RU2813966C2

RU2813966C2 - Способы лечения злокачественных опухолей с использованием ингибитора atr

Info

Publication number: RU2813966C2
Application number: RU2020120969A
Authority: RU
Inventors: Марина ПЕННИ; Джон Роберт ПОЛЛАРД; Дарин ТАКЕМОТО; Дэвид ГЕХО; Джеймс САЛЛИВАН; Филип Майкл РИПЕР
Original assignee: Вертекс Фармасьютикалз Инкорпорейтед
Priority date: 2017-12-29
Filing date: 2018-12-27
Publication date: 2024-02-20

Abstract

Группа изобретений относится к способам выявления рака, имеющего чувствительность к соединению-ингибитору ATR в комбинации с агентом, повреждающим ДНК, и к лечению субъектов с таким выявленным раком с помощью ингибитора ATR в комбинации с агентом, повреждающим ДНК. Измеряют уровень активности CDKN1A в злокачественной опухоли пациента. Сравнивают измеренную активность CDKN1A с активностью CDKN1A в контрольной ткани или клетке. Отбирают пациента со злокачественной опухолью, идентифицированной как имеющая сниженную активность CDKN1A, для лечения с использованием ингибитора ATR IIA-7 или I-G-32 в комбинации с повреждающим ДНК средством, которое представляет собой цисплатин или гемцитабин. Изобретения позволяют осуществлять стратификацию пациентов со злокачественной опухолью для терапии с использованием ингибитора ATR в комбинации с повреждающим ДНК средством с синергическим ответом. 4 н. и 32 з.п. ф-лы, 14 ил., 5 табл., 1 пр.

Description

ПЕРЕКРЕСТНАЯ ССЫЛКА НА РОДСТВЕННЫЕ ЗАЯВКИ

[0001] По настоящей заявке испрашивается приоритет Предварительной патентной заявки США No. 62/611955, поданной 29 декабря 2017 г., полное содержание которой включено в настоящее описание посредством ссылки.

УРОВЕНЬ ТЕХНИКИ

[0002] Злокачественную опухоль рассматривают как гетерогенное заболевание, где каждый тип злокачественной опухоли характеризуется отдельным макроскопическим и молекулярным фенотипом. Эта гетерогенность возникает между различными типами злокачественных опухолей и внутри злокачественной опухоли, и включает различия, среди прочего, в клеточной морфологии, микроокружении, экспрессии генов, способности к пролиферации и потенциале метастазирования. Генетическая гетерогенность является распространенной характеристикой, которая может возникать собственно из источника злокачественной опухоли, но также может быть обусловлена генетической нестабильностью из-за нарушения аппарата репарации ДНК и репликации клетки. В некоторых случаях, гетерогенность или отбор злокачественных опухолей с отдельными признаками возникает из-за селективного давления, создаваемого собственно терапией злокачественных опухолей. В качестве отражения этой гетерогенности, различные злокачественные опухоли могут иметь различную чувствительность к лечению злокачественных опухолей, и таким образом, не все пациенты со злокачественными опухолями одинаково отвечают на предписанную терапию злокачественных опухолей, и фактически, для эффективности терапии злокачественных опухолей показана высокая изменчивость среди различных злокачественных опухолей. Кроме того, чувствительность злокачественной опухоли к конкретной терапии может меняться со стадией злокачественной опухоли. Таким образом, является желательным иметь основание для определения способности злокачественной опухоли к ответу для выбора конкретной терапии злокачественной опухоли, определения режима дозирования и оценки изменений способности к ответу по мере прогрессирования лечения и заболевания.

СУЩНОСТЬ ИЗОБРЕТЕНИЯ

[0003] Ранее опубликовано, что конкретные ингибиторы мутантной при атаксии-телеангиэктазии и родственной Rad3 киназы (ATR), обозначенные в настоящем описании как ингибиторы ATR или ATRi, проявляют синергизм с конкретными химиотерапевтическими средствами. Однако, для комбинированной терапии ингибиторами ATR показаны изменчивые уровни синергизма для различных типов злокачественных опухолей, и они могут иметь низкий синергизм против некоторых злокачественных опухолей. По настоящему изобретению, проведен анализ для идентификации биологических маркеров, имеющих исходные уровни экспрессии, коррелирующие с синергическим ответом на ингибиторы ATR, в частности, в комбинации с повреждающими ДНК средствами. В этом анализе исследовано приблизительно 18000 маркеров и неожиданно идентифицирована экспрессия ингибитора-1 циклин-зависимой киназы (CDKN1A) в надежной и статистически значимой ассоциации с синергическим ответом. Анализ также идентифицировал ассоциацию статуса мутации белка опухолей 53 (TP53 или p53) с синергическим ответом на комбинированную терапию ингибиторами ATR. Однако, уровень ассоциации CDKN1A был независимым от статуса TP53, показывая, что CDKN1A обладал дискриминационной способностью независимо от статуса мутации и/или функции TP53.

[0004] Кроме того, в настоящем описании описано дополнительное обнаружение того, что для уровней CDKN1A ниже конкретного порога показана более сильная ассоциация с синергическим ответом. С этой точки зрения, в настоящем описании описано, что для злокачественных опухолей, имеющих уровень CDKN1A в трех нижних квартилях (т.е., в квартилях с 1-го по 3-й), по сравнению с тестируемой популяцией, показана более сильная ассоциация с синергическим ответом на комбинированную терапию ингибиторами ATR. Иными словами, злокачественные опухоли, имеющие самые высокие исходные уровни CDKN1A, с меньшей вероятностью имеют статистически значимую ассоциацию с синергическим ответом на комбинированную терапию ингибиторами ATR.

[0005] Соответственно, в одном аспекте настоящее изобретение относится к ингибитору ATR для использования в способе лечения злокачественной опухоли, отличающемуся тем, что лечение предписано для злокачественной опухоли, идентифицированной как имеющая сниженную активность ингибитора 1A циклин-зависимой киназы (CDKN1A) по сравнению с активностью CDKN1A в контрольной ткани или клетке. В некоторых вариантах осуществления, использование происходит в способе лечения злокачественной опухоли, включающем введение пациенту с злокачественной опухолью, идентифицированной как имеющая сниженную активность CDKN1A, по сравнению с активностью CDKN1A в контрольной ткани или клетке, терапевтически эффективного количества ингибитора ATR для сенсибилизации злокачественной опухоли к повреждающему ДНК средству.

[0006] В некоторых вариантах осуществления, идентификацию злокачественной опухоли как имеющей сниженную активность CDKN1A, осуществляют посредством: измерения уровня активности CDKN1A в злокачественной опухоли; и сравнения измеренной активности CDKN1A с активностью CDKN1A в соответствующей контрольной ткани или клетке. Как далее обсуждают в настоящем описании, в некоторых вариантах осуществления, измерение активности CDKN1A осуществляют in vitro, например, в биологическом образце.

[0007] В некоторых вариантах осуществления, способ лечения дополнительно включает детекцию присутствия или отсутствия ослабляющей активность или инактивирующей мутации в белке TP53 или в гене, кодирующем белок TP53, где, в случае злокачественной опухоли, идентифицированной как имеющая сниженный уровень активности CDKN1A, по сравнению с активностью CDKN1A в контрольной ткани или клетке, и присутствия ослабляющей активность или инактивирующей мутации в белке TP53 или в гене, кодирующем белок TP53, вводят терапевтически эффективное количество ингибитора ATR.

[0008] В некоторых вариантах осуществления, способ лечения дополнительно включает введение пациенту терапевтически эффективного количества одного или нескольких повреждающих ДНК средств. В некоторых вариантах осуществления, терапевтически эффективное количество повреждающего ДНК средства представляет собой количество, которое является терапевтически эффективным в комбинации с ингибитором ATR. В некоторых вариантах осуществления, терапевтически эффективное количество повреждающего ДНК средства меньше, чем терапевтически эффективное количество повреждающего ДНК средства при использовании в отсутствие ингибитора ATR.

[0009] В другом аспекте уровни активности CDKN1A используют для идентификации злокачественных опухолей, имеющих увеличенную чувствительность к ингибитору ATR. В некоторых вариантах осуществления, способ идентификации злокачественной опухоли, имеющей увеличенную чувствительность к ингибитору ATR, включает: измерение уровня активности CDKN1A в злокачественной опухоли; сравнение измеренной активности CDKN1A с активностью CDKN1A в соответствующей контрольной ткани или клетке; и идентификацию злокачественной опухоли, имеющей сниженную активность CDKN1A, по сравнению с активностью CDKN1A в контрольной ткани или клетке, как имеющую увеличенную чувствительность к ингибитору ATR.

[0010] В некоторых вариантах осуществления, увеличенная чувствительность относится к ингибитору ATR в комбинации с повреждающим ДНК средством. В некоторых вариантах осуществления, увеличенную чувствительность характеризуют как синергический ответ ингибирования роста злокачественной опухоли на ингибитор ATR, в частности в комбинации с повреждающим ДНК средством.

[0011] В некоторых вариантах осуществления, способ идентификации злокачественной опухоли, имеющей увеличенную чувствительность к ингибитору ATR, дополнительно включает детекцию присутствия или отсутствия ослабляющей активность или инактивирующей мутации в белке TP53 или в гене, кодирующем белок TP53, где злокачественную опухоль, имеющую сниженную активность CDKN1A, по сравнению с активностью CDKN1A в контрольной ткани или клетке, и присутствие ослабляющей активность или инактивирующей мутации в белке TP53 или в гене, кодирующем белок TP53, идентифицируют как имеющую увеличенную чувствительность к ингибитору ATR.

[0012] В другом аспекте уровень активности CDKN1A используют для отбора злокачественной опухоли для лечения с использованием ингибитора ATR. В некоторых вариантах осуществления, способ отбора злокачественной опухоли для лечения с использованием ингибитора ATR включает: измерение уровня активности CDKN1A в злокачественной опухоли; сравнение измеренной активности CDKN1A с активностью CDKN1A в соответствующей контрольной ткани или клетке; и отбор злокачественной опухоли, имеющей сниженную активность CDKN1A, по сравнению с активностью CDKN1A в контрольной ткани или клетке, для лечения с использованием ингибитора ATR.

[0013] В некоторых вариантах осуществления, способ отбора злокачественной опухоли для лечения с использованием ингибитора ATR, дополнительно включает детекцию присутствия или отсутствия ослабляющей активность или инактивирующей мутации в белке TP53 или в гене, кодирующем белок TP53, где злокачественную опухоль, имеющую сниженную активность CDKN1A, по сравнению с активностью CDKN1A в соответствующей контрольной ткани или клетке, и присутствие ослабляющей активность или инактивирующей мутации в белке TP53 или в гене, кодирующем белок TP53, отбирают для лечения с использованием ингибитора ATR.

[0014] В некоторых вариантах осуществления, отбор злокачественной опухоли предназначен для лечения с использованием ингибитора ATR в комбинации с повреждающим ДНК средством.

[0015] В вариантах осуществления настоящего изобретения, низкая или сниженная активность CDKN1A представляет собой уровень активности CDKN1A, находящийся в трех нижних квартилях активности CDKN1A в контрольной ткани или клетке. В некоторых вариантах осуществления, сниженная активность CDKN1A представляет собой уровень активности CDKN1A, находящийся в третьем или нижнем квартиле активности CDKN1A в контрольной ткани или клетке. В некоторых вариантах осуществления, сниженная активность CDKN1A представляет собой уровень активности CDKN1A находящийся в первом квартиле активности CDKN1A в контрольной ткани или клетке. В некоторых вариантах осуществления, порог отсечения (или порог), разграничивающий злокачественные опухоли с менее вероятным синергическим ответом и злокачественные опухоли с более вероятным синергическим ответом, находится между нижними (самыми низкими) тремя квартилями и верхним (самым высоким) одним квартилем экспрессии CDKN1A.

[0016] В некоторых вариантах осуществления, низкая или сниженная активность CDKN1A представляет собой уровень активности CDKN1A, составляющий приблизительно 75% или менее, приблизительно 50% или менее, или приблизительно 25% или менее активности CDKN1A в соответствующей контрольной ткани или клетке. В некоторых вариантах осуществления, сниженная активность CDKN1A представляет собой уровень активности CDKN1A, составляющий приблизительно 50% или менее активности CDKN1A в контрольной ткани или клетке. В некоторых вариантах осуществления, сниженная активность CDKN1A представляет собой уровень активности CDKN1A, составляющий приблизительно 25% или менее активности CDKN1A в контрольной ткани или клетке.

[0017] В следующем аспекте, уровень CDKN1A используют для идентификации злокачественной опухоли или пациента с злокачественной опухолью, которая служит противопоказанием для лечения с использованием ингибитора ATR. В некоторых вариантах осуществления, способ идентификации пациента, имеющего злокачественную опухоль, которая служит противопоказанием или не показана для лечения с использованием ингибитора ATR, включает: измерение уровня активности ингибитора 1A циклин-зависимой киназы (CDKN1A) в злокачественной опухоли пациента; сравнение измеренной активности CDKN1A с активностью CDKN1A в контрольной ткани или клетке; и идентификацию пациента, имеющего злокачественную опухоль с активностью CDKN1A, по существу сходной с активностью CDKN1A в контрольной ткани или клетке, как имеющего противопоказания для лечения с использованием ингибитора ATR.

[0018] В некоторых вариантах осуществления, противопоказание относится к лечению злокачественной опухоли с использованием ингибитора ATR в комбинации с повреждающим ДНК средством.

[0019] В некоторых вариантах осуществления, злокачественная опухоль, идентифицированная как имеющая противопоказания для лечения с использованием ингибитора ATR, имеет измеренную активность CDKN1A в четвертом квартиле активности CDKN1A в контрольной ткани или клетке. В некоторых вариантах осуществления, злокачественная опухоль, идентифицированная как имеющая противопоказания для лечения с использованием ингибитора ATR, имеет измеренную активность CDKN1A, превышающую 75% активности CDKN1A в контрольной ткани или клетке.

[0020] В некоторых вариантах осуществления, способ идентификации злокачественной опухоли, как имеющей противопоказания для лечения с использованием ингибитора ATR, дополнительно включает детекцию присутствия или отсутствия ослабляющей активность или инактивирующей мутации в белке TP53 или в гене, кодирующем белок TP53, где злокачественную опухоль, имеющую по существу сходную активность CDKN1A, по сравнению с активностью CDKN1A в контрольной ткани или клетке, и отсутствие ослабляющей активность или инактивирующей мутации в белке TP53 или в гене, кодирующем белок TP53, идентифицируют как злокачественную опухоль, имеющую противопоказания для лечения с использованием ингибитора ATR.

[0021] В некоторых вариантах осуществления, злокачественная опухоль для анализа, отбора и/или лечения, в соответствии со способами, описанными в настоящем описании, включает, но без ограничения, рак легкого (например, немелкоклеточный рак легкого и мелкоклеточный рак легкого), рак яичника, рак поджелудочной железы, рак головы и шеи, глиому/глиобластому, рак пищевода, рак эндометрия, рак молочной железы, колоректальный рак, рак яичка, рак печени, рак предстательной железы и рак шейки матки. Другие злокачественные опухоли, подходящие для способов в настоящем описании, описаны в подробном описании.

[0022] В некоторых вариантах осуществления, ингибитор ATR для способов и применений по настоящему изобретению представляет собой избирательный ингибитор ATR. В некоторых вариантах осуществления, ингибиторы ATR включают соединения, описанные в Публикациях патентных заявок WO 2010/071837 и WO2014/089379. В некоторых вариантах осуществления, ингибитор ATR представляет собой соединение пиразина, охваченное формулами IA, IIA или IA-iii, описанными в настоящем описании, такое как соединения, описанные в таблице 1. В некоторых вариантах осуществления, ингибитор ATR представляет собой соединение пиразолoпиримидина, охваченное формулами I или IA, такое как соединения, описанные в таблице 2 и таблице 3. В некоторых вариантах осуществления, ингибитор ATR представляет собой соединение формулы:

или его фармацевтически приемлемую соль.

[0023] В некоторых вариантах осуществления, способы, описанные в настоящем описании, предназначены для ингибитора ATR, такого как соединение IIA-7, в комбинации с повреждающим ДНК средством. В некоторых вариантах осуществления, повреждающее ДНК средство представляет собой, в качестве неограничивающего примера, ионизирующее излучение, средство на основе платины, ингибитор топоизомеразы I (Topo I), ингибитор топоизомеразы II (Topo II), антиметаболит (например, антагонисты пурина и антагонисты пиримидина), алкилирующее средство и противораковый антибиотик. В некоторых вариантах осуществления, повреждающее ДНК средство представляет собой цисплатин или гемцитабин. В некоторых вариантах осуществления, комбинированная терапия для способов по настоящему изобретению представляет собой соединение IIA-7 ингибитора ATR или его фармацевтически приемлемую соль, в комбинации с цисплатином. В некоторых вариантах осуществления, комбинированная терапия для способов по настоящему изобретению представляет собой соединение IIA-7 ингибитора ATR или его фармацевтически приемлемую соль, в комбинации с гемцитабином.

[0024] В некоторых вариантах осуществления, способы, описанные в настоящем описании, предназначены для ингибитора ATR, такого как соединение I-G-32, в комбинации с повреждающим ДНК средством. В некоторых вариантах осуществления, повреждающее ДНК средство представляет собой, в качестве неограничивающего примера, ионизирующее излучение, средство на основе платины, ингибитор топоизомеразы I (Topo I), ингибитор топоизомеразы II (Topo II), антиметаболит (например, антагонисты пурина и антагонисты пиримидина), алкилирующее средство и противораковый антибиотик. В некоторых вариантах осуществления, повреждающее ДНК средство представляет собой цисплатин или гемцитабин. В некоторых вариантах осуществления, комбинированная терапия для способов по настоящему изобретению представляет собой соединение I-G-32 ингибитора ATR или его фармацевтически приемлемую соль, в комбинации с цисплатином. В некоторых вариантах осуществления, комбинированная терапия для способов по настоящему изобретению представляет собой соединение I-G-32 ингибитора ATR или его фармацевтически приемлемую соль, в комбинации с гемцитабином.

[0025] В некоторых вариантах осуществления, ингибитор ATR используют в комбинации с ингибитором полимеразы полиАДФ-рибозы (PARP) или ингибитором киназы контрольной точки-1 (Chk1). Другие вторичные лекарственные средства для использования с ингибитором ATR в способах по настоящему изобретению представлены в настоящем описании. В некоторых вариантах осуществления, ингибитор ATR используют в комбинации с повреждающим ДНК средством и ингибитором PARP. В некоторых вариантах осуществления, ингибитор ATR используют в комбинации с повреждающим ДНК средством и ингибитором Chk1. В некоторых вариантах осуществления, ингибитор ATR используют в комбинации с повреждающим ДНК средством, ингибитором PARP и ингибитором Chk1.

[0026] Различные способы измерения активности CDKN1A, оценки статуса мутации белка CDKN1A и гена, кодирующего белок CDKN1A, и оценки статуса мутации белка TP53 и гена, кодирующего белок TP53, представлены в подробном описании ниже. В некоторых вариантах осуществления, активность или уровень CDKN1A измеряют посредством детекции белка CDKN1A, например, с использованием антитела против белка CDKN1A. В некоторых вариантах осуществления, активность или уровень CDKN1A измеряют посредством детекции экспрессии мРНК CDKN1A, например, посредством полимеразной цепной реакции или с использованием зондов для гибридизации нуклеиновой кислоты, например, на микромассивах. В некоторых вариантах осуществления, панели зондов или набор зондов, например, панель зондов на основе нуклеиновой кислоты, используют для измерения экспрессии CDKN1A, и одного или нескольких из статуса мутации CDKN1A и/или статуса мутации TP53 в злокачественной опухоли.

[0027] В другом аспекте настоящее изобретение относится к изделию, содержащему:

(a) упаковочный материал;

(b) ингибитор ATR или его фармацевтически приемлемую соль; и

(c) этикетку, вкладыш в упаковку или инструкции для получения этикетки или вкладыша в упаковку, содержащиеся внутри упаковочного материала, где на этикетке или в вкладыше в упаковку представлена инструкция по применению, на основании уровня активности CDKN1A, или на основании уровня активности CDKN1A и статуса мутации TP53, определенных для злокачественной опухоли у пациента.

[0028] Следует понимать, что все комбинации приведенных выше концепций и дополнительных концепций, более подробно обсуждаемых ниже (при условии, что такие концепции не являются взаимно несовместимыми), предусмотрены в качестве части объекта изобретения, описанного в настоящем описании.

КРАТКОЕ ОПИСАНИЕ ЧЕРТЕЖЕЙ

[0029] Следует понимать, что фигуры не обязательно приведены в масштабе, вместо этого уделено внимание общей иллюстрации различных концепций и вариантов осуществления, обсуждаемых в настоящем описании.

[0030] На ФИГ. 1 показаны графики синергизма соединения I-G-32 или соединения IIA-7 ингибитора ATR в комбинации с цисплатиномом или гемцитабином в панели из 552 линий клеток злокачественных опухолей. Нижняя горизонтальная линия (на значении ноль по y-оси) представляет отсутствие синергизма (аддитивный эффект, когда средства используют в комбинации), средняя горизонтальная линия представляет синергизм (эквивалентный 3-кратному сдвигу IC50 (данные не представлены)), и верхняя горизонтальная линия представляет сильный синергизм (эквивалентный 10-кратному сдвигу IC50 (данные не представлены)). Цисплатин обозначен «цис», и гемцитабин обозначен «гем». Виды комбинированной терапии указаны на x-оси.

[0031] На ФИГ. 2 показана ящичная диаграмма соединения IIA-7 в комбинации с цисплатином по статусу мутации TP53. Нижняя, средняя и верхняя горизонтальные линии являются такими, как описано для ФИГ. 1. Дикий тип обозначает образцы, не имеющие распознаваемой мутации TP53. Мутант обозначает образцы, несущие детектированную мутацию TP53.

[0032] На ФИГ. 3 показана ящичная диаграмма соединения I-G-32 в комбинации с цисплатином по статусу мутации TP53. Нижняя, средняя и верхняя горизонтальные линии являются такими, как описано для ФИГ. 1. Дикий тип обозначает образцы, не имеющие распознаваемой мутации TP53. Мутант обозначает образцы, несущие детектированную мутацию TP53.

[0033] На ФИГ. 4 показана ящичная диаграмма соединения IIA-7 в комбинации с гемцитабином по статусу мутации TP53. Нижняя, средняя и верхняя горизонтальные линии являются такими, как описано для ФИГ. 1. Дикий тип обозначает образцы, не имеющие распознаваемой мутации TP53. Мутант обозначает образцы, несущие детектированную мутацию TP53.

[0034] На ФИГ. 5 показана ящичная диаграмма соединения I-G-32 в комбинации с гемцитабином по статусу мутации TP53. Нижняя, средняя и верхняя горизонтальные линии являются такими, как описано для ФИГ. 1. Дикий тип обозначает образцы, не имеющие распознаваемой мутации TP53. Мутант обозначает образцы, несущие детектированную мутацию TP53.

[0035] На ФИГ. 6 показана диаграмма рассеяния исходной экспрессии гена CDKN1A против синергизма соединения IIA-7/цисплатина, окрашенная по статусу мутации TP53. Каждая точка представляет различную линию клеток злокачественной опухоли.

[0036] На ФИГ. 7 показана диаграмма рассеяния исходной экспрессии гена CDKN1A против синергизма соединения I-G-32/цисплатина, окрашенная по статусу мутации TP53. Каждая точка представляет различную линию клеток злокачественной опухоли.

[0037] На ФИГ. 8 показана диаграмма рассеяния исходной экспрессии гена CDKN1A против синергизма соединения IIA-7/гемцитабина, окрашенная по статусу мутации TP53. Каждая точка представляет различную линию клеток злокачественной опухоли.

[0038] На ФИГ. 9 показан диаграмма рассеяния исходной экспрессии гена CDKN1A против синергизма соединения I-G-32/гемцитабина, окрашенная по статусу мутации TP53. Каждая точка представляет различную линию клеток злокачественной опухоли.

[0039] На ФИГ. 10 показана ящичная диаграмма соединения IIA-7 в комбинации с цисплатином по квартилям экспрессии гена CDKN1A. Нижняя, средняя и верхняя горизонтальные линии являются такими, как описано для ФИГ. 1. 4Q обозначает образцы, имеющие самую высокую (верхние 25%) экспрессию CDKN1A, когда экспрессия CDKN1A разделена на 4 равные части на логарифмической шкале. 1-3Q обозначает образцы, имеющие самую низкую (нижние 75%) экспрессию CDKN1A. Количество образцов в каждой группе (либо Q4, либо 1-3Q) показано в скобках.

[0040] На ФИГ. 11 показана ящичная диаграмма соединения I-G-32 в комбинации с цисплатином по квартилям экспрессии гена CDKN1A. Нижняя, средняя и верхняя горизонтальные линии являются такими, как описано для ФИГ. 1. Группы 4Q и 1-3Q являются такими, как определено для ФИГ. 10.

[0041] На ФИГ. 12 показана ящичная диаграмма соединения IIA-7 в комбинации с гемцитабином по квартилям экспрессии гена CDKN1A. Нижняя, средняя и верхняя горизонтальные линии являются такими, как описано для ФИГ. 1. Группы 4Q и 1-3Q являются такими, как определено для ФИГ. 10.

[0042] На ФИГ. 13 показана ящичная диаграмма соединения I-G-32 в комбинации с гемцитабином по квартилям экспрессии гена CDKN1A. Нижняя, средняя и верхняя горизонтальные линии являются такими, как описано для ФИГ. 1. Группы 4Q и 1-3Q являются такими, как определено для ФИГ. 10.

[0043] На ФИГ. 14 показаны результаты дисперсионного анализа (ANOVA) для ассоциации между статусом мутации TP53 и исходной экспрессией гена CDKN1A, и активностью соединения IIA-7 или соединения I-G-32, в комбинации с цисплатином или гемцитабином.

ПОДРОБНОЕ ОПИСАНИЕ

[0044] Настоящее изобретение относится к способу идентификации злокачественной опухоли, чувствительной к терапии злокачественной опухоли с использованием ингибитора ATR, и к его применению в качестве основы для отбора злокачественной опухоли для лечения с использованием терапии злокачественной опухоли. Биомаркеры для идентификации злокачественной опухоли, чувствительной к терапии злокачественной опухоли, идентифицированы посредством скрининга более 500 линий клеток злокачественных опухолей, охватывающих диапазон типов злокачественных опухолей, по исходной экспрессии приблизительно 18000 экспрессированных генов. Линии клеток дополнительно оценивали по их ответу на комбинированную терапию, включающую ингибитор ATR и повреждающее ДНК средство, в частности, комбинацию ингибитора ATR со средством на основе платины, таким как цисплатин, или антиметаболитом, таким как гемцитабин. Цитотоксические эффекты этих комбинаций на эти линии клеток лежали в диапазоне от меньших, чем аддитивные, до аддитивных и до синергических.

