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KR20240082400A - 적어도 egfr에 결합하는 항체를 사용하여 egfr 발현이 높은 면역 체크포인트 억제제 치료된 암의 치료 - Google Patents

적어도 egfr에 결합하는 항체를 사용하여 egfr 발현이 높은 면역 체크포인트 억제제 치료된 암의 치료 Download PDF

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KR20240082400A
KR20240082400A KR1020247014841A KR20247014841A KR20240082400A KR 20240082400 A KR20240082400 A KR 20240082400A KR 1020247014841 A KR1020247014841 A KR 1020247014841A KR 20247014841 A KR20247014841 A KR 20247014841A KR 20240082400 A KR20240082400 A KR 20240082400A
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KR
South Korea
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antibody
cancer
egfr
derivative
analog
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Application number
KR1020247014841A
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English (en)
Inventor
에르네스토 이삭 와서만
제론 질레 람머츠 반 뷔에렌
Original Assignee
메뤼스 엔.페.
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by 메뤼스 엔.페. filed Critical 메뤼스 엔.페.
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Abstract

본 개시내용은 암 치료에서의 수단 및 방법에 관한 것이다. 본 개시내용은 특히 적어도 EGFR에 결합하는 항체를 사용하여 개체의 암을 치료하는 방법에 관한 것이다. 또한, 본 발명은 이러한 방법에서의 용도 및 특정 EGFR 수준을 갖는 암 치료용 약제의 제조에서의 용도에 관한 것이다. 이러한 항체는 위암, 식도암, 위식도 접합부암 또는 두경부암과 같은 암의 치료에 특히 유용하다.

Description

적어도 EGFR에 결합하는 항체를 사용하여 EGFR 발현이 높은 면역 체크포인트 억제제 치료된 암의 치료
본 개시내용은 암 치료 수단 및 방법에 관한 것이다. 특히 본 개시내용은 적어도 EGFR에 결합하는 항체를 사용하여 개체의 암을 치료하는 방법에 관한 것이다. 또한, 본 발명은 이러한 방법에서의 용도 및 특정 EGFR 수준의 암 치료용 약제의 제조에서의 용도에 관한 것이다. 이러한 항체는 위암, 식도암, 위식도 접합부암 또는 두경부암과 같은 암의 치료에 특히 유용하다.
전통적으로 대부분의 항암제 개발은 필수 세포 기능을 차단하고 화학요법을 통해 분열하는 세포를 죽이는 작용제(agent)에 중점을 두었다. 그러나 화학요법으로 완전히 치료되는 경우는 거의 없다. 대부분의 경우, 환자의 종양은 성장을 멈추거나 단지 일시적으로 줄어들다가 다시 증식하기 시작하며, 때로는 더 빠르게 증식하여 치료가 점점 더 어려워진다.
암은 질병 치료에 있어 많은 발전이 이루어지고 암을 유발하는 분자 현상에 대한 지식이 증가했음에도 불구하고 여전히 전 세계 사망의 주요 원인이다.
미국에서는 두경부암, 특히 구강암과 인두암이 이미 악성 종양의 3%를 차지하고 있으며, 매년 약 53,000명의 미국인이 이러한 암에 걸리고 10,800명이 사망하는 것으로 보고되었다(Siegel 등, CA Cancer J Clin. 2020;70(1):7. Epub 2020 Jan 8). 더욱이, 두경부 편평세포암종(head and neck squamous cell carcinoma, HNSCC)은 전 세계적으로 발생률 기준으로 6번째 주요 암으로 보고되었으며, HNSCC 환자의 5년 전체 생존율은 약 40-50%이다(Head and Neck Cancer, Union for International Cancer Control, 2014 Review of Cancer Medicines on the WHO List of Essential Medicines 참조).
국소 진행형 두경부 편평세포암종(locoregionally advanced head and neck squamous cell carcinoma, LA-HNSCC)에 대한 메타 분석에서는 방사선요법 또는 화학방사선요법에 항-EGFR 작용제를 추가하는 것이 LA-HNSCC 환자의 임상 결과를 개선하지 못한 것으로 보고되었다(Oncotarget. 2017; 8(60):102371-102380). 또한, 항-EGFR 작용제를 추가하면 피부 독성 및 점막염(mucositis) 위험이 증가하는 것으로 보고되었다.
더욱이, 위암은 전 세계적으로 5번째로 흔히 진단되는 암이며, 대부분 3번째로 치명적인 암이다. 2018년에는 위암으로 인한 사망자가 783,000명으로 추정되었다. 식도암은 9번째로 흔한 암이고, 암 사망 원인 중 6번째로 흔한 암이다. 표피성장인자 수용체(epidermal growth factor receptor, EGFR)는 위선암종(gastric adenocarcinoma, GAC)과 식도선암종(esophageal adenocarcinoma, EAC) 사례의 30% 초과에서 과발현되는 것으로 보고되었다. 그러나 6개의 상이한 연구를 검토한 분석에서는 화학요법에 항-EGFR 작용제를 추가하는 것이 진행성/전이성 EAC, GAC 또는 위식도 접합부 선암종(Gastro-esophageal junction adenocarcinoma, GEJAC) 환자의 전체 생존율 또는 무진행 생존율을 의미 있게 향상시키지 못했다는 결론을 내렸다(Kim 등, 2017 Oncotarget. 2017 Nov 17; 8(58): 99033-99040).
따라서, 개선된 암 치료, 특히 위암, 식도암 및 두경부암 치료에 대한 필요성이 존재한다.
본 개시내용은 다음과 같은 바람직한 측면을 제공한다. 그러나 본 발명은 이에 제한되지 않는다.
본 개시내용은 대상체의 암 치료에 사용하기 위한 EGFR의 세포 외 부분에 결합하는 제1 가변 도메인을 포함하는 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체를 제공하며, 암은 EGFR 또는 EGFR 및 LGR5를 발현한다.
본 개시내용은 대상체의 암 치료에 사용하기 위한 EGFR의 세포 외 부분에 결합하는 제1 가변 도메인을 포함하는 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체를 제공하며, 상기 대상체의 암은 면역 체크포인트 억제제로 사전 치료를 받은 후 진행되었고 암은 EGFR 또는 EGFR 및 LGR5를 발현한다.
또한, 본 개시내용은 대상체의 암을 치료하기 위한 약제의 제조에 있어서 EGFR의 세포 외 부분에 결합하는 가변 도메인을 포함하는 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체의 용도를 제공하며, 상기 대상체의 암은 면역 체크포인트 억제제로 사전 치료를 받은 후 진행되었고 암은 EGFR 또는 EGFR 및 LGR5를 발현한다.
또한, 본 개시내용은 EGFR 발현 암이 있는 대상체를 치료하는 방법을 제공하며, 상기 대상체는 면역 체크포인트 억제제로 사전 치료를 받은 후 질병이 진행되었고, 상기 방법은 대상체에게 EGFR의 세포 외 부분에 결합하는 제1 가변 도메인을 포함하는 유효량의 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체를 제공하는 것을 포함한다.
특정 측면에서, 본 개시내용의 암은 특히 위암, 식도암, 위식도 접합부암 또는 두경부암이다. 특히 두경부암은 두경부 편평세포암종(HNSCC)이다. 위암, 식도암, 위식도 접합부암은 특히 선암종이다. 상기 식도암은 편평세포암종일 수도 있다.
특정 측면에서, 본 개시내용의 암은 특히 IHC 점수 3+를 특징으로 하는 EGFR 발현을 갖는 위암, 식도암 또는 위식도 접합부암이다. 특정 측면에서, 본 개시내용의 암은 EGFR에 대한 H 점수가 200 초과인 것을 특징으로 하는 EGFR 발현을 갖는 위암, 식도암 또는 위식도 접합부암이다.
또한, 본 개시내용은 대상체의 위암, 식도암 또는 위식도 접합부암의 치료에 사용하기 위한 EGFR의 세포 외 부분에 결합하는 제1 가변 도메인을 포함하는 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체를 제공하며, 상기 암은 IHC 점수 3+를 특징으로 하는 EGFR을 발현한다. 또한, 본 개시내용은 대상체의 위암, 식도암 또는 위식도 접합부암의 치료에 사용하기 위한 EGFR의 세포 외 부분에 결합하는 제1 가변 도메인을 포함하는 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체를 제공하며, 상기 암은 EGFR에 대한 H 점수가 200 초과인 것을 특징으로 하는 EGFR을 발현한다.
또한, 본 개시내용은 대상체의 두경부암, 위암, 식도암 또는 위식도 접합부암의 치료에 사용하기 위한 EGFR의 세포 외 부분에 결합하는 제1 가변 도메인을 포함하는 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체를 제공하며, 상기 암은 EGFR 유전자 증폭을 포함하는 것을 특징으로 한다. EGFR의 이러한 유전자 증폭은 특정 측면에서 8개 이상의 EGFR 카피수, 또는 적어도 2.14 또는 적어도 2.5의 순환 종양 DNA(circulating tumor DNA, ctDNA) 수준을 특징으로 한다.
특정 측면에서, EGFR mRNA 증폭은 8개 이상의 EGFR 카피수(예컨대 차세대 시퀀싱에 의해 정의됨), 또는 적어도 2.14 또는 적어도 2.5의 ctDNA에 의해 적합한 것으로 정의된다.
일부 측면에서, 대상체는 면역 체크포인트 억제제로 사전 치료를 받은 후 질병이 진행되었다. 특정 측면에서, 상기 면역 체크포인트 억제제는 PD-L1, PD-1, CTLA-4, B7-1 또는 B7-2 억제제를 포함한다. 특정 측면에서, 이러한 억제제는 PD-L1, PD-1, CTLA-4, B7-1 또는 B7-2 억제제를 표적으로 하는 항체를 포함한다. 특정 측면에서, 면역 체크포인트 억제제는 두르발루맙(durvalumab), 레티판리맙(retifanlimab), 세미플리맙(cemiplimab), 펨브롤리주맙(pembrolizumab), 이필리무맙(ipilimumab), 니볼루맙(nivolumab) 또는 아테졸리주맙(atezolizumab)을 포함한다.
특정 측면에서, 본 개시내용의 대상체는 항-EGFR 작용제를 사용한 사전 치료를 받지 않았다. 특정 측면에서, 대상체는 EGFR을 표적으로 하는 항체를 사용한 사전 치료를 받지 않았거나, 대상체는 세툭시맙(cetuximab)을 사용한 사전 치료를 받지 않았다.
특정 측면에서, 본 개시내용의 위암, 식도암 또는 위식도 접합부암은 200 초과에서 300 이하 사이의 H 점수를 특징으로 하는 EGFR을 발현한다. 특정 측면에서, EGFR에 대한 상기 H 점수는 면역조직화학(immunohistochemistry, IHC)을 사용하여 결정한다.
특정 측면에서, 본 개시내용의 대상체는 포유동물 대상체, 예컨대 인간 대상체이다.
특정 측면에서, 본 개시내용의 치료는 대상체에게 유효량의 상기 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체를 제공하는 것을 포함한다. 특정 측면에서, 상기 치료는 500mg에서 2000mg 사이의 균일 용량(flat dose)을 제공하는 것을 포함한다. 특정 측면에서, 상기 용량은 1100mg에서 1800mg 사이이다. 특정 측면에서, 상기 용량은 1100mg에서 1500mg 사이이다. 특정 측면에서, 상기 치료는 대상체에 대한 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체의 1500mg의 균일 용량을 포함한다. 특정 측면에서, 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체는 대상체에게 정맥 내로 제공된다. 특정 측면에서, 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체는 매주, 격주 또는 매월 제공된다. 특정 측면에서, 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체는 격주로 제공된다.
특정 측면에서, 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체는 ADCC 강화된 것이다. 또한, 특정 측면에서, 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체는 어푸코실화된(afucosylated) 것이다.
특정 측면에서, 본 개시내용의 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체는 다중특이적 항체이다. 특정 측면에서, 본 개시내용의 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체는 적어도 EGFR에 결합하는 이중특이적 항체이다. 특정 측면에서, 항체는 EGFR에 결합하지 않는 제2 가변 도메인을 포함한다. 특정 측면에서, 항체는 LGR5에 결합하는 제2 가변 도메인을 포함한다.
본 개시내용의 EGFR의 세포 외 부분에 결합하는 제1 가변 도메인을 포함하는 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체는 본원에서 치료제로도 지칭된다.
도 1 인간 LGR5 서열; 서열번호 1.
도 2 인간 EGFR 서열; 서열번호 2.
도 3a. 인간 카파 경쇄 IgVκ1 39*01/IGJκ1*01의 가변 영역과 같은 공통 경쇄(common light chain) 가변 영역과 함께 LGR5와 EGFR을 결합하는 가변 도메인을 형성하는 중쇄 가변 영역의 아미노산 서열(서열번호 3-15). CDR 및 프레임워크 영역은 도 3b에 표시되어 있다. 각각의 DNA 서열은 도 3c에 표시되어 있다.
도 4. a) 공통 경쇄 아미노산 서열의 아미노산 서열. b) 공통 경쇄 가변 영역 DNA 서열 및 번역(IGKV1-39/jk1). c) 경쇄 불변 영역 DNA 서열 및 번역. d) V-영역 IGKV1-39A; e) IMGT 넘버링에 따른 공통 경쇄의 CDR1, CDR2 및 CDR3.
도 5. 이중특이적 분자 생성을 위한 IgG 중쇄. a) CH1 영역 DNA 서열 및 번역. b) 힌지 영역 DNA 서열 및 번역. c) CH2 영역 DNA 서열 및 번역. d) 변이 L351K 및 T366K(KK) DNA 서열 및 번역을 함유하는 CH3 도메인. e) 변이 L351D 및 L368E(DE) DNA 서열 및 번역을 함유하는 CH3 도메인. 잔기 위치는 EU 넘버링을 따른다.
본 개시내용을 더 쉽게 이해할 수 있도록, 소정의 용어를 먼저 정의한다. 필요하다고 판단되는 경우 상세한 설명 전반에 걸쳐 추가적인 정의가 제시될 수 있다. 본원에서 별도로 정의되지 않는 한, 본원에서 사용되는 모든 기술 및 과학 용어는 당업자가 보통 이해하는 것과 동일한 의미를 가지며, 면역학, 단백질 화학, 생화학, 재조합 DNA 기술 및 약리학의 통상적인 방법이 사용된다.
본원에서 사용되는 단수 형태 "a", "an" 및 "the"는 복수 지시 대상을 포함한다. "포함하는(comprising)" "갖는(having)" "포함하는(including)"이라는 용어의 사용뿐만 아니라 "포함한다(comprise)", "포함한다(comprises)", "구성된(comprised)", "갖는다(has)", "갖는다(have)", "가졌다(had)", "포함한다(include)" 및 "포함하였다(included)"와 같은 다른 형태의 사용에 제한이 없다.
본원에서 사용되는 용어 "항체"는 항원의 에피토프(epitope)에 결합하는 하나 이상의 도메인을 함유하는, 면역글로불린 부류의 단백질에 속하는 단백질성 분자를 의미하며, 이러한 도메인은 항원의 가변 영역이거나 항원의 가변 영역으로부터 유래되거나 항원의 가변 영역과 서열 상동성을 공유한다. 항체는 전형적으로 각각 2개의 중쇄와 2개의 경쇄가 있는 기본 구조 단위로 이루어진다. 본 발명에 따른 항체는 이를 생성하는 특정 형식이나 방법에 제한되지 않는다.
"이중특이적 항체"는 본원에 기술된 바와 같은 항체로서, 이 항체의 하나의 도메인은 제1 항원에 결합하는 반면, 이 항체의 제2 도메인은 제2 항원에 결합하며, 상기 제1 및 제2 항원은 동일하지 않거나, 하나의 도메인이 항원의 제1 에피토프에 결합하는 반면, 제2 도메인은 항원의 제2 에피토프에 결합한다. 또한, 용어 "이중특이적 항체"는 하나의 중쇄 가변 영역/경쇄 가변 영역(VH/VL) 조합이 제1 항원 또는 상기 항원의 에피토프에 결합하고 제2 VH/VL 조합이 제2 항원 또는 상기 항원의 에피토프에 결합하는 항체를 포함한다. 이 용어는 VH가 제1 항원을 특이적으로 인식할 수 있고 면역글로불린 가변 영역의 VH와 쌍을 이루는 VL이 제2 항원을 특이적으로 인식할 수 있는 항체를 추가로 포함한다. 생성된 VH/VL 쌍은 항원 1 또는 항원 2에 결합할 것이다. 이는, 예를 들어, WO 2008/027236, WO 2010/108127 및 Schaefer 등(Cancer Cell 20, 472-486, October 2011)에 기술된 소위 "투인원 항체(two-in-one antibody)"라고 한다. 본 발명에 따른 이중특이적 항체는 임의의 특정 이중특이적 형식 또는 이를 생성하는 방법에 제한되지 않는다.
본원에서 사용되는 용어 '공통 경쇄'는 이중특이적 항체에서 2개의 경쇄(또는 이의 VL 부분)를 의미한다. 2개의 경쇄(또는 이의 VL 부분)는 동일할 수 있거나 일부 아미노산 서열 차이가 있을 수 있지만 전장 항체의 결합 특이성은 영향을 받지 않는다. '재배열된'이라는 용어가 추가된 또는 추가되지 않은 '공통 경쇄', '공통 VL', '단일 경쇄', '단일 VL'이라는 용어는 모두 본원에서 상호교환적으로 사용된다. 또한, "공통"은 아미노산 서열이 동일하지 않은 경쇄의 기능적 등가물을 지칭한다. 기능적 결합 영역의 형성에 영향을 주지 않는 돌연변이(결실, 치환, 삽입 및/또는 첨가)가 존재하는 상기 경쇄의 많은 변이체가 존재한다. 특정 측면에서, 본 발명의 경쇄는 또한 0 내지 10개의 아미노산 삽입, 결실, 치환, 첨가 또는 이들의 조합을 갖는 본원에 명시된 바와 같은 경쇄일 수 있다. 특정 측면에서, 본 발명의 경쇄는 또한 0 내지 5개의 아미노산 삽입, 결실, 치환, 첨가 또는 이들의 조합을 갖는 본원에 명시된 바와 같은 경쇄일 수 있다. 예를 들어, 본원에서 사용되는 공통 경쇄의 정의 범위 내에서, 예를 들어, 보존적 아미노산 변화, 중쇄와 쌍을 이룰 때 결합 특이성에 기여하지 않거나 부분적으로만 기여하는 영역의 아미노산 변화 등을 도입하고 테스트함으로써 동일하지는 않지만 여전히 기능적으로 동등한 경쇄를 제조하거나 찾는 것이 가능하다.
본원에서 사용되는 "포함한다(to comprise)" 및 이의 활용형은 이 단어 뒤의 항목이 포함되지만, 구체적으로 언급되지 않은 항목이 제외되지 않는다는 것을 의미하는 비제한적인 의미로 사용된다. 또한, 동사 "이루어진다"는 "본질적으로 이루어진다"로 대체될 수 있으며, 이는 본원에 정의된 바와 같은 화합물 또는 부가 화합물이 구체적으로 확인된 것보다 추가 구성요소(들)를 포함할 수 있음을 의미하며, 상기 추가 구성요소(들)는 본 발명의 독특한 특징을 변경하지 않음을 의미한다.
본 발명에 따른 용어 '전장 IgG' 또는 '전장 항체'는 본질적으로 완전한 IgG를 포함하는 것으로 정의되지만, 이는 반드시 온전한 IgG의 모든 기능을 가질 필요는 없다. 의심의 여지를 없애기 위해 전장 IgG는 2개의 중쇄와 2개의 경쇄를 함유한다. 각각의 쇄는 CH1, CH2, CH3, VH 및 CL, VL로 지정된 도메인으로 나눌 수 있는 불변(C) 및 가변(V) 영역을 함유한다. IgG 항체는 Fab 부분에 함유된 가변 영역 도메인을 통해 항원에 결합하고, 결합 후 불변 도메인을 통해, 주로 Fc 부분을 통해 면역계의 분자 및 세포와 상호작용할 수 있다. 본 발명에 따른 전장 항체는 원하는 특징을 제공하는 변이가 존재할 수 있는 IgG 분자를 포함한다. 전장 IgG는 어떤 영역에서도 상당 부분이 결실되어서는 안 된다. 그러나 생성된 IgG 분자의 결합 특성을 본질적으로 변경시키지 않고 하나 또는 여러 개의 아미노산 잔기가 결실된 IgG 분자는 "전장 IgG"라는 용어에 포함된다. 예를 들어, 이러한 IgG 분자는 바람직하게는 비-CDR 영역에서 1개에서 10개 사이의 아미노산 잔기의 결실을 가질 수 있으며, 결실된 아미노산은 상기 IgG의 항원 결합 특이성에 필수적이지 않다. 특정 측면에서, 이러한 IgG 분자는 비-CDR 영역에서 1개에서 10개 사이의 아미노산 잔기의 결실을 가질 수 있으며, 결실된 아미노산은 상기 IgG의 항원 결합 특이성에 필수적이지 않다.
"항체의 유도체"는 CDR 영역을 제외하고 최대 20개 아미노산이 천연 항체의 아미노산 서열에서 벗어난 단백질이다. 본원에 개시된 바와 같은 항체의 유도체는 최대 20개의 아미노산이 상기 아미노산 서열로부터 벗어난 항체이다. 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체는 (이중특이적) 항체의 결합 특이성을 유지한다. "항체의 유사체"는 구조, 형식 또는 기원이 다를 수 있지만 유사체인 항체의 결합 특이성을 유지하는 단백질이다.
본원에서 핵산 또는 아미노산 서열을 언급하는 "동일성 퍼센트(%)"는 최적의 비교 목적을 위해 서열을 정렬한 후 선택된 서열의 잔기와 동일한 후보 서열의 잔기의 백분율로 정의된다. 핵산 서열을 비교하는 서열 동일성 퍼센트는 수정된 ClustalW 알고리즘(Thompson, J.D., Higgins, D.G., 및 Gibson T.J., (1994) Nuc. Acid Res. 22(22): 4673-4680), swgapdnamt 점수 매트릭스, 갭 오프닝 페널티(gap opening penalty) 15 및 갭 확장 페널티(gap extension penalty) 6.66을 사용하는, 기본 설정을 사용하는 Vector NTI Advance® 11.5.2 소프트웨어의 AlignX 애플리케이션을 사용하여 결정한다. 아미노산 서열은 수정된 ClustalW 알고리즘(Thompson, J.D., Higgins, D.G., 및 Gibson T.J., (1994) Nuc. Acid Res. 22(22): 4673-4680), blosum62mt2 점수 매트릭스, 갭 오프닝 페널티 10 및 갭 확장 페널티 0.1을 사용하는, 기본 설정을 사용하는 Vector NTI Advance® 11.5.2 소프트웨어의 AlignX 애플리케이션으로 정렬된다.
항체는 전형적으로 항원의 에피토프를 인식하고 이러한 에피토프는 다른 화합물에도 존재할 수 있으므로, 항원, 예를 들어, EGFR 또는 LGR5를 "특이적으로 인식"하는 본 발명에 따른 항체는 다른 화합물도 인식할 수 있는데, 만약 이러한 다른 화합물이 동일한 종류의 에피토프를 포함하고 있다면 가능하다. 따라서, 항원 및 항체 상호작용과 관련하여 "특이적으로 인식한다"라는 용어는 동일한 종류의 에피토프를 함유하는 다른 화합물와 항체의 결합을 배제하지 않는다.
"에피토프" 또는 "항원 결정기(antigenic determinant)"라는 용어는 면역글로불린 또는 항체가 특이적으로 결합하는 항원의 부위를 지칭한다. 에피토프는 연속 아미노산 또는 단백질의 3차 접힘(tertiary folding)에 의해 병치된(juxtaposed) 비연속 아미노산(소위 선형 및 입체배치 에피토프(conformational epitope))으로부터 형성될 수 있다. 인접한 선형 아미노산으로부터 형성된 에피토프는 전형적으로 변성 용매(denaturing solvent)에 노출 시 유지되는 반면, 3차 접힘에 의해 형성된 에피토프 구조는 전형적으로 변성 용매로 처리하면 손실된다. 에피토프는 전형적으로 독특한 공간 입체배치로 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14 또는 15개의 아미노산을 포함할 수 있다.
본원에서 사용되는 용어 "대상체" 및 "환자"는 상호교환적으로 사용되며 인간, 마우스, 래트, 햄스터, 기니피그, 토끼, 고양이, 개, 원숭이, 소, 말, 돼지 등과 같은 포유동물(예를 들어, 환자, 예컨대 암이 있는 인간 환자)을 지칭한다.
본원에서 사용되는 용어 "치료하다", "치료하는" 및 "치료"는 질환과 관련된 증상, 합병증, 상태 또는 생화학적 징후의 진행, 발달, 중증도 또는 재발을 역전, 완화, 개선, 억제, 둔화 또는 예방을 목적으로 대상체에 대해 수행되거나 활성제 또는 활성제의 조합을 투여하는 임의의 유형의 개입 또는 과정을 의미한다.
본원에서 사용되는 "유효한 치료" 또는 "긍정적인 치료 반응"은 유익한 효과, 예를 들어, 질환 또는 장애, 예를 들어, 암의 적어도 하나의 증상의 완화를 생성하는 치료를 지칭한다. 유익한 효과는 방법에 따른 요법 개시 전에 수행된 측정 또는 관찰에 대한 개선을 포함하여 기준선보다 개선된 형태를 취할 수 있다. 예를 들어, 유익한 효과는 질환의 임상적 또는 진단적 증상, 또는 암의 마커의 감소 또는 제거로 입증되는 바와 같이 임의의 임상 단계에서 대상체의 암 진행을 늦추거나 안정화하거나 중지하거나 역전시키는 형태를 취할 수 있다. 유효한 치료는, 예를 들어, 종양 크기 감소, 순환 종양 세포의 존재 감소, 종양 전이의 감소 또는 예방, 종양 성장 둔화 또는 정지 및/또는 종양 반복(recurrence) 또는 재발(relapse)의 예방 또는 지연일 수 있다.
"유효량" 또는 "치료 유효량"이라는 용어는 원하는 생물학적, 치료적 및/또는 예방적 결과를 제공하는 작용제 또는 작용제의 조합의 양을 지칭한다. 그 결과는 질환의 징후, 증상 또는 원인 중 하나 이상의 감소, 개선(amelioration), 완화(palliation), 축소(lessening), 지연 및/또는 경감(alleviation), 또는 생물학적 시스템의 임의의 다른 원하는 변경일 수 있다. 종양 발달 측면에서, 유효량은 종양 발달을 지연시키기에 충분한 양이다. 종양 반복의 관점에서, 유효량은 종양 반복을 예방하거나 지연시키기에 충분한 양이다. 유효량은 1회 이상의 투여로 투여될 수 있다. 작용제 또는 조성물의 유효량은 (ⅰ) 암세포의 수를 감소시키고/거나; (ⅱ) 종양 크기를 감소시키고/거나; (ⅲ) 암세포가 말초 기관으로 침투하는 것을 어느 정도 억제하고, 지연시키고, 늦추고, 중지할 수 있고/거나, (ⅳ) 종양 전이를 억제하고/거나; (ⅴ) 종양 성장을 억제하고/거나; (ⅵ) 종양의 발생 및/또는 반복을 예방하거나 지연시키고/거나; (ⅶ) 암과 관련된 하나 이상의 증상을 어느 정도 완화한다. 한 측면에서, "유효량"은 암의 감소(예를 들어, 암 세포 수의 감소); 암 진행의 둔화 또는 암의 재성장 또는 반복의 예방에 영향을 미치는 치료제로서 본원에 개시된 바와 같은 항체의 양이다. 본원에서 앞서 언급한 바와 같이, 본 개시내용의 EGFR에 결합하거나 EGFR 및 LGR5에 결합하는 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체는 본원에서 "치료제"로도 지칭된다. 특정 측면에서, 본원의 유효량은 본 개시내용의 암이 있는 대상체에게 격주 단위로 투여되는 1500mg의 균일 용량이다.
본원에서 용어 "균일 용량"은 대상체의 체중과 관계없이 대상체에게 다중 투여에 걸쳐 고정된 양의 치료 물질을 투여하는 투여 요법을 지칭한다. 균일 투여는 전형적으로 qnw로 축약되며, 여기서 n은 간격을 나타내는 정수이고 w는 주이다. 예를 들어, 1500mg 항체의 q2w 균일 용량 투여 요법은 1500mg의 고정된 양의 항체가 2주마다 투여된다는 것을 의미한다. 본원에서, 특정 측면에서, 치료 물질은 1500mg의 q2w 투여 요법으로 투여되는 EGFR 또는 EGFR 및 LGR5에 결합하는 항체이다. 특정 측면에서, 대상체에는 1500mg의 균일 투여량이 q2w로 적어도 3회 투여되었다. 특정 측면에서, 상기 투여는 적어도 4회 투여 이상이고 환자가 충분한 임상적 또는 방사선학적 진행을 보일 때까지 지속될 수 있다.
