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KR101749419B1 - 파라핀포매된 샘플로부터 dna를 추출하는 방법 - Google Patents

파라핀포매된 샘플로부터 dna를 추출하는 방법 Download PDF

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KR101749419B1
KR101749419B1 KR1020150143784A KR20150143784A KR101749419B1 KR 101749419 B1 KR101749419 B1 KR 101749419B1 KR 1020150143784 A KR1020150143784 A KR 1020150143784A KR 20150143784 A KR20150143784 A KR 20150143784A KR 101749419 B1 KR101749419 B1 KR 101749419B1
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조인경
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김혜리
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주식회사 어큐진
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Abstract

본 발명은 FFPE샘플로 부터 순도 높은 DNA를 추출할 수 있는 새로운 방식의 DNA 추출하는 방법에 대한 것으로서, 파라핀 포매된 생물학적 조직의 샘플을 슬라이스하여 절편을 만드는 과정; 상기 절편을 원심분리용 튜브에 투입하고 탈파라핀용액을 첨가하는 과정: 상기 원심분리용 튜브에 용해 완충액(lysis buffer)와 상기 용해 완충액을 염색시키는 염색시약을 첨가하는 과정; 상기 절편에 용해 완충액과 염색시약이 첨가된 샘플을 원심분리하는 과정; 상기 원심분리된 샘플의 하층액에 단백질 분해제를 첨가하는 과정; 상기 단백질 분해제가 첨가된 샘플을 원심분리하는 과정; 상기 염색시약에 의해 염색된 부분을 DAN를 추출하기 위한 DAN 추출용액으로 수득하는 과정; 및 상기 DAN 추출용액에서 DAN를 추출하는 과정;을 포함하여 이루어진 것을 특징으로 하는 파라핀 포매된 샘플로부터 DAN를 추출하는 방법이 제공된다.

