TWI832808B - 中和抗tl1a之單株抗體 - Google Patents

Abstract

本文描述用於治療發炎性腸病(inflammatory bowel disease，IBD)、克羅恩氏病(Crohn's Disease，CD)、潰瘍性結腸炎(ulcerative colitis，UC)及醫學上難治性潰瘍性結腸炎(medically refractory-ulcerative colitis，MR-UC)之方法及醫藥組合物。特定言之，所揭示者係適用於治療IBD之抗TL1A抗體。

Description

中和抗TL1A之單株抗體

發炎性腸病(inflammatory bowel disease；IBD)係指引起胃腸道中之發炎病況之腸病之集合。IBD之主要類型為潰瘍性結腸炎(ulcerative colitis；UC)及克羅恩氏病(Crohn’s Disease；CD)。此等疾病很普遍，全球約18.6億人診斷有UC，且全球約130萬人診斷有CD。不幸地，有限的療法可用於IBD患者，且新穎治療法之開發受到臨床試驗中未達最佳化結果的阻礙。因此，需要新穎的治療法以治療IBD。

本發明提供適用於治療IBD之抗體。在一個態樣中，提供與TL1A多肽特異性結合之抗體或抗原結合片段。在一些實施例中，抗體或抗原結合片段包含：含有SEQ ID NO: 6-8之互補決定區(CDR)之重鏈及含有SEQ ID NO: 14-16之互補決定區(CDR)之輕鏈。在一些實施例中，抗體或抗原結合片段包含：含有SEQ ID NO: 22-24之互補決定區(CDR)之重鏈及含有SEQ ID NO: 30-32之互補決定區(CDR)之輕鏈。在一些實施例中，抗體或抗原結合片段為：單株抗體、嵌合抗體、CDR移植抗體、人類化抗體、Fab、Fab'、F(ab')2、Fv、二硫鍵聯之Fv、scFv、單域抗體、雙功能抗體、多特異性抗體、雙重特異性抗體、抗個體基因型抗體、雙特異性抗體或其組合。其他實施例提供包含治療有效量之抗體或抗原結合片段，及醫藥學上可接受之載劑之醫藥組合物。其他實施例提供一種治療有需要之個體之發炎性腸病之方法，該方法包含向個體投與治療有效量之抗體或抗原結合片段。在一些實施例中，發炎性腸病包含克羅恩氏病、潰瘍性結腸炎、醫學上難治性潰瘍性結腸炎或其組合。在一些實施例中，在向個體投與抗體或抗原結合片段之前，個體過度表現TL1A。在一些實施例中，個體包含與發炎性腸病相關之風險變異體(risk variant)。 在另一態樣中，本文提供包含以下之多肽：一或多個選自由以下組成之群之互補決定區：SEQ ID NO: 6、SEQ ID NO: 7、SEQ ID NO: 8、SEQ ID NO: 14、SEQ ID NO: 15、SEQ ID NO: 16、SEQ ID NO: 22、SEQ ID NO: 23、SEQ ID NO: 24、SEQ ID NO: 30、SEQ ID NO: 31及SEQ ID NO: 32。 在另一態樣中，本文提供與參考抗體結合至相同人類TL1A區之抗體或抗原結合片段，其包含SEQ ID NO: 6-8之重鏈互補決定區(CDR)及SEQ ID NO: 14-16之輕鏈互補決定區(CDR)。在一些實施例中，參考抗體包含SEQ ID NO: 5之重鏈可變域及SEQ ID NO: 13之輕鏈可變域。在一些實施例中，抗體或抗原結合片段為：單株抗體、嵌合抗體、CDR移植抗體、人類化抗體、Fab、Fab'、F(ab')2、Fv、二硫鍵聯之Fv、scFv、單域抗體、雙功能抗體、多特異性抗體、雙重特異性抗體、抗個體基因型抗體、雙特異性抗體或其組合。其他實施例提供包含治療有效量之抗體或抗原結合片段，及醫藥學上可接受之載劑之醫藥組合物。其他實施例提供一種治療有需要之個體之發炎性腸病之方法，該方法包含向個體投與治療有效量之抗體或抗原結合片段。在一些實施例中，發炎性腸病包含克羅恩氏病、潰瘍性結腸炎、醫學上難治性潰瘍性結腸炎或其組合。在一些實施例中，在向個體投與抗體或抗原結合片段之前，個體過度表現TL1A。在一些實施例中，個體包含與發炎性腸病相關之風險變異體。 在另一態樣中，本文提供與參考抗體結合至相同人類TL1A區之抗體或抗原結合片段，其包含SEQ ID NO: 22-24之重鏈互補決定區(CDR)及SEQ ID NO: 30-32之輕鏈互補決定區(CDR)。在一些實施例中，參考抗體包含SEQ ID NO: 21之重鏈可變域及SEQ ID NO: 29之輕鏈可變域。在一些實施例中，抗體或抗原結合片段為：單株抗體、嵌合抗體、CDR移植抗體、人類化抗體、Fab、Fab'、F(ab')2、Fv、二硫鍵聯之Fv、scFv、單域抗體、雙功能抗體、多特異性抗體、雙重特異性抗體、抗個體基因型抗體、雙特異性抗體或其組合。其他實施例提供包含治療有效量之抗體或抗原結合片段，及醫藥學上可接受之載劑之醫藥組合物。其他實施例提供一種治療有需要之個體之發炎性腸病之方法，該方法包含向個體投與治療有效量之抗體或抗原結合片段。在一些實施例中，發炎性腸病包含克羅恩氏病、潰瘍性結腸炎、醫學上難治性潰瘍性結腸炎或其組合。在一些實施例中，在向個體投與抗體或抗原結合片段之前，個體過度表現TL1A。在一些實施例中，個體包含與發炎性腸病相關之風險變異體。 在另一態樣中，本文提供包含具有SEQ ID NO: 7之肽之組合物。在一些實施例中，組合物進一步包含一或多個選自SEQ ID NO: 6、8及14-16之肽。其他實施例提供一種治療患有發炎性腸病之個體之方法，該方法包含向個體投與有效量之組合物。 在另一態樣中，本文提供包含具有SEQ ID NO: 23之肽之組合物。在一些實施例中，組合物進一步包含一或多個選自SEQ ID NO: 22、24及30-32之肽。其他實施例提供一種治療患有發炎性腸病之個體之方法，該方法包含向個體投與有效量之組合物。 在另一態樣中，本文提供一種治療有需要之個體之發炎性腸病之方法，該方法包含向個體投與有效量之抗TL1A抗體，其限制條件為個體在TNFSF15基因座處包含一或多個風險變異體，且其限制條件為抗TL1A抗體包含含有SEQ ID NO: 6-8之互補決定區(CDR)之重鏈及含有SEQ ID NO: 14-16之互補決定區(CDR)之輕鏈。在一些實施例中，抗TL1A抗體為：單株抗體、嵌合抗體、CDR移植抗體、人類化抗體、Fab、Fab'、F(ab')2、Fv、二硫鍵聯之Fv、scFv、單域抗體、雙功能抗體、多特異性抗體、雙重特異性抗體、抗個體基因型抗體、雙特異性抗體或其組合。在一些實施例中，發炎性腸病包含克羅恩氏病、潰瘍性結腸炎、醫學上難治性潰瘍性結腸炎或其組合。 在另一態樣中，本文提供一種治療有需要之個體之發炎性腸病之方法，該方法包含向個體投與有效量之抗TL1A抗體，其限制條件為個體在TNFSF15基因座處包含一或多個風險變異體，且其限制條件為抗TL1A抗體包含含有SEQ ID NO: 22-24之互補決定區(CDR)之重鏈及含有SEQ ID NO: 30-32之互補決定區(CDR)之輕鏈。在一些實施例中，抗TL1A抗體為：單株抗體、嵌合抗體、CDR移植抗體、人類化抗體、Fab、Fab'、F(ab')2、Fv、二硫鍵聯之Fv、scFv、單域抗體、雙功能抗體、多特異性抗體、雙重特異性抗體、抗個體基因型抗體、雙特異性抗體或其組合。在一些實施例中，發炎性腸病包含克羅恩氏病、潰瘍性結腸炎、醫學上難治性潰瘍性結腸炎或其組合。 在另一態樣中，本文提供一種治療有需要之個體之發炎性腸病之方法，該方法包含向個體投與有效量之抗TL1A抗體，其限制條件為個體過度表現TL1A，且其限制條件為抗TL1A抗體包含含有SEQ ID NO: 6-8之互補決定區(CDR)之重鏈及含有SEQ ID NO: 14-16之互補決定區(CDR)之輕鏈。在一些實施例中，抗TL1A抗體為：單株抗體、嵌合抗體、CDR移植抗體、人類化抗體、Fab、Fab'、F(ab')2、Fv、二硫鍵聯之Fv、scFv、單域抗體、雙功能抗體、多特異性抗體、雙重特異性抗體、抗個體基因型抗體、雙特異性抗體或其組合。在一些實施例中，發炎性腸病包含克羅恩氏病、潰瘍性結腸炎、醫學上難治性潰瘍性結腸炎或其組合。 在另一態樣中，本文提供一種治療有需要之個體之發炎性腸病之方法，該方法包含向個體投與有效量之抗TL1A抗體，其限制條件為個體過度表現TL1A，且其限制條件為抗TL1A抗體包含含有SEQ ID NO: 22-24之互補決定區(CDR)之重鏈及含有SEQ ID NO: 30-32之互補決定區(CDR)之輕鏈。在一些實施例中，抗TL1A抗體為：單株抗體、嵌合抗體、CDR移植抗體、人類化抗體、Fab、Fab'、F(ab')2、Fv、二硫鍵聯之Fv、scFv、單域抗體、雙功能抗體、多特異性抗體、雙重特異性抗體、抗個體基因型抗體、雙特異性抗體或其組合。在一些實施例中，發炎性腸病包含克羅恩氏病、潰瘍性結腸炎、醫學上難治性潰瘍性結腸炎或其組合。

