CN101674820B - 在联合治疗中应用组蛋白脱乙酰酶抑制剂并监测生物标志物的方法 - Google Patents

Abstract

本文提供的是：应用至少一种组蛋白脱乙酰酶抑制剂来降低细胞DNA修复活性的方法；应用至少一种生物标志物监测细胞DNA修复活性降低的方法；通过在联合治疗中应用至少一种组蛋白脱乙酰酶抑制剂来降低细胞DNA修复活性而治疗癌症的方法；联合治疗方法，其中至少一种组蛋白脱乙酰酶抑制剂干扰涉及RAD51的DNA修复机制；预测至少一种组蛋白脱乙酰酶抑制剂的第一施用和至少一种其它治疗性处理的第二施用之间的诱导时期的方法；和用于联合治疗的药物组合物。

Description

在联合治疗中应用组蛋白脱乙酰酶抑制剂并监测生物标志物的方法

相关申请的交叉参考

本申请要求2006年12月26日提交的美国临时申请第60/871,900号的权益，所述申请的标题为“在联合治疗中应用组蛋白脱乙酰酶抑制剂并监测生物标志物的方法(Method of Using Histone DeacetylaseInhibitors and Monitoring Biomarkers in Combination Therapy)”，其并入本文作为参考。

背景

DNA损伤引起染色体不稳定、肿瘤发生、细胞死亡和细胞的严重的机能障碍。DNA修复系统对活细胞的存活是极其重要的。涉及双链DNA断裂修复的两个主要的DNA修复机制是同源重组(HR)和非同源末端连接(NHEJ)。真核RAD51基因是大肠杆菌(Escherichia coli)RecA的直向同源物，并且其基因产物RAD51蛋白在同源重组中起重要作用。

许多治疗性处理如抗癌剂通过它们对细胞产生DNA损伤的能力而发挥其疗效。如果细胞如癌细胞具有活化的DNA修复机制，则这些处理的疗效可以被损害，并且可能需要高剂量来实现所需疗效。

发明概述

本文描述的是应用至少一种组蛋白脱乙酰酶抑制剂来降低细胞DNA修复活性的方法。本文也描述的是应用至少一种生物标志物监测细胞DNA修复活性降低的方法。

本文描述了通过在联合治疗中应用至少一种组蛋白脱乙酰酶抑制剂来降低细胞DNA修复活性而治疗癌症的方法。描述了联合治疗方法，其中至少一种组蛋白脱乙酰酶抑制剂干扰涉及RAD51的DNA修复机制。也描述了预测至少一种组蛋白脱乙酰酶抑制剂的施用和至少一种其它治疗性处理的第二施用之间的时期的方法。本文也描述了用于联合治疗的药物组合物。

一方面，是用于治疗与DNA非同源末端连接中的缺陷有关的疾病、病症或状况的方法，包括：(a)给予患有与DNA非同源末端连接中的缺陷有关的疾病、病症或状况的人类患者治疗有效量的至少一种药剂，所述药剂抑制RAD51的活性、破坏RAD51病灶(foci)的形成、或破坏用于DNA同源重组的功能性修复复合物(functional repair complex)的装配；和(b)给予该人类患者能够损伤细胞DNA的治疗。

在另一实施方式中，药剂破坏用于DNA同源重组的功能性修复复合物的装配。在另一实施方式中，抑制RAD51活性的药剂降低RAD51的细胞水平。在另一实施方式中，破坏用于DNA同源重组的功能性修复复合物的装配的药剂是治疗有效量的至少一种组蛋白脱乙酰酶抑制剂或其药学上可接受的衍生物。

在另一实施方式中，破坏RAD51病灶形成的药剂是治疗有效量的至少一种组蛋白脱乙酰酶抑制剂或其药学上可接受的衍生物。在另一实施方式中，DNA非同源末端连接中的缺陷包括选自下列的基因中的缺陷：Ku70、Ku80、Ku86、Ku、PRKDC、LIG4、XRCC4、DCLRE1C和XLF。在另一实施方式中，疾病、病症或状况是癌症。在另一实施方式中，疾病、病症或状况选自伯基特淋巴瘤、慢性髓细胞性白血病和B-cell淋巴瘤。在另一实施方式中，当RAD51的表达在预定范围内时，给予DNA损伤剂。在另一实施方式中，至少一种组蛋白脱乙酰酶抑制剂的治疗有效量是从约0.2mg至约2000mg。

在另一实施方式中，RAD51表达水平的预定范围与至少一种组蛋白脱乙酰酶抑制剂施用前RAD51的表达水平相比低于其大约70％。在另一实施方式中，癌症选自：乳腺癌、结肠癌、结肠直肠癌、非小细胞肺癌、小细胞肺癌、肝癌、卵巢癌、前列腺癌、宫颈癌、膀胱癌、胃癌、胃肠间质瘤、胰腺癌、生殖细胞瘤、肥大细胞瘤、成神经细胞瘤、肥大细胞增生病、睾丸癌、成胶质细胞瘤、星形细胞瘤、淋巴瘤、黑素瘤、骨髓瘤、急性髓细胞性白血病(AML)、急性淋巴细胞性白血病(ALL)、骨髓增生异常综合征和慢性髓细胞性白血病。

在另一实施方式中，能够损伤细胞DNA的治疗包括放射治疗、或给予药学上有效量的至少一种抗癌剂、用于癌症治疗的联合方案、或它们的任何组合。在另一实施方式中，能够损伤细胞DNA的治疗是放射治疗或给予药学上有效量的至少一种药剂，所述药剂选自拓扑异构酶抑制剂、微管蛋白作用剂(tubulin interactors)、DNA活性剂(DNA-interactive agents)、DNA-烷化剂和铂络合物。

在另一实施方式中，能够损伤细胞DNA的治疗包括放射治疗。在另一实施方式中，抗癌剂包括细胞毒性剂/细胞生长抑制剂、抗增殖剂、异戊二烯-蛋白转移酶抑制剂、HMG-CoA还原酶抑制剂、氮芥、亚硝基脲、血管发生抑制剂、细胞增殖和存活信号途径抑制剂、凋亡诱导剂、干扰细胞周期检查点的药剂、双膦酸盐、或它们的任何组合。

另一方面是治疗癌症的方法，包括：(a)给予患有癌症的人类患者治疗有效量的至少一种组蛋白脱乙酰酶抑制剂或其药学上可接受的衍生物；和(b)当预定生物标志物的表达水平在预定范围内时，给予至少一种其它抗癌治疗。

在另一实施方式中，癌症选自：乳腺癌、结肠癌、结肠直肠癌、非小细胞肺癌、小细胞肺癌、肝癌、卵巢癌、前列腺癌、宫颈癌、膀胱癌、胃癌、胃肠间质瘤、胰腺癌、生殖细胞瘤、肥大细胞瘤、成神经细胞瘤、肥大细胞增生病、睾丸癌、成胶质细胞瘤、星形细胞瘤、淋巴瘤、黑素瘤、骨髓瘤、急性髓细胞性白血病(AML)、急性淋巴细胞性白血病(ALL)、骨髓增生异常综合征和慢性髓细胞性白血病。

在另一实施方式中，癌症与DNA非同源末端连接中的缺陷有关。在另一实施方式中，DNA非同源末端连接中的缺陷包括选自下列的基因中的缺陷：Ku70、Ku80、Ku86、Ku、PRKDC、LIG4、XRCC4、DCLRE1C和XLF。在另一实施方式中，疾病、病症或状况选自伯基特淋巴瘤、慢性髓细胞性白血病和B-细胞淋巴瘤。在另一实施方式中，癌症与RAD51的过量表达相关。在另一实施方式中，癌症与DNA同源重组的过量表达相关，或其中癌症的发病机理涉及DNA的同源重组。在另一实施方式中，至少一种组蛋白脱乙酰酶抑制剂的治疗有效量是从约0.2mg至约2000mg。

在另一实施方式中，治疗有效量足以破坏用于DNA同源重组的功能性修复复合物的装配。在另一实施方式中，治疗有效量足以降低细胞中的RAD51的细胞水平。在另一实施方式中，治疗有效量足以破坏细胞中RAD51病灶的形成。

在另一实施方式中，预定生物标志物是RAD51。在另一实施方式中，预定生物标志物是RAD51病灶的破坏。在另一实施方式中，生物标志物表达水平的预定范围与至少一种组蛋白脱乙酰酶抑制剂施用前该生物标志物的表达水平相比低于其大约70％。在另一实施方式中，至少一种其它抗癌治疗包括放射治疗、或施用药学上有效量的至少一种抗癌剂、用于癌症治疗的已知联合方案、或它们的任何组合。

在另一实施方式中，至少一种其它抗癌治疗包括能够损伤细胞DNA的治疗。在另一实施方式中，能够损伤细胞DNA的治疗是放射治疗或施用药学上有效量的至少一种药剂，所述药剂选自拓扑异构酶抑制剂、微管蛋白作用剂、DNA活性剂、DNA-烷化剂和铂络合物。

在另一实施方式中，至少一种其它抗癌治疗包括放射治疗。在另一实施方式中，抗癌剂包括细胞毒性剂/细胞生长抑制剂、抗增殖剂、异戊二烯-蛋白转移酶抑制剂、HMG-CoA还原酶抑制剂、氮芥、亚硝基脲、血管发生抑制剂、细胞增殖和存活信号通路抑制剂、凋亡诱导剂、干扰细胞周期检查点的药剂、双膦酸盐、或它们的任何组合。

另一方面是应用组蛋白脱乙酰酶抑制的方法，包括：(a)给予对象治疗有效量的至少一种组蛋白脱乙酰酶抑制剂或其药学上可接受的衍生物；(b)监测所述对象的至少一种细胞中预定生物标志物表达水平的降低；和(c)当所述生物标志物的表达水平在预定范围内时，给予至少一种其它治疗性处理。

在另一实施方式中，对象是人类患者。在另一实施方式中，对象患有与DNA非同源末端连接中的缺陷有关的疾病、病症或状况。在另一实施方式中，DNA非同源末端连接中的缺陷包括选自下列的基因中的缺陷：Ku70、Ku80、Ku86、Ku、PRKDC、LIG4、XRCC4、DCLRE1C和XLF。

在另一实施方式中，疾病、病症或状况选自伯基特淋巴瘤、慢性髓细胞性白血病和B细胞淋巴瘤。在另一实施方式中，对象患有与RAD51的过量表达相关的疾病、病症或状况。在另一实施方式中，对象患有与DNA同源重组的过量表达相关的疾病、病症或状况，或其中疾病、病症或状况的发病机理涉及DNA的同源重组。在另一实施方式中，疾病、病症或状况选自布卢姆综合征或病毒感染。在另一实施方式中，至少一种组蛋白脱乙酰酶抑制剂的治疗有效量是从约0.2mg至约2000mg。

在另一实施方式中，预定生物标志物是RAD51。在另一实施方式中，生物标志物表达水平的预定范围与至少一种组蛋白脱乙酰酶抑制剂施用前该生物标志物的表达水平相比低于其大约70％。在另一实施方式中，至少一种其它治疗性处理选自放射治疗、手术、基因治疗、siRNA或RNAi治疗、给予药学上有效量的至少一种抗癌剂、用于癌症治疗的已知联合方案、或它们的任何组合。

在另一实施方式中，至少一种其它治疗性处理包括能够损伤细胞DNA的治疗。在另一实施方式中，能够损伤细胞DNA的治疗是放射治疗或施用药学上有效量的至少一种药剂，所述药剂选自拓扑异构酶抑制剂、微管蛋白作用剂、DNA活性剂、DNA-烷化剂和铂络合物。

在另一实施方式中，至少一种其它治疗性处理包括放射治疗。在另一实施方式中，抗癌剂包括细胞毒性剂/细胞生长抑制剂、抗增殖剂、异戊二烯-蛋白转移酶抑制剂、HMG-CoA还原酶抑制剂、氮芥、亚硝基脲、血管发生抑制剂、细胞增殖和存活信号通路抑制剂、凋亡诱导剂、干扰细胞周期检查点的药剂、双膦酸盐、或它们的任何组合。

另一方面是治疗与RAD51过量表达有关的疾病、病症或状况的方法，包括：(a)给予患有与RAD51过量表达有关的疾病、病症或状况的人类患者治疗有效量的至少一种药剂，所述药剂抑制RAD51的活性、破坏RAD51病灶的形成、或破坏用于DNA同源重组的功能性修复复合物的装配；和(b)给予该人类患者能够损伤细胞DNA的治疗。

在另一实施方式中，药剂破坏用于DNA同源重组的功能性修复复合物的装配。在另一实施方式中，抑制RAD51活性的药剂降低RAD51的细胞水平。在另一实施方式中，药剂破坏RAD51病灶的形成。

在另一实施方式中，破坏用于DNA同源重组的功能性修复复合物的装配的药剂是治疗有效量的至少一种组蛋白脱乙酰酶抑制剂或其药学上可接受的衍生物。在另一实施方式中，疾病、病症或状况是癌症。在另一实施方式中，当RAD51的表达在预定范围内时，给予DNA损伤剂。在另一实施方式中，至少一种组蛋白脱乙酰酶抑制剂的治疗有效量是从约0.2mg至约2000mg。

在另一实施方式中，RAD51表达水平的预定范围与至少一种组蛋白脱乙酰酶抑制剂施用前RAD51的表达水平相比低于其大约70％。在另一实施方式中，癌症选自：乳腺癌、结肠癌、结肠直肠癌、非小细胞肺癌、小细胞肺癌、肝癌、卵巢癌、前列腺癌、宫颈癌、膀胱癌、胃癌、胃肠间质瘤、胰腺癌、生殖细胞瘤、肥大细胞瘤、成神经细胞瘤、肥大细胞增生病、睾丸癌、成胶质细胞瘤、星形细胞瘤、淋巴瘤、黑素瘤、骨髓瘤、急性髓细胞性白血病(AML)、急性淋巴细胞性白血病(ALL)、骨髓增生异常综合征和慢性髓细胞性白血病。

在另一实施方式中，能够损伤细胞DNA的治疗包括放射治疗、或给予药学上有效量的至少一种抗癌剂、用于癌症治疗的已知联合方案、或它们的任何组合。在另一实施方式中，能够损伤细胞DNA的治疗是放射治疗或给予药学上有效量的至少一种药剂，所述药剂选自拓扑异构酶抑制剂、微管蛋白作用剂、DNA活性剂、DNA-烷化剂和铂络合物。

在另一实施方式中，能够损伤细胞DNA的治疗包括放射治疗。在另一实施方式中，抗癌剂包括细胞毒性剂/细胞生长抑制剂、抗增殖剂、异戊二烯-蛋白转移酶抑制剂、HMG-CoA还原酶抑制剂、氮芥、亚硝基脲、血管发生抑制剂、细胞增殖和存活信号通路抑制剂、凋亡诱导剂、干扰细胞周期检查点的药剂、双膦酸盐、或它们的任何组合。

另一方面是治疗与DNA同源重组的过量表达有关或其中发病机理涉及DNA同源重组的疾病、病症或状况的方法，包括：(a)给予人类患者治疗有效量的至少一种药剂，所述药剂抑制RAD51的活性、破坏RAD51病灶的形成、或破坏用于DNA同源重组的功能性修复复合物的装配，其中所述人类患者患有与DNA同源重组的过量表达有关的疾病、病症或状况或其中疾病、病症或状况的发病机理涉及同源重组；和(b)给予该人类患者能够损伤细胞DNA的治疗。

在另一实施方式中，药剂破坏用于DNA同源重组的功能性修复复合物的装配。在另一实施方式中，抑制RAD51活性的药剂降低RAD51的细胞水平。在另一实施方式中，药剂破坏RAD51病灶的形成。

在另一实施方式中，破坏用于DNA同源重组的功能性修复复合物的装配的药剂是治疗有效量的至少一种组蛋白脱乙酰酶抑制剂或其药学上可接受的衍生物。在另一实施方式中，疾病、病症或状况是癌症。在另一实施方式中，疾病、病症或状况是病毒感染。在另一实施方式中，疾病、病症或状况是布卢姆综合征。在另一实施方式中，当RAD51的表达在预定范围内时，给予DNA损伤剂。在另一实施方式中，至少一种组蛋白脱乙酰酶抑制剂的治疗有效量是从约0.2mg至约2000mg。

在另一实施方式中，RAD51表达水平的预定范围与至少一种组蛋白脱乙酰酶抑制剂施用前RAD51的表达水平相比低于其大约70％。在另一实施方式中，癌症选自：乳腺癌、结肠癌、结肠直肠癌、非小细胞肺癌、小细胞肺癌、肝癌、卵巢癌、前列腺癌、宫颈癌、膀胱癌、胃癌、胃肠间质瘤、胰腺癌、生殖细胞瘤、肥大细胞瘤、成神经细胞瘤、肥大细胞增生病、睾丸癌、成胶质细胞瘤、星形细胞瘤、淋巴瘤、黑素瘤、骨髓瘤、急性髓细胞性白血病(AML)、急性淋巴细胞性白血病(ALL)、骨髓增生异常综合征和慢性髓细胞性白血病。

在另一实施方式中，能够损伤细胞DNA的治疗包括放射治疗、或给予药学上有效量的至少一种抗癌剂、用于癌症治疗的已知联合方案、或它们的任何组合。在另一实施方式中，能够损伤细胞DNA的治疗是放射治疗或给予药学上有效量的至少一种药剂，所述药剂选自拓扑异构酶抑制剂、微管蛋白作用剂、DNA活性剂、DNA-烷化剂和铂络合物。

在另一实施方式中，能够损伤细胞DNA的治疗包括放射治疗。在另一实施方式中，抗癌剂包括细胞毒性剂/细胞生长抑制剂、抗增殖剂、异戊二烯-蛋白转移酶抑制剂、HMG-CoA还原酶抑制剂、氮芥、亚硝基脲、血管发生抑制剂、细胞增殖和存活信号通路抑制剂、凋亡诱导剂、干扰细胞周期检查点的药剂、双膦酸盐、或它们的任何组合。

在另一实施方式中，是用于治疗癌症的方法，包括：(a)给予人类患者治疗有效量的至少一种药剂，所述药剂抑制RAD51的活性、破坏RAD51病灶的形成、或破坏用于DNA同源重组的功能性修复复合物的装配，其中所述人类患者患有这样的癌症：其应用不涉及端粒酶的机制、而是通过称为替代端粒延长(ATL)途径的机制来维持其端粒的长度；和(b)给予所述人类患者另外的抗癌剂。

多达12％的所有癌症和多于50％的肉瘤、甲状腺癌、骨肉瘤和成胶质细胞瘤落入前述癌症种类中。存在证据表明同源重组——特别包括RAD51——涉及ALT途径。RAD51见于ALT相关的PML体(APBs)中，并且ALT的机制取决于DNA双链断裂机构，尤其是同源重组并且特别是RAD51。错误调节RAD51的HDAC抑制剂将特别用于ALT阳性癌症中。在一些实施方式中，ALT通过相对简单和耐用的分析进行筛选。

一方面，是用于治疗与DNA非同源末端连接中的缺陷有关的疾病、病症或状况的方法，包括：a)给予患有与DNA非同源末端连接中的缺陷有关的疾病、病症或状况的患者治疗有效量的至少一种药剂，所述药剂抑制BRCA1的活性或破坏BRCA1和RAD51的相互作用、或破坏用于涉及BRCA1的同源重组的功能性修复复合物的装配；和b)给予该患者能够损伤细胞DNA的治疗。

另一方面是药物组合物，包括：(a)第一包衣(coating)，用于治疗有效量的至少一种药剂的第一释放，所述药剂抑制RAD51的活性、破坏RAD51病灶的形成、或破坏用于DNA同源重组的功能性修复复合物的装配；和(b)第二包衣，用于至少一种其它治疗剂的第二释放。

另一方面是药物组合物，包括：(a)第一包衣，用于治疗有效量的至少一种药剂的第一释放，所述药剂抑制BRCA1的活性或破坏BRCA1和RAD51的相互作用、或破坏用于涉及BRCA1的同源重组的功能性修复复合物的装配；和

(b)第二包衣，用于至少一种其它治疗剂的第二释放。

在另一实施方式中，第二释放在第一释放之后发生。在另一实施方式中，抑制RAD51活性的药剂是至少一种组蛋白脱乙酰酶抑制剂或其药学上可接受的衍生物。在另一实施方式中，至少一种组蛋白脱乙酰酶抑制剂的治疗有效量是从约0.2mg至约2000mg。

在进一步的实施方式中，第二释放在第一释放后发生。在又一实施方式中，抑制BRCA1活性的药剂是至少一种组蛋白脱乙酰酶抑制剂或其药学上可接受的衍生物。在另一实施方式中，至少一种组蛋白脱乙酰酶抑制剂的治疗有效量是从约0.2mg至约2000mg。

在另一实施方式中，至少一种其它治疗剂包括能够损伤细胞DNA的药剂。在另一实施方式中，能够损伤细胞DNA的药剂选自拓扑异构酶抑制剂、微管蛋白作用剂、DNA活性剂、DNA-烷化剂和铂络合物。

在另一实施方式中，至少一种其它治疗剂包括细胞毒性剂/细胞生长抑制剂、抗增殖剂、异戊二烯-蛋白转移酶抑制剂、HMG-CoA还原酶抑制剂、氮芥、亚硝基脲、血管发生抑制剂、细胞增殖和存活信号通路抑制剂、凋亡诱导剂、干扰细胞周期检查点的药剂、双膦酸盐、或它们的任何组合。

在任一前述实施方式和方面中，至少一种组蛋白脱乙酰酶抑制剂选自：羧酸盐、短链脂肪酸、异羟肟酸(氧肟酸)、亲电子酮类、环氧化物、环肽和苯甲酰胺。

在进一步的实施方式中，组蛋白脱乙酰酶抑制剂是选自下列的化合物：在美国专利申请第10/818,755、10/537,115、10/922,119、11/100,781号或PCT专利公开号PCT/US2005/046255中公开的化合物或式子。

在进一步的实施方式中，组蛋白脱乙酰酶抑制剂是具有式(A)结构的异羟肟酸：

式(A)其中：Q是任选取代的C_5-12芳基或任选取代的C_5-12杂芳基；L是具有至少4个原子的接头(linker)；R¹是H或烷基；和其药学上可接受的盐、药学上可接受的N-氧化物、药学上活化的代谢物、药学上可接受的前体药物、药学上可接受的溶剂化物。

在另一实施方式中，组蛋白脱乙酰酶抑制剂具有式(I)的结构：

式(I)其中：R¹是氢或烷基；X是-O-、-NR²-或-S(O)_n，其中n是0-2并且R²是氢或烷基；Y是亚烷基，其被环烷基、任选取代的苯基、烷基硫代、烷基亚硫酰基、烷基磺酰基、任选取代的苯基烷基硫代、任选取代的苯基烷基磺酰基、羟基或任选取代的苯氧基任选取代；Ar¹是亚苯基或杂亚芳基，其中所述Ar¹被一个或两个独立选自下列的基团任选取代：烷基、卤、羟基、烷氧基、卤烷氧基或卤烷基；R³是氢、烷基、羟烷基或任选取代的苯基；和Ar²是芳基、芳烷基、芳烯基、杂芳基、杂芳烷基、杂芳烯基、环烷基、环烷基烷基、杂环烷基或杂环烷基烷基；及各个立体异构体、各个几何异构体或它们的混合物；或其药学上可接受的盐。

在另一实施方式中，组蛋白脱乙酰酶抑制剂具有下列结构：

式(a)或其药学上可接受的盐。

在另一实施方式中，组蛋白脱乙酰酶抑制剂具有下列结构：

式(b)或其药学上可接受的盐。

在另一实施方式中，组蛋白脱乙酰酶抑制剂具有下列结构：式(c)或其药学上可接受的盐。

在另一实施方式中，组蛋白脱乙酰酶抑制剂具有下列结构：

式(d)或其药学上可接受的盐。

在另一实施方式中，组蛋白脱乙酰酶抑制剂具有下列结构：式(e)或其药学上可接受的盐。

一方面，是为需要癌症治疗的患者选择所述癌症治疗的方法，包括：a)确定来自所述患者的至少一种癌细胞中的RAD51mRNA表达水平或RAD51蛋白水平；和b)如果生物学样品中的RAD51mRNA表达水平或RAD51蛋白水平高于参考样品中的RAD51mRNA表达水平或RAD51蛋白水平，则表明至少一种组蛋白脱乙酰酶抑制剂有效用于治疗。

根据说明书和权利要求书，其它特征和目的将是显而易见的。一种或更多种实施方式的细节在附图和下面的描述中列出。根据说明书和附图以及根据权利要求书，本文所述方法和药物组合物的其它特征和目的将是显而易见的。

附图简述

图1示出具有式(A)或式(I)结构的HDAC抑制剂测试化合物预治疗、随后进行离子辐射的效果。

图2示出在体外、在HCT-116结肠肿瘤系中、在mRNA(左)和蛋白(右)水平下，RAD51被3-((二甲氨基)甲基)-N-(2-(4-(羟基氨基甲酰基)苯氧基)乙基)苯并呋喃-2-甲酰胺下调的24小时时程。也示出摘除应用不同的给药方案的、来自HCT-116小鼠异种移植物的肿瘤后的RAD51水平和肌动蛋白水平。1X动物在研究结束前4小时接受单次口服剂量；2X动物在研究结束前28小时接受一个口服剂量并在6小时后接受第二剂量；3X动物如2X中所述那样给药，但是在随后的早晨——在给予第一剂量后24小时和研究结束前4小时——还接受第三剂量。蛋白水平的变化倍数通过应用Odyssey软件定量并针对肌动蛋白加样对照的水平进行标准化。

图3示出通过蛋白质印迹得到的非何杰金淋巴瘤(非霍奇金淋巴瘤)细胞中的基线RAD51表达水平，其针对肌动蛋白进行标准化，最低水平在皮肤T细胞淋巴瘤系HH中。

图4示出在来自含有229个原发肿瘤切片(138个滤泡性淋巴瘤和91个DLBCL)的组织微阵列(TMA)的人DLBCL肿瘤样品中，通过免疫组织化学染色得到的RAD51表达情况。TMA中的每一肿瘤类型样品中的78％表达中度至高度水平的RAD51。

图5示出用3-((二甲氨基)甲基)-N-(2-(4-(羟基氨基甲酰基)苯氧基)乙基)苯并呋喃-2-甲酰胺处理24小时的NHL细胞系的下调的RAD51蛋白水平，所述下调是剂量依赖方式的，HH显示最小的效果。

图6示出用3-((二甲氨基)甲基)-N-(2-(4-(羟基氨基甲酰基)苯氧基)乙基)苯并呋喃-2-甲酰胺处理24小时，然后通过Taqman RT-PCR分析RAD51mRNA的细胞系。在大多数细胞系中，3-((二甲氨基)甲基)-N-(2-(4-(羟基氨基甲酰基)苯氧基)乙基)苯并呋喃-2-甲酰胺下调RAD51mRNA表达2倍以上；根据蛋白质印迹分析，HH系示出RAD51没有降低。

图7示出，在除HH淋巴瘤系的所有系中，观察到凋亡性细胞死亡的剂量依赖性增加；在所有系中，在24小时时，也观察到较低的凋亡水平。

图8A示出蛋白质印迹得到的基线RAD51表达水平。

图8B示出处理细胞中的RAD51蛋白降低水平。

图8C示出与凋亡百分数相关的RAD51蛋白和mRNA水平降低。

图8D示出mRNA表达水平与凋亡百分数的关联图；最敏感和具有抗性的系由方框(boxes)表明。

图9示出在非何杰金细胞系DHL-4和DLCL2和HH中，同时给予3-((二甲氨基)甲基)-N-(2-(4-(羟基氨基甲酰基)苯氧基)乙基)苯并呋喃-2-甲酰胺和阿霉素(doxorubicin)的联合的效应。

发明详述

如果没有另外指明，本文应用的所有科技术语具有与所要求主题所属领域技术人员普遍理解的意义相同的意义。

应该理解，前述一般描述和下文的详述仅仅是示例性的和解释性的，而不是对所要求的任何主题的限制。在本申请中，除非另外具体指明，单数的应用包括复数。必须指出，除非上下文另外明确指明，当在说明书和所附权利要求书中所用时，单数形式“一(a)”、“一(an)”和“该(the)”包括复数的引用。在本申请中，除非另外指明，应用“或”意味着“和/或”。而且，术语“包括”以及其它形式如“包含”、“含有”和“被包含”的应用不是限制性的。

HDAC抑制剂对同源重组(HR)的破坏使得能够在HDAC抑制剂预治疗后应用较低剂量的DNA-活性剂(DNA-interacting agents)或抗癌剂进行治疗。在其它实施方式中，HR被HDAC抑制剂直接破坏，从而HR介导的DNA修复被HDAC抑制剂抑制。在进一步的实施方式中，HR的破坏通过监测细胞核中的RAD51病灶形成而观察。在又一实施方式中，DNA双链断裂(DSBs)通过离子辐射诱导，并且辐射诱导的DSBs一般在S期中通过HR修复。由于在用HDAC抑制剂预治疗的细胞中，RAD51病灶被破坏，所以HR对DSBs的修复被抑制并且细胞对DNA活性剂如某些抗癌剂变得更敏感。

此外，RAD51蛋白和mRNA水平在用HDAC抑制剂治疗后下降。由于在HDAC抑制剂治疗后辐射诱导的DNA DSBs不能通过HR修复，所以由DNA活性抗癌药诱导的DNA损伤不能通过HR修复。因此，用至少一种HDAC抑制剂预治疗的肿瘤细胞将对随后的下列施用高度敏感：(1)辐射，(2)DNA活性药，和/或(3)引起通过HR修复的DSBs的任何治疗。在另一实施方式中，在至少一种HDAC抑制剂和辐射之间、或在至少一种HDAC抑制剂和一种或更多种铂制剂之间观察到协同效应。

提供了下列方法：用适当剂量的至少一种HDAC抑制剂预治疗癌症患者、并对随后的治疗性处理制定计划(scheduling)，直至HR被至少一种HDAC抑制剂的作用破坏。在另一实施方式中，癌症患者的HR破坏如下监测：(1)直接测定血液中的RAD51病灶形成；(2)测定血液中反映肿瘤中RAD51病灶形成的任何替代生物标志物(例如，PBMCs中的RAD51水平)；(3)测定反映同源修复的机构装配的任何标志物。

在其它实施方式中，本文提供的方法特别针对患有过量表达RAD51的肿瘤的患者。过量表达RAD51的肿瘤一般具有增加的HR活性并且对DNA活性剂或DNA损伤剂具有抗性。例如，大多数胰腺肿瘤是过量表达RAD51的肿瘤。在一些实施方式中，本文提供的用至少一种HDAC抑制剂预治疗的方法至少部分地克服对用于随后治疗性处理的DNA活性剂或DNA损伤剂的抗性。

