508、WV-3509、WV-3510、WV-3511、WV-3512、WV-3513、WV-3514、WV-3515、WV-3516、WV-3517、WV-3518、WV-3519、WV-3520、WV-3543、WV-3544、WV-3545、WV-3546、WV-3547、WV-3548、WV-3549、WV-3550、WV-3551、WV-3552、WV-3553、WV-3554、WV-3555、WV-3556、WV-3557、WV-3558、WV-3559、WV-3560、WV-3753、WV-3754、WV-3820、WV-3821、WV-3855、WV-3856、WV-3971、WV-4106、WV-4107、WV-4191、WV-4231、WV-4232、WV-4233、WV-4890、WV-6137、WV-6409、WV-6410、WV-6560、WV-6826、WV-6827、WV-6828、WV-7109、WV-7110、WV-7333、WV-7334、WV-7335、WV-7336、WV-7337、WV-7338、WV-7339、WV-7340、WV-7341、WV-7342、WV-7343、WV-7344、WV-7345、WV-7346、WV-7347、WV-7348、WV-7349、WV-7350、WV-7351、WV-7352、WV-7353、WV-7354、WV-7355、WV-7356、WV-7357、WV-7358、WV-7359、WV-7360、WV-7361、WV-7362、WV-7363、WV-7364、WV-7365、WV-7366、WV-7367、WV-7368、WV-7369、WV-7370、WV-7371、WV-7372、WV-7373、WV-7374、WV-7375、WV-7376、WV-7377、WV-7378、WV-7379、WV-7380、WV-7381、WV-7382、WV-7383、WV-7384、WV-7385、WV-7386、WV-7387、WV-7388、WV-7389、WV-7390、WV-7391、WV-7392、WV-7393、WV-7394、WV-7395、WV-7396、WV-7397、WV-7398、WV-7399、WV-7400、WV-7401、WV-7402、WV-7410、WV-7411、WV-7412、WV-7413、WV-7414、WV-7415、WV-7457、WV-7458、WV-7459、WV-7460、WV-7461、WV-7506、WV-7596、WV-8130、WV-8131、WV-8230、WV-8231、WV-8232、WV-8449、WV-8478、WV-8479、WV-8480、WV-8481、WV-8482、WV-8483、WV-8484、W
V-8485、WV-8486、WV-8487、WV-8488、WV-8489、WV-8490、WV-8491、WV-8492、WV-8493、WV-8494、WV-8495、WV-8496、WV-8497、WV-8498、WV-8499、WV-8500、WV-8501、WV-8502、WV-8503、WV-8504、WV-8505、WV-8506、WV-8806、WV-884、WV-885、WV-886、WV-887、WV-888、WV-889、WV-890、WV-891、WV-892、WV-893、WV-894、WV-895、WV-896、WV-897、WV-9222、WV-9223、WV-9224、WV-9225、WV-9226、WV-9227、WV-942、WV-9540、WV-9541、WV-9737、WV-9738、WV-9739、WV-9740、WV-9741、WV-9742、WV-9827、WV-9828、WV-9829、WV-9830、WV-9831、WV-9832、WV-9833、WV-9834、WV-9835、WV-9836、WV-9837、WV-9838、WV-9839、WV-9840、WV-9841、WV-9842、WV-9843、WV-9844、WV-9845、WV-9846、WV-9847、WV-9848、WV-9849、WV-9850、WV-9851、WV-9852、WV-9858及びWV-8937のもの並びにこれらのDMDオリゴヌクレオチドのいずれかの少なくとも15隣接塩基を含む塩基配列を有する他のDMDオリゴヌクレオチドが挙げられる。
かかるDMDオリゴヌクレオチド及び組成物の更なる非限定的な例としては、WV-2444、WV-2528、WV-2531、WV-2578、WV-2579、WV-2580、WV-2581、WV-2669、WV-2745、WV-3032、WV-3152、WV-3153、WV-3360、WV-3363、WV-3364、WV-3465、WV-3466、WV-3470、WV-3472、WV-3473、WV-3507、WV-3545、WV-3546、WV-3552、WV-4106、WV-4231、WV-4232、WV-4233、WV-887、WV-896、WV-942のもの並びにこれらのDMDオリゴヌクレオチドのいずれかの少なくとも15隣接塩基を含む塩基配列を有する他のDMDオリゴヌクレオチドが挙げられる。
かかるDMDオリゴヌクレオチド及び組成物の更なる非限定的な例としては、WV-12494、WV-12130、WV-12131、WV-12132、WV-12133、WV-12134、WV-12135、WV-12136、WV-12496、WV-12495、WV-12123、WV-12124、WV-12125、WV-12126、WV-12127、WV-12128、WV-12129、WV-12553、WV-12554、WV-12555、WV-12556、WV-12557、WV-12558、WV-12559、WV-12872、WV-12873、WV-12876、WV-12877、WV-12878、WV-12879、WV-12880、WV-12881、WV-12882及びWV-12883のもの並びにこれらのDMDオリゴヌクレオチドのいずれかの少なくとも15隣接塩基を含む塩基配列を有する他のDMDオリゴヌクレオチドが挙げられる。
一部の実施形態において、エクソン51スキッピングの目的の領域の配列はマウスとヒトとの間で異なる。
本開示では、エクソンスキッピングに関するオリゴヌクレオチドの評価に様々なアッセイを利用することができる。一部の実施形態において、ヒトにおけるエクソン51スキッピングが意図されるオリゴヌクレオチドの特定の組み合わせの化学及び立体化学の有効性を試験するため、マウス配列を有する対応するオリゴヌクレオチドを調製し、次にマウスで試験することができる。本開示は、エクソン51のヒト及びマウスホモログに数個の違いが存在することを認識する(以下の下線箇所)。

ここで、Mはマウスのnt7571~7630であり;及びHはヒトのnt7665~7724である。
これらの違いにより、マウス及びヒトでの試験用には、エクソン51のスキッピングに関して僅かに異なるDMDオリゴヌクレオチドが調製され得る。非限定的な例として、ヒト及びマウスでの試験に以下のDMDオリゴヌクレオチド配列を使用することができる。
ヒト対象の治療を意図するDMDオリゴヌクレオチドは、塩基配列(例えば、

)と、特定のパターンの化学、インターヌクレオチド結合、立体化学及び追加の化学的部分(存在する場合)との特定の組み合わせで構築することができる。かかるDMDオリゴヌクレオチドはインビトロでヒト細胞において又はインビボでヒト対象において試験することができ、しかし、例えば、2つの塩基配列にミスマッチがあるため、マウスでの試験については適合性が限られていることもある。
対応するDMDオリゴヌクレオチドは、対応するマウス塩基配列

並びに同じパターンの化学、インターヌクレオチド結合、立体化学及び追加の化学的部分(存在する場合)で構築することができる。かかるオリゴヌクレオチドは、マウスにおいてインビボで試験することができる。マウス塩基配列を含む幾つかのDMDオリゴヌクレオチドを構築し、試験した。
一部の実施形態において、ヒトDMDエクソンスキッピングオリゴヌクレオチドは、ヒト配列を含むDMD遺伝子を含むように修飾されたマウスにおいて試験することができる。
様々な修飾パターンを含む様々なDMDオリゴヌクレオチドが本明細書に記載される。以下の表は、特定のDMDオリゴヌクレオチドの試験結果を示す。DMDのエクソンスキッピングをアッセイするため、Δ52ヒト患者由来筋芽細胞及び/又はΔ45-52ヒト患者由来筋芽細胞(エクソン52又はエクソン45~52が既に欠失したヒト細胞)においてDMDオリゴヌクレオチドをインビトロで試験した。特に注記しない限り、様々な実験において、オリゴヌクレオチドはジムノシスにより送達した。
以下の表4Bに、エクソン51のスキッピングに関するDMDオリゴヌクレオチドの追加的なデータを提供した。
以下の表4Cに、エクソン51のスキッピングに関するDMDオリゴヌクレオチドの追加的なデータを提供した。
以下の表4Dに、エクソン51のスキッピングに関するDMDオリゴヌクレオチドの追加的なデータを提供した。
以下の表5に、エクソン51のスキッピングに関するDMDオリゴヌクレオチドの追加的なデータを提供した。
以下の表7に、エクソン51のスキッピングに関するDMDオリゴヌクレオチドの追加的なデータを提供した。
一部の実施形態において、本開示は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチド、例えばDMDオリゴヌクレオチドの代謝産物又はこれらの任意の組み合わせに関する。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド、例えばDMDオリゴヌクレオチドの代謝産物は、オリゴヌクレオチド、例えばDMDオリゴヌクレオチドがヌクレアーゼ(例えば、エキソヌクレアーゼ又はエンドヌクレアーゼ又は他の酵素、オリゴヌクレオチドの1つ以上の修飾を化学的に処理し得るものを含む)による作用を受けた結果である。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド、例えばDMDオリゴヌクレオチドの「代謝産物」は、かかるオリゴヌクレオチドがヌクレアーゼによって代謝されるか又は物理的に処理された物理的産物ではなく、むしろ、オリゴヌクレオチドが酵素、例えばヌクレアーゼによって代謝されるか又は処理された産物に化学的に対応する化合物である。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド、例えばDMDオリゴヌクレオチドの代謝産物は、いかなる代謝過程もなしに化学的に合成され、及び任意選択で対象に投与される。
一部の実施形態において、代謝産物は、オリゴヌクレオチドの5’末端及び/又は3’末端上での1又は2ヌクレオチド又はヌクレオシドのトランケーションである。一部の実施形態において、本開示は、本明細書に挙げられるオリゴヌクレオチド、例えばDMDオリゴヌクレオチドに対応するが、5’末端で1又は2ヌクレオチドだけトランケートされているオリゴヌクレオチド、例えばDMDオリゴヌクレオチドを提供する。一部の実施形態において、本開示は、本明細書に挙げられるオリゴヌクレオチド、例えばDMDオリゴヌクレオチドに対応するが、3’末端で1又は2ヌクレオチドだけトランケートされているオリゴヌクレオチド、例えばDMDオリゴヌクレオチドを提供する。一部の実施形態において、本開示は、本明細書に挙げられるオリゴヌクレオチド、例えばDMDオリゴヌクレオチドに対応するが、3’末端及び5’末端で1又は2ヌクレオチドだけトランケートされているオリゴヌクレオチド、例えばDMDオリゴヌクレオチドを提供する。とりわけ、かかるオリゴヌクレオチドは様々な生物学的機能を果たし得、例えば、かかるDMDオリゴヌクレオチドは、エクソン23、45、51、53又は任意の他のDMDエクソンのスキッピングを媒介することができる。
一部の実施形態において、本開示は、塩基配列が5’末端上で1又は2塩基だけ短い点を除いては、本明細書に挙げられるDMDオリゴヌクレオチドの塩基配列を有するDMDオリゴヌクレオチドに関する。一部の実施形態において、本開示は、塩基配列が3’末端上で1又は2塩基だけ短いことを除いては、本明細書に挙げられるDMDオリゴヌクレオチドの塩基配列を有するDMDオリゴヌクレオチドに関する。一部の実施形態において、本開示は、塩基配列が3’末端及び5’末端上で1又は2塩基だけ短いことを除いては、本明細書に開示されるDMDオリゴヌクレオチドの塩基配列を有するDMDオリゴヌクレオチドに関する。かかるDMDオリゴヌクレオチドは、とりわけ、エクソン23、45、51、53又は任意の他のDMDエクソンのスキッピングを媒介することができる。
一部の実施形態において、DMDオリゴヌクレオチドの代謝産物は、オリゴヌクレオチドから追加の部分(例えば、脂質又は他のコンジュゲートした部分)が除去されている。
一部の実施形態において、本開示のオリゴヌクレオチドは、別のオリゴヌクレオチドの代謝産物であり得る。例えば、幾つかのオリゴヌクレオチドが、例えば、WV-4231(3’n-1、3’末端で1ヌクレオチドだけトランケートされている)、WV-4232(3’n-2)、WV-4233(5’n-1)等、WV-3473の代謝産物であり得る。かかる「代謝産物」オリゴヌクレオチドの例示的データを以下の表9に提供した(1、3及び10uM、レプリケート)。概して、オリゴヌクレオチドは、それが別のオリゴヌクレオチドの代謝産物であり得るか否かに関わらず、独立に使用することができる。
一部の実施形態において、本開示は、エクソン51又は本明細書に(例えば、表A1に)挙げられる任意の他のエクソンに対する任意のDMDオリゴヌクレオチドに対応するDMDオリゴヌクレオチドであって、但し5’末端及び/又は3’末端上で1、2ヌクレオチド以上だけトランケートされているDMDオリゴヌクレオチドに関する。
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチド、例えばDMDオリゴヌクレオチドの長さは15~45塩基である。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチド、例えばDMDオリゴヌクレオチドの長さは20~45塩基である。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチド、例えばDMDオリゴヌクレオチドの長さは20~40塩基である。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチド、例えばDMDオリゴヌクレオチドの長さは35塩基である。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチド、例えばDMDオリゴヌクレオチドの長さは20~25塩基である。
一部の実験において、エクソン51のスキッピングのためのDMDオリゴヌクレオチドの長さは20又は25塩基である。
表10A及び10B.特定のオリゴヌクレオチドの例示的データ
表10Aは、DMDエクソン51のスキッピングについての20merのデータを示す;表10Bは、DMDエクソン51のスキッピングについての25merのデータを示す。配列は表A1に提供する。数字はスキッピング効率を表し、ここで、100.0であれば100%のスキッピングを表し、0.0は0%の効率を表す;レプリケート実験の結果を示す。
追加的なデータを提供する。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド、例えばDMDオリゴヌクレオチドは、エクソンをスキップする能力に関して生体動物の組織においてインビボで試験することができる;一部の実施形態において、組織は、腓腹筋、三頭筋、四頭筋、横隔膜及び/又は心臓である。一部の実施形態において、生体動物は、マウス、ラット、サル、イヌ又は非ヒト霊長類である。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド、例えばDMDオリゴヌクレオチドは、例えば、エクソン23、45、51、53又は任意の他のDMDエクソンのスキッピングを媒介する能力を有する。様々なDMDオリゴヌクレオチドが非ヒト霊長類(NHP)の組織においてDMDエクソン51のスキッピングを媒介することが示されており、ここで、組織は腓腹筋、三頭筋、四頭筋、横隔膜又は心臓であった。
一部の実施形態において、本開示は、オリゴヌクレオチド、例えばDMDオリゴヌクレオチドを投与する方法に関し、ここで、前分化(筋芽細胞から筋細管への)及びオリゴヌクレオチドによる治療のタイムラインは好適に変更される。一部の実施形態において、インビトロでの試験では、エクソン51に対するオリゴヌクレオチド、例えばDMDオリゴヌクレオチドを1日又は4日の処理で試験した。
実施例19は、例えば患者由来筋芽細胞におけるインビトロでのオリゴヌクレオチド、例えばDMDオリゴヌクレオチドの試験に好適な実験についての様々なタイムラインを記載する。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドはUの誘導体を含む。一部の実施形態において、DMDのエクソンのスキッピングを媒介する能力を有するオリゴヌクレオチドは、Uの誘導体を含む。一部の実施形態において、DMDのエクソンのスキッピングを媒介する能力を有するオリゴヌクレオチドは、Uの誘導体及び少なくとも1つのキラル制御されたインターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、DMDのエクソンのスキッピングを媒介する能力を有するオリゴヌクレオチドは、Uの誘導体及び少なくとも1つのキラル制御されたホスホロチオエートインターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、Uの誘導体はBrU又はAcet5U

である。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドはBrUを含む。一部の実施形態において、DMDのエクソンのスキッピングを媒介する能力を有するオリゴヌクレオチドは、BrUを含む。一部の実施形態において、DMDのエクソンのスキッピングを媒介する能力を有するオリゴヌクレオチドは、BrU及び少なくとも1つのキラル制御されたインターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、DMDのエクソンのスキッピングを媒介する能力を有するオリゴヌクレオチドは、BrU及び少なくとも1つのキラル制御されたホスホロチオエートインターヌクレオチド結合を含む。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドはAcet5Uを含む。一部の実施形態において、Acet5UはAcetU又はacetUとも表記される。一部の実施形態において、DMDのエクソンのスキッピングを媒介する能力を有するオリゴヌクレオチドは、Acet5Uを含む。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド、例えばDMDオリゴヌクレオチドにおいて、任意のU又はTを任意選択でAcet5Uに(例えば、第1のウィング、コア、第2のウィング又はオリゴヌクレオチドのどこかにおいて)置き換えることができる。一部の実施形態において、DMDのエクソンのスキッピングを媒介する能力を有するオリゴヌクレオチドはAcet5mUヌクレオシド単位を含み、ここで、塩基はAcet5Uであり、及び糖は、2’-OHが2’-OMeに置き換えられている共通の天然RNA糖である。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドはAcet5fUヌクレオシド単位を含み、ここで、塩基はAcet5Uであり、及び糖は、2’-OHが2’-Fに置き換えられている共通の天然RNA糖である。一部の実施形態において、DMDのエクソンのスキッピングを媒介する能力を有するオリゴヌクレオチドは、Acet5U及び少なくとも1つのキラル制御されたインターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、DMDのエクソンのスキッピングを媒介する能力を有するオリゴヌクレオチドは、Acet5U及び少なくとも1つのキラル制御されたホスホロチオエートインターヌクレオチド結合を含む。
表11D、表11E及び表A1に示されるとおり、特定のオリゴヌクレオチド、例えばDMDオリゴヌクレオチドは、BrU又はacet5Uを含んで設計し、構築した。一部のオリゴヌクレオチドでは、5’末端のヌクレオシドがBrU又はacet5Uを含む。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドはBrfUヌクレオシド単位を含み、ここで、塩基はBrUであり、及び糖は、2’-OHが2’-Fに置き換えられている共通の天然RNA糖である。一部のオリゴヌクレオチドでは、オリゴヌクレオチドはBrdUヌクレオシド単位を含み、ここで、塩基はBrUであり、及び糖は2-デオキシリボース(共通の天然DNA糖)である。一部の実施形態において、任意のU又はTをBrUに(例えば、第1のウィング、コア、第2のウィング又はオリゴヌクレオチド内のどこかにおいて)置き換えることができる。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド、例えばDMDオリゴヌクレオチドにおいて、任意の数のU又はTをBrU及び/又はAcet5Uに置き換えることができる。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドはacet5fUヌクレオシド単位を含み、ここで、塩基はacet5Uであり、及び糖は、2’-OHが2’-Fに置き換えられている共通の天然RNA糖である。
表11Dは、BrfUを含むオリゴヌクレオチドWV-7410及びacet5fUを含むWV-7413を含め、エクソン51のスキッピングを媒介する様々なDMDオリゴヌクレオチドのデータを示す。パーセンテージはRT-qPCRを用いて測定した。Δ48-50患者由来筋芽細胞(分化後4日)における10μM及び3μMオリゴヌクレオチドのジムノシス送達。この実験はテクニカルレプリケートで行った。
一部の実施形態において、本開示は、オリゴヌクレオチドの中心又はその近くに(例えば、コア領域、中間領域等に)BrdUを含むオリゴヌクレオチド、例えば様々なDMDオリゴヌクレオチドを提供する。一部の実施形態において、例示的なかかるオリゴヌクレオチドとしては、WV-2812、WV-2813及びWV-2814が挙げられる。これらのオリゴヌクレオチドの特定のエクソンスキッピングデータを以下に提供した。
エクソン52を標的化する例示的ジストロフィンオリゴヌクレオチド及び組成物
一部の実施形態において、本開示は、ヒトDMDにおけるエクソン52を標的化するための、及び/又はエクソン52のスキッピングを媒介するためのオリゴヌクレオチド、オリゴヌクレオチド組成物及びその使用方法を提供する。非限定的な例としては、エクソン52オリゴのオリゴヌクレオチド及び組成物が挙げられ、WV-13733、WV-13734、WV-13735、WV-13736、WV-13737、WV-13738、WV-13739、WV-13740、WV-13741、WV-13742、WV-13743及びWV-13744、WV-13782及びWV-13783並びにこれらのDMDオリゴヌクレオチドのいずれかの少なくとも15隣接塩基を含む塩基配列を有する他のオリゴヌクレオチドが挙げられる。
エクソン53のエクソンスキッピングのための例示的ジストロフィンオリゴヌクレオチド及び組成物
一部の実施形態において、本開示は、DMD(例えば、マウス、ヒト等の)におけるエクソン53のスキッピングを媒介するためのオリゴヌクレオチド、オリゴヌクレオチド組成物及びその使用方法を提供する。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド、例えば、ヒトDMDエクソン53スキッピングオリゴヌクレオチドは、ヒトエクソン53配列を含むDMD遺伝子を含むように修飾されているマウスで試験することができる。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド、例えばDMDオリゴヌクレオチドは、エクソン53のスキッピングを媒介する能力を有する。かかるオリゴヌクレオチドの非限定的な例としては、WV-10439、WV-10440、WV-10441、WV-10442、WV-10443、WV-10444、WV-10445、WV-10446、WV-10447、WV-10448、WV-10449、WV-10450、WV-10451、WV-10452、WV-10453、WV-10454、WV-10455、WV-10456、WV-10457、WV-10458、WV-10459、WV-10460、WV-10461、WV-10462、WV-10463、WV-10464、WV-10465、WV-10466、WV-10467、WV-10468、WV-10469、WV-10470、WV-10487、WV-10488、WV-10489、WV-10490、WV-10491、WV-10492、WV-10493、WV-10494、WV-10495、WV-10496、WV-10497、WV-10498、WV-10499、WV-10500、WV-10501、WV-10502、WV-10503、WV-10504、WV-10505、WV-10506、WV-10507、WV-10508、WV-10509、WV-10510、WV-10511、WV-10512、WV-10513、WV-10514、WV-10515、WV-10516、WV-10517、WV-10518、WV-10519、WV-10520、WV-10521、WV-10522、WV-10523、WV-10524、WV-10525、WV-10526、WV-10527、WV-10528、WV-10529、WV-10530、WV-10531、WV-10532、WV-10533、WV-10534、WV-10535、WV-10536、WV-10537、WV-10538、WV-10539、WV-10540、WV-10541、WV-10542、WV-10543、WV-10544、WV-10545、WV-10546、WV-10547、WV-10548、WV-10549、WV-10550、WV-10551、WV-10552、WV-10553、WV-10554、WV-10555、WV-10556、WV-10557、WV-10558、WV-10559、WV-10560、WV-10561、WV-10562、WV-10563、WV-10564、WV-10565、WV-10566、WV-10567、WV-10568、WV-10569、WV-10570、WV-10571、WV-10572、WV-10573、WV-10574、WV-10575、WV-10576、WV-10577、WV-10578、WV-10579、WV-10580、WV-10581、WV-10582、WV-10583、WV-10584、WV-10585、WV-10586、WV-10587、WV-10588、WV-10589、WV-10590、WV-10591、WV-10592、WV-10593、WV-10594、WV-10595、WV-10596、WV-10597、WV-10598、WV-10599、WV-10600、WV-10601、WV-10602、WV-10603、WV-10604、WV-10605、WV-10606、WV-10607、WV-10608、WV-10609、WV-10610、WV-10611、WV-10612、WV-10613、WV-10614、WV-10615、WV-10616、WV-10617、WV-10618、WV-10619、WV-10620、WV-10621、WV-10622、WV-10623、WV-10624、WV-10625、WV-10626、WV-10627、WV-10628、WV-10629、WV-10630、WV-10670、WV-10671、WV-10672、WV-11340、WV-11341、WV-11342、WV-11544、WV-11545、WV-11546、WV-11547、WV-13835、WV-13864、WV-14344、WV-4698、WV-4699、WV-4700、WV-4701、WV-4702、WV-4703、WV-4704、WV-4705、WV-4706、WV-4707、WV-4708、WV-4709、WV-4710、WV-4711、WV-4712、WV-4713、WV-4714、WV-4715、WV-4716、WV-4717、WV-4718、WV-4719、WV-4720、WV-4721、WV-4722、WV-4723、WV-4724、WV-4725、WV-4726、WV-4727、WV-4728、WV-4729、WV-4730、WV-4731、WV-4732、WV-4733、WV-4734、WV-4735、WV-4736、WV-4737、WV-4738、WV-4739、WV-4740、WV-4741、WV-4742、WV-4743、WV-4744、WV-4745、WV-4746、WV-4747、WV-4748、WV-4749、WV-4750、WV-4751、WV-4752、WV-4753、WV-4754、WV-4755、WV-4756、WV-4757、WV-4758、WV-4759、WV-4760、WV-4761、WV-4762、WV-4763、WV-4764、WV-4765、WV-4766、WV-4767、WV-4768、WV-4769、WV-4770、WV-4771、WV-4772、WV-4773、WV-4774、WV-4775、WV-4776、WV-4777、WV-4778、WV-4779、WV-4780、WV-4781、WV-4782、WV-4783、WV-4784、WV-4785、WV-4786、WV-4787、WV-4788、WV-4789、WV-4790、WV-4791、WV-4792、WV-4793、WV-9067、WV-9068、WV-9069、WV-9070、WV-9071、WV-9072、WV-9073、WV-9074、WV-9075、WV-9076、WV-9077、WV-9078、WV-9079、WV-9080、WV-9081、WV-9082、WV-9083、WV-9084、WV-9085、WV-9086、WV-9087、WV-9088、WV-9089、WV-9090、WV-9091、WV-9092、WV-9093、WV-9094、WV-9095、WV-9096、WV-9097、WV-9098、WV-9099、WV-9100、WV-9101、WV-9102、WV-9103、WV-9104、WV-9105、WV-9106、WV-9107、WV-9108、WV-9109、WV-9110、WV-9111、WV-9112、WV-9113、WV-9114、WV-9115、WV-9116、WV-9117、WV-9118、WV-9119、WV-9120、WV-9121、WV-9122、WV-9123、WV-9124、WV-9125、WV-9126、WV-9127、WV-9128、WV-9129、WV-9130、WV-9131、WV-9132、WV-9133、WV-9134、WV-9135、WV-9136、WV-9137、WV-9138、WV-9139、WV-9140、WV-9141、WV-9142、WV-9143、WV-9144、WV-9145、WV-9146、WV-9147、WV-9148、WV-9149、WV-9150、WV-9151、WV-9152、WV-9153、WV-9154、WV-9155、WV-9156、WV-9157、WV-9158、WV-9159、WV-9160、WV-9161、WV-9162、WV-9422、WV-9423、WV-9424、WV-9425、WV-9426、WV-9427、WV-9428、WV-9429、WV-9511、WV-9512、WV-9513、WV-9514、WV-9515、WV-9516、WV-9517、WV-9518、WV-9519、WV-9520、WV-9521、WV-9522、WV-9523、WV-9524、WV-9525、WV-9534、WV-9535、WV-9536、WV-9537、WV-9538、WV-9539、WV-9680、WV-9681、WV-9682、WV-9683、WV-9684、WV-9685、WV-9686、WV-9687、WV-9688、WV-9689、WV-9690、WV-9691、WV-9699、WV-9700、WV-9701、WV-9702、WV-9703、WV-9704、WV-9709、WV-9710、WV-9711、WV-9712、WV-9713、WV-9714、WV-9715、WV-9743、WV-9744、WV-9745、WV-9746、WV-9747、WV-9748、WV-9749、WV-9750、WV-9751、WV-9752、WV-9753、WV-9754、WV-9755、WV-9756、WV-9757、WV-9758、WV-9759、WV-9760、WV-9761、WV-9897、WV-9898、WV-9899、WV-9900、WV-9901、WV-9902、WV-9903、WV-9904、WV-9905、WV-9906、WV-9907、WV-9908、WV-9909、WV-9910、WV-9911、WV-9912、WV-9913、WV-9914、WV-7436、WV-7437、WV-7438、WV-7439、WV-7440、WV-7441、WV-7442、WV-7443、WV-7444、WV-7445、WV-7446、WV-7447、WV-7448、WV-7449、WV-7450、WV-7451、WV-7452、WV-7453、WV-7454、WV-7455及びWV-7456並びにこれらのDMDオリゴヌクレオチドのいずれかの少なくとも15隣接塩基を含む塩基配列を有する他のDMDオリゴヌクレオチドが挙げられる。
かかるDMDオリゴヌクレオチドの更なる例としては、WV-9422、WV-9425、WV-9426、WV-9517、WV-9519、WV-9521、WV-9522、WV-9524、WV-9710、WV-9714、WV-9715、WV-9743、WV-9744、WV-9745、WV-9746、WV-9747、WV-9748、WV-9749、WV-9750、WV-9751、WV-9756、WV-9757、WV-9758、WV-9759、WV-9760、WV-9761、WV-9897、WV-9898、WV-9899、WV-9900、WV-9906及びWV-9912並びにこれらのDMDオリゴヌクレオチドのいずれかの少なくとも15隣接塩基を含む塩基配列を有する他のDMDオリゴヌクレオチドが挙げられる。
かかるDMDオリゴヌクレオチドの非限定的な例としては、WV-12123、WV-12124、WV-12125、WV-12126、WV-12127、WV-12128、WV-12129、WV-12553、WV-12554、WV-12555、WV-12556、WV-12557、WV-12558、WV-12559、WV-12872、WV-12873、WV-12876、WV-12877、WV-12878、WV-12879、WV-12880、WV-12881、WV-12882及びWV-12883並びにこれらのDMDオリゴヌクレオチドのいずれかの少なくとも15隣接塩基を含む塩基配列を有する他のDMDオリゴヌクレオチドも挙げられる。
ジストロフィンエクソン53のスキッピングに関する様々な実験の結果が本開示に記載される。例えば、配列同定スクリーンからのデータを以下の表13Aに示す。
幾つものオリゴヌクレオチドを作成し、DMDエクソン53のスキッピングにおける有効性に関してヒト患者由来筋芽細胞においてインビトロで試験した;特定の結果を以下の表13B~表21(A及びB)に示す。オリゴヌクレオチドは3及び10uMの濃度において2レプリケート(R1及びR2)で使用した。数字はDMDエクソン53のスキッピングのパーセンテージを示し、ここで、0.0であればスキッピングがないことを示し、100.0であれば100%のスキッピングを示す。幾つかの塩基配列は種々の化学的フォーマットとの組み合わせで試験した。例えば、一部の実施形態において、塩基配列は、GUACUUCAUCCCACUGAUUC、GUGUUCTTGTACTTCAUCCC、UUCUGAAGGTGTTCUUGUAC又はCUCCGGTTCTGAAGGUGUUCであり、式中、Uは、任意選択でTによって置換され、及び逆も同様である。例えばギャップマー(例えば、6-8-6ウィング-コア-ウィングギャップマー)を含め、様々な化学的フォーマットを利用した。一部の実施形態では、両方のウィングが2’-Fであり、一方、コアが、全て2’-MOE、交互に並んだ2’-MOE/2-OMe、交互に並んだ2’-OMe/2’-MOE、交互に並んだ2’-MOE/2’-F、交互に並んだ2’-F/2’-MOE、交互に並んだ2’-OMe/2’-F及び交互に並んだ2’-F/2’-OMe等であった。一部の実施形態では、第1のウィングが2’-MOE又は2’-OMeであり、第2のウィングが2’-Fであった(一種の非対称ギャップマー)。一部の実施形態において、各インターヌクレオチド結合はステレオランダムなホスホロチオエートである。一部の実施形態において、一部の交互に並んだホスホロチオエート結合はリン酸ジエステル結合によって置き換えられる。一部の実施形態において、5’-メチル2’-MOE Cが使用される。試験した特定のオリゴヌクレオチドの説明は表A1に提供する。
更なるオリゴヌクレオチドを作成し、DMDエクソン53のスキッピングに関して細胞においてインビトロで試験した。特定のデータを以下の表16に示す。オリゴヌクレオチドは3及び10uMの濃度で、2レプリケートで使用した。数字はDMDエクソン53のスキッピングのパーセンテージを示す。示されるとおり、オリゴヌクレオチドは、種々の化学的フォーマットとの組み合わせで異なる塩基配列を有し得る。一部の実施形態において、試験したオリゴヌクレオチドは20merであり、各々がウィング-コア-ウィングのギャップマーフォーマットを有し、ここで、各ウィングは2’-Fであり、及びコアは2’-OMe又は2’-OMeと2’-Fとの混合であった。一部の実施形態において、各インターヌクレオチド結合はSp配置のキラル制御されたホスホロチオエートインターヌクレオチド結合であった。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは1つ以上の天然リン酸結合を含む。一部の実施形態において、本開示のオリゴヌクレオチドは、1つ以上の5’-メチル2’-F Cを含む(5MSfC、

ヌクレオシドは、

であり、式中、BAは核酸塩基Cであり、R2sは-Fである)。
幾つものDMDオリゴヌクレオチドを更に設計し、構築し、DMDエクソン53のスキッピングにおける有効性に関して分化筋芽細胞においてインビトロで試験した。特定のデータを以下の表17に示す。オリゴヌクレオチドは、2つのバイオロジカルレプリケート(R1及びR2)において、3及び10μMの濃度でジムノシスにより送達した。数字は、RT-qPCRによって決定したときのDMDエクソン53のスキッピングのパーセンテージを示す。
幾つものオリゴヌクレオチドを設計し、構築し、DMDエクソン53のスキッピングにおける有効性に関してΔ52分化筋芽細胞においてインビトロで試験した。特定のデータを以下の表18に示した。例示的手順では、細胞を4日間前分化させて、オリゴヌクレオチドをジムノシスにより4日間送達した。分化培地は、DMEM、2%ウマ血清及び10g/mlインスリンであった。一部の実施形態において、特定のオリゴヌクレオチドで、これらの細胞を前分化させない場合にスキッピング効率が比較的低かった。オリゴヌクレオチドは、1、3及び10μMの濃度で、バイオロジカルレプリケート(R1及びR2)でジムノシスにより送達した。数字は、RT-qPCRによって決定したときのDMDエクソン53のスキッピングのパーセンテージを示す。PMO53オリゴヌクレオチドは、WV-13405、HumDMDEx53又はPMO(DMDエクソン53実験において)若しくはPMO SRとも称されるオリゴヌクレオチドであり、これはGTTGCCTCCGGTTCTGAAGGTGTTCの塩基配列を有し、完全PMO(モルホリノ)である。「-」は、その特定の試料について利用可能なデータがなかったことを示す。
幾つものDMDオリゴヌクレオチドを設計し、構築し、DMDエクソン53のスキッピングにおける有効性に関してΔ45-52分化筋芽細胞においてインビトロで試験した。SFSR9に対して正規化した特定の結果を以下の表19に示す。オリゴヌクレオチドは、1、3及び10μMの濃度で、バイオロジカルレプリケート(R1及びR2)でジムノシスにより送達した。数字は、RT-qPCRによって決定したときのDMDエクソン53のスキッピングのパーセンテージを示す。
オリゴヌクレオチドの更なる試験を実施しており、結果を以下の表20及び表21に示した。
更なるDMDオリゴヌクレオチドについて、以下に示すとおり、DMDエクソンのスキッピングを媒介するその能力を試験した。完全PMO(モルホリノ)オリゴヌクレオチドは以下の配列を有する。
WV-13407はPMO NSとも称される。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド、例えばDMDオリゴヌクレオチドは、イントロンスプライスエンハンサーエレメント、例えば、エクソン53スキッピングのためのDMDオリゴヌクレオチドについてはエクソン53の4kb以内のエレメントを標的化するように設計される。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは30merである。特定のかかるオリゴヌクレオチドについての例示的データを表21Dに提供する。
幾つかのオリゴヌクレオチド(WV-9517、WV-13864、WV-13835及びWV-14791を含む)については、最高30uMまでの様々な濃度でHEK-blue-TLR9細胞においてTLR9活性化に関してインビトロで試験した(16時間ジムノシス取込み)。WV-13864及びWV-14791は、Rp配置のキラル制御された非負電荷インターヌクレオチド結合を含む。WV-9517、WV-13864、WV-13835及びWV-14791は有意なTLR9活性化を呈しなかった(2倍未満のTLR9誘導;データは示さず)。WV-13864及びWV-14791も、水と比較してPBMCサイトカイン放出アッセイにおいて最高30uMまで無視できるシグナルのみを呈した(データは示さず)。
エクソン54を標的化する例示的ジストロフィンオリゴヌクレオチド及び組成物
一部の実施形態において、本開示は、ヒトDMDにおけるエクソン54を標的化するための、及び/又はエクソン54のスキッピングを媒介するためのオリゴヌクレオチド、オリゴヌクレオチド組成物及びその使用方法を提供する。非限定的な例としては、エクソン54オリゴのオリゴヌクレオチド及び組成物が挙げられ、WV-13745、WV-13746、WV-13747、WV-13748、WV-13749、WV-13750、WV-13751、WV-13752、WV-13753、WV-13754、WV-13755、WV-13756、WV-13757、WV-13758、WV-13759、WV-13760、WV-13784及びWV-13785並びにこれらのDMDオリゴヌクレオチドのいずれかの少なくとも15隣接塩基を含む塩基配列を有する他のオリゴヌクレオチドが挙げられる。
エクソン55を標的化する例示的ジストロフィンオリゴヌクレオチド及び組成物
一部の実施形態において、本開示は、ヒトDMDにおけるエクソン55を標的化するための、及び/又はエクソン55のスキッピングを媒介するためのオリゴヌクレオチド、オリゴヌクレオチド組成物及びその使用方法を提供する。非限定的な例としては、エクソン55オリゴのオリゴヌクレオチド及び組成物が挙げられ、WV-13761、WV-13762、WV-13763、WV-13764、WV-13765、WV-13766、WV-13767、WV-13768、WV-13769、WV-13770、WV-13771、WV-13772、WV-13773、WV-13774、WV-13775、WV-13776、WV-13777、WV-13778、WV-13779、WV-13786及びWV-13787並びにこれらのDMDオリゴヌクレオチドのいずれかの少なくとも15隣接塩基を含む塩基配列(ネイキッド配列)を有する他のオリゴヌクレオチドが挙げられる。
一部の実施形態において、エクソン44、46、47、51、52、53、54及び/又は55のスキッピング又はターゲティング能力を有する2つ以上のオリゴヌクレオチドを任意の組み合わせで使用して、多重エクソンスキッピングを媒介することができる。
エクソン57を標的化する例示的ジストロフィンオリゴヌクレオチド及び組成物
一部の実施形態において、本開示は、ヒトDMDにおけるエクソン57を標的化するための、及び/又はエクソン57のスキッピングを媒介するためのオリゴヌクレオチド、オリゴヌクレオチド組成物及びその使用方法を提供する。非限定的な例としては、エクソン57オリゴのオリゴヌクレオチド及び組成物が挙げられ、WV-18853、WV-18854、WV-18855、WV-18856、WV-18857、WV-18858、WV-18859、WV-18860、WV-18861、WV-18862、WV-18863、WV-18864、WV-18865、WV-18866、WV-18867、WV-18868、WV-18869、WV-18870、WV-18871、WV-18872、WV-18873、WV-18874、WV-18875、WV-18876、WV-18877、WV-18878、WV-18879、WV-18880、WV-18881、WV-18882、WV-18883、WV-18884、WV-18885、WV-18886、WV-18887、WV-18888、WV-18889、WV-18890、WV-18891、WV-18892、WV-18893、WV-18894、WV-18895、WV-18896、WV-18897、WV-18898、WV-18899、WV-18900、WV-18901、WV-18902、WV-18903、WV-18904及びこれらのDMDオリゴヌクレオチドのいずれかの少なくとも15隣接塩基を含む塩基配列(ネイキッド配列)を有する他のオリゴヌクレオチドが挙げられる。
多重エクソンのエクソンスキッピング(マルチエクソンスキッピング)のための例示的ジストロフィンオリゴヌクレオチド及び組成物
一部の実施形態において、本開示は、多重エクソンのスキッピングを含めたスプライシング調節のためのオリゴヌクレオチド、組成物及び方法を提供する。一部の実施形態において、DMDオリゴヌクレオチド又はその組成物は、ヒト又はマウスジストロフィン遺伝子における多重エクソンのスキッピングを媒介する能力を有する。
一部の実施形態において、筋ジストロフィー患者では、1つのエクソン又は多重エクソンのスキッピング能力を有するDMDオリゴヌクレオチドの投与により、筋ジストロフィーの症状が少なくとも部分的に緩和され、及び/又は障害が少なくとも部分的に治療され得る。いかなる特定の理論によっても拘束されることを望むものではないが、本開示は、DMDのエクソン45~55の欠失を有するBMD患者が、より軽度の又は無症候性の表現型を示したことを指摘しておく。
多重エクソンスキッピングスキームの非限定的な例を図1に示す。この図では、様々な数字(43~57)がエクソンを示し;及びエクソンの形状(例えば、<、>又は|)が、各エクソンの5’及び3’末端をどのリーディングフレームが占めるかを示す。通常、エクソン44はエクソン45につながる。多重エクソンスキッピングの非限定的な例では、エクソン45~55がスキップされ、エクソン44がエクソン56につながることが可能になる。エクソン44の3’末端は、エクソン56の5’末端と同じリーディングフレーム(<)が占める;従ってエクソン45~55のスキッピングは正しいリーディングフレームを維持するか、又はそれを回復させる。一部の実施形態において、スキップされたエクソンの1つが、リーディングフレームを変化させる突然変異(多くの場合、例えば、ミスセンスの又は中途でトランケートされたタンパク質を生じる)を含む場合、多重エクソンのスキッピングによりリーディングフレームが回復する。
とりわけ、本開示は、様々なエクソンがその5’及び/又は3’末端を異なるリーディングフレームが占めることを指摘しておく;従って、隣接リーディングフレームのスキッピングの一部の組み合わせは、リーディングフレームを維持し又は回復させる能力を有するが、他の組み合わせはそれを有しない。一部の実施形態において、多重エクソンスキッピングのための提供される組成物及び方法は、非限定的な例として、エクソン45~46、45~47、45~48、45~49、45~51、45~53、45~55、47~48、47~49、47~51、47~53、47~55、48~49、48~51、48~53、46~55、50~51、50~53、50~55、49~51、49~53、49~55、52~53、52~55、44~45、44~54又は44~56をスキップし、ここで、いずれの場合も多重エクソンスキッピングは正しいリーディングフレームを維持し又は回復させる。一部の実施形態において、重複のないエクソンの組のスキッピングは、例えば、エクソン45~46及びエクソン49~55のスキッピング;エクソン45~47及び49~55のスキッピング;エクソン45~49及び52~55のスキッピング等、リーディングフレームを維持し又は回復させる能力を有する。
いかなる特定の理論によっても拘束されることを望むものではないが、本開示は、一部のDMDエクソンが転写によりスプライスされ得る一方、他は転写後にスプライスされることを指摘しておく。例えば、報告によれば、エクソン45~55の各々は同時にスプライスされるのでなく、むしろ初めに3つのグループ:エクソン45~49、50~52及び53~55としてスプライスされ、各グループ内の個々のエクソンが転写によりスプライスされる。報告によれば、残りのイントロン(エクソン44/45、49/50、52/53及び55/56の間にある)は、後になって転写後にスプライスされる。いかなる特定の理論によっても拘束されることを望むものではないが、本開示は、このスプライシングのタイミングの遅れが、エクソン44及び56など、隣接イントロンが転写後にスプライスされるエクソン間のスプライシングを増加させる能力を有するオリゴヌクレオチドによって利用され得ることを指摘しておく。本質的に、エクソン44をエクソン56につなぎ合わせるかかるマルチエクソンスキッピングは、低いが検出可能な頻度(約1/600)で起こることが報告されている。いかなる特定の理論によっても拘束されることを望むものではないが、本開示は、一部には、治療的及び臨床的に有意なレベルでの多重エクソンのスキッピング能力を有するDMDオリゴヌクレオチドに関する。
一部の実施形態において、多重エクソンスキッピングを媒介する能力を有する組成物は、DMDオリゴヌクレオチドを含む。一部の実施形態において、多重エクソンスキッピングを媒介する能力を有する組成物は、(例えば、2つ以上の異なる)DMDオリゴヌクレオチドの組み合わせを含む。一部の実施形態において、多重エクソンスキッピングを媒介する能力を有する組成物は、(例えば、2つ以上の異なる)DMDオリゴヌクレオチドの組み合わせを含み、ここで、少なくとも1つのオリゴヌクレオチドが、スキップさせようとする5’エクソンのスキッピングに関連する標的を認識し、及び少なくとも1つのオリゴヌクレオチドが、スキップさせようとする3’エクソンのスキッピングに関連する標的を認識する。一部の実施形態において、多重エクソンスキッピングを媒介する能力を有する組成物は、(1)スキップさせようとする5’エクソンのスキッピングに関連する標的、及び(2)スキップさせようとする3’エクソンのスキッピングに関連する標的の両方を認識する能力を有するオリゴヌクレオチドを含む。
一部の実施形態において、多重エクソンスキッピング能力を有する組成物の利点は、スキップされる一群のエクソンに含まれる任意の個別のエクソンにある突然変異に関連するジストロフィーの治療にそれが有用なことである。非限定的な例として、エクソン48のスキッピングを媒介する能力を有するDMDオリゴヌクレオチドは、そのエクソン(又はある場合には隣接する又は近傍のエクソン)の範囲内にある突然変異を治療する能力のみを有し、他のエクソン内にある突然変異を治療する能力は有しない。しかしながら、エクソン45~55のスキッピングを媒介する能力を有する組成物は、エクソン45、46、47、48、49、50、51、52、53、54又は55のいずれにある突然変異も治療する能力を有する。従って、エクソン45~55のスキッピング能力を有する組成物では、エクソン48に突然変異を有する患者とエクソン54に突然変異を有する患者との両方を治療することができる。一部の実施形態において、エクソン45~55のスキッピングを媒介する能力を有する組成物は、DMD患者の最大約63%を治療する能力を有する。
一部の実施形態において、組成物は1つ以上のDMDオリゴヌクレオチドを含み、ここで、この組成物は、多重(2つ以上の)DMDエクソンのスキッピングを媒介する能力を有する。
一部の実施形態では、MESO(1つ以上のオリゴヌクレオチドを含む組成物、この組成物は、多重エクソンスキッピングを媒介する能力を有する)が、1つのエクソンのみのスキッピング能力を有するDMDオリゴヌクレオチドと比べて有利な点を有する。一部の実施形態において、単一のエクソンのスキッピングを媒介する能力を有する組成物は、そのエクソンのスキッピングにより治療可能な患者(例えば、そのエクソンに遺伝子病変を有する患者)の治療にのみ有用である。一部の実施形態において、MESOは、MESOがスキップすることが可能なエクソンのいずれかのスキッピングによって治療可能な患者の治療に有用であり、これは患者集団のより高い割合である可能性が高い。一部の実施形態において、二重又は多重エクソンスキッピングは、潜在的に90%の患者に適用可能であり得る。
加えて、一部の実施形態において、エクソンの5’末端と3’末端とは時に同じフレームにないことがあるため、かかるエクソンが欠失すれば、フレームシフトが引き起こされ得る。多重エクソンのスキッピングは、様々なこうしたケースで、リーディングフレームを回復させることができる。
一部の実施形態において、多重エクソンスキッピングは、欠失、重複及びナンセンス突然変異を有するDMD患者の治療に有用である。
加えて、一部の実施形態において、多重エクソンのスキッピングは、より軽度のベッカー型筋ジストロフィーの遺伝学を模倣し得る。一部の実施形態において、1つのエクソンにおける遺伝子病変によって媒介される、より重篤なデュシェンヌ型筋ジストロフィーを、多重エクソンのインフレーム欠失によって媒介される、より軽度のベッカー型筋ジストロフィーに変換することができる。一部のBMD患者及び無症候者はエクソン48~51又は45~51のインフレーム欠失を有することが報告されている。Singh et al. 1997 Hum. Genet. 99: 206-208;Melacini et al. 1993 J. Am. Col.. Cardiol. 22: 1927-1934;Melis et al. 1998 Eur. J. Paediatr. Neurol. 2: 255-261;及びAartsma-Rus et al. 2003 Hum. Mol. Genet. 8: 907-914。
一部の実施形態において、特定のエクソンは、他よりもスキッピングが一層困難であり得る。一部の実施形態において、本開示は、例えば、化学修飾、結合リン立体化学及びこれらの組み合わせによる、かかるエクソンのスキッピング技術を提供する。一部の実施形態において、本開示は、多重エクソンスキッピングが、かかる困難なエクソンのスキッピングに有用であり得るという認識を包含する。一部の実施形態において、本開示は、かかる困難なエクソンのスキッピングのための多重エクソンスキッピング技術を提供する。
一部の実施形態において、エクソンスキッピング、例えばDMDエクソンスキッピングは、環状の又は環状化したRNA転写物(例えば、DMDのもの)を有する患者、例えばDMD患者の治療に使用することができる。環状DMD転写物については、非限定的な例として、Gualandi et al. 2003 J. Med. Gen. 40:e100に報告されている。
一部の実施形態において、多重エクソンスキッピングを媒介する能力を有する組成物(MESO)は、多重エクソンのスキッピングを媒介する能力を有するDMDオリゴヌクレオチドを1つ含む。一部の実施形態において、多重エクソンスキッピングを媒介する能力を有する組成物(MESO)は、一緒になって(例えば、組み合わせで使用されるとき)多重エクソンのスキッピングを媒介する能力を有する2つのDMDオリゴヌクレオチドを含む。一部の実施形態において、多重エクソンスキッピングを媒介する能力を有する組成物(MESO)は、一緒になって(例えば、カクテルとして組み合わせで使用されるとき)多重エクソンのスキッピングを媒介する能力を有するDMDオリゴヌクレオチドのカクテル(例えば、3つ以上の混合物)を含む。多重エクソンのスキッピングを媒介する能力を有するオリゴヌクレオチドの組み合わせ又はカクテルについては、例えば、Yokota et al. 2009 Arch. Neurol. 66: 32;Yokota et al. 2012 Nucl. Acid Ther. 22: 306;Adkin et al. 2012 Neur. Dis. 22: 297-305;Echigoya et al. 2013 Nucl. Acid. Ther.;及びEchigoya et al. 2015 Molecular Therapy-Nucleic Acids 4: e225により報告されている。とりわけ、本開示は、例えば、選択された配列、化学修飾及び/又は結合リン化学等を通じて、より有効な組み合わせを提供する。
一部の実施形態において、本開示は、他のオリゴヌクレオチドと組み合わせたとき、組み合わせる前のいずれかのオリゴヌクレオチド個々と比較して劇的な活性の増加をもたらし得るオリゴヌクレオチドを提供する。例えば、一部の実施形態において、本開示は、個々には特定のエクソンの効率的なスキッピングを媒介する能力を有しないDMDオリゴヌクレオチドを提供する;他のオリゴヌクレオチドと組み合わせたとき、かかるオリゴヌクレオチドは、多重エクソンのスキッピングを媒介する能力を有する。とりわけ、本開示は併用療法を提供し、ここで、2つ以上のオリゴヌクレオチドが一緒に使用されることにより、望ましい及び/又は亢進した特性及び/又は活性を提供する。併用療法で使用されるとき、2つ以上の薬剤、例えばオリゴヌクレオチドは、それらがその併用効果を実現するのに好適な方法で同時に又は個別に投与され得る。一部の実施形態において、組み合わせでの2つ以上のオリゴヌクレオチドは、全てが(主として)同じエクソンのスキッピング用であり、それらの組み合わせが、一部の実施形態ではそれらの個別の効果の相加より大幅に大きい、かかるエクソンのスキッピングの亢進をもたらす。一部の実施形態において、組み合わせでの2つ以上のオリゴヌクレオチドは、異なるエクソンのスキッピング用であり、それらの組み合わせは、時にそれらのオリゴヌクレオチドが個々に実現し得るより大きい、2つ以上のエクソンの有効なスキッピングをもたらす。一部の実施形態において、本開示は、2つ以上の異なるオリゴヌクレオチドの間の相乗作用を伴うオリゴヌクレオチドの組み合わせを提供する。一部の実施形態において、本開示は、異なるオリゴヌクレオチドの組み合わせを提供し、ここで、1つ以上のオリゴヌクレオチド又は各オリゴヌクレオチド自体は、エクソンスキッピングに有効でない。特定の組み合わせが、Adams et al. 2007 BMC Mol. Biol. 8:57に記載されている。とりわけ、本開示は、例えばオリゴヌクレオチドの1つ以上又は全ての構造要素の設計された制御を通じた、より有効な組み合わせを提供する。一部の実施形態において、提供される組み合わせは、DMDエクソン45のエクソンスキッピングをもたらす。一部の実施形態において、提供される組み合わせは、本明細書に記載されるもの又は他に当技術分野において公知のとおりスキッピングに(例えば、1つ以上の病態、疾患又は障害等の予防又は治療に)望ましいものを含め、別のDMDエクソンのエクソンスキッピングをもたらす。
一部の実施形態において、例えば多重エクソンスキッピングのための、オリゴヌクレオチドのカクテル、併用及び混合物は、同じ又は同等の機能を果たし得る単一のオリゴヌクレオチドと比較して、商品原価の上昇、製造及び送達の複雑化、規制上の負担増加等の欠点を有し得る。FDA規則によれば、毒性に関して併用中の各成分を個別に試験すると共に、併用全体でも試験する必要があり得る。一部の実施形態において、本開示は、オリゴヌクレオチドの1つ以上の構造要素、例えば、化学修飾、立体化学及びこれらの組み合わせの正確な設計された制御を通じて、オリゴヌクレオチド併用の同じ又は同等の機能を実現し得る、且つオリゴヌクレオチド併用の代わりに利用し得る単一のオリゴヌクレオチドを提供する。
本開示では、多重エクソンスキッピングの評価に様々な技術が好適である。非限定的な例を実施例20及び図2に記載する。
一部の実施形態において、多重DMDエクソンのスキッピングのための組成物は、DMDエクソン45のスキッピング能力を有するDMDオリゴヌクレオチドを含む。様々なDMDオリゴヌクレオチドについて、表1Aに示されるとおり、エクソン45をスキップするその能力を試験した。エクソン45のスキッピングのための様々なDMDオリゴヌクレオチドは、表22Aに示されるとおり、多重エクソンをスキップするその能力についても試験した。とりわけ、本開示は、WV-11088及びWV-11089を含めた幾つかのオリゴヌクレオチドが、低レベルのエクソン45~55スキッピング(エクソン44とエクソン56との間又は44~56に接合部を作り出す)をもたらし得ることを実証する。
別の実験において、オリゴヌクレオチドWV-11047、WV-11051~WV-11059は、試験した特定の条件下で有意なスキッピングを示さず、オリゴヌクレオチドWV-11062~WV-11069は、各々が、試験した特定の条件下で1%未満の検出可能なレベルのスキッピングを呈した。オリゴヌクレオチドWV-11091~WV-11096、WV-11098及びWV-11100~WV-11105は、試験した特定の条件下でエクソン45の0.5%未満のスキッピングを呈した。
幾つかのオリゴヌクレオチドは、WV-11088及びWV-11089を含め、検出可能なレベルの多重エクソンスキッピングを示した(具体的にはエクソン45~55)(約0.1%のスキッピング)。
別の実験において、エクソン45を標的化する様々なDMDオリゴヌクレオチドについて、多重エクソン(具体的には45~53、エクソン44とエクソン54との間又は44~54に接合部を作り出す)をスキップする能力をΔ48-50において試験した。試験したオリゴヌクレオチドは、WV-11047、WV-11051、WV-11052、WV-11053、WV-11054、WV-11055、WV-11056、WV-11057、WV-11058、WV-11059、WV-11062、WV-11063、WV-11064、WV-11065、WV-11066、WV-11067、WV-11068、WV-11069、WV-11070、WV-11071、WV-11072、WV-11073、WV-11074、WV-11075、WV-11076、WV-11077、WV-11078、WV-11079、WV-11080、WV-11081、WV-11082、WV-11083、WV-11084、WV-11085、WV-11086、WV-11087、WV-11088、WV-11089、WV-11090、WV-11091、WV-11092、WV-11093、WV-11094、WV-11095、WV-11096、WV-11098、WV-11100、WV-11101であった。これらのオリゴヌクレオチドは、全て1つの実験においてエクソン44~54の平均約0.05%以下のスキッピングを実証した(データは示さず)。
エクソン45を標的化するオリゴヌクレオチドは、表22A.1に示されるとおり、エクソン45~57のスキッピングに関しても試験した。
一部の実施形態において、DMDオリゴヌクレオチドはDMDエクソン44又はDMDエクソン44の3’側の隣接イントロン領域を標的化し、多重エクソンスキッピングを媒介する能力を有する。
一部の実施形態において、DMDオリゴヌクレオチドはDMDエクソン44又はDMDエクソン44の3’側の隣接イントロン領域を標的化し、このオリゴヌクレオチドは、多重エクソンスキッピング(例えば、エクソン45~55又は45~57のもの)を媒介する能力を有する。
報告によれば、バックスプライシングとして公知の現象が起こることもあり、ここで、例えば、エクソン55の3’末端の一部分がエクソン45の5’末端の一部分と相互作用して環状RNA(circRNA)を形成し、ひいてはそれにより多重エクソン、例えば、エクソン45~55(端点を含む)の全てのエクソンがスキップされ得る。この現象は、報告によれば、エクソン57とエクソン45との間でも起こり、多重エクソン、例えばエクソン45~57の全てのエクソンがスキップされることもある。バックスプライシングについては、文献、例えば、Suzuki et al. 2016 Int. J. Mol. Sci. 17に記載されている。
いかなる特定の理論によっても拘束されることを望むものではないが、本開示は、DMDエクソン44又はエクソン44の3’側の隣接イントロン領域を標的化するDMDオリゴヌクレオチドがエクソン45~55又はエクソン45~57のスプライシングを媒介可能であり得、これらのエクソンは、それぞれ45-55(又は55-45)又は45-57(又は57-45)と表記される単一の環状RNA(circRNA)片として切り出される可能性があり得ることを提案する。
エクソン44若しくはイントロン44又はエクソン44及びイントロン44にまたがるものを標的化するように幾つかのオリゴヌクレオチドを設計した。一部の実施形態において、エクソン44若しくはイントロン44又はエクソン44及びイントロン44にまたがるものを標的化するように設計されたオリゴヌクレオチドは、それによりバックスプライシング及び/又は多重エクソンスキッピングの量が増加し得るかどうかを決定するため試験される。
以下の表22A.2及び表22A.3に示されるとおり、エクソン44を標的化するDMDオリゴヌクレオチドについて、circRNA 55-45(例えば、エクソン45~55の多重エクソンスキッピングを媒介する)を増加させる能力;又はcircRNA 57-45(例えば、エクソン45~57の多重エクソンスキッピングを媒介する)を増加させる能力を試験した。様々なDMDオリゴヌクレオチドは、とりわけ塩基配列及び長さ(18又は20塩基)を含めた様々な違いを含む。数字はcircRNA 55-45(表22A.2)又はcircRNA 57-45(表22A.3)の相対量を示す。本表及び様々な他の表において、Repはレプリケートを示す。
一部の実施形態において、特定のDMDエクソンのエクソンスキッピングを媒介する能力を有する組成物は、特定のエクソンを標的化するオリゴヌクレオチドを2つ以上含む。一部の実施形態において、2つ以上のオリゴヌクレオチドの組み合わせは、各オリゴヌクレオチド個々のスキッピングレベルの相加より有意に高いスキッピングレベルをもたらす。一部の実施形態において、2つ以上のオリゴヌクレオチドの組み合わせは、有意な(1%、5%、10%又はそれを超える)及び/又は検出可能なレベルのスキッピングをもたらし、一方で各オリゴヌクレオチドは、個々には、検出可能なレベルのスキッピングをもたらさない。従来のオリゴヌクレオチド(例えば、ステレオランダムなオリゴヌクレオチド及び/又は本開示に記載される非負電荷インターヌクレオチド結合を含まないオリゴヌクレオチド)の組み合わせが特定の改良された効果をもたらすことが、例えば、Wilton et al. 2007 Mol. Ther. 7: 1288-1296に報告されている(エクソン10、20、34、65等)。とりわけ、提供される組み合わせは、1つ以上のキラル制御されたインターヌクレオチド結合及び/又は1つ以上の非負電荷インターヌクレオチド結合を含むオリゴヌクレオチドを少なくとも1つ含み、有意に増加したレベルのエクソンスキッピングをもたらすことができる。
とりわけ、本開示は、特定のエクソンについてスキッピングが特に困難であることを認識する。例えば、1つの報告では、エクソン47及び57について、個々のDMDオリゴヌクレオチドはエクソンスキッピングを媒介する能力を有しなかったが、オリゴヌクレオチドの対は、エクソンスキッピングを媒介する能力を有した。1つの報告では、個々にはこのエクソンのスキッピングにおいて有効でなかった2つのDMDオリゴヌクレオチドを組み合わせることにより、エクソン45の有効なスキッピングが媒介された。Aartsma-Rus et al. 2006 Mol. Ther. 14: 401。Aartsma-Rus et al. 2006 Mol. Ther. 14: 401。一部の実施形態において、本開示は、かかる困難なエクソンのエクソンスキッピングのためのオリゴヌクレオチド(例えば、キラル制御されたオリゴヌクレオチド)並びにその組成物及び使用方法を提供する。本明細書に記載される化学修飾及び/又は立体化学技術により、本開示は、エクソンスキッピング効率が大幅に改良された技術を提供する。一部の実施形態において、本開示は、スキップすることが困難な1つ以上のエクソンのエクソンスキッピングのための単一のオリゴヌクレオチド(例えば、キラル制御されたオリゴヌクレオチド)及びその組成物(例えば、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物)を提供する。一部の実施形態において、本開示は、スキップすることが困難な1つ以上のエクソンのエクソンスキッピングのための、オリゴヌクレオチド(例えば、キラル制御されたオリゴヌクレオチド)の組み合わせ及びその組成物(例えば、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物)を提供する。一部の実施形態において、同じエクソンを標的化するDMDオリゴヌクレオチドの組み合わせが、個々のDMDオリゴヌクレオチドと比べて増加したエクソンスキッピングレベルを媒介する。
一部の実施形態において、組成物は2つ以上のDMDオリゴヌクレオチドを含み、ここで、各個々のDMDオリゴヌクレオチドは低レベルのエクソンスキッピングを媒介するが、組み合わせは、より高いレベルの(個々に各オリゴヌクレオチドによって実現するレベルの相加より高い)スキッピングを媒介する。
一部の実施形態において、組成物は2つ以上のDMDオリゴヌクレオチドを含み、ここで、オリゴヌクレオチドは異なるエクソンを標的化する。
一部の実施形態において、異なるエクソンを標的化する多重DMDオリゴヌクレオチドの組み合わせは、2つ以上の(例えば、多重)エクソンのスキッピングを媒介する能力を有する。
一部の実施形態において、組成物は2つ以上のDMDオリゴヌクレオチドを含む。一部の実施形態において、組成物は2つ以上のDMDオリゴヌクレオチドを含み、その少なくとも1つは本明細書に記載されるか、又は本明細書に記載される塩基配列、立体化学又は他の化学的特性を有する。
非負電荷インターヌクレオチド結合を含むオリゴヌクレオチドは活性の大きい改良をもたらすことができる
一部の実施形態において、本開示は、1つ以上の非負電荷インターヌクレオチド結合を含むオリゴヌクレオチドを提供する。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は中性インターヌクレオチド結合である。一部の実施形態において、本開示は、1つ以上の中性インターヌクレオチド結合を含むオリゴヌクレオチドを提供する。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、式I-n-1、式I-n-2、式I-n-3、式I-n-4、式II、式II-a-1、式II-a-2、式II-b-1、式II-b-2、式II-c-1、式II-c-2、式II-d-1、式II-d-2又はその塩形態の構造を有する。
一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合はトリアゾール部分を含む。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、任意選択で置換されているトリアゾリル基を含む。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、

の構造を有する。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、

の構造を有する。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は置換トリアゾリル基を含む。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、

(式中、WはO又はSである)
の構造を有する。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、任意選択で置換されているアルキニル基を含む。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、

(式中、WはO又はSである)
の構造を有する。
一部の実施形態において、本開示は、環状グアニジン部分を含むインターヌクレオチド結合、例えば非負電荷インターヌクレオチド結合を含むオリゴヌクレオチドを提供する。一部の実施形態において、インターヌクレオチド結合は環状グアニジンを含み、

の構造を有する。一部の実施形態において、環状グアニジンを含むインターヌクレオチド結合、例えば、非負電荷インターヌクレオチド結合は、立体化学的に制御されている。
一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合又は中性インターヌクレオチド結合は、

(式中、WはO又はSである)
から選択される構造であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、キラル制御されたインターヌクレオチド結合である。一部の実施形態において、中性インターヌクレオチド結合は、キラル制御されたインターヌクレオチド結合である。一部の実施形態において、環状グアニジン部分を含む修飾インターヌクレオチド結合を含む核酸又はオリゴヌクレオチドは、siRNA、二本鎖siRNA、一本鎖siRNA、ギャップマー、スキップマー、ブロックマー、アンチセンスオリゴヌクレオチド、アンタゴmir、マイクロRNA、プレマイクロRN、アンチmir、スーパーmir、リボザイム、Ulアダプター、RNAアクチベーター、RNAi剤、デコイオリゴヌクレオチド、三重鎖形成性オリゴヌクレオチド、アプタマー又はアジュバントである。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは中性インターヌクレオチド結合とキラル制御されたインターヌクレオチド結合とを含む。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、中性インターヌクレオチド結合と、Rp又はSp配置のホスホロチオエートであるキラル制御されたインターヌクレオチド結合とを含む。一部の実施形態において、本開示は、1つ以上の非負電荷インターヌクレオチド結合と1つ以上のホスホロチオエートインターヌクレオチド結合とを含むオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、オリゴヌクレオチド中の各ホスホロチオエートインターヌクレオチド結合は、独立に、キラル制御されたインターヌクレオチド結合である。一部の実施形態において、本開示は、1つ以上の中性インターヌクレオチド結合と1つ以上のホスホロチオエートインターヌクレオチド結合とを含むオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、オリゴヌクレオチド中の各ホスホロチオエートインターヌクレオチド結合は、独立に、キラル制御されたインターヌクレオチド結合である。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20又はそれを超えるキラル制御されたホスホロチオエートインターヌクレオチド結合を含む。
いかなる特定の理論によっても拘束されることを望むものではないが、本開示は、中性インターヌクレオチド結合の疎水性が、リン酸ジエステル結合(天然リン酸結合、PO)より疎水性が高いホスホロチオエートインターヌクレオチド結合(PS)よりも高いことを指摘しておく。典型的には、PS又はPOと異なり、中性インターヌクレオチド結合は担持する電荷が少ない。いかなる特定の理論によっても拘束されることを望むものではないが、本開示は、オリゴヌクレオチドに1つ以上の中性インターヌクレオチド結合を取り込むと、オリゴヌクレオチドが細胞に取り込まれる能力及び/又はエンドソームから逃れる能力が増加し得ることを指摘しておく。いかなる特定の理論によっても拘束されることを望むものではないが、本開示は、1つ以上の中性インターヌクレオチド結合の取込みを利用してオリゴヌクレオチドとその標的核酸との間の融解温度を調節し得ることを指摘しておく。
いかなる特定の理論によっても拘束されることを望むものではないが、本開示は、1つ以上の非負電荷インターヌクレオチド結合、例えば中性インターヌクレオチド結合をオリゴヌクレオチドに取り込むと、オリゴヌクレオチドがエクソンスキッピング又は遺伝子ノックダウンなどの機能を媒介する能力を増加させることが可能であり得ることを指摘しておく。一部の実施形態において、標的遺伝子における1つ以上のエクソンのスキッピングを変化させる能力を有するオリゴヌクレオチドは、1つ以上の中性インターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、標的遺伝子における1つ又は複数のエクソンのスキッピングを媒介する能力を有するオリゴヌクレオチドは、1つ以上の中性インターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、1つ以上のDMDエクソンのスキッピングを媒介する能力を有するオリゴヌクレオチドは、1つ以上の中性インターヌクレオチド結合を含む。
一部の実施形態において、核酸又はそれによってコードされる産物のレベルのノックダウンを媒介する能力を有するオリゴヌクレオチドは、1つ以上の非負電荷インターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、標的遺伝子の発現のノックダウンを媒介する能力を有するオリゴヌクレオチドは、1つ以上の非負電荷インターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、標的遺伝子の発現のノックダウンを媒介する能力を有するオリゴヌクレオチドは、1つ以上の中性インターヌクレオチド結合を含む。
一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、キラル制御されていない。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、キラル制御されている。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、キラル制御されており、その結合リンはRpである。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、キラル制御されており、その結合リンは、Spである。
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10個又はそれを超える非負電荷インターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10個又はそれを超える中性インターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合及び/又は中性インターヌクレオチド結合の各々は、任意選択で且つ独立に、キラル制御されている。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド中の各非負電荷インターヌクレオチド結合は、独立に、キラル制御されたインターヌクレオチド結合である。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド中の各中性インターヌクレオチド結合は、独立に、キラル制御されたインターヌクレオチド結合である。一部の実施形態において、少なくとも1つの非負電荷インターヌクレオチド結合/中性インターヌクレオチド結合は、

(式中、WはO又はSである)
の構造を有する。一部の実施形態において、少なくとも1つの非負電荷インターヌクレオチド結合/中性インターヌクレオチド結合は、

の構造を有する。一部の実施形態において、少なくとも1つの非負電荷インターヌクレオチド結合/中性インターヌクレオチド結合は、

の構造を有する。一部の実施形態において、少なくとも1つの非負電荷インターヌクレオチド結合/中性インターヌクレオチド結合は、

(式中、WはO又はSである)
の構造を有する。一部の実施形態において、少なくとも1つの非負電荷インターヌクレオチド結合/中性インターヌクレオチド結合は、

の構造を有する。一部の実施形態において、少なくとも1つの非負電荷インターヌクレオチド結合/中性インターヌクレオチド結合は、

の構造を有する。一部の実施形態において、少なくとも1つの非負電荷インターヌクレオチド結合/中性インターヌクレオチド結合は、

(式中、WはO又はSである)
の構造を有する。一部の実施形態において、少なくとも1つの非負電荷インターヌクレオチド結合/中性インターヌクレオチド結合は、

の構造を有する。一部の実施形態において、少なくとも1つの非負電荷インターヌクレオチド結合/中性インターヌクレオチド結合は、

の構造を有する。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、その結合リンがRp配置である少なくとも1つの非負電荷インターヌクレオチド結合と、その結合リンがSp配置である少なくとも1つの非負電荷インターヌクレオチド結合とを含む。
一部の実施形態において、標的遺伝子のエクソンのスキッピング頻度を増加させる能力を有するオリゴヌクレオチドは、非負電荷インターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、標的遺伝子のエクソンのスキッピング頻度を増加させる能力を有するオリゴヌクレオチドは、非負電荷インターヌクレオチド結合を含み、疾患の治療に有用であり、ここで、このエクソンは、有害な又は疾患関連の突然変異を含む。非限定的な例はDMD遺伝子であり、ここで、突然変異を含むエクソンのスキッピングが筋ジストロフィーに寄与する。
1つ以上の非負電荷インターヌクレオチド結合/中性インターヌクレオチド結合を含む、DMDオリゴヌクレオチドを含めた様々なオリゴヌクレオチド、例えば、WV-11343、WV-11344、WV-11345、WV-11346、WV-11347、WV-11237、WV-11238、WV-11239、WV-12130、WV-12131、WV-12132、WV-12133、WV-12134、WV-12135、WV-12136、WV-11340、WV-11341、WV-11342、WV-12123、WV-12124、WV-12125、WV-12126、WV-12127、WV-12128、WV-12129、WV-12553、WV-12554、WV-12555、WV-12556、WV-12557、WV-12558、WV-12559、WV-12872、WV-12873等を設計し、及び/又は構築し、及び/又は試験した。エクソン23のスキッピングのための、且つ非負電荷インターヌクレオチド結合(例えば、中性インターヌクレオチド結合)を含む例示的DMDオリゴヌクレオチドとしては、WV-11343、WV-11344、WV-11345、WV-11346及びWV-11347が挙げられる。エクソン51のスキッピングのための、且つ非負電荷インターヌクレオチド結合(例えば、中性インターヌクレオチド結合)を含む例示的DMDオリゴヌクレオチドとしては、WV-11237、WV-11238、WV-11239、WV-12130、WV-12131、WV-12132、WV-12133、WV-12134、WV-12135及びWV-12136が挙げられる。エクソン53のスキッピングのための、且つ非負電荷インターヌクレオチド結合(例えば、中性インターヌクレオチド結合)を含む例示的DMDオリゴヌクレオチドとしては、WV-11340、WV-11341、WV-11342、WV-12123、WV-12124、WV-12125、WV-12126、WV-12127、WV-12128、WV-12129、WV-12553、WV-12554、WV-12555、WV-12556、WV-12557、WV-12558、WV-12559、WV-12872及びWV-12873が挙げられる。特定のオリゴヌクレオチドは表A1にある。
非負電荷インターヌクレオチド結合を含む更なるDMDオリゴヌクレオチドを設計し、及び/又は構築した。これには、DMDエクソン45のスキッピングのためのDMDオリゴヌクレオチド、WV-14528、WV-14529、WV-14532及びWV-14533が含まれる。
DMDエクソン45のスキッピングにおける非負電荷インターヌクレオチド結合を含む様々なDMDオリゴヌクレオチドの有効性を本明細書の表1B.1及び表1B.2に示す。
DMDエクソン53のスキッピングにおける非負電荷インターヌクレオチド結合を含む様々なDMDオリゴヌクレオチドの有効性を本明細書の表21E、表21F、表21G及び表21Hに示す。
一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、ステレオランダムな場合にはnX、又はキラル制御されていてSp配置の結合リンの場合にはnS、又はキラル制御されていてRp配置の結合リンの場合にはnRと表記されることもある。
一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、ステレオランダムな場合にはn001、又はキラル制御されていてSp配置の結合リンの場合にはn001S、又はキラル制御されていてRp配置の結合リンの場合にはn001Rと表記されることもある(例えば、表A1中)。
WV-12872、WV-13408、WV-12554、WV-13409、WV-12555及びWV-12556を含め、Rp配置の非負電荷インターヌクレオチド結合を含む様々なDMDオリゴヌクレオチドを構築した。
WV-12557、WV-12558及びWV-12559を含め、Sp配置の非負電荷インターヌクレオチド結合を含む様々なDMDオリゴヌクレオチドを構築した。
Rp又はSp配置の非負電荷インターヌクレオチド結合を含む様々なオリゴヌクレオチドの活性及び安定性を示すデータを表21H、表21I、表21I.1及び表21I.2に示す。
幾つかのオリゴヌクレオチド(WV-9517、WV-13864、WV-13835及びWV-14791を含む)を最高30uMまでの様々な濃度でHEK-blue-TLR9細胞においてTLR9活性化に関して試験した(16時間ジムノシス取込み)。WV-13864及びWV-14791は、Rp配置のキラル制御された非負電荷インターヌクレオチド結合を含む。WV-9517、WV-13864、WV-13835及びWV-14791は有意なTLR9活性化を呈しなかった(データは示さず)。
非負電荷インターヌクレオチド結合を含む、DMD以外の遺伝子を標的化する幾つかのオリゴヌクレオチドを設計及び/又は構築した。
以下に、DMD又はMalat-1(Malat1)を標的化する環状グアニジン部分を含むオリゴヌクレオチドを提供する。DMDオリゴヌクレオチドは、エクソン23(マウスにおいて)又はエクソン51若しくはエクソン53(ヒトにおいて)のスキッピングを媒介するように設計される。Malat-1オリゴヌクレオチドは、例えばRNアーゼHによって媒介されるMalat1 mRNAノックダウン用に設計される。
非負電荷インターヌクレオチド結合を含み、且つ他の遺伝子標的を標的化するオリゴヌクレオチドも設計し、構築し、及び/又は標的mRNA及び/又はタンパク質のレベルを例えばRNアーゼH媒介性ノックダウンによって低減するための活性を含め、その特性及び活性に関して試験した。かかるオリゴヌクレオチドは、標的レベルを低減することにおいて活性である。
非負電荷インターヌクレオチド結合を含む様々なMalat1オリゴヌクレオチドを設計し、構築し、及び試験した。様々なMalat1オリゴヌクレオチドは、ウィング及び/又はコアに1、2又は3つの非負電荷インターヌクレオチド結合を含む。
コアに1つ以上の非負電荷インターヌクレオチド結合を含む様々なMalat1オリゴヌクレオチドを設計し、構築し、及び試験した。Malat1オリゴヌクレオチドの様々な実施形態において、Rp配置のホスホロチオエートが非負電荷インターヌクレオチド結合に置き換えられる。
非負電荷インターヌクレオチド結合を含む様々なMalat1オリゴヌクレオチドを設計し、構築し、及び試験した。様々なMalat1オリゴヌクレオチドは、1つ以上の非負電荷インターヌクレオチド結合を含む。
非負電荷インターヌクレオチド結合を含む様々なMalat1オリゴヌクレオチドを設計し、構築し、及び試験した。様々なMalat1オリゴヌクレオチドは、1つ以上の非負電荷インターヌクレオチド結合を含む。本明細書の様々な表において及び文書全体を通じて、オリゴヌクレオチドの表記におけるハイフンの有無は無関係である。例えば、WV8582は、WV-8582と均等である。
非負電荷インターヌクレオチド結合を含む様々なMalat1オリゴヌクレオチドを設計し、構築し、及び試験した。様々なMalat1オリゴヌクレオチドは、1つ以上の非負電荷インターヌクレオチド結合を含む。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドを設計し、構築し、及びインビトロで、いかなる非負電荷インターヌクレオチド結合も含まない好適な参照オリゴヌクレオチドに対して、例えばiCellアストロサイトにおいて、ジムノシスによる幾つかの好適な用量(例えば、0、0.014、0.041、0.123、0.37、1.11、3.33、10uM)で好適な期間、例えば2日間にわたって試験した。
表23、表24及び表25に実験結果を提供する。
とりわけ、本開示は、1つ以上の非負電荷インターヌクレオチド結合を含むオリゴヌクレオチドが活性の劇的な改良をもたらし得ることを実証する-表24に示すとおり、IC50の点で15倍を超える改良を実現することができる。
別の実験において、3つの中性インターヌクレオチド結合を含むWV-11533を含めた幾つかのMalat1オリゴヌクレオチドについてMalat1のノックダウンを評価し、これは、RNアーゼHの存在下における試験したオリゴヌクレオチドに相補的なMalat1 RNA、WV-7772の存在量の低下によって測定した。
45分の時点で、RNアーゼH及びWV-11533又はWV-8587の存在下では20%未満のMalat1 RNAが残留しており、80%超のノックダウンが示された;及びRNアーゼH及びWV-8556(これはステレオランダムで、中性骨格を含まない)の存在下では約60%のMalat1 RNAが残留していた。とりわけ、本開示は、非負電荷インターヌクレオチド結合及び/又はキラル制御されたインターヌクレオチド結合を含むオリゴヌクレオチドが、例えばRNアーゼH媒介性ノックダウンを通じた標的核酸のレベルの低減における活性の有意な改良を示したことを実証する。
特定のオリゴヌクレオチドは、0、1及び2日時点でのラット肝ホモジネートにおける安定性に関しても試験した。WV-11533及びWV-8587の両方について、2日時点で80%の完全長オリゴヌクレオチドが残留していた;ステレオランダムなWV-8556は約40%が残留していた。
オリゴヌクレオチドは、Malat1 RNA、WV-7772とのTmについても試験した。ある例示的な試験条件の組:1×PBS(pH7.2)中1μM二重鎖;温度範囲:15℃~90℃;昇温速度:0.5℃/分;測定間隔:0.5℃。結果は、WV-7772との以下の二重鎖Tm(℃):WV-8556、73.52;WV-8587、69.57;及びWV-11533、68.67を示した。
一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合を含むオリゴヌクレオチドは、スプライシング調節活性の改良をもたらす。DMD中のエクソンのスキッピングを媒介するための様々なオリゴヌクレオチドを調製し及び/又は試験した。ここで、オリゴヌクレオチドは、非負電荷インターヌクレオチド結合を含む。非負電荷インターヌクレオチド結合を含む特定のオリゴヌクレオチドは、表A1に挙げる。
マウスにおけるエクソン23のスキッピングのための様々なDMDオリゴヌクレオチドを構築した。WV-11343、WV-11344、WV-11345、WV-11346及びWV-11347を含め、そのうちの幾つかは、非負電荷インターヌクレオチド結合を含む。これらのオリゴヌクレオチドを試験し、以下の表に示すとおり、エクソン23のスキッピングが実証された。
一部の実験では、del45-52細胞(患者由来筋芽細胞)をフリーアップテイク条件下に筋肉分化培地において15、10、3.3、1.1、0.3、0.1及び0uMのWV-13405(PMO)、WV-9517及びWV-9898を含めた様々なオリゴヌクレオチドで6日間処理した後、回収し、ジストロフィンタンパク質の回復に関してウエスタンブロットにより分析した。WV-9517及びWV-9898は、3.3uM以上の濃度で有意なDMD産生を実証した;WV-13405は3.3uMの濃度では有意なDMD産生を示さなかったが、10及び15uMの濃度では実にDMD産生を示した。対照はビンキュリンであった。
表25Dに示されるとおり、エクソン53のスキッピングを媒介する能力を有する、且つ少なくとも1つの中性インターヌクレオチド結合を含む更なるオリゴヌクレオチドを構築した。
マウスにおけるエクソン23のスキッピングのための様々な更なるDMDオリゴヌクレオチドを構築した。これらのオリゴヌクレオチドを試験し、以下の表に示すとおり、エクソン23のスキッピングを実証した。
WV-24104のIC50は132nMであった;及びWV-24109のIC50は12nMであった。
Rp配置の中性インターヌクレオチド結合を含むWV-12555及びSp配置の中性インターヌクレオチド結合を含むWV-12558を含め、キラル制御された中性骨格を含む様々なDMDオリゴヌクレオチドを構築した。これらは、表25Eに示されるとおり、DMDエクソンのスキッピングに関しても試験した。
一部の実施形態において、2倍を超えるエクソンスキッピング効率の増加が実現した。
一部の実施形態において、中性インターヌクレオチド結合(例えば、環状グアニジンタイプ)を含むオリゴヌクレオチドは、かかる中性インターヌクレオチド結合を含まない対応するオリゴヌクレオチドと比べてより高いレベルのエクソンスキッピングを実証した。
一部の実施形態において、本開示は、一本鎖RNA干渉を媒介する能力を有するオリゴヌクレオチド又はオリゴヌクレオチド組成物に関し、ここで、オリゴヌクレオチド又はオリゴヌクレオチド組成物は、非負電荷インターヌクレオチド結合を含む。
本明細書に記載されるとおり、骨格インターヌクレオチド結合の塩基配列、糖修飾パターン、骨格化学及び立体化学パターンが異なった、非負電荷インターヌクレオチド結合を含む、且つ幾つかの異なる遺伝子のいずれかを標的化する様々なオリゴヌクレオチドを、限定はされないが、C9orf72(DMD又はMalat1と異なる遺伝子)を標的化する様々なオリゴヌクレオチドを含めて構築した。
本明細書には、C9orf72(これは、本明細書において言及される他の遺伝子と異なる遺伝子である)を標的化する、且つ非負電荷インターヌクレオチド結合を含むオリゴヌクレオチドの様々な非限定的な例が記載される。
C9orf72遺伝子(9番染色体、オープンリーディングフレーム72)のヘキサヌクレオチドリピート伸長は、報告によれば、筋萎縮性側索硬化症(ALS)及び前頭側頭型認知症(FTD)の最も頻度の高い遺伝的原因である。このリピート伸長を含むC9orf72遺伝子変異体及び/又はその産物は、大脳皮質基底核変性症候群(CBD)、非定型パーキンソン症候群、オリーブ橋小脳変性症(OPCD)、原発性側索硬化症(PLS)、進行性筋萎縮症(PMA)、ハンチントン病(HD)フェノコピー、アルツハイマー病(AD)、双極性障害、統合失調症及び他の非運動障害など、他のC9orf72関連障害にも関連する。中性インターヌクレオチド結合を含み、且つC9orf72標的を標的化する(例えば、C9orf72オリゴヌクレオチド)、且つC9orf72標的遺伝子及び/又はその遺伝子産物(転写物、特にリピート伸長含有転写物、タンパク質等)をノックダウンし又はその発現、レベル及び/又は活性を低下させる能力を有する様々なオリゴヌクレオチドを設計し、構築した。
C9orf72を標的化するように設計された、且つ非負電荷インターヌクレオチド結合を含む様々なオリゴヌクレオチドとしては、限定はされないが、WV-11532、WV-13305、WV-13307、WV-13309、WV-13311、WV-13312、WV-13313、WV-13803、WV-13804、WV-13805、WV-13806、WV-13807、WV-13808、WV-14553及びWV-14555が挙げられる。これらは以下の表25Gに記載する。
C9orf72遺伝子からは、C9orf72 mRNAの幾つかの変異体が産生される:V2(これは有害なヘキサヌクレオチドリピートを含まず、全転写物の約90%を占める);V3(これはヘキサヌクレオチドリピートを含み、全転写物の約9%を占める);及びV1(これはヘキサヌクレオチドリピートを含み、全転写物の約1%を占める)。
ヘキサヌクレオチドリピートは、報告によれば、ジペプチドリピートタンパク質並びに例えばリピート伸長含有転写物及び/又はスプライシングで除かれたリピート伸長含有イントロンによるフォーカス形成及び/又はリピート伸長含有領域のアンチセンス転写及び様々な核酸結合タンパク質によって少なくとも部分的には媒介される機能獲得型毒性を誘発する。
WV-8008及びWV-11532の両方が同じ塩基配列(又はネイキッド配列)、CCTCACTCACCCACTCGCCAを有する。これらは、とりわけ、後者が3つの隣接する中性インターヌクレオチド結合(Xn)を含むが、前者はいかなる中性インターヌクレオチド結合も含まない点が異なる。これらのオリゴヌクレオチドの構造は、以下の表25Hに示す。
WV-8008及びWV-11532について、以下の表25Iに示すとおり、転写物全体(全V)と比較してヘキサヌクレオチドを含む(即ち疾患に関連する)転写物V3の発現をノックダウンするその能力を試験した。
表25I及びJ.様々なc9orf72オリゴヌクレオチドの活性
表25I~25Jにおいて、様々なc9orf72オリゴヌクレオチドを運動ニューロンで試験し、ここで、濃度0.003~10μM(濃度はexp10として提供する)のオリゴヌクレオチドをジムノシスにより送達した。試験したc9orf72オリゴヌクレオチドWV-11532は3つの中性インターヌクレオチド結合を含む。表14A及び表14Bには、c9orf72オリゴヌクレオチドによる処理後の、HPRT1に対する相対的なc9orf72転写の残留レベル[例えば、全ての転写物(全V)又はV3のみ]を示し、ここで、1.000であれば100%の相対転写物レベル(ノックダウンなし)を表し、0.000であれば0%の相対転写物レベル(例えば、100%のノックダウン)を表す。レプリケート実験の結果を示す。
本明細書に記載されるとおり、及び示されないデータにおいて、骨格インターヌクレオチド結合の塩基配列、糖修飾パターン、骨格化学及び立体化学パターンが異なった、非負電荷インターヌクレオチド結合を含む、且つ異なる遺伝子を標的化する様々なオリゴヌクレオチドを、限定はされないが、DMD、Malat1又はC9orf72を標的化する様々なオリゴヌクレオチドを含めて構築した。
本明細書に記載されない6つの他の遺伝子を標的化する非負電荷インターヌクレオチド結合を含むオリゴヌクレオチドも構築した(ここで、この6つの遺伝子は、DMD、Malat1又はC9orf72ではなかった);これらのオリゴヌクレオチドには、そうした遺伝子を標的化し、且つその遺伝子又はその遺伝子産物の発現、レベル及び/又は活性を低減するように設計されたオリゴヌクレオチドが含まれる。本明細書に記載される中性インターヌクレオチド結合を含むこれらの及び様々なオリゴヌクレオチドは、遺伝子又はその遺伝子産物のレベル、発現及び/又は活性の低減(例えば、RNアーゼH媒介性若しくは立体障害媒介性機構によるか、又は一本鎖RNA干渉媒介性機構による)及びエクソンのスキッピングの誘導(例えば、スキッピング調節)を含め、様々な機能を果たす能力を有する。
いかなる特定の理論によっても拘束されることを望むものではないが、本出願人は、非負電荷及び/又は中性インターヌクレオチド結合が、オリゴヌクレオチドの細胞への侵入及び/又はエンドソームからの逃避を改良し得ることを指摘しておく。
非負電荷インターヌクレオチド結合を含むオリゴヌクレオチドは望ましいレベルのTLR9活性化を提供することができる
とりわけ、非負電荷インターヌクレオチド結合を含むオリゴヌクレオチドは、望ましいレベルの特性及び/又は活性、例えば、TLR9アンタゴニスト又はアゴニスト活性を提供することができる。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合を含むオリゴヌクレオチドは、同じ塩基配列であるが、非負電荷インターヌクレオチド結合を有しない特定の同等のオリゴヌクレオチドと比較して、ヒト及び/又は動物モデル(例えば、マウス)でより低いレベルのTLR9活性化を実証する。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合を含むオリゴヌクレオチドは、同じ塩基配列であるが、非負電荷インターヌクレオチド結合を有しない特定のオリゴヌクレオチドと比較して毒性が低い。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合はCpGモチーフ内にあり、CとGとの間のインターヌクレオチド結合である。
ある実験において、標的遺伝子Cに対する幾つかのオリゴヌクレオチドを構築した。遺伝子Cは、DMD又はSMalat-1と異なる遺伝子である。これらのオリゴヌクレオチドの配列は、TLR9を活性化することが公知のモチーフであるCpGを含む。
表25K
この実験は、HEK293細胞におけるヒトTLR9又はマウスTLR9の誘導試験に相当する。数字は、陰性対照、水に対する相対的な誘導を表す。試験した濃度:0.93uM、2.77uM、8.33uM、25uM、75uM。陽性対照:WV-BZ21。この実験はバイオロジカルデュプリケートで実施した。
一部の実施形態において、場合によっては特定のオリゴヌクレオチドがヒト又はマウスTLR9に対して認め得るほどのTLR9活性化を誘導しなかったか、又はモックを上回る極めて低いレベルのTLR9活性化を誘導したことが観察された。
追加の部分を含む例示的オリゴヌクレオチド
一部の実施形態において、本開示は、1つ以上の追加の部分、例えば、ターゲティング部分、炭水化物部分等を含むオリゴヌクレオチドを提供する。一部の実施形態において、本開示は、1つ以上のスルホンアミド部分を含むオリゴヌクレオチドを提供する。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは1つ又は2つ以上のスルホンアミド部分を含む。一部の実施形態において、本開示は、スプライシングを調節することのできるオリゴヌクレオチド、例えば、エクソンスキッピングを調節することのできるDMDオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、このオリゴヌクレオチドは1つ以上のスルホンアミド部分を含む。一部の実施形態において、本開示は、DMDエクソン23、45、51若しくは53又は多重DMDエクソンのスキッピングを媒介するオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、このオリゴヌクレオチドは1つ以上のスルホンアミド部分を含む。
一部の実施形態において、スルホンアミド部分は、-L-SON(Rの構造を有するか又はそれを含む。一部の実施形態において、スルホンアミド部分は、-SON(Rの構造を有するか又はそれを含む。一部の実施形態において、スルホンアミド部分は、-Cy-SON(Rの構造を有するか又はそれを含む。一部の実施形態において、-Cy-は芳香族である。一部の実施形態において、-Cy-は、任意選択で置換されているフェニル環である。一部の実施形態において、-Cy-は、

である。一部の実施形態において、-Cy-は、任意選択で置換されているヘテロアリール環である。一部の実施形態において、-Cy-は、1~4個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている5~6員環ヘテロアリール環である。一部の実施形態において、-Cy-は、

である。一部の実施形態において、各Rは-Hである。
スルホンアミド部分は、本明細書及び/又は国際公開第2017/062862号(そのリンカーは参照により本明細書に援用される)に記載されるものなど、本開示に係る様々な好適なリンカーを介してオリゴヌクレオチド鎖に連結することができる。例示的なスルホンアミド部分は、モノスルホンアミド、ビスルホンアミド及びトリスルホンアミド部分を含め、以下に記載される。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、修飾インターヌクレオチド結合とスルホンアミド部分とを任意選択でリンカーを介して含む。一部の実施形態において、修飾インターヌクレオチド結合とスルホンアミド部分とを含むオリゴヌクレオチドは、siRNA、二本鎖siRNA、一本鎖siRNA、ギャップマー、スキップマー、ブロックマー、アンチセンスオリゴヌクレオチド、アンタゴmir、マイクロRNA、プレマイクロRN、アンチmir、スーパーmir、リボザイム、Ulアダプター、RNAアクチベーター、RNAi剤、デコイオリゴヌクレオチド、三重鎖形成性オリゴヌクレオチド、アプタマー又はアジュバントである。一部の実施形態において、本開示は、スルホンアミドを含む修飾インターヌクレオチド結合を含むオリゴヌクレオチドを提供する。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドはスルホンアミドとキラル制御されたインターヌクレオチド結合とを含む。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、スルホンアミドと、ホスホロチオエートインターヌクレオチド結合であるキラル制御されたインターヌクレオチド結合とを含む。
一部の実施形態において、本開示は、スルホンアミド部分又はその誘導体若しくは変異体を含むオリゴヌクレオチドに関する。一部の実施形態において、本開示は、オリゴヌクレオチド組成物に関し、ここで、このオリゴヌクレオチドはスルホンアミド部分又はその誘導体若しくは変異体を含み、及びこのオリゴヌクレオチドは少なくとも1つのキラル制御されたインターヌクレオチド結合を含む。
一部の実施形態において、本開示は、スルホンアミド部分又はその誘導体若しくは変異体を含むオリゴヌクレオチドに関し、ここで、このオリゴヌクレオチドは、標的遺伝子又はその遺伝子産物の発現、レベル及び/又は活性の低下を媒介する能力を有する。
一部の実施形態において、本開示は、スルホンアミド部分又はその誘導体若しくは変異体を含むオリゴヌクレオチドに関し、ここで、このオリゴヌクレオチドは、標的遺伝子のエクソンスキッピングの調節を媒介する能力を有する。一部の実施形態において、本開示は、スルホンアミド部分又はその誘導体若しくは変異体を含むオリゴヌクレオチドに関し、ここで、このオリゴヌクレオチドは、標的遺伝子のエクソンのスキッピングを増加させる能力を有する。
スプライシング調節、例えばエクソンスキッピングに利用することのできる、スルホンアミド部分を含む例示的オリゴヌクレオチドとしては、WV-3548、WV-3366等が挙げられる。スルホンアミド部分を含む他のオリゴヌクレオチドを設計し、構築し、及び/又は様々な活性に関して試験した。例えば、「モノスルホンアミド」部分を含むオリゴヌクレオチド、例えば、WV-2836、WV-7419、WV-7421、WV-7422、WV-7408、WV-7409、WV-7427、WV-7863及びWV-7864など;「ビスルホンアミド」を含むオリゴヌクレオチド、WV-7423;及び「トリスルホンアミド」を含むオリゴヌクレオチド、WV-7417。
この表について、説明は表A1のものと一致し、

及びこれらのModでは、-C(O)-がリンカー(例えば、L001)の-NH-に連結する。
スルホンアミド部分を含むオリゴヌクレオチドについて、Malat1をノックダウンするその能力を試験した。試験したオリゴヌクレオチドはΔ48-50患者由来筋管にジムノシスにより送達し、3、1、0.3及び0.1μM濃度で投与した。細胞は4日間分化させた(例えば、この実験は分化4日後であった)。qPCRを用いてMalat-1のノックダウンを判定した。結果を表26Bに示す。
様々なMalat1オリゴヌクレオチド(多くがスルホンアミド部分を含む)について、予め分化させた筋管でMalat1をノックダウンするその能力を試験した。特定のデータを表26Cに示す。Δ48-50患者由来筋芽細胞を4日間分化させた後、1及び0.1μM濃度を投与した。処理の48時間後に測定のためRNAを回収した。
一部の実験では、スルホンアミド部分を含む一部を含めたオリゴヌクレオチドを動物に投与し、後に動物を犠牲にしてその組織をオリゴヌクレオチドのレベルに関して試験した。
一部の実験では、以下のプロトコルを用いた:動物:32匹の雄Mdxマウス及び32匹の雄C57BL/6マウス(全て8~10週齢)。試験動物は、到着次第、施設に少なくとも3日間順化させた。投与:1、3及び5日目にS.C.(皮下)投与(5mL/kg)。屍検:最終回のSC注射から72時間後に動物を安楽死させた。全ての動物にPBSを灌流させた。以下の組織を採取した:脳、坐骨神経、脊髄、眼、肝臓、腎臓、脾臓、心臓、横隔膜、腓腹筋、四頭筋及び三頭筋、白色脂肪、褐色脂肪。新鮮組織をPBSで軽くリンスし、穏やかに吸い取り紙で乾燥させて、秤量し、2mLチューブ内で液体窒素中にスナップ凍結し、-80℃で(ドライアイス上に)保存することになる。組織学:四頭筋及び腎臓を10%ホルマリンに後固定し、スライド(パラフィン包埋切片)に処理した。一部の実験では、このプロトコルの好適な変形例を用いた。
特定の結果を表27、表28及び表29に示す。
オリゴヌクレオチド及び組成物の例示的調製方法
とりわけ、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド及びキラル制御されたオリゴヌクレオチドヌクレオチドを含め、オリゴヌクレオチド及びオリゴヌクレオチド組成物を調製するための技術(方法、試薬、条件、精製方法等)を提供する。本開示に係る提供されるオリゴヌクレオチド及びその組成物の調製には、限定はされないが、米国特許第9695211号、米国特許第9605019号、米国特許第9598458号、米国特許出願公開第2013/0178612号、米国特許出願公開第20150211006号、米国特許出願公開第20170037399号、国際公開第2017/015555号、国際公開第2017/062862号、国際公開第2017/160741号、国際公開第2017/192664号、国際公開第2017/192679号、国際公開第2017/210647号、国際公開第2018/223056号、国際公開第2018/237194号及び/又は国際公開第2019/055951号(これらの各々の調製技術は参照により本明細書に援用される)に記載されるものを含め、本明細書に記載されるとおりの様々な技術(方法、試薬、条件、精製方法等)を利用することができる。
一部の実施形態において、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供する。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチドは50%を上回る純度である。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチドは約55%を上回る純度である。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチドは約60%を上回る純度である。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチドは約65%を上回る純度である。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチドは約70%を上回る純度である。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチドは約75%を上回る純度である。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチドは約80%を上回る純度である。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチドは約85%を上回る純度である。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチドは約90%を上回る純度である。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチドは約91%を上回る純度である。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチドは約92%を上回る純度である。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチドは約93%を上回る純度である。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチドは約94%を上回る純度である。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチドは約95%を上回る純度である。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチドは約96%を上回る純度である。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチドは約97%を上回る純度である。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチドは約98%を上回る純度である。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチドは約99%を上回る純度である。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチドは約99.5%を上回る純度である。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチドは約99.6%を上回る純度である。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチドは約99.7%を上回る純度である。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチドは約99.8%を上回る純度である。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチドは約99.9%を上回る純度である。一部の実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチドは少なくとも約99%を上回る純度である。
一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、単一のオリゴヌクレオチドタイプを含むように設計された組成物である。特定の実施形態において、かかる組成物は約50%のジアステレオ純度である。一部の実施形態において、かかる組成物は約50%のジアステレオ純度である。一部の実施形態において、かかる組成物は約50%のジアステレオ純度である。一部の実施形態において、かかる組成物は約55%のジアステレオ純度である。一部の実施形態において、かかる組成物は約60%のジアステレオ純度である。一部の実施形態において、かかる組成物は約65%のジアステレオ純度である。一部の実施形態において、かかる組成物は約70%のジアステレオ純度である。一部の実施形態において、かかる組成物は約75%のジアステレオ純度である。一部の実施形態において、かかる組成物は約80%のジアステレオ純度である。一部の実施形態において、かかる組成物は約85%のジアステレオ純度である。一部の実施形態において、かかる組成物は約90%のジアステレオ純度である。一部の実施形態において、かかる組成物は約91%のジアステレオ純度である。一部の実施形態において、かかる組成物は約92%のジアステレオ純度である。一部の実施形態において、かかる組成物は約93%のジアステレオ純度である。一部の実施形態において、かかる組成物は約94%のジアステレオ純度である。一部の実施形態において、かかる組成物は約95%のジアステレオ純度である。一部の実施形態において、かかる組成物は約96%のジアステレオ純度である。一部の実施形態において、かかる組成物は約97%のジアステレオ純度である。一部の実施形態において、かかる組成物は約98%のジアステレオ純度である。一部の実施形態において、かかる組成物は約99%のジアステレオ純度である。一部の実施形態において、かかる組成物は約99.5%のジアステレオ純度である。一部の実施形態において、かかる組成物は約99.6%のジアステレオ純度である。一部の実施形態において、かかる組成物は約99.7%のジアステレオ純度である。一部の実施形態において、かかる組成物は約99.8%のジアステレオ純度である。一部の実施形態において、かかる組成物は約99.9%のジアステレオ純度である。一部の実施形態において、かかる組成物は少なくとも約99%のジアステレオ純度である。
とりわけ、本開示は、オリゴヌクレオチドの立体選択的な(ステレオランダム又はラセミ体でない)調製についての課題を認識する。とりわけ、本開示は、多重の(例えば、5、6、7、8、9又は10個以上の)インターヌクレオチド結合を含むオリゴヌクレオチドの、及び特に多重の(例えば、5、6、7、8、9又は10個以上の)キラルインターヌクレオチド結合を含むオリゴヌクレオチドについての立体選択的調製のための方法及び試薬を提供する。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドのステレオランダムな又はラセミ体の製剤では、少なくとも1つのキラルインターヌクレオチド結合が、90:10、95:5、96:4、97:3又は98:2未満のジアステレオ選択性で形成される。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドの立体選択的な又はキラル制御された製剤について、各キラルインターヌクレオチド結合が、90:10、95:5、96:4、97:3又は98:2より高いジアステレオ選択性で形成される。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドの立体選択的な又はキラル制御された製剤について、各キラルインターヌクレオチド結合が95:5より高いジアステレオ選択性で形成される。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドの立体選択的な又はキラル制御された製剤について、各キラルインターヌクレオチド結合が96:4より高いジアステレオ選択性で形成される。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドの立体選択的な又はキラル制御された製剤について、各キラルインターヌクレオチド結合が97:3より高いジアステレオ選択性で形成される。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドの立体選択的な又はキラル制御された製剤について、各キラルインターヌクレオチド結合が98:2より高いジアステレオ選択性で形成される。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドの立体選択的な又はキラル制御された製剤について、各キラルインターヌクレオチド結合が99:1より高いジアステレオ選択性で形成される。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド中のキラルインターヌクレオチド結合のジアステレオ選択性は、モデル反応、例えば本質的に同じ又は同等の条件下での二量体の形成を通じて測定され得、ここで、二量体は、キラルインターヌクレオチド結合と同じインターヌクレオチド結合を有し、二量体の5’-ヌクレオシドはキラルインターヌクレオチド結合の5’末端に対するヌクレオシドと同じであり、及び二量体の3’-ヌクレオシドはキラルインターヌクレオチド結合の3’末端に対するヌクレオシドと同じである。
一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、多数のオリゴヌクレオチドタイプを含むように設計された組成物である。一部の実施形態では、本開示の方法により、キラル制御されたオリゴヌクレオチドのライブラリの作成が可能であり、予め選択された量の任意の1つ以上のキラル制御されたオリゴヌクレオチドタイプを任意の1つ以上の他のキラル制御されたオリゴヌクレオチドタイプと混合してキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を作り出すことができるようになる。一部の実施形態において、予め選択された量のオリゴヌクレオチドタイプは、上述のジアステレオマー純度のいずれか1つを有する組成物である。
一部の実施形態において、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチドの作製方法を提供し、この方法は、
(1)カップリングステップ;
(2)キャッピングステップ;
(3)任意選択で修飾ステップ;
(4)脱ブロック化ステップ;及び
(5)望ましい長さが実現するまでステップ(1)~(4)を繰り返すステップ
を含む。
一部の実施形態において、本開示は、例えばオリゴヌクレオチドを調製する方法を提供し、この方法は、1つ以上のサイクルを含み、その各々は、独立に、
(1)カップリングステップ;
(2)任意選択で修飾前キャッピングステップ;
(3)修飾ステップ;
(4)任意選択で修飾後キャッピングステップ;及び
(5)任意選択で脱ブロック化ステップ
を含む。
一部の実施形態において、サイクルは、1つ以上の修飾前キャッピングステップを含む。一部の実施形態において、サイクルは、1つ以上の修飾後キャッピングステップを含む。一部の実施形態において、サイクルは、1つ以上の修飾前及び修飾後キャッピングステップを含む。一部の実施形態において、サイクルは、1つ以上の脱保護ステップを含む。一部の実施形態において、サイクルは、カップリングステップ、修飾前キャッピングステップ、修飾ステップ、修飾後キャッピングステップ及び脱保護ステップを含む。一部の実施形態において、サイクルは、カップリングステップ、修飾前キャッピングステップ、修飾ステップ及び脱保護ステップを含む。一部の実施形態において、サイクルは、カップリングステップ、修飾ステップ、修飾後キャッピングステップ及び脱保護ステップを含む。一部の実施形態において、カップリングステップ、修飾前キャッピングステップ、修飾ステップ、修飾後キャッピングステップ及び脱保護ステップを含む。一部の実施形態において、1つ以上のサイクルは、カップリングステップ、修飾前キャッピングステップ、修飾ステップ及び脱保護ステップを含む。一部の実施形態において、1つ以上のサイクルは、カップリングステップ、修飾ステップ、修飾後キャッピングステップ及び脱保護ステップを含む。
提供される方法を記載するとき、語句「サイクル」は、当業者が理解するとおりのその通常の意味を有する。一部の実施形態において、1ラウンドのステップ(1)~(4)がサイクルと称される。一部の実施形態において、一部のサイクルは、修飾することを含む。一部の実施形態において、一部のサイクルは、修飾することを含まない。一部の実施形態において、一部のサイクルは修飾することを含み、一部のサイクルは修飾することを含まない。一部の実施形態において、各サイクルは、独立に、修飾ステップを含む。一部の実施形態において、各サイクルはサイクリングステップを含まない。
一部の実施形態において、キラル制御されたインターヌクレオチド結合を形成するため、キラル補助基を含むキラル的に純粋なホスホロアミダイトを利用してキラル制御されたインターヌクレオチド結合を立体選択的に形成する。本開示では、様々なホスホロアミダイト及びキラル補助基、例えば、米国特許第9695211号、米国特許第9605019号、米国特許第9598458号、米国特許出願公開第2013/0178612号、米国特許出願公開第20150211006号、米国特許出願公開第20170037399号、国際公開第2017/015555号、国際公開第2017/062862号、国際公開第2017/160741号、国際公開第2017/192664号、国際公開第2017/192679号、国際公開第2017/210647号、国際公開第2018/223056号、国際公開第2018/237194号及び/又は国際公開第2019/055951号(これらの各々のホスホロアミダイト及びキラル補助基は参照により本明細書に援用される)に記載されるものを利用し得る。
一部の実施形態において、カップリングステップは、式I、式I-a、式I-b、式I-c、式I-n-1、式I-n-2、式I-n-3、式I-n-4、式II、式II-a-1、式II-a-2、式II-b-1、式II-b-2、式II-c-1、式II-c-2、式II-d-1、式II-d-2等、又はその塩形態(式中、PはPである)のインターヌクレオチド結合を含むオリゴヌクレオチドを提供する。一部の実施形態において、かかるインターヌクレオチド結合は、キラル制御されたインターヌクレオチド結合である。一部の実施形態において、かかるインターヌクレオチド結合は、キラル補助基部分を含む。
一部の実施形態において、修飾ステップは、式I、式I-a、式I-b、式I-c、式I-n-1、式I-n-2、式I-n-3、式I-n-4、式II、式II-a-1、式II-a-2、式II-b-1、式II-b-2、式II-c-1、式II-c-2、式II-d-1、式II-d-2、式III等、又はその塩形態(式中、PはP=Wである)のインターヌクレオチド結合を含むオリゴヌクレオチドを提供する。一部の実施形態において、修飾ステップは、式I、式I-a、式I-b、式I-c、式I-n-1、式I-n-2、式I-n-3、式I-n-4、式II、式II-a-1、式II-a-2、式II-b-1、式II-b-2、式II-c-1、式II-c-2、式II-d-1、式II-d-2等、又はその塩形態(式中、PはP=Wである)のインターヌクレオチド結合を含むオリゴヌクレオチドを提供する。一部の実施形態において、WはSである。一部の実施形態において、WはOである。一部の実施形態において、かかるインターヌクレオチド結合は、キラル制御されたインターヌクレオチド結合である。一部の実施形態において、かかるインターヌクレオチド結合は、キラル補助基部分を含む。一部の実施形態において、修飾ステップは、非負電荷インターヌクレオチド結合を提供する。一部の実施形態において、非負電荷インターヌクレオチド結合は、式I、式I-a、式I-b、式I-c、式I-n-1、式I-n-2、式I-n-3、式I-n-4、式II、式II-a-1、式II-a-2、式II-b-1、式II-b-2、式II-c-1、式II-c-2、式II-d-1、式II-d-2等、又はその塩形態の構造を有する。一部の実施形態において、かかるインターヌクレオチド結合は中性インターヌクレオチド結合である。一部の実施形態において、かかるインターヌクレオチド結合は、キラル制御されたインターヌクレオチド結合である。一部の実施形態において、かかるインターヌクレオチド結合は、キラル補助基部分を含む。一部の実施形態において、かかるインターヌクレオチド結合は、キラル補助基部分を含まない。一部の実施形態において、キラル補助基部分は修飾中に外れ落ちる。
提供される技術は様々な利点を提供する。とりわけ、本明細書において実証されるとおり、提供される技術は、特に、治療目的に決定的に重要な幾つもの特性及び活性をもたらす修飾された及び/又はキラル的に純粋なオリゴヌクレオチドについて、オリゴヌクレオチド合成粗純度及び収率を大幅に改良することができる。治療的に重要なオリゴヌクレオチドについて予想外にも高い粗純度及び収率をもたらす能力により、提供される技術は製造コストを(例えば、精製の簡略化、全収率の大幅な改良等を通じて)大きく削減することができる。一部の実施形態において、提供される技術は容易にスケールアップすることができ、オリゴヌクレオチドを臨床目的に十分な量及び品質で生産し得る。一部の実施形態において、Gに電子求引基を含むキラル補助基(例えば、PSMキラル補助基)を含む提供される技術は、P-N結合を含むキラル制御されたインターヌクレオチド結合(例えば、n001、n002、n003、n004、n005、n006、n007、n008、n009、n010等の非負電荷インターヌクレオチド結合)の調製に特に有用であり、製造作業を大きく簡略化し、コストを削減し、及び/又は下流形成を促進することができる。
一部の実施形態において、提供される技術は、試薬適合性の改良をもたらす。例えば、本開示において実証されるとおり、提供される技術は、特にキラル制御されたオリゴヌクレオチド合成について、酸化、硫化及び/又はアジド反応に異なる試薬系を使用する柔軟性をもたらす。
とりわけ、本開示は、高い粗純度のオリゴヌクレオチド組成物を提供する。一部の実施形態において、本開示は、高い粗純度のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。一部の実施形態において、本開示は、高い粗純度のキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供する。一部の実施形態において、本開示は、高い粗純度及び/又は高い立体純度のオリゴヌクレオチドを提供する。
支持体及びリンカー
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは溶液中で調製され得る。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは支持体を使用して調製され得る。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは固体支持体を使用して調製される。本開示において利用することができる好適な支持体としては、例えば、米国特許第9695211号、米国特許第9605019号、米国特許第9598458号、米国特許出願公開第2013/0178612号、米国特許出願公開第20150211006号、米国特許出願公開第20170037399号、国際公開第2017/015555号、国際公開第2017/062862号、国際公開第2017/160741号、国際公開第2017/192664号、国際公開第2017/192679号、国際公開第2017/210647号、国際公開第2018/223056号、国際公開第2018/237194号及び/又は国際公開第2019/055951号(これらの各々の固体支持体は参照により本明細書に援用される)に記載される固体支持体が挙げられる。
一部の実施形態において、合成中にオリゴヌクレオチド鎖を支持体に連結するため、リンカー部分が利用される。好適なリンカーは当技術分野で広く利用されており、米国特許第9695211号、米国特許第9605019号、米国特許第9598458号、米国特許出願公開第2013/0178612号、米国特許出願公開第20150211006号、米国特許出願公開第20170037399号、国際公開第2017/015555号、国際公開第2017/062862号、国際公開第2017/160741号、国際公開第2017/192664号、国際公開第2017/192679号、国際公開第2017/210647号、国際公開第2018/223056号、国際公開第2018/237194号及び/又は国際公開第2019/055951号(これらの各々のリンカーは参照により本明細書に援用される)に記載されるものが挙げられる。
一部の実施形態において、結合部分はスクシンアミド酸リンカー、又はコハク酸リンカー(-CO-CH-CH-CO-)、又はオキサリルリンカー(-CO-CO-)である。一部の実施形態において、結合部分とヌクレオシドとはエステル結合で一体に結合される。一部の実施形態において、結合部分とヌクレオシドとはアミド結合で一体に結合される。一部の実施形態において、結合部分はヌクレオシドを別のヌクレオチド又は核酸に連結する。好適なリンカーは、例えば、Oligonucleotides And Analogues A Practical Approach, Ekstein, F. Ed., IRL Press, N.Y., 1991, Chapter 1及びSolid-Phase Supports for Oligonucleotide Synthesis, Pon, R. T., Curr. Prot. Nucleic Acid Chem., 2000, 3.1.1-3.1.28に開示される。一部の実施形態では、ユニバーサルリンカー(UnyLinker)を使用してオリゴヌクレオチドが固体支持体に取り付けられる(Ravikumar et al., Org. Process Res. Dev., 2008, 12 (3), 399-410)。一部の実施形態では、他のユニバーサルリンカーが使用される(Pon, R. T., Curr. Prot. Nucleic Acid Chem., 2000, 3.1.1-3.1.28)。一部の実施形態において、様々な直交性リンカー(ジスルフィドリンカーなど)が使用される(Pon, R. T., Curr. Prot. Nucleic Acid Chem., 2000, 3.1.1-3.1.28)。
とりわけ、本開示は、オリゴヌクレオチド合成に用いられる反応条件の組に適合するようにリンカーを選択又は設計し得ることを認識する。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドの分解を回避し、及び脱硫を回避するため、脱保護前に補助基が選択的に除去される。一部の実施形態において、DPSE基はFイオンによって選択的に除去することができる。一部の実施形態において、本開示は、例えばMeCN中0.1M TBAF、THF又はMeCN中0.5M HF-EtN等、DPSE脱保護条件下で安定しているリンカーを提供する。一部の実施形態において、提供されるリンカーは、以下に例証するとおりのリンカーである。
溶媒
提供されるオリゴヌクレオチドの合成は、概して非プロトン性有機溶媒中で実施される。一部の実施形態において、溶媒は、ニトリル溶媒、例えばアセトニトリルなどである。一部の実施形態において、溶媒は、塩基性アミン溶媒、例えばピリジンなどである。一部の実施形態において、溶媒は、エーテル溶媒、例えばテトラヒドロフランなどである。一部の実施形態において、溶媒は、ハロゲン化炭化水素、例えばジクロロメタンなどである。一部の実施形態において、溶媒の混合物が使用される。特定の実施形態において、溶媒は、上述の溶媒クラスの任意の1つ以上の混合物である。
一部の実施形態において、非プロトン性有機溶媒が塩基性ではないとき、反応ステップに塩基が存在する。塩基が存在する一部の実施形態では、塩基はアミン塩基、例えば、ピリジン、キノリン又はN,N-ジメチルアニリンなどである。例示的な他のアミン塩基としては、ピロリジン、ピペリジン、N-メチルピロリジン、ピリジン、キノリン、N,N-ジメチルアミノピリジン(DMAP)又はN,N-ジメチルアニリンが挙げられる。
一部の実施形態において、塩基はアミン塩基以外である。
一部の実施形態において、非プロトン性有機溶媒は無水である。一部の実施形態において、無水非プロトン性有機溶媒は新鮮に蒸留される。一部の実施形態において、新鮮に蒸留された無水非プロトン性有機溶媒は、塩基性アミン溶媒、例えばピリジンなどである。一部の実施形態において、新鮮に蒸留された無水非プロトン性有機溶媒は、エーテル溶媒、例えばテトラヒドロフランである。一部の実施形態において、新鮮に蒸留された無水非プロトン性有機溶媒は、ニトリル溶媒、例えばアセトニトリルである。
キラル試薬/キラル補助基
一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチドの作製において立体選択性を付与するため、キラル試薬(キラル補助基と称されることもある)が使用される。本開示の方法では、当業者により及び本明細書でキラル補助基とも称される多くのキラル試薬を使用し得る。かかるキラル試薬の例は、本明細書並びに米国特許第9695211号、米国特許第9605019号、米国特許第9598458号、米国特許出願公開第2013/0178612号、米国特許出願公開第20150211006号、米国特許出願公開第20170037399号、国際公開第2017/015555号、国際公開第2017/062862号、国際公開第2017/160741号、国際公開第2017/192664号、国際公開第2017/192679号、国際公開第2017/210647号、国際公開第2018/098264号、国際公開第2018/223056号、国際公開第2018/237194号及び/又は国際公開第2019/055951号(これらの各々のキラル補助基は参照により援用される)に記載される。
一部の実施形態において、本開示の方法における使用のためのキラル試薬は、以下の式3-Iのものである。