交叉引用 本申請案主張2016年10月26日申請之美國臨時申請案第62/413,188號的優先權，其全部內容以引用之方式併入本文中。序列表 本申請案含有序列表，該序列表已以ASCII格式、以電子方式提交且以全文引用之方式併入本文中。該ASCII複本於2017年10月23日創建，命名為52388-728_601_SL.txt且大小為33,920位元組。 腫瘤壞死因子樣蛋白1A (tumor necrosis factor-like protein 1A，TL1A)已與重度結腸炎及克羅恩氏病之發展及嚴重性相關。另外，臨床前及人類基因相關資料表明TL1A為克羅恩氏病之潛在治療目標。本發明描述針對TL1A之中和抗體且提供治療IBD之新穎治療法。 本文中所引用之所有文獻以全文引用之方式併入，如同將其完全闡述一般。除非另外定義，否則本文中所用之技術及科學術語具有如一般熟習此項技術者通常所理解的相同含義。Singleton等人，Dictionary of Microbiology and Molecular Biology 第3版, 修訂版, J. Wiley & Sons (New York, NY 2006)；及Sambrook及Russel,Molecular Cloning: A Laboratory Manual 第4版, Cold Spring Harbor Laboratory Press (Cold Spring Harbor, NY 2012)向熟習此項技術者提供本申請案中所用之諸多術語之通用指南。對於如何製備抗體，參見D. Lane,Antibodies: A Laboratory Manual 第2版(Cold Spring Harbor Press, Cold Spring Harbor NY, 2013)；Kohler及Milstein, (1976) Eur. J. Immunol. 6: 511；Queen等人 美國專利第5,585,089號；及Riechmann等人，Nature 332: 323 (1988)；美國專利第4,946,778號；Bird, Science 242:423-42 (1988)；Huston等人，Proc. Natl. Acad. Sci. USA 85:5879-5883 (1988)；Ward等人，Nature 334:544-54 (1989)；Tomlinson I.及Holliger P. (2000) Methods Enzymol, 326, 461-479；Holliger P. (2005) Nat. Biotechnol.9月；23 (9):1126-36)。 熟習此項技術者將識別與本文所述類似或等效之多種方法及材料，其可用於實踐本文所述之實施例。實際上，本說明書不限於所描述之方法及材料。本文中所用之所選術語之非限制性定義提供於下文中。 「IBD」係指發炎性腸病，且包括但不限於克羅恩氏病、潰瘍性結腸炎及醫學上難治性潰瘍性結腸炎。 「CD」、「UC」及「MR-UC」分別係指克羅恩氏病、潰瘍性結腸炎及醫學上難治性潰瘍性結腸炎。 「TL1A」係指TNF樣蛋白1A。 「TNFSF15」係指腫瘤壞死因子超家族成員15，且有時可與TL1A互換。 「SNP」係指單核苷酸多形現象。 「風險變異體」(risk variant)及「風險對偶基因」係指相對於無風險變異體或風險對偶基因之個體，其存在與發炎性腸病，包括但不限於克羅恩氏病、潰瘍性結腸炎及醫學上難治性潰瘍性結腸炎之易感性之提高相關的對偶基因。 「保護性變異體」及「保護性對偶基因」係指相對於無保護性變異體或保護性對偶基因之個體，其存在與發展發炎性腸病，包括但不限於克羅恩氏病、潰瘍性結腸炎及醫學上難治性潰瘍性結腸炎之可能性之減少相關的對偶基因。與診斷有發炎性腸病之個體相比，保護性變異體更常存在於健康個體中。 如關於特定特異性變異體或對偶基因之存在所用之「保護性」及「保護」係指IBD，包括但不限於CD、UC及MR-UC的易感性降低。 如關於特異性變異體或對偶基因之存在所用之「風險」係指IBD，包括但不限於CD、UC及MR-UC的易感性增加。 「生物樣品」係指可自其中發現核酸及/或蛋白質分子之任何生物材料。作為非限制性實例，術語材料涵蓋全血、血漿、血清、唾液、頰部拭子及任何其他體液或組織。 「IC」係指免疫複合體(immune complex)。 「PBMC」係指外周血單核細胞。 「抗TL1A療法」係指遏止對TL1A之反應及/或抑制TL1A信號傳導之任何試劑，包括但不限於抑制自TL1A配位體通過其受體至不同上游及/或下游分子標靶之任何分子信號傳導步驟。抗TL1A療法可包括使用小分子；核酸，諸如siRNA、shRNA及miRNA；核酸類似物，諸如PNA、pc-PNA及LNA；適體；核糖體；肽；蛋白質；高親和性多聚體；抗體或其變異體及片段；及/或其任何組合。 術語「抗體」係指免疫球蛋白分子，其經由免疫球蛋白分子之可變區內的至少一個抗原識別位點識別且特異性地結合至標靶，諸如蛋白質、多肽、肽、碳水化合物、聚核苷酸、脂質或前述之組合。如本文所用，術語「抗體」涵蓋完整多株抗體、完整單株抗體、抗體片段(諸如Fab、Fab'、F(ab')₂ 及Fv片段)、單鏈Fv (scFv)突變體、CDR移植抗體、多特異性抗體、嵌合抗體、人類化抗體、人類抗體、包含抗體之抗原決定部分之融合蛋白及包含抗原識別位點之任何其他經修飾之免疫球蛋白分子，只要抗體呈現所需生物活性。抗體可基於稱為α、δ、ε、γ及μ之免疫球蛋白之其重鏈恆定域之標識而分別屬於免疫球蛋白之五個主要類別中的任一者：IgA、IgD、IgE、IgG及IgM，或其亞類(同型)(例如IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgA1及IgA2)。免疫球蛋白之不同類別具有不同且熟知之次單元結構及三維組態。抗體可為裸抗體或與諸如毒素、放射性同位素等其他分子結合。 術語「抗體片段」包括「抗原結合片段」，其係指具有抗體之抗原決定可變區之抗體部分。抗體片段之實例包括但不限於Fab、Fab'、F(ab')₂ 及Fv片段、線性抗體、單鏈抗體及由抗體片段形成之多特異性抗體。 術語「單株抗體」係指涉及單一抗原決定子或抗原決定基之高度特異性識別及結合的均質抗體群體。此與多株抗體形成對比，多株抗體通常包括針對不同抗原決定子之不同抗體。 術語「人類化抗體」係指非人類(例如鼠類)抗體之形式，其具有含有最少非人類(例如鼠類)序列之特異性免疫球蛋白鏈、嵌合免疫球蛋白或其片段。舉例而言，人類化抗體在可變區中包含少於約40%非人類序列。在一些情況下，人類化抗體在全長抗體序列中包含少於約20%之非人類序列。在一些情況下，人類化抗體為人類免疫球蛋白，其中來自互補決定區(CDR)之殘基經來自非人類物種(例如，小鼠、大鼠、兔、倉鼠)之具有所需特異性、親和力及能力的CDR的殘基置換(Jones等人，1986, Nature, 321:522-525；Riechmann等人，1988, Nature, 332:323-327；Verhoeyen等人，1988, Science, 239:1534-1536)。用於產生人類化抗體之方法之實例描述於美國專利第5,225,539號中。 術語「人類抗體」係指使用此項技術中已知之任何技術製備的由人類產生之抗體或具有對應於由人類產生之抗體的胺基酸序列之抗體。人類抗體之此定義包括完整或全長抗體、其片段及/或包含至少一種人類重鏈及/或輕鏈多肽的抗體，諸如包含人類輕鏈及人類重鏈多肽之抗體。 術語「嵌合抗體」係指其中免疫球蛋白分子之序列來源於兩種或多於兩種物種的抗體。通常，輕鏈與重鏈之可變區對應於來源於具有所需特異性、親和力及能力之一種哺乳動物物種(例如小鼠、大鼠、兔等)之抗體的可變區，而恆定區與來源於另一物種(通常為人類)之抗體中之序列同源以避免在該物種中引發免疫反應。 各重鏈及輕鏈由該重鏈或輕鏈之「可變區」與該重鏈或輕鏈之「恆定區」組成。重鏈及輕鏈區可進一步分為稱為互補決定區(CDR)之高變區，且穿插有稱為構架區(FR)之保守區。各重鏈及輕鏈區因此由三個CDR及四個FR組成，其以下列順序自N端至C端配置：FR1、CDR1、FR2、CDR2、FR3、CDR3、FR4。此結構為熟習此項技術者所熟知。 如本文所使用，術語「CDR」係指抗體可變序列內之互補決定區，且促使形成抗體之抗原結合位點。用於決定CDR之技術為此項技術中已知的(例如，Kabat等人 Sequences of Proteins of Immunological Interest, (第5版, 1991, National Institutes of Health, Bethesda Md.；及Al-lazikani等人(1997) J. Molec. Biol. 273:927-948)。 「保守性胺基酸取代」為一個胺基酸殘基經具有類似側鏈之另一個胺基酸殘基置換之取代。此項技術中已定義具有類似側鏈之胺基酸殘基家族，包括鹼性側鏈(例如離胺酸、精胺酸、組胺酸)、酸性側鏈(例如天冬胺酸、麩胺酸)、不帶電極性側鏈(例如甘胺酸、天冬醯胺、麩醯胺酸、絲胺酸、蘇胺酸、酪胺酸、半胱胺酸)、非極性側鏈(例如丙胺酸、纈胺酸、白胺酸、異白胺酸、脯胺酸、苯丙胺酸、甲硫胺酸、色胺酸)、β分支側鏈(例如蘇胺酸、纈胺酸、異白胺酸)及芳族側鏈(例如酪胺酸、苯丙胺酸、色胺酸、組胺酸)。舉例而言，用苯丙胺酸取代酪胺酸為保守性取代。鑑別不消除抗原結合之核苷酸及胺基酸保守性取代的方法為此項技術中熟知的(參見例如Brummell等人，Biochem. 32: 1180-1 187 (1993)；Kobayashi等人 Protein Eng. 12(10):879-884 (1999)；及Burks等人 Proc. Natl. Acad. Sci. USA 94:412-417 (1997))。 抗體「特異性結合」至蛋白質意指相比於用替代性物質，包括不相關蛋白，抗體更常、更迅速、以更長持續時間、以更高親和力或以上某一組合與蛋白質反應或締合。因為不同物種中之同源蛋白質之間的序列一致性，所以特異性結合可包括在超過一種物種中識別諸如TL1A之特定蛋白質的抗體。在某些實施例中，抗體可與多個與抗體上之相同抗原結合位點結合之標靶結合，或抗體可為雙特異性的且包含至少兩個具有不同特異性之抗原結合位點。 術語「多肽」、「肽」及「蛋白質」在本文中可互換使用，係指任何長度之胺基酸之聚合物。聚合物可為直鏈或分支鏈，其可包含經修飾之胺基酸，且其可雜有非胺基酸。術語亦涵蓋已經天然或人工修飾之胺基酸聚合物；例如，二硫鍵形成、糖基化、脂質化、乙醯化、磷酸化或任何其他操縱或修飾，諸如與另一種多肽融合及/或結合，例如與標記組分。定義內亦包括例如含有一或多種胺基酸之類似物(例如非天然胺基酸等)以及此項技術中已知之其他修飾的多肽。 如本文中可互換使用，「聚核苷酸」或「核酸」係指任何長度之核苷酸之聚合物，且包括DNA及RNA。核苷酸可為去氧核糖核苷酸、核糖核苷酸、經修飾之核苷酸或鹼基及/或其類似物或任何可藉由DNA或RNA聚合酶併入聚合物中之受質。聚核苷酸可包含經修飾之核苷酸，諸如但不限於甲基化核苷酸及其類似物或非核苷酸組分。可在聚合物組裝之前或之後對核苷酸結構進行修飾。聚核苷酸可在聚合之後進一步修飾，諸如藉由與標記組分結合。 術語「載體」意謂構築體，其能夠傳遞、且較佳表現宿主細胞中之一或多個相關基因及/或序列。載體之實例包括但不限於病毒載體、裸DNA或RNA表現載體、質體、黏質體或噬菌體載體、與陽離子縮合劑締合之DNA或RNA表現載體、囊封於脂質體中之DNA或RNA表現載體，及某些真核細胞，諸如生產細胞。 「經分離」之多肽、抗體、聚核苷酸、載體、細胞或組合物為呈自然界中未發現之形式的多肽、抗體、聚核苷酸、載體、細胞或組合物。經分離之多肽、抗體、聚核苷酸、載體、細胞或組合物包括已在一定程度上純化，使其不再呈自然界中所發現之形式的彼等物。在一些實施例中，經分離之抗體、聚核苷酸、載體、細胞或組合物為實質上純的。在一些情況下，「實質上純的」係指至少50%純的(亦即不含污染物)、至少90%純的、至少95%純的、至少98%純的或至少99%純的材料。 在進行最大對應性比較及比對時，術語「一致」或百分比「一致性」在兩種或多於兩種核酸或多肽之情形下係指兩種或多於兩種相同或具有指定百分比之相同核苷酸或胺基酸殘基之序列或子序列。百分比一致性可使用序列比較軟體或算法或藉由目視檢查來量測。此項技術中已知可用於獲得胺基酸或核苷酸序列之比對的各種算法及軟體。該等演算法/軟體程式包括但不限於NBLAST、XBLAST、Gapped BLAST、BLAST-2、WU-BLAST-2、ALIGN、ALIGN-2或Megalign (DNASTAR)。 諸如「治療(treating或treatment或to treat)」或「緩解(alleviating或to alleviate)」之術語係指治療性治療及/或防治性或預防性措施，其中目標為即使治療最終不成功，但預防或減緩(減輕)目標病理性病況、預防病理性病況、追求或獲得良好總存活率、或減少個體產生病況之機會。因此，需要治療者包括：已患該病症者；傾向於患該病症者；及有待預防該病症者。 術語「個體」係指任何動物(例如哺乳動物)，包括但不限於人類、非人類靈長類、嚙齒動物及馴養動物及比賽動物，其待為特定治療之受體。靈長類包括黑猩猩、食蟹獼猴、蜘蛛猴及獼猴，例如恆河猴。嚙齒動物包括小鼠、大鼠、土撥鼠、雪貂、兔及倉鼠。馴養動物及比賽動物包括牛、馬、豬、鹿、野牛、水牛、貓種(例如家貓)、犬種(例如犬、狐狸、狼)、鳥種(例如雞、鴯鶓、鴕鳥)，及魚(例如鱒魚、鯰魚及鮭魚)。關於人類個體之術語「個體」及「患者」通常在本文中可互換使用。在各種實施例中，個體可為先前已診斷有或鑑定為罹患或患有需要治療之病況的個體。在各種其他實施例中，先前診斷有或鑑定為罹患或患有病況之個體可能已或可能未針對病況進行治療。在又其他實施例中，個體亦可為先前尚未診斷為患有病況之個體(亦即，呈現一或多個病況之風險因素的個體)。「需要」特定病況之治療「之個體」可為患有該病況、診斷為患有該病況或處於產生該病況之風險下的個體。 術語「治療有效量」係指可有效地「治療」個體或哺乳動物內之疾病或病症之抗體、多肽、聚核苷酸、小有機分子或其他藥物的量。在一些情況下，治療有效量之藥物降低IBD症狀，包括CD及UC/MR-UC症狀之嚴重性。此等症狀包括但不限於腹瀉、發熱、疲乏、腹痛、腹部痙攣、發炎、潰爛、噁心、嘔吐、出血、便血、食慾減少、體重減輕及其組合。 在一個態樣中，本發明描述兩種中和抗人類TL1A單株抗體及五種中和人類化抗人類TL1A單株抗體之識別。此等抗體中和活體外TL1A之活性且識別可溶TL1A及膜結合TL1A。 TL1A (TNFSF15)為主要由內皮細胞、巨噬細胞及樹突狀細胞(dendritic cell，DC)表現之TNF家族成員。其表現由免疫複合體(IC)及細胞介素誘發。TL1A受體DR3主要在T細胞及NKT細胞上表現。活體外，已展示TL1A促進人類及小鼠T細胞增殖及細胞介素產生。在活體內，TL1A轉殖基因小鼠發展與人類克羅恩氏類似之IBD表型。另外，治療重組TL1A蛋白亦加重mdr1‐/‐小鼠之結腸炎。 本發明提供適用於治療IBD、CD、UC及MR-UC之中和抗TL1A單株抗體。在一些情況下，此等抗TL1A抗體用於治療特異性發炎性腸病(IBD)患者群體。亦提供相關多肽及聚核苷酸、包含抗TL1A抗體之組合物及製備抗TL1A抗體之方法。此外提供將新穎抗TL1A抗體用於治療之方法。 抗 TL1A 抗體 各種實施例提供與TL1A特異性結合之抗體。在一些實施例中，抗體與可溶TL1A特異性結合。在一些實施例中，抗體與膜結合TL1A特異性結合。TL1A抗體「5C3D11」之全長胺基酸(amino acid，aa)序列包含：SEQ ID NO: 5 (重鏈)及SEQ ID NO: 13 (輕鏈)，如表1中所示。在各種實施例中，TL1A抗體包含SEQ ID NO: 5及SEQ ID NO: 13。單體TL1A抗體包含SEQ ID NO: 5及SEQ ID NO: 13之兩個實例。在各種實施例中，TL1A抗體包含：SEQ ID NO: 6、SEQ ID NO: 7、SEQ ID NO: 8、SEQ ID NO: 14、SEQ ID NO: 15及SEQ ID NO: 16，如表1中所示。在一些實施例中，TL1A抗體包含以下中之至少一者或任何組合：SEQ ID NO: 6、SEQ ID NO: 7、SEQ ID NO: 8、SEQ ID NO: 14、SEQ ID NO: 15及SEQ ID NO: 16。 TL1A抗體「5C3D11」之全長核苷酸(nucleotide，nt)序列由包含SEQ ID NO: 1 (重鏈)及SEQ ID NO: 9 (輕鏈)之核酸序列編碼。在各種實施例中，TL1A抗體由包含SEQ ID NO: 1及SEQ ID NO: 9之核酸序列編碼，如表1中所示。單體TL1A抗體由包含SEQ ID NO: 1及SEQ ID NO: 9之核酸序列之兩個實例編碼。在各種實施例中，TL1A抗體由包含以下之核酸序列編碼：SEQ ID NO: 2、SEQ ID NO: 3、SEQ ID NO: 4、SEQ ID NO: 10、SEQ ID NO: 11及SEQ ID NO: 12，如表1中所示。在一些實施例中，TL1A抗體由包含以下之核酸序列中之至少一者或任何組合編碼：SEQ ID NO: 2、SEQ ID NO: 3、SEQ ID NO: 4、SEQ ID NO: 10、SEQ ID NO: 11及SEQ ID NO: 12。 TL1A抗體「9E12E5」之全長胺基酸(aa)序列包含：SEQ ID NO: 21 (重鏈)及SEQ ID NO: 29 (輕鏈)，如表1中所示。在各種實施例中，TL1A抗體包含SEQ ID NO: 21及SEQ ID NO: 29。