[0045] Из приблизительно 18000 тестированных экспрессированных генов, экспрессия ингибитора 1A циклин-зависимой киназы (CDKN1A), по-видимому, являлась надежно отслеживаемой, и таким образом, ассоциированной с чувствительностью злокачественной опухоли к комбинации ингибитора ATR и повреждающего ДНК средства. Скрининг также идентифицировал ассоциацию белка TP53 с чувствительностью злокачественной опухоли к комбинированному лечению. В то время как TP53 имеет некоторую ассоциацию с общим ответом на виды комбинированной терапии ингибитором ATR, экспериментальные данные, представленные в настоящем описании, показывают, что CDKN1A имеет более сильную ассоциацию с чувствительностью к терапии злокачественной опухоли, чем TP53. То, что продукт этого одного гена из 18000 имел сильную ассоциацию со степенью чувствительности к комбинированному лекарственному средству, является неожиданным. Даже более неожиданным является то, что ассоциация чувствительности с экспрессией CDKN1A являлась независимой от уровня или статуса мутации TP53. Идентификация экспрессии CDKN1A для установления различий между злокачественными опухолями, для которых показан синергический ответ, и злокачественными опухолями с низким или несинергическим ответом, является полезной, поскольку она позволяет использовать виды лечения с использованием ингибитора ATR для пациентов, наиболее вероятно, получающих преимущество, и пропускать тех, которые, вероятно, не получают преимущество. Соответственно, настоящее изобретение относится к способам идентификации, отбора и лечения злокачественных опухолей с использованием ингибитора ATR, на основании активности CDKN1A, и в некоторых вариантах осуществления, на основании активности CDKN1A и статуса мутации TP53.

[0046] Как использовано в описании и прилагаемой формуле изобретения, формы единственного числа включают объекты ссылки множественного числа, если контекст явно не указывает на иное. Таким образом, например, ссылка на «белок» включает более одного белка, и ссылка на «соединение» относится к более, чем одному соединению.

[0047] Также, использование «или» означает «и/или», если не указано иное. Подобным образом, «содержать», «содержит», «содержащий», «включать», «включает» и «включающий» являются взаимозаменяемыми и не являются ограничивающими. Кроме того, следует понимать, что когда в описаниях различных вариантов осуществления использован термин «содержащий», специалисту в данной области понятно, что в некоторых конкретных случаях, вариант осуществления может быть альтернативно описан с использованием выражения «в основном состоящий из» или «состоящий из».

[0048] Следует понимать, что как предшествующее общее описание, включая чертежи, так и последующее подробное описание являются только иллюстративными и объясняющими, а не ограничивающими это изобретение. Заголовки разделов, используемые в настоящем описании, присутствуют только для целей организации, и их не следует рассматривать как ограничивающие описанный объект изобретения.

Отбор и лечение злокачественных опухолей

[0049] В настоящем описании и как известно в данной области, ингибитор 1A циклин-зависимой киназы, (CDKN1A) охарактеризован как белок, который связывает и ингибирует активность циклин-зависимых киназ, таких как комплексы циклин-CDK2, -CDK1, и -CDK4/6. Он действует в качестве регулятора прохождения клеточного цикла в G1, и считают, что его экспрессию жестко контролирует TP53 (см., например, Löhr et al., 2003, J Biol Chem 278:32507-32516). Предположили, что зависимый от TP53 арест клеточного цикла в G1 в ответ на различные стимулы стресса опосредован CDKN1A (см., например, Abbas et al., 2009, Nat Rev Cancer. 9(6):400-414). В дополнение к его обозначению как ингибитора 1A циклин-зависимой киназы, CDKN1A также известен в данной области под рядом других наименований, включая ингибитор-1 циклин-зависимой киназы, белок 1, взаимодействующий с (или взаимодействия с) CDK, CIP1, p21, p21CIP, WAF1, активируемый p53 дикого типа фрагмент 1, p21Waf1, CAP20, MDA-6, ассоциированный с дифференцировкой меланомы белок 6, SDI1 и PIC1. Эти термины могут быть использованы взаимозаменяемо в настоящем описании.

[0050] Иллюстративный белок CDKN1A человека имеет длину 164 аминокислоты, и иллюстративная аминокислотная последовательность доступна в базе данных NCBI под номером доступа CAG38770. Аминокислотная последовательность является следующей:

MSEPAGDVRQ NPCGSKACRR LFGPVDSEQL SRDCDALMAG CIQEARERWN FDFVTETPLE GDFAWERVRG LGLPKLYLPT GPRRGRDELG GGRRPGTSPA LLQGTAEEDH VDLSLSCTLV PRSGEQAEGS PGGPGDSQGR KRRQTSMTDF YHSKRRLIFS KRKP (SEQ ID NO:1).

[0051] мРНК CDKN1A (клон кДНК RZPDo834A0522D), кодирующая вышеуказанный белок, имеет приблизительно 495 пар оснований, и ее последовательность доступна в базе данных NCBI под номером доступа CR536533. Нуклеотидная последовательность кДНК является следующей:

ATGTCAGAAC CGGCTGGGGA TGTCCGTCAG AACCCATGCG GCAGCAAGGC CTGCCGCCGC CTCTTCGGCC CAGTGGACAG CGAGCAGCTG AGCCGCGACT GTGATGCGCT AATGGCGGGC TGCATCCAGG AGGCCCGTGA GCGATGGAAC TTCGACTTTG TCACCGAGAC ACCACTGGAG GGTGACTTCG CCTGGGAGCG TGTGCGGGGC CTTGGCCTGC CCAAGCTCTA CCTTCCCACG GGGCCCCGGC GAGGCCGGGA TGAGTTGGGA GGAGGCAGGC GGCCTGGCAC CTCACCTGCT CTGCTGCAGG GGACAGCAGA GGAAGACCAT GTGGACCTGT CACTGTCTTG TACCCTTGTG CCTCGCTCAG GGGAGCAGGC TGAAGGGTCC CCAGGTGGAC CTGGAGACTC TCAGGGTCGA AAACGGCGGC AGACCAGCAT GACAGATTTC TACCACTCCA AACGCCGGCT GATCTTCTCC AAGAGGAAGC CCTAA

(SEQ ID NO:2).

[0052] В рамках изобретения, CDKN1A включает варианты, включая ортологи и межвидовые гомологи млекопитающих, CDKN1A человека. В некоторых вариантах осуществления, в то время как иллюстративное описание в настоящем описании использования экспрессии CDKN1A для идентификации злокачественной опухоли, чувствительной к ингибитору ATR, представлено применительно к пациентам-людям, следует понимать, что оно также может быть применимо к соответствующим видам млекопитающих. В рамках изобретения, «идентифицированный» или «идентификация» относится к анализу, детекции или осуществлению способа определения присутствия или отсутствия одной или нескольких указанных характеристик.

[0053] Таким образом, в одном аспекте настоящее изобретение относится к ингибитору ATR для использования в способе лечения злокачественной опухоли, отличающемуся тем, что лечение предписано для злокачественной опухоли, идентифицированной как имеющая сниженную активность ингибитора 1A циклин-зависимой киназы (CDKN1A), по сравнению с активностью CDKN1A в контрольной ткани или клетке.

[0054] В некоторых вариантах осуществления, настоящее изобретение относится к вышеуказанному ингибитору ATR, дополнительно отличающемуся тем, что лечение осуществляют в комбинации с повреждающим ДНК средством.

[0055] В некоторых вариантах осуществления, настоящее изобретение относится к способу лечения пациента, имеющего злокачественную опухоль, включающему введение пациенту с злокачественной опухолью, идентифицированной как имеющая сниженную активность ингибитора 1A циклин-зависимой киназы (CDKN1A), по сравнению с активностью CDKN1A в контрольной ткани или клетке, терапевтически эффективного количества ингибитора ATR для сенсибилизации злокачественной опухоли к повреждающему ДНК средству.

[0056] В некоторых вариантах осуществления, идентификацию злокачественной опухоли как имеющей сниженную активность CDKN1A осуществляют посредством: (a) измерения уровня активности CDKN1A в злокачественной опухоли; и (b) сравнения измеренной активности CDKN1A с активностью CDKN1A в контрольной ткани или клетке. Как далее обсуждают в настоящем описании, в некоторых вариантах осуществления, измерение активности CDKN1A осуществляют in vitro, например, в биологическом образце.

[0057] В некоторых вариантах осуществления, способ лечения дополнительно включает введение пациенту терапевтически эффективного количества повреждающего ДНК средства.

[0058] В некоторых вариантах осуществления, способ лечения пациента, имеющего злокачественную опухоль, включает введение пациенту, имеющему злокачественную опухоль, идентифицированную как имеющая сниженную активность CDKN1A, по сравнению с активностью CDKN1A в контрольной ткани или клетке, терапевтически эффективного количества ингибитора ATR в комбинации с повреждающим ДНК средством. Как отмечено выше, в некоторых вариантах осуществления, терапевтически эффективное количество повреждающего ДНК средства представляет собой количество, которое является терапевтически эффективным в комбинации с ингибитором ATR. В некоторых вариантах осуществления, терапевтически эффективное количество повреждающего ДНК средства меньше, чем терапевтически эффективное количество повреждающего ДНК средства при использовании в отсутствие ингибитора ATR.

[0059] В некоторых вариантах осуществления, способ лечения пациента, имеющего злокачественную опухоль, включает: измерение уровня активности CDKN1A в злокачественной опухоли пациента, пораженного злокачественной опухолью; сравнение измеренной активности CDKN1A с активностью CDKN1A в контрольной ткани или клетке; и введение пациенту с злокачественной опухолью, идентифицированной как имеющая сниженную активность CDKN1A, по сравнению с активностью CDKN1A в контрольной ткани или клетке, терапевтически эффективного количества ингибитора ATR для сенсибилизации злокачественной опухоли к повреждающему ДНК средству.

[0060] В некоторых вариантах осуществления, способ лечения субъекта с злокачественной опухолью, основанный на измерении уровня активности CDKN1A в злокачественной опухоли, дополнительно включает введение пациенту терапевтически эффективного количества повреждающего ДНК средства.

[0061] Таким образом, в некоторых вариантах осуществления, способ лечения пациента, имеющего злокачественную опухоль, включает: измерение уровня активности ингибитора 1A циклин-зависимой киназы (CDKN1A) в злокачественной опухоли пациента, пораженного злокачественной опухолью; сравнение измеренной активности CDKN1A с активностью CDKN1A в контрольной ткани или клетке; и введение пациенту с злокачественной опухолью, идентифицированной как имеющая сниженную активность CDKN1A, по сравнению с активностью CDKN1A в контрольной ткани или клетке, терапевтически эффективного количества ингибитора ATR в комбинации с повреждающим ДНК средством.

[0062] Как далее обсуждают в настоящем описании, ингибитор ATR и повреждающее ДНК средство можно вводить последовательно или одновременно, вместе или отдельно, одинаковым способом или различными способами, как является подходящим для комбинированного лечения. В некоторых вариантах осуществления, вводят ингибитор ATR с последующим введением повреждающего ДНК средства. В некоторых вариантах осуществления, вводят повреждающее ДНК средство с последующим введением ингибитора ATR. В некоторых вариантах осуществления, где ингибитор ATR и повреждающее ДНК средство вводят последовательно, обеспечивают достаточный период времени между их введением для увеличения эффективности комбинированной терапии, как описано далее в настоящем описании.

[0063] В некоторых вариантах осуществления лечения, злокачественная опухоль, имеющая сниженную активность CDKN1A, характеризуется синергическим ответом ингибирования роста на ингибитор ATR и повреждающее ДНК средство. В некоторых вариантах осуществления, режим лечения с использованием ингибитора ATR и повреждающего ДНК средства осуществляют для обеспечения высоко синергической противораковой активности, например, высоко синергического ингибирования роста клетки злокачественной опухоли.

[0064] В некоторых вариантах осуществления, способ лечения дополнительно включает детекцию присутствия или отсутствия ослабляющей активность или инактивирующей мутации в белке TP53 или в гене, кодирующем белок TP53, где, в случае злокачественной опухоли, идентифицированной как имеющая сниженный уровень активности CDKN1A, по сравнению с активностью CDKN1A в контрольной ткани или клетке, и присутствия ослабляющей активность или инактивирующей мутации в белке TP53 или в гене, кодирующем белок TP53, вводят терапевтически эффективное количество ингибитора ATR.

[0065] В некоторых вариантах осуществления, ослабляющая активность или инактивирующая мутация TP53 в злокачественной опухоли для лечения с использованием ингибитора ATR представляет собой мутацию с потерей функции в домене для связывания ДНК, домене для гомоолигомеризации или домене для трансактивации TP53.

[0066] В другом аспекте, уровень активности CDKN1A используют для идентификации злокачественной опухоли, имеющей увеличенную чувствительность к ингибитору ATR. В некоторых вариантах осуществления, способ идентификации злокачественной опухоли, имеющей увеличенную чувствительность к ингибитору ATR, включает: измерение уровня активности CDKN1A в злокачественной опухоли; сравнение измеренной активности CDKN1A с активностью CDKN1A в контрольной ткани или клетке; и идентификацию злокачественной опухоли, имеющей сниженную активность CDKN1A, по сравнению с активностью CDKN1A в контрольной ткани или клетке как имеющую увеличенную чувствительность к ингибитору ATR.

[0067] В некоторых вариантах осуществления идентификации злокачественной опухоли, имеющей увеличенную чувствительность к ингибитору ATR, увеличенная чувствительность относится к ингибитору ATR в комбинации с повреждающим ДНК средством. В некоторых вариантах осуществления, увеличенная чувствительность представляет собой синергический ответ ингибирования роста на ингибитор ATR в комбинации с повреждающим ДНК средством.

[0068] В некоторых вариантах осуществления, способ идентификации злокачественной опухоли, имеющей увеличенную чувствительность к ингибитору ATR, дополнительно включает детекцию присутствия или отсутствия ослабляющей активность или инактивирующей мутации в белке TP53 или в гене, кодирующем белок TP53, где злокачественную опухоль, имеющую сниженную активность CDKN1A, по сравнению с активностью CDKN1A в контрольной ткани или клетке, и присутствие ослабляющей активность или инактивирующей мутации в белке TP53 или в гене, кодирующем белок TP53, идентифицируют как имеющую увеличенную чувствительность к ингибитору ATR.

[0069] В некоторых вариантах осуществления, ослабляющая активность или инактивирующая мутация TP53 для идентификации злокачественной опухоли, имеющей увеличенную чувствительность к ингибитору ATR, представляет собой мутацию с потерей функции в домене для связывания ДНК, домене для гомоолигомеризации или домене для трансактивации TP53.

[0070] В другом аспекте уровень активности CDKN1A используют для отбора злокачественной опухоли для лечения с использованием ингибитора ATR. В некоторых вариантах осуществления, способ отбора злокачественной опухоли для лечения с использованием ингибитора ATR включает: измерение уровня активности ингибитора 1A циклин-зависимой киназы (CDKN1A) в злокачественной опухоли; сравнение измеренной активности CDKN1A с активностью CDKN1A в контрольной ткани или клетке; и отбор злокачественной опухоли, имеющей сниженную активность CDKN1A, по сравнению с активностью CDKN1A в контрольной ткани или клетке, для лечения с использованием ингибитора ATR.

[0071] В некоторых вариантах осуществления, отбор злокачественной опухоли предназначен для лечения с использованием ингибитора ATR в комбинации с повреждающим ДНК средством.

[0072] В некоторых вариантах осуществления, злокачественная опухоль, имеющая сниженную активность CDKN1A и отобранная для лечения, характеризуется синергическим ответом ингибирования роста на ингибитор ATR и повреждающее ДНК средство.

[0073] В некоторых вариантах осуществления, способ отбора злокачественной опухоли для лечения с использованием ингибитора ATR дополнительно включает детекцию присутствия или отсутствия ослабляющей активность или инактивирующей мутации в белке TP53 или в гене, кодирующем белок TP53, где злокачественную опухоль, имеющую сниженную активность CDKN1A, по сравнению с активностью CDKN1A в контрольной ткани или клетке, и присутствие ослабляющей активность или инактивирующей мутации в белке TP53 или в гене, кодирующем белок TP53, отбирают для лечения с использованием ингибитора ATR.

[0074] В некоторых вариантах осуществления, ослабляющая активность или инактивирующая мутация TP53 для отбора злокачественной опухоли для лечения с использованием ингибитора ATR представляет собой мутацию с потерей функции в домене для связывания ДНК, домене для гомоолигомеризации или домене для трансактивации TP53.

[0075] В другом аспекте, уровень активности CDKN1A используют для идентификации пациента с злокачественной опухолью, имеющей увеличенную чувствительность к ингибитору ATR. В некоторых вариантах осуществления, способ идентификации пациента с злокачественной опухолью, имеющей увеличенную чувствительность к лечению ингибитором ATR, включает: измерение уровня активности ингибитора 1A циклин-зависимой киназы (CDKN1A) в злокачественной опухоли пациента; сравнение измеренной активности CDKN1A с активностью CDKN1A в контрольной ткани или клетке; и идентификацию пациента с злокачественной опухолью, имеющей сниженную активность CDKN1A, по сравнению с активностью CDKN1A в контрольной ткани или клетке, как имеющего увеличенную чувствительность к лечению ингибитором ATR.

[0076] В некоторых вариантах осуществления идентификации пациента с злокачественной опухолью, имеющей увеличенную чувствительность к ингибитору ATR, увеличенная чувствительность относится к ингибитору ATR в комбинации с повреждающим ДНК средством.

[0077] В некоторых вариантах осуществления, увеличенная чувствительность представляет собой синергический ответ ингибирования роста на ингибитор ATR в комбинации с повреждающим ДНК средством.

[0078] В другом аспекте уровень CDKN1A используют для отбора пациента с злокачественной опухолью для лечения с использованием ингибитора ATR. В некоторых вариантах осуществления, способ отбора пациента с злокачественной опухолью для лечения с использованием ингибитора ATR включает: измерение уровня активности CDKN1A в злокачественной опухоли пациента; сравнение измеренной активности CDKN1A с активностью CDKN1A в контрольной ткани или клетке; и отбор пациента с злокачественной опухолью, идентифицированной как имеющая сниженную активность CDKN1A, по сравнению с активностью CDKN1A в контрольной ткани или клетке, для лечения с использованием ингибитора ATR.

[0079] В некоторых вариантах осуществления, отбор пациента с злокачественной опухолью предназначен для лечения с использованием ингибитора ATR в комбинации с повреждающим ДНК средством.

[0080] В некоторых вариантах осуществления, при отборе пациента, злокачественная опухоль, идентифицированная как имеющая сниженную активность CDKN1A, характеризуется синергическим ответом ингибирования роста на ингибитор ATR и повреждающее ДНК средство.

[0081] В некоторых вариантах осуществления, способ отбора пациента для лечения с использованием ингибитора ATR дополнительно включает детекцию присутствия или отсутствия ослабляющей активность или инактивирующей мутации в белке TP53 или в гене, кодирующем белок TP53, где пациента с злокачественной опухолью, имеющей сниженную активность CDKN1A по сравнению с активностью CDKN1A в контрольной ткани или клетке, и присутствие ослабляющей активность или инактивирующей мутации в белке TP53 или в гене, кодирующем белок TP53, отбирают для лечения с использованием ингибитора ATR.

[0082] В некоторых вариантах осуществления способа отбора пациента для лечения с использованием ингибитора ATR, ослабляющая активность или инактивирующая мутация TP53 представляет собой мутацию с потерей функции в домене для связывания ДНК, домене для гомоолигомеризации или домене для трансактивации TP53.

[0083] В рамках изобретения, низкий или сниженный уровень активности CDKN1A, например, экспрессии мРНК, ассоциирован со способностью злокачественной опухоли отвечать на ингибитор ATR, в частности, в комбинации с повреждающим ДНК средством. В некоторых вариантах осуществления, для любого из способов и применений, описанных в настоящем описании, например, без ограничения, лечения злокачественной опухоли, идентификации злокачественной опухоли или отбора злокачественной опухоли для лечения с использованием ингибитора ATR, сниженная активность CDKN1A представляет собой уровень активности CDKN1A, находящийся в трех нижних квартилях активности CDKN1A в контрольной ткани или клетке. В некоторых вариантах осуществления, сниженная активность CDKN1A представляет собой уровень активности CDKN1A, находящийся в третьем или нижнем квартиле активности CDKN1A в контрольной ткани или клетке. В некоторых вариантах осуществления, сниженная активность CDKN1A представляет собой уровень активности CDKN1A, находящийся в первом квартиле активности CDKN1A в контрольной ткани или клетке. В некоторых вариантах осуществления, порог отсечения (или порог), разграничивающий пациентов с менее вероятным синергическим ответом и пациентов с более вероятным синергическим ответом, находится между нижними (самыми низкими) тремя квартилями и верхним (самым высоким) одним квартилем экспрессии CDKN1A.

[0084] В некоторых вариантах осуществления, для любого из способов и применений, описанных в настоящем описании, например, без ограничения, лечения злокачественной опухоли, идентификации злокачественной опухоли или отбора злокачественной опухоли для лечения с использованием ингибитора ATR, сниженная активность CDKN1A представляет собой уровень активности CDKN1A, составляющий приблизительно 75% или менее, приблизительно 50% или менее, или приблизительно 25% или менее активности CDKN1A в контрольной ткани или клетке. В некоторых вариантах осуществления, сниженная активность CDKN1A представляет собой уровень активности CDKN1A, составляющий приблизительно 50% или менее активности CDKN1A в контрольной ткани или клетке. В некоторых вариантах осуществления, сниженная активность CDKN1A представляет собой уровень активности CDKN1A, составляющий приблизительно 25% или менее активности CDKN1A в контрольной ткани или клетке.

[0085] В следующем аспекте, уровень CDKN1A используют для идентификации злокачественной опухоли или пациента с злокачественной опухолью, которая служит противопоказанием для лечения с использованием ингибитора ATR. В некоторых вариантах осуществления, способ идентификации пациента, имеющего злокачественную опухоль, которая служит противопоказанием или не показана для лечения с использованием ингибитора ATR, включает: измерение уровня активности ингибитора 1A циклин-зависимой киназы (CDKN1A) в злокачественной опухоли пациента; сравнение измеренной активности CDKN1A с активностью CDKN1A в контрольной ткани или клетке; и идентификацию пациента, имеющего злокачественную опухоль с активностью CDKN1A, по существу сходной с активностью CDKN1A в контрольной ткани или клетке, как имеющего противопоказания для лечения с использованием ингибитора ATR.

[0086] В некоторых вариантах осуществления идентификации злокачественной опухоли или пациента с злокачественной опухолью, которая служит противопоказанием для лечения с использованием ингибитора ATR, противопоказание относится к лечению с использованием ингибитора ATR в комбинации с повреждающим ДНК средством.

[0087] В некоторых вариантах осуществления, пациента, имеющего злокачественную опухоль, идентифицированную как имеющая противопоказания для лечения с использованием ингибитора ATR, не отбирают для лечения с использованием ингибитора ATR или не отбирают для лечения с использованием ингибитора ATR в комбинации с повреждающим ДНК средством. В некоторых вариантах осуществления, пациента, идентифицированного как имеющего злокачественную опухоль, которая служит противопоказанием для лечения с использованием ингибитора ATR, подвергают лечению с использованием терапии злокачественной опухоли, отличной от лечения с использованием ингибитора ATR или отличной от лечения с использованием ингибитора ATR в комбинации с повреждающим ДНК средством.

[0088] В некоторых вариантах осуществления, злокачественная опухоль, которая служит противопоказанием для лечения с использованием ингибитора ATR характеризуется несинергическим ответом ингибирования роста на ингибитор ATR в комбинации с повреждающим ДНК средством. В некоторых вариантах осуществления, злокачественная опухоль, имеющая по существу сходную активность CDKN1A, по сравнению с контрольной тканью или клеткой, характеризуется несинергическим ответом ингибирования роста на ингибитор ATR и повреждающее ДНК средство.

[0089] В некоторых вариантах осуществления, злокачественная опухоль, идентифицированная как имеющая противопоказания для лечения с использованием ингибитора ATR, имеет измеренную активность CDKN1A в четвертом квартиле активности CDKN1A в контрольной ткани или клетке. В некоторых вариантах осуществления, злокачественная опухоль, идентифицированная как имеющая противопоказания для лечения с использованием ингибитора ATR, имеет измеренную активность CDKN1A, превышающую 75% активности CDKN1A в контрольной ткани или клетке. В некоторых вариантах осуществления, уровень активности CDKN1A, по существу сходный с уровнем активности CDKN1A в контрольной ткани или клетке, представляет собой активность CDKN1A в четвертом квартиле активности CDKN1A в контрольной ткани или клетке, или в некоторых вариантах осуществления, превышает 75% активности CDKN1A в контрольной ткани или клетке. В некоторых вариантах осуществления, активность, по существу сходная с уровнем активности CDKN1A в контрольной ткани или клетке, представляет собой активность CDKN1A, превышающую 80%, превышающую 85%, превышающую 90% или превышающую 95% или более активности CDKN1A в контрольной ткани или клетке.

[0090] В некоторых вариантах осуществления, способ идентификации злокачественной опухоли или пациента с злокачественной опухолью как имеющих противопоказания для лечения с использованием ингибитора ATR, дополнительно включает детекцию присутствия или отсутствия ослабляющей активность или инактивирующей мутации в белке TP53 или в гене, кодирующем белок TP53, где пациента с злокачественной опухолью, имеющей по существу сходную активность CDKN1A, по сравнению с активностью CDKN1A в контрольной ткани или клетке, и отсутствие ослабляющей активность или инактивирующей мутации в белке TP53 или в гене, кодирующем белок TP53, идентифицируют как пациента, имеющего противопоказания для лечения с использованием ингибитора ATR. В некоторых вариантах осуществления, ослабляющая активность или инактивирующая мутация TP53 представляет собой мутацию с потерей функции в домене для связывания ДНК, домене для гомоолигомеризации или домене для трансактивации TP53. В некоторых вариантах осуществления, злокачественная опухоль, которая служит противопоказанием для лечения с использованием ингибитора ATR экспрессирует белок TP53 дикого типа.

[0091] В другом аспекте уровень активности CDKN1A используют для выбора режима лечения злокачественной опухоли для пациента с диагностированной злокачественной опухолью. В некоторых вариантах осуществления, способ выбора режима лечения злокачественной опухоли для пациента, имеющего злокачественную опухоль, включает: измерение уровня активности ингибитора 1A циклин-зависимой киназы (CDKN1A) в злокачественной опухоли пациента; сравнение измеренной активности CDKN1A с активностью CDKN1A в контрольной ткани или клетке; и (a) выбор режима лечения злокачественной опухоли, не включающего лечение с использованием ингибитора ATR в комбинации с повреждающим ДНК средством, если злокачественная опухоль идентифицирована как имеющая активность CDKN1A, по существу сходную с активностью CDKN1A в контрольной ткани или клетке; и (b) выбор режима лечения злокачественной опухоли, включающего лечение с использованием ингибитора ATR в комбинации с повреждающим ДНК средством если злокачественная опухоль идентифицирована как имеющая активность CDKN1A, сниженную по сравнению с активностью CDKN1A в контрольной ткани или клетке.

