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JP2024026778A - Ｐｎｐｌａ３発現のモジュレーター - Google Patents

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Abstract

【課題】ＰＮＰＬＡ３発現を阻害するのに有用な方法、化合物及び組成物の提供。
【解決手段】本実施形態は、ＰＮＰＬＡ３発現を阻害するのに有用な方法、化合物及び組成物であって、ＰＮＰＬＡ３に関連した疾患を処置するか、予防するか、又は寛解させるのに有用であり得る方法、化合物及び組成物。
【選択図】なし

Description

配列表
本出願は、電子形式の配列表と共に出願されている。配列表は、２０１８年９月１３日に作成された、４８０ｋｂサイズのＢＩＯＬ０３１７ＷＯＳＥＱ＿ＳＴ２５．ｔｘｔという名称のファイルとして提供される。配列表の電子形式の情報は、参照により全体として本明細書に組み込まれる。
本実施形態は、ＰＮＰＬＡ３（パタチン様ホスホリパーゼドメイン含有３；仮定タンパク質ｄＪ７９６Ｉ１７．１；アディポヌトリン；ＤＪ７９６Ｉ１７．１）発現を阻害するのに有用であり、且つ特定の場合に細胞又は動物におけるＰＮＰＬＡ３タンパク質の量を減少させるのに有用である方法、化合物及び組成物であって、ＰＮＰＬＡ３に関連した疾患を処置するか、予防するか、又は寛解させるのに有用であり得る方法、化合物及び組成物を提供する。
非アルコール性脂肪性肝疾患（ＮＡＦＬＤ）は、脂肪肝から非アルコール性脂肪性肝炎（ＮＡＳＨ）及び硬変に至る多様な肝疾患を包含する。ＮＡＦＬＤは、有意なアルコール消費、脂肪生成薬又は遺伝性障害の非存在下での肝臓における５重量％を超える脂肪蓄積として定義される（非特許文献１）。
非アルコール性脂肪性肝炎（ＮＡＳＨ）は、炎症及び肝損傷の徴候を有するＮＡＦＬＤである。ＮＡＳＨは、大滴性脂肪肝、肝細胞風船化及び小葉の炎症性浸潤により組織学的に定義されている（非特許文献２）。ＮＡＳＨは、一般集団の２～３％が発症すると推定されている。肥満症又は糖尿病等の他の病態の存在下では、推定有病率は、それぞれ７％及び６２％に増大する（非特許文献３）。
ＰＮＰＬＡ３は、ＥＲ中及び脂質液滴上に発現するパタチン様ホスホリパーゼドメイン含有ファミリーの４８１アミノ酸メンバーである。ヒトでは、ＰＮＰＬＡ３は、肝臓内で高く発現するが、脂肪組織発現は、５分の１である（非特許文献４）。
Ｋｏｔｒｏｎｅｎ ｅｔ ａｌ，Ａｒｔｅｒｉｏｓｃｌｅｒ Ｔｈｒｏｍｂ．Ｖａｓｃ．Ｂｉｏｌ．２００８，２８：２７－３８ Ｓａｎｙａｌ，Ｈｅｐａｔｏｌ．Ｒｅｓ．２０１１．４１：６７０－４ Ｈａｓｈｉｍｏｔｏ ｅｔ ａｌ，Ｊ．Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ．２０１１．４６（１）：６３－６９ Ｈｕａｎｇ ｅｔ ａｌ，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ２０１０．１０７：７８９２－７
本明細書に提供される特定の実施形態は、細胞又は動物におけるＰＮＰＬＡ３ ｍＲＮＡの量又は活性を低下させるための、また特定の実施形態ではＰＮＰＬＡ３タンパク質の量を減少させるための化合物及び方法である。特定の実施形態では、動物は、肝疾患を有する。特定の実施形態では、疾患は、ＮＡＳＨである。特定の実施形態では、疾患は、ＮＡＦＬＤである。特定の実施形態では、疾患は、脂肪肝である。特定の実施形態では、疾患は、肝硬変である。特定の実施形態では、疾患は、肝細胞癌である。特定の実施形態では、疾患は、アルコール性肝疾患である。特定の実施形態では、疾患は、アルコール性脂肪性肝炎（ＡＳＨ）である。特定の実施形態では、疾患は、ＨＣＶ肝炎である。特定の実施形態では、疾患は、慢性肝炎である。特定の実施形態では、疾患は、遺伝性ヘモクロマトーシスである。特定の実施形態では、疾患は、原発性硬化性胆管炎である。本明細書に提供される特定の化合物は、動物における肝損傷、脂肪肝、肝線維症、肝炎、肝瘢痕若しくは硬変、肝不全、肝腫大、上昇したトランスアミナーゼ又は肝脂肪蓄積を減少させる化合物及び組成物に関する。
本明細書に提供される特定の実施形態は、肝疾患を処置するか、予防するか、寛解させるか、又はその進行を緩徐化するのに有用であり得る、ＰＮＰＬＡ３発現を阻害するのに有用な強力且つ忍容可能な化合物及び組成物に関する。本明細書に提供される特定の実施形態は、公開された化合物よりも強力であり又はより治療的価値が高い化合物及び組成物に関する。
前述した概要及び以下の詳細な説明の両方は、単なる例示及び説明であり、特許請求される実施形態を限定するものではないことを理解するべきである。本明細書において、単数の使用は、別途記述されない限り複数を含む。本明細書において使用される「又は」の使用は、別途記述されない限り「及び／又は」を意味する。さらに、用語「含んでいる」並びに「含む」及び「含まれる」等の他の形態の使用は、限定するものではない。
本明細書において使用されるセクションの見出しは、構成目的のものにすぎず、記載される主題を限定するものと解釈すべきではない。本出願において引用される全ての文献又は文献の一部、例として、限定されるものではないが、特許、特許出願、論説、書籍、論文並びにＧｅｎＢａｎｋ及びＮＣＢＩリファレンス配列記録は、参照により、本明細書において考察される文献の一部について及び全体として本明細書に明示的に組み込まれる。
本明細書に含まれる例の各配列番号に示す配列は、糖部分、ヌクレオシド間結合又は核酸塩基に対する任意の修飾とは独立していることが理解される。従って、配列番号により規定される化合物は、独立して、糖部分、ヌクレオシド間結合又は核酸塩基に対する１つ以上の修飾を含み得る。ＩＯＮ番号により記述される化合物は、核酸塩基配列、化学修飾及びモチーフの組み合わせを示す。
定義
別途示さない限り、以下の用語は、以下の意味を有する。
「２’－デオキシヌクレオシド」は、天然存在のデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）中に見出される、２’－Ｈ（Ｈ）フラノシル糖部分を含むヌクレオシドを意味する。特定の実施形態では、２’－デオキシヌクレオシドは、修飾核酸塩基を含み得るか、又はＲＮＡ核酸塩基（ウラシル）を含み得る。
「２’－Ｏ－メトキシエチル」（また２’－ＭＯＥ）は、リボシル環の２’－ＯＨ基の代わりの２’－Ｏ（ＣＨ２）２－ＯＣＨ３）を指す。２’－Ｏ－メトキシエチル修飾糖は、修飾糖である。
「２’－ＭＯＥヌクレオシド」（２’－Ｏ－メトキシエチルヌクレオシドとも称される）は、２’－ＭＯＥ修飾糖部分を含むヌクレオシドを意味する。
「２’－置換ヌクレオシド」又は「２－修飾ヌクレオシド」は、２’－置換又は２’－修飾糖部分を含むヌクレオシドを意味する。本明細書において使用される糖部分に関する「２’－置換」又は「２－修飾」は、Ｈ又はＯＨ以外の少なくとも１つの２’－置換基を含む糖部分を意味する。
「３’標的部位」は、特定の化合物の最も３’側のヌクレオチドに相補的な標的核酸のヌクレオチドを指す。
「５’標的部位」は、特定の化合物の最も５’側のヌクレオチドに相補的な標的核酸のヌクレオチドを指す。
「５－メチルシトシン」は、５位に付着しているメチル基を有するシトシンを意味する。
「約」は、値の±１０％以内を意味する。例えば、「化合物がＰＮＰＬＡ３の７０％の阻害をもたらした」と記述される場合、ＰＮＰＬＡ３レベルが６０％及び８０％の範囲内で阻害されることが意味される。
「投与」又は「投与すること」は、本明細書に提供される化合物又は組成物を個体に導入してその目的の機能を実施する経路を指す。使用することができる投与経路の一例としては、限定されるものではないが、非経口投与、例えば皮下、静脈内又は筋肉内注射又は注入が挙げられる。
「同時に投与される」又は「共投与」は、両方の薬理学的効果が患者内で現れる、２つ以上の化合物の任意の方法での投与を意味する。同時投与は、両方の化合物が単一の医薬組成物中において、同じ剤形において、同じ投与経路により又は同時に投与されることを必要としない。両方の化合物の効果は、同時に現れる必要はない。効果は、ある期間重なる必要があるのみであり、同一の広がりを有する必要はない。同時投与又は共投与は、並行又は順次の投与を包含する。
「寛解」は、関連する疾患、障害又は状態の少なくとも１つの指標、徴候又は症状の改善又は減少を指す。特定の実施形態では、寛解は、状態又は疾患の１つ以上の指標の進行又は重症度における遅延又は緩徐化を含む。指標の進行又は重症度は、当業者に既知の客観的又は主観的尺度により決定され得る。
「動物」は、ヒト又は非ヒト動物、例として、限定されるものではないが、マウス、ラット、ウサギ、イヌ、ネコ、ブタ及び非ヒト霊長類、例として、限定されるものではないが、サル及びチンパンジーを指す。
「アンチセンス活性」は、アンチセンス化合物のその標的核酸へのハイブリダイゼーションに起因する任意の検出可能及び／又は計測可能な活性を意味する。特定の実施形態において、アンチセンス活性は、標的に対するアンチセンス化合物の不存在下の標的核酸レベル又は標的タンパク質レベルと比較した、標的核酸又はそのような標的核酸によりコードされるタンパク質の量又は発現の減少である。
「アンチセンス化合物」は、オリゴヌクレオチド及び任意選択的に１つ以上の追加の特徴部、例えばコンジュゲート基又は末端基を含む化合物を意味する。アンチセンス化合物の例としては、一本鎖及び二本鎖化合物、例えばオリゴヌクレオチド、リボザイム、ｓｉＲＮＡ、ｓｈＲＮＡ、ｓｓＲＮＡ及び占有を基礎とする化合物が挙げられる。
「アンチセンス阻害」は、アンチセンス化合物の不存在下の標的核酸レベルと比較した、標的核酸に相補的なアンチセンス化合物の存在下での標的核酸レベルの低減を意味する。
「アンチセンス機序」は、ハイブリダイゼーションのアウトカム又は効果が、例えば、転写又はスプライシングを含む細胞機構が付随的に失速する標的分解又は標的占有のいずれかである、化合物と標的核酸とのハイブリダイゼーションを含む全ての機序である。
「アンチセンスオリゴヌクレオチド」は、標的核酸又はその領域若しくはセグメントに相補的な核酸塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを意味する。特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、標的核酸又はその領域若しくはセグメントに特異的にハイブリダイズ可能である。
「二環式ヌクレオシド」又は「ＢＮＡ」は、二環式糖部分を含むヌクレオシドを意味する。「二環式糖」又は「二環式糖部分」は、２つの環を含む修飾糖部分（第２の環が、第１の環中の原子の２つを連結する架橋を介して形成されており、それにより、二環構造を形成している）を意味する。特定の実施形態において、二環式糖部分の第１の環は、フラノシル部分である。特定の実施形態において、二環式糖部分は、フラノシル部分を含まない。
「分枝鎖基」は、少なくとも３つの基への共有結合を形成し得る少なくとも３つの位置を有する原子団を意味する。特定の実施形態において、分枝鎖基は、コンジュゲートリンカー及び／又は開裂可能部分を介してテザー化リガンドをオリゴヌクレオチドに連結するための複数の反応性部位を提供する。
「細胞標的化部分」は、１つ又は複数の特定の細胞タイプに結合し得るコンジュゲート基又はコンジュゲート基の一部を意味する。
「ｃＥｔ」又は「拘束エチル」は、二環式糖の第２の環が、４’－炭素と２’－炭素とを連結する架橋により形成され、架橋は、式：４－ＣＨ（ＣＨ３）－Ｏ－２’を有し、架橋のメチル基は、Ｓ立体配置にある、リボシル二環式糖部分を意味する。
「ｃＥｔヌクレオシド」は、ｃＥｔ修飾糖部分を含むヌクレオシドを意味する。
化合物中の「化学修飾」は、その化合物中の単位のいずれかの、そのような単位の元々の状態に対する、化学反応を介する置換又は変化を説明する。「修飾ヌクレオシド」は、修飾糖部分及び／又は修飾核酸塩基を独立して有するヌクレオシドを意味する。「修飾オリゴヌクレオチド」は、少なくとも１つの修飾ヌクレオシド間結合、修飾糖及び／又は修飾核酸塩基を含むオリゴヌクレオチドを意味する。
「化学的に区別される領域」は、ある意味で同一の化合物の別の領域と化学的に異なる化合物の領域を指す。例えば、２’－Ｏ－メトキシエチルヌクレオチドを有する領域は、２’－Ｏ－メトキシエチル修飾を有さないヌクレオチドを有する領域と化学的に区別される。
「キメラアンチセンス化合物」は、それぞれの位置が複数の下位単位を有する少なくとも２つの化学的に区別される領域を有するアンチセンス化合物を意味する。
「開裂可能結合」は、分割され得る任意の化学結合を意味する。特定の実施形態において、開裂可能結合は、アミド、ポリアミド、エステル、エーテル、ホスホジエステルの一方又は両方のエステル、リン酸エステル、カルバメート、ジスルフィド又はペプチドの中から選択される。
「開裂可能部分」は、生理学的条件下において、例えば細胞、動物又はヒト内部で開裂される結合又は原子団を意味する。
オリゴヌクレオチドに関する「相補的」は、そのようなオリゴヌクレオチド又はその１つ以上の領域の核酸塩基配列が、別のオリゴヌクレオチド又は核酸又はその１つ以上の領域の核酸塩基配列に、これら２つの核酸塩基配列を逆方向にアラインした場合にマッチすることを意味する。本明細書に記載の核酸塩基マッチ又は相補的核酸塩基は、別途規定されない限り、以下の対：アデニン（Ａ）及びチミン（Ｔ）、アデニン（Ａ）及びウラシル（Ｕ）、シトシン（Ｃ）及びグアニン（Ｇ）並びに５－メチルシトシン（ｍＣ）及びグアニン（Ｇ）に限定される。相補的オリゴヌクレオチド及び／又は核酸は、それぞれのヌクレオシドにおける核酸塩基相補性を有することを必要とせず、１つ以上の核酸塩基ミスマッチを含み得る。対照的に、オリゴヌクレオチドに関する「完全に相補的」又は「１００％相補的」は、そのようなオリゴヌクレオチドがいかなる核酸塩基ミスマッチも有さずにそれぞれのヌクレオシドにおける核酸塩基マッチを有することを意味する。
「コンジュゲート基」は、オリゴヌクレオチドに付着している原子団を意味する。コンジュゲート基は、コンジュゲート部分と、コンジュゲート部分をオリゴヌクレオチドに付着させるコンジュゲートリンカーとを含む。
「コンジュゲートリンカー」は、コンジュゲート部分をオリゴヌクレオチドに連結する少なくとも１つの結合を含む原子団を意味する。
「コンジュゲート部分」は、コンジュゲートリンカーを介してオリゴヌクレオチドに付着した原子団を意味する。
オリゴヌクレオチドに関連して、「連続」は、互いに直接隣接するヌクレオシド、核酸塩基、糖部分又はヌクレオシド間結合を指す。例えば、「連続核酸塩基」は、配列において互いに直接隣接する核酸塩基を意味する。
「設計すること」又は「～ために設計する」は、選択された核酸分子と特異的にハイブリダイズする化合物を設計するプロセスを指す。
「希釈剤」は、薬理活性を欠くが、薬学的に必要であるか又は所望される組成物中の成分を意味する。例えば、注射される組成物中の希釈剤は、液体、例えば生理食塩水溶液であり得る。
「示差的に修飾されている」は、修飾の不存在を含む、互いに異なる化学修飾又は化学置換基を意味する。従って、例えば、ＭＯＥヌクレオシド及び非修飾ＤＮＡヌクレオシドは、ＤＮＡヌクレオシドが非修飾であっても、「示差的に修飾されている」。同様に、ＤＮＡ及びＲＮＡは、両方が天然存在の非修飾ヌクレオシドであっても、「示差的に修飾されている」。異なる核酸塩基を含むことを除いて同一であるヌクレオシドは、示差的に修飾されていない。例えば、２’－ＯＭｅ修飾糖及び非修飾アデニン核酸塩基を含むヌクレオシドと、２’－ＯＭｅ修飾糖及び非修飾チミン核酸塩基を含むヌクレオシドとは、示差的に修飾されていない。
「用量」は、単回投与で又は特定の期間内に提供される化合物又は医薬品の特定の量を意味する。特定の実施形態では、用量は、２つ以上のボーラス、錠剤又は注射で投与され得る。例えば、皮下投与が所望される特定の実施形態では、所望の用量は、単回注射では容易に対応できない容積を必要とし得る。そのような実施形態では、２回以上の注射を用いて所望の用量を達成し得る。特定の実施形態では、用量は、個体における注射部位反応を最小限にするために２回以上の注射で投与され得る。別の実施形態では、化合物又は医薬品は、長期間にわたる注入により又は持続的に投与される。用量は、１時間、１日、１週間又は１か月当たりの医薬品の量として示され得る。
「投与レジメン」は、１つ以上の所望の効果を達成するために設計された用量の組み合わせである。
「二本鎖アンチセンス化合物」は、互いに相補的であり、二本鎖を形成する２つのオリゴマー化合物を含むアンチセンス化合物であって、前記２つのオリゴマー化合物の一方は、オリゴヌクレオチドを含むアンチセンス化合物を意味する。
「有効量」は、化合物を必要とする個体における所望の生理学的転帰を実現するのに十分な化合物の量を意味する。有効量は、処置される個体の健康及び体調、処置される個体の分類学的グループ、組成物の配合、個体の医学的状態の評価並びに他の関連因子に応じて個体間で変動し得る。
「有効性」は、所望の効果を生じる能力を意味する。
「発現」は、遺伝子のコード情報が、細胞中に存在し、細胞中で作動する構造に変換される全ての機能を含む。このような構造としては、限定されるものではないが、転写及び翻訳の産物が挙げられる。
「ギャップマー」は、１つ以上のヌクレオシドを有する外部領域間に位置する、ＲＮアーゼＨ開裂を支持する複数のヌクレオシドを有する内部領域を含むオリゴヌクレオチドを意味し、内部領域を含むヌクレオシドは、外部領域を含むヌクレオシド又はヌクレオチドと化学的に区別される。内部領域は、「ギャップ」と称することができ、外部領域は、「ウイング」と称することができる。
「ハイブリダイゼーション」は、オリゴヌクレオチド及び／又は核酸のアニーリングを意味する。特定の機構に限定するものではないが、ハイブリダイゼーションの最も一般的な機構は、相補的な核酸塩基間のワトソン・クリック、フーグスティーン又は逆フーグスティーン水素結合であり得る水素結合を含む。特定の実施形態において、相補的核酸分子としては、限定されるものではないが、アンチセンス化合物及び核酸標的が挙げられる。特定の実施形態において、相補的核酸分子としては、限定されるものではないが、オリゴヌクレオチド及び核酸標的が挙げられる。
「直接隣接する」は、同じ種類の直接隣接する要素間において、介在する要素が存在しない（例えば、直接隣接する核酸塩基間において、介在する核酸塩基が存在しない）ことを意味する。
「個体」は、処置又は治療のために選択されたヒト又は非ヒト動物を意味する。
「発現又は活性を阻害すること」は、未処理又は対照サンプルにおける活性の発現に対する発現又は活性の低下又は妨害を指し、必ずしも発現又は活性の完全な排除を示すものではない。
「ヌクレオチド間結合」は、オリゴヌクレオチド中の隣接するヌクレオシド間の共有結合を形成する基又は結合を意味する。「修飾ヌクレオシド間結合」は、天然存在のホスフェートヌクレオシド間結合以外の任意のヌクレオシド間結合を意味する。非ホスフェート結合は、本明細書では修飾ヌクレオシド間結合と称される。
「延長オリゴヌクレオチド」は、本開示のオリゴヌクレオチド、例えば親オリゴヌクレオチドに対して１つ以上の追加のヌクレオシドを有するものである。
「結合ヌクレオシド」は、ヌクレオシド間結合により一緒に結合している隣接ヌクレオシドを意味する。
「リンカー－ヌクレオシド」は、オリゴヌクレオチドをコンジュゲート部分に結合するヌクレオシドを意味する。リンカー－ヌクレオシドは、化合物のコンジュゲートリンカー内に位置する。リンカー－ヌクレオシドは、オリゴヌクレオチドと連続していても、化合物のオリゴヌクレオチド部分の一部と見なされない。
「ミスマッチ」又は「非相補的」は、第１及び第２のオリゴヌクレオチドをアラインした場合、第２のオリゴヌクレオチド又は標的核酸の対応する核酸塩基に相補的でない第１のオリゴヌクレオチドの核酸塩基を意味する。例えば、核酸塩基、例として、限定されるものではないが、ユニバーサル核酸塩基、イノシン及びヒポキサンチンは、少なくとも１つの核酸塩基とハイブリダイズし得るが、それがハイブリダイズした核酸塩基に対して依然としてミスマッチ又は非相補的である。別の例として、第１及び第２のオリゴヌクレオチドをアラインした場合、第２のオリゴヌクレオチド又は標的核酸の対応する核酸塩基にハイブリダイズし得ない第１のオリゴヌクレオチドの核酸塩基は、ミスマッチ又は非相補的核酸塩基である。
「モジュレートすること」は、細胞、組織、臓器又は生物における特徴を変化させるか又は調整することを指す。例えば、ＰＮＰＬＡ３ ＲＮＡをモジュレートすることは、細胞、組織、臓器又は生物中のＰＮＰＬＡ３ ＲＮＡ及び／又はＰＮＰＬＡ３タンパク質のレベルを増加又は減少させることを意味し得る。「モジュレーター」は、細胞、組織、臓器又は生物中の変化をもたらす。例えば、ＰＮＰＬＡ３化合物は、細胞、組織、臓器又は生物中のＰＮＰＬＡ３ ＲＮＡ及び／又はＰＮＰＬＡ３タンパク質の量を減少させるモジュレーターであり得る。
「ＭＯＥ」は、メトキシエチルを意味する。
「モノマー」は、オリゴマーの単一単位を指す。モノマーとしては、限定されるものではないが、ヌクレオシド及びヌクレオチドが挙げられる。
「モチーフ」は、オリゴヌクレオチド中の非修飾及び／若しくは修飾糖部分、核酸塩基並びに／又はヌクレオシド間結合のパターンを意味する。
「天然」又は「天然存在」は、天然で見出されるものを意味する。
「非二環式修飾糖」又は「非二環式修飾糖部分」は、糖の２つの原子を架橋して第２の環を形成しない、置換基等の修飾を含む修飾糖部分を意味する。
「核酸」は、モノマーヌクレオチドから構成される分子を指す。核酸としては、限定されるものではないが、リボ核酸（ＲＮＡ）、デオキシリボ核酸（ＤＮＡ）、一本鎖核酸及び二本鎖核酸が挙げられる。
「核酸塩基」は、別の核酸の塩基と対合し得る複素環式部分を意味する。本明細書において使用される「天然存在の核酸塩基」は、アデニン（Ａ）、チミン（Ｔ）、シトシン（Ｃ）、ウラシル（Ｕ）及びグアニン（Ｇ）である。「修飾核酸塩基」は、化学的に修飾された天然存在の核酸塩基である。「ユニバーサル塩基」又は「ユニバーサル核酸塩基」は、天然存在の核酸塩基及び修飾核酸塩基以外の核酸塩基であり、任意の核酸塩基と対合することができる。
「核酸塩基配列」は、いかなる糖又はヌクレオシド間結合からも独立した核酸又はオリゴヌクレオチドにおける連続核酸塩基の順序を意味する。
「ヌクレオシド」は、核酸塩基及び糖部分を含む化合物を意味する。核酸塩基及び糖部分は、それぞれ独立して、非修飾であるか又は修飾されている。「修飾ヌクレオシド」は、修飾核酸塩基及び／又は修飾糖部分を含むヌクレオシドを意味する。修飾ヌクレオシドは、核酸塩基を欠く脱塩基ヌクレオシドを含む。
「オリゴマー化合物」は、単一オリゴヌクレオチド及び任意選択的に１つ以上の追加の特徴部、例えばコンジュゲート基又は末端基を含む化合物を意味する。
「オリゴヌクレオチド」は、互いに独立してそれぞれ修飾又は非修飾であり得る結合ヌクレオシドのポリマーを意味する。別途示されない限り、オリゴヌクレオチドは、８～８０個の結合ヌクレオシドからなる。「修飾オリゴヌクレオチド」は、少なくとも１つの糖、核酸塩基又はヌクレオシド間結合が修飾されているオリゴヌクレオチドを意味する。「非修飾オリゴヌクレオチド」は、いずれの糖、核酸塩基又はヌクレオシド間修飾も含まないオリゴヌクレオチドを意味する。
「親オリゴヌクレオチド」は、配列が、異なる長さ、モチーフ及び／又は化学構造を除いて類似する配列のより多くのオリゴヌクレオチドのための設計の基礎として使用されるオリゴヌクレオチドを意味する。新たに設計されるオリゴヌクレオチドは、親オリゴヌクレオチドと同一の又は重複する配列を有し得る。
「非経口投与」は、注射又は注入を介した投与を意味する。非経口投与は、皮下投与、静脈内投与、筋内投与、動脈内投与、腹腔内投与又は頭蓋内投与、例えばくも膜下腔内又は脳室内投与を含む。
「薬学的に許容され得る担体又は希釈剤」は、個体への投与に使用するのに好適な任意の物質を意味する。例えば、薬学的に許容され得る担体は、ＰＢＳ又は注射用蒸留水等の無菌水溶液であり得る。
「薬学的に許容され得る塩」は、オリゴマー化合物又はオリゴヌクレオチド等の化合物の生理学的及び薬学的に許容され得る塩、すなわち親化合物の所望の生物活性を保持し、望ましくない毒性学的効果を親化合物に与えない塩を意味する。
「医薬品」は、個体に投与された際に治療的利益を提供する化合物を意味する。
「医薬組成物」は、個体への投与に好適な物質の混合物を意味する。例えば、医薬組成物は、１つ以上の化合物又はその塩及び無菌水溶液を含み得る。
「ホスホロチオエート結合」は、非架橋酸素原子の１つが硫黄原子で置き換えられた修飾ホスフェート結合を意味する。ホスホロチオエートヌクレオシド間結合は、修飾ヌクレオシド間結合である。
「リン部分」は、リン原子を含む原子団を意味する。特定の実施形態において、リン部分は、モノ、ジ若しくはトリホスフェート又はホスホロチオエートを含む。
「部分」は、規定数の核酸の連続（すなわち結合）核酸塩基を意味する。特定の実施形態において、部分は、規定数の標的核酸の連続核酸塩基である。特定の実施形態において、部分は、規定数のオリゴマー化合物の連続核酸塩基である。
「予防する」は、数分～無制限の期間、疾患、障害又は状態の開始、発生又は進行を遅延させるか又は未然に防ぐことを指す。
「プロドラッグ」は、個体に投与された際に身体又はその細胞内で別の形態に代謝される、身体外の形態の化合物を意味する。特定の実施形態では、代謝された形態は、化合物（例えば、薬物）の活性な又はより活性な形態である。典型的には、体内でのプロドラッグの変換は、細胞若しくは組織内に存在する酵素（例えば、内因性若しくはウイルス酵素）若しくは化学物質の作用及び／又は生理学的状態により促進される。
「減少させる」は、より小さい程度、サイズ、量又は数にすることを意味する。
「ＲｅｆＳｅｑ Ｎｏ．」は、配列が特定の標的転写産物（例えば、標的遺伝子）に関するものであることを示すために配列に割り当てられる、文字と数字との一意の組み合わせである。標的遺伝子に関するそのような配列及び情報（集合的に遺伝子記録）は、遺伝子配列データベースに見出すことができる。遺伝子配列データベースは、ＮＣＢＩ参照配列データベース、ジェンバンク、欧州ヌクレオチドアーカイブ及び日本ＤＮＡデータバンク（後者の３つは、国際塩基配列データベース協力体制（Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ｄａｔａｂａｓｅ Ｃｏｌｌａｂｏｒａｔｉｏｎ）、すなわちＩＮＳＤＣを形成する）を含む。
「領域」は、少なくとも１つの識別可能な構造、機能又は特性を有する標的核酸の部分として定義される。
「ＲＮＡｉ化合物」は、少なくとも部分的に、ＲＩＳＣ又はＡｇｏ２を介するが、ＲＮアーゼＨを介さずに作用して標的核酸及び／又は標的核酸によりコードされるタンパク質をモジュレートするアンチセンス化合物を意味する。ＲＮＡｉ化合物としては、限定されるものではないが、二本鎖ｓｉＲＮＡ、一本鎖ＲＮＡ（ｓｓＲＮＡ）及びマイクロＲＮＡ、例として、マイクロＲＮＡ模倣体が挙げられる。
「セグメント」は、核酸内の領域のより小さい又は下位の一部として定義される。
「副作用」は、処置に起因する、所望の効果以外の生理学的疾患及び／又は状態を意味する。特定の実施形態では、副作用は、注射部位反応、肝機能検査異常、腎機能異常、肝毒性、腎毒性、中枢神経系異常、ミオパチー及び倦怠感を含む。例えば、血清中の増加したアミノトランスフェラーゼレベルは、肝毒性又は肝機能異常を示し得る。例えば、増加したビリルビンは、肝毒性又は肝機能異常を示し得る。
化合物に関する「一本鎖」は、化合物が１本のオリゴヌクレオチドのみを有することを意味する。「自己相補的」は、少なくとも部分的にそれ自体にハイブリダイズするオリゴヌクレオチドを意味する。１つのオリゴヌクレオチドからなり、オリゴヌクレオチドが自己相補的である化合物は、一本鎖化合物である。一本鎖化合物は、相補的化合物に結合して二本鎖を形成し得る。
「部位」は、標的核酸内のユニークな核酸塩基位置と定義される。
「特異的にハイブリダイズ可能」は、非標的核酸に対して最小限の効果を示すか又は全く示さずに、所望の効果を誘導するのに十分なオリゴヌクレオチドと標的核酸との間の相補性の程度を有するオリゴヌクレオチドを指す。特定の実施形態において、特異的ハイブリダイゼーションは、生理学的条件下で生じる。
標的核酸を参照した「特異的に阻害する」は、非標的核酸に対してより少ない又は最小限の効果を示すか又は全く示さずに、標的核酸の発現を低減又は遮断することを意味する。低減は、必ずしも標的核酸の発現の完全な排除を示すわけではない。
「標準的な細胞アッセイ」は、実施例に記載されるアッセイ及びその妥当なバリエーションを意味する。
「標準的なインビボ実験」は、実施例に記載される手順及びその妥当なバリエーションを意味する。
同一の分子式の分子の集団に関連して、「立体無作為性キラル中心」は、無作為の立体化学配置を有するキラル中心を意味する。例えば、立体無作為性キラル中心を含む分子の集団において、（Ｓ）立体配置の立体無作為性キラル中心を有する分子の数は、（Ｒ）立体配置の立体無作為性キラル中心を有する分子の数と同じであり得るが、必ずしも同じではない。キラル中心の立体化学配置は、立体化学配置を制御するように設計されていない合成方法の結果である場合、無作為であると考えられる。特定の実施形態では、立体無作為性キラル中心は、立体無作為性ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である。
「糖部分」は、非修飾糖部分又は修飾糖部分を意味する。「非修飾糖部分」又は「非修飾糖」は、ＲＮＡに見られる２’－ＯＨ（Ｈ）リボシル部分（「非修飾ＲＮＡ糖部分」）又はＤＮＡに見られる２’－Ｈ（Ｈ）部分（「非修飾ＤＮＡ糖部分」）を意味する。「修飾糖部分」又は「修飾糖」は、修飾フラノシル糖部分又は糖代替物を意味する。「修飾されたフラノシル糖部分」は、非修飾糖部分の少なくとも１つの水素又はヒドロキシルの代わりに非水素置換基を含むフラノシル糖を意味する。特定の実施形態において、修飾フラノシル糖部分は、２’－置換糖部分である。このような修飾フラノシル糖部分としては、二環式糖及び非二環式糖が挙げられる。
「糖代替物」は、核酸塩基をオリゴヌクレオチド内の別の基、例えばヌクレオシド間結合、コンジュゲート基又は末端基に結合させ得るフラノシル部分以外のものを有する修飾糖部分を意味する。糖代替物を含む修飾ヌクレオシドは、オリゴヌクレオチド内の１つ以上の位置に取り込むことができ、そのようなオリゴヌクレオチドは、相補的な化合物又は核酸にハイブリダイズし得る。
「相乗作用」又は「相乗する」は、同じ用量の各構成成分の単独の効果の相加よりも大きい組み合わせの効果を指す。
「ＰＮＰＬＡ３」は、ＰＮＰＬＡ３の任意の核酸又はタンパク質を意味する。「ＰＮＰＬＡ３核酸」は、ＰＮＰＬＡ３をコードする任意の核酸を意味する。例えば、特定の実施形態では、ＰＮＰＬＡ３核酸は、ＰＮＰＬＡ３をコードするＤＮＡ配列、ＰＮＰＬＡ３をコードするＤＮＡ（イントロン及びエクソンを含むゲノムＤＮＡを含む）から転写されたＲＮＡ配列及びＰＮＰＬＡ３をコードするｍＲＮＡ配列を含む。「ＰＮＰＬＡ３ ｍＲＮＡ」は、ＰＮＰＬＡ３タンパク質をコードするｍＲＮＡを意味する。標的は、大文字又は小文字のいずれかで参照され得る。
「ＰＮＰＬＡ３特異的阻害剤」は、ＰＮＰＬＡ３ ＲＮＡ及び／又はＰＮＰＬＡ３タンパク質の発現又は活性を分子レベルで特異的に阻害することが可能な任意の薬剤を指す。例えば、ＰＮＰＬＡ３特異的阻害剤は、ＰＮＰＬＡ３ ＲＮＡ及び／又はＰＮＰＬＡ３タンパク質の発現を阻害することが可能な核酸（アンチセンス化合物を含む）、ペプチド、抗体、小分子及び他の薬剤を含む。
「標的遺伝子」は、標的をコードする遺伝子を指す。
「標的化すること」は、所望の効果を誘導するための、標的核酸に対する化合物の特異的なハイブリダイゼーションを意味する。
「標的核酸」、「標的ＲＮＡ」、「標的ＲＮＡ転写産物」及び「核酸標的」は、全て本明細書に記載される化合物が標的とし得る核酸を意味する。
「標的領域」は、１つ以上の化合物が標的とする標的核酸の部分を意味する。
「標的セグメント」は、化合物が標的化される標的核酸のヌクレオチドの配列を意味する。「５’標的部位」は、標的セグメントの最も５’側のヌクレオチドを指す。「３’標的部位」は、標的セグメントの最も３’側のヌクレオチドを指す。
「末端基」は、オリゴヌクレオチドの末端に共有結合している化学基又は原子団を意味する。
「治療的有効量」は、治療的利益を個体に提供する化合物、医薬品又は組成物の量を意味する。
「処置する」は、動物における疾患、障害又は状態の変化又は改善を達成するために化合物又は医薬組成物を動物に投与することを指す。
特定の実施形態
特定の実施形態は、ＰＮＰＬＡ３（ＰＮＰＬＡ３）発現を阻害するための方法、化合物及び組成物を提供する。