在一些实施方式中，本文提供的方法特别针对患有在非同源末端连接(NHEJ)中有某些缺陷的肿瘤的患者。由于DNA修复的HR机制是在NHEJ中有某些缺陷的肿瘤中DNA修复的主要途径，所以在一些实施方式中，这些肿瘤细胞中的HR破坏完全阻断DNA修复活性并且使得这些肿瘤细胞对用于随后治疗性处理的DNA活性剂或DNA损伤剂敏感。例如，在Ku中具有突变的肿瘤细胞对HDAC抑制剂治疗高度敏感，Ku是NHEJ中的关键参与物。

在其它实施方式中，本文提供的方法也特别针对患有发病机理涉及HR的任何疾病的患者。例如，HIV病毒在基因组整合期间应用宿主HR。因此，在一些实施方式中，HDAC抑制剂预治疗在病毒性疾病中也有用。定义：

如果没有另外声明，说明书和权利要求书中应用的下列术语为本申请目的进行定义，并且具有下列意义：

在一个实施方式中，“烷基”指1至6个碳原子的线性饱和单价烃基或3至6个碳原子的支链饱和单价烃基，例如，甲基、乙基、丙基、2-丙基、丁基(包括所有异构体形式)、戊基(包括所有异构体形式)等。

在另一实施方式中，“芳基”指6至12个环原子的单价单环或双环芳烃基，例如，苯基、萘基或蒽基。如果没有另外声明，芳基环被1、2或3个取代基任选取代，所述取代基独立选自：烷基、烷氧基、卤、卤烷基、卤烷氧基、氨基、烷基氨基、二烷基氨基、羟基、羟烷基、羟基烷氧基、羟基烷氧基烷基、烷氧基烷氧基烷基、任选取代的苯基、任选取代的苯基烷基、任选取代的杂芳基、环烷氧基、环烯氧基、任选取代的苯基羰基氨基、任选取代的杂芳氧基、任选取代的杂芳烷氧基、氨基烷基、氨基烷氧基、烷氧基烷基、烷氧基烷氧基、亚甲二氧基、卤烷氧基烷基、任选取代的苯氧基烷基、任选取代的杂芳氧基烷基、任选取代的杂环烷基、任选取代的杂环烷氧基烷基、任选取代的杂环烷基烷基、任选取代的杂环烷基烷氧基、任选取代的杂环烷氧基、-亚烷基-S(O)_n-R^a(其中n是0至2，并且R^a是烷基、卤烷基、羟烷基、烷氧基烷基、任选取代的苯基、任选取代的苯基烷基、任选取代的杂芳基或任选取代的杂芳烷基)、-亚烷基-NHSO₂-R^b(其中R^b是烷基、卤烷基、任选取代的苯基、任选取代的苯基烷基、任选取代的杂芳基、任选取代的杂芳烷基或任选取代的杂环烷基)、-亚烷基-NHCO-R^c(其中R^c是烷基、卤烷基、任选取代的苯基、任选取代的苯基烷基、任选取代的杂芳基、任选取代的杂芳烷基或任选取代的杂环烷基)、或-(亚烷基)_n1-CONR^dR^e(其中n1是0或1，R^d和R^e独立为氢、烷基、卤烷基、羟烷基、烷氧基烷基、氨基烷基、任选取代的苯基、任选取代的苯基烷基、任选取代的杂芳基、任选取代的杂芳烷基或任选取代的杂环烷基烷基，或R^d和R^e与它们连接的氮原子共同形成杂环烷基)，其中卤烷氧基烷基、任选取代的苯氧基烷基、任选取代的杂芳氧基烷基或氨基烷基中的烷基链被1或2个氟任选取代。在一些实施方式中，取代基独立为甲氧基、甲基、乙基、氯、三氟甲基、氟、2-甲氧基乙氧基、2-(吗啉-4-基)乙氧基、吡啶-3-基甲氧基、2-羟基乙氧基、2-(N，N-二甲氨基)-乙氧基、甲氧基甲基、苯氧基甲基、2-吗啉-4-基乙基、吗啉-4-基甲基、N，N-二甲氨基甲基、异丙氧基甲基或苯氧基甲基。

如本文所用，术语“载体”是指相对无毒的化学化合物或试剂，其促进化合物掺入细胞或组织中。

如本文所用，术语“EC₅₀”是指引起剂量依赖性反应达到特定测试化合物诱导、引起或赋予的特定反应的最大表达之50％的特定测试化合物的剂量、浓度或含量。

如本文所用，“有效量”是指赋予对象治疗效应所需的活性组合物的量。如本文所用，“治疗有效量”指被施用药剂或化合物的足够量，所述量会一定程度地减轻被治疗疾病、病症或状况的一种或更多种症状。在一些实施方式中，结果是体征、症状或病因的减轻和/或缓解，或生物系统的任何其它所需改变。例如，在一些实施方式中，治疗用途的“有效量”是包括本文描述化合物的组合物的量，其是提供疾病症状临床明显减轻而没有过度不利副作用所需的。在一些实施方式中，任何个例中的合适的“有效量”应用如剂量增加研究的技术来确定。术语“治疗有效量”包括例如预防有效量。在其它实施方式中，本文公开的化合物如式(A)或式(I)化合物的“有效量”是有效实现所需药学效果或治疗改善而没有过度不利副作用的量。在其它实施方式中，理解“作用量”或“治疗有效量”在对象与对象之间变化，这归因于式(A)或式(I)化合物的代谢变化，对象的年龄、体重、一般状态，被治疗的状况，被治疗状况的严重度和处方医师的判断。

在一些实施方式中，“杂环烷基”指3至8个环原子的饱和或不饱和单价环状基团，其中1个或2个环原子是选自N、O或S(O)_n的杂原子，其中n是0至2的整数，其余的环原子是C。在其它实施方式中，1个或2个环原子任选地被-CO-基团替换。在其它实施方式中，术语杂环烷基包括但不限于吡咯烷基、哌啶基、吗啉基、哌嗪基、四氢吡喃基、四氢喹啉基和硫代吗啉基和它们的衍生物(在杂环烷基环被下列取代基取代时形成)；和它们的N-氧化物或保护衍生物。杂环烷基任选与芳基稠合。如果没有另外声明，杂环烷基环被1、2或3个独立选自下列的取代基任选取代：烷基、烷氧基、卤、卤烷基、卤烷氧基、氨基、烷基氨基、二烷基氨基、羟基、羟烷基、羟基烷氧基、羟基烷氧基烷基、烷氧基烷氧基烷基、任选取代的苯基、任选取代的苯基烷基、环烷氧基、环烯氧基、任选取代的苯基羰基氨基、任选取代的杂芳基、任选取代的杂芳烷氧基、氨基烷基、氨基烷氧基、烷氧基烷基、烷氧基烷氧基、亚甲二氧基、卤烷氧基烷基、任选取代的苯氧基烷基、任选取代的杂芳氧基烷基、任选取代的杂环烷氧基烷基、任选取代的杂环烷基烷基、任选取代的杂环烷基烷氧基、任选取代的杂环烷氧基、-亚烷基-S(O)_n-R^a(其中n是0至2，并且R^a是烷基、卤烷基、羟烷基、烷氧基烷基、任选取代的苯基、任选取代的苯基烷基、任选取代的杂芳基或任选取代的杂芳烷基)、-亚烷基-NHSO₂-R^b(其中R^b是烷基、卤烷基、任选取代的苯基、任选取代的苯基烷基、任选取代的杂芳基或任选取代的杂芳烷基)、-亚烷基-NHCO-R^c(其中R^c是烷基、卤烷基、任选取代的苯基、任选取代的苯基烷基、任选取代的杂芳基或任选取代的杂芳烷基)、或-(亚烷基)_n1-CONR^dR^e(其中n1是0或1，R^d和R^e独立为氢、烷基、卤烷基、羟烷基、烷氧基烷基、氨基烷基、任选取代的苯基、任选取代的苯基烷基、任选取代的杂芳基、任选取代的杂芳烷基或任选取代的杂环烷基烷基、或R^d和R^e与它们连接的氮原子共同形成杂环烷基)，其中卤烷氧基烷基、任选取代的苯氧基烷基、任选取代的杂芳氧基烷基或氨基烷基中的烷基链被1或2个氟任选取代。在一些实施方式中，取代基独立为甲氧基、甲基、乙基、氯、三氟甲基、氟、2-甲氧基乙氧基、2-(吗啉-4-基)乙氧基、吡啶-3-基甲氧基、2-羟基乙氧基、2-(N，N-二甲氨基)乙氧基、甲氧基甲基、苯氧基甲基、2-吗啉-4-基乙基、吗啉-4-基甲基、N，N-二甲氨基甲基、异丙氧基甲基或苯氧基甲基。

在其它实施方式中，“杂芳基”指5至10个环原子的单价单环或双环芳基，其中1个或更多个(在一些实施方式中，是1、2或3个环原子)是选自N、O或S的杂原子，其余环原子是碳。在进一步的实施方式中，术语杂芳基包括但不限于吡啶基、吡咯基、咪唑基、噻吩基、呋喃基、吲哚基、喹啉基(quinolyl)、吡嗪基、嘧啶基、哒嗪基、噁唑基、异噁唑基、苯并噁唑基、苯并噻吩基、苯并噻唑基、喹啉基(quinolinyl)、异喹啉基、苯并呋喃基、苯并吡喃基和噻唑基以及它们的衍生物(在杂环烷基环被下列取代基取代时形成)；或它们的N-氧化物或衍生物。如果没有另外指出，杂芳基环被1、2或3个取代基任选取代，所述取代基独立选自：烷基、烷氧基、卤、卤烷基、卤烷氧基、氨基、烷基氨基、二烷基氨基、羟基、羟烷基、羟基烷氧基、羟基烷氧基烷基、烷氧基烷氧基烷基、任选取代的苯基、环烷氧基、环烯氧基、任选取代的苯基羰基氨基、任选取代的杂芳基、任选取代的杂芳氧基、任选取代的杂芳烷氧基、氨基烷基、氨基烷氧基、烷氧基烷基、烷氧基烷氧基、亚甲二氧基、卤烷氧基烷基、任选取代的苯基烷基、任选取代的苯氧基、任选取代的苯基烷氧基、任选取代的苯氧基烷基、任选取代的杂芳氧基烷基、任选取代的杂环烷氧基烷基、任选取代的杂环烷基烷基、任选取代的杂环烷基烷氧基、任选取代的杂环烷氧基、-亚烷基-S(O)_n-R^a(其中n是0至2，并且R^a是烷基、羟烷基、卤烷基、任选取代的苯基、任选取代的苯基烷基、任选取代的杂芳基或任选取代的杂芳烷基)、-亚烷基-NHSO₂-R^b(其中R^b是烷基、卤烷基、任选取代的苯基、任选取代的苯基烷基、任选取代的杂芳基、任选取代的杂芳烷基或任选取代的杂环烷基)、-亚烷基-NHCO-R^c(其中R^c是烷基、卤烷基、羟基、任选取代的苯基、任选取代的苯基烷基、任选取代的杂芳基、任选取代的杂芳烷基或任选取代的杂环烷基)、-(亚烷基)_n1-CONR^dR^f(其中n1是0或1，R^d是氢或烷基，并且R^f是氢、烷基、羟基烷基、烷氧基烷基、任选取代的苯基、任选取代的苯基烷基、任选取代的杂芳基、任选取代的杂芳烷基或任选取代的杂环烷基烷基，或R^d和R^f与它们连接的氮原子共同形成杂环烷基、-亚烷基-NR^e-亚烷基CONR^cR^d(其中R^c如上定义并且R^d和R^e独立为氢或烷基)或羧基烷基氨基烷基，其中卤烷氧基烷基、任选取代的苯氧基烷基、任选取代的杂芳氧基烷基或氨基烷基中的烷基链被1或2个氟任选取代。在一些实施方式中，取代基独立为甲氧基、甲基、乙基、氯、三氟甲基、氟、2-甲氧基乙氧基、2-(吗啉-4-基)乙氧基、吡啶-3-基甲氧基、2-羟基乙氧基、2-(N，N-二甲氨基)乙氧基、甲氧基甲基、苯氧基甲基、2-吗啉-4-基乙基、吗啉-4-基甲基、N，N-二甲氨基-甲基、异丙氧基甲基或苯氧基甲基。

在本申请中，当杂芳基环是二价时，其被称为杂亚芳基。

如本文所用，“IC₅₀，”是指特定测试化合物的含量、浓度或剂量，其在测定反应的试验中实现所述最大反应的50％抑制。

“异构体”或“多种异构体”指式(A)或式(I)的化合物，它们具有相同的分子式，但是在性质或其原子的键合顺序或其原子的空间排列方面不同。其原子空间排列不同的异构体被称为“立体异构体”。彼此不为镜像的立体异构体被称为“非对映异构体”，以及为不可重叠镜像的立体异构体被称为“对映体”或有时称为“光学异构体”。键合于4个不同取代基的原子被称为“手性中心”。具有1个手性中心的化合物具有两种相反手性的对映体形式；并且等量的两种对映体形式的混合物被称为外消旋。具有1个或更多个手性中心的化合物具有2^n-1个对映体对，其中n是手性中心的数目，除非该化合物是内消旋的(即，化合物具有2个或更多个不对称或手性中心，但其由于含有内部对称面而是非手性的)。在一些实施方式中，具有1个以上手性中心的化合物作为单独的非对映异构体或作为非对映异构体的混合物——称为“非对映异构混合物”存在。在一些其它实施方式中，当存在一个手性中心时，立体异构体通过该手性中心的绝对构型来表征。绝对构型指与手性中心连接的取代基的空间排列。对映体通过它们手性中心的绝对构型来表征，并且通过Cahn、Ingold和Prelog的R和S顺序法则进行描述。立体化学命名法的规定、确定立体化学的方法和立体异构体的分离是本领域公知的(例如，参见“Advanced Organic Chemistry，”4th edition，March，Jerry，JohnWiley & Sons，New York，1992)。理解本申请中用来描述式(A)或式(I)化合物的名称和例子意欲包括所有可能的立体异构体和它们的任何混合物、外消旋物或其它。

本文还描述的是式(A)或式(I)化合物的前体药物。术语前体药物意指共价结合的载体(carriers)，其在前体药物给予哺乳动物对象时能够释放式(A)或式(I)的活性成分。活性成分的释放在体内发生。在一些实施方式中，制备前体药物的技术通常改性指定化合物中的适当官能团。但这些改性的官能团通过常规操作或在体内重新产生最初的官能团。式(A)或式(I)化合物的前体药物包括其中羟基、氨基、羧基或类似基团被改性的化合物。前体药物的实例包括但不限于酯(例如，醋酸酯、甲酸酯和苯甲酸酯衍生物)、式(A)或式(I)化合物中羟基或氨基官能团的氨基甲酸酯(例如，N，N-二甲氨基羰基))、酰胺(例如，三氟乙酰基氨基、乙酰基氨基等)等。

本文还公开了式(A)或式(I)化合物的N-氧化物衍生物和保护衍生物。例如，在一些实施方式中，当式(A)或式(I)化合物含有可氧化氮原子时，氮原子通过已知方法被转变为N-氧化物。在其它实施方式中，当式(A)或式(I)化合物含有基团如羟基、羧基、硫羟或任何含氮原子(一个或多个)基团时，这些基团用合适的保护基进行保护。适当保护基团的详尽列举见于T.W.Greene，Protective Groups in Organic Synthesis，John Wiley & Sons，Inc.1981，其保护基团的适当列举并入本文作为参考。在其它实施方式中，式(A)或式(I)化合物的保护衍生物通过已知方法进行制备。

“药学上可接受的衍生物”包括但不限于其药学上可接受的盐、药学上可接受的N-氧化物、药学上有活性的代谢物、药学上可接受的前体药物、药学上可接受的溶剂化物或药学上可接受的酯。

化合物的“药学上可接受的盐”指药学上可接受的并且具有母体化合物的所需药物活性的盐。这种盐包括酸加成盐，所述酸加成盐用无机酸形成，所述无机酸如盐酸、氢溴酸、硫酸、硝酸、磷酸等；或用有机酸形成，所述有机酸如乙酸、丙酸、己酸、环戊烷丙酸、乙醇酸、丙酮酸、乳酸、丙二酸、琥珀酸、苹果酸、马来酸、富马酸、酒石酸、柠檬酸、苯甲酸、3-(4-羟基苯甲酰基)苯甲酸、肉桂酸、扁桃酸、甲磺酸、乙磺酸、1，2-乙二磺酸、2-羟基乙磺酸、苯磺酸、4-氯苯磺酸、2-萘磺酸、4-甲苯磺酸、樟脑磺酸、葡庚糖酸、4，4′-亚甲基双-(3-羟基-2-烯-1-羧酸)、3-苯基丙酸、三甲基乙酸、叔丁基乙酸、月桂基硫酸、葡萄糖酸、谷氨酸、羟基萘甲酸、水杨酸、硬脂酸、粘康酸等；或母体化合物中存在的酸性质子被金属离子替换时形成的盐，所述金属离子如碱金属离子、碱土金属离子或铝离子；或母体化合物中存在的酸性质子与有机碱配位形成的盐，所述有机碱如乙醇胺、二乙醇胺、三乙醇胺、氨基丁三醇(tromethamine)、N-甲基葡萄糖胺等。理解药学上可接受的盐是无毒的。关于适当的药学上可接受的盐的其它信息见于Remington′s Pharmaceutical Sciences，17th ed.，Mack PublishingCompany，Easton，Pa.，1985，其药学上可接受的盐的列举并入本文作为参考。

“药学上可接受的载体或赋形剂”指用于制备药物组合物的载体或赋形剂，其通常安全、无毒并且在生物学和其它方面都不是不期望的，并且包括兽医应用以及人类药物应用可接受的载体或赋形剂。在一些实施方式中，用于本说明书和权利要求书的“药学上可接受的载体/赋形剂″包括一种或一种以上这类赋形剂。

在其它实施方式中，式(A)或式(I)化合物具有不对称中心。在其它实施方式中，含有不对称取代原子的式(A)或式(I)化合物以光学活性或外消旋形式进行分离。所有手性形式、非对映形式、外消旋形式都描述在本文中，除非具体指明具体的立体化学或异构形式。

在一些实施方式中，某些式(A)或式(I)化合物作为互变异构体和/或几何异构体存在。所有可能的互变异构体和顺反异构体——单独的和它们的混合物——都意图被包括在内。此外，如本文所用，虽然仅列出少数的例子，但术语烷基包括所述烷基的所有可能的异构形式。而且，虽然仅列出少数的例子，但当环状基团如芳基、杂芳基、杂环烷基被取代时，它们包括所有位置异构体。而且，式(A)或式(I)化合物的所有多晶型物和水合物都意图被包括在内。

“任选取代的”在修饰特定基团时指该术语所修饰的基团可以但不必须是取代的。当术语“任选取代的”用于修饰特定基团时，如果没有另外陈述，这不意味着不被如此修饰的任何其它基团不能也被任选取代。而且，当基团被限定为被许多列举的可选取代基中的一个取代时，如果没有另外陈述，这不意味着该基团不能被1个或更多个未列举的取代基进一步取代。例如，“任选取代的杂环烷基”意味着杂环烷基可以但不必须被“任选取代的杂环烷基”定义内的列举取代基所取代；并且该描述包括杂环烷基被取代的情况和杂环烷基不被取代的情况。

″任选取代的苯基″指用1、2或3个取代基任选取代的苯环，所述取代基独立选自烷基、卤、烷氧基、烷基硫代、卤烷基、卤烷氧基、杂芳基(其被1或2个独立选自烷基、卤、羟基、烷氧基、羧基、氨基、烷基氨基或二烷基氨基的取代基任选取代)、杂环烷基(其被1或2个独立选自烷基、卤、羟基、烷氧基、羧基、氨基、烷基氨基或二烷基氨基的取代基任选取代)、氨基、烷基氨基、二烷基氨基、羟基、氰基、硝基、亚甲二氧基、氨基羰基、酰基氨基、羟烷基、烷氧羰基、氨基烷基或羧基；或用5个氟原子任选取代的苯环。当苯基被取代时，其在本文中称为“取代的苯基”。

在一些实施方式中，“任选取代的杂芳基”指5至10个环原子的单价单环或双环芳基，其中1个或更多个(在一些实施方式中，1、2或3个环原子)是选自N、O或S的杂原子，其余环原子是碳，其被1、2或3个取代基任选取代，所述取代基独立选自：烷基，卤，烷氧基，卤烷基，卤烷氧基，氨基，烷基氨基，二烷基氨基，羟基，氰基，硝基，氨基羰基，羟烷基，烷氧羰基，氨基烷基，任选取代的苯基，任选取代的苯氧基，羧基，或杂芳基——所述杂芳基被烷基、卤、羟基、烷氧基、羧基、氨基、烷基氨基或二烷基氨基任选取代，杂环烷基——所述杂环烷基被独立选自烷基、卤、羟基、烷氧基、氨基、烷基氨基或二烷基氨基的1或2个取代基任选取代，杂环烷基烷基——所述杂环烷基烷基被独立选自烷基、卤、羟基、烷氧基、氨基、烷基氨基或二烷基氨基的1或2个取代基任选取代，或杂芳基氨基——所述杂芳基氨基被独立选自烷基、卤、羟基、烷氧基、氨基、烷基氨基或二烷基氨基的1或2个取代基任选取代。更具体地，术语任选取代的杂芳基包括但不限于吡啶基、吡咯基、咪唑基、噻吩基、呋喃基、吲哚基、喹啉基(quinolyl)、吡嗪基、嘧啶基、哒嗪基、噁唑基、异噁唑基、苯并噁唑基、喹啉基(quinolinyl)、异喹啉基、苯并吡喃基和噻唑基、以及它们的衍生物(在杂芳环被上述取代基取代时形成)；或它们的N-氧化物或保护衍生物。

在进一步的实施方式中，“任选取代的杂环烷基”指3至8个环原子的饱和或不饱和单价环状基团，其中1或2个环原子是选自N、O或S(O)_n的杂原子，其中n是0至2的整数，其余环原子是C。在另一实施方式中，1或2个环原子任选地被-CO-基团替换。在其它实施方式中，术语杂环烷基包括但不限于吡咯烷基、哌啶基、吗啉基、哌嗪基、四氢吡喃基和硫代吗啉基和它们的衍生物(在杂环烷基环被下列取代基取代时形成)；或它们的N-氧化物或保护衍生物。杂环烷基任选地与芳基稠合并被1、2或3个取代基任选取代，所述取代基独立选自烷基、环烷基、卤、烷氧基、卤烷基、卤烷氧基、氨基、烷基氨基、二烷基氨基、羟基、氰基、硝基、任选取代的苯基烷基、任选取代的杂芳烷基氨基羰基、羟烷基、烷氧羰基、氨基烷基或羧基。

“RNAi”或“RNA干扰”指引入特异性靶向基因转录物的同源双链RNA(dsRNA)，得到无效或减效等位水平(hypomorphic level)的所得蛋白。RNAi方法是高度序列特异性的，并且非常灵敏，每个细胞仅需少数dsRNA分子用于有效干扰。

在一些实施方式中，疾病、病症或状况的“治疗”或“处理”至少部分地包括：(1)防止疾病、病症或状况，即，在暴露于或易感于该疾病、病症或状况但还未经历或表现该疾病、病症或状况的症状的哺乳动物中，使疾病、病症或状况的临床症状不发生；(2)抑制疾病、病症或状况，即，阻止或减弱疾病、病症或状况或其临床症状的发展；或(3)缓解疾病、病症或状况，即，引起疾病、病症或状况或其临床症状的消退。

术语“治疗癌症”或“癌症治疗”指对遭受癌症状况的哺乳动物给药，并且指通过杀灭癌细胞缓解癌症状况的效果，但也指引起癌症生长和/或转移抑制的效果。

如果没有另外陈述，仅仅出于便利目的，术语“式(A)或式(I)”用作为具有式(A)、式(I)、式(a)、式(b)、式(c)、式(d)、式(e)结构的任何化合物、本文所述任何具体实施方式的化合物、和任何上述通式包含的本文所述任何具体化合物的缩写。同源重组和DNA修复

在许多生理事件期间以及响应于各种环境刺激，细胞DNA经历双链断裂(DSB)。在一些情况下，如果保持未修复，则这种DSBs引起突变，所述突变证明对生物体是致死的。在人细胞中，DNA DSBs的修复或是通过同源重组(HR)或是通过非同源末端连接(NHEJ)发生。已知同源重组涉及RAD51、RAD52、RAD54、RAD55-57和RPA蛋白。更近来，也已指出，BRCA1和BRCA2癌症易感蛋白在同源DSBR修复中通过与RAD50和RAD51相互作用而起作用。RAD51被指出作为DNA损伤位点处的多蛋白HR-修复复合物的稳定关联核心成分(stably-associated core component)，并且其关联蛋白质如RAD52和RAD54与病灶(focal)RAD51 DNA修复复合物快速并可逆地相互作用。

同源重组是对维持基因组完整性而言重要的基本过程。在大肠杆菌中，RecA蛋白在体内同源遗传重组中起重要作用并且促进双链DNA与单链DNA或部分单链DNA分子在体外同源配对。在酵母——酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)——中，存在与RecA基因具有同源性的几个基因，即，RAD51、RAD57和DMC1。RAD51家族的所有成员和它们的细菌对应物(RecA)共享被称为“RecA特征序列”(也称为“同源核心区”或结构域II)的重要结构基序。该序列形成ATP结合位点，这是所有这些蛋白的一个重要特性。然而，真核RAD51家族成员可以通过下列突出存在而与细菌RecA蛋白区分开来：存在仅在RAD51家族成员中存在的N-端突出(extension)，和在RecA中存在但在RAD51家族成员中不存在的约100个氨基酸的C-端突出。所有已知的RAD52上位群(epistasis group)成员都是DSB修复和遗传重组所需的。功能分析已表明，RAD57与RAD51、RAD52和RAD55相互作用，形成“重组体(recombinosome)”(Johnson，R.et al.，1995，Mol.Cell.Biol.15：48434850)。

许多有价值和挽救生命的、活跃用于临床中的化疗药通过损伤增殖细胞中的DNA而实现它们的效果，如：(1)烷化剂，如替莫唑胺、sarmustine、苯丁酸氮芥、美法仑、氮烯咪胺、BCNU和SCNU；(2)核苷类似物，如氟达拉滨、碘尿苷脱氧核糖、吉西他滨和氟脱氧尿苷；和(3)放射治疗。这些治疗引起DNA碱基中的细胞毒性修饰，其最初引起掺入药物的DNA链以及未取代互补链DNA中的单链断裂(SSB)。这些SSBs随后引起DSBs量增加，如果未适当修复，所述DSBs引起细胞死亡。

在一些实施方式中，在细胞对某些DNA损伤剂有抗性的情况下，应用各种放射和化学敏化剂来增加对这些DNA损伤剂的敏感性。通常，由于DNA修复机构的过量表达，增殖的肿瘤或病毒感染细胞对化疗或放疗有抗性。由于SSBs可以转变为DSBs，所以即使这些途径中的一个途径被阻断，其它途径也可使细胞修复损伤并保持存活。在一些实施方式中，以特定和有效的方式抑制DNA修复的药剂使增殖的细胞对宽范围的抗癌剂敏感。由于癌细胞依赖于DNA修复使得它们快速生长，这一敏化作用会增强癌症治疗的特异性，并允许与目前的治疗方案可能发生的情况相比产生更有效的治疗和较低的副作用。RAD51和RAD51抑制剂

RAD51是真核重组酶和涉及同源重组的细菌RecA蛋白的类似物，其催化受损细胞中的双链断裂修复(DSBR)。RAD51是RAD52上位群(epistasis group)的成员，所述上位群包括RAD50、RAD51、RAD52、RAD54、RAD55和RAD57。在一些实施方式中，本文提供的方法改变至少一种蛋白的表达或活性，所述蛋白选自RAD52上位群蛋白RAD51、RAD52、RAD54、RAD55，MRE11和XRS2，错配修复群蛋白PMS1和核苷切除修复群蛋白RAD10。Ogawa及同事的系统发生分析提示，在真核RecA同源物中存在两个亚家族：RAD51-类似基因(人、小鼠、鸡、酿酒酵母(S.cerevisiae)、粟酒裂殖酵母(S.pombe)的RAD51，和粗糙链孢霉(Neurospora crassa)的Mei3)和DMC1-类似基因(酿酒酵母DMC1和麝香百合(Lilium longiflorum)LIM15)。

RAD51蛋白对受损细胞中的DSB修复是重要的。在酿酒酵母中，与RecA有同源性的基因包括RAD51、RAD57和DMC1。RAD51在某些肿瘤细胞中高度表达，并且下调其活性引起DSB修复抑制。在离子化(IR)或紫外线(UV)照射、DNA损伤剂和复制延长剂诱导的同源重组期间，RAD51蛋白在基因转变中起关键作用，并且在姐妹染色单体交换(SCE)中起作用。在又一实施方式中，大肠杆菌RecA或RAD51的增加表达水平增加细胞对辐射或其它DNA损伤剂的抗性。

在一个实施方式中，RAD51包括RAD51的同源物。在一个实施方式中，RAD51同源物由RAD51在重组修复中的作用来定义。在另一实施方式中，RAD51同源物是与大肠杆菌RecA蛋白的残基33-240共享显著序列同一性的蛋白质，所述残基是如上述的“RecA特征序列”或“同源核心区”。RAD51同源物包括RecA和酵母及哺乳动物中的RAD51同源物(见上文)。在另一实施方式中，RAD51是二聚体。在又一实施方式中，二聚体是同源二聚体或异源二聚体。在一些实施方式中，异源二聚体由两个不同的同源物形成。在一个实施方式中，同源物选自RAD51A、RAD51B、RAD51C和RAD51D。在一些实施方式中，二聚体包括任何组合中的RAD51C或RAD51B。

在又一实施方式中，RAD51表达水平由RAD51蛋白或核酸的水平确定。在一些实施方式中，应用与RAD51结合的标记的结合剂检测RAD51蛋白。术语“标记的”在本文中指化合物，其具有至少一个连接的元素、同位素或化学化合物以便能够检测该化合物。在一些实施方式中，标记落入三类中：(1)同位素标记，其为放射性同位素或重同位素；(2)免疫标记，其为抗体或抗原；(3)有色或荧光染料。在另一实施方式中，结合剂或是直接标记的，或是通过应用与第一结合剂结合的标记的第二试剂间接标记的。在一个实施方式中，通过应用多克隆抗体测定所述水平。在一些实施方式中，通过应用单克隆抗体测定所述水平。在一些实施方式中，所述抗体针对真核RAD51产生。在一些实施方式中，真核RAD51是哺乳动物RAD51。在另一实施方式中，抗体针对RAD51同源物产生。在又一实施方式中，用如上述的相似标记策略，通过RAD51核酸如mRNA的水平测定RAD51表达。

