Crossbow is a scalable software pipeline for whole genome resequencing analysis. It combines Bowtie, an ultrafast and memory efficient short read aligner, and SoapSNP, and an accurate genotyper. These tools are combined in an automatic, parallel pipeline that runs in the cloud (Elastic MapReduce in this case) on a local Hadoop cluster, or on a single computer, exploiting multiple computers and CPU
いくらなんでも大きすぎ、史上最大の翼竜「ハツェゴットプテリンクス」…「飛ぶことができた」と研究グループ 1 名前： すずめちゃん(神奈川県) 投稿日：2009/01/09(金) 22:56:15.00 ID:bggXRGtO ?PLT いくらなんでも大きすぎ、史上最大の翼竜「ハツェゴットプテリンクス」 【Technobahn 2009/1/8 20:27】画像はジョンホプキンス大学の研究グループが再現した6500万年前の白亜紀に存在していたとされている史上最大の翼竜「ハツェゴットプテリンクス（Hatzegotpteryx）」（右側）を現代人と比べた比較図。 左側に描かれている一般的な翼竜でさえ、翼幅はセスナ機ほどあり、実際には飛ぶ ことはできなかった、とマジメに主張する研究者が居る程だ。 このハツェゴットプテリンクスに至ってはあまりにも大きすぎるため、人だと比較対象 にならないと思ったのか
親から受け継ぎたくない遺伝ランキング・ワースト10 好む好まざるに関わらず、親から受け継ぐ遺伝というのは人生につきまといます。 母親に似て美人だとか、父親の高い知能を受けついだとか、もらう遺伝子はいいものばかりでもありません。 こんな遺伝子は受け継ぎたくないワースト１０が記事になっていたのでご紹介します。 １０．ハゲ 男性に多いハゲですが、いまだなぜ薄くなってゆくのはしっかりとは解明されていません。もちろん遺伝が成すとも言われますが、親からの受け継ぐ数個の異常な遺伝子の組み合わせによって起こるとされています。 余談ですが、親も親戚も一同にハゲていて、子供の頃から大人になったら絶対にハゲると確信した私の知人は、研究に研究を重ね（どんなのかは教えてくれませんでした）予防に早くからハゲみ、彼一人いつまでたってもふさふさでした。親戚中で「なぜお前だけハゲないのか」と何度も聞かれたそうです。遺伝を環
お酒には同じ度数・同じ量を飲んでも二日酔いになりやすいお酒となりにくいお酒があるそうです。そこで問題、以下のお酒を二日酔いしやすい順に並べ替えてください。 （赤ワイン・白ワイン・ブランデー・ウィスキー・ウォッカ・ジン・ラム・エタノール） 詳細は以下から。Hangovers -- Calder 314 (7073): 2 -- BMJ 正解は、ブランデー・赤ワイン・ラム・ウィスキー・白ワイン・ジン・ウォッカ・エタノールの順。 これは1973年に20人に対し行われた実験の結果で、各酒類1銘柄ずつしか試されていないのですが、一般的に色が着いたお酒より無色のお酒の方が二日酔いしにくいと覚えておくとよいかもしれません。 純粋なエタノールが一番二日酔いしにくいと聞くと意外な気がするかもしれませんが、この実験ではウォッカとエタノールでは20人中2人に軽い頭痛が起きたのみだったとのこと。エタノールよりも、
最新の研究により、砂糖は実験動物の脳に対し多くの依存性薬物と同様の効果をおよぼし、砂糖依存症を起こすという新たな証拠が提示されました。 詳細は以下より。Animal Studies Show Sugar Can Be Addictive プリンストン大学のBart Hoebel教授らは数年間にわたりラットを使った砂糖依存症の研究（pdf)を行ってきました。これまでに依存の3大兆候のうち2つ（摂取量の増加および離脱症状）が確認されていましたが、今回渇望と再燃が確認され、依存の診断基準がそろったとのこと。 「砂糖の過剰摂取が本当に依存の一種だとすれば、砂糖依存者の脳に対する持続的な効果があるはずだ。渇望と再燃は依存の決定的な要素であり、わたしたちはラットにおいてさまざまな方法でこの渇望と再燃の発現を証明することができた」と語るHoebel教授。 実験では砂糖の多量摂取を習慣づけたラットに一定期