特定の実施形態は、ＰＮＰＬＡ３核酸を標的とする化合物を提供する。特定の実施形態では、ＰＮＰＬＡ３核酸は、ＲｅｆＳｅｑ又はジェンバンクアクセッションナンバーＮＭ＿０２５２２５．２（参照により組み込まれる、配列番号１として本明細書に開示）；ヌクレオチド４３９２１００１～４３９５４５００から切断されたＮＣ＿００００２２．１１（参照により組み込まれる、配列番号２として本明細書に開示）；ＡＫ１２３８０６．１（参照により組み込まれる、配列番号３として本明細書に開示）；ＢＱ６８６３２８．１（参照により組み込まれる、配列番号４として本明細書に開示）；ＢＦ７６２７１１．１（参照により組み込まれる、配列番号５として本明細書に開示）；ＤＡ２９０４９１．１（参照により組み込まれる、配列番号６として本明細書に開示）；並びに配列番号７、８、９及び１０としてリストされる配列に示される配列を有する。特定の実施形態では、化合物は、アンチセンス化合物又はオリゴマー化合物である。特定の実施形態では、化合物は、一本鎖である。特定の実施形態では、化合物は、二本鎖である。
特定の実施形態では、化合物は、１６個の結合ヌクレオシドの長さの修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、アンチセンス化合物又はオリゴマー化合物である。
特定の実施形態は、１２～３０個の結合ヌクレオシドの長さであり、且つ配列番号１７～２１６９の任意の１つの核酸塩基配列を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物を提供する。特定の実施形態では、化合物は、アンチセンス化合物又はオリゴマー化合物である。特定の実施形態では、化合物は、一本鎖である。特定の実施形態では、化合物は、二本鎖である。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、１６～３０個の結合ヌクレオシドの長さである。
特定の実施形態は、配列番号１７～２１６９の任意の１つの核酸塩基配列からなる修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物を提供する。特定の実施形態では、化合物は、アンチセンス化合物又はオリゴマー化合物である。特定の実施形態では、化合物は、一本鎖である。特定の実施形態では、化合物は、二本鎖である。
特定の実施形態は、１２～３０個の結合ヌクレオシドの長さであり、且つ配列番号２の核酸塩基５５６７～５６４２、５６４４～５７３１、５５６７～５７３１、５５６７～５６２０、１３６９７～１３７３３、２０５５３～２０６７６、２０６６４～２０８２４、２０５５３～２０８２４及び２５８４４～２５９１２内に相補的な修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物を提供し、前記修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号２に少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％又は１００％相補的である。特定の実施形態では、化合物は、アンチセンス化合物又はオリゴマー化合物である。特定の実施形態では、化合物は、一本鎖である。特定の実施形態では、化合物は、二本鎖である。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、１６～３０個の結合ヌクレオシドの長さである。
特定の実施形態では、化合物は、ＰＮＰＬＡ３核酸のヌクレオチド５５６７～５６２０を標的化する。特定の実施形態では、化合物は、配列番号２の核酸塩基配列を有するＰＮＰＬＡ３核酸のヌクレオチド５５６７～５６４２、５６４４～５７３１、５５６７～５７３１、５５６７～５６２０内を標的化する。特定の実施形態では、化合物は、配列番号２の核酸塩基配列を有するＰＮＰＬＡ３核酸のヌクレオチド５５６７～５６４２、５６４４～５７３１、５５６７～５７３１、５５６７～５６２０内の等長部分に相補的な少なくとも８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５又は１６個の連続核酸塩基部分を有する。特定の実施形態では、これらの化合物は、アンチセンス化合物、オリゴマー化合物又はオリゴヌクレオチドである。
特定の実施形態では、化合物は、１２～３０個の結合ヌクレオシドの長さであり、且つ配列番号１０８９、１７５７、１４１、１９８２、３３０、１６６５、４０８、８３０及び８９９の任意の１つの少なくとも８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５又は１６個の連続核酸塩基部分を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、１６～３０個の結合ヌクレオシドの長さである。
特定の実施形態では、化合物は、１２～３０個の結合ヌクレオシドの長さであり、且つ配列番号１０８９、１７５７、１４１、１９８２、３３０、１６６５、４０８、８３０及び８９９の任意の１つを含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、１６～３０個の結合ヌクレオシドの長さである。
特定の実施形態では、化合物は、配列番号１０８９、１７５７、１４１、１９８２、３３０、１６６５、４０８、８３０及び８９９の任意の１つからなる核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。
特定の実施形態では、ＰＮＰＬＡ３を標的とする化合物は、ＩＯＮ ９７５６１６、９９４２８４、９７５６０５、９９４２８２、９７５６１３、９７５６１７、９７５７３５、９７５７３６又は９７５６１２である。下記の実施例セクションに記載されるようにスクリーニングされた２，３８４を超える化合物のうち、ＩＯＮ ９７５６１６、９９４２８４、９７５６０５、９９４２８２、９７５６１３、９７５６１７、９７５７３５、９７５７３６及び９７５６１２は、トップリード化合物として浮上した。
特定の実施形態では、前述の修飾オリゴヌクレオチドのいずれかは、少なくとも１つの修飾ヌクレオシド間結合、少なくとも１つの修飾糖及び／又は少なくとも１つの修飾核酸塩基を含む。
特定の実施形態では、前述の修飾オリゴヌクレオチドのいずれかは、少なくとも１つの修飾糖を含む。特定の実施形態では、少なくとも１つの修飾糖は、２’－Ｏ－メトキシエチル基を含む。特定の実施形態では、少なくとも１つの修飾糖は、４’－ＣＨ（ＣＨ３）－Ｏ－２’基、４’－ＣＨ２－Ｏ－２’基又は４’－（ＣＨ２）２－Ｏ－２’基等の二環式糖である。
特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、少なくとも１つの修飾ヌクレオシド間結合、例えばホスホロチオエートヌクレオシド間結合を含む。
特定の実施形態では、前述の修飾オリゴヌクレオチドのいずれかは、少なくとも１つの修飾核酸塩基、例えば５－メチルシトシンを含む。
特定の実施形態では、前述の修飾オリゴヌクレオチドのいずれかは、
結合デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメント；
結合ヌクレオシドからなる５’ウイングセグメント；及び
結合ヌクレオシドからなる３’ウイングセグメント
を含み、ギャップセグメントは、５’ウイングセグメントと３’ウイングセグメントとの間に位置し、各ウイングセグメントの各ヌクレオシドは、修飾糖を含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、１２～３０個の結合ヌクレオシドの長さであり、且つ配列番号１０８９、１７５７、１４１、１９８２、３３０、１６６５、４０８、８３０及び８９９の任意の１つに列挙された配列を含む核酸塩基配列を有する。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、１６～３０個の結合ヌクレオシドの長さであり、且つ配列番号１０８９、１７５７、１４１、１９８２、３３０、１６６５、４０８、８３０及び８９９の任意の１つに列挙された配列を含む核酸塩基配列を有する。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、１６個の結合ヌクレオシドの長さであり、且つ配列番号１０８９、１７５７、１４１、１９８２、３３０、１６６５、４０８、８３０及び８９９の任意の１つに列挙された配列からなる核酸塩基配列を有する。
特定の実施形態では、化合物は、配列番号１０８９、１７５７、１４１、１９８２、３３０、１６６５、４０８、８３０及び８９９の任意の１つに列挙された配列を含む核酸塩基配列を有する、１２～３０個の結合核酸塩基の長さの修飾オリゴヌクレオチドを含むか又はそれからなり、修飾オリゴヌクレオチドは、
１０個の結合デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメント；
３個の結合ヌクレオシドからなる５’ウイングセグメント；及び
３個の結合ヌクレオシドからなる３’ウイングセグメント
を含み、ギャップセグメントは、５’ウイングセグメントと３’ウイングセグメントとの間に位置し、各ウイングセグメントの各ヌクレオシドは、ｃＥｔ糖を含み；各ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合であり、各シトシンは、５－メチルシトシンである。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、１６～３０個の結合ヌクレオシドからなる。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、１６個の結合ヌクレオシドからなる。
特定の実施形態では、化合物は、修飾オリゴヌクレオチドを含むか又はそれからなり、修飾オリゴヌクレオチドは、１６個の結合ヌクレオシドの長さであり、且つ配列番号１０８９の配列からなり、修飾オリゴヌクレオチドは、
１０個の結合デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメント；
３個の結合ヌクレオシドからなる５’ウイングセグメント；及び
３個の結合ヌクレオシドからなる３’ウイングセグメント
を含み、ギャップセグメントは、５’ウイングセグメントと３’ウイングセグメントとの間に位置し、各ウイングセグメントの各ヌクレオシドは、ｃＥｔ糖を含み；各ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合であり；各シトシンは、５－メチルシトシンである。
特定の実施形態では、化合物は、修飾オリゴヌクレオチド及びコンジュゲート基からなり、修飾オリゴヌクレオチドは、１６個の結合ヌクレオシドの長さであり、且つ配列番号１０８９の配列からなり、修飾オリゴヌクレオチドは、
１０個の結合デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメント；
３個の結合ヌクレオシドからなる５’ウイングセグメント；及び
３個の結合ヌクレオシドからなる３’ウイングセグメント
を含み、ギャップセグメントは、５’ウイングセグメントと３’ウイングセグメントとの間に位置し、各ウイングセグメントの各ヌクレオシドは、ｃＥｔ糖を含み；各ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合であり；各シトシンは、５－メチルシトシンであり；コンジュゲート基は、修飾オリゴヌクレオチドの５’末端に位置し、且つ
Figure 2024026778000001
 である。
特定の実施形態では、化合物は、以下の化学構造を有するＩＯＮ ９１６３３３又はその塩を含むか又はそれからなる。
Figure 2024026778000002
特定の実施形態では、化合物は、以下の化学構造を有するＩＯＮ ９７５６１６又はその塩を含むか又はそれからなる。
Figure 2024026778000003
特定の実施形態では、化合物は、以下の化学構造を有する９７５６１６のナトリウム塩を含むか又はそれからなる。
Figure 2024026778000004
特定の実施形態では、化合物は、以下の化学構造を有するＩＯＮ ９７５６１３又はその塩を含むか又はそれからなる。
Figure 2024026778000005
特定の実施形態では、化合物は、以下の化学構造を有する９７５６１３のナトリウム塩を含むか又はそれからなる。
Figure 2024026778000006
特定の実施形態では、化合物は、以下の化学構造を有するＩＯＮ ９７５６１２又はその塩を含むか又はそれからなる。
Figure 2024026778000007
特定の実施形態では、化合物は、以下の化学構造を有する９７５６１２のナトリウム塩を含むか又はそれからなる。
Figure 2024026778000008
特定の実施形態では、化合物は、以下の化学構造を有するＩＯＮ ９１６７８９又はその塩を含むか又はそれからなる。
Figure 2024026778000009
特定の実施形態では、化合物は、以下の化学構造を有する９１６７８９のナトリウム塩を含むか又はそれからなる。
Figure 2024026778000010
特定の実施形態では、化合物は、以下の化学構造を有するＩＯＮ ９１６６０２又はその塩を含むか又はそれからなる。
Figure 2024026778000011
特定の実施形態では、化合物は、以下の化学構造を有する９１６６０２のナトリウム塩を含むか又はそれからなる。
Figure 2024026778000012
前述の実施形態のいずれかにおいて、化合物又はオリゴヌクレオチドは、ＰＮＰＬＡ３をコードする核酸に少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％又は１００％相補的であり得る。
前述の実施形態のいずれかにおいて、化合物は、一本鎖であり得る。特定の実施形態では、化合物は、デオキシリボヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、二本鎖である。特定の実施形態では、化合物は、二本鎖であり、且つリボヌクレオチドを含む。前述の実施形態のいずれかにおいて、化合物は、アンチセンス化合物又はオリゴマー化合物であり得る。
前述の実施形態のいずれかにおいて、化合物は、８～８０、１０～３０、１２～５０、１３～３０、１３～５０、１４～３０、１４～５０、１５～３０、１５～５０、１６～３０、１６～５０、１７～３０、１７～５０、１８～２２、１８～２４、１８～３０、１８～５０、１９～２２、１９～３０、１９～５０又は２０～３０個の結合ヌクレオシドの長さであり得る。特定の実施形態では、化合物は、オリゴヌクレオチドを含むか又はそれからなる。
特定の実施形態では、化合物は、本明細書に記載される修飾オリゴヌクレオチド及びコンジュゲート基を含む。特定の実施形態では、コンジュゲート基は、修飾オリゴヌクレオチドの５’末端において修飾オリゴヌクレオチドに結合されている。特定の実施形態では、コンジュゲート基は、修飾オリゴヌクレオチドの３’末端において修飾オリゴヌクレオチドに結合されている。特定の実施形態では、コンジュゲート基は、少なくとも１つのＮ－アセチルガラクトサミン（ＧａｌＮＡｃ）、少なくとも２つのＮ－アセチルガラクトサミン（ＧａｌＮＡｃ）又は少なくとも３個のＮ－アセチルガラクトサミン（ＧａｌＮＡｃ）を含む。
特定の実施形態では、本明細書に提供される化合物又は組成物は、修飾オリゴヌクレオチドの薬学的に許容され得る塩を含む。特定の実施形態では、塩は、ナトリウム塩である。特定の実施形態では、塩は、カリウム塩である。
特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物又は組成物は、２μＭ未満、１．５μＭ未満、１μＭ未満、０．９μＭ未満、０．８μＭ未満、０．７μＭ未満、０．６μＭ未満、０．５μＭ未満、０．４μＭ未満、０．３μＭ未満、０．２μＭ未満、０．１μＭ未満、０．０５μＭ未満、０．０４μＭ未満、０．０３μＭ未満、０．０２μＭ未満又は０．０１μＭ未満の少なくとも１つのインビトロＩＣ５０を有するために活性である。
特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物又は組成物は、対照動物に対して４倍、３倍若しくは２倍以下のアラニントランスアミナーゼ（ＡＬＴ）若しくはアスパラギン酸トランスアミナーゼ（ＡＳＴ）値の上昇又は対照動物と比較して３０％、２０％、１５％、１２％、１０％、５％若しくは２％以下の肝臓、脾臓若しくは腎臓重量の増加の少なくとも一方を有することにより示されるように忍容性が高い。特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物又は組成物は、対照動物と比較してＡＬＴ又はＡＳＴの上昇がないことにより示されるように忍容性が高い。特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物又は組成物は、対照動物と比較して肝臓、脾臓又は腎臓重量の増加がないことにより示されるように忍容性が高い。
特定の実施形態は、前述した実施形態のいずれかの化合物又はその薬学的に許容され得る任意の塩及び薬学的に許容され得る担体又は希釈剤の少なくとも一方を含む組成物を提供する。特定の実施形態では、組成物は、約４０センチポアズ（ｃＰ）未満、約３０センチポアズ（ｃＰ）未満、約２０センチポアズ（ｃＰ）未満、約１５センチポアズ（ｃＰ）未満又は約１０センチポアズ（ｃＰ）未満の粘度を有する。特定の実施形態では、前述した粘度のいずれかを有する組成物は、約１００ｍｇ／ｍＬ、約１２５ｍｇ／ｍＬ、約１５０ｍｇ／ｍＬ、約１７５ｍｇ／ｍＬ、約２００ｍｇ／ｍＬ、約２２５ｍｇ／ｍＬ、約２５０ｍｇ／ｍＬ、約２７５ｍｇ／ｍＬ又は約３００ｍｇ／ｍＬの濃度の本明細書に提供される化合物を含む。特定の実施形態では、前述した粘度及び／又は化合物濃度のいずれかを有する組成物は、室温又は約２０℃、約２１℃、約２２℃、約２３℃、約２４℃、約２５℃、約２６℃、約２７℃、約２８℃、約２９℃若しくは約３０℃の温度を有する。
特定の適応症
本明細書に提供される特定の実施形態は、個体におけるＰＮＰＬＡ３に関連した疾患を処置するか、予防するか、又は寛解させるのに有用であり得る、標的ＰＮＰＬＡ３を標的とする化合物の投与によってＰＮＰＬＡ３発現を阻害する方法に関する。特定の実施形態では、化合物は、ＰＮＰＬＡ３特異的阻害剤であり得る。特定の実施形態では、化合物は、ＰＮＰＬＡ３を標的とするアンチセンス化合物、オリゴマー化合物又はオリゴヌクレオチドであり得る。
本明細書に提供される方法を用いて処置可能、予防可能及び／又は寛解可能である、ＰＮＰＬＡ３に関連した疾患の例としては、肝疾患、ＮＡＦＬＤ、脂肪肝、非アルコール性脂肪性肝炎（ＮＡＳＨ）、肝硬変、肝細胞癌、アルコール性肝疾患、アルコール性脂肪性肝炎（ＡＳＨ）、ＨＣＶ肝炎、慢性肝炎、遺伝性ヘモクロマトーシス又は原発性硬化性胆管炎が挙げられる。本明細書に提供される特定の化合物は、動物における肝損傷、脂肪肝、肝線維症、肝炎、肝瘢痕若しくは硬変、肝不全、肝腫大、上昇したトランスアミナーゼ又は肝脂肪蓄積を減少させる化合物及び組成物に関する。
特定の実施形態では、個体におけるＰＮＰＬＡ３に関連した疾患を処置するか、予防するか、又は寛解させる方法は、個体に、ＰＮＰＬＡ３特異的阻害剤を含む化合物を投与し、それにより疾患を処置するか、予防するか、又は寛解させることを含む。特定の実施形態では、個体は、ＰＮＰＬＡ３に関連した疾患を有するか又は有するリスクがあると特定されている。特定の実施形態では、疾患は、肝疾患である。特定の実施形態では、化合物は、ＰＮＰＬＡ３を標的とするアンチセンス化合物を含む。特定の実施形態では、化合物は、ＰＮＰＬＡ３を標的とするオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、１２～３０個の結合ヌクレオシドの長さであり、且つ配列番号１７～２１６９の核酸塩基配列のいずれかの少なくとも８個の連続核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、１２～３０個の結合ヌクレオシドの長さであり、且つ配列番号１７～２１６９の任意の１つの核酸塩基配列を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、配列番号１７～２１６９の任意の１つの核酸塩基配列からなる修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、配列番号１０８９、１７５７、１４１、１９８２、３３０、１６６５、４０８、８３０及び８９９の任意の１つを含む核酸塩基配列を有する１６～３０個の結合ヌクレオシドの長さの修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、配列番号１０８９、１７５７、１４１、１９８２、３３０、１６６５、４０８、８３０及び８９９の任意の１つからなる核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、ＩＯＮ ９７５６１６、９９４２８４、９７５６０５、９９４２８２、９７５６１３、９７５６１７、９７５７３５、９７５７３６又は９７５６１２である。前述の実施形態のいずれかにおいて、化合物は、一本鎖又は二本鎖であり得る。前述の実施形態のいずれかにおいて、化合物は、アンチセンス化合物又はオリゴマー化合物であり得る。特定の実施形態では、化合物は、個体に非経口的に投与される。特定の実施形態では、化合物を投与することは、動物における肝損傷、脂肪肝、肝線維症、硬変、上昇したトランスアミナーゼ又は肝脂肪蓄積を改善、保存又は予防する。
特定の実施形態では、動物における肝損傷、脂肪肝、肝線維症、肝炎、肝瘢痕若しくは硬変、肝不全、肝腫大、上昇したトランスアミナーゼ又は肝脂肪蓄積を処置するか、予防するか、又は寛解させる方法は、個体に、ＰＮＰＬＡ３特異的阻害剤を含む化合物を投与し、それにより肝損傷、脂肪肝、肝線維症、肝炎、肝瘢痕若しくは硬変、肝不全、肝腫大、上昇したトランスアミナーゼ又は肝脂肪蓄積を処置するか、予防するか、又は寛解させることを含む。特定の実施形態では、化合物は、ＰＮＰＬＡ３を標的とするアンチセンス化合物を含む。特定の実施形態では、化合物は、ＰＮＰＬＡ３を標的とするオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、１２～３０個の結合ヌクレオシドの長さであり、且つ配列番号１７～２１６９の核酸塩基配列のいずれかの少なくとも８個の連続核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、１２～３０個の結合ヌクレオシドの長さであり、且つ配列番号１７～２１６９の任意の１つの核酸塩基配列を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、配列番号１７～２１６９の任意の１つの核酸塩基配列からなる修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、配列番号１０８９、１７５７、１４１、１９８２、３３０、１６６５、４０８、８３０及び８９９の任意の１つを含む核酸塩基配列を有する１６～３０個の結合ヌクレオシドの長さの修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、配列番号１０８９、１７５７、１４１、１９８２、３３０、１６６５、４０８、８３０及び８９９の任意の１つからなる核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、ＩＯＮ ９７５６１６、９９４２８４、９７５６０５、９９４２８２、９７５６１３、９７５６１７、９７５７３５、９７５７３６又は９７５６１２である。前述の実施形態のいずれかにおいて、化合物は、一本鎖又は二本鎖であり得る。前述の実施形態のいずれかにおいて、化合物は、アンチセンス化合物又はオリゴマー化合物であり得る。特定の実施形態では、化合物は、個体に非経口的に投与される。特定の実施形態では、化合物を投与することは、肝損傷、脂肪肝、肝線維症、肝炎、肝瘢痕若しくは硬変、肝不全、肝腫大、上昇したトランスアミナーゼ又は肝脂肪蓄積を改善、保存又は予防する。特定の実施形態では、個体は、ＰＮＰＬＡ３に関連した疾患を有するか又は有するリスクがあると特定されている。
特定の実施形態では、ＰＮＰＬＡ３に関連した疾患を有するか又は有するリスクがある個体におけるＰＮＰＬＡ３の発現を阻害する方法は、個体に、ＰＮＰＬＡ３特異的阻害剤を含む化合物を投与し、それにより個体におけるＰＮＰＬＡ３の発現を阻害することを含む。特定の実施形態では、化合物を投与することは、肝臓におけるＰＮＰＬＡ３の発現を阻害する。特定の実施形態では、疾患は、肝疾患である。特定の実施形態では、個体は、ＮＡＦＬＤ、脂肪肝、非アルコール性脂肪性肝炎（ＮＡＳＨ）、肝硬変、肝細胞癌、アルコール性肝疾患、アルコール性脂肪性肝炎（ＡＳＨ）、ＨＣＶ肝炎、慢性肝炎、遺伝性ヘモクロマトーシス又は原発性硬化性胆管炎を有するか又は有するリスクがある。特定の実施形態では、個体は、肝損傷、脂肪肝、肝線維症、肝炎、肝瘢痕若しくは硬変、肝不全、肝腫大、上昇したトランスアミナーゼ又は肝脂肪蓄積を有するか又は有するリスクがある。特定の実施形態では、化合物は、ＰＮＰＬＡ３を標的とするアンチセンス化合物を含む。特定の実施形態では、化合物は、ＰＮＰＬＡ３を標的とするオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、１２～３０個の結合ヌクレオシドの長さであり、且つ配列番号１７～２１６９の核酸塩基配列のいずれかの少なくとも８個の連続核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、１２～３０個の結合ヌクレオシドの長さであり、且つ配列番号１７～２１６９の任意の１つの核酸塩基配列を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、配列番号１７～２１６９の任意の１つの核酸塩基配列からなる修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、配列番号１０８９、１７５７、１４１、１９８２、３３０、１６６５、４０８、８３０及び８９９の任意の１つを含む核酸塩基配列を有する１６～３０個の結合ヌクレオシドの長さの修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、配列番号１０８９、１７５７、１４１、１９８２、３３０、１６６５、４０８、８３０及び８９９の任意の１つからなる核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、ＩＯＮ ９７５６１６、９９４２８４、９７５６０５、９９４２８２、９７５６１３、９７５６１７、９７５７３５、９７５７３６又は９７５６１２である。前述の実施形態のいずれかにおいて、化合物は、一本鎖又は二本鎖であり得る。前述の実施形態のいずれかにおいて、化合物は、アンチセンス化合物又はオリゴマー化合物であり得る。特定の実施形態では、化合物は、個体に非経口的に投与される。特定の実施形態では、化合物を投与することは、肝損傷、脂肪肝、肝線維症、肝炎、肝瘢痕若しくは硬変、肝不全、肝腫大、上昇したトランスアミナーゼ又は肝脂肪蓄積を改善、保存又は予防する。
特定の実施形態では、細胞におけるＰＮＰＬＡ３の発現を阻害する方法は、細胞を、ＰＮＰＬＡ３特異的阻害剤を含む化合物と接触させ、それにより細胞におけるＰＮＰＬＡ３の発現を阻害することを含む。特定の実施形態では、細胞は、肝細胞である。特定の実施形態では、細胞は、肝臓におけるものである。特定の実施形態では、細胞は、肝損傷、脂肪肝、肝線維症、肝炎、肝瘢痕若しくは硬変、肝不全、肝腫大、上昇したトランスアミナーゼ又は肝脂肪蓄積を有するか又は有するリスクがある個体の肝臓におけるものである。特定の実施形態では、化合物は、ＰＮＰＬＡ３を標的とするアンチセンス化合物を含む。特定の実施形態では、化合物は、ＰＮＰＬＡ３を標的とするオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、１２～３０個の結合ヌクレオシドの長さであり、且つ配列番号１７～２１６９の核酸塩基配列のいずれかの少なくとも８個の連続核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、１２～３０個の結合ヌクレオシドの長さであり、且つ配列番号１７～２１６９の任意の１つの核酸塩基配列を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、配列番号１７～２１６９の任意の１つの核酸塩基配列からなる修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、配列番号１０８９、１７５７、１４１、１９８２、３３０、１６６５、４０８、８３０及び８９９の任意の１つを含む核酸塩基配列を有する１６～３０個の結合ヌクレオシドの長さの修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、配列番号１０８９、１７５７、１４１、１９８２、３３０、１６６５、４０８、８３０及び８９９の任意の１つからなる核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、ＩＯＮ ９７５６１６、９９４２８４、９７５６０５、９９４２８２、９７５６１３、９７５６１７、９７５７３５、９７５７３６又は９７５６１２である。前述の実施形態のいずれかにおいて、化合物は、一本鎖又は二本鎖であり得る。前述の実施形態のいずれかにおいて、化合物は、アンチセンス化合物又はオリゴマー化合物であり得る。
特定の実施形態では、ＰＮＰＬＡ３に関連した疾患を有するか又は有するリスクがある個体における肝損傷、脂肪肝、肝線維症、肝炎、肝瘢痕若しくは硬変、肝不全、肝腫大、上昇したトランスアミナーゼ又は肝脂肪蓄積を減少させるか又は阻害する方法は、個体に、ＰＮＰＬＡ３特異的阻害剤を含む化合物を投与し、それにより個体における肝損傷、脂肪肝、肝線維症、肝炎、肝瘢痕若しくは硬変、肝不全、肝腫大、上昇したトランスアミナーゼ又は肝脂肪蓄積を減少させるか又は阻害することを含む。特定の実施形態では、個体は、ＮＡＦＬＤ、脂肪肝、非アルコール性脂肪性肝炎（ＮＡＳＨ）、肝硬変、肝細胞癌、アルコール性肝疾患、アルコール性脂肪性肝炎（ＡＳＨ）、ＨＣＶ肝炎、慢性肝炎、遺伝性ヘモクロマトーシス又は原発性硬化性胆管炎を有するか又は有するリスクがある。特定の実施形態では、化合物は、ＰＮＰＬＡ３を標的とするアンチセンス化合物を含む。特定の実施形態では、化合物は、ＰＮＰＬＡ３を標的とするオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、１２～３０個の結合ヌクレオシドの長さであり、且つ配列番号１７～２１６９の核酸塩基配列のいずれかの少なくとも８個の連続核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、１２～３０個の結合ヌクレオシドの長さであり、且つ配列番号１７～２１６９の任意の１つの核酸塩基配列を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、配列番号１７～２１６９の任意の１つの核酸塩基配列からなる修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、配列番号１０８９、１７５７、１４１、１９８２、３３０、１６６５、４０８、８３０及び８９９の任意の１つを含む核酸塩基配列を有する１６～３０個の結合ヌクレオシドの長さの修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、配列番号１０８９、１７５７、１４１、１９８２、３３０、１６６５、４０８、８３０及び８９９の任意の１つからなる核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、ＩＯＮ ９７５６１６、９９４２８４、９７５６０５、９９４２８２、９７５６１３、９７５６１７、９７５７３５、９７５７３６又は９７５６１２である。前述の実施形態のいずれかにおいて、化合物は、一本鎖又は二本鎖であり得る。前述の実施形態のいずれかにおいて、化合物は、アンチセンス化合物又はオリゴマー化合物であり得る。特定の実施形態では、化合物は、個体に非経口的に投与される。特定の実施形態では、個体は、ＰＮＰＬＡ３に関連した疾患を有するか又は有するリスクがあると特定されている。