本文的RAD51的″生物活性″包括但不限于RAD51DNA依赖性ATP酶活性、核酸链交换活性、病灶形成、单链和双链结合活性、丝形成(类似于酵母的RecA丝)、配对活性(D-环形成)等。

在另一实施方式中，如本文所用的RAD51生物活性或生物化学活性的抑制由RAD51活性测定，所述RAD51活性选自DNA依赖性ATP酶活性、RAD51病灶形成、核酸链交换活性、DNA结合、核蛋白丝形成、DNA配对和DNA修复。DNA修复和重组是通常考虑的RAD51生物活性。在进一步的实施方式中，DNA修复是双链断裂修复、单链退火或复制后重组修复。

RAD51抑制剂或具有RAD51抑制剂活性的药剂或组合物在本文中定义为这样的药剂或组合物：其抑制RAD51核酸的表达或翻译或RAD51肽的生物活性至少约30％、至少约40％、至少约50％、至少约70％、至少约90％和至少约95％。在一个实施方式中，RAD51抑制剂如具有式(A)或式(I)结构的化合物抑制RAD51核酸的表达或翻译或RAD51蛋白的活性至少约70％。在另一实施方式中，RAD51活性的抑制被定义为与不包括RAD51抑制剂的对照相比任何可检测的RAD51活性降低。

一方面是治疗癌症的方法，包括：(a)给予患有癌症的患者治疗有效量的至少一种药剂，所述药剂抑制RAD51的活性、破坏RAD51病灶的形成、或破坏用于DNA同源重组的功能性修复复合物的装配；和(b)给予该患者能够损伤细胞DNA的治疗。

在一个实施方式中，来自患者的至少一种癌细胞在DNA非同源末端连接中具有缺陷。

一方面，是治疗与DNA非同源末端连接中的缺陷有关的疾病、病症或状况的方法，包括：(a)给予患有与DNA非同源末端连接中的缺陷有关的疾病、病症或状况的人类患者治疗有效量的至少一种药剂，所述药剂抑制RAD51的活性、破坏RAD51病灶的形成、或破坏用于DNA同源重组的功能性修复复合物的装配；和(b)给予该人类患者治疗有效量的DNA损伤剂。在又一实施方式中，DNA损伤剂是阿霉素。在一个实施方式中，抑制RAD51的活性、破坏RAD51病灶的形成、或破坏用于DNA同源重组的功能性修复复合物的装配的至少一种药剂是至少一种组蛋白脱乙酰酶抑制剂。在另一实施方式中，给予至少一种组蛋白脱乙酰酶抑制剂与阿霉素同时施用。在又一实施方式中，给予至少一种组蛋白脱乙酰酶抑制剂和阿霉素具有协同作用。在另一实施方式中，所述作用是加和的。在又一实施方式中，疾病、病症或状况是非何杰金淋巴瘤。

RAD51抑制剂还包括但不限于RAD51的肽抑制剂(包括但不限于p53的氨基酸94-160和264-315以及RAD51抗体；包括但不限于单链抗体)、小分子、核苷酸类似物(包括但不限于ADP类似物、ATPγS)、小沟DNA结合性药物如RAD51抑制剂(包括但不限于偏端霉素及其衍生物)、已知的对RAD51生物化学活性的辐射敏化剂(例如，黄嘌呤和黄嘌呤衍生物，包括咖啡因)、对RAD51的抗原，特别是通过锁定杂交(locked hybrid)抑制转录的那些、和反义分子。在另一实施方式中，抑制剂直接抑制RAD51或通过与至少部分RAD51核酸、RAD51mRNA或RAD51蛋白相互作用而间接抑制RAD51。另外，本文的抑制剂被单独应用或彼此联合应用。

在又一实施方式中，RAD51抑制剂如具有式(A)或式(I)结构的化合物包括RAD51同源物——包括但不限于RAD51B、RAD51C、RAD51D，XRCC2和XRCC3，和其它RecA同源物(见上文)的抑制剂。

在进一步的实施方式中，在培养的人细胞中，RAD51蛋白在核质中多个分离的病灶中通过免疫荧光抗体进行检测。DNA损伤后，当细胞核中形成多个病灶并用抗RAD51抗体清楚染色时，RAD51的定位显著改变。一般地，在DNA损伤后，具有病灶集中RAD51蛋白的细胞增加说明不定期的DNA-修复合成。两种主要类型的RAD51病灶已得到鉴定，并且用RAD51抗体原位免疫染色表明三种细胞核：(1)根本不显示任何染色的细胞核(没有病灶)；(2)显示轻度至中度染色并且仅显示几个病灶的细胞核(I型细胞核)；和(3)显示强染色并且显示许多病灶的细胞核(II型细胞核)。在正常细胞中，I型细胞核一般见于7-10％的细胞并且II型细胞核见于0.4以下至1％的细胞，一般地，约90％的细胞显示没有病灶。与之相比，涉及疾病状态的一些细胞显示RAD51病灶显著增加。

RAD51病灶以多种方式确定。在一些实施方式中，应用与RAD51结合的标记的结合剂显现病灶。在一个实施方式中，标记被掺入结合剂的任何位置。在一些实施方式中，标记是荧光标记或放射性标记。在另一实施方式中，结合剂或是直接标记的，或是通过应用与第一结合剂结合的标记的第二试剂间接标记的。应用标准技术，如已知用于细胞或原位染色那样制备细胞或组织样品。

在一些实施方式中，用于检测RAD51病灶的结合剂是抗体。在一个实施方式中，抗体或是多克隆抗体或是单克隆抗体。在一些实施方式中，应用针对处于评价中的具体RAD51的抗体；即，在评价人类患者中应用针对人RAD51的抗体。然而，由于不同哺乳动物RAD51分子之间的同源性非常高(例如，在人和鸡之间的同一性是73％)，所以可能应用针对来自一类动物的RAD51的抗体来评价不同的动物(用小鼠抗体来评价人组织等)。因此，在一些实施方式中，应用针对真核RAD51产生的抗体。在一些实施方式中，真核RAD51是哺乳动物RAD51。因此，在一些实施方式中，应用针对酵母、人、啮齿动物、灵长动物和鸟类RAD51蛋白产生的抗体。此外，用于产生抗体的蛋白不必是全长蛋白；在一些实施方式中，应用片段和衍生物——只要对样品RAD51有足够的免疫反应性而能够检测。在另一实施方式中，应用会以足够亲和力与RAD51结合以便能够显现的其它结合剂。RAD51mRNA/蛋白患者选择

一方面是为需要癌症治疗的患者选择所述癌症治疗的方法，包括：a)确定来自患者的至少一种癌细胞中RAD51mRNA的表达水平或RAD51蛋白的水平；和b)如果该生物样品中的RAD51mRNA表达水平或RAD51蛋白水平高于参考样品中的RAD51mRNA表达水平或RAD51蛋白水平，则表明至少一种组蛋白脱乙酰酶抑制剂有效用于该治疗。在一个实施方式中，方法包括确定来自患者的至少一种癌细胞中RAD51mRNA的表达水平。在另一实施方式中，方法包括确定来自患者的至少一种癌细胞中RAD51蛋白的水平。在一个实施方式中是方法，其中表明包括提供至少一种组蛋白脱乙酰酶抑制剂可能有效用于治疗的结果。在另一实施方式中是如此方法，其中表明包括提供至少一种组蛋白脱乙酰酶抑制剂可能对治疗应答的结果。在又一实施方式中，方法进一步包括给予治疗有效量的至少一种组蛋白脱乙酰酶抑制剂。在又一实施方式中，至少一种组蛋白脱乙酰酶抑制剂从式(A)或(I)的化合物中选择。在另一实施方式中，至少一种组蛋白脱乙酰酶抑制剂从式(A)、(B)、(C)和/或(D)的化合物中选择。在又一实施方式中，至少一种组蛋白脱乙酰酶抑制剂是3-((二甲氨基)甲基)-N-(2-(4-(羟基氨基甲酰基)苯氧基)乙基)苯并呋喃-2-甲酰胺。在一个实施方式中，参考样品是HH皮肤T细胞淋巴瘤细胞系。在另一实施方式中，参考样品中的RAD51蛋白水平是HH皮肤T细胞淋巴瘤细胞系中的参考水平。在另一实施方式中，参考样品中的RAD51蛋白水平是生物样品中RAD51蛋白水平的至少约50％、至少约60％、至少约70％、至少约75％、至少约80％、至少约90％、至少约100％。在另一实施方式中，参考样品中的RAD51蛋白水平是生物样品中RAD51水平的至少约1¹/₂倍、至少约2倍、至少约3倍、至少约4倍、至少约5倍、至少约6倍、至少约7倍、至少约8倍、至少约9倍、至少约10倍、至少约12倍、至少约15倍或至少约20倍。在又一实施方式中，参考样品针对内在蛋白进行标准化。在又一实施方式中，内在蛋白是肌动蛋白。在一个实施方式中，参考样品的标准化通过蛋白质印迹测定。在另一实施方式中，参考样品与体外凋亡水平百分数相关。在又一实施方式中，凋亡水平百分数低于约20％。在又一实施方式中，凋亡水平百分数低于约15％。在另一实施方式中，凋亡水平百分数低于约10％。在又一实施方式中，凋亡水平百分数低于约5％。

在一个实施方式中，选择需要治疗的患者的方法还包括根据表明步骤的结果开药或给予至少一种组蛋白脱乙酰酶抑制剂。在一个实施方式中，生物样品中的RAD51mRNA表达水平或RAD51蛋白水平通过标准免疫检测方法(例如，蛋白质印迹分析、放射免疫分析或ELISA)测定。BRCA1和BRCA1调节剂

BRCA1是属于被称为肿瘤阻抑基因的基因类型的人基因，其维持基因组完整性以便防止不受控制的增殖。多因子BRCA1蛋白在DNA损伤修复、泛素化作用、转录调节以及其它过程中起作用。该基因中的变化涉及许多遗传性癌，即，乳腺癌、卵巢癌和前列腺癌。BRCA1蛋白直接参与受损DNA的修复。

在许多正常细胞类型的细胞核中，认为BRCA1蛋白与RAD51直接相互作用，以便修补DNA中的断裂。这些断裂可以由天然辐射或其它暴露引起，但是在细胞分裂的准备中染色体交换遗传物质时这些断裂也发生。与BRCA1功能类似的BRCA2蛋白也与RAD51蛋白相互作用。

在一些实施方式中，本文提供的方法抑制BRCA1的表达或活性。在一个实施方式中，是BRCA1抑制剂或具有BRCA1抑制活性的药剂或组合物，所述药剂或组合物在本文中定义为降低BRCA1mRNA或蛋白水平至少约30％、约40％、约50％、约70％、约90％和约95％的药剂或组合物。在一个实施方式中，BRCA1抑制剂具有式(A)或式(I)的结构，其抑制BRCA1核酸的表达或翻译或BRCA1蛋白活性至少约70％。在另一实施方式中，BRCA1活性抑制被定义为，与未曾暴露于BRCA1抑制剂的样品相比BRCA1活性的任何可检测降低。

一方面是治疗癌症的方法，包括：(a)给予患有癌症的患者治疗有效量的至少一种药剂，所述药剂抑制BRCA1的活性、或破坏BRCA1和RAD51的相互作用、或破坏用于涉及BRCA1的同源重组的功能性修复复合物的装配；和b)给予该患者能够损伤细胞DNA的治疗。

在一个实施方式中，来自患者的至少一种癌细胞在DNA的非同源末端连接中有缺陷。

BRCA1涉及RAD51的上调。因此，在一些实施方式中，本文提供了治疗疾病(例如癌症)、病症或状况的方法，包括：a)给予BRCA1抑制剂；和b)给予能够损伤细胞DNA的治疗，其中BRCA1抑制剂下调RAD51。在一个实施方式中，BRCA1抑制剂是本文描述的组蛋白脱乙酰酶抑制剂。在另一实施方式中，抑制剂直接抑制BRCA1，或通过与至少部分BRCA1核酸、BRCA1mRNA或BRCA1蛋白相互作用而间接抑制BRCA1。在其它实施方式中，本文的抑制剂单独应用或彼此联合应用。

在一个实施方式中，是治疗疾病、病症或状况的方法，其中至少一种组蛋白脱乙酰酶抑制剂干扰涉及BRCA1的DNA修复机制。

在另一实施方式中，是治疗患者的疾病、病症或状况——其中BRCA1涉及双链DNA修复——的方法，所述方法包括：a)给予患者调节BRCA1活性的治疗有效量的至少一种药剂；和b)给予患者能够损伤细胞DNA的治疗。在另一实施方式中，是其中调节为抑制BRCA1活性的方法。

在一个实施方式中，调节BRCA1活性的至少一种药剂是至少一种组蛋白脱乙酰酶抑制剂或其药学上可接受的衍生物。在另一实施方式中，调节BRCA1活性的至少一种药剂抑制BRCA1的活性。在又一实施方式中，调节BRCA1活性的至少一种药剂降低BRCA1的细胞水平。在另一实施方式中，BRCA1活性上调RAD51。在又一实施方式中，调节BRCA1活性的至少一种药剂抑制RAD51的活性。在又一实施方式中，调节BRCA1活性的至少一种药剂降低RAD51的细胞水平。在另一实施方式中，疾病、病症或状况是癌症。在又一实施方式中，癌症是乳腺癌、卵巢癌或前列腺癌。在一个实施方式中，当BRCA1的表达在预定范围内时，给予能够损伤细胞DNA的治疗。在又一实施方式中，组蛋白脱乙酰酶抑制剂是从约0.2mg至约2000mg。在另一实施方式中，至少一种组蛋白脱乙酰酶抑制剂是从约0.2mg至约1000mg、约1mg至约200mg、约5mg至约100mg、约5至约50mg和约5至约20mg。在另一实施方式中，患者是人。

一方面，是治疗与DNA非同源末端连接中的缺陷有关的疾病、病症或状况的方法，包括：a)给予患有与DNA非同源末端连接中的缺陷有关的疾病、病症或状况的患者治疗有效量的至少一种药剂，所述药剂调节BRCA1的活性、或破坏BRCA1和RAD51的相互作用、或破坏用于涉及BRCA1的同源重组的功能性修复复合物的装配；和b)给予该患者能够损伤细胞DNA的治疗。在另一实施方式中，至少一种药剂调节BRCA1的活性。在另一实施方式中，至少一种药剂破坏BRCA1和RAD51的相互作用。在又一实施方式中，至少一种药剂破坏用于涉及BRCA1的同源重组的功能性修复复合物的装配。在又一实施方式中，至少一种药剂是至少一种组蛋白脱乙酰酶抑制剂。在又一实施方式中，至少一种组蛋白脱乙酰酶抑制剂是具有式(A)结构的异羟肟酸：式(A)其中：Q是任选取代的C_5-12芳基或任选取代的C_5-12杂芳基；L是具有至少4个原子的接头；R¹是H或烷基；和其药学上可接受的盐、药学上可接受的N-氧化物、药学上活化的代谢物、药学上可接受的前体药物、药学上可接受的溶剂化物。在另一实施方式中，组蛋白脱乙酰酶抑制剂具有式(I)的结构：

式(I)其中：R¹是氢或烷基；X是-O-、-NR²-或-S(O)_n，其中n是0-2并且R²是氢或烷基；Y是亚烷基，其被环烷基、任选取代的苯基、烷基硫代、烷基亚硫酰基、烷基磺酰基、任选取代的苯基烷基硫代、任选取代的苯基烷基磺酰基、羟基或任选取代的苯氧基任选取代；Ar¹是亚苯基或杂亚芳基，其中所述Ar¹被一个或两个独立选自下列的基团任选取代：烷基、卤、羟基、烷氧基、卤烷氧基或卤烷基；R³是氢、烷基、羟烷基或任选取代的苯基；和Ar²是芳基、芳烷基、芳烯基、杂芳基、杂芳烷基、杂芳烯基、环烷基、环烷基烷基、杂环烷基或杂环烷基烷基；及各个立体异构体、各个几何异构体或它们的混合物；或其药学上可接受的盐。

在另一实施方式中，组蛋白脱乙酰酶抑制剂具有式(A)、(B)、(C)或(D)化合物或其药学上可接受的盐的结构。在又一实施方式中，组蛋白脱乙酰酶抑制剂是3-((二甲氨基)甲基)-N-(2-(4-(羟基氨基甲酰基)苯氧基)乙基)苯并呋喃-2-甲酰胺。

一方面是治疗与DNA同源重组的过量表达有关或其中发病机理涉及DNA同源重组的疾病、病症或状况的方法，包括：(a)给予患者治疗有效量的至少一种药剂，所述药剂调节BRCA1的活性或破坏BRCA1与RAD51的相互作用、或破坏用于涉及BRCA1的同源重组的功能性修复复合物的装配，所述患者患有与DNA同源重组的过量表达有关或其中发病机理涉及DNA同源重组的疾病、病症或状况；和(b)给予该患者能够损伤细胞DNA的治疗。

在另一实施方式中，药剂破坏用于DNA同源重组的功能性修复复合物的装配。在另一实施方式中，调节BRCA1活性的药剂降低BRCA1的细胞水平。

在另一实施方式中，破坏用于DNA同源重组的功能性修复复合物的装配的药剂是治疗有效量的至少一种组蛋白脱乙酰酶抑制剂或其药学上可接受的衍生物。在另一实施方式中，疾病、病症或状况是癌症。在另一实施方式中，疾病、病症或状况是乳腺癌、卵巢癌或前列腺癌。在另一实施方式中，当BRCA1的表达在预定范围内时，给予DNA损伤剂。在另一实施方式中，治疗有效量的至少一种组蛋白脱乙酰酶抑制剂是从约0.2mg至约2000mg。

在另一实施方式中，能够损伤细胞DNA的治疗包括放射治疗、或给予药学上有效量的至少一种抗癌剂、用于癌症治疗的已知联合方案、或它们的任何组合。在另一实施方式中，够损伤细胞DNA的治疗包括放射治疗或给予药学上有效量的至少一种药剂，所述药剂选自拓扑异构酶抑制剂、微管蛋白作用剂、DNA活性剂、DNA-烷化剂和铂络合物。在另一实施方式中，能够损伤细胞DNA的治疗包括放射治疗。在另一实施方式中，抗癌剂包括细胞毒性剂/细胞生长抑制剂、抗增殖剂、异戊二烯-蛋白转移酶抑制剂、HMG-CoA还原酶抑制剂、氮芥、亚硝基脲、血管发生抑制剂、细胞增殖和存活信号途径抑制剂、凋亡诱导剂、干扰细胞周期检查点的药剂、双膦酸盐、或它们的任何组合。HDAC和HDAC抑制剂

在真核细胞中，染色质中基因组DNA与组蛋白关联，形成核小体。每一核小体由两个拷贝的每种组蛋白H2A、H2B、H3和H4构成的蛋白八聚体组成。DNA盘绕在这一蛋白核心周围，组蛋白的碱性氨基酸与DNA的负电荷磷酸基相互作用。这些核心组蛋白的最常见的翻译后修饰是保守、高度碱性的N端赖氨酸残基的ε-氨基的可逆乙酰化。组蛋白的可逆乙酰化是基因表达的主要调节物，其通过改变转录因子对DNA的可接近性起作用。在正常细胞中，组蛋白脱乙酰酶(HDAC)和组蛋白乙酰转移酶(HAT)共同控制组蛋白的乙酰化水平，以便维持平衡。HDAC的抑制引起高度乙酰化组蛋白累积，其引起多种细胞应答。

一直以来，组蛋白乙酰化和脱乙酰化与转录控制关联。在一些实施方式中，HDAC抑制剂——包括曲古抑菌素A、丁酸钠、辛二酰苯胺异羟肟酸(SAHA)、缩酚酸肽、MS-275和制蚜菌素(aphicidin)等——促进组蛋白乙酰化，引起染色质结构松弛。染色质松弛和解螺旋允许并增强不同基因的表达，包括涉及分化过程的那些基因，例如，p21^CIP1。事实上，已示出HDIs例如SAHA、丁酸钠在多种人白血病细胞系中诱导成熟。令人惊讶地，HDAC抑制剂治疗后，RAD51表达水平被下调而不是增强。

哺乳动物HDACs基于它们与三种不同酵母HDACs的结构或序列同源性被分为三个主要类型：Rpd3(I类)、Hda1(II类)和Sir2/Hst(III类)。Rpd3同源I类包括HDACs 1、2、3、8和11；Hda1同源II类包括HDACs 4、5、6、7、9(9a和9b)和10；Sir2/Hst同源III类包括SIRT1、2、3、4、5、6和7。近来的研究表明具有内在HAT或HDAC活性的其它细胞因子家族。这些示出是参与细胞周期调节、DNA修复和转录的非组蛋白蛋白。许多转录辅激活物——包括但不限于p400AF、BRCA2和ATM-样蛋白——起HAT的作用。在染色质的情况下，某些转录阻抑蛋白通过募集普通的染色质修饰复合物而表现出HDAC活性。例如，Mas蛋白家族(Mas1、Mxi1、Mad3和Mad4)包括碱性-螺旋-环-螺旋-环-螺旋-拉链类型的转录因子，其与Max在它们的DNA结合位点处异二聚化。Mad:Max异二聚体通过募集″阻抑蛋白复合物″在它们的DNA结合位点处行使转录阻抑蛋白的作用。防止与Max或msin3辅阻抑物复合物相互作用的突变不能阻止细胞生长。因此，本文应用的HDAC抑制剂指来自上述任何蛋白的、能够抑制HDAC活性的任何药剂。

如本文所用，术语″组蛋白脱乙酰酶″和″HDAC″是指从组蛋白N端的赖氨酸残基的ε-氨基除去乙酰基的酶家族中的任一种酶。如果上下文没有另外指明，术语″组蛋白″意指来自任何物种的任何组蛋白蛋白，包括H1、H2A、H2B、H3、H4和H5。人HDAC蛋白或基因产物包括但不限于HDAC-1、HDAC-2、HDAC-3、HDAC4、HDAC-5、HDAC-6、HDAC-7、HDAC-8、HDAC-9、HDAC-10和HDAC-11。在一些实施方式中，HDAC也来自原生动物或真菌来源。

已对HDAC抑制剂进行了它们对癌细胞的疗效的研究。例如，已报道，丁酸及其衍生物——包括苯丁酸钠，诱导人结肠癌、白血病和视网膜母细胞瘤细胞系的体外凋亡。然而，丁酸及其衍生物不是有用的药剂，因为它们在体内倾向于快速代谢并且具有非常短的半衰期。已被广泛研究抗癌活性的其它HDAC抑制剂是曲古抑菌素A和trapoxin。

术语″组蛋白脱乙酰酶抑制剂″、″组蛋白脱乙酰酶的抑制剂″、“HDAC抑制剂”和“HDAC的抑制剂”可互换应用以识别化合物，所述化合物能够与HDAC相互作用并抑制其活性，更具体的，抑制其酶活性。抑制HDAC酶活性意味着降低HDAC从组蛋白去除乙酰基的能力。在一些实施方式中，这种抑制是特异性的，即，HDAC抑制剂以低于产生一些其它的、不相关的生物效应所需的抑制剂浓度的浓度降低从组蛋白去除乙酰基的能力。

HDAC抑制剂包括但不限于：(1)短链脂肪酸，例如，丁酸、丁酸4-苯酯或丙戊酸；(2)异羟肟酸，例如，辛二酰苯胺异羟肟酸(SAHA)、二芳基异羟肟酸酯A-161906、双环芳基-N-羟基甲酰胺、CG-1521、PXD-101、氨磺酰异羟肟酸、LAQ-824、oxamflatin、scriptaid、间-羧基肉桂酸二异羟肟酸、trapoxin-异羟肟酸类似物、曲古抑菌素样曲古抑菌素A(TSA)、间-羧基肉桂酸双-异羟肟酰胺oxamflatin(CBHA)、ABHA、Scriptaid、pyroxamide和丙烯酰胺(propenamides)；(3)含环氧酮环状四肽，例如，trapoxins、apidicin、缩酚酸肽、HC-毒素、chlamydocin、diheteropeptin、WF-3161、Cyl-1和Cyl-2；(4)苯甲酰胺或不含环氧酮的环状四肽，例如，FR901228、apicidin、含环状异羟肟酸的肽(CHAPs)、苯甲酰胺、MS-275(MS-27-275)和CI-994；(5)depudecin；(6)PXD 101；和(7)有机硫化合物。HDAC抑制剂的其它例子包括TSA、TPXA和B、oxamflatin、FR901228(FK228)、trapoxin B、CHAP1、芳酰基-吡咯基羟基-酰胺(APHAs)、apicidin和depudecin。

在一些实施方式中，HDAC抑制剂是可逆抑制剂并且在给予辐射和/或化疗之前和/或期间给予一段时期，并且任选地在辐射和/或化疗之后持续一段时期。在一些实施方式中，HDAC抑制剂从选自曲古抑菌素A、FR、M344、SAHA、它们的组合等化合物中选择。体内或体外确定HDAC活性的方法是已知的。

在一些实施方式中，HDAC抑制剂用于与化学药剂联合治疗，所述化学药剂被理解为模拟放射治疗的效果和/或通过与DNA直接接触起作用，如，例如，DNA烷化剂。在一些实施方式中，在所提供的方法中与HDAC抑制剂联合应用的药剂包括顺铂、亚德里亚霉素(阿霉素)、拓扑异构酶抑制剂(依托泊甙)、5-FU和紫杉醇(taxol)。

根据本方面，以有效量协同应用HDAC抑制剂，所述有效量引起靶标组织流体中的浓度低于该特定化合物IC₅₀浓度的约2倍。在一些实施方式中，有效量大约等于IC₅₀浓度。在另一实施方式中，HDAC抑制剂以较低量给予，如在靶标组织处为IC₅₀浓度的约50％或更低。而且，在其它实施方式中，HDAC抑制剂局部给予，以便靶标组织处的浓度在有效范围内并且在其它处较低。

在一些其它实施方式中，与放疗或化疗联合提供协同作用的任何HDAC抑制剂根据本文所述方法被应用，条件是该抑制剂具有对宿主可接受的低毒性。

在一些实施方式中，下面是HDAC抑制协同剂的期望特性：低浓度下的高抑制活性(如具有的IC₅₀低于约800ng/ml、约320ng/ml或更低、或约60ng/ml或更低，即，约5ng/ml)、可逆的HDAC抑制、协同剂量下的低毒性、给药结束后快速清除。这些特性的可接受组合包括一种或更多种特性的放弃；然而，所述方法和药物组合物的优势在这些特性联合时得以最佳实现。

在一些实施方式中，本文提供的方法包括对细胞或患者加入至少一种具有式(A)或式(I)结构的化合物，和确定下列效应：(1)抑制RAD51的活性，(2)破坏RAD51病灶的形成，(3)破坏用于DNA同源重组的功能性修复复合物的装配，(4)DSB修复，(5)同源重组，(6)对离子辐射的灵敏度，和/或(7)类别转换重组。代表性化合物

