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JP6734774B2 - ペプチドキメラ抗原受容体t細胞スイッチおよびその使用 - Google Patents

ペプチドキメラ抗原受容体t細胞スイッチおよびその使用 Download PDF

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JP6734774B2 JP2016522782A JP2016522782A JP6734774B2 JP 6734774 B2 JP6734774 B2 JP 6734774B2 JP 2016522782 A JP2016522782 A JP 2016522782A JP 2016522782 A JP2016522782 A JP 2016522782A JP 6734774 B2 JP6734774 B2 JP 6734774B2
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Description

本出願は、2013年10月15日に出願された米国仮出願第61/891,347号;2013年10月25日に出願された米国仮出願第61/895,704号;2014年6月6日に出願された米国仮出願第62/009,054号:2014年7月29日に出願された米国仮出願第62/030,526号;および2014年7月29日に出願された米国仮出願第62/030,514号の利益を請求し、これらはすべてその全体が参照によって援用される。
遺伝子改変されたT細胞の養子移入を使用して、免疫系が、悪性腫瘍細胞を認識し、消失させるように「再教示する」免疫療法を含む免疫療法は、化学療法に対する魅力的な代替法となりつつある。遺伝子改変されたT細胞は、一般に、シグナル伝達エンドドメインと、CD3−ゼータ膜貫通ドメインと、標的悪性細胞上の腫瘍関連抗原に対する受容体特異性をもたらすモノクローナル抗体に由来する細胞外単鎖可変断片(scFv)とからなる、キメラ抗原受容体を発現させる。キメラ抗原受容体を介して、腫瘍関連抗原に結合すると、キメラ抗原受容体を発現させるT細胞(CAR T細胞)は、悪性細胞に対して細胞傷害性である免疫応答を引き起こす。このような療法は、化学療法抵抗性を回避することが可能であり、再発性/難治性疾患に対して活性である結果として、一部の慢性リンパ性白血病(CLL)患者および急性リンパ芽球性白血病(ALL)患者のための持続的寛解をもたらしうる。しかし、これらの療法により、血液標的の場合の毒性のリンパ球減少症(lymphophenia)、慢性の低ガンマグロブリン血症、充実性腫瘍標的の場合の致死性のオフターゲット細胞溶解、抗CD19抗体を発現させるCAR T細胞の使用に伴う遷延性のB細胞形成不全および、場合によって、死亡などである、望ましくない作用が引き起こされたので、これらに療法は、さらなる調査および最適化が要請されている。
CAR−T細胞の活性を制御するスイッチを導入すれば、新生物性細胞を消失させた後にCAR−T細胞の活性および関連する免疫応答をオフにすることが可能となり、B細胞の再増殖を可能とする。近年の前臨床研究では、CAR−T細胞株は、抗体ベースのスイッチにより制御することが可能であり、ここで、抗体は、標的細胞(例えば、がん細胞)に結合し、CAR T細胞が標的細胞に結合することを遮断し、CAR−T活性を「オフに切り替える」ことが可能となることが裏付けられている。これらの系は、概念上は、CAR T細胞を使用して、腫瘍の切り替え型ターゲティングを可能とするが、それらは、一連の限界を被る可能性もある。システインまたはリシンを使用する、抗体の非特異的標識化は、非機能的であり、薬物動態および/または免疫原性が予測不可能な場合があり、最適化が困難でありうる変異体を含む、異種の生成物(heterogeneous product)をもたらす。
本明細書では、エフェクター細胞上のキメラ抗原受容体に結合するペプチド抗原と、標的細胞上の細胞表面分子に結合するターゲティング部分とを含むキメラ抗原受容体−エフェクター細胞スイッチが開示される。ペプチド抗原は、天然に存在するペプチドに基づきうるか、またはこれに由来しうる。ペプチド抗原は、非ヒトペプチドに基づきうるか、またはこれに由来しうる。ペプチド抗原は、真核生物ペプチドに基づきうるか、またはこれに由来しうる。ペプチド抗原は、ペプチドに基づきうるか、またはこれに由来し得、この場合、ペプチドは、酵母によって発現される。ペプチド抗原は、酵母転写因子GCN4に基づきうるか、またはこれに由来しうる。ペプチド抗原は、天然に存在しないペプチドを含みうる。ペプチド抗原は、合成ペプチドタグを含みうる。ペプチド抗原は、配列番号2〜7から選択される配列に基づきうるか、またはこれに由来しうる。ペプチド抗原は、配列番号2〜7から選択されるペプチド配列と少なくとも約50%相同な配列を含みうる。ターゲティング部分は、ターゲティングペプチドを含みうる。ターゲティング部分は、ターゲティング抗体または抗体断片を含みうる。ターゲティング抗体または抗体断片は、免疫グロブリン、Fcヌル免疫グロブリン、およびFab、ならびにこれらの断片からなる群から選択することができる。ターゲティング部分は、抗EGFR抗体、抗Her2抗体、抗EGFRvIII抗体、抗CD33抗体、抗CLL−1抗体、抗CEA抗体、抗CD19抗体、抗CD22抗体、抗BCMA抗体、および抗CS1抗体、ならびにこれらの断片からなる群から選択することができる。ターゲティング抗体または抗体断片は、軽鎖および重鎖の対を含むことが可能であり、この場合、軽鎖および重鎖は、配列番号8および9;配列番号8および10;配列番号11および12;配列番号13および14;配列番号15および16;配列番号17および18;ならびに配列番号19および20からなる群から選択される核酸配列対に基づくか、またはこれらに由来する核酸配列によりコードされる。ターゲティング抗体または抗体断片は、軽鎖および重鎖の対を含むことが可能であり、この場合、軽鎖および重鎖は、配列番号21および22;配列番号23および24;配列番号25および26;配列番号27および28;ならびに配列番号27および29からなる群から選択されるアミノ酸配列対に基づくか、またはこれらに由来するアミノ酸配列によりコードされる。キメラ抗原受容体−エフェクター細胞スイッチは、軽鎖および重鎖の対を含むことが可能であり、この場合、軽鎖および重鎖は、配列番号30および29;配列番号36および29;配列番号31および28;配列番号27および32;配列番号27および33;配列番号27および34;ならびに配列番号27および35からなる群から選択されるアミノ酸配列対に基づくか、またはこれらに由来するアミノ酸配列によりコードされる。ペプチド抗原は、ターゲティング抗体または抗体断片の末端と融合させることができる。ペプチド抗原は、軽鎖のN末端、軽鎖のC末端、重鎖のN末端、Fab重鎖のC末端、および定常領域重鎖のC末端からなる群から選択されるターゲティング抗体または抗体断片の領域と融合させることができる。ペプチド抗原は、ターゲティング部分にグラフトすることができる。ターゲティング部分は、ターゲティング抗体または抗体断片を含みうる。ペプチド抗原は、CHドメイン、CHドメイン、CHドメイン、CLドメイン、VHドメイン、VLドメイン、およびヒンジ領域から選択されるターゲティング抗体または抗体断片の領域にグラフトすることができる。ペプチド抗原は、CHドメイン、CHドメイン、CHドメイン、CLドメイン、VHドメイン、VLドメイン、重鎖、軽鎖、およびヒンジ領域から選択されるターゲティング抗体または抗体断片の2つの領域の間にグラフトすることができ、この場合、2つの領域は隣接している。ペプチド抗原は、ターゲティング抗体または抗体断片のループにグラフトすることができる。ペプチド抗原は、ターゲティング抗体または抗体断片の定常ドメインのループにグラフトすることができる。ペプチド抗原は、ターゲティング抗体または抗体断片のヒンジ領域と重鎖定常ドメインとの間にグラフトすることができる。ペプチド抗原は、ターゲティング抗体または抗体断片の1つまたは複数のアミノ酸と置き換わることができる。ペプチド抗原は、アミノ酸を置き換えずにターゲティング抗体または抗体断片にグラフトすることができる。キメラ抗原受容体−エフェクター細胞はさらに、ペプチド抗原とターゲティング部分とを連結するリンカーを含みうる。リンカーは、ペプチド抗原とターゲティング部分とを連結するペプチドであることが可能であり、この場合、ターゲティング部分は、ターゲティングポリペプチドを含む。リンカーは、約1〜約20のアミノ酸を含みうる。リンカーは、配列番号38〜42から選択される配列に基づくか、またはこれに由来する配列を含みうる。ペプチド抗原は、酵母転写因子GCN4またはその相同体を含むことが可能であり、ターゲティング部分は、抗Her2抗体、抗BCMA抗体、抗CD19抗体、抗CEA抗体、およびこれらの断片からなる群から選択される。標的細胞は、がん細胞でありうる。細胞表面分子は、腫瘍関連抗原でありうる。細胞表面分子は、分化クラスタータンパク質(cluster of differentiation protein)、受容体、統合膜タンパク質(integral membrane protein)、および糖タンパク質からなる群から選択することができる。キメラ抗原受容体−エフェクター細胞スイッチの均質性は、少なくとも約90%でありうる。
本明細書ではさらに、エフェクター細胞上のキメラ抗原受容体に結合するペプチド抗原と、標的上の細胞表面分子に結合するターゲティング部分とを含むキメラ抗原受容体−エフェクター細胞スイッチと、薬学的に許容される塩、添加剤、および/またはビヒクルとを含む医薬組成物が開示される。
本明細書では、エフェクター細胞上のキメラ抗原受容体に結合するペプチド抗原と、標的細胞上の細胞表面分子に結合するターゲティング部分とを含むキメラ抗原受容体−エフェクター細胞スイッチと、キメラ抗原受容体−エフェクター細胞スイッチのペプチド抗原に結合するキメラ抗原受容体を含む、キメラ抗原受容体−エフェクター細胞とを含むキットが開示される。ターゲティング部分は、ターゲティングペプチドを含みうる。ターゲティング部分は、ターゲティング抗体または抗体断片を含む。ペプチド抗原は、ターゲティング部分内にグラフトされる。キットは、第1のキメラ抗原受容体−エフェクター細胞スイッチおよび第2のキメラ抗原受容体−エフェクター細胞スイッチを含むことが可能であり、この場合、第1のキメラ抗原受容体−エフェクター細胞スイッチは、第1のペプチド抗原と第1のターゲティング部分とを含み、第2のキメラ抗原受容体−エフェクター細胞スイッチは、第2のペプチド抗原と第2のターゲティング部分とを含む。第1のペプチド抗原と第2のペプチド抗原とは、同じでありうる。第1のターゲティング部分は、第1の標的細胞上の第1の細胞表面分子に結合することが可能であり、第2のターゲティング部分は、第2の標的細胞上の第2の細胞表面分子に結合することが可能であり、ここで、第1の細胞表面分子と第2の細胞表面分子とは、異なる。エフェクター細胞は、T細胞、エフェクターB細胞、ナチュラルキラー細胞、マクロファージ、およびこれらの前駆体から選択することができる。エフェクター細胞は、ナイーブT細胞、メモリーT幹細胞(memory stem cell T cell)、セントラルメモリーT細胞、エフェクターメモリーT細胞、ヘルパーT細胞、CD4+T細胞、CD8+T細胞、CD8/CD4+T細胞、αβT細胞、γδT細胞、細胞傷害性T細胞、ナチュラルキラーT細胞、ナチュラルキラー細胞、マクロファージから選択することができる。
本明細書ではさらに、キメラ抗原受容体−エフェクター細胞スイッチのペプチド抗原に結合する、キメラ抗原受容体が開示される。キメラ抗原受容体は、キメラ抗原受容体−エフェクター細胞スイッチのペプチド抗原に結合する抗体または抗体断片を含みうる。抗体断片または抗体断片は、真核生物抗原に結合しうる。抗体または抗体断片は、天然に存在しないペプチドに結合しうる。抗体断片は、scFvでありうる。抗体または抗体断片は、抗酵母転写因子GCN4抗体、抗FLAG(登録商標)抗体、抗HTP抗体、およびこれらの断片から選択することができる。キメラ抗原受容体は、配列番号1に基づくか、またはこれに由来するポリヌクレオチドによりコードされうる。
本明細書では、キメラ抗原受容体を含むエフェクター細胞であって、キメラ抗原受容体が、キメラ抗原受容体−エフェクター細胞スイッチのペプチド抗原に結合するエフェクター細胞が開示される。エフェクター細胞は、T細胞でありうる。エフェクター細胞は、配列番号1に基づくか、またはこれに由来する、1つまたは複数のポリヌクレオチドを含みうる。
本明細書ではさらに、キメラ抗原受容体−エフェクター細胞スイッチをコードする配列を有するポリヌクレオチドを含むベクターであって、キメラ抗原受容体−エフェクター細胞スイッチが、ペプチド抗原とターゲティング部分とを含み、ターゲティング部分が、ペプチドを含み、標的細胞上の細胞表面分子に結合するベクターが開示される。
本明細書では、ターゲティング抗体または抗体断片の重鎖をコードする第1の配列を有する第1のポリヌクレオチドと、ターゲティング抗体または抗体断片の軽鎖をコードする第2の配列を有する第2のポリヌクレオチドと、ペプチド抗原をコードする第3の配列を有する第3のポリヌクレオチドとを含むベクターであって、ベクターの発現が、キメラ抗原受容体−エフェクター細胞スイッチを生成するベクターが開示される。第3の配列は、第1の配列および第2の配列から選択される配列と隣接させることができる。第3の配列は、第1の配列および第2の配列から選択される配列内に配置することができる。
本明細書ではさらに、キメラ抗原受容体−エフェクター細胞スイッチを生成する方法であって、1つまたは複数のポリヌクレオチドベクターから、ターゲティング抗体または抗体断片の重鎖をコードする第1の配列と、ターゲティング抗体または抗体断片の軽鎖をコードする第2の配列と、ペプチド抗原をコードする第3の配列とを発現させるステップを含み、ベクターの発現が、キメラ抗原受容体−エフェクター細胞スイッチを生成する方法が開示される。
本発明は、例えば、以下の項目を提供する。
(項目1)
a.エフェクター細胞上のキメラ抗原受容体に結合するペプチド抗原と、
b.標的細胞上の細胞表面分子に結合するターゲティング部分と
を含むキメラ抗原受容体−エフェクター細胞スイッチ。
(項目2)
前記ペプチド抗原が、天然に存在するペプチドに基づくか、またはこれに由来する、項目1に記載のキメラ抗原受容体−エフェクター細胞スイッチ。
(項目3)
前記ペプチド抗原が、非ヒトペプチドに基づくか、またはこれに由来する、項目2に記載のキメラ抗原受容体−エフェクター細胞スイッチ。
(項目4)
前記ペプチド抗原が、真核生物ペプチドに基づくか、またはこれに由来する、項目2に記載のキメラ抗原受容体−エフェクター細胞スイッチ。
(項目5)
前記ペプチド抗原が、ペプチドに基づくか、またはこれに由来し、前記ペプチドが、酵母によって発現される、項目2に記載のキメラ抗原受容体−エフェクター細胞スイッチ。
(項目6)
前記ペプチド抗原が、酵母転写因子GCN4に基づくか、またはこれに由来する、項目2に記載のキメラ抗原受容体−エフェクター細胞スイッチ。
(項目7)
前記ペプチド抗原が、天然に存在しないペプチドを含む、項目1に記載のキメラ抗原受容体−エフェクター細胞スイッチ。
(項目8)
前記ペプチド抗原が、合成ペプチドタグを含む、項目7に記載のキメラ抗原受容体−エフェクター細胞スイッチ。
(項目9)
前記ペプチド抗原が、配列番号2〜7から選択される配列に基づくか、またはこれに由来する、項目1に記載のキメラ抗原受容体−エフェクター細胞スイッチ。
(項目10)
前記ペプチド抗原が、配列番号2〜7から選択されるペプチド配列と少なくとも約50%相同な配列を含む、項目1に記載のキメラ抗原受容体−エフェクター細胞スイッチ。
(項目11)
前記ターゲティング部分が、ターゲティングペプチドを含む、項目1に記載のキメラ抗原受容体−エフェクター細胞スイッチ。
(項目12)
前記ターゲティング部分が、ターゲティング抗体または抗体断片を含む、項目1に記載のキメラ抗原受容体−エフェクター細胞スイッチ。
(項目13)
前記ターゲティング抗体または抗体断片が、免疫グロブリン、Fcヌル免疫グロブリン、およびFab、ならびにこれらの断片からなる群から選択される、項目12に記載のキメラ抗原受容体−エフェクター細胞スイッチ。
(項目14)
前記ターゲティング部分が、抗EGFR抗体、抗Her2抗体、抗EGFRvIII抗体、抗CD33抗体、抗CLL−1抗体、抗CEA抗体、抗CD19抗体、抗CD22抗体、抗BCMA抗体、および抗CS1抗体、ならびにこれらの断片からなる群から選択される、項目12に記載のキメラ抗原受容体−エフェクター細胞スイッチ。
(項目15)
前記ターゲティング抗体または抗体断片が、軽鎖および重鎖の対を含み、前記軽鎖および重鎖が、配列番号8および9;配列番号8および10;配列番号11および12;配列番号13および14;配列番号15および16;配列番号17および18;ならびに配列番号19および20からなる群から選択される核酸配列対に基づくか、またはこれらに由来する核酸配列によりコードされる、項目12に記載のキメラ抗原受容体−エフェクター細胞スイッチ。
(項目16)
前記ターゲティング抗体または抗体断片が、軽鎖および重鎖の対を含み、前記軽鎖および重鎖が、配列番号21および22;配列番号23および24;配列番号25および26;配列番号27および28;ならびに配列番号27および29からなる群から選択されるアミノ酸配列対に基づくか、またはこれらに由来するアミノ酸配列によりコードされる、項目12に記載のキメラ抗原受容体−エフェクター細胞スイッチ。
(項目17)
前記キメラ抗原受容体−エフェクター細胞スイッチが、軽鎖および重鎖の対を含み、前記軽鎖および重鎖が、配列番号30および29;配列番号36および29;配列番号31および28;配列番号27および32;配列番号27および33;配列番号27および34;ならびに配列番号27および35からなる群から選択されるアミノ酸配列対に基づくか、またはこれらに由来するアミノ酸配列によりコードされる、項目12に記載のキメラ抗原受容体−エフェクター細胞スイッチ。
(項目18)
前記ペプチド抗原が、前記ターゲティング抗体または抗体断片の末端と融合している、項目12に記載のキメラ抗原受容体−エフェクター細胞スイッチ。
(項目19)
前記ペプチド抗原が、軽鎖のN末端、軽鎖のC末端、重鎖のN末端、Fab重鎖のC末端、および定常領域重鎖のC末端からなる群から選択される前記ターゲティング抗体または抗体断片の領域と融合している、項目12に記載のキメラ抗原受容体−エフェクター細胞スイッチ。
(項目20)
前記ペプチド抗原が、前記ターゲティング部分にグラフトしている、項目1に記載のキメラ抗原受容体−エフェクター細胞スイッチ。
(項目21)
前記ターゲティング部分が、ターゲティング抗体または抗体断片を含む、項目20に記載のキメラ抗原受容体−エフェクター細胞スイッチ。
(項目22)
前記ペプチド抗原が、CH ドメイン、CH ドメイン、CH ドメイン、CLドメイン、VHドメイン、VLドメイン、およびヒンジ領域から選択される前記ターゲティング抗体または抗体断片の領域にグラフトしている、項目21に記載のキメラ抗原受容体−エフェクター細胞スイッチ。
(項目23)
前記ペプチド抗原が、CH ドメイン、CH ドメイン、CH ドメイン、CLドメイン、VHドメイン、VLドメイン、重鎖、軽鎖、およびヒンジ領域から選択される前記ターゲティング抗体または抗体断片の2つの領域の間にグラフトし、前記2つの領域が隣接している、項目21に記載のキメラ抗原受容体−エフェクター細胞スイッチ。
(項目24)
前記ペプチド抗原が、前記ターゲティング抗体または抗体断片のループにグラフトしている、項目21に記載のキメラ抗原受容体−エフェクター細胞スイッチ。
(項目25)
前記ペプチド抗原が、前記ターゲティング抗体または抗体断片の定常ドメインのループにグラフトしている、項目24に記載のキメラ抗原受容体−エフェクター細胞スイッチ。
(項目26)
前記ペプチド抗原が、前記ターゲティング抗体または抗体断片の前記ヒンジ領域と重鎖定常ドメインとの間にグラフトしている、項目21に記載のキメラ抗原受容体−エフェクター細胞スイッチ。
(項目27)
前記ペプチド抗原が、前記ターゲティング抗体または抗体断片の1つまたは複数のアミノ酸と置き換わる、項目22から26のいずれか一項に記載のキメラ抗原受容体−エフェクター細胞スイッチ。
(項目28)
前記ペプチド抗原が、アミノ酸を置き換えずに前記ターゲティング抗体または抗体断片にグラフトしている、項目22から26のいずれか一項に記載のキメラ抗原受容体−エフェクター細胞スイッチ。
(項目29)
前記ペプチド抗原と前記ターゲティング部分とを連結するリンカーをさらに含む、項目1に記載のキメラ抗原受容体−エフェクター細胞スイッチ。
(項目30)
前記リンカーが、前記ペプチド抗原と前記ターゲティング部分とを連結するペプチドであり、前記ターゲティング部分が、ターゲティングポリペプチドを含む、項目29に記載のキメラ抗原受容体−エフェクター細胞スイッチ。
(項目31)
前記リンカーが、約1〜約20のアミノ酸を含む、項目29に記載のキメラ抗原受容体−エフェクター細胞スイッチ。
(項目32)
前記リンカーが、配列番号38〜42から選択される配列に基づくか、またはこれに由来する配列を含む、項目29に記載のキメラ抗原受容体−エフェクター細胞スイッチ。
(項目33)
前記ペプチド抗原が、酵母転写因子GCN4またはその相同体を含み、前記ターゲティング部分が、抗Her2抗体、抗BCMA抗体、抗CD19抗体、および抗CEA抗体、ならびにこれらの断片からなる群から選択される、項目1に記載のキメラ抗原受容体−エフェクター細胞スイッチ。
(項目34)
前記標的細胞が、がん細胞である、項目1に記載のキメラ抗原受容体−エフェクター細胞スイッチ。
(項目35)
前記細胞表面分子が、腫瘍関連抗原である、項目1に記載のキメラ抗原受容体−エフェクター細胞スイッチ。
(項目36)
前記細胞表面分子が、分化クラスタータンパク質、受容体、統合膜タンパク質、および糖タンパク質からなる群から選択される、項目1に記載のキメラ抗原受容体−エフェクター細胞スイッチ。
(項目37)
キメラ抗原受容体−エフェクター細胞スイッチの均質性が、少なくとも約90%である、項目1に記載のキメラ抗原受容体−エフェクター細胞スイッチ。
(項目38)
a.i.エフェクター細胞上のキメラ抗原受容体に結合するペプチド抗原、および
ii.標的上の細胞表面分子に結合するターゲティング部分
を含むキメラ抗原受容体−エフェクター細胞スイッチと、
b.薬学的に許容される塩、添加剤、および/またはビヒクルと
を含む医薬組成物。
(項目39)
a.i.エフェクター細胞上のキメラ抗原受容体に結合するペプチド抗原、および
ii.標的細胞上の細胞表面分子に結合するターゲティング部分を含むキメラ抗原受容体−エフェクター細胞スイッチと、
b.前記キメラ抗原受容体−エフェクター細胞スイッチの前記ペプチド抗原に結合するキメラ抗原受容体を含む、キメラ抗原受容体−エフェクター細胞と
を含むキット。
(項目40)
前記ターゲティング部分が、ターゲティングペプチドを含む、項目39に記載のキット。
(項目41)
前記ターゲティング部分が、ターゲティング抗体または抗体断片を含む、項目39に記載のキット。
(項目42)
前記ペプチド抗原が、前記ターゲティング部分内にグラフトしている、項目39に記載のキット。
(項目43)
第1のキメラ抗原受容体−エフェクター細胞スイッチおよび第2のキメラ抗原受容体−エフェクター細胞スイッチを含み、前記第1のキメラ抗原受容体−エフェクター細胞スイッチが、第1のペプチド抗原と第1のターゲティング部分とを含む、項目39に記載のキットであって、前記第2のキメラ抗原受容体−エフェクター細胞スイッチが、第2のペプチド抗原と第2のターゲティング部分とを含む、キット。
(項目44)
前記第1のペプチド抗原と前記第2のペプチド抗原とが同じである、項目43に記載のキット。
(項目45)
前記第1のターゲティング部分が、第1の標的細胞上の第1の細胞表面分子に結合し、前記第2のターゲティング部分が、第2の標的細胞上の第2の細胞表面分子に結合し、前記第1の細胞表面分子と前記第2の細胞表面分子とが異なる、項目44に記載のキット。
(項目46)
前記エフェクター細胞が、T細胞、エフェクターB細胞、ナチュラルキラー細胞、マクロファージ、およびこれらの前駆体から選択される、項目39に記載のキット。
(項目47)
前記エフェクター細胞が、ナイーブT細胞、メモリーT幹細胞、セントラルメモリーT細胞、エフェクターメモリーT細胞、ヘルパーT細胞、CD4+T細胞、CD8+T細胞、CD8/CD4+T細胞、αβT細胞、γδT細胞、細胞傷害性T細胞、ナチュラルキラーT細胞、ナチュラルキラー細胞、およびマクロファージから選択される、項目46に記載のキット。
(項目48)
キメラ抗原受容体−エフェクター細胞スイッチのペプチド抗原に結合する、キメラ抗原受容体。
(項目49)
キメラ抗原受容体−エフェクター細胞スイッチの前記ペプチド抗原に結合する抗体または抗体断片を含む、項目48に記載のキメラ抗原受容体。
(項目50)
前記抗体または抗体断片が、真核生物抗原に結合する、項目49に記載のキメラ抗原受容体。
(項目51)
前記抗体断片または抗体断片が、天然に存在しないペプチドに結合する、項目49に記載のキメラ抗原受容体。
(項目52)
前記抗体断片が、scFvである、項目49に記載のキメラ抗原受容体。
(項目53)
前記抗体または抗体断片が、真核生物抗原に結合する、項目49に記載のキメラ抗原受容体。
(項目54)
配列番号1に基づくか、またはこれに由来するポリヌクレオチドによりコードされる、項目49に記載のキメラ抗原受容体。
(項目55)
キメラ抗原受容体を含むエフェクター細胞であって、前記キメラ抗原受容体が、キメラ抗原受容体−エフェクター細胞スイッチのペプチド抗原に結合する、エフェクター細胞。
(項目56)
T細胞である、項目55に記載のエフェクター細胞。
(項目57)
配列番号1に基づくか、またはこれに由来する、1つまたは複数のポリヌクレオチドを含む、項目55に記載のエフェクター細胞。
(項目58)
キメラ抗原受容体−エフェクター細胞スイッチをコードする配列を有するポリヌクレオチドを含むベクターであって、前記キメラ抗原受容体−エフェクター細胞スイッチが、ペプチド抗原とターゲティング部分とを含み、前記ターゲティング部分が、ペプチドを含み、標的細胞上の細胞表面分子に結合する、ベクター。
(項目59)
ターゲティング抗体または抗体断片の重鎖をコードする第1の配列を有する第1のポリヌクレオチドと、ターゲティング抗体または抗体断片の軽鎖をコードする第2の配列を有する第2のポリヌクレオチドと、ペプチド抗原をコードする第3の配列を有する第3のポリヌクレオチドとを含むベクターであって、前記ベクターの発現が、キメラ抗原受容体−エフェクター細胞スイッチを生成する、ベクター。
(項目60)
前記第3の配列が、前記第1の配列および前記第2の配列から選択される配列に隣接する、項目59に記載のベクター。
(項目61)
前記第3の配列が、前記第1の配列および前記第2の配列から選択される配列内にある、項目59に記載のベクター。
(項目62)
キメラ抗原受容体−エフェクター細胞スイッチを生成する方法であって、1つまたは複数のポリヌクレオチドベクターから、
a.ターゲティング抗体または抗体断片の重鎖をコードする第1の配列と、
b.ターゲティング抗体または抗体断片の軽鎖をコードする第2の配列と、
c.ペプチド抗原をコードする第3の配列と
を発現させるステップを含み、前記ベクターの発現が、キメラ抗原受容体−エフェクター細胞スイッチを生成する、方法。
図1Aは、本明細書で開示されるスイッチによる、キメラ抗原受容体−T細胞(CAR T細胞)およびCAR T細胞スイッチによる治療についての一般的概観を例示する図である。リンパ球は、被験体から単離し、その後、キメラ抗原受容体をコードする発現ベクターを、リンパ球へと導入して、キメラ抗原受容体を発現させる細胞を生成する。結果として得られる、操作されたリンパ球を、CAR T細胞スイッチと共に被験体に投与する。図1Bは、CAR T細胞のキメラ抗原受容体が結合するペプチドと、標的細胞に対して選択的なターゲティング抗体とを含むCAR T細胞スイッチについて例示する図である。CAR T細胞スイッチが、CAR T細胞に結合すると、これもまたCAR T細胞スイッチに結合する悪性細胞に対して細胞傷害性である、免疫応答が誘導される。
図2は、酵母転写因子GCN4に由来するペプチド(7P−14P)(ダークグレーは、GCN4ペプチドを表す)に結合させた、アフィニティー成熟scFv(ライトグレーおよびミディアムグレーは、軽鎖および重鎖を表す)についての、PDBによる1P4B結晶構造を描示する図である。
図3は、抗CD19−Fab−GCN4CL1CAR−ECスイッチについての質量分析を示す図である。計算値:49533、測定値:49537.09である。
図4は、GCN4ペプチドを、抗CD19抗体または抗CD19抗体断片の多様な領域またはドメインにグラフトするか、または融合させた、多様な抗CD19抗体または抗CD19抗体断片を伴う抗GCN4 CAR T細胞による細胞傷害性を示す図である。
図5Aは、GCN4ペプチドを、抗CD19抗体または抗CD19抗体断片の多様な領域またはドメインにグラフトするか、または融合させた、抗CD19抗体または抗CD19抗体断片についての、非還元SDS−PAGEゲルを示す図である。
図5Bは、GCN4ペプチドを、抗CD19抗体または抗CD19抗体断片の多様な領域またはドメインにグラフトするか、または融合させた、抗CD19抗体または抗CD19抗体断片についての、還元SDS−PAGEゲルを示す図である。
図6は、酵母GCN4ペプチドの、抗CD19Fab(FMC63)内のグラフティング位置について描示する図である。