特定の実施形態は、ＰＮＰＬＡ３に関連した疾患の処置における使用のための、ＰＮＰＬＡ３特異的阻害剤を含む化合物に向けられる。特定の実施形態では、疾患は、ＮＡＦＬＤ、脂肪肝、非アルコール性脂肪性肝炎（ＮＡＳＨ）、肝硬変、肝細胞癌、アルコール性肝疾患、アルコール性脂肪性肝炎（ＡＳＨ）、ＨＣＶ肝炎、慢性肝炎、遺伝性ヘモクロマトーシス又は原発性硬化性胆管炎である。特定の実施形態では、化合物は、ＰＮＰＬＡ３を標的とするアンチセンス化合物を含む。特定の実施形態では、化合物は、ＰＮＰＬＡ３を標的とするオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、１２～３０個の結合ヌクレオシドの長さであり、且つ配列番号１７～２１６９の核酸塩基配列のいずれかの少なくとも８個の連続核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、１２～３０個の結合ヌクレオシドの長さであり、且つ配列番号１７～２１６９の任意の１つの核酸塩基配列を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、配列番号１７～２１６９の任意の１つの核酸塩基配列からなる修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、配列番号１０８９、１７５７、１４１、１９８２、３３０、１６６５、４０８、８３０及び８９９の任意の１つを含む核酸塩基配列を有する１６～３０個の結合ヌクレオシドの長さの修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、配列番号１０８９、１７５７、１４１、１９８２、３３０、１６６５、４０８、８３０及び８９９の任意の１つからなる核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、ＩＯＮ ９７５６１６、９９４２８４、９７５６０５、９９４２８２、９７５６１３、９７５６１７、９７５７３５、９７５７３６又は９７５６１２である。前述の実施形態のいずれかにおいて、化合物は、一本鎖又は二本鎖であり得る。前述の実施形態のいずれかにおいて、化合物は、アンチセンス化合物又はオリゴマー化合物であり得る。特定の実施形態では、化合物は、個体に非経口的に投与される。
特定の実施形態は、ＮＡＦＬＤ、脂肪肝、非アルコール性脂肪性肝炎（ＮＡＳＨ）、肝硬変、肝細胞癌、アルコール性肝疾患、アルコール性脂肪性肝炎（ＡＳＨ）、ＨＣＶ肝炎、慢性肝炎、遺伝性ヘモクロマトーシス又は原発性硬化性胆管炎を有するか又は有するリスクがある個体における肝損傷、脂肪肝、肝線維症、肝炎、肝瘢痕若しくは硬変、肝不全、肝腫大、上昇したトランスアミナーゼ又は肝脂肪蓄積の減少又は阻害における使用のための、ＰＮＰＬＡ３特異的阻害剤を含む化合物に向けられる。特定の実施形態では、化合物は、ＰＮＰＬＡ３を標的とするアンチセンス化合物を含む。特定の実施形態では、化合物は、ＰＮＰＬＡ３を標的とするオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、１２～３０個の結合ヌクレオシドの長さであり、且つ配列番号１７～２１６９の核酸塩基配列のいずれかの少なくとも８個の連続核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、１２～３０個の結合ヌクレオシドの長さであり、且つ配列番号１７～２１６９の任意の１つの核酸塩基配列を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、配列番号１７～２１６９の任意の１つの核酸塩基配列からなる修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、配列番号１０８９、１７５７、１４１、１９８２、３３０、１６６５、４０８、８３０及び８９９の任意の１つを含む核酸塩基配列を有する１６～３０個の結合ヌクレオシドの長さの修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、配列番号１０８９、１７５７、１４１、１９８２、３３０、１６６５、４０８、８３０及び８９９の任意の１つからなる核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、ＩＯＮ ９７５６１６、９９４２８４、９７５６０５、９９４２８２、９７５６１３、９７５６１７、９７５７３５、９７５７３６又は９７５６１２である。前述の実施形態のいずれかにおいて、化合物は、一本鎖又は二本鎖であり得る。前述の実施形態のいずれかにおいて、化合物は、アンチセンス化合物又はオリゴマー化合物であり得る。
特定の実施形態は、ＰＮＰＬＡ３に関連した疾患の処置のための医薬の製造又は調製のための、ＰＮＰＬＡ３特異的阻害剤を含む化合物の使用に向けられる。特定の実施形態は、ＰＮＰＬＡ３に関連した疾患の処置のための医薬の調製のための、ＰＮＰＬＡ３特異的阻害剤を含む化合物に向けられる。特定の実施形態では、疾患は、肝疾患である。特定の実施形態では、疾患は、ＮＡＦＬＤ、脂肪肝、非アルコール性脂肪性肝炎（ＮＡＳＨ）、肝硬変、肝細胞癌、アルコール性肝疾患、アルコール性脂肪性肝炎（ＡＳＨ）、ＨＣＶ肝炎、慢性肝炎、遺伝性ヘモクロマトーシス又は原発性硬化性胆管炎である。特定の実施形態では、化合物は、ＰＮＰＬＡ３を標的とするアンチセンス化合物を含む。特定の実施形態では、化合物は、ＰＮＰＬＡ３を標的とするオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、１２～３０個の結合ヌクレオシドの長さであり、且つ配列番号１７～２１６９の核酸塩基配列のいずれかの少なくとも８個の連続核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、１２～３０個の結合ヌクレオシドの長さであり、且つ配列番号１７～２１６９の任意の１つの核酸塩基配列を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、配列番号１７～２１６９の任意の１つの核酸塩基配列からなる修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、配列番号１０８９、１７５７、１４１、１９８２、３３０、１６６５、４０８、８３０及び８９９の任意の１つを含む核酸塩基配列を有する１６～３０個の結合ヌクレオシドの長さの修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、配列番号１０８９、１７５７、１４１、１９８２、３３０、１６６５、４０８、８３０及び８９９の任意の１つからなる核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、ＩＯＮ ９７５６１６、９９４２８４、９７５６０５、９９４２８２、９７５６１３、９７５６１７、９７５７３５、９７５７３６又は９７５６１２である。前述の実施形態のいずれかにおいて、化合物は、一本鎖又は二本鎖であり得る。前述の実施形態のいずれかにおいて、化合物は、アンチセンス化合物又はオリゴマー化合物であり得る。
特定の実施形態は、ＰＮＰＬＡ３に関連した肝疾患を有するか又は有するリスクがある個体における肝損傷、脂肪肝、肝線維症、肝炎、肝瘢痕若しくは硬変、肝不全、肝腫大、上昇したトランスアミナーゼ又は肝脂肪蓄積を減少させるか又は阻害するための医薬の製造又は調製のための、ＰＮＰＬＡ３特異的阻害剤を含む化合物の使用に向けられる。特定の実施形態では、肝疾患は、ＮＡＦＬＤ、脂肪肝、非アルコール性脂肪性肝炎（ＮＡＳＨ）、肝硬変、肝細胞癌、アルコール性肝疾患、アルコール性脂肪性肝炎（ＡＳＨ）、ＨＣＶ肝炎、慢性肝炎、遺伝性ヘモクロマトーシス又は原発性硬化性胆管炎である。特定の実施形態は、ＰＮＰＬＡ３に関連した疾患の処置のための医薬の調製のための、ＰＮＰＬＡ３特異的阻害剤を含む化合物の使用に向けられる。特定の実施形態では、疾患は、ＮＡＦＬＤ、脂肪肝、非アルコール性脂肪性肝炎（ＮＡＳＨ）、肝硬変、肝細胞癌、アルコール性肝疾患、アルコール性脂肪性肝炎（ＡＳＨ）、ＨＣＶ肝炎、慢性肝炎、遺伝性ヘモクロマトーシス又は原発性硬化性胆管炎である。特定の実施形態では、化合物は、ＰＮＰＬＡ３を標的とするアンチセンス化合物を含む。特定の実施形態では、化合物は、ＰＮＰＬＡ３を標的とするオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、１２～３０個の結合ヌクレオシドの長さであり、且つ配列番号１７～２１６９の核酸塩基配列のいずれかの少なくとも８個の連続核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、１２～３０個の結合ヌクレオシドの長さであり、且つ配列番号１７～２１６９の任意の１つの核酸塩基配列を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、配列番号１７～２１６９の任意の１つの核酸塩基配列からなる修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、配列番号１０８９、１７５７、１４１、１９８２、３３０、１６６５、４０８、８３０及び８９９の任意の１つを含む核酸塩基配列を有する１６～３０個の結合ヌクレオシドの長さの修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、配列番号１０８９、１７５７、１４１、１９８２、３３０、１６６５、４０８、８３０及び８９９の任意の１つからなる核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、ＩＯＮ ９７５６１６、９９４２８４、９７５６０５、９９４２８２、９７５６１３、９７５６１７、９７５７３５、９７５７３６又は９７５６１２である。前述の実施形態のいずれかにおいて、化合物は、一本鎖又は二本鎖であり得る。前述の実施形態のいずれかにおいて、化合物は、アンチセンス化合物又はオリゴマー化合物であり得る。
前述の方法又は使用のいずれかにおいて、化合物は、ＰＮＰＬＡ３を標的とし得る。特定の実施形態では、化合物は、修飾オリゴヌクレオチド、例えば８～８０個の結合ヌクレオシドの長さ、１０～３０個の結合ヌクレオシドの長さ、１２～３０個の結合ヌクレオシドの長さ又は２０個の結合ヌクレオシドの長さの修飾オリゴヌクレオチドを含むか又はそれからなる。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号１～１０に列挙された核酸塩基配列のいずれかに少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％又は１００％相補的である。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、少なくとも１つの修飾ヌクレオシド間結合、少なくとも１つの修飾糖及び／又は少なくとも１つの修飾核酸塩基を含む。特定の実施形態では、修飾ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、修飾糖は、二環式糖又は２’－Ｏ－メトキシエチル修飾糖であり、修飾核酸塩基は、５－メチルシトシンである。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、結合デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメント；結合ヌクレオシドからなる５’ウイングセグメント；及び結合ヌクレオシドからなる３’ウイングセグメントを含み、ギャップセグメントは、５’ウイングセグメント及び３’ウイングセグメントに直接隣接して且つそれらの間に位置し、各ウイングセグメントの各ヌクレオシドは、修飾糖を含む。
前述の実施形態のいずれかにおいて、修飾オリゴヌクレオチドは、１２～３０、１５～３０、１５～２５、１５～２４、１６～２４、１７～２４、１８～２４、１９～２４、２０～２４、１９～２２、２０～２２、１６～２０又は１６若しくは２０個の結合ヌクレオシドの長さである。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号１～１０に列挙した核酸塩基配列のいずれかに少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％又は１００％相補的である。
前述の方法又は使用のいずれかにおいて、化合物は、１６～３０個の結合ヌクレオシドの長さであり、且つ配列番号１７～２１６９の任意の１つを含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含むか又はそれからなり、修飾オリゴヌクレオチドは、
結合２’デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメント；
結合ヌクレオシドからなる５’ウイングセグメント；及び
結合ヌクレオシドからなる３’ウイングセグメント
を含み、ギャップセグメントは、５’ウイングセグメントと３’ウイングセグメントとの間に位置し、各ウイングセグメントの各ヌクレオシドは、修飾糖を含む。
前述の方法又は使用のいずれかにおいて、化合物は、配列番号１０８９、１７５７、１４１、１９８２、３３０、１６６５、４０８、８３０及び８９９の任意の１つに列挙された配列を含む核酸塩基配列を有する１６個の結合ヌクレオシドの長さの修飾オリゴヌクレオチドを含むか又はそれからなり、修飾オリゴヌクレオチドは、
１０個の結合デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメント；
３個の結合ヌクレオシドからなる５’ウイングセグメント；及び
３個の結合ヌクレオシドからなる３’ウイングセグメント
を含み、ギャップセグメントは、５’ウイングセグメントと３’ウイングセグメントとの間に位置し、各ウイングセグメントの各ヌクレオシドは、ｃＥｔ糖を含み；各ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合であり、各シトシンは、５－メチルシトシンである。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、１６～３０個の結合ヌクレオシドの長さである。
特定の実施形態では、化合物は、以下の化学構造を有するＩＯＮ ９１６３３３又はその塩を含むか又はそれからなる。
Figure 2024026778000013
特定の実施形態では、化合物は、以下の化学構造を有するＩＯＮ ９７５６１６又はその塩を含むか又はそれからなる。
Figure 2024026778000014
特定の実施形態では、化合物は、以下の化学構造を有する９７５６１６のナトリウム塩を含むか又はそれからなる。
Figure 2024026778000015
特定の実施形態では、化合物は、以下の化学構造を有するＩＯＮ ９７５６１３又はその塩を含むか又はそれからなる。
Figure 2024026778000016
特定の実施形態では、化合物は、以下の化学構造を有する９７５６１３のナトリウム塩を含むか又はそれからなる。
Figure 2024026778000017
特定の実施形態では、化合物は、以下の化学構造を有するＩＯＮ ９７５６１２又はその塩を含むか又はそれからなる。
Figure 2024026778000018
特定の実施形態では、化合物は、以下の化学構造を有する９７５６１２のナトリウム塩を含むか又はそれからなる。
Figure 2024026778000019
特定の実施形態では、化合物は、以下の化学構造を有するＩＯＮ ９１６７８９又はその塩を含むか又はそれからなる。
Figure 2024026778000020
特定の実施形態では、化合物は、以下の化学構造を有する９１６７８９のナトリウム塩を含むか又はそれからなる。
Figure 2024026778000021
特定の実施形態では、化合物は、以下の化学構造を有するＩＯＮ ９１６６０２又はその塩を含むか又はそれからなる。
Figure 2024026778000022
特定の実施形態では、化合物は、以下の化学構造を有する９１６６０２のナトリウム塩を含むか又はそれからなる。
Figure 2024026778000023
前述の方法又は使用のいずれかにおいて、化合物は、非経口的に投与され得る。例えば、特定の実施形態では、化合物は、注射又は注入を介して投与され得る。非経口投与は、皮下投与、静脈内投与、筋内投与、動脈内投与、腹腔内投与又は頭蓋内投与、例えばくも膜下腔内又は脳室内投与を含む。
特定の化合物
特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、アンチセンス化合物であり得る。特定の実施形態では、アンチセンス化合物は、オリゴマー化合物を含むか又はそれからなる。特定の実施形態では、オリゴマー化合物は、修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、標的核酸の核酸塩基配列に相補的な核酸塩基配列を有する。
特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、修飾オリゴヌクレオチドを含むか又はそれからなる。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、標的核酸の核酸塩基配列に相補的な核酸塩基配列を有する。
特定の実施形態において、化合物又はアンチセンス化合物は、一本鎖である。そのような一本鎖化合物又はアンチセンス化合物は、オリゴマー化合物を含むか又はそれらからなる。特定の実施形態において、そのようなオリゴマー化合物は、オリゴヌクレオチド及び任意選択的にコンジュゲート基を含むか又はそれらからなる。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、アンチセンスオリゴヌクレオチドである。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、修飾されている。特定の実施形態において、一本鎖アンチセンス化合物又はオリゴマー化合物のオリゴヌクレオチドは、自己相補的な核酸塩基配列を含む。
特定の実施形態において、化合物は、二本鎖である。そのような二本鎖化合物は、標的核酸に相補的な領域を有する第１の修飾オリゴヌクレオチドと、第１の修飾オリゴヌクレオチドに相補的な領域を有する第２の修飾オリゴヌクレオチドとを含む。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、ＲＮＡオリゴヌクレオチドである。そのような実施形態では、修飾オリゴヌクレオチド中のチミン核酸塩基は、ウラシル核酸塩基で置き換えられている。特定の実施形態において、化合物は、コンジュゲート基を含む。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドの１つは、コンジュゲートされている。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドの両方は、コンジュゲートされている。特定の実施形態において、第１の修飾オリゴヌクレオチドは、コンジュゲートされている。特定の実施形態において、第２の修飾オリゴヌクレオチドは、コンジュゲートされている。特定の実施形態において、第１の修飾オリゴヌクレオチドは、１６～３０個の結合ヌクレオシドの長さであり、第２の修飾オリゴヌクレオチドは、１６～３０個の結合ヌクレオシドの長さである。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドの１つは、配列番号１７～２１６９のいずれかの少なくとも８個の連続核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する。
特定の実施形態において、アンチセンス化合物は、二本鎖である。そのような二本鎖アンチセンス化合物は、標的核酸に相補的な領域を有する第１のオリゴマー化合物と、第１のオリゴマー化合物に相補的な領域を有する第２のオリゴマー化合物とを含む。そのような二本鎖アンチセンス化合物の第１のオリゴマー化合物は、一般に修飾オリゴヌクレオチド及び任意選択的にコンジュゲート基を含むか又はそれらからなる。そのような二本鎖アンチセンス化合物の第２のオリゴマー化合物のオリゴヌクレオチドは、修飾又は非修飾であり得る。二本鎖アンチセンス化合物のいずれか又は両方のオリゴマー化合物は、コンジュゲート基を含むことができる。二本鎖アンチセンス化合物のオリゴマー化合物は、非相補的なオーバーハンギングヌクレオシドを含むことができる。
一本鎖及び二本鎖化合物の例としては、限定されるものではないが、オリゴヌクレオチド、ｓｉＲＮＡｓ、オリゴヌクレオチドを標的とするマイクロＲＮＡ及び一本鎖ＲＮＡｉ化合物、例えば小ヘアピンＲＮＡｓ（ｓｈＲＮＡｓ）、一本鎖ｓｉＲＮＡｓ（ｓｓＲＮＡｓ）及びマイクロＲＮＡ模倣物が挙げられる。
特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、５’から３’の方向に記述された場合、標的化される標的核酸の標的セグメントの逆相補配列を含む核酸塩基配列を有する。
特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、１２～３０個の結合サブユニットの長さのオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、１２～２２結合サブユニット長のオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、１４～３０結合サブユニット長のオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、１４～２０結合サブユニット長のオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、１５～３０結合サブユニット長のオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、１５～２０結合サブユニット長のオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、１６～３０結合サブユニット長のオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、１６～２０結合サブユニット長のオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、１７～３０結合サブユニット長のオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、１７～２０結合サブユニット長のオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、１８～３０結合サブユニット長のオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、１８～２０個の結合サブユニットの長さのオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、２０～３０結合サブユニット長のオリゴヌクレオチドを含む。換言すれば、そのようなオリゴヌクレオチドは、それぞれ１２～３０結合サブユニット、１４～３０結合サブユニット、１４～２０サブユニット、１５～３０サブユニット、１５～２０サブユニット、１６～３０サブユニット、１６～２０サブユニット、１７～３０サブユニット、１７～２０サブユニット、１８～３０サブユニット、１８～２０サブユニット又は２０～３０サブユニット長である。特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、１４結合サブユニット長のオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、１６結合サブユニット長のオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、１７結合サブユニット長のオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、１８結合サブユニット長のオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、１９結合サブユニット長のオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、２０結合サブユニット長のオリゴヌクレオチドを含む。別の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、８～８０、１２～５０、１３～３０、１３～５０、１４～３０、１４～５０、１５～３０、１５～５０、１６～３０、１６～５０、１７～３０、１７～５０、１８～２２、１８～２４、１８～３０、１８～５０、１９～２２、１９～３０、１９～５０又は２０～３０結合サブユニットのオリゴヌクレオチドを含む。特定のこのような実施形態において、本明細書に記載される化合物は、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９若しくは３０又は上記の値の任意の２つにより規定される範囲の結合サブユニット長のオリゴヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、結合サブユニットは、ヌクレオチド、ヌクレオシド又は核酸塩基である。
特定の実施形態において、化合物は、オリゴヌクレオチドに付着した、コンジュゲート基等の追加の特徴部又は要素をさらに含むことができる。特定の実施形態において、そのような化合物は、アンチセンス化合物である。特定の実施形態において、そのような化合物は、オリゴマー化合物である。コンジュゲート基がヌクレオシド（すなわちコンジュゲート基をオリゴヌクレオチドに結合するヌクレオシド）を含む実施形態では、コンジュゲート基のヌクレオシドは、オリゴヌクレオチドの長さに数えられない。
特定の実施形態において、化合物は、短縮又はトランケートされ得る。例えば、単一サブユニットは、５’末端から（５’トランケーション）又は代替的に３’末端から（３’トランケーション）欠失し得る。ＰＮＰＬＡ３核酸を標的とする短縮又はトランケート化合物は、化合物の５’末端から２つのサブユニットを欠失し得るか、又は代替的に３’末端から２つのサブユニッを欠失し得る。代替的に、欠失されるヌクレオシドは、化合物全体にわたり分散し得る。
単一の追加のサブユニットが延長化合物中に存在する場合、追加のサブユニットは、化合物の５’又は３’末端に位置することができる。２つ以上の追加のサブユニットが存在する場合、追加されたサブユニットは、互いに隣接し、例えば化合物中で２つのサブユニットが化合物の５’末端に加えられる（５’付加）か、又は代替的に３’末端に加えられ得る（３’付加）。代替的に、追加されたサブユニットは、化合物全体に分散され得る。
活性を排除せずに、オリゴヌクレオチド等の化合物の長さを増加若しくは減少させ、且つ／又はミスマッチ塩基を導入することが可能である（Ｗｏｏｌｆ ｅｔ ａｌ．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ １９９２，８９：７３０５－７３０９；Ｇａｕｔｓｃｈｉ ｅｔ ａｌ．Ｊ．Ｎａｔｌ．Ｃａｎｃｅｒ Ｉｎｓｔ．Ｍａｒｃｈ ２００１，９３：４６３－４７１；Ｍａｈｅｒ ａｎｄ Ｄｏｌｎｉｃｋ Ｎｕｃ．Ａｃｉｄ．Ｒｅｓ．１９８８，１６：３３４１－３３５８）。しかしながら、オリゴヌクレオチド配列、化学構造及びモチーフの一見小さい変化が、臨床開発に要求される多くの特性の１つ以上の大きい差異をもたらし得る（Ｓｅｔｈ ｅｔ ａｌ．Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．２００９，５２，１０；Ｅｇｌｉ ｅｔ ａｌ．Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．２０１１，１３３，１６６４２）。
特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、干渉ＲＮＡ化合物（ＲＮＡｉ）であり、それとしては二本鎖ＲＮＡ化合物（短鎖干渉ＲＮＡ又はｓｉＲＮＡとも称される）及び一本鎖ＲＮＡｉ化合物（又はｓｓＲＮＡ）が挙げられる。このような化合物は、少なくとも部分的にＲＩＳＣ経路を介して機能して標的核酸を分解及び／又は封鎖する（従って、マイクロＲＮＡ／マイクロＲＮＡ模倣化合物が挙げられる）。本明細書において使用されるｓｉＲＮＡという用語は、配列特異的ＲＮＡｉを媒介し得る核酸分子、例えば短鎖干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）、マイクロＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）、短鎖ヘアピンＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）、短鎖干渉オリゴヌクレオチド、短鎖干渉核酸、短鎖干渉修飾オリゴヌクレオチド、化学修飾ｓｉＲＮＡ、転写後遺伝子サイレンシングＲＮＡ（ｐｔｇｓＲＮＡ）などを説明するために使用される他の用語と均等であることを意味する。さらに、本明細書において使用される「ＲＮＡｉ」という用語は、配列特異的ＲＮＡ干渉、例えば転写後遺伝子サイレンシング、翻訳阻害又はエピジェネティクスを説明するために使用される他の用語と均等であることを意味する。
特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、本明細書に記載されるＰＮＰＬＡ３を標的とするオリゴヌクレオチド配列のいずれかを含み得る。特定の実施形態では、化合物は、二本鎖であり得る。特定の実施形態では、化合物は、配列番号１７～２１６９の任意の１つの少なくとも８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５又は１６個の連続核酸塩基部分を含む第１の鎖及び第２の鎖を含む。特定の実施形態では、化合物は、配列番号１７～２１６９の任意の１つの核酸塩基配列を含む第１の鎖及び第２の鎖を含む。特定の実施形態では、化合物は、第１の鎖が配列番号１７～２１６９の任意の１つにおいてチミン（Ｔ）の代わりにウラシル（Ｕ）を有するリボヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、（ｉ）配列番号１７～２１６９のいずれかが標的とするＰＮＰＬＡ３上の部位に相補的な核酸塩基配列を含む第１の鎖と、（ｉｉ）第２の鎖とを含む。特定の実施形態では、化合物は、糖の２’位がハロゲン（フッ素基等；２’－Ｆ）を含むか、又はアルコキシ基（メトキシ基等；２’－ＯＭｅ）を含む１つ以上の修飾ヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、少なくとも１つの２’－Ｆ糖修飾及び少なくとも１つの２’－ＯＭｅ糖修飾を含む。特定の実施形態では、少なくとも１つの２’－Ｆ糖修飾及び少なくとも１つの２’－ＯＭｅ糖修飾は、ｄｓＲＮＡ化合物の鎖に沿って少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９又は２０個の連続核酸塩基において交互パターンに配置されている。特定の実施形態では、化合物は、隣接するヌクレオチド間に天然存在のホスホジエステル結合以外の１つ以上の結合を含む。そのような結合の例としては、ホスホルアミド、ホスホロチオエート及びホスホロジチオエート結合が挙げられる。化合物は、米国特許第６，６７３，６６１号明細書に教示されているような化学的に修飾された核酸分子でもあり得る。別の実施形態では、化合物は、例えば、２０００年４月１９日出願の国際公開第００／６３３６４号パンフレットにより開示されているような１つ又は２つのキャップされた鎖を含む。
特定の実施形態において、化合物の第１の鎖は、ｓｉＲＮＡガイド鎖であり、化合物の第２の鎖は、ｓｉＲＮＡパッセンジャー鎖である。特定の実施形態において、化合物の第２の鎖は、第１の鎖に相補的である。特定の実施形態において、化合物の各鎖は、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２又は２３個の結合ヌクレオシドの長さである。特定の実施形態において、化合物の第１又は第２の鎖は、コンジュゲート基を含むことができる。
特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、本明細書に記載されるＰＮＰＬＡ３を標的とするオリゴヌクレオチド配列のいずれかを含み得る。特定の実施形態では、化合物は、一本鎖である。特定の実施形態では、そのような化合物は、一本鎖ＲＮＡｉ（ｓｓＲＮＡｉ）化合物である。特定の実施形態では、化合物は、配列番号１７～２１６９の任意の１つの少なくとも８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５又は１６個の連続核酸塩基部分を含む。特定の実施形態では、化合物は、配列番号１７～２１６９の任意の１つの核酸塩基配列を含む。特定の実施形態では、化合物は、配列番号１７～２１６９の任意の１つにおいてウラシル（Ｕ）がチミン（Ｔ）の代わりであるリボヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、配列番号１７～２１６９のいずれかが標的とするＰＮＰＬＡ３上の部位に相補的な核酸塩基配列を含む。特定の実施形態では、化合物は、糖の２’位がハロゲン（フッ素基等；２’－Ｆ）を含むか、又はアルコキシ基（メトキシ基等；２’－ＯＭｅ）を含む、１つ以上の修飾ヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、化合物は、少なくとも１つの２’－Ｆ糖修飾及び少なくとも１つの２’－ＯＭｅ糖修飾を含む。特定の実施形態では、少なくとも１つの２’－Ｆ糖修飾及び少なくとも１つの２’－ＯＭｅ糖修飾は、化合物の鎖に沿って少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９又は２０個の連続核酸塩基において交互パターンに配置されている。特定の実施形態では、化合物は、隣接するヌクレオチド間に天然存在のホスホジエステル結合以外の１つ以上の結合を含む。そのような結合の例としては、ホスホルアミド、ホスホロチオエート及びホスホロジチオエート結合が挙げられる。化合物は、米国特許第６，６７３，６６１号明細書に教示されているような化学的に修飾された核酸分子でもあり得る。別の実施形態では、化合物は、例えば、２０００年４月１９日出願の国際公開第００／６３３６４号パンフレットにより開示されているようなキャップされた鎖を含む。特定の実施形態では、化合物は、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２又は２３個の結合ヌクレオシドからなる。特定の実施形態では、化合物は、コンジュゲート基を含み得る。
