JPWO2019148206A5

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Publication number: JPWO2019148206A5
Application number: JP2020541402A
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Publication date: 2022-02-07
Anticipated expiration: 2039-01-29

Claims

核酸検出系であって：
エフェクタータンパク質、及び対応する標的分子に結合するように設計された１つ以上のガイド配列を含む検出ＣＲＩＳＰＲ系と；
酵素活性を有する四重鎖を含む核酸アプタマーと、を含む前記核酸検出系。
前記ガイド配列がガイドＲＮＡである、請求項に記載の系。
前記酵素活性がペルオキシダーゼ活性である、請求項１又は２に記載の系。
核酸増幅試薬をさらに含む、請求項１～３の何れか一項に記載の系。
前記標的分子が標的ＤＮＡであり、前記系が、標的ＤＮＡと結合し、かつＲＮＡポリメラーゼプロモーターを含むプライマーをさらに含む、請求項１～４の何れか一項に記載の系。
前記ＣＲＩＳＰＲ系のエフェクタータンパク質がＲＮＡ標的化エフェクタータンパク質である、請求項１～５のいずれか１項に記載の系。
前記ＲＮＡ標的化エフェクタータンパク質が、１つ以上のＨＥＰＮドメインを含む、請求項６に記載の系。
前記１つ以上のＨＥＰＮドメインがＲｘｘｘｘＨモチーフ配列を含む、請求項７に記載の系。
前記ＲｘｘｘＨモチーフがＲ｛Ｎ／Ｈ／Ｋ］Ｘ₁Ｘ₂Ｘ₃Ｈ配列を含み、Ｘ₁がＲ、Ｓ、Ｄ、Ｅ、Ｑ、Ｎ、Ｇ、またはＹであり、かつＸ₂が独立してＩ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、またはＬであり、かつＸ₃が独立してＬ、Ｆ、Ｎ、Ｙ、Ｖ、Ｉ、Ｓ、Ｄ、Ｅ、またはＡである、請求項８に記載の系。
前記ＣＲＩＳＰＲＲＮＡ標的化エフェクタータンパク質がＣａｓ１３ａ又はＣａｓ１３ｂである、請求項１～９のいずれか１項に記載の系。
前記Ｃａｓ１３ａがＣａｓ１遺伝子の２０ｋｂ内であるか、または
前記Ｃａｓ１３ａエフェクタータンパク質が、Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ、Ｌｉｓｔｅｒｉａ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒ、Ｓｕｔｔｅｒｅｌｌａ、Ｌｅｇｉｏｎｅｌｌａ、Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ、Ｆｉｌｉｆａｃｔｏｒ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ、Ｆｌａｖｉｉｖｏｌａ、Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｓｐｈａｅｒｏｃｈａｅｔａ、Ａｚｏｓｐｉｒｉｌｌｕｍ、Ｇｌｕｃｏｎａｃｅｔｏｂａｃｔｅｒ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ、Ｐａｒｖｉｂａｃｕｌｕｍ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ、Ｎｉｔｒａｔｉｆｒａｃｔｏｒ、Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ、及びＬａｃｈｎｏｓｐｉｒａからなる群より選択される属の生物体由来であるか、または
前記Ｃａｓ１３ａ又はＣａｓ１３ｂエフェクタータンパク質が：Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａｓｈａｈｉｉ；Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａｗａｄｅｉ（Ｌｗ２）；Ｌｉｓｔｅｒｉａｓｅｅｌｉｇｅｒｉ；ＬａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅｂａｃｔｅｒｉｕｍＭＡ２０２０；ＬａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅｂａｃｔｅｒｉｕｍＮＫ４Ａ１７９；［Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ］ａｍｉｎｏｐｈｉｌｕｍＤＳＭ１０７１０；ＣａｒｎｏｂａｃｔｅｒｉｕｍｇａｌｌｉｎａｒｕｍＤＳＭ４８４７；ＣａｒｎｏｂａｃｔｅｒｉｕｍｇａｌｌｉｎａｒｕｍＤＳＭ４８４７（第２のＣＲＩＳＰＲ遺伝子座）；ＰａｌｕｄｉｂａｃｔｅｒｐｒｏｐｉｏｎｉｃｉｇｅｎｅｓＷＢ４；ＬｉｓｔｅｒｉａｗｅｉｈｅｎｓｔｅｐｈａｎｅｎｓｉｓＦＳＬＲ９－０３１７；ＬｉｓｔｅｒｉａｃｅａｅｂａｃｔｅｒｉｕｍＦＳＬＭ６－０６３５；ＬｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａｗａｄｅｉＦ０２７９；ＲｈｏｄｏｂａｃｔｅｒｃａｐｓｕｌａｔｕｓＳＢ１００３；ＲｈｏｄｏｂａｃｔｅｒｃａｐｓｕｌａｔｕｓＲ１２１；ＲｈｏｄｏｂａｃｔｅｒｃａｐｓｕｌａｔｕｓＤＥ４４２；ＬｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａｂｕｃｃａｌｉｓＣ－１０１３－ｂ；Ｈｅｒｂｉｎｉｘｈｅｍｉｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃａ；［Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ］ｒｅｃｔａｌｅ；ＥｕｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅｂａｃｔｅｒｉｕｍＣＨＫＣＩ００４；Ｂｌａｕｔｉａｓｐ．Ｍａｒｓｅｉｌｌｅ－Ｐ２３９８；Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａｓｐ．ｏｒａｌｔａｘｏｎ８７９ｓｔｒ．Ｆ０５５７；ＬａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅｂａｃｔｅｒｉｕｍＮＫ４Ａ１４４；Ｃｈｌｏｒｏｆｌｅｘｕｓａｇｇｒｅｇａｎｓ；Ｄｅｍｅｑｕｉｎａａｕｒａｎｔｉａｃａ；Ｔｈａｌａｓｓｏｓｐｉｒａｓｐ．ＴＳＬ５－１；Ｐｓｅｕｄｏｂｕｔｙｒｉｖｉｂｒｉｏｓｐ．ＯＲ３７；Ｂｕｔｙｒｉｖｉｂｒｉｏｓｐ．ＹＡＢ３００１；Ｂｌａｕｔｉａｓｐ．Ｍａｒｓｅｉｌｌｅ－Ｐ２３９８；Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａｓｐ．Ｍａｒｓｅｉｌｌｅ－Ｐ３００７；Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓｉｈｕａｅ；ＰｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｄａｃｅａｅｂａｃｔｅｒｉｕｍＫＨ３ＣＰ３ＲＡ；Ｌｉｓｔｅｒｉａｒｉｐａｒｉａ；及びＩｎｓｏｌｉｔｉｓｐｉｒｉｌｌｕｍｐｅｒｅｇｒｉｎｕｍからなる群より選択される生物体由来であるか、または、
前記Ｃａｓ１３ａエフェクタータンパク質が、Ｌ．ｗａｄｅｉＦ０２７９またはＬ．ｗａｄｅｉＦ０２７９（Ｌｗ２）Ｃ２ｃ２エフェクタータンパク質である、
請求項１０に記載の系。
前記ＲＮＡ－アプタマーがオクラトキシンＡ（ＯＴＡ）を認識する、請求項１～１１のいずれか１項に記載の系。
対応する標的分子に結合するように設計された前記１つ以上のガイドＲＮＡが（合成）ミスマッチを含む、請求項１～１２のいずれか１項に記載の系。
前記ミスマッチが、前記標的分子におけるＳＮＰまたは他の単一ヌクレオチド変異の上流または下流にある、請求項１３に記載の系。
前記１つ以上のガイド配列が、標的ＲＮＡもしくはＤＮＡ、またはＲＮＡ転写物のスプライスバリアントにおける単一ヌクレオチド多型を検出するように設計されているか、または、
前記１つ以上のガイド配列が、疾患状態の診断用である１つ以上の標的分子に結合するように設計されている、
請求項１～１４のいずれか１項に記載の系。
前記疾患状態ががん、自己免疫疾患、または感染症である、請求項１５に記載の系。
前記感染症が、ウイルス、細菌、真菌、原生動物、または寄生生物によって引き起こされる、請求項１６に記載の系。
前記感染症が、ＤＮＡウイルスによって引き起こされるウイルス感染症であるか、または、