図7は、抗CD19Fab−GCN4ペプチドCAR T細胞スイッチおよび抗GCN4 CAR T細胞の、異種移植腫瘍マウスモデルにおける、in vivoの有効性を示す図である。図7Aは、非処置マウスにおける腫瘍の定量化を、処置マウスと対比して示す図である。図7Bは、in vivoにおける処置レジメン、および非処置マウスにおける、処置マウスと対比した腫瘍細胞の可視化について描示する図である。
図8は、抗GCN4 CAR T細胞およびCAR T細胞スイッチ(抗BCMA抗体−軽鎖定常ドメインにグラフトされたGCN4ペプチド)による、BCMA陽性細胞(OPM2)に対する細胞傷害性を示す図である。
現行のキメラ抗原受容体T細胞(CAR T細胞)療法は、CAR T細胞活性を制御する手段の欠如に起因して、信頼できない場合がある。本明細書では、キメラ抗原受容体T細胞を選択的に活性化および非活性化させる(deactivating)ための組成物および方法であって、現在調べられ、投与されている免疫療法より安全で多用途の免疫療法をもたらしうる組成物および方法が開示される。本明細書では、切り替え型キメラ抗原受容体エフェクター細胞(CAR−EC)およびキメラ抗原受容体エフェクター細胞(CAR−EC)スイッチであって、CAR−ECスイッチが、CAR−EC上のキメラ抗原受容体が結合する第1の領域と、標的細胞上の細胞表面分子に結合する第2の領域とを有し、これにより、結合した標的細胞に対して細胞傷害性であるCAR−ECからの免疫応答を刺激する、切り替え型CAR−ECおよびCAR−ECスイッチが開示される。一般に、CAR−ECは、T細胞である。このように、CAR−ECスイッチは、CAR−EC活性の「オンスイッチ」として作用しうる。活性は、スイッチの投与を低減または停止することにより「オフにする」ことができる。これらのCAR−ECスイッチは、本明細書で開示されるCAR−ECのほか、標的細胞が悪性細胞である、がんなどの疾患または状態を処置するための既存のCAR T細胞と共に使用することもできる。本明細書では、このような処置を、切り替え型免疫療法(switchable immunotherapy)と称することができ、これについての例示的な概略図による概観を図1に描示する。
本明細書で開示されるCAR−ECスイッチは、標的細胞上の細胞表面分子に結合する第1の領域と、キメラ抗原受容体が結合する第2の領域とを含む。一般に、第1の領域は、ターゲティングポリペプチドである。ターゲティングポリペプチドは、標的細胞上の抗原に結合する、ターゲティング抗体または抗体断片でありうる。代替的に、または加えて、第1の領域は、非ペプチド低分子(例えば、ビタミン、代謝物)を含みうる。本明細書でキメラ抗原結合性ペプチド抗原(CAR−BP)と称する第2の領域は、ペプチドを含む。簡略のため、本明細書では、キメラ抗原結合性ペプチド抗原という用語を、単に、ペプチド抗原と称する場合がある。一般に、CAR−BPは、ターゲティングポリペプチドの末端と融合させるか、またはターゲティングポリペプチド内にグラフトする。CAR−BPを、ターゲティングポリペプチドと融合させることまたはグラフトすることは、第1の領域および第2の領域をコードする、1つまたは複数のポリヌクレオチドを、ポリヌクレオチドの発現ベクターへと、所望の順序または組合せでクローニングすることにより実行することができる。
疾患または状態を処置する方法であって、本明細書で開示されるCAR−ECスイッチを投与するステップを含む方法は、タイトレーション可能な応答、安全性の改善、および/またはCAR−ECスイッチの投与を低減もしくは停止することによるCAR−EC活性の停止をもたらしうる。CAR−EC活性を制御する他の手法であって、標的細胞表面分子と、CARへの結合について競合することにより、CAR−EC活性を「オフにする」手法とは対照的に、本明細書で開示されるCAR−ECスイッチは一般に、CAR−EC活性化因子または「オン」スイッチとして機能する。
本明細書ではさらに、複数のCAR−ECスイッチに結合することが可能であることから、1つまたは複数の種類の標的細胞(例えば、異種腫瘍の処置)の逐次的ターゲティングをもたらしうる、ユニバーサルキメラ抗原受容体(CAR)を含むCAR−ECスイッチおよびエフェクター細胞を含む、CAR−ECプラットフォームが開示される。CARは、スイッチに対する超高アフィニティー抗体または超高アフィニティー抗体断片(例えば、scFv)を含みうる。本明細書で開示されるCAR−ECスイッチを生成する方法は、CAR−EC細胞活性の制御、オフターゲット反応性のタイトレーション、腫瘍崩壊症候群(TLS)の抑止、サイトカイン放出症候群(CRS)の緩和、ならびに/またはアフィニティー、価数、形状、長さ、および/もしくはCAR−ECスイッチペプチド/CAR−ECスイッチ抗体の部位特異的グラフティング/融合を介する化学反応による、CAR−ECスイッチの結合性の最適化をもたらすと有利でありうる。
そうでないことが明示されない限りにおいて、本明細書で使用される「スイッチ」および「CAR−ECスイッチ」という用語は、互換的に使用され、ペプチドスイッチを指す場合がある。ペプチド抗体スイッチの抗体部分は、抗体の少なくとも一部または全抗体を含みうる。例えば、ペプチド抗体スイッチの抗体部分は、重鎖の少なくとも一部、軽鎖の一部、可変領域の一部、定常領域の一部、相補性決定領域(CDR)の一部、またはこれらの組合せを含みうる。ペプチド抗体スイッチおよび/またはハプテン抗体スイッチの抗体部分は、Fc(断片、結晶性)領域の少なくとも一部を含みうる。ペプチド抗体スイッチの抗体部分は、相補性決定領域(例えば、CDR1、CDR2、CDR3)の少なくとも一部を含みうる。ペプチド抗体スイッチの抗体部分は、Fab(断片、抗原結合性)領域の少なくとも一部を含みうる。ペプチドスイッチは、ペプチド−Fabスイッチでありうる。
本方法、本キット、および本組成物についてより詳細に記載する前に、本発明は、このような方法、キット、または組成物は、当然ながら、変化しうるので、記載される特定の方法、キット、または組成物に限定されるものではないことを理解されたい。また、本発明の範囲は、添付の特許請求の範囲だけにより限定されるので、本明細書で使用される用語法は、特定の実施形態だけについて記載することを目的とするものであり、限定的であることを意図するものではないことも理解される。実施例は、当業者に、本発明をどのように実行し、使用するのかについての、完全な開示および記載をもたらすように示されるものであり、本発明者らが何を自らの発明であるとみなすのかについての範囲を限定するように意図するものでも、下記の実験が、実施される全ての実験または唯一の実験であることを表すように意図するものでもない。使用される数(例えば、量、温度など)に関して精度を確保するように努力がなされているが、いくらかの実験誤差および偏差が考慮されるべきである。そうでないことが指し示されない限りにおいて、部分は、重量部であり、分子量は、平均分子量であり、温度は、摂氏温度であり、圧力は、大気圧または大気圧近傍の圧力である。
値の範囲が提示される場合、文脈によりそうでないことが明確に指示されない限りにおいて、下限の単位の10分の1まで、その範囲の上限と下限の間の各中間の値も具体的に開示されることが理解される。言明された範囲内の任意の言明された値または中間の値と、その言明された範囲内の他の任意の言明された値または中間の値の間の各小範囲も、本発明内に包含される。これらの小範囲の上限および下限は、独立で、範囲内に含まれる場合もあり、範囲から除外される場合もあるが、限界の一方もしくは両方が小範囲内に含まれる各範囲、または限界のいずれも含まれない各範囲もまた、本発明内に包含され、言明された範囲内の、任意の具体的に除外された限界下に置かれる。言明された範囲が、限界の一方または両方を含む場合、これらの含まれた限界の一方または両方を除外する範囲もまた、本発明内に含まれる。
そうでないことが規定されない限りにおいて、本明細書で使用される全ての技術用語および科学用語は、本発明が属する技術分野の当業者により一般に理解される意味と同じ意味を有する。本明細書で記載される方法および材料と同様または同等な、任意の方法および材料を、本発明の実施または試行において使用しうるが、ここでは、一部の可能で好ましい方法および材料について記載される。本明細書で言及される全ての刊行物は、それらとの関連で刊行物が引用される方法および/または材料について開示および記載するように、参照により本明細書に組み込まれる。齟齬が生じる範囲では、本開示が、組み込まれた刊行物の任意の開示に優先されることが理解される。
本開示を読めば、当業者に明らかな通り、本明細書で記載され、例示される個々の実施形態の各々は、個別の構成要素および特徴を有するが、これらは、本発明の範囲または精神から逸脱しない限りにおいて、他の複数の実施形態のいずれかの特徴からたやすく分離することもでき、これらとたやすく組み合わせることもできる。列挙される任意の方法は、列挙される事象の順序で実行することもでき、論理的に可能な、他の任意の順序で実行することもできる。
本明細書内および添付の特許請求の範囲内で使用される通り、単数形の「1つの(a)」、「1つの(an)」、および「その(the)」は、文脈によりそうでないことが明確に指示されない限りにおいて、複数の指示対象を含むことに注意すべきである。したがって、例えば、「細胞(a cell)」に対する言及は、複数のこのような細胞を含み、「ペプチド(the peptide)」に対する言及は、1つまたは複数のペプチド、およびこれらの同等物、例えば、当業者に公知のポリペプチドなどに対する言及を含む。
本明細書で論じられる刊行物は、本出願の出願日以前にそれらが開示されたことだけのために提示される。本明細書内のいかなることがらも、本発明に、先行発明の理由でこのような刊行物に先行する権利がないということの容認としてはみなされないものとする。さらに、提示される公開日は、実際の公開日と異なる場合があり、これらは、独立に確認する必要がある。
エフェクター細胞を被験体における標的と一体とするのに使用される、CAR−ECプラットフォームおよびCAR−ECスイッチを生成するための方法、キット、および組成物が提供される。これらの方法、キット、および組成物は、多くの疾患において治療のために使用される。例えば、異種腫瘍および血液細胞悪性腫瘍(例えば、急性リンパ芽球性白血病および慢性リンパ性白血病)は、CAR−ECスイッチ連結の長さ、価数、および配向性のほか、CAR−ECスイッチの細胞ターゲティング部分が最適化される場合、CAR−ECプラットフォームで、より効果的に処置することができる。異種腫瘍も、1つを超える腫瘍抗原を標的とする、複数のCAR−ECスイッチで、より効果的に処置することができる。下記でより完全に記載される、組成物および方法についての詳細を読めば、当業者には、本発明の利点および特徴が明らかである。
本明細書では、本発明の好ましい実施形態について示し記載しているが、当業者には、このような実施形態は、例だけを目的とするものであることが明らかである。今や、当業者は、本発明から逸脱せずに、多数の変化、変更、および置き換えに想到する。本発明を実施するには、本明細書で記載される、本発明の実施形態に対する多様な代替物を援用しうることを理解されたい。以下の特許請求の範囲により、本発明の範囲が規定され、これにより、これらの特許請求の範囲およびそれらの同等物の範囲内の方法および構造が包含されることを意図する。
IA.ペプチドスイッチ
本明細書では、エフェクター細胞上のキメラ抗原受容体に結合するペプチド抗原と、標的上の細胞表面分子に結合するターゲティング部分とを含むキメラ抗原受容体−エフェクター細胞スイッチが開示される。ターゲティング部分は、細胞表面分子に結合するターゲティングペプチドを含む、ターゲティングポリペプチドでありうる。ターゲティング部分は、ターゲティングペプチドを含む、ターゲティング抗体または抗体断片であることが可能であり、この場合、ターゲティングペプチドは、ターゲティング抗体または抗体断片の抗原結合性部位である。ターゲティングペプチドは、抗体断片の少なくとも一部であることが可能であり、細胞表面分子は、抗原でありうる。ターゲティング部分は、1つまたは複数の抗原を認識し、かつ/またはこれらに結合する、1つまたは複数のペプチドを含みうる。ターゲティング部分は、1つの抗原だけを認識し、かつ/またはこれに結合する、1つまたは複数のペプチドを含みうる。ペプチド抗原は、抗原を認識し、かつ/またはこれに結合する、抗体または抗体断片を含みえない。
本明細書ではさらに、エフェクター細胞上のCARに結合するペプチド抗原(CAR−BP)と、標的細胞上の細胞表面分子に結合するターゲティングポリペプチドとを含むCAR−ECスイッチが開示される。ペプチド抗原は、ターゲティングポリペプチドの末端と融合させることができる。ペプチド抗原は、ターゲティングポリペプチドへと(例えば、ターゲティングポリペプチドの選択されたアミノ酸の間に)グラフトすることができる。ターゲティングポリペプチドは、ペプチド抗原の末端と融合させることができる。ターゲティングポリペプチドは、ペプチド抗原へと(例えば、ペプチド抗原の選択されたアミノ酸の間に)グラフトすることができる。
本明細書では、エフェクター細胞上のCARに結合するペプチド抗原(CAR−BP)と、標的上の抗原に結合する、ターゲティング抗体または抗体断片とを含むCAR−ECスイッチが開示される。ターゲティング抗体または抗体断片は、免疫グロブリン、Fab、Fab’、F(ab’)、およびscFvから選択することができる。ターゲティング抗体または抗体断片は、軽鎖を含みうる。ターゲティング抗体または抗体断片は、重鎖を含みうる。
ペプチド抗原は、ターゲティング抗体または抗体断片の軽鎖のN末端と融合させることができる。ペプチド抗原は、ターゲティング抗体または抗体断片の軽鎖のC末端と融合させることができる。ペプチド抗原は、ターゲティング抗体または抗体断片の重鎖のN末端と融合させることができる。ペプチド抗原は、ターゲティング抗体または抗体断片の重鎖のC末端と融合させることができる。ペプチド抗原は、ターゲティング抗体または抗体断片のVLドメインのN末端と融合させることができる。ペプチド抗原は、ターゲティング抗体または抗体断片のVHドメインのN末端と融合させることができる。ペプチド抗原は、ターゲティング抗体または抗体断片のCLドメインのC末端と融合させることができる。ペプチド抗原は、ターゲティング抗体または抗体断片のFcドメインのC末端と融合させることができる。ペプチド抗原は、IgGのVLドメインのN末端と融合させることができる。ペプチド抗原は、IgGのVHドメインのN末端と融合させることができる。ペプチド抗原は、IgGのCLドメインのC末端と融合させることができる。ペプチド抗原は、IgGのFcドメインのC末端と融合させることができる。ペプチド抗原は、FabのVLドメインのN末端と融合させることができる。ペプチド抗原は、FabのVHドメインのN末端と融合させることができる。ペプチド抗原は、FabのCLドメインのC末端と融合させることができる。ペプチド抗原は、FabのCHドメインのC末端と融合させることができる。
ペプチド抗原は、ターゲティング抗体または抗体断片の内部部位へと(例えば、ターゲティング抗体または抗体断片の選択されたアミノ酸の間に)グラフトすることができる。ペプチド抗原は、ターゲティング抗体または抗体断片の重鎖にグラフトすることができる。ペプチド抗原は、ターゲティング抗体または抗体断片の軽鎖にグラフトすることができる。ペプチド抗原は、ターゲティング抗体または抗体断片の定常ドメイン/領域にグラフトすることができる。ペプチド抗原は、ターゲティング抗体または抗体断片の可変ドメイン/領域にグラフトすることができる。ペプチド抗原は、Fabの内部部位にグラフトすることができる。ペプチド抗原は、免疫グロブリン(例えば、IgG)の内部部位にグラフトすることができる。ペプチド抗原は、CLドメイン、CHドメイン、CHドメイン、CHドメイン、VLドメイン、VHドメイン、およびヒンジドメインから選択される、ターゲティング抗体またはその断片のドメインにグラフトすることができる。ペプチド抗原は、CLドメイン、CHドメイン、CHドメイン、CHドメイン、VLドメイン、VHドメイン、およびヒンジドメインから選択される、抗体またはその断片の2つのドメインの間にグラフトすることができ、この場合、2つのドメインは隣接している。ペプチド抗原は、抗体またはその断片のCLドメインにグラフトすることができる。ペプチド抗原は、抗体またはその断片のCHドメインにグラフトすることができる。ペプチド抗原は、抗体またはその断片のヒンジドメインにグラフトすることができる。ペプチド抗原は、抗体またはその断片のループにグラフトすることができる。ペプチド抗原は、抗体またはその断片のCLドメインループにグラフトすることができる。
CAR−BPは、抗体または抗体断片のC末端にグラフトすることができ、このため、キメラ抗原受容体と標的との間の距離は、CAR−ECスイッチのサイズに依存して、実質的に異なりうる(scFvでは約40Å、Fabでは70Å、およびIgGでは120Å)。大きな距離は、in vitroにおける有効性に負の影響を及ぼしうるが、in vivoにおける全長抗体の貯留時間の延長には優れる場合がある。
CAR−BPはさらに、リンカーを含みうる。リンカーにより、CAR−ECスイッチの可撓性、標的細胞上のCAR−ECの相互作用または効果を促進するのに最適な長さまたは形状をもたらすことができる。CAR−BPはさらに、1つまたは複数のリンカーを含みうる。CAR−BPは、2つのリンカーを含みうる。リンカーは、ペプチドを含みうる。リンカーは、少なくとも約1、少なくとも約2、少なくとも約3、少なくとも約4、少なくとも約5、少なくとも約6、少なくとも約7、少なくとも約8、少なくとも約9、または少なくとも約10アミノ酸の長さでありうる。1つまたは複数のリンカーは、約5、約10、約15、約20、約25、約30、約35、約40、約45、約50、約55、約60、約70、約80、約90、または約100のアミノ酸を含みうる。リンカーは、CAR−BPを、ターゲティングポリペプチドにグラフトするように、CAR−BPのN末端またはC末端に配置することができる。第1のリンカーは、CAR−BPのN末端と融合させることができ、第2のリンカーは、CAR−BPのC末端と融合させることができる。リンカーは、配列(GGGGS)(配列番号40)[配列中、nは、1、2、3、4、5、またはこれを超えうる]を含みうる。リンカーは、配列(GGS)(配列番号40)[配列中、nは、1、2、3、4、5、またはこれを超えうる]を構成しうる。CAR−BPは、CAR−BPの一方の端部においてリンカーを伴うターゲティングポリペプチドの内部部位にグラフトすることができる。リンカーは、配列番号40〜44から選択される配列を含みうる。
ペプチド抗原
ペプチド抗原(CAR−BP)は、キメラ抗原受容体(CAR)が結合するペプチドでありうる。ペプチド抗原は、ペプチド一般と比べて、タンパク質分解に対する安定性は高く、ヒトにおける免疫原性は低くすることができる。CAR−BPは、ホルモン、サイトカイン、ケモカイン、成長因子、細胞接着分子、シグナル伝達ペプチド、受容体、細胞表面ペプチド、およびこれらの断片から選択することができる。CAR−BPは、ペプトイドでありうる。CAR−BPは、ペプチド核酸(PNA)でありうる。CAR−BPは、リガンドまたはその断片でありうる。リガンドは、ホルモン性リガンドでありうる。リガンドは、ペプチドリガンドでありうる。CAR−BPは、環状ペプチドでありうる。CAR−BPは、直鎖状ペプチドでありうる。CAR−BPの長さは、約2〜約10、約10〜約20、約20〜約30、約30〜約40、約40〜約50、約50〜約60、約60〜約70、約70〜約80、および約80〜約90アミノ酸の間でありうる。CAR−BPは、抗原でありうる。CAR−BPは、エピトープでありうる。CAR−BPは、非直鎖状エピトープでありうる。CAR−BPはさらに、第2のペプチドを含みうる。
ペプチド抗原は、抗体または抗体断片を含みえない。ペプチド抗原は、抗体または抗体断片の10個未満のアミノ酸を含みうる。ペプチド抗原は、抗体または抗体断片の12個未満のアミノ酸を含みうる。ペプチド抗原は、抗体または抗体断片の15個未満のアミノ酸を含みうる。ペプチド抗原は、抗体または抗体断片の20個未満のアミノ酸を含みうる。ペプチド抗原は、抗体または抗体断片の22個未満のアミノ酸を含みうる。ペプチド抗原は、抗体または抗体断片の30個未満のアミノ酸を含みうる。ペプチド抗原は、抗体または抗体断片のパラトープを含みえない。
本明細書では、ターゲティング部分とペプチド抗原とを含む、キメラ抗原受容体エフェクター細胞スイッチであって、ターゲティング部分が、ターゲティングポリペプチドであるスイッチが開示される。ターゲティングポリペプチドは、ターゲティング抗体または抗体断片を含みうる。ターゲティング抗体または抗体断片は、可変ドメインを含みうる。可変ドメインは、VHドメインおよびVLドメインから選択することができる。ペプチド抗原は、VHドメインのN末端またはその近傍に配置することができない。ペプチド抗原は、VLドメインのN末端またはその近傍に配置することができない。
ペプチド抗原は、天然に存在しないペプチドを含みうる。ペプチド抗原は、合成ペプチドを含みうる。ペプチド抗原は、非動物ペプチド(例えば、動物では発現しないペプチド)を含みうる。ペプチド抗原は、非哺乳動物ペプチドを含みうる。ペプチド抗原は、非ヒトペプチドを含みうる。ペプチドは、植物、酵母、細菌、爬虫類、鳥類、または昆虫に由来するペプチドを含みうる。
ペプチド抗原は、mycタグを含みうる。ペプチド抗原は、Hisタグを含みうる。ペプチド抗原は、HAタグを含みうる。ペプチド抗原は、ペリジニンクロロフィルタンパク質複合体を含みうる。ペプチド抗原は、緑色蛍光タンパク質(GFP)を含みうる。ペプチド抗原は、赤色蛍光タンパク質(RFP)を含みうる。ペプチド抗原は、フィコエリトリン(PE)を含みうる。ペプチド抗原は、ストレプトアビジンを含みうる。ペプチド抗原は、アビジンを含みうる。ペプチド抗原は、西洋ワサビペルオキシダーゼ(HRP)を含みうる。ペプチド抗原は、アルカリホスファターゼを含みうる。ペプチド抗原は、グルコースオキシダーゼを含みうる。ペプチド抗原は、グルタチオン−S−トランスフェラーゼ(GST)を含みうる。ペプチド抗原は、マルトース結合性タンパク質を含みうる。ペプチド抗原は、非限定的な例によれば、c−mycタグ、ポリヒスチジンタグ、V5、VSVG、softag 1、softag 3、expressタグ、Sタグ、パルミトイル化、ニトロシル化、SUMOタグ、チオレドキシン、ポリ(NANP)、ポリArg、カルモジュリン結合性タンパク質、PurF断片、ケトステロイドイソメラーゼ、PaP3.30、TAF12ヒストンフォールドドメイン、FKBPタグ、SNAPタグ、Haloタグ、RNアーゼIに由来するペプチドでありうる。ペプチド抗原は、プロテアーゼ切断部位を含みうる。プロテアーゼ切断部位は、トロンビン、第Xa因子、TEVプロテアーゼ、またはエンテロキナーゼにより認識されうる。
ペプチド抗原は、小型の直鎖状親水性ペプチドでありうる。小型の直鎖状親水性ペプチドは、リンカーを含みうる。小型の直鎖状親水性ペプチドは、親水性標的ペプチド(HTP)でありうる。小型の直鎖状親水性ペプチドは、配列GGGGSDYKDDDDK(配列番号5)を含みうる。小型の直鎖状親水性ペプチドは、配列GGGGSDYKDDDDKP(配列番号6)を含みうる。小型の直鎖状親水性ペプチドは、配列GGGGSDYKDDDDK(配列番号5)から本質的になりうる。小型の直鎖状親水性ペプチドは、配列GGGGSDYKDDDDKP(配列番号6)から本質的になりうる。小型の直鎖状親水性ペプチドは、配列番号5または6と少なくとも約50%相同でありうる。小型の直鎖状親水性ペプチドは、配列番号5または6と少なくとも約60%相同でありうる。小型の直鎖状親水性ペプチドは、配列番号5または6と少なくとも約70%相同でありうる。小型の直鎖状親水性ペプチドは、配列番号5または6と少なくとも約80%相同でありうる。小型の直鎖状親水性ペプチドは、配列番号5または6と少なくとも約85%相同でありうる。小型の直鎖状親水性ペプチドは、配列番号5または6と少なくとも約90%相同でありうる。小型の直鎖状親水性ペプチドは、当技術分野で公知の他のペプチドと比べて、非特異的結合が低減されうる。小型の直鎖状親水性ペプチドは、本明細書で開示される他のペプチドと比べて、非特異的結合が低減され、融合タンパク質の不安定性が低減されうる。ペプチド抗原は、FLAG(登録商標)タグ(配列番号7)またはその誘導体もしくは相同体を含みうる。
ペプチドは、天然に存在するペプチドに基づきうるか、またはこれに由来しうる。ペプチドは、ヒトペプチドに基づきうるか、またはこれに由来しうる。ペプチドは、チンパンジー、サル、ラット、マウス、鳥類、魚類、ブタ、ウマ、ウシ、ヤギ、ニワトリ、ウサギ、およびモルモットから選択される動物において発現させたペプチドに基づきうるか、またはこれに由来しうる。ペプチドは、哺乳動物ペプチドに基づきうるか、またはこれに由来しうる。ペプチドは、非哺乳動物ペプチドに基づきうるか、またはこれに由来しうる。ペプチドは、植物において発現させたペプチドに基づきうるか、またはこれに由来しうる。ペプチドは、細菌において発現させたペプチドに基づきうるか、またはこれに由来しうる。ペプチドは、原核生物ペプチドに基づきうるか、またはこれに由来しうる。ペプチドは、真核生物ペプチドに基づきうるか、またはこれに由来しうる。ペプチドは、酵母によって発現されたペプチドに基づきうるか、またはこれに由来しうる。ペプチド抗原は、酵母転写因子GCN4ペプチドまたはその誘導体もしくは相同体を含みうる。酵母転写因子GCN4ペプチドは、配列RMKQLEPKVEELLPKNYHLENEVARLKKLVGER(配列番号2)を含みうる。酵母転写因子GCN4ペプチドは、配列NYHLENEVARLKKL(配列番号3)を含みうる。酵母転写因子GCN4ペプチドは、配列RMKQLEPKVEELLPKNYHLENEVARLKKLVGER(配列番号2)から本質的になりうる。酵母転写因子GCN4ペプチドは、配列NYHLENEVARLKKL(配列番号3)から本質的になりうる。酵母転写因子GCN4ペプチドは、配列番号2の一部を含みうる。配列番号2の一部は、少なくとも4アミノ酸長でありうる。配列番号2の一部は、約4、約5、約6、約7、約8、約9、約10、約11、約12、または約13アミノ酸長でありうる。酵母転写因子GCN4ペプチドは、配列番号2または3と少なくとも約50%相同でありうる。酵母転写因子GCN4ペプチドは、配列番号2または3と少なくとも約60%相同でありうる。酵母転写因子GCN4ペプチドは、配列番号2または3と少なくとも約70%相同でありうる。酵母転写因子GCN4ペプチドは、配列番号2または3と少なくとも約80%相同でありうる。酵母転写因子GCN4ペプチドは、配列番号2または3と少なくとも約85%相同でありうる。酵母転写因子GCN4ペプチドは、配列番号2または3と少なくとも約90%相同でありうる。CAR−ECスイッチは、酵母GCN4ペプチドおよび1つまたは複数のリンカーを含みうる。CAR−ECスイッチは、配列番号4を含みうる。
ターゲティング部分
ターゲティング部分は、標的上の細胞表面分子に結合しうる。細胞表面分子は、抗原を含みうる。細胞表面分子は、タンパク質、脂質部分、糖タンパク質、糖脂質、炭水化物、多糖、核酸、MHC結合ペプチド、またはこれらの組合せから選択することができる。細胞表面分子は、細菌、ウイルス、および他の微生物の部分(例えば、コート、莢膜、細胞壁、鞭毛、線毛、および毒素)を含みうる。細胞表面分子は、標的細胞に発現させることができる。細胞表面分子は、標的細胞に発現させることができない。非限定的な例として述べると、細胞表面分子は、標的細胞ではない細胞が発現させるリガンド、および標的細胞または標的細胞の細胞表面分子が結合するリガンドでありうる。非限定的な例によれば、細胞表面分子はまた、標的細胞の細胞表面または細胞表面受容体に結合させた、毒素、外因性分子、またはウイルスタンパク質でもありうる。
ターゲティングポリペプチドは、ターゲティング抗体または抗体断片でありうる。ターゲティング抗体または抗体断片は、免疫グロブリン(Ig)でありうる。免疫グロブリンは、IgG、IgA、IgD、IgE、IgM、その断片、またはその修飾物(modification)から選択することができる。免疫グロブリンは、IgGでありうる。IgGは、IgG1でありうる。IgGは、IgG2でありうる。IgGは、CAR−ECスイッチに結合する内因性T細胞FcRをモジュレートするための、1カ所または複数カ所のFc変異を有しうる。IgGは、FcR陽性細胞のFcRへのFc結合能を除去するための、1カ所または複数カ所のFc変異を有しうる。Fc結合能を除去することにより、CAR−ECが、FcR陽性細胞へと架橋される可能性を低減することができ、この場合、CAR−ECが、FcR陽性細胞へと架橋されれば、標的細胞の非存在下で、CAR−ECが活性化する。CAR−ECスイッチに結合する内因性T細胞FcRをモジュレートすること自体、有効でないかまたは望ましくない免疫応答を低減しうる。1カ所または複数カ所のFc変異により、グリコシル化部位を除去することができる。1カ所または複数カ所のFc変異は、E233P、L234V、L235A、delG236、A327G、A330S、P331S、N297Q、およびこれらの任意の組合せから選択することができる。1カ所または複数カ所のFc変異は、IgG1内にありうる。1カ所または複数カ所のIgG1内のFc変異は、L234A、L235A、またはこれらの両方でありうる。代替的に、または加えて、1カ所または複数カ所のIgG1内のFc変異は、L234A、L235E、またはこれらの両方でありうる。代替的に、または加えて、1カ所または複数カ所のIgG1内のFc変異は、N297Aでありうる。代替的に、または加えて、1カ所または複数カ所の変異は、IgG2内にありうる。1カ所または複数カ所のIgG2内のFc変異は、V234A、V237A、またはこれらの両方でありうる。