單體TL1A抗體包含SEQ ID NO: 21及SEQ ID NO: 29之兩個實例。在各種實施例中，TL1A抗體包含：SEQ ID NO: 22、SEQ ID NO: 23、SEQ ID NO: 24、SEQ ID NO: 30、SEQ ID NO: 31及SEQ ID NO: 32，如表1中所示。在一些實施例中，TL1A抗體包含以下中之至少一者或任何組合：SEQ ID NO: 22、SEQ ID NO: 23、SEQ ID NO: 24、SEQ ID NO: 30、SEQ ID NO: 31及SEQ ID NO: 32。 TL1A抗體「9E12E5」之全長核苷酸(nt)序列由包含SEQ ID NO: 17 (TL1A重鏈)及SEQ ID NO: 25 (TL1A輕鏈)之核酸序列編碼，如表1中所示。在各種實施例中，TL1A抗體由包含SEQ ID NO: 17及SEQ ID NO: 25之核酸序列編碼。單體TL1A抗體由包含SEQ ID NO: 17及SEQ ID NO: 25之核酸序列之兩個實例編碼。在各種實施例中，TL1A抗體由包含以下之核酸序列編碼：SEQ ID NO: 18、SEQ ID NO: 19、SEQ ID NO: 20、SEQ ID NO: 26、SEQ ID NO: 27及SEQ ID NO: 28，如表1中所示。在一些實施例中，TL1A抗體由包含以下之核酸序列中之至少一者或任何組合編碼：SEQ ID NO: 18、SEQ ID NO: 19、SEQ ID NO: 20、SEQ ID NO: 26、SEQ ID NO: 27及SEQ ID NO: 28。表 1 ： 5C3D11及9E12E5之核苷酸及胺基酸序列。 在各種實施例中，抗TL1A抗體特異性地結合至相同TL1A區，或特異性地結合至以下的TL1A區，該TL1A區與包含由SEQ ID NO: 1編碼之重鏈可變區及由SEQ ID NO: 9編碼之輕鏈可變區的抗體所特異性地結合的TL1A區重疊。在各種其他實施例中，抗TL1A抗體特異性地結合至相同TL1A區，或特異性地結合至以下的TL1A區，該TL1A區與包含含有SEQ ID NO: 5之序列之重鏈及含有SEQ ID NO: 13之序列之輕鏈的抗體所特異性地結合的TL1A區重疊。在其他實施例中，抗TL1A抗體特異性地結合至相同TL1A區，或特異性地結合至以下的TL1A區，該TL1A區與包含由SEQ ID NO: 17編碼之重鏈可變區及由SEQ ID NO: 25編碼之輕鏈可變區的抗體所特異性地結合的TL1A區重疊。在某些其他實施例中，抗TL1A抗體特異性地結合至相同TL1A區，或特異性地結合至以下的TL1A區，該TL1A區與包含含有SEQ ID NO: 21之重鏈及含有SEQ ID NO: 29之輕鏈的抗體所特異性地結合的TL1A區重疊。 其他實施例提供多肽，包括但不限於特異性結合至TL1A之抗體，其包含一個、兩個、三個、四個、五個、六個、七個、八個、九個、十個、十一個及/或十二個5C3D11及/或9E12E5之CDR (參見表1及以下實例1及2之表2及3)。在某些實施例中，多肽包含5C3D11 (SEQ ID NO: 6、7及8)及/或9E12E5 (SEQ ID NO: 22、23及24)之重鏈CDR、5C3D11 (SEQ ID NO: 14、15及16)及/或9E12E5 (SEQ ID NO: 30、31及32)之輕鏈CDR或其組合。在某些其他實施例中，重鏈CDR含於重鏈可變區內且/或輕鏈CDR含於輕鏈可變區內。在一些實施例中，亦提供包含本文所述之個別輕鏈或重鏈中之一者的多肽以及包含輕鏈及重鏈兩者之多肽(例如抗體)。在一些實施例中，抗TL1A抗體包含5C3D11之重鏈及輕鏈。在其他實施例中，抗TL1A抗體包含9E12E5之重鏈及輕鏈。在某些實施例中，抗TL1A抗體中之各CDR包含每CDR至多四個(亦即0、1、2、3或4個)保守性胺基酸取代。 在各種實施例中，抗TL1A抗體或片段之與TL1A之結合親和力為至少約1E^-7 、1E^-8 、1E^-9 、1E^-10 或1E^-11 。在一些情況下，結合親和力為約1E^-9 至約1E^-11 。舉例而言，在一些情況下，結合親和力為約7.90E^-11 。在各種實施例中，抗TL1A抗體或片段之與TL1A之結合親和力為約7.90E^-9 至約7.90E^-10 。在各種實施例中，抗TL1A抗體或片段之與TL1A之結合親和力為約7.90E^-10 至約7.90E^-12 。在各種實施例中，抗TL1A抗體或片段之與TL1A之結合親和力為約7.90E^-12 至約7.90E^-13 。 在各種實施例中，抗TL1A抗體或片段之與TL1A之結合親和力為約5.20E^-11 。在各種實施例中，抗TL1A抗體或片段之與TL1A之結合親和力為約5.20E^-9 至約5.20E^-10 。在各種實施例中，抗TL1A抗體或片段之與TL1A之結合親和力為約5.20E^-10 至5.20E^-12 。在各種實施例中，抗TL1A抗體或片段之與TL1A之結合親和力為約5.20E^-12 至5.20E^-13 。 各種實施例提供與參考抗體結合至TL1A蛋白或其部分之相同區域之抗TL1A抗體，例如本文所述之任何抗TL1A抗體。在一些實施例中，參考抗體包含SEQ ID NO: 6-8之重鏈CDR及SEQ ID NO: 14-16之輕鏈CDR。在一些情況下，參考抗體包含SEQ ID NO: 5之重鏈可變域及SEQ ID NO: 13之輕鏈可變域。在一些實施例中，參考抗體包含SEQ ID NO: 22-24之重鏈CDR及SEQ ID NO: 30-32之輕鏈CDR。在一些情況下，參考抗體包含SEQ ID NO: 21之重鏈可變域及SEQ ID NO: 29之輕鏈可變域。在一些情況下，參考抗體為5C3D11。在一些情況下，參考抗體為9E12E5。 提供用於判定抗TL1A抗體(亦即測試抗體)是否結合至作為本文所述之抗體之TL1A蛋白或其部分之相同區域的非限制性方法。一例示性實施例包含競爭檢定。舉例而言，該方法包含判定測試抗體是否可競爭參考抗體與TL1A蛋白或其部分之間的結合，或判定參考抗體是否可競爭參考抗體與TL1A蛋白或其部分之間的結合。例示性方法包括使用表面電漿子共振以評估抗TL1A抗體是否可競爭TL1A與另一種抗TL1A抗體之間的結合。在一些情況下，在競爭檢定中採用表面電漿子共振。非限制性方法描述於實例9及實例10中。 產生抗體之方法 各種實施例提供使用多肽或核苷酸序列產生之抗體。在一些實施例中，抗體為單株抗體。在一些實施例中，抗體為人類抗體或人類化抗體。在一些實施例中，抗體為抗體片段。舉例而言，抗體為Fab。在一些實施例中，抗體為嵌合抗體。 可藉由此項技術中已知之任何方法檢定本文所述之抗體的特異性結合。可使用之免疫檢定包括但不限於使用諸如以下之技術的競爭性及非競爭性檢定系統：BIAcore分析、FACS分析、免疫螢光法、免疫細胞化學、西方墨點法、放射免疫檢定、ELISA、「夾心」免疫檢定、免疫沈澱檢定、沈澱反應、凝膠擴散沈澱反應、免疫擴散檢定、凝集檢定、補體固定檢定、免疫放射量檢定、螢光免疫檢定、及蛋白A免疫檢定。該等檢定在此項技術中為常規且熟知的(參見例如Ausubel等人編, 1994, Current Protocols in Molecular Biology, 第1卷, John Wiley & Sons, Inc., New York)。 在各種實施例中，抗體為TL1A受體之拮抗劑，諸如但不限於DR3及TR6/DcR3。在某些實施例中，抗體抑制至少約10%、至少約20%、至少約30%、至少約50%、至少約75%、至少約90%或約100%之結合TL1A受體之一或多種活性。 在各種實施例中，單株抗體係使用此項技術中已知之方法製備，該等方法諸如但不限於融合瘤方法，其中如上文所描述地使宿主動物免疫以引發淋巴細胞產生將特異性結合至免疫抗原之抗體(Kohler及Milstein (1975) Nature 256:495)。融合瘤產生特異性地針對所選抗原之單株抗體。在活體外或活體內傳播時，單株抗體可藉由此項技術中已知之技術從培養基或腹水流體純化。 在一些實施例中，使用如美國專利第4,816,567號中所描述之重組DNA方法製備單株抗體。編碼單株抗體之聚核苷酸自成熟B細胞或融合瘤細胞分離。編碼重鏈及輕鏈之經分離之聚核苷酸隨後選殖至適合之表現載體中，其在經轉染至宿主細胞(例如，大腸桿菌(E. coli)細胞、猴COS細胞、中國倉鼠卵巢(Chinese hamster ovary，CHO)細胞或骨髓瘤細胞)中時產生單株抗體。可使用重組DNA技術以多種不同方式進一步修飾編碼單株抗體之聚核苷酸以產生替代性抗體。 在各種實施例中，可產生「嵌合抗體」，一種分子，其中不同部分來源於不同動物物種，諸如具有來源於鼠類單株抗體之可變區及人類免疫球蛋白恆定區之彼等(例如，人類化抗體)。可使用此項技術中已知之各種技術來產生嵌合抗體(參見Morrison等人，Proc. Natl. Acad. Sci. 81:851-855 (1984)；Neuberger等人，Nature 312:604-608 (1984)；Takeda等人，Nature 314:452-454 (1985))。 在一些實施例中，抗TL1A單株抗體為人類化抗體，以在向人類個體投與時減少抗原性及人類抗小鼠抗體( humananti-mouse antibody，HAMA)反應。可使用此項技術中已知之各種技術來產生人類化抗體。舉例而言，抗體藉由以下人類化：(1)確定起始抗體輕及重可變域之核苷酸及預測胺基酸序列；(2)設計人類化抗體，亦即，決定在人類化處理期間使用哪一抗體構架區；(3)實際人類化方法/技術；及(4)轉染及表現人類化抗體(參見例如美國專利第5,585,089號；第6,835,823號；第6,824,989號)。在各種實施例中，可進一步優化人類化抗體以減少潛在免疫原性，同時維持功能活性，以用於人類中之療法。 在一些實施例中，人類化抗TL1A抗體包含SEQ ID NO: 35-39中之任一者之重鏈可變域。在一些實施例中，人類化抗TL1A抗體包含SEQ ID NO: 40-44中之任一者之輕鏈可變域。在一些情況下，人類化抗TL1A抗體包含具有SEQ ID NO: 35之重鏈可變域及具有SEQ ID NO: 40之輕鏈可變域。在一些情況下，人類化抗TL1A抗體包含具有SEQ ID NO: 36之重鏈可變域及具有SEQ ID NO: 41之輕鏈可變域。在一些情況下，人類化抗TL1A抗體包含具有SEQ ID NO: 37之重鏈可變域及具有SEQ ID NO: 42之輕鏈可變域。在一些情況下，人類化抗TL1A抗體包含具有SEQ ID NO: 38之重鏈可變域及具有SEQ ID NO: 43之輕鏈可變域。在一些情況下，人類化抗TL1A抗體包含具有SEQ ID NO: 39之重鏈可變域及具有SEQ ID NO: 44之輕鏈可變域。 在某些實施例中，抗TL1A抗體為人類抗體。可使用此項技術中已知之各種技術直接製備人類抗體。可產生活體外免疫或自產生針對靶抗原之抗體的免疫個體分離之永生化人類B淋巴細胞(參見例如Cole等人，Monoclonal Antibodies and Cancer Therapy, Alan R. Liss, 第77頁 (1985)；Boerner等人，1991, J. Immunol., 147 (1):86-95；及美國專利第5,750,373號)。人類抗體可選自噬菌體文庫(phage library)。用於產生及使用抗體噬菌體文庫之技術描述於以下中：美國專利第5,969,108號、第6,172,197號、第5,885,793號、第6,521,404號；第6,544,731號；第6,555,313號；第6,582,915號；第6,593,081號；第6,300,064號；第6,653,068號；第6,706,484號；及第7,264,963號；及Rothe等人，2007, J. Mol. Bio., doi:10.1016/j.jmb.2007.12.018。 人類化抗體亦可在含有人類免疫球蛋白基因座之轉殖基因小鼠中製備，該等小鼠能夠在免疫後產生完整人類抗體庫而不產生內源免疫球蛋白。此方法描述於美國專利第5,545,807號；第5,545,806號；第5,569,825號；第5,625,126號；第5,633,425號；及第5,661,016號中。人類化抗體亦可藉由新穎基因工程改造方法獲得，該方法使得能夠在諸如兔及小鼠之大型動物中產生親和力成熟的類人多株抗體。(參見例如，美國專利第6,632,976號)。 完全人類化抗體可藉由首先設計含有嵌入於人類衍生之構架序列中之非人類，例如嚙齒動物源性CDR之可變區胺基酸序列而產生。非人類CDR提供所需特異性。因此，在一些情況下，此等殘基包括於基本上不變之重構的可變區之設計中。在一些情況下，修飾應因此受限於抗體之特異性及親和力之最小且密切關注的變化。另一方面，理論上的構架殘基可來源於任何人類可變區。應選擇人類構架序列，其同樣適於產生重構的可變區且適於保持抗體親和力，以產生展示可接受之或甚至提高之親和力的重構的抗體。人類構架可來源於生殖系，或可來源於非生殖系(例如突變或親和力成熟的)序列。為熟習此項技術者所熟知之基因工程改造技術，例如但不限於人類抗體文庫之噬菌體呈現、轉殖基因小鼠、人類-人類融合瘤、混合融合瘤、B細胞永生化及選殖、單細胞RT-PCR或HuRAb技術，可用於產生具有含人類構架及非人類CDR之混合DNA序列之人類化抗體。獲得「人類化抗體」之方法為熟習此項技術者所熟知。(例如，美國專利第5,861,155號，美國專利第6,479,284號，美國專利第6,407,213號，美國專利第5,624,821號，US2003166871，US20020078757，Queen等人，Proc. Natl. Acad Sci USA, 86:10029-10032 (1989)及Hodgson等人，Bio/Technology, 9:421 (1991))。 嵌合抗體、人類化抗體及人類抗體通常藉由重組表現產生。重組聚核苷酸構築體通常包括可操作地連接於抗體鏈之編碼序列的表現控制序列，包括天然相關或異源啟動子區。在某些實施例中，可能需要產生此等人類化抗體之胺基酸序列變異體，尤其在此等提高抗體之結合親和力或其他生物特性之情況下。 在某些實施例中，抗體片段用於治療及/或改善IBD。已知用於產生抗體片段之各種技術。一般而言，此等片段來源於完整抗體之蛋白水解消化(例如Morimoto等人，1993, Journal of Biochemical and Biophysical Methods 24:107-117；Brennan等人，1985, Science, 229:81)。Fab、Fv及scFv抗體片段均可在大腸桿菌或其他宿主細胞中表現且自其中分泌，因此允許產生大量此等片段。用於產生抗體片段之其他技術將為熟習此項技術者顯而易見。 根據本發明，技術可適用於產生對TL1A具有特異性的單鏈抗體(參見例如美國專利第4,946,778號)。另外，方法可適用於構築Fab表現文庫(參見例如Huse,等人，Science 246:1275-1281 (1989))，以允許迅速且有效地鑑別對TL1A具有所需特異性的單株Fab片段，或其衍生物、片段、類似物或同系物。抗體片段可藉由此項技術中之技術產生，包括但不限於：(a)藉由抗體分子之胃蛋白酶消化產生之F(ab')2片段；(b)藉由還原F(ab')2片段之二硫橋鍵產生之Fab片段；(c)藉由用木瓜蛋白酶及還原劑處理抗體分子產生Fab片段；及(d) Fv片段。 本文亦提供包含提供抗體與TL1A之締合之任何類型之可變區的經修飾之抗體。熟習此項技術者應瞭解，經修飾之抗體可包含抗體(例如，全長抗體或其免疫反應性片段)，其中一或多個恆定區結構域的至少一部分已缺失或者變化，以提供所需生物化學特徵，諸如減少TL1A。在某些實施例中，藉由至少部分置換一或多個CDR且必要時藉由部分構架區置換及序列改變來變更重鏈及輕鏈兩者中之可變區。在一些實施例中，經置換之CDR可來源於相同類別、子類別之抗體，來源於不同類別之抗體，例如來源於來自不同物種之抗體及/或其組合。在一些實施例中，經修飾之抗體之恆定區將包含人類恆定區。對與本發明相容之恆定區的修飾包含一或多個域中之一或多個胺基酸的添加、缺失或取代。 在各種實施例中，如本文中所描述之抗體或其抗原結合片段之表現可發生於原核細胞或真核細胞中。適合之宿主包括細菌或真核宿主，包括活體內或原位的酵母、昆蟲、真菌、鳥類及哺乳動物細胞或哺乳動物、昆蟲、鳥類或酵母來源之宿主細胞。哺乳動物細胞或組織可來源於人類、靈長類、倉鼠、兔、嚙齒動物、母牛、豬、綿羊、馬、山羊、狗或貓，但可使用任何其他哺乳動物細胞。在其他實施例中，如本文中所描述之抗體或其抗原片段可經轉染至宿主中。 在一些實施例中，表現載體經轉染至受體細胞株中以用於產生本文所述之嵌合抗體、人類化抗體或複合人類抗體。在各種實施例中，哺乳動物細胞可用作產生抗體蛋白之宿主，其可包括但不限於纖維母細胞來源之細胞，諸如Vero (ATCC CRL 81)或CHO-K1 (ATCC CRL 61)細胞、HeLa細胞及L細胞。可用於表現多肽之例示性真核細胞包括但不限於COS細胞，包括COS 7細胞；293細胞，包括293-6E細胞；CHO細胞，包括CHO-S及DG44細胞；PER.C6™細胞(Crucell)；及NSO細胞。在一些實施例中，特定真核宿主細胞係基於其對重鏈及/或輕鏈產生所需轉譯後修飾的能力加以選擇。 已在此項技術中開發能夠分泌完整異源蛋白之多種適合之宿主細胞株，且包括但不限於CHO細胞株、各種COS細胞株、HeLa細胞、L細胞及多發性骨髓瘤細胞株。 如本文中所描述之攜有嵌合抗體、人類化抗體或複合人類抗體構築體、其抗體或抗原結合片段之表現載體可藉由多種適合方式中之一者引入至適當宿主細胞中，該等方式視細胞宿主之類型而定，包括但不限於如一般熟習此項技術者已知之轉型、轉染、脂質體轉染、結合、電穿孔、直接顯微注射及微彈轟擊。