前記ウイルス感染が、二本鎖ＲＮＡウイルス、プラスセンスＲＮＡウイルス、マイナスセンスＲＮＡウイルス、レトロウイルスまたはそれらの組み合わせによって生じるか、または、
前記感染症が細菌感染症であるか、または、
前記感染症が真菌によって引き起こされるか、または、
前記感染症が原生動物によって引き起こされるか、または、
前記感染症が寄生生物によって引き起こされる、
請求項１７に記載の系。
前記ＤＮＡウイルスが、ミオウイルス科、ポドウイルス科、シフォウイルス科、アロヘルペスウイルス科、ヘルペスウイルス科（ヒトヘルペスウイルス及び水痘帯状疱疹ウイルスを含む）、マロコヘルペスウイルス科、リポスリクスウイルス科、ルディウイルス科、アデノウイルス科、アンプラウイルス科、アスコウイルス、アスファウイルス科（アフリカ豚コレラウイルスを含む）、バキュロウイルス科、Ｃｉｃａｕｄａｖｉｒｉｄａｅ、Ｃｌａｖａｖｉｒｉｄａｅ、コルチコウイルス科（Ｃｏｒｔｉｃｏｖｉｒｉｄａｅ）、フーゼウイルス科、グロブロウイルス科、グッタウイルス科、Ｈｙｔｒｏｓａｖｉｒｉｄａｅ、イリドウイルス科、Ｍａｓｅｉｌｌｅｖｉｒｉｄａｅ、ミミウイルス科、ヌディウイルス科、ニマウイルス科、パンドラウイルス科、パピローマウイルス科、フィコドナウイルス科（Ｐｈｙｃｏｄｎａｖｉｒｉｄａｅ）、プラズマウイルス科、ポリドナウイルス類、ポリオーマウイルス科（シミアンウイルス４０、ＪＣウイルス、ＢＫウイルスを含む）、ポックスウイルス科（牛痘及び天然痘を含む）、スファエロリポウイルス科、テクチウイルス科、トゥリウイルス科、ディノドナウイルス、サルテルプロウイルス、リジドウイルスであるか、または、
前記ウイルス感染症が、コロナウイルス科ウイルス、ピコルナウイルス科ウイルス、カリシウイルス科ウイルス、フラビウイルス科ウイルス、トガウイルス科ウイルス、ボルナウイルス科、フィロウイルス科、パラミクソウイルス科、ニューモウイルス科、ラブドウイルス科、アレナウイルス科、ブニウイルス科、オルソミクソウイルス科、もしくはデルタウイルスによって引き起こされるか、または、
前記ウイルス感染症が、コロナウイルス、ＳＡＲＳ、ポリオウイルス、ライノウイルス、Ａ型肝炎、ノーウォークウイルス、黄熱病ウイルス、西ナイルウイルス、Ｃ型肝炎ウイルス、デング熱ウイルス、ジカウイルス、風疹ウイルス、ロスリバーウイルス、シンドビスウイルス、チクングニアウイルス、ボルナ病ウイルス、エボラウイルス、マールブルグウイルス、麻疹ウイルス、おたふく風邪ウイルス、ニパウイルス、ヘンドラウイルス、ニューカッスル病ウイルス、ヒト呼吸器合胞体ウイルス、狂犬病ウイルス、ラッサウイルス、ハンタウイルス、クリミアコンゴ出血熱ウイルス、インフルエンザ、またはＤ型肝炎ウイルスによって引き起こされるか、または、
上記細菌感染を引き起こす細菌が、Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ種、Ａｃｔｉｎｏｂａｃｉｌｌｕｓ種、Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｔｅｓ種、Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ種、Ａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ種、Ａｅｒｏｍｏｎａｓ種、Ａｎａｐｌａｓｍａ種、Ａｌｃａｌｉｇｅｎｅｓ種、Ｂａｃｉｌｌｕｓ種、Ｂａｃｔｅｒｉｏｄｅｓ種、Ｂａｒｔｏｎｅｌｌａ種、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ種、Ｂｏｒｄｅｔｅｌｌａ種、Ｂｏｒｒｅｌｉａ種、Ｂｒｕｃｅｌｌａ種、Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ種、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ種、Ｃａｐｎｏｃｙｔｏｐｈａｇａ種、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ種、Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ種、Ｃｏｘｉｅｌｌａ種、Ｃｏｒｙｎｂａｃｔｅｒｉｕｍ種、