ターゲティング抗体または抗体断片は、Fcヌル免疫グロブリンまたはその断片でありうる。
本明細書で使用される「抗体断片」という用語は、全長形態以外の、抗体の任意の形態を指す。本明細書の抗体断片は、全長抗体内に存在する小型の構成要素である抗体、および操作された抗体を含む。抗体断片は、Fv、Fc、Fab、および(Fab’)2、単鎖Fv(scFv)、ダイアボディー、トリアボディー、テトラボディー、二官能性ハイブリッド抗体、CDR1、CDR2、CDR3、CDRの組合せ、可変領域、フレームワーク領域、定常領域、重鎖、軽鎖、選択的な足場非抗体分子(alternative scaffold non-antibody molecule)、および二重特異性抗体を含むがこれらに限定されない。そうでないことが具体的に言及されない限りにおいて、「「抗体(antibody)」または「抗体(antibodies)」という用語を使用する言明および特許請求の範囲は具体的に、「抗体断片(antibody fragment)」および抗体断片(antibody fragments)を含みうる。
ターゲティング抗体断片は、ヒト抗体、完全ヒト抗体、ヒト化抗体、ヒト操作抗体、非ヒト抗体、および/またはキメラ抗体でありうる。非ヒト抗体は、親の非ヒト親抗体の特異性およびアフィニティーを保持しながら、ヒトに対する免疫原性を低減するように、ヒト化することができる。キメラ抗体とは、元は別個の抗体をコードした、2つまたはこれを超える抗体遺伝子をつなぐことにより創出される抗体を指す場合がある。キメラ抗体は、第1の抗体に由来する少なくとも1つのアミノ酸と、第2の抗体に由来する少なくとも1つのアミノ酸とを含むことが可能であり、ここで、第1の抗体と第2の抗体とは異なる。抗体または抗体断片の少なくとも一部は、ウシ種、ヒト種、またはネズミ種に由来しうる。抗体または抗体断片の少なくとも一部は、ラット、ヤギ、モルモット、またはウサギに由来しうる。抗体または抗体断片の少なくとも一部は、ヒトに由来しうる。抗体または抗体断片の少なくとも一部は、カニクイザルに由来しうる。
ターゲティング抗体または抗体断片は、哺乳動物、鳥類、魚類、両生動物、爬虫類に由来する抗体または抗体断片に基づきうるか、またはこれに由来しうる。哺乳動物は、肉食動物、齧歯類、ゾウ、有袋類、ウサギ、コウモリ、霊長類、アザラシ、アリクイ、クジラ目動物、奇蹄目動物、および偶蹄目動物を含むがこれらに限定されない。哺乳動物は、ヒト、非ヒト霊長類、マウス、ヒツジ、ネコ、イヌ、ウシ、ウマ、ヤギ、またはブタでありうる。
ターゲティング抗体または抗体断片は、非限定的な例によれば、CD19、Her2、CLL−1、CD33、EGFRvIII、CD20、CD22、BCMAまたはこれらの断片から選択される抗原を標的としうる。抗原は、野生型抗原を含みうる。抗原は、1カ所または複数カ所の変異を含みうる。
ターゲティング抗体または抗体断片は、抗CD19抗体またはその断片でありうる。ターゲティングポリペプチドは、抗CD22抗体でありうる。ターゲティングポリペプチドは、抗BCMA抗体またはその断片でありうる。ターゲティングポリペプチドは、抗CS1抗体またはその断片でありうる。ターゲティングポリペプチドは、抗EGFRvIII抗体またはその断片でありうる。ターゲティングポリペプチドは、抗Her2抗体またはその断片でありうる。ターゲティングポリペプチドは、抗CD20抗体または抗体断片を含みうる。ターゲティングポリペプチドは、リツキシマブを含みうる。ターゲティングポリペプチドは、抗EGFR抗体または抗体断片を含みうる。ターゲティングポリペプチドは、抗CEA抗体または抗体断片を含みうる。ターゲティングポリペプチドは、抗CLL−1抗体または抗体断片を含みうる。ターゲティングポリペプチドは、抗CD33抗体または抗体断片を含みうる。ターゲティングポリペプチドは、抗EpCAM抗体またはその断片を含みえない。
ターゲティング抗体または抗体断片は、任意の市販の抗体から選択することができる。ターゲティング抗体または抗体断片は、アドゥ−トラスツズマブエムタンシン、アレムツズマブ、ベバシズマブ、ブレンツキシマブベドチン、ゲムツズマブオゾガマイシン、イピリムマブ、イブリツモマブチウキセタン、パニツムマブ、セツキシマブ、Erbitux、リツキシマブ、トラスツズマブ、およびこれらの断片から選択することができる。
ターゲティング抗体または抗体断片は、抗CD19抗体またはその断片を含みうる。ターゲティング抗体またはその断片は、抗CD19抗体またはその断片の軽鎖を含みうる。抗CD19抗体またはその断片の軽鎖は、配列番号8に基づくか、またはこれに由来するヌクレオチド配列によりコードされうる。ヌクレオチド配列は、配列番号8と約99%、約98%、約97%、約96%、約95%、約92%、約90%、約85%、約80%、約75%、約70%、約65%、約60%、約55%、約50%、約45%、約40%、約35%、約30%、約25%、約20%、約15%、約10%、約5%、または約2%相同でありうる。ターゲティング抗体またはその断片は、抗CD19抗体またはその断片の重鎖を含みうる。抗CD19抗体またはその断片の重鎖は、配列番号9に基づくか、またはこれに由来する配列によりコードされうる。ヌクレオチド配列は、配列番号9と約99%、約98%、約97%、約96%、約95%、約92%、約90%、約85%、約80%、約75%、約70%、約65%、約60%、約55%、約50%、約45%、約40%、約35%、約30%、約25%、約20%、約15%、約10%、約5%、または約2%相同でありうる。
ターゲティング抗体または抗体断片は、抗CD19抗体またはその断片を含みうる。ターゲティング抗体またはその断片は、抗CD19抗体またはその断片の軽鎖を含みうる。抗CD19抗体または断片の軽鎖は、配列番号27に基づくか、またはこれに由来するアミノ酸配列を含みうる。アミノ酸配列は、配列番号27と約99%、約98%、約97%、約96%、約95%、約92%、約90%、約85%、約80%、約75%、約70%、約65%、約60%、約55%、約50%、約45%、約40%、約35%、約30%、約25%、約20%、約15%、約10%、約5%、または約2%相同でありうる。ターゲティング抗体またはその断片は、抗CD19またはその断片の重鎖を含みうる。ターゲティング抗体またはその断片は、抗CD19 IgGの重鎖を含みうる。抗CD19 IgGの重鎖は、配列番号28に基づくか、またはこれに由来する配列を含みうる。アミノ酸配列は、配列番号28と約99%、約98%、約97%、約96%、約95%、約92%、約90%、約85%、約80%、約75%、約70%、約65%、約60%、約55%、約50%、約45%、約40%、約35%、約30%、約25%、約20%、約15%、約10%、約5%、または約2%相同でありうる。ターゲティング抗体またはその断片は、抗CD19 Fabの重鎖を含みうる。抗CD19 Fabの重鎖は、配列番号29に基づくか、またはこれに由来する配列を含みうる。アミノ酸配列は、配列番号29と約99%、約98%、約97%、約96%、約95%、約92%、約90%、約85%、約80%、約75%、約70%、約65%、約60%、約55%、約50%、約45%、約40%、約35%、約30%、約25%、約20%、約15%、約10%、約5%、または約2%相同でありうる。
ターゲティング抗体または抗体断片は、配列番号8〜20から選択されるヌクレオチド配列を含みうる。ターゲティングポリペプチドは、配列番号8〜20から選択されるヌクレオチドに基づきうるか、またはこれに由来しうる。ターゲティング抗体または抗体断片、配列番号21〜29から選択されるアミノ酸配列を含みうる。ターゲティングポリペプチドは、配列番号21〜29から選択されるアミノ酸配列に基づきうるか、またはこれに由来しうる。
本明細書では、ペプチド抗原と、標的細胞上の細胞表面分子に結合するターゲティング部分とを含む、キメラ抗原受容体エフェクター細胞(CAR−EC)スイッチが開示される。一般に、エフェクター細胞および標的細胞をCAR−ECスイッチ構築物へと結合させることにより、標的細胞を、エフェクター細胞と近接させ、これにより、エフェクター細胞の活性が標的細胞に対して効果を有するのに十分な程度の近傍へと近接させる。例えば、T細胞および標的細胞を、CAR−ECスイッチに結合させると、T細胞は、標的細胞に対して細胞傷害性効果を有する免疫応答をもたらしうる。
CAR−ECスイッチは、複数の標的細胞と相互作用しうる。標的細胞は、感染細胞でありうる。標的細胞は、病原体に感染した細胞でありうる。標的細胞は、罹患細胞でありうる。標的細胞は、遺伝子改変細胞でありうる。標的細胞は、宿主細胞でありえない。標的細胞は、侵入生物(例えば、酵母、蠕虫、細菌、真菌)に由来しうる。本明細書ではさらに、非細胞標的上の分子と相互作用するCAR−ECスイッチが開示される。非細胞標的は、ウイルスまたはその一部でありうる。非細胞標的は、細胞の断片でありうる。非細胞標的は、細胞外マトリックスの構成要素またはタンパク質でありうる。
標的細胞は、組織に由来しうる。組織は、脳、食道、乳房、結腸、肺、神経膠、卵巣、子宮、精巣、前立腺、消化管、膀胱、肝臓、胸腺、骨、および皮膚から選択することができる。標的細胞は、1つまたは複数の内分泌腺に由来しうる。代替的に、または加えて、標的細胞は、1つまたは複数の内分泌腺に由来しうる。内分泌腺は、リンパ腺、下垂体、甲状腺、副甲状腺、膵臓、性腺、または松果腺でありうる。
標的細胞は、幹細胞、多能性細胞、造血幹細胞、または前駆細胞から選択することができる。標的細胞は、循環細胞でありうる。標的細胞は、免疫細胞でありうる。
標的細胞は、がん幹細胞でありうる。標的細胞は、がん細胞でありうる。がん細胞は、組織に由来しうる。組織は、非限定的な例として述べると、脳、食道、乳房、結腸、肺、神経膠、卵巣、子宮、睾丸、前立腺、消化管、膀胱、肝臓、甲状腺、および皮膚から選択することができる。がん細胞は、骨に由来しうる。がん細胞は、血液に由来しうる。がん細胞は、B細胞、T細胞、単球、血小板、白血球、好中球、好酸球、好塩基球、リンパ球、造血幹細胞、または内皮前駆細胞(endothelial cell progenitor)に由来しうる。がん細胞は、CD19陽性Bリンパ球に由来しうる。がん細胞は、幹細胞に由来しうる。がん細胞は、多能性細胞に由来しうる。がん細胞は、1つまたは複数の内分泌腺に由来しうる。内分泌腺は、リンパ腺、下垂体、甲状腺、副甲状腺、膵臓、性腺、または松果腺でありうる。
がん細胞は、CD19陽性細胞でありうる。がん細胞は、CD19陽性Bリンパ球でありうる。がん細胞は、Her2陽性細胞でありうる。Her2陽性細胞は、Her2陽性乳がん細胞でありうる。標的細胞は、BCMA陽性細胞でありうる。がん細胞は、BCMA陽性多発性骨髄腫細胞でありうる。がん細胞は、CS1陽性細胞でありうる。CS1陽性細胞は、多発性骨髄腫細胞でありうる。がん細胞は、EGFRvIII陽性細胞でありうる。がん細胞は、EGFRvIII陽性神経膠芽細胞腫細胞でありうる。がん細胞は、CD20陽性細胞でありうる。がん細胞は、CD22陽性細胞でありうる。
細胞表面分子は、抗原でありうる。抗原は、細胞上の表面抗原または細胞表面マーカーの少なくとも一部でありうる。抗原は、細胞上の受容体または共受容体でありうる。抗原とは、主要組織適合性複合体(MHC)を結合させ、T細胞受容体へと提示されうる、分子または分子断片を指す場合がある。「抗原」という用語はまた、免疫原も指す場合がある。免疫原は、それ自体で被験体に注射されると、適応免疫応答を引き起こしうる。免疫原は、それ自体で免疫応答を誘導しうる。抗原は、スーパー抗原、T細胞依存性抗原、またはT細胞非依存性抗原でありうる。抗原は、外因性抗原でありうる。外因性抗原は、外界から、例えば、吸入、摂取、または注射により、体内に侵入した抗原であることが典型的である。一部の抗原は、外因性抗原として生じ、後に内因性となりうる(例えば、細胞内ウイルス)。抗原は、内因性抗原でありうる。内因性抗原は、正常な細胞代謝の結果として、または病原体の感染(例えば、ウイルス感染、細菌感染、真菌感染、寄生虫感染)のために、細胞内に発生した抗原でありうる。抗原は、自己抗原でありうる。自己抗原は、特異的自己免疫疾患を患う患者の免疫系により認識される、正常タンパク質またはタンパク質の複合体(および、場合によって、DNAまたはRNA)でありうる。これらの抗原は、正常な状態下では、免疫系の標的となるべきではないが、これらの患者においては、遺伝的因子および/または環境因子に起因して、このような抗原に対する正常な免疫寛容が存在しない。抗原は、状態または疾患に起因して、存在するか、または過剰発現し得る。状態または疾患は、がんまたは白血病でありうる。状態は、炎症性疾患または状態でありうる。状態または疾患は、代謝性疾患でありうる。状態は、遺伝性障害でありうる。
細胞表面分子は、腫瘍抗原と呼ばれている抗原でありうる。腫瘍抗原またはネオ抗原は、腫瘍細胞の表面上のMHC I分子またはMHC II分子により提示される抗原でありうる。これらの抗原は、場合によって、腫瘍細胞により提示される場合があるが、正常細胞によっては提示されない。この場合、これらは、腫瘍特異的抗原(TSA)と呼ばれ、一般に、腫瘍特異的変異から生じる。腫瘍細胞および正常な細胞により提示される抗原がより一般的であり、これらは、腫瘍関連抗原(TAA)と呼ばれる。これらの抗原を認識する細胞傷害性Tリンパ球は、それらが増殖または転移する前に、腫瘍細胞を破壊することが可能でありうる。また、腫瘍抗原は、腫瘍の表面に、例えば、変異受容体の形態で存在する場合もあり、この場合、それらは、B細胞により認識されうる。そうでないことが明示されない限りにおいて、本明細書では、「腫瘍抗原」、「腫瘍特異的抗原」、および「腫瘍関連抗原」という用語は、互換的に使用される。
細胞表面分子は、受容体でありうる。受容体は、細胞外受容体でありうる。受容体は、細胞表面受容体でありうる。非限定的な例として述べると、受容体は、ホルモン、神経伝達物質、サイトカイン、成長因子、または細胞認識分子に結合しうる。受容体は、膜貫通受容体でありうる。受容体は、酵素連結受容体でありうる。受容体は、Gタンパク質共役受容体(GPCR)でありうる。受容体は、成長因子受容体でありうる。非限定的な例として述べると、成長因子受容体は、表皮成長因子受容体、線維芽細胞成長因子受容体、血小板由来成長因子受容体、神経成長因子受容体、形質転換成長因子受容体、骨形成タンパク質成長因子受容体、肝細胞成長因子受容体、血管内皮成長因子受容体、幹細胞因子受容体、インスリン成長因子受容体、ソマトメジン受容体、エリスロポエチン受容体および相同体、およびこれらの断片から選択することができる。受容体は、ホルモン受容体でありうる。受容体は、インスリン受容体でありうる。非限定的な例として述べると、受容体は、エイコサノイド受容体、プロスタグランジン受容体、エストロゲン受容体、濾胞刺激ホルモン受容体、プロゲステロン受容体、成長ホルモン受容体、ゴナドトロピン放出ホルモン受容体、これらの相同体、およびこれらの断片から選択することができる。受容体は、アドレナリン作動性受容体でありうる。受容体は、インテグリンでありうる。受容体は、Eph受容体でありうる。受容体は、黄体形成ホルモン受容体でありうる。細胞表面分子は、黄体形成ホルモン受容体と少なくとも約50%相同でありうる。受容体は、免疫受容体でありうる。非限定的な例として述べると、免疫受容体は、パターン認識受容体、toll様受容体、NOD様受容体、キラー活性化受容体(killer activated receptor)、キラー阻害受容体(killer inhibitor receptor)、Fc受容体、B細胞受容体、補体受容体、ケモカイン受容体およびサイトカイン受容体から選択することができる。非限定的な例として述べると、サイトカイン受容体は、インターロイキン受容体、インターフェロン受容体、形質転換成長因子受容体、腫瘍壊死因子受容体、コロニー刺激因子受容体、これらの相同体、およびこれらの断片から選択することができる。受容体は、受容体キナーゼでありうる。受容体キナーゼは、チロシンキナーゼ受容体でありうる。受容体キナーゼは、セリンキナーゼ受容体でありうる。受容体キナーゼは、トレオニンキナーゼ受容体でありうる。非限定的な例として述べると、受容体キナーゼは、Ras、Raf、PI3K、タンパク質キナーゼA、タンパク質キナーゼB、タンパク質キナーゼC、AKT、AMPK、ホスホリパーゼ、これらの相同体、およびこれらの断片から選択されるシグナル伝達タンパク質を活性化させうる。受容体キナーゼは、MAPK/ERKシグナル伝達経路を活性化させうる。受容体キナーゼは、Jak、Stat、またはSmadを活性化させうる。
細胞表面分子は、非受容体性細胞表面タンパク質でありうる。細胞表面分子は、分化クラスタータンパク質でありうる。非限定的な例として述べると、細胞表面分子は、CD34、CD31、CD117、CD45、CD11b、CD15、CD24、CD114、CD182、CD14、CD11a、CD91、CD16、CD3、CD4、CD25、CD8、CD38、CD22、CD61、CD56、CD30、CD13、CD33、これらの断片、およびこれらの相同体から選択することができる。
細胞表面分子は、ペプチドを含まない分子でありうる。細胞表面分子は、脂質を含みうる。細胞表面分子は、脂質部分または脂質基を含みうる。脂質部分は、ステロールを含みうる。脂質部分は、脂肪酸を含みうる。抗原は、糖脂質を含みうる。細胞表面分子は、炭水化物を含みうる。
本明細書では、(a)酵母転写因子ペプチドに由来するペプチドを含むペプチド抗原に結合するキメラ抗原受容体と、(b)ターゲティングポリペプチドとを含むCAR−ECスイッチが開示される。酵母転写因子ペプチドは、GCN4ペプチドでありうる。ターゲティングポリペプチドは、ターゲティング抗体または抗体断片を含みうる。ターゲティング抗体または抗体断片は、抗体の重鎖を含みうる。ターゲティング抗体または抗体断片は、抗体の軽鎖を含みうる。ターゲティング抗体または抗体断片は、抗体のFabを含みうる。ターゲティング抗体または抗体断片は、抗CD19抗体またはその断片を含みうる。ターゲティング抗体または抗体断片は、抗Her2抗体またはその断片を含みうる。ターゲティング抗体または抗体断片は、抗CS1抗体、抗BCMA抗体、抗EGFRvIII抗体、抗CD20抗体、抗EGFR抗体、抗CEA抗体、抗CLL−1抗体、抗CD33抗体、およびこれらの断片から選択することができる。
本明細書ではさらに、(a)親水性標的ペプチド(HTP)タグを含む、CAR結合性領域と、(b)ターゲティングポリペプチドとを含むCAR−ECスイッチが開示される。ターゲティングポリペプチドは、ターゲティング抗体または抗体断片を含みうる。ターゲティング抗体または抗体断片は、抗体の重鎖を含みうる。ターゲティング抗体または抗体断片は、抗体の軽鎖を含みうる。ターゲティング抗体または抗体断片は、抗体のFabを含みうる。ターゲティング抗体または抗体断片は、抗CD19抗体またはその断片を含みうる。ターゲティング抗体または抗体断片は、抗Her2抗体またはその断片を含みうる。ターゲティング抗体または抗体断片は、抗CS1抗体、抗BCMA抗体、抗EGFRvIII抗体、抗CD20抗体、抗EGFR抗体、抗CEA抗体、抗CLL−1抗体、抗CD33抗体、およびこれらの断片から選択することができる。
キメラ抗原受容体−エフェクター細胞スイッチは、配列番号32、配列番号33、配列番号34、配列番号35、および配列番号38から選択される重鎖を含みうる。キメラ抗原受容体−エフェクター細胞スイッチは、配列番号32、配列番号33、配列番号34、配列番号35、および配列番号38から選択される配列と少なくとも50%相同な重鎖を含みうる。キメラ抗原受容体−エフェクター細胞スイッチは、配列番号32、配列番号33、配列番号34、配列番号35、および配列番号38から選択される配列と少なくとも60%相同な重鎖を含みうる。キメラ抗原受容体−エフェクター細胞スイッチは、配列番号32、配列番号33、配列番号34、配列番号35、および配列番号38から選択される配列と少なくとも70%相同な重鎖を含みうる。キメラ抗原受容体−エフェクター細胞スイッチは、配列番号32、配列番号33、配列番号34、配列番号35、および配列番号38から選択される配列と少なくとも80%相同な重鎖を含みうる。キメラ抗原受容体−エフェクター細胞スイッチは、配列番号32、配列番号33、配列番号34、配列番号35、および配列番号38から選択される配列と少なくとも90%相同な重鎖を含みうる。
キメラ抗原受容体−エフェクター細胞スイッチは、配列番号30、配列番号31、配列番号36、および配列番号37から選択される軽鎖を含みうる。キメラ抗原受容体−エフェクター細胞スイッチは、配列番号30、配列番号31、配列番号36、および配列番号37から選択される配列と少なくとも50%相同な軽鎖を含みうる。キメラ抗原受容体−エフェクター細胞スイッチは、配列番号30、配列番号31、配列番号36、および配列番号37から選択される配列と少なくとも60%相同な軽鎖を含みうる。キメラ抗原受容体−エフェクター細胞スイッチは、配列番号30、配列番号31、配列番号36、および配列番号37から選択される配列と少なくとも70%相同な軽鎖を含みうる。キメラ抗原受容体−エフェクター細胞スイッチは、配列番号30、配列番号31、配列番号36、および配列番号37から選択される配列と少なくとも80%相同な軽鎖を含みうる。キメラ抗原受容体−エフェクター細胞スイッチは、配列番号30、配列番号31、配列番号36、および配列番号37から選択される配列と少なくとも90%相同な軽鎖を含みうる。
キメラ抗原受容体−エフェクター細胞スイッチは、配列番号29の重鎖と、配列番号30の軽鎖とを含みうる。キメラ抗原受容体−エフェクター細胞スイッチは、配列番号29の重鎖と、配列番号36の軽鎖とを含みうる。キメラ抗原受容体−エフェクター細胞スイッチは、配列番号28の重鎖と、配列番号31の軽鎖とを含みうる。キメラ抗原受容体−エフェクター細胞スイッチは、配列番号32の重鎖と、配列番号27の軽鎖とを含みうる。キメラ抗原受容体−エフェクター細胞スイッチは、配列番号33の重鎖と、配列番号27の軽鎖とを含みうる。キメラ抗原受容体−エフェクター細胞スイッチは、配列番号34の重鎖と、配列番号27の軽鎖とを含みうる。キメラ抗原受容体−エフェクター細胞スイッチは、配列番号35の重鎖と、配列番号27の軽鎖とを含みうる。キメラ抗原受容体−エフェクター細胞スイッチは、配列番号38の重鎖と、配列番号37の軽鎖とを含みうる。
多価CAR−ECスイッチ
本明細書では、キメラ抗原受容体結合性ペプチド抗原(CAR−BP)と、ターゲティングポリペプチドとを含むCAR−ECスイッチが例示される。しかし、当業者であれば、これらのスイッチが、さらなるターゲティングポリペプチドおよび/またはさらなるCAR−BPをさらに含みうることを理解する。1つまたは複数のCAR−BPは、ターゲティングポリペプチドの1つまたは複数のグラフティング部位にグラフトすることができる。1つまたは複数のCAR−BPは、ターゲティングポリペプチドの1または複数の末端に融合させることができる。複数のグラフティング/融合部位は、CAR−BPの、CARへの最適な結合をもたらすことが予測されうるので、これは有利でありうる。例えば、第1のCAR−BPは、ターゲティングポリペプチドの第1のドメインにグラフトすることができ、第2のCAR−BPは、ターゲティングポリペプチドの第2のドメインにグラフトすることができる。第1のドメインと第2のドメインとは、同じでありうる。第1のドメインと第2のドメインとは、異なりうる。非限定的な例として述べると、第1のCAR−BPは、ターゲティング抗体または抗体断片の軽鎖にグラフトすることができ、第2のCAR−BPは、ターゲティング抗体または抗体断片の重鎖にグラフトすることができる。第1のCAR−BPは、ターゲティングポリペプチドの第1の末端と融合させることができ、第2のCAR−BPは、ターゲティングポリペプチドの第2の末端と融合させることができる。非限定的な例として述べると、第1のCAR−BPは、ターゲティング抗体または抗体断片の軽鎖のC末端と融合させることができ、第2のCAR−BPは、ターゲティング抗体または抗体断片の重鎖のN末端と融合させることができる。第1のCAR−BPは、ターゲティングポリペプチドの末端と融合させることができ、第2のCAR−BPは、ターゲティングポリペプチドのドメイン内にグラフトすることができる。第1のCAR−BPと第2のCAR−BPとは、CAR−ECスイッチを、1つのCARを発現させるCAR−EC細胞と共に使用しうるように、同じでありうるか、または類似しうる。第1のCAR−BPと第2のCAR−BPとは、CAR−ECスイッチを、1つもしくは複数のCARを発現させるCAR−EC細胞、または異なるCARを発現させる複数のCAR−EC細胞と共に使用しうるように、異なりうる。
本明細書で開示されるペプチドスイッチは、1つまたは複数のCAR−BPを含みうる。本明細書で開示されるペプチドスイッチは、2つまたはこれを超えるCAR−BPを含みうる。本明細書で開示されるペプチドスイッチは、3つまたはこれを超えるCAR−BPを含みうる。本明細書で開示されるペプチドスイッチは、1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、6つ、7つ、またはこれを超えるCAR−BPを含みうる。1つまたは複数のCAR−BPは、1つまたは複数のリンカーを介して、ターゲティングポリペプチドと融合させるか、またはグラフトすることができる。したがって、本明細書で開示されるペプチドスイッチは、1つまたは複数のリンカー(例えば、L1、L2)を含みうる。本明細書で開示されるペプチドスイッチは、2つまたはこれを超えるリンカーを含みうる。本明細書で開示されるペプチドスイッチは、3つまたはこれを超えるリンカーを含みうる。本明細書で開示されるペプチドスイッチは、1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、6つ、7つ、またはこれを超えるリンカーを含みうる。
IB.ペプチド−低分子スイッチ
本明細書ではさらに、CAR結合性領域と、ターゲティング部分とを含むCAR−ECスイッチであって、CAR結合性領域が、CAR結合性ペプチド抗原であり、ターゲティング部分が、非ペプチド性低分子であるCAR−ECスイッチが開示される。非ペプチド性低分子は、細胞ターゲティング分子、化学リガンド、核酸、ビタミン、基質または基質類似体でありうる。非ペプチド性低分子は、アミド結合により接続された2つのアミノ酸を含みえない。CAR−ECスイッチはさらに、リンカーを含みうる。CAR結合性ペプチド抗原(CAR−BP)と低分子とは、部位特異的に連結することができる。CAR結合性ペプチド抗原は、非天然アミノ酸を含みうる。CAR結合性ペプチド抗原と低分子とは、非天然アミノ酸により、部位特異的に連結することができる。低分子は、標的細胞上の細胞表面分子に結合しうる。細胞表面分子は、抗原、タンパク質、ペプチド、脂質、ステロール、糖脂質、および細胞表面マーカーから選択することができる。CAR結合性ペプチド抗原は、FLAG(登録商標)タグ、酵母転写因子GCN4、および親水性標的ペプチド(HTP)から選択することができる。低分子は、2−[3−(1,3−ジカルボキシプロピル)ウレイド]ペンタン二酸でありうる。低分子は、葉酸(folate)でありうる。CAR−ECスイッチはさらに、リンカーを含みうる。
本明細書では、CAR−ECスイッチを生成する方法であって、CAR結合性領域を、ターゲティング部分にコンジュゲートするステップを含み、CAR−ECスイッチが、CAR結合性領域とターゲティング部分とを含み、CAR結合性領域が、CAR結合性ペプチド抗原であり、ターゲティング部分が、低分子である方法が開示される。方法はさらに、低分子を、リンカーにコンジュゲートして、低分子−リンカー中間体を作製するステップを含みうる。低分子または低分子−リンカー中間体は、CAR−ECスイッチへの組み込みの前に、CAR−BP上の相補的な反応性官能基と反応しうる、1つまたは複数の反応性官能基を含みうる。リンカーまたは低分子−リンカー中間体は、二官能性でありうる。リンカーまたは低分子−リンカー中間体は、ヘテロ二官能性でありうる。
低分子−リンカー中間体またはCAR−ECスイッチは、その非限定的な例について、Kimら、Curr Opin Chem Bio、17巻:412〜419頁(2013年)において総説されている、生体直交型反応の生成物でありうる。低分子−リンカー中間体、リンカー、またはCAR−ECスイッチは、オキシム、テトラゾール、ディールスアルダー付加物、ヘテロディールスアルダー付加物、芳香族置換反応生成物、求核置換反応生成物、エステル、アミド、カルバメート、エーテル、チオエーテル、またはミカエル反応生成物を含みうる。低分子−リンカー中間体、リンカー、またはCAR−ECスイッチは、付加環化生成物、メタセシス反応生成物、金属媒介クロスカップリング反応生成物、ラジカル重合化生成物、酸化カップリング生成物、アシル転移反応生成物、または光クリック反応生成物でありうる。付加環化は、ヒュイスゲン付加環化でありうる。付加環化は、銅非含有[3+2]ヒュイスゲン付加環化でありうる。付加環化は、ディールスアルダー反応でありうる。付加環化は、ヘテロディールスアルダー反応でありうる。低分子−リンカー中間体は、酵素媒介反応の生成物でありうる。低分子−リンカー中間体は、トランスグルタミナーゼ媒介反応の生成物であることが可能であり、その非限定的な例は、Linら、J. Am. Chem. Soc.、128巻:4542〜4543頁(2006年)およびWO2013/093809において記載されている。低分子−リンカー中間体、リンカー、またはCAR−ECスイッチは、PolyThericsによるThioBridge(商標)技術など、2つのシステイン残基を接続するジスルフィド架橋を含みうる。低分子−リンカー中間体、リンカー、またはCAR−ECスイッチは、2つのアミノ酸残基を接続するマレイミド架橋を含みうる。低分子−リンカー中間体、リンカー、またはCAR−ECスイッチは、2つのシステイン残基を接続するマレイミド架橋を含みうる。