「たった1種の細菌からなる生態系」、地下約3.2kmの水中で発見 2008年10月15日 サイエンス・テクノロジー コメント： トラックバック (0) Alexis Madrigal ムポネン金鉱山のトンネル内部 Courtesy Anglo Gold 南アフリカにある鉱山の地中、熱く暗い水[リリースによると、摂氏60度]の中、世界で最も孤独な生物種が発見された。 これまでに生物学者が調査の手を伸ばした地球上の場所では、例外なく生物たちが共同体を構築していた。ところがこのほど、1種の細菌のみで構成される生態系が見つかったことが、9日(米国時間)に発表された。 他のあらゆる既知の生態系では、生命の主要な機能――エネルギーや炭素、窒素といった元素を環境から取り込むこと――は、さまざまな種の生物によって分担されている。しかし、ムポネン金鉱山の地下約3.2キロメートルの水中では、Desulforu
重金属を好んで食べ、無害化する「スーパーミミズ」が発見される 1 名前： 証券ディーラー(東京都) 投稿日：2008/10/09(木) 18:23:04.16 ID:1lwyTgOd ?PLT 有害廃棄物をエサにする“スーパーミミズ”が見つかった。 新たに進化した種とみられており、汚染された工業用地の 浄化に役立つ可能性もあるという。 イギリスのイングランド地方やウェールズ地方などにある 鉱区の土壌から、鉛、亜鉛、砒素、銅などの重金属を好んで 食べる“ヘビーメタル・マニア”のミミズが発見された。 新たに見つかったミミズは摂取した金属を若干異なる形に変えてから排泄する。 排泄物は元の金属よりも植物が吸い上げやすい形状であり、植物に吸収させた上で 刈り取れば土壌を浄化すること（ファイトレメディエーション）も望めるという。 この研究を率いるイギリスのレディング大学のマーク・ハドソン氏は、「信じら
「人工生命」を作る研究(1)：自己複製する原始細胞モデル(動画) 2008年9月10日 サイエンス・テクノロジー コメント： トラックバック (0) Alexis Madrigal 原始細胞のモデル Photo: Janet Iwasa 生物学者と化学者の研究チームが、生きていない物質に生命をもたらす局面に近づきつつある。 といっても、フランケンシュタインのようなものではない。ハーバード大学医学部のJack Szostak教授(分子生物学)が率いる研究室では、ほとんど生命と呼べるような単純な細胞モデルを作成中だ。 Szostak教授が作成している原始細胞は、脂肪の分子を基にしたもので、この分子は、複製のためのソースコードが含まれる核酸の断片を取り込むことができる。太陽や化学反応から得られる外部エネルギーを利用する過程と組み合わせることによって、これらの分子から、生命の条件を満たすような
医学分野においてオープンソース・ソフトウェアが活躍する場は多いと思われる。元々医学知識を論文で発表し、相互理解を深める場があったからだろうか。高度な知識を共有することで、医学全体の発展に役立っているのだろう。 PubMedを検索できる そんな医学に関する文献を検索できるデータベースがPubMedだ。1949年以降の文献が詰まったデータベースは膨大な数のデータが揃っている。それを上手に扱うためのソフトウェアがこれだ。 今回紹介するフリーウェアはiPapers、PubMedフロントエンドだ。ソースコードは公開されているが、ライセンスは明記されていなかったのでご注意いただきたい。 iPaperと、何ともライトな名前がついているが、医学文献データベースのフロントエンドとなると途端に雰囲気が重たくなる。iPapersはぱっと見た目ではiTunesのiTMSのような雰囲気で文献を管理できるようになって
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