균일 용량은 사전투약될 수 있으며, 이는 본 발명의 항체가 투여되기 전에 대상체에게 약물이 투여된다는 것을 의미한다. 특정 측면에서, 1500mg의 균일 용량의 항체에는 항히스타민제, 진통제, 해열제 및/또는 항염증제가 사전투약된다.
당업계에서 "히스토(histo)" 점수라고도 불리는 용어 "H 점수"는 모두 숙련된 사람에게 잘 알려져 있는 면역조직화학(IHC) 방법 또는 정위치 혼성화(in situ hybridization, ISH) 기술을 기반으로 한 프로토콜에 따라 종양 샘플에서 관심 유전자의 발현을 반정량적으로 계산하는 데 사용될 수 있고 H 점수 계산 방법에 대한 2015년 4월 10일 게시된 ASCO를 따르는 재현 가능하고 표준화된 점수화 방법을 지칭한다. 또한, Hirsch FR, Varella-Garcia M, Bunn PA Jr, 등: Epidermal growth factor receptor in non- small-cell lung carcinomas: Correlation between gene copy number and protein expression and impact on prognosis. J Clin Oncol 21:3798-3807, 2003; 및 John T, Liu G, Tsao M-S: Overview of molecular testing in non-small-cell lung cancer: Mutational analysis, gene copy number, protein expression and other biomarkers of EGFR for the prediction of response to tyrosine kinase inhibitors. Oncogene 28:S14-S23, 2009 참조. 이러한 참고자료의 관련 교시는 본원에 참조로 도입된다. EGFR에 대한 H 점수화의 맥락에서 "IHC를 사용하여 결정"이라는 용어는 IHC를 대체하는 방법이 아니라 이후에 H 점수를 결정하기 위한 기초로 IHC를 사용하거나 포함하는 방법을 지칭한다.
일부 측면에서, 본 개시내용은 대상체의 암 치료에 사용하기 위한 EGFR의 세포 외 부분에 결합하는 제1 가변 도메인을 포함하는 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체를 제공하며, 상기 대상체의 암은 면역 체크포인트 억제제로 사전 치료를 받은 후 진행되었고 암은 EGFR을 발현한다.
일부 측면에서, 암은 위암, 식도암, 위식도 접합부암 또는 두경부암, 특히 두경부의 편평세포암종(SCCHN)으로부터 선택된다.
특정 측면에서, 암은 IHC 점수 3+를 특징으로 하는 EGFR 발현을 갖는 위암, 식도암 또는 위식도 접합부암이다. 특정 측면에서, 상기 암은 EGFR에 대한 H 점수가 200 초과이다. 특정 측면에서, 상기 IHC는 종양 막 점수(tumor membrane score)이다.
또한, 본 개시내용은 대상체의 암 치료에 사용하기 위한 EGFR의 세포 외 부분에 결합하는 제1 가변 도메인을 포함하는 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체를 제공하며, 상기 암은 IHC 점수 3+를 특징으로 EGFR을 발현하고 상기 가변 도메인은 본원에 추가로 개시된 바와 같은 아미노산을 포함한다.
또한, 본 개시내용은 대상체의 암 치료에 사용하기 위한 EGFR의 세포 외 부분에 결합하는 제1 가변 도메인을 포함하는 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체를 제공하며, 상기 암은 EGFR에 대한 H 점수가 200 초과인 것을 특징으로 하는 EGFR을 발현하고 상기 가변 도메인은 본원에 추가로 개시된 바와 같은 아미노산을 포함한다.
또한, 본 개시내용은 대상체의 암을 치료하기 위한 약제의 제조에 있어서 EGFR의 세포 외 부분에 결합하는 가변 도메인을 포함하는 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체의 용도를 제공하며, 상기 대상체의 암은 면역 체크포인트 억제제로 사전 치료를 받은 후 진행되었고 암은 EGFR을 발현한다.
또한, 본 개시내용은 EGFR 발현 암이 있는 대상체를 치료하는 방법을 제공하며, 상기 대상체는 면역 체크포인트 억제제로 사전 치료를 받은 후 질환이 진행되었고, 상기 방법은 대상체에게 EGFR의 세포 외 부분에 결합하는 제1 가변 도메인을 포함하는 유효량의 항체 또는 이의 기능적 부분을, 유도체 및/또는 유사체를 제공하는 것을 포함한다.
또한, 본 개시내용은 대상체의 위암, 식도암 또는 위식도 접합부암의 치료에 사용하기 위한 EGFR의 세포 외 부분에 결합하는 제1 가변 도메인을 포함하는 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체를 제공하며, 상기 암은 IHC 점수 3+를 특징으로 하는 EGFR을 발현한다.
또한, 본 개시내용은 대상체의 위암, 식도암 또는 위식도 접합부암의 치료에 사용하기 위한 EGFR의 세포 외 부분에 결합하는 제1 가변 도메인을 포함하는 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체를 제공하며, 상기 암은 EGFR에 대한 H 점수가 200 초과인 것을 특징으로 하는 EGFR을 발현한다.
암 및 종양이라는 단어가 본원에서 사용되며, 달리 구체적으로 언급되지 않는 한 전형적으로 둘 다 암을 지칭한다.
표피 성장 인자(EGF) 수용체(EGFR, ErbB1 또는 HER1)는 Her- 또는 cErbB-1, -2, -3 및 -4로 명명된 4개의 수용체 티로신 키나제(receptor tyrosine kinase, RTK) 계열의 구성원이다. EGFR은 다양한 동의어로 알려져 있으며, 그 중 가장 일반적인 것은 EGFR이다. EGFR은 4개의 하위도메인으로 구성된 세포 외 도메인(extracellular domain, ECD)을 가지고 있으며, 그 중 2개는 리간드 결합에 관여하고 나머지 2개는 동종이량체화(homo-dimerisation) 및 이종이량체화(hetero-dimerisation)에 관여한다. EGFR은 다양한 리간드의 세포 외 신호를 통합하여 다양한 세포 내 반응을 생성한다. EGFR에 의해 활성화되는 주요 신호 전달 경로는 Ras-미토겐 활성화 단백질 키나제(mitogen-activated Protein Kinase, MAPK) 유사분열촉진 신호전달 케스케이드(mitogenic signaling cascade)로 구성된다. 이 경로의 활성화는 티로신 인산화된 EGFR에 Grb2를 동원함으로써 개시된다. 이는 Grb2 결합된 Ras-구아닌 뉴클레오티드 교환 인자 SOS(Son of Sevenless)를 통해 Ras의 활성화로 이어진다. 또한, PI3-키나제-Akt 신호 전달 경로도 EGFR에 의해 활성화되지만, 이 활성화는 ErbB-3(HER3)의 동시 발현이 있는 경우 훨씬 더 강력하다. EGFR은 여러 인간 상피 악성 종양, 특히 유방암, 방광암, 비소세포폐암, 폐암, 결장암, 난소암, 두경부암 및 뇌암과 관련이 있다. 유전자의 활성화 돌연변이와 수용체 및 이의 리간드의 과발현이 자가분비 활성화 루프(autocrine activation loop)를 발생시키는 것으로 밝혀졌다. 따라서, 이 RTK는 암 치료의 표적으로 광범위하게 사용되었다. RTK를 표적으로 하는 소분자 억제제와 세포 외 리간드 결합 도메인을 표적으로 하는 단클론 항체(mAb)가 모두 개발되었으며 비록 주로 선별된 환자 그룹에 대한 것이지만 지금까지 여러 임상적 성공을 보였다. 인간 EGFR 단백질 및 이를 암호화하는 유전자에 대한 데이터베이스 등록 번호는 GenBank NM_005228.3이다. 이 등록 번호는 주로 표적으로서 EGFR 단백질을 확인하는 추가 방법을 제공하기 위해 제공되며, 항체에 의해 결합된 EGFR 단백질의 실제 서열은, 예를 들어, 일부 암 등에서 발생하는 것과 같은 암호화 유전자의 돌연변이로 인해 달라질 수 있다.
본원에서 EGFR을 언급하는 경우, 달리 언급하지 않는 한 이는 인간 EGFR을 지칭한다. EGFR에 결합하는 가변 도메인 항원 결합 부위는 EGFR 및 이의 다양한 변이체, 예컨대 일부 EGFR 양성 종양에서 발현되는 것에 결합한다.
용어 "LGR"은 류신 풍부 반복 함유 G 단백질 결합 수용체(Leucine-rich repeat-containing G-protein coupled receptor)로 알려진 단백질 계열을 지칭한다. 상기 계열의 여러 구성원이 WNT 신호전달 경로, 특히 LGR4; LGR5 및 LGR6에 관여하는 것으로 알려져 있다.
LGR5는 류신 풍부 반복 함유 G 단백질 결합 수용체 5이다. 유전자 또는 단백질의 대체 명칭은 류신 풍부 반복 함유 G 단백질 결합 수용체 5; 류신 풍부 반복 함유 G 단백질 결합 수용체 5; G 단백질 결합 수용체 HG38; G 단백질 결합 수용체 49; G 단백질 결합 수용체 67; GPR67; GPR49; 희귀 G 단백질 결합 수용체(Orphan G Protein-Coupled Receptor) HG38; G 단백질 결합 수용체 49; GPR49; HG38 및 FEX이다. LGR5에 결합하는 본 발명의 단백질 또는 항체는 인간 LGR5에 결합한다. 본 발명의 LGR5 결합 단백질 또는 항체는 인간과 다른 포유동물 동원체(ortholog) 사이의 서열 및 3차 구조 유사성으로 인해 이러한 동원체에도 결합할 수 있지만 반드시 그럴 필요는 없다. 인간 LGR5 단백질 및 이를 암호화하는 유전자에 대한 데이터베이스 등록 번호는 (NC_000012.12; NT_029419.13; NC_018923.2; NP_001264155.1; NP_001264156.1; NP_003658.1)이다. 이 등록 번호는 주로 표적으로서 LGR5를 확인하는 추가 방법을 제공하기 위해 제공되며, 결합된 LGR5 단백질의 실제 서열은, 예를 들어, 일부 암 등에서 발생하는 것과 같은 암호화 유전자의 돌연변이로 인해 달라질 수 있다. LGR5 항원 결합 부위는 LGR5 및 일부 LGR5 양성 종양 세포에 의해 발현되는 것과 같은 이의 다양한 변이체에 결합한다.
특히, 암은 위암, 식도암 또는 위식도 접합부암이다. 위암(gastric cancer)(위암(stomach cancer)이라고도 함)은 위 내막, 특히 그 안에서 발견되는 점액을 생성하는 선세포(glandular cell)에서 발생하는 암이다. 이러한 암은 선암종이라고도 하며, 이 경우 위 내막에서 발생하는 위선암종이라고도 한다. 따라서, 특히 암은 위선암종 또는 위 내막에서 발생하는 암이며, 이는 본원에서 상호교환적으로 사용된다. 식도암은 식도에서 발생하는 암이다. 두 가지 주요 하위유형은 ESCC(식도 편평세포암종(esophageal squamous cell carcinoma))와 EAC(식도선암종)이다. 위식도 접합부암(위식도 접합부 선암종이라고도 함)은 위식도 접합부에서 발생한다.
두경부암으로 통칭되는 암은 보통 입, 코 및 목의 내부와 같이 머리와 목 내부의 촉촉한 점막 표면을 덮고 있는 편평세포에서 발생한다. 이러한 편평세포암은 종종 두경부 편평세포암종으로 지칭되며, 상기 암은 본 개시내용의 특정 측면에서 치료된다. 드물긴 하지만 두경부암은 타액선에서도 발생할 수 있다. 특히 두경부암은 구강에서 발생할 수 있다. 여기에는 입술, 혀의 앞쪽 2/3, 잇몸, 뺨과 입술 안쪽 내막, 혀 아래 입 바닥, 경구개(hard palate) 및 사랑니 뒤의 작은 잇몸 부위가 포함된다.
따라서, 특히 두경부암은 편평세포암종이며 비인두암(nasopharyngeal cancer), 후두암(laryngeal cancer), 하인두암(hypopharyngeal cancer), 비강암(nasal cavity cancer), 부비동암(paranasal sinus cancer), 구강암(oral cancer), 구인두암(oropharyngeal cancer) 또는 타액선암(salivary gland cancer)을 포함한다. 더 구체적으로, 본 발명은 구인두, 하인두, 후두, 구강 또는 혀에 위치하는 편평세포 두경부암을 포함하는 암의 치료에 관한 것이다.
또한, 두경부암은 특히 원발부위 불명 편평세포암종(당업계에서는 원발부위 불명암(cancer of unknown primary) 또는 CUP로도 지칭됨)이다.
본 개시내용에서, 암은 EGFR 또는 EGFR 및 LGR5를 발현한다.
본원에서 사용되는 바와 같이, 암이 EGFR을 발현하는 세포를 포함하는 경우 암은 EGFR을 발현한다. EGFR을 발현하는 세포는 EGFR을 코딩하는 검출 가능한 수준의 RNA를 포함한다. 특정 측면에서, EGFR 발현은 ISH에 의해 결정된다.
특정 측면에서, EGFR 단백질 발현은 IHC에 의해 검출된다. 특정 측면에서, EGFR 발현은 제조사의 권장사항에 따라 시판되는 EGFR 검출 키트, 예컨대 Dako 오토스트레이너(autostainer)용 EGFR pharmDx™ 키트(Agilent)를 사용하여 또는 EGFR 세포 외 도메인에 결합하는 EGFR 클론 113을 기반으로 하는 시판되는 IHC EGFR 검출 키트를 사용하여 IHC로 결정한다(Leica, https://shop.leicabiosystems.com/us/ihc-ish/ihc-primary-antibodies/pid-epidermal-growth-factor-receptor). 대안적으로, EGFR 발현은 클론 EGFR.113(제품 코드: NCL-L-EGFR, 표피 성장 인자 수용체 - leicabiosystems.com의 IHC 1차 항체)을 기반으로 하는 Novocastra™ 액체 마우스 단클론 항체 표피 성장 인자 수용체(Liquid Mouse Monoclonal Antibody Epidermal Growth Factor Receptor)를 사용하여 결정한다.
간단히 말해서, 시판되는 EGFR pharmDx™ IHC 키트 시스템은 일상적으로 고정된 파라핀 포매(paraffin-embedded) 표본에 대한 IHC 염색 절차를 완료하는 데 필요한 시약을 함유한다. 인간 EGFR 단백질에 대한 1차 비-Her2, Her3 및 Her4 교차 반응성 단클론 항체(클론 2-18C9)와 함께 인큐베이션한 후, 이 키트는 덱스트란 기술을 기반으로 즉시 사용 가능한 시각화 시약을 사용한다. 이 시약은 2차 염소 항-마우스 항체 분자와 일반적인 덱스트란 중합체 백본에 연결된 호스래디시 퍼옥시다제(horseradish peroxidase) 분자로 이루어진다. 이후에 첨가된 발색체의 효소적 전환으로 인해 항원 부위에 눈에 보이는 반응 생성물이 형성된다. 결과는 광학 현미경을 사용하여 일상적으로 평가된다. 염색 강도 점수가 2+ 및 0인 2개의 포르말린 고정된 파라핀 포매 인간 세포주를 함유하는 대조용 슬라이드가 키트 시약 성능의 품질 관리를 위해 제공된다.
염색 강도는 다음과 같이 설정된다: 3+(강한 염색): 저배율 수준인 x5 대물 렌즈에서 볼 수 있으며 필요에 따라 고배율 수준에서 확인할 수 있음; 2+(중간 정도의 염색): 중간 배율 수준인 x10 또는 x20 대물 렌즈에서 볼 수 있음; 1+(약한 염색): 고배율인 x40 대물 렌즈에서만 확실하게 확인할 수 있음; 0(염색되지 않음): 고배율에서 염색이 보이지 않음.
특정 측면에서, EGFR 발현은 면역조직화학(IHC)을 사용하여 결정하며 암은 EGFR에 대해 IHC 양성이다. 특정 측면에서, 암은 EGFR IHC 점수 3+를 특징으로 하는 위암, 식도암, 위식도 접합부암이다.
특정 측면에서, EGFR 발현은 면역조직화학(IHC)을 사용한 후 EGFR에 대한 H 점수를 0-300의 범위를 사용하여 할당하여 결정한다. 특정 측면에서, 본 개시내용의 암은 0-300의 척도에서 EGFR에 대한 H 점수가 200 초과인 것을 특징으로 하는 위암, 식도암, 위식도 접합부암이다. 특정 측면에서, 이에 따라 EGFR H 점수는 200 초과 내지 300이다. 특정 측면에서, 본 개시내용의 암은 0-300의 척도에서 EGFR에 대한 H 점수가 50 초과인 것을 특징으로 한다. 특정 측면에서, 본 개시내용의 암은 0-300의 척도에서 EGFR에 대한 H 점수가 50 초과인 것을 특징으로 하는 두경부암이다. 특정 측면에서, 본 개시내용의 암은 0-300의 척도에서 EGFR에 대한 H 점수가 80 초과인 것을 특징으로 한다. 특정 측면에서, 본 개시내용의 암은 0-300의 척도에서 EGFR에 대한 H 점수가 80 초과인 것을 특징으로 하는 두경부암이다.
또 다른 측면에서, 암은 EGFR IHC 점수 2+ 또는 3+를 특징으로 하는 두경부암이다.
본원에서, EGFR 발현 상태를 할당하기 위한 H 점수를 결정하는 것은 본원에 기술된 바와 같이 사전 정의된 방식으로 각 세포에 대해 결정되는 막 염색 강도(0, 1+, 2+ 또는 3+으로 점수화)를 설정하는 첫 번째 단계를 포함한다. 이어서, 각 염색 강도 수준의 세포 백분율을 계산하고, 마지막으로 다음 공식: [1 × (1+ 염색이 있는 세포 %) + 2 × (2+ 염색이 있는 세포 %) + 3 × (3+ 염색이 있는 세포 %)]를 사용하여 H 점수를 할당하며, 그 결과 EGFR에 대한 H 점수는 0-300 사이가 된다. 결과적으로, H 점수는 주어진 종양 샘플에서 더 높은 염색 강도 또는 염색량에 더 많은 상대적 가중치를 부여한다.
특정 측면에서, 본 개시내용의 상기 암은 EGFR 유전자 증폭을 포함하는 것을 특징으로 한다. 특정 측면에서, 상기 암은 위암이다. 특정 측면에서, 상기 암은 위식도 접합부 선암종이다. EGFR의 상기 유전자 증폭은 특정 측면에서 고형 조직 샘플을 기반으로 한 8개 이상의 EGFR 카피수, 또는 적어도 2.14 또는 적어도 2.5이지만 특정 측면에서는 5 이하인, 순환 종양 DNA(ctDNA)를 기반으로 한 EGFR 증폭 점수(카피수 변경(copy number alteration, CNA)이라고도 알려짐))를 특징으로 한다.
특정 측면에서, EGFR 증폭은 8개 이상의 EGFR 카피수로 정의된다(특히 고형 조직 증폭을 기반으로 한 8개 이상의 카피수로 정의됨). 특정 측면에서, EGFR 카피수는 포르말린 고정된 파라핀 포매(FFPE) 조직 샘플에 대한 차세대 시퀀싱에 의해 확립된다.
특정 측면에서, EGFR 유전자 카피수는 차세대 시퀀싱(NGS)을 사용하여 확립된다. 특정 측면에서, 상기 NGS는 고형 조직 샘플, 또는 혈액 또는 혈장과 같은 액체 샘플에서 수행된다. 특정 측면에서, EGFR 증폭 점수는 ctDNA에 대한 차세대 시퀀싱에 의해 확립되어 적어도 2.14 또는 적어도 2.5의 점수를 생성한다. 특정 측면에서, 상기 ctDNA 점수는 5 이하이다. 상기 카피수 평가는 혈액 유래 cfDNA를 기반으로 할 수 있다. 예로서, EGFR 카피수 결정은 Kato 등, 2019(Revisiting Epidermal Growth Factor Receptor (EGFR) Amplification as a Target for Anti-EGFR Therapy: Analysis of Cell-Free Circulating Tumor DNA in Patients With Advanced Malignancies. JCO Precis Oncol 3: PO.18.00180)에 의해 언급된 바와 같이 수행될 수 있다.
본원에서, 용어 "ctDNA"(순환 종양 DNA)는 "cfDNA"(무세포 종양 DNA)와 상호교환적으로 사용된다.
특정 측면에서, EGFR 유전자 카피수는 FISH를 사용하여 확립한다. 특정 측면에서, 상기 암은 EGFR/CEP7 비율이 적어도 2.0 이상인 것을 특징으로 한다. EGFR/CEP7 비율을 설정하는 것은 해당 분야의 표준이지만, 예를 들어, 시판되는 키트를 사용하여 설정하거나 Maron 등, 2018(Targeted Therapies for Targeted Populations: Anti-EGFR Treatment for EGFR-Amplified Gastroesophageal Adenocarcinoma. Cancer Discov 8:696-713)에 기술된 바와 같이 수행할 수 있다. EGFR FISH 테스트는 EGFR 유전자좌(염색체 7p11.2에 위치)의 증폭을 감지하도록 설계되었다. 이러한 방법론에서 FISH는 포르말린 고정된 파라핀 포매 종양 조직 섹션으로 수행한다. 표준 프로토콜에 따라 슬라이드를 준비하고 100개의 간기(interphase) 세포를 점수화한다. 이어서 증폭 컷오프를 ≥2.0의 EGFR:CEP7의 비율로 설정한다.
선택적으로, 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체를 사용한 치료는 대상체의 EGFR 상태를 진단하는 단계를 포함한다(또는 특정 측면에서는 상기 단계가 선행된다). 특정 측면에서, IHC 점수 3+를 특징으로 하는 위암, 식도암, 위식도 접합부암이 있는 대상체, 또는 0-300의 척도에서 EGFR에 대한 H 점수가 200 초과인 것을 특징으로 하는 상기 암이 치료를 위해 선택되었다. 특정 측면에서, 대상체의 치료는 0-300의 척도에서 EGFR에 대한 H 점수가 200 초과인 것을 특징으로 하는 위암, 식도암, 위식도 접합부암이 있는 상기 대상체를 진단하는 단계가 선행된다.
특정 측면에서, 적어도 2.0 이상의 EGFR/CEP7 비율; 8개 이상의 EGFR 카피수; 또는 적어도 2.14 또는 적어도 2.5의 EGFR ctDNA 점수를 포함하는 EGFR 유전자 증폭을 특징으로 하는 위암, 식도암, 위식도 접합부암과 같은 암이 있는 대상체가 치료를 위해 선택된다. 특정 측면에서, 대상체의 치료는 적어도 2.0 이상의 EGFR/CEP7 비율; 8개 이상의 EGFR 카피수; 또는 적어도 2.14 또는 적어도 2.5의 EGFR ctDNA 점수를 포함하는 EGFR 유전자 증폭을 특징으로 하는 위암, 식도암, 위식도 접합부암이 있는 상기 대상체를 진단하는 단계가 선행된다.
특히, 본 개시내용은 위암, 식도암, 위식도 접합부암 또는 두경부암의 치료에 사용하기 위한 EGFR의 세포 외 부분에 결합하는 제1 가변 도메인을 포함하고 LGR5의 세포 외 부분에 결합하는 제2 가변 도메인을 포함할 수 있는 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체를 제공하며, 암은 면역 체크포인트 억제제로 사전 치료를 받은 후 진행되었고, 대상체는 Her2 양성, Her2 높음, Her2 3+, Her2 2+, Her2 1+, Her2 0 또는 Her2 음성 대상체 중에서 선택된 Her2 상태를 갖는다. 특정 측면에서, 대상체는 Her2 음성이다. 본 개시내용은 추가로 Her2 음성 대상체에서 이러한 암을 치료하는 방법을 제공하며, 이는 상기 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체를 필요로 하는 대상체에게 이를 제공하는 것을 포함한다. 특정 측면에서, 상기 사용은 대상체에게 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체를 1500mg의 균일 용량으로 제공하는 것을 포함한다. 특정 측면에서, Her2 음성 대상체에 대한 치료제의 투여는 매주, 격주 또는 매월 수행될 수 있다. 특정 측면에서, 치료제는 2주마다 1회 투여된다. EGFR의 세포 외 부분에 결합하는 적합한 가변 도메인 및 LGR5의 세포 외 부분에 결합하는 적합한 가변 도메인이 본원에 개시되어 있다. 특정 측면에서, 제1 가변 도메인은 도 3에 묘사된 바와 같은 MF3370; MF3755; MF4280 또는 MF4289로 이루어진 군으로부터 선택된 EGFR 특이적 중쇄 가변 영역의 적어도 CDR3 서열, 또는 적어도 CDR1, CDR2 및 CDR3 서열을 포함한다. 특정 측면에서, 제2 가변 도메인은 도 3에 묘사된 바와 같은 MF5790; MF5803; MF5805; MF5808; MF5809; MF5814; MF5816; MF5817; 또는 MF5818로 이루어진 군으로부터 선택된 LGR5 특이적 중쇄 가변 영역의 적어도 CDR3 서열, 또는 적어도 CDR1, CDR2 및 CDR3 서열을 포함한다.
대상체의 인간 상피 성장 인자 수용체 2(HER2)의 발현을 결정하는 방법은 당업계에 잘 알려져 있다. 예를 들어, Her2의 발현 수준은 면역조직화학(IHC) 또는 (형광) 정위치 혼성화(ISH)를 사용하여 확립될 수 있으며, 이를 통해 Her2 음성 대상체 확인을 포함하여 Her2 상태를 확인할 수 있다. IHC 또는 ISH는 인간 대상체에서 Her2 상태를 확립하기 위해 일상적으로 사용되는 잘 정의된 표준 절차이다. 본원에서는, 예를 들어, Bartley 등(HER2 Testing and Clinical Decision Making in Gastroesophageal Adenocarcinoma. Arch Pathol Lab Med. 2016; 140:1345-1363)에 따른 ASCO/CAP 지침을 참조한다. 예를 들어, 항-HER-2/neu 항체(클론 4B5)를 사용하면 IHC를 사용하여 FFPE 위암, 식도암, 위식도 접합부암 또는 두경부암 섹션에서 HER-2 항원을 반정량적으로 검출할 수 있다. 염색 및 점수화는 이 암 유형에 대한 합의된 지침에 따라 수행된다. 이러한 IHC 테스트는 전형적으로 암 조직 샘플의 세포 표면에 있는 HER2 수용체 단백질의 양을 측정하며 0 내지 3+의 점수를 제공한다. IHC 점수에 따라 환자는 예컨대 점수가 0 또는 1+로 측정되는 경우 Her2 음성으로 분류될 수 있다. 예컨대 HER2 프로브(17q11.2-q12) 및 동원체(centromere) 17 프로브(Cen 17)를 사용하여 Her2 발현을 확립하기 위해 ISH 테스트를 사용하는 경우, 진단은 "양성" 또는 "음성"이며, 때로는 HER2의 경우 "0"으로 보고되기도 한다. 특정 측면에서, 본 개시내용의 치료 방법은 IHC 및/또는 ISH에 의해 확립된 Her2 음성인 대상체를 포함한다.
본원에서 Her2 음성 대상체란 암, 암 세포 또는 종양이 있는, 즉 Her2 음성인 대상체를 의미한다. Her2 상태는 위에 기술된 바와 같이 IHC 및/또는 ISH에 따라 결정될 수 있다.
특정 측면에서, 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체를 사용한 치료는 대상체의 Her2 상태를 진단하는 단계가 선행된다. 특정 측면에서, Her2 음성 상태의 대상체가 치료를 위해 선택된다. 특정 측면에서, 대상체의 치료는 Her2 음성 위암, 식도암, 위식도 접합부암 또는 두경부암이 있는 대상체를 진단하는 단계가 선행된다. 본 개시내용의 방법에 의해 치료되는 이러한 암에는 위선암종 및 편평세포암종 조직이 있는 식도암이 포함된다.
특정 측면에서, 상기 Her2 음성 진단에는 Her2 상태에 대한 ISH 또는 IHC 테스트가 포함된다.
특정 측면에서, Her2 음성 대상체의 치료는 Her2 음성 위암, 식도암 또는 위식도 접합부암이 있는 대상체를 선별하는 단계가 선행된다. 특히 이러한 암은 선암종이다. 특정 측면에서, 상기 선별에는 Her2 상태에 대한 ISH 또는 IHC 테스트가 포함된다.
특정 측면에서, 대상체는 이전에 항-EGFR 작용제로 치료받지 않았다. 특정 측면에서, 대상체는 EGFR을 표적으로 하는 항체로 치료받지 않았다. 특정 측면에서, 대상체는 세툭시맙으로 치료받지 않았다. 이러한 대상체는 세툭시맙 무경험(naive) 또는 항-EGFR 무경험 대상체로도 지칭된다. 다르게 말하면, 상기 대상체의 암은 이전에 항-EGFR 작용제로 치료되지 않았다. 특정 측면에서, 상기 대상체의 암은 EGFR을 표적으로 하는 항체로 치료되지 않았다. 특정 측면에서, 상기 대상체의 암은 세툭시맙으로 치료되지 않았다. 이러한 대상체는 세툭시맙 무경험 또는 항-EGFR 무경험 대상체로도 지칭된다.
