[go: up one dir, main page]
More Web Proxy on the site http://driver.im/

JP2022551124A - オリゴヌクレオチド組成物及びその使用方法 - Google Patents

オリゴヌクレオチド組成物及びその使用方法 Download PDF

Info

Publication number
JP2022551124A
JP2022551124A JP2022520901A JP2022520901A JP2022551124A JP 2022551124 A JP2022551124 A JP 2022551124A JP 2022520901 A JP2022520901 A JP 2022520901A JP 2022520901 A JP2022520901 A JP 2022520901A JP 2022551124 A JP2022551124 A JP 2022551124A
Authority
JP
Japan
Prior art keywords
oligonucleotide
oligonucleotides
target
composition
nucleic acid
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Pending
Application number
JP2022520901A
Other languages
English (en)
Other versions
JPWO2021071858A5 (ja
Inventor
モニアン，パラシャント
シャクティ シヴァリラ，チック
マラッパン，スブラマニアン
ヴァルギーズ，チャンドラ
カンダサミー，パチャムトゥ
ルー，ゲンリャン
ユ，ホイ
チャールズ ドネール バトラー，デイヴィット
エンリケ アポニ，ルチアーノ
護 清水
ミッシェル スタンドレー，ステファニー
ジョン ブーレイ，デイビッド
グジオール ホス，アンドリュー
デサイ，ジガール
デイビッド ゴッドフリー，ジャック
ヤン，ハイリン
直樹 岩本
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Wave Life Sciences Pte Ltd
Original Assignee
Wave Life Sciences Pte Ltd
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Wave Life Sciences Pte Ltd filed Critical Wave Life Sciences Pte Ltd
Publication of JP2022551124A publication Critical patent/JP2022551124A/ja
Publication of JPWO2021071858A5 publication Critical patent/JPWO2021071858A5/ja
Pending legal-status Critical Current

Links

Images

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
    • C12N15/111—General methods applicable to biologically active non-coding nucleic acids
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K31/00—Medicinal preparations containing organic active ingredients
    • A61K31/70—Carbohydrates; Sugars; Derivatives thereof
    • A61K31/7088—Compounds having three or more nucleosides or nucleotides
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
    • C12N15/113—Non-coding nucleic acids modulating the expression of genes, e.g. antisense oligonucleotides; Antisense DNA or RNA; Triplex- forming oligonucleotides; Catalytic nucleic acids, e.g. ribozymes; Nucleic acids used in co-suppression or gene silencing
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/10—Type of nucleic acid
    • C12N2310/14—Type of nucleic acid interfering nucleic acids [NA]
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/10—Type of nucleic acid
    • C12N2310/20—Type of nucleic acid involving clustered regularly interspaced short palindromic repeats [CRISPR]
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/30—Chemical structure
    • C12N2310/31—Chemical structure of the backbone
    • C12N2310/314—Phosphoramidates
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/30—Chemical structure
    • C12N2310/31—Chemical structure of the backbone
    • C12N2310/315—Phosphorothioates
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/30—Chemical structure
    • C12N2310/32—Chemical structure of the sugar
    • C12N2310/321—2'-O-R Modification
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/30—Chemical structure
    • C12N2310/32—Chemical structure of the sugar
    • C12N2310/322—2'-R Modification
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/30—Chemical structure
    • C12N2310/33—Chemical structure of the base
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/30—Chemical structure
    • C12N2310/33—Chemical structure of the base
    • C12N2310/335—Modified T or U
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/30—Chemical structure
    • C12N2310/35—Nature of the modification
    • C12N2310/351—Conjugate
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/30—Chemical structure
    • C12N2310/35—Nature of the modification
    • C12N2310/353—Nature of the modification linked to the nucleic acid via an atom other than carbon
    • C12N2310/3533—Halogen

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Plant Pathology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Pharmacology & Pharmacy (AREA)
  • Epidemiology (AREA)
  • Animal Behavior & Ethology (AREA)
  • Public Health (AREA)
  • Veterinary Medicine (AREA)
  • Pharmaceuticals Containing Other Organic And Inorganic Compounds (AREA)
  • Medicines That Contain Protein Lipid Enzymes And Other Medicines (AREA)

Abstract

特に、本開示は、オリゴヌクレオチド及びその組成物を提供する。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド及び組成物は、アデノシン修飾に有用である。いくつかの実施形態では、本開示は、アデノシン修飾から利益を得る可能性がある様々な状態、障害又は疾患を治療するための方法を提供する。

Description

関連出願の相互参照
本出願は、各々が全体として参照により本明細書に組み込まれる２０１９年１０月６日に出願された米国仮特許出願第６２／９１１，３３４号、２０２０年１月１１日に出願された米国仮特許出願第６２／９５９，９１７号、２０２０年５月１０日に出願された米国仮特許出願第６３／０２２，５５９号、及び２０２０年８月２４日に出願された米国仮特許出願第６３／０６９，６９６号に対する優先権を主張する。
背景
オリゴヌクレオチドは、様々な適用、例えば、治療、診断、及び／又は研究適用に有用である。例えば、様々な遺伝子を標的化するオリゴヌクレオチドは、そのような標的遺伝子に関連する状態、障害又は疾患の治療に有用であり得る。
概要
特に、本開示は、設計されたオリゴヌクレオチド及びその組成物を提供し、オリゴヌクレオチドは、本明細書に記載されるとおりの修飾（例えば、核酸塩基糖、及び／又はヌクレオチド間結合に対する修飾、並びにそのパターン）を含む。いくつかの実施形態では、本開示（例えば、オリゴヌクレオチド、オリゴヌクレオチド組成物、方法など）の技術（化合物（例えば、オリゴヌクレオチド）、組成物、方法など）は、核酸の編集、例えば、核酸における部位特異的編集（例えば、標的アデノシンの編集）に特に有用である。いくつかの実施形態では、本明細書で実証されるとおり、提供される技術は、核酸編集、例えば、ＡからＩへの変換などの１つ以上のＡ残基の修飾の効率を著しく向上させ得る。いくつかの実施形態では、本開示は、ＲＮＡにおける編集（例えば、Ａ残基を修飾する、例えば、ＡからＩに変換する）ための技術を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、転写物、例えば、ｍＲＮＡにおいて編集する（例えば、Ａ残基を修飾する、例えば、ＡからＩに変換する）ための技術を提供する。特に、提供される技術は、核酸を編集するための、例えば、Ａを修飾する（ＧからＡへの変異の結果として）ためのＡＤＡＲ（ＲＮＡに作用するアデノシンデアミナーゼ）タンパク質（例えば、ＡＤＡＲ１及び／又はＡＤＲ２）などの内在性タンパク質の利用の利益を提供する。当業者は、内在性タンパク質のそのような利用が、いくつかの課題を回避することができ及び／又は外来成分（例えば、タンパク質（例えば、所望の活性をもたらすオリゴヌクレオチド（及び／又はそれと標的核酸との二重鎖）に結合するように操作されたもの）、タンパク質をコードする核酸、ウイルスなど）の送達を必要とするそれらの技術と比較して様々な利益を提供することができることを理解することになる。
特に、いくつかの実施形態では、提供される技術のオリゴヌクレオチドは、有用な糖修飾及び／又はそのパターン（例えば、ある特定の修飾の存在及び／又は非存在）、核酸塩基修飾及び／又はそのパターン（例えば、ある特定の修飾の存在及び／又は非存在）、ヌクレオチド間結合修飾及び／又は立体化学及び／又はそのパターン［例えば、キラル結合リンの型、修飾、及び／又は配置（Ｒｐ又はＳｐ）など］などを含み、本明細書に記載される１つ以上の他の構造的要素（例えば、追加の化学的部分）と合わせるとき、高い活性及び／又は様々な所望の特性、例えば、核酸編集の高い効率、高い選択性、高い安定性、高い細胞取り込み、低い免疫刺激、低い毒性、向上した分布、向上した親和性などを提供することができる。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、例えば、アデノシン編集のために利用される天然のＲＮＡ糖の高いパーセンテージを有するオリゴヌクレオチドと比較して、高い安定性を提供する。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、高い活性、例えば、アデノシン編集活性を提供する。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、高い選択性を提供し、例えば、いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、標的核酸における標的アデノシンを同じ標的核酸における他のアデノシンより選択的に修飾すること（例えば、標的核酸における別のアデノシン、又は他の全てのアデノシンより標的アデノシンで２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０倍以上の修飾）を提供する。
いくつかの実施形態では、本開示は、第１のドメイン及び第２のドメインを含むオリゴヌクレオチドを提供し、第１のドメインは、１つ以上の２’－Ｆ修飾を含み、第２のドメインは、２’－Ｆ修飾を有しない１つ以上の糖を含む。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、１つ以上のキラル修飾されたヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、本開示は、
（ａ）第１のドメイン；及び
（ｂ）第２のドメイン
を含むオリゴヌクレオチドを提供し、
第１のドメインは、２’－Ｆ修飾を含む少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、又は２０以上の糖を含むか、又は第１のドメインの全ての糖のうちの少なくとも５０％、６０％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は９９％は、２’－Ｆ修飾を含み；
第２のドメインは、２’－Ｆ修飾を含まない少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、又は２０以上の修飾された糖を含むか、又は第２のドメインの全ての糖のうちの少なくとも５０％、６０％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は９９％は、２’－Ｆ修飾を含まない。
いくつかの実施形態では、第２のドメインは、本明細書に記載されるとおりの第１のサブドメイン、第２のサブドメイン及び第３のサブドメインを含むか又はそれらからなる。
いくつかの実施形態では、第２のドメインは、２’－ＯＲ修飾を独立して含む少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、又は２０以上の修飾された糖を含むか、又は第２のドメインの全ての糖のうちの少なくとも５０％、６０％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は９９％は、２’－ＯＲ修飾を含み、Ｒは、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である。いくつかの実施形態では、Ｒは、メチルである。いくつかの実施形態では、Ｒは、ＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３である。本明細書に記載されるとおり、他の糖修飾もまた、任意選択により本明細書に記載される塩基修飾及び／又はヌクレオチド間結合修飾とともに本開示に従って利用され得る。
いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドの塩基配列は、標的アデノシンを含む標的核酸の塩基配列と実質的に相補的である。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、標的核酸とアラインメントされるとき、１つ以上のミスマッチ（非ワトソン－クリック塩基対）を含む。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、標的核酸とアラインメントされるとき、１つ以上のゆらぎ（例えば、Ｇ－Ｕ、Ｉ－Ａ、Ｇ－Ａ、Ｉ－Ｕ、Ｉ－Ｃなど）を含む。いくつかの実施形態では、ミスマッチ及び／又はゆらぎは、提供されるオリゴヌクレオチド及び標的核酸によって形成される二重鎖を認識する１つ以上のタンパク質、例えば、ＡＤＡＲ１、ＡＤＡＲ２などを助け得る。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、標的核酸と二重鎖を形成する。いくつかの実施形態では、ＡＤＡＲタンパク質は、そのような二重鎖を認識し、結合する。いくつかの実施形態では、標的アデノシンの反対側のヌクレオシドは、例えば、５’側に５～５０ヌクレオシド、及びその３’側上に１～５０ヌクレオシドを伴って提供されるオリゴヌクレオチドの中程に位置する。いくつかの実施形態では、５’側は、３’側より多くのヌクレオシドを有する。いくつかの実施形態では、５’側は、３’側より少ないヌクレオシドを有する。いくつかの実施形態では、５’側は、３’側と同じ数のヌクレオシドを有する。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、１５～４０、例えば、１５、２０、２５、３０などの連続した塩基の表に記載されるオリゴヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドの塩基配列は、表に記載されるオリゴヌクレオチドの塩基配列であるか又はそれを含む。
いくつかの実施形態では、様々な構造的要素（例えば、様々な修飾、立体化学、及びそのパターン）の利用により、本開示は、短いオリゴヌクレオチド、例えば、約２０～４０、２５～４０、２５～３５、２６～３２、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４又は３５の核酸塩基長で所望の特性及び高い活性を達成できる。
いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、修飾された核酸塩基を含む。いくつかの実施形態では、修飾された核酸塩基は、標的アデノシンの修飾を促進する。いくつかの実施形態では、標的アデニンの反対側にある核酸塩基は、Ｕが存在するときと比較して、酵素、例えば、ＡＤＡＲとの相互作用を維持する一方で、Ｕより小さい強さで標的アデニンと相互作用する（例えば、より少ない水素結合を形成する）。いくつかの実施形態では、反対側の核酸塩基及び／又はその関連する糖は、酵素、例えば、ＡＤＡＲ１、ＡＤＡＲ２などによる標的アデノシンの能力改変に対する柔軟性を提供する（例えば、Ｕと比較して）。いくつかの実施形態では、反対側の核酸塩基（標的アデニンに対して）、例えば、Ｉ及びその誘導体の核酸塩基のすぐ隣の５’又は３’にある核酸塩基は、標的アデニンの修飾を促進する。特に、本開示は、そのような核酸塩基が、提供されるオリゴヌクレオチド及びその標的核酸の二重鎖が修飾酵素、例えば、ＡＤＡＲ１又はＡＤＡＲ２と相互作用するとき、Ｇより少ない立体障害をもたらし得ることを認める。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの塩基配列は、立体障害が低減されるか又は除去され得るように（例えば、標的Ａの反対のヌクレオシドの隣はＧではない）、選択され（例えば、複数のアデノシン残基が好適な標的であるとき）及び／又は設計される（例えば、本明細書に記載される様々な核酸塩基の利用を介して）。
いくつかの実施形態では、本開示のオリゴヌクレオチドは、修飾されたヌクレオチド間結合（すなわち、天然のリン酸結合ではないヌクレオチド間結合）を提供する。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合（例えば、キラルヌクレオチド間結合）の結合リンはキラルであり、異なる配置（Ｒｐ及びＲｓ）で存在し得る。特に、本開示は、特に結合リンの中心の立体化学の制御による（立体的に不規則なオリゴヌクレオチド調製物と比較して、そのような制御された中心で一方の配置が濃縮される）修飾されたヌクレオチド間結合の組み込みは、特性（例えば、安定性）及び／又は活性（例えば、アデノシン修飾活性（例えば、アデノシンからイノシンに変換する））を著しく向上させることができる。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、立体的に不規則な調製物より著しく高い立体化学的純度を有する。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、キラル制御される。
いくつかの実施形態では、本開示のオリゴヌクレオチドは、結合リンがキラルである１つ以上のキラルヌクレオチド間結合（例えば、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合）を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドにおける全てのヌクレオチド間結合の少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、若しくは２０、又は少なくとも５０％、６０％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、若しくは９９％は、キラルヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのヌクレオチド間結合は、キラルヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのヌクレオチド間結合は、天然のリン酸結合である。いくつかの実施形態では、各ヌクレオチド間結合は、独立して、キラルヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのキラルヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、各々は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。結合リンは、Ｒｐ又はＳｐのいずれかであり得る。いくつかの実施形態では、少なくとも１つの結合リンは、Ｒｐである。いくつかの実施形態では、少なくとも１つの結合リンは、Ｓｐである。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドにおける全てのキラルヌクレオチド間結合の少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、若しくは２０、又は少なくとも５０％、６０％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、若しくは９９％は、Ｓｐである。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドにおける全てのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、若しくは２０、又は少なくとも５０％、６０％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、若しくは９９％は、Ｓｐである。
いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドの１つ以上のキラル結合リンの立体化学は、組成物中で制御される。いくつかの実施形態では、本開示は、複数のオリゴヌクレオチドを含む組成物を提供し、複数のオリゴヌクレオチドは共通の塩基配列、及び１つ以上（例えば、全てのキラルヌクレオチド間結合の約１～５０、１～４０、１～３０、１～２５、１～２０、１～１５、１～１０、５～５０、５～４０、５～３０、５～２５、５～２０、５～１５、５～１０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、若しくは２５以上、又は少なくとも５０％、６０％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、若しくは９９％）のキラルヌクレオチド間結合（「キラル制御されたヌクレオチド間結合」）で独立して結合リンの同じ配置（例えば、キラル結合リンに関して全てがＲｐであるか又は全てがＳｐである）を共有する。いくつかの実施形態では、それらは、それぞれのキラル結合リンで同じ立体化学を共有する。いくつかの実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドは、同じ構成を共有する。いくつかの実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドは、ヌクレオチド間結合を除いて構造的に同一である。いくつかの実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドは、構造的に同一である。いくつかの実施形態では、組成物中の全てのオリゴヌクレオチド、又は共通の塩基配列を共有する全てのオリゴヌクレオチドの少なくとも約５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、又は９５％は、複数のオリゴヌクレオチドの骨格のキラル中心のパターンを共有する。いくつかの実施形態では、組成物中の全てのオリゴヌクレオチド、又は共通の塩基配列を共有する全てのオリゴヌクレオチドの少なくとも約５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、又は９５％は、複数のオリゴヌクレオチドである。
いくつかの実施形態では、本開示は、オリゴヌクレオチドのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、組成物中の全てのオリゴヌクレオチド、又は同じ塩基配列のオリゴヌクレオチドを有する全てのオリゴヌクレオチド、又は同じ塩基配列及び糖及び塩基修飾を有する全てのオリゴヌクレオチド、又は同じ構成の全てのオリゴヌクレオチドの少なくとも約５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、又は９５％は、オリゴヌクレオチドとの１つ以上（例えば、全てのキラルヌクレオチド間結合の約１～５０、１～４０、１～３０、１～２５、１～２０、１～１５、１～１０、５～５０、５～４０、５～３０、５～２５、５～２０、５～１５、５～１０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、若しくは２５以上、又は少なくとも５０％、６０％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、若しくは９９％）のキラルヌクレオチド間結合で独立して同じ配置の結合リンを共有する（例えば、キラル結合リンに関して全てがＲｐであるか又は全てがＳｐである）。いくつかの実施形態では、本開示は、オリゴヌクレオチドのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、組成物中の全てのオリゴヌクレオチド、又は同じ塩基配列のオリゴヌクレオチドを有する全てのオリゴヌクレオチド、又は同じ塩基配列及び糖及び塩基修飾を有する全てのオリゴヌクレオチド、又は同じ構成の全てのオリゴヌクレオチドの少なくとも約５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、又は９５％は、１つ以上の形態のオリゴヌクレオチド（例えば、酸性形態、塩形態（例えば、薬学的に許容される塩形態；当業者に理解されるとおり、オリゴヌクレオチドが塩である場合、対応する酸形態又は塩基形態のオリゴヌクレオチドの他の塩形態）など）である。
いくつかの実施形態では、本明細書で実証されるとおり、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、対応する立体的に不規則なオリゴヌクレオチド組成物と比較して、いくつかの利点、例えば、より高い安定性、活性などを提供する。いくつかの実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、ＡＤＡＲタンパク質の様々なアイソフォーム（例えば、ＡＤＡＲ１のｐ１５０及びｐ１１０形態）で高いレベルのアデノシン修飾（例えば、ＡからＩへの変換）活性を提供する一方で、対応する立体的に不規則な組成物は、ＡＤＡＲタンパク質のある特定のアイソフォーム（例えば、ＡＤＡＲ１のｐ１５０アイソフォーム）のみで高いレベルのアデノシン修飾（例えば、ＡからＩへの変換）活性を提供することが観察された。
いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、追加の部分、例えば、標的化部分、炭水化物部分などを含む。いくつかの実施形態では、追加の部分は、アシアロ糖タンパク質受容体のためのリガンドであるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、追加の部分は、ＧａｌＮＡｃ又はその誘導体であるか又はそれを含む。特に、追加の部分は、ある特定の標的部位、例えば、細胞、組織、器官など（例えば、追加の部分と相互作用する受容体を含む部位）への送達を促進し得る。いくつかの実施形態では、追加の部分は、肝臓への送達を促進する。
いくつかの実施形態では、本開示は、オリゴヌクレオチド及びその組成物、特に、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を調製するための技術を提供する。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド及びその組成物は、高い純度のものである。いくつかの実施形態では、本開示のオリゴヌクレオチドは、キラルヌクレオチド間結合の結合リンで少なくとも５０％、６０％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は９９％立体化学的に純粋である。いくつかの実施形態では、本開示のオリゴヌクレオチドは、立体選択的に調製され、立体異性体を実質的に含まない。いくつかの実施形態では、キラル結合リンの立体化学の同じパターンの同じ塩基配列を共有する複数のオリゴヌクレオチドを含む（例えば、それぞれのキラル結合リンが独立してＲｐ又はＳｐであるＲｐ及び／又はＳｐの１つ以上を含む）提供される組成物において、複数のオリゴヌクレオチドと同じ塩基配列を共有する組成物中の全てのオリゴヌクレオチドの少なくとも５０％、６０％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は９９％は、キラル結合リンの立体化学の同じパターンを共有するか又は複数のオリゴヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、キラル結合リンの立体化学の同じパターンの同じ塩基配列を共有する複数のオリゴヌクレオチドを含む提供される組成物において、複数のオリゴヌクレオチドと同じ構成を共有する組成物中の全てのオリゴヌクレオチドの少なくとも５０％、６０％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は９９％は、キラル結合リンの立体化学の同じパターンを共有するか又は複数のオリゴヌクレオチドである。
いくつかの実施形態では、本開示は、オリゴヌクレオチド及びその組成物を評価するための有用な技術を記載する。例えば、本開示の様々な技術は、アデノシン修飾を評価するのに有用である。当業者に理解されるとおり、いくつかの実施形態では、アデノシンの修飾／編集は、任意選択により、修飾系（例えば、インビトロ系、エクスビボ系、細胞、組織、器官、生物体、対象など）における他の構成要素（例えば、ＡＤＡＲタンパク質）の存在を鑑みて、配列決定、質量分析、修飾された核酸（例えば、標的核酸のアデノシンはイノシンに変換される）の産物（例えば、ＲＮＡ、タンパク質など）の評価（例えば、レベル、活性など）を介して評価され得る。当業者は、標的核酸のアデノシン修飾をもたらすオリゴヌクレオチドが、修飾された核酸（例えば、標的アデノシンはＩに変換される）及び１つ以上のその産物（例えば、ｍＲＮＡ、タンパク質など）も提供できることを理解するであろう。ある特定の有用な技術は、実施例において記載される。
本明細書に記載されるとおり、本開示のオリゴヌクレオチド及び組成物は、様々な形態で提供／利用され得る。いくつかの実施形態では、本開示は、オリゴヌクレオチドの１つ以上の形態、例えば、酸形態（例えば、天然のリン酸結合は、－（Ｐ（Ｏ）（ＯＨ）－Ｏ－として存在し、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、－Ｏ（Ｐ（Ｏ）（ＳＨ）－Ｏ－として存在する）、塩基形態、塩形態（例えば、天然のリン酸結合は、塩形態（例えば、ナトリウム塩（－Ｏ（Ｐ（Ｏ）（Ｏ－Ｎａ＋）－Ｏ－）として存在し、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、塩形態（例えば、ナトリウム塩（－Ｏ（Ｐ（Ｏ）（Ｓ－Ｎａ＋）－Ｏ－）など）として存在する）を含む組成物を提供する。当業者によって理解されるとおり、オリゴヌクレオチドは、薬学的に許容される塩を含む様々な塩形態、及び溶液（例えば、様々な水性緩衝系）中に存在することができ、カチオンは、アニオンから解離し得る。いくつかの実施形態では、本開示は、提供されるオリゴヌクレオチド及び／又は１つ以上のその薬学的に許容される塩、並びに薬学的に許容される担体を含む医薬組成物を提供する。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物である。
提供される技術は、様々な目的のために利用され得る。例えば、当業者は、提供される技術が、アデノシンの修飾、例えば、ＧからＡへの変異の補正、ある特定の核酸及び／又はそれによってコードされる産物のレベルの調節（例えば、ＡからＧ／Ｉへの修飾を導入することによるタンパク質のレベルの低減）、スプライシングの調節、翻訳の調節（例えばＡからＧ／Ｉへの修飾を導入することによる翻訳開始及び／又は終止部位の調節）などを含む多くの目的に有用であることを理解するであろう。
いくつかの実施形態では、本開示は、アデノシン修飾、例えば、ＡからＩ又はＧへの変換に影響を受けやすい状態、障害又は疾患を予防するか又は治療するための技術を提供する。当業者に理解されるとおり、Ｉは、例えば、塩基対形成、翻訳などにおけるＧの１つ以上の機能を果たし得る。いくつかの実施形態では、ＧからＡへの変異は、Ｇ型の核酸の１つ以上の産物、例えば、タンパク質が生成され得るようにＡからＩへの変換を介して補正され得る。いくつかの実施形態では、本開示は、変異と関連する状態、障害又は疾患を予防するか又は治療するための技術であって、それになりやすいか又はそれに罹患している対象に、提供されるオリゴヌクレオチド又はその組成物を投与することを含み、オリゴヌクレオチド又は組成物が変異を編集できる技術を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、ＧからＡへの変異と関連する状態、障害又は疾患を予防するか又は治療するための技術であって、それになりやすいか又はそれに罹患している対象に、提供されるオリゴヌクレオチド又はその組成物を投与することを含み、オリゴヌクレオチド又は組成物がＡを修飾できる技術を提供する。いくつかの実施形態では、提供される技術は、転写物、例えば、ＲＮＡ転写物中のＡを修飾する。いくつかの実施形態では、ＡはＩに変換される。いくつかの実施形態では、翻訳の間、タンパク質合成機構は、ＩをＧとして読む。いくつかの実施形態では、Ａ型は、その対応するＧ型によってコードされるものと比較して１つ以上のより高い所望の活性及び／又は１つ以上のより良好な所望の特性を有する１つ以上のタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、Ａ型は、その対応するＧ型と比較して、１つ以上のより高い所望の活性及び／又は１つ以上のより良好な所望の特性を有するより高いレベルの１つ以上のタンパク質を提供する。いくつかの実施形態では、Ａ型によってコードされる産物は、その対応するＧ型によってコードされるものと構造的に異なる（例えば、より長い、いくつかの実施形態では、全長タンパク質）。いくつかの実施形態では、Ａ型は、その対応するＧ型と比較して構造的に同一の産物（例えば、タンパク質）を提供する。
当業者が理解するとおり、多くの状態、障害又は疾患は、提供される技術によって改変され得る変異と関連し、提供される技術を使用して予防され及び／又は治療され得る。例えば、２０，０００種を超える状態、障害又は疾患がＧからＡへの変異と関連し、ＡからＩへの編集から利益を得ることができることが報告されている。
図面の簡単な説明
