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RとBioconductorでNGS解析: 第1時限 Rの基礎 はじめに この文章は統合データベース講習会：AJACSみちのく2「RとBioconductorを使ったNGS解析」の講義資料です。 この文章の著作権は二階堂愛にあります。ファイルのダウンロード、印刷、複製、大量の印刷は自由におこなってよいです。企業、アカデミアに関わらず講義や勉強会で配布してもよいです。ただし販売したり営利目的の集まりで使用してはいけません。ここで許可した行為について二階堂愛に連絡や報告する必要はありません。常に最新版を配布したいのでネット上での再配布や転載は禁止します。ネット上でのリンクはご自由にどうぞ。内容についての問い合わせはお気軽にメールしてください。 対象 ここでは、本講義を理解する上で知っておきたい、Rの基本的な使いかたについて解説する。対象とするのはプログラミング初心者でRを利用したことがない人が
Using R Markdown with RStudio R includes a powerful and flexible system (Sweave) for creating dynamic reports and reproducible research using LaTeX. Sweave enables the embedding of R code within LaTeX documents to generate a PDF file that includes narrative and analysis, graphics, code, and the results of computations. However, in some cases the preferred output format for a report is a web page r
knitr Elegant, flexible, and fast dynamic report generation with R Overview Inspired by Sweave, the knitr package was designed to be a transparent engine for dynamic report generation with R, and combine features in other add-on packages into one package (knitr ≈ Sweave + cacheSweave + pgfSweave + weaver + animation::saveLatex() + R2HTML::RweaveHTML() + highlight::HighlightWeaveLatex() + 0.2 * bre
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