低分子−リンカー中間体またはリンカーは、1つまたは複数の末端において、アルコキシアミン(またはアミノオキシ)基、アジド基、および/またはシクロオクチン基を含みうる。低分子−リンカー中間体またはリンカーは、一方の端部において、アルコキシアミンを含むことが可能であり、他方の端部において、アジド基を含みうる。低分子−リンカー中間体またはリンカーは、一方の端部において、アルコキシアミン基を含むことが可能であり、他方の端部において、シクロオクチン基を含みうる。アルコキシアミンは、アミノ酸上のケトン基と共に、安定なオキシムを形成しうる。アルコキシアミンは、非天然アミノ酸上のケトン基と共に、安定なオキシムを形成しうる。ケトン基は、p−アセチルフェニルアラニン(pAcF)上にありうる。
II.キメラ抗原受容体(CAR)
本明細書では、キメラ抗原受容体(CAR)を発現させる細胞の活性を調節するCAR−ECスイッチが開示される。キメラ抗原受容体は、細胞外ドメイン、膜貫通ドメイン、および細胞内ドメインを含みうる。細胞外ドメインは、CAR−ECスイッチのペプチド抗原(例えば、CAR−BP)に結合しうる。細胞外ドメインは、CAR−ECスイッチのCAR−BPに結合する抗体または抗体断片(CAR抗体)を含みうる。CAR抗体は、抗体の少なくとも一部を含みうる。場合によって、CAR抗体は、全長抗体ではない。CAR抗体は、免疫グロブリンの少なくとも一部またはその断片を含みうる。免疫グロブリンまたはその断片は、scFv、di−scFv、bi−scFv、Fab、Fc、F(ab’)、pFc’、ナノボディー、アフィボディー、DARPin、ダイアボディー、ラクダ科動物抗体(camelid)、操作T細胞受容体およびモノボディーからなる群から選択することができる。免疫グロブリンは、IgA1、IgA2、IgD、IgM、IgE、IgG1、IgG2、IgG3、およびIgG4からなる群から選択することができる。CAR抗体は、単鎖可変断片(scFv)の少なくとも一部を含みうる。CAR抗体は、ヒト抗体、完全ヒト抗体、ヒト化抗体、ヒト操作抗体、非ヒト抗体、および/またはキメラ抗体でありうる。
CAR抗体の、CAR−BPに対する結合アフィニティーは、約0.01pM、約0.02pM、約0.03pM、約0.04pM、0.05pM、約0.06pM、約0.07pM、約0.08pM、約0.09pM、約0.1pM、約0.2pM、0.3pM、約0.4pM、約0.5pM、約0.6pM、約0.7pM、約0.8pM、約0.9pM、あるいは約1pM、約2pM、約3pM、約4pM、約5pM、約6pM、約7pM、約8pM、約9pM、約10pM、約0.01nM、約0.02nM、約0.03nM、約0.04nM、約0.05nM、約0.06nM、約0.07nM、約0.08nM、約0.09nM、約0.1nM、約0.2nM、約0.3nM、約0.4nM、約0.5nM、約0.6nM、約0.7nM、約0.8nM、約0.9nM、約1nM、約2nM、約2.5nM、約3nM、約4nM、約5nM、約6nM、約7nM、約8nM、約9nM、約10nM、約12nM、約14nM、約16nM、約18nM、約20nM、約22nM、約24nM、約26nM、約28nMまたは約30nM未満でありうる。
CAR抗体は、合成(天然に存在しない)ペプチドを認識しうる。CAR抗体は、FLAG(登録商標)タグまたはその断片を認識する抗体または抗体断片を含みうる。CAR抗体は、酵母転写因子GCN4またはその断片を認識する抗体または抗体断片を含みうる。CAR抗体は、抗HTP抗体またはその断片を含みうる。
CARの膜貫通ドメインおよび/または細胞内ドメインは、細胞質シグナル伝達ドメインの少なくとも一部を含みうる。細胞内ドメインは、CD3ゼータ、CD28、および4−1BBを含む群から選択されるシグナル伝達分子の少なくとも一部を含みうる。細胞内ドメインは、Fc受容体またはその一部を含みうる。Fc受容体またはその一部は、CD16またはその一部でありうる。シグナル伝達分子は、CD3ゼータを含みうる。シグナル伝達分子は、CD28を含みうる。シグナル伝達分子は、4−1BBを含みうる。細胞内ドメインは、CD3ゼータの少なくとも一部を含みうる。細胞内ドメインは、CD28の少なくとも一部を含むことが可能であり、細胞内ドメインは、4−1BBの少なくとも一部を含むことが可能であり、細胞内ドメインは、OX−40の少なくとも一部を含むことが可能であり、細胞内ドメインは、CD30の少なくとも一部を含むことが可能であり、細胞内ドメインは、CD40の少なくとも一部を含むことが可能であり、細胞内ドメインは、CD2の少なくとも一部を含みうる。細胞内ドメインは、CD27の少なくとも一部を含みうる。細胞内ドメインは、PD−1の少なくとも一部を含みうる。細胞内ドメインは、ICOSの少なくとも一部を含みうる。細胞内ドメインは、リンパ球機能関連抗原1(LFA−1)の少なくとも一部を含みうる。細胞内ドメインは、CD7の少なくとも一部を含みうる。細胞内ドメインは、LIGHTの少なくとも一部を含みうる。細胞内ドメインは、NKG2Cの少なくとも一部を含みうる。細胞内ドメインは、B7−H3の少なくとも一部を含みうる。細胞内ドメインは、1つまたは複数のシグナル伝達分子に由来する細胞質シグナル伝達ドメインの少なくとも一部を含みうる。細胞内ドメインは、2つまたはこれを超える細胞質シグナル伝達ドメインの少なくとも一部を含みうる。2つまたはこれを超える細胞質シグナル伝達ドメインは、2つまたはこれを超える異なるシグナル伝達分子に由来しうる。細胞内ドメインは、3つまたはこれを超える細胞質シグナル伝達ドメインの少なくとも一部を含みうる。細胞内ドメインは、4つまたはこれを超える細胞質シグナル伝達ドメインの少なくとも一部を含みうる。細胞内ドメインは、1つまたは複数のシグナル伝達分子に結合するリガンドの少なくとも一部を含みうる。細胞内ドメインは、CD83に結合するリガンドの少なくとも一部を含みうる。
III.キメラ抗原受容体エフェクター細胞(CAR−EC)
本明細書で開示される方法、プラットフォーム、およびキットは、1つまたは複数のキメラ抗原受容体エフェクター細胞(CAR−EC)またはそれらの使用を含みうる。本明細書で開示されるキメラ抗原受容体エフェクター細胞は、キメラ抗原受容体を発現させる。キメラ抗原受容体(CAR)は、本明細書で開示される任意のCARでありうる。方法、プラットフォーム、またはキットが、2つまたはこれを超えるエフェクター細胞を含む場合、2つまたはこれを超えるエフェクター細胞は、同じ細胞型のものでありうる。2つまたはこれを超えるエフェクター細胞は、異なる細胞型のものでありうる。2つまたはこれを超えるエフェクター細胞は、同じ細胞株統のものでありうる。2つまたはこれを超えるエフェクター細胞は、異なる細胞株統のものでありうる。2つまたはこれを超えるエフェクター細胞は、2つまたはこれを超える同一なCARを含みうる。2つまたはこれを超えるエフェクター細胞は、2つまたはこれを超える異なるCARを含みうる。2つまたはこれを超えるエフェクター細胞は、2つまたはこれを超える類似のCARを含みうる。
エフェクター細胞は、T細胞でありうる。エフェクター細胞は、T細胞株統の細胞でありうる。エフェクター細胞は、成熟T細胞でありうる。エフェクター細胞は、前駆体T細胞でありうる。エフェクター細胞は、細胞傷害性T細胞でありうる。エフェクター細胞は、ナイーブT細胞でありうる。エフェクター細胞は、メモリーT幹細胞(TMSC)でありうる。エフェクター細胞は、セントラルメモリーT細胞(TCM)でありうる。エフェクター細胞は、エフェクターT細胞(TE)でありうる。エフェクター細胞は、CD4+T細胞でありうる。T細胞は、CD8+T細胞でありうる。エフェクター細胞は、CD4+細胞およびCD8+細胞でありうる。エフェクター細胞は、アルファ−ベータT細胞でありうる。エフェクター細胞は、ガンマ−ベータT細胞でありうる。エフェクター細胞は、ナチュラルキラーT細胞でありうる。エフェクター細胞は、ヘルパーT細胞でありうる。
本開示の好ましい実施形態では、T細胞を含む、方法、キット、およびプラットフォームについて記載するが、当業者はまた、T細胞の代わりに他の細胞型を使用しうることも理解することができる。エフェクター細胞は、標的または標的細胞に近接させると、標的または標的細胞に対して効果を有するエフェクター細胞でありうる。エフェクター細胞は、標的または標的細胞に近接させると、標的または標的細胞に対して細胞傷害性効果を有する細胞でありうる。エフェクター細胞は、免疫細胞でありうる。エフェクター細胞は、B細胞、単球、血小板、白血球、好中球、好酸球、好塩基球、またはリンパ球から選択することができる。エフェクター細胞は、リンパ球でありうる。エフェクター細胞は、マクロファージでありうる。エフェクター細胞は、食細胞でありうる。エフェクター細胞は、エフェクターB細胞でありうる。エフェクター細胞は、ナチュラルキラー細胞でありうる。エフェクター細胞は、疾患または状態を患う被験体から単離または導出することができる。エフェクター細胞は、本明細書で開示されるCAR−ECスイッチまたはCAR−ECプラットフォームで処置される被験体に由来する細胞でありうる。
T細胞は、配列番号1に基づくか、またはこれに由来する、1つまたは複数のポリヌクレオチドによりコードされるキメラ抗原受容体を発現させうる。ポリヌクレオチドは、配列番号1に基づくか、またはこれに由来する、1つまたは複数のポリヌクレオチドと少なくとも約5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、または95%同一でありうる。ポリヌクレオチドは、配列番号1に基づくか、またはこれに由来する、1つまたは複数のポリヌクレオチドと少なくとも約70%同一でありうる。1つまたは複数のポリヌクレオチドによりコードされるポリペプチドは、配列番号1に基づきうるか、またはこれに由来しうる。ポリペプチドは、配列番号1に基づくか、またはこれに由来する、1つまたは複数のポリヌクレオチドと少なくとも約5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、または95%同一なポリヌクレオチドによりコードされうる。ポリヌクレオチドは、構成的に発現させることができる。ポリヌクレオチドは、条件的に発現させることができる。
本明細書では、キメラ抗原受容体エフェクター細胞(CAR−EC)を生成する方法であって、キメラ抗原受容体またはキメラ抗原受容体の複合体をコードする、1つまたは複数のポリヌクレオチドを、エフェクター細胞へと導入するステップを含む方法が開示される。エフェクター細胞は、T細胞でありうる。キメラ抗原受容体またはキメラ抗原受容体の複合体をコードする、1つまたは複数のポリヌクレオチドを、エフェクター細胞へと導入するステップは、エフェクター細胞に、1つまたは複数のポリヌクレオチドをトランスフェクトすることを含みうる。キメラ抗原受容体またはキメラ抗原受容体の複合体をコードする、1つまたは複数のポリヌクレオチドを、エフェクター細胞へと導入するステップは、エフェクター細胞に、本明細書で開示されるキメラ抗原受容体をコードする、1つまたは複数のポリヌクレオチドを含む、1つまたは複数のウイルスをウイルス感染させることを含みうる。ウイルスは、レンチウイルスでありうる。ウイルスは、アデノウイルスでありうる。ウイルスは、レトロウイルスでありうる。ウイルスは、アデノ随伴ウイルスでありうる。ウイルスは、自己相補型アデノ随伴ウイルス(scAAV)でありうる。ウイルスは、改変ヒト免疫不全(HIV)ウイルスでありうる。ウイルスは、改変単純ヘルペス(HSV)ウイルスでありうる。他のCAR−ECを生成する方法は、キメラ抗原受容体をコードする、1つまたは複数のポリヌクレオチドを、細胞へと移入する方法であって、トランスポゾン、亜鉛フィンカーヌクレアーゼ、TALEN、またはCRISPRを、細胞へと付加するステップを含む方法を含みうる。トランスポゾンは、スリーピングビューティートランスポゾンでありうる。1つまたは複数のポリヌクレオチドは、配列番号1に基づきうるか、またはこれに由来しうる。
IV.CAR−ECプラットフォーム
本明細書では、キメラ抗原受容体(CAR)をコードするポリヌクレオチドを含むエフェクター細胞と、CAR結合性ペプチド抗原とターゲティングポリペプチドとを含むキメラ抗原受容体エフェクター細胞(CAR−EC)スイッチとを含み、CAR−ECスイッチが、標的細胞上の細胞表面分子に結合する、キメラ抗原受容体エフェクター細胞(CAR−EC)プラットフォームが開示される。CAR−ECスイッチは、任意の本明細書で開示されるCAR−ECスイッチから選択することができる。
CAR−ECプラットフォームは、2つまたはこれを超えるCAR−ECスイッチを含みうる。CAR−ECプラットフォームは、3つ、4つ、5つ、6つ、7つ、8つ、9つ、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20またはこれを超えるCAR−ECスイッチを含みうる。CAR−ECプラットフォームは、20を超える、25を超える、30を超える、35を超える、40を超える、45を超える、または50を超えるCAR−ECスイッチを含みうる。2つまたはこれを超えるスイッチは、本明細書で開示される1つまたは複数のCAR−ECスイッチ、またはこれらの組合せから選択することができる。
本明細書で開示されるCAR−ECプラットフォームはさらに、第1のCAR−ECスイッチおよび第2のCAR−ECスイッチを含むことが可能であり、第1のCAR−ECスイッチは、第1のCAR−BPと第1のターゲティングポリペプチドとを含み、第2のCAR−ECスイッチは、第2のCAR−BPと第2のターゲティングポリペプチドとを含む。第1のCAR−BPと第2のCAR−BPとは、同じでありうる。第1のCAR−BPと第2のCAR−BPとは、異なりうる。第1のCAR−BPと第2のCAR−BPとは、約99%、約98%、約97%、約96%、約95%、約92%、約90%、約85%、約80%、約75%、約70%、約65%、約60%、約55%、約50%、約45%、約40%、約35%、約30%、約25%、約20%、約15%、約10%、約5%または約2%相同でありうる。第1のターゲティングポリペプチドと第2のターゲティングポリペプチドとは、同じでありうる。第1のターゲティングポリペプチドと第2のターゲティングポリペプチドとは、異なりうる。第1のターゲティングポリペプチドと第2のターゲティングポリペプチドとは、約99%、約98%、約97%、約96%、約95%、約92%、約90%、約85%、約80%、約75%、約70%、約65%、約60%、約55%、約50%、約45%、約40%、約35%、約30%、約25%、約20%、約15%、約10%、約5%または約2%相同でありうる。
V.キット、ベクター、およびポリヌクレオチド
本明細書では、本明細書で開示される1つまたは複数のCAR−ECスイッチを含むキットが開示される。キットはさらに、2つまたはこれを超えるCAR−ECスイッチを含みうる。キットは、3つのCAR−ECスイッチを含みうる。キットは、約3つ、4つ、5つ、6つ、7つ、8つ、9つ、10、12、15、20、24、30、35、48、50、55、60、65、70、75、80、85、90、96、100、120、150、200、300、384、400、500、600、700、800、900、または1000のCAR−ECスイッチを含みうる。キットは、生物学的研究のために援用することができる。キットは、疾患または状態を診断するために使用することができる。キットは、疾患または状態を処置するために使用することができる。キットのCAR−ECスイッチは、本明細書で開示されるCAR−EC細胞、または臨床で使用されるかもしくは調べられる、既存のCAR T細胞と共に使用することができる。キットはさらに、1つまたは複数のエフェクター細胞を含みうる。キットはさらに、1つまたは複数のCAR−EC細胞を含みうる。CAR−EC細胞は、T細胞でありうる。T細胞は、1つまたは複数のCARを発現させうる。キットはさらに、1つまたは複数のCARをコードするポリヌクレオチドを含みうる。キットはさらに、1つまたは複数のCARをコードするポリヌクレオチドを含むベクターを含みうる。CARは、本明細書で開示されるCARのうちのいずれかから選択することができる。キットは、本明細書で開示されるCAR−ECスイッチまたはその部分(例えば、抗体、抗体断片、ペプチド)をコードする、1つまたは複数のポリヌクレオチドを含みうる。
本明細書ではさらに、CAR−ECスイッチまたはそれらの部分をコードするベクターおよびポリヌクレオチドであって、CAR−ECスイッチが、キメラ抗原受容体結合性ペプチド抗原と、ターゲティングポリペプチドとを含み、ターゲティングペプチドが、標的細胞上の細胞表面分子に結合する、ベクターおよびポリヌクレオチドが開示される。ポリヌクレオチドは、DNAでありうる。ポリヌクレオチドは、RNAでありうる。そうでないことが明示されない限りにおいて、本明細書で使用される「ポリヌクレオチド」および「ベクター」という用語は、互換的に使用される。ターゲティングポリペプチドは、抗体または抗体断片でありうる。ベクターは、抗体または抗体断片の重鎖をコードする配列を含みうる。ベクターは、抗体または抗体断片の軽鎖をコードする配列を含みうる。ベクターは、抗体または抗体断片の軽鎖をコードする配列と、抗体または抗体断片の重鎖をコードする配列とを含みうる。軽鎖および重鎖は、同じベクターから発現させることができる。軽鎖および重鎖は、2つの個別のベクターから発現させることができる。
本明細書では、キメラ抗原受容体をコードするベクターおよびポリヌクレオチドであって、キメラ抗原受容体が、キメラ抗原受容体エフェクター細胞スイッチのペプチドに結合する細胞外ドメインを含む、ベクターおよびポリヌクレオチドが開示される。細胞外ドメインは、抗体または抗体断片を含みうる。抗体または抗体断片は、キメラ抗原受容体エフェクター細胞スイッチのペプチド抗原に結合しうる。ペプチド抗原は、酵母ペプチドでありうる。酵母ペプチドは、GCN4でありうる。faまたはその一部は、配列番号1に基づくか、またはこれに由来する、1つまたは複数のポリヌクレオチドによりコードされうる。CARまたはその一部は、配列番号1に基づくか、またはこれに由来する、1つまたは複数のポリヌクレオチドと少なくとも約5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、または95%同一なポリヌクレオチドによりコードされうる。ポリヌクレオチドによりコードされるCARまたはその一部は、配列番号1に基づくか、またはこれに由来する、1つまたは複数のポリヌクレオチドと少なくとも約70%同一でありうる。本明細書では、配列番号1に基づくか、またはこれに由来する、1つまたは複数のポリヌクレオチドを含むベクターが開示される。
本明細書で開示される、キメラ抗原受容体および/またはキメラ抗原受容体エフェクター細胞スイッチ、ならびにこれらの部分をコードする配列を含むベクターは、任意の市販の発現ベクターから選択することができる。発現ベクターは、原核生物発現ベクターでありうる。発現ベクターは、真核生物発現ベクターでありうる。発現ベクターは、哺乳動物発現ベクターでありうる。発現ベクターは、ウイルス発現ベクターでありうる。発現ベクターは、CARの構成的発現のための構成的プロモーターおよび/またはCAR−ECスイッチコード配列を有しうる。発現ベクターは、CARの条件的発現のための誘導的プロモーターおよび/またはCAR−ECスイッチコード配列を有しうる。
VI.治療的使用
本明細書では、それを必要とする被験体における疾患または状態を処置する方法、プラットフォーム、およびキットが開示され、方法は、キメラ抗原受容体エフェクター細胞(CAR−EC)スイッチを、被験体に投与するステップを含み、CAR−ECスイッチは、CAR結合性ペプチド抗原とターゲティング部分とを含む。本明細書では、それを必要とする被験体における疾患または状態を処置する方法が開示され、方法は、本明細書で開示されるCAR−ECスイッチのうちのいずれか1つを投与するステップを含む。
方法は、CAR−EC細胞および1つまたは複数のCAR−ECスイッチを投与するステップを含みうる。方法は、約1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、6つ、7つ、8つ、9つ、10、12、15、20、24、30、35、48、50、55、60、65、70、75、80、85、90、96、100、120、150、200、300、384、400、500、600、700、800、900、1000またはこれを超えるCAR−ECスイッチを投与するステップを含みうる。方法は、2つまたはこれを超えるCAR−ECスイッチを投与するステップを含みうる。2つまたはこれを超えるCAR−ECスイッチは、同じCAR結合性ペプチド抗原を含みうる。2つまたはこれを超える(The two more)CAR−ECスイッチは、同じ細胞ターゲティングポリペプチドを含みうる。2つまたはこれを超えるCAR−ECスイッチは、1つまたは複数の異なるCAR結合性ペプチド抗原を含みうる。2つまたはこれを超えるCAR−ECスイッチは、1つまたは複数の異なる細胞ターゲティングポリペプチドを含みうる。方法は、複数のCAR−EC細胞および1つまたは複数のCAR−ECスイッチを含みうる。
本明細書では、それを必要とする被験体における疾患または状態を処置する方法であって、キメラ抗原受容体エフェクター細胞(CAR−EC)スイッチを、被験体に投与するステップを含み、CAR−ECスイッチが、キメラ抗原受容体結合性ペプチド抗原(CAR−BP)と、標的上の抗原に結合するターゲティング部分とを含む方法が開示される。CAR−BPは、非限定的な例によれば、FLAG(登録商標)タグ、酵母転写因子GCN4、および親水性標的ペプチド(HTP)から選択することができる。ターゲティング部分は、非限定的な例によれば、抗CD19抗体、抗CD20抗体、抗CD22抗体、抗EGFR抗体、抗EGFRvIII抗体、抗Her2抗体、抗CS1抗体、抗BCMA抗体、抗CEA抗体、抗CLL−1抗体、および抗CD33抗体から選択することができる。
方法は、1つまたは複数のキメラ抗原受容体エフェクター細胞を投与するステップを含みうる。方法は、1つまたは複数のT細胞を投与するステップを含みうる。1つまたは複数のエフェクター細胞は、ナイーブT細胞、メモリーT幹細胞、セントラルメモリーT細胞、エフェクターメモリーT細胞、ヘルパーT細胞、CD4+T細胞、CD8+T細胞、CD8/CD4+T細胞、αβT細胞、γδT細胞、細胞傷害性T細胞、ナチュラルキラーT細胞から選択されるT細胞、ナチュラルキラー細胞、マクロファージから選択することができる。
CAR−ECスイッチは、エフェクター細胞を、標的細胞に近接させることに少なくとも部分的に依存する治療効果を有しうる。CAR−ECスイッチの意図される適応に対する治療効果は、CAR−ECスイッチが、エフェクター細胞を標的細胞へと動員することに少なくとも部分的に起因しうる。CAR−ECスイッチの意図される適応に対する治療効果は、CAR−ECスイッチが、エフェクター細胞を標的細胞へと動員することに主に起因しうる。CAR−ECスイッチの治療効果は、CAR−EC細胞における免疫応答を刺激することに少なくとも部分的に依存しうる。
CAR−ECスイッチを投与することは、エフェクター細胞をさらに投与しなければ、いかなる治療効果も有しえない。CAR−ECスイッチは、エフェクター細胞をさらに投与しなければ、顕著な治療効果、所望の治療効果、および/または意図される治療効果を有しえない。CAR−ECスイッチは、エフェクター細胞をさらに投与しなければ、CAR−ECプラットフォームの意図される適応に対するいかなる治療効果も有しえない。CAR−ECスイッチ(例えば、CAR−BPまたはターゲティング部分)の部分または構成要素は、CAR−ECスイッチ(例えば、CAR−BPまたはターゲティング部分)の第2の部分または構成要素にコンジュゲートしなければ、CAR−ECスイッチの意図される適応に対する治療効果を有しえない。CAR−ECスイッチ(例えば、CAR−BPまたはターゲティング部分)の部分または構成要素の用量であって、CAR−ECプラットフォームの一部として投与される場合に治療効果をもたらす用量は、CAR−ECスイッチの部分または構成要素が、その用量で、単独で投与される場合、治療効果を有しえない。CAR−ECスイッチの部分または構成要素は、T細胞を、標的細胞へと動員すること以外のいかなる治療効果も有することを意図されない場合がある。CAR−ECスイッチの部分または構成要素を単独で投与することが標的細胞に対して有しうる治療効果は、CAR−ECスイッチおよびCAR−EC細胞を投与することによる治療効果と比べて無視しうる。CAR−ECスイッチの部分または構成要素を投与することが標的細胞に対して有しうる治療効果は、CAR−ECスイッチおよびCAR−EC細胞を投与することによる治療効果未満である。
本明細書では、本明細書で開示されるCAR−ECスイッチの使用であって、それを必要とする被験体における疾患または状態を処置する使用が開示される。本明細書ではさらに、本明細書で開示されるCAR−ECスイッチの、疾患を処置するための医薬の製造における使用が開示される。
本明細書では、エフェクター細胞上のCARに結合するペプチド抗原(CAR−BP)と、標的上の抗原に結合するターゲティングポリペプチドとを含むスイッチの使用であって、それを必要とする被験体における疾患または状態を処置する使用が開示される。本明細書ではさらに、エフェクター細胞上のCARに結合するペプチド抗原(CAR−BP)と、標的上の抗原に結合するターゲティングポリペプチドとを含むスイッチの、疾患を処置するための医薬の製造における使用が開示される。
本明細書では、親水性標的ペプチド(HTP)またはその誘導体を含むCAR−BPと抗CD19抗体またはその断片を含むターゲティングポリペプチドとを含むCAR−ECスイッチ;および抗HTP抗体を含むCARを含むエフェクター細胞の使用であって、抗CD19抗体またはその断片が、B細胞上のCD19に結合して、多発性骨髄腫を処置する使用が開示される。
本明細書では、酵母転写因子GCN4またはその誘導体を含むCAR−BPと抗CD19抗体またはその断片を含むターゲティングポリペプチドとを含むCAR−ECスイッチ;および抗GCN4抗体を含むCARを含むエフェクター細胞の使用であって、抗CD19抗体またはその断片が、リンパ芽球上、リンパ球上、またはB細胞上のCD19に結合して、急性リンパ芽球性白血病、慢性リンパ性白血病、またはB細胞リンパ腫を処置する使用が開示される。
疾患または状態は、細胞増殖性障害でありうる。細胞増殖性障害は、充実性腫瘍、リンパ腫、白血病、および脂肪肉腫から選択することができる。細胞増殖性障害は、急性の場合もあり、慢性の場合もあり、再発性の場合もあり、難治性の場合もあり、加速化している場合もあり、寛解している場合もあり、病期Iの場合もあり、病期IIの場合もあり、病期IIIの場合もあり、病期IVの場合もあり、若年性の場合もあり、成人の場合もある。細胞増殖性障害は、骨髄性(myelogenous)白血病、リンパ芽球性白血病、骨髄性(myeloid)白血病、急性骨髄性白血病、骨髄単球性白血病、好中球性白血病、骨髄異形成症候群、B細胞リンパ腫、バーキットリンパ腫、大細胞リンパ腫、混合細胞型リンパ腫、濾胞性リンパ腫、マントル細胞リンパ腫、ホジキンリンパ腫、再発性小リンパ球性リンパ腫、有毛細胞白血病、多発性骨髄腫、好塩基球性白血病、好酸球性白血病、巨核芽球性白血病、単芽球性白血病、単球性白血病、赤白血病(erythroleukemia)、赤白血病(erythroid leukemia)、および肝細胞癌から選択することができる。細胞増殖性障害は、血液悪性腫瘍を含みうる。血液悪性腫瘍は、B細胞悪性腫瘍を含みうる。細胞増殖性障害は、慢性リンパ性白血病を含みうる。細胞増殖性障害は、急性リンパ芽球性白血病を含みうる。細胞増殖性障害は、CD19陽性バーキットリンパ腫を含みうる。
疾患または状態は、がん、病原性感染症、自己免疫疾患、炎症性疾患、または遺伝性障害でありうる。
場合によって、1つまたは複数の疾患は、がんを含む。がんは、再発性がんおよび/または難治性がんを含みうる。がんの例は、肉腫、癌、リンパ腫、または白血病を含むがこれらに限定されない。
がんは、神経内分泌がんを含みうる。がんは、膵臓がんを含みうる。がんは、膵外分泌がんを含みうる。がんは、甲状腺がんを含みうる。甲状腺がんは、甲状腺髄様がんを含みうる。がんは、前立腺がんを含みうる。
がんは、上皮がんを含みうる。がんは、乳がんを含みうる。がんは、子宮内膜がんを含みうる。がんは、卵巣がんを含みうる。卵巣がんは、間質性卵巣がんを含みうる。がんは、子宮頸がんを含みうる。
がんは、皮膚がんを含みうる。皮膚がんは、血管新生性皮膚がん(neo-angiogenic skin cancer)を含みうる。皮膚がんは、黒色腫を含みうる。
がんは、腎臓がんを含みうる。
がんは、肺がんを含みうる。肺がんは、小細胞肺がんを含みうる。肺がんは、非小細胞肺がんを含みうる。
がんは、結腸直腸がんを含みうる。がんは、胃がんを含みうる。がんは、結腸がんを含みうる。
がんは、脳がんを含みうる。脳がんは、脳腫瘍を含みうる。がんは、神経膠芽細胞腫を含みうる。がんは、星状細胞腫を含みうる。
がんは、血液がんを含みうる。血液がんは、白血病を含みうる。白血病は、骨髄性白血病を含みうる。がんは、リンパ腫を含みうる。リンパ腫は、非ホジキンリンパ腫を含みうる。
がんは、肉腫を含みうる。肉腫はユーイング肉腫を含みうる。