様々な糖修飾パターンを有する提供される技術は、所望の活性を提供することができる。（ａ）ＡＤＡＲ１に媒介される編集。オリゴヌクレオチドは全て、ｃＬｕｃコード配列内の中途でのＵＡＧ終止コドンを標的化する同じ配列を有する。２９３Ｔ細胞は、それぞれＡＤＡＲ１及びＡＤＡＲ２、ルシフェラーゼレポーターコンストラクト及び指定の組成物でトランスフェクトされた。ｃＬｕｃ活性は尺度であり、モック処理された試料（ｎ＝２の生物学的複製物）におけるＧｌｕｃ発現に標準化された。 様々な糖修飾パターンを有する提供される技術は、所望の活性を提供することができる。（ｂ）ＡＤＡＲ２に媒介される編集。オリゴヌクレオチドは全て、ｃＬｕｃコード配列内の中途でのＵＡＧ終止コドンを標的化する同じ配列を有する。２９３Ｔ細胞は、それぞれＡＤＡＲ１及びＡＤＡＲ２、ルシフェラーゼレポーターコンストラクト及び指定の組成物でトランスフェクトされた。ｃＬｕｃ活性は尺度であり、モック処理された試料（ｎ＝２の生物学的複製物）におけるＧｌｕｃ発現に標準化された。 様々なヌクレオチド間結合修飾を含む提供される技術は、所望の活性を提供することができる。（ａ）：組成物は全て、ｃＬｕｃコード配列内の中途でのＵＡＧ終止コドンを標的化する同じ配列を有する。２９３Ｔ細胞は、ＡＤＡＲ１又はＡＤＡＲ２、ルシフェラーゼレポーターコンストラクト及び指定の組成物でトランスフェクトされた。ｃＬｕｃ活性は尺度であり、モック処理された試料（ｎ＝２の生物学的複製物）におけるＧｌｕｃ発現に標準化された。 様々なヌクレオチド間結合修飾を含む提供される技術は、所望の活性を提供することができる。（ｂ）：組成物は全て、ｃＬｕｃコード配列内の中途でのＵＡＧ終止コドンを標的化する同じ配列を有する。２９３Ｔ細胞は、ＡＤＡＲ１又はＡＤＡＲ２、ルシフェラーゼレポーターコンストラクト及び指定の組成物でトランスフェクトされた。ｃＬｕｃ活性は尺度であり、モック処理された試料（ｎ＝２の生物学的複製物）におけるＧｌｕｃ発現に標準化された。 様々な糖修飾を含む提供される技術は、所望の活性を提供することができる。組成物は全て、ｃＬｕｃコード配列内の中途でのＵＡＧ終止コドンを標的化する。２９３Ｔ細胞は、ＡＤＡＲ１又はＡＤＡＲ２、ルシフェラーゼレポーターコンストラクト及び指定の組成物でトランスフェクトされた。ｃＬｕｃ活性は尺度であり、モック処理された試料（ｎ＝２の生物学的複製物）におけるＧｌｕｃ発現に標準化された。 様々な糖型を含む提供される技術は、所望の活性を提供することができる。組成物は全て、ｃＬｕｃコード配列内の中途でのＵＡＧ終止コドンを標的化する同じ配列を有する。２９３Ｔ細胞は、ＡＤＡＲ１又はＡＤＡＲ２、ルシフェラーゼレポーターコンストラクト及び指定の組成物でトランスフェクトされた。ｃＬｕｃ活性は尺度であり、モック処理された試料（ｎ＝２の生物学的複製物）におけるＧｌｕｃ発現に標準化された。 提供される技術は、短い配列で所望の活性を提供することができる。組成物は全て、ｃＬｕｃコード配列内の中途でのＵＡＧ終止コドンを標的化する。２９３Ｔ細胞は、ＡＤＡＲ１、ルシフェラーゼレポーターコンストラクト及び指定の組成物でトランスフェクトされた。ｃＬｕｃ活性が測定され、モック処理された試料（ｎ＝２の生物学的複製物）におけるＧｌｕｃ発現に標準化された。 提供される技術は、短い配列で所望の活性を提供することができる。組成物は全て、ｃＬｕｃコード配列内の中途でのＵＡＧ終止コドンを標的化する。２９３Ｔ細胞は、ＡＤＡＲ１、ルシフェラーゼレポーターコンストラクト及び指定の組成物でトランスフェクトされた。ｃＬｕｃ活性が測定され、モック処理された試料（ｎ＝２の生物学的複製物）におけるＧｌｕｃ発現に標準化された。 提供される技術は、短い配列で所望の活性を提供することができる。組成物は全て、ｃＬｕｃコード配列内の中途でのＵＡＧ終止コドンを標的化する。２９３Ｔ細胞は、ＡＤＡＲ２、ルシフェラーゼレポーターコンストラクト及び指定の組成物でトランスフェクトされた。ｃＬｕｃ活性が測定され、モック処理された試料（ｎ＝２の生物学的複製物）におけるＧｌｕｃ発現に標準化された。 提供される技術は、短い配列で所望の活性を提供することができる。組成物は全て、ｃＬｕｃコード配列内の中途でのＵＡＧ終止コドンを標的化する。２９３Ｔ細胞は、ＡＤＡＲ２、ルシフェラーゼレポーターコンストラクト及び指定の組成物でトランスフェクトされた。ｃＬｕｃ活性が測定され、モック処理された試料（ｎ＝２の生物学的複製物）におけるＧｌｕｃ発現に標準化された。 提供される技術は、外来ＡＤＡＲを伴わずに様々な細胞型で所望の活性を提供することができる。図６は、異なる細胞型において外来ＡＤＡＲを伴わない内在性の標的（アクチンの３’ＵＴＲにおけるＴＡＧ部位）の編集を示す。細胞は、５０ｎＭのオリゴヌクレオチドでトランスフェクトされ、編集は、４８時間後に測定された。（ＲＰＥ及びＮＨＢＥ細胞に関してＮ＝１、肝細胞に関してＮ＝２の生物学的複製物） 様々な数のミスマッチを含む提供される技術は、所望の活性を提供することができる。組成物は全て、ｃＬｕｃコード配列内の中途でのＵＡＧ終止コドンを標的化し、０～２個のミスマッチを有する。２９３Ｔ細胞は、ＡＤＡＲ１又はＡＤＡＲ２、ルシフェラーゼレポーターコンストラクト及び指定の組成物でトランスフェクトされた。ｃＬｕｃ活性が、４８及び９６時間目に測定され、モック処理された試料（ｎ＝２の生物学的複製物）におけるＧｌｕｃ発現に標準化された。 様々なパターンのミスマッチを含む提供される技術は、所望の活性を提供することができる。組成物は全て、ｃＬｕｃコード配列内の中途でのＵＡＧ終止コドンを標的化する。２９３Ｔ細胞は、ＡＤＡＲ１又はＡＤＡＲ２、ルシフェラーゼレポーターコンストラクト及び指定の組成物でトランスフェクトされた。ｃＬｕｃ活性は、モック処理された試料（ｎ＝２の生物学的複製物）におけるＧｌｕｃ発現に標準化された。 様々なパターンのミスマッチを含む提供される技術は、所望の活性を提供することができる。組成物は全て、ｃＬｕｃコード配列内の中途でのＵＡＧ終止コドンを標的化する。２９３Ｔ細胞は、ＡＤＡＲ１又はＡＤＡＲ２、ルシフェラーゼレポーターコンストラクト及び指定の組成物でトランスフェクトされた。ｃＬｕｃ活性は、モック処理された試料（ｎ＝２の生物学的複製物）におけるＧｌｕｃ発現に標準化された。 キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、所望の活性を提供することができる。組成物は全て、ｃＬｕｃコード配列内の中途でのＵＡＧ終止コドンを標的化する。２９３Ｔ細胞は、ＡＤＡＲ１又はＡＤＡＲ２、ルシフェラーゼレポーターコンストラクト及び指定の組成物でトランスフェクトされた。ｃＬｕｃ活性は、モック処理された試料（ｎ＝２の生物学的複製物）におけるＧｌｕｃ発現に標準化された。 キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、所望の活性を提供することができる。組成物は全て、ｃＬｕｃコード配列内の中途でのＵＡＧ終止コドンを標的化する。２９３Ｔ細胞は、ＡＤＡＲ１又はＡＤＡＲ２、ルシフェラーゼレポーターコンストラクト及び様々なオリゴヌクレオチド濃度の指定の組成物でトランスフェクトされた。ｃＬｕｃ活性は、モック処理された試料（ｎ＝２の生物学的複製物）におけるＧｌｕｃ発現に標準化された。 キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、外来ＡＤＡＲを伴わずに様々な細胞型において著しく高い活性を提供することができる。組成物は全て、アクチンの３’ＵＴＲのＵＡＧモチーフを標的化する。細胞は、１０ｕＭの用量のオリゴヌクレオチドでgymnosisにより処理されたか、又は５０ｎＭの用量でトランスフェクトされた。ＲＮＡは４８時間後に収集され、編集された転写物のパーセンテージは、サンガー法による配列決定によって定量化された（ｎ＝２の生物学的複製物）。 提供される技術は、外来ＡＤＡＲを伴わずに短い配列で所望の活性を提供することができる。図１３は、初代ヒト網膜色素上皮（ＲＰＥ細胞）における編集を示す。組成物は全て、アクチンの３’ＵＴＲのＵＡＧモチーフを標的化する。初代ヒトＲＰＥ細胞は、５０ｎＭのオリゴヌクレオチドでトランスフェクトされた。ＲＮＡは４８時間後に収集され、編集された転写物のパーセンテージは、サンガー法による配列決定によって定量化された（ｎ＝２の生物学的複製物）。 キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、外来ＡＤＡＲを伴わずに様々な細胞型において高い活性を提供することができる。組成物は全て、アクチンの３’ＵＴＲのＵＡＧモチーフを標的化する。初代ヒト気管支上皮細胞は、１０ｕＭのオリゴヌクレオチドでgymnosisにより処理された一方で、初代ＲＰＥ細胞は、５０ｎｍのオリゴヌクレオチドでトランスフェクトされた。ＲＮＡは４８時間後に収集され、編集された転写物のパーセンテージは、サンガー法による配列決定によって定量化された（ｎ＝２の生物学的複製物）。 様々なヌクレオチド間結合パターンを含む提供される技術は、所望の活性を提供することができる。組成物は全て、同じ塩基配列を有し、ｃＬｕｃコード配列内の中途でのＵＡＧ終止コドンを標的化する。２９３Ｔ細胞は、ＡＤＡＲ１又はＡＤＡＲ２、ルシフェラーゼレポーターコンストラクト及び指定の組成物でトランスフェクトされた。ｃＬｕｃ活性は、モック処理された試料（ｎ＝２の生物学的複製物）におけるＧｌｕｃ発現に標準化された。 様々なヌクレオチド間結合パターンを含む提供される技術は、外来ＡＤＡＲを伴わずに所望の活性を提供することができる。組成物は全て、アクチンの３’ＵＴＲのＵＡＧモチーフを標的化する。初代ヒト肝細胞は、３．３ｕＭのオリゴヌクレオチドでgymnosisにより処理された。ＲＮＡは４８時間後に収集され、編集された転写物のパーセンテージは、サンガー法による配列決定によって定量化された（ｎ＝２の生物学的複製物）。 様々な修飾及びキラル制御を含む提供される技術は、外来ＡＤＡＲを伴わずに所望の活性を提供することができる。組成物は全て、アクチンの３’ＵＴＲのＵＡＧモチーフを標的化する。初代ヒト肝細胞は、５０ｎＭのオリゴヌクレオチドでトランスフェクトされた。ＲＮＡは４８時間後に収集され、編集された転写物のパーセンテージは、サンガー法による配列決定によって定量化された（ｎ＝２の生物学的複製物）。 追加の部分を含む提供される技術は、外来ＡＤＡＲを伴わずに高い活性を提供することができる。（ａ）：組成物は全て、ベータ－アクチンｍＲＮＡの３’ＵＴＲにおけるアデノシンを標的化する。初代ヒト肝細胞は、様々な濃度でgymnosisにより処理された。標的の編集は、サンガー法による配列決定によって測定された（ｎ＝２の生物学的複製物）。 追加の部分を含む提供される技術は、外来ＡＤＡＲを伴わずに高い活性を提供することができる。（ｂ）：組成物は全て、ベータ－アクチンｍＲＮＡの３’ＵＴＲにおけるアデノシンを標的化する。初代ヒト肝細胞は、様々な濃度でgymnosisにより処理された。標的の編集は、サンガー法による配列決定によって測定された（ｎ＝２の生物学的複製物）。 提供される技術は、外来ＡＤＡＲを伴わずに所望の活性を提供することができる。図１９は、初代マウス肝細胞におけるＳＥＲＰＩＮＡ１（ＰｉＺアレル）の編集を示す。組成物は全て、変異体ヒトＳＥＲＰＩＮＡ１転写物（ＰｉＺＺアレル）におけるアデノシンを標的化する。初代肝細胞（変異体ヒト転写物を発現するマウスモデルから抽出された）は、５０ｎＭのオリゴヌクレオチドでトランスフェクトされた。標的の編集は、サンガー法による配列決定によって測定された（ｎ＝２の生物学的複製物）。 修飾された塩基を含む提供される技術は、外来ＡＤＡＲを伴わずに高い活性を提供することができる。図２０は、初代マウス肝細胞におけるＳＥＲＰＩＮＡ１（ＰｉＺアレル）の編集を示す。組成物は全て、変異体ヒトＳＥＲＰＩＮＡ１転写物（ＰｉＺＺアレル）におけるアデノシンを標的化する。初代肝細胞（変異体ヒト転写物を発現するマウスモデルから抽出された）は、５０ｎＭのオリゴヌクレオチドでトランスフェクトされ、処理された。標的の編集は、サンガー法による配列決定によって測定された（ｎ＝２の生物学的複製物）。示されるとおり、修飾された核酸塩基を含む提供される設計は、活性を非常に向上させることができる。 修飾された塩基を含む提供される技術は、所望の活性を提供することができる。組成物は全て、ｃＬｕｃコード配列内の中途でのＵＡＧ終止コドンを標的化する。２９３Ｔ細胞は、ＡＤＡＲ１又はＡＤＡＲ２、ルシフェラーゼレポーターコンストラクト及び様々なオリゴヌクレオチド濃度の指定の組成物でトランスフェクトされた。ｃＬｕｃ活性は、モック処理された試料（ｎ＝２の生物学的複製物）におけるＧｌｕｃ発現に標準化された。 図２２は、オリゴヌクレオチド配置の例を示す。 修飾された塩基を含む提供される技術は、高い活性を提供することができる。組成物は全て、ｃＬｕｃコード配列内の中途でのＵＡＧ終止コドンを標的化する。２９３Ｔ細胞は、ＡＤＡＲ１又はＡＤＡＲ２、ルシフェラーゼレポーターコンストラクト及び指定の組成物でトランスフェクトされた。ｃＬｕｃ活性は、モック処理された試料（ｎ＝２の生物学的複製物）におけるＧｌｕｃ発現に標準化された。 キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を含む提供される技術は、立体的に不規則なオリゴヌクレオチド組成物と比較して高い活性を提供することができる。組成物は、外来ＡＤＡＲを使用して指定の転写物内のＵＡＧモチーフを標的化する。初代ヒト肝細胞は、５０ｎＭのオリゴヌクレオチド濃度の組成物でトランスフェクトされた。標的化された転写物の編集のパーセントは、処理の４８時間後に収集されたＲＮＡのサンガー法による配列決定により決定された（ｎ＝２の生物学的複製物）実証されるとおり、提供される技術は、様々な標的転写物に関して高い編集効率を提供することができる。 修飾されたヌクレオチド間結合を有するオリゴヌクレオチドを含む提供される技術は、高い活性を提供することができる。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、ホスホロチオエート結合及びｎ００１などの負に荷電していないヌクレオチド間結合を含む。組成物は、ｃＬｕｃコード配列内の中途でのＵＡＧ終止コドンを標的化する。２９３Ｔ細胞は、ＡＤＡＲ１－ｐ１５０、ルシフェラーゼレポーターコンストラクト、及び３．３ｎＭのオリゴヌクレオチド濃度の指定の組成物でトランスフェクトされた。ｃＬｕｃ活性は、モック処理された試料（ｎ＝２の生物学的複製物）におけるＧｌｕｃ発現に標準化された。 追加の化学的部分を含むオリゴヌクレオチドを含む提供される技術は、高い活性を提供することができる。組成物は、外来ＡＤＡＲを使用してベータ－アクチンｍＲＮＡの３’ＵＴＲにおけるアデノシンを標的化する。初代サル肝細胞は、指定の濃度の指定の組成物でgymnosisにより処理された。標的の編集は、サンガー法による配列決定によって測定された（ｎ＝２の生物学的複製物）。 修飾されたヌクレオチド間結合、糖修飾、及び／又は追加の化学的部分を有するオリゴヌクレオチドを含む提供される技術は、高い活性を提供することができる。組成物は、外来ＡＤＡＲを使用してベータ－アクチンｍＲＮＡの３’ＵＴＲにおけるアデノシンを標的化する。初代ヒト肝細胞は、指定のオリゴヌクレオチド濃度の指定の組成物でgymnosisにより処理された。標的転写物の編集のパーセントは、サンガー法による配列決定により決定された（ｎ＝２の生物学的複製物）。 様々な修飾されたヌクレオチド間結合、糖修飾及び／又は追加の部分を含むオリゴヌクレオチドを含む提供される技術は、高い活性を提供することができる。組成物は、外来ＡＤＡＲを使用してベータ－アクチンｍＲＮＡの３’ＵＴＲにおけるアデノシンを標的化する。初代ヒト肝細胞は、指定のオリゴヌクレオチド濃度の指定の組成物でgymnosisにより処理された。標的転写物の編集のパーセントは、サンガー法による配列決定により決定された（ｎ＝２の生物学的複製物）。いくつかの実施形態では、ある特定の構造的要素、例えば、第２のサブドメイン中の２’－Ｆ修飾糖、第２のサブドメインヌクレオシドに結合されるＲｐのホスホロチオエート結合、ミスマッチの位置及び／又は有無、及び／又はある特定の位置でのｎ００１などの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、編集効率を向上させることができる。 修飾されたヌクレオチド間結合、糖修飾、及び／又は追加の化学的部分を有するオリゴヌクレオチドを含む提供される技術は、高い活性を提供することができる。初代ヒト肝細胞は、指定の濃度の指定のオリゴヌクレオチド組成物でgymnosisにより処理された。ＡＤＡＲは、内在性であった。組成物は、ベータ－アクチンｍＲＮＡの３’ＵＴＲにおけるアデノシンを標的化する。編集された転写物のパーセンテージは、サンガー法による配列決定によって定量化された（ｎ＝２の生物学的複製物）。 修飾されたヌクレオチド間結合、糖修飾、及び／又は追加の化学的部分を有するオリゴヌクレオチドを含む提供される技術は、高い活性を提供することができる。初代ヒト（ａ；＊：未決定）又はサル（ｂ）肝細胞は、指定の濃度の指定のオリゴヌクレオチド組成物でgymnosisにより処理された。ＡＤＡＲは、内在性であった。組成物は、ベータ－アクチンｍＲＮＡの３’ＵＴＲにおけるアデノシンを標的化する。編集された転写物のパーセンテージは、サンガー法による配列決定によって定量化された（ｎ＝２の生物学的複製物）。 キラル制御は、編集効率を向上させることができる。組成物は全て、ｃＬｕｃコード配列内の中途でのＵＡＧ終止コドンを標的化する。２９３Ｔ細胞は、ＡＤＡＲ１－ｐ１１０又は－ｐ１５０をコードするプラスミド、ルシフェラーゼレポーターコンストラクト及び指定のオリゴヌクレオチド組成物でトランスフェクトされた。ｃＬｕｃ活性は、モック処理された試料（ｎ＝２の生物学的複製物）におけるＧｌｕｃ発現に標準化された。特に、キラル制御されたヌクレオチド間結合（例えば、Ｓｐホスホロチオエートヌクレオチド間結合）の数／レベルの増加は、ＡＤＡＲ１－ｐ１１０及びＡＤＡＲ１－ｐ１５０の両方に関して編集効率を向上させた。 キラル制御は、編集効率を向上させることができる。組成物は全て、ｃＬｕｃコード配列内の中途でのＵＡＧ終止コドンを標的化する。２９３Ｔ細胞は、ＡＤＡＲ１－ｐ１１０又は－ｐ１５０をコードするプラスミド、ルシフェラーゼレポーターコンストラクト及び指定のオリゴヌクレオチド組成物でトランスフェクトされた。ｃＬｕｃ活性は、モック処理された試料（ｎ＝２の生物学的複製物）におけるＧｌｕｃ発現に標準化された。特に、キラル制御されたヌクレオチド間結合（例えば、Ｓｐホスホロチオエートヌクレオチド間結合）の数／レベルの増加は、ＡＤＡＲ１－ｐ１１０及びＡＤＡＲ１－ｐ１５０の両方に関して編集効率を向上させた。 キラル制御及び修飾されたヌクレオチド間結合は、編集効率を向上させることができる。（ａ）組成物は全て、ｃＬｕｃコード配列内の中途でのＵＡＧ終止コドンを標的化する。２９３Ｔ細胞は、ＡＤＡＲ１－ｐ１１０をコードするプラスミド、ルシフェラーゼレポーターコンストラクト及び指定の組成物でトランスフェクトされた。ｃＬｕｃ活性は、モック処理された試料（ｎ＝２の生物学的複製物）におけるＧｌｕｃ発現に標準化された。 キラル制御及び修飾されたヌクレオチド間結合は、編集効率を向上させることができる。（ｂ）組成物は全て、ｃＬｕｃコード配列内の中途でのＵＡＧ終止コドンを標的化する。２９３Ｔ細胞は、ＡＤＡＲ１－ｐ１５０をコードするプラスミド、ルシフェラーゼレポーターコンストラクト及び指定の組成物でトランスフェクトされた。ｃＬｕｃ活性は、モック処理された試料（ｎ＝２の生物学的複製物）におけるＧｌｕｃ発現に標準化された。 天然のリン酸結合を含むオリゴヌクレオチドの評価。いくつかの実施形態では、天然のリン酸結合を、本開示に従って利用して（例えば、他の構造的特徴（例えば、修飾、パターンなど）と組み合わせた数、レベル、位置など）、ある特定のレベルの活性のオリゴヌクレオチド組成物を提供することができる。図３４において、天然のリン酸結合が、本開示に従ってオリゴヌクレオチドにおいて利用され得る。組成物は全て、ｃＬｕｃコード配列内の中途でのＵＡＧ終止コドンを標的化する。２９３Ｔ細胞は、ＡＤＡＲ１－ｐ１５０又はＡＤＡＲ２をコードするプラスミド、ルシフェラーゼレポーターコンストラクト及び指定の組成物でトランスフェクトされた。ｃＬｕｃ活性は、モック処理された試料（ｎ＝２の生物学的複製物）におけるＧｌｕｃ発現に標準化された。 様々な糖修飾が、所望の活性を有するオリゴヌクレオチド組成物を提供するために利用され得る。組成物は全て、ｃＬｕｃコード配列内の中途でのＵＡＧ終止コドンを標的化する。２９３Ｔ細胞は、ＡＤＡＲ１－ｐ１５０又はＡＤＡＲ２をコードするプラスミド、ルシフェラーゼレポーターコンストラクト及び指定の組成物でトランスフェクトされた。ｃＬｕｃ活性は、モック処理された試料（ｎ＝２の生物学的複製物）におけるＧｌｕｃ発現に標準化された。 様々な糖修飾が、所望の活性を有するオリゴヌクレオチド組成物を提供するために利用され得る。（ａ）組成物は全て、ｃＬｕｃコード配列内の中途でのＵＡＧ終止コドンを標的化する。２９３Ｔ細胞は、ＡＤＡＲ１－ｐ１５０又はＡＤＡＲ２をコードするプラスミド、ルシフェラーゼレポーターコンストラクト及び指定の組成物でトランスフェクトされた。ｃＬｕｃ活性は、モック処理された試料（ｎ＝２の生物学的複製物）におけるＧｌｕｃ発現に標準化された。 様々な糖修飾が、所望の活性を有するオリゴヌクレオチド組成物を提供するために利用され得る。（ｂ）組成物は全て、ｃＬｕｃコード配列内の中途でのＵＡＧ終止コドンを標的化する。２９３Ｔ細胞は、ＡＤＡＲ１－ｐ１５０又はＡＤＡＲ２をコードするプラスミド、ルシフェラーゼレポーターコンストラクト及び指定の組成物でトランスフェクトされた。ｃＬｕｃ活性は、モック処理された試料（ｎ＝２の生物学的複製物）におけるＧｌｕｃ発現に標準化された。 提供される技術は、霊長類において効率的な編集を提供することができる。非ヒト霊長類（ＮＨＰ）は、いくつかの組成物（ＷＶ－３７３１４、ＷＶ－３７３１５、及びＷＶ－３７３３０）が投与された。組成物は全て、ベータ－アクチンｍＲＮＡの３’ＵＴＲにおけるアデノシンを標的化する。動物は、指定の組成物を５日間連続して１日１回（５ｍｇ／ｋｇ）皮下投与された（組成物当たりｎ＝２の動物）。肝生検試料は、最後の投与の２日後に採取された。標的の編集は、サンガー法による配列決定によって測定された。投与された全ての３つの組成物は、外来ＡＤＡＲの投与を伴わずにＡＣＴＢ ｍＲＮＡ（２５～５０％の編集）の著しいレベルのインビボ編集を提供した。 提供される技術は、インビボで持続性の編集活性を提供することができる。提供される組成物は、非ヒト霊長類（ＮＨＰ）において評価された。肝臓に関するある特定のデータが示される。組成物は全て、ベータ－アクチンｍＲＮＡの３’ＵＴＲにおけるアデノシンを標的化する。動物は、指定の組成物を５日間連続して１日１回（５ｍｇ／ｋｇ）皮下投与された（オリゴヌクレオチド当たりｎ＝２の動物）。肝生検試料は、最後の投与の２日後及び最後の投与の４５日後に採取され、腎生検試料は、最後の投与の４５日後に採取された。標的の編集は、サンガー法による配列決定によって測定された。組織中のオリゴヌクレオチドは、ハイブリダイゼーションＥＬＩＳＡによって測定された。 提供される技術は、インビボで持続性の編集活性を提供することができる。提供される組成物は、非ヒト霊長類（ＮＨＰ）において評価された。腎臓に関するある特定のデータが示される。組成物は全て、ベータ－アクチンｍＲＮＡの３’ＵＴＲにおけるアデノシンを標的化する。動物は、指定の組成物を５日間連続して１日１回（５ｍｇ／ｋｇ）皮下投与された（オリゴヌクレオチド当たりｎ＝２の動物）。肝生検試料は、最後の投与の２日後及び最後の投与の４５日後に採取され、腎生検試料は、最後の投与の４５日後に採取された。標的の編集は、サンガー法による配列決定によって測定された。組織中のオリゴヌクレオチドは、ハイブリダイゼーションＥＬＩＳＡによって測定された。 提供される技術は、神経細胞を含む様々な系において効率的な編集を提供することができる。いくつかの実施形態では、組成物は、ヒトｉＣｅｌｌ神経細胞において評価された（ａ）。組成物は全て、ＡＣＴＢの３’ＵＴＲにおけるＵＡＧモチーフを標的化し、同じ塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含む。細胞は、指定の濃度の指定の組成物でgymnosisにより処理され、ＲＮＡは、それぞれ６日後及び５日後に収集された。標的の編集は、サンガー法による配列決定によって測定された（ｎ＝２～３の生物学的複製物）。 提供される技術は、神経細胞を含む様々な系において効率的な編集を提供することができる。いくつかの実施形態では、組成物は、ｉＣｅｌｌ星状細胞において評価された（ｂ）。組成物は全て、ＡＣＴＢの３’ＵＴＲにおけるＵＡＧモチーフを標的化し、同じ塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含む。細胞は、指定の濃度の指定の組成物でgymnosisにより処理され、ＲＮＡは、それぞれ６日後及び５日後に収集された。標的の編集は、サンガー法による配列決定によって測定された（ｎ＝２～３の生物学的複製物）。 提供される技術は、神経細胞を含む様々な系において効率的な編集を提供することができる。ある特定の追加の標的に関するある特定の初期の結果が、（ｃ）及び（ｄ）に示される。組成物は、６種の異なる標的部位の編集に関してヒトｉＣｅｌｌ神経細胞及びｉＣｅｌｌ星状細胞において評価された。各組成物は、指定の転写物におけるＵＡＧモチーフを標的化する。細胞は、指定の濃度の指定の組成物でgymnosisにより処理され、ＲＮＡは、６日後に収集された。標的の編集は、サンガー法による配列決定によって測定された（ｎ＝２の生物学的複製物）。 提供される技術は、神経細胞を含む様々な系において効率的な編集を提供することができる。ある特定の追加の標的に関するある特定の初期の結果が、（ｃ）及び（ｄ）に示される。組成物は、６種の異なる標的部位の編集に関してヒトｉＣｅｌｌ神経細胞及びｉＣｅｌｌ星状細胞において評価された。各組成物は、指定の転写物におけるＵＡＧモチーフを標的化する。細胞は、指定の濃度の指定の組成物でgymnosisにより処理され、ＲＮＡは、６日後に収集された。標的の編集は、サンガー法による配列決定によって測定された（ｎ＝２の生物学的複製物）。 ヒトＡＤＡＲ１を発現するように操作されたマウスは、そのように操作されていないマウスと比較して、ヒト細胞とより類似した編集活性プロファイルを提供することができる。組成物は、ヒトＡＤＡＲ１トランスジェニックマウス、野生型マウス及びヒト初代肝細胞から収集された初代肝細胞において評価された。投与されたオリゴヌクレオチドは、ＧａｌＮＡｃ部分を含む。２つの異なる転写物、ＵＧＰ２の編集に関するある特定のデータが示される。それぞれの標的に関して、同一の塩基配列を有するが異なる修飾を有するオリゴヌクレオチドの３つの組成物からのある特定のデータが示された。標的の編集は、サンガー法による配列決定によって測定された（ｎ＝２～３の生物学的複製物）。確認されるとおり、いくつかの実施形態では、キラル制御及び／又は様々な修飾は、本開示に従って編集レベルを効率的に向上させるために利用され得る。各細胞型に関して、左から右に：ＷＶ－３８７０１、ＷＶ－３８７００、及びＷＶ－３８７０２。 ヒトＡＤＡＲ１を発現するように操作されたマウスは、そのように操作されていないマウスと比較して、ヒト細胞とより類似した編集活性プロファイルを提供することができる。組成物は、ヒトＡＤＡＲ１トランスジェニックマウス、野生型マウス及びヒト初代肝細胞から収集された初代肝細胞において評価された。投与されたオリゴヌクレオチドは、ＧａｌＮＡｃ部分を含む。２つの異なる転写物、ＥＥＦ１Ａ１の編集に関するある特定のデータが示される。それぞれの標的に関して、同一の塩基配列を有するが異なる修飾を有するオリゴヌクレオチドの３つの組成物からのある特定のデータが示された。標的の編集は、サンガー法による配列決定によって測定された（ｎ＝２～３の生物学的複製物）。確認されるとおり、いくつかの実施形態では、キラル制御及び／又は様々な修飾は、本開示に従って編集レベルを効率的に向上させるために利用され得る。各細胞型に関して、左から右に：ＷＶ－３８６９８、ＷＶ－３８６９７、及びＷＶ－３８６９９。 提供される技術は、インビボで編集を提供することができる。例えば、ヒトＡＤＡＲ１トランスジェニックマウスの肝臓からのある特定のインビボデータが示された。動物は、ＧａｌＮＡｃを含むオリゴヌクレオチドの組成物で処理された。野生型（ＷＴ）マウスが対照として含まれた。２つの異なる転写物、ＵＧＰ２（ａ）及びＥＥＦ１Ａ１（ｂ）のＵＡＧモチーフの編集に関するある特定のデータが示される。それぞれの標的に関して、同一の配列を有するが異なる修飾を有するオリゴヌクレオチドの２つの組成物からのある特定のデータが示された。各治療群における３頭の動物が、１、３、及び５日目にＰＢＳ又は１０ｍｇ／ｋｇの指定の組成物を投与され、肝生検が８日目に採取された。（群当たりｎ＝３のマウス）。確認されるとおり、いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合（例えば、ｎ００１）を含むオリゴヌクレオチドのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、本開示に従って、インビボを含む編集レベルを効率的に向上させるために利用され得る。 提供される技術は、インビボで編集を提供することができる。例えば、ヒトＡＤＡＲ１トランスジェニックマウスの肝臓からのある特定のインビボデータが示された。動物は、ＧａｌＮＡｃを含むオリゴヌクレオチドの組成物で処理された。野生型（ＷＴ）マウスが対照として含まれた。２つの異なる転写物、ＵＧＰ２（ａ）及びＥＥＦ１Ａ１（ｂ）のＵＡＧモチーフの編集に関するある特定のデータが示される。それぞれの標的に関して、同一の配列を有するが異なる修飾を有するオリゴヌクレオチドの２つの組成物からのある特定のデータが示された。各治療群における３頭の動物が、１、３、及び５日目にＰＢＳ又は１０ｍｇ／ｋｇの指定の組成物を投与され、肝生検が８日目に採取された。（群当たりｎ＝３のマウス）。確認されるとおり、いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合（例えば、ｎ００１）を含むオリゴヌクレオチドのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、本開示に従って、インビボを含む編集レベルを効率的に向上させるために利用され得る。 提供される技術は、中枢神経系を含む様々な組織においてインビボでの編集を提供することができる。組成物は、ヒトＡＤＡＲ１トランスジェニックマウスのＣＮＳ組織において評価された。ＵＧＰ２転写物の編集に関するある特定のデータが示された。動物は、ＩＣＶ注射によって組成物で処理された。各群における５頭のマウスは、０及び２日目にＰＢＳ、２×５０ｕｇ用量のオリゴヌクレオチド組成物、又は０日目に単一の１００ｕｇ用量が注射された。動物は、７日目に検死された。指定の組織からのＲＮＡが収集され、サンガー法による配列決定によって編集が測定された（群当たりｎ＝５のマウス）。異なる脳組織におけるオリゴヌクレオチド分布もまた、ハイブリダイゼーションＥＬＩＳＡによって測定された。特に、提供されるオリゴヌクレオチドは、様々な組織に送達され、そこで編集活性を提供できることが確認された。 提供される技術は、中枢神経系を含む様々な組織においてインビボでの編集を提供することができる。組成物は、ヒトＡＤＡＲ１トランスジェニックマウスのＣＮＳ組織において評価された。ＳＲＳＦ１転写物の編集に関するある特定のデータが示された。動物は、ＩＣＶ注射によって組成物で処理された。各群における５頭のマウスは、０及び２日目にＰＢＳ、２×５０ｕｇ用量のオリゴヌクレオチド組成物、又は０日目に単一の１００ｕｇ用量が注射された。動物は、７日目に検死された。指定の組織からのＲＮＡが収集され、サンガー法による配列決定によって編集が測定された（群当たりｎ＝５のマウス）。異なる脳組織におけるオリゴヌクレオチド分布もまた、ハイブリダイゼーションＥＬＩＳＡによって測定された。特に、提供されるオリゴヌクレオチドは、様々な組織に送達され、そこで編集活性を提供できることが確認された。 ｓｉＲＮＡを使用するある特定のタンパク質の減少。ＩＦＮ－ａの有り無し両方での指定のｓｉＲＮＡ試薬で処理されたＡＲＰＥ－１９細胞におけるＡＤＡＲ１ ｐ１５０（上部）、ＡＤＡＲ１ ｐ１１０（中間）及びビンキュリンローディング対照（下部）が示される。 ＩＦＮ－ａ処理の有り無し両方での指定のＡＤＡＲのｓｉＲＮＡに媒介される欠失を伴うＷＶ－２３９２８又はＷＶ－２７３９５で観察される内在性ＡＣＴＢのある特定の編集データ。Ｎ≧３、平均±ＳＥＭ。ウェルチの二方向ＡＮＯＶＡに続く両側事後検定による＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。ｎｄ、未検出；ＮＴＣ非標的化対照。 図４５。提供される技術は、高度に特異的な編集を提供することができる。（ａ）ＷＶ－３０２９８試料において検出されるバリアントの散布図（上部）。オンターゲットＡＣＴＢ編集及びオフターゲット編集は、＞３のＬＯＤスコア及び＞５％の編集を有する。Ｍｕｔｅｃｔ２により計算されるＬＯＤスコアは、バリアントがモック試料と比較して処理された試料において存在する尤度オッズ比を示す。最も高いパーセンテージの編集及び最も高いＬＯＤスコアを有する遺伝子が標識される。全てのバリアント（潜在的な編集部位）に関する複製物にわたる総ＲＮＡカバー度（下部）。 図４５。提供される技術は、高度に特異的な編集を提供することができる。（ｂ）ＷＶ－２７４５８試料におけるバリアントの散布図（上部）及び総ＲＮＡカバー度（下部）。 提供される技術は、多重の編集を提供することができる。初代ヒト肝細胞におけるある特定のデータが示される。（ａ）初代ヒト肝細胞のトランスフェクション後の単一（単離）又は複数（多重）のオリゴヌクレオチド組成物の各々の２０ｎＭの存在下で指定の転写物上に観察される編集のパーセンテージ。 提供される技術は、多重の編集を提供することができる。初代ヒト肝細胞におけるある特定のデータが示される。（ｂ）単一（単離）又は複数（多重）のＧａｌＮＡｃにコンジュゲートされたオリゴヌクレオチドの各々の１．１ｕＭの存在下で指定の転写物上で検出される編集のパーセンテージ。Ｎ＝３、平均±ＳＥＭ。両側ウェルチのｔ－検定による＊Ｐ＜０．０５、＊＊＊Ｐ＜０．００１。それぞれの標的に関して、左から右に：単離、多重。 ヒトＡＤＡＲ１を発現するように操作されたマウスは、そのように操作されていないマウスと比較して、ヒト細胞とより類似した編集活性プロファイルを提供することができる。組成物は、ヒトＡＤＡＲ１トランスジェニックマウス、野生型マウス及びヒト初代肝細胞から収集された初代肝細胞において評価された。投与されたオリゴヌクレオチドは、ＧａｌＮＡｃ部分を含む。２つの異なる転写物、ＵＧＰ２（ａ－ｃ）及びＥＥＦ１Ａ１（ｄ－ｆ）の編集に関するある特定のデータが示される。それぞれの標的に関して、同一の塩基配列を有するが異なる修飾を有するオリゴヌクレオチドの３つの組成物からのある特定のデータが示された。標的の編集は、サンガー法による配列決定によって測定された（ｎ＝２～３の生物学的複製物）。確認されるとおり、いくつかの実施形態では、キラル制御及び／又は様々な修飾は、本開示に従って編集レベルを効率的に向上させるために利用され得る。 提供される技術は、ＣＤ８＋Ｔ細胞を含む様々な細胞型において編集を提供する。図４８は、gymnosisによる取り込みによる初代ヒトＣＤ８＋Ｔ細胞における編集を示す。全てのオリゴヌクレオチドは、同じ配列を有し、全ては、ＡＣＴＢの３’ＵＴＲにおけるＵＡＧモチーフを標的化する。初代Ｔ細胞は、示されるとおりに２４又は９６時間事前に刺激され、続いて指定の濃度のオリゴヌクレオチド組成物でgymnosisにより処理され、ＲＮＡは４日後に収集された。標的の編集は、サンガー法による配列決定によって測定された（ｎ＝２の生物学的複製物）。 提供される技術は、初代ヒト線維芽細胞を含む様々な細胞型において編集を提供する。図４９は、gymnosisによる取り込み及びトランスフェクションによる初代ヒト線維芽細胞におけるある特定の編集を示す。オリゴヌクレオチド組成物ＷＶ－３７３１８は、ＡＣＴＢの３’ＵＴＲにおけるＵＡＧモチーフを標的化する。３つの異なる初代ヒト線維芽細胞株は、示されるとおりのトランスフェクション（５０ｎＭ）又はgymnosisによる取り込み（１０ｕＭ）によって処理され、ＲＮＡは６０時間後に収集された。標的の編集は、サンガー法による配列決定によって測定された（ｎ＝２の生物学的複製物）。 提供される技術は、非ヒト霊長類の眼から単離されたエクスビボの網膜組織を含む様々な細胞型において編集を提供する。図５０は、非ヒト霊長類の眼から単離されたエクスビボの網膜組織におけるある特定の編集を示す。オリゴヌクレオチド組成物は、ＡＣＴＢの３’ＵＴＲにおけるＵＡＧモチーフを標的化する。２つの独立した実験において、ＮＨＰからの眼球は、新たに解剖され、網膜組織は、gymnosisによる取り込みによりオリゴヌクレオチド組成物で処理された。ＲＮＡは、４８時間後に収集された。標的の編集は、サンガー法による配列決定によって測定された（実験条件当たりｎ＝４～５の生物学的複製物）。 様々な修飾を含む提供される技術は、編集を提供することができる。図５１（（ａ）～（ｄ））は、初代ヒト肝細胞におけるある特定の編集を示す。オリゴヌクレオチド組成物は、野生型ＳＥＲＰＩＮＡ１（ＳＡ１）転写物のコード配列において特定のアデノシン残基（代理部位＃１、２、３、又は４）を標的化する。確認されるとおり、様々な修飾、配列及び／又は追加の化学的部分を含むオリゴヌクレオチドは、所望の編集を提供することができる。初代ヒト肝細胞は、指定の組成物及び濃度で処理された。ＲＮＡは、４８時間後に収集された。標的の編集は、サンガー法による配列決定によって測定された（ｎ＝２の生物学的複製物）。 様々な修飾を含む提供される技術は、編集を提供することができる。図５２は、初代ヒト肝細胞におけるある特定の編集を示す。オリゴヌクレオチド組成物は、野生型ＳＥＲＰＩＮＡ１（ＳＡ１）転写物のコード配列において特定のアデノシン残基（代理部位＃１、２、３、又は４）を標的化する。初代ヒト肝細胞は、指定のオリゴヌクレオチド組成物及び濃度で処理された。ＲＮＡは、４８時間後に収集された。標的の編集は、サンガー法による配列決定によって測定された（ｎ＝２の生物学的複製物）。 様々な修飾を含む提供される技術は、編集を提供することができる。図５３、（ａ）は、初代ヒト肝細胞における編集を示す。オリゴヌクレオチド組成物は、野生型ＳＥＲＰＩＮＡ１（ＳＡ１）転写物のコード配列において特定のアデノシン残基（代理部位＃１）を標的化する。初代ヒト肝細胞は、指定のオリゴヌクレオチド組成物及び濃度で処理された。ＲＮＡは、４８時間後に収集された。標的の編集は、サンガー法による配列決定によって測定された（ｎ＝２の生物学的複製物）。 様々な修飾を含む提供される技術は、編集を提供することができる。図５３、（ｂ）は、初代ヒト肝細胞における編集を示す。オリゴヌクレオチド組成物は、野生型ＳＥＲＰＩＮＡ１（ＳＡ１）転写物のコード配列において特定のアデノシン残基（代理部位＃２）を標的化する。初代ヒト肝細胞は、指定のオリゴヌクレオチド組成物及び濃度で処理された。ＲＮＡは、４８時間後に収集された。標的の編集は、サンガー法による配列決定によって測定された（ｎ＝２の生物学的複製物）。 様々な修飾を含む提供される技術は、編集を提供することができる。図５３、（ｃ）は、初代ヒト肝細胞における編集を示す。オリゴヌクレオチド組成物は、野生型ＳＥＲＰＩＮＡ１（ＳＡ１）転写物のコード配列において特定のアデノシン残基（代理部位＃１又は＃２）を標的化する。初代ヒト肝細胞は、指定のオリゴヌクレオチド組成物及び濃度で処理された。ＲＮＡは、４８時間後に収集された。標的の編集は、サンガー法による配列決定によって測定された（ｎ＝２の生物学的複製物）。 ゆらぎ及び／又はミスマッチを除去することによって、編集レベルを向上させ得る。図５４は、初代ヒト及びＮＨＰ肝細胞における編集を示す。オリゴヌクレオチド組成物は、ＷＴ ＳＥＲＰＩＮＡ１（ＳＡ１）転写物のコード配列において特定のアデノシン残基（代理部位＃１又は＃２）を標的化する。初代ヒト及びＮＨＰ肝細胞は、指定のオリゴヌクレオチド組成物及び濃度で処理された。ＲＮＡは、４８時間後に収集された。標的の編集は、サンガー法による配列決定によって測定された（ｎ＝２の生物学的複製物）。 提供される技術は、様々な濃度のＮＨＰ及びヒト細胞における編集を提供することができる。図５５は、初代ヒト及びＮＨＰ肝細胞における編集を示す。オリゴヌクレオチド組成物は、野生型ＳＥＲＰＩＮＡ１（ＳＡ１）転写物のコード配列において特定のアデノシン残基（代理部位＃１又は＃２）を標的化する。両方のオリゴヌクレオチド組成物は、ＮＨＰ ｍＲＮＡ配列に対してＧ－Ｕのゆらぎを有する。初代ヒト及びＮＨＰ肝細胞は、指定のオリゴヌクレオチド組成物及び濃度で処理された。ＲＮＡは、４８時間後に収集された。標的の編集は、サンガー法による配列決定によって測定された（ｎ＝２の生物学的複製物）。 様々な修飾を含む提供される技術は、編集を提供することができる。図５６は、初代ＮＨＰ肝細胞における編集を示す。オリゴヌクレオチド組成物は、野生型ＳＥＲＰＩＮＡ１（ＳＡ１）転写物のコード配列において特定のアデノシン残基（代理部位＃２）を標的化する。初代ＮＨＰ肝細胞は、指定のオリゴヌクレオチド組成物及び濃度で処理された。ＲＮＡは、４８時間後に収集された。標的の編集は、サンガー法による配列決定によって測定された（ｎ＝２の生物学的複製物）。 塩基修飾を含む様々な修飾を含む提供される技術は、編集を提供することができる。オリゴヌクレオチド組成物は全て、ｃＬｕｃコード配列内の中途でのＵＡＧ終止コドンを標的化する。２９３Ｔ細胞は、ＡＤＡＲ－ｐ１１０又はＡＤＡＲ１－ｐ１５０、ルシフェラーゼレポーターコンストラクト及び指定のオリゴヌクレオチド組成物でトランスフェクトされた。ｃＬｕｃ活性が測定され、モック処理された試料（ｎ＝２の生物学的複製物）におけるＧｌｕｃ発現に標準化された。 脱塩基単位を含む様々な修飾を含む提供される技術は、編集を提供することができる。オリゴヌクレオチド組成物は全て、ｃＬｕｃコード配列内の中途でのＵＡＧ終止コドンを標的化する。２９３Ｔ細胞は、ＡＤＡＲ－ｐ１１０又はＡＤＡＲ１－ｐ１５０、ルシフェラーゼレポーターコンストラクト及び指定のオリゴヌクレオチド組成物でトランスフェクトされた。ｃＬｕｃ活性が測定され、モック処理された試料（ｎ＝２の生物学的複製物）におけるＧｌｕｃ発現に標準化された。 塩基修飾を含む様々な修飾を含む提供される技術は、編集を提供することができる。図５９は、標的部位の向かいの位置で修飾された核酸塩基を含むオリゴヌクレオチドの組成物による編集を示す。オリゴヌクレオチド組成物は全て、ＳＥＲＰＩＮＡ１（ＳＡ１）転写物のＰｉＺ変異を標的化する。レンチウイルスベクターからＳＡ１－ＰｉＺアレルを安定に発現するＡＲＰＥ細胞は、指定のオリゴヌクレオチド組成物でトランスフェクトされた。ＲＮＡは、３日後に回収された。ＲＮＡ編集は、サンガー法による配列決定によって定量化された（ｎ＝２の生物学的複製物）。 様々な型の核酸塩基及び糖を含む提供される技術は、編集を提供することができる。オリゴヌクレオチド組成物は全て、ＳＥＲＰＩＮＡ１（ＳＡ１）転写物のＰｉＺ変異を標的化する。２９３Ｔ細胞は、ＳＡ１－ＰｉＺアレル、ＡＤＡＲ１－ｐ１１０又はＡＤＡＲ１－ｐ１５０を発現するプラスミド、及び指定のオリゴヌクレオチド組成物でトランスフェクトされた。ＲＮＡは、４８時間後に回収された。ＲＮＡ編集は、サンガー法による配列決定によって定量化された（ｎ＝２の生物学的複製物）。 様々な型の核酸塩基及び糖を含む提供される技術は、編集を提供することができる。オリゴヌクレオチド組成物は全て、ＳＥＲＰＩＮＡ１（ＳＡ１）転写物のＰｉＺ変異を標的化する。ＳＡ１－ＰｉＺ－マウスモデルから新たに回収された初代肝細胞は、指定のオリゴヌクレオチド組成物で処理された。ＲＮＡは、４８時間後に回収された。ＲＮＡ編集は、サンガー法による配列決定によって定量化された（ｎ＝２の生物学的複製物）。 様々な型の核酸塩基及び糖を含む提供される技術は、編集を提供することができる。オリゴヌクレオチド組成物は全て、ＳＥＲＰＩＮＡ１（ＳＡ１）転写物のＰｉＺ変異を標的化する。レンチウイルスベクターからＳＡ１－ＰｉＺアレルを安定に発現するＡＲＰＥ細胞は、指定のオリゴヌクレオチド組成物でトランスフェクトされた。ＲＮＡは、３日後に回収された。ＲＮＡ編集は、サンガー法による配列決定によって定量化された（ｎ＝２の生物学的複製物）。 イノシンを含む提供される技術は、編集を提供することができる。オリゴヌクレオチド組成物は全て、ＳＥＲＰＩＮＡ１（ＳＡ１）転写物のＰｉＺ変異を標的化する。レンチウイルスベクターからＳＡ１－ＰｉＺアレルを安定に発現するＡＲＰＥ細胞は、指定のオリゴヌクレオチド組成物でトランスフェクトされた。ＲＮＡは、３日後に回収された。ＲＮＡ編集は、サンガー法による配列決定によって定量化された（ｎ＝２の生物学的複製物）。 標的部位と反対側の部位で様々な核酸塩基を含む提供される技術は、編集を提供することができる。図６４は、ｃＬｕｃコード配列内の中途でのＵＡＧ終止コドンの編集を示す。