본 개시내용의 대상체는 면역 체크포인트 억제제로 사전 치료를 받았다. 특정 측면에서, 면역 체크포인트 억제제는 두르발루맙, 펨브롤리주맙, 이필리무맙, 니볼루맙, 아테졸리주맙, 레티판리맙, 세미플리맙 또는 승인되었거나 개발 중인 다른 항-PD1, 항-PD-L1 항체를 포함한다. 특정 측면에서, 면역 체크포인트 억제제는 두르발루맙 또는 펨브롤리주맙을 포함한다.
두르발루맙(상품명(상표명 Imfinzi™으로 판매)은 방광암, 폐암 등 암 치료용으로 FDA 승인을 받은 면역 체크포인트 억제제이다. 이것은 프로그래밍된 세포 사멸 리간드 1(PD-L1)과 PD-1(CD279)의 상호작용을 차단하는 인간 면역글로불린 G1 카파(IgG1κ) 단클론 항체이다. 두르발루맙은 면역 체크포인트 억제제이거나 때로는 면역 체크포인트 억제제 작용제라고도 지칭된다. 예시 섹션에서 볼 수 있듯이, 면역 체크포인트 억제제인 두르발루맙으로 사전 치료를 받았던 환자에게서 임상적으로 관련된 반응이 관찰되었다.
펨브롤리주맙(상품명 Keytruda™로 판매)은 흑색종(melanoma), 폐암 및 호지킨 림프종(Hodgkin lymphoma)을 포함한 다양한 암을 치료하기 위해 암 면역요법에 사용되는 인간화 항체이며 면역 체크포인트 억제제 역할을 한다. 이는 IgG4 아이소타입 항체이며 림프구의 프로그래밍된 세포 사멸 단백질 1(PD-1) 수용체를 표적으로 한다. 펨브롤리주맙은 2014년 미국에서 의료용으로 승인되었다. 2017년 미국 식품의약국(FDA)은 특정 유전적 이상이 있는 임의의 절제 불가능하거나 전이성인 고형 종양에 대해 이를 승인하였다. 이는 세계보건기구의 필수 의약품 목록에 등재되어 있다. 예시 섹션에서 볼 수 있듯이, 면역 체크포인트 억제제로서 펨브롤리주맙으로 사전 치료를 받은 환자에게서 임상적으로 관련된 반응이 관찰되었다.
이필리무맙(상품명 Yervoy™로 판매)은 면역계를 하향 조절하는 단백질 수용체인 CTLA-4를 표적으로 삼아 면역계를 활성화시키는 단클론 항체이자 면역 체크포인트 억제제이다. 이필리무맙은 2011년 3월 미국 식품의약국(FDA)이 흑색종 치료용으로 승인하였다.
니볼루맙(상품명 Opdivo™로 판매)은 흑색종, 폐암, 악성 흉막 중피종(malignant pleural mesothelioma), 신장세포암종(renal cell carcinoma), 호지킨 림프종, 두경부암, 요로상피암종(urothelial carcinoma), 대장암(colon cancer), 식도 편평세포암종, 간암(liver cancer), 위암, 및 식도 또는 위식도 접합부(GEJ)를 포함한 다양한 암을 치료하는 데 사용되는 면역 체크포인트 억제제이다. 니볼루맙은 PD-1을 차단하는 인간 IgG4 단클론 항체이다. 니볼루맙은 2014년 미국에서 의료용으로 승인되었다. 니볼루맙은 세계보건기구의 필수 의약품 목록에 등재되어 있다. 니볼루맙은 FDA가 승인한 두 번째 중피종 전신치료제이자 위암의 1차 치료를 위한 최초의 FDA 승인 면역치료제이다.
아테졸리주맙(상품명 Tecentriq™으로 판매)은 요로상피암종(urothelial carcinoma), 비소세포폐암(NSCLC), 삼중음성유방암(triple-negative breast cancer, TNBC), 소세포폐암(small cell lung cancer, SCLC) 및 간세포암종(hepatocellular carcinoma, HCC)을 치료하는 데 사용되는 단클론 항체 약제이다. 이는 IgG1 아이소타입의 인간화 단클론 항체이며 프로그래밍된 세포 사멸 리간드 1(PD-L1)을 표적으로 한다. 아테졸리주맙은 미국 식품의약국이 승인한 최초의 PD-L1 억제제이다.
레티판리맙(이전에는 MGA012로 알려짐)은 인간화 항-PD-1 단클론 항체로 단독요법은 물론 다른 암 치료제와의 병용요법으로 사용하기 위해 개발되고 있다. 레티판리맙은 미세부수체 고불안정성 자궁내막암(microsatellite instability-high endometrial cancer), 메르켈세포암종(Merkel cell carcinoma) 및 항문관 편평세포암종(squamous cell carcinoma of the anal canal, SCAC) 환자를 위한 단독요법, 및 비소세포폐암 및 SCAC 환자를 위한 백금 기반 화학요법과의 병용요법으로서 임상시험(NCT04472429 및 NCT04205812)이 진행 중이다. 레티판리맙은 FDA로부터 항문암 치료용으로 희귀 의약품 지정을 받았다.
세미플리맙(상품명 Libtayo®로 판매)은 편평세포 피부암 치료를 위한 단클론 항체 약제이다. 세미플리맙은 프로그래밍된 사멸 수용체-1(PD-1)에 결합하여 PD-1/PD-L1 경로를 차단하는 약물 계열에 속한다. 2018년 9월, 치료 수술이나 방사선 치료 대상이 아닌 전이성 피부 편평세포암종(cutaneous squamous cell carcinoma, CSCC) 또는 국소 진행성 CSCC 환자를 치료하기 위해 FDA의 승인을 받았다. 2019년 6월 유럽연합은 이를 의료용으로 승인하였다.
또한, 본원에서 언급된 바와 같은 면역 체크포인트 억제제를 이용한 사전 치료는 PD-L1, PD-1, CTLA-4, B7-1 또는 B7-2를 포함하는 면역 체크포인트 단백질을 표적으로 하는 것을 목표로 한다. 따라서, 본 개시내용의 면역 체크포인트 억제제를 이용한 사전 치료는 PD-L1, PD-1, CTLA-4, B7-1 또는 B7-2로부터 선택된 면역 체크포인트 단백질을 표적으로 한다.
프로그래밍된 사멸 리간드 1(PD-L1, CD274 또는 B7 상동체 1(B7-H1); HGNC: 17635; NCBI Entrez Gene: 29126; UniProtKB/Swiss-Prot: Q9NZQ7)은 인간에서 CD274 유전자에 의해 암호화되는 단백질이다. 이 유전자는 T 세포, B 세포 및 다양한 유형의 종양 세포와 같은 조혈 및 비조혈 세포에 의해 발현되는 면역 억제 수용체 리간드를 암호화한다. 암호화된 단백질은 면역글로불린 V-유사 및 C-유사 도메인을 갖는 I형 막관통 단백질(type I transmembrane protein)이다. 이 리간드와 이의 수용체의 상호작용은 T 세포 활성화와 사이토카인 생성을 억제한다. 정상 조직의 감염이나 염증 동안 이러한 상호작용은 면역 반응의 항상성을 유지하여 자가 면역을 예방하는 데 중요하다. 종양 미세환경에서 이러한 상호작용은 세포독성 T 세포 불활성화를 통해 종양 세포에 대한 면역 회피(immune escape)를 제공한다.
프로그래밍된 세포 사멸 단백질 1(PD-1 또는 CD279; HGNC: 8760; NCBI Entrez Gene: 5133; UniProtKB/Swiss-Prot: Q15116)은 활성화된 T 세포에서 발현되는 면역 억제 수용체이고; 이는 이펙터 CD8+ T 세포의 기능을 포함하여 T 세포 기능의 조절에 관여한다. 또한, 이 단백질은 CD4+ T 세포가 T 조절 세포로 분화되는 것을 촉진할 수도 있다. 이는 흑색종을 포함한 다양한 유형의 종양에서 발현되며 항종양 면역에 역할을 하는 것으로 입증되었다. 더욱이, 이 단백질은 자가면역으로부터 보호하는 데 관여하는 것으로 나타났지만 효과적인 항종양 및 항균 면역의 억제에도 기여할 수 있다.
세포독성 T-림프구 관련 단백질 4(Cytotoxic T-Lymphocyte Associated Protein 4)(CTLA-4 또는 CD152; HGNC: 2505; NCBI Entrez Gene: 1493; UniProtKB/Swiss-Prot: P16410)는 면역글로불린 슈퍼패밀리의 구성원이며 T 세포에 억제 신호를 전달하는 단백질을 암호화한다. 상기 단백질은 V 도메인, 막관통 도메인 및 세포질 테일(cytoplasmic tail)을 포함한다. 상이한 아이소폼(isoform)을 암호화하는 대체 전사 스플라이스 변이체가 특성화되었다. 막에 결합된 아이소폼은 디설파이드 결합으로 연결된 동종이량체로서 기능하는 반면, 가용성 아이소폼은 단량체로서 기능한다. 이 유전자의 돌연변이는 인슐린 의존성 당뇨병(insulin-dependent diabetes mellitus), 그레이브스병(Graves disease), 하시모토 갑상선염(Hashimoto thyroiditis), 셀리악병(celiac disease), 전신홍반루푸스(systemic lupus erythematosus), 갑상선 관련 눈병증(thyroid-associated orbitopathy) 및 기타 자가면역 질환과 관련이 있다.
B7-1 또는 분화 클러스터 80(Cluster of Differentiation 80)(CD80; HGNC: 1700; NCBI Entrez Gene: 941; UniProtKB/Swiss-Prot: P33681)은 면역글로불린 슈퍼패밀리의 일부인 B7, I형 막 단백질이며, 세포 외 면역글로불린 불변 유사 도메인(extracellular immunoglobulin constant-like domain)과 수용체 결합에 필요한 가변 유사 도메인을 가지고 있다. 이 유전자에 의해 암호화된 단백질은 CD28 또는 CTLA-4의 결합에 의해 활성화되는 막 수용체이다. 생물학적 시스템에서의 이의 기능에는 T 세포 증식 및 사이토카인 생성 유도가 포함된다. 또한, T 림프구 활성화에 필수적인 보조자극 신호에도 관여한다. T 세포 증식과 사이토카인 생성은 CD28의 결합에 의해 유도되며, CTLA-4와의 결합은 반대 효과가 있고 T 세포 활성화를 억제한다. 이는 또 다른 B7 단백질인 CD86과 밀접하게 관련되어 있으며 종종 동시에 작용한다. CD80과 CD86은 모두 공동자극 수용체 CD28 및 CTLA-4 CD152와 상호작용한다.
B7-2 또는 분화 클러스터 86(CD86; HGNC: 1705 NCBI Entrez Gene: 942 UniProtKB/Swiss-Prot: P42081)은 수지상 세포(dendritic cell), 랑게르한스 세포(Langerhans cell), 대식세포(macrophage), B 세포(기억 B 세포(memory B-cell) 포함) 및 기타 항원 제시 세포에서 상시 발현되는 단백질이다. CD80과 함께 CD86은 T 세포 활성화 및 생존에 필요한 공동자극 신호를 제공한다. 결합된 리간드에 따라 CD86은 자가 조절 및 세포-세포 결합, 또는 조절 약화 및 세포-세포 분리를 신호할 수 있다. CD86 유전자는 면역글로불린 슈퍼패밀리의 구성원인 I형 막 단백질을 암호화한다. 대체 스플라이싱으로 인해 상이한 아이소폼을 암호화하는 2개의 전사체 변이체가 생성된다.
대상체는 이전에 하나 이상의 표준 승인 요법(standard approved therapy) 또는 표준 관리(standard of care)로 치료를 받았을 수도 있다. 수술이나 방사선 요법은 초기 또는 국소 질환이 있는 대부분의 환자에게 선호될 수 있고 국소 진행 질환의 경우 고려될 수 있지만, 예를 들어, 암의 해부학적 위치로 인해 모든 환자에게 적용하는 것이 불가능할 수 있다. 특정 측면에서, 본원에서의 표준 승인 치료 또는 표준 관리에는 백금계 화합물(예를 들어, 시스플라틴(cisplatin), 카르보플라틴(carboplatin)), 항종양 화합물(예를 들어, 메토트렉세이트(methotrexate)), 플루오로피리미딘(fluoropyrimidine)(예를 들어, 플루오로우라실(fluorouracil), 5-FU, 카페시타빈(capecitabine)), 탁산(taxane)(예를 들어, 도세탁셀(docetaxel) 또는 파클리탁셀(paclitaxel)), 뉴클레오시드 유사체(예를 들어, 젬시타빈(gemcitabine)) 또는 이들의 조합 중 하나 이상과 같은 화학요법제의 투여에 의한 치료가 포함된다.
따라서, 특정 측면에서, 본 개시내용의 대상체는 화학요법제로 사전 치료를 받았다. 특정 측면에서, 화학요법제는 백금계 화합물(예를 들어, 시스플라틴, 카르보플라틴), 항종양 화합물(예를 들어, 메토트렉세이트), 플루오로피리미딘(예를 들어, 플루오로우라실, 5-FU, 카페시타빈), 탁산(예를 들어, 도세탁셀 또는 파클리탁셀), 뉴클레오시드 유사체(예를 들어, 젬시타빈) 또는 이들의 조합을 포함한다.
본 개시내용에 따르면, 특정 측면에서, 상기 암 및/또는 상기 암이 있는 상기 대상체는 SMAD4에 대해 야생형이다. SMAD4(HGNC: 6770; NCBI Entrez Gene: 4089; UniProtKB/Swiss-Prot: Q13485)는 신호 전달 단백질의 SMAD 계열에 속한다. SMAD 단백질은 변형 성장 인자(transforming growth factor, TGF)-베타 신호전달에 반응하여 막관통 세린-트레오닌 수용체 키나제에 의해 인산화되고 활성화된다. 이 유전자의 산물은 다른 활성화된 SMAD 단백질과 동종 복합체 및 이종 복합체를 형성하고, 이후 핵에 축적되어 표적 유전자의 전사를 조절한다. 이 단백질은 DNA에 결합하고 SMAD 결합 요소(SMAD-binding element, SBE)라고 불리는 8bp 회문 서열(palindromic sequence)(GTCTAGAC)을 인식한다. 이 단백질은 종양 억제인자로 작용하여 상피 세포 증식을 억제한다. 이것은 혈관신생을 감소시키고 혈관 과투과성(blood vessel hyperpermeability)을 증가시켜 종양에 대한 억제 효과도 있을 수 있다. 암호화된 단백질은 뼈 형태발생 단백질 신호전달 경로(bone morphogenetic protein signaling pathway)의 중요한 구성 요소이다. SMAD 단백질은 번역 후 변형에 의해 복잡하게 조절된다. 이 유전자의 돌연변이 또는 결실은 췌장암(pancreatic cancer), 소아 폴립 증후군(juvenile polyposis syndrome) 및 유전성 출혈성 모세혈관 확장증 증후군(hereditary hemorrhagic telangiectasia syndrome)을 초래하는 것으로 나타났다. SMAD4에서 발생하는 돌연변이의 이전에 보고된 암시에도 불구하고, 본 개시내용의 암 및/또는 상기 암이 있는 대상체는 SMAD4에 대해 야생형이다. 특정 측면에서, 상기 환자 또는 암은 본원에 언급된 SMAD4 단백질 정보에 대한 어떠한 돌연변이도 포함하지 않는다.
선택적으로, 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체를 사용한 치료는 대상체의 SMAD 상태를 진단하는 단계를 포함한다. 특정 측면에서, 상기 치료는 상기 진단 단계가 선행된다. 특정 측면에서, 야생형 SMAD4 유전자 및/또는 단백질을 갖는 위암, 식도암, 위식도 접합부암이 있는 대상체가 치료를 위해 선택된다. 특정 측면에서, 대상체의 치료는 야생형 SMAD4 유전자 또는 유전자 생성물을 특징으로 하는 위암, 식도암, 위식도 접합부암이 있는 상기 대상체를 진단하는 단계가 선행된다.
위암, 식도암, 위식도 접합부암 또는 두경부암과 같은 암은 돌연변이의 존재와 관련될 수 있다. 이러한 돌연변이에는 PIK3CA, KRAS, BRAF, HRAS, MAP2K1 및 NOTCH1과 같은 알려진 종양유전자(oncogene)의 돌연변이가 포함된다. 종양 유발 돌연변이(oncogenic mutation)는 일반적으로 활성화 돌연변이 또는 새로운 기능을 초래하는 돌연변이로서 기술된다. 또 다른 유형의 암 돌연변이에는 TP53, MLH1, CDKN2A 및 PTEN과 같은 종양 억제인자 유전자가 포함된다. 종양 억제인자 유전자의 돌연변이는 일반적으로 비활성화된다.
특정 측면에서, 암은 하나 이상의 EGFR 신호전달 경로 유전자에 돌연변이를 갖는다. 특정 측면에서, 돌연변이는 발현 산물이 EGFR 신호전달 경로에서 EGFR의 활성 다운스트림인 유전자에 존재한다. 특정 측면에서, 암은 AKT1, KRAS, MAP2K1, NRAS, HRAS, PIK3CA, PTEN, EGFR 및/또는 PLCG2로부터 선택된 유전자 및 암호화된 단백질에 돌연변이를 갖는다. 특정 측면에서, 암은 HRAS를 암호화하는 유전자에 돌연변이를 갖다. 특정 측면에서, 암은 KRAS 및/또는 BRAF에 활성화 돌연변이를 갖지 않는다.
특정 측면에서, 암은 하나 이상의 WNT 신호전달 경로 유전자에 돌연변이를 갖는다. 특정 측면에서, APC, CREPPB, CUL1, EP300, SOX17 및/또는 TP53에서.
특정 측면에서, HRAS 유전자의 돌연변이는 미스센스 돌연변이(missense mutation), 체세포 돌연변이(somatic mutation) 및/또는 종양 유발 드라이버 돌연변이(oncogenic driver mutation)이다. 특정 측면에서, HRAS는 이의 단백질 서열에 돌연변이 G12S, 또는 G>S 아미노산 변화를 초래하는 G>A 미스센스 돌연변이를 포함한다. 특정 측면에서, HRAS 유전자의 코돈 GGC의 코딩 서열(CDS)에 있는 미스센스 돌연변이 G34A. 특정 측면에서, 암은 구강 편평세포암종 또는 협측 점막의 편평세포암종이며 HRAS에 미스센스 돌연변이 G12S를 포함한다.
암은 MAP2K1을 코딩하는 유전자에 돌연변이가 있을 수 있다. 특정 측면에서, MAP2K1 유전자의 돌연변이는 미스센스 돌연변이, 체세포 돌연변이 및/또는 종양 유발 드라이버 돌연변이이다. 특정 측면에서, MAP2K1은 이의 단백질 서열에 돌연변이 L375R, 또는 L>R 아미노산 변화를 초래하는 T>G 미스센스 돌연변이를 포함한다. 특정 측면에서, 미스센스 돌연변이는 MAP2K1 유전자의 코돈 CTC의 코딩 서열(CDS)에 있는 T1124G이다.
TP53은 스트레스 반응과 세포 증식을 포함한 다수의 활동을 조절하는 전사 인자를 암호화한다. TP53의 돌연변이는 다양한 암과 연관되어 있으며 위암 및 식도암을 포함한 인간 암에서 50% 넘게 발생하는 것으로 추정된다. 특히, TP53 R248Q 돌연변이는 위암 및 식도암을 포함한 암과 연관되어 있는 것으로 나타났다(Pitolli 등, Int. J. Mol. Sci.2019 20:6241). 위치 R196 및 R342의 넌센스 돌연변이(nonsense mutation)는 예컨대 유방 및 식도; 및 난소, 전립선, 유방, 췌장, 위, 결장/직장, 폐, 식도, 뼈 각각으로부터의 다수의 종양에서 확인되었다(Priestly 등, Nature 2019 575: 210-216). 특히, 본원에 개시된 치료제는 TP53 돌연변이, 특히 감소된 TP53 발현 또는 활성을 초래하는 돌연변이가 있는 암을 치료하는데 유용하다.
MLH1(MutL 상동체 1)은 DNA 불일치 복구에 관여하는 단백질을 암호화하는 알려진 종양 억제인자 유전자이다. MLH1의 돌연변이는 위장암을 포함한 다양한 암과 연관되어 있다. 낮은 수준의 MLH1은 식도암의 가족력이 있는 식도암 환자와도 연관되어 있으며(Chang 등, Oncol Lett. 2015 9:430-436) MLH1은 악성 식도 신생물 환자의 1.39%에서 돌연변이된다(The AACR Project GENIE Consortium. AACR Project GENIE: powering precision medicine through an international consortium. Cancer Discovery. 2017;7(8):818-831. Dataset Version 6). 특히, MLH1 V384D 돌연변이는 암, 예를 들어, 대장암과 연관되는 것으로 나타났다(Ohsawa 등, Molecular Medicine Reports 2009 2:887-891). 특정 측면에서, 본원에 개시된 치료제는 MLH1 돌연변이, 특히 감소된 MLH1 발현 또는 활성을 초래하는 돌연변이가 있는 암을 치료하는데 유용하다.
PIK3CA(포스파티딜이노시톨-4,5-비스포스페이트 3-키나제 촉매 서브유닛 알파(phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit alpha))는 PI3K(포스파티딜이노시톨 3-키나제(phosphatidylinositol 3-kinase))의 110kDa 촉매 서브유닛을 암호화한다. PIK3CA의 돌연변이는 위장암을 포함한 다양한 암과 연관되어 있다. 미국 암학회(American Association for Cancer Research)가 보고한 바와 같이, PIK3CA는 악성 고형 종양 환자의 12.75%에서 돌연변이된다. 특히, PIK3CA H1047R 돌연변이는 모든 악성 고형 종양 환자의 2.91%에 존재하고 PIK3CA E545K는 모든 악성 고형 종양 환자의 2.55%에 존재한다(The AACR Project GENIE Consortium. AACR Project GENIE: powering precision medicine through an international consortium. Cancer Discovery. 2017;7(8):818-831. Dataset Version 6 참조) 특정 측면에서, 본원에 개시된 치료제는 PIK3CA 돌연변이, 특히 PIK2CA 또는 PIK3CA의 종양 유발 돌연변이가 있는 암을 치료하는 데 유용하다.
CDKN2A(사이클린 의존성 키나제 억제제 2A(Cyclin-dependent kinase inhibitor 2A))는 CDK4 및 ARF를 억제하는 단백질을 암호화한다. 미국 암학회가 보고한 바와 같이, CDKN2A는 식도암종 환자의 22.21%, 식도 편평세포암종 환자의 28.7% 및 위선암종 환자의 6.08%에서 돌연변이된다. 특히, CDKN2A W110Ter 돌연변이는 암 환자의 약 0.11%에서 존재한다(The AACR Project GENIE Consortium. AACR Project GENIE: powering precision medicine through an international consortium. Cancer Discovery. 2017;7(8):818-831. Dataset Version 6). 특정 측면에서, 본원에 개시된 치료제는 CDKN2A 돌연변이, 특히 감소된 CDKN2A 발현 또는 활성을 초래하는 돌연변이가 있는 암을 치료하는데 유용하다.
PTEN(포스파타제 및 텐신(tensin) 동족체)은 포스파티딜이노시톨 3,4,5-트리포스페이트 3-포스파타제를 암호화한다. 미국 암학회가 보고한 바와 같이, PTEN은 암 환자의 6.28%, 위선암종 환자의 3.41%, 식도 암종 환자의 2.37% 및 식도선암종 환자의 2.22%에서 돌연변이된다. 특히, PTEN R130Ter 돌연변이(여기서 Ter는 종결/정지 코돈을 지칭함)는 모든 대장암 환자의 0.21%에서 존재한다(The AACR Project GENIE Consortium. AACR Project GENIE: powering precision medicine through an international consortium. Cancer Discovery. 2017;7(8):818-831. Dataset Version 6). 특정 측면에서, 본원에 개시된 치료제는 PTEN 돌연변이, 특히 감소된 PTEN 발현 또는 활성을 초래하는 돌연변이가 있는 암을 치료하는데 유용하다.
BRAF는 성장 신호전달에 관여하는 세린/트레오닌 단백질 키나제 B-Raf를 암호화한다. 미국 암학회가 보고한 바와 같이, BRAF는 위암종 환자의 1.91% 및 위선암종 환자의 1.93%에서 돌연변이된다. 특히, BRAF V600E 돌연변이는 암 환자의 2.72%에서 존재한다(The AACR Project GENIE Consortium. AACR Project GENIE: powering precision medicine through an international consortium. Cancer Discovery. 2017;7(8):818-831. Dataset Version 6 참조). 특정 측면에서, 본원에 개시된 치료제는 BRAF 돌연변이, 특히 BRAF에 발암성 돌연변이가 있는 암을 치료하는 데 유용하다. 그러나 특정 측면에서, 본원에 개시된 치료제는 BRAF 돌연변이 V600E가 없는 위암을 치료하는데 유용하다.
KRAS(Kirsten RAt 육종)는 RAS/MAPK 경로의 일부인 단백질을 암호화한다. 미국 암학회가 보고한 바와 같이, KRAS는 악성 고형 종양 환자의 14.7%에서 돌연변이되고 KRAS G12C는 전체 악성 고형 종양 환자의 2.28%에서 돌연변이된다(The AACR Project GENIE Consortium. AACR Project GENIE: powering precision medicine through an international consortium. Cancer Discovery. 2017;7(8):818-831. Dataset Version 6 참조). 특정 측면에서, 본원에 개시된 치료제는 KRAS 돌연변이, 특히 KRAS의 종양 유발 돌연변이가 있는 암을 치료하는 데 유용하다.
UGT1A1(우리딘 디포스페이트글루쿠로노실 전이효소(uridine diphosphateglucuronosyl transferase) 1A1) 및 UGT1A8(우리딘 디포스페이트글루쿠로노실 전이효소 1A8)은 글루쿠로니드화(glucuronidation) 경로의 효소를 암호화한다. 효소 활성을 감소시키는 몇몇 다형성(polymorphism)이 이리노테칸(irinotecan)의 대사 및 효과에 영향을 미치는 것으로 알려져 있다. 예를 들어, 중국인, 한국인 및 일본인 인구에서 대립유전자 빈도가 약 0.13%인 UGT1A1*6 대립유전자(G71R 다형성)와 UGT1A1*28 대립유전자(프로모터 영역의 TATA 서열의 디뉴클레오티드 반복 다형성)가 이리노테칸 유발된 호중구감소증(irinotecan induced neutropenia)의 경우 위험 요인이다. 특정 측면에서, 본원에 개시된 치료제는 UGT1A1 및/또는 UGT1A8 돌연변이, 특히 UGT1A1 및/또는 UGT1A8의 감소된 발현 또는 활성을 초래하는 돌연변이가 있는 암을 치료하는 데 유용하다.
ATM(모세혈관확장성 실조증 돌연변이(Ataxia Telangiectaisa Mutated))는 세린-트레오닌 키나제 계열의 구성원이며 고유한 DNA 복구 및 신호전달 경로의 활성화를 통해 DNA 손상에 대한 세포 반응을 조정한다. ATM 생식계열 돌연변이는 모세혈관확장성 실조증과 연관되어 있으며 ATM 체세포 돌연변이는 자궁내막암(endometrial cancer), 결장암, 췌장암, 유방암 및 요로상피암(urothelial cancer)에서 흔히 관찰된다.
AOS5, hN1, AOVD1 및 TAN1로도 알려진 Notch 1(NOTCH1)은 여러 발달 과정과 인접 세포 간의 상호작용에서 기능하는 막관통 단백질을 암호화하는 유전자이다. 막관통 단백질은 막 결합 리간드에 대한 수용체 역할도 한다. 융합, 미스센스 돌연변이, 넌센스 돌연변이, 침묵 돌연변이(silent mutation), 프레임시프트 결실(frameshift deletion) 및 삽입, 및 인-프레임 결실(in-frame deletion) 및 삽입은 식도암, 조혈암(hematopoietic cancer), 림프암(lymphoid cancer) 및 위암과 같은 암에서 관찰된다. NOTCH1은 결장선암종(colon adenocarcinoma), 폐선암종(lung adenocarcinoma), 유방 침윤성 유관암종(breast invasive ductal carcinoma), 자궁내막 자궁내막유사 선암종(endometrial endometrioid adenocarcinoma) 및 피부 편평세포암종(skin squamous cell carcinoma) 등 모든 암의 4.48%에서 변형되며 변형 발생률이 가장 높다. 두경부 편평세포암종에서, NOTCH1은 환자의 약 16%에서 변형된다(The AACR Project GENIE Consortium. Cancer Discovery. 2017;7(8):818-831).