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ種、Ｅｉｋｅｎｅｌｌａ種、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ種、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ種、Ｅｈｌｉｃｈｉａ種、Ｅｐｉｄｅｒｍｏｐｈｙｔｏｎ種、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｈｒｉｘ種、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ種、Ｆｒａｎｃｉｓｅｌｌａ種、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ種、Ｇａｒｄｎｅｒｅｌｌａ種、Ｇｅｍｅｌｌａ種、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ種、Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ種、Ｋｉｎｇｅｌｌａ種、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ種、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ種、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ種、Ｌｉｓｔｅｒｉａ種、Ｌｅｐｔｏｓｐｉｒａ種、Ｌｅｇｉｏｎｅｌｌａ種、Ｌｅｐｔｏｓｐｉｒａ種、Ｌｅｕｃｏｎｏｓｔｏｃ種、Ｍａｎｎｈｅｉｍｉａ種、Ｍｉｃｒｏｓｐｏｒｕｍ種、Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃｕｓ種、Ｍｏｒａｘｅｌｌａ種、Ｍｏｒｇａｎｅｌｌ種、Ｍｏｂｉｌｕｎｃｕｓ種、Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃｕｓ種、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ種、Ｍｙｃｏｐｌａｓｍ種、Ｎｏｃａｒｄｉａ種、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ種、Ｐａｓｔｅｕｒｅｌａａ種、Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ種、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ種、Ｐｉｔｙｒｏｓｐｏｒｕｍ種、Ｐｌｅｓｉｏｍｏｎａｓ種、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ種、Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ種、Ｐｒｏｔｅｕｓ種、Ｐｒｏｖｉｄｅｎｃｉａ種、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ種、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｓ種、Ｒｈｏｄｏｃｏｃｃｕｓ種、Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａ種、Ｒｈｏｄｏｃｏｃｃｕｓ種、Ｓｅｒｒａｔｉａ種、Ｓｔｅｎｏｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓ種、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ種、Ｓｅｒｒａｔｉａ種、Ｓｈｉｇｅｌｌａ種、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ種、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ種、Ｓｐｉｒｉｌｌｕｍ種、Ｓｔｒｅｐｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ種、Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ種、Ｔｒｏｐｈｅｒｙｍａ種、Ｔｒｉｃｈｏｐｈｙｔｏｎ種、Ｕｒｅａｐｌａｓｍａ種、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ種、Ｖｉｂｒｉｏ種、Ｙｅｒｓｉｎｉａ種、Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｓ種、またはそれらの組み合わせであるか、または、