用于本文所述组合物和方法的选定化合物提供在表I-IV中。式(I)化合物，其中R¹和R³是氢，Ar¹是苯基，并且Ar²和Y：

式(I)的化合物，其中R¹是氢，Ar¹是苯基，并且R³、Ar²和Y：

式(I)化合物，其中R¹和R³是氢，Ar¹是苯基，Ar²和Y如下文表I中定义：

表III

并且命名为：N-羟基-4-[2-(苯并噻吩-2-基羰基氨基)乙氧基]-苯甲酰胺；N-羟基-4-[2-(苯并呋喃-2-基羰基氨基)乙氧基]-苯甲酰胺；N-羟基-4-[2-(1H-吲哚-2-基羰基氨基)乙氧基]-苯甲酰胺；N-羟基-4-[2-(1-甲基吲哚-2-基羰基氨基)乙氧基]-苯甲酰胺；N-羟基-4-[3-(苯并噻吩-2-基羰基氨基)丙氧基]-苯甲酰胺；N-羟基-4-[3-(苯并呋喃-2-基羰基氨基)丙氧基]-苯甲酰胺；N-羟基-4-[2S-(苯并噻吩-2-基羰基氨基)-3-甲基丁氧基]-苯甲酰胺；N-羟基-4-[2S-(苯并噻吩-2-基羰基氨基)丁氧基]-苯甲酰胺；N-羟基-4-[2S-(苯并噻吩-2-基羰基氨基)-丙氧基]-苯甲酰胺；N-羟基-4-[2R-(苯并噻吩-2-基羰基氨基)-丙氧基]-苯甲酰胺；N-羟基-4-[2S-(苯并呋喃-2-基羰基氨基)丁氧基]-苯甲酰胺；N-羟基-4-[2-(苯并噻吩-2-基羰基氨基)-1R-甲基乙氧基]-苯甲酰胺；N-羟基-4-[2-(苯并噻吩-2-基羰基氨基)-1S-甲基乙氧基]-苯甲酰胺；N-羟基-4-[2-(苯并呋喃-2-基羰基氨基)-1R-甲基乙氧基]-苯甲酰胺；N-羟基-4-[2-(6-甲氧基苯并噻吩-2-基羰基氨基)乙氧基]-苯甲酰胺；N-羟基-4-[2-(5-甲基苯并噻吩-2-基羰基氨基)乙氧基]-苯甲酰胺；N-羟基-4-[2-(3-氯苯并噻吩-2-基羰基氨基)乙氧基]-苯甲酰胺；N-羟基-4-[2-(5-甲基苯并呋喃-2-基羰基氨基)乙氧基]-苯甲酰胺；N-羟基-4-[2-(6-甲基苯并呋喃-2-基羰基氨基)乙氧基]-苯甲酰胺；N-羟基-4-[2-(4-三氟甲基苯并噻吩-2-基羰基氨基)乙氧基]-苯甲酰胺；N-羟基-4-[2-(5-氟苯并噻吩-2-基羰基氨基)乙氧基]-苯甲酰胺；N-羟基-4-[2-(5-甲氧基苯并噻吩-2-基羰基氨基)乙氧基]-苯甲酰胺；N-羟基-4-[2-(5-氯苯并呋喃-2-基羰基氨基)乙氧基]-苯甲酰胺；N-羟基-4-[2-(7-甲氧基苯并呋喃-2-基羰基氨基)乙氧基]-苯甲酰胺；N-羟基-4-[2-(5-甲氧基苯并呋喃-2-基羰基氨基)乙氧基]-苯甲酰胺；N-羟基-4-{2-[5-(2-甲氧基乙氧基)苯并呋喃-2-基羰基氨基]乙氧基}-苯甲酰胺；N-羟基-4-{2-[5-(2-吗啉-4-基乙氧基)苯并呋喃-2-基羰基氨基]乙氧基}-苯甲酰胺；N-羟基-4-{2-[5-(吡啶-3-基甲氧基)苯并呋喃-2-基羰基氨基]乙氧基}-苯甲酰胺；N-羟基-4-[2-(3-甲基苯并呋喃-2-基羰基氨基)乙氧基]-苯甲酰胺；N-羟基-4-[2-(3-甲基苯并噻吩-2-基羰基氨基)乙氧基]-苯甲酰胺；N-羟基-4-{2-[5-(2-羟基乙氧基)苯并呋喃-2-基羰基氨基]乙氧基}苯甲酰胺；N-羟基-4-{2-[5-(2-N，N-二甲氨基乙氧基)苯并呋喃-2-基羰基氨基]-乙氧基}-苯甲酰胺；N-羟基-4-{2-[6-(2-甲氧基乙氧基)苯并呋喃-2-基羰基氨基]乙氧基}-苯甲酰胺；N-羟基-4-{2-[6-(2-吗啉-4-基乙氧基)苯并呋喃-2-基羰基氨基]乙氧基}-苯甲酰胺；N-羟基-4-{2-[6-(吡啶-3-基甲氧基)苯并呋喃-2-基羰基氨基]乙氧基}-苯甲酰胺；N-羟基-4-[2-(3-乙基苯并呋喃-2-基羰基氨基)乙氧基]-苯甲酰胺；N-羟基-4-[2-(5-氟吲哚-2-基羰基氨基)乙氧基]-苯甲酰胺；N-羟基-4-[2-(5-甲氧基吲哚-2-基羰基氨基)乙氧基]-苯甲酰胺；N-羟基-4-{2-[3-(甲氧基甲基)苯并呋喃-2-基羰基氨基]乙氧基}苯甲酰胺；N-羟基-4-{2-[3-(苯氧基甲基)苯并呋喃-2-基羰基氨基]乙氧基}苯甲酰胺；N-羟基-4-[2-(5，6-二甲氧基吲哚-2-基羰基氨基)乙氧基]-苯甲酰胺；N-羟基-4-{2-[3-(吗啉-4-基甲基)苯并呋喃-2-基羰基氨基]乙氧基}-苯甲酰胺；N-羟基-4-{2-[3-(N，N-二甲氨基甲基)苯并呋喃-2-基羰基氨基]乙氧基}-苯甲酰胺；N-羟基-4-{2-[3-(异丙氧基甲基)苯并呋喃-2-基羰基氨基]乙氧基}苯甲酰胺；N-羟基-4-{2-[7-(苯氧基甲基)苯并呋喃-2-基羰基氨基]乙氧基}苯甲酰胺；N-羟基-4-{2-[7-(甲氧基甲基)苯并呋喃-2-基羰基氨基]乙氧基}苯甲酰胺；N-羟基-4-{2-[7-(吗啉-4-基甲基)苯并呋喃-2-基羰基氨基]乙氧基}-苯甲酰胺；N-羟基-4-{2-[7-(N，N-二甲氨基甲基)苯并呋喃-2-基羰基氨基]乙氧基}-苯甲酰胺；N-羟基-4-{3-[5-(甲基)苯并噻吩-2-基羰基氨基]丙氧基}-苯甲酰胺；N-羟基-4-{3-[6-(甲氧基)苯并噻吩-2-基羰基氨基]丙氧基}-苯甲酰胺；N-羟基-4-{3-[7-(甲氧基甲基)苯并呋喃-2-基羰基氨基]丙氧基}-苯甲酰胺；N-羟基-4-{3-[7-(苯氧基甲基)苯并呋喃-2-基羰基氨基]丙氧基}-苯甲酰胺；N-羟基-4-{2-[5-(2-甲氧基乙氧基)苯并呋喃-2-基羰基氨基]-1R-甲基乙氧基}苯甲酰胺；N-羟基-4-(2R-苯并呋喃-2-基羰基氨基-3-甲基硫丙氧基)苯甲酰胺；N-羟基-4-(2R-苯并呋喃-2-基羰基氨基-3-甲基磺酰基丙氧基)苯甲酰胺；N-羟基-4-{2-[3-(2-苯乙基)苯并呋喃-2-基羰基氨基]乙氧基}苯甲酰胺；N-羟基-4-{2-[3-(N-甲基-N-苄氨基甲基)苯并呋喃-2-基羰基氨基]-乙氧基}苯甲酰胺；N-羟基-4-{2-[3-(N-甲基-N-2-苯乙基氨基甲基)苯并呋喃-2-基羰基氨基]-乙氧基}苯甲酰胺；N-羟基-4-{2-[3-(3-羟丙基硫甲基)苯并呋喃-2-基羰基氨基]-乙氧基}苯甲酰胺；N-羟基-4-{2-[3-(3-羟丙基亚硫酰基甲基)苯并呋喃-2-基羰基氨基]-乙氧基}苯甲酰胺；N-羟基-4-{2-[3-(3-羟丙基磺酰基甲基)苯并呋喃-2-基羰基氨基]-乙氧基}苯甲酰胺；N-羟基-4-{2-[3-(N-甲基-N-2-吲哚-3-基乙基氨基甲基)苯并呋喃-2-基羰基氨基]-乙氧基}苯甲酰胺；N-羟基-4-{2-[3-(2-(3-三氟甲基苯基)乙基)苯并呋喃-2-基羰基氨基]-乙氧基}苯甲酰胺；N-羟基-4-{2-[3-(2-(3-三氟甲氧基苯基)乙基)苯并呋喃-2-基羰基氨基]-乙氧基}苯甲酰胺；N-羟基-4-{2-[3-(N-羟基氨基羰基甲氨基甲基)苯并呋喃-2-基羰基氨基]乙氧基}苯甲酰胺；N-羟基-4-{2-[3-(2-羧基乙基氨基甲基)苯并呋喃-2-基羰基氨基]-乙氧基}苯甲酰胺；N-羟基-4-[2-(苯并呋喃-2-基羰基氨基)-1RS-苯氧基甲基乙氧基}-苯甲酰胺；N-羟基-4-{2-[3-(3-羟基丙氧基甲基)苯并呋喃-2-基羰基氨基]乙氧基}-苯甲酰胺；N-羟基-4-{2-[3-(2-氟苯氧基甲基)苯并呋喃-2-基羰基氨基]乙氧基}-苯甲酰胺；N-羟基-4-{2-[3-(3-氟苯氧基甲基)苯并呋喃-2-基羰基氨基]乙氧基}-苯甲酰胺；N-羟基-4-{2-[3-(4-氟苯氧基甲基)苯并呋喃-2-基羰基氨基]乙氧基}-苯甲酰胺；N-羟基-4-{2-[3-(2-甲氧基乙氧基甲基)苯并呋喃-2-基羰基氨基]乙氧基}-苯甲酰胺；N-羟基-4-{2-[3-(吡啶-4-基氧基甲基)苯并呋喃-2-基羰基氨基]乙氧基}-苯甲酰胺；N-羟基-4-{2-[3-(2，4，6-三氟苯氧基甲基)苯并呋喃-2-基羰基氨基]-乙氧基}苯甲酰胺；N-羟基-4-{2-[3-(2-氧代吡啶-1-基甲基)苯并呋喃-2-基羰基氨基]乙氧基}-苯甲酰胺；N-羟基-4-{2-[3-(2，2，2-三氟乙氧基甲基)苯并呋喃-2-基羰基氨基]-乙氧基}苯甲酰胺；N-羟基-4-{2-[3-(4-咪唑-1-基苯氧基甲基)苯并呋喃-2-基羰基氨基]-乙氧基}苯甲酰胺；N-羟基-4-{2-[3-(4-[1.2.4]-三嗪-1-基苯氧基甲基)苯并呋喃-2-基羰基-氨基]乙氧基}苯甲酰胺；N-羟基-4-{2-[3-(吡咯烷-1-甲基)苯并呋喃-2-基羰基氨基]乙氧基}-苯甲酰胺；N-羟基-4-{2-[3-(哌啶-1-甲基)苯并呋喃-2-基羰基氨基]乙氧基}-苯甲酰胺；N-羟基-4-{2-[3-(4-三氟甲基哌啶-1-甲基)苯并呋喃-2-基羰基氨基]-乙氧基}苯甲酰胺；N-羟基-4-{2-[3-(4-甲基哌嗪-1-甲基)苯并呋喃-2-基羰基氨基]-乙氧基}苯甲酰胺；N-羟基-4-{2-[3-(3，3，3-三氟丙氧基甲基)苯并呋喃-2-基羰基氨基]-乙氧基}苯甲酰胺；N-羟基-4-[2-(4-甲基苯并呋喃-2-基羰基氨基)-乙氧基]苯甲酰胺；N-羟基-4-{2-[3-(4-氟苯基硫甲基)苯并呋喃-2-基羰基-氨基]-乙氧基}-苯甲酰胺；N-羟基-4-{2-[3-(4-氟苯基亚硫酰基甲基)苯并呋喃-2-基羰基氨基]-乙氧基}苯甲酰胺；N-羟基-4-{2-[3-(4-氟苯基磺酰基甲基)苯并呋喃-2-基羰基氨基]-乙氧基}苯甲酰胺；N-羟基-4-{2S-[3-(2，2，2-三氟乙氧基甲基)苯并呋喃-2-基羰基氨基]-丁氧基}苯甲酰胺；N-羟基-4-[2-(4-羟基苯并呋喃-2-基羰基氨基)乙氧基]苯甲酰胺；N-羟基-4-[2S-(5-氯苯并呋喃-2-基羰基氨基)丁氧基]苯甲酰胺；N-羟基-4-[2-(5-氯苯并呋喃-2-基羰基氨基]-1R-甲基乙氧基]苯甲酰胺；N-羟基-4-[2-(4-吡啶-3-基甲氧基甲基苯并呋喃-2-基羰基氨基)-乙氧基]苯甲酰胺；N-羟基-4-[2-(4-甲氧基苯并呋喃-2-基羰基氨基)乙氧基]苯甲酰胺；N-羟基-4-{2-[4-(2-甲氧基乙氧基)苯并呋喃-2-基羰基氨基)乙氧基}-苯甲酰胺；N-羟基-4-[2-(4-吡啶-3-基甲氧基苯并呋喃-2-基羰基氨基-)-乙氧基]苯甲酰胺；N-羟基-4-[2-(4-甲氧基吲哚-2-基羰基氨基)乙氧基]苯甲酰胺；N-羟基-4-{2S-[3-(2-甲氧基乙氧基甲基)苯并呋喃-2-基羰基氨基]-丁氧基}苯甲酰胺；N-羟基-4-{2-[3-(2-甲氧基乙氧基甲基)苯并呋喃-2-基羰基氨基]-1R-甲基-乙氧基}苯甲酰胺；N-羟基-4-{2-[3-(N，N-二乙氨基甲基)苯并呋喃-2-基羰基氨基]乙氧基}-苯甲酰胺；N-羟基-4-{2S-[5-(2-甲氧基乙氧基)苯并呋喃-2-基羰基氨基]丁氧基}-苯甲酰胺；N-羟基-4-{2-[5-(四氢吡喃-4-基氧基)苯并呋喃-2-基羰基氨基]乙氧基}-苯甲酰胺；N-羟基-4-{2S-[5-(四氢吡喃-4-基氧基)苯并呋喃-2-基羰基氨基]丁氧基}-苯甲酰胺；N-羟基-4-{2-[5-(四氢吡喃-4-基氧基)苯并呋喃-2-基羰基氨基]-1R-甲基-乙氧基}苯甲酰胺；N-羟基-4-{2-[5-(2，2，2-三氟乙氧基)苯并呋喃-2-基羰基氨基]乙氧基}-苯甲酰胺；N-羟基-4-{2-[5-(2-吡咯烷-1-基乙氧基)苯并呋喃-2-基羰基氨基]乙氧基}-苯甲酰胺；N-羟基-4-{2S-[5-(2-吡咯烷-1-基乙氧基)苯并呋喃-2-基羰基氨基]丁氧基}-苯甲酰胺；N-羟基-4-{2-[5-(2-吡咯烷-1-基乙氧基)苯并呋喃-2-基羰基氨基]-1R-甲基-乙氧基}苯甲酰胺；N-羟基-4-{2-[5-(哌啶-4-基氧基)苯并呋喃-2-基羰基氨基]乙氧基}-苯甲酰胺；N-羟基-4-[2S-(苯并呋喃-2-基羰基氨基)-4-甲基硫丁氧基]苯甲酰胺和N-羟基-4-[2S-(苯并呋喃-2-基羰基氨基)-4-甲基磺酰基丁氧基]苯甲酰胺。

式(I)的化合物，其中R¹和R³是氢，Ar¹是异噁唑基-5-基，并且Ar²和Y：

某些实施方式

某些实施方式描述如下：

I.第I组式(I)化合物是：

式(I)；其中：R¹是氢或烷基；X是-O-、-NR²-或-S(O)_n，其中n是0-2并且R²是氢或烷基；Y是亚烷基，其被环烷基、任选取代的苯基、烷基硫代、烷基磺酰基、任选取代的苯基烷基硫代、任选取代的苯基烷基磺酰基或羟基任选取代；Ar¹是亚苯基或杂亚芳基，其中所述Ar¹被1个或2个独立选自下列的基团任选取代：烷基、卤、羟基、烷氧基、卤烷氧基或卤烷基；R³是氢、烷基、羟烷基或任选取代的苯基；和Ar²是芳基、芳烷基、芳烯基、杂芳基、杂芳烷基、杂芳烯基、环烷基、环烷基烷基、杂环烷基或杂环烷基烷基。

在此第I组中：

(A)一组化合物是：其中R¹和R³是氢，X是-O-并且Y是亚乙基或正亚丙基。在一个实施方式中，Y是亚乙基。

(B)另一组化合物是：其中R¹和R³是氢，X是-O-并且Y是-CH(C₂H₅)CH₂-、-CH(i-C₃H₇)CH₂-或-CH(CH₃)CH₂-，并且手性碳处的立体化学是(S)。在一个实施方式中，Y是-CH(C₂H₅)CH₂-。

(C)又一组化合物是：其中R¹和R³是氢，X是-O-并且Y是-CH₂CH(CH₃)-，并且手性碳处的立体化学是(R)。

(i)在(A)-(C)组中，一组化合物是：其中Ar¹是亚苯基，其中异羟肟酸根和X基团彼此呈对位，并且Ar²是芳基。在一些实施方式中，Ar²是苯基并且被1个或2个独立选自下列的取代基任选取代：甲氧基、乙氧基、苯基、甲基、叔丁基、吡咯-1-基、环己烯-3-氧基、吡啶-3-基、吡啶-2-基、苯甲酰基氨基、氟、氯或噻吩-2-基甲氧基。在一些实施方式中，Ar²是苯基、4-联苯基、3-联苯基、4-叔丁基苯基、4-吡咯-1-基苯基、4-(环己烯-3-氧基)苯基、4-(吡啶-2-基)苯基、4-(吡啶-3-基)-苯基、2，4-二氟苯基、3，4-二甲氧基苯基、3，5-二甲氧基苯基、3，4-二氟苯基、2，5-二甲基苯基、2，3-二氯苯基、2，3-二甲基苯基、4-氯-2-甲氧基苯基、3-乙氧基苯基、4-甲氧基-2-甲基苯基、3-氟-4-甲氧基苯基、2-噻吩-2-基甲氧基苯基、3-噻吩-2-基甲氧基苯基、2-联苯基或2-吡咯-1-基苯基。

(ii)在(A)-(C)组中，另一组化合物是：其中Ar¹是亚苯基，其中异羟肟酸根和X基团彼此呈对位，并且Ar²是反芳基-CH＝CH-。在一些实施方式中，Ar²是反苯基-CH＝CH-并且被烷氧基任选取代。在一个实施方式中，Ar²是反苯基-CH＝CH-，其被甲氧基取代。在一个实施方式中，Ar²是反苯基-CH＝CH-。

(iii)在(A)-(C)组中，另一组化合物是：其中Ar¹是亚苯基，其中异羟肟酸根和X基团彼此呈对位，并且Ar²是杂芳基-CH＝CH-。在一个实施方式中，Ar²是吡啶基-CH＝CH-。在一个实施方式中，Ar²是反5-溴噻吩-2-基-CH＝CH-或反吲哚-3-基-CH＝CH-。

(iv)在(A)-(C)组中，另一组化合物是：其中Ar¹是亚苯基，其中异羟肟酸根和X基团彼此呈对位，并且Ar²是杂芳基。在一些实施方式中，Ar²是吡啶-3-基、噻吩-2-基、喹啉-6-基、噻唑-2-基、苯并噻唑-2-基、苯并噁唑基-2-基、呋喃基、吡咯-2-基、吲哚-5-基、吲哚-3-基、吲唑-3-基、喹啉-3-基、喹啉-1-基、喹啉-8-基、苯并三唑-4-基、苯并呋喃-5-基、异喹啉-1-基、异喹啉-3-基、喹喔啉-2-基、喹啉-2-基或苯并咪唑-5-基，其中所述环被苯基、吡啶-4-基、甲基、甲氧基或二甲氨基甲基任选取代。

(v)在(A)-(C)组中，另一组化合物是：其中Ar¹是亚苯基，其中异羟肟酸根和X基团彼此呈对位，并且Ar²是吲哚-2-基、苯并呋喃-2-基或苯并噻吩-2-基，其被烷基、烷氧基、卤、卤烷基、烷氧基烷氧基、任选取代的杂环烷基烷氧基、任选取代的杂芳烷氧基、羟基烷氧基、氨基烷基、氨基烷氧基、烷氧基烷氧基、烷氧基烷基、任选取代的苯氧基烷基或任选取代的杂环烷基烷基任选取代。在一些实施方式中，Ar²是苯并呋喃-2-基或苯并噻吩-2-基，其中苯并呋喃-2-基或苯并噻吩-2-基被甲氧基、甲基、氯、三氟甲基、氟、2-甲氧基乙氧基、2-吗啉-4-基乙氧基、吡啶-3-基甲氧基、2-羟基乙氧基、2-N，N-二甲氨基乙氧基、乙基、甲氧基甲基、2-丙氧基甲基、苯氧基甲基、吗啉-4-基甲基或N，N-二甲氨基甲基任选取代，其位于3位或5位。在一个实施方式中，Ar²在苯并噻吩-2-基或苯并呋喃-2-基环的3位处被任选取代。在一个实施方式中，Ar²是苯并呋喃-2-基、3-N，N-二甲氨基甲基苯并呋喃-2-基或3-苯氧基甲基苯并呋喃-2-基。

(vi)在(A)-(C)组中，另一组化合物是：其中Ar¹是亚苯基，其中异羟肟酸根和X基团彼此呈对位，并且Ar²是吲哚-2-基、苯并呋喃-2-基或苯并噻吩-2-基，并且被苯氧基烷基、取代的杂芳氧基烷基、取代的杂环烷氧基烷基或卤烷氧基烷基取代，其位于苯并噻吩-2-基和苯并呋喃-2-基环的3位。一个实施方式中，Ar²是3-(2，2，2-三氟乙氧基甲基)苯并呋喃-2-基。

(vii)在(A)-(C)组中，另一组化合物是：其中Ar¹是杂亚芳基并且Ar²是芳基。在一些实施方式中，Ar¹是5元杂亚芳基环，其含有1、2或3个独立选自N、O或S的杂原子。在一些实施方式中，Ar¹是异噁唑基，其中异羟肟酸根和X基团位于异噁唑基环的5位和3位，环中的氧原子是1位，并且Ar²是芳基。在一些实施方式中，Ar²是被1或2个取代基任选取代的苯基，所述取代基独立选自甲氧基，乙氧基，和被乙氧基或甲基任选取代的苯基、甲基、叔丁基、吡咯-1-基、环己烯-3-氧基、吡啶-3-基、吡啶-2-基、苯甲酰基氨基、氟、氯或噻吩-2-基甲氧基。在一些实施方式中，Ar²是苯基、4-联苯基、3-联苯基、2-(2-乙氧基苯基)苯基、3-甲基联苯-4-基、4-叔丁基苯基、4-吡咯-1-基苯基、4-(环己烯-3-氧基)苯基、4-(吡啶-2-基)苯基、4-(吡啶-3-基)-苯基、2，4-二氟苯基、3，4-二甲氧基苯基、3，5-二甲氧基苯基、3，4-二氟苯基、2，5-二甲基苯基、2，3-二氯苯基、2，3-二甲基苯基、4-氯-2-甲氧基苯基、3-乙氧基苯基、4-甲氧基-2-甲基苯基、3-氟-4-甲氧基苯基、2-噻吩-2-基甲氧基苯基、3-噻吩-2-基甲氧基苯基、2-联苯基或2-吡咯-1-基苯基。

(viii)在(A)-(C)组中，另一组化合物是：其中Ar¹是杂亚芳基并且Ar²是芳基-CH＝CH-。在一些实施方式中，Ar¹是5元杂亚芳基环，其含有1、2或3个独立选自N、O或S的杂原子。在一些实施方式中，Ar¹是异噁唑基，其中异羟肟酸根和X基团位于异噁唑基环的5位和3位，环中的氧原子是1位，并且Ar²是苯基-CH＝CH-并且被烷氧基任选取代。

(ix)在(A)-(C)组中，另一组化合物是：其中Ar¹是杂亚芳基并且Ar²是杂芳基-CH＝CH-。在一些实施方式中，Ar¹是5元杂亚芳基环，其含有1、2或3个独立选自N、O或S的杂原子。在一些实施方式中，Ar¹是异噁唑基，其中异羟肟酸根和X基团位于异噁唑基环的5位和3位，环中的氧原子是1位，并且Ar²是吡啶基-CH＝CH-。

(x)在(A)-(C)组中，另一组化合物是：其中Ar¹是杂亚芳基并且Ar²是杂芳基。在一些实施方式中，Ar¹是5元杂亚芳基环，其含有1、2或3个独立选自N、O或S的杂原子。在一些实施方式中，Ar¹是异噁唑基，其中异羟肟酸根和X基团位于异噁唑基环的5位和3位，环中的氧原子是1位，并且Ar²是吡啶-3-基、噻吩-2-基、喹啉-6-基、噻唑-2-基、苯并噻唑-2-基、苯并噁唑基-2-基、呋喃基、吡咯-2-基、吲哚-5-基、吲哚-3-基、吲唑-3-基、喹啉-3-基、喹啉-8-基、苯并三唑-4-基、异喹啉-1-基、异喹啉-3-基、喹喔啉-2-基、喹啉-2-基或苯并咪唑-5-基，其中所述环被苯基，吡啶-4-基、甲基、甲氧基或二甲氨基甲基任选取代。

(xi)在(A)-(C)组中，另一组化合物是：其中Ar¹是杂亚芳基并且Ar²是吲哚-2-基、苯并呋喃-2-基或苯并噻吩-2-基，其被烷基、烷氧基、卤、卤烷基、烷氧基烷氧基、任选取代的杂环烷基烷氧基、任选取代的杂芳烷氧基、羟基烷氧基、氨基烷氧基、烷氧基烷氧基、烷氧基烷基、任选取代的苯氧基烷基或任选取代的杂环烷基烷基任选取代。在一些实施方式中，Ar¹是5元杂亚芳基环，其含有1、2或3个独立选自N、O或S的杂原子。在一些实施方式中，Ar¹是异噁唑基，其中异羟肟酸根和X基团位于异噁唑基环的5位和3位，环中的氧原子是1位，并且Ar²是苯并呋喃-2-基和苯并噻吩-2-基，其被甲氧基、甲基、氯、三氟甲基、氟、2-甲氧基乙氧基、2-吗啉-4-基乙氧基、吡啶-3-基甲氧基、2-羟基乙氧基、2-N，N-二甲氨基乙氧基、乙基、甲氧基甲基、苯氧基甲基、吗啉-4-基甲基或二甲氨基甲基任选取代并且位于苯并噻吩-2-基和苯并呋喃-2-基环的3位。在一个实施方式中，Ar²是苯并呋喃-2-基或3-苯氧基甲基苯并呋喃-2-基。

(xii)在(A)和(B)组中。另一组化合物是：其中Ar²被烷氧基烷氧基、任选取代的杂环烷基烷氧基、羟基烷氧基、氨基烷氧基、烷氧基烷氧基、烷氧基烷基、任选取代的苯氧基烷基、任选取代的杂芳氧基烷基或任选取代的杂环烷基烷基取代。在本组中，一组化合物是：其中Ar¹和Ar²如上述实施方式中所述。

II.第II组式(I)化合物是，其中X是-O-，并且R¹和R³是氢。

III.第III组式(I)化合物是，其中X是-S(O)_n，并且R¹和R³是氢。

在上述第II组和第III组中，在一些实施方式中，Y是亚烷基。

在上述第II组和第III组中，在一些实施方式中，Y是亚烷基，其被环烷基、任选取代的苯基、烷基硫代、烷基亚硫酰基、烷基磺酰基、任选取代的苯基烷基硫代、任选取代的苯基烷基磺酰基、羟基或任选取代的苯氧基取代。

在上述第II组和第III组中，在一些实施方式中，Ar¹是亚苯基。

在上述第II组和第III组中，在一些实施方式中，Ar¹是杂亚芳基。

在上述第II组和第III组中，在一些实施方式中，Ar¹是亚苯基。在一些实施方式中，-CONHOH和X基团位于亚苯基环的1位和4位。

IV.第IV组式(I)化合物是：其中Ar¹是亚苯基，X是-O-，R¹和R³是氢，并且-CONHOH和X基团位于亚苯基环的1位和4位。

在上述第IV组中，在一些实施方式中，Y是亚烷基。

在上述第IV组中，在一些实施方式中，Y是亚烷基，其被环烷基、任选取代的苯基、烷基硫代、烷基亚硫酰基、烷基磺酰基、任选取代的苯基烷基硫代、任选取代的苯基烷基磺酰基、羟基或任选取代的苯氧基取代。

(i)在上述第II、III和IV组中，以及其中描述的特定组中，在一些实施方式中，Ar²是芳基(C_2-3)烯基。在一些实施方式中，Ar²由下式表示：

其中苯基被1个或2个取代基任选取代，所述取代基独立选自：烷基、烷氧基、亚甲二氧基、二烷基氨基或羟基。在一些实施方式中，取代基选自烷基、烷氧基、亚甲二氧基或羟基。

在一些实施方式中，Ar²是反苯基-CH＝CH-、反4-MeO-苯基-CH＝CH-、反3，4-亚甲二氧基苯基CH＝CH-、反3-羟基苯基-CH＝CH-、反4-羟基苯基-CH＝CH-、反2-甲氧基苯基-CH＝CH-、反3-甲氧基苯基-CH＝CH-、反3-甲苯基-CH＝CH-、反4-甲苯基-CH＝CH-、反4-二甲氨基苯基-CH＝CH-、反2-甲苯基-CH＝CH-或反2-羟基苯基-CH＝CH-。

(ii)在上述第II、III和IV组中，以及其中描述的组中，在一些实施方式中，Ar²是杂芳基(C_2-3)烯基。在一些实施方式中，Ar²是反杂芳基-CH＝CH-或反杂芳基-C(CH₃)＝CH-。在一些实施方式中，Ar²的杂芳基环是吡啶基、苯并呋喃基、噻吩基(噻吩)、呋喃基或吲哚基，它们被1个或2个选自羟基、烷氧基、卤、或任选取代的杂环烷氧基的取代基任选取代。

在一些实施方式中，Ar²是反吡啶-3-基-CH＝CH-、反5-羟基苯并呋喃-2-基-C(CH₃)＝CH-、反5-(1-环丙基哌啶-4-基氧基)苯并呋喃-2-基-C(CH₃)＝CH-、反5-甲氧基苯并呋喃-2-基-C(CH₃)＝CH-、反苯并呋喃-2-基-CH＝CH-、反5-溴噻吩-2-基-CH＝CH-、反呋喃-3-基-CH＝CH-、反噻吩-3-基-CH＝CH-、反噻吩-2-基-CH＝CH-、反苯并呋喃-2-基-C(CH₃)＝CH-、顺苯并呋喃-2-基-C(CH₃)＝CH-、反吲哚-3-基-CH＝CH-、反7-甲氧基苯并呋喃-2-基-CH＝CH-、反5-甲氧基苯并呋喃-2-基-C(CH₃)＝CH-或反呋喃-2-基-CH＝CH。

(iii)在上述第II、III和IV组中，以及其中描述的组中，在一些实施方式中，Ar²是芳基。在一些实施方式中，芳基环上的取代基独立选自：任选取代的苯基、烷基、烷氧基、卤、任选取代的杂芳基、任选取代的环烯氧基、任选取代的杂芳烷氧基、任选取代的杂环烷基、任选取代的苯基羰基氨基或亚甲二氧基。在一些实施方式中，Ar²是苯基、4-联苯基、3-联苯基、4-叔丁基苯基、4-吡咯-1-基苯基、4-(吡啶-3-基)苯基、4-(吡啶-2-基)苯基、4-(苯甲酰基氨基)苯基、2，4-二氟苯基、3，4-亚甲二氧基苯基、3，4-二甲氧基苯基、3，5-二甲氧基苯基、3，4-二氟苯基、2，5-二甲基苯基、2，3-二氯苯基、2，3-二甲基苯基、4-氯-2-甲氧基苯基、3-乙氧基苯基、4-甲氧基-2-甲基苯基、3-氟-4-甲氧基苯基、2-(噻吩-2-基甲氧基)苯基、3-(噻吩-2-基甲氧基)-苯基、2-联苯基、萘-1-基、2-吡咯-1-基-苯基、4-氟萘-1-基、3-MeO-萘-2-基、2-MeO-萘-1-基、萘-2-基、4-(2-吡啶-4-基噻唑-5-基)苯基、4-[2-(4-甲基哌嗪-1-基)噻唑-5-基]-苯基、4-(2-吡啶-4-基氨基噻唑-5-基)苯基、4-(4-甲基哌嗪-1-基)苯基、4-(4-羟基哌啶-1-基)苯基、4-(4-吗啉-4-基甲基噻唑-2-基)苯基、4-[2-(4-甲基哌嗪-1-基甲基)噻唑-5-基]苯基、1-甲氧基萘-2-基、3′-(2-羟乙基)联苯-4-基、3′-(2-羟乙基)联苯-3-基、2′-(2-羟乙基)联苯-4-基、2′-(2-羟乙基)联苯-3-基或4-[4-(2-吗啉-4-基-乙基)噻唑-2-基]苯基。

(iv)在上述第II、III和IV组中，以及其中描述的组中，在一些实施方式中，Ar²是杂芳基。在一些实施方式中，Ar²是杂芳基，其被1或2个取代基任选取代，所述取代基独立选自：烷基、卤、卤烷基、烷氧基、烷氧基烷基、羟基烷氧基、羟基烷氧基烷基、烷氧基烷氧基、烷氧基烷氧基烷基、氨基烷基、氨基烷氧基、卤烷氧基、卤烷氧基烷基、任选取代的苯基烷基、任选取代的苯氧基烷基、任选取代的杂芳基、任选取代的杂芳烷氧基、任选取代的杂芳氧基烷基、任选取代的杂环烷基烷基、任选取代的杂环烷氧基、任选取代的杂环烷基烷氧基、-亚烷基-S(O)_nR^a(其中n是0至2并且R^a是羟烷基或任选取代的苯基)、-亚烷基-NR^e-亚烷基CONR^cR^d(其中R^c是羟基，并且R^d和R^e独立为氢或烷基)或羧基烷基氨基烷基。