HRAS(HGNC ID:5173) 유전자 산물은 Ras 단백질 신호 전달 활성화에 관여한다. Ras 단백질은 GDP/GTP에 결합하고 고유한 GTPase 활성을 가지고 있다. HRAS 원종양유전자(proto-oncogene)의 체세포 돌연변이는 방광암(bladder cancer), 갑상선, 타액관 암종(salivary duct carcinoma), 상피-근상피 암종(epithelial-myoepithelial carcinoma) 및 신장암과 관련이 있는 것으로 나타났다(Chiosea 등, Am. J. of Surg. Path. 39(6): 744-52; Chiosea 등, Head and Neck Path. 2014. 8(2): 146-50). 일부 실시양태에서, 본원에 개시된 치료 화합물은 HRAS 돌연변이, 특히 HRAS 돌연변이 G12S와 같은 HRAS의 종양 유발 돌연변이가 있는 암을 치료하는 데 유용하다. 특히 암은 구강 또는 협측 점막의 HNSCC이다.
MAP2K1(HGNC ID:6840)은 미토겐 활성화 단백질 키나제(mitogen-activated protein kinase) 키나제 그룹에 속한다. 이것은 MAP 키나제 신호전달에 활성이며 단백질 이중 특이성 미토겐 활성화 단백질 키나제 키나제 1을 암호화한다. MAP 키나제 경로의 일부로서 MAP2K1은 세포 증식, 분화 및 전사 조절을 포함한 많은 세포 과정에 관여한다. MAP2K1은 피부 흑색종, 폐선암종, 결장선암종, 흑색종 및 유방 침윤성 유관암종을 포함한 모든 암의 1.05%에서 변형되며 변형 발생률이 가장 높다(The AACR Project GENIE Consortium. Cancer Discovery. 2017;7(8):818-831. Dataset Version 8). 일부 실시양태에서, 본원에 개시된 치료 화합물은 MAP2K1 돌연변이, 특히 MAP2K1 돌연변이 L375R이 있는 암을 치료하는데 유용하다.
특정 측면에서, 본 개시내용은 TP53, MLH1, PIK3CA, CDKN2A, UGT1A, UGT1A8, BRAF, PTEN 및 KRAS를 암호화하는 유전자에 돌연변이가 있는 암을 치료하는 방법을 제공한다. 특정 측면에서, 암은 TP53 R196T; TP53 R342T; TP53 R248Q; MLH1 V384D; PIK3CA H1047R; PIK3CA E545K; CDKN2A W110T; UGT1A1 G71R; UGT1A8 G71R; 및 KRAS G12C로부터 선택된 하나 이상의 돌연변이가 있다. 특정 측면에서, 암은 KRAS에 대해 야생형이다. 대안적으로, 본 개시내용은 ATM을 암호화하는 유전자에 돌연변이, 특히 돌연변이 W57T가 있는 암을 치료하는 방법을 제공한다. 특히, 본 개시내용은 ATM을 암호화하는 유전자에 돌연변이, 특히 돌연변이 W57T가 있는 식도암, 특히 ESCC를 치료하는 방법을 제공한다.
특정 측면에서, 암은 TP53을 암호화하는 유전자에 돌연변이가 있고, 예컨대 돌연변이는 R342T이고, 암은 MLH1을 암호화하는 유전자에 돌연변이가 있고, 예컨대 돌연변이는 V384D이다. 특정 측면에서, 암은 TP53을 암호화하는 유전자에 돌연변이가 있다. 특정 측면에서, 돌연변이는 R248Q이다. 특정 측면에서, 암은 PIK3CA를 암호화하는 유전자에 돌연변이가 있다. 특정 측면에서, 돌연변이는 H1047R이다. 특정 측면에서, 암은 CDKN2A를 암호화하는 유전자에 돌연변이가 있으며, 특정 측면에서 돌연변이는 W110T이다. 특정 측면에서, 암은 UGT1A1을 암호화하는 유전자에 돌연변이가 있고, 특정 측면에서 돌연변이는 G71R이며, 암은 UGT1A8을 암호화하는 유전자에 돌연변이가 있고, 특정 측면에서 돌연변이는 G71R이다. 특정 측면에서, 암은 식도암이다. 특정 측면에서, 암은 식도 편평세포암종(ESCC)이다.
특정 측면에서, 암은 BRAF를 암호화하는 유전자에 돌연변이가 있다. 그러나 특정 측면에서, 암은 BRAF를 암호화하는 유전자에 돌연변이 V600E가 없고, 특정 측면에서는 PTEN을 암호화하는 유전자에 돌연변이 R130Ter가 없다. 특정 측면에서, 암은 KRAS를 암호화하는 유전자에 돌연변이가 있고, 특정 측면에서 돌연변이는 G12C이며, 암은 UGT1A1을 암호화하는 유전자에 돌연변이가 있고, 특정 측면에서 돌연변이는 G71R이며, 암은 UGT1A8을 암호화하는 유전자에 돌연변이가 있다, 특정 측면에서, 돌연변이는 G71R이다. 특정 측면에서, 암은 UGT1A1을 암호화하는 유전자에 돌연변이가 있고, 특정 측면에서 돌연변이는 G71R이며, 암은 UGT1A8을 암호화하는 유전자에 돌연변이가 있고, 특정 측면에서 돌연변이는 G71R이다. 특정 측면에서, 암은 PIK3CA에 돌연변이가 있고, 특정 측면에서 돌연변이는 E545K이다. 특정 측면에서, 암은 위암이다.
일부 측면에서, 본원에 개시된 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체는 다중특이적 항체이다. 특정 측면에서, 상기 항체는 이중특이적 항체이다. 특정 측면에서, 상기 다중특이적 또는 이중특이적 항체, 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체는 표피 성장 인자(EGF) 수용체의 세포 외 부분에 결합하는 제1 가변 도메인을 포함하고 특정 측면에서는 EGFR에 결합하지 않는 제2 가변 도메인을 포함한다. 특정 측면에서, 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체는 EGFR에 1가로 결합한다. 또한 특정 측면에서, 상기 다중특이적 또는 이중특이적 항체, 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체는 LGR5에 결합하는 제2 가변 도메인을 포함한다.
특정 측면에서, EGFR은 인간 EGFR이다. 본 개시내용의 상기 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체에 의해 결합되는 EGFR에는 야생형 EGFR뿐만 아니라 종양 유발 드라이버 돌연변이가 있는 EGFR이 포함된다. 특정 측면에서, 상기 종양 유발 드라이버 돌연변이는 활성화 EGFR 돌연변이이다. 특정 측면에서, 이러한 돌연변이는 본 개시내용의 항체에 의해 결합되는 에피토프를 입체배치적으로 변화시키지 않는다. 특정 측면에서, 본 개시내용의 EGFR 돌연변이는 G719A, G719C, 2E709_T710D, E709A, G719S를 포함하는 엑손 18 돌연변이; LREA 또는 VAIKEL의 결실을 포함하는 엑손 19 결실 돌연변이; 엑손 19 점 돌연변이 G735S, P753L, L747S, D761Y; 1-7개의 아미노산의 인-프레임 엑손 20 삽입 돌연변이, V765A, T783A, V774A, S784P, V769M, T790M을 포함하는 엑손 20 점 돌연변이; L858R, T854A, A871E, L861A, L861C, L861S, V843I 또는 P848L을 포함하는 엑손 21 돌연변이와 같은 돌연변이를 포함한다. 본 개시내용의 항체는 상기 돌연변이에 근접하게 위치하지 않는 에피토프에 결합한다. 특히, EGFR 돌연변이는 S492R이며, 이는 EGFR과 세툭시맙의 결합 상실을 초래한다. 본 개시내용의 항체는 세툭시맙에 의해 인식되는 에피토프와는 상이한 에피토프에 결합한다.
어떠한 이론에도 구애됨이 없이 도 2에 묘사된 바와 같은 아미노산 잔기 I462; G465; K489; I491; N493; 및 C499는 본 개시내용의 항체에 의한 에피토프 결합에 관여한다. 특정 측면에서, 결합에 관여하는 것은 I462A; G465A; K489A; I491A; N493A; 및 C499A로부터 선택된 하나 이상의 아미노산 잔기 치환을 통해 EGFR과 가변 도메인의 결합 감소를 관찰하여 결정한다.
한 측면에서, 인간 EGFR의 세포 외 부분의 에피토프에 결합하는 가변 도메인은 도 2에 묘사된 서열의 아미노산 잔기 420-480 내에 위치하는 에피토프에 결합하는 가변 도메인이다. 특정 측면에서, 가변 도메인과 EGFR의 결합은 EGFR의 아미노산 잔기 치환 I462A; G465A; K489A; I491A; N493A; 및 C499A 중 하나 이상에 의해 감소된다. 특정 측면에서, 항체와 인간 EGFR의 결합은 EGF와 수용체의 결합을 방해한다. 특정 측면에서, EGFR의 에피토프는 입체배치 에피토프이다. 한 측면에서, 에피토프는 도 2에 묘사된 서열의 아미노산 잔기 420-480 내에 위치하거나, 도 2에 묘사된 서열의 430-480 내에 위치한다. 특정 측면에서, 상기 에피토프는 도 2에 묘사된 서열의 438-469 내에 위치한다.
이론에 구애됨이 없이 에피토프의 접촉 잔기, 즉 가변 도메인이 인간 EGFR과 접촉하는 곳은 I462; K489; I491; 및 N493일 가능성이 있다. 아미노산 잔기 G465 및 C499는 항체와 EGFR의 결합에 간접적으로 관여할 가능성이 있다.
특정 측면에서, 제2 가변 도메인은 LGR5에 결합한다. 특정 측면에서, LGR5는 인간 LGR5이다. 본원에 기술된 바와 같은 다중특이적 또는 이중특이적 항체, 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체는 인간 표피 성장 인자(EGF) 수용체의 세포 외 부분에 결합하는 가변 도메인을 포함하고, 특정 측면에서는 인간 LGR5에 결합하는 가변 도메인을 포함한다.
특정 측면에서, 본원에 기술된 바와 같은 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체는 표피 성장 인자(EGF) 수용체의 세포 외 부분에 결합하고 EGF와 수용체의 결합을 방해하는 가변 도메인 및 LGR5 발현 세포에서 항체와 LGR5의 상호작용이 Rspondin(RSPO)과 LGR5의 결합을 차단하지 않는 LGR5에 결합하는 가변 도메인을 포함한다. 항체가 Rspondin과 LGR5의 결합을 차단하는지 또는 차단하지 않는지를 결정하는 방법은 WO2017069528에 기술되어 있으며, 이는 본원에 참조로 포함된다.
본원에서 단백질/유전자의 등록 번호 또는 대체 명칭이 제공되는 경우, 이는 주로 언급된 단백질을 표적으로서 확인하는 추가 방법을 제공하기 위해 제공되며, 본 발명의 항체에 의해 결합된 표적 단백질의 실제 서열은, 예를 들어, 일부 암 등에서 발생하는 것과 같은 암호화 유전자의 돌연변이 및/또는 대체 스플라이싱으로 인해 다양할 수 있다. 에피토프가 단백질에 존재하고 에피토프가 항체에 접근할 수 있는 한 표적 단백질은 항체에 의해 결합된다.
특정 측면에서, 본원에 기술된 바와 같은 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체는 EGFR에 대한 리간드가 EGFR에 결합하는 것을 방해한다. 본원에서 사용되는 용어 "결합을 방해한다"는 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체와 EGFR의 결합이 EGF 수용체와의 결합을 위해 리간드와 경쟁한다는 것을 의미한다. 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체는 리간드 결합을 감소시킬 수 있고, EGF 수용체에 이미 결합되어 있는 경우 리간드를 대체할 수 있거나, 예를 들어, 입체 장애를 통해 리간드가 EGF 수용체에 결합할 수 있는 것을 적어도 부분적으로 방지할 수 있다.
특정 측면에서, 본원에 개시된 바와 같은 EGFR 항체는 BxPC3 세포(ATCC CRL-1687) 또는 BxPC3-luc2 세포(Perkin Elmer 125058)의 리간드 유도된 성장 또는 A431 세포(ATCC CRL-1555)의 리간드 유도된 세포 사멸로서 측정되는, EGFR 리간드 유도된 신호전달을 각각 억제한다. EGFR은 다수의 리간드와 결합하여 언급된 BxPC3 세포 또는 BxPC3-luc2 세포의 성장을 자극할 수 있다. EGFR 리간드가 있으면 BxPC3 또는 BxPC3-luc2 세포의 성장이 자극된다. BxPC3 세포의 EGFR 리간드 유도된 성장은 리간드의 부재 및 존재 하에 세포의 성장을 비교함으로써 측정할 수 있다. BxPC3 또는 BxPC3-luc2 세포의 EGFR 리간드 유도된 성장을 측정하기 위해 선호되는 EGFR 리간드는 EGF이다. 특정 측면에서, 리간드 유도된 성장은 포화량의 리간드를 사용하여 측정한다. 특정 측면에서, EGF는 배양 배지 ml당 100ng의 양으로 사용된다. 특정 측면에서, 상기 EGF는 EGF R&D 시스템, 카탈로그 번호 396-HB 및 236-EG이다(본원에 참조로 포함된 WO2017/069628도 참조).
특정 측면에서, 본원에 개시된 바와 같은 EGFR 항체는 BxPC3 세포(ATCC CRL-1687) 또는 BxPC3-luc2 세포(Perkin Elmer 125058)의 EGFR 리간드 유도된 성장을 억제한다. EGFR은 다수의 리간드와 결합하여 언급된 BxPC3 세포 또는 BxPC3-luc2 세포의 성장을 자극할 수 있다. 리간드가 있으면 BxPC3 또는 BxPC3-luc2 세포의 성장이 자극된다. BxPC3 세포의 EGFR 리간드 유도된 성장은 리간드의 부재 및 존재 하에 세포의 성장을 비교함으로써 측정할 수 있다. 특정 측면에서, BxPC3 또는 BxPC3-luc2 세포의 EGFR 리간드 유도된 성장을 측정하기 위한 EGFR 리간드는 EGF이다. 특정 측면에서, 리간드 유도된 성장은 포화량의 리간드를 사용하여 측정한다. 특정 측면에서, EGF는 배양 배지 ml당 100ng의 양으로 사용된다. 특정 측면에서, EGF는 R&D 시스템, 카탈로그 번호 396-HB 및 236-EG의 EGF이다(본원에 참조로 포함된 WO2017/069628도 참조).
의심의 여지를 피하기 위해 본원에 사용된 바와 같은 세포의 성장에 대한 언급은 세포 수의 변화를 지칭한다. 성장 억제는 그렇지 않으면 획득될 수 있는 세포 수의 감소를 지칭한다. 성장 증가는 그렇지 않으면 획득될 수 있는 세포 수의 증가를 지칭한다. 세포의 성장은 전형적으로 세포의 증식을 지칭한다.
본원에 기술된 바와 같은 항체가 신호전달을 억제하거나 다중특이적 형식으로 성장을 억제하는지는 특정 측면에서 단일특이적 1가 또는 단일특이적 2가 버전의 항체를 사용하여 본원에 상술된 바와 같은 방법에 의해 결정된다. 특정 측면에서, 이러한 항체에는 신호전달이 결정될 수용체에 대한 결합 부위가 있다. 단일특이적 1가 항체에는 파상풍 톡소이드 특이성(tetanus toxoid specificity)과 같은 상관없는 결합 특이성이 있는 가변 도메인이 있을 수 있다. 특정 측면에서, 상기 항체는 항원 결합 가변 도메인이 EGF-수용체 계열 구성원에 결합하는 가변 도메인으로 이루어진 2가 단일특이적 항체이다.
Biclonics® 항체 프로그램에서 Merus는 EGFR 및 LGR5(류신 풍부 반복 함유 G 단백질 결합 수용체)를 표적으로 하는 다중특이적 항체를 개발하였다. 이러한 다중특이적 항체의 효능은 환자 유래 CRC 오가노이드 및 마우스 PDX 모델을 각각 시험관 내 및 생체 내에서 사용하여 평가하였다(예를 들어, 본원에 참조로 포함된 WO2017/069628 참조). EGFR 및 LGR5를 표적으로 하는 다중특이적 항체는 종양 성장을 억제하는 것으로 나타났다. 이러한 억제 항체의 효능은 암 세포에 의한 LGR5 RNA 발현 수준과 상관관계가 있는 것으로 나타났다. 특정 측면에서, EGFR 및 LGR5를 표적으로 하는 상기 다중특이적 항체는 WO2017/069628에 기술되어 있다.
본원에 기술된 바와 같은 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체는 LGR5의 세포 외 부분에 결합하는 가변 도메인을 포함한다. 특정 측면에서, LGR5의 세포 외 부분에 결합하는 가변 도메인은 도 1의 서열의 아미노산 잔기 21-118 내에 위치하는 에피토프에 결합하며, 이의 아미노산 잔기 D43; G44, M46, F67, R90 및 F91은 항체와 에피토프의 결합에 관여한다.
특정 측면에서, LGR5 가변 도메인은 LGR5의 아미노산 잔기 치환 D43A; G44A, M46A, F67A, R90A 및 F91A 중 하나 이상이 가변 도메인과 LGR5의 결합을 감소시키는 가변 도메인이다.
특정 측면에서, LGR5의 세포 외 부분의 에피토프는 도 1의 서열의 아미노산 잔기 21-118 내에 위치한다. 특정 측면에서, 이는 LGR5 가변 도메인과 LGR5의 결합이 LGR5의 아미노산 잔기 치환 D43A; G44A, M46A, F67A, R90A 및 F91A 중 하나 이상에 의해 감소되는 에피토프이다.
본 개시내용은 EGFR의 세포 외 부분에 결합하는 가변 도메인 및 LGR5의 세포 외 부분에 결합하는 가변 도메인을 갖는 항체를 추가로 제공하며, LGR5 가변 도메인은 도 1의 서열의 아미노산 잔기 21-118 내에 위치하는 LGR5의 에피토프에 결합한다.
특정 측면에서, LGR5의 에피토프는 입체배치 에피토프이다. 특정 측면에서, 에피토프는 도 1의 서열의 아미노산 잔기 40-95 내에 위치한다. 특정 측면에서, 항체와 LGR5의 결합은 아미노산 잔기 치환 D43A; G44A, M46A, F67A, R90A 및 F91A 중 하나 이상에 의해 감소된다.
이론에 구애됨이 없이 도 1에 묘사된 바와 같이 LGR5의 M46, F67, R90 및 F91은 본원에서 위에 나타낸 가변 도메인에 대한 접촉 잔기, 즉 LGR5 에피토프에 결합하는 가변 도메인의 항원 결합 부위인 것으로 여겨진다. 아미노산 잔기 치환 D43A 및 G44A가 항체의 결합을 감소시키는 것은 이들이 또한 접촉 잔기라는 사실에 기인할 수 있지만, 이러한 아미노산 잔기 치환은 하나 이상의 다른 접촉 잔기를 갖는(즉, 위치 46, 67, 90 또는 91에) LGR5의 일부의 입체배치의 (약간의) 변형을 유도할 수도 있고 입체배치 변화로 인해 항체 결합이 감소될 수 있다. 에피토프는 언급된 아미노산 치환을 특징으로 한다. 항체가 동일한 에피토프에 결합하는지는 다양한 방식으로 결정될 수 있다. 예시적인 방법에서, CHO 세포는 세포막에서 LGR5, 또는 치환 M46A, F67A, R90A 또는 F91A 중 하나 이상을 포함하는 돌연변이와 같은 알라닌 치환 돌연변이체를 발현한다. 테스트 항체를 CHO 세포와 접촉시키고 항체와 세포의 결합을 비교한다. 테스트 항체는 이것이 LGR5에 결합하고 정도는 덜하지만 M46A, F67A, R90A 또는 F91A 치환이 있는 LGR5에 결합하는 경우 에피토프에 결합한다. 하나의 알라닌 잔기 치환을 각각 포함하는 돌연변이체 패널과의 결합을 비교하는 것이 바람직하다. 이러한 결합 연구는 당업계에 잘 알려져 있다. 종종 패널은 본질적으로 모든 아미노산 잔기를 포괄하는 단일 알라닌 치환 돌연변이체를 포함한다. LGR5의 경우 패널은 단백질의 세포 외 부분과 세포가 사용될 때 세포막과의 결합을 보증하는 부분만 덮으면 된다. 특정 돌연변이체의 발현이 손상될 수 있지만 이는 상이한 영역(들)에 결합하는 하나 이상의 LGR5 항체에 의해 쉽게 감지된다. 이러한 대조용 항체에 대한 발현 역시 감소하는 경우, 이 특정 돌연변이체에 대한 막의 단백질의 수준 또는 접힘이 손상된다. 테스트 항체와 패널의 결합 특성은 테스트 항체가 M46A, F67A, R90A 또는 F91A 치환이 있는 돌연변이체에 대해 감소된 결합을 나타내는지 및 이에 따라 테스트 항체가 본 발명의 항체인지를 용이하게 확인한다. M46A, F67A, R90A 또는 F91A 치환이 있는 돌연변이체에 대한 감소된 결합은 에피토프가 도 1의 서열의 아미노산 잔기 21-118 내에 위치하는 것도 확인한다. 특정 측면에서, 패널은 이 둘의 D43A 치환 돌연변이체; G44A 치환 돌연변이체를 포함한다. MF5816의 VH의 VH 서열을 갖는 항체는 이러한 치환 돌연변이체에 대한 감소된 결합을 나타낸다.
어떠한 이론에도 구애됨이 없이 도 2에 묘사된 바와 같은 아미노산 잔기 I462; G465; K489; I491; N493; 및 C499는 본원에서 위에 나타낸 바와 같은 가변 도메인을 포함하는 항체에 의한 에피토프 결합에 관여한다. 특정 측면에서, 결합에 관여하는 것은 I462A; G465A; K489A; I491A; N493A; 및 C499A로부터 선택된 하나 이상의 아미노산 잔기 치환이 있는 EGFR에 대한 가변 도메인의 감소된 결합을 관찰함으로써 결정한다. 예시적인 방법에서, CHO 세포는 세포막에서 EGFR을 발현하거나, 알라닌 치환 돌연변이체, 예컨대 I462A; G465A; K489A; I491A; N493A; 및 C499A로부터 선택된 하나 이상의 치환을 포함하는 돌연변이체를 발현한다. 테스트 항체를 CHO 세포와 접촉시키고 항체와 세포의 결합을 비교한다. 테스트 항체는 이것이 EGFR에 결합하고 정도는 덜하지만 I462A; G465A; K489A; I491A; N493A; 및 C499A 치환이 있는 EGFR에 결합하는 경우 에피토프에 결합한다. 하나의 알라닌 잔기 치환을 각각 포함하는 돌연변이체 패널과의 결합을 비교하는 것이 바람직하다. 이러한 결합 연구는 당업계에 잘 알려져 있다. 종종 패널은 본질적으로 모든 아미노산 잔기를 포괄하는 단일 알라닌 치환 돌연변이체를 포함한다. EGFR의 경우 패널은 단백질의 세포 외 부분과 세포가 사용될 때 세포막과의 결합을 보증하는 부분만 덮으면 된다. 특정 돌연변이체의 발현이 손상될 수 있지만 이는 상이한 영역(들)에 결합하는 하나 이상의 EGFR 항체에 의해 쉽게 감지된다. 이러한 대조용 항체에 대한 발현 역시 감소하는 경우, 이 특정 돌연변이체에 대한 막의 단백질의 수준 또는 접힘이 손상된다. 테스트 항체와 패널의 결합 특성은 테스트 항체가 I462A; G465A; K489A; I491A; N493A; 및 C499A 치환이 있는 돌연변이체에 대해 감소된 결합을 나타내는지를 용이하게 확인한다.
한 측면에서, 인간 EGFR의 세포 외 부분의 에피토프에 결합하는 가변 도메인은 도 2에 묘사된 서열의 아미노산 잔기 420-480 내에 위치하는 에피토프에 결합하는 가변 도메인이다. 특정 측면에서, 가변 도메인과 EGFR의 결합은 EGFR의 아미노산 잔기 치환 I462A; G465A; K489A; I491A; N493A; 및 EGFR의 C499A 중 하나 이상에 의해 감소된다. 특정 측면에서, 항체와 인간 EGFR의 결합은 EGF와 수용체의 결합을 방해한다. 특정 측면에서, EGFR의 에피토프는 입체배치 에피토프이다. 한 측면에서 에피토프는 도 2에 묘사된 서열의 아미노산 잔기 420-480 내에 위치하며, 예컨대 도 2에 묘사된 서열의 430-480 내에 위치한다. 특정 측면에서, 상기 에피토프는 도 2에 묘사된 서열의 438-469 내에 위치한다.
이론에 구애됨이 없이 에피토프의 접촉 잔기, 즉 가변 도메인이 인간 EGFR과 접촉하는 곳은 I462; K489; I491; 및 N493일 가능성이 있다. 아미노산 잔기 G465 및 C499는 항체와 EGFR의 결합에 간접적으로 관여할 가능성이 높다.
특정 측면에서, 인간 EGFR에 결합하는 가변 도메인은 적어도 도 3에 묘사된 바와 같은 MF3755의 VH의 CDR3 서열 또는 도 3에 묘사된 바와 같이 MF3755의 VH의 CDR3 서열로부터 최대 3개, 최대 2개 또는 1개 이하의 아미노산이 상이한 CDR3 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역을 갖는 가변 도메인이다.
특정 측면에서, 인간 EGFR에 결합하는 가변 도메인은 도 3에 묘사된 바와 같은 적어도 MF3755의 VH의 CDR1, CDR2 및 CDR3 서열; 또는 최대 3개, 최대 2개 또는 최대 1개의 아미노산 치환이 있는 도 3에 묘사된 바와 같은 MF3755의 VH의 CDR1, CDR2 및 CDR3 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역을 갖는 가변 도메인이다.
특정 측면에서, 인간 EGFR에 결합하는 가변 도메인은 도 3에 묘사된 바와 같은 MF3755의 VH쇄의 서열; 또는 MF3755의 VH쇄에 대해 최대 15개(또는 특정 측면에서는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 또는 10개, 또는 특정 측면에서는 1, 2, 3, 4 또는 5개)의 아미노산 삽입, 결실, 치환 또는 이들의 조합을 갖는 도 3에 묘사된 MF3755의 VH쇄의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역을 갖는 가변 도메인이다.
특정 측면에서, 본 개시내용은 EGFR의 세포 외 부분에 결합하는 가변 도메인 및 LGR5의 세포 외 부분에 결합하는 가변 도메인을 포함하는 항체를 제공하며,
여기서 상기 가변 도메인의 중쇄 가변 영역은 적어도 도 3에 묘사된 바와 같은 MF3370; MF3755; MF4280 또는 MF4289로 이루어진 군으로부터 선택된 EGFR 특이적 중쇄 가변 영역의 CDR3 서열을 포함하거나 상기 가변 도메인의 중쇄 가변 영역은 적어도 도 3에 묘사된 바와 같은 MF3370; MF3755; MF4280 또는 MF4289로 이루어진 군으로부터 선택된 VH의 CDR3 서열과 최대 3개, 최대 2개 또는 1개 이하의 아미노산이 상이한 중쇄 CDR3 서열을 포함한다. 특정 측면에서, 상기 가변 도메인은 적어도 도 3에 묘사된 바와 같은 MF3370; MF3755; MF4280 또는 MF4289의 CDR3 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역을 포함한다.
특정 측면에서, 상기 가변 도메인은 적어도 도 3에 묘사된 바와 같은 MF3370; MF3755; MF4280 또는 MF4289로 이루어진 군으로부터 선택된 EGFR 특이적 중쇄 가변 영역의 CDR1, CDR2 및 CDR3 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역 또는 적어도 도 3에 묘사된 바와 같은 MF3370; MF3755; MF4280 또는 MF4289로 이루어진 군으로부터 선택된 EGFR 특이적 중쇄 가변 영역의 CDR1, CDR2 및 CDR3 서열과 최대 3개, 최대 2개 또는 1개 이하의 아미노산이 상이한 CDR1, CDR2 및 CDR3 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역을 포함한다. 특정 측면에서, 상기 가변 도메인은 적어도 도 3에 묘사된 바와 같은 MF3370; MF3755; MF4280 또는 MF4289의 CDR1, CDR2 및 CDR3 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역을 포함하고, 중쇄 가변 영역은 MF3755이다. 특정 측면에서, 중쇄 가변 영역은 MF4280이다.
특정 측면에서, 항체는 EGFR의 세포 외 부분에 결합하는 가변 도메인 및 LGR5의 세포 외 부분에 결합하는 가변 도메인을 포함하며, EGFR 결합 가변 도메인은 CDR3, CDR1, CDR2 및 CDR3을 갖고/거나 본원에서 위에 나타낸 바와 같은 VH 서열은 적어도 도 3에 묘사된 바와 같은 MF5790; MF5803; MF5805; MF5808; MF5809; MF5814; MF5816; MF5817; 또는 MF5818로 이루어진 군으로부터 선택된 LGR5 특이적 중쇄 가변 영역의 CDR3 서열 또는 도 3에 묘사된 바와 같은 MF5790; MF5803; MF5805; MF5808; MF5809; MF5814; MF5816; MF5817; 또는 MF5818로 이루어진 군으로부터 선택된 VH의 CDR3 서열과 최대 3개, 최대 2개 또는 1개 이하의 아미노산이 상이한 중쇄 CDR3 서열을 포함하는 LGR5에 결합하는 가변 도메인을 갖는다. 특정 측면에서, 상기 가변 도메인은 적어도 도 3에 묘사된 바와 같은 MF5790; MF5803; MF 5805; MF5808; MF5809; MF5814; MF5816; MF5817; 또는 MF5818의 CDR3 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역을 포함한다.