式中、
及びWは、-O-、-S-、-NG-又は-NG-O-のいずれかであり;
及びUは、存在する場合にはUに結合する炭素原子であるか、又はrが0である場合には単結合、二重結合又は三重結合によって互いに結合する炭素原子であり;
は、-C-、-CG-、-CG-、-NG-、-N-、-O-又は-S-であり、ここで、rは0~5の整数であり;及び
、G、G、G、G及びGの各々は、独立に、本開示に記載されるとおりのRである。
一部の実施形態において、W及びWは、-O-、-S-又は-NG-のいずれかであり、U及びUは、存在する場合にはUに結合する炭素原子であるか、又はrが0である場合には単結合、二重結合又は三重結合によって互いに結合する炭素原子である。Uは、-C-、-CG-、-CG-、-NG-、-N-、-O-又は-S-であり、ここで、rは0~5の整数であり、且つ2個以下のヘテロ原子が隣接する。Uのいずれか1つがCである場合、CであるUの第2の例の間又はU若しくはUの1つとの三重結合が形成されなければならない。同様に、Uのいずれか1つがCGである場合、-CG-又は-N-であるUの第2の例の間又はU若しくはUの1つとの二重結合が形成される。
一部の実施形態において、-U-(U-U-は-CG-CG-である。一部の実施形態において、-U-(U-U-は-CG=CG-である。一部の実施形態において、-U-(U-U-は-C≡C-である。一部の実施形態において、-U-(U-U-は-CG=CG-CG-である。一部の実施形態において、-U-(U-U-は-CG-O-CG-である。一部の実施形態において、-U-(U-U-は-CG-NG-CG-である。一部の実施形態において、-U-(U-U-は-CG-N-CG-である。一部の実施形態において、-U-(U-U-は-CG-N=CG-CG-である。
一部の実施形態において、G、G、G、G、G及びGは、独立に、本開示に記載されるとおりのRである。一部の実施形態において、G、G、G、G、G及びGは、独立に、本開示に記載されるとおりのRである。一部の実施形態において、G、G、G、G、G及びGは、独立に、水素であるか、又は脂肪族、アルキル、アラルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロ脂肪族、ヘテロシクリル、ヘテロアリール及びアリールから選択される、任意選択で置換されている基であり;又はG、G、G、G及びGの2つはGである(一緒になって、単環式又は多環式の、縮合している又は縮合していない最大約20個の環原子の任意選択で置換されている飽和、部分不飽和又は不飽和炭素環式環又はヘテロ原子含有環を形成する)。一部の実施形態において、そのように形成された環は、オキソ、チオキソ、アルキル、アルケニル、アルキニル、ヘテロアリール又はアリール部分によって置換される。一部の実施形態において、2つのGが一緒になって形成する環が置換されるとき、それは、反応中に立体選択性を与えるのに十分なバルク性のある部分によって置換される。
一部の実施形態において、Gの2つが一緒になって形成する環は、任意選択で置換されているシクロペンチル、ピロリル、シクロプロピル、シクロヘキセニル、シクロペンテニル、テトラヒドロピラニル又はピペラジニルである。一部の実施形態において、Gの2つが一緒になって形成する環は、任意選択で置換されているシクロペンチル、ピロリル、シクロプロピル、シクロヘキセニル、シクロペンテニル、テトラヒドロピラニル、ピロリジニル又はピペラジニルである。
一部の実施形態において、Gは、任意選択で置換されているフェニルである。一部の実施形態において、Gはフェニルである。一部の実施形態において、Gはメチル又は水素である。一部の実施形態において、Gは水素である。一部の実施形態において、Gは、任意選択で置換されているフェニルであり、Gはメチルである。一部の実施形態において、Gはフェニルであり、Gはメチルである。一部の実施形態において、Gは-CHSi(R)であり、式中、1つのRは、任意選択で置換されているC1~6脂肪族であり、他の2つのRは、それぞれ独立に、0~5個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている3~20員環単環式又は多環式飽和環、部分不飽和環又は芳香環である。一部の実施形態において、他の2つのRは、それぞれ独立に、任意選択で置換されているフェニルである。一部の実施形態において、Gは-CHSiMePhである。
一部の実施形態において、rは0である。
一部の実施形態において、Wは-NG-O-である。一部の実施形態において、Wは-NG-O-であり、式中、-O-は-Hに結合する。一部の実施形態において、Wは-NG-である。一部の実施形態において、G及びGの一方は、Gと一緒になって、任意選択で置換されている3~10員環を形成する。一部の実施形態において、G及びGの一方は、Gと一緒になって、任意選択で置換されているピロリジニル環を形成する。一部の実施形態において、G及びGの一方は、Gと一緒になって、ピロリジニル環を形成する。一部の実施形態において、Gは、任意選択で置換されているC1~6脂肪族である。一部の実施形態において、Gはメチルである。一部の実施形態において、G及びGの一方及びGとGの一方とがそれらの介在原子と一緒になって、0~3個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている3~10員環を形成する。一部の実施形態において、3員環の形成される環。一部の実施形態において、4員環の形成される環。一部の実施形態において、5員環の形成される環。一部の実施形態において、6員環の形成される環。一部の実施形態において、7員環の形成される環。一部の実施形態において、形成される環は置換されている。一部の実施形態において、形成される環は、非置換である。一部の実施形態において、形成される環はヘテロ原子を有しない。一部の実施形態において、形成される環は飽和である。例示的化合物については、WV-CA-293及びWV-CA-294を参照のこと。
一部の実施形態において、Wは-O-である。
一部の実施形態において、キラル試薬は式3-AAの化合物である。

(式中、各可変要素は、独立に、上記に定義し及び本明細書に記載するとおりである)。
式3AAの一部の実施形態において、W及びWは、独立に、-NG-、-O-又は-S-であり;G、G、G、G及びGは、独立に、水素であるか、又はアルキル、アラルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロ脂肪族、ヘテロシクリル、ヘテロアリール又はアリールから選択される、任意選択で置換されている基であり;又はG、G、G、G及びGの2つがGであり(一緒になって、単環式又は多環式の、縮合している又は縮合していない最大約20個の環原子の任意選択で置換されている飽和、部分不飽和又は不飽和炭素環式環又はヘテロ原子含有環を形成する)、及びG、G、G、G及びGの4つ以下がGである。式3-Iの化合物と同様に、G、G、G、G又はGのいずれかは、オキソ、チオキソ、アルキル、アルケニル、アルキニル、ヘテロアリール又はアリール部分によって任意選択で置換される。一部の実施形態において、かかる置換が、キラル制御されたオリゴヌクレオチドの作製において立体選択性を生じさせる。一部の実施形態において、ヘテロ原子含有部分、例えば、ヘテロ脂肪族、ヘテロシクリル、ヘテロアリール等は、1~5個のヘテロ原子を有する。一部の実施形態において、ヘテロ原子は、窒素、酸素、硫黄及びケイ素から選択される。一部の実施形態において、少なくとも1つのヘテロ原子が窒素である。
一部の実施形態において、Wは-NG-O-である。一部の実施形態において、Wは-NG-O-であり、式中、-O-は-Hに結合する。一部の実施形態において、Wは-NG-である。一部の実施形態において、Gと、G及びGの一方とが一緒になって、0~3個のヘテロ原子をWの窒素原子に加えて有する、任意選択で置換されている3~10員環を形成する。一部の実施形態では、GとGとが一緒になって、0~3個のヘテロ原子をWの窒素原子に加えて有する、任意選択で置換されている3~10員環を形成する。一部の実施形態では、GとGとが一緒になって、0~3個のヘテロ原子をWの窒素原子に加えて有する、任意選択で置換されている3~10員環を形成する。一部の実施形態において、形成される環は、任意選択で置換されている4、5、6、7又は8員環である。一部の実施形態において、形成される環は、任意選択で置換されている4員環である。一部の実施形態において、形成される環は、任意選択で置換されている5員環である。一部の実施形態において、形成される環は、任意選択で置換されている6員環である。一部の実施形態において、形成される環は、任意選択で置換されている7員環である。
一部の実施形態において、提供されるキラル試薬は、

の構造を有する。一部の実施形態において、提供されるキラル試薬は、

の構造を有する。一部の実施形態において、提供されるキラル試薬は、

の構造を有する。一部の実施形態において、提供されるキラル試薬は、

の構造を有する。一部の実施形態において、提供されるキラル試薬は、

の構造を有する。一部の実施形態において、提供されるキラル試薬は、

の構造を有する。一部の実施形態において、提供されるキラル試薬は、

の構造を有する。一部の実施形態において、提供されるキラル試薬は、

の構造を有する。
一部の実施形態において、Wは-NGであり、WはOであり、G及びGの各々は、独立に、水素であるか、又はC1~10脂肪族、ヘテロシクリル、ヘテロアリール及びアリールから選択される、任意選択で置換されている基であり、Gは-C(R)Si(R)であり、及びGとGとは一緒になって、単環式又は多環式の、縮合している又は縮合していない最大約20個の環原子の任意選択で置換されている飽和、部分不飽和又は不飽和ヘテロ原子含有環を形成する。一部の実施形態において、各Rは、独立に、水素であるか、又はC~C脂肪族、カルボシクリル、アリール、ヘテロアリール及びヘテロシクリルから選択される、任意選択で置換されている基である。一部の実施形態において、Gは-C(R)Si(R)であり、式中、-C(R)-は、任意選択で置換されている-CH-であり、及び-Si(R)の各Rは、独立に、C1~10脂肪族、ヘテロシクリル、ヘテロアリール及びアリールから選択される、任意選択で置換されている基である。一部の実施形態において、-Si(R)の少なくとも1つのRは、独立に、任意選択で置換されているC1~10アルキルである。一部の実施形態において、-Si(R)の少なくとも1つのRは、独立に、任意選択で置換されているフェニルである。一部の実施形態において、-Si(R)の1つのRは、独立に、任意選択で置換されているフェニルであり、他の2つのRの各々は、独立に、任意選択で置換されているC1~10アルキルである。一部の実施形態において、-Si(R)の1つのRは、独立に、任意選択で置換されているC1~10アルキルであり、他の2つのRの各々は、独立に、任意選択で置換されているフェニルである。一部の実施形態において、Gは、任意選択で置換されている-CHSi(Ph)(Me)である。一部の実施形態において、Gは、任意選択で置換されている-CHSi(Me)(Ph)である。一部の実施形態において、Gは-CHSi(Me)(Ph)である。一部の実施形態において、GとGとは一緒になって、1個の窒素原子(それにGが結合する)を含有する、任意選択で置換されている飽和5~6員環を形成する。一部の実施形態において、GとGとは一緒になって、1個の窒素原子を含有する、任意選択で置換されている飽和5員環を形成する。一部の実施形態において、Gは水素である。一部の実施形態において、Gは水素である。一部の実施形態において、G及びGは両方とも水素である。
一部の実施形態において、Wは-NGであり、WはOであり、G及びGの各々は、独立に、Rであり、Gは-Rであり、及びGとGとは一緒になって、単環式又は多環式の、縮合している又は縮合していない最大約20個の環原子の任意選択で置換されている飽和、部分不飽和又は不飽和ヘテロ原子含有環を形成する。一部の実施形態において、G及びGの各々は、独立に、Rである。一部の実施形態において、G及びGの各々は、独立に、-Hである。一部の実施形態において、Gは、炭素原子によって分子の残りの部分に連結され、この炭素原子は1つ以上の電子求引基で置換される。一部の実施形態において、Gは、1つ以上の電子求引基で置換されたメチルである。一部の実施形態において、Gは、1つの且つ1つのみの電子求引基で置換されたメチルである。一部の実施形態において、Gは、2つ以上の電子求引基で置換されたメチルである。とりわけ、電子求引基を含むGを有するキラル補助基は塩基によって容易に除去することができ(例えば実質的に水のない無水条件下で塩基に不安定であり;多くの場合、好ましくはかかるキラル補助基を含むインターヌクレオチド結合を含むオリゴヌクレオチドが、特に塩基の存在下で相当量の水を含む条件/試薬系(例えば、NHOHを使用する切断条件/試薬系)に曝露される前)、本明細書に記載されるとおりの様々な利点、例えば、高い粗純度、高収率、高い立体選択性、より簡略化された作業、より少ないステップ、更なる製造コストの削減及び/又はより簡略化された下流製剤化(例えば、切断後の低量の1つ又は複数の塩)等をもたらす。一部の実施形態において、実施例に記載されるとおり、かかる補助基は、他の官能基及び/又は保護基との代替的又は追加的な化学適合性をもたらし得る。一部の実施形態において、実施例で実証されるとおり、塩基に不安定なキラル補助基は、キラル制御された非負電荷インターヌクレオチド結合(例えば、n001などの中性インターヌクレオチド結合)の構築に特に有用であり;一部の例では、実施例で実証されるとおり、それが例えば無水条件下での塩基を用いた除去と共に利用されるとき、高い立体選択性を伴う大きく改良された収率及び/又は粗純度をもたらすことができる。一部の実施形態において、かかるキラル補助基は酸素原子(例えばこれは、対応するキラル補助基化合物、例えば式Iの化合物における-OH基に対応する)を介して結合リンに結合し、その酸素が結合するキラル補助基中の炭素原子(α炭素)は、-Hにも結合し(他の基に加えて;一部の実施形態では、第二級炭素)、及びキラル補助基中の次の炭素原子(β炭素)が1つ又は2つの電子求引基に結合する。一部の実施形態において、-W-Hは-OHである。一部の実施形態において、Gは-Hである。一部の実施形態において、Gは1つ又は2つの電子求引基を含むか、又は他の形で塩基によるキラル補助基の除去を促進することができる。一部の実施形態において、Gは-Hであり、Gは1つ又は2つの電子求引基を含み、-W-Hは-OHである。一部の実施形態において、Gは-Hであり、Gは1つ又は2つの電子求引基を含み、-W-Hは-OHであり、-W-Hは-NG-Hであり、G及びGの一方はGと一緒になって、それらの介在原子と共に本明細書に記載されるとおりの環(例えば、Gがその上にある窒素原子に加えて0~5個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている3~20員環単環式、二環式又は多環式環(例えば、Gがその上にある窒素原子に加えて他のヘテロ原子を有しない、任意選択で置換されている3、4、5又は6員環単環式飽和環))を形成する。
当業者が理解するとおり、様々な電子求引基が当技術分野において公知であり、本開示において利用することができる。一部の実施形態において、電子求引基は炭素原子を含み、及び/又は例えば-S(O)-、-S(O)-、-P(O)(R)-、-P(S)R-又は-C(O)-を介して炭素原子に連結される。一部の実施形態において、電子求引基は、-CN、-NO、ハロゲン、-C(O)R、-C(O)OR’、-C(O)N(R’)、-S(O)R、-S(O)、-P(W)(R、-P(O)(R、-P(O)(OR’)又は-P(S)(Rである。一部の実施形態において、電子求引基は、-CN、-NO、ハロゲン、-C(O)R、-C(O)OR’、-C(O)N(R’)、-S(O)R、-S(O)、-P(W)(R、-P(O)(R、-P(O)(OR’)又は-P(S)(Rの1つ以上で置換されているアリール又はヘテロアリール、例えばフェニルである。
一部の実施形態において、Gは-L-R’である。一部の実施形態において、Gは-L’-L”-R’であり、式中、L’は-C(R)-又は任意選択で置換されている-CH-であり、及びL”は、-P(O)(R’)-、-P(O)(R’)O-、-P(O)(OR’)-、-P(O)(OR’)O-、-P(O)[N(R’)]-、-P(O)[N(R’)]O-、-P(O)[N(R’)][N(R’)]-、-P(S)(R’)-、-S(O)-、-S(O)-、-S(O)O-、-S(O)-、-C(O)-、-C(O)N(R’)-又は-S-である。一部の実施形態において、L’は-C(R)-である。一部の実施形態において、L’は、任意選択で置換されている-CH-である。
一部の実施形態において、L’は-C(R)-である。一部の実施形態において、各Rは、独立に、水素であるか、又はC~C脂肪族、カルボシクリル、アリール、ヘテロアリール及びヘテロシクリルから選択される、任意選択で置換されている基である。一部の実施形態において、L’は-CH-である。一部の実施形態において、L”は、-P(O)(R’)-、-P(S)(R’)-、-S(O)-である。一部の実施形態において、Gは-L’-C(O)N(R’)である。一部の実施形態において、Gは-L’-P(O)(R’)である。一部の実施形態において、Gは-L’-P(S)(R’)である。一部の実施形態において、各R’は、独立に、本開示に記載されるとおり(例えば、Rについて記載される実施形態)の任意選択で置換されている脂肪族、ヘテロ脂肪族、アリール又はヘテロアリールである。一部の実施形態において、各R’は、独立に、任意選択で置換されているフェニルである。一部の実施形態において、各R’は、独立に、任意選択で置換されているフェニルであり、ここで、1つ以上の置換基は、-CN、-OMe、-Cl、-Br及び-Fから独立に選択される。一部の実施形態において、各R’は、独立に置換フェニルであり、ここで、1つ以上の置換基は、-CN、-OMe、-Cl、-Br及び-Fから独立に選択される。一部の実施形態において、各R’は、独立に置換フェニルであり、ここで、置換基は、-CN、-OMe、-Cl、-Br及び-Fから独立に選択される。一部の実施形態において、各R’は、独立に一置換フェニルであり、ここで、置換基は、-CN、-OMe、-Cl、-Br及び-Fから独立に選択される。一部の実施形態において、2つのR’は同じである。一部の実施形態において、2つのR’は異なる。一部の実施形態において、Gは-L’-S(O)R’である。一部の実施形態において、Gは-L’-C(O)N(R’)である。一部の実施形態において、Gは-L’-S(O)R’である。一部の実施形態において、R’は、本開示に記載されるとおり(例えば、Rについて記載される実施形態)の任意選択で置換されている脂肪族、ヘテロ脂肪族、アリール又はヘテロアリールである。一部の実施形態において、R’は、任意選択で置換されているフェニルである。一部の実施形態において、R’は、任意選択で置換されているフェニルであり、ここで、1つ以上の置換基は、-CN、-OMe、-Cl、-Br及び-Fから独立に選択される。一部の実施形態において、R’は置換フェニルであり、ここで、1つ以上の置換基は、-CN、-OMe、-Cl、-Br及び-Fから独立に選択される。一部の実施形態において、R’は置換フェニルであり、ここで、各置換基は、-CN、-OMe、-Cl、-Br及び-Fから独立に選択される。一部の実施形態において、R’は一置換フェニルである。一部の実施形態において、R’は一置換フェニルであり、ここで、置換基は、-CN、-OMe、-Cl、-Br及び-Fから独立に選択される。一部の実施形態において、置換基は電子求引基である。一部の実施形態において、電子求引基は、-CN、-NO、ハロゲン、-C(O)R、-C(O)OR’、-C(O)N(R’)、-S(O)R、-S(O)、-P(W)(R、-P(O)(R、-P(O)(OR’)又は-P(S)(Rである。
一部の実施形態において、Gは、任意選択で置換されている-CH-L”-Rであり、式中、L”及びRの各々は、独立に、本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態において、Gは、任意選択で置換されている-CH(-L”-R)であり、式中、L”及びRの各々は、独立に、本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態において、Gは、任意選択で置換されている-CH(-S-R)である。一部の実施形態において、Gは、任意選択で置換されている-CH-S-Rである。一部の実施形態において、2つのR基がそれらの介在原子と一緒になって環を形成する。一部の実施形態において、形成される環は、介在ヘテロ原子に加えて0~2個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている5、6、7員環である。一部の実施形態において、Gは、任意選択で置換されている

である。一部の実施形態において、Gは、

である。一部の実施形態において、例えば塩基による除去を促進するため、例えば酸化によって-S-が-S(O)-又は-S(O)-に変換され得る。
一部の実施形態において、Gは-L’-R’であり、式中、各可変要素は本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態において、Gは-CH-R’である。一部の実施形態において、Gは-CH(R’)である。一部の実施形態において、Gは-C(R’)である。一部の実施形態において、R’は、任意選択で置換されているアリール又はヘテロアリールである。一部の実施形態において、R’は置換アリール又はヘテロアリールであり、ここで、1つ以上の置換基は、独立に、電子求引基である。一部の実施形態において、-L’-は、任意選択で置換されている-CH-であり、及びR’はRであり、式中、Rは、任意選択で置換されているアリール又はヘテロアリールである。一部の実施形態において、Rは置換アリール又はヘテロアリールであり、ここで、1つ以上の置換基は、独立に、電子求引基である。一部の実施形態において、Rは置換アリール又はヘテロアリールであり、ここで、各置換基は、独立に、電子求引基である。一部の実施形態において、Rは、2つ以上の置換基で置換されたアリール又はヘテロアリールであり、ここで、各置換基は、独立に、電子求引基である。一部の実施形態において、電子求引基は、-CN、-NO、ハロゲン、-C(O)R、-C(O)OR’、-C(O)N(R’)、-S(O)R、-S(O)、-P(W)(R、-P(O)(R、-P(O)(OR’)又は-P(S)(Rである。一部の実施形態において、R’は、

である。一部の実施形態において、R’はp-NOPh-である。一部の実施形態において、R’は、

である。一部の実施形態において、R’は、

である。一部の実施形態において、R’は、

である。一部の実施形態において、R’は、

である。一部の実施形態において、R’は、

である。一部の実施形態において、Gは、

である。一部の実施形態において、R’は、

である。一部の実施形態において、R’は、

である。一部の実施形態において、R’は2,4,6-トリクロロフェニルである。一部の実施形態において、R’は2,4,6-トリフルオロフェニルである。一部の実施形態において、Gは-CH(4-クロロフェニル)である。一部の実施形態において、Gは-CH(R’)であり、式中、各R’は、

である。一部の実施形態において、Gは-CH(R’)であり、式中、各R’は、

である。一部の実施形態において、R’は-C(O)Rである。一部の実施形態において、R’はCHC(O)-である。
一部の実施形態において、Gは-L’-S(O)R’であり、式中、各可変要素は本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態において、Gは-CH-S(O)R’である。一部の実施形態において、Gは-L’-S(O)R’であり、式中、各可変要素は本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態において、Gは-CH-S(O)R’である。一部の実施形態において、Gは-L’-C(O)R’であり、式中、各可変要素は本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態において、Gは-CH-C(O)R’である。一部の実施形態において、Gは-L’-C(O)R’であり、式中、各可変要素は本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態において、Gは-CH-C(O)R’である。一部の実施形態において、-L’-は、任意選択で置換されている-CH-であり、及びR’はRである。一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されているアリール又はヘテロアリールである。一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されている脂肪族である。一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されているヘテロ脂肪族である。一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されているヘテロアリールである。一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されているアリールである。一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されているフェニルである。一部の実施形態において、Rはフェニルではないか、又は一置換、二置換若しくは三置換フェニルであり、ここで、各置換基は、-NO、ハロゲン、-CN、-C1~3アルキル及びC1~3アルキルオキシから選択される。一部の実施形態において、Rは置換アリール又はヘテロアリールであり、ここで、1つ以上の置換基は、独立に、電子求引基である。一部の実施形態において、Rは置換アリール又はヘテロアリールであり、ここで、各置換基は、独立に、電子求引基である。一部の実施形態において、Rは、2つ以上の置換基で置換されたアリール又はヘテロアリールであり、ここで、各置換基は、独立に、電子求引基である。一部の実施形態において、電子求引基は、-CN、-NO、ハロゲン、-C(O)R、-C(O)OR’、-C(O)N(R’)、-S(O)R、-S(O)、-P(W)(R、-P(O)(R、-P(O)(OR’)又は-P(S)(Rである。一部の実施形態において、R’はフェニルである。一部の実施形態において、R’は置換フェニルである。一部の実施形態において、R’は、

である。一部の実施形態において、R’は、

である。一部の実施形態において、R’は、

である。一部の実施形態において、R’は、任意選択で置換されているC1~6脂肪族である。一部の実施形態において、R’はt-ブチルである。一部の実施形態において、R’はイソプロピルである。一部の実施形態において、R’はメチルである。一部の実施形態において、Gは-CHC(O)OMeである。一部の実施形態において、Gは-CHC(O)Phである。一部の実施形態において、Gは-CHC(O)-tBuである。
一部の実施形態において、Gは-L’-NOである。一部の実施形態において、Gは-CH-NOである。一部の実施形態において、Gは-L’-S(O)N(R’)である。一部の実施形態において、Gは-CH-S(O)N(R’)である。一部の実施形態において、Gは-L’-S(O)NHR’である。一部の実施形態において、Gは-CH-S(O)NHR’である。一部の実施形態において、R’はメチルである。一部の実施形態において、Gは-CH-S(O)NH(CH)である。一部の実施形態において、R’は-CHPhである。一部の実施形態において、Gは-CH-S(O)NH(CHPh)である。一部の実施形態において、Gは-CH-S(O)N(CHPh)である。一部の実施形態において、R’はフェニルである。一部の実施形態において、Gは-CH-S(O)NHPhである。一部の実施形態において、Gは-CH-S(O)N(CH)Phである。一部の実施形態において、Gは-CH-S(O)N(CHである。一部の実施形態において、Gは-CH-S(O)NH(CHPh)である。一部の実施形態において、Gは-CH-S(O)NHPhである。一部の実施形態において、Gは-CH-S(O)NH(CHPh)である。一部の実施形態において、Gは-CH-S(O)N(CHである。一部の実施形態において、Gは-CH-S(O)N(CH)Phである。一部の実施形態において、Gは-L’-S(O)N(R’)(OR’)である。一部の実施形態において、Gは-CH-S(O)N(R’)(OR’)である。一部の実施形態において、各R’はメチルである。一部の実施形態において、Gは-CH-S(O)N(CH)(OCH)である。一部の実施形態において、Gは-CH-S(O)N(Ph)(OCH)である。一部の実施形態において、Gは-CH-S(O)N(CHPh)(OCH)である。一部の実施形態において、Gは-CH-S(O)N(CHPh)(OCH)である。一部の実施形態において、Gは-L’-S(O)OR’である。一部の実施形態において、Gは-CH-S(O)OR’である。一部の実施形態において、Gは-CH-S(O)OPhである。一部の実施形態において、Gは-CH-S(O)OCHである。一部の実施形態において、Gは-CH-S(O)OCHPhである。
一部の実施形態において、Gは-L’-P(O)(R’)である。一部の実施形態において、Gは-CH-P(O)(R’)である。一部の実施形態において、Gは-L’-P(O)[N(R’)である。一部の実施形態において、Gは-CH-P(O)[N(R’)である。一部の実施形態において、Gは-L’-P(O)[O(R’)である。一部の実施形態において、Gは-CH-P(O)[O(R’)である。一部の実施形態において、Gは-L’-P(O)(R’)[N(R’)である。一部の実施形態において、Gは-CH-P(O)(R’)[N(R’)]である。一部の実施形態において、Gは-L’-P(O)(R’)[O(R’)]である。一部の実施形態において、Gは-CH-P(O)(R’)[O(R’)]である。一部の実施形態において、Gは-L’-P(O)(OR’)[N(R’)]である。一部の実施形態において、Gは-CH-P(O)(OR’)[N(R’)]である。一部の実施形態において、Gは-L’-C(O)N(R’)であり、式中、各可変要素は本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態において、Gは-CH-C(O)N(R’)である。一部の実施形態において、各R’は、独立に、Rである。一部の実施形態において、1つのR’は、任意選択で置換されている脂肪族であり、1つのRは、任意選択で置換されているアリールである。一部の実施形態において、1つのR’は、任意選択で置換されているC1~6脂肪族であり、1つのRは、任意選択で置換されているフェニルである。一部の実施形態において、各R’は、独立に、任意選択で置換されているC1~6脂肪族である。一部の実施形態において、Gは-CH-P(O)(CH)Phである。一部の実施形態において、Gは-CH-P(O)(CHである。一部の実施形態において、Gは-CH-P(O)(Ph)である。一部の実施形態において、Gは-CH-P(O)(OCHである。一部の実施形態において、Gは-CH-P(O)(CHPh)である。一部の実施形態において、Gは-CH-P(O)[N(CH)Ph]である。一部の実施形態において、Gは-CH-P(O)[N(CHである。一部の実施形態において、Gは-CH-P(O)[N(CHPh)である。一部の実施形態において、Gは-CH-P(O)(OCHである。一部の実施形態において、Gは-CH-P(O)(OPh)である。
一部の実施形態において、Gは-L’-SR’である。一部の実施形態において、Gは-CH-SR’である。一部の実施形態において、R’は、任意選択で置換されているフェニルである。一部の実施形態において、R’はフェニルである。
一部の実施形態において、提供されるキラル試薬は、

の構造を有し、式中、各Rは、独立に、本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態において、提供されるキラル試薬は、

の構造を有し、式中、各Rは、独立に、本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態において、各Rは、独立に、本開示に記載されるとおりのRである。一部の実施形態において、各Rは、独立に、Rであり、式中、Rは、本開示に記載されるとおりの任意選択で置換されている脂肪族、アリール、ヘテロ脂肪族又はヘテロアリールである。一部の実施形態において、各Rはフェニルである。一部の実施形態において、Rは-L-R’である。一部の実施形態において、Rは-L-R’であり、式中、Lは、-O-、-S-又は-N(R’)である。一部の実施形態において、提供されるキラル試薬は、

の構造を有し、式中、各Xは、独立に、-H、電子求引基、-NO、-CN、-OR、-Cl、-BR又は-Fであり、及びWはO又はSである。一部の実施形態において、提供されるキラル試薬は、

の構造を有し、式中、各Xは、独立に、-H、電子求引基、-NO、-CN、-OR、-Cl、-BR又は-Fであり、及びWはO又はSである。一部の実施形態において、各Xは、独立に、-CN、-OR、-Cl、-BR又は-Fであり、式中、Rは-Hでない。一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されているC1~6脂肪族である。一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されているC1~6アルキルである。一部の実施形態において、Rは-CHである。一部の実施形態において、1つ以上のXは、独立に、電子求引基(例えば、-CN、-NO、ハロゲン、-C(O)R、-C(O)OR’、-C(O)N(R’)、-S(O)R、-S(O)、-P(W)(R、-P(O)(R、-P(O)(OR’)、-P(S)(R等)である。
一部の実施形態において、提供されるキラル試薬は、

の構造を有し、式中、Rは本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態において、提供されるキラル試薬は、

の構造を有し、式中、Rは本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態において、Rは、本開示に記載されるとおりのRである。一部の実施形態において、RはRであり、式中、Rは、本開示に記載されるとおりの任意選択で置換されている脂肪族、アリール、ヘテロ脂肪族又はヘテロアリールである。一部の実施形態において、Rは-L-R’である。一部の実施形態において、Rは-L-R’であり、式中、Lは、-O-、-S-又は-N(R’)である。一部の実施形態において、提供されるキラル試薬は、

の構造を有し、式中、Xは、-H、電子求引基、-NO、-CN、-OR、-Cl、-BR又は-Fであり、及びWはO又はSである。一部の実施形態において、提供されるキラル試薬は、

の構造を有し、式中、Xは、-H、電子求引基、-NO、-CN、-OR、-Cl、-BR又は-Fであり、及びWはO又はSである。一部の実施形態において、Xは、-CN、-OR、-Cl、-BR又は-Fであり、式中、Rは-Hでない。一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されているC1~6脂肪族である。一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されているC1~6アルキルである。一部の実施形態において、Rは-CHである。一部の実施形態において、Xは電子求引基(例えば、-CN、-NO、ハロゲン、-C(O)R、-C(O)OR’、-C(O)N(R’)、-S(O)R、-S(O)、-P(W)(R、-P(O)(R、-P(O)(OR’)、-P(S)(R等)である。一部の実施形態において、Xは、-CN、-NO又はハロゲンでない電子求引基である。一部の実施形態において、Xは、-H、-CN、-NO、ハロゲン又はC1~3アルキルオキシでない。
一部の実施形態において、Gは-CH(R21)-CH(R22)=C(R23)(R24)であり、式中、R21、R22、R23及びR24の各々は、独立に、Rである。一部の実施形態において、R22及びR23は両方ともRであり、これらの2つのR基がそれらの介在原子と一緒になって、本明細書に記載されるとおりの任意選択で置換されているアリール環又はヘテロアリール環を形成する。一部の実施形態において、1つ以上の置換基は、独立に、電子求引基である。一部の実施形態において、R21及びR24は両方ともRであり、これらの2つのR基がそれらの介在原子と一緒になって、本明細書に記載されるとおりの任意選択で置換されている環を形成する。一部の実施形態において、R21及びR24は両方ともRであり、これらの2つのR基がそれらの介在原子と一緒になって、本明細書に記載されるとおりの任意選択で置換されている飽和又は部分飽和環を形成する。一部の実施形態において、R22及びR23は両方ともRであり、これらの2つのR基がそれらの介在原子と一緒になって、本明細書に記載されるとおりの任意選択で置換されているアリール環又はヘテロアリール環を形成し、且つR21及びR24は両方ともRであり、これらの2つのR基がそれらの介在原子と一緒になって、本明細書に記載されるとおりの任意選択で置換されている部分飽和環を形成する。一部の実施形態において、R21は-Hである。一部の実施形態において、R24は-Hである。一部の実施形態において、Gは、任意選択で置換されている

である。一部の実施形態において、Gは、任意選択で置換されている

であり、式中、各環Aは、独立に、本明細書に記載されるとおりの3~15員環単環式、二環式又は多環式環である。一部の実施形態において、環Aは、本明細書に記載されるとおりの1~5個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている5~10員環単環式アリール環又はヘテロアリール環である。一部の実施形態において、環Aは、本明細書に記載されるとおりの任意選択で置換されているフェニル環である。一部の実施形態において、一部の実施形態において、Gは、任意選択で置換されている

である。一部の実施形態において、Gは、

である。一部の実施形態において、Gは、

である。一部の実施形態において、Gは、

である。
キラル補助基についての特定の有用な例示的化合物を、例えば、表CA-1~表CA-13に提供する。一部の実施形態において、有用な化合物は、例えば表CA-1~表CA-13にある化合物のエナンチオマーである。一部の実施形態において、有用な化合物は、例えば表CA-1~表CA-13にある化合物のジアステレオマーである。一部の実施形態において、キラル補助基について塩基性条件下での(例えば、無水条件下での塩基による)除去に有用な化合物は、表CA-1~表CA-13の化合物又はそのエナンチオマー若しくはジアステレオマーである。一部の実施形態において、かかる化合物は、表CA-1の化合物又はそのエナンチオマー若しくはジアステレオマーである。一部の実施形態において、かかる化合物は、表CA-2の化合物又はそのエナンチオマー若しくはジアステレオマーである。一部の実施形態において、かかる化合物は、表CA-3の化合物又はそのエナンチオマー若しくはジアステレオマーである。一部の実施形態において、かかる化合物は、表CA-4の化合物又はそのエナンチオマー若しくはジアステレオマーである。一部の実施形態において、かかる化合物は、表CA-5の化合物又はそのエナンチオマー若しくはジアステレオマーである。一部の実施形態において、かかる化合物は、表CA-6の化合物又はそのエナンチオマー若しくはジアステレオマーである。一部の実施形態において、かかる化合物は、表CA-7の化合物又はそのエナンチオマー若しくはジアステレオマーである。一部の実施形態において、かかる化合物は、表CA-8の化合物又はそのエナンチオマー若しくはジアステレオマーである。一部の実施形態において、かかる化合物は、表CA-9の化合物又はそのエナンチオマー若しくはジアステレオマーである。一部の実施形態において、かかる化合物は、表CA-10の化合物又はそのエナンチオマー若しくはジアステレオマーである。一部の実施形態において、かかる化合物は、表CA-11の化合物又はそのエナンチオマー若しくはジアステレオマーである。一部の実施形態において、かかる化合物は、表CA-12の化合物又はそのエナンチオマー若しくはジアステレオマーである。一部の実施形態において、かかる化合物は、表CA-13の化合物又はそのエナンチオマー若しくはジアステレオマーである。
一部の実施形態において、その対応する化合物が式3-I又は式3-AAの化合物である、例えばインターヌクレオチド結合のキラル補助基部分は、塩基と接触すると、対応する化合物からの水分子の脱離(Gの-W-H=-OH及びα-Hの脱離)によって形成される生成物と同じ構造を有するアルケンとして放出され得る。一部の実施形態において、かかるアルケンは、(電子求引基)=C(R)-L-N(R)(R)、(電子求引基)H=C(R)-L-N(R)(R)、CH(-L”-R’)=C(R)-L-N(R)(R)(式中、CH基は、任意選択で置換されている)又はC=C(R)-L-N(R)(R)(式中、Cは、任意選択で置換されている

であり、及び任意選択で1つ以上の任意選択で置換されている環と縮合し得、及び他の各可変要素は、独立に、本明細書に記載されるとおりである)の構造を有する。一部の実施形態において、Cは、任意選択で置換されている

である。一部の実施形態において、Cは、

である。一部の実施形態において、かかるアルケンは、

である。一部の実施形態において、かかるアルケンは、

である。一部の実施形態において、かかるアルケンは、

である。
一部の実施形態において、キラル試薬はアミノアルコールである。一部の実施形態において、キラル試薬はアミノチオールである。一部の実施形態において、キラル試薬はアミノフェノールである。一部の実施形態において、キラル試薬は、(S)-及び(R)-2-メチルアミノ-1-フェニルエタノール、(1R,2S)-エフェドリン又は(1R,2S)-2-メチルアミノ-1,2-ジフェニルエタノールである。
本開示の一部の実施形態において、キラル試薬は、以下の式の1つの化合物である。
一部の実施形態において、有用なキラル試薬は、以下の化合物から選択される化合物又はその関連する立体異性体、特にエナンチオマーである(例えば、WV-CA-237は、WV-CA-236の関連する立体異性体である(1つのキラル中心に同じ化学構成、同じ立体配置を有するが、他のキラル中心には有しない関連するジアステレオマー);WV-CA-108は、WV-CA-236の関連するエナンチオマー(互いの鏡像)である)。
一部の実施形態において、提供される化合物は、表CA-1から選択される化合物又はその塩のエナンチオマーである。一部の実施形態において、提供される化合物は、表CA-1から選択される化合物又はその塩のジアステレオマーである。
一部の実施形態において、有用なキラル試薬は、以下の化合物から選択される化合物又はその関連する立体異性体、特にエナンチオマーである。
一部の実施形態において、提供される化合物は、表CA-2から選択される化合物又はその塩のエナンチオマーである。一部の実施形態において、提供される化合物は、表CA-2から選択される化合物又はその塩のジアステレオマーである。
一部の実施形態において、有用なキラル試薬は、以下の化合物から選択される化合物又はその関連する立体異性体、特にエナンチオマーである。
一部の実施形態において、提供される化合物は、表CA-3から選択される化合物又はその塩のエナンチオマーである。一部の実施形態において、提供される化合物は、表CA-3から選択される化合物又はその塩のジアステレオマーである。
一部の実施形態において、有用なキラル試薬は、以下の化合物から選択される化合物又はその関連する立体異性体、特にエナンチオマーである。
一部の実施形態において、提供される化合物は、表CA-4から選択される化合物又はその塩のエナンチオマーである。一部の実施形態において、提供される化合物は、表CA-4から選択される化合物又はその塩のジアステレオマーである。
一部の実施形態において、有用なキラル試薬は、以下の化合物から選択される化合物又はその関連する立体異性体、特にエナンチオマーである。
一部の実施形態において、提供される化合物は、表CA-5から選択される化合物又はその塩のエナンチオマーである。一部の実施形態において、提供される化合物は、表CA-5から選択される化合物又はその塩のジアステレオマーである。
一部の実施形態において、有用なキラル試薬は、以下の化合物から選択される化合物又はその関連する立体異性体、特にエナンチオマーである。
一部の実施形態において、提供される化合物は、表CA-6から選択される化合物又はその塩のエナンチオマーである。一部の実施形態において、提供される化合物は、表CA-6から選択される化合物又はその塩のジアステレオマーである。
一部の実施形態において、有用なキラル試薬は、以下の化合物から選択される化合物又はその関連する立体異性体、特にエナンチオマーである。
一部の実施形態において、提供される化合物は、表CA-7から選択される化合物又はその塩のエナンチオマーである。一部の実施形態において、提供される化合物は、表CA-7から選択される化合物又はその塩のジアステレオマーである。
一部の実施形態において、有用なキラル試薬は、以下の化合物から選択される化合物又はその関連する立体異性体、特にエナンチオマーである。
一部の実施形態において、提供される化合物は、表CA-8から選択される化合物又はその塩のエナンチオマーである。一部の実施形態において、提供される化合物は、表CA-8から選択される化合物又はその塩のジアステレオマーである。
一部の実施形態において、有用なキラル試薬は、以下の化合物から選択される化合物又はその関連する立体異性体、特にエナンチオマーである。
一部の実施形態において、提供される化合物は、表CA-9から選択される化合物又はその塩のエナンチオマーである。一部の実施形態において、提供される化合物は、表CA-9から選択される化合物又はその塩のジアステレオマーである。
一部の実施形態において、有用なキラル試薬は、以下の化合物から選択される化合物又はその関連する立体異性体、特にエナンチオマーである。
一部の実施形態において、提供される化合物は、表CA-10から選択される化合物又はその塩のエナンチオマーである。一部の実施形態において、提供される化合物は、表CA-10から選択される化合物又はその塩のジアステレオマーである。
一部の実施形態において、有用なキラル試薬は、以下の化合物から選択される化合物又はその関連する立体異性体、特にエナンチオマーである。
一部の実施形態において、提供される化合物は、表CA-11から選択される化合物又はその塩のエナンチオマーである。一部の実施形態において、提供される化合物は、表CA-11から選択される化合物又はその塩のジアステレオマーである。
一部の実施形態において、有用なキラル試薬は、以下の化合物から選択される化合物又はその関連する立体異性体、特にエナンチオマーである。
一部の実施形態において、提供される化合物は、表CA-12から選択される化合物又はその塩のエナンチオマーである。一部の実施形態において、提供される化合物は、表CA-12から選択される化合物又はその塩のジアステレオマーである。
一部の実施形態において、有用なキラル試薬は、以下の化合物から選択される化合物又はその関連する立体異性体、特にエナンチオマーである。
一部の実施形態において、提供される化合物は、表CA-13から選択される化合物又はその塩のエナンチオマーである。一部の実施形態において、提供される化合物は、表CA-13から選択される化合物又はその塩のジアステレオマーである。
当業者が理解するとおり、キラル試薬は典型的には立体的に純粋であるか又は実質的に立体的に純粋であり、典型的には実質的に他の立体異性体のない単一の立体異性体として利用される。一部の実施形態において、本開示の化合物は立体的に純粋であるか又は実質的に立体的に純粋である。
本明細書において実証されるとおり、キラルインターヌクレオチド結合の調製に使用されるとき、立体選択性を得るために、概して立体化学的に純粋なキラル試薬が利用される。とりわけ、本開示は、記載される構造を有するものを含め、立体化学的に純粋なキラル試薬を提供する。
キラル試薬、例えば、式Q又はその立体異性体である式Rによって表される異性体の選択により、結合リンにおけるキラリティーの具体的な制御が可能となる。従って、各合成サイクルにおいてRp配置又はSp配置のいずれかを選択することにより、キラル制御されたオリゴヌクレオチドの全体的な三次元構造の制御を可能にすることができる。一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、全てがRpの立体中心を有する。本開示の一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、全てがSpの立体中心を有する。本開示の一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド中の各結合リンは、独立に、Rp又はSpである。本開示の一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド中の各結合リンは、独立に、Rp又はSpであり、少なくとも1つがRpであり、少なくとも1つがSpである。一部の実施形態において、Rp及びSp中心の選択は、キラル制御されたオリゴヌクレオチドに特定の三次元超構造を付与するように行われる。かかる選択の例は本明細書に更に詳細に記載される。
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、例えばインターヌクレオチド結合にキラル補助基部分を含む。一部の実施形態において、キラル補助基は結合リンに連結される。一部の実施形態において、キラル補助基はWによって結合リンに連結される。一部の実施形態において、キラル補助基はWによって結合リンに連結され、式中、WはOである。任意選択で、Wは、例えばWが-NG-であるとき、オリゴヌクレオチド合成中にキャッピングされる。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド中のキラル補助基におけるWは、オリゴヌクレオチド合成中に例えばキャッピング試薬によってキャッピングされる。一部の実施形態において、Wは、オリゴヌクレオチド特性を調節するため目的を持ってキャッピングされ得る。一部の実施形態において、Wは-Rでキャッピングされる。一部の実施形態において、Rは-C(O)R’である。一部の実施形態において、R’は、任意選択で置換されているC1~6脂肪族である。一部の実施形態において、R’はメチルである。
一部の実施形態において、本開示に係る使用のためのキラル試薬は、上述のサイクル中の特定のステップで除去されるその能力に関して選択される。例えば、一部の実施形態では、結合リンを修飾するステップの間にキラル試薬を除去することが望ましい。一部の実施形態では、結合リンを修飾するステップの前にキラル試薬を除去することが望ましい。一部の実施形態では、結合リンを修飾するステップの後にキラル試薬を除去することが望ましい。一部の実施形態では、1回目のカップリングステップが行われた後であるが、2回目のカップリングステップが行われる前にキラル試薬を除去して、そのため第2のカップリングの間に(及び同様に更なる後続のカップリングステップについても)成長中のオリゴヌクレオチド上にキラル試薬が存在しないようにすることが望ましい。一部の実施形態において、キラル試薬は、結合リンの修飾後であるが、後続のサイクルが始まる前に行われる「脱ブロック化」反応の間に除去される。除去の例示的方法及び試薬は本明細書に記載される。
一部の実施形態において、キラル補助基の除去は、スキームIに示されるとおり、修飾及び/又は脱ブロック化ステップの実施時に実現される。キラル補助基の除去を修飾及び脱ブロック化などの他の転換と共に組み合わせることが有益であり得る。当業者であれば、ステップ/転換の省力化が、特により長いオリゴヌクレオチドについて、例えば収率及び生成物純度の点で全体的な合成効率を改良し得ることを理解するであろう。修飾及び/又は脱ブロック化の間にキラル補助基が除去される1つの例がスキームIに示される。
一部の実施形態において、本開示の方法に係る使用のためのキラル試薬は、それが一定の条件下で除去可能であることを特徴とする。例えば、一部の実施形態において、キラル試薬は、酸性条件下で除去されるその能力に関して選択される。特定の実施形態において、キラル試薬は、弱酸性条件下で除去されるその能力に関して選択される。特定の実施形態において、キラル試薬は、E1脱離反応によって除去されるその能力に関して選択される(例えば、酸性条件下におけるキラル試薬上でのカチオン中間体の形成に起因して、オリゴヌクレオチドからのキラル試薬の切断が引き起こされることで除去が起こる)。一部の実施形態において、キラル試薬は、それがE1脱離反応を受け入れる又はそれを促進することが可能なものとして認識される構造を有することを特徴とする。関連性のある技術分野の当業者は、どの構造であれば、かかる脱離反応を受け易いものと想定され得るかについて理解するであろう。
一部の実施形態において、キラル試薬は、求核剤で除去されるその能力に関して選択される。一部の実施形態において、キラル試薬は、アミン求核剤で除去されるその能力に関して選択される。一部の実施形態において、キラル試薬は、アミン以外の求核剤で除去されるその能力に関して選択される。
一部の実施形態において、キラル試薬は、塩基で除去されるその能力に関して選択される。一部の実施形態において、キラル試薬は、アミンで除去されるその能力に関して選択される。一部の実施形態において、キラル試薬は、アミン以外の塩基で除去されるその能力に関して選択される。
一部の実施形態において、キラル補助基を含むキラル的に純粋なホスホロアミダイトは、使用前に分離され得る。一部の実施形態において、キラル補助基を含むキラル的に純粋なホスホロアミダイトは、分離なしに使用され得る-一部の実施形態において、これは形成後に直接使用され得る。
活性化
当業者が理解するとおり、オリゴヌクレオチド調製は、例えば、ホスホロアミダイト調製の間、サイクル中の1つ以上のステップの間、サイクル後切断/脱保護の間等に、様々な条件、試薬等を用いて反応成分を活性化し得る。本開示において利用することができる様々な活性化技術としては、限定はされないが、米国特許第9695211号、米国特許第9605019号、米国特許第9598458号、米国特許出願公開第2013/0178612号、米国特許出願公開第20150211006号、米国特許出願公開第20170037399号、国際公開第2017/015555号、国際公開第2017/062862号、国際公開第2017/160741号、国際公開第2017/192664号、国際公開第2017/192679号、国際公開第2017/210647号、国際公開第2018/223056号、国際公開第2018/237194号及び/又は国際公開第2019/055951号(これらの各々の活性化技術は参照によって援用される)に記載されるものが挙げられる。特定の活性化技術、例えば、試薬、条件、方法等は、実施例に示す。
カップリング
一部の実施形態において、本開示のサイクルは、キラル制御されたインターヌクレオチド結合を形成するための立体選択的縮合/カップリングステップを含む。縮合には、多くの場合、4,5-ジシアノイミダゾール(DCI)、4,5-ジクロロイミダゾール、1-フェニルイミダゾリウムトリフレート(PhIMT)、ベンズイミダゾリウムトリフレート(BIT)、ベンズトリアゾール、3-ニトロ-1,2,4-トリアゾール(NT)、テトラゾール、5-エチルチオテトラゾール(ETT)、5-ベンジルチオテトラゾール(BTT)、5-(4-ニトロフェニル)テトラゾール、N-シアノメチルピロリジニウムトリフレート(CMPT)、N-シアノメチルピペリジニウムトリフレート、N-シアノメチルジメチルアンモニウムトリフレートなどの活性化試薬が使用される。好適な条件及び試薬としては、キラルホスホロアミダイトを含め、米国特許第9695211号、米国特許第9605019号、米国特許第9598458号、米国特許出願公開第2013/0178612号、米国特許出願公開第20150211006号、米国特許出願公開第20170037399号、国際公開第2017/015555号、国際公開第2017/062862号、国際公開第2017/160741号、国際公開第2017/192664号、国際公開第2017/192679号、国際公開第2017/210647号、国際公開第2018/223056号、国際公開第2018/237194号及び/又は国際公開第2019/055951号(これらの各々の縮合試薬、条件及び方法は、参照によって援用される)に記載されるものが挙げられる。特定のカップリング技術、例えば、試薬、条件、方法等は、実施例に示される。
一部の実施形態において、カップリング用のホスホロアミダイトは、

の構造を有し、式中、各可変要素は、独立に、本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態において、各Rは、独立に、任意選択で置換されているC1~6脂肪族である。当業者は、任意の構造又は式中の2つのR基が同じであるか又は異なり得ることを理解するであろう。一部の実施形態において、各Rは、独立に、任意選択で置換されているC1~6アルキルである。一部の実施形態において、各Rは、独立に、任意選択で置換されているC1~6アルケニルである。一部の実施形態において、各Rは、独立に、任意選択で置換されているC1~6アルキニルである。一部の実施形態において、各Rは、独立に、イソプロピルである。一部の実施形態において、-X-L-Rは、任意選択で置換されているトリアゾール基を含む。一部の実施形態において、Xは共有結合である。一部の実施形態において、Lは共有結合である。一部の実施形態において、-X-L-RはRである。一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されている環を含む。一部の実施形態において、Rは、本明細書に記載されるとおりのRである。一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されている

である。一部の実施形態において、Rは、

である。一部の実施形態において、Rは、

である。一部の実施形態において、Rは、

である。一部の実施形態において、-L-はC1~6アルキレンを含む。一部の実施形態において、-L-はC1~6アルケニレンを含む。一部の実施形態において、-L-は、

を含む。一部の実施形態において、Rは、本明細書に記載されるとおりのRである。一部の実施形態において、-L-は、

であり、RはHである。一部の実施形態において、-L-Rは、

である。一部の実施形態において、-X-L-Rは、

である。一部の実施形態において、-X-L-Rは-OCHCHCNである。
一部の実施形態において、カップリング用のキラルホスホロアミダイトは、

の構造を有し、式中、各可変要素は、独立に、本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態において、カップリング用のキラルホスホロアミダイトは、

の構造を有する。一部の実施形態において、カップリング用のキラルホスホロアミダイトは、

の構造を有し、式中、各可変要素は、独立に、本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態において、G又はGは、本開示に記載されるとおりの電子求引基を含む。一部の実施形態において、カップリング用のキラルホスホロアミダイトは、

の構造を有し、式中、各可変要素は、独立に、本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態において、Rは、本開示に記載されるとおりのR’である。一部の実施形態において、Rは、本開示に記載されるとおりのRである。一部の実施形態において、Rは、本開示に記載されるとおりの任意選択で置換されているフェニルである。一部の実施形態において、Rはフェニルである。一部の実施形態において、Rは4-メチルフェニルである。一部の実施形態において、Rは4-メトキシフェニルである。一部の実施形態において、Rは、本開示に記載されるとおりの任意選択で置換されているC1~6脂肪族である。一部の実施形態において、Rは、本開示に記載されるとおりの任意選択で置換されているC1~6アルキルである。例えば、一部の実施形態において、Rはメチルである;一部の実施形態において、Rはイソプロピルである;一部の実施形態において、Rはt-ブチルである等である。
一部の実施形態において、R5s-L-はR’O-である。一部の実施形態において、R’O-はDMTrO-である。一部の実施形態において、R4sは-Hである。一部の実施形態において、R4s及びR2sは一緒になって、本開示に記載されるとおりの架橋-L-O-を形成する。一部の実施形態において、-O-は2’位の炭素に連結される。一部の実施形態において、Lは-CH-である。一部の実施形態において、Lは-CH(Me)-である。一部の実施形態において、Lは-(R)-CH(Me)-である。一部の実施形態において、Lは-(S)-CH(Me)-である。一部の実施形態において、R2sは-Hである。一部の実施形態において、R2sは-Fである。一部の実施形態において、R2sは-OR’である。一部の実施形態において、R2sは-OMeである。一部の実施形態において、R2sは-MOEである。当業者が理解するとおり、合成中、BAは好適には保護され得る。
一部の実施形態において、カップリングステップにおいて形成されるインターヌクレオチド結合は、式I又はその塩形態の構造を有する。一部の実施形態において、PはPである。一部の実施形態において、-X-L-Rは、

であり、式中、各可変要素は、独立に、本開示に係るものである。一部の実施形態において、-X-L-Rは-CHCHCNである。
一部の実施形態において、カップリングは、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%又はそれを超える立体選択性でインターヌクレオチド結合を形成する。一部の実施形態において、立体選択性は85%以上である。一部の実施形態において、立体選択性は85%以上である。一部の実施形態において、立体選択性は90%以上である。一部の実施形態において、立体選択性は91%以上である。一部の実施形態において、立体選択性は92%以上である。一部の実施形態において、立体選択性は93%以上である。一部の実施形態において、立体選択性は94%以上である。一部の実施形態において、立体選択性は95%以上である。一部の実施形態において、立体選択性は96%以上である。一部の実施形態において、立体選択性は97%以上である。一部の実施形態において、立体選択性は98%以上である。一部の実施形態において、立体選択性は99%以上である。
キャッピング
最終的な核酸が二量体より大きい場合、未反応の-OH部分が概してブロック化基/キャッピング基でキャッピングされる。オリゴヌクレオチド中のキラル補助基もブロック化基でキャッピングして、キャッピングされた縮合中間体を形成し得る。好適なキャッピング技術(例えば、試薬、条件等)としては、米国特許第9695211号、米国特許第9605019号、米国特許第9598458号、米国特許出願公開第2013/0178612号、米国特許出願公開第20150211006号、米国特許出願公開第20170037399号、国際公開第2017/015555号、国際公開第2017/062862号、国際公開第2017/160741号、国際公開第2017/192664号、国際公開第2017/192679号、国際公開第2017/210647号、国際公開第2018/223056号、国際公開第2018/237194号及び/又は国際公開第2019/055951号(これらの各々のキャッピング技術は参照によって援用される)に記載されるものが挙げられる。一部の実施形態において、キャッピング試薬はカルボン酸又はその誘導体である。一部の実施形態において、キャッピング試薬はR’COOHである。一部の実施形態において、キャッピングステップにより、キラル補助基中の未反応5’OH基及び/又はアミノ基にR’COO-が導入される。一部の実施形態において、サイクルは2つ以上のキャッピングステップを含み得る。一部の実施形態において、サイクルは、カップリング生成物の修飾前に第1のキャッピング(例えば、P(III)からP(V)への変換)を含み、カップリング生成物の修飾後に別のキャッピングを含む。一部の実施形態において、第1のキャッピングはアミド化条件下で実施され、これは例えば、アシル化試薬(例えば、(RC(O))Oの構造を有する無水物(例えば、AcO))及び塩基(例えば、2,6-ルチジン)を含む。一部の実施形態において、第1のキャッピングにより、アミノ基、例えば、インターヌクレオチド結合中のキラル補助基のアミノ基がキャッピングされる。一部の実施形態において、カップリングステップで形成されるインターヌクレオチド結合は、式I又はその塩形態の構造を有する。一部の実施形態において、PはPである。一部の実施形態において、-X-L-Rは、

であり、式中、各可変要素は、独立に、本開示に係るものである。一部の実施形態において、RはR-C(O)-である。一部の実施形態において、RはCH-である。一部の実施形態において、各キラル制御されたカップリング(例えば、キラル補助基を使用する)の後に第1のキャッピングが続く。典型的には、従来のホスホロアミダイトを用いて天然リン酸結合を構築するキラル制御されていないカップリングについてのサイクルは、第1のキャッピングを含まない。一部の実施形態において、第2のキャッピングは、例えば、遊離5’-OHがキャッピングされるエステル化条件下(例えば、従来のホスホロアミダイトオリゴヌクレオチド合成のキャッピング条件下)で実施される。
特定のキャッピング技術、例えば、試薬、条件、方法等は実施例に示す。
修飾
一部の実施形態において、その結合リンがP(III)として存在するインターヌクレオチド結合は、別の修飾インターヌクレオチド結合(例えば、式I、式I-a、式I-b、式I-c、式I-n-1、式I-n-2、式I-n-3、式I-n-4、式II、式II-a-1、式II-a-2、式II-b-1、式II-b-2、式II-c-1、式II-c-2、式II-d-1、式II-d-2、式IIIのもの又はその塩形態)又は天然リン酸結合を形成するように修飾される。多くの実施形態において、P(III)は、求電子剤との反応によって修飾される。本開示では、P(III)に好適な各種の反応を利用し得る。好適な修飾技術(例えば、試薬(例えば、硫化試薬、酸化試薬等)、条件等)としては、米国特許第9695211号、米国特許第9605019号、米国特許第9598458号、米国特許出願公開第2013/0178612号、米国特許出願公開第20150211006号、米国特許出願公開第20170037399号、国際公開第2017/015555号、国際公開第2017/062862号、国際公開第2017/160741号、国際公開第2017/192664号、国際公開第2017/192679号、国際公開第2017/210647号、国際公開第2018/223056号、国際公開第2018/237194号及び/又は国際公開第2019/055951号(これらの各々の修飾技術は参照によって援用される)に記載されるものが挙げられる。
一部の実施形態において、実施例に示されるとおり、本開示は、中性インターヌクレオチド結合を含めた非負電荷インターヌクレオチド結合を導入するための修飾試薬を提供する。
一部の実施形態において、修飾はサイクル内である。一部の実施形態において、修飾はサイクル外であり得る。例えば、一部の実施形態では、1つ以上の修飾ステップが、1つ以上のインターヌクレオチド結合及び/又は他の位置に同時に修飾を導入するためのオリゴヌクレオチド鎖に到達した後に実施され得る。
一部の実施形態において、修飾はクリックケミストリーの使用を含み、例えば、ここで、オリゴヌクレオチド、例えばインターヌクレオチド結合のアルキン基がアジドと反応する。本開示では、クリックケミストリーの様々な試薬及び条件を利用することができる。一部の実施形態において、アジドはR-Nの構造を有し、式中、Rは本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されているC1~6アルキルである。一部の実施形態において、Rはイソプロピルである。
一部の実施形態において、実施例で実証されるとおり、P(III)結合をアジド又はアジドイミダゾリニウム塩(例えば、

を含む化合物;一部の実施形態では、アジド反応と称される)と好適な条件下で反応させることにより、P(III)結合を非負電荷インターヌクレオチド結合に変換することができる。一部の実施形態において、アジドイミダゾリニウム塩はPF の塩である。一部の実施形態において、アジドイミダゾリニウム塩は、

の塩である。一部の実施形態において、有用な試薬、例えばアジドイミダゾリニウム塩は、

の塩である。一部の実施形態において、有用な試薬は、

の塩である。一部の実施形態において、有用な試薬は、

の塩である。一部の実施形態において、有用な試薬は、

の塩である。窒素カチオンを含むかかる試薬は、対アニオン(例えば、本開示に記載されるとおりのQ)も含有し、これは、当技術分野において広く公知であり、様々な化学的試薬中に含まれる。一部の実施形態において、有用な試薬はQであり、式中、Qは、

であり、及びQは対アニオンである。一部の実施形態において、Qは、

である。一部の実施形態において、Qは、

である。一部の実施形態において、Qは、

である。一部の実施形態において、Qは、

である。一部の実施形態において、Qは、

である。当業者が理解するとおり、Qの構造を有する化合物において、典型的には、Q中の正電荷の数がQ中の負電荷の数に等しい。一部の実施形態において、Qは一価カチオンであり、Qは一価アニオンである。一部の実施形態において、Qは、F、Cl、Br、BF 、PF 、TfO、Tf、AsF 、ClO 又はSbF である。一部の実施形態において、QはPF である。当業者は、他にも多くのタイプの対アニオンが利用可能であり、本開示に利用し得ることを容易に理解する。一部の実施形態において、アジドイミダゾリニウム塩は2-アジド-1,3-ジメチルイミダゾリニウムヘキサフルオロホスフェートである。一部の実施形態において、アジドは、

である。一部の実施形態において、アジドイミダゾリニウム塩は、

である。一部の実施形態において、アジドイミダゾリニウム塩は、

である。一部の実施形態において、アジドは、

である。一部の実施形態において、アジドは、

である。一部の実施形態において、アジドは、

である。一部の実施形態において、アジドイミダゾリニウム塩は、

である。一部の実施形態において、アジドイミダゾリニウム塩は、

である。一部の実施形態において、アジドイミダゾリニウム塩は、

である。一部の実施形態において、アジドイミダゾリニウム塩は、

である。
一部の実施形態において、P(III)結合は、R-G(式中、Rは本開示に記載されるとおりであり、及びGは脱離基、例えば、-Cl、-Br、-I、-OTf、-Oms、-Oトシル等である)の構造を有する求電子剤と反応する。一部の実施形態において、Rは-CHである。一部の実施形態において、Rは-CHCHである。一部の実施形態において、Rは-CHCHCHである。一部の実施形態において、Rは-CHOCHである。一部の実施形態において、RはCHCHOCH-である。一部の実施形態において、RはPhCHOCH-である。一部の実施形態において、RはHC≡C-CH-である。一部の実施形態において、RはHC-C≡CH-である。一部の実施形態において、RはCH=CHCH-である。一部の実施形態において、RはCHSCH-である。一部の実施形態において、Rは-CHCOOCHである。一部の実施形態において、Rは-CHCOOCHCHである。一部の実施形態において、Rは-CHCONHCHである。
一部の実施形態において、修飾ステップの後、P(III)結合リンがP(V)インターヌクレオチド結合に変換される。一部の実施形態において、P(III)結合リンはP(V)インターヌクレオチド結合に変換され、その結合リンに結合した全ての基は変化しないままである。一部の実施形態において、結合リンはPからP(=O)に変換される。一部の実施形態において、結合リンはPからP(=S)に変換される。一部の実施形態において、結合リンはPからP(=N-L-R)に変換される。一部の実施形態において、結合リンはPから

(式中、各可変要素は、独立に、本開示に記載されるとおりである)
に変換される。一部の実施形態において、Pは、

に変換される。一部の実施形態において、Pは、

に変換される。一部の実施形態において、Pは、

に変換される。一部の実施形態において、Pは、

に変換される。一部の実施形態において、Pは、

に変換される。当業者が理解するとおり、各カチオンに典型的には対アニオンが存在し、従ってシステム内(例えば、化合物、組成物等)の正電荷の総数は負電荷の総数に等しくなる。一部の実施形態において、対アニオンは、本開示に記載されるとおりのQ(例えば、F、Cl、Br、BF 、PF 、TfO、Tf、AsF 、ClO 、SbF 等)である。一部の実施形態において、式I、式I-a、式I-b、式I-c、式I-n-1、式I-n-2、式I-n-3、式I-n-4、式II、式II-a-1、式II-a-2、式II-b-1、式II-b-2、式II-c-1、式II-c-2、式II-d-1、式II-d-2又はその塩形態の構造(式中、PはPである)を有するインターヌクレオチド結合が、式I、式I-a、式I-b、式I-c、式I-n-1、式I-n-2、式I-n-3、式I-n-4、式II、式II-a-1、式II-a-2、式II-b-1、式II-b-2、式II-c-1、式II-c-2、式II-d-1、式II-d-2、式III又はその塩形態の構造(式中、PはP(=W)又はP→B(R’)又はPである)を有するインターヌクレオチド結合に変換される。一部の実施形態において、式I、式I-a、式I-b、式I-c、式I-n-1、式I-n-2、式I-n-3、式I-n-4、式II、式II-a-1、式II-a-2、式II-b-1、式II-b-2、式II-c-1、式II-c-2、式II-d-1、式II-d-2又はその塩形態の構造(式中、PはPである)を有するインターヌクレオチド結合が、式I、式I-a、式I-b、式I-c、式I-n-1、式I-n-2、式I-n-3、式I-n-4、式II、式II-a-1、式II-a-2、式II-b-1、式II-b-2、式II-c-1、式II-c-2、式II-d-1、式II-d-2又はその塩形態の構造(式中、PはP(=W)又はP→B(R’)である)を有するインターヌクレオチド結合に変換される。一部の実施形態において、式I、式I-a、式I-b、式I-c、式I-n-1、式I-n-2、式I-n-3、式I-n-4、式II、式II-a-1、式II-a-2、式II-b-1、式II-b-2、式II-c-1、式II-c-2、式II-d-1、式II-d-2又はその塩形態の構造を有するインターヌクレオチド結合においてPである結合リンPが、P(=W)又はP→B(R’)であるPに変換される。一部の実施形態において、式I又はその塩形態の構造を有するインターヌクレオチド結合においてPである結合リンPが、P(=W)又はP→B(R’)であるPに変換される。一部の実施形態において、WはOである(例えば、酸化反応のため)。一部の実施形態において、WはSである(例えば、硫化反応のため)。一部の実施形態において、Wは=N-L-Rである(例えば、アジド反応のため)。一部の実施形態において、式I又はその塩形態の構造(例えば、式中、PはPである)を有するインターヌクレオチド結合が、式III又はその塩形態の構造を有するインターヌクレオチド結合に変換される。

式中、
はP(=N-L-R)、

であり、
はアニオンであり、及び
他の各可変要素は、独立に、本開示に記載されるとおりである。
一部の実施形態において、PはP(=N-L-R)である。一部の実施形態において、Pは、

である。一部の実施形態において、Pは、

である。一部の実施形態において、Pは、

である。一部の実施形態において、Pは、

である。一部の実施形態において、Pは、

である。一部の実施形態において、本開示のインターヌクレオチド結合は、塩形態で存在し得る。一部の実施形態において、式IIIのインターヌクレオチド結合は、塩形態で存在し得る。一部の実施形態において、式IIIのインターヌクレオチド結合の塩形態では、Pは、

である。一部の実施形態において、PはP=Wであり、式中、Wは本明細書に記載されるとおりである。
一部の実施形態において、Y、Z及び-X-L-Rは変換中、同じままである。一部の実施形態において、X、Y及びZの各々は、独立に、-O-である。一部の実施形態において、本明細書に記載されるとおり、-X-L-Rは、H-X-L-Rが本明細書に記載されるキラル試薬又は本明細書に記載されるキャッピングされたキラル試薬であって、そのアミノ基(典型的には-W-H又は-W-Hのもの、これはアミノ基-NHG-を含む)が例えば-C(O)R’(-Hを置き換えるもの、例えば、-N[-C(O)R’]G-)でキャッピングされているキラル試薬であるような構造のものである。一部の実施形態において、-X-L-Rは、

であり、式中、各可変要素は、独立に、本開示に係るものである。一部の実施形態において、式中、Rは-C(O)Rである。一部の実施形態において、RはCHC(O)-である。一部の実施形態において、本明細書に記載されるとおり、Gは電子求引基を含む。一部の実施形態において、Gは-CHSOPhである。
一部の実施形態において、インターヌクレオチド結合(例えば、修飾インターヌクレオチド結合、キラルインターヌクレオチド結合、キラル制御されたインターヌクレオチド結合、非負電荷インターヌクレオチド結合、中性インターヌクレオチド結合等)は、式I、式I-a、式I-b、式I-c、式I-n-1、式I-n-2、式I-n-3、式I-n-4、式II、式II-a-1、式II-a-2、式II-b-1、式II-b-2、式II-c-1、式II-c-2、式II-d-1、式II-d-2又はその塩形態(式中、PはP(=N-L-R)である)又は式III又はその塩形態の構造を有する。一部の実施形態において、かかるインターヌクレオチド結合は、キラル制御されている。一部の実施形態において、全てのかかるインターヌクレオチド結合がキラル制御されている。一部の実施形態において、かかるインターヌクレオチド結合の少なくとも1つの結合リンはRpである。一部の実施形態において、かかるインターヌクレオチド結合の少なくとも1つの結合リンはSpである。一部の実施形態において、かかるインターヌクレオチド結合の少なくとも1つの結合リンはRpであり、及びかかるインターヌクレオチド結合の少なくとも1つの結合リンはSpである。一部の実施形態において、本開示のオリゴヌクレオチドは、1つ以上の(例えば、1~5、1~10、1~15、1~20、1~25、1~30、1~40、1~50、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25個等の)かかるインターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、かかるオリゴヌクレオチドは、1つ以上の他のタイプのインターヌクレオチド結合、例えば、1つ以上の天然リン酸結合及び/又は1つ以上のホスホロチオエートインターヌクレオチド結合(例えば、一部の実施形態では、独立にキラル制御されているものの1つ以上;一部の実施形態では、その各々が独立にキラル制御されている;一部の実施形態では、少なくとも1つがRpである;一部の実施形態では、少なくとも1つがSpである;一部の実施形態では、少なくとも1つがRpであり、且つ少なくとも1つがSpである等)を更に含む。一部の実施形態において、かかるオリゴヌクレオチドは立体的に純粋である(実質的に他の立体異性体がない)。一部の実施形態において、本開示は、かかるオリゴヌクレオチドのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。一部の実施形態において、本開示は、かかるオリゴヌクレオチドのキラル的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物を提供する。
一部の実施形態において、修飾は、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%又はそれを超える立体選択性で進む。一部の実施形態において、立体選択性は85%以上である。一部の実施形態において、立体選択性は85%以上である。一部の実施形態において、立体選択性は90%以上である。一部の実施形態において、立体選択性は91%以上である。一部の実施形態において、立体選択性は92%以上である。一部の実施形態において、立体選択性は93%以上である。一部の実施形態において、立体選択性は94%以上である。一部の実施形態において、立体選択性は95%以上である。一部の実施形態において、立体選択性は96%以上である。一部の実施形態において、立体選択性は97%以上である。一部の実施形態において、立体選択性は98%以上である。一部の実施形態において、立体選択性は99%以上である。一部の実施形態において、修飾は立体特異的である。
脱ブロック化
一部の実施形態において、サイクルはサイクルステップを含む。一部の実施形態において、成長するオリゴヌクレオチドの5’ヒドロキシル基はブロック化され(即ち保護され)、続いてヌクレオシドカップリングパートナーと反応させるため脱ブロック化されなければならない。
一部の実施形態では、酸性化を用いてブロック化基が除去される。好適な脱ブロック化技術(例えば、試薬、条件等)としては、米国特許第9695211号、米国特許第9605019号、米国特許第9598458号、米国特許出願公開第2013/0178612号、米国特許出願公開第20150211006号、米国特許出願公開第20170037399号、国際公開第2017/015555号、国際公開第2017/062862号、国際公開第2017/160741号、国際公開第2017/192664号、国際公開第2017/192679号、国際公開第2017/210647号、国際公開第2018/223056号、国際公開第2018/237194号及び/又は国際公開第2019/055951号(これらの各々の脱ブロック化技術は参照によって援用される)に記載されるものが挙げられる。特定の脱ブロック化技術、例えば、試薬、条件、方法等は実施例に示す。
切断及び脱保護
特定の段階では、例えば、望ましいオリゴヌクレオチド長さが実現した後、切断及び/又は脱保護が実施されることにより、ブロック化した核酸塩基等が脱保護され、及び支持体からオリゴヌクレオチド生成物が切断される。一部の実施形態において、切断及び脱保護は別々に実施される。一部の実施形態において、切断及び脱保護は、1つのステップにおいて又は2つ以上のステップにおいて、但しその間に生成物の分離を挟まずに実施される。一部の実施形態において、切断及び/又は脱保護には塩基条件及び高温が利用される。一部の実施形態において、特定のキラル補助基には、フッ化物条件が必要である(例えば、TBAF、HF-ETN等、任意選択で追加の塩基と共に)。好適な切断及び脱保護技術(例えば、試薬、条件等)としては、米国特許第9695211号、米国特許第9605019号、米国特許第9598458号、米国特許出願公開第2013/0178612号、米国特許出願公開第20150211006号、米国特許出願公開第20170037399号、国際公開第2017/015555号、国際公開第2017/062862号、国際公開第2017/160741号、国際公開第2017/192664号、国際公開第2017/192679号、国際公開第2017/210647号、国際公開第2018/223056号、国際公開第2018/237194号及び/又は国際公開第2019/055951号(これらの各々の切断及び脱保護技術は、参照によって援用される)に記載されるものが挙げられる。特定の切断及び脱保護技術、例えば、試薬、条件、方法等は実施例に示す。
一部の実施形態において、特定のキラル補助基は塩基性条件下で除去される。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドを塩基、例えばN(R)の構造を有するアミンと接触させることにより、特定のキラル補助基(例えば、本開示に記載されるとおりのG中の電子求引基を含むもの)が除去される。一部の実施形態において、塩基はNHRである。一部の実施形態において、各Rは、独立に、任意選択で置換されているC1~6脂肪族である。一部の実施形態において、各Rは、独立に、任意選択で置換されているC1~6アルキルである。一部の実施形態において、アミンはDEAである。一部の実施形態において、アミンはTEAである。一部の実施形態において、アミンは、溶液、例えばアセトニトリル溶液として提供される。一部の実施形態において、かかる接触は無水条件下で実施される。一部の実施形態において、かかる接触は、望ましいオリゴヌクレオチド長さが実現した直後に実施される(例えば、合成サイクル後最初のステップ)。一部の実施形態において、かかる接触は、キラル補助基及び/又は保護基の除去及び/又は固体支持体からのオリゴヌクレオチドの切断の前に実施される。一部の実施形態において、塩基との接触により、標準的なオリゴヌクレオチド合成において利用されるシアノエチル基が除去され、塩形態で存在し得る天然リン酸結合がもたらされる(ここで、カチオンは、例えばアンモニウム塩である)。一部の実施形態において、塩基との接触により、式I-n-1、式I-n-2、式I-n-3、式I-n-4、式II、式II-a-1、式II-a-2、式II-b-1、式II-b-2、式II-c-1、式II-c-2、式II-d-1又は式II-d-2又はその塩形態のインターヌクレオチド結合が提供される。一部の実施形態において、塩基との接触により、式I、式I-a、式I-b、式I-c、式I-n-1、式I-n-2、式I-n-3、式I-n-4、式II、式II-a-1、式II-a-2、式II-b-1、式II-b-2、式II-c-1、式II-c-2、式II-d-1又は式II-d-2又はその塩形態のインターヌクレオチド結合からキラル補助基が除去される。一部の実施形態において、塩基との接触により、式I又はその塩形態(例えば、式中、PはP(=N-L-R)である)のインターヌクレオチド結合からキラル補助基(例えば、-X-L-R)が除去される。一部の実施形態において、塩基との接触により、式III又はその塩形態のインターヌクレオチド結合からキラル補助基(例えば、-X-L-R)が除去される。一部の実施形態において、一部の実施形態において、塩基との接触により、式I又はその塩形態(例えば、式中、PはP(=N-L-R)である)又は式III又はその塩形態のインターヌクレオチド結合が、式II-n-1、I-n-2、I-n-3、I-n-4、II、II-a-1、II-a-2、II-b-1、II-b-2、II-c-1、II-c-2、II-d-1又はII-d-2又はその塩形態のインターヌクレオチド結合に変換される。
サイクル
本開示のオリゴヌクレオチドの調製に好適なサイクルとしては、米国特許第9695211号、米国特許第9605019号、米国特許第9598458号、米国特許出願公開第2013/0178612号、米国特許出願公開第20150211006号、米国特許出願公開第20170037399号、国際公開第2017/015555号、国際公開第2017/062862号、国際公開第2017/160741号、国際公開第2017/192664号、国際公開第2017/192679号、国際公開第2017/210647号(例えば、スキームI、I-b、I-c、I-d、I-e、I-f等)、国際公開第2018/223056号、国際公開第2018/237194号及び/又は国際公開第2019/055951号(これらの各々のサイクルは、参照によって援用される)に記載されるものが挙げられる。例えば、一部の実施形態において、例示的サイクルはスキームI-fである。特定のサイクルは実施例に示す(例えば、天然リン酸結合の調製については、他のキラル補助基を利用する等)。
スキームI-e.DPSEキラル補助基を用いた例示的サイクル

一部の実施形態において、R2sはH又は-ORであり、式中、Rは水素でない。一部の実施形態において、R2sはH又は-ORであり、式中、Rは、任意選択で置換されているC1~6アルキルである。一部の実施形態において、R2sはHである。一部の実施形態において、R2sは-OMeである。一部の実施形態において、R2sは-OCHCHOCHである。一部の実施形態において、R2sは-Fである。一部の実施形態において、R4sは-Hである。一部の実施形態において、R4s及びR2sは一緒になって、本開示に記載されるとおりの架橋-L-O-を形成する。一部の実施形態において、-O-は2’位の炭素に連結される。一部の実施形態において、Lは-CH-である。一部の実施形態において、Lは-CH(Me)-である。一部の実施形態において、Lは-(R)-CH(Me)-である。一部の実施形態において、Lは-(S)-CH(Me)-である。
精製及び特徴付け
本開示におけるオリゴヌクレオチド及びオリゴヌクレオチド組成物の精製及び/又は特徴付けには、様々な精製及び/又は特徴付け技術(方法、計器、プロトコル等)を利用することができる。一部の実施形態において、精製は、各種のHPLC/UPLC技術を用いて実施される。一部の実施形態において、特徴付けは、MS、NMR、UV等を含む。一部の実施形態において、精製及び特徴付けは、例えばHPLC-MS、UPLC-MS等、共に実施され得る。例示的な精製及び特徴付け技術としては、米国特許第9695211号、米国特許第9605019号、米国特許第9598458号、米国特許出願公開第2013/0178612号、米国特許出願公開第20150211006号、米国特許出願公開第20170037399号、国際公開第2017/015555号、国際公開第2017/062862号、国際公開第2017/160741号、国際公開第2017/192664号、国際公開第2017/192679号、国際公開第2017/210647号、国際公開第2018/223056号、国際公開第2018/237194号及び/又は国際公開第2019/055951号(これらの各々の精製及び特徴付け技術は参照によって援用される)に記載されるものが挙げられる。
一部の実施形態において、本開示は、提供されるオリゴヌクレオチド及びオリゴヌクレオチド組成物を調製する方法を提供する。一部の実施形態において、提供される方法は、式3-I又は式3-AAの構造を有する提供されるキラル試薬を提供することを含む。一部の実施形態において、提供される方法は、

(式中、Wは-NGであり、WはOであり、G及びGの各々は、独立に、水素であるか、又はC1~10脂肪族、ヘテロシクリル、ヘテロアリール及びアリールから選択される、任意選択で置換されている基であり、Gは-C(R)Si(R)であり、及びGとGとは一緒になって、単環式又は多環式の、縮合している又は縮合していない最大約20個の環原子の任意選択で置換されている飽和、部分不飽和又は不飽和ヘテロ原子含有環を形成し、式中、各Rは、独立に、水素であるか、又はC~C脂肪族、カルボシクリル、アリール、ヘテロアリール及びヘテロシクリルから選択される、任意選択で置換されている基である)
の構造を有する提供されるキラル試薬を提供することを含む。一部の実施形態において、提供されるキラル試薬は、

の構造を有し、式中、各可変要素は、独立に、本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態において、提供される方法は、

(式中、-WH及び-WH又はヒドロキシル基及びアミノ基は、ホスホロアミダイトのリン原子と結合を形成する)
の構造を有するキラル試薬からの部分を含むホスホロアミダイトを提供することを含む。一部の実施形態において、-WH及び-WH又はヒドロキシル基及びアミノ基は、例えば、

にあるホスホロアミダイトのリン原子と結合を形成する。一部の実施形態において、ホスホロアミダイトは、


の構造を有するか、又は式中、BPROは本開示に記載されるとおりのBAであり、他の各可変要素は本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態において、BPROは保護されている核酸塩基である。一部の実施形態において、BPROは保護されているA、T、G、C、U又はその互変異性体である。一部の実施形態において、Rは保護基である。一部の実施形態において、RはDMTrである。
一部の実施形態において、Gは-C(R)Si(R)であり、式中、-C(R)-は、任意選択で置換されている-CH-であり、及び-Si(R)の各Rは、独立に、C1~10脂肪族、ヘテロシクリル、ヘテロアリール及びアリールから選択される、任意選択で置換されている基である。一部の実施形態において、-Si(R)の少なくとも1つのRは、独立に、任意選択で置換されているC1~10アルキルである。一部の実施形態において、-Si(R)の少なくとも1つのRは、独立に、任意選択で置換されているフェニルである。一部の実施形態において、-Si(R)の1つのRは、独立に、任意選択で置換されているフェニルであり、他の2つのRの各々は、独立に、任意選択で置換されているC1~10アルキルである。一部の実施形態において、-Si(R)の1つのRは、独立に、任意選択で置換されているC1~10アルキルであり、他の2つのRの各々は、独立に、任意選択で置換されているフェニルである。一部の実施形態において、Gは、任意選択で置換されている-CHSi(Ph)(Me)である。一部の実施形態において、Gは、任意選択で置換されている-CHSi(Me)(Ph)である。一部の実施形態において、Gは-CHSi(Me)(Ph)である。一部の実施形態において、Gは-CHSiMeである。一部の実施形態において、Gは-CHSi(iPr)である。一部の実施形態において、GとGとは一緒になって、1個の窒素原子(それにGが結合する)を含有する、任意選択で置換されている飽和5~6員環を形成する。一部の実施形態において、GとGとは一緒になって、1個の窒素原子を含有する、任意選択で置換されている飽和5員環を形成する。一部の実施形態において、Gは水素である。一部の実施形態において、Gは水素である。一部の実施形態において、G及びGは両方とも水素である。一部の実施形態において、G及びGは両方とも水素であり、Gは-C(R)Si(R)であり、式中、-C(R)-は、任意選択で置換されている-CH-であり、及び-Si(R)の各Rは、独立に、C1~10脂肪族、ヘテロシクリル、ヘテロアリール及びアリールから選択される、任意選択で置換されている基であり、及びGとGとは一緒になって、1個の窒素原子を含有する、任意選択で置換されている飽和5員環を形成する。一部の実施形態において、提供される方法は、フルオロ含有試薬を提供することを更に含む。一部の実施形態において、提供されるフルオロ含有試薬は、キラル試薬又はキラル試薬から形成される生成物を合成後にオリゴヌクレオチドから除去する。本開示では、-SiR基の除去用のF源を含め、様々な公知のフルオロ含有試薬、例えば、TBAF、HF-EtN等を利用することができる。一部の実施形態において、フルオロ含有試薬は、濃アンモニアなどの従来方法と比較して、より良好な結果、例えば、より短い処理時間、より低い温度、より少ない脱硫化等を提供する。一部の実施形態において、特定のフルオロ含有試薬については、本開示は、結果の改良のため、例えば、キラル試薬(又はオリゴヌクレオチド合成時にそれから形成される生成物)の除去時における支持体からのオリゴヌクレオチドの切断を減らすため、リンカーを提供する。一部の実施形態において、提供されるリンカーはSPリンカーである。一部の実施形態において、本開示は、HF-NRなどのHF-塩基錯体を利用すると、キラル試薬(又はオリゴヌクレオチド合成時にそれから形成される生成物)の除去時に切断を制御し得ることを実証した。一部の実施形態において、HF-NRはHF-NEtである。一部の実施形態において、HF-NRは、従来のリンカー、例えばスクシニルリンカーの使用を可能にする。
一部の実施形態において、本明細書に記載されるとおり、Gは、例えばそのα位に電子求引基を含む。一部の実施形態において、Gは、1つ以上の電子求引基で置換されたメチルである。一部の実施形態において、電子求引基は炭素原子を含み、及び/又は例えば、-S(O)-、-S(O)-、-P(O)(R)-、-P(S)R-又は-C(O)-を介して炭素原子に連結される。一部の実施形態において、電子求引基は、-CN、-NO、ハロゲン、-C(O)R、-C(O)OR’、-C(O)N(R’)、-S(O)R、-S(O)、-P(W)(R、-P(O)(R、-P(O)(OR’)又は-P(S)(Rである。一部の実施形態において、電子求引基は、-CN、-NO、ハロゲン、-C(O)R、-C(O)OR’、-C(O)N(R’)、-S(O)R、-S(O)、-P(W)(R、-P(O)(R、-P(O)(OR’)又は-P(S)(Rの1つ以上で置換されているアリール又はヘテロアリール、例えばフェニルである。一部の実施形態において、Gは-CHS(O)R’である。一部の実施形態において、Gは-CHS(O)R’である。一部の実施形態において、Gは-CHP(O)(R’)である。更なる例示的実施形態が、例えばキラル試薬/補助基に関して記載される。
立体制御されたオリゴヌクレオチド(例えば、本明細書又は当技術分野において記載される方法により調製されるもの)が意図した立体制御された(キラル制御された)インターヌクレオチド結合を含むことの確認は、種々の好適な技術を用いて実施することができる。立体制御された(キラル制御された)オリゴヌクレオチドは、少なくとも1つの立体制御されたインターヌクレオチド結合を含み、これは、例えば、リンを含む立体制御されたインターヌクレオチド結合、Rp配置の立体制御されたホスホロチオエートインターヌクレオチド結合(PS)、Sp配置のPS等であり得る。有用な技術としては、非限定的な例として:NMR(例えば、1D(一次元)及び/又は2D(二次元)H-31P HETCOR(異核相関分光法))、HPLC、RP-HPLC、質量分析法、LC-MS及び/又は立体特異的ヌクレアーゼが挙げられる。一部の実施形態において、立体特異的ヌクレアーゼとしては、Rp配置のインターヌクレオチド結合(例えば、Rp配置のPS)に特異的な、ベンゾナーゼ、ミクロコッカスヌクレアーゼ及びsvPDE(ヘビ毒ホスホジエステラーゼ);及びSp配置のインターヌクレオチド結合(例えば、Sp配置のPS)に特異的な、ヌクレアーゼP1、マングビーンヌクレアーゼ及びヌクレアーゼS1が挙げられる。
一部の実施形態において、本開示は、オリゴヌクレオチドの骨格の立体化学パターン及び/又は特定のインターヌクレオチド結合の立体化学を確認又は同定する方法に関する。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、リンを含む立体制御されたインターヌクレオチド結合、Rp配置の立体制御されたホスホロチオエート(PS)又はSp配置のPSを含む。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも1つの立体制御されたインターヌクレオチド結合と、立体制御されていない少なくとも1つのインターヌクレオチド結合とを含む。一部の実施形態において、方法は、立体特異的ヌクレアーゼによるオリゴヌクレオチドの消化を含む。一部の実施形態において、立体特異的ヌクレアーゼは、Rp配置のインターヌクレオチド結合(例えば、Rp配置のPS)に特異的な、ベンゾナーゼ、ミクロコッカスヌクレアーゼ及びsvPDE(ヘビ毒ホスホジエステラーゼ);及びSp配置のインターヌクレオチド結合(例えば、Sp配置のPS)に特異的な、ヌクレアーゼP1、マングビーンヌクレアーゼ及びヌクレアーゼS1から選択される。一部の実施形態において、立体特異的ヌクレアーゼによる消化によって生成されたオリゴヌクレオチド又はその断片が分析される。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド又はその断片(例えば、立体特異的ヌクレアーゼによる消化によって生成される)は、NMR、1D(一次元)及び/又は2D(二次元)H-31P HETCOR(異核相関分光法)、HPLC、RP-HPLC、質量分析法、LC-MS、UPLC等によって分析される。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド又はその断片は、既知の立体化学パターンを有するオリゴヌクレオチドの化学的に合成した断片と比較される。
いかなる特定の理論によっても拘束されることを望むものではないが、本開示は、少なくとも一部の例において、糖の修飾(例えば、2’-修飾)、塩基配列又は立体化学的コンテクストにより、特定のヌクレアーゼの立体特異性が変化し得ることを指摘しておく。例えば、一部の実施形態において、Rpインターヌクレオチド結合に特異的なベンゾナーゼ及びミクロコッカスヌクレアーゼの両方は、PS Spインターヌクレオチド結合が隣接する単離されたPS Rpインターヌクレオチド結合を切断することができなかった。
様々な技法及び材料を利用することができる。一部の実施形態において、本開示は、技術の有用な組み合わせを提供する。例えば、一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドの1つ以上の特定のインターヌクレオチド結合の立体化学は、立体特異的ヌクレアーゼによるオリゴヌクレオチドの消化及び種々の技法のいずれか(例えば、質量電荷比に基づく分離、NMR、HPLC、質量分析法等)による、得られた断片(例えば、ヌクレアーゼ消化生成物)の分析によって確認することができる。一部の実施形態において、立体特異的ヌクレアーゼによるオリゴヌクレオチドの消化の立体化学は、例えば立体化学を制御する技術によって生成された化学合成断片(例えば、二量体、三量体、四量体等)との比較(例えば、NMR、HPLC、質量分析法等)によって確認することができる。
一例において、オリゴヌクレオチドは、設計し及び意図した立体化学パターンを骨格に有することが確認された。試験したオリゴヌクレオチドは、Rp配置の1つのPSを除いては、全てのインターヌクレオチド結合がSp配置のPSであった、2’デオキシヌクレオシドを含むコアと;各ウィングにおけるSp配置の1つのPSを除いては、各ウィング中のインターヌクレオチド結合が全てリン酸ジエステル(PO)であった、その各々が2’-OMeヌクレオシドを含む2つのウィングとを含む。オリゴヌクレオチドを立体特異的ヌクレアーゼ(例えば、ヌクレアーゼP1)で消化した。様々な断片を分析した(例えば、LC-MSにより、及び既知の立体化学の化学合成断片との比較により)。オリゴヌクレオチドがその骨格に意図した立体化学パターンを有することが確認された。
別の例では、立体特異的ヌクレアーゼによる消化及び得られた断片の分析を用いて、異なる配列を有するオリゴヌクレオチドがその骨格に意図した立体化学パターンを有することを確認した。このオリゴヌクレオチドは、Rp配置の1つのPSを除いては、全てのインターヌクレオチド結合がSp配置のPSであった、2’-デオキシヌクレオチドを含むコアと;各ウィングにおけるSp配置の1つのPSを除いては、各ウィング中のインターヌクレオチド結合が全てリン酸ジエステル(PO)であった、その各々が2’-OMeヌクレオチドを含む2つのウィングとを含む。
更に別の例では、異なるオリゴヌクレオチドを試験して、インターヌクレオチド結合が意図した立体配置であることを確認した。オリゴヌクレオチドは、DMDのエクソン51のスキッピング能力を有する;オリゴヌクレオチド中の大多数のヌクレオチドが2’-Fであり、残りは2’-OMeであった;オリゴヌクレオチド中の大多数のインターヌクレオチド結合がSp配置のPSであり、残りはPOであった。このオリゴヌクレオチドを立体特異的ヌクレアーゼによる消化によって試験し、得られた消化断片を分析した(例えば、LC-MSにより、及び既知の立体化学の化学合成断片との比較により)。この結果から、このオリゴヌクレオチドが、立体制御されたインターヌクレオチド結合の意図したパターンを有することが確認された。
一部の実施形態において、立体化学の特徴付け及び/又は確認にはNMRが有用である。例示的な実験の組において、立体制御されたCpGモチーフを含むオリゴヌクレオチドの組を試験して、CpGモチーフの意図した立体化学を確認した。この組内のオリゴヌクレオチドは、pCpGpの構造を有するモチーフを含み、ここで、Cは、シトシンであり、Gはグアニンであり、及びpは、ステレオランダムな又は立体制御された(例えば、Rp又はSp配置の)ホスホロチオエートである。例えば、あるオリゴヌクレオチドはpCpGp構造を含み、ここで、ホスホロチオエートの立体化学パターン(例えば、ppp)はRRRであった;別のオリゴヌクレオチドでは、pppの立体化学パターンはRSSであった;別のオリゴヌクレオチドでは、pppの立体化学パターンはRSRであった等である。この組において、pppの可能な全ての立体化学パターンが表された。オリゴヌクレオチドのうち、pCpGp構造の外部にある一部分において、全てのインターヌクレオチド結合がPOであった;このオリゴヌクレオチド中の全てのヌクレオシドが2’-デオキシであった。これらの様々なオリゴヌクレオチドを立体特異的ヌクレアーゼによる消化なしにNMRで試験し、特徴的なピークパターンが観察されたことから、Rp又はSpである各PSがユニークなピークを生じたことが示され、及びオリゴヌクレオチドが意図した立体化学の立体制御されたPSインターヌクレオチド結合を含んだことが確認された。
様々な他の立体制御されたオリゴヌクレオチドのインターヌクレオチド結合の立体化学パターンを確認した。ここで、オリゴヌクレオチドは、種々の化学修飾及び立体化学パターンを含む。
当業者は理解し得るとおり、一部の実施形態において、ステップ、サイクル又は調製の生成物オリゴヌクレオチドは、本明細書に記載されるとおりのO5P、O*PD*PDS、*PDR、*N*NS及び/又は*NRを含むオリゴヌクレオチドであり、このオリゴヌクレオチドは、任意選択で支持体(例えば、CPG)に、任意選択でリンカー(例えば、CANリンカー)を介して結合する。例えば、一部の実施形態において、カップリング及び/又は修飾前キャッピング後及び修飾前、O5Pは、