肉腫とは、骨、軟骨、脂肪、筋肉、血管、または他の結合組織もしくは支持組織のがんである。肉腫は、骨がん、線維肉腫、軟骨肉腫、ユーイング肉腫、悪性血管内皮腫、悪性神経鞘腫、両側前庭神経鞘腫、骨肉腫、軟組織肉腫(例えば、胞巣状軟部肉腫、血管肉腫、葉状嚢胞肉腫(cystosarcoma phylloides)、皮膚線維肉腫、デスモイド腫瘍、類上皮肉腫、骨外性骨肉腫、線維肉腫、血管周囲細胞腫、血管肉腫、カポジ肉腫、平滑筋肉腫、脂肪肉腫、リンパ管肉腫、リンパ肉腫、悪性線維性組織球腫、神経線維肉腫、横紋筋肉腫、および滑膜肉腫)を含むがこれらに限定されない。
癌とは、身体の表面を覆い、ホルモンを産生し、腺を構成する細胞である、上皮細胞内で始まるがんである。非限定的な例として述べると、癌は、乳がん、膵臓がん、肺がん、結腸がん、結腸直腸がん、直腸がん、腎臓がん、膀胱がん、胃がん、前立腺がん、肝臓がん、卵巣がん、脳がん、膣がん、外陰がん、子宮がん、口腔がん、陰茎がん、精巣がん、食道がん、皮膚がん、ファローピウス管のがん、頭頸部がん、消化管間質がん、腺癌、皮膚または眼内黒色腫、肛門領域がん、小腸がん、内分泌系がん、甲状腺がん、副甲状腺がん、副腎がん、尿道がん、腎盂がん、尿管がん、子宮内膜がん、子宮頸部がん、下垂体がん、中枢神経系(CNS)新生物、原発性CNSリンパ腫、脳幹神経膠腫、および脊髄腫瘍(spinal axis tumor)を含む。場合によって、がんは、基底細胞癌、扁平上皮癌(squamous)、黒色腫、非黒色腫、または紫外線(日光)角化症などの皮膚がんである。
場合によって、がんは、肺がんである。肺がんは、気管から分岐し、肺(気管支)または肺の小空気嚢(肺胞)に供給する気道内で始まりうる。肺がんは、非小細胞肺癌(NSCLC)、小細胞肺癌、および中皮腫(mesotheliomia)を含む。NSCLCの例は、扁平細胞癌、腺癌、および大細胞癌を含む。中皮腫は、肺および胸腔の内膜(胸膜)または腹部の内膜(腹膜)のがん性腫瘍でありうる。中皮腫は、アスベストへの曝露に起因しうる。がんは、神経膠芽細胞腫などの脳がんでありうる。
代替的に、がんは、中枢神経系(CNS)腫瘍でありうる。CNS腫瘍は、神経膠腫または非神経膠腫として分類することができる。神経膠腫は、悪性神経膠腫、高悪性度神経膠腫、びまん性内在性橋神経膠腫でありうる。神経膠腫の例は、星状細胞腫、希突起膠細胞腫(または希突起神経膠腫の要素と星状細胞腫の要素との混合状態)、および上衣腫を含む。星状細胞腫は、低悪性度星状細胞腫、未分化星状細胞腫、多形膠芽細胞腫、毛様細胞性星状細胞腫、多形黄色星状細胞腫、および上衣下巨細胞性星状細胞腫を含むがこれらに限定されない。希突起膠細胞腫は、低悪性度希突起膠細胞腫(または希突起星状細胞腫)および未分化希突起膠細胞腫を含む。非神経膠腫は、髄膜腫、下垂体腺腫、原発性CNSリンパ腫、および髄芽腫を含む。場合によって、がんは、髄膜腫である。
白血病は、急性リンパ性白血病、急性骨髄性白血病、慢性リンパ性白血病、または慢性骨髄性白血病でありうる。さらなる白血病の種類は、有毛細胞白血病、慢性骨髄単球性白血病、および若年性骨髄単球性白血病を含む。
リンパ腫とは、リンパ球のがんであり、Bリンパ球から発症する場合もあり、Tリンパ球から発症する場合もある。2つの主要なリンパ腫の種類は、ホジキン病として既に公知のホジキンリンパ腫、および非ホジキンリンパ腫である。ホジキンリンパ腫は、リード−シュテルンベルク細胞の存在を顕徴とする。非ホジキンリンパ腫とは、ホジキンリンパ腫以外の全てのリンパ腫である。非ホジキンリンパ腫は、低悪性度のリンパ腫および侵襲性のリンパ腫でありうる。非ホジキンリンパ腫は、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫、濾胞性リンパ腫、粘膜関連リンパ組織リンパ腫(MALT)、小細胞リンパ球性リンパ腫、マントル細胞リンパ腫、バーキットリンパ腫、縦隔大細胞型B細胞リンパ腫、ワルデンシュトレームマクログロブリン血症、節性辺縁帯B細胞リンパ腫(NMZL)、脾臓辺縁帯リンパ腫(SMZL)、節外性濾胞辺縁帯B細胞リンパ腫、血管内大細胞型B細胞リンパ腫、原発性滲出性リンパ腫、およびリンパ腫様肉芽腫症を含むがこれらに限定されない。
がんは、固形腫瘍を含みうる。がんは、肉腫を含みうる。がんは、膀胱がん、乳がん、結腸がん、直腸がん、子宮内膜がん、腎臓がん、肺がん、黒色腫、骨髄腫、甲状腺がん、膵臓がん、神経膠腫、脳の悪性神経膠腫、神経膠芽細胞腫、卵巣がん、および前立腺がんからなる群から選択することができる。がんの抗原発現は、不均一でありうる。がんの抗原発現は、モジュレートされている可能性がある。抗原は、表面抗原でありうる。がんは、骨髄腫を含みえない。がんは、黒色腫を含みえない。がんは、結腸がんを含みえない。がんは、急性リンパ芽球性白血病(ALL)でありうる。がんは、再発性ALLでありうる。がんは、難治性ALLでありうる。がんは、再発性難治性ALLでありうる。がんは、慢性リンパ性白血病(CLL)でありうる。がんは、再発性CLLでありうる。がんは、難治性CLLでありうる。がんは、再発性難治性CLLでありうる。
がんは、乳がんを含みうる。乳がんは、トリプルポジティブ乳がん(エストロゲン受容体陽性、プロゲステロン受容体陽性、およびHer2陽性)でありうる。乳がんは、トリプルネガティブ乳がん(エストロゲン受容体陰性、プロゲステロン受容体陰性、およびHer2陰性)でありうる。乳がんは、エストロゲン受容体陽性乳がんでありうる。乳がんは、エストロゲン受容体陰性乳がんでありうる。乳がんは、プロゲステロン受容体陽性乳がんでありうる。乳がんは、プロゲステロン受容体陰性乳がんでありうる。乳がんは、Her2陰性乳がんを含みうる。乳がんは、低発現Her2乳がんを含みうる。乳がんは、Her2陽性乳がんを含みうる。Her2を発現させる細胞株は、臨床免疫組織化学による特徴付けを反映する抗原密度であって、悪性腫瘍を、0(細胞当たりのHer2抗原<20,000)、1+(細胞当たりのHer2抗原100,000)、2+(細胞当たりのHer2抗原500,000)、および3+(細胞当たりのHer2抗原>2,000,000)として分類する抗原密度について、十分に特徴付けられている。本発明は、これらの分類による乳がんを処置する方法を提供する。乳がんは、Her2 0と分類される乳がんを含みうる。乳がんは、Her2 1+と分類される乳がんを含みうる。乳がんは、Her2 2+と分類される乳がんを含みうる。乳がんは、Her2 3+と分類される乳がんを含みうる。
疾患または状態は、病原性感染症でありうる。病原性感染症は、1つまたは複数の病原体により引き起こされうる。場合によって、病原体は、細菌、真菌、ウイルス、または原虫である。
例示的な病原体は、Bordetella属、Borrelia属、Brucella属、Campylobacter属、Chlamydia属、Chlamydophila属、Clostridium属、Corynebacterium属、Enterococcus属、Escherichia属、Francisella属、Haemophilus属、Helicobacter属、Legionella属、Leptospira属、Listeria属、Mycobacterium属、Mycoplasma属、Neisseria属、Pseudomonas属、Rickettsia属、Salmonella属、Shigella属、Staphylococcus属、Streptococcus属、Treponema属、Vibrio属、またはYersinia属を含むがこれらに限定されない。場合によって、病原体により引き起こされる疾患または状態は、結核であり、不均質試料は、細菌であるMycobacterium tuberculosisに由来する外来分子と、被験体に由来する分子とを含む。場合によって、細菌により引き起こされる疾患または状態は、結核、Streptococcus属およびPseudomonas属などの細菌により引き起こされうる肺炎、Shigella属、Campylobacter属、Salmonella属などの細菌により引き起こされうる食物由来の病気、ならびに破傷風、腸チフス、ジフテリア、梅毒、およびハンセン病などの感染症である。疾患または状態は、天然に存在する細菌叢の不均衡により引き起こされる膣疾患である、細菌性膣症でありうる。代替的に、疾患または状態は、髄膜(例えば、脳および脊髄を覆う保護膜)の細菌性炎症である、細菌性髄膜炎である。細菌により引き起こされる、他の疾患または状態は、細菌性肺炎、尿路感染症、細菌性胃腸炎、および細菌性皮膚感染症を含むがこれらに限定されない。細菌性皮膚感染症の例は、Staphylococcus aureusまたはStreptococcus pyogenesにより引き起こされうる膿痂疹;リンパの拡散を伴う深部表皮の連鎖球菌感染により引き起こされうる丹毒;および正常な皮膚微生物叢または外因性細菌により引き起こされうる蜂巣炎を含むがこれらに限定されない。
病原体は、Candida属、Aspergillus属、Cryptococcus属、Histoplasma属、Pneumocystis属、およびStachybotrys属などの真菌でありうる。真菌により引き起こされる疾患または状態の例は、いんきんたむし、酵母感染症、白癬、および水虫を含むがこれらに限定されない。
病原体は、ウイルスでありうる。ウイルスの例は、アデノウイルス、コクサッキーウイルス、エプスタイン−バーウイルス、肝炎ウイルス(例えば、A型肝炎ウイルス、B型肝炎ウイルス、およびC型肝炎ウイルス)、単純ヘルペスウイルス(1型および2型)、サイトメガロウイルス、ヘルペスウイルス、HIV、インフルエンザウイルス、麻疹ウイルス、ムンプスウイルス、パピローマウイルス、パラインフルエンザウイルス、ポリオウイルス、呼吸器合胞体ウイルス、風疹ウイルス、および水痘帯状疱疹ウイルスを含むがこれらに限定されない。ウイルスにより引き起こされる疾患または状態の例は、風邪、インフルエンザ、肝炎、AIDS、水痘、風疹、ムンプス、麻疹、いぼ、および灰白髄炎を含むがこれらに限定されない。
病原体は、Acanthamoeba属(例えば、A.astronyxis、A.castellanii、A.culbertsoni、A.hatchetti、A.polyphaga、A.rhysodes、A.healyi、A.divionensis)、Brachiola属(例えば、B.connori、B.vesicularum)、Cryptosporidium属(例えば、C.parvum)、Cyclospora属(例えば、C.cayetanensis)、Encephalitozoon属(例えば、E.cuniculi、E.hellem、E.intestinalis)、Entamoeba属(例えば、E.histolytica)、Enterocytozoon属(例えば、E.bieneusi)、Giardia属(例えば、G.lamblia)、Isospora属(例えば、I.belli)、Microsporidium属(例えば、M.africanum、M.ceylonensis)、Naegleria属(例えば、N.fowleri)、Nosema属(例えば、N.algerae、N.ocularum)、Pleistophora属、Trachipleistophora属(例えば、T.anthropophthera、T.hominis)、およびVittaforma属(例えば、V.corneae)などの原虫でありうる。
疾患または状態は、自己免疫疾患または自己免疫関連疾患でありうる。自己免疫障害は、身体にそれ自身の組織を攻撃させる、身体の免疫系の機能不全でありうる。自己免疫疾患および自己免疫関連疾患の例は、アジソン病、円形脱毛症、強直性脊椎炎、抗リン脂質症候群(APS)、自己免疫性再生不良性貧血、自己免疫性溶血性貧血、自己免疫性肝炎、自己免疫性心筋炎、ベーチェット病、セリアック病、クローン病、皮膚筋炎、好酸球性筋膜炎、結節性紅斑、巨細胞性動脈炎(側頭動脈炎)、グッドパスチャー症候群、グレーブス病、橋本病、特発性血小板減少性紫斑病(ITP)、IgA腎症、若年性関節炎、糖尿病、若年性糖尿病、川崎症候群、ランバート−イートン症候群、ループス(SLE)、混合性結合組織病(MCTD)、多発性硬化症、重症筋無力症、天疱瘡、結節性多発動脈炎、I型多腺性自己免疫症候群、II型多腺性自己免疫症候群、およびIII型多腺性自己免疫症候群、リウマチ性多発筋痛症、多発筋炎、乾癬、乾癬性関節炎、ライター症候群、再発性多発性軟骨炎、関節リウマチ、サルコイドーシス、強皮症、シェーグレン症候群、精液および精巣の自己免疫疾患、スティッフパーソン症候群、高安動脈炎、側頭動脈炎/巨細胞性動脈炎、潰瘍性大腸炎、ブドウ膜炎、血管炎、白斑、およびウェゲナー肉芽腫症を含むがこれらに限定されない。
疾患または状態は、炎症性疾患でありうる。炎症性疾患の例は、肺胞炎、アミロイドーシス、血管炎、強直性脊椎炎、阻血性壊死、バセドウ病、ベル麻痺、滑液包炎、手根管症候群、セリアック病、胆管炎、膝蓋軟骨軟化症、慢性活動性肝炎、慢性疲労症候群、コーガン症候群、先天性股関節形成異常、肋軟骨炎、クローン病、嚢胞性線維症、ドケルバン腱炎、糖尿病関連関節炎、びまん性特発性骨増殖症、円板状ループス、エーラス−ダンロス症候群、家族性地中海熱、筋膜炎、線維炎/線維筋痛症、有痛性肩拘縮症、ガングリオン嚢胞、巨細胞性動脈炎、痛風、グレーブス病、HIV関連リウマチ性疾患症候群、副甲状腺機能亢進関連関節炎、感染性関節炎、炎症性腸症候群/刺激性腸症候群、若年性関節リウマチ、ライム病、マルファン症候群、ミクリッツ病、混合性結合組織病、多発性硬化症、筋筋膜痛症候群、骨関節炎、骨軟化症、骨粗鬆症およびコルチコステロイド誘導性骨粗鬆症、ぺージェット病、回帰性リウマチ、パーキンソン病、プランマー病、リウマチ性多発筋痛症、多発筋炎、偽性痛風、乾癬性関節炎、レイノー現象/症候群、ライター症候群、リウマチ熱、関節リウマチ、サルコイドーシス、坐骨神経痛(腰椎神経根障害)、強皮症、壊血病、鎌状細胞関節炎、シェーグレン症候群、脊椎管狭窄症、脊椎すべり症、スティル病、全身性エリテマトーデス、高安(脈なし)病、腱炎、テニス肘/ゴルフ肘、甲状腺関連関節炎、ばね指、潰瘍性大腸炎、ウェゲナー肉芽腫症、およびウィップル病を含むがこれらに限定されない。
本明細書で開示される処置法は、サイトカインレベルにより測定されるオフターゲット活性を含みうる。方法により、サイトカインレベルにより測定されるオフターゲット活性を、他のCAR−EC療法と比較して低減することができる。方法により、インターフェロンガンマレベルにより測定されるオフターゲット活性を低減することができる。低減されうる他のオフターゲット活性は、毒性のリンパ球減少症、固形腫瘍標的による致死性の細胞溶解、および血液標的についての慢性低ガンマグロブリン血症を含む。本明細書で開示される処置法および組成物を使用して、CD19介在性B細胞形成不全を含むがんを処置することができる。方法および組成物により、CD19介在性B細胞形成不全を最小化することができる。方法により、長期にわたるB細胞形成不全を回避することができる。
本明細書で開示されるCAR−ECプラットフォーム、方法、および組成物を使用して、それを必要とする被験体における異種腫瘍または異種血液細胞悪性腫瘍を処置することができる。「汎B細胞」マーカーであるCD20は、B細胞新生物について最も広く標的とされる抗原であり、FDAにより承認されている抗体であるリツキシマブは、多くの白血病およびリンパ腫の処置において、極めて重要な構成要素である。しかし、CD20抗原の発現のモジュレーションに関連する抵抗性機構が、顕著な数の患者において生じる。CD19抗原またはCD20抗原単独によるターゲティングは、根治療法に不十分なことが明らかである。本明細書で開示される方法は、特異性の異なる2つまたはこれを超えるスイッチ(例えば、抗CD19抗体によるCAR−ECスイッチおよび抗CD20抗体によるCAR−ECスイッチ)の構築および投与をもたらす。本明細書で開示される方法は、特異性の異なる2つまたはこれを超えるスイッチ(例えば、抗CD19抗体によるCAR−ECスイッチおよび抗CD22抗体によるCAR−ECスイッチ)の構築および投与をもたらす。この方法は、持続性のB細胞の喪失を回避しながら、臨床における再発への傾向に対して顕著な利点をもたらしうる。異種腫瘍または異種血液細胞悪性腫瘍はまた、抗CD19抗体によるCAR−ECスイッチおよび抗CD22抗体によるCAR−ECスイッチで処置することができる。1つまたは複数のCAR−ECスイッチは、逐次的に投与することもでき、同時に投与することもできる。
CAR−ECスイッチは、1つまたは複数のさらなる治療剤と共に投与することができる。1つまたは複数のさらなる治療剤は、免疫療法、化学療法、およびステロイドからなる群から選択することができる。1つまたは複数のさらなる治療剤は、化学療法薬でありうる。化学療法薬は、アルキル化剤、代謝拮抗剤、アントラサイクリン、トポイソメラーゼ阻害剤、有糸分裂阻害剤、コルチコステロイド、または分化誘導剤でありうる。化学療法薬は、アクチノマイシンD、ブレオマイシン、アルトレタミン、ボルテゾミブ、ブスルファン、カルボプラチン、カペシタビン、カルムスチン、クロラムブシル、シスプラチン、クラドリビン、クロファラビン、シクロホスファミド、シタラビン、ダカルバジン、ダウノルビシン、ドセタキセル、ドキソルビシン、エピルビシン、エトポシド、エストラムスチン、フロクスウリジン、フルダラビン、フルオロウラシル、ゲムシタビン(Gemzar)、ヒドロキシウレア、イダルビシン、イホスファミド、イリノテカン(Camptosar)、イキサベピロン、L−アスパラギナーゼ、ロムスチン、メクロレタミン、メルファラン、6−メルカプトプリン、メトトレキサート、マイトマイシンC、パクリタキセル(Taxol)、ペメトレキセド、ペントスタチン、ストレプトゾシン、テモゾロミド、テニポシド、チオグアニン、チオテパ、トポテカン(Hycamtin)、ビンクリスチン、ビンブラスチン、ビノレルビン、レチノイド、トレチノイン(ATRAまたはAtralin(登録商標))、ベキサロテン(Targretin(登録商標))および三酸化ヒ素(Arsenox(登録商標))から選択することができる。化学療法は、嚥下用の丸薬として投与することもでき、筋肉または脂肪組織への注射、静脈内注射、局所注射、または体腔への直接的な注射として投与することもできる。
1つまたは複数のさらなる治療剤は、血管新生阻害剤を含みうる。血管新生阻害剤は、ベバシズマブ、イトラコナゾール、カルボキシアミドトリアゾール、TNP−470、CM101、IFNアルファ、IL−12、血小板因子4、スラミン、SU5416、トロンボスポンディン、VEGFRアンタゴニスト、ヘパリンを伴う血管新生抑制性ステロイド、軟骨(CAR−ECilage)由来血管新生阻害因子、マトリックスメタロプロテアーゼ阻害剤、アンギオスタチン、エンドスタチン、ソラフェニブ、スニチニブ、パゾパニブ、エベロリムス、2−メトキシエストラジオール、テコガラン、テトラチオモリブデート、サリドマイド、プロラクチン、αvβ阻害剤、リノマイド、タスキニモド、可溶性VEGFR−1、可溶性NRP−1、アンギオポエチン2、バソスタチン、カルレチクリン、TIMP、CDAI、Meth−1、Meth−2、インターフェロン−アルファ、インターフェロン−ベータ、インターフェロン−ガンマ、CXCL10、IL−4、IL−12、IL−18、プロトロンビン、アンチトロンビンIII断片、プロラクチン、VEGI、SPARC、オステオポンチン、マスピン、カンスタチン、プロリフェリン関連タンパク質、およびレスチンから選択することができる。
1つまたは複数のさらなる治療剤は、ホルモン療法を含みうる。ホルモン療法は、抗エストロゲン(例えば、フルベストラント(Faslodex(登録商標))、タモキシフェン、トレミフェン(Fareston(登録商標)));アロマターゼ阻害剤(例えば、アナストロゾール(Arimidex(登録商標))、エキセメスタン(Aromasin(登録商標))、レトロゾール(Femara(登録商標)));プロゲスチン(例えば、酢酸メゲストロール(Megace(登録商標)));エストロゲン;抗アンドロゲン(例えば、ビカルタミド(Casodex(登録商標))、フルタミド(Eulexin(登録商標))、ニルタミド(Nilandron(登録商標)));ゴナドトロピン放出ホルモン(GnRH)または黄体形成ホルモン放出ホルモン(LHRH)アゴニストまたはLHRH類似体(例えば、ロイプロリド(Lupron(登録商標))、ゴセレリン(Zoladex(登録商標)))から選択することができる。
1つまたは複数のさらなる治療剤は、ステロイドを含みうる。ステロイドは、コルチコステロイドでありうる。ステロイドは、コルチゾールまたはその誘導体でありうる。ステロイドは、プレドニゾン、メチルプレドニゾロン(Solumedrol(登録商標))、またはデキサメタゾンから選択することができる。
CAR−ECスイッチは、1つまたは複数のさらなる療法と共に投与することができる。1つまたは複数のさらなる療法は、レーザー療法を含みうる。1つまたは複数のさらなる療法は、放射線療法を含みうる。1つまたは複数のさらなる療法は、手術を含みうる。
本明細書では、被験体における疾患または状態を処置するためのプラットフォーム、キット、および方法が開示される。被験体は、健常被験体でありうる。被験体は、疾患または状態を患っている可能性がある。被験体は、1つを超える疾患または状態を患っている可能性がある。被験体は、慢性リンパ性白血病を患っている可能性がある。被験体は、急性リンパ芽球性白血病を患っている可能性がある。被験体は、動物でありうる。被験体は、哺乳動物でありうる。哺乳動物は、ヒト、チンパンジー、ゴリラ、サル、ウシ、ウマ、ロバ、ラバ、イヌ、ネコ、ブタ、ウサギ、ヤギ、ヒツジ、ラット、ハムスター、モルモット、またはマウスでありうる。被験体は、鳥類またはニワトリでありうる。被験体は、ヒトでありうる。被験体は、小児でありうる。小児は、急性リンパ芽球性白血病を患っている可能性がある。被験体は、6カ月齢未満でありうる。被験体は、約1歳、約2歳、約3歳、約4歳、約5歳、約6歳、約7歳、約8歳、約9歳、約10歳、約11歳、約12歳、約13歳、約14歳、約15歳、約18歳、約20歳、約25歳、約30歳、約35歳、約40歳、約45歳、約50歳、約55歳、約60歳、約65歳、約70歳、約75歳、約80歳、約85歳、約90歳、約95歳、約100歳、または約105歳でありうる。
VII.エフェクター細胞を除去する方法
本明細書ではさらに、被験体におけるCAR−EC細胞を除去する方法であって、CAR−ECオフスイッチを投与するステップを含む方法が開示される。CAR−ECオフスイッチは、エフェクター細胞上の細胞表面マーカーを標的とする抗体または抗体断片を含みうる。CAR−ECオフスイッチは、CAR−ECのCARが結合するペプチドを含みうる。CAR−ECオフスイッチは、CAR−ECのCARが結合するCAR−BPを含みうる。
CAR−ECオフスイッチの抗体、抗体断片、またはペプチドは、薬物または毒素にコンジュゲートすることができる。薬物または毒素は、メイタンシン(maytasine)(例えば、DM1、DM4)、モノメチルアウリスタチンE、モノメチルアウリスタチンF、Ki−4.dgA、ドラスタチン10、カリケアミシン、SN−38、デュオカルマイシン、イリノテカン、リシン、サポリン、ゲロニン、ヨウシュヤマゴボウの抗ウイルス性タンパク質、pseudomonas aeruginosa外毒素A、またはジフテリア毒素から選択することができる。毒素は、毒物、細菌性毒素(例えば、破傷風、ジフテリアを引き起こす細菌性毒素)、植物毒素、または動物毒素を含みうる。毒素は、ヘビ毒でありうる。毒素は、ビンブラスチンを含みうる。毒素は、アウリスタチンを含みうる。毒素は、リポソーム膜で覆われた小胞内に含有されうる。毒素が、リポソーム膜で覆われた小胞内に含有される場合、抗体は、小胞に結合している。
細胞表面マーカーは、ウイルスタンパク質またはその断片でありうる。代替的に、または加えて、エフェクター細胞は、細胞表面マーカーではない、ウイルスタンパク質またはその断片を発現させる。ウイルスタンパク質またはその断片を発現させるエフェクター細胞は、薬物でターゲティングすることができる。エフェクター細胞が、ウイルスタンパク質またはその断片を含む場合、薬物は、アバカビル、アシクロビル、アシクロビル、アデフォビル、アマンタジン、アンプレナビル、アンプリゲン、アルビドール、アタザナビル、アトリプラ、バラビル、ボセプレビル、シドフォビル、コンビビル、ダルナビル、デラビルジン、ジダノシン、ドコサノール、エドクスジン、エファビレンツ、エムトリシタビン、エンフビルチド、エンテカビル、侵入阻害剤、ファムシクロビル、固定用量の組合せによる抗レトロウイルス薬、フォミビルセン、フォサンプレナビル、フォスカルネット、フォスフォネット、融合阻害剤、ガンシクロビル、イバシタビン、イムノビル、イドクスウリジン、イミキモド、インジナビル、イノシン、インテグラーゼ阻害剤、III型インターフェロン、II型インターフェロン、I型インターフェロン、インターフェロン、ラミブジン、ロピナビル、ロビリド、マラビロク、モロキシジン、メチサゾン、ネルフィナビル、ネビラピン、ネキサビル、ヌクレオシド類似体、オセルタミビル、ペグインターフェロンアルファ−2a、ペンシクロビル、ペラミビル、プレコナリル、ポドフィロトキシン、プロテアーゼ阻害剤(protease inhibiro)、ラルテグラビル、逆転写酵素阻害剤、リバビリン、リマンタジン、リトナビル、ピラミジン、サキナビル、ソフォスブビル、スタブジン、相乗作用増強レトロウイルス薬、ティーツリー油、テラプレビル、テノホビル、テノホビルジソプロシキル、チプラナビル、トリフルリジン、トリジビル、トロマンタジン、ツルバダ、バラシクロビル、ビクリビロック、ビダラビン、ビラミジン、ザシタビン、ザナミビル、またはジドブジンを含む群から選択することができる。薬物は、ガンシクロビルでありうる。薬物は、アシクロビルでありうる。
VIII.医薬組成物
本明細書では、本明細書で開示されるCAR−ECスイッチのうちの1つまたは複数を含む医薬組成物が開示される。組成物はさらに、1つまたは複数の薬学的に許容される塩、添加剤、またはビヒクルを含みうる。本医薬組成物における使用のための、薬学的に許容される塩、添加剤、またはビヒクルは、担体、添加剤、賦形剤(diluent)、抗酸化剤、保存剤、着色剤、香味剤、および希釈剤(diluting agent)、乳化剤、懸濁化剤、溶媒、充填剤、増量剤、バッファ(buffer)、送達媒体、等張剤、共溶媒、湿潤剤、錯化剤、緩衝剤(buffering agent)、抗微生物剤、および界面活性剤を含む。
血清アルブミンと混合された中性緩衝食塩液または食塩液は、例示的な適切な担体である。医薬組成物は、アスコルビン酸などの抗酸化剤;低分子量のポリペプチド;血清アルブミン、ゼラチン、または免疫グロブリンなどのタンパク質;ポリビニルピロリドンなどの親水性ポリマー;グリシン、グルタミン、アスパラギン、アルギニン、もしくはリシンなどのアミノ酸;グルコース、マンノース、もしくはデキストリンを含む単糖、二糖、および他の炭水化物;EDTAなどのキレート化剤;マンニトールもしくはソルビトールなどの糖アルコール;ナトリウムなどの塩形成対イオン;ならびに/またはTween、プルロニック、もしくはポリエチレングリコール(PEG)などの非イオン性界面活性剤を含みうる。これもまた、例として述べると、適切な等張性増強剤は、アルカリ金属のハロゲン化物(好ましくは塩化ナトリウムまたは塩化カリウム)、マンニトール、ソルビトールなどを含む。適切な保存剤は、塩化ベンザルコニウム、チメロサール、フェネチルアルコール、メチルパラベン、プロピルパラベン、クロルヘキシジン、ソルビン酸などを含む。また、過酸化水素も、保存剤として使用することができる。適切な共溶媒は、グリセリン、プロピレングリコール、およびPEGを含む。適切な錯化剤は、カフェイン、ポリビニルピロリドン、ベータ−シクロデキストリン、またはヒドロキシ−プロピル−ベータ−シクロデキストリンを含む。適切な界面活性剤または湿潤剤は、ソルビタンエステル、ポリソルベート80などのポリソルベート、トロメタミン、レシチン、コレステロール、チロキサポール(tyloxapal)などを含む。バッファは、酢酸バッファ、ホウ酸バッファ、クエン酸バッファ、リン酸バッファ、重炭酸バッファ、またはトリス−HClバッファなど、従来のバッファでありうる。酢酸バッファは、約pH4〜5.5であることが可能であり、トリスバッファは、約pH7〜8.5でありうる。さらなる医薬剤については、「Remington's Pharmaceutical Sciences」、18版、A. R. Gennaro編、Mack Publishing Company、1990年に示されている。