特定の機構
特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、修飾オリゴヌクレオチドを含むか又はそれからなる。特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、アンチセンス化合物である。特定の実施形態において、化合物は、オリゴマー化合物を含む。特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、標的核酸にハイブリダイズして、少なくとも１つのアンチセンス活性をもたらすことが可能である。特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、１つ以上の標的核酸に選択的に影響する。そのような化合物は、１つ以上の標的核酸にハイブリダイズして、１つ以上の所望のアンチセンス活性をもたらし、且つ１つ以上の非標的核酸にハイブリダイズしないか、又は望ましくない有意なアンチセンス活性をもたらすような方法で１つ以上の非標的核酸にハイブリダイズしない、核酸塩基配列を含む。
特定のアンチセンス活性において、本明細書に記載される化合物の標的核酸へのハイブリダイゼーションは、標的核酸を開裂させるタンパク質のリクルートメントをもたらす。例えば、特定の本明細書に記載される化合物は、標的核酸のＲＮアーゼＨ媒介開裂をもたらす。ＲＮアーゼＨは、ＲＮＡ：ＤＮＡ二重鎖のＲＮＡ鎖を開裂させる細胞エンドヌクレアーゼである。このようなＲＮＡ：ＤＮＡ二重鎖におけるＤＮＡは、非修飾ＤＮＡである必要はない。特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、ＲＮアーゼＨ活性を誘発するために十分に「ＤＮＡ様」である。さらに、特定の実施形態において、ギャップマーのギャップ中１つ以上の非ＤＮＡ様ヌクレオシドは、忍容される。
特定のアンチセンス活性において、本明細書に記載される化合物又は化合物の一部は、ＲＮＡ誘導サイレンシング複合体（ＲＩＳＣ）中に積まれ、最終的に標的核酸の開裂をもたらす。例えば、特定の本明細書に記載される化合物は、Ａｒｇｏｎａｕｔｅによる標的核酸の開裂をもたらす。ＲＩＳＣ中に積まれる化合物は、ＲＮＡｉ化合物である。ＲＮＡｉ化合物は、二本鎖（ｓｉＲＮＡ）又は一本鎖（ｓｓＲＮＡ）であり得る。
特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物の標的核酸へのハイブリダイゼーションは、標的核酸を開裂するタンパク質のリクルートメントをもたらさない。特定のこのような実施形態において、標的核酸への化合物のハイブリダイゼーションは、標的核酸のスプライシングの変動をもたらす。特定の実施形態において、標的核酸への化合物のハイブリダイゼーションは、標的核酸とタンパク質又は他の核酸との間の結合相互作用の阻害をもたらす。特定のこのような実施形態において、標的核酸への化合物のハイブリダイゼーションは、標的核酸の翻訳の変動をもたらす。
アンチセンス活性は、直接又は間接的に観察することができる。特定の実施形態において、アンチセンス活性の観察又は検出は、標的核酸若しくはそのような標的核酸によりコードされるタンパク質の量の変化、核酸若しくはタンパク質のスプライスバリアントの比の変化及び／又は細胞若しくは動物における表現型変化の観察又は検出を含む。
標的核酸、標的領域及びヌクレオチド配列
特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、標的核酸に相補的な領域を含むオリゴヌクレオチドを含むか又はそれからなる。特定の実施形態では、標的核酸は、内因性ＲＮＡ分子である。特定の実施形態では、標的核酸は、タンパク質をコードする。特定のそのような実施形態では、標的核酸は、イントロン、エクソン及び非翻訳領域を含むｍＲＮＡ及びプレｍＲＮＡから選択される。特定の実施形態では、標的ＲＮＡは、ｍＲＮＡである。特定の実施形態では、標的核酸は、プレｍＲＮＡである。特定のそのような実施形態では、標的領域は、完全にイントロン内に存在する。特定の実施形態では、標的領域は、イントロン／エクソンジャンクションに跨る。特定の実施形態では、標的領域は、イントロン内に少なくとも５０％存在する。
ＰＮＰＬＡ３をコードするヌクレオチド配列は、限定されるものではないが、以下を含む：ＲｅｆＳｅｑ又はジェンバンクアクセッションナンバーＮＭ＿０２５２２５．２（参照により組み込まれる、配列番号１として本明細書に開示）；ヌクレオチド４３９２１００１～４３９５４５００から切断されたジェンバンクアクセッションナンバーＮＣ＿００００２２．１１（参照により組み込まれる、配列番号２として本明細書に開示）；ＡＫ１２３８０６．１（参照により組み込まれる、配列番号３として本明細書に開示）；ＢＱ６８６３２８．１（参照により組み込まれる、配列番号４として本明細書に開示）；ＢＦ７６２７１１．１（参照により組み込まれる、配列番号５として本明細書に開示）；ＤＡ２９０４９１．１（参照により組み込まれる、配列番号６として本明細書に開示）；並びに配列番号７、８、９及び１０としてリストされる配列。
ハイブリダイゼーション
一部の実施形態において、ハイブリダイゼーションは、本明細書に開示の化合物と、ＰＮＰＬＡ３核酸との間で生じる。ハイブリダイゼーションの最も一般的な機序は、核酸分子の相補的核酸塩基間の水素結合（例えば、ワトソン・クリック、フーグスティーン又は逆フーグスティーン型水素結合）を含む。
ハイブリダイゼーションは、変動条件下で生じ得る。ハイブリダイゼーション条件は、配列依存的であり、ハイブリダイズされる核酸分子の性質及び組成により決定される。
配列が標的核酸に特異的にハイブリダイズするか否かを決定する方法は、当技術分野において周知である。特定の実施形態において、本明細書に提供される化合物は、ＰＮＰＬＡ３核酸と特異的にハイブリダイズ可能である。
相補性
オリゴヌクレオチドは、そのようなオリゴヌクレオチド又はその１つ以上の領域の核酸塩基配列が別のオリゴヌクレオチド又は核酸又はその１つ以上の領域の核酸塩基配列に、この２つの核酸塩基配列を逆方向にアラインした場合にマッチする場合、別の核酸に相補的であると記載される。本明細書に記載の核酸塩基マッチ又は相補的核酸塩基は、別途規定されない限り、以下の対：アデニン（Ａ）及びチミン（Ｔ）、アデニン（Ａ）及びウラシル（Ｕ）、シトシン（Ｃ）及びグアニン（Ｇ）並びに５－メチルシトシン（ｍＣ）及びグアニン（Ｇ）に限定される。相補的オリゴヌクレオチド及び／又は核酸は、それぞれのヌクレオシドにおける核酸塩基相補性を有する必要はなく、１つ以上の核酸塩基ミスマッチを含み得る。オリゴヌクレオチドは、そのようなオリゴヌクレオチドがいかなる核酸塩基ミスマッチも有さずにそれぞれのヌクレオシドにおける核酸塩基マッチを有する場合、完全相補的又は１００％相補的である。
特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、修飾オリゴヌクレオチドを含むか又はそれらからなる。特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、アンチセンス化合物である。特定の実施形態において、化合物は、オリゴマー化合物を含む。化合物とＰＮＰＬＡ３核酸との間の非相補的核酸塩基は、標的核酸に特異的にハイブリダイズできる状態のままである場合、忍容され得る。さらに、化合物は、ＰＮＰＬＡ３核酸の１つ以上のセグメントにわたってハイブリダイズし得るため、介在又は隣接セグメントは、ハイブリダイゼーション事象に関与しない（例えば、ループ構造、ミスマッチ又はヘアピン構造）。
特定の実施形態において、本明細書に提供される化合物又はその特定の部分は、少なくとも７０％、８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％若しくは１００％又はこれらまで、ＰＮＰＬＡ３核酸、標的領域、標的セグメント又はその特定の部分に相補的である。特定の実施形態において、本明細書に提供される化合物又はその特定の部分は、７０％～７５％、７５％～８０％、８０％～８５％、８５％～９０％、９０％～９５％、９５％～１００％又はこれらの範囲の任意の数、ＰＮＰＬＡ３核酸、標的領域、標的セグメント又はその特定の部分に相補的である。標的核酸との化合物の相補性のパーセントは、日常的な方法を用いて決定することができる。
例えば、化合物の２０核酸塩基のうちの１８が標的領域に相補的であり、従って特異的にハイブリダイズする化合物は、９０パーセント相補性を表すであろう。この例では、残りの非相補的核酸塩基は、相補的な核酸塩基間にクラスター化又は散在し得、互いに又は相補的な核酸塩基に連続する必要はない。従って、標的核酸と完全に相補的な２つの領域に隣接する４つの非相補的核酸塩基を有する１８核酸塩基長の化合物は、標的核酸と７７．８％の全体的な相補性を有するであろう。標的核酸の領域との化合物のパーセント相補性は、当技術分野で既知のＢＬＡＳＴプログラム（ベーシックローカルアラインメント検索ツール）及びＰｏｗｅｒＢＬＡＳＴプログラム（Ａｌｔｓｃｈｕｌ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，１９９０，２１５，４０３ ４１０；Ｚｈａｎｇ ａｎｄ Ｍａｄｄｅｎ，Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓ．，１９９７，７，６４９ ６５６）を使用して定型的に決定することができる。相同性パーセント、配列同一性パーセント又は相補性パーセントは、例えば、Ｓｍｉｔｈ及びＷａｔｅｒｍａｎのアルゴリズム（Ａｄｖ．Ａｐｐｌ．Ｍａｔｈ．，１９８１，２，４８２ ４８９）を使用するＧａｐプログラム（Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ａｎａｌｙｓｉｓ Ｐａｃｋａｇｅ，Ｖｅｒｓｉｏｎ ８ ｆｏｒ Ｕｎｉｘ，Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｇｒｏｕｐ，Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｐａｒｋ，Ｍａｄｉｓｏｎ Ｗｉｓ．）のデフォルト設定を使用して決定することができる。
特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物又はその特定の部分は、標的核酸又はその特定の部分に完全に相補的（すなわち１００％相補的）である。例えば、化合物は、ＰＮＰＬＡ３核酸又はその標的領域、若しくは標的セグメント、若しくは標的配列に完全に相補的であり得る。本明細書において使用される「完全に相補的」は、化合物の各核酸塩基が標的核酸の対応する核酸塩基に相補的であることを意味する。例えば、２０核酸塩基化合物は、その化合物に完全に相補的である、標的核酸の２０核酸塩基部分が存在する限り、４００核酸塩基長である標的配列に完全に相補的である。「完全に相補的な」は、第１及び／又は第２の核酸の特定の部分に関連して使用することもできる。例えば、３０核酸塩基化合物の２０核酸塩基部分は、４００核酸塩基長である標的配列に「完全に相補的」であり得る。３０核酸塩基化合物の２０核酸塩基部分は、標的配列が、各核酸塩基が化合物の２０核酸塩基部分に相補的な対応する２０核酸塩基部分を有する場合、標的配列に完全に相補的である。同時に、３０核酸塩基化合物の全体は、化合物の残りの１０核酸塩基が標的配列に相補的であるか否かに応じて、標的配列に完全に相補的であってもなくてもよい。
特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、標的核酸に対してミスマッチされた１つ以上の核酸塩基を含む。特定のこのような実施形態において、標的に対するアンチセンス活性は、そのようなミスマッチにより低減されるが、非標的に対する活性の方がより低減される。従って、特定のこのような実施形態において、化合物の選択性が改善される。特定の実施形態において、ミスマッチは、ギャップマーモチーフを有するオリゴヌクレオチド内に特異的に位置する。特定のこのような実施形態において、ミスマッチは、ギャップ領域の５’末端から１、２、３、４、５、６、７又は８位に存在する。特定のこのような実施形態において、ミスマッチは、ギャップ領域の３’末端から９、８、７、６、５、４、３、２、１位に存在する。特定のこのような実施形態において、ミスマッチは、ウイング領域の５’末端から１、２、３又は４位に存在する。特定のこのような実施形態において、ミスマッチは、ウイング領域の３’末端から４、３、２又は１位に存在する。特定の実施形態において、ミスマッチは、ギャップマーモチーフを有さないオリゴヌクレオチド内に特異的に位置する。特定のこのような実施形態において、ミスマッチは、オリゴヌクレオチドの５’末端から１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１又は１２位に存在する。特定のこのような実施形態において、ミスマッチは、オリゴヌクレオチドの３’末端から２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１又は１２位に存在する。
非相補的核酸塩基の局在は、化合物の５’末端又は３’末端におけるものであり得る。代替的に、１つ又は複数の非相補的核酸塩基は、化合物の内部位置に存在し得る。２つ以上の非相補的核酸塩基が存在する場合、それらは連続的（すなわち結合している）又は非連続的であり得る。一実施形態において、非相補的核酸塩基は、ギャップマーオリゴヌクレオチドのウイングセグメント中に局在する。
特定の実施形態において、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９若しくは２０個の核酸塩基長であるか、又は最大１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９若しくは２０個の核酸塩基長である、本明細書に記載される化合物は、標的核酸、例えばＰＮＰＬＡ３核酸又はその規定の一部に対して４つ以下、３つ以下、２つ以下又は１つ以下の非相補的核酸塩基を含む。
特定の実施形態において、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９若しくは３０個の核酸塩基長であるか、又は最大１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９若しくは３０個の核酸塩基長である、本明細書に記載される化合物は、標的核酸、例えばＰＮＰＬＡ３核酸又はその規定の一部に対して６つ以下、５つ以下、４つ以下、３つ以下、２つ以下又は１つ以下の非相補的核酸塩基を含む。
特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物としては、標的核酸の一部に相補的なものも挙げられる。本明細書において使用される「一部」は、標的核酸の領域又はセグメント内の定義された数の連続（すなわち結合している）核酸塩基を指す。「一部」は、化合物の定義された数の連続核酸塩基も指し得る。特定の実施形態において、化合物は、標的セグメントの少なくとも８個の核酸塩基の一部に相補的である。特定の実施形態において、化合物は、標的セグメントの少なくとも９個の核酸塩基の一部に相補的である。特定の実施形態において、化合物は、標的セグメントの少なくとも１０個の核酸塩基の一部に相補的である。特定の実施形態において、化合物は、標的セグメントの少なくとも１１個の核酸塩基の一部に相補的である。特定の実施形態において、化合物は、標的セグメントの少なくとも１２個の核酸塩基の一部に相補的である。特定の実施形態において、化合物は、標的セグメントの少なくとも１３個の核酸塩基の一部に相補的である。特定の実施形態において、化合物は、標的セグメントの少なくとも１４個の核酸塩基の一部に相補的である。特定の実施形態において、化合物は、標的セグメントの少なくとも１５個の核酸塩基の一部に相補的である。特定の実施形態において、化合物は、標的セグメントの少なくとも１６個の核酸塩基の一部に相補的である。標的セグメントの少なくとも９、１０、１７、１８、１９、２０個若しくはそれより多い核酸塩基の一部又はそれらの値の任意の２つにより定義される範囲に相補的な化合物も企図される。
同一性
本明細書に提供される化合物は、特定のヌクレオチド配列、配列番号又は特定のＩＯＮ番号で表される化合物又はその一部に対して、規定されたパーセント同一性も有し得る。特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、アンチセンス化合物又はオリゴマー化合物である。特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、修飾オリゴヌクレオチドである。本明細書において使用される化合物は、同一の核酸塩基対合能力を有する場合、本明細書に開示した配列と同一である。例えば、開示されたＤＮＡ配列においてチミジンの代わりにウラシルを含むＲＮＡは、ウラシル及びチミジンが両方ともアデニンと対合するため、ＤＮＡ配列と同一であると見なされるであろう。本明細書に記載される化合物のより短い及び長い型並びに本明細書に提供される化合物に対して非同一の塩基を有する化合物も想定される。非同一塩基は、互いに隣接するか又は化合物全体に分散され得る。化合物のパーセント同一性は、それが比較される配列と同一の塩基対を有する塩基の数に従って計算される。
特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物又はその部分は、本明細書に開示した化合物若しくは配列番号又はその部分の１つ以上に対して７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％若しくは１００％同一であるか又は少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％若しくは１００％同一である。特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、特定のヌクレオチド配列、配列番号又は特定のＩＯＮ番号で表される化合物或いはその部分に対して約７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％若しくは９９％又はそれらの値間の任意の百分率だけ同一であり、化合物は、１つ以上のミスマッチ核酸塩基を有するオリゴヌクレオチドを含む。特定のこのような実施形態において、ミスマッチは、オリゴヌクレオチドの５’末端から１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１又は１２位に存在する。特定のこのような実施形態において、ミスマッチは、オリゴヌクレオチドの３’末端から２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１又は１２位に存在する。
特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、アンチセンス化合物を含むか又はそれからなる。特定の実施形態において、アンチセンス化合物の部分は、標的核酸の等長部分と比較される。特定の実施形態において、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４又は２５核酸塩基部分は、標的核酸の等長部分と比較される。
特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、オリゴヌクレオチドを含むか又はそれからなる。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドの部分は、標的核酸の等長部分と比較される。特定の実施形態において、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４又は２５核酸塩基部分は、標的核酸の等長部分と比較される。
特定の修飾化合物
特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、結合ヌクレオシドからなるオリゴヌクレオチドを含むか又はそれからなる。オリゴヌクレオチドは、非修飾オリゴヌクレオチド（ＲＮＡ又はＤＮＡ）又は修飾オリゴヌクレオチドであり得る。修飾オリゴヌクレオチドは、非修飾ＲＮＡ又はＤＮＡに対して少なくとも１つの修飾（すなわち少なくとも１つの修飾ヌクレオシド（修飾糖部分及び／又は修飾核酸塩基を含む）及び／又は少なくとも１つの修飾ヌクレオシド間結合）を含む。
Ａ．修飾ヌクレオシド
修飾ヌクレオシドは、修飾糖部分若しくは修飾核酸塩基又は修飾糖部分及び修飾核酸塩基の両方を含む。
１．修飾糖部分
特定の実施形態において、糖部分は、非二環式の修飾糖部分である。特定の実施形態において、修飾糖部分は、二環式又は三環式糖部分である。特定の実施形態において、修飾糖部分は、糖代替物である。そのような糖代替物は、他のタイプの修飾糖部分の置換に対応する１つ以上の置換を含み得る。
特定の実施形態において、修飾糖部分は、１つ以上の非環式置換基を含む非二環式修飾フラノシル糖部分を含み、その非環式置換基は、限定されるものではないが、２’、４’及び／又は５’位における置換基を含む。特定の実施形態では、フラノシル糖部分は、リボシル糖部分である。特定の実施形態では、非二環式修飾糖部分の１つ以上の非環式置換基は、分枝鎖である。非二環式修飾糖部分に好適な２’－置換基の例としては、限定されるものではないが、２’－Ｆ、２’－ＯＣＨ３（「ＯＭｅ」又は「Ｏ－メチル」）及び２’－Ｏ（ＣＨ２）２ＯＣＨ３（「ＭＯＥ」）が挙げられる。特定の実施形態において、２’－置換基は、ハロ、アリル、アミノ、アジド、ＳＨ、ＣＮ、ＯＣＮ、ＣＦ３、ＯＣＦ３、Ｏ－Ｃ１～Ｃ１０アルコキシ、Ｏ－Ｃ１～Ｃ１０置換アルコキシ、Ｏ－Ｃ１～Ｃ１０アルキル、Ｏ－Ｃ１～Ｃ１０置換アルキル、Ｓ－アルキル、Ｎ（Ｒｍ）－アルキル、Ｏ－アルケニル、Ｓ－アルケニル、Ｎ（Ｒｍ）－アルケニル、Ｏ－アルキニル、Ｓ－アルキニル、Ｎ（Ｒｍ）－アルキニル、Ｏ－アルキレニル－Ｏ－アルキル、アルキニル、アルカリール、アラルキル、Ｏ－アルカリール、Ｏ－アラルキル、Ｏ（ＣＨ２）２ＳＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２ＯＮ（Ｒｍ）（Ｒｎ）又はＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）－Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ）の中から選択され、式中、各Ｒｍ及びＲｎは、独立して、Ｈ、アミノ保護基又は置換若しくは非置換Ｃ１～Ｃ１０アルキル及びＣｏｏｋらの米国特許第６，５３１，５８４号明細書；Ｃｏｏｋらの米国特許第５，８５９，２２１号明細書；及びＣｏｏｋらの米国特許第６，００５，０８７号明細書に記載されている２’－置換基である。これらの２’－置換基の特定の実施形態は、ヒドロキシル、アミノ、アルコキシ、カルボキシ、ベンジル、フェニル、ニトロ（ＮＯ２）、チオール、チオアルコキシ、チオアルキル、ハロゲン、アルキル、アリール、アルケニル及びアルキニルの中から独立して選択される１つ以上の置換基でさらに置換され得る。直鎖非二環式修飾糖部分に好適な４’－置換基の例としては、限定されるものではないが、アルコキシ（例えば、メトキシ）、アルキル及びＭａｎｏｈａｒａｎらの国際公開第２０１５／１０６１２８号パンフレットに記載されているものが挙げられる。非二環式修飾糖部分に好適な５’－置換基の例としては、限定されるものではないが、５’－メチル（Ｒ又はＳ）、５’－ビニル及び５’－メトキシが挙げられる。特定の実施形態において、非二環式修飾糖は、２つ以上の非架橋糖置換基、例えば２’－Ｆ－５’－メチル糖部分並びにＭｉｇａｗａらの国際公開第２００８／１０１１５７号パンフレット及びＲａｊｅｅｖらの米国特許出願公開第２０１３／０２０３８３６号明細書に記載されている修飾糖部分及び修飾ヌクレオシドを含む。
特定の実施形態において、２’－置換ヌクレオシド又は２’－非二環式修飾ヌクレオシドは、Ｆ、ＮＨ２、Ｎ３、ＯＣＦ３、ＯＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）３ＮＨ２、ＣＨ２ＣＨ＝ＣＨ２、ＯＣＨ２ＣＨ＝ＣＨ２、ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２ＳＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２ＯＮ（Ｒｍ）（Ｒｎ）、Ｏ（ＣＨ２）２Ｏ（ＣＨ２）２Ｎ（ＣＨ３）２及びＮ－置換アセトアミド（ＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）－Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ））から選択される直鎖２’－置換基を含む糖部分を含み、それぞれのＲｍ及びＲｎは、独立して、Ｈ、アミノ保護基又は置換若しくは非置換Ｃ１～Ｃ１０アルキルである。
特定の実施形態において、２’－置換ヌクレオシド又は２’－非二環式修飾ヌクレオシドは、Ｆ、ＯＣＦ３、ＯＣＨ３、ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２ＳＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２ＯＮ（ＣＨ３）２、Ｏ（ＣＨ２）２Ｏ（ＣＨ２）２Ｎ－（ＣＨ３）２及びＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）－Ｎ（Ｈ）ＣＨ３（「ＮＭＡ」）から選択される直鎖２’－置換基を含む糖部分を含む。
特定の実施形態において、２’－置換ヌクレオシド又は２’－非二環式修飾ヌクレオシドは、Ｆ、ＯＣＨ３及びＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３から選択される直鎖２’－置換基を含む糖部分を含む。
修飾糖部分、例えば非二環式修飾糖部分を含むヌクレオシドは、ヌクレオシドの糖部分上の置換の位置により称される。例えば、２’－置換又は２－修飾糖部分を含むヌクレオシドは、２’－置換ヌクレオシド又は２－修飾ヌクレオシドと称される。
特定の修飾糖部分は、第２の環を形成して二環式糖部分をもたらす架橋糖置換基を含む。特定のこのような実施形態において、二環式糖部分は、４’及び２’フラノース環原子間の架橋を含む。特定のそのような実施形態では、フラノース環は、リボース環である。そのような４’から２’の架橋糖置換基の例としては、限定されるものではないが、４’－ＣＨ２－２’、４’－（ＣＨ２）２－２’、４’－（ＣＨ２）３－２’、４’－ＣＨ２－Ｏ－２’（「ＬＮＡ」）、４’－ＣＨ２－Ｓ－２’、４’－（ＣＨ２）２－Ｏ－２’（「ＥＮＡ」）、４’－ＣＨ（ＣＨ３）－Ｏ－２’（Ｓ配置の場合、「束縛エチル」又は「ｃＥｔ」と称される）、４’－ＣＨ２－Ｏ－ＣＨ２－２’、４’－ＣＨ２－Ｎ（Ｒ）－２’、４’－ＣＨ（ＣＨ２ＯＣＨ３）－Ｏ－２’（「束縛ＭＯＥ」又は「ｃＭＯＥ」）及びその類似体（例えば、Ｓｅｔｈらの米国特許第７，３９９，８４５号明細書、Ｂｈａｔらの米国特許第７，５６９，６８６号明細書、Ｓｗａｙｚｅらの米国特許第７，７４１，４５７号明細書及びＳｗａｙｚｅらの米国特許第８，０２２，１９３号明細書を参照されたい）、４’－Ｃ（ＣＨ３）（ＣＨ３）－Ｏ－２’及びその類似体（例えば、Ｓｅｔｈらの米国特許第８，２７８，２８３号明細書を参照されたい）、４’－ＣＨ２－Ｎ（ＯＣＨ３）－２’及びその類似体（例えば、Ｐｒａｋａｓｈらの米国特許第８，２７８，４２５号明細書を参照されたい）、４’－ＣＨ２－Ｏ－Ｎ（ＣＨ３）－２’（例えば、Ａｌｌｅｒｓｏｎらの米国特許第７，６９６，３４５号明細書及びＡｌｌｅｒｓｏｎらの米国特許第８，１２４，７４５号明細書を参照されたい）、４’－ＣＨ２－Ｃ（Ｈ）（ＣＨ３）－２’（例えば、Ｚｈｏｕ，ｅｔ ａｌ．、Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．，２００９、７４、１１８－１３４を参照されたい）、４’－ＣＨ２－Ｃ（＝ＣＨ２）－２’及びその類似体（例えば、Ｓｅｔｈらの米国特許第８，２７８，４２６号明細書を参照されたい）、４’－Ｃ（ＲａＲｂ）－Ｎ（Ｒ）－Ｏ－２’、４’－Ｃ（ＲａＲｂ）－Ｏ－Ｎ（Ｒ）－２’、４’－ＣＨ２－Ｏ－Ｎ（Ｒ）－２’及び４’－ＣＨ２－Ｎ（Ｒ）－Ｏ－２’（式中、各Ｒ、Ｒａ及びＲｂは、独立して、Ｈ、保護基又はＣ１～Ｃ１２アルキルである）（例えば、Ｉｍａｎｉｓｈｉらの米国特許第７，４２７，６７２号明細書を参照されたい）が挙げられる。
特定の実施形態において、このような４’から２’への架橋は、独立して、－［Ｃ（Ｒａ）（Ｒｂ）］ｎ－、－［Ｃ（Ｒａ）（Ｒｂ）］ｎ－Ｏ－、－Ｃ（Ｒａ）＝Ｃ（Ｒｂ）－、－Ｃ（Ｒａ）＝Ｎ－、－Ｃ（＝ＮＲａ）－、－Ｃ（＝Ｏ）－、－Ｃ（＝Ｓ）－、－Ｏ－、－Ｓｉ（Ｒａ）２－、－Ｓ（＝Ｏ）ｘ－及び－Ｎ（Ｒａ）－から独立して選択される１～４つの結合基を含み、式中、
ｘは、０、１又は２であり；
ｎは、１、２、３又は４であり；
それぞれのＲａ及びＲｂは、独立して、Ｈ、保護基、ヒドロキシル、Ｃ１～Ｃ１２アルキル、置換Ｃ１～Ｃ１２アルキル、Ｃ２～Ｃ１２アルケニル、置換Ｃ２～Ｃ１２アルケニル、Ｃ２～Ｃ１２アルキニル、置換Ｃ２～Ｃ１２アルキニル、Ｃ５～Ｃ２０アリール、置換Ｃ５～Ｃ２０アリール、複素環基、置換複素環基、ヘテロアリール、置換ヘテロアリール、Ｃ５～Ｃ７脂環式基、置換Ｃ５～Ｃ７脂環式基、ハロゲン、ＯＪ１、ＮＪ１Ｊ２、ＳＪ１、Ｎ３、ＣＯＯＪ１、アシル（Ｃ（＝Ｏ）－Ｈ）、置換アシル、ＣＮ、スルホニル（Ｓ（＝Ｏ）２－Ｊ１）又はスルホキシル（Ｓ（＝Ｏ）－Ｊ１）であり；
それぞれのＪ１及びＪ２は、独立して、Ｈ、Ｃ１～Ｃ１２アルキル、置換Ｃ１～Ｃ１２アルキル、Ｃ２～Ｃ１２アルケニル、置換Ｃ２～Ｃ１２アルケニル、Ｃ２～Ｃ１２アルキニル、置換Ｃ２～Ｃ１２アルキニル、Ｃ５～Ｃ２０アリール、置換Ｃ５～Ｃ２０アリール、アシル（Ｃ（＝Ｏ）－Ｈ）、置換アシル、複素環基、置換複素環基、Ｃ１～Ｃ１２アミノアルキル、置換Ｃ１～Ｃ１２アミノアルキル又は保護基である。
さらなる二環式糖部分は、当技術分野で既知であり、例えばＦｒｅｉｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，１９９７，２５（２２），４４２９－４４４３、Ａｌｂａｅｋ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．，２００６，７１，７７３１－７７４０、Ｓｉｎｇｈ ｅｔ ａｌ．，Ｃｈｅｍ．Ｃｏｍｍｕｎ．，１９９８，４，４５５－４５６；Ｋｏｓｈｋｉｎ ｅｔ ａｌ．，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ，１９９８，５４，３６０７－３６３０；Ｗａｈｌｅｓｔｅｄｔ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．，２０００，９７，５６３３－５６３８；Ｋｕｍａｒ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔ．，１９９８，８，２２１９－２２２２；Ｓｉｎｇｈ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．，１９９８，６３，１００３５－１００３９；Ｓｒｉｖａｓｔａｖａ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．，２００７，１２９，８３６２－８３７９；Ｅｌａｙａｄｉ ｅｔ ａｌ．，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎｉｏｎ Ｉｎｖｅｎｓ．Ｄｒｕｇｓ，２００１，２，５５８－５６１；Ｂｒａａｓｃｈ ｅｔ ａｌ．，Ｃｈｅｍ．Ｂｉｏｌ．，２００１，８，１－７；Ｏｒｕｍ ｅｔ ａｌ．，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎｉｏｎ Ｍｏｌ．Ｔｈｅｒ．，２００１，３，２３９－２４３；Ｗｅｎｇｅｌらの米国特許第７，０５３，２０７号明細書、Ｉｍａｎｉｓｈｉらの米国特許第６，２６８，４９０号明細書、Ｉｍａｎｉｓｈｉらの米国特許第６，７７０，７４８号明細書、Ｉｍａｎｉｓｈｉらの米国再発行特許第４４，７７９号明細書；Ｗｅｎｇｅｌらの米国特許第６，７９４，４９９号明細書、Ｗｅｎｇｅｌらの米国特許第６，６７０，４６１号明細書；Ｗｅｎｇｅｌらの米国特許第７，０３４，１３３号明細書、Ｗｅｎｇｅｌらの米国特許第８，０８０，６４４号明細書；Ｗｅｎｇｅｌらの米国特許第８，０３４，９０９号明細書；Ｗｅｎｇｅｌらの米国特許第８，１５３，３６５号明細書；Ｗｅｎｇｅｌらの米国特許第７，５７２，５８２号明細書；及びＲａｍａｓａｍｙらの米国特許第６，５２５，１９１号明細書、Ｔｏｒｓｔｅｎらの国際公開第２００４／１０６３５６号パンフレット、Ｗｅｎｇｅｌらの国際公開第１９９９／０１４２２６号パンフレット；Ｓｅｔｈらの国際公開第２００７／１３４１８１号パンフレット；Ｓｅｔｈらの米国特許第７，５４７，６８４号明細書；Ｓｅｔｈらの米国特許第７，６６６，８５４号明細書；Ｓｅｔｈらの米国特許第８，０８８，７４６号明細書；Ｓｅｔｈらの米国特許第７，７５０，１３１号明細書；Ｓｅｔｈらの米国特許第８，０３０，４６７号明細書；Ｓｅｔｈらの米国特許第８，２６８，９８０号明細書；Ｓｅｔｈらの米国特許第８，５４６，５５６号明細書；Ｓｅｔｈらの米国特許第８，５３０，６４０号明細書；Ｍｉｇａｗａらの米国特許第９，０１２，４２１号明細書；Ｓｅｔｈらの米国特許第８，５０１，８０５号明細書；及びＡｌｌｅｒｓｏｎらの米国特許出願公開第２００８／００３９６１８号明細書及びＭｉｇａｗａらの米国特許出願公開第２０１５／０１９１７２７号明細書を参照されたい。