又はその塩形態である。一部の実施形態において、修飾後、O5Pは、LPO、LPA、LPB又はその塩形態である。
代謝産物
一部の実施形態において、DMDオリゴヌクレオチドは、より長い別のDMDオリゴヌクレオチドの断片に対応する。一部の実施形態において、DMDオリゴヌクレオチドは、より長いDMDオリゴヌクレオチドの断片又は一部分を生じる、より長いDMDオリゴヌクレオチドの切断(例えば、ヌクレアーゼによる酵素的切断)によって生じる代謝産物に対応する。一部の実施形態において、本開示は、本明細書に記載されるDMDオリゴヌクレオチドの切断によって生じる代謝産物に対応するDMDオリゴヌクレオチドに関する。一部の実施形態において、本開示は、本明細書に開示されるDMDオリゴヌクレオチドの一部分又は断片に対応するDMDオリゴヌクレオチドに関する。
幾つかの実験を実施しており、ここで、ヌクレアーゼを含む様々な物質のいずれかの存在下にインビトロでDMDオリゴヌクレオチドをインキュベートした。様々な実験において、かかる物質には、スプラーグドーリーラット又はカニクイザルからの脳ホモジネート、脳脊髄液又は血漿が含まれる。血漿はヘパリン化した。オリゴヌクレオチドを様々な時点について(例えば、脳組織ホモジネートについては0、1、2、3、4又は5日、0、1又は2日のプレインキュベーション期間を伴う;脳脊髄液については0、1、2、4、8、16、24又は48時間;又は血漿については0、1、2、4、8、16又は24時間)インキュベートした。プレインキュベーションとは、ホモジネートを37℃で0、24又は48時間インキュベートすることにより、オリゴヌクレオチドを加える前に酵素を活性化することを意味する。オリゴヌクレオチドの最終濃度及び容積は200μl中20μMであった。オリゴヌクレオチドの切断によって生じた産物をLC/MSにより分析した。
ラット脳ホモジネートで試験した、20塩基長である1つのDMDオリゴヌクレオチドについて、主要代謝産物はオリゴヌクレオチドの3’末端を占め、これは4、10、11、12又は13塩基だけトランケートされていた。
1つの試験DMDオリゴヌクレオチドは長さが20塩基であり、ラット脳ホモジネートにおいて試験したところ、5’末端で4、10、11、12又は13塩基だけトランケートされている主要代謝産物が生じ、オリゴヌクレオチドの3’末端を占める、且つそれぞれ16、10、9、8又は7塩基長である代謝産物が後に残った。このオリゴヌクレオチドは、12塩基長である(3’末端で8塩基だけトランケートされている)5’断片である代謝産物も生じさせた。
第2の試験オリゴヌクレオチドは長さが20塩基であり、ラット脳ホモジネートで試験したところ、3’末端で4、8、9又は10塩基だけトランケートされている主要代謝産物が生じ、オリゴヌクレオチドの5’末端を占める、且つそれぞれ16、12、11又は10塩基長である代謝産物が後に残った。
これらの試験した2つのオリゴヌクレオチドは、リン酸ジエステル、Rp配置のホスホロチオエート及びSp配置のホスホロチオエートであるインターヌクレオチド結合を含む。一部の実施形態において、リン酸ジエステルはRp配置のホスホロチオエート又はSp配置のホスホロチオエートと比べて不安定であった。ある場合には、オリゴヌクレオチドの代謝産物は、リン酸ジエステルにおける切断産物に相当する。
一部の実施形態において、本開示は、本明細書に開示されるDMDオリゴヌクレオチドの代謝産物に対応するDMDオリゴヌクレオチドに関する。一部の実施形態において、本開示は、本明細書に開示されるDMDオリゴヌクレオチドよりも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13塩基又はそれを超えて短いDMDオリゴヌクレオチドに関する。一部の実施形態において、本開示は、本明細書に開示されるDMDオリゴヌクレオチドの塩基配列よりも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13塩基又はそれを超えて短い塩基配列を有するDMDオリゴヌクレオチドに関する。
一部の実施形態において、代謝産物は3’-N-#又は5’-N-#と表記され、ここで、#は除去された塩基数を示し、3’又は5’は、塩基を欠失させたのが分子のいずれの末端かを示す。例えば、3’-N-1は、3’末端から1塩基が除去された断片又は代謝産物を意味する。
一部の実施形態において、本開示は、恐らくは、本明細書に開示されるDMDオリゴヌクレオチドの断片又は代謝産物に対応するオリゴヌクレオチドに対し、ここで、断片又は代謝産物は、本明細書に記載されるDMDオリゴヌクレオチドの3’-N-1、3’-N-2、3’-N-3、3’-N-4、3’-N-5、3’-N-6、3’-N-7、3’-N-8、3’-N-9、3’-N-10、3’-N-11、3’-N-12、5’-N-1、5’-N-2、5’-N-3、5’-N-4、5’-N-5、5’-N-6、5’-N-7、5’-N-8、5’-N-9、5’-N-10、5’-N-11又は5’-N-12に対応すると記載することができる。
一部の実施形態において、本開示は、本明細書に開示されるDMDオリゴヌクレオチドよりも5’末端が1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13塩基又はそれを超えて短いDMDオリゴヌクレオチドに関する。一部の実施形態において、本開示は、本明細書に開示されるDMDオリゴヌクレオチドの塩基配列よりも5’末端が1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13塩基又はそれを超えて短い塩基配列を有するDMDオリゴヌクレオチドに関する。一部の実施形態において、本開示は、本明細書に開示されるDMDオリゴヌクレオチドよりも3’末端が1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13塩基又はそれを超えて短いDMDオリゴヌクレオチドに関する。一部の実施形態において、本開示は、本明細書に開示されるDMDオリゴヌクレオチドの塩基配列よりも3’末端が1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13塩基又はそれを超えて短い塩基配列を有するDMDオリゴヌクレオチドに関する。
一部の実施形態において、本開示は、DMDオリゴヌクレオチドの代謝産物に対応するDMDに関し、ここで、代謝産物は、本明細書に開示されるDMDオリゴヌクレオチドと比べて5’及び/又は3’末端がトランケートされている。一部の実施形態において、本開示は、DMDオリゴヌクレオチドの代謝産物に対応するDMDに関し、ここで、代謝産物は、本明細書に開示されるDMDオリゴヌクレオチドと比べて5’末端及び3’末端の両方がトランケートされている。一部の実施形態において、本開示は、本明細書に開示されるDMDオリゴヌクレオチドよりも5’及び/又は3’末端が1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13総塩基又はそれを超えて短いDMDオリゴヌクレオチドに関する。一部の実施形態において、本開示は、本明細書に開示されるDMDオリゴヌクレオチドの塩基配列よりも5’及び/又は3’末端が総数で1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13塩基又はそれを超えて短い塩基配列を有するDMDオリゴヌクレオチドに関する。
一部の実施形態において、本開示は、本明細書に開示されるDMDオリゴヌクレオチドの切断産物によって表されるであろうDMDオリゴヌクレオチドに関し、この産物はリン酸ジエステル結合で切断される。一部の実施形態において、本開示は、オリゴヌクレオチドがRp配置のホスホロチオエート結合で切断された場合、本明細書に開示されるDMDオリゴヌクレオチドの切断産物によって表されるであろうDMDオリゴヌクレオチドに関する。一部の実施形態において、本開示は、オリゴヌクレオチドが1つ以上のリン酸ジエステル結合及び/又はRp配置のホスホロチオエート結合で切断された場合、本明細書に開示されるDMDオリゴヌクレオチドの切断産物によって表されるであろうDMDオリゴヌクレオチドに関する。
生物学的適用、例示的使用及び投与レジメン
本明細書に記載されるとおり、提供される組成物及び方法は、様々な目的、例えば、米国特許第9695211号、米国特許第9605019号、米国特許第9598458号、米国特許出願公開第2013/0178612号、米国特許出願公開第20150211006号、米国特許出願公開第20170037399号、国際公開第2017/015555号、国際公開第2017/062862号、国際公開第2017/160741号、国際公開第2017/192664号、国際公開第2017/192679号及び/又は国際公開第2017/210647号に記載されるものに有用である。とりわけ、提供される技術は、幾つもの化学的及び/又は生物学的機構、経路等(例えば、RNアーゼH、RNAi、スプライシング調節(エクソンスキッピング(例えば、DMD対象/試料におけるDMDについての)、エクソン包含(例えば、SMA対象/試料におけるSMN2についての))等)を通じて機能し、及び/又は様々な利益を提供することができる。一部の実施形態において、提供される技術は、核酸及び/又はその産物のレベル、活性、発現等を低減する。例えば、一部の実施形態において、提供される技術は、標的転写物及び/又はそれによってコードされる産物のレベル及び/又は活性を低減する(いかなる特定の理論によっても制限されることは意図しないが、一部の実施形態では、RNアーゼH経路による)。一部の実施形態において、提供される技術は、標的転写物及び/又はそれによってコードされる産物のレベル及び/又は活性を増加させる(いかなる特定の理論によっても制限されることは意図しないが、一部の実施形態では、エクソンスキッピングによる)。様々な塩基配列を有し及び/又は様々な核酸(例えば、様々な遺伝子の転写物)を標的化する、各種の修飾インターヌクレオチド結合を含む幾つものオリゴヌクレオチドが、非負電荷インターヌクレオチド結合(例えば、n001)を含む多くのものを含めて調製され、様々な有用な特性、活性及び/又は利点が実証された。特定のかかるオリゴヌクレオチドは、非負電荷インターヌクレオチド結合を含む多くのものを含め、PNPLA3、C9orf72、SMN2等の転写物を標的化し、様々な活性及び/又は利益を実証している。非負電荷インターヌクレオチド結合を含む、且つ様々な遺伝子を標的化する例示的オリゴヌクレオチド並びにその組成物及び使用としては、国際公開第2018/223056号、国際公開第2019/032607号、PCT/US18/55653号及び国際公開第2019/032612号(これらの各々は、独立に、参照により本明細書に援用される)に記載されるものが挙げられる。
一部の実施形態において、本開示は、システム内の転写物又はそれによってコードされる産物のレベルを調節するための方法を提供し、この方法は、提供されるオリゴヌクレオチド又はその組成物の有効量を投与することを含む。一部の実施形態において、本開示は、システム内の転写物又はそれによってコードされる産物のレベルを調節するための方法を提供し、この方法は、転写物を提供されるオリゴヌクレオチド又はその組成物と接触させることを含む。一部の実施形態において、システムはインビトロシステムである。一部の実施形態において、システムは細胞である。一部の実施形態において、システムは組織である。一部の実施形態において、システムは器官である。一部の実施形態において、システムは生物である。一部の実施形態において、システムは対象である。一部の実施形態において、システムはヒトである。一部の実施形態において、転写物のレベルの調節により、転写物のレベルが低下する。一部の実施形態において、転写物のレベルの調節により、転写物のレベルが増加する。
一部の実施形態において、本開示は、核酸配列又はそれによってコードされる産物に関連する病態、疾患又は障害を予防又は治療する方法を提供し、この方法は、それに罹患している又はそれに罹り易い対象に、提供されるオリゴヌクレオチド又はその組成物の有効量を投与することを含み、ここで、オリゴヌクレオチド又はその組成物は核酸配列の転写物のレベルを調節する。一部の実施形態において、核酸配列は遺伝子である。一部の実施形態において、転写物のレベルの調節により、転写物のレベルが低下する。一部の実施形態において、転写物のレベルの調節により、転写物のレベルが増加する。
一部の実施形態において、例えばノックダウン、エクソンスキッピング等を通じて調節された転写物のレベルの変化は、少なくとも1.1、1.2、1.3、1.4、1.5、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25、30、40、50、100、200、500又は1000倍である。
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチド及びオリゴヌクレオチド組成物はスプライシングを調節する。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチド及びオリゴヌクレオチド組成物はエクソンスキッピングを促進し、それによりエクソンスキッピング前の転写物と比べて有益な機能が増加した転写物のレベルを生じさせる。一部の実施形態において、有益な機能は、生物学的機能が増加したタンパク質をコードすることである。一部の実施形態において、本開示は、スプライシングの調節方法を提供し、この方法は、提供されるオリゴヌクレオチド又はオリゴヌクレオチド組成物をスプライシングシステムに投与することを含み、ここで、少なくとも1つの転写物のスプライシングが変化する。一部の実施形態において、少なくとも1つのスプライシング産物のレベルが少なくとも1.1、1.2、1.3、1.4、1.5、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25、30、40、50、100、200、500又は1000倍に増加する。一部の実施形態において、本開示は、DMDスプライシングの調節方法を提供し、この方法は、提供されるDMDオリゴヌクレオチド又はその組成物をスプライシングシステムに投与することを含む。
一部の実施形態において、本開示は、DMDを予防又は治療する方法を提供し、この方法は、それに罹り易いか又はそれに罹患している対象に、提供されるオリゴヌクレオチド又はオリゴヌクレオチド組成物の有効量を含む医薬組成物を投与することを含む。
一部の実施形態において、提供される組成物及び方法は、その組成物が存在しないこと、参照組成物が存在すること及びこれらの組み合わせからなる群から選択される参照条件からのパターンである参照パターンと比較して改良された転写物スプライシングパターンを提供する。改良は、任意の望ましい生物学的機能の改良であり得る。一部の実施形態において、例えば、DMDでは、改良は、生物学的活性が改良されたジストロフィンタンパク質を産生するmRNAの産生である。
一部の実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド及びキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物であって、任意選択で1つ以上の非負電荷インターヌクレオチド結合を含むオリゴヌクレオチド(又はキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物における複数のオリゴヌクレオチド)が特に有用及び有効である。とりわけ、かかるオリゴヌクレオチド及びオリゴヌクレオチド組成物は、大幅に改良された効果、より良好な送達、より低い毒性等をもたらすことができる。
デュシェンヌ型筋ジストロフィーについて、例示的な突然変異及び/又はスキッピングに好適なDMDエクソンは当技術分野において広く公知であり、限定はされないが、米国特許第8,759,507号、米国特許第8,486,907号及びこれらに引用される参考文献に記載されるものが挙げられる。
一部の実施形態において、1つ以上のスキップされるエクソンは、エクソン2、29、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59及び60から選択される。一部の実施形態において、DMDのエクソン2がスキップされる。一部の実施形態において、DMDのエクソン29がスキップされる。一部の実施形態において、DMDのエクソン40がスキップされる。一部の実施形態において、DMDのエクソン41がスキップされる。一部の実施形態において、DMDのエクソン42がスキップされる。一部の実施形態において、DMDのエクソン43がスキップされる。一部の実施形態において、DMDのエクソン44がスキップされる。一部の実施形態において、DMDのエクソン45がスキップされる。一部の実施形態において、DMDのエクソン46がスキップされる。一部の実施形態において、DMDのエクソン47がスキップされる。一部の実施形態において、DMDのエクソン48がスキップされる。一部の実施形態において、DMDのエクソン49がスキップされる。一部の実施形態において、DMDのエクソン50がスキップされる。一部の実施形態において、DMDのエクソン51がスキップされる。一部の実施形態において、DMDのエクソン52がスキップされる。一部の実施形態において、DMDのエクソン53がスキップされる。一部の実施形態において、DMDのエクソン54がスキップされる。一部の実施形態において、DMDのエクソン50がスキップされる。一部の実施形態において、DMDのエクソン55がスキップされる。一部の実施形態において、スキップされるエクソンは、それが含まれることによりDMDの望ましい機能が低下する任意のエクソンである。一部の実施形態において、スキップされるエクソンは、それをスキップするとDMDの望ましい機能が増加する任意のエクソンである。
一部の実施形態において、DMDの1つより多いエクソンがスキップされる。一部の実施形態において、DMDの2つ以上のエクソンがスキップされる。一部の実施形態において、DMDの2つ以上の隣接エクソンがスキップされる。
一部の実施形態において、DMD転写物のエクソンスキッピングのため又はDMDの治療のため、提供される複数のオリゴヌクレオチドの配列は、本明細書に挙げられるDMD配列を含む。一部の実施形態において、配列は、米国特許第8,759,507号の配列番号1~30の1つを含む。一部の実施形態において、配列は、米国特許第8,486,907号の配列番号1~211の1つを含む。一部の実施形態において、DMD転写物のエクソンスキッピングのため又はDMDの治療のため、提供される複数のオリゴヌクレオチドの配列は、本明細書に開示されるDMD配列である。一部の実施形態において、配列は、米国特許第8,759,507号の配列番号1~30の1つである。一部の実施形態において、配列は、米国特許第8,486,907号の配列番号1~211の1つである。一部の実施形態において、配列は、本明細書、例えば表A1に挙げられる任意のオリゴヌクレオチドの配列であるか、それを含むか又はその少なくとも15連続塩基を含む。一部の実施形態において、配列は、Kemaladewi, et al., Dual exon skipping in myostatin and dystrophin for Duchenne muscular dystrophy, BMC Med Genomics. 2011 Apr 20;4:36. doi: 10.1186/1755-8794-4-36;又はMalerba et al., Dual Myostatin and Dystrophin Exon Skipping by Morpholino Nucleic Acid Oligomers Conjugated to a Cell-penetrating Peptide Is a Promising Therapeutic Strategy for the Treatment of Duchenne Muscular Dystrophy, Mol Ther Nucleic Acids. 2012 Dec 18;1:e62. doi: 10.1038/mtna.2012.54に記載されるものである。
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、標的転写物のスプライシングを変化させることにおいて同等の効果を有する、他の点で同等の参照オリゴヌクレオチド組成物と比べて低い用量及び/又は頻度で投与される。一部の実施形態において、立体制御された(キラル制御された)オリゴヌクレオチド組成物は、標的転写物のスプライシングを変化させることにおいて同等の効果を有する、他の点で同等のステレオランダムな参照オリゴヌクレオチド組成物と比べて低い用量及び/又は頻度で投与される。必要であれば、提供される組成物は、その低い毒性のため、より高い用量/頻度で投与することもできる。
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチド、組成物及び方法は、例えば参照組成物と比較したとき低毒性である。当技術分野において広く公知のとおり、オリゴヌクレオチドは、例えば細胞、組織、生物等への投与時に毒性を誘導し得る。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは望ましくない免疫応答を誘導し得る。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは補体活性化を誘導し得る。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは補体の代替経路の活性化を誘導し得る。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは炎症を誘導し得る。とりわけ、補体系は細胞に損傷を与え得る強力な細胞溶解活性を有し、従って調節して傷害の可能性を低減すべきである。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチド誘導性血管外傷が、例えば医薬用途のオリゴヌクレオチドの開発において頻発する難題である。一部の実施形態において、高用量のオリゴヌクレオチドを投与したときの主な炎症源は、代替補体カスケードの活性化を伴う。一部の実施形態において、補体活性化は、ホスホロチオエート含有オリゴヌクレオチドに関連する共通の難題であり、ホスホロチオエートの一部の配列が自然免疫細胞活性化を誘導する可能性もある。一部の実施形態では、サイトカイン放出がオリゴヌクレオチドの投与に関連する。例えば、一部の実施形態では、インターロイキン-6(IL-6)単球走化性タンパク質(MCP-1)及び/又はインターロイキン-12(IL-12)の増加が観察される。例えば、Frazier, Antisense Oligonucleotide Therapies: The Promise and the Challenges from a Toxicologic Pathologist’s Perspective. Toxicol Pathol., 43: 78-89, 2015;及びEngelhardt, et al., Scientific and Regulatory Policy Committee Points-to-consider Paper: Drug-induced Vascular Injury Associated with Nonsmall Molecule Therapeutics in Preclinical Development: Part 2. Antisense Oligonucleotides. Toxicol Pathol. 43: 935-944, 2015を参照のこと。
本明細書に提供されるとおりのオリゴヌクレオチド組成物は、限定はされないが、転写、翻訳、免疫応答、エピジェネティクス等を含めた幾つもの細胞過程及び機構を調節するための薬剤として使用することができる。加えて、本明細書に提供されるとおりのオリゴヌクレオチド組成物は、研究及び/又は診断目的の試薬として使用することができる。当業者は、本明細書における本開示、開示が、特定の使用に限定されるものではなく、合成オリゴヌクレオチドの使用が望ましい任意の状況に適用可能であることを容易に認識するであろう。とりわけ、提供される組成物は、種々の治療、診断、農業及び/又は研究適用において有用である。
提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の投与には、様々な投与レジメン、例えば、米国特許第9695211号、米国特許第9605019号、米国特許第9598458号、米国特許出願公開第2013/0178612号、米国特許出願公開第20150211006号、米国特許出願公開第20170037399号、国際公開第2017/015555号、国際公開第2017/062862号、国際公開第2017/160741号、国際公開第2017/192664号、国際公開第2017/192679号及び/又は国際公開第2017/210647号(これらの各々の投与レジメンは参照により本明細書に援用される)に記載されるものを利用することができる。
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチド及び組成物は、その低い毒性に伴い、より高い投薬量及び/又はより高い頻度で投与することができる。一部の実施形態において、提供される組成物は、その改良された送達(及び他の特性)に伴い、生物学的効果、例えば臨床的有効性の実現に、より低い投薬量及び/又はより低い頻度で投与することができる。
単回用量は、様々な量のオリゴヌクレオチドを含有することができる。一部の実施形態において、単回用量は、適用に応じて好適な所望のとおり、あるタイプのキラル制御されたオリゴヌクレオチドを様々な量で含有することができる。一部の実施形態において、単回用量は、あるタイプのキラル制御されたオリゴヌクレオチドを約1、5、10、20、30、40、50、60、70、80、90、100、110、120、130、140、150、160、170、180、190、200、210、220、230、240、250、260、270、280、290、300mg又はそれを超えて(例えば、約350、400、450、500、550、600、650、700、750、800、850、900、950、1000mg又はそれを超えて)含有する。一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、キラル制御されていないオリゴヌクレオチドと比べてより低量での単回用量及び/又は総用量で投与される。一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、有効性の改良により、キラル制御されていないオリゴヌクレオチドと比べてより低量での単回用量及び/又は総用量で投与される。一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、キラル制御されていないオリゴヌクレオチドと比べてより高量での単回用量及び/又は総用量で投与される。一部の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、安全性の改良により、キラル制御されていないオリゴヌクレオチドと比べてより高量での単回用量及び/又は総用量で投与される。
医薬組成物
療法薬として使用されるとき、本明細書に記載される提供されるオリゴヌクレオチド又はオリゴヌクレオチド組成物は医薬組成物として投与される。一部の実施形態において、医薬組成物は、提供されるオリゴヌクレオチド又はその薬学的に許容可能な塩の治療有効量と、薬学的に許容可能な希釈剤、薬学的に許容可能な賦形剤及び薬学的に許容可能な担体から選択される少なくとも1つ薬学的に許容可能な不活性成分とを含む。一部の実施形態において、提供される組成物中では、提供されるオリゴヌクレオチドは、塩、好ましくは薬学的に許容可能な塩、例えば、ナトリウム塩、アンモニウム塩等として存在し得る。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの塩は、2つ以上のカチオンを、例えば、一部の実施形態では、最大でオリゴヌクレオチド中の負電荷酸性基(例えば、リン酸、ホスホロチオエート等)の数に至るまで含む。当業者が理解するとおり、本明細書に記載されるオリゴヌクレオチドは塩形態、特に薬学的に許容可能な塩形態で提供され、及び/又は利用され得る。
一部の実施形態において、本開示は、提供されるオリゴヌクレオチド、例えばキラル制御されたオリゴヌクレオチドの塩及びその医薬組成物を提供する。一部の実施形態において、塩は、薬学的に許容可能な塩である。一部の実施形態では、塩基に(例えば、水溶液、医薬組成物等の条件下で)供与され得る各水素イオンが非Hカチオンに置き換えられる。例えば、一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドの薬学的に許容可能な塩は全金属イオン塩であり、ここで、各インターヌクレオチド結合(例えば、天然リン酸結合、ホスホロチオエートジエステル結合等)の各水素イオン(例えば、水中で十分に酸性の、-OH、-SH等のもの)が金属イオンに置き換えられる。一部の実施形態において、提供される塩は全ナトリウム塩である。一部の実施形態において、提供される薬学的に許容可能な塩は全ナトリウム塩である。一部の実施形態において、提供される塩は全ナトリウム塩であり、ここで、存在する場合に天然リン酸結合(酸性形態-O-P(O)(OH)-O-)である各インターヌクレオチド結合が、そのナトリウム塩形態(-O-P(O)(ONa)-O-)として存在し、及び存在する場合にホスホロチオエートジエステル結合(ホスホロチオエートインターヌクレオチド結合;酸性形態-O-P(O)(SH)-O-)である各インターヌクレオチド結合が、そのナトリウム塩形態(-O-P(O)(SNa)-O-)として存在する。
一部の実施形態において、医薬組成物は、静脈内注射、経口投与、頬側投与、吸入、経鼻投与、局所投与、眼内投与又は耳内投与用に製剤化される。一部の実施形態において、医薬組成物は、錠剤、丸薬、カプセル、液体、吸入薬、鼻腔内噴霧溶液、坐薬、懸濁液、ゲル、コロイド、分散液、懸濁液、溶液、エマルション、軟膏、ローション、点眼薬又は点耳薬である。
一部の実施形態において、本開示は、薬学的に許容可能な賦形剤との混合でのキラル制御されたオリゴヌクレオチド又はその組成物を含む医薬組成物を提供する。当業者は、本医薬組成物が、上記に記載されるキラル制御されたオリゴヌクレオチドの薬学的に許容可能な塩又はその組成物を包含することを認識するであろう。
種々の超分子ナノ担体を使用して核酸を送達することができる。例示的ナノ担体としては、限定はされないが、リポソーム、カチオン性ポリマー複合体及び様々な高分子物質が挙げられる。核酸と様々なポリカチオンとの複合体形成は、もう1つの細胞内送達手法であり;これには、PEG化ポリカチオン、ポリエチレンアミン(PEI)複合体、カチオン性ブロック共重合体及びデンドリマーの使用が含まれる。幾つかのカチオン性ナノ担体は、PEI及びポリアミドアミンデンドリマーを含め、エンドソームからの内容物の放出を助ける。他の手法としては、ポリマーナノ粒子、ポリマーミセル、量子ドット及びリポプレックスの使用が挙げられる。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは別の分子にコンジュゲートされる。
本明細書に記載される例示的な送達戦略に加えて、更なる核酸送達戦略が公知である。
治療及び/又は診断適用では、本開示の化合物は、全身及び局所又は限局投与を含め、種々の投与様式用に製剤化することができる。技法及び製剤については、概して、Remington, The Science and Practice of Pharmacy, (20th ed. 2000)を参照し得る。
提供されるオリゴヌクレオチド及びその組成物は、幅広い投薬量範囲にわたって有効である。例えば、成人ヒトの治療では、1日約0.01~約1000mg、約0.5~約100mg、約1~約50mg及び1日約5~約100mgの投薬量が、用いられ得る投薬量の例である。正確な投薬量は、投与経路、化合物の投与形態、治療下の対象、治療下の対象の体重並びに主治医の意向及び経験に依存することになる。
薬学的に許容可能な塩は、概して当業者に周知であり、例として、限定されないが、酢酸塩、ベンゼンスルホン酸塩、ベシル酸塩、安息香酸塩、重炭酸塩、酒石酸水素塩、臭化物、エデト酸カルシウム、カンシル酸塩、炭酸塩、クエン酸塩、エデト酸塩、エジシル酸塩、エストル酸塩、エシル酸塩、フマル酸塩、グルセプト酸塩、グルコン酸塩、グルタミン酸塩、グリコアルサニル酸塩、ヘキシルレゾルシン酸塩、ヒドラバミン、臭化水素酸塩、塩酸塩、ヒドロキシナフトエ酸塩、ヨウ化物、イセチオン酸塩、乳酸塩、ラクトビオン酸塩、リンゴ酸塩、マレイン酸塩、マンデル酸塩、メシル酸塩、ナプシル酸塩、硝酸塩、パモ酸塩(エンボン酸塩)、パントテン酸塩、リン酸塩/二リン酸塩、ポリガラクツロン酸塩、サリチル酸塩、ステアリン酸塩、塩基性酢酸塩、コハク酸塩、硫酸塩、タンニン酸塩、酒石酸塩又はテオクル酸塩を挙げることができる。他の薬学的に許容可能な塩については、例えば、Remington, The Science and Practice of Pharmacy (20th ed. 2000)を参照し得る。好ましい薬学的に許容可能な塩としては、例えば、酢酸塩、安息香酸塩、臭化物、炭酸塩、クエン酸塩、グルコン酸塩、臭化水素酸塩、塩酸塩、マレイン酸塩、メシル酸塩、ナプシル酸塩、パモ酸塩(エンボン酸塩)、リン酸塩、サリチル酸塩、コハク酸塩、硫酸塩又は酒石酸塩が挙げられる。
当業者は理解するとおり、オリゴヌクレオチドは、例えば医薬用途のため、幾つもの塩として製剤化され得る。一部の実施形態において、塩は金属カチオン塩及び/又はアンモニウム塩である。一部の実施形態において、塩はオリゴヌクレオチドの金属カチオン塩である。一部の実施形態において、塩はオリゴヌクレオチドのアンモニウム塩である。代表的なアルカリ金属塩又はアルカリ土類金属塩としては、ナトリウム、リチウム、カリウム、カルシウム、マグネシウムなどが挙げられる。一部の実施形態において、塩はオリゴヌクレオチドのナトリウム塩である。一部の実施形態において、薬学的に許容可能な塩としては、適切な場合、非毒性アンモニウム、第4級アンモニウム及びオリゴヌクレオチドと共に形成されるアミンカチオンが挙げられる。当業者は理解するとおり、オリゴヌクレオチド内に2つ以上のアニオンがあり得るため、オリゴヌクレオチドの塩は2つ以上のカチオン、例えばナトリウムイオンを含有し得る。
治療下の具体的な病態に応じて、かかる薬剤は液体又は固形剤形に製剤化され、全身又は局所投与され得る。薬剤は、例えば、当業者に公知のとおりの時限型又は持続型低量放出形態で送達され得る。製剤化及び投与技法については、Remington, The Science and Practice of Pharmacy (20th ed. 2000)を参照し得る。好適な経路としては、経口、頬側、吸入スプレーによるもの、舌下、直腸、経皮、腟内、経粘膜、鼻腔又は腸内投与;筋肉内、皮下、髄内注射を含む非経口送達並びに髄腔内、脳室内に直接、静脈内、関節内、胸骨内、滑液嚢内、肝内、病巣内、頭蓋内、腹腔内、鼻腔内又は眼内注射又は他の送達様式を挙げることができる。
注射用には、本開示の薬剤は、ハンクス液、リンゲル液又は生理食塩緩衝液などの生理的に適合性のある緩衝液中など、水溶液中に製剤化及び希釈され得る。かかる経粘膜投与には、通過しようとする関門に適切な透過剤が製剤中に使用される。かかる透過剤は、概して、当技術分野において公知である。
薬学的に許容可能な不活性担体を使用して、本開示の実施のため本明細書に開示される化合物を全身投与に好適な投薬量に製剤化することは、本開示の範囲内である。担体の適切な選択及び好適な製造実践により、本開示の組成物、詳細には、溶液として製剤化されるものは、静脈内注射によるなど、非経口的に投与し得る。
化合物、例えばオリゴヌクレオチドは、当技術分野において周知の薬学的に許容可能な担体を使用して経口投与に好適な投薬量に容易に製剤化することができる。かかる担体により、本開示の化合物を治療下の対象(例えば患者)による経口摂取用に錠剤、丸薬、カプセル、液体、ゲル、シロップ、スラリー、懸濁液などとして製剤化することが可能になる。
鼻腔又は吸入送達には、本開示の薬剤は、当業者に公知の方法によっても製剤化され得、例えば、限定はされないが、生理食塩水、ベンジルアルコールなどの保存剤、吸収促進剤及びフルオロカーボンなど、可溶化、希釈又は分散物質の例を挙げることができる。
特定の実施形態において、オリゴヌクレオチド及び組成物はCNSに送達される。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチド及び組成物は脳脊髄液に送達される。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチド及び組成物は脳実質に投与される。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチド及び組成物は、髄腔内投与又は脳室内投与によって動物/対象に送達される。実質内投与、髄腔内投与又は脳室内投与では、中枢神経系内での本明細書に記載されるオリゴヌクレオチド及び組成物の広範な分布が実現し得る。
特定の実施形態において、非経口投与は、例えばシリンジ、ポンプ等による注射によるものである。特定の実施形態において、注射はボーラス注射である。特定の実施形態において、注射は、線条体、尾状核、皮質、海馬及び小脳などの組織に直接投与される。
特定の実施形態において、ボーラス注射によるなど、医薬剤を特異的に局在化させる方法は、半有効濃度(EC50)を20、25、30、35、40、45又は50分の1に低下させる。特定の実施形態において、標的組織は脳組織である。特定の実施形態において、標的組織は線条体組織である。特定の実施形態において、EC50の低下は、それを必要としている患者において薬理学的結果を達成するために必要な用量が減少するため望ましい。
特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、注射又は注入によって1ヵ月毎、2ヵ月毎、90日毎、3ヵ月毎、6ヵ月毎に1回、年2回又は年1回送達される。
本開示での使用に好適な医薬組成物としては、活性成分がその意図される目的を実現するための有効量で含まれる組成物が挙げられる。有効量の決定は、特に本明細書に提供される詳細な本開示を踏まえれば、十分に当業者の能力の範囲内である。
これらの医薬組成物は、活性成分に加えて、活性化合物を医薬品として使用し得る製剤にする処理を促進する賦形剤及び助剤を含む好適な薬学的に許容可能な担体を含有し得る。経口投与用に製剤化される製剤は、錠剤、糖衣錠、カプセル又は溶液の形態であり得る。
経口使用向けの医薬製剤は、活性化合物を固体賦形剤と合わせ、任意選択で得られた混合物を粉砕し、及びこの顆粒混合物を、必要に応じて好適な助剤を添加した後に処理して錠剤又は糖衣錠コアを入手することにより入手し得る。好適な賦形剤は、詳細には、充填剤、例えば、ラクトース、スクロース、マンニトール又はソルビトールを含めた糖類;セルロース調製物、例えば、トウモロコシデンプン、小麦デンプン、コメデンプン、ジャガイモデンプン、ゼラチン、トラガカントゴム、メチルセルロース、ヒドロキシプロピルメチルセルロース、カルボキシメチルセルロース(CMC)ナトリウム及び/又はポリビニルピロリドン(PVP:ポビドン)である。必要であれば、架橋ポリビニルピロリドン、寒天又はアルギン酸若しくはアルギン酸ナトリウムなどのその塩など、崩壊剤が添加され得る。
糖衣錠コアには、好適なコーティングが付与される。この目的上、濃縮糖液が使用され得、これは、任意選択で、アラビアゴム、タルク、ポリビニルピロリドン、カルボポルゲル、ポリエチレングリコール(PEG)及び/又は二酸化チタン、ラッカー溶液及び好適な有機溶媒若しくは溶媒混合物を含有し得る。錠剤又は糖衣錠コーティングには、異なる組み合わせの活性化合物用量の識別又は特徴付けのため、色素又はピグメントが添加され得る。
経口的に使用することのできる医薬製剤には、ゼラチンで作られたプッシュフィットカプセル並びにゼラチン及びグリセロール又はソルビトールなどの可塑剤で作られたソフトシールカプセルが含まれる。プッシュフィットカプセルは、活性成分を、ラクトースなどの充填剤、デンプンなどの結合剤及び/又はタルク又はステアリン酸マグネシウムなどの滑沢剤並びに任意選択で安定剤との混合で含有し得る。ソフトカプセルでは、活性化合物が脂肪油、流動パラフィン又は液体ポリエチレングリコール(PEG)などの好適な液体中に溶解又は懸濁され得る。加えて、安定剤が添加され得る。
一部の実施形態において、本明細書に記載される任意のDMDオリゴヌクレオチド若しくはこれらの組み合わせ又は本明細書に記載されるDMDオリゴヌクレオチドを含む任意の組成物は、本明細書に記載される又は当技術分野において公知の任意の医薬製剤と組み合わせることができる。
コンジュゲート及び追加の化学的部分の特定の実施形態
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、1つ以上の追加の化学的部分(例えば、核酸塩基、糖及び/又はインターヌクレオチド結合等の典型的な部分以外のもの)を任意選択でリンカーを介して含む。一部の実施形態において、化学的部分は脂質部分である。一部の実施形態において、化学的部分は炭水化物部分である。一部の実施形態において、化学的部分はターゲティング部分である。一部の実施形態において、化学的部分はリガンドの一部分である。一部の実施形態において、化学的部分は、特定の細胞小器官、細胞、組織、器官及び/又は生物へのオリゴヌクレオチドの送達を増加させることができる。一部の実施形態において、化学的部分は、望ましい特性及び/又は活性の1つ以上を亢進させる。特定のオリゴヌクレオチドに利用される特定の例示的化学的部分は本表に提供される(例えば、表A1の様々なMod)。一部の実施形態において、化学的部分は、1つ以上の糖部分又はその誘導体、例えば、グルコース、マンノース等を含む。一部の実施形態において、化学的部分は脂質部分であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、化学的部分はビタミンE部分であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、化学的部分は1つ以上のペプチド部分を含む。一部の実施形態において、ペプチドは細胞透過性ペプチドである。一部の実施形態において、ペプチドは、タンパク質、例えば細胞表面受容体のリガンドである。一部の実施形態において、ペプチドはTfr1ペプチドである。特定の例示的ペプチド部分は、本表、例えば表1Aに記載されるオリゴヌクレオチドの調製に利用される。一部の実施形態において、化学的部分は1つ以上の塩基性部分を含む。一部の実施形態において、塩基性部分は、例えば約pH7.4で正電荷である。一部の実施形態において、塩基性部分はグアニジン部分であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、塩基性部分は-N(R(式中、各Rは、独立に、本開示に記載されるとおりである)であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、塩基性部分は-N(R(式中、各Rは、独立に、本開示に記載されるとおりである)であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、塩基性部分は-N=C(N(R(式中、各Rは、独立に、本開示に記載されるとおりである)であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、各Rは、独立に、本開示に記載されるとおりのRである。一部の実施形態において、各Rは、独立に、任意選択で置換されているC1~6アルキルである。一部の実施形態において、Rはメチルである。一部の実施形態において、1つ又は2つのRは同じである。一部の実施形態において、各Rは同じである。一部の実施形態において、少なくとも1つのRは別のRと異なる。一部の実施形態において、塩基性部分は-N=C(N(CHである。一部の実施形態において、化学的部分は、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10個又はそれを超える糖、ペプチド、脂質及び/又は塩基性部分を含む。一部の実施形態において、数は1である。一部の実施形態において、数は2である。一部の実施形態において、数は3である。一部の実施形態において、数は4である。一部の実施形態において、数は5である。一部の実施形態において、数は6である。一部の実施形態において、化学的部分は、タンパク質、例えば、標的細胞の受容体タンパク質のリガンド部分を含む。一部の実施形態において、リガンドは、ビタミンE受容体に対するリガンドである。一部の実施形態において、リガンドは、Tfr1受容体に対するものである。本開示に記載され及び実証されるとおりの化学的部分は、炭水化物部分、脂質部分、ターゲティング部分等を含み、且つそれとして利用することができ、種々の機能、例えば、送達、1つ以上の特性、活性等の改良をもたらすことができる。
一部の実施形態において、本開示は、任意選択でリンカーによってオリゴヌクレオチド部分に連結した、追加の化学部分を含むオリゴヌクレオチドを提供する。一部の実施形態において、本開示は、(R)b-LM1-LM2-LM3
(式中、
各Rは、独立に、化学的部分であり;
M1、LM2及びLM3の各々は、独立に、Lであり;及び
bは、1~1000である)
を含むオリゴヌクレオチドを提供する。
一部の実施形態では、LM1、LM2及びLM3の各々は、独立に、共有結合又はC1~10脂肪族基及び1~5個のヘテロ原子を有するC1~10ヘテロ脂肪族基から選択される、二価若しくは多価の、任意選択で置換されている直鎖若しくは分岐基であり、ここで、1つ又は複数のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、C1~6アルキレン、C1~6アルケニレン、-C≡C-、-C(R’)-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)O-、-S(O)-、-S(O)-、-S(O)N(R’)-、-C(O)S-、-C(O)O-、-P(O)(OR’)-、-P(O)(SR’)-、-P(O)(R’)-、-P(O)(NR’)-、-P(S)(OR’)-、-P(S)(SR’)-、-P(S)(R’)-、-P(S)(NR’)-、-P(R’)-、-P(OR’)-、-P(SR’)-、-P(NR’)-、-P(OR’)[B(R’)]-、-OP(O)(OR’)O-、-OP(O)(SR’)O-、-OP(O)(R’)O-、-OP(O)(NR’)O-、-OP(OR’)O-、-OP(SR’)O-、-OP(NR’)O-、-OP(R’)O-又は-OP(OR’)[B(R’)]O-で置換され;及び1つ又は複数のCH又は炭素原子は、任意選択で且つ独立に、Cyで置換される。
一部の実施形態において、LM1は1つ以上の-N(R’)-及び1つ以上の-C(O)-を含む。一部の実施形態において、リンカー(例えば、L、L等)又はLM1は、

(式中、nは、1~8である)
であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、リンカー又は-LM1-LM2-LM3-は、

(式中、nは、1~8である)
又はその塩形態である。一部の実施形態において、リンカー又は-LM1-LM2-LM3-は、

(式中、
は、1~8であり、
各アミノ基は、独立に、部分に連結し;及び
P原子は、オリゴヌクレオチドの5’-OHに連結する)
又はその塩形態である。一部の実施形態において、部分及びリンカー又は(R)b-LM1-LM2-LM3-は、

であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、部分及びリンカー又は(R)b-LM1-LM2-LM3-は、

であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、部分及びリンカー又は(R)b-LM1-LM2-LM3-は、

であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、部分及びリンカー又は(R)b-LM1-LM2-LM3-は、

であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、部分及びリンカー又は(R)b-LM1-LM2-LM3-は、

であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、部分及びリンカー又は(R)b-LM1-LM2-LM3-は、

であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、部分及びリンカー又は(R)b-LM1-LM2-LM3-は、

であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、リンカー又はLM1は、

であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、部分及びリンカー又は(R)b-LM1-LM2-LM3-は、

であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、部分及びリンカー又は(R)b-LM1-LM2-LM3-は、

であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、リンカーは、

である。一部の実施形態において、部分及びリンカー又は(R)b-LM1-LM2-LM3-は、

であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、部分及びリンカー又は(R)b-LM1-LM2-LM3-は、

であるか又はそれを含む。
一部の実施形態では、nは、1~8である。一部の実施形態では、nは、1、2、3、4、5、6、7又は8である。一部の実施形態では、nは、1である。一部の実施形態では、nは、2である。一部の実施形態では、nは、3である。一部の実施形態では、nは、4である。一部の実施形態では、nは、5である。一部の実施形態では、nは、6である。一部の実施形態では、nは、7である。一部の実施形態では、nは、8である。
一部の実施形態では、LM2は、共有結合又はC1~10脂肪族基及び1~5個のヘテロ原子を有するC1~10ヘテロ脂肪族基から選択される、二価の、任意選択で置換されている直鎖若しくは分岐基であり、ここで、1つ又又は複数のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、C1~6アルキレン、C1~6アルケニレン、-C≡C-、-C(R’)-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)O-、-S(O)-、-S(O)-、-S(O)N(R’)-、-C(O)S-、-C(O)O-、-P(O)(OR’)-、-P(O)(SR’)-、-P(O)(R’)-、-P(O)(NR’)-、-P(S)(OR’)-、-P(S)(SR’)-、-P(S)(R’)-、-P(S)(NR’)-、-P(R’)-、-P(OR’)-、-P(SR’)-、-P(NR’)-、-P(OR’)[B(R’)]-、-OP(O)(OR’)O-、-OP(O)(SR’)O-、-OP(O)(R’)O-、-OP(O)(NR’)O-、-OP(OR’)O-、-OP(SR’)O-、-OP(NR’)O-、-OP(R’)O-又は-OP(OR’)[B(R’)]O-で置換され;及び1つ又は複数のCH又は炭素原子は、任意選択で且つ独立に、Cyで置換される。一部の実施形態では、LM2は、共有結合又はC1~10脂肪族基及び1~5個のヘテロ原子を有するC1~10ヘテロ脂肪族基から選択される、二価の、任意選択で置換されている直鎖若しくは分岐基であり、ここで、1つ又は複数のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、C1~6アルキレン、C1~6アルケニレン、-C≡C-、-C(R’)-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)O-、-S(O)-、-S(O)-、-S(O)N(R’)-、-C(O)S-、-C(O)O-、-P(O)(OR’)-、-P(O)(SR’)-又は-P(O)(R’)-で置換される。一部の実施形態では、LM2は、共有結合又は二価の、任意選択で置換されている、直鎖若しくは分岐C1~10脂肪族基であり、ここで、1つ又は複数のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、C1~6アルキレン、C1~6アルケニレン、-C≡C-、-C(R’)-、-O-、-S-、-N(R’)-又は-C(O)-で置換される。一部の実施形態では、LM2は、-NH-(CH-であり、ここで、-NH-は、LM1に結合されている。
一部の実施形態では、LM3は、-P(O)(OR’)-、-P(O)(SR’)-、-P(O)(R’)-、-P(O)(NR’)-、-P(S)(OR’)-、-P(S)(SR’)-、-P(S)(R’)-、-P(S)(NR’)-、-P(R’)-、-P(OR’)-、-P(SR’)-、-P(NR’)-、-P(OR’)[B(R’)]-、-OP(O)(OR’)-、-OP(O)(SR’)-、-OP(O)(R’)-、-OP(O)(NR’)-、-OP(S)(OR’)-、-OP(S)(SR’)-、-OP(S)(R’)-、-OP(S)(NR’)-、-OP(R’)-、-OP(OR’)-、-OP(SR’)-、-OP(NR’)-又は-OP(OR’)[B(R’)]-である。一部の実施形態では、LM3は、-OP(O)(OR’)-又は-OP(O)(SR’)-であり、ここで、-O-は、LM2に結合されている。一部の実施形態では、P原子は、糖単位、核酸塩基単位又はインターヌクレオチド結合に連結されている。一部の実施形態では、P原子は、P-O結合の形成を介して、-OH基に連結されている。一部の実施形態では、P原子は、P-O結合の形成を介して、5’-OH基に連結されている。
一部の実施形態では、LM1は、共有結合である。一部の実施形態では、LM2は、共有結合である。一部の実施形態では、LM3は、共有結合である。一部の実施形態では、LM1は、本開示に記載されるとおりのLM2である。一部の実施形態では、LM1は、本開示に記載されるとおりのLM3である。一部の実施形態では、LM2は、本開示に記載されるとおりのLM1である。一部の実施形態では、LM2は、本開示に記載されるとおりのLM3である。一部の実施形態では、LM3は、本開示に記載されるとおりのLM1である。一部の実施形態では、LM3は、本開示に記載されるとおりのLM2である。一部の実施形態では、Lは、本開示に記載されるとおりのLM1である。一部の実施形態では、Lは、本開示に記載されるとおりのLM2である。一部の実施形態では、Lは、本開示に記載されるとおりのLM3である。一部の実施形態では、Lは、LM1-LM2であり、ここで、LM1及びLM2の各々は、独立に、本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態では、Lは、LM1-LM3であり、ここで、LM1及びLM3の各々は、独立に、本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態では、Lは、LM2-LM3であり、ここで、LM2及びLM3の各々は、独立に、本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態では、Lは、LM1-LM2-LM3であり、ここで、LM1、LM2及びLM3の各々は、独立に、本開示に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、各Rは、独立に、本開示に記載される化学部分である。一部の実施形態において、Rは、追加の化学的部分である。一部の実施形態において、Rは、ターゲティング部分である。一部の実施形態において、Rは、炭水化物部分であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、Rは、脂質部分であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、Rは、例えば、σ受容体、アシアロ糖タンパク質受容体等の細胞受容体に対するリガンド部分であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、リガンド部分はアニスアミド部分であるか又はそれを含み、これはσ受容体に対するリガンド部分であり得る。一部の実施形態において、リガンド部分は脂質であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、リガンド部分はGalNAc部分であるか又はそれを含み、これはアシアロ糖タンパク質受容体に対するリガンド部分であり得る。一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されているフェニル、

(式中、n’は、0又は1であり、他の各可変要素は、独立に、本開示に記載されるとおりである)
から選択される。一部の実施形態において、RはFである。一部の実施形態において、RはOMeである。一部の実施形態において、RはOHである。一部の実施形態において、RはNHAcである。一部の実施形態において、RはNHCOCFである。一部の実施形態において、R’はHである。一部の実施形態において、RはHである。一部の実施形態において、R2sはNHAcであり、及びR5sはOHである。一部の実施形態において、R2sはp-アニソイルであり、及びR5sはOHである。一部の実施形態において、R2sはNHAcであり、及びR5sはp-アニソイルである。一部の実施形態において、R2sはOHであり、及びR5sはp-アニソイルである。一部の実施形態において、Rは、


から選択される。Rの更なる実施形態には、追加の化学的部分の実施形態、例えばこれらの例に記載されるものが含まれる。
一部の実施形態において、n’は1である。一部の実施形態において、n’は0である。
一部の実施形態において、n”は1である。一部の実施形態において、n”は2である。
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチド、例えばDMDオリゴヌクレオチドは追加の成分(化学的部分)にコンジュゲートされる。一部の実施形態において、組成物は、本明細書に記載される任意のDMDオリゴヌクレオチド又はこれらの組み合わせを含み、本明細書に記載される又は当技術分野において公知の任意の化学的部分にコンジュゲートされ得る。
一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチド、例えばDMDオリゴヌクレオチドを含む組成物は、スルホンアミド(炭酸脱水酵素IV阻害薬);切断可能な脂質;トランスフェリン受容体1(CD71、TfR)リガンド;OCTN2トランスポーターターゲティング(L-カルニチン);Glut4及びGlut1受容体リガンド;マンノース受容体C1(Mrc1)及びマンノース6P受容体(M6Pr)リガンド;切断可能な脂質;コレステロール;又はペプチド(限定はされないが、ショート送達ペプチド又は細胞透過性ペプチド(CPP)を含む)のいずれかである追加の成分を含む。
コレステロール;L-カルニチン(アミド及びカルバメート結合);葉酸;ガンボギン酸;切断可能な脂質(1,2-ジラウリン及びエステル結合);インスリン受容体リガンド;CPP;グルコース(トリアンテナ及びヘキサアンテナ型);及びマンノース(トリアンテナ及びヘキサアンテナ型、α及びβ)であるか、それを含むか又はそれから誘導される追加の成分を含む様々なオリゴヌクレオチドが設計及び/又は構築されている;及びこれらの追加の成分及びそれを含むオリゴヌクレオチド又はそれから誘導される分子の様々な合成スキームが考案されている。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド、例えばDMDオリゴヌクレオチドを含む組成物は、

から誘導される追加の成分を含む。WV-DL-14はWV-DL-014としても知られる。一部の実施形態において、ガンボギン酸又はその誘導体はトランスフェリン受容体(CD71)に結合する。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド、例えばDMDオリゴヌクレオチドを含む組成物は、OCTN2トランスポーターに結合するL-カルニチンから誘導される追加の成分を含む。一部の実施形態において、DMDオリゴヌクレオチドを含む組成物は、

から誘導される追加の成分を含む。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド、例えばDMDオリゴヌクレオチドを含む組成物は、スルホンアミド又はその誘導体である追加の成分を含む。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド、例えばDMDオリゴヌクレオチドを含む組成物は、


のいずれかから誘導される追加の成分を含む。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド、例えばDMDオリゴヌクレオチドを含む組成物は、

であるか、又はそれを含むか、又はその誘導体を含む追加の成分を含む。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド、例えばDMDオリゴヌクレオチドを含む組成物は、

であるか、又はそれを含むか、又はその誘導体を含む追加の成分を含む。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド、例えばDMDオリゴヌクレオチドを含む組成物は、WV-DL-001、WV-DL-002、WV-DL-003、WV-DL-006、WV-DL-007、WV-DL-008、WV-DL-009、WV-DL-010、WV-DL-011、WV-DL-012又はWV-Dl-014のいずれかから誘導される追加の成分及び他の追加の成分を含み、ここで、末端-COOHがリンカー又はオリゴヌクレオチドへの追加の成分のコンジュゲーションに使用される。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド、例えばDMDオリゴヌクレオチドを含む組成物は、WV-DL-001、WV-DL-002、WV-DL-003、WV-DL-006、WV-DL-007、WV-DL-008、WV-DL-009、WV-DL-010、WV-DL-011、WV-DL-012又はWV-Dl-014のいずれかから誘導される追加の成分及び他の追加の成分を含み、ここで、末端-COOHがリンカーへの追加の成分のコンジュゲーションに使用され、このコンジュゲーション過程では-COOHが-C(O)-に変換され、これがリンカーを連結する。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド、例えばDMDオリゴヌクレオチドを含む組成物は、WV-DL-001、WV-DL-002、WV-DL-003、WV-DL-006、WV-DL-007、WV-DL-008、WV-DL-009、WV-DL-010、WV-DL-011、WV-DL-012又はWV-Dl-014のいずれかから誘導される追加の成分及び他の追加の成分を含み、ここで、末端-COOHがリンカーへの追加の成分のコンジュゲーションに使用され、このコンジュゲーション過程では-COOHが-C(O)-に置き換えられ、これがリンカー(例えば、L001)の-NH-に連結する。WV-DL-006から誘導される追加の成分を使用したこのコンジュゲーション過程の生成物の非限定的な例をここに示す。

(式中、WV-DL-005は、追加の成分を示す)。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド、例えばDMDオリゴヌクレオチドを含む組成物は、脂質である追加の成分を含む。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド、例えばDMDオリゴヌクレオチドを含む組成物は、限定はされないが、本明細書に記載される脂質を含めた、脂質である追加の成分を含む。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド、例えばDMDオリゴヌクレオチドを含む組成物は、追加の成分を含み、ここで、追加の成分は切断可能リンカーを介してオリゴヌクレオチドにコンジュゲートされる。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド、例えばDMDオリゴヌクレオチドを含む組成物は、脂質である追加の成分を含み、ここで、脂質は切断可能リンカーを介してオリゴヌクレオチドにコンジュゲートされる。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド、例えばDMDオリゴヌクレオチドを含む組成物は、限定はされないが、本明細書に記載される脂質を含めた、脂質である追加の成分を含み、ここで、脂質は切断可能リンカーを介してオリゴヌクレオチドにコンジュゲートされる。
一部の実施形態において、切断可能リンカーはエステルを含む。一部の実施形態において、切断可能リンカーは細胞内で切断可能であり、オリゴヌクレオチドが追加の成分から物理的に分離されることを可能にする。
一部の実施形態において、切断可能リンカーは、

であるか又はそれを含む。
1つ又は複数の脂質に切断可能リンカーを介してコンジュゲートしたオリゴヌクレオチドの非限定的な例をここに示す。
切断可能リンカーを介してオリゴヌクレオチドに結合した、ステアリン酸である追加の成分を含むオリゴヌクレオチドの非限定的な例をここに示す。

(式中、ステアリン酸が追加の成分を示す。)
切断可能リンカーによるステアリン酸のコンジュゲーションに有用な非限定的な試薬並びにその例示的調製及び使用を以下に示す。
切断可能リンカーによるコレステロール誘導体のコンジュゲーションに有用な非限定的な試薬及びその例示的調製をここに示す。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドを含む組成物は、

から誘導される追加の成分を含む。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドを含む組成物は、

のいずれかから誘導される追加の成分を含む。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド、例えばDMDオリゴヌクレオチドを含む組成物は、マンノース受容体リガンドを含む。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド、例えばDMDオリゴヌクレオチドを含む組成物は、マンノース受容体阻害薬であるマンノース受容体リガンドを含む。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド、例えばDMDオリゴヌクレオチドを含む組成物は、


(式中、矢印は、追加の成分を任意選択でリンカーを介してオリゴヌクレオチドにコンジュゲートするために使用することのできる-COOHを示す)
のいずれかから誘導される追加の成分を含む。
マンノース受容体リガンドを含む追加の成分の調製手順の非限定的な例をここに示す。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド、例えばDMDオリゴヌクレオチドを含む組成物は、グルコース又はGlut4受容体に結合するリガンド(又はその誘導体)である追加の成分を含む。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド、例えばDMDオリゴヌクレオチドを含む組成物は、グルコース受容体に結合するリガンド(又はその誘導体)である追加の成分を含む。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド、例えばDMDオリゴヌクレオチドを含む組成物は、グルコース受容体に結合してそれを阻害するリガンド(又はその誘導体)である追加の成分を含む。一部の実施形態において、グルコース又はGlut4受容体に結合するリガンド(又はその誘導体)は、モノアンテナ、バイアンテナ、トリアンテナ又はヘキサアンテナ型である。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド、例えばDMDオリゴヌクレオチドを含む組成物は、

から誘導される追加の成分を含む。
トリアンテナ型グルコース受容体阻害薬の合成手順の非限定的な例をここに示す。
ヘキサアンテナ型グルコース受容体阻害薬の合成手順の非限定的な例をここに示す。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド、例えばDMDオリゴヌクレオチドは追加の成分を含み、ここで、追加の成分は、受容体介在性エンドサイトーシスによるオリゴヌクレオチドのインターナリゼーションを増加させる。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド、例えばDMDオリゴヌクレオチドは追加の成分を含み、ここで、追加の成分はアプタマーである。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド、例えばDMDオリゴヌクレオチドは追加の成分を含み、ここで、追加の成分はアプタマーであり、これは、ペプチドアプタマーであるか、RNAアプタマーであるか、DNAアプタマーであるか、又はRNAヌクレオチド、DNAヌクレオチド、修飾ヌクレオチド及び/又はアミノ酸及び/又はペプチドを含むアプタマーである。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド、例えばDMDオリゴヌクレオチドは追加の成分を含み、ここで、追加の成分は、受容体に結合するアプタマーである。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド、例えばDMDオリゴヌクレオチドは追加の成分を含み、ここで、追加の成分は、マンノース受容体、マンノース-6-リン酸受容体又はトランスフェリン受容体である受容体に結合するアプタマーである。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド、例えばDMDオリゴヌクレオチドは追加の成分を含み、ここで、追加の成分は、オリゴヌクレオチドのインターナリゼーションを増加させるアプタマーである。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド、例えばDMDオリゴヌクレオチドは追加の成分を含み、ここで、追加の成分は、受容体介在性エンドサイトーシスによるオリゴヌクレオチドのインターナリゼーションを増加させるアプタマーである。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド、例えばDMDオリゴヌクレオチドは追加の成分を含み、ここで、追加の成分はペプチドであるか又はそれを含む。一部の実施形態において、ペプチドは細胞透過性ペプチド(CPP)である。一部の実施形態において、CPPはアルギニンリッチである。一部の実施形態において、CPPはRRQPPRSISSHPC又はRRQPPRSISSHPのアミノ酸配列を有するか又はそれを含む。
ペプチドをDMDオリゴヌクレオチドにコンジュゲートする手順の非限定的な例をここに示す。
一部の実施形態において、ペプチドは、RC又はRRCのアミノ酸配列を含む。一部の実施形態において、ペプチドは、

のいずれか一方の構造を含む。
提供されるオリゴヌクレオチド、例えばDMDオリゴヌクレオチドは、細胞透過性ペプチドにPMOとしてコンジュゲートされ得る。Yokota et al. 2012 Nucl. Acid Ther. 22: 306;Wu et al. 2009 Mol. Ther. 17: 864-871;Goyenvalle et al. 2010 Mol. Ther. 18, 198-205;Jearawiriyapaisarn et al. 2010 Cardiovasc. Res. 85, 444-453.;Crisp et al. 2011 Hum. Mol. Genet. 20, 413-421;Widrick et al. 2011;Wu et al. 2011 PLoS One 6, e19906。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド、例えばDMDオリゴヌクレオチドを含む組成物は、1つ以上のペプチド及び/又はペプチドタグを含む。一部の実施形態において、ペプチドは筋肉ターゲティングヘプタペプチド(MSP)であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、筋肉ターゲティングヘプタペプチドの配列は、ASSLNIAXBの配列であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、ペプチドは細胞透過性ペプチドであるか又はそれを含む。一部の実施形態において、細胞透過性ペプチドの配列は多数のアルギニンを含む。一部の実施形態において、細胞透過性ペプチドの配列は、RXRRBRRXRRBRXBであるか又はそれを含む。
一部の実施形態において、ペプチドの配列は、ASSLNIAXB、RXRRBRRXRRBRXB、RXRRXRRXRRXRXB、ASSLNIAXB-RXRRBRRXRRBRXB、RXRRBRRXRRBRXB-ASSLNIAXBの配列又はASSLNIAXBとRXRRBRRXRRBRXB又はRXRRXRRXRRXRXBのいずれか一方との両方を含む任意の配列(式中、RはL-アルギニンであり、Xは6-アミノヘキサン酸であり、及びBはβアラニンである)であるか又はそれを含む。
本開示では、アルギニンリッチ細胞透過性ペプチド(B-ペプチド)に融合した筋肉ターゲティングヘプタペプチド(MSP)が、提供されるオリゴヌクレオチドにコンジュゲートされ得る。Yin et al. 2009 Hum. Mol. Genet. 18: 4405-4414。Yokota et al. 2009 Arch. Neurol. 66: 32。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド、例えばDMDオリゴヌクレオチドを含む組成物は、アニスアミド又はその誘導体を含む。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド、例えばDMDオリゴヌクレオチドを含む組成物は、1つ以上のグアニジニウム基を含む。vPMOは、報告によれば、細胞への侵入を可能にする8個の末端グアニジニウム基をデンドリマー足場上に含有する送達部分とコンジュゲートしたモルホリノオリゴマーである。Morcos et al. 2008 Biotechniques 45: 613-618;Yokota et al. 2012 Nucl. Acid Ther. 22: 306。
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド、例えばDMDオリゴヌクレオチドは、リーシュを用いて送達される。リーシュの非限定的な例は、Gebski et al. 2003 Hum. Mol. Gen. 12: 1801-1811に報告される。
一部の実施形態において、追加の化学的部分は、コレステロール;L-カルニチン(アミド及びカルバメート結合);葉酸;切断可能な脂質(1,2-ジラウリン及びエステル結合);インスリン受容体リガンド;ガンボギン酸;CPP;グルコース(トリアンテナ及びヘキサアンテナ型);又はマンノース(トリアンテナ及びヘキサアンテナ型、α及びβ)である。
特定の化学的部分、例えば、脂質部分、炭水化物部分、ターゲティング部分等、及びかかる部分をオリゴヌクレオチド鎖に(例えば、糖、核酸塩基、インターヌクレオチド結合等を介して)連結するリンカー部分については、例として本表に記載される;一部のかかる化学的部分及びリンカー部分並びにそれらの調製、オリゴヌクレオチド鎖とのコンジュゲーション及び使用のための関連技術については、例えば、国際公開第2017/062862号、国際公開第2017/192679号、国際公開第2017/210647号等に記載されている。
脂質
一部の実施形態において、追加の化学的部分/成分は脂質部分である。一部の実施形態において、本開示により提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、1つ以上の脂質を更に含む。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドに脂質部分を取り込むと、予想外にも、大幅に改良された特性(例えば、活性、毒性、分布、薬物動態等)がもたらされ得る。
組成物は、活性化合物を脂質と組み合わせることにより入手され得る。一部の実施形態において、脂質は活性化合物にコンジュゲートされる。一部の実施形態において、脂質は活性化合物にコンジュゲートされない。一部の実施形態において、脂質は、C10~C40直鎖飽和又は部分不飽和脂肪族鎖を含む。一部の実施形態において、脂質は、任意選択で1つ以上のC1~4脂肪族基により置換されているC10~C40直鎖飽和又は部分不飽和脂肪族鎖を含む。一部の実施形態において、脂質は、C10~C60直鎖飽和又は部分不飽和脂肪族鎖を含む。一部の実施形態において、脂質は、任意選択で1つ以上のC1~4脂肪族基により置換されているC10~C60直鎖飽和又は部分不飽和脂肪族鎖を含む。一部の実施形態において、脂質は、C10~C80直鎖飽和又は部分不飽和脂肪族鎖を含む。一部の実施形態において、脂質は、任意選択で1つ以上のC1~4脂肪族基により置換されているC10~C80直鎖飽和又は部分不飽和脂肪族鎖を含む。一部の実施形態において、脂質は、C10~C100直鎖飽和又は部分不飽和脂肪族鎖を含む。一部の実施形態において、脂質は、任意選択で1つ以上のC1~4脂肪族基により置換されているC10~C100直鎖飽和又は部分不飽和脂肪族鎖を含む。
一部の実施形態において、脂質は、任意選択で置換されているC10~C80飽和又は部分不飽和脂肪族基を含み、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、C~Cアルキレン、C~Cアルケニレン、-C≡C-、C~Cヘテロ脂肪族部分、-C(R’)-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)-、-N(R’)C(O)O-、-OC(O)N(R’)-、-S(O)-、-S(O)-、-S(O)N(R’)-、-N(R’)S(O)-、-SC(O)-、-C(O)S-、-OC(O)-及び-C(O)O-(式中、各可変要素は、独立に、本明細書に定義及び記載されるとおりである)から選択される、任意選択で置換されている基によって置き換えられる。一部の実施形態において、脂質は、任意選択で置換されているC10~C80飽和又は部分不飽和脂肪族鎖を含む。一部の実施形態において、脂質は、任意選択で置換されているC10~C80直鎖飽和又は部分不飽和脂肪族鎖を含む。一部の実施形態において、脂質は、任意選択で1つ以上のC1~4脂肪族基により置換されているC10~C80直鎖飽和又は部分不飽和脂肪族鎖を含む。一部の実施形態において、脂質は、任意選択で置換されているC10~C60飽和又は部分不飽和脂肪族基を含み、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、C~Cアルキレン、C~Cアルケニレン、-C≡C-、C~Cヘテロ脂肪族部分、-C(R’)-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)-、-N(R’)C(O)O-、-OC(O)N(R’)-、-S(O)-、-S(O)-、-S(O)N(R’)-、-N(R’)S(O)-、-SC(O)-、-C(O)S-、-OC(O)-及び-C(O)O-(式中、各可変要素は、独立に、本明細書に定義及び記載されるとおりである)から選択される、任意選択で置換されている基によって置き換えられる。一部の実施形態において、脂質は、任意選択で置換されているC10~C60飽和又は部分不飽和脂肪族鎖を含む。一部の実施形態において、脂質は、任意選択で置換されているC10~C60直鎖飽和又は部分不飽和脂肪族鎖を含む。一部の実施形態において、脂質は、任意選択で1つ以上のC1~4脂肪族基により置換されているC10~C60直鎖飽和又は部分不飽和脂肪族鎖を含む。一部の実施形態において、脂質は、任意選択で置換されているC10~C40飽和又は部分不飽和脂肪族基を含み、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、C~Cアルキレン、C~Cアルケニレン、-C≡C-、C~Cヘテロ脂肪族部分、-C(R’)-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)-、-N(R’)C(O)O-、-OC(O)N(R’)-、-S(O)-、-S(O)-、-S(O)N(R’)-、-N(R’)S(O)-、-SC(O)-、-C(O)S-、-OC(O)-及び-C(O)O-(式中、各可変要素は、独立に、本明細書に定義及び記載されるとおりである)から選択される、任意選択で置換されている基によって置き換えられる。一部の実施形態において、脂質は、任意選択で置換されているC10~C40飽和又は部分不飽和脂肪族鎖を含む。一部の実施形態において、脂質は、任意選択で置換されているC10~C40直鎖飽和又は部分不飽和脂肪族鎖を含む。一部の実施形態において、脂質は、任意選択で1つ以上のC1~4脂肪族基により置換されているC10~C40直鎖飽和又は部分不飽和脂肪族鎖を含む。一部の実施形態において、脂質は、非置換C10~C80直鎖飽和又は部分不飽和脂肪族鎖を含む。一部の実施形態において、脂質は、任意選択で置換されているC10~C80直鎖飽和又は部分不飽和脂肪族鎖を1つのみ含む。一部の実施形態において、脂質は、2つ以上の任意選択で置換されているC10~C80直鎖飽和又は部分不飽和脂肪族鎖を含む。一部の実施形態において、脂質は、非置換C10~C60直鎖飽和又は部分不飽和脂肪族鎖を含む。一部の実施形態において、脂質は、任意選択で置換されているC10~C60直鎖飽和又は部分不飽和脂肪族鎖を1つのみ含む。一部の実施形態において、脂質は、2つ以上の任意選択で置換されているC10~C60直鎖飽和又は部分不飽和脂肪族鎖を含む。一部の実施形態において、脂質は、非置換C10~C40直鎖飽和又は部分不飽和脂肪族鎖を含む。一部の実施形態において、脂質は、任意選択で置換されているC10~C40直鎖飽和又は部分不飽和脂肪族鎖を1つのみ含む。一部の実施形態において、脂質は、2つ以上の任意選択で置換されているC10~C40直鎖飽和又は部分不飽和脂肪族鎖を含む。一部の実施形態において、脂質は、C10~C40直鎖飽和又は部分不飽和脂肪族鎖を含む。一部の実施形態において、脂質は、ラウリン酸、ミリスチン酸、パルミチン酸、ステアリン酸、オレイン酸、リノール酸、αリノレン酸、γリノレン酸、ドコサヘキサエン酸(シス-DHA)、ツルビナル酸及びジリノレイルからなる群から選択される。一部の実施形態において、脂質はオリゴヌクレオチド鎖に(1つ以上のリンカー部分を介するか否かに関わらず)コンジュゲートされない。一部の実施形態において、脂質は、任意選択で1つ以上のリンカー部を介してオリゴヌクレオチド鎖にコンジュゲートされる。
一部の実施形態において、脂質は、ラウリン酸、ミリスチン酸、パルミチン酸、ステアリン酸、オレイン酸、リノール酸、αリノレン酸、γリノレン酸、ドコサヘキサエン酸(シス-DHA)、ツルビナル酸及びジリノレイルからなる群から選択される。一部の実施形態において、脂質は、

のいずれかの構造を有する。一部の実施形態において、活性化合物は、本明細書に記載されるオリゴヌクレオチドである。一部の実施形態において、活性化合物は、ジストロフィンのエクソンのスキッピングを媒介する能力を有するオリゴヌクレオチドである。一部の実施形態において、活性化合物は、ジストロフィンのエクソン51のスキッピングを媒介する能力を有するオリゴヌクレオチドである。一部の実施形態において、活性化合物は、本明細書に記載される任意の核酸の任意の配列を含むか又はそれからなる配列の核酸である。一部の実施形態において、活性化合物は、表A1に挙げられる任意のオリゴヌクレオチドの任意の配列を含むか又はそれからなる配列の核酸である。一部の実施形態において、組成物は脂質及び活性化合物を含み、別の脂質及びターゲティング化合物又は部分から選択される別の成分を更に含む。一部の実施形態において、脂質としては、限定なしに、アミノ脂質;両親媒性脂質;アニオン性脂質;アポリポタンパク質;カチオン性脂質;低分子量カチオン性脂質;CLinDMA及びDLinDMAなどのカチオン性脂質;イオン化可能なカチオン性脂質;クローキング成分;ヘルパー脂質;リポペプチド;中性脂質;中性双性イオン脂質;疎水性小分子;疎水性ビタミン;PEG-脂質;1つ以上の親水性ポリマーで修飾された非荷電脂質;リン脂質;1,2-ジオレオイル-sn-グリセロ-3-ホスホエタノールアミンなどのリン脂質;ステルス脂質;ステロール;コレステロール;及びターゲティング脂質;及び本明細書に記載される又は当技術分野において報告される任意の他の脂質が挙げられる。一部の実施形態において、組成物は、ある脂質と、別の脂質の少なくとも1つ機能を媒介する能力を有する別の脂質の一部分とを含む。一部の実施形態において、ターゲティング化合物又は部分は、化合物(例えば、脂質と活性化合物とを含む組成物)を特定の細胞又は組織又は細胞若しくは組織の部分的な組を標的化する能力を有する。一部の実施形態において、ターゲティング部分は、特定の標的、受容体、タンパク質又は他の細胞内成分の細胞特異的又は組織特異的発現を利用するように設計される;一部の実施形態において、ターゲティング部分は、組成物を細胞又は組織に標的化する、及び/又は標的、受容体、タンパク質又は他の細胞内成分に結合するリガンド(例えば、小分子、抗体、ペプチド、タンパク質、炭水化物、アプタマー等)である。
一部の実施形態において、活性化合物の送達用の脂質部分の取込みは、活性化合物の機能を実現する(例えば、それを妨げない又はそれに干渉しない)。非限定的な例示的脂質としては、ラウリン酸、ミリスチン酸、パルミチン酸、ステアリン酸、オレイン酸、リノール酸、αリノレン酸、γリノレン酸、ドコサヘキサエン酸(シス-DHA)、ツルビナル酸及びジリノレイルが挙げられる。
一部の実施形態において、脂肪酸とのコンジュゲーションなど、脂質コンジュゲーションは、オリゴヌクレオチドの1つ以上の特性を改良し得る。一部の実施形態において、脂質コンジュゲーションは送達を改良する。
一部の実施形態において、実験データによって裏付けられるとおり、脂質とのコンジュゲーションはスキッピング効率を増加させることができる。
一部の実施形態において、活性化合物の送達用組成物は、所望に応じて活性化合物を特定の細胞又は組織に標的化する能力を有する。一部の実施形態において、活性化合物の送達用組成物は、活性化合物を筋細胞又は筋組織に標的化する能力を有する。一部の実施形態において、本開示は、活性化合物の送達に関連する組成物及び方法に関し、ここで、組成物は活性化合物 脂質を含む。筋細胞又は筋組織への一部の実施形態において、脂質は、ラウリン酸、ミリスチン酸、パルミチン酸、ステアリン酸、オレイン酸、リノール酸、αリノレン酸、γリノレン酸、ドコサヘキサエン酸(シス-DHA)、ツルビナル酸及びジリノレイルから選択される。活性化合物(WV-942)と脂質とを含む例示的組成物を調製しており、それらの組成物は、活性化合物を標的細胞及び組織、例えば筋細胞及び筋組織に送達する能力を有した。用いられる例示的な脂質としては、ステアリン酸、オレイン酸、αリノレン酸、γリノレン酸、シス-DHA、ツルビナル酸及びジリノレイル酸が挙げられる。
活性化合物と、ステアリン酸、オレイン酸、αリノレン酸、γリノレン酸、シス-DHA又はツルビナル酸のいずれかとを含む様々な組成物は、腓腹筋組織、心筋組織、四頭筋組織、腓腹筋組織及び横隔膜筋組織を含め、様々な組織に活性化合物を送達することが可能であった。
一部の実施形態において、ラウリン酸、ミリスチン酸、パルミチン酸、ステアリン酸、オレイン酸、リノール酸、αリノレン酸、γリノレン酸、ドコサヘキサエン酸(シス-DHA)、ツルビナル酸及びジリノレイルから選択される脂質と、活性化合物とを含む組成物は、肝外細胞及び組織、例えば筋細胞及び筋組織に活性化合物を送達する能力を有する。
一部の実施形態において、脂質はRLD-OHの構造を有し、式中、RLDは、任意選択で置換されているC10~C80飽和又は部分不飽和脂肪族基であり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、C~Cアルキレン、C~Cアルケニレン、-C≡C-、C~Cヘテロ脂肪族部分、-C(R’)-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)-、-N(R’)C(O)O-、-OC(O)N(R’)-、-S(O)-、-S(O)-、-S(O)N(R’)-、-N(R’)S(O)- -SC(O)-、-C(O)S-、-OC(O)-及び-C(O)O-によって置き換えられる。一部の実施形態において、脂質はRLD-C(O)OHの構造を有する。一部の実施形態において、RLDは、

である。かかるRLD基を含む例示的オリゴヌクレオチドについては、本明細書及び国際公開第2017/062862号(RLDの記載は参照により本明細書に援用される)に記載される。
一部の実施形態において、脂質は活性化合物に任意選択でリンカー部分を介してコンジュゲートされる。一部の実施形態において、リンカーはLである。一部の実施形態において、リンカーはLである。一部の実施形態において、-L-は二価脂肪族鎖を含む。一部の実施形態において、-L-はリン酸基を含む。一部の実施形態において、-L-はホスホロチオエート基を含む。一部の実施形態において、-L-は、-C(O)NH-(CH-OP(=O)(S)-の構造を有する。一部の実施形態において、-L-は、-C(O)NH-(CH-OP(=O)(O)-の構造を有する。
脂質は、任意選択でリンカーを介して、様々な好適な位置でオリゴヌクレオチドにコンジュゲートすることができる。一部の実施形態において、脂質は5’-OH基によってコンジュゲートされる。一部の実施形態において、脂質は3’-OH基によってコンジュゲートされる。一部の実施形態において、脂質は1つ以上の糖部分によってコンジュゲートされる。一部の実施形態において、脂質は1つ以上の塩基によってコンジュゲートされる。一部の実施形態において、脂質は1つ以上のインターヌクレオチド結合によって取り込まれる。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、その5’-OH、3’-OH、糖部分、塩基部分及び/又はインターヌクレオチド結合によって独立にコンジュゲートした多数のコンジュゲート脂質を含有し得る。
一部の実施形態において、組成物は、オリゴヌクレオチド、例えばDMDオリゴヌクレオチドと、ラウリン酸、ミリスチン酸、パルミチン酸、ステアリン酸、オレイン酸、リノール酸、αリノレン酸、γリノレン酸、ドコサヘキサエン酸(シス-DHA)、ツルビナル酸、アラキドン酸及びジリノレイルから選択される脂質とを含み、ここで、脂質は、生物学的に活性な薬剤に直接(脂質と生物学的に活性な薬剤との間に置かれるリンカーなしに)コンジュゲートされる。一部の実施形態において、組成物は、オリゴヌクレオチドと、ラウリン酸、ミリスチン酸、パルミチン酸、ステアリン酸、オレイン酸、リノール酸、αリノレン酸、γリノレン酸、ドコサヘキサエン酸(シス-DHA)、ツルビナル酸及びジリノレイルから選択される脂質とを含み、ここで、脂質は、生物学的に活性な薬剤に直接(脂質と生物学的に活性な薬剤との間に置かれるリンカーなしに)コンジュゲートされる。
一部の実施形態において、組成物は、DMDオリゴヌクレオチドと、当技術分野において公知の任意の脂質とを含み、ここで、脂質はオリゴヌクレオチドにコンジュゲートされるか又はコンジュゲートされない。
脂質並びにその作製方法及びそのコンジュゲート方法の非限定的な例が、例えば、国際公開第2017/062862号(その脂質及び関連する方法は参照により本明細書に援用される)に提供される。
ターゲティング部分
一部の実施形態において、追加の化学的部分/成分はターゲティング部分である。一部の実施形態において、提供される組成物はターゲティング部分を更に含む。一部の実施形態において、ターゲティング部分はオリゴヌクレオチド鎖にコンジュゲートされる。一部の実施形態において、生物学的に活性な薬剤は脂質とオリゴヌクレオチド鎖との両方にコンジュゲートされる。本開示では、例えば脂質、抗体、ペプチド、炭水化物等、様々なターゲティング部分を使用することができる。
ターゲティング部分は、本開示に係る多くの種類の方法を通じて、提供される技術に取り入れることができる。一部の実施形態において、ターゲティング部分はオリゴヌクレオチドと化学的にコンジュゲートされる。
一部の実施形態において、提供される組成物は2つ以上のターゲティング部分を含む。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、2つ以上のコンジュゲートされたターゲティング部分を含む。一部の実施形態において、2つ以上のコンジュゲートされたターゲティング部分は同じである。一部の実施形態において、2つ以上のコンジュゲートされたターゲティング部分は異なる。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、ターゲティング部分を1つのみ含む。一部の実施形態において、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、異なるタイプのコンジュゲートされたターゲティング部分を含む。一部の実施形態において、提供される組成物のオリゴヌクレオチドは、同じタイプのターゲティング部分を含む。
ターゲティング部分はオリゴヌクレオチドに任意選択でリンカーを介してコンジュゲートすることができる。本開示では、当技術分野における各種のリンカーを利用することができる。一部の実施形態において、リンカーはリン酸基を含み、これは、例えば、オリゴヌクレオチド合成に用いられるものと同様のケミストリーによるターゲティング部分のコンジュゲーションに使用することができる。一部の実施形態において、リンカーは、アミド、エステル又はエーテル基を含む。一部の実施形態において、リンカーはLである。一部の実施形態において、リンカーは-L-の構造を有する。ターゲティング部分は、脂質と比較して同じリンカー又は異なるリンカーのいずれによってもコンジュゲートすることができる。
ターゲティング部分は、任意選択でリンカーを介して、様々な好適な位置でオリゴヌクレオチドにコンジュゲートすることができる。一部の実施形態において、ターゲティング部分は5’-OH基によってコンジュゲートされる。一部の実施形態において、ターゲティング部分は3’-OH基によってコンジュゲートされる。一部の実施形態において、ターゲティング部分は1つ以上の糖部分によってコンジュゲートされる。一部の実施形態において、ターゲティング部分は1つ以上の塩基によってコンジュゲートされる。一部の実施形態において、ターゲティング部分は1つ以上のインターヌクレオチド結合によって取り込まれる。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、その5’-OH、3’-OH、糖部分、塩基部分及び/又はインターヌクレオチド結合によって独立にコンジュゲートした多数のコンジュゲートターゲティング部分を含有し得る。ターゲティング部分及び脂質は、同じ位置、隣接する位置及び/又は離れた位置のいずれにもコンジュゲートすることができる。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドの一端にターゲティング部分がコンジュゲートされ、他端に脂質がコンジュゲートされる。
一部の実施形態において、ターゲティング部分は、標的細胞の表面にあるタンパク質と相互作用する。一部の実施形態において、かかる相互作用は標的細胞へのインターナリゼーションを促進する。一部の実施形態において、ターゲティング部分は糖部分を含む。一部の実施形態において、ターゲティング部分はポリペプチド部分を含む。一部の実施形態において、ターゲティング部分は抗体を含む。一部の実施形態において、ターゲティング部分は抗体である。一部の実施形態において、ターゲティング部分は阻害薬である。一部の実施形態において、ターゲティング部分は小分子阻害薬からの部分である。一部の実施形態において、阻害薬は、標的細胞の表面にあるタンパク質の阻害薬である。一部の実施形態において、阻害薬は炭酸脱水酵素阻害薬である。一部の実施形態において、阻害薬は、標的細胞の表面に発現する炭酸脱水酵素阻害薬である。一部の実施形態において、炭酸脱水酵素は、I、II、III、IV、V、VI、VII、VIII、IX、X、XI、XII、XIII、XIV、XV又はXVIである。一部の実施形態において、炭酸脱水酵素は膜結合型である。一部の実施形態において、炭酸脱水酵素は、IV、IX、XII又はXIVである。一部の実施形態において、阻害薬は、IV、IX、XII及び/又はXIVである。一部の実施形態において、阻害薬は炭酸脱水酵素III阻害薬である。一部の実施形態において、阻害薬は炭酸脱水酵素IV阻害薬である。一部の実施形態において、阻害薬は炭酸脱水酵素IX阻害薬である。一部の実施形態において、阻害薬は炭酸脱水酵素XII阻害薬である。一部の実施形態において、阻害薬は炭酸脱水酵素XIV阻害薬である。一部の実施形態において、阻害薬は、スルホンアミドを含むか又はそれである(例えば、Supuran, CT. Nature Rev Drug Discover 2008, 7, 168-181に記載されるもの、このスルホンアミドは参照により本明細書に援用される)。一部の実施形態において、阻害薬はスルホンアミドである。一部の実施形態において、標的細胞は筋細胞である。
一部の実施形態において、ターゲティング部分は、本開示に定義及び記載されるとおりのRLD又はRCD又はRTDである。一部の実施形態において、RCDは、

を含むか又はそれである。一部の実施形態において、RCDは、

を含むか又はそれである。一部の実施形態において、RCDは、

を含むか又はそれである。一部の実施形態において、RTDは、本開示に記載されるとおりのスルホンアミド部分である。一部の実施形態において、RTDは、

を含むか又はそれである。一部の実施形態において、RTD又はRCDは、

を含むか又はそれである。一部の実施形態において、RTD又はRCDは、

を含むか又はそれである。一部の実施形態において、RTDは、

を含むか又はそれである。一部の実施形態において、RTD又はRCDは、

を含むか又はそれである。一部の実施形態において、RTD又はRCDは、

を含むか又はそれである。一部の実施形態において、RTDは、

を含むか又はそれである。一部の実施形態において、RTDは、

を含むか又はそれである。一部の実施形態において、RTD又はRCDは、

を含むか又はそれである。一部の実施形態において、RTD又はRCDは、

を含むか又はそれである。一部の実施形態において、RTDは、

を含むか又はそれである。一部の実施形態において、RTDは、

を含むか又はそれである。一部の実施形態において、RLDは、脂質部分を含むか又はそれであるターゲティング部分である。一部の実施形態において、XはOである。一部の実施形態において、XはSである。
一部の実施形態において、本開示は、様々な部分をオリゴヌクレオチド鎖にコンジュゲートするための技術(例えば、試薬、方法等)を提供する。一部の実施形態において、本開示は、ターゲティング部分をオリゴヌクレオチド鎖にコンジュゲートするための技術を提供する。一部の実施形態において、本開示は、コンジュゲーション用のターゲティング部分を含む酸、例えばRLD-COOHを提供する。一部の実施形態において、本開示は、コンジュゲーション用のリンカー、例えばLLDを提供する。当業者は、本開示におけるオリゴヌクレオチド鎖とのコンジュゲーションに、多くの公知の及び広く実施されている技術を利用し得ることを理解する。一部の実施形態において、提供される酸は、

である。一部の実施形態において、提供される酸は、

である。一部の実施形態において、提供される酸は、

である。一部の実施形態において、提供される酸は、

である。一部の実施形態において、提供される酸は脂肪酸であり、これはターゲティング部分としての脂質部分を提供することができる。一部の実施形態において、本開示は、かかる酸の調製方法及び試薬を提供する。
一部の実施形態において、1つ以上の特性及び/又は活性を改良するため、オリゴヌクレオチドに追加の化学的部分、例えばグアニジン部分を含むものが取り込まれ得る。一部の実施形態において、かかる追加の化学的部分は送達の改良に有用である。一部の実施形態において、追加の化学的部分は、本明細書に記載されるとおりの式I-n-1、式I-n-2、式I-n-3、式I-n-4、式II、式II-a-1、式II-a-2、式II-b-1、式II-b-2、式II-c-1、式II-c-2、式II-d-1又は式II-d-2の構造を有する1つ以上の基を含む。一部の実施形態において、追加の化学的部分は、本明細書に記載されるとおりの式I-n-1、式I-n-2、式I-n-3、式I-n-4、式II-a-1、式II-a-2、式II-b-1、式II-b-2、式II-c-1、式II-c-2、式II-d-1又は式II-d-2の構造を有する1つ以上の基を含む。一部の実施形態において、かかる化学的部分は、式R-[-L-L]n-の構造を有し、式中、各Lは、独立に、本明細書に記載されるとおりの式I-n-1、式I-n-2、式I-n-3、式I-n-4、式II、式II-a-1、式II-a-2、式II-b-1、式II-b-2、式II-c-1、式II-c-2、式II-d-1又は式II-d-2の構造を有し、及び他の各可変要素は、独立に、本明細書に記載されるとおりである。一部の実施形態において、Rは-OHである。一部の実施形態において、Rは-Hである。一部の実施形態において、各Lは、独立に、任意選択で置換されている二価C1~10脂肪族である。一部の実施形態において、各Lは、独立に、-(CH-アルキレンである。一部の実施形態において、各Lは、独立に、C1~6アルキレンである。一部の実施形態において、各Lは、独立に、n001

である。一部の実施形態において、追加の化学的部分は、

である。一部の実施形態において、追加の化学的部分は、オリゴヌクレオチド鎖の5’末端炭素に結合する。一部の実施形態において、これは、例えば、以下に示すものを含めた試薬を使用して取り込まれ得る。

一部の実施形態において、追加の化学的部分は、切断可能な基によってオリゴヌクレオチド鎖に、例えばリン酸基によってオリゴヌクレオチド鎖に(例えば、5’末端炭素で)結合し得る。

一部の実施形態において、Lは、本明細書に記載されるとおりの糖部分である。例えば、一部の実施形態において、Lは、

である。一部の実施形態において、追加の化学的部分は、

である。一部の実施形態において、これはオリゴヌクレオチド鎖の5’末端炭素に結合する。一部の実施形態において、これは、例えば、以下に示すものを含めた試薬を使用して取り込まれ得る。

一部の実施形態において、本明細書に記載される追加の化学的部分は、1つ以上のアルキル鎖を含み得る。一部の実施形態において、本明細書に記載される追加の化学的部分は、1つ以上の脂質部分を含み得る。当業者は、中性インターヌクレオチド結合部分を含めた、Lの多くの他の実施形態を追加の化学的部分、例えばn009に利用し得ることを理解する。一部の実施形態において、追加の化学的部分は、

である。一部の実施形態において、追加の化学的部分は、

である。本明細書に記載されるとおり、一部の実施形態において、追加の化学的部分はオリゴヌクレオチド鎖の5’末端炭素に結合し得る。一部の実施形態において、追加の化学的部分は、例えば、以下に示すものを含めた試薬を使用して取り込まれ得る。

当業者は、本開示において、化合物、例えば、オリゴヌクレオチド、追加の化学的部分を取り込むための試薬等を提供するため、合成化学技術を含めた他の多くの技術を利用し得ることを理解するであろう。
一部の実施形態において、提供される化合物、例えば、試薬、生成物(例えば、オリゴヌクレオチド、アミダイト等)等は、少なくとも10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、75%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、97%又は99%の純度である。一部の実施形態において、純度は少なくとも50%である。一部の実施形態において、純度は少なくとも75%である。一部の実施形態において、純度は少なくとも80%である。一部の実施形態において、純度は少なくとも85%である。一部の実施形態において、純度は少なくとも90%である。一部の実施形態において、純度は少なくとも95%である。一部の実施形態において、純度は少なくとも96%である。一部の実施形態において、純度は少なくとも97%である。一部の実施形態において、純度は少なくとも98%である。一部の実施形態において、純度は少なくとも99%である。
併用療法
一部の実施形態において、対象には、提供されるオリゴヌクレオチド又はオリゴヌクレオチド組成物、例えば、DMDオリゴヌクレオチドを含む組成物に加えて、追加の治療(限定はされないが、療法剤又は方法を含む)が投与される。一部の実施形態において、1つ又は複数のDMDオリゴヌクレオチドを含む組成物(又は2つ以上の組成物、各々がDMDオリゴヌクレオチドを含む)が追加の治療と共に患者に投与される。
一部の実施形態において、本開示は、筋ジストロフィー、デュシェンヌ型(デュシェンヌの)筋ジストロフィー(DMD)又はベッカー型(ベッカーの)筋ジストロフィー(BMD)を治療する方法に関し、この方法は、(a)それに罹り易いか又はそれに罹患している対象に、提供されるオリゴヌクレオチドを含む組成物を投与すること、及び(b)筋ジストロフィーを予防するか、治療するか、改善するか、又はその進行を減速させる能力を有する追加の治療を対象に投与することを含む。一部の実施形態において、追加の治療は、第2のオリゴヌクレオチドを含む組成物である。
一部の実施形態において、追加の治療は、それ自体が筋ジストロフィーを予防するか、治療するか、改善するか、又はその進行を減速させる能力を有する。一部の実施形態において、追加の治療は、提供されるオリゴヌクレオチドと共に投与したとき、筋ジストロフィーを予防するか、治療するか、改善するか、又はその進行を減速させる能力を有する。
一部の実施形態において、追加の治療は、提供されるオリゴヌクレオチド、例えば、提供されるDMDオリゴヌクレオチドを含む組成物の前、その後又はそれと同時に対象に投与される。一部の実施形態において、組成物は、1つ又は複数のDMDオリゴヌクレオチドと追加の治療との両方を含む。一部の実施形態において、1つ又は複数のDMDオリゴヌクレオチドと1つ又は複数の追加の治療とは別個の組成物中にある。一部の実施形態において、本開示は、例えば他の療法剤及び/又は医療手技との併用療法のための技術(例えば、組成物、方法等)を提供する。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチド及び/又は組成物は、1つ以上の他の療法剤と一緒に使用され得る。一部の実施形態において、提供される組成物は、提供されるオリゴヌクレオチドと、1つ以上の他の療法剤とを含む。一部の実施形態において、1つ以上の他の療法剤は、組成物中の提供されるオリゴヌクレオチドと比較して、1つ以上の異なる標的及び/又は標的に対する1つ以上の異なる機構を有し得る。一部の実施形態において、療法剤はオリゴヌクレオチドである。一部の実施形態において、療法剤は小分子薬物である。一部の実施形態において、療法剤はタンパク質である。一部の実施形態において、療法剤は抗体である。本開示では、幾つもの療法剤を利用し得る。例えば、DMDに対するオリゴヌクレオチドが、ユートロフィン産生を調節する1つ以上の療法剤(ユートロフィン調節物質)と一緒に使用され得る。一部の実施形態において、ユートロフィン調節物質はユートロフィン産生を促進する。一部の実施形態において、ユートロフィン調節物質はエズトロミドである。一部の実施形態において、ユートロフィン調節物質は、

又はその薬学的に許容可能な塩である。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチド又はその組成物は、1つ以上の他の療法剤及び/又は医療手技の前、それと同時又はその後に投与される。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチド又はその組成物は、1つ以上の他の療法剤及び/又は医療手技と同時に投与される。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチド又はその組成物は、1つ以上の他の療法剤及び/又は医療手技の前に投与される。一部の実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチド又はその組成物は、1つ以上の他の療法剤及び/又は医療手技の後に投与される。一部の実施形態において、提供される組成物は、1つ以上の他の療法剤を含む。
一部の実施形態において、DMDオリゴヌクレオチドを含む組成物は、目的のDMDエクソンのスキッピングを改良するため、追加の薬剤と共投与される。一部の実施形態において、追加の薬剤は、抗体、オリゴヌクレオチド、タンパク質又は小分子である。一部の実施形態において、追加の薬剤は、スプライシングに関与するタンパク質に干渉する。一部の実施形態において、追加の薬剤は、スプライシングに関与するタンパク質に干渉し、ここで、タンパク質はSRタンパク質である。
一部の実施形態において、追加の薬剤は、スプライシングに関与するタンパク質に干渉し、ここで、タンパク質はSRタンパク質であり、これは、セリン(S)及びアルギニン(R)アミノ酸残基の1つ以上のロングリピートを含むタンパク質ドメインを含有する。SRタンパク質は、報告によれば、細胞内で重度にリン酸化され、構成的及び選択的スプライシングに関与する。Long et al. 2009 Biochem. J. 417: 15-27;Shepard et al. 2009 Genome Biol. 10: 242。一部の実施形態において、追加の薬剤は、SRプロテインキナーゼを阻害する又は低下させる化学的化合物である。一部の実施形態において、SRプロテインキナーゼを阻害し又は低下させる化学的化合物は、SRPIN340である。SRPIN340については、例えば、Fukuhura et al. 2006 Proc. Natl. Acad. Sci. USA 103: 11329-11333に報告されている。一部の実施形態において、化学的化合物は、SRタンパク質をリン酸化することも可能なCdc様キナーゼ(Clk)に特異的なキナーゼ阻害薬である。一部の実施形態において、SRタンパク質をリン酸化することも可能なCdc様キナーゼ(Clk)に特異的なキナーゼ阻害薬は、TG003である。TG003は、報告によれば、インビトロ及びインビボの両方でスプライシングに影響を及ぼした。Nowak et al. 2010 J. Biol. Chem. 285: 5532-5540;Muraki et al. 2004 J. Biol. Chem. 279: 24246-24254;Yomoda et al. 2008 Genes Cells 13: 233-244;及びNishida et al. 2011 Nat Commun. 2:308。
一部の実施形態において、筋ジストロフィーに罹患している患者では、筋組織が脂肪及び結合組織に置き換わり、冒されている筋肉が脂肪含量の増加に起因して大きく見えることがあり、これは仮性肥大として知られる病態である。一部の実施形態において、1つ又は複数のDMDオリゴヌクレオチドを含む組成物が、脂肪、若しくは線維、若しくは結合組織の発達又は脂肪、若しくは線維、若しくは結合組織による筋組織の置換を低減又は予防する治療と共に投与される。
一部の実施形態において、1つ又は複数のDMDオリゴヌクレオチドを含む組成物は、脂肪、若しくは又は線維、若しくは結合組織の発達又は脂肪、若しくは線維、若しくは結合組織による筋組織の置換を低減又は予防する治療と共に投与され、ここで、この治療は、線維化の中心メディエーターである結合組織成長因子(CTGF)に対する抗体(例えば、FG-3019)である。一部の実施形態において、1つ又は複数のDMDオリゴヌクレオチドを含む組成物は、人体の脂肪含量を低減する薬剤と共に投与される。
追加の治療としては、免疫調節薬により疾患の進行を減速させること(例えば、ステロイド及び形質転換成長因子β阻害薬)、筋線維のジストロフィン欠乏を補償し得るタンパク質を誘導又は導入すること(例えば、ユートロフィン、バイグリカン及びラミニン)又は筋肉の再生応答を支えること(例えば、ミオスタチン及びアクチビン2B)が挙げられる。
一部の実施形態において、追加の治療は、筋細胞内の正常なカルシウムバランスを回復させる能力を有する小分子である。
一部の実施形態において、追加の治療は、リアノジン受容体カルシウムチャネル複合体(RyR)と呼ばれるある種のチャネルの活性を修正することにより、筋細胞内の正常なカルシウムバランスを回復させる能力を有する小分子である。一部の実施形態において、かかる小分子は、Rycal ARM210(ARMGO Pharma、Tarry Town, NY)である。
一部の実施形態において、追加の治療はフラボノイドである。
一部の実施形態において、追加の治療は、エピカテキンなどのフラボノイドである。エピカテキンは、カカオの木から採取されるダークチョコレートに見られるフラボノイドであり、動物及びヒトにおいて心臓及び筋肉における新規ミトコンドリアの産生(例えば、ミトコンドリアバイオジェネシス)を増加させると同時に、筋組織の再生を刺激することが報告されている。
一部の実施形態において、追加の治療はフォリスタチン遺伝子療法である。
一部の実施形態において、追加の治療は、フォリスタチン344のアデノ随伴ウイルス送達により筋力を増加させ、筋消耗及び線維化を防ぐことである。
一部の実施形態において、追加の治療はグルココルチコイドである。
一部の実施形態において、追加の治療はプレドニゾンである。
一部の実施形態において、追加の治療はデフラザコートである。
一部の実施形態において、追加の治療はバモロロン(VBP15)である。
一部の実施形態において、追加の治療は、マイクロジストロフィン遺伝子など、外因性ジストロフィン遺伝子又はその合成バージョン若しくは一部分の送達である。
一部の実施形態において、追加の治療は、外因性ジストロフィン遺伝子又はその一部分、例えば、SGT-001などのマイクロジストロフィン遺伝子、合成ジストロフィン遺伝子又はマイクロジストロフィンの送達用のアデノ随伴ウイルス(AAV)ベクター媒介性遺伝子導入システム(Solid BioSciences、Cambridge, Mass.)の送達である。
一部の実施形態において、追加の治療は幹細胞治療である。
一部の実施形態において、追加の治療はステロイドである。
一部の実施形態において、追加の治療はコルチコステロイドである。
一部の実施形態において、追加の治療はプレドニゾンである。
一部の実施形態において、追加の治療はβ-2アゴニストである。
一部の実施形態において、追加の治療はイオンチャネル阻害薬である。
一部の実施形態において、追加の治療はカルシウムチャネル阻害薬である。
一部の実施形態において、追加の治療は、キサンチンであるカルシウムチャネル阻害薬である。一部の実施形態において、追加の治療は、メチルキサンチンであるカルシウムチャネル阻害薬である。一部の実施形態において、追加の治療は、ペントキシフィリンであるカルシウムチャネル阻害薬である。一部の実施形態において、追加の治療は、ペントキシフィリン、フラフィリン、リソフィリン、プロペントフィリン、ペンチフィリン、テオフィリン、トルバフィリン、アルビフィリン、エンプロフィリン及びその誘導体から選択されるメチルキサンチン誘導体であるカルシウムチャネル阻害薬である。
一部の実施形態において、追加の治療は心疾患又は心血管疾患の治療である。
一部の実施形態において、追加の治療は血圧治療薬である。
一部の実施形態において、追加の治療は外科手術である。
一部の実施形態において、追加の治療は、短縮した筋肉を直すか、脊柱を真っすぐにするか、又は心臓若しくは肺の障害を治療する外科手術である。
一部の実施形態において、追加の治療は、装具、歩行器、立位歩行器又は他の機械的歩行補助具である。
一部の実施形態において、追加の治療は運動及び/又は理学療法である。
一部の実施形態において、追加の治療は補助換気である。
一部の実施形態において、追加の治療は、抗痙攣薬、免疫抑制薬又は便秘の治療である。
一部の実施形態において、追加の治療はNF-κB阻害薬である。
一部の実施形態において、追加の治療はサリチル酸及び/又はドコサヘキサエン酸(DHA)を含む。
一部の実施形態において、追加の治療は、サリチル酸及びドコサヘキサエン酸(DHA)のコンジュゲートであるエダサロネクセント(CAT-1004、Catabasis)である。
一部の実施形態において、追加の治療は細胞ベースの療法薬である。
一部の実施形態において、追加の治療は、同種異系カーディオスフェア由来細胞である、それを含む。
一部の実施形態において、追加の治療はCAP-1002(Capricor)である。
可変要素の特定の実施形態
本開示では、可変要素の実施形態を詳細に記載する。当業者は、ある可変要素について記載される実施形態が、任意選択で且つ独立に、他の可変要素についての実施形態と組み合わされ得、及びかかる組み合わせが、適切であればいつでもどこでも、本開示の範囲内にあることを理解する。かかる可変要素であり得るある可変要素(例えば、R、これはRであり得る)を記載するときに与えられる可変要素(例えばR)の実施形態は、概して、同じ可変要素であり得る他の可変要素(例えば、R、これはRであり得る)に適用可能である。多くの可変要素の様々な実施形態は、本開示の他の節にも記載される。
一部の実施形態において、PはP(=W)である。一部の実施形態において、PはPである。一部の実施形態において、PはキラルP(P)である。一部の実施形態において、PはP→B(R’)である。
一部の実施形態において、WはOである。一部の実施形態において、WはSである。一部の実施形態において、WはSeである。一部の実施形態において、Wは-N(-L-R)である。
一部の実施形態において、XはOである。一部の実施形態において、XはSである。一部の実施形態において、Xは-N(-L-R)-である。一部の実施形態において、-L-Rは-Rであり、これは-L-RのR基(例えば、Lの-C(R’)-)と一緒になって二重結合又は本開示に記載されるとおりの環を形成する。一部の実施形態において、XはLである。
一部の実施形態において、YはOである。一部の実施形態において、YはSである。一部の実施形態において、ZはOである。一部の実施形態において、ZはSである。一部の実施形態において、YはOであり、ZはOである。
一部の実施形態において、WはOであり、YはOであり、ZはOである。一部の実施形態において、WはSであり、YはOであり、ZはOである。
一部の実施形態において、Rは-Hである。一部の実施形態において、Rは-L-Rである。一部の実施形態において、Rはハロゲンである。一部の実施形態において、Rは-CNである。一部の実施形態において、Rは-NOである。一部の実施形態において、Rは-L-Si(R)である。一部の実施形態において、Rは-ORである。一部の実施形態において、Rは-SRである。一部の実施形態において、Rは-N(R)である。
一部の実施形態において、Rは、本開示に記載されるとおりのRである。
一部の実施形態において、-X-L-Rは、米国特許出願公開第20150211006号、米国特許出願公開第20150211006号、国際公開第2017015555号、国際公開第2017015575号、国際公開第2017062862号又は国際公開第2017160741号(これらの各々のキラル補助基は参照により本明細書に援用される)に記載されるものなど、例えば、キラル制御されたオリゴヌクレオチド合成において使用されるとおりの、任意選択で置換されているキラル補助基部分を含むか又はそれである(例えば、H-X-L-Rは、任意選択で置換されている(例えば、キャッピングされている)キラル補助基である)。
一部の実施形態において、-X-L-Rは-ORである。一部の実施形態において、-X-L-Rは-OHである。一部の実施形態において、-X-L-Rは-SRである。一部の実施形態において、-X-L-Rは-SHである。
一部の実施形態において、-X-L-Rは-Rである。一部の実施形態において、Rは-CHである。一部の実施形態において、Rは-CHCHである。一部の実施形態において、Rは-CHCHCHである。一部の実施形態において、Rは-CHOCHである。一部の実施形態において、RはCHCHOCH-である。一部の実施形態において、RはPhCHOCH-である。一部の実施形態において、RはHC≡C-CH-である。一部の実施形態において、RはHC-C≡C-CH-である。一部の実施形態において、RはCH=CHCH-である。一部の実施形態において、RはCHSCH-である。一部の実施形態において、Rは-CHCOOCHである。一部の実施形態において、Rは-CHCOOCHCHである。一部の実施形態において、Rは-CHCONHCHである。
一部の実施形態において、-X-L-Rはグアニジン部分である、それを含む。一部の実施形態において、-X-L-Rは、

であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、-X-L-Rは-L-Wであり、式中、Wは、

から選択され、式中、R”は、R’であり、及びnは、0~15である。一部の実施形態において、R’及びR”は、独立に、

である。一部の実施形態において、Lは-O-CHCH-である。一部の実施形態において、nは0~3である。一部の実施形態において、各Rは、独立に、-H、-OCH、-F、-CN、-CH、-NO、-CF又は-OCFである。一部の実施形態において、R’とR”とは同じである。一部の実施形態において、R’とR”とは異なる。
一部の実施形態において、一部の実施形態において、-X-L-Rは、

であり、式中、各R’は、独立に、本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態において、2個の異なる窒素原子上の2つのR’は一緒になって、本開示に記載されるとおりの任意選択で置換されている環を形成する。一部の実施形態において、環は飽和である。一部の実施形態において、環は単環式である。一部の実施形態において、環は3~10員環である。一部の実施形態において、環は3員環である。一部の実施形態において、環は4員環である。一部の実施形態において、環は5員環である。一部の実施形態において、環は6員環である。一部の実施形態において、環は7員環である。一部の実施形態において、環は2個の窒素原子に加えて追加の環ヘテロ原子を有しない。
一部の実施形態において、Rは、本開示に記載されるとおりのRである。一部の実施形態において、Rは-Hである。一部の実施形態において、Rは、本開示に記載されるとおりのRである。
一部の実施形態において、Lは、二価の、任意選択で置換されているメチレン基である。一部の実施形態において、Lは、-CH-である。一部の実施形態において、各Lは、独立に、共有結合又はC1~30脂肪族基と、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族基とから選択される、二価の、任意選択で置換されている直鎖若しくは分枝状の基であり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、C1~6アルキレン、C1~6アルケニレン、-C≡C-、酸素と、窒素と、硫黄と、リンと、ケイ素とから独立に選択される1~5個のヘテロ原子を有する二価C~Cヘテロ脂肪族基、-C(R’)-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)O-、-S(O)-、-S(O)-、-S(O)N(R’)-、-C(O)S-、-C(O)O-、-P(O)(OR’)-、-P(O)(SR’)-、-P(O)(R’)-、-P(O)(NR’)-、-P(S)(OR’)-、-P(S)(SR’)-、-P(S)(R’)-、-P(S)(NR’)-、-P(R’)-、-P(OR’)-、-P(SR’)-、-P(NR’)-、-P(OR’)[B(R’)]-、-OP(O)(OR’)O-、-OP(O)(SR’)O-、-OP(O)(R’)O-、-OP(O)(NR’)O-、-OP(OR’)O-、-OP(SR’)O-、-OP(NR’)O-、-OP(R’)O-又は-OP(OR’)[B(R’)]O-から選択される、任意選択で置換されている基によって置き換えられ、及び1つ以上のCH又は炭素原子は、任意選択で且つ独立に、Cyに置き換えられる。
一部の実施形態において、Lは、共有結合又はC1~30脂肪族基と、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族基とから選択される、二価の、任意選択で置換されている直鎖若しくは分枝状の基であり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、C1~6アルキレン、C1~6アルケニレン、-C≡C-、酸素と、窒素と、硫黄と、リンと、ケイ素とから独立に選択される1~5個のヘテロ原子を有する二価C~Cヘテロ脂肪族基、-C(R’)-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)O-、-S(O)-、-S(O)-、-S(O)N(R’)-、-C(O)S-、-C(O)O-、-P(O)(OR’)-、-P(O)(SR’)-、-P(O)(R’)-、-P(O)(NR’)-、-P(S)(OR’)-、-P(S)(SR’)-、-P(S)(R’)-、-P(S)(NR’)-、-P(R’)-、-P(OR’)-、-P(SR’)-、-P(NR’)-、-P(OR’)[B(R’)]-、-OP(O)(OR’)O-、-OP(O)(SR’)O-、-OP(O)(R’)O-、-OP(O)(NR’)O-、-OP(OR’)O-、-OP(SR’)O-、-OP(NR’)O-、-OP(R’)O-又は-OP(OR’)[B(R’)]O-から選択される、任意選択で置換されている基によって置き換えられ、及び1つ以上のCH又は炭素原子は、任意選択で且つ独立に、Cyに置き換えられる。一部の実施形態において、Lは、共有結合又は二価の、任意選択で置換されている直鎖若しくは分枝状C1~30脂肪族基であり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、C1~6アルキレン、C1~6アルケニレン、-C≡C-、酸素と、窒素と、硫黄と、リンと、ケイ素とから独立に選択される1~5個のヘテロ原子を有する二価C~Cヘテロ脂肪族基、-C(R’)-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)O-、-S(O)-、-S(O)-、-S(O)N(R’)-、-C(O)S-、-C(O)O-、-P(O)(OR’)-、-P(O)(SR’)-、-P(O)(R’)-、-P(O)(NR’)-、-P(S)(OR’)-、-P(S)(SR’)-、-P(S)(R’)-、-P(S)(NR’)-、-P(R’)-、-P(OR’)-、-P(SR’)-、-P(NR’)-、-P(OR’)[B(R’)]-、-OP(O)(OR’)O-、-OP(O)(SR’)O-、-OP(O)(R’)O-、-OP(O)(NR’)O-、-OP(OR’)O-、-OP(SR’)O-、-OP(NR’)O-、-OP(R’)O-又は-OP(OR’)[B(R’)]O-から選択される、任意選択で置換されている基によって置き換えられ、及び1つ以上のCH又は炭素原子は、任意選択で且つ独立に、Cyに置き換えられる。一部の実施形態において、Lは、共有結合又は酸素と、窒素と、硫黄と、リンと、ケイ素とから独立に選択される1~10個のヘテロ原子を有する、二価の、任意選択で置換されている直鎖若しくは分枝状C1~30ヘテロ脂肪族基であり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、C1~6アルキレン、C1~6アルケニレン、-C≡C-、酸素と、窒素と、硫黄と、リンと、ケイ素とから独立に選択される1~5個のヘテロ原子を有する二価C~Cヘテロ脂肪族基、-C(R’)-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)O-、-S(O)-、-S(O)-、-S(O)N(R’)-、-C(O)S-、-C(O)O-、-P(O)(OR’)-、-P(O)(SR’)-、-P(O)(R’)-、-P(O)(NR’)-、-P(S)(OR’)-、-P(S)(SR’)-、-P(S)(R’)-、-P(S)(NR’)-、-P(R’)-、-P(OR’)-、-P(SR’)-、-P(NR’)-、-P(OR’)[B(R’)]-、-OP(O)(OR’)O-、-OP(O)(SR’)O-、-OP(O)(R’)O-、-OP(O)(NR’)O-、-OP(OR’)O-、-OP(SR’)O-、-OP(NR’)O-、-OP(R’)O-又は-OP(OR’)[B(R’)]O-から選択される、任意選択で置換されている基によって置き換えられ、及び1つ以上のCH又は炭素原子は、任意選択で且つ独立に、Cyに置き換えられる。一部の実施形態において、Lは、共有結合又はC1~30脂肪族基と、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族基とから選択される、二価の、任意選択で置換されている直鎖若しくは分枝状の基であり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、C1~6アルキレン、C1~6アルケニレン、-C≡C-、酸素と、窒素と、硫黄と、リンと、ケイ素とから独立に選択される1~5個のヘテロ原子を有する二価C~Cヘテロ脂肪族基、-C(R’)-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)O-、-S(O)-、-S(O)-、-S(O)N(R’)-、-C(O)S-又は-C(O)O-から選択される、任意選択で置換されている基によって置き換えられ、及び1つ以上のCH又は炭素原子は、任意選択で且つ独立に、Cyに置き換えられる。一部の実施形態において、Lは、共有結合又はC1~10脂肪族基と、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1~5個のヘテロ原子を有するC1~10ヘテロ脂肪族基とから選択される、二価の、任意選択で置換されている直鎖若しくは分枝状の基であり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、C1~6アルキレン、C1~6アルケニレン、-C(R’)-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)O-、-S(O)-、-S(O)-、-S(O)N(R’)-、-C(O)S-及び-C(O)O-から選択される、任意選択で置換されている基によって置き換えられ、及び1つ以上のCH又は炭素原子は、任意選択で且つ独立に、Cyに置き換えられる。一部の実施形態において、Lは、共有結合又はC1~10脂肪族基と、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1~5個のヘテロ原子を有するC1~10ヘテロ脂肪族基とから選択される、二価の、任意選択で置換されている直鎖若しくは分枝状の基であり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、-C(R’)-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)O-、-S(O)-、-S(O)-、-S(O)N(R’)-、-C(O)S-及び-C(O)O-から選択される、任意選択で置換されている基によって置き換えられる。
一部の実施形態では、Lは、共有結合である。一部の実施形態では、Lは、任意選択で置換されている二価C1~30脂肪族である。一部の実施形態では、Lは、ホウ素、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1~10個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている二価C1~30ヘテロ脂肪族である。
一部の実施形態では、一価又は二価又は多価何れかの脂肪族部分、例えばL、L、L、Rなどの部分は、その範囲内の(あらゆる任意選択の置換前の)任意の数の炭素原子、例えばC、C、C、C、C、C、C、C、C、C10、C11、C12、C13、C14、C15、C16、C17、C18、C19、C20、C21、C22、C23、C24、C25、C26、C27、C28、C29、C30などを含有し得る。一部の実施形態では、一価又は二価又は多価何れかのヘテロ脂肪族部分、例えばL、Rなどの部分は、その範囲内の(あらゆる任意選択の置換前の)任意の数の炭素原子、例えばC、C、C、C、C、C、C、C、C、C10、C11、C12、C13、C14、C15、C16、C17、C18、C19、C20、C21、C22、C23、C24、C25、C26、C27、C28、C29、C30などを含有し得る。
一部の実施形態において、リンカー、例えば、L、L、L等のメチレン単位は-Cy-で置き換えられ、式中、-Cy-は本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態では、1つ又は複数のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、-O-、-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-S(O)-、-S(O)-、-P(O)(OR’)-、-P(O)(SR’)-、-P(S)(OR’)-又は-P(S)(OR’)-で置換される。一部の実施形態では、メチレン単位は、-O-で置換される。一部の実施形態では、メチレン単位は、-S-で置換される。一部の実施形態では、メチレン単位は、-N(R’)-で置換される。一部の実施形態では、メチレン単位は、-C(O)-で置換される。一部の実施形態では、メチレン単位は、-S(O)-で置換される。一部の実施形態では、メチレン単位は、-S(O)-で置換される。一部の実施形態では、メチレン単位は、-P(O)(OR’)-で置換される。一部の実施形態では、メチレン単位は、-P(O)(SR’)-で置換される。一部の実施形態では、メチレン単位は、-P(O)(R’)-で置換される。一部の実施形態では、メチレン単位は、-P(O)(NR’)-で置換される。一部の実施形態では、メチレン単位は、-P(S)(OR’)-で置換される。一部の実施形態では、メチレン単位は、-P(S)(SR’)-で置換される。一部の実施形態では、メチレン単位は、-P(S)(R’)-で置換される。一部の実施形態では、メチレン単位は、-P(S)(NR’)-で置換される。一部の実施形態では、メチレン単位は、-P(R’)-で置換される。一部の実施形態では、メチレン単位は、-P(OR’)-で置換される。一部の実施形態では、メチレン単位は、-P(SR’)-で置換される。一部の実施形態では、メチレン単位は、-P(NR’)-で置換される。一部の実施形態では、メチレン単位は、-P(OR’)[B(R’)]-で置換される。一部の実施形態では、1つ又は複数のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、-O-、-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-S(O)-、-S(O)-、-P(O)(OR’)-、-P(O)(SR’)-、-P(S)(OR’)-又は-P(S)(OR’)-で置換される。一部の実施形態では、メチレン単位は、-OP(O)(OR’)O-、-OP(O)(SR’)O-、-OP(O)(R’)O-、-OP(O)(NR’)O-、-OP(OR’)O-、-OP(SR’)O-、-OP(NR’)O-、-OP(R’)O-又は-OP(OR’)[B(R’)]O-で置換され、それらの各々は、独立に、インターヌクレオチド結合であり得る。
一部の実施形態では、L又はL(例えば、LがLである場合)は、例えば、R又は糖環に連結されているとき、-CH-である。一部の実施形態では、Lは、-C(R)-であり、ここで、少なくとも1つのRは、水素ではない。一部の実施形態では、Lは、-CHR-である。一部の実施形態では、Rは、水素である。一部の実施形態では、Lは、-CHR-であり、ここで、Rは、水素ではない。一部の実施形態では、-CHR-のCは、キラルである。一部の実施形態では、Lは、-(R)-CHR-であり、ここで、-CHR-のCは、キラルである。一部の実施形態では、Lは、-(S)-CHR-であり、ここで、-CHR-のCは、キラルである。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されているC1~6脂肪族である。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されているC1~6アルキルである。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されているC1~5脂肪族である。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されているC1~5アルキルである。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されているC1~4脂肪族である。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されているC1~4アルキルである。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されているC1~3脂肪族である。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されているC1~3アルキルである。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されているC脂肪族である。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されているメチルである。一部の実施形態では、Rは、C1~6脂肪族である。一部の実施形態では、Rは、C1~6アルキルである。一部の実施形態では、Rは、C1~5脂肪族である。一部の実施形態では、Rは、C1~5アルキルである。一部の実施形態では、Rは、C1~4脂肪族である。一部の実施形態では、Rは、C1~4アルキルである。一部の実施形態では、Rは、C1~3脂肪族である。一部の実施形態では、Rは、C1~3アルキルである。一部の実施形態では、Rは、C脂肪族である。一部の実施形態では、Rは、メチルである。一部の実施形態では、Rは、C1~6ハロ脂肪族である。一部の実施形態では、Rは、C1~6ハロアルキルである。一部の実施形態では、Rは、C1~5ハロ脂肪族である。一部の実施形態では、Rは、C1~5ハロアルキルである。一部の実施形態では、Rは、C1~4ハロ脂肪族である。一部の実施形態では、Rは、C1~4ハロアルキルである。一部の実施形態では、Rは、C1~3ハロ脂肪族である。一部の実施形態では、Rは、C1~3ハロアルキルである。一部の実施形態では、Rは、Cハロ脂肪族である。一部の実施形態では、Rは、1つ又は複数のハロゲンで置換されているメチルである。一部の実施形態では、Rは、-CFである。一部の実施形態では、Lは、任意選択で置換されている-CH=CH-である。一部の実施形態では、Lは、任意選択で置換されている(E)-CH=CH-である。一部の実施形態では、Lは、任意選択で置換されている(Z)-CH=CH-である。一部の実施形態では、Lは、-C≡C-である。
一部の実施形態では、Lは、少なくとも1つのリン原子を含む。一部の実施形態では、Lの少なくとも1つのメチレン単位は、-P(O)(OR’)-、-P(O)(SR’)-、-P(O)(R’)-、-P(O)(NR’)-、-P(S)(OR’)-、-P(S)(SR’)-、-P(S)(R’)-、-P(S)(NR’)-、-P(R’)-、-P(OR’)-、-P(SR’)-、-P(NR’)-、-P(OR’)[B(R’)]-、-OP(O)(OR’)O-、-OP(O)(SR’)O-、-OP(O)(R’)O-、-OP(O)(NR’)O-、-OP(OR’)O-、-OP(SR’)O-、-OP(NR’)O-、-OP(R’)O-又は-OP(OR’)[B(R’)]O-で置換される。
一部の実施形態において、Lは、結合のリン(例えば、Xが共有結合の場合)、例えば、式I、式I-a、式I-b、式I-c、式I-n-1、式I-n-2、式I-n-3、式I-n-4、式II、式II-a-1、式II-a-2、式II-b-1、式II-b-2、式II-c-1、式II-c-2、式II-d-1、式II-d-2又はその塩形態を有する結合のリンに結合する。一部の実施形態において、かかる結合は、インターヌクレオチド結合である。一部の実施形態において、かかる結合は、キラル制御されたインターヌクレオチド結合である。
一部の実施形態において、Lは-Cy-である。一部の実施形態において、Lは-C≡C-である。
一部の実施形態において、Lは、二価の、任意選択で置換されている直鎖又は分枝状C1~30脂肪族基であり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、本開示に記載されるとおり置き換えられる。一部の実施形態において、Lは、1~10個のヘテロ原子を有する、二価の、任意選択で置換されている直鎖又は分枝状C1~30ヘテロ脂肪族基であり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、本開示に記載されるとおり置き換えられる。
一部の実施形態において、本開示における、例えば、L、R(Rであり得る任意の可変要素を含む)等のヘテロ脂肪族基は、

部分を含む。一部の実施形態において、=N-はリン原子に直接結合する。一部の実施形態において、ヘテロ脂肪族基は、

部分を含む。一部の実施形態において、ヘテロ脂肪族基は、

部分を含む。一部の実施形態において、かかる部分はリン原子に直接結合する。一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されているC1~6脂肪族である。一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されているC1~6アルキルである。一部の実施形態において、Rはイソプロピルである。
一部の実施形態において、-Cy-は、任意選択で置換されている二価単環式、二環式又は多環式C3~20脂環族である。一部の実施形態において、-Cy-は、任意選択で置換されている二価単環式、二環式又は多環式C6~20アリールである。一部の実施形態において、-Cy-は、1~5個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている単環式、二環式又は多環式3~20員環ヘテロシクリル環である。一部の実施形態において、-Cy-は、1~5個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている単環式、二環式又は多環式5~20員環ヘテロシクリル環であり、ここで、少なくとも1つのヘテロ原子は酸素である。一部の実施形態において、-Cy-は3~10員環である。一部の実施形態において、-Cy-は3員環である。一部の実施形態において、-Cy-は4員環である。一部の実施形態において、-Cy-は5員環である。一部の実施形態において、-Cy-は6員環である。一部の実施形態において、-Cy-は7員環である。一部の実施形態において、-Cy-は8員環である。一部の実施形態において、-Cy-は9員環である。一部の実施形態において、-Cy-は10員環である。一部の実施形態において、-Cy-は、任意選択で置換されている二価テトラヒドロフラン環である。一部の実施形態において、-Cy-は、任意選択で置換されているフラノース部分である。一部の実施形態において、-Cy-は、1~4個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている二価5員環ヘテロアリール環である。一部の実施形態において、少なくとも1つのヘテロ原子が窒素である。一部の実施形態において、各ヘテロ原子が窒素である。一部の実施形態において、-Cy-は、任意選択で置換されている二価トリアゾール環である。一部の実施形態において、一部の実施形態において、-Cy-は、任意選択で置換されている