此等細胞之表現載體可包括表現控制序列，諸如複製起點位點、啟動子、增強子及必需的處理資訊位點，諸如核糖體結合位點、RNA剪接位點、聚腺苷酸化位點及轉錄終止子序列。 在各種實施例中，酵母亦可用作宿主，以產生本文所述之抗體分子或肽。在各種其他實施例中，細菌菌株亦可用作宿主，以產生本文所述之抗體分子或肽。細菌菌株之實例包括但不限於大腸桿菌、芽孢桿菌物種(Bacillus species)、腸內細菌及各種假單胞菌物種(Pseudomonas species)。 在一些實施例中，根據任何適合之方法，如本文中所描述之一或多種抗體或其抗原結合片段可在已用一或多種編碼多肽的核酸分子工程改造(轉殖基因)或轉染之動物中活體內產生。為產生轉殖基因動物，可將轉殖基因顯微注射入受精卵母細胞中，或併入至胚胎幹細胞之基因組中，且該等細胞之細胞核轉移至去核卵母細胞中。一旦表現，抗體便可根據此項技術之標準程序純化，包括HPLC純化、管柱層析法、凝膠電泳及其類似者(通常參見，Scopes, Protein Purification (Springer-Verlag, NY, 1982))。 一旦在宿主中表現，本發明之全抗體、抗體片段(例如個別輕鏈及重鏈)或其他免疫球蛋白形式可藉由已知技術回收且純化，例如免疫吸收或免疫親和層析法、諸如高效液相層析法(high performance liquid chromatography，HPLC)之層析法、硫酸銨沈澱、凝膠電泳或此等之任何組合。通常參見Scopes, PROTEIN PURIF. (Springer- Verlag, NY, 1982)。均質性為至少約90%至95%之基本上純的免疫球蛋白為有利的，正如均質性為98%至99%或更高之彼等，尤其用於醫藥用途。一旦部分純化或按需要純化至均質，人類化或複合人類抗體可隨後治療上使用或用於開發及進行檢定程序、免疫螢光染色等。通常參見Immunol. Meth.第I及II卷(Lefkovits及Pernis編, Acad. Press, NY, 1979及1981)。 各種實施例提供包含編碼本文所提供之抗TL1A抗體或片段之核酸的基因構築體。抗體之基因構築體可呈表現卡匣形式，其可適於表現經編碼之抗TL1A抗體或片段。可在併入或不併入載體中之情況下將基因構築體引入宿主細胞中。舉例而言，基因構築體可併入於脂質體或病毒顆粒內。或者，經純化之核酸分子可藉由此項技術中已知之方法直接插入宿主細胞中。可藉由轉染、感染、電穿孔、細胞融合、原生質體融合、顯微注射或彈道轟擊(ballistic bombardment)將基因構築體直接引入宿主個體之細胞中。 各種實施例提供包含本文所提供之抗體之基因構築體的重組載體。重組載體可為質體、黏質體或噬菌體。重組載體可包括其他功能元件；例如，起始基因表現之適合之啟動子。 各種實施例提供包含本文所述之基因構築體及/或重組載體之宿主細胞。多肽及聚核苷酸 各種實施例提供包含以下之多肽：一或多個選自由以下組成之群之互補決定區：SEQ ID NO: 6、SEQ ID NO: 7、SEQ ID NO: 8、SEQ ID NO: 14、SEQ ID NO: 15、SEQ ID NO: 16、SEQ ID NO: 22、SEQ ID NO: 23、SEQ ID NO: 24、SEQ ID NO: 30、SEQ ID NO: 31；及SEQ ID NO: 32。在各種實施例中，多肽包含2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12個此等互補決定區。 在各種實施例中，使用多肽或聚核苷酸產生抗體。 多肽可為重組多肽，或包含針對TL1A之抗體或其片段之合成多肽。當專門指出時，多肽可為天然多肽。此項技術中將認識到的是一些胺基酸序列可在不顯著影響蛋白之結構或功能之情況下變化。因此，進一步提供多肽之變異體，其展示實質活性，或其包括針對TL1A蛋白之抗體或其片段之區域。該等修飾包括缺失、插入、倒位、重複及類型取代。 可藉由此項技術中已知之任何適合之方法產生本文所述的經分離之多肽。該等方法的範圍為直接蛋白質合成方法至構築編碼經分離之多肽序列之DNA序列及在適合的經轉型宿主中表現彼等序列。在一些實施例中，使用重組技術、藉由分離或合成編碼相關野生型蛋白的DNA序列來構築DNA序列。 各種宿主系統亦有利地用於表現重組蛋白。適合之哺乳動物宿主細胞株之實例包括猴腎臟細胞之COS-7株，及能夠表現適當載體的其他細胞株，包括例如L細胞、C127、3T3、中國倉鼠卵巢(CHO)、HeLa及BHK細胞株。哺乳動物表現載體可包含非轉錄元件，諸如複製起點、連接至待表現基因之適合啟動子及增強子、及其他5'或3'側接非轉錄序列、以及5'或3'未轉譯序列，諸如必需的核糖體結合位點、聚腺苷酸化位點、剪接供體及受體位點以及轉錄終止序列。 經轉型之宿主所產生的蛋白質可根據任何適合方法純化。該等標準方法包括層析(例如離子交換、親和性及篩分管柱層析法)、離心、差異溶解度，或藉由用於蛋白質純化的任何其他標準技術。諸如六組胺酸(SEQ ID NO: 45)、麥芽糖結合域、流感外殼序列及麩胱甘肽-S-轉移酶之親和力標籤可連接至蛋白質以允許易於藉由通過適當親和力管柱進行純化。經分離之蛋白質亦可使用如蛋白質分解、核磁共振及x射線結晶學之技術進行物理表徵。可分離細菌培養中產生之重組蛋白。用於純化抗體及其他蛋白質之此項技術中已知之方法亦包括例如描述於美國專利公開案第2008/0177048號及第2009/0187005號中之方法。 技術人員將認識到，在經編碼之序列中改變單個胺基酸或一小部分胺基酸的對核酸、肽、多肽或蛋白質序列之個別取代、缺失或添加為「經保守修飾之變異體」，其中改變導致以化學上類似的胺基酸取代胺基酸且保留特異性結合靶抗原之能力。該等經保守修飾之變異體另外為且不排除與本發明相符之多態變異體、種間同系物及對偶基因。 給定胺基酸可經具有類似物理化學特徵之殘基置換，例如，將一個脂族殘基用另一個脂族殘基取代(諸如He、Val、Leu或Ala彼此取代)，或將一個極性殘基用另一個極性殘基取代(諸如在Lys與Arg之間；在Glu與Asp之間；或在Gin與Asn之間)。熟知其他該等保守性取代，例如具有類似疏水性特徵之全部區域之取代。包含保守性胺基酸取代之多肽可在本文所述之檢定中的任一者中進行測試以確認保留所需活性，例如，天然多肽或參考多肽之抗原結合活性及特異性。 特定保守性取代包括例如：Ala取代為Gly或Ser；Arg取代為Lys；Asn取代為Gin或His；Asp取代為Glu；Cys取代為Ser；Gin取代為Asn；Glu取代為Asp；Gly取代為Ala或Pro；His取代為Asn或Gin；lie取代為Leu或Val；Leu取代為lie或Val；Lys取代為Arg、Gin或Glu；Met取代為Leu、Tyr或lie；Phe取代為Met、Leu或Tyr；Ser取代為Thr；Thr取代為Ser；Trp取代為Tyr；Tyr取代為Trp；及/或Phe取代為Val、lie或Leu。 在一些實施例中，本文所述之抗體及/或其抗原結合片段可為本文所述之序列的變異體，例如抗體多肽之保守性取代變異體。在一些實施例中，變異體為經保守修飾之變異體。如關於多肽在本文中所提及之「變異體」為實質上與天然多肽或參考多肽同源的多肽，但由於一個或複數個缺失、插入或取代，其胺基酸序列不同於天然多肽或參考多肽之胺基酸序列。編碼變異體多肽之DNA序列涵蓋如下序列：在相比於天然或參考DNA序列時包含一或多個核苷酸之添加、缺失或取代，但編碼保留相關靶多肽之活性，例如抗原特異性結合活性的變異體蛋白或其片段。 天然胺基酸序列之變化可藉由熟習此項技術者已知的多種技術中之任一者來實現。突變可在特定基因座處或藉由寡核苷酸誘導的位點特異性突變誘發程序引入。用於產生該等變化之技術非常明確，且包括例如由以下揭示之技術：Walder等人(Gene 42: 133, 1986)；Bauer等人(Gene 37:73, 1985)；Craik (BioTechniques, 1985年1月, 12-19)；Smith等人(Genetic Engineering: Principles and Methods, Plenum Press, 1981)；及美國專利第4,518,584號及第4,737,462號。 在某些實施例中，提供編碼特異性結合TL1A或其片段之多肽的聚核苷酸。舉例而言，提供包含編碼TL1A之抗體或編碼該抗體之片段的核酸序列。聚核苷酸可呈RNA形式或呈DNA形式。DNA包括cDNA、基因組DNA及合成DNA；且可為雙股或單股，且若為單股，則可為編碼股或非編碼(反義)股。在某些實施例中，聚核苷酸經分離。在某些實施例中，聚核苷酸為實質上純的。 進一步提供包含選自由以下組成之群之序列的聚核苷酸：SEQ ID NO: 1、9、17、25及其組合。亦提供本文中所描述之編碼例如片段、類似物及衍生物之聚核苷酸的變異體。 編碼抗體之胺基酸序列變異體的核酸分子係藉由此項技術中已知之多種方法製備。此等方法包括但不限於藉由寡核苷酸介導之(或定點)突變誘發、PCR突變誘發及抗體之先前製備的變異體或非變異體型式之卡匣突變誘發來製備。根據習知技術，包括但不限於用於接合的鈍末端或交錯末端終點及限制酶消化，編碼至少一種如本文中所描述之抗體、部分或多肽之核酸序列可與載體DNA重組。用於該等操縱之技術例如藉由Maniatis等人，Molecular Cloning, Lab. Manual (Cold Spring Harbor Lab. Press, NY, 1982及1989)揭示，且可用於構築編碼單株抗體分子或抗原結合區之核酸序列。 在一些實施例中，載體包含編碼如本文中所描述之抗體或其抗原結合片段之核酸。在一些本文所述之態樣中，編碼如本文中所描述之抗體或其抗原結合片段或其任一模塊之核酸序列可操作地連接至載體。如本文所用之術語「載體」係指經設計以傳遞至宿主細胞或在不同宿主細胞之間轉移的核酸構築體。如本文所用，載體可為病毒載體或非病毒載體。術語「載體」涵蓋能夠在與適當控制元件締合時複製且可將基因序列轉移至細胞的任一基因元件。載體可包括但不限於選殖載體、表現載體、質體、噬菌體、轉座子、黏質體、染色體、病毒、病毒粒子等。 如本文所使用，術語「表現載體」係指導引來自連接至載體上之轉錄調控序列的序列之RNA或多肽之表現的載體。術語「表現」係指涉及以下之細胞過程：產生RNA及蛋白質且視需要分泌蛋白質，適用時包括但不限於，例如，轉錄、轉錄加工、轉譯及蛋白質摺疊、修飾及加工。「表現產物」包括由基因轉錄之RNA，及藉由轉譯由基因轉錄之mRNA獲得之多肽。術語「基因」意謂在可操作地連接至適當調控序列時在活體外或活體內轉錄(DNA)為RNA的核酸序列。基因可包括或可不包括編碼區之前及之後的區域，例如，5'未轉譯(5'UTR)或「前導」序列及3'UTR或「尾部」序列，以及個別編碼區段(外顯子)之間的插入序列(內含子)。 如本文所使用，術語「病毒載體」係指核酸載體構築體，其包括至少一個病毒來源的元件且具有封裝至病毒載體顆粒中的能力。病毒載體可含有編碼如本文中所描述之抗體或其抗原結合部分之核酸以代替非必需病毒基因。載體及/或顆粒可出於將任何核酸轉移至活體外或活體內細胞中的目的採用。病毒載體之諸多形式為此項技術中已知的。 「重組載體」意謂載體包括異源核酸序列或能夠在活體內表現的「轉殖基因」。 在某些實施例中，提供經分離之聚核苷酸，其包含具有以下核苷酸序列的聚核苷酸：至少80%一致於、至少85%一致於、至少90%一致於、至少95%一致於、且在一些實施例中，至少96%、97%、98%或99%一致於編碼包含本文所述之TL1A之抗體或其片段之多肽的聚核苷酸。 核苷酸序列與參考核苷酸序列至少例如95% 「一致」的聚核苷酸意指聚核苷酸的核苷酸序列與參考序列一致，但聚核苷酸序列相對於參考核苷酸序列之每100個核苷酸可包括至多五個點突變。參考序列之此等突變可發生於參考核苷酸序列之胺基或羧基端位置或彼等末端位置之間的任何位置，該等位置個別地穿插於參考序列之核苷酸中或參考序列內的一或多個鄰接基團中。 聚核苷酸變異體可含有編碼區、非編碼區或兩者中之變化。在一些實施例中，聚核苷酸變異體含有產生沉默取代(silent substitution)、添加或缺失，但不改變經編碼之多肽之特性或活性的變化。在一些實施例中，核苷酸變異體係藉由因基因密碼簡併所致之沉默取代而產生。聚核苷酸變異體可出於多種原因產生，例如使特定宿主之密碼子表現最佳化(將人類mRNA中之密碼子變為諸如大腸桿菌之細菌宿主偏好的密碼子)。 在一些實施例中，融合基因以產生所需序列。各經融合之基因組裝於或插入經轉染為受體的表現載體中。經轉染之受體細胞在准許合併基因之表現的條件下培養且自培養物回收表現的免疫球蛋白鏈或完整抗體或片段。在一些實施例中，編碼抗體、其抗原結合片段之經融合之基因在隨後用於共轉染受體細胞的分開的表現載體中進行組裝。醫藥組合物、投與及劑量 所提供之抗TL1A抗體適用於多種應用，包括但不限於治療性治療方法，諸如治療IBD。使用方法可為活體外、離體或活體內方法。在某些實施例中，抗TL1A抗體為TL1A受體之拮抗劑。 在某些實施例中，用抗TL1A抗體或TL1A受體拮抗劑治療之疾病為IBD、CD、UC及/或MR-UC。 在各種實施例中，醫藥組合物經調配以藉由任何投與途徑遞送。「投與途徑」可指此項技術中已知之任何投與路徑，包括但不限於氣霧劑、經鼻、經口、經黏膜、經皮或非經腸。 「經皮」投與可使用局部乳膏或軟膏或藉助於經皮貼片來實現。 「非經腸」係指通常與注射相關之投與途徑，包括眶內、輸注、動脈內、囊內、心內、皮內、肌肉內、腹膜內、肺內、脊柱內、胸骨內、鞘內、子宮內、靜脈內、蛛膜下、囊下、皮下、經黏膜或經氣管。藉由非經腸途徑，組合物可呈溶液或懸浮液形式以用於輸注或用於注射，或呈凍乾粉劑形式。 藉由經腸途徑，醫藥組合物可呈允許控制釋放的錠劑、凝膠膠囊、糖包衣錠、糖漿、懸浮液、溶液、粉劑、粒劑、乳液、微球體或奈米球或脂質小泡或聚合物小泡形式。 藉由局部途徑，醫藥組合物經調配以治療皮膚及黏膜，且呈軟膏、乳膏、乳狀物、油膏、粉劑、浸漬墊、溶液、凝膠、噴霧劑、洗劑或懸浮液形式。其亦可呈允許控制釋放的微球體或奈米球或脂質小泡或聚合物小泡或聚合物貼片及水凝膠形式。視臨床適應症而定，此等局部途徑組合物可呈無水形式或呈水溶液形式。 藉由眼部途徑，其可呈滴眼劑形式。 在各種實施例中，藥劑可藉由注射或藉由隨時間逐漸輸注而經靜脈內投與。對給定途徑給定適當調配物，例如，適用於本文所述之方法及組合物之藥劑可靜脈內、鼻內、藉由吸入、腹膜內、肌肉內、皮下、腔內投與，且可在必要時藉由蠕動方式或藉由熟習此項技術者已知之其他方式遞送。在特定實施例中，本文中所用之化合物經口、經靜脈內或肌肉內向患有IBD、CD、UC及/或MR-UC的患者投與。 醫藥組合物亦可含有任何醫藥學上可接受之載劑。「醫藥學上可接受之載劑」係指醫藥學上可接受之材料、組合物或媒劑，其涉及將相關化合物自身體之組織、器官或部分攜帶或傳輸至身體之另一組織、器官或部分。舉例而言，載劑可為液體或固體填充劑、稀釋劑、賦形劑、溶劑或囊封材料或其組合。載劑之各組分必須為「醫藥學上可接受的」，此係因為其必須與調配物之其他成分相容。其亦必須適用於與任何其可接觸之組織或器官接觸，意謂其不可攜有毒性、刺激、過敏性反應、免疫原性或過度超過其治療性益處之任何其他併發症的風險。 在各種實施例中，提供包括醫藥學上可接受之賦形劑以及治療有效量之抗TL1A抗體的醫藥組合物。「醫藥學上可接受之賦形劑」意謂適用於製備通常安全、無毒且合意的醫藥組合物之賦形劑，且包括對於獸用以及人類醫藥用途可接受之賦形劑。活性成分可與醫藥學上可接受且與活性成分相容且呈適用於本文所述之治療方法之量的賦形劑混合。該等賦形劑可為固體、液體、半固體，或者在氣霧劑組合物情況下為氣態。適合之賦形劑為例如澱粉、葡萄糖、乳糖、蔗糖、明膠、麥芽、米、麵粉、白堊、矽膠、硬脂酸鈉、單硬脂酸甘油酯、滑石、氯化鈉、脫脂奶粉、水、生理食鹽水、右旋糖、丙二醇、甘油、乙醇、甘露糖醇、聚山梨醇酯或其類似物及其組合。另外，必要時，組合物可含有少量助劑，諸如潤濕劑或乳化劑、pH緩衝劑及其類似物，其促進或維持活性成分之有效性。如本文中所描述之治療組合物可包括醫藥學上可接受之鹽。醫藥學上可接受之鹽包括由以下者形成之酸加成鹽：無機酸，諸如鹽酸或磷酸；有機酸，例如乙酸、酒石酸或杏仁酸；由無機鹼形成之鹽，諸如氫氧化鈉、氫氧化鉀、氫氧化銨、氫氧化鈣或氫氧化鐵；及由有機鹼形成之鹽，諸如異丙胺、三甲胺、2-乙胺基乙醇、組胺酸、普魯卡因(procaine)及其類似物。液體組合物可含有有水及無水的液相，例如甘油、諸如棉籽油之植物油及水油乳液。生理學上可耐受之載劑為此項技術中所熟知。將在治療特定病症或病況中有效的所用活性劑(亦即抗體或其片段)之量將視病症或病況之性質而定，且可由熟習此項技術者用標準臨床技術來測定。 醫藥組合物亦可在用於經口投與的乳液或糖漿中進行囊封、製錠或製備。可添加醫藥學上可接受之固體或液體載劑以增強組合物或使組合物穩定化，或促進組合物製備。液體載劑包括糖漿、花生油、橄欖油、甘油、生理食鹽水、醇類及水。固體載劑包括澱粉、乳糖、硫酸鈣、二水合物、白土、硬脂酸鎂或硬脂酸、滑石、果膠、阿拉伯膠(acacia)、瓊脂或明膠。載劑亦可包括單獨或與蠟一起的持續釋放材料，諸如單硬脂酸甘油酯或二硬脂酸甘油酯。 遵循涉及以下之習知藥學技術製成醫藥製劑：對於錠劑形式，涉及研磨、混合、造粒及必要時之壓縮；或對於硬明膠膠囊形式，涉及研磨、混合及填充。當使用液體載劑時，製劑將呈糖漿、酏劑、乳液或水性或非水性懸浮液形式。該液體調配物可直接經口投與或填充至軟明膠膠囊中。 醫藥組合物可以治療有效量遞送。精確治療有效量為就給定個體中之治療功效而言將產生最有效結果之組合物的量。