Description

파라핀포매된 샘플로부터 DNA를 추출하는 방법{Methods for isolating of DNA from paraffin-embodded sample}
본 발명은 파라핀포매된 샘플로부터 DNA를 추출하는 방법에 관한 것으로서, 순도 높은 DNA를 추출할 수 있는 새로운 방식의 DNA를 추출하는 방법에 관한 것이다.
일반적으로 생물학적 조직을 보관하는 방법으로 조직을 동결하는 방법과 포르말린으로 고정한 후 파라핀으로 포매하는 방법이 있는데, 포르말린으로 고정한 후 파라핀으로 포매하는 방법으로 처리된 샘플을 FFPE(Formalin Fixed Paraffin Embedded) 샘플이라고 한다.
동결된 생물학적 조직은 장기간 보관이 쉽지 않고 그 처리에 비용도 많이 발생되기 때문에, 대부분은 생물학적 조직을 포르말린으로 고정한 후 파라핀으로 포매하는 방법으로 처리한다.
그러나 FFPE 샘플로 부터 DNA나 RNA를 추출하는 경우에 생물학적 조직이 손상되어 DNA의 추출에 좋지 않은 영향을 주게 된다.
일반적으로 FFPE 샘플로 부터 DNA를 분리하기 위해서는 파라핀을 제거하는 탈파라핀처리가 선행되어야 하는데, 종래 FFPE 샘플로 부터 DNA를 추출하는 방법을 살펴보면, 다음과 같다.
먼저 자일렌과 같은 탈파라핀용액을 샘플의 절편에 투입하여 파라핀을 용해시키고, 용해 완충액과 단백질분해효소를 첨가하여 샘플조직을 분해시킨다. 이와 같이 하면 분해된 단백질은 용해 완충액에 함유되어 하층액을 이루고, 파라핀이 용해된 탈파라핀용액은 상층액을 이루는데, 분해된 단백질이 함유된 완충 용액이 DNA를 추출하기 위한 DNA추출용액이다.
한편, 이러한 과정에서 탈파라핀용액을 염색시키는 염색시약을 첨가하여 파라핀이 용해된 탈파라핀용액을 염색시키고, 염색된 탈파라핀용액을 제거한 다음 후속처리를 한다.
그런데 전술한 바와 같이, 탈파라핀처리를 하고 단백질을 분해시키면, 파라핀이 용해된 탈파라핀용액 뿐만 아니라, DNA추출에 불필요한 기타 불순물도 존재하게 되는데, 종래와 같이, 탈파라핀용액을 염색하여 염색된 탈파라핀용액을 제거하면, DNA추출에 불필요한 불순물이 DNA 추출용액과 함께 잔존되므로 불순물이 DNA의 순도를 떨어뜨리게 되는 결과가 초래된다.
따라서 FFPE 샘플로부터 DNA를 추출하는 종래의 방법으로는 순도 높은 DNA를 추출하기 곤란하였으며, 이에 FFPE 샘플로부터 DNA를 추출하기 위한 신뢰성있는 방법이 요구된다.
대한민국 등록특허 제10-0723328호(2007. 05. 23.)
본 발명은 상기와 같은 점에 착안하여 제안된 것으로서, 본 발명의 목적은 간단하고 효율적으로 순도 높은 DNA를 추출할 수 있는 새로운 방식의 DNA를 추출하는 방법을 제공하는 것이다.
본 발명의 특징에 따르면, 파라핀 포매된 생물학적 조직의 샘플을 슬라이스하여 절편을 만드는 과정; 상기 절편을 원심분리용 튜브에 투입하고 탈파라핀용액을 첨가하는 과정: 상기 원심분리용 튜브에 용해 완충액(lysis buffer)과 상기 용해 완충액을 염색시키는 염색시약을 첨가하는 과정; 상기 절편에 용해 완충액과 염색시약이 첨가된 샘플을 원심분리하는 과정; 상기 원심분리된 샘플의 하층액에 단백질분해제를 첨가하는 과정; 상기 단백질분해제가 첨가된 샘플을 원심분리하는 과정; 상기 염색시약에 의해 염색된 부분과 상기 염색시약에 의해 염색되지 않은 부분을 분리하는 과정; 및 상기 염색시약에 의해 염색된 부분을 추출용액으로 하여 DAN를 추출하는 과정;을 포함하여 이루어진 것을 특징으로 하는 파라핀 포매된 샘플로부터 DAN를 추출하는 방법이 제공된다.
본 발명의 다른 특징에 따르면, 상기 용해 완충액은 물을 포함하며, 상기 염색시약은 용해 완충액의 물에 용해되어 발색되는 것이다.
본 발명의 또 다른 특징에 따르면, 상기 염색시약은 자일렌시아놀(Xylene cyanol), 브롬페놀블루(Bromphenol blue), 폰소 S(Ponceau S) 중에서 선택된다.
이상과 같은 구성을 가지는 본 발명은 분해된 단백질이 함유된 용해 완충액, 즉, DNA를 추출하기 위한 추출용액을 염색시약으로 염색하여, 추출용액이 파라핀이 용해된 탈파라핀용액과 시각적으로 구별되도록 하여 순도가 높은 DNA 추출용액을 수득할 수 있다.
따라서 이와 같이 순도가 높은 DNA 추출용액을 이용하여 DNA를 추출하기 때문에 순도 높은 DNA를 추출할 수 있다.
이와 같이 본 발명은 FFPE 샘플로 부터 DNA를 추출할 수 있는 신뢰성 있는 방법을 제시하는 것으로서, 병리학적으로 상당히 유용한 기술이다.
이하에서, 본 발명 제1실시예를 설명한다.
본 발명의 바람직한 실시예에 따른 DNA 추출방법은 다음과 같다.
1) 파라핀 포매된 생물학적 조직의 샘플, 즉, FFPE 샘플을 5~10㎛ 두께의 절편으로 절단하고, 1.5~2㎖ 마이크로 원심분리용 튜브(microcentrifuge tube)에 넣는다.
2) 탈파라핀용액 300㎕를 첨가하여 10초 정도 세게 흔든다.
탈파라핀용액(deparaffinization solution)은 공지된 바와 같이, 파라핀에 대한 용해성을 가지는 유기용제로서, 자일렌이나 크실렌 등과 같이 사용된다.
3) 56℃로 3분 정도 인큐베이션시키고, 실온(15~25℃)에서 냉각시킨다.
4) 용해 완충액(lysis Buffer)과 염색시약을 첨가하고 세게 흔든다.
용해 완충액은 Beffer TL(Tissue lysis Buffer)이다. 상기 염색시약은 용해 완충액에 함유된 물에 용해되어 발색되는 것으로서, 자일렌시아놀(Xylene cyanol), 브롬페놀블루(Bromphenol blue), 폰소 S(Ponceau S) 등에서 1종이 사용된다.
상기 자일렌시아놀과 브롬페놀블루는 용해 완충액에서 푸른색으로 발색되고 이에 따라 용해 완충액은 푸른색으로 염색되며, 상기 폰소 S는 용해 완충액에서 분홍색으로 발색되고, 이에 따라 용해 완충액은 분홍색으로 염색된다.
5) 샘플을 11,000xg(10,000rpm)으로 1분 정도 원심분리한다.
6) 샘플의 하층액에 proteinase K(20㎎/㎕) 20㎕를 첨가하고, 피펫으로 아래 위로 저어서 섞어준다.
7) 샘플이 완전히 분해되도록 56℃로 1시간 인큐베이션시키고, 다시 90℃로 1시간 인큐베이션시킨다.
8) 샘플을 원심분리한다.
원심분리하면 샘플이 상하로 분리되는데, proteinase K에 의해 분해된 단백질이 함유된 용해 완충액은 하층에 위치되는데, 이 하층액이 DNA를 추출하기 위한 DNA 추출용액이다. 그리고 이 하층액은 상기 염색시약에 의해 염색되어 유색을 띄게 되므로 상층액과 시각적으로 확연하게 구분된다.
9) 샘플에서 상층액을 제거한다.
DNA 추출용액이 하층액이기 때문에 상층액을 제거하는데, DNA 추출용액이 염색시약에 의해 염색되어 유색을 띄게 되어 상측액과 시각적으로 확연하게 구분되므로 DNA 추출용액만 남기고 상층액을 용이하게 제거할 수 있다.
물론, 필요에 따라 하층액을 분리하여 사용할 수도 있음은 당연하다.
11) 상기 DNA 추출용액을 이용하여 DNA를 추출한다.
DNA를 추출하는 방법은 종래와 동일한 방법으로 행해진다.
이상과 같은 구성을 가지는 본 발명은 분해된 단백질이 함유된 용해 완충액, 즉, DNA 추출용액이 염색시약으로 염색되기 때문에, DNA추출에 불필요한 탈파라핀용액 및 기타 불순물과 시각적으로 구별되므로 순도가 높은 DNA 추출용액을 용이하게 얻을 수 있다. 따라서 이와 같이 순도가 높은 DNA 추출용액을 이용하여 순도가 높은 DNA를 추출할 수 있다.