である。一部の実施形態において、-Cy-は、

である。一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されているC1~6脂肪族である。一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されているC1~6アルキルである。一部の実施形態において、Rはイソプロピルである。
一部の実施形態では、Cyは、C3~20脂環、C6~20アリール環並びに酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1~10個のヘテロ原子を有する5~20員ヘテロアリール環並びに酸素、窒素、硫黄、リン、ホウ素及びケイ素から独立に選択される1~10個のヘテロ原子を有する3~20員ヘテロシクリル環から選択される、任意選択で置換されている三価又は四価の基である。一部の実施形態において、Cyは三価である。一部の実施形態において、Cyは四価である。一部の実施形態において、部分、例えば、L、L、L等における1つ以上のCHは、独立に、三価Cy基で置換されている。一部の実施形態において、部分、例えば、L、L、L等における1個以上の炭素原子は、独立に、四価Cy基で置換されている。一部の実施形態において、部分、例えば、L、L、L等における1つ以上のCHは、独立に、三価Cy基で置換されており、及び部分、例えば、L、L、L等における1個以上の炭素原子は、独立に、四価Cy基で置換されている。
一部の実施形態において、Cyは単環式である。一部の実施形態において、Cyは二環式である。一部の実施形態において、Cyは多環式である。
一部の実施形態では、Cyは、飽和である。一部の実施形態では、Cyは、部分不飽和である。一部の実施形態では、Cyは、芳香族である。一部の実施形態では、Cyは、飽和環部分であるか又はそれを含む。一部の実施形態では、Cyは、部分不飽和環部分であるか又はそれを含む。一部の実施形態では、Cyは、芳香環部分であるか又はそれを含む。
一部の実施形態では、Cyは、本開示に記載されるとおり、任意選択で置換されているC3~20脂環(例えば、四価を除くRについて記載されるもの)である。一部の実施形態では、環は、任意選択で置換されている飽和C3~20脂環である。一部の実施形態では、環は、任意選択で置換されている部分不飽和C3~20脂環である。脂環は、本開示に記載されるような様々なサイズのものであり得る。一部の実施形態では、環は、3、4、5、6、7、8、9又は10員である。一部の実施形態では、環は、3員である。一部の実施形態では、環は、4員である。一部の実施形態では、環は、5員である。一部の実施形態では、環は、6員である。一部の実施形態では、環は、7員である。一部の実施形態では、環は、8員である。一部の実施形態では、環は、9員である。一部の実施形態では、環は、10員である。一部の実施形態では、環は、任意選択で置換されているシクロプロピル部分である。一部の実施形態では、環は、任意選択で置換されているシクロブチル部分である。一部の実施形態では、環は、任意選択で置換されているシクロペンチル部分である。一部の実施形態では、環は、任意選択で置換されているシクロヘキシル部分である。一部の実施形態では、環は、任意選択で置換されているシクロヘプチル部分である。一部の実施形態では、環は、任意選択で置換されているシクロオクタニル部分である。一部の実施形態では、脂環は、シクロアルキル環である。一部の実施形態では、脂環は、単環式である。一部の実施形態では、脂環は、二環式である。一部の実施形態では、脂環は、多環式である。一部の実施形態では、環は、より多くの原子価を有するRについて本開示に記載されるような脂環式部分である。
一部の実施形態では、Cyは、任意選択で置換されている6~20員アリール環である。一部の実施形態では、環は、任意選択で置換されている三価又は四価フェニル部分である。一部の実施形態では、環は、四価フェニル部分である。一部の実施形態では、環は、任意選択で置換されているナフタレン部分である。環は、本開示に記載されるとおり、様々なサイズであり得る。一部の実施形態では、アリール環は、6員である。一部の実施形態では、アリール環は、10員である。一部の実施形態では、アリール環は、14員である。一部の実施形態では、アリール環は、単環式である。一部の実施形態では、アリール環は、二環式である。一部の実施形態では、アリール環は、多環式である。一部の実施形態では、環は、より多くの原子価を有するRについて本開示に記載されるようなアリール部分である。
一部の実施形態において、Cyは、例えば、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1~10個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている5~20員環ヘテロアリール環である。一部の実施形態において、Cyは、例えば、酸素、窒素及び硫黄から独立に選択される1~10個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている5~20員環ヘテロアリール環である。一部の実施形態において、Cyは、例えば、酸素、窒素及び硫黄から独立に選択される1~4個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている5~6員環ヘテロアリール環である。一部の実施形態において、Cyは、例えば、酸素、窒素及び硫黄から独立に選択される1~4個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている5員環ヘテロアリール環である。一部の実施形態において、Cyは、例えば、酸素、窒素及び硫黄から独立に選択される1~4個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている6員環ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、本開示に記載されるとおり、ヘテロアリール環は、様々なサイズであり得、また、様々な数及び/又は種類のヘテロ原子を含有し得る。一部の実施形態では、ヘテロアリール環は、1個のヘテロ原子のみを含む。一部の実施形態では、ヘテロアリール環は、2個以上のヘテロ原子を含有する。一部の実施形態では、ヘテロアリール環は、1種のヘテロ原子のみを含む。一部の実施形態では、ヘテロアリール環は、2種以上のヘテロ原子を含有する。一部の実施形態では、ヘテロアリール環は、5員である。一部の実施形態では、ヘテロアリール環は、6員である。一部の実施形態では、ヘテロアリール環は、8員である。一部の実施形態では、ヘテロアリール環は、9員である。一部の実施形態では、ヘテロアリール環は、10員である。一部の実施形態では、ヘテロアリール環は、単環式である。一部の実施形態では、ヘテロアリール環は、二環式である。一部の実施形態では、ヘテロアリール環は、多環式である。一部の実施形態では、ヘテロアリール環は、核酸塩基部分、例えばA、T、C、G、Uなどである。一部の実施形態では、環は、より多くの原子価を有するRについて本開示に記載されるようなヘテロアリール部分である。一部の実施形態において、本開示に記載されるリンカーにあるように、Cy
一部の実施形態では、Cyは、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1~10個のヘテロ原子を有する、3~20員ヘテロシクリル環である。一部の実施形態では、Cyは、酸素、窒素及び硫黄から独立に選択される1~10個のヘテロ原子を有する、3~20員ヘテロシクリル環である。一部の実施形態では、ヘテロシクリル環は、飽和である。一部の実施形態では、ヘテロシクリル環は、部分不飽和である。ヘテロシクリル環は、本開示に記載されるとおり、様々なサイズであり得る。一部の実施形態では、環は、3、4、5、6、7、8、9又は10員である。一部の実施形態では、環は、3員である。一部の実施形態では、環は、4員である。一部の実施形態では、環は、5員である。一部の実施形態では、環は、6員である。一部の実施形態では、環は、7員である。一部の実施形態では、環は、8員である。一部の実施形態では、環は、9員である。一部の実施形態では、環は、10員である。ヘテロシクリル環は、様々な数及び/又は種類のヘテロ原子を含有し得る。一部の実施形態では、ヘテロシクリル環は、1個のヘテロ原子のみを含む。一部の実施形態では、ヘテロシクリル環は、2個以上のヘテロ原子を含有する。一部の実施形態では、ヘテロシクリル環は、1種のヘテロ原子のみを含む。一部の実施形態では、ヘテロシクリル環は、2種以上のヘテロ原子を含有する。一部の実施形態では、ヘテロシクリル環は、単環式である。一部の実施形態では、ヘテロシクリル環は、二環式である。一部の実施形態では、ヘテロシクリル環は、多環式である。一部の実施形態では、環は、より多くの原子価を有するRについて本開示に記載されるようなヘテロシクリル部分である。
当業者に容易に理解されるように、本開示には多くの好適な環部分が詳細に記載されており、これらは、本開示に従って使用することができ、そうしたものとして、例えばRについて記載したもの(これは、Cyの場合、より多くの原子価を有し得る)などがある。
一部の実施形態では、Cyは、核酸中の糖部分である。一部の実施形態では、Cyは、任意選択で置換されているフラノース部分である。一部の実施形態では、Cyは、ピラノース部分である。一部の実施形態では、Cyは、DNAに見出される、任意選択で置換されているフラノース部分である。一部の実施形態では、Cyは、RNAに見出される、任意選択で置換されているフラノース部分である。一部の実施形態では、Cyは、任意選択で置換されている2’-デオキシリボフラノース部分である。一部の実施形態では、Cyは、任意選択で置換されているリボフラノース部分である。一部の実施形態では、置換は、本開示に記載されるような糖修飾を提供する。一部の実施形態では、任意選択で置換されている2’-デオキシリボフラノース部分及び/又は任意選択で置換されているリボフラノース部分は、2’-位に置換を含む。一部の実施形態では、2’-位は、本開示に記載されるとおりの2’-修飾である。一部の実施形態では、2’-修飾は、-Fである。一部の実施形態では、2’-修飾は、-ORであり、Rは、本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態では、Rは、水素ではない。一部の実施形態では、Cyは、修飾糖部分、例えばLNA、α-L-LNA又はGNA中の糖部分である。一部の実施形態では、Cyは、修飾糖部分、例えばENA中の糖部分である。一部の実施形態では、Cyは、インターヌクレオチド結合と核酸塩基を連結するオリゴヌクレオチドの末端糖部分である。一部の実施形態では、Cyは、例えば、その末端が、任意選択で、リンカーを介して固体支持体に連結される場合、オリゴヌクレオチドの末端糖部分である。一部の実施形態では、Cyは、2つのインターヌクレオチド結合と核酸塩基を連結する糖部分である。糖及び糖部分の例は、本開示に詳細に記載されている。
一部の実施形態では、Cyは、核酸塩基部分である。一部の実施形態では、核酸塩基は、A、T、C、G、Uなど、天然の核酸塩基である。一部の実施形態では、核酸塩基は、修飾核酸塩基である。一部の実施形態では、Cyは、A、T、C、G、U及び5mCから選択される、任意選択で置換されている核酸塩基部分である。核酸塩基及び核酸塩基部分の例は、本開示に詳細に記載されている。
一部の実施形態では、2つのCy部分は、互いに結合されており、ここで、一方のCyは、糖部分であり、他方は、核酸塩基部分である。一部の実施形態では、こうした糖部分及び核酸塩基部分は、ヌクレオシド部分を形成する。一部の実施形態では、ヌクレオシド部分は、天然である。一部の実施形態では、ヌクレオシド部分は、修飾されている。一部の実施形態では、Cyは、アデノシン、5-メチルウリジン、シチジン、グアノシン、ウリジン、5-メチルシチジン、2’-デオキシアデノシン、チミジン、2’-デオキシシチジン、2’-デオキシグアノシン、2’-デオキシウリジン及び5-メチル-2’-デオキシシチジンから選択される、任意選択で置換されている天然ヌクレオシド部分である。ヌクレオシド及びヌクレオシド部分の例は、本開示に詳細に記載されている。
環Aは、一価、二価又は多価のいずれであり得る。一部の実施形態において、環Aは一価である(例えば、gが0であり、置換がないとき)。一部の実施形態において、環Aは二価である。一部の実施形態において、環Aは多価である。一部の実施形態において、環Aは二価であり、及び-Cy-である。一部の実施形態において、環Aは、任意選択で置換されている二価トリアゾール環である。一部の実施形態において、環Aは三価であり、及びCyである。一部の実施形態において、環Aは四価であり、及びCyである。一部の実施形態において、環Aは、任意選択で置換されている

である。
一部の実施形態において、-X-L-Rは、任意選択で置換されているアルキニルである。一部の実施形態において、-X-L-Rは-C≡CHである。一部の実施形態において、アルキニル基、例えば-C≡CHは様々な反応を通じて幾つもの試薬と反応することができ、更なる修飾をもたらし得る。例えば、一部の実施形態において、アルキニル基はクリックケミストリーを通じてアジドと反応することができる。一部の実施形態において、アジドはR-Nの構造を有する。
一部の実施形態において、本開示に記載されるとおり、各Rは、独立に、-H、ハロゲン、-CN、-N、-NO、-NO、-L-R’、-L-Si(R)、-L-OR’、-L-SR’、-L-N(R’)、-O-L-R’、-O-L-Si(R)、-O-L-OR’、-O-LSR’又は-O-LN(R’)である。
一部の実施形態において、RはR’であり、式中、R’は本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態において、RはRであり、式中、Rは本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されているC1~6脂肪族である。一部の実施形態において、Rはメチルである。一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されているC1~30ヘテロ脂肪族である。一部の実施形態において、Rは1つ以上のケイ素原子を含む。一部の実施形態において、Rは-CHSi(Ph)CHである。
一部の実施形態において、Rは-L-R’である。一部の実施形態において、Rは-L-R’であり、式中、-L-は、二価の、任意選択で置換されているC1~30ヘテロ脂肪族基である。一部の実施形態において、Rは-CHSi(Ph)CHである。
一部の実施形態において、Rは-Fである。一部の実施形態において、Rは-Clである。一部の実施形態において、Rは-Brである。一部の実施形態において、Rは-Iである。一部の実施形態において、Rは-CNである。一部の実施形態において、Rは-Nである。一部の実施形態において、Rは-NOである。一部の実施形態において、Rは-NOである。一部の実施形態において、Rは-L-Si(R)である。一部の実施形態において、Rは-Si(R)である。一部の実施形態において、Rは-L-R’である。一部の実施形態において、Rは-R’である。一部の実施形態において、Rは-L-OR’である。一部の実施形態において、Rは-OR’である。一部の実施形態において、Rは-L-SR’である。一部の実施形態において、Rは-SR’である。一部の実施形態において、Rは-L-N(R’)である。一部の実施形態において、Rは-N(R’)である。一部の実施形態において、Rは-O-L-R’である。一部の実施形態において、Rは-O-L-Si(R)である。一部の実施形態において、Rは-O-L-OR’である。一部の実施形態において、Rは-O-L-SR’である。一部の実施形態において、Rは-O-L-N(R’)である。一部の実施形態において、Rは、本開示に記載されるとおりの2’-修飾である。一部の実施形態において、Rは-ORであり、式中、Rは本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態において、Rは-ORであり、式中、Rは、任意選択で置換されているC1~6脂肪族である。一部の実施形態において、Rは-OMeである。一部の実施形態において、Rは-OCHCHOMeである。一部の実施形態において、Rは、本開示に記載されるとおりのR1s、R2s、R3s、R4s又はR5sである。
一部の実施形態において、gは0~20である。一部の実施形態において、gは1~20である。一部の実施形態において、gは1~5である。一部の実施形態において、gは1である。一部の実施形態において、gは2である。一部の実施形態において、gは3である。一部の実施形態において、gは4である。一部の実施形態において、gは5である。一部の実施形態において、gは6である。一部の実施形態において、gは7である。一部の実施形態において、gは8である。一部の実施形態において、gは9である。一部の実施形態において、gは10である。一部の実施形態において、gは11である。一部の実施形態において、gは12である。一部の実施形態において、gは13である。一部の実施形態において、gは14である。一部の実施形態において、gは15である。一部の実施形態において、gは16である。一部の実施形態において、gは17である。一部の実施形態において、gは18である。一部の実施形態において、gは19である。一部の実施形態において、gは20である。
一部の実施形態において、

は、

である。一部の実施形態において、

は、

である。一部の実施形態において、

は、

である。
一部の実施形態において、各環Aは、独立に、例えば、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される0~10個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている3~20員環単環式、二環式又は多環式環である。一部の実施形態において、環Aは、任意選択で置換されている環であり、この環は本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態において、環Aは酸素環原子を含む。一部の実施形態において、環Aは糖部分の環であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、環は、

である。一部の実施形態において、環は、

である。一部の実施形態において、環は、

である。一部の実施形態において、環は、例えばLNAの糖部分に見られる二環式環である。
一部の実施形態において、糖単位は、構造

のものであり、式中、各可変要素は、独立に、本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態において、ヌクレオシド単位は、構造

のものであり、式中、各可変要素は、独立に、本開示に記載されるとおりである。
一部の実施形態において、Lは-C(R5s-であり、及び

は本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態において、Lは-CHR5s-であり、及び

は本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態において、Lは-C(R)-であり、及び

は本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態において、Lは-CHR-であり、及び

は本開示に記載されるとおりである。
一部の実施形態において、

は、

であり、BAはC1において連結され、R1s、R2s、R3s、R4s及びR5sの各々は、独立に、本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態において、

は、

であり、式中、R2sは本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態において、

は、

であり、式中、R2sは-OHでない。一部の実施形態において、

は、

であり、式中、R2s及びR4sはRであり、これらの2つのR基がそれらの介在原子と一緒になって、任意選択で置換されている環を形成する。一部の実施形態において、

又は環Aは、任意選択で置換されている

である。一部の実施形態において、

又は環Aは、

である。一部の実施形態において、

又は環Aは、

である。
一部の実施形態では、R1S、R2S、R3S、R4S及びR5Sの各々は、独立に、Rであり、ここで、Rは、本開示に記載されるとおりである。
一部の実施形態では、R1Sは、Rであり、ここで、Rは、本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態では、R1Sは、1’-位にある(BAは、1’-位にある)。一部の実施形態では、R1Sは、-Hである。一部の実施形態では、R1Sは、-Fである。一部の実施形態では、R1Sは、-Clである。一部の実施形態では、R1Sは、-Brである。一部の実施形態では、R1Sは、-Iである。一部の実施形態では、R1Sは、-CNである。一部の実施形態では、R1Sは、-Nである。一部の実施形態では、R1Sは、-NOである。一部の実施形態では、R1Sは、-NOである。一部の実施形態では、R1Sは、-L-R’である。一部の実施形態では、R1Sは、-R’である。一部の実施形態では、R1Sは、-L-OR’である。一部の実施形態では、R1Sは、-OR’である。一部の実施形態では、R1Sは、-L-SR’である。一部の実施形態では、R1Sは、-SR’である。一部の実施形態では、R1Sは、L-L-N(R’)である。一部の実施形態では、R1Sは、-N(R’)である。一部の実施形態では、R1Sは、-OR’であり、ここで、R’は、任意選択で置換されているC1~6脂肪族である。一部の実施形態では、R1Sは、-OR’であり、ここで、R’は、任意選択で置換されているC1~6アルキルである。一部の実施形態では、R1Sは、-OMeである。一部の実施形態では、R1Sは、-MOEである。一部の実施形態では、R1Sは、水素である。一部の実施形態では、一方の1’-位のRは、水素であり、他方の1’-位のRは、本明細書に記載のとおり、水素ではない。一部の実施形態では、両方の1’-位のRが、水素である。一部の実施形態では、一方の1’-位のRは、水素であり、他方の1’-位は、インターヌクレオチド結合に連結されている。一部の実施形態では、R1Sは、-Fである。一部の実施形態では、R1Sは、-Clである。一部の実施形態では、R1Sは、-Brである。一部の実施形態では、R1Sは、-Iである。一部の実施形態では、R1Sは、-CNである。一部の実施形態では、R1Sは、-Nである。一部の実施形態では、R1Sは、-NOである。一部の実施形態では、R1Sは、-NOである。一部の実施形態では、R1Sは、-L-R’である。一部の実施形態では、R1Sは、-R’である。一部の実施形態では、R1Sは、-L-OR’である。一部の実施形態では、R1Sは、-OR’である。一部の実施形態では、R1Sは、-L-SR’である。一部の実施形態では、R1Sは、-SR’である。一部の実施形態では、R1Sは、-L-N(R’)である。一部の実施形態では、R1Sは、-N(R’)である。一部の実施形態では、R1Sは、-OR’であり、ここで、R’は、任意選択で置換されているC1~6脂肪族である。一部の実施形態では、R1Sは、-OR’であり、ここで、R’は、任意選択で置換されているC1~6アルキルである。一部の実施形態では、R1Sは、-OHである。一部の実施形態では、R1Sは、-OMeである。一部の実施形態では、R1Sは、-MOEである。一部の実施形態では、R1Sは、水素である。一部の実施形態では、一方の1’-位のR1Sは、水素であり、他方の1’-位のR1Sは、本明細書に記載のとおり、水素ではない。一部の実施形態では、両方の1’-位のR1Sが、水素である。一部の実施形態では、R1Sは、-O-L-OR’である。一部の実施形態では、R1Sは、-O-L-OR’であり、ここで、Lは、任意選択で置換されているC1~6アルキレンであり、R’は、任意選択で置換されているC1~6脂肪族である。一部の実施形態では、R1Sは、-O-(任意選択で置換されているC1~6アルキレン)-OR’である。一部の実施形態では、R1Sは、-O-(任意選択で置換されているC1~6アルキレン)-OR’であり、ここで、R’は、任意選択で置換されているC1~6アルキルである。一部の実施形態では、R1Sは、-OCHCHOMeである。
一部の実施形態では、R2Sは、Rであり、ここで、Rは、本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態では、2’-位に2つのR2Sがあるとき、一方のR2Sは、-Hであり、他方はそうではない。一部の実施形態では、R2Sは、2’-位にある(BAは、1’-位にある)。一部の実施形態では、R2Sは、-Hである。一部の実施形態では、R2Sは、-Fである。一部の実施形態では、R2Sは、-Clである。一部の実施形態では、R2Sは、-Brである。一部の実施形態では、R2Sは、-Iである。一部の実施形態では、R2Sは、-CNである。一部の実施形態では、R2Sは、-Nである。一部の実施形態では、R2Sは、-NOである。一部の実施形態では、R2Sは、-NOである。一部の実施形態では、R2Sは、-L-R’である。一部の実施形態では、R2Sは、-R’である。一部の実施形態では、R2Sは、-L-OR’である。一部の実施形態では、R2Sは、-OR’である。一部の実施形態では、R2Sは、-L-SR’である。一部の実施形態では、R2Sは、-SR’である。一部の実施形態では、R2Sは、L-L-N(R’)である。一部の実施形態では、R2Sは、-N(R’)である。一部の実施形態では、R2Sは、-OR’であり、ここで、R’は、任意選択で置換されているC1~6脂肪族である。一部の実施形態では、R2Sは、-OR’であり、ここで、R’は、任意選択で置換されているC1~6アルキルである。一部の実施形態では、R2Sは、-OMeである。一部の実施形態では、R2Sは、-MOEである。一部の実施形態では、R2Sは、水素である。一部の実施形態では、一方の2’-位のRは、水素であり、他方の2’-位のRは、本明細書に記載のとおり、水素ではない。一部の実施形態では、両方の2’-位のRが、水素である。一部の実施形態では、一方の2’-位のRは、水素であり、他方の2’-位は、インターヌクレオチド結合に連結されている。一部の実施形態では、R2Sは、-Fである。一部の実施形態では、R2Sは、-Clである。一部の実施形態では、R2Sは、-Brである。一部の実施形態では、R2Sは、-Iである。一部の実施形態では、R2Sは、-CNである。一部の実施形態では、R2Sは、-Nである。一部の実施形態では、R2Sは、-NOである。一部の実施形態では、R2Sは、-NOである。一部の実施形態では、R2Sは、-L-R’である。一部の実施形態では、R2Sは、-R’である。一部の実施形態では、R2Sは、-L-OR’である。一部の実施形態では、R2Sは、-OR’である。一部の実施形態では、R2Sは、-L-SR’である。一部の実施形態では、R2Sは、-SR’である。一部の実施形態では、R2Sは、-L-N(R’)である。一部の実施形態では、R2Sは、-N(R’)である。一部の実施形態では、R2Sは、-OR’であり、ここで、R’は、任意選択で置換されているC1~6脂肪族である。一部の実施形態では、R2Sは、-OR’であり、ここで、R’は、任意選択で置換されているC1~6アルキルである。一部の実施形態では、R2Sは、-OHである。一部の実施形態では、R2Sは、-OMeである。一部の実施形態では、R2Sは、-MOEである。一部の実施形態では、R2Sは、水素である。一部の実施形態では、一方の2’-位のR2Sは、水素であり、他方の2’-位のR2Sは、本明細書に記載のとおり、水素ではない。一部の実施形態では、両方の2’-位のR2Sが、水素である。一部の実施形態では、R2Sは、-O-L-OR’である。一部の実施形態では、R2Sは、-O-L-OR’であり、ここで、Lは、任意選択で置換されているC1~6アルキレンであり、R’は、任意選択で置換されているC1~6脂肪族である。一部の実施形態では、R2Sは、-O-(任意選択で置換されているC1~6アルキレン)-OR’である。一部の実施形態では、R2Sは、-O-(任意選択で置換されているC1~6アルキレン)-OR’であり、ここで、R’は、任意選択で置換されているC1~6アルキルである。一部の実施形態では、R2Sは、-OCHCHOMeである。
一部の実施形態において、R2sはグアニジン部分を含む。一部の実施形態において、R2sは、

を含む。一部の実施形態において、R2sは-L-Wであり、式中、Wは、

(式中、R”は、R’であり、及びnは、0~15である)
から選択される。一部の実施形態において、R’及びR”は、独立に、

である。一部の実施形態において、Lは-O-CHCH-である。一部の実施形態において、nは0~3である。一部の実施形態において、各Rは、独立に、-H、-OCH、-F、-CN、-CH、-NO、-CF又は-OCFである。一部の実施形態において、R’及びR”は同じである。一部の実施形態において、R’及びR”は異なる。
一部の実施形態では、R3Sは、Rであり、ここで、Rは、本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態では、R3Sは、3’-位にある(BAは、1’-位にある)。一部の実施形態では、R3Sは、-Hである。一部の実施形態では、R3Sは、-Fである。一部の実施形態では、R3Sは、-Clである。一部の実施形態では、R3Sは、-Brである。一部の実施形態では、R3Sは、-Iである。一部の実施形態では、R3Sは、-CNである。一部の実施形態では、R3Sは、-Nである。一部の実施形態では、R3Sは、-NOである。一部の実施形態では、R3Sは、-NOである。一部の実施形態では、R3Sは、-L-R’である。一部の実施形態では、R3Sは、-R’である。一部の実施形態では、R3Sは、-L-OR’である。一部の実施形態では、R3Sは、-OR’である。一部の実施形態では、R3Sは、-L-SR’である。一部の実施形態では、R3Sは、-SR’である。一部の実施形態では、R3Sは、-L-N(R’)である。一部の実施形態では、R3Sは、-N(R’)である。一部の実施形態では、R3Sは、-OR’であり、ここで、R’は、任意選択で置換されているC1~6脂肪族である。一部の実施形態では、R3Sは、-OR’であり、ここで、R’は、任意選択で置換されているC1~6アルキルである。一部の実施形態では、R3Sは、-OMeである。一部の実施形態では、R3Sは、-MOEである。一部の実施形態では、R3Sは、水素である。一部の実施形態では、一方の3’-位のRは、水素であり、他方の3’-位のRは、本明細書に記載のとおり、水素ではない。一部の実施形態では、両方の3’-位のRが、水素である。一部の実施形態では、一方の3’-位のRは、水素であり、他方の3’-位は、インターヌクレオチド結合に連結されている。一部の実施形態では、R3Sは、-Fである。一部の実施形態では、R3Sは、-Clである。一部の実施形態では、R3Sは、-Brである。一部の実施形態では、R3Sは、-Iである。一部の実施形態では、R3Sは、-CNである。一部の実施形態では、R3Sは、-Nである。一部の実施形態では、R3Sは、-NOである。一部の実施形態では、R3Sは、-NOである。一部の実施形態では、R3Sは、-L-R’である。一部の実施形態では、R3Sは、-R’である。一部の実施形態では、R3Sは、-L-OR’である。一部の実施形態では、R3Sは、-OR’である。一部の実施形態では、R3Sは、-L-SR’である。一部の実施形態では、R3Sは、-SR’である。一部の実施形態では、R3Sは、L-L-N(R’)である。一部の実施形態では、R3Sは、-N(R’)である。一部の実施形態では、R3Sは、-OR’であり、ここで、R’は、任意選択で置換されているC1~6脂肪族である。一部の実施形態では、R3Sは、-OR’であり、ここで、R’は、任意選択で置換されているC1~6アルキルである。一部の実施形態では、R3Sは、-OHである。一部の実施形態では、R3Sは、-OMeである。一部の実施形態では、R3Sは、-MOEである。一部の実施形態では、R3Sは、水素である。
一部の実施形態では、R4Sは、Rであり、ここで、Rは、本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態では、R4Sは、4’-位にある(BAは、1’-位にある)。一部の実施形態では、R4Sは、-Hである。一部の実施形態では、R4Sは、-Fである。一部の実施形態では、R4Sは、-Clである。一部の実施形態では、R4Sは、-Brである。一部の実施形態では、R4Sは、-Iである。一部の実施形態では、R4Sは、-CNである。一部の実施形態では、R4Sは、-Nである。一部の実施形態では、R4Sは、-NOである。一部の実施形態では、R4Sは、-NOである。一部の実施形態では、R4Sは、-L-R’である。一部の実施形態では、R4Sは、-R’である。一部の実施形態では、R4Sは、-L-OR’である。一部の実施形態では、R4Sは、-OR’である。一部の実施形態では、R4Sは、-L-SR’である。一部の実施形態では、R4Sは、-SR’である。一部の実施形態では、R4Sは、-L-N(R’)である。一部の実施形態では、R4Sは、-N(R’)である。一部の実施形態では、R4Sは、-OR’であり、ここで、R’は、任意選択で置換されているC1~6脂肪族である。一部の実施形態では、R4Sは、-OR’であり、ここで、R’は、任意選択で置換されているC1~6アルキルである。一部の実施形態では、R4Sは、-OMeである。一部の実施形態では、R4Sは、-MOEである。一部の実施形態では、R4Sは、水素である。一部の実施形態では、一方の4’-位のRは、水素であり、他方の4’-位のRは、本明細書に記載のとおり、水素ではない。一部の実施形態では、両方の4’-位のRが、水素である。一部の実施形態では、一方の4’-位のRは、水素であり、他方の4’-位は、インターヌクレオチド結合に連結されている。一部の実施形態では、R4Sは、-Fである。一部の実施形態では、R4Sは、-Clである。一部の実施形態では、R4Sは、-Brである。一部の実施形態では、R4Sは、-Iである。一部の実施形態では、R4Sは、-CNである。一部の実施形態では、R4Sは、-Nである。一部の実施形態では、R4Sは、-NOである。一部の実施形態では、R4Sは、-NOである。一部の実施形態では、R4Sは、-L-R’である。一部の実施形態では、R4Sは、-R’である。一部の実施形態では、R4Sは、-L-OR’である。一部の実施形態では、R4Sは、-OR’である。一部の実施形態では、R4Sは、-L-SR’である。一部の実施形態では、R4Sは、-SR’である。一部の実施形態では、R4Sは、L-L-N(R’)である。一部の実施形態では、R4Sは、-N(R’)である。一部の実施形態では、R4Sは、-OR’であり、ここで、R’は、任意選択で置換されているC1~6脂肪族である。一部の実施形態では、R4Sは、-OR’であり、ここで、R’は、任意選択で置換されているC1~6アルキルである。一部の実施形態では、R4Sは、-OHである。一部の実施形態では、R4Sは、-OMeである。一部の実施形態では、R4Sは、-MOEである。一部の実施形態では、R4Sは、水素である。
一部の実施形態では、R5Sは、Rであり、ここで、Rは、本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態では、R5Sは、R’であり、ここで、R’は、本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態では、R5Sは、-Hである。一部の実施形態では、2つ以上のR5Sは、同じ炭素原子に連結されており、少なくとも1つは、-Hではない。一部の実施形態では、R5Sは、-Hではない。一部の実施形態では、R5Sは、-Fである。一部の実施形態では、R5Sは、-Clである。一部の実施形態では、R5Sは、-Brである。一部の実施形態では、R5Sは、-Iである。一部の実施形態では、R5Sは、-CNである。一部の実施形態では、R5Sは、-Nである。一部の実施形態では、R5Sは、-NOである。一部の実施形態では、R5Sは、-NOである。一部の実施形態では、R5Sは、-L-R’である。一部の実施形態では、R5Sは、-R’である。一部の実施形態では、R5Sは、-L-OR’である。一部の実施形態では、R5Sは、-OR’である。一部の実施形態では、R5Sは、-L-SR’である。一部の実施形態では、R5Sは、-SR’である。一部の実施形態では、R5Sは、L-L-N(R’)である。一部の実施形態では、R5Sは、-N(R’)である。一部の実施形態では、R5Sは、-OR’であり、ここで、R’は、任意選択で置換されているC1~6脂肪族である。一部の実施形態では、R5Sは、-OR’であり、ここで、R’は、任意選択で置換されているC1~6アルキルである。一部の実施形態では、R5Sは、-OHである。一部の実施形態では、R5Sは、-OMeである。一部の実施形態では、R5Sは、-MOEである。一部の実施形態では、R5Sは、水素である。
一部の実施形態では、R5Sは、本開示に記載されるとおり、任意選択で置換されているC1~6脂肪族、例えばR又は他の変数について記載されるC1~6脂肪族実施形態である。一部の実施形態では、R5Sは、任意選択で置換されているC1~6アルキルである。一部の実施形態において、R5sは、任意選択で置換されているメチルであり、ここで、各置換基は、存在する場合、独立に、炭素原子を1個のみ含む。一部の実施形態において、R5sは、任意選択で置換されているメチルであり、ここで、各置換基は、存在する場合、独立にハロゲンである。一部の実施形態において、R5sはメチルである。一部の実施形態において、R5sはエチルである。
一部の実施形態において、R5sは、オリゴヌクレオチド合成に好適な保護ヒドロキシル基である。一部の実施形態において、R5sは-OR’であり、式中、R’は、任意選択で置換されているC1~6脂肪族である。一部の実施形態において、R5sはDMTrO-である。本開示に係る使用について、例示的な保護基は広く公知である。更なる例については、Greene, T.W.;Wuts, P.G.M.Protective Groups in Organic Synthesis, 2nd ed.;Wiley: New York, 1991及び米国特許第9695211号、米国特許第9605019号、米国特許第9598458号、米国特許出願公開第2013/0178612号、米国特許出願公開第20150211006号、米国特許出願公開第20170037399号、国際公開第2017/015555号、国際公開第2017/062862号、国際公開第2017/160741号、国際公開第2017/192664号、国際公開第2017/192679号及び/又は国際公開第2017/210647号(これらの各々の保護基は本明細書によって参照により援用される)を参照のこと。
一部の実施形態において、R1s、R2s、R3s、R4s及びR5sの2つ以上がRであり、それらは1つ又は複数の介在原子と一緒になって、本開示に記載されるとおりの環を形成することができる。一部の実施形態において、R2s及びR4sは、一緒になって環を形成するRであり、糖部分は二環式糖部分、例えばLNA糖部分であり得る。
一部の実施形態において、Lは、本開示に記載されるとおりのLである。
一部の実施形態において、Lは-C(R5s-であり、式中、各R5sは、独立に、本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態において、R5sの一方はHであり、他方はHでない。一部の実施形態において、R5sのいずれもHでない。一部の実施形態において、Lは-CHR5s-であり、式中、各R5sは、独立に、本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態において、-C(R5s-の炭素原子はステレオランダムである。一部の実施形態において、これはR配置のものである。一部の実施形態において、これはS配置のものである。一部の実施形態において、-C(R5s-は、任意選択で置換されている、糖部分の5’-Cである。一部の実施形態では、-C(R5S-のCは、R配座のものである。一部の実施形態では、-C(R5S-のCは、S配座のものである。本開示に記載されるとおり、一部の実施形態では、R5Sは、任意選択で置換されているC1~6脂肪族であり;一部の実施形態では、R5Sは、メチルである。
一部の実施形態では、提供される化合物は、1つ又は複数の二価又は多価の、任意選択で置換されている環、例えば環A、Cy、一緒になった2つ以上のR基(R及びRであり得る変数(の組み合わせ))により形成されるものを含む。一部の実施形態では、環は、脂環式、アリール、ヘテロアリール又は二価若しくは多価を除くRについて記載したヘテロシクリル基である。当業者に理解されるように、他の変数の要件、例えばヘテロ原子、原子価などの数が満たされれば、1つの変数、例えば環Aについて記載される環部分は、他の変数、例えばCyにも適用可能であり得る。環の例を本開示に詳細に記載する。
一部の実施形態では、例えば、環A、Rなどにおける環は、任意選択で置換され、これは、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1~10個のヘテロ原子を有する、3~20員単環、二環又は多環である。
一部の実施形態では、環は、その範囲内の任意のサイズ、例えば3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19又は20員であり得る。
一部の実施形態では、環は、単環式である。一部の実施形態では、環は、飽和単環式である。一部の実施形態では、環は、単環式且つ部分不飽和である。一部の実施形態では、環は、単環式且つ芳香族である。
一部の実施形態では、環は、二環式である。一部の実施形態では、環は、多環式である。一部の実施形態では、二環又は多環は、2つ以上の単環部分を含み、それらの各々は、飽和、部分不飽和又は芳香族であり得、それらの各々は、ヘテロ原子を全く含まないか又は1~10個のヘテロ原子を含有し得る。一部の実施形態では、二環又は多環は、飽和単環を含む。一部の実施形態では、二環又は多環は、ヘテロ原子を含有しない飽和単環を含む。一部の実施形態では、二環又は多環は、1つ又は複数のヘテロ原子を含有する飽和単環を含む。一部の実施形態では、二環又は多環は、部分飽和単環を含む。一部の実施形態では、二環又は多環は、ヘテロ原子を含有しない部分飽和単環を含む。一部の実施形態では、二環又は多環は、1つ又は複数のヘテロ原子を含有する部分飽和単環を含む。一部の実施形態では、二環又は多環は、芳香族単環を含む。一部の実施形態では、二環又は多環は、ヘテロ原子を含有しない芳香族単環を含む。一部の実施形態では、二環又は多環は、1つ又は複数のヘテロ原子を含有する芳香族単環を含む。一部の実施形態では、二環又は多環は、飽和環と部分飽和環を含み、それらの各々は、独立に、1つ又は複数のヘテロ原子を含有する。一部の実施形態では、二環は、飽和環と部分飽和環を含み、それらの各々は、独立に、ヘテロ原子を含まないか又は1つ若しくは複数のヘテロ原子を含む。一部の実施形態では、二環は、芳香環と部分飽和環を含み、それらの各々は、独立に、ヘテロ原子を含まないか又は1つ若しくは複数のヘテロ原子を含む。一部の実施形態では、多環は、飽和環と部分飽和環を含み、それらの各々は、独立に、ヘテロ原子を含まないか又は1つ若しくは複数のヘテロ原子を含む。一部の実施形態では、多環は、芳香環と部分飽和環を含み、それらの各々は、独立に、ヘテロ原子を含まないか又は1つ若しくは複数のヘテロ原子を含む。一部の実施形態では、多環は、芳香環と飽和環を含み、それらの各々は、独立に、ヘテロ原子を含まないか又は1つ若しくは複数のヘテロ原子を含む。一部の実施形態では、多環は、芳香環、飽和環及び部分飽和環を含み、それらの各々は、独立に、ヘテロ原子を含まないか又は1つ若しくは複数のヘテロ原子を含む。一部の実施形態では、環は、少なくとも1個のヘテロ原子を含む。一部の実施形態では、環は、少なくとも1個の窒素原子を含む。一部の実施形態では、環は、少なくとも1個の酸素原子を含む。一部の実施形態では、環は、少なくとも1個の硫黄原子を含む。
本開示により当業者に理解されるように、環は、典型的に、任意選択で置換される。一部の実施形態では、環は、非置換である。一部の実施形態では、環は、置換される。一部の実施形態では、環は、その炭素原子の1つ又は複数が置換される。一部の実施形態では、環は、そのヘテロ原子の1つ又は複数が置換される。一部の実施形態では、環は、その炭素原子の1つ又は複数及びそのヘテロ原子の1つ又は複数が置換される。一部の実施形態では、2つ以上の置換基を同じ環原子に配置することができる。一部の実施形態では、全ての利用可能な原子が置換される。一部の実施形態では、利用可能な環原子の全てが置換されているわけではない。一部の実施形態では、環が他の構造(例えば、

の環A)に連結していることが示される、提供される構造において、「任意選択で置換されている」とは、既に連結された構造の他に、存在する場合、残っている置換可能な環位置が、任意選択で置換されていることを意味する。
一部の実施形態では、環は、二価又は多価C3~30脂環である。一部の実施形態では、環は、二価又は多価C3~20脂環である。一部の実施形態では、環は、二価又は多価C3~10脂環である。一部の実施形態では、環は、二価又は多価3~30員飽和又は部分不飽和炭素環である。一部の実施形態では、環は、二価又は多価3~7員飽和又は部分不飽和炭素環である。一部の実施形態では、環は、二価又は多価3員飽和又は部分不飽和炭素環である。一部の実施形態では、環は、二価又は多価4員飽和又は部分不飽和炭素環である。一部の実施形態では、環は、二価又は多価5員飽和又は部分不飽和炭素環である。一部の実施形態では、環は、二価又は多価6員飽和又は部分不飽和炭素環である。一部の実施形態では、環は、二価又は多価7員飽和又は部分不飽和炭素環である。一部の実施形態では、環は、二価又は多価シクロヘキシル環である。一部の実施形態では、環は、二価又は多価シクロペンチル環である。一部の実施形態では、環は、二価又は多価シクロブチル環である。一部の実施形態では、環は、二価又は多価シクロプロピル環である。
一部の実施形態では、環は、二価又は多価C6~30アリール環である。一部の実施形態では、環は、二価又は多価フェニル環である。
一部の実施形態では、環は、二価又は多価8~10員二環式飽和、部分不飽和又はアリール環である。一部の実施形態では、環は、二価又は多価8~10員二環式飽和環である。一部の実施形態では、環は、二価又は多価8~10員二環式部分不飽和環である。一部の実施形態では、環は、二価又は多価8~10員二環式アリール環である。一部の実施形態では、環は、二価又は多価ナフチル環である。
一部の実施形態では、環は、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1~10個のヘテロ原子を有する、二価又は多価5~30員ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、環は、酸素、窒素及び硫黄から独立に選択される1~10個のヘテロ原子を有する、二価又は多価5~30員ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、環は、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1~5個のヘテロ原子を有する、二価又は多価5~30員ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、環は、酸素、窒素及び硫黄から独立に選択される1~5個のヘテロ原子を有する、二価又は多価5~30員ヘテロアリール環である。
一部の実施形態では、環は、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1~4個のヘテロ原子を有する、二価又は多価5~6員単環式ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、環は、窒素、硫黄及び酸素から独立に選択される1~3個のヘテロ原子を有する、二価又は多価5~6員単環式ヘテロアリール環である。
一部の実施形態では、環は、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1~4個のヘテロ原子を有する、二価又は多価5員単環式ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、環は、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1~4個のヘテロ原子を有する、二価又は多価6員単環式ヘテロアリール環である。
一部の実施形態では、環は、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1~4個のヘテロ原子を有する、二価又は多価8~10員二環式ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、環は、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1~4個のヘテロ原子を有する、二価又は多価5,6-融合ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、環は、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1~5個のヘテロ原子を有する、二価又は多価5,6-融合ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、環は、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1~4個のヘテロ原子を有する、二価又は多価6,6-融合ヘテロアリール環である。
一部の実施形態では、環は、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1~10個のヘテロ原子を有する、二価又は多価3~30員複素環である。一部の実施形態では、環は、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1~3個のヘテロ原子を有する、二価又は多価3~7員飽和又は部分不飽和複素環である。一部の実施形態では、環は、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1~3個のヘテロ原子を有する、二価又は多価5~7員部分不飽和単環である。一部の実施形態では、環は、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1~3個のヘテロ原子を有する、二価又は多価5~6員部分不飽和単環である。一部の実施形態では、環は、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1~3個のヘテロ原子を有する、二価又は多価5員部分不飽和単環である。一部の実施形態では、環は、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1~3個のヘテロ原子を有する、二価又は多価6員部分不飽和単環である。一部の実施形態では、環は、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1~3個のヘテロ原子を有する、二価又は多価7員部分不飽和単環である。一部の実施形態では、環は、窒素、酸素及び硫黄から選択される1個のヘテロ原子を有する、二価又は多価3員複素環である。一部の実施形態では、環は、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1~3個のヘテロ原子を有する、二価又は多価4員複素環である。一部の実施形態では、環は、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1~3個のヘテロ原子を有する、二価又は多価5員複素環である。一部の実施形態では、環は、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1~3個のヘテロ原子を有する、二価又は多価6員複素環である。一部の実施形態では、環は、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1~3個のヘテロ原子を有する、二価又は多価7員複素環である。
一部の実施形態では、環は、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1~5個のヘテロ原子を有する、二価又は多価7~10員二環式飽和又は部分不飽和複素環である。一部の実施形態では、環は、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1~5個のヘテロ原子を有する、二価又は多価8~10員二環式ヘテロアリール環である。
一部の実施形態では、環は、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1~5個のヘテロ原子を有する、二価又は多価5,6-融合ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、環は、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1~5個のヘテロ原子を有する、二価又は多価6,6-融合ヘテロアリール環である。
一部の実施形態では、一緒になった2つ以上の基により形成される環は、典型的に、任意選択で置換され、これは、存在する場合、介在ヘテロ原子以外に追加ヘテロ原子を含まない単環式飽和5~7員環である。一部の実施形態では、一緒になった2つ以上の基により形成される環は、存在する場合、介在ヘテロ原子以外に追加ヘテロ原子を含まない単環式飽和5員環である。一部の実施形態では、一緒になった2つ以上の基により形成される環は、存在する場合、介在ヘテロ原子以外に追加ヘテロ原子を含まない単環式飽和6員環である。一部の実施形態では、一緒になった2つ以上の基により形成される環は、存在する場合、介在ヘテロ原子以外に追加ヘテロ原子を含まない単環式飽和7員環である。
一部の実施形態では、一緒になった2つ以上の基により形成される環は、存在する場合、介在ヘテロ原子以外に、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される0~10個のヘテロ原子を有する、二環式、飽和、部分不飽和又はアリール5~30員環である。一部の実施形態では、一緒になった2つ以上の基により形成される環は、存在する場合、介在ヘテロ原子以外に、酸素、窒素及び硫黄から独立に選択される0~10個のヘテロ原子を有する、二環式、飽和、部分不飽和又はアリール5~30員環である。一部の実施形態では、一緒になった2つ以上の基により形成される環は、存在する場合、介在ヘテロ原子以外に、追加ヘテロ原子を含まない二環式且つ飽和8~10員二環である。一部の実施形態では、一緒になった2つ以上の基により形成される環は、存在する場合、介在ヘテロ原子以外に、追加ヘテロ原子を含まない二環式且つ飽和8員二環である。一部の実施形態では、一緒になった2つ以上の基により形成される環は、存在する場合、介在ヘテロ原子以外に、追加ヘテロ原子を含まない二環式且つ飽和9員二環である。一部の実施形態では、一緒になった2つ以上の基により形成される環は、存在する場合、介在ヘテロ原子以外に、追加ヘテロ原子を含まない二環式且つ飽和10員二環である。一部の実施形態では、一緒になった2つ以上の基により形成される環は、二環式であり、且つ5員環に融合した5員環を含む。一部の実施形態では、一緒になった2つ以上の基により形成される環は、二環式であり、且つ6員環に融合した5員環を含む。一部の実施形態では、5員環は、1つ又は複数の介在窒素、リン及び酸素原子を環原子として含む。一部の実施形態では、一緒になった2つ以上の基により形成される環は、

の骨格構造を有する環系を含む。
一部の実施形態では、一緒になった2つ以上の基により形成される環は、存在する場合、介在ヘテロ原子以外に、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される0~10個のヘテロ原子を有する、多環式、飽和、部分不飽和又はアリール3~30員環である。一部の実施形態では、一緒になった2つ以上の基により形成される環は、存在する場合、介在ヘテロ原子以外に、酸素、窒素及び硫黄から独立に選択される0~10個のヘテロ原子を有する、多環式、飽和、部分不飽和又はアリール3~30員環である。
一部の実施形態では、一緒になった2つ以上の基により形成される環は、単環、二環又は多環式であり、その環原子が、1つ又は複数の介在窒素、リン及び/又は酸素原子を含む5~10員単環を含む。一部の実施形態では、一緒になった2つ以上の基により形成される環は、単環、二環又は多環式であり、その環原子が、1つ又は複数の介在窒素、リン及び/又は酸素原子を含む5~9員単環を含む。一部の実施形態では、一緒になった2つ以上の基により形成される環は、単環、二環又は多環式であり、その環原子が、1つ又は複数の介在窒素、リン及び/又は酸素原子を含む5~8員単環を含む。一部の実施形態では、一緒になった2つ以上の基により形成される環は、単環、二環又は多環式であり、その環原子が、1つ又は複数の介在窒素、リン及び/又は酸素原子を含む5~7員単環を含む。一部の実施形態では、一緒になった2つ以上の基により形成される環は、単環、二環又は多環式であり、その環原子が、1つ又は複数の介在窒素、リン及び/又は酸素原子を含む5~6員単環を含む。
一部の実施形態では、一緒になった2つ以上の基により形成される環は、単環、二環又は多環式であり、その環原子が、1つ又は複数の介在窒素、リン及び/又は酸素原子を含む5員単環を含む。一部の実施形態では、一緒になった2つ以上の基により形成される環は、単環、二環又は多環式であり、その環原子が、1つ又は複数の介在窒素、リン及び/又は酸素原子を含む6員単環を含む。一部の実施形態では、一緒になった2つ以上の基により形成される環は、単環、二環又は多環式であり、その環原子が、1つ又は複数の介在窒素、リン及び/又は酸素原子を含む7員単環を含む。一部の実施形態では、一緒になった2つ以上の基により形成される環は、単環、二環又は多環式であり、その環原子が、1つ又は複数の介在窒素、リン及び/又は酸素原子を含む8員単環を含む。一部の実施形態では、一緒になった2つ以上の基により形成される環は、単環、二環又は多環式であり、その環原子が、1つ又は複数の介在窒素、リン及び/又は酸素原子を含む9員単環を含む。一部の実施形態では、一緒になった2つ以上の基により形成される環は、単環、二環又は多環式であり、その環原子が、1つ又は複数の介在窒素、リン及び/又は酸素原子を含む10員単環を含む。
一部の実施形態では、一緒になった2つ以上の基により形成される環は、単環、二環又は多環式であり、その環原子が、炭素原子と、介在窒素、リン及び酸素原子とから構成される5員環を含む。一部の実施形態では、一緒になった2つ以上の基により形成される環は、単環、二環又は多環式であり、その環原子が、炭素原子と、介在窒素、リン及び酸素原子とから構成される6員環を含む。一部の実施形態では、一緒になった2つ以上の基により形成される環は、単環、二環又は多環式であり、その環原子が、炭素原子と、介在窒素、リン及び酸素原子とから構成される7員環を含む。一部の実施形態では、一緒になった2つ以上の基により形成される環は、単環、二環又は多環式であり、その環原子が、炭素原子と、介在窒素、リン及び酸素原子とから構成される8員環を含む。一部の実施形態では、一緒になった2つ以上の基により形成される環は、単環、二環又は多環式であり、その環原子が、炭素原子と、介在窒素、リン及び酸素原子とから構成される9員環を含む。一部の実施形態では、一緒になった2つ以上の基により形成される環は、単環、二環又は多環式であり、その環原子が、炭素原子と、介在窒素、リン及び酸素原子とから構成される10員環を含む。
一部の実施形態では、本明細書に記載の環は、非置換である。一部の実施形態では、本明細書に記載の環は、置換される。一部の実施形態では、置換基は、本開示に提供される化合物の例に記載されるものから選択される。
一部の実施形態において、各BAは、独立に、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1~10個のヘテロ原子を有するC5~30ヘテロアリールと、酸素、窒素、硫黄、リン、ホウ素及びケイ素から独立に選択される1~10個のヘテロ原子を有するC3~30ヘテロシクリルとから選択される、任意選択で置換されている基であり;
各環Aは、独立に、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される0~10個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている3~20員環単環式、二環式又は多環式環であり;及び
各Lは、独立に、式I、式I-a、式I-b、式I-c、式I-n-1、式I-n-2、式I-n-3、式I-n-4、式II、式II-a-1、式II-a-2、式II-b-1、式II-b-2、式II-c-1、式II-c-2、式II-d-1、式II-d-2又はその塩形態の構造を有し、式中、各可変要素は、独立に、本開示に記載されるとおりである。
一部の実施形態において、各BAは、独立に、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1~10個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されているC5~30ヘテロアリールであり、ここで、ヘテロアリールは、酸素及び窒素から選択される1個以上のヘテロ原子を含み;
各環Aは、独立に、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される0~5個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている5~10員環単環式又は二環式飽和環であり、ここで、環は、少なくとも1個の酸素原子を含み;及び
各Lは、独立に、式I、式I-a、式I-b、式I-c、式I-n-1、式I-n-2、式I-n-3、式I-n-4、式II、式II-a-1、式II-a-2、式II-b-1、式II-b-2、式II-c-1、式II-c-2、式II-d-1、式II-d-2又はその塩形態の構造を有し、式中、各可変要素は、独立に、本開示に記載されるとおりである。
一部の実施形態において、各BAは、独立に、任意選択で置換されているA、T、C、G若しくはU又はA、T、C、G若しくはUの任意選択で置換されている互変異性体であり;
各環Aは、独立に、1個以上の酸素原子を有する、任意選択で置換されている5~7員環単環式又は二環式飽和環であり;及び
各Lは、独立に、式I、式I-a、式I-b、式I-c、式I-n-1、式I-n-2、式I-n-3、式I-n-4、式II、式II-a-1、式II-a-2、式II-b-1、式II-b-2、式II-c-1、式II-c-2、式II-d-1、式II-d-2又はその塩形態の構造を有し、式中、各可変要素は、独立に、本開示に記載されるとおりである。
一部の実施形態において、各BAは、独立に、アデニン、シトシン、グアノシン、チミン及びウラシルから選択される、任意選択で置換されている又は保護されている核酸塩基であり;
各環Aは、独立に、1個以上の酸素原子を有する、任意選択で置換されている5~7員環単環式又は二環式飽和環であり;及び
各Lは、独立に、式I、式I-a、式I-b、式I-c、式I-n-1、式I-n-2、式I-n-3、式I-n-4、式II、式II-a-1、式II-a-2、式II-b-1、式II-b-2、式II-c-1、式II-c-2、式II-d-1、式II-d-2又はその塩形態の構造を有し、式中、各可変要素は、独立に、本開示に記載されるとおりである。
一部の実施形態において、R5s-L-は-CHOHである。一部の実施形態において、R5s-L-は-CH(R5s)-OHであり、式中、R5sは本開示に記載されるとおりである。
一部の実施形態において、BAは、C3~30脂環族、C6~30アリール、酸素と、窒素と、硫黄と、リンと、ケイ素とから独立に選択される1~10個のヘテロ原子を有するC5~30ヘテロアリール、酸素と、窒素と、硫黄と、リンと、ケイ素とから独立に選択される1~10個のヘテロ原子を有するC3~30ヘテロシクリル、天然核酸塩基部分及び修飾核酸塩基部分から選択される、任意選択で置換されている基である。一部の実施形態において、BAは、酸素と、窒素と、硫黄と、リンと、ケイ素とから独立に選択される1~10個のヘテロ原子を有するC5~30ヘテロアリール、酸素と、窒素と、硫黄と、リンと、ケイ素とから独立に選択される1~10個のヘテロ原子を有するC3~30ヘテロシクリル、天然核酸塩基部分及び修飾核酸塩基部分から選択される、任意選択で置換されている基である。一部の実施形態において、BAは、酸素と、窒素と、硫黄と、リンと、ケイ素とから独立に選択される1~10個のヘテロ原子を有するC5~30ヘテロアリール、天然核酸塩基部分及び修飾核酸塩基部分から選択される、任意選択で置換されている基である。一部の実施形態において、BAは、酸素と、窒素と、硫黄とから独立に選択される1~10個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されているC5~30ヘテロアリールである。一部の実施形態において、BAは、任意選択で置換されている天然核酸塩基及びその互変異性体である。一部の実施形態において、BAは、保護されている天然核酸塩基及びその互変異性体である。オリゴヌクレオチド合成用の様々な核酸塩基保護基が公知であり、本開示において利用することができる。一部の実施形態において、BAは、アデニン、シトシン、グアノシン、チミン及びウラシル並びにその互変異性体から選択される、任意選択で置換されている核酸塩基である。一部の実施形態において、BAは、アデニン、シトシン、グアノシン、チミン及びウラシル並びにその互変異性体から選択される、任意選択で保護されている核酸塩基である。
一部の実施形態において、BAは、任意選択で置換されているC3~30脂環族である。一部の実施形態において、BAは、任意選択で置換されているC6~30アリールである。一部の実施形態において、BAは、任意選択で置換されているC3~30ヘテロシクリルである。一部の実施形態において、BAは、任意選択で置換されているC5~30ヘテロアリールである。一部の実施形態において、BAは、任意選択で置換されている天然塩基部分である。一部の実施形態において、BAは、任意選択で置換されている修飾塩基部分である。BAは、C3~30脂環族、C6~30アリール、C3~30ヘテロシクリル及びC5~30ヘテロアリールから選択される、任意選択で置換されている基である。一部の実施形態において、BAは、C3~30脂環族、C6~30アリール、C3~30ヘテロシクリル、C5~30ヘテロアリール及び天然核酸塩基部分から選択される、任意選択で置換されている基である。
一部の実施形態において、BAは、芳香環を介して連結する。一部の実施形態において、BAは、ヘテロ原子を介して連結する。一部の実施形態において、BAは、芳香環の環ヘテロ原子を介して連結する。一部の実施形態において、BAは、芳香環の環窒素原子を介して連結する。
一部の実施形態において、BAは、天然核酸塩基部分である。一部の実施形態において、BAは、任意選択で置換されている天然核酸塩基部分である。一部の実施形態において、BAは、置換されている天然核酸塩基部分である。一部の実施形態において、BAは、任意選択で置換されているA、T、C、U若しくはG又はA、T、C、U若しくはGの任意選択で置換されている互変異性体である。一部の実施形態において、BAは、天然核酸塩基A、T、C、U又はGである。一部の実施形態において、BAは、天然核酸塩基A、T、C、U及びGから選択される、任意選択で置換されている基である。
一部の実施形態において、BAは、任意選択で置換されているプリン塩基残基である。一部の実施形態において、BAは、保護されているプリン塩基残基である。一部の実施形態において、BAは、任意選択で置換されているアデニン残基である。一部の実施形態において、BAは、保護されているアデニン残基である。一部の実施形態において、BAは、任意選択で置換されているグアニン残基である。一部の実施形態において、BAは、保護されているグアニン残基である。一部の実施形態において、BAは、任意選択で置換されているシトシン残基である。一部の実施形態において、BAは、保護されているシトシン残基である。一部の実施形態において、BAは、任意選択で置換されているチミン残基である。一部の実施形態において、BAは、保護されているチミン残基である。一部の実施形態において、BAは、任意選択で置換されているウラシル残基である。一部の実施形態において、BAは、保護されているウラシル残基である。一部の実施形態において、BAは、任意選択で置換されている5-メチルシトシン残基である。一部の実施形態において、BAは、保護されている5-メチルシトシン残基である。
一部の実施形態において、sは0~20である。一部の実施形態において、sは1~20である。一部の実施形態において、sは1~5である。一部の実施形態において、sは1である。一部の実施形態において、sは2である。一部の実施形態において、sは3である。一部の実施形態において、sは4である。一部の実施形態において、sは5である。一部の実施形態において、sは6である。一部の実施形態において、sは7である。一部の実施形態において、sは8である。一部の実施形態において、sは9である。一部の実施形態において、sは10である。一部の実施形態において、sは11である。一部の実施形態において、sは12である。一部の実施形態において、sは13である。一部の実施形態において、sは14である。一部の実施形態において、sは15である。一部の実施形態において、sは16である。一部の実施形態において、sは17である。一部の実施形態において、sは18である。一部の実施形態において、sは19である。一部の実施形態において、sは20である。
一部の実施形態において、Lはインターヌクレオチド結合である。一部の実施形態において、Lは、式I、式I-a、式I-b、式I-c、式I-n-1、式I-n-2、式I-n-3、式I-n-4、式II、式II-a-1、式II-a-2、式II-b-1、式II-b-2、式II-c-1、式II-c-2、式II-d-1、式II-d-2又はその塩形態のインターヌクレオチド結合である。一部の実施形態において、Lは、天然リン酸結合である。一部の実施形態において、Lは、非負電荷インターヌクレオチド結合である。一部の実施形態において、Lは、中性インターヌクレオチド結合である。一部の実施形態において、Lは、負電荷インターヌクレオチド結合である。一部の実施形態において、Lは、ホスホロチオエートインターヌクレオチド結合である。一部の実施形態において、Lは、キラル制御されたインターヌクレオチド結合である。
一部の実施形態において、zは1~1000である。一部の実施形態において、z+1は、本開示に記載されるとおりのオリゴヌクレオチド長である。一部の実施形態において、zは、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15~15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、35、40、50、60、70、80、90、100、150、200、300、400、500、600、700、800、900又は1000である。一部の実施形態において、zは10~100である。一部の実施形態において、zは10~50である。一部の実施形態において、zは15~100である。一部の実施形態において、zは20~50である。一部の実施形態において、zは、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18又は19以上である。一部の実施形態において、zは、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13又は14以上である。一部の実施形態において、zは、50、60、70、80、90、100、150又は200以下である。一部の実施形態において、zは、5~50、10~50、14~50、14~45、14~40、14~35、14~30、14~25、14~100、14~150、14~200、14~250、14~300、15~50、15~45、15~40、15~35、15~30、15~25、15~100、15~150、15~200、15~250、15~300、16~50、16~45、16~40、16~35、16~30、16~25、16~100、16~150、16~200、16~250、16~300、17~50、17~45、17~40、17~35、17~30、17~25、17~100、17~150、17~200、17~250、17~300、18~50、18~45、18~40、18~35、18~30、18~25、18~100、18~150、18~200、18~250、18~300、19~50、19~45、19~40、19~35、19~30、19~25、19~100、19~150、19~200、19~250又は19~300である。一部の実施形態において、zは10である。一部の実施形態において、zは11である。一部の実施形態において、zは12である。一部の実施形態において、zは13である。一部の実施形態において、zは14である。一部の実施形態において、zは15である。一部の実施形態において、zは16である。一部の実施形態において、zは17である。一部の実施形態において、zは18である。一部の実施形態において、zは19である。一部の実施形態において、zは20である。一部の実施形態において、zは21である。一部の実施形態において、zは22である。一部の実施形態において、zは23である。一部の実施形態において、zは24である。一部の実施形態において、zは25である。一部の実施形態において、zは26である。一部の実施形態において、zは27である。一部の実施形態において、zは28である。一部の実施形態において、zは29である。一部の実施形態において、zは30である。一部の実施形態において、zは31である。一部の実施形態において、zは32である。一部の実施形態において、zは33である。一部の実施形態において、zは34である。
一部の実施形態において、L3Eは-L-又は-L-L-である。一部の実施形態において、L3Eは-L-である。一部の実施形態において、L3Eは-L-L-である。一部の実施形態において、L3Eは共有結合である。一部の実施形態において、L3Eは、オリゴヌクレオチド合成において使用されるリンカーである。一部の実施形態において、L3Eは、固相オリゴヌクレオチド合成において使用されるリンカーである。各種のリンカーが公知であり、本開示において利用することができる。一部の実施形態において、リンカーはコハク酸リンカー(-O-C(O)-CH-CH-C(O)-)である。一部の実施形態において、リンカーはオキサリルリンカー(-O-C(O)-C(O)-)である。一部の実施形態において、L3Eはスクシニル-ピペリジンリンカー(SP)リンカーである。一部の実施形態において、L3Eはスクシニルリンカーである。一部の実施形態において、L3EはQ-リンカーである。一部の実施形態において、L3Eは-O-である。
一部の実施形態において、R3Eは、-R’、-L-R’、-OR’又は固体支持体である。一部の実施形態において、R3Eは、本開示に記載されるとおりの-R’である。一部の実施形態において、R3Eは、本開示に記載されるとおりの-Rである。一部の実施形態において、R3Eは水素である。一部の実施形態において、R3Eは-L-R’である。一部の実施形態において、R3Eは-OR’である。一部の実施形態において、R3Eは、オリゴヌクレオチド合成用の支持体である。一部の実施形態において、R3Eは固体支持体である。一部の実施形態において、固体支持体はCPG支持体である。一部の実施形態において、固体支持体はポリスチレン支持体である。一部の実施形態において、R3Eは-Hである。一部の実施形態において、-L-R3Eは-Hである。一部の実施形態において、R3Eは-OHである。一部の実施形態において、-L-R3Eは-OHである。一部の実施形態において、R3Eは、任意選択で置換されているC1~6脂肪族である。一部の実施形態において、R3Eは、任意選択で置換されているC1~6アルキルである。一部の実施形態において、R3Eは-OR’である。一部の実施形態において、R3Eは-OHである。一部の実施形態において、R3Eは-OR’であり、式中、R’は水素でない。一部の実施形態において、R3Eは-OR’であり、式中、R’は、任意選択で置換されているC1~6アルキルである。一部の実施形態において、R3Eは3’末端キャップ(例えば、RNAi技術において使用されるもの)である。
一部の実施形態において、R3Eは固体支持体である。一部の実施形態において、R3Eはオリゴヌクレオチド合成用の固体支持体である。各種の固体支持体が公知であり、本開示において利用することができる。一部の実施形態において、固体支持体はHCPである。一部の実施形態において、固体支持体はCPGである。
一部の実施形態では、R’は、-R、-C(O)R、-C(O)OR又は-S(O)Rであり、ここで、Rは、本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態では、R’は、Rであり、ここで、Rは、本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態では、R’は、-C(O)Rであり、ここで、Rは、本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態では、R’は、-C(O)ORであり、ここで、Rは、本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態では、R’は、-S(O)Rであり、ここで、Rは、本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態では、R’は、水素である。一部の実施形態では、R’は、水素ではない。一部の実施形態では、R’は、Rであり、ここで、Rは、本開示に記載されるとおり、任意選択で置換されているC1~20脂肪族である。一部の実施形態では、R’は、Rであり、ここで、Rは、本開示に記載されるとおり、任意選択で置換されているC1~20ヘテロ脂肪族である。一部の実施形態では、R’は、Rであり、ここで、Rは、本開示に記載されるとおり、任意選択で置換されているC6~20アリールである。一部の実施形態では、R’は、Rであり、ここで、Rは、本開示に記載されるとおり、任意選択で置換されているC6~20アリール脂肪族である。一部の実施形態では、R’は、Rであり、ここで、Rは、本開示に記載されるとおり、任意選択で置換されているC6~20アリールヘテロ脂肪族である。一部の実施形態では、R’は、Rであり、ここで、Rは、本開示に記載されるとおり、任意選択で置換されている5~20員ヘテロアリールである。一部の実施形態では、R’は、Rであり、ここで、Rは、本開示に記載されるとおり、任意選択で置換されている3~20員ヘテロシクリルである。一部の実施形態では、2つ以上のR’は、Rであり、任意選択で且つ独立に、一緒になって、本開示に記載されるとおり、任意選択で置換されている環を形成する。
一部の実施形態において、各Rは、独立に、-H又はC1~30脂肪族と、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族と、C6~30アリールと、C6~30アリール脂肪族と、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1~10個のヘテロ原子を有するC6~30アリールヘテロ脂肪族と、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1~10個のヘテロ原子を有する5~30員環ヘテロアリールと、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1~10個のヘテロ原子を有する3~30員環ヘテロシクリルとから選択される、任意選択で置換されている基であるか、又は
2つのR基は、任意選択で且つ独立に、一緒になって共有結合を形成するか、又は
同じ原子上の2つ以上のR基は、任意選択で且つ独立に、その原子と一緒になって、その原子に加えて、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される0~10個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている3~30員環の単環式、二環式又は多環式の環を形成するか、又は
2つ以上の原子上の2つ以上のR基は、任意選択で且つ独立に、それらの介在原子と一緒になって、それらの介在原子に加えて、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される0~10個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている3~30員環の単環式、二環式又は多環式の環を形成する。
一部の実施形態において、各Rは、独立に、-H又はC1~30脂肪族、酸素と、窒素と、硫黄と、リンと、ケイ素とから独立に選択される1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族、C6~30アリール、C6~30アリール脂肪族、酸素と、窒素と、硫黄と、リンと、ケイ素とから独立に選択される1~10個のヘテロ原子を有するC6~30アリールヘテロ脂肪族、酸素と、窒素と、硫黄と、リンと、ケイ素とから独立に選択される1~10個のヘテロ原子を有する5~30員環ヘテロアリール及び酸素と、窒素と、硫黄と、リンと、ケイ素とから独立に選択される1~10個のヘテロ原子を有する3~30員環ヘテロシクリルから選択される、任意選択で置換されている基であるか、又は
2つのR基は、任意選択で且つ独立に、一緒になって共有結合を形成するか、又は
同じ原子上の2つ以上のR基は、任意選択で且つ独立に、その原子と一緒になって、その原子に加えて、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される0~10個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている3~30員環単環式、二環式又は多環式環を形成し、
2つ以上の原子上の2つ以上のR基は、任意選択で且つ独立に、それらの介在原子と一緒になって、それらの介在原子に加えて、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される0~10個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている3~30員環単環式、二環式又は多環式環を形成する。
一部の実施形態において、各Rは、独立に、-H又はC1~20脂肪族、酸素と、窒素と、硫黄と、リンと、ケイ素とから独立に選択される1~10個のヘテロ原子を有するC1~20ヘテロ脂肪族、C6~20アリール、C6~20アリール脂肪族、酸素と、窒素と、硫黄と、リンと、ケイ素とから独立に選択される1~10個のヘテロ原子を有するC6~20アリールヘテロ脂肪族、酸素と、窒素と、硫黄と、リンと、ケイ素とから独立に選択される1~10個のヘテロ原子を有する5~20員環ヘテロアリール及び酸素と、窒素と、硫黄と、リンと、ケイ素とから独立に選択される1~10個のヘテロ原子を有する3~20員環ヘテロシクリルから選択される、任意選択で置換されている基であるか、又は
2つのR基は、任意選択で且つ独立に、一緒になって共有結合を形成するか、又は
同じ原子上の2つ以上のR基は、任意選択で且つ独立に、その原子と一緒になって、その原子に加えて、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される0~10個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている3~20員環単環式、二環式又は多環式環を形成し、
2つ以上の原子上の2つ以上のR基は、任意選択で且つ独立に、それらの介在原子と一緒になって、それらの介在原子に加えて、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される0~10個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている3~20員環単環式、二環式又は多環式環を形成する。
一部の実施形態において、各Rは、独立に、-H又はC1~30脂肪族、酸素と、窒素と、硫黄と、リンと、ケイ素とから独立に選択される1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族、C6~30アリール、C6~30アリール脂肪族、酸素と、窒素と、硫黄と、リンと、ケイ素とから独立に選択される1~10個のヘテロ原子を有するC6~30アリールヘテロ脂肪族、酸素と、窒素と、硫黄と、リンと、ケイ素とから独立に選択される1~10個のヘテロ原子を有する5~30員環ヘテロアリール及び酸素と、窒素と、硫黄と、リンと、ケイ素とから独立に選択される1~10個のヘテロ原子を有する3~30員環ヘテロシクリルから選択される、任意選択で置換されている基である。
一部の実施形態において、各Rは、独立に、-H又はC1~20脂肪族、酸素と、窒素と、硫黄と、リンと、ケイ素とから独立に選択される1~10個のヘテロ原子を有するC1~20ヘテロ脂肪族、C6~20アリール、C6~20アリール脂肪族、酸素と、窒素と、硫黄と、リンと、ケイ素とから独立に選択される1~10個のヘテロ原子を有するC6~20アリールヘテロ脂肪族、酸素と、窒素と、硫黄と、リンと、ケイ素とから独立に選択される1~10個のヘテロ原子を有する5~20員環ヘテロアリール及び酸素と、窒素と、硫黄と、リンと、ケイ素とから独立に選択される1~10個のヘテロ原子を有する3~20員環ヘテロシクリルから選択される、任意選択で置換されている基である。
一部の実施形態において、Rは水素である。一部の実施形態において、Rは水素でない。一部の実施形態において、Rは、C1~30脂肪族、酸素と、窒素と、硫黄と、リンと、ケイ素とから独立に選択される1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族、C6~30アリール、酸素と、窒素と、硫黄と、リンと、ケイ素とから独立に選択される1~10個のヘテロ原子を有する5~30員環ヘテロアリール環及び酸素と、窒素と、硫黄と、リンと、ケイ素とから独立に選択される1~10個のヘテロ原子を有する3~30員環ヘテロ環式環から選択される、任意選択で置換されている基である。
一部の実施形態では、Rは、水素又はC1~20脂肪族、フェニル、3~7員飽和若しくは部分不飽和炭素環、8~10員二環式飽和、部分不飽和若しくはアリール環、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1~4個のヘテロ原子を有する5~6員単環式ヘテロアリール環、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1~3個のヘテロ原子を有する4~7員飽和若しくは部分不飽和複素環、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1~5個のヘテロ原子を有する7~10員二環式飽和若しくは部分不飽和複素環又は窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1~5個のヘテロ原子を有する8~10員二環式ヘテロアリール環から選択される、任意選択で置換されている基である。
一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されているC1~30脂肪族である。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されているC1~20脂肪族である。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されているC1~15脂肪族である。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されているC1~10脂肪族である。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されているC1~6脂肪族である。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されているC1~6アルキルである。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されているヘキシル、ペンチル、ブチル、プロピル、エチル又はメチルである。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されているヘキシルである。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されているペンチルである。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されているブチルである。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されているプロピルである。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されているエチルである。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されているメチルである。一部の実施形態では、Rは、ヘキシルである。一部の実施形態では、Rは、ペンチルである。一部の実施形態では、Rは、ブチルである。一部の実施形態では、Rは、プロピルである。一部の実施形態では、Rは、エチルである。一部の実施形態では、Rは、メチルである。一部の実施形態では、Rは、イソプロピルである。一部の実施形態では、Rは、n-プロピルである。一部の実施形態では、Rは、tert-ブチルである。一部の実施形態では、Rは、sec-ブチルである。一部の実施形態では、Rは、n-ブチルである。一部の実施形態では、Rは、-(CHCNである。
一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されているC3~30脂環式である。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されているC3~20脂環式である。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されているC3~10脂環式である。一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されているシクロヘキシルである。一部の実施形態において、Rはシクロヘキシルである。一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されているシクロペンチルである。一部の実施形態において、Rはシクロペンチルである。一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されているシクロブチルである。一部の実施形態において、Rはシクロブチルである。一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されているシクロプロピルである。一部の実施形態において、Rはシクロプロピルである。
一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されている3~30員環飽和又は部分不飽和炭素環式環である。一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されている3~7員環飽和又は部分不飽和炭素環式環である。一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されている3員環飽和又は部分不飽和炭素環式環である。一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されている4員環飽和又は部分不飽和炭素環式環である。一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されている5員環飽和又は部分不飽和炭素環式環である。一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されている6員環飽和又は部分不飽和炭素環式環である。一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されている7員環飽和又は部分不飽和炭素環式環である。一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されているシクロヘプチルである。一部の実施形態において、Rはシクロヘプチルである。一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されているシクロヘキシルである。一部の実施形態において、Rはシクロヘキシルである。一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されているシクロペンチルである。一部の実施形態において、Rはシクロペンチルである。一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されているシクロブチルである。一部の実施形態において、Rはシクロブチルである。一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されているシクロプロピルである。一部の実施形態において、Rはシクロプロピルである。
一部の実施形態において、Rが環構造、例えば脂環族、シクロヘテロ脂肪族、アリール、ヘテロアリール等であるか又はそれを含むとき、環構造は単環、二環又は多環であり得る。一部の実施形態において、Rは単環構造であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、Rは二環構造であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、Rは多環構造であるか又はそれを含む。
一部の実施形態では、Rは、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1~10個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されているC1~30ヘテロ脂肪族基である。一部の実施形態では、Rは、1~10個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されているC1~20ヘテロ脂肪族基である。一部の実施形態では、Rは、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素(任意選択で、窒素、硫黄、リン又はセレニウムの1つ又は複数の酸化形態を含む)から独立に選択される1~10個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されているC1~20ヘテロ脂肪族基である。一部の実施形態では、Rは、

から独立に選択される1~10の基を含む、任意選択で置換されているC1~30ヘテロ脂肪族基である。
一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されているC6~30アリールである。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されているフェニルである。一部の実施形態では、Rは、フェニルである。一部の実施形態では、Rは、置換フェニルである。
一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されている8~10員の二環式飽和又は部分不飽和又はアリール環である。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されている8~10員の二環式飽和環である。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されている8~10員の二環式部分不飽和環である。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されている8~10員の二環式アリール環である。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されているナフチルである。
一部の実施形態では、Rは、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1~10個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている5~30員ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、酸素、窒素及び硫黄から独立に選択される1~10個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている5~30員ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1~5個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている5~30員ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、酸素、窒素及び硫黄から独立に選択される1~5個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている5~30員ヘテロアリール環である。
一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1~4個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている5~6員の単環式ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1~4個のヘテロ原子を有する、置換されている5~6員の単環式ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1~4個のヘテロ原子を有する、置換されていない5~6員の単環式ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、硫黄及び酸素から独立に選択される1~3個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている5~6員の単環式ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1~3個のヘテロ原子を有する、置換されている5~6員の単環式ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、硫黄及び酸素から独立に選択される1~3個のヘテロ原子を有する、置換されていない5~6員の単環式ヘテロアリール環である。
一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素又は硫黄から独立に選択される1~4個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている5員の単環式ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1~4個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている6員の単環式ヘテロアリール環である。
一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から選択される1個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている5員の単環式ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されているピロリル、フラニル又はチエニルから選択される。
一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される2個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている5員ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、1個の窒素原子と、硫黄又は酸素から選択される別の1個のヘテロ原子とを有する、任意選択で置換されている5員ヘテロアリール環である。R基の例として、限定はされないが、任意選択で置換されているピラゾリル、イミダゾリル、チアゾリル、イソチアゾリル、オキサゾリル又はイソキサゾリルが挙げられる。
一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される3個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている5員ヘテロアリール環である。R基の例として、限定はされないが、任意選択で置換されているトリアゾリル、オキサジアゾリル又はチアジアゾリルが挙げられる。
一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される4個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている5員ヘテロアリール環である。R基の例として、限定はされないが、任意選択で置換されているテトラゾリル、オキサトリアゾリル及びチアトリアゾリルが挙げられる。
一部の実施形態では、Rは、1~4個の窒素原子を有する、任意選択で置換されている6員ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、1~3個の窒素原子を有する、任意選択で置換されている6員ヘテロアリール環である。他の実施形態では、Rは、1~2個の窒素原子を有する、任意選択で置換されている6員ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、4個の窒素原子を有する、任意選択で置換されている6員ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、3個の窒素原子を有する、任意選択で置換されている6員ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、2個の窒素原子を有する、任意選択で置換されている6員ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、1個の窒素原子を有する、任意選択で置換されている6員ヘテロアリール環である。R基の例として、限定はされないが、任意選択で置換されているピリジニル、ピリミジニル、ピラジニル、ピリダジニル、トリアジニル又はテトラジニルが挙げられる。
幾つかの実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1~4個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている8~10員の二環式ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1~4個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている5,6-融合ヘテロアリール環である。他の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1~2個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている5,6-融合ヘテロアリール環である。幾つかの実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている5,6-融合ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されているインドリルである。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されているアザビシクロ[3.2.1]オクタニルである。幾つかの実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される2個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている5,6-融合ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されているアザインドリルである。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されているベンズイミダゾリルである。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されているベンゾチアゾリルである。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されているベンゾキサゾリルである。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されているインダゾリルである。幾つかの実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される3個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている5,6-融合ヘテロアリール環である。
一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1~5個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている5,6-融合ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1~4個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている5,6-融合ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1~3個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている5,6-融合ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される2個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている5,6-融合ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される3個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている5,6-融合ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される4個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている5,6-融合ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される5個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている5,6-融合ヘテロアリール環である。
幾つかの実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている5,6-融合ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されているインドリルである。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されているベンゾフラニルである。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されているベンゾ[b]チエニルである。幾つかの実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される2個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている5,6-融合ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されているアザインドリルである。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されているベンズイミダゾリルである。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されているベンゾチアゾリルである。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されているベンゾキサゾリルである。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されているインダゾリルである。幾つかの実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される3個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている5,6-融合ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されているオキサゾロピリジイル、チアゾロピリジニル又はイミダゾピリジニルである。幾つかの実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される4個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている5,6-融合ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されているプリニル、オキサゾロピリミジニル、チアゾロピリミジニル、オキサゾロピラジニル、チアゾロピラジニル、イミダゾピラジニル、オキサゾロピリダジニル、チアゾロピリダジニル又はイミダゾピリダジニルである。幾つかの実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される5個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている5,6-融合ヘテロアリール環である。
一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されている1,4-ジヒドロピロロ[3,2-b]ピロリル、4H-フロ[3,2-b]ピロリル、4H-チエノ[3,2-b]フラニル、フロ[3,2-b]フラニル、チエノ[3,2-b]フラニル、チエノ[3,2-b]チエニル、1H-ピロロ[1,2-a]イミダゾリル、ピロロ[2,1-b]オキサゾリル又はピロロ[2,1-b]チアゾリルである。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されているジヒドロピロロイミダゾリル、1H-フロイミダゾリル、1H-チエノイミダゾリル、フロオキサゾリル、フロイソキサゾリル、4H-ピロロオキサゾリル、4H-ピロロイソキサゾリル、チエノオキサゾリル、チエノイソキサゾリル、4H-ピロロチアゾリル、フロチアゾリル、チエノチアゾリル、1H-イミダゾイミダゾリル、イミダゾオキサゾリル又はイミダゾ[5,1-b]チアゾリルである。
一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1~4個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている6,6-融合ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1~2個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている6,6-融合ヘテロアリール環である。他の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている6,6-融合ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されているキノリニルである。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されているイソキノリニルである。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される2個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている6,6-融合ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されているキナゾリン又はキノキサリンである。
一部の実施形態では、Rは、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1~10個のヘテロ原子を有する、3~30員複素環である。一部の実施形態では、Rは、酸素、窒素及び硫黄から独立に選択される1~10個のヘテロ原子を有する、3~30員複素環である。一部の実施形態では、Rは、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1~5個のヘテロ原子を有する、3~30員複素環である。一部の実施形態では、Rは、酸素、窒素及び硫黄から独立に選択される1~5個のヘテロ原子を有する、3~30員複素環である。
一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1~3個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている3~7員の飽和又は部分不飽和複素環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1~3個のヘテロ原子を有する、置換されている3~7員の飽和又は部分不飽和複素環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1~3個のヘテロ原子を有する、置換されていない3~7員の飽和又は部分不飽和複素環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1~3個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている5~7員の部分不飽和単環である。幾つかの実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1~3個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている5~6員の部分不飽和単環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1~3個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている5員の部分不飽和単環である。幾つかの実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1~3個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている6員の部分不飽和単環である。幾つかの実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1~3個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている7員の部分不飽和単環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている3員複素環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1~3個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている4員複素環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1~3個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている5員複素環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1~3個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている6員複素環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1~3個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている7員複素環である。
一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1~2個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている3員の飽和又は部分不飽和複素環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1~2個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている4員の飽和又は部分不飽和複素環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1~2個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている5員の飽和又は部分不飽和複素環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1~2個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている6員の飽和又は部分不飽和複素環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1~2個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている7員の飽和又は部分不飽和複素環である。
一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1~2個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている4員の飽和又は部分不飽和複素環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される2個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている4員の部分不飽和複素環である。一部の実施形態では、Rは、ただ1個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている4員の部分不飽和複素環である。一部の実施形態では、Rは、ただ1個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている4員の部分不飽和複素環であり、ここで、ヘテロ原子は、窒素である。一部の実施形態では、Rは、ただ1個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている4員の部分不飽和複素環であり、ここで、ヘテロ原子は、酸素である。一部の実施形態では、Rは、ただ1個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている4員の部分不飽和複素環であり、ここで、ヘテロ原子は、硫黄である。一部の実施形態では、Rは、2個の酸素原子を有する、任意選択で置換されている4員の部分不飽和複素環である。一部の実施形態では、Rは、2個の窒素原子を有する、任意選択で置換されている4員の部分不飽和複素環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1~2個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている4員の飽和又は部分不飽和複素環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される2個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている4員の部分不飽和複素環である。一部の実施形態では、Rは、ただ1個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている4員の部分不飽和複素環である。一部の実施形態では、Rは、ただ1個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている4員の部分不飽和複素環であり、ここで、ヘテロ原子は、窒素である。一部の実施形態では、Rは、ただ1個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている4員の部分不飽和複素環であり、ここで、ヘテロ原子は、酸素である。一部の実施形態では、Rは、ただ1個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている4員の部分不飽和複素環であり、ここで、ヘテロ原子は、硫黄である。一部の実施形態では、Rは、2個の酸素原子を有する、任意選択で置換されている4員の部分不飽和複素環である。一部の実施形態では、Rは、2個の窒素原子を有する、任意選択で置換されている4員の部分不飽和複素環である。
一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1~2個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている5員の飽和又は部分不飽和複素環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される2個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている5員の部分不飽和複素環である。一部の実施形態では、Rは、ただ1個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている5員の部分不飽和複素環である。一部の実施形態では、Rは、ただ1個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている5員の部分不飽和複素環であり、ここで、ヘテロ原子は、窒素である。一部の実施形態では、Rは、ただ1個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている5員の部分不飽和複素環であり、ここで、ヘテロ原子は、酸素である。一部の実施形態では、Rは、ただ1個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている5員の部分不飽和複素環であり、ここで、ヘテロ原子は、硫黄である。一部の実施形態では、Rは、2個の酸素原子を有する、任意選択で置換されている5員の部分不飽和複素環である。一部の実施形態では、Rは、2個の窒素原子を有する、任意選択で置換されている5員の部分不飽和複素環である。
一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1~2個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている6員の飽和又は部分不飽和複素環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される2個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている6員の部分不飽和複素環である。一部の実施形態では、Rは、ただ1個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている6員の部分不飽和複素環である。一部の実施形態では、Rは、ただ1個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている6員の部分不飽和複素環であり、ここで、ヘテロ原子は、窒素である。一部の実施形態では、Rは、ただ1個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている6員の部分不飽和複素環であり、ここで、ヘテロ原子は、酸素である。一部の実施形態では、Rは、ただ1個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている6員の部分不飽和複素環であり、ここで、ヘテロ原子は、硫黄である。一部の実施形態では、Rは、2個の酸素原子を有する、任意選択で置換されている6員の部分不飽和複素環である。一部の実施形態では、Rは、2個の窒素原子を有する、任意選択で置換されている6員の部分不飽和複素環である。
幾つかの実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1~2個のヘテロ原子を有する、3~7員の飽和又は部分不飽和複素環である。幾つかの実施形態では、Rは、任意選択で置換されているオキシラニル、オキセタニル、テトラヒドロフラニル、テトラヒドロピラニル、オキセパネイル、アジリジネイル、アゼチジネイル、ピロリジニル、ピペリジニル、アゼパニル、チイラニル、チエタニル、テトラヒドロチオフェニル、テトラヒドロチオピラニル、チエパニル、ジオキソラニル、オキサチオラニル、オキサゾリジニル、イミダゾリジニル、チアゾリジニル、ジチオラニル、ジオキサニル、モルホリニル、オキサチアニル、ピペラジニル、チオモルホリニル、ジチアニル、ジオキセパニル、オキサゼパニル、オキサチエパニル、ジチエパニル、ジアゼパニル、ジヒドロフラノニル、テトラヒドロピラノニル、オキセパノニル、ピロリジノニル、ピペリジノニル、アゼパノニル、ジヒドロチオフェノニル、テトラヒドロチオピラノニル、チエパノニル、オキサゾリジノニル、オキサジナノニル、オキセゼパノニル、ジオキサラノニル、ジオキサノニル、ジオキセパノニル、オキサチオリノニル、オキサチアノニル、オキサチエパノニル、チアゾリジノニル、チアジナノニル、チアゼパノニル、イミダゾリジノニル、テトラヒドロピリミジノニル、ジアゼパノニル、イミダゾリジンジオニル、オキサゾリジンジオニル、チアゾリジンジオニル、ジオキソランジオニル、オキサチオランジオニル、ピペラジンジオニル、モルホリンジオニル、チオモルホリンジオニル、テトラヒドロピラニル、テトラヒドロフラニル、モルホリニル、チオモルホリニル、ピペリジニル、ピペラジニル、ピロリジニル、テトラヒドロチオフェニル又はテトラヒドロチオピラニルである。
一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1~2個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている5~6員の部分不飽和単環である。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されているテトラヒドロピリジニル、ジヒドロチアゾリル、ジヒドロオキサゾリル又はオキサゾリニル基である。
一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1~5個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている7~10員の二環式飽和又は部分不飽和複素環である。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されているインドリニルである。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されているイソインドリニルである。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されている1,2,3,4-テトラヒドロキノリニルである。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されている1,2,3,4-テトラヒドロイソキノリニルである。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されているアザビシクロ[3.2.1]オクタニルである。
一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1~5個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている8~10員の二環式ヘテロアリール環である。
一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1~5個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている5,6-融合ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1~4個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている5,6-融合ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1~3個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている5,6-融合ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される2個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている5,6-融合ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されている1,4-ジヒドロピロロ[3,2-b]ピロリル、4H-フロ[3,2-b]ピロリル、4H-チエノ[3,2-b]ピロリル、フロ[3,2-b]フラニル、チエノ[3,2-b]フラニル、チエノ[3,2-b]チエニル、1H-ピロロ[1,2-a]イミダゾリル、ピロロ[2,1-b]オキサゾリル又はピロロ[2,1-b]チアゾリルである。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される3個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている5,6-融合ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されているジヒドロピロロイミダゾリル、1H-フロイミダゾリル、1H-チエノイミダゾリル、フロオキサゾリル、フロイソキサゾリル、4H-ピロロオキサゾリル、4H-ピロロイソキサゾリル、チエノオキサゾリル、チエノイソキサゾリル、4H-ピロロチアゾリル、フロチアゾリル、チエノチアゾリル、1H-イミダゾイミダゾリル、イミダゾオキサゾリル又はイミダゾ[5,1-b]チアゾリルである。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される4個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている5,6-融合ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される5個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている5,6-融合ヘテロアリール環である。
一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1~5個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている5,6-融合ヘテロアリール環である。他の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1~2個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている5,6-融合ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている5,6-融合ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されているインドリルである。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されているベンゾフラニルである。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されているベンゾ[b]チエニルである。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される2個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている5,6-融合ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されているアザインドリルである。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されているベンズイミダゾリルである。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されているベンゾチアゾリルである。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されているベンゾキサゾリルである。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されているインダゾリルである。幾つかの実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される3個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている5,6-融合ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されているオキサゾロピリジイル、チアゾロピリジニル又はイミダゾピリジニルである。幾つかの実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される4個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている5,6-融合ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されているプリニル、オキサゾロピリミジニル、チアゾロピリミジニル、オキサゾロピラジニル、チアゾロピラジニル、イミダゾピラジニル、オキサゾロピリダジニル、チアゾロピリダジニル又はイミダゾピリダジニルである。幾つかの実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される5個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている5,6-融合ヘテロアリール環である。
幾つかの実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1~5個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている6,6-融合ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1~2個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている6,6-融合ヘテロアリール環である。他の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される1個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている6,6-融合ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されているキノリニルである。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されているイソキノリニルである。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される2個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている6,6-融合ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されているキナゾリニル、フタラジニル、キノキサリニル又はナフチリジニルである。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される3個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている6,6-融合ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されているピリドピリミジニル、ピリドピリダジニル、ピリドピラジニル又はベンゾトリアジニルである。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される4個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている6,6-融合ヘテロアリール環である。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されているピリドトリアジニル、プテリジニル、ピラジノピラジニル、ピラジノピリダジニル、ピリダジノピリダジニル、ピリミドピリダジニル又はピリミドピリミジニルである。一部の実施形態では、Rは、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される5個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている6,6-融合ヘテロアリール環である。
一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されているC6~30アリール脂肪族である。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されているC6~20アリール脂肪族である。一部の実施形態では、Rは、任意選択で置換されているC6~10アリール脂肪族である。一部の実施形態では、アリール脂肪族のアリール部分は、6、10又は14個のアリール炭素原子を有する。一部の実施形態では、アリール脂肪族のアリール部分は、6個のアリール炭素原子を有する。一部の実施形態では、アリール脂肪族のアリール部分は、10個のアリール炭素原子を有する。一部の実施形態では、アリール脂肪族のアリール部分は、14個のアリール炭素原子を有する。一部の実施形態では、アリール部分は、任意選択で置換されているフェニルである。
一部の実施形態において、Rは、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1~10個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されているC6~30アリールヘテロ脂肪族である。一部の実施形態において、Rは、酸素、窒素及び硫黄から独立に選択される1~10個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されているC6~30アリールヘテロ脂肪族である。一部の実施形態において、Rは、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1~10個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されているC6~20アリールヘテロ脂肪族である。一部の実施形態において、Rは、酸素、窒素及び硫黄から独立に選択される1~10個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されているC6~20アリールヘテロ脂肪族である。一部の実施形態において、Rは、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1~5個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されているC6~10アリールヘテロ脂肪族である。一部の実施形態において、Rは、酸素、窒素及び硫黄から独立に選択される1~5個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されているC6~10アリールヘテロ脂肪族である。
一部の実施形態において、2つのR基は、任意選択で且つ独立に、一緒になって共有結合を形成する。一部の実施形態において、-C=Oが形成される。一部の実施形態において、-C=C-が形成される。一部の実施形態において、-C≡C-が形成される。
一部の実施形態において、同じ原子上の2つ以上のR基は、任意選択で且つ独立に、その原子と一緒になって、その原子に加えて、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される0~10個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている3~30員環の単環式、二環式又は多環式の環を形成する。一部の実施形態において、同じ原子上の2つ以上のR基は、任意選択で且つ独立に、その原子と一緒になって、その原子に加えて、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される0~10個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている3~20員環の単環式、二環式又は多環式の環を形成する。一部の実施形態において、同じ原子上の2つ以上のR基は、任意選択で且つ独立に、その原子と一緒になって、その原子に加えて、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される0~5つのヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている3~10員環の単環式、二環式又は多環式の環を形成する。一部の実施形態において、同じ原子上の2つ以上のR基は、任意選択で且つ独立に、その原子と一緒になって、その原子に加えて、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される0~3個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている3~6員環の単環式、二環式又は多環式の環を形成する。一部の実施形態において、同じ原子上の2つ以上のR基は、任意選択で且つ独立に、その原子と一緒になって、その原子に加えて、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される0~3個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている3~5員環の単環式、二環式又は多環式の環を形成する。
一部の実施形態において、2つ以上の原子上の2つ以上のR基が、任意選択で且つ独立に、それらの介在原子と一緒になって、それらの介在原子に加えて、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される0~10個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている3~30員環単環式、二環式又は多環式環を形成する。一部の実施形態において、2つ以上の原子上の2つ以上のR基が、任意選択で且つ独立に、それらの介在原子と一緒になって、それらの介在原子に加えて、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される0~10個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている3~20員環単環式、二環式又は多環式環を形成する。一部の実施形態において、2つ以上の原子上の2つ以上のR基が、任意選択で且つ独立に、それらの介在原子と一緒になって、それらの介在原子に加えて、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される0~10個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている3~10員環単環式、二環式又は多環式環を形成する。一部の実施形態において、2つ以上の原子上の2つ以上のR基が、任意選択で且つ独立に、それらの介在原子と一緒になって、それらの介在原子に加えて、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される0~5個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている3~10員環単環式、二環式又は多環式環を形成する。一部の実施形態において、2つ以上の原子上の2つ以上のR基が、任意選択で且つ独立に、それらの介在原子と一緒になって、それらの介在原子に加えて、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される0~3個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている3~6員環単環式、二環式又は多環式環を形成する。一部の実施形態において、2つ以上の原子上の2つ以上のR基が、任意選択で且つ独立に、それらの介在原子と一緒になって、それらの介在原子に加えて、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される0~3個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている3~5員環単環式、二環式又は多環式環を形成する。
一部の実施形態では、R基又は2つ以上のR基が一緒になって形成される構造中のヘテロ原子は、酸素、窒素及び硫黄から選択される。一部の実施形態では、形成される環は、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19又は20員である。一部の実施形態では、形成される環は、飽和である。一部の実施形態では、形成される環は、部分飽和である。一部の実施形態では、形成される環は、芳香族である。一部の実施形態では、形成される環は、飽和、部分飽和又は芳香環部分を含む。一部の実施形態では、形成される環は、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19又は20個の芳香環原子を含む。一部の実施形態では、形成される環は、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19又は20個の芳香環原子のみを含む。一部の実施形態では、芳香環原子は、炭素、窒素、酸素及び硫黄から選択される。
一部の実施形態では、2つ以上のR基(又はR及びRであり得る変数から選択される2つ以上の基)が一緒になって形成される環は、C3~30脂環、C6~30アリール、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1~10個のヘテロ原子を有する、5~30員ヘテロアリール又は酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される1~10個のヘテロ原子を有する、3~30員ヘテロシクリル、二価若しくは多価を除くRについて記載される環である。
当業者が理解するとおり、本開示に記載されるRの実施形態は、独立に、Rであり得る可変要素についての実施形態であり得る。
一部の実施形態において、aは、1~100である。一部の実施形態において、aは、1~50である。一部の実施形態において、aは、1~40である。一部の実施形態において、aは、1~30である。一部の実施形態において、aは、1~20である。一部の実施形態において、aは、1~15である。一部の実施形態において、aは、1~10である。一部の実施形態において、aは、1~9である。一部の実施形態において、aは、1~8である。一部の実施形態において、aは、1~7である。一部の実施形態において、aは、1~6である。一部の実施形態において、aは、1~5である。一部の実施形態において、aは、1~4である。一部の実施形態において、aは、1~3である。一部の実施形態において、aは、1~2である。一部の実施形態において、aは、1である。一部の実施形態において、aは2である。一部の実施形態において、aは3である。一部の実施形態において、aは4である。一部の実施形態において、aは5である。一部の実施形態において、aは6である。一部の実施形態において、aは7である。一部の実施形態において、aは8である。一部の実施形態において、aは9である。一部の実施形態において、aは、10である。一部の実施形態において、aは、10より大きい。
一部の実施形態において、bは、1~100である。一部の実施形態において、bは、1~50である。一部の実施形態において、bは、1~40である。一部の実施形態において、bは、1~30である。一部の実施形態において、bは、1~20である。一部の実施形態において、bは、1~15である。一部の実施形態において、bは、1~10である。一部の実施形態において、bは、1~9である。一部の実施形態において、bは、1~8である。一部の実施形態において、bは、1~7である。一部の実施形態において、bは、1~6である。一部の実施形態において、bは、1~5である。一部の実施形態において、bは、1~4である。一部の実施形態において、bは、1~3である。一部の実施形態において、bは、1~2である。一部の実施形態において、bは、1である。一部の実施形態において、bは2である。一部の実施形態において、bは3である。一部の実施形態において、bは4である。一部の実施形態において、bは5である。一部の実施形態において、bは6である。一部の実施形態において、bは7である。一部の実施形態において、bは8である。一部の実施形態において、bは9である。一部の実施形態において、bは、10である。一部の実施形態において、bは、1である。一部の実施形態において、bは、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20又はそれを超える。
一部の実施形態において、LLDはLである。一部の実施形態において、LLDは二価Lである。
一部の実施形態において、Lは、本開示に記載されるとおりの-LM1-LM2-LM3-である。一部の実施形態において、Lは、本開示に記載されるとおりのLM1である。一部の実施形態において、Lは、本開示に記載されるとおりのLM2である。一部の実施形態において、Lは、本開示に記載されるとおりのLM3である。一部の実施形態において、Lは、本開示に記載されるとおりのLである。
一部の実施形態において、LM1はLである。一部の実施形態において、LM2はLである。一部の実施形態において、LM3はLである。一部の実施形態において、LM1は共有結合である。一部の実施形態において、LM2は共有結合である。一部の実施形態において、LM3は共有結合である。一部の実施形態において、LM1は、本開示に記載されるとおりのLM2である。一部の実施形態において、LM1は、本開示に記載されるとおりのLM3である。一部の実施形態において、LM2は、本開示に記載されるとおりのLM1である。一部の実施形態において、LM2は、本開示に記載されるとおりのLM3である。一部の実施形態において、LM3は、本開示に記載されるとおりのLM1である。一部の実施形態において、LM3は、本開示に記載されるとおりのLM2である。一部の実施形態において、Lは、本開示に記載されるとおりのLM1である。一部の実施形態において、Lは、本開示に記載されるとおりのLM2である。一部の実施形態において、Lは、本開示に記載されるとおりのLM3である。一部の実施形態において、LはLM1-LM2であり、式中、LM1及びLM2の各々は、独立に、本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態において、LはLM1-LM3であり、式中、LM1及びLM3の各々は、独立に、本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態において、LはLM2-LM3であり、式中、LM2及びLM3の各々は、独立に、本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態において、LはLM1-LM2-LM3であり、式中、LM1、LM2及びLM3の各々は、独立に、本開示に記載されるとおりである。
一部の実施形態において、LM1は1つ以上の-N(R’)-及び1つ以上の-C(O)-を含む。一部の実施形態において、リンカー又はLM1は、

であるか又はそれを含み、式中、nは、1~8である。一部の実施形態において、リンカー又は-LM1-LM2-LM3-は、

又はその塩形態であり、式中、nは、1~8である。一部の実施形態において、リンカー又は-LM1-LM2-LM3-は、

(式中、
は、1~8であり、
各アミノ基は、独立に、部分に連結し;及び
P原子は、オリゴヌクレオチドの5’-OHに連結する)
又はその塩形態である。一部の実施形態において、部分及びリンカー又は(R)b-LM1-LM2-LM3-は、

であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、部分及びリンカー又は(R)b-LM1-LM2-LM3-は、

であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、部分及びリンカー又は(R)b-LM1-LM2-LM3-は、

であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、部分及びリンカー又は(R)b-LM1-LM2-LM3-は、

であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、部分及びリンカー又は(R)b-LM1-LM2-LM3-は、

であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、部分及びリンカー又は(R)b-LM1-LM2-LM3-は、

であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、部分及びリンカー又は(R)b-LM1-LM2-LM3-は、

であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、リンカー又はLM1は、

であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、部分及びリンカー又は(R)b-LM1-LM2-LM3-は、

であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、部分及びリンカー又は(R)b-LM1-LM2-LM3-は、

であるか又はそれを含む。
一部の実施形態において、nは、1~8である。一部の実施形態において、nは、1、2、3、4、5、6、7又は8である。一部の実施形態において、nは、1である。一部の実施形態において、nは、2である。一部の実施形態において、nは、3である。一部の実施形態において、nは、4である。一部の実施形態において、nは、5である。一部の実施形態において、nは、6である。一部の実施形態において、nは、7である。一部の実施形態において、nは、8である。
一部の実施形態において、少なくとも1つのLは、提供されるオリゴヌクレオチドの糖単位に直接結合される。一部の実施形態において、Lは糖単位に直接結合し、オリゴヌクレオチドに脂質部分を取り込む。一部の実施形態において、Lは糖単位に直接結合し、オリゴヌクレオチドに炭水化物部分を取り込む。一部の実施形態において、Lは糖単位に直接結合し、オリゴヌクレオチドにRLD基を取り込む。一部の実施形態において、Lは糖単位に直接結合し、オリゴヌクレオチドにRCD基を取り込む。一部の実施形態において、Lはオリゴヌクレオチド鎖の5’-OHを用いて直接結合される。一部の実施形態において、Lはオリゴヌクレオチド鎖の3’-OHを用いて直接結合される。
一部の実施形態において、少なくとも1つのLは、提供されるオリゴヌクレオチドのインターヌクレオチド結合単位に直接結合される。一部の実施形態において、Lはインターヌクレオチド結合単位に直接結合し、オリゴヌクレオチドに脂質部分を取り込む。一部の実施形態において、Lはインターヌクレオチド結合単位に直接結合し、オリゴヌクレオチドに炭水化物部分を取り込む。一部の実施形態において、Lはインターヌクレオチド結合単位に直接結合し、オリゴヌクレオチドにRLD基を取り込む。一部の実施形態において、Lはインターヌクレオチド結合単位に直接結合し、オリゴヌクレオチドにRCD基を取り込む。
一部の実施形態において、少なくとも1つのLは、提供されるオリゴヌクレオチドの核酸塩基単位に直接結合する。一部の実施形態において、Lは核酸塩基単位に直接結合し、オリゴヌクレオチドに脂質部分を取り込む。一部の実施形態において、Lは核酸塩基単位に直接結合し、オリゴヌクレオチドに炭水化物部分を取り込む。一部の実施形態において、Lは核酸塩基単位に直接結合し、オリゴヌクレオチドにRLD基を取り込む。一部の実施形態において、Lは核酸塩基単位に直接結合し、オリゴヌクレオチドにRCD基を取り込む。
一部の実施形態において、Lは二価である。一部の実施形態において、Lは多価である。一部の実施形態において、Lは、

であり、式中、Lは核酸塩基に直接結合し、例えば、

にあるとおりである。一部の実施形態において、Lは、

である。一部の実施形態において、Lは、

である。一部の実施形態において、Lは、

である。一部の実施形態において、Lは、

である。一部の実施形態において、リンカー部分、例えば、L、LM1、LM2、LM3、L、L等は、

であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、リンカー部分、例えば、L、LM1、LM2、LM3、L、L等は、

であるか又はそれを含む。
一部の実施形態において、Rは、脂質部分である。一部の実施形態において、Rは、ターゲティング部分である。一部の実施形態において、Rは、炭水化物部分である。一部の実施形態において、Rは、スルホンアミド部分である。一部の実施形態において、Rは、抗体又はその断片である。一部の実施形態において、Rは、本開示に記載されるとおりのRLDである。一部の実施形態において、Rは、本開示に記載されるとおりのRCDである。一部の実施形態において、Rは、本開示に記載されるとおりのRTDである。
一部の実施形態において、脂質部分はRLDの構造を有する。一部の実施形態において、RLDは、任意選択で置換されているC10、C15、C16、C17、C18、C19、C20、C21、C22、C23、C24又はC25~C20、C21、C22、C23、C24、C25、C26、C27、C28、C29、C30、C35、C40、C45、C50、C60、C70又はC80脂肪族である。一部の実施形態において、RLDは、任意選択で置換されているC10~80脂肪族である。一部の実施形態において、RLDは、任意選択で置換されているC20~80脂肪族である。一部の実施形態において、RLDは、任意選択で置換されているC10~70脂肪族である。一部の実施形態において、RLDは、任意選択で置換されているC20~70脂肪族である。一部の実施形態において、RLDは、任意選択で置換されているC10~60脂肪族である。一部の実施形態において、RLDは、任意選択で置換されているC20~60脂肪族である。一部の実施形態において、RLDは、任意選択で置換されているC10~50脂肪族である。一部の実施形態において、RLDは、任意選択で置換されているC20~50脂肪族である。一部の実施形態において、RLDは、任意選択で置換されているC10~40脂肪族である。一部の実施形態において、RLDは、任意選択で置換されているC20~40脂肪族である。一部の実施形態において、RLDは、任意選択で置換されているC10~30脂肪族である。一部の実施形態において、RLDは、任意選択で置換されているC20~30脂肪族である。一部の実施形態において、RLDは、非置換C10、C15、C16、C17、C18、C19、C20、C21、C22、C23、C24又はC25~C20、C21、C22、C23、C24、C25、C26、C27、C28、C29、C30、C35、C40、C45、C50、C60、C70又はC80脂肪族である。一部の実施形態において、RLDは、非置換C10~80脂肪族である。一部の実施形態において、RLDは、非置換C20~80脂肪族である。一部の実施形態において、RLDは、非置換C10~70脂肪族である。一部の実施形態において、RLDは、非置換C20~70脂肪族である。一部の実施形態において、RLDは、非置換C10~60脂肪族である。一部の実施形態において、RLDは、非置換C20~60脂肪族である。一部の実施形態において、RLDは、非置換C10~50脂肪族である。一部の実施形態において、RLDは、非置換C20~50脂肪族である。一部の実施形態において、RLDは、非置換C10~40脂肪族である。一部の実施形態において、RLDは、非置換C20~40脂肪族である。一部の実施形態において、RLDは、非置換C10~30脂肪族である。一部の実施形態において、RLDは、非置換C20~30脂肪族である。
一部の実施形態において、RLDは水素でない。一部の実施形態において、RLDは、脂質部分である。一部の実施形態において、RLDは、ターゲティング部分である。一部の実施形態において、RLDは、炭水化物部分を含むターゲティング部分である。一部の実施形態において、RLDは、GalNAc部分である。
一部の実施形態において、RTDはRLDであり、式中、RLDは、独立に、本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態において、RTDはRCDであり、式中、RCDは、独立に、本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態において、RTDはスルホンアミド部分を含む。一部の実施形態において、RTDは炭水化物部分を含む。一部の実施形態において、RTDはGalNAc部分を含む。
一部の実施形態において、RCDは、C1~30脂肪族基と、酸素、窒素、硫黄、リン、ホウ素及びケイ素から独立に選択される1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族基とから選択される、任意選択で置換されている直鎖又は分枝状の基であり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、C1~6アルキレン、C1~6アルケニレン、-C≡C-、-C(R’)-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)O-、-S(O)-、-S(O)-、-S(O)N(R’)-、-C(O)S-、-C(O)O-、-P(O)(OR’)-、-P(O)(SR’)-、-P(O)(R’)-、-P(O)(NR’)-、-P(S)(OR’)-、-P(S)(SR’)-、-P(S)(R’)-、-P(S)(NR’)-、-P(R’)-、-P(OR’)-、-P(SR’)-、-P(NR’)-、-P(OR’)[B(R’)]-、-OP(O)(OR’)O-、-OP(O)(SR’)O-、-OP(O)(R’)O-、-OP(O)(NR’)O-、-OP(OR’)O-、-OP(SR’)O-、-OP(NR’)O-、-OP(R’)O-又は-OP(OR’)[B(R’)]O-に置き換えられ;及び1つ以上の炭素原子は、任意選択で且つ独立に、Cyに置き換えられる。一部の実施形態において、RCDは、C1~30脂肪族基と、酸素、窒素、硫黄、リン、ホウ素及びケイ素から独立に選択される1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族基とから選択される、任意選択で置換されている直鎖又は分枝状の基であり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、C1~6アルキレン、C1~6アルケニレン、-C≡C-、-C(R’)-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)O-、-S(O)-、-S(O)-、-S(O)N(R’)-、-C(O)S-、-C(O)O-、-P(O)(OR’)-、-P(O)(SR’)-、-P(O)(R’)-、-P(O)(NR’)-、-P(S)(OR’)-、-P(S)(SR’)-、-P(S)(R’)-、-P(S)(NR’)-、-P(R’)-、-P(OR’)-、-P(SR’)-、-P(NR’)-、-P(OR’)[B(R’)]-、-OP(O)(OR’)O-、-OP(O)(SR’)O-、-OP(O)(R’)O-、-OP(O)(NR’)O-、-OP(OR’)O-、-OP(SR’)O-、-OP(NR’)O-、-OP(R’)O-又は-OP(OR’)[B(R’)]O-に置き換えられ;及び1つ以上の炭素原子は、独立に、単糖、二糖又は多糖部分に置き換えられる。一部の実施形態において、RCDは、C1~30脂肪族基と、酸素、窒素、硫黄、リン、ホウ素及びケイ素から独立に選択される1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族基とから選択される、任意選択で置換されている直鎖又は分枝状の基であり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、C1~6アルキレン、C1~6アルケニレン、-C≡C-、-C(R’)-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)O-、-S(O)-、-S(O)-、-S(O)N(R’)-、-C(O)S-、-C(O)O-、-P(O)(OR’)-、-P(O)(SR’)-、-P(O)(R’)-、-P(O)(NR’)-、-P(S)(OR’)-、-P(S)(SR’)-、-P(S)(R’)-、-P(S)(NR’)-、-P(R’)-、-P(OR’)-、-P(SR’)-、-P(NR’)-、-P(OR’)[B(R’)]-、-OP(O)(OR’)O-、-OP(O)(SR’)O-、-OP(O)(R’)O-、-OP(O)(NR’)O-、-OP(OR’)O-、-OP(SR’)O-、-OP(NR’)O-、-OP(R’)O-又は-OP(OR’)[B(R’)]O-に置き換えられ;及び1つ以上の炭素原子は、独立に、GalNac部分に置き換えられる。
一部の実施形態において、各Rは、独立に、本開示に記載されるとおりの化学的部分である。一部の実施形態において、Rは、追加の化学的部分である。一部の実施形態において、Rは、ターゲティング部分である。一部の実施形態において、Rは、炭水化物部分であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、Rは、脂質部分であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、Rは、例えば、σ受容体、アシアロ糖タンパク質受容体等の細胞受容体に対するリガンド部分であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、リガンド部分はアニスアミド部分であるか又はそれを含み、これはσ受容体に対するリガンド部分であり得る。一部の実施形態において、リガンド部分は脂質であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、リガンド部分はGalNAc部分であるか又はそれを含み、これはアシアロ糖タンパク質受容体に対するリガンド部分であり得る。一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されているフェニル、