組成物は、液体形態、あるいは凍結乾燥形態または冷凍乾燥形態であり得、1つまたは複数の凍結乾燥保護剤、添加剤、界面活性剤、高分子量の構造(structural additive)および/または増量剤(例えば、米国特許第6,685,940号、同第6,566,329号、および同第6,372,716号を参照されたい)を含みうる。一実施形態には、スクロース、ラクトース、またはトレハロースなどの非還元糖である、凍結乾燥保護剤が含まれる。一般に含まれる凍結乾燥保護剤の量は、再構成すると、結果として得られる製剤が等張性となるような量であるが、また、高張性またはわずかに低張性の製剤も適しうる。加えて、凍結乾燥保護剤の量は、凍結乾燥の際に、タンパク質の容認できない量の分解および/または凝集を防止するのに十分な量でもあるべきである。例示的な凍結乾燥保護剤濃度は、あらかじめ凍結乾燥させた製剤中の糖(例えば、スクロース、ラクトース、トレハロース)では、約10mM〜約400mMである。別の実施形態には、例えば、ポリソルベート(例えば、ポリソルベート20、ポリソルベート80);ポロキサマー(例えば、ポロキサマー188);ポリ(エチレングリコール)フェニルエーテル(例えば、Triton);ドデシル硫酸ナトリウム(SDS);ラウリル硫酸ナトリウム(sodium laurel sulfate);オクチルグリコシドナトリウム;ラウリルスルホベタイン、ミリスチルスルホベタイン、リノレイルスルホベタイン、またはステアリルスルホベタイン;ラウリルサルコシン、ミリスチルサルコシン、リノレイルサルコシン、またはステアリルサルコシン;リノレイルベタイン、ミリスチルベタイン、またはセチルベタイン;ラウロアミドプロピルベタイン、コカミドプロピルベタイン、リノレアミドプロピルベタイン、ミリスタミドプロピルベタイン、パルミドプロピルベタイン、またはイソステアラミドプロピルベタイン(例えば、ラウロアミドプロピル);ミリスタミドプロピルジメチルアミン、パルミドプロピルジメチルアミン、またはイソステアラミドプロピルジメチルアミン;ナトリウムメチルココイル−タウレート、または二ナトリウムメチルオフェイル−タウレート(disodium methyl ofeyl-taurate);ならびにMONAQUAT(商標)シリーズ(Mona Industries,Inc.、Paterson、N.J.)、ポリエチレングリコール(polyethyl glycol)、ポリプロピレングリコール(polypropyl glycol)、およびエチレングリコールとプロピレングリコールとのコポリマー(例えば、プルロニック、PF68など)などの非イオン性界面活性剤およびイオン界面活性剤など、界面活性剤が含まれる。あらかじめ凍結乾燥させた製剤中に存在しうる界面活性剤の例示的な量は、約0.001〜0.5%である。高分子量の構造添加物(例えば、充填剤、結合剤)は、例えば、アカシア、アルブミン、アルギン酸、リン酸カルシウム(二塩基性)、セルロース、カルボキシメチルセルロース、カルボキシメチルセルロースナトリウム、ヒドロキシエチルセルロース、ヒドロキシプロピルセルロース、ヒドロキシプロピルメチルセルロース、微結晶セルロース、デキストラン、デキストリン、デキストレート、スクロース、チロース、アルファ化デンプン、硫酸カルシウム、アミロース、グリシン、ベントナイト、マルトース、ソルビトール、エチルセルロース、リン酸水素二ナトリウム、リン酸二ナトリウム、ピロ亜硫酸二ナトリウム、ポリビニルアルコール、ゼラチン、ブドウ糖、グアーガム、液体グルコース、圧縮糖、ケイ酸アルミニウムマグネシウム、マルトデキストリン、ポリエチレンオキシド、ポリメタクリレート、ポビドン、アルギン酸ナトリウム、トラガントガム、微結晶セルロース、デンプン、およびゼインを含みうる。高分子量の構造添加物の例示的な濃度は、0.1重量%〜10重量%である。他の実施形態には、増量剤(例えば、マンニトール、グリシン)が含まれうる。
組成物は、非経口投与に適しうる。例示的な組成物は、動物への、当業者に利用可能な任意の経路であって、関節内経路、皮下経路、静脈内経路、筋肉内経路、腹腔内経路、脳内(実質内)経路、脳室内経路、筋肉内経路、眼内経路、動脈内経路、または病変内経路などの経路による注射または注入に適する。非経口製剤は、任意選択で、薬学的に許容される保存剤を含有する、滅菌、発熱物質非含有、等張性の水溶液であることが典型的である。
非水性溶媒の例は、プロピレングリコール、ポリエチレングリコール、オリーブ油などの植物油、およびオレイン酸エチルなどの注射用有機エステルである。水性担体は、水、アルコール溶液/水溶液、エマルジョン、または食塩液および緩衝媒体を含む懸濁液を含む。非経口ビヒクルは、塩化ナトリウム溶液、リンゲルデキストロース、デキストロースおよび塩化ナトリウム、乳酸加リンゲル液、または固定油を含む。静脈内ビヒクルは、リンゲルデキストロースに基づく補充剤など、流体補充剤および栄養物補充剤、電解質補充剤などを含む。また、例えば、抗微生物剤、抗酸化剤、キレート化剤、不活性ガスなどのような、保存剤および他の添加物も、存在しうる。一般に、Remington’s Pharmaceutical Science、16版、Mack Eds.、1980年を参照されたい。
本明細書で記載される医薬組成物は、生成物の局所濃度(例えば、ボーラス効果、デポ剤効果)および/または特定の局所環境内の安定性もしくは半減期の増加をもたらす様式で、制御送達または持続送達のために製剤化することができる。組成物は、本明細書で開示される、CAR−ECスイッチ、ポリペプチド、核酸、またはベクターの製剤であって、例えば、ポリ乳酸、ポリグリコール酸などのポリマー化合物の粒子状調製物、ならびに生分解性マトリックス、注射用マイクロスフェア、マイクロカプセル状粒子、マイクロカプセル、生体浸食性粒子ビーズ、リポソーム、および活性剤の制御放出または持続放出をもたらし、これにより、デポ注射として送達されうる、植え込み用送達デバイスなどの媒介物(agent)などを伴う製剤を含みうる。このような持続送達手段または制御送達手段を製剤化するための技法は、公知であり、様々なポリマーが、薬物の制御放出および制御送達のために開発および使用されている。このようなポリマーは、生分解性および生体適合性であることが典型的である。鏡像異性ポリマーセグメントまたは鏡像異性ポリペプチドセグメントと、ハイドロゲルとの複合体化により形成されるポリマーハイドロゲルを含み、温度感受性またはpH感受性を有するポリマーハイドロゲルは、生体活性のタンパク質薬剤(例えば、極めて長鎖のCDR3を含む抗体)の封入に関与する温和な水性条件のために、薬物のデポ効果をもたらすために望ましい場合がある。例えば、医薬組成物の送達のための、制御放出用多孔性ポリマー微粒子についての、WO93/15722における記載を参照されたい。この目的に適する材料には、ポリラクチド(例えば、米国特許第3,773,919号を参照されたい)、ポリ−D−(−)−3−ヒドロキシ酪酸(EP133,988A)などのポリ−(a−ヒドロキシカルボン酸)のポリマー、L−グルタミン酸とガンマエチル−L−グルタメートとのコポリマー(Sidmanら、Biopolymers、22巻:547〜556頁(1983年))、ポリ(2−ヒドロキシエチルメタクリレート)(Langerら、J. Biomed. Mater. Res.、15巻:167〜277頁(1981年);およびLanger、Chem. Tech.、12巻:98〜105頁(1982年))、エチレン酢酸ビニル、またはポリ−D(−)−3−ヒドロキシ酪酸が含まれる。他の生分解性ポリマーは、ポリ(ラクトン)、ポリ(アセタール)、ポリ(オルトエステル)、およびポリ(オルトカーボネート)を含む。持続放出組成物はまた、当技術分野で公知の複数の方法(例えばEppsteinら、Proc. Natl. Acad. Sci. USA、82巻:3688〜92頁(1985年)を参照されたい)のいずれかにより調製しうる、リポソームを含みうる。担体それ自体またはその分解生成物は、標的組織内で非毒性であるべきであり、状態をさらに悪化させるべきでない。これは、標的障害の動物モデルにおける日常的なスクリーニングにより決定することもでき、このようなモデルが利用可能でない場合は、正常な動物において決定することもできる。持続放出のための、組換えタンパク質のマイクロカプセル化は、ヒト成長ホルモン(rhGH)、ヒトインターフェロン(rhIFN)、インターロイキン−2、およびMN rgp120に対して実施されて成功している。Johnsonら、Nat. Med.、2巻:795〜799頁(1996年);Yasuda、Biomed. Ther.、27巻:1221〜1223頁(1993年);Horaら、Bio/Technology、8巻:755〜758頁(1990年);Cleland、「Design and Production of Single Immunization Vaccines Using Polylactide Polyglycolide Microsphere Systems」、Vaccine Design中: The Subunit and Adjuvant Approach、PowellおよびNewman編(Plenum Press: New York、1995年)、439〜462頁;WO97/03692、WO96/40072、WO96/07399;ならびに米国特許第5,654,010号。これらのタンパク質の持続放出製剤は、その生体適合特性および広範にわたる生分解特性のために、ポリ乳酸ポリグリコール酸共重合体(PLGA)を使用して開発した。PLGAの分解生成物である、乳酸およびグリコール酸は、ヒト体内で速やかにクリアランスされうる。さらに、このポリマーの分解可能性は、その分子量および組成にも依存しうる(Lewis、「Controlled release of bioactive agents from lactide/glycolide polymer」、M. ChasinおよびR. Langer(編)中、Biodegradable Polymers as Drug Delivery Systems(Marcel Dekker: New York、1990年)、1〜41頁)。持続放出組成物のさらなる例は、例えば、EP58,481A、米国特許第3,887,699号、EP158,277A、カナダ特許第1176565号、U. Sidmanら、Biopolymer、22巻、547頁[1983年]、R. Langerら、Chem. Tech.、12巻、98頁[1982年]、Sinhaら、J. Control. Release、90巻、261頁[2003年]、Zhuら、Nat. Biotechnol.、18巻、24頁[2000年];ならびにDaiら、Colloids Surf B Biointerfaces、41巻、117頁[2005年]を含む。
また、生体接着性ポリマーも、本開示の組成物中の使用または本開示の組成物を伴う使用のために想定される。生体接着物質とは、長期にわたり生体基材に接着することが可能な、合成材料および天然に存在する材料である。例えば、Carbopolおよびポリカルボフィルはいずれも、ポリ(アクリル酸)の合成架橋誘導体である。天然に存在する物質に基づく生体接着性送達系は、例えば、ヒアルロナンとしてもまた公知のヒアルロン酸を含む。ヒアルロン酸とは、D−グルクロン酸およびN−アセチル−D−グルコサミンの残基からなる、天然に存在するムコ多糖である。ヒアルロン酸は、脊椎動物の細胞外組織マトリックス内であって、結合組織内、ならびに滑液中および眼の硝子体液中および房水中を含む組織マトリックス内で見出される。ヒアルロン酸のエステル化誘導体は、生体適合性であり、かつ、生分解性である送達における使用のためのマイクロスフェアを生成するのに使用されている(例えば、Cortivoら、Biomaterials(1991年)、12巻:727〜730頁;EP517,565;WO96/29998;Illumら、J. Controlled Rel.、(1994年)、29巻:133〜141頁を参照されたい)。
生分解性ポリマーマトリックスおよび非生分解性ポリマーマトリックスのいずれも、本開示の組成物を送達するのに使用することができ、このようなポリマーマトリックスは、天然または合成のポリマーを含みうる。生分解性マトリックスが好ましい。放出が生じる間の期間は、ポリマーの選択に基づく。数時間〜3〜12カ月間の範囲の期間にわたる放出が最も所望されることが典型的である。生分解性送達系を形成するのに使用しうる、例示的な合成ポリマーは、乳酸およびグリコール酸のポリマー、ポリアミド、ポリカーボネート、ポリアルキレン、ポリアルキレングリコール、ポリアルキレンオキシド、ポリアルキレンテレフタレート(terepthalate)、ポリビニルアルコール、ポリビニルエーテル、ポリビニルエステル、ポリビニルハライド、ポリビニルピロリドン、ポリグリコリド、ポリシロキサン、ポリ酸無水物、ポリウレタンおよびそのコポリマー、ポリ(酪酸(butic acid))、ポリ(吉草酸)、アルキルセルロース、ヒドロキシアルキルセルロース、セルロースエーテル、セルロースエステル、ニトロセルロース、アクリル酸エステルおよびメタクリル酸エステルのポリマー、メチルセルロース、エチルセルロース、ヒドロキシプロピルセルロース、ヒドロキシプロピルメチルセルロース、ヒドロキシブチルメチルセルロース、酢酸セルロース、プロピオン酸セルロース、酢酸酪酸セルロース、酢酸フタル酸セルロース、カルボキシルエチルセルロース、三酢酸セルロース、硫酸セルロースナトリウム塩、ポリ(メチルメタクリレート)、ポリ(エチルメタクリレート)、ポリ(ブチルメタクリレート)、ポリ(イソブチルメタクリレート)、ポリ(ヘキシルメタクリレート)、ポリ(イソデシルメタクリレート)、ポリ(ラウリルメタクリレート)、ポリ(フェニルメタクリレート)、ポリ(メチルアクリレート)、ポリ(イソプロピルアクリレート)、ポリ(イソブチルアクリレート)、ポリ(オクタデシルアクリレート)、ポリエチレン、ポリプロピレン、ポリ(エチレングリコール)、ポリ(エチレンオキシド)、ポリ(エチレンテレフタレート)、ポリ(ビニルアルコール)、ポリ酢酸ビニル、ポリビニルクロリド、ポリスチレン、およびポリビニルピロリドンを含む。例示的な天然のポリマーは、アルギネート、ならびにデキストランおよびセルロースを含む他の多糖、コラーゲン、これらの化学的誘導体(化学基、例えば、アルキル、アルキレンの置換、付加、ヒドロキシル化、酸化、および当業者により日常的に施される他の修飾)、アルブミンおよび他の親水性タンパク質、ゼインおよび他のプロラミン、ならびに疎水性タンパク質、コポリマー、ならびにこれらの混合物を含む。一般に、これらの材料は、in vivoにおける酵素的加水分解または水への曝露により、表面またはバルクにおける浸食により分解される。ポリマーは、任意選択で、その重量の最大約90%までの水を吸収することが可能であり、さらに、任意選択で、多価イオンまたは他のポリマーにより架橋される、ハイドロゲルの形態である(例えば、WO04/009664、WO05/087201、Sawhneyら、Macromolecules、1993年、26巻、581〜587頁を参照されたい)。
送達系はまた、コレステロール、コレステロールエステルなどのステロール、および脂肪酸、またはモノグリセリド、ジグリセリド、およびトリグリセリドなどの中性脂肪を含む脂質である非ポリマー系;ハイドロゲル放出系;シラスティック系;ペプチドベースの系;蝋によるコーティング;従来の結合剤および添加剤を使用する圧縮錠;部分的に融合させた埋没物(implant)なども含む。具体例は、(a)生成物が、米国特許第4,452,775号、同第4,675,189号、および同第5,736,152号において記載されているマトリックスなどのマトリックス内の形態で含有される浸食系;ならびに(b)生成物が、米国特許第3,854,480号、同第5,133,974号、および同第5,407,686号において記載されているポリマーなどのポリマーから、制御された速度で浸み広がる拡散系を含むがこれらに限定されない。生成物を含有するリポソームは、例えば、DE3,218,121;Epsteinら、Proc. Natl. Acad. Sci. USA、82巻:3688〜3692頁(1985年);Hwangら、Proc. Natl. Acad. Sci. USA、77巻:4030〜4034頁(1980年);EP52,322;EP36,676;EP88,046;EP143,949;EP142,641;JP83−118008;米国特許第4,485,045号、および同第4,544,545号;およびEP102,324など、公知の方法(methods known methods)により調製することができる。
代替的に、または加えて、組成物は、罹患領域への、本明細書で開示されるCAR−ECスイッチを吸収させるかまたは封入した、膜、スポンジ、または他の適切な材料の植え込みを介して、局所投与することができる。植え込みデバイスを使用する場合、デバイスは任意の適切な組織または器官へと植え込むことができ、本明細書で開示されるCAR−ECスイッチ、核酸、またはベクターの送達は、ボーラスによる、または持続投与による、または持続注入を使用するカテーテルによるデバイスを介した直接的送達の場合もある。
本明細書で開示されるCAR−ECスイッチを含む医薬組成物は、例えば、乾燥粉末など、吸入用に製剤化することができる。吸入溶液はまた、エアゾール送達のための液化噴霧体中でも製剤化することができる。さらに別の製剤では、溶液は、噴霧化することもできる。肺内投与用のさらなる医薬組成物は、例えば、化学修飾されたタンパク質の肺内送達について開示する、WO94/20069において記載されている医薬組成物を含む。肺内送達では、粒子サイズは、肺の遠位部への送達に適するべきである。例えば、粒子サイズは、1μm〜5μmであり得るが、例えば、各粒子が多孔性に富む場合は、より大きな粒子も使用することができる。
本明細書で開示されるCAR−ECスイッチを含有する、ある特定の製剤は、経口投与することができる。このようにして投与される製剤は、錠剤およびカプセル剤など、固体剤形の調合で通常使用される担体を伴い製剤化することもでき、これらを伴わずに製剤化することもできる。例えば、カプセル剤は、消化管内で、バイオアベイラビリティーが最大化され、全身循環以前の分解が最小化される時点において、製剤の活性部分を放出するようにデザインすることができる。さらなる薬剤も、選択的結合剤(binding agent)の吸収を容易とするように組み入れることができる。また、賦形剤、香味剤、融点の低い蝋、植物油、滑沢剤、懸濁化剤、錠剤崩壊剤、および結合剤(binder)も、用いることができる。
別の調製物は、錠剤の製造に適する非毒性の添加剤を伴う混合物中に有効量の、本明細書で開示されるCAR−ECスイッチを伴いうる。錠剤を滅菌水中または別の適切なビヒクル中に溶解させることにより、溶液は、単位用量形態で調製することができる。適切な添加剤は、炭酸カルシウム、炭酸ナトリウムもしくは重炭酸ナトリウム、ラクトース、またはリン酸カルシウムなど、不活性の賦形剤;あるいはデンプン、ゼラチン、またはアカシアなどの結合剤;あるいはステアリン酸マグネシウム、ステアリン酸、または滑石などの滑沢剤を含むがこれらに限定されない。
適切な医薬製剤および/または好ましい医薬製剤は、意図される投与経路、送達フォーマット、および所望の投与量に応じて、本開示および製剤化技術についての一般的知見に照らして決定することができる。投与方式に関わらず、有効用量は、患者の体重、体表面積、または器官のサイズに従い計算することができる。本明細書で記載される製剤の各々を伴う処置に適する投与量を決定するための計算のさらなる精緻化は、当技術分野で日常的になされており、当技術分野で日常的に実施される作業の範囲内にある。適切な投与量は、適切な用量反応データの使用により確認することができる。
IX.CAR−ECスイッチの生成方法
本明細書では、CAR−ECスイッチを生成する方法であって、1つまたは複数のポリペプチドを、キメラ抗原受容体−エフェクター細胞スイッチまたはその部分をコードする、1つまたは複数の配列を有する1つまたは複数のポリヌクレオチドを含む、1つまたは複数のベクターから発現させるステップを含み、キメラ抗原受容体−エフェクター細胞スイッチが、ペプチド抗原(CAR−BP)と、ターゲティングポリペプチドとを含む方法が開示される。ターゲティング部分は、ターゲティングポリペプチドを含みうる。一般に、方法は、CAR−BPをコードするポリヌクレオチドを、ターゲティングポリペプチドをコードするポリヌクレオチドと融合させるか、またはそれとグラフトするステップを含む。融合させるか、またはグラフトするステップは、当業者に公知の、任意の標準的なクローニング方法により実行することができる。CAR−BPおよびターゲティングポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを融合させるか、またはグラフトするステップは、ポリヌクレオチドの酵素消化、ポリヌクレオチドのライゲーション、および/またはポリヌクレオチドの増幅を含みうる。
ペプチド抗原は、ターゲティングポリペプチドのN末端と融合させることができる。ペプチド抗原は、ターゲティングポリペプチドのC末端と融合させることができる。ペプチド抗原は、ターゲティングポリペプチド内にグラフトすることができる。ターゲティングポリペプチドは、ターゲティング抗体または抗体断片を含みうる。ペプチド抗原は、ターゲティング抗体または抗体断片のN末端と融合させることができる。ペプチド抗原は、ターゲティング抗体または抗体断片のC末端と融合させることができる。
本明細書で使用される「融合させた」という用語は、CAR−BPの末端を、ターゲティングポリペプチドの末端と接合させることを指す場合がある。CAR−BPは、ターゲティングポリペプチドの任意のアミノ酸を置き換えるか、または除去せずに、ターゲティングポリペプチドの末端と融合させることができる。CAR−BPを、ターゲティングポリペプチドの末端と融合させることは、アミノ酸を、ターゲティングポリペプチドの末端において除去するか、または置き換えることを含みうる。アミノ酸を、ターゲティングポリペプチドの末端において除去するか、または置き換えることは、約1〜約20のアミノ酸を、ターゲティングポリペプチドの末端において除去するか、または置き換えることを含みうる。CAR−BPは、ターゲティングポリペプチドの末端へと、リンカーを介して融合させることができる。リンカーを、CAR−BPと融合させて、CAR−BP−リンカー中間体を生成することができる。リンカーを、CAR−BPのN末端と融合させて、CAR−BP−リンカー中間体を生成することができる。リンカーを、CAR−BPのC末端と融合させて、CAR−BP−リンカー中間体を生成することができる。CAR−BP−リンカー中間体は、ターゲティングポリペプチドと融合させることができる。CAR−BP−リンカー中間体は、ターゲティングポリペプチドのN末端と融合させることができる。CAR−BP−リンカー中間体は、ターゲティングポリペプチドのC末端と融合させることができる。第1のCAR−BPリンカー中間体は、ターゲティングポリペプチドのN末端と融合させることが可能であり、第2のCAR−BPリンカー中間体は、ターゲティングポリペプチドのC末端と融合させることができる。第1のCAR−BPリンカー中間体のCAR−BPは、第2のCAR−BPリンカー中間体のCAR−BPと同じまたは同様でありうる。第1のCAR−BPリンカー中間体のCAR−BPは、第2のCAR−BPリンカー中間体のCAR−BPと異なりうる。
本明細書で使用される「グラフトされた」という用語は、CAR−BPを、ターゲティングポリペプチド内に(例えば、ターゲティングポリペプチドの2つのアミノ酸の間に)挿入することを指す場合がある。CAR−BPは、ターゲティングポリペプチドの任意のアミノ酸を置き換えるか、または除去せずに、ターゲティングポリペプチド内にグラフトすることができる。CAR−BPを、ターゲティングポリペプチド内にグラフトすることは、アミノ酸を、ターゲティングポリペプチド内で除去するか、または置き換えることを含みうる。アミノ酸を、ターゲティングポリペプチド内で除去するか、または置き換えることは、約1〜約20のアミノ酸を、ターゲティングポリペプチド内で除去するか、または置き換えることを含みうる。CAR−BPは、ターゲティングポリペプチド内に1つのリンカーを介してグラフトすることができる。CAR−BPは、ターゲティングポリペプチド内に2つのリンカーを介してグラフトすることができる。リンカーを、CAR−BPのN末端と融合させて、CAR−BP−リンカー中間体を生成することができる。リンカーを、CAR−BPのC末端と融合させて、CAR−BP−リンカー中間体を生成することができる。第1のリンカーを、CAR−BPのN末端と融合させ、第2のリンカーを、CAR−BPのC末端と融合させて、CAR−BP−リンカー中間体を生成することができる。CAR−BPリンカー中間体は、ターゲティングポリペプチド内にグラフトすることができる。第1のCAR−BPリンカー中間体は、ターゲティングポリペプチド内にグラフトすることができ、第2のCAR−BPリンカー中間体は、ターゲティングポリペプチド内にグラフトすることができる。第1のCAR−BPリンカー中間体は、ターゲティングポリペプチドの第1のドメイン内にグラフトすることができ、第2のCAR−BPリンカー中間体は、ターゲティングポリペプチドの第2のドメイン内にグラフトすることができる。ターゲティングポリペプチドの第1のドメインは、ターゲティングポリペプチドの第2のドメインと同じでありうる。ターゲティングポリペプチドの第1のドメインは、ターゲティングポリペプチドの第2のドメインと異なりうる。第1のCAR−BPリンカー中間体のCAR−BPは、第2のCAR−BPリンカー中間体のCAR−BPと同じまたは同様でありうる。第1のCAR−BPリンカー中間体のCAR−BPは、第2のCAR−BPリンカー中間体のCAR−BPと異なりうる。そうでないことが明示されない限りにおいて、本明細書で使用される「〜をグラフトする」および「〜を挿入する」という用語は、互換的に使用される。
ターゲティング部分は、抗体または抗体断片を含みうる。抗体または抗体断片は、重鎖および軽鎖またはその断片を含みうる。方法は、重鎖を発現させるステップを含むことが可能であり、この場合、ペプチド抗原は、重鎖の末端と融合する。方法は、重鎖を発現させるステップを含むことが可能であり、この場合、ペプチド抗原は、重鎖内にグラフトする。方法は、軽鎖を発現させるステップを含むことが可能であり、この場合、ペプチド抗原は、軽鎖の末端と融合する。方法は、軽鎖を発現させるステップを含むことが可能であり、この場合、ペプチド抗原は、軽鎖内にグラフトする。
方法はさらに、ターゲティングポリペプチドおよび/またはペプチド抗原をコードする、1つまたは複数のポリヌクレオチドを、発現ベクターへとクローニングするステップを含みうる。方法はさらに、ターゲティングポリペプチドおよび/またはペプチド抗原をコードする、1つまたは複数のポリヌクレオチドの、発現ベクターへのライゲーションを含みうる。発現ベクターは、原核生物発現ベクターでありうる。発現ベクターは、真核生物発現ベクターでありうる。発現ベクターは、哺乳動物発現ベクターでありうる。発現ベクターは、ウイルス発現ベクターでありうる。方法はさらに、ターゲティングポリペプチドおよび/またはペプチド抗原をコードする、1つまたは複数のポリヌクレオチドの、発現ベクターへのクローニングを検証するステップであって、発現ベクターを配列決定すること、ベクターのゲル電気泳動を行うこと、ならびに/またはターゲティングポリペプチドおよび/もしくはペプチド抗原をSDS pageゲル上で検査することを含むステップを含みうる。
方法はさらに、ターゲティングポリペプチドおよび/またはペプチド抗原をコードするポリヌクレオチドを増幅し、ターゲティングポリペプチドおよび/またはペプチド抗原を、発現ベクターへとクローニングするステップを含みうる。ターゲティングポリペプチドおよび/またはペプチド抗原をコードするポリヌクレオチドを増幅するステップは、遺伝子と少なくとも部分的に相補的なオリゴヌクレオチドを合成することを含みうる。オリゴヌクレオチドは、ポリヌクレオチドにアニールするのに十分な程度に、遺伝子と相補的でありうる。オリゴヌクレオチドは、リンカー配列を含みうる。リンカー配列は、配列番号40〜44から選択することができる。
方法はさらに、細胞に発現ベクターをトランスフェクトするステップ、または細胞に発現ベクターを感染させるステップを含みうる。方法はさらに、ターゲティングポリペプチドおよび/またはペプチド抗原を、細胞内で発現させるステップを含みうる。方法はさらに、ターゲティングポリペプチドおよび/またはペプチド抗原を、無細胞株内で発現させるステップを含みうる。方法はさらに、発現ベクターを含むウイルスを生成するステップを含みうる。方法はさらに、ウイルスを増殖させるステップを含みうる。方法はさらに、細胞に発現ベクターを含むウイルスを感染させるステップを含みうる。方法はさらに、細胞を増殖させるステップを含みうる。
本明細書では、抗体または抗体断片、ペプチド抗原またはターゲティングペプチドをグラフトして、CAR−ECスイッチを生成する方法が開示される。方法は、CAR−BPを、抗体または抗体断片にグラフトするステップを含みうる。方法は、CAR−BPを、抗体または抗体断片のN末端、C末端、または内部部位にグラフトするステップを含みうる。CAR−BPは、抗体または抗体断片のCLドメインにグラフトすることができる。CAR−BPは、抗体または抗体断片のCLドメインのループにグラフトすることができる。方法は、抗体または抗体断片を、CAR−BPにグラフトするステップを含みうる。方法は、抗体または抗体断片を、CAR−BPのN末端、C末端、または内部部位にグラフトするステップを含みうる。方法は、CAR−BPを、ターゲティングペプチドにグラフトするステップを含みうる。方法は、CAR−BPを、ターゲティングペプチドのN末端、C末端、または内部部位にグラフトするステップを含みうる。方法は、ターゲティングペプチドを、CAR−BPにグラフトするステップを含みうる。方法は、ターゲティングペプチドを、CAR−BPのN末端、C末端、または内部部位にグラフトするステップを含みうる。
CAR−BP、ターゲティングペプチド、抗体または抗体断片は、1つまたは複数のリンカーを含むことが可能であり、この場合、リンカーは、CAR−BP、ターゲティングペプチド、抗体または抗体断片のN末端および/またはC末端に配置される。方法は、抗体もしくは抗体断片、CAR−BP、またはターゲティングペプチドを、リンカーによりグラフトするステップを含みうる。リンカーは、(GSSSS)を含みうる。