在一些实施方式中，Ar²是噻吩-2-基、吡啶-3-基、喹啉-6-基、苯并噻唑-2-基、苯并噁唑基-2-基、苯并呋喃-2-基、苯并呋喃-5-基、苯并噻吩-2-基、呋喃-2-基、1H-苯并咪唑-2-基、1H-吡咯-2-基、噻唑-2-基、1H-吲哚-2-基、1H-吲哚-5-基、1H-吲哚-3-基、喹啉-3-基、喹啉-8-基、1H-吲唑-3-基、1H-苯并三唑-5-基、异喹啉-1-基、异喹啉-3-基、喹喔啉-2-基、喹啉-2-基、1H-苯并咪唑-5-基、喹啉-1-基、吡啶-2-基、吡啶-2-基、喹啉-2-基、呋喃-3-基、噻吩-2-基或噻吩-3-基。在一些实施方式中，Ar²是苯并呋喃-2-基或苯并噻吩-2-基，其被1或2个前一段落中描述的取代基任选取代。

在一些实施方式中，Ar²是苯并呋喃-2-基并且在3、4或5位被单取代或在4和7位被双取代。在一些实施方式中，Ar²的苯并呋喃-2-基在3或5位被前一段落中描述的取代基单取代。在一些实施方式中，取代基独立选自：氯、氟、三氟甲基、甲基、乙基、甲氧基、1-环丙基哌啶-4-基氧基、1-(2，2，2-三氟乙基)哌啶-4-基氧基、N，N-二甲氨基甲基、N，N-二乙氨基甲基、2-甲氧基乙氧基甲基、苯氧基甲基、2-甲氧基乙氧基、2-吗啉-4-基乙氧基、吡啶-3-基甲氧基、2-羟基乙氧基、2-N，N-二甲氨基乙氧基、甲氧基甲基、3-异丙氧基甲基、吗啉-4-基甲基、3-羟基丙氧基甲基、2-氟苯氧基甲基、3-氟苯氧基甲基、4-氟苯氧基-甲基、3-甲氧基丙氧基甲基、吡啶-4-基氧基甲基、2，4，6-三氟苯氧基甲基、2-氧代吡啶-1-基甲基、2，2，2-三氟乙氧基甲基、4-咪唑-1-基苯氧基甲基、4-[1.2.4-三嗪-1-基-苯氧基甲基、2-苯乙基、吡咯烷-1-基甲基、哌啶-1-基甲基、4-三氟甲基哌啶-1-基甲基、4-甲基哌嗪-1-基甲基、3，3，3-三氟丙氧基甲基、4-氟苯基硫甲基、4-氟苯基亚硫酰基甲基、4-氟苯基磺酰基甲基、吡啶-3-基甲氧基甲基、四氢吡喃-4-基氧基、2，2，2-三氟乙氧基、2-吡咯烷-1-基乙氧基、哌啶-4-基氧基、N-甲基-N-苄氨基甲基、N-甲基-N-2-苯乙基氨基甲基、3-羟丙基硫甲基、3-羟丙基亚硫酰基甲基、3-羟丙基磺酰基-甲基、N-甲基-N-2-吲哚-3-基乙基氨基甲基、2-(4-三氟甲基苯基)乙基、2-(3-三氟甲氧基苯基)乙基、N-羟基氨基羰基-甲氨基甲基或3-(2-羧基乙基氨基-甲基)。

在一些实施方式中，Ar²是苯并呋喃-2-基，其在3位被下列基团取代：N，N-二甲氨基甲基、N，N-二乙氨基甲基、2-氟苯氧基甲基、3-氟苯氧基甲基、4-氟苯氧基甲基、吡啶-4-基氧基甲基、2，4，6-三氟苯氧基-甲基、2-氧代吡啶-1-基甲基、2，2，2-三氟乙氧基-甲基、4-咪唑-1-基苯氧基-甲基、4-[1.2.4]-三嗪-1-基-苯氧基甲基、2-苯乙基、3-羟基丙氧基甲基、2-甲氧基乙氧基甲基、吡咯烷-1-基甲基、哌啶-1-基甲基、4-三氟甲基-哌啶-1-基甲基、4-甲基哌嗪-1-基甲基、3，3，3-三氟丙氧基甲基、4-氟苯基硫甲基、4-氟苯基亚硫酰基甲基、4-氟苯基磺酰基甲基、2-(3-三氟甲氧基苯乙基)-、N-甲基-N-苄基-氨基甲基、N-甲基-N-2-苯乙基氨基甲基、3-羟丙基硫甲基、3-羟丙基亚硫酰基-甲基、3-羟丙基磺酰基甲基、N-甲基-N-2-吲哚-3-基乙基氨基甲基、2-(4-三氟甲基苯基)乙基、N-羟基氨基羰基-甲氨基甲基或2-羧基乙基氨基-甲基。

在一些实施方式中，Ar²是苯并呋喃-2-基，其在5位被下列基团取代：1-环丙基哌啶-4-基氧基、哌啶-4-基氧基、四氢吡喃-4-基氧基、2，2，2-三氟乙氧基、2-吡咯烷-1-基乙氧基或1-(2，2，2-三氟乙基)哌啶-4-基氧基。

在一些实施方式中，Ar²是7-氯-4-甲基苯并呋喃-2-基、4-甲基-苯并呋喃-2-基、7-氟-4-甲基苯并呋喃-2-基或7-氟-4-苯氧基甲基苯并呋喃-2-基。

在一些实施方式中，Ar²是噻吩-2-基、吡啶-3-基、5-苯基噻吩-2-基、喹啉-6-基、4-苯基噻唑-2-基、苯并噻唑-2-基、苯并噁唑基-2-基、呋喃-2-基、1H-苯并咪唑-2-基、1H-吡咯-2-基、4-(吡啶-4-基)-噻唑-2-基、1H-吲哚-5-基、1H-吲哚-3-基、喹啉-3-基、喹啉-8-基、1H-吲唑-3-基、1H-苯并三唑-5-基、异喹啉-1-基、异喹啉-3-基、喹喔啉-2-基、喹啉-2-基、1H-苯并咪唑-5-基、1-甲基-吲哚-3-基、4-MeO-喹啉-2-基、喹啉-4-基、4-羟基喹啉-2-基、吡啶-2-基、3-羟基吡啶-2-基、6-羟基吡啶-2-基、6-(4-硝基苯氧基)吡啶-2-基、4-(2-甲氧基乙氧基)喹啉-2-基、4-(2-二甲氨基乙氧基)喹啉-2-基、6-溴吡啶-2-基、5-溴吡啶-3-基、4-甲氧基喹啉-2-基、5-苯基吡啶-3-基、6-苄氧基吡啶-2-基、6-(2-甲基丙氧基)-吡啶-2-基、6-(2-苯基乙氧基)吡啶-2-基、4-(3，3，3-三氟丙氧基)喹啉-2-基、5-噻吩-3-基吡啶-3-基、6-(4-乙酰基氨基苯氧基)-吡啶-2-基、6-(4-氨基苯氧基)-吡啶-2-基或5-(4-二甲氨基苯基)吡啶-3-基。

V.第V组式(I)化合物是：其中Ar²是杂芳基。在一些实施方式中，Ar²是杂芳基，其被1或2个取代基任选取代，所述取代基独立选自：烷基、卤、卤烷基、烷氧基、烷氧基烷基、羟基烷氧基、羟基烷氧基烷基、烷氧基烷氧基、烷氧基烷氧基烷基、氨基烷基、氨基烷氧基、卤烷氧基、卤烷氧基烷基、任选取代的苯基烷基、任选取代的苯氧基烷基、任选取代的杂芳基、任选取代的杂芳烷氧基、任选取代的杂芳氧基烷基、任选取代的杂环烷基烷基、任选取代的杂环烷氧基、任选取代的杂环烷基烷氧基、-亚烷基-S(O)_nR^a(其中n是0至2，并且R^a是羟烷基或任选取代的苯基)、-亚烷基-NR^e-亚烷基CONR^cR^d(其中R^c是羟基，并且R^d和R^e独立为氢或烷基)或羧基烷基氨基烷基。

在一些实施方式中，Ar²是噻吩-2-基、吡啶-3-基、喹啉-6-基、苯并噻唑-2-基、苯并噁唑基-2-基、苯并呋喃-2-基、苯并呋喃-5-基、苯并噻吩-2-基、呋喃-2-基、1H-苯并咪唑-2-基、1H-吡咯-2-基、噻唑-2-基、1H-吲哚-2-基、1H-吲哚-5-基、1H-吲哚-3-基、喹啉-3-基、喹啉-8-基、1H-吲唑-3-基、1H-苯并三唑-5-基、异喹啉-1-基、异喹啉-3-基、喹喔啉-2-基、喹啉-2-基、1H-苯并咪唑-5-基、喹啉-1-基、吡啶-2-基、吡啶-2-基、喹啉-2-基、呋喃-3-基，噻吩-2-基或噻吩-3-基。在一些实施方式中，Ar²是苯并呋喃-2-基或苯并噻吩-2-基，其被1或2个前一段落中描述的取代基任选取代。

在一些实施方式中，Ar²是苯并呋喃-2-基并且在3、4或5位被单取代或在4和7位被双取代。在一些实施方式中，Ar²的苯并呋喃-2-基在3或5位被前一段落中描述的取代基单取代。在一些实施方式中，取代基独立选自：氯、氟、三氟甲基、甲基、乙基、甲氧基、1-环丙基哌啶-4-基氧基、1-(2，2，2-三氟乙基)哌啶-4-基氧基、N，N-二甲氨基甲基、N，N-二乙氨基甲基、2-甲氧基乙氧基甲基、苯氧基甲基、2-甲氧基乙氧基、2-吗啉-4-基乙氧基、吡啶-3-甲氧基、2-羟基乙氧基、2-N，N-二甲氨基乙氧基、甲氧基甲基、3-异丙氧基甲基、吗啉-4-基甲基、3-羟基丙氧基甲基、2-氟苯氧基甲基、3-氟苯氧基甲基、4-氟苯氧基-甲基、3-甲氧基丙氧基甲基、吡啶-4-基氧基甲基、2，4，6-三氟苯氧基甲基、2-氧代吡啶-1-基甲基、2，2，2-三氟乙氧基甲基、4-咪唑-1-基苯氧基甲基、4-[1.2.4-三嗪-1-基-苯氧基甲基、2-苯乙基、吡咯烷-1-基甲基、哌啶-1-基甲基、4-三氟甲基哌啶-1-基甲基、4-甲基哌嗪-1-基甲基、3，3，3-三氟丙氧基甲基、4-氟苯基硫甲基、4-氟苯基亚硫酰基甲基、4-氟苯基磺酰基甲基、吡啶-3-基甲氧基甲基、四氢吡喃-4-基氧基、2，2，2-三氟乙氧基、2-吡咯烷-1-基乙氧基、哌啶-4-基氧基、N-甲基-N-苄氨基甲基、N-甲基-N-2-苯乙基氨基甲基、3-羟丙基硫甲基、3-羟丙基亚硫酰基甲基、3-羟丙基磺酰基-甲基、N-甲基-N-2-吲哚-3-基乙基氨基甲基、2-(4-三氟甲基苯基)乙基、2-(3-三氟甲氧基苯基)乙基、N-羟基氨基羰基-甲氨基甲基或3-(2-羧基乙基氨基-甲基)。

在一些实施方式中，Ar²是苯并呋喃-2-基，其在3位被下列基团取代：N，N-二甲氨基甲基、N，N-二乙氨基甲基、2-氟苯氧基甲基、3-氟苯氧基甲基、4-氟苯氧基甲基、吡啶-4-基氧基甲基、2，4，6-三氟苯氧基-甲基、2-氧代吡啶-1-基甲基、2，2，2-三氟乙氧基-甲基、4-咪唑-1-基苯氧基-甲基、4-[1.2.4]-三嗪-1-基-苯氧基甲基、2-苯乙基、3-羟基丙氧基甲基、2-甲氧基乙氧基甲基、吡咯烷-1-基甲基、哌啶-1-基甲基、4-三氟甲基-哌啶-1-基甲基、4-甲基哌嗪-1-基甲基、3，3，3-三氟丙氧基甲基、4-氟苯基硫甲基、4-氟苯基亚硫酰基甲基、4-氟苯基磺酰基甲基、2-(3-三氟甲氧基苯乙基)-、N-甲基-N-苄基-氨基甲基、N-甲基-N-2-苯乙基氨基甲基、3-羟丙基硫甲基、3-羟丙基亚硫酰基-甲基、3-羟丙基磺酰基甲基、N-甲基-N-2-吲哚-3-基乙基氨基甲基、2-(4-三氟甲基苯基)乙基、N-羟基氨基羰基-甲氨基甲基或2-羧基乙基氨基-甲基。

在一些实施方式中，Ar²是苯并呋喃-2-基，其在5位被1-环丙基哌啶-4-基氧基、哌啶-4-基氧基、四氢吡喃-4-基氧基、2，2，2-三氟乙氧基、2-吡咯烷-1-基乙氧基或1-(2，2，2-三氟乙基)哌啶-4-基氧基取代。

在一些实施方式中，Ar²是7-氯-4-甲基苯并呋喃-2-基、4-甲基-苯并呋喃-2-基、7-氟-4-甲基苯并呋喃-2-基或7-氟-4-苯氧基甲基苯并呋喃-2-基。

在一些实施方式中，Ar²是噻吩-2-基、吡啶-3-基、5-苯基噻吩-2-基、喹啉-6-基、4-苯基噻唑-2-基、苯并噻唑-2-基、苯并噁唑基-2-基、呋喃-2-基、1H-苯并咪唑-2-基、1H-吡咯-2-基、4-(吡啶-4-基)-噻唑-2-基、1H-吲哚-5-基、1H-吲哚-3-基、喹啉-3-基、喹啉-8-基、1H-吲唑-3-基、1H-苯并三唑-5-基、异喹啉-1-基、异喹啉-3-基、喹喔啉-2-基、喹啉-2-基、1H-苯并咪唑-5-基、1-甲基-吲哚-3-基、4-MeO-喹啉-2-基、喹啉-4-基、4-羟基喹啉-2-基、吡啶-2-基、3-羟基吡啶-2-基、6-羟基吡啶-2-基、6-(4-硝基苯氧基)吡啶-2-基、4-(2-甲氧基乙氧基)喹啉-2-基、4-(2-二甲氨基乙氧基)喹啉-2-基、6-溴吡啶-2-基、5-溴吡啶-3-基、4-甲氧基喹啉-2-基、5-苯基吡啶-3-基、6-苄氧基吡啶-2-基、6-(2-甲基丙氧基)-吡啶-2-基、6-(2-苯基乙氧基)吡啶-2-基、4-(3，3，3-三氟丙氧基)喹啉-2-基、5-噻吩-3-基吡啶-3-基、6-(4-乙酰基氨基苯氧基)-吡啶-2-基、6-(4-氨基苯氧基)-吡啶-2-基或5-(4-二甲氨基苯基)吡啶-3-基。

在上述第II、III、IV和V组以及其中描述的组中，在一些实施方式中，Y是直链亚烷基。在一些实施方式中，Y是亚乙基或正亚丙基。在一些实施方式中，Y是亚乙基。

在上述第II、III、IV和V组以及其中描述的组中，在一些实施方式中，Y是支链亚烷基。在一些实施方式中，Y是-CH(C₂H₅)CH₂-、-CH(i-C₃H₇)CH₂-、或-CH(CH₃)CH₂-，并且手性碳的立体化学是(S)。在一些实施方式中，Y是-CH(C₂H₅)CH₂-。

在上述第II、III、IV和V组以及其中描述的组中，在一些实施方式中，Y是-CH₂CH(CH₃)-，并且手性碳的立体化学是(R)。

在上述组II、III、IV和V以及其中描述的组中，在一些实施方式中，Y是-CH(CH₂R′)CH2-或-CH(CH₂CH₂R′)CH₂-，其中R′是烷基硫代、烷基磺酰基、任选取代的苯基烷基硫代、任选取代的苯基烷基磺酰基、羟基或任选取代的苯氧基。在一些实施方式中，R′是苯基、苯氧基、4-氯苯基、环己基、苄硫基、苄基磺酰基、甲硫基、甲磺酰基或羟基。

VI.第VI组式(I)化合物是：其中X是-O-、R¹和R³是氢、Ar¹是亚苯基、Ar²是芳烯基、Y是支链亚烷基、并且-CONHOH和X位于亚苯基环的第1和第4位。在一些实施方式中，Ar²是反式苯基-CH＝CH-，其中苯基用独立选自烷基、烷氧基、亚甲二氧基或羟基的一个或两个取代基任选取代。

在上述第II-VI组中包含的术语的范围，如在本申请的定义部分所限定。

对上面提出的实施方式的参考意欲包括特定基团的所有组合，除非另外陈述。一般合成

在一个实施方式中，具有式(A)或式(I)的结构的化合物通过在如下所示的反应方案中描述的方法进行制备。美国专利申请公开2005/0187261描述了制备异羟肟酸盐的方法，该方法通过引用并入本文。

用于制备这些化合物的原材料和试剂是从商品供应商例如Aldrich Chemical Co.，(Milwaukee，Wis.)、Bachem(Torrance，Calif.)或Sigma(St.Louis，Mo.)可获得的，或者是按照在下列参考文献中提出的操作通过已知方法进行制备的，例如Fieser and Fieser′s Reagentsfor Organic Synthesis，第1-17卷(John Wiley and Sons，1991)；Rodd′sChemistry of Carbon Compounds，第1-5卷和增刊(Elsevier SciencePublishers，1989)；Organic Reactions，Volumes 1-40(John Wiley andSons，1991)，March′s Advanced Organic Chemistry，(John Wiley andSons，4th Edition)和Larock′s Comprehensive Organic Transformations(VCH Publishers Inc.，1989)。这些方案仅仅示例性说明一些方法，通过这些方法合成式(A)或式(I)的化合物，并且在一些实施方式中，可以对这些方案进行各种改变。

在其它实施方式中，如果希望，用传统技术分离并纯化反应的原材料与中间产物，所述传统技术包括但不限于过滤、蒸馏、结晶、色谱法等。在其它实施方式中，这样的材料使用包括物理常数和光谱数据在内的传统手段表征。

除非明确表明相反，本文描述的反应在大气压下、约-78℃到约150℃、约0℃到约125℃、或约室温(或环境温度)例如约20℃的温度范围内进行。

式(I)化合物——其中X是-O-或-S(O)_n-，其中n是0到2，和其他基团如本文所述，在一些实施方式中，其通过在下面方案A中图解和描述的方法进行制备。

式(I)方案A

式1的化合物——其中R是烷基，X是-O-或-S-，和Ar¹如本文所限定——和式2的氨基醇——其中PG是适合的氨基保护基——的反应提供式3的化合物。在适当的有机溶剂例如四氢呋喃等中的三苯膦和偶氮二羧酸二异丙酯存在的情况下，进行该反应。

式1的化合物例如4-羟基苯甲酸甲酯、4-巯基苯甲酸甲酯、和3-羟基异噁唑-5-羧酸甲酯是商业上可获得的。在一些实施方式中，式2的化合物从商业上可获得的氨基醇通过将胺与适合的氨基保护基例如苄氧基羰基、叔-丁氧基羰基等在适当的反应条件下反应进行制备。在一些实施方式中，对于制备它们的适当氨基保护基和反应条件的详细描述在T.W.Greene，Protecting Groups in Organic Synthesis，John Wiley& Sons，Inc.1981中可见，其适当的氨基保护基和反应条件的列举作为参考并入本文。氨基醇例如2-乙醇胺、2-氨基-1-丙醇、2-甲氨基乙醇、2-氨基-2-甲基-1-丙醇、2-氨基-1-丙醇、4-氨基-2-丁醇和1-氨基-2-丁醇是商业上可获得的。在一个实施方式中，式2的化合物是从商业上可获得的氨基酸通过用适当的保护基保护氨基，然后用适当的还原剂在标准条件下将酸根还原为羟基进行制备。在一些实施方式中——其中式(I)的化合物的X为-SO₂-，相应的式3化合物——其中X是-S-——用氧化剂例如

间氯过苯甲酸等进行处理。

除去3中的氨基保护基提供式4的化合物。除去氨基保护基使用的反应条件取决于保护基的性质。例如，在一些实施方式中，其中保护基是叔-丁氧基羰基，其在酸性反应条件下除去。适当的酸是在适当的有机溶剂例如甲醇、二噁烷、四氢呋喃等中的三氟乙酸、盐酸等。在一些实施方式中——其中保护基是苄基或苄氧基羰基，其在催化氢化反应条件下除去。适当的催化剂是钯基催化剂和其它适当的催化剂。在其它实施方式中，用于除去它们的其他的适当反应条件见于T.W.Greene，Protecting Groups in Organic Synthesis，John Wiley & Sons，Inc.1981中。反应在惰性有机溶剂二氯甲烷、四氢呋喃、二噁烷等中进行。

4与式Ar²-COZ的酸或酸衍生物(例如酰基卤)——其中Z是羟基或卤——的反应提供式5的化合物。再一次，使用的反应条件取决于Z基团的性质。在一些实施方式中——其中Z是羟基，一般在存在适当的偶联剂例如苯并三唑-1-基氧基三吡咯烷基-鏻六氟磷酸酯

O-苯并三唑-1-基-N，N，N′，N′-四甲基-脲六氟磷酸酯(HBTU)、O-(7-偶氮苯并三唑-1-基)-1，1，3，3-四甲基脲六氟磷酸酯(HATU)、1-(3-二甲氨基丙基)-3-乙基碳二亚胺盐酸盐(EDC·HCl)或1，3-二环己基碳二亚胺(DCC)的情况下，任选地在存在1-羟基苯并三唑水合物(HOBt·H₂O)和碱例如N，N-二异丙基乙胺、三乙胺、N-甲基吗啉等的情况下进行反应。在一些实施方式中，在约20到30℃下进行反应。在一些实施方式中，在约25℃下进行反应，并且需要约2到约24小时来完成。适当的反应溶剂是惰性有机溶剂例如卤化有机溶剂(例如，二氯甲烷、氯仿等)、乙腈、N，N-二甲基甲酰胺、醚溶剂例如四氢呋喃、二噁烷等。在一些实施方式中，用二氯甲烷或N，N-二甲基甲酰胺中的HOBt·H₂O、EDC·HCl进行反应。

当Ar²-COZ是酰基卤时，在存在适当的碱(例如三乙胺、二异丙基乙胺、吡啶等)的情况下，进行反应。适当的反应溶剂是极性有机溶剂例如四氢呋喃、乙腈、N，N-二甲基甲酰胺(DMF)、二氯甲烷或其任何适当的混合物。在进一步的实施方式中，酰基卤例如酰基氯通过将相应的酸与卤化剂例如草酰氯、亚硫酰氯、磷酰氯等反应制备。在又一实施方式中，式Ar²-COZ的酸或是商业上可获得的，或者它们从商业上可获得的原材料通过标准方法而制备。例如，苯甲酸、肉桂酸、苯乙酸、烟酸、异烟酸、3-甲基苯并呋喃-2-羧酸和苯并呋喃-2-羧酸是商业上可获得的。其他例如3-苯氧基甲基苯并呋喃-2-羧酸，容易从商业上可获得的3-甲基苯并呋喃-2-羧酸通过将其转化为2-溴甲基苯并呋喃-2-羧酸(用N-溴代琥珀酰亚胺在标准条件下将其溴化)，然后与酚反应而制备。在其它实施方式中，化合物5——其中R³是氢——通过将其与烷化剂在标准烷化条件下反应被任选地转化为相应的式5化合物——其中R³不是氢。

然后，通过将化合物5与含水羟基胺在碱例如氢氧化钠和有机溶剂例如四氢呋喃和甲醇的混合物存在的情况下反应，将化合物5转化为式(I)的化合物。在一个实施方式中，5的酸基首先用合适的偶联剂例如1-(3-二甲氨基丙基)-3-乙基碳二亚胺盐酸盐(EDC·HCl)或1，3-二环己基碳二亚胺(DCC)，任选地在存在适当有机溶剂例如二甲基甲酰胺等中的1-羟基苯并三唑水合物(HOBt·H₂O)的情况下活化，然后与盐酸羟基胺在存在碱如N，N-二异丙基乙胺、三乙胺、N-甲基吗啉等的情况下反应。在其它实施方式中，式(I)的化合物从化合物5通过在美国专利号5,998,412中公开的方法制备，该制备方法通过引用并入本文。

在又一实施方式中，将式(I)的化合物转化为式(I)的其它化合物。例如，式(I)的化合物——其中Ar¹是亚苯基、X是-O-、Y是亚乙基、Ar²是3-二甲氨基甲基-苯并呋喃-2-基、R¹和R³是氢——如下制备：将式4的化合物——其中Ar¹是亚苯基、X是-O-、Y是亚乙基和R是烷基——与3-甲基苯并呋喃-2-羧酸如上所述反应以得到式5的化合物——其中Ar²是3-甲基苯并呋喃-2-基。用适当的溴化剂例如N-溴代琥珀酰亚胺来溴化甲基，然后与二甲胺反应，提供相应的3-二甲氨基苯并呋喃-2-基化合物，然后在上述的反应条件下，将其转化为希望的化合物。施用和药物组合物

一般而言，具有式(A)或式(I)的结构的化合物以治疗有效量通过用于相似应用的任何接受的药剂给药模式给予。式(A)或式(I)的化合物即活性成分的实际量将取决于许多因素，例如待被治疗的疾病、病症或状况的严重性、对象的年龄和相对健康状况、使用的化合物的效力、给药途径和形式以及其他因素。

在一个实施方式中，以传统的方式，使用一种或个更多种生理学可接受的载体配制药物组合物，所述载体包括赋形剂和助剂，其促进活性物质加工成为药学使用的制剂。适当的制剂取决于选择的给药途径。本文描述的药物组合物的概要可见于下列文献，例如Remington：The Science and Practice of Pharmacy，Nineteenth Ed(Easton，Pa.：MackPublishing Company，1995)；Hoover，John E.，Remington’s PharmaceuticalSciences，Mack Publishing Co.，Easton，Pennsylvania 1975；Liberman，H.A.and Lachman，L.，Eds.，Pharmaceutical Dosage Forms，MarcelDecker，New York，N.Y.，1980；和Pharmaceutical Dosage Forms and DrugDelivery Systems，Seventh Ed.(Lippincott Williams & Wilkins 1999)，其概要通过引用并入本文。

本文提供的是包括本文描述的化合物例如式(A)或式(I)化合物和药学可接受的稀释剂(一种或多种)、赋形剂(一种或多种)或载体(一种或多种)的药物组合物。另外，本文描述的化合物作为药物组合物给予，在所述药物组合物中，本文描述的化合物与其他的活性成分混合作为联合治疗。在一些实施方式中，药物组合物包括其他的医学的或药学的试剂、载体、助剂，例如防腐剂、稳定剂、润湿剂或乳化剂、溶解促进剂(solution promoter)、调节渗透压的盐和/或缓冲剂。在其它实施方式中，药物组合物也包含其他的治疗有用的物质。

在某些实施方式中，组合物也包括一种或更多种pH调节剂或缓冲剂，其包括酸例如乙酸、硼酸、柠檬酸、乳酸、磷酸和盐酸；碱例如氢氧化钠、磷酸钠、硼酸钠、柠檬酸钠、乙酸钠、乳酸钠和三-羟基甲氨基甲烷；和缓冲剂例如柠檬酸盐/右旋糖、碳酸氢钠和氯化铵。这样的酸、碱和缓冲剂以保持组合物的pH在可接受范围内所需要的量被包括。

在其它实施方式中，组合物也包括一种或更多种盐，其量为使组合物的重量克分子渗透压浓度(osmolality)在可接受范围内所需要的量。这样的盐包括具有钠、钾、或铵阳离子和氯根、柠檬酸根、抗坏血酸根、硼酸根、磷酸根、碳酸氢根、硫酸根、硫代硫酸根或亚硫酸氢根阴离子的那些盐；适当的盐包括氯化钠、氯化钾、硫代硫酸钠、亚硫酸氢钠和硫酸铵。

如本文使用的，药物组合物指本文描述的至少一种化合物例如式(A)或式(I)的化合物与其他化学组分例如载体、稳定剂、稀释剂、分散剂、悬浮剂、增稠剂和/或赋形剂的混合物。药物组合物促进将化合物施用给生物体。在实践本文提供的治疗方法或应用中，治疗有效量的本文所述化合物在药物组合物中施用给患有待被治疗的疾病、病症或状况的哺乳动物。在一些实施方式中，哺乳动物是人。治疗有效量根据疾病、病症或状况的严重性、对象的年龄和相对健康状况、使用应用化合物的效力和其它因素而广泛地改变。在一些实施方式中，化合物单独使用，或结合一种或更多种治疗剂作为混合物的组分使用。

在其它实施方式中，本文描述的药物制剂通过多种给药途径施用给对象，所述给药途径包括但不限于，口服(oral)、肠胃外(例如静脉内、皮下、肌肉内)、鼻内、经口(buccal)、局部、直肠、或经皮给药途径。本文描述的药物制剂包括但不限于水性液体分散剂、自乳化分散剂、固溶体、脂质体分散剂、气溶胶、固体剂型、粉末、速释制剂、控释制剂、速融制剂(fast melt formulation)、片剂、胶囊、丸剂、延迟释放制剂、延长释放制剂、脉冲释放制剂(pulsatile release formulation)、多颗粒制剂(multiparticulate formulations)、和混合的速释和控释制剂。

在其它实施方式中，包括本文描述的化合物的药物组合物以传统的方式制造，例如仅仅示例性的，依靠传统的混合、溶解、粒化、锭剂制造、研磨、乳化、封装、俘获(entrapping)或压缩过程。

药物组合物包括至少一种本文描述的化合物例如式(A)或式(I)的化合物作为活性成分，其为游离酸或游离碱形式或药学可接受的盐形式。另外，本文描述的方法和药物组合物包括使用N-氧化物、晶体形式(也称为多晶型物)、以及具有相同类型活性的这些化合物的活性代谢物。在一些实施方式中，式(A)或式(I)的化合物作为互变异构体存在。所有的互变异构体被包括在本文提供的化合物的范围内。另外，在一些实施方式中，本文描述的化合物以非溶剂化(unsolvated)、以及溶剂化形式与药学可接受的溶剂例如水、乙醇等一起存在。本文提供的化合物的溶剂化形式也考虑被本文公开。