ある特定の実施形態の詳細な説明
本開示の技術は、ある特定の実施形態の以下の詳細な説明に対する参照によってより容易に理解され得る。
定義
本明細書で使用する場合、別段の指示がない限り、以下の定義が適用されるものとする。本開示のために、化学元素は、Handbook of Chemistry and Physics, 75th Edの元素周期表、ＣＡＳ方式に従って特定される。さらに、有機化学の一般的な原理は、“Organic Chemistry”, Thomas Sorrell, University Science Books, Sausalito:1999、及び“March’s Advanced Organic Chemistry”, 5th Ed., Ed.:Smith, M.B. and March, J., John Wiley & Sons, New York:2001に記載される。
本開示において本明細書で使用する場合、文脈から明らかでない限り、（ｉ）用語「１つ（a）」又は「１つ（an）」は、「少なくとも１つ」を意味すると理解されてもよく；（ｉｉ）用語「又は」は、「及び／又は」を意味すると理解されてもよく；（ｉｉｉ）用語「含む（comprising）」、「含む（comprise)」、「含む（including）」（「～に限定されない」とともに使用されるかどうかにかかわらず）、及び「含む（include）」（「～に限定されない」とともに使用されるかどうかにかかわらず）は、それら自体によって提示されるか又は１つ以上の追加の構成要素若しくは工程とともに提示されるかにかかわらず項目分けされた構成要素又は工程を包含すると理解されてもよく；（ｉｖ）用語「別の」は、少なくとも追加の／第２の１つ以上を意味すると理解されてもよく；（ｖ）用語「約」及び「およそ」は、当業者によって理解されるような標準的な変動を許容すると理解されてもよく；且つ（ｖｉ）範囲が与えられる場合、終点が含まれる。
別段の指定がない限り、オリゴヌクレオチド及びその要素（例えば、塩基配列、糖修飾、ヌクレオチド間結合、結合リンの立体化学、そのパターンなど）の説明は、５’から３’の順である。当業者が理解するように、いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、塩形態、特に、薬学的に許容される塩形態、例えば、ナトリウム塩として提供され及び／又は利用され得る。当業者がまた理解するとおり、いくつかの実施形態では、組成物内の個々のオリゴヌクレオチドは、たとえそのような組成物（例えば、液体組成物）内であっても同じ構成及び／又は構造のものであるとみなされてもよく、特定のそのようなオリゴヌクレオチドは、特定の瞬間に異なる塩形態である可能性がある（且つ溶解されてもよいし、オリゴヌクレオチド鎖が、例えば、液体組成物中にあるときにアニオン形態として存在してもよい）。例えば、当業者は、所定のｐＨにおいて、オリゴヌクレオチド鎖に沿った個々のヌクレオチド間結合が、酸（Ｈ）形態、又は複数の可能な塩形態のうちの１つ（例えば、ナトリウム塩、又は調製物若しくは組成物中に存在し得るイオンに応じて異なるカチオンの塩）であってもよいことを理解し、且つそれらの酸形態（例えば、もしあれば全てのカチオンをＨ＋で置き換える）が同じ構成及び／又は構造である限り、そのような個々のオリゴヌクレオチドは、適宜同じ構成及び／又は構造であるとみなされることを理解するであろう。
脂肪族：本明細書で使用する場合、「脂肪族」は、完全に飽和であるか又は不飽和（ただし芳香族ではない）の１つ以上の単位を含有する直鎖（すなわち、非分岐状）又は分岐状の置換若しくは非置換炭化水素鎖、又は完全に飽和であるか又は不飽和（ただし芳香族ではない）の１つ以上の単位を含有する置換又は非置換単環式、二環式、若しくは多環式炭化水素環、又はその組み合わせを意味する。いくつかの実施形態では、脂肪族基は、１～５０個の脂肪族炭素原子を含有する。いくつかの実施形態では、脂肪族基は、１～２０個の脂肪族炭素原子を含有する。他の実施形態では、脂肪族基は、１～１０個の脂肪族炭素原子を含有する。他の実施形態では、脂肪族基は、１～９個の脂肪族炭素原子を含有する。他の実施形態では、脂肪族基は、１～８個の脂肪族炭素原子を含有する。他の実施形態では、脂肪族基は、１～７個の脂肪族炭素原子を含有する。他の実施形態では、脂肪族基は、１～６個の脂肪族炭素原子を含有する。さらなる他の実施形態では、脂肪族基は、１～５個の脂肪族炭素原子を含有し、さらに他の実施形態では、脂肪族基は、１、２、３、又は４個の脂肪族炭素原子を含有する。好適な脂肪族基としては、直鎖状又は分岐状、置換又は非置換アルキル、アルケニル、アルキニル基及び（シクロアルキル）アルキル、（シクロアルケニル）アルキル又は（シクロアルキル）アルケニルなどのそのハイブリッドが挙げられるが、これらに限定されない。
アルケニル：本明細書で使用する場合、用語「アルケニル」は、１つ以上の二重結合を有する、本明細書で定義されるとおりの脂肪族基を指す。
アルキル：本明細書で使用する場合、用語「アルキル」は、当技術分野におけるその通常の意味を有し、直鎖アルキル基、分岐鎖アルキル基、シクロアルキル（脂環）基、アルキル置換シクロアルキル基、及びシクロアルキル置換アルキル基を含む飽和脂肪族基を含み得る。いくつかの実施形態では、アルキルは、１～１００個の炭素原子を有する。ある特定の実施形態では、直鎖又は分岐鎖アルキルは、その骨格において約１～２０個の炭素原子（例えば、直鎖に関してＣ１～Ｃ２０、分岐鎖に関してＣ２～Ｃ２０）、或いは約１～１０個を有する。いくつかの実施形態では、シクロアルキル環は、それらの環構造において約３～１０個の炭素原子を有し、そのような環は、単環式、二環式、又は多環式であるか、或いは環構造において約５、６又は７個の炭素を有する。いくつかの実施形態では、アルキル基は、低級アルキル基であってもよく、低級アルキル基は、１～４個の炭素原子を含む（例えば、直鎖低級アルキルに関してＣ１～Ｃ４）。
アルキニル：本明細書で使用する場合、用語「アルキニル」は、１つ以上の三重結合を有する、本明細書で定義されるとおりの脂肪族基を指す。
類似体：用語「類似体」は、基準となる化学的部分又は部分のクラスと構造的に異なるが、そのような基準となる化学的部分又は部分のクラスの少なくとも１つの機能を果たすことができる任意の化学的部分を含む。非限定的な例として、ヌクレオチド類似体は、ヌクレオチドと構造的に異なるが、ヌクレオチドの少なくとも１つの機能を果たす；核酸塩基類似体は、核酸塩基と構造的に異なるが、核酸塩基の少なくとも１つの機能を果たすなどがある。
動物：本明細書で使用する場合、用語「動物」は、動物界の任意のメンバーを指す。いくつかの実施形態では、「動物」は、任意の発生段階のヒトを指す。いくつかの実施形態では、「動物」は、任意の発生段階の非ヒト動物を指す。ある特定の実施形態では、非ヒト動物は、哺乳動物（例えば、齧歯類、マウス、ラット、ウサギ、サル、イヌ、ネコ、ヒツジ、ウシ、霊長類、及び／又はブタ）である。いくつかの実施形態では、動物としては、哺乳動物、鳥類、爬虫類、両生類、魚類及び／又は寄生虫が挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、動物は、トランスジェニック動物、遺伝子操作された動物及び／又はクローンであってもよい。
アリール：単独で又は「アラルキル」、「アラルコキシ」、若しくは「アリールオキシアルキル」のより大きい部分の一部として使用される用語「アリール」は、本明細書で使用する場合、合計で５～３０個の環員を有する単環式、二環式又は多環式環系を指し、系における少なくとも１つの環は、芳香族である。いくつかの実施形態では、アリール基は、合計で５～１４個の環員を有する単環式、二環式又は多環式環系であり、系における少なくとも１つの環は芳香族であり、系における各環は、３～７個の環員を含有する。いくつかの実施形態では、各単環式環単位は、芳香族である。いくつかの実施形態では、アリール基は、ビアリール基である。用語「アリール」は、用語「アリール環」と互換的に使用され得る。本開示のある特定の実施形態では、「アリール」は、フェニル、ビフェニル、ナフチル、ビナフチル、アントラシルなどを含むがこれらに限定されない芳香環系を指し、１つ以上の置換基を有し得る。本明細書で使用される場合、芳香環が、インダニル、フタルイミジル、ナフチミジル、フェナントリジニル、又はテトラヒドロナフチルなどの１つ以上の非芳香環に融合される基もまた用語「アリール」の範囲内に含まれる。
特徴的な部分：本明細書で使用する場合、用語「特徴的な部分」は、最も広い意味において、その存在（又は欠如）が物質の特定の特徴、属性、又は活性の存在（又は欠如）と相関する物質の一部を指す。いくつかの実施形態では、物質の特徴的な部分は、物質及び特定の特徴、属性又は活性を共有する関連物質において見出されるが、特定の特徴、属性又は活性を共有しないものにおいて見出されない部分である。ある特定の実施形態では、特徴的な部分は、インタクトな物質と少なくとも１つの機能的特徴を共有する。例えば、いくつかの実施形態では、タンパク質又はポリペプチドの「特徴的な部分」は、合わせてタンパク質又はポリペプチドの特徴である連続した一続きのアミノ酸、又は連続した一続きのアミノ酸の集合を含有するものである。いくつかの実施形態では、それぞれのそのような連続した一続きは一般に、少なくとも２、５、１０、１５、２０、５０、又はそれを超えるアミノ酸を含有する。一般に、物質の（例えば、タンパク質、抗体などの）特徴的な部分は、上で指定される配列及び／又は構造的同一性に加えて、関連したインタクトな物質と少なくとも１つの機能的特徴を共有するものである。いくつかの実施形態では、特徴的な部分は、生物学的に活性であり得る。
キラル制御：本明細書で使用する場合、「キラル制御」は、オリゴヌクレオチド内のキラルヌクレオチド間結合におけるキラル結合リンの立体化学的指定の制御を指す。本明細書で使用する場合、キラルヌクレオチド間結合は、結合リンがキラルであるヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、制御は、オリゴヌクレオチドの糖及び塩基部分に存在しないキラル元素により達成され、例えば、いくつかの実施形態では、制御は、オリゴヌクレオチド調製の間の１つ以上の不斉補助剤の使用により達成され、不斉補助剤は、オリゴヌクレオチド調製の間に使用されるキラルホスホラミダイトの一部である場合が多い。キラル制御とは対照的に、当業者は、不斉補助剤を使用しない従来のオリゴヌクレオチド合成が、そのような従来のオリゴヌクレオチド合成を使用してキラルヌクレオチド間結合を形成する場合、キラルヌクレオチド間結合で立体化学を制御できないことを理解するであろう。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド内の各キラルヌクレオチド間結合における各キラル結合リンの立体化学的指定が制御される。
キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物：用語「キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物」、「キラル制御された核酸組成物」などは、本明細書で使用する場合、共通の塩基配列を共有する複数のオリゴヌクレオチド（又は核酸）を含む組成物を指し、複数のオリゴヌクレオチド（又は核酸）は、１つ以上のキラルヌクレオチド間結合で同じ結合リンの立体化学を共有する（キラル制御された又は立体的に規制されたヌクレオチド間結合、組成物中のキラル結合リンがＲｐ又はＳｐであり（「立体的に規制された」）、キラル制御されていないヌクレオチド間結合としての不規則なＲｐ及びＳｐ混合物ではない）。いくつかの実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、１）共通の塩基配列、２）骨格結合の共通のパターン、及び３）骨格リン修飾の共通のパターンを共有する複数のオリゴヌクレオチド（又は核酸）を含み、複数のオリゴヌクレオチド（又は核酸）は、１つ以上のキラルヌクレオチド間結合で同じ結合リンの立体化学を共有する（キラル制御された又は立体的に規制されたヌクレオチド間結合、そのキラル結合リンは、組成物中でＲｐ又はＳｐであり（「立体的に規制された」）、キラル制御されていないヌクレオチド間結合としての不規則なＲｐ及びＳｐ混合物ではない）。キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中の複数のオリゴヌクレオチド（又は核酸）のレベルは、キラル制御されていないオリゴヌクレオチド組成物における不規則なレベルと比較して、予め規定され／制御されるか又は高められる（例えば、１つ以上のキラルヌクレオチド間結合を立体選択的に形成するキラル制御されたオリゴヌクレオチド調製により）。いくつかの実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中の全てのオリゴヌクレオチドの約１％～１００％（例えば、約５％～１００％、１０％～１００％、２０％～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～１００％、６０％～１００％、７０％～１００％、８０～１００％、９０～１００％、９５～１００％、５０％～９０％、又は約５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、若しくは１００％、又は少なくとも５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、若しくは９９％）は、複数のオリゴヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、共通の塩基配列、骨格結合の共通のパターン、及び骨格リン修飾の共通のパターンを共有するキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中の全てのオリゴヌクレオチドの約１％～１００％（例えば、約５％～１００％、１０％～１００％、２０％～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～１００％、６０％～１００％、７０％～１００％、８０～１００％、９０～１００％、９５～１００％、５０％～９０％、又は約５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、若しくは１００％、又は少なくとも５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、若しくは９９％）は、複数のオリゴヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、レベルは、組成物中の全てのオリゴヌクレオチドの、又は共通の塩基配列を共有する組成物中の全てのオリゴヌクレオチドの（例えば、複数のオリゴヌクレオチド又はオリゴヌクレオチド型の）、又は共通の塩基配列、骨格結合の共通のパターン、及び骨格リン修飾の共通のパターンを共有する組成物中の全てのオリゴヌクレ
オチドの、又は共通の塩基配列、塩基修飾の共通のパターン、糖修飾の共通のパターン、ヌクレオチド間結合型の共通のパターン、及び／又はヌクレオチド間結合修飾の共通のパターンを共有する組成物中の全てのオリゴヌクレオチドの約１％～１００％（例えば、約５％～１００％、１０％～１００％、２０％～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～１００％、６０％～１００％、７０％～１００％、８０～１００％、９０～１００％、９５～１００％、５０％～９０％、又は約５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、若しくは１００％、又は少なくとも５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、若しくは９９％）である。いくつかの実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドは、少なくとも約１～５０個（例えば、約１～１０、１～２０、５～１０、５～２０、１０～１５、１０～２０、１０～２５、１０～３０、又は約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、若しくは２０、又は少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、若しくは２０）のキラルヌクレオチド間結合で同じ立体化学を共有する。いくつかの実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドは、キラルヌクレオチド間結合の約１％～１００％（例えば、約５％～１００％、１０％～１００％、２０％～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～１００％、６０％～１００％、７０％～１００％、８０～１００％、９０～１００％、９５～１００％、５０％～９０％、約５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、若しくは１００％、又は少なくとも５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、若しくは９９％）で同じ立体化学を共有する。いくつかの実施形態では、複数のオリゴヌクレオチド（又は核酸）は、いずれにおいても同じパターンの糖及び／又は核酸塩基修飾を共有する。いくつかの実施形態では、複数のオリゴヌクレオチド（又は核酸）は、様々な形態の同じオリゴヌクレオチド（例えば、同じオリゴヌクレオチドの酸及び／又は様々な塩）である。いくつかの実施形態では、複数のオリゴヌクレオチド（又は核酸）は、同じ構成のものである。いくつかの実施形態では、複数のオリゴヌクレオチド（又は核酸）のレベルは、複数のオリゴヌクレオチド（又は核酸）と同じ構成を共有する組成物中の全てのオリゴヌクレオチド（又は核酸）の約１％～１００％（例えば、約５％～１００％、１０％～１００％、２０％～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～１００％、６０％～１００％、７０％～１００％、８０～１００％、９０～１００％、９５～１００％、５０％～９０％、又は約５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、若しくは１００％、又は少なくとも５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、若しくは９９％）である。いくつかの実施形態では、各キラルヌクレオチド間結合は、キラル制御されたヌクレオチド間結合であり、組成物は、完全にキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物である。いくつかの実施形態では、複数のオリゴヌクレオチド（又は核酸）は、構造的に同一である。いくつかの実施形態では、キラル制御されたヌクレオチド間結合は、少なくとも８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％又は９９．５％、典型的には少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％又は９９．５％のジアステレオ純度を有する。いくつかの実施形態では、キラル制御されたヌクレオチド間結合は、少なくとも９５％のジアステレオ純度を有する。いくつかの実施形態では、キラル制御されたヌクレオチド間結合は、少なくとも９６％のジアステレオ純度を有する。いくつかの実施形態では、キラル制御されたヌクレオチド間結合は、少なくとも９７％のジアステレオ純度を有する。いくつかの実施形態では、キラル制御されたヌクレオチド間結合は、少なくとも９８％のジアステレオ純度を有する。いくつかの実施形態では、キラル制御されたヌクレオチド間結合は、少なくとも９９％のジアステレオ純度を有する。いくつかの実施形態では、レベルのパーセンテージは、（ＤＳ）ｎｃであるか又は少なくとも（ＤＳ）ｎｃであり、ＤＳは、本開示に記載されるとおりのジアステレオ純度（例えば、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％又は９９．５％以上）であり、ｎｃは、本開示に記載されるとおりのキラル制御されたヌクレオチド間結合の数（例えば、１～５０、１～４０、１～３０、１～２５、１～２０、５～５０、５～４０、５～３０、５～２５、５～２０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５以上）である。いくつかの実施形態では、レベルのパーセンテージは、（ＤＳ）ｎｃであるか又は少なくとも（ＤＳ）ｎｃであり、ＤＳは、９５％～１００％である。例えば、ＤＳが９９％であり且つｎｃが１０であるとき、パーセンテージは、９０％であるか又は少なくとも９０％である（（９９％）１０≒０．９０＝９０％）。いくつかの実施形態では、組成物中の複数のオリゴヌクレオチドのレベルは、オリゴヌクレオチドにおけるそれぞれのキラル制御されたヌクレオチド間結合のジアステレオ純度の生成物として表される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド（又は核酸）において２つのヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合のジアステレオ純度は、同じ２つのヌクレオシドを連結する二量体のヌクレオチド間結合のジアステレオ純度によって表され、二量体は、比較可能な条件、いくつかの例では、同一の合成サイクル条件を使用して調製される（例えば、オリゴヌクレオチドにおけるＮｘとＮｙの間の結合・・・．ＮｘＮｙ・・・．．に関して、二量体はＮｘＮｙである）。いくつかの実施形態では、全てのキラルヌクレオチド間結合がキラル制御されたヌクレオチド間結合というわけではなく、組成物は、部分的にキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物である。いくつかの実施形態では、キラル制御されていないヌクレオチド間結合は、立体的に不規則なオリゴヌクレオチド組成物（例えば、当業者に理解されるとおり、従来のオリゴヌクレオチド合成、例えば、ホスホラミダイト法から）において典型的に観察されるとおり、約８０％、７５％、７０％、６５％、６０％、５５％未満の、又は約５０％のジアステレオ純度を有する。いくつかの実施形態では、複数のオリゴヌクレオチド（又は核酸）は、同じ型のものである。いくつかの実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、不規則ではないか又は制御されたレベルの個々のオリゴヌクレオチド又は核酸型を含む。例えば、いくつかの実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、ただ１つのオリゴヌクレオチド型を含む。いくつかの実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、２つ以上のオリゴヌクレオチド型を含む。いくつかの実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、複数のオリゴヌクレオチド型を含む。いくつかの実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、あるオリゴヌクレオチド型のオリゴヌクレオチドの組成物であり、組成物は、そのオリゴヌクレオチド型の不規則ではないか又は制御されたレベルの複数のオリゴヌクレオチドを含む。
比較可能な：用語「比較可能な」は、得られる結果又は観察される事象の比較を可能にするのに互いに十分に類似している条件又は状況の２つ（以上）のセットを記載するために本明細書で使用される。いくつかの実施形態では、条件又は状況の比較可能なセットは、複数の実質的に同等の特徴及び１つ又は少数の変動する特徴によって特徴付けられる。当業者は、異なるセットの条件又は状況下で得られた結果又は観察された事象の相違が、変えられたそれらの特徴の変化に起因するか又はそれを意味するという合理的な結論を保証する、十分な数及び種類の実質的に同一の特徴によって特徴付けられる場合、条件のセットが互いに比較可能であると理解するであろう。
脂環式：用語「脂環式」、「炭素環」、「カルボシクリル」、「炭素環式基」、及び「炭素環式環」は、互換的に使用され、本明細書で使用する場合、別段の指定がない限り、３～３０の環員を有する、本明細書に記載されるとおりの飽和又は部分不飽和であるが非芳香族の環状脂肪族単環式、二環式、又は多環式環系を指す。脂環式基としては、シクロプロピル、シクロブチル、シクロペンチル、シクロペンテニル、シクロヘキシル、シクロヘキセニル、シクロヘプチル、シクロヘプテニル、シクロオクチル、シクロオクテニル、ノルボルニル、アダマンチル、及びシクロオクタジエニルが挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、脂環式基は、３～６個の炭素を有する。いくつかの実施形態では、脂環式基は、飽和であり且つシクロアルキルである。用語「脂環式」はまた、デカヒドロナフチル又はテトラヒドロナフチルなどの１つ以上の芳香環又は非芳香環に融合された脂環式環を含み得る。いくつかの実施形態では、脂環式基は、二環式である。いくつかの実施形態では、脂環式基は、三環式である。いくつかの実施形態では、脂環式基は、多環式である。いくつかの実施形態では、「脂環式」は、完全飽和であるか又は１つ以上の単位の不飽和を含有するが芳香族ではない、分子の残部への単一の結合点を有するＣ３～Ｃ６単環式炭化水素、若しくはＣ８～Ｃ１０二環式若しくは多環式炭化水素、又は完全飽和であるか又は１つ以上の単位の不飽和を含有するが芳香族ではない、分子の残部への単一の結合点を有するＣ９～Ｃ１６多環式炭化水素を指す。
ヘテロ脂肪族：用語「ヘテロ脂肪族」は、本明細書で使用する場合、当技術分野におけるその通常の意味を有し、１つ以上の炭素原子が、独立して、１つ以上のヘテロ原子（例えば、酸素、窒素、硫黄、ケイ素、リンなど）で置き換えられる本明細書に記載されるとおりの脂肪族基を指す。いくつかの実施形態では、Ｃ、ＣＨ、ＣＨ２、及びＣＨ３から選択される１つ以上の単位は、独立して、１つ以上のヘテロ原子（その酸化及び／又は置換形態を含む）によって置き換えられる。いくつかの実施形態では、ヘテロ脂肪族基は、ヘテロアルキルである。いくつかの実施形態では、ヘテロ脂肪族基は、ヘテロアルケニルである。
ヘテロアルキル：用語「ヘテロアルキル」は、本明細書で使用する場合、当技術分野におけるその通常の意味を有し、１つ以上の炭素原子が、独立して、１つ以上のヘテロ原子（例えば、酸素、窒素、硫黄、ケイ素、リンなど）で置き換えられる本明細書に記載されるとおりのアルキル基を指す。ヘテロアルキルの例としては、アルコキシ、ポリ（エチレングリコール）－、アルキル置換アミノ、テトラヒドロフラニル、ピペリジニル、モルホリニルなどが挙げられるが、これらに限定されない。
ヘテロアリール：単独で又より大きい部分、例えば、「ヘテロアラルキル」、若しくは「ヘテロアラルコキシ」の一部として使用される用語「ヘテロアリール」及び「ヘテロａｒ－」、は、本明細書で使用する場合、合計で５～３０個の環員を有する単環式、二環式又は多環式環系を指し、系における少なくとも１つの環は、芳香族であり且つ少なくとも１つの芳香環原子は、ヘテロ原子である。いくつかの実施形態では、ヘテロアリール基は、５～１０個の環原子（すなわち、単環式、二環式又は多環式）、いくつかの実施形態では、５、６、９、又は１０個の環原子を有する基である。いくつかの実施形態では、各単環式環単位は、芳香族である。いくつかの実施形態では、ヘテロアリール基は、環状の配列において共有される６、１０、又は１４個のπ電子、炭素原子に加えて１～５個のヘテロ原子を有する。ヘテロアリール基としては、チエニル、フラニル、ピロリル、イミダゾリル、ピラゾリル、トリアゾリル、テトラゾリル、オキサゾリル、イソオキサゾリル、オキサジアゾリル、チアゾリル、イソチアゾリル、チアジアゾリル、ピリジル、ピリダジニル、ピリミジニル、ピラジニル、インドリジニル、プリニル、ナフチリジニル、及びプテリジニルが挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、ヘテロアリールは、ビピリジルなどのヘテロビアリール基である。用語「ヘテロアリール」及び「ヘテロａｒ－」はまた、本明細書で使用する場合、ヘテロ芳香環が、１個以上のアリール、脂環式、又はヘテロシクリル環に縮合され、結合の基又は点が、ヘテロ芳香環上にある基を含む。非限定的な例としては、インドリル、イソインドリル、ベンゾチエニル、ベンゾフラニル、ジベンゾフラニル、インダゾリル、ベンゾイミダゾリル、ベンゾチアゾリル、キノリル、イソキノリル、シンノリニル、フタラジニル、キナゾリニル、キノキサリニル、４Ｈ－キノリジニル、カルバゾリル、アクリジニル、フェナジニル、フェノチアジニル、フェノキサジニル、テトラヒドロキノリニル、テトラヒドロイソキノリニル、及びピリド［２，３－ｂ］－１，４－オキサジン－３（４Ｈ）－オンが挙げられる。ヘテロアリール基は、単環式、二環式又は多環式であり得る。用語「ヘテロアリール」は、用語「ヘテロアリール環」、「ヘテロアリール基」、又は「ヘテロ芳香族」と互換的に使用されてもよく、これらの用語のいずれも、任意選択により置換された環を含む。用語「ヘテロアラルキル」は、ヘテロアリール基によって置換されたアルキル基を指し、アルキル及びヘテロアリール部分は、独立して、任意選択により置換される。
ヘテロ原子：用語「ヘテロ原子」は、本明細書で使用する場合、炭素又は水素ではない原子を意味する。いくつかの実施形態では、ヘテロ原子は、ホウ素、酸素、硫黄、窒素、リン、又はケイ素（窒素、硫黄、リン、又はケイ素の酸化形態；窒素（例えば、四級化形態、イミニウム基のような形態など）、リン、硫黄、酸素の荷電形態などを含む）である。いくつかの実施形態では、ヘテロ原子は、ケイ素、リン、酸素、硫黄又は窒素である。いくつかの実施形態では、ヘテロ原子は、ケイ素、酸素、硫黄又は窒素である。いくつかの実施形態では、ヘテロ原子は、酸素、硫黄又は窒素である。
複素環：本明細書で使用する場合、用語「複素環」、「ヘテロシクリル」、「複素環式基」、及び「複素環式環」は、本明細書で使用する場合、互換的に使用され、飽和又は部分不飽和であり且つ１個以上のヘテロ原子環原子を有する単環式、二環式又は多環式環部分（例えば、３～３０員）を指す。いくつかの実施形態では、ヘテロシクリル基は、飽和又は部分不飽和のいずれかであり、且つ炭素原子に加えて、１個以上の、好ましくは１～４個の上で定義されるとおりのヘテロ原子を有する安定な５～７員単環式又は７～１０員二環式複素環式部分である。複素環の環原子に対する参照において使用されるとき、用語「窒素」は、置換された窒素を含む。一例として、飽和又は酸素、硫黄及び窒素から選択される０～３個のヘテロ原子を有する部分不飽和環において、窒素は、Ｎ（３，４－ジヒドロ－２Ｈ－ピロリルの場合のように）、ＮＨ（ピロリジニルの場合のように）、又は＋ＮＲ（Ｎ置換ピロリジニルの場合のように）であり得る。複素環式環は、安定な構造をもたらす任意のヘテロ原子又は炭素原子でそのペンダント基に結合することができ、環原子のいずれかは任意選択により置換され得る。そのような飽和又は部分不飽和複素環式基の例としては、テトラヒドロフラニル、テトラヒドロチエニル、ピロリジニル、ピペリジニル、ピロリニル、テトラヒドロキノリニル、テトラヒドロイソキノリニル、デカヒドロキノリニル、オキサゾリジニル、ピペラジニル、ジオキサニル、ジオキソラニル、ジアゼピニル、オキサゼピニル、チアゼピニル、モルホリニル、及びキヌクリジニルが挙げられるが、これらに限定されない。用語「複素環」、「ヘテロシクリル」、「ヘテロシクリル環」、「複素環式基」、「複素環式部分」、及び「複素環式基」は、本明細書で互換的に使用され、ヘテロシクリル環が１個以上のアリール、ヘテロアリール、又は脂環式環、例えば、インドリニル、３Ｈ－インドリル、クロマニル、フェナントリジニル、又はテトラヒドロキノリニルに融合される基も含む。ヘテロシクリル基は、単環式、二環式又は多環式であり得る。用語「ヘテロシクリルアルキル」は、ヘテロシクリルによって置換されたアルキル基を指し、アルキル及びヘテロシクリル部分は、独立して、任意選択により置換される。
同一性：本明細書で使用する場合、用語「同一性」は、ポリマー分子間、例えば、核酸分子（例えば、オリゴヌクレオチド、ＤＮＡ、ＲＮＡなど）間及び／又はポリペプチド分子間の全体的な関連性を指す。いくつかの実施形態では、ポリマー分子は、それらの配列が少なくとも２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は９９％同一である場合、互いに「実質的に同一」であるとみなされる。２つの核酸又はポリペプチド配列の同一性パーセントの計算は、例えば、最適な比較目的のために２つの配列をアラインメントすることによって実施することができる（例えば、最適なアラインメントのために第１及び第２の配列の一方又は両方にギャップを導入することができ、同一ではない配列は比較目的のために無視することができる）。ある特定の実施形態では、比較のためにアライメントされる配列の長さは、参照配列の長さの少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、又は実質的に１００％である。次に、対応する位置のヌクレオチドが比較される。第１の配列における位置が、第２の配列における対応する位置と同じ残基（例えば、ヌクレオチド又はアミノ酸）により占有される場合、その分子は、その位置で同一である。２つの配列間の同一性パーセントは、この２つの配列の最適アライメントのために導入する必要があるギャップ数及び各ギャップの長さを考慮した、これらの配列により共有される同一である位置の数の関数である。２つの配列間での配列比較及び同一性パーセントの決定は、数理的アルゴリズムを使用して達成され得る。例えば、２つのヌクレオチド配列間の同一性パーセントは、ALIGNプログラム（バージョン２．０）に組み込まれているMeyers及びMillerのアルゴリズム(CABIOS, 1989, 4:11-17)を使用して決定され得る。いくつかの例示的な実施形態では、ALIGNプログラムでなされる核酸配列比較は、ＰＡＭ１２０重量残基表、１２のギャップ長ペナルティー及び４のギャップペナルティーを使用する。或いは、２つのヌクレオチド配列間の同一性パーセントは、NWSgapdna.CMPマトリックスを使用するGCGソフトフェアパッケージにおけるGAPプログラムを使用して決定され得る。
ヌクレオチド間結合：本明細書で使用する場合、語句「ヌクレオチド間結合」は一般に、オリゴヌクレオチド又は核酸のヌクレオシド単位を連結する結合を指す。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、天然に存在するＤＮＡ及びＲＮＡ分子に広範囲に見出されるホスホジエステル結合（天然のリン酸結合（－ＯＰ（＝Ｏ）（ＯＨ）Ｏ－）、当業者によって理解されるとおり、塩形態として存在し得る）である。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、修飾されたヌクレオチド間結合（天然のリン酸結合ではない）である。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、「修飾されたヌクレオチド間結合」であり、ホスホジエステル結合の少なくとも１つの酸素原子又は－ＯＨは、異なる有機又は無機部分によって置き換えられる。いくつかの実施形態では、そのような有機又は無機部分は、＝Ｓ、＝Ｓｅ、＝ＮＲ’、－ＳＲ’、－ＳｅＲ’、－Ｎ（Ｒ’）２、Ｂ（Ｒ’）３、－Ｓ－、－Ｓｅ－、及び－Ｎ（Ｒ’）－から選択され、各Ｒ’は、独立して、本開示で定義され且つ記載されるとおりである。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合（又はホスホロチオエートジエステル結合、－ＯＰ（＝Ｏ）（ＳＨ）Ｏ－、当業者によって理解されるとおり、塩形態として存在し得る）、又はホスホロチオエートトリエステル結合である。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエート結合である。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、例えば、ＰＮＡ（ペプチド核酸）又はＰＭＯ（ホスホロジアミデートモルホリノオリゴマー）結合のうちの１つである。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、中性のヌクレオチド間結合（例えば、ある特定の提供されるオリゴヌクレオチドにおけるｎ００１）である。ヌクレオチド間結合が、結合中の酸又は塩基部分の存在により所定のｐＨでアニオン又はカチオンとして存在し得ることは当業者によって理解される。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、国際公開第２０１７／２１０６４７号に記載されるとおりｓ、ｓ１、ｓ２、ｓ３、ｓ４、ｓ５、ｓ６、ｓ７、ｓ８、ｓ９、ｓ１０、ｓ１１、ｓ１２、ｓ１３、ｓ１４、ｓ１５、ｓ１６、ｓ１７及びｓ１８と命名される修飾されたヌクレオチド間結合である。
インビトロ：本明細書で使用する場合、用語「インビトロ」は、生物体（例えば、動物、植物、又は微生物）内ではなく、人工環境において、例えば試験管又は反応容器中、細胞培養物中などにおいて起こる事象を指す。
インビボ：本明細書で使用する場合、用語「インビボ」は、生物体（例えば、動物、植物、及び／又は微生物）内で起こる事象を指す。
結合リン：本明細書で定義されるとおり、語句「結合リン」は、参照される特定のリン原子がヌクレオチド間結合に存在するリン原子であることを示すために使用され、リン原子は、天然に存在するＤＮＡ及びＲＮＡに存在する場合、ホスホジエステルヌクレオチド間結合のリン原子に対応する。いくつかの実施形態では、結合リン原子は、修飾されたヌクレオチド間結合中にあり、ホスホジエステル結合の各酸素原子は、任意選択により且つ独立して、有機又は無機部分によって置き換えられる。いくつかの実施形態では、結合リン原子は、キラル（例えば、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合の場合のように）である。いくつかの実施形態では、結合リン原子は、アキラル（例えば、天然のリン酸結合の場合のように）である。
修飾された核酸塩基：用語「修飾された核酸塩基」、「修飾された塩基」などは、核酸塩基と化学的に異なるが、核酸塩基の少なくとも１つの機能を果たすことができる化学的部分を指す。いくつかの実施形態では、修飾された核酸塩基は、修飾を含む核酸塩基である。いくつかの実施形態では、修飾された核酸塩基は、核酸塩基の少なくとも１つの機能の、例えば、少なくとも塩基の相補的配列を含む核酸に対する塩基対形成の能力があるポリマー中の部分を形成する能力がある。いくつかの実施形態では、修飾された核酸塩基は、置換されたＡ、Ｔ、Ｃ、Ｇ、若しくはＵ、又はＡ、Ｔ、Ｃ、Ｇ、若しくはＵの置換された互変異性体である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの文脈における修飾された核酸塩基は、Ａ、Ｔ、Ｃ、Ｇ又はＵではない核酸塩基を指す。
修飾されたヌクレオシド：用語「修飾されたヌクレオシド」は、天然のヌクレオシドから誘導されるか又はそれと化学的に類似するが、天然のヌクレオシドからそれを区別する化学修飾を含む部分を指す。修飾されたヌクレオシドの非限定的な例としては、塩基及び／又は糖での修飾を含むものが挙げられる。修飾されたヌクレオシドの非限定的な例としては、糖で２’修飾を有するものが挙げられる。修飾されたヌクレオシドの非限定的な例としては、脱塩基ヌクレオシド（核酸塩基を欠く）も挙げられる。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオシドは、ヌクレオシドの少なくとも１つの機能、例えば、少なくとも塩基の相補的配列を含む核酸に対する塩基対形成の能力があるポリマー中の部分を形成する能力がある。