특정 측면에서, LGR5 가변 도메인은 적어도 도 3에 묘사된 바와 같은 MF5790; MF5803; MF5805; MF5808; MF5809; MF5814; MF5816; MF5817; 또는 MF5818로 이루어진 군으로부터 선택된 LGR5 특이적 중쇄 가변 영역의 CDR1, CDR2 및 CDR3 서열을 포함하거나 도 3에 묘사된 바와 같은 MF5790; MF5803; MF5805; MF5808; MF5809; MF5814; MF5816; MF5817; 또는 MF5818로 이루어진 군으로부터 선택된 LGR5 특이적 중쇄 가변 영역의 CDR1, CDR2 및 CDR3 서열과 최대 3개, 최대 2개 또는 최대 1개의 아미노산이 상이한 중쇄 CDR1, CDR2 및 CDR3 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역을 포함한다. 특정 측면에서, 상기 가변 도메인은 적어도 도 3에 묘사된 바와 같은 MF5790; MF5803; MF5805; MF5808; MF5809; MF5814; MF5816; MF5817; 또는 MF5818의 CDR1, CDR2 및 CDR3 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역을 포함한다. 특정 측면에서, 중쇄 가변 영역은 MF5790; MF5803; MF5814; MF5816; MF5817; 또는 MF5818이다. 특정 측면에서, 중쇄 가변 영역은 MF5790; MF5814; MF5816; 및 MF5818이다. 특정 측면에서, 중쇄 가변 영역은 MF5814, MF5818 또는 MF5816이다. 특정 측면에서, 중쇄 가변 영역은 MF5816이다. 특정 측면에서, 중쇄 가변 영역은 MF5818이다.
중쇄 가변 영역 MF3755를 갖는 하나 이상의 가변 도메인 또는 이의 하나 이상의 CDR을 포함하는 항체는 EGFR 리간드 반응성 암 또는 세포의 성장을 억제하는 데 사용될 때 더 나은 유효성을 갖는 것으로 나타났다. 이중특이적 또는 다중특이적 항체와 관련하여, 중쇄 가변 영역 MF3755 또는 이의 하나 이상의 CDR을 갖는 가변 도메인을 포함하는 항체의 암(arm)은 중쇄 가변 영역 MF5818 또는 이의 하나 이상의 CDR을 갖는 가변 도메인을 포함하는 암과 잘 결합한다.
EGFR 또는 LGR5에 결합하는 가변 도메인의 VH쇄는 도 3에 묘사된 서열에 대해 하나 이상의 아미노산 치환을 가질 수 있다. 특정 측면에서, VH쇄는 도 3의 VH쇄 서열에 대해 최대 15개, 또는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 또는 10개, 특정 측면에서는 1, 2, 3, 4 또는 5개의 아미노산 삽입, 결실, 치환 또는 이들의 조합을 갖는, 도 3의 EGFR 또는 LGR5 VH의 아미노산 서열을 갖는다.
CDR 서열은 도면의 CDR 서열에 대해 하나 이상의 아미노산 잔기 치환을 가질 수 있다. 이러한 하나 이상의 치환은 예컨대 결합 강도 또는 항체의 안정성을 개선시키는 것과 같은 최적화 목적을 위해 만들어진다. 최적화는, 예를 들어, 생성된 항체의 안정성 및/또는 결합 친화도를 바람직하게 테스트한 후 개선된 EGFR 특이적 CDR 서열 또는 LGR5 특이적 CDR 서열이 바람직하게 선택되는 돌연변이유발 절차에 의해 수행된다. 당업자는 본 발명에 따른 적어도 하나의 변경된 CDR 서열을 포함하는 항체 변이체를 생성할 수 있다. 예를 들어, 보존적 아미노산 치환이 적용될 수 있다. 보존적 아미노산 치환의 예에는 이소류신, 발린, 류신 또는 메티오닌과 같은 하나의 소수성 잔기가 다른 소수성 잔기로 치환되는 것, 및 하나의 극성 잔기가 다른 극성 잔기로 치환되는 것, 예컨대 리신이 아르기닌으로 치환되는 것, 아스파르트산이 글루탐산으로 치환되는 것 또는 아스파라긴이 글루타민으로 치환되는 것을 포함한다.
특정 측면에서, 본원에 명시된 VH 또는 VL에서 언급된 최대 15개(또는 특정 측면에서는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 또는 10개, 또는 특정 측면에서는 1, 2, 3, 4 또는 5개)의 아미노산 치환은 보존적 아미노산 치환이다. 특정 측면에서, 본원에 명시된 VH 또는 VL에서의 아미노산 삽입, 결실 및 치환은 CDR3 영역에 존재하지 않는다. 특정 측면에서, 언급된 아미노산 삽입, 결실 및 치환은 CDR1 및 CDR2 영역에도 존재하지 않는다. 특정 측면에서, 언급된 아미노산 삽입, 결실 및 치환은 FR4 영역에도 존재하지 않는다.
특정 측면에서 언급된 최대 15개(또는 특정 측면에서는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 또는 10개, 또는 특정 측면에서는 1, 2, 3, 4 또는 5개)의 아미노산 치환은 보존적 아미노산 치환이다. 특정 측면에서, 삽입, 결실, 치환 또는 이들의 조합은 VH쇄의 CDR3 영역에 없고, 특정 측면에서는 VH쇄의 CDR1, CDR2 또는 CDR3 영역에 없고, 특정 측면에서는 FR4 영역에 없다.
EGFR의 세포 외 부분에 결합하는 가변 도메인 및 특정 측면에서 LGR5의 세포 외 부분에 결합하는 가변 도메인을 포함하는 항체는 다음을 포함하고:
- 도 3에 묘사된 바와 같은 VH쇄 MF3755의 아미노산 서열; 또는
- 상기 VH에 대해 최대 15개(또는 특정 측면에서는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 또는 10개, 또는 특정 측면에서는 1, 2, 3, 4 또는 5개)의 아미노산 삽입, 결실, 치환 또는 이들의 조합을 갖는 도 3에 묘사된 바와 같은 VH쇄 MF3755의 아미노산 서열; 그리고
여기서 LGR5에 결합하는 가변 도메인의 VH쇄는 다음을 포함한다:
- 도 3에 묘사된 바와 같은 VH쇄 MF5790의 아미노산 서열; 또는
- 상기 VH에 대해 최대 15개(또는 특정 측면에서는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 또는 10개, 또는 특정 측면에서는 1, 2, 3, 4 또는 5개)의 아미노산 삽입, 결실, 치환 또는 이들의 조합을 갖는 도 3에 묘사된 바와 같은 VH쇄 MF5790의 아미노산 서열.
EGFR의 세포 외 부분에 결합하는 가변 도메인 및 특정 측면에서는 LGR5의 세포 외 부분에 결합하는 가변 도메인을 포함하는 항체는 다음을 포함하고:
- 도 3에 묘사된 바와 같은 VH쇄 MF3755의 아미노산 서열; 또는
- 상기 VH에 대해 최대 15개(또는 특정 측면에서는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 또는 10개, 또는 특정 측면에서는 1, 2, 3, 4 또는 5개)의 아미노산 삽입, 결실, 치환 또는 이들의 조합을 갖는 도 3에 묘사된 바와 같은 VH쇄 MF3755의 아미노산 서열; 그리고
여기서 LGR5에 결합하는 가변 도메인의 VH쇄는 다음을 포함한다:
- 도 3에 묘사된 바와 같은 VH쇄 MF5803의 아미노산 서열; 또는
- 상기 VH에 대해 최대 15개(또는 특정 측면에서는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 또는 10개, 또는 특정 측면에서는 1, 2, 3, 4 또는 5개)의 아미노산 삽입, 결실, 치환 또는 이들의 조합을 갖는 도 3에 묘사된 바와 같은 VH쇄 MF5803의 아미노산 서열.
EGFR의 세포 외 부분에 결합하는 가변 도메인 및 특정 측면에서는 LGR5의 세포 외 부분에 결합하는 가변 도메인을 포함하는 항체는 다음을 포함하고:
- 도 3에 묘사된 바와 같은 VH쇄 MF3755의 아미노산 서열; 또는
- 상기 VH에 대해 최대 15개(또는 특정 측면에서는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 또는 10개, 또는 특정 측면에서는 1, 2, 3, 4 또는 5개)의 아미노산 삽입, 결실, 치환 또는 이들의 조합을 갖는 도 3에 묘사된 바와 같은 VH쇄 MF3755의 아미노산 서열; 그리고
여기서 LGR5에 결합하는 가변 도메인의 VH쇄는 다음을 포함한다:
- 도 3에 묘사된 바와 같은 VH쇄 MF5814의 아미노산 서열; 또는
- 상기 VH에 대해 최대 15개(또는 특정 측면에서는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 또는 10개, 또는 특정 측면에서는 1, 2, 3, 4 또는 5개)의 아미노산 삽입, 결실, 치환 또는 이들의 조합을 갖는 도 3에 묘사된 바와 같은 VH쇄 MF5814의 아미노산 서열.
EGFR의 세포 외 부분에 결합하는 가변 도메인 및 특정 측면에서는 LGR5의 세포 외 부분에 결합하는 가변 도메인을 포함하는 항체는 다음을 포함하고:
- 도 3에 묘사된 바와 같은 VH쇄 MF3755의 아미노산 서열; 또는
- 상기 VH에 대해 최대 15개(또는 특정 측면에서는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 또는 10개, 또는 특정 측면에서는 1, 2, 3, 4 또는 5개)의 아미노산 삽입, 결실, 치환 또는 이들의 조합을 갖는 도 3에 묘사된 바와 같은 VH쇄 MF3755의 아미노산 서열; 그리고
여기서 LGR5에 결합하는 가변 도메인의 VH쇄는 다음을 포함한다:
- 도 3에 묘사된 바와 같은 VH쇄 MF5816의 아미노산 서열; 또는
- 상기 VH에 대해 최대 15개(또는 특정 측면에서는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 또는 10개, 또는 특정 측면에서는 1, 2, 3, 4 또는 5개)의 아미노산 삽입, 결실, 치환 또는 이들의 조합을 갖는 도 3에 묘사된 바와 같은 VH쇄 MF5816의 아미노산 서열.
EGFR의 세포 외 부분에 결합하는 가변 도메인 및 특정 측면에서는 LGR5의 세포 외 부분에 결합하는 가변 도메인을 포함하는 항체는 다음을 포함하고:
- 도 3에 묘사된 바와 같은 VH쇄 MF3755의 아미노산 서열; 또는
- 상기 VH에 대해 최대 15개(또는 특정 측면에서는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 또는 10개, 또는 특정 측면에서는 1, 2, 3, 4 또는 5개)의 아미노산 삽입, 결실, 치환 또는 이들의 조합을 갖는 도 3에 묘사된 바와 같은 VH쇄 MF3755의 아미노산 서열; 그리고
여기서 LGR5에 결합하는 가변 도메인의 VH쇄는 다음을 포함한다:
- 도 3에 묘사된 바와 같은 VH쇄 MF5817의 아미노산 서열; 또는
- 상기 VH에 대해 최대 15개(또는 특정 측면에서는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 또는 10개, 또는 특정 측면에서는 1, 2, 3, 4 또는 5개)의 아미노산 삽입, 결실, 치환 또는 이들의 조합을 갖는 도 3에 묘사된 바와 같은 VH쇄 MF5817의 아미노산 서열.
EGFR의 세포 외 부분에 결합하는 가변 도메인 및 특정 측면에서는 LGR5의 세포 외 부분에 결합하는 가변 도메인을 포함하는 항체는 다음을 포함하고:
- 도 3에 묘사된 VH쇄 MF3755의 아미노산 서열; 또는
- 상기 VH에 대해 최대 15개(또는 특정 측면에서는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 또는 10개, 또는 특정 측면에서는 1, 2, 3, 4 또는 5개)의 아미노산 삽입, 결실, 치환 또는 이들의 조합을 갖는 도 3에 묘사된 바와 같은 VH쇄 MF3755의 아미노산 서열; 그리고
여기서 LGR5에 결합하는 가변 도메인의 VH쇄는 다음을 포함한다:
- 도 3에 묘사된 바와 같은 VH쇄 MF5818의 아미노산 서열; 또는
- 상기 VH에 대해 최대 15개(또는 특정 측면에서는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 또는 10개, 또는 특정 측면에서는 1, 2, 3, 4 또는 5개)의 아미노산 삽입, 결실, 치환 또는 이들의 조합을 갖는 도 3에 묘사된 바와 같은 VH쇄 MF5818의 아미노산 서열.
EGFR 또는 LGR5 결합을 유지하는 개시된 아미노산 서열의 추가 변이체는, 예를 들어, 재배열된 인간 IGKV1-39/IGKJ1 VL 영역을 함유하는 파지 디스플레이 라이브러리(De Kruif 등, Biotechnol Bioeng. 2010 (106) 741-50) 및 이전에 기술된 바와 같이(예를 들어, WO2017/069628) 본원에 개시된 EGFR 또는 LGR5 VH 영역의 아미노산 서열에 아미노산 치환을 도입하는 VH 영역의 모음으로부터 얻을 수 있다. EGFR 또는 LGR5에 결합하는 Fab 영역을 암호화하는 파지를 선택하고 유세포분석으로 분석할 수 있으며 시퀀싱을 통해 항원 결합을 유지하는 아미노산 치환, 삽입, 결실 또는 첨가가 있는 변이체를 확인할 수 있다.
EGFR/LGR5 항체의 VH/VL EGFR 및 LGR5 가변 도메인의 경쇄 가변 영역은 동일하거나 상이할 수 있다. 특정 측면에서, EGFR/LGR5 항체의 VH/VL EGFR 가변 도메인의 VL 영역은 VH/VL LGR5 가변 도메인의 VL 영역과 유사하다. 특정 측면에서, 제1 및 제2 VH/VL 가변 도메인의 VL 영역은 동일하다.
특정 측면에서, EGFR/LGR5 항체의 VH/VL 가변 도메인 중 하나 또는 둘 다의 경쇄 가변 영역은 공통 경쇄 가변 영역을 포함한다. 특정 측면에서, VH/VL 가변 도메인 중 하나 또는 둘 다의 공통 경쇄 가변 영역은 생식세포 계열 IgVκ1-39 가변 영역 V 단편을 포함한다. 특정 측면에서, VH/VL 가변 도메인 중 하나 또는 둘 다의 경쇄 가변 영역은 카파 경쇄 V 단편 IgVκ1-39*01을 포함한다. IgVκ1-39는 면역글로불린 가변 카파 1-39 유전자의 약어이다. 이 유전자는 면역글로불린 카파 기변 1-39; IGKV139; IGKV1-39로도 알려져 있다. 유전자의 외부 ID는 HGNC: 5740; Entrez Gene: 28930; Ensembl: ENSG00000242371이다. 적합한 V 영역에 대한 아미노산 서열은 도 4에 제공되어 있다. V 영역은 5개의 J 영역 중 하나와 결합될 수 있다. 특정 측면에서, J 영역은 jk1 및 jk5이고, 결합된 서열은 IGKV1-39/jk1 및 IGKV1-39/jk5로 표시되며; 대체 명칭은 IgVκ1-39*01/IGJκ1*01 또는 IgVκ1-39*01/IGJκ5*01이다(imgt.org의 IMGT 데이터베이스 월드와이드 웹에 따른 명칭). 특정 측면에서, VH/VL 가변 도메인 중 하나 또는 둘 다의 경쇄 가변 영역은 카파 경쇄 IgVκ1-39*01/IGJκ1*01 또는 IgVκ1-39*01/IGJκ1*05(도 4에 기술됨)를 포함한다.
특정 측면에서, EGFR/LGR5 이중특이적 항체의 VH/VL 가변 도메인 중 하나 또는 둘 다의 경쇄 가변 영역은 아미노산 서열 QSISSY(도 4에 기술됨)를 포함하는 LCDR1, 아미노산 서열 AAS(도 4에 기술됨)를 포함하는 LCDR2 및 아미노산 서열 QQSYSTP(도 4에 기술됨)를 포함하는 LCDR3(즉, IMGT에 따른 IGKV1-39의 CDR)을 포함한다. 특정 측면에서, EGFR/LGR5 항체의 VH/VL 가변 도메인 중 하나 또는 둘 다의 경쇄 가변 영역은 아미노산 서열 QSISSY(도 4에 기술됨)를 포함하는 LCDR1, 아미노산 서열 AASSLQS(도 4에 기술됨)를 포함하는 LCDR2 및 아미노산 서열 QQSYSTP(도 4에 기술됨)를 포함하는 LCDR3을 포함한다.
특정 측면에서, EGFR/LGR5 이중특이적 항체의 VH/VL 가변 도메인 중 하나 또는 둘 다의 경쇄 가변 영역은 아미노산 서열 QSISSY(도 4에 기술됨)를 포함하는 LCDR1, 아미노산 서열 AAS(도 4에 기술됨)를 포함하는 LCDR2 및 아미노산 서열 QQSYSTPPT(도 4에 기술됨)를 포함하는 LCDR3(즉, IMGT에 따른 IGKV1-39의 CDR)을 포함한다. 특정 측면에서, EGFR/LGR5 항체의 VH/VL 가변 도메인 중 하나 또는 둘 다의 경쇄 가변 영역은 아미노산 서열 QSISSY(도 4에 기술됨)를 포함하는 LCDR1, 아미노산 서열 AASSLQS(도 4에 기술됨)를 포함하는 LCDR2 및 아미노산 서열 QQSYSTPPT(도 4에 기술됨)를 포함하는 LCDR3을 포함한다. 상기 CDR 서열은 IMGT 넘버링 체계를 따른다.
특정 측면에서, EGFR/LGR5 항체의 VH/VL 가변 도메인 중 하나 또는 둘 다는 도 4에 제시된 아미노산 서열과 적어도 90%, 특정 측면에서는 적어도 95%, 특정 측면에서는 적어도 97%, 특정 측면에서는 적어도 98%, 특정 측면에서는 적어도 99% 동일한 또는 특정 측면에서는 적어도 100% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄 가변 영역을 포함한다. 특정 측면에서, EGFR/LGR5 항체의 VH/VL 가변 도메인 중 하나 또는 둘 다는 도 4에 제시된 아미노산 서열과 적어도 90%, 특정 측면에서는 적어도 95%, 특정 측면에서는 적어도 97%, 특정 측면에서는 적어도 98%, 특정 측면에서는 적어도 99% 동일한 또는 특정 측면에서는 적어도 100% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄 가변 영역을 포함한다.
예를 들어, EGFR/LGR5 항체의 VH/VL 가변 도메인 중 하나 또는 둘 다의 가변 경쇄는 도 4의 서열에 대해 0 내지 10개, 특정 측면에서는 0 내지 5개의 아미노산 삽입, 결실, 치환, 첨가 또는 이들의 조합을 가질 수 있다. 특정 측면에서, EGFR/LGR5 항체의 VH/VL 가변 도메인 중 하나 또는 둘 다의 경쇄 가변 영역은 0 내지 9개, 0 내지 8개, 0 내지 7개, 0 내지 6개, 0 내지 5개, 0 내지 4개, 특정 측면에서는 0 내지 3개, 특정 측면에서는 0 내지 2개, 특정 측면에서는 0 내지 1개 및 특정 측면에서는 0개의 아미노산 삽입, 결실, 치환, 첨가 또는 이들의 조합을 포함한다.
또한, EGFR/LGR5 항체의 VH/VL 가변 도메인 중 하나 또는 둘 다의 경쇄 가변 영역은 도 4에 묘사된 바와 같은 서열의 아미노산 서열을 포함할 수 있다. 특정 측면에서, EGFR/LGR5 항체의 VH/VL 가변 도메인 둘 다 동일한 VL 영역을 포함한다. 특정 측면에서, EGFR/LGR5 이중특이적 항체의 VH/VL 가변 도메인 둘 다의 VL은 도 4에 제시된 아미노산 서열을 포함한다. 특정 측면에서, EGFR/LGR5 이중특이적 항체의 VH/VL 가변 도메인 둘 다의 VL은 항체는 도 4에 제시된 아미노산 서열을 포함한다.
특정 측면에서, 본원에 기술된 바와 같은 EGFR/LGR5 항체는 2개의 가변 도메인을 갖는, 즉 본원에 기술된 바와 같이 하나는 EGFR에 결합하고 다른 하나는 LGR5에 결합하는 이중특이적 항체이다. 본원에 개시된 방법에 사용하기 위한 EGFR/LGR5 이중특이적 항체는 다수의 형식으로 제공될 수 있다. 다수의 상이한 형식의 이중특이적 항체가 당업계에 알려져 있으며 Kontermann(Drug Discov Today, 2015 Jul;20(7):838-47; MAbs, 2012 Mar-Apr;4(2):182-97) 및 Spiess 등(Alternative molecular formats and therapeutic applications for bispecific antibodies. Mol. Immunol. (2015) http: //dx.doi.org/10.1016/j.molimm.2015.01.003)이 검토하였으며, 이는 각각 본원에 참조로 포함된다. 예를 들어, 2개의 VH/VL 조합을 갖는 고전적 항체가 아닌 이중특이적 항체 형식은 적어도 중쇄 가변 영역 및 경쇄 가변 영역을 포함하는 가변 도메인을 갖는다. 이 가변 도메인은 단일쇄 Fv 단편, 모노바디, VH 및 두 번째 결합 활성을 제공하는 Fab 단편에 연결될 수 있다.
특정 측면에서, 본원에 제공된 방법에 사용되는 EGFR/LGR5 이중특이적 항체는 일반적으로 인간 IgG 하위부류(예를 들어, IgG1, IgG2, IgG3, IgG4)에 속한다. 특정 측면에서, 항체는 인간 IgG1 하위부류에 속한다. 전장 IgG 항체는 유리한 반감기와 낮은 면역원성 때문에 선호된다. 따라서, EGFR/LGR5 이중특이적 항체는 특정 측면에서 전장 IgG 분자이다. 특정 측면에서, EGFR/LGR5 이중특이적 항체는 전장 IgG1 분자이다.
따라서, 특정 측면에서, EGFR/LGR5 이중특이적 항체는 결정화 가능한 단편(Fc)을 포함한다. 특정 측면에서, EGFR/LGR5 이중특이적 항체의 Fc는 인간 불변 영역으로 구성된다. EGFR/LGR5 이중특이적 항체의 불변 영역 또는 Fc는 자연 발생 인간 항체의 불변 영역과 아미노산 차이가 하나 이상, 또는 10개 이하 또는 5개 이하일 수 있다. 예를 들어, 이중특이적 항체의 각각의 Fab-암은 이중특이적 항체의 형성을 촉진하고 안정성 및/또는 본원에 기술된 기타 특징을 촉진하는 변형을 포함하는 Fc 영역을 추가로 포함할 수 있다.
이중특이적 항체는 전형적으로 항체를 암호화하는 핵산(들)을 발현하는 세포에 의해 생성된다. 따라서, 특정 측면에서, 본원에 개시된 이중특이적 EGFR/LGR5 항체는 이중특이적 EGFR/LGR5 항체의 중쇄 및 경쇄 가변 영역 및 불변 영역을 암호화하는 하나 이상의 핵산을 포함하는 세포를 제공함으로써 생성된다. 특정 측면에서, 세포는 동물 세포, 예컨대 포유동물 세포 또는 영장류 세포이고, 특정 측면에서는 인간 세포이다. 적합한 세포는 EGFR/LGR5 이중특이적 항체를 포함할 수 있고 바람직하게는 생성할 수 있는 임의의 세포이다.
항체 생성에 적합한 세포는 당업계에 공지되어 있으며 하이브리도마 세포, 차이니즈 햄스터 난소(Chinese hamster ovary, CHO) 세포, NS0 세포 또는 PER-C6 세포를 포함한다. 다양한 기관과 회사에서, 예를 들어, 임상용의 대규모 항체 생성을 위한 세포주를 개발하였다. 이러한 세포주의 비제한적인 예는 CHO 세포, NS0 세포 또는 PER.C6 세포이다. 특히, 상기 세포는 인간 세포이다. 바람직하게는 세포는 아데노바이러스 E1 영역 또는 이의 기능적 등가물에 의해 형질전환된다. 이러한 세포주의 바람직한 예는 PER.C6 세포주 또는 이의 등가물이다. 특히, 상기 세포는 CHO 세포 또는 이의 변이체이다. 바람직하게는 변이체는 항체 발현을 위해 글루타민 합성효소(Glutamine synthetase, GS) 벡터 시스템을 사용한다. 특정 측면에서, 세포는 CHO 세포이다.
특정 측면에서, 세포는 EGFR/LGR5 이중특이적 항체를 구성하는 상이한 경쇄 및 중쇄를 발현한다. 특정 측면에서, 세포는 2개의 상이한 중쇄와 적어도 하나의 경쇄를 발현한다. 특정 측면에서, 세포는 상이한 항체 종(상이한 중쇄와 경쇄의 조합)의 수를 감소시키기 위해 본원에 기술된 "공통 경쇄"를 발현한다. 예를 들어, 각각의 VH 영역은 이전에 하나 이상의 중쇄와 쌍을 이루어 특이성이 다양한 항체를 생성할 수 있는 것으로 나타난 재배열된 인간 IGKV1 39/IGKJ1(huVκ1 39) 경쇄와 함께 이중특이적 IgG의 생성을 위해 당업계에 공지된 방법(WO2013/157954; 본원에 참조로 포함됨)을 사용하여 발현 벡터에 클로닝되는데, 이는 이중특이적 분자의 생성을 촉진한다(De Kruif 등, J. Mol. Biol. 2009 (387) 548 58; WO2009/157771).
공통 경쇄 및 동일한 양의 2개의 중쇄를 발현하는 항체 생성 세포는 전형적으로 50%의 이중특이적 항체 및 25%의 각각의 단일특이적 항체를 생성한다(즉, 동일한 중쇄 조합을 가짐). 각각의 단일특이적 항체의 생성보다 이중특이적 항체의 생성을 선호하는 여러 방법이 공개되었다. 이는 전형적으로 동종이량체화보다 이종이량체화(즉, 다른 중쇄/경쇄 조합의 중쇄와의 이량체화)를 선호하도록 중쇄의 불변 영역을 변형함으로써 달성된다. 특정 측면에서, 본 발명의 이중특이적 항체는 상용성 이종이량체화 도메인을 갖는 2개의 상이한 면역글로불린 중쇄를 포함한다. 다양한 상용성 이종이량체화 도메인이 해당 분야에 기술되어 있다. 특정 측면에서, 상용성 이종이량체화 도메인은 상용성 면역글로불린 중쇄 CH3 이종이량체화 도메인이다. 당해 분야에서는 중쇄의 이러한 이종이량체화가 달성될 수 있는 다양한 방식을 기술하고 있다.
EGFR/LGR5 이중특이적 항체를 생성하는 한 가지 바람직한 방법은 US 9,248,181 및 US 9,358,286에 개시되어 있다. 구체적으로, 본질적으로 이중특이적 전장 IgG 분자만을 생성하기 위한 바람직한 돌연변이는 제1 CH3 도메인('KK-변이체' 중쇄)의 아미노산 치환 L351K 및 T366K(EU 넘버링)와 제2 도메인('DE-변이체' 중쇄)의 아미노산 치환 L351D 및 L368E 또는 그 반대이다. 이전에 기술된 바와 같이, DE-변이체와 KK-변이체는 우선적으로 쌍을 이루어 이종이량체(소위 'DEKK' 이중특이적 분자)를 형성한다. DE-변이체 중쇄의 동종이량체화(DEDE 동종이량체) 또는 KK-변이체 중쇄의 동종이량체화(KKKK 동종이량체)는 동일한 중쇄 사이의 CH3-CH3 경계면에서 하전된 잔기들 사이의 강한 반발력으로 인해 거의 발생하지 않는다.
따라서, 특정 측면에서, EGFR에 결합하는 가변 도메인을 포함하는 중쇄/경쇄 조합은 중쇄의 DE 변이체를 포함한다. 특정 측면에서, LGR5에 결합하는 가변 도메인을 포함하는 중쇄/경쇄 조합은 중쇄의 KK 변이체를 포함한다.