此量將視多種因素而變化，包括但不限於治療性化合物之特徵(包括活性、藥物動力學、藥效動力學及生物可用性)、個體之生理狀況(包括年齡、性別、疾病類型及階段、大體身體情況、對給定劑量之反應性及藥物類型)、調配物中之一或多種醫藥學上可接受之載劑之性質及投與途徑。熟習臨床及藥理學技術者將能夠藉由常規實驗確定治療有效量，例如，藉由監測個體對投與化合物之反應且相應地調節劑量。對於其他指導，參見Remington: The Science and Practice of Pharmacy (Gennaro編第20版, Williams & Wilkins PA, USA) (2000)。 有效抗TL1A抗體之典型劑量可藉由活體外反應或動物模型中之反應如對熟習此項技術者所指示。該等劑量通常可減少至多約一個數量級的濃度或量而不損失相關生物活性。因此，實際劑量將視醫師判斷、患者狀況及基於例如以下之治療方法之有效性而定：相關初生培養細胞或組織培養組織樣品(諸如所獲得之生物樣品)之活體外反應性，或適當動物模型中觀測到的反應。 為治療疾病，抗體之適當劑量視以下而定：待治療之疾病的類型、疾病之嚴重性及病程、疾病之反應性、出於治療性或預防性目的而投與抗體、先前療法及患者之臨床病史。劑量亦可在任何併發症之情況下由個別醫師調節，且聽憑治療醫師處理。投藥醫師可決定最優劑量、加藥方法及重複率。TL1A抗體可一次性投與或經持續數日至數月的一系列治療投與，或直至實現治癒或達成疾病狀態之減弱(例如，治療或改善IBD)。治療持續時間視個體之臨床進展及對療法之反應性而定。在某些實施例中，劑量為每公斤體重0.01 μg至100 mg，且可每天一次或更多次、每週一次、每月一次或每年一次地給予。對於全身性投與，可向個體投與治療量，諸如0.1 mg/kg、0.5 mg/kg、1.0 mg/kg、2.0 mg/kg、2.5 mg/kg、5 mg/kg、10 mg/kg、15 mg/kg、20 mg/kg、25 mg/kg、30 mg/kg、40 mg/kg、50 mg/kg或更高。 治療方法 各種實施例提供治療發炎性腸病(IBD)之方法，該等方法包含向有需要之個體投與本文所述之抗TL1A抗體。在一些實施例中，個體包含一或多個風險變異體。 在各種實施例中，本文提供一種治療有需要之個體之發炎性腸病(IBD)之方法，該方法包含：向個體投與治療有效量之特異性結合TL1A之抗體或抗原結合片段，其中抗體或抗原結合片段選自由以下組成之群：(a)包含SEQ ID NO: 5之重鏈及包含SEQ ID NO: 13之輕鏈；(b)包含SEQ ID NO: 21之重鏈及包含SEQ ID NO: 29之輕鏈；(c) SEQ ID NO: 6-8之重鏈互補決定區(CDR)及SEQ ID NO: 14-16之輕鏈互補決定區(CDR)；(d) SEQ ID NO: 22-24之重鏈互補決定區(CDR)及SEQ ID NO: 30-32之輕鏈互補決定區(CDR)；(e) SEQ ID NO: 5及/或21之重鏈；(f) SEQ ID NO: 13及/或29之輕鏈；(g) SEQ ID NO: 6-8及/或SEQ ID NO: 22-24之重鏈互補決定區(CDR)；(h) SEQ ID NO: 14-16及/或SEQ ID NO: 30-32之輕鏈互補決定區(CDR)；及(i)其組合。 在各種實施例中，發炎性腸病(IBD)為克羅恩氏病、潰瘍性結腸炎及/或醫學上難治性潰瘍性結腸炎。 在各種實施例中，抗體為單株抗體。在一些實施例中，抗體為人類抗體。在各種實施例中，抗體為人類化抗體。在各種實施例中，抗體為中和抗體。 在各種其他實施例中，確定個體具有增強之TL1A表現。在一些實施例中，投與治療有效量之抗TL1A抗體引起所治療之個體中之TL1A的減少。 在各種實施例中，抗體或抗原結合片段選自由以下組成之群：(a)包含SEQ ID NO: 5之重鏈及包含SEQ ID NO: 13之輕鏈；(b) SEQ ID NO: 6-8之重鏈互補決定區(CDR)及SEQ ID NO: 14-16之輕鏈互補決定區(CDR)；(c) SEQ ID NO: 5之重鏈；(d) SEQ ID NO: 13之輕鏈；(e) SEQ ID NO: 6-8之重鏈互補決定區(CDR)；(f) SEQ ID NO: 14-16之輕鏈互補決定區(CDR)；及(g)其組合。 在各種其他實施例中，抗體或抗原結合片段選自由以下組成之群：(a)包含SEQ ID NO: 21之重鏈及包含SEQ ID NO: 29之輕鏈；(b) SEQ ID NO: 22-24之重鏈互補決定區(CDR)及SEQ ID NO: 30-32之輕鏈互補決定區(CDR)；(c) SEQ ID NO: 21之重鏈；(d) SEQ ID NO: 29之輕鏈；(e) SEQ ID NO: 22-24之重鏈互補決定區(CDR)；(f) SEQ ID NO: 30-32之輕鏈互補決定區(CDR)；及(g)其組合。 在各種實施例中，抗體或抗原結合片段由具有選自由以下組成之群之序列的核酸編碼：SEQ ID NO: 1、SEQ ID NO: 9、SEQ ID NO: 17、SEQ ID NO: 25及其組合。 在各種其他實施例中，抗體或抗原結合片段由具有選自由以下組成之群之序列的核酸編碼：(a) SEQ ID NO: 2-4之重鏈互補決定區(CDR)及SEQ ID NO: 10-12之輕鏈互補決定區(CDR)；(b) SEQ ID NO: 18-20之重鏈互補決定區(CDR)及SEQ ID NO: 26-28之輕鏈互補決定區(CDR)；(c) SEQ ID NO: 1及/或17之重鏈；(d) SEQ ID NO: 9及/或25之輕鏈；(e) SEQ ID NO: 2-4及/或SEQ ID NO: 18-20之重鏈互補決定區(CDR)；(f) SEQ ID NO: 10-12及/或SEQ ID NO: 26-28之輕鏈互補決定區(CDR)；及(g)其組合。 在各種態樣中，向個體投與抗TL1A抗體以用於治療。在各種其他實施例中，在一系列治療中投與抗TL1A抗體。在一些實施例中，抗TL1A抗體及第二IBD療法可以任何順序或同時投與。在所選實施例中，將向先前已經歷用第二IBD療法治療的患者投與抗TL1A抗體。在某些其他實施例中，將基本上同步或同時投與抗TL1A抗體及第二IBD療法。舉例而言，可給予個體抗TL1A抗體，同時進行用第二IBD療法之治療過程。在某些實施例中，將在用第二IBD療法治療之1年內投與抗TL1A抗體。在某些替代實施例中，將在用第二IBD療法治療之10、8、6、4或2個月內投與抗TL1A抗體。在某些其他實施例中，將在用第二IBD療法治療之4、3、2或1週內投與抗TL1A抗體。在一些實施例中，將在用第二IBD療法之任何治療之5、4、3、2或1天內投與抗TL1A抗體。進一步應瞭解，可在約幾小時或幾分鐘內(亦即同步)向個體投與兩種療法。 其他IBD療法包括但不限於：1)消炎藥(例如，胺基水楊酸鹽，諸如但不限於柳氮磺胺吡啶(sulfasalazine/Azulfidine)、5-胺基水楊酸鹽、美沙拉嗪(Mesalamine)、亞沙可(Asacol)、立艾達(Lialda)、羅瓦沙(Rowasa)、卡那沙(Canasa)、巴柳氮(balsalazide/Colazal)及奧沙拉嗪(olsalazine/Dipentum))；2)皮質類固醇(例如，強的松(prednisone)及氫皮質酮(hydrocortisone))；3)免疫系統抑制劑(例如，咪唑硫嘌呤(Azathioprine)、硫唑嘌呤(Azasan)、依木蘭(Imuran)、巰基嘌呤(mercaptopurine)、嘌呤托(Purinethol)、普利坦(Purixan)、環孢靈(Cyclosporine)、環孢素(Gengraf)、新山地明(Neoral)及山地明(Sandimmune)、英利昔單抗(Infliximab)、雷米卡德(Remicade)、阿達木單抗(adalimumab)、修美樂(Humira)、戈利木單抗(golimumab)及辛普尼(Simponi)、腫瘤壞死因子(TNF)-α抑制劑(例如，英利昔單抗)、甲胺喋呤(Methotrexate)、赫瑪瑞斯(Rheumatrex)、那他珠單抗(Natalizumab)、泰薩布里(Tysabri)、維多珠單抗(vedolizumab/Entyvio)、優特克單抗(Ustekinumab)及喜達諾(Stelara)；4)抗生素(例如，甲硝噠唑(Metronidazole)、弗來格(Flagyl)、環丙沙星(Ciprofloxacin)、西普樂(Cipro))；5)止瀉藥(例如，纖維補充劑-美達施(Metamucil)或塞曲瑟(Citrucel))或洛哌丁胺(loperamide)；6)疼痛舒解劑(例如，泰諾(Tylenol)、布洛芬(ibuprofen)、萘普生鈉(naproxen sodium)及雙氯芬酸鈉(diclofenac sodium))；及7)手術(例如，切除結腸、部分消化道切除、結腸切除術、直腸結腸切除術及/或狹窄成形術(strictureplasty))。在一些實施例中，此等IBD療法可與抗TL1A抗體組合投與。用抗體治療可在投與IBD療法之前、與投與IBD療法同時、或在投與IBD療法之後進行。組合投與可包括以單一醫藥調配物或使用分開的調配物共投與，或以任一順序但通常在一段時間內連續投與以使得所有活性劑可同步發揮其生物活性。該等IBD療法之任何給藥時程亦可如由熟習此項技術者確定加以使用。 在一些實施例中，第二IBD療法包含抗體。因此，療法可涉及組合投與本文所提供之抗體與針對其他IBD相關之抗原的其他抗體，諸如但不限於腫瘤壞死因子(TNF)-α。組合投與可包括以單一醫藥調配物或使用分開的調配物共投與，或以任一順序但通常在一段時間內連續投與以使得所有活性劑可同步發揮其生物活性。 套組 進一步提供治療IBD (例如，CD、UC及/或MR-UC)之套組。套組包含本文所述之抗體，其可用於進行本文所描述之方法。套組適用於實踐本發明方法，該方法藉由投與抗TL1A抗體提供對IBD、CD、UC及/或MR-UC患者之治療。套組為材料或組分之組合，包括本發明組合物中之至少一者。因此，在一些實施例中，套組含有包括抗TL1A抗體之組合物，以治療IBD、CD、UC及/或MR-UC，如上文所描述。在其他實施例中，套組含有對TL1A進行偵測檢定所必需及/或足以進行該偵測檢定之所有組分，包括所有對照物、進行檢定之說明書及用於分析及呈現結果之任何所需軟體。 在本發明套組中經組態之組分之確切性質視其預期目的而定。舉例而言，一些實施例出於治療IBD、CD、UC及/或MR-UC之目的經組態。在一個實施例中，套組尤其出於治療哺乳動物個體之目的經組態。在另一實施例中，套組尤其出於治療人類個體之目的經組態。在其他實施例中，套組經組態以用於獸醫應用，治療諸如但不限於農畜、家畜及實驗室動物的個體。 使用說明書可包括於套組中。「使用說明書」通常包括有形表述，其描述在使用套組之組分以實現所需結果(諸如治療或緩解IBD、CD、UC及/或MR-UC)中採用的技術。視情況，套組亦含有其他適用組分，諸如稀釋劑、緩衝劑、醫藥學上可接受之載劑、針筒、導管、施加器、吸液或量測工具、包紮材料或如熟習此項技術者將易於識別之其他適用用品。 可向從業者提供套組中組裝之材料或組分，其以保留其可操作性及效用的任何適宜及適合之方式儲存。舉例而言，組分可呈溶解、脫水或凍乾形式；其可在室溫、冷藏或冷凍溫度下提供。組分通常含於適合之封裝材料中。如本文所採用，片語「封裝材料」係指用於容納套組之內容物(諸如本發明組合物及其類似物)的一或多種物理結構。封裝材料係藉由熟知方法構築，較佳用以提供無菌、無污染物環境。在套組中採用之封裝材料為慣常用於基因表現檢定及療法投與的材料。如本文所使用，術語「封裝」係指能夠容納個別套組組分之適合之固體基質或材料，諸如玻璃、塑膠、紙、箔及其類似物。因此，舉例而言，封裝可為玻璃瓶或預填充針筒，其用於含有適合量之含抗TL1A抗體及/或用於TL1A之引物及探針的本發明組合物。封裝材料通常具有外部標籤，其表明套組之內容物及/或目的及/或其組分。實例 以下實例說明本文所述之實施例且不解釋為限制所描述之實施例的範疇。在提及之特異性材料之範圍內，僅出於說明的目的且不意欲為限制性的。熟習此項技術者可在不實施本發明之能力且在不脫離本發明之範疇的情況下發展相等方式或反應物。實例 1 產生免疫原及免疫協定以用於融合瘤產生 具有點突變C66S (如自全長蛋白中之前導甲硫胺酸計數)且缺乏前導57胺基酸之重組TL1A蛋白在大腸桿菌中表現。重組TL1A序列由SEQ ID NO: 33 (QLRAQGEASVQFQALKGQEFAPSHQQVYAPLRADGDKPRAHLTVVRQTPTQHFKNQFPALHWEHELGLAFTKNRMNYTNKFLLIPESGDYFIYSQVTFRGMTSECSEIRQAGRPNKPDSITVVITKVTDSYPEPTQLLMGTKSVCEVGSNWFQPIYLGAMFSLQEGDKLMVNVSDISLVDYTKEDKTFFGAFLL)表示。 表現TL1A之HEK293細胞株由用含有全長TL1A蛋白之序列的慢病毒構築體轉導而產生。此細胞株表現蛋白質之膜結合及分泌形式(分別如藉由基於流式細胞量測術及ELISA之方法確認)。由HEK293細胞株表現之TL1A之序列由SEQ ID NO: 34(MAEDLGLSFGETASVEMLPEHGSCR PKARSSSARWALTCCLVLLPFLAGLTTYLLVSQLRAQGEACVQFQALKGQEFAPSHQQVYAPLRADGDKPRAHLTVVRQTPTQHFKNQFPALHWEHELGLAFTKNRMNYTNKFLLIPESGDYFIYSQVTFRGMTSECSEIRQAGRPNKPDSITVVITKVTDSYPEPTQLLMGTKSVCEVGSNWFQPIYLGAMFSLQEGDKLMVNVSDISLVDYTKEDKTFFGAFLL)表示。 小鼠藉由使用重組蛋白及表現TL1A之細胞株之多輪免疫進行免疫。策略涉及初次免疫及兩輪追加免疫。兩組動物經免疫，交換各組之間的初次及追加免疫原：第1組：藉由重組TL1A蛋白之初次免疫及藉由表現TL1A之細胞株之追加免疫；及第2組：藉由表現TL1A之細胞株之初次免疫及藉由重組TL1A蛋白之追加免疫。自小鼠移除之B細胞與骨髓瘤細胞融合以產生表現5C3D11及9E12E5抗體之融合瘤。 融合瘤 5C3D11 之單株抗體定序 總RNA提取自冷凍融合瘤細胞，且cDNA合成自RNA。隨後進行PCR以擴增抗體之可變區(重鏈及輕鏈)，其隨後分別選殖至標準選殖載體中且經定序。 材料及方法 所用材料包括融合瘤細胞、TRIzol®試劑(Ambion，目錄號：15596-026)及PrimeScriptTM第1股cDNA合成套組(Takara，目錄號：6110A)。總 RNA 提取及反轉錄聚合酶鏈反應 (RT-PCR) 按照TRIzol®試劑之技術手冊，總RNA自融合瘤細胞分離。總RNA係藉由瓊脂糖凝膠電泳分析。 按照PrimeScriptTM第1股cDNA合成套組之技術手冊，使用同型特異性反義引物或通用引物將總RNA反轉錄為cDNA。根據GenScript之RACE之標準操作程序擴增VH及VL的抗體片段。抗體基因之選殖、篩選及定序 經擴增之抗體片段分別使用標準分子選殖程序選殖至標準選殖載體中。 進行菌落PCR篩選以鑑別具有正確大小之插入物之純系。針對各抗體片段定序不少於五個具有正確大小之插入物之單一菌落。 結果及分析 樣品之經分離之總RNA在1.5%瓊脂糖/GelRedTM凝膠上於DNA標記物，標記物III (TIANGEN，目錄號：MD103)旁邊進行，如圖1中所示。 各樣品之四微升PCR產物在1.5%瓊脂糖/GelRedTM凝膠上於DNA標記物，標記物III旁邊進行，如圖2中所示。PCR產物經純化且在-20℃下儲存直至進一步使用。定序結果及分析 對具有正確VH及VL插入物大小之五個單一菌落進行定序。發現五個不同純系之VH及VL基因幾乎一致。重鏈、輕鏈及CDR區之DNA及胺基酸序列描繪於SEQ ID NO: 1-16中(參見表2)，其對應於抗TL1A抗體5C3D11。表 2 ： 5C3D11之核苷酸及胺基酸序列 nt-核苷酸；aa-胺基酸 融合瘤 9E12E5 之單株抗體定序 總RNA提取自冷凍融合瘤細胞，且cDNA合成自RNA。隨後進行PCR以擴增抗體之可變區(重鏈及輕鏈)，其隨後分別選殖至標準選殖載體中且經定序。 材料及方法 所用材料包括融合瘤細胞；TRIzol®試劑(Ambion，目錄號：15596-026)；及PrimeScriptTM第1股cDNA合成套組(Takara，目錄號：6110A)。總 RNA 提取及反轉錄聚合酶鏈反應 (RT-PCR) 按照TRIzol®試劑之技術手冊，總RNA自融合瘤細胞分離。總RNA藉由瓊脂糖凝膠電泳分析。 按照PrimeScriptTM第1股cDNA合成套組之技術手冊，使用同型特異性反義引物或通用引物將總RNA反轉錄為cDNA。根據GenScript之RACE之標準操作程序擴增VH及VL的抗體片段。抗體基因之選殖、篩選及定序 經擴增之抗體片段分別使用標準分子選殖程序選殖至標準選殖載體中。 進行菌落PCR篩選以鑑別具有正確大小之插入物之純系。針對各抗體片段定序不少於五個具有正確大小之插入物之單一菌落。 結果及分析 樣品之經分離之總RNA在1.5%瓊脂糖/GelRedTM凝膠上於DNA標記物，標記物III (TIANGEN，目錄號：MD103)旁邊進行，如圖3中所示。 各樣品之四微升PCR產物在1.5%瓊脂糖/GelRedTM凝膠上於DNA標記物，標記物III旁邊進行，如圖4中所示。PCR產物經純化且在-20℃下儲存直至進一步使用。定序結果及分析 將具有正確VH及VL插入物大小之五個單一菌落進行定序。發現五個不同純系之VH及VL基因幾乎一致。