上記真菌が、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ、Ｂｌａｓｔｏｍｙｃｅｓ、Ｃａｎｄｉｄｉａｓｉｓ、Ｃｏｃｃｉｄｉｏｄｏｍｙｃｏｓｉｓ、Ｃｒｙｐｔｏｃｏｃｃｕｓｎｅｏｆｏｒｍａｎｓ、Ｃｒｙｐｔｏｃｏｃｃｕｓｇａｔｔｉ、ｓｐ．Ｈｉｓｔｏｐｌａｓｍａｓｐ．（例えば、Ｈｉｓｔｏｐｌａｓｍａｃａｐｓｕｌａｔｕｍ）、Ｐｎｅｕｍｏｃｙｓｔｉｓｓｐ．（例えば、Ｐｎｅｕｍｏｃｙｓｔｉｓｊｉｒｏｖｅｃｉｉ）、Ｓｔａｃｈｙｂｏｔｒｙｓ（例えば、Ｓｔａｃｈｙｂｏｔｒｙｓｃｈａｒｔａｒｕｍ）、Ｍｕｃｒｏｙｍｃｏｓｉｓ、Ｓｐｏｒｏｔｈｒｉｘ、真菌眼感染白癬、Ｅｘｓｅｒｏｈｉｌｕｍ、Ｃｌａｄｏｓｐｏｒｉｕｍ、Ｇｅｏｔｒｉｃｈｕｍ、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ、Ｈａｎｓｅｎｕｌａ種、Ｃａｎｄｉｄａ種、Ｋｌｕｙｖｅｒｏｍｍｙｃｅｓ種、Ｄｅｂａｒｙｏｍｙｃｅｓ種、Ｐｉｃｈｉａ種、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ種、Ｃｌａｄｏｓｐｏｒｉｕｍ種、Ｂｙｓｓｏｃｈｌａｍｙｓ種またはそれらの組み合わせであるか、または、
上記原生動物がＥｕｇｌｅｎｏｚｏａ、Ｈｅｔｅｒｏｌｏｂｏｓｅａ、Ｄｉｐｌｏｍｏｎａｄｉｄａ、Ａｍｏｅｂｏｚｏａ、Ｂｌａｓｔｏｃｙｓｔｉｃ、Ａｐｉｃｏｍｐｌｅｘａ、またはそれらの組み合わせであるか、または、
上記寄生生物が、Ｔｒｙｐａｎｏｓｏｍａｃｒｕｚｉ（シャーガス病）、Ｔ．ｂｒｕｃｅｉｇａｍｂｉｅｎｓｅ、Ｔ．ｂｒｕｃｅｉｒｈｏｄｅｓｉｅｎｓｅ、Ｌｅｉｓｈｍａｎｉａｂｒａｚｉｌｉｅｎｓｉｓ、Ｌ．ｉｎｆａｎｔｕｍ、Ｌ．ｍｅｘｉｃａｎａ、Ｌ．ｍａｊｏｒ、Ｌ．ｔｒｏｐｉｃａ、Ｌ．ｄｏｎｏｖａｎｉ、Ｎａｅｇｌｅｒｉａｆｏｗｌｅｒｉ、Ｇｉａｒｄｉａｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ（Ｇ．ｌａｍｂｌｉａ、Ｇ．ｄｕｏｄｅｎａｌｉｓ）、ｃａｎｔｈａｍｏｅｂａｃａｓｔｅｌｌａｎｉｉ、Ｂａｌａｍｕｔｈｉａｍａｄｒｉｌｌａｒｉｓ、Ｅｎｔａｍｏｅｂａｈｉｓｔｏｌｙｔｉｃａ、Ｂｌａｓｔｏｃｙｓｔｉｃｈｏｍｉｎｉｓ、Ｂａｂｅｓｉａｍｉｃｒｏｔｉ、Ｃｒｙｐｔｏｓｐｏｒｉｄｉｕｍｐａｒｖｕｍ、Ｃｙｃｌｏｓｐｏｒａｃａｙｅｔａｎｅｎｓｉｓ、Ｐｌａｓｍｏｄｉｕｍｆａｌｃｉｐａｒｕｍ、Ｐ．ｖｉｖａｘ、Ｐ．ｏｖａｌｅ、Ｐ．ｍａｌａｒｉａｅ、及びＴｏｘｏｐｌａｓｍａｇｏｎｄｉｉ、またはそれらの組み合わせである、
請求項１８に記載の系。
標的ＲＮＡ分子を増幅するための前記試薬が、核酸配列ベースの増幅（ＮＡＳＢＡ）、リコンビナーゼポリメラーゼ増幅（ＲＰＡ）、ループ媒介等温増幅（ＬＡＭＰ）、鎖置換増幅（ＳＤＡ）、ヘリカーゼ依存増幅（ＨＤＡ）、ニッキング酵素増幅反応（ＮＥＡＲ）、ＰＣＲ、複数置換増幅（ＭＤＡ）、ローリングサークル増幅（ＲＣＡ）、リガーゼ連鎖反応（ＬＣＲ）、または分岐増幅法（ＲＡＭ）を含む、請求項１～１９のいずれか１項に記載の系。
濃縮ＣＲＩＳＰＲ系をさらに含み、前記濃縮ＣＲＩＳＰＲ系が、検出ＣＲＩＳＰＲ系による検出の前に対応する標的分子に結合するように設計されている、請求項１～２０のいずれか１項に記載の系。
前記濃縮ＣＲＩＳＰＲ系が、触媒的に不活性なＣＲＩＳＰＲエフェクタータンパク質を含む、請求項２１に記載の系。
前記触媒的に不活性なＣＲＩＳＰＲエフェクタータンパク質が、触媒的に不活性なＣａｓ１３ａ又はＣａｓ１３ｂである、請求項２２に記載の系。
前記濃縮ＣＲＩＳＰＲエフェクタータンパク質がタグをさらに含み、前記タグを使用して、濃縮ＣＲＩＳＰＲエフェクター系をプルダウンするか、または前記濃縮ＣＲＩＳＰＲ系を固体基板に結合する、請求項２１～２３のいずれか１項に記載の系。