“生物利用度”指本文公开的化合物例如式(A)或式(I)的化合物递送至研究的动物或人类的体循环的重量百分比。当静脉内施用时，药物的总暴露(AUC(_0-∞))通常被定义为100％生物可利用的(F％)。“口服生物利用度”指，与静脉注射相比，当药物组合物口服时，本文公开的化合物例如式(A)或式(I)的化合物被吸收到体循环中的程度。

“血浆浓度”指本文公开的化合物例如式(A)或式(I)的化合物在对象血液的血浆成分中的浓度。在一些实施方式中，应当理解，式(A)或式(I)的化合物的血浆浓度将在对象之间具有显著差异，这是由于对于代谢作用和/或可能的与其他治疗剂的相互作用的可变性。根据本文公开的一个实施方式，式(A)或式(I)的化合物的血浆浓度将从对象到对象变化。同样地，在另一个实施方式中，值例如最大血浆浓度(C_max)或到达最大血浆浓度的时间(T_max)、或血浆浓度时间曲线下总面积(AUC(_0-∞))将从对象到对象变化。由于该可变性，在其它实施方式中，构成“治疗有效量”的式(A)或式(I)化合物所需的量将从对象到对象变化。

“药物吸收”或“吸收”一般指使药物从给药位置穿过屏障进入血管或作用位点的运动过程，例如，药物从胃肠道移动进入门静脉或淋巴系统。

“可测量的血清浓度”或“可测量的血浆浓度”描述在给药之后，吸收到血流中的血清或血浆浓度，一般以每ml、dl或l血清中的mg、μg或ng治疗剂来计量。如本文使用的，可测量的血浆浓度一般以ng/ml或μg/ml计量。

“药效动力学”指这样的因子：其确定相对于作用位点的药物浓度所观察到的生物反应。

“药物动力学”指这样的因子：其确定在作用位点达到和保持适当的药物浓度。

如本文使用，“稳定状态/稳态”是当在一定给药间隔内的给药量等于排出药物量时，产生平台或恒定血浆药物暴露。

如本文使用的，术语“对象”用来指动物，例如哺乳动物，其包括人或非人。在一些实施方式中，术语患者和对象可互相交换使用。在进一步实施方式中，本文描述的药物组合物——其包括式(A)或式(I)的化合物，被配制为任何适当的剂型，其包括但不限于含水口服分散体、液体、凝胶剂、糖浆、酏剂、膏剂、悬浮液等，用于被待治疗患者口服摄取，固体口服剂型、气溶胶、控释制剂、速融制剂、沸腾制剂、冻干制剂、片剂、粉末、丸剂、锭剂、胶囊、延迟释放制剂、延长释放制剂、脉冲释放制剂、多颗粒制剂和混合的速释和控释制剂。给药方法和治疗方案的实例

在一个方面，包含本文描述的化合物(一种或多种)的组合物被施用，用于预防和/或治疗性处理。在治疗应用中，组合物被施用给已经遭受疾病、病症或状况的患者，其量为足以治愈或至少部分地阻止疾病、病症或状况的症状。对于该应用的有效量将取决于疾病、病症或状况的严重性和病程、先前的治疗、患者的健康状态、体重、和对药物的响应以及治疗医师的判断。

在预防应用中，包含本文描述的化合物的组合物被施用给对特定疾病、病症或状况敏感或者另外处于特定疾病、病症或状况风险中的患者。这种量被定义为“预防有效量或预防有效剂量”。在该应用中，精确量也取决患者的健康状态、体重等。在一些实施方式中，当用于患者时，对该应用的有效量取决于疾病、病症或状况的严重性和病程、先前的治疗、患者的健康状态和对药物的响应，以及治疗医师的判断。

在一些实施方式中，其中患者的状况没有改善，在医生判断后长期地进行化合物施用，即，持续延长的时间段，包括在整个患者生命时期内给药，以便改善或其他方式控制或限制患者疾病、病症或状况的症状。

在一些实施方式中，其中患者的状况没有改善，在医生判断后持续地进行化合物施用；可选地，施用药物的剂量被暂时减少或暂时停止某一时间长度(即“休药期”)。在其它实施方式中，休药期的长度在2天和1年间变化，仅仅作为实例包括约2天、约3天、约4天、约5天、约6天、约7天、约10天、约12天、约15天、约20天、约28天、约35天、约50天、约70天、约100天、约120天、约150天、约180天、约200天、约250天、约280天、约300天、约320天、约350天或约365天。在进一步的实施方式中，休药期期间的剂量减少为约10％至约100％，仅仅作为实例包括约10％、约15％、约20％、约25％、约30％、约35％、约40％、约45％、约50％、约55％、约60％、约65％、约70％、约75％、约80％、约85％、约90％、约95％、或约100％。

一旦发生患者状况的改善，则在必要时施用维持剂量。其后，在其它实施方式中，作为症状的函数，将给药剂量或频率或两者减少至保持改善的疾病、病症或状况的水平。然而，在进一步的实施方式中，在任何症状复发后，患者将需要长期的间歇疗法。

在其它实施方式中，相应于这种量的给定药剂的量根据因素例如具体的化合物，疾病、病症或状况及其严重性，需要治疗的对象或宿主的特性(例如体重)而变化，然而，该量在某种意义上根据该病例所处的具体情况——其包括例如施用的具体药剂、给药途径、治疗的状况和治疗的对象或宿主——常规地确定。然而，在一些实施方式中，对于成人治疗使用的剂量一般在每天约0.02到约5000毫克或每天约1到约1500毫克的范围内。在进一步的实施方式中，期望剂量方便地以单一剂量存在，或作为同时给药(或在短时期内)或以适当间隔给药的分开剂量存在，例如每天二个、三个、四个或更多个亚剂量(sub-dose)。

在一些实施方式中，本文描述的药物组合物为适于单次给予精确剂量的单位剂型。在单位剂型中，制剂被分成包含适当量的一种或更多种化合物的单位剂量。在其它实施方式中，单位剂量是包含分离量的制剂的包装形式。非限制性实例是包装的片剂或胶囊，以及小瓶或安瓿中的粉末。在另一个实施方式中，含水悬浮液组合物被包装在单一剂量、不能重新盖紧的容器中。在进一步的实施方式中，使用多剂量、能重新盖紧的容器，在这样情况下，一般在组合物中包括防腐剂。仅仅作为实例，肠胃外注射的制剂以单位剂型存在，其包括但不限于安瓿，或者在多剂量容器中存在，其具有加入的防腐剂。

适合于本文描述的化合物的日剂量为约0.01到约2.5mg/kg体重。在较大的哺乳动物——其包括但不限于人——中，指示的日剂量的范围为约0.5毫克到约100毫克，其方便地以分开的剂量施用，包括但不限于上至每天四次，或者以延长释放方式施用。用于口服的适当单位剂型包含约1到约50毫克的活性成分。上述范围仅仅是建议性的，因为对于个体治疗方案，变量的数目是大量的，并且与这些推荐值具有相当大的偏差不是罕见的。在进一步的实施方式中，根据多个变量改变这一剂量，所述变量不限于使用的化合物的活性，待治疗的疾病、病症或状况，给药模式，个体对象的要求，被治疗疾病、病症或状况的严重性和医生的判断。

在又一个实施方式中，这样的治疗方案的毒性和疗效通过标准药学方法在细胞培养物或实验动物中确定，其包括但不限于确定LD₅₀(群体的50％致死剂量)和ED₅₀(群体的50％治疗有效剂量)。在毒性和疗效之间的剂量比是治疗指数，并且在一些实施方式中，其被表示为LD₅₀和ED₅₀之间的比率。在其它实施方式中，从细胞培养物试验和动物研究获得的数据被用于确定用于人的剂量范围。在一些实施方式中，这样的化合物的剂量在下列循环浓度范围内：其包括ED₅₀并具有最小毒性。在又一个实施方式中，取决于使用的剂型和应用的给药途径，剂量在该范围内变化。联合治疗

通常，在使用联合治疗的实施方式中，本文描述的组合物和其他的药剂不必在同一药物组合物中施用，并且在一些实施方式中，因为不同的物理和化学特性，它们通过不同的途径施用。在一些实施方式中，根据确立的方案进行最初的施用，然后基于观察的效果，由有经验的临床医师修改剂量、给药方式和给药时间。

在一些实施方式中，当药物用于治疗联合时，治疗有效剂量改变。联合治疗进一步包括在不同时间开始和停止以帮助患者的临床管理的周期性治疗。对于本文描述的联合治疗，共同施用的化合物的剂量根据使用的共同药物的类型，使用的具体药物，被治疗的疾病、病症或状况等而改变。

应该理解，在一些实施方式中，根据多种因素，改变治疗、预防或改善寻求减轻的状况(一种或多种)的给药方案。这些因素包括对象遭受的病症，以及对象的年龄、体重、性别、饮食和医学状况。如此，在其它实施方式中，实际上使用的给药方案大大地改变，因此背离本文陈述的给药方案。

具有式(A)或式(I)结构的化合物与其它抗癌剂或化疗剂的联合旨在被包括在内。在一些实施方式中，这些药剂的实例见于CancerPrinciples and Practice of Oncology by V.T.Devita and S.Hellman(editors)，6^th edition(February 15，2001)，Lippincott Williams & WilkinsPublishers。这些抗癌剂包括但不限于下列：雌激素受体调节剂、雄激素受体调节剂、维生素A类受体调节剂、细胞毒剂/细胞生长抑制剂、抗增殖剂、异戊二烯基-蛋白质转移酶抑制剂、HMG-CoA还原酶抑制剂、氮芥、亚硝基脲、血管发生抑制剂、细胞增殖和存活信号途径抑制剂、凋亡诱导剂、干扰细胞周期检查点(细胞周期关卡)的药剂、干扰受体酪氨酸激酶(RTKs)的药剂、整联蛋白阻滞剂、NSAID、PPAR激动剂、固有多重耐药(MDR)抑制剂、止吐剂、用于治疗贫血的剂、用于治疗中性白细胞减少的药剂、免疫增强药、双膦酸盐、芳香酶抑制剂、诱导赘生细胞/瘤细胞终末分化的药剂、γ分泌酶抑制剂、癌症疫苗、和其任何组合。

“雌激素受体调节剂”指干扰或抑制雌激素与受体结合的化合物，不管机制如何。雌激素受体调节剂的实例包括但不限于三苯氧胺、雷洛昔芬、碘昔芬、LY353381、LY117081、托瑞米芬、氟维司群、4-[7-(2，2-二甲基-1-氧代丙氧基-4-甲基-2-[4-[2-(1-哌啶基)乙氧基]苯基]-2H-1-苯并呋喃-3-基]-苯基-2，2-二甲基丙酸酯、4，4′-二羟基二苯酮-2，4-二硝基苯基-腙和SH646。

在一些实施方式中，雌激素受体调节剂是三苯氧胺和雷洛昔芬。

“雄激素受体调节剂”指干扰或抑制雄激素与受体结合的化合物，不管机制如何。雄激素受体调节剂的实例包括非那司提和其它5α-还原酶抑制剂、尼鲁米特、氟他胺、比卡鲁胺、利阿唑和阿比特龙乙酸酯。

“维生素A类受体调节剂”指干扰或抑制维生素A类与受体结合的化合物，不管机制如何。这样的维生素A类受体调节剂的实例包括贝沙罗汀、维甲酸、13-顺式-视黄酸、9-顺式-视黄酸、α-二氟甲基鸟氨酸、ILX23-7553、反式-N-(4′-羟基苯基)维甲酰胺和N-4-羧基苯基维甲酰胺。

“细胞毒剂/细胞生长抑制剂”指引起细胞死亡或抑制细胞增殖的化合物，其主要通过直接地干扰细胞的功能或者抑制或干扰细胞有丝分裂(cell mytosis)来进行，所述细胞毒剂/细胞生长抑制剂包括烷化剂、肿瘤坏死因子、插入剂、低氧可活化的化合物(hypoxia activatablecompound)、微管抑制剂/微管稳定剂、有丝分裂驱动蛋白抑制剂、组蛋白脱乙酰酶抑制剂、涉及有丝分裂进行的激酶的抑制剂、抗代谢物；生物效应调节剂；激素/抗激素治疗剂、造血生长因子、靶向单克隆抗体的治疗剂、拓扑异构酶抑制剂、蛋白酶体抑制剂和泛素连接酶抑制剂。

细胞毒剂的实例包括但不限于替拉扎明(tirapazimine)、sertenef、恶液质素、异磷酰胺、他索纳明、氯尼达明、卡铂、六甲密胺、松龙苯芥、二溴卫矛醇、雷莫司汀、福替目丁、奈达铂、奥沙利铂、替莫唑胺、庚铂(heptaplatin)、雌莫司汀、英丙舒凡甲苯磺酸盐、氯乙环磷酰胺、嘧啶亚硝脲、二溴螺氯铵(dibrospidium chloride)、嘌嘧替派、洛铂、沙铂、甲基丝裂霉素、顺铂、伊罗夫文、右异环磷酰胺(dexifosfamide)、顺式-胺二氯(2-甲基-吡啶)铂、苄基鸟嘌呤(benzylguanine)、葡磷酰胺、GPX100、(反式，反式，反式)-二-mu-(己烷-1，6-二胺)-mu-[二胺-铂(II)]二[二胺-(氯代)铂(II)]-四氯化物、diarizidinylspermine、三氧化二砷、1-(11-十二烷基氨基-10-羟基十一烷基)-3，7-二甲基黄嘌呤、佐柔比星、伊达比星、柔红霉素、双蒽生(bisantrene)、米托蒽醌、吡柔比星、吡萘非特、戊柔比星、氨柔比星、抗瘤物、3′-脱氨基-3′-吗啉基-13-脱氧-10-羟基洋红霉素、脂质体蒽环霉素(annamycin)、加柔比星、依利奈法德、MEN10755和4-去甲氧基-3-脱氨基-3-氮丙啶基-4-甲基磺酰基-柔红霉素(参见WO 00/50032)。

微管蛋白抑制剂的实例包括紫杉醇、长春地辛硫酸盐、3′，4′-二脱氢-4′-脱氧-8′-norvincaleukoblastine、多烯紫杉醇、根霉素、多拉司他汀、米伏布林羟乙基磺酸盐、auristatin、西马多丁、RPR109881、BMS184476、长春氟宁、自念珠藻环肽(cryptophycin)、2，3，4，5，6-五氟-N-(3-氟-4-甲氧基苯基)-苯磺酰胺、脱水长春碱(anhydrovinblastine)、N，N-二甲基-L-缬氨酰-L-缬氨酰-N-甲基-L-缬氨酰-L-脯氨酰-L-脯氨酸-叔-丁酰胺、TDX258和BMS188797。

拓扑异构酶抑制剂的一些实例是托泊替康、hycaptamine、依立替康、卢比替康、6-乙氧基丙酰-3′，4′-O-外-苯亚甲基-教酒菌素、9-甲氧基-N，N-二甲基-5-硝基吡唑并[3，4，5-kl]吖啶-2-(6H)丙胺、1-氨基-9-乙基-5-氟-2，3-二氢-9-羟基-4-甲基-1H，12H-苯并[de]吡喃[3′，4′：b，7]-氮茚[1，2b]喹啉-10，13(9H，15H)二酮、勒托替康、7-[2-(N-异丙基氨基)-乙基]-(20S)喜树碱、BNP1350、BNPI1100、BN80915、BN80942、磷酸依托泊苷、鬼臼噻吩甙、索布佐生，2′-二甲氨基-2′-脱氧-依托泊苷、GL331、N-[2-(二甲氨基)乙基]-9-羟基-5，6-二甲基-6H-吡啶并[4，3-b]咔唑-1-氨甲酰、asulacrine、(5a，5aB，8aa，9b)-9-[2-[N-[2-(二甲氨基)乙基]-N-甲氨基]乙基]-5-[4-羟基-3，5-二甲氧基苯基]-5，5a，6，8，8a，9-六氢基呋喃并(3′，4′：6，7)colchic(2，3-d)-1，3-二氧杂环戊烯-6-酮、2，3-(亚甲二氧基)-5-甲基-7-羟基-8-甲氧基苯并[c]-菲啶鎓(phenanthridinium)、6，9-二[(2-氨基乙基)-氨基]苯并[g]异喹啉(isoguinoline)-5，10-二酮、5-(3-氨基丙基氨基)-7，10-二羟基-2-(2-羟基乙基氨基甲基)-6H-吡唑并[4，5，1-de]吖啶-6-酮、N-[1-[2(二乙氨基)乙氨基]-7-甲氧基-9-氧代-9H-噻吨-4-基甲基]甲酰胺、N-(2-(二甲氨基)乙基)吖啶-4-甲酰胺、6-[[2-(二甲氨基)乙基]氨基]-3-羟基-7H-茚并[2-，1-c]喹啉-7-酮和地美司钠。

“抗增殖剂”包括反义RNA和DNA寡核苷酸例如G3139、ODN698、RVASKRAS、GEM231和INX3001，以及抗代谢物例如依诺他滨、卡莫氟、替加氟、喷司他丁、去氧氟尿苷、三甲曲沙、氟达拉滨、卡培他滨、加洛他滨、阿糖胞苷十八烷基磷酸钠(cytarabineocfosfate)、fosteabine氢氧化钠(fosteabine sodium hydrate)、雷替曲塞、paltitrexid、乙嘧替氟、噻唑呋林(tiazofurin)、地西他滨、诺拉曲塞、培美曲塞、奈拉滨(nelzarabine)、2′-脱氧-2′-亚甲基胞苷(methylidenecytidine)、2′-氟亚甲基-2′-脱氧-胞苷、N-[5-(2，3-二氢-苯并呋喃基)磺酰基]-N′-(3，4-二氯苯基)脲、N6-[4-脱氧-4-[N2-[2(E)，4(E)-四癸二烯酰基]-甘氨酰氨基]-L-甘油基-B-L-甘露糖-庚吡喃糖苷基(manno-heptopyranosyl)]-腺嘌呤、aplidine、海鞘素、曲沙他滨、4-[2-氨基-4-氧代-4，6，7，8-四氢-3H-嘧啶[5，4-b][1，4]噻嗪-6-基-(S)-乙基]-2，5-噻吩甲酰-L-谷氨酸、氨基蝶呤、5-氟尿嘧啶、阿拉诺新、11-乙酰基-8-(氨基甲酰氧甲基)-4-甲酰-6-甲氧基-14-氧杂-1，11-二氮杂四环(7.4.1.0.0)-十四-2，4，6-三烯-9-基乙酸酯、苦马豆碱、洛美曲索、右雷佐生、蛋氨酸酶、2′-氰基-2′-脱氧-N4-棕榈酰-1-B-D-阿糖呋喃基胞嘧啶和3-氨基吡啶-2-甲醛缩氨硫脲。“抗增殖剂”也包括生长因子的单克隆抗体，其不包括在“血管发生抑制剂”中列出的那些，例如曲妥单抗，以及肿瘤抑制基因例如p53，在一些实施方式中，其通过重组病毒介导的基因转移进行递送。

“异戊二烯基-蛋白转移酶抑制剂”指抑制异戊二烯基-蛋白转移酶酶的任意一种或任意组合的化合物，所述转移酶包括法呢基-蛋白转移酶(FPTase)、双牻牛基(geranylgeranyl)-蛋白转移酶I型(GGPTase-I)和双牻牛基-蛋白转移酶II型(GGPTase-II，也称为Rab GGPTase)。抑制异戊二烯基-蛋白转移酶的化合物实例包括：(±)-6-[氨基(4-氯苯基)(1-甲基-1H-咪唑-5-基)甲基]-4-(3-氯苯基)-1-甲基-2(1H)-喹啉酮、(-)-6-[氨基(4-氯苯基)(1-甲基-1H-咪唑-5-基)甲基]-4-(3-氯苯基)-1-甲基-2(1H)-喹啉酮、(+)-6-[氨基(4-氯苯基)(1-甲基-1H-咪唑-5-基)甲基]-4-(3-氯苯基)-1-甲基-2(1H)-喹啉酮、5(S)-正丁基-1-(2，3-二甲基-苯基)-4-[1-(4-氰基苄基)-5-咪唑基甲基]-2-哌嗪酮、(S)-1-(3-氯苯基)-4-[1-(4-氰基苄基)-5-咪唑基甲基]-5-[2-(乙磺酰基)-甲基)-2-哌嗪酮、5(S)-正丁基-1-(2-甲基苯基)-4-[1-(4-氰基苄基)-5-咪唑基甲基]-2-哌嗪酮、1-(3-氯苯基)-4-[1-(4-氰基苄基)-2-甲基-5-咪唑基甲基]-2-哌嗪酮、1-(2，2-二苯乙基)-3-[N-(1-(4-氰基苄基)-1H-咪唑-5-基-乙基)氨基甲酰基]-哌啶、4-{5-[4-羟基甲基-4-(4-氯吡啶-2-基甲基)-哌啶-1-基甲基]-2-甲基咪唑-1-基甲基}苄腈、4-{5-[4-羟基甲基-4-(3-氯苄基)-哌啶-1-基甲基]-2-甲基咪唑-1-基甲基}苄腈、4-{3-[4-(2-氧代-2H-吡啶-1-基)苄基]-3H-咪唑-4-基甲基}苄腈、4-{3-[4-(5-氯-2-氧代-2H-[1，2′]二吡啶-5′-基甲基]-3H-咪唑-4-基甲基}苄腈、4-{3-[4-(2-氧代-2H-[1，2′]二吡啶-5′-基甲基]-3H-咪唑-4-基甲基}苄腈、4-[3-(2-氧代-1-苯基-1，2-二氢吡啶-4-基甲基)-3H-咪唑-4-基甲基}苄腈、18，19-二氢-19-氧代-5H，17H-6，10：12，16-二桥亚甲基(dimetheno)-1H-咪唑[4，3-c][1，11，4]二氧杂-氮杂环十九基(azacyclononadecine)-9-腈、(±)-19，20-二氢-19-氧代-5H-18，21-桥亚乙基(ethano)-12，14-桥亚乙烯基(etheno)-6，10-桥亚甲基(metheno)-22H-苯并[d]咪唑[4，3-k][1，6，9，12]-氧杂三氮杂-环十八基(cyclooctadecine)-9-腈、19，20-二氢-19-氧代-5H，17H-18，21-桥亚乙基-6，10：12，16-二桥亚甲基-22H-咪唑[3，4-h][1，8，11，14]氧杂三氮杂环-二十烷-9-腈和(±)-19，20-二氢-3-甲基-19-氧代-5H-18，21-桥亚乙基-12，14-桥亚乙烯基-6，10-桥亚甲基-22H-苯并[d]咪唑[4，3-k][1，6，9，12]氧杂-三氮杂环十八基(cyclooctadecine)-9-腈。

“HMG-CoA还原酶抑制剂”指3-羟基-3-甲基戊二酰基-CoA-还原酶的抑制剂。在一些实施方式中，对HMG-CoA还原酶具有抑制活性的化合物容易通过已知的分析鉴定。术语“HMG-CoA还原酶抑制剂”和“HMG-CoA还原酶的抑制剂”当在本文使用时具有相同的意思。

在一些实施方式中，使用的HMG-CoA还原酶抑制剂的实例包括但不限于：洛伐他汀

辛伐他汀帕伐他丁

氟伐他汀

阿伐他汀

和西立伐他汀(也称为西立伐他汀钠和

)。在一些实施方式中，用于本方法的这些和另外的HMG-CoA还原酶抑制剂的结构式在M.Yalpani，“Cholesterol Lowering Drugs”，Chemistry & Industry，pp.85-89(Feb.5，1996)的第87页和美国专利号4,782,084和4,885,314中描述。本文使用的术语HMG-CoA还原酶抑制剂包括所有的药学可接受的内酯和开环酸形式(open-acid forms)(即，其中内酯环被打开以形成游离酸)，以及具有HMG-CoA还原酶抑制活性的化合物的盐和酯形式，因此这样的盐、酯、开环酸和内酯形式的应用旨在被包括在内。

在一些实施方式中，在其中开环酸形式存在的HMG-CoA还原酶抑制剂中，盐和酯形式由开环酸形成，并且所有这些形式被包括在本文使用的术语“HMG-CoA还原酶抑制剂”的含义内。在一些实施方式中，HMG-CoA还原酶抑制剂选自洛伐他汀和辛伐他汀。在一个实施方式中，HMG-CoA还原酶抑制剂是辛伐他汀。

在本文中，对于HMG-CoA还原酶抑制剂，术语“药学上可接受的盐”指使用的化合物的无毒盐，其通常通过将游离酸与适当的有机或无机碱反应而制备，其特别是由阳离子例如钠、钾、铝、钙、锂、镁、锌、和四甲铵形成的，以及由胺例如氨水、乙二胺、N-甲基葡萄糖胺(methylglucamine)、赖氨酸、精氨酸、鸟氨酸、胆碱、N，N′-二苄乙烯二胺、氯普鲁卡因、二乙醇胺、普鲁卡因、N-苄基苯乙胺(benzylphenethylamine)、1-p-氯苄基-2-吡咯烷-1′-基-甲基苯并咪唑、二乙胺、哌嗪和三(羟基甲基)氨基甲烷形成的那些盐。在其它实施方式中，HMG-CoA还原酶抑制剂的盐形式的进一步实例包括但不限于醋酸盐、苯磺酸盐、苯甲酸盐、碳酸氢盐、硫酸氢盐、洒石酸氢盐、硼酸盐、氢溴酸盐、钙氢氧化物(calcium hydroxyl)、樟脑磺酸盐、碳酸盐、盐酸盐、克拉维酸钾、柠檬酸盐、二氢氯化物、氢氧化物(hydroxyl)、乙二磺酸盐、丙酸酯月桂硫酸盐(estolate)、乙磺酸盐、延胡索酸盐、葡庚糖酸盐、葡糖酸盐、谷氨酸盐、对α-羟乙酰氨基苯砷酸盐(glycollylarsanilate)、己基间苯二酚盐(hexylresorcinate)、哈胺(hydrabamine)、氢溴化物、氢氯化物、羟萘酸盐(hydroxynapthoate)、碘化物、异硫代硫酸盐(isothionate)、乳酸盐、乳糖醛酸盐、月桂酸盐、苹果酸盐、马来酸盐、扁桃酸盐、甲磺酸盐、甲基硫酸盐、粘酸盐、萘磺酸盐、硝酸盐、油酸盐、乙二酸盐、双羟萘酸盐(pamaote)、棕榈酸盐、泛酸盐(panthothenate)、磷酸盐/二磷酸盐、聚半乳糖醛酸盐、水杨酸盐、硬脂酸盐、碱式醋酸盐、琥珀酸盐、丹宁酸盐、酒石酸盐、茶氯酸盐(teoclate)、甲苯磺酸盐、三乙基碘和戊酸盐。

在其它实施方式中，描述的HMG-CoA还原酶抑制剂化合物的酯衍生物作为前体药物发挥作用，其当被吸收到恒温动物的血流中去时，用这种方式切割：释放药物形式和允许药物提供改善的治疗效能。

HIV蛋白酶抑制剂的实例包括安泼那韦、阿巴卡韦、CGP-73547、CGP-61755、DMP-450、印地那韦、那非那韦、替拉那韦、利托那韦、沙奎那韦、ABT-378、AG 1776和BMS-232，632。逆转录酶抑制剂的实例包括地拉韦定(delaviridine)、依法韦仑、GS-840、HB Y097、拉米夫定、奈韦拉平、AZT、3TC、ddC和ddl。已经报道，HIV蛋白酶抑制剂例如印地那韦或沙奎那韦具有有效的抗血管生成活性并且促进卡波西肉瘤的退行。

“血管发生抑制剂”指抑制新血管形成的化合物，不管机制如何。血管发生抑制剂的实例包括但不限于：酪氨酸激酶抑制剂例如酪氨酸激酶受体Flt-1(VEGFR1)和Flk-1/KDR(VEGFR20)的抑制剂，表皮源的、成纤维细胞源的或血小板源的生长因子的抑制剂，MMP(基质金属蛋白酶)抑制剂，整联蛋白阻滞剂，干扰素-α，白细胞介素-12，戊聚糖多硫酸酯(pentosan polysulfate)，环氧合酶抑制剂，其包括非甾体抗炎药(NSAIDs)如阿司匹林和布洛芬，以及选择性环氧合酶-2抑制剂如塞来考昔、伐地考昔和罗非考昔，羧胺三唑(carboxyamidotriazole)，考布他汀A-4A、角鲨胺、6-O-氯乙酰基-羰基)-烟霉醇(fumagillol)，沙利度胺，血管他丁，肌钙蛋白-1，血管紧张素II拮抗剂和VEGF的抗体。

血管发生抑制剂的其它实例包括但不限于内皮他丁、ukrain、豹蛙酶、IM862、5-甲氧基-4-[2-甲基-3-(3-甲基-2-丁烯基)环氧乙基]-1-氧杂螺[2，5]辛-6-基(氯乙酰基)氨基甲酸酯、acetyldinanaline、5-氨基-1-[[3，5-二氯-4-(4-氯苯甲酰基)苯基]-甲基]-1H-1，2，3-三唑-4-甲酰胺、CM101、角鲨胺、考布他汀、RP14610、NX31838、硫酸化磷酸甘露戊糖酯(sulfated mannopentose phosphate)、7，7-(羰基-二[亚氨基-N-甲基-4，2-吡咯并羰基-亚氨基[N-甲基-4，2-吡咯]-羰基亚氨基]-二-(1，3-萘二磺酸酯)和3-[(2，4-二甲基吡咯-5-基)亚甲基]-2-吲哚酮(SU5416)。

“细胞增殖和存活信号途径抑制剂”指抑制细胞表面受体和那些表面受体下游的信号转导级联的药剂。这样的药剂包括下列抑制剂：EGFR的抑制剂(例如吉非替尼(gefitinib)和埃罗替尼(erlotinib))、ERB-2的抑制剂(例如曲妥单抗)、IGFR的抑制剂、CD20的抑制剂(利妥昔单抗)、细胞因子受体的抑制剂、MET的抑制剂、PDK抑制剂(例如LY294002)、丝氨酸/苏氨酸激酶(包括但不限于Akt的抑制剂，例如在(WO 03/086404、WO 03/086403、WO 03/086394、WO 03/086279、WO02/083675、WO 02/083139、WO 02/083140和WO 02/083138中所描述的)、Raf激酶的抑制剂(例如BAY-43-9006)、MEK的抑制剂(例如CI-1040和PD-098059)和mTOR的抑制剂(例如Wyeth CCI-779和AriadAP23573)。这些药剂包括小分子抑制剂化合物和抗体拮抗剂。