(式中、n’は、0又は1であり、他の各可変要素は、独立に、本開示に記載されるとおりである)
から選択される。一部の実施形態において、RはFである。一部の実施形態において、RはOMeである。一部の実施形態において、RはOHである。一部の実施形態において、RはNHAcである。一部の実施形態において、RはNHCOCFである。一部の実施形態において、R’はHである。一部の実施形態において、RはHである。一部の実施形態において、R2sはNHAcであり、及びR5sはOHである。一部の実施形態において、R2sはp-アニソイルであり、及びR5sはOHである。一部の実施形態において、R2sはNHAcであり、及びR5sはp-アニソイルである。一部の実施形態において、R2sはOHであり、及びR5sはp-アニソイルである。一部の実施形態において、Rは、

から選択される。Rの更なる実施形態には、追加の化学的部分の実施形態、例えばこれらの例に記載されるものが含まれる。
一部の実施形態において、R、RLD又はRTDは、

であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、R、RLD又はRTDは、

であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、R、RLD又はRTDは、

であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、R、RLD又はRTDは、

であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、R、RLD、RCD又はRTDは、

であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、R、RLD又はRTDは、

であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、R、RLD、RCD又はRTDは-N(Rであるか又はそれを含み、式中、各Rは、独立に、本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態において、R、RLD、RCD又はRTDは-N(Rであるか又はそれを含み、式中、各Rは、独立に、本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態において、R、RLD、RCD又はRTDは1つ以上のグアニジン部分であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、R、RLD、RCD又はRTDは-N=C(N(R)であるか又はそれを含み、式中、各Rは、独立に、本開示に記載されるとおりである。一部の実施形態において、R又はRTDは、

であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、R、RLD又はRTDは、

であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、R又はRTDは、

であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、R又はRTDは、

であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、R、RCD又はRTDは、

であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、R、RLD又はRTDは、

であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、R、RCD又はRTDは、

であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、R、RLD又はRTDは、

であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、R又はRTDは、

であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、R又はRTDは、

であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、R又はRTDは、

であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、R又はRTDは、

であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、R又はRTDは、

であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、R又はRTDは、

であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、R、RCD又はRTDは、

であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、R、RCD又はRTDは、

であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、R、RCD又はRTDは、

であるか又はそれを含む。一部の実施形態において、R、RLD、RCD又はRTDは、

を含む。一部の実施形態において、R、RLD、RCD又はRTDは、

を含む。
一部の実施形態において、n’は1である。一部の実施形態において、n’は0である。
一部の実施形態において、n”は1である。一部の実施形態において、n”は2である。一部の実施形態において、本開示の部分、例えば、ヘテロ脂肪族、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、環等は、1個以上のヘテロ原子を含有し得る。一部の実施形態において、ヘテロ原子は、炭素でない、且つ水素でない任意の原子である。一部の実施形態において、各ヘテロ原子は、ホウ素、窒素、酸素、硫黄、ケイ素及びリンから独立に選択される。一部の実施形態において、各ヘテロ原子は、窒素、酸素、硫黄、ケイ素及びリンから独立に選択される。一部の実施形態において、各ヘテロ原子は、ホウ素、窒素、酸素、硫黄及びリンから独立に選択される。一部の実施形態において、各ヘテロ原子は、ホウ素、窒素、酸素、硫黄及びケイ素から独立に選択される。一部の実施形態において、各ヘテロ原子は、窒素、酸素及び硫黄から独立に選択される。一部の実施形態において、少なくとも1個のヘテロ原子は窒素である。一部の実施形態において、少なくとも1個のヘテロ原子は酸素である。一部の実施形態において、少なくとも1個のヘテロ原子は硫黄である。
一部の実施形態において、例えば立体化学パターン中のy、t、n及びmは、それぞれ独立に、本開示に記載されるとおり1~20である。一部の実施形態において、yは1である。一部の実施形態において、yは、少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14又は15である。一部の実施形態において、yは、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14又は15である。一部の実施形態において、yは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10である。一部の実施形態において、yは1である。一部の実施形態において、yは2である。一部の実施形態において、yは3である。一部の実施形態において、yは4である。一部の実施形態において、yは5である。一部の実施形態において、yは6である。一部の実施形態において、yは7である。一部の実施形態において、yは8である。一部の実施形態において、yは9である。一部の実施形態において、yは10である。
一部の実施形態において、nは1である。一部の実施形態において、nは、少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14又は15である。一部の実施形態において、nは、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14又は15である。一部の実施形態において、nは1~10である。一部の実施形態において、nは、1、2、3、4、5、6、7又は8である。一部の実施形態において、nは1である。一部の実施形態において、nは、2、3、4、5、6、7又は8である。一部の実施形態において、nは、3、4、5、6、7又は8である。一部の実施形態において、nは、4、5、6、7又は8である。一部の実施形態において、nは、5、6、7又は8である。一部の実施形態において、nは、6、7又は8である。一部の実施形態において、nは、7又は8である。一部の実施形態において、nは1である。一部の実施形態において、nは2である。一部の実施形態において、nは3である。一部の実施形態において、nは4である。一部の実施形態において、nは5である。一部の実施形態において、nは6である。一部の実施形態において、nは7である。一部の実施形態において、nは8である。一部の実施形態において、nは9である。一部の実施形態において、nは10である。
一部の実施形態において、mは0~50である。一部の実施形態において、mは1~50である。一部の実施形態において、mは1である。一部の実施形態において、mは2~50である。一部の実施形態において、mは、少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14又は15である。一部の実施形態において、mは、2、3、4、5、6、7又は8である。一部の実施形態において、mは、3、4、5、6、7又は8である。一部の実施形態において、mは、4、5、6、7又は8である。一部の実施形態において、mは、5、6、7又は8である。一部の実施形態において、mは、6、7又は8である。一部の実施形態において、mは、7又は8である。一部の実施形態において、mは0である。一部の実施形態において、mは1である。一部の実施形態において、mは2である。一部の実施形態において、mは3である。一部の実施形態において、mは4である。一部の実施形態において、mは5である。一部の実施形態において、mは6である。一部の実施形態において、mは7である。一部の実施形態において、mは8である。一部の実施形態において、mは9である。一部の実施形態において、mは10である。一部の実施形態において、mは11である。一部の実施形態において、mは12である。一部の実施形態において、mは13である。一部の実施形態において、mは14である。一部の実施形態において、mは15である。一部の実施形態において、mは16である。一部の実施形態において、mは17である。一部の実施形態において、mは18である。一部の実施形態において、mは19である。一部の実施形態において、mは20である。一部の実施形態において、mは21である。一部の実施形態において、mは22である。一部の実施形態において、mは23である。一部の実施形態において、mは24である。一部の実施形態において、mは25である。一部の実施形態において、mは少なくとも2である。一部の実施形態において、mは少なくとも3である。一部の実施形態において、mは少なくとも4である。一部の実施形態において、mは少なくとも5である。一部の実施形態において、mは少なくとも6である。一部の実施形態において、mは少なくとも7である。一部の実施形態において、mは少なくとも8である。一部の実施形態において、mは少なくとも9である。一部の実施形態において、mは少なくとも10である。一部の実施形態において、mは少なくとも11である。一部の実施形態において、mは少なくとも12である。一部の実施形態において、mは少なくとも13である。一部の実施形態において、mは少なくとも14である。一部の実施形態において、mは少なくとも15である。一部の実施形態において、mは少なくとも16である。一部の実施形態において、mは少なくとも17である。一部の実施形態において、mは少なくとも18である。一部の実施形態において、mは少なくとも19である。一部の実施形態において、mは少なくとも20である。一部の実施形態において、mは少なくとも21である。一部の実施形態において、mは少なくとも22である。一部の実施形態において、mは少なくとも23である。一部の実施形態において、mは少なくとも24である。一部の実施形態において、mは少なくとも25である。一部の実施形態において、mは少なくとも25より大きい。
一部の実施形態において、tは1~20である。一部の実施形態において、tは1である。一部の実施形態において、tは、少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14又は15である。一部の実施形態において、tは、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14又は15である。一部の実施形態において、tは1~5である。一部の実施形態において、tは2である。一部の実施形態において、tは3である。一部の実施形態において、tは4である。一部の実施形態において、tは5である。一部の実施形態において、tは6である。一部の実施形態において、tは7である。一部の実施形態において、tは8である。一部の実施形態において、tは9である。一部の実施形態において、tは10である。一部の実施形態において、tは11である。一部の実施形態において、tは12である。一部の実施形態において、tは13である。一部の実施形態において、tは14である。一部の実施形態において、tは15である。一部の実施形態において、tは16である。一部の実施形態において、tは17である。一部の実施形態において、tは18である。一部の実施形態において、tは19である。一部の実施形態において、tは20である。
一部の実施形態において、t及びmの各々は、独立に、少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14又は15である。一部の実施形態において、t及びmの各々は、独立に、少なくとも3である。一部の実施形態において、t及びmの各々は、独立に、少なくとも4である。一部の実施形態において、t及びmの各々は、独立に、少なくとも5である。一部の実施形態において、t及びmの各々は、独立に、少なくとも6である。一部の実施形態において、t及びmの各々は、独立に、少なくとも7である。一部の実施形態において、t及びmの各々は、独立に、少なくとも8である。一部の実施形態において、t及びmの各々は、独立に、少なくとも9である。一部の実施形態において、t及びmの各々は、独立に、少なくとも10である。
本開示において使用されるとき、一部の実施形態において、「1つ以上」は、1~200、1~150、1~100、1~90、1~80、1~70、1~60、1~50、1~40、1~30又は1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24若しくは25である。一部の実施形態において、「1つ以上」は1である。一部の実施形態において、「1つ以上」は2である。一部の実施形態において、「1つ以上」は3である。一部の実施形態において、「1つ以上」は4である。一部の実施形態において、「1つ以上」は5である。一部の実施形態において、「1つ以上」は6である。一部の実施形態において、「1つ以上」は7である。一部の実施形態において、「1つ以上」は8である。一部の実施形態において、「1つ以上」は9である。一部の実施形態において、「1つ以上」は10である。一部の実施形態において、「1つ以上」は少なくとも1である。一部の実施形態において、「1つ以上」は少なくとも2である。一部の実施形態において、「1つ以上」は少なくとも3である。一部の実施形態において、「1つ以上」は少なくとも4である。一部の実施形態において、「1つ以上」は少なくとも5である。一部の実施形態において、「1つ以上」は少なくとも6である。一部の実施形態において、「1つ以上」は少なくとも7である。一部の実施形態において、「1つ以上」は少なくとも8である。一部の実施形態において、「1つ以上」は少なくとも9である。一部の実施形態において、「1つ以上」は少なくとも10である。本開示において使用されるとき、一部の実施形態において、「少なくとも1つ」は、1~200、1~150、1~100、1~90、1~80、1~70、1~60、1~50、1~40、1~30又は1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24若しくは25である。一部の実施形態において、「少なくとも1つ」は1である。一部の実施形態において、「少なくとも1つ」は2である。一部の実施形態において、「少なくとも1つ」は3である。一部の実施形態において、「少なくとも1つ」は4である。一部の実施形態において、「少なくとも1つ」は5である。一部の実施形態において、「少なくとも1つ」は6である。一部の実施形態において、「少なくとも1つ」は7である。一部の実施形態において、「少なくとも1つ」は8である。一部の実施形態において、「少なくとも1つ」は9である。一部の実施形態において、「少なくとも1つ」は10である。
一部の実施形態において、本開示は、以下の実施形態を提供する。
1.1)塩基配列;
2)骨格結合のパターン;
3)骨格キラル中心のパターン;及び
4)骨格リン修飾のパターン
によって定義される特定のオリゴヌクレオチドタイプの複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物であって、
複数のオリゴヌクレオチドは、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19又は20個のキラル制御されたインターヌクレオチド結合を含み;及び
複数のオリゴヌクレオチドは、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19又は20個の非負電荷インターヌクレオチド結合を含む、オリゴヌクレオチド組成物。
2.それが転写物スプライシングシステム内の転写物と接触されるとき、その組成物が存在しないこと、参照組成物が存在すること及びこれらの組み合わせからなる群から選択される参照条件下で観察されるものに対して転写物のスプライシングが変化されることを特徴とする、実施形態1のオリゴヌクレオチド組成物。
3.1)塩基配列;
2)骨格結合のパターン;
3)骨格キラル中心のパターン;及び
4)骨格リン修飾のパターン
によって定義される特定のオリゴヌクレオチドタイプの複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物であって、
複数のオリゴヌクレオチドは、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19又は20個のキラル制御されたインターヌクレオチド結合を含み;及び
オリゴヌクレオチド組成物は、それが転写物スプライシングシステム内の転写物と接触されるとき、その組成物が存在しないこと、参照組成物が存在すること及びこれらの組み合わせからなる群から選択される参照条件下で観察されるものに対して転写物のスプライシングが変化されることを特徴とする、オリゴヌクレオチド組成物。
4.複数のオリゴヌクレオチドの各キラルインターヌクレオチド結合は、独立に、キラル制御されたインターヌクレオチド結合である、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
5.各キラル修飾インターヌクレオチド結合は、独立に、そのキラル結合リンにおいて少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%又は99%の立体純度を有する、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
6.1)塩基配列;
2)骨格結合のパターン;
3)骨格キラル中心のパターン;及び
4)骨格リン修飾のパターン
によって定義される特定のオリゴヌクレオチドタイプの複数のオリゴヌクレオチドを含む組成物であって、
キラル制御されており、及び同じ塩基配列、骨格結合のパターン及び骨格リン修飾のパターンを有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミ体の製剤と比べて特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドが強化されており、
それが転写物スプライシングシステム内の転写物と接触されるとき、その組成物が存在しないこと、参照組成物が存在すること及びこれらの組み合わせからなる群から選択される参照条件下で観察されるものに対して核酸配列の包含レベルが増加する点で転写物のスプライシングが変化されることを特徴とする、組成物。
7.骨格キラル中心のパターンは、少なくとも1つのSpを含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
8.骨格キラル中心のパターンは、少なくとも1つのRpを含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
9.1)塩基配列;
2)骨格結合のパターン;及び
3)骨格リン修飾のパターン
によって定義される特定のオリゴヌクレオチドタイプの複数のオリゴヌクレオチドを含む組成物であって、
複数のオリゴヌクレオチドは、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19又は20個の非負電荷インターヌクレオチド結合を含み;
オリゴヌクレオチド組成物は、それが転写物スプライシングシステム内の転写物と接触されるとき、その組成物が存在しないこと、参照組成物が存在すること及びこれらの組み合わせからなる群から選択される参照条件下で観察されるものに対して核酸配列の包含レベルが増加する点で転写物のスプライシングが変化されることを特徴とする、組成物。
10.各非負電荷インターヌクレオチド結合は、独立に、その少なくとも50%がpH7.4においてその非負電荷型で存在するインターヌクレオチド結合である、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
11.各非負電荷インターヌクレオチド結合は、独立に、中性インターヌクレオチド結合であり、インターヌクレオチド結合の少なくとも50%は、pH7.4においてその中性型で存在する、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
12.中性型の各非負電荷インターヌクレオチド結合は、独立に、8、9、10、11、12、13又は14以上のpKaを有する、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
13.中性型の各非負電荷インターヌクレオチド結合は、それが連結する単位が-CHで置き換えられるとき、独立に、8、9、10、11、12、13又は14以上のpKaを有する、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
14.参照条件は、その組成物が存在しないことである、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
15.参照条件は、参照組成物が存在することである、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
16.参照組成物は、他の点で同一の組成物であって、複数のオリゴヌクレオチドは、キラル制御されたインターヌクレオチド結合を含まない、組成物である、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
17.参照組成物は、他の点で同一の組成物であって、複数のオリゴヌクレオチドは、非負電荷インターヌクレオチド結合を含まない、組成物である、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
18.骨格結合のパターンは、リン酸ジエステル、ホスホロチオエート及びホスホジチオエート結合から選択される1つ以上の骨格結合を含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
19.複数のオリゴヌクレオチドは、それぞれ1つ以上の糖修飾を含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
20.糖修飾は、2’-O-メチル、2’-MOE、2’-F、モルホリノ及び二環式糖部分から選択される1つ以上の修飾を含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
21.1つ以上の糖修飾は、2’-F修飾である、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
22.複数のオリゴヌクレオチドは、それぞれ2’-F修飾糖部分を含む1、2、3、4、5、6、7、8、9、10ヌクレオシド単位又はそれを超えるものを含む5’末端領域を含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
23.複数のオリゴヌクレオチドは、それぞれ2’-F修飾糖部分を含む1、2、3、4、5、6、7、8、9、10ヌクレオシド単位又はそれを超えるものを含む3’末端領域を含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
24.複数のオリゴヌクレオチドは、それぞれリン酸ジエステル結合を含む1、2、3、4、5、6、7、8、9、10ヌクレオチド単位又はそれを超えるものを含む、5’末端領域と3’領域との間の中間領域を含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
25.1)塩基配列;
2)骨格結合のパターン;及び
3)骨格リン修飾のパターン
によって定義される特定のオリゴヌクレオチドタイプの複数のオリゴヌクレオチドを含む組成物であって、
複数のオリゴヌクレオチドは、
1)2’-F修飾糖部分を含む1、2、3、4、5、6、7、8、9、10ヌクレオシド単位又はそれを超えるものを含む5’末端領域;
2)2’-F修飾糖部分を含む1、2、3、4、5、6、7、8、9、10ヌクレオシド単位又はそれを超えるものを含む3’末端領域;及び
3)リン酸ジエステル結合を含む1、2、3、4、5、6、7、8、9、10ヌクレオチド単位又はそれを超えるものを含む、5’末端領域と3’領域との間の中間領域
を含む、組成物。
26.それが転写物スプライシングシステム内の転写物と接触されるとき、その組成物が存在しないこと、参照組成物が存在すること及びこれらの組み合わせからなる群から選択される参照条件下で観察されるものに対して核酸配列の包含レベルが増加する点で転写物のスプライシングが変化されることを特徴とする、実施形態25の組成物。
27.5’末端領域は、2’-F修飾糖部分を含まないヌクレオシド単位を1つ以上含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
28.3’末端領域は、2’-F修飾糖部分を含まないヌクレオシド単位を1つ以上含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
29.中間領域は、リン酸ジエステル結合を含まないヌクレオチド単位を1つ以上含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
30.5’末端の2’-F修飾糖部分と修飾インターヌクレオチド結合とを含む1、2、3、4、5、6、7、8、9、10ヌクレオシド単位又はそれを超えるものの最初は、オリゴヌクレオチドの5’末端から1番目、2番目、3番目、4番目又は5番目のヌクレオシド単位であり、及び3’末端の2’-F修飾糖部分と修飾インターヌクレオチド結合とを含む1、2、3、4、5、6、7、8、9、10ヌクレオシド単位又はそれを超えるものの最後は、オリゴヌクレオチドの1番後ろ、2番目に後ろ、3番目に後ろ、4番目に後ろ又は5番目に後ろのヌクレオシド単位である、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
31.2’-F修飾糖部分を含む2、3、4、5、6、7、8、9、10個又はそれを超える連続するヌクレオシド単位を含む5’末端領域である、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
32.2’-F修飾糖部分を含む5、6、7、8、9、10個又はそれを超える連続するヌクレオシド単位を含む5’末端領域である、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
33.2’-F修飾糖部分を含む2、3、4、5、6、7、8、9、10個又はそれを超える連続するヌクレオシド単位を含む3’末端領域である、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
34.2’-F修飾糖部分を含む5、6、7、8、9、10個又はそれを超える連続するヌクレオシド単位を含む3’末端領域である、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
35.5’末端領域における2’-F修飾糖部分を含む2つのヌクレオシド単位間の各インターヌクレオチド結合は、独立に、修飾インターヌクレオチド結合である、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
36.3’末端領域における2’-F修飾糖部分を含む2つのヌクレオシド単位間の各インターヌクレオチド結合は、独立に、修飾インターヌクレオチド結合である、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
37.各修飾インターヌクレオチド結合は、独立に、キラルインターヌクレオチド結合である、実施形態35又は36の組成物。
38.各修飾インターヌクレオチド結合は、独立に、キラル制御されたインターヌクレオチド結合である、実施形態35又は36の組成物。
39.各修飾インターヌクレオチド結合は、ホスホロチオエートインターヌクレオチド結合である、実施形態35又は36の組成物。
40.各修飾インターヌクレオチド結合は、キラル制御されたホスホロチオエートインターヌクレオチド結合である、実施形態35又は36の組成物。
41.各修飾インターヌクレオチド結合は、Spキラル制御されたホスホロチオエートインターヌクレオチド結合である、実施形態35又は36の組成物。
42.中間領域は、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10個又はそれを超える天然リン酸結合を含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
43.中間領域は、2’-OR修飾糖部分を含むヌクレオシド単位と2’-F修飾糖部分を含むヌクレオシド単位との間又は2’-OR修飾糖部分(式中、Rは、任意選択で置換されているC1~6アルキルである)をそれぞれ独立に含む2つのヌクレオシド単位間にそれぞれ独立にある1、2、3、4、5、6、7、8、9、10個又はそれを超える天然リン酸結合を含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
44.中間領域は、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10個又はそれを超える非負電荷インターヌクレオチド結合を含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
45.中間領域は、2’-OR修飾糖部分を含むヌクレオシド単位と2’-F修飾糖部分を含むヌクレオシド単位との間又は2’-OR1修飾糖部分(式中、Rは、任意選択で置換されているC1~6アルキルである)をそれぞれ独立に含む2つのヌクレオシド単位間にそれぞれ独立にある1、2、3、4、5、6、7、8、9、10個又はそれを超える非負電荷インターヌクレオチド結合を含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
46.2’-ORは、2’-OCHである、実施形態43又は45の組成物。
47.2’-ORは、2’-OCHCHOCHである、実施形態43又は45の組成物。
48.5’末端領域は、少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9又は10個のキラル修飾インターヌクレオチド結合を含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
49.5’末端領域は、少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9又は10個の連続するキラル修飾インターヌクレオチド結合を含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
50.5’末端領域の各インターヌクレオチド結合は、キラル修飾インターヌクレオチド結合である、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
51.3’末端領域は、少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9又は10個のキラル修飾インターヌクレオチド結合を含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
52.3’末端領域は、少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9又は10個の連続するキラル修飾インターヌクレオチド結合を含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
53.3’末端領域の各インターヌクレオチド結合は、キラル修飾インターヌクレオチド結合である、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
54.中間領域は、少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9又は10個のキラル修飾インターヌクレオチド結合を含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
55.中間領域は、少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9又は10個の連続するキラル修飾インターヌクレオチド結合を含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
56.各キラル修飾インターヌクレオチド結合は、独立に、キラル制御されたインターヌクレオチド結合である、実施形態48~55のいずれか1つの組成物。
57.各キラル修飾インターヌクレオチド結合は、独立に、そのキラル制御された結合リンがSp配置を有するキラル制御されたインターヌクレオチド結合である、実施形態48~55のいずれか1つの組成物。
58.各キラル修飾インターヌクレオチド結合は、独立に、キラル制御されたホスホロチオエートインターヌクレオチド結合である、実施形態48~57のいずれか1つの組成物。
59.中間領域は、少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9又は10個の非負電荷インターヌクレオチド結合を含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
60.中間領域は、少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9又は10個の中性インターヌクレオチド結合を含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
61.中性インターヌクレオチド結合は、キラルインターヌクレオチド結合である、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
62.中性インターヌクレオチド結合は、その結合リンにおいて独立にRp又はSpのキラル制御されたインターヌクレオチド結合である、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
63.塩基配列は、ジストロフィン遺伝子の20塩基長部分と比べて5個以下のミスマッチを有する配列又はその相補体を含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
64.複数のオリゴヌクレオチドの塩基配列の長さは、50塩基以下である、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
65.骨格キラル中心のパターンは、独立に、Rp又はSpの少なくとも3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24又は25個のキラル制御された中心を含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
66.骨格キラル中心のパターンは、独立に、Rp又はSpの少なくとも5個のキラル制御された中心を含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
67.骨格キラル中心のパターンは、独立に、Rp又はSpの少なくとも6個のキラル制御された中心を含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
68.骨格キラル中心のパターンは、独立に、Rp又はSpの少なくとも10個のキラル制御された中心を含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
69.特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドは、ジストロフィン遺伝子の1つ以上のエクソンのスキッピングを媒介する能力を有する、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
70.複数のオリゴヌクレオチドは、ジストロフィン遺伝子のエクソン45、51又は53のスキッピングを媒介する能力を有する、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
71.複数のオリゴヌクレオチドは、ジストロフィン遺伝子のエクソン45のスキッピングを媒介する能力を有する、実施形態70の組成物。
72.複数のオリゴヌクレオチドは、ジストロフィン遺伝子のエクソン51のスキッピングを媒介する能力を有する、実施形態70の組成物。
73.複数のオリゴヌクレオチドは、ジストロフィン遺伝子のエクソン53のスキッピングを媒介する能力を有する、実施形態70の組成物。
74.2つ以上のエクソンのエクソンスキッピングを提供する、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
75.塩基配列は、表A1の配列と比べて5個以下のミスマッチを有する配列を含む、実施形態71の組成物。
76.塩基配列は、表A1の配列を含むか又はそれである、実施形態71の組成物。
77.塩基配列は、表A1の配列である、実施形態71の組成物。
78.複数のオリゴヌクレオチドは、表A1から選択されるオリゴヌクレオチドのオリゴヌクレオチドである、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
79.オリゴヌクレオチドは、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10個又はそれを超える非負電荷インターヌクレオチド結合を含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
80.オリゴヌクレオチドは、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10個又はそれを超えるキラル制御された非負電荷インターヌクレオチド結合を含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
81.オリゴヌクレオチドは、2、3、4、5、6、7、8、9、10個又はそれを超える連続する非負電荷インターヌクレオチド結合を含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
82.オリゴヌクレオチドは、2、3、4、5、6、7、8、9、10個又はそれを超える連続するキラル制御された非負電荷インターヌクレオチド結合を含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
83.オリゴヌクレオチドは、ウィング-コア-ウィング、コア-ウィング又はウィング-コア構造を含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
84.ウィングは、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10個又はそれを超える非負電荷インターヌクレオチド結合を含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
85.オリゴヌクレオチドは、ウィング-コア-ウィング、コア-ウィング又はウィング-コア構造を含み、ここで、ウィングは、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10個又はそれを超えるキラル制御された非負電荷インターヌクレオチド結合を含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
86.オリゴヌクレオチドは、ウィング-コア-ウィング、コア-ウィング又はウィング-コア構造を含み、ここで、ウィングは、2、3、4、5、6、7、8、9、10個又はそれを超える連続する非負電荷インターヌクレオチド結合を含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
87.オリゴヌクレオチドは、ウィング-コア-ウィング、コア-ウィング又はウィング-コア構造を含み、ここで、ウィングは、2、3、4、5、6、7、8、9、10個又はそれを超える連続するキラル制御された非負電荷インターヌクレオチド結合を含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
88.オリゴヌクレオチドは、ウィング-コア-ウィング構造を含むか又はそれからなり、ここで、一方のウィングのみは、1つ以上の非負電荷インターヌクレオチド結合を含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
89.オリゴヌクレオチドは、ウィング-コア-ウィング、コア-ウィング又はウィング-コア構造を含み、ここで、コアは、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10個又はそれを超える非負電荷インターヌクレオチド結合を含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
90.オリゴヌクレオチドは、ウィング-コア-ウィング、コア-ウィング又はウィング-コア構造を含み、ここで、コアは、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10個又はそれを超えるキラル制御された非負電荷インターヌクレオチド結合を含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
91.オリゴヌクレオチドは、ウィング-コア-ウィング、コア-ウィング又はウィング-コア構造を含み、ここで、コアは、2、3、4、5、6、7、8、9、10個又はそれを超える連続する非負電荷インターヌクレオチド結合を含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
92.オリゴヌクレオチドは、ウィング-コア-ウィング、コア-ウィング又はウィング-コア構造を含み、ここで、コアは、2、3、4、5、6、7、8、9、10個又はそれを超える連続するキラル制御された非負電荷インターヌクレオチド結合を含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
93.ウィングのインターヌクレオチド結合の40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%又は100%は、独立に、非負電荷インターヌクレオチド結合、天然リン酸インターヌクレオチド結合又はRpキラルインターヌクレオチド結合である、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
94.ウィングのインターヌクレオチド結合の40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%又は100%は、独立に、非負電荷インターヌクレオチド結合又は天然リン酸インターヌクレオチド結合である、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
95.ウィングのインターヌクレオチド結合の40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%又は100%は、独立に、非負電荷インターヌクレオチド結合である、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
96.パーセンテージは、50%以上である、実施形態93~95のいずれか1つの組成物。
97.パーセンテージは、60%以上である、実施形態93~95のいずれか1つの組成物。
98.パーセンテージは、75%以上である、実施形態93~95のいずれか1つの組成物。
99.パーセンテージは、80%以上である、実施形態93~95のいずれか1つの組成物。
100.パーセンテージは、90%以上である、実施形態93~95のいずれか1つの組成物。
101.オリゴヌクレオチドは、それぞれ非負電荷インターヌクレオチド結合と天然リン酸インターヌクレオチド結合とを含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
102.オリゴヌクレオチドは、それぞれ非負電荷インターヌクレオチド結合と、天然リン酸インターヌクレオチド結合と、Rpキラルインターヌクレオチド結合とを含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
103.ウィングは、非負電荷インターヌクレオチド結合と天然リン酸インターヌクレオチド結合とを含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
104.ウィングは、非負電荷インターヌクレオチド結合と、天然リン酸インターヌクレオチド結合と、Rpキラルインターヌクレオチド結合とを含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
105.コアは、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10個又はそれを超える非負電荷インターヌクレオチド結合を含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
106.同じオリゴヌクレオチドの全ての非負電荷インターヌクレオチド結合は、同じ化学構成を有する、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
107.非負電荷インターヌクレオチド結合の各々は、独立に、式II、式II-a-1、式II-a-2、式II-b-1、式II-b-2、式II-c-1、式II-c-2、式II-d-1、式II-d-2又はその塩形態の構造を有する、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
108.非負電荷インターヌクレオチド結合の各々は、独立に、式II、式II-a-1、式II-a-2、式II-b-1、式II-b-2、式II-c-1、式II-c-2、式II-d-1、式II-d-2又はその塩形態の構造を有する、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
109.骨格結合のパターンは、中性インターヌクレオチド結合である少なくとも1つの非負電荷インターヌクレオチド結合を含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
110.特定のタイプのオリゴヌクレオチドは、構造的に同一である、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
111.オリゴヌクレオチドの各々は、オリゴヌクレオチドのオリゴヌクレオチド鎖に任意選択でリンカー部分を介してコンジュゲートした化学的部分を含み、ここで、化学的部分は、炭水化物部分、ペプチド部分、受容体リガンド部分又は-N(R、-N(R若しくは-N=C(N(Rの構造を有する部分を含む、前出の請求項のいずれか1つの組成物。
112.オリゴヌクレオチドの各々は、オリゴヌクレオチドのオリゴヌクレオチド鎖に任意選択でリンカー部分を介してコンジュゲートした化学的部分を含み、ここで、化学的部分は、グアニジン部分を含む、前出の請求項のいずれか1つの組成物。
113.オリゴヌクレオチドの各々は、オリゴヌクレオチドのオリゴヌクレオチド鎖に任意選択でリンカー部分を介してコンジュゲートした化学的部分を含み、ここで、化学的部分は、-N=C(N(CHを含む、前出の請求項のいずれか1つの組成物。
114.特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドと同じ化学構成を有する組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも5%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%又は90%は、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドである、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
115.特定のオリゴヌクレオチドタイプの塩基配列、骨格結合のパターン及び骨格リン修飾のパターンを有する組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも5%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%又は90%は、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドである、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
116.特定のオリゴヌクレオチドタイプの塩基配列を有する組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも5%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%又は90%は、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドである、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
117.パーセンテージは、少なくとも10%である、実施形態114~116のいずれか1つの組成物。
118.パーセンテージは、少なくとも50%である、実施形態114~116のいずれか1つの組成物。
119.パーセンテージは、少なくとも80%である、実施形態114~116のいずれか1つの組成物。
120.パーセンテージは、少なくとも90%である、実施形態114~116のいずれか1つの組成物。
121.非負電荷インターヌクレオチド結合は、ホスホロアミデート結合である、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
122.非負電荷インターヌクレオチド結合は、グアニジン部分を含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
123.非負電荷インターヌクレオチド結合は、式I:

(式中、
は、P(=W)、P又はP→B(R’)であり;
Wは、O、N(-L-R)、S又はSeであり;
及びRの各々は、独立に、-H、-L-R’、ハロゲン、-CN、-NO、-L-Si(R’)、-OR’、-SR’又は-N(R’)であり;
X、Y及びZの各々は、独立に、-O-、-S-、-N(-L-R)-又はLであり;
各Lは、独立に、共有結合又はC1~30脂肪族基及び1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族基から選択される、二価の、任意選択で置換されている直鎖若しくは分枝状の基であり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、C1~6アルキレン、C1~6アルケニレン、-C≡C-、1~5個のヘテロ原子を有する二価C~Cヘテロ脂肪族基、-C(R’)-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)O-、-S(O)-、-S(O)-、-S(O)N(R’)-、-C(O)S-、-C(O)O-、-P(O)(OR’)-、-P(O)(SR’)-、-P(O)(R’)-、-P(O)(NR’)-、-P(S)(OR’)-、-P(S)(SR’)-、-P(S)(R’)-、-P(S)(NR’)-、-P(R’)-、-P(OR’)-、-P(SR’)-、-P(NR’)-、-P(OR’)[B(R’)]-、-OP(O)(OR’)O-、-OP(O)(SR’)O-、-OP(O)(R’)O-、-OP(O)(NR’)O-、-OP(OR’)O-、-OP(SR’)O-、-OP(NR’)O-、-OP(R’)O-又は-OP(OR’)[B(R’)]O-に置き換えられ、及び1つ以上のCH又は炭素原子は、任意選択で且つ独立に、Cyに置き換えられ;
各-Cy-は、独立に、C3~20脂環族環、C6~20アリール環、1~10個のヘテロ原子を有する5~20員環ヘテロアリール環及び1~10個のヘテロ原子を有する3~20員環ヘテロシクリル環から選択される、任意選択で置換されている二価の基であり;
各Cyは、独立に、C3~20脂環族環、C6~20アリール環、1~10個のヘテロ原子を有する5~20員環ヘテロアリール環及び1~10個のヘテロ原子を有する3~20員環ヘテロシクリル環から選択される、任意選択で置換されている三価又は四価の基であり;
各R’は、独立に、-R、-C(O)R、-C(O)OR又は-S(O)Rであり;
各Rは、独立に、-H又はC1~30脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族、C6~30アリール、C6~30アリール脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC6~30アリールヘテロ脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有する5~30員環ヘテロアリール及び1~10個のヘテロ原子を有する3~30員環ヘテロシクリルから選択される、任意選択で置換されている基であるか、又は
2つのR基は、任意選択で且つ独立に、一緒になって共有結合を形成するか、又は
同じ原子上の2つ以上のR基は、任意選択で且つ独立に、その原子と一緒になって、その原子に加えて0~10個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている3~30員環単環式、二環式又は多環式環を形成するか、又は
2つ以上の原子上の2つ以上のR基は、任意選択で且つ独立に、それらの介在原子と一緒になって、それらの介在原子に加えて0~10個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている3~30員環単環式、二環式又は多環式環を形成する)
又はその塩形態の構造を有する、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
124.各非負電荷インターヌクレオチド結合は、独立に、式I又はその塩形態の構造を有する、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
125.非負電荷インターヌクレオチド結合は、式I-n-1:

又はその塩形態の構造を有する、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
126.各非負電荷インターヌクレオチド結合は、独立に、式I-n-1又はその塩形態の構造を有する、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
127.非負電荷インターヌクレオチド結合は、式I-n-2:

又はその塩形態の構造を有する、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
128.非負電荷インターヌクレオチド結合は、式I-n-3:

又はその塩形態の構造を有する、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
129.各非負電荷インターヌクレオチド結合は、独立に、式I-n-3又はその塩形態の構造を有する、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
130.非負電荷インターヌクレオチド結合は、式I-n-3又はその塩形態の構造を有し、式中、一方の-N(R’)からの1つのR’と他方の-N(R’)からの1つのR’とは、それらの介在原子と一緒になって、それらの介在原子に加えて0~10個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている3~30員環単環式、二環式又は多環式環を形成する、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
131.各非負電荷インターヌクレオチド結合は、独立に、式I-n-3又はその塩形態の構造を有し、式中、一方の-N(R’)からの1つのR’と他方の-N(R’)からの1つのR’とは、それらの介在原子と一緒になって、それらの介在原子に加えて0~10個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている3~30員環単環式、二環式又は多環式環を形成する、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
132.非負電荷インターヌクレオチド結合は、式I-n-3又はその塩形態の構造を有し、式中、一方の-N(R’)からの1つのR’と他方の-N(R’)からの1つのR’とは、それらの介在原子と一緒になって、2個以下の窒素原子を有する、任意選択で置換されている5員環単環式環を形成する、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
133.各非負電荷インターヌクレオチド結合は、独立に、式I-n-3又はその塩形態の構造を有し、式中、一方の-N(R’)からの1つのR’と他方の-N(R’)からの1つのR’とは、それらの介在原子と一緒になって、2個以下の窒素原子を有する、任意選択で置換されている5員環単環式環を形成する、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
134.形成される環は、飽和環である、実施形態128~131のいずれか1つの組成物。
135.形成される環は、部分不飽和環である、実施形態128~131のいずれか1つの組成物。
136.非負電荷インターヌクレオチド結合は、式II:

(式中、
は、P(=W)、P又はP→B(R’)であり;
Wは、O、N(-L-R)、S又はSeであり;
X、Y及びZの各々は、独立に、-O-、-S-、-N(-L-R)-又はLであり;
は、-H、-L-R’、ハロゲン、-CN、-NO、-L-Si(R’)、-OR’、-SR’又は-N(R’)であり;
環Aは、0~10個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている3~20員環単環式、二環式又は多環式環であり;
各Rは、独立に、-H、ハロゲン、-CN、-N、-NO、-NO、-L-R’、-L-Si(R)、-L-OR’、-L-SR’、-L-N(R’)、-O-L-R’、-O-L-Si(R)、-O-L-OR’、-O-L-SR’又は-O-L-N(R’)であり;
gは、0~20であり;
各Lは、独立に、共有結合又はC1~30脂肪族基及び1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族基から選択される、二価の、任意選択で置換されている直鎖若しくは分枝状の基であり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、C1~6アルキレン、C1~6アルケニレン、-C≡C-、1~5個のヘテロ原子を有する二価C~Cヘテロ脂肪族基、-C(R’)-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)O-、-S(O)-、-S(O)-、-S(O)N(R’)-、-C(O)S-、-C(O)O-、-P(O)(OR’)-、-P(O)(SR’)-、-P(O)(R’)-、-P(O)(NR’)-、-P(S)(OR’)-、-P(S)(SR’)-、-P(S)(R’)-、-P(S)(NR’)-、-P(R’)-、-P(OR’)-、-P(SR’)-、-P(NR’)-、-P(OR’)[B(R’)]-、-OP(O)(OR’)O-、-OP(O)(SR’)O-、-OP(O)(R’)O-、-OP(O)(NR’)O-、-OP(OR’)O-、-OP(SR’)O-、-OP(NR’)O-、-OP(R’)O-又は-OP(OR’)[B(R’)]O-に置き換えられ、及び1つ以上のCH又は炭素原子は、任意選択で且つ独立に、Cyに置き換えられ;
各-Cy-は、独立に、C3~20脂環族環、C6~20アリール環、1~10個のヘテロ原子を有する5~20員環ヘテロアリール環及び1~10個のヘテロ原子を有する3~20員環ヘテロシクリル環から選択される、任意選択で置換されている二価の基であり;
各Cyは、独立に、C3~20脂環族環、C6~20アリール環、1~10個のヘテロ原子を有する5~20員環ヘテロアリール環及び1~10個のヘテロ原子を有する3~20員環ヘテロシクリル環から選択される、任意選択で置換されている三価又は四価の基であり;
各R’は、独立に、-R、-C(O)R、-C(O)OR又は-S(O)Rであり;
各Rは、独立に、-H又はC1~30脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族、C6~30アリール、C6~30アリール脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC6~30アリールヘテロ脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有する5~30員環ヘテロアリール及び1~10個のヘテロ原子を有する3~30員環ヘテロシクリルから選択される、任意選択で置換されている基であるか、又は
2つのR基は、任意選択で且つ独立に、一緒になって共有結合を形成するか、又は
同じ原子上の2つ以上のR基は、任意選択で且つ独立に、その原子と一緒になって、その原子に加えて0~10個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている3~30員環単環式、二環式又は多環式環を形成するか、又は
2つ以上の原子上の2つ以上のR基は、任意選択で且つ独立に、それらの介在原子と一緒になって、それらの介在原子に加えて0~10個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている3~30員環単環式、二環式又は多環式環を形成する)
又はその塩形態の構造を有する、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
137.各非負電荷インターヌクレオチド結合は、独立に、式II又はその塩形態の構造を有する、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
138.非負電荷インターヌクレオチド結合は、式II-a-1:

又はその塩形態の構造を有する、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
139.各非負電荷インターヌクレオチド結合は、独立に、式II-a-1又はその塩形態の構造を有する、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
140.非負電荷インターヌクレオチド結合は、式II-a-2:

又はその塩形態の構造を有する、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
141.各非負電荷インターヌクレオチド結合は、独立に、式II-a-2又はその塩形態の構造を有する、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
142.非負電荷インターヌクレオチド結合は、式II-b-1:

又はその塩形態の構造を有する、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
143.各非負電荷インターヌクレオチド結合は、独立に、式II-b-1又はその塩形態の構造を有する、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
144.非負電荷インターヌクレオチド結合は、式II-b-2:

又はその塩形態の構造を有する、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
145.各非負電荷インターヌクレオチド結合は、独立に、式II-b-2又はその塩形態の構造を有する、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
146.非負電荷インターヌクレオチド結合は、式II-c-1:

又はその塩形態の構造を有する、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
147.各非負電荷インターヌクレオチド結合は、独立に、式II-c-1又はその塩形態の構造を有する、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
148.非負電荷インターヌクレオチド結合は、式II-c-2:

又はその塩形態の構造を有する、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
149.各非負電荷インターヌクレオチド結合は、独立に、式II-c-2又はその塩形態の構造を有する、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
150.非負電荷インターヌクレオチド結合は、式II-d-1:

又はその塩形態の構造を有する、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
151.各非負電荷インターヌクレオチド結合は、独立に、式II-d-1又はその塩形態の構造を有する、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
152.非負電荷インターヌクレオチド結合は、式II-d-2:

又はその塩形態の構造を有する、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
153.各非負電荷インターヌクレオチド結合は、独立に、式II-d-2又はその塩形態の構造を有する、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
154.各非負電荷インターヌクレオチド結合は、同じ構造を有する、実施形態136~153のいずれか1つの組成物。
155.妥当な場合、非負電荷インターヌクレオチド結合でない複数のオリゴヌクレオチドにおける各インターヌクレオチド結合は、独立に、式Iの構造を有する、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
156.複数のオリゴヌクレオチドにおける各インターヌクレオチド結合は、独立に、式Iの構造を有する、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
157.1つ以上のPは、P(=W)である、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
158.各Pは、独立に、P(=W)である、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
159.1つ以上のWは、Oである、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
160.各Wは、Oである、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
161.1つ以上のYは、Oである、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
162.各Yは、Oである、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
163.1つ以上のZは、Oである、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
164.各Zは、Oである、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
165.1つ以上のXは、Oである、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
166.1つ以上のXは、Sである、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
167.非負電荷インターヌクレオチド結合は、

の構造を有する、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
168.非負電荷インターヌクレオチド結合は、

の構造を有する、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
169.非負電荷インターヌクレオチド結合は、

の構造を有する、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
170.非負電荷インターヌクレオチド結合でない式Iの各インターヌクレオチド結合又はその塩形態について、Xは、独立に、O又はSであり、及び-L-Rは、-Hである(それぞれ天然リン酸結合又はホスホロチオエート結合)、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
171.複数のオリゴヌクレオチドにおける各ホスホロチオエート結合は、存在する場合、独立に、キラル制御されたインターヌクレオチド結合である、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
172.少なくとも1つの非負電荷インターヌクレオチド結合は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物である、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
173.少なくとも1つの非負電荷インターヌクレオチド結合は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物である、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
174.複数のオリゴヌクレオチドは、ターゲティング部分を含み、ここで、ターゲティング部分は、独立に、リンカーを介してオリゴヌクレオチド骨格に連結される、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
175.ターゲティング部分は、炭水化物部分である、実施形態174の組成物。
176.ターゲティング部分は、GalNAc部分を含むか又はそれである、実施形態174又は175の組成物。
177.複数のオリゴヌクレオチドは、脂質部分を含み、ここで、脂質部分は、独立に、リンカーを介してオリゴヌクレオチド骨格に連結される、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
178.複数のオリゴヌクレオチドは、(Np/Op)t[(Rp)n(Sp)m]y、(Np/Op)t[(Op)n(Sp)m]y、(Np/Op)t[(Op/Rp)n(Sp)m]y、(Sp)t[(Rp)n(Sp)m]y、(Sp)t[(Op)n(Sp)m]y、(Sp)t[(Op/Rp)n(Sp)m]y、[(Rp)n(Sp)m]y、[(Op)n(Sp)m]y、[(Op/Rp)n(Sp)m]y、(Rp)t(Np)n(Rp)m、(Rp)t(Sp)n(Rp)m、(Rp)t[(Np/Op)n]y(Rp)m、(Rp)t[(Sp/Np)n]y(Rp)m、(Rp)t[(Sp/Op)n]y(Rp)m、(Np/Op)t(Np)n(Np/Op)m、(Np/Op)t(Sp)n(Np/Op)m、(Np/Op)t[(Np/Op)n]y(Np/Op)m、(Np/Op)t[(Sp/Op)n]y(Np/Op)m、(Np/Op)t[(Sp/Op)n]y(Np/Op)m、(Rp/Op)t(Np)n(Rp/Op)m、(Rp/Op)t(Sp)n(Rp/Op)m、(Rp/Op)t[(Np/Op)n]y(Rp/Op)m、(Rp/Op)t[(Sp/Op)n]y(Rp/Op)m又は(Rp/Op)t[(Sp/Op)n]y(Rp/Op)mの骨格キラル中心のパターンを含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
179.複数のオリゴヌクレオチドは、(Sp)t[(Rp)n(Sp)m]yの骨格キラル中心のパターンを含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
180.yは、1である、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
181.nは、1である、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
182.tは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10である、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
183.tは、4、5、6、7、8、9又は10である、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
184.mは、2、3、4、5、6、7、8、9又は10である、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
185.mは、4、5、6、7、8、9又は10である、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
186.複数のオリゴヌクレオチドは、式O-I又はその塩の構造を有する、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
187.式O-IのLは、独立に、式I、式I-a、式I-b、式I-c、式I-n-1、式I-n-2、式I-n-3、式I-n-4、式II、式II-a-1、式II-a-2、式II-b-1、式II-b-2、式II-c-1、式II-c-2、式II-d-1、式II-d-2又はその塩形態の構造を有する、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
188.

は、

である、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
189.

は、

である、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
190.

は、

である、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
191.

は、任意選択で置換されている

である、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
192.式O-IのLと環Aとの間にあるLは、-C(R5s-である、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
193.式O-IのLと環Aとの間にあるLは、-CH(R5s)-である、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
194.式O-Iの-L3E-R3Eは、-OHである、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
195.複数のオリゴヌクレオチドは、A-[-LLD-(RLD、A-[-L-(R、[(A-L-R、(A-L-(A若しくは(A-L-(R又はその塩の構造を有する、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
196.H-A、[H]-A又は[H]-Aは、実施形態186~194のいずれか1つのオリゴヌクレオチドである、実施形態195の組成物。
197.複数のオリゴヌクレオチドは、塩として存在し、ここで、組成物の条件における1つ以上の非中性インターヌクレオチド結合は、独立に、塩形態として存在する、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
198.複数のオリゴヌクレオチドは、塩として存在し、ここで、組成物の条件における1つ以上の負電荷インターヌクレオチド結合は、独立に、塩形態として存在する、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
199.複数のオリゴヌクレオチドは、塩として存在し、ここで、組成物の条件における1つ以上の負電荷インターヌクレオチド結合は、独立に、金属塩として存在する、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
200.複数のオリゴヌクレオチドは、塩として存在し、ここで、組成物の条件における各負電荷インターヌクレオチド結合は、独立に、金属塩として存在する、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
201.複数のオリゴヌクレオチドは、塩として存在し、ここで、組成物の条件における各負電荷インターヌクレオチド結合は、独立に、ナトリウム塩として存在する、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
202.複数のオリゴヌクレオチドは、塩として存在し、ここで、各負電荷インターヌクレオチド結合は、独立に、天然リン酸結合(その中性型は、-O-P(O)(OH)-Oである)又はホスホロチオエートインターヌクレオチド結合(その中性型は、-O-P(O)(SH)-Oである)である、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
203.ヘテロ脂肪族、ヘテロアルキル、ヘテロシクリル又はヘテロアリール中の各ヘテロ原子は、独立に、ホウ素、窒素、酸素、ケイ素、硫黄又はリンである、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
204.ヘテロ脂肪族、ヘテロアルキル、ヘテロシクリル又はヘテロアリール中の各ヘテロ原子は、独立に、窒素、酸素、ケイ素、硫黄又はリンである、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
205.ヘテロ脂肪族、ヘテロアルキル、ヘテロシクリル又はヘテロアリール中の各ヘテロ原子は、独立に、窒素、酸素又は硫黄である、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
206.前出の実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド組成物と薬学的に許容可能な担体とを含む医薬組成物。
207.標的転写物のスプライシングを変化させる方法であって、前出の実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド組成物を投与することを含む方法。
208.標的転写物のスプライシングは、その組成物が存在しない場合に対して変化される、実施形態207の方法。
209.変化は、その組成物が存在しない場合に対して増加したレベルで1つ以上のエクソンがスキップされることである、前出の実施形態のいずれか1つの方法。
210.標的転写物は、ジストロフィンのプレmRNAである、前出の実施形態のいずれか1つの方法。
211.ジストロフィンのエクソン51は、その組成物が存在しない場合に対して増加したレベルでスキップされる、前出の実施形態のいずれか1つの方法。
212.ジストロフィンのエクソン53は、その組成物が存在しない場合に対して増加したレベルでスキップされる、実施形態207~210のいずれか1つの方法。
213.ジストロフィンのエクソン45は、その組成物が存在しない場合に対して増加したレベルでスキップされる、実施形態207~210のいずれか1つの方法。
214.ジストロフィンの2つ以上のエクソンは、その組成物が存在しない場合に対して増加したレベルでスキップされる、前出の実施形態のいずれか1つの方法。
215.エクソンがスキップされたmRNAによってコードされるタンパク質は、エクソンスキッピングのない対応するmRNAによってコードされるタンパク質と比べて良好な1つ以上の機能を提供する、前出の実施形態のいずれか1つの方法。
216.筋ジストロフィー、デュシェンヌ型(デュシェンヌの)筋ジストロフィー(DMD)又はベッカー型(ベッカーの)筋ジストロフィー(BMD)を治療する方法であって、それに罹り易いか又はそれに罹患している対象に前出の実施形態のいずれか1つの組成物を投与することを含む方法。
217.筋ジストロフィー、デュシェンヌ型(デュシェンヌの)筋ジストロフィー(DMD)又はベッカー型(ベッカーの)筋ジストロフィー(BMD)を治療する方法であって、(a)それに罹り易いか又はそれに罹患している対象に前出の実施形態のいずれか1つの組成物を投与すること、及び(b)追加の治療を対象に投与することを含む方法。
218.追加の治療は、筋ジストロフィー、デュシェンヌ型(デュシェンヌの)筋ジストロフィー(DMD)又はベッカー型(ベッカーの)筋ジストロフィー(BMD)を予防するか、治療するか、改善するか、又はその進行を減速させる能力を有する、実施形態217の方法。
219.追加の治療は、前出の実施形態のいずれか1つの組成物を投与することを含み、ここで、この組成物のオリゴヌクレオチドは、異なる塩基配列を有する、前出の実施形態のいずれか1つの方法。
220.追加の治療は、前出の実施形態のいずれか1つの組成物を投与することを含み、ここで、この組成物のオリゴヌクレオチドは、異なる塩基配列を有し、且つ異なるエクソンを標的化する、前出の実施形態のいずれか1つの方法。
221.転写物スプライシングシステムは、筋芽細胞又は筋細管を含む、前出の実施形態のいずれかの組成物。
222.転写物スプライシングシステムは、筋芽細胞を含む、前出の実施形態のいずれかの組成物。
223.転写物スプライシングシステムは、筋芽細胞を含み、この筋芽細胞は、0、4又は7日間の前分化後に組成物と接触される、前出の実施形態のいずれかの組成物。
224.(a)前出の実施形態のいずれかの第1の組成物と;(b)前出の実施形態のいずれかの第2の組成物と;任意選択で(c)前出の実施形態のいずれかの第3の組成物とを含む併用を含む組成物であって、第1、第2及び第3の組成物は、異なる、組成物。
実施例
上記は、本開示の特定の非限定的な実施形態の説明であった。従って、本明細書に説明される本開示の実施形態は、単に本開示の原理の適用の例示に過ぎないことが理解されるべきである。本明細書における例示される実施形態の詳細への言及は、特許請求の範囲を限定することを意図するものではない。
オリゴヌクレオチド及びオリゴヌクレオチド組成物を調製し、及びその特性及び/又は活性を評価する様々な方法が当技術分野において広く公知であり、限定はされないが、米国特許第9394333号、米国特許第9744183号、米国特許第9605019号、米国特許第9598458号、米国特許出願公開第2015/0211006号、米国特許出願公開第2017/0037399号、国際公開第2017/015555号、国際公開第2017/192664号、国際公開第2017/015575号、国際公開第2017/062862号、国際公開第2017/160741号、国際公開第2017/192679号、国際公開第2017/210647号、国際公開第2018/223056号、国際公開第2018/237194号及び国際公開第2019/055951号(これらの各々の方法及び試薬は参照により本明細書に援用される)に記載されるものを含め、本開示において利用され得る。一部の実施形態において、本開示は、オリゴヌクレオチド及びその組成物、特に中性骨格(例えば、n001、n002、n003、n004、n005、n006、n007、n008、n009、n010等)を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド及びそのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を調製する技術及び様々なオリゴヌクレオチド及びその組成物を評価及び使用する技術を提供する。とりわけ、本出願人は、本明細書において、提供されるオリゴヌクレオチド及びオリゴヌクレオチド組成物を調製し、評価し及び使用する例示的な技術について説明する。
本開示の特定の実施形態の機能及び利点は、以下に記載する例からより深く理解され得る。以下の例は、かかる実施形態の特定の利益を例示することを意図している。
実施例1.オリゴヌクレオチド組成物の例示的合成
オリゴヌクレオチド及びその組成物の調製技術は当技術分野において広く公知である。一部の実施形態において、本開示のオリゴヌクレオチド及びオリゴヌクレオチド組成物は、米国特許第9394333号、米国特許第9744183号、米国特許第9605019号、米国特許第9598458号、米国特許出願公開第2015/0211006号、米国特許出願公開第2017/0037399号、国際公開第2017/015555号、国際公開第2017/192664号、国際公開第2017/015575号、国際公開第2017/062862号、国際公開第2017/160741号、国際公開第2017/192679号、国際公開第2017/210647号、国際公開第2018/223056号、国際公開第2018/237194号及び国際公開第2019/055951号の1つ以上に記載される技術、例えば、試薬(例えば、固体支持体、カップリング試薬、切断試薬、ホスホロアミダイト等)、キラル補助基、溶媒(例えば、反応、洗浄用等)、サイクル、反応条件(例えば、時間、温度等)等を用いて調製した。
実施例2.トリアゾール部分又はアルキン部分を含むインターヌクレオチド結合を含むオリゴヌクレオチドの例示的合成
本開示では、様々なタイプのインターヌクレオチド結合を調製することができる。本例には、トリアゾール部分を含むインターヌクレオチド結合を含むオリゴヌクレオチドの調製を記載する。当業者が理解するとおり、本明細書に記載される技術は、様々な望ましい部分、例えば、GalNAc、脂質、ペプチド、リガンド等に由来するもののコンジュゲーションに容易に利用することができる。とりわけ、かかるコンジュゲーションは、様々な標的系(例えば、CNS、筋肉、眼等)へのオリゴヌクレオチドの送達に有用であり得る。
トリアゾール部分を含むインターヌクレオチド結合を含む例示的オリゴヌクレオチド
溶相での二量体製剤の合成スキーム
固体支持体上での二量体製剤の合成スキーム

トリアゾール骨格オリゴヌクレオチド:
溶相での二量体製剤の合成スキーム:
固体支持体上での二量体製剤の合成スキーム:
アルキン骨格オリゴヌクレオチド:
固体支持体上での二量体製剤の合成スキーム:

実施例3.グアニジン部分を含むホスホロアミデートインターヌクレオチド結合の例示的合成
本明細書に例示されるとおり、ホスホロアミデートインターヌクレオチド結合は、本開示において、立体的に純粋な亜リン酸インターヌクレオチド結合を含めた亜リン酸インターヌクレオチド結合から容易に調製することができる。

乾燥アセトニトリル(5.2ml)中のアミダイト(474mg、0.624mmol、1.5当量、乾燥アセトニトリルとの真空下における最低でも12時間にわたる共蒸発により予め乾燥させた)及びTBS保護アルコール(150mg、0.41mmol、乾燥アセトニトリルとの真空下における最低でも12時間にわたる共蒸発により予め乾燥させた)の撹拌溶液に、アルゴン雰囲気下、室温で5-(エチルチオ)-1H-テトラゾール(ETT、2.08ml、0.6M、3当量)を加えた。この反応混合物を5分間撹拌し、次にLCMSによってモニタし、次にアセトニトリル(1ml)中の2-アジド-1,3-ジメチルイミダゾリニウムヘキサフルオロホスフェート(356mg、1.24mmol、3当量)の溶液を加えた。反応が完了したところで(約5分後、LCMSによりモニタした)、次にトリエチルアミン(0.17ml、1.24mmol、3当量)を加え、反応をLCMSによりモニタした。反応混合物を減圧下で濃縮し、次にジクロロメタン(50ml)に再溶解し、水(25ml)、飽和重炭酸ナトリウム水溶液(25ml)及びブライン(25ml)で洗浄し、硫酸マグネシウムで乾燥させた。溶媒を減圧下で除去した。DCM(5%トリエチルアミン)及びMeOHを溶離液として使用してシリカゲルカラム(80g)によって粗生成物を精製した。生成物含有画分を回収し、溶媒を蒸発させた。得られた生成物はトリエチルアミン三塩酸(TEA.HCl)塩を含有し得る。この塩を除去するため、生成物をDCM(50ml)に再溶解させて、飽和重炭酸ナトリウム水溶液(20ml)及びブライン(20ml)で洗浄し、次に硫酸マグネシウムで乾燥させて、溶媒を蒸発させた。淡黄色の固体が得られた。収率:440mg(89%)。31P NMR(162MHz,CDCl)δ -1.34,-1.98.C5165FN14PSi[M]についてのMS計算値1078.17,実測値:1078.57[M+H]

立体的に純粋な(Rp)二量体の合成
乾燥アセトニトリル(18mL)中のL-DPSEキラルアミダイト(1.87g、2.08mmol、1.5当量、乾燥アセトニトリルとの真空下における最低でも12時間にわたる共蒸発により予め乾燥させた)及びTBS保護アルコール(500mg、1.38mmol、乾燥アセトニトリルとの真空下における最低でも12時間にわたる共蒸発により予め乾燥させた)の撹拌溶液に、アルゴン雰囲気下、室温で2-(1H-イミダゾール-1-イル)アセトニトリルトリフルオロメタンスルホネート(CMIMT、5.54mL、0.5M、2当量)を加えた。得られた反応混合物を5分間撹拌し、次にLCMSによってモニタし、次にアセトニトリル(2mL)中の2-アジド-1,3-ジメチルイミダゾリニウムヘキサフルオロホスフェート(1.18g、4.16mmol、3当量)の溶液を加えた。反応が完了したところで(約5分後、LCMSによりモニタした)、反応混合物を減圧下で濃縮し、次にジクロロメタン(70mL)に再溶解し、水(40mL)、飽和重炭酸ナトリウム水溶液(40mL)及びブライン(40mL)で洗浄し、硫酸マグネシウムで乾燥させた。溶媒を減圧下で除去した。DCM(5%トリエチルアミン)及びMeOHを溶離液として使用してシリカゲルカラム(120g)によって粗生成物を精製した。生成物含有画分を回収し、溶媒を蒸発させた。得られた生成物はTEA.HCl塩を含有した。この塩を除去するため、生成物をDCM(50mL)に再溶解させて、飽和重炭酸ナトリウム水溶液(20mL)及びブライン(20mL)で洗浄し、次に硫酸マグネシウムで乾燥させて、溶媒を蒸発させた。淡黄色の泡沫状固体が得られた。収率:710mg(47%)。31P NMR(162MHz,CDCl)δ -1.38.C5165FN14PSi[M]についてのMS計算値1078.17,実測値:1078.19.

立体的に純粋な(Sp)二量体の合成
Rp二量体と同じ手順に従った。L-DPSEキラルアミダイトの代わりにD-DPSEキラルアミダイトを使用した。淡黄色の泡沫状固体が得られた。収率:890mg(59%)。31P NMR(162MHz,CDCl)δ -1.93.C5165FN14PSi[M]についてのMS計算値1078.17,実測値:1078.00.
例示的な31P NMR(δ0.0におけるリン酸の内部標準)では、ステレオランダムな製剤は、それぞれ-1.34及び-1.98に2つのピークを示した;立体的に純粋なRp製剤は-1.93にピークを示した、及び立体的に純粋なSp製剤は-1.38にピークを示した。
実施例4A.中性グアニジニウム基を含むインターヌクレオチド結合を有するオリゴヌクレオチドの調製
本開示に記載される技術によれば、様々な中性及び/又はカチオン性インターヌクレオチド結合を(例えば、生理的pHで)有するオリゴヌクレオチドを調製することができる。以下に、代表的なかかるインターヌクレオチド結合を含むオリゴヌクレオチドの調製を例示する。
WV-11237は、骨格に中性の性質を導入して骨格の全体的な負電荷を低下させる

の構造を有する4個のインターヌクレオチド結合を含むオリゴヌクレオチドである。予測分子量:7113.4。
例として、WV-11237の1つの調製を、特定の合成条件及び分析的結果を含め、以下に記載する。簡潔に言えば、L-DPSEアミダイト及び脱トリチル化->カップリング->Pre-Cap->チオール化->Post-Capを含む典型的なDPSEカップリングサイクルを用いて、立体的に純粋なインターヌクレオチド結合を構築した。n001インターヌクレオチド結合のサイクルを改変し、これは脱トリチル化->カップリング->ジメチルイミダゾリウム処理->Post-capを含んだ。特定の酸化サイクルと比較すると、P(III)を例えばI-ピリジン(pyr)-水で酸化する酸化ステップがジメチルイミダゾリウム処理に置き換えられた。
例示的調製の特定の条件及び/又は結果
合成スケール:127μmol
合成プロセスパラメータ:
合成機:AKTA Oligopilot 100
固体支持体:CPG 2’フルオロ-U(85umol/g)
合成スケール:127umol;1.5gm
カラム直径:20mm
カラム容積:6.3mL
立体的に純粋なカップリング試薬:
単量体:MeCN中0.2M(2’フルオロ-dA-L-DPSE、2’フルオロ-dG-L-DPSE、2’-OMe-A-L-DPSE);20%イソブチロニトリル/MeCN中0.2M(2’フルオロ-dC-L-DPSE、2’フルオロ-U-L-DPSE)
脱ブロック化:トルエン中3%ジクロロ酢酸(DCA)
活性化剤:MeCN中0.6M CMIMT
硫化:ピリジン中0.2Mキサンタンヒドリド
Cap A:アセトニトリル中N-メチルイミダゾール、20/80、v/v(MeCN中20%NMI)
Cap B:無水酢酸/2,6-ルチジン/アセトニトリル、20/30/50、v/v/v、(無水酢酸、ルチジン、MeCN(20:30:50))
Pre-Cap:Neat Cap B
ステレオランダムなカップリング試薬:
単量体:MeCN中0.2M(2’OMeA及び2’OMeG)
脱ブロック化:トルエン中3%DCA
活性化剤:MeCN中0.6M ETT
2-アジド-1,3-ジメチルイミダゾリニウム-ヘキサフルオロホスフェート:MeCN中0.1M
Cap A:MeCN中20%NMI
Cap B:無水酢酸、ルチジン、MeCN
脱保護条件:
初めに支持体をジメチルスルホキシド(DMSO)、HO、トリエチルアミン(pH6.8)中5Mトリエチルアミン三フッ化水素酸塩(TEA.HF)で処理することによるワンポット脱保護。インキュベーション:3時間、室温、80μL/μmol。続いてアンモニア水(200μL/μmol)の添加。インキュベーション:24時間、35℃。脱保護した材料を0.45μmフィルタを用いて滅菌ろ過した。
収率:72O.D./μmol
例示的な粗UPLCクロマトグラムには4つの個別的なピークがあり、いずれも7113.2の同じ望ましい分子量を有した。
例示的な最終QC UPLCクロマトグラムは4つの個別的なピークを示し、いずれも7113.2の望ましい分子量を有した(%純度95.32)。粗LC-MSは7113.2の望ましい分子量の単一のピークを示した(データは示さず)。例示的な最終QC LC-MSは、7113.1の望ましい分子量の主ピークを示した。
同様のサイクル条件又は各オリゴヌクレオチドの具体的なケミストリーに応じてその変形例を用いて他のオリゴヌクレオチドが調製され得る。特定のオリゴヌクレオチドのMSデータを以下に挙げる。
実施例4B.キラル制御された非負電荷インターヌクレオチド結合
二量体合成
この手順は、立体的に純粋な二量体リン酸骨格を作製し、続いてそれをオリゴヌクレオチド(例えば、アンチセンスオリゴヌクレオチド又はASO、一本鎖RNAi剤又はssRNA等)の選択的な部位に取り込むものである。第2の手法は、自動オリゴヌクレオチド合成機を使用して分子を合成することにより、完全オリゴヌクレオチドの特異的部位に非負電荷インターヌクレオチド結合、例えば中性インターヌクレオチド結合を導入するものである。


一般的実験手順(A):乾燥アセトニトリル(5.2mL)中のステレオランダムなアミダイト(474mg、0.624mmol、1.5当量、乾燥アセトニトリルとの共蒸発によって予め乾燥させて、それを真空下に最低でも12時間置いた)及びTBS保護アルコール(150mg、0.41mmol、乾燥アセトニトリルとの共蒸発によって予め乾燥させて、それを真空下に最低でも12時間置いた)の撹拌溶液に、アルゴン雰囲気下、室温で5-(エチルチオ)-1H-テトラゾール(ETT、2.08ml、0.6M、3当量)を加えた。得られた反応混合物を5分間撹拌し、次にLCMSによってモニタし、次にアセトニトリル(1mL)中の2-アジド-1,3-ジメチルイミダゾリニウムヘキサフルオロホスフェート(356mg、1.24mmol、3当量)の溶液を加えた。反応が完了したところで(約5分後、LCMSによりモニタした)、次にトリエチルアミン(0.17mL、1.24mmol、3当量)を加え、LCMSをモニタした。反応混合物を減圧下で濃縮し、次にジクロロメタン(50mL)に再溶解し、水(25mL)、飽和重炭酸ナトリウム水溶液(25mL)及びブライン(25mL)で洗浄し、硫酸マグネシウムで乾燥させた。溶媒を減圧下で除去した。DCM(2%トリエチルアミン)及びMeOHを溶離液として使用してシリカゲルカラム(80g)により粗生成物を精製した。生成物含有画分を回収し、蒸発させた。淡黄色の固体1001が得られた。収率:440mg(89%)。31P NMR(162MHz,CDCl)δ -1.34,-1.98.C5165FN14PSi[M]についてのMS(ES)m/z計算値1077.40,実測値:1078.57[M+H]

立体的に純粋な(Rp)二量体についての一般的実験手順(B):乾燥アセトニトリル(18mL)中のL(又は)D-DPSEキラルアミダイト(1.87g、2.08mmol、1.5当量、乾燥アセトニトリルとの共蒸発によって予め乾燥させて、それを真空下に最低でも12時間置いた)及びTBS保護アルコール(500mg、1.38mmol、乾燥アセトニトリルとの共蒸発によって予め乾燥させて、それを真空下に最低でも12時間置いた)の撹拌溶液に、アルゴン雰囲気下、室温で2-(1H-イミダゾール-1-イル)アセトニトリルトリフルオロメタンスルホネート(CMIMT、5.54mL、0.5M、2当量)を加えた。得られた反応混合物を5分間撹拌し、次にLCMSによってモニタし、次にアセトニトリル(2mL)中の2-アジド-1,3-ジメチルイミダゾリニウムヘキサフルオロホスフェート(1.18g、4.16mmol、3当量)の溶液を加えた。反応が完了したところで(約5分後、LCMSによりモニタした)、次にこの反応混合物を減圧下で濃縮し、次にジクロロメタン(70mL)に再溶解し、水(40mL)、飽和重炭酸ナトリウム水溶液(40mL)及びブライン(40mL)で洗浄し、硫酸マグネシウムで乾燥させた。溶媒を減圧下で除去した。DCM(2%トリエチルアミン)及びMeOHを溶離液として使用してシリカゲルカラム(120g)によって粗生成物を精製した。生成物含有画分を蒸発させた。淡黄色の泡沫状固体1002が得られた。収率:710mg(47%)。31P NMR(162MHz,CDCl)δ -1.38.C5165FN14PSi[M]についてのMS(ES)m/z計算値1077.40,実測値:1078.19[M+H]

立体的に純粋な(Sp)二量体1003:上記に示すとおりの手順Bに従った。D-DPSEキラルアミダイトを使用した。淡黄色の泡沫状固体が得られた。収率:890mg(59%)。31P NMR(162MHz,CDCl)δ -1.93.C5165FN14PSi[M]についてのMS(ES)m/z計算値1077.40,実測値:1078.00[M+H]
TBS基の脱保護についての一般的実験手順(C):三フッ化水素酸塩(THF)(70mL)中のTBS保護化合物(9.04mmol)の撹拌溶液に、室温でTBAF(1.0M、13.6mmol)を加えた。反応混合物を室温で2~4時間撹拌した。LCMSにより、出発材料が残っていないことが示され、次に濃縮し、続いてISCO-コンビフラッシュシステム(3CVのDCM中2%TEAで予め平衡化した330g gold rediSep高性能シリカカラム)及びグラジエント溶離液としてDCM/メタノール/2%TEAを使用して精製した。生成物含有カラム画分を合わせてプールし、蒸発させた後、続いて高真空下で乾燥させると、純粋な生成物がもたらされた。
キラルアミダイトについての一般的実験手順(D):TBS保護化合物(2.5mmol)を35℃で80mLの無水トルエン(30mL×2)と共蒸発することにより乾燥させて、高真空下で一晩乾燥させた。次に乾燥したそれを乾燥THF(30mL)に溶解し、続いてトリエチルアミン(17.3mmol)を加え、次にこの反応混合物を-65℃に冷却した[グアニンフレーバーについて:TMS-Cl、2.5mmolを-65℃で加えた、非グアニンフレーバーについてTMS-Clを加えなかった]。[(1R,3S,3aS)-1-クロロ-3-((メチルジフェニルシリル)メチル)テトラヒドロ-1H,3H-ピロロ[1,2-c][1,3,2]オキサザホスホール(又は)(1S,3R,3aR)-1-クロロ-3-((メチルジフェニルシリル)メチル)テトラヒドロ-1H,3H-ピロロ[1,2-c][1,3,2]オキサザホスホール(1.8当量)のTHF溶液を上記の反応混合物にシリンジで2分かけて加え、次に徐々に室温に温めた。室温で20~30分後、TLC並びにLCMSにより、出発材料が生成物に変換された(反応時間:1時間)ことが示された。次にこの反応混合物を、エアフリーろ過チューブを使用してアルゴン下でろ過し、THFで洗浄し、26℃において回転蒸発下で乾燥させると、粗固体材料がもたらされ、これをDCM/CHCN/5%TEAを溶媒として使用してISCO-コンビフラッシュシステム(40g gold rediSep高性能シリカカラム(3CVのCHCN/5%TEA、次に3CVのDCM/5%TEAで予め平衡化した)により精製した(化合物は10~40DCM/CHCN/5%TEAで溶出した)。合わせてプールしたカラム画分の蒸発後、高真空下で乾燥させると、白色の固体がもたらされ、分離収率が求まった。
31P NMR(δ0.0におけるリン酸の内部標準):1001:-1.34及び-1.98。1002:-1.93。1003:-1.38。1001、1002及び1003のH NMRは、ジアステレオマーの複数の水素について異なる化学シフトを実証した。LCMSも同様に、2つのジアステレオマーについて異なる保持時間を示した。一条件下では、以下の保持時間が観察された:1001について1.90及び2.15、一方のジアステレオマーについて1.92及び他方について2.17。

化合物1004:手順B及びCに従った。オフホワイトの泡沫状固体、収率:(36%)。31P NMR(162MHz,CDCl)δ -1.23.C4754FN14P[M]についてのMS(ES)m/z計算値1004.34,実測値:1043.21[M+K]
化合物1005:手順Dを用いた。オフホワイトの泡沫状固体、収率:(81%)。31P NMR(162MHz,CDCl)δ 154.43,-2.52.C6676FN15Si[M]についてのMS(ES)m/z計算値1343.46,実測値:1344.85[M+H]

化合物1006:手順B及びCに従った。オフホワイトの泡沫状固体、収率:(47%)。31P NMR(162MHz,CDCl)δ -2.54.C4754FN14P[M]についてのMS(ES)m/z計算値1004.34,実測値:1043.12[M+K]
化合物1007:手順Dを用いた。オフホワイトの泡沫状固体、収率:(81%)。31P NMR(162MHz,CDCl)δ 153.55,-2.20.C6676FN15Si[M]についてのMS(ES)m/z計算値1343.46,実測値:1344.75[M+H]

化合物1008:手順B及びCに従った。オフホワイトの泡沫状固体、収率:(36%)。31P NMR(162MHz,CDCl)δ -1.38.C5863FN1313P[M]についてのMS(ES)m/z計算値1199.43,実測値:1200.76[M+H]
化合物1009:手順Dを用いた。オフホワイトの泡沫状固体、収率:(60%)。31P NMR(162MHz,CDCl)δ 157.26,-2.86.C7785FN1414Si[M]についてのMS(ES)m/z計算値1538.55,実測値:1539.93[M+H]

化合物1010:手順B及びCに従った。オフホワイトの泡沫状固体、収率:(36%)。31P NMR(162MHz,CDCl)δ -2.82.C5863FN1313P[M]についてのMS(ES)m/z計算値1199.43,実測値:1200.19[M+H]
化合物1011:手順Dを用いた。オフホワイトの泡沫状固体、収率:(63%)。31P NMR(162MHz,CDCl)δ 159.56,-2.99.C7785FN1414Si[M]についてのMS(ES)m/z計算値1538.55,実測値:1539.83[M+H]

化合物1012:手順B及びCに従った。オフホワイトの泡沫状固体、収率:(36%)。

31P NMR(162MHz,クロロホルム-d)δ -1.83.H NMR(400MHz,クロロホルム-d)δ 12.14(s,1H),11.28(s,1H),9.15(s,1H),8.56(s,1H),8.25-7.94(m,2H),7.90(s,1H),7.72-7.48(m,2H),7.44(dd,J=8.2,6.7Hz,2H),7.35-7.26(m,2H),7.24-7.02(m,8H),6.81-6.56(m,4H),6.04(d,J=5.2Hz,1H),5.67(d,J=5.5Hz,1H),4.83(dt,J=8.6,4.4Hz,1H),4.71-4.54(m,2H),4.49(dt,J=14.2,4.8Hz,2H),4.35(ddt,J=11.0,5.1,3.2Hz,1H),4.28-4.09(m,2H),3.68(s,6H),3.37(d,J=3.3Hz,7H),3.33-3.17(m,5H),2.82(s,5H),2.74-2.60(m,1H),1.92(s,2H),1.72-1.50(m,1H),1.08(d,J=6.9Hz,3H),0.94(d,J=6.9Hz,3H).C59661314PについてのMS(ES)m/z計算値1211.45[M],実測値:1212.42[M+H]
化合物1013:手順Dを用いた。オフホワイトの泡沫状固体、収率:(78%)。

31P NMR(162MHz,クロロホルム-d)δ 159.42,-2.47.C78881415SiについてのMS(ES)m/z計算値1550.57[M],実測値:1551.96[M+H]
化合物1014:手順B及びCに従った。オフホワイトの泡沫状固体、収率:(30%)。

59661314PについてのMS(ES)m/z計算値1211.45[M],実測値:1212.80[M+H]
化合物1015:手順Dを用いた。オフホワイトの泡沫状固体、収率:(68%)。

78881415SiについてのMS(ES)m/z計算値1550.57[M],実測値:1551.77[M+H]
化合物1016:手順Dを用いた。オフホワイトの泡沫状固体、収率:(64%)。31P NMR(162MHz,CDCl)δ 156.64,-2.67.C78881415SiについてのMS(ES)m/z計算値1550.57[M],実測値:1551.77[M+H]

スルホニルアミダイトを使用した立体的に純粋な二量体についての一般的実験手順(E):乾燥アセトニトリル(2mL)中の立体的に純粋なスルホニルアミダイト1017(259mg、0.275mmol、1.5当量)及びTBS保護アルコール(100mg、0.18mmol)の撹拌溶液に、アルゴン雰囲気下、室温で2-(1H-イミダゾール-1-イル)アセトニトリルトリフルオロメタンスルホネート(CMIMT、0.73mL、0.36mmol、0.5M、2当量)を加えた。得られた反応混合物を5分間撹拌し、LCMSによりモニタし、次に無水酢酸(ACN中2M、0.18ml、0.36mmol、2当量)とルチジン(ACN中2M、0.18ml、0.36mmol、2当量)との混合物を加え、次に約5分間撹拌し、次にアセトニトリル(1mL)中の2-アジド-1,3-ジメチルイミダゾリニウムヘキサフルオロホスフェート(104.7mg、0.367mmol、2当量)の溶液を加えた。反応が完了したところで(約5分後、LCMSによりモニタした)、次にトリエチルアミン(0.13mL、0.91mmol、5当量)を加え、LCMSによりモニタした。反応が完了したところで、これを減圧下で濃縮し、次にジクロロメタン(50mL)に再溶解し、水(25mL)、飽和重炭酸ナトリウム水溶液(25mL)及びブライン(25mL)で洗浄し、硫酸マグネシウムで乾燥させた。溶媒を減圧下で除去した。DCM(2%トリエチルアミン)及びMeOHを溶離液として使用してシリカゲルカラム(80g)により粗生成物を精製した。生成物含有画分を回収し、蒸発させた。オフホワイトの固体1018が得られた。収率:204mg(82%)。31P NMR(162MHz,CDCl)δ -1.87.C7475FN1014P[M]についてのMS(ES)m/z計算値1359.44,実測値:1360.39[M+H]
合成に利用し得る追加のホスホロアミダイトとしては、以下が挙げられる。

追加の有用なキラル補助基としては、以下が挙げられる。

他のホスホロアミダイト及びキラル補助基、例えば、米国特許第9695211号、米国特許第9605019号、米国特許第9598458号、米国特許出願公開第2013/0178612号、米国特許出願公開第20150211006号、米国特許出願公開第20170037399号、国際公開第2017/015555号、国際公開第2017/062862号、国際公開第2017/160741号、国際公開第2017/192664号、国際公開第2017/192679号、国際公開第2017/210647号、国際公開第2018/098264号、国際公開第2018/223056号及び/又は国際公開第2018/237194号(これらの各々のキラル補助基及びホスホロアミダイトは参照により援用される)などに記載されるもの。
実施例4C.N,N-ビス(4-スルファモイルベンゾイル)-L-リジンの合成

ステップ1.DMF(300mL)中の4-スルファモイル安息香酸(10.00g、49.70mmol)及びHOSu(6.29g、54.67mmol)の溶液に0℃でDCC(10.25g、49.70mmol)を加えた。この混合物を0℃で16時間撹拌した。LCMSにより、化合物が消費されたことが示された。得られた混合物を合わせて、粗製物の別のバッチとワークアップした(1gスケール)。N,N’-ジシクロヘキシル尿素(DCU)の白色懸濁液をろ過して白色の固体を除去した。ろ液を濃縮すると、油が生じた。この粗生成物を熱2-プロパノール(50mL×3)で洗浄すると、オフホワイトの固体がもたらされた。化合物(2,5-ジオキソピロリジン-1-イル)4-スルファモイルベンゾエート(11.80g、38.66mmol、77.78%収率、97.713%純度)(収率は10gバッチの換算率から)が白色の固体として得られた。2バッチの反応について、全体として化合物(2,5-ジオキソピロリジン-1-イル)4-スルファモイルベンゾエート(13g)が白色の固体として得られた。H NMR(400MHz,クロロホルム-d)δ=8.30(d,J=8.4Hz,2H),8.08(d,J=8.3Hz,2H),7.70(s,2H),2.96-2.87(m,4H);13C NMR(101MHz,DMSO-d)δ=170.62,161.47,150.32,131.40,127.65,127.18,26.04;HPLC純度:97.71%.
ステップ2.HO(50mL)及びDMF(50.00mL)中の(2,5-ジオキソピロリジン-1-イル)4-スルファモイルベンゾエート(5.00g、16.76mmol)及び(2S)-2,6-ジアミノヘキサン酸(1.23g、8.38mmol)の溶液にNaHCO(2.11g、25.14mmol)を加えた。この混合物を15℃で16時間撹拌した。LCMSにより、望ましい化合物のMSが検出されたことが示された。この混合物を減圧下で濃縮すると、粗製物(6g)が生じた。粗製物(3.5g)を分取HPLC(カラム:Phenomenex luna C18 250×50mm×10um;移動相:[水(0.1%TFA)-ACN];B%:1%~30%、20分)によって精製した。N,N-ビス(4-スルファモイルベンゾイル)-L-リジン(1.40g、30.40%収率、93.268%純度)が白色の固体として、及び2.5g粗製物が黄色の固体として得られた。H NMR(400MHz,DMSO-d)δ=12.64(br s,1H),8.80(br d,J=7.5Hz,1H),8.65(br t,J=5.3Hz,1H),8.04(d,J=8.2Hz,2H),7.99-7.95(m,2H),7.95-7.84(m,4H),7.48(br d,J=11.6Hz,4H),4.44-4.32(m,1H),3.28(br d,J=6.1Hz,2H),1.94-1.71(m,3H),1.63-1.36(m,4H);13C NMR(101MHz,DMSO-d)δ=174.04,166.08,165.58,146.89,146.57,138.05,137.36,128.60,128.26,126.05,53.21,30.77,29.11,23.84.LCMS(M-H):511.0(M+H);HPLC純度:93.268%.
実施例4D.キラル制御されたオリゴヌクレオチド調製についての例示的技術-例示的な有用なキラル補助基
とりわけ、本開示は、キラル制御されたインターヌクレオチド結合の調製に有用な技術(例えば、キラル補助基、ホスホロアミダイト、サイクル、条件、試薬等)を提供する。一部の実施形態において、提供される技術は、P-N=(式中、Pは結合である)を含む特定のインターヌクレオチド結合、例えば、非負電荷インターヌクレオチド結合、中性インターヌクレオチド結合等の調製に特に有用である。一部の実施形態において、結合リンは三価である。一部の実施形態において、結合リンは五価である。一部の実施形態において、かかるインターヌクレオチド結合は、式I-n-1、式I-n-2、式I-n-3、式I-n-4、式II、式II-a-1、式II-a-2、式II-b-1、式II-b-2、式II-c-1、式II-c-2、式II-d-1、式II-d-2又はその塩形態の構造を有する。特定の例示的技術(キラル補助基及びその調製、ホスホロアミダイト及びその調製、サイクル、条件、試薬等)は、本明細書の実施例に記載される。とりわけ、かかるキラル補助基は、参照キラル補助基(例えば、式O、P、Q、Rのもの又はDPSE)と比較したとき、より穏やかな反応条件、より高い官能基適合性、代替的脱保護及び/又は切断条件、より高い粗収率及び/又は精製後収率、より高い粗純度、より高い生成物純度及び/又はより高い(又は実質的に同じ若しくは同等の)立体選択性をもたらす。

2つの並列バッチ:THF(600mL)中のメチルスルホニルベンゼン(102.93g、658.96mmol、1.5当量)の溶液に-70℃でKHMDS(1M、658.96mL、1.5当量)を滴下して加え、30分かけて-30℃にゆっくりと温めた。次にこの混合物を-70℃に冷却した。THF(400mL)中の化合物1(150g、439.31mmol、1当量)の溶液を-70℃で滴下して加えた。この混合物を-70℃で3時間撹拌した。TLC(石油エーテル:酢酸エチル=3:1、Rf=0.1)により、化合物1が完全に消費され、極性がより大きい1つの新規主スポットが検出されたことが指示された。2つのバッチを合わせた。この反応混合物を飽和NHCl(水溶液1000mL)に加えることによりクエンチし、次にEtOAc(1000mL×3)で抽出した。合わせた有機層をNaSOで乾燥させて、ろ過し、減圧下で濃縮して、1000mL溶液を生じさせた。次にMeOH(600mL)を加え、減圧下で濃縮して、1000mL溶液を生じさせ、次に残渣をろ過し、MeOH(150mL)で洗浄した;残渣をTHF(1000mL)及びMeOH(600mL)で溶解し、次に減圧下で濃縮して、1000mL溶液を生じさせた。次にろ過して残渣を生じさせ、MeOH(150mL)で洗浄した。及びもう1回繰り返した。化合物2(248g、粗製)が白色の固体として得られた。及び合わせた母液を減圧下で濃縮すると、化合物3(200g、粗製)が黄色の油として生じた。
化合物2:H NMR(400MHz,クロロホルム-d)δ=7.80(d,J=7.5Hz,2H),7.74-7.66(m,1H),7.61-7.53(m,2H),7.47(d,J=7.5Hz,6H),7.24-7.12(m,9H),4.50-4.33(m,1H),3.33(s,1H),3.26(ddd,J=2.9,5.2,8.2Hz,1H),3.23-3.10(m,2H),3.05-2.91(m,2H),1.59-1.48(m,1H),1.38-1.23(m,1H),1.19-1.01(m,1H),0.31-0.12(m,1H).
化合物WV-CA-108の調製

THF(1L)中の化合物2(248g、498.35mmol、1当量)の溶液にHCl(5M、996.69mL、10当量)を加えた。この混合物を15℃で1時間撹拌した。TLC(石油エーテル:酢酸エチル=3:1、Rf=0.03)により、化合物2が完全に消費され、極性がより大きい1つの新規主スポットが検出されたことが指示された。得られた混合物をMTBE(500mL×3)で洗浄した。合わせた有機層を水(100mL)で逆抽出した。合わせた水層を5M NaOH水溶液でpH12に調整し、DCM(500mL×3)で抽出した。合わせた有機層を無水NaSOで乾燥させて、ろ過して濃縮すると、白色の固体がもたらされた。WV-CA-108(122.6g、粗製)が白色の固体として得られた。
H NMR(400MHz,クロロホルム-d)δ=7.95(d,J=7.5Hz,2H),7.66(t,J=7.5Hz,1H),7.57(t,J=7.7Hz,2H),4.03(ddd,J=2.6,5.3,8.3Hz,1H),3.37-3.23(m,2H),3.20-3.14(m,1H),2.91-2.75(m,3H),2.69(br s,1H),1.79-1.54(m,5H);13C NMR(101MHz,クロロホルム-d)δ=139.58,133.83,129.28,127.98,67.90,61.71,59.99,46.88,25.98,25.84;LCMS[M+H]:256.1.LCMS純度:100%.SFC 100%純度.
とりわけ、本開示は、反応に使用される塩基(例えば、化合物1~化合物2)がかかる反応の立体選択性に影響を与え得るという認識を包含する。特定の例示的結果を以下に記載する。
化合物WV-CA-237の調製

THF(1.5L)中の化合物3(400.00g、803.78mmol)の溶液にHCl(5M、1.61L)を加えた。この混合物を15℃で2時間撹拌した。TLCにより、化合物3が完全に消費され、極性がより大きい1つの新規主スポットが検出されたことが指示された。得られた混合物をMTBE(500mL×3)で洗浄した。合わせた水層を5M NaOH水溶液でpH12に調整し、DCM(500mL×1)及びEtOAc(1000mL×2)で抽出した。合わせた有機層を無水NaSOで乾燥させて、ろ過し、濃縮すると、褐色の固体としてもたらされた。WV-CA-237(100g、粗製)が褐色の固体として得られた。
残渣をカラムクロマトグラフィー(SiO、石油エーテル/酢酸エチル=3/1~酢酸エチル:メタノール=1:2)によって精製すると、24gの粗製物が生じた。次に4gの残渣を分取HPLC(カラム:Phenomenex luna C18 250×50mm×10um;移動相:[水(0.05%HCl)-ACN];B%:2%→20%、15分)によって精製すると、望ましい化合物が(2.68g、収率65%,)白色の固体として生じた。WV-CA-237(2.68g)が白色の固体として得られた。WV-CA-237:H NMR(400MHz,クロロホルム-d)δ=7.98-7.88(m,2H),7.68-7.61(m,1H),7.60-7.51(m,2H),4.04(dt,J=2.4,5.6Hz,1H),3.85(ddd,J=3.1,5.6,8.4Hz,1H),3.37-3.09(m,3H),2.95-2.77(m,3H),1.89-1.53(m,4H),1.53-1.39(m,1H);13C NMR(101MHz,クロロホルム-d)δ=139.89,133.81,133.70,129.26,129.16,128.05,127.96,68.20,61.77,61.61,61.01,60.05,46.67,28.02,26.24,25.93;LCMS[M+H]:256.1.LCMS純度:80.0%.SFC dr=77.3:22.7.

THF(1400mL)中の化合物4(140g、410.02mmol)の溶液にメチルスルホニルベンゼン(96.07g、615.03mmol)を加え、次に0.5時間でKHMDS(1M、615.03mL)を加えた。この混合物を-70~-40℃で3時間撹拌した。TLCにより、化合物4が消費され、1つの新規スポットが形成されたことが指示された。0℃で飽和NHCl水溶液3000mLを加えることにより反応混合物をクエンチし、次にEtOAc(3000mL)で希釈し、EtOAc(2000mL×3)で抽出した。NaSOで乾燥させて、ろ過し、減圧下で濃縮して、残渣を生じさせた。この粗製物にTHF(1000mL)及びMeOH(1500mL)を加え、約1000mL残渣が残るまで45℃で減圧濃縮し、固体をろ過した。3回繰り返した。化合物5(590g、72.29%収率)が黄色の固体として得られた。
H NMR(400MHz,クロロホルム-d)δ=7.81(d,J=7.5Hz,2H),7.75-7.65(m,1H),7.62-7.53(m,2H),7.48(br d,J=7.2Hz,6H),7.25-7.11(m,9H),4.50-4.37(m,1H),3.31-3.11(m,3H),3.04-2.87(m,2H),1.60-1.48(m,1H),1.39-1.24(m,1H),1.11(dtd,J=4.5,8.8,12.8Hz,1H),0.32-0.12(m,1H).
化合物WV-CA-236の調製

THF(1100mL)中の化合物5(283g、568.68mmol)の溶液にHCl(5M、1.14L)を加えた。この混合物を25℃で2時間撹拌した。TLCにより、化合物5が消費され、2つの新規スポットが形成されたことが指示された。この反応混合物をMTBE(1000mL×3)で洗浄し、次に0℃でpH=12になるまでNaOH(5M)を加えることにより水相を塩基性化し、次にDCM(1000mL×3)で抽出して残渣を生じさせ、NaSOで乾燥させて、ろ過し、減圧下で濃縮して、残渣を生じさせた。化合物WV-CA-236(280g、1.10mol、96.42%収率)が黄色の固体として得られた。
この粗生成物を0℃でHCl/EtOAc(1400mL、4M)と加え合わせ、2時間後、白色の固体をろ過し、この固体をMeOH(1000mL×3)で洗浄した。LCMSにより、この固体が別のピーク(MS=297)を含むことが示された。次に白色の固体をHO(600mL)と加え合わせ、DCM(300mL×3)で洗浄した。pH=12となるまで水相をNaOH(5M)と加え合わせた。次にDCM(800mL)で希釈し、DCM(800mL×4)で抽出した。合わせた有機層をNaSOで乾燥させて、ろ過し、減圧下で濃縮して、生成物を生じさせた。化合物WV-CA-236(280g)が黄色の固体として得られた。H NMR(400MHz,クロロホルム-d)δ=8.01-7.89(m,2H),7.69-7.62(m,1H),7.61-7.51(m,2H),4.05(ddd,J=2.8,5.2,8.4Hz,1H),3.38-3.22(m,2H),3.21-3.08(m,1H),2.95-2.72(m,4H),1.85-1.51(m,4H);13C NMR(101MHz,クロロホルム-d)δ=139.75,133.76,129.25,127.94,67.57,61.90,60.16,46.86,25.86.LCMS[M+H]:256.LCMS純度:95.94.SFC純度:99.86%.

THF(500mL)中の1-メトキシ-4-メチルスルホニル-ベンゼン(36.82g、197.69mmol)の溶液に-70℃でKHMDS(1M、197.69mL)を加え、0.5時間後、-70℃でTHF(400mL)中の化合物4(45g、131.79mmol)を加えた。この混合物を-70→-30℃で4時間撹拌し、次にこの混合物に-70℃でKHMDS(1M、131.79mL)を加えた。この混合物を-70℃で1時間撹拌した。TLCにより、化合物4が残留していて、2つの新規スポットが検出されたことが指示された。飽和NHCl(水溶液300mL)によって反応混合物をクエンチし、次にEtOAc(500mL×3)で抽出した。合わせた有機層をNaSOで乾燥させて、ろ過し、減圧下で濃縮して、残渣を生じさせた。この残渣をTHF(800mL)及びMeOH(500mL)に溶解させて、次に200mLの溶媒が残るまで減圧下で濃縮した。この混合物にMeOH(500mL)を加え、減圧下で濃縮すると200mLの溶媒が残り、固体が出現した。この固体をろ過して生成物を生じさせた。粉砕を2回繰り返した。化合物6(49.8g、71.61%収率)が褐色の固体として得られた。H NMR(400MHz,クロロホルム-d)δ=7.73-7.66(m,2H),7.46(d,J=7.5Hz,6H),7.24-7.11(m,9H),7.04-6.96(m,2H),4.37(td,J=3.1,8.3Hz,1H),3.94-3.88(m,3H),3.36(s,1H),3.26-3.10(m,3H),3.00-2.89(m,2H),1.58-1.45(m,1H),1.37-1.23(m,1H),1.15-1.00(m,1H),0.26-0.10(m,1H).
化合物WV-CA-241の調製

THF(250mL)中の化合物6(50g、94.76mmol)の溶液にHCl(5M、189.51mL)を加えた。この混合物を20℃で3時間撹拌した。TLCにより、化合物6が消費され、2つの新規スポットが形成されたことが指示された。この反応混合物をMTBE(200mL×3)で抽出し、MTBE相を廃棄した。及び次に水相に5M NaOH(水溶液)をpH=9になるまで加え、DCM(200mL×5)で抽出した。合わせた有機層をブライン(100mL)で洗浄し、NaSOで乾燥させて、ろ過し、減圧下で濃縮して、生成物を生じさせた。WV-CA-241(27g、98.10%収率、LCMS純度:98.24%純度)が無色の油として得られた。H NMR(400MHz,クロロホルム-d)δ=7.83-7.76(m,2H),6.98-6.91(m,2H),4.00(ddd,J=2.9,5.0,8.4Hz,1H),3.81(s,3H),3.33-3.07(m,5H),2.87-2.75(m,2H),1.74-1.49(m,4H);13C NMR(101MHz,クロロホルム-d)δ=163.79,131.10,130.21,114.44,67.66,61.88,60.25,55.69,46.85,25.84,25.81.LCMS[M+H]:286.1.LCMS純度:98.24%.SFC:dr=0.18:99.82.LCMS純度:99.9%;SFC純度:99.82%.

THF(1200mL)中の2-メチルスルホニルプロパン(32.21g、263.59mmol)の溶液に-60℃でKHMDS(1M、263.59mL)を滴下して加え、30分かけてゆっくりと-30℃に温めた。次にこの混合物を-70℃に冷却した。THF(300mL)中の化合物4(60g、175.72mmol)の溶液を-70℃→60℃で30分かけて滴下して加えた。この混合物を-70℃→60℃で2時間撹拌した。TLCにより、化合物4が消費され、新規スポットが検出されたことが示された。反応混合物を飽和NHCl水溶液(800mL)でクエンチし、次にEtOAc(1L×3)で抽出した。合わせた有機層を無水NaSOで乾燥させて、ろ過し、濃縮した。化合物7(95g、粗製)が黄色の油として得られた。
化合物WV-CA-242の調製

THF(400mL)中の化合物7(95g、204.90mmol)の溶液にHCl(5M、409.81mL)を加えた。この混合物を0→25℃で2時間撹拌した。TLCにより、化合物7が消費され、1つの新規スポットが形成されたことが指示された。反応混合物をMTBE(300mL×3)で洗浄し、次に0℃でpH=12になるまでNaOH(5M)を加えることにより水相を塩基性化し、次にDCM(300mL×3)で抽出して残渣を生じさせ、これをNaSOで乾燥させて、ろ過し、減圧下で濃縮して、残渣を生じさせた。化合物WV-CA-242(45g、99.23%収率)が黄色の油として得られた。LCMS[M+H]:222.0.
化合物WV-CA-242の精製

EtOH(450mL)中のWV-CA-242(45g、203.33mmol)、(E)-3-フェニルプロパ-2-エン酸(30.12g、203.33mmol)の溶液を80℃で1時間撹拌した。この反応物を真空濃縮した。この残渣をTBME(400mL)に溶解させて、次に80℃で15分間撹拌し、次にこの混合物にEtOH(20mL)及びMeCN(30mL)を加え、次に混合物をろ過し、ろ過ケーキをTBME(30mL×2)で洗浄し、次にこれを8回行った。塩(35g、粗製)が赤色の固体として得られた。
O(20mL)中の塩(34g、92.02mmol)の溶液に5N NaOH水溶液(5M、36.81mL)を加えた。この混合物を25℃で10分間撹拌した。反応をDCM(100mL×8)で抽出し、次に有機相を真空濃縮した。化合物WV-CA-242(18.9g、91.09%収率、LCMS純度:98.16%)がオフホワイトの固体として得られた。H NMR(400MHz,クロロホルム-d)δ=4.13(ddd,J=2.1,4.6,9.5Hz,1H),3.38(spt,J=6.9Hz,1H),3.23-3.14(m,2H),3.01(dd,J=2.1,14.4Hz,1H),2.95-2.91(m,2H),1.83-1.60(m,4H),1.40(dd,J=4.0,6.8Hz,6H);13C NMR(101MHz,クロロホルム-d)δ=67.45,61.71,53.93,53.42,46.80,25.86,5.43,16.03,14.17.LCMS[M+H]:222.1.LCMS純度:98.17%.

THF(150mL)中の溶液2-メチル-2-(メチルスルホニル)プロパン(14.96g、109.83mmol)にKHMDS(1M、109.83mL)を-70℃で滴下して加え、30分かけてゆっくりと-30℃に温めた。次にこの混合物を-70℃に冷却した。THF(100mL)中の化合物4(25.00g、73.22mmol)の溶液を-70℃で滴下して加えた。この混合物を-70℃で4時間撹拌した。TLC(石油エーテル:酢酸エチル=3:1 Rf=0.3)により、化合物4が少量残り、極性がより大きい1つの新規主スポットが検出されたことが示された。この反応混合物を飽和NHCl(水溶液、100mL)に加えることによりクエンチし、次にEtOAc(100mL×3)で抽出した。合わせた有機層をNaSOで乾燥させて、ろ過し、減圧下で濃縮して、30mL溶液を生じさせた。次にMeOH(30mL)を加え、減圧下で濃縮して30mL溶液を生じさせ、次に残渣をろ過し、MeOH(10mL)で洗浄した;残渣をTHF(30mL)及びMeOH(30mL)で溶解させて、次に減圧下で濃縮して、30mL溶液を生じさせた。次にろ過して残渣を生じさせ、MeOH(10mL)で洗浄した。及びもう1回繰り返して、21g白色の固体及び20g褐色の油を生じさせた。化合物8(21g、粗製)が白色の固体として得られ、化合物8A(20g、粗製)が褐色の油として得られた。H NMR(400MHz,クロロホルム-d)δ=7.56(d,J=7.5Hz,6H),7.32-7.23(m,6H),7.21-7.14(m,3H),4.85-4.68(m,1H),3.52-3.43(m,4H),3.41(td,J=3.8,8.1Hz,1H),3.28(td,J=8.5,11.9Hz,1H),3.09-2.91(m,2H),2.78(dd,J=2.6,13.6Hz,1H),1.65-1.50(m,1H),1.37(s,10H),1.16-0.98(m,2H),0.39-0.21(m,1H).LCMS[M+H]:235.9.
化合物WV-CA-243の調製

THF(200mL)中の化合物8(20g、41.87mmol)の溶液にHCl(5M、83.74mL)を加えた。この混合物を15℃で3時間撹拌した。TLCにより、化合物8が完全に消費され、極性がより大きい1つの新規主スポットが検出されたことが指示された。得られた混合物をMTBE(100mL×3)で洗浄した。合わせた水層を5M NaOH水溶液でpH12に調整し、DCM(50mL×3)で抽出した。合わせた有機層を無水NaSOで乾燥させて、ろ過して濃縮すると、白色の固体がもたらされた。WV-CA-243(9g、90.42%収率、99%純度)が白色の固体として得られた。H NMR(400MHz,クロロホルム-d)δ 4.18(ddd,J=2.8,5.8,8.2Hz,1H),3.29-3.21(m,1H),3.19(d,J=2.6Hz,1H),3.16-3.08(m,1H),2.92(t,J=6.6Hz,2H),2.74(br s,1H),1.92-1.81(m,1H),1.81-1.61(m,3H),1.42(s,10H);13CNMR(101MHz,クロロホルム-d)δ=68.01,62.00,59.73,49.79,46.96,26.77,25.80,23.22.LCMS[M+H]:236.1.LCMS純度:99.46%.

THF(100mL)中のMg(17.08g、702.90mmol、4当量)及びI(0.50g、1.97mmol、396.83uL、1.12-2当量)の溶液(クロロメチル)(フェニル)スルファンに、1,2-ジブロモエタン(1.25g、6.63mmol、0.5mL、3.77-2当量)を加えた。混合物が無色になったところで、THF(100mL)中のクロロメチルスルファニルベンゼン(111.51g、702.90mmol、4当量)を10~20℃で1時間、滴下して加えた。添加後、この混合物を10~20℃で1時間撹拌し、ほとんどのMgが消費された。次にこの混合物を-78℃でTHF(600mL)中の化合物1(60g、175.72mmol、1当量)の混合物中に加え、この混合物を-78℃~20℃で4時間撹拌した。TLC(石油エーテル:酢酸エチル=9:1、R=0.26)により、化合物1が残留し、2つの新規スポットが形成されたことが指示された。0℃の水(100mL)を加えることによりこの反応混合物をクエンチし、次にEtOAc(100mL×3)で抽出した。合わせた有機層をNaSOで乾燥させて、ろ過し、減圧下で濃縮して、残渣を生じさせた。この残渣をカラムクロマトグラフィー(SiO、石油エーテル/酢酸エチル=200/1~10:1)によって2回精製した。化合物9(80g、171.80mmol、97.77%収率)が白色の固体として得られた。H NMR(400MHz,クロロホルム-d)δ=7.52(d,J=7.5Hz,6H),7.31-7.09(m,14H),4.24-4.14(m,1H),3.54-3.44(m,1H),3.30-3.18(m,1H),3.08-2.96(m,1H),2.91(s,1H),2.80(d,J=7.0Hz,2H),1.69-1.53(m,1H),1.39-1.30(m,1H),1.15-1.01(m,1H),0.30-0.12(m,1H).
化合物WV-CA-244の調製

EtOAc(350mL)中の化合物9(80g、171.80mmol、1当量)の溶液にHCl(5M、266.30mL、7.75当量)を加えた。この混合物を15℃で18時間撹拌した。TLC(石油エーテル:酢酸エチル=9:1、R=0.01)により、化合物9が消費され、新規スポットが形成されたことが指示された。この反応混合物をMTBE(200mL×3)で抽出し、MTBE相を廃棄した。及び次に水相にpH=9になるように2M NaOH(水溶液)を加え、EtOAc(200mL×5)で抽出した。合わせた有機層をブライン(200mL)で洗浄し、NaSOで乾燥させて、ろ過し、減圧下で濃縮して、粗生成物を生じさせた。この粗生成物に70℃でEtOAc(100mL)を加えた。この混合物を70℃→20℃で1時間撹拌した。この反応混合物をろ過し、ろ過ケーキを乾燥させて、生成物を生じさせた。WV-CA-244(31.9g、142.84mmol、94.66%収率)が白色の固体として得られた。H NMR(400MHz,クロロホルム-d)δ=7.37(d,J=7.5Hz,2H),7.26(t,J=7.7Hz,2H),7.20-7.12(m,1H),3.74-3.65(m,1H),3.24-3.15(m,1H),3.13-3.00(m,2H),3.00-2.21(m,4H),1.77-1.59(m,4H);13C NMR(101MHz,クロロホルム-d)δ=136.04,129.35,128.95,126.15,70.75,61.64,46.86,38.54,25.86,25.17.LCMS[M+H]:224.1.LCMS純度:99.57%.

THF(800mL)中の4-メチルスルホニルベンゾニトリル(47.76g、263.59mmol、1.5当量)の溶液に-70℃→-40℃でKHMDS(1M、263.59mL、1.5当量)を加え、0.5時間後、-70℃でTHF(400mL)中の化合物4(60.00g、175.72mmol、1当量)を加えた。この混合物を-70℃で2.5時間撹拌した。TLC(石油エーテル:酢酸エチル=1:1、R=0.4)により、化合物4が消費され、1つの新規スポットが形成されたことが指示された。0℃で飽和NHCl(20mL)を加えることにより反応混合物をクエンチし、DCM(600mL×3)で抽出した。NaSOで乾燥させて、ろ過し、減圧下で濃縮して、残渣を生じさせた。この残渣をMeOH(500mL×5)で洗浄して、化合物10(28g、53.57mmol、30.49%収率)を黄色の固体として生じさせた。H NMR(400MHz,クロロホルム-d)δ=7.84-7.74(m,2H),7.73-7.65(m,2H),7.32(d,J=7.2Hz,6H),7.15-6.99(m,9H),4.20(td,J=2.9,5.6Hz,1H),3.22(ddd,J=3.1,5.7,8.3Hz,1H),3.12-3.03(m,2H),3.02-2.92(m,1H),2.90-2.77(m,2H),1.39-1.26(m,1H),1.20-0.93(m,2H),0.13-0.11(m,1H).
化合物WV-CA-238の調製

DCM(196mL)中の化合物10(28g、53.57mmol、1当量)の溶液にTFA(12.22g、107.15mmol、7.93mL、2当量)を加えた。この混合物を0℃で3時間撹拌した。TLC及びLCMSにより、化合物10が消費され、2つの新規スポットが形成されたことが指示された。この反応混合物をMTBE(100mL×3)で洗浄し、次に0℃でpH=12になるまでNaOH(5M)を加えることにより水相を塩基性化し、次にDCM(50mL×3)で抽出して残渣を生じさせ、これをNaSOで乾燥させて、ろ過し、減圧下で濃縮して、残渣を生じさせた。化合物WV-CA-238(9.5g、33.42mmol、62.38%収率、98.62%純度)が黄色の固体として得られた。H NMR(400MHz,クロロホルム-d)δ=8.09(d,J=8.4Hz,2H),7.87(d,J=8.4Hz,2H),4.06(ddd,J=2.9,4.9,8.3Hz,1H),3.38-3.16(m,3H),2.96-2.79(m,2H),1.81-1.64(m,3H),1.61-1.45(m,1H).13C NMR(101MHz,クロロホルム-d)δ=144.05,132.88,128.93,117.48,117.15,67.63,61.50,60.09,46.83,25.88,25.55.LCMS[M+H]:281.1.LCMS純度:98.62%.SFC:dr=99.75:0.25.

THF(400mL)中のメチルスルフィニルベンゼン(25g、178.31mmol、1.5当量)の溶液に、-60℃でKHMDS(1M、178.31mL、1.5当量)を滴下して加え、30分かけてゆっくりと-30℃に温めた。次にこの混合物を-70℃に冷却した。THF(100mL)中の化合物4(40.59g、118.88mmol、1当量)の溶液を-70℃で滴下して加えた。この混合物を-70℃→-50℃で2時間撹拌した。TLC(石油エーテル:酢酸エチル=3:1)により、化合物4が残っていることが示された。反応混合物を-70℃に冷却し、KHMDS(1M、40mL)を更に加え、-70℃→~-40℃で2時間撹拌した。TLC(石油エーテル:酢酸エチル=3:1)により、化合物4がほとんど残っていないことが示された。反応混合物を飽和NHCl(水溶液300mL)でクエンチし、分離した水層をEtOAc(200mL×3)で抽出した。合わせた有機層を無水NaSOで乾燥させて、ろ過して濃縮すると、残渣が黄色のゴムとしてもたらされ、これをMeOH(100mL)中で結晶化させて、ろ過し、MeOH(50mL)でリンスしてオフホワイトの固体(17g)を生じさせ、及びろ液を濃縮すると、黄色のゴム(50g)がもたらされた。白色の固体生成物(17g)をTHF(150mL)に再溶解し、MeOH(80mL)を加え、この混合物を濃縮してTHFを除去し、ろ過し、乾燥させて、オフホワイトの固体を生じさせ、これをTHF(150mL)に再溶解し、MeOH(80mL)を加え、この混合物を濃縮してTHFを除去し、ろ過し、乾燥させて、生成物をオフホワイトの固体(13g)として生じさせた。ろ液を濃縮して、4gの粗製物を生じさせた。更なる精製なし。生成物の化合物11(13g、26.99mmol、22.70%収率)がオフホワイトの固体として得られた。H NMR(400MHz,クロロホルム-d)δ=7.62-7.56(m,2H),7.55-7.52(m,3H),7.51-7.45(m,6H),7.25-7.12(m,9H),4.60(td,J=2.4,10.1Hz,1H),3.72(s,1H),3.27-3.13(m,2H),3.04-2.84(m,2H),2.46(dd,J=2.2,13.5Hz,1H),1.71-1.53(m,1H),1.42-1.28(m,1H),1.07-0.90(m,1H),0.37-0.21(m,1H).
化合物WV-CA-247の調製

THF(45mL)中の化合物11(13g、26.99mmol、1当量)の溶液にHCl(5M、52.00mL、9.63当量)水溶液を加えた。この混合物を20℃で2時間撹拌した。TLC(石油エーテル:酢酸エチル=3:1)により、反応が完了したことが示された。得られた混合物をMTBE(60mL×3)で洗浄した。合わせた水層を5M NaOH水溶液でpH12に調整し、DCM(80mL×3)で抽出した。合わせた有機層を無水NaSOで乾燥させて、ろ過し、濃縮すると、白色の固体(5.8g)がもたらされた。更なる精製なし。化合物WV-CA-247(5.8g、24.17mmol、89.55%収率、99.74%純度)が白色の固体として得られた。H NMR(400MHz,クロロホルム-d)δ=7.67-7.60(m,2H),7.55-7.42(m,3H),4.17(ddd,J=2.6,4.2,9.9Hz,1H),3.74-3.23(brs,2H),3.13(dt,J=4.3,7.3Hz,1H),2.96-2.74(m,4H),1.81-1.52(m,4H).13C NMR(101MHz,クロロホルム-d)δ=143.99,130.93,129.32,123.92,66.97,62.23,61.58,46.86,25.88,25.3.LCMS[M+H]:240.LCMS純度:99.74%.SFC:dr=99.48:0.52.

