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その正体は人類たる第18使徒リリンを生み出した始祖。
ぶっちゃけて言うと地球上全ての生命体の母である。
アダムと同じくリリスは 『第一始祖民族』 と呼ばれる生命の起源をばらまく存在の1人で、アダムが『生命の実』を持つのに対してリリスは『知恵の実』を持った存在である。

生命の種が落ちるのは1つの星につき1つのみと決められていたが、リリスは自身が持つ『知恵の実』のみならず『生命の実』を奪い取る事を画策し、『生命の実』を持つアダムに目を付ける。
最初に地球に到着したのはアダムであり、アダムが自分たちの新たなカタチとして15体の使徒を産んだ後、地球にはアダムの持つ『生命の実』を狙いアダムを追ってきたリリスの卵たる『黒き月』を運ぶ天体が衝突。
これを ジャイアントインパクト (ファーストインパクト)と呼び、アダム及び使徒達は活動を停止してしまう。リリスの黒き月は将来、日本の箱根となる場所に落下、リリス自体も地中深くに沈んでしまった。
しかしリリスの体液たるL.C.Lが原始の地球に流出し、原始の海に流れ、化学反応を起こし、『生命のスープ』となる。
そうして海から原始生命が誕生し、絶滅と進化を繰り返した果てに生まれたのが知恵の実の継承者にして地球で最も繁栄した 『人類』 なのである。
人類がA.T.フィールドを失うとL.C.Lへ還元されるが、これは人類がリリスの子であることの証明である。

使徒がリリスに接触してしまうと、サードインパクトが起きるため人類はエヴァンゲリオンを開発、黒き月の上に第3新東京市を建造し、ジオフロントにNERV本部を建設した上でリリスを守っている。

ゲーム『新世紀エヴァンゲリオン2』では黒き月の落下場所は今で言う南極付近とされ、さらに諸々の固有名詞は死海文書を第一始祖民族語から地球語に翻訳したゼーレ(新世紀エヴァンゲリオン)の先祖が己の教義に当てはめて命名したとされており、
死海文書で「アダム」と呼ばれていたのは元々こちらの方で、劇中でアダムと呼ばれている使徒の発見時にプレート移動を計算に入れていなかったために誤解されたことが示唆されている。

また碇ゲンドウが語る死海文書外典にも登場する。スクロール最後に10体の影の前で、12枚の翼を持ち輪っかのような物を掲げている人が中央にいるが、これがリリスである。…本編の姿とあまりに違う？それはそうだが、こちらは紀元前に現実世界で製作された大きなレリーフで「バーニーの浮彫」というリリスを象った物ではないかと言われているレリーフが存在すし、そこからの引用である。
さらに最終盤、ゴルゴダオブジェクトに存在する空想上のエヴァンゲリオンたる、 『エヴァンゲリオン・イマジナリー』 が黒いリリスの姿で登場した他、アディショナルインパクト発動時には旧劇場版のような巨大な綾波レイの姿で登場した。
時代の進歩なのかより鮮明になったCGによって旧劇場版の頃より遥かに不気味な姿になっている。
（しかも腕と頭が胴体から分離して浮いている。）

空白の14年間において人類が進化した姿であるエヴァンゲリオン・インフィニティを全て白い女性のマネキンのような姿に変え、最終的に12枚の羽を広げて全ての人類をエヴァインフィニティに同化させるアディショナルインパクトを完遂する。
最終的にミサトの特攻によってガイウスの槍がシンジへと届けられた為、全てにケリをつけようとするシンジによって補完計画は完遂直前で終わり、エヴァイマジナリーも全てのインフィニティを人の姿に戻して自壊した。