“凋亡诱导剂”包括但不限于TNF受体家族成员(包括TRAIL受体)的活化剂。

“干扰细胞周期检查点的药剂”指抑制转导细胞周期检查点信号的蛋白质激酶的化合物，因此其使癌细胞对DNA损伤剂敏化。这样的药剂包括ATR、ATM、Chk1和Chk2激酶的抑制剂，和cdk和cdc激酶抑制剂，并且具体实例是7-羟基斯他菌素(staurosporin)、夫拉平度(flavopiridol)、CYC202(Cyclacel)和BMS-387032。

“干扰受体酪氨酸激酶(RTKs)的药剂”指抑制RTK的化合物，因此机制涉及肿瘤生成和肿瘤发展。这样的药剂包括但不限于酪氨酸激酶抑制剂，例如c-Kit、Eph、PDGF、Flt3和c-Met的抑制剂。进一步的药剂包括RTK的抑制剂。“酪氨酸激酶抑制剂”的实例包括但不限于N-(三氟甲基苯基)-5-甲基异噁唑-4-甲酰胺、3-[(2，4-二甲基吡咯-5-基)亚甲基)吲哚啉-2-酮、17-(烯丙基氨基)-17-脱甲氧基格尔德霉素、4-(3-氯-4-氟苯基氨基)-7-甲氧基-6-[3-(4-吗啉基)丙氧基]-喹唑啉、N-(3-乙炔基苯基)-6，7-二(2-甲氧基乙氧基)-4-氨基喹唑啉、BIBX1382、2，3，9，10，11，12-六氢-10-(羟基甲基)-10-羟基-9-甲基-9，12-环氧-1H-二吲哚[1，2，3-fg：3′，2′，1′-kl]吡咯并[3，4-i][1，6]苯并二氮芳辛-1-酮、SH268、染料木黄酮、ST1571、CEP2563、4-(3-氯苯基氨基)-5，6-二甲基-7-H-吡咯并[2，3-d]硫酸嘧啶甲酯(pyrimidinemethane sulfonate)、4-(3-溴-4-羟基苯基)氨基-6，7-二甲氧基喹唑啉、4-(4′-羟基苯基)氨基-6，7-二甲氧基喹唑啉、SU6668、SU11248、STI571A、N-4-氯苯基-4-(4-吡啶基甲基)-1-酞嗪胺和EMD121974。

HDAC抑制剂也可用于与血小板纤维蛋白原受体(GP Iib/IIIa)拮抗剂例如替罗非班联合，以抑制癌细胞转移。肿瘤细胞也通过凝血酶产生大量地活化血小板。该活化与VEGF的释放相关。VEGF的释放通过在附着到血管内皮的点增加外渗来提高转移(Amirkhosravi，1999，Platelets 10：285-292)。因此，在一些实施方式中，HDAC抑制剂与GP Iib/IIIa拮抗剂联合用以抑制转移。其他的纤维蛋白原受体拮抗体的实例包括阿昔单抗、依替巴肽、西拉非班、拉米非班、洛曲非班、色满非班和CT50352。

如上面使用的，“整联蛋白阻滞剂”指选择性拮抗、抑制或抵抗生理学配体与α_vβ₃整联蛋白结合的化合物，选择性拮抗、抑制或抵抗生理学配体与α_vβ₅整联蛋白结合的化合物，拮抗、抑制或抵抗生理学配体与α_vβ₃整联蛋白和α_vβ₅整联蛋白都结合的化合物，和拮抗、抑制或抵抗在毛细管内皮细胞上表达的特定整联蛋白(一种或多种)的活性的化合物。该术语也指α_vβ₆、α_vβ₈、α₁β₁、α₂β₁、α₅β₁、α₆β₁和α₆β₄整联蛋白的拮抗剂。该术语也指α_vβ₃、α_vβ₅、α_vβ₆、α_vβ₈、α₁β₁、α₂β₁、α₅β₁、α₆β₁和α₆β₄整联蛋白的任意组合的拮抗剂。

与抗癌化合物以外的化合物组合也包括在本方法中。例如，本发明要求的化合物和PPAR-γ(即，PPAR-gamma)激动剂和PPAR-δ(即，PPAR-delta)激动剂的组合可用于治疗某些恶性病。PPAR-γ和PPAR-δ是核过氧化物酶体增殖子-活化受体γ和δ。近来，PPAR-γ激动剂已被显示体外抑制VEGF的血管生成反应；曲格列酮和罗西格列酮顺丁烯二酸都抑制小鼠中视网膜新血管形成的发生。PPAR-γ激动剂和PPAR-γ/α激动剂的实例包括但不限于：噻唑烷二酮类(例如DRF2725、CS-011、曲格列酮、罗西格列酮和匹格列酮)、非诺贝特、吉非贝齐、氯苯丁酯、GW2570、SB219994、AR-H039242、JTT-501、MCC-555、GW2331、GW409544、NN2344、KRP297、NPO110、DRF4158、NN622、GI262570、PNU182716、DRF552926、2-[(5，7-二丙基-3-三氟甲基-1，2-苯并异噁唑-6-基)氧基]-2-甲基丙酸(在USSN 09/782,856中公开)和2(R)-7-(3-(2-氯-4-(4-氟苯氧基)苯氧基)丙氧基)-2-乙基色烷-2-羧酸。

在一些实施方式中，具有式(A)或式(I)的结构的化合物被用于与基因疗法联合治疗癌症。在其它实施方式中，基因疗法被用于递送任何肿瘤抑制基因。这样的基因的实例包括但不限于p53——其在一些实施方式中通过重组病毒介导的基因转移递送、Duc-4、NF-1、NF-2、RB、WT1、BRCA1、BRCA2、uPA/uPAR拮抗剂。

在其它实施方式中，具有式(A)或式(I)的结构的化合物也与固有多重耐药的抑制剂(MDR)联合施用，特别是与转运蛋白的高水平表达相关的MDR。这样的MDR抑制剂包括p-糖蛋白(P-gp)的抑制剂，例如LY335979、XR9576、OC144-093、R101922、VX853和PSC833(伐司朴达)。

在一些实施方式中，具有式(A)或式(I)的结构的化合物被用于与止吐剂结合以治疗恶心或呕吐，包括急性的、延迟的、晚期的和预期的(anticipatory)呕吐，其源于单独应用式(A)或式(I)的化合物或者与放射治疗联合应用式(A)或式(I)的化合物。在进一步的实施方式中，为了预防或治疗呕吐，将式(A)或式(I)的化合物与其他止吐剂联合，特别是神经激肽-1受体拮抗剂、5HT3受体拮抗剂例如昂丹司琼、格拉司琼、托烷司琼和扎托司琼、GABAB受体激动剂例如巴氯芬、皮质类固醇例如地卡特隆(地塞米松)、曲安奈德、曲安西龙(Aristocort)、鼻松、布地奈德(Preferid)、Benecorten或其它，例如在美国专利号2,789,118、2,990,401、3,048,581、3,126,375、3,929,768、3,996,359、3,928,326和3,749,712中公开的、抗多巴胺能药(antidopaminergic)例如吩噻嗪(例如丙氯拉嗪、氟奋乃静、硫利达嗪和甲砜达嗪)、灭吐灵或屈大麻酚。在一实施方式中，选自神经激肽-1受体拮抗剂、5HT3受体拮抗剂和皮质类固醇的止吐剂作为辅药施用以治疗或预防施用本发明的化合物导致的呕吐。

在其它实施方式中，具有式(A)或式(I)的结构的化合物也与可用于治疗贫血的药剂施用。这样的贫血治疗剂是，例如，持续的红细胞生成受体活化剂(例如红细胞生成素(epoetin)-α)。

在进一步的实施方式中，具有式(A)或式(I)的结构的化合物也与可用于治疗中性白细胞减少的药剂一起施用。这样的中性白细胞减少治疗剂是例如调节嗜中性粒细胞产生和功能的造血生长因子，例如人粒细胞集落刺激因子(G-CSF)。G-CSF的实例包括非格司亭。

在一些实施方式中，具有式(A)或式(I)的结构的化合物也与免疫增强药例如左旋咪唑、卡介苗、奥曲肽、异丙肌苷和日达仙一起施用。

在其它实施方式中，具有式(A)或式(I)的结构的化合物也可用于与下列药物结合治疗或预防包括骨癌在内的癌症：双膦酸盐(已知包括双膦酸盐、二膦酸盐、双膦酸和二膦酸)。二膦酸盐的实例包括但不限于：1-羟基-亚乙基-1，1-二膦酸(帝罗奈(Didronel))、氨羟二磷酸二钠(阿可达)、阿伦膦酸盐(福善美)、利塞膦酸盐(利塞膦酸钠(Actonel))、唑来磷酸(zoledronate)(择泰(Zometa))、伊班膦酸盐(伊班膦酸钠(Boniva))、伊卡膦酸盐或因卡膦酸二钠(cimadronate)、氯膦酸盐、EB-1053、米诺磷酸(minodronate)、奈立膦酸盐(neridronate)、吡膦酸盐(piridronate)和替鲁膦酸盐，包括其任何和所有的药学上可接受的盐、衍生物、水合物和混合物。

在进一步的实施方式中，具有式(A)或式(I)的结构的化合物也可用于与芳香酶抑制剂组合，治疗或预防乳腺癌。芳香酶抑制剂的实例包括但不限于：阿那曲唑、来曲唑和依西美坦。

在一些实施方式中，具有式(A)或式(I)的结构的化合物也可用于与siRNA或RNAi疗法组合治疗或预防癌症。

在一些其它的实施方式中，具有式(A)或式(I)的结构的化合物也可用于与诱导赘生细胞/瘤细胞终末分化的化合物组合治疗或预防癌症。适当的分化剂包括以下化合物：(a)极性化合物；(b)维生素D和视黄酸的衍生物；(c)类固醇激素；(d)生长因子；(e)蛋白酶；(f)肿瘤促进剂；和(g)DNA或RNA合成的抑制剂。

“DNA甲基转移酶抑制剂”指抑制DNA甲基转移酶酶引起的、在碱基的C-5位置的DNA碱基胞嘧啶的甲基化。这样的DNA甲基转移酶抑制剂的实例包括DNA甲基转移酶抑制剂，其包括5-氮杂胞嘧啶和

一般而言，抗肿瘤剂的实例包括微管稳定剂(例如紫杉醇(又名

)、多烯紫杉醇(又名

埃博霉素(epothilone)A、埃博霉素B、去氧埃博霉素A、去氧埃博霉素B或它们的衍生物)；微管破坏剂；烷化剂，抗代谢物；替尼泊甙(epidophyllotoxin)；抗肿瘤酶；拓扑异构酶抑制剂；丙卡巴肼；米托蒽醌；铂配位复合物；生物效应调节剂和生长抑制剂；激素/抗激素治疗剂和造血生长因子。

抗肿瘤剂的实例种类包括例如蒽环类抗生素药物家族、长春药属药物、丝裂霉素、博来霉素、细胞毒素核苷、紫杉烷、埃博霉素、盘皮海绵素(discodermolide)、蝶啶药物家族、diynenes和鬼臼毒素。那些种类中特别有用的成员包括例如阿霉素、洋红霉素、柔红霉素、氨基蝶呤、甲氨蝶呤、甲基叶酸、二氯-甲氨蝶呤、丝裂霉素C、泊非霉素、

5-氟尿嘧啶、6-巯基嘌呤、吉西他滨、阿糖胞甙、鬼臼毒素或鬼臼毒素衍生物例如秋水仙碱、依托泊苷、磷酸依托泊苷或鬼臼噻吩甙、美法仑、长春碱、长春新碱、异长春碱、长春地辛、环氧长春碱、紫杉醇等。其他有用的抗肿瘤剂包括雌氮芥、顺铂、卡铂、环磷酰胺、博来霉素、三苯氧胺、异环磷酰胺(ifosamide)、美法仑、六甲密胺、噻替派、阿糖胞苷、idatrexate、三甲曲沙、氮烯咪胺、L-天冬酰胺酶、喜树碱、CPT-11、托泊替康、ara-C、比卡鲁胺、氟他胺、亮丙瑞林、吡啶苯并吲哚(pyridobenzoindole)衍生物、干扰素和白细胞介素。在一些实施方式中，抗肿瘤剂是紫杉烷，和抗肿瘤剂是紫杉醇。放射治疗

放射疗法——也称为放射治疗，是使用电离辐射治疗癌症和其它疾病。电离辐射堆积能量，该能量通过损害细胞的遗传物质，损害或破坏被处理区域(“靶标组织”)的细胞，使这些细胞不可能继续生长。虽然辐射损害癌细胞和正常细胞两者，但是后者更能修复它们自身并恰当行使功能。在一些实施方式中，放射疗法被用于治疗局部化的实体瘤，例如皮肤癌、舌癌、喉癌、脑癌、乳腺癌、前列腺癌、结肠癌、子宫癌和/或宫颈癌。在一些实施方式中，其也用于治疗白血病和淋巴瘤(分别为血液形成细胞和淋巴系统的癌症)。

通常使用的一类放射治疗包括光子——能量“包”。X-射线、γ射线都是被用来治疗癌症的光子辐射。依靠它们具有的能量的量，射线被用来破坏体表或机体深处的癌细胞。在其它实施方式中，射线束的能量越高，射线进入靶标组织越深。

将辐射输送到癌细胞的另一技术是将放射性植入物直接置于肿瘤或体腔内。这被称为内放射疗法(短距离放射治疗、组织内照射和腔内照射是内放射疗法的类型)。使用内放射疗法，辐射剂量被集中在小的区域，并且患者入院数天。内放射疗法经常地被用于舌癌、子宫癌、前列腺癌、结肠癌和宫颈癌。

术语“放射疗法”或“离子辐射”包括所有形式的辐射，其包括但不限于α、β和γ辐射以及紫外线，其能直接地或间接地损害细胞或病毒的遗传物质。术语“辐射”指将目的样品暴露于电离辐射。具有或不具有同时的或相继的化学疗法的放射疗法是用于头和颈、乳腺、皮肤、肛门生殖器癌症和某些良性疾病例如瘢痕瘤、硬纤维瘤、血管瘤、动静脉畸形和组织细胞增多症X的有效形式。然而，治疗益处受到辐射和化学疗法诱导的粘膜上皮损伤和皮肤辐射综合征(CRS)的限制，其包括组织肿胀、粘膜炎、皮炎、脱皮和溃疡的急性反应，以及组织/皮肤纤维化、坏死和发生危急生命的肉瘤、鳞状和基底细胞癌的后遗症的长期影响。

提供的是使用至少一种组蛋白脱乙酰酶抑制剂减少至少一种其他治疗性处理引起的副作用的方法，所述副作用例如辐射诱导的正常组织纤维化或化疗诱导的组织坏死，并且本文提供的方法也与放射疗法和其他抗癌剂协同抑制肿瘤细胞生长。

又一方面是，具有式(A)或式(I)的结构的化合物连同化学剂施用，可以理解所述化学剂模拟放射线疗法的作用和/或通过与DNA直接接触发挥功能。在一些实施方式中，与式(A)或式(I)的化合物联合使用来治疗癌症的药剂包括但不限于顺式-二氨基二氯铂(II)(顺铂)、阿霉素、5-氟尿嘧啶、紫杉酚和拓扑异构酶抑制剂例如依托泊苷、鬼臼噻吩甙、依立替康和托泊替康。烷化剂包括但不限于BCNU、CCNU和MMS。交联剂包括但不限于顺铂和卡铂。

在一些实施方式中，术语“联合”存在为固定联合、部分联合/分开联合(kit-of-parts)或非固定联合，如下所述：

“固定联合”被定义为这样的联合：其中所述第一活性成分和所述第二活性成分共同存在于一个单位剂量中或单一实体中。“固定联合”的一个实例是药物组合物，其中所述第一活性成分和所述第二活性成分存在于同时施用的混合物中，例如在单一制剂中。“固定联合”的另一实例是药物联合，其中所述第一活性成分和所述第二活性成分存在于一个单位中而没有被混合。

“部分联合/分开联合”被定义为这样的联合：其中所述第一活性成分和所述第二活性成分存在于一个以上单位中。″部分联合″的一个实例是其中所述第一活性成分和所述第二活性成分分别存在的联合。在其它实施方式中，部分联合的组分被单独地、相继地、同时地、并行地或先后交错地施用。

提供的是药物组合物，其包含至少一种具有式(A)或式(I)的结构的化合物和第二活性成分以及任选地药学上可接受的载体或稀释剂，以在治疗中，例如在某些对组蛋白脱乙酰酶抑制应答的或对组蛋白脱乙酰酶抑制敏感的疾病，或易对凋亡诱导应答的(超)增殖性疾病和/或病症，例如瘤形成或本文描述的任何那些癌症疾病的治疗中单独地、相继地、同时地、并行地或先后交错地使用，其中所述第二活性成分是至少一种本领域已知的抗癌剂，例如上文提到的抗癌剂中的一种或更多种。

也提供的是联合产品，其包括：(a)至少一种具有式(A)或式(I)结构的化合物，其用药学上可接受的载体或稀释剂配制，和(b)至少一种本领域已知的抗癌剂，例如上文提到的抗癌剂中的一种或更多种，其用药学上可接受的载体或稀释剂配置。

也提供的是部分联合试剂盒(kit-of-parts)，其包含至少一种具有式(A)或式(I)的结构的化合物和药学上可接受的载体或稀释剂的配制物；以及第二活性成分——其是本领域已知的抗癌剂，例如上文提到的抗癌剂中的一种——和药学上可接受的载体或稀释剂的配制物；以在治疗中同时地、并行地、相继地、分开地或先后交错地使用。在进一步的实施方式中，所述试剂盒包括治疗使用说明书，例如治疗对组蛋白脱乙酰酶抑制应答或对组蛋白脱乙酰酶抑制敏感的疾病，例如细胞瘤形成或如本文所述的与细胞瘤形成不同的疾病，特别是癌症，例如本文描述的那些癌症疾病中的任意。

在一些实施方式中，通过本文提供的方法治疗的癌症包括但不限于：心脏：肉瘤(血管肉瘤、纤维肉瘤、横纹肌肉瘤、脂肉瘤)、粘液瘤、横纹肌瘤、纤维瘤、脂肪瘤和畸胎瘤；肺：支气管癌(鳞状上皮细胞、未分化的小细胞、未分化的大细胞、腺癌)、肺泡(细支气管)癌、支气管腺瘤、肉瘤、淋巴瘤、软骨错构瘤、间皮瘤；消化道：食道(鳞状细胞癌、腺癌、平滑肌肉瘤、淋巴瘤)、胃(癌、淋巴瘤、平滑肌肉瘤)、胰腺(导管腺癌、胰岛素瘤、胰高血糖素瘤、胃泌素瘤、类癌瘤、舒血管肠肽瘤)、小肠(腺癌、淋巴瘤、类癌瘤、卡波西肉瘤(Karposi′s sarcoma)、平滑肌瘤、血管瘤、脂肪瘤、纤维神经瘤、纤维瘤)、大肠(腺癌、管状腺瘤、绒毛状腺瘤、错构瘤、平滑肌瘤)；生殖泌尿道：肾(腺癌、维尔姆斯肿瘤[肾胚细胞瘤]、淋巴瘤、白血病)、膀胱和尿道(鳞状细胞癌、转移细胞癌、腺癌)、前列腺(腺癌、肉瘤)、睾丸(精原细胞瘤、畸胎瘤、胚胎性癌、畸胎癌、绒毛膜癌、肉瘤、间质细胞癌、纤维瘤、纤维腺瘤、腺瘤样瘤、脂肪瘤)；肝脏：肝细胞瘤(肝细胞癌)、肝胆管型肝癌、肝毒细胞瘤、血管肉瘤、肝细胞腺瘤、血管瘤；骨：骨原性肉瘤(骨肉瘤)、纤维肉瘤、恶性纤维组织细胞瘤、软骨肉瘤、尤因肉瘤、恶性淋巴瘤(网状细胞肉瘤)、多发性骨髓瘤、恶性巨细胞瘤、脊索瘤、osteochronfroma(骨软骨外生骨疣)、良性软骨瘤、成软骨细胞瘤、软骨粘液样纤维瘤(chondromyxofibroma)、骨样骨瘤和巨细胞瘤；神经系统：颅(骨瘤、血管瘤、肉芽瘤、黄色瘤、畸形性骨炎)、脑膜(脑膜瘤、神经纤维瘤、神经胶质瘤病)、脑(星形细胞瘤、成神经管细胞瘤、神经胶质瘤、室管膜瘤、胚组织瘤[松果体瘤]、多形性成胶质细胞瘤、少突神经胶质瘤、神经鞘瘤、视网膜母细胞瘤、先天肿瘤)、脊髓(纤维神经瘤、脑膜瘤、神经胶质瘤、肉瘤)；妇科：子宫(子宫内膜癌)、宫颈(宫颈癌、瘤前宫颈非典型增生(pre-tumor cervical dysplasia))、卵巢(卵巢癌[浆液性囊腺癌、粘液性囊腺癌、子宫内膜样肿瘤、celioblastoma、透明细胞癌、未分类癌(unclassified carcinoma)]、粒层-膜细胞肿瘤(granulosa-thecal cell tumors)、卵巢塞-莱二氏细胞瘤(Sertoli-Leydig celltumors)、无性细胞瘤、恶性畸胎瘤)、外阴(鳞状细胞癌、上皮内癌、腺癌、纤维肉瘤、黑素瘤)、阴道(透明细胞癌、鳞状细胞癌、葡萄状肉瘤[胚胎性横纹肌肉瘤])、输卵管(癌)；血液系统(Hematoloqic)：血(髓细胞性白血病[急性的和慢性的]、急性淋巴母细胞性白血病、慢性淋巴细胞性白血病、骨髓增生疾病、多发性骨髓瘤、骨髓增生异常综合征)、何杰金病、非何杰金淋巴瘤[恶性淋巴瘤]；皮肤：恶性黑色素瘤、基底细胞癌、鳞状细胞癌、卡波西肉瘤、痣(moles)、发育不良痣、脂肪瘤、血管瘤、皮肤纤维瘤、瘢痕瘤、牛皮癣；和肾上腺：成神经细胞瘤。

在一些实施方式中，在单一治疗或联合治疗中，使用具有式(A)或式(I)结构的化合物治疗急性髓细胞性白血病(AML)和/或急性淋巴细胞性白血病(ALL)。在一些实施方式中，除了癌症，具有式(A)或式(I)结构的化合物也有效对抗任何各种超增殖性(hyperproliferative)病症，其包括但不限于：自身免疫性疾病、关节炎、炎性肠病、医学过程后诱导的增殖，所述医学过程包括但不限于手术、血管成形术等。抗糖尿病剂

在一些实施方式中，其中对象遭受胰岛素不足(例如I型糖尿病)，对象被施用治疗有效量的HDAC抑制剂与一种或更多种其他抗糖尿病剂的联合(通过同一或分开的施用途径)。可用于与HDAC抑制剂联合的抗糖尿病剂的实例包括但不限于胰岛素促泌剂或胰岛素敏化剂或其他的抗糖尿病剂。这样的抗糖尿病剂包括例如双胍、磺酰脲、糖苷酶抑制剂、过氧化物酶体增殖子活化受体(PPAR)γ激动剂，例如噻唑烷二酮类、PPARα激动剂例如苯氧酸(fibric acid)衍生物、aP2抑制剂、二肽基肽酶IV(DP4)抑制剂、钠-葡萄糖协同转运蛋白2型(SGLT2)抑制剂、氯茴苯酸类、胰岛素和/或胰高血糖素样肽-1(GLP-1)。

在进一步的实施方式中，其他的抗糖尿病剂是口服抗高血糖药，例如双胍，例如二甲双胍或苯乙双胍或其盐。

在一些其它的实施方式中，其他抗糖尿病剂是磺酰脲，例如优降糖(又名格列本脲)、格列美脲(glimepirid)、格列吡嗪、格列齐特或氯磺丙脲，作用于ATP-依赖性胰腺β细胞通道的其他已知的磺酰脲类或其他的抗高血糖药。

在又另一实施方式中，抗糖尿病剂也是糖苷酶抑制剂，例如阿卡波糖或米格列醇。

在进一步的实施方式中，HDAC抑制剂与胰岛素敏化剂例如曲格列酮罗西格列酮、匹格列酮、MCC-555、GL-262570、恩格列酮(CP-68722)或达格列酮(CP-86325)、isaglitazone、JTT-501、L-895645、R-119702、NN-2344或YM-440联合使用。

在其它实施方式中，HDAC抑制剂与抗高血糖药例如胰岛素，或与胰高血糖素样肽-1(GLP-1)例如GLP-1(1-36)酰胺、GLP-1(7-36)酰胺、GLP-1(7-37)以及AC2993和LY-315902联合使用。

在另一实施方式中，其他抗糖尿病药是PPAR.α/γ双重激动剂，例如AR-HO39242、GW-409544、KRP297以及由Murakami等在″A NovelInsulin Sensitizer Acts As a Coligand for PeroxisomeProliferation--Activated Receptor α(PPARα)and PPAR γ.Effect on PPARαActivation on Abnormal Lipid Metabolism in Liver of Zucker FattyRats″，Diabetes 47，1841-1847(1998)中公开的那些。

在进一步的实施方式中，抗糖尿病药是SGLT2抑制剂。

在又一实施方式中，抗糖尿病药是αP2抑制剂，例如在美国申请序列号09/391,053和美国临时申请号60/127,745中公开的那些，其使用如本文公开的那些剂量。

在另一实施方式中，抗糖尿病药是DP4抑制剂，例如在下列文献中公开的：临时申请60/188,555、WO99/38501、WO99/46272、WO99/67279(PROBIODRUG)、WO99/67278(PROBIODRUG)、WO99/61431(PROBIODRUG)、NVP-DPP728A(1-[[[2-[(5-氰基吡啶-2-基)氨基]乙基]氨基]乙酰基]-2-氰基-(S)-吡咯烷)、(色氨酰-1，2，3，4-四氢-异喹啉-3-羧酸、2-氰基吡咯烷(2-cyanopyrrolidides)和4-氰基吡咯烷，其使用在上述参考文献中列出的剂量。生长激素促泌剂

在另一实施方式中，HDAC抑制剂与一种或更多种生长激素促泌剂联合使用，所述生长激素促泌剂包括但不限于精氨酸、L-3，4-二羟基苯丙氨酸(1-多巴)、胰高血糖素、抗利尿激素、PACAP(垂体腺苷酸环化酶激活肽)、毒蕈碱性受体激动剂和合成的六肽、GHRP(生长激素释放肽)。其他适应症

在进一步的实施方式中，HDAC抑制剂用于癌症以外的疾病，其包括系统性红斑狼疮、类风湿性关节炎、炎性疾病和神经变性疾病例如杭廷顿舞蹈病。

在一些实施方式中，本文提供的方法和药物组合物用于下列适应症：(i)关节病和骨病理学疾病(osteopathological diseases)，例如类风湿性关节炎、骨关节炎、痛风、多关节炎和牛皮癣性关节炎；(ii)自身免疫疾病，例如系统性红斑狼疮和移植排斥；(iii)超增殖性疾病，例如牛皮癣或平滑肌细胞增殖，包括血管增生性病症、动脉粥样硬化和再狭窄；(iv)急性和慢性炎性疾病和皮肤病，例如溃疡性结肠炎、克罗恩病、过敏性鼻炎、过敏性皮炎、囊性纤维化、慢性阻塞性支气管炎和哮喘；(v)子宫内膜异位、子宫纤维瘤、子宫内膜增生和良性前列腺增生；(vi)心脏机能障碍；(vii)抑制免疫抑制病症，如HIV感染；(viii)服从于通过在基因疗法中增强内源基因表达以及增强转基因表达治疗的病理状况；(ix)神经病理性病症，如帕金森病、阿尔茨海默病或多聚谷氨酰胺相关的病症。

一般地，待被本文提供的方法治疗的神经变性病症被如下分组：I.在不存在其他显著神经体征的情况下以进行性痴呆为特征的病症，例如阿尔茨海默氏病、阿尔茨海默型的老年性痴呆；和皮克氏病(脑叶萎缩)；II.结合进行性痴呆和其他显著神经异常的综合症，例如(A)主要在成人中出现的综合症(例如杭廷顿舞蹈病、结合痴呆和共济失调和/或帕金森氏病表现的多系统萎缩症、进行性核上性麻痹(Progressive supranuclear palsy)(斯-里-奥三氏综合症(Steel-Richardson-Olszewski))、弥漫性莱维小体病(diffuse Lewybody disease)和皮质齿状核黑质(corticodentatonigral)变性)；和(B)主要在儿童或青年人中出现的综合症(例如哈-斯-克二氏病和进行性家族性肌阵挛性癫痫)；III.逐渐发展的姿势和运动异常综合症，例如震颤麻痹(帕金森氏病)、纹状体黑质变性、进行性核上性麻痹、变形性肌张力不全(扭转痉挛；变形性肌张力障碍)、痉挛性斜颈和其他运动障碍、家族性震颤和吉累斯·德拉图雷特综合症；IV.进行性共济失调综合症，例如小脑变性(例如小脑皮质退化和橄榄体脑桥小脑萎缩(OPCA))；和脊髓小脑变性(弗里德赖希共济失调和相关的病症)；V.中枢自主神经系统衰竭综合症(香-德二氏综合征)；VI.肌肉虚弱和消瘦(muscular weakness and wasting)而无感觉变化的综合症(运动神经元疾病例如肌萎缩性侧索硬化、脊髓性肌萎缩(例如婴儿型脊髓性肌萎缩(韦-霍二氏病)、少年型脊髓性肌萎缩(III型脊肌萎缩症(Wohlfart-Kugelberg-Welander))和其它形式的家族性脊髓性肌萎缩)、原发性侧索硬化和遗传性痉挛性截瘫；VII.结合肌肉虚弱和消瘦与感觉变化的综合症(进行性神经性肌萎缩症；慢性家族性多神经病)例如腓骨肌肉萎缩(夏-马-图三氏病)、肥大间隙多神经病(代-索二氏病)和慢性进行性神经病的混杂形式；VIII.进行性视觉损失综合症，例如视网膜色素变性(色素性视网膜炎)和遗传性视神经萎缩(利伯氏病(Leber′s disease))。

在其它实施方式中，本文提供的方法和药物组合物也可用于抑制平滑肌细胞增殖和/或迁移，并且因此可用于例如在血管成形术和/或支架植入之后预防和/或治疗再狭窄。

实施例

给出以下配制物和实例以更清楚地理解和实践本文描述的方法和药物组合物。它们不被认为限制说明书的范围，而仅仅是说明性的和代表性的。生物学实施例实施例1：抑制HDAC

使用96孔分析平板，在100μL反应体积中进行测量。反应缓冲液(50mM HEPES、100mM KCl、0.001％吐温-20、5％DMSO、pH7.4)中的HDAC-1(200pM终浓度)与不同的浓度的抑制剂混合，并使其温育30分钟，其后加入胰蛋白酶和乙酰基-Gly-Ala-(N-乙酰基-Lys)-AMC分别至50nM和25μM的终浓度，以开始反应。在不存在抑制剂情况下，进行阴性对照反应，一式八份。