THF(250mL)中の1,3-ジチアン(13.21g、109.83mmol)の溶液に-20℃でn-BuLi(2.5M、29.29mL)を加え、0.5時間後、-70℃でTHF(250mL)中の化合物1(25g、73.22mmol)を加えた。この混合物を-70→20℃で16時間撹拌した。TLCにより、化合物4が残っており、1つの新規スポットが検出されたことが指示された。飽和NHCl(200mL)によって反応混合物をクエンチし、次にEtOAc(200mL×5)で抽出した。合わせた有機層をNaSOで乾燥させて、ろ過し、減圧下で濃縮して、残渣を生じさせた。この残渣をMPLC(SiO、石油エーテル/酢酸エチル=50/1~10/1、5%TEA)によって2回精製した。化合物12(16g、47.33%収率)が黄色の油として得られた。H NMR(400MHz,クロロホルム-d)δ=7.59(d,J=7.0Hz,5H),7.29-7.25(m,6H),7.20-7.14(m,3H),4.39(dd,J=2.4,10.3Hz,1H),4.03(ddd,J=2.4,5.6,8.2Hz,1H),3.38(d,J=10.1Hz,1H),3.28(ddd,J=7.0,10.1,12.3Hz,1H),3.07-2.99(m,1H),2.93-2.85(m,1H),2.63-2.54(m,1H),2.34-2.18(m,2H),1.97-1.82(m,2H),1.59-1.45(m,1H),1.22-1.11(m,1H),0.22-0.06(m,1H).
化合物WV-CA-246の調製

EtOAc(80mL)中の化合物12(16g、34.66mmol)の溶液にHCl(5M、69.31mL)を加えた。この混合物を15℃で16時間撹拌した。TLCにより、化合物12が完全に消費され、新規スポットが形成されたことが指示された。この反応混合物をTBME(100mL×3)で抽出し、TBME相を廃棄した。及び次に水相にpH=9になるように5M NaOH(水溶液)を加え、DCM(100mL×5)で抽出した。合わせた有機層をブライン(100mL)で洗浄し、NaSOで乾燥させて、ろ過し、減圧下で濃縮して、粗生成物を生じさせた。残渣を分取HPLC(カラム:Phenomenex luna C18 250×50mm×10um;移動相:[水(0.1%TFA)-ACN];B%:0%~15%、20分及びカラム:Phenomenex luna(2)C18 250×50×10um;移動相:[水(0.1%TFA)-ACN];B%:0%~12%、20分)によって精製した。WV-CA-246(4.2g、55.25%収率)が白色の固体として得られた。H NMR(400MHz,クロロホルム-d)δ=4.13(d,J=7.2Hz,1H),3.83(dd,J=5.1,7.2Hz,1H),3.49(dt,J=5.1,7.3Hz,1H),3.13-2.76(m,6H),2.60(br s,2H),2.20-2.05(m,1H),2.04-1.90(m,1H),1.89-1.62(m,4H).13C NMR(101MHz,クロロホルム-d)δ=73.76,59.94,50.42,46.83,28.95,28.45,25.87,25.32.HPLC純度:97.75%.LCMS[M+H]:220.1.SFC:dr=0.22:99.78.

THF(250mL)中のN-メチル-N-フェニル-アセトアミド(18.5g、124.00mmol)の溶液に-70℃でKHMDS(1M、124.00mL)を滴下して加え、30分かけてゆっくりと-30℃に温めた。次にこの混合物を-70℃に冷却した。THF(150mL)中の化合物4(28.23g、82.67mmol)の溶液を-70℃で滴下して加えた。この混合物を-70℃~-50℃で3時間撹拌した。TLCにより、反応がほぼ完了したことが示された。反応混合物を飽和NHCl(水溶液、30mL)でクエンチし、EtOAc(25mL×3)で抽出した。合わせた有機層を無水NaSOで乾燥させて、ろ過して濃縮すると、残渣が黄色のゴムとしてもたらされた。この粗製物をシリカゲルでのカラムクロマトグラフィー(石油エーテル:酢酸エチル=10:1、3:1、1:1、1:2、5%TEA)によって精製した。化合物13(38g、93.7%収率)が白色の固体として得られた。H NMR(400MHz,クロロホルム-d)δ=7.53(br d,J=7.5Hz,6H),7.44-7.31(m,4H),7.26-7.09(m,12H),4.46-4.40(m,1H),3.90(br s,1H),3.31-3.19(m,4H),3.15-3.07(m,1H),3.00-2.91(m,1H),1.48-1.26(m,2H),0.86-0.74(m,1H),0.33-0.19(m,1H).
化合物WV-CA-248の調製

THF(125mL)中の化合物13(38g、77.45mmol)の溶液にHCl(5M、152.00mL)水溶液を加えた。この混合物を20℃で2時間撹拌した。TLCにより、反応が完了したことが示された。得られた混合物をMTBE(80mL×3)、EtOAc(100mL×3)及びDCM(100mL×2)で順番に洗浄した。合わせた水層を5M NaOH水溶液でpH=12に調整し、DCM(120mL×3)で抽出した。合わせた有機層を無水NaSOで乾燥させて、ろ過して濃縮すると、黄色のゴムがもたらされた。WV-CA-248の粗製物(15.2g、73.26%収率、92.7%純度)は黄色のゴムように見える。EtOH(150mL)中のWV-CA-248(14.5g、58.39mmol)の溶液に(E)-3-フェニルプロパ-2-エン酸(8.65g、58.39mmol)を加えた。この混合物を80℃で1時間撹拌した。混合物を真空濃縮した。この残渣をTBME(50mL)に溶解させて、次にこの混合物をMeCN(3mL)と加え合わせ、混合物が透明になり、次にこの溶液を静置し、次に固体が出現し、この混合物をろ過し、ろ過ケーキをTMBE(10mL×2)で洗浄し、ろ過ケーキは望ましい化合物であった。残渣(6.5g、粗製)が黄色の固体として得られた。この残渣をHO(10mL)に溶解させて、NaOH水溶液(5M、6.56mL、2当量)と加え合わせた。この混合物を25℃で10分間撹拌した。混合物のpHは13であった。この溶液をDCM(40mL×6)で抽出し、有機相を真空濃縮した。化合物WV-CA-248(4g、91.74%収率、93.4%純度)が褐色の油として得られた。H NMR(400MHz,クロロホルム-d)δ=7.49-7.31(m,3H),7.21(br d,J=7.3Hz,2H),4.00(td,J=4.3,8.6Hz,1H),3.48(br s,2H),3.28(s,3H),3.10-2.98(m,1H),2.97-2.80(m,2H),2.36-2.17(m,2H),1.79-1.47(m,3H),1.79-1.47(m,1H).13C NMR(101MHz,クロロホルム-d)δ=172.38,143.42,129.89,128.04,127.27,69.90,62.29,46.77,37.98,37.23,25.99,25.65.LCMS[M+H]:249.1.LCMS純度:93.35%.SFC:SFC純度 de=94.26%.

THF(150mL)中のメチルスルホニルメタン(8.27g、87.86mmol)の溶液に-70℃~-40℃でKHMDS(1M、87.86mL)を加え、0.5時間後、THF(100mL)中の化合物1(20g、58.57mmol)を加えた。この混合物を-70℃で1.5時間撹拌した。TLCにより、化合物4が少量残っており、1つの新規スポットが形成されたことが指示された。0℃で飽和NHCl(水溶液200mL)を加えることにより反応混合物をクエンチし、次にEtOAc(200mL)で希釈し、EtOAc(200mL×3)で抽出した。NaSOで乾燥させて、ろ過し、減圧下で濃縮して、残渣を生じさせた。残渣をカラムクロマトグラフィー(SiO、石油エーテル/酢酸エチル=1/0→0:1)によって精製した。化合物14(12g、粗製、HNMRによりシス/トランス異性体比が約10:1であることが示された)が黄色の油として得られた。H NMR(400MHz,クロロホルム-d)δ=7.58-7.47(m,7H),7.26-7.22(m,5H),7.20-7.13(m,3H),4.51-4.46(m,1H),3.99-3.88(m,1H),3.48-3.39(m,1H),3.21-2.97(m,4H),2.96-2.91(m,3H),2.68(br d,J=14.6Hz,1H),1.57-1.43(m,1H),1.36-1.26(m,1H),1.20-1.10(m,1H),0.57-0.44(m,1H),0.25-0.04(m,1H).
WV-CA-252の調製

THF(82mL)中の化合物14(18g、41.32mmol)の溶液にHCl(5M、82.65mL)を加えた。この混合物を25℃で3時間撹拌した。TLCにより、化合物14が消費され、2つの新規スポットが形成されたことが指示された。この反応混合物をMTBE(50mL×3)で洗浄し、次に0℃でpH=12になるまでNaOH(5M)を加えることにより水相を塩基性化し、次にDCM(50mL×6)で抽出して残渣を生じさせ、それをNaSOで乾燥させて、ろ過し、減圧下で濃縮して、残渣を生じさせた。粗化合物WV-CA-252(6.5g、81.4%収率)が黄色の固体として得られた。H NMR(400MHz,クロロホルム-d)δ=4.13(ddd,J=1.8,4.0,9.7Hz,1H),3.23(dt,J=4.2,7.4Hz,1H),3.18-3.09(m,1H),3.05(s,4H),3.00-2.90(m,3H),1.95-1.68(m,4H),1.67-1.48(m,1H).LCMS[M+H]:194.0.

THF(500mL)中の化合物1A(52.24g、241.62mmol)の混合物を脱気し、Nで3回パージし、次に混合物を-70℃に冷却し、次にこの混合物にLDA(2M、112.76mL)を加えた。この混合物を-40℃で30分間撹拌し、次にこの混合物に-70℃でTHF(250mL)中の化合物1(55g、161.08mmol)を加えた。この混合物をN雰囲気下に-70℃で2時間撹拌した。TLCにより、化合物1が完全に消費され、1つの新規スポットが形成されたことが指示された。TLCによれば、この反応物はクリーンであった。飽和NHCl水溶液(300mL)によって反応をクエンチし、次にEtOAc(100mL×3)で抽出した。合わせた有機相をブライン(100mL)で洗浄し、無水NaSOで乾燥させて、ろ過し、真空濃縮した。この残渣をMeOH(300mL)に溶解させて、ろ過した;ろ過ケーキは所望の生成物であった。化合物2(53g、粗製)が白色の固体として得られた。
化合物WV-CA-245の調製

THF(400mL)中の化合物15(72g、129.11mmol)の溶液にHCl(5M、258.22mL)を加えた。この混合物を25℃で1時間撹拌した。LC-MSにより、化合物15が完全に消費されたことが示され、望ましい質量を有する1つの主ピークが検出された。この反応物をTBME(100mL×3)で抽出し、pH=13となるように5N NaOH水溶液を加え、次にDCM(50mL×3)で抽出し、合わせた有機相を真空濃縮した。WV-CA-245(38g、92.82%収率、99.5%純度)が白色の固体として得られた。H NMR(400MHz,クロロホルム-d)δ=7.81-7.71(m,4H),7.58-7.44(m,6H),4.01-3.92(m,1H),3.16-3.09(m,1H),2.92-2.79(m,2H),2.63-2.44(m,2H),1.82-1.60(m,4H).13C NMR(101MHz,クロロホルム-d)δ=133.88,132.89,132.86,131.95,131.88,130.73,128.74,68.98,68.94,63.79,63.67,47.03,34.21,33.49,26.37,25.88.LCMS[M+H]:316.1.LCMS純度:99.45%.SFC:SFC純度 de=99.5%.

THF(200mL)中の化合物1B(13.32g、87.86mmol)の溶液にN下-70℃でKHMDS(1M、82.00mL)を加え、次にこの混合物を-70℃で10分間撹拌し、次に混合物にTHF(100mL)中の化合物1(20g、58.57mmol)を加え、反応物を-70℃で30分間撹拌した。TLCにより、化合物1が完全に消費され、1つの新規スポットが形成されたことが指示された。TLCによれば、この反応物はクリーンであった。反応混合物を飽和NHCl水溶液(100mL)でクエンチし、次にEtOAc(50mL×3)で抽出した。合わせた有機層を無水NaSOで乾燥させて、ろ過し、濃縮した。残渣をカラムクロマトグラフィー(SiO、石油エーテル/酢酸エチル=50:1、20:1、10:1、1:1、0:1)によって精製した。化合物16(12g、粗製)が黄色の固体として得られた。
化合物WV-CA-249の調製

THF(50mL)中の化合物16(12g、24.34mmol)の溶液にHCl水溶液(5M、48.68mL)を加えた。この混合物を25℃で30分間撹拌した。TLCにより、化合物16が完全に消費され、1つの新規スポットが形成されたことが指示された。TLCによれば、この反応物はクリーンであった。反応物をTBME(100mL×3)で抽出し、次にこの混合物にpH=13となるように5N NaOH水溶液を加え、DCM(100mL×3)で抽出し、次に有機相を真空濃縮した。WV-CA-249(5.36g、87.84%収率、100.00%純度)が黄色の固体として得られた。H NMR(400MHz,クロロホルム-d)δ=7.64(s,1H),7.49(d,J=0.9Hz,2H),3.88(td,J=3.6,9.4Hz,1H),3.24-3.16(m,1H),3.02-2.89(m,3H),2.78(dd,J=9.4,14.0Hz,1H),1.84-1.70(m,4H).13C NMR(101MHz,クロロホルム-d)δ=143.11,134.94,132.60,132.33,130.12,117.63,111.52,70.86,62.02,46.76,37.90,25.88,24.21.LCMS[M+H]:251.0.LCMS純度:100.000%.SFC:SFC純度 de=98.28%.

THF(300mL)中のニトロメタン(30.59g、501.15mmol)の溶液に20~25℃でKHMDS(1M、263.59mL)を加え、1時間撹拌した。THF(90mL)中の化合物1(30g、87.86mmol)をこの混合物に20~25℃で加え、0.5時間撹拌した。TLCにより、出発材料がほとんど消費され、所望の生成物が形成されたことが示された。この混合物を飽和NHCl水溶液(300mL)によってクエンチし、酢酸エチル(100mL×3)で抽出した。有機相を飽和NaCl水溶液(100mL×3)によって洗浄し、無水NaSOで乾燥させて、次に減圧下で濃縮して溶媒を除去した。この粗生成物をMPLC(SiO、酢酸エチル/石油エーテル=0%→20%)によって精製すると、化合物17(26.55g、75.08%収率)が黄色の固体として得られた。生成物をH NMRによって検出した。H NMR(400MHz,クロロホルム-d)δ=7.54-7.44(m,6H),7.28-7.21(m,6H),7.20-7.14(m,3H),4.64(td,J=3.0,9.4Hz,1H),4.53-4.06(m,3H),3.60-3.40(m,1H),3.24-2.96(m,3H),1.52-1.41(m,1H),1.40-1.28(m,1H),1.17-0.94(m,1H),0.67-0.50(m,1H),0.23(quin d,J=8.8,11.6Hz,1H).
化合物WV-CA-250の調製

EtOAc(35mL)中の化合物17(7.5g、18.63mmol)の溶液に20~25℃でHCl/EtOAc(4M、50mL)を加え、1時間撹拌した。TLCにより、出発材料が完全に消費されたことが示された。この混合物の上清液を注入し、ボトル壁上の黄色のゴムを減圧下で濃縮して溶媒を除去した。WV-CA-250(2.10g、56.70%収率、98.927%純度、HCl塩)が黄色のゴムとして得られた。生成物をH NMR、13C NMR及びLCMSによって検出した。H NMR(400MHz,DMSO-d)δ=9.89-9.54(m,1H),9.03-8.75(m,1H),8.94(br s,1H),4.97-4.78(m,1H),4.65-4.35(m,2H),3.70-3.41(m,4H),3.22-3.03(m,2H),2.06-1.65(m,4H).13C NMR(101MHz,DMSO-d)δ=79.42,79.00,67.89,66.82,61.53,60.77,45.44,45.25,26.93,24.57,23.95,23.81.LCMS[M+H]:161.1,純度:98.92%.

DCM(60mL)中の化合物ベンジルアミン(30g、279.97mmol)及びTEA(56.66g、559.95mmol)の溶液に0℃でDCM(30mL)中のMsCl(38.49g、335.97mmol)を加えた。この混合物を0℃で2時間撹拌した。LC-MSにより、化合物18Aが消費され、多数の新規ピークが検出されたことが示された。反応混合物をHCl(1M、50mL×3)及び飽和NaHCO(水溶液50mL×3)で洗浄した。有機層をブライン(50mL)で洗浄し、NaSOで乾燥させて、ろ過し、減圧下で濃縮して、残渣を生じさせた。TLCにより、1つの主スポットが示された。残渣をMPLC(SiO、石油エーテル/酢酸エチル=5/1~1:1)によって精製した。化合物18A(35g、67.49%収率)が淡黄色の固体として得られた。H NMR(400MHz,クロロホルム-d)δ=7.44-7.24(m,5H),4.82(br s,1H),4.31(d,J=6.2Hz,2H),2.85(s,3H).

THF(60mL)中の化合物18A(16.28g、87.86mmol)の溶液に0℃でLDA(2M、87.86mL)を加えた。この混合物を0~25℃で0.5時間撹拌した。及び次にTHF(60mL)中の化合物1(15g、43.93mmol)を-70℃で上記の溶液に加えた。この混合物を-70~25℃で4時間撹拌した。TLCにより、化合物1が完全に消費され、多数の新規スポットが形成されたことが指示された。この反応混合物に飽和NHCl(水溶液50mL)を加え、EtOAc(100mL×3)で抽出した。合わせた有機層をNaSOで乾燥させて、ろ過し、減圧下で濃縮して、残渣を生じさせた。残渣を分取TLC(SiO、石油エーテル/酢酸エチル=5/1、2%TEA)によって精製した。化合物18(22g、95.08%収率)が黄色の油として得られた。
化合物WV-CA-255の調製

EtOAc(15mL)中の化合物18(22g、41.77mmol)の溶液に0℃でHCl(酢酸エチル中4M、31.33mL)を加えた。この混合物を0~25℃で2時間撹拌した。及び反応混合物に固体が出現した。TLCにより、化合物18が完全に消費され、多数の新規スポットが形成されたことが指示された。この反応混合物をろ過した。ろ過ケーキを水(10mL)に溶解させて、MTBE(40mL×3)で洗浄した。水相にpH=8~9となるようにNaCO(粉末)を加え、DCM(50mL×5)で抽出した。合わせた有機層をNaSOで乾燥させて、ろ過し、減圧下で濃縮して、残渣を生じさせた。WV-CA-255(11g、92.60%収率)が褐色の固体として得られた。H NMR(400MHz,クロロホルム-d)δ=7.46-7.25(m,5H),4.65-3.72(m,5H),3.14-3.01(m,3H),2.95-2.77(m,2H),1.89-1.34(m,4H).13C NMR(101MHz,クロロホルム-d)δ=136.99,128.71,128.62,128.19,128.09,127.85,69.12,67.58,61.98,61.70,55.55,55.36,47.36,47.30,46.60,46.28,28.05,26.16,25.71,24.92.LCMS[M+H]:285.0,LCMS純度:99.8%.SFC:dr(トランス/シス)=32.36:67.64.

DCM(250mL)中の化合物ジベンジルアミン(30g、152.07mmol)の溶液にTEA(15.39g、152.07mmol)を加えた。この混合物を0℃に冷却し、混合物にDCM(50mL)中のMsCl(17.42g、152.07mmol)を加え、次に混合物を25℃で12時間撹拌した。LC-MSにより、望ましい質量が検出されたことが示された。反応をHO(100mL)によってクエンチし、有機相をHO(100mL×3)で抽出し、有機相をNaSOによって乾燥させて、次に真空濃縮した。更なる精製は不要。化合物19A(39g、粗製)が白色の固体として得られた。H NMR(400MHz,クロロホルム-d)δ=7.41-7.29(m,9H),4.36(s,4H),2.82-2.75(m,3H).LCMS[M+H]:298.0,純度:86.6%.

THF(200mL)中の化合物19A(19.36g、70.29mmol)の溶液にKHMDS(1M、76.15mL)をN下、-78℃~-70℃で滴下して加えた。この混合物を-40℃に温め、0.5時間撹拌し、次に-78℃に冷却した。この混合物に-78℃~-70℃でTHF(100mL)中の化合物1(20g、58.57mmol)を加え、N下で1時間撹拌した。TLCにより、出発材料が完全に消費されたことが示された。混合物を飽和NHCl水溶液(200mL)によってクエンチし、酢酸エチル(70mL×3)で抽出した。有機相を飽和NaCl水溶液(70mL×3)によって洗浄し、無水NaSOで乾燥させて、次に減圧下で濃縮して溶媒を除去すると、粗生成物が黄色のゴムとして得られた。この粗生成物をメタノール(200mL)で再溶解し、20~25℃で12時間静置した。溶媒から化合物19(20.4g、99.99%収率)を白色の固体として結晶化させて、次にろ過し、真空乾燥させた。ろ液を減圧下で濃縮して溶媒を除去して、化合物20(28.4g、粗製)を褐色のゴムとして生じさせた。H NMR(400MHz,クロロホルム-d)δ=7.47-7.42(m,6H),7.23-7.05(m,19H),4.36(td,J=3.0,8.6Hz,1H),4.23-4.12(m,4H),3.29-3.19(m,1H),3.29-3.19(m,1H),3.11(ddd,J=7.1,9.5,12.1Hz,1H),2.97-2.82(m,2H),2.59(dd,J=3.1,14.2Hz,1H),1.37-1.27(m,1H),1.24-1.14(m,1H),1.00-0.92(m,1H),0.16-0.02(m,1H).
化合物WV-CA-263の調製

THF(100mL)中の化合物19(20g、32.42mmol)の溶液に20~25℃でHCl(5M、64.85mL)を加え、0.5時間撹拌した。TLCにより、出発材料が完全に消費されたことが示された。この混合物をTBME(80mL×3)で抽出し、次に混合物のpHをNaOH水溶液(65mL、5M)で11~13に調整し、DCM(100mL×3)で抽出した。有機相を無水NaSOで乾燥させて、減圧下で濃縮して溶媒を除去した。粗生成物はいかなる精製もなしに次のステップに使用した。WV-CA-263(10.04g、82.68%収率、100%純度)が白色の固体として得られた。H NMR(400MHz,クロロホルム-d)δ=7.38-7.28(m,10H),4.38(s,4H),4.01(ddd,J=2.6,5.6,8.5Hz,1H),3.20-3.13(m,2H),3.10-3.02(m,1H),2.91(t,J=6.5Hz,2H),1.89(br d,J=8.6Hz,1H),1.82-1.66(m,4H),1.62-1.52(m,1H).13C NMR(101MHz,クロロホルム-d)δ=135.62,128.77,128.70,127.98,77.35,76.87(d,J=31.5Hz,1C),68.84,61.51,57.03,50.35,46.96,26.27,25.88.LCMS[M+H]:375.1,純度:100.00%.SFC:dr=99.55:0.45.

THF(125mL)中の3,3-ジメチルブタン-2-オン(11.00g、109.83mmol)の溶液に-70℃でLDA(2M、54.91mL)を滴下して加え、これを-70℃~-60℃で1時間撹拌した。THF(125mL)中の化合物1(25g、73.22mmol)の溶液を-70℃~-60℃で滴下して加えた。この混合物を-70℃で1.5時間撹拌した。TLCにより、化合物1がほぼ消費されたことが示された。この反応混合物を飽和NHCl(水溶液、200mL)でクエンチし、分離した水層をEtOAc(150mL×3)で抽出した。合わせた有機層を無水NaSOで乾燥させて、ろ過して濃縮すると、残渣が淡黄色の固体としてもたらされた。この粗製物をシリカゲルでのカラムクロマトグラフィー(石油エーテル+5%TEA;石油エーテル:酢酸エチル(20:1)+5%TEA)によって精製した。化合物21(17g、52.6%収率)が白色の固体として得られた。H NMR(400MHz,クロロホルム-d)δ=7.37-7.25(m,6H),7.03-6.95(m,6H),6.94-6.84(m,3H),4.22(td,J=2.7,9.2Hz,1H),3.09(td,J=4.1,7.6Hz,1H),3.04-2.92(m,2H),2.75(ddd,J=2.9,8.5,12.0Hz,1H),2.26(dd,J=9.3,17.0Hz,1H),2.04(dd,J=3.4,16.9Hz,1H),1.43-1.24(m,2H),1.14-1.01(m,1H),0.84(s,9H),0.81-0.71(m,1H),0.09--0.07(m,1H).
化合物WV-CA-289の調製

EtOAc(25mL)中の化合物21(16g、36.23mmol)の溶液に4M HCl/EtOAc(100mL)を加えた。この混合物を25℃で0.5時間撹拌した。TLCにより、反応が完了したことが示された。得られた混合物をろ過し、固体をEtOAc(150mL)中に撹拌し、ろ過し、EtOAc/MeOH(150mL/5mL)と共に再粉砕し、ろ過し、乾燥させると、化合物WV-CA-289(7.5g、87.8%収率、HCl塩)が白色の固体としてもたらされた。H NMR(400MHz,メタノール-d)δ=4.43(ddd,J=3.5,4.6,7.8Hz,1H),3.71(dt,J=3.5,8.0Hz,1H),3.42-3.22(m,2H),2.92(dd,J=7.6,17.7Hz,1H),2.73(dd,J=4.9,17.7Hz,1H),2.23-1.90(m,4H),1.28-1.05(m,9H).[M+H]:200.1,純度:100.00%.

THF(100mL)中のメチルスルホニルベンゼン(13.72g、87.86mmol)の溶液にLiHMDS(1M、87.86mL)を-70℃~0℃で0.5時間加え、次にTHF(100mL)中の化合物4を加えた。この混合物を-70℃で2.5時間撹拌した。TLCにより、化合物4が少量残っており、2つの新規スポットが形成されたことが指示された。0℃で飽和NHCl水溶液(300mL)を加えることにより反応混合物をクエンチし、DCM(200mL×3)で抽出した。NaSOで乾燥させて、ろ過し、減圧下で濃縮して、残渣を生じさせた。この粗製物にTHF(100mL)及びMeOH(150mL)を加え、約100mLの残渣が残るまで45℃で減圧濃縮し、固体をろ過した。3回繰り返した。固体20gを得て、母液を減圧下で濃縮すると化合物22(20g、粗製)が生じ、黄色の油として得られた。化合物(1R)-2-(ベンゼンスルホニル)-1-[(2R)-1-トリチルピロリジン-2-イル]エタノール(20g、68.61%収率)が白色の固体として得られた。
化合物WV-CA-290の調製

THF(80mL)中の化合物22(20g、40.19mmol)の溶液に0℃でHCl(5M、80.38mL)を加えた。この混合物を25℃で2時間撹拌した。TLCにより、化合物22が消費され、2つの新規スポットが形成されたことが示された。この反応混合物をMTBE(50mL×3)で洗浄し、次に0℃でpH=12になるまでNaOH(5M)を加えることにより水相を塩基性化し、次にDCM(50mL×3)で抽出して残渣を生じさせ、これをNaSOで乾燥させて、ろ過し、減圧下で濃縮することにより、残渣を生じさせた。この残渣を分取HPLC(カラム:Phenomenex luna C18 250×50mm×10um;移動相:[水(0.1%TFA)-ACN];B%:0%~15%、20分)によって精製した。化合物WV-CA-290(0.7g、6.78%収率、99.39%純度)が黄色の固体として得られた。H NMR(400MHz,クロロホルム-d)δ=7.95-7.85(m,2H),7.64-7.56(m,1H),7.55-7.46(m,2H),3.79(ddd,J=3.2,5.4,8.4Hz,1H),3.28-3.05(m,3H),2.92-2.72(m,2H),1.84-1.54(m,3H),1.51-1.37(m,1H).13C NMR(101MHz,クロロホルム-d)δ=139.81,133.74,129.19,128.07,68.15,61.55,60.97,46.67,28.03,26.27.SFC:(AD_MeOH_IPAm _10_40_25_35_6min),100%純度.LCMS[M+H]:256.1.LCMS純度:99.39%.

2つの並列バッチ:MeOH(625mL)中の化合物tert-ブチル(メチル)スルファン(25g、239.89mmol)の溶液に、0℃でHO(625mL)中のオキソン(457.18g、743.67mmol)を加えた。この混合物を15℃で12時間撹拌した。HNMRにより、化合物tert-ブチル(メチル)スルファンが完全に消費され、望ましい化合物が検出されたことが示された。反応混合物の2つのバッチを合わせ、ろ過し、減圧下で濃縮してMeOHを蒸発させて、次にEtOAc(400mL×4)で抽出した。合わせた有機層をNaSOで乾燥させて、ろ過し、減圧下で濃縮することにより、残渣を生じさせた。化合物23A(55g、粗製)が無色の油として得られ、HNMRによって確認された。HNMR(400MHz,クロロホルム-d)δ=7.26(s,1H),5.30(s,8H),2.81(s,3H),1.43(s,9H).

THF(510mL)中の化合物23A(50g、367.07mmol)の溶液に、-70℃でKHMDS(1M、367.07mL)を滴下して加え、30分かけてゆっくりと-30℃に温めた。次にこの混合物を-70℃に冷却した。THF(340mL)中の化合物1(83.56g、244.72mmol)の溶液を-70℃で滴下して加えた。この混合物を-70℃で4時間撹拌した。TLCにより、化合物1が少量残り、極性がより大きい1つの新規主スポットが検出されたことが示された。この反応混合物を飽和NHCl(水溶液800mL)に加えることによりクエンチし、次にEtOAc(500mL×3)で抽出した。合わせた有機層をNaSOで乾燥させて、ろ過し、減圧下で濃縮することにより、褐色の油を生じさせた。この粗製物をTHF(300mL)で溶解し、次に減圧下で濃縮(40℃)して、150mLの澄明化した溶液を生じさせた。次に300mL MeOHに加え、減圧下で濃縮して200mL溶液を生じさせ、次にろ過して残渣を生じさせ、MeOH(10mL)で洗浄した。この母液を減圧下で濃縮して100mL溶液を生じさせ、次にろ過して残渣を生じさせ、MeOH(10mL)で洗浄した。全ての残渣を合わせ、2回繰り返して、60gの残渣を生じさせた。化合物23(60g、粗製)が白色の固体として得られた。HNMR(400MHz,クロロホルム-d)δ=7.56(d,J=7.5Hz,6H),7.32-7.23(m,6H),7.21-7.14(m,3H),4.85-4.68(m,1H),3.41(td,J=3.8,8.1Hz,1H),3.28(td,J=8.5,11.9Hz,1H),3.09-2.91(m,2H),2.78(dd,J=2.6,13.6Hz,1H),1.65-1.50(m,1H),1.37(s,9H),1.16-0.98(m,2H),0.39-0.21(m,1H).
化合物WV-CA-240の調製

THF(500mL)中の化合物23(59g、123.52mmol)の溶液にHCl(5M、247.04mL)を加えた。この混合物を20℃で3時間撹拌した。TLCにより、化合物23が完全に消費され、極性がより大きい1つの新規主スポットが検出されたことが指示された。得られた混合物をMTBE(500mL×3)で洗浄した。合わせた水層を5M NaOH水溶液でpH12に調整し、DCM(200mL×3)で抽出した。合わせた有機層を無水NaSOで乾燥させて、ろ過して濃縮すると、白色の固体がもたらされた。WV-CA-240(23.6g、81.14%収率、99.95%純度)が白色の固体として得られた。HNMR(400MHz,クロロホルム-d)δ=4.18(ddd,J=2.8,5.8,8.2Hz,1H),3.29-3.21(m,1H),3.19(d,J=2.6Hz,1H),3.16-3.08(m,1H),2.92(t,J=6.6Hz,2H),2.74(br s,2H),1.92-1.81(m,1H),1.81-1.61(m,3H),1.42(s,9H).13CNMR(101MHz,クロロホルム-d)δ=68.01,62.00,59.73,49.79,46.96,26.77,25.80,23.22.LCMS[M+H]:236.1.LCMS純度 99.95%.

MeOH(370mL)中のWV-CA-108(37g、144.91mmol、1当量)の溶液にプロパ-2-エンニトリル(7.69g、144.91mmol、9.61mL、1当量)を加えた。この混合物を20℃で3時間撹拌し、(TLC、石油エーテル:酢酸エチル=1:3、Rf=0.31)により、WV-CA-108が完全に消費されたことが示され、LCMSにおいて所望のMSの1つの主ピークが検出された。この反応混合物をろ過し、減圧下で濃縮して、残渣を生じさせた。化合物24(44g、粗製)が白色の固体として得られた。LCMS[M+H]:308.9.
化合物WV-CA-291の調製

DCM(220mL)及びMeOH(220mL)中の化合物24(44g、142.67mmol、1当量)の溶液を-78℃に冷却した。次にmCPBA(36.93g、214.01mmol、1.5当量)及びKCO(29.58g、214.01mmol、1.5当量)を加えた。添加後、この混合物を-78℃で3時間撹拌した。及び得られた混合物を20℃で12時間撹拌した。LC-MSにより、化合物24が完全に消費され、所望のMSの1つの主ピークが検出されたことが示された。この反応混合物をろ過し、減圧下で濃縮して、残渣を生じさせた。残渣をフラッシュシリカゲルクロマトグラフィーによって精製した。残渣をフラッシュシリカゲルクロマトグラフィー(ISCO(登録商標);220g SepaFlash(登録商標)シリカフラッシュカラム、100mL/分で0~30%酢酸エチル/石油エーテルグラジエントの溶離液)によって精製した。WV-CA-291(12g、42.05mmol、29.47%収率、95.08%純度)が黄色の固体として得られた。H NMR(400MHz,クロロホルム-d)δ=7.98-7.92(m,2H),7.65(d,J=7.5Hz,1H),7.61-7.53(m,2H),4.50-4.39(m,1H),3.33-3.15(m,3H),2.97-2.78(m,2H),1.89-1.64(m,4H).13CNMR(101MHz,クロロホルム-d)δ=139.61,133.90,129.31,128.02,71.21,64.96,60.05,58.12,21.23,20.29.LCMS[M+H]:272.0.LCMS純度 95.08%.
実施例4E.キラル制御されたオリゴヌクレオチド調製の例示的技術-例示的な有用なホスホロアミダイト
とりわけ、本開示は、オリゴヌクレオチド合成に有用なホスホロアミダイトを提供する。一部の実施形態において、提供されるホスホロアミダイトは、キラル制御されたインターヌクレオチド結合の調製に特に有用である。一部の実施形態において、提供されるホスホロアミダイトは、P-N=を含むキラル制御されたインターヌクレオチド結合、例えば、非負電荷インターヌクレオチド結合又は中性インターヌクレオチド結合等の調製に特に有用である。一部の実施形態において、結合リンは三価である。一部の実施形態において、結合リンは五価である。一部の実施形態において、かかるインターヌクレオチド結合は、式I-n-1、式I-n-2、式I-n-3、式I-n-4、式II、式II-a-1、式II-a-2、式II-b-1、式II-b-2、式II-c-1、式II-c-2、式II-d-1、式II-d-2又はその塩形態の構造を有する。
クロロ誘導体の一般的手順I:一部の実施形態において、例示的手順では、キラル補助基(174.54mmol)をロータリーエバポレーターにおいて35℃で無水トルエン(80mL×3)との共沸蒸発により乾燥させて、高真空下で一晩乾燥させた。無水THF(200mL)に溶解したこの乾燥したキラル補助基(174.54mmol)及び4-メチルモルホリン(366.54mmol)の溶液をアルゴン下でカニューレを用いて三つ口丸底フラスコに入った無水THF(150mL)中のトリクロロホスフィン(37.07g、16.0mL、183.27mmol)の氷冷(イソプロピルアルコール-ドライアイス浴)溶液に加え(開始温度:-10.0℃、最高温度:0℃、28分添加)、この反応混合物を15℃で1時間温めた。この後、エアフリーろ過チューブ(Chemglass:ろ過チューブ、24/40内側ジョイント、80mm外径中粒フリット、Airfree、シュレンク型)を使用して沈降した白色の固体をアルゴン下で真空ろ過した。溶媒をアルゴン下低温(25℃)でロータリーエバポレーターによって除去し、得られた粗製半固体を真空下で一晩(約15時間)乾燥させて、これを次のステップに直接使用した。
クロロ誘導体の一般的手順I:一部の実施形態において、例示的手順では、キラル補助基(174.54mmol)をロータリーエバポレーターにおいて35℃で無水トルエン(80mL×3)との共沸蒸発により乾燥させて、高真空下で一晩乾燥させた。無水THF(200mL)に溶解したこの乾燥したキラル補助基(174.54mmol)及び4-メチルモルホリン(366.54mmol)の溶液をアルゴン下でカニューレを用いて三つ口丸底フラスコに入った無水THF(150mL)中のトリクロロホスフィン(37.07g、16.0mL、183.27mmol)の氷冷(イソプロピルアルコール-ドライアイス浴)溶液に加え(開始温度:-10.0℃、最高温度:0℃、28分添加)、この反応混合物を15℃で1時間温めた。この後、エアフリーろ過チューブ(Chemglass:ろ過チューブ、24/40内側ジョイント、80mm外径中粒フリット、Airfree、シュレンク型)を使用して沈降した白色の固体をアルゴン下で真空ろ過した。溶媒をアルゴン下低温(25℃)でロータリーエバポレーターによって除去し、得られた粗製半固体を真空下で一晩(約15時間)乾燥させて、これを次のステップに直接使用した。
カップリングの一般的手順III:一部の実施形態において、例示的手順では、ヌクレオシド(9.11mmol)を35℃で60mLの無水トルエン(60mL×2)との共蒸発により乾燥させて、高真空下で一晩乾燥させた。乾燥したヌクレオシドを乾燥THF(78mL)に溶解し、続いてトリエチルアミン(63.80mmol)を加え、次にアルゴン下で-5℃に冷却した(2’F-dG/2’OMe-dGの場合、0.95当量のTMS-Clを使用)。粗製物(一般的手順I(又は)IIにより作製されたもの、14.57mmol)のTHF溶液をカニューレで3分かけて加え、次に徐温して室温にした。室温で1時間後、TLCにより、SMから生成物への変換が指示され(総反応時間1時間)、次にこの反応混合物を0℃でHO(4.55mmol)によりクエンチし、無水MgSO(9.11mmol)を加え、10分間撹拌した。次に反応混合物を、エアフリーろ過チューブを使用してアルゴン下でろ過し、THFで洗浄し、26℃において回転蒸発下で乾燥させると、白色の粗固体生成物が得られ、これを高真空下で一晩乾燥させた。溶媒として酢酸エチル/ヘキサン1%TEA含有(100%EtOAc/ヘキサン/1%EtNで溶出した化合物)(2’F-dGの場合、アセトニトリル/酢酸エチル1%TEA含有を使用)を使用したISCO-コンビフラッシュシステム(アセトニトリルで予め平衡化したrediSep高性能シリカカラム)により、粗生成物を精製した。合わせてプールしたカラム画分の蒸発後、残渣を高真空下で乾燥させると、生成物が白色の固体としてもたらされた。
アミダイト(1030~1039)の調製

1030の調製:一般的手順Iの後、続いて一般的手順IIIを用いた。オフホワイトの泡沫状固体。収率:(73%)。31P NMR(162MHz,CDCl)δ 153.32.C4750FN10PSについての(ES)m/z計算値:940.98[M],実測値:941.78[M+H]
1031の調製:一般的手順Iの後、続いて一般的手順IIIを用いた。オフホワイトの泡沫状固体。収率:(78%)。31P NMR(162MHz,CDCl)δ 153.62.C4243FN10PSについての(ES)m/z計算値:831.85[M],実測値:870.58[M+K]
1032の調製:一般的手順Iの後、続いて一般的手順IIIを用いた。オフホワイトの泡沫状固体。収率:(68%)。31P NMR(162MHz,CDCl)δ 153.95.C4446FN10PSについての(ES)m/z計算値:872.26[M],実測値:873.62[M+H]
1033の調製:一般的手順Iの後、続いて一般的手順IIIを用いた。白色の泡沫状固体。収率:(87%)。31P NMR(162MHz,CDCl)δ 151.70.C5048FNPSについての(ES)m/z計算値:958.29[M],実測値:959.79,960.83[M+H]
1034の調製:一般的手順Iの後、続いて一般的手順IIIを用いた。オフホワイトの泡沫状固体。収率:(65%)。31P NMR(162MHz,CDCl)δ 154.80.C515110PSについての(ES)m/z計算値:971.31[M],実測値:971.81[M+H]
1035の調製:一般的手順Iの後、続いて一般的手順IIIを用いた。オフホワイトの泡沫状固体。収率:(76%)。31P NMR(162MHz,CDCl)δ 156.50.C535511PSについての(ES)m/z計算値:1014.33[M],実測値:1015.81[M+H]
1036の調製:一般的手順Iの後、続いて一般的手順IIIを用いた。オフホワイトの泡沫状固体。収率:(78%)。31P NMR(162MHz,CDCl)δ 156.40.C505712PSについての(ES)m/z計算値:996.34[M],実測値:997.90[M+H]
1037の調製:一般的手順Iの後、続いて一般的手順IIIを用いた。オフホワイトの泡沫状固体。収率:(73%)。31P NMR(162MHz,CDCl)δ 154.87.C465212PSについての(ES)m/z計算値:901.30[M],実測値:940.83[M+K]
1038の調製:一般的手順Iの後、続いて一般的手順IIIを用いた。オフホワイトの泡沫状固体。収率:(75%)。31P NMR(162MHz,CDCl)δ 154.94.C535712PSについての(ES)m/z計算値:1004.34[M],実測値:1005.86[M+H]
1039の調製:一般的手順Iの後、続いて一般的手順IIIを用いた。オフホワイトの泡沫状固体。収率:(80%)。31P NMR(162MHz,CDCl)δ 153.52.C444710PSについての(ES)m/z計算値:854.28[M],実測値:855.41[M+H]
アミダイト(1040~1049)の調製

1040の調製:一般的手順Iの後、続いて一般的手順IIIを用いた。オフホワイトの泡沫状固体。収率:(78%)。31P NMR(162MHz,CDCl)δ 157.80.C4750FN10PSについての(ES)m/z計算値:940.98[M],実測値:941.68[M+H]
1041の調製:一般的手順Iの後、続いて一般的手順IIIを用いた。オフホワイトの泡沫状固体。収率:(78%)。31P NMR(162MHz,CDCl)δ 157.79.C4243FN10PSについての(ES)m/z計算値:831.85[M],実測値:870.68[M+K]
1042の調製:一般的手順Iの後、続いて一般的手順IIIを用いた。オフホワイトの泡沫状固体。収率:(78%)。31P NMR(162MHz,CDCl)δ 158.07.C4446FN10PSについての(ES)m/z計算値:872.26[M],実測値:873.62[M+H]
1043の調製:一般的手順Iの後、続いて一般的手順IIIを用いた。白色の泡沫状固体。収率:(86%)。31P NMR(162MHz,CDCl)δ 156.48.C5048FNPSについての(ES)m/z計算値:958.29[M],実測値:959.79,960.83[M+H]
1044の調製:一般的手順Iの後、続いて一般的手順IIIを用いた。オフホワイトの泡沫状固体。収率:(65%)。31P NMR(162MHz,CDCl)δ 154.80.C515110PSについての(ES)m/z計算値:971.31[M],実測値:971.81[M+H]
1045の調製:一般的手順Iの後、続いて一般的手順IIIを用いた。オフホワイトの泡沫状固体。収率:(77%)。31P NMR(162MHz,CDCl)δ 154.74.C535511PSについての(ES)m/z計算値:1014.33[M],実測値:1015.81[M+H]
1046の調製:一般的手順Iの後、続いて一般的手順IIIを用いた。オフホワイトの泡沫状固体。収率:(76%)。31P NMR(162MHz,CDCl)δ 155.05.C505712PSについての(ES)m/z計算値:996.34[M],実測値:997.90[M+H]
1047の調製:一般的手順Iの後、続いて一般的手順IIIを用いた。オフホワイトの泡沫状固体。収率:(75%)。31P NMR(162MHz,CDCl)δ 155.44.C465212PSについての(ES)m/z計算値:901.30[M],実測値:940.83[M+K]
1048の調製:一般的手順Iの後、続いて一般的手順IIIを用いた。オフホワイトの泡沫状固体。収率:(73%)。31P NMR(162MHz,CDCl)δ 155.96.C535712PSについての(ES)m/z計算値:1004.34[M],実測値:1005.86[M+H]
1049の調製:一般的手順Iの後、続いて一般的手順IIIを用いた。オフホワイトの泡沫状固体。収率:(80%)。31P NMR(162MHz,CDCl)δ 156.37.C444710PSについての(ES)m/z計算値:854.28[M],実測値:855.31[M+H]
アミダイト(1051)の調製

1051の調製:一般的手順IIの後、続いて一般的手順IIIを用いた。オフホワイトの泡沫状固体。収率:(72%)。31P NMR(162MHz,CDCl)δ 154.26.C4250FN10PSについての(ES)m/z計算値:852.29[M],実測値:853.52[M+H]
アミダイト(1052)の調製

1052の調製:一般的手順IIの後、続いて一般的手順IIIを用いた。オフホワイトの泡沫状固体。収率:(76%)。31P NMR(162MHz,CDCl)δ 156.37.C4250FN10PSについての(ES)m/z計算値:852.29[M],実測値:853.52[M+H]
アミダイト(1053、1054)の調製

1053の調製:一般的手順IIの後、続いて一般的手順IIIを用いた。オフホワイトの泡沫状固体。収率:(80%)。31P NMR(162MHz,CDCl)δ 156.62.C4750FNPSについての(ES)m/z計算値:908.98[M],実測値:909.36[M+H]
1054の調製:一般的手順IIの後、続いて一般的手順IIIを用いた。オフホワイトの泡沫状固体。収率:(79%)。31P NMR(162MHz,CDCl)δ 157.62.C4446FNPSについての(ES)m/z計算値:840.90[M],実測値:841.67[M+H]
アミダイト(1055)の調製

1055の調製:一般的手順IIの後、続いて一般的手順IIIを用いた。白色の泡沫状固体。収率:(77%)。31P NMR(162MHz,CDCl)δ 160.00.C4545FN10PSについての(ES)m/z計算値:897.26[M],実測値:898.74[M+H]
アミダイト(1056)の調製

1056の調製:一般的手順IIの後、続いて一般的手順IIIを用いた。オフホワイトの泡沫状固体。収率:(84%)。31P NMR(162MHz,CDCl)δ 154.80.C4544ClFNPについての(ES)m/z計算値:867.26[M],実測値:868.69[M+H]
アミダイト(1057)の調製

1057の調製:一般的手順IIの後、続いて一般的手順IIIを用いた。白色の泡沫状固体。収率:(91%)。31P NMR(162MHz,CDCl)δ 154.48.C5255FN10PSについての(ES)m/z計算値:991.34[M],実測値:992.87[M+H]
実施例4F.キラル制御されたオリゴヌクレオチド調製の例示的技術-オリゴヌクレオチド合成のための例示的サイクル、条件及び試薬
一部の実施形態において、本開示は、キラル制御されたインターヌクレオチド結合の調製に特に有用である技術(例えば、試薬、溶媒、条件、サイクルパラメータ、切断方法、脱保護方法、精製方法等)を提供する。一部の実施形態において、かかるインターヌクレオチド結合、例えば、非負電荷インターヌクレオチド結合又は中性インターヌクレオチド結合等は、P-N=(式中、Pは結合リンである)を含む。一部の実施形態において、結合リンは三価である。一部の実施形態において、結合リンは五価である。一部の実施形態において、かかるインターヌクレオチド結合は、式I-n-1、式I-n-2、式I-n-3、式I-n-4、式II、式II-a-1、式II-a-2、式II-b-1、式II-b-2、式II-c-1、式II-c-2、式II-d-1、式II-d-2又はその塩形態の構造を有する。本明細書において実証されるとおり、本開示の技術は、穏和な反応条件、高い官能基適合性、代替的脱保護及び/又は切断条件、高い粗収率及び/又は精製後収率、高い粗純度、高い生成物純度及び/又は高い立体選択性をもたらすことができる。
一部の実施形態において、天然リン酸結合の調製サイクルは、脱保護(例えば、脱トリチル化)、カップリング、酸化(例えば、I/Pyr/水又は当技術分野で利用可能な他の好適な方法を使用)及びキャッピング(例えば、本明細書に記載されるcap 2又は当技術分野で利用可能な他の好適な方法)を含むか又はそれからなる。例示的なサイクルを以下に記載し、ここで、B1及びB2は、独立に、核酸塩基である。当業者が理解するとおり、様々な修飾、例えば、糖修飾、塩基修飾等が適合し、それが含まれ得る。
一部の実施形態において、非天然リン酸結合(例えば、ホスホロチオエートインターヌクレオチド結合)の調製サイクルは、脱保護(例えば、脱トリチル化)、カップリング、第1のキャッピング(例えば、本明細書に記載されるとおりのキャッピング-1)、修飾(例えば、XHを用いたチオール化又は当技術分野で利用可能な他の好適な方法)及び第2のキャッピング(例えば、本明細書に記載されるとおりのキャッピング-2又は当技術分野で利用可能な他の好適な方法)を含むか又はそれからなる。例示的なサイクルを以下に記載し、ここで、B1及びB2は、独立に、核酸塩基である。当業者が理解するとおり、様々な修飾、例えば、糖修飾、塩基修飾等が適合し、それが含まれ得る。一部の実施形態において、DPSEキラル補助基を使用したサイクルは、DPSEサイクル又はDPSEアミダイトサイクルと称される。
一部の実施形態において、非天然リン酸結合(例えば、特定の非負電荷インターヌクレオチド結合、中性インターヌクレオチド結合等)、特にP-N=(式中、Pは結合リンである)を含むもの及び/又は式I-n-1、式I-n-2、式I-n-3、式I-n-4、式II、式II-a-1、式II-a-2、式II-b-1、式II-b-2、式II-c-1、式II-c-2、式II-d-1、式II-d-2、III又はその塩形態の構造を有するものの調製サイクルは、脱保護(例えば、脱トリチル化)、カップリング、第1のキャッピング(例えば、本明細書に記載されるとおりのキャッピング-1)、修飾(例えば、ADIH(

2-アジド-1,3-ジメチル-4,5-ジヒドロ-1H-イミダゾール-3-イウムヘキサフルオロホスフェート(V))又は当技術分野で利用可能な他の好適な方法を使用)及び第2のキャッピング(例えば、本明細書に記載されるとおりのキャッピング-2又は当技術分野で利用可能な他の好適な方法)を含むか又はそれからなる。例示的なサイクルを以下に記載し、ここで、B1及びB2は、独立に、核酸塩基である。一部の実施形態において、キラル制御されたインターヌクレオチド結合のかかる調製サイクルに利用されるキラル補助基は、本明細書に記載されるとおりの電子求引基を含み、例えば、様々なキラル補助基が、電子求引基を含むGを有する。一部の実施形態において、Gは本明細書に記載されるとおりの-SOR基を含む(例えば、一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されているフェニルであり;一部の実施形態において、Rは、任意選択で置換されているアルキル(例えば、t-ブチル)であり;一部の実施形態において、アルキルであるR(例えば、t-ブチルであるR(例えば、WV-CA-240))は、任意選択で置換されているフェニルであるR(例えば、フェニル(PSM)であるR))と同等の結果をもたらし得ることが観察された。当業者が理解するとおり、様々な修飾、例えば、糖修飾、塩基修飾等が適合し、それが含まれ得る。一部の実施形態において、PSMキラル補助基を使用したサイクルは、PSMサイクル又はPSMアミダイトサイクルと称される。
本開示では、様々な切断及び脱保護方法を利用し得る。一部の実施形態において、当業者が理解するとおり、切断及び脱保護のパラメータ(例えば、塩基、溶媒、温度、当量、時間等)は、例えば、調製しようとするオリゴヌクレオチドの構造(例えば、核酸塩基、糖、インターヌクレオチド結合及びその修飾/保護)、固体支持体、反応規模等を考慮して調整することができる。一部の実施形態において、切断及び脱保護は、1つ又は2つ以上の個別のステップを含む。例えば、一部の実施形態において、2ステップ切断及び脱保護が利用される。一部の実施形態において、切断及び脱保護ステップは、好適な溶媒(例えば、DMSO/HO)中の好適な量(例えば、約100mL/mmol以上(例えば、100±5mL/mmol))のフッ化物含有試薬(例えば、TEA-HF、任意選択でTEAなどの追加的な塩基によって緩衝される)を含み、好適な温度(例えば、約0~100、0~80、0~50、0~40、0~30、0、10、20、30、40、50、60、70、80、90又は100℃(例えば、一例において、27±2℃))で好適な期間(例えば、約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、35、40、45、50時間又はそれを超えて(例えば、一例において、6±0.5時間))実施される。一部の実施形態において、切断及び脱保護ステップは、好適な溶媒(例えば、水)(例えば、濃NHOH)中の好適な量(例えば、約200mL/mmol以上(例えば、200±5mL/mmol))の好適な塩基(例えば、NR)を含み、好適な温度(例えば、約0~100、0~80、0~50、0~40、0~30、0、10、20、30、40、50、60、70、80、90又は100℃(例えば、一例において、37±2℃))で好適な期間(例えば、約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、35、40、45、50時間又はそれを超えて(例えば、一例において、24±1時間))実施される。一部の実施形態において、切断及び脱保護は2つのステップを含むか又はそれからなり、ここで、一方のステップ(例えば、ステップ1)はDMSO/HO中1×TEA-HF、100±5mL/mmol、27±2℃及び6±0.5時間であり、及び他方のステップ(例えば、ステップ2)は、濃NHOH、200±5mL/mmol、37±2℃及び24±1時間である。切断及び脱保護方法の特定の例は、本明細書に記載される。
当業者が理解するとおり、オリゴヌクレオチド合成は固体支持体上で実施されることが多い。多くの種類の固体支持体が市販されており、及び/又は他の方法で調製/入手することができ、及び本開示において利用することができる。一部の実施形態において、固体支持体はCPGである。一部の実施形態において、固体支持体はNittoPhase HLである。固体支持体の種類及びサイズは、望ましい適用に基づき選択することができ、ある場合には具体的な使用に対してある種の固体支持体が他よりも良好に性能を発揮し得る。一部の実施形態において、特定の調製には、NittoPhase HLなどの特定のポリマー固体支持体と比較してCPGがより高い粗収率及び/又は純度をもたらし得ることが観察された。
アミダイトは、典型的には好適な濃度で溶媒に溶解させる。一部の実施形態において、アミダイトはACNに溶解させる。一部の実施形態において、アミダイトは2つ以上の溶媒の混合物に溶解させる。一部の実施形態において、アミダイトはACNとIBNとの混合物(例えば、20%ACN/80%IBN)に溶解させる。アミダイトの様々な濃度が利用され得、具体的な条件(例えば、固体支持体、調製しようとするオリゴヌクレオチド、反応時間、規模等)を考慮して調整され得る。一部の実施形態において、約0.01~0.5、0.05~0.5、0.1~0.5、0.05、0.1、0.15、0.2、0.25、0.3、0.35、0.4、0.45又は0.5Mの濃度が利用される。一部の実施形態において、約0.2Mの濃度が利用される。多くの実施形態において、アミダイト溶液は乾燥させる。一部の実施形態において、3Å分子篩を利用してアミダイト溶液を乾燥させる(又はアミダイト溶液を乾燥した状態に保つ)。一部の実施形態において、分子篩は約15~20%v/vで利用される。
様々な当量のアミダイトがオリゴヌクレオチド合成に有用である。当業者は理解し得るとおり、アミダイトの当量は、具体的な条件(例えば、固体支持体、調製しようとするオリゴヌクレオチド、反応時間、規模等)を考慮して調整することができ、合成時に同じ又は異なる当量が利用され得る。一部の実施形態において、アミダイトの当量は、約1、1.5、2、2.5、3、3.5、4、4.5、5又はそれを超える。一部の実施形態において、好適な当量は約2である。一部の実施形態において、好適な当量は約2.5である。一部の実施形態において、好適な当量は約3である。一部の実施形態において、好適な当量は約3.5である。一部の実施形態において、好適な当量は約4である。
幾つもの活性化剤が当技術分野で利用可能であり、本開示において利用し得る。一部の実施形態において、活性化剤はETTである。一部の実施形態において、活性化剤はCMIMTである。一部の実施形態において、CMIMTは、キラル制御された合成に利用される。当業者が理解するとおり、異なるアミダイトに同じ又は異なる活性化剤が利用され得、異なる量で利用され得る。一部の実施形態において、活性化剤は、約40~100%、例えば、40%、50%、60%、70%、80%又は90%の送達で利用される。一部の実施形態において、送達は約60%である(例えば、ETTについて)。一部の実施形態において、送達は約70%である(例えば、CMIMTについて)。一部の実施形態において、活性化剤/アミダイトのモル比は、約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10又はそれを超える。一部の実施形態において、モル比は約3~6である。一部の実施形態において、モル比は約1である。一部の実施形態において、モル比は約2である。一部の実施形態において、モル比は約3である。一部の実施形態において、モル比は約4である。一部の実施形態において、モル比は約5である。一部の実施形態において、モル比は約6である。一部の実施形態において、モル比は約7である。一部の実施形態において、モル比は約8である。一部の実施形態において、モル比は約9である。一部の実施形態において、モル比は約10である。一部の実施形態において、モル比は約2~5、2~4又は3~4である(例えば、ETTについて)。一部の実施形態において、モル比は約3.7である(例えば、ETTについて)。一部の実施形態において、モル比は約3~8、4~8、4~7、4~6、5~7、5~8又は5~6である(例えば、CMIMTについて)。一部の実施形態において、モル比は約5.8である(例えば、CMIMTについて)。
当業者が理解するとおり、オリゴヌクレオチド合成には様々な好適な流量及び反応時間が利用され得、調製しようとするオリゴヌクレオチド、規模、合成セットアップ等に応じて調整され得る。一部の実施形態において、合成に利用される再循環流量は約200cm/hである。一部の実施形態において、再循環時間は約1~10分である。一部の実施形態において、再循環時間は約8分である。一部の実施形態において、再循環時間は約10分である。
例えばカップリング後のP(III)結合の修飾には、多くの技術が利用可能である。例えば、P(III)結合からP(V)P(=O)タイプの結合に例えば酸化によって変換するため、様々な方法が利用可能である。一部の実施形態では、I/Pyr/HOが利用される。同様に、P(III)結合をP(V)P(=S)タイプの結合に例えば硫化によって変換するため、多くの方法が利用可能である。一部の実施形態において、本明細書に例示されるとおり、チオール化試薬としてXHが利用される。P(III)結合をP(V)P(=N-)タイプの結合に変換する技術も本開示において広く利用可能であり、利用することができる。一部の実施形態において、本明細書に例示されるとおりADIHが利用される。好適な反応パラメータが本明細書に記載される。一部の実施形態において、ADIHは、約0.01~0.5、0.05~0.5、0.1~0.5、0.05、0.1、0.15、0.2、0.25、0.3、0.35、0.4、0.45又は0.5Mの濃度で使用される。一部の実施形態において、ADIHの濃度は約0.25Mである。一部の実施形態において、ADIHの濃度は約0.3Mである。一部の実施形態において、ADIHは、約1~50、1~40、1~30、1~25、1~20、1~10又は1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、45又は50当量又はそれを超えて利用される。一部の実施形態において、ADIHの当量は約7.5である。一部の実施形態において、ADIHの当量は約10である。一部の実施形態において、ADIHの当量は約15である。一部の実施形態において、ADIHの当量は約20である。一部の実施形態において、ADIHの当量は約23である。一部の実施形態において、ADIHの当量は約25である。一部の実施形態において、ADIHの当量は約30である。一部の実施形態において、ADIHの当量は約35である。一部の実施形態において、1つの実験、ADIHは、15.2当量で、及び15分の接触時間を利用した。一部の実施形態において、アミダイトに応じて、試薬、例えばADIHの濃度、当量、接触時間等が調整され得る。
本開示の技術は、様々な規模での調製に好適である。一部の実施形態において、合成は数百umol以上で実施される。一部の実施形態において、規模は約200umolである。一部の実施形態において、規模は約300umolである。一部の実施形態において、規模は約400umolである。一部の実施形態において、規模は約500umolである。一部の実施形態において、規模は約550umolである。一部の実施形態において、規模は約600umolである。一部の実施形態において、規模は約650umolである。一部の実施形態において、規模は約700umolである。一部の実施形態において、規模は約750umolである。一部の実施形態において、規模は約800umolである。一部の実施形態において、規模は約850umolである。一部の実施形態において、規模は約900umolである。一部の実施形態において、規模は約950umolである。一部の実施形態において、規模は、約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24又は25mmol又はそれを超える。一部の実施形態において、規模は約1mmol以上である。一部の実施形態において、規模は約2mmol以上である。一部の実施形態において、規模は約5mmol以上である。一部の実施形態において、規模は約10mmol以上である。一部の実施形態において、規模は約15mmol以上である。一部の実施形態において、規模は約20mmol以上である。一部の実施形態において、規模は約25mmol以上である。
一部の実施形態において、実測収率は85~90OD/umol(例えば、10.2mmol合成について85,000OD/mmol、58.4%の粗純度(%FLP))であった。
本開示の技術は、とりわけ、キラル制御されたインターヌクレオチド結合、例えば、P-N=(式中、Pは結合リンである)を含むもの(例えば、I-n-1、I-n-2、I-n-3、I-n-4、II、II-a-1、II-a-2、II-b-1、II-b-2、II-c-1、II-c-2、II-d-1、II-d-2又はその塩形態のインターヌクレオチド結合等)を含むオリゴヌクレオチドの調製に利用するとき、様々な利点をもたらし得る。例えば、本明細書において実証されるとおり、本開示の技術は、最小限の量のより短いオリゴヌクレオチドで(例えば、不完全なカップリング、分解等からの)高い粗純度及び収率をもたらすことができる(例えば、多くの実施形態において、20merオリゴヌクレオチドについて約55~60%の完全長生成物)。かかる高い粗収率及び/又は純度は、とりわけ、下流精製を大きく削減することができ、且つ生産コスト及び商品原価を大きく削減することができ、一部の実施形態では、商業生産、臨床試験及び/又は市販を大幅に促進し又はその規模拡大を可能にすることができる。
キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物-WV-13864の例示的調製手順
以下には、コントロールドポアグラス(CPG)低バルク密度固体支持体(例えば、CNAリンカーCPG(600Å LBD)による2’-fC(アセチル))を使用したWV-13864の例示的調製手順を記載する。有用なホスホロアミダイトとしては、5’-ODMTr-2’-F-dA(N6-Bz)-(L)-DPSEホスホロアミダイト、5’-ODMTr-2’-F-dC(N4-Ac)-(L)-DPSEホスホロアミダイト、5’-ODMTr-2’-F-dG(N2-iBu)-(L)-DPSEホスホロアミダイト、5’-ODMTr-2’-F-dU-(L)-DPSEホスホロアミダイト、5’-ODMTr-2’-OMe-G(N-iBu)-(L)-DPSEホスホロアミダイト、5’-ODMTr-2’-F-dC(N4-Ac)-(L)-PSMホスホロアミダイト、5’-ODMTr-2’-F-dG(N2-iBu)-(L)-PSMホスホロアミダイト、5’-DMT-2’-OMe-A(Bz)-β-シアノエチルホスホロアミダイト及び5’-DMT-2’-OMe-C(Ac)-β-シアノエチルホスホロアミダイトが挙げられる。
チオール化には、0.1Mキサンタンヒドリド溶液(XH)を使用した。アセトニトリル中の0.3Mの2-アジド-1,3-ジメチル-イミダゾリニウムヘキサフルオロホスフェート(ADIH)を利用して中性PN結合を形成した。酸化溶液は、ピリジン/水、90/10、v/v中0.04~0.06Mヨウ素であった。Cap Aは、アセトニトリル、20/80、v/v中N-メチルイミダゾールであった。Cap Bは、無水酢酸/2,6-ルチジン/アセトニトリル、20/30/50、v/v/vであった。脱ブロック化は、トルエン中3%ジクロロ酢酸を用いて実施した。使用したNHOHは28~30%濃水酸化アンモニウムであった。
脱トリチル化
合成を開始するため、5’-ODMTr-2’-F-dC(N4-Ac)-CPG固体支持体をトルエン中3%(DCA)での処理による5’-ヒドロキシルからのDMTr保護基の酸触媒除去に供した。DMTr除去ステップは通常、濃い赤色又はオレンジ色で可視化されたと共に、UV watchコマンドによって436nmの波長でモニタすることができる。
DMTr除去は、合成サイクルの開始時に繰り返すことができる。いずれの場合においても、脱トリチル化後、合成の次のステップのための調製において、支持体に結合した材料をアセトニトリルで洗浄した。
カップリング
アミダイトをアセトニトリル(ACN)又は20%イソブチロニトリル(IBN)/80%ACNのいずれかに密度補正なしに0.2Mの濃度で溶解させた。この溶液は、使用の4時間以上前に分子篩(3Å)で乾燥させた(15~20%、v/v)。
二重活性化剤(CMIMT及びETT)カップリング手法を利用した。両方の活性化剤をACNに0.5Mの濃度で溶解させた。CMIMTは、5.833/1のCMIMT対アミダイトモル比でのキラル制御されたカップリングに使用されている。ETTは、標準アミダイト(天然リン酸結合について)のカップリングに3.752/1のETT対アミダイトモル比で使用した。DPSE及びPSMアミダイトの再循環時間は、全て10分であり、但しmG-L-DPSEを除き、これは8分であった。標準アミダイトは、全て8分間カップリングさせた。
Cap-1(キャッピング-1、第1のキャッピング)
Cap B(AcO/2,6-ルチジン/MeCN(2:3:5、v/v/v))を使用した。一部の実施形態において、Cap-1は、例えばキラル補助基上の、第二級アミン基をキャッピングした。一部の実施形態において、第二級アミンの不完全な保護は、カップリングの失敗又は1つ以上の副生成物の形成を招く副反応につながり得る。一部の実施形態において、Cap-1はエステル化に効率的な条件ではないこともある(例えば、未反応5’-OHのキャッピングに関してCap-2(第2のキャッピング)と比べて効率が低い条件)。
DPSEサイクルのチオール化
Cap-1後、亜リン酸中間体P(III)を硫化試薬で修飾した。例示的調製では、1.2CV(6~7当量)の硫化試薬(0.1M XH/ピリジン-ACN、1:1、v/v)をフロースルーモードの合成カラムを通じて6分の接触時間で送達してP(V)を形成した。
PSMサイクルのアジド反応
Cap-1後、ACN中の好適な試薬(例えば、ADIHなどの-Nを含む)を使用して中性インターヌクレオチド結合(PN結合)を形成した。例示的調製では、それぞれのサイクルにおいて、fG-L-PSMについて10.3当量の0.25M ADIHで10分の接触時間及びfC-L-PSMについて25.8当量の0.3M ADIHで15分の接触時間を利用した。
標準ヌクレオチドサイクルの酸化
標準アミダイトサイクルにCap-1ステップは不要であった。固体支持体への標準アミダイトのカップリング後、亜リン酸中間体P(III)を0.05Mのヨウ素/水/ピリジン溶液で酸化してP(V)を形成した。例示的調製では、効率的な酸化のため、3.5当量の酸化溶液をフロースルーモードによって2分の接触時間でカラムに送り込んだ。
Cap-2(キャッピング-2、第2のキャッピング)
各サイクルの固相オリゴヌクレオチド合成でのカップリング効率は約97~100%であり、例えばDMTrカチオンの放出によってモニタした。典型的には脱トリチル化モニタリングによれば1~3%の、固体支持体上の未結合の残留5’-ヒドロキシル基を、Cap A(アセトニトリル(NMI/ACN=20/80、v/v)中20%N-メチルイミダゾール)及びCap B(20%:30%:50%=AcO:2,6-ルチジン:ACN(v/v/v))試薬(例えば、1:1)でブロック化した。両方の試薬(例えば、0.4CV)をフロースルーモードによって0.8分の接触時間でカラムに送り込み、配列形成の失敗を防止した。キャッピングされていないアミン基もこのステップで保護され得る。
本明細書に例示されるとおり、一部の実施形態において、DPSEアミダイト又はDPSEサイクルは、脱トリチル化->カップリング->Cap-1(キャッピング-1、第1のキャッピング)->チオール化->Cap-2(キャッピング-1、後キャッピング、第2のキャッピング)であり;一部の実施形態において、PSMアミダイト又はPSMサイクルは、脱トリチル化->カップリング->Cap-1(キャッピング-1、第1のキャッピング)->アジド反応->Cap-2(キャッピング-1、後キャッピング、第2のキャッピング)であり;一部の実施形態において、標準アミダイト又は標準サイクル(従来の、キラル制御されていないもの)は、脱トリチル化->カップリング->酸化->Cap-2(キャッピング-1、後キャッピング、第2のキャッピング)である。
合成サイクルを選択し、望ましい長さが実現するまで繰り返した。
アミン洗浄
一部の実施形態において、提供される技術は、P-N=(式中、Pは結合リンである)を含むインターヌクレオチド結合を含むオリゴヌクレオチドの調製に特に有効である。一部の実施形態において、提供される技術は、オリゴヌクレオチド中間体を塩基と接触させることを含む。一部の実施形態において、接触は、望ましいオリゴヌクレオチド長さが実現した後に実施される。一部の実施形態において、かかる接触により、P-N=(式中、Pは結合リンである)を含むインターヌクレオチド結合(例えば、式I-n-1、式I-n-2、式I-n-3、式I-n-4、式II、式II-a-1、式II-a-2、式II-b-1、式II-b-2、式II-c-1、式II-c-2、式II-d-1、式II-d-2のもの又はその塩形態)を含むオリゴヌクレオチドがもたらされる。一部の実施形態において、接触により、キラル補助基(例えば、分子の残りの部分に炭素原子を介して連結したGを含み、且つその炭素原子が少なくとも1つの電子求引基に連結されるもの(例えば、WV-CA-231、WV-CA-236、WV-CA-240等))が除去される。一部の実施形態において、接触は、塩基又は実質的にOH不含若しくは水不含(無水)の塩基溶液を利用して実施される。一部の実施形態において、塩基はアミン(例えば、N(R))である。一部の実施形態において、アミンはNH(R)の構造を有し、式中、各Rは、独立に、任意選択で置換されているC1~6脂肪族であり;一部の実施形態において、各Rは、独立に、任意選択で置換されているC1~6アルキルである。一部の実施形態において、塩基はN,N-ジエチルアミン(DEA)である。一部の実施形態において、塩基溶液は20%DEA/ACNである。一部の実施形態において、塩基とのかかる接触により、P-N=を含むインターヌクレオチド結合の1つ以上の位置に代わりに天然リン酸結合を有する副生成物のレベルが低下する。
例示的調製では、オリゴヌクレオチドヌクレオチド合成サイクルの完了後、5カラム容量のアセトニトリル中20%DEAにより15分の接触時間でオンカラムアミン洗浄を実施した。
一部の実施形態において、塩基との接触によりまた、標準天然リン酸結合の構築に使用される2-シアノエチル基が除去され得る。一部の実施形態において、塩基との接触により、天然リン酸結合(例えば、カチオンがアミン塩基の対応するアンモニウム塩である塩形態のもの)がもたらされる。
切断及び脱保護
塩基との接触後、オリゴヌクレオチドは更なる切断及び脱保護に曝される。例示的調製では、補助基の除去(例えば、DPSE)、切断及び脱保護は2ステップのプロセスであった。ステップ1では、オリゴヌクレオチドを有するCPG固体支持体を1×TEA-HF溶液(DMSO:水:TEA.3HF:TEA=43:8.6:2.8:1=v/v/v/v、100±5uL/umol)により27±2℃で6±0.5時間処理した。次にバルクスラリーを濃水酸化アンモニウム(28~30%、200±10mL/mmol)により37±2℃で24±1時間処理して(ステップ2)、固体支持体からオリゴヌクレオチドを放出させた。粗生成物をろ過によって回収した。ろ液を固体支持体の洗浄液(例えば、水)と合わせた。一部の実施形態において、実測収率は約80~90OD/umolであった。
キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の例示的調製手順-WV-13835
例示的調製では、WV-13835を1.2mmol規模でCPG 2’-F-Uから開始して調製した。キラル制御されたインターヌクレオチド結合についてキラル補助基としてDPSEを利用した。調製は、脱ブロック化ステップ(酸性条件下での脱トリチル化)、カップリングステップ(DPSEホスホロアミダイトとの)、修飾前キャッピングステップ(例えば、Cap B)、修飾ステップ(例えば、Pyr/CAN中0.1M XHを使用したチオール化)、修飾後キャッピングステップ(例えば、cap 2条件下(1:1 Cap A+Cap B)を含む複数回のサイクルを含んだ。一部の実施形態において、サイクルは、I/Pyr/HOによる酸化であるか又はそれを含む修飾ステップを含む。切断及び脱保護には2つのステップが含まれ、ここで、ステップ1は100mL/mmolのTEA-HF及び27±2.5℃を利用し、ステップ2は200mL/mmolの濃NHOH及び37±2.5℃を利用した。総粗収率は91800OD(76500OD/mmol)であった。純粋%FLPは53.6%であり、NAP(脱塩後)%FLPは58.3%であった。粗製物の%FLPは1.71gであった。
キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の例示的調製手順-WV-14791
例示的調製では、WV-14791を402umol規模でCPG 2’-F-Uから開始して調製した。キラル制御されたホスホロチオエートインターヌクレオチド結合についてキラル補助基としてDPSE及びキラル制御されたn001についてPSMを利用した。調製は、脱ブロック化ステップ(酸性条件下での脱トリチル化)、カップリングステップ(DPSE(キラル制御されたホスホロチオエートインターヌクレオチド結合について)又はPSMホスホロアミダイト(キラル制御されたn001インターヌクレオチド結合について)との)、修飾前キャッピングステップ(例えば、Cap B)、修飾ステップ(例えば、ホスホロチオエートインターヌクレオチド結合についてPyr/CAN中0.1M XHを使用したチオール化、n001についてCAN中の2-アジド-1,3-ジメチル-イミダゾリニウムヘキサフルオロホスフェート)、修飾後キャッピングステップ(例えば、cap 2条件下(1:1 Cap A+Cap B)を含む複数回のサイクルを含んだ。一部の実施形態において、サイクルは、I/Pyr/HOによる酸化であるか又はそれを含む修飾ステップを含む。総粗収率は27000OD(67.1OD/umol)であった。純粋%FLPは45.7%であり、NAP(脱塩後)%FLPは51.8%であった。粗製物の%FLPは445mgであった。
キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の例示的調製手順-WV-14344
例示的調製では、WV-14344を400umol規模でCPG 2’-F-Cから開始して調製した。キラル制御されたホスホロチオエートインターヌクレオチド結合についてキラル補助基としてDPSE及びキラル制御されたn001についてPSMを利用した。調製は、脱ブロック化ステップ(酸性条件下での脱トリチル化)、カップリングステップ(DPSE(キラル制御されたホスホロチオエートインターヌクレオチド結合について)又はPSMホスホロアミダイト(キラル制御されたn001インターヌクレオチド結合について)との)、修飾前キャッピングステップ(例えば、Cap B)、修飾ステップ(例えば、ホスホロチオエートインターヌクレオチド結合についてPyr/CAN中0.1M XHを使用したチオール化、n001についてCAN中の2-アジド-1,3-ジメチル-イミダゾリニウムヘキサフルオロホスフェート)、修飾後キャッピングステップ(例えば、cap 2条件下(1:1 Cap A+Cap B)を含む複数回のサイクルを含んだ。一部の実施形態において、サイクルは、I/Pyr/HOによる酸化であるか又はそれを含む修飾ステップを含む。総粗収率は32000OD(80OD/umol)であった。純粋%FLPは48.8%であり、NAP(脱塩後)%FLPは59.2%であった。粗製物の%FLPは571mgであった。
更なるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の例示的調製
本明細書に記載される技術を利用して、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を含めた様々なオリゴヌクレオチド組成物を調製した。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチド組成物は、自動化した固相合成を用いて調製した。特定の調製は、325mgのCNA結合ヌクレオシド-CPGを充填したTWIST(商標)カラム10um/15umカラム(GlenResearch、カタログ番号20-0040)を使用して25umolで実施した。25umolでのキラル制御されたインターヌクレオチド結合についての例示的なサイクル及びアジド修飾試薬を以下に示す。
サイクルが完了した後、CPG支持体をMeCN中20%DEAで12分間処理し、乾燥MeCNで洗浄し、アルゴン下及び真空下で乾燥させた。乾燥させたCPG支持体を15mLプラスチックチューブに移し、1×溶液(HO-DMSO(1:5、v/v)中1M HF-TEA、100uL/umol)によって28℃で6時間処理し、次に濃NH3(200uL/umol)を加え、37℃で24時間反応させた。この混合物を室温に冷却し、CPGを膜ろ過によって除去し、生成物をLTQ及びRP-UPLCにより55℃で(水中10mM TEA、100mM HFIP)における直線グラジエントのMeCN(1~15%/15分)を用いて0.8mL/分の速度で分析した。粗オリゴヌクレオチドをAEX-HPLCにより20mM NaOH~2.5M NaClで溶出して精製し、脱塩すると、目標のオリゴヌクレオチド組成物が得られた。
例示的調製を以下に挙げ、ここで、粗UPLC純度は約9%~約58%パーセントの範囲である。同じ及び/又は他のオリゴヌクレオチドの調製について、より高い粗HPLC純度が観察された。
とりわけ、提供される技術は、高い粗純度及び/又は粗収率をもたらした。多くの調製において(様々な規模、試薬濃度、反応時間等)、約55~60%の粗純度(%FLP)が達成され、短いオリゴヌクレオチド(例えば、不完全なカップリング、分解、副反応等からのもの)の量は最小限であった。多くの実施形態において、最も顕著な短いオリゴヌクレオチドの量は約2~10%以下に過ぎず、多くの場合に2~4%以下に過ぎない(例えば、一部の実施形態において、約2%もの低さ(最も顕著な短いオリゴヌクレオチドはN-3である))。
オリゴヌクレオチド精製には、様々な技術を利用可能であり、本開示において利用することができる。一部の実施形態では、例えば、AEX精製及び/又はUF/DFを用いて粗生成物を更に精製した(例えば、90%を超える純度)。
本明細書に記載される技術を用いて、多様な塩基配列、修飾(例えば、核酸塩基、糖及びインターヌクレオチド結合修飾)及び/又はそのパターン、結合リン立体化学及び/又はそのパターン等を含む様々なオリゴヌクレオチドをumolからmmolに至るまでの様々な規模で調製した。かかるオリゴヌクレオチドは様々な標的を有し、様々な機構を通じて機能し得る。特定のかかるオリゴヌクレオチドを本開示の表に提供する。
当業者が理解するとおり、本明細書に記載される例は、例示のために過ぎない。当業者は、例えば、計装、規模、試薬、反応物、望ましい結果等に応じて様々な条件、パラメータ等を調整し得ることを理解するであろう。本開示において、特定の結果は様々な技術を用いて更に改良し得る。とりわけ、提供されるオリゴヌクレオチド及びその組成物は、例えば様々なアッセイ及びインビボモデルにおいて、大きく改良された特性及び/又は活性を提供することができ、様々な病態、障害又は疾患の予防及び/又は治療に特に有用であり得る。特定のデータは本明細書の実施例に提供する。
実施例4G.Modの取込みのための特定の試薬の合成
本開示に記載されるとおり、本開示のオリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチド鎖部分に加えて様々な追加の化学的部分(例えば、様々なMod)を含み得る。一部の実施形態において、本開示は、本明細書に記載されるModを含むオリゴヌクレオチドを提供する。一部の実施形態において、かかる追加の部分は、改良された特性、活性、送達等をもたらす。一部の実施形態において、本開示は、有用な追加の化学的部分並びにかかる追加の化学的部分の調製及び取込み技術を提供する。特定の例を以下に記載する。当業者は理解し、追加の化学的部分に関する様々な技術(例えば、構造、調製、取込み、使用等)、例えば、米国特許第9394333号、米国特許第9744183号、米国特許第9605019号、米国特許第9598458号、米国特許出願公開第2015/0211006号、米国特許出願公開第2017/0037399号、国際公開第2017/015555号、国際公開第2017/192664号、国際公開第2017/015575号、国際公開第2017/062862号、国際公開第2017/160741号、国際公開第2017/192679号、国際公開第2017/210647号、国際公開第2018/223056号、国際公開第2018/237194号、国際公開第2019/055951号等(これらの各々のかかる技術は、独立に、参照によって援用される)に記載されるものを本開示において利用し得る。
5-((1,19-ビス((1,3-ジメチルイミダゾリジン-2-イリデン)アミノ)-10-((3-((3-((1,3-ジメチルイミダゾリジン-2-イリデン)アミノ)プロピル)アミノ)-3-オキソプロポキシ)メチル)-5,15-ジオキソ-8,12-ジオキサ-4,16-ジアザノナデカン-10-イル)アミノ)-5-オキソペンタン酸の合成

ステップ1.DCM(50mL)中のベンジル15,15-ビス(13,13-ジメチル-5,11-ジオキソ-2,12-ジオキサ-6,10-ジアザテトラデシル)-2,2-ジメチル-4,10,17-トリオキソ-3,13-ジオキサ-5,9,16-トリアザヘンイコサン-21-オエート(5g、4.95mmol、1当量)の溶液に0℃でTFA(16.93g、148.48mmol、10.99mL、30当量)を加えた。この混合物を0~25℃で2時間撹拌した。反応混合物を減圧下で濃縮して溶媒を除去した。次にACN(5mL)及びMTBE(40mL)を加え、粘稠液をろ過した。粗ベンジル5-((1,19-ジアミノ-10-((3-((3-アミノプロピル)アミノ)-3-オキソプロポキシ)メチル)-5,15-ジオキソ-8,12-ジオキサ-4,16-ジアザノナデカン-10-イル)アミノ)-5-オキソペンタノエート(5.21g、粗製、3TFA)が黄色がかった油として得られた。LCMS:(M+H):710.6;(M+Na):732.7.
ステップ2.DCM(35mL)中のベンジル5-((1,19-ジアミノ-10-((3-((3-アミノプロピル)アミノ)-3-オキソプロポキシ)メチル)-5,15-ジオキソ-8,12-ジオキサ-4,16-ジアザノナデカン-10-イル)アミノ)-5-オキソペンタノエート(5.21g、粗製、3TFA)の溶液にDIEA(6.39g、49.45mmol、8.61mL、10当量)及び2-クロロ-1,3-ジメチル-4,5-ジヒドロイミダゾール-1-イウム;ヘキサフルオロホスフェート(4.55g、16.32mmol、3.3当量)を加えた。この混合物を25℃で15時間撹拌した。反応混合物を減圧下で濃縮して溶媒を除去した。粗製物をRP-MPLC(規格:C18、330g、20~35ミクロン、100Å)によって精製した。生成物ベンジル5-((1,19-ビス((1,3-ジメチルイミダゾリジン-2-イリデン)アミノ)-10-((3-((3-((1,3-ジメチルイミダゾリジン-2-イリデン)アミノ)プロピル)アミノ)-3-オキソプロポキシ)メチル)-5,15-ジオキソ-8,12-ジオキサ-4,16-ジアザノナデカン-10-イル)アミノ)-5-オキソペンタノエート(4.94g、粗製)が黄色の油として得られた。H NMR(400MHz,メタノール-d)δ=7.39-7.29(m,5H),3.70-3.62(m,28H),3.45(q,J=6.6Hz,7H),3.30-3.26(m,6H),3.08-2.99(m,21H),2.47-2.39(m,9H),2.23(t,J=7.4Hz,2H),1.92-1.78(m,10H).
ステップ3.THF(10mL)及びHO(2mL)中のベンジル5-((1,19-ビス((1,3-ジメチルイミダゾリジン-2-イリデン)アミノ)-10-((3-((3-((1,3-ジメチルイミダゾリジン-2-イリデン)アミノ)プロピル)アミノ)-3-オキソプロポキシ)メチル)-5,15-ジオキソ-8,12-ジオキサ-4,16-ジアザノナデカン-10-イル)アミノ)-5-オキソペンタノエート(2g、2.00mmol、1当量)の溶液にLiOH.HO(588.51mg、14.02mmol、7当量)を加えた。この混合物を25℃で3時間撹拌した。反応混合物を減圧下で濃縮して溶媒を除去した。残渣を分取HPLC(カラム:Phenomenex luna C18 250×50mm×10um;移動相:[水(0.1%TFA)-ACN];B%:0%~25%、20分)によって精製した。5-((1,19-ビス((1,3-ジメチルイミダゾリジン-2-イリデン)アミノ)-10-((3-((3-((1,3-ジメチルイミダゾリジン-2-イリデン)アミノ)プロピル)アミノ)-3-オキソプロポキシ)メチル)-5,15-ジオキソ-8,12-ジオキサ-4,16-ジアザノナデカン-10-イル)アミノ)-5-オキソペンタン酸(0.6g、651.84umol、32.54%収率、98.66%純度)が黄色のゴムとして得られた。H NMR(400MHz,DMSO-d6)δ=8.03(br t,J=5.6Hz,3H),7.75(br t,J=5.6Hz,3H),7.08(s,1H),3.62-3.54(m,24H),3.34(q,J=6.6Hz,7H),3.12(q,J=6.2Hz,5H),2.96(s,18H),2.30(br t,J=6.4Hz,6H),2.23-2.03(m,4H),1.79-1.59(m,8H);LCMS:(M/2+H):454.9;LCMS純度:98.66%.
(E)-2-メチル-14,14-ビス((E)-2-メチル-3-モルホリノ-9-オキソ-12-オキサ-2,4,8-トリアザトリデカ-3-エン-13-イル)-3-モルホリノ-9,16-ジオキソ-12-オキサ-2,4,8,15-テトラアザイコサ-3-エン-20-オイック酸の合成

ステップ1.DCM(50mL)中のベンジル15,15-ビス(13,13-ジメチル-5,11-ジオキソ-2,12-ジオキサ-6,10-ジアザテトラデシル)-2,2-ジメチル-4,10,17-トリオキソ-3,13-ジオキサ-5,9,16-トリアザヘンイコサン-21-オエート(5g、4.95mmol、1当量)の溶液にTFA(16.93g、148.48mmol、10.99mL、30当量)を加えた。この混合物を0~25℃で2時間撹拌した。反応混合物を減圧下で濃縮して溶媒を除去し、次にACN(50mL)及びMTBE(500mL)を加え、粘稠液をろ過した。粗ベンジル5-((1,19-ジアミノ-10-((3-((3-アミノプロピル)アミノ)-3-オキソプロポキシ)メチル)-5,15-ジオキソ-8,12-ジオキサ-4,16-ジアザノナデカン-10-イル)アミノ)-5-オキソペンタノエート(5.21g、粗製、3TFA)が黄色の油として得られた。LCMS:(M+H):710.6;(M+Na):732.5.
ステップ2.DCM(35.1mL)中のベンジル5-((1,19-ジアミノ-10-((3-((3-アミノプロピル)アミノ)-3-オキソプロポキシ)メチル)-5,15-ジオキソ-8,12-ジオキサ-4,16-ジアザノナデカン-10-イル)アミノ)-5-オキソペンタノエート(3.86g、3.67mmol、1当量、3TFA)の溶液にDIEA(4.73g、36.63mmol、6.38mL、10当量)及び[[(Z)-(1-シアノ-2-エトキシ-2-オキソ-エチリデン)アミノ]オキシ-モルホリノ-メチレン]-ジメチルアンモニウム;ヘキサフルオロホスフェート(5.18g、12.09mmol、3.3当量)を加えた。この混合物を25℃で15時間撹拌した。反応混合物を減圧下で濃縮して溶媒を除去した。この粗製物をACN(15mL)によって溶解させて、次にそれを逆相カラムに投入した。粗生成物を逆相HPLC(水中0.75%TFA及びアセトニトリル)によって精製した。粗化合物ベンジル(E)-2-メチル-14,14-ビス((E)-2-メチル-3-モルホリノ-9-オキソ-12-オキサ-2,4,8-トリアザトリデカ-3-エン-13-イル)-3-モルホリノ-9,16-ジオキソ-12-オキサ-2,4,8,15-テトラアザイコサ-3-エン-20-オエート(4.14g、粗製)が黄色の油として得られた。H NMR(400MHz,メタノール-d)δ=7.43-7.24(m,5H),3.78(br s,13H),3.72-3.64(m,12H),3.50-3.36(m,13H),3.27(br d,J=8.6Hz,11H),3.11-2.97(m,18H),2.50-2.42(m,8H),2.26(t,J=7.4Hz,2H),1.93-1.78(m,8H).
ステップ3.THF(1mL)及びHO(0.2mL)中のベンジル(E)-2-メチル-14,14-ビス((E)-2-メチル-3-モルホリノ-9-オキソ-12-オキサ-2,4,8-トリアザトリデカ-3-エン-13-イル)-3-モルホリノ-9,16-ジオキソ-12-オキサ-2,4,8,15-テトラアザイコサ-3-エン-20-オエート(2g、1.77mmol、1当量)の溶液にLiOH.HO(519.71mg、12.38mmol、7当量)を加えた。この混合物を25℃で3時間撹拌した。反応混合物を減圧下で濃縮して溶媒を除去した。残渣を分取HPLC(Phenomenex luna C18 250×50mm×10um;移動相:[水(0.1%TFA)-ACN];B%:0%~20%、20分)によって精製した。化合物(E)-2-メチル-14,14-ビス((E)-2-メチル-3-モルホリノ-9-オキソ-12-オキサ-2,4,8-トリアザトリデカ-3-エン-13-イル)-3-モルホリノ-9,16-ジオキソ-12-オキサ-2,4,8,15-テトラアザイコサ-3-エン-20-オイック酸(1.2g、1.14mmol、64.65%収率、99.16%純度)が黄色のゴムとして得られた。H NMR(400MHz,DMSO-d6)δ=7.99(br s,3H),7.84(br s,3H),7.06(s,1H),3.67(br s,12H),3.59-3.49(m,12H),3.44-3.25(m,12H),3.11(br s,12H),3.02-2.81(m,17H),2.31(br t,J=6.1Hz,6H),2.23-2.04(m,4H),1.79-1.60(m,8H).LCMS:(M/2+H):521.0;LCMS純度:99.16%.
(S)-3-(ジメチルアミノ)-26-(3-(ジメチルアミノ)-14,14-ビス(3-(ジメチルアミノ)-2-メチル-9-オキソ-12-オキサ-2,4,8-トリアザトリデカ-3-エン-13-イル)-2-メチル-9,16-ジオキソ-12-オキサ-2,4,8,15-テトラアザイコサ-3-エン-20-アミド)-14,14-ビス(3-(ジメチルアミノ)-2-メチル-9-オキソ-12-オキサ-2,4,8-トリアザトリデカ-3-エン-13-イル)-2-メチル-9,16,20,27-テトラオキソ-12-オキサ-2,4,8,15,21,28-ヘキサアザテトラトリアコンタ-3-エン-34-オイック酸の合成

ステップ1.DMF(100mL)中の3-(ジメチルアミノ)-14,14-ビス(3-(ジメチルアミノ)-2-メチル-9-オキソ-12-オキサ-2,4,8-トリアザトリデカ-3-エン-13-イル)-2-メチル-9,16-ジオキソ-12-オキサ-2,4,8,15-テトラアザイコサ-3-エン-20-オイック酸(10g、10.94mmol、5当量)の溶液にDIPEA(2.83g、21.88mmol、3.81mL、10当量)、続いてベンジル(S)-6-(2,6-ジアミノヘキサンアミド)ヘキサノエート(924.07mg、2.19mmol、1当量、2HCl)を加え、次にこの混合物に0℃でDMF(10mL)中のHATU(1.91g、5.03mmol、2.3当量)を滴下して加えた。この反応混合物を25℃で12時間撹拌した。混合物を真空濃縮した。残渣を分取HPLC(TFA条件)によって精製した。カラム:Phenomenex luna C18 250×50mm×10um;移動相:[水(0.1%TFA)-ACN];B%CHCN:10%~35%、20分。ベンジル(S)-3-(ジメチルアミノ)-26-(3-(ジメチルアミノ)-14,14-ビス(3-(ジメチルアミノ)-2-メチル-9-オキソ-12-オキサ-2,4,8-トリアザトリデカ-3-エン-13-イル)-2-メチル-9,16-ジオキソ-12-オキサ-2,4,8,15-テトラアザイコサ-3-エン-20-アミド)-14,14-ビス(3-(ジメチルアミノ)-2-メチル-9-オキソ-12-オキサ-2,4,8-トリアザトリデカ-3-エン-13-イル)-2-メチル-9,16,20,27-テトラオキソ-12-オキサ-2,4,8,15,21,28-ヘキサアザテトラトリアコンタ-3-エン-34-オエート(3.7g、粗製)が黄色の油として得られた。H NMR(400MHz,クロロホルム-d)δ=8.01-7.77(m,10H),7.63(br t,J=4.9Hz,6H),7.40-7.29(m,5H),7.07(br d,J=16.5Hz,2H),5.08(s,2H),4.18-4.07(m,1H),3.63-3.46(m,24H),3.10(br dd,J=3.2,5.1Hz,25H),3.00-2.78(m,79H),2.39-2.23(m,18H),2.15-1.98(m,20H),1.72-1.13(m,31H).LCMS:M/4+H=536.5.
ステップ2.THF(40mL)及びHO(8mL)中の化合物ベンジル(S)-3-(ジメチルアミノ)-26-(3-(ジメチルアミノ)-14,14-ビス(3-(ジメチルアミノ)-2-メチル-9-オキソ-12-オキサ-2,4,8-トリアザトリデカ-3-エン-13-イル)-2-メチル-9,16-ジオキソ-12-オキサ-2,4,8,15-テトラアザイコサ-3-エン-20-アミド)-14,14-ビス(3-(ジメチルアミノ)-2-メチル-9-オキソ-12-オキサ-2,4,8-トリアザトリデカ-3-エン-13-イル)-2-メチル-9,16,20,27-テトラオキソ-12-オキサ-2,4,8,15,21,28-ヘキサアザテトラトリアコンタ-3-エン-34-オエート(4.4g、2.05mmol、1当量)の溶液にLiOH.HO(603.45mg、14.38mmol、7当量)を加えた。この混合物を25℃で2時間撹拌した。混合物を真空濃縮した。残渣を分取HPLC(TFA条件)によって精製した。カラム:Phenomenex luna C18 250×50mm×10um;移動相:[水(0.1%TFA)-ACN];B%:2%~30%、20分。化合物(S)-3-(ジメチルアミノ)-26-(3-(ジメチルアミノ)-14,14-ビス(3-(ジメチルアミノ)-2-メチル-9-オキソ-12-オキサ-2,4,8-トリアザトリデカ-3-エン-13-イル)-2-メチル-9,16-ジオキソ-12-オキサ-2,4,8,15-テトラアザイコサ-3-エン-20-アミド)-14,14-ビス(3-(ジメチルアミノ)-2-メチル-9-オキソ-12-オキサ-2,4,8-トリアザトリデカ-3-エン-13-イル)-2-メチル-9,16,20,27-テトラオキソ-12-オキサ-2,4,8,15,21,28-ヘキサアザテトラトリアコンタ-3-エン-34-オイック酸(1.4g、678.84umol、33.04%収率、99.483%純度)が黄色の油として得られた。H NMR(400MHz,DMSO-d6)δ=8.00(br t,J=5.5Hz,6H),7.91(br t,J=5.6Hz,1H),7.87-7.79(m,2H),7.67(br t,J=4.8Hz,5H),7.15-7.01(m,2H),4.17-4.10(m,1H),3.70-3.43(m,24H),3.16-3.06(m,24H),3.05-2.75(m,76H),2.30(br t,J=6.4Hz,12H),2.18(t,J=7.4Hz,2H),2.15-1.98(m,8H),1.66(quin,J=6.6Hz,17H),1.48(quin,J=7.4Hz,3H),1.41-1.31(m,4H),1.28-1.17(m,4H).13C NMR(101MHz,DMSO-d6)δ=174.85,172.67,172.61,172.40,172.19,170.87,161.50,158.77(q,J=35.2Hz,1C),118.06,115.15,68.72,67.84,60.03,53.08,42.36,38.87,38.78,36.40,35.95,35.88,35.81,35.25,34.91,34.08,29.85,29.40,29.19,26.34,24.63,23.47,22.14.LCMS:M/3+H=684.7,純度:99.48%.
(S)-6-(4-(4-(N-((2-アミノ-4-オキソ-3,4-ジヒドロプテリジン-6-イル)メチル)-2,2,2-トリフルオロアセトアミド)ベンズアミド)-5-メトキシ-5-オキソペンタンアミド)ヘキサン酸の合成

ステップ1.THF(150mL)中の(S)-4-(((ベンジルオキシ)カルボニル)アミノ)-5-メトキシ-5-オキソペンタン酸(14g、47.41mmol、1当量)の溶液にTEA(14.39g、142.23mmol、19.80mL、3当量)、続いてtert-ブチル6-アミノヘキサノエート6-アミノヘキサノエート(11.54g、61.63mmol、1.3当量)を0~5℃で加え、0.5時間撹拌した。この混合物に0~5℃でT3P(60.34g、94.82mmol、56.39mL、50%純度、2当量)を加え、20~25℃で12時間撹拌した。TLC(石油エーテル/酢酸エチル=1:1、R=0.35)により、出発材料が完全に消費されたことが示された。混合物を減圧下で濃縮して溶媒を除去し、次に酢酸エチル(100mL)で再溶解させた。有機相を飽和NaHCO水溶液(50mL×3)によって洗浄し、無水NaSOで乾燥させた。粗生成物をMPLC(SiO、石油エーテル/酢酸エチル=1:1)によって精製すると、tert-ブチル(S)-6-(4-(((ベンジルオキシ)カルボニル)アミノ)-5-メトキシ-5-オキソペンタンアミド)ヘキサノエート(19.7g、粗製)が黄色の油として得られた。
ステップ2.THF(300mL)中のtert-ブチル(S)-6-(4-(((ベンジルオキシ)カルボニル)アミノ)-5-メトキシ-5-オキソペンタンアミド)ヘキサノエート(15g、32.29mmol、1当量)及びPd/C(10g、10%純度)の混合物を真空排気し、H(15Psi)で3回バックフィルし、次に20~25℃で6時間撹拌した。TLC(石油エーテル/酢酸エチル=1:1、R=0)により、出発材料が完全に消費されたことが示された。この混合物をろ過し、減圧下で濃縮してほとんどの溶媒を除去した。粗生成物はいかなる精製もなしに次のステップに使用した。tert-ブチル(S)-6-(4-アミノ-5-メトキシ-5-オキソペンタンアミド)ヘキサノエート(10.67g、31.42mmol、97.31%収率、97.303%純度)が無色の液体(溶媒中)として得られた。LCMS:M+H=331.2、純度:97.70%.
ステップ3.DMSO(20mL)中の4-(N-((2-アミノ-4-オキソ-3,4-ジヒドロプテリジン-6-イル)-メチル)-2,2,2-トリフルオロアセトアミド)安息香酸(8.28g、25.06mmol、1.1当量)及びDIPEA(8.83g、68.33mmol、11.90mL、3当量)の混合物に、20~25℃でHATU(8.66g、22.78mmol、1当量)及びtert-ブチル(S)-6-(4-アミノ-5-メトキシ-5-オキソペンタンアミド)ヘキサノエートを加え、12時間撹拌した。この混合物をHO(20mL)で希釈し、酢酸エチル(20mL×3)で抽出した。有機相を減圧下で濃縮して溶媒を除去した。この粗生成物をMPLC(SiO、メタノール/酢酸エチル=2:5)によって精製すると、tert-ブチル(S)-6-(4-(4-(N-((2-アミノ-4-オキソ-3,4-ジヒドロプテリジン-6-イル)メチル)-2,2,2-トリフルオロアセトアミド)ベンズアミド)-5-メトキシ-5-オキソペンタンアミド)ヘキサノエート(26.2g、粗製)が褐色のゴムとして得られた。LCMS:M+H=721.2.
ステップ4.DCM(100mL)中のtert-ブチル(S)-6-(4-(4-(N-((2-アミノ-4-オキソ-3,4-ジヒドロプテリジン-6-イル)メチル)-2,2,2-トリフルオロアセトアミド)ベンズアミド)-5-メトキシ-5-オキソペンタンアミド)ヘキサノエート(13.1g、11.39mmol、1当量)の溶液に0~5℃でTFA(7.79g、68.35mmol、5.06mL、6当量)を加え、この混合物を35~40℃で12時間撹拌した。混合物を減圧下で濃縮して溶媒を除去した。この粗生成物をHPLCによって検出し、分取HPLC(カラム:Phenomenex luna C18 250×50mm×10um;移動相:[水(0.05%HCl)-ACN];B%:15%~35%、20分)によって精製すると、(S)-6-(4-(4-(N-((2-アミノ-4-オキソ-3,4-ジヒドロプテリジン-6-イル)メチル)-2,2,2-トリフルオロアセトアミド)ベンズアミド)-5-メトキシ-5-オキソペンタンアミド)ヘキサン酸(1.51g、1.88mmol、32.96%収率、82.627%純度)が得られた。H NMR(400MHz,DMSO-d)δ=8.92(br d,J=7.1Hz,1H),8.74(s,1H),7.93(br d,J=8.4Hz,3H),7.83(br t,J=5.5Hz,1H),7.66(br d,J=8.3Hz,2H),5.18(s,2H),5.06-4.52(m,3H),4.45-4.32(m,1H),3.63(s,2H),3.00(q,J=6.2Hz,2H),2.25-2.13(m,4H),2.12-2.03(m,1H),1.99-1.87(m,1H),1.46(quin,J=7.5Hz,2H),1.35(td,J=7.4,14.9Hz,2H),1.27-1.15(m,2H).13C NMR(101MHz,DMSO-d)δ=174.91,172.83,171.50,166.02,159.47,153.27,149.15,142.22,134.71,129.15,128.99,128.64,54.27,52.97,52.38,38.79,34.05,32.16,29.29,26.76,26.40,24.66.LCMS:M+H=665.2.
実施例5.N6-ステアロイル-N2-(4-スルファモイルベンゾイル)-L-リジンの合成

ステップ1.DCM(210mL)中のステアリン酸(8.00g、28.12mmol)の溶液に15℃で1-ヒドロキシピロリジン-2,5-ジオン(3.24g、28.12mmol)、続いてEDCI(5.39g、28.12mmol)を加えた。この混合物を15℃で21時間撹拌した。TLCにより、ステアリン酸の一部が残っていることが示された。更に1-ヒドロキシピロリジン-2,5-ジオン(0.32g)及びEDCI(1.07g)を加えた。撹拌を15℃で8時間継続した。TLCにより、反応が完了したことが示された。溶媒を減圧下で蒸発させた。残渣をDCM(300mL)に溶解させて、溶液を水(200mL)で洗浄した;次に水相をDCM(2×100mL)で逆抽出した。合わせた有機相を乾燥させて(MgSO)、溶媒を減圧下で蒸発させると、2,5-ジオキソピロリジン-1-イルステアレートが白色の固体として生じた。更なる精製なし。粗生成物2,5-ジオキソピロリジン-1-イルステアレート(10.70g、粗製)を次のステップに更なる精製なしに使用した。TLC(石油エーテル:酢酸エチル=1:1)R=0.79.
ステップ2.DMF(20mL)中の(tert-ブトキシカルボニル)-L-リジン(4.49g、18.24mmol)及び2,5-ジオキソピロリジン-1-イルステアレート(5.80g、15.20mmol)の溶液にDIPEA(5.89g、45.60mmol、7.96mL)を加えた。この混合物を20℃で20時間撹拌した。TLC及びLCMSにより、反応が完了したことが示された。得られた混合物を濃縮して減圧下で乾燥させた。残渣を9g粗化合物と合わせて、水(200mL)及びEtOAc(300mL)及びDCM(80mL)の間で分配した。分離した水層をEtOAc(300mL×3)で抽出した。合わせた有機層を水(100mL×2)で洗浄し、無水MgSOで乾燥させて、ろ過し、濃縮すると、生成物が白色の固体(14.5g)として得られた。粗生成物化合物N-(tert-ブトキシカルボニル)-N-ステアロイル-L-リジン(7.70g、粗製)を次のステップに更なる精製なしに使用した。H NMR(400MHz,クロロホルム-d)δ=11.29(br s,1H),7.97(s,1H),5.88(br s,1H),5.24(br d,J=7.3Hz,1H),4.21(br d,J=5.1Hz,1H),3.17(q,J=6.5Hz,2H),2.11(t,J=7.6Hz,2H),1.79(br s,1H),1.64(dt,J=7.9,14.0Hz,1H),1.58-1.42(m,4H),1.41-1.28(m,11H),1.18(br s,29H),0.81(t,J=6.7Hz,3H);LCMS:(M+Na):535.3;TLC(石油エーテル:酢酸エチル=1:1)R=0.01.
ステップ3.DCM(120mL)中のN-(tert-ブトキシカルボニル)-N-ステアロイル-L-リジン(12.50g、24.38mmol)の溶液にTFA(46.20g、405.20mmol、30mL)を加えた。この混合物を15℃で4.5時間撹拌した。LCMSにより、反応がほぼ完了したことが示された。得られた混合物を、ウォーターポンプを備えたロータリーエバポレーターで減圧濃縮して、灰色の粗固体を生じさせた。粗生成物化合物N-ステアロイル-L-リジン(12.80g、粗製、TFA塩)を次のステップに更なる精製なしに使用した。H NMR(400MHz,DMSO-d)δ=8.19(br s,3H),7.77-7.65(m,1H),3.88(br d,J=4.9Hz,1H),3.02(br d,J=5.5Hz,2H),2.03(br t,J=7.3Hz,2H),1.75(br s,2H),1.56-1.34(m,6H),1.24(s,28H),0.86(br t,J=6.4Hz,3H);LCMS:(M+H):413.3.
ステップ4.DMF(150mL)中の化合物N-ステアロイル-L-リジン(5.00g、9.49mmol、TFA塩)の溶液に化合物2,5-ジオキソピロリジン-1-イル4-スルファモイルベンゾエート(3.98g、13.34mmol)、続いてDIPEA(9.40g、72.73mmol、12.70mL)を加えた。この混合物を80℃で18時間撹拌した。LCMSにより、反応が完了したことが示された。得られた混合物を20mLの残渣混合物が残るまで減圧下で濃縮した。この残渣にDCM(80mL)及び石油エーテル(50mL)を加えた。15℃で36時間静置した後、沈降した固体をろ過し、乾燥させると、生成物が淡黄色の固体(1.9g)として生じた。ろ液を濃縮して乾燥させて、ACN(100mL)と粉砕し、ろ過し、ろ過ケーキを乾燥させると、粗製物(2.4g)が生じた。ろ液を濃縮すると、油まみれの粗製物が生じた。更なる精製なし。N-ステアロイル-N2-(4-スルファモイルベンゾイル)-L-リジン(1.90g、33.60%収率)が淡黄色の固体として得られた。H NMR(400MHz,DMSO-d)δ 13.19-11.82(m,1H),8.74(br d,J=5.7Hz,1H),8.04(br d,J=6.6Hz,2H),7.91(br d,J=7.1Hz,2H),7.74(br s,1H),7.49(br s,2H),4.35(br s,1H),3.02(br s,2H),2.02(br s,2H),1.80(br s,2H),1.23(br s,31H),0.86(br s,3H);13C NMR(101MHz,DMSO-d)δ 174.06,172.39,165.94,146.85,137.28,128.54,125.99,53.24,38.55,35.88,31.76,30.69,29.50,29.41,29.24,29.18,25.78,23.72,22.55,14.39;LCMS:(M+H):596.4,純度:89.89%.
実施例6.18-オキソ-18-((4-スルファモイルフェネチル)アミノ)オクタデカン酸の合成

DCM(50mL)中のオクタデカン二酸(4.90g、15.58mmol)及び4-(2-アミノエチル)ベンゼンスルホンアミド(3.12g、15.58mmol)の溶液にHATU(7.11g、18.70mmol)及びDIPEA(6.04g、46.74mmol、8.16mL)を加えた。この混合物を10℃で16時間撹拌した。得られた混合物を減圧下で濃縮して残渣を生じさせた。この残渣をCHCN(100mL×2)によって洗浄して、粗生成物(11g)を白色の固体として生じさせた。1gの粗製物をDMSO/DMF(V/V=3:1、20mL)に溶解させて、分取HPLC(カラム:Phenomenex luna C18 250×50mm×10um;移動相:[水(0.1%TFA)-ACN];B%:45%~75%、20分)により精製して、40mgの生成物を白色の固体として生じさせた。10gの粗製物をCHCN/HO(V/V=4:1、100mL)と加え合わせ、超音波機器に30分間置いておき、次にろ過してろ過ケーキを生じさせ、ろ過ケーキを石油エーテル(20mL)及びアセトン(20mL)によって洗浄した。ろ過ケーキを減圧下で濃縮して、6gの生成物を黄色の固体として生じさせた。化合物18-オキソ-18-((4-スルファモイルフェネチル)アミノ)オクタデカン酸(6.00g、77.53%収率)が黄色の固体として得られた。H NMR(400MHz,DMSO-d)δ=7.86(br t,J=5.3Hz,1H),7.71(d,J=8.2Hz,2H),7.35(d,J=7.9Hz,2H),7.27(s,2H),3.26(q,J=6.6Hz,3H),2.75(br t,J=7.2Hz,2H),2.15(t,J=7.3Hz,1H),2.00(br t,J=7.3Hz,2H),1.44(br d,J=6.6Hz,4H),1.21(s,23H),1.06(d,J=6.6Hz,3H).LCMS:(M+H):497.3,純度 67.72%.
実施例7.1,7,14-トリオキソ-12,12-ビス((3-オキソ-3-((3-(4-スルファモイルベンズアミド)プロピル)アミノ)プロポキシ)メチル)-1-(4-スルファモイルフェニル)-10-オキサ-2,6,13-トリアザオクタデカン-18-オイック酸の合成