후보 EGFR/LGR5 IgG 이중특이적 항체는 임의의 적합한 검정을 사용하여 결합에 대해 테스트할 수 있다. 예를 들어, CHO 세포에서 막 발현 EGFR 또는 LGR5로의 결합은 유세포분석(이전에 WO2017/069628에 기술된 바와 같은 FACS 절차에 따름)으로 평가할 수 있다. 특정 측면에서, CHO 세포의 LGR5와 후보 EGFR/LGR5 이중특이적 항체의 결합은 당업계에 공지된 표준 절차에 따라 수행된 유세포분석에 의해 입증된다. CHO 세포로의 결합은 EGFR 및/또는 LGR5에 대한 발현 카세트로 형질감염되지 않은 CHO 세포와 비교된다. EGFR과 후보 이중특이적 IgG1의 결합은 EGFR 발현 작제물로 형질감염된 CHO 세포를 사용하여 결정하며; LGR5 단일특이적 항체 및 EGFR 단일특이적 항체뿐만 아니라 관련 없는 IgG1 아이소폼 대조용 mAb가 검정에 대조군으로 포함된다(예를 들어, LGR5 및 다른 항원, 예컨대 파상풍 독소(TT)에 결합하는 항체).
표적에 대한 후보 EGFR/LGR5 이중특이적 항체의 LGR5 및 EGFR Fab의 친화성은 BIAcore T100을 사용하여 표면 플라즈몬 공명(surface plasmon resonance, SPR) 기술로 측정할 수 있다. 간단히 말해서, 항-인간 IgG 마우스 단클론 항체(Becton and Dickinson, 카탈로그 번호 555784)는 유리 아민 화학(NHS/EDC)을 사용하여 CM5 센서 칩의 표면에 커플링된다. 그런 다음 bsAb가 센서 표면에 포획된다. 이어서, 재조합 정제된 항원 인간 EGFR(Sino Biological Inc, 카탈로그 번호 11896-H07H)과 인간 LGR5 단백질을 특정 농도 범위에서 센서 표면에 도포하여 온-속도 및 오프-속도를 측정한다. 각 주기 후 센서 표면은 HCl 펄스에 의해 재생되고 bsAb는 다시 포획된다. 획득된 센서그램으로부터, 인간 LGR5 및 EGFR로의 결합에 대한 온-속도 및 오프-속도와 친화도 값을 이전에 US 2016/0368988에서 CD3에 대해 기술된 바와 같이 BIAevaluation 소프트웨어를 사용하여 결정한다.
본원에 개시된 바와 같은 항체는 인간 IgG 하위부류의 특정 측면에서 전형적으로 이중특이적 전장 항체이다. 특정 측면에서, 상기 항체는 인간 IgG1 하위부류에 속한다. 이러한 항체는 원하는 경우 당업계에 공지된 기술에 의해 강화될 수 있는 우수한 ADCC 특성이 있으며, 인간에게 생체 내 투여시 유리한 반감기를 갖고, 클론 세포에서 동시 발현시 동종이량체보다 이종이량체를 우선적으로 형성하는 변형된 중쇄를 제공할 수 있는 CH3 공학 기술이 존재한다.
항체 자체의 ADCC 활성이 낮은 경우, 항체의 불변 영역을 변형함으로써 항체의 ADCC 활성을 개선할 수 있다. 항체의 ADCC 활성을 개선하는 또 다른 방법은 글리코실화 경로를 효소적으로 방해하여 푸코스를 감소시키는 것이다. ADCC를 유도하는 데 있어 항체 또는 이펙터 세포의 효능을 결정하기 위한 몇몇 시험관 내 방법이 존재한다. 그 중에는 크롬-51[Cr51] 방출 검정, 유로퓸(europium)[Eu] 방출 검정 및 황-35[S35] 방출 검정이 있다. 일반적으로, 소정의 표면 노출된 항원을 발현하는 표지된 표적 세포주를 해당 항원에 특이적인 항체와 함께 인큐베이션한다. 세척 후, Fc 수용체 CD16을 발현하는 이펙터 세포를 항체 표지된 표적 세포와 함께 인큐베이션한다. 이어서, 신틸레이션 계수기(scintillation counter) 또는 분광광도법(spectrophotometry)을 사용하여 세포 내 표지를 방출함으로써 표적 세포 용해를 측정한다.
본원에 개시된 이중특이적 항체는 ADCC가 강화될 수 있다. 특정 측면에서, 이러한 이중특이적 항체는 어푸코실화되어 있다. 특정 측면에서, 이중특이적 항체는 정상 CHO 세포에서 생성된 동일한 항체와 비교할 때 Fc 영역에서 N-연결된 탄수화물 구조의 푸코실화 양이 감소된 것을 포함한다. 낮은 푸코스 수준은 NK 이펙터세포에 대한 CD16(FcγRIIIa) 결합 증가와 연관되어 ADCC 활성을 증가시킨다. 특정 측면에서, 그리고 이의 직접적인 항종양 활성에 더하여, 본 개시내용의 이중특이적 항체는 옵소닌화(opsonization) 및 후속 자연 살해(natural killer, NK) 세포 매개된 ADCC 활성 및 보체 의존적 세포독성(complement-dependent cytotoxic, CDC) 활성 후 종양 세포를 제거할 수 있다.
EGFR의 세포 외 부분에 결합하는 가변 도메인 및 LGR5의 세포 외 부분에 결합하는 가변 도메인을 포함하는 항체는 하나 이상의 추가 표적에 결합할 수 있는 하나 이상의 추가 가변 도메인을 추가로 포함할 수 있다. 특정 측면에서, 추가 표적은 세포 외 부분을 포함하는 막 단백질과 같은 단백질이다. 본원에서 사용되는 바와 같은 막 단백질은 세포막 단백질, 예컨대 세포의 외막에 있는 단백질이며, 상기 막은 세포를 외부 세계와 분리한다. 막 단백질에는 세포 외 부분이 있다. 막 단백질은 세포의 세포막에 있는 막관통 영역을 함유하는 경우 적어도 세포 위에 있다.
2개 이상의 가변 도메인이 있는 항체는 당업계에 공지되어 있다. 예를 들어, 추가 가변 도메인을 붙일 수 있다. 특정 측면에서, 3개 이상의 가변 도메인이 있는 항체는 본원에 참조로 포함된 PCT/NL2019/050199에 기술된 바와 같은 다가 다량체 항체이다.
특정 측면에서, 항체는 2개의 가변 도메인을 포함하는 이중특이적 항체로 하나의 가변 도메인은 EGFR의 세포 외 부분에 결합하고 다른 가변 도메인은 LGR5의 세포 외 부분에 결합한다. 특정 측면에서, 가변 도메인은 본원에 기술된 바와 같은 가변 도메인이다.
본원에 기술된 항체의 기능적 부분은 본원에 기술된 바와 같이 적어도 EGFR의 세포 외 부분에 결합하는 가변 도메인 및 LGR5의 세포 외 부분에 결합하는 가변 도메인을 포함한다. 따라서 이것은 본원에 기술된 바와 같이 항체의 항원 결합 부분을 포함하고 전형적으로 항체의 가변 도메인을 함유한다. 기능적 부분의 가변 도메인은 단일쇄 Fv 단편 또는 소위 단일 도메인 항체 단편일 수 있다. 특정 측면에서, 항체 부분 또는 유도체는 항체 또는 이의 등가물의 적어도 2개의 가변 도메인을 갖는다. 이러한 가변 도메인 또는 이의 등가물의 비제한적 예는 F(ab) 단편 및 단일쇄 Fv 단편이다. 이중특이적 항체의 기능적 부분은 이중특이적 항체의 항원 결합 부분, 또는 결합 부분의 유도체 및/또는 유사체를 포함한다. 본원에서 위에 언급한 바와 같이, 항체의 결합 부분은 가변 도메인에 포함된다.
또한, 본원에 개시된 바와 같은 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체(즉, 치료제) 및 약제학적으로 허용되는 담체가 제공된다. 이러한 약제학적 조성물은 암 치료, 특히 위암, 식도암 또는 위식도 접합부암의 치료에 유용하다. 본원에서 사용되는 "약제학적으로 허용되는"이라는 용어는 정부 규제 기관에 의해 승인되거나 미국 약전 또는 동물, 특히 인간에 사용하기 위해 일반적으로 인정되는 다른 약전에 등재되어 있음을 의미하며, 임의의 모든 용매, 염, 분산 매질, 코팅제, 항균제, 항진균제, 등장성제 및 흡수지연제 등 생리학적으로 상용성인 것을 포함한다. "담체"라는 용어는 화합물과 함께 투여되는 희석제, 보조제, 부형제 또는 비히클을 지칭한다. 이러한 약제학적 담체는 땅콩유, 대두유, 광유, 참기름, 글리세롤 폴리에틸렌 글리콜 리시놀레에이트 등과 같은 석유, 동물, 식물 또는 합성 기원의 것을 포함하는, 물 및 오일과 같은 멸균 액체일 수 있다. 물 또는 식염수 용액과 덱스트로스 및 글리세롤 수용액이 특히 주사 용액의 경우 담체로 사용될 수 있다. 비경구 투여용 액체 조성물은 주사 또는 연속 주입에 의한 투여용으로 제형화될 수 있다. 주사 또는 주입에 의한 투여 경로에는 방광 내, 종양 내, 정맥 내, 복강 내, 근육 내, 척추강 내 및 피하가 포함된다. 투여 경로(예를 들어, 정맥 내, 피하, 관절 내 등)에 따라 활성 화합물은 이 화합물을 비활성화할 수 있는 산 및 기타 자연 조건의 작용으로부터 상기 화합물을 보호하기 위한 물질로 코팅될 수 있다.
인간 환자에게 투여하기에 적합한 약제학적 조성물은 전형적으로 비경구 투여용으로, 예를 들어, 액체 담체로 제형화되거나, 정맥 내 투여를 위해 액체 용액 또는 현탁액으로 재구성하기에 적합하게 제형화된다. 상기 조성물은 투여 용이성 및 투여량의 균일성을 위해 투여량 단위 형태로 제형화될 수 있다. 또한, 사용 직전에 경구 또는 비경구 투여용 액상 제제로 전환되도록 의도된 고형 제제도 포함된다. 이러한 액체 형태에는 용액, 현탁액 및 에멀젼이 포함된다.
개시된 치료제는 적합한 투여량 및 적합한 경로(예를 들어, 정맥 내, 복강 내, 근육 내, 척수강 내 또는 피하)에 따라 투여될 수 있다. 예를 들어, 단일 볼루스가 투여될 수 있고, 시간이 지남에 따라 여러 분할 용량이 투여될 수 있거나, 치료 상황의 긴급성에 따라 용량이 비례적으로 감소 또는 증가될 수 있다. 특정 측면에서, 대상체에게 본원에 개시된 바와 같은 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체의 단일 용량이 투여된다. 특정 측면에서, 치료제는 치료 과정에 걸쳐 반복적으로 투여될 것이다. 예를 들어, 특정 실시양태에서, 다중(예를 들어, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10회 이상) 용량의 치료제가 치료가 필요한 대상체에게 투여된다. 일부 실시양태에서, 치료제의 투여는 매주, 격주 또는 매월 수행될 수 있다.
임상의는 치료받는 환자의 상태에 따라 선호되는 투여량을 활용할 수 있다. 용량은 질환의 단계 등을 포함한 여러 요인에 따라 달라질 수 있다. 이러한 요인 중 하나 이상의 존재에 기초하여 투여되어야 하는 특정 용량을 결정하는 것은 당업자의 기술 내에 있다. 일반적으로, 치료는 화합물의 최적 용량 미만인 더 적은 투여량으로 개시된다. 그 후에는 상황에 따라 최적의 효과가 나타날 때까지 투여량을 소량씩 늘린다. 편의상 원할 경우 1일 총 투여량을 하루 동안 나누어 투여할 수 있다. 간헐적 요법(예를 들어, 3주 중 1주 또는 4주 중 3주)도 사용할 수 있다.
특정 측면에서, 치료제는 체중 kg당 0.1, 0.3, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 또는 10mg의 용량으로 투여된다. 대안적으로, 치료제는 체중 kg당 0.5, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 또는 10mg의 용량으로 투여된다.
특정 측면에서, 치료제는 1500mg의 균일 투여량을 사용하여 대상체에게 제공된다. 균일 투여량은 준비 시간을 줄이고 잠재적인 투여량 계산 실수를 줄이므로 체표면 투여 또는 체중 투여에 비해 여러 가지 이점을 제공한다. 특정 측면에서, 치료제는 적어도 500mg의 투여량으로 제공된다. 특정 측면에서, 상기 투여량은 1100mg에서 2000mg 사이이다. 특정 측면에서, 상기 투여량은 1100mg에서 1800mg 사이이다. 당업자가 이해하는 바와 같이, 투여량은 시간 경과에 따라 투여될 수 있다. 예를 들어, 투여량은 IV로, 예를 들어, 1-6시간 주입, 바람직하게는 2-4시간 주입으로 투여될 수 있다. 특정 측면에서, 치료제는 2주에 1회 투여된다. 특히, 본원에 개시된 균일 투여량은 성인 및/또는 체중이 적어도 35kg인 대상체에게 사용하기에 적합하다. 특정 측면에서, 대상체는 위암, 식도암 또는 위식도 접합부암을 앓고 있다.
특정 측면에서, 사전투약 요법이 사용될 수 있다. 이러한 요법은 주입 관련 반응의 가능성이나 중증도를 줄이는 데 유용할 수 있다. 일반적으로, 덱사메타손(dexamethasone)과 같은 스테로이드 및/또는 덱스클로르페니라민(dexchlorpheniramine), 디펜히드라민(diphenhydramine) 또는 클로르페니라민(chlorpheniramine)과 같은 항히스타민제는 항체 치료 전에 투여(예를 들어, 경구, 정맥 내)된다.
본원에 기술된 치료 방법은 전형적으로 환자의 치료를 감독하는 임상의가 치료 방법이 효과적이라고 생각하는 한, 즉 환자가 치료에 반응하는 한 계속된다. 치료 방법이 효과적임을 나타내는 비제한적인 매개변수는 다음 중 하나 이상을 포함할 수 있다: 종양 세포의 감소; 종양 세포 증식의 억제; 종양 세포 제거; 무진행 생존율(progression-free survival); 적합한 종양 마커에 의한 적절한 반응(해당되는 경우).
치료제 투여 빈도와 관련하여, 당업자는 적절한 빈도를 결정할 수 있을 것이다. 예를 들어, 임상의는 치료제를 비교적 드물게(예를 들어, 2주에 1회) 투여하고 환자가 견딜 수 있는 용량 사이의 기간을 점진적으로 단축하기로 결정할 수 있다. 청구된 방법에 따른 치료 과정과 관련된 예시적인 시간 기간은 다음을 포함한다: 약 1주; 2주; 약 3주; 약 4주; 약 5주; 약 6주; 약 7주; 약 8주; 약 9주; 약 10주; 약 11주; 약 12주; 약 13주; 약 14주; 약 15주; 약 16주; 약 17주; 약 18주; 약 19주; 약 20주; 약 21주; 약 22주; 약 23주; 약 24주; 약 7개월; 약 8개월; 약 9개월; 약 10개월; 약 11개월; 약 12개월; 약 13개월; 약 14개월; 약 15개월; 약 16개월; 약 17개월; 약 18개월; 약 19개월; 약 20개월; 약 21개월; 약 22개월; 약 23개월; 약 24개월; 약 30개월; 약 3년; 약 4년; 약 5년; 영구적(예를 들어, 지속적 유지 요법). 전술한 기간은 1회 또는 다수의 치료 라운드/주기와 연관될 수 있다.
본원에 제공된 치료 방법의 효능은 임의의 적합한 수단을 사용하여 평가할 수 있다. 특정 측면에서, 객관적인 반응 기준으로서 암 세포 수 감소를 사용하여 치료의 임상 효능을 분석한다. 본원에 개시된 방법에 따라 치료된 환자, 예를 들어, 인간은 바람직하게는 적어도 하나의 암 징후의 개선을 경험한다. 특정 측면에서, 다음 중 하나 이상이 발생할 수 있다: 암세포의 수가 감소될 수 있다; 암 재발이 예방되거나 지연된다; 암과 관련된 증상 중 하나 이상이 어느 정도 완화될 수 있다. 또한, T 세포 매개 표적 세포 용해를 확인하기 위한 시험관 내 검정. 특정 측면에서, 종양 평가는 CT 스캔 및/또는 MRI 스캔을 기반으로 한다. 예를 들어, RECIST 1.1 지침(고형 종양의 반응 평가 기준(Response Evaluation Criteria in Solid Tumours))(Eisenhauer 등, 2009 Eur J Cancer 45:228-247) 참조. 이러한 평가는 일반적으로 치료 후 4-8주마다 이루어진다.
특정 측면에서, 종양 세포는 본원에 기술된 바와 같은 치료 후 더 이상 검출 가능하지 않다. 특정 측면에서, 대상체는 부분 또는 완전 관해 상태에 있다. 특정 측면에서, 대상체는 전체 생존율, 중앙 생존율 및/또는 무진행 생존율이 증가된다.
치료제(즉, EGFR의 세포 외 부분에 결합하는 가변 도메인 및 LGR5의 세포 외 부분에 결합하는 가변 도메인을 포함하는 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체)는 치료되는 암에 대한 특별한 유용성을 위해 선택된 잘 알려진 치료법(예를 들어, 화학요법 또는 방사선 요법)과도 함께 사용될 수 있다.
화학요법제의 안전하고 효과적인 투여 방법은 당업자에게 공지되어 있다. 또한, 이의 투여는 표준 문헌에 설명되어 있다. 예를 들어, 많은 화학요법제의 투여는 Physicians' Desk Reference (PDR), 예를 들어, 1996 edition (Medical Economics Company, Montvale, N.J. 07645-1742, USA)에 기술되어 있고; 그 개시내용은 본원에 참조로 포함된다.
화학요법제(들) 및/또는 방사선요법의 투여는 치료되는 질환 및 그 질환에 대한 화학요법제(들) 및/또는 방사선요법의 알려진 효과에 따라 달라질 수 있다는 것이 당업자에게 명백할 것이다. 또한, 숙련된 임상의의 지식에 따라, 치료 프로토콜(예를 들어, 투여량 및 투여 시간)은 환자에 대한 투여된 치료제의 관찰된 효과 및 투여된 치료제에 대한 질환의 관찰된 반응의 관점에서 다양할 수 있다.
본원에 개시된 화합물 및 조성물은 요법으로서 및 치료적 처치에 유용하며, 따라서 약제로서 유용할 수 있고 약제 제조 방법에 사용될 수 있다.
본원에 기술된 Genbank 항목, 특허 및 공개된 특허 출원, 및 웹 사이트를 포함한 모든 문서 및 참고자료는 이 문서의 전체 또는 일부가 작성된 것과 동일한 정도로 본원에 참조로 명시적으로 포함된다.
명확성과 간결한 설명을 위해 본 개시내용의 동일하거나 별도의 부분의 일부로 특징이 기술되어 있지만, 본 발명의 범위는 기술된 특징의 전부 또는 일부의 조합을 갖는 바람직한 측면을 포함할 수 있다는 것이 이해될 것이다.
본 발명은 이제 단지 예시일 뿐이고 본 발명을 제한하려는 의도가 아닌 하기 실시예를 참조하여 설명된다. 본 발명을 특정 측면을 참조하여 상세하게 기술하였지만, 본 발명의 사상 및 범위를 벗어나지 않고 다양한 변경 및 수정이 이루어질 수 있다는 것이 당업자에게 명백할 것이다.
조항 목록
1. 대상체의 암 치료에 사용하기 위한 EGFR의 세포 외 부분에 결합하는 제1 가변 도메인을 포함하는 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체로서, 상기 대상체의 암은 면역 체크포인트 억제제로 사전 치료를 받은 후 진행되었고 암은 EGFR을 발현하는, 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체.
2. 대상체의 암을 치료하기 위한 약제의 제조에 있어서 EGFR의 세포 외 부분에 결합하는 제1 가변 도메인을 포함하는 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체의 용도로서, 상기 대상체의 암은 면역 체크포인트 억제제로 사전 치료를 받은 후 진행되었고 암은 EGFR을 발현하는, 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체의 용도.
3. EGFR 발현 암이 있는 대상체를 치료하는 방법으로서, 상기 대상체는 면역 체크포인트 억제제로 사전 치료를 받은 후 진행되었고, 상기 방법은 대상체에게 EGFR의 세포 외 부분에 결합하는 제1 가변 도메인을 포함하는 유효량의 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체를 제공하는 것을 포함하는 방법.
4. 상기 조항 중 어느 하나에 있어서, 암이 두경부암, 바람직하게는 두경부 편평세포암종(SCCHN)이고, 상기 암이 바람직하게는 IHC 점수 2+ 또는 3+를 특징으로 하는 EGFR을 발현하는, 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체, 또는 용도 또는 방법.
5. 상기 조항 중 어느 하나에 있어서, 암이 IHC 점수 3+를 특징으로 하는 EGFR 발현을 갖는 위암, 식도암 또는 위식도 접합부인, 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체, 또는 용도 또는 방법.
6. 상기 조항 중 어느 하나에 있어서, 암이 EGFR에 대한 H 점수가 200 초과인 것을 특징으로 하는 EGFR 발현을 갖는 위암, 식도암 또는 위식도 접합부암인, 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체, 또는 용도 또는 방법.
7. 상기 조항 중 어느 하나에 있어서, 암이 EGFR 유전자 증폭을 포함하는 것을 특징으로 하는, 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체, 또는 용도 또는 방법.
8. 조항 7에 있어서, 상기 EGFR 유전자 증폭이 고형 조직 샘플에 대한 차세대 시퀀싱에 의해 결정된 8 이상의 EGFR 카피수; 순환 종양 DNA(ctDNA)에 대한 차세대 시퀀싱으로 결정할 때 적어도 2.14 또는 적어도 2.5의 EGFR 점수; 또는 FISH를 기준으로 2 이상의 EGFR/CEP7 비율을 특징으로 하는, 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체, 또는 용도 또는 방법.
9. 대상체의 위암, 식도암 또는 위식도 접합부암의 치료에 사용하기 위한 EGFR의 세포 외 부분에 결합하는 제1 가변 도메인을 포함하는 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체로서, 상기 암은 IHC 점수 3+를 특징으로 하는 EGFR을 발현하는, 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체.
10. 대상체의 위암, 식도암 또는 위식도 접합부암의 치료에 사용하기 위한 EGFR의 세포 외 부분에 결합하는 제1 가변 도메인을 포함하는 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체로서, 상기 암이 EGFR에 대한 H 점수가 200 초과인 것을 특징으로 하는 EGFR을 발현하는, 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체.
11. 대상체의 암 치료에 사용하기 위한 EGFR의 세포 외 부분에 결합하는 제1 가변 도메인을 포함하는 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체로서, 제1 가변 도메인은 다음을 포함하는 중쇄 가변 영역이고; 상기 암은 바람직하게는 IHC 점수 2+ 또는 3+를 특징으로 하는 EGFR을 발현하는 두경부암, 바람직하게는 두경부 편평세포암종(SCCHN)이거나, 상기 암은 IHC 점수 3+ 또는 바람직하게는 EGFR에 대한 H 점수가 200 초과인 것을 특징으로 하는 EGFR 발현을 갖는 위암, 식도암 또는 위식도 접합부암인, 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체:
- 적어도 도 3에 묘사된 바와 같은 MF3370; MF3755; MF4280 또는 MF4289의 VH의 CDR3 서열, 또는 도 3에 묘사된 바와 같은 MF3370; MF3755; MF4280 또는 MF4289의 VH의 CDR3 서열과 최대 3개, 바람직하게는 최대 2개, 바람직하게는 1개 이하의 아미노산이 상이한 CDR3 서열;
- 적어도 도 3에 묘사된 바와 같은 MF3370; MF3755; MF4280 또는 MF4289의 VH의 CDR1, CDR2 및 CDR3 서열; 또는 최대 3개, 바람직하게는 최대 2개, 바람직하게는 최대 1개의 아미노산 치환이 있는 도 3에 묘사된 바와 같은 MF3370; MF3755; MF4280 또는 MF4289의 VH의 CDR1, CDR2 및 CDR3 서열; 또는
도 3에 묘사된 바와 같은 MF3370; MF3755; MF4280 또는 MF4289의 VH쇄 서열; 또는 MF3370; MF3755; MF4280 또는 MF4289의 VH쇄에 대해 최대 15개, 바람직하게는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 또는 10개, 바람직하게는 1, 2, 3, 4 또는 5개의 아미노산 삽입, 결실, 치환 또는 이들의 조합을 갖는 도 3에 묘사된 MF3370; MF3755; MF4280 또는 MF4289의 VH쇄의 아미노산 서열.
12. 상기 조항 중 어느 하나에 있어서, 대상체가 항-EGFR 작용제로 사전 치료를 받은 적이 없는, 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체, 또는 용도 또는 방법.
13. 조항 1-11 중 어느 하나에 있어서, 대상체가 EGFR을 표적으로 하는 항체로 사전 치료를 받은 적이 없는, 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체, 또는 용도 또는 방법.
14. 조항 1-11 중 어느 하나에 있어서, 대상체가 세툭시맙으로 사전 치료를 받은 적이 없는, 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체, 또는 용도 또는 방법.
15. 조항 9-14 중 어느 하나에 있어서, 상기 암이 면역 체크포인트 억제제로 사전 치료를 받은 후 진행된, 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체.
16. 상기 조항 중 어느 하나에 있어서, 상기 암이 200 초과에서 300 이하 사이의 H 점수를 특징으로 하는 EGFR을 발현하는, 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체, 또는 용도 또는 방법.
17. 조항 16 중 어느 하나에 있어서, EGFR에 대한 상기 H 점수가 IHC를 사용하여 결정되는, 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체.
18. 상기 조항 중 어느 하나에 있어서, 대상체가 포유동물, 바람직하게는 인간인, 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체, 또는 용도 또는 방법.
19. 상기 조항 중 어느 하나에 있어서, 상기 치료가 대상체에게 유효량의 상기 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체를 제공하는 것을 포함하는, 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체, 또는 용도 또는 방법.
20. 상기 조항 중 어느 하나에 있어서, 상기 치료가 1500mg의 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체의 균일 용량을 대상체에게 제공하는 것을 포함하는, 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체, 또는 용도 또는 방법.
29. 상기 조항 중 어느 하나에 있어서, 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체가 대상체에게 정맥 내로 제공되는, 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체, 또는 용도 또는 방법.
22. 상기 조항 중 어느 하나에 있어서, 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체가 매주, 격주 또는 매월, 바람직하게는 격주로 제공되고, 더 바람직하게는 대상체에게 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체의 투여량이 격주로 적어도 3회 이상 제공되는, 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체, 또는 용도 또는 방법.
22. 상기 조항 중 어느 하나에 있어서, 항체가 ADCC 강화된 것인, 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체, 또는 용도 또는 방법.
24. 상기 조항 중 어느 하나에 있어서, 항체가 어푸코실화된 것인, 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체, 또는 용도 또는 방법.
25. 상기 조항 중 어느 하나에 있어서, 암이 선암종 또는 편평세포암종, 특히 위암, 식도암종 또는 위식도 접합부 선암종 또는 특히 두경부 편평세포암종(HNSCC)인, 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체, 또는 용도 또는 방법.
26. 상기 조항 중 어느 하나에 있어서, 상기 암 및/또는 상기 대상체가 SMAD4에 대해 야생형인, 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체, 또는 용도 또는 방법.
27. 상기 조항 중 어느 하나에 있어서, 상기 암 또는 대상체가 TP53에 돌연변이, 바람직하게는 활성화 TP53 돌연변이를 갖는, 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체, 또는 용도 또는 방법.
28. 상기 조항 중 어느 하나에 있어서, 상기 암 또는 대상체가 Her2-음성(Her2-negative)인, 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체, 또는 용도 또는 방법.
29. 상기 조항 중 어느 하나에 있어서, 항체가 다중특이적 항체, 바람직하게는 이중특이적 항체인, 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체, 또는 용도 또는 방법.
30. 상기 조항 중 어느 하나에 있어서, 항체가 EGFR에 결합하지 않는 제2 가변 도메인을 포함하는, 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체, 또는 용도 또는 방법.
31. 상기 조항 중 어느 하나에 있어서, 항체가 LGR5에 결합하는 제2 가변 도메인을 포함하는, 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체, 또는 용도 또는 방법.
32. 조항 1-28 중 어느 하나에 있어서, 항체가 제2 가변 도메인을 포함하지 않는 1가 항체이거나, 항체가 유일한 가변 도메인으로서 상기 제1 EGFR 결합 가변 도메인을 포함하는, 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체, 또는 용도 또는 방법.
33. 상기 조항 중 어느 하나에 있어서, 상기 면역 체크포인트 억제제가 PD-L1 또는 PD-1 억제제를 포함하는, 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체, 또는 용도 또는 방법.
34. 상기 조항 중 어느 하나에 있어서, 치료가 대상체의 EGFR 상태, SMAD4 상태 및/또는 Her2 상태를 진단하는 단계를 포함하거나 이 단계가 선행되고, Her2 상태에 대한 진단은 바람직하게는 ISH 또는 IHC에 의해 수행되는, 항체 또는 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체, 또는 용도 또는 방법.
35. 상기 조항 중 어느 하나에 있어서, EGFR에 결합하는 제1 가변 도메인이 (도 2)에 묘사된 인간 EGFR 서열의 아미노산 잔기 420-480 내에 위치하는 에피토프에 결합하는, 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체, 또는 용도 또는 방법.