在荧光平板读出器中监测反应。30分钟滞后时间之后，使用355nm的激发波长和460nm的检测波长在30分钟时限内测量荧光。荧光随时间的增加被用作反应率的量度。使用程序BatchKi(Kuzmic等，2000，Anal.Biochem.286：45-50)获得抑制常数。

研究表明曲古抑菌素A——异羟肟酸组蛋白脱乙酰酶抑制剂，展示随药物剂量增加组蛋白乙酰化增加。然而，先前的研究提供在相对小剂量的HDAC抑制剂后组蛋白乙酰化增加的证据。参见例如，Buggy等2006，Mol.Cancer Ther.，5：1309-17。本文描述的化合物在相对最小剂量的化合物和治疗期间下提供接近最大组蛋白乙酰化。实施例2：抑制细胞提取物中的HDAC

将60μg/ml的HeLa核提取物(供应商：Biomol)和2×10^-8M的放射性标记的肽底物一起温育。作为测量HDAC活性的底物，使用合成肽即组蛋白H4的氨基酸14-21。底物在NH₂-末端部分用6-氨基己酸间隔物生物素化，并且在COOH-端部分用酰胺基保护，特别是在赖氨酸16位置上[³H]乙酰化。底物生物素-(6-氨基己酸)-Gly-Ala-([³H]-乙酰基-Lys-Arg-His-Arg-Lys-Val-NH₂)，被加入含有25mM Hepes、1M蔗糖、0.1mg/ml BSA和0.01％Triton X-100、pH7.4的缓冲液中。30分钟后，通过加入HCl和乙酸终止脱乙酰反应。(终浓度分别为0.035mM和3.8mM)。停止反应后，用乙酸乙酯提取游离³H-乙酸盐。在混合和离心后，上面(有机)相的等分试样中的放射性在β计数器中计算。

对于每一个实验，对照(包含HeLa核提取物和DMSO，而没有化合物)、空白温育(包含DMSO但没有HeLa核提取物或化合物)、和样品(包含溶于DMSO的化合物和HeLa核提取物)被并行运行。在第一实例中，在10^-5M浓度下，检测化合物。当化合物显示10^-5M下活性时，产生浓度反应曲线，其中化合物在10^-5M和10^-12M之间的浓度下测验。在每个试验中，从对照和样品值减去空白值。对照样品表现100％的底物脱乙酰。对于每一样品，放射性被表示为对照的平均值的百分比。在适当时，使用用于分级数据(graded data)的概率分析计算IC₅₀值(用来将代谢物的量减少至对照的50％所需的药物浓度)。在一些实施方式中，试验化合物的作用被表示为pIC₅₀(IC₅₀值的负log值)。实施例3：体外细胞增殖分析

在体外式(A)或式(I)的化合物抑制肿瘤细胞生长的能力如下确定：

HCT116结肠癌和其它细胞系的储用培养物被保持在37℃、5％CO₂湿润气氛中的RPMI培养基1640中，所述RPMI 1640包含10％(v/v)胎牛血清、2mM L-谷氨酰胺、1mM丙酮酸钠、50单位/ml的青霉素和50μg/ml的链霉素。在75-cm²的培养瓶中，培养细胞，并且每3到4天建立传代培养，以使细胞不超过90％汇合。

通过胰酶消化(0.05％胰蛋白酶/0.53mM EDTA)收获HCT116细胞，进行增殖分析，在培养基中洗涤两次，重悬浮在适当体积的培养基中，然后使用血细胞计数器计数。以100μl将细胞以5,000细胞/孔的密度接种在96孔平底板的孔中。在37℃下，使细胞粘附1.5到2小时。

10mM储备溶液的化合物在DMSO中稀释。从60μM溶液开始，在96孔U型底板的孔中，在含有0.6％DMSO的培养基中进行连续3-倍稀释(一式三份)。在稀释完成后，将100μl的每种化合物稀释物(一式三份)转入包含100μl培养基中细胞的96孔平板的指定的三个孔中。在分析平板中，化合物的剂量-反应的终浓度范围为0.12到30μM。对照孔(细胞没有被处理)接受100μl的培养基中的0.6％DMSO。含有没有细胞的培养基的孔作为背景孔。将细胞与化合物在37℃、湿润CO₂培养箱中培养48和72小时。

在加入产荧光氧化还原指示剂Alamar Blue^TM(BioSourceInternational)后，通过测量荧光评价细胞增殖。在温育期结束前3到4小时，将10μl的Alamar Blue^TM加入到96孔平板(一个或多个)的每个孔中。分析平板在荧光平板读出器(激发，530nM；发射，620nM)中读数。通过绘制对照荧光百分数对化合物浓度对数的图，确定化合物的GI₅₀值(在该浓度下，肿瘤细胞的生长被抑制50％)。实施例4：确定对A2780细胞的抗增殖活性

在补充有2mM L-谷氨酰胺、50μg/ml庆大霉素和10％胎牛血清的RPMI 1640培养基中，培养人A2780卵巢癌细胞。在37℃、湿润5％CO₂气氛中，细胞被常规保持为单层培养物。使用胰蛋白酶/EDTA溶液，在1∶40的分传比下，每周一次传代细胞。所有培养基和补充物从Life Technologies获得。如使用基因探针支原体组织培养试剂盒(Gen-Probe Mycoplasma Tissue Culture kit)(BioMrieux)确定，细胞不含支原体污染。

在NUNC^TM96孔培养板(Life Technologies)中接种细胞，并且使其粘附到塑料过夜。用于铺板的密度为每孔1500个细胞，每孔有200μl培养基的总体积。细胞粘附于平板之后，更换培养基，并且加入药物和/或溶剂至200μl的终体积。温育4天后，用200μl新鲜培养基替换培养基，并且使用基于MTT的分析来评估细胞密度和存活。向每一孔中加入25μl MTT溶液，并且在37℃下进一步温育细胞2小时。然后小心吸取培养基，并且通过加入25μl甘氨酸缓冲液，然后加入100μl的DMSO溶解蓝色MTT-甲

产物。在微量培养板摇床上摇动微量测试板10分钟，并且使用Emax 96孔分光光度计(Sopachem)测量在540nm下的吸光度。在实验中，每一实验条件的结果是3个重复孔的均值。为了最初筛选的目的，在10^-6M的单一固定浓度下检测化合物。对于活性化合物，重复实验以建立全部浓度反应曲线。

对于每一实验，对照(不含药物)和空白温育(不含细胞或药物)被并行运行。从对照和样品值减去空白值。对于每一实验，细胞生长的均值(以吸光度单位表示)被表示为对照的细胞生长的均值的百分比。在适当时，使用用于分级数据的概率分析(Finney，D.J.，Probit Analyses，2nd Ed.Chapter 10，Graded Responses，Cambridge University Press，Cambridge 1962)计算IC₅₀值(用来将细胞生长减少至对照的50％所需的药物浓度)。在其它实施方式中，测试化合物的作用被表示为pIC₅₀(IC₅₀值的负log值)。实施例5：原发造血系统肿瘤和肿瘤系对HDAC抑制剂敏感性的机制

检测具有式(A)或式(I)结构的测试化合物在源自B-、T-的多种造血细胞系和髓细胞样恶性肿瘤中抑制生长和诱导细胞凋亡。在药物浓度≤0.125μM下，注意到生长抑制和细胞凋亡，并且伴随已知的HDAC抑制的生化标记，所述标记包括组蛋白和微管蛋白高度乙酰化。与这些结果一致，Olive等发现，在相对狭窄的药物浓度范围内对指数生长的SiHa宫颈癌细胞和WiDr结肠癌细胞使用HDAC抑制剂导致最大的生长抑制。这些结果与其他的异羟肟酸盐例如辛二酰苯胺异羟肟酸(SAHA)——其是剂量依赖性的——相反。参见Olive等，2007，Clin.Cancer Res.，13(22)。在造血系统疾病的动物异种移植模型中，测试化合物也是有活性的。测试化合物在动物模型和人中具有良好的药物动力学和药效动力学曲线。为了表示测试化合物在血液学肿瘤中潜在的临床应用，原发性白血病样品从患者分离，并筛查在体外对测试化合物的抗性。在这些19个原发性样品(10个急性骨髓性白血病(AML)和9个急性淋巴细胞性白血病(ALL))中，他们一些来源于标准治疗失败的患者，没有一个对0.5uM的测试化合物具有抗性，并且仅有2个(1个AML和1个ALL)在50nM下考虑具有抗性。使用DNA微阵列从这些原发性肿瘤进行的基因表达分析显示，基因表达的改变与HDAC抑制一致，并且限定该化合物在这些肿瘤中潜在的活性通道。生化分析这些通道中的几个，结果指出：尽管有许多共同特性，但是诱导细胞凋亡的不同机制在不同的细胞系和原发肿瘤中是有效的。

这些结果表明，测试化合物在造血系统肿瘤源的细胞系中，在体外以及体内临床前模型中是高效。而且，原发性白血病肿瘤对用测试化合物体外治疗的高敏感性连同在人中预测的药物动力学提示，在一些实施方式中，患有造血系统恶性肿瘤特别是AML和ALL的患者对在临床中用HDAC抑制剂治疗高度响应。实施例6：HDAC抑制剂抑制同源重组和RAD51病灶的破坏

为了研究具有式(A)或式(I)结构的测试化合物对双链断裂修复(DSBR)的具体作用，我们评价具有改变的DNA修复通道——其来源于遗传改变或小分子抑制剂——的细胞系。缺乏Ku86——非同源末端连接(NHEJ)中的关键蛋白质——的CHO细胞(xrs5)在用不同剂量的测试化合物处理后，通过产克隆存活进行分析。xrs5细胞系表明当与亲本CHO-K1细胞系相比时，产克隆存活减少8倍。相反，同源重组(HR)有缺陷的细胞系例如BRCA1突变细胞显示没有这样的差异。使用1，5-异喹啉二醇(IQD)——其失活碱基切除修复蛋白质聚ADP核糖聚合酶(PARP)——产生损伤，所述损伤被认为由HR修复。与测试化合物联合给予IQD于Ramos细胞对细胞死亡产生协同效应，如通过膜联蛋白V/碘化丙啶阳性细胞所测量的。总之，这些结果表明测试化合物通过特异性抑制HR行使作用。这些结果与Olive等的研究一致，表明本文描述的组蛋白脱乙酰酶抑制剂没有表现影响非同源末端连接，如修复动力学的初速度没有改变所证明的。

为了进一步研究这一问题，我们通过蛋白质印迹法和免疫荧光分析RAD51HR中的必需蛋白质——的水平。在将HCT116细胞暴露于剂量范围0.2μM到2.0μM的测试化合物后，在24小时，RAD51水平减少到对照的20％，但是在6小时保持没有变化。实时PCR分析表明，在HCT116细胞和DLD-1细胞中RAD51转录物水平也减小。最后，在γ照射后，可见RAD51核病灶。用0.2μM的测试化合物预处理导致完全抑制RAD51病灶形成和从核完全排除RAD51。

这些观测表明，测试化合物通过下调RAD51基因表达以及也通过影响细胞在损伤位置形成RAD51病灶的能力而抑制HR。这些观测表明，在一些实施方式中，与产生HR修复的损伤的治疗剂例如γ照射、顺铂和奥沙利铂联合使用的具有式(A)或式(I)结构的化合物显示使用RAD51作为预测临床效力的生物标志物的有用性。实施例7：与HDAC抑制剂的抗增殖作用相关的生物标志物

式(A)或式(I)化合物对HCT116细胞增殖的抗增殖作用在AlamarBlue^TM荧光测定中分析，如deFries和Mitsuhashi(1995)所述。简言之，将HCT116细胞(每孔5000个，在100μl中)铺在96孔板中的完全培养基(RPMI培养基1640，其含有10％(v/v)胎牛血清、2mM L-谷氨酰胺、1mM丙酮酸钠)中。来自20mM储备溶液的测试化合物在DMSO中稀释。从60μM溶液开始，在含有0.6％DMSO的培养基中进行连续稀释，所述培养基在96孔U型底板的孔中(一式三份)。在稀释完成后，将100μl的每种化合物稀释物(一式三份)转入包含100μl培养基中细胞的96孔平板的指定的三个孔中。对照孔(细胞没有被处理)接受100μl的培养基中的0.6％DMSO。在每个孔中的DMSO终浓度为0.3％。含有没有细胞的培养基的孔作为背景孔。将细胞与测试化合物培养48小时。

在加入产荧光氧化还原指示剂Alamar Blue^TM(BioSourceInternational)后，通过测量荧光评价细胞增殖。在温育期结束前4小时，将10μl的Alamar Blue^TM加入到96孔平板(一个或多个)的每个孔中。分析平板在荧光平板读出器(激发，530nM；发射，620nM)中读数。通过绘制百分比对照荧光对测试化合物浓度对数的图，确定GI₅₀值(在该浓度下，肿瘤细胞的生长被抑制50％)。

接下来，确定达到GI₅₀所需的暴露时间。简言之，将HCT116细胞铺在96孔板中，如对增殖分析所描述的，并且用测试化合物(0.3％最终DMSO浓度)对HCT116细胞脉冲处理不同的时间长度，洗涤，然后在不含药物的培养基中温育，持续48小时的分析时期，并计算GI₅₀值。

为了理解与测试化合物的抗增殖作用相关的生化事件，确定乙酰化微管蛋白、磷酸-H2AX细胞角蛋白18片段氨基酸387-397的细胞水平。重要地是，乙酰化微管蛋白是HDAC抑制的标记，而磷酸-H2AX和细胞角蛋白18片段氨基酸387-397是细胞凋亡的早期标记。

出于该目的，在24孔平板中，用增加浓度的测试化合物(0.01μM、0.1μM、0.5μM、5μM和10μM；0.2％最终DMSO浓度)对HCT116细胞脉冲不同的时间长度(即，5分钟、15分钟、1小时、2小时、6小时、12小时和18小时)。处理后，收集细胞，并在含有蛋白酶和磷酸酶抑制剂的M-Per裂解缓冲液(Pierce)中，按照制造商的说明书裂解细胞。将溶胞产物(20ug总蛋白)溶解在SDS-PAGE还原样品缓冲液中，煮沸并在16％的Tris-甘氨酸凝胶(Invitrogen)中电泳。然后，将该凝胶印迹在硝酸纤维素(nikocellulose)上(22um膜；Invikogen)，并且用单克隆抗乙酰化微管蛋白抗体(克隆6-1lB-1；Sigma)或多克隆抗磷酸-H2AX抗体(目录编号：2577，磷酸-组蛋白H2AX、Ser139抗体；Cell Signaling)对其探测。然后，将用抗乙酰化微管蛋白抗体探测的印迹与抗小鼠过氧化物酶偶联第二抗体(Pierce)一起温育，并且用SuperSignal WestFemto Maximum Sensitivity Substrate(Pierce)，按照制造商的说明书对印迹显色进行增强的化学发光。然后，将用抗磷酸-H2AX抗体探测的印迹与过氧化物酶偶联抗兔第二抗体一起温育，并且用SuperSignal WestPico试剂盒(Pierce)，按照制造商的说明书对印迹显色进行增强的化学发光。对于细胞角蛋白18片段氨基酸387-397的检测，使用M30Apoptosense ELISA试剂盒(Peviva，Sweden，Alexis Biochemicals发送)，其中，细胞溶胞产物(5fig总蛋白)按照制造商的说明书评估。实施例8：与HDAC抑制剂的抗肿瘤反应相关的早期生物标志物

为了理解与具有式(A)或式(I)结构的测试化合物的抗增殖作用相关的早期生化事件，确定磷酸-H2AX的细胞水平。重要地是，磷酸-H2AX是细胞凋亡的早期标志物。在将测试化合物施用到HCT116和HeLaS3细胞后，确定γ-H2AX的累积——其为抗肿瘤反应的早期指示。

为了更好地理解γ-H2AX在较早时间点的累积，两个细胞系HCT-116和HeLaS3用HDAC抑制剂测试化合物进行处理，并且通过蛋白质印迹法和细胞免疫荧光监测γ-H2AX。HCT-116和HeLaS3细胞都在24孔皿或4孔腔室玻片中的完全培养基(对HCT116，使用McCoy，和10％FBS和1x青霉素/链霉素，对HeLaS3使用与10％FBS、2mML-谷氨酰胺和1x青霉素/链霉素1∶1混合的DME/Ham F12)中生长过夜(18小时)，然后用来自DMSO中的mM储备溶液的测试化合物进行处理，以在孔中达到0、0.1、1、3或10μM的终浓度。细胞与化合物温育生长一小时或者两小时，此时，除去培养基，并用磷酸盐缓冲盐水(PBS)洗涤细胞一次。对于蛋白质印迹分析，将来自加热和未处理细胞的溶胞产物(20μg总蛋白)进行电泳，并印迹到PVDF上，用1∶1000稀释的多克隆抗磷酸-H2AX抗体(购自Cell Signaling)探测印迹。然后，将印迹与1∶10,000稀释的抗兔IgG HRP偶联的第二抗体一起温育，并显色进行增强的化学发光检测。对于细胞免疫荧光染色，用PBS洗涤处理的细胞一次，并用1∶500稀释的单克隆抗磷酸-H2AX抗体(来自Upstate)染色固定和透化处理的细胞。然后，将玻片与1∶2000稀释的抗小鼠IgG AF488(来自Molecular Probes)温育，并用具有DAPI的Profound Gold Anti-fade封片(mount)，进行免疫荧光成像。实施例9：人细胞的免疫荧光染色

不同细胞的单层培养物在补充有10％胎牛血清和抗体的Dulbecco′s MEM培养基中生长。通过温和的胰蛋白酶消化从培养瓶分离细胞，将其沉淀并重悬于37℃下预热的磷酸盐缓冲盐水(PBS；136mM NaCl，2mM KCl，10.6mM NaHPO₄，1.5mM KH₂PO₄[pH 7.3])中(Haaf，et al.，1995，Proc.Natl.Acad.Sci.USA 92：2298-2302)。洗涤培养的细胞，并重悬于PBS中。将PBS中体细胞的密度调整到约10⁵个细胞/ml。在Cytospin(Shandon，Pittsburg)中，以800rpm在清洁载玻片上离心细胞悬液的等分试样(0.5ml)4分钟。在细胞离心后，立刻将载玻片固定在-20℃甲醇中30分钟，然后浸入冰冷丙酮数秒，以透化细胞进行抗体染色。用PBS洗涤三次后，将配制物在37℃、湿润培养箱中与兔抗HsRad51抗血清——用含有0.5％牛血清白蛋白的PBS 1∶50稀释——一起温育30分钟。洗涤载玻片三次，每次持续10分钟，然后与用PBS 1∶20稀释的异硫氰酸荧光素(FITC)-偶联的抗-兔IgG温育30分钟。用PBS洗涤3次后，用4′，6-二脒基-2-苯基吲哚(DAPI；0.1ug/ml，进行1分钟)复染配制物，并且在antifade{90％(vol/vol)甘油/0.1m tris-HCl pH8.0)/2.3％1，4-重氮二环[2.2.2]辛烷(DABCO)}中封片。

用具有热-电子冷却的电荷耦合器件(CCD)照相机(型号PM512；Photometrics，Tucson，Ariz)的Zeiss落射荧光显微镜拍摄图像，其由Apple Macintosh计算机控制。使用用于荧光素和DAPI的滤光片组分别捕获灰度源图象。将灰度源图象伪彩图处理，并且使用Oncor Image和Adobe Photoshop软件合并。尽管使用CCD成像系统，但是用眼镜通过显微镜清楚地看见所有的抗体信号。不同细胞系的免疫染色表明HsRad51被集中在遍及核质的小的和不连续的位置(病灶)，并且大量地从核仁和细胞质排除。实施例10：通过蛋白质印迹法检测RAD51蛋白的表达水平

为了通过蛋白质印迹法确定蛋白质水平，如下制备细胞提取物。通过刮术(scraping)收获细胞；用PBS洗涤，并通过离心沉淀。用200μl含蛋白酶抑制剂的B3缓冲液在4℃摇动重新悬浮细胞沉淀(来自100mm平板)10分钟，并在4℃、12,000rpm下在Tomy微量离心机中离心10分钟。为了制备1升B3缓冲液，将1ml的NP-40、50ml的5M NaCl、10ml的0.5ml EDTA、50ml的1M TrisHCl——pH7.5，加入到889mldH₂O中。细胞收获的那天，将蛋白酶抑制剂加入到B3缓冲液(抑酞酶、亮肽酶素和抑胃酶肽分别为2μg/ml、5μg/ml和0.7μg/ml的终浓度)。保留上清液用于蛋白质印迹分析。通过Bradford Assay(BioRad；Richmond，Calif.)确定样品蛋白质浓度。一般而言，通过在120V、150mAmp下在10％SDS-聚丙烯酰胺微型胶(Mini Protean II，BioRad；Richmond，Calif.)上电泳1.5小时，分离50μg的蛋白质。通过在15V、40mAmp下，使用Trans-Blot SD Semi-dry Transfer Cell(BioRad；Richmond，Calif.)转移15分钟，将蛋白质转移到硝酸纤维素(Protran硝酸纤维素，Schleicher and Schuell；Keene，N.H.)。在4℃下，PBS/0.2％Triton X-100中的5％牛奶中，过夜进行硝酸纤维素滤膜的封闭。最小的封闭时间是10分钟。丢弃液体，并且加入5ml的抗-RAD51多克隆抗体(Ab 1，来自Oncogene Research Products，Calbiochem；Cambridge，Mass.；以1∶500稀释)。

室温下，摇动纤维硝酸膜1小时，在含有0.2％Triton X-100的Tris缓冲盐水溶液(TBS)中，洗涤3次，5分钟，并再次用含0.2％TritonX-100的TBS中的5％牛奶封闭10分钟。将二抗(对于抗RAD51抗体，是1∶1000稀释的山羊抗兔抗体)加入含0.2％Tritan x-100和牛奶的新鲜TBS中，并且摇动20-40分钟，用含有0.2％Triton X-100的TBS洗涤3次，10分钟。使用Super Signal(Pierce；Rockford，Ill.)，根据试剂盒方案，对蛋白质印迹显影。暴露于Kodak X-OMAT AR膜10秒至1分钟。另外的方法：

蛋白质印迹分析：细胞系[所有NHL，除了Jurkat(T-细胞白血病)和K562(CML)]用PCI-24781处理指定的次数，并进行裂解，量化总蛋白，并进行蛋白质印迹分析。RAD51和肌动蛋白抗体得自Santa Cruz。

Taqman基因表达分析：10种淋巴瘤细胞系用PCI-24781处理不同的时间，并且分离和量化总RNA。使用Taqman master mix(AppliedBiosystems)和50ng总RNA作为模板，建立Taqman分析。用于RAD51的基因表达分析探针组购自Applied Biosystems。

膜联蛋白V染色：为了确定在HCT 116细胞中PCI-24781和PARP抑制剂PJ34之间潜在的协同作用，在用特定剂量的药剂单独或联合治疗96小时后，使用膜联蛋白V染色评价细胞毒性。Calcusyn程序(Biosoft)被用于产生确定在这两种药物之间存在协同作用、加合性或拮抗作用的联合指数(combination index)。

原发性肿瘤的组织微阵列：来自西北大学病理学档案中心(Northwestern University Pathology Core archives)的FL和DLBCL样品的最初诊断的经固定和石蜡包埋的组织学组织经IRB批准用来制造TMAs。含有5微米切片的载玻片用小鼠抗-Rad51 mAB(#NA71，Calbiochem，San Diego，CA)染色，使用DakoCytomation EnVision+System(DakoCorporation，Carpinteria，CA)进行处理，并且由病理学家使用ACIS II装备计算机的显微镜进行评分。实施例11：淋巴瘤中的基线RAD51表达

通过蛋白质印迹法检测非何杰金淋巴瘤(NHL)细胞系(参见图3)，并且所有细胞系表达RAD51蛋白质，在HH——皮肤T-细胞淋巴瘤细胞系——中具有最低水平。实施例12：3-((二甲氨基)甲基)-N-(2-(4-(羟基氨基甲酰基)苯氧基)乙基) 苯并呋喃-2-甲酰胺抑制通过同源重组进行的DNA修复和敏化

3-((二甲氨基)甲基)-N-(2-(4-(羟基氨基甲酰基)苯氧基)乙基)苯并呋喃-2-甲酰胺抑制通过同源重组进行的DNA修复，并通过下调RAD51使细胞对照射和DNA损伤剂敏化，如图2中所示，图2中是在体外以及体内(没有示出)、在HCT-116结肠肿瘤系中的24小时RAD51mRNA(左图)和蛋白质(右图)水平。3-((二甲氨基)甲基)-N-(2-(4-(羟基氨基甲酰基)苯氧基)乙基)苯并呋喃-2-甲酰胺预处理24小时也导致在照射的HCT-116细胞的核中完全失去RAD51病灶(没有示出；参见Adimoolam et al.2007，PNAS epub Nov.27，该实验通过引用并如本文)。实施例13：RAD51组织微阵列

图4中描述的组织微阵列显示在多种原发性淋巴瘤肿瘤中的RAD51过量表达。在来自含有229个原发肿瘤切片(138个滤泡性淋巴瘤和91个DLBCL)的组织微阵列(TMA)的人DLBCL肿瘤样品中，通过免疫组织化学染色显示RAD51表达。在TMA中每种肿瘤类型的78％的样品表达中到高水平的RAD51。实施例14：在淋巴瘤细胞系中下调RAD51蛋白质

用3-((二甲氨基)甲基)-N-(2-(4-(羟基氨基甲酰基)苯氧基)乙基)苯并呋喃-2-甲酰胺处理非何杰金细胞系24小时，在检测的大多数细胞系中显示剂量依赖性方式的RAD51蛋白质水平下调。HH细胞系显示最小的作用(参见图5)。实施例15：定量RT-PCR分析测定的RAD51转录物下调

用3-((二甲氨基)甲基)-N-(2-(4-(羟基氨基甲酰基)苯氧基)乙基)苯并呋喃-2-甲酰胺处理细胞系24小时，通过Taqman RT-PCR分析RAD51mRNA。发现在大多数细胞系中，3-((二甲氨基)甲基)-N-(2-(4-(羟基氨基甲酰基)苯氧基)乙基)苯并呋喃-2-甲酰胺下调RAD51mRNA表达超过两倍(参见图6)；根据蛋白质印迹分析，HH细胞系显示RAD51没有减少。实施例16：3-((二甲氨基)甲基)-N-(2-(4-(羟基氨基甲酰基)苯氧基)乙基) 苯并呋喃-2-甲酰胺诱导凋亡

48小时温育后，在淋巴癌细胞系中，3-((二甲氨基)甲基)-N-(2-(4-(羟基氨基甲酰基)苯氧基)乙基)苯并呋喃-2-甲酰胺诱导细胞凋亡，这通过膜联蛋白V-FITC流式细胞仪进行测量。在除HH淋巴瘤系外的所有细胞系中观察到凋亡性细胞死亡的剂量依赖性增加；在所有系中，在24小时，也观察到低水平的细胞凋亡(参见图7)。RAD51表达水平下降，在药物治疗后超过70％凋亡的五个细胞系的每一个也显示RAD51mRNA超过4倍的减少。相反地，HH系——其具有最小百分比的凋亡——具有最低预处理水平的RAD51，并在在处理后具有最小的减少。因此，肿瘤中RAD51的最初水平以及处理后的减少倍数对于3-((二甲氨基)甲基)-N-(2-(4-(羟基氨基甲酰基)苯氧基)乙基)苯并呋喃-2-甲酰胺活性是预测性的，并且在一些实施方式中被用作鉴定患者最可能对3-((二甲氨基)甲基)-N-(2-(4-(羟基氨基甲酰基)苯氧基)乙基)苯并呋喃-2-甲酰胺响应的临床研究中的生物标志物。实施例17：RAD51表达生物标志物与凋亡的相关性

通过不同的方法，测量3-((二甲氨基)甲基)-N-(2-(4-(羟基氨基甲酰基)苯氧基)乙基)苯并呋喃-2-甲酰胺诱导的RAD51的下调与凋亡百分比的相关性。图8A显示蛋白质印迹测量的基线RAD51表达水平。在用3-((二甲氨基)甲基)-N-(2-(4-(羟基氨基甲酰基)苯氧基)乙基)苯并呋喃-2-甲酰胺处理的细胞中，测量到RAD51蛋白减少(参见图8B)。据确定，用3-((二甲氨基)甲基)-N-(2-(4-(羟基氨基甲酰基)苯氧基)乙基)苯并呋喃-2-甲酰胺处理后RAD51蛋白质和mRNA减少与凋亡百分比相关(参见图8C)。另外，发现mRNA表达和凋亡百分比的相关性，如在图8D的相关性图中所示。实施例18：HDAC抑制剂和阿霉素的处理

同时施用3-((二甲氨基)甲基)-N-(2-(4-(羟基氨基甲酰基)苯氧基)乙基)苯并呋喃-2-甲酰胺和阿霉素的联合在非何杰金细胞系、DHL-4和DLCL2中显示协同作用，但是在HH细胞系中低于加和(additives)，在其中RAD51水平是低的，并且没有被3-((二甲氨基)甲基)-N-(2-(4-(羟基氨基甲酰基)苯氧基)乙基)苯并呋喃-2-甲酰胺减小。

在整个说明书、权利要求书和附图中，已经描述许多实施方式。然而，在一些实施方式中，应该理解进行多种改变而没有背离说明书的精神和范围。因此，其他的实施方式在以下权利要求书的范围内。

Claims (2)

1.(a)治疗有效量的至少一种抑制RAD51的活性、破坏RAD51病灶的形成、或破坏用于DNA同源重组的功能性修复复合物的装配的药剂，其中所述药剂是3-((二甲氨基)甲基)-N-(2-(4-(羟基氨基甲酰基)苯氧基)乙基)苯并呋喃-2-甲酰胺；和

(b)能够损伤细胞DNA的药剂；

在制备用于治疗其中RAD51过量表达的疾病、病症或状况的药物中的用途，其中所述疾病、病症或状况是癌症。

2.一种用于治疗其中RAD51过量表达的疾病、病症或状况的药物组合物，其中所述疾病、病症或状况是癌症，该组合物包括：

(a)第一包衣，用于治疗有效量的至少一种药剂的第一释放，所述药剂抑制RAD51的活性、破坏RAD51病灶的形成、或破坏用于DNA同源重组的功能性修复复合物的装配，其中所述药剂是3-((二甲氨基)甲基)-N-(2-(4-(羟基氨基甲酰基)苯氧基)乙基)苯并呋喃-2-甲酰胺；和

(b)第二包衣，用于能够损伤细胞DNA的药剂的第二释放。

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