[0092] В следующем аспекте, способ лечения пациента, имеющего злокачественную опухоль, включает: измерение уровня активности ингибитора 1A циклин-зависимой киназы (CDKN1A) в злокачественной опухоли пациента; сравнение измеренной активности CDKN1A с активностью CDKN1A в контрольной ткани или клетке; и (a) лечение пациента с использованием режима лечения злокачественной опухоли, не включающего лечение с использованием ингибитора ATR в комбинации с повреждающим ДНК средством, если злокачественная опухоль идентифицирована как имеющая активность CDKN1A, по существу сходную с активностью CDKN1A в контрольной ткани или клетке; и (b) лечение пациента с использованием режима лечения злокачественной опухоли, включающего лечение с использованием ингибитора ATR в комбинации с повреждающим ДНК средством, если злокачественная опухоль идентифицирована как имеющая активность CDKN1A, сниженную по сравнению с активностью CDKN1A в контрольной ткани или клетке.

[0093] В другом аспекте настоящее изобретение относится к изделию, содержащему:

(a) упаковочный материал;

(c) этикетку, вкладыш в упаковку или инструкции для получения этикетки или вкладыша в упаковку, содержащиеся внутри упаковочного материала, где на этикетке или в вкладыше в упаковку представлена инструкция по применению на основании уровня активности CDKN1A, или на основании уровня активности CDKN1A и статуса мутаций TP53, определенных для злокачественной опухоли у пациента.

[0094] В некоторых вариантах осуществления, на этикетке или в вкладыше в упаковку представлены одна или несколько из следующих инструкций по применению: (i) лечение с использованием ингибитора ATR в комбинации с повреждающим ДНК средством рекомендовано для пациентов с злокачественной опухолью, имеющей сниженную экспрессию CDKN1A, по сравнению с соответствующим контролем; (ii) лечение с использованием ингибитора ATR в комбинации с повреждающим ДНК средством рекомендовано для пациентов с злокачественной опухолью, имеющей экспрессию CDKN1A, составляющую приблизительно 75% или менее, или приблизительно 50% или менее, или приблизительно 25% или менее от соответствующего контроля; (iii) лечение с использованием ингибитора ATR в комбинации с повреждающим ДНК средством рекомендовано для пациентов с злокачественной опухолью, имеющей экспрессию CDKN1A, находящуюся в третьем или нижнем квартиле от соответствующего контроля; (iv) отбирать пациентов с злокачественной опухолью, имеющей сниженную экспрессию CDKN1A, по сравнению с соответствующим контролем, для терапии с использованием ингибитора ATR в комбинации с повреждающим ДНК средством; (v) отбирать пациентов с злокачественной опухолью, имеющей экспрессию CDKN1A, составляющую приблизительно 75% или менее, или приблизительно 50% или менее, или приблизительно 25% или менее от соответствующего контроля, для терапии с использованием ингибитора ATR в комбинации с повреждающим ДНК средством; (vi) отбирать пациентов с злокачественной опухолью, имеющей экспрессию CDKN1A, находящуюся в третьем или нижнем квартиле от соответствующего контроля, для терапии с использованием ингибитора ATR в комбинации с повреждающим ДНК средством; (vii) лечение с использованием ингибитора ATR в комбинации с повреждающим ДНК средством не предписано или имеет противопоказания для пациентов с злокачественной опухолью, имеющей экспрессию CDKN1A, которая не является сниженной или является по существу сходной, по сравнению с экспрессией CDKN1A в соответствующем контроле; (viii) лечение с использованием ингибитора ATR в комбинации с повреждающим ДНК средством не предписано или имеет противопоказания для пациентов с злокачественной опухолью, имеющей экспрессию CDKN1A, находящуюся в четвертом квартиле от соответствующего контроля; и (ix) лечение с использованием ингибитора ATR в комбинации с повреждающим ДНК средством не предписано или имеет противопоказания для пациентов с злокачественной опухолью, имеющей экспрессию CDKN1A, превышающую 75% от соответствующего контроля.

[0095] В различных вариантах осуществления в настоящем описании, «контрольная ткань», «контрольная клетка», «контрольный образец», «эталонная ткань», «эталонная клетка», или «эталонный образец», в рамках изобретения, относится к образцу, клетке, ткани, стандарту или уровню, которые используют для целей сравнения. Например, уровень активности CDKN1A в злокачественной опухоли сравнивают с уровнем активности CDKN1A в контрольной ткани, контрольной клетке, контрольном образце, эталонной ткани, эталонной клетке или эталонном образце для лечения злокачественной опухоли, идентификации злокачественной опухоли или отбора злокачественной опухоли для лечения с использованием ингибитора ATR. В некоторых вариантах осуществления, контрольную ткань, контрольную клетку, контрольный образец, эталонную ткань, эталонную клетку или эталонный образец получают из здоровой и/или не пораженной заболеванием части организма (например, тканей или клеток) того же самого субъекта или индивидуума или группы таких индивидуумов. В некоторых вариантах осуществления, контрольную ткань, контрольную клетку, контрольный образец, эталонную ткань, эталонную клетку или эталонный образец получают из здоровой и/или не пораженной заболеванием части организма (например, тканей или клеток) индивидуума, не являющегося субъектом или пациентом, или группы таких индивидуумов. В некоторых вариантах осуществления, контрольная ткань, контрольная клетка, контрольный образец, эталонная ткань, эталонная клетка или эталонный образец представляет собой нераковую ткань или нераковую клетку. В некоторых вариантах осуществления, контрольная ткань, контрольная клетка, контрольный образец, эталонная ткань, эталонная клетка или эталонный образец представляет собой нормальную ткань или нормальную клетку. В некоторых вариантах осуществления, нормальная ткань или нормальная клетка принадлежит к типу ткани или типу клетки, определенному для злокачественной опухоли.

[0096] В некоторых вариантах осуществления, контрольная ткань, контрольная клетка, контрольный образец, эталонная ткань, эталонная клетка или эталонный образец представляет собой контрольную ткань или клетку, характеризующуюся несинергическим ответом ингибирования роста на ингибитор ATR, в частности, в ответ на ингибитор ATR в комбинации с повреждающим ДНК средством. В некоторых вариантах осуществления, контрольная ткань, контрольная клетка, контрольный образец, эталонная ткань, эталонная клетка или эталонный образец представляет собой контрольную раковую ткань или раковую клетку, характеризующуюся несинергическим ответом ингибирования роста на ингибитор ATR в комбинации, в частности, в ответ на ингибитор ATR в комбинации с повреждающим ДНК средством. В некоторых вариантах осуществления, контрольная раковая ткань или раковая клетка принадлежат к типу ткани или типу клетки, определенному для злокачественной опухоли, оцениваемой по уровням активности CDKN1A.

[0097] В некоторых вариантах осуществления, активность CDKN1A определяют посредством: (a) измерения экспрессии белка CDKN1A, (b) измерения экспрессии мРНК CDKN1A, (c) детекции присутствия или отсутствия ослабляющих активность или инактивирующих мутаций в белке CDKN1A или в гене, кодирующем белок CDKN1A, или (d) комбинаций вышеуказанного. В некоторых вариантах осуществления, измерение активности CDKN1A осуществляют in vitro, например, в биологических образцах, полученных от субъекта, включая среди прочих, клетки или ткани.

[0098] В некоторых вариантах осуществления, активность CDKN1A определяют посредством измерения экспрессии белка CDKN1A. В некоторых вариантах осуществления, измерение экспрессии белка CDKN1A проводят с использованием связывающего средства, которое специфически связывается с белком CDKN1A. В некоторых вариантах осуществления, измерение экспрессии белка CDKN1A проводят с использованием антитела, которое специфически связывается с белком CDKN1A. В некоторых вариантах осуществления, используемое антитело связывается с одним или несколькими вариантами белка CDKN1A, такими как варианты сплайсинга или полиморфные варианты. Различные способы детекции белка на основе антител для применений по настоящему изобретению включают, в качестве неограничивающих примеров, твердофазный иммуноферментный анализ (ELISA), иммуногистохимию, иммуноцитохимию, флуоресцентный поляризационный иммуноанализ и Вестерн-блоттинг. В некоторых вариантах осуществления, измерение экспрессии белка CDKN1A определяют посредством сортировки клеток с активированной флуоресценцией (FACS), например, с использованием пермеабилизованных клеток злокачественных опухолей или контрольных клеток (см., например, Watanabe et al., 2010, J Virol. 84(14):6966-6977). В некоторых вариантах осуществления, связывающее средство может представлять собой аптамер (например, пептид или нуклеиновую кислоту), который специфически связывается с белком CDKN1A или TP53 (см., например, US20130059292; Chen et al., 2015, Proc Natl Acad Sci USA. 112(32):10002-10007, содержание которого включено в настоящее описание посредством ссылки). В некоторых вариантах осуществления, белок CDKN1A можно детектировать с использованием микромассива связывающих средств. В некоторых вариантах осуществления, при измерении уровней белка CDKN1A используют панель антител, нацеленных против CDKN1A человека. В некоторых вариантах осуществления, по меньшей мере одно из антител является способным связываться со всеми вариантами белка CDKN1A человека, включая белок CDKN1A человека, изоформу 1 и изоформу 2. В некоторых вариантах осуществления, панель антител включает одно или несколько антител, способных связываться с продуктом для контроля экспрессии, например, актином, глицеральдегид-3-фосфатдегидрогеназой, α-тубулином, Mapk1 и/или β2-микроглобулином, предпочтительно, их человеческими формами.

[0099] В некоторых вариантах осуществления, панель зондов, например, антител, нацеленных против CDKN1A человека, также включает зонды, способные к детекции уровня экспрессии или статуса мутации TP53. В некоторых вариантах осуществления, панель зондов для детекции активности CDKN1A включает одно или несколько антител, которые специфически связываются с белком CDKN1A, и одно или несколько антител, способных к детекции уровней белка TP53. В некоторых вариантах осуществления, панель зондов дополнительно включает одно или несколько антител, способных к детекции ослабляющих активность или инактивирующих мутаций в белке TP53.

[0100] В некоторых вариантах осуществления, активность CDKN1A определяют посредством измерения экспрессии мРНК CDKN1A. В некоторых вариантах осуществления, уровень экспрессии мРНК CDKN1A определяют посредством гибридизации с зондом на основе нуклеиновой кислоты, такой как гибридизация с нуклеиновой кислотой с последовательностью, комплементарной последовательности мРНК CDKN1A или другим экспрессированным последовательностям CDKN1A. В некоторых вариантах осуществления, экспрессию мРНК CDKN1A можно определять посредством Нозерн-гибридизации. В некоторых вариантах осуществления, экспрессию мРНК CDKN1A определяют посредством гибридизации с микромассивом нуклеиновых кислот. В некоторых вариантах осуществления, экспрессию мРНК CDKN1A измеряют посредством полимеразной цепной реакции (ПЦР), включая RT-ПЦР (т.е., полимеразную цепную реакцию после обратной транскрипции). В некоторых вариантах осуществления, ПЦР представляет собой количественную ПЦР, например, qRT-ПЦР с детекцией в реальном времени (т.е., ПЦР после обратной транскрипции с детекцией в реальном времени). В некоторых вариантах осуществления, для анализа ПЦР, например, ПЦР с детекцией в реальном времени, такой как TaqMan®, праймеры, зонды нацелены на последовательность экзонов гена CDKN1A человека, например, границы экзонов 1-2, 2-3, 3-4, 4-5 и/или 5-6. В некоторых вариантах осуществления, когда экспрессию мРНК CDKN1A измеряют посредством гибридизации с зондами на основе нуклеиновой кислоты, например, в микромассиве, биологический образец, полученный от субъекта, приводят в контакт с панелью зондов на основе нуклеиновой кислоты, где по меньшей мере один зонд гибридизуется с экзоном, общим для всех вариантов сплайсинга экспрессированной мРНК CDKN1A, в частности, ее человеческой формы. В некоторых вариантах осуществления, панель зондов на основе нуклеиновой кислоты включает одну или несколько нуклеиновых кислот, которые гибризуются с уникальными последовательностями вариантов сплайсинга, в частности, вариантов сплайсинга мРНК CDKN1A человека, например, варианта сплайсинга CDKN1A 1, варианта CDKN1A 2, варианта CDKN1A 3, варианта CDKN1A 4 и/или варианта CDKN1A 5 (см., например, Nozell et al., 2002, Oncogene 21, 1285-1294; Kreis et al., 2008, J Neurochem. 106(3):1184-9).

[0101] В некоторых вариантах осуществления, уровень активности CDKN1A можно оценивать посредством детекции присутствия или отсутствия ослабляющих активность или инактивирующих мутаций в белке CDKN1A или в гене, кодирующем белок CDKN1A. В некоторых вариантах осуществления, ослабляющая активность или инактивирующая мутация в гене CDKNIA представляет собой мутацию сдвига рамки считывания, нонсенс- или миссенс-мутацию, в частности, мутацию сдвига рамки считывания или нонсенс-мутацию, или ослабляющую активность или инактивирующую делецию в гене, кодирующем CDKN1A. В некоторых вариантах осуществления, такие мутации в CDKNIA можно оценивать по информации в базе данных The Cancer Genome Atlas (TCGA) (см., например, Cazier et al., 2014, Nat Commun. 5:3756).

[0102] В некоторых вариантах осуществления, как описано в настоящем описании, злокачественную опухоль оценивают по присутствию или отсутствию ослабляющей активность или инактивирующей мутации в белке TP53 или в гене, кодирующем белок TP53. В некоторых вариантах осуществления, ослабляющая активность или инактивирующая мутация в гене TP53 представляет собой мутацию сдвига рамки считывания, нонсенс- или миссенс-мутацию, в частности сдвига рамки считывания или нонсенс- мутацию, или ослабляющую активность или инактивирующую делецию в гене, кодирующем TP53. Различные мутации и делеции, идентифицированные для TP53, описаны, среди прочих, в Hollstein et al., 1991, Science. 253(5015):49-53, и Schmitt et al., 2002, Cancer Cell. 1(3):289-98, содержание всех этих публикаций включено в настоящее описание посредством ссылки. База данных мутаций TP53 является доступной, например, в базе данных TP53 Международного агентства по изучению рака (IARC) во всемирной сети web на сайте p53.iarc.fr Всемирной организации здравоохранения, версии R18, апрель 2016 г. (см. также Bouaoun et al., 2016, «TP53 Variations in Human Cancers: New Lessons from the IARC TP53 Database and Genomics Data», Hum Mutat. 37(9):865-76, содержание которого включено в настоящее описание посредством ссылки).

[0103] В некоторых вариантах осуществления, панель зондов на основе нуклеиновой кислоты включает один или несколько зондов на основе нуклеиновой кислоты для измерения уровней экспрессии мРНК CDKN1A, и один или несколько зондов для измерения уровней экспрессии мРНК TP53. В некоторых вариантах осуществления, панель зондов на основе нуклеиновой кислоты включает один или несколько зондов на основе нуклеиновой кислоты для измерения уровней экспрессии мРНК CDKN1A, и один или несколько зондов на основе нуклеиновой кислоты для детекции ослабляющих активность или инактивирующих мутаций в гене TP53 или мРНК, кодирующей белок TP53. В некоторых вариантах осуществления, панель зондов на основе нуклеиновой кислоты включает один или несколько зондов на основе нуклеиновой кислоты для измерения уровней экспрессии мРНК CDKN1A, один или несколько зондов для измерения уровней экспрессии мРНК TP53, и один или несколько зондов на основе нуклеиновой кислоты для детекции ослабляющих активность или инактивирующих мутаций в гене TP53 или мРНК, кодирующей белок TP53. В некоторых вариантах осуществления, любая из вышеуказанных панелей зондов на основе нуклеиновой кислоты может включать зонды на основе нуклеиновой кислоты для детекции ослабляющих активность или инактивирующих мутаций в гене CDKN1A или мРНК, кодирующей белок CDKN1A.

[0104] В некоторых вариантах осуществления, активность CDKN1A и/или экспрессию/статус мутации TP53 определяют для биологического образца злокачественной опухоли, в частности, биологического образца злокачественной опухоли, полученного от пациента, подвергаемого оценке или лечению, как описано в настоящем описании. В некоторых вариантах осуществления, образец может, как правило, представлять собой образец массы злокачественной опухоли (или опухоли) у пациента. Образец можно получать из первичной опухолевой массы (если она известна и доступна) и/или из метастазирующей опухолевой массы (если она известна и доступна). В некоторых вариантах осуществления, такие образцы могут представлять собой, но без ограничения, жидкости организма (например, кровь, плазму крови, сыворотку, перитонеальную жидкость, лимфу, интерстициальную жидкость или мочу), органы, ткани, фракции и клетки, выделенные от оцениваемого субъекта или пациента. В некоторых вариантах осуществления, биологический образец включает, среди прочих, образец биоптата, образец аспирата, лимфатический образец или образец крови, содержащие злокачественную опухоль. В некоторых вариантах осуществления, биологический образец представляет собой первичные или культивированные клетки субъекта или пациента. В некоторых вариантах осуществления, биологические образцы представляют собой замороженные или фиксированные образцы, такие как срезы тканей. В некоторых вариантах осуществления, биологический образец можно анализировать как есть, то есть, без сбора и/или выделения представляющей интерес мишени. В некоторых вариантах осуществления, биологический образец можно получать посредством физического разрушения, например, посредством обработки ультразвуком, гомогенизации, высокоскоростного смесителя или посредством обработки ферментами, фиксаторами, детергентами, кислотами, денатурирующими средствами, хаотропными средствами или другими химическими веществами для подготовки образца для анализа.

[0105] В некоторых вариантах осуществления, образец перерабатывают для детекции представляющего интерес белка. В некоторых вариантах осуществления, биологический образец можно перерабатывать для сбора и потенциального выделения белка CDKN1A. В некоторых вариантах осуществления, образцы белков можно связывать с подложкой, такой как мембраны, бусины, пластиковые поверхности, стекло или дериватизированное стекло, или волокнистые подложки, для детекции с использованием связывающего средства. Получение образцов и детекция с использованием связывающих средств, таких как антитела, описаны в общих ссылках, таких как Current Protocols in Immunology, Coligan et al., eds., John Wiley & Sons (updates to 2015); Immunoassays: A Practical Approach, Gosling, ed., Oxford University Press (2000), содержание которого включено в настоящее описание посредством ссылки.

[0106] Как обсуждают выше, в некоторых вариантах осуществления, измеряют уровни мРНК CDKN1A. В некоторых вариантах осуществления, образец, содержащий РНК, можно использовать непосредственно без большой переработки, или образец можно перерабатывать для выделения и/или обогащения по транскриптам мРНК. Получение мРНК и способы выделения можно осуществлять с использованием способов, известных в данной области, включая, но без ограничения, способы выделения на колонке и/или бусинах. Наборы для сбора и выделения транскриптов мРНК также являются коммерчески доступными. Как обсуждают выше, в некоторых вариантах осуществления, мРНК можно амплифицировать, и детектировать ее амплифицированный продукт. Способы обратной транскрипции транскриптов мРНК в кДНК, амплификации транскриптов мРНК и кДНК, и детекции таких транскриптов или их амплифицированных продуктов также известны в данной области. Транскрипты мРНК CDKN1A, кДНК или амплифицированные продукты любого из них можно детектировать посредством связывания с комплементарным зондом на основе нуклеиновой кислоты, который является специфическим для CDKN1A. Зонд может являться связанным с твердой подложкой, такой как массив или колонка, или бусина. Альтернативно, способ может включать иммобилизацию мРНК, кДНК или амплифицированного продукта любого из них на твердой подложке и затем анализ подожки с использованием зонда на основе нуклеиновой кислоты, который является специфическим для CDKN1A. Зонд или продукт CDKN1A можно метить таким образом, который позволяет детектировать его присутствие и локализацию. Например, его можно метить с использованием поддающейся прямой детекции метки, такой как флуорофор, хемилюминесцентная метка, хромофор, радиоактивная метка и т.п.

[0107] В некоторых вариантах осуществления, в то время как иллюстративную последовательность мРНК CDKN1A, описанную в настоящем описании, можно использовать для измерения экспрессии мРНК CDKN1A, можно также разрабатывать способы детекции, чтобы таким образом детектировать варианты, кодирующие белок CDKN1A. Такие варианты могут включать вырожденные нуклеиновые кислоты, включающие кодоны, альтернативные присутствующим в аллеле дикого типа, как обсуждают в настоящем описании. Как правило, гомологи и аллели типично могут разделять по меньшей мере 75% идентичность нуклеотидов и/или по меньшей мере 90% идентичность аминокислот с вышеупомянутыми последовательностями мРНК/кДНК и белка CDKN1A, соответственно. Таким образом, в дополнение к детекции вышеупомянутой последовательности мРНК/кДНК, способы, представленные в настоящем описании, могут также детектировать нуклеотидные последовательности, имеющие по меньшей мере 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% или по меньшей мере 99% идентичность. В дополнение к детекции белков, имеющих вышеупомянутую аминокислотную последовательность, способы, представленные в настоящем описании, могут также детектировать белки, имеющие аминокислотные последовательности, разделяющие по меньшей мере 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% или 99% идентичность аминокислот.

[0108] Гомологию можно рассчитывать с использованием различных публично доступных инструментов программного обеспечения, например, программного обеспечения, разработанного в NCBI (Bethesda, Maryland), которые могут быть получены с сайта NCBI в интернет. Иллюстративные инструменты включают программное обеспечение BLAST, также доступное на сайте NCBI в интернет. Попарное выравнивание и выравнивание ClustalW (в условиях матрицы BLOSUM30), так же как анализ гидропатичности Кайта-Дулитла, можно проводить с использованием программного обеспечения для анализа последовательностей MacVector (Oxford Molecular Group). Следует понимать, что зонды для детекции, представляющие собой последовательности, комплементарные по Уотсону-Крику вышеупомянутым нуклеиновым кислотам, также можно использовать в способах детекции, представленных в настоящем описании.

[0109] В некоторых вариантах осуществления, зонды, используемые для детекции мРНК CDKN1A, можно конструировать, принимая эти параметры во внимание. Некоторые варианты осуществления включают детекцию мРНК, кодирующей функциональные белки CDKN1A, и/или детекцию функционального белка CDKN1A. В этих вариантах осуществления, в то время как мишени для детекции могут охватывать дикий тип, так же как его варианты, все такие мишени представляют собой или кодируют функциональный белок CDKN1A.

[0110] В некоторых вариантах осуществления, гибридизацию между зондами и мишенями используют в строгих условиях, как известно и принято в практике в данной области. Параметры гибридизации нуклеиновых кислот описаны в ссылках, например, Molecular Cloning: A Laboratory Manual, J. Sambrook, et al., eds., 2nd Ed., Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, New York, 1989, или Current Protocols in Molecular Biology, F.M. Ausubel, et al., eds., John Wiley & Sons, Inc., New York. В некоторых вариантах осуществления, строгие условия относятся, например, к гибридизации при 65°C в буфере для гибридизации (3,5 x SSC, 0,02% фиколл, 0,02% поливинилпирролидон, 0,02% бычий сывороточный альбумин, 2,5 мМ NaH₂PO₄(pH7), 0,5% SDS, 2 мМ ЭДТА, где: SSC представляет собой 0,15 M хлорид натрия/0,015 M цитрат натрия, pH 7; SDS представляет собой додецилсульфат натрия; и ЭДТА представляет собой этилендиаминтетрауксусную кислоту). После гибридизации, мембрану, на которую перенесена ДНК, промывают, например, в 2 x SSC при комнатной температуре и затем в 0,1-0,5 x SSC/0,1 x SDS при температурах вплоть до 68°C. Можно использовать также другие условия и реагенты, подходящие для обеспечения сходной степени строгости.

[0111] Для детекции мутаций в представляющих интерес мишенях, таких как CDKN1A или TP53, можно использовать различные способы, доступные специалисту в данной области. В различных вариантах осуществления, присутствие или отсутствие мутации можно определять посредством известных способов детекции ДНК или РНК, например, секвенирования ДНК, гибридизации олигонуклеотидов, полимеразной цепной реакции (ПЦР) амплификации с праймерами, специфическими для мутации, или способы детекции белка, например, иммуноанализы или биохимические анализы для идентификации мутантного белка, такого как мутантный белок CDKN1A или TP53. В некоторых вариантах осуществления, нуклеиновую кислоту или РНК в образце можно детектировать посредством любых пригодных способов или технологий детекции последовательностей генов. Такие способы включают, но без ограничения, ПЦР, обратную транскрипцию-ПЦР (RT-ПЦР), ПЦР in situ, гибридизацию in situ, Саузерн-блоттинг, Нозерн-блоттинг, анализ последовательности, анализ микромассивов, или другие платформы гибридизации ДНК/РНК (см., например, Taso et al., 2010, Lung Cancer 68(1):51-7). В частности, при детекции мутаций можно использовать образцы, полученные неинвазивно, такие как внеклеточная нуклеиновая кислота (например, вкДНК) из крови.

[0112] В некоторых вариантах осуществления, мутации можно детектировать с использованием различных способов секвенирования нового поколения (NGS), в частности, высокопроизводительных способов NGS. Иллюстративные способы NGS включают, среди прочих, полони-секвенирование (см., например, Shendure et al., 2005, Science 309(5741):1728-32), секвенирование IonTorrent (см., например, Rusk, N., 2011, Nat Meth 8(1):44-44), пиросеквенирование (см., например, Marguiles et al., 2005, Nature 437(7057):376-380), секвенирование с использованием обратимого мечения красителями с секвенированием колоний (Bentley et al., 2008, Nature 456(7218):53-59; Illumina, CA, USA), секвенирование посредством лигирования (например, с использованием систем SOLid от Applied Biosystems; Valouev et al., 2008, Genome Res. 18(7):1051-1063), высокопроизводительное секвенирование с использованием катящегося кольца на «наносферах» (см., например, Drmanac et al., 2010, Science 327 (5961):78-81; Porreca, G.J., 2010, Nature Biotech. 28 (1):43-44), и секвенирование с использованием волновода с нулевой модой (см., например, Chin et al., 2013, Nat Methods 10(6):563-569); содержание всех публикаций включено в настоящее описание посредством ссылки. В некоторых вариантах осуществления, массовое параллельное секвенирование генов-мишеней, таких как гены, кодирующие CDKN1A или TP53, можно проводить для детекции или идентификации присутствия или отсутствия мутаций в злокачественной опухоли, оцениваемой для лечения с использованием ингибитора ATR.

[0113] В некоторых вариантах осуществления, детекцию точечных мутаций в нуклеиновых кислотах-мишенях можно осуществлять посредством молекулярного клонирования молекул нуклеиновой кислоты-мишени и секвенирования молекул нуклеиновой кислоты с использованием доступных способов. Альтернативно, способы амплификации, такие как ПЦР, можно использовать для амплификации последовательностей нуклеиновой кислоты-мишени напрямую с препарата геномной ДНК из ткани опухоли, образца клеток или бесклеточного образца (например, бесклеточной плазмы из крови). Затем можно определять последовательность нуклеиновой кислоты амплифицированных молекул для идентификации мутаций. Другие способы детекции мутаций, которые можно использовать, включают, среди прочих, лигазную цепную реакцию, аллелеспецифический полиморфизм длины рестрикционных фрагментов продуктов ПЦР, анализ одноцепочечного конформационного полиморфизма, использование белков для детекции несовпадений (например, GRIN2A или TRRAP), защиту от РНКазы (например, Winter et al., 1985, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 82:7575-7579), ферментное или химическое расщепление (Cotton et al., 1988, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 85: 4397; Shenk et al., 1975, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 72:989).