修飾されたヌクレオチド：用語「修飾されたヌクレオチド」は、天然のヌクレオチドと構造的に異なるが、天然のヌクレオチドの少なくとも１つの機能を果たすことができる任意の化学的部分を含む。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチドは、糖、塩基及び／又はヌクレオチド間結合で修飾を含む。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチドは、修飾された糖、修飾された核酸塩基及び／又は修飾されたヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチドは、ヌクレオチドの少なくとも１つの機能、例えば、少なくとも塩基の相補的配列を含む核酸に対する塩基対形成の能力があるポリマー中のサブユニットを形成する能力がある。
修飾された糖：用語「修飾された糖」は、糖を置き換えることができる部分を指す。修飾された糖は、糖の空間配置、電気的特性、又はいくつかの他の物理化学的特性を模倣する。いくつかの実施形態では、本開示に記載されるとおり、修飾された糖は、置換されたリボース又はデオキシリボースである。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、２’－修飾を含む。有用な２’－修飾の例は、当技術分野で広く利用され、本明細書に記載される。いくつかの実施形態では、２’－修飾は、２’－Ｆである。いくつかの実施形態では、２’－修飾は、２’－ＯＲ（式中、Ｒは、任意選択により置換されたＣ１～１０脂肪族である）である。いくつかの実施形態では、２’－修飾は、２’－ＯＭｅである。いくつかの実施形態では、２’－修飾は、２’－ＭＯＥである。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、二環式糖（例えば、ＬＮＡ、ＢＮＡなどで使用される糖）である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの文脈において、修飾された糖は、典型的には天然のＲＮＡ又はＤＮＡにおいて見出されるとおりのリボース又はデオキシリボースではない糖である。
核酸：用語「核酸」は、本明細書で使用する場合、任意のヌクレオチド及びそのポリマーを含む。用語「ポリヌクレオチド」は、本明細書で使用する場合、任意の長さのヌクレオチドのポリマー形態、リボヌクレオチド（ＲＮＡ）若しくはデオキシリボヌクレオチド（ＤＮＡ）又はその組み合わせのいずれかを指す。これらの用語は、分子の一次構造を指し、したがって、二本鎖及び一本鎖ＤＮＡ、並びに二本鎖及び一本鎖ＲＮＡを含む。これらの用語は、等価物として、メチル化、保護された及び／又はキャップ付加されたヌクレオチド又はポリヌクレオチドを介するがこれらに限定されないものなどの修飾されたヌクレオチド及び／又は修飾されたポリヌクレオチドを含むＲＮＡ又はＤＮＡのいずれかの類似体を含む。用語は、ポリ－又はオリゴ－リボヌクレオチド（ＲＮＡ）及びポリ－又はオリゴ－デオキシリボヌクレオチド（ＤＮＡ）；核酸塩基及び／又は修飾された核酸塩基のＮ－グリコシド又はＣ－グリコシドから誘導されるＲＮＡ又はＤＮＡ；糖及び／又は修飾された糖から誘導される核酸；並びにリン酸架橋及び／又は修飾されたヌクレオチド間結合から誘導される核酸を包含する。用語は、核酸塩基、修飾された核酸塩基、糖、修飾された糖、リン酸架橋又は修飾されたヌクレオチド間結合の任意の組み合わせを含有する核酸を包含する。例としては、リボース部分を含有する核酸、デオキシ－リボースを含有する核酸、リボース及びデオキシリボース部分の両方を含有する核酸、リボース及び修飾されたリボース部分を含有する核酸が挙げられるが、これらに限定されない。別段の指定がない限り、接頭辞のポリ－は、２～約１０，０００個のヌクレオチド単量体単位を含有する核酸を指し、接頭辞のオリゴ－は、２～約２００個のヌクレオチド単量体単位を含有する核酸を指す。
核酸塩基：用語「核酸塩基」は、配列特異的な様式で一方の核酸鎖をもう一方の相補鎖に結合する水素結合に関与する核酸の部分を指す。最も一般的な天然に存在する核酸塩基は、アデニン（Ａ）、グアニン（Ｇ）、ウラシル（Ｕ）、シトシン（Ｃ）、及びチミン（Ｔ）である。いくつかの実施形態では、天然に存在する核酸塩基は、修飾されたアデニン、グアニン、ウラシル、シトシン、又はチミンである。いくつかの実施形態では、天然に存在する核酸塩基は、メチル化されたアデニン、グアニン、ウラシル、シトシン、又はチミンである。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、ヘテロアリール環を含み、環原子は窒素であり、且つヌクレオシドの場合、窒素は、糖部分に結合される。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、複素環式環を含み、環原子は窒素であり、且つヌクレオシドの場合、窒素は、糖部分に結合される。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、「修飾された核酸塩基」、アデニン（Ａ）、グアニン（Ｇ）、ウラシル（Ｕ）、シトシン（Ｃ）、及びチミン（Ｔ）以外の核酸塩基である。いくつかの実施形態では、修飾された核酸塩基は、置換されたＡ、Ｔ、Ｃ、Ｇ又はＵである。いくつかの実施形態では、修飾された核酸塩基は、Ａ、Ｔ、Ｃ、Ｇ、又はＵの置換された互変異性体である。いくつかの実施形態では、修飾された核酸塩基は、メチル化されたアデニン、グアニン、ウラシル、シトシン、又はチミンである。いくつかの実施形態では、修飾された核酸塩基は、核酸塩基の空間配置、電子的特性、又はいくつかの他の物理化学的特性を模倣し、配列特異的な様式で一方の核酸鎖をもう一方のものに結合する水素結合の特性を保持する。いくつかの実施形態では、修飾された核酸塩基は、オリゴヌクレオチド二重鎖の細胞内酵素又は活性による融解挙動、認識に実質的に影響を及ぼすことなく５種の天然に存在する塩基（ウラシル、チミン、アデニン、シトシン、又はグアニン）の全てと対形成できる。本明細書で使用する場合、用語「核酸塩基」はまた、修飾された核酸塩基及び核酸塩基類似体などの天然の又は天然に存在するヌクレオチドの代わりに使用される構造的類似体を包含する。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、任意選択により置換されたＡ、Ｔ、Ｃ、Ｇ、若しくはＵ、又はＡ、Ｔ、Ｃ、Ｇ、若しくはＵの任意選択により置換された互変異性体である。いくつかの実施形態では、「核酸塩基」は、オリゴヌクレオチド又は核酸における核酸塩基単位（例えば、オリゴヌクレオチド又は核酸の場合のようなＡ、Ｔ、Ｃ、Ｇ又はＵ）を指す。
ヌクレオシド：用語「ヌクレオシド」は、核酸塩基又は修飾された核酸塩基が糖又は修飾された糖に共有結合されている部分を指す。いくつかの実施形態では、ヌクレオシドは、天然のヌクレオシド、例えば、アデノシン、デオキシアデノシン、グアノシン、デオキシグアノシン、チミジン、ウリジン、シチジン、又はデオキシシチジンである。いくつかの実施形態では、ヌクレオシドは、修飾されたヌクレオシド、例えば、アデノシン、デオキシアデノシン、グアノシン、デオキシグアノシン、チミジン、ウリジン、シチジン、及びデオキシシチジンから選択される置換された天然のヌクレオシドである。いくつかの実施形態では、ヌクレオシドは、修飾されたヌクレオシド、例えば、アデノシン、デオキシアデノシン、グアノシン、デオキシグアノシン、チミジン、ウリジン、シチジン、及びデオキシシチジンから選択される天然のヌクレオシドの置換された互変異性体である。いくつかの実施形態では、「ヌクレオシド」は、オリゴヌクレオチド又は核酸におけるヌクレオシド単位を指す。
ヌクレオチド：用語「ヌクレオチド」は、本明細書で使用する場合、核酸塩基、糖、及び１つ以上のヌクレオチド結合（例えば、天然のＤＮＡ及びＲＮＡにおけるリン酸結合）からなるポリヌクレオチドの単量体単位を指す。天然に存在する塩基［グアニン、（Ｇ）、アデニン、（Ａ）、シトシン、（Ｃ）、チミン、（Ｔ）、及びウラシル（Ｕ）］は、プリン又はピリミジンの誘導体であるが、天然に存在する塩基類似体及び天然に存在しない塩基類似体も含まれることが理解されるべきである。天然に存在する糖は、ペントース（五炭糖）デオキシリボース（ＤＮＡを形成する）又はリボース（ＲＮＡを形成する）であるが、天然に存在する糖類似体及び天然に存在しない糖類似体も含まれることが理解されるべきである。ヌクレオチドは、ヌクレオチド間結合を介して連結されて、核酸、又はポリヌクレオチドを形成する。多くのヌクレオチド間結合は、当技術分野で知られる（ホスフェート、ホスホロチオエート、ボラノホスフェートなどを介するものなどであるが、これらに限定されない）。人工核酸としては、ＰＮＡ（ペプチド核酸）、ホスホトリエステル、ホスホロチオエート、Ｈ－ホスホネート、ホスホロアミダート、ボラノホスフェート、メチルホスホネート、ホスホノアセテート、チオホスホノアセテート及び本明細書に記載されるものなどの天然の核酸のリン酸骨格の他のバリアントが挙げられる。いくつかの実施形態では、天然のヌクレオチドは、天然に存在する塩基、糖及びヌクレオチド間結合を含む。本明細書で使用する場合、用語「ヌクレオチド」はまた、修飾されたヌクレオチド及びヌクレオチド類似体などの天然の又は天然に存在するヌクレオチドの代わりに使用される構造的類似体を包含する。いくつかの実施形態では、「ヌクレオチド」は、オリゴヌクレオチド又は核酸におけるヌクレオチド単位を指す。
オリゴヌクレオチド：用語「オリゴヌクレオチド」は、ヌクレオチドのポリマー又はオリゴマーを指し、天然の及び非天然の核酸塩基、糖、及びヌクレオチド間結合の任意の組み合わせを含有し得る。
オリゴヌクレオチドは、一本鎖又は二本鎖であり得る。一本鎖オリゴヌクレオチドは、二本鎖領域（一本鎖オリゴヌクレオチドの２つの部分によって形成される）を有してもよく、２本のオリゴヌクレオチド鎖を含む二本鎖オリゴヌクレオチドは、例えば、２本のオリゴヌクレオチド鎖が互いに相補的ではない領域で一本鎖領域を有してもよい。オリゴヌクレオチドの例としては、構造遺伝子、制御及び終結領域を含む遺伝子、ウイルス又はプラスミドＤＮＡなどの自己複製系、一本鎖及び二本鎖ＲＮＡｉ薬剤並びに他のＲＮＡ干渉試薬（ＲＮＡｉ薬剤又はｉＲＮＡ薬剤）、ｓｈＲＮＡ、アンチセンスオリゴヌクレオチド、リボザイム、マイクロＲＮＡ、マイクロＲＮＡ模倣体、スーパーｍｉｒ、アプタマー、アンチｍｉｒ、アンタゴｍｉｒ、Ｕｌアダプター、三重鎖形成オリゴヌクレオチド、Ｇ－四重鎖オリゴヌクレオチド、ＲＮＡ活性化因子、免疫刺激性オリゴヌクレオチド、及びデコイオリゴヌクレオチドが挙げられるが、これらに限定されない。
本開示のオリゴヌクレオチドは、様々な長さのものであり得る。特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、約２～約２００ヌクレオシド長の範囲であり得る。様々な関連する実施形態では、オリゴヌクレオチドの一本鎖、二本鎖、又は三本鎖は、約４～約１０ヌクレオシド、約１０～約５０ヌクレオシド、約２０～約５０ヌクレオシド、約１５～約３０ヌクレオシド、約２０～約３０ヌクレオシド長の長さの範囲であり得る。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、約９～約３９のヌクレオシド長である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、又は２５ヌクレオシド長である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも４ヌクレオシド長である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも５ヌクレオシド長である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも６ヌクレオシド長である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも７ヌクレオシド長である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも８ヌクレオシド長である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも９ヌクレオシド長である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも１０ヌクレオシド長である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも１１ヌクレオシド長である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも１２ヌクレオシド長である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも１５ヌクレオシド長である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも１５ヌクレオシド長である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも１６ヌクレオシド長である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも１７ヌクレオシド長である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも１８ヌクレオシド長である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも１９ヌクレオシド長である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも２０ヌクレオシド長である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも２５ヌクレオシド長である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも３０ヌクレオシド長である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド長において計数される各ヌクレオシドは、独立して、少なくとも１つの窒素環原子を有する環を含む核酸塩基を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド長において計数される各ヌクレオシドは、独立して、Ａ、Ｔ、Ｃ、Ｇ、若しくはＵ、又は任意選択により置換されたＡ、Ｔ、Ｃ、Ｇ、若しくはＵ、又はＡ、Ｔ、Ｃ、Ｇ、若しくはＵの任意選択により置換された互変異性体を含む。
オリゴヌクレオチド型：本明細書で使用する場合、語句「オリゴヌクレオチド型」は、特定の塩基配列、骨格結合のパターン（すなわち、ヌクレオチド間結合型のパターン、例えば、ホスフェート、ホスホロチオエート、ホスホロチオエートトリエステルなど）、骨格のキラル中心のパターン［すなわち、結合リンの立体化学（Ｒｐ／Ｓｐ）のパターン］、及び骨格リンの修飾のパターンを有するオリゴヌクレオチドを定義するために使用される。いくつかの実施形態では、一般的に命名される「型」のオリゴヌクレオチドは、互いに構造的に同一である。
当業者は、本開示の合成方法が、オリゴヌクレオチド鎖の各ヌクレオチド単位が、結合リンでの特定の立体化学及び／又は結合リンでの特定の修飾、及び／又は特定の塩基、及び／又は特定の糖を有するように先行して設計され及び／又は選択され得るように、オリゴヌクレオチド鎖の合成の間にある程度の制御をもたらすことを理解するであろう。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド鎖は、結合リンで特定の組み合わせの立体中心を有するように先行して設計され及び／又は選択される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド鎖は、結合リンで特定の組み合わせの修飾を有するように設計され及び／又は決定される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド鎖は、特定の組み合わせの塩基を有するように設計され及び／又は選択される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド鎖は、上の構造的特徴の１つ以上の特定の組み合わせを有するように設計され及び／又は選択される。いくつかの実施形態では、本開示は、複数のオリゴヌクレオチド分子を含むか又はそれらからなる組成物（例えば、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物）を提供する。いくつかの実施形態では、全てのそのような分子は、同じ型のものである（すなわち、互いに構造的に同一である）。しかしながら、いくつかの実施形態では、提供される組成物は、典型的には既定の相対量で異なる型の複数のオリゴヌクレオチドを含む。
任意選択により置換された：本明細書に記載されるとおり、本開示の化合物、例えば、オリゴヌクレオチドは、任意選択により置換された部分及び／又は置換された部分を含有し得る。一般に、用語「置換された」は、用語「任意選択により」が先行するかどうかにかかわらず、指定された部分の１つ以上の水素が好適な置換基で置き換えられていることを意味する。別段の指示がない限り、「任意選択により置換された」基は、基の各々の置換可能な位置に好適な置換基を有してもよく、任意の所与の構造における２つ以上の位置が、指定の基から選択される２つ以上の置換基で置換され得る場合、置換基は、全ての位置で同じでも異なっていてもよい。いくつかの実施形態では、任意選択により置換された基は、置換されていない。本開示によって想定される置換基の組み合わせは、好ましくは、安定な又は化学的に実現可能な化合物の形成をもたらすものである。本明細書で使用する場合、用語「安定な」は、それらの生成、検出、並びに、特定の実施形態では、それらの回収、精製、及び本明細書で開示される目的の１つ以上のための使用を可能にする条件に供されたときに、実質的に変化しない化合物を指す。ある特定の置換基は、下に記載される。
置換可能な原子上の好適な一価置換基、例えば、好適な炭素原子は、独立して、ハロゲン；－（ＣＨ２）０～４Ｒ°；－（ＣＨ２）０～４ＯＲ°；－Ｏ（ＣＨ２）０～４Ｒ°、－Ｏ－（ＣＨ２）０～４Ｃ（Ｏ）ＯＲ°；－（ＣＨ２）０～４ＣＨ（ＯＲ°）２；Ｒ°で置換され得る－（ＣＨ２）０～４Ｐｈ；Ｒ°で置換され得る－（ＣＨ２）０～４Ｏ（ＣＨ２）０～１Ｐｈ；Ｒ°で置換され得る－ＣＨ＝ＣＨＰｈ；Ｒ°で置換され得る－（ＣＨ２）０～４Ｏ（ＣＨ２）０～１－ピリジル；－ＮＯ２；－ＣＮ；－Ｎ３；－（ＣＨ２）０～４Ｎ（Ｒ°）２；－（ＣＨ２）０～４Ｎ（Ｒ°）Ｃ（Ｏ）Ｒ°；－Ｎ（Ｒ°）Ｃ（Ｓ）Ｒ°；－（ＣＨ２）０～４Ｎ（Ｒ°）Ｃ（Ｏ）ＮＲ°２；－Ｎ（Ｒ°）Ｃ（Ｓ）ＮＲ°２；－（ＣＨ２）０～４Ｎ（Ｒ°）Ｃ（Ｏ）ＯＲ°；－Ｎ（Ｒ°）Ｎ（Ｒ°）Ｃ（Ｏ）Ｒ°；－Ｎ（Ｒ°）Ｎ（Ｒ°）Ｃ（Ｏ）ＮＲ°２；－Ｎ（Ｒ°）Ｎ（Ｒ°）Ｃ（Ｏ）ＯＲ°；－（ＣＨ２）０～４Ｃ（Ｏ）Ｒ°；－Ｃ（Ｓ）Ｒ°；－（ＣＨ２）０～４Ｃ（Ｏ）ＯＲ°；－（ＣＨ２）０～４Ｃ（Ｏ）ＳＲ°；－（ＣＨ２）０～４Ｃ（Ｏ）ＯＳｉＲ°３；－（ＣＨ２）０～４ＯＣ（Ｏ）Ｒ°；－ＯＣ（Ｏ）（ＣＨ２）０～４ＳＲ°，－ＳＣ（Ｓ）ＳＲ°；－（ＣＨ２）０～４ＳＣ（Ｏ）Ｒ°；－（ＣＨ２）０～４Ｃ（Ｏ）ＮＲ°２；－Ｃ（Ｓ）ＮＲ°２；－Ｃ（Ｓ）ＳＲ°；－（ＣＨ２）０～４ＯＣ（Ｏ）ＮＲ°２；－Ｃ（Ｏ）Ｎ（ＯＲ°）Ｒ°；－Ｃ（Ｏ）Ｃ（Ｏ）Ｒ°；－Ｃ（Ｏ）ＣＨ２Ｃ（Ｏ）Ｒ°；－Ｃ（ＮＯＲ°）Ｒ°；－（ＣＨ２）０～４ＳＳＲ°；－（ＣＨ２）０～４Ｓ（Ｏ）２Ｒ°；－（ＣＨ２）０～４Ｓ（Ｏ）２ＯＲ°；－（ＣＨ２）０～４ＯＳ（Ｏ）２Ｒ°；－Ｓ（Ｏ）２ＮＲ°２；－（ＣＨ２）０～４Ｓ（Ｏ）Ｒ°；－Ｎ（Ｒ°）Ｓ（Ｏ）２ＮＲ°２；－Ｎ（Ｒ°）Ｓ（Ｏ）２Ｒ°；－Ｎ（ＯＲ°）Ｒ°；－Ｃ（ＮＨ）ＮＲ°２；－Ｓｉ（Ｒ°）３；－ＯＳｉ（Ｒ°）３；－Ｂ（Ｒ°）２；－ＯＢ（Ｒ°）２；－ＯＢ（ＯＲ°）２；－Ｐ（Ｒ°）２；－Ｐ（ＯＲ°）２；－Ｐ（Ｒ°）（ＯＲ°）；－ＯＰ（Ｒ°）２；－ＯＰ（ＯＲ°）２；－ＯＰ（Ｒ°）（ＯＲ°）；－Ｐ（Ｏ）（Ｒ°）２；－Ｐ（Ｏ）（ＯＲ°）２；－ＯＰ（Ｏ）（Ｒ°）２；－ＯＰ（Ｏ）（ＯＲ°）２；－ＯＰ（Ｏ）（ＯＲ°）（ＳＲ°）；－ＳＰ（Ｏ）（Ｒ°）２；－ＳＰ（Ｏ）（ＯＲ°）２；－Ｎ（Ｒ°）Ｐ（Ｏ）（Ｒ°）２；－Ｎ（Ｒ°）Ｐ（Ｏ）（ＯＲ°）２；－Ｐ（Ｒ°）２［Ｂ（Ｒ°）３］；－Ｐ（ＯＲ°）２［Ｂ（Ｒ°）３］；－ＯＰ（Ｒ°）２［Ｂ（Ｒ°）３］；－ＯＰ（ＯＲ°）２［Ｂ（Ｒ°）３］；－（Ｃ１～４直鎖又は分岐状アルキレン）Ｏ－Ｎ（Ｒ°）２；又は－（Ｃ１～４直鎖又は分岐状アルキレン）Ｃ（Ｏ）Ｏ－Ｎ（Ｒ°）２であり、各Ｒ°は、本明細書で定義されるとおりに置換されてもよく、独立して、水素、Ｃ１～２０脂肪族、窒素、酸素、硫黄、ケイ素及びリンから独立して選択される１～５個のヘテロ原子を有するＣ１～２０ヘテロ脂肪族、－ＣＨ２－（Ｃ６～１４アリール）、－Ｏ（ＣＨ２）０～１（Ｃ６～１４アリール）、－ＣＨ２－（５～１４員ヘテロアリール環）、窒素、酸素、硫黄、ケイ素及びリンから独立して選択される０～５個のヘテロ原子を有する５～２０員、単環式、二環式、又は多環式の飽和、部分不飽和又はアリール環であるか、又は上の定義にもかかわらず、Ｒ°の２つの独立した存在が、それらの介在原子と合わせて、下で定義されるとおりに置換され得る、窒素、酸素、硫黄、ケイ素及びリンから独立して選択される０～５個のヘテロ原子を有する５～２０員、単環式、二環式、又は多環式の飽和、部分不飽和又はアリール環を形成する。
Ｒ°上の好適な一価置換基（又はＲ°の２つの独立した存在をそれらの介在原子と合わせることによって形成される環）は、独立して、ハロゲン、－（ＣＨ２）０～２Ｒ●、－（ハロＲ●）、－（ＣＨ２）０～２ＯＨ、－（ＣＨ２）０～２ＯＲ●、－（ＣＨ２）０～２ＣＨ（ＯＲ●）２；－Ｏ（ハロＲ●）、－ＣＮ、－Ｎ３、－（ＣＨ２）０～２Ｃ（Ｏ）Ｒ●、－（ＣＨ２）０～２Ｃ（Ｏ）ＯＨ、－（ＣＨ２）０～２Ｃ（Ｏ）ＯＲ●、－（ＣＨ２）０～２ＳＲ●、－（ＣＨ２）０～２ＳＨ、－（ＣＨ２）０～２ＮＨ２、－（ＣＨ２）０～２ＮＨＲ●、－（ＣＨ２）０～２ＮＲ● ２、－ＮＯ２、－ＳｉＲ● ３、－ＯＳｉＲ● ３、－Ｃ（Ｏ）ＳＲ●、－（Ｃ１～４直鎖又は分岐状アルキレン）Ｃ（Ｏ）ＯＲ●、又は－ＳＳＲ●であり、各Ｒ●は、置換されていないか又は「ハロ」が前に付く場合、１つ以上のハロゲンでのみ置換され、且つ独立して、Ｃ１～４脂肪族、－ＣＨ２Ｐｈ、－Ｏ（ＣＨ２）０～１Ｐｈ、並びに窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される０～４個のヘテロ原子を有する５～６員飽和、部分不飽和、又はアリール環から選択される。Ｒ°の飽和炭素原子上の好適な二価置換基は、＝Ｏ及び＝Ｓを含む。
例えば、好適な炭素原子上の好適な二価置換基は、独立して、以下の：＝Ｏ、＝Ｓ、＝ＮＮＲ＊２、＝ＮＮＨＣ（Ｏ）Ｒ＊、＝ＮＮＨＣ（Ｏ）ＯＲ＊、＝ＮＮＨＳ（Ｏ）２Ｒ＊、＝ＮＲ＊、＝ＮＯＲ＊、－Ｏ（Ｃ（Ｒ＊２））２～３Ｏ－、又は－Ｓ（Ｃ（Ｒ＊２））２～３Ｓ－であり、Ｒ＊の各々の独立した存在は、水素、下で定義されるとおりに置換され得るＣ１～６脂肪族、並びに窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される０～４個のヘテロ原子を有する非置換５～６員飽和、部分不飽和、又はアリール環から選択される。「任意選択により置換された」基の近接する置換可能な炭素に結合される好適な二価置換基としては、－Ｏ（ＣＲ＊２）２～３Ｏ－が挙げられ、Ｒ＊の各々の独立した存在は、水素、下で定義されるとおりに置換され得るＣ１～６脂肪族、並びに窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される０～４個のヘテロ原子を有する非置換５～６員飽和、部分不飽和、並びにアリール環から選択される。
Ｒ＊の脂肪族基上の好適な置換基は、独立して、ハロゲン、－Ｒ●、－（ハロＲ●）、－ＯＨ、－ＯＲ●、－Ｏ（ハロＲ●）、－ＣＮ、－Ｃ（Ｏ）ＯＨ、－Ｃ（Ｏ）ＯＲ●、－ＮＨ２、－ＮＨＲ●、－ＮＲ● ２、又は－ＮＯ２であり、各Ｒ●は、不飽和であるか又は「ハロ」が前に付くものは、１個以上のハロゲンによってのみ置換され、且つ独立して、Ｃ１～４脂肪族、－ＣＨ２Ｐｈ、－Ｏ（ＣＨ２）０～１Ｐｈ、又は窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される０～４個のヘテロ原子を有する５～６員飽和、部分不飽和、若しくはアリール環である。
いくつかの実施形態では、置換可能な窒素上の好適な置換基は、独立して、－Ｒ†、－ＮＲ† ２、－Ｃ（Ｏ）Ｒ†、－Ｃ（Ｏ）ＯＲ†、－Ｃ（Ｏ）Ｃ（Ｏ）Ｒ†、－Ｃ（Ｏ）ＣＨ２Ｃ（Ｏ）Ｒ†、－Ｓ（Ｏ）２Ｒ†、－Ｓ（Ｏ）２ＮＲ† ２、－Ｃ（Ｓ）ＮＲ† ２、－Ｃ（ＮＨ）ＮＲ† ２、又は－Ｎ（Ｒ†）Ｓ（Ｏ）２Ｒ†であり、各Ｒ†は、独立して、水素、下で定義されるとおりに置換され得るＣ１～６脂肪族、非置換－ＯＰｈ、又は窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される０～４個のヘテロ原子を有する非置換５～６員飽和、部分不飽和、若しくはアリール環であるか、又は上の定義にもかかわらず、Ｒ†の２つの独立した存在を、それらの介在原子と合わせて、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される０～４個のヘテロ原子を有する非置換３～１２員飽和、部分不飽和、又はアリール単環式若しくは二環式環を形成する。
Ｒ†の脂肪族基上の好適な置換基は、独立して、ハロゲン、－Ｒ●、－（ハロＲ●）、－ＯＨ、－ＯＲ●、－Ｏ（ハロＲ●）、－ＣＮ、－Ｃ（Ｏ）ＯＨ、－Ｃ（Ｏ）ＯＲ●、－ＮＨ２、－ＮＨＲ●、－ＮＲ● ２、又は－ＮＯ２であり、各Ｒ●は、置換されていないか又は「ハロ」が前に付くものは、１個以上のハロゲンによってのみ置換され、且つ独立して、Ｃ１～４脂肪族、－ＣＨ２Ｐｈ、－Ｏ（ＣＨ２）０～１Ｐｈ、又は窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される０～４個のヘテロ原子を有する５～６員飽和、部分不飽和、若しくはアリール環である。
Ｐ－修飾：本明細書で使用する場合、用語「Ｐ－修飾」は、立体化学修飾以外の結合リンでの任意の修飾を指す。いくつかの実施形態では、Ｐ－修飾は、結合リンに共有結合されたペンダント部分の付加、置換、又は除去を含む。
部分不飽和：本明細書で使用する場合、用語「部分不飽和」は、少なくとも１つの二重結合又は三重結合を含む環部分を指す。用語「部分不飽和」は、複数の部位の不飽和を有する環を包含することが意図されるが、本明細書で定義されるとおりのアリール又はヘテロアリール部分を含むことが意図されない。
医薬組成物：本明細書で使用する場合、用語「医薬組成物」は、１つ以上の薬学的に許容される担体とともに製剤化された活性薬剤を指す。いくつかの実施形態では、活性薬剤は、適切な集団に投与されるときに既定の治療効果を達成する統計的に有意な可能性を示す治療レジメンにおける投与に適した単位用量で存在する。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、以下に適合するものを含む固体又は液体形態における投与：経口投与、例えば、水薬（水性又は非水性の溶液又は懸濁液）、錠剤、例えば、頬側、舌下、及び全身性吸収を標的にするもの、ボーラス、散剤、顆粒剤、舌への適用のためのペースト剤；例えば、無菌溶液若しくは懸濁液、又は徐放製剤としての、例えば、皮下、筋肉内、静脈内又は硬膜外注射による非経口投与；例えば、皮膚、肺、又は口腔に適用されるクリーム剤、軟膏剤、又は制御放出パッチ若しくは噴霧剤としての局所適用；例えば、腟坐薬、クリーム剤、又は泡として腟内又は直腸内；舌下；眼球；経皮；又は経鼻、肺、及び他の粘膜表面のために特別に製剤化され得る。
薬学的に許容される：本明細書で使用する場合、「薬学的に許容される」という語句は、適切な医学的判断の範囲内において、ヒト及び動物の組織と接触させて使用するのに好適であり、過剰な毒性、刺激、アレルギー応答又は他の問題若しくは合併症を起こさず、合理的なベネフィット／リスク比に対応した化合物、材料、組成物及び／又は剤形を指す。
薬学的に許容される担体：本明細書で使用する場合、用語「薬学的に許容される担体」は、ある器官、又は身体の部分から別の器官、又は身体の部分に対象化合物を運ぶか又は輸送することに関与する液体若しくは固体充填剤、希釈剤、賦形剤、又は材料を被包する溶媒などの薬学的に許容される材料、組成物又はビヒクルを意味する。各担体は、製剤の他の成分と相溶性であり、患者に有害でないという意味で「許容され」なければならない。薬学的に許容される担体として機能することができる材料のいくつかの例としては、糖類、例えば、ラクトース、グルコース及びスクロース；デンプン、例えば、トウモロコシデンプン及びジャガイモデンプン；セルロース及びその誘導体、例えば、カルボキシメチルセルロースナトリウム、エチルセルロース及び酢酸セルロース；粉末トラガント；麦芽；ゼラチン；タルク；賦形剤、例えば、カカオ脂及び坐剤ワックス；油、例えば、ラッカセイ油、綿実油、ベニバナ油、ゴマ油、オリーブ油、トウモロコシ油及びダイズ油；グリコール類、例えば、プロピレングリコール；ポリオール類、例えば、グリセリン、ソルビトール、マンニトール及びポリエチレングリコール；エステル類、例えば、オレイン酸エチル及びラウリン酸エチル；カンテン；緩衝剤、例えば、水酸化マグネシウム及び水酸化アルミニウム；アルギン酸；パイロジェンフリーの水；等張生理食塩水；リンゲル液；エチルアルコール；ｐＨ緩衝溶液；ポリエステル、ポリカーボネート及び／又はポリ酸無水物；並びに医薬製剤に使用される他の無毒性の適合性物質が挙げられる。
薬学的に許容される塩：用語「薬学的に許容される塩」は、本明細書で使用する場合、医薬の文脈における使用に適切なそのような化合物の塩、すなわち、適切な医学的判断の範囲内において、過剰な毒性、刺激、アレルギー応答などを起こさず、合理的なベネフィット／リスク比に対応した、ヒト及び下等動物の組織と接触して使用するのに適した塩を指す。薬学的に許容される塩は、当技術分野でよく知られている。例えば、S. M. Bergeらは、J. Pharmaceutical Sciences, 66:1-19（1977)において薬学的に許容される塩を詳細に記載している。いくつかの実施形態では、薬学的に許容される塩としては、塩酸、臭化水素酸、リン酸、硫酸及び過塩素酸などの無機酸、又は酢酸、マレイン酸、酒石酸、クエン酸、コハク酸若しくはマロン酸などの有機酸により形成されるか、或いはイオン交換などの当技術分野において使用される他の方法を使用することによって形成されるアミノ基の塩である無毒性の酸付加塩が挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、薬学的に許容される塩としては、アジピン酸塩、アルギン酸塩、アスコルビン酸塩、アスパラギン酸塩、ベンゼンスルホン酸塩、安息香酸塩、重硫酸塩、ホウ酸塩、酪酸塩、ショウノウ酸塩、カンファースルホン酸塩、クエン酸塩、シクロペンタンプロピオン酸塩、ジグルコン酸塩、ドデシル硫酸塩、エタンスルホン酸塩、ギ酸塩、フマル酸塩、グルコヘプトン酸塩、グリセロリン酸塩、グルコン酸塩、ヘミ硫酸塩、ヘプタン酸塩、ヘキサン酸塩、ヨウ化水素酸塩、２－ヒドロキシ－エタンスルホン酸塩、ラクトビオン酸塩、乳酸塩、ラウリン酸塩、ラウリル硫酸塩、リンゴ酸塩、マレイン酸塩、マロン酸塩、メタンスルホン酸塩、２－ナフタレンスルホン酸塩、ニコチン酸塩、硝酸塩、オレイン酸塩、シュウ酸塩、パルミチン酸塩、パモ酸塩、ペクチン酸塩、過硫酸塩、３－フェニルプロピオン酸塩、リン酸塩、ピクリン酸塩、ピバル酸塩、プロピオン酸塩、ステアリン酸塩、コハク酸塩、硫酸塩、酒石酸塩、チオシアン酸塩、ｐ－トルエンスルホン酸塩、ウンデカン酸塩、吉草酸塩などが挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、提供される化合物は、１つ以上の酸性基、例えば、オリゴヌクレオチドを含み、薬学的に許容される塩は、アルカリ、アルカリ土類金属、又はアンモニウム（例えば、Ｎ（Ｒ）３のアンモニウム塩、各Ｒは、独立して定義され、本開示において記載される）塩である。代表的なアルカリ金属又はアルカリ土類金属としては、ナトリウム、リチウム、カリウム、カルシウム、マグネシウムなどが挙げられる。いくつかの実施形態では、薬学的に許容される塩は、ナトリウム塩である。いくつかの実施形態では、薬学的に許容される塩は、カリウム塩である。いくつかの実施形態では、薬学的に許容される塩は、カルシウム塩である。いくつかの実施形態では、薬学的に許容される塩としては、適切な場合、ハロゲン化物、水酸化物、カルボン酸塩、硫酸塩、リン酸塩、硝酸塩、１～６個の炭素原子を有するアルキル、スルホン酸塩及びアリールスルホン酸塩などの対イオンを使用して形成される無毒性アンモニウム、第四級アンモニウム、及びアミンカチオンが挙げられる。いくつかの実施形態では、提供される化合物は、２つ以上の酸基を含み、例えば、オリゴヌクレオチドは、２つ以上の酸性基（例えば、天然のリン酸結合及び／又は修飾されたヌクレオチド間結合において）を含み得る。いくつかの実施形態では、薬学的に許容される塩、又は一般にそのような化合物の塩は、同じであり得るか又は異なり得る２つ以上のカチオンを含む。いくつかの実施形態では、薬学的に許容される塩（又は一般に、塩）において、酸性基中の全てのイオン化できる水素（例えば、約１１、１０、９、８、７、６、５、４、３、又は２以下、いくつかの実施形態では、約７以下；いくつかの実施形態では、約６以下；いくつかの実施形態では、約５以下；いくつかの実施形態では、約４以下；いくつかの実施形態では、約３以下のｐＫａを有する水溶液中）は、カチオンと置き換えられる。いくつかの実施形態では、各ホスホロチオエート及びホスフェート基は、独立して、その塩形態で存在する（例えば、ナトリウム塩の場合、それぞれ－Ｏ－Ｐ（Ｏ）（ＳＮａ）－Ｏ－及び－Ｏ－Ｐ（Ｏ）（ＯＮａ）－Ｏ－）。いくつかの実施形態では、各ホスホロチオエート及びホスフェートヌクレオチド間結合は、独立して、その塩形態で存在する（例えば、ナトリウム塩の場合、それぞれ－Ｏ－Ｐ（Ｏ）（ＳＮａ）－Ｏ－及び－Ｏ－Ｐ（Ｏ）（ＯＮａ）－Ｏ－）。いくつかの実施形態では、薬学的に許容される塩は、オリゴヌクレオチドのナトリウム塩である。いくつかの実施形態では、薬学的に許容される塩は、オリゴヌクレオチドのナトリウム塩であり、各酸性リン酸基及び修飾されたリン酸基（例えば、ホスホロチオエート、ホスフェートなど）は、もしあれば、塩形態として存在する（全てがナトリウム塩）。
既定の：既定の（predetermined）（又は既定の(pre-determined)）は、例えば、不規則に起こるか、不規則であるか、又は制御を伴わずに達成されたものとは対照的に、計画的に選択されたか又は不規則ではないか又は制御されていることを意味する。本明細書を読む当業者は、本開示が、オリゴヌクレオチド組成物に組み込まれることになる特定の化学及び／又は立体化学の特徴の選択を可能にし、さらにそのような化学及び／又は立体化学の特徴を有するオリゴヌクレオチド組成物の制御された調製を可能にする技術を提供することを理解するであろう。そのように提供される組成物は、本明細書に記載されるとおり「既定の」ものである。特定の化学及び／又は立体化学の特徴を意図的に生成するように制御されていないプロセスを通じて偶然生成されたため、ある特定のオリゴヌクレオチドを含有する可能性がある組成物は、「既定の」組成物ではない。いくつかの実施形態では、既定の組成物は、意図的に再現され得るものである（例えば、制御されたプロセスの反復による）。いくつかの実施形態では、組成物中の複数のオリゴヌクレオチドの既定のレベルは、組成物中の複数のオリゴヌクレオチドの絶対量、及び／又は相対量（比、パーセンテージなど）が制御されることを意味する。いくつかの実施形態では、組成物中の複数のオリゴヌクレオチドの既定のレベルは、キラル制御されたオリゴヌクレオチドの調製により達成される。