特定の実施形態において、二環式糖部分及びそのような二環式糖部分を取り込むヌクレオシドは、異性体立体配置によりさらに定義される。例えば、（本明細書に記載される）ＬＮＡヌクレオシドは、α－Ｌ立体配置又はβ－Ｄ立体配置であり得る。
Figure 2024026778000024
 α－Ｌ－メチレンオキシ（４’－ＣＨ２－Ｏ－２’）又はα－Ｌ－ＬＮＡ二環式ヌクレオシドは、アンチセンス活性を示したオリゴヌクレオチドに組み込まれている（Ｆｒｉｅｄｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，２００３，２１，６３６５－６３７２）。本明細書において、二環式ヌクレオシドの一般的な記載には、両方の異性体立体配置が含まれる。本明細書の例示的な実施形態において、特定の二環式ヌクレオシド（例えば、ＬＮＡ又はｃＥｔ）の位置が特定される場合、それらは、別途明記しない限りβ－Ｄ立体配置にある。
特定の実施形態において、修飾糖部分は、１つ以上の非架橋糖置換基及び１つ以上の架橋糖置換基（例えば、５’－置換及び４’－２’架橋糖）を含む。
特定の実施形態において、修飾糖部分は、糖代替物である。特定のこのような実施形態において、糖部分の酸素原子は、例えば、硫黄、炭素又は窒素原子で置き換えられている。特定のこのような実施形態において、そのような修飾糖部分は、本明細書に記載された架橋及び／又は非架橋置換基も含む。例えば、特定の糖代替物は、４’－硫黄原子及び２’－位（例えば、Ｂｈａｔらの米国特許第７，８７５，７３３号明細書及びＢｈａｔらの米国特許第７，９３９，６７７号明細書を参照されたい）及び／又は５’位の置換を含む。
特定の実施形態において、糖代替物は、５つ以外の原子を有する環を含む。例えば、特定の実施形態において、糖代替物は、６員テトラヒドロピラン（「ＴＨＰ」）を含む。このようなテトラヒドロピランは、さらに修飾又は置換され得る。このような修飾テトラヒドロピランを含むヌクレオシドとしては、限定されるものではないが、ヘキシトール核酸（「ＨＮＡ」）、アニトール核酸（「ＡＮＡ」）、マニトール核酸（「ＭＮＡ」）（例えば、Ｌｅｕｍａｎｎ，ＣＪ．Ｂｉｏｏｒｇ．＆Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．２００２，１０，８４１－８５４を参照されたい）、フルオロＨＮＡ：
Figure 2024026778000025
 （「Ｆ－ＨＮＡ」、例えばＳｗａｙｚｅらの米国特許第８，０８８，９０４号明細書；Ｓｗａｙｚｅらの米国特許第８，４４０，８０３号明細書；及びＳｗａｙｚｅらの米国特許第９，００５，９０６号明細書を参照されたい）。Ｆ－ＨＮＡは、Ｆ－ＴＨＰ又は３’－フルオロテトラヒドロピランとも称され得、及び式：
Figure 2024026778000026
 （式中、前記修飾ＴＨＰヌクレオシドのそれぞれに関して独立して、
Ｂｘは、核酸塩基部分であり；
Ｔ３及びＴ４は、それぞれ独立して、修飾ＴＨＰヌクレオシドをオリゴヌクレオチドの残部に結合するヌクレオシド間結合基であるか、又はＴ３及びＴ４の一方は、修飾ＴＨＰヌクレオシドをオリゴヌクレオチドの残部を結合するヌクレオシド間結合基であり、Ｔ３及びＴ４の他方は、Ｈ、ヒドロキシル保護基、結合コンジュゲート基又は５’若しくは３’－末端基であり；
ｑ１、ｑ２、ｑ３、ｑ４、ｑ５、ｑ６及びｑ７は、それぞれ独立して、Ｈ、Ｃ１～Ｃ６アルキル、置換Ｃ１～Ｃ６アルキル、Ｃ２～Ｃ６アルケニル、置換Ｃ２～Ｃ６アルケニル、Ｃ２～Ｃ６アルキニル又は置換Ｃ２～Ｃ６アルキニルであり；
Ｒ１及びＲ２のそれぞれは、水素、ハロゲン、置換又は非置換アルコキシ、ＮＪ１Ｊ２、ＳＪ１、Ｎ３、ＯＣ（＝Ｘ）Ｊ１、ＯＣ（＝Ｘ）ＮＪ１Ｊ２、ＮＪ３Ｃ（＝Ｘ）ＮＪ１Ｊ２及びＣＮの中から独立して選択され、Ｘは、Ｏ、Ｓ又はＮＪ１であり、それぞれのＪ１、Ｊ２及びＪ３は、独立して、Ｈ又はＣ１～Ｃ６アルキルである）
を有する追加の修飾ＴＨＰ化合物を含むヌクレオシドが挙げられる。
特定の実施形態において、ｑ１、ｑ２、ｑ３、ｑ４、ｑ５、ｑ６及びｑ７がそれぞれＨである、修飾ＴＨＰヌクレオシドが提供される。特定の実施形態において、ｑ１、ｑ２、ｑ３、ｑ４、ｑ５、ｑ６及びｑ７の少なくとも１つは、Ｈ以外である。特定の実施形態において、ｑ１、ｑ２、ｑ３、ｑ４、ｑ５、ｑ６及びｑ７の少なくとも１つは、メチルである。特定の実施形態において、Ｒ１及びＲ２の一方がＦである修飾ＴＨＰヌクレオシドが提供される。特定の実施形態において、Ｒ１はＦであり、Ｒ２はＨであり、特定の実施形態において、Ｒ１は、メトキシであり、Ｒ２は、Ｈであり、特定の実施形態において、Ｒ１は、メトキシエトキシであり、Ｒ２は、Ｈである。
特定の実施形態において、糖代替物は、６つ以上の原子及び２つ以上のヘテロ原子を有する環を含む。例えば、モルホリノ糖部分を含むヌクレオシド及びオリゴヌクレオチド中でのその使用が報告されている（例えば、Ｂｒａａｓｃｈ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，２００２，４１，４５０３－４５１０並びにＳｕｍｍｅｒｔｏｎらの米国特許第５，６９８，６８５号明細書；Ｓｕｍｍｅｒｔｏｎらの米国特許第５，１６６，３１５号明細書；Ｓｕｍｍｅｒｔｏｎらの米国特許第５，１８５，４４４号明細書；及びＳｕｍｍｅｒｔｏｎらの米国特許第５，０３４，５０６号明細書を参照されたい）。本明細書において使用される用語「モルホリノ」は、以下の構造：
Figure 2024026778000027
 を有する糖代替物を意味する。特定の実施形態において、モルホリノは、例えば、上記モルホリノ構造から置換基を付加するか、又は変動させることにより修飾することができる。このような糖代替物は、本明細書において「修飾モルホリノ」と称される。
特定の実施形態において、糖代替物は、非環式部分を含む。そのような非環式糖代替物を含むヌクレオシド及びオリゴヌクレオチドの例としては、限定されるものではないが、ペプチド核酸（「ＰＮＡ」）、非環式ブチル核酸（例えば、Ｋｕｍａｒ ｅｔ ａｌ．，Ｏｒｇ．Ｂｉｏｍｏｌ．Ｃｈｅｍ．，２０１３，１１，５８５３－５８６５を参照されたい）並びにＭａｎｏｈａｒａｎらの国際公開第２０１３／１３０３７８号パンフレットに記載されているヌクレオシド及びオリゴヌクレオチドが挙げられる。
修飾ヌクレオシド中に使用され得る、多数の他の二環式及び三環式の糖及び糖代替物環系が当技術分野で既知である。
修飾核酸塩基
核酸塩基（又は塩基）の修飾又は置換は、天然存在の又は合成非修飾核酸塩基と構造的に区別可能であるが、機能的には天然存在の又は合成非修飾核酸塩基と交換可能である。天然核酸塩基及び修飾核酸塩基は、両方とも水素結合に関与し得る。このような核酸塩基修飾は、ヌクレアーゼ安定性、結合親和性又は他の何らかの有益な生物学的特性をアンチセンス化合物に付与し得る。
特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、非修飾核酸塩基を含む１つ以上のヌクレオシドを含む。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、修飾核酸塩基を含む１つ以上のヌクレオシドを含む。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、脱塩基ヌクレオシドと称される、核酸塩基を含まない１つ以上のヌクレオシドを含む。
特定の実施形態において、修飾核酸塩基は、５－置換ピリミジン、６－アザピリミジン、アルキル又はアルキニル置換ピリミジン、アルキル置換プリン並びにＮ－２、Ｎ－６及びＯ－６置換プリンから選択される。特定の実施形態において、修飾核酸塩基は、２－アミノプロピルアデニン、５－ヒドロキシメチルシトシン、５－メチルシトシン、キサンチン、ヒポキサンチン、２－アミノアデニン、６－Ｎ－メチルグアニン、６－Ｎ－メチルアデニン、２－プロピルアデニン、２－チオウラシル、２－チオチミン及び２－チオシトシン、５－プロピニル（Ｃ≡Ｃ－ＣＨ３）ウラシル、５－プロピニルシトシン、６－アゾウラシル、６－アゾシトシン、６－アゾチミン、５－リボシルウラシル（シュードウラシル）、４－チオウラシル、８－ハロ、８－アミノ、８－チオール、８－チオールアルキル、８－ヒドロキシル、８－アザ並びに他の８－置換プリン、５－ハロ、特に５－ブロモ、５－トリフルオロメチル、５－ハロウラシル及び５－ハロシトシン、７－メチルグアニン、７－メチルアデニン、２－Ｆ－アデニン、２－アミノアデニン、７－デアザグアニン、７－デアザアデニン、３－デアザグアニン、３－デアザアデニン、６－Ｎ－ベンゾイルアデニン、２－Ｎ－イソブチリルグアニン、４－Ｎ－ベンゾイルシトシン、４－Ｎ－ベンゾイルウラシル、５－メチル４－Ｎ－ベンゾイルシトシン、５－メチル４－Ｎ－ベンゾイルウラシル、ユニバーサル塩基、疎水性塩基、広域塩基、サイズ拡張塩基及びフッ素化塩基から選択される。さらなる修飾核酸塩基としては、三環式ピリミジン、例えば１，３－ジアザフェノキサジン－２－オン、１，３－ジアザフェノチアジン－２－オン及び９－（２－アミノエトキシ）－１，３－ジアザフェノキサジン－２－オン（Ｇ－クランプ）が挙げられる。修飾核酸塩基としては、プリン又はピリミジン塩基が他の複素環により置き換えられているもの、例えば７－デアザ－アデニン、７－デアザグアノシン、２－アミノピリジン及び２－ピリドンを挙げることもできる。さらなる核酸塩基としては、Ｍｅｒｉｇａｎらの米国特許第３，６８７，８０８号明細書に開示されているもの、Ｔｈｅ Ｃｏｎｃｉｓｅ Ｅｎｃｙｃｌｏｐｅｄｉａ Ｏｆ Ｐｏｌｙｍｅｒ Ｓｃｉｅｎｃｅ Ａｎｄ Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ，Ｋｒｏｓｃｈｗｉｔｚ，Ｊ．Ｉ．，Ｅｄ．，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ＆Ｓｏｎｓ，１９９０，８５８－８５９；Ｅｎｇｌｉｓｃｈ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｇｅｗａｎｄｔｅ Ｃｈｅｍｉｅ，Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ｅｄｉｔｉｏｎ，１９９１，３０，６１３；Ｓａｎｇｈｖｉ，Ｙ．Ｓ．，Ｃｈａｐｔｅｒ １５，Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ａｎｄ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ，Ｃｒｏｏｋｅ，Ｓ．Ｔ．ａｎｄ Ｌｅｂｌｅｕ，Ｂ．，Ｅｄｓ．，ＣＲＣ Ｐｒｅｓｓ，１９９３，２７３－２８８に開示されているもの；及びＣｈａｐｔｅｒｓ ６ ａｎｄ １５，Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ Ｄｒｕｇ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｃｒｏｏｋｅ Ｓ．Ｔ．，Ｅｄ．，ＣＲＣ Ｐｒｅｓｓ，２００８，１６３－１６６ ａｎｄ ４４２－４４３に開示されているものが挙げられる。
上記の修飾核酸塩基の特定のもの及び他の修飾核酸塩基の調製を教示する刊行物としては、限定されるものではないが、Ｍａｎｏｈａｒａｎらの米国特許出願公開第２００３／０１５８４０３号明細書、Ｍａｎｏｈａｒａｎらの米国特許出願公開第２００３／０１７５９０６号明細書；Ｄｉｎｈらの米国特許第４，８４５，２０５号明細書；Ｓｐｉｅｌｖｏｇｅｌらの米国特許第５，１３０，３０２号明細書；Ｒｏｇｅｒｓらの米国特許第５，１３４，０６６号明細書；Ｂｉｓｃｈｏｆｂｅｒｇｅｒらの米国特許第５，１７５，２７３号明細書；Ｕｒｄｅａらの米国特許第５，３６７，０６６号明細書；Ｂｅｎｎｅｒらの米国特許第５，４３２，２７２号明細書；Ｍａｔｔｅｕｃｃｉらの米国特許第５，４３４，２５７号明細書；Ｇｍｅｉｎｅｒらの米国特許第５，４５７，１８７号明細書；Ｃｏｏｋらの米国特許第５，４５９，２５５号明細書；Ｆｒｏｅｈｌｅｒらの米国特許第５，４８４，９０８号明細書；Ｍａｔｔｅｕｃｃｉらの米国特許第５，５０２，１７７号明細書；Ｈａｗｋｉｎｓらの米国特許第５，５２５，７１１号明細書；Ｈａｒａｌａｍｂｉｄｉｓらの米国特許第５，５５２，５４０号明細書；Ｃｏｏｋらの米国特許第５，５８７，４６９号明細書；Ｆｒｏｅｈｌｅｒらの米国特許第５，５９４，１２１号明細書；Ｓｗｉｔｚｅｒらの米国特許第５，５９６，０９１号明細書；Ｃｏｏｋらの米国特許第５，６１４，６１７号明細書；Ｆｒｏｅｈｌｅｒらの米国特許第５，６４５，９８５号明細書；Ｃｏｏｋらの米国特許第５，６８１，９４１号明細書；Ｃｏｏｋらの米国特許第５，８１１，５３４号明細書；Ｃｏｏｋらの米国特許第５，７５０，６９２号明細書；Ｃｏｏｋらの米国特許第５，９４８，９０３号明細書；Ｃｏｏｋらの米国特許第５，５８７，４７０号明細書；Ｃｏｏｋらの米国特許第５，４５７，１９１号明細書；Ｍａｔｔｅｕｃｃｉらの米国特許第５，７６３，５８８号明細書；Ｆｒｏｅｈｌｅｒらの米国特許第５，８３０，６５３号明細書；Ｃｏｏｋらの米国特許第５，８０８，０２７号明細書；Ｃｏｏｋらの米国特許第６，１６６，１９９号明細書；及びＭａｔｔｅｕｃｃｉらの米国特許第６，００５，０９６号明細書が挙げられる。
特定の実施形態において、ＰＮＰＬＡ３核酸を標的とする化合物は、１つ以上の修飾核酸塩基を含む。特定の実施形態において、修飾核酸塩基は、５－メチルシトシンである。特定の実施形態において、それぞれのシトシンは、５－メチルシトシンである。
修飾ヌクレオチド間結合
ＲＮＡ及びＤＮＡの天然存在ヌクレオシド間結合は、３’から５’へのホスホジエステル結合である。特定の実施形態において、１つ以上の修飾（すなわち非天然存在）ヌクレオシド間結合を有する本明細書に記載される化合物は、例えば、向上された細胞取り込み、標的核酸に対する向上された親和性及びヌクレアーゼ存在下での増大された安定性等の所望の特性に起因して、多くの場合に天然存在ヌクレオシド間結合を有する化合物に優先して選択される。
キラル中心を有する代表的なヌクレオシド間結合としては、アルキルホスホネート及びホスホロチオエートが挙げられるが、これらに限定されない。キラル中心を有するヌクレオシド間結合を含む修飾オリゴヌクレオチドは、立体無作為性ヌクレオシド間結合を含む修飾オリゴヌクレオチドの集団として又は特定の立体化学配置にあるホスホロチオエート結合を含む修飾オリゴヌクレオチドの集団として調製され得る。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドの集団は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合の全てが立体無作為性であるホスホロチオエートヌクレオシド間結合を含む。そのような修飾オリゴヌクレオチドは、各ホスホロチオエート結合の立体化学配置の無作為選択をもたらす合成方法を用いて生成され得る。それにもかかわらず、当業者によく理解されるように、個々の各オリゴヌクレオチド分子の個々の各ホスホロチオエートは、規定の立体配置を有する。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドの集団は、特定の、独立して選択された立体化学配置にある１つ以上の特定のホスホロチオエートヌクレオシド間結合を含む修飾オリゴヌクレオチドに富んでいる。特定の実施形態では、特定のホスホロチオエート結合の特定の立体配置は、集団における分子の少なくとも６５％に存在する。特定の実施形態では、特定のホスホロチオエート結合の特定の立体配置は、集団における分子の少なくとも７０％に存在する。特定の実施形態では、特定のホスホロチオエート結合の特定の立体配置は、集団における分子の少なくとも８０％に存在する。特定の実施形態では、特定のホスホロチオエート結合の特定の立体配置は、集団における分子の少なくとも９０％に存在する。特定の実施形態では、特定のホスホロチオエート結合の特定の立体配置は、集団における分子の少なくとも９９％に存在する。そのようなキラル的に富んだ修飾オリゴヌクレオチドの集団は、当技術分野で既知の合成方法、例えばＯｋａ ｅｔ ａｌ．，ＪＡＣＳ １２５，８３０７（２００３）、Ｗａｎ ｅｔ ａｌ．Ｎｕｃ．Ａｃｉｄ．Ｒｅｓ．４２，１３４５６（２０１４）及び国際公開第２０１７／０１５５５５号パンフレットに記載されている方法を用いて生成することができる。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドの集団は、（Ｓｐ）立体配置にある少なくとも１つの示されたホスホロチオエートを有する修飾オリゴヌクレオチドに富んでいる。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドの集団は、（Ｒｐ）立体配置にある少なくとも１つのホスホロチオエートを有する修飾オリゴヌクレオチドに富んでいる。特定の実施形態では、（Ｒｐ）及び／又は（Ｓｐ）ホスホロチオエートを含む修飾オリゴヌクレオチドは、それぞれ以下の式の１つ以上を含み、「Ｂ」は、核酸塩基を示す。
Figure 2024026778000028
 別途示さない限り、本明細書に記載される修飾オリゴヌクレオチドのキラルヌクレオシド間結合は、立体無作為性であるか又は特定の立体化学配置にあり得る。
特定の実施形態において、ＰＮＰＬＡ３核酸を標的とする化合物は、１つ以上の修飾ヌクレオシド間結合を含む。特定の実施形態において、修飾ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合である。特定の実施形態において、アンチセンス化合物の各ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である。
特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、オリゴヌクレオチドを含む。修飾ヌクレオシド間結合を有するオリゴヌクレオチドは、リン原子及びリン原子を有さないヌクレオシド間結合を保持するヌクレオシド間結合を含む。代表的なリン含有ヌクレオシド間結合としては、限定されるものではないが、ホスホジエステル、ホスホトリエステル、メチルホスホネート、ホスホラミデート及びホスホロチオエートが挙げられる。リン含有及び非リン含有結合の調製方法は周知である。
特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、任意のヌクレオシド間結合を使用して互いに結合され得る。ヌクレオシド間結合基の２つの主なクラスは、リン原子の存在又は非存在により規定される。代表的なリン含有ヌクレオシド間結合としては、限定されるものではないが、ホスホジエステル結合（「Ｐ＝Ｏ」）を含有するホスフェート（非修飾又は天然存在結合とも称される）、ホスホトリエステル、メチルホスホネート、ホスホラミデート、及びホスホロチオエート（「Ｐ＝Ｓ」）、及びホスホロジチオエート（「ＨＳ－Ｐ＝Ｓ」）が挙げられる。代表的な非リン含有ヌクレオシド間結合基としては、限定されるものではないが、メチレンメチルイミノ（－ＣＨ２－Ｎ（ＣＨ３）－Ｏ－ＣＨ２－）、チオジエステル、チオノカルバメート（－Ｏ－Ｃ（＝Ｏ）（ＮＨ）－Ｓ－）；シロキサン（－Ｏ－ＳｉＨ２－Ｏ－）；及びＮ，Ｎ’－ジメチルヒドラジン（－ＣＨ２－Ｎ（ＣＨ３）－Ｎ（ＣＨ３）－）が挙げられる。天然存在ホスフェート結合と比較して、修飾ヌクレオシド間結合は、オリゴヌクレオチドのヌクレアーゼ耐性を変動させ、一般に増大させるために使用することができる。特定の実施形態において、キラル原子を有するヌクレオシド間結合は、ラセミ混合物として又は別個のエナンチオマーとして調製することができる。代表的なキラルヌクレオシド間結合としては、限定されるものではないが、アルキルホスホネート及びホスホロチオエートが挙げられる。リン含有及び非リン含有ヌクレオシド間結合の調製方法は、当業者に周知である。
中性ヌクレオシド間結合としては、限定されるものではないが、ホスホトリエステル、メチルホスホネート、ＭＭＩ（３’－ＣＨ２－Ｎ（ＣＨ３）－Ｏ－５’）、アミド－３（３’－ＣＨ２－Ｃ（＝Ｏ）－Ｎ（Ｈ）－５’）、アミド－４（３’－ＣＨ２－Ｎ（Ｈ）－Ｃ（＝Ｏ）－５’）、ホルムアセタール（３’－Ｏ－ＣＨ２－Ｏ－５’）、メトキシプロピル及びチオホルムアセタール（３’－Ｓ－ＣＨ２－Ｏ－５’）が挙げられる。さらなる中性ヌクレオシド間結合としては、シロキサン（ジアルキルシロキサン）、カルボキシレートエステル、カルボキサミド、スルフィド、スルホネートエステル及びアミドを含む非イオン性結合が挙げられる（例えば、Ｃａｒｂｏｈｙｄｒａｔｅ Ｍｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎｓ ｉｎ Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ Ｒｅｓｅａｒｃｈ；Ｙ．Ｓ．Ｓａｎｇｈｖｉ ａｎｄ Ｐ．Ｄ．Ｃｏｏｋ，Ｅｄｓ．，ＡＣＳ Ｓｙｍｐｏｓｉｕｍ Ｓｅｒｉｅｓ ５８０；Ｃｈａｐｔｅｒｓ ３ ａｎｄ ４，４０－６５を参照されたい）。さらなる中性ヌクレオシド間結合としては、混合Ｎ、Ｏ、Ｓ及びＣＨ２構成成分部分を含む非イオン性結合が挙げられる。
特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、規定されたパターン又は修飾ヌクレオシド間結合モチーフでオリゴヌクレオチド又はその領域に沿って配置された修飾ヌクレオシド間結合を含む。特定の実施形態において、ヌクレオシド間結合は、ギャップ化モチーフで配置される。そのような実施形態では、２つのウイング領域のそれぞれのヌクレオシド間結合は、ギャップ領域中のヌクレオシド間結合と異なる。特定の実施形態において、ウイング中のヌクレオシド間結合は、ホスホジエステルであり、ギャップ中のヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートである。ヌクレオシドモチーフは独立して選択されるため、ギャップヌクレオシド間結合モチーフを有するそのようなオリゴヌクレオチドは、ギャップヌクレオシドモチーフを有しても有さなくてもよく、ギャップヌクレオシドモチーフを有する場合、ウイング長及びギャップ長は、同一であっても同一でなくてもよい。
特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、交互のヌクレオシド間結合モチーフを有する領域を含む。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、均一修飾ヌクレオシド間結合の領域を含む。特定のこのような実施形態において、オリゴヌクレオチドは、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合により均一に結合している領域を含む。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、ホスホロチオエートにより均一に結合している。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドの各ヌクレオシド間結合は、ホスホジエステル及びホスホロチオエートから選択される。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドの各ヌクレオシド間結合は、ホスホジエステル及びホスホロチオエートから選択され、少なくとも１つのヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートである。
特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも６つのホスホロチオエートヌクレオシド間結合を含む。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも８つのホスホロチオエートヌクレオシド間結合を含む。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも１０個のホスホロチオエートヌクレオシド間結合を含む。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも６つ連続のホスホロチオエートヌクレオシド間結合の少なくとも１つのブロックを含む。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも８つ連続のホスホロチオエートヌクレオシド間結合の少なくとも１つのブロックを含む。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも１０個連続のホスホロチオエートヌクレオシド間結合の少なくとも１つのブロックを含む。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも１つの１２個連続のホスホロチオエートヌクレオシド間結合の少なくともブロックを含む。特定のこのような実施形態において、少なくとも１つのそのようなブロックは、オリゴヌクレオチドの３’末端に位置する。特定のこのような実施形態において、少なくとも１つのそのようなブロックは、オリゴヌクレオチドの３’末端から３ヌクレオチド以内に位置する。
特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、１つ以上のメチルホスホネート結合を含む。特定の実施形態において、ギャップマーヌクレオシドモチーフを有するオリゴヌクレオチドは、１つ又は２つのメチルホスホネート結合を除く全てのホスホロチオエート結合を含む結合モチーフを含む。特定の実施形態において、１つのメチルホスホネートは、ギャップマーヌクレオシドモチーフを有するオリゴヌクレオチドの中央のギャップ中に存在する。
特定の実施形態において、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合及びホスホジエステルヌクレオシド間結合の数は、ヌクレアーゼ耐性を維持するように配置することが望ましい。特定の実施形態において、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合の数及び位置並びにホスホジエステルヌクレオシド間結合の数及び位置は、ヌクレアーゼ耐性を維持するように配置することが望ましい。特定の実施形態において、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合の数を減少させ得、ホスホジエステルヌクレオシド間結合の数を増加させ得る。特定の実施形態において、ヌクレアーゼ耐性を依然として維持したまま、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合の数を減少させることができ、ホスホジエステルヌクレオシド間結合の数を増加させることができる。特定の実施形態において、ヌクレアーゼ耐性を保持したまま、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合の数を減少させることが望ましい。特定の実施形態において、ヌクレアーゼ活性を保持したまま、ホスホジエステルヌクレオシド間結合の数を増加させることが望ましい。
３．特定のモチーフ
特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、オリゴヌクレオチドを含む。オリゴヌクレオチドは、モチーフ、例えば非修飾及び／若しくは修飾糖部分、核酸塩基並びに／又はヌクレオシド間結合のパターンを有し得る。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、修飾糖を含む１つ以上の修飾ヌクレオシドを含む。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、修飾核酸塩基を含む１つ以上の修飾ヌクレオシドを含む。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、１つ以上の修飾ヌクレオシド間結合を含む。そのような実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドの修飾、非修飾及び示差的修飾糖部分、核酸塩基並びに／又はヌクレオシド間結合がパターン又はモチーフを規定する。特定の実施形態において、糖部分、核酸塩基及びヌクレオシド間結合のパターンは、それぞれ互いに独立している。従って、修飾オリゴヌクレオチドは、その糖モチーフ、核酸塩基モチーフ及び／又はヌクレオシド間結合モチーフにより説明することができる（本明細書において使用される核酸塩基モチーフは、核酸塩基の配列とは独立した核酸塩基の修飾を説明する）。
ａ．特定の糖モチーフ
特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、規定されたパターン又は糖モチーフでオリゴヌクレオチド又はその領域に沿って配置された１つ以上のタイプの修飾糖及び／又は非修飾糖部分を含む。特定の例において、このような糖モチーフとしては、限定されるものではないが、本明細書において考察される糖修飾のいずれかが挙げられる。
特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、２つの外部領域又は「ウイング」及び中央又は内部領域又は「ギャップ」を含むギャップマーモチーフを有する領域を含むか又はそれからなる。ギャップマーモチーフの３つの領域（５’－ウイング、ギャップ及び３’－ウイング）は、ヌクレオシドの連続配列を形成し、ウイングのそれぞれのヌクレオシドの糖部分の少なくとも一部は、ギャップのヌクレオシドの糖部分の少なくとも一部と異なる。具体的には、ギャップに最も近いそれぞれのウイングのヌクレオシドの少なくとも糖部分（５’－ウイングの最も３’側のヌクレオシド及び３’－ウイングの最も５’側のヌクレオシド）は、隣接するギャップヌクレオシドの糖部分と異なり、従ってウイングとギャップとの間の境界（すなわちウイング／ギャップジャンクション）を定義する。特定の実施形態において、ギャップ内の糖部分は、互いに同一である。特定の実施形態において、ギャップは、ギャップの１つ以上の他のヌクレオシドの糖部分と異なる糖部分を有する１つ以上のヌクレオシドを含む。特定の実施形態において、２つのウイングの糖モチーフは、互いに同一である（対称ギャップマー）。特定の実施形態において、５’－ウイングの糖モチーフは、３’－ウイングの糖モチーフと異なる（非対称ギャップマー）。
特定の実施形態において、ギャップマーのウイングは、１～５つのヌクレオシドを含む。特定の実施形態において、ギャップマーのウイングは、２～５つのヌクレオシドを含む。特定の実施形態において、ギャップマーのウイングは、３～５つのヌクレオシドを含む。特定の実施形態において、ギャップマーのヌクレオシドは、全て修飾ヌクレオシドである。
特定の実施形態において、ギャップマーのギャップは、７～１２個のヌクレオシドを含む。特定の実施形態において、ギャップマーのギャップは、７～１０個のヌクレオシドを含む。特定の実施形態において、ギャップマーのギャップは、８～１０個のヌクレオシドを含む。特定の実施形態において、ギャップマーのギャップは、１０個のヌクレオシドを含む。特定の実施形態において、ギャップマーのギャップのそれぞれのヌクレオシドは、非修飾２’－デオキシヌクレオシドである。
特定の実施形態において、ギャップマーは、デオキシギャップマーである。このような実施形態において、それぞれのウイング／ギャップジャンクションのギャップ側上のヌクレオシドは非修飾２’－デオキシヌクレオシドであり、それぞれのウイング／ギャップジャンクションのウイング側上のヌクレオシドは、修飾ヌクレオシドである。特定のこのような実施形態において、ギャップのそれぞれのヌクレオシドは、非修飾２’－デオキシヌクレオシドである。特定のこのような実施形態において、それぞれのウイングのそれぞれのヌクレオシドは、修飾ヌクレオシドである。