[0114] В некоторых вариантах осуществления, мутации в молекулах нуклеиновой кислоты можно также детектировать посредством скрининга изменений соответствующего белка. Например, моноклональные антитела, иммунореактивные по отношению к продукту гена-мишени, можно использовать для скрининга ткани, например, антитело, как известно, связывающееся с конкретным мутантным положением продукта гена (белка). Например, пригодное антитело может представлять собой антитело, связывающееся с делетированным экзоном или связывающееся с конформационным эпитопом, содержащим делетированную часть белка-мишени. Отсутствие родственного антигена может указывать на мутацию. Такие иммунологические анализы можно осуществлять с использованием любого удобного формата, известного в данной области, такого как Вестерн-блоттинг, иммуногистохимический анализ и ELISA.

[0115] Общие способы биологии, биохимии, иммунологии и молекулярной биологии, применимые по настоящему изобретению, например, для детекции нуклеиновых кислот и белков, описаны в Sambrook et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual 2^nd Ed. (1989) Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, NY; Current Protocols in Molecular Biology, Ausubel et al., ed., John Wiley & Sons (2015); Current Protocols in Immunology, Coligan, JE ed., John Wiley & Sons (2015); и Methods in Enzymology, Vol. 200, Abelson et al., ed., Academic Press (1991). Содержание всех публикаций включено в настоящее описание посредством ссылки.

[0116] В некоторых вариантах осуществления, субъекты или пациенты по настоящему изобретению поражены злокачественной опухолью. В некоторых вариантах осуществления, субъекты по настоящему изобретению представляют собой человека, также обозначенного как пациент. В некоторых вариантах осуществления, субъекты представляют собой не относящихся к человеку млекопитающих, подходящих для лечения с использованием ингибитора ATR, включая например, домашних млекопитающих, таких как собаки, кошки, лошади или, в некоторых вариантах осуществления, другие приматы, такие как шимпанзе и горилла.

[0117] В некоторых вариантах осуществления, у субъекта диагностирована злокачественная опухоль. В некоторых вариантах осуществления, у субъекта диагностирована злокачественная опухоль но его еще не подвергали никакому терапевтическому лечению. В некоторых вариантах осуществления, у субъекта диагностирована злокачественная опухоль, и его подвергали одному или нескольким видам терапии злокачественных опухолей. В некоторых вариантах осуществления, лечение с использованием ингибитора ATR, в частности, в форме комбинированной терапии, представляет собой ступенчатую терапию, например, с прогрессированием заболевания после первичного лечения. В некоторых вариантах осуществления, у субъекта диагностирована запущенная злокачественная опухоль или злокачественная опухоль на поздних стадиях. В некоторых вариантах осуществления, способ определения чувствительности злокачественной опухоли используют для отслеживания прогрессирования лечения с использованием ингибитора ATR, в частности, ингибитора ATR в комбинированном лечении, для оценки любых изменений чувствительности злокачественной опухоли к лечению с использованием ингибитора ATR, на основании измерения активности CDKN1A и/или экспрессии/статуса мутации TP53.

[0118] В некоторых вариантах осуществления, злокачественные опухоли для скрининга и/или лечения, в соответствии со способами, описанными в настоящем описании, представляют собой солидные опухоли, включая первичные опухоли и метастазирующие опухоли. В некоторых вариантах осуществления, злокачественные опухоли для способов по настоящему изобретению включают: злокачественную опухоль полости рта, включая злокачественную опухоль щечного кармана, злокачественную опухоль губ, злокачественную опухоль языка, злокачественную опухоль полости рта и злокачественную опухоль глотки; злокачественную опухоль сердца, включая саркому (например, ангиосаркому, фибросаркому, рабдомиосаркому, липосаркому), миксому, рабдомиому, фиброму, липому и тератому; рак легкого, включая бронхогенную карциному (например, плоскоклеточную или эпидермоидную, недифференцированный мелкоклеточный рак легкого, недифференцированный крупноклеточный рак легкого, аденокарциному), альвеолярную (бронхиолярную) карциному, бронхиальную аденому, саркому, лимфому, хондроматозную гемартому и мезотелиому; злокачественную опухоль желудочно-кишечного тракта, включая рак пищевода (плоскоклеточную карциному, злокачественную опухоль гортани, аденокарциному, лейомиосаркому, лимфому), рак желудка (например, карциному, лимфому, лейомиосаркому), рак поджелудочной железы (например, протоковую аденокарциному, инсулиному, глюкагоному, гастриному, карциноидные опухоли, випому), злокачественную опухоль тонкой кишки или тонкого кишечника (аденокарциному, лимфому, карциноидные опухоли, саркому Капоши, лейомиому, гемангиому, липому, нейрофиброму, фиброму), злокачественную опухоль толстой кишки или толстого кишечника (например, аденокарциному, трубчатую аденому, аденому ворсинок, гамартому, лейомиому), рак прямой кишки, рак толстого кишечника и колоректальный рак; злокачественную опухоль мочеполового тракта, включая рак почки (аденокарциному, опухоль Вильмса [нефробластому], лимфому, лейкоз), злокачественную опухоль мочевого пузыря и мочеиспускательного канала (плоскоклеточную карциному, переходноклеточную карциному, аденокарциному), рак предстательной железы (аденокарциному, саркому) и рак яичка (например, семиному, тератому, эмбриональную карциному, тератокарциному, хориокарциному, саркому, интерстициальную карциному, фиброму, фиброаденому, аденоматоидные опухоли, липому); рак печени, включая гепатому (печеночноклеточную карциному), холангиокарциному, гепатобластому, ангиосаркому, печеночноклеточную аденому, гемангиому и злокачественную опухоль желчных протоков; злокачественную опухоль кости, включая остеогенную саркому (остеосаркому), фибросаркому, злокачественную фиброзную гистиоцитому, хондросаркому, саркому Юинга, злокачественную лимфому (ретикулосаркому), множественную миелому, злокачественную гигантоклеточную опухолевую хордому, остеохондрому (костно-хрящевой экзостоз), доброкачественную хондрому, хондробластому, хондромиксофиброму, остеоид-остеому и гигантоклеточные опухоли; злокачественные опухоли нервной системы, включая злокачественную опухоль черепа (например, остеому, гемангиому, гранулему, ксантому, деформирующий остит), злокачественную опухоль оболочек головного мозга (менингиому, менингиосаркому, глиоматоз), злокачественную опухоль мозга (например, астроцитому, медуллобластому, глиому, эпендимому, герминому (пинеалому), мультиформную глиобластому, олигодендроглиому, шванному, ретинобластому, врожденные опухоли), нейрофиброму спинного мозга, менингиому, глиому и саркому; гинекологическую злокачественную опухоль, включая рак тела матки (карциному эндометрия), рак шейки матки (например, карциному шейки матки, предопухолевую дисплазию шейки матки), рак яичника (например, карциному яичника (серозную цистаденокарциному, муцинозную цистаденокарциному, карциному неуточненной локализации), гранулезотекаклеточные опухоли, опухоли из клеток Сертоли-Лейдига, дисгерминому, злокачественную тератому), рак женских наружных половых органов (плоскоклеточную карциному, внутриэпителиальную карциному, аденокарциному, фибросаркому, меланому), рак влагалища (светлоклеточную карциному, плоскоклеточную карциному, гроздевидную саркому (эмбриональную рабдомиосаркому), злокачественную опухоль фаллопиевых труб (карциному) и рак молочной железы; гематологическую злокачественную опухоль, включая злокачественную опухоль клеток крови (например, острый миелоидный лейкоз, хронический миелоидный лейкоз, острый лимфобластный лейкоз, хронический лимфоцитарный лейкоз, миелопролиферативные заболевания, множественную миелому, миелодиспластический синдром), болезнь Ходжкина, неходжскинскую лимфому, злокачественную лимфому, волосатоклеточную лимфому и лимфоидные нарушения; рак кожи, включая злокачественную меланому, базально-клеточную карциному, плоскоклеточную карциному, саркому Капоши, кератоакантому, диспластический невус, липому, ангиому, дерматофиброму, келоидные рубцы; злокачественную опухоль щитовидной железы, включая папиллярную карциному щитовидной железы, фолликулярную карциному щитовидной железы, медуллярную карциному щитовидной железы, множественную эндокринную неоплазию типа 2A, множественную эндокринную неоплазию типа 2B, наследственный медуллярный рак щитовидной железы, феохромоцитому и параганглиому; и злокачественную опухоль надпочечников, включая: нейробластому.

[0119] В некоторых вариантах осуществления, злокачественные опухоли для скрининга и/или лечения, в соответствии со способами, описанными в настоящем описании, включают, но без ограничения, рак легкого (например, но без ограничения, немелкоклеточный рак легкого (NSCLC) и мелкоклеточный рак легкого), рак яичника, рак поджелудочной железы, рак головы и шеи, рак пищевода, рак эндометрия, рак молочной железы (например, ER⁺, HER2⁺ рак молочной железы, и трижды отрицательный рак молочной железы), колоректальный рак, рак яичка и рак шейки матки.

[0120] В некоторых вариантах осуществления, злокачественные опухоли для скрининга и/или лечения, в соответствии со способами, описанными в настоящем описании, включают злокачественные опухоли, имеющие в общем, более низкие или сниженные уровни экспрессии CDKN1A по сравнению с другими типами злокачественных опухолей. В некоторых вариантах осуществления, такие злокачественные опухоли выбраны из рака молочной железы, колоректального рака, глиомы/глиобластомы, рака печени, лимфомы, рака яичника, рака предстательной железы, рака поджелудочной железы и рака яичка.

Ингибиторы ATR

[0121] В различных вариантах осуществления настоящего изобретения, ингибитор ATR, как описано в настоящем описании, ингибирует активность мутантной при атаксии-телеангиэктазии и родственной Rad3 (ataxia telangiectasia mutated and rad3-related) (ATR) киназы. ATR представляет собой серин/треонин-специфическую протеинкиназу, вовлеченную в сенсибилизацию к повреждению ДНК, активацию контрольной точки повреждения ДНК, приводящую к аресту клеточного цикла и запуску репарации повреждения ДНК. В некоторых вариантах осуществления, ингибитор ATR представляет собой избирательный ингибитор ATR. В некоторых вариантах осуществления, избирательный ингибитор ATR относится к ингибитору ATR, который имеет Ki/IC50 для киназы ATR, но имеет минимальную ингибирующую активность против одной или нескольких из ATM и ДНК-PK. В некоторых вариантах осуществления, иллюстративные ингибиторы ATR для способов и применений по настоящему описанию включают описанные в Публикациях патентных заявок WO2010/071837 и WO2014/089379, содержание всех из которых включено в настоящее описание посредством ссылки. В некоторых вариантах осуществления, при определении химических заместителей в следующем описании соединений ингибитора ATR используют определения в WO2010/071837 и WO2014/089379.

[0122] В некоторых вариантах осуществления, ингибитор ATR представляет собой соединение формулы IA:

IA

или его фармацевтически приемлемую соль; где

Y представляет собой C₁-C₁₀алифатическую цепь, где вплоть до трех метиленовых звеньев алифатической цепи, необязательно, заменены на O, NR⁰, S, C(O) или S(O)₂;

Кольцо A представляет собой 5-членное гетероарильное кольцо, выбранное из

J³ представляет собой H или C₁-C₄алкил, где 1 метиленовое звено алкильной группы может быть, необязательно, заменено на O, NH, N(C₁-C₄алкил) или S, и необязательно замещено 1-3 галогенами;

Q представляет собой 5-6-членное моноциклическое ароматическое кольцо, содержащее 0-4 гетероатома, независимо выбранных из азота, кислорода и серы; или 8-10-членное бициклическое ароматическое кольцо, содержащее 0-6 гетероатомов, независимо выбранных из азота, кислорода и серы;

R⁵ представляет собой H; 3-7-членное моноциклическое полностью насыщенное, частично ненасыщенное или ароматическое кольцо, содержащее 0-4 гетероатома, независимо выбранных из азота, кислорода и серы; 8-10-членное бициклическое полностью насыщенное, частично ненасыщенное или ароматическое кольцо, содержащее 0-6 гетероатомов, независимо выбранных из азота, кислорода и серы; где R⁵, необязательно, замещен 1-5 группами J⁵;

L представляет собой C₁-C₄алкильную цепь, где вплоть до двух метиленовых звеньев алкильной цепи, необязательно, заменены на O, NR⁶, S, -C(O)-, -SO- или -SO₂-;

R⁰ представляет собой H или C₁-C₆алкил, где одно метиленовое звено алкильной цепи может быть, необязательно, заменено на O, NH, N(C₁-C₄алкил) или S;

R¹ представляет собой H или C₁-C₆алкил;

R² представляет собой H, C₁-C₆алкил, -(C₂-C₆алкил)-Z или 4-8-членное циклическое кольцо, содержащее 0-2 атома азота; где указанное кольцо связано через атом углерода и, необязательно, замещено один раз J^Z;

или R¹ и R², совместно с атомом, с которым они связаны, формируют 4-8-членное гетероциклическое кольцо, содержащее 1-2 гетероатома, выбранных из кислорода, азота и серы; где указанное гетероциклическое кольцо, необязательно, замещено один раз J^Z1;

J^Z1 представляет собой галоген, CN, C₁-C₈алифатическую группу, (X)_t-CN, или (X)_r-Z, где указанные вплоть до двух метиленовых звеньев указанной C₁-C₈алифатической группы могут быть, необязательно, заменены на O, NR, S, P(O), C(O), S(O) или S(O)₂, где указанная C₁-C₈алифатическая группа, необязательно, замещена галогеном, CN или NO₂;

X представляет собой C₁-C₄алкил;

каждый из t, r и m независимо представляет собой 0 или 1;

Z представляет собой -NR³R⁴;

R³ представляет собой H или C₁-C₂алкил;

R⁴ представляет собой H или C₁-C₆алкил;

или R³ и R⁴, совместно с атомом, с которым они связаны, формируют 4-8-членное гетероциклическое кольцо, содержащее 1-2 гетероатома, выбранных из кислорода, азота и серы; где указанное кольцо, необязательно, замещено один раз J^Z;

R⁶ представляет собой H или C₁-C₆алкил;

J^Z независимо представляет собой NH₂, NH(C₁-C₄алифатическую группу), N(C₁-C₄алифатическую группу)₂, галоген, C₁ C₄алифатическую группу, OH, O(C₁-C₄алифатическую группу), NO₂, CN, CO₂H, CO(C₁-C₄алифатическую группу), CO₂(C₁-C₄алифатическую группу), O(галогенC₁-C₄алифатическую группу), или галогенC₁ C₄алифатическую группу;

J⁵ представляет собой галоген, оксо, CN, NO₂, X¹-R, или -(X¹)_p Q⁴;

X¹ представляет собой C₁-C₁₀алифатическую группу; где 1-3 метиленовых звена указанной C₁-C₁₀алифатической группы, необязательно, заменены на -NR’-, -O-, -S-, C(=NR’), C(O), S(O)₂ или S(O), где X¹ необязательно и независимо замещен 1-4 раза NH₂, NH(C₁-C₄алифатической группой), N(C₁-C₄алифатической группой)₂, галогеном, C₁-C₄алифатической группой, OH, O(C₁-C₄алифатической группой), NO₂, CN, CO₂H, CO₂(C₁-C₄алифатической группой), C(O)NH₂, C(O)NH(C₁-C₄алифатической группой), C(O)N(C₁-C₄алифатической группой)₂, SO(C₁-C₄алифатической группой), SO₂(C₁-C₄алифатической группой), SO₂NH(C₁-C₄алифатической группой), NHC(O)(C₁-C₄алифатической группой), N(C₁-C₄алифатической группой)C(O)(C₁-C₄алифатической группой), где указанная C₁-C₄алифатическая группа, необязательно, замещена 1-3 раза галогенами;

Q⁴ представляет собой 3-8-членное насыщенное или ненасыщенное моноциклическое кольцо, имеющее 0-4 гетероатома, независимо выбранных из азота, кислорода и серы, или 8-10-членное насыщенное или ненасыщенное бициклическое кольцо, имеющее 0-6 гетероатомов, независимо выбранных из азота, кислорода и серы; каждый из Q⁴, необязательно, замещен 1-5 J^Q4;

J^Q4 представляет собой галоген, CN, или C₁-C₄алкил, где вплоть до 2 метиленовых звеньев, необязательно, заменены на O, NR*, S, C(O), S(O) или S(O)₂;

R представляет собой H или C₁-C₄алкил, где указанный C₁-C₄алкил, необязательно, замещен 1-4 галогенами;

J² представляет собой галоген; CN; 5-6-членное ароматическое или неароматическое моноциклическое кольцо, имеющее 0-3 гетероатома, выбранных из кислорода, азота и серы; или C₁-C₁₀алифатическую группу, где вплоть до 2 метиленовых звеньев, необязательно, заменены на O, NR”, C(O), S, S(O) или S(O)₂; где указанная C₁-C₁₀алифатическая группа, необязательно, замещена 1-3 галогенами или CN; и указанное моноциклическое кольцо, необязательно, замещено 1-3 раза галогеном; CN; C₃-C₆циклоалкил; 3-7-членный гетероциклил, содержащий 0-2 гетероатома, выбранных из кислорода, азота и серы; или C₁-C₄алкил, где вплоть до одного метиленового звена алкильной цепи, необязательно, заменено O, NR” или S; и где указанный C₁-C₄алкил, необязательно, замещен 1-3 галогенами;

q представляет собой 0, 1, или 2;

p представляет собой 0 или 1; и

каждый из R’, R” и R* независимо представляет собой H, C₁-C₄алкил или отсутствует; где указанный C₁-C₄алкил, необязательно, замещен 1-4 галогенами.

[0123] В некоторых вариантах осуществления, кольцо A представляет собой:

[0124] В некоторых вариантах осуществления, кольцо A представляет собой

[0125] Следует понимать, что структуры кольца A могут быть связаны с пиразиновым кольцом двумя различными способами: как показано, и обратным (зеркально отраженным). Например, когда кольцо A представляет собой ; оно может быть связано с пиразиновым кольцом, как показано ниже:

[0126] Подобным образом, когда кольцо A представляет собой , оно также может быть связано с пиразиновым кольцом двумя способами - как показано и обратным. В некоторых вариантах осуществления, структуры кольца A связаны, как показано.

[0127] В некоторых вариантах осуществления, J³ представляет собой H.

[0128] В некоторых вариантах осуществления, J⁵ представляет собой C₁-C₆алифатическую группу, где вплоть до 2 метиленовых звеньев, необязательно, заменены на O или NR’R”, где каждый из R’ и R” независимо представляет собой H или алкил; или R’ и R” совместно формируют 3-6-членное гетероциклическое кольцо; NH₂, NH(C₁-C₄алифатическую группу), N(C₁-C₄алифатическую группу)₂, галоген, C₁-C₄алифатическую группу, OH, O(C₁-C₄алифатическую группу), NO₂, CN, CO₂H, CO(C₁-C₄алифатическую группу), CO₂(C₁-C₄алифатическую группу), O(галоген-C₁-C₄алифатическую группу) или галоген-C₁-C₄алифатическую группу.

[0129] В других вариантах осуществления, J² представляет собой галоген, C₁-C₂алкил, необязательно, замещенные 1-3 раза фтором, CN, или C₁-C₄алкильной группой, где вплоть до 2 метиленовых звеньев, необязательно, заменены на S(O), S(O)₂, C(O) или NR’.

[0130] В некоторых вариантах осуществления, J² представляет собой галоген; CN; фенил; оксазолил; или C₁-C₆алифатическую группу, где вплоть до 2 метиленовых звеньев, необязательно, заменены на O, NR”, C(O), S, S(O) или S(O)₂; указанная C₁-C₆алифатическая группа, необязательно, замещена 1-3 раза фтором или CN.

[0131] В некоторых вариантах осуществления, ингибитор ATR представляет собой соединение формулы IIA:

IIA

Y представляет собой C₁-C₄алкильную цепь, где одно метиленовое звено алкильной цепи, необязательно, заменено на -NR⁰-;

R⁵ представляет собой 5-6-членное моноциклическое арильное или гетероарильное кольцо, имеющее 0-3 гетероатома, независимо выбранных из азота, кислорода и серы, R⁵, необязательно, конденсирован с 5-6-членным ароматическим кольцом, содержащим 0-2 гетероатома, выбранных из азота, кислорода и серы; каждый из R⁵, необязательно, замещен 1-5 группами J⁵;

L представляет собой -C(O)- или -SO₂-;

R¹ представляет собой H, или C₁-C₆алкил;

R⁰ представляет собой H или C₁-C₆алкил;

R² представляет собой C₁-C₆алкил, -(C₂-C₆алкил)-Z или 4-8-членное циклическое кольцо, содержащее 0-2 атома азота, где указанное кольцо связано через атом углерода и, необязательно, замещено один раз J^Z;

или R¹ и R², совместно с атомом, с которым они связаны, формируют 4-8-членное гетероциклическое кольцо, содержащее 1-2 гетероатома, выбранных из азота, серы и кислорода; где указанное гетероциклическое кольцо, необязательно, замещено один раз J^Z1;

J^Z1 представляет собой (X)_t-CN, C₁-C₆алкил или (X)_r-Z;

X представляет собой C₁-C₄алкил;

Z представляет собой -NR³R⁴;

R³ представляет собой H или C₁-C₂алкил;

R⁴ представляет собой H или C₁-C₆алкил;

или R³ и R⁴, совместно с атомом, с которым они связаны, формируют 4-8-членное гетероциклическое кольцо, содержащее 1-2 атомы азота; где указанное кольцо, необязательно, замещено один раз J^Z;

J^Zпредставляет собой NH₂, NH(C₁-C₄алифатическую группу), N(C₁-C₄алифатическую группу)₂, галоген, C₁-C₄алифатическую группу, OH, O(C₁-C₄алифатическую группу), NO₂, CN, CO₂H, CO(C₁-C₄алифатическую группу), CO₂(C₁-C₄алифатическую группу), O(галогенC₁-C₄алифатическую группу), или галогенC₁-C₄алифатическую группу;

J⁵ представляет собой галоген, NO₂, CN, O(галогенC₁-C₄алифатическую группу), галогенC₁-C₄алифатическую группу или C₁-C₆алифатическую группу где вплоть до 2 метиленовых звеньев, необязательно, заменены на C(O), O или NR’;

J² представляет собой галоген, CN, фенил, оксазолил или C₁ C₆алифатическую группу, где вплоть до 2 метиленовых звеньев, необязательно, заменены на O, NR”, C(O), S, S(O) или S(O)₂; указанная C₁ C₆алифатическая группа, необязательно, замещена 1-3 фтор или CN;

каждый из R’ и R” независимо представляют собой H или C₁-C₄алкил;

q представляет собой 0, 1 или 2; и

p представляет собой 0 или 1.

[0132] В некоторых вариантах осуществления, Q представляет собой фенил или пиридил.

[0133] В других вариантах осуществления, Y представляет собой C₁-C₂алкильную цепь, где одно метиленовое звено алкильной цепи, необязательно, заменено на NR⁰.

[0134] В некоторых вариантах осуществления, ингибитор ATR выбран из соединения в таблице 1:

Таблица 1


IIA-1	IIA-2	IIA-3

IIA-4	IIA-5	IIA-6

IIA-7	IIA-8	IIA-9

IIA-10	IIA-11	IIA-12

IIA-13	IIA-14	IIA-15

IIA-16

[0135] В некоторых вариантах осуществления, ингибитор ATR представляет собой соединение формулы IA-iii:

IA-iii:

или его фармацевтически приемлемую соль, где;

Кольцо A представляет собой ,

J⁵o представляет собой H, F, Cl, C₁-C₄алифатическую группу, O(C₁-C₃алифатическую группу), или OH;

J⁵p представляет собой ;

J⁵p1 представляет собой H, C₁-C₄алифатическую группу, оксетанил, тетрагидрофуранил, тетрагидропиранил; где J⁵p2, необязательно замещен 1-2 раза OH или галогеном;

J⁵p2 представляет собой H, метил, этил, CH₂F, CF₃ или CH₂OH;

J²o представляет собой H, CN или SO₂CH₃;

J²m представляет собой H, F, Cl или метил; и

J²p представляет собой -SO₂(C₁-C₆алкил), -SO₂(C₃-C₆циклоалкил), -SO₂(4-6-членный гетероциклил), SO₂(C₁ C₄алкил)N(C₁-C₄алкил)₂ или SO₂(C₁ C₄алкил)-(4-6-членный гетероциклил), где указанный гетероциклил содержит 1 гетероатом выбранный из группы, состоящей из O, N и S; и где указанный J²p, необязательно, замещен 1-3 раза галогеном, OH, или O(C₁-C₄алкил).

[0136] В некоторых вариантах осуществления, кольцо A представляет собой .

[0137] В других вариантах осуществления, кольцо A представляет собой .

[0138] В некоторых вариантах осуществления, ингибитор ATR представляет собой соединение следующей структуры (IIA-7):

IIA-7

или его фармацевтически приемлемую соль.