保護基：用語「保護基」は、本明細書で使用する場合、当技術分野でよく知られ、全体が参照により本明細書に組み込まれるOrganic Synthesis, T. W. Greene and P. G. M. Wuts, 3rd edition, John Wiley & Sons, 1999のProtecting Groupsに詳細に記載されるものを含む。チャプター２の全体が参照により本明細書に組み込まれるSerge L. Beaucage et al. 06/2012によって編集されたCurrent Protocols in Nucleic Acid Chemistryに記載されるヌクレオシド及びヌクレオチド化学に特別に適合されたそれらの保護基も含まれる。好適なアミノ－保護基としては、カルバミン酸メチル、カルバミン酸（carbamante）エチル、カルバミン酸９－フルオレニルメチル（Ｆｍｏｃ）、カルバミン酸９－（２－スルホ）フルオレニルメチル、カルバミン酸９－（２，７－ジブロモ）フルオロエニルメチル、カルバミン酸２，７－ジ－ｔ－ブチル－［９－（１０，１０－ジオキソ－１０，１０，１０，１０－テトラヒドロチオキサンチル）］メチル（ＤＢＤ－Ｔｍｏｃ）、カルバミン酸４－メトキシフェナシル（Ｐｈｅｎｏｃ）、カルバミン酸２，２，２－トリクロロエチル（Ｔｒｏｃ）、カルバミン酸２－トリメチルシリルエチル（Ｔｅｏｃ）、カルバミン酸２－フェニルエチル（ｈＺ）、カルバミン酸１－（１－アダマンチル）－１－メチルエチル（Ａｄｐｏｃ）、カルバミン酸１，１－ジメチル－２－ハロエチル、カルバミン酸１，１－ジメチル－２，２－ジブロモエチル（ＤＢ－ｔ－ＢＯＣ）、カルバミン酸１，１－ジメチル－２，２，２－トリクロロエチル（ＴＣＢＯＣ）、カルバミン酸１－メチル－１－（４－ビフェニルイル）エチル（Ｂｐｏｃ）、カルバミン酸１－（３，５－ジ－ｔ－ブチルフェニル）－１－メチルエチル（ｔ－Ｂｕｍｅｏｃ）、カルバミン酸２－（２’－及び４’－ピリジル）エチル（Ｐｙｏｃ）、カルバミン酸２－（Ｎ，Ｎ－ジシクロヘキシルカルボキサミド）エチル、カルバミン酸ｔ－ブチル（ＢＯＣ）、カルバミン酸１－アダマンチル（Ａｄｏｃ）、カルバミン酸ビニル（Ｖｏｃ）、カルバミン酸アリル（Ａｌｌｏｃ）、カルバミン酸１－イソプロピルアリル（Ｉｐａｏｃ）、カルバミン酸シンナミル（Ｃｏｃ）、カルバミン酸４－ニトロシンナミル（Ｎｏｃ）、カルバミン酸８－キノリル、カルバミン酸Ｎ－ヒドロキシピペリジニル、カルバミン酸アルキルジチオ、カルバミン酸ベンジル（Ｃｂｚ）、カルバミン酸ｐ－メトキシベンジル（Ｍｏｚ）、カルバミン酸ｐ－ニトベンジル（nitobenzyl）、カルバミン酸ｐ－ブロモベンジル、カルバミン酸ｐ－クロロベンジル、カルバミン酸２，４－ジクロロベンジル、カルバミン酸４－メチルスルフィニルベンジル（Ｍｓｚ）、カルバミン酸９－アントリルメチル、カルバミン酸ジフェニルメチル、カルバミン酸２－メチルチオエチル、カルバミン酸２－メチルスルホニルエチル、カルバミン酸２－（ｐ－トルエンスルホニル）エチル、カルバミン酸［２－（１，３－ジチアニル）］メチル（Ｄｍｏｃ）、カルバミン酸４－メチルチオフェニル（Ｍｔｐｃ）、カルバミン酸２，４－ジメチルチオフェニル（Ｂｍｐｃ）、カルバミン酸２－ホスホニオエチル（Ｐｅｏｃ）、カルバミン酸２－トリフェニルホスホニオイソプロピル（Ｐｐｏｃ）、カルバミン酸１，１－ジメチル－２－シアノエチル、カルバミン酸ｍ－クロロ－ｐ－アシルオキシベンジル、カルバミン酸ｐ－（ジヒドロキシボリル）ベンジル、カルバミン酸５－ベンゾイソオキサゾリルメチル、カルバミン酸２－（トリフルオロメチル）－６－クロモニルメチル（Ｔｃｒｏｃ）、カルバミン酸ｍ－ニトロフェニル、カルバミン酸３，５－ジメトキシベンジル、カルバミン酸ｏ－ニトロベンジル、カルバミン酸３，４－ジメトキシ－６－ニトロベンジル、カルバミン酸フェニル（ｏ－ニトロフェニル）メチル、フェノチアジニル－（１０）－カルボニル誘導体、Ｎ’－ｐ－トルエンスルホニルアミノカルボニル誘導体、Ｎ’－フェニルアミノチオカルボニル誘導体、カルバミン酸ｔ－アミル、チオカルバミン酸Ｓ－ベンジル、カルバミン酸ｐ－シアノベンジル、カルバミン酸シクロブチル、カルバミン酸シクロヘキシル、カルバミン酸シクロペンチル、カルバミン酸シクロプロピルメチル、カルバミン酸ｐ－デシルオキシベンジル、カルバミン酸２，２－ジメトキシカルボニルビニル、カルバミン酸ｏ－（Ｎ，Ｎ－ジメチルカルボキサミド）ベンジル、カルバミン酸１，１－ジメチル－３－（Ｎ，Ｎ－ジメチルカルボキサミド）プロピル、カルバミン酸１，１－ジメチルプロピニル、カルバミン酸ジ（２－ピリジル）メチル、カルバミン酸２－フラニルメチル、カルバミン酸２－ヨードエチル、カルバミン酸イソボルニル（isoborynl）、カルバミン酸イソブチル、カルバミン酸イソニコチニル、カルバミン酸ｐ－（ｐ’－メトキシフェニルアゾ）ベンジル、カルバミン酸１－メチルシクロブチル、カルバミン酸１－メチルシクロヘキシル、カルバミン酸１－メチル－１－シクロプロピルメチル、カルバミン酸１－メチル－１－（３，５－ジメトキシフェニル）エチル、カルバミン酸１－メチル－１－（ｐ－フェニルアゾフェニル）エチル、カルバミン酸１－メチル－１－フェニルエチル、カルバミン酸１－メチル－１－（４－ピリジル）エチル、カルバミン酸フェニル、カルバミン酸ｐ－（フェニルアゾ）ベンジル、カルバミン酸２，４，６－トリ－ｔ－ブチルフェニル、カルバミン酸４－（トリメチルアンモニウム）ベンジル、カルバミン酸２，４，６－トリメチルベンジル、ホルムアミド、アセトアミド、クロロアセトアミド、トリクロロアセトアミド、トリフルオロアセトアミド、フェニルアセトアミド、３－フェニルプロパンアミド、ピコリンアミド、３－ピリジルカルボキサミド、Ｎ－ベンゾイルフェニルアラニル誘導体、ベンズアミド、ｐ－フェニルベンズアミド、ｏ－ニトフェニルアセトアミド、ｏ－ニトロフェノキシアセトアミド、アセトアセトアミド，（Ｎ’－ジチオベンジルオキシカルボニルアミノ）アセトアミド、３－（ｐ－ヒドロキシフェニル）プロパンアミド、３－（ｏ－ニトロフェニル）プロパンアミド、２－メチル－２－（ｏ－ニトロフェノキシ）プロパンアミド、２－メチル－２－（ｏ－フェニルアゾフェノキシ）プロパンアミド、４－クロロブタンアミド、３－メチル－３－ニトロブタンアミド、ｏ－ニトロシンアミド、Ｎ－アセチルメチオニン誘導体、ｏ－ニトロベンズアミド、ｏ－（ベンゾイルオキシメチル）ベンズアミド、４，５－ジフェニル－３－オキサゾリン－２－オン、Ｎ－フタルイミド、Ｎ－ジチアスクシンイミド（Ｄｔｓ）、Ｎ－２，３－ジフェニルマレイミド、Ｎ－２，５－ジメチルピロール、Ｎ－１，１，４，４－テトラメチルジシリルアザシクロペンタン付加体（ＳＴＡＢＡＳＥ）、５－置換１，３－ジメチル－１，３，５－トリアザシクロヘキサン－２－オン、５－置換１，３－ジベンジル－１，３，５－トリアザシクロヘキサン－２－オン、１－置換３，５－ジニトロ－４－ピリドン、Ｎ－メチルアミン、Ｎ－アリルアミン、Ｎ－［２－（トリメチルシリル）エトキシ］メチルアミン（ＳＥＭ）、Ｎ－３－アセトキシプロピルアミン、Ｎ－（１－イソプロピル－４－ニトロ－２－オキソ－３－ピロオリン（pyroolin）－３－イル）アミン、四級アンモニウム塩、Ｎ－ベンジルアミン、Ｎ－ジ（４－メトキシフェニル）メチルアミン、Ｎ－５－ジベンゾスベリルアミン、Ｎ－トリフェニルメチルアミン（Ｔｒ）、Ｎ－［（４－メトキシフェニル）ジフェニルメチル］アミン（ＭＭＴｒ）、Ｎ－９－フェニルフルオレニルアミン（ＰｈＦ）、Ｎ－２，７－ジクロロ－９－フルオレニルメチレンアミン、Ｎ－フェロセニルメチルアミノ（Ｆｃｍ）、Ｎ－２－ピコリルアミノＮ’－オキシド、Ｎ－１，１－ジメチルチオメチレンアミン、Ｎ－ベンジリデンアミン、Ｎ－ｐ－メトキシベンジリデンアミン、Ｎ－ジフェニルメチレンアミン、Ｎ－［（２－ピリジル）メシチル］メチレンアミン、Ｎ－（Ｎ’，Ｎ’－ジメチルアミノメチレン）アミン、Ｎ，Ｎ’－イソプロピリデンジアミン、Ｎ－ｐ－ニトロベンジリデンアミン、Ｎ－サリシリデンアミン、Ｎ－５－クロロサリシリデンアミン、Ｎ－（５－クロロ－２－ヒドロキシフェニル）フェニルメチレンアミン、Ｎ－シクロヘキシリデンアミン、Ｎ－（５，５－ジメチル－３－オキソ－１－シクロヘキセニル）アミン、Ｎ－ボラン誘導体、Ｎ－ジフェニルボリン酸誘導体、Ｎ－［フェニル（ペンタカルボニルクロム－又はタングステン）カルボニル］アミン、Ｎ－銅キレート化合物、Ｎ－亜鉛キレート化合物、Ｎ－ニトロアミン、Ｎ－ニトロソアミン、アミンＮ－オキシド、ジフェニルホスフィンアミド（Ｄｐｐ）、ジメチルチオホスフィンアミド（Ｍｐｔ）、ジフェニルチオホスフィンアミド（Ｐｐｔ）、ジアルキルホスホロアミド酸、ホスホロアミド酸ジベンジル、ホスホロアミド酸ジフェニル、ベンゼンスルフェンアミド、ｏ－ニトロベンゼンスルフェンアミド（Ｎｐｓ）、２，４－ジニトロベンゼンスルフェンアミド、ペンタクロロベンゼンスルフェンアミド、２－ニトロ－４－メトキシベンゼンスルフェンアミド、トリフェニルメチルスルフェンアミド、３－ニトロピリジンスルフェンアミド（Ｎｐｙｓ）、ｐ－トルエンスルホンアミド（Ｔｓ）、ベンゼンスルホンアミド、２，３，６，－トリメチル－４－メトキシベンゼンスルホンアミド（Ｍｔｒ）、２，４，６－トリメトキシベンゼンスルホンアミド（Ｍｔｂ）、２，６－ジメチル－４－メトキシベンゼンスルホンアミド（Ｐｍｅ）、２，３，５，６－テトラメチル－４－メトキシベンゼンスルホンアミド（Ｍｔｅ）、４－メトキシベンゼンスルホンアミド（Ｍｂｓ）、２，４，６－トリメチルベンゼンスルホンアミド（Ｍｔｓ）、２，６－ジメトキシ－４－メチルベンゼンスルホンアミド（ｉＭｄｓ）、２，２，５，７，８－ペンタメチルクロマン－６－スルホンアミド（Ｐｍｃ）、メタンスルホンアミド（Ｍｓ）、β－トリメチルシリルエタンスルホンアミド（ＳＥＳ）、９－アントラセンスルホンアミド、４－（４’，８’－ジメトキシナフチルメチル）ベンゼンスルホンアミド（ＤＮＭＢＳ）、ベンジルスルホンアミド、トリフルオロメチルスルホンアミド、及びフェナシルスルホンアミドが挙げられる。
好適に保護されたカルボン酸としてはさらに、シリル－、アルキル－、アルケニル－、アリール－、及びアリールアルキル保護されたカルボン酸が挙げられるが、これらに限定されない。好適なシリル基の例としては、トリメチルシリル、トリエチルシリル、ｔ－ブチルジメチルシリル、ｔ－ブチルジフェニルシリル、トリイソプロピルシリルなどが挙げられる。好適なアルキル基の例としては、メチル、ベンジル、ｐ－メトキシベンジル、３，４－ジメトキシベンジル、トリチル、ｔ－ブチル、テトラヒドロピラン－２－イルが挙げられる。好適なアルケニル基の例としては、アリルが挙げられる。好適なアリール基の例としては、任意選択により置換されたフェニル、ビフェニル、又はナフチルが挙げられる。好適なアリールアルキル基の例としては、任意選択により置換されたベンジル（例えば、ｐ－メトキシベンジル（ＭＰＭ）、３，４－ジメトキシベンジル、Ｏ－ニトロベンジル、ｐ－ニトロベンジル、ｐ－ハロベンジル、２，６－ジクロロベンジル、ｐ－シアノベンジル）、並びに２－及び４－ピコリルが挙げられる。
好適なヒドロキシル保護基としては、メチル、メトキシルメチル（ＭＯＭ）、メチルチオメチル（ＭＴＭ）、ｔ－ブチルチオメチル，（フェニルジメチルシリル）メトキシメチル（ＳＭＯＭ）、ベンジルオキシメチル（ＢＯＭ）、ｐ－メトキシベンジルオキシメチル（ＰＭＢＭ）、（４－メトキシフェノキシ）メチル（ｐ－ＡＯＭ）、グアヤコールメチル（ＧＵＭ）、ｔ－ブトキシメチル、４－ペンテニルオキシメチル（ＰＯＭ）、シロキシメチル、２－メトキシエトキシメチル（ＭＥＭ）、２，２，２－トリクロロエトキシメチル、ビス（２－クロロエトキシ）メチル、２－（トリメチルシリル）エトキシメチル（ＳＥＭＯＲ）、テトラヒドロピラニル（ＴＨＰ）、３－ブロモテトラヒドロピラニル、テトラヒドロチオピラニル、１－メトキシシクロヘキシル、４－メトキシテトラヒドロピラニル（ＭＴＨＰ）、４－メトキシテトラヒドロチオピラニル、４－メトキシテトラヒドロチオピラニル Ｓ，Ｓ－ジオキシド、１－［（２－クロロ－４－メチル）フェニル］－４－メトキシピペリジン－４－イル（ＣＴＭＰ）、１，４－ジオキサン－２－イル、テトラヒドロフラニル、テトラヒドロチオフラニル、２，３，３ａ，４，５，６，７，７ａ－オクタヒドロ－７，８，８－トリメチル－４，７－メタノベンゾフラン－２－イル、１－エトキシエチル、１－（２－クロロエトキシ）エチル、１－メチル－１－メトキシエチル、１－メチル－１－ベンジルオキシエチル、１－メチル－１－ベンジルオキシ－２－フルオロエチル、２，２，２－トリクロロエチル、２－トリメチルシリルエチル、２－（フェニルセレニル）エチル、ｔ－ブチル、アリル、ｐ－クロロフェニル、ｐ－メトキシフェニル、２，４－ジニトロフェニル、ベンジル、ｐ－メトキシベンジル、３，４－ジメトキシベンジル、ｏ－ニトロベンジル、ｐ－ニトロベンジル、ｐ－ハロベンジル、２，６－ジクロロベンジル、ｐ－シアノベンジル、ｐ－フェニルベンジル、２－ピコリル、４－ピコリル、３－メチル－２－ピコリルＮ－オキシド、ジフェニルメチル、ｐ，ｐ’－ジニトロベンズヒドリル、５－ジベンゾスベリル、トリフェニルメチル、α－ナフチルジフェニルメチル、ｐ－メトキシフェニルジフェニルメチル、ジ（ｐ－メトキシフェニル）フェニルメチル、トリ（ｐ－メトキシフェニル）メチル、４－（４’－ブロモフェナシルオキシフェニル）ジフェニルメチル、４，４’，４’’－トリス（４，５－ジクロロフタルイミドフェニル）メチル、４，４’，４’’－トリス（レブリノイルオキシフェニル）メチル、４，４’，４’’－トリス（ベンゾイルオキシフェニル）メチル、３－（イミダゾール－１－イル）ビス（４’，４’’－ジメトキシフェニル）メチル、１，１－ビス（４－メトキシフェニル）－１’－ピレニルメチル、９－アントリル、９－（９－フェニル）キサンテニル、９－（９－フェニル－１０－オキソ）アントリル、１，３－ベンゾジチオラン－２－イル、ベンゾイソチアゾリルＳ，Ｓ－ジオキシド、トリメチルシリル（ＴＭＳ）、トリエチルシリル（ＴＥＳ）、トリイソプロピルシリル（ＴＩＰＳ）、ジメチルイソプロピルシリル（ＩＰＤＭＳ）、ジエチルイソプロピルシリル（ＤＥＩＰＳ）、ジメチルテキシルシリル、ｔ－ブチルジメチルシリル（ＴＢＤＭＳ）、ｔ－ブチルジフェニルシリル（ＴＢＤＰＳ）、トリベンジルシリル、トリ－ｐ－キシリルシリル、トリフェニルシリル、ジフェニルメチルシリル（ＤＰＭＳ）、ｔ－ブチルメトキシフェニルシリル（ＴＢＭＰＳ）、ギ酸塩、ベンゾイルギ酸塩、酢酸塩、クロロ酢酸塩、ジクロロ酢酸塩、トリクロロ酢酸塩、トリフルオロ酢酸塩、メトキシ酢酸塩、トリフェニルメトキシ酢酸塩、フェノキシ酢酸塩、ｐ－クロロフェノキシ酢酸塩、３－フェニルプロピオン酸塩、４－オキソペンタン酸塩（レブリナート）、４，４－（エチレンジチオ）ペンタン酸塩（レブリノイルジチオアセタール）、ピバロアート、アダマノアート、クロトナート、４－メトキシクロトナート、安息香酸塩、ｐ－フェニル安息香酸塩、２，４，６－トリメチル安息香酸塩（メシトアート）、炭酸アルキルメチル、炭酸９－フルオレニルメチル（Ｆｍｏｃ）、炭酸アルキルエチル、炭酸アルキル２，２，２－トリクロロエチル（Ｔｒｏｃ）、炭酸２－（トリメチルシリル）エチル（ＴＭＳＥＣ）、炭酸２－（フェニルスルホニル）エチル（Ｐｓｅｃ）、炭酸２－（トリフェニルホスホニオ）エチル（Ｐｅｏｃ）、炭酸アルキルイソブチル、炭酸アルキルビニル、炭酸アルキルアリル、炭酸アルキルｐ－ニトロフェニル、炭酸アルキルベンジル、炭酸アルキルｐ－メトキシベンジル、炭酸アルキル３，４－ジメトキシベンジル、炭酸アルキルｏ－ニトロベンジル、炭酸アルキルｐ－ニトロベンジル、チオ炭酸アルキルＳ－ベンジル、炭酸４－エトキシ－１－ナフトチル（napththyl）、ジチオ炭酸メチル、２－ヨードベンゾアート、４－アジドブチラート、４－ニトロ－４－メチルペンタノアート、ｏ－（ジブロモメチル）ベンゾアート、２－ホルミルベンゼンスルホナート、２－（メチルチオメトキシ）エチル、４－（メチルチオメトキシ）ブチラート、２－（メチルチオメトキシメチル）ベンゾアート、２，６－ジクロロ－４－メチルフェノキシアセタート、２，６－ジクロロ－４－（１，１，３，３－テトラメチルブチル）フェノキシアセタート、２，４－ビス（１，１－ジメチルプロピル）フェノキシアセタート、クロロジフェニルアセタート、イソブチラート、モノスクシナート、（Ｅ）－２－メチル－２－ブテノアート、ｏ－（メトキシカルボニル）ベンゾアート、α－ナフトアート、ニトラート、アルキルＮ，Ｎ，Ｎ’，Ｎ’－テトラメチルホスホロジアミダート、Ｎ－フェニルカルバミン酸アルキル、ボラート、ジメチルホスフィノチオイル、２，４－ジニトロフェニルスルフェン酸アルキル、スルファート、メタンスルホン酸塩（メシラート）、ベンジルスルホナート、トシラート（Ｔｓ）が挙げられる。１，２－又は１，３－ジオールを保護するために、保護基は、メチレンアセタール、エチリデンアセタール、１－ｔ－ブチルエチリデンケタール、１－フェニルエチリデンケタール、（４－メトキシフェニル）エチリデンアセタール、２，２，２－トリクロロエチリデンアセタール、アセトニド、シクロペンチリデンケタール、シクロヘキシリデンケタール、シクロヘプチリデンケタール、ベンジリデンアセタール、ｐ－メトキシベンジリデンアセタール、２，４－ジメトキシベンジリデンケタール、３，４－ジメトキシベンジリデンアセタール、２－ニトロベンジリデンアセタール、メトキシメチレンアセタール、エトキシメチレンアセタール、ジメトキシメチレンオルトエステル、１－メトキシエチリデンオルトエステル、１－エトキシエチリデンオルトエステル、１，２－ジメトキシエチリデンオルトエステル、α－メトキシベンジリデンオルトエステル、１－（Ｎ，Ｎ－ジメチルアミノ）エチリデン誘導体、α－（Ｎ，Ｎ’－ジメチルアミノ）ベンジリデン誘導体、２－オキサシクロペンチリデンオルトエステル、ジ－ｔ－ブチルシリレン基（ＤＴＢＳ）、１，３－（１，１，３，３－テトライソプロピルジシロキサニリデン）誘導体（ＴＩＰＤＳ）、テトラ－ｔ－ブトキシジシロキサン－１，３－ジイリデン誘導体（ＴＢＤＳ）、環状カルボナート、環状ボロナート、ボロン酸エチル、及びボロン酸フェニルを含む。
いくつかの実施形態では、ヒドロキシル保護基は、アセチル、ｔ－ブチル、ｔブトキシメチル、メトキシメチル、テトラヒドロピラニル、１－エトキシエチル、１－（２－クロロエトキシ）エチル、２－トリメチルシリルエチル、ｐ－クロロフェニル、２，４－ジニトロフェニル、ベンジル、ベンゾイル、ｐ－フェニルベンゾイル、２，６－ジクロロベンジル、ジフェニルメチル、ｐ－ニトロベンジル、トリフェニルメチル（トリチル）、４，４’－ジメトキシトリチル、トリメチルシリル、トリエチルシリル、ｔ－ブチルジメチルシリル、ｔ－ブチルジフェニルシリル、トリフェニルシリル、トリイソプロピルシリル、ベンゾイルギ酸、クロロアセチル、トリクロロアセチル、トリフィウオロアセチル（trifiuoroacetyl）、ピバロイル、炭酸９－フルオレニルメチル、メシラート、トシラート、トリフラート、トリチル、モノメトキシトリチル（ＭＭＴｒ）、４，４’－ジメトキシトリチル、（ＤＭＴｒ）及び４，４’，４’’－トリメトキシトリチル（ＴＭＴｒ）、２－シアノエチル（ＣＥ又はＣｎｅ）、２－（トリメチルシリル）エチル（ＴＳＥ）、２－（２－ニトロフェニル）エチル、２－（４－シアノフェニル）エチル ２－（４－ニトロフェニル）エチル（ＮＰＥ）、２－（４－ニトロフェニルスルホニル）エチル、３，５－ジクロロフェニル、２，４－ジメチルフェニル、２－ニトロフェニル、４－ニトロフェニル、２，４，６－トリメチルフェニル、２－（２－ニトロフェニル）エチル、ブチルチオカルボニル、４，４’，４’’－トリス（ベンゾイルオキシ）トリチル、ジフェニルカルバモイル、レブリニル、２－（ジブロモメチル）ベンゾイル（Ｄｂｍｂ）、２－（イソプロピルチオメトキシメチル）ベンゾイル（Ｐｔｍｔ）、９－フェニルキサンテン－９－イル（ピクシル）又は９－（ｐ－メトキシフェニル）キサンチン－９－イル（ＭＯＸ）である。いくつかの実施形態では、ヒドロキシル保護基の各々は、独立して、アセチル、ベンジル、ｔ－ブチルジメチルシリル、ｔ－ブチルジフェニルシリル及び４，４’－ジメトキシトリチルから選択される。いくつかの実施形態では、ヒドロキシル基は、トリチル、モノメトキシトリチル及び４，４’－ジメトキシトリチル基からなる群から選択される。いくつかの実施形態では、リン結合保護基は、オリゴヌクレオチド合成全体にわたってリン結合（例えば、ヌクレオチド間結合）に結合される基である。いくつかの実施形態では、保護基は、ホスホロチオエート基の硫黄原子に結合される。いくつかの実施形態では、保護基は、ヌクレオチド間ホスホロチオエート結合の酸素原子に結合される。いくつかの実施形態では、保護基は、ヌクレオチド間リン結合の酸素原子に結合される。いくつかの実施形態では、保護基は、２－シアノエチル（ＣＥ又はＣｎｅ）、２－トリメチルシリルエチル、２－ニトロエチル、２－スルホニルエチル、メチル、ベンジル、ｏ－ニトロベンジル、２－（ｐ－ニトロフェニル）エチル（ＮＰＥ又はＮｐｅ）、２－フェニルエチル、３－（Ｎ－ｔｅｒｔ－ブチルカルボキサミド）－１－プロピル、４－オキソペンチル、４－メチルチオ－ｌ－ブチル、２－シアノ－１，１－ジメチルエチル、４－Ｎ－メチルアミノブチル、３－（２－ピリジル）－１－プロピル、２－［Ｎ－メチル－Ｎ－（２－ピリジル）］アミノエチル、２－（Ｎ－ホルミル，Ｎ－メチル）アミノエチル、又は４－［Ｎ－メチル－Ｎ－（２，２，２－トリフルオロアセチル）アミノ］ブチルである。
対象：本明細書で使用する場合、用語「対象」又は「試験対象」は、化合物（例えば、オリゴヌクレオチド）又は組成物が、本開示に従って、例えば、実験、診断、予防及び／又は治療のために投与される任意の生物体を指す。典型的な対象としては、動物（例えば、マウス、ラット、ウサギ、非ヒト霊長類、及びヒトなどの哺乳動物；昆虫；寄生虫など）及び植物が挙げられる。いくつかの実施形態では、対象は、ヒトである。いくつかの実施形態では、対象は、疾患、障害及び／又は状態に罹患している場合があり及び／又はそれになりやすい場合がある。
実質的に：本明細書で使用する場合、用語「実質的に」は、目的の特徴又は特性の全体的な又はほぼ全範囲若しくは程度を示す定性的条件を指す。第２の配列と実質的に同一であるか又は相補的な塩基配列は、第２の配列と完全に同一ではないか又は相補的ではないが、第２の配列と大部分又はほぼ同一であるか又は相補的である。いくつかの実施形態では、別のオリゴヌクレオチド又は核酸と実質的に相補的な配列を有するオリゴヌクレオチドは、完全に相補的な配列を有するオリゴヌクレオチドと同様の様式でオリゴヌクレオチド又は核酸と二重鎖を形成する。加えて、生物学及び／又は化学分野の当業者は、生物学的及び化学的事象が完了に到り及び／又は完全になるまで進行するか、又は絶対的な結果を達成若しくは回避することが、たとえあったとしても極めて稀であることを理解するであろう。したがって、本明細書で使用される「実質的に」という用語は、多くの生物学的及び／又は化学的事象に固有の完全性の潜在的欠如をとらえるために使用される。
糖：用語「糖」は、閉鎖型及び／又は開放型の単糖又は多糖を指す。いくつかの実施形態では、糖は、単糖類である。いくつかの実施形態では、糖は、多糖類である。糖としては、リボース、デオキシリボース、ペントフラノース、ペントピラノース、及びヘキソピラノース部分が挙げられるが、これらに限定されない。本明細書で使用する場合、用語「糖」はまた、グリコール、核酸類似体の骨格を形成するポリマー、グリコール核酸（「ＧＮＡ」）などの従来の糖分子の代わりに使用される構造的類似体も包含する。本明細書で使用する場合、用語「糖」はまた、修飾された糖及びヌクレオチド糖などの天然の又は天然に存在するヌクレオチドの代わりに使用される構造的類似体も包含する。いくつかの実施形態では、糖は、ＲＮＡ又はＤＮＡ糖（リボース又はデオキシリボース）である。いくつかの実施形態では、糖は、修飾されたリボース又はデオキシリボース糖、例えば、２’－修飾、５’－修飾などである。本明細書で記載されるとおり、いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド及び／又は核酸において使用されるとき、修飾された糖は、１つ以上の所望の特性、活性などを提供し得る。いくつかの実施形態では、糖は、任意選択により置換されたリボース又はデオキシリボースである。いくつかの実施形態では、「糖」は、オリゴヌクレオチド又は核酸における糖単位を指す。
～になりやすい：疾患、障害及び／又は状態「～になりやすい」個体は、一般の個体よりも疾患、障害及び／又は状態を発症するリスクが高い個体である。いくつかの実施形態では、疾患、障害及び／又は状態になりやすい個体は、疾患、障害及び／又は状態を有する素因を有する。いくつかの実施形態では、疾患、障害及び／又は状態になりやすい個体は、疾患、障害及び／又は状態と診断されていない場合がある。いくつかの実施形態では、疾患、障害及び／又は状態になりやすい個体は、疾患、障害及び／又は状態の症状を示す場合がある。いくつかの実施形態では、疾患、障害及び／又は状態になりやすい個体は、疾患、障害及び／又は状態の症状を示さない場合がある。いくつかの実施形態では、疾患、障害、及び／又は状態になりやすい個体は、疾患、障害、及び／又は状態を発症することになる。いくつかの実施形態では、疾患、障害、及び／又は状態になりやすい個体は、疾患、障害、及び／又は状態を発症しないことになる。
治療剤：本明細書で使用する場合、用語「治療剤」は一般に、対象に投与されるときに所望の効果（例えば、所望の生物学的、臨床的、又は薬理学的効果）を誘発する任意の薬剤を指す。いくつかの実施形態では、薬剤は、それが適切な集団全体にわたって統計的に有意な効果を示す場合、治療剤であるとみなされる。いくつかの実施形態では、適切な集団は、疾患、障害又は状態に罹患し及び／又はそれになりやすい対象の集団である。いくつかの実施形態では、適切な集団は、モデル生物の集団である。いくつかの実施形態では、適切な集団は、療法を受ける前に、年齢群、性別、遺伝的背景、既存の臨床状態などの１つ以上の判断基準によって定義され得る。いくつかの実施形態では、治療剤は、有効量で対象に投与されるときに、対象の疾患、障害、及び／又は状態の１つ以上の症状又は特徴を軽減し、寛解させ、緩和し、阻害し、予防し、その発症を遅らせ、その重症度を低減し、及び／又はその発生率を減少させる物質である。いくつかの実施形態では、「治療剤」は、それがヒトへの投与のために上市され得る前に政府機関によって承認されているか又は承認されることが要求されている薬剤である。いくつかの実施形態では、「治療剤」は、処方箋がヒトへの投与のために要求される薬剤である。いくつかの実施形態では、治療剤は、提供される化合物、例えば、提供されるオリゴヌクレオチドである。
治療有効量：本明細書で使用する場合、用語「治療有効量」は、治療レジメンの一部として投与されるときに所望の生物学的応答を誘発する物質（例えば、治療剤、組成物、及び／又は製剤）の量を意味する。いくつかの実施形態では、物質の治療有効量は、疾患、障害、及び／又は状態に罹患しているか又はそれになりやすい対象に投与されるとき、疾患、障害、及び／又は状態を治療し、診断し、予防し、及び／又はその発症を遅らせるのに十分な量である。当業者によって理解されるとおり、物質の有効量は、所望の生物学的エンドポイント、送達されることになる物質、標的細胞又は組織などのような要因に応じて変動し得る。例えば、疾患、障害、及び／又は状態を治療するための製剤中の化合物の有効量は、疾患、障害、及び／又は状態の１つ以上の症状又は特徴を軽減し、寛解させ、緩和し、阻害し、予防し、その発症を遅らせ、その重症度を低減し、及び／又はその発生率を減少させる量である。いくつかの実施形態では、治療有効量は、単一用量で投与され：いくつかの実施形態では、複数単位の用量は、治療有効量を送達するために必要となる。
治療する：本明細書で使用する場合、用語「治療する」、「治療」、又は「治療すること」は、疾患、障害、及び／又は状態の１つ以上の症状又は特徴を部分的に又は完全に軽減し、寛解させ、緩和し、阻害し、予防し、その発症を遅らせ、その重症度を低減し、及び／又はその発生率を減少させるために使用される任意の方法を指す。治療は、疾患、障害、及び／又は状態の徴候を示さない対象に施されてもよい。いくつかの実施形態では、治療は、例えば、疾患、障害、及び／又は状態と関連する病変を発症するリスクを減少させるために、疾患、障害、及び／又は状態の極めて早期の徴候を示す対象に施されてもよい。
不飽和：用語「不飽和」は、本明細書で使用する場合、部分が１つ以上の単位の不飽和を有することを意味する。
野生型：本明細書で使用する場合、用語「野生型」は、その当技術分野で理解される意味を有し、これは「正常な」（変異体、病気、変化などとは対照的に）状態又は文脈において天然に見出されるとおりの構造及び／又は活性を有する実体を指す。当業者は、野生型遺伝子及びポリペプチドが、複数の異なる形態（例えば、アレル）において存在する場合が多いことを理解するであろう。
当業者が理解するとおり、提供される化合物（例えば、オリゴヌクレオチド）に関連する本明細書に記載される方法及び組成物は一般に、そのような化合物の薬学的に許容される塩にも適用される。
ある特定の実施形態の説明
オリゴヌクレオチドは、様々な治療、診断、及び研究適用に有用である。天然に存在する核酸の使用は、例えば、エンド－及びエキソ－ヌクレアーゼに対するそれらの感受性によって限定される。そのため、様々な合成対応物は、これらの欠点を回避し及び／又は様々な特性及び活性をさらに向上させるために開発されている。これらは、特に、これらの分子の分解に対する感受性を少なくし、且つ他の特性及び／又は活性を向上させる化学修飾、例えば、塩基修飾、糖修飾、骨格修飾などを含有する合成オリゴヌクレオチドを含む。
構造的な観点から、ヌクレオチド間結合に対する修飾は、キラリティーを導入することができ、ある特定の特性及び活性は、オリゴヌクレオチドの結合リン原子の配置によって影響され得る。例えば、結合親和性、相補的ＲＮＡに対する配列特異的結合、ヌクレアーゼに対する安定性、活性、送達、薬物動態などは、とりわけ骨格結合リン原子のキラリティーによって影響され得る。
特に、本開示は、様々な構造的要素、例えば、糖修飾及びそのパターン、核酸塩基修飾及びそのパターン、修飾されたヌクレオチド間結合及びそのパターン、結合リンの立体化学及びそのパターン、追加の化学的部分（通常、オリゴヌクレオチド鎖中にない部分）及びそのパターンなどを制御するための技術を利用する。オリゴヌクレオチドの構造的要素を完全に制御する能力により、本開示は、例えば、治療剤、プローブなどとしての様々な適用のために改善され及び／又は新規の特性及び／又は活性を有するオリゴヌクレオチドを提供する。例えば、本明細書で実証されるとおり、提供されるオリゴヌクレオチド及びその組成物は、標的核酸中の標的アデノシンを編集して、いくつかの実施形態では、ＡをＩに変換することによってＧからＡへの変異を補正するのに特に強力である。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、核酸（例えば、ＤＮＡ、プレｍＲＮＡ、ｍＲＮＡなど）の４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、典型的には１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０以上の連続した塩基と同一であるか又は完全に若しくは実質的に相補的である配列を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、１つ以上の標的アデノシンを含む標的核酸である。いくつかの実施形態では、標的核酸は、ただ１つの標的アデノシンを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、標的核酸とハイブリダイズできる。いくつかの実施形態では、そのようなハイブリダイゼーションは、核酸又はその産物において、例えば、ＡＤＡＲ１、ＡＤＡＲ２などによるＡの修飾（例えば、ＡからＩへの変換）を促進する。
いくつかの実施形態では、本開示は、オリゴヌクレオチドを提供し、オリゴヌクレオチドは、本明細書で開示されるオリゴヌクレオチド又は核酸（例えば、表中の）の約１０～４０、約１５～４０、約２０～４０、又は少なくとも２７、少なくとも２８、少なくとも２９、少なくとも３０、少なくとも３１、少なくとも３２、少なくとも３３、少なくとも３４の連続した塩基であるか又はそれを含む塩基配列、又は本明細書で開示される標的ＲＮＡ配列遺伝子、転写物などと相補的な配列を有し、各Ｔは、任意選択により且つ独立して、Ｕで置き換えられてもよく、逆もまた同じである。いくつかの実施形態では、本開示は、本明細書で開示されるとおりの、例えば、表中のオリゴヌクレオチド又はオリゴヌクレオチド組成物を提供する。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、標的核酸、例えば、ＲＮＡ中のヌクレオシド（例えば、標的アデノシン）の部位特異的編集のための一本鎖オリゴヌクレオチドである。
本明細書に記載されるとおり、オリゴヌクレオチドは、１つ以上の修飾されたヌクレオチド間結合（非天然のリン結合）を含有し得る。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、結合リンがキラルであるキラルヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、１つ以上の負に荷電したヌクレオチド間結合（例えば、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合、天然のリン酸結合など）を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、１つ以上の負に荷電していないヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、１つ以上の中性のヌクレオチド間結合を含む。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、キラル制御される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、キラルに純粋（又は「立体的に純粋」、「立体化学的に純粋」）であり、オリゴヌクレオチドは、単一の立体異性形態として存在する（多くの場合、複数のキラル中心がオリゴヌクレオチド中で、例えば、結合リン、糖、炭素などで存在し得るため、単一のジアステレオ異性（又は「ジアステレオマーの」）形態）。当業者によって理解されるとおり、キラルに純粋なオリゴヌクレオチドは、その他の立体異性形態から分離される（化学的及び生物学的プロセス、選択性及び／又は精製などは、たとえあったとしても、絶対的に完全であることはまれであるため、いくつかの不純物が存在する可能性がある程度まで）。キラルに純粋なオリゴヌクレオチドにおいて、各キラル中心は、独立して、その配置に関して定義される（キラルに純粋なオリゴヌクレオチドに関して、各ヌクレオチド間結合は、独立して、立体的に規制されるか又はキラル制御される）。立体的に規制された結合リンを含むキラル制御され且つキラルに純粋なオリゴヌクレオチドとは対照的に、例えば、従来の硫化（立体的に不規則なホスホロチオエートヌクレオチド間結合を生成する）と組み合わせたカップリング工程の間に立体化学的制御を伴わない従来のホスホラミダイトオリゴヌクレオチド合成に由来するキラル結合リンを含むラセミ（又は「立体的に不規則な」、「キラル制御されない」）オリゴヌクレオチドは、様々な立体異性体の不規則な混合物を指す（典型的には、複数のキラル中心がオリゴヌクレオチド中にあるため、ジアステレオ異性体（又は「ジアステレオマー」）；例えば、ヌクレオチド及び結合リンにおけるもの以外にキラル元素を含有しない試薬を使用する従来のオリゴヌクレオチド調製に由来する）。例えば、Ａ＊Ａ＊Ａに関して（＊は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合（キラル結合リンを含む）である）、ラセミオリゴヌクレオチドの調製は、４種のジアステレオマー［２２＝４、２つのキラル結合リンを考慮して、その各々は、２種の配置（Ｓｐ又はＲｐ）のいずれかにおいて存在し得る］：Ａ＊Ｓ Ａ＊Ｓ Ａ、Ａ＊Ｓ Ａ＊Ｒ Ａ、Ａ＊Ｒ Ａ＊Ｓ Ａ、及びＡ＊Ｒ Ａ＊Ｒ Ａ（＊Ｓは、Ｓｐのホスホロチオエートヌクレオチド間結合を表し、＊Ｒは、Ｒｐのホスホロチオエートヌクレオチド間結合を表す）を含む。キラルに純粋なオリゴヌクレオチド、例えば、Ａ＊Ｓ Ａ＊Ｓ Ａに関して、それは、単一の立体異性形態で存在し、それは他の立体異性体（例えば、ジアステレオマーＡ＊Ｓ Ａ＊Ｒ Ａ、Ａ＊Ｒ Ａ＊Ｓ Ａ、及びＡ＊Ｒ Ａ＊Ｒ Ａ）から分離される。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０以上の立体的に不規則なヌクレオチド間結合（ヌクレオチド間結合でのＲｐ及びＳｐ結合リンの混合物、例えば、従来のキラル制御されないオリゴヌクレオチド合成に由来する）を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、１つ以上（例えば、１～６０、１～５０、１～４０、１～３０、１～２５、１～２０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０以上）のキラル制御されたヌクレオチド間結合（ヌクレオチド間結合でのＲｐ又はＳｐ結合リン、例えば、キラル制御されたオリゴヌクレオチド合成に由来する）を含む。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、立体的に不規則なホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、キラル制御されたホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。
特に、本開示は、キラル制御された（いくつかの実施形態では、立体化学的に純粋な）オリゴヌクレオチドを調製するための技術を提供する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、立体化学的に純粋である。いくつかの実施形態では、本開示のオリゴヌクレオチドは、約５％～１００％、１０％～１００％、２０％～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～１００％、６０％～１００％、７０％～１００％、８０～１００％、９０～１００％、９５～１００％、５０％～９０％、又は約５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、若しくは１００％、又は少なくとも約５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、若しくは９９％が立体化学的に純粋である。
いくつかの実施形態では、本開示は、様々なオリゴヌクレオチド組成物を提供する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド組成物は、立体的に不規則であるか又はキラル制御されない。いくつかの実施形態では、提供される組成物のオリゴヌクレオチドにおいてキラル制御されたヌクレオチド間結合はない。いくつかの実施形態では、組成物中のオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合は、１つ以上のキラル制御されたヌクレオチド間結合（例えば、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物）を含む。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド組成物は、共通の塩基配列を共有する複数のオリゴヌクレオチドを含み、オリゴヌクレオチド中の１つ以上のヌクレオチド間結合は、キラル制御され、１つ以上のヌクレオチド間結合は、立体的に不規則である（キラル制御されない）。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド組成物は、共通の塩基配列を共有する複数のオリゴヌクレオチドを含み、オリゴヌクレオチド中のキラル結合リンを含む各ヌクレオチド間結合は、独立して、キラル制御されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドは、同じ塩基配列、並びに同じ塩基及び糖修飾を共有する。いくつかの実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドは、同じ塩基配列、並びに同じ塩基、糖及びヌクレオチド間結合修飾を共有する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド組成物は、同じ構成のオリゴヌクレオチドを含み、１つ以上のヌクレオチド間結合は、キラル制御され、１つ以上のヌクレオチド間結合は、立体的に不規則である（キラル制御されない）。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド組成物は、同じ構成のオリゴヌクレオチドを含み、キラルリン結合リンを含む各ヌクレオチド間結合は、独立して、キラル制御されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、共通の塩基配列の全てのオリゴヌクレオチドの少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％若しくは９５％、又は全てのオリゴヌクレオチドは、複数のオリゴヌクレオチドである。
いくつかの実施形態では、本開示は、提供されるオリゴヌクレオチド及びその組成物を調製し、評価し及び／又は利用するための技術を提供する。
本開示において使用されるとおり、いくつかの実施形態では、「１つ以上」は、１～２００、１～１５０、１～１００、１～９０、１～８０、１～７０、１～６０、１～５０、１～４０、１～３０、又は１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、若しくは６０である。いくつかの実施形態では、「１つ以上」は、１である。いくつかの実施形態では、「１つ以上」は、２である。いくつかの実施形態では、「１つ以上」は、３である。いくつかの実施形態では、「１つ以上」は、４である。いくつかの実施形態では、「１つ以上」は、５である。いくつかの実施形態では、「１つ以上」は、６である。いくつかの実施形態では、「１つ以上」は、７である。いくつかの実施形態では、「１つ以上」は、８である。いくつかの実施形態では、「１つ以上」は、９である。いくつかの実施形態では、「１つ以上」は、１０である。いくつかの実施形態では、「１つ以上」は、少なくとも１である。いくつかの実施形態では、「１つ以上」は、少なくとも２である。いくつかの実施形態では、「１つ以上」は、少なくとも３である。いくつかの実施形態では、「１つ以上」は、少なくとも４である。いくつかの実施形態では、「１つ以上」は、少なくとも５である。いくつかの実施形態では、「１つ以上」は、少なくとも６である。いくつかの実施形態では、「１つ以上」は、少なくとも７である。いくつかの実施形態では、「１つ以上」は、少なくとも８である。いくつかの実施形態では、「１つ以上」は、少なくとも９である。いくつかの実施形態では、「１つ以上」は、少なくとも１０である。
本開示において使用されるとおり、いくつかの実施形態では、「少なくとも１つ」は、１つ以上である。
オリゴヌクレオチド