特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、完全修飾糖モチーフを有し、修飾オリゴヌクレオチドの各ヌクレオシドは、修飾糖部分を含む。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、完全修飾糖モチーフを有する領域を含むか又はそれからなり、領域の各ヌクレオシドは、修飾糖部分を含む。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、完全修飾糖モチーフを有する領域を含むか又はそれからなり、完全修飾領域内の各ヌクレオシドは、本明細書において均一修飾糖モチーフと称される同一の修飾糖部分を含む。特定の実施形態において、完全修飾オリゴヌクレオチドは、均一修飾オリゴヌクレオチドである。特定の実施形態において、均一修飾の各ヌクレオシドは、同一の２’－修飾を含む。
ｂ．特定の核酸塩基モチーフ
特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、規定されたパターン又はモチーフでオリゴヌクレオチド又はその領域に沿って配置された修飾及び／又は非修飾核酸塩基を含む。特定の実施形態において、各核酸塩基は、修飾されている。特定の実施形態において、核酸塩基はいずれも修飾されていない。特定の実施形態において、各プリン又は各ピリミジンは、修飾されている。特定の実施形態において、各アデニンは、修飾されている。特定の実施形態において、各グアニンは、修飾されている。特定の実施形態において、各チミンは、修飾されている。特定の実施形態において、各ウラシルは、修飾されている。特定の実施形態において、各シトシンは、修飾されている。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチド中のシトシン核酸塩基のいくつか又は全部は、５－メチルシトシンである。
特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、修飾核酸塩基のブロックを含む。特定のこのような実施形態において、ブロックは、オリゴヌクレオチドの３’末端に存在する。特定の実施形態において、ブロックは、オリゴヌクレオチドの３’末端の３ヌクレオシド以内に存在する。特定の実施形態において、ブロックは、オリゴヌクレオチドの５’末端に存在する。特定の実施形態において、ブロックは、オリゴヌクレオチドの５’末端の３ヌクレオシド以内に存在する。
特定の実施形態において、ギャップマーモチーフを有するオリゴヌクレオチドは、修飾核酸塩基を含むヌクレオシドを含む。特定のこのような実施形態において、修飾核酸塩基を含む１つのヌクレオシドは、ギャップマーモチーフを有するオリゴヌクレオチドの中央ギャップに存在する。特定のこのような実施形態において、前記ヌクレオシドの糖部分は、２’－デオキシリボシル部分である。特定の実施形態において、修飾核酸塩基は、２－チオピリミジン及び５－プロピンピリミジンから選択される。
ｃ．特定のヌクレオシド間結合モチーフ
特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、規定されたパターン又はモチーフでオリゴヌクレオチド又はその領域に沿って配置された修飾及び／又は非修飾ヌクレオシド間結合を含む。特定の実施形態において、本質的には、各ヌクレオシド間結合基は、ホスフェートヌクレオシド間結合（Ｐ＝Ｏ）である。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドの各ヌクレオシド間結合基は、ホスホロチオエート（Ｐ＝Ｓ）である。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドの各ヌクレオシド間結合基は、ホスホロチオエート及びホスフェートヌクレオシド間結合から独立して選択される。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドの糖モチーフは、ギャップマーであり、ギャップ内のヌクレオシド間結合は、全て修飾されている。特定のこのような実施形態において、ウイング中のヌクレオシド間結合のいくつか又は全部は、非修飾ホスフェート結合である。特定の実施形態では、末端ヌクレオシド間結合は、修飾されている。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドの糖モチーフは、ギャップマーであり、ヌクレオシド間結合モチーフは、少なくとも１つのウイングにおける少なくとも１つのホスホジエステルヌクレオシド間結合を含み、この少なくとも１つのホスホジエステル結合は、末端ヌクレオシド間結合ではなく、残りのヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である。特定のそのような実施形態では、ホスホロチオエート結合の全ては、立体無作為性である。特定の実施形態では、ウイングにおけるホスホロチオエート結合の全ては、（Ｓｐ）ホスホロチオエートであり、ギャップは、少なくとも１つのＳｐ、Ｓｐ、Ｒｐモチーフを含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドの集団は、そのようなヌクレオシド間結合モチーフを含む修飾オリゴヌクレオチドに富んでいる。
４．特定の修飾オリゴヌクレオチド
特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、上記の修飾（糖、核酸塩基、ヌクレオシド間結合）は、修飾オリゴヌクレオチドに組み込まれる。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、その修飾、モチーフ及び全長によって特徴付けられる。特定の実施形態において、そのようなパラメーターは、それぞれ互いに独立している。従って、別途示されない限り、ギャップマー糖モチーフを有するオリゴヌクレオチドの各ヌクレオシド間結合は、修飾又は非修飾であり得、糖修飾のギャップマー修飾パターンに従っても従わなくてもよい。例えば、糖ギャップマーのウイング領域内のヌクレオシド間結合は、互いに同一であるか又は異なり得、糖モチーフのギャップ領域のヌクレオシド間結合と同一であるか又は異なり得る。同様に、そのようなギャップマーオリゴヌクレオチドは、糖修飾のギャップマーパターンから独立した１つ以上の修飾核酸塩基を含み得る。さらに、特定の例において、オリゴヌクレオチドは、全長又は範囲により及び２つ以上の領域（例えば、特定の糖修飾を有するヌクレオシドの領域）の長さ又は長さ範囲により説明される。そのような場合、特定の範囲に含まれない全長を有するオリゴヌクレオチドをもたらす各範囲の数を選択することが可能であり得る。そのような場合、両方の要素を満たす必要がある。例えば、特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、１５～２０個の結合ヌクレオシドからなり、３つの領域Ａ、Ｂ及びＣからなる糖モチーフを有し、領域Ａは、特定の糖モチーフを有する２～６個の結合ヌクレオシドからなり、領域Ｂは、特定の糖モチーフを有する６～１０個の結合ヌクレオシドからなり、領域Ｃは、特定の糖モチーフを有する２～６個の結合ヌクレオシドからなる。そのような実施形態は、Ａ及びＣがそれぞれ６個の結合ヌクレオシドからなり、Ｂが１０個の結合ヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含まない（ヌクレオシドのこれらの数字は、Ａ、Ｂ及びＣに関する必要条件の範囲で可能ではあるが）。これは、そのようなオリゴヌクレオチドの全長が２２となり、修飾オリゴヌクレオチドの全長の上限（２０）を超えるからである。本明細書では、オリゴヌクレオチドの説明が１つ以上のパラメーターに関して記載されない場合、それらのパラメーターは限定されない。従って、さらなる記載を有さずにギャップマー糖モチーフを有するとのみ記載される修飾オリゴヌクレオチドは、任意の長さ、ヌクレオシド間結合モチーフ及び核酸塩基モチーフを有し得る。別途示されない限り、全ての修飾は、核酸塩基配列とは独立している。
特定のコンジュゲート化化合物
特定の実施形態において、本明細書に記載される化合物は、オリゴヌクレオチド（修飾又は非修飾）及び任意選択的に１つ以上のコンジュゲート基及び／又は末端基を含むか又はそれらからなる。コンジュゲート基は、１つ以上のコンジュゲート部分と、コンジュゲート部分をオリゴヌクレオチドに結合するコンジュゲートリンカーとからなる。コンジュゲート基は、オリゴヌクレオチドのいずれか又は両方の末端及び／又は任意の内部位置に付着し得る。特定の実施形態において、コンジュゲート基は、修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドの２’位に付着している。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドのいずれか又は両方の末端に付着しているコンジュゲート基は、末端基である。特定のこのような実施形態において、コンジュゲート基又は末端基は、オリゴヌクレオチドの３’及び／又は５’末端に付着している。特定のこのような実施形態において、コンジュゲート基（又は末端基）は、オリゴヌクレオチドの３’末端に付着している。特定の実施形態において、コンジュゲート基は、オリゴヌクレオチドの３’末端付近に付着している。特定の実施形態において、コンジュゲート基（又は末端基）は、オリゴヌクレオチドの５’末端に付着している。特定の実施形態において、コンジュゲート基は、オリゴヌクレオチドの５’末端付近に付着している。
特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、修飾されている。特定の実施形態では、化合物のオリゴヌクレオチドは、標的核酸に相補的な核酸塩基配列を有する。特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）に相補的である。特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、プレｍＲＮＡに相補的である。特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、センス転写産物に相補的である。
末端基の例としては、コンジュゲート基、キャッピング基、リン酸部分、保護基、修飾又は非修飾ヌクレオシド及び独立して修飾されているか又は修飾されていない２つ以上のヌクレオシドが挙げられるが、これらに限定されない。
Ａ．特定のコンジュゲート基
特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、１つ以上のコンジュゲート基に共有結合している。特定の実施形態では、コンジュゲート基は、薬力学、薬物動態、安定性、結合、吸収、組織分布、細胞分布、細胞取り込み、電荷及びクリアランスを含むが、これらに限定されない、付着したオリゴヌクレオチドの１つ以上の特性を改変する。特定の実施形態では、コンジュゲート基は、付着したオリゴヌクレオチドに対して新たな特性、例えばオリゴヌクレオチドの検出を可能にするフルオロフォア又はレポーター基を付与する。
特定のコンジュゲート基及びコンジュゲート部分、例えばコレステロール部分（Ｌｅｔｓｉｎｇｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，１９８９，８６，６５５３－６５５６）、コール酸（Ｍａｎｏｈａｒａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔ．，１９９４，４，１０５３－１０６０）、チオエーテル、例えばヘキシル－Ｓ－トリチルチオール（Ｍａｎｏｈａｒａｎ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｎ．Ｎ．Ｙ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．，１９９２，６６０，３０６－３０９；Ｍａｎｏｈａｒａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔ．，１９９３，３，２７６５－２７７０）、チオコレステロール（Ｏｂｅｒｈａｕｓｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．，１９９２，２０，５３３－５３８）、脂肪族鎖、例えばドデカンジオール若しくはウンデシル残基（Ｓａｉｓｏｎ－Ｂｅｈｍｏａｒａｓ ｅｔ ａｌ．，ＥＭＢＯ Ｊ．，１９９１，１０，１１１１－１１１８；Ｋａｂａｎｏｖ ｅｔ ａｌ．，ＦＥＢＳ Ｌｅｔｔ．，１９９０，２５９，３２７－３３０；Ｓｖｉｎａｒｃｈｕｋ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｃｈｉｍｉｅ，１９９３，７５，４９－５４）、リン脂質、例えばジ－ヘキサデシル－ｒａｃ－グリセロール若しくはトリエチル－アンモニウム１，２－ジ－Ｏ－ヘキサデシル－ｒａｃ－グリセロ－３－Ｈ－ホスホネート（Ｍａｎｏｈａｒａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ Ｌｅｔｔ．，１９９５，３６，３６５１－３６５４；Ｓｈｅａ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．，１９９０，１８，３７７７－３７８３）、ポリアミン若しくはポリエチレングリコール鎖（Ｍａｎｏｈａｒａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｏｓｉｄｅｓ＆Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ，１９９５，１４，９６９－９７３）又はアダマンタン酢酸、パルミチル部分（Ｍｉｓｈｒａ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｃｈｉｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ａｃｔａ，１９９５，１２６４，２２９－２３７）、オクタデシルアミン若しくはヘキシルアミノ－カルボニル－オキシコレステロール部分（Ｃｒｏｏｋｅ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．Ｅｘｐ．Ｔｈｅｒ．，１９９６，ｉ，９２３－９３７）、トコフェロール基（Ｎｉｓｈｉｎａ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｔｈｅｒａｐｙ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ，２０１５，４，ｅ２２０；ｄｏｉ：１０．１０３８／ｍｔｎａ．２０１４．７２ ａｎｄ Ｎｉｓｈｉｎａ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｔｈｅｒａｐｙ，２００８，１６，７３４－７４０）又はＧａｌＮＡｃクラスター（例えば、国際公開第２０１４／１７９６２０号パンフレット）は、以前に記載されている。
１．コンジュゲート部分
コンジュゲート部分は、限定されるものではないが、介入物、レポーター分子、ポリアミン、ポリアミド、ペプチド、炭水化物（例えば、ＧａｌＮＡｃ）、ビタミン部分、ポリエチレングリコール、チオエーテル、ポリエーテル、コレステロール、チオコレステロール、コール酸部分、葉酸、脂質、リン脂質、ビオチン、フェナジン、フェナントリジン、アントラキノン、アダマンタン、アクリジン、フルオレセイン、ローダミン、クマリン、フルオロフォア及び色素を含む。
特定の実施形態では、コンジュゲート部分は、活性原薬、例えばアスピリン、ワルファリン、フェニルブタゾン、イブプロフェン、スプロフェン、フェンブフェン、ケトプロフェン、（Ｓ）－（＋）－プラノプロフェン、カープロフェン、ダンシルサルコシン、２，３，５－トリヨード安息香酸、フィンゴリモド、フルフェナミン酸、フォリン酸、ベンゾチアジアジド、クロロチアジド、ジアゼピン、インドメチシン、バルビツール酸、セファロスポリン、サルファ剤、抗糖尿病薬、抗菌薬又は抗生物質を含む。
２．コンジュゲートリンカー
コンジュゲート部分は、コンジュゲートリンカーを介してオリゴヌクレオチドに付着される。特定の実施形態では、コンジュゲート基は、単一化学結合である（すなわちコンジュゲート部分は、単結合によりコンジュゲートリンカーを介してオリゴヌクレオチドに付着される）。特定の実施形態において、コンジュゲートリンカーは、ヒドロカルビル鎖等の鎖構造又はエチレングリコール、ヌクレオシド若しくはアミノ酸単位等の反復単位のオリゴマーを含む。
特定の実施形態において、コンジュゲートリンカーは、アルキル、アミノ、オキソ、アミド、ジスルフィド、ポリエチレングリコール、エーテル、チオエーテル及びヒドロキシルアミノから選択される１つ以上の基を含む。特定のこのような実施形態において、コンジュゲートリンカーは、アルキル、アミノ、オキソ、アミド及びエーテル基から選択される基を含む。特定の実施形態において、コンジュゲートリンカーは、アルキル及びアミド基から選択される基を含む。特定の実施形態において、コンジュゲートリンカーは、アルキル及びエーテル基から選択される基を含む。特定の実施形態において、コンジュゲートリンカーは、少なくとも１つのリン部分を含む。特定の実施形態において、コンジュゲートリンカーは、少なくとも１つのホスフェート基を含む。特定の実施形態において、コンジュゲートリンカーは、少なくとも１つの中性結合基を含む。
特定の実施形態において、コンジュゲートリンカー、例として、上記コンジュゲートリンカーは、二官能性結合部分、例えば親化合物、例えば本明細書に提供されるオリゴヌクレオチドへのコンジュゲート基の付着に有用であることが当技術分野において公知のものである。一般に、二官能性結合部分は、少なくとも２つの官能基を含む。官能基のあるものは、化合物の特定の部位に結合するように選択され、他方は、コンジュゲート基に結合するように選択される。二官能性結合部分中に使用される官能基の例としては、限定されるものではないが、求核基と反応するための求電子剤及び求電子基と反応するための求核剤が挙げられる。特定の実施形態において、二官能性結合部分は、アミノ、ヒドロキシル、カルボン酸、チオール、アルキル、アルケニル及びアルキニルから選択される１つ以上の基を含む。
コンジュゲートリンカーの例としては、限定されるものではないが、ピロリジン、８－アミノ－３，６－ジオキサオクタン酸（ＡＤＯ）、スクシンイミジル４－（Ｎ－メレイミドメチル）シクロヘキサン－１－カルボキシレート（ＳＭＣＣ）及び６－アミノヘキサン酸（ＡＨＥＸ又はＡＨＡ）が挙げられる。他のコンジュゲートリンカーとしては、限定されるものではないが、置換若しくは非置換Ｃ１～Ｃ１０アルキル、置換若しくは非置換Ｃ２～Ｃ１０アルケニル又は置換若しくは非置換Ｃ２～Ｃ１０アルキニルが挙げられ、好ましい置換基の非限定的列記としては、ヒドロキシル、アミノ、アルコキシ、カルボキシ、ベンジル、フェニル、ニトロ、チオール、チオアルコキシ、ハロゲン、アルキル、アリール、アルケニル及びアルキニルが挙げられる。
特定の実施形態において、コンジュゲートリンカーは、１～１０個のリンカー－ヌクレオシドを含む。特定の実施形態において、そのようなリンカー－ヌクレオシドは、修飾ヌクレオシドである。特定の実施形態において、そのようなリンカー－ヌクレオシドは、修飾糖部分を含む。特定の実施形態において、リンカー－ヌクレオシドは、非修飾である。特定の実施形態において、リンカー－ヌクレオシドは、任意選択的に、プリン、置換プリン、ピリミジン又は置換ピリミジンから選択される保護された複素環式塩基を含む。特定の実施形態において、開裂可能部分は、ウラシル、チミン、シトシン、４－Ｎ－ベンゾイルシトシン、５－メチルシトシン、４－Ｎ－ベンゾイル－５－メチルシトシン、アデニン、６－Ｎ－ベンゾイルアデニン、グアニン及び２－Ｎ－イソブチリルグアニンから選択されるヌクレオシドである。一般に、リンカー－ヌクレオシドは、標的組織に到達した後、化合物から開裂されることが望ましい。従って、リンカー－ヌクレオシドは、一般に開裂可能結合を介して互いに結合し、且つ化合物の残りの部分に結合する。特定の実施形態において、そのような開裂可能結合は、ホスホジエステル結合である。
本明細書において、リンカー－ヌクレオシドは、オリゴヌクレオチドの一部として見なされない。従って、化合物が特定の数若しくは範囲の結合ヌクレオシドからなり、且つ／又は参照核酸に対する特定のパーセント相補性のオリゴヌクレオチドを含み、且つ化合物がリンカー－ヌクレオシドを含むコンジュゲートリンカーを含むコンジュゲート基も含む実施形態では、そのリンカー－ヌクレオシドは、オリゴヌクレオチドの長さに向かって計数されず、参照核酸に対するオリゴヌクレオチドのパーセント相補性の決定に使用されない。例えば、化合物は、（１）８～３０個のヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドと、（２）修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドと連続する１～１０個のリンカー－ヌクレオシドを含むコンジュゲート基とを含み得る。このような化合物の連続的な結合ヌクレオシドの総数は、３０個を超える。代替的に、化合物は、８～３０個のヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含み、コンジュゲート基を含まない場合がある。このような化合物の連続的な結合ヌクレオシドの総数は、３０個以下である。別途示されない限り、コンジュゲートリンカーは、１０個以下のリンカー－ヌクレオシドを含む。特定の実施形態において、コンジュゲートリンカーは、５個以下のリンカー－ヌクレオシドを含む。特定の実施形態において、コンジュゲートリンカーは、３個以下のリンカー－ヌクレオシドを含む。特定の実施形態において、コンジュゲートリンカーは、２個以下のリンカー－ヌクレオシドを含む。特定の実施形態において、コンジュゲートリンカーは、１個以下のリンカー－ヌクレオシドを含む。
特定の実施形態において、コンジュゲート基がオリゴヌクレオチドから開裂されることが望ましい。例えば、特定の状況において、特定のコンジュゲート部分を含む化合物は、特定の細胞タイプにより吸収される方がよいが、化合物が吸収されると、コンジュゲート基が開裂されて非コンジュゲート化又は親オリゴヌクレオチドを解放することが望ましい。従って、特定のコンジュゲートは、一般にコンジュゲートリンカー内に１つ以上の開裂可能部分を含み得る。特定の実施形態において、開裂可能部分は、開裂可能結合である。特定の実施形態において、開裂可能部分は、少なくとも１つの開裂可能結合を含む原子団である。特定の実施形態において、開裂可能部分は、１つ、２つ、３つ、４つ又は５つ以上の開裂可能結合を有する原子団を含む。特定の実施形態において、開裂可能部分は、細胞内又はリソソーム等の細胞内コンパートメント内で選択的に開裂される。特定の実施形態において、開裂可能部分は、ヌクレアーゼ等の内因性酵素によって選択的に開裂される。
特定の実施形態において、開裂可能結合は、アミド、エステル、エーテル、ホスホジエステルの一方又は両方のエステル、リン酸エステル、カルバメート又はジスルフィドの中から選択される。特定の実施形態において、開裂可能結合は、ホスホジエステルのエステルの一方又は両方である。特定の実施形態において、開裂可能部分は、ホスフェート又はホスホジエステルを含む。特定の実施形態において、開裂可能部分は、オリゴヌクレオチドとコンジュゲート部分又はコンジュゲート基との間のホスフェート結合である。
特定の実施形態において、開裂可能部分は、１つ以上のリンカー－ヌクレオシドを含むか又はそれからなる。特定のこのような実施形態において、１つ以上のリンカー－ヌクレオシドは、互いに結合し、且つ／又は開裂可能結合を介して化合物の残りの部分に結合している。特定の実施形態において、そのような開裂可能結合は、非修飾ホスホジエステル結合である。特定の実施形態において、開裂可能部分は、ホスフェートヌクレオシド間結合によってオリゴヌクレオチドの３’又は５’－末端ヌクレオシドのいずれかに付着し、且つホスフェート又はホスホロチオエート結合によってコンジュゲートリンカー又はコンジュゲート部分の残りの部分に共有結合した２’－デオキシヌクレオシドである。特定のこのような実施形態において、開裂可能部分は、２’－デオキシアデノシンである。
３．特定の細胞標的化コンジュゲート部分
特定の実施形態では、コンジュゲート基は、細胞標的化コンジュゲート部分を含む。特定の実施形態では、コンジュゲート基は、一般式：
Figure 2024026778000029
 （式中、ｎは、１～約３であり、ｎが１である場合、ｍは、０であり、ｎが２以上である場合、ｍは、１であり、ｊは、１又は０であり、ｋは、１又は０である）
を有する。
特定の実施形態では、ｎは、１であり、ｊは、１であり、ｋは、０である。特定の実施形態では、ｎは、１であり、ｊは、０であり、ｋは、１である。特定の実施形態では、ｎは、１であり、ｊは、１であり、ｋは、１である。特定の実施形態では、ｎは、２であり、ｊは、１であり、ｋは、０である。特定の実施形態では、ｎは、２であり、ｊは、０であり、ｋは、１である。特定の実施形態では、ｎは、２であり、ｊは、１であり、ｋは、１である。特定の実施形態では、ｎは、３であり、ｊは、１であり、ｋは、０である。特定の実施形態では、ｎは、３であり、ｊは、０であり、ｋは、１である。特定の実施形態では、ｎは、３であり、ｊは、１であり、ｋは、１である。
特定の実施形態では、コンジュゲート基は、少なくとも１つのテザー化リガンドを有する細胞標的化部分を含む。特定の実施形態では、細胞標的化部分は、分枝鎖基に共有結合した２つのテザー化リガンドを含む。特定の実施形態では、細胞標的化部分は、分枝鎖基に共有結合した３つのテザー化リガンドを含む。
特定の実施形態では、細胞標的化部分は、アルキル、アミノ、オキソ、アミド、ジスルフィド、ポリエチレングリコール、エーテル、チオエーテル及びヒドロキシアミノ基から選択される１つ以上の基を含む分枝鎖基を含む。特定の実施形態では、分枝鎖基は、アルキル、アミノ、オキソ、アミド、ジスルフィド、ポリエチレングリコール、エーテル、チオエーテル及びヒドロキシアミノ基から選択される基を含む分枝鎖脂肪族基を含む。特定のそのような実施形態では、分枝鎖脂肪族基は、アルキル、アミノ、オキソ、アミド及びエーテル基から選択される基を含む。特定のそのような実施形態では、分枝鎖脂肪族基は、アルキル、アミノ及びエーテル基から選択される基を含む。特定のそのような実施形態では、分枝鎖脂肪族基は、アルキル及びエーテル基から選択される基を含む。特定の実施形態では、分枝鎖基は、単環式又は多環式環系を含む。
特定の実施形態では、細胞標的化部分の各テザーは、アルキル、置換アルキル、エーテル、チオエーテル、ジスルフィド、アミノ、オキソ、アミド、ホスホジエステル及びポリエチレングリコールから選択される１つ以上の基を任意の組み合わせで含む。特定の実施形態では、各テザーは、アルキル、エーテル、チオエーテル、ジスルフィド、アミノ、オキソ、アミド及びポリエチレングリコールから選択される１つ以上の基を任意の組み合わせで含む直鎖脂肪族基である。特定の実施形態では、各テザーは、アルキル、ホスホジエステル、エーテル、アミノ、オキソ及びアミドから選択される１つ以上の基を任意の組み合わせで含む直鎖脂肪族基である。特定の実施形態では、各テザーは、アルキル、エーテル、アミノ、オキソ及びアミドから選択される１つ以上の基を任意の組み合わせで含む直鎖脂肪族基である。特定の実施形態では、各テザーは、アルキル、アミノ及びオキソから選択される１つ以上の基を任意の組み合わせで含む直鎖脂肪族基である。特定の実施形態では、各テザーは、アルキル及びオキソから選択される１つ以上の基を任意の組み合わせで含む直鎖脂肪族基である。特定の実施形態では、各テザーは、アルキル及びホスホジエステルから選択される１つ以上の基を任意の組み合わせで含む直鎖脂肪族基である。特定の実施形態では、各テザーは、少なくとも１つのリン結合基又は中性結合基を含む。特定の実施形態では、各テザーは、約６～約２０個の原子の長さの鎖を含む。特定の実施形態では、各テザーは、約１０～約１８個の原子の長さの鎖を含む。特定の実施形態では、各テザーは、約１０個の原子の鎖長を含む。
特定の実施形態では、細胞標的化部分の各リガンドは、標的細胞上の少なくとも１つのタイプの受容体に対する親和性を有する。特定の実施形態では、各リガンドは、哺乳動物肝臓細胞上の少なくとも１つのタイプの受容体に対する親和性を有する。特定の実施形態では、各リガンドは、肝臓のアシアロ糖タンパク質受容体（ＡＳＧＰ－Ｒ）に対する親和性を有する。特定の実施形態では、各リガンドは、炭水化物である。特定の実施形態では、各リガンドは、独立してガラクトース、Ｎ－アセチルガラクトサミン（ＧａｌＮＡｃ）、マンノース、ブドウ糖、グルコサミン及びフコースから選択される。特定の実施形態では、各リガンドは、Ｎ－アセチルガラクトサミン（ＧａｌＮＡｃ）である。特定の実施形態では、細胞標的化部分は、３個のＧａｌＮＡｃリガンドを含む。特定の実施形態では、細胞標的化部分は、２個のＧａｌＮＡｃリガンドを含む。特定の実施形態では、細胞標的化部分は、１個のＧａｌＮＡｃリガンドを含む。
特定の実施形態では、細胞標的化部分の各リガンドは、炭水化物、炭水化物誘導体、修飾炭水化物、多糖、修飾多糖又は多糖誘導体である。特定のそのような実施形態では、コンジュゲート基は、炭水化物クラスターを含む（例えば、それらの全体が参照により本明細書に組み込まれるＭａｉｅｒ ｅｔ ａｌ．，“Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ ｏｆ Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ Ｃｏｎｊｕｇａｔｅｄ ｔｏ ａ Ｍｕｌｔｉｖａｌｅｎｔ Ｃａｒｂｏｈｙｄｒａｔｅ Ｃｌｕｓｔｅｒ ｆｏｒ Ｃｅｌｌｕｌａｒ Ｔａｒｇｅｔｉｎｇ，”Ｂｉｏｃｏｎｊｕｇａｔｅ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，２００３，１４，１８－２９又はＲｅｎｓｅｎ ｅｔ ａｌ．，“Ｄｅｓｉｇｎ ａｎｄ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ ｏｆ Ｎｏｖｅｌ Ｎ－Ａｃｅｔｙｌｇａｌａｃｔｏｓａｍｉｎｅ－Ｔｅｒｍｉｎａｔｅｄ Ｇｌｙｃｏｌｉｐｉｄｓ ｆｏｒ Ｔａｒｇｅｔｉｎｇ ｏｆ Ｌｉｐｏｐｒｏｔｅｉｎｓ ｔｏ ｔｈｅ Ｈｅｐａｔｉｃ Ａｓｉａｇｌｙｃｏｐｒｏｔｅｉｎ Ｒｅｃｅｐｔｏｒ，”Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．２００４，４７，５７９８－５８０８を参照されたい）。特定のそのような実施形態では、各リガンドは、アミノ糖又はチオ糖である。例えば、アミノ糖は、シアル酸、α－Ｄ－ガラクトサミン、β－ムラミン酸、２－デオキシ－２－メチルアミノ－Ｌ－グルコピラノース、４，６－ジデオキシ－４－ホルムアミド－２，３－ジ－Ｏ－メチル－Ｄ－マンノピラノース、２－デオキシ－２－スルホアミノ－Ｄ－グルコピラノース及びＮ－スルホ－Ｄ－グルコサミン並びにＮ－グリコリル－α－ノイラミン酸等、当技術分野で既知の任意の数の化合物から選択され得る。例えば、チオ糖は、５－チオ－β－Ｄ－グルコピラノース、メチル２，３，４－トリ－Ｏ－アセチル－１－チオ－６－Ｏ－トリチル－α－Ｄ－グルコピラノシド、４－チオ－β－Ｄ－ガラクトピラノース及びエチル３，４，６，７－テトラ－Ｏ－アセチル－２－デオキシ－１，５－ジチオ－α－Ｄ－グルコ－ヘプトピラノシドから選択され得る。
特定の実施形態では、コンジュゲート基は、式：
Figure 2024026778000030
 を有する細胞標的化部分を含む。
特定の実施形態では、コンジュゲート基は、式：
Figure 2024026778000031
 を有する細胞標的化部分を含む。
特定の実施形態では、コンジュゲート基は、式：
Figure 2024026778000032
 を有する細胞標的化部分を含む。
特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、本明細書に「ＬＩＣＡ－１」として記載されるコンジュゲート基を含む。ＬＩＣＡ－１は、コンジュゲートリンカーの末端における任意選択的な切断可能部分なしで下記に示される。
Figure 2024026778000033
特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、式：
Figure 2024026778000034
 を有する、ＬＩＣＡ－１と、コンジュゲートリンカー中の切断可能部分とを含み、式中、「オリゴ」は、オリゴヌクレオチドである。