グラフトするステップは、CAR−ECスイッチをコードする核酸を生成することを含みうる。CAR−ECスイッチをコードする核酸を生成することは、1つまたは複数のポリメラーゼ連鎖反応を含みうる。CAR−ECスイッチをコードする核酸を生成することは、1つまたは複数の核酸酵素消化を含みうる。酵素消化は、部位特異的でありうる。CAR−ECスイッチをコードする核酸を生成することは、1つまたは複数のライゲーションを含みうる。CAR−ECスイッチを生成する方法は、CAR−ECスイッチをコードする核酸を、CAR−ECスイッチベクターへと組み込むステップを含みうる。ベクターは、発現ベクターでありうる。発現ベクターは、構成的プロモーター、誘導的プロモーター、および/または条件的プロモーターを含みうる。CAR−ECスイッチをコードする核酸またはCAR−ECスイッチベクターは、細胞内で発現させることができ、結果として得られるCAR−ECスイッチは、単離および精製することができる。細胞は、原核生物細胞でありうる。細胞は、E.coliでありうる。細胞は、真核生物細胞でありうる。細胞は、哺乳動物細胞でありうる。CAR−ECスイッチをコードする核酸またはCAR−ECスイッチベクターは、無細胞株内で発現させることができる。代替的に、または加えて、CAR−ECスイッチは、遊離アミノ酸から合成することができる。
CAR−ECスイッチおよびその部分の精製
本明細書では、本明細書で開示されるCAR−ECスイッチを精製する方法であって、本明細書で開示されるCAR−ECスイッチを、CAR−ECスイッチ生成系の構成要素(例えば、細胞破砕物、遊離アミノ酸)から分離するステップを含む方法が開示される。CAR−ECスイッチを精製するステップは、1つまたは複数の濃縮用カラム、電気泳動、濾過、遠心分離、クロマトグラフィー、またはこれらの組合せの使用を含みうる。クロマトグラフィーは、サイズ排除クロマトグラフィーを含みうる。さらなるクロマトグラフィー法は、疎水性相互作用クロマトグラフィー、イオン交換クロマトグラフィー、アフィニティークロマトグラフィー、金属結合クロマトグラフィー、イムノアフィニティークロマトグラフィー、および高速液体クロマトグラフィーまたは高圧液体クロマトグラフィーを含むがこれらに限定されない。電気泳動は、変性電気泳動または非変性電気泳動を含みうる。
CAR−ECスイッチは、1つまたは複数のペプチドタグを含みうる。CAR−ECスイッチを精製する方法は、CAR−ECスイッチの1つまたは複数のペプチドタグを、捕捉剤(capturing agent)に結合させるステップを含みうる。捕捉剤は、抗体、カラム、ビーズ、およびこれらの組合せから選択することができる。1つまたは複数のタグは、1つまたは複数のプロテアーゼにより切断されうる。タグの例は、ポリヒスチジン、FLAG(登録商標)タグ、HA、c−myc、V5、キチン結合タンパク質(CBP)、マルトース結合タンパク質(MBP)、およびグルタチオン−S−トランスフェラーゼ(GST)を含むがこれらに限定されない。ペプチドタグは、CAR−BPでありうる。ペプチドタグは、HTPでありうる。ペプチドタグは、酵母転写因子GCN4でありうる。
方法はさらに、CAR−BP、ターゲティングポリペプチド、および/またはCAR−ECスイッチの凍結乾燥または超遠心分離を含みうる。
CAR−BP、ターゲティングポリペプチド、および/またはCAR−ECスイッチの純度は、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、またはこれを上回る%と同等でありうるか、または50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、またはこれを上回る%を超えうる。CAR−BP、ターゲティングポリペプチド、および/またはCAR−ECスイッチの純度は、85%と同等でありうるか、またはこれを超えうる。CAR−BP、ターゲティングポリペプチド、および/またはCAR−ECスイッチの純度は、90%と同等でありうるか、またはこれを超えうる。CAR−BP、ターゲティングポリペプチド、および/またはCAR−ECスイッチの純度は、95%と同等でありうるか、またはこれを超えうる。CAR−BP、ターゲティングポリペプチド、および/またはCAR−ECスイッチの純度は、97%と同等でありうるか、またはこれを超えうる。
本明細書で開示されるCAR−ECスイッチを生成する方法は、構造的に均質なCAR−ECスイッチを生成するステップを含みうる。CAR−ECスイッチを、ポリヌクレオチドから生成する方法は、1つまたは複数のCAR−ECスイッチであって、形態、特徴、結合アフィニティー(例えば、CARまたは標的に対する)、形状、および/またはサイズが同じであるかまたは類似するスイッチを結果としてもたらしうる。CAR−ECスイッチの均質性は、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、またはこれを上回る%と同等でありうるか、または50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、またはこれを上回る%を超えうる。CAR−ECスイッチの均質性は、85%と同等でありうるか、またはこれを超えうる。CAR−ECスイッチの均質性は、90%と同等でありうるか、またはこれを超えうる。CAR−ECスイッチの均質性は、95%と同等でありうるか、またはこれを超えうる。CAR−ECスイッチの均質性は、97%と同等でありうるか、またはこれを超えうる。均質性は、構造的均質性でありうる。均質性は、細胞を被験体に投与する前の構造的均質性でありうる。均質性は、細胞活性によるCAR−ECスイッチへの修飾(メチル化、アセチル化、グリコシル化など)の前の構造的均質性でありうる。これらの高百分率の均質性は、CAR−ECスイッチの効果の予測可能性の増大をもたらしうる。これらの高百分率の均質性は、被験体における状態を処置するように、CAR−ECと組み合わされた場合の、CAR−ECスイッチのオフターゲット効果の減少をもたらしうる。
以下の例示的な例は、本明細書で記載されるソフトウェアアプリケーション、システム、および方法についての実施形態を表すものであり、いかなる形でも限定的であることを意図するものではない。
(実施例1)
切り替え型CAR−Tプラットフォームの生成および評価
CAR−ECスイッチペプチド抗原の選択では、開発される抗体の溶解性、安定性、アフィニティー、およびヒトプロテオーム内の交差反応性エピトープの潜在性について研究した。これらの基準に基づき、酵母転写因子GCN4に由来する直鎖状アミノ酸エピトープ(7P14P)を選択した。アフィニティーが2.6nM〜5.2pMと様々である単鎖抗体は、結合キネティクスによるCAR−ECの最適化を可能とする。加えて、これらの抗体は、直鎖状のエピトープに対してアフィニティーが最も高い抗ペプチド単鎖抗体の中のものである。選択されたGCN4エピトープ(7P14P)であって、NYHLENEVARLKKL(配列番号3)の配列を有するエピトープと、GCN4結合性scFv(52SR4)との解離定数(Kd)は、5.2pMである。
小型の親水性標的ペプチド(HTP)は、一般に使用されるFLAG(登録商標)タグに基づき開発した。FLAG(登録商標)は、抗原性が小さく、溶解性が高く、タンパク質のフォールディングまたは安定性に対してほとんど影響を及ぼさずに、多数のタンパク質への融合がなされている。HTPのFLAGによる修飾では、タンパク質分解に対する安定性を増大させる試みにおいて、末端リシンの後に、プロリン残基を組み込んだ。このエピトープに対する抗体は、従来のマウスの免疫および後続のヒト化によるか、またはヒトライブラリーのファージパニングにより開発される。記載される通りに、作り出されたscFvの結合キネティクスを完全に特徴付け、ペプチド−CAR−ECを作製し、オフターゲット特異性について調べる。
異種移植モデルにおける切り替え型CAR−Tプラットフォームの評価
有効性について評価するため、マウス異種移植モデルを使用して、これらの切り替え型プラットフォームを、CAR−Tスイッチプラットフォームにより既に開発されているプラットフォームと比較する。この目的のために、RS4;11細胞株、NALM−6細胞株、Raji細胞株、または他のCD19陽性細胞株を使用して、非肥満型糖尿病−重症複合型免疫不全症(NOD−SCID−γ−/−、NSG)マウスにおいて腫瘍モデルを確立する。CAR−Tは、静脈内投与により送達する。用量範囲調査を、ペプチド抗CD19スイッチについて実行し、野生型のCD19 Fab対照と比較する。有効性は、腫瘍負荷および全生存に基づき判定する。マウスは、末梢血中のCAR−ECの増殖についてモニタリングするため、毎週の採血によりモニタリングする。CAR−ECについての、詳細な免疫表現型による特徴付けは、マルチチャネルフローサイトメトリーを使用して、標準的な表現型パラメータに従い規定される、エフェクター表現型、メモリー表現型、老化(終末分化)表現型、またはアネルギー化表現型に焦点を当てる。
FabベースのスイッチおよびIgGベースのスイッチを、観察されるPKデータに従う適切な投与量で送達し、それらの有効性を比較する。IgGは、in vivoにおけるその長い貯留時間のために、このモデルにおいて最も効果的である。この考えについてのさらなる調査は、同系モデルに対して実行する。
原発性患者(primary patient)由来ALL試料または原発性患者由来CLL試料を得て、NSGマウスにおける異種移植モデルを作製する。フローサイトメトリーにより、原発性試料(primary sample)を、CD19の発現について特徴付ける。治療を施す前に、2〜3週間にわたり、マウスにおいて、白血病を確立する。CAR−T−19と対比した有効性は、末梢血中のCD19ALL芽球カウントについてモニタリングすることにより判定する。白血病がコントロールされていないか、または消失していない場合は、増殖した芽球について免疫表現型解析する(具体的には、CD19抗原発現の喪失について調査するが、さらなる研究については、下記を参照されたい(vida infra))。また、CAR−ECの存続についてもモニタリングする(後者は、RS4;11ベースの異種移植片と実質的に異ならないと予測されるが)。
同系モデルにおけるにおける切り替え型CAR−Tプラットフォームの評価
免疫不全マウスにおける異種移植モデルは、切り替え型プラットフォームの有効性の測定は可能とするが、このモデルは、CAR−T−19療法と関連する、長期にわたるリンパ球減少症を緩和するための方法を評価するのには最適でない。切り替え型CAR−ECを、免疫保全B細胞リンパ腫マウスモデルにおいて、B細胞形成不全を逆転する能力について調べる。マウスサロゲートCAR−Tを作製するために、操作されたペプチドベースのキメラ受容体をモロニーマウス白血病ウイルスベースのレトロウイルスベクターへとクローニングして、マウス脾臓細胞へ形質導入する。マウス由来のシグナル伝達ドメインである、CD28およびCD3zを使用する。抗ヒトCD19抗体は、マウスCD19と交差反応しないので、ラット抗マウスCD19ハイブリドーマである1D3を得(ATCCから)、可変領域を配列決定する。この配列を、ペプチド融合のための発現ベクターへとクローニングして、スイッチを作製し、キメラ抗原受容体へとクローニングして、CAR−T−19マウスサロゲートを作製する。
in vitroにおける形質導入の最適化および有効性の評価の後で、Myc5−CD19細胞株を使用して、野生型C57BL/6マウスにおいて、B細胞リンパ腫を確立する。CAR−ECおよびスイッチは、異種移植研究およびサロゲート系によるin vitroアッセイに基づく投与スケジュールにより投与する。このモデルで特に興味深いのは、FabベースのスイッチおよびIgGベースのスイッチを、Myc5−CD19の消失速度およびB細胞の除去速度について比較することである。異種移植研究と同様に、CAR−Tの増殖についてモニタリングし、ex vivoにおいて、免疫表現型による特徴付けを実行する。リンパ腫細胞の根絶の後で、スイッチ投与を停止させ、末梢血中のB細胞の再増殖についてモニタリングする。サロゲートCAR−T−19およびサロゲート切り替え型CAR−Tのいずれも、長期にわたる寛解を可能とすることが予測されるが、B細胞の再増殖を可能とするのは、切り替え型プラットフォームに限られる。所定のコホートに対する組織学的検査を介して、CAR−Tの、主要な器官への浸潤についてモニタリングし、治療後に、細胞解析を実行する。刺激の非存在下における、CAR−ECの長期にわたる存続について追跡する。
異種がんモデルにおける切り替え型CAR−Tプラットフォームの評価
単一の養子導入CAR−Tを使用して、CAR−T−19療法における、CD19エスケープ変異体に帰せられるALLの再発に対抗しようと試みる中で、抗CD19ターゲティング抗体を含有する第1のスイッチ、および抗CD20ターゲティング抗体であるリツキシマブを含有する第2のスイッチを、同じ患者における異なる抗原を逐次的に、または同時にターゲティングするのに使用する。
抗CD20スイッチは、実施例3で決定された最適な特徴を使用して、抗CD19スイッチと類似の様式で作製する。リツキシマブに基づくCAR−T−20を、比較のために構築する。CD20陽性IM−9細胞株およびDaudi細胞株に対する有効性について、in vitroで調べる。異種B細胞性リンパ芽球を作製するため、レンチウイルスベクターを使用して、慢性骨髄性白血病由来K562細胞株(これは、CD20およびCD19について陰性である)に、CD19抗原を安定的に形質導入する。均質なCD19発現を伴う集団を得るように、フローソーティングを介して単一細胞クローンを得る。次いで、この細胞株に、CD20を形質導入し、高レベルの抗原発現(CD20hi)または低レベルの抗原発現(CD20low)により分取する。CD19CD20と、CD19CD20hiまたはCD19CD20lowとの混合物に対する切り替え型CAR−Tの活性化ならびに細胞傷害性について、CD19スイッチおよびCD20スイッチ(同時的投与または逐次的投与)を使用して、in vitroにおいて評価する。方法は、集団内の百分率が最低のCD20hi細胞またはCD20low細胞であって、リツキシマブスイッチでCAR−Tを刺激する必要がある細胞について研究する機会をもたらす。これは、均質集団よりも生理学的にあてはまりうる。次いで、この系について、異種移植マウスモデルにおいて調べる。CD19CD20とCD19CD20との混合物を使用して、異種移植モデルを確立する。代替的に、本発明者らによる初期異種移植研究において、CD19発現またはCD20発現について不均質であることが判明する場合は、原発性患者由来のALL試料を、この実験に使用する。抗CD20スイッチを伴う切り替え型CAR−ECを投与して、CD19CD20集団を消失させ、CD19CD20細胞の増殖を可能とする。同じCAR−Tを再ターゲティングすることの実行可能性を裏付けるため、その後、抗CD19スイッチを投与し、残りの異種移植片の成長についてモニタリングする。腫瘍を、屠殺されたマウスのコホートにおける抗原発現または原発性芽球内の抗原発現について評価する。また、同時的ターゲティングについても評価する。処置を、CAR−T−19、CAR−T−20、またはこれらの両方について同時に比較する。
(実施例2)
CARの構築
CARは、以下の通りに構築した。
LV−EF1a−GCN4−BBZは、酵母転写因子GCN4(配列RMKQLEPKVEELLPKNYHLENEVARLKKLVGER(配列番号2)[配列中、下線を付したアミノ酸は、PDBによる1P4B結晶構造において、c11L32Ser scFvに結合することが示されている]の7P14Pエピトープを標的とするようにデザインした。scFvは、参考文献:Zahnd, C.、Spinelli, S.、Luginbuhl, B.、Amstutz, P.、Cambillau, C.、およびPluckthun, A.(2004年)、「Directed in vitro evolution and crystallographic analysis of peptide-binding single chain antibody fragment (scFv) with low picomolar affinity」、The Journal of Biological Chemistry、279巻、18870〜18877頁による、52SR4(c11L32Serと類似の配列を伴う高アフィニティーの変異体)抗体のscFvから構築した。
(実施例3)
抗CD19−Fab−GCN4HC1のクローニング、発現、および精製
クローニング:CD19Fab重鎖の哺乳動物発現ベクターは、増幅されたCD19Fab重鎖(VHおよびCH1)を、Fc断片を伴わないpFuse−hIgG1−Fc骨格ベクター(InvivoGen、CA)へとライゲーションすることにより生成した。抗体CD19軽鎖をコードする遺伝子は増幅して、hIgG1 Fc断片を伴わないpFuseベクターへとクローニングした。GCN4をコードする遺伝子(NYHLENEVARLKKL=配列番号3)は、オリゴヌクレオチドとして合成した。その後、抗CD1−Fab−GCN4HC1融合タンパク質は、GCN4を、CD19Fab重鎖のS135に後続するCD19 Fabの成熟重鎖にグラフトすることにより作製した。結果として得られる哺乳動物発現ベクターは、DNA配列決定により確認した。
発現および精製:抗CD19−Fab−GCN4HC1は、製造業者のプロトコールに従い、FreeStyle HEK 293細胞への、CD19−Fab軽鎖およびGCN4−CD19−HC1の発現ベクターの、一過性トランスフェクションにより発現させた。略述すると、細胞3×10個を含有する、28mLのFreeStyle HEK 293細胞を、125mLの振盪フラスコ内に播種した。1mLのOpti−MEM培地中で希釈された、15μgの軽鎖プラスミドおよび15μgの重鎖プラスミドを、60μLの293fectin(Invitrogen,Inc)を含有する1mLのOpti−MEM中に添加した。プラスミドを、293fectinと共に、30分間にわたりインキュベートした後で、リポプレックス混合物を、細胞懸濁液へと添加した。次いで、細胞を、5%のCO2環境内、37℃、125rpmで振盪した。分泌されたタンパク質を含有する培養培地を、トランスフェクションの48および96時間後に採取した。抗CD1−Fab−GCN4HC1は、プロテインGクロマトグラフィー(Thermo Fisher Scientific、IL)により精製した。精製されたタンパク質は、SDS−PAGEゲルにより解析した。図5Aおよび5Bは、それぞれ、非還元条件下および還元条件下(50mMのDTTを伴う)における、抗CD1−Fab−GCN4HC1(レーン7)についてのSDSゲル画像を示す。
(実施例4)
抗CD19−IgG−GCN4HC1のクローニング、発現、および精製
クローニング:CD19 IgG重鎖の哺乳動物発現ベクターは、増幅されたCD19Fab重鎖(VHおよびCH1)の、pFuse−hIgG1−Fc骨格ベクター(InvivoGen、CA)へのインフレームライゲーションにより生成した。抗体CD19軽鎖をコードする遺伝子は増幅して、hIgG1 Fc断片を伴わないpFuseベクターへとクローニングした。GCN4をコードする遺伝子(NYHLENEVARLKKL=配列番号3)は、オリゴヌクレオチドとして合成した。その後、抗CD19−IgG−GCN4HC1融合タンパク質は、GCN4を、CD19 IgGの成熟重鎖のS135に続いて挿入することにより作製した。結果として得られる哺乳動物発現ベクターは、DNA配列決定により確認した。
発現および精製:抗CD19−IgG−GCN4HC1は、製造業者のプロトコールに従い、FreeStyle HEK 293細胞への、CD19−IgG軽鎖およびGCN4−CD19重鎖の発現ベクターの、一過性トランスフェクションにより発現させた。略述すると、細胞3×10個を含有する、28mLのFreeStyle HEK 293細胞を、125mLの振盪フラスコ内に播種した。1mLのOpti−MEM培地中で希釈された、15μgの軽鎖プラスミドおよび15μgの重鎖プラスミドを、60μLの293fectin(Invitrogen,Inc)を含有する1mLのOpti−MEM中に添加した。プラスミドを、293fectinと共に、30分間にわたりインキュベートした後で、リポプレックス混合物を、細胞懸濁液へと添加した。次いで、細胞を、5%のCO2環境内、37℃、125rpmで振盪した。分泌されたタンパク質を含有する培養培地を、トランスフェクションの48および96時間後に採取した。GCN4−CD19重鎖は、プロテインGクロマトグラフィー(Thermo Fisher Scientific、IL)により精製した。精製されたタンパク質は、SDS−PAGEゲルにより解析した。図5Aおよび5Bは、それぞれ、非還元条件下および還元条件下(50mMのDTTを伴う)における、抗CD19−IgG−GCN4HC1(レーン3)についてのSDSゲル画像を示す。
(実施例5)
抗CD19−Fab−GCN4C−termのクローニング、発現、および精製
クローニング:CD19Fab重鎖の哺乳動物発現ベクターは、増幅されたCD19Fab重鎖(VHおよびCH1)を、Fc断片を伴わないpFuse−hIgG1−Fc骨格ベクター(InvivoGen、CA)へとライゲーションすることにより生成した。抗体CD19軽鎖をコードする遺伝子は増幅して、hIgG1 Fc断片を伴わないpFuseベクターへとクローニングした。GCN4をコードする遺伝子(NYHLENEVARLKKL=配列番号3)であって、GCN4のN末端にGGGGS(配列番号40[配列中、n=1])リンカーを伴う遺伝子は、オリゴヌクレオチドとして合成した。その後、抗CD19−Fab−GCN4C−term融合タンパク質は、リンカー−GCN4を、C223において、Fab重鎖のC末端と融合させることにより作製した。結果として得られる哺乳動物発現ベクターは、DNA配列決定により確認した。
発現および精製:抗CD19−Fab−GCN4C−termは、製造業者のプロトコールに従い、FreeStyle HEK 293細胞への、CD19−Fab軽鎖および抗CD19−Fab−GCN4C−termの発現ベクターの、一過性トランスフェクションにより発現させた。略述すると、細胞3×10個を含有する、28mLのFreeStyle HEK 293細胞を、125mLの振盪フラスコ内に播種した。1mLのOpti−MEM培地中で希釈された、15μgの軽鎖プラスミドおよび15μgの重鎖プラスミドを、60μLの293fectin(Invitrogen,Inc)を含有する1mLのOpti−MEM中に添加した。プラスミドを、293fectinと共に、30分間にわたりインキュベートした後で、リポプレックス混合物を、細胞懸濁液へと添加した。次いで、細胞を、5%のCO2環境内、37℃、125rpmで振盪した。分泌されたタンパク質を含有する培養培地を、トランスフェクションの48および96時間後に採取した。抗CD19−Fab−GCN4C−termは、プロテインGクロマトグラフィー(Thermo Fisher Scientific、IL)により精製した。精製されたタンパク質は、SDS−PAGEゲルにより解析した。図5Aおよび5Bは、それぞれ、非還元条件下および還元条件下(50mMのDTTを伴う)における、抗CD19−Fab−GCN4C−term(レーン9)についてのSDSゲル画像を示す。
(実施例6)
抗CD19−IgG−GCN4hingeのクローニング、発現、および精製
クローニング:CD19 IgG重鎖の哺乳動物発現ベクターは、増幅されたCD19Fab重鎖(VHおよびCH1)の、pFuse−hIgG1−Fc骨格ベクター(InvivoGen、CA)へのインフレームライゲーションにより生成した。抗体CD19軽鎖をコードする遺伝子は増幅して、hIgG1 Fc断片を伴わないpFuseベクターへとクローニングした。GCN4をコードする遺伝子(NYHLENEVARLKKL=配列番号3)であって、GCN4のN末端にGGGGS(配列番号40[配列中、n=1])リンカーを伴い、GCN4のC末端にGGS(配列番号42[配列中、n=1])を伴う遺伝子(「リンカー−GCN4−リンカー」)は、オリゴヌクレオチドとして合成した。その後、抗CD19−IgG−GCN4hinge融合タンパク質は、リンカー−GCN4−リンカーを、C223のFab重鎖のC末端とヒンジ領域との間にグラフトすることにより作製した。したがって、リンカー−GCN4−リンカーは、IgGのヒンジ領域を伸長させ、伸長したヒンジ領域を有するIgG3構造を模倣する。結果として得られる哺乳動物発現ベクターは、DNA配列決定により確認した。
発現および精製:抗CD19−IgG−GCN4hingeは、製造業者のプロトコールに従い、FreeStyle HEK 293細胞への、CD19−IgG軽鎖およびGCN4−CD19hinge重鎖の発現ベクターの、一過性トランスフェクションにより発現させた。略述すると、細胞3×10個を含有する、28mLのFreeStyle HEK 293細胞を、125mLの振盪フラスコ内に播種した。1mLのOpti−MEM培地中で希釈された、15μgの軽鎖プラスミドおよび15μgの重鎖プラスミドを、60μLの293fectin(Invitrogen,Inc)を含有する1mLのOpti−MEM中に添加した。プラスミドを、293fectinと共に、30分間にわたりインキュベートした後で、リポプレックス混合物を、細胞懸濁液へと添加した。次いで、細胞を、5%のCO2環境内、37℃、125rpmで振盪した。分泌されたタンパク質を含有する培養培地を、トランスフェクションの48および96時間後に採取した。GCN4−CD19ヒンジIgGは、プロテインGクロマトグラフィー(Thermo Fisher Scientific、IL)により精製した。精製されたタンパク質は、SDS−PAGEゲルにより解析した。図5Aおよび5Bは、それぞれ、非還元条件下および還元条件下(50mMのDTTを伴う)における、抗CD19−IgG−GCN4hinge(レーン5)についてのSDSゲル画像を示す。
(実施例7)
抗CD19−IgG−GCN4CL1のクローニング、発現、および精製
クローニング:CD19 IgG重鎖の哺乳動物発現ベクターは、増幅されたCD19Fab重鎖(VHおよびCH1)の、pFuse−hIgG1−Fc骨格ベクター(InvivoGen、CA)へのインフレームライゲーションにより生成した。抗体CD19軽鎖をコードする遺伝子は増幅して、hIgG1 Fc断片を伴わないpFuseベクターへとクローニングした。GCN4をコードする遺伝子(NYHLENEVARLKKL=配列番号3)であって、両方の端部にGGGGS(配列番号40[配列中、n=1])リンカーを伴う遺伝子は、オリゴヌクレオチドとして合成した。その後、抗CD19−IgG−GCN4CL1融合タンパク質は、CD19軽鎖のCL領域内のK169を、両方の端部にリンカー配列を伴うGCN4で置き換えることにより作製した。結果として得られる哺乳動物発現ベクターは、DNA配列決定により確認した。
発現および精製:抗CD19−IgG−GCN4CL1は、製造業者のプロトコールに従い、FreeStyle HEK 293細胞への、CD19−IgG重鎖およびGCN4−CD19−CL1軽鎖の発現ベクターの、一過性トランスフェクションにより発現させた。略述すると、細胞3×10個を含有する、28mLのFreeStyle HEK 293細胞を、125mLの振盪フラスコ内に播種した。1mLのOpti−MEM培地中で希釈された、15μgの軽鎖プラスミドおよび15μgの重鎖プラスミドを、60μLの293fectin(Invitrogen,Inc)を含有する1mLのOpti−MEM中に添加した。プラスミドを、293fectinと共に、30分間にわたりインキュベートした後で、リポプレックス混合物を、細胞懸濁液へと添加した。次いで、細胞を、5%のCO環境内、37℃、125rpmで振盪した。分泌されたタンパク質を含有する培養培地を、トランスフェクションの48および96時間後に採取した。抗CD19−IgG−GCN4CL1は、プロテインGクロマトグラフィー(Thermo Fisher Scientific、IL)により精製した。精製されたタンパク質は、SDS−PAGEゲルにより解析した。図5Aおよび5Bは、それぞれ、非還元条件下および還元条件下(50mMのDTTを伴う)における、抗CD19−IgG−GCN4CL1(レーン4)についてのSDSゲル画像を示す。
(実施例8)
抗CD19−Fab−GCN4CL1のクローニング、発現、および精製
クローニング:CD19Fab重鎖の哺乳動物発現ベクターは、増幅されたCD19Fab重鎖(VHおよびCH1)を、Fc断片を伴わないpFuse−hIgG1−Fc骨格ベクター(InvivoGen、CA)へとライゲーションすることにより生成した。抗体CD19軽鎖をコードする遺伝子は増幅して、hIgG1 Fc断片を伴わないpFuseベクターへとクローニングした。GCN4をコードする遺伝子(NYHLENEVARLKKL=配列番号3)であって、両方の端部にGGGGS(配列番号40[配列中、n=1])リンカーを伴う遺伝子は、オリゴヌクレオチドとして合成した。その後、抗CD19−Fab−GCN4CL1融合タンパク質は、CD19軽鎖のCL領域内のK169を、両方の端部にリンカー配列を伴うGCN4で置き換えることにより作製した。結果として得られる哺乳動物発現ベクターは、DNA配列決定により確認した。
発現および精製:抗CD19−Fab−GCN4CL1は、製造業者のプロトコールに従い、FreeStyle HEK 293細胞への、CD19−Fab重鎖およびGCN4−CD19−CL軽鎖の発現ベクターの、一過性トランスフェクションにより発現させた。略述すると、細胞3×10個を含有する、28mLのFreeStyle HEK 293細胞を、125mLの振盪フラスコ内に播種した。1mLのOpti−MEM培地中で希釈された、15μgの軽鎖プラスミドおよび15μgの重鎖プラスミドを、60μLの293fectin(Invitrogen,Inc)を含有する1mLのOpti−MEM中に添加した。プラスミドを、293fectinと共に、30分間にわたりインキュベートした後で、リポプレックス混合物を、細胞懸濁液へと添加した。次いで、細胞を、5%のCO2環境内、37℃、125rpmで振盪した。分泌されたタンパク質を含有する培養培地を、トランスフェクションの48および96時間後に採取した。抗CD19−Fab−GCN4CL1は、プロテインGクロマトグラフィー(Thermo Fisher Scientific、IL)により精製した。精製されたタンパク質は、SDS−PAGEゲルにより解析した。図5Aおよび5Bは、それぞれ、非還元条件下および還元条件下(50mMのDTTを伴う)における、抗CD19−Fab−GCN4CL1(レーン8)についてのSDSゲル画像を示す。