[0139] В некоторых вариантах осуществления, ингибитор ATR представляет собой соединение формулы I:

I

или его фармацевтически приемлемую соль, где:

R¹ независимо выбран из -C(J¹)₂CN, галогена, −(L)_k−W и M;

R⁹ независимо выбран из H, -C(J¹)₂CN, галогена, −(L)_k−W и M;

J¹ независимо выбран из H и C₁-C₂алкила; или два J¹, вместе с атомом углерода, к которому они присоединены, формируют 3-4-членное, необязательно, замещенное карбоциклическое кольцо;

k представляет собой 0 или 1;

M и L представляют собой C₁-C₈алифатическую группу, где вплоть до трех метиленовых звеньев, необязательно, заменены на -O-, -NR-, -C(O)- или -S(O)_n-, каждый из M и L¹, необязательно, замещен 0-3 раза J^LM;

J^LM независимо выбран из галогена, -CN, и C₁-C₄алифатической цепи, где вплоть до двух метиленовых звеньев алифатической цепи, необязательно, заменены на -O-, -NR-, -C(O)- или -S(O)_n-;

W независимо выбран из 3-7-членного полностью насыщенного, частично ненасыщенного или ароматического моноциклического кольца, имеющего 0-3 гетероатома, выбранных из кислорода, азота и серы; и 7-12-членного полностью насыщенного, частично ненасыщенного или ароматического бициклического кольца, имеющего 0-5 гетероатомов, выбранных из кислорода, азота и серы; где W, необязательно, замещено 0-5 раза J^W;

J^W независимо выбран из -CN, галогена, -CF₃; C₁-C₄алифатической группы, где вплоть до двух метиленовых звеньев, необязательно, заменены на -O-, -NR-, -C(O)- или -S(O)_n-; и 3-6-членного неароматического кольца, имеющего 0-2 гетероатома, выбранных из кислорода, азота и серы; или два J^W на одном и том же атоме, вместе с атомом, к которому они присоединены, формируют 3-6-членное кольцо, имеющее 0-2 гетероатома, выбранных из кислорода, азота и серы; или два J^W, вместе с W, формируют 6-10-членную насыщенную или частично ненасыщенную мостиковую кольцевую систему;

R² независимо выбран из H; галогена; -CN; NH₂; C₁-C₂алкила, необязательно, замещенного 0-3 раза фтором; и C₁-C₃алифатической цепи, где вплоть до двух метиленовых звеньев алифатической цепи, необязательно, заменены на -O-, -NR-, -C(O)- или -S(O)_n;

R³ независимо выбран из H; галогена; C₁-C₄алкила, необязательно, замещенного 1-3 раза галогеном; C₃-C₄циклоалкила; 3-4-членного гетероциклила; -CN; и C₁-C₃алифатической цепи, где вплоть до двух метиленовых звеньев алифатической цепи, необязательно, заменены на -O-, -NR-, -C(O)- или -S(O)_n;

R⁴ независимо выбран из Q¹ и C₁-C₁₀алифатической цепи, где вплоть до четырех метиленовых звеньев алифатической цепи, необязательно, заменены на -O-, -NR-, -C(O)-, или -S(O)_n-; каждый из R⁴ , необязательно, замещен 0-5 раза J^Q; или

R³ и R⁴, совместно с атомами, с которыми они связаны, формируют 5-6-членное ароматическое или неароматическое кольцо, имеющее 0-2 гетероатома, выбранных из кислорода, азота и серы; кольцо, сформированное R³ и R⁴, необязательно, замещено 0-3 раза J^Z;

Q¹ независимо выбран из 3-7-членного полностью насыщенного, частично ненасыщенного или ароматического моноциклического кольца, 3-7-членного кольца, имеющего 0-3 гетероатома, выбранных из кислорода, азота и серы; и 7-12-членного полностью насыщенного, частично ненасыщенного или ароматического бициклического кольца, имеющего 0-5 гетероатомов, выбранных из кислорода, азота и серы;

J^z независимо выбран из C₁-C₆алифатической группы, =O, галогена, и O;

J^Q независимо выбран из -CN; галогена; =O; Q²; и C₁-C₈алифатической цепи, где вплоть до трех метиленовых звеньев алифатической цепи, необязательно, заменены на -O-, -NR-, -C(O)-, или -S(O)_n-; каждый из J^Q, необязательно, замещен 0-3 раза J^R; или два J^Q на одном и том же атоме, вместе с атомом, к которому они присоединены, формируют 3-6-членное кольцо, имеющее 0-2 гетероатома, выбранных из кислорода, азота и серы; где кольцо, сформированное двумя J^Q, необязательно, замещено 0-3 раза J^X; или два J^Q, вместе с Q¹, формируют 6-10-членную насыщенную или частично ненасыщенную мостиковую кольцевую систему;

Q² независимо выбран из 3-7-членного полностью насыщенного, частично ненасыщенного или ароматического моноциклического кольца, имеющего 0-3 гетероатома, выбранных из кислорода, азота и серы; и 7-12-членного полностью насыщенного, частично ненасыщенного или ароматического бициклического кольца, имеющего 0-5 гетероатомов, выбранных из кислорода, азота и серы;

J^R независимо выбран из -CN; галогена; =O; O; Q³; и C₁-C₆алифатической цепи, где вплоть до трех метиленовых звеньев алифатической цепи, необязательно, заменены на -O-, -NR-, -C(O)-, или -S(O)_n-; каждый из J^R , необязательно, замещен 0-3 раза J^T; или два J^R на одном и том же атоме, вместе с атомом, к которому они присоединены, формируют 3-6-членное кольцо, имеющее 0-2 гетероатома, выбранных из кислорода, азота и серы; где кольцо, сформированное двумя J^R, необязательно, замещено 0-3 раза J^X; или два J^R, вместе с Q², формируют 6-10-членную насыщенную или частично ненасыщенную мостиковую кольцевую систему;

Q³ представляет собой 3-7-членное полностью насыщенное, частично ненасыщенное или ароматическое моноциклическое кольцо, имеющее 0-3 гетероатома, выбранных из кислорода, азота или серы; или 7-12-членное полностью насыщенное, частично ненасыщенное или ароматическое бициклическое кольцо, имеющее 0-5 гетероатомов, выбранных из кислорода, азота и серы;

J^X независимо выбран из-CN; =O; галогена; и C₁-C₄алифатической цепи, где вплоть до двух метиленовых звеньев алифатической цепи, необязательно, заменены на -O-, -NR-, -C(O)- или -S(O)_n-;

J^T независимо выбран из галогена, -CN; O; =O; -OH; C₁-C₆алифатической цепи, где вплоть до двух метиленовых звеньев алифатической цепи, необязательно, заменены на -O-, -NR-, -C(O)- или -S(O)_n-; и 3-6-членного неароматического кольца, имеющего 0-2 гетероатома, выбранных из кислорода, азота и серы; каждый из J^T, необязательно, замещен 0-3 раза J^M; или два J^T на одном и том же атоме, вместе с атомом, к которому они присоединены, формируют 3-6-членное кольцо, имеющее 0-2 гетероатома, выбранных из кислорода, азота и серы; или два J^T, вместе с Q³, формируют 6-10-членную насыщенную или частично ненасыщенную мостиковую кольцевую систему;

J^M независимо выбран из галогена и C₁-C₆алифатической группы;

n представляет собой 0, 1 или 2; и

R независимо выбран из H и C₁-C₄алифатической группы.

[0140] В некоторых вариантах осуществления, соединение представлено формулой I, где R⁹ представляет собой H.

[0141] В некоторых вариантах осуществления, соединение представлено формулой I, где R⁹ представляет собой M. В некоторых вариантах осуществления, соединение представлено формулой I, где M представляет собой C₁-C₈алифатическую группу, где вплоть до трех метиленовых звеньев, необязательно, заменены на -O- или -NR-. В некоторых аспектах, соединение представлено формулой I, где M представляет собой C₁-C₄алкил, -(C₁-C₄алкил)O(C₁-C₃алифатическую группу), -(C₁-C₃алкил)OH, -O(C₁-C₄алкил)N(C₁-C₂алкил)₂, -NH(C₁-C₄алкил), или -(C₁-C₄алкил)NH(C₁-C₄алкил). В некоторых вариантах осуществления, соединение представлено формулой I, где M представляет собой C₁-C₄алкил.

[0142] В некоторых вариантах осуществления, соединение представлено формулой I, где J^LM представляет собой галоген.

[0143] В некоторых вариантах осуществления, соединение представлено формулой I, где R⁹ представляет собой -(L)_k-W.

[0144] В некоторых вариантах осуществления, соединение представлено формулой I, где k представляет собой 1. В некоторых вариантах осуществления, соединение представлено формулой I, где k представляет собой 0.

[0145] В некоторых вариантах осуществления, соединение представлено формулой I, где L представляет собой C₁-C₈алифатическую группу, где вплоть до трех метиленовых звеньев, необязательно, заменены на -O- или -NR-. В некоторых вариантах осуществления, соединение представлено формулой I, где L представляет собой -O-, -O(C₁-C₄алифатическую группу)- или -NR(C₁-C₃алкил)-.

[0146] В некоторых вариантах осуществления, соединение представлено формулой I, где W представляет собой 3-7-членное полностью насыщенное, частично ненасыщенное или ароматическое моноциклическое кольцо, имеющее 0-3 гетероатома, выбранных из кислорода, азота и серы. В некоторых вариантах осуществления, соединение представлено формулой I, где W представляет собой 3-7-членный гетероциклил. В некоторых вариантах осуществления, соединение представлено формулой I, где W независимо выбран из пирролидинила, пиперидинила, пиперазинила, оксетанила и азетидинила.

[0147] В некоторых вариантах осуществления, соединение представлено формулой I, где W представляет собой 7-12-членное полностью насыщенное, частично ненасыщенное или ароматическое бициклическое кольцо, имеющее 0-5 гетероатомов, выбранных из кислорода, азота и серы. В некоторых вариантах осуществления, соединение представлено формулой I, где W представляет собой октагидропирроло[1,2-a]пиразин.

[0148] В некоторых вариантах осуществления, соединение представлено формулой I, где J^Wвыбран из C₁-C₃алкила или CF₃. В некоторых вариантах осуществления, соединение представлено формулой I, где два J^W на одном и том же атоме, вместе с атомом, к которому они присоединены, формируют 3-6-членное кольцо, имеющее 0-2 гетероатома, выбранных из кислорода, азота и серы. В некоторых вариантах осуществления, соединение представлено формулой I, где кольцо, сформированное двумя J^W на одном и том же атоме, представляет собой оксетанил.

[0149] В некоторых вариантах осуществления, ингибитор ATR представляет собой соединение формулы I-A:

I-A

или его фармацевтически приемлемую соль или пролекарство, где:

R¹ независимо выбран из фтора, хлора и -C(J¹)₂CN;

R² независимо выбран из H; галогена; -CN; NH₂; C₁-C₂алкила, необязательно, замещенного 0-3 раза фтором; и C_1-3алифатическую цепь, где вплоть до двух метиленовых звеньев алифатической цепи, необязательно, заменены на -O-, -NR-, -C(O)-, или -S(O)_n;

R³ независимо выбран из H; галогена; C₁-C₄алкила, необязательно, замещенного 1-3 раза галогеном; C₃-C₄циклоалкила; -CN; и C₁-C₃алифатической цепи, где вплоть до двух метиленовых звеньев алифатической цепи, необязательно, заменены на -O-, -NR-, -C(O)- или -S(O)_n;

R⁴ независимо выбран из Q¹ и C₁-C₁₀алифатической цепи, где вплоть до четырех метиленовых звеньев алифатической цепи, необязательно, заменены на -O-, -NR-, -C(O)- или -S(O)ⁿ-; каждый из R⁴, необязательно, замещен 0-5 раза J^Q; или

J^z независимо выбран из C₁-C₆алифатической группы, =O, галогена и O;

J^Q независимо выбран из -CN; галогена; =O; Q²; и C₁-C₈алифатической цепи, где вплоть до трех метиленовых звеньев алифатической цепи, необязательно, заменены на -O-, -NR-, -C(O)- или -S(O)_n-; каждый из J^Q, необязательно, замещен 0-3 раза J^R; или два J^Q на одном и том же атоме, вместе с атомом, к которому они присоединены, формируют 3-6-членное кольцо, имеющее 0-2 гетероатома, выбранных из кислорода, азота и серы; где кольцо, сформированное двумя J^Q, необязательно, замещено 0-3 раза J^X; или два J^Q, вместе с Q¹, формируют 6-10-членную насыщенную или частично ненасыщенную мостиковую кольцевую систему;

J^R независимо выбран из -CN; гало; =O; O; Q³; и/или C₁-C₆алифатической цепи, где вплоть до трех метиленовых звеньев алифатической цепи, необязательно, заменены на -O-, -NR-, -C(O)- или -S(O)_n-; каждый из J^R, необязательно, замещен 0-3 раза J^T; или два J^R на одном и том же атоме, вместе с атомом, к которому они присоединены, формируют 3-6-членное кольцо, имеющее 0-2 гетероатома, выбранных из кислорода, азота и серы; где кольцо, сформированное двумя J^R, необязательно, замещено 0-3 раза J^X; или два J^R, вместе с Q², формируют 6-10-членную насыщенную или частично ненасыщенную мостиковую кольцевую систему;

J^X независимо выбран из-CN; =O; галогена; и C₁-C₄алифатической цепи, где вплоть до двух метиленовых звеньев алифатической цепи, необязательно, заменены на -O-, -NR-, -C(O)-, или -S(O)_n-;

n представляет собой 0, 1 или 2; и

[0150] В некоторых вариантах осуществления, ингибитор ATR представляет собой соединение формулы I-A:

I-A

R⁴ независимо выбран из Q¹ и C₁-C₁₀алифатической цепи, где вплоть до четырех метиленовых звеньев алифатической цепи, необязательно, заменены на -O-, -NR-, -C(O)- или -S(O)_n-; каждый из R⁴, необязательно, замещен 0-5 раза J^Q; или

R³ и R⁴, совместно с атомами, с которыми они связаны, формируют 5-6-членное неароматическое кольцо, имеющее 0-2 гетероатома, выбранных из кислорода, азота и серы; кольцо, сформированное R³ и R⁴, необязательно, замещено 0-3 раза J^Z;

Q³ представляет собой 3-7-членное полностью насыщенное, частично ненасыщенное или ароматическое моноциклическое кольцо, имеющее 0-3 гетероатома, выбранных из кислорода, азота и серы; или 7-12-членное полностью насыщенное, частично ненасыщенное или ароматическое бициклическое кольцо, имеющее 0-5 гетероатомов, выбранных из кислорода, азота и серы;

J^X независимо выбран из -CN; галогена; и C₁-C₄алифатической цепи, где вплоть до двух метиленовых звеньев алифатической цепи, необязательно, заменены на -O-, -NR-, -C(O)- или -S(O)_n-;

J^T независимо выбран из -CN; =O; -OH; C₁-C₆алифатической цепи, где вплоть до двух метиленовых звеньев алифатической цепи, необязательно, заменены на -O-, -NR-, -C(O)- или -S(O)_n-; и 3-6-членного неароматического кольца, имеющего 0-2 гетероатома, выбранных из кислорода, азота и серы; каждый из J^T, необязательно, замещен 0-3 раза J^M; или два J^T на одном и том же атоме, вместе с атомом, к которому они присоединены, формируют 3-6-членное кольцо, имеющее 0-2 гетероатома, выбранных из кислорода, азота и серы; или два J^T, вместе с Q³, формируют 6-10-членную насыщенную или частично ненасыщенную мостиковую кольцевую систему;

n представляет собой 0, 1 или 2; и

[0151] В некоторых вариантах осуществления, ингибитор ATR представляет собой соединение формулы I-A:

I-A

J¹ независимо выбран из H и C₁-C₂алкила; или два J¹, вместе с атомом углерода, к которому они присоединены, формируют, необязательно, замещенное 3-4-членное карбоциклическое кольцо;

R² независимо выбран из H; хлора; NH₂; и C₁-C₂алкила, необязательно, замещенного фтором;

R³ независимо выбран из H; хлора; фтора; C₁-C₄алкила, необязательно, замещенного 1-3 раза галогеном; C₃-C₄циклоалкила; и -CN;

R⁴ независимо выбран из Q¹ и C₁-C₁₀алифатической цепи, где вплоть до трех метиленовых звеньев алифатической цепи, необязательно, заменены на -O-, -NR-, или -S-; каждый из R⁴, необязательно, замещен 0-5 раза J^Q; или

R³ и R⁴, совместно с атомами, с которыми они связаны, формируют 5-6-членное неароматическое кольцо, имеющее 0-2 гетероатома, выбранных из кислорода, азота и серы; кольцо, сформированное R³ и R⁴ , необязательно, замещено 0-3 раза J^Z;

Q¹ независимо выбран из 3-7-членного полностью насыщенного, частично ненасыщенного или ароматического моноциклического кольца, имеющего 0-3 гетероатома, выбранных из кислорода, азота и серы; и 7-12-членного полностью насыщенного, частично ненасыщенного или ароматического бициклического кольца; имеющего 0-5 гетероатомов, выбранных из кислорода, азота и серы;

J^Q независимо выбран из галогена; =O; Q²; и C₁-C₈алифатической цепи, где вплоть до двух метиленовых звеньев алифатической цепи, необязательно, заменены на -O-, -NR-, -S-, -C(O)- или -S(O)_n-; каждый из J^Q, необязательно, замещен 0-3 раза J^R; или два J^Q на одном и том же атоме, вместе с атомом, к которому они присоединены, формируют 3-6-членное кольцо, имеющее 0-2 гетероатома, выбранных из кислорода, азота и серы; где кольцо, сформированное двумя J^Q,необязательно, замещено 0-3 раза J^X; или два J^Q, вместе с Q¹, формируют 6-10-членную насыщенную или частично ненасыщенную мостиковую кольцевую систему;

Q² независимо выбран из 3-7-членного полностью насыщенного, частично ненасыщенного или ароматического моноциклического кольца, имеющего 0-3 гетероатома, выбранных из кислорода, азота и серы; и 8-12-членного полностью насыщенного, частично ненасыщенного или ароматического бициклического кольца, имеющего 0-5 гетероатомов, выбранных из кислорода, азота и серы;

J^R независимо выбран из галогена; =O; O; 3-7-членного полностью насыщенного, частично ненасыщенного или ароматического моноциклического кольца, имеющего 0-3 гетероатома, выбранных из кислорода, азота и серы; и C₁-C₄алифатической цепи, где вплоть до двух метиленовых звеньев алифатической цепи, необязательно, заменены на -O-, -NR-, -S-, -C(O)- или -S(O)_n-; каждый из J^R , необязательно, замещен 0-3 раза J^T; или два J^R на одном и том же атоме, вместе с атомом, к которому они присоединены, формируют 3-6-членное кольцо, имеющее 0-2 гетероатома, выбранных из кислорода, азота и серы; где кольцо, сформированное двумя J^R , необязательно, замещено 0-3 раза J^X; или два J^R, вместе с Q², формируют 6-10-членную насыщенную или частично ненасыщенную мостиковую кольцевую систему;

J^X независимо выбран из галогена и C₁-C₄алифатической цепи, где вплоть до двух метиленовых звеньев алифатической цепи, необязательно, заменены на -O-, -NR-, -S-, -C(O)- или -S(O)_n-; или

J^T независимо выбран из C₁-C₆алифатической группы и 3-6-членного неароматического кольца, имеющего 0-2 гетероатома, выбранных из кислорода, азота и серы; каждый из J^T, необязательно, замещен 0-3 раза J^M;

n представляет собой 1 или 2; и

[0152] В некоторых вариантах осуществления, ингибитор ATR представляет собой соединение структурной формулы I или I-A, где R¹ представляет собой фтор. В некоторых вариантах осуществления, соединение представлено структурной формулой I или I-A, где R¹ представляет собой -CH₂CN. В некоторых вариантах осуществления, R¹ представляет собой -CH(C_1-2алкил)CN. В некоторых вариантах осуществления, соединение представлено структурной формулой I или I-A, где R¹ представляет собой C(CH₃)₂CN. В некоторых вариантах осуществления, соединение представлено структурной формулой I или I-A, где R¹ представляет собой хлор.

[0153] В некоторых вариантах осуществления, соединение представлено структурной формулой I или I-A, где R² независимо выбран из -CF₃, -NH(C₁-C₂алкил), хлора или H. В некоторых вариантах осуществления, соединение представлено структурной формулой I или I-A, где R² представляет собой H. В некоторых вариантах осуществления, соединение представлено структурной формулой I или I-A, где R² представляет собой -хлор.

[0154] В некоторых вариантах осуществления, соединение представлено структурной формулой I или I-A, где R³ независимо выбран из H, хлора, фтора, CHF₂, -CN, циклопропила и C₁-C₄алкила. В некоторых вариантах осуществления, соединение представлено структурной формулой I или I-A, где R³независимо выбран из H, хлора и фтора. В некоторых вариантах осуществления, соединение представлено структурной формулой I или I-A, где R³ представляет собой H. В некоторых вариантах осуществления, соединение представлено структурной формулой I или I-A, где R³ представляет собой -O(C₁-C₂алкил). В некоторых вариантах осуществления, соединение представлено структурной формулой I или I-A, где R³ представляет собой хлор. В некоторых вариантах осуществления, соединение представлено структурной формулой I или I-A, где R³ представляет собой фтор.

[0155] В некоторых вариантах осуществления, ингибитор ATR представляет собой соединение структурной формулы I или I-A, где R⁴ независимо выбран из:

-O-; и -CH₂-R⁷,

где:

-O- замещен одним J^Q;

Кольцо A независимо выбрано из 3-7-членного полностью насыщенного, частично ненасыщенного или ароматического моноциклического кольца, имеющего 1-3 гетероатома, выбранных из кислорода, азота и серы; и 7-12-членного полностью насыщенного, частично ненасыщенного или ароматического бициклического кольца, имеющего 1-5 гетероатомов, выбранных из кислорода, азота и серы;

Кольцо B независимо выбрано из 3-7-членного полностью насыщенного, частично ненасыщенного или ароматического моноциклического кольца, имеющего 0-3 гетероатома, выбранных из кислорода, азота и серы; и 7-12-членного полностью насыщенного, частично ненасыщенного или ароматического бициклического кольца, имеющего 0-5 гетероатомов, выбранных из кислорода, азота и серы;

R⁶ представляет собой H;

R⁷ независимо выбран из H и C₁-C₈алифатической цепи, где вплоть до трех метиленовых звеньев алифатической цепи, необязательно, заменены на -O-, -NR-, -S-, -C(O)- или -S(O)_n-;

p представляет собой 0 или 1; и

n представляет собой 0, 1 или 2.

[0156] В некоторых вариантах осуществления, ингибитор ATR представляет собой соединение структурной формулы I или I-A, где R⁴ представляет собой кольцо A, представленное структурой:

[0157] В некоторых вариантах осуществления, ингибитор ATR представляет собой соединение структурной формулы I или I-A, где кольцо A представляет собой 3-7-членное полностью насыщенное, частично ненасыщенное или ароматическое моноциклическое кольцо, имеющее 1-3 гетероатома, выбранных из кислорода, азота и серы. В некоторых вариантах осуществления, соединение представлено структурной формулой I или I-A, где кольцо A представляет собой 4-6-членный гетероциклил. В некоторых вариантах осуществления, соединение представлено структурной формулой I или I-A, где кольцо A представляет собой 3-7-членный гетероциклил. В некоторых вариантах осуществления, соединение представлено структурной формулой I или I-A, где кольцо A независимо выбрано из пирролидинила, пиперидинила, азепанила, пиразолидинила, изоксазолидинила, оксазолидинила, тиазолидинила, имидазолидинила, пиперазинила, морфолинила, тиоморфолинила, 1,3-оксазинанила, 1,3-тиазинанила, дигидропиридинила, дигидроимидазолила, 1,3-тетрагидропиримидинила, дигидропиримидинила, 1,4-диазепанила, 1,4-оксазепанила, 1,4-тиазепанила и азетидинила. В некоторых вариантах осуществления, соединение представлено структурной формулой I или I-A, где кольцо A независимо выбрано из пиперидинила, пиперазинила, 1,4-диазепанила, тиоморфолинила, пирролидинила, азепанила и морфолинила. В некоторых вариантах осуществления, соединение представлено структурной формулой I или I-A, где кольцо A независимо выбрано из пиперазинила и пиперидинила.

[0158] В некоторых вариантах осуществления, ингибитор ATR представляет собой соединение структурной формулы I или I-A, где кольцо A представляет собой 5-членный гетероарил. В некоторых вариантах осуществления, соединение представлено структурной формулой I или I-A, где кольцо A независимо выбран из пирролила, имидазолила, пиразолила, 1,2,3-триазолила и 1,2,4-триазолила. В некоторых вариантах осуществления, соединение представлено структурной формулой I или I-A, где кольцо A независимо выбрано из пиразолила и имидазолила.

[0159] В некоторых вариантах осуществления, ингибитор ATR представляет собой соединение структурной формулы I или I-A, где кольцо A представляет собой 7-12-членное полностью насыщенное, частично ненасыщенное или ароматическое бициклическое кольцо, имеющее 1-5 гетероатомов, выбранных из кислорода, азота и серы. В некоторых вариантах осуществления, соединение представлено структурной формулой I или I-A, где кольцо A независимо выбрано из октагидропирроло[1,2-a]пиразинила, 5,6,7,8-тетрагидроимидазо[1,2-a]пиридинила, октагидро-1H-пиразинo[1,2-a]пиразинила, 5,6,7,8-тетрагидроимидазо[1,5-a]пиразинила, 2,5-диазабицикло[4,1,0] и октагидропиразинo[2,1-c][1,4]оксазинила.

[0160] В некоторых вариантах осуществления, ингибитор ATR представляет собой соединение структурной формулы I или I-A, где, когда R⁴ представляет собой кольцо A, J^Qпредставляет собой C₁-C₈алифатическую цепь, где вплоть до двух метиленовых звеньев алифатической цепи, необязательно, заменены на -O-, -NR- или -C(O)-. В некоторых вариантах осуществления, соединение представлено структурной формулой I или I-A, где, когда R⁴ представляет собой кольцо A, J^Qпредставляет собой C₁-C₆алифатическую цепь, где вплоть до двух метиленовых звеньев алифатической цепи, необязательно, заменены на -O-, -NR- или -C(O)-. В некоторых вариантах осуществления, соединение представлено структурной формулой I или I-A, где, когда R⁴ представляет собой кольцо A, J^Q независимо выбран из -O-, -C(O)-, -S(O)₂-, C₁-C₄алкила, -(C₀-C₄алкил)NH₂, -(C₀-C₄алкил)NH(C₁-C₄алкил), -(C₀-C₄алкил)N(C₁-C₄алкил)₂, -(C₀-C₄алкил)OH, -(C₀-C₄алкил)O(C₁-C₄алкил), -C(O)OH, -S(O)₂N(C₁-C₃алкил)-, -C(O)(C₁-C₄алкил)-, -(O)C(C₁-C₄алкил)N(C₁-C₂алкил)₂ или -C(O)O(C₁-C₄алкил). В некоторых вариантах осуществления, соединение представлено структурной формулой I или I-A, где, когда R⁴ представляет собой кольцо A, J^Q независимо выбран из -C(O)-, C₁-C₄алкила, -(C₀-C₄алкил)NH₂, -(C₀-C₄алкил)NH(C₁-C₄алкил), -(C₀-C₄алкил)N(C₁-C₄алкил)₂, -(C₀-C₄алкил)OH, -(C₀-C₄алкил)O(C₁-C₄алкил), -C(O)OH и -C(O)O(C₁-C₄алкил). В других вариантах осуществления, соединение представлено структурной формулой I или I-A, где, когда R⁴ представляет собой кольцо A, J^Qпредставляет собой C₁-C₄алкил. В некоторых вариантах осуществления, соединение представлено структурной формулой I или I-A, где, когда R⁴ представляет собой кольцо A, J^Qпредставляет собой C₁-C₄алкил, -O- или -C(O)-.

[0161] В некоторых вариантах осуществления, когда R⁴ представляет собой кольцо A, тогда J^Qпредставляет собой Q².

[0162] В некоторых вариантах осуществления, ингибитор ATR представляет собой соединение структурной формулы I или I-A, где, когда R⁴ представляет собой кольцо A, Q² представляет собой 3-7-членный гетероциклил или карбоциклил; гетероциклил, имеющий 1-3 гетероатома, выбранных из кислорода, азота и серы. В некоторых вариантах осуществления, соединение представлено структурной формулой I или I-A, где, когда R⁴ представляет собой кольцо A, Q² независимо выбран из оксетанила, тетрагидропиранила, тетрагидрофуранила, циклопропила, азетидинила, пирролидинила, пиперазинила, циклобутила, тиоморфолинила и морфолинила. В некоторых вариантах осуществления, соединение представлено структурной формулой I или I-A, где, когда R⁴ представляет собой кольцо A, Q² независимо выбран из оксетанила, тетрагидропиранила и тетрагидрофуранила. В некоторых вариантах осуществления, соединение представлено структурной формулой I или I-A, где, когда R⁴ представляет собой кольцо A, тогда Q² представляет собой оксетанил.