36. 상기 조항 중 어느 하나에 있어서, EGFR과 제1 가변 도메인의 결합이 EGFR에 아미노산 잔기 치환 I462A; G465A; K489A; I491A; N493A; 및 C499A를 포함하지 않는 EGFR 단백질과 비교하여 상기 아미노산 잔기 치환 중 하나 이상에 의해 감소되는, 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체, 또는 용도 또는 방법.
37. 상기 조항 중 어느 하나에 있어서, LGR5에 결합하는 가변 도메인이 도 1에 묘사된 인간 LGR5 서열의 아미노산 잔기 21-118 내에 위치하는 에피토프에 결합하는, 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체, 또는 용도 또는 방법.
38. 조항 1-10 또는 12-37 중 어느 한 항에 있어서, 제1 가변 도메인이 다음을 포함하는 중쇄 가변 영역인, 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체, 또는 용도 또는 방법:
- 적어도 도 3에 묘사된 바와 같은 MF3370; MF3755; MF4280 또는 MF4289의 VH의 CDR3 서열, 또는 도 3에 묘사된 바와 같은 MF3370; MF3755; MF4280 또는 MF4289의 VH의 CDR3 서열과 최대 3개, 바람직하게는 최대 2개, 바람직하게는 1개 이하의 아미노산이 상이한 CDR3 서열;
- 적어도 도 3에 묘사된 바와 같은 MF3370; MF3755; MF4280 또는 MF4289의 VH의 CDR1, CDR2 및 CDR3 서열; 또는 최대 3개, 바람직하게는 최대 2개, 바람직하게는 최대 1개의 아미노산 치환이 있는 도 3에 묘사된 바와 같은 MF3370; MF3755; MF4280 또는 MF4289의 VH의 CDR1, CDR2 및 CDR3 서열; 또는
도 3에 묘사된 바와 같은 MF3370; MF3755; MF4280 또는 MF4289의 VH쇄 서열; 또는 MF3370; MF3755; MF4280 또는 MF4289의 VH쇄에 대해 최대 15개, 바람직하게는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 또는 10개, 바람직하게는 1, 2, 3, 4 또는 5개의 아미노산 삽입, 결실, 치환 또는 이들의 조합을 갖는 도 3에 묘사된 MF3370; MF3755; MF4280 또는 MF4289의 VH쇄의 아미노산 서열.
실시예
본원에 사용된 "MFXXXX"(여기서 X는 독립적으로 숫자 0-9임)는 VH가 도 3에 묘사된 4자리로 확인되는 아미노산 서열을 갖는 가변 도메인을 포함하는 Fab를 지칭한다. 달리 표시하지 않는 한 가변 도메인의 경쇄 가변 영역은 전형적으로 도 4b의 서열을 갖는다. 실시예의 경쇄는 도 4a에 묘사된 바와 같은 서열을 갖는다. "MFXXXX VH"는 4자리로 확인되는 VH의 아미노산 서열을 지칭한다. MF는 경쇄의 불변 영역 및 보통 경쇄의 불변 영역과 상호작용하는 중쇄의 불변 영역을 추가로 포함한다. 중쇄의 VH/가변 영역은 상이하고 전형적으로 CH3 영역도 있으며, 중쇄 중 하나는 CH3 도메인의 KK 돌연변이를 갖고 다른 하나는 CH3 도메인의 상보 DE 돌연변이를 갖는다(참고자료 PCT/NL2013/050294(WO2013/157954로 공개됨) 및 도 5d 및 5e 참조. 실시예의 이중특이적 항체는 KK/DE CH3 이종이량체화 도메인, 도 5에 나타낸 바와 같은 CH2 도메인 및 CH1 도메인, 도 4a에 나타낸 바와 같은 공통 경쇄 및 MF 번호로 명시된 바와 같은 VH를 갖는 Fc 테일을 갖는다. 예를 들어, MF3755 xMF5816으로 나타낸 이중특이적 항체는 위의 일반 서열과 MF3755의 서열을 갖는 VH를 갖는 가변 도메인 및 MF5816의 서열을 갖는 VH를 갖는 가변 도메인을 갖는다.
다양한 중쇄 가변 영역(VH)의 아미노산 및 핵산 서열이 도 3에 나타나 있다. 도 3에 묘사된 다른 LGR5 및 EGFR 조합 중에서 중쇄 가변 영역 MF3755 및 MF5816과 공통 경쇄를 포함하고 어푸코실화로부터 향상된 ADCC에 대한 변형을 포함하는 이중특이적 항체 EGFR/LGR5, MF3755xMF5816이 효과적인 것으로 WO2017/069628에 나타나 있다.
이중특이적 항체의 생성
이중특이적 항체는 효율적인 이종이량체화 및 이중특이적 항체의 형성을 보장하기 위해 독점적인 CH3 엔지니어링 기술을 사용하여 상이한 VH 도메인이 있는 IgG를 암호화하는 2개의 플라스미드의 일시적 공동 형질감염에 의해 생성되었다. 또한, 공통 경쇄는 동일한 세포에서 동일한 플라스미드 또는 다른 플라스미드에서 공동 형질감염된다. 우리의 출원(예를 들어, WO2013/157954 및 WO2013/157953; 본원에 참조로 포함됨)에서 우리는 단일 세포로부터 이중특이적 항체를 생성하는 방법 및 수단을 개시했으며, 이로써 단일특이적 항체의 형성보다 이중특이적 항체의 형성을 선호하는 수단이 제공된다. 이러한 방법도 본 발명에 바람직하게 채용될 수 있다. 구체적으로, 본질적으로 이중특이적 전장 IgG 분자만을 생성하기 위한 바람직한 돌연변이는 위치 351 및 366에서의 아미노산 치환, 예를 들어, 제1 CH3 도메인('KK-변이체' 중쇄)의 L351K 및 T366K(EU 넘버링에 따른 넘버링) 및 위치 351 및 368의 아미노산 치환, 예를 들어, 제2 CH3 도메인('DE-변이체' 중쇄)의 L351D 및 L368E, 또는 그 반대이다(도 5d 및 5e 참조). 음으로 하전된 DE-변이체 중쇄와 양으로 하전된 KK-변이체 중쇄가 우선적으로 쌍을 이루어 이종이량체(소위 'DEKK' 이중특이적 분자)를 형성한다는 것이 언급된 출원에서 이전에 입증되었다. DE-변이체 중쇄(DE-DE 동종이량체) 또는 KK-변이체 중쇄(KK-KK 동종이량체)의 동종이량체화는 동일한 중쇄 사이의 CH3-CH3 경계면에 있는 하전된 잔기 간의 강한 반발력으로 인해 거의 발생하지 않는다.
상술한 LGR5에 결합하는 가변 도메인의 VH 유전자를 양전하를 띤 CH3 도메인을 암호화하는 벡터에 클로닝하였다. WO 2015/130172(본원에 참조로 포함됨)에 개시된 것과 같은 EGFR에 결합하는 가변 도메인의 VH 유전자를 음전하를 띤 CH3 도메인을 암호화하는 벡터에 클로닝하였다. 현탁 성장에 적응된 293F Freestyle 세포를 밀도가 3.0 × 10e6개의 세포/ml가 될 때까지 쉐이커 플래토(shaker plateau)의 T125 플라스크에서 배양하였다. 세포를 24-딥 웰 플레이트의 각 웰에 0.3-0.5 × 10e6개의 생존 세포/ml의 밀도로 접종하였다. 독점 벡터 시스템에 클로닝된 상이한 항체를 암호화하는 2개의 플라스미드를 일시적으로 혼합하여 세포를 형질감염시킨다. 형질감염 7일 후, 세포 상청액을 수집하고 0.22μM 필터(Sartorius)를 통해 여과하였다. 멸균 상청액은 항체가 정제될 때까지 4℃에서 보관하였다.
IgG 정제 및 정량화
단백질-A 친화성 크로마토그래피를 사용하여 필터 플레이트에서 멸균 조건 하에 정제를 수행하였다. 먼저, 배지의 pH를 pH 8.0으로 조정한 후, IgG 함유 상청액을 단백질 A 세파로스 CL-4B 비드(50% v/v)(Pierce)와 함께 25℃, 600rpm의 진탕 플랫폼에서 2시간 동안 인큐베이션하였다. 다음으로, 여과를 통해 비드를 수확하였다. 비드를 PBS pH 7.4로 2회 세척하였다. 이어서, 결합된 IgG를 0.1M 시트레이트 버퍼를 사용하여 pH 3.0에서 용출시키고, 용출액을 Tris pH 8.0을 사용하여 즉시 중화시켰다. 멀티스크린 Ultracel 10 멀티플레이트(Millipore)를 사용하여 원심분리로 버퍼 교환을 수행하였다. 샘플을 PBS pH7.4에서 최종적으로 수확하였다. IgG 농도는 Octet을 사용하여 측정하였다. 단백질 샘플은 4℃에서 보관하였다.
정제된 IgG의 양을 결정하기 위해, 표준으로서 전체 인간 IgG(Sigma Aldrich, 카탈로그 번호 I4506)를 사용하여 단백질-A 바이오센서(Forte-Bio, 공급자의 권장 사항에 따름)를 사용하는 Octet 분석을 통해 항체의 농도를 결정하였다.
다음 이중특이적 항체는 본 실시예 및 본 발명의 방법에 사용하기에 적합하다: MF3370xMF5790, MF3370x5803, MF3370x5805, MF3370x5808, MF3370x5809, MF3370x5814, MF3370x5816, MF3370x5817, MF3370x5818, MF3755xMF5790, MF3755x5803, MF3755x5805, MF3755x5808, MF3755x5809, MF3755x5814, MF3755x5816, MF3755x5817, MF3755x5818, MF4280xMF5790, MF4280x5803, MF4280x5805, MF4280x5808, MF4280x5809, MF4280x5814, MF4280x5816, MF4280x5817, MF4280x5818, MF4289xMF5790, MF4289x5803, MF4289x5805, MF4289x5808, MF4289x5809, MF4289x5814, MF4289x5816, MF4289x5817 및 MF4289x5818. 각각의 이중특이적 항체는 각각 EGFR 및 LGR5에 결합할 수 있는 MF 번호로 명시된 2개의 VH를 포함하고, 각각 서열번호 136(도 5d) 및 서열번호 138(도 5e)로 나타낸 바와 같은 KK/DE CH3 이종이량체화 도메인, 서열번호 134(도 5c)로 나타낸 바와 같은 CH2 도메인 및 서열번호 131(도 5a)로 나타낸 바와 같은 CH1 도메인, 서열번호 121(도 4)로 나타낸 바와 같은 공통 경쇄를 갖는 Fc 테일을 포함한다.
실시예 1: EAC, GAC, GEJAC 또는 두경부암 환자에 대한 항-EGFRx항-LGR5 항체의 용량 확장 및 효능:
진행성 고형 종양에 대한 1상 용량 증량 연구
연구 설계
mCRC 환자의 고형 종양에 대한 항-EGFRx항-LGR5 이중특이적 항체의 권장 2상 용량(recommended phase 2 dose, RP2D)을 결정하기 위해 초기 용량 증량 부분과 함께 1상 오픈-라벨 다기관 연구(phase 1 open-label multicenter study)를 수행하였으며, 시작 용량은 5mg의 균일 용량이다. RP2D가 확립되면 EAC, GAC, GEJAC 또는 두경부 편평세포암종(SCCHN)을 포함한 두경부암으로 진단받은 환자를 포함하여 연구의 확장 부분에서 항체가 추가로 평가된다. 항체의 안전성, PK, 면역원성 및 예비 항종양 활성을 모든 환자에서 특성화하고, EGFR 및 LGR5 상태를 포함한 바이오마커 분석을 수행한다.
포함 기준
환자는 연구에 참여하기 위해 다음 요구 사항을 모두 충족해야 한다:
1. 임의의 연구 절차를 시작하기 전에 서명된 사전 동의서.
2. 사전 동의 서명 시 연령이 18세 이상임.
3. 치료 목적의 표준 요법으로 치료할 수 없는 전이성 또는 국소 진행성 질환의 증거가 있는 조직학적 또는 세포학적으로 확인된 고형 종양:
확장 코호트: 진행성 전이성 EAC, GAC, GEJAC 두경부 편평세포암종 환자는 이전에 최소 2가지의 표준 승인 요법(해당되는 경우)으로 치료를 받은 적이 있거나 없는 환자를 탐색한다.
4. 전이성 또는 원발성 부위로부터의 기준선 신선한 종양 샘플(FFPE 및 충분한 경우 동결된 물질).
5. 생검이 가능함.
6. 방사선학적 방법으로 RECIST 버전 1.1에 정의된 바와 같은 측정 가능한 질환.
7. ECOG(Eastern Cooperative Oncology Group) 성과 상태가 0 또는 1임.
8. 조사자에 따르면 기대 수명은 12주 이상임.
9. 심장초음파(echocardiogram, ECHO) 또는 MUGA(multiple gated acquisition scan)에 의한 좌심실 박출률(LVEF) ≥ 50%.
10. 적절한 기관 기능:
Figure pct00001
절대호중구수(Absolute neutrophil count, ANC) ≥1.5 × 109/L
헤모글로빈 ≥9g/dL
혈소판 ≥100 × 109/L
정상 범위 내로 교정된 총 혈청 칼슘
정상 범위 내의 혈청 마그네슘(또는 보충제로 교정됨)
알라닌 아미노트랜스퍼라제(alanine aminotransferase, ALT), 아스파테이트 아미노트랜스퍼라제(aspartate aminotransferase, AST) ≤2.5 × 정상 상한(upper limit of normal, ULN) 및 총 빌리루빈 ≤1.5 × ULN(총 빌리루빈 >3.0 × ULN 또는 직접 빌리루빈 > 1.5 × ULN인 경우 제외되는 알려진 길버트 증후군(Gilbert's syndrome)인 경우는 제외); 간 침범의 경우 ALT/AST ≤5 × ULN 및 총 빌리루빈 ≤2 × ULN이 허용될 것이거나(총 빌리루빈 ≤3.0 × ULN인 경우 알려진 길버트 증후군인 경우는 제외) 직접 빌리루빈 ≤1.5 × ULN이 허용되거나 총 빌리루빈 <3mg/dL인 경우 간세포암종[Child-Pugh 등급 A]이 허용될 것임
혈청 크레아티닌 ≤1.5 × ULN 또는 크레아티닌 청소율 ≥60mL/분(65세가 넘는 환자의 경우 Cockroft-Gault 공식 또는 MDRD 공식에 따라 계산됨)
혈청 알부민 >3.3g/dL
제외 기준
다음 기준 중 하나라도 해당되면 환자가 연구에 참여하지 못하도록 제외한다:
1. 연구 시작 후 14일 이내에 치료되지 않았거나 증상이 있거나, 증상을 조절하기 위해 방사선, 수술 또는 지속적인 스테로이드 요법이 필요한 중추신경계 전이.
2. 알려진 연수막 침범(leptomeningeal involvement).
3. 연구 시작 전 4주 이내에 다른 임상 시험에 참여하거나 연구 약물을 사용한 치료.
4. 4주 또는 5회 반감기 중 더 긴 기간 이내에 연구 치료의 제1 용량의 전신 항암 치료를 받은 경우. 주요 지연 독성이 있는 세포독성제(예를 들어, 미토마이신(mitomycin) C, 니트로소우레아(nitrosourea)) 또는 항암 면역요법의 경우 6주간의 휴약 기간이 필요함.
5. 면역억제제(예를 들어, 메토트렉세이트, 사이클로포스파미드)의 필요 요건
6. 연구 치료제 첫 용량 후 3주 이내에 대수술 또는 방사선요법. 이전에 골수의 25% 이상에 대해 방사선요법을 받은 환자는 언제 받았는지에 관계없이 자격이 없음.
7. 이전의 항종양 요법과 관련된 1 초과의 지속적 등급의 임상적으로 유의미한 독성(탈모증 제외); NCI-CTCAE v4.03에서 2등급 이하의 안정 감각신경 장애(stable sensory neuropathy)는 허용됨.
8. 과민 반응 또는 인간 단백질이나 이러한 물질의 영구적인 중단을 보장하는 부형제에 기인한 독성의 병력.
9. 적절한 치료 또는 불안정 협심증(angina)으로 조절되지 않는 고혈압(수축기 > 150mmHg 및/또는 이완기 > 100mmHg).
10. 뉴욕 심장 협회(New York Heart Association, NYHA) 기준 클래스 Ⅱ-Ⅳ의 울혈성 심부전(congestive heart failure) 또는 치료가 필요한 심각한 심장 부정맥(cardiac arrhythmia)의 병력(심방 세동(fibrillation), 발작성 상심실성 빈맥(paroxysmal supraventricular tachycardia) 제외).
11. 연구 시작 6개월 이내에 심근경색(myocardial infarction)의 병력.
12. 절제된 자궁경부 상피 내 신생물(excised cervical intraepithelial neoplasia) 또는 비흑색종 피부암(with the exception of excised cervical intraepithelial neoplasia or non), 또는 최소 3년 동안 질환의 증거 없이 재발 위험이 낮은 것으로 간주되는 치유력 있게 치료된 암을 제외한 이전 악성 종양의 병력.
13. 현재 안정 시 호흡곤란이 발생하거나 지속적인 산소 요법이 필요한 기타 질병.
14. 간질성 폐질환(interstitial lung disease)(예를 들어, 폐렴(pneumonitis) 또는 폐섬유증(pulmonary fibrosis)) 병력이 있거나 기본 흉부 CT 스캔에서 ILD의 증거가 있는 환자.
15. 통제할 수 없는 활성 감염, 임상적으로 중요한 폐, 대사 또는 정신 장애를 포함하지만 이에 제한되지 않는 현재 심각한 질병 또는 의학적 상태.
16. 치료가 필요한 활성 HIV, HBV 또는 HCV 감염.
17. 현재 Child-Pugh 클래스 B 또는 C의 간경변 상태의 환자; 알려진 섬유층판(fibrolamellar) HCC, 육종양(sarcomatoid) HCC, 또는 혼합된 담관암종(cholangiocarcinoma)과 HCC
18. 임신 또는 수유중인 여성; 가임기 환자는 연구 시작 전, 연구 참여 기간 동안 및 마지막 항체 투여 후 6개월 동안 매우 효과적인 피임 방법을 사용해야 함.
용량 제한 독성(dose-limiting toxicity, DLT)
첫 번째 주기(28일) 동안 발생하고 연구자가 항체 치료와 관련된 것으로 간주하는 다음 임상 독성 및/또는 실험실 이상 중 하나는 DLT로 간주한다:
혈액학적 독성:
- 7일 이상 동안 4등급 호중구감소증(절대 호중구 수[absolute neutrophil count, ANC] <0.5 × 109개의 세포/L)
- 3-4등급 열성 호중구감소증
- 4등급 혈소판감소증(thrombocytopenia)
- 출혈 에피소드와 관련된 3등급 혈소판 감소증
- 기타 4등급 혈액학적 독성
다음을 제외한 3-4등급 비혈액학적 이상반응 및 실험실 독성:
- 3-4등급 주입 관련 반응
- 최적의 치료로 2주 이내에 2등급 이하로 회복되는 3등급 피부 독성
- 최적의 치료로 3일 이내에 1등급 이하 또는 기준선으로 회복되는 3등급 설사, 메스꺼움 및/또는 구토
- 48시간 이내에 최적의 치료로 해결되는 3등급 전해질 이상
- 48시간 이하로 지속되는 3-4등급 간 이상
Hy 법칙의 정의를 충족하는 간 기능 이상.
다음 2회의 투여를 방해하는 약물 관련 독성이 15일 이상 지속되는 경우.
용량 확장
확장 부분에서 이중특이적 항체는 EAC, GAC, GEJAC 또는 두경부암, 특히 SCCHN 환자에게 RP2D로 투여된다. RP2D가 정의되면 항체의 안전성, 내약성, PK 및 면역원성을 추가로 특성화하고 항종양 활성 및 바이오마커 평가에 대한 예비 평가를 수행하기 위해 이 용량과 일정으로 추가의 환자를 치료하게 된다.
EAC, GAC, GEJAC 또는 두경부암, 특히 SCCHN 환자의 항체 치료는, 예를 들어, 예비 항종양 활성의 징후에 따라 최대 40명의 환자까지 확대될 수 있는 각 적응증에 대해 10 내지 20명의 환자에서 탐색된다. RP2D의 안전성은 연구 확장 기간 동안 안전 모니터링 위원회(Safety Monitoring Committee)에서 지속적으로 평가될 예정이다. DLT의 발생률이 임의의 코호트에 대해 사전 정의된 임계값인 33%를 초과하는 경우, 이 코호트에 대한 등록이 일시 중지되고 SMC는 안전성, PK 및 바이오마커에 대한 전체 검토를 수행하여 해당 코호트에서 계속 누적되는 것이 안전한지 결정한다. 이때 약품의 전반적인 안전성도 조사하게 된다.
조사 요법 및 계획
항-EGFR x 항-LGR5 이중특이적 항체는 IV 주입을 위한 투명한 액체 용액으로 제형화된다. IV 주입은 표준 주입 절차를 사용하여 2주마다 수행되며 시작 용량은 5mg(균일 용량)이고 권장되는 2상 용량은 1500mg(균일 용량)이다. RP2D에 도달하면 용량 증량이 중단되었다. 주입은 주기 1 동안 최소 4시간에 걸쳐 투여되어야 한다. 주기 1 이후의 후속 주입은 IRR이 없는 경우 연구자의 재량에 따라 2시간으로 줄일 수 있다. 한 주기는 4주로 간주된다.
사전투약
주기 1 동안 모든 주입은 다음과 같은 사전투약 계획으로 최소 4시간에 걸쳐 투여된다: 주입 시작 24시간 전, 덱사메타손 PO 8mg을 주입 시작 1시간 전에 투여한다. 환자는 덱사메타손 20mg IV, 덱스클로르페니라민 5mg IV 또는 디펜히드라민 50mg PO 또는 클로르페니라민 10mg IV, 라니티딘(Ranitidine) 50mg IV 또는 150mg PO 및 파라세타몰(Paracetamol) 1g IV 또는 650mg PO를 투여받게 된다.
환자가 IRR 없이 모든 주기 1 주입을 견딜 수 있고 연구자가 이것이 적절하다고 판단하는 경우, 환자는 덱사메타손의 사전투약 없이 추가 항체 주입을 계속 받을 수 있으며 주입 기간은 2시간으로 단축될 수 있다. 이러한 경우, IRR의 발생률이나 중증도를 피하거나 줄이기 위해 적절하다고 판단되는 경우 주입 기간을 최대 4시간까지 연장할 수 있다. 초기 항체 주입(1일차 주기 1)의 경우, 각 환자를 주입 시작 후 6시간 동안 관찰하고, 두 번째 주입 시작 후 4시간 동안 관찰한다. 그 후 모든 후속 투여 기간(최소 2시간) 동안 환자를 관찰한다.
치료 기간
연구 치료제는 진행성 질환(RECIST 1.1에 따라), 허용할 수 없는 독성, 동의 철회, 환자 비준수, 연구자 결정(예를 들어, 임상적 악화) 또는 연속 6주 초과의 항체 중단이 확인될 때까지 투여된다. 환자는 마지막 항체 주입 후 최소 30일 동안, 모든 관련 독성이 회복되거나 안정화될 때까지 안전성을 확인하고, 질병 진행 및 생존 상태를 12개월 동안 추적 관찰한다.
EGFR 증폭 또는 높은 EGFR 단백질 발현에 대한 위 환자의 사전 선별검사
위/위식도 접합부 선암종 환자의 경우, 임상 시험에서 DNA 사전 선별검사를 통한 EGFR 증폭 또는 높은 EGFR 발현에 대한 문서화가 필요하다. 사전 선별 검사를 받으려면 환자는 다른 실행 가능한 표적이 없는 상태에서 위암에 대한 조직학적 진단을 받아야 한다. 사전 선별검사 테스트는 EGFR 증폭 및 종양 유전자 돌연변이 또는 EGFR IHC(예를 들어, EGFR PharmDx Kit 또는 이에 상응하는 검증된 IVD)에 대한 분자 선별을 수행할 수 있는 자격을 갖춘 임상 실험실 개선 개정(clinical laboratory improvement amendments, CLIA) 인증 실험실에서 현지에서 수행된다. EGFR 증폭은 FISH 테스트, ctDNA 분석 또는 조직 NGS를 사용하여 테스트할 수 있다. 적절한 현지 테스트 옵션을 사용할 수 없는 경우, 샘플을 적절한 자격을 갖춘 승인된 중앙 실험실로 보낼 수 있다.
ctDNA 분석을 위해 Guardant에서 제공하는 혈액 수집 키트에 제공된 튜브를 사용하여 10mL 혈액 튜브 2개를 수집한다. Guardant 조직 NGS 분석의 경우 Guardant에서 제공하는 수집 키트를 사용하여 FFPE 슬라이드 또는 조직 블록을 제출할 수 있다. 적격하다고 정의된 EGFR 증폭 또는 EGFR 단백질 발현의 역치는 FISH 점수 EGFR/CEP7 비율 ≥2.0, NGS EGFR 카피 ≥8, ctDNA >2.14 또는 EGFR IHC H 점수 ≥ 200이다(Maron SB, 등, 2018. Targeted Therapies for Targeted Populations: Anti-EGFR Treatment for EGFR-Amplified Gastroesophageal Adenocarcinoma. Cancer Discov 8:696-713.; Kato 등, 2019. Revisiting Epidermal Growth Factor Receptor (EGFR) Amplification as a Target for Anti-EGFR Therapy: Analysis of Cell-Free Circulating Tumor DNA in Patients With Advanced Malignancies. JCO Precis Oncol 3: PO.18.00180). EGFR 증폭 또는 EGFR IHC H 점수 ≥ 200인 환자는 주 연구에 참여할 의지와 능력이 있는 경우 주 연구 ICF에 서명할 자격이 있다. 적어도 10명의 EGFR IHC가 높은 환자가 등록될 것이다.
현지 자격을 갖춘 실험실에서 ctDNA 검사를 통해 문서화된 EGFR 증폭이 있는 환자는 추가 사전 선별검사 없이 본 연구 ICF에 서명할 수 있다.
효능 평가
종양 평가는 치료 시작 후 8주마다 RECIST 1.1(Eisenhauer 등, 2009 Eur J Cancer 45:228-247)에 따른 조영제를 사용하는 CT/MRI를 기반으로 한다. 객관적인 반응은 첫 관찰 후 최소 4주 후 확인되어야 한다. 기준선에서 뼈 전이가 있거나 연구에서 병변이 의심되는 환자에 대해 임상적으로 지시된 대로 뼈 스캔을 수행한다. 암배아항원(carcinoembryonic antigen, CEA)을 포함한 순환 혈액 종양 마커는 선별검사 시와 각 주기의 1일차에 평가된다.
실시예 2
후두에 위치한 두경부 편평세포암종이 있는 67세 남성 환자가 실시예 1의 임상 시험에 등록되었다. 이 환자는 이전에 백금 기반 화학요법(카르보플라틴)과 파클리탁셀 및 중요한 것은 면역 체크포인트 억제제인 두르발루맙으로 치료를 받았다.
관찰된 반응에는 MF3755 xMF5816으로 표시되는 제1 및 제2 가변 도메인을 갖는 것을 특징으로 하는 이중특이적 항체를 받은 후 ~41%의 PRc가 포함되었다. 환자에게 1500mg의 균일 용량을 사용하여 상기 항체를 6회 넘게 q2w 주기로 투여한 후 임상 반응을 평가하였다.
환자는 EGFR IHC 종양 막 염색 점수가 2+인 것으로 나타났다.
실시예 3
혀에 위치한 두경부 편평세포암종이 있는 59세 여성 환자가 실시예 1의 임상 시험에 등록되었다. 이 환자는 이전에 백금 기반 화학요법(카르보플라틴)과 5-FU 및 중요한 것은 면역 체크포인트 억제제인 펨브롤리주맙으로 치료를 받았다.
관찰된 반응은 MF3755 xMF5816으로 표시되는 제1 및 제2 가변 도메인을 갖는 것을 특징으로 하는 이중특이적 항체를 투여받은 후 종양 상태의 두 번째 평가에서 완전 반응(CR)과 함께 ~88%의 부분 반응(PR)을 포함하였다. 환자에게 1500mg의 균일 용량을 사용하여 상기 항체를 4회 넘게 q2w 주기로 투여한 후 임상 반응을 평가하였다.
환자는 EGFR IHC 종양 막 염색 점수가 3+인 것으로 나타났다.
실시예 4
구인두 두경부의 편평세포암종이 있는 67세 남성 환자가 실시예 1의 임상 시험에 등록되었다. 이 환자는 이전에 백금 기반 화학 요법(시스플라틴 및 카르보플라틴) 및 중요하게는 면역 체크포인트 억제제인 펨브롤리주맙으로 치료를 받았다.