(実施例9)
抗CD19−Fab−GCN4LC1−N−termのクローニング、発現、および精製
クローニング:CD19Fab重鎖の哺乳動物発現ベクターは、増幅されたCD19Fab重鎖(VHおよびCH1)を、Fc断片を伴わないpFuse−hIgG1−Fc骨格ベクター(InvivoGen、CA)へとライゲーションすることにより生成した。抗体CD19軽鎖をコードする遺伝子は増幅して、hIgG1 Fc断片を伴わないpFuseベクターへとクローニングした。GCN4をコードする遺伝子(NYHLENEVARLKKL=配列番号3)であって、GCN4のC末端にGGGGS(配列番号40[配列中、n=1])リンカーを伴う遺伝子は、オリゴヌクレオチドとして合成した。その後、抗CD19−Fab−GCN4LC1−N−term融合タンパク質は、リンカー−GCN4を、Fab軽鎖のN末端と融合させることにより作製した。結果として得られる哺乳動物発現ベクターは、DNA配列決定により確認した。
発現および精製:抗CD19−Fab−GCN4LC1−N−termは、製造業者のプロトコールに従い、FreeStyle HEK 293細胞への、CD19−Fab軽鎖およびGCN4−CD19−C−termの発現ベクターの、一過性トランスフェクションにより発現させた。略述すると、細胞3×10個を含有する、28mLのFreeStyle HEK 293細胞を、125mLの振盪フラスコ内に播種した。1mLのOpti−MEM培地中で希釈された、15μgの軽鎖プラスミドおよび15μgの重鎖プラスミドを、60μLの293fectin(Invitrogen,Inc)を含有する1mLのOpti−MEM中に添加した。プラスミドを、293fectinと共に、30分間にわたりインキュベートした後で、リポプレックス混合物を、細胞懸濁液へと添加した。次いで、細胞を、5%のCO2環境内、37℃、125rpmで振盪した。分泌されたタンパク質を含有する培養培地を、トランスフェクションの48および96時間後に採取した。抗CD19−Fab−GCN4LC1−N−termは、プロテインGクロマトグラフィー(Thermo Fisher Scientific、IL)により精製した。精製されたタンパク質は、SDS−PAGEゲルにより解析した。図5Aおよび5Bは、それぞれ、非還元条件下および還元条件下(50mMのDTTを伴う)における、抗CD19−Fab−GCN4LC1−N−term(レーン10)についてのSDSゲル画像を示す。
(実施例10)
抗CD19 Fab−GCN4CL1、抗CD19 IgGFcNull−GCN4および抗CD19 Fab−GCN4C−termCAR−ECスイッチによる細胞傷害性
ペプチドCAR−ECスイッチは、GCN4酵母転写因子ペプチド配列である7P14Pのうちの14アミノ酸(Zahndら(2004年)、「Directed in vitro evolution and crystallographic analysis of peptide-binding single chain antibody fragment (scFv) with low picomolar affinity」、The Journal of Biological Chemistry、279巻、18870〜18877頁において規定されている)を融合させることにより作製した。14アミノ酸は、scFv c11L32Serを伴うGCN4ペプチドである7P14Pの結晶構造である1P4Bにおいて規定されたアミノ酸に基づき選択した。スイッチは、GCN4ペプチド配列を、Fab抗体の重鎖のC末端と融合させるか、またはGCN4ペプチド配列をFabまたはIgG抗体の軽鎖のCLループ内で融合させることにより構築した。全ての発現は、CHO細胞内またはHEK細胞内で実行した。
グラフトされたGCN4ペプチドベースの抗CD19 CAR−Tスイッチ(配列番号30)を作製するため、酵母転写因子GCN4ペプチド(7P14P)RMKQLEPKVEELLPKNYHLENEVARLKKLVGER(配列番号2)に由来する結晶構造(PDB:1P4B)(図2を参照されたい)に従い、最小の結合性エピトープであることが示唆されている、ペプチドNYHLENEVARLKKL(配列番号3)を、マウス抗ヒトCD19 FabクローンであるFMC63にグラフトした。グラフトは、軽鎖のK63(定常領域のN末端からカウントした場合であり、成熟タンパク質のN末端からカウントすれば、K169である)を、配列GGGGSNYHLENEVARLKKLGGGGS(配列番号4)(GGGGSリンカー(配列番号40[配列中、n=1])で挟んだGCN4エピトープ)で置き換えることにより実行した。抗CD19 FabCL1−GCN4についての質量分析を下記に提示する(図3)。代替的に、ペプチドは、重鎖(配列番号29)へもグラフトされる。
抗CD19 FabCL1−GCN4スイッチの細胞傷害活性は、CAR−T−GCN4を作製するようにLV−EF1a−GCN4(52SR4)を形質導入したヒトPBMCを、10:1のE:T比として、24時間にわたるインキュベーションにより評価した。活性は、NALM−6(CD19)、RS4;11(CD19)、またはRPMI−8226(CD19)に対して評価した(表1)。IgG(Fcヌル)スイッチの活性は、RS4;11(CD19)またはK562(CD19)に対して評価した(表2)。C末端スイッチの活性は、RS4;11(CD19)またはK562(CD19)に対して評価した(表3)。
Figure 0006734774
Figure 0006734774
Figure 0006734774
(実施例11)
GCN4を抗CD19抗体または抗CD19抗体断片の異なる領域にグラフト/融合している、多様な抗CD19−GCN4 CAR−ECスイッチによる細胞傷害性
抗CD19 FMC63抗体または抗体断片の異なる領域にグラフト/融合している、多様な抗CD19−GCN4 CAR−ECスイッチの細胞傷害活性は、CAR−T−GCN4を作製するようにLV−EF1a−GCN4(52SR4)を形質導入したヒトPBMCを、10:1のE:T比として、24時間にわたるインキュベーションにより評価した。被験スイッチは、抗CD19 FabCL1−GCN4(「CL1 Fab」)、抗CD19−GCN4FabC−term(「C末端Fab」)、抗CD19 IgGHC1−GCN4(「HC1 IgG」)、抗CD19 IgGCL1−GCN4(「CL1 IgG」)、抗CD19 IgGHinge−GCN4(「ヒンジIgG」)、抗CD19 IgGWT−GCN4(「Wt IgG」)、抗CD19 FabHC1−GCN4(「HC1 Fab」)、および抗CD19 FabN−term LC1−GCN4(「N末端LC1 Fab」)であった。活性は、RS4;11(CD19)に対して評価した(図4、表4)。図6は、本実施例において記載されるスイッチのグラフティング位置について描示する。CL1およびHC1のグラフティング位置は、FabフォーマットおよびIgGフォーマットのいずれにも適用した。N末端グラフティングは、軽鎖にグラフトしているグラフティングとして示されるが、N末端グラフティングは、軽鎖またはFabに制約されるものではなく、また、重鎖ならびにIgGフォーマットへもグラフトすることができる。Fab上のC末端位置は、ヒンジIgGと同所(isosteric)である。この文脈では、全てのFab構築物は、一価であり、全てのIgG構築物は、二価であるが、これらは、一般にCAR−ECスイッチに必要な要件ではない。
Figure 0006734774
(実施例12)
異種移植腫瘍マウスモデルにおける、抗CD19−Fab−GCN4CL1 CAR−ECスイッチおよび抗GCN4 CAR T細胞(swiCAR T細胞)のin vivoの有効性
swiCAR−T細胞のin vivo活性を評価するために、ルシフェラーゼ標識された(luciferized)NALM−6細胞に基づく正所性(液性)異種移植腫瘍モデルによるパイロット研究を実行した。このモデルでは、swiCAR T細胞は、0.5mg/kgの抗CD19(GCN4)CL1 Fabによる、わずか5日間にわたる毎日の処置後において、退縮を裏付けた。swiCAR T細胞を伴う野生型抗CD19 Fabによる処置は、腫瘍の退縮を媒介することが可能ではなかった(一元ANOVAにより、有意ではなかった)。これらの結果は、in vivoにおいてswiCAR T細胞を再指向させる(redirect)能力を裏付ける。実験の詳細:ルシフェラーゼ標識されたNALM−6細胞10個を、非肥満型糖尿病−重症複合型免疫不全症(NOD−SCID−γ−/−、NSG)マウスへとI.V.注射した。6日間後に、swiCAR T細胞またはCART−19細胞(50%の形質導入された)30×10個をI.V.注入した。αCD19−Fab−GCN4−CL1(I.V.)の投与を、同じ日に、毎日0.5mg/kgで開始した。投与の5日後(11日目)に、マウスにルシフェリンを注射し、in vivoイメージングシステム(IVIS)で画像化した(n=3または4、プロットされた平均放射輝度(p/s/cm/sr)は、マウスごとに測定し、平均値±SEMとしてプロットした、**一元ANOVAによるp≦0.05)。処置なしと、swiCAR−T+WT Fabとの間の差違は、統計学的に有意ではない。結果を、図7Aに示す。
(実施例13)
抗BCMA−IgG−GCN4CL1のクローニング、発現、および精製
クローニング:CD19 IgG重鎖の哺乳動物発現ベクターは、増幅された抗BCMA IgG重鎖(VHおよびCH1)の、pFuse−hIgG1−Fc骨格ベクター(InvivoGen、CA)へのインフレームライゲーションにより生成した。抗体のBCMA軽鎖をコードする遺伝子は増幅して、hIgG1 Fc断片を伴わないpFuseベクターへとクローニングした。GCN4をコードする遺伝子(NYHLENEVARLKKL=配列番号3)であって、両方の端部にGGGGS(配列番号40[配列中、n=1])リンカーを伴う遺伝子は、オリゴヌクレオチドとして合成した。その後、抗BCMA−IgG−GCN4CL1融合タンパク質は、両方の端部においてリンカー配列を伴うGCN4を、抗BCMA軽鎖のCL領域にグラフトすることにより作製した。結果として得られる哺乳動物発現ベクターは、DNA配列決定により確認した。
発現および精製:抗BCMA−IgG−GCN4CL1は、製造業者のプロトコールに従い、FreeStyle HEK 293細胞への、BCMA−IgG重鎖およびGCN4−BCMA−CL1軽鎖の発現ベクターの、一過性トランスフェクションにより発現させた。略述すると、細胞3×10個を含有する、28mLのFreeStyle HEK 293細胞を、125mLの振盪フラスコ内に播種した。1mLのOpti−MEM培地中で希釈された、15μgの軽鎖プラスミドおよび15μgの重鎖プラスミドを、60μLの293fectin(Invitrogen,Inc)を含有する1mLのOpti−MEM中に添加した。プラスミドを、293fectinと共に、30分間にわたりインキュベートした後で、リポプレックス混合物を、細胞懸濁液へと添加した。次いで、細胞を、5%のCO環境内、37℃、125rpmで振盪した。分泌されたタンパク質を含有する培養培地を、トランスフェクションの48および96時間後に採取した。抗BCMA−IgG−GCN4CL1は、プロテインGクロマトグラフィー(Thermo Fisher Scientific、IL)により精製した。
(実施例14)
GCN4を抗BCMA抗体または抗体断片の軽鎖にグラフトしている、抗BCMA−IgG−GCN4CL1CAR−ECスイッチによる細胞傷害性
抗BCMA−IgG−GCN4CL1CAR−ECスイッチの細胞傷害活性は、CAR−T−GCN4を作製するようにLV−EF1a−GCN4(52SR4)を形質導入したヒトPBMCを、10:1のE:T比として、24時間にわたるインキュベーションにより評価した。PBMCの形質導入効率は、約50%であった。活性は、OPM2(BCMA)に対して、標的細胞の細胞溶解に起因する乳酸デヒドロゲナーゼを定量することにより評価した(図8、表5)。
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本明細書では、本発明の好ましい実施形態について示し記載しているが、当業者には、このような実施形態は、例だけを目的とするものであることが明らかである。今や、当業者は、本発明から逸脱せずに、多数の変化、変更、および代替に想到する。本発明を実施するには、本明細書で記載される、本発明の実施形態に対する多様な代替物を援用しうることを理解されたい。
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Claims (29)

  1. がんの処置における使用のための、第1のキメラ抗原受容体−エフェクター細胞(CAR−EC)スイッチを含む組成物であって、前記組成物は、第1のCAR−ECと組み合わせて投与されることを特徴とし、
    A.前記第1のCAR−ECスイッチが、
    i.標的細胞上の第1の細胞表面分子に結合する第1のターゲティング部分と、
    ii.エフェクター細胞上の第1のキメラ抗原受容体に結合する第1のペプチド抗原であって、前記第1のペプチド抗原が、前記第1のターゲティング部分にグラフトしているか、または融合している、第1のペプチド抗原と
    を含み、
    B.前記第1のCAR−ECが、前記第1のCAR−ECスイッチの前記第1のペプチド抗原に結合するキメラ抗原受容体を含む、
    組成物。
  2. a.前記第1のペプチド抗原が、天然に存在するペプチドに基づ
    (i)前記第1のペプチド抗原が、非ヒトペプチドに基づくかまたは
    (ii)前記第1のペプチド抗原が、真核生物ペプチドに基づくかまたは
    (iii)前記第1のペプチド抗原が、ペプチドに基づ、前記ペプチドが、酵母によって発現されるか、または
    (iv)前記第1のペプチド抗原が、酵母転写因子GCN4に基づくかあるいは
    b.前記第1のペプチド抗原が、天然に存在しないペプチドを含み、前記第1のペプチド抗原が、合成ペプチドタグを含むか、あるいは
    c.前記第1のペプチド抗原が、配列番号2〜7から選択される配列に基づくかあるいは
    d.前記第1のペプチド抗原が、配列番号2〜3および5〜6から選択されるペプチド配列と少なくとも85%同一の配列を含むか、あるいは
    e.前記第1のターゲティング部分が、第1のターゲティングペプチドを含むか、あるいは
    f.前記第1のターゲティング部分が、第1のターゲティング抗体または第1の抗体断片を含み、
    (i)前記第1のターゲティング抗体または第1の抗体断片が、免疫グロブリン、Fcヌル免疫グロブリン、およびFab、ならびにこれらの断片からなる群から選択されるか、または
    (ii)前記第1のターゲティング部分が、抗EGFR抗体、抗Her2抗体、抗EGFRvIII抗体、抗CD33抗体、抗CLL−1抗体、抗CEA抗体、抗CD19抗体、抗CD22抗体、抗BCMA抗体、および抗CS1抗体、ならびにこれらの断片からなる群から選択されるか、または
    (iii)前記第1のターゲティング抗体または第1の抗体断片が、軽鎖および重鎖の対を含み、前記軽鎖および重鎖が、配列番号8および9;配列番号8および10;配列番号11および12;配列番号13および14;配列番号15および16;配列番号17および18;ならびに配列番号19および20からなる群から選択される核酸配列対に基づく核酸配列によりコードされるか、または
    (iv)前記第1のターゲティング抗体または第1の抗体断片が、軽鎖および重鎖の対を含み、前記軽鎖および重鎖が、配列番号21および22;配列番号23および24;配列番号25および26;配列番号27および28;ならびに配列番号27および29からなる群から選択されるアミノ酸配列対に基づくかまたは
    (v)前記第1のCAR−ECスイッチが、軽鎖および重鎖の対を含み、前記軽鎖および重鎖が、配列番号30および29;配列番号36および29;配列番号31および28;配列番号27および32;配列番号27および33;配列番号27および34;ならびに配列番号27および35からなる群から選択されるアミノ酸配列対に基づくかまたは
    (vi)前記第1のペプチド抗原が、前記第1のターゲティング抗体または第1の抗体断片の末端と融合しているか、または
    (vii)前記第1のペプチド抗原が、軽鎖のN末端、軽鎖のC末端、重鎖のN末端、Fab重鎖のC末端、および定常領域重鎖のC末端からなる群から選択される前記第1のターゲティング抗体または第1の抗体断片の領域と融合している、
    請求項1に記載の組成物。
  3. 前記第1のペプチド抗原が、前記第1のターゲティング部分にグラフトしており、前記第1のターゲティング部分が、第1のターゲティング抗体または第1の抗体断片を含み、
    a.前記第1のペプチド抗原が、CHドメイン、CHドメイン、CHドメイン、CLドメイン、VHドメイン、VLドメイン、およびヒンジ領域から選択される前記第1のターゲティング抗体または第1の抗体断片の領域にグラフトしており、前記第1のペプチド抗原が、前記第1のターゲティング抗体または第1の抗体断片の1つまたは複数のアミノ酸と置き換わるか、もしくは前記第1のペプチド抗原が、アミノ酸を置き換えずに前記第1のターゲティング抗体または第1の抗体断片にグラフトしているか、あるいは
    b.前記第1のペプチド抗原が、CHドメイン、CHドメイン、CHドメイン、CLドメイン、VHドメイン、VLドメイン、重鎖、軽鎖、およびヒンジ領域から選択される前記第1のターゲティング抗体または第1の抗体断片の2つの領域の間にグラフトし、前記2つの領域が、隣接しており、前記第1のペプチド抗原が、前記第1のターゲティング抗体または第1の抗体断片の1つまたは複数のアミノ酸と置き換わるか、もしくは前記第1のペプチド抗原が、アミノ酸を置き換えずに前記第1のターゲティング抗体または第1の抗体断片にグラフトしているか、あるいは
    c.前記第1のペプチド抗原が、前記第1のターゲティング抗体または第1の抗体断片のループにグラフトしており、前記第1のペプチド抗原が、前記第1のターゲティング抗体または第1の抗体断片の定常ドメインのループにグラフトしており、前記第1のペプチド抗原が、前記第1のターゲティング抗体または第1の抗体断片の1つまたは複数のアミノ酸と置き換わるか、もしくは前記第1のペプチド抗原が、アミノ酸を置き換えずに前記第1のターゲティング抗体または第1の抗体断片にグラフトしているか、あるいは
    d.前記第1のペプチド抗原が、前記第1のターゲティング抗体または第1の抗体断片の前記ヒンジ領域と重鎖定常ドメインとの間にグラフトしており、前記第1のペプチド抗原が、前記第1のターゲティング抗体または第1の抗体断片の1つまたは複数のアミノ酸と置き換わるか、もしくは前記第1のペプチド抗原が、アミノ酸を置き換えずに前記第1のターゲティング抗体または第1の抗体断片にグラフトしている、
    請求項1に記載の組成物。
  4. a.前記第1のペプチド抗原と前記第1のターゲティング部分とを連結するリンカーをさらに含み、
    (i)前記リンカーが、前記第1のペプチド抗原と前記第1のターゲティング部分とを連結するペプチドであり、前記第1のターゲティング部分が、第1のターゲティングポリペプチドを含むか、または
    (ii)前記リンカーが、1〜20のアミノ酸を含むか、または
    (iii)前記リンカーが、配列番号40〜4から選択される配列に基づく配列を含むか、あるいは
    b.前記第1のペプチド抗原が、酵母転写因子GCN4またはその相同体を含み、前記第1のターゲティング部分が、抗Her2抗体、抗BCMA抗体、抗CD19抗体、および抗CEA抗体、ならびにこれらの断片からなる群から選択されるか、あるいは
    c.前記標的細胞が、がん細胞であるか、あるいは
    d.前記第1の細胞表面分子が、腫瘍関連抗原であるか、あるいは
    e.前記第1の細胞表面分子が、分化クラスタータンパク質、受容体、統合膜タンパク質、および糖タンパク質からなる群から選択されるか、あるいは
    f.前記第1のCAR−ECスイッチの均質性が、少なくとも90%である、
    請求項1に記載の組成物。
  5. a.i.エフェクター細胞上のキメラ抗原受容体に結合するペプチド抗原、および
    ii.標的細胞上の細胞表面分子に結合するターゲティング部分
    を含むCAR−ECスイッチと、
    b.前記CAR−ECスイッチの前記ペプチド抗原に結合するキメラ抗原受容体を含む、CAR−EC
    を含むキット。
  6. a.前記ターゲティング部分が、ターゲティングペプチドを含むか、あるいは
    b.前記ターゲティング部分が、ターゲティング抗体または抗体断片を含むか、あるいは
    c.前記ペプチド抗原が、前記ターゲティング部分内にグラフトしているか、あるいは
    d.第1のCAR−ECスイッチおよび第2のCAR−ECスイッチを含み、前記第1のCAR−ECスイッチが、第1のペプチド抗原と第1のターゲティング部分とを含み、前記第2のCAR−ECスイッチが、第2のペプチド抗原と第2のターゲティング部分とを含み、(i)前記第1のペプチド抗原と前記第2のペプチド抗原とが、同じであり、(ii)前記第1のターゲティング部分が、第1の標的細胞上の第1の細胞表面分子に結合し、前記第2のターゲティング部分が、第2の標的細胞上の第2の細胞表面分子に結合し、または(iii)前記第1の細胞表面分子と前記第2の細胞表面分子とが、異なるか、あるいは
    e.前記エフェクター細胞が、T細胞、エフェクターB細胞、ナチュラルキラー細胞、マクロファージ、およびこれらの前駆体から選択され、前記エフェクター細胞が、ナイーブT細胞、メモリーT幹細胞、セントラルメモリーT細胞、エフェクターメモリーT細胞、ヘルパーT細胞、CD4+T細胞、CD8+T細胞、CD8/CD4+T細胞、αβT細胞、γδT細胞、細胞傷害性T細胞、ナチュラルキラーT細胞、ナチュラルキラー細胞、およびマクロファージから選択される、
    請求項5に記載のキット。
  7. がんの処置における使用のための、CAR−ECを含む組成物であって、前記組成物が、CAR−ECスイッチと組み合わせて投与されることを特徴とし、
    A.前記CAR−ECスイッチが、
    i.標的細胞上の細胞表面分子に結合するターゲティング部分と、
    ii.エフェクター細胞上のキメラ抗原受容体に結合するペプチド抗原であって、前記ペプチド抗原が、前記ターゲティング部分にグラフトしているかまたは融合している、ペプチド抗原
    を含み、
    B.前記CAR−ECが、前記CAR−ECスイッチの前記ペプチド抗原に結合するキメラ抗原受容体を含む、
    組成物。
  8. 前記キメラ抗原受容体が、CAR−ECスイッチの前記ペプチド抗原に結合する抗体または抗体断片を含み、
    a.前記抗体または抗体断片が、真核生物抗原に結合するか、あるいは
    b.前記抗体または抗体断片が、天然に存在しないペプチドに結合するか、あるいは
    c.前記抗体断片が、scFvであるか、あるいは
    d.前記抗体または抗体断片が、原核生物抗原に結合するか、あるいは
    e.前記キメラ抗原受容体が、配列番号1に基づくポリヌクレオチドによりコードされる、
    請求項7に記載の組成物。
  9. a.前記エフェクター細胞が、T細胞であるか、あるいは
    b.前記エフェクター細胞が、配列番号1に基づく1つまたは複数のポリヌクレオチドを含む、
    請求項に記載の組成物。
  10. 記CAR−ECスイッチが、
    a.エフェクター細胞上の抗GCN4キメラ抗原受容体に結合する酵母転写因子GCN4ペプチドを含むペプチド抗原であって、前記GCN4ペプチドが、12アミノ酸である配列番号2の一部を含む、ペプチド抗原と
    b.標的細胞上の細胞表面分子に結合するターゲティング部分であって、前記ペプチド抗原が前記ターゲティング部分にグラフトしているか、または融合している、ターゲティング部分と
    を含む、請求項1に記載の組成物。
  11. 前記ターゲティング部分が、ターゲティング抗体または抗体断片を含む、請求項1に記載の組成物。
  12. 前記ターゲティング抗体または抗体断片が、免疫グロブリン、Fcヌル免疫グロブリン、およびFab、ならびにこれらの断片からなる群から選択される、請求項1に記載の組成物。
  13. 前記ターゲティング部分が、抗EGFR抗体、抗Her2抗体、抗EGFRvIII抗体、抗CD33抗体、抗CLL−1抗体、抗CEA抗体、抗CD19抗体、抗CD22抗体、抗BCMA抗体、および抗CS1抗体、ならびにこれらの断片からなる群から選択される、請求項1に記載の組成物。
  14. 前記ターゲティング抗体または抗体断片が、軽鎖および重鎖の対を含み、前記軽鎖および重鎖が、配列番号8および9、配列番号8および10、配列番号11および12、配列番号13および14、配列番号15および16、配列番号17および18、ならびに配列番号19および20からなる群から選択される核酸配列対に基づく核酸配列によってコードされる、請求項1に記載の組成物。
  15. 前記ターゲティング抗体または抗体断片が、軽鎖および重鎖の対を含み、前記軽鎖および重鎖が、配列番号21および22、配列番号23および24、配列番号25および26、配列番号27および28、配列番号27および29、配列番号30および29、配列番号36および29、配列番号31および28、配列番号27および32、配列番号27および33、配列番号27および34、ならびに配列番号27および35からなる群から選択されるアミノ酸配列対に基づく請求項1に記載の組成物。
  16. 前記ペプチド抗原が、前記ターゲティング抗体または抗体断片の末端に融合している、請求項1に記載の組成物。
  17. 前記ペプチド抗原が、軽鎖のN末端、軽鎖のC末端、重鎖のN末端、Fab重鎖のC末端、および定常領域重鎖のC末端からなる群から選択される前記ターゲティング抗体または抗体断片の領域に融合されている、請求項1に記載の組成物。
  18. 前記ペプチド抗原が、前記ターゲティング部分にグラフトされている、請求項1に記載の組成物。
  19. 前記ターゲティング部分が、ターゲティング抗体または抗体断片を含む、請求項18に記載の組成物。
  20. 前記ペプチド抗原とターゲティング部分とを連結するリンカーをさらに含む、請求項1に記載の組成物。
  21. 前記標的細胞ががん細胞である、請求項1に記載の組成物。
  22. がんの処置における使用のための、請求項1に記載の組成物。
  23. 前記CAR−ECスイッチの前記GCN4ペプチド抗原に結合する抗GCN4キメラ抗原受容体を含むCAR−ECと組み合わせたがんの処置における使用のための、請求項1に記載の組成物
  24. 請求項1に記載の組成物と、薬学的に許容される塩、添加剤および/またはビヒクルとを含む、医薬組成物。
  25. 請求項1に記載のCAR−ECスイッチと、前記CAR−ECスイッチのペプチド抗原に結合するキメラ抗原受容体を含むCAR−ECとを含むキット。
  26. 前記組成物が、さらに1つまたは複数の第2のCAR−ECスイッチと組み合わせて投与されることを特徴とし、各第2のCAR−ECスイッチが、
    a.エフェクター細胞上のキメラ抗原受容体に結合する第2の抗原と、
    b.前記標的細胞上の細胞表面分子に結合する第2のターゲティング部分とを含み、
    各第2のCAR−ECスイッチの前記第2のターゲティング部分が、前記第1のCAR−ECスイッチに含まれる前記第1のターゲティング部分とは異なり、
    前記第2のCAR−ECスイッチに含まれる前記第2の抗原が、
    (i)前記第1のCAR−ECスイッチに含まれる前記第1のペプチド抗原と同一であるか、または
    (ii)前記第1のCAR−ECスイッチに含まれる前記第1のペプチド抗原とは異なり、
    ただし、前記第2の抗原が、前記第1のペプチド抗原と異なる場合、前記第2のCAR−ECスイッチの前記第2の抗原に結合するキメラ抗原受容体を含む第2のCAR−ECが、さらに投与される、請求項1または1に記載の組成物。
  27. (i)前記第1のターゲティング部分が、抗CD20抗体またはその抗原結合部分を含み、前記第2のターゲティング部分が、抗CD19抗体またはその抗原結合部分を含むか、あるいは(ii)前記第1のターゲティング部分が、抗CD19抗体またはその抗原結合部分を含み、前記第2のターゲティング部分が、抗CD20抗体またはその抗原結合部分を含む、請求項26に記載の組成物。
  28. 前記第2のCAR−ECスイッチが、前記処置を必要する被験体が、前記第1のCAR−ECスイッチおよびCAR−ECの組み合わせで処置された後にのみ投与される、請求項26に記載の組成物。
  29. (i)前記第1のターゲティング部分が、抗CD20抗体またはその抗原結合部分を含み、前記第2のターゲティング部分が、抗CD19抗体またはその抗原結合部分を含むか、あるいは
    (ii)前記第1のターゲティング部分が、抗CD19抗体またはその抗原結合部分を含み、前記第2のターゲティング部分が、抗CD20抗体またはその抗原結合部分を含む、
    請求項28に記載の組成物。
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