特に、本開示は、様々な設計のオリゴヌクレオチドを提供し、これらは、本開示に記載されるとおりの様々な核酸塩基及びそのパターン、糖及びそのパターン、ヌクレオチド間結合及びそのパターン、及び／又は追加の化学的部分及びそのパターンを含み得る。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、標的核酸においてＡからＩへの編集を誘導することができる。いくつかの実施形態では、本開示のオリゴヌクレオチドは、標的ＲＮＡ配列中のアデノシンの部位特異的な編集（ＡからＩへの変換）の能力がある一本鎖オリゴヌクレオチドである。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、好適な長さ及び標的核酸と特異的にハイブリダイズするのに相補的な配列のものである。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、十分な長さであり且つオフターゲット効果を減少させるために他の核酸から標的核酸を区別する標的核酸と十分に相補的である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、送達を容易にし、製造の複雑さ及び／又はコストを低減するために十分に短く、所望の特性及び活性（例えば、アデノシンの編集）を維持する。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、約１０～２００（例えば、約１０～２０、１０～３０、１０～４０、１０～５０、１０～６０、１０～７０、１０～８０、１０～９０、１０～１００、１０～１２０、１０～１５０、２０～３０、２０～４０、２０～５０、２０～６０、２０～７０、２０～８０、２０～９０、２０～１００、２０～１２０、２０～１５０、２０～２００、２５～３０、２５～４０、２５～５０、２５～６０、２５～７０、２５～８０、２５～９０、２５～１００、２５～１２０、２５～１５０、２５～２００、３０～４０、３０～５０、３０～６０、３０～７０、３０～８０、３０～９０、３０～１００、３０～１２０、３０～１５０、３０～２００、１０、２０、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４５、５０、６０など）の長さの核酸塩基を有する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの塩基配列は、約１０～６０の核酸塩基の長さである。いくつかの実施形態では、塩基配列は、約１５～５０の核酸塩基の長さである。いくつかの実施形態では、塩基配列は、約１５～約３５の核酸塩基の長さである。いくつかの実施形態では、塩基配列は、約２５～約３４の核酸塩基の長さである。いくつかの実施形態では、塩基配列は、約２６～約３５の核酸塩基の長さである。いくつかの実施形態では、塩基配列は、約２７～約３２の核酸塩基の長さである。いくつかの実施形態では、塩基配列は、約２９～約３５の核酸塩基の長さである。いくつかの実施形態では、塩基配列は、約１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、又は６０の核酸塩基の長さである。いくつかの他の実施形態では、塩基配列は、３５の核酸塩基の長さであるか又は少なくとも３５の核酸塩基の長さである。いくつかの他の実施形態では、塩基配列は、３４の核酸塩基の長さであるか又は少なくとも３４の核酸塩基の長さである。いくつかの他の実施形態では、塩基配列は、３３の核酸塩基の長さであるか又は少なくとも３３の核酸塩基の長さである。いくつかの他の実施形態では、塩基配列は、３２の核酸塩基の長さであるか又は少なくとも３２の核酸塩基の長さである。いくつかの他の実施形態では、塩基配列は、３１の核酸塩基の長さであるか又は少なくとも３１の核酸塩基の長さである。いくつかの他の実施形態では、塩基配列は、３０の核酸塩基の長さであるか又は少なくとも３０の核酸塩基の長さである。いくつかの他の実施形態では、塩基配列は、２９の核酸塩基の長さであるか又は少なくとも２９の核酸塩基の長さである。いくつかの他の実施形態では、塩基配列は、２８の核酸塩基の長さであるか又は少なくとも２８の核酸塩基の長さである。いくつかの他の実施形態では、塩基配列は、２７の核酸塩基の長さであるか又は少なくとも２７の核酸塩基の長さである。いくつかの他の実施形態では、塩基配列は、２６の核酸塩基の長さであるか又は少なくとも２６の核酸塩基の長さである。いくつかの他の実施形態では、二重鎖中の相補的部分の塩基配列は、少なくとも１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、１６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５以上の核酸塩基の長さである。いくつかの他の実施形態では、それは、少なくとも１８の核酸塩基の長さである。いくつかの他の実施形態では、それは、少なくとも１９の核酸塩基の長さである。いくつかの他の実施形態では、それは、少なくとも２０の核酸塩基の長さである。いくつかの他の実施形態では、それは、少なくとも２１の核酸塩基の長さである。いくつかの他の実施形態では、それは、少なくとも２２の核酸塩基の長さである。いくつかの他の実施形態では、それは、少なくとも２３の核酸塩基の長さである。いくつかの他の実施形態では、それは、少なくとも２４の核酸塩基の長さである。いくつかの他の実施形態では、それは、少なくとも２５の核酸塩基の長さである。特に、本開示は、以前に報告されたアデノシン編集オリゴヌクレオチドと比較して、同等の若しくはより良好な特性及び／又は同等の若しくはより高い活性であるがより短い長さのオリゴヌクレオチドを提供する。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの塩基配列は、０～１０個（例えば、０～１、０～２、０～３、０～４、０～５、０～６、０～７、０～８、０～９、０～１０、１～２、１～３、１～４、１～５、１～６、１～７、１～８、１～９、１～１０、２～３、２～４、２～５、２～６、２～７、２～８、２～９、２～１０、３～４、３～５、３～６、３～７、３～８、３～９、３～１０、０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０など）のワトソン－クリック塩基対（ＡＴ、ＡＵ及びＣＧ）ではないミスマッチを伴って標的核酸の塩基配列と相補的（例えば、標的アデノシンを含む標的核酸の一部と相補的）である。いくつかの実施形態では、ミスマッチはない。いくつかの実施形態では、１個のミスマッチがある。いくつかの実施形態では、２個のミスマッチがある。いくつかの実施形態では、３個のミスマッチがある。いくつかの実施形態では、４個のミスマッチがある。いくつかの実施形態では、５個のミスマッチがある。いくつかの実施形態では、６個のミスマッチがある。いくつかの実施形態では、７個のミスマッチがある。いくつかの実施形態では、８個のミスマッチがある。いくつかの実施形態では、９個のミスマッチがある。いくつかの実施形態では、１０個のミスマッチがある。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、相補性のために設計されていない部分を含有してもよい（例えば、ループ、タンパク質結合配列など、タンパク質、例えば、ＡＤＡＲのリクルートのため）。当業者が理解するとおり、ミスマッチ及び／又は相補性を計算するとき、そのような部分は適切に除外され得る。いくつかの実施形態では、相補性、例えば、オリゴヌクレオチドと標的核酸の間の相補性は、約５０％～１００％（例えば、約５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％など）である。いくつかの実施形態では、相補性は、少なくとも約６０％である。いくつかの実施形態では、相補性は、少なくとも約６５％である。いくつかの実施形態では、相補性は、少なくとも約７０％である。いくつかの実施形態では、相補性は、少なくとも約７５％である。いくつかの実施形態では、相補性は、少なくとも約８０％である。いくつかの実施形態では、相補性は、少なくとも約８５％である。いくつかの実施形態では、相補性は、少なくとも約９０％である。いくつかの実施形態では、相補性は、少なくとも約９５％である。いくつかの実施形態では、相補性は、オリゴヌクレオチドの長さ全体にわたる１００％である。いくつかの実施形態では、相補性は、オリゴヌクレオチドの長さ全体にわたる標的ヌクレオシド（例えば、アデノシン）と反対側のヌクレオシドを除いて１００％である。通常、相補性は、ワトソン－クリック塩基対ＡＴ、ＡＵ及びＣＧに基づく。当業者は、異なる長さの２つの配列（例えば、提供されるオリゴヌクレオチド及び標的核酸）の相補性を評価するとき、相補性は、２つの配列間のより短い配列の長さ及び／又は最大の相補性に適切に基づき得ることを理解するであろう。多くの実施形態では、オリゴヌクレオチド及び標的核酸は、修飾が標的アデノシン部位に選択的に向けられるように十分な相補性のものである。
いくつかの実施形態では、１個以上のミスマッチは、独立して、ゆらぎである。いくつかの実施形態では、各ミスマッチは、ゆらぎである。いくつかの実施形態では、０～１０個（例えば、０～１、０～２、０～３、０～４、０～５、０～６、０～７、０～８、０～９、０～１０、１～２、１～３、１～４、１～５、１～６、１～７、１～８、１～９、１～１０、２～３、２～４、２～５、２～６、２～７、２～８、２～９、２～１０、３～４、３～５、３～６、３～７、３～８、３～９、３～１０、０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０など）のゆらぎがある。いくつかの実施形態では、その数は、０である。いくつかの実施形態では、その数は、１である。いくつかの実施形態では、その数は、２である。いくつかの実施形態では、その数は、３である。いくつかの実施形態では、その数は、４である。いくつかの実施形態では、その数は、５である。いくつかの実施形態では、ゆらぎは、Ｇ－Ｕ、Ｉ－Ａ、Ｇ－Ａ、Ｉ－Ｕ、Ｉ－Ｃ、Ｉ－Ｔ、Ａ－Ａ、又は逆向きのＡ－Ｔである。いくつかの実施形態では、ゆらぎは、Ｇ－Ｕ、Ｉ－Ａ、Ｇ－Ａ、Ｉ－Ｕ、又はＩ－Ｃである。いくつかの実施形態では、Ｉ－Ｃは、Ｉが標的ヌクレオシドの反対側のヌクレオシドの３’側のすぐ隣のヌクレオシドであるとき、マッチであると考えられ得る。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド及び標的核酸の二重鎖は、各々がゆらぎではない１個以上のミスマッチを独立して含む１個以上のバルジを含む。いくつかの実施形態では、０～１０個（例えば、０～１、０～２、０～３、０～４、０～５、０～６、０～７、０～８、０～９、０～１０、１～２、１～３、１～４、１～５、１～６、１～７、１～８、１～９、１～１０、２～３、２～４、２～５、２～６、２～７、２～８、２～９、２～１０、３～４、３～５、３～６、３～７、３～８、３～９、３～１０、０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０など）のバルジがある。いくつかの実施形態では、その数は、０である。いくつかの実施形態では、その数は、１である。いくつかの実施形態では、その数は、２である。いくつかの実施形態では、その数は、３である。いくつかの実施形態では、その数は、４である。いくつかの実施形態では、その数は、５である。
いくつかの実施形態では、２つのミスマッチ、ミスマッチとオリゴヌクレオチドの一方若しくは両方の端（又はその部分、例えば、第１のドメイン、第２のドメイン、第１のサブドメイン、第２のサブドメイン、第３のサブドメイン）、及び／又はミスマッチと標的アデノシンの反対側のヌクレオシドの間の距離は、独立して、０～５０、０～４０、０～３０、０～２５、０～２０、０～１５、０～１０（例えば、０～１、０～２、０～３、０～４、０～５、０～６、０～７、０～８、０～９、０～１０、１～２、１～３、１～４、１～５、１～６、１～７、１～８、１～９、１～１０、２～３、２～４、２～５、２～６、２～７、２～８、２～９、２～１０、３～４、３～５、３～６、３～７、３～８、３～９、３～１０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、又は３５個の核酸塩基（ミスマッチ、末端ヌクレオシド及び標的アデノシンの反対側のヌクレオシドを含まない）であり得る。いくつかの実施形態では、数は、０～３０である。いくつかの実施形態では、数は、０～２０である。いくつかの実施形態では、数は、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、又は２０である。いくつかの実施形態では、２つのミスマッチ間の距離は、０～２０である。いくつかの実施形態では、２つのミスマッチ間の距離は、１～１０である。いくつかの実施形態では、ミスマッチとオリゴヌクレオチドの５’末端ヌクレオシドの間の距離は、０～２０である。いくつかの実施形態では、ミスマッチとオリゴヌクレオチドの５’末端ヌクレオシドの間の距離は、５～２０である。いくつかの実施形態では、ミスマッチとオリゴヌクレオチドの３’末端ヌクレオシドの間の距離は、０～４０である。いくつかの実施形態では、ミスマッチとオリゴヌクレオチドの３’末端ヌクレオシドの間の距離は、５～２０である。いくつかの実施形態では、ミスマッチと標的アデノシンの反対側のヌクレオシドの間の距離は、０～２０である。いくつかの実施形態では、ミスマッチと標的アデノシンの反対側のヌクレオシドの間の距離は、１～１０である。いくつかの実施形態では、距離に関する核酸塩基の数は、０である。いくつかの実施形態では、それは、１である。いくつかの実施形態では、それは、２である。いくつかの実施形態では、それは、３である。いくつかの実施形態では、それは、４である。いくつかの実施形態では、それは、５である。いくつかの実施形態では、それは、６である。いくつかの実施形態では、それは、７である。いくつかの実施形態では、それは、８である。いくつかの実施形態では、それは、９である。いくつかの実施形態では、それは、１０である。いくつかの実施形態では、それは、１１である。いくつかの実施形態では、それは、１２である。いくつかの実施形態では、それは、１３である。いくつかの実施形態では、それは、１４である。いくつかの実施形態では、それは、１５である。いくつかの実施形態では、それは、１６である。いくつかの実施形態では、それは、１７である。いくつかの実施形態では、それは、１８である。いくつかの実施形態では、それは、１９である。いくつかの実施形態では、それは、２０である。いくつかの実施形態では、ミスマッチは、第１のドメイン、第２のドメイン、第１のサブドメイン、第２のサブドメイン、又は第３のサブドメインの末端、例えば、５’－末端又は３’－末端にある。いくつかの実施形態では、ミスマッチは、標的アデノシンの反対側のヌクレオシドにある。
いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、標的核酸においてアデノシン編集（例えば、ＡからＩへの変換）を誘導することができ、本明細書で開示されるオリゴヌクレオチドの塩基配列の部分（例えば、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９以上にわたる連続した塩基）からなるか、それを含むか、又はそれを含む塩基配列を有し、各Ｔは、独立して、Ｕで置き換えられてもよく、逆もまた同じであり、オリゴヌクレオチドは、塩基、糖及び／又はヌクレオチド間結合の少なくとも１つの天然に存在しない修飾を含む。
いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、１つ以上の炭水化物部分を含む。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、１つ以上のＧａｌＮＡｃ部分を含む。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、１つ以上の標的化部分を含む。オリゴヌクレオチド鎖にコンジュゲートされ得るそのような追加の化学的部分の非限定的な例は、本明細書に記載される。
いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、標的配列、又はその産物におけるＧからＡへの変異の補正を誘導することができる。いくつかの実施形態では、ＧからＡへの変異の補正は、ＡからＩへの変換であるか又はそれを含み、これは翻訳又は他の生物学的プロセスの間にＧとして読まれ得る。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、ＡＤＡＲに媒介される脱アミノ化を介して標的配列又はその産物におけるＧからＡへの変異の補正を誘導することができる。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、内在性ＡＤＡＲをリクルートし（例えば、標的細胞において）、ＡＤＡＲに媒介される脱アミノ化を促進することによって、ＡＤＡＲに媒介される脱アミノ化を介して標的配列又はその産物におけるＧからＡへの変異の補正を誘導することができる。しかしながら、それにもかかわらず、本開示は、任意の特定の機構に限定されない。いくつかの実施形態では、本開示は、二本鎖ＲＮＡ干渉、一本鎖ＲＮＡ干渉、ＲＮＡ分解酵素Ｈに媒介されるノックダウン、翻訳の立体障害、ＡＤＡＲに媒介される脱アミノ化又は２つ以上のそのような機構の組み合わせを介して操作することができるオリゴヌクレオチド、組成物、方法などを提供する。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、本明細書に記載される、例えば、表における構造的要素又はその部分を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、塩基配列（又はその部分）を含む塩基配列を有し、各Ｔは、独立して、Ｕ、本明細書で開示される、例えば、表若しくは図面における、又はそれ以外で本明細書に開示される化学修飾（又はその部分）のパターン、及び／又はオリゴヌクレオチドの形式で置換され得る。いくつかの実施形態では、そのようなオリゴヌクレオチドは、標的配列、又はその産物におけるＧからＡへの変異の補正を誘導することができる。
特に、提供されるオリゴヌクレオチドは、それらの標的核酸（例えば、プレｍＲＮＡ、成熟ｍＲＮＡなど）にハイブリダイズし得る。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、プレｍＲＮＡ又は成熟ｍＲＮＡを含むがこれらに限定されないＲＮＡプロセシングのいずれかの段階において標的ＲＮＡ配列の核酸にハイブリダイズできる。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、プロモーター領域、エンハンサー領域、転写終止領域、翻訳開始シグナル、翻訳終止シグナル、コード領域、非コード領域、エクソン、イントロン、イントロン／エクソン若しくはエクソン／イントロンジャンクション、５’ＵＴＲ、又は３’ＵＴＲを含むがこれらに限定されないオリゴヌクレオチド核酸の任意の要素又はその相補体にハイブリダイズできる。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、標的部位（例えば、標的配列）のセンス鎖に由来する転写物の２つ以上のバリアントにハイブリダイズする。
いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、増加したレベルの１つ以上の同位体を含有する。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、例えば、１つ以上の元素、例えば、水素、炭素、窒素などの１つ以上の同位体によって標識される。いくつかの実施形態では、提供される組成物中の提供されるオリゴヌクレオチド、例えば、組成物の複数のオリゴヌクレオチドは、塩基修飾、糖修飾、及び／又はヌクレオチド間結合修飾を含み、オリゴヌクレオチドは、濃縮されたレベルの重水素を含有する。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、１つ以上の位置にて重水素で標識される（－１Ｈを－２Ｈで置き換える）。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド鎖又はオリゴヌクレオチド鎖にコンジュゲートされた任意の部分（例えば、標的化部分など）の１つ以上の１Ｈが、２Ｈで置換される。そのようなオリゴヌクレオチドは、本明細書に記載される組成物及び方法において使用され得る。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、本明細書に記載されるとおり１つ以上の修飾された核酸塩基、１つ以上の修飾された糖、及び／又は１つ以上の修飾されたヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、例えば、それぞれオリゴヌクレオチド内の全ての核酸塩基、糖、及びヌクレオチド間結合の約５％～１００％、約１０％～１００％、２０～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％などのある特定のレベルの修飾された核酸塩基、修飾された糖、及び／又は修飾されたヌクレオチド間結合を含む。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、１つ以上の修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、本開示のオリゴヌクレオチドは、１つ以上の修飾された核酸塩基を含む。様々な修飾が、本開示に従って糖及び／又は核酸塩基に導入され得る。例えば、いくつかの実施形態では、修飾は、米国特許第９００６１９８号に記載される修飾である。いくつかの実施形態では、修飾は、各々の糖、塩基、及びヌクレオチド間結合が独立して参照により本明細書に組み込まれる、米国特許第９３９４３３３号、米国特許第９７４４１８３号、米国特許第９６０５０１９号、米国特許第９９８２２５７号、米国特許第２０１７００３７３９９号、米国特許第２０１８０２１６１０８号、米国特許第２０１８０２１６１０７号、米国特許第９５９８４５８号、国際公開第２０１７／０６２８６２号、国際公開第２０１８／０６７９７３号、国際公開第２０１７／１６０７４１号、国際公開第２０１７／１９２６７９号、国際公開第２０１７／２１０６４７号、国際公開第２０１８／０９８２６４号、国際公開第２０１８／０２２４７３号、国際公開第２０１８／２２３０５６号、国際公開第２０１８／２２３０７３号、国際公開第２０１８／２２３０８１号、国際公開第２０１８／２３７１９４号、国際公開第２０１９／０３２６０７号、国際公開第２０１９０３２６１２号、国際公開第２０１９／０５５９５１号、国際公開第２０１９／０７５３５７号、国際公開第２０１９／２００１８５号、国際公開第２０１９／２１７７８４号、国際公開第２０１９／０３２６１２号、及び／又は国際公開第２０２０／１９１２５２号に記載される修飾である。
いくつかの実施形態では、ヌクレオシド中の核酸塩基は、ＢＡ－Ｉ、ＢＡ－Ｉ－ａ、ＢＡ－Ｉ－ｂ、ＢＡ－ＩＩ、ＢＡ－ＩＩ－ａ、ＢＡ－ＩＩ－ｂ、ＢＡ－ＩＩＩ、ＢＡ－ＩＩＩ－ａ、ＢＡ－ＩＩＩ－ｂ、ＢＡ－ＩＶ、ＢＡ－ＩＶ－ａ、ＢＡ－ＩＶ－ｂ、ＢＡ－Ｖ、ＢＡ－Ｖ－ａ、ＢＡ－Ｖ－ｂ、若しくはＢＡ－ＶＩの構造を有する環ＢＡ、又は環ＢＡの互変異性体であるか又はそれを含み、核酸塩基は、任意選択により置換されるか又は保護される。
いくつかの実施形態では、糖は、２’－修飾、例えば、２’－Ｆ、２’－ＯＲ（式中、Ｒは、任意選択により置換された脂肪族、又は二環式糖（例えば、ＬＮＡ糖）、又は非環式糖（例えば、ＵＮＡ糖）である）を含む修飾された糖である。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるとおり、提供されるオリゴヌクレオチドは、１つ以上のドメインを含み、その各々は独立して、本明細書に記載されるとおりのある特定の長さ、修飾、結合リンの立体化学などを有する。いくつかの実施形態では、本開示は、１つ以上の修飾された糖及び／又は１つ以上の修飾されたヌクレオチド間結合を含むオリゴヌクレオチドを提供し、オリゴヌクレオチドは、各々が独立して１つ以上の核酸塩基を含む第１のドメイン及び第２のドメインを含む。いくつかの実施形態では、本開示は、
第１のドメイン；及び
第２のドメイン
を含むオリゴヌクレオチドを提供し、
ここで、
第１のドメインは、１つ以上の２’－Ｆ修飾を含み；
第２のドメインは、２’－Ｆ修飾を有しない１つ以上の糖を含む。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその部分（例えば、第１のドメイン、第２のドメイン、第１のサブドメイン、第２のサブドメイン、第３のサブドメインなど）は、ある特定のレベルの修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、２’－修飾を含む。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、二環式糖である。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、非環式糖（例えば、対応する環状糖のＣ２－Ｃ３結合を切断することによる）である。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、５’－修飾を含む。通常、本開示のオリゴヌクレオチドは、例えば文脈による別段の指定がない限り、その５’末端で遊離５’－ＯＨ及びその３’末端で遊離３’－ＯＨを有する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの５’末端糖は、修飾された５’－ＯＨを含み得る。
いくつかの実施形態では、レベルは、それぞれオリゴヌクレオチド又はその部分中の全ての糖の約、例えば、約５％～１００％、約１０％～１００％、２０～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％などである。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約５０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約５５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約６０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約６５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約７０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約７５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約８０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約８５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約９０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約９５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約１００％である。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその部分（例えば、第１のドメイン、第２のドメイン、第１のサブドメイン、第２のサブドメイン、第３のサブドメインなど）は、ある特定のレベルの修飾されたヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその部分（例えば、第１のドメイン、第２のドメイン、第１のサブドメイン、第２のサブドメイン、第３のサブドメインなど）は、ある特定のレベルのキラルヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、レベルは、それぞれオリゴヌクレオチド又はその部分中の全てのヌクレオチド間結合の約、例えば、約５％～１００％、約１０％～１００％、２０～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％などである。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約５０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約５５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約６０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約６５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約７０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約７５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約８０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約８５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約９０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約９５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約１００％である。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその部分（例えば、第１のドメイン、第２のドメイン、第１のサブドメイン、第２のサブドメイン、第３のサブドメインなど）は、ある特定のレベルのキラル制御されたヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその部分（例えば、第１のドメイン、第２のドメイン、第１のサブドメイン、第２のサブドメイン、第３のサブドメインなど）は、ある特定のレベルのＳｐのヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、レベルは、それぞれオリゴヌクレオチド又はその部分中の全てのヌクレオチド間結合の約、例えば、約５％～１００％、約１０％～１００％、２０～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％などである。いくつかの実施形態では、レベルは、それぞれオリゴヌクレオチド又はその部分中の全てのキラルヌクレオチド間結合の約、例えば、約５％～１００％、約１０％～１００％、２０～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％などである。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約５０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約５５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約６０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約６５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約７０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約７５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約８０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約８５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約９０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約９５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約１００％である。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその部分（例えば、第１のドメイン、第２のドメイン、第１のサブドメイン、第２のサブドメイン、第３のサブドメインなど）は、ある特定のレベルのＳｐのヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、レベルは、それぞれオリゴヌクレオチド又はその部分中の全てのヌクレオチド間結合の約、例えば、約５％～１００％、約１０％～１００％、２０～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％などである。いくつかの実施形態では、レベルは、それぞれオリゴヌクレオチド又はその部分中の全てのキラルヌクレオチド間結合の約、例えば、約５％～１００％、約１０％～１００％、２０～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％などである。いくつかの実施形態では、レベルは、それぞれオリゴヌクレオチド又はその部分中の全てのキラル制御されたヌクレオチド間結合の約、例えば、約５％～１００％、約１０％～１００％、２０～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％などである。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約５０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約５５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約６０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約６５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約７０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約７５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約８０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約８５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約９０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約９５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約１００％である。いくつかの実施形態では、約１～５０、１～４０、１～３０、例えば、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、又は２０個のヌクレオチド間結合は、独立して、Ｓｐのキラルヌクレオチド間結合である。多くの実施形態において、オリゴヌクレオチド又はその特定の部分における高いパーセンテージ（例えば、Ｒｐのヌクレオチド間結合及び／又は天然のリン酸結合と比較して）のＳｐのヌクレオチド間結合は、向上した特性及び／又は活性、例えば、高い安定性及び／又は高いアデノシン編集活性をもたらすことができることが観察された。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその部分（例えば、第１のドメイン、第２のドメイン、第１のサブドメイン、第２のサブドメイン、第３のサブドメインなど）は、ある特定のレベルのＲｐのヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、レベルは、それぞれオリゴヌクレオチド又はその部分中の全てのヌクレオチド間結合の約、例えば、約５％～１００％、約１０％～１００％、２０～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％などである。いくつかの実施形態では、レベルは、それぞれオリゴヌクレオチド又はその部分中の全てのキラルヌクレオチド間結合の約、例えば、約５％～１００％、約１０％～１００％、２０～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％などである。いくつかの実施形態では、レベルは、それぞれオリゴヌクレオチド又はその部分中の全てのキラル制御されたヌクレオチド間結合の約、例えば、約５％～１００％、約１０％～１００％、２０～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％などである。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約５０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約５５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約６０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約６５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約７０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約７５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約８０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約８５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約９０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約９５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約１００％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約５％又は約５％以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約１０％又は約１０％以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約１５％又は約１５％以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約２０％又は約２０％以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約２５％又は約２５％以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約３０％又は約３０％以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約３５％又は約３５％以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約４０％又は約４０％以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約４５％又は約４５％以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約５０％又は約５０％以下である。いくつかの実施形態では、約１～５０、１～４０、１～３０、例えば、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、又は２０個のヌクレオチド間結合は、独立して、Ｒｐのキラルヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、その数は、約１又は約１以下である。いくつかの実施形態では、その数は、約２又は約２以下である。いくつかの実施形態では、その数は、約３又は約３以下である。いくつかの実施形態では、その数は、約４又は約４以下である。いくつかの実施形態では、その数は、約５又は約５以下である。いくつかの実施形態では、その数は、約６又は約６以下である。いくつかの実施形態では、その数は、約７又は約７以下である。いくつかの実施形態では、その数は、約８又は約８以下である。いくつかの実施形態では、その数は、約９又は約９以下である。いくつかの実施形態では、その数は、約１０又は約１０以下である。
特定の理論に縛られることを望むものではないが、いくつかの例では、ヌクレオチド間結合のＲｐ及びＳｐ配置は、オリゴヌクレオチド及びＲＮＡなどの標的核酸によって形成される二本鎖複合体のらせん形構造の構造的変化に影響を及ぼす可能性があり、ＡＤＡＲタンパク質は、複数のドメインを介して様々な標的（例えば、オリゴヌクレオチド及びＲＮＡなどの標的核酸によって形成される二本鎖複合体）を認識し且つそれと相互作用する可能性がある。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド及びその組成物は、オリゴヌクレオチド、標的核酸、及び／又はＡＤＡＲタンパク質の相互作用プロファイルを促進し及び／又は増強して、様々な修飾及び／又は立体化学の制御の組み込みを介してＡＤＡＲタンパク質による効率的なアデノシン修飾をもたらす。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、塩基配列；ヌクレオチド間結合、塩基修飾、糖修飾、追加の化学的部分、若しくはそのパターン；及び／又は本明細書に記載される、例えば、表における任意の他の構造的要素を有し得るか又は含み得る。
いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド又は組成物は、それが系（例えば、ＡＤＡＲに媒介される脱アミノ化系）中で標的アデノシンを含む標的核酸と連結されるとき、標的アデノシンの修飾（例えば、標的Ａの脱アミノ化）は、参照条件（例えば、組成物の非存在、参照オリゴヌクレオチド又は組成物の存在、及びその組み合わせからなる群から選択される）下で観察されるものと比較して改善されるという点で特徴付けられる。いくつかの実施形態では、修飾、例えば、ＡＤＡＲに媒介される脱アミノ化（例えば、内在性ＡＤＡＲに媒介されるアミノ化）は、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、１００％、又は２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８，１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、２００、３００、４００、５００、６００、７００、８００、９００、１０００倍以上増加される。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、塩形態として提供される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、それらの塩形態として存在する負に荷電したヌクレオチド間結合（例えば、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合、天然のリン酸結合など）を含む塩として提供される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、薬学的に許容される塩として提供される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、金属塩として提供される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、ナトリウム塩として提供される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、アンモニウム塩として提供される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、金属塩、例えば、ナトリウム塩として提供され、それぞれの負に荷電したヌクレオチド間結合は、独立して、塩形態で存在する（例えば、ナトリウム塩に関して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合については－Ｏ－Ｐ（Ｏ）（ＳＮａ）－Ｏ－、天然のリン酸結合については－Ｏ－Ｐ（Ｏ）（ＯＮａ）－Ｏ－など）。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、キラル制御され、１つ以上のキラル制御されたヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、立体化学的に純粋である。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド又はその組成物は、他の立体異性体から立体化学的に純粋である。いくつかの実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。
本明細書に記載されるとおり、本開示のオリゴヌクレオチドは、高純度（例えば、５０％～１００％）で提供され得る。いくつかの実施形態では、本開示のオリゴヌクレオチドは、高い立体化学的純度（例えば、５０％～１００％）のものである。いくつかの実施形態では、提供される組成物中のオリゴヌクレオチドは、高い立体化学的純度（例えば、同じオリゴヌクレオチドの他の立体異性体と比較して高いパーセンテージ（例えば、５０％～１００％）の立体異性体）のものである。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも又は約５０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも又は約６０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも又は約７０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも又は約７５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも又は約８０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも又は約８５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも又は約９０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも又は約９５％である。
第１のドメイン
本明細書に記載されるとおり、いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、第１のドメイン及び第２のドメインを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、第１のドメイン及び第２のドメインからなる。ある特定の実施形態が例として下に記載される。
いくつかの実施形態では、第１のドメインは、約２～５０（例えば、約５、６、７、８、９、若しくは１０～約１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０、又は約５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０など）の長さの核酸塩基を有する。いくつかの実施形態では、第１のドメインは、約５～３０の長さの核酸塩基を有する。いくつかの実施形態では、第１のドメインは、約１０～３０の長さの核酸塩基を有する。いくつかの実施形態では、第１のドメインは、約１０～２０の長さの核酸塩基を有する。いくつかの実施形態では、第１のドメインは、約１３～１６の長さの核酸塩基を有する。いくつかの実施形態では、第１のドメインは、１０の長さの核酸塩基を有する。いくつかの実施形態では、第１のドメインは、１１の長さの核酸塩基を有する。いくつかの実施形態では、第１のドメインは、１２の長さの核酸塩基を有する。いくつかの実施形態では、第１のドメインは、１３の長さの核酸塩基を有する。いくつかの実施形態では、第１のドメインは、１４の長さの核酸塩基を有する。いくつかの実施形態では、第１のドメインは、１５の長さの核酸塩基を有する。いくつかの実施形態では、第１のドメインは、１６の長さの核酸塩基を有する。いくつかの実施形態では、第１のドメインは、１７の長さの核酸塩基を有する。いくつかの実施形態では、第１のドメインは、１８の長さの核酸塩基を有する。いくつかの実施形態では、第１のドメインは、１９の長さの核酸塩基を有する。いくつかの実施形態では、第１のドメインは、２０の長さの核酸塩基を有する。
いくつかの実施形態では、第１のドメインは、オリゴヌクレオチドの約、又は少なくとも約５～９５％、１０％～９０％、２０％～８０％、３０％～７０％、４０％～７０％、４０％～６０％、５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約３０％～８０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約３０％～７０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約４０％～６０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約２０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約２５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約３０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約３５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約４０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約４５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約５０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約５５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約６０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約６５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約７０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約７５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約８０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約８５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約９０％である。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドが相補性に関して標的核酸とアラインメントされるとき、１個以上（例えば、１～２０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０など）のミスマッチが第１のドメイン中に存在する。いくつかの実施形態では、１個のミスマッチがある。いくつかの実施形態では、２個のミスマッチがある。いくつかの実施形態では、３個のミスマッチがある。いくつかの実施形態では、４個のミスマッチがある。いくつかの実施形態では、５個のミスマッチがある。いくつかの実施形態では、６個のミスマッチがある。いくつかの実施形態では、７個のミスマッチがある。いくつかの実施形態では、８個のミスマッチがある。いくつかの実施形態では、９個のミスマッチがある。いくつかの実施形態では、１０個のミスマッチがある。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドが相補性に関して標的核酸とアラインメントされるとき、１個以上（例えば、１～２０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０など）のゆらぎが第１のドメイン中に存在する。いくつかの実施形態では、１個のゆらぎがある。いくつかの実施形態では、２個のゆらぎがある。いくつかの実施形態では、３個のゆらぎがある。いくつかの実施形態では、４個のゆらぎがある。いくつかの実施形態では、５個のゆらぎがある。いくつかの実施形態では、６個のゆらぎがある。いくつかの実施形態では、７個のゆらぎがある。いくつかの実施形態では、８個のゆらぎがある。いくつかの実施形態では、９個のゆらぎがある。いくつかの実施形態では、１０個のゆらぎがある。
いくつかの実施形態では、第１のドメイン領域中のオリゴヌクレオチド及び標的核酸の二重鎖は、各々がゆらぎではない１個以上のミスマッチを独立して含む１個以上のバルジを含む。いくつかの実施形態では、０～１０個（例えば、０～１、０～２、０～３、０～４、０～５、０～６、０～７、０～８、０～９、０～１０、１～２、１～３、１～４、１～５、１～６、１～７、１～８、１～９、１～１０、２～３、２～４、２～５、２～６、２～７、２～８、２～９、２～１０、３～４、３～５、３～６、３～７、３～８、３～９、３～１０、０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０など）のバルジがある。いくつかの実施形態では、その数は、０である。いくつかの実施形態では、その数は、１である。いくつかの実施形態では、その数は、２である。いくつかの実施形態では、その数は、３である。いくつかの実施形態では、その数は、４である。いくつかの実施形態では、その数は、５である。
いくつかの実施形態では、第１のドメインは、標的核酸と完全に相補的である。
いくつかの実施形態では、第１のドメインは、１つ以上の修飾された核酸塩基を含む。
いくつかの実施形態では、第２のドメインは、２つの２’－Ｈを含む１つ以上の糖（例えば、天然のＤＮＡ糖）を含む。いくつかの実施形態では、第２のドメインは、２’－ＯＨを含む１つ以上の糖（例えば、天然のＲＮＡ糖）を含む。いくつかの実施形態では、第１のドメインは、１つ以上の修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、２’－修飾を含む。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、二環式糖、例えば、ＬＮＡ糖である。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、非環式糖（例えば、対応する環状糖のＣ２－Ｃ３結合を切断することによる）である。
いくつかの実施形態では、第１のドメインは、約１～５０個（例えば、約５、６、７、８、９、若しくは１０～約１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０、又は約５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０など、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、若しくは２０など）の修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、第１のドメインは、２’－Ｆ修飾を有する約１～５０個（例えば、約５、６、７、８、９、若しくは１０～約１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０、又は約５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０など、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、若しくは２０など）の修飾された糖を含む。
いくつかの実施形態では、第１のドメイン中の全ての糖の約５％～１００％（例えば、約１０％～１００％、２０～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％など）は、独立して、修飾された糖である。いくつかの実施形態では、第１のドメイン中の全ての糖の約５％～１００％（例えば、約１０％～１００％、２０～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％など）は、独立して、２’－Ｆ修飾された糖である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約５０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約５５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約６０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約６５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約７０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約７５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約８０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約８５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約９０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約９５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約１００％である。
いくつかの実施形態では、第１のドメインは、二環式糖又は２’－ＯＲ修飾された糖（式中、Ｒは－Ｈではない）を含まない。いくつかの実施形態では、第１のドメインは、１つ以上（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０）の二環式糖及び／又は２’－ＯＲ修飾された糖（式中、Ｒは－Ｈではない）を含む。いくつかの実施形態では、第１のドメインは、１つ以上（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０）の２’－ＯＲ修飾された糖（式中、Ｒは－Ｈではない）を含む。いくつかの実施形態では、第１のドメインは、１つ以上（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０）の２’－ＯＲ修飾された糖（式中、Ｒは任意選択により置換されたＣ１～１０脂肪族である）を含む。いくつかの実施形態では、二環式糖及び／又は２’－ＯＲ修飾された糖（式中、Ｒは－Ｈではない）のレベルは、個々に又は合わせて、２’－Ｆ修飾された糖のレベルと比較して相対的に低い。いくつかの実施形態では、第１のドメイン中の糖の約１％～９５％以下（例えば、約１％、５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％以下など）は、２’－ＯＭｅを含む。いくつかの実施形態では、第１のドメイン中の糖の約５０％以下は、２’－ＯＭｅを含む。いくつかの実施形態では、第１のドメイン中の糖の約１％～９５％以下（例えば、約１％、５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％以下など）は、２’－ＯＲ（式中、Ｒは任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である）を含む。いくつかの実施形態では、第１のドメイン中の糖の約５０％以下は、２’－ＯＲ（式中、Ｒは任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である）を含む。いくつかの実施形態では、第１のドメイン中の糖の約４０％以下は、２’－ＯＲ（式中、Ｒは任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である）を含む。いくつかの実施形態では、第１のドメイン中の糖の約３０％以下は、２’－ＯＲ（式中、Ｒは任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である）を含む。いくつかの実施形態では、第１のドメイン中の糖の約２５％以下は、２’－ＯＲ（式中、Ｒは任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である）を含む。いくつかの実施形態では、第１のドメイン中の糖の約２０％以下は、２’－ＯＲ（式中、Ｒは任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である）を含む。いくつかの実施形態では、第１のドメイン中の糖の約１０％以下は、２’－ＯＲ（式中、Ｒは任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である）を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるとおり、２’－ＯＲは、２’－ＭＯＥである。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるとおり、２’－ＯＲは、２’－ＭＯＥ又は２’－ＯＭｅである。いくつかの実施形態では、第１のドメインは、２’－Ｎ（Ｒ）２修飾を含む１つ以上（例えば、約１～２０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０など）の修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、第１のドメインは、２’－ＮＨ２修飾を含む１つ以上（例えば、約１～２０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０など）の修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、第１のドメインは、１つ以上（例えば、約１～２０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０など）の二環式糖、例えば、ＬＮＡ糖を含む。いくつかの実施形態では、第１のドメインは、１つ以上（例えば、約１～２０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０など）の非環式糖（例えば、ＵＮＡ糖）を含む。いくつかの実施形態では、第１のドメイン中のいくつかの５’末端糖は、独立して、２’－ＯＲ修飾された糖（式中、Ｒは－Ｈではない）である。いくつかの実施形態では、第１のドメイン中のいくつかの（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０以上）５’末端糖は、独立して、２’－ＯＲ修飾された糖（式中、Ｒは、独立して、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である）である。いくつかの実施形態では、第１のドメイン中の５’末端から最初の約１～１０、例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０個の糖は、独立して、２’－ＯＲ修飾された糖（式中、Ｒは、独立して、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である）である。いくつかの実施形態では、最初の１個は、２’－ＯＲ修飾される。いくつかの実施形態では、最初の２個は、独立して、２’－ＯＲ修飾される。いくつかの実施形態では、最初の３個は、独立して、２’－ＯＲ修飾される。いくつかの実施形態では、最初の４個は、独立して、２’－ＯＲ修飾される。いくつかの実施形態では、最初の５個は、独立して、２’－ＯＲ修飾される。いくつかの実施形態では、ドメイン（例えば、第１のドメイン）、サブドメイン（例えば、第１のサブドメイン）、又はオリゴヌクレオチド中の全ての２’－ＯＲ修飾は、同じである。いくつかの実施形態では、２’－ＯＲは、２’－ＭＯＥである。いくつかの実施形態では、２’－ＯＲは、２’－ＯＭｅである。
いくつかの実施形態では、第１のドメイン中のどの糖も、２’－ＯＲを含まない。いくつかの実施形態では、第１のドメイン中のどの糖も、２’－ＯＭｅを含まない。いくつかの実施形態では、第１のドメイン中のどの糖も、２’－ＭＯＥを含まない。いくつかの実施形態では、第１のドメイン中のどの糖も、２’－ＭＯＥ又は２’－ＯＭｅを含まない。いくつかの実施形態では、第１のドメイン中のどの糖も、２’－ＯＲ（式中、Ｒは任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である）を含む。いくつかの実施形態では、第１のドメイン中のそれぞれの糖は、２’－Ｆを含む。
いくつかの実施形態では、第１のドメインは、約１～５０個（例えば、約５、６、７、８、９、若しくは１０～約１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０、又は約５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０など、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、若しくは２０など）の修飾されたヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、第１のドメイン中のヌクレオチド間結合の約５％～１００％（例えば、約１０％～１００％、２０～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％など）は、修飾されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第１のドメイン中の各ヌクレオチド間結合は、独立して、修飾されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合は、独立して、キラルヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、修飾された又はキラルヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、修飾された又はキラルヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、修飾された又はキラルヌクレオチド間結合は、中性のヌクレオチド間結合、例えば、ｎ００１である。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合は、独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合又は負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合は、独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合又は中性のヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合は、独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第１のドメイン中の少なくとも約１～５０個（例えば、約５、６、７、８、９、若しくは１０～約１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０、又は約５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０など、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、若しくは２０など）のキラルヌクレオチド間結合は、キラル制御される。いくつかの実施形態では、第１のドメイン中のキラルヌクレオチド間結合の少なくとも５％～１００％（例えば、約１０％～１００％、２０～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％など）は、キラル制御される。いくつかの実施形態では、第１のドメイン中のホスホロチオエートヌクレオチド間結合の少なくとも５％～１００％（例えば、約１０％～１００％、２０～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％など）は、キラ
ル制御される。いくつかの実施形態では、各々は、独立して、キラル制御される。いくつかの実施形態では、第１のドメイン中の少なくとも約１～５０個（例えば、約５、６、７、８、９、若しくは１０～約１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０、又は約５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０など、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、若しくは２０など）のキラルヌクレオチド間結合は、Ｓｐである。いくつかの実施形態では、第１のドメイン中の少なくとも約１～５０個（例えば、約５、６、７、８、９、若しくは１０～約１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０、又は約５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０など、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、若しくは２０など）のホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、Ｓｐである。いくつかの実施形態では、第１のドメイン中のキラルヌクレオチド間結合の少なくとも５％～１００％（例えば、約１０％～１００％、２０～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％など）は、Ｓｐである。いくつかの実施形態では、第１のドメイン中のホスホロチオエートヌクレオチド間結合の少なくとも５％～１００％（例えば、約１０％～１００％、２０～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％など）は、Ｓｐである。いくつかの実施形態では、その数は、１以上である。いくつかの実施形態では、その数は、２以上である。いくつかの実施形態では、その数は、３以上である。いくつかの実施形態では、その数は、４以上である。いくつかの実施形態では、その数は、５以上である。いくつかの実施形態では、その数は、６以上である。いくつかの実施形態では、その数は、７以上である。いくつかの実施形態では、その数は、８以上である。いくつかの実施形態では、その数は、９以上である。いくつかの実施形態では、その数は、１０以上である。いくつかの実施形態では、その数は、１１以上である。いくつかの実施形態では、その数は、１２以上である。いくつかの実施形態では、その数は、１３以上である。いくつかの実施形態では、その数は、１４以上である。いくつかの実施形態では、その数は、１５以上である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約５０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約５５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約６０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約６５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約７０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約７５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約８０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約８５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約９０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約９５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約１００％である。いくつかの実施形態では、２つの第１のドメインヌクレオシドを連結するそれぞれのヌクレオチド間結合は、独立して、修飾されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合は、独立して、キラルヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合は、独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれのキラルヌクレオチド間結合は、独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合は、独立して、Ｓｐのキラルヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合は、独立して、Ｓｐのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれのキラルヌクレオチド間結合は、独立して、Ｓｐのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第１のドメインのヌクレオチド間結合は、第１のドメインの２つのヌクレオシドに結合される。いくつかの実施形態では、第１のドメイン中のヌクレオシド及び第２のドメイン中のヌクレオシドに結合されるヌクレオチド間結合は、第１のドメインのヌクレオチド間結合であると適切にみなされ得る。いくつかの実施形態では、第１のドメイン中のヌクレオシド及び第２のドメイン中のヌクレオシドに結合されるヌクレオチド間結合は、修飾されたヌクレオチド間結合であり；いくつかの実施形態では、それはキラルヌクレオチド間結合であり；いくつかの実施形態では、それはキラル制御され；いくつかの実施形態では、それはＲｐであり；いくつかの実施形態では、それはＳｐである。多くの実施形態において、高いパーセンテージ（例えば、Ｒｐのヌクレオチド間結合及び／又は天然のリン酸結合と比較して）のＳｐのヌクレオチド間結合は、向上した特性及び／又は活性、例えば、高い安定性及び／又は高いアデノシン編集活性をもたらすことが観察された。
いくつかの実施形態では、第１のドメインは、ある特定のレベルのＲｐのヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、レベルは、第１のドメイン中の全てのヌクレオチド間結合の約、例えば、約５％～１００％、約１０％～１００％、２０～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％などである。いくつかの実施形態では、レベルは、第１のドメイン中の全てのキラルヌクレオチド間結合の約、例えば、約５％～１００％、約１０％～１００％、２０～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％などである。いくつかの実施形態では、レベルは、第１のドメイン中の全てのキラル制御されたヌクレオチド間結合の約、例えば、約５％～１００％、約１０％～１００％、２０～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％などである。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約５０％又は約５０％以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約５５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約６０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約６５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約７０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約７５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約８０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約８５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約９０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約９５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約１００％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約５％又は約５％以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約１０％又は約１０％以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約１５％又は約１５％以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約２０％又は約２０％以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約２５％又は約２５％以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約３０％又は約３０％以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約３５％又は約３５％以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約４０％又は約４０％以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約４５％又は約４５％以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約５０％又は約５０％以下である。いくつかの実施形態では、約１～５０、１～４０、１～３０、１～２５、１～２０、１～１５、１～１０、１～５、例えば、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、又は２０個のヌクレオチド間結合は、独立して、Ｒｐのキラルヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、その数は、約１又は約１以下である。いくつかの実施形態では、その数は、約２又は約２以下である。いくつかの実施形態では、その数は、約３又は約３以下である。いくつかの実施形態では、その数は、約４又は約４以下である。いくつかの実施形態では、その数は、約５又は約５以下である。いくつかの実施形態では、その数は、約６又は約６以下である。いくつかの実施形態では、その数は、約７又は約７以下である。いくつかの実施形態では、その数は、約８又は約８以下である。いくつかの実施形態では、その数は、約９又は約９以下である。いくつかの実施形態では、その数は、約１０又は約１０以下である。
いくつかの実施形態では、第１のドメイン中のそれぞれのホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、独立して、キラル制御される。いくつかの実施形態では、各々は、独立して、Ｓｐ又はＲｐである。いくつかの実施形態では、高いレベルは、本明細書に記載されるとおりのＳｐである。いくつかの実施形態では、第１のドメイン中のそれぞれのホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、キラル制御され、Ｓｐである。
いくつかの実施形態では、ある特定の例に示されるとおり、第１のドメインは、１つ以上の負に荷電していないヌクレオチド間結合を含み、その各々は、任意選択により且つ独立して、キラル制御される。いくつかの実施形態では、それぞれの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、独立して、ｎ００１である。いくつかの実施形態では、キラルの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、キラル制御されない。いくつかの実施形態では、それぞれのキラルの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、キラル制御されない。いくつかの実施形態では、キラルの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、キラル制御される。いくつかの実施形態では、キラルの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、キラル制御され、Ｒｐである。いくつかの実施形態では、キラルの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、キラル制御され、Ｓｐである。いくつかの実施形態では、それぞれのキラルの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、キラル制御される。いくつかの実施形態では、第１のドメイン中の負に荷電していないヌクレオチド間結合の数は、約１～１０、又は約１、２、３、４、５、６、７、８、９、若しくは１０である。いくつかの実施形態では、それは、約１である。いくつかの実施形態では、それは、約２である。いくつかの実施形態では、それは、約３である。いくつかの実施形態では、それは、約４である。いくつかの実施形態では、それは、約５である。いくつかの実施形態では、２つ以上の負に荷電していないヌクレオチド間結合は、連続している。いくつかの実施形態では、どの２つの負に荷電していないヌクレオチド間結合も、連続していない。いくつかの実施形態では、第１のドメイン中の全ての負に荷電していないヌクレオチド間結合は、連続している（例えば、３つの連続した負に荷電していないヌクレオチド間結合）。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合、又は２つ以上の連続した負に荷電していないヌクレオチド間結合は、第１のドメインの５’末端にある。いくつかの実施形態では、第１のドメインの最後の２つのヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第１のドメインの最後の２つのヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、Ｓｐの負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第１のドメインの最後の２つのヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、Ｒｐの負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第１のドメインの最後の２つのヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第１のドメインの最後の２つのヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、Ｓｐのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第１のドメインの最初の２つのヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第１のドメインの最初の２つのヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、Ｓｐの負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第１のドメインの最初の２つのヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、Ｒｐの負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第１のドメインの最初の２つのヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第１のドメインの最初の２つのヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、Ｓｐのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、ｎ００１などの中性のヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第１のドメイン中の最初の２つのヌクレオシドは、オリゴヌクレオチドの最初の２つのヌクレオシドである。