관찰된 반응에는 MF3755 xMF5816으로 표시되는 제1 및 제2 가변 도메인을 갖는 것을 특징으로 하는 이중특이적 항체를 받은 후 ~40%의 PRc가 포함되었다. 환자에게 1500mg의 균일 용량을 사용하여 상기 항체를 8회 q2w 주기로 투여한 후 임상 반응을 평가하였다.
환자는 EGFR IHC 종양 막 염색 점수가 3+인 것으로 나타났다.
EGFR H 점수화는 실시예 6에 언급된 대로 수행하였다.
실시예 5
위식도 접합부 암이 있는 80세 남성 환자가 실시예 1의 임상 시험에 등록되었다. 환자는 이전에 옥살리플라틴(oxaliplatin) 및 이리노테칸 기반 화학요법으로 치료를 받았다.
관찰된 반응에는 MF3755 xMF5816에 의해 표시되는 제1 및 제2 가변 도메인을 갖는 것을 특징으로 하는 이중특이적 항체를 투여받은 후 안정(stable disease, SD)이 포함되었다. 환자에게 1500mg의 균일 용량을 사용하여 상기 항체를 4q2w 주기로 투여한 후 임상 반응을 평가하였다.
환자의 EGFR IHC 점수는 3+, EGFR H 점수는 300이었다. 유전자 프로파일링에 따르면 환자는 SMAD4에 대해 야생형인 것으로 나타났다.
EGFR H 점수화는 실시예 8에 언급된 대로 수행하였다.
실시예 6
위암이 있는 62세 남성 환자가 실시예 1의 임상 시험에 등록되었다. 환자는 이전에 시스플라틴/카페시타빈을 이용한 화학요법으로 치료를 받았다.
관찰된 반응에는 MF3755 xMF5816으로 표시되는 제1 및 제2 가변 도메인을 갖는 것을 특징으로 하는 이중특이적 항체를 받은 후 확인된 부분 반응(PRc)이 포함되었다. 환자에게 1500mg의 균일 용량을 사용하여 상기 항체를 7q2w 주기로 투여한 후 임상 반응을 평가하였다.
환자의 EGFR IHC 점수는 3+, EGFR H 점수는 300이었다. 유전자 프로파일링에 따르면 환자는 SMAD4에 대해 야생형인 것으로 나타났다.
EGFR H 점수화는 실시예 8에 언급된 대로 수행하였다.
실시예 7
권장된 2상 용량의 안전성 프로필은 RP2D로 치료받은 고형 종양 환자 29명을 기반으로 하였다. 가장 빈번한 이상반응은 주입 관련 반응(infusion-related reaction, IRR)이었으며, 72%는 임의의 등급, 7%는 3등급 이상이었다. 발병 시간: 모든 환자에 대한 첫 번째 주입. IRR은 예방/장기 주입으로 관리 가능하였다. 경증 내지 중등도의 피부 독성이 관찰되었다(3%의 심각한 사건 포함).
주입 관련 반응은 주입 후 24시간 동안 연구자가 IRR로 간주한 모든 AE를 포함하는 복합 용어이다.
실시예 8. IHC를 통한 EGFR 점수화
EGFR pharmDx™ 검정은 조직학적 평가를 위해 일상적으로 고정된 정상 조직과 종양 조직에서 표피 성장 인자 수용체(EGFR) 발현을 확인하기 위한 정성적 면역조직화학(IHC) 키트 시스템이다. EGFR pharmDx는 EGFR 발현 세포에서 EGFR(HER1) 단백질을 특이적으로 검출한다.
EGFR pharmDx™ 검정은 EGFR 항체, 클론 2-18C9(2-18C9)를 사용하여 EGFR 단백질을 검출한다. 클론 2-18C9를 EGFR, HER2, HER3 및 HER4를 발현하는 세포주에 대한 반응성에 대해 테스트하였다. SKBR3 및 A431 세포 용해물의 웨스턴 블롯에서 2-18C9는 알려진 EGFR의 분자량과 일치하는 170kD 밴드를 인식하였다. 클론 2-18C9는 또한 면역조직화학, 유세포분석 및 EGFRvⅢ 형질감염 세포주의 웨스턴 블롯팅에서 수용체의 EGFRvⅢ(145kD) 형태를 인식하는 것으로 밝혀졌다. 웨스턴 블롯팅 실험에서, 2-18C9는 HER2 양성 CAMA-1 세포 용해물, HER3 형질전환 대장균(E. coli) BL-21 단백질 추출물 및 CHO-HER4 형질감염 세포 용해물과 반응하지 않았다. 또한, myc(벡터 태그)를 단독으로 발현하거나 HER 계열 구성원 중 하나와 공동발현하는 차이니즈 햄스터 난소(CHO) 형질 감염체를 포르말린 고정되고 파라핀 포매된 챔버 슬라이드에서 성장시키고 항-myc 및 2-18C9로 염색하였다. myc 항체는 5개의 CHO 형질감염체 모두를 염색한 반면, 2-18C9는 HER1로 형질감염된 CHO 세포만을 염색하였다.
EGFR 점수화는 제조업체의 지침 및 권장 사항에 따라 Dako EGFR pharmDx™ 사용자 프로토콜을 사용하여 수행한다. 월드 와이드 웹 agilent.com/cs/library/usermanuals/public/08052_egfr_pharmdx_interpretation_manual.pdf 참조.
표본 준비
IHC 염색을 위해 조직을 보존하기 위해 생검 표본을 처리하였다. 모든 표본에는 표준 조직 처리 방법을 사용해야 한다. 다음 고정액에 보존된 표본은 EGFR pharmDx를 사용한 테스트에 적합하다: 10%(v/v) 중성 완충된 포르말린, 10%(v/v) 완충되지 않은 포르말린, 25%(v/v) 완충되지 않은 포르말린, AFA(아세트산 포르말린 알코올), Richard-Allen Scientific의 Pen-fix 및 Bouin의 고정액.
파라핀 포매 섹션
일상적으로 처리되고 파라핀이 포매된 조직이 사용하기에 적합하다. 생검 표본을 3mm 또는 4mm 두께로 차단하고 고정액에 적합한 기간 동안 고정해야 한다. 그런 다음 조직을 일련의 알코올과 자일렌에서 탈수 및 정화하고, 녹은 파라핀을 침투시킨다. 파라핀 온도는 60℃를 초과해서는 안 된다. EGFR 단백질을 발현하는 적절하게 고정되고 포매된 조직 블록은 서늘한 장소(15-25℃)에 보관할 경우 섹션화 및 슬라이드 장착 전에 무기한 유지한다.
조직 표본은 3-5μm 크기로 절단해야 한다. 섹션화 후, 조직을 슬라이드에 장착하고 건조 랙(rack)에 배치해야 한다. 다음 슬라이드를 사용하는 것이 권장된다: Fisher's SuperFrost Plus, Dako's Silanized(코드 S3003), 충전 또는 폴리-L-라이신 코팅 슬라이드. 슬라이드 랙을 흡수성 타월로 두드려 파라핀과 유리에 갇힌 물을 제거한 후 실온에서 1시간 동안 건조시켜야 한다. 그런 다음 슬라이드 랙을 56-60℃ 인큐베이터에 1시간 동안 놓아야 한다. 인큐베이터에서 꺼낸 후 슬라이드에 남아 있는 여분의 물은 슬라이드를 수건으로 두드리고 인큐베이터에서 1시간 더 건조시켜 제거해야 한다. 슬라이드를 인큐베이터에서 꺼낸 후 식고 파라핀이 굳을 때까지 실온에 보관해야 한다. 항원성 보존을 위해 슬라이드(Fisher's SuperFrost Plus, 폴리-L-라이신, 충전 또는 Dako's Silanized 슬라이드(코드 S3003))에 장착된 조직 섹션은 실온(20-25℃)에서 보관하는 경우 섹션화 후 2개월 이내에 염색해야 한다.
EGFR 평가와 종양 존재 확인에 필요한 슬라이드를 동시에 준비해야 한다.
최소 5개의 슬라이드가 권장되는데, 종양 존재를 위한 슬라이드 1개, EGFR 단백질 평가를 위한 슬라이드 2개(1차 항체용 슬라이드 1개, 음성 대조용 시약용 슬라이드 1개) 및 백업용 슬라이드 2개이다.
시약 준비
염색 전에 다음 시약을 준비한다.
세척 버퍼 용액: 세척 단계를 위해 증류수 또는 탈이온수(시약 품질의 물)를 사용하여 세척 버퍼를 10x, 1:10으로 희석하여 충분한 양의 세척 버퍼를 준비한다. 외관이 흐린 경우 버퍼를 폐기한다.
기질-발색체 용액(DAB+): 이 용액은 사용하기 전에 완전히 혼합되어야 한다. 용액에서 발생하는 어떠한 침전물도 염색 품질에 영향을 미치지 않는다. DAB+ 기질-발색체 용액을 준비하려면 액체 DAB+ 발색체 11방울을 DAB+ 기질 버퍼 한 병에 첨가하고 혼합한다. 사용되지 않은 용액은 모두 폐기한다. 위의 지침에 따라 희석한다. DAB+ 기질 버퍼에 과도한 액체 DAB+ 발색체를 첨가하면 양성 신호가 저하된다.
대조염색. 필요한 경우 대조염색 블루잉을 위해 암모니아수를 준비한다.
암모니아수(0.037mol/L)는 15mol/L(농축) 수산화암모늄 2.5(±0.5)mL를 시약 품질의 물 1리터와 혼합하여 제조한다. 사용하지 않은 0.037mol/L 암모니아수는 뚜껑을 단단히 닫은 병에 넣어 실온(20-25℃)에서 최대 12개월 동안 보관할 수 있다.
장착 매체. Dako's Faramount 수성 장착 매체, 즉시 사용 가능한(코드 S3025) 또는 Dako's Glycergel 장착 매체(코드 C0563)와 같은 장착 매체가 수성 장착에 권장된다. 사용하기 전에 약 40(±5)℃로 가열하여 Glycergel을 액화시킨다. Dako's Ultramount(코드 S1964)와 같은 비수성 영구 장착도 적합하다.
Dako 오토스트레이너의 염색 절차
절차상 참고사항
모든 시약은 면역염색 전에 실온(20-25℃)으로 평형화되어야 한다. 마찬가지로 모든 배양은 실온에서 수행되어야 한다.
염색 과정 중에 조직 섹션이 건조되지 않도록 한다. 건조된 조직 섹션에서는 비특이적 염색이 증가할 수 있다.
탈파라핀화 및 재수화. 염색 전에 조직 슬라이드의 파라핀을 제거하여 포매 매체를 제거하고 재수화해야 한다. 파라핀의 불완전한 제거를 피한다. 잔여 포매 매체로 인해 비특이적 염색이 증가될 것이다.
단계 1. 슬라이드를 자일렌 욕조에 넣고 5(±1)분 동안 인큐베이션한다. 욕조를 바꾸고 1회 반복한다.
단계 2. 여분의 액체를 가볍게 두드려 제거하고 슬라이드를 무수 에탄올에 3(±1)분 동안 담근다. 욕조를 바꾸고 1회 반복한다.
단계 3. 여분의 액체를 가볍게 두드려 제거하고 슬라이드를 95% 에탄올에 3(±1)분 동안 담근다. 욕조를 바꾸고 1회 반복한다.
단계 4. 여분의 액체를 가볍게 두드려 제거하고 슬라이드를 시약 품질의 물에 5(±1)분 동안 담근다.
단계 5. 여분의 액체를 가볍게 두드려 제거하고 슬라이드를 세적 버퍼에 넣는다. 염색 프로토콜에 설명된 대로 염색 절차를 시작한다.
자일렌 및 알코올 용액은 40개 슬라이드 후 교체해야 한다. Histoclear와 같은 톨루엔 또는 자일렌 대체품을 자일렌 대신 사용할 수 있다. EGFR pharmDx에는 단백질분해 효소 분해 단계를 통한 전처리가 포함된다. 조직 섹션이 때때로 과도하게 분해되어 세포막과 전반적인 조직 구조가 파괴될 수 있다. 단백질분해 분해 단계의 지속 시간에 주의하여 분석을 실행한다.
고정 후 절차
1. 섹션의 파라핀을 제거하고 시약 품질의 물에 담근다.
2. 슬라이드를 10% 중성 완충된 포르말린에 10분 동안 담근다.
3. 슬라이드를 탈이온수나 증류수로 2회 헹군다.
4. EGFR pharmDx 염색 절차를 계속 진행한다.
자동 염색 프로토콜
단계 1. 원하는 프로토콜과 프로그램 염색 실행을 선택한다.
단계 2. 자동 프로그램을 사용하여 프로그램을 설정하고 EGFR pharmDx 프로그램을 시작한다.
단계 3. 컴퓨터에서 생성된 시약 맵에 따라 시약 바이알을 DAKO 오토스트레이너 시약 랙에 놓는다.
단계 4. 컴퓨터에서 생성된 슬라이드 맵에 따라 슬라이드를 DAKO 오토스트레이너에 로드한다.
단계 5. 실행을 시작한다.
단계 6. DAKO 오토스트레이너에서 슬라이드를 제거한다.
대조염색 및 장착을 진행한다. DAB+ 기질-발색체 용액 단계 후 시약 품질의 물로 슬라이드를 헹군다. (DAKO 오토스트레이너 하드웨어 버전 02 및 03은 기질-발색체 단계 후 시약 품질의 물로 슬라이드를 헹군다. DAKO 오토스트레이너의 01 하드웨어 버전은 슬라이드를 완충액으로 헹군다. 따라서, 01 하드웨어에 염색된 슬라이드는 오토스트레이너에서 제거한 후 시약 품질의 물로 헹궈야 한다).
염색 절차의 해석
슬라이드 평가는 병리학자가 광학 현미경을 사용하여 수행해야 한다. 모든 평가는 표본의 종양 부위에 대해 이루어져야 한다. 면역세포화학적 염색 및 점수화를 평가하려면 10X 또는 20X 배율의 대물렌즈가 적합하다.
염색 결과를 해석하려면 손상되지 않은 세포를 사용한다; 괴사성 또는 퇴행성 세포는 종종 비특이적으로 염색된다. 분석이 수행될 때마다 염색 실행을 검증하기 위해 양성 및 음성 세포주가 각 EGFR pharmDx 키트에 포함되어 있다. 대조용 세포주의 적절한 염색은 EGFR pharmDx 검정이 제대로 기능하고 있다는 증거를 제공한다. CAMA-1 대조용 세포주(0)는 막 염색이 없고 HT-29 대조용 세포주(2+)의 중간 정도의 갈색의 완전 또는 불완전 막 염색은 염색 실행이 유효함을 나타낸다. 양성 대조용 세포주의 염색 강도가 너무 약하거나 너무 강하면 위음성 또는 위양성 결과가 나올 수 있으므로 테스트를 반복해야 한다. 참조 이미지는 EGFR pharmDx 해석 지침에서 확인할 수 있다.
EGFR pharmDx는 주로 세포막을 염색하여 완전 염색과 불완전 염색을 모두 보여준다. 면역염색 패턴은 종종 이질적이며 단일 신생물 내에서 다양한 염색 강도를 나타낸다. 세포질과 세포 외 공간에서도 염색이 관찰되었다. 세포질 염색은 보통은 볼 수 있지만, 현저한 세포질 염색으로 인해 막 염색을 구별하고 결과를 해석하기 어려운 경우 검사를 반복해야 한다.
종양은 평가 가능한 구조로서 막 염색을 사용하여 EGFR 양성 또는 EGFR 음성으로 보고되어야 한다. 종양 세포가 완전히 원주형인지에 관계없이 배경 이상의 막 염색을 보유하고 있으면 EGFR 양성이다. 어떤 종양 세포에서도 배경 이상의 막 염색이 없는 종양은 EGFR 음성 종양으로 보고된다.
사용된 헤마톡실린(hematoxylin)의 잠복기 길이와 효능에 따라 대조염색으로 인해 세포핵이 옅은 파란색에서 진한 파란색으로 변색된다. 과도하거나 불완전한 대조염색은 결과 해석을 손상시킬 수 있다.
염색 강도는 다음과 같이 설정된다: 3+(강한 염색): 저배율 수준인 x5 대물 렌즈에서 볼 수 있으며 필요에 따라 고배율 수준에서 확인할 수 있음; 2+(중간 염색): 중간 배율 수준인 x10 또는 x20 대물 렌즈에서 볼 수 있음; 1+(약한 염색): 고배율인 x40 대물 렌즈에서만 확실하게 확인할 수 있음; 0(염색 없음): 고배율에서 염색이 보이지 않음.
EGFR H 점수화
IHC를 사용한 막 염색 평가는 샘플을 4가지 염색 강도 범주(0-3+)로 분류한다. 주목할 점은 종양 세포의 선형 세포간 염색만이 양성으로 간주되고 완전 및 불완전 막 염색이 고려되고 기록된다는 것이다. 또한, Histo-점수 계산의 경우 모든 막 염색은 완전성(완전 및 불완전 막 염색)과 무관한 것으로 간주된다.
H 점수는 다음 공식을 사용하여 지정되며 0에서 300 사이의 EGFR에 대한 H 점수가 생성된다: [1 × (1+ 염색이 있는 세포 %) + 2 × (2+ 염색이 있는 세포 %) + 3 × (3+ 염색이 있는 세포 %)]
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Claims (36)

  1. 대상체의 암 치료에 사용하기 위한 EGFR의 세포 외 부분에 결합하는 제1 가변 도메인을 포함하는 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체로서, 상기 대상체의 암은 면역 체크포인트 억제제로 사전 치료를 받은 후 진행되었고 암은 EGFR을 발현하는, 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체.
  2. 대상체의 암을 치료하기 위한 약제의 제조에 있어서 EGFR의 세포 외 부분에 결합하는 제1 가변 도메인을 포함하는 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체의 용도로서, 상기 대상체의 암은 면역 체크포인트 억제제로 사전 치료를 받은 후 진행되었고 암은 EGFR을 발현하는, 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체의 용도.
  3. EGFR 발현 암이 있는 대상체를 치료하는 방법으로서, 상기 대상체는 면역 체크포인트 억제제로 사전 치료를 받은 후 진행되었고, 상기 방법은 대상체에게 EGFR의 세포 외 부분에 결합하는 제1 가변 도메인을 포함하는 유효량의 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체를 제공하는 것을 포함하는 방법.
  4. 제1항 내지 제3항 중 어느 한 항에 있어서, 암이 두경부암, 바람직하게는 두경부 편평세포암종(SCCHN)이고, 상기 암이 바람직하게는 IHC 점수 2+ 또는 3+를 특징으로 하는 EGFR을 발현하는, 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체, 또는 용도 또는 방법.
  5. 제1항 내지 제4항 중 어느 한 항에 있어서, 암이 IHC 점수 3+를 특징으로 하는 EGFR 발현을 갖는 위암, 식도암 또는 위식도 접합부암인, 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체, 또는 용도 또는 방법.
  6. 제1항 내지 제5항 중 어느 한 항에 있어서, 암이 EGFR에 대한 H 점수가 200 초과인 것을 특징으로 하는 EGFR 발현을 갖는 위암, 식도암 또는 위식도 접합부암인, 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체, 또는 용도 또는 방법.
  7. 대상체의 위암, 식도암 또는 위식도 접합부암의 치료에 사용하기 위한 EGFR의 세포 외 부분에 결합하는 제1 가변 도메인을 포함하는 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체로서, 상기 암은 IHC 점수 3+를 특징으로 하는 EGFR을 발현하는, 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체.
  8. 대상체의 위암, 식도암 또는 위식도 접합부암의 치료에 사용하기 위한 EGFR의 세포 외 부분에 결합하는 제1 가변 도메인을 포함하는 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체로서, 상기 암은 EGFR에 대한 H 점수가 200 초과인 것을 특징으로 하는 EGFR을 발현하는, 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체.
  9. 대상체의 암 치료에 사용하기 위한 EGFR의 세포 외 부분에 결합하는 제1 가변 도메인을 포함하는 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체로서, 제1 가변 도메인은
    - 적어도 도 3에 묘사된 바와 같은 MF3370; MF3755; MF4280 또는 MF4289의 VH의 CDR3 서열, 또는 도 3에 묘사된 바와 같은 MF3370; MF3755; MF4280 또는 MF4289의 VH의 CDR3 서열과 최대 3개, 바람직하게는 최대 2개, 바람직하게는 1개 이하의 아미노산이 상이한 CDR3 서열;
    - 적어도 도 3에 묘사된 바와 같은 MF3370; MF3755; MF4280 또는 MF4289의 VH의 CDR1, CDR2 및 CDR3 서열; 또는 최대 3개, 바람직하게는 최대 2개, 바람직하게는 최대 1개의 아미노산 치환이 있는 도 3에 묘사된 바와 같은 MF3370; MF3755; MF4280 또는 MF4289의 VH의 CDR1, CDR2 및 CDR3 서열; 또는
    도 3에 묘사된 바와 같은 MF3370; MF3755; MF4280 또는 MF4289의 VH쇄 서열; 또는 MF3370; MF3755; MF4280 또는 MF4289의 VH쇄에 대해 최대 15개, 바람직하게는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 또는 10개, 바람직하게는 1, 2, 3, 4 또는 5개의 아미노산 삽입, 결실, 치환 또는 이들의 조합을 갖는 도 3에 묘사된 MF3370; MF3755; MF4280 또는 MF4289의 VH쇄의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역이고; 상기 암은 두경부암, 바람직하게는 두경부 편평세포암종(SCCHN)이며, 암은 바람직하게는 IHC 점수 2+ 또는 3+를 특징으로 하는 EGFR을 발현하거나, 상기 암은 IHC 점수 3+ 또는 바람직하게는 EGFR에 대한 H 점수가 200 초과인 것을 특징으로 하는 EGFR 발현을 갖는 위암, 식도암 또는 위식도 접합부암인, 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체.
  10. 제1항 내지 제9항 중 어느 한 항에 있어서, 대상체가 항-EGFR 작용제로 사전 치료를 받은 적이 없는, 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체, 또는 용도 또는 방법.
  11. 제1항 내지 제9항 중 어느 한 항에 있어서, 대상체가 EGFR을 표적으로 하는 항체로 사전 치료를 받은 적이 없는, 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체, 또는 용도 또는 방법.
  12. 제1항 내지 제9항 중 어느 한 항에 있어서, 대상체가 세툭시맙으로 사전 치료를 받은 적이 없는, 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체, 또는 용도 또는 방법.
  13. 제7항 내지 제12항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 암이 면역 체크포인트 억제제로 사전 치료를 받은 후 진행된, 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체.
  14. 제1항 내지 제13항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 암이 200 초과에서 300 이하 사이의 H 점수를 특징으로 하는 EGFR을 발현하는, 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체, 또는 용도 또는 방법.
  15. 제14항에 있어서, EGFR에 대한 상기 H 점수가 IHC를 사용하여 결정되는, 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체.
  16. 제1항 내지 제15항 중 어느 한 항에 있어서, 대상체가 포유동물, 바람직하게는 인간인, 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체, 또는 용도 또는 방법.
  17. 제1항 내지 제16항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 치료가 대상체에게 유효량의 상기 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체를 제공하는 것을 포함하는, 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체, 또는 용도 또는 방법.
  18. 제1항 내지 제17항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 치료가 1500mg의 균일 용량(flat dose)의 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체를 대상체에게 제공하는 것을 포함하는, 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체, 또는 용도 또는 방법.
  19. 제1항 내지 제18항 중 어느 한 항에 있어서, 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체가 대상체에게 정맥 내로 제공되는, 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체, 또는 용도 또는 방법.
  20. 제1항 내지 제19항 중 어느 한 항에 있어서, 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체가 매주, 격주 또는 매월, 바람직하게는 격주로 제공되고, 더 바람직하게는 대상체에게 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체의 투여량이 격주로 적어도 3회 이상 제공되는, 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체, 또는 용도 또는 방법.
  21. 제1항 내지 제20항 중 어느 한 항에 있어서, 항체가 ADCC 강화된 것인, 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체, 또는 용도 또는 방법.
  22. 제1항 내지 제21항 중 어느 한 항에 있어서, 항체가 어푸코실화된(afucosylated) 것인, 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체, 또는 용도 또는 방법.
  23. 제1항 내지 제22항 중 어느 한 항에 있어서, 암이 선암종 또는 편평세포암종, 특히 위암, 식도암 또는 위식도 접합부 선암종 또는 특히 두경부 편평세포암종(HNSCC)인, 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체, 또는 용도 또는 방법.
  24. 제1항 내지 제23항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 암 및/또는 상기 대상체가 SMAD4에 대해 야생형인, 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체, 또는 용도 또는 방법.
  25. 제1항 내지 제24항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 암 또는 대상체가 TP53에 돌연변이, 바람직하게는 활성화 TP53 돌연변이를 갖는, 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체, 또는 용도 또는 방법.
  26. 제1항 내지 제25항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 암 또는 대상체가 Her2-음성(Her2-negative)인, 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체, 또는 용도 또는 방법.
  27. 제1항 내지 제26항 중 어느 한 항에 있어서, 항체가 다중특이적 항체, 바람직하게는 이중특이적 항체인, 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체, 또는 용도 또는 방법.
  28. 제1항 내지 제27항 중 어느 한 항에 있어서, 항체가 EGFR에 결합하지 않는 제2 가변 도메인을 포함하는, 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체, 또는 용도 또는 방법.
  29. 제1항 내지 제28항 중 어느 한 항에 있어서, 항체가 LGR5에 결합하는 제2 가변 도메인을 포함하는, 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체, 또는 용도 또는 방법.
  30. 제1항 내지 제26항 중 어느 한 항에 있어서, 항체가 제2 가변 도메인을 포함하지 않는 1가 항체이거나, 항체가 유일한 가변 도메인으로서 상기 제1 EGFR 결합 가변 도메인을 포함하는, 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체, 또는 용도 또는 방법.
  31. 제1항 내지 제30항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 면역 체크포인트 억제제가 PD-L1 또는 PD-1 억제제를 포함하는, 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체, 또는 용도 또는 방법.
  32. 제1항 내지 제31항 중 어느 한 항에 있어서, 치료가 대상체의 EGFR 상태, SMAD4 상태 및/또는 Her2 상태를 진단하는 단계를 포함하거나 이 단계가 선행되고, Her2 상태에 대한 진단은 바람직하게는 ISH 또는 IHC에 의해 수행되는, 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체, 또는 용도 또는 방법.
  33. 제1항 내지 제32항 중 어느 한 항에 있어서, EGFR에 결합하는 제1 가변 도메인이 도 2에 묘사된 인간 EGFR 서열의 아미노산 잔기 420-480 내에 위치하는 에피토프에 결합하는, 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체, 또는 용도 또는 방법.
  34. 제1항 내지 제33항 중 어느 한 항에 있어서, EGFR과 제1 가변 도메인의 결합이 EGFR에 아미노산 잔기 치환 I462A; G465A; K489A; I491A; N493A; 및 C499A를 포함하지 않는 EGFR 단백질과 비교하여 상기 아미노산 잔기 치환 중 하나 이상에 의해 감소되는, 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체, 또는 용도 또는 방법.
  35. 제29항 내지 제34항 중 어느 한 항에 있어서, LGR5에 결합하는 가변 도메인이 도 1에 묘사된 인간 LGR5 서열의 아미노산 잔기 21-118 내에 위치하는 에피토프에 결합하는, 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체, 또는 용도 또는 방법.
  36. 제1항 내지 제8항 또는 제10항 내지 제35항 중 어느 한 항에 있어서, 제1 가변 도메인이 다음을 포함하는 중쇄 가변 영역인, 항체 또는 이의 기능적 부분, 유도체 및/또는 유사체, 또는 용도 또는 방법:
    - 적어도 도 3에 묘사된 바와 같은 MF3370; MF3755; MF4280 또는 MF4289의 VH의 CDR3 서열, 또는 도 3에 묘사된 바와 같은 MF3370; MF3755; MF4280 또는 MF4289의 VH의 CDR3 서열과 최대 3개, 바람직하게는 최대 2개, 바람직하게는 1개 이하의 아미노산이 상이한 CDR3 서열;
    - 적어도 도 3에 묘사된 바와 같은 MF3370; MF3755; MF4280 또는 MF4289의 VH의 CDR1, CDR2 및 CDR3 서열; 또는 최대 3개, 바람직하게는 최대 2개, 바람직하게는 최대 1개의 아미노산 치환이 있는 도 3에 묘사된 바와 같은 MF3370; MF3755; MF4280 또는 MF4289의 VH의 CDR1, CDR2 및 CDR3 서열; 또는
    도 3에 묘사된 바와 같은 MF3370; MF3755; MF4280 또는 MF4289의 VH쇄 서열; 또는 MF3370; MF3755; MF4280 또는 MF4289의 VH쇄에 대해 최대 15개, 바람직하게는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 또는 10개, 바람직하게는 1, 2, 3, 4 또는 5개의 아미노산 삽입, 결실, 치환 또는 이들의 조합을 갖는 도 3에 묘사된 MF3370; MF3755; MF4280 또는 MF4289의 VH쇄의 아미노산 서열.
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