[0163] В некоторых вариантах осуществления, ингибитор ATR представлен структурной формулой I или I-A, где, когда R⁴ представляет собой кольцо A, Q² представляет собой 7-12-членное полностью насыщенное, частично ненасыщенное или ароматическое бициклическое кольцо, имеющее 0-5 гетероатомов, выбранных из кислорода, азота и серы. В некоторых вариантах осуществления, соединение представлено структурной формулой I или I-A, где, когда R⁴ представляет собой кольцо A, Q² представляет собой 8-12-членное полностью насыщенное, частично ненасыщенное или ароматическое бициклическое кольцо, имеющее 0-5 гетероатомов, выбранных из кислорода, азота и серы. В некоторых вариантах осуществления, соединение представлено структурной формулой I или I-A, где, когда R⁴ представляет собой кольцо A, Q²независимо выбран из 5,6,7,8-тетрагидроимидазо[1,5-a]пиразинила и 5,6,7,8-тетрагидроимидазо[1,2-a]пиразинила.

[0164] В некоторых вариантах осуществления, ингибитор ATR представлен структурной формулой I или I-A, где два J^Q, вместе с кольцом A, формируют мостиковую кольцевую систему.

[0165] В некоторых вариантах осуществления, ингибитор ATR представлен структурной формулой I или I-A, где, когда R⁴ представляет собой кольцо A, J^Qпредставляет собой =O.

[0166] В некоторых вариантах осуществления, ингибитор ATR представлен структурной формулой I или I-A, где, когда R⁴ представляет собой кольцо A, J^R представляет собой 3-6-членный гетероциклил, имеющий 1-3 гетероатома, выбранных из кислорода, азота и серы. В некоторых вариантах осуществления, соединение представлено структурной формулой I или I-A, где, когда R⁴ представляет собой кольцо A, J^R независимо выбран из оксетанила, пиперадинила, азетидинила, пиперазинила, пирролидинила и морфолинила. В некоторых вариантах осуществления, соединение представлено структурной формулой I или I-A, где, когда R⁴ представляет собой кольцо A, J^R представляет собой пиперазинил.

[0167] В некоторых вариантах осуществления, ингибитор ATR представлен структурной формулой I или I-A, где, когда R⁴ представляет собой кольцо A, J^R независимо выбран из галогена, =O, -OH, C₁-C₄алкила, -(C₀-C₄алкил)N(C₁-C₄алкил)₂ и -(C₀-C₄алкил)O(C₁-C₄алкил).

[0168] В некоторых вариантах осуществления, ингибитор ATR представлен структурной формулой I или I-A, где, когда R⁴ представляет собой кольцо A, два J^R на одном и том же атоме, вместе с атомом, к которому они присоединены, формируют 3-6-членное ароматическое или неароматическое кольцо, имеющее 0-2 гетероатома, выбранных из кислорода, азота или серы. В других вариантах осуществления, соединение представлено структурной формулой I или I-A, где, когда R⁴ представляет собой кольцо A, J^R независимо выбран из оксетанила и азетидинила.

[0169] В некоторых вариантах осуществления, ингибитор ATR представлен структурной формулой I или I-A, где два J^R, вместе с кольцом A, формируют мостиковую кольцевую систему.

[0170] В некоторых вариантах осуществления, ингибитор ATR представлен структурной формулой I или I-A, где J^T представляет собой 3-6-членное неароматическое кольцо, имеющее 0-2 гетероатома, выбранных из кислорода, азота и серы. В некоторых вариантах осуществления, соединение представлено структурной формулой I или I-A, где J^T представляет собой окситанил. В другом варианте осуществления, J^T представляет собой C₁-C₆алифатическую группу. В некоторых вариантах осуществления, J^T представляет собой метил.

[0171] В некоторых вариантах осуществления, ингибитор ATR представляет собой соединение, представленное структурной формулой I или I-A, где R⁴ представляет собой кольцо B, представленное структурой:

[0172] В некоторых вариантах осуществления, ингибитор ATR представлен структурной формулой I или I-A, где p представляет собой 1.

[0173] В некоторых вариантах осуществления, ингибитор ATR представлен структурной формулой I или I-A, где, когда p представляет собой 1, кольцо B представляет собой 3-7-членное циклоалифатическое или гетероциклическое кольцо, имеющее 1-2 гетероатома, выбранных из кислорода, азота и серы. В некоторых вариантах осуществления, соединение представлено структурной формулой I или I-A, где, когда p представляет собой 1, кольцо B независимо выбрано из циклопропила, циклобутила, циклопентила, циклогексила, циклогептила, пирролидинилаа, пиперидинила, азепанила, пиразолидинила, изоксазолидинила, оксазолидинила, тиазолидинила, имидазолидинила, пиперазинила, морфолинила, тиоморфолинила, 1,3-оксазинанила, 1,3-тиазинанила, дигидропиридинила, дигидроимидазолила, 1,3-тетрагидропиримидинила, дигидропиримидинила, 1,4-диазепанила, 1,4-оксазепанила, 1,4-тиазепанила, 1,2,3,6-тетрагидропиридина и азетидинила. В некоторых вариантах осуществления, соединение представлено структурной формулой I или I-A, где кольцо B представляет собой пиперидинил.

[0174] В некоторых вариантах осуществления, ингибитор ATR представляет собой соединение структурной формулы I или I-A, где, когда R⁴ представляет собой кольцо B, J^Qпредставляет собой -C(O)- или C₁-C₄алкил. В некоторых вариантах осуществления, соединение представлено структурной формулой I или I-A, где, когда R⁴ представляет собой кольцо B, J^Qпредставляет собой C₁-C₄алкил.

[0175] В некоторых вариантах осуществления, ингибитор ATR представляет собой соединение структурной формулы I или I-A, где, когда R⁴ представляет собой кольцо B, J^Qпредставляет собой Q². В некоторых вариантах осуществления, когда R⁴ представляет собой кольцо B, соединение представлено структурной формулой I или I-A, где Q² независимо выбран из оксетанила, тетрагидропиранила, тетрагидрофуранила, циклопропила, азетидинила, пирролидинила, пиперазинила, пиперидинила, циклобутила, тиоморфолинила и морфолинила. В некоторых вариантах осуществления, соединение представлено структурной формулой I или I-A, где, когда R⁴ представляет собой кольцо B, Q² представляет собой оксетанил.

[0176] В некоторых вариантах осуществления, ингибитор ATR представлен структурной формулой I или I-A, где p представляет собой 0.

[0177] В некоторых вариантах осуществления, ингибитор ATR представлен структурной формулой I или I-A, где, когда p представляет собой 0, кольцо B независимо выбрано из фенила, пиридинила, пиразинила, пиримидинила, тетрагидропиридинила, пиридизинила и пиразолила. В некоторых вариантах осуществления, соединение представлено структурной формулой I или I-A, где, когда p представляет собой 0, кольцо B представляет собой имидазолил. В некоторых вариантах осуществления, соединение представлено структурной формулой I или I-A, где, когда p представляет собой 0, кольцо B независимо выбрано из фенила и пиридинила.

[0178] В некоторых вариантах осуществления, ингибитор ATR представлен структурной формулой I или I-A, где R⁴ представляет собой -CH₂-(R⁷). В некоторых вариантах осуществления, соединение представлено структурной формулой I или I-A, где R⁷представляет собой H.

[0179] В некоторых вариантах осуществления, ингибитор ATR представлен структурной формулой I или I-A, где R³ и R⁴, совместно с атомами, с которыми они связаны, формируют 5-6-членное неароматическое кольцо, имеющее 0-2 гетероатома, выбранных из кислорода.

[0180] В некоторых вариантах осуществления, настоящее изобретение относится к соединению, представленному структурной формулой I или I-A, где J^Z независимо выбран из O или C₁-C₄алкила.

[0181] В некоторых вариантах осуществления, ингибитор ATR представляет собой соединение структурной формулы I и I-A, где соединения представлены в таблице 2.

Таблица 2


I-N-82	I-N-82	I-N-91

I-O-24	I-O-50	I-O-64

I-O-82	I-O-89	I-O-92

I-C-1	I-C-15	I-C-20

I-C-36	I-C-60	I-C-63

I-C-72	I-C-79	I-C-84

[0182] В некоторых вариантах осуществления, ингибитор ATR имеет следующую структуру:

или его фармацевтически приемлемая соль.

[0183] В некоторых вариантах осуществления, ингибитор ATR имеет следующую структуру:

или его фармацевтически приемлемая соль.

[0184] В некоторых вариантах осуществления, ингибитор ATR представляет собой соединение структурной формулы I-B:

I-B

R³ независимо выбран из H; хлора; фтора; C₁-C₄алкила, необязательно, замещенного 1-3 раза галогеном; C₃-C₄циклоалкила; -CN; и C₁-C₃алифатической цепи, где вплоть до двух метиленовых звеньев алифатической цепи, необязательно, заменены на -O-, -NR-, -C(O)- или -S(O)_n;

L¹ представляет собой H; 3-7-членное ароматическое или неароматическое кольцо, имеющее 0-2 гетероатома, выбранных из кислорода, азота и серы; и C₁-C₆алифатическую цепь, где вплоть до двух метиленовых звеньев алифатической цепи, необязательно, заменены на -O-, -NR-, -C(O)- или -S(O)_n; каждый из L¹ необязательно замещен C₁-C₄алифатической группой; -CN; галогеном; -OH; или 3-6-членным неароматическим кольцом, имеющим 0-2 гетероатома, выбранных из кислорода, азота и серы;

L² представляет собой H; 3-7-членное ароматическое или неароматическое кольцо, имеющее 0-2 гетероатома, выбранных из кислорода, азота и серы; или C₁-C₆алифатическую цепь, где вплоть до двух метиленовых звеньев алифатической цепи необязательно заменены на -O-, -NR-, -C(O)- или -S(O)_n; каждый из L² необязательно замещен C₁-C₄алифатической группой; -CN; галогеном; -OH; или 3-6-членным неароматическим кольцом, имеющим 0-2 гетероатома, выбранных из кислорода, азота и серы; или

L¹ и L², вместе с атомом азота, с которым они связаны, формируют кольцо D; кольцо D, необязательно, замещено 0-5 раз J^G;

Кольцо D независимо выбрано из 3-7-членного гетероциклического кольца, имеющего 1-2 гетероатома, выбранных из кислорода, азота и серы; и 7-12-членного полностью насыщенного или частично ненасыщенного бициклического кольца, имеющего 1-5 гетероатомов, выбранных из кислорода, азота и серы;

J^G независимо выбран из галогена; -N(R°)₂; 3-6-членного карбоциклила; 3-6-членного гетероциклила, имеющего 1-2 гетероатома, выбранных из кислорода, азота и серы; или C₁-C₄алкильной цепи, где вплоть до двух метиленовых звеньев алкильной цепи, необязательно, заменены на -O-, -NR-, -C(O)-, или -S(O)_n; каждый из J^G , необязательно, замещен 0-2 раза J^K; или два J^G на одном и том же атоме, вместе с атомом, к которому они присоединены, формируют 3-6-членное кольцо, имеющее 0-2 гетероатома, выбранных из кислорода, азота и серы; или два J^G, вместе с кольцом D, формируют 6-10-членную насыщенную или частично ненасыщенную мостиковую кольцевую систему;

J^K представляет собой 3-7-членное ароматическое или неароматическое кольцо, имеющее 0-2 гетероатома, выбранных из кислорода, азота и серы;

L³ независимо выбран из H; хлора; фтора; C₁-C₄алкила, необязательно, замещенного 1-3 раза галогеном; -CN; и C₁-C₃алифатической цепи, где вплоть до двух метиленовых звеньев алифатической цепи, необязательно, заменены на -O-, -NR-, -C(O)- или -S(O)_n;

n представляет собой 0, 1 или 2; и

R и R° представляют собой H или C₁-C₄алкил.

[0185] В некоторых вариантах осуществления, ингибитор ATR представляет собой соединение структурной формулы I-B:

I-B

L¹ представляет собой H; 3-7-членное ароматическое или неароматическое кольцо, имеющее 0-2 гетероатома, выбранных из кислорода, азота и серы; или C₁-C₆алифатическую цепь, где вплоть до двух метиленовых звеньев алифатической цепи, необязательно, заменены на -O-, -NR-, -C(O)- или -S(O)_n; каждый из L¹, необязательно, замещен C₁-C₄алифатической группой; -CN; галогеном; -OH; или 3-6-членным неароматическим кольцом, имеющим 0-2 гетероатома, выбранных из кислорода, азота и серы;

L² представляет собой H; 3-7-членное ароматическое или неароматическое кольцо, имеющее 0-2 гетероатома, выбранных из кислорода, азота и серы; или C₁-C₆алифатическую цепь, где вплоть до двух метиленовых звеньев алифатической цепи, необязательно, заменены на -O-, -NR-, -C(O)- или -S(O)_n; каждый из L², необязательно, замещен C₁-C₄алифатической группой; -CN; гало; -OH; или 3-6-членным неароматическим кольцом, имеющим 0-2 гетероатома, выбранных из кислорода, азота и серы; или

Кольцо D независимо выбрано из 3-7-членного гетероциклического кольца, имеющего 1-2 гетероатома, выбранных из кислорода, азота и серы; или 7-12-членного полностью насыщенного или частично ненасыщенного бициклического кольца, имеющего 1-5 гетероатомов, выбранных из кислорода, азота и серы;

J^G независимо выбран из галогена; -CN; -N(R°)₂; 3-6-членного карбоциклила; 3-6-членного гетероциклила, имеющего 1-2 гетероатома, выбранных из кислорода, азота и серы; или C₁-C₄алкильной цепи, где вплоть до двух метиленовых звеньев алкильной цепи, необязательно, заменены на -O-, -NR-, -C(O)- или -S(O)_n; каждый из J^G, необязательно, замещен 0-2 раза J^K; или два J^G на одном и том же атоме, вместе с атомом, к которому они присоединены, формируют 3-6-членное кольцо, имеющее 0-2 гетероатома, выбранных из кислорода, азота и серы; два J^G, вместе с кольцом D, формируют 6-10-членную насыщенную или частично ненасыщенную мостиковую кольцевую систему;

n представляет собой 0, 1 или 2; и

R и R° представляют собой H или C₁-C₄алкил.

[0186] В некоторых вариантах осуществления, ингибитор ATR представляет собой соединение структурной формулы I-B:

I-B

L¹ представляет собой H; 3-7-членное ароматическое или неароматическое кольцо, имеющее 0-2 гетероатома, выбранных из кислорода, азота и серы; и C₁-C₆алифатическую цепь, где вплоть до двух метиленовых звеньев алифатической цепи, необязательно, заменены на -O-, -NR-, -C(O)- или -S(O)_n; каждый из L¹, необязательно, замещен C₁-C₄алифатической группой; -CN; галогеном; -OH; или 3-6-членным неароматическим кольцом, имеющим 0-2 гетероатома, выбранных из кислорода, азота и серы;

L² представляет собой H; 3-7-членное ароматическое или неароматическое кольцо, имеющее 0-2 гетероатома, выбранных из кислорода, азота и серы; или C₁-C₆алифатическую цепь, где вплоть до двух метиленовых звеньев алифатической цепи, необязательно, заменены на -O-, -NR-, -C(O)- или -S(O)_n; каждый из L², необязательно, замещен C₁-C₄алифатической группой; -CN; галогеном; -OH; или 3-6-членным неароматическим кольцом, имеющим 0-2 гетероатома, выбранных из кислорода, азота и серы; или

J^G независимо выбран из галогена; O; -CN; -N(R°)₂; 3-6-членного карбоциклила; 3-6-членного гетероциклила, имеющего 1-2 гетероатома, выбранных из кислорода, азота и серы; или C₁-C₄алкильной цепи, где вплоть до двух метиленовых звеньев алкильной цепи, необязательно, заменены на -O-, -NR-, -C(O)- или -S(O)_n; каждый из J^G, необязательно, замещен 0-2 раза J^K; или два J^G на одном и том же атоме, вместе с атомом, к которому они присоединены, формируют 3-6-членное кольцо, имеющее 0-2 гетероатома, выбранных из кислорода, азота и серы; или два J^G, вместе с кольцом D, формируют 6-10-членную насыщенную или частично ненасыщенную мостиковую кольцевую систему;

n представляет собой 0, 1 или 2; и

R и R° представляют собой H или C₁-C₄алкил.

[0187] В некоторых вариантах осуществления, ингибитор ATR представляет собой соединение структурной формулы I-B:

I-B

L¹ представляет собой H; 3-7-членное ароматическое или неароматическое кольцо, имеющее 0-2 гетероатома, выбранных из кислорода, азота и серы; или C₁-C₆алифатическую цепь, где вплоть до двух метиленовых звеньев алифатической цепи, необязательно, заменены на -O-, -NR-, -C(O)- или -S(O)_n; каждый из L¹ , необязательно, замещен C₁-C₄алифатической группой; -CN; галогеном; -OH; или 3-6-членным неароматическим кольцом, имеющим 0-2 гетероатома, выбранных из кислорода, азота и серы;

L² представляет собой H; 3-7-членное ароматическое или неароматическое кольцо, имеющее 0-2 гетероатома, выбранных из кислорода, азота и серы; или C₁-C₆алифатическую цепь, где вплоть до двух метиленовых звеньев алифатической цепи, необязательно, заменены на -O-, -NR-, -C(O)- или -S(O)_n; каждый из L² , необязательно, замещен C₁-C₄алифатической группой; -CN; галогеном; -OH; или 3-6-членным неароматическим кольцом, имеющим 0-2 гетероатома, выбранных из кислорода, азота и серы; или

J^G независимо выбран из галогена; -N(R°)₂; 3-6-членного карбоциклила; 3-6-членного гетероциклила, имеющего 1-2 гетероатома, выбранных из кислорода, азота или серы; или C₁-C₄алкильной цепи, где вплоть до двух метиленовых звеньев алкильной цепи, необязательно, заменены на -O-, -NR-, -C(O)-, или -S(O)_n; каждый из J^G , необязательно, замещен 0-2 раза J^K; или два J^G на одном и том же атоме, вместе с атомом, к которому они присоединены, формируют 3-6-членное кольцо, имеющее 0-2 гетероатома, выбранных из кислорода, азота и серы; или два J^G, вместе с кольцом D, формируют 6-10-членную насыщенную или частично ненасыщенную мостиковую кольцевую систему;

n представляет собой 0, 1 или 2; и

R и R° представляют собой H или C₁-C₄алкил.

[0188] В некоторых вариантах осуществления, ингибитор ATR представляет собой соединение структурной формулы I-B:

I-B

L¹ представляет собой, необязательно, замещенную C₁-C₆алифатическую группу;

L² представляет собой, необязательно, замещенную C₁-C₆алифатическую группу; или

Кольцо D независимо выбрано из 3-7-членного гетероциклического кольца, имеющего 1-2 гетероатома, выбранных из кислорода, азота и серы; и 8-12-членного полностью насыщенного или частично ненасыщенного бициклического кольца, имеющего 0-5 гетероатомов, выбранных из кислорода, азота и серы;

J^G независимо выбран из C₁-C₄алкила, -N(R°)₂ и 3-5-членного карбоциклила; или два J^G, вместе с кольцом D, формируют 6-10-членную насыщенную или частично ненасыщенную мостиковую кольцевую систему; и

R° представляет собой H или C₁-C₄алкил.

[0189] В некоторых вариантах осуществления, R¹ формулы I-B представляет собой фтор. В некоторых вариантах осуществления, R¹ формулы I-B представляет собой -CH₂CN. В некоторых вариантах осуществления, R¹ формулы I-B представляет собой хлор.

[0190] В некоторых вариантах осуществления, R³ формулы I-B независимо выбран из H, хлора, фтора, циклопропила и C₁-C₄алкила. В некоторых вариантах осуществления, R³ формулы I-B независимо выбран из H, хлора и фтора. В некоторых вариантах осуществления, R³ формулы I-B представляет собой H. В некоторых вариантах осуществления, R³ формулы I-B представляет собой хлор. В некоторых вариантах осуществления, R³ формулы I-B представляет собой фтор.

[0191] В некоторых вариантах осуществления, соединение представлено структурной формулой I-B, где L¹ и L² независимо выбраны из H; -(C₁-C₃алкил)O(C₁-C₂алкил); -(C₁-C₃алкил)N(C₁-C₂алкил)₂; C₁-C₄алкила; азетидинила; пиперидинила; окситанила; и пирролидинила. В некоторых вариантах осуществления, соединение представлено структурной формулой I-B, где L¹ и L² представляют собой C₁-C₃алкил.

[0192] В некоторых вариантах осуществления, соединение представлено структурной формулой I-B, где L¹ и L², вместе с атомом азота, с которым они связаны, формируют кольцо D.

[0193] В некоторых вариантах осуществления, соединение представлено структурной формулой I-B, где кольцо D представляет собой 3-7-членное гетероциклическое кольцо, имеющее 1-2 гетероатома, выбранных из кислорода, азота и серы. В некоторых вариантах осуществления, соединение представлено структурной формулой I-B, где кольцо D независимо выбран из пиперазинила, пиперидинила, морфолинила, тетрагидропиранила, азетидинила, пирролидинила и 1,4-диазепанила. В некоторых вариантах осуществления, соединение представлено структурной формулой I-B, где кольцо D представляет собой пиперазинил, пиперидинил, 1,4-диазепанил, пирролидинил и азетидинил. В некоторых вариантах осуществления, соединение представлено структурной формулой I-B, где кольцо D представляет собой пиперидинил или пиперазинил. В некоторых вариантах осуществления, кольцо D представляет собой пиперазинил.

[0194] В некоторых вариантах осуществления, соединение представлено структурной формулой I-B, где кольцо D представляет собой 8-12-членное полностью насыщенное или частично ненасыщенное бициклическое кольцо, имеющее 0-5 гетероатомов, выбранных из кислорода, азота и серы. В некоторых вариантах осуществления, соединение представлено структурной формулой I-B, где кольцо D представляет собой октагидропирроло[1,2-a]пиразин или октагидропирроло[3,4-c]пиррол. В некоторых вариантах осуществления, кольцо D представляет собой октагидропирроло[1,2-a]пиразин.

[0195] В некоторых вариантах осуществления, соединение представлено структурной формулой I-B, где J^G представляет собой галоген, C₁-C₄алкил, -O(C₁-C₃алкил), C₃-C₆циклоалкил, 3-6-членный гетероциклил, -NH(C₁-C₃алкил), -OH или -N(C₁-C₄алкил)₂. В некоторых вариантах осуществления, соединение представлено структурной формулой I-B, где J^G представляет собой метил, -N(C₁-C₄алкил)₂, этил, -O(C₁-C₃алкил), циклопропил, оксетанил, циклобутил, пирролидинил, пиперидинил или азетидинил. В некоторых вариантах осуществления, соединение представлено структурной формулой I-B, где J^G представляет собой метил, -O(C₁-C₃алкил), оксетанил, пирролидинил, пиперидинил или азетидинил. В некоторых вариантах осуществления, соединение представлено структурной формулой I-B, где J^G представляет собой C₁-C₄алкил, C₃-C₅циклоалкил или -N(C₁-C₄алкил)₂. В некоторых вариантах осуществления, соединение представлено структурной формулой I-B, где J^G представляет собой метил, этил или циклопропил. В некоторых вариантах осуществления, соединение представлено структурной формулой I-B, где J^G представляет собой метил. В некоторых вариантах осуществления, соединение представлено структурной формулой I-B, где J^G представляет собой оксетанил.

[0196] В некоторых вариантах осуществления, соединение представлено структурной формулой I-B, где два J^G, вместе с кольцом D, формируют 6-10-членную насыщенную или частично ненасыщенную мостиковую кольцевую систему. В некоторых вариантах осуществления, соединение представлено структурной формулой I-B, где мостиковая кольцевая система представляет собой 1,4- диазабицикло[3,2,2]нонан, 1,4-диазабицикло[3,2,1]октан, или 2,5-диазабицикло[2,2,1]гептан. В некоторых вариантах осуществления, соединение представлено структурной формулой I-B, где мостиковая кольцевая система представляет собой 1,4-диазабицикло[3,2,2]нонан.

[0197] В некоторых вариантах осуществления, соединение представлено структурной формулой I-B, где два J^G на одном и том же атоме, вместе с атомом, к которому они присоединены, формируют 3-6-членное кольцо, имеющее 0-2 гетероатома, выбранных из кислорода, азота и серы. В некоторых вариантах осуществления, соединение представлено структурной формулой I-B, где кольцо, сформированное двумя J^G на одном и том же атоме, представляет собой оксетанил или циклопропил.

[0198] В некоторых вариантах осуществления, ингибитор ATR представляет собой соединение структурной формулы I, I-A и I-B, где соединения представлены в таблице 3.

Таблица 3


I-G-1	I-G-2	I-G-3

I-G-4	I-G-5	I-G-6

I-G-7	I-G-8	I-G-9

I-G-10	I-G-11	I-G-12

I-G-13	I-G-14	I-G-15

I-G-16		I-G-18

I-G-19	I-G-20	I-G-21

I-G-22	I-G-23	I-G-24

I-G-25	I-G-26	I-G-27

I-G-28	I-G-29	I-G-30

I-G-31	I-G-32	I-G-33

I-G-34	I-G-35

или его фармацевтически приемлемую соль.

[0199] В некоторых вариантах осуществления, ингибитор ATR представляет собой:

	или
I-G-32		I-G-21.

или его фармацевтически приемлемую соль.

[0200] В некоторых вариантах осуществления, ингибитор ATR представляет собой:

I-G-32

или его фармацевтически приемлемую соль.

Вторые лекарственные средства и комбинированная терапия

[0201] В некоторых вариантах осуществления, способ идентификации, отбора и/или лечения злокачественной опухоли основан на чувствительности злокачественной опухоли к ингибитору ATR. В некоторых вариантах осуществления, способ идентификации, отбора и/или лечения злокачественной опухоли основан на чувствительности злокачественной опухоли к ингибитору ATR в комбинации с вторым лекарственным средством, в частности, противораковым средством, более конкретно, где второе лекарственное средство представляет собой повреждающее ДНК средство. В некоторых вариантах осуществления, ингибитор ATR используют в комбинации с одним или несколькими повреждающими ДНК средствами. В некоторых вариантах осуществления, второе лекарственное средство представляет собой усиливающее повреждение ДНК средство, такое как ингибитор PARP или ингибитор Chk1. В некоторых вариантах осуществления, ингибитор ATR используют в комбинации с одним или несколькими повреждающими ДНК средствами и одним или несколькими усиливающими повреждение ДНК средствами, например, ингибитором PARP, ингибитором Chk1 или их комбинациями.