重鏈、輕鏈及CDR區域之DNA及胺基酸序列描繪於SEQ ID NO: 17-32中(參見表3)，其對應於抗TL1A抗體9E12E5。表 3 ： 9E12E5之核苷酸及胺基酸序列 nt-核苷酸；aa-胺基酸實例 2 針對重鏈可變區(表4)及輕鏈可變區(表5)使用BLASTP 2.2.32+之兩個抗體序列之比對比較。表 4 ： 對重鏈可變區之BLAST分析 表 5 ： 對輕鏈可變區之BLAST分析 實例 3 抗人類TL1A單株抗體9E12E5及5C3D11中和活體外人類TL1A之活性。評估TL1A抗體對IFN-γ產生之影響，且兩種TL1A抗體均表明抑制TL1A誘發IFN-γ產生，如圖5中所示。MSD板用鼠類TL1A塗佈且與各種濃度之5C3D11或9E12E5一起培育以評估抗體識別鼠類TL1A之能力，如圖6中所示。包括人類TL1A作為陽性對照。5C3D11以濃度依賴性方式識別鼠類TL1A。使用TL1A轉染之HEK293細胞株評估5C3D11及9E12E5抗體二者之結合概況且與未經轉染之親本HEK293細胞株相比。將表現TL1A之HEK293細胞中之抗TL1A抗體之螢光染色與未經轉染之親本HEK293細胞相比，如圖7中所示。抗TL1A抗體之結合親和力係藉由Biacore量測，其中解離常數示於表6中。表 6 ： 抗TL1A抗體之結合親和力值 實例 4 進行結腸炎之動物模型中之抗TL1A抗體之功效。 抗TL1A抗體在藉由直腸內投與二硝基苯磺酸或三硝基苯磺酸(D/TNBS)或噁唑酮誘發之急性結腸炎及藉由投與含DSS之飲用水或轉移CD45RB^hi T細胞誘發之慢性結腸炎的嚙齒動物模型中進行測試。DNBS及噁唑酮誘發局部潰爛及發炎。DSS投與誘發由糜爛性病變及炎性浸潤表徵之腸道之穩定一般性發炎。所有此等模型之症狀通常包括腹瀉、潛血、體重減輕及間或脫肛。 在防治性模型中，抗體治療開始於開始投與誘發結腸炎之化合物時。在治療性模型中，抗體治療在誘發開始幾天後開始。測定治療對體重、糞便硬度及潛血之影響，以及對上皮完整性及炎性浸潤程度的微觀影響。每日臨床評分係基於糞便硬度及潛血之存在進行，得出疾病活性指數(DAI)得分。實例 5 進行1期臨床試驗以評估本文所提供之抗TL1A抗體於患有克羅恩氏病之個體中之安全性、耐受性、藥物動力學及藥效動力學。單次遞增劑量 (SAD) 組 ： 各組中之個體(個體係基於存在或不存在風險變異體分組)接受單次劑量之抗體或安慰劑。例示性劑量為1、3、10、30、100、300、600及800 mg抗體。持續預定時間進行安全性監測及PK評估。基於PK資料之評估，且若認為抗體具有良好耐受性，則在同一組或另一組健康個體內進行劑量遞增。繼續劑量遞增直至達至最大劑量，除非已達至預先界定的最大暴露或不能忍受的副作用變得顯而易見。多次遞增劑量 (MAD) 組： 各組中之個體(個體係基於存在或不存在風險變異體分組)接受多次劑量之抗體或安慰劑。劑量水準及投藥間隔選為自SAD資料預測為安全之彼等。選擇劑量水準及投藥頻率以達成在全身循環內維持於穩態數天的治療藥物水準，以允許監測適當安全性參數。收集且分析樣品以測定PK概況。納入標準： 在18歲與55歲之間無生育潛能之健康個體。健康定義為由詳細病史、全身體檢(包括血壓及脈搏率量測、12導聯ECG及臨床實驗室試驗)鑑別為無臨床相關異常。無生育潛能之女性個體必須滿足以下標準中的至少一者：(1)達成停經後狀態，定義為：在無替代性病理或生理原因的情況下停止常規月經至少連續12個月；且血清激濾泡素(FSH)含量在關於停經後女性的實驗室參考範圍內；(2)已進行經記錄之子宮切除術及/或兩側卵巢切除術；(3)醫學上已確認卵巢衰竭。將認為所有其他女性個體(包括輸卵管結紮之女性及無經記錄之子宮切除術、兩側卵巢切除術及/或卵巢衰竭之女性)具有生育潛能。身體質量指數(BMI)為17.5至30.5 kg/m² ；且總體重＞ 50 kg (110磅)。個人簽名且註明日期的知情同意文件之證據指示個體（或法定代理人)已經告知該研究之所有相關態樣。 選擇兩組健康個體：具有風險變異體之個體，及無風險變異體之個體，該風險變異體的存在與克羅恩氏病之易感性提高相關。排除標準 ： 臨床上顯著之血液疾病、腎病、內分泌疾病、肺病、胃腸疾病、心血管疾病、肝病、精神疾病、神經疾病、或過敏性疾病(包括藥物過敏，但不包括在投藥期間未經治療、無症狀、季節性的過敏)之跡象或病史。對於任何以下血清學試驗具有陽性結果史或當前陽性結果之個體：B型肝炎表面抗原(HBsAg)、B型肝炎核心抗體(HBcAb)、抗C型肝炎抗體(HCV Ab)或人類免疫缺陷病毒(HIV)。對治療藥物具有過敏性(allergic/anaphylactic) 反應史之個體。在研究藥物的第一劑量之前在30天(或如由當地要求所確定，取其較長者)或5個半衰期或180天(對於生物製劑)內藉由研究性藥物之治療。懷孕女性；哺乳女性；及具有生育潛能之女性。主要結果量度 ： 劑量限制性或不耐受性治療相關之不良事件(AE)之發生率[時間範圍：12週]。治療中出現的AE (TEAE)及由治療中出現的不良事件所致之停藥之發生率、嚴重性及因果關係[時間範圍：12週]。異常實驗室發現之發生率及量級[時間範圍：12週]。生命體徵、血壓(BP)及心電圖(ECG)參數中之異常及臨床相關變化[時間範圍：12週]。次要結果量度 ： 單次遞增劑量：所觀測到的最大血漿濃度(Cmax) [時間範圍：12週]。單次遞增劑量：達至所觀測到的最大血漿濃度之時間(Tmax) [時間範圍：12週]。單次遞增劑量：自時間為零至14天之血漿濃度-時間曲線下面積(AUC14天) [時間範圍：12週]。單次遞增劑量：自時間為零外推至無窮大時間之血漿濃度-時間曲線下面積(AUCinf) [時間範圍：12週]。單次遞增劑量：自時間為零至最後可量化濃度之時間之血漿濃度-時間曲線下面積(AUClast) [時間範圍：12週]。單次遞增劑量：劑量標準化最大血漿濃度(Cmax[dn]) [時間範圍：12週]。單次遞增劑量：自時間為零外推至無窮大時間之劑量標準化血漿濃度-時間曲線下面積(AUCinf[dn]) [時間範圍：12週]。單次遞增劑量：自時間為零至最後可量化濃度之時間之劑量標準化血漿濃度-時間曲線下面積(AUClast[dn]) [時間範圍：12週]。單次遞增劑量：血漿衰減半衰期(t1/2) [時間範圍：12週]。血漿衰減半衰期為針對血漿濃度減少一半量測之時間。單次遞增劑量：平均滯留時間(MRT) [時間範圍：12週]。單次遞增劑量：穩態分佈容積(Vss) [時間範圍：6週]。分佈容積定義為理論容積，其中藥物之總量將需要均勻分佈以產生藥物之所需血液濃度。穩態分佈容積(Vss)為穩態下之表觀分佈容積。單次遞增劑量：全身性清除率(CL) [時間範圍：6]。CL為自身體移除原料藥之速率之定量量度。 多次遞增劑量第一劑量：所觀測到的最大血漿濃度(Cmax) [時間範圍：12週]。多次遞增劑量第一劑量：達至所觀測到的最大血漿濃度之時間(Tmax) [時間範圍：12週]。多次遞增劑量第一劑量：自時間為零至時間τ，投藥時間間隔，其中τ=2週之血漿濃度-時間曲線下面積(AUCτ) [時間範圍：12週]。多次遞增劑量第一劑量：劑量標準化最大血漿濃度(Cmax[dn]) [時間範圍：12週]。多次遞增劑量第一劑量：自時間為零至時間τ，投藥時間間隔，其中τ=2週之劑量標準化血漿濃度-時間曲線下面積(AUCτ [dn]) [時間範圍：12週]。血漿衰減半衰期(t1/2) [時間範圍：12週]。血漿衰減半衰期為針對血漿濃度減少一半量測之時間。多次遞增劑量第一劑量：平均滯留時間(MRT) [時間範圍：12週]。表觀分佈容積(Vz/F) [時間範圍：12週]。分佈容積定義為理論容積，其中藥物之總量將需要均勻分佈以產生藥物之所需血漿濃度。口服劑量後之表觀分佈容積(Vz/F)受吸收分數影響。多次遞增劑量第一劑量：穩態分佈容積(Vss) [時間範圍：12週]。分佈容積定義為理論容積，其中藥物之總量將需要均勻分佈以產生藥物之所需血液濃度。穩態分佈容積(Vss)為穩態下之表觀分佈容積。多次遞增劑量第一劑量：表觀口服清除率(CL/F) [時間範圍：12週]。藥物之清除率為藉由正常生物過程代謝或消除藥物之速率之量度。口服劑量後獲得之清除率(表觀口服清除率)受經吸收之劑量的分數影響。清除率由群體藥物動力學(PK)建模估算。藥物清除率為自血液移除原料藥之速率之定量量度。多次遞增劑量第一劑量：全身性清除率(CL) [時間範圍：12週]。CL為自身體移除原料藥之速率之定量量度。 多次遞增劑量多次劑量：所觀測到的最大血漿濃度(Cmax) [時間範圍：12週]。多次遞增劑量多次劑量：達至所觀測到的最大血漿濃度之時間(Tmax) [時間範圍：12週]。多次遞增劑量多次劑量：自時間為零至時間τ，投藥時間間隔，其中τ=2週之血漿濃度-時間曲線下面積(AUCτ) [時間範圍：12週]。多次遞增劑量多次劑量：劑量標準化最大血漿濃度(Cmax[dn]) [時間範圍：12週]。多次遞增劑量多次劑量：自時間為零至時間τ，投藥時間間隔，其中τ=2週之劑量標準化血漿濃度-時間曲線下面積(AUCτ [dn]) [時間範圍：12週]。多次遞增劑量多次劑量：血漿衰減半衰期(t1/2) [時間範圍；12週]。血漿衰減半衰期為針對血漿濃度減少一半量測之時間。多次遞增劑量多次劑量：表觀分佈容積(Vz/F) [時間範圍：12週]。分佈容積定義為理論容積，其中藥物之總量將需要均勻分佈以產生藥物之所需血漿濃度。口服劑量後之表觀分佈體積(Vz/F)受吸收分數影響。多次遞增劑量多次劑量：穩態分佈容積(Vss) [時間範圍：12週]。分佈容積定義為理論容積，其中藥物之總量將需要均勻分佈以產生藥物之所需血液濃度。穩態分佈體積(Vss)為穩態下之表觀分佈容積。 多次遞增劑量多次劑量：表觀口服清除率(CL/F) [時間範圍：12週]。藥物之清除率為藉由正常生物過程代謝或消除藥物之速率之量度。口服劑量後獲得之清除率(表觀口服清除率)受經吸收之劑量的分數影響。清除率由群體藥物動力學(PK)建模估算。藥物清除率為自血液移除原料藥之速率之定量量度。多次遞增劑量多次劑量：全身性清除率(CL) [時間範圍：12週]。CL為自身體移除原料藥之速率之定量量度。多次遞增劑量多次劑量：所觀測到的最小血漿谷濃度(Cmin) [時間範圍：12週]。多次遞增劑量多次劑量：穩態平均濃度(Cav) [時間範圍：12週]。多次遞增劑量多次劑量：所觀測到的積累率(Rac) [時間範圍：12週]。多次遞增劑量多次劑量：峰谷波動(PTF) [時間範圍：12週]。多次遞增劑量其他參數：在對應靜脈內劑量下用於皮下投與之生物可用性(F)之估算值[時間範圍：12週]。單次遞增劑量及多次遞增劑量二者之免疫原性：抗藥物抗體(ADA)之發展[時間範圍：12週]。實例 6 進行1b期開放標籤臨床試驗以評估本文所提供之抗TL1A抗體對具有與克羅恩氏病相關之風險變異體的患者之功效。組 ： 向10個針對風險變異體呈陽性的患者投與抗體，該風險變異體的存在與克羅恩氏病之易感性提高相關。向5-10個針對風險變異體呈陰性的患者投與抗體。即時地監測患者。採用內窺鏡檢查及活檢之中心準備(central ready)，其中讀者對治療之時間點及終點不知情。納入標準 ： 選擇兩組個體：具有風險變異體之個體，及無風險變異體之個體，該風險變異體的存在與克羅恩氏病之易感性提高相關。主要結果量度 ： 克羅恩氏病之簡單內窺鏡得分(SESCD)、克羅恩氏病活性指數(CDAI)及患者報告結果(PRO)。若風險變異體陽性組展示自基線減少50%，則進行2a期臨床試驗。納入標準 ： PRO准入標準：腹痛得分為2或更高且/或大便頻率得分為4或更高。主要結果將為疼痛得分為0或1，且大便頻率得分為3或更低且自基線無惡化。內窺鏡檢查准入標準：若涉及結腸，則SESCD回腸僅在得分為4及6時准入。主要內窺鏡結果為平均SESCD之40-50% δ。實例 7 進行2a期臨床試驗以評估本文所提供之抗TL1A抗體在患有克羅恩氏病之個體中的功效。組 ： 用抗體或安慰劑治療每組40個患者(抗體及安慰劑組)12週。在以最高劑量治療來自各組的20個患者之後進行中期分析，以在主要結果(SESCD、CDAI及PRO之自基線減少50%)中尋找安慰劑與治療組之間的40-50% δ。主要結果量度 ： 克羅恩氏病之簡單內窺鏡得分(SESCD)、克羅恩氏病活性指數(CDAI)及患者報導結果(PRO)。納入標準 ： PRO准入標準：腹痛得分為2或更高且/或大便頻率得分為4或更高。主要結果將為疼痛得分為0或1，且大便頻率得分為3或更低且自基線無惡化。內窺鏡檢查准入指標：若涉及結腸，則SESCD回腸僅在得分為4及6時准入。主要內窺鏡結果為平均SESCD之40-50% δ。實例 8 產生人類化抗TL1A抗體。簡言之，產生包含來自人類生殖系抗體之5C3D11及構架區之CDR的抗體庫。使用噬菌體呈現篩查該庫以識別對人類TL1A (hTL1A)抗原具有親和力之抗體。使用表面電漿子共振(SPR)對六十個純系進行親和力評級。基於親和力資料及構架序列評估選擇五種抗體：AS12816、AS12819、AS12823、AS12824及AS12825。所選純系之序列資料示於表7 (VH)及表8 (VL)中。五個所選純系之親和力資料示於表9中。選擇五個所選純系中之四個(AS12816、AS12819、AS12823及AS12824)用於多循環親和力量測，其中對應資料示於表10中。表 7 ： 人類化抗TL1A純系：重鏈序列。 表 8 ： 人類化抗TL1A純系：輕鏈序列。 表 9 ： 人類化抗TL1A純系：輕鏈突變。 表 10 ： 使用SPR之hTL1A與人類化抗體之間的結合之多循環親和力量測。 實例 9 進行使用表面電漿子共振(SPR)之結合競爭檢定以評估測試抗TL1A抗體是否與任何本文所述之抗TL1A抗體結合至TL1A上之相同區域。在此實例中，參考抗體包含SEQ ID NO: 6-8之重鏈CDR及SEQ ID NO: 14-16之輕鏈CDR。 使用Biacore 2000或3000儀器，經由胺偶合使參考抗體直接固定至羧甲基化聚葡萄糖感測器晶片表面(CMS)上。在8.1 mM Na₂ HPO₄ 、1.47 mM KF₂ PO₄ ，pH 7.2、237 mM NaCI、2.7 mM KCI、3.4 mM EDTA及0.01% tween 20 (PBS-NET)中稀釋至10 nM之重組可溶人類TL1A或鼠類TL1A在10 RI/分鐘之流動速率下注射約1分鐘，以達成至少100反應單位(RU)的固定抗體上之結合水準。隨後在30 nM下注射參考抗體5分鐘以使TL1A上之所有潛在結合位點飽和。進行參考抗體之重複注射以確認此飽和。最後，在30 nM下注射作為對照組的含測試抗體之PBS-NET或單獨的PBS-NET持續5分鐘。若測試抗體結合至第一抗體飽和之TL1A，則此表明相比於參考抗體，測試抗體結合至TL1A上之非競爭區域。若測試抗體未結合至飽和TL1A，則此表明兩種抗體結合至相同區域或競爭結合至TL1A。在測試抗體與TL1A結合之後，此策略可用固定之測試抗體及注射之參考抗體重複。可重複各循環。在各循環結束時，藉由3M MgCl₂ 或0.1% TFA之30秒脈衝，繼之以兩個連續的PBS-NET之15秒脈衝使固定抗體表面再生。所有注射以10 Hz之收集速率在25℃下進行。使用對照表面及緩衝劑注射兩者對所有感測器圖譜進行雙重參考。實例 10 進行使用SPR之另一結合競爭檢定以評估測試抗TL1A抗體是否與本文所述之任何抗TL1A抗體結合至TL1A上之相同區域。在此實例中，參考抗體包含SEQ ID NO: 6-8之重鏈CDR及SEQ ID NO: 14-16之輕鏈CDR。 藉由在整個陣列中以三或四種不同密度偶合之胺使參考抗體固定至SPR晶片上。以遞增濃度系列注射TL1A蛋白以估算競爭分箱實驗期間的注射之動力學參數及適當濃度。一旦測定分箱實驗之最佳抗原濃度，則評估再生條件(通常短暫的低pH注射)以建立分箱檢定循環之間的最佳再生條件。 使用預混物(Pre-Mix)方法進行分箱，其中單獨或以飽和抗體濃度(例如30-50 μg/mL)預複合至測試抗體在陣列內注射中等濃度之TL1A。可進行檢定以使得測試抗體固定且參考抗體預複合至TL1A。結合至來自固定抗體之獨特區之純系提供信號增加，而競爭性純系將減少抗原結合信號。進行競爭檢定以使得所有純系作為配位體及分析物進行測試。 各種實施例描述於上文實施方式中。儘管此等描述直接描述以上實施例，但應理解，熟習此項技術者可設想對本文所展示及描述之特定實施例的修改及/或變化。在本說明書之範圍內之任何該等修改或變化亦意欲包括於其中。除非專門指出，否則本發明人之意圖為本說明書及申請專利範圍中之字語及片語給出對一般熟習適用技術者而言一般且慣常之含義。 已呈現本申請人在遞交本申請案時已知之各種實施例之前述描述且意欲出於說明及描述之目的。本發明描述不意欲為詳盡的或將本發明限制於所揭示之精確形式，且鑒於以上教示內容，許多修改及變化為可能的。所描述之實施例用以解釋原理及實際應用，且用以使得其他熟習此項技術者能夠利用各種實施例，任選地伴以適於預期特定用途之各種修改。因此，本發明不欲受限於所揭示之特定實施例。 儘管已展示及描述特定實施例，但熟習此項技術者將顯而易見的是，根據本文中之教示內容，可在不背離本發明及其更廣泛態樣之情況下作出變化及修改，且因此，隨附申請專利範圍應在其範疇內涵蓋所有該等變化及修改，如同在本發明之真正精神及範疇內。熟習此項技術者應理解，一般而言，本文中所用之術語通常預期作為「開放式」術語(例如術語「包括(including)」應解釋為「包括但不限於(including but not limited to)」，術語「具有」應解釋為「具有至少」，術語「包括(includes)」應解釋為「包括但不限於(includes but is not limited to)」等)。