上記のコンジュゲート基及びコンジュゲート基を含む化合物、テザー、コンジュゲートリンカー、分枝鎖基、リガンド、切断可能部分並びに他の修飾の特定のものの調製を教示する代表的な刊行物には、限定されるものではないが、それぞれその全体が参照により本明細書に組み込まれる米国特許第５，９９４，５１７号明細書、米国特許第６，３００，３１９号明細書、米国特許第６，６６０，７２０号明細書、米国特許第６，９０６，１８２号明細書、米国特許第７，２６２，１７７号明細書、米国特許第７，４９１，８０５号明細書、米国特許第８，１０６，０２２号明細書、米国特許第７，７２３，５０９号明細書、米国特許第９，１２７，２７６号明細書、米国特許出願公開第２００６／０１４８７４０号明細書、米国特許出願公開第２０１１／０１２３５２０号明細書、国際公開第２０１３／０３３２３０号パンフレット及び国際公開第２０１２／０３７２５４号パンフレット、Ｂｉｅｓｓｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．１９９５，３８，１８４６－１８５２，Ｌｅｅ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇａｎｉｃ＆Ｍｅｄｉｃｉｎａｌ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ２０１１，１９，２４９４－２５００，Ｒｅｎｓｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２００１，２７６，３７５７７－３７５８４，Ｒｅｎｓｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．２００４，４７，５７９８－５８０８，Ｓｌｉｅｄｒｅｇｔ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．１９９９，４２，６０９－６１８，及びＶａｌｅｎｔｉｊｎ ｅｔ ａｌ．，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ，１９９７，５３，７５９－７７０が含まれる。
特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、ギャップマー又は完全修飾モチーフと、少なくとも１、２又は３個のＧａｌＮＡｃリガンドを含むコンジュゲート基とを含む修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、以下の参考文献のいずれかに見出されるコンジュゲート基を含む：それぞれその全体が参照により組み込まれるＬｅｅ，Ｃａｒｂｏｈｙｄｒ Ｒｅｓ，１９７８，６７，５０９－５１４；Ｃｏｎｎｏｌｌｙ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ，１９８２，２５７，９３９－９４５；Ｐａｖｉａ ｅｔ ａｌ．，Ｉｎｔ Ｊ Ｐｅｐ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｒｅｓ，１９８３，２２，５３９－５４８；Ｌｅｅ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｃｈｅｍ，１９８４，２３，４２５５－４２６１；Ｌｅｅ ｅｔ ａｌ．，Ｇｌｙｃｏｃｏｎｊｕｇａｔｅ Ｊ，１９８７，４，３１７－３２８；Ｔｏｙｏｋｕｎｉ ｅｔ ａｌ．，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ Ｌｅｔｔ，１９９０，３１，２６７３－２６７６；Ｂｉｅｓｓｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｍｅｄ Ｃｈｅｍ，１９９５，３８，１５３８－１５４６；Ｖａｌｅｎｔｉｊｎ ｅｔ ａｌ．，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ，１９９７，５３，７５９－７７０；Ｋｉｍ ｅｔ ａｌ．，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ Ｌｅｔｔ，１９９７，３８，３４８７－３４９０；Ｌｅｅ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｃｏｎｊｕｇ Ｃｈｅｍ，１９９７，８，７６２－７６５；Ｋａｔｏ ｅｔ ａｌ．，Ｇｌｙｃｏｂｉｏｌ，２００１，１１，８２１－８２９；Ｒｅｎｓｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ，２００１，２７６，３７５７７－３７５８４；Ｌｅｅ ｅｔ ａｌ．，Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｅｎｚｙｍｏｌ，２００３，３６２，３８－４３；Ｗｅｓｔｅｒｌｉｎｄ ｅｔ ａｌ．，Ｇｌｙｃｏｃｏｎｊ Ｊ，２００４，２１，２２７－２４１；Ｌｅｅ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ Ｍｅｄ Ｃｈｅｍ Ｌｅｔｔ，２００６，１６（１９），５１３２－５１３５；Ｍａｉｅｒｈｏｆｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ Ｍｅｄ Ｃｈｅｍ，２００７，１５，７６６１－７６７６；Ｋｈｏｒｅｖ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ Ｍｅｄ Ｃｈｅｍ，２００８，１６，５２１６－５２３１；Ｌｅｅ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ Ｍｅｄ Ｃｈｅｍ，２０１１，１９，２４９４－２５００；Ｋｏｒｎｉｌｏｖａ ｅｔ ａｌ．，Ａｎａｌｙｔ Ｂｉｏｃｈｅｍ，２０１２，４２５，４３－４６；Ｐｕｊｏｌ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｇｅｗ Ｃｈｅｍｉｅ Ｉｎｔ Ｅｄ Ｅｎｇｌ，２０１２，５１，７４４５－７４４８；Ｂｉｅｓｓｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｍｅｄ Ｃｈｅｍ，１９９５，３８，１８４６－１８５２；Ｓｌｉｅｄｒｅｇｔ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｍｅｄ Ｃｈｅｍ，１９９９，４２，６０９－６１８；Ｒｅｎｓｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｍｅｄ Ｃｈｅｍ，２００４，４７，５７９８－５８０８；Ｒｅｎｓｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ａｒｔｅｒｉｏｓｃｌｅｒ Ｔｈｒｏｍｂ Ｖａｓｃ Ｂｉｏｌ，２００６，２６，１６９－１７５；ｖａｎ Ｒｏｓｓｅｎｂｅｒｇ ｅｔ ａｌ．，Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒ，２００４，１１，４５７－４６４；Ｓａｔｏ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ａｍ Ｃｈｅｍ Ｓｏｃ，２００４，１２６，１４０１３－１４０２２；Ｌｅｅ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｏｒｇ Ｃｈｅｍ，２０１２，７７，７５６４－７５７１；Ｂｉｅｓｓｅｎ ｅｔ ａｌ．，ＦＡＳＥＢ Ｊ，２０００，１４，１７８４－１７９２；Ｒａｊｕｒ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｃｏｎｊｕｇ Ｃｈｅｍ，１９９７，８，９３５－９４０；Ｄｕｆｆ ｅｔ ａｌ．，Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｅｎｚｙｍｏｌ，２０００，３１３，２９７－３２１；Ｍａｉｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｃｏｎｊｕｇ Ｃｈｅｍ，２００３，１４，１８－２９；Ｊａｙａｐｒａｋａｓｈ ｅｔ ａｌ．，Ｏｒｇ Ｌｅｔｔ，２０１０，１２，５４１０－５４１３；Ｍａｎｏｈａｒａｎ，Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｄｒｕｇ Ｄｅｖ，２００２，１２，１０３－１２８；Ｍｅｒｗｉｎ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｃｏｎｊｕｇ Ｃｈｅｍ，１９９４，５，６１２－６２０；Ｔｏｍｉｙａ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ Ｍｅｄ Ｃｈｅｍ，２０１３，２１，５２７５－５２８１；国際出願の国際公開第１９９８／０１３３８１号パンフレット；国際公開第２０１１／０３８３５６号パンフレット；国際公開第１９９７／０４６０９８号パンフレット；国際公開第２００８／０９８７８８号パンフレット；国際公開第２００４／１０１６１９号パンフレット；国際公開第２０１２／０３７２５４号パンフレット；国際公開第２０１１／１２００５３号パンフレット；国際公開第２０１１／１００１３１号パンフレット；国際公開第２０１１／１６３１２１号パンフレット；国際公開第２０１２／１７７９４７号パンフレット；国際公開第２０１３／０３３２３０号パンフレット；国際公開第２０１３／０７５０３５号パンフレット；国際公開第２０１２／０８３１８５号パンフレット；国際公開第２０１２／０８３０４６号パンフレット；国際公開第２００９／０８２６０７号パンフレット；国際公開第２００９／１３４４８７号パンフレット；国際公開第２０１０／１４４７４０号パンフレット；国際公開第２０１０／１４８０１３号パンフレット；国際公開第１９９７／０２０５６３号パンフレット；国際公開第２０１０／０８８５３７号パンフレット；国際公開第２００２／０４３７７１号パンフレット；国際公開第２０１０／１２９７０９号パンフレット；国際公開第２０１２／０６８１８７号パンフレット；国際公開第２００９／１２６９３３号パンフレット；国際公開第２００４／０２４７５７号パンフレット；国際公開第２０１０／０５４４０６号パンフレット；国際公開第２０１２／０８９３５２号パンフレット；国際公開第２０１２／０８９６０２号パンフレット；国際公開第２０１３／１６６１２１号パンフレット；国際公開第２０１３／１６５８１６号パンフレット；米国特許第４，７５１，２１９号明細書；同第８，５５２，１６３号明細書；同第６，９０８，９０３号明細書；同第７，２６２，１７７号明細書；同第５，９９４，５１７号明細書；同第６，３００，３１９号明細書；同第８，１０６，０２２号明細書；同第７，４９１，８０５号明細書；同第７，４９１，８０５号明細書；同第７，５８２，７４４号明細書；同第８，１３７，６９５号明細書；同第６，３８３，８１２号明細書；同第６，５２５，０３１号明細書；同第６，６６０，７２０号明細書；同第７，７２３，５０９号明細書；同第８，５４１，５４８号明細書；同第８，３４４，１２５号明細書；同第８，３１３，７７２号明細書；同第８，３４９，３０８号明細書；同第８，４５０，４６７号明細書；同第８，５０１，９３０号明細書；同第８，１５８，６０１号明細書；同第７，２６２，１７７号明細書；同第６，９０６，１８２号明細書；同第６，６２０，９１６号明細書；同第８，４３５，４９１号明細書；同第８，４０４，８６２号明細書；同第７，８５１，６１５号明細書；公開された米国特許出願公開第２０１１／００９７２６４号明細書；同第２０１１／００９７２６５号明細書；同第２０１３／０００４４２７号明細書；同第２００５／０１６４２３５号明細書；同第２００６／０１４８７４０号明細書；同第２００８／０２８１０４４号明細書；同第２０１０／０２４０７３０号明細書；同第２００３／０１１９７２４号明細書；同第２００６／０１８３８８６号明細書；同第２００８／０２０６８６９号明細書；同第２０１１／０２６９８１４号明細書；同第２００９／０２８６９７３号明細書；同第２０１１／０２０７７９９号明細書；同第２０１２／０１３６０４２号明細書；同第２０１２／０１６５３９３号明細書；同第２００８／０２８１０４１号明細書；同第２００９／０２０３１３５号明細書；同第２０１２／００３５１１５号明細書；同第２０１２／００９５０７５号明細書；同第２０１２／０１０１１４８号明細書；同第２０１２／０１２８７６０号明細書；同第２０１２／０１５７５０９号明細書；同第２０１２／０２３０９３８号明細書；同第２０１３／０１０９８１７号明細書；同第２０１３／０１２１９５４号明細書；同第２０１３／０１７８５１２号明細書；同第２０１３／０２３６９６８号明細書；同第２０１１／０１２３５２０号明細書；同第２００３／００７７８２９号明細書；同第２００８／０１０８８０１号明細書；及び同第２００９／０２０３１３２号明細書。
組成物及び医薬組成物を配合する方法
本明細書に記載される化合物は、医薬組成物又は配合物の調製のための薬学的に許容可能な活性又は不活性物質と混合することができる。組成物及び医薬組成物を配合する方法は、多数の基準、例として、限定されるものではないが、投与経路、疾患の程度又は投与される用量に依存的である。
特定の実施形態は、１つ以上の化合物又はその塩を含む医薬組成物を提供する。特定の実施形態では、化合物は、アンチセンス化合物又はオリゴマー化合物である。特定の実施形態では、化合物は、修飾オリゴヌクレオチドを含むか又はそれからなる。特定のそのような実施形態では、医薬組成物は、薬学的に許容され得る好適な希釈剤又は担体を含む。特定の実施形態において、医薬組成物は、無菌生理食塩水溶液と、１つ以上の化合物とを含む。特定の実施形態において、そのような医薬組成物は、無菌生理食塩水溶液と、１つ以上の化合物とからなる。特定の実施形態において、無菌生理食塩水は、医薬等級生理食塩水である。特定の実施形態において、医薬組成物は、１つ以上の化合物と、無菌水とを含む。特定の実施形態において、医薬組成物は、１つの化合物と、無菌水とからなる。特定の実施形態において、無菌水は、医薬等級水である。特定の実施形態において、医薬組成物は、１つ以上の化合物と、リン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）とを含む。特定の実施形態において、医薬組成物は、１つ以上の化合物と、無菌ＰＢＳとからなる。特定の実施形態において、無菌ＰＢＳは、医薬等級ＰＢＳである。医薬組成物の配合のための組成物及び方法は、投与経路、疾患の程度又は投与される用量を含むが、これらに限定されない複数の基準に依存する。
ＰＮＰＬＡ３核酸を標的とする本明細書に記載される化合物は、化合物を薬学的に許容され得る好適な希釈剤又は担体と組み合わせることにより医薬組成物中で利用され得る。特定の実施形態では、薬学的に許容され得る希釈剤は、注射に好適な無菌水等の水である。従って、一実施形態では、ＰＮＰＬＡ３核酸を標的とする化合物と、薬学的に許容され得る希釈剤とを含む医薬組成物は、本明細書に記載される方法に使用される。特定の実施形態では、薬学的に許容され得る希釈剤は、水である。特定の実施形態では、化合物は、本明細書に提供される修飾オリゴヌクレオチドを含むか又はそれからなる。
本明細書に提供される化合物を含む医薬組成物は、ヒトを含む動物に投与されると、生物学的に活性な代謝産物又はその残基を（直接又は間接的に）提供することが可能な薬学的に許容され得る任意の塩、エステル若しくはそのようなエステルの塩又は任意の他のオリゴヌクレオチドを包含する。特定の実施形態では、化合物は、アンチセンス化合物又はオリゴマー化合物である。特定の実施形態では、化合物は、修飾オリゴヌクレオチドを含むか又はそれからなる。従って、例えば、本開示は、化合物の薬学的に許容され得る塩、プロドラッグ、そのようなプロドラッグの薬学的に許容され得る塩及び他の生物学的均等物にも向けられる。薬学的に許容され得る好適な塩には、ナトリウム及びカリウム塩が含まれるが、これらに限定されない。
プロドラッグは、体内の内因性ヌクレアーゼにより切断されて活性化合物を形成する追加のヌクレオシドを化合物の一端又は両端に組み込むことを含み得る。
特定の実施形態では、化合物又は組成物は、薬学的に許容され得る担体又は希釈剤をさらに含む。
特定の選択化合物
約２，３８４の、新たに設計された様々な長さ、化学的構造及びモチーフの化合物を、いくつかの細胞タイプにおいて、ヒトＰＮＰＬＡ３ ｍＲＮＡに対するそれらの効果についてインビトロで試験した（実施例１）。インビトロで単回用量において効能について試験した２，３８４化合物のうち、４００を超える選択化合物がＡ４３１細胞における用量依存性阻害について試験された（実施例２）。用量応答アッセイによって試験した４００を超える化合物のうち、化合物は、ＢＡＬＢ／ｃマウスモデルにおける高用量忍容性についてさらにスクリーニングされ、８７のオリゴヌクレオチドがＰＮＰＬＡ３遺伝子導入マウスモデルにおけるインビボ有効性について選択された。
遺伝子導入マウスモデルで試験された８７のオリゴヌクレオチドのうち、２３のオリゴヌクレオチドが前臨床げっ歯類モデルにおいて忍容性に関してさらに試験するように選択された。インビボでのげっ歯類忍容性モデルでは、体重及び臓器重量、肝機能マーカー（アラニントランスアミナーゼ、アスパラギン酸塩トランスアミナーゼ及びビリルビン等）並びに腎機能マーカー（ＢＵＮ及びクレアチニン等）を測定した。ＣＤ１マウスモデル及びＳｐｒａｇｕｅ－Ｄａｗｌｅｙラットモデルでは、ＩＯＮ ９７５５９１、９７５６０５、９７５６１２、９７５６１３、９７５６１６、９７５６１７、９７５７３５、９７５７３６、９９４２８２及び９９４２８４は、忍容可能であることが見出された（実施例５及び６）。
これらの化合物をＰＮＰＬＡ３遺伝子導入マウスにおいて複数用量アッセイで有効性に関してさらに試験した（実施例７）。
ＩＯＮ ９９４２８４、９７６０５、９７５６１６、９９４２８２、９７５６１３、９７５６１７、９７５７３５、９７５７３６及び９７５６１２をカニクイザルにおいて忍容性に関して試験した（実施例８）。化合物を用いた処置は、サルにおいて十分忍容された。
従って、改善された特性の任意の１つ以上を有する化合物が本明細書に提供される。特定の実施形態では、本明細書に記載される化合物は、強力且つ忍容可能である。
以下の実施例は、ＰＮＰＬＡ３を標的とするリード化合物を特定するスクリーニングプロセスを記載する。ＩＯＮ ９９４２８４、９７６０５、９７５６１６、９９４２８２、９７５６１３、９７５６１７、９７５７３５、９７５７３６及び９７５６１２は、高い効能及び忍容性をもたらした。
参照による非限定的な開示及び組み込み
本出願に不随する配列リストは、必要に応じて「ＲＮＡ」又は「ＤＮＡ」のいずれかとして各配列を特定するが、実際には、これらの配列は、化学修飾の任意の組み合わせで修飾され得る。当業者は、修飾オリゴヌクレオチドを記述する「ＲＮＡ」又は「ＤＮＡ」のような指定が特定の場合に任意であることを容易に認識するであろう。例えば、２’－ＯＨ糖部分及びチミン塩基を含むヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドは、修飾糖を有するＤＮＡ（ＤＮＡの天然の２’－Ｈについて２’－ＯＨ）又は修飾塩基を有するＲＮＡ（ＲＮＡの天然のウラシルついてチミン（メチル化ウラシル））として記述され得る。
従って、限定されるものではないが、配列リストに含まれるものを含む、本明細書に提供される核酸配列は、限定されるものではないが、そのような修飾核酸塩基を有する核酸を含む、天然又は修飾されたＲＮＡ及び／又はＤＮＡの任意の組み合わせを含む核酸を包含することが意図される。さらなる実施例として、また限定されるものではないが、核酸塩基配列「ＡＴＣＧＡＴＣＧ」を有するオリゴヌクレオチドは、修飾又は非修飾であるかに関わらず、そのような核酸塩基配列を有する任意のオリゴマーヌクレオチドを包含し、そのオリゴマー化合物としては、限定されるものではないが、配列「ＡＵＣＧＡＵＣＧ」を有するもの等のＲＮＡ塩基を含む化合物、並びに「ＡＵＣＧＡＴＣＧ」等のいくつかのＤＮＡ塩基及びいくつかのＲＮＡ塩基を含む化合物、並びに「ＡＴｍＣＧＡＵＣＧ」（ここで、ｍＣは、５位にメチル基を含むシトシン塩基を示す）等の他の修飾核酸塩基を有する化合物が挙げられる。
本明細書に記載される特定の化合物（例えば、修飾オリゴヌクレオチド）は、１つ以上の不斉中心を有し、従ってエナンチオマー、ジアステレオマー及び他の立体異性の立体配置（絶対立体化学の観点から（Ｒ）又は（Ｓ）として規定され、例えば糖アノマーの場合、α若しくはβとして規定されるか、又はアミノ酸の場合、（Ｄ）若しくは（Ｌ）として規定され得る等）を生じさせる。特定の立体異性の立体配置を有するとして向けられるか又は記載される本明細書に提供する化合物は、示された化合物のみを含む。未規定の立体化学を有する、向けられるか又は記載される本明細書に提供する化合物は、それらの立体無作為性及び光学的に純粋な形態を含む全てのそのような可能な異性体を含む。同様に、別途示さない限り、本明細書に提供する化合物の全ての互変異性型が含まれる。別途示さない限り、本明細書に記載されるオリゴマー化合物及び修飾オリゴヌクレオチドは、対応する塩形態を含むことが意図される。
本明細書に記載される化合物は、１つ以上の原子が、示される元素の非放射性同位体又は放射性同位体で置き換えられたバリエーションを含む。例えば、水素原子を含む本明細書の化合物は、各１Ｈ水素原子の全ての可能な重水素置換を包含する。本明細書の化合物により包含される同位体置換としては、限定されるものではないが、１Ｈの代わりに２Ｈ又は３Ｈ、１２Ｃの代わりに１３Ｃ又は１４Ｃ、１４Ｎの代わりに１５Ｎ、１６Ｏの代わりに１７Ｏ又は１８Ｏ及び３２Ｓの代わりに３３Ｓ、３４Ｓ、３５Ｓ又は３６Ｓが挙げられる。
本明細書に記載される特定の化合物、組成物及び方法は、特定の実施形態に従った特異性と共に記載されてきたが、以下の実施例は、本明細書に記載される化合物を説明する役割のみを果たし、限定することを意図するものではない。本出願に引用される参考文献のそれぞれは、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
実施例１：Ａ４３１細胞におけるヒトＰＮＰＬＡ３のアンチセンス阻害
ＰＮＰＬＡ３核酸を標的化するアンチセンスオリゴヌクレオチドを設計し、ＰＮＰＬＡ３ ｍＲＮＡに対するそれらの効果についてインビトロで試験した。アンチセンスオリゴヌクレオチドを、同様の培養条件を有する一連の実験で試験した。各実験の結果を下記に示す別個の表に提示する。
下記の表中の新たに設計したキメラアンチセンスオリゴヌクレオチドを３－１０－３ｃＥｔギャップマーとして設計した。ギャップマーは、１６ヌクレオシドの長さであり、中央ギャップセグメントは、１０個の２’デオキシヌクレオシドを含み、３個のヌクレオシドを含むウイングセグメントが５’方向及び３’方向で隣接している。５’ウイングセグメントの各ヌクレオシド及び３’ウイングセグメントの各ヌクレオシドは、ｃＥｔ糖修飾を有する。各ギャップマー全体を通したヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート（Ｐ＝Ｓ）結合である。各ギャップマー全体を通した全てのシトシン残基は、５－メチルシトシンである。
「開始部位」は、ヒト遺伝子配列においてギャップマーが標的とする最も５’側のヌクレオシドを示す。「停止部位」は、ヒト遺伝子配列においてギャップマーが標的とする最も３’側のヌクレオシドを示す。下記の表にリストする各ギャップマーは、配列番号１（ジェンバンクアクセッションナンバーＮＭ＿０２５２２５．２）と本明細書で指定されるヒトＰＮＰＬＡ３ ｍＲＮＡ又は配列番号２（ヌクレオチド４３９２１００１～４３９５４５００から切断されたジェンバンクアクセッションナンバーＮＣ＿００００２２．１１）と本明細書で指定されるヒトＰＮＰＬＡ３ゲノム配列のいずれかを標的とする。「ｎ／ａ」は、アンチセンスオリゴヌクレオチドが１００％相補性で特定の遺伝子配列を標的化しないことを示す。
研究１
培養した密度２０，０００細胞／ウェルのＡ４３１細胞を４，０００ｎＭアンチセンスオリゴヌクレオチドによる自由取り込みによりトランスフェクトした。約２４時間の処理期間後、ＲＮＡを細胞から単離し、ＰＮＰＬＡ３ ｍＲＮＡレベルを定量的リアルタイムＰＣＲにより測定した。ヒトプライマープローブセットＲＴＳ３６０７０（配列番号１１と本明細書で指定されるフォワード配列ＣＣＴＴＧＧＴＡＴＧＴＴＣＣＴＧＣＴＴＣＡ；配列番号１２と本明細書で指定されるリバース配列ＧＴＴＧＴＣＡＣＴＣＡＣＴＣＣＴＣＣＡＴＣ；配列番号１３と本明細書で指定されるプローブ配列ＴＧＧＣＣＴＴＡＴＣＣＣＴＣＣＴＴＣＣＴＴＣＡＧＡ）を使用してｍＲＮＡレベルを測定した。ＰＮＰＬＡ３ ｍＲＮＡレベルをＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）により測定して、総ＲＮＡ含有量に従って調整した。結果を未処理対照細胞に対するＰＮＰＬＡ３のパーセント阻害として提示する。
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ヒトプライマープローブセットＲＴＳ３６０７５（フォワード配列ＴＧＡＧＧＣＴＧＧＡＧＧＧＡＧＡＴＧ、本明細書で配列番号１４と指定；リバース配列ＧＣＴＣＡＴＧＴＡＴＣＣＡＣＣＴＴＴＧＴＣＴ、本明細書で配列番号１５と指定；プローブ配列ＣＴＡＧＡＣＣＡＣＣＴＧＣＧＴＣＴＣＡＧＣＡＴＣ、本明細書で配列番号１６と指定）も使用してｍＲＮＡレベルを測定した。ＰＮＰＬＡ３ ｍＲＮＡレベルは、ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）により測定して、総ＲＮＡ含有量に従って調整された。結果は、未処理対照細胞に対するＰＮＰＬＡ３のパーセント阻害として提示される。
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研究２
培養した密度５，０００細胞／ウェルのＡ４３１細胞を１，０００ｎＭアンチセンスオリゴヌクレオチドによる自由取り込みによりトランスフェクトした。約２４時間の処理期間後、ＲＮＡを細胞から単離し、ＰＮＰＬＡ３ ｍＲＮＡレベルを定量的リアルタイムＰＣＲにより測定した。ヒトプライマープローブセットＲＴＳ３６０７０を使用してｍＲＮＡレベルを測定した。ＰＮＰＬＡ３ ｍＲＮＡレベルをＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）により測定して、総ＲＮＡ含有量に従って調整した。結果を未処理対照細胞に対するＰＮＰＬＡ３のパーセント阻害として提示する。
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実施例２：Ａ４３１細胞におけるヒトＰＮＰＬＡ３の用量依存性アンチセンス阻害
ＰＮＰＬＡ３ ｍＲＮＡの有意なインビトロ阻害を示す実施例１からのギャップマーを選択し、Ａ４３１細胞において様々な用量で試験した。アンチセンスオリゴヌクレオチドを、同様の培養条件を有する一連の実験で試験した。各実験の結果を下記に示す別個の表に提示する。細胞を密度１０，０００細胞／ウェルで播種し、下記の表に詳細するように、異なる濃度のアンチセンスオリゴヌクレオチドによる自由取り込みによりトランスフェクトした。約１６時間の処理期間後、ＲＮＡを細胞から単離し、ＰＮＰＬＡ３ ｍＲＮＡレベルを定量的リアルタイムＰＣＲにより測定した。ヒトプライマープローブセットＲＴＳ３６０７０を使用してｍＲＮＡレベルを測定した。ＰＮＰＬＡ３ ｍＲＮＡレベルをＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）により測定して、総ＲＮＡ含有量に従って調整した。結果を未処理対照細胞に対するＰＮＰＬＡ３のパーセント阻害として提示する。
各オリゴヌクレオチドの半最大阻害濃度（ＩＣ５０）も提示する。ＰＮＰＬＡ３ ｍＲＮＡレベルは、アンチセンスオリゴヌクレオチド処理細胞において用量依存的に有意に減少した。
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実施例３：ＢＡＬＢ／ｃマウスにおけるヒトＰＮＰＬＡ３を標的化する修飾オリゴヌクレオチドの忍容性
ＢＡＬＢ／ｃマウスは、安全性及び有効性試験のために頻繁に利用される多目的マウスモデルである。上述した研究から選択されたアンチセンスオリゴヌクレオチドでマウスを処置し、様々な血漿化学マーカーのレベルの変化について評価した。
上記の研究から選択されたＩｏｎｉｓオリゴヌクレオチドを３’－ＴＨＡ－Ｃ６－ＧａｌＮＡｃ３－（３Ｒ，５Ｓ）－５－（ヒドロキシメチル）ピロリジン－３－オールリン酸エンドキャップ（以降では３’－ＴＨＡと称する）とコンジュゲートした。
処置
６～７週齢の雄マウスのグループに２００ｍｇ／ｋｇの修飾オリゴヌクレオチドを１回、皮下注射した。雄ＢＡＬＢ／ｃマウスの１グループにＰＢＳを注射した。マウスを単回投与から７２～９６時間後に安楽死させ、さらなる分析のために血漿を回収した。
肝機能に対する修飾オリゴヌクレオチドの効果を評価するために、自動臨床化学分析装置（Ｂｅｃｋｍａｎ Ｃｏｕｌｔｅｒ ＡＵ４８０、Ｂｒｅａ、ＣＡ）を使用してトランスアミナーゼの血漿レベルを測定した。アンチセンスオリゴヌクレオチドに関して予想範囲外の、トランスアミナーゼのレベルの変化を生じさせた修飾オリゴヌクレオチドは、さらなる研究では除外された。この研究で忍容可能と見なされ、さらなる評価に選択されたオリゴヌクレオチドを下記の表に提示する。「親オリゴ」は、この研究で３’－ＴＨＡとコンジュゲートされ試験された、上記の研究に記載されたＩｏｎｉｓオリゴヌクレオチドを示す。
Figure 2024026778000145
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実施例４：遺伝子導入マウスモデルにおけるＰＮＰＬＡ３のアンチセンス阻害の効果
Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ、Ｉｒｖｉｎｅにより生成された野生型Ｃ５７ＢＬ／６からのＰＮＰＬＡ３遺伝子導入マウスモデルを使用した。マウスモデルは、Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎにより寛大に提供されたＰＮＰＬＡ３遺伝子フォスミド全体を含むゲノム構築物を含む。Ｉｏｎｉｓオリゴヌクレオチドの有効性をこのモデルにおいて評価した。
処置
遺伝子導入マウスを１２時間の明暗サイクルで維持し、通常のＰｕｒｉｎａマウス固形飼料を自由摂取させた。動物を実験の開始前に研究施設内で少なくとも７日間順化させた。アンチセンスオリゴヌクレオチド（ＡＳＯ）を緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）中で調製し、０．２ミクロンフィルターで濾過することにより滅菌した。オリゴヌクレオチドを注射のために０．９％ＰＢＳに溶解した。
ｈＰＮＰＬＡ３ Ｔｇマウスを各２匹のマウスのグループに分割した。グループは、１及び８日目に用量２．５ｍｇ／ｋｇのＩｏｎｉｓオリゴヌクレオチドの皮下注射を受けた。４匹のマウスの１グループは、１及び８日目にＰＢＳの皮下注射を受けた。生理食塩水を注射したグループは、オリゴヌクレオチド処置グループが比較される対照グループとして機能した。
ＲＮＡ分析
１０日目に、ＰＮＰＬＡ３のｍＲＮＡ発現の測定のリアルタイムＰＣＲ分析のために、ＲＮＡを肝臓から抽出した。プライマープローブセットＲＴＳ３６０７０及びＲＴＳ３６０７５の両方を使用してＰＮＰＬＡ３ ｍＲＮＡレベルを測定した。結果を、ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）により正規化した、ＰＢＳ対照に対するｍＲＮＡのパーセント変化として提示する。下記の表に提示するように、Ｉｏｎｉｓアンチセンスオリゴヌクレオチドによる処置は、ＰＢＳ対照と比較してＰＮＰＬＡ３ ｍＲＮＡの有意な減少をもたらした。「０」は、オリゴヌクレオチドがｍＲＮＡ発現を阻害しなかったことを示す。
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実施例５：ＣＤ１マウスにおけるヒトＰＮＰＬＡ３を標的化する修飾オリゴヌクレオチドの忍容性
ＣＤ１（登録商標）マウス（Ｃｈａｒｌｅｓ Ｒｉｖｅｒ、ＭＡ）は、安全性及び有効性試験のために頻繁に利用される多目的マウスモデルである。上記の研究から選択されたＩｏｎｉｓアンチセンスオリゴヌクレオチドでマウスを処置し、様々な血漿化学マーカーのレベルの変化について評価した。
上記の研究から選択されたＩｏｎｉｓオリゴヌクレオチドを５’－トリスヘキシルアミノ－（ＴＨＡ）－Ｃ６ＧａｌＮＡＣ３エンドキャップ（以降では５’－ＴＨＡと称する）とコンジュゲートした。試験したＩｏｎｉｓオリゴヌクレオチドを下記の表に提示する。「非コンジュゲート化親ＩＯＮ Ｎｏ．」は、同じ配列を有する、上記のインビトロ研究に記載したＩｏｎｉｓオリゴヌクレオチドを指す。「３’－ＴＨＡ対応物ＩＯＮ Ｎｏ．」は、同じ配列を有する、上記のマウス研究で評価された３’－ＴＨＡコンジュゲート化オリゴヌクレオチドを指す。
Figure 2024026778000151
処置
各４匹のＣＤ１マウスのグループに１５ｍｇ／ｋｇのＩｏｎｉｓオリゴヌクレオチドを毎週、６週間皮下注射し、４日目に１回の負荷用量（総８用量）を有した。雄ＣＤ１マウスの１グループにＰＢＳを６週間皮下注射した。マウスを最終投与から４８時間後に安楽死させ、さらなる分析のために臓器及び血漿を回収した。
血漿化学マーカー