[0202] В некоторых вариантах осуществления, способ идентификации, отбора и/или лечения злокачественной опухоли предназначен для ингибитора ATR в комбинации с повреждающим ДНК средством. В некоторых вариантах осуществления, повреждающее ДНК средство включает, в качестве неограничивающего примера, средство на основе платины, ингибитор топоизомеразы I (Topo I), ингибитор топоизомеразы II (Topo II), антиметаболит (например, антагонисты пурина и антагонисты пиримидина), алкилирующие средства и противораковый антибиотик. В некоторых вариантах осуществления, ингибитор ATR используют в комбинации с ионизирующим излучением.

[0203] В некоторых вариантах осуществления, повреждающее ДНК средство представляет собой средство на основе платины. В некоторых вариантах осуществления, средство на основе платины представляет собой, например, цисплатин, оксалиплатин, карбоплатин, недаплатин, сатраплатин и другие производные, такие как лобаплатин, триплатин, тетранитрат, пикоплатин, пролиндак или ароплатин.

[0204] В некоторых вариантах осуществления, повреждающее ДНК средство представляет собой ингибитор Topo I. В некоторых вариантах осуществления, ингибитор Topo I представляет собой, например, камптотецин, топотекан, иринотекан, рубитекан или белотекан.

[0205] В некоторых вариантах осуществления, повреждающее ДНК средство представляет собой ингибитор Topo II. В некоторых вариантах осуществления, ингибитор Topo II представляет собой, например, этопозид, даунорубицин, доксорубицин, митоксантрон, акларубицин, эпирубицин, идарубицин, амрубицин, амсакрин, пирарубицин, валрубицин, зорубицин или тенипозид.

[0206] В некоторых вариантах осуществления, повреждающее ДНК средство представляет собой антиметаболит. В некоторых вариантах осуществления, антиметаболит представляет собой, например, гидроксимочевину, метотрексат, пеметрексед, тиогуанин, флударабин, кладрибин, 6-меркаптопурин, цитарабин, гемцитабин или 5-фторурацил (5FU).

[0207] В некоторых вариантах осуществления, повреждающее ДНК средство представляет собой алкилирующее средство. В некоторых вариантах осуществления, алкилирующее средство включает, в качестве неограничивающего примера, азотистые иприты, нитрозомочевину, триазены, алкилсульфонаты, прокарбазин и азиридины. В некоторых вариантах осуществления, алкилирующее средство представляет собой, например, циклофосфамид, ифосфамид, трофосфамид, хлорамбуцил, мелфалан, преднемустин, бендамустин, урамустин, эстрамустин, кармустин, ломустин, семустин, фотемустин, нимустин, ранимустин, стрептозоцин, бусульфан, манносульфан, треосульфан, карбоквон, триазиквон, мехлорэтамин, триэтиленмеламин, прокарбазин, декарбазин, митозоломид или темозололмид.

[0208] В некоторых вариантах осуществления, повреждающее ДНК средство представляет собой противораковый антибиотик. В некоторых вариантах осуществления, противораковый антибиотик представляет собой, например, митоксантрон, блеомицин, митомицин C или актиномицин.

[0209] В некоторых вариантах осуществления, повреждающее ДНК средство представляет собой цисплатин, оксалиплатин, карбоплатин, недаплатин, сатраплатин, лобаплатин, триплатин, тетранитрат, пикоплатин, пролиндак, ароплатин, камптотецин, топотекан, иринотекан, рубитекан, белотекан, этопозид, даунорубицин, доксорубицин, митоксантрон, акларубицин, эпирубицин, идарубицин, амрубицин, амсакрин, пирарубицин, валрубицин, зорубицин, тенипозид, гидроксимочевину, метотрексат, пеметрексед, тиогуанин, флударабин, кладрибин, 6-меркаптопурин, цитарабин, гемцитабин, 5-фторурацил (5FU), циклофосфамид, ифосфамид, трофосфамид, хлорамбуцил, мелфалан, преднемустин, бендамустин, урамустин, эстрамустин, кармустин, ломустин, семустин, фотемустин, нимустин, ранимустин, стрептозоцин, бусульфан, манносульфан, треосульфан, карбоквон, триазиквон, мехлорэтамин, триэтиленмеламин, прокарбазин, декарбазин, митозоломид, темозололмид, митоксантрон, блеомицин, митомицин C или актиномицин. В некоторых вариантах осуществления, можно использовать одно или несколько повреждающих ДНК средств, одновременно или последовательно.

[0210] В некоторых вариантах осуществления, второе лекарственное средство представляет собой усиливающее повреждение ДНК средство. В некоторых вариантах осуществления, усиливающее повреждение ДНК средство представляет собой ингибитор полимеразы полиАДФ-рибозы (PARP). В некоторых вариантах осуществления, ингибитор PARP представляет собой ингибитор PARP1, PARP2, PARP3 или их комбинации. В некоторых вариантах осуществления, ингибитор PARP представляет собой, например, олапариб (AZD2281 или KU-0059436), велипариб (ABT-888), рукапариб (PF-01367338), CEP-9722, INO 1001, нирапариб (MK-4827), E7016, талазопариб (BMN673), AZD2461 или их комбинации.

[0211] В некоторых вариантах осуществления, усиливающее повреждение ДНК средство представляет собой ингибитор Chk1. В некоторых вариантах осуществления ингибитор Chk1 представляет собой, например, AZD7762, LY2603618, MK-8776, CHIR-124, CCT245737, PF-477736 или их комбинации.

[0212] В некоторых вариантах осуществления, способ идентификации, отбора и/или лечения злокачественной опухоли представляет собой способ с использованием комбинированной терапии, включающей ингибитор ATR формулы (IIA-7):

или его фармацевтически приемлемую соль и цисплатин.

[0213] В некоторых вариантах осуществления, идентификация, отбор и/или лечение злокачественной опухоли предназначены для комбинированной терапии, включающей ингибитор ATR IIA-7 выше или его фармацевтически приемлемую соль, и гемцитабин.

[0214] В некоторых вариантах осуществления, идентификация, отбор и/или лечение злокачественной опухоли предназначены для комбинированной терапии, включающей ингибитор ATR формулы (I-G-32):

[0215] В некоторых вариантах осуществления, идентификация, отбор и/или лечение злокачественной опухоли предназначены для комбинированной терапии, включающей ингибитор ATR I-G-32 выше или его фармацевтически приемлемую соль и гемцитабин.

[0216] В некоторых вариантах осуществления, один или несколько других видов терапии злокачественных опухолей можно использовать вместе с вышеуказанной комбинацией ингибитора ATR и второго лекарственного средства, или, в некоторых вариантах осуществления, способ идентификации, отбора и/или лечения злокачественной опухоли может быть предназначен для ингибитора ATR в комбинации с одним или несколькими другими дополнительными видами терапии злокачественной опухоли, такими как радиотерапия, химиотерапия или другие стандартные средства, используемые в терапии злокачественных опухолей, например, радиосенсибилизирующими средствами, хемосенсибилизирующими средствами и модуляторами репарации ДНК (например, ингибиторами PARP и Chk1). Радиосенсибилизирующие средства представляют собой средства, которые можно использовать в комбинации с радиотерапией, где радиосенсибилизирующее средство действует, среди прочего, чтобы сделать злокачественные клетки более чувствительными к радиотерапии, действуя в синергизме с радиотерапией для обеспечения улучшенного синергического эффекта, действуя аддитивно с радиотерапией или защищая окружающие здоровые клетки от повреждения, вызванного радиотерапией. Хемосенсибилизирующие средства представляют собой средства, которые можно использовать в комбинации с химиотерапией, где хемосенсибилизирующие средства действуют, среди прочего, чтобы сделать злокачественные клетки более чувствительными к химиотерапии, действуя в синергизме с химиотерапией для обеспечения улучшенного синергического эффекта, действуя аддитивно с химиотерапией или защищая окружающие здоровые клетки от повреждения, вызванного химиотерапией.

[0217] В некоторых вариантах осуществления, дополнительная терапия злокачественной опухоли может включать, например, иммунотерапию, например, терапию антителами или терапию цитокинами, или другую иммуномодулирующую терапию, например, интерферонами, интерлейкинами и фактором некроза опухоли (TNF). Любую комбинацию этих видов терапии злокачественных опухолей можно использовать вместе с комбинированной терапией, описанной в настоящем описании.

[0218] В некоторых вариантах осуществления, второе лекарственное средство или другая дополнительная терапия злокачественной опухоли может представлять собой химиотерапевтические средства, включая, но без ограничения, веретенные яды (например, винбластин, винкристин, винорелбин, паклитаксел и т.д.), подофиллотоксины (например, этопозид, иринотекан, топотекан), нитрозомочевину (например, кармустин, ломустин), неорганические ионы (например, цисплатин, карбоплатин), ферменты (аспарагиназу) и гормоны (например, тамоксифен, леупролид, флутамид и магестрол), гливек™, адриамицин, дексаметазон и циклофосфамид.

[0219] В некоторых вариантах осуществления, второе лекарственное средство или другая дополнительная терапия злокачественной опухоли может включать, среди прочих, абареликс (пленаксис-депо®); альдеслейкин (прокин®); альдеслейкин (пролейкин®); алемтузумаб (кампат®); алитретиноин (панретин®); аллопуринол (зилоприм®); алтретамин (гексален®); амифостин (этиол®); анастрозол (аримидекс®); триоксид мышьяка (трисенокс®); аспарагиназу (элспар®); азацитидин (видаза®); бевацизумаб (авастин®); бексаротен капсулы (таргретин®); бексаротен гель (таргретин®); блеомицин (бленоксан®); бортезомиб (велкад®); бусульфан внутривенный (бусульфекс®); бусульфан пероральный (милеран®); калюстерон (метосарб®); капецитабин (кселода®); кармустин (BCNU®, BiCNU®); кармустин (Wafer®); имплантат кармустина с полифепросаном 20 (пластину Wafer®); целекоксиб (целебрекс®); цетуксимаб (эрбитукс®); хлорамбуцил (лейкеран®); кладрибин (леустатин®, 2-CdA®); клофарабин (клолар®); циклофосфамид (цитоксан®, неозар®); циклофосфамид (инъекцию цитоксана®); циклофосфамид (таблетку цитоксана®); цитарабин (цитозар-U®); цитарабин липосомный (DepoCyt®); декарбазин (DTIC-Dome®); дактиномицин, актиномицин D (космеген®); дарбепоэтин альфа (аранесп®); даунорубицин липосомный (дануоксом®); даунорубицин, дауномицин (даунорубицин®); даунорубицин, дауномицин (церубидин®); денилейкин дифтитокс (онтак®); дексразоксан (зинекард®); доцетаксел (таксотер®); доксорубицин (адриамицин PFS®); доксорубицин (адриамицин®, рубекс®); доксорубицин (инъекцию адриамицина PFS®); доксорубицин липосомный (доксил®); пропионат дромостанолона (дромостанолон®); пропионат дромостанолона (инъекцию мастерона®); раствор Эллиота B (Elliott's B Solution®); эпирубицин (элленс®); эпоэтин альфа (эпоген®); эрлотиниб (тарцева®); эстрамустин (эмцит®); фосфат этопозида (этопофос®); этопозид, VP-16 (вепезид®); экземестан (аромазин®); филграстим (нейпоген®); флоксуридин (внутриартериальный) (FUDR®); флударабин (флудара®); фторурацил, 5-FU (адруцил®); фулвестрант (фазлодекс®); гефитиниб (иресса®); гемтузумаб озогамицин (милотарг®); ацетат гозерелина (имплантат золадекса®); ацетат гозерелина (золадекс®); ацетат гистрелина (имплантат гистрелина®); гидроксимочевину (гидреа®); ибритутомаб тиуксетан (зевалин®); идарубицин (идамицин®); ифосфамид (ИФЕКС®); мезилат иматиниба (гливек®); интерферон альфа-2a (роферон a®); интерферон альфа-2b (интрон a®); иринотекан (камптосар®); леналидомид (ревлимид®); лектрозол (фемара®); лейковорин (велковорин®, лейковорин®); леупролид (элигард®); левамизол (эргамизол®); ломустин, CCNU (CeeBU®); мехлоретамин, азотистый иприт (мустарген®); ацетат мегестрола (мегас®); мелфалан, L-PAM (алкеран®); меркаптопурин, 6-MP (пуринтол®); месна (меснекс®); месну (таблетки меснекса®); метотрексат (метотрексат®); метоксален (увадекс®); митомицин C (мутамицин®); митотан (лизодрен®); митоксантрон (новантрон®); фенпропионат нандролона (дураболин-50®); неларабин (арранон®); нофетумомаб (верлума®); опрелвекин (ньюмега®); оксалиплатин (элоксатин®); паклитаксел (паксен®); паклитаксел (таксол®); связанные с белком частицы паклитаксела (абраксан®); палифермин (кепиванс®); памидронат (аредия®); пегадемазу (адаген (бычья пегадемаза)®); пегаспаргазу (онкаспар®); пэгфилграстим (невласта®); пеметрексед динатрия (алимта®); пентостатин (нипент®); пипоброман (верцит®); пликамицин, митрамицин (митрацин®); порфимер натрия (фотофрин®); прокарбазин (матулан®); хинакрин (атабрин®); расбуриказу (элитек®); ритуксимаб (ритуксан®); сарграмостим (лейкин®); сарграмостим (прокин®); сорафениб (нексавар®); стрептозоцин (заносар®); малеат сунитиниба (cутент®); тальк (склерозол®); тамоксифен (нолвадекс®); темозололмид (темодар®); тенипозид, VM-26 (вумон®); тестолактон (теслак®); тиогуанин, 6-TG (тиогуанин®); тиотепа (тиоплекс®); топотекан (гикамтин®); торемифен (фарестон®); тозитумомаб (бексар®); тозитумомаб/I-131 тозитумомаб (бексар®); трастузумаб (герцептин®); третиноин, ATRA (весаноид®); урамустин (урамустин капсулы®); валрубицин (валстар®); винбластин (велбан®); винкристин (онковин®); винорелбин (навелбин®); золедронат (зомета®) и вориностат (золинза®).

Фармацевтические композиции

[0220] В некоторых вариантах осуществления, ингибиторы ATR и другие лекарственные средства (например, повреждающие ДНК средства) или их фармацевтические соли можно составлять отдельно или вместе в фармацевтические композиции для введения. В различных вариантах осуществления, каждое из лекарственных средств можно составлять в фармацевтическую композицию, которая содержит средство и фармацевтически приемлемый носитель. Пригодные фармацевтические носители описаны в настоящем описании и в Remington: The Science and Practice of Pharmacy, 21st Ed. (2005). Терапевтические соединения и их физиологически приемлемые соли можно составлять для введения любым пригодным способом, включая, среди прочих, местный, интраназальный, пероральный, парентеральный, ректальный или посредством ингаляции. В некоторых вариантах осуществления, введение фармацевтической композиции можно подготавливать для внутрикожного, подкожного, внутривенного, внутримышечного, интраназального, интрацеребрального, интратрахеального, внутриартериального, внутрибрюшинного, внутрипузырного, интраплеврального, интракоронарного или внутриопухолевого введения, например, для инъекции с использованием шприца или других устройств. Предусмотрено также чрескожное введение, как и ингаляционное или аэрозольное введение. Таблетки, капсулы и растворы можно вводить перорально, ректально или вагинально.

[0221] Для перорального введения, фармацевтическая композиция может принимать форму, например, таблетки или капсулы, полученной общепринятыми способами с использованием фармацевтически приемлемого наполнителя. Таблетки и капсулы, содержащие активный ингредиент, можно получать вместе с наполнителями, такими как: (a) разбавители или наполнители, например, лактоза, декстроза, сахароза, маннит, сорбит, целлюлоза (например, этилцеллюлоза, микрокристаллическая целлюлоза), глицин, пектин, полиакрилаты и/или гидрофосфат кальция, сульфат кальция; (b) смазывающие средства, например, диоксид кремния, тальк, стеариновая кислота, ее магниевая или кальциевая соль, стеараты металлов, коллоидный диоксид кремния, гидрогенизированное растительное масло, кукурузный крахмал, бензоат натрия, ацетат натрия и/или полиэтиленгликоль; (c) связующие средства, например, алюмосиликат магния, крахмальный клейстер, желатин, трагакант, метилцеллюлоза, карбоксиметилцеллюлоза натрия, поливинилпирролидон и/или гидроксипропилметилцеллюлоза; (d) дезинтегрирующие средства, например, крахмалы (включая картофельный крахмал или крахмал натрия), гликолят, агар, альгиновая кислота или ее натриевая соль или шипучие смеси; (e) увлажняющие средства, например, лаурилсульфат натрия и/или (f) абсорбенты, красители, ароматизаторы и подсластители. Композиции получают в соответствии с общепринятыми способами смешивания, грануляции или покрытия. Таблетки можно покрывать либо пленкой, либо кишечнорастворимой оболочкой, в соответствии со способами, известными в данной области.

[0222] Жидкие препараты для перорального введения могут принимать форму, например, растворов, сиропов или суспензий, или их можно представлять в форме сухого продукта для разведения водой или другим пригодным носителем перед использованием. Такие жидкие препараты можно получать общепринятыми способами с использованием фармацевтически приемлемых носителей и добавок, например, суспендирующих средств, например, сиропа сорбита, производных целлюлозы, или гидрогенизированных пищевых жиров; эмульгаторов, например, лецитина или камеди; неводных носителей, например, миндального масла, сложных эфиров жирных кислот, этилового спирта или фракционированных растительных масел; и консервантов, например, метил или пропил-п-гидроксибензоатов или сорбиновой кислоты. Препараты могут также содержать буферные соли, ароматизаторы, красители и/или подсластители, по необходимости. Если желательно, препараты для перорального введения можно подходящим образом составлять для получения контролируемого высвобождения активного соединения.

[0223] Лекарственные средства можно составлять для парентерального введения, например, посредством болюсной инъекции или непрерывной инфузии. Составы для инъекции можно представлять в единичной дозированной форме, например, в ампулах или в контейнерах для множественных доз, с необязательно добавленным консервантом. Пригодные для инъекции композиции могут представлять собой водные изотонические растворы или суспензии. В некоторых вариантах осуществления, для парентерального введения, лекарственные средства можно получать с использованием поверхностно-активного средства или липофильных растворителей, таких как триглицериды или липосомы. Композиции могут являться стерилизованными и/или содержать адъюванты, такие как консерванты, стабилизаторы, увлажняющие средства или эмульгаторы, стимуляторы растворения, соли для регуляции осмотического давления и/или буферы. Альтернативно, лекарственное средство может находиться в порошкообразной форме для разведения пригодным носителем, например, стерильной апирогенной водой, перед использованием. Кроме того, они могут также содержать другие терапевтически эффективные вещества.

[0224] Для введения посредством ингаляции, лекарственное средство можно удобно доставлять в форме предоставления аэрозольного спрея из баллонов под давлением или распылителя, с использованием пригодного пропеллента, например, дихлордифторметана, трихлорфторметана, дихлортетрафторэтана, диоксида углерода или другого пригодного газа. В случае аэрозоля под давлением, единицу дозирования можно определять посредством предоставления клапана для доставки отмеренного количества. Можно получать состав в капсулах и картриджах, например, из желатина, для использования в ингаляторе или инсуффляторе, содержащих порошкообразную смесь соединения и пригодной порошкообразной основы, например, лактозы или крахмала.

[0225] Пригодные составы для чрескожного введения включают эффективное количество лекарственного средства с носителем. Предпочтительные носители включают адсорбируемые фармакологически пригодные растворители, чтобы способствовать прохождению через кожу субъекта. Например, чрескожные устройства находятся в форме повязки или пластыря, содержащих подложку, резервуар, содержащий лекарственное средство, необязательно, с носителями, необязательно, контролирующий скорость барьер для доставки соединения в кожу хозяина с контролируемой и предопределенной скоростью в течение длительного периода времени, и средства для прикрепления устройства к коже. Можно также использовать матриксные чрескожные составы.

[0226] Пригодные составы для местного нанесения, например, на кожу и в глаза, предпочтительно, представляют собой водные растворы, мази, кремы или гели, известные в данной области. Составы могут содержать солюбилизаторы, стабилизаторы, усиливающие тоничность средства, буферы и консерванты.

[0227] В некоторых вариантах осуществления, лекарственное средство можно составлять также в форме ректальной композиции, например, суппозиториев или удерживающих клизм, например, содержащих общепринятые основы для суппозиториев, например, масло какао или другие глицериды, или гелеобразующие средства, такие как карбомеры.

[0228] В некоторых вариантах осуществления, лекарственное средство можно составлять в форме препарата-депо. Такие длительно действующие составы можно вводить посредством инъекции или имплантации (например, подкожно или внутримышечно). Лекарственное средство можно составлять с пригодными полимерными или гидрофобными материалами (например, в форме эмульсии в пригодном масле), ионообменными смолами, биоразлагаемыми полимерами, или в форме умеренно растворимых производных, например, в форме умеренно растворимой соли.

[0229] Фармацевтические композиции можно, если желательно, представлять в упаковке или диспенсерном устройстве, которое может содержать одну или несколько единичных дозированных форм, содержащих активный ингредиент. Упаковка может, например, содержать металлическую или пластиковую фольгу, например, блистерную упаковку. Упаковку или диспенсерное устройство можно сопровождать инструкциями для введения.

Введение и дозы

[0230] В некоторых вариантах осуществления, фармацевтическую композицию лекарственного средства вводят субъекту, предпочтительно, человеку, в терапевтически эффективном количестве или терапевтически эффективной дозе для предотвращения, лечения или контроля состояния или заболевания, как описано в настоящем описании. В рамках изобретения, «подвергание лечению» или «лечение» заболевания, нарушения или синдрома, в рамках изобретения, включает (i) предотвращение возникновения заболевания, нарушения или синдрома у субъекта, т.е. предотвращение развития заболевания, нарушения или синдрома у животного, которое может подвергаться воздействию или предрасположенности к заболеванию, нарушению или синдрому, но еще не испытывает или не проявляет симптомов заболевания, нарушения или синдрома; (ii) ингибирование заболевания, нарушения или синдрома, т.е., арест его развития; и (iii) облегчение заболевания, нарушения или синдрома, т.е., вызов регрессии заболевания, нарушения или синдрома.

[0231] Конкретный уровень эффективной дозы для конкретного пациента может зависеть от множества факторов, включая тип и стадию злокачественной опухоли, подвергаемой лечению; активность конкретного средства; конкретную используемую композицию; возраст, массу тела, общее состояние, пол и диету пациента; время введения, способ введения и скорость выведения конкретного используемого средства; длительность лечения; лекарственные средства, используемые в комбинации или в соответствии с конкретным используемым соединением, и подобных факторов, хорошо известных в области медицины.

[0232] Фармацевтическую композицию вводят субъекту в количестве, достаточном для вызова эффективного терапевтического ответа у субъекта. Эффективный терапевтический ответ представляет собой ответ, который по меньшей мере частично останавливает или замедляет симптомы или осложнения состояния или заболевания. Количество, адекватное для осуществления этого, определяют как «терапевтически эффективную дозу» или «терапевтически эффективное количество». Выражение «единичная дозированная форма», в рамках изобретения, относится к физически дискретной единице средства, подходящей для пациента, подлежащего лечению. Следует понимать, однако, что решение об общем ежесуточном использовании средств и композиций по настоящему изобретению принимает лечащий врач в рамках обоснованного врачебного решения.

[0233] В некоторых вариантах осуществления, количество лекарственного средства может представлять собой количество, которое меньше, чем эффективное количество, когда средство используют отдельно, но которое является эффективным для лечения одной или нескольких из злокачественных опухолей, перечисленных в настоящем описании, когда использовано в комбинации с другим средством, например, вторым лекарственным средством. Таким образом, в некоторых вариантах осуществления, комбинированная терапия обозначена как введение в терапевтически эффективном количестве, включая, например, терапевтически эффективное количество, приводящее к синергическому ответу (например, синергическому противораковому ответу).

[0234] В некоторых вариантах осуществления, подходящую дозу лекарственного средства, например, ингибитора ATR, или его композиции, можно вводить перорально или парентерально при уровнях дозирования от приблизительно 0,01 до приблизительно 100 мг/кг, от приблизительно 0,01 мг/кг до приблизительно 50 мг/кг и предпочтительно, от приблизительно 1 мг/кг до приблизительно 25 мг/кг массы тела субъекта в сутки для получения желательного терапевтического эффекта. В некоторых вариантах осуществления, дозу соединения можно вводить один раз в сутки или разделять на дробные дозы и вводить во множестве доз, например, два раза, три раза или четыре раза в сутки для получения желательного терапевтического эффекта.

[0235] Как обсуждают выше, соединение ингибитора ATR можно вводить с одним или несколькими вторыми лекарственными средствами, отдельно, последовательно или одновременно, либо одинаковым способом, либо различными способами введения. При последовательном введении, время между введениями выбирают для обеспечения преимущества, среди прочего, терапевтической эффективности и/или безопасности комбинированного лечения. В некоторых вариантах осуществления, ингибитор ATR можно вводить первым, затем второе лекарственное средство, или альтернативно, второе лекарственное средство вводят первым, затем ингибитор ATR. Например, можно вводить ингибитор ATR с последующим введением терапевтически эффективного количества второго лекарственного средства, где второе лекарственное средство вводят в пределах приблизительно 48, 36, 24, 12, 6, 4 или 2 часов после введения ингибитора ATR. В некоторых вариантах осуществления, ингибитор ATR вводят после введения второго лекарственного средства (например, повреждающего ДНК средства). Например, вводят терапевтически эффективное количество второго лекарственного средства с последующим введением ингибитора ATR, где ингибитор ATR вводят в пределах приблизительно 48, 36, 24, 12, 6, 4 или 2 часов после введения второго лекарственного средства. В некоторых вариантах осуществления, ингибитор ATR и второе лекарственное средство вводят повторно по предопределенному расписанию, включая, например, ежесуточно, каждые 2 суток, каждые 3 суток, каждые 4 суток, каждые 5 суток, каждые 6 суток, каждые 7 суток (каждую неделю), каждые 8 суток, каждые 9 суток, каждые 10 суток, каждые 11 суток, каждые 12 суток, каждые 13 суток, каждые 14 суток (каждые две недели), каждый месяц и т.д. Частота введения ингибитора ATR может отличаться от второго лекарственного средства.

[0236] При одновременном введении, соединение ингибитора ATR можно вводить отдельно в то же самое время, что и второе лекарственное средство, одинаковыми или различными способами, или вводить в одной композиции одинаковым способом. В некоторых вариантах осуществления, для количества и частоты введения второго лекарственного средства можно использовать стандартные дозы и стандартную частоту введения, используемые для конкретного лекарственного средства. См., например, Physicians’ Desk Reference, 70th Ed., PDR Network, 2015; содержание которого включено в настоящее описание посредством ссылки.