在參考圖式中說明例示性實施例。本文所揭示之實施例及圖式意欲視為說明性而非限制性的。 圖1描繪自融合瘤684842-3 (5C3D11)之總RNA之瓊脂糖凝膠電泳。DNA標記物，標記物III示於泳道M中，且684842-3之總RNA示於泳道R中。 圖2描繪684842-3之PCR產物之瓊脂糖凝膠電泳。DNA標記物，標記物III示於泳道M中，684842-3之可變重鏈(VH)示於泳道1中，且684842-3之可變輕鏈(VL)示於泳道2中。 圖3描繪自融合瘤684842-6 (9E12E5)之總RNA之瓊脂糖凝膠電泳。DNA標記物，標記物III示於泳道M中，且684842-6之總RNA示於泳道R中。 圖4描繪684842-6之PCR產物之瓊脂糖凝膠電泳。DNA標記物，標記物III示於泳道M中，且684842-6之VH示於泳道1中，且684842-6之VL示於泳道2中。 圖5表明藉由9E12E5 (A圖)及5C3D11 (B圖)之人類TL1A誘發之IFN-γ產生的抑制。 圖6表明5C3D11 (A圖)及9E12E5 (B圖)對鼠類TL1A之識別能力。 圖7描繪直方圖曲線，展示與未經轉染之HEK293細胞株相比，表現TL1A之HEK293細胞株上之5C3D11 (A圖)及9E12E5 (B圖)抗TL1A抗體的螢光染色。