いくつかの実施形態では、第１のドメインは、１つ以上の天然のリン酸結合を含む。いくつかの実施形態では、第１のドメインは、天然のリン酸結合を含有しない。
いくつかの実施形態では、第１のドメインは、ＡＤＡＲタンパク質（例えば、ＡＤＡＲ１、ＡＤＡＲ２など）などのタンパク質をリクルートするか、そのリクルートメントを促進するか又はそれに寄与する。いくつかの実施形態では、第１のドメインは、ＡＤＡＲタンパク質などのタンパク質をリクルートするか、又はそれとの相互作用を促進するか若しくはそれに寄与する。いくつかの実施形態では、第１のドメインは、ＡＤＡＲのＲＮＡ結合ドメイン（ＲＢＤ）と接触する。いくつかの実施形態では、第１のドメインは、ＡＤＡＲの第２のＲＢＤドメインと実質的に接触しない。いくつかの実施形態では、第１のドメインは、デアミナーゼ活性を有するＡＤＡＲの触媒ドメインと実質的に接触しない。いくつかの実施形態では、様々な核酸塩基、糖及び／又はヌクレオチド間結合が、タンパク質、例えば、ＡＤＡＲタンパク質の１つ以上の残基と相互作用し得る。
第２のドメイン
本明細書に記載されるとおり、いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、５’から３’に第１のドメイン及び第２のドメインを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、第１のドメイン及び第２のドメインからなる。第２のドメインのある特定の実施形態が、例として下に記載される。いくつかの実施形態では、第２のドメインは、修飾される（例えば、Ｉへの変換）ことになる標的アデノシンの反対側のヌクレオシドを含む。
いくつかの実施形態では、第２のドメインは、約２～５０（例えば、約５、６、７、８、９、若しくは１０～約１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０、又は約５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０など）の長さの核酸塩基を有する。いくつかの実施形態では、第２のドメインは、約５～３０の長さの核酸塩基を有する。いくつかの実施形態では、第２のドメインは、約１０～３０の長さの核酸塩基を有する。いくつかの実施形態では、第２のドメインは、約１０～２０の長さの核酸塩基を有する。いくつかの実施形態では、第２のドメインは、約５～１５の長さの核酸塩基を有する。いくつかの実施形態では、第２のドメインは、約１３～１６の長さの核酸塩基を有する。いくつかの実施形態では、第２のドメインは、約１～７の長さの核酸塩基を有する。いくつかの実施形態では、第２のドメインは、１０の長さの核酸塩基を有する。いくつかの実施形態では、第２のドメインは、１１の長さの核酸塩基を有する。いくつかの実施形態では、第２のドメインは、１２の長さの核酸塩基を有する。いくつかの実施形態では、第２のドメインは、１３の長さの核酸塩基を有する。いくつかの実施形態では、第２のドメインは、１４の長さの核酸塩基を有する。いくつかの実施形態では、第２のドメインは、１５の長さの核酸塩基を有する。いくつかの実施形態では、第２のドメインは、１６の長さの核酸塩基を有する。いくつかの実施形態では、第２のドメインは、１７の長さの核酸塩基を有する。いくつかの実施形態では、第２のドメインは、１８の長さの核酸塩基を有する。いくつかの実施形態では、第２のドメインは、１９の長さの核酸塩基を有する。いくつかの実施形態では、第２のドメインは、２０の長さの核酸塩基を有する。
いくつかの実施形態では、第２のドメインは、オリゴヌクレオチドの約、又は少なくとも約５～９５％、１０％～９０％、２０％～８０％、３０％～７０％、４０％～７０％、４０％～６０％、５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約３０％～８０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約３０％～７０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約４０％～６０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約２０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約２５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約３０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約３５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約４０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約４５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約５０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約５５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約６０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約６５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約７０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約７５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約８０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約８５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約９０％である。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドが相補性に関して標的核酸とアラインメントされるとき、１個以上（例えば、１～２０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０など）のミスマッチが第２のドメイン中に存在する。いくつかの実施形態では、１個のミスマッチがある。いくつかの実施形態では、２個のミスマッチがある。いくつかの実施形態では、３個のミスマッチがある。いくつかの実施形態では、４個のミスマッチがある。いくつかの実施形態では、５個のミスマッチがある。いくつかの実施形態では、６個のミスマッチがある。いくつかの実施形態では、７個のミスマッチがある。いくつかの実施形態では、８個のミスマッチがある。いくつかの実施形態では、９個のミスマッチがある。いくつかの実施形態では、１０個のミスマッチがある。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドが相補性に関して標的核酸とアラインメントされるとき、１個以上（例えば、１～２０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０など）のゆらぎが第２のドメイン中に存在する。いくつかの実施形態では、１個のゆらぎがある。いくつかの実施形態では、２個のゆらぎがある。いくつかの実施形態では、３個のゆらぎがある。いくつかの実施形態では、４個のゆらぎがある。いくつかの実施形態では、５個のゆらぎがある。いくつかの実施形態では、６個のゆらぎがある。いくつかの実施形態では、７個のゆらぎがある。いくつかの実施形態では、８個のゆらぎがある。いくつかの実施形態では、９個のゆらぎがある。いくつかの実施形態では、１０個のゆらぎがある。
いくつかの実施形態では、第２のドメイン領域中のオリゴヌクレオチド及び標的核酸の二重鎖は、各々がゆらぎではない１個以上のミスマッチを独立して含む１個以上のバルジを含む。いくつかの実施形態では、０～１０個（例えば、０～１、０～２、０～３、０～４、０～５、０～６、０～７、０～８、０～９、０～１０、１～２、１～３、１～４、１～５、１～６、１～７、１～８、１～９、１～１０、２～３、２～４、２～５、２～６、２～７、２～８、２～９、２～１０、３～４、３～５、３～６、３～７、３～８、３～９、３～１０、０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０など）のバルジがある。いくつかの実施形態では、その数は、０である。いくつかの実施形態では、その数は、１である。いくつかの実施形態では、その数は、２である。いくつかの実施形態では、その数は、３である。いくつかの実施形態では、その数は、４である。いくつかの実施形態では、その数は、５である。
いくつかの実施形態では、第２のドメインは、標的核酸と完全に相補的である。
いくつかの実施形態では、第２のドメインは、１つ以上の修飾された核酸塩基を含む。
いくつかの実施形態では、第２のドメインは、例えば、オリゴヌクレオチドが標的核酸と二重鎖を形成するとき、標的アデノシンの反対側のヌクレオシドを含む。いくつかの実施形態では、反対側の核酸塩基は、任意選択により置換された若しくは保護されたＵであるか、又は任意選択により置換された若しくは保護されたＵの互変異性体である。いくつかの実施形態では、反対側の核酸塩基はＵである。
いくつかの実施形態では、反対側の核酸塩基は、Ｕと比較して、標的アデノシンの標的アデニンとより弱い水素結合を有する。いくつかの実施形態では、反対側の核酸塩基は、Ｕと比較して、標的アデノシンの標的アデニンとより少ない水素結合を形成する。いくつかの実施形態では、反対側の核酸塩基は、タンパク質、例えば、ＡＤＡＲの１つ以上のアミノ酸残基と１つ以上の水素結合を形成し、これらの残基は、標的アデノシンと反対側のＵと１つ以上の水素結合を形成する。いくつかの実施形態では、反対側の核酸塩基は、標的アデノシンと反対側のＵと１つ以上の水素結合を形成するＡＤＡＲの各アミノ酸残基と１つ以上の水素結合を形成する。いくつかの実施形態では、標的Ａとの水素結合を弱め及び／又はＡＤＡＲ１、ＡＤＡＲ２などのタンパク質との相互作用を維持するか若しくは増強することによって、ある特定の反対側の核酸塩基は、例えば、ＡＤＡＲ１及びＡＤＡＲ２などのＡＤＡＲタンパク質によって、アデノシン修飾を容易にし及び／又は促進する。
いくつかの実施形態では、反対側の核酸塩基は、任意選択により置換された若しくは保護されたＣであるか、又は任意選択により置換された若しくは保護されたＣの互変異性体である。いくつかの実施形態では、反対側の核酸塩基はＣである。いくつかの実施形態では、反対側の核酸塩基は、任意選択により置換された若しくは保護されたＡであるか、又は任意選択により置換された若しくは保護されたＡの互変異性体である。いくつかの実施形態では、反対側の核酸塩基はＡである。いくつかの実施形態では、反対側の核酸塩基は、任意選択により置換された若しくは保護されたシュードイソシトシンの核酸塩基であるか、又は任意選択により置換された若しくは保護されたシュードイソシトシンの核酸塩基の互変異性体である。いくつかの実施形態では、反対側の核酸塩基は、シュードイソシトシンの核酸塩基である。
いくつかの実施形態では、ヌクレオシド、例えば、本明細書に記載されるとおりの脱塩基と反対側のヌクレオシド（例えば、Ｌ０１０、Ｌ０１２、Ｌ０２８などの構造を有する）。
例えば、反対側の核酸塩基に関する修飾された核酸塩基の多くの有用な実施形態もまた、下に記載される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるとおり（例えば、様々なオリゴヌクレオチドにおいて）、本開示は、例えば、Ｃ、Ａ、ａＣ、ｂ００７Ｕ、ｂ００１Ｕ、ｂ００１Ａ、ｂ００２Ｕ、ｂ００１Ｃ、ｂ００３Ｕ、ｂ００２Ｃ、ｂ００４Ｕ、ｂ００３Ｃ、ｂ００５Ｕ、ｂ００２Ｉ、ｂ００６Ｕ、ｂ００３Ｉ、ｂ００８Ｕ、ｂ００９Ｕ、ｂ００２Ａ、ｂ００３Ａ、ｂ００１Ｇ、又はｚｄｎｐであるか又はそれを含む、Ａなどの標的ヌクレオシドと反対側のヌクレオシドの核酸塩基を含むオリゴヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、Ｃである。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、Ａである。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、ａＣである。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、ｂ００７Ｕである。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、ｂ００１Ｕである。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、ｂ００１Ａである。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、ｂ００２Ｕである。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、ｂ００１Ｃである。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、ｂ００３Ｕである。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、ｂ００２Ｃである。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、ｂ００４Ｕである。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、ｂ００３Ｃである。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、ｂ００５Ｕである。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、ｂ００２Ｉである。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、ｂ００６Ｕである。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、ｂ００３Ｉである。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、ｂ００８Ｕである。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、ｂ００９Ｕである。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、ｂ００２Ａである。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、ｂ００３Ａである。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、ｂ００１Ｇである。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、ｚｄｎｐである。いくつかの実施形態では、当業者が理解するとおり、核酸塩基は、例えば、オリゴヌクレオチド合成のために保護される。例えば、いくつかの実施形態では、核酸塩基は、
Figure 2022551124000001
の構造を有する保護されたｂ００１Ａであり、Ｒ’は、本明細書に記載されるとおりである。いくつかの実施形態では、Ｒ’は、－Ｃ（Ｏ）Ｒである。いくつかの実施形態では、Ｒ’は、－Ｃ（Ｏ）Ｐｈである。
ある特定の修飾された核酸塩基
いくつかの実施形態では、ＢＡは、環ＢＡ又はその互変異性体であるか又はそれを含み、環ＢＡは、０～１０個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された、５～２０員、単環式、二環式又は多環式環である。いくつかの実施形態では、環ＢＡは、１～１０個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された、５～２０員、単環式、二環式又は多環式であるか又はそれを含み、少なくとも１個のヘテロ原子は、窒素である。いくつかの実施形態では、環ＢＡは、飽和である。いくつかの実施形態では、環ＢＡは、１つ以上の不飽和を含む。いくつかの実施形態では、環ＢＡは、部分不飽和である。いくつかの実施形態では、環ＢＡは、芳香族である。
いくつかの実施形態では、ＢＡは、環ＢＡであるか又はそれを含み、環ＢＡは、０～１０個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された、５～２０員、単環式、二環式又は多環式環である。いくつかの実施形態では、環ＢＡは、１～１０個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された、５～２０員、単環式、二環式又は多環式であるか又はそれを含み、少なくとも１個のヘテロ原子は、窒素である。いくつかの実施形態では、環ＢＡは、飽和である。いくつかの実施形態では、環ＢＡは、１つ以上の不飽和を含む。いくつかの実施形態では、環ＢＡは、部分不飽和である。いくつかの実施形態では、環ＢＡは、芳香族である。
いくつかの実施形態では、ＢＡは、環ＢＡであるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、ＢＡは、環ＢＡである。いくつかの実施形態では、ＢＡは、環ＢＡの互変異性体であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、ＢＡは、環ＢＡの互変異性体である。
いくつかの実施形態では、本開示の構造は、１つ以上の任意選択により置換された環（例えば、Ｒ基と合わせて形成される環ＢＡ、－Ｃｙ－、環ＢＡＡ、Ｒなど）を含有する。いくつかの実施形態では、環は、０～１０個（例えば、１～１０、１～５、０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０など）のヘテロ原子を有する任意選択により置換されたＣ３～３０、Ｃ３～２０、Ｃ３～１５、Ｃ３～１０、Ｃ３～９、Ｃ３～８、Ｃ３～７、Ｃ３～６、Ｃ５～５０、Ｃ５～２０、Ｃ５～１５、Ｃ５～１０、Ｃ５～９、Ｃ５～８、Ｃ５～７、Ｃ５～６、又は３～３０（例えば、３～３０、３～２０、３～１５、３～１０、３～９、３～８、３～７、３～６、５～５０、５～２０、５～１５、５～１０、５～９、５～８、５～７、５～６、又は１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２５、３０など）員単環式、二環式又は多環式である。いくつかの実施形態では、環は、０～３個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された３～１０員単環式又は二環式の飽和、部分飽和又は芳香環である。いくつかの実施形態では、環は、置換されている。いくつかの実施形態では、環は、置換されていない。いくつかの実施形態では、環は、３、４、５、６、７、８、９、又は１０員である。いくつかの実施形態では、環は、５、６、又は７員である。いくつかの実施形態では、環は、５員である。いくつかの実施形態では、環は、６員である。いくつかの実施形態では、環は、７員である。いくつかの実施形態では、環は、単環式である。いくつかの実施形態では、環は、二環式である。いくつかの実施形態では、環は、多環式である。いくつかの実施形態では、環は、飽和である。いくつかの実施形態では、環は、少なくとも１つの不飽和を含有する。いくつかの実施形態では、環は、部分不飽和である。いくつかの実施形態では、環は、芳香族である。いくつかの実施形態では、環は、０～５個のヘテロ原子を有する。いくつかの実施形態では、環は、１～５個のヘテロ原子を有する。いくつかの実施形態では、環は、１個以上のヘテロ原子を有する。いくつかの実施形態では、環は、１個のヘテロ原子を有する。いくつかの実施形態では、環は、２個のヘテロ原子を有する。いくつかの実施形態では、環は、３個のヘテロ原子を有する。いくつかの実施形態では、環は、４個のヘテロ原子を有する。いくつかの実施形態では、環は、５個のヘテロ原子を有する。いくつかの実施形態では、ヘテロ原子は、窒素である。いくつかの実施形態では、ヘテロ原子は、酸素である。いくつかの実施形態では、環は、置換されている、例えば、１つ以上のアルキル基及び任意選択により本明細書に記載されるとおりの１つ以上の他の置換基で置換されている。いくつかの実施形態では、置換基は、メチルである。
いくつかの実施形態では、本開示の単環式、二環式、又は多環式環（例えば、Ｒ基と合わせて形成される環ＢＡ、－Ｃｙ－、環ＢＡＡ、Ｒなど）のそれぞれの単環式環単位は、独立して、０～５個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された５～７員、飽和、部分不飽和又は芳香環である。いくつかの実施形態では、１つ以上の単環式単位は、独立して、１つ以上の不飽和を含む。いくつかの実施形態では、１つ以上の単環式単位は、飽和である。いくつかの実施形態では、１つ以上の単環式単位は、部分飽和である。いくつかの実施形態では、１つ以上の単環式単位は、芳香族である。いくつかの実施形態では、１つ以上の単環式単位は、独立して、１～５個のヘテロ原子を有する。いくつかの実施形態では、１つ以上の単環式単位は、独立して、少なくとも１個の窒素原子を有する。いくつかの実施形態では、各単環式単位は、独立して、５又は６員である。いくつかの実施形態では、単環式単位は、５員である。いくつかの実施形態では、単環式単位は、５員であり且つ１～２個の窒素原子を有する。いくつかの実施形態では、単環式単位は、６員である。いくつかの実施形態では、単環式単位は、６員であり且つ１～２個の窒素原子を有する。環及びその単環式単位は、別段の指定がない限り任意選択により置換される。
いずれかの特定の理論により限定されることを意図するものではないが、本開示は、いくつかの実施形態において、核酸塩基（例えば、ＢＡ）の構造が、タンパク質（例えば、ＡＤＡＲ１、ＡＤＡＲ２などのＡＤＡＲタンパク質）との相互作用に影響し得ることを認める。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、酵素、例えば、ＡＤＡＲ１とオリゴヌクレオチドの相互作用を促進できる核酸塩基を含む。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、塩基対形成の強度を低減し得る（例えば、Ａ－Ｔ／Ｕ又はＣ－Ｇと比較して）核酸塩基を含む。いくつかの実施形態では、本開示は、タンパク質（例えば、ＡＤＡＲ１のような酵素）と第１の核酸塩基との相互作用（例えば、水素結合）を維持し及び／又は増強し、及び／又は二重鎖の他の鎖上のその対応する核酸塩基（例えば、Ａ）と第１の核酸塩基の相互作用（例えば、水素結合）を低減することによって、タンパク質（例えば、ＡＤＡＲ１のような酵素）による対応する核酸塩基の修飾が、著しく向上され得ることを認める。いくつかの実施形態では、本開示は、そのような第１の核酸塩基（例えば、本明細書に記載されるＢＡの様々な実施形態）を含むオリゴヌクレオチドを提供する。そのような第１の核酸塩基の例示的な実施形態は、本明細書に記載されるとおりである。いくつかの実施形態では、そのような第１の核酸塩基を含むオリゴヌクレオチドが、最大の相補性に関して別の核酸とアラインメントされるとき、第１の核酸塩基は、Ａの反対側にある。いくつかの実施形態では、本開示の多くの実施形態に例示されるとおりの第１の核酸塩基の反対側のそのようなＡは、本開示の技術を使用して効率的に修飾され得る。
いくつかの実施形態では、環ＢＡは、部分
Figure 2022551124000002
（各可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである）を含む。いくつかの実施形態では、環ＢＡは、部分
Figure 2022551124000003
（各可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである）を含む。いくつかの実施形態では、環ＢＡは、部分
Figure 2022551124000004
（各可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである）を含む。いくつかの実施形態では、環ＢＡは、部分
Figure 2022551124000005
（各可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである）を含む。いくつかの実施形態では、Ｘ１は、糖に結合される。いくつかの実施形態では、Ｘ１は、－Ｎ（－）－である。いくつかの実施形態では、Ｘ１は、－Ｃ（＝）－である。いくつかの実施形態では、Ｘ２は、－Ｃ（Ｏ）－である。いくつかの実施形態では、Ｘ３は、－ＮＨ－である。いくつかの実施形態では、Ｘ４は、－Ｃ（Ｏ）－ではない。いくつかの実施形態では、Ｘ４は、－Ｃ（Ｏ）－であり、例えば、同じヌクレオチド単位の部分と（例えば、同じＢＡ単位内（例えば、Ｘ５の水素結合ドナー（例えば、－ＯＨ、ＳＨなど）と））分子内水素結合を形成する。いくつかの実施形態では、Ｘ４は、－Ｃ（＝ＮＨ）－である。いくつかの実施形態では、環ＢＡは、部分
Figure 2022551124000006
（各可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである）を含む。いくつかの実施形態では、Ｘ４’は、－Ｃ（Ｏ）－である。いくつかの実施形態では、Ｘ５’は、－ＮＨ－である。
いくつかの実施形態では、ＢＡは、任意選択により置換された若しくは保護されたＣ又はその互変異性体である。いくつかの実施形態では、ＢＡは、任意選択により置換された又は任意選択により保護されたＣである。いくつかの実施形態では、ＢＡは、任意選択により置換された又は任意選択により保護されたＣの互変異性体である。いくつかの実施形態では、ＢＡは、Ｃである、いくつかの実施形態では、ＢＡは、置換されたＣである。いくつかの実施形態では、ＢＡは、保護されたＣである。いくつかの実施形態では、ＢＡは、置換されたＣの互変異性体である。いくつかの実施形態では、ＢＡは、保護されたＣの互変異性体である。
いくつかの実施形態では、環ＢＡは、式ＢＡ－Ｉの構造：
Figure 2022551124000007
（式中、
環ＢＡは、１～１０個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された５～２０員の単環式、二環式又は多環式の飽和、部分飽和又は芳香環であり；
各
Figure 2022551124000008
は、独立して、単結合又は二重結合であり；
Ｘ１は、－Ｎ（－）－又は－Ｃ（－）＝であり；
Ｘ２は、－Ｃ（Ｏ）－、－Ｃ（ＲＢ２）＝、又は－Ｃ（ＯＲＢ２）＝（式中、ＲＢ２は、－ＬＢ２－Ｒ’である）であり；
Ｘ３は、－Ｎ（ＲＢ３）－又は－Ｎ＝（式中、ＲＢ３は、－ＬＢ３－Ｒ’である）であり；
Ｘ４は、－Ｃ（ＲＢ４）＝、－Ｃ（－Ｎ（ＲＢ４）２）＝、－Ｃ（ＲＢ４）２－、－Ｃ（Ｏ）－、又は－Ｃ（＝ＮＲＢ４）－（式中、各ＲＢ４は、独立して、－ＬＢ４－ＲＢ４１であるか、又は同じ原子上の２つのＲＢ４を合わせて、＝Ｏ、＝Ｃ（－ＬＢ４－ＲＢ４１）２、＝Ｎ－ＬＢ４－ＲＢ４１、又は任意選択により置換された＝ＣＨ２若しくは＝ＮＨを形成する（式中、各ＲＢ４１は、独立して、Ｒ’である））であり；
ＬＢ２、ＬＢ３、及びＬＢ４の各々は、独立して、ＬＢであり；
各ＬＢは、独立して、共有結合、又は０～６個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された二価Ｃ１～１０飽和若しくは部分不飽和鎖であり、１つ以上のメチレン単位は、任意選択により且つ独立して、－Ｃｙ－、－Ｏ－、－Ｓ－、－Ｎ（Ｒ’）－、－Ｃ（Ｏ）－、－Ｃ（Ｓ）－、－Ｃ（ＮＲ’）－、－Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）－、－Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）－、－Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｏ－、－Ｓ（Ｏ）－、－Ｓ（Ｏ）２－、－Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒ’）－、－Ｃ（Ｏ）Ｓ－、又は－Ｃ（Ｏ）Ｏ－で置き換えられ；
各－Ｃｙ－は、独立して、０～１０個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された３～２０員単環式、二環式又は多環式環であり；
各Ｒ’は、独立して、－Ｒ、－Ｃ（Ｏ）Ｒ、－Ｃ（Ｏ）ＯＲ、－Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ）２、又は－ＳＯ２Ｒであり；並びに
各Ｒは、独立して、－Ｈ、又はＣ１～２０脂肪族、１～１０個のヘテロ原子を有するＣ１～２０ヘテロ脂肪族、Ｃ６～２０アリール、Ｃ６～２０アリール脂肪族、１～１０個のヘテロ原子を有するＣ６～２０アリールヘテロ脂肪族、１～１０個のヘテロ原子を有する５～２０員ヘテロアリール、及び１～１０個のヘテロ原子を有する３～２０員ヘテロシクリルから選択される任意選択により置換された基であるか、又は
２つのＲ基を、任意選択により且つ独立して合わせて、共有結合を形成するか、又は
同じ原子上の２つ以上のＲ基を、任意選択により且つ独立して、その原子と合わせて、その原子に加えて０～１０個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された３～２０員単環式、二環式又は多環式環を形成するか；又は
２つ以上の原子上の２つ以上のＲ基を、任意選択により且つ独立して、それらの介在原子と合わせて、介在原子に加えて０～１０個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された３～３０員単環式、二環式又は多環式環を形成する）を有する。
いくつかの実施形態では、環ＢＡ（例えば、式ＢＡ－Ｉの１つ）は、式ＢＡ－Ｉ－ａの構造：
Figure 2022551124000009
を有する。
いくつかの実施形態では、環ＢＡ（例えば、式ＢＡ－Ｉ、ＢＡ－Ｉ－ａなどの１つ）は、式ＢＡ－Ｉ－ｂの構造：
Figure 2022551124000010
を有する。
いくつかの実施形態では、環ＢＡ（例えば、式ＢＡ－Ｉの１つ）は、式ＢＡ－ＩＩの構造：
Figure 2022551124000011
（式中、
Ｘ５は、－Ｃ（ＲＢ５）２－、－Ｎ（ＲＢ５）－、－Ｃ（ＲＢ５）＝、－Ｃ（Ｏ）－、又は－Ｎ＝であり、各ＲＢ５は、独立して、ハロゲン、又は－ＬＢ５－ＲＢ５１であり、ＲＢ５１は、－Ｒ’、－Ｎ（Ｒ’）２、－ＯＲ’、又は－ＳＲ’であり；
ＬＢ５は、ＬＢであり；且つ
それぞれの他の可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである）を有する。
いくつかの実施形態では、環ＢＡ（例えば、式ＢＡ－Ｉ、ＢＡ－Ｉ－ａ、ＢＡ－ＩＩなどの１つ）は、式ＢＡ－ＩＩ－ａの構造：
Figure 2022551124000012
を有する。
いくつかの実施形態では、環ＢＡ（例えば、式ＢＡ－Ｉ、ＢＡ－Ｉ－ａ、ＢＡ－Ｉ－ｂ、ＢＡ－ＩＩ、ＢＡ－ＩＩ－ａなどの１つ）は、式ＢＡ－ＩＩ－ｂの構造：
Figure 2022551124000013
を有する。
いくつかの実施形態では、環ＢＡ（例えば、式ＢＡ－Ｉ、ＢＡ－ＩＩなどの１つ）は、式ＢＡ－ＩＩＩの構造：
Figure 2022551124000014
（式中、
Ｘ６は、－Ｃ（ＲＢ６）＝、－Ｃ（ＯＲＢ６）＝、－Ｃ（ＲＢ６）２－、－Ｃ（Ｏ）－、又は－Ｎ＝（式中、各ＲＢ６は、独立して、－ＬＢ６－ＲＢ６１であるか、又は同じ原子上の２つのＲＢ６を合わせて、＝Ｏ、＝Ｃ（－ＬＢ６－ＲＢ６１）２、＝Ｎ－ＬＢ６－ＲＢ６１、又は任意選択により置換された＝ＣＨ２若しくは＝ＮＨを形成する（式中、各ＲＢ６１は、独立して、Ｒ’である））であり；
ＬＢ６は、ＬＢであり；且つ
それぞれの他の可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである）を有する。
いくつかの実施形態では、環ＢＡ（例えば、式ＢＡ－Ｉ、ＢＡ－Ｉ－ａ、ＢＡ－ＩＩ、ＢＡ－ＩＩ－ａ、ＢＡ－ＩＩＩなどの１つ）は、式ＢＡ－ＩＩＩ－ａの構造：
Figure 2022551124000015
を有する。
いくつかの実施形態では、環ＢＡ（例えば、式ＢＡ－Ｉ、ＢＡ－Ｉ－ａ、ＢＡ－Ｉ－ｂ、ＢＡ－ＩＩ、ＢＡ－ＩＩ－ａ、ＢＡ－ＩＩ－ｂ、ＢＡ－ＩＩＩ、ＢＡ－ＩＩＩ－ａなどの１つ）は、式ＢＡ－ＩＩＩ－ｂの構造：
Figure 2022551124000016
を有する。
いくつかの実施形態では、環ＢＡ（例えば、式ＢＡ－Ｉ、ＢＡ－ＩＩなどの１つ）は、式ＢＡ－ＩＶの構造：
Figure 2022551124000017
（式中、
環ＢＡＡは、０～５個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された５～１４員単環式、二環式又は多環式環であり；且つ
それぞれの他の可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである）を有する。
いくつかの実施形態では、環ＢＡ（例えば、式ＢＡ－Ｉ、ＢＡ－Ｉ－ａ、ＢＡ－ＩＩ、ＢＡ－ＩＩ－ａなどの１つ）は、式ＢＡ－ＩＶ－ａの構造：
Figure 2022551124000018
を有する。
いくつかの実施形態では、環ＢＡ（例えば、式ＢＡ－Ｉ、ＢＡ－Ｉ－ａ、ＢＡ－ＩＩ、ＢＡ－ＩＩ－ａなどの１つ）は、式ＢＡ－ＩＶ－ｂの構造：
Figure 2022551124000019
を有する。
いくつかの実施形態では、環ＢＡ（例えば、式ＢＡ－Ｉ、ＢＡ－ＩＩ、ＢＡ－ＩＩＩ、ＢＡ－ＩＶなどの１つ）は、式ＢＡ－Ｖの構造：
Figure 2022551124000020
を有する。
いくつかの実施形態では、環ＢＡ（例えば、式ＢＡ－Ｉ、ＢＡ－Ｉ－ａ、ＢＡ－ＩＩ、ＢＡ－ＩＩ－ａ、ＢＡ－ＩＩＩ、ＢＡ－ＩＩＩ－ａ、ＢＡ－ＩＶ、ＢＡ－ＩＶ－ａ、ＢＡ－Ｖなどの１つ）は、式ＢＡ－Ｖ－ａの構造：
Figure 2022551124000021
を有する。
いくつかの実施形態では、環ＢＡ（例えば、式ＢＡ－Ｉ、ＢＡ－Ｉ－ａ、ＢＡ－Ｉ－ｂ、ＢＡ－ＩＩ、ＢＡ－ＩＩ－ａ、ＢＡ－ＩＩ－ｂ、ＢＡ－ＩＩＩ、ＢＡ－ＩＩＩ－ａ、ＢＡ－ＩＩＩ－ｂ、ＢＡ－ＩＶ、ＢＡ－ＩＶ－ａ、ＢＡ－ＩＶ－ｂ、ＢＡ－Ｖ、ＢＡ－Ｖ－ａなどの１つ）は、式ＢＡ－Ｖ－ｂの構造：
Figure 2022551124000022
を有する。
いくつかの実施形態では、環ＢＡは、式ＢＡ－ＶＩの構造：
Figure 2022551124000023
（式中、
Ｘ１’は、－Ｎ（－）－又は－Ｃ（－）＝であり；
Ｘ２’は、－Ｃ（Ｏ）－又は－Ｃ（ＲＢ２’）＝（式中、ＲＢ２’は、－ＬＢ２’－Ｒ’である）であり；
各
Figure 2022551124000024
は、独立して、単結合又は二重結合であり；
Ｘ３’は、－Ｎ（ＲＢ３’）－又は－Ｎ＝（式中、ＲＢ３’は、－ＬＢ３’－Ｒ’である）であり；
Ｘ４’は、－Ｃ（ＲＢ４’）＝、－Ｃ（ＯＲＢ４’）＝、－Ｃ（－Ｎ（ＲＢ４’）２）＝、－Ｃ（ＲＢ４’）２－、－Ｃ（Ｏ）－、又は－Ｃ（＝ＮＲＢ４’）－（式中、各ＲＢ４’は、独立して、－ＬＢ４’－ＲＢ４１’であるか、又は同じ原子上の２つのＲＢ４’を合わせて、＝Ｏ、＝Ｃ（－ＬＢ４’－ＲＢ４１’）２、＝Ｎ－ＬＢ４’－ＲＢ４１’、又は任意選択により置換された＝ＣＨ２又は＝ＮＨを形成する（式中、各ＲＢ４１’は、独立して、－Ｒ’である））であり；
Ｘ５’は、－Ｎ（ＲＢ５’）－又は－Ｎ＝（式中、ＲＢ５’は、－ＬＢ５’－Ｒ’である）であり；
Ｘ６’は、－Ｃ（ＲＢ６’）＝、－Ｃ（ＯＲＢ６’）＝、－Ｃ（ＲＢ６’）２－、－Ｃ（Ｏ）－、又は－Ｎ＝（式中、各ＲＢ６’は、独立して、－ＬＢ６’－ＲＢ６１’であるか、又は同じ原子上の２つのＲＢ６’を合わせて、＝Ｏ、＝Ｃ（－ＬＢ６’－ＲＢ６１’）２、＝Ｎ－ＬＢ６’－ＲＢ６１’、又は任意選択により置換された＝ＣＨ２若しくは＝ＮＨを形成する（式中、各ＲＢ６１’は、独立して、Ｒ’である））であり；
Ｘ７’は、－Ｃ（ＲＢ７’）＝、－Ｃ（ＯＲＢ６’）＝、－Ｃ（ＲＢ７’）２－、－Ｃ（Ｏ）－、－Ｎ（ＲＢ７’）－、又は－Ｎ＝（式中、各ＲＢ７’は、独立して、－Ｌ７’－ＲＢ７１’であるか、又は同じ原子上の２つのＲＢ７’を合わせて、＝Ｏ、＝Ｃ（－Ｌ７’－ＲＢ７１’）２、＝Ｎ－Ｌ７’－ＲＢ７１’、又は任意選択により置換された＝ＣＨ２若しくは＝ＮＨを形成する（式中、各ＲＢ７１’は、独立して、Ｒ’である））であり；
ＬＢ２’、ＬＢ３’、ＬＢ４’、ＬＢ５’及びＬＢ６’の各々は、独立して、ＬＢであり；且つ
それぞれの他の可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである）を有する。
いくつかの実施形態では、
Figure 2022551124000025
は、単結合である。いくつかの実施形態では、
Figure 2022551124000026
は、二重結合である。
いくつかの実施形態では、Ｘ１は、－Ｎ（－）－である。いくつかの実施形態では、Ｘ１は、－Ｃ（－）＝である。
いくつかの実施形態では、Ｘ２は、－Ｃ（Ｏ）－である。いくつかの実施形態では、Ｘ２は、－Ｃ（ＲＢ２）＝である。いくつかの実施形態では、Ｘ２は、－Ｃ（ＯＲＢ２）＝である。いくつかの実施形態では、Ｘ２は、－ＣＨ＝である。
いくつかの実施形態では、ＬＢ２は、共有結合である。
いくつかの実施形態では、ＲＢ２は、保護基、例えば、オリゴヌクレオチド合成に好適なヒドロキシル保護基である。いくつかの実施形態では、ＲＢ２は、Ｒ’である。いくつかの実施形態では、ＲＢ２は、－Ｈである。
いくつかの実施形態では、Ｘ３は、－Ｎ（ＲＢ３）－である。いくつかの実施形態では、Ｘ３は、－ＮＨ－である。いくつかの実施形態では、Ｘ３は、－Ｎ＝である。
いくつかの実施形態では、ＬＢ３は、共有結合である。
いくつかの実施形態では、ＲＢ３は、保護基、例えば、オリゴヌクレオチド合成に好適なアミノ酸保護基（例えば、Ｂｚ）である。いくつかの実施形態では、ＲＢ３は、Ｒ’である。いくつかの実施形態では、ＲＢ３は、－Ｃ（Ｏ）Ｒである。いくつかの実施形態では、ＲＢ３は、Ｒである。いくつかの実施形態では、ＲＢ３は、－Ｈである。
いくつかの実施形態では、Ｘ４は、－Ｃ（ＲＢ４）＝である。いくつかの実施形態では、Ｘ４は、－Ｃ（Ｒ）＝である。いくつかの実施形態では、Ｘ４は、－ＣＨ＝である。いくつかの実施形態では、Ｘ４は、－Ｃ（ＯＲＢ４）＝である。いくつかの実施形態では、Ｘ４は、－Ｃ（－Ｎ（ＲＢ４）２）＝である。いくつかの実施形態では、Ｘ４は、－Ｃ（－ＮＨＲＢ４）＝である。いくつかの実施形態では、Ｘ４は、－Ｃ（＝ＮＨＲ’）