[0237] В некоторых вариантах осуществления, когда ингибитор ATR вводят в комбинации с вторым лекарственным средством, дозу второго лекарственного средства вводят в терапевтически эффективной дозе. В некоторых вариантах осуществления, руководство по дозам второго лекарственного средства предоставлено в Physicians’ Desk Reference, 70^th Ed, PDR Network (2015), содержание которого включено в настоящее описание посредством ссылки. В некоторых вариантах осуществления, подходящая доза, в зависимости от второго лекарственного средства, может составлять от приблизительно 1 нг/кг до приблизительно 1000 мг/кг, от приблизительно 0,01 мг/кг до приблизительно 900 мг/кг, от приблизительно 0,1 мг/кг до приблизительно 800 мг/кг, от приблизительно 1 мг/кг до приблизительно 700 мг/кг, от приблизительно 2 мг/кг до приблизительно 500 мг/кг, от приблизительно 3 мг/кг до приблизительно 400 мг/кг, от приблизительно 4 мг/кг до приблизительно 300 мг/кг или от приблизительно 5 мг/кг до приблизительно 200 мг/кг. В некоторых вариантах осуществления, дозу второго лекарственного средства можно вводить один раз в сутки или разделять на дробные дозы и вводить во множестве доз, например, два раза, три раза или четыре раза в сутки.

[0238] Следующие примеры представлены для дополнительной иллюстрации способов по настоящему описанию, и соединений и композиций для использования в способах. Описанные примеры являются только иллюстративными и не предназначены для ограничения объема изобретения никаким образом.

ПРИМЕРЫ

Пример 1. Идентификация прогностических биомаркеров для ингибитора ATR IIA-7 или I-G-32 в комбинации с цисплатином или гемцитабином

[0239] Первичной целью этого исследования являлась оценка in vitro ответа панели из 552 линии клеток злокачественных опухолей на соединения IIA-7 и I-G-32 ингибитора ATR, в комбинации с цитотоксическим средством цисплатином или гемцитабином.

[0240] В дополнение к оценке клеточного ответа на виды комбинированного лечения, вторичной целью этого исследования являлось проведение предварительной оценки связи между исходными биомаркерами (например, мутациями в белке опухоли 53 (TP53) или исходной экспрессией гена) и ответом на различные комбинации лекарственных средств.

[0241] Это исследование проводили в Horizon Discovery с использованием 552 линий клеток злокачественных опухолей, которые включали линии, происходящие из рака легкого, колоректального рака, рака яичника, рака кожи, B-клеточной лимфомы, рака молочной железы и других злокачественных опухолей.

[0242] Результаты показали, что соединения IIA-7 и I-G-32 ингибитора ATR являются синергическими при комбинации с цисплатином и гемцитабином. В соответствии с предшествующими исследованиями in vitro, мутация TP53 являлась ассоциированной с ответом на оба соединения IIA-7 и I-G-32 в комбинации с цисплатином или гемцитабином. Кроме того, обнаружено, что исходная экспрессия гена CDKN1A ассоциирована с синергизмом ингибитора ATR в подгруппе скрининга из 251 линии клеток. Ассоциация подтверждена в неперекрывающейся подгруппе скрининга из 182 линий клеток. Это исследование не требовалось проводить в соответствии с требованиями надлежащей лабораторной практики Управления США по контролю качества пищевых продуктов и лекарственных средств (21 CFR 58).

[0243] Целями этого исследования являлись оценка чувствительности клеток к ATRi в комбинации с цитотоксическими средствами (цисплатином и гемцитабином), оценка ассоциации между статусом мутации TP53 и синергизмом ATRi, и идентификация биомаркеров исходной экспрессии гена - кандидатов на широкую ассоциацию с синергизм ATRi.

[0244] Способы культивирования клеток. Клетки извлекали из хранилища с жидким азотом, размораживали и размножали в подходящих средах для роста. После размножения, клетки рассевали в 384-луночные обработанные культуральные планшеты по 500 клеток на лунку. Через 24 часа, клетки либо обрабатывали в течение 0 часов, либо обрабатывали в течение 96 часов с использованием соединения IIA-7 или I-G-32 в комбинации с повреждающими ДНК средствами, перечисленными в таблице 4. По окончанию либо 0 часов, либо 96 часов, статус клеток анализировали с использованием ATPLite (системы мониторирования аденозинтрифосфата; Perkin Elmer) для оценки биологического ответа клеток на комбинации лекарственных средств.

Таблица 4: Список реагентов

Соединение Vertex	Исходная концентрация соединения Vertex	SOC	Поставщик	Каталожный #	SOC MoA
IIA-7 и I-G-32	50 нМ и 250 нМ (IIA-7); 10 нМ и 50 нМ (I-G-32)	Цисплатин	Enzo	ALX-400-040-M050	Перекрестно сшивающее ДНК средство
IIA-7 и I-G-32	50 нМ и 250 нМ (IIA-7); 10 нМ и 50 нМ (I-G-32)	Гемцитабин	Sigma	G6424	Аналог нуклеозида

[0245] В этом исследовании, ингибирование роста (GI) использовали в качестве первичной конечной точки. Мониторирование АТФ осуществляли с использованием ATPLite, позволяющей мониторирование цитоцидных, цитостатических и пролиферативных эффектов лекарственных средств на клетки. Обобщение типов линий клеток, представленных в скрининге, перечислено в таблице 5.

Таблица 5: Обобщение типов линий клеток в скрининге

Тип опухоли	Количество линий клеток
острый миелоидный лейкоз	12
B-клеточная лимфома	39
желчных протоков	7
мочевого пузыря	5
кости	7
молочной железы	35
хронический миелоидный лейкоз	1
колоректальный	48
эндометрия	28
пищевода	23
желудка	32
глиома	12
головы/шеи	29
почки	8
печени	25
медуллобластома	2
мезотелиома	8
множественная миелома	19
нейробластома	10
немелкоклеточный рак легкого	55
яичников	43
поджелудочной железы	26
предстательной железы	3
мелкоклеточный рак легкого	18
кожи	41
мягких тканей	5
T-клеточная лимфома	9
щитовидной железы	2

[0246] Анализ данных для оценки синергизма видов комбинированной обработки. Анализ данных проводили с использованием R-программирования (R Core Team (2014). R: A language and environment for statistical computing. R Foundation for Statistical Computing, Vienna, Austria.). Синергизм оценивали с использованием различия суммы AUC (площади под кривой).

[0247] Кратко, эффект комбинированной обработки рассчитывали как AUC, нормализованную по эффекту соединения ингибитора ATR в качестве единственного средства. Общий синергизм или антагонизм рассчитывали как различие между нормализованной AUC комбинации и AUC единственного средства генотоксина. Как и ранее, показатель синергизма нормализовали посредством деления общего показателя синергизма на общее количество использованных режимов.

[0248] Определение статуса мутации генов. Сигналы мутаций получали из данных проекта экзомного секвенирования Sanger’s Cell Line Project и данных секвенирования способом гибридной ловушки от Broad Institute’s CCLE, и данных секвенирования линий клеток-мишеней от Raindance. Для 1506 генов, секвенированных во всех трех базах данных, сигналы консенсусных мутаций получены для 264 линий клеток ORID. Линии клеток оценивали как мутантные, если присутствовала по меньшей мере одна консенсусная несинонимическая мутация, и как относящиеся к дикому типу, если не присутствовало сигналов мутаций. Анализ ограничивали 396 генами, имевшими 10 или более сигналов мутаций среди 264 линий клеток.

[0249] Экспрессия гена и обработка данных. Значения экспрессии генов до обработки определяли посредством микромассивов для 502 линий клеток злокачественных опухолей при скрининге. РНК выделяли, и концентрацию и целостность измеряли посредством биоанализа и электрофореза в геле, соответственно. Образцы РНК обрабатывали для получения меченого материала для гибридизации с массивом Affymetrix PrimeView. Гибридизацию, отмывку и сканирование в системе Affymetrix проводили по протоколу Affymetrix в HudsonAlpha. Массивы подвергали коррекции по фону и нормализации, и значения экспрессии генов получали с использованием алгоритма RMA (робастного усреднения мультимассивов). Глобальную экспрессию генов оценивали с использованием пакета программного обеспечения Bioconductor arrayQualityMetrics, и массивы, успешно прошедшие оценку, сохраняли для дальнейшего анализа.

[0250] Анализ ассоциации. Ассоциацию синергизма между соединением IIA-7 или соединением I-G-32 в комбинации с цисплатином или гемцитабином (синергизма ингибитора ATR) и исходной экспрессией гена или статусом мутации гена оценивали с использованием ANOVA. Ковариации с значимой ассоциацией с синергизмом ATRi с конкретным средством сохраняли в модели ANOVA. В случаях, когда множество потенциальных биомаркеров оценивали применительно к одной конечной точке, проводили коррекцию для множественных сравнений с использованием способа FDR (см. Benjamini Y and Hochberg Y., 1995, «Controlling the False Discovery Rate: A Practical and Powerful Approach to Multiple Testing», J Royal Statistical Soc. Series B (Methodological), 57:289-300).

[0251] Результаты. Чувствительность злокачественных клеток к соединению IIA-7 или соединению I-G-32 в комбинации с цисплатином или гемцитабином оценивали для 552 линий клеток злокачественных опухолей. Синергизм наблюдали для всех тестированных комбинаций (см. ФИГ. 1). В этом исследовании идентифицирована также ассоциация между статусом мутации TP53 и ответом на соединение IIA-7 в комбинации с гемцитабином или цисплатином, так же как на соединение I-G-32 в комбинации с гемцитабином или цисплатином.

[0252] В начально исследовании анализировали также 264 линии клеток злокачественных опухолей для определения того, ассоциирована ли мутация какого-либо гена с ответом на комбинированную обработку ингибитором ATR. В этой выборке линий клеток, данные показали ассоциацию между статусом мутации TP53 и синергическим ответом на соединение IIA-7 с гемцитабином (значение q для FDR: 0,047) и соединение I-G-32 с гемцитабином (значение q для FDR: 0,035). Ни для одного другого гена из 396 тестированных не обнаружено наличие значимой ассоциации между статусом мутации и ответом на ингибиторы ATR с любым из гемцитабина или цисплатина. Кроме того, ассоциация между статусом мутации TP53 и синергизмом соединения I-G-32/цисплатина была более сильной, чем для любого из других 396 тестированных генов (значение p без коррекции: 0,0031, значение q для FDR не значимое).

[0253] Принимая во внимание ассоциацию, наблюдаемую между статусом мутации TP53 и ответом в панели из 264 линий клеток злокачественных опухолей, описанных выше, связь между статусом мутации TP53 и синергизмом ингибитора ATR оценивали в качестве априорной гипотезы с использованием расширенной выборки из 552 линий клеток злокачественных опухолей. Наблюдали сильную, статистически значимую связь между статусом мутации TP53 и синергическим ответом на соединение IIA-7 и соединение I-G-32 в комбинации с цитотоксическими средствами цисплатином или гемцитабином в этой расширенной панели из 552 линий клеток злокачественных опухолей (диапазон значений p для ANOVA: 2,6×10-7-4,5×10-3) (ФИГ. 2, 3, 4 и 5). С другой стороны, не обнаружено значимой ассоциации между статусом мутации TP53 и активностью ингибитора ATR в качестве одиночного средства (данные не представлены).

[0254] Для исследования ассоциации между экспрессией гена и синергизмом ингибитора ATR, в начальном исследовании использовали выборку из 251 линий клеток злокачественных опухолей. По данным для этой выборки линии клеток показана ассоциация между исходной экспрессией гена CDKN1A и синергическим ответом для всех комбинаций ингибитора ATR и генотоксических средств цисплатина и гемцитабина, за исключением соединения IIA-7 в комбинации с цисплатином (диапазон FDR: 1,1×10-7-7,5×10-2). Из-за широты ассоциации и известной роли CDKN1A в качестве гена-мишени TP53 с нижестоящей транскрипцией, CDKN1A выбрали в качестве биомаркера-кандидата, и исследовали в неперекрывающейся выборке из 182 линий клеток злокачественных опухолей, результаты для которой подтвердили ассоциацию между исходной экспрессией гена CDKN1A и синергическим ответом на комбинированные обработки ингибитором ATR (диапазон значений p для ANOVA: 1,2×10-6-4,7×10-4).

[0255] В качестве теста специфичности этого биомаркера-кандидата, 47 генов, экспрессия которых являлась ассоциированной с синергическим ответом (значение q для FDR < 0,1) по меньшей мере для трех комбинаций ингибитора ATR в начальной выборке из 251 линий клеток злокачественных опухолей, дополнительно оценивали в подтверждающей выборке. Только CDKN1A имел полнотранскриптомную значимую ассоциацию между исходной экспрессией гена и синергическим ответом для более, чем одной комбинации ингибиторов ATR и генотоксических средств (значение q для FDR < 0,1 в трех комбинациях для CDKN1A).

[0256] При оценке среди 502 линий клеток злокачественных опухолей (т.е., для выборки линий клеток злокачественных опухолей с данными экспрессии генов), данные показали сильную ассоциацию между исходной экспрессией гена CDKN1A и синергическим ответом среди всех комбинаций ингибитора ATR с цисплатином или гемцитабином (диапазон значений p для ANOVA: 8,4×10-14-8,7×10-6) (см. ФИГ. 6, 7, 8 и 9). Диаграммы рассеяния, иллюстрирующие эту связь между экспрессией гена CDKN1A и ответом показаны на ФИГ. 6, 7, 8 и 9.

[0257] В качестве иллюстрации потенциального применения исходной экспрессии гена CDKN1A в качестве биомаркера для стратификации пациентов, присутствует явное разделение по синергизму ингибитора ATR между линиями клеток в самом высоком квартиле экспрессии гена CDKN1A и линиями клеток в трех самых низких квартилях экспрессии гена CDKN1A (см. ФИГ. 10, 11, 12 и 13).

[0258] Заключения. Соединение IIA-7 и соединение I-G-32 ингибитора ATR являются активными, избирательными ингибиторами ATR. В исследовании, представленном в настоящем описании, показан синергизм ингибиторов ATR, соединения IIA-7 и соединения I-G-32, с цитотоксическими средствами цисплатином и гемцитабином, и подтверждена ассоциация между статусом мутации TP53 и синергическим ответом на комбинацию ингибиторов ATR с генотоксическими средствами. Сильную, статистически значимую, связь между мутацией TP53 и ответом на все тестированные комбинации средств, наблюдали в панели из 552 тестированных линий клеток злокачественных опухолей (ФИГ. 2, 3, 4 и 5).

[0259] Кроме того, в исследованиях в настоящем описании идентифицирован функциональный маркер TP53, исходная экспрессия гена CDKN1A, в качестве прогностического биомаркера-кандидата для синергического ответа на комбинации ингибиторов ATR с цисплатином и гемцитабином, результат, который был подтвержден в независимых подгруппах линий клеток в этом исследовании. Роль CDKN1A в качестве гена-мишени TP53 с нижестоящей транскрипцией служит дополнительным подтверждением роли пути p53 в механизме действия ингибитора ATR.

[0260] В то время как различные конкретные варианты осуществления проиллюстрированы и описаны, понятно, что можно вносить различные изменения без отклонения от содержания и объема изобретения(изобретений).

[0261] Полное содержание всех публикаций, патентов, патентных заявок и других документов, процитированных в этой заявке, включено в настоящее описание посредством ссылки, в той степени, как если бы было индивидуально указано, что содержание каждой индивидуальной публикации, патента, патентной заявки или другого документа включено в настоящее описание посредством ссылки для всех целей.

--->

СПИСОК ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ

<110> Vertex Pharmaceuticals Incorporated

<120> Способы лечения злокачественных опухолей

<130> 394927-017WO

<150> US 06/611955

<151> 2017-12-29

<160> 2

<170> PatentIn версии 3.5

<210> 1

<211> 164

<212> PRT

<213> Homo sapiens

<400> 1

Met Ser Glu Pro Ala Gly Asp Val Arg Gln Asn Pro Cys Gly Ser Lys

1 5 10 15

Ala Cys Arg Arg Leu Phe Gly Pro Val Asp Ser Glu Gln Leu Ser Arg

20 25 30

Asp Cys Asp Ala Leu Met Ala Gly Cys Ile Gln Glu Ala Arg Glu Arg

35 40 45

Trp Asn Phe Asp Phe Val Thr Glu Thr Pro Leu Glu Gly Asp Phe Ala

50 55 60

Trp Glu Arg Val Arg Gly Leu Gly Leu Pro Lys Leu Tyr Leu Pro Thr

65 70 75 80

Gly Pro Arg Arg Gly Arg Asp Glu Leu Gly Gly Gly Arg Arg Pro Gly

85 90 95

Thr Ser Pro Ala Leu Leu Gln Gly Thr Ala Glu Glu Asp His Val Asp

100 105 110

Leu Ser Leu Ser Cys Thr Leu Val Pro Arg Ser Gly Glu Gln Ala Glu

115 120 125

Gly Ser Pro Gly Gly Pro Gly Asp Ser Gln Gly Arg Lys Arg Arg Gln

130 135 140

Thr Ser Met Thr Asp Phe Tyr His Ser Lys Arg Arg Leu Ile Phe Ser

145 150 155 160

Lys Arg Lys Pro

<210> 2

<211> 495

<212> ДНК

<213> Homo sapiens

<400> 2

atgtcagaac cggctgggga tgtccgtcag aacccatgcg gcagcaaggc ctgccgccgc 60

ctcttcggcc cagtggacag cgagcagctg agccgcgact gtgatgcgct aatggcgggc 120

tgcatccagg aggcccgtga gcgatggaac ttcgactttg tcaccgagac accactggag 180

ggtgacttcg cctgggagcg tgtgcggggc cttggcctgc ccaagctcta ccttcccacg 240

gggccccggc gaggccggga tgagttggga ggaggcaggc ggcctggcac ctcacctgct 300

ctgctgcagg ggacagcaga ggaagaccat gtggacctgt cactgtcttg tacccttgtg 360

cctcgctcag gggagcaggc tgaagggtcc ccaggtggac ctggagactc tcagggtcga 420

aaacggcggc agaccagcat gacagatttc taccactcca aacgccggct gatcttctcc 480

aagaggaagc cctaa 495

<---

Claims

1. Способ лечения пациента, имеющего злокачественную опухоль, включающий введение пациенту со злокачественной опухолью, идентифицированной как имеющая сниженную активность ингибитора 1A циклин-зависимой киназы (CDKN1A) по сравнению с активностью CDKN1A в контрольной ткани или клетке, терапевтически эффективного количества ингибитора ATR для сенсибилизации злокачественной опухоли к повреждающему ДНК средству,

где ингибитор ATR выбирают из

или его фармацевтически приемлемой соли; и

дополнительно включающий введение пациенту терапевтически эффективного количества повреждающего ДНК средства, где повреждающее ДНК средство представляет собой цисплатин или гемцитабин.

2. Способ по п. 1, где злокачественная опухоль, имеющая сниженную активность CDKN1A, характеризуется синергическим ответом ингибирования роста на ингибитор ATR и повреждающее ДНК средство.

3. Способ по п. 1 или 2, где идентификацию осуществляют посредством:

измерения уровня активности ингибитора 1A циклин-зависимой киназы (CDKN1A) в злокачественной опухоли; и

сравнения измеренной активности CDKN1A с активностью CDKN1A в контрольной ткани или клетке.

4. Способ по любому из пп. 1-3, дополнительно включающий детекцию присутствия или отсутствия ослабляющей активность или инактивирующей мутации в белке TP53 или в гене, кодирующем белок TP53, где в случае злокачественной опухоли, идентифицированной как имеющая сниженный уровень активности CDKN1A по сравнению с активностью CDKN1A в контрольной ткани или клетке, и присутствия ослабляющей активность или инактивирующей мутации в белке TP53 или в гене, кодирующем белок TP53, вводят терапевтическое количество ингибитора ATR.

5. Способ по п. 4, где ослабляющая активность или инактивирующая мутация TP53 представляет собой мутацию с потерей функции в домене для связывания ДНК, домене для гомоолигомеризации или домене для трансактивации TP53.

6. Способ отбора пациента со злокачественной опухолью, имеющей сниженную активность CDKN1A, для лечения с использованием ингибитора ATR, включающий:

измерение уровня активности CDKN1A в злокачественной опухоли пациента;

сравнение измеренной активности CDKN1A с активностью CDKN1A в контрольной ткани или клетке; и

отбор пациента со злокачественной опухолью, идентифицированной как имеющая сниженную активность CDKN1A по сравнению с активностью CDKN1A в контрольной ткани или клетке, для лечения с использованием ингибитора ATR,

где ингибитор ATR выбирают из

или его фармацевтически приемлемой соли; и

7. Способ по п. 6, где злокачественная опухоль, идентифицированная как имеющая сниженную активность CDKN1A, характеризуется синергическим ответом ингибирования роста на ингибитор ATR и повреждающее ДНК средство.

8. Способ по п. 6 или 7, дополнительно включающий детекцию присутствия или отсутствия ослабляющей активность или инактивирующей мутации в белке TP53 или в гене, кодирующем белок TP53, и где пациента со злокачественной опухолью, имеющей сниженную активность CDKN1A по сравнению с активностью CDKN1A в контрольной ткани или клетке, и присутствием ослабляющей активность или инактивирующей мутации в белке TP53 или в гене, кодирующем белок TP53, отбирают для лечения с использованием ингибитора ATR.

9. Способ по п. 8, где ослабляющая активность или инактивирующая мутация TP53 представляет собой мутацию с потерей функции в домене для связывания ДНК, домене для гомоолигомеризации или домене для трансактивации TP53.

10. Способ по любому из пп. 1-9, где сниженная активность CDKN1A представляет собой уровень активности CDKN1A, находящийся в трех нижних квартилях активности CDKN1A в контрольной ткани или клетке.

11. Способ по п. 10, где сниженная активность CDKN1A представляет собой уровень активности CDKN1A, находящийся в третьем или нижнем квартиле активности CDKN1A в контрольной ткани или клетке.

12. Способ по п. 10, где сниженная активность CDKN1A представляет собой уровень активности CDKN1A, находящийся в первом квартиле активности CDKN1A в контрольной ткани или клетке.

13. Способ по любому из пп. 1-9, где сниженная активность CDKN1A представляет собой уровень активности CDKN1A, составляющий приблизительно 75% или менее, приблизительно 50% или менее или приблизительно 25% или менее активности CDKN1A в контрольной ткани или клетке.

14. Способ по любому из пп. 1-13, где контрольная ткань или клетка характеризуется несинергическим ответом ингибирования роста на ингибитор ATR и повреждающее ДНК средство.

15. Способ по п. 14, где контрольная ткань или клетка представляет собой контрольную раковую ткань или раковую клетку, характеризующуюся несинергическим ответом ингибирования роста на ингибитор ATR в комбинации с повреждающим ДНК средством.

16. Способ по п. 15, где контрольная раковая ткань или раковая клетка принадлежат к типу ткани или типу клетки, определенному для злокачественной опухоли.

17. Способ по п. 14, где контрольная ткань или клетка представляет собой нераковую ткань или нераковую клетку.

18. Способ по п. 14, где контрольная ткань или клетка представляет собой нормальную ткань или нормальную клетку.

19. Способ по п. 18, где нормальная ткань или нормальная клетка принадлежит к типу ткани или типу клетки, определенному для злокачественной опухоли.

20. Способ по любому из пп. 1-19, где активность CDKN1A определяют посредством (a) измерения экспрессии белка CDKN1A, (b) измерения экспрессии мРНК CDKN1A, (c) детекции присутствия или отсутствия ослабляющих активность или инактивирующих мутаций в белке CDKN1A или в гене, кодирующем белок CDKN1A, или (d) их комбинаций.

21. Способ по п. 20, где активность CDKN1A определяют посредством измерения экспрессии белка CDKN1A.

22. Способ по п. 21, где измерение экспрессии белка CDKN1A осуществляют с использованием антитела, которое специфически связывается с белком CDKN1A.

23. Способ по п. 22, где измерение экспрессии белка CDKN1A осуществляют посредством твердофазного иммуноферментного анализа (ELISA), иммуногистохимии, Вестерн-блоттинга или сортировки клеток с активированной флуоресценцией (FACS) злокачественных клеток.

24. Способ по п. 20, где определение активности CDKN1A осуществляют посредством измерения экспрессии мРНК CDKN1A.

25. Способ по п. 24, где измерение экспрессии мРНК CDKN1A осуществляют посредством полимеразной цепной реакции (ПЦР) или гибридизации с зондами на основе нуклеиновой кислоты экспрессированных последовательностей CDKN1A.

26. Способ по п. 25, где ПЦР представляет собой количественную ПЦР.

27. Способ по п. 25, где измерение экспрессии мРНК CDKN1A осуществляют посредством гибридизации с микромассивом нуклеиновых кислот.

28. Способ по п. 20, где определение активности CDKN1A включает детекцию присутствия или отсутствия ослабляющих активность или инактивирующих мутаций в белке CDKN1A или в гене, кодирующем белок CDKN1A.

29. Способ по п. 28, где ослабляющая активность или инактивирующая мутация представляет собой инактивирующую делецию, миссенс-мутацию, мутацию сдвига рамки считывания или нонсенс-мутацию.

30. Способ по любому из пп. 20-29, где активность CDKN1A определяют для биологического образца злокачественной опухоли, полученного от пациента.

31. Способ по п. 30, где биологический образец включает образец биоптата, лимфатический образец или образец крови, содержащие злокачественную опухоль.

32. Способ по любому из пп. 1-31, где злокачественная опухоль представляет собой рак легкого, рак яичника, рак эндометрия, рак поджелудочной железы, рак головы и шеи, рак пищевода, рак молочной железы и колоректальный рак.

33. Способ по любому из пп. 1-31, где злокачественная опухоль представляет собой гематологическую злокачественную опухоль.

34. Способ по п. 33, где гематологическая злокачественная опухоль представляет собой лимфому или лейкоз.

35. Способ выбора режима лечения злокачественной опухоли для пациента, имеющего злокачественную опухоль, включающий:

измерение уровня активности ингибитора 1A циклин-зависимой киназы (CDKN1A) в злокачественной опухоли пациента;

(a) выбор режима лечения злокачественной опухоли, не включающего лечение с использованием ингибитора ATR в комбинации с повреждающим ДНК средством, если злокачественная опухоль идентифицирована как имеющая активность CDKN1A, по существу сходную с активностью CDKN1A в контрольной ткани или клетке; и

(b) выбор режима лечения злокачественной опухоли, включающего лечение с использованием ингибитора ATR в комбинации с повреждающим ДНК средством, если злокачественная опухоль идентифицирована как имеющая активность CDKN1A, сниженную по сравнению с активностью CDKN1A в контрольной ткани или клетке;

где ингибитор ATR, вводимый в комбинации с повреждающим ДНК средством, выбирают из

или его фармацевтически приемлемой соли; и

повреждающее ДНК средство представляет собой цисплатин или гемцитабин.

36. Способ лечения пациента, имеющего злокачественную опухоль, имеющую сниженную активность CDKN1A, включающий:

(a) лечение пациента с использованием режима лечения злокачественной опухоли, не включающего лечение с использованием ингибитора ATR в комбинации с повреждающим ДНК средством, если злокачественная опухоль идентифицирована как имеющая активность CDKN1A, по существу сходную с активностью CDKN1A в контрольной ткани или клетке; и

(b) лечение пациента с использованием режима лечения злокачественной опухоли, включающего лечение с использованием ингибитора ATR в комбинации с повреждающим ДНК средством, если злокачественная опухоль идентифицирована как имеющая активность CDKN1A, сниженную по сравнению с активностью CDKN1A в контрольной ткани или клетке;

или его фармацевтически приемлемой соли; и