ステップ1.THF(40mL)中のジ-tert-ブチル3,3’-((2-アミノ-2-((3-(tert-ブトキシ)-3-オキソプロポキシ)メチル)プロパン-1,3-ジイル)ビス(オキシ))ジプロパノエート(4.0g、7.91mmol)及びジヒドロ-2H-ピラン-2,6(3H)-ジオン(0.903g、7.91mmol)の溶液を50℃で3時間及び室温で3時間撹拌した。LC-MSにより、所望の生成物が示された。溶媒を蒸発させて5-((9-((3-(tert-ブトキシ)-3-オキソプロポキシ)メチル)-2,2,16,16-テトラメチル-4,14-ジオキソ-3,7,11,15-テトラオキサヘプタデカン-9-イル)アミノ)-5-オキソペンタン酸を生じさせ、これを次のステップに精製なしに直接使用した。
ステップ2.DMF中の5-((9-((3-(tert-ブトキシ)-3-オキソプロポキシ)メチル)-2,2,16,16-テトラメチル-4,14-ジオキソ-3,7,11,15-テトラオキサヘプタデカン-9-イル)アミノ)-5-オキソペンタン酸(4.90g、7.91mmol)及び(ブロモメチル)ベンゼン(1.623g、9.49mmol)の溶液に無水KCO(3.27g、23.73mmol)を加えた。この混合物を40℃で4時間及び室温で一晩撹拌した。溶媒を減圧下で蒸発させた。この反応混合物をEtOAcで希釈し、水で洗浄し、無水硫酸ナトリウムで乾燥させて、減圧下で濃縮して残渣を生じさせ、これをISCOによってヘキサン中10%EtOAc~ヘキサン中50%EtOAcで溶出して精製することにより、ジ-tert-ブチル3,3’-((2-(5-(ベンジルオキシ)-5-オキソペンタンアミド)-2-((3-(tert-ブトキシ)-3-オキソプロポキシ)メチル)プロパン-1,3-ジイル)ビス(オキシ))ジプロパノエート(5.43g、7.65mmol、97%収率)を無色の油として生じさせた。H NMR(400MHz,クロロホルム-d)δ 7.41-7.28(m,5H),6.10(s,1H),5.12(s,2H),3.72-3.60(m,12H),2.50-2.38(m,8H),2.22(t,J=7.3Hz,2H),1.95(p,J=7.4Hz,2H),1.45(s,27H);MS(ESI),710.5(M+H)
ステップ3.ギ酸(50mL)中のジ-tert-ブチル3,3’-((2-(5-(ベンジルオキシ)-5-オキソペンタンアミド)-2-((3-(tert-ブトキシ)-3-オキソプロポキシ)メチル)プロパン-1,3-ジイル)ビス(オキシ))ジプロパノエート(5.43g、7.65mmol)の溶液を室温で48時間撹拌した。LC-MSにより、反応が完了していないことが示された。溶媒を減圧下で蒸発させた。粗生成物をギ酸(50mL)に再溶解させて、室温で6時間撹拌した。LC-MSにより、反応が完了したことが示された。溶媒を減圧下で蒸発させ、減圧下でトルエン(3×)と共蒸発させ、真空下で乾燥させることにより、3,3’-((2-(5-(ベンジルオキシ)-5-オキソペンタンアミド)-2-((2-カルボキシエトキシ)メチル)プロパン-1,3-ジイル)ビス(オキシ))ジプロパン酸(4.22g、7.79mmol、100%収率)を白色の固体として生じさせた。H NMR(500MHz,DMSO-d)δ 12.11(s,3H),7.41-7.27(m,5H),6.97(s,1H),5.07(s,2H),3.55(d,J=6.4Hz,6H),2.40(t,J=6.3Hz,6H),2.37-2.26(m,2H),2.08(t,J=7.3Hz,2H),1.70(p,J=7.4Hz,2H);MS(ESI),542.3(M+H)
ステップ4.0℃でDCM(60mL)及びDMF(15mL)中の3,3’-((2-(5-(ベンジルオキシ)-5-オキソペンタンアミド)-2-((2-カルボキシエトキシ)メチル)プロパン-1,3-ジイル)ビス(オキシ))ジプロパン酸(4.10g、7.57mmol)及びHOBt(4.60g、34.1mmol)の溶液をtert-ブチル(3-アミノプロピル)カルバメート(5.94g、34.1mmol)、EDACHCl塩(6.53g、34.1mmol)及びDIPEA(10.55ml、60.6mmol)と加え合わせた。この反応混合物を0℃で15分間及び室温で20時間撹拌した。LC-MSにより、反応が完了していないことが示された。EDAC HCl塩(2.0g)及びtert-ブチル(3-アミノプロピル)カルバメート(1.0g)をこの反応混合物に加えた。反応混合物を室温で4時間撹拌した。溶媒を蒸発させて残渣を生じさせ、これをEtOAc(300mL)に溶解させて、水(1×)、飽和重炭酸ナトリウム(2×)、10%クエン酸(2×)及び水で洗浄し、硫酸ナトリウムで乾燥させて、濃縮して残渣を生じさせ、これをISCO(80g goldカートリッジ)によってDCM~DCM中30%MeOHで溶出して精製することにより、ベンジル15,15-ビス(13,13-ジメチル-5,11-ジオキソ-2,12-ジオキサ-6,10-ジアザテトラデシル)-2,2-ジメチル-4,10,17-トリオキソ-3,13-ジオキサ-5,9,16-トリアザヘンイコサン-21-オエート5(6.99g、6.92mmol、91%収率)を白色の固体として生じさせた。H NMR(500MHz,クロロホルム-d)δ 7.35(t,J=4.7Hz,5H),6.89(s,3H),6.44(s,1H),5.22(d,J=6.6Hz,3H),5.12(s,2H),3.71-3.62(m,12H),3.29(q,J=6.2Hz,6H),3.14(q,J=6.5Hz,6H),2.43(dt,J=27.0,6.7Hz,8H),2.24(t,J=7.2Hz,2H),1.96(p,J=7.5Hz,2H),1.69-1.59(m,6H),1.43(d,J=5.8Hz,27H);MS(ESI):1011.5(M+H)+.
ステップ5.DCM(40mL)中のベンジル15,15-ビス(13,13-ジメチル-5,11-ジオキソ-2,12-ジオキサ-6,10-ジアザテトラデシル)-2,2-ジメチル-4,10,17-トリオキソ-3,13-ジオキサ-5,9,16-トリアザヘンイコサン-21-オエート(1.84g、1.821mmol)の溶液を2,2,2-トリフルオロ酢酸(7.02ml、91mmol)と加え合わせた。この反応混合物を室温で一晩撹拌した。溶媒を蒸発させて、ベンジル5-((1,19-ジアミノ-10-((3-((3-アミノプロピル)アミノ)-3-オキソプロポキシ)メチル)-5,15-ジオキソ-8,12-ジオキサ-4,16-ジアザノナデカン-10-イル)アミノ)-5-オキソペンタノエートを無色の油として生じさせた。MS(ESI),710.6(M+H)
ステップ6.DCM(40mL)中の4-スルファモイル安息香酸(1.466g、7.28mmol)及びHATU(2.77g、7.28mmol)、続いてDMF(4.0mL)中のベンジル5-((1,19-ジアミノ-10-((3-((3-アミノプロピル)アミノ)-3-オキソプロポキシ)メチル)-5,15-ジオキソ-8,12-ジオキサ-4,16-ジアザノナデカン-10-イル)アミノ)-5-オキソペンタノエート(1.293g、1.821mmol)の溶液に。この混合物を室温で5時間撹拌した。溶媒を減圧下で蒸発させて残渣を生じさせ、これをISCO(40g goldカラム)によってDCM~DCM中50%MeOHで溶出して精製することにより、ベンジル1,7,14-トリオキソ-12,12-ビス((3-オキソ-3-((3-(4-スルファモイルベンズアミド)プロピル)アミノ)-プロポキシ)メチル)-1-(4-スルファモイルフェニル)-10-オキサ-2,6,13-トリアザオクタデカン-18-オエート(0.36g、0.286mmol、16%収率)を生じさせた。H NMR(400MHz,DMSO-d)δ 8.60(t,J=5.6Hz,3H),7.96-7.81(m,15H),7.44(s,6H),7.35-7.23(m,5H),7.04(s,1H),5.02(s,2H),3.50(t,J=6.9Hz,6H),3.48(s,6H),3.23(q,J=6.6Hz,6H),3.06(q,J=6.6Hz,6H),,2.29(t,J=7.4Hz,2H),2.24(t,J=6.5Hz,6H),2.06(t,J=7.4Hz,2H),1.69-1.57(m,8H).
ステップ7.Arでフラッシュした丸底フラスコに、10%Pd/C(80mg、0.286mmol)及びEtOAc(15mL)を加えた。メタノール(15mL)中のベンジル1,7,14-トリオキソ-12,12-ビス((3-オキソ-3-((3-(4-スルファモイルベンズアミド)プロピル)アミノ)プロポキシ)メチル)-1-(4-スルファモイルフェニル)-10-オキサ-2,6,13-トリアザオクタデカン-18-オエート(360mg)の溶液を加え、続いてジエチル(メチル)シラン(0.585g、5.72mmol)を滴下して加えた。この混合物を室温で3時間撹拌した。LC-MSにより、反応が完了したことが示され、EtOAcで希釈し、セライトでろ過し、EtOAc中20%MeOHで洗浄し、減圧下で濃縮することにより、1,7,14-トリオキソ-12,12-ビス((3-オキソ-3-((3-(4-スルファモイルベンズアミド)プロピル)-アミノ)プロポキシ)メチル)-1-(4-スルファモイルフェニル)-10-オキサ-2,6,13-トリアザオクタデカン-18-オイック酸(360mg、100%収率)を白色の固体として生じさせた。H NMR(400MHz,DMSO-d)δ 8.60(t,J=5.6Hz,3H),7.94-7.81(m,15H),7.44(s,6H),7.04(s,1H),3.50(t,J=6.9Hz,6H),3.48(s,6H),3.23(q,J=6.6Hz,6H),3.06(q,J=6.6Hz,6H),,2.24(t,J=6.4Hz,6H),2.14(t,J=7.5Hz,2H),2.05(t,J=7.4Hz,2H),1.66-1.57(m,8H);MS(ESI),1170.4(M+H)
実施例8.2,5-ジオキソピロリジン-1-イル4-オキソ-4-((4-スルファモイルフェネチル)アミノ)ブタノエートの合成

ステップ1.THF(200mL)中の4-(2-アミノエチル)ベンゼンスルホンアミド(20g、99.87mmol)、テトラヒドロフラン-2,5-ジオン(9.99g、99.87mmol)の溶液を60℃で16時間撹拌した。反応混合物をHCl(水溶液、1M、100mL)で希釈し、EtOAc(200mL×3)で抽出した。合わせた有機層をブライン(100mL×2)で洗浄し、NaSOで乾燥させて、ろ過し、減圧下で濃縮することにより、4-オキソ-4-((4-スルファモイルフェネチル)アミノ)ブタン酸(17g、55.60mmol、55.67%収率、98.228%純度)を白色の固体として生じさせた。H NMR(400MHz,DMSO-d)δ=7.94(t,J=5.7Hz,1H),7.72(d,J=7.9Hz,2H),7.37(d,J=8.3Hz,2H),3.30-3.20(m,2H),2.75(t,J=7.2Hz,2H),2.53-2.44(m,4H),2.44-2.35(m,3H),2.32-2.23(m,2H).LCMS:(M+H):301.1.
ステップ2.DMF(200mL)中の4-オキソ-4-((4-スルファモイルフェネチル)アミノ)ブタン酸(17g、56.60mmol)及びHOSu(10.42g、90.57mmol)の溶液に0℃~5℃でDCC(18.69g、90.57mmol、18.32mL)を加えた。この混合物を0~5℃で16時間撹拌した。LCMSにより、反応が完了していないことが示された。この混合物を15℃で16時間撹拌した。LCMSにより、反応が完了したことが示され、所望のMSの1つの主ピークが検出された。N,N’-ジシクロヘキシル尿素(DCU)の白色懸濁液をろ過して白色の固体を除去した。ろ液を油になるまで濃縮した。この粗生成物を熱2-プロパノール(60mL×3)で洗浄すると、オフホワイトの固体がもたらされた。この粗生成物をTHF(100mL)及び石油エーテル(50mL)と加え合わせ、30分間撹拌し、次にろ過することにより、2,5-ジオキソピロリジン-1-イル4-オキソ-4-((4-スルファモイルフェネチル)アミノ)ブタノエート(8g、16.58mmol、29.29%収率、82.36%純度)を白色の固体として生じさせた。H NMR(400MHz,DMSO-d)δ=8.12-7.96(m,1H),7.71(br d,J=7.9Hz,2H),7.37(br d,J=8.2Hz,2H),3.58(br t,J=6.7Hz,1H),3.30-3.21(m,2H),2.89-2.70(m,8H),2.58(s,1H),2.42(br t,J=6.7Hz,2H);LCMS:(M+H)):398.0,LCMS純度:82.36%.
実施例9.4-オキソ-4-((4-スルファモイルフェニル)アミノ)ブタン酸の合成

4-アミノベンゼンスルホンアミド(2.0g、11.61mmol)及びテトラヒドロフラン-2,5-ジオン(1.16g、11.61mmol)の固体試薬にTHF(30mL)を加えた。この反応混合物を60℃で4時間撹拌し、白色の固体を析出させた。反応混合物を室温に冷却し、ろ過して、白色の固体を生じさせた。この白色の固体を真空下で乾燥させることにより、4-オキソ-4-(4-スルファモイルアニリノ)ブタン酸(2.115g、67%収率)を生じさせた。H NMR(400MHz,DMSO-d)δ 10.31(s,1H),7.74(s,4H),7.23(s,2H),2.65-2.51(m,4H).
実施例10.3-(((4-ニトロフェノキシ)カルボニル)オキシ)プロピルステアレートの合成

ステップ1.CHCl(50mL)中のプロパン-1,3-ジオール(9.80g、128.75mmol、9.33mL)、ピリジン(2.61g、33.01mmol、2.66mL)の混合物を脱気し、Nで3回パージし、次に混合物に0℃でCHCl(50mL)中の塩化ステアロイル(10g、33.01mmol)を滴下し、N雰囲気下に20℃で20時間撹拌した。この混合物をEtOAc(50mL×2)で抽出し、合わせた有機層を1N HCl(50mL×2)、NaHCO水溶液(50mL×2)、HO(50mL)で洗浄し、NaSOで乾燥させて、ろ過し、減圧下で濃縮して残渣を生じさせた。この残渣をカラムクロマトグラフィー(SiO、酢酸エチル/石油エーテル=2%、12.5%)によって精製すると、3-ヒドロキシプロピルステアレート(9g)が白色のゴムとしてもたらされた。H NMR(400MHz,DMSO-d)δ=4.24(t,J=6.06Hz,2H),3.69(t,J=5.95Hz,2H),2.31(t,J=7.50Hz,2H),1.87(q,J=6.06Hz,2H),1.56-1.68(m,2H),1.22-1.31(m,24H),0.88(t,J=6.73Hz,3H);TLC(石油エーテル:酢酸エチル=3:1)R=0.54.
ステップ2.DCM(160mL)中の3-ヒドロキシプロピルステアレート(9g、26.27mmol)、TEA(3.99g、39.41mmol、5.49mL)の混合物にDCM(20mL)中のカルボノクロリド酸4-ニトロフェニル(6.35g、31.53mmol)の溶液を滴下し、次に脱気し、0℃でNにより3回パージし、次にこの混合物をN雰囲気下に20℃で16時間撹拌した。TLCにより、化合物が完全に消費され、多数の新規スポットが形成されたことが指示された。TLCによれば、この反応物はクリーンであった。反応混合物を減圧下で濃縮して溶媒を除去した。残渣をカラムクロマトグラフィー(SiO、酢酸エチル/石油エーテル=0%、5%)によって精製すると、3-(((4-ニトロフェノキシ)カルボニル)オキシ)プロピルステアレート(5.73g、11.29mmol、42.96%収率)がオフホワイトの固体としてもたらされた。H NMR(400MHz,クロロホルム-d)δ=8.29(d,J=9.21Hz,2H),7.39(d,J=9.21Hz,2H),4.39(t,J=6.36Hz,2H),4.24(t,J=6.14Hz,2H),2.32(t,J=7.45Hz,2H),2.11(t,J=6.36Hz,2H),1.57-1.68(m,2H),1.21-1.32(m,28H),0.88(t,J=6.80Hz,3H);13C NMR(101MHz,クロロホルム-d)δ=173.73,155.44,152.40,145.37,125.30,121.74,66.00,60.22,34.21,31.91,29.68,29.67,29.64,29.60,29.30,27.92,24.91,22.69,14.12;TLC(石油エーテル:酢酸エチル=3:1)R=0.72.
実施例11.(R)-3-(((4-ニトロフェノキシ)カルボニル)オキシ)プロパン-1,2-ジイルジドデカノエートの合成

室温でTHF(3.0ml)中のカルボノクロリド酸4-ニトロフェニル(69.51mg、0.34mmol)の溶液に(S)-3-ヒドロキシプロパン-1,2-ジイルジドデカノエート(1,2-ジラウリン)及びDIPEA(0.11ml、0.66mmol)を加えた。この反応混合物を室温で3時間撹拌した。溶媒を減圧下で蒸発させて、EtOAcで希釈し、水で洗浄し、硫酸ナトリウムで乾燥させて、濃縮することにより、所望の生成物(R)-3-(((4-ニトロフェノキシ)カルボニル)オキシ)プロパン-1,2-ジイルジドデカノエート(204mg、100%収率)を生じさせた。H NMR(400MHz,クロロホルム-d)δ 8.22(d,J=8.9Hz,2H),7.32(d,J=8.9Hz,2H),5.32-.528(m,1H),4.34-4.09(m,4H),2.31-2.23(m,4H),1.58-0.79(m,42H).
実施例12.4,10,17-トリオキソ-15,15-ビス((3-オキソ-3-((3-(4-(((2R,3R,4S,5R,6R)-3,4,5-トリス(ベンゾイルオキシ)-6-((ベンゾイルオキシ)メチル)テトラヒドロ-2H-ピラン-2-イル)オキシ)ブタンアミド)プロピル)アミノ)プロポキシ)メチル)-1-(((2R,3R,4S,5R,6R)-3,4,5-トリス(ベンゾイルオキシ)-6-((ベンゾイルオキシ)メチル)テトラヒドロ-2H-ピラン-2-イル)オキシ)-13-オキサ-5,9,16-トリアザヘンイコサン-21-オイック酸の合成

ステップ1:DCM(5mL)中のベンジル15,15-ビス(13,13-ジメチル-5,11-ジオキソ-2,12-ジオキサ-6,10-ジアザテトラデシル)-2,2-ジメチル-4,10,17-トリオキソ-3,13-ジオキサ-5,9,16-トリアザヘンイコサン-21-オエート(0.95g、0.940mmol)の溶液にTFA(5mL)を加えた。この反応混合物を室温で4時間撹拌した。LC-MSにより、反応が完了したことが示された。溶媒を減圧下で蒸発させて、ベンジル5-((1,19-ジアミノ-10-((3-((3-アミノプロピル)アミノ)-3-オキソプロポキシ)メチル)-5,15-ジオキソ-8,12-ジオキサ-4,16-ジアザノナデカン-10-イル)アミノ)-5-オキソペンタノエートを無色の油として生じさせた。次のステップに精製なしに直接使用する。
ステップ2:DCM(6mL)中のベンジル5-((1,19-ジアミノ-10-((3-((3-アミノプロピル)アミノ)-3-オキソプロポキシ)メチル)-5,15-ジオキソ-8,12-ジオキサ-4,16-ジアザノナデカン-10-イル)アミノ)-5-オキソペンタノエート(0.46mmol)の溶液にHOBt(62.16mg、0.46mmol)、HBTU(558.24mg、1.47mmol)、DIPEA(1.2mL、6.9mmol)と、アセトニトリル(5mL)中の4-(((2R,3R,4S,5R,6R)-3,4,5-トリス(ベンゾイルオキシ)-6-((ベンゾイルオキシ)メチル)テトラヒドロ-2H-ピラン-2-イル)オキシ)ブタン酸(1.10g、1.61mmol)の溶液とを加えた。この反応混合物を室温で3時間撹拌した。溶媒を減圧下で蒸発させて残渣を生じさせ、これをEtOAcで希釈し、水で洗浄し、無水硫酸ナトリウムで乾燥させて残渣を生じさせ、これをISCO(24g goldカラム)によってDCM~DCM中20%MeOHで溶出して精製することにより、4,10,17-トリオキソ-15,15-ビス((3-オキソ-3-((3-(4-(((2R,3R,4S,5R,6R)-3,4,5-トリス(ベンゾイルオキシ)-6-((ベンゾイルオキシ)メチル)テトラヒドロ-2H-ピラン-2-イル)オキシ)ブタンアミド)プロピル)アミノ)プロポキシ)メチル)-1-(((2R,3R,4S,5R,6R)-3,4,5-トリス(ベンゾイルオキシ)-6-((ベンゾイルオキシ)メチル)テトラヒドロ-2H-ピラン-2-イル)オキシ)-13-オキサ-5,9,16-トリアザヘンイコサン-21-アン酸ベンジルエステル(1.14g、91.7%)を生じさせた。MS(ESI),1353.6((M/2+H)
ステップ3.EtOAc(50mL)中の4,10,17-トリオキソ-15,15-ビス((3-オキソ-3-((3-(4-(((2R,3R,4S,5R,6R)-3,4,5-トリス(ベンゾイルオキシ)-6-((ベンゾイルオキシ)メチル)テトラヒドロ-2H-ピラン-2-イル)オキシ)ブタンアミド)プロピル)アミノ)プロポキシ)メチル)-1-(((2R,3R,4S,5R,6R)-3,4,5-トリス(ベンゾイルオキシ)-6-((ベンゾイルオキシ)メチル)テトラヒドロ-2H-ピラン-2-イル)オキシ)-13-オキサ-5,9,16-トリアザヘンイコサン-21-アン酸ベンジルエステル(1.09g、0.400mmol)の溶液に10%Pd-C(200mg)を加えた。この反応混合物を水素バルーン下に室温で4時間撹拌した。LC-MSにより、反応が完了していないことが示された。この反応混合物を更なる10%Pd-C(300mg)と加え合わせ、水素バルーン下に室温で24時間撹拌した。反応混合物をろ過し、EtOAc/MeOHで洗浄し、濃縮することにより、4,10,17-トリオキソ-15,15-ビス((3-オキソ-3-((3-(4-(((2R,3R,4S,5R,6R)-3,4,5-トリス(ベンゾイルオキシ)-6-((ベンゾイルオキシ)メチル)テトラヒドロ-2H-ピラン-2-イル)オキシ)ブタンアミド)プロピル)アミノ)プロポキシ)メチル)-1-(((2R,3R,4S,5R,6R)-3,4,5-トリス(ベンゾイルオキシ)-6-((ベンゾイルオキシ)メチル)テトラヒドロ-2H-ピラン-2-イル)オキシ)-13-オキサ-5,9,16-トリアザヘンイコサン-21-オイック酸(1.055g、100%)を生じさせた。MS(ESI),1308.1((M/2+H)
実施例13.5-(4-(4,6-ビス((3,9,13,20,26-ペンタオキソ-15,15-ビス((3-オキソ-3-((3-(4-(((2R,3R,4S,5R,6R)-3,4,5-トリス(ベンゾイルオキシ)-6-((ベンゾイルオキシ)メチル)テトラヒドロ-2H-ピラン-2-イル)オキシ)ブタンアミド)プロピル)アミノ)プロポキシ)メチル)-29-(((2R,3R,4S,5R,6R)-3,4,5-トリス(ベンゾイルオキシ)-6-((ベンゾイルオキシ)メチル)テトラヒドロ-2H-ピラン-2-イル)オキシ)-17-オキサ-4,8,14,21,25-ペンタアザノナコシル)アミノ)-1,3,5-トリアジン-2-イル)ピペラジン-1-イル)-5-オキソペンタン酸の合成

ステップ1~2.THF(30mL)中の固体試薬2,4,6-トリクロロ-1,3,5-トリアジン(0.500g、2.71mmol)に、tert-ブチル3-アミノプロパノエートHCl塩(0.985g、5.42mmol)及びDIPEA(2.36ml、13.56mmol)を加えた。この反応混合物を室温で5時間撹拌した。LC-MSにより、所望の生成物が示された;MS(ESI):402.4(M+H)。溶媒を減圧下で蒸発させて残渣を生じさせ、これを次のステップに直接使用した。アセトニトリル(50mL)中のジ-tert-ブチル3,3’-((6-クロロ-1,3,5-トリアジン-2,4-ジイル)ビス(アザンジイル))ジプロピオネート(1.052g、2.71mmol)の溶液にベンジル5-オキソ-5-(ピペラジン-1-イル)ペンタノエート(1.103g、3.80mmol)及びK2CO3(2.248g、16.27mmol)を加えた。この反応混合物を室温で一晩及び50℃で撹拌した。EtOAcで希釈し、ろ過し、減圧下で濃縮して残渣を生じさせ、これをISCO(40g gold)によってヘキサン中20%EtOAc~ヘキサン中50%EtOAcで溶出して精製することにより、ジ-tert-ブチル3,3’-((6-(4-(5-(ベンジルオキシ)-5-オキソペンタノイル)ピペラジン-1-イル)-1,3,5-トリアジン-2,4-ジイル)ビス(アザンジイル))ジプロピオネート(1.13g、64%)を白色の固体として生じさせた。H NMR(400MHz,クロロホルム-d)δ 7.43-7.30(m,5H),5.15(s,2H),3.75(brs,4H),3.63(brs,6H),3.43(brs,2H),2.51(q,J=7.0,6.5Hz,6H),2.42(t,J=7.4Hz,2H),2.09-1.96(m,2H),1.48(s,18H);MS(ESI):656.6(M+H)
ステップ3.ギ酸(20mL)中のジ-tert-ブチル3,3’-((6-(4-(5-(ベンジルオキシ)-5-オキソペンタノイル)ピペラジン-1-イル)-1,3,5-トリアジン-2,4-ジイル)ビス(アザンジイル))ジプロピオネート(1.10g、1.68mmol)の溶液を室温で一晩撹拌した。LC-MSにより、反応が完了しておらず、溶媒が蒸発したことが示された。この反応混合物にギ酸(20mL)を加え、反応混合物を室温で5時間撹拌した。LC-MSにより、反応が完了したことが示された。溶媒を濃縮し、トルエン(2×)と共蒸発させて、真空下で一晩乾燥させることにより、3,3’-((6-(4-(5-(ベンジルオキシ)-5-オキソペンタノイル)ピペラジン-1-イル)-1,3,5-トリアジン-2,4-ジイル)ビス(アザンジイル))ジプロピオン酸(0.91g、100%収率)を白色の固体として生じさせた。MS(ESI),544.2(M+H)
ステップ4.0℃でDCM(30mL)及びDMF(3mL)中の3,3’-((6-(4-(5-(ベンジルオキシ)-5-オキソペンタノイル)ピペラジン-1-イル)-1,3,5-トリアジン-2,4-ジイル)ビス(アザンジイル))ジプロピオン酸(0.91g、1.68mmol)及びHOBt(0.76g、4.36mmol)の溶液にtert-ブチル(3-アミノプロピル)カルバメート(0.840g、4.36mmol)、EDC HCl塩(0.836g、4.36mmol)及びDIPEA(1.460ml、8.39mmol)を加えた。この反応混合物を0℃で15分間及び室温で20時間撹拌した。溶媒を蒸発させて残渣を生じさせ、これをEtOAc(300mL)に溶解させて、水(1×)、飽和重炭酸ナトリウム(2×)、10%クエン酸(2×)及び水で洗浄し、硫酸ナトリウムで乾燥させ、濃縮して残渣を生じさせ、これをISCO(80g goldカートリッジ)によってDCM~DCM中30%MeOHで溶出して精製することにより、ベンジル5-(4-(4,6-ビス((3-((3-((tert-ブトキシカルボニル)アミノ)プロピル)アミノ)-3-オキソプロピル)アミノ)-1,3,5-トリアジン-2-イル)ピペラジン-1-イル)-5-オキソペンタノエート(1.11g、77%収率)を白色の固体として生じさせた。MS(ESI):857.5(M+H)
ステップ5.DCM(3mL)中のベンジル5-(4-(4,6-ビス((3-((3-((tert-ブトキシカルボニル)アミノ)プロピル)アミノ)-3-オキソプロピル)アミノ)-1,3,5-トリアジン-2-イル)ピペラジン-1-イル)-5-オキソペンタノエート(75.93mg、0.090mmol)の溶液にTFA(0.5mL)を加えた。この反応混合物を室温で3時間撹拌した。溶媒を減圧下で蒸発させた。次のステップに精製なしに直接使用する。MS(ESI):656.3(M+H)
ステップ6.DCM(10mL)中の4,10,17-トリオキソ-15,15-ビス((3-オキソ-3-((3-(4-(((2R,3R,4S,5R,6R)-3,4,5-トリス(ベンゾイルオキシ)-6-((ベンゾイルオキシ)メチル)テトラヒドロ-2H-ピラン-2-イル)オキシ)ブタンアミド)プロピル)アミノ)プロポキシ)メチル)-1-(((2R,3R,4S,5R,6R)-3,4,5-トリス(ベンゾイルオキシ)-6-((ベンゾイルオキシ)メチル)テトラヒドロ-2H-ピラン-2-イル)オキシ)-13-オキサ-5,9,16-トリアザヘンイコサン-21-オイック酸(580mg、0.222mmol)の溶液にHBTU(84.1mg、0.220mmol)、HOBt(11.99mg、0.09mmol)及びDIPEA(0.15ml、0.890mmol)を加えた。この反応混合物を室温で5分間撹拌し、反応混合物にアセトニトリル中のベンジル5-(4-(4,6-ビス((3-((3-アミノプロピル)アミノ)-3-オキソプロピル)アミノ)-1,3,5-トリアジン-2-イル)ピペラジン-1-イル)-5-オキソペンタノエートTFA塩(0.090mmol)の溶液を加えた。この反応混合物を室温で一晩撹拌した。溶媒を減圧下で蒸発させて残渣を生じさせ、これをISCO(24g gold)によってDCM~DCM中40%MeOHで溶出して精製することにより、5-(4-(4,6-ビス((3,9,13,20,26-ペンタオキソ-15,15-ビス((3-オキソ-3-((3-(4-(((2R,3R,4S,5R,6R)-3,4,5-トリス(ベンゾイルオキシ)-6-((ベンゾイルオキシ)メチル)テトラヒドロ-2H-ピラン-2-イル)オキシ)ブタンアミド)プロピル)アミノ)プロポキシ)メチル)-29-(((2R,3R,4S,5R,6R)-3,4,5-トリス(ベンゾイルオキシ)-6-((ベンゾイルオキシ)メチル)テトラヒドロ-2H-ピラン-2-イル)オキシ)-17-オキサ-4,8,14,21,25-ペンタアザノナコシル)アミノ)-1,3,5-トリアジン-2-イル)ピペラジン-1-イル)-5-オキソペンタン酸ベンジルエステル(300mg、57.8%)を生じさせた。MS(ESI),1950.6((M/3+H)
ステップ7.EtOAc(10ml)中の5-(4-(4,6-ビス((3,9,13,20,26-ペンタオキソ-15,15-ビス((3-オキソ-3-((3-(4-(((2R,3R,4S,5R,6R)-3,4,5-トリス(ベンゾイルオキシ)-6-((ベンゾイルオキシ)メチル)テトラヒドロ-2H-ピラン-2-イル)オキシ)ブタンアミド)プロピル)アミノ)プロポキシ)メチル)-29-(((2R,3R,4S,5R,6R)-3,4,5-トリス(ベンゾイルオキシ)-6-((ベンゾイルオキシ)メチル)テトラヒドロ-2H-ピラン-2-イル)オキシ)-17-オキサ-4,8,14,21,25-ペンタアザノナコシル)アミノ)-1,3,5-トリアジン-2-イル)ピペラジン-1-イル)-5-オキソペンタン酸ベンジルエステル(300mg、0.05mmol)の溶液に10%Pd-C(100mg)を加えた。この反応混合物を水素バルーン下に室温で一晩撹拌した。LC-MSにより、反応が完了していないことが示された。この反応混合物をMeOH(1mL)及びトリエチルシラン(2mL)と加え合わせた。反応混合物を室温で4時間撹拌した。LC-MSにより、所望の生成物が示された。反応混合物をろ過し、EtOAc/MeOHで洗浄し、減圧下で濃縮して残渣を生じさせ、これをISCO(50g C18カートリッジ)によって水中1%TFA~100%アセトニトリルで溶出して精製し、凍結乾燥することにより、5-(4-(4,6-ビス((3,9,13,20,26-ペンタオキソ-15,15-ビス((3-オキソ-3-((3-(4-(((2R,3R,4S,5R,6R)-3,4,5-トリス(ベンゾイルオキシ)-6-((ベンゾイルオキシ)メチル)テトラヒドロ-2H-ピラン-2-イル)オキシ)ブタンアミド)プロピル)アミノ)プロポキシ)メチル)-29-(((2R,3R,4S,5R,6R)-3,4,5-トリス(ベンゾイルオキシ)-6-((ベンゾイルオキシ)メチル)テトラヒドロ-2H-ピラン-2-イル)オキシ)-17-オキサ-4,8,14,21,25-ペンタアザノナコシル)アミノ)-1,3,5-トリアジン-2-イル)ピペラジン-1-イル)-5-オキソペンタン酸(120mg、40.6%収率)を白色の固体として生じさせた。MS(ESI),1920((M/3+H)
実施例14.5-(4-(4,6-ビス((3,9,13,20,26-ペンタオキソ-15,15-ビス((3-オキソ-3-((3-(5-(((2S,3S,4S,5R,6R)-3,4,5-トリアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロ-2H-ピラン-2-イル)オキシ)ペンタンアミド)プロピル)アミノ)プロポキシ)メチル)-30-(((2S,3S,4S,5R,6R)-3,4,5-トリアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロ-2H-ピラン-2-イル)オキシ)-17-オキサ-4,8,14,21,25-ペンタアザトリアコンチル)アミノ)-1,3,5-トリアジン-2-イル)ピペラジン-1-イル)-5-オキソペンタン酸の合成

ステップ1.DCM中の5-(((2S,3S,4S,5R,6R)-3,4,5-トリアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロ-2H-ピラン-2-イル)オキシ)ペンタン酸(2.43g、5.43mmol)の溶液にHBTU(2.06g、5.43mmol)、HOBt(183.36mg、1.36mmol)及びDIPEA(4.73ml、27.14mmol)を加えた。この反応混合物を室温で10分間撹拌し、アセトニトリル中のベンジル5-((1,19-ジアミノ-10-((3-((3-アミノプロピル)アミノ)-3-オキソプロポキシ)メチル)-5,15-ジオキソ-8,12-ジオキサ-4,16-ジアザノナデカン-10-イル)アミノ)-5-オキソペンタノエートTFA塩(1.36mmol)の溶液を加えた。反応混合物を室温で3時間撹拌した。溶媒を減圧下で濃縮して残渣を生じさせ、これをISCO(80g goldカートリッジ)によってDCM中5%MeOH~DCM中60%MeOHで溶出して精製することにより、5,12,18-トリオキソ-7,7-ビス((3-オキソ-3-((3-(5-(((2S,3S,4S,5R,6R)-3,4,5-トリアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロ-2H-ピラン-2-イル)オキシ)ペンタンアミド)プロピル)アミノ)プロポキシ)メチル)-22-(((2S,3S,4S,5R,6R)-3,4,5-トリアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロ-2H-ピラン-2-イル)オキシ)-9-オキサ-6,13,17-トリアザドコサン酸ベンジルエステル(2.22g、81.8%)を生じさせた。MS(ESI):1002(M/2+H)
ステップ2.EtOAc(30mL)及びMeOH(3mL)中の5,12,18-トリオキソ-7,7-ビス((3-オキソ-3-((3-(5-(((2S,3S,4S,5R,6R)-3,4,5-トリアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロ-2H-ピラン-2-イル)オキシ)ペンタンアミド)プロピル)アミノ)プロポキシ)メチル)-22-(((2S,3S,4S,5R,6R)-3,4,5-トリアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロ-2H-ピラン-2-イル)オキシ)-9-オキサ-6,13,17-トリアザドコサン酸ベンジルエステル(2.20g、1.1mmol)の溶液に10%Pd-C(300mg)及びトリエチルシラン(1.8mL、11.3mmol)をゆっくりと加えた。この反応混合物を室温で1時間撹拌した。反応混合物をセライトでろ過し、濃縮することにより、5,12,18-トリオキソ-7,7-ビス((3-オキソ-3-((3-(5-(((2S,3S,4S,5R,6R)-3,4,5-トリアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロ-2H-ピラン-2-イル)オキシ)ペンタンアミド)プロピル)アミノ)プロポキシ)メチル)-22-(((2S,3S,4S,5R,6R)-3,4,5-トリアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロ-2H-ピラン-2-イル)オキシ)-9-オキサ-6,13,17-トリアザドコサン酸を生じさせた。MS(ESI),1912(M+H)
ステップ3.DCM(30mL)中の5,12,18-トリオキソ-7,7-ビス((3-オキソ-3-((3-(5-(((2S,3S,4S,5R,6R)-3,4,5-トリアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロ-2H-ピラン-2-イル)オキシ)ペンタンアミド)プロピル)アミノ)プロポキシ)メチル)-22-(((2S,3S,4S,5R,6R)-3,4,5-トリアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロ-2H-ピラン-2-イル)オキシ)-9-オキサ-6,13,17-トリアザドコサン酸(1911mg、0.580mmol)の溶液にHBTU(266mg、0.700mmol)、HOBt(31.56mg、0.23mmol)及びDIPEA(0.81ml、4.67mmol)を加えた。この反応混合物を室温で10分撹拌し、反応混合物にアセトニトリル(5mL)中のベンジル5-(4-(4,6-ビス((3-((3-アミノプロピル)アミノ)-3-オキソプロピル)アミノ)-1,3,5-トリアジン-2-イル)ピペラジン-1-イル)-5-オキソペンタノエートTFA塩(0.23mmol)の溶液を加えた。この反応混合物を室温で3時間撹拌した。溶媒を減圧下で蒸発させて残渣を生じさせ、これをISCO(24g gold)によってDCM~DCM中50%MeOHで溶出して精製することにより、5-(4-(4,6-ビス((3,9,13,20,26-ペンタオキソ-15,15-ビス((3-オキソ-3-((3-(5-(((2S,3S,4S,5R,6R)-3,4,5-トリアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロ-2H-ピラン-2-イル)オキシ)ペンタンアミド)プロピル)アミノ)プロポキシ)メチル)-30-(((2S,3S,4S,5R,6R)-3,4,5-トリアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロ-2H-ピラン-2-イル)オキシ)-17-オキサ-4,8,14,21,25-ペンタアザトリアコンチル)アミノ)-1,3,5-トリアジン-2-イル)ピペラジン-1-イル)-5-オキソペンタン酸ベンジルエステル(430mg、41.4%)を生じさせた。MS(ESI),1482.1(M/3+H)
ステップ4.EtOAc(15mL)及びMeOH(2mL)中の5-(4-(4,6-ビス((3,9,13,20,26-ペンタオキソ-15,15-ビス((3-オキソ-3-((3-(5-(((2S,3S,4S,5R,6R)-3,4,5-トリアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロ-2H-ピラン-2-イル)オキシ)ペンタンアミド)プロピル)アミノ)プロポキシ)メチル)-30-(((2S,3S,4S,5R,6R)-3,4,5-トリアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロ-2H-ピラン-2-イル)オキシ)-17-オキサ-4,8,14,21,25-ペンタアザトリアコンチル)アミノ)-1,3,5-トリアジン-2-イル)ピペラジン-1-イル)-5-オキソペンタン酸ベンジルエステル(420mg、0.090mmol)の溶液に10%Pd-C(200mg)を加えた。この反応混合物を水素バルーン下に室温で一晩撹拌した。反応混合物をセライトでろ過し、EtOAc中50%MeOHで洗浄し、減圧下で濃縮することにより、5-(4-(4,6-ビス((3,9,13,20,26-ペンタオキソ-15,15-ビス((3-オキソ-3-((3-(5-(((2S,3S,4S,5R,6R)-3,4,5-トリアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロ-2H-ピラン-2-イル)オキシ)ペンタンアミド)プロピル)アミノ)プロポキシ)メチル)-30-(((2S,3S,4S,5R,6R)-3,4,5-トリアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロ-2H-ピラン-2-イル)オキシ)-17-オキサ-4,8,14,21,25-ペンタアザトリアコンチル)アミノ)-1,3,5-トリアジン-2-イル)ピペラジン-1-イル)-5-オキソペンタン酸を生じさせた。MS(ESI),1452.0(M/3+H)
実施例15.3-(((4-ニトロフェノキシ)カルボニル)オキシ)プロピル(4E,8E,12E,16E)-4,8,13,17,21-ペンタメチルドコサ-4,8,12,16,20-ペンタエノエートの合成

ステップ1.DCM(20mL)中のツルビナル酸(2.00g、4.992mmol)の溶液に1,3-プロパンジオール(1.8mL、24.96mmol)、EDC(1.91g、9.984mmol)及びDMAP(30.5mg)を加えた。反応混合物を室温で5時間撹拌した。LC-MSにより、反応が完了したことが示された。反応混合物を濃縮し、EtOAc(100mL)で希釈し、1N HC水溶液(20ml)、飽和NaHCO水溶液(20mL)、水(10mL)及びブライン(5mL)で連続的に洗浄し、硫酸ナトリウムで乾燥させて、ろ過し、濃縮して残渣を生じさせ、これをヘキサン中0~100%EtOAcをグラジエントとして使用したISCO(40g goldカートリッジ)によって精製することにより、3-ヒドロキシプロピル(4E,8E,12E,16E)-4,8,13,17,21-ペンタメチルドコサ-4,8,12,16,20-ペンタエノエート(1.129g、49%収率)を生じさせた。H NMR(400MHz,DMSO-d)δ 5.15-5.02(m,5H),4.46(t,J=5.1Hz,1H),4.06(t,J=6.6Hz,2H),3.45(td,J=6.3,5.1Hz,2H),2.40-2.31(m,2H),2.20(t,J=7.6Hz,2H),2.08-1.90(m,16H),1.70(p,J=6.4Hz,2H),1.64(d,J=1.5Hz,3H),1.56(m,15H);MS(ESI),481.3(M+Na)
ステップ2.0℃で無水DCM(12.5mL)中の3-ヒドロキシプロピル(4E,8E,12E,16E)-4,8,13,17,21-ペンタメチルドコサ-4,8,12,16,20-ペンタエノエート(1.12g、2.4416mmol)の溶液にTEA(0.68mL)及び無水DCM(5ml)中の4-ニトロフェニルクロロホルメート(738mg)の溶液をゆっくりと加えた。この反応混合物を0℃で40分及び室温で一晩撹拌した。反応混合物を濃縮して残渣を生じさせ、これをISCO(40 goldカートリッジ)によってヘキサン中0~50%EtOAcを用いて溶出して精製することにより、3-(((4-ニトロフェノキシ)カルボニル)オキシ)プロピル(4E,8E,12E,16E)-4,8,13,17,21-ペンタメチルドコサ-4,8,12,16,20-ペンタエノエート(1.06g、70%収率)を生じさせた。H NMR(400MHz,DMSO-d)δ 8.34-8.29(m,2H),7.58-7.51(m,2H),5.13-5.01(m,5H),4.32(t,J=6.3Hz,2H),4.13(t,J=6.3Hz,2H),2.44-2.34(m,2H),2.21(t,J=7.6Hz,2H),2.07-1.87(m,18H),1.63(d,J=1.5Hz,3H),1.55(m,15H).
実施例16.特定の化学的部分を含む特定の化学的部分及びオリゴヌクレオチドの調製
一部の実施形態において、本開示は、オリゴヌクレオチドに取り込むことのできる化学的部分を提供する。一部の実施形態において、化学的部分はターゲティング部分である。一部の実施形態において、化学的部分は炭水化物部分である。一部の実施形態において、化学的部分は脂質部分である。一部の実施形態において、化学的部分をオリゴヌクレオチドに取り込むことにより、1つ以上の特性、活性及び/又は送達を改良し得る。本例には、特定の化学的部分、その調製及びかかる部分を含むオリゴヌクレオチドについて記載する。当業者は、かかる化学的部分がまた、他の塩基配列、修飾等を有するオリゴヌクレオチドに取り込まれ得ることを理解する。
3-(ジメチルアミノ)-14,14-ビス(3-(ジメチルアミノ)-2-メチル-9-オキソ-12-オキサ-2,4,8-トリアザトリデカ-3-エン-13-イル)-2-メチル-9,16-ジオキソ-12-オキサ-2,4,8,15-テトラアザイコサ-3-エン-20-オイック酸の合成

ステップ1.DCM(100mL)中のベンジル15,15-ビス(13,13-ジメチル-5,11-ジオキソ-2,12-ジオキサ-6,10-ジアザテトラデシル)-2,2-ジメチル-4,10,17-トリオキソ-3,13-ジオキサ-5,9,16-トリアザヘンイコサン-21-オエート(9.0g、8.91mmo)の溶液に0℃でTFA(30.47g、267.27mmol、19.79mL)を加えた。この混合物を0~15℃で4時間撹拌した。混合物は2相を形成した。下相を分離し、減圧下で濃縮して粗製物を生じさせた。ベンジル5-((1,19-ジアミノ-10-((3-((3-アミノプロピル)アミノ)-3-オキソプロポキシ)メチル)-5,15-ジオキソ-8,12-ジオキサ-4,16-ジアザノナデカン-10-イル)アミノ)-5-オキソペンタノエートTFA塩(13g)が黄色の油として得られた。H NMR(400MHz,メタノール-d4)Shift=7.39-7.27(m,5H),5.12(s,2H),3.70-3.63(m,13H),3.32-3.30(m,2H),3.26(s,2H),2.94(t,J=7.3Hz,7H),2.49-2.38(m,9H),2.23(t,J=7.4Hz,2H),1.94-1.78(m,9H).LCMS:M+H=710.2.
ステップ2.DCM(200mL)中のベンジル5-((1,19-ジアミノ-10-((3-((3-アミノプロピル)アミノ)-3-オキソプロポキシ)メチル)-5,15-ジオキソ-8,12-ジオキサ-4,16-ジアザノナデカン-10-イル)アミノ)-5-オキソペンタノエートTFA塩(13g)の溶液にDIPEA(15.97g、123.58mmol、21.53mL)及びHATU(15.51g、40.78mmol)を加えた。この混合物を15℃で15時間撹拌した。LCMSにより、化合物2が消費され、所望のMSが検出されたことが示された。混合物を減圧下で濃縮して残渣を生じさせた。この残渣を分取HPLC(カラム:Agela innoval ods-2 250×80mm;移動相:[水(0.1%TFA)-ACN];B%:8%~38%、20分)によって精製することにより、化合物ベンジル3-(ジメチルアミノ)-14,14-ビス(3-(ジメチルアミノ)-2-メチル-9-オキソ-12-オキサ-2,4,8-トリアザトリデカ-3-エン-13-イル)-2-メチル-9,16-ジオキソ-12-オキサ-2,4,8,15-テトラアザイコサ-3-エン-20-オエート(6.5g、52.37%収率)を褐色の油として生じさせた。LCMS:M/2+H=503.1.
ステップ3.MeOH(30mL)及びHO(6mL)中の化合物ベンジル3-(ジメチルアミノ)-14,14-ビス(3-(ジメチルアミノ)-2-メチル-9-オキソ-12-オキサ-2,4,8-トリアザトリデカ-3-エン-13-イル)-2-メチル-9,16-ジオキソ-12-オキサ-2,4,8,15-テトラアザイコサ-3-エン-20-オエート(5.7g、5.68mmol)の溶液にLiOH.HO(1.67g、39.73mmol)を加えた。この混合物を15℃で2時間撹拌した。LCMSにより、化合物3が消費され、所望のMSが検出されたことが示された。この混合物を減圧下で濃縮して残渣を生じさせた。この残渣を分取HPLC(カラム:Phenomenex luna C18 250×50mm×10um;移動相:[水(0.1%TFA)-ACN];B%:0%~25%、20分)によって精製した。3-(ジメチルアミノ)-14,14-ビス(3-(ジメチルアミノ)-2-メチル-9-オキソ-12-オキサ-2,4,8-トリアザトリデカ-3-エン-13-イル)-2-メチル-9,16-ジオキソ-12-オキサ-2,4,8,15-テトラアザイコサ-3-エン-20-オイック酸(2.09g、2.25mmol、40%収率)が黄色のゴムとして得られた。HNMR(400MHz,DMSO-d6)Shift=8.07(br t,J=5.7Hz,3H),7.75(br t,J=5.0Hz,3H),7.08(s,1H),3.63-3.45(m,12H),3.09(q,J=6.1Hz,11H),2.88(br d,J=15.3Hz,36H),2.29(br t,J=6.4Hz,6H),2.18(t,J=7.5Hz,2H),2.12-2.06(m,2H),1.65(br t,J=6.6Hz,8H).13CNMR(101MHz,DMSO-d6)Shift=173.10,170.88,169.27,159.88,157.61,157.27,156.93,156.58,119.48,116.56,113.63,110.70,67.13,66.27,58.46,40.77,34.82,34.34,33.88,31.87,28.23,19.66,0.00.LCMS:M+H+=915.7,純度:98.265%.
5-(((2R,3R,4S,5R,6R)-3,4,5-トリアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロ-2H-ピラン-2-イル)オキシ)ペンタン酸の合成

ステップ1.フェニルメタノール(864.10g、7.99mol)、化合物1(100g、998.85mmol)及び陽イオン交換樹脂(1.92g、998.85mmol.)の混合物をNと共に75℃で4時間撹拌し、次にこの混合物をN雰囲気下に20℃で12時間撹拌した。TLCにより、化合物1が完全に消費され、2つの主ピークが検出されたことが示された。この反応混合物をろ過し、次に残渣をDCM(500mL)で洗浄した。反応混合物を減圧下で濃縮して残渣を生じさせた。この残渣をカラムクロマトグラフィー(SiO、石油エーテル/酢酸エチル=10/1~3:1)によって精製することにより、化合物2を無色の油として生じさせた(62g、29.81%収率)。HNMR(400MHz,クロロホルム-d):δ=7.41-7.27(m,5H),5.11(s,2H),3.62(t,J=6.4Hz,2H),2.39(t,J=7.3Hz,2H),1.77-1.70(m,2H),1.65-1.51(m,2H);TLC(石油エーテル/酢酸エチル=3:1)Rf=0.20.
ステップ2.DMF(2L)中の化合物3(350g、896.66mmol.)の溶液に酢酸ヒドラジン(99.10g、1.08mol)を加えた。この混合物を60℃で5時間撹拌した。TLCにより、出発材料が消費されたことが示された。この混合物を濃縮してほとんどの溶媒を移動させ、水(500mL)を加え、この混合物をEtOAc(500mL×3)で抽出した。合わせた有機分をNaSOで乾燥させて、ろ過し、濃縮することにより、化合物4を褐色の油として生じさせた(310g、粗製)。HNMR(400MHz,クロロホルム-d):δ=5.49(t,J=9.9Hz,1H),5.39(d,J=3.5Hz,1H),5.06-4.99(m,1H),4.84(dd,J=3.5,10.1Hz,1H),4.25-4.17(m,2H),4.13-4.02(m,2H),2.04-1.96(m,12H);TLC(石油エーテル/酢酸エチル=1:1),Rf=0.43.
ステップ3.DCM(1.5L)中の化合物4(310g、890.03mmol.)の溶液に0℃で2,2,2-トリクロロアセトニトリル(1.16kg、8.01mol)を加えた。この混合物を0℃でDCM(1L)中に溶解したDBU(271.00g、1.78mol)と滴下して加え合わせた。この混合物を20℃で1時間撹拌した。TLCにより、出発材料が消費されたことが示された。この混合物を濃縮して粗製物を生じさせた。この混合物をシリカゲルクロマトグラフィー(石油エーテル/酢酸エチル=20:1、10:1、5:1)によって精製することにより、化合物5を黄色の油として生じさせた(90g、20.52%収率)。HNMR(400MHz,CDCl):δ=8.70(s,1H),6.56(br d,J=3.1Hz,1H),5.57(t,J=9.8Hz,1H),5.24-5.08(m,2H),4.35-4.15(m,2H),2.11-1.99(m,12H);TLC(石油エーテル/酢酸エチル=1:1)Rf=0.31.
ステップ4.DCM(800mL)中の溶液化合物5(89.5g、181.66mmol)及び化合物2(75.66g、363.31mmol)に、4A MS(90g)を加え、混合物を-30℃で30分間撹拌した。この反応物にTMSOTf(40.37g、181.66mmol.)を加え、混合物を25℃で3時間撹拌した。LCMS及びTLCにより、出発材料が消費されたことが示され、及びLCMSにより、脱Ac MSが認められることが示された。飽和NaHCO(水溶液、100mL)を加え、混合物をDCM(150mL×3)で抽出した。合わせた有機分をNaSOで乾燥させて、ろ過し、濃縮して、粗製物を生じさせた。ベンジル化合物6と化合物6Aとの混合物(98g)が全体として黄色の油として得られ、この混合物を次のステップに直接使用した。TLC(石油エーテル/酢酸エチル=2:1)Rf=0.38.
ステップ5.混合物の化合物6及び化合物6A(98g粗製)をピリジン(150mL)に溶解させて、次にAcO(150mL)を加えた。この混合物を20℃で12時間撹拌した。TLCにより、出発材料が消費されたことが示された。この混合物を濃縮して粗製物を生じさせた。この混合物をMPLC(シリカ、石油エーテル/酢酸エチル=20:1、10:1、05:1)によって精製することにより、化合物6を黄色の油(41g、41.84%収率)として及び12g粗製物を生じさせた。HNMR(400MHz,CDCl):δ=7.39-7.31(m,5H),5.23-4.93(m,3H),4.48(d,J=7.9Hz,1H),4.37-4.22(m,1H),4.17-4.05(m,1H),3.92-3.81(m,1H),3.71-3.63(m,1H),3.48(td,J=6.3,9.8Hz,1H),2.44-2.32(m,2H),2.09-1.98(m,12H),1.75-1.53(m,4H);LCMS:(M+Na):561.0;SFC:de%:100%;TLC(石油エーテル/酢酸エチル=3:1)Rf=0.14.
ステップ6.EtOAc(200mL)中の化合物7(19.5g、36.21mmol)の溶液にN雰囲気下でPd/C(4g、17.64mmol、10%純度)を加えた。この懸濁液を脱気し、Hで3回パージした。この混合物をH(25Psi)下において20℃で2時間撹拌した。LCMS及びTLCにより、出発材料が消費されたことが示された。この混合物をろ過し、ケーキをMeOH(50mL×3)で洗浄し、合わせたろ液を濃縮して、粗製物を生じさせた。この混合物をシリカゲルクロマトグラフィー(石油エーテル/酢酸エチル=3:1、1:1、1:3)によって精製することにより、5-(((2R,3R,4S,5R,6R)-3,4,5-トリアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロ-2H-ピラン-2-イル)オキシ)ペンタン酸7を白色の固体として生じさせた(23.9g、51.72mmol、71.41%収率、97.03%LCMS純度)HNMR(400MHz,クロロホルム-d):δ=5.24-5.17(m,1H),5.12-4.96(m,2H),4.50(d,J=7.9Hz,1H),4.26(dd,J=4.7,12.3Hz,1H),4.20-4.02(m,1H),3.95-3.85(m,1H),3.75-3.64(m,1H),3.55-3.46(m,1H),2.42-2.32(m,2H),2.15-1.99(m,12H),1.76-1.57(m,4H);13CNMR(101MHz,クロロホルム-d):δ=178.85,170.71,170.30,169.40,169.35,100.71,72.81,71.74,71.25,69.37,68.42,61.94,33.36,28.59,21.09,20.70,20.56;LCMS:(M-H+):447.1、LCMS純度:97.03%;TLC(石油エーテル/酢酸エチル=1:1)Rf=0.03.
5,12,18-トリオキソ-7,7-ビス((3-オキソ-3-((3-(5-(((2R,3R,4S,5R,6R)-3,4,5-トリアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロ-2H-ピラン-2-イル)オキシ)ペンタンアミド)プロピル)アミノ)プロポキシ)メチル)-22-(((2R,3R,4S,5R,6R)-3,4,5-トリアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロ-2H-ピラン-2-イル)オキシ)-9-オキサ-6,13,17-トリアザドコサン酸の合成

ステップ1:DCM(20mL)中のベンジル15,15-ビス(13,13-ジメチル-5,11-ジオキソ-2,12-ジオキサ-6,10-ジアザテトラデシル)-2,2-ジメチル-4,10,17-トリオキソ-3,13-ジオキサ-5,9,16-トリアザヘンイコサン-21-オエート(2.15g、2.1282mmol)の溶液にTFA(5mL)を加えた。この反応混合物を室温で4時間撹拌した。LC-MSにより、反応が完了したことが示された。溶媒を減圧下で蒸発させることにより、ベンジル5-((1,19-ジアミノ-10-((3-((3-アミノプロピル)アミノ)-3-オキソプロポキシ)メチル)-5,15-ジオキソ-8,12-ジオキサ-4,16-ジアザノナデカン-10-イル)アミノ)-5-オキソペンタノエートを無色の油として生じさせた。次のステップに精製なしに直接使用する。
ステップ2:DMF(20mL)中の5-(((2R,3R,4S,5R,6R)-3,4,5-トリアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロ-2H-ピラン-2-イル)オキシ)ペンタン酸(3.817g、8.51mmol)の溶液に、DIPEA(5.66mL、31.92mmol)及びHATU(2.824g、7.45mmol)、続いてベンジル5-((1,19-ジアミノ-10-((3-((3-アミノプロピル)アミノ)-3-オキソプロポキシ)メチル)-5,15-ジオキソ-8,12-ジオキサ-4,16-ジアザノナデカン-10-イル)アミノ)-5-オキソペンタノエート(2.1282mmol)を加えた。この反応混合物を室温で3時間撹拌した。溶媒を減圧下で蒸発させて残渣を生じさせ、これをISCO(120g goldカラム)によってDCM~DCM中50%MeOHで溶出して精製することにより、5,12,18-トリオキソ-7,7-ビス((3-オキソ-3-((3-(5-(((2R,3R,4S,5R,6R)-3,4,5-トリアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロ-2H-ピラン-2-イル)オキシ)ペンタンアミド)プロピル)アミノ)プロポキシ)メチル)-22-(((2R,3R,4S,5R,6R)-3,4,5-トリアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロ-2H-ピラン-2-イル)オキシ)-9-オキサ-6,13,17-トリアザドコサン酸ベンジルエステル(5.08g、120%)を生じさせ、これは幾らかの不純物を含有した。MS(ESI),1001.4((M/2+H)
ステップ3.EtOAc(100mL)及びMeOH(10mL)中の5,12,18-トリオキソ-7,7-ビス((3-オキソ-3-((3-(5-(((2R,3R,4S,5R,6R)-3,4,5-トリアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロ-2H-ピラン-2-イル)オキシ)ペンタンアミド)プロピル)アミノ)プロポキシ)メチル)-22-(((2R,3R,4S,5R,6R)-3,4,5-トリアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロ-2H-ピラン-2-イル)オキシ)-9-オキサ-6,13,17-トリアザドコサン酸ベンジルエステル(5.08g)の溶液に10%Pd-C(500mg)を加えた。この反応混合物を水素バルーン下に室温で4時間撹拌した。LC-MSにより、反応が完了したことが示された。反応混合物をろ過し、EtOAc/MeOHで洗浄し、濃縮することにより、45,12,18-トリオキソ-7,7-ビス((3-オキソ-3-((3-(5-(((2R,3R,4S,5R,6R)-3,4,5-トリアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロ-2H-ピラン-2-イル)オキシ)ペンタンアミド)プロピル)アミノ)プロポキシ)メチル)-22-(((2R,3R,4S,5R,6R)-3,4,5-トリアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロ-2H-ピラン-2-イル)オキシ)-9-オキサ-6,13,17-トリアザドコサン酸(4.60g、95%)を生じさせた。MS(ESI),1912((M+H)
(S)-5,11,18,22-テトラオキソ-16,16-ビス((3-オキソ-3-((3-(5-(((2R,3R,4S,5R,6R)-3,4,5-トリアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロ-2H-ピラン-2-イル)オキシ)ペンタンアミド)プロピル)アミノ)プロポキシ)メチル)-1-(((2R,3R,4S,5R,6R)-3,4,5-トリアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロ-2H-ピラン-2-イル)オキシ)-28-(5,12,18-トリオキソ-7,7-ビス((3-オキソ-3-((3-(5-(((2R,3R,4S,5R,6R)-3,4,5-トリアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロ-2H-ピラン-2-イル)オキシ)ペンタンアミド)プロピル)アミノ)プロポキシ)メチル)-22-(((2R,3R,4S,5R,6R)-3,4,5-トリアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロ-2H-ピラン-2-イル)オキシ)-9-オキサ-6,13,17-トリアザドコサンアミド)-14-オキサ-6,10,17,23-テトラアザノナコサン-29-オイック酸の合成

ステップ1:アセトニトリル(3mL)及びDCM(10ml)中の5,12,18-トリオキソ-7,7-ビス((3-オキソ-3-((3-(5-(((2R,3R,4S,5R,6R)-3,4,5-トリアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロ-2H-ピラン-2-イル)オキシ)ペンタンアミド)プロピル)アミノ)プロポキシ)メチル)-22-(((2R,3R,4S,5R,6R)-3,4,5-トリアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロ-2H-ピラン-2-イル)オキシ)-9-オキサ-6,13,17-トリアザドコサン酸(987mg、0.520mmol)の溶液に、DIPEA(0.27mL、1.55mmol)及びHATU(150mg、0.400mmol)、続いてL-リジンベンジルエステルジ-4-トルエンスルホン酸塩(100mg、0.170mmol)を加えた。この反応混合物を室温で一晩撹拌した。溶媒を減圧下で蒸発させて残渣を生じさせ、これをISCO(40g goldカラム)によってDCM~DCM中30%MeOHで溶出させて精製することにより、(S)-5,11,18,22-テトラオキソ-16,16-ビス((3-オキソ-3-((3-(5-(((2R,3R,4S,5R,6R)-3,4,5-トリアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロ-2H-ピラン-2-イル)オキシ)ペンタンアミド)プロピル)アミノ)プロポキシ)メチル)-1-(((2R,3R,4S,5R,6R)-3,4,5-トリアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロ-2H-ピラン-2-イル)オキシ)-28-(5,12,18-トリオキソ-7,7-ビス((3-オキソ-3-((3-(5-(((2R,3R,4S,5R,6R)-3,4,5-トリアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロ-2H-ピラン-2-イル)オキシ)ペンタンアミド)プロピル)アミノ)プロポキシ)メチル)-22-(((2R,3R,4S,5R,6R)-3,4,5-トリアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロ-2H-ピラン-2-イル)オキシ)-9-オキサ-6,13,17-トリアザドコサンアミド)-14-オキサ-6,10,17,23-テトラアザノナコサン-29-オイック酸ベンジルエステル(433mg、63%)を生じさせ、これは幾らかの不純物を含有した。MS(ESI),1342.0((M/3+H)
ステップ3.EtOAc(15mL)及びMeOH(3mL)中の(S)-5,11,18,22-テトラオキソ-16,16-ビス((3-オキソ-3-((3-(5-(((2R,3R,4S,5R,6R)-3,4,5-トリアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロ-2H-ピラン-2-イル)オキシ)ペンタンアミド)プロピル)アミノ)プロポキシ)メチル)-1-(((2R,3R,4S,5R,6R)-3,4,5-トリアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロ-2H-ピラン-2-イル)オキシ)-28-(5,12,18-トリオキソ-7,7-ビス((3-オキソ-3-((3-(5-(((2R,3R,4S,5R,6R)-3,4,5-トリアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロ-2H-ピラン-2-イル)オキシ)ペンタンアミド)プロピル)アミノ)プロポキシ)メチル)-22-(((2R,3R,4S,5R,6R)-3,4,5-トリアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロ-2H-ピラン-2-イル)オキシ)-9-オキサ-6,13,17-トリアザドコサンアミド)-14-オキサ-6,10,17,23-テトラアザノナコサン-29-オイック酸ベンジルエステル(430mg)の溶液に10%Pd-C(100mg)を加えた。この反応混合物を水素バルーン下に室温で4時間撹拌した。LC-MSにより、反応が完了したことが示された。この反応混合物をろ過し、EtOAc/MeOHで洗浄し、濃縮することにより、(S)-5,11,18,22-テトラオキソ-16,16-ビス((3-オキソ-3-((3-(5-(((2R,3R,4S,5R,6R)-3,4,5-トリアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロ-2H-ピラン-2-イル)オキシ)ペンタンアミド)プロピル)アミノ)プロポキシ)メチル)-1-(((2R,3R,4S,5R,6R)-3,4,5-トリアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロ-2H-ピラン-2-イル)オキシ)-28-(5,12,18-トリオキソ-7,7-ビス((3-オキソ-3-((3-(5-(((2R,3R,4S,5R,6R)-3,4,5-トリアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロ-2H-ピラン-2-イル)オキシ)ペンタンアミド)プロピル)アミノ)プロポキシ)メチル)-22-(((2R,3R,4S,5R,6R)-3,4,5-トリアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロ-2H-ピラン-2-イル)オキシ)-9-オキサ-6,13,17-トリアザドコサンアミド)-14-オキサ-6,10,17,23-テトラアザノナコサン-29-オイック酸(400mg、94%)を生じさせた。MS(ESI),1968((M/2+H)
WV-12567の合成

0.4ml NMP及び0.57ml水中のWV-12566の溶液にDIPEA(20μL)とNMP(0.40mL)中の3-(((4-ニトロフェノキシ)カルボニル)オキシ)プロピル(4E,8E,12E,16E)-4,8,13,17,21-ペンタメチルドコサ-4,8,12,16,20-ペンタエノエート(20mg)の溶液とを加えた。この反応混合物を35℃で12時間振盪した。LC-MSにより、出発材料が消失したことが示された。この粗生成物をRP HPLC(C8)で水中50mM TEAA及びアセトニトリルを用いて精製し、脱塩することにより、1.77mgのコンジュゲートWV-12567を得た。デコンボリューション質量:7362;分子量計算値:7360
WV-12570の合成

(4E,8E,12E,16E)-4,8,13,17,21-ペンタメチルドコサ-4,8,12,16,20-ペンタエン酸(ツルビナル酸)(6.4mg、16μmol)及びHATU(5.4mg、14.4μmol)の溶液にDIPEA(17μL)を加えた。この混合物を室温で30分間振盪した。この反応混合物を水(0.20mL)及びNMP(0.20ml)中のWV 12569(12.4mg,1.6μmol)の溶液に加え、35℃で2時間撹拌した。LC-MSにより、出発材料が消失したことが示された。粗生成物をRP(C-8)HPLCで水中50mM TEAA及びアセトニトリルを使用して精製し、脱塩することにより、2.10mgのコンジュゲートWV-12570を得た。デコンボリューション質量:8172;分子量計算値:8170
WV-14333の合成

アセトニトリル(0.50mL)中の4,10,17-トリオキソ-15,15-ビス((3-オキソ-3-((3-(4-(((2R,3R,4S,5R,6R)-3,4,5-トリス(ベンゾイルオキシ)-6-((ベンゾイルオキシ)メチル)テトラヒドロ-2H-ピラン-2-イル)オキシ)ブタンアミド)プロピル)アミノ)プロポキシ)メチル)-1-(((2R,3R,4S,5R,6R)-3,4,5-トリス(ベンゾイルオキシ)-6-((ベンゾイルオキシ)メチル)テトラヒドロ-2H-ピラン-2-イル)オキシ)-13-オキサ-5,9,16-トリアザヘンイコサン-21-オイック酸(25.4mg、9.72μmol)の溶液をHATU(3.32mg、8.75μmol)及びDIPEA(8.5μL)と加え合わせた。この反応混合物を室温で30分間撹拌した。この反応混合物を0.5mL水中のWV-12566(16.7mg、2.43μmol)の溶液に加えた。この反応混合物を30℃で2時間撹拌し、LC-MSにより、反応が完了したことが示された。この反応混合物を圧力管に移し、4ml 28~30%水酸化アンモニウムを加えた。反応混合物を35℃で一晩撹拌した。LC-MSにより、反応物が完全に脱保護されたことが示された。粗生成物を30g C18カートリッジを用いたISCOによって50mM TEAA対アセトニトリルで溶出して精製し、脱塩することにより、12.8mgのコンジュゲートWV-14333を得た。デコンボリューション質量:8224;分子量計算値:8221。
WV-14332の合成

NMP(0.20ml)中の4-ニトロフェニル(2,5,7,8-テトラメチル-2-(4,8,12-トリメチルトリデシル)クロマン-6-イル)カーボネート(7.24mg、12.15μmol)及びDIPEA(8.50μL)の溶液を、0.5ml DMSO及び0.05mL水中のWV-12566(16.7mg、2.43μmol)の溶液に加えた。この反応混合物を40℃で3時間振盪した。LC-MSにより、この反応物が極めてクリーンであることが示された。粗生成物を凍結乾燥して、水中50mM TEAA及びアセトニトリルを使用したRP(C-8)HPLCで精製し、脱塩することにより、10mgのコンジュゲートWV-14332を得た。デコンボリューション質量:7335;分子量計算値:7334。
WV-14346の合成

DMF(1.0mL)中の3-(ジメチルアミノ)-14,14-ビス(3-(ジメチルアミノ)-2-メチル-9-オキソ-12-オキサ-2,4,8-トリアザトリデカ-3-エン-13-イル)-2-メチル-9,16-ジオキソ-12-オキサ-2,4,8,15-テトラアザイコサ-3-エン-20-オイック酸(75.26mg、82.34μmol)の溶液をDIPEA(123μL、0.823mmol)及びHATU(28.1mg、74.12μmol)と加え合わせた。この反応混合物を室温で15分間撹拌した。この反応混合物を1.50ml DMSO及び0.50mL水中のWV-12566(113.22mg、16.47μmol)の溶液に加えた。この反応混合物を室温で2時間振盪した。LC-MSにより、反応が完了したことが示された。反応混合物を水で希釈し、高速真空乾燥させた。粗生成物をRP-HPLCによって水中50mM TEAA対アセトニトリルで溶出して精製し、脱塩することにより、84.3mgのコンジュゲートWV-14346を得た。デコンボリューション質量:7772;分子量計算値:7771。
WV-14335の合成

ステップ1.DMF(1.0mL)中の3-(2-ピリジルジチオ)-プロピオン酸-OSu(9.08mg)の溶液をWV-12566(100mg、1.5ml 0.5Mリン酸ナトリウム緩衝液(pH=8)中14.54の溶液に加えた。反応混合物を室温で1時間撹拌した。LC-MSにより、反応が完了したことが示された。水で希釈し、凍結乾燥することにより、所望の生成物を生じさせた。
WV-14335の合成
ステップ1.DMF(1.0mL)中の3-(2-ピリジルジチオ)-プロピオン酸-OSu(9.08mg)の溶液をWV-12566(100mg、1.5ml 0.5Mリン酸ナトリウム緩衝液(pH=8)中14.54の溶液に加えた。反応混合物を室温で1時間撹拌した。LC-MSにより、反応が完了したことが示された。水で希釈し、凍結乾燥することにより、所望の生成物を生じさせた。
ステップ2.DMF(0.85ml)及び0.1M重炭酸ナトリウム(0.15ml)中のH-RRQPPRSISSHPC-OH(5.47mg、3.6umol)の溶液を0.1M重炭酸ナトリウム(0.50mL)中の上記の生成物(ステップ1)(12mg、1.8μmol)に加えた。この反応混合物を室温で1.5時間振盪した。LC-MSにより、反応が完了したことが示された。反応混合物を水で希釈し、高速真空乾燥させた。粗生成物をRP-HPLCによって水中50mM TEAA対アセトニトリルで溶出して精製し、脱塩することにより、3.0mgのコンジュゲートWV-14335を得た。デコンボリューション質量:8485;分子量計算値:8482。
WV-14347の合成

DMF(0.85mL)及び0.1M NaHCO(0.15mL)中のAc-CHAIYPRH-OH(3.74mg、3.6μmol)の溶液を0.10M NaHCO(0.50mL)中のSPDPオリゴ(WV-14335のステップ1生成物)(12mg、1.8μmol)に加えた。この反応混合物を室温で1.5時間振盪した。LC-MSにより、反応が完了したことが示された。反応混合物を水で希釈し、高速真空乾燥させた。粗生成物をRP-HPLCによって水中50mM TEAA対アセトニトリルで溶出して精製し、脱塩することにより、8.8mgのコンジュゲートWV-14347を得た。デコンボリューション質量:8003;分子量計算値:7999。
WV-14348の合成

DMF(0.85mL)及び0.1M NaHCO(0.15mL)中のAc-CTHRPPMWSPVWP-OH(5.88mg、3.6μmol)の溶液を0.10M NaHCO(0.50mL)中のSPDPオリゴ(WV-14335のステップ1生成物)(12mg、1.8μmol)に加えた。この反応混合物を室温で1.5時間振盪した。LC-MSにより、反応が完了したことが示された。反応混合物を水で希釈し、高速真空乾燥させた。粗生成物をRP-HPLCによって水中50mM TEAA対アセトニトリルで溶出して精製し、脱塩することにより、4.1mgのコンジュゲートWV-14348を得た。デコンボリューション質量:8602;分子量計算値:8597。
WV-15074の合成

ステップ1.DMF(0.30mL)中の2,5-ジオキソピロリジン-1-イル4-((2,5-ジオキソ-2,5-ジヒドロ-1H-ピロール-1-イル)メチル)シクロヘキサン-1-カルボキシレート(8.25mg、24.71μmol)の溶液をDMSO(1.50mL)及び水(0.5mL)中のWV-12566(113.22mg、16.47μmol)及びDIPEA(31μL、173μmol)に加えた。反応混合物を室温で30分間撹拌した。LC-MSにより、反応がほぼ完了したことが示された。
ステップ2.DMF(0.50mL)中のAc-CHAIYPRH-OH(38.47mg、37.1μmol)の溶液を上記の反応混合物に加えた。反応混合物を室温で2時間撹拌した。LC_MSにより、反応が完了したことが示された。反応混合物を水で希釈し、高速真空乾燥させた。粗生成物をRP-HPLCによって水中50mM TEAA対アセトニトリルで溶出して精製し、脱塩することにより、66.0mgのコンジュゲートWV-15074を得た。デコンボリューション質量:8133;分子量計算値:8132。
WV-15075の合成

ステップ1.DMF(0.10mL)中の2,5-ジオキソピロリジン-1-イル4-((2,5-ジオキソ-2,5-ジヒドロ-1H-ピロール-1-イル)メチル)シクロヘキサン-1-カルボキシレート(1.3mg、3.99μmol)の溶液をDMSO(0.30mL)及び水(0.10mL)中のWV-12566(16.7mg、2.49μmol)及びDIPEA(3.5μL)の溶液に加えた。反応混合物を室温で1時間振盪した。LC-MSにより、反応がほぼ完了したことが示された。
ステップ2.DMF(0.20mL)中のAc-CTHRPPMWSPVWP-OH(9.8mg、6.0μmol)の溶液を上記の反応混合物に加えた。この反応混合物を室温で3時間撹拌した。LC_MSにより、反応が完了したことが示された。反応混合物を水で希釈し、高速真空乾燥させた。粗生成物をRP-HPLCによって水中50mM TEAA対アセトニトリルで溶出して精製し、脱塩することにより、8.9mgのコンジュゲートWV-15075を得た。デコンボリューション質量:8735;分子量計算値:8730。
WV-15076の合成

ステップ1.DMF(0.10mL)中の2,5-ジオキソピロリジン-1-イル4-((2,5-ジオキソ-2,5-ジヒドロ-1H-ピロール-1-イル)メチル)シクロヘキサン-1-カルボキシレート(1.3mg、3.99umol)の溶液をDMSO(0.30mL)及び水(0.10mL)中のWV-12566(16.7mg、2.49μmol)及びDIPEA(3.5μL)の溶液に加えた。この反応混合物を室温で1時間振盪した。LC-MSにより、反応がほぼ完了したことが示された。
ステップ2.DMF(0.20mL)中のH-RRQPPRSISSHPC-OH(9.1mg、6.0μmol)の溶液を上記の反応混合物に加えた。この反応混合物を室温で3時間撹拌した。LC_MSにより、反応が完了したことが示された。この反応混合物を水で希釈し、高速真空乾燥させた。粗生成物をRP-HPLCによって水中50mM TEAA対アセトニトリルで溶出して精製し、脱塩することにより、4.7mgのコンジュゲートWV-15076を得た。デコンボリューション質量:8735;分子量計算値:8730。
WV-15367の合成

DMF(0.50mL)中の5,12,18-トリオキソ-7,7-ビス((3-オキソ-3-((3-(5-(((2S,3S,4S,5R,6R)-3,4,5-トリアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロ-2H-ピラン-2-イル)オキシ)ペンタンアミド)プロピル)アミノ)プロポキシ)メチル)-22-(((2S,3S,4S,5R,6R)-3,4,5-トリアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロ-2H-ピラン-2-イル)オキシ)-9-オキサ-6,13,17-トリアザドコサン酸(13.9mg、7.29μmol)の溶液をDIPEA(6.3μL、36.4μmol)及びHATU(2.3mg、6.0μmol)と加え合わせた。この反応混合物を室温で30分間撹拌した。この反応混合物を0.30ml DMSO及び0.10mL水中のWV-12566(16.7mg、2.43μmol)の溶液に加えた。反応混合物を室温で2時間振盪した。LC_MSにより、反応が完了したことが示された。反応混合物を28~30%水酸化アンモニウムと加え合わせ、40℃で3時間撹拌した。LC_MSにより、反応が完了したことが示された。反応混合物を水で希釈し、高速真空乾燥させた。粗生成物をRP-HPLCによって水中50mM TEAA対アセトニトリルで溶出して精製し、脱塩することにより、9.2mgのコンジュゲートWV-15367を得た。デコンボリューション質量:8269;分子量計算値:8263。
WV-15368の合成

DMF(0.50mL)中の5-(4-(4,6-ビス((3,9,13,20,26-ペンタオキソ-15,15-ビス((3-オキソ-3-((3-(5-(((2S,3S,4S,5R,6R)-3,4,5-トリアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロ-2H-ピラン-2-イル)オキシ)ペンタンアミド)プロピル)アミノ)プロポキシ)メチル)-30-(((2S,3S,4S,5R,6R)-3,4,5-トリアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロ-2H-ピラン-2-イル)オキシ)-17-オキサ-4,8,14,21,25-ペンタアザトリアコンチル)アミノ)-1,3,5-トリアジン-2-イル)ピペラジン-1-イル)-5-オキソペンタン酸(31.7mg、7.29μmol)の溶液をDIPEA(6.3μL 36.4μmol)及びHATU(2.3mg、6.0μmol)と加え合わせた。この反応混合物を室温で30分間撹拌した。この反応混合物を0.30ml DMSO及び0.10mL水中のWV-12566(16.7mg、2.43μmol)の溶液に加えた。反応混合物を室温で2時間振盪した。LC_MSにより、反応が完了したことが示された。この反応混合物を28~30%水酸化アンモニウム(1.0mL)と加え合わせ、40℃で5時間撹拌した。LC_MSにより、反応が完了したことが示された。反応混合物を水で希釈し、高速真空乾燥させた。粗生成物をRP-HPLCによって水中50mM TEAA対アセトニトリルで溶出して精製し、脱塩することにより、7.5mgのコンジュゲートWV-15368を得た。デコンボリューション質量:10206;分子量計算値:10200。
WV-15882の合成

DMF(1.0mL)中の5,12,18-トリオキソ-7,7-ビス((3-オキソ-3-((3-(5-(((2R,3R,4S,5R,6R)-3,4,5-トリアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロ-2H-ピラン-2-イル)オキシ)ペンタンアミド)プロピル)アミノ)プロポキシ)メチル)-22-(((2R,3R,4S,5R,6R)-3,4,5-トリアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロ-2H-ピラン-2-イル)オキシ)-9-オキサ-6,13,17-トリアザドコサン酸(102mg、53.43μmol)の溶液をDIPEA(46.8μL、266.5μmol)及びHATU(13.5mg、35.68μmol)と加え合わせた。この反応混合物を室温で30分間撹拌した。反応混合物を1.5ml DMSO及び0.50mL水中のWV-12566(122.65mg、17.84μmol)の溶液に加えた。反応混合物を室温で1.5時間振盪した。LC_MSにより、反応が完了したことが示された。この反応混合物を28~20%水酸化アンモニウム(5.0mL)と加え合わせ、35℃で1.5時間撹拌した。LC_MSにより、反応が完了したことが示された。反応混合物を水で希釈し、高速真空乾燥させた。粗生成物をRP-HPLCによって水中50mM TEAA対アセトニトリルで溶出して精製し、脱塩することにより、83.8mgのコンジュゲートWV-15882を得た。デコンボリューション質量:8263;分子量計算値:8264。
Malat1を標的化する一部の例示的参照オリゴヌクレオチド。これらのオリゴヌクレオチドの一部は、本明細書の他の部分及び/又は以下に記載される。
修飾(例えば、Mod097、Mod074など、Modと、それに続く数字により指示される)については、表A1の脚注又は本明細書の他の部分に記載される。
WV-13809の合成

NMP(0.20ml)中の4-ニトロフェニル(2,5,7,8-テトラメチル-2-(4,8,12-トリメチルトリデシル)クロマン-6-イル)カーボネート(活性化ビタミンE)(15mg、25μmol)及びDIPEA(21μL)の溶液を0.5ml DMSO及び0.05ml水中のWV-9696の溶液に加えた。この反応混合物を50℃で2時間振盪した。LC-MSにより、反応が完了したことが示された。粗生成物を凍結乾燥して、水中50mM TEAA及びアセトニトリルを使用したRP(C-8)HPLCで精製し、脱塩することにより、4.90mgのコンジュゲートWV-13809を得た。デコンボリューション質量:7451;分子量計算値:7451。
WV-14349の合成

DMF(0.30mL)中の3-(ジメチルアミノ)-14,14-ビス(3-(ジメチルアミノ)-2-メチル-9-オキソ-12-オキサ-2,4,8-トリアザトリデカ-3-エン-13-イル)-2-メチル-9,16-ジオキソ-12-オキサ-2,4,8,15-テトラアザイコサ-3-エン-20-オイック酸(19.61mg、21.45μmol)の溶液をDIPEA(75μL)及びHATU(7.32mg、19.31μmol)と加え合わせた。この反応混合物を室温で20分間撹拌した。反応混合物を0.4ml DMSO及び0.10mL水中のWV-9696(30mg、4.29μmol)の溶液に加えた。反応混合物を室温で一晩振盪した。LC_MSにより、反応が完了しなかったことが示された。DMF(0.10mL)中の3-(ジメチルアミノ)-14,14-ビス(3-(ジメチルアミノ)-2-メチル-9-オキソ-12-オキサ-2,4,8-トリアザトリデカ-3-エン-13-イル)-2-メチル-9,16-ジオキソ-12-オキサ-2,4,8,15-テトラアザイコサ-3-エン-20-オイック酸(10mg)の溶液をDIPEA(38μL)及びHATU(3.7mg)と加え合わせた。この反応混合物を室温で20分間撹拌した。この反応混合物を上記のWV-9696との反応混合物に加えた。この反応混合物を30℃で2時間撹拌した。LC_MSにより、反応が完了したことが示された。反応混合物を水で希釈し、高速真空乾燥させた。粗生成物をRP-HPLCによって水中50mM TEAA対アセトニトリルで溶出して精製し、脱塩することにより、9.1mgのコンジュゲートWV-14349を得た。デコンボリューション質量:7893;分子量計算値:7889。
WV8448の合成

DMF(2.0mL)中の4,10,17-トリオキソ-15,15-ビス((3-オキソ-3-((3-(4-(((2R,3R,4S,5R,6R)-3,4,5-トリス(ベンゾイルオキシ)-6-((ベンゾイルオキシ)メチル)テトラヒドロ-2H-ピラン-2-イル)オキシ)ブタンアミド)プロピル)アミノ)プロポキシ)メチル)-1-(((2R,3R,5R,6R)-3,4,5-トリス(ベンゾイルオキシ)-6-((ベンゾイルオキシ)メチル)テトラヒドロ-2H-ピラン-2-イル)オキシ)-13-オキサ-5,9,16-トリアザヘンイコサン-21-オイック酸(57mg、21.8μmol)、HATU(7.5mg、19.6μmol)及びDIPEA(14.6mg、109μmol)の溶液に対し、室温で15分間撹拌した。この溶液に1ml水中の75mg(10.9μmol)のWV7557を加えた。この反応混合物を60分間撹拌すると、所望の生成物が得られた。この生成物を40℃でNHOHと共に3時間加熱した。LC_MSにより、反応が完了したことが示された。反応混合物を水で希釈し、高速真空乾燥させた。粗生成物をRP-HPLCによって水中50mM TEAA対アセトニトリルで溶出して精製し、脱塩することにより、39.73mgのコンジュゲートWV-8448を得た。デコンボリューション質量:8233;分子量計算値:8227。
WV8927の合成

2ml乾燥DMF中のガンボギン酸(21mg、33.6μmol)の溶液にHATU(11.5mg、30.2μmol)及びDIPEA(3.6mg、28μmol)を加え、十分にボルテックスした。この溶液を水(1ml)中のWV7557(42mg、5.6μmol)と加え合わせ、4時間振盪した。LC分析により生成物の形成が示されたが、出発材料が残っていた。更に6当量のガンボギン酸-HATU複合体(最初は同量を使用した)を加え、2時間十分に振盪した。LC分析により、更に多くの生成物の形成が示された。この反応混合物を水(10ml)で希釈した。過剰のガンボギン酸が沈澱した。この沈澱物をろ去し、粗生成物をRP-HPLCによって水中50mM TEAA対アセトニトリルで溶出して精製し、脱塩することにより、19mgのコンジュゲートWV-8927を得た。デコンボリューション質量:7496;分子量計算値:7492。
WV-7558の合成

DMF(2.0mL)中の4-スルファモイル安息香酸(7.3mg、36μmol)の溶液にHATU(12.4mg、32.7μmol)及びDIPEA(46mg、360μmol)を加え、ボルテックスした。2分後、1ml水中のWV7557(50mg、7.27μmol)を加え、十分に振盪した。60分後、反応混合物を水(5ml)で希釈し、ろ過した。ろ液をRPカラムクロマトグラフィー(C-18)によって精製し、脱塩することにより、生成物(17mg)を得た。質量計算値:7064;デコンボリューション質量:7068。
WV-7559の合成

DMF(2.0mL)中の4-オキソ-4-((4-スルファモイルフェネチル)アミノ)ブタン酸(8.7mg、29μmol)の溶液にHATU(9.9mg、26μmol)及びDIPEA(37mg、290μmol)を加え、ボルテックスした。2分後、1ml水中のWV7557(40mg、5.81μmol)を加え、十分に振盪した。30分後、反応混合物を水(5ml)で希釈し、ろ過した。ろ液をRPカラムクロマトグラフィー(C-18)によって精製し、脱塩することにより、生成物(13mg)を得た。質量計算値:7163;デコンボリューション質量:7166。

水(0.5ml)及びDMF(2.5ml)中のWV7557(62mg、9μmol)の溶液にDIPEA(11.6mg、90μmol)を加え、十分に撹拌した。この溶液に3-(2-ピリジルジチオ)-プロピオン酸-OSu(4mg、12.6μmol)を加え、2時間十分に撹拌した。粗生成物を水で希釈し、ISCO(C18カラム)で50mM TEAA及びアセトニトリルを使用して精製した。得られた生成物の量:46mg。
WV-8929の合成

水-DMF(2ml+1ml)混合物中のオリゴ(WV7557誘導体、23.5mg、3.3μmol)の溶液にDIPEA(8.52mg、66μmol)を加え、5分間ボルテックスした。この溶液にH-RRQPPRSISSHPC-OH(10mg、6.6μmol)を加え、再び5分間ボルテックスした。12時間後、反応混合物をLC-MSによって分析した。LC_MSにより、反応が完了したことが示された。反応混合物を水で希釈し、高速真空乾燥させた。粗生成物をRP-HPLCによって水中50mM TEAA対アセトニトリルで溶出して精製し、脱塩することにより、14mgのコンジュゲートWV-8929を得た。デコンボリューション質量:8496;分子量計算値:8490。
WV-8930の合成

水-DMF(2ml+1ml)混合物中のオリゴ(WV7557誘導体、23.5mg、3.3μmol)の溶液にDIPEA(8.52mg、66μmol)を加え、5分間ボルテックスした。この溶液にH-Arg-Arg-Cys-OH(4mg、10μmol)を加え、5分間ボルテックスした。12時間後、反応混合物をLC-MSによって分析した。LC_MSにより、反応が完了したことが示された。反応混合物を水で希釈し、高速真空乾燥させた。粗生成物をRP-HPLCによって水中50mM TEAA対アセトニトリルで溶出して精製し、脱塩することにより、5mgのコンジュゲートWV-8930を得た。デコンボリューション質量:7405;分子量計算値:7401。
WV8931の合成

0.47ml水中のWV7557(20mg、2.91μmol)の溶液に対してDIPEA(3.76mg、29.1μmol)で処理し、5分間十分にボルテックスした。この溶液にNMP(1.0ml)中の(3S,8S,9S,10R,13R,14S,17R)-10,13-ジメチル-17-((R)-6-メチルヘプタン-2-イル)-2,3,4,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17-テトラデカヒドロ-1H-シクロペンタ[a]フェナントレン-3-イル(4-ニトロフェニル)カーボネート(活性化コレステロール誘導体)(10.50mg、19μmol)の溶液を加えた。溶液はやや黄色がかった色に変わった。これを40度で12時間振盪した。鮮黄色の溶液が得られた。LC-MS分析により、生成物の形成が示された。この溶液を10mlとなるように水を用いて希釈し、ろ過し、C-8カラムを使用してRP-HPLCで精製し、脱塩した。得られた生成物の量:18mg;デコンボリューション質量:7298;分子量計算値:7293。
WV8934の合成

L-カルニチン(3mg、17.5μmol)及びHATU(6mg、16μmol)を共に混合し、DMF中の1ml溶液を作製した。DIPEA(5.7mg、44μmol)を加え、3分間十分に撹拌した。この溶液に0.5ml水中のWV-7557(30mg、4.4mmol)の溶液を加え、30分間十分に撹拌した。この溶液のLC-MS分析により、生成物の形成が示された。しかし、反応混合物中に出発オリゴが存在した。4当量の更なるL-カルニチン/HATU複合体を再び加え、2時間十分に撹拌した。反応混合物を水で希釈し、RP(C-18)カラムで粗生成物を精製して生成物を得た。得られた生成物の量:12mg、質量計算値:7025;デコンボリューション質量:7029。
WV-9390の合成

DMF(1.0ml)中の5-オキソ-5-(4-(4-((2,8,12,19,25-ペンタオキソ-14,14-ビス((3-オキソ-3-((3-(5-(((2S,3S,4S,5R,6R)-3,4,5-トリアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロ-2H-ピラン-2-イル)オキシ)ペンタンアミド)プロピル)アミノ)プロポキシ)メチル)-29-(((2S,3S,4S,5R,6R)-3,4,5-トリアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロ-2H-ピラン-2-イル)オキシ)-16-オキサ-3,7,13,20,24-ペンタアザノナコシル)アミノ)-6-((3,9,13,20,26-ペンタオキソ-15,15-ビス((3-オキソ-3-((3-(5-(((2S,3S,4S,5R,6R)-3,4,5-トリアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロ-2H-ピラン-2-イル)オキシ)ペンタンアミド)プロピル)アミノ)プロポキシ)メチル)-30-(((2S,3S,4S,5R,6R)-3,4,5-トリアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロ-2H-ピラン-2-イル)オキシ)-17-オキサ-4,8,14,21,25-ペンタアザトリアコンチル)アミノ)-1,3,5-トリアジン-2-イル)ピペラジン-1-イル)ペンタン酸(15mg、3.5μmol)及びHATU(1.33mg、3.5μmol)の溶液にDIPEA(4.5mg、35μmol)を加え、2分間ボルテックスした。この溶液に水(0.5ml)中のWV7557(12mg、1.74μmol)を加え、60分間振盪した。これに5mlの水を加え、溶媒を真空下で除去した。粗生成物をRPカラム(C-8)で精製して、アセチル化された生成物を得た(質量計算値:10207、デコンボリューション質量:10212)。この生成物を5ml 30%水酸化アンモニウム溶液に溶解させて、摂氏40度で6時間加熱した。溶媒を真空下で除去し、粗生成物をRPカラム(C-8)で精製することにより、生成物を得た。得られた生成物の量(10mg)。質量計算値:10205;得られたデコンボリューション質量:10205。
WV 9430の合成

DMF中の1,7,14-トリオキソ-12,12-ビス((3-オキソ-3-((3-(4-スルファモイルベンズアミド)プロピル)アミノ)プロポキシ)メチル)-1-(4-スルファモイルフェニル)-10-オキサ-2,6,13-トリアザオクタデカン-18-オイック酸(5.14mg、1.45μmol)の溶液にHATU(1.5mg、3.96μmol)及びDIPEA(2mg、15μmol)を加えた。この反応混合物を室温で2分間撹拌した。0.4ml水中のWV7557の溶液を加え、十分に振盪した。30分後、反応混合物を水(5ml)で希釈し、ろ過した。ろ液をRPカラムクロマトグラフィー(C-18)によって精製し、脱塩することにより、生成物WV-9430(6mg)を得た。質量計算値:8032;デコンボリューション質量:8031。
WV-9385の合成

WV7557(48mg、6.9μmol)を1ml NMP及び0.5ml水に溶解させた。DIPEA(14mg、103.5μmol)をこの溶液に加えた。5分間ボルテックスした。この溶液に1ml NMP中の3-(((4-ニトロフェノキシ)カルボニル)オキシ)プロピルステアレート(14mg、27.6μmol)を加えた。この反応混合物をろ過し、ろ液をRPカラムクロマトグラフィー(C-8)によって精製して、生成物を得た。この精製した材料を脱塩し、11mgの生成物を得た。質量計算値:7250;デコンボリューション質量:7254。
WV-7560の合成

12,12-ビス((3-((3-(4-メトキシベンズアミド)プロピル)アミノ)-3-オキソプロポキシ)メチル)-1-(4-メトキシフェニル)-1,7,14-トリオキソ-10-オキサ-2,6,13-トリアザペンタコサン-25-オイック酸(トリアンテナ型アニスアミド)(32.5mg、29μmol)、HATU(10mg、26.1μmol)及びDIPEA(28mg、58μmol)を2ml DMF中に溶解させた。2分後、1ml水中のWV7557(100mg、15μmol)を加え、十分に振盪した。60分後、反応混合物を水(5ml)で希釈し、ろ過した。ろ液をRPカラムクロマトグラフィー(C-8)によって精製し、脱塩することにより、生成物(55mg)を得た。質量計算値:7983;デコンボリューション質量:7987。
WV-7408の合成

2ml DMF中のWV 3356(40mg、5.3μmol)及びDIPEA(7mg、53μmol)の懸濁液を5分間ボルテックスした。この懸濁液に1ml DMF中の2,5-ジオキソピロリジン-1-イル4-スルファモイルベンゾエート(8mg、26.5μmol)]の溶液を加えた。この反応混合物を12時間振盪した。その後、反応混合物を5mlの水で希釈し、ろ過した。ろ液をRP(C-18)カラムクロマトグラフィーによって精製し、脱塩することにより、生成物(20mg)を得た。質量計算値:7596;デコンボリューション質量:7594。
WV7409の合成

4-オキソ-4-((4-スルファモイルフェネチル)アミノ)ブタン酸(2.16mg、7.2μmol)、HATU(2.32mg、6.1μmol)及びDIPEA(3.1mg、24μmol)の溶液に対して1ml DMF中に溶解させて、ボルテックスした。2分後、0.5ml水中のWV3356(18mg、2.4μmol)を加え、十分に振盪した。60分後、反応混合物を水(5ml)で希釈し、ろ過した。ろ液をRPカラムクロマトグラフィー(C-18)によって精製し、脱塩することにより、生成物(9mg)を得た。質量計算値:7694;デコンボリューション質量:7695。
WV-7430の合成

DMF(2.0mL)中のWV3356(32mg、4.3μmol)の溶液にDIPEA(5.8mg、43μmol)を加え、アセトニトリル(1.0mL)中の(R)-3-(((4-ニトロフェノキシ)カルボニル)オキシ)プロパン-1,2-ジイルジドデカノエート(11mg、17.6μmol)の溶液を加えた。この反応混合物を40℃で12時間振盪した。LC-MS分析により、生成物の形成が示された。この反応混合物を水で希釈し、ろ過した。ろ液をRPカラムクロマトグラフィー(C-8)によって精製して、生成物を得た。この精製した材料を脱塩し、11mgの生成物を得た。質量計算値:7895、デコンボリューション質量:7896。
WV-7419の合成

DMF(2.0mL)中のWV-2809(56mg、7.5μmol、125mg支持体)の懸濁液にDIPEA(19.3mg、150μmol)を加え、5分間十分にボルテックスした。この懸濁液にペルフルオロフェニル18-オキソ-18-((4-(N-(2,2,2-トリフルオロアセチル)スルファモイル)フェネチル)アミノ)オクタデカノエート(12mg、15μmol)を加え、室温で12時間振盪した。固体支持体をアセトニトリル(20ml×3)で洗浄し、乾燥させた。この支持体をアセトニトリル(1ml)中20%DEAで10分間処理した。ろ過によってDEA溶液を除去した。固体支持体をアセトニトリル(20ml×3)で洗浄し、乾燥させた。固体支持体を2mlの30%水酸化アンモニウムと共に12時間加熱した。支持体をろ去し、ろ液を凍結乾燥させて溶媒を除去した。粗生成物をRPカラムクロマトグラフィー(C-8)によって精製し、脱塩することにより、生成物(7mg)を得た。質量計算値:7906、デコンボリューション質量:7909。
WV-7519の合成

2ml NMP中のWV2809(60mg、8μmol、150mg支持体)の懸濁液にDIPEA(11mg、80μmol)を加え、5分間十分にボルテックスした。この懸濁液に(8S,9S,10R,13R,14S,17R)-10,13-ジメチル-17-((R)-6-メチルヘプタン-2-イル)-2,3,4,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17-テトラデカヒドロ-1H-シクロペンタ[a]フェナントレン-3-イルカルボノクロリデート(15mg、33μmol)を加え、室温で12時間振盪した。固体支持体をアセトニトリル(20ml×3)で洗浄し、乾燥させた。この支持体をアセトニトリル(1ml)中20%DEAで10分間処理した。ろ過によってDEA溶液を除去した。固体支持体をアセトニトリル(20ml×3)で洗浄し、乾燥させた。固体支持体を2mlの30%水酸化アンモニウムと共に50℃で12時間加熱した。支持体をろ去し、ろ液を凍結乾燥させて溶媒を除去した。粗生成物をRPカラムクロマトグラフィー(C-8)によって精製し、脱塩することにより、生成物(20mg)を得た。質量計算値:7840、デコンボリューション質量:7841。
WV-7422の合成

2ml DMF中のWV2809(56mg、7.5μmol、125mg支持体)の懸濁液にDIPEA(19.3mg、150μmol)を加え、5分間十分にボルテックスした。この懸濁液にペルフルオロフェニル3-(4-(N-(2,2,2-トリフルオロアセチル)スルファモイル)フェニル)プロパノエート(37mg、75μmol)を加え、室温で12時間振盪した。固体支持体をアセトニトリル(20ml×3)で洗浄し、乾燥させた。この支持体をアセトニトリル(1ml)中20%DEAで10分間処理した。ろ過によってDEA溶液を除去した。固体支持体をアセトニトリル(20ml×3)で洗浄し、乾燥させた。固体支持体を2mlの30%水酸化アンモニウムと共に50℃で12時間加熱した。支持体をろ去し、ろ液を凍結乾燥させて溶媒を除去した。粗生成物をRPカラムクロマトグラフィー(C-8)によって精製し、脱塩することにより、生成物(18mg)を得た。質量計算値:7638、デコンボリューション質量:7641。
WV-7421の合成

2ml NMP中の2-(4-スルファモイルフェニル)酢酸(17.2mg、80μmol)、HATU(28mg、76molμ)及びDIPEA(20.6mg、160μmol)を2分間十分にボルテックスした。この懸濁液にWV2809(60mg、8μmol、150mg支持体)を加え、室温で12時間振盪した。固体支持体をアセトニトリル(20ml×3)で洗浄し、乾燥させた。この支持体をアセトニトリル(1ml)中20%DEAで10分間処理した。ろ過によってDEA溶液を除去した。固体支持体をアセトニトリル(20ml×3)で洗浄し、乾燥させた。固体支持体を2mlの30%水酸化アンモニウムと共に50℃で12時間加熱した。支持体をろ去し、ろ液を凍結乾燥させて溶媒を除去した。粗生成物をRPカラムクロマトグラフィー(C-18)によって精製し、脱塩することにより、生成物(20mg)を得た。質量計算値:7624、デコンボリューション質量:7627。
WV-7417の合成

2ml NMP中の1,7,14-トリオキソ-12,12-ビス((3-オキソ-3-((3-(4-スルファモイルベンズアミド)プロピル)アミノ)プロポキシ)メチル)-1-(4-スルファモイルフェニル)-10-オキサ-2,6,13-トリアザオクタデカン-18-オイック酸(40mg、34μmol)、HATU(12mg、76μmol)及びDIPEA(44mg、340μmol)の懸濁液を3分間十分にボルテックスした。この懸濁液にWV2809(60mg、8μmol、150mg支持体)を加え、40℃で12時間十分に振盪した。固体支持体をアセトニトリル(20ml×3)で洗浄し、乾燥させた。この支持体をアセトニトリル(1ml)中20%DEAで10分間処理した。ろ過によってDEA溶液を除去した。固体支持体をアセトニトリル(20ml×3)で洗浄し、乾燥させた。固体支持体を2mlの30%水酸化アンモニウムと共に50℃で12時間加熱した。支持体をろ去し、ろ液を凍結乾燥させて溶媒を除去した。粗生成物をRPカラムクロマトグラフィー(C-18)によって精製し、脱塩することにより、生成物(10mg)を得た。質量計算値:8579、デコンボリューション質量:8577。
実施例17.アミンの脱保護の一般的手順

15.2gのNHBocアミンを乾燥DCM(100ml)に溶解させて、次に室温でTFA(50ml)を滴下して加えた。反応混合物を室温で一晩撹拌した。溶媒を減圧下で除去し、次にトルエン(2×50mL)と共蒸発させた後、これを次のステップにいかなる更なる精製もなしに使用した。CDOD中でのNMRにより、NHBoc脱保護が確認された。
実施例18.アニスアミド形成の一般的手順

手順A:前のステップからの粗アミンを室温でDCM(100ml)とEtN(10当量)との混合物に溶解した。この過程中、反応混合物を水浴で冷却した。次に、4-メトキシベンゾイルクロリド(4当量)をアルゴン雰囲気下において室温で3時間撹拌し続けながら反応混合物に滴下して加えた。反応混合物を水で希釈し、DCMで抽出した。有機層をNaHCO水溶液、1N HCl、ブラインで抽出し、次に硫酸マグネシウムで乾燥させて、蒸発乾固させた。粗生成物をDCM-MeOHを溶出液として使用したシリカカラムクロマトグラフィーによって精製した。
手順B:粗アミン(0.27当量)、酸及びHOBt(1当量)をアルゴン下において適切なサイズのRBF内でDCMとDMFとの(2:1)混合物に溶解した。EDAC.HCl(1.25当量)を反応混合物に常に撹拌しながら少量ずつ加えた。15分後、反応混合物を約10℃に冷却し、次にDIEA(2.7当量)を5分の時間をかけて加えた。反応混合物を周囲温度にゆっくりと温め、アルゴン下で一晩撹拌した。TLCは、反応の完了を示した。TLC条件、DCM:MeOH(9.5:0.5)。溶媒を減圧下で除去し、次に残渣に水を加え、ゴム状の固体を取り分けた。澄明な溶液をデカントし、固体残渣をEtOAcに溶解し、水、10%クエン酸水溶液、NaHCO水溶液、続いて飽和ブラインで連続的に洗浄した。有機層を分離し、硫酸マグネシウムで乾燥させた。溶媒を減圧下で除去し、次に粗生成物をシリカカラムで精製すると、高純度の生成物が得られた。

上記の手順Bを用いてアミンから2ステップで32%収率においてアニスアミドを得た:H NMR(CDCl):δ=7.74(d,6H),7.44(t,2H),7.34(t,1H),7.26(m,5H),7.05(m,3H),6.83(d,6H),6.46(s,1H),5.01(s,2H),3.75(s,9H),3.57(m,12H),3.37(m,6H),3.25(m,6H),2.31(m,8H),2.11(m,2H),1.84(m,2H),1.62(m,6H)ppm.

上記の手順Aを用いてアミンから2ステップで57%収率においてアニスアミドを得た:H NMR(CDCl):δ=7.75(m,3H),7.73(d,6H),7.43(t,3H),7.25(m,5H),6.80(d,6H),6.51(brs,1H),5.01(s,2H),3.72(s,9H),3.58(m,6H),3.21(m,12H),2.33(t,3H),2.25(t,2H),2.02(t,2H),1.64(q,6H),1.52(p,2H),1.41(q,2H),1.12(m,12H)ppm.
脱ベンジル化の一般的手順

ベンジルエステル(10g)を酢酸エチル(100ml)とメタノール(25ml)との混合物に溶解させて、次にPd/C、1g(10%パラジウム含量)をアルゴン雰囲気下で加え、次にこの反応混合物を真空下に置き、水素でフラッシュし、H雰囲気下室温で3時間撹拌した。TLCにより反応の完了が指示され、セライトパッドでろ過し、メタノールで洗浄し、蒸発乾固させると、泡沫状の白色の固体が産生した。

収率98%、H NMR(CDOD):δ=8.35(t,1H),8.01(t,1H),7.82(d,6H),7.27(d,1H),6.99(d,6H),3.85(s,9H),3.68(m,12H),3.41(m,6H),3.29(m,6H),2.42(m,6H),2.31(q,2H),2.21(td,2H),1.80(m,8H)ppm.