肝臓及び腎機能に対するＩｏｎｉｓオリゴヌクレオチドの効果を評価するために、自動臨床化学分析装置（Ｂｅｃｋｍａｎ Ｃｏｕｌｔｅｒ ＡＵ４８０、Ｂｒｅａ、ＣＡ）を使用して、トランスアミナーゼ（ＡＬＴ及びＡＳＴ）、アルブミン、総ビリルビン及びクレアチニンの血漿レベルを３週目に測定した。結果を下記の表に提示する。アンチセンスオリゴヌクレオチドに関して予想範囲外の、肝臓又は腎機能マーカーのいずれかのレベルの変化を生じさせたＩｏｎｉｓオリゴヌクレオチドは、さらなる研究では除外された。
Figure 2024026778000152
血液学アッセイ
６週目に、選択マウスグループから得られた血液を血小板数の測定のためにＩＤＥＸＸ ＢｉｏＲｅｓｅａｒｃｈに送った。結果を下記の表に提示する。アンチセンスオリゴヌクレオチドに関して予想範囲外の、血小板数の変化を生じさせたＩｏｎｉｓオリゴヌクレオチドは、さらなる研究では除外された。
Figure 2024026778000153
実施例６：Ｓｐｒａｇｕｅ－ＤａｗｌｅｙラットにおけるヒトＰＮＰＬＡ３を標的化する修飾オリゴヌクレオチドの忍容性
Ｓｐｒａｇｕｅ－Ｄａｗｌｅｙラットは、安全性及び有効性評価に使用される多目的モデルである。上記の実施例に記載した研究からのＩｏｎｉｓアンチセンスオリゴヌクレオチドを用いてラットを処置し、様々な血漿化学マーカーのレベルの変化について評価した。
処置
雄Ｓｐｒａｇｕｅ－Ｄａｗｌｅｙラットを１２時間の明暗サイクルで維持し、Ｐｕｒｉｎａの通常のラット固形飼料、ｄｉｅｔ５００１を自由摂取させた。各４匹のＳｐｒａｇｕｅ－Ｄａｗｌｅｙラットのグループに１５ｍｇ／ｋｇのＩｏｎｉｓオリゴヌクレオチドを毎週、６週間皮下注射し、４日目に１回の負荷用量（総８用量）を有した。最終投与から４８時間後、ラットを安楽死させ、さらなる分析のために臓器及び血漿を回収した。
血漿化学マーカー
肝機能に対するＩｏｎｉｓオリゴヌクレオチドの効果を評価するために、自動臨床化学分析装置（Ｂｅｃｋｍａｎ Ｃｏｕｌｔｅｒ ＡＵ４８０、Ｂｒｅａ、ＣＡ）を使用して、トランスアミナーゼの血漿レベルを測定した。ＡＬＴ（アラニントランスアミナーゼ）及びＡＳＴ（アスパラギン酸トランスアミナーゼ）の血漿レベルを測定し、結果をＩＵ／Ｌで表して下記の表に提示する。ビリルビン、クレアチニン、アルブミン及びＢＵＮの血漿レベルも同じ臨床化学分析装置を使用して測定し、その結果もｍｇ／ｄＬで表して下記の表に提示する。アンチセンスオリゴヌクレオチドに関して予想範囲外の、肝機能の任意のマーカーのレベルの変化を生じさせたＩｏｎｉｓオリゴヌクレオチドは、さらなる研究では除外された。
Figure 2024026778000154
腎機能
腎機能に対するＩｏｎｉｓオリゴヌクレオチドの効果を評価するために、自動臨床化学分析装置（Ｂｅｃｋｍａｎ Ｃｏｕｌｔｅｒ ＡＵ４８０、Ｂｒｅａ、ＣＡ）を使用して、タンパク質及びクレアチニンの尿中レベルを測定した。クレアチニンに対する総タンパク質の比率を下記の表に提示する。アンチセンスオリゴヌクレオチドに関して予想範囲外の、比率のレベルの変化を生じさせたＩｏｎｉｓオリゴヌクレオチドは、さらなる研究では除外された。
Figure 2024026778000155
臓器重量
肝臓、心臓、脾臓及び腎臓重量を研究の終了時に測定し、下記の表に提示する。アンチセンスオリゴヌクレオチドに関して予想範囲外の、臓器重量の任意の変化を生じさせたＩｏｎｉｓオリゴヌクレオチドは、さらなる研究から除外した。
Figure 2024026778000156
実施例７：遺伝子導入マウスモデルにおけるＰＮＰＬＡ３のアンチセンス阻害の効果
ＩｏｎｉｓオリゴヌクレオチドをｈＰＮＰＬＡ３ Ｔｇモデルにおける複数用量アッセイにおいて試験した。
処置
遺伝子導入マウスを１２時間の明暗サイクルで維持し、通常のＰｕｒｉｎａマウス固形飼料を自由摂取させた。動物を実験の開始前に研究施設内で少なくとも７日間順化させた。アンチセンスオリゴヌクレオチド（ＡＳＯ）を緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）中で調製し、０．２ミクロンフィルターで濾過することにより滅菌した。オリゴヌクレオチドを注射のために０．９％ＰＢＳに溶解した。
研究１
ｈＰＮＰＬＡ３ Ｔｇマウスを各４匹のマウスのグループに分割した。グループは１、５、８、１５及び２３日目に投与される５ｍｇ／ｋｇ、１ｍｇ／ｋｇ又は０．２５ｍｇ／ｋｇの週用量でＩｏｎｉｓオリゴヌクレオチドの皮下注射を受けた。４匹のマウスの１グループは、１、５、８、１５及び２３日目にＰＢＳの皮下注射を受けた。生理食塩水を注射したグループは、オリゴヌクレオチド処置グループが比較される対照グループとして機能した。
ＲＮＡ分析
２６日目に、ＰＮＰＬＡ３のｍＲＮＡ発現の測定のリアルタイムＰＣＲ分析のために、ＲＮＡを肝臓から抽出した。プライマープローブセットＲＴＳ３６０７０及びＲＴＳ３６０７５の両方を使用してＰＮＰＬＡ３ ｍＲＮＡレベルを測定した。結果を、ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）により正規化した、ＰＢＳ対照に対するｍＲＮＡのパーセント変化として提示する。下記の表に提示するように、Ｉｏｎｉｓアンチセンスオリゴヌクレオチドによる処置は、ＰＢＳ対照と比較してＰＮＰＬＡ３ ｍＲＮＡの有意な用量依存性減少をもたらした。
Figure 2024026778000157
研究２
ｈＰＮＰＬＡ３ Ｔｇマウスを各４匹のマウスのグループに分割した。グループは１、５、８、１５及び２３日目に投与される５ｍｇ／ｋｇ、２．５ｍｇ／ｋｇ、１ｍｇ／ｋｇ、０．５ｍｇ／ｋｇ又は０．２５ｍｇ／ｋｇの週用量でＩｏｎｉｓオリゴヌクレオチドの皮下注射を受けた。４匹のマウスの１グループは、１、５、８、１５及び２３日目にＰＢＳの皮下注射を受けた。生理食塩水を注射したグループは、オリゴヌクレオチド処置グループが比較される対照グループとして機能した。
ＲＮＡ分析
２６日目に、ＰＮＰＬＡ３のｍＲＮＡ発現の測定のリアルタイムＰＣＲ分析のために、ＲＮＡを肝臓から抽出した。プライマープローブセットＲＴＳ３６０７０及びＲＴＳ３６０７５の両方を使用してＰＮＰＬＡ３ ｍＲＮＡレベルを測定した。結果を、ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）により正規化した、ＰＢＳ対照に対するｍＲＮＡのパーセント変化として提示する。下記の表に提示するように、Ｉｏｎｉｓアンチセンスオリゴヌクレオチドによる処置は、ＰＢＳ対照と比較してＰＮＰＬＡ３ ｍＲＮＡの有意な用量依存性減少をもたらした。
Figure 2024026778000158
実施例８：カニクイザルにおけるヒトＰＮＰＬＡ３を標的化する修飾オリゴヌクレオチドの効果
上記の実施例に記載した研究から選択されたＩｏｎｉｓアンチセンスオリゴヌクレオチドを用いてカニクイザルを処置した。アンチセンスオリゴヌクレオチド忍容性を評価した。
処置
研究前にサルを隔離して保ち、その間、動物を全体的な健康に関して毎日観察した。サルは、２～４歳であり、体重２～４ｋｇであった。５匹の無作為に割り当てた雄カニクイザルの９グループのそれぞれは、背部の４つの異なる部位間にＩｏｎｉｓオリゴヌクレオチド又はＰＢＳを時計回りで皮下注射された。サルは、１０ｍｇ／ｋｇのＩｏｎｉｓオリゴヌクレオチドを最初の２週間、週に２回（１、５、９及び１４日目）投与された後、続いて週に１回、１０週間、２１、２８、３５、４２、４９、５６、６３、７０、７７及び８４日目に投与された。５匹のカニクイザルの対照グループは、同様の方法でＰＢＳを注射され、対照グループとして機能した。
研究期間中、サルは、疾病又は苦痛の徴候に関して１日２回観察された。処置、損傷又は疾病に起因する一時的又は軽度を超える疼痛又は苦痛を経験している任意の動物は、研究ディレクターとの協議後、獣医スタッフにより、承認された鎮痛薬又は疼痛を緩和する薬剤を用いて処置した。健康が不十分な又は瀕死状態の可能性のあるの任意の動物をさらなるモニタリング及び安楽死の可能性について特定した。動物の予定された安楽死は、最終投与から約４８時間後の８６日目に深麻酔下にある間に瀉血により行った。実施例に記載したプロトコルは、Ｉｎｓｔｉｔｕｔｉｏｎａｌ Ａｎｉｍａｌ Ｃａｒｅ ａｎｄ Ｕｓｅ Ｃｏｍｍｉｔｔｅｅ（ＩＡＣＵＣ）により承認された。
体重及び臓器重量測定
動物の全体的な健康に対するＩｏｎｉｓオリゴヌクレオチドの効果を評価するために体重及び臓器重量を測定した。体重及び臓器重量は、８６日目に測定した。データを下記の表に提示する。結果は、アンチセンスオリゴヌクレオチドを用いた処置の体重及び臓器重量に対する効果が、アンチセンスオリゴヌクレオチドに関して予想された範囲内であったことを示す。詳細には、ＩＯＮ ９４５６１６を用いた処置は、サルの体重及び臓器重量の観点から十分忍容された。
Figure 2024026778000159
肝機能
肝機能に対するＩｏｎｉｓオリゴヌクレオチドの効果を評価するために、８６日目に全ての研究グループから血液サンプルを収集した。血液収集前にサルを一晩断食させた。血液を血清分離のために抗凝血薬のないチューブ内に収集した。チューブを室温で最小９０分間保った後、３，０００ｒｐｍで１０分間遠心分離して血清を得た。様々な肝機能マーカーのレベルを、Ｔｏｓｈｉｂａ ２００ＦＲ ＮＥＯ化学分析装置（Ｔｏｓｈｉｂａ Ｃｏ．、Ｊａｐａｎ）を使用して測定した。ＡＬＴ及びＡＳＴの血漿レベルを測定した。結果をＩＵ／Ｌで表して下記の表に提示する。ビリルビン、肝機能マーカーを同様に測定し、ｍｇ／ｄＬで表して下記の表に提示する。結果は、アンチセンスオリゴヌクレオチドが、アンチセンスオリゴヌクレオチドに関して予想範囲外の、肝機能に対する効果を有さなかったことを示す。
Figure 2024026778000160
腎機能
腎機能に対するＩｏｎｉｓオリゴヌクレオチドの効果を評価するために、８６日目に全ての研究グループから血液サンプルを収集した。血液収集前にサルを一晩断食させた。血液を血清分離のために抗凝血薬のないチューブ内に収集した。チューブを室温で最小９０分間保った後、室温で３，０００ｒｐｍで１０分間遠心分離して血清を得た。ＢＵＮ及びクレアチニンのレベルを、Ｔｏｓｈｉｂａ ２００ＦＲ ＮＥＯ化学分析装置（Ｔｏｓｈｉｂａ Ｃｏ．、Ｊａｐａｎ）を使用して測定した。結果をｍｇ／ｄＬで表して下記の表に提示する。
血漿化学データは、殆どのＩｏｎｉｓオリゴヌクレオチドが、アンチセンスオリゴヌクレオチドに関して予想範囲外の、腎機能に対するいずれの効果も有さなかったことを示す。
Figure 2024026778000161
血液学
カニクイザルにおける血液学的パラメーターに対するＩｏｎｉｓオリゴヌクレオチドの任意の効果を評価するために、約０．５ｍＬの血液の血液サンプルを、入手可能な研究動物のそれぞれから８６日目に収集した。Ｋ２－ＥＤＴＡを含むチューブ内にサンプルを収集した。ＡＤＶＩＡ２１２０ｉ血液分析装置（Ｓｉｅｍｅｎｓ、ＵＳＡ）を使用して、サンプルを赤血球（ＲＢＣ）数、白血球（ＷＢＣ）数、個々の白血球数、例えば単球、好中球、リンパ球の数及び血小板数、ヘモグロビン含有量及びヘマトクリットに関して分析した。
データは、オリゴヌクレオチドが、この用量において、アンチセンスオリゴヌクレオチドに関して予想範囲外の、血液学的パラメーターのいずれの変化も生じさせなかったことを示す。
Figure 2024026778000162
Figure 2024026778000163
プロ炎症性タンパク質分析
カニクイザルにおけるＩｏｎｉｓオリゴヌクレオチドの任意の炎症効果を評価するために、血液サンプルを分析のために採取した。血液収集前にサルを一晩断食させた。約１．５ｍＬの血液を各動物から収集し、血清分離のために抗凝血薬のないチューブに入れた。チューブを室温で最小９０分間保った後、室温で３，０００ｒｐｍで１０分間遠心分離して血清を得た。肝臓内で合成され、炎症のマーカーとして機能するＣ反応性タンパク質（ＣＲＰ）及び補体Ｃ３を、Ｔｏｓｈｉｂａ ２００ＦＲ ＮＥＯ化学分析装置（Ｔｏｓｈｉｂａ Ｃｏ．、Ｊａｐａｎ）を使用して測定した。
実施例９：ヒトＰＮＰＬＡ３を標的化するアンチセンスオリゴヌクレオチドの粘度の測定
上述した研究からの選択されたアンチセンスオリゴヌクレオチドの粘度を、４０センチポアズ（ｃＰ）を超える粘度を有するアンチセンスオリゴヌクレオチドをスクリーニングアウトする目的で測定した。４０ｃＰを超える粘度を有するオリゴヌクレオチドは、最適粘度に満たないであろう。
オリゴヌクレオチド（３２～３５ｍｇ）をガラスバイアル内に秤量し、１２０μＬの水を加え、バイアルを５０℃に加熱することにより、アンチセンスオリゴヌクレオチドを溶解して溶液とした。一部（７５μＬ）の予熱サンプルをピペットでマイクロ粘度計（Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ）に移した。マイクロ粘度計の温度を２５℃に設定し、サンプルの粘度を測定した。２６０ｎＭ、８５℃でのＵＶ読み取りのために（Ｃａｒｙ ＵＶ機器）、別の一部（２０μＬ）の予熱サンプルをピペットで１０ｍＬの水中に移した。結果を下記の表に提示し、各アンチセンスオリゴヌクレオチドの濃度は２００ｍｇ／ｍｌであり、殆どのアンチセンスオリゴヌクレオチド溶液は、上述した基準の下で、それらの粘度が最適であったことを示す。
Figure 2024026778000164
実施例１０：ＩＯＮ ９７５６１６の部位におけるオリゴヌクレオチドの設計
ＩＯＮ ９１６３３３の標的部位が重なる、ＰＮＰＬＡ３核酸を標的化する追加のアンチセンスオリゴヌクレオチドを設計し、これは、ＩＯＮ ９７５６１６の非コンジュゲート化バージョンであり、異なる化学修飾及びモチーフを有する。
下記の表の新たに設計したキメラアンチセンスオリゴヌクレオチドは、３－１０－３ｃＥｔギャップマー又はデオキシ、ＭＯＥ及びｃＥｔオリゴヌクレオチドとして設計された。３－１０－３ｃＥｔギャップマーは、１６ヌクレオシドの長さであり、中央ギャップセグメントは、１０個の２’デオキシヌクレオシドを含み、３個のヌクレオシドを含むウイングセグメントが５’方向及び３’方向で隣接している。５’ウイングセグメントの各ヌクレオシド及び３’ウイングセグメントの各ヌクレオシドは、ｃＥｔ糖修飾を有する。各ギャップマー全体を通したヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート（Ｐ＝Ｓ）結合である。各ギャップマー全体を通した全てのシトシン残基は、５－メチルシトシンである。デオキシ、ＭＯＥ及び（Ｓ）－ｃＥｔオリゴヌクレオチドは、１６ヌクレオシドの長さであり、ヌクレオシドは、ＭＯＥ糖修飾、（Ｓ）－ｃＥｔ糖修飾又はデオキシ修飾のいずれかを有する。「化学的構造」の列は、各オリゴヌクレオチドの糖修飾を記載する。「ｋ」は、（Ｓ）－ｃＥｔ糖修飾を示し；「ｄ」は、デオキシリボースを示し；「ｄ」の後の数字は、デオキシリボースの数を示し；「ｅ」は、ＭＯＥ修飾を示す。各ギャップマー全体を通したヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート（Ｐ＝Ｓ）結合である。各ギャップマー全体を通した全てのシトシン残基は、５－メチルシトシンである。「開始部位」は、ヒト遺伝子配列（配列番号２）においてギャップマーが標的とする最も５’側のヌクレオシドを示す。
Figure 2024026778000165
オリゴヌクレオチドを一連の実験で試験した。培養した密度１０，０００細胞／ウェルのＡ－４３１細胞を、異なる濃度に希釈した修飾オリゴヌクレオチドによる自由取り込みを用いて処理した。約４８時間の処理期間後、ＰＮＰＬＡ３ ｍＲＮＡレベルを、ヒトＰＮＰＬＡ３プライマー－プローブセットＲＴＳ３６０７０を使用して、以前に記載したように測定した。ＰＮＰＬＡ３ ｍＲＮＡレベルをＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）により測定して、総ＲＮＡ含有量に従って調整した。アッセイのＩＣ５０比を下記の表に提示し、これは、オリゴヌクレオチドのＩＣ５０に対する基準オリゴヌクレオチドのＩＣ５０の比である。従って、より大きい比の値は、オリゴヌクレオチドが基準よりも活性であることを示す。
Figure 2024026778000166

Claims (62)

  1. 配列番号１７～２１６９の核酸塩基配列のいずれかの少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１又は少なくとも１２個の連続核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する、８～８０個の結合ヌクレオシドの長さの修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物。
  2. ８～８０個のヌクレオシドの長さであり、且つ配列番号１７～２１６９の任意の１つの核酸塩基配列を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物。
  3. 配列番号１７～２１６９の任意の１つからなる核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物。
  4. ８～８０個の結合ヌクレオシドの長さの修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物であって、前記修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号２の核酸塩基５５６７～５６４２、５６４４～５７３１、５５６７～５７３１、５５６７～５６２０、１３６９７～１３７３３、２０５５３～２０６７６、２０６６４～２０８２４、２０５５３～２０８２４及び２５８４４～２５９１２の等長部分に１００％相補的な少なくとも８個の連続核酸塩基の部分を含む核酸塩基配列を有し、前記修飾オリゴヌクレオチドの前記核酸塩基配列は、配列番号２に少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％又は１００％相補的である、化合物。
  5. ８～８０個の結合ヌクレオシドの長さの修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物であって、前記修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号２の核酸塩基５５６７～５６４２、５６４４～５７３１、５５６７～５７３１、５５６７～５６２０、１３６９７～１３７３３、２０５５３～２０６７６、２０６６４～２０８２４、２０５５３～２０８２４及び２５８４４～２５９１２内に相補的な核酸塩基配列を有し、前記修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号２に少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％又は１００％相補的である、化合物。
  6. ８～８０個の結合ヌクレオシドの長さの修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物であって、前記修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号２の核酸塩基配列を有するＰＮＰＬＡ３核酸の核酸塩基５５６７～５６４２、５６４４～５７３１、５５６７～５７３１、５５６７～５６２０、１３６９７～１３７３３、２０５５３～２０６７６、２０６６４～２０８２４、２０５５３～２０８２４及び２５８４４～２５９１２の等長部分に相補的な少なくとも８個の連続核酸塩基の部分を含む核酸塩基配列を有し、前記修飾オリゴヌクレオチドの前記核酸塩基配列は、配列番号２に相補的である、化合物。
  7. ８～８０個の結合ヌクレオシドの長さの修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物であって、前記修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号２の核酸塩基５５６７～５６４２、５６４４～５７３１、５５６７～５７３１、５５６７～５６２０、１３６９７～１３７３３、２０５５３～２０６７６、２０６６４～２０８２４、２０５５３～２０８２４及び２５８４４～２５９１２の等長部分に相補的な１６個の核酸塩基部分を含む核酸塩基配列を有する、化合物。
  8. ８～８０個の結合ヌクレオシドの長さの修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物であって、前記修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号１０８９、１７５７、１４１、１９８２、３３０、１６６５、４０８、８３０及び８９９の任意の１つを含む核酸塩基配列を有する、化合物。
  9. 配列番号１０８９、１７５７、１４１、１９８２、３３０、１６６５、４０８、８３０及び８９９の任意の１つからなる核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物。
  10. 前記オリゴヌクレオチドは、前記オリゴヌクレオチドの全長にわたって配列番号２に少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％又は１００％相補的である、請求項１～９のいずれか一項に記載の化合物。
  11. 前記修飾オリゴヌクレオチドは、少なくとも１つの修飾ヌクレオシド間結合、少なくとも１つの修飾糖及び少なくとも１つの修飾核酸塩基から選択される少なくとも１つの修飾を含む、請求項１～１０のいずれか一項に記載の化合物。
  12. 前記修飾ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である、請求項１１に記載の化合物。
  13. 前記修飾糖は、二環式糖である、請求項１１又は１２に記載の化合物。
  14. 前記二環式糖は、４’－（ＣＨ２）－Ｏ－２’（ＬＮＡ）；４’－（ＣＨ２）２－Ｏ－２’（ＥＮＡ）；及び４’－ＣＨ（ＣＨ３）－Ｏ－２’（ｃＥｔ）からなる群から選択される、請求項１３に記載の化合物。
  15. 前記修飾糖は、２’－Ｏ－メトキシエチルである、請求項１１又は１２に記載の化合物。
  16. 前記修飾核酸塩基は、５－メチルシトシンである、請求項１１～１５のいずれか一項に記載の化合物。
  17. 前記修飾オリゴヌクレオチドは、
    結合デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメント；
    結合ヌクレオシドからなる５’ウイングセグメント；及び
    結合ヌクレオシドからなる３’ウイングセグメント
    を含み、前記ギャップセグメントは、前記５’ウイングセグメント及び前記３’ウイングセグメントに直接隣接して且つそれらの間に位置し、各ウイングセグメントの各ヌクレオシドは、修飾糖を含む、請求項１～１６のいずれか一項に記載の化合物。
  18. 一本鎖である、請求項１～１７のいずれか一項に記載の化合物。
  19. 二本鎖である、請求項１～１７のいずれか一項に記載の化合物。
  20. リボヌクレオチドを含む、請求項１～１９のいずれか一項に記載の化合物。
  21. デオキシリボヌクレオチドを含む、請求項１～１９のいずれか一項に記載の化合物。
  22. 前記修飾オリゴヌクレオチドは、１０～３０個の結合ヌクレオシドからなる、請求項１～２１のいずれか一項に記載の化合物。
  23. 前記修飾オリゴヌクレオチドは、１２～３０個の結合ヌクレオシドからなる、請求項１～２１のいずれか一項に記載の化合物。
  24. 前記修飾オリゴヌクレオチドは、１５～３０個の結合ヌクレオシドからなる、請求項１～２１のいずれか一項に記載の化合物。
  25. １６個の結合ヌクレオシドの長さの修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物であって、前記修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号１０８９、１７５７、１４１、１９８２、３３０、１６６５、４０８、８３０及び８９９の任意の１つを含む核酸塩基配列を有し、前記修飾オリゴヌクレオチドは、
    結合デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメント；
    結合ヌクレオシドからなる５’ウイングセグメント；及び
    結合ヌクレオシドからなる３’ウイングセグメント
    を含み、前記ギャップセグメントは、前記５’ウイングセグメントと前記３’ウイングセグメントとの間に位置し、各ウイングセグメントの各ヌクレオシドは、修飾糖を含む、化合物。
  26. 配列番号１０８９、１７５７、１４１、１９８２、３３０、１６６５、４０８、８３０及び８９９の任意の１つからなる核酸塩基配列を有する、１６個の結合ヌクレオシドの長さの修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物であって、前記修飾オリゴヌクレオチドは、
    １０個の結合デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメント；
    ３個の結合ヌクレオシドからなる５’ウイングセグメント；及び
    ３個の結合ヌクレオシドからなる３’ウイングセグメント
    を含み、前記ギャップセグメントは、前記５’ウイングセグメントと前記３’ウイングセグメントとの間に位置し；前記５’ウイングセグメント及び前記３’ウイングセグメントは、ｃＥｔ糖を含み；各ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合であり；各シトシンは、５－メチルシトシンである、化合物。
  27. コンジュゲート化部分及びコンジュゲートリンカーを含む、請求項１～２６のいずれか一項に記載の化合物。
  28. 前記コンジュゲート基は、１～３個のＧａｌＮＡｃリガンドを含むＧａｌＮＡｃクラスターを含む、請求項２７に記載の化合物。
  29. 前記コンジュゲートリンカーは、単結合からなる、請求項２７又は２８に記載の化合物。
  30. 前記コンジュゲートリンカーは、切断可能である、請求項２９に記載の化合物。
  31. 前記コンジュゲートリンカーは、１～３個のリンカー－ヌクレオシドを含む、請求項２９に記載の化合物。
  32. 前記コンジュゲート基は、前記修飾オリゴヌクレオチドの５’末端において前記修飾オリゴヌクレオチドに付着されている、請求項２７～３１のいずれか一項に記載の化合物。
  33. 前記コンジュゲート基は、前記修飾オリゴヌクレオチドの３’末端において前記修飾オリゴヌクレオチドに付着されている、請求項２７～３１のいずれか一項に記載の化合物。
  34. 以下の式：
    Figure 2024026778000167
     を有する化合物又はその塩。
  35. 修飾オリゴヌクレオチド及びコンジュゲート基であって、前記修飾オリゴヌクレオチドは、１６個の結合ヌクレオシドの長さであり、且つ配列番号１０８９の配列からなり、前記修飾オリゴヌクレオチドは、
    １０個の結合デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメント；
    ３個の結合ヌクレオシドからなる５’ウイングセグメント；及び
    ３個の結合ヌクレオシドからなる３’ウイングセグメント
    を含み、前記ギャップセグメントは、前記５’ウイングセグメントと前記３’ウイングセグメントとの間に位置し、各ウイングセグメントの各ヌクレオシドは、ｃＥｔ糖を含み；各ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合であり；各シトシンは、５－メチルシトシンであり；前記コンジュゲート基は、前記修飾オリゴヌクレオチドの５’末端に位置し、且つ
    Figure 2024026778000168
     である、修飾オリゴヌクレオチド及びコンジュゲート基。
  36. 以下の式：
    Figure 2024026778000169
     を有する化合物又はその塩。
  37. 修飾オリゴヌクレオチドの前記化合物は、薬学的に許容され得る塩形態である、請求項１～３６のいずれか一項に記載の化合物又は修飾オリゴヌクレオチド。
  38. 薬学的に許容され得る塩は、ナトリウム塩である、請求項３７に記載の化合物又は修飾オリゴヌクレオチド。
  39. 薬学的に許容され得る塩は、カリウム塩である、請求項３７に記載の化合物又は修飾オリゴヌクレオチド。
  40. 請求項１～３９のいずれか一項に記載の化合物又は修飾オリゴヌクレオチドと、薬学的に許容され得る担体とを含む組成物。
  41. 治療に使用するための、請求項１～４０のいずれか一項に記載の化合物又は修飾オリゴヌクレオチドを含む組成物。
  42. 個体におけるＰＮＰＬＡ３に関連した疾患を処置するか、予防するか、又は寛解させる方法であって、前記個体に、ＰＮＰＬＡ３を標的とする化合物を投与し、それにより前記疾患を処置するか、予防するか、又は寛解させることを含む方法。
  43. 請求項１～３９のいずれか一項に記載の化合物又は請求項４０若しくは４１に記載の組成物を個体に投与する方法。
  44. 前記化合物は、ＰＮＰＬＡ３を標的とするアンチセンス化合物である、請求項４２に記載の方法。
  45. 前記疾患は、肝疾患、ＮＡＦＬＤ、脂肪肝、非アルコール性脂肪性肝炎（ＮＡＳＨ）、肝硬変、肝細胞癌、アルコール性肝疾患、アルコール性脂肪性肝炎（ＡＳＨ）、ＨＣＶ肝炎、慢性肝炎、遺伝性ヘモクロマトーシス又は原発性硬化性胆管炎である、請求項４２又は４３に記載の方法。
  46. 前記化合物を投与することは、前記個体における肝損傷、脂肪肝、肝線維症、肝炎、肝瘢痕若しくは硬変、肝不全、肝腫大、上昇したトランスアミナーゼ又は肝脂肪蓄積を阻害するか、又は減少させるか、又は改善する、請求項４２～４５のいずれか一項に記載の方法。
  47. 細胞におけるＰＮＰＬＡ３の発現を阻害する方法であって、細胞を、ＰＮＰＬＡ３を標的とする化合物と接触させ、それにより前記細胞におけるＰＮＰＬＡ３の発現を阻害することを含む方法。
  48. 前記細胞は、個体の肝臓におけるものである、請求項４７に記載の方法。
  49. 前記個体は、肝疾患、ＮＡＦＬＤ、脂肪肝、非アルコール性脂肪性肝炎（ＮＡＳＨ）、肝硬変、肝細胞癌、アルコール性肝疾患、アルコール性脂肪性肝炎（ＡＳＨ）、ＨＣＶ肝炎、慢性肝炎、遺伝性ヘモクロマトーシス又は原発性硬化性胆管炎を有するか又は有するリスクがある、請求項４８に記載の方法。
  50. 個体における肝損傷、脂肪肝、肝線維症、肝炎、肝瘢痕若しくは硬変、肝不全、肝腫大、上昇したトランスアミナーゼ又は肝脂肪蓄積を減少させるか又は阻害する方法であって、前記個体に、ＰＮＰＬＡ３を標的とする化合物を投与し、それにより前記個体における肝損傷、脂肪肝、肝線維症、肝炎、肝瘢痕若しくは硬変、肝不全、肝腫大、上昇したトランスアミナーゼ又は肝脂肪蓄積を減少させるか又は阻害することを含む方法。
  51. 前記個体は、肝疾患、ＮＡＦＬＤ、脂肪肝、非アルコール性脂肪性肝炎（ＮＡＳＨ）、肝硬変、肝細胞癌、アルコール性肝疾患、アルコール性脂肪性肝炎（ＡＳＨ）、ＨＣＶ肝炎、慢性肝炎、遺伝性ヘモクロマトーシス又は原発性硬化性胆管炎を有するか又は有するリスクがある、請求項５０に記載の方法。
  52. 前記化合物は、ＰＮＰＬＡ３を標的とするアンチセンス化合物である、請求項４７～５１のいずれか一項に記載の方法。
  53. 請前記化合物は、請求項１～３９のいずれか一項に記載の化合物又は請求項４０若しくは４１に記載の組成物である、請求項４７～５１のいずれか一項に記載の方法。
  54. 前記化合物又は組成物は、非経口的に投与される、請求項５０又は５１に記載の方法。
  55. ＰＮＰＬＡ３に関連した疾患を処置するか、予防するか、又は寛解させるための、ＰＮＰＬＡ３を標的とする化合物の使用。
  56. 前記疾患は、肝疾患、ＮＡＦＬＤ、脂肪肝、非アルコール性脂肪性肝炎（ＮＡＳＨ）、肝硬変、肝細胞癌、アルコール性肝疾患、アルコール性脂肪性肝炎（ＡＳＨ）、ＨＣＶ肝炎、慢性肝炎、遺伝性ヘモクロマトーシス又は原発性硬化性胆管炎である、請求項５５に記載の使用。
  57. 前記化合物は、ＰＮＰＬＡ３を標的とするアンチセンス化合物である、請求項５５又は５６に記載の使用。
  58. 前記化合物は、請求項１～３９のいずれか一項に記載の化合物又は請求項４０若しくは４１に記載の組成物である、請求項５５～５７のいずれか一項に記載の使用。
  59. ＰＮＰＬＡ３に関連した疾患を処置するか、予防するか、又は寛解させるための医薬の製造における、ＰＮＰＬＡ３を標的とする化合物の使用。
  60. 前記疾患は、肝疾患、ＮＡＦＬＤ、脂肪肝、非アルコール性脂肪性肝炎（ＮＡＳＨ）、肝硬変、肝細胞癌、アルコール性肝疾患、アルコール性脂肪性肝炎（ＡＳＨ）、ＨＣＶ肝炎、慢性肝炎、遺伝性ヘモクロマトーシス又は原発性硬化性胆管炎である、請求項５９に記載の使用。
  61. 前記化合物は、ＰＮＰＬＡ３を標的とするアンチセンス化合物である、請求項５９又は６０に記載の使用。
  62. 前記化合物は、請求項１～３９のいずれか一項に記載の化合物又は請求項４０若しくは４１に記載の組成物である、請求項５９～６１のいずれか一項に記載の使用。
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