前記固体基質がフローセルである、請求項２４に記載の系。
各個々の個別のボリュームが、請求項１～２５のいずれか１項に記載のＣＲＩＳＰＲ系を含む、１つ以上の個々の個別のボリュームを含む診断デバイス。
各個々の個別のボリュームが、核酸増幅試薬をさらに含む、請求項２６に記載のデバイス。
前記標的分子が標的ＤＮＡであり、かつ前記個々の個別のボリュームが、標的ＤＮＡに結合し、かつＲＮＡポリメラーゼプロモーターを含むプライマーをさらに含む、請求項２６に記載のデバイス。
前記個々の個別のボリュームが液滴またはマイクロウェルである、請求項２６～２８のいずれか１項に記載のデバイス。
前記個々の個別ボリュームが固体基板上に定義されている、請求項２６～２９のいずれか１項に記載のデバイス。
前記個々の個別のボリュームが、基板上に定義されたスポットである、請求項２６～３０のいずれか１項に記載の診断デバイス。
前記基板が可塑性材料基板である、請求項３１に記載のデバイス。
前記可塑性材料の基板が紙の基板または可塑性ポリマーベースの基板である、請求項３２に記載のデバイス。
試料中の標的核酸を検出する方法であって：
試料または試料のセットを１つ以上の個々の個別ボリュームに分配することであって、前記個々の個別ボリュームは請求項１～２５のいずれか１項に記載のＣＲＩＳＰＲ系を含むことと；
１つ以上の標的分子への前記１つ以上のガイド配列の結合を可能にするのに十分な条件下で試料または試料のセットをインキュベートすることと；
前記１つ以上のガイド配列の前記１つ以上の標的分子への結合を介してＣＲＩＳＰＲエフェクタータンパク質を活性化することであって、ここで、前記ＣＲＩＳＰＲエフェクタータンパク質を活性化すると、四重鎖を含むＲＮＡアプタマーが改変され、その結果前記四重鎖の前記酵素活性が不活性化されることと；
前記酵素活性を検出することであって、ここで、閾値未満の検出は、前記試料中の１つ以上の標的分子の存在を示すことと、を含む、前記方法。
前記標的分子が標的ＤＮＡであり、前記方法が、前記標的ＤＮＡを、ＲＮＡポリメラーゼ部位を含むプライマーと結合させることをさらに含む、請求項３４に記載の方法。
試料試料ＲＮＡまたは前記トリガーＲＮＡを増幅することをさらに含む、請求項３４又は３５に記載の方法。
前記ＲＮＡを増幅することが、ＮＡＳＢＡによる増幅またはＲＰＡによる増幅を含む、請求項３６に記載の方法。
前記試料が生物学的試料または環境試料である、請求項３４～３７のいずれか１項に記載の方法。
生物学的試料が、血液、血漿、血清、尿、便、喀痰、粘液、リンパ液、滑液、胆汁、腹水、胸水、漿液、唾液、脳脊髄液、房水もしくは硝子体液、または任意の体の分泌物、浸出液、滲出液（例えば、膿瘍または感染症もしくは炎症の任意の他の部位から得られた液体）、または関節（例えば、正常な関節または疾患、例えば、関節リウマチ、変形性関節症、痛風または敗血症性関節炎に罹患した関節）から得られた液体、または皮膚もしくは粘膜表面のスワブであるか、または、
前記環境試料が、食品試料、紙表面、布地、金属表面、木材表面、プラスチック表面、土壌試料、淡水試料、廃水試料、塩水試料、またはそれらの組み合わせから得られる、
請求項３８に記載の方法。
前記１つ以上のガイド配列が、標的ＲＮＡもしくはＤＮＡ、またはＲＮＡ転写物のスプライスバリアントにおける一塩基多型を検出するように設計されているか、または、
前記１つ以上のガイド配列が、疾患状態について診断的である１つ以上の標的分子に結合するように設計されているか、または、
前記１つ以上のガイド配列が、無細胞核酸に結合するように設計されている、
請求項３４～３９のいずれか１項に記載の方法。
前記病状が、感染症、臓器疾患、血液疾患、免疫系疾患、がん、脳神経系疾患、内分泌疾患、妊娠または出産関連疾患、遺伝性疾患、または環境に起因する疾患である、請求項４０記載の方法。
試料中の標的核酸を検出する方法であって：
試料を請求項１～２５のいずれか１項に記載の核酸検出系と接触させること；及び
前記接触した試料を側方流動イムノクロマトグラフアッセイに適用することを、含む、前記方法。
前記四重鎖の前記酵素活性が、前記試料中で色シグナルを生じる、請求項３４に記載の方法。
前記四重鎖の前記酵素活性の前記不活性化が、前記標的分子の存在の指標である、色シグナルの喪失を生じる、請求項４３に記載の方法。