収率94%、H NMR(CDOD):δ=8.36(t,2H),8.02(t,2H),7.82(d,6H),7.23(d,1H),6.98(d,6H),3.85(s,9H),3.70(s,6H),3.67(t,6H),3.41(q,4H),3.28(m,8H),2.42(t,6H),2.27(t,2H),2.13(t,2H),1.79(p,6H),1.54(dp,4H),1.25(m,12H)ppm.
実施例19.患者筋芽細胞の「前分化」のためのジムノシス投与に関するタイムライン
本開示では、本開示の技術の特性及び/又は活性の評価に、様々な技術、例えば、米国特許第9394333号、米国特許第9744183号、米国特許第9605019号、米国特許第9598458号、米国特許出願公開第2015/0211006号、米国特許出願公開第2017/0037399号、国際公開第2017/015555号、国際公開第2017/192664号、国際公開第2017/015575号、国際公開第2017/062862号、国際公開第2017/160741号、国際公開第2017/192679号及び国際公開第2017/210647号等に記載されるものを利用することができる。一部の実施形態において、本開示の技術、例えば、オリゴヌクレオチド並びにその組成物及び使用方法は、予想外にも、好適な参照技術(例えば、同じ塩基配列を有するが、生理的pHで中性及び/又はカチオン性インターヌクレオチド結合を有しないオリゴヌクレオチドのステレオランダムな組成物に基づく技術)と比較して優れた結果を実証する。以下には、本開示に記載されるオリゴヌクレオチドの特性及び/又は活性の評価に有用であり得る例示的技術を記載する。当業者は、以下に例示される条件は異なり得る/変更し得ること並びにそれに加えて及び/又はそれに代えて、他の好適な試薬、温度、条件、時間、量等を本開示において利用し得ることを理解する。
患者由来筋芽細胞株の維持:
DMDΔ52及びDMDΔ45-52筋芽細胞は、5%FBS、1×ペニシリン-ストレプトマイシン及び1×L-グルタミンを補足した完全骨格筋成長培地(Promocell、Heidelberg、独国)に維持した。フラスコ又はプレートをMatrigel:DMEM溶液(1:100)で好適な時間、例えば30分間にわたってコートし、その後Matrigel:DMEM溶液を吸引によって除去してから、細胞を完全骨格筋成長培地に播種した。
標準的な投与手順(0日間前分化)
1日目:好適な細胞成長容器、例えば6ウェルプレート又は24ウェルプレートをMatrigel:DMEM溶液でコートする。ある条件、例えば37℃、5%COで好適な時間、例えば30分間にわたってインキュベートする。吸引し、細胞成長容器に好適な数の細胞、例えば6ウェルプレートでは合計1500μlの完全成長培地中に150K細胞/ウェル、24ウェルプレートでは500ulの成長培地中に30K細胞/ウェルを播種する。好適な条件で好適な期間にわたって、例えば、37℃、5%COで一晩インキュベートする。
2日目:好適な分化培地、例えば、DMEM+5%ウマ血清+10μg/mlインスリンを調製する。分化培地中に好適なオリゴヌクレオチド希釈液、例えば、30uM、10uM、3.33uM、1.11uM、0.37uMの段階希釈液を調製する。接着細胞から成長培地を吸い取り、細胞にオリゴヌクレオチド:分化培地溶液を加える。細胞の回収時までオリゴヌクレオチドは細胞に接し続ける(培地交換なし)。
6日目:RNAを入手する。典型的な手順では、好適な数の細胞、例えば、24ウェルプレートのウェルからの細胞を例えば冷PBSで洗浄し、続いて好適な量のRNA抽出及び試料/RNA抽出の保存用試薬、例えば24ウェルプレートでは500ul/ウェルのTRIZOLを加え、プレートを-80℃で凍結するか、又はRNA抽出を継続してRNAを得た。
8日目:タンパク質を入手する。典型的な手順では、好適な数の細胞、例えば、6ウェルプレートのウェル内の細胞を例えば冷PBSで洗浄した。次に好適な量の好適な溶解緩衝液-例えば、典型的な手順では、6ウェルプレートについてプロテアーゼ阻害薬を補足した200ul/ウェルのRIPAを加えた。溶解後、試料を保存し、例えば-80℃で凍結し得るか、又はタンパク質抽出を継続し得る。
他の好適な手順、例えば以下に記載されるものを用い得る。当業者が理解するとおり、試薬、温度、条件、時点、量等の多くのパラメータは、変更され得る。
4日間前分化投与手順
1日目:6ウェルプレート又は24ウェルプレートをMatrigel:DMEM溶液でコートする。37℃、5%COで30分間インキュベートする。吸引し、6ウェルプレートでは合計1500μlの完全成長培地中に150K細胞/ウェル、24ウェルプレートでは500ulの成長培地中に30K細胞/ウェルを播種する。37℃、5%COで一晩インキュベートする。
2日目:分化培地を以下のとおり調製する:DMEM+5%ウマ血清+10μg/mlインスリン。成長培地を吸引し、分化培地を補充する。
6日目:細胞を4日間分化させる。分化培地中にオリゴヌクレオチド希釈液、例えば30uM、10uM、3.33uM、1.11uM、0.37uMの段階希釈液を調製する。接着細胞から分化培地を吸い取り、細胞にオリゴヌクレオチド:分化培地溶液を加える。オリゴヌクレオチドは細胞の回収時まで細胞に接し続ける(培地交換なし)。
10日目:24ウェルプレート内の細胞を冷PBSで洗浄し、24ウェルプレートに500ul/ウェルのTRIZOLを加え、プレートを-80℃で凍結するか、又はRNA抽出を継続する。
12日目:6ウェルプレート内の細胞を冷PBSで洗浄する。プロテアーゼ阻害薬を補足した200ul/ウェルのRIPAを加える。プレートを-80℃で凍結するか、又はタンパク質抽出を継続する。
7日間前分化投与手順
1日目:6ウェルプレート又は24ウェルプレートをMatrigel:DMEM溶液でコートする。37℃、5%COで30分間インキュベートする。吸引し、6ウェルプレートでは合計1500μlの完全成長培地中に150K細胞/ウェル、24ウェルプレートでは500ulの成長培地中に30K細胞/ウェルを播種した。37℃、5%COで一晩インキュベートする。
2日目:分化培地を以下のとおり調製する:DMEM+5%ウマ血清+10μg/mlインスリン。成長培地を吸収し、分化培地を補充する。
9日目:細胞を7日間分化させる。分化培地中にオリゴヌクレオチド希釈液、例えば30uM、10uM、3.33uM、1.11uM、0.37uMの段階希釈液を調製する。接着細胞から分化培地を吸い取り、細胞にオリゴヌクレオチド:分化培地溶液を加える。オリゴヌクレオチドは細胞の回収時まで細胞に接し続ける(培地交換なし)。
13日目:24ウェルプレート内の細胞を冷PBSで洗浄し、24ウェルプレートに500ul/ウェルのTRIZOLを加え、プレートを-80℃で凍結するか、又はRNA抽出を継続する。
15日目:6ウェルプレート内の細胞を冷PBSで洗浄する。プロテアーゼ阻害薬を補足した200ul/ウェルのRIPAを加える。プレートを-80℃で凍結するか、又はタンパク質抽出を継続する。
10日間前分化投与手順
1日目:6ウェルプレート又は24ウェルプレートをMatrigel:DMEM溶液でコートする。37℃、5%COで30分間インキュベートする。吸引し、6ウェルプレートでは合計1500μlの完全成長培地中に150K細胞/ウェル、24ウェルプレートでは500ulの成長培地中に30K細胞/ウェルを播種した。37℃、5%COで一晩インキュベートする。
2日目:分化培地を以下のとおり調製する:DMEM+5%ウマ血清+10μg/mlインスリン。成長培地を吸収し、分化培地を補充する。
12日目:細胞を10日間分化させる。分化培地中にオリゴヌクレオチド希釈液、例えば30uM、10uM、3.33uM、1.11uM、0.37uMの段階希釈液を調製する。接着細胞から分化培地を吸い取り、細胞にオリゴヌクレオチド:分化培地溶液を加える。オリゴヌクレオチドは細胞の回収時まで細胞に接し続ける(培地交換なし)。
16日目:24ウェルプレート内の細胞を冷PBSで洗浄し、24ウェルプレートに500ul/ウェルのTRIZOLを加え、プレートを-80℃で凍結するか、又はRNA抽出を継続する。
18日目:6ウェルプレート内の細胞を冷PBSで洗浄する。プロテアーゼ阻害薬を補足した200ul/ウェルのRIPAを加える。プレートを-80℃で凍結するか、又はタンパク質抽出を継続する。
実施例20.マルチエクソンスキッピングアッセイ
本明細書に記載されるアッセイは、各変異体(定量化)の頻度で任意の遺伝子のスプライス変異体を検出するように適合させることができる。例としてDMDエクソン43~エクソン64を使用する。
とりわけ、このアッセイのユニークな特徴は、逆転写プライマーにユニーク分子識別配列(UMI)がユニークなPCRハンドラー配列(これは、ゲノム又はトランスクリプトーム配列との相同性のない任意の配列であり得る)と共に導入されることである。従って、各cDNAがそのユニークなUMI(バーコード)を有し、これは後のシーケンシング解析において、小さいアンプリコンへのPCR及びシーケンシングバイアスを解消するために使用することができる。
典型的な手順では、これらのステップには以下が含まれる:5’末端におけるPCRハンドル、次にUMI/バーコードを作り出すランダムに取り込まれるヌクレオチドの8~16配列及びエクソン64における逆相補配列を含有するリバースRTプライマー(表中のリバースRTプライマー)、これを使用して、RTキット(例えば、SuperScript IV、ThermoFisher、Cambridge, MA)により逆転写をプライミングした。次にプライマリー及びネステッドPCRを実行して、PacBioロングレンジシーケンシング又はOxford Nanopore MinIONプラットフォームに使用される遺伝子特異的断片を増幅した。
NGS配列(BAMファイル)を参照配列(例えばDMD)にマッピングしてスプライス変異体(エクソン接合部)を同定した。各スプライス変異体におけるUMIをカウントし、各変異体のUMIカウントを全ての変異体の総UMIカウントで除すことにより、変異体頻度を計算した。
このプロセスの説明図を図2に示す。
例示的リバースRTプライマー:

5’-大文字=N1結合配列(ネステッド二次)
N…..N=UMI
下線=エクソン64の遺伝子特異的配列
フォワードプライマー(エクソン43):
Fnest=5’-gaagctctctcccagcttgat-3’
とりわけ、本開示は、以下の例示的実施形態を提供する。
1.1)塩基配列;
2)骨格結合のパターン;
3)骨格キラル中心のパターン;及び
4)骨格リン修飾のパターン
によって定義される特定のオリゴヌクレオチドタイプの複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物であって、
複数のオリゴヌクレオチドは、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19又は20個のキラル制御されたインターヌクレオチド結合を含み;及び
オリゴヌクレオチド組成物は、それが転写物スプライシングシステム内の転写物と接触されるとき、その組成物が存在しないこと、参照組成物が存在すること及びこれらの組み合わせからなる群から選択される参照条件下で観察されるものに対して転写物のスプライシングが変化されることを特徴とする、オリゴヌクレオチド組成物。
2.転写物は、ジストロフィン転写物である、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
3.転写物のスプライシングは、エクソン45、51若しくは53又は多重エクソンのスキッピングレベルが増加するように変化される、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
4.複数のオリゴヌクレオチドの各キラルインターヌクレオチド結合は、独立に、キラル制御されたインターヌクレオチド結合である、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
5.各キラル修飾インターヌクレオチド結合は、独立に、そのキラル結合リンにおいて少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%又は99%の立体純度を有する、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
6.塩基配列は、表A1にある任意のオリゴヌクレオチドの塩基配列であるか、又はそれを含むか、又はその15隣接塩基を含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
7.骨格結合のパターンは、少なくとも1つの非負電荷インターヌクレオチド結合を含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
8.骨格結合のパターンは、中性インターヌクレオチド結合である少なくとも1つの非負電荷インターヌクレオチド結合を含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
9.骨格結合のパターンは、トリアゾール、中性トリアゾール、アルキン又は環状グアニジンであるか又はそれを含む少なくとも1つの中性インターヌクレオチド結合を含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
10.オリゴヌクレオチドタイプは、コレステロール;L-カルニチン(アミド及びカルバメート結合);葉酸;ガンボギン酸;切断可能な脂質(1,2-ジラウリン及びエステル結合);インスリン受容体リガンド;CPP;グルコース(トリアンテナ及びヘキサアンテナ型);又はマンノース(トリアンテナ及びヘキサアンテナ型、α及びβ)のいずれかを含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
11.オリゴヌクレオチドタイプは、表A1に挙げられる任意のオリゴヌクレオチドである、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
12.1)塩基配列;
2)骨格結合のパターン;
3)骨格キラル中心のパターン;及び
4)骨格リン修飾のパターン
によって定義される特定のオリゴヌクレオチドタイプの複数のオリゴヌクレオチドを含む組成物であって、
キラル制御されており、及び同じ塩基配列、骨格結合のパターン及び骨格リン修飾のパターンを有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミ体の製剤と比べて特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドが強化されており、
それが転写物スプライシングシステム内の転写物と接触されるとき、その組成物が存在しないこと、参照組成物が存在すること及びこれらの組み合わせからなる群から選択される参照条件下で観察されるものに対してエクソンのスキッピングレベルが増加する点で転写物のスプライシングが変化されることを特徴とする、オリゴヌクレオチド組成物。
13.転写物は、ジストロフィン転写物である、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
14.エクソンは、DMDエクソン45、51若しくは53又は多重DMDエクソンであり、転写物のスプライシングは、エクソン45、51若しくは53又は多重エクソンのスキッピングレベルが増加するように変化される、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
15.骨格キラル中心のパターンは、少なくとも1つのSpを含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
16.骨格キラル中心のパターンは、少なくとも1つのRpを含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
17.組成物は、キラル的に純粋な組成物である、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
18.各キラル修飾インターヌクレオチド結合は、独立に、そのキラル結合リンにおいて少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%又は99%の立体純度を有する、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
19.塩基配列は、表A1にある任意のオリゴヌクレオチドの塩基配列であるか、又はそれを含むか、又はその15隣接塩基を含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
20.骨格結合のパターンは、少なくとも1つの非負電荷インターヌクレオチド結合を含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
21.骨格結合のパターンは、中性インターヌクレオチド結合である少なくとも1つの非負電荷インターヌクレオチド結合を含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
22.骨格結合のパターンは、トリアゾール、中性トリアゾール、アルキン又は環状グアニジンであるか又はそれを含む少なくとも1つの中性インターヌクレオチド結合を含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
23.オリゴヌクレオチドタイプは、コレステロール;L-カルニチン(アミド及びカルバメート結合);葉酸;ガンボギン酸;切断可能な脂質(1,2-ジラウリン及びエステル結合);インスリン受容体リガンド;CPP;グルコース(トリアンテナ及びヘキサアンテナ型);又はマンノース(トリアンテナ及びヘキサアンテナ型、α及びβ)のいずれかを含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
24.オリゴヌクレオチドタイプは、表A1に挙げられる任意のオリゴヌクレオチドである、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
25.1)塩基配列;
2)骨格結合のパターン;及び
3)骨格リン修飾のパターン
によって定義される特定のオリゴヌクレオチドタイプの複数のオリゴヌクレオチドを含む組成物であって、
複数のオリゴヌクレオチドは、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19又は20個の非負電荷インターヌクレオチド結合を含み;
オリゴヌクレオチド組成物は、それが転写物スプライシングシステム内の転写物と接触されるとき、その組成物が存在しないこと、参照組成物が存在すること及びこれらの組み合わせからなる群から選択される参照条件下で観察されるものに対してエクソンのスキッピングレベルが増加する点で転写物のスプライシングが変化されることを特徴とする、オリゴヌクレオチド組成物。
26.転写物は、ジストロフィン転写物である、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
27.エクソンは、DMDエクソン45、51若しくは53又は多重DMDエクソンであり、転写物のスプライシングは、エクソン45、51若しくは53又は多重エクソンのスキッピングレベルが増加するように変化される、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
28.各非負電荷インターヌクレオチド結合は、独立に、その少なくとも50%がpH7.4においてその非負電荷型で存在するインターヌクレオチド結合である、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
29.各非負電荷インターヌクレオチド結合は、独立に、中性インターヌクレオチド結合であり、インターヌクレオチド結合の少なくとも50%は、pH7.4においてその中性型で存在する、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
30.中性型の各非負電荷インターヌクレオチド結合は、独立に、8、9、10、11、12、13又は14以上のpKaを有する、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
31.中性型の各非負電荷インターヌクレオチド結合は、それが連結する単位が-CHで置き換えられるとき、独立に、8、9、10、11、12、13又は14以上のpKaを有する、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
32.参照条件は、その組成物が存在しないことである、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
33.参照条件は、参照組成物が存在することである、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
34.参照組成物は、他の点で同一の組成物であって、複数のオリゴヌクレオチドは、キラル制御されたインターヌクレオチド結合を含まない、組成物である、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
35.参照組成物は、他の点で同一の組成物であって、複数のオリゴヌクレオチドは、非負電荷インターヌクレオチド結合を含まない、組成物である、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
36.骨格結合のパターンは、リン酸ジエステル、ホスホロチオエート及びホスホジチオエート結合から選択される1つ以上の骨格結合を含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
37.複数のオリゴヌクレオチドは、それぞれ1つ以上の糖修飾を含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
38.糖修飾は、2’-O-メチル、2’-MOE、2’-F、モルホリノ及び二環式糖部分から選択される1つ以上の修飾を含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
39.1つ以上の糖修飾は、2’-F修飾である、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
40.複数のオリゴヌクレオチドは、それぞれ2’-F修飾糖部分を含む1、2、3、4、5、6、7、8、9、10ヌクレオシド単位又はそれを超えるものを含む5’末端領域を含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
41.複数のオリゴヌクレオチドは、それぞれ2’-F修飾糖部分を含む1、2、3、4、5、6、7、8、9、10ヌクレオシド単位又はそれを超えるものを含む3’末端領域を含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
42.複数のオリゴヌクレオチドは、それぞれリン酸ジエステル結合を含む1、2、3、4、5、6、7、8、9、10ヌクレオチド単位又はそれを超えるものを含む、5’末端領域と3’領域との間の中間領域を含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
43.塩基配列は、表A1にある任意のオリゴヌクレオチドの塩基配列であるか、又はそれを含むか、又はその15隣接塩基を含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
44.骨格結合のパターンは、少なくとも1つの非負電荷インターヌクレオチド結合を含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
45.骨格結合のパターンは、中性インターヌクレオチド結合である少なくとも1つの非負電荷インターヌクレオチド結合を含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
46.骨格結合のパターンは、トリアゾール、中性トリアゾール、アルキン又は環状グアニジンであるか又はそれを含む少なくとも1つの中性インターヌクレオチド結合を含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
47.オリゴヌクレオチドタイプは、コレステロール;L-カルニチン(アミド及びカルバメート結合);葉酸;ガンボギン酸;切断可能な脂質(1,2-ジラウリン及びエステル結合);インスリン受容体リガンド;CPP;グルコース(トリアンテナ及びヘキサアンテナ型);又はマンノース(トリアンテナ及びヘキサアンテナ型、α及びβ)のいずれかを含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
48.オリゴヌクレオチドタイプは、表A1に挙げられる任意のオリゴヌクレオチドである、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
49.1)塩基配列;
2)骨格結合のパターン;及び
3)骨格リン修飾のパターン
によって定義される特定のオリゴヌクレオチドタイプの複数のオリゴヌクレオチドを含む組成物であって、
複数のオリゴヌクレオチドは、
1)2’-F修飾糖部分を含む1、2、3、4、5、6、7、8、9、10ヌクレオシド単位又はそれを超えるものを含む5’末端領域;
2)2’-F修飾糖部分を含む1、2、3、4、5、6、7、8、9、10ヌクレオシド単位又はそれを超えるものを含む3’末端領域;及び
3)リン酸ジエステル結合を含む1、2、3、4、5、6、7、8、9、10ヌクレオチド単位又はそれを超えるものを含む、5’末端領域と3’領域との間の中間領域
を含む、組成物。
50.それが転写物スプライシングシステム内の転写物と接触されるとき、その組成物が存在しないこと、参照組成物が存在すること及びこれらの組み合わせからなる群から選択される参照条件下で観察されるものに対してエクソンのスキッピングレベルが増加する点で転写物のスプライシングが変化されることを特徴とする、実施形態43又は49の組成物。
51.転写物は、ジストロフィン転写物である、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
52.エクソンは、DMDエクソン45、51若しくは53又は多重DMDエクソンであり、転写物のスプライシングは、エクソン45、51若しくは53又は多重エクソンのスキッピングレベルが増加するように変化される、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
53.5’末端領域は、2’-F修飾糖部分を含まないヌクレオシド単位を1つ以上含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
54.3’末端領域は、2’-F修飾糖部分を含まないヌクレオシド単位を1つ以上含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
55.中間領域は、リン酸ジエステル結合を含まないヌクレオチド単位を1つ以上含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
56.5’末端の2’-F修飾糖部分と修飾インターヌクレオチド結合とを含む1、2、3、4、5、6、7、8、9、10ヌクレオシド単位又はそれを超えるものの最初は、オリゴヌクレオチドの5’末端から1番目、2番目、3番目、4番目又は5番目のヌクレオシド単位であり、及び3’末端の2’-F修飾糖部分と修飾インターヌクレオチド結合とを含む1、2、3、4、5、6、7、8、9、10ヌクレオシド単位又はそれを超えるものの最後は、オリゴヌクレオチドの1番後ろ、2番目に後ろ、3番目に後ろ、4番目に後ろ又は5番目に後ろのヌクレオシド単位である、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
57.2’-F修飾糖部分を含む2、3、4、5、6、7、8、9、10個又はそれを超える連続するヌクレオシド単位を含む5’末端領域である、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
58.2’-F修飾糖部分を含む5、6、7、8、9、10個又はそれを超える連続するヌクレオシド単位を含む5’末端領域である、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
59.2’-F修飾糖部分を含む2、3、4、5、6、7、8、9、10個又はそれを超える連続するヌクレオシド単位を含む3’末端領域である、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
60.2’-F修飾糖部分を含む5、6、7、8、9、10個又はそれを超える連続するヌクレオシド単位を含む3’末端領域である、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
61.5’末端領域における2’-F修飾糖部分を含む2つのヌクレオシド単位間の各インターヌクレオチド結合は、独立に、修飾インターヌクレオチド結合である、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
62.3’末端領域における2’-F修飾糖部分を含む2つのヌクレオシド単位間の各インターヌクレオチド結合は、独立に、修飾インターヌクレオチド結合である、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
63.各修飾インターヌクレオチド結合は、独立に、キラルインターヌクレオチド結合である、実施形態61又は62の組成物。
64.各修飾インターヌクレオチド結合は、独立に、キラル制御されたインターヌクレオチド結合である、実施形態61又は62の組成物。
65.各修飾インターヌクレオチド結合は、ホスホロチオエートインターヌクレオチド結合である、実施形態61又は62の組成物。
66.各修飾インターヌクレオチド結合は、キラル制御されたホスホロチオエートインターヌクレオチド結合である、実施形態61又は62の組成物。
67.各修飾インターヌクレオチド結合は、Spキラル制御されたホスホロチオエートインターヌクレオチド結合である、実施形態61又は62の組成物。
68.中間領域は、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10個又はそれを超える天然リン酸結合を含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
69.中間領域は、2’-OR修飾糖部分を含むヌクレオシド単位と2’-F修飾糖部分を含むヌクレオシド単位との間又は2’-OR修飾糖部分(式中、Rは、任意選択で置換されているC1~6アルキルである)をそれぞれ独立に含む2つのヌクレオシド単位間にそれぞれ独立にある1、2、3、4、5、6、7、8、9、10個又はそれを超える天然リン酸結合を含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
70.中間領域は、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10個又はそれを超える非負電荷インターヌクレオチド結合を含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
71.中間領域は、2’-OR修飾糖部分を含むヌクレオシド単位と2’-F修飾糖部分を含むヌクレオシド単位との間又は2’-OR修飾糖部分(式中、Rは、任意選択で置換されているC1~6アルキルである)をそれぞれ独立に含む2つのヌクレオシド単位間にそれぞれ独立にある1、2、3、4、5、6、7、8、9、10個又はそれを超える非負電荷インターヌクレオチド結合を含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
72.2’-ORは、2’-OCHである、実施形態69又は71の組成物。
73.2’-ORは、2’-OCHCHOCHである、実施形態69又は71の組成物。
74.5’末端領域は、少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9又は10個のキラル修飾インターヌクレオチド結合を含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
75.5’末端領域は、少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9又は10個の連続するキラル修飾インターヌクレオチド結合を含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
76.5’末端領域の各インターヌクレオチド結合は、キラル修飾インターヌクレオチド結合である、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
77.3’末端領域は、少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9又は10個のキラル修飾インターヌクレオチド結合を含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
78.3’末端領域は、少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9又は10個の連続するキラル修飾インターヌクレオチド結合を含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
79.3’末端領域の各インターヌクレオチド結合は、キラル修飾インターヌクレオチド結合である、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
80.中間領域は、少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9又は10個のキラル修飾インターヌクレオチド結合を含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
81.中間領域は、少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9又は10個の連続するキラル修飾インターヌクレオチド結合を含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
82.各キラル修飾インターヌクレオチド結合は、独立に、キラル制御されたインターヌクレオチド結合である、実施形態74~81のいずれか1つの組成物。
83.各キラル修飾インターヌクレオチド結合は、独立に、そのキラル制御された結合リンがSp配置を有するキラル制御されたインターヌクレオチド結合である、実施形態74~81のいずれか1つの組成物。
84.各キラル修飾インターヌクレオチド結合は、独立に、キラル制御されたホスホロチオエートインターヌクレオチド結合である、実施形態74~83のいずれか1つの組成物。
85.中間領域は、少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9又は10個の非負電荷インターヌクレオチド結合を含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
86.中間領域は、少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9又は10個の中性インターヌクレオチド結合を含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
87.中性インターヌクレオチド結合は、キラルインターヌクレオチド結合である、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
88.中性インターヌクレオチド結合は、その結合リンにおいて独立にRp又はSpのキラル制御されたインターヌクレオチド結合である、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
89.塩基配列は、ジストロフィン遺伝子の20塩基長部分と比べて5個以下のミスマッチを有する配列又はその相補体を含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
90.複数のオリゴヌクレオチドの塩基配列の長さは、50塩基以下である、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
91.骨格キラル中心のパターンは、独立に、Rp又はSpの少なくとも3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24又は25個のキラル制御された中心を含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
92.骨格キラル中心のパターンは、独立に、Rp又はSpの少なくとも5個のキラル制御された中心を含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
93.骨格キラル中心のパターンは、独立に、Rp又はSpの少なくとも6個のキラル制御された中心を含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
94.骨格キラル中心のパターンは、独立に、Rp又はSpの少なくとも10個のキラル制御された中心を含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
95.特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドは、ジストロフィン遺伝子の1つ以上のエクソンのスキッピングを媒介する能力を有する、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
96.複数のオリゴヌクレオチドは、ジストロフィン遺伝子のエクソン45、51又は53のスキッピングを媒介する能力を有する、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
97.複数のオリゴヌクレオチドは、ジストロフィン遺伝子のエクソン45のスキッピングを媒介する能力を有する、実施形態96の組成物。
98.複数のオリゴヌクレオチドは、ジストロフィン遺伝子のエクソン51のスキッピングを媒介する能力を有する、実施形態96の組成物。
99.複数のオリゴヌクレオチドは、ジストロフィン遺伝子のエクソン53のスキッピングを媒介する能力を有する、実施形態96の組成物。
100.塩基配列は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドの配列と比べて5個以下のミスマッチを有する配列を含む、実施形態97の組成物。
101.塩基配列は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドの配列を含むか又はそれである、実施形態97の組成物。
102.塩基配列は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドのものである、実施形態97の組成物。
103.塩基配列は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドの配列と比べて5個以下のミスマッチを有する配列を含む、実施形態97の組成物。
104.塩基配列は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドを含むか又はそれである、実施形態97の組成物。
105.塩基配列は、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドである、実施形態97の組成物。
106.複数のオリゴヌクレオチドは、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドである、前出の実施形態のいずれかの組成物。
107.特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドは、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドである、実施形態18の組成物。
108.塩基配列は、表A1にある任意のオリゴヌクレオチドの塩基配列であるか、又はそれを含むか、又はその15隣接塩基を含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
109.骨格結合のパターンは、少なくとも1つの非負電荷インターヌクレオチド結合を含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
110.オリゴヌクレオチドは、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10個又はそれを超える非負電荷インターヌクレオチド結合を含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
111.オリゴヌクレオチドは、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10個又はそれを超えるキラル制御された非負電荷インターヌクレオチド結合を含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
112.オリゴヌクレオチドは、2、3、4、5、6、7、8、9、10個又はそれを超える連続する非負電荷インターヌクレオチド結合を含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
113.オリゴヌクレオチドは、2、3、4、5、6、7、8、9、10個又はそれを超える連続するキラル制御された非負電荷インターヌクレオチド結合を含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
114.オリゴヌクレオチドは、ウィング-コア-ウィング、コア-ウィング又はウィング-コア構造を含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
115.ウィングは、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10個又はそれを超える非負電荷インターヌクレオチド結合を含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
116.オリゴヌクレオチドは、ウィング-コア-ウィング、コア-ウィング又はウィング-コア構造を含み、ここで、ウィングは、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10個又はそれを超えるキラル制御された非負電荷インターヌクレオチド結合を含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
117.オリゴヌクレオチドは、ウィング-コア-ウィング、コア-ウィング又はウィング-コア構造を含み、ここで、ウィングは、2、3、4、5、6、7、8、9、10個又はそれを超える連続する非負電荷インターヌクレオチド結合を含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
118.オリゴヌクレオチドは、ウィング-コア-ウィング、コア-ウィング又はウィング-コア構造を含み、ここで、ウィングは、2、3、4、5、6、7、8、9、10個又はそれを超える連続するキラル制御された非負電荷インターヌクレオチド結合を含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
119.オリゴヌクレオチドは、ウィング-コア-ウィング構造を含むか又はそれからなり、ここで、一方のウィングのみは、1つ以上の非負電荷インターヌクレオチド結合を含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
120.オリゴヌクレオチドは、ウィング-コア-ウィング、コア-ウィング又はウィング-コア構造を含み、ここで、コアは、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10個又はそれを超える非負電荷インターヌクレオチド結合を含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
121.オリゴヌクレオチドは、ウィング-コア-ウィング、コア-ウィング又はウィング-コア構造を含み、ここで、コアは、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10個又はそれを超えるキラル制御された非負電荷インターヌクレオチド結合を含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
122.オリゴヌクレオチドは、ウィング-コア-ウィング、コア-ウィング又はウィング-コア構造を含み、ここで、コアは、2、3、4、5、6、7、8、9、10個又はそれを超える連続する非負電荷インターヌクレオチド結合を含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
123.オリゴヌクレオチドは、ウィング-コア-ウィング、コア-ウィング又はウィング-コア構造を含み、ここで、コアは、2、3、4、5、6、7、8、9、10個又はそれを超える連続するキラル制御された非負電荷インターヌクレオチド結合を含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
124.ウィングのインターヌクレオチド結合の40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%又は100%は、独立に、非負電荷インターヌクレオチド結合、天然リン酸インターヌクレオチド結合又はRpキラルインターヌクレオチド結合である、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
125.ウィングのインターヌクレオチド結合の40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%又は100%は、独立に、非負電荷インターヌクレオチド結合又は天然リン酸インターヌクレオチド結合である、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
126.ウィングのインターヌクレオチド結合の40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%又は100%は、独立に、非負電荷インターヌクレオチド結合である、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
127.パーセンテージは、50%以上である、実施形態124~126のいずれか1つの組成物。
128.パーセンテージは、60%以上である、実施形態124~126のいずれか1つの組成物。
129.パーセンテージは、75%以上である、実施形態124~126のいずれか1つの組成物。
130.パーセンテージは、80%以上である、実施形態124~126のいずれか1つの組成物。
131.パーセンテージは、90%以上である、実施形態124~126のいずれか1つの組成物。
132.オリゴヌクレオチドは、それぞれ非負電荷インターヌクレオチド結合と天然リン酸インターヌクレオチド結合とを含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
133.オリゴヌクレオチドは、それぞれ非負電荷インターヌクレオチド結合と、天然リン酸インターヌクレオチド結合と、Rpキラルインターヌクレオチド結合とを含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
134.ウィングは、非負電荷インターヌクレオチド結合と天然リン酸インターヌクレオチド結合とを含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
135.ウィングは、非負電荷インターヌクレオチド結合と、天然リン酸インターヌクレオチド結合と、Rpキラルインターヌクレオチド結合とを含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
136.コアは、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10個又はそれを超える非負電荷インターヌクレオチド結合を含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
137.同じオリゴヌクレオチドの全ての非負電荷インターヌクレオチド結合は、同じ化学構成を有する、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
138.非負電荷インターヌクレオチド結合の各々は、独立に、式I-n-1、式I-n-2、式I-n-3、式I-n-4、式II、式II-a-1、式II-a-2、式II-b-1、式II-b-2、式II-c-1、式II-c-2、式II-d-1、式II-d-2又はその塩形態の構造を有する、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
139.非負電荷インターヌクレオチド結合の各々は、独立に、式I-n-1、式I-n-2、式I-n-3、式I-n-4、式II、式II-a-1、式II-a-2、式II-b-1、式II-b-2、式II-c-1、式II-c-2、式II-d-1、式II-d-2又はその塩形態の構造を有する、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
140.非負電荷インターヌクレオチド結合の各々は、独立に、式II、式II-a-1、式II-a-2、式II-b-1、式II-b-2、式II-c-1、式II-c-2、式II-d-1、式II-d-2又はその塩形態の構造を有する、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
141.非負電荷インターヌクレオチド結合の各々は、独立に、式II、式II-a-1、式II-a-2、式II-b-1、式II-b-2、式II-c-1、式II-c-2、式II-d-1、式II-d-2又はその塩形態の構造を有する、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
142.骨格結合のパターンは、中性インターヌクレオチド結合である少なくとも1つの非負電荷インターヌクレオチド結合を含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
143.骨格結合のパターンは、トリアゾール、中性トリアゾール、アルキン又は環状グアニジンであるか又はそれを含む少なくとも1つの中性インターヌクレオチド結合を含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
144.オリゴヌクレオチドタイプは、コレステロール;L-カルニチン(アミド及びカルバメート結合);葉酸;ガンボギン酸;切断可能な脂質(1,2-ジラウリン及びエステル結合);インスリン受容体リガンド;CPP;グルコース(トリアンテナ及びヘキサアンテナ型);又はマンノース(トリアンテナ及びヘキサアンテナ型、α及びβ)のいずれかを含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
145.オリゴヌクレオチドタイプは、表A1に挙げられる任意のオリゴヌクレオチドである、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
146.オリゴヌクレオチドの各々は、オリゴヌクレオチドのオリゴヌクレオチド鎖に任意選択でリンカー部分を介してコンジュゲートした化学的部分を含み、ここで、化学的部分は、炭水化物部分、ペプチド部分、受容体リガンド部分又は-N(R、-N(R若しくは-N=C(N(Rの構造を有する部分を含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
147.オリゴヌクレオチドの各々は、オリゴヌクレオチドのオリゴヌクレオチド鎖に任意選択でリンカー部分を介してコンジュゲートした化学的部分を含み、ここで、化学的部分は、グアニジン部分を含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
148.オリゴヌクレオチドの各々は、オリゴヌクレオチドのオリゴヌクレオチド鎖に任意選択でリンカー部分を介してコンジュゲートした化学的部分を含み、ここで、化学的部分は、-N=C(N(CHを含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
149.特定のオリゴヌクレオチドタイプの塩基配列を有する組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも5%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%又は90%は、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドである、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
150.特定のオリゴヌクレオチドタイプの塩基配列、骨格結合のパターン及び骨格リン修飾のパターンを有する組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも5%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%又は90%は、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドである、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
151.特定のタイプのオリゴヌクレオチドは、構造的に同一である、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
152.非負電荷インターヌクレオチド結合は、ホスホロアミデート結合である、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
153.非負電荷インターヌクレオチド結合は、グアニジン部分を含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
154.非負電荷インターヌクレオチド結合は、式I:

(式中、
は、P(=W)、P又はP→B(R’)であり;
Wは、O、N(-L-R)、S又はSeであり;
及びRの各々は、独立に、-H、-L-R’、ハロゲン、-CN、-NO、-L-Si(R’)、-OR’、-SR’又は-N(R’)であり;
X、Y及びZの各々は、独立に、-O-、-S-、-N(-L-R)-又はLであり;
各Lは、独立に、共有結合又はC1~30脂肪族基及び1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族基から選択される、二価の、任意選択で置換されている直鎖若しくは分枝状の基であり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、C1~6アルキレン、C1~6アルケニレン、-C≡C-、1~5個のヘテロ原子を有する二価C~Cヘテロ脂肪族基、-C(R’)-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)O-、-S(O)-、-S(O)-、-S(O)N(R’)-、-C(O)S-、-C(O)O-、-P(O)(OR’)-、-P(O)(SR’)-、-P(O)(R’)-、-P(O)(NR’)-、-P(S)(OR’)-、-P(S)(SR’)-、-P(S)(R’)-、-P(S)(NR’)-、-P(R’)-、-P(OR’)-、-P(SR’)-、-P(NR’)-、-P(OR’)[B(R’)]-、-OP(O)(OR’)O-、-OP(O)(SR’)O-、-OP(O)(R’)O-、-OP(O)(NR’)O-、-OP(OR’)O-、-OP(SR’)O-、-OP(NR’)O-、-OP(R’)O-又は-OP(OR’)[B(R’)]O-に置き換えられ、及び1つ以上のCH又は炭素原子は、任意選択で且つ独立に、Cyに置き換えられ;
各-Cy-は、独立に、C3~20脂環族環、C6~20アリール環、1~10個のヘテロ原子を有する5~20員環ヘテロアリール環及び1~10個のヘテロ原子を有する3~20員環ヘテロシクリル環から選択される、任意選択で置換されている二価の基であり;
各Cyは、独立に、C3~20脂環族環、C6~20アリール環、1~10個のヘテロ原子を有する5~20員環ヘテロアリール環及び1~10個のヘテロ原子を有する3~20員環ヘテロシクリル環から選択される、任意選択で置換されている三価又は四価の基であり;
各R’は、独立に、-R、-C(O)R、-C(O)OR又は-S(O)Rであり;
各Rは、独立に、-H又はC1~30脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族、C6~30アリール、C6~30アリール脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC6~30アリールヘテロ脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有する5~30員環ヘテロアリール及び1~10個のヘテロ原子を有する3~30員環ヘテロシクリルから選択される、任意選択で置換されている基であるか、又は
2つのR基は、任意選択で且つ独立に、一緒になって共有結合を形成するか、又は
同じ原子上の2つ以上のR基は、任意選択で且つ独立に、その原子と一緒になって、その原子に加えて0~10個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている3~30員環単環式、二環式又は多環式環を形成するか、又は
2つ以上の原子上の2つ以上のR基は、任意選択で且つ独立に、それらの介在原子と一緒になって、それらの介在原子に加えて0~10個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている3~30員環単環式、二環式又は多環式環を形成する)
又はその塩形態の構造を有する、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
155.各非負電荷インターヌクレオチド結合は、独立に、式I又はその塩形態の構造を有する、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
156.非負電荷インターヌクレオチド結合は、式I-n-1:

又はその塩形態の構造を有する、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
157.各非負電荷インターヌクレオチド結合は、独立に、式I-n-1又はその塩形態の構造を有する、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
158.非負電荷インターヌクレオチド結合は、式I-n-2:

又はその塩形態の構造を有する、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
159.非負電荷インターヌクレオチド結合は、式I-n-3:

又はその塩形態の構造を有する、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
160.各非負電荷インターヌクレオチド結合は、独立に、式I-n-3又はその塩形態の構造を有する、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
161.非負電荷インターヌクレオチド結合は、式I-n-3又はその塩形態の構造を有し、式中、一方の-N(R’)からの1つのR’と他方の-N(R’)からの1つのR’とは、それらの介在原子と一緒になって、それらの介在原子に加えて0~10個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている3~30員環単環式、二環式又は多環式環を形成する、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
162.各非負電荷インターヌクレオチド結合は、独立に、式I-n-3又はその塩形態の構造を有し、式中、一方の-N(R’)からの1つのR’と他方の-N(R’)からの1つのR’とは、それらの介在原子と一緒になって、それらの介在原子に加えて0~10個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている3~30員環単環式、二環式又は多環式環を形成する、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
163.非負電荷インターヌクレオチド結合は、式I-n-3又はその塩形態の構造を有し、式中、一方の-N(R’)からの1つのR’と他方の-N(R’)からの1つのR’とは、それらの介在原子と一緒になって、2個以下の窒素原子を有する、任意選択で置換されている5員環単環式環を形成する、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
164.各非負電荷インターヌクレオチド結合は、独立に、式I-n-3又はその塩形態の構造を有し、式中、一方の-N(R’)からの1つのR’と他方の-N(R’)からの1つのR’とは、それらの介在原子と一緒になって、2個以下の窒素原子を有する、任意選択で置換されている5員環単環式環を形成する、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
165.形成される環は、飽和環である、実施形態159~162のいずれか1つの組成物。
166.形成される環は、部分不飽和環である、実施形態159~162のいずれか1つの組成物。
167.非負電荷インターヌクレオチド結合は、式I-n-4:

又はその塩形態の構造を有する、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
168.Lは、共有結合である、実施形態167の組成物。
169.Lは、-N(R)-である、実施形態167の組成物。
170.Lは、-N(R’)-である、実施形態167の組成物。
171.Lは、-N(R)-である、実施形態167の組成物。
172.Lは、-S(O)-である、実施形態167の組成物。
173.Lは、-S(O)-である、実施形態167の組成物。
174.Lは、-S(O)N(R’)-である、実施形態167の組成物。
175.Lは、共有結合である、実施形態167~174のいずれか1つの組成物。
176.Lは、-N(R)-である、実施形態167~174のいずれか1つの組成物。
177.Lは、-N(R’)-である、実施形態167~174のいずれか1つの組成物。
178.Lは、-N(R)-である、実施形態167~174のいずれか1つの組成物。
179.Lは、-S(O)-である、実施形態167~174のいずれか1つの組成物。
180.Lは、-S(O)-である、実施形態167~174のいずれか1つの組成物。
181.Lは、-S(O)N(R’)-である、実施形態167~174のいずれか1つの組成物。
182.非負電荷インターヌクレオチド結合は、式II:

(式中、
は、P(=W)、P又はP→B(R’)であり;
Wは、O、N(-L-R)、S又はSeであり;
X、Y及びZの各々は、独立に、-O-、-S-、-N(-L-R)-又はLであり;
は、-H、-L-R’、ハロゲン、-CN、-NO、-L-Si(R’)、-OR’、-SR’又は-N(R’)であり;
環Aは、0~10個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている3~20員環単環式、二環式又は多環式環であり;
各Rは、独立に、-H、ハロゲン、-CN、-N、-NO、-NO、-L-R’、-L-Si(R)、-L-OR’、-L-SR’、-L-N(R’)、-O-L-R’、-O-L-Si(R)、-O-L-OR’、-O-L-SR’又は-O-L-N(R’)であり;
gは、0~20であり;
各Lは、独立に、共有結合又はC1~30脂肪族基及び1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族基から選択される、二価の、任意選択で置換されている直鎖若しくは分枝状の基であり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、C1~6アルキレン、C1~6アルケニレン、-C≡C-、1~5個のヘテロ原子を有する二価C~Cヘテロ脂肪族基、-C(R’)-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)O-、-S(O)-、-S(O)-、-S(O)N(R’)-、-C(O)S-、-C(O)O-、-P(O)(OR’)-、-P(O)(SR’)-、-P(O)(R’)-、-P(O)(NR’)-、-P(S)(OR’)-、-P(S)(SR’)-、-P(S)(R’)-、-P(S)(NR’)-、-P(R’)-、-P(OR’)-、-P(SR’)-、-P(NR’)-、-P(OR’)[B(R’)]-、-OP(O)(OR’)O-、-OP(O)(SR’)O-、-OP(O)(R’)O-、-OP(O)(NR’)O-、-OP(OR’)O-、-OP(SR’)O-、-OP(NR’)O-、-OP(R’)O-又は-OP(OR’)[B(R’)]O-に置き換えられ、及び1つ以上のCH又は炭素原子は、任意選択で且つ独立に、Cyに置き換えられ;
各-Cy-は、独立に、C3~20脂環族環、C6~20アリール環、1~10個のヘテロ原子を有する5~20員環ヘテロアリール環及び1~10個のヘテロ原子を有する3~20員環ヘテロシクリル環から選択される、任意選択で置換されている二価の基であり;
各Cyは、独立に、C3~20脂環族環、C6~20アリール環、1~10個のヘテロ原子を有する5~20員環ヘテロアリール環及び1~10個のヘテロ原子を有する3~20員環ヘテロシクリル環から選択される、任意選択で置換されている三価又は四価の基であり;
各R’は、独立に、-R、-C(O)R、-C(O)OR又は-S(O)Rであり;
各Rは、独立に、-H又はC1~30脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族、C6~30アリール、C6~30アリール脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC6~30アリールヘテロ脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有する5~30員環ヘテロアリール及び1~10個のヘテロ原子を有する3~30員環ヘテロシクリルから選択される、任意選択で置換されている基であるか、又は
2つのR基は、任意選択で且つ独立に、一緒になって共有結合を形成するか、又は
同じ原子上の2つ以上のR基は、任意選択で且つ独立に、その原子と一緒になって、その原子に加えて0~10個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている3~30員環単環式、二環式又は多環式環を形成するか、又は
2つ以上の原子上の2つ以上のR基は、任意選択で且つ独立に、それらの介在原子と一緒になって、それらの介在原子に加えて0~10個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている3~30員環単環式、二環式又は多環式環を形成する)
又はその塩形態の構造を有する、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
183.各非負電荷インターヌクレオチド結合は、独立に、式II又はその塩形態の構造を有する、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
184.非負電荷インターヌクレオチド結合は、式II-a-1:

又はその塩形態の構造を有する、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
185.非負電荷インターヌクレオチド結合は、式II-a-2:

又はその塩形態の構造を有する、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
186.各非負電荷インターヌクレオチド結合は、独立に、式II-a-1又はII-a-2又はその塩形態の構造を有する、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
187.非負電荷インターヌクレオチド結合は、式II-b-1:

又はその塩形態の構造を有し、式中、gは、0~18である、実施形態182~186のいずれか1つの組成物。
188.非負電荷インターヌクレオチド結合は、式II-b-2:

又はその塩形態の構造を有し、式中、gは、0~18である、実施形態182~187のいずれか1つの組成物。
189.各非負電荷インターヌクレオチド結合は、独立に、式II-b-1又はII-b-2又はその塩形態の構造を有する、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
190.環Aは、0~10個のヘテロ原子を(式II-b-1又はII-b-2の2個の窒素原子に加えて)有する、任意選択で置換されている3~20員環単環式環である、実施形態182~188のいずれか1つの組成物。
191.環Aは、任意選択で置換されている5員環単環式飽和環である、実施形態182~188のいずれか1つの組成物。
192.非負電荷インターヌクレオチド結合は、式II-c-1:

又はその塩形態の構造を有し、式中、gは、0~4である、実施形態182~191のいずれか1つの組成物。
193.非負電荷インターヌクレオチド結合は、式II-c-2:

又はその塩形態の構造を有し、式中、gは、0~4である、実施形態182~193のいずれか1つの組成物。
194.各非負電荷インターヌクレオチド結合は、独立に、式II-c-1又はII-c-2又はその塩形態の構造を有する、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
195.各非負電荷インターヌクレオチド結合は、同じ構造を有する、実施形態182~193のいずれか1つの組成物。
196.妥当な場合、非負電荷インターヌクレオチド結合でない複数のオリゴヌクレオチドにおける各インターヌクレオチド結合は、独立に、式Iの構造を有する、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
197.複数のオリゴヌクレオチドにおける各インターヌクレオチド結合は、独立に、式Iの構造を有する、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
198.1つ以上のPは、P(=W)である、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
199.各Pは、独立に、P(=W)である、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
200.1つ以上のWは、Oである、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
201.各Wは、Oである、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
202.1つ以上のWは、Sである、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
203.1つ以上のWは、独立に、N(-L-R)である、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
204.1つ以上のインターヌクレオチド結合は、独立に、式III:

又はその塩形態の構造を有する、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
205.Pは、P(=N-L-R)である、実施形態204の組成物。
206.Pは、

である、実施形態204の組成物。
207.Pは、

である、実施形態204の組成物。
208.Lは、共有結合である、実施形態207の組成物。
209.Lは、-N(R)-である、実施形態207の組成物。
210.Lは、-N(R’)-である、実施形態207の組成物。
211.Lは、-N(R)-である、実施形態207の組成物。
212.Lは、-S(O)-である、実施形態207の組成物。
213.Lは、-S(O)-である、実施形態207の組成物。
214.Lは、-S(O)N(R’)-である、実施形態207の組成物。
215.Pは、

である、実施形態204の組成物。
216.Pは、

である、実施形態204の組成物。
217.Pは、

である、実施形態204の組成物。
218.1つ以上のYは、Oである、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
219.各Yは、Oである、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
220.1つ以上のZは、Oである、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
221.各Zは、Oである、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
222.1つ以上のXは、Oである、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
223.1つ以上のXは、Sである、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
224.非負電荷インターヌクレオチド結合は、

の構造を有する、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
225.非負電荷インターヌクレオチド結合は、

の構造を有する、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
226.非負電荷インターヌクレオチド結合は、

の構造を有する、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
227.非負電荷インターヌクレオチド結合でない式Iの各インターヌクレオチド結合又はその塩形態について、Xは、独立に、O又はSであり、及び-L-Rは、-Hである(それぞれ天然リン酸結合又はホスホロチオエート結合)、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
228.複数のオリゴヌクレオチドにおける各ホスホロチオエート結合は、存在する場合、独立に、キラル制御されたインターヌクレオチド結合である、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
229.少なくとも1つの非負電荷インターヌクレオチド結合は、キラル制御されたインターヌクレオチド結合である、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
230.少なくとも1つの非負電荷インターヌクレオチド結合は、キラル制御されたインターヌクレオチド結合である、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
231.複数のオリゴヌクレオチドは、ターゲティング部分を含み、ここで、ターゲティング部分は、独立に、リンカーを介してオリゴヌクレオチド骨格に連結される、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
232.ターゲティング部分は、炭水化物部分である、実施形態231の組成物。
233.ターゲティング部分は、GalNac部分を含むか又はそれである、実施形態231又は232の組成物。
234.複数のオリゴヌクレオチドは、脂質部分を含み、ここで、脂質部分は、独立に、リンカーを介してオリゴヌクレオチド骨格に連結される、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
235.複数のオリゴヌクレオチドは、塩として存在し、ここで、組成物の条件における1つ以上の非中性インターヌクレオチド結合は、独立に、塩形態として存在する、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
236.複数のオリゴヌクレオチドは、塩として存在し、ここで、組成物の条件における1つ以上の負電荷インターヌクレオチド結合は、独立に、塩形態として存在する、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
237.複数のオリゴヌクレオチドは、塩として存在し、ここで、組成物の条件における1つ以上の負電荷インターヌクレオチド結合は、独立に、金属塩として存在する、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
238.複数のオリゴヌクレオチドは、塩として存在し、ここで、組成物の条件における各負電荷インターヌクレオチド結合は、独立に、金属塩として存在する、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
239.複数のオリゴヌクレオチドは、塩として存在し、ここで、組成物の条件における各負電荷インターヌクレオチド結合は、独立に、ナトリウム塩として存在する、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
240.複数のオリゴヌクレオチドは、塩として存在し、ここで、各負電荷インターヌクレオチド結合は、独立に、天然リン酸結合(その中性型は、-O-P(O)(OH)-Oである)又はホスホロチオエートインターヌクレオチド結合(その中性型は、-O-P(O)(SH)-Oである)である、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
241.1)塩基配列;
2)骨格結合のパターン;
3)骨格キラル中心のパターン;及び
4)骨格リン修飾のパターン
によって定義される特定のオリゴヌクレオチドタイプの複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物であって、
複数のオリゴヌクレオチドは、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19又は20個のキラル制御されたインターヌクレオチド結合を含み;及び
複数のオリゴヌクレオチドは、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19又は20個の非負電荷インターヌクレオチド結合を含む、組成物。
242.少なくとも1つの非負電荷インターヌクレオチド結合は、中性インターヌクレオチド結合である、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
243.中性インターヌクレオチド結合は、トリアゾール、中性トリアゾール、アルキン又は環状グアニジンであるか又はそれを含む、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
244.それが転写物スプライシングシステム内の転写物と接触されるとき、その組成物が存在しないこと、参照組成物が存在すること及びこれらの組み合わせからなる群から選択される参照条件下で観察されるものに対して転写物のスプライシングが変化されることを特徴とする、前出の実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド組成物。
245.転写物は、ジストロフィン転写物である、前出の実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド組成物。
246.転写物のスプライシングは、エクソン45、51若しくは53又は多重エクソンのスキッピングレベルが増加するように変化される、前出の実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド組成物。
247.標的遺伝子のノックダウンを媒介する能力を有する、前出の実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド組成物。
248.1)塩基配列;
2)骨格結合のパターン;
3)骨格キラル中心のパターン;及び
4)骨格リン修飾のパターン
によって定義される特定のオリゴヌクレオチドタイプの複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物であって、
複数のオリゴヌクレオチドは、コレステロール;L-カルニチン(アミド及びカルバメート結合);葉酸;切断可能な脂質(1,2-ジラウリン及びエステル結合);インスリン受容体リガンド;ガンボギン酸;CPP;グルコース(トリアンテナ及びヘキサアンテナ型);又はマンノース(トリアンテナ及びヘキサアンテナ型、α及びβ)を含む、組成物。
249.複数のオリゴヌクレオチドは、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19又は20個のキラル制御されたインターヌクレオチド結合を含む、実施形態248の組成物。
250.それが転写物スプライシングシステム内の転写物と接触されるとき、その組成物が存在しないこと、参照組成物が存在すること及びこれらの組み合わせからなる群から選択される参照条件下で観察されるものに対して転写物のスプライシングが変化されることを特徴とする、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
251.転写物は、ジストロフィン転写物である、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
252.転写物のスプライシングは、エクソン45、51若しくは53又は多重エクソンのスキッピングレベルが増加するように変化される、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
253.標的遺伝子のノックダウンを媒介する能力を有する、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
254.各ヘテロ原子は、独立に、ホウ素、窒素、酸素、ケイ素、硫黄又はリンである、前出の実施形態のいずれか1つの組成物。
255.前出の実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド組成物と薬学的に許容可能な担体とを含む医薬組成物。
256.標的転写物のスプライシングを変化させる方法であって、前出の実施形態のいずれか1つのオリゴヌクレオチド組成物を投与することを含む方法。
257.標的転写物のスプライシングは、その組成物が存在しない場合に対して変化される、実施形態256の方法。
258.変化は、その組成物が存在しない場合に対して増加したレベルで1つ以上のエクソンがスキップされることである、前出の実施形態のいずれか1つの方法。
259.標的転写物は、ジストロフィンのプレmRNAである、前出の実施形態のいずれか1つの方法。
260.ジストロフィンのエクソン45は、その組成物が存在しない場合に対して増加したレベルでスキップされる、前出の実施形態のいずれか1つの方法。
261.ジストロフィンのエクソン51は、その組成物が存在しない場合に対して増加したレベルでスキップされる、前出の実施形態のいずれか1つの方法。
262.ジストロフィンのエクソン53は、その組成物が存在しない場合に対して増加したレベルでスキップされる、実施形態256~259のいずれか1つの方法。
263.エクソンがスキップされたmRNAによってコードされるタンパク質は、エクソンスキッピングのない対応するmRNAによってコードされるタンパク質と比べて良好な1つ以上の機能を提供する、前出の実施形態のいずれか1つの方法。
264.筋ジストロフィー、デュシェンヌ型(デュシェンヌの)筋ジストロフィー(DMD)又はベッカー型(ベッカーの)筋ジストロフィー(BMD)を治療する方法であって、それに罹り易いか又はそれに罹患している対象に前出の実施形態のいずれか1つの組成物を投与することを含む方法。
265.筋ジストロフィー、デュシェンヌ型(デュシェンヌの)筋ジストロフィー(DMD)又はベッカー型(ベッカーの)筋ジストロフィー(BMD)を治療する方法であって、それに罹り易いか又はそれに罹患している対象に、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドを含む組成物を投与することを含む方法。
266.筋ジストロフィー、デュシェンヌ型(デュシェンヌの)筋ジストロフィー(DMD)又はベッカー型(ベッカーの)筋ジストロフィー(BMD)を治療する方法であって、(a)それに罹り易いか又はそれに罹患している対象に、本明細書に開示される任意のオリゴヌクレオチドを含む組成物を投与すること、及び(b)筋ジストロフィー、デュシェンヌ型(デュシェンヌの)筋ジストロフィー(DMD)又はベッカー型(ベッカーの)筋ジストロフィー(BMD)を予防するか、治療するか、改善するか、又はその進行を減速させる能力を有する追加の治療を対象に投与することを含む方法。
267.追加の治療は、第2のオリゴヌクレオチドである、実施形態266の方法。
268.転写物スプライシングシステムは、筋芽細胞又は筋細管を含む、前出の実施形態のいずれかの組成物。
269.転写物スプライシングシステムは、筋芽細胞を含む、前出の実施形態のいずれかの組成物。
270.転写物スプライシングシステムは、筋芽細胞を含み、この筋芽細胞は、0、4又は7日間の前分化後に組成物と接触される、前出の実施形態のいずれかの組成物。
271.(a)前出の実施形態のいずれかの第1の組成物と;(b)前出の実施形態のいずれかの第2の組成物と;任意選択で(c)前出の実施形態のいずれかの第3の組成物とを含む組み合わせを含む組成物であって、第1、第2及び第3の組成物は、異なる、組成物。
272.オリゴヌクレオチド又はそのオリゴヌクレオチド組成物を調製する方法であって、

の構造を有する化合物又はその塩を提供することを含む方法。
273.オリゴヌクレオチド又はそのオリゴヌクレオチド組成物を調製する方法であって、

の構造を有する化合物又はその塩を提供することを含む方法。
274.オリゴヌクレオチド又はそのオリゴヌクレオチド組成物を調製する方法であって、

の構造を有する化合物又はその塩を提供することを含む方法。
275.化合物は、立体化学的に純粋である、実施形態272~274のいずれか1つの方法。
276.化合物は、表CA-1、表CA-2、表CA-3、表CA-4、表CA-5、表CA-6、表CA-7、表CA-8、表CA-9、表CA-10、表CA-11若しくは表CA-12の化合物又はその関連するジアステレオマー若しくはエナンチオマーである、実施形態272~275のいずれか1つの方法。
277.化合物は、表CA-2の化合物又はその関連するジアステレオマー若しくはエナンチオマーである、実施形態272~275のいずれか1つの方法。
278.化合物は、表CA-3の化合物又はその関連するジアステレオマー若しくはエナンチオマーである、実施形態272~275のいずれか1つの方法。
279.化合物は、表CA-4の化合物又はその関連するジアステレオマー若しくはエナンチオマーである、実施形態272~275のいずれか1つの方法。
280.化合物は、表CA-5の化合物又はその関連するジアステレオマー若しくはエナンチオマーである、実施形態272~275のいずれか1つの方法。
281.化合物は、表CA-6の化合物又はその関連するジアステレオマー若しくはエナンチオマーである、実施形態272~275のいずれか1つの方法。
282.化合物は、表CA-7の化合物又はその関連するジアステレオマー若しくはエナンチオマーである、実施形態272~275のいずれか1つの方法。
283.化合物は、表CA-8の化合物又はその関連するジアステレオマー若しくはエナンチオマーである、実施形態272~275のいずれか1つの方法。
284.化合物は、表CA-9の化合物又はその関連するジアステレオマー若しくはエナンチオマーである、実施形態272~275のいずれか1つの方法。
285.化合物は、表CA-10の化合物又はその関連するジアステレオマー若しくはエナンチオマーである、実施形態272~275のいずれか1つの方法。
286.化合物は、表CA-11の化合物又はその関連するジアステレオマー若しくはエナンチオマーである、実施形態272~275のいずれか1つの方法。
287.化合物は、表CA-12の化合物又はその関連するジアステレオマー若しくはエナンチオマーである、実施形態272~275のいずれか1つの方法。
288.オリゴヌクレオチド又はそのオリゴヌクレオチド組成物を調製する方法であって、

の構造を有するキラル補助基部分を含むホスホロアミダイト化合物を提供することを含む方法。
289.オリゴヌクレオチド又はそのオリゴヌクレオチド組成物を調製する方法であって、

の構造を有するホスホロアミダイト化合物又はその塩を提供することを含む方法。
290.Wは、-NG-である、実施形態272~289のいずれか1つの方法。
291.Gと、G及びGの一方とは、一緒になって、-NG-の窒素に加えて0~3個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている3~8員環飽和環を形成する、実施形態272~290のいずれか1つの方法。
292.Gと、G及びGの一方とは、一緒になって、-NG-の窒素に加えてヘテロ原子を有しない、任意選択で置換されている5員環飽和環を形成する、実施形態272~290のいずれか1つの方法。
293.Wは、-O-である、実施形態272~292のいずれか1つの方法。
294.Gは、電子求引基を含む、実施形態272~293のいずれか1つの方法。
295.Gは、1つ以上の電子求引基で置換されているメチルである、実施形態272~293のいずれか1つの方法。
296.電子求引基は、-CN、-NO、ハロゲン、-C(O)R、-C(O)OR’、-C(O)N(R’)、-S(O)R、-S(O)、-P(W)(R、-P(O)(R、-P(O)(OR’)若しくは-P(S)(R又はアリール若しくはヘテロアリールであって、-CN、-NO、ハロゲン、-C(O)R、-C(O)OR’、-C(O)N(R’)、-S(O)R、-S(O)、-P(W)(R、-P(O)(R、-P(O)(OR’)若しくは-P(S)(Rの1つ以上で置換されているアリール若しくはヘテロアリールである、実施形態294~295のいずれか1つの方法。
297.電子求引基は、-CN、-NO、ハロゲン、-C(O)R、-C(O)OR’、-C(O)N(R’)、-S(O)R、-S(O)、-P(W)(R、-P(O)(R、-P(O)(OR’)若しくは-P(S)(R又はフェニルであって、-CN、-NO、ハロゲン、-C(O)R、-C(O)OR’、-C(O)N(R’)、-S(O)R、-S(O)、-P(W)(R、-P(O)(R、-P(O)(OR’)若しくは-P(S)(Rの1つ以上で置換されているフェニルである、実施形態294~295のいずれか1つの方法。
298.電子求引基は、-CN、-NO、ハロゲン、-C(O)R、-C(O)OR’、-C(O)N(R’)、-S(O)R、-S(O)、-P(W)(R、-P(O)(R、-P(O)(OR’)又は-P(S)(Rである、実施形態294~295のいずれか1つの方法。
299.Gは、-L’-L”-R’であり、式中、L’は、-C(R)-又は任意選択で置換されている-CH-であり、及びL”は、共有結合、-P(O)(R’)-、-P(O)(R’)O-、-P(O)(OR’)-、-P(O)(OR’)O-、-P(O)[N(R’)]-、-P(O)[N(R’)]O-、-P(O)[N(R’)][N(R’)]-、-P(S)(R’)-、-S(O)-、-S(O)-、-S(O)O-、-S(O)-、-C(O)-又は-C(O)N(R’)-である、実施形態272~294のいずれか1つの方法。
300.Gは、-L’-L”-R’であり、式中、L’は、-C(R)-又は任意選択で置換されている-CH-であり、及びL”は、-P(O)(R’)-、-P(O)(R’)O-、-P(O)(OR’)-、-P(O)(OR’)O-、-P(O)[N(R’)]-、-P(O)[N(R’)]O-、-P(O)[N(R’)][N(R’)]-、-P(S)(R’)-、-S(O)-、-S(O)-、-S(O)O-、-S(O)-、-C(O)-又は-C(O)N(R’)-である、実施形態272~294のいずれか1つの方法。
301.Gは、-L’-S(O)R’である、実施形態272~300のいずれか1つの方法。
302.R’は、任意選択で置換されているC1~6脂肪族である、実施形態301の方法。
303.R’は、任意選択で置換されているC1~6アルキルである、実施形態301の方法。
304.R’は、メチル、イソプロピル又はt-ブチルである、実施形態301の方法。
305.R’は、任意選択で置換されているフェニルである、実施形態301の方法。
306.R’は、フェニルである、実施形態301の方法。
307.R’は、置換フェニルである、実施形態301の方法。
308.Gは、-L’-P(O)(R’)である、実施形態272~300のいずれか1つの方法。
309.一方のR’は、任意選択で置換されているC1~6脂肪族である、実施形態308の方法。
310.一方のR’は、任意選択で置換されているC1~6アルキルである、実施形態308の方法。
311.一方のR’は、任意選択で置換されているフェニルである、実施形態308の方法。
312.一方のR’は、フェニルである、実施形態308の方法。
313.一方のR’は、置換フェニルである、実施形態308の方法。
314.他方のR’は、任意選択で置換されているC1~6脂肪族である、実施形態309~313のいずれか1つの方法。
315.他方のR’は、任意選択で置換されているC1~6アルキルである、実施形態309~313のいずれか1つの方法。
316.他方のR’は、任意選択で置換されているフェニルである、実施形態309~313のいずれか1つの方法。
317.他方のR’は、フェニルである、実施形態309~313のいずれか1つの方法。
318.他方のR’は、置換フェニルである、実施形態309~313のいずれか1つの方法。
319.L’は、-C(R’)-である、実施形態299~318のいずれか1つの方法。
320.L’は、任意選択で置換されている-CH-である、実施形態299~318のいずれか1つの方法。
321.L’は、-CH-である、実施形態299~318のいずれか1つの方法。
322.1つ以上の追加の化合物を提供することを含み、各化合物は、独立に、実施形態272~321のいずれか1つの化合物である、実施形態272~321のいずれか1つの方法。
323.追加の化合物は、その化合物と比べて異なる構造を有する、実施形態322の方法。
324.追加の化合物において、Gは、-L’-Si(R)である(式中、各Rは、独立に、-Hでない)、実施形態322の方法。
325.追加の化合物において、Gは、-CHSiCHPhである、実施形態322の方法。
326.1つ以上のサイクルであって、その各々は、独立に、
1)脱保護;
2)カップリング;
3)任意選択で第1のキャッピング;
4)修飾;及び
5)任意選択で第2のキャッピング
を含むか又はそれからなる、1つ以上のサイクルを含む、実施形態272~325のいずれか1つの方法。
327.オリゴヌクレオチド又はその組成物を調製する方法であって、1つ以上のサイクルであって、その各々は、独立に、
1)脱保護;
2)カップリング;
3)任意選択で第1のキャッピング;
4)修飾;及び
5)任意選択で第2のキャッピング
を含むか又はそれからなる、1つ以上のサイクルを含む方法。
328.少なくとも1つのサイクルは、1)~5)を含むか又はそれからなる、実施形態326~327のいずれか1つの方法。
329.ステップは、1)~5)まで順次実施される、実施形態326~328のいずれか1つの方法。
330.サイクルは、望ましい長さのオリゴヌクレオチドが達成されるまで実施される、実施形態326~329のいずれか1つの方法。
331.脱保護は、5’-OH上の保護基を除去し、遊離5’-OHを提供する、実施形態326~330のいずれか1つの方法。
332.保護基は、R’-C(O)-である、実施形態331の方法。
333.保護基は、DMTrである、実施形態331の方法。
334.脱保護しようとするオリゴヌクレオチドを酸と接触させることを含む、実施形態331~333のいずれか1つの方法。
335.1)ホスホロアミダイトを提供すること;及び2)ホスホロアミダイトをオリゴヌクレオチドと反応させることを含むカップリングを含み、P-O結合は、ホスホロアミダイトのリンとオリゴヌクレオチドの5’-OHとの間に形成される、実施形態272~334のいずれか1つの方法。
336.1)ホスホロアミダイトを提供すること;及び2)ホスホロアミダイトをオリゴヌクレオチドと反応させることを含むカップリングを含み、P-O結合は、ホスホロアミダイトのリンとオリゴヌクレオチドの5’-OHとの間に形成され、ホスホロアミダイトは、実施形態288~321のいずれか1つの化合物である、実施形態272~335のいずれか1つの方法。
337.1)ホスホロアミダイトを提供すること;及び2)ホスホロアミダイトをオリゴヌクレオチドと反応させることを含むカップリングを含み、P-O結合は、ホスホロアミダイトのリンとオリゴヌクレオチドの5’-OHとの間に形成され、ホスホロアミダイトは、実施形態288~293のいずれか1つの化合物であり、Gは、-L’-Si(R)である(式中、各Rは、独立に、-Hでない)、実施形態272~336のいずれか1つの方法。
338.Gは、-CHSiCHPhである、実施形態337の方法。
339.カップリングは、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%又はそれを超える立体選択性でインターヌクレオチド結合を形成する、実施形態336~338のいずれか1つの方法。
340.形成されるインターヌクレオチド結合は、式I又はその塩形態のインターヌクレオチド結合である、実施形態339の方法。
341.-X-L-Rは、

である、実施形態340の方法。
342.Pは、Pである、実施形態340又は341の方法。
343.1)ホスホロアミダイトを提供すること;及び2)ホスホロアミダイトをオリゴヌクレオチドと反応させることを含むカップリングを含み、P-O結合は、ホスホロアミダイトのリンとオリゴヌクレオチドの5’-OHとの間に形成され、ホスホロアミダイトは、オリゴヌクレオチド合成に標準的なホスホロアミダイトであり、リン原子は、保護されているヌクレオシド、-N(i-Pr)及び2-シアノエチルに結合する、実施形態272~342のいずれか1つの方法。
344.1)アシル化試薬を提供すること、及び2)オリゴヌクレオチドをアシル化試薬と接触させることを含む第1のキャッピングを含み、第1のキャッピングは、インターヌクレオチド結合のアミノ基をキャッピングする、実施形態272~343のいずれか1つの方法。
345.式I又はその塩形態のインターヌクレオチド結合(式中、-X-L-Rは、

である)を形成する第1のキャッピングを含む、実施形態272~344のいずれか1つの方法。
346.Pは、Pであり、Rは、-C(O)Rである、実施形態345の方法。
347.第1のキャッピングは、実施形態339の各カップリング後に実施される、実施形態272~346のいずれか1つの方法。
348.硫化であるか又はそれを含む修飾ステップを含む、実施形態272~347のいずれか1つの方法。
349.硫化は、結合リンに=Sを導入する、実施形態348の方法。
350.硫化は、式I又はその塩形態のインターヌクレオチド結合(式中、Pは、P(=S)である)を形成する、実施形態348又は349の方法。
351.-X-L-Rは、

である、実施形態350の方法。
352.Rは、-C(O)Rである、実施形態351の方法。
353.酸化であるか又はそれを含む修飾ステップを含む、実施形態272~352のいずれか1つの方法。
354.硫化は、結合リンに=Oを導入する、実施形態348の方法。
355.結合リンに=N-L-Rを導入する修飾ステップを含む、実施形態272~354のいずれか1つの方法。
356.結合リンを、

に変換する修飾ステップを含む、実施形態272~354のいずれか1つの方法。
357.オリゴヌクレオチドをアジドイミダゾリニウム塩と接触させることを含む修飾ステップを含む、実施形態272~356のいずれか1つの方法。
358.オリゴヌクレオチドを、

を含む化合物と接触させることを含む修飾ステップを含む、実施形態272~356のいずれか1つの方法。
359.オリゴヌクレオチドを、

(式中、Qは、アニオンである)
の構造を有する化合物と接触させることを含む修飾ステップを含む、実施形態272~356のいずれか1つの方法。
360.Qは、F、Cl、Br、BF 、PF 、TfO、Tf、AsF 、ClO 又はSbF である、実施形態359の方法。
361.Qは、PF である、実施形態360の方法。
362.修飾ステップは、式I又はその塩形態のインターヌクレオチド結合(式中、Pは、P(=N-L-R)である)を形成する、実施形態272~362のいずれか1つの方法。
363.修飾ステップは、式III又はその塩形態のインターヌクレオチド結合を形成する、実施形態272~362のいずれか1つの方法。
364.-X-L-Rは、

である、実施形態362又は363の方法。
365.Rは、-C(O)Rである、実施形態364の方法。
366.遊離5’-OHをキャッピングする第2のキャッピングを含む、実施形態272~365のいずれか1つの方法。
367.遊離5’-OHをキャッピングする第2のキャッピングを含み、第2のキャッピングは、各サイクルで実施される、実施形態272~366のいずれか1つの方法。
368.遊離5’-OHをキャッピングする第2のキャッピングを含み、第2のキャッピングは、別のサイクルが後に続く各サイクルで実施される、実施形態272~366のいずれか1つの方法。
369.5’-OHは、-OAcとしてキャッピングされる、実施形態366~368のいずれか1つの方法。
370.オリゴヌクレオチドは、固体支持体に取り付けられている、実施形態272~369のいずれか1つの方法。
371.固体支持体は、CPGである、実施形態370の方法。
372.オリゴヌクレオチドを塩基と接触させる接触を含む、実施形態370~371のいずれか1つの方法。
373.接触は、実質的に水なしで実施される、実施形態372の方法。
374.接触は、オリゴヌクレオチド長さが達成された後、オリゴヌクレオチドの脱保護及び切断前である、実施形態372又は373の方法。
375.塩基は、NRの構造を有するアミン塩基である、実施形態372~374のいずれか1つの方法。
376.塩基は、トリエチルアミンである、実施形態375の方法。
377.塩基は、N,N-ジエチルアミンである、実施形態375の方法。
378.接触は、キラル補助基を除去する、実施形態372~377のいずれか1つの方法。
379.接触は、-X-L-R基を除去する、実施形態372~378のいずれか1つの方法。
380.-X-L-Rは、

である、実施形態379の方法。
381.接触は、式I-n-1、式I-n-2、式I-n-3、式I-n-4、式II、式II-a-1、式II-a-2、式II-b-1、式II-b-2、式II-c-1、式II-c-2、式II-d-1又は式II-d-2のインターヌクレオチド結合(式中、Pは、P(O)である)を形成する、実施形態372~380のいずれか1つの方法。
382.Gは、電子求引基を含む、実施形態364~381のいずれか1つの方法。
383.Gは、1つ以上の電子求引基で置換されているメチルである、実施形態364~382のいずれか1つの方法。
384.電子求引基は、-CN、-NO、ハロゲン、-C(O)R、-C(O)OR’、-C(O)N(R’)、-S(O)R、-S(O)、-P(W)(R、-P(O)(R、-P(O)(OR’)若しくは-P(S)(R又はアリール若しくはヘテロアリールであって、-CN、-NO、ハロゲン、-C(O)R、-C(O)OR’、-C(O)N(R’)、-S(O)R、-S(O)、-P(W)(R、-P(O)(R、-P(O)(OR’)若しくは-P(S)(Rの1つ以上で置換されているアリール若しくはヘテロアリールである、実施形態382~383のいずれか1つの方法。
385.電子求引基は、-CN、-NO、ハロゲン、-C(O)R、-C(O)OR’、-C(O)N(R’)、-S(O)R、-S(O)、-P(W)(R、-P(O)(R、-P(O)(OR’)若しくは-P(S)(R又はフェニルであって、-CN、-NO、ハロゲン、-C(O)R、-C(O)OR’、-C(O)N(R’)、-S(O)R、-S(O)、-P(W)(R、-P(O)(R、-P(O)(OR’)若しくは-P(S)(Rの1つ以上で置換されているフェニルである、実施形態382~383のいずれか1つの方法。
386.電子求引基は、-CN、-NO、ハロゲン、-C(O)R、-C(O)OR’、-C(O)N(R’)、-S(O)R、-S(O)、-P(W)(R、-P(O)(R、-P(O)(OR’)又は-P(S)(Rである、実施形態382~383のいずれか1つの方法。
387.Gは、-L’-L”-R’であり、式中、L’は、-C(R)-又は任意選択で置換されている-CH-であり、及びL”は、共有結合、-P(O)(R’)-、-P(O)(R’)O-、-P(O)(OR’)-、-P(O)(OR’)O-、-P(O)[N(R’)]-、-P(O)[N(R’)]O-、-P(O)[N(R’)][N(R’)]-、-P(S)(R’)-、-S(O)-、-S(O)-、-S(O)O-、-S(O)-、-C(O)-又は-C(O)N(R’)-である、実施形態364~386のいずれか1つの方法。
388.Gは、-L’-L”-R’であり、式中、L’は、-C(R)-又は任意選択で置換されている-CH-であり、及びL”は、-P(O)(R’)-、-P(O)(R’)O-、-P(O)(OR’)-、-P(O)(OR’)O-、-P(O)[N(R’)]-、-P(O)[N(R’)]O-、-P(O)[N(R’)][N(R’)]-、-P(S)(R’)-、-S(O)-、-S(O)-、-S(O)O-、-S(O)-、-C(O)-又は-C(O)N(R’)-である、実施形態364~386のいずれか1つの方法。
389.Gは、-L’-S(O)R’である、実施形態364~388のいずれか1つの方法。
390.R’は、任意選択で置換されているC1~6脂肪族である、実施形態389の方法。
391.R’は、任意選択で置換されているC1~6アルキルである、実施形態389の方法。
392.R’は、メチル、イソプロピル又はt-ブチルである、実施形態389の方法。
393.R’は、任意選択で置換されているフェニルである、実施形態389の方法。
394.R’は、フェニルである、実施形態389の方法。
395.R’は、置換フェニルである、実施形態389の方法。
396.Gは、-L’-P(O)(R’)である、実施形態364~388のいずれか1つの方法。
397.一方のR’は、任意選択で置換されているC1~6脂肪族である、実施形態396の方法。
398.一方のR’は、任意選択で置換されているC1~6アルキルである、実施形態396の方法。
399.一方のR’は、任意選択で置換されているフェニルである、実施形態396の方法。
400.一方のR’は、フェニルである、実施形態396の方法。
401.一方のR’は、置換フェニルである、実施形態396の方法。
402.他方のR’は、任意選択で置換されているC1~6脂肪族である、実施形態397~401のいずれか1つの方法。
403.他方のR’は、任意選択で置換されているC1~6アルキルである、実施形態397~401のいずれか1つの方法。
404.他方のR’は、任意選択で置換されているフェニルである、実施形態309~313のいずれか1つの方法。
405.他方のR’は、フェニルである、実施形態309~313のいずれか1つの方法。
406.他方のR’は、置換フェニルである、実施形態309~313のいずれか1つの方法。
407.L’は、-C(R’)-である、実施形態387~406のいずれか1つの方法。
408.L’は、任意選択で置換されている-CH-である、実施形態387~406のいずれか1つの方法。
409.L’は、-CH-である、実施形態387~406のいずれか1つの方法。
410.接触は、2’-シアノエチルを除去する、実施形態372~409のいずれか1つの方法。
411.接触は、天然リン酸結合又はその塩形態を形成する、実施形態372~410のいずれか1つの方法。
412.別のキラル補助基又は実施形態378~410のいずれか1つと異なる構造を有する基を除去することを含む、実施形態272~410のいずれか1つの方法。
413.

(式中、Gは、-L’-Si(R)であり、式中、各Rは、独立に、-Hでない)
を除去することを含む、実施形態272~410のいずれか1つの方法。
414.Gは、-CHSiCHPhである、実施形態413の方法。
415.オリゴヌクレオチドをフッ化物と接触させることを含む、実施形態412~414のいずれか1つの方法。
416.オリゴヌクレオチドを、TEA-HFと塩基とを含む溶液と接触させることを含む、実施形態412~414のいずれか1つの方法。
417.オリゴヌクレオチドを固体支持体から切断することを含む、実施形態272~416のいずれか1つの方法。
418.オリゴヌクレオチド又はその組成物は、実施形態1~254のいずれか1つのオリゴヌクレオチド又は組成物である、実施形態272~417のいずれか1つの方法。
419.実施形態272~321のいずれか1つの化合物又は関連するジアステレオマー若しくはエナンチオマー。
420.オリゴヌクレオチドであって、WV-20104、WV-20103、WV-20102、WV-20101、WV-20100、WV-20099、WV-20098、WV-20097、WV-20096、WV-20095、WV-20094、WV-20106、WV-20119、WV-20118、WV-13739、WV-13740、WV-9079、WV-9082、WV-9100、WV-9096、WV-9097、WV-9106、WV-9133、WV-9148、WV-9154、WV-9898、WV-9899、WV-9900、WV-9906、WV-9907、WV-9908、WV-9909、WV-9756、WV-9757、WV-9517、WV-9714、WV-9715、WV-9519、WV-9521、WV-9747、WV-9748、WV-9749、WV-9897、WV-9898、WV-9900、WV-9899、WV-9906、WV-9912、WV-9524、WV-9912、WV-9906、WV-9900、WV-9899、WV-9899、WV-9898、WV-9898、WV-9898、WV-9898、WV-9898、WV-9897、WV-9897、WV-9897、WV-9897、WV-9897、WV-9747、WV-9714、WV-9699、WV-9517、WV-9517、WV-13409、WV-13408、WV-12887、WV-12882、WV-12881、WV-12880、WV-12880、WV-WV12880、WV-12878、WV-12877、WV-12877、WV-12876、WV-12873、WV-12872、WV-12559、WV-12559、WV-12558、WV-12558、WV-12557、WV-12556、WV-12556、WV-12555、WV-12555、WV-12554、WV-12553、WV-12129、WV-12127、WV-12125、WV-12123、WV-11342、WV-11342、WV-11341、WV-11341、WV-11340、WV-10672、WV-10671、WV-10670、WV-10461、WV-10455、WV-9897、WV-9898、WV-13826、WV-13827、WV-13835、WV-12880、WV-14344、WV-13864、WV-13835、WV-14791、WV-14344、WV-13754、WV-13766、WV-11086、WV-11089、WV-17859、WV-17860、WV-20070、WV-20073、WV-20076、WV-20052、WV-20099、WV-20049、WV-20085、WV-20087、WV-20034、WV-20046、WV-20052、WV-20061、WV-20064、WV-20067、WV-20092、WV-20091、WV-20093、WV-20084、WV-9738、WV-9739、WV-9740、WV-9741、WV-15860、WV-15862、WV-11084、WV-11086、WV-11088、WV-11089、WV-14522、WV-14523、WV-17861、WV-17862、WV-13815、WV-13816、WV-13817、WV-13780、WV-17862、WV-17863、WV-17864、WV-17865、WV-17866、WV-20082、WV-20081、WV-20080、WV-20079、WV-20076、WV-20075、WV-20074、WV-20073、WV-20072、WV-20071、WV-20064、WV-20059、WV-20058、WV-20057、WV-20056、WV-20053、WV-20052、WV-20051、WV-20050、WV-20049、WV-20094、WV-20095又はその塩形態である、オリゴヌクレオチド。
均等物
本開示の一部の例示的実施形態を説明したが、前述の説明が単に例示であり、限定するものではなく、単に例として提供されているに過ぎないことが当業者に明らかなはずである。多くの変形形態例及び他の例示的な実施形態が当業者の範囲内にあり、本開示の範囲内に含まれるものと企図される。詳細には、本明細書に提供される例の多くは、方法動作又はシステム要素の具体的な組み合わせを含むが、それらの動作及びそれらの要素が、同じ目的を達成するため他の方法で組み合わされ得ることが理解されなければならない。一実施形態のみに関連して考察される動作、要素及び特徴が、他の実施形態における同様の役割から除外されることは意図されない。更に、以下の特許請求の範囲に記載される1つ以上のミーンズプラスファンクション限定について、存在する場合、記載される機能の実施について本明細書に開示される手段に手段が限定されることは意図されず、記載される機能の実施について現在公知の又は後に開発される任意の手段が範囲内に包含されることが意図される。
特許請求の範囲においてクレーム要素を修飾する「第1」、「第2」、「第3」等の序数用語の使用自体は、1つのクレーム要素の別のクレーム要素と比べた何らかの優先、先行若しくは順序又は方法の動作が実施される時間的順序を含意するものでなく、単に特定の名称の1つのクレーム要素を同じ名称(その序数用語の使用を別にすれば)の別の要素と区別するための符丁として使用される。同様に、a)、b)等、又はi)、ii)等の使用自体は、特許請求の範囲におけるステップの何らかの優先、先行又は順序を含意するものでない。同様に、本明細書中でのこれらの用語の使用自体は、何らかの必須の優先、先行又は順序を含意するものでない。
前述の記載されている本明細書は、当業者が本発明を実施可能となるのに十分であると見なされる。提供される例によって本開示の範囲が限定されることはない。例は、本発明の1つ以上の態様の例示として意図され、他の機能的均等物の実施形態が本発明の範囲内にある。本明細書に示され、記載されるものに加えて、前述の記載から様々な変形形態が当業者に明らかになるであろうと共に、それらは、添付の特許請求の範囲内に含まれる。本発明の利点及び目的は、必ずしも本発明の各実施形態に包含されるとは限らない。

Claims (53)

  1. 1)塩基配列;
    2)骨格結合のパターン;
    3)骨格キラル中心のパターン;及び
    4)骨格リン修飾のパターン
    によって定義される特定のオリゴヌクレオチドタイプの複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物であって、
    前記複数のオリゴヌクレオチドは、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19又は20個のキラル制御されたインターヌクレオチド結合を含み;及び
    前記複数のオリゴヌクレオチドは、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19又は20個の非負電荷インターヌクレオチド結合を含む、オリゴヌクレオチド組成物。
  2. 1)塩基配列;
    2)骨格結合のパターン;
    3)骨格キラル中心のパターン;及び
    4)骨格リン修飾のパターン
    によって定義される特定のオリゴヌクレオチドタイプの複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物であって、
    前記複数のオリゴヌクレオチドは、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19又は20個のキラル制御されたインターヌクレオチド結合を含み;及び
    前記オリゴヌクレオチド組成物は、それが転写物スプライシングシステム内の転写物と接触されるとき、前記組成物が存在しないこと、参照組成物が存在すること及びこれらの組み合わせからなる群から選択される参照条件下で観察されるものに対して前記転写物のスプライシングが変化されることを特徴とする、オリゴヌクレオチド組成物。
  3. 前記骨格結合のパターンは、少なくとも1つの非負電荷インターヌクレオチド結合を含む、請求項2に記載のオリゴヌクレオチド。
  4. 前記オリゴヌクレオチド組成物が転写物スプライシングシステム内の転写物と接触されるとき、前記転写物のスプライシングは、前記組成物が存在しないこと、参照組成物が存在すること及びこれらの組み合わせからなる群から選択される参照条件下で観察されるものに対して変化される、請求項1に記載のオリゴヌクレオチド組成物。
  5. 1つ以上の非負電荷インターヌクレオチド結合は、独立に、キラル制御されている、請求項1~4のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド。
  6. 非負電荷インターヌクレオチド結合は、式I:

    (式中、
    は、P(=W)、P又はP→B(R’)であり;
    Wは、O、N(-L-R)、S又はSeであり;
    及びRの各々は、独立に、-H、-L-R’、ハロゲン、-CN、-NO、-L-Si(R’)、-OR’、-SR’又は-N(R’)であり;
    Xは、-N(-L-R)-であり;
    Y及びZの各々は、独立に、-O-、-S-、-N(-L-R)-又はLであり;
    各Lは、独立に、共有結合又はC1~30脂肪族基及び1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族基から選択される、二価の、任意選択で置換されている直鎖若しくは分枝状の基であり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、C1~6アルキレン、C1~6アルケニレン、-C≡C-、1~5個のヘテロ原子を有する二価C~Cヘテロ脂肪族基、-C(R’)-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)O-、-S(O)-、-S(O)-、-S(O)N(R’)-、-C(O)S-、-C(O)O-、-P(O)(OR’)-、-P(O)(SR’)-、-P(O)(R’)-、-P(O)(NR’)-、-P(S)(OR’)-、-P(S)(SR’)-、-P(S)(R’)-、-P(S)(NR’)-、-P(R’)-、-P(OR’)-、-P(SR’)-、-P(NR’)-、-P(OR’)[B(R’)]-、-OP(O)(OR’)O-、-OP(O)(SR’)O-、-OP(O)(R’)O-、-OP(O)(NR’)O-、-OP(OR’)O-、-OP(SR’)O-、-OP(NR’)O-、-OP(R’)O-又は-OP(OR’)[B(R’)]O-に置き換えられ、及び1つ以上のCH又は炭素原子は、任意選択で且つ独立に、Cyに置き換えられ;
    各-Cy-は、独立に、C3~20脂環族環、C6~20アリール環、1~10個のヘテロ原子を有する5~20員環ヘテロアリール環及び1~10個のヘテロ原子を有する3~20員環ヘテロシクリル環から選択される、任意選択で置換されている二価の基であり;
    各Cyは、独立に、C3~20脂環族環、C6~20アリール環、1~10個のヘテロ原子を有する5~20員環ヘテロアリール環及び1~10個のヘテロ原子を有する3~20員環ヘテロシクリル環から選択される、任意選択で置換されている三価又は四価の基であり;
    各R’は、独立に、-R、-C(O)R、-C(O)OR又は-S(O)Rであり;
    各Rは、独立に、-H又はC1~30脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族、C6~30アリール、C6~30アリール脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC6~30アリールヘテロ脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有する5~30員環ヘテロアリール及び1~10個のヘテロ原子を有する3~30員環ヘテロシクリルから選択される、任意選択で置換されている基であるか、又は
    2つのR基は、任意選択で且つ独立に、一緒になって共有結合を形成するか、又は
    同じ原子上の2つ以上のR基は、任意選択で且つ独立に、前記原子と一緒になって、前記原子に加えて0~10個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている3~30員環単環式、二環式又は多環式環を形成するか、又は
    2つ以上の原子上の2つ以上のR基は、任意選択で且つ独立に、それらの介在原子と一緒になって、前記介在原子に加えて0~10個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている3~30員環単環式、二環式又は多環式環を形成する)
    又はその塩形態の構造を有する、請求項5に記載の組成物。
  7. 非負電荷インターヌクレオチド結合は、式I-n-3:

    (式中、
    は、P(=W)、P又はP→B(R’)であり;
    Wは、O、N(-L-R)、S又はSeであり;
    及びRの各々は、独立に、-H、-L-R’、ハロゲン、-CN、-NO、-L-Si(R’)、-OR’、-SR’又は-N(R’)であり;
    Y及びZの各々は、独立に、-O-、-S-、-N(-L-R)-又はLであり;
    各Lは、独立に、共有結合又はC1~30脂肪族基及び1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族基から選択される、二価の、任意選択で置換されている直鎖若しくは分枝状の基であり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、C1~6アルキレン、C1~6アルケニレン、-C≡C-、1~5個のヘテロ原子を有する二価C~Cヘテロ脂肪族基、-C(R’)-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)O-、-S(O)-、-S(O)-、-S(O)N(R’)-、-C(O)S-、-C(O)O-、-P(O)(OR’)-、-P(O)(SR’)-、-P(O)(R’)-、-P(O)(NR’)-、-P(S)(OR’)-、-P(S)(SR’)-、-P(S)(R’)-、-P(S)(NR’)-、-P(R’)-、-P(OR’)-、-P(SR’)-、-P(NR’)-、-P(OR’)[B(R’)]-、-OP(O)(OR’)O-、-OP(O)(SR’)O-、-OP(O)(R’)O-、-OP(O)(NR’)O-、-OP(OR’)O-、-OP(SR’)O-、-OP(NR’)O-、-OP(R’)O-又は-OP(OR’)[B(R’)]O-に置き換えられ、及び1つ以上のCH又は炭素原子は、任意選択で且つ独立に、Cyに置き換えられ;
    各-Cy-は、独立に、C3~20脂環族環、C6~20アリール環、1~10個のヘテロ原子を有する5~20員環ヘテロアリール環及び1~10個のヘテロ原子を有する3~20員環ヘテロシクリル環から選択される、任意選択で置換されている二価の基であり;
    各Cyは、独立に、C3~20脂環族環、C6~20アリール環、1~10個のヘテロ原子を有する5~20員環ヘテロアリール環及び1~10個のヘテロ原子を有する3~20員環ヘテロシクリル環から選択される、任意選択で置換されている三価又は四価の基であり;
    各R’は、独立に、-R、-C(O)R、-C(O)OR又は-S(O)Rであり;
    各Rは、独立に、-H又はC1~30脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族、C6~30アリール、C6~30アリール脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC6~30アリールヘテロ脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有する5~30員環ヘテロアリール及び1~10個のヘテロ原子を有する3~30員環ヘテロシクリルから選択される、任意選択で置換されている基であるか、又は
    2つのR基は、任意選択で且つ独立に、一緒になって共有結合を形成するか、又は
    同じ原子上の2つ以上のR基は、任意選択で且つ独立に、前記原子と一緒になって、前記原子に加えて0~10個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている3~30員環単環式、二環式又は多環式環を形成するか、又は
    2つ以上の原子上の2つ以上のR基は、任意選択で且つ独立に、それらの介在原子と一緒になって、前記介在原子に加えて0~10個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている3~30員環単環式、二環式又は多環式環を形成する)
    又はその塩形態の構造を有する、請求項5に記載の組成物。
  8. 非負電荷インターヌクレオチド結合は、

    の構造を有する、請求項5に記載の組成物。
  9. 前記非負電荷インターヌクレオチド結合

    は、キラル制御されており、且つRpである、請求項8に記載の組成物。
  10. 前記転写物は、ジストロフィン転写物である、請求項8に記載の組成物。
  11. 前記転写物のスプライシングは、エクソン45、51若しくは53又は多重エクソンのスキッピングのレベルが増加されるように変化される、請求項10に記載の組成物。
  12. 前記複数の前記オリゴヌクレオチドの各キラルインターヌクレオチド結合は、独立に、キラル制御されたインターヌクレオチド結合である、請求項8に記載の組成物。
  13. 前記塩基配列は、表A1における任意のオリゴヌクレオチドの塩基配列であるか若しくはそれを含むか、又はその15隣接塩基を含む、請求項8に記載の組成物。
  14. 前記オリゴヌクレオチドタイプは、コレステロール;L-カルニチン(アミド及びカルバメート結合);葉酸;ガンボギン酸;切断可能な脂質(1,2-ジラウリン及びエステル結合);インスリン受容体リガンド;CPP;グルコース(トリアンテナ及びヘキサアンテナ型);又はマンノース(トリアンテナ及びヘキサアンテナ型、α及びβ)のいずれかを含む、請求項11に記載の組成物。
  15. 各非負電荷インターヌクレオチド結合は、独立に、インターヌクレオチド結合であって、その少なくとも50%は、pH7.4においてその非負電荷型で存在する、インターヌクレオチド結合である、請求項11に記載の組成物。
  16. 前記複数の前記オリゴヌクレオチドは、1つ以上の糖修飾をそれぞれ含む、請求項11に記載の組成物。
  17. 1つ以上の糖修飾は、2’-F修飾である、請求項16に記載の組成物。
  18. 各ヘテロ原子は、独立に、ホウ素、窒素、酸素、ケイ素、硫黄又はリンである、請求項1~17のいずれか一項に記載の組成物。
  19. 請求項1~18のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド組成物と薬学的に許容可能な担体とを含む医薬組成物。
  20. 標的転写物のスプライシングを変化させる方法であって、請求項1~18のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド組成物を投与することを含む方法。
  21. 前記標的転写物は、ジストロフィンのプレmRNAである、請求項20に記載の方法。
  22. ジストロフィンのエクソン45は、前記組成物が存在しない場合に対して増加したレベルでスキップされる、請求項21に記載の方法。
  23. ジストロフィンのエクソン51は、前記組成物が存在しない場合に対して増加したレベルでスキップされる、請求項21に記載の方法。
  24. ジストロフィンのエクソン53は、前記組成物が存在しない場合に対して増加したレベルでスキップされる、請求項21に記載の方法。
  25. 筋ジストロフィー、デュシェンヌ型(デュシェンヌの)筋ジストロフィー(DMD)又はベッカー型(ベッカーの)筋ジストロフィー(BMD)を治療する方法であって、それに罹り易いか又はそれに罹患している対象に、請求項1~19のいずれか一項に記載の組成物を投与することを含む方法。
  26. オリゴヌクレオチド又はそのオリゴヌクレオチド組成物を調製する方法であって、前記オリゴヌクレオチドは、1つ以上の非負電荷インターヌクレオチド結合を含み、前記方法は、

    (式中、
    5sは、独立に、R’又は-OR’であり;
    各BAは、独立に、C3~30脂環族、C6~30アリール、1~10個のヘテロ原子を有するC5~30ヘテロアリール、1~10個のヘテロ原子を有するC3~30ヘテロシクリル、天然核酸塩基部分及び修飾核酸塩基部分から選択される、任意選択で置換されている基であり;
    各Rは、独立に、-H、ハロゲン、-CN、-N、-NO、-NO、-L-R’、-L-Si(R)、-L-OR’、-L-SR’、-L-N(R’)、-O-L-R’、-O-L-Si(R)、-O-L-OR’、-O-L-SR’又は-O-L-N(R’)であり;
    各sは、独立に、0~20であり;
    各Lは、独立に、-C(R5s-又はLであり;
    各Lは、独立に、共有結合又はC1~30脂肪族基及び1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族基から選択される、二価の、任意選択で置換されている直鎖若しくは分枝状の基であり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、C1~6アルキレン、C1~6アルケニレン、-C≡C-、1~5個のヘテロ原子を有する二価C~Cヘテロ脂肪族基、-C(R’)-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)O-、-S(O)-、-S(O)-、-S(O)N(R’)-、-C(O)S-、-C(O)O-、-P(O)(OR’)-、-P(O)(SR’)-、-P(O)(R’)-、-P(O)(NR’)-、-P(S)(OR’)-、-P(S)(SR’)-、-P(S)(R’)-、-P(S)(NR’)-、-P(R’)-、-P(OR’)-、-P(SR’)-、-P(NR’)-、-P(OR’)[B(R’)]-、-OP(O)(OR’)O-、-OP(O)(SR’)O-、-OP(O)(R’)O-、-OP(O)(NR’)O-、-OP(OR’)O-、-OP(SR’)O-、-OP(NR’)O-、-OP(R’)O-又は-OP(OR’)[B(R’)]O-に置き換えられ、及び1つ以上のCH又は炭素原子は、任意選択で且つ独立に、Cyに置き換えられ;
    各-Cy-は、独立に、C3~20脂環族環、C6~20アリール環、1~10個のヘテロ原子を有する5~20員環ヘテロアリール環及び1~10個のヘテロ原子を有する3~20員環ヘテロシクリル環から選択される、任意選択で置換されている二価の基であり;
    各Cyは、独立に、C3~20脂環族環、C6~20アリール環、1~10個のヘテロ原子を有する5~20員環ヘテロアリール環及び1~10個のヘテロ原子を有する3~20員環ヘテロシクリル環から選択される、任意選択で置換されている三価又は四価の基であり;
    各環Aは、独立に、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立に選択される0~10個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている3~20員環単環式、二環式又は多環式環であり;
    、G、G、G、G及びGの各々は、独立に、Rであり;
    各Rは、独立に、-H、-L-R’、ハロゲン、-CN、-NO、-L-Si(R’)、-OR’、-SR’又は-N(R’)であり;
    各R’は、独立に、-R、-C(O)R、-C(O)OR又は-S(O)Rであり;
    各Rは、独立に、-H又はC1~30脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族、C6~30アリール、C6~30アリール脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC6~30アリールヘテロ脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有する5~30員環ヘテロアリール及び1~10個のヘテロ原子を有する3~30員環ヘテロシクリルから選択される、任意選択で置換されている基であるか、又は
    2つのR基は、任意選択で且つ独立に、一緒になって共有結合を形成するか、又は
    同じ原子上の2つ以上のR基は、任意選択で且つ独立に、前記原子と一緒になって、前記原子に加えて0~10個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている3~30員環単環式、二環式又は多環式環を形成するか、又は
    2つ以上の原子上の2つ以上のR基は、任意選択で且つ独立に、それらの介在原子と一緒になって、前記介在原子に加えて0~10個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている3~30員環単環式、二環式又は多環式環を形成し;及び
    は、電子求引基を含む)
    の構造を有するホスホロアミダイト化合物又はその塩を提供することを含む、方法。
  27. と、G及びGの一方とは、一緒になって、-NG-の窒素に加えて0~3個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている3~8員環飽和環を形成する、請求項26に記載の方法。
  28. 前記オリゴヌクレオチドは、

    の構造を有するインターヌクレオチド結合を含む、請求項26に記載の方法。
  29. は、電子求引基を含む、請求項26~28のいずれか一項に記載の方法。
  30. は、-L’-S(O)R’であり、式中、L’は、任意選択で置換されている-CH-である、請求項29に記載の方法。
  31. R’は、任意選択で置換されているC1~6脂肪族である、請求項30に記載の方法。
  32. R’は、t-ブチルである、請求項30に記載の方法。
  33. R’は、任意選択で置換されているフェニルである、請求項30に記載の方法。
  34. R’は、フェニルである、請求項30に記載の方法。
  35. 1つ以上のサイクルであって、その各々は、独立に、
    1)脱保護;
    2)カップリング;
    3)任意選択で第1のキャッピング;
    4)修飾;及び
    5)任意選択で第2のキャッピング
    を含むか又はそれからなる、1つ以上のサイクルを含む、請求項29に記載の方法。
  36. 式III:

    (式中、
    は、P(=N-L-R)、

    であり;
    は、アニオンであり;
    及びRの各々は、独立に、-H、-L-R’、ハロゲン、-CN、-NO、-L-Si(R’)、-OR’、-SR’又は-N(R’)であり;
    Y及びZの各々は、独立に、-O-、-S-、-N(-L-R)-又はLであり;
    各Lは、独立に、共有結合又はC1~30脂肪族基及び1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族基から選択される、二価の、任意選択で置換されている直鎖若しくは分枝状の基であり、ここで、1つ以上のメチレン単位は、任意選択で且つ独立に、C1~6アルキレン、C1~6アルケニレン、-C≡C-、1~5個のヘテロ原子を有する二価C~Cヘテロ脂肪族基、-C(R’)-、-Cy-、-O-、-S-、-S-S-、-N(R’)-、-C(O)-、-C(S)-、-C(NR’)-、-C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)N(R’)-、-N(R’)C(O)O-、-S(O)-、-S(O)-、-S(O)N(R’)-、-C(O)S-、-C(O)O-、-P(O)(OR’)-、-P(O)(SR’)-、-P(O)(R’)-、-P(O)(NR’)-、-P(S)(OR’)-、-P(S)(SR’)-、-P(S)(R’)-、-P(S)(NR’)-、-P(R’)-、-P(OR’)-、-P(SR’)-、-P(NR’)-、-P(OR’)[B(R’)]-、-OP(O)(OR’)O-、-OP(O)(SR’)O-、-OP(O)(R’)O-、-OP(O)(NR’)O-、-OP(OR’)O-、-OP(SR’)O-、-OP(NR’)O-、-OP(R’)O-又は-OP(OR’)[B(R’)]O-に置き換えられ、及び1つ以上のCH又は炭素原子は、任意選択で且つ独立に、Cyに置き換えられ;
    各-Cy-は、独立に、C3~20脂環族環、C6~20アリール環、1~10個のヘテロ原子を有する5~20員環ヘテロアリール環及び1~10個のヘテロ原子を有する3~20員環ヘテロシクリル環から選択される、任意選択で置換されている二価の基であり;
    各Cyは、独立に、C3~20脂環族環、C6~20アリール環、1~10個のヘテロ原子を有する5~20員環ヘテロアリール環及び1~10個のヘテロ原子を有する3~20員環ヘテロシクリル環から選択される、任意選択で置換されている三価又は四価の基であり;
    各R’は、独立に、-R、-C(O)R、-C(O)OR又は-S(O)Rであり;
    各Rは、独立に、-H又はC1~30脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC1~30ヘテロ脂肪族、C6~30アリール、C6~30アリール脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有するC6~30アリールヘテロ脂肪族、1~10個のヘテロ原子を有する5~30員環ヘテロアリール及び1~10個のヘテロ原子を有する3~30員環ヘテロシクリルから選択される、任意選択で置換されている基であるか、又は
    2つのR基は、任意選択で且つ独立に、一緒になって共有結合を形成するか、又は
    同じ原子上の2つ以上のR基は、任意選択で且つ独立に、前記原子と一緒になって、前記原子に加えて0~10個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている3~30員環単環式、二環式又は多環式環を形成するか、又は
    2つ以上の原子上の2つ以上のR基は、任意選択で且つ独立に、それらの介在原子と一緒になって、前記介在原子に加えて0~10個のヘテロ原子を有する、任意選択で置換されている3~30員環単環式、二環式又は多環式環を形成し;及び
    -X-L-Rは、

    (式中、Gは、電子求引基を含む)
    である)
    の構造を有するインターヌクレオチド結合を含むオリゴヌクレオチド。
  37. は、-L’-S(O)R’であり、式中、L’は、任意選択で置換されている-CH-である、請求項36に記載のオリゴヌクレオチド。
  38. R’は、任意選択で置換されているC1~6脂肪族である、請求項37に記載のオリゴヌクレオチド。
  39. R’は、t-ブチルである、請求項38に記載のオリゴヌクレオチド。
  40. R’は、任意選択で置換されているフェニルである、請求項37に記載のオリゴヌクレオチド。
  41. R’は、フェニルである、請求項40に記載のオリゴヌクレオチド。
  42. は、-C(O)R’である、請求項36~41のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド。
  43. R’は、-CHである、請求項42に記載のオリゴヌクレオチド。
  44. は、F、Cl、Br、BF 、PF 、TfO、Tf、AsF 、ClO 又はSbF である、請求項36~41のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド。
  45. 前記オリゴヌクレオチドは、固体支持体に取り付けられている、請求項36~44のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド。
  46. 前記固体支持体は、CPGである、請求項45に記載のオリゴヌクレオチド。
  47. オリゴヌクレオチドを調製する方法であって、請求項36~46のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチドを塩基と接触させることを含む方法。
  48. 前記接触は、実質的に水なしで実施される、請求項47に記載の方法。
  49. 前記接触は、オリゴヌクレオチド長さが達成された後、オリゴヌクレオチドの脱保護及び切断前である、請求項47又は48に記載の方法。
  50. 前記塩基は、NRの構造を有するアミン塩基である、請求項47~49のいずれか一項に記載の方法。
  51. 前記塩基は、N,N-ジエチルアミンである、請求項50に記載の方法。
  52. 例示的実施形態1~420のいずれか1つに記載のオリゴヌクレオチド、化合物又は方法。
  53. オリゴヌクレオチドであって、WV-20104、WV-20103、WV-20102、WV-20101、WV-20100、WV-20099、WV-20098、WV-20097、WV-20096、WV-20095、WV-20094、WV-20106、WV-20119、WV-20118、WV-13739、WV-13740、WV-9079、WV-9082、WV-9100、WV-9096、WV-9097、WV-9106、WV-9133、WV-9148、WV-9154、WV-9898、WV-9899、WV-9900、WV-9906、WV-9907、WV-9908、WV-9909、WV-9756、WV-9757、WV-9517、WV-9714、WV-9715、WV-9519、WV-9521、WV-9747、WV-9748、WV-9749、WV-9897、WV-9898、WV-9900、WV-9899、WV-9906、WV-9912、WV-9524、WV-9912、WV-9906、WV-9900、WV-9899、WV-9899、WV-9898、WV-9898、WV-9898、WV-9898、WV-9898、WV-9897、WV-9897、WV-9897、WV-9897、WV-9897、WV-9747、WV-9714、WV-9699、WV-9517、WV-9517、WV-13409、WV-13408、WV-12887、WV-12882、WV-12881、WV-12880、WV-12880、WV-WV12880、WV-12878、WV-12877、WV-12877、WV-12876、WV-12873、WV-12872、WV-12559、WV-12559、WV-12558、WV-12558、WV-12557、WV-12556、WV-12556、WV-12555、WV-12555、WV-12554、WV-12553、WV-12129、WV-12127、WV-12125、WV-12123、WV-11342、WV-11342、WV-11341、WV-11341、WV-11340、WV-10672、WV-10671、WV-10670、WV-10461、WV-10455、WV-9897、WV-9898、WV-13826、WV-13827、WV-13835、WV-12880、WV-14344、WV-13864、WV-13835、WV-14791、WV-14344、WV-13754、WV-13766、WV-11086、WV-11089、WV-17859、WV-17860、WV-20070、WV-20073、WV-20076、WV-20052、WV-20099、WV-20049、WV-20085、WV-20087、WV-20034、WV-20046、WV-20052、WV-20061、WV-20064、WV-20067、WV-20092、WV-20091、WV-20093、WV-20084、WV-9738、WV-9739、WV-9740、WV-9741、WV-15860、WV-15862、WV-11084、WV-11086、WV-11088、WV-11089、WV-14522、WV-14523、WV-17861、WV-17862、WV-13815、WV-13816、WV-13817、WV-13780、WV-17862、WV-17863、WV-17864、WV-17865、WV-17866、WV-20082、WV-20081、WV-20080、WV-20079、WV-20076、WV-20075、WV-20074、WV-20073、WV-20072、WV-20071、WV-20064、WV-20059、WV-20058、WV-20057、WV-20056、WV-20053、WV-20052、WV-20051、WV-20050、WV-20049、WV-20094、WV-20095又はその塩形態である、オリゴヌクレオチド。
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* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
SG11201500232UA (en) 2012-07-13 2015-04-29 Wave Life Sciences Pte Ltd Chiral control
SG11201500239VA (en) 2012-07-13 2015-03-30 Wave Life Sciences Japan Asymmetric auxiliary group
SG10201912897UA (en) 2014-01-16 2020-02-27 Wave Life Sciences Ltd Chiral design
RU2708237C2 (ru) 2014-08-22 2019-12-05 Общество с ограниченной ответственностью "НооГен" Модифицированные олигонуклеотиды и способ их получения
MA43072A (fr) 2015-07-22 2018-05-30 Wave Life Sciences Ltd Compositions d'oligonucléotides et procédés associés
CN108779132B (zh) 2016-03-13 2022-04-15 波涛生命科学有限公司 用于亚磷酰胺和寡核苷酸合成的组合物和方法
US11013757B2 (en) 2016-06-03 2021-05-25 Wave Life Sciences Ltd. Oligonucleotides, compositions and methods thereof
KR102418185B1 (ko) 2016-06-22 2022-07-06 프로큐알 테라퓨틱스 Ⅱ 비.브이. 단일 가닥 rna-편집 올리고뉴클레오타이드
WO2018098264A1 (en) 2016-11-23 2018-05-31 Wave Life Sciences Ltd. Compositions and methods for phosphoramidite and oligonucleotide synthesis
US11603532B2 (en) 2017-06-02 2023-03-14 Wave Life Sciences Ltd. Oligonucleotide compositions and methods of use thereof
EP3630789A4 (en) 2017-06-02 2021-06-16 Wave Life Sciences Ltd. COMPOSITIONS OF OLIGONUCLEOTIDES AND THEIR METHODS OF USE
WO2018237194A1 (en) 2017-06-21 2018-12-27 Wave Life Sciences Ltd. COMPOUNDS, COMPOSITIONS AND METHODS OF SYNTHESIS
AU2018316159A1 (en) 2017-08-08 2020-02-06 Wave Life Sciences Ltd. Oligonucleotide compositions and methods thereof
JP7472018B2 (ja) 2017-09-18 2024-04-22 ウェーブ ライフ サイエンシーズ リミテッド オリゴヌクレオチド調製のための技術
JP2020537518A (ja) 2017-10-12 2020-12-24 ウェーブ ライフ サイエンシーズ リミテッド オリゴヌクレオチド組成物及びその方法
EP3830259A4 (en) 2018-08-02 2022-05-04 Dyne Therapeutics, Inc. MUSCLE TARGETING COMPLEXES AND THEIR USES FOR THE TREATMENT OF FACIOSCAPULOHUMERAL MUSCULAR DYSTROPHY
US11168141B2 (en) 2018-08-02 2021-11-09 Dyne Therapeutics, Inc. Muscle targeting complexes and uses thereof for treating dystrophinopathies
MX2021001281A (es) 2018-08-02 2021-07-15 Dyne Therapeutics Inc Complejos dirigidos a músculos y sus usos para el tratamiento de distrofinopatías.
KR20210149750A (ko) * 2019-03-20 2021-12-09 웨이브 라이프 사이언시스 리미티드 올리고뉴클레오티드 제조에 유용한 기술
JP2022544587A (ja) 2019-08-15 2022-10-19 アイオーニス ファーマシューティカルズ, インコーポレーテッド 結合修飾オリゴマー化合物及びその使用
JPWO2021125311A1 (ja) * 2019-12-19 2021-06-24
CA3179051A1 (en) 2020-05-22 2021-11-25 Chandra Vargeese Double stranded oligonucleotide compositions and methods relating thereto
CN112430645A (zh) * 2020-12-09 2021-03-02 北京华瑞康源生物科技发展有限公司 一种多重实时荧光pcr法检测人dmd基因拷贝数的相对定量方法及试剂盒
CN118852286A (zh) * 2021-01-14 2024-10-29 施能康生物科技有限公司 化合物、缀合物及其用途
TW202307208A (zh) 2021-06-23 2023-02-16 日商日本新藥股份有限公司 反義寡聚物之組合
US11638761B2 (en) 2021-07-09 2023-05-02 Dyne Therapeutics, Inc. Muscle targeting complexes and uses thereof for treating Facioscapulohumeral muscular dystrophy
US11771776B2 (en) 2021-07-09 2023-10-03 Dyne Therapeutics, Inc. Muscle targeting complexes and uses thereof for treating dystrophinopathies
AU2022309028A1 (en) 2021-07-09 2024-01-25 Dyne Therapeutics, Inc. Muscle targeting complexes and formulations for treating dystrophinopathies
US20240358846A1 (en) * 2021-07-30 2024-10-31 4Basebio, S.L.U. Nanoparticles and Peptides for the Delivery of Cargos to Muscle Cells
EP4124345A1 (en) * 2021-07-30 2023-02-01 4basebio UK Ltd Nanoparticles for muscle delivery
IL310547A (en) * 2021-08-05 2024-03-01 Sanegene Bio Usa Inc Alkyl substituted ribose derivatives in the '1 position and methods of use
WO2023152371A1 (en) 2022-02-14 2023-08-17 Proqr Therapeutics Ii B.V. Guide oligonucleotides for nucleic acid editing in the treatment of hypercholesterolemia
WO2023168014A2 (en) * 2022-03-02 2023-09-07 Wave Life Sciences Ltd. Oligonucleotide compositions and methods thereof for exon skipping
CN114600803B (zh) * 2022-03-15 2023-05-09 北京协和建昊医药技术开发有限责任公司 一种斑马鱼cyp3a4代谢酶抑制模型、建立方法及应用
WO2023240277A2 (en) * 2022-06-10 2023-12-14 Camp4 Therapeutics Corporation Methods of modulating progranulin expression using antisense oligonucleotides targeting regulatory rnas
WO2024013361A1 (en) 2022-07-15 2024-01-18 Proqr Therapeutics Ii B.V. Oligonucleotides for adar-mediated rna editing and use thereof
WO2024013360A1 (en) 2022-07-15 2024-01-18 Proqr Therapeutics Ii B.V. Chemically modified oligonucleotides for adar-mediated rna editing
GB202215614D0 (en) 2022-10-21 2022-12-07 Proqr Therapeutics Ii Bv Heteroduplex rna editing oligonucleotide complexes
WO2024110565A1 (en) 2022-11-24 2024-05-30 Proqr Therapeutics Ii B.V. Antisense oligonucleotides for the treatment of hereditary hfe-hemochromatosis
GB202218090D0 (en) 2022-12-01 2023-01-18 Proqr Therapeutics Ii Bv Antisense oligonucleotides for the treatment of aldehyde dehydrogenase 2 deficiency
WO2024121373A1 (en) 2022-12-09 2024-06-13 Proqr Therapeutics Ii B.V. Antisense oligonucleotides for the treatment of cardiovascular disease
GB202300865D0 (en) 2023-01-20 2023-03-08 Proqr Therapeutics Ii Bv Delivery of oligonucleotides
WO2024175550A1 (en) 2023-02-20 2024-08-29 Proqr Therapeutics Ii B.V. Antisense oligonucleotides for the treatment of atherosclerotic cardiovascular disease
WO2024206175A1 (en) 2023-03-24 2024-10-03 Proqr Therapeutics Ii B.V. Antisense oligonucleotides for the treatment of neurological disorders
GB202304363D0 (en) 2023-03-24 2023-05-10 Proqr Therapeutics Ii Bv Chemically modified antisense oligonucleotides for use in RNA editing
WO2024200472A1 (en) 2023-03-27 2024-10-03 Proqr Therapeutics Ii B.V. Antisense oligonucleotides for the treatment of liver disease

Family Cites Families (18)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US5852188A (en) * 1990-01-11 1998-12-22 Isis Pharmaceuticals, Inc. Oligonucleotides having chiral phosphorus linkages
EP0464638B1 (de) * 1990-07-02 1997-04-02 Hoechst Aktiengesellschaft Oligonucleotid-analoge mit terminalen 3'-3'-bzw. 5'-5'-Internucleotidverknüpfungen
US5512668A (en) * 1991-03-06 1996-04-30 Polish Academy Of Sciences Solid phase oligonucleotide synthesis using phospholane intermediates
US6242589B1 (en) * 1998-07-14 2001-06-05 Isis Pharmaceuticals, Inc. Phosphorothioate oligonucleotides having modified internucleoside linkages
AR040996A1 (es) * 2002-08-19 2005-04-27 Coley Pharm Group Inc Acidos nucleicos inmunoestimuladores
ES2361325T3 (es) * 2004-06-28 2011-06-16 The University Of Western Australia Oligonucleótidos antisentido para inducir la omisión de exón y métodos de uso de los mismos.
JP2006248949A (ja) * 2005-03-09 2006-09-21 Univ Nagoya ヌクレオシド誘導体、ヌクレオチド誘導体及びそれらの製造方法
EP1801114B8 (de) * 2005-11-23 2009-12-02 Roche Diagnostics GmbH Polynukleotid mit Phosphatmimetikum
CN105641700B (zh) * 2007-10-26 2021-01-01 莱顿教学医院 对抗肌肉病症的方式和方法
EP2370451B1 (en) * 2008-12-02 2016-11-16 Wave Life Sciences Japan, Inc. Method for the synthesis of phosphorus atom modified nucleic acids
EP3608407A1 (en) * 2012-07-03 2020-02-12 BioMarin Technologies B.V. Oligonucleotide for the treatment of muscular dystrophy patients
SG11201500232UA (en) * 2012-07-13 2015-04-29 Wave Life Sciences Pte Ltd Chiral control
BR112015000723A2 (pt) * 2012-07-13 2017-06-27 Shin Nippon Biomedical Laboratories Ltd adjuvante de ácido nucléico quiral
SG10201912897UA (en) * 2014-01-16 2020-02-27 Wave Life Sciences Ltd Chiral design
RU2708237C2 (ru) * 2014-08-22 2019-12-05 Общество с ограниченной ответственностью "НооГен" Модифицированные олигонуклеотиды и способ их получения
MA43072A (fr) * 2015-07-22 2018-05-30 Wave Life Sciences Ltd Compositions d'oligonucléotides et procédés associés
WO2017062862A2 (en) * 2015-10-09 2017-04-13 Wave Life Sciences Ltd. Oligonucleotide compositions and methods thereof
US11013757B2 (en) * 2016-06-03 2021-05-25 Wave Life Sciences Ltd. Oligonucleotides, compositions and methods thereof

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