Claims (4)

  1. 파라핀포매된 생물학적 조직의 샘플을 슬라이스하여 만든 절편을 탈파라핀용액으로 탈파라핀한 후, 용해 완충액(lysis buffer)과 단백질분해제를 순차적으로 투입하여 분해된 단백질이 함유된 용해 완충액을 DNA를 추출하기 위한 DNA 추출용액으로 수득하는 과정을 포함하여 이루어지며,
    상기 용해 완충액의 투입시에 용해 완충액을 염색하기 위한 염색시약을 투입하여 상기 용해 완충액이 염색되도록 하는 것을 특징으로 하는 파라핀포매된 샘플로부터 DNA를 추출하는 방법.
  2. 파라핀포매된 생물학적 조직의 샘플을 슬라이스하여 절편을 만드는 과정;
    상기 절편을 원심분리용 튜브에 투입하고 탈파라핀용액을 첨가하는 과정:
    상기 원심분리용 튜브에 용해 완충액(lysis buffer)과 상기 용해 완충액을 염색시키는 염색시약을 첨가하는 과정;
    상기 절편에 용해 완충액과 염색시약이 첨가된 샘플을 원심분리하는 과정;
    상기 원심분리된 샘플의 하층액에 단백질분해제를 첨가하는 과정;
    상기 단백질분해제가 첨가된 샘플을 원심분리하여 분해된 단백질이 함유되며 상기 염색시약에 의해 염색된 용해 완충액과 탈파라핀용액을 분리하는 과정;
    상기 용해 완충액을 DNA를 추출하기 위한 DNA 추출용액으로 수득하는 과정; 및
    상기 DNA 추출용액에서 DNA를 추출하는 과정;을 포함하여 이루어진 것을 특징으로 하는 파라핀포매된 샘플로부터 DNA를 추출하는 방법.
  3. 제1항에 있어서,
    상기 용해 완충액은 물을 포함하며,
    상기 염색시약은 용해 완충액의 물에 용해되어 발색되는 것을 특징으로 하는 파라핀 포매된 샘플로부터 DNA를 추출하는 방법.
  4. 제3항에 있어서,
    상기 염색시약은 자일렌시아놀(Xylene cyanol), 브롬페놀블루(Bromphenol blue), 폰소 S(Ponceau S) 중에서 선택되는 것을 특징으로 하는 파라핀 포매된 샘플로부터 DNA를 추출하는 방법.
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