<110> 美國錫安山醫學中心(CEDARS-SINAI MEDICAL CENTER)

<120> 中和抗TL1A之單株抗體

<130> 52388-728.601

<140>

<141>

<150> 62/413,188

<151> 2016-10-26

<160> 49

<170> PatentIn version 3.5

<210> 1

<211> 405

<212> DNA

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成聚核苷酸

<400> 1

<210> 2

<211> 15

<212> DNA

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成寡核苷酸

<400> 2

<210> 3

<211> 51

<212> DNA

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成寡核苷酸

<400> 3

<210> 4

<211> 21

<212> DNA

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成寡核苷酸

<400> 4

<210> 5

<211> 135

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成多肽

<400> 5

<210> 6

<211> 5

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成肽

<400> 6

<210> 7

<211> 17

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成肽

<400> 7

<210> 8

<211> 7

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成肽

<400> 8

<210> 9

<211> 384

<212> DNA

<213> 人工序列

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<223> 人工序列之描述：合成聚核苷酸

<400> 9

<210> 10

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<212> DNA

<213> 人工序列

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<223> 人工序列之描述：合成寡核苷酸

<400> 10

<210> 11

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<212> DNA

<213> 人工序列

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<223> 人工序列之描述：合成寡核苷酸

<400> 11

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<211> 27

<212> DNA

<213> 人工序列

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<223> 人工序列之描述：合成寡核苷酸

<400> 12

<210> 13

<211> 128

<212> PRT

<213> 人工序列

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<223> 人工序列之描述：合成多肽

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<210> 14

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<212> PRT

<213> 人工序列

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<223> 人工序列之描述：合成肽

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<212> PRT

<213> 人工序列

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<223> 人工序列之描述：合成肽

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<211> 9

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<213> 人工序列

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<223> 人工序列之描述：合成肽

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<223> 人工序列之描述：合成聚核苷酸

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<223> 人工序列之描述：合成寡核苷酸

<400> 18

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<223> 人工序列之描述：合成寡核苷酸

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<212> DNA

<213> 人工序列

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<223> 人工序列之描述：合成寡核苷酸

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<213> 人工序列

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<223> 人工序列之描述：合成多肽

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<213> 人工序列

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<223> 人工序列之描述：合成肽

<400> 22

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<213> 人工序列

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<223> 人工序列之描述：合成肽

<400> 23

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<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成肽

<400> 24

<210> 25

<211> 393

<212> DNA

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成聚核苷酸

<400> 25

<210> 26

<211> 48

<212> DNA

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成寡核苷酸

<400> 26

<210> 27

<211> 21

<212> DNA

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成寡核苷酸

<400> 27

<210> 28

<211> 27

<212> DNA

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成寡核苷酸

<400> 28

<210> 29

<211> 131

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成多肽

<400> 29

<210> 30

<211> 16

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成肽

<400> 30

<210> 31

<211> 7

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成肽

<400> 31

<210> 32

<211> 9

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成肽

<400> 32

<210> 33

<211> 194

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成多肽

<400> 33

<210> 34

<211> 251

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成多肽

<400> 34

<210> 35

<211> 116

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成多肽

<400> 35

<210> 36

<211> 116

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成多肽

<400> 36

<210> 37

<211> 116

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成多肽

<400> 37

<210> 38

<211> 116

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成多肽

<400> 38

<210> 39

<211> 116

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成多肽

<400> 39

<210> 40

<211> 106

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成多肽

<400> 40

<210> 41

<211> 106

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成多肽

<400> 41

<210> 42

<211> 106

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成多肽

<400> 42

<210> 43

<211> 106

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成多肽

<400> 43

<210> 44

<211> 106

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成多肽

<400> 44

<210> 45

<211> 6

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成6xHis標籤

<400> 45

<210> 46

<211> 135

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成多肽

<400> 46

<210> 47

<211> 135

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成多肽

<400> 47

<210> 48

<211> 115

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成多肽

<400> 48

<210> 49

<211> 109

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成多肽

<400> 49

Claims (13)

1. 一種與人類腫瘤壞死因子樣蛋白1A(TL1A)結合之抗體或抗原結合片段，其中該抗體或其抗原結合片段包含：a)重鏈可變區，其包含重鏈互補決定區(HCDR)1、HCDR2及HCDR3，其中該HCDR1包含由SEQ ID NO：5所示之重鏈可變區序列中之HCDR1所組成之胺基酸序列，該HCDR2包含由SEQ ID NO：5所示之重鏈可變區序列中之HCDR2所組成之胺基酸序列，且該HCDR3包含由SEQ ID NO：5所示之重鏈可變區序列中之HCDR3所組成之胺基酸序列；及b)輕鏈可變區，其包含輕鏈互補決定區(LCDR)1、LCDR2及LCDR3，其中該LCDR1包含由SEQ ID NO：13所示之輕鏈可變區序列中之LCDR1所組成之胺基酸序列，該LCDR2包含由SEQ ID NO：13所示之輕鏈可變區序列中之LCDR2所組成之胺基酸序列，且該LCDR3包含由SEQ ID NO：13所示之輕鏈可變區序列中之LCDR3所組成之胺基酸序列，且其中該抗體或其抗原結合片段以2.11×10^-10M或小於2.11×10^-10M之結合親和力(K_D)結合至人類TL1A。
2. 如請求項1之抗體或抗原結合片段，其中該抗體或其抗原結合片段包含：(i)包含SEQ ID NO：5之重鏈可變區及包含SEQ ID NO：13之輕鏈可變區； (ii)包含SEQ ID NO：35之重鏈可變區及包含SEQ ID NO：40之輕鏈可變區；(iii)包含SEQ ID NO：36之重鏈可變區及包含SEQ ID NO：41之輕鏈可變區；(iv)包含SEQ ID NO：37之重鏈可變區及包含SEQ ID NO：42之輕鏈可變區；(v)包含SEQ ID NO：38之重鏈可變區及包含SEQ ID NO：43之輕鏈可變區；或(vi)包含SEQ ID NO：39之重鏈可變區及包含SEQ ID NO：44之輕鏈可變區。
3. 如請求項1之抗體或抗原結合片段，其中：i)該HCDR1包含由SEQ ID NO：6所示之胺基酸序列；ii)該HCDR2包含由SEQ ID NO：7所示之胺基酸序列；iii)該HCDR3包含由SEQ ID NO：8所示之胺基酸序列；iv)該LCDR1包含由SEQ ID NO：14所示之胺基酸序列；v)該LCDR2包含由SEQ ID NO：15所示之胺基酸序列；及vi)該LCDR3包含由SEQ ID NO：16所示之胺基酸序列。
4. 如請求項1至3中任一項之抗體或抗原結合片段，其中該抗體或抗原結合片段為：單株抗體、嵌合抗體、CDR移植抗體、人類化抗體、Fab、Fab'、F(ab')2、Fv、二硫鍵聯之Fv、scFv、雙功能抗體、多特異性抗體、雙重特異性抗體、雙特異性抗體或其組合。
5. 如請求項1至3中任一項之抗體或抗原結合片段，其中該抗體或抗原結合片段為人類化抗體或人類化抗原結合片段。
6. 一種醫藥組合物，其包含治療有效量之如請求項1至5中任一項之抗體或抗原結合片段，及醫藥學上可接受之載劑。
7. 一種核酸，其編碼如請求項1至5中任一項之抗體或抗原結合片段。
8. 一種如請求項1至5中任一項之抗體或抗原結合片段之用途，其係用於製造用於治療有需要之個體之發炎性腸病之藥劑。
9. 如請求項8之用途，其中該發炎性腸病包含克羅恩氏病、潰瘍性結腸炎、醫學上難治性潰瘍性結腸炎或其組合。
10. 如請求項8之用途，其中該個體過度表現TL1A。
11. 如請求項8之用途，其中該個體包含與發炎性腸病相關之風險變異體。
12. 如請求項8之用途，其中該個體先前已接受過第二療法。
13. 如請求項12之用途，其中該第二療法包含腫瘤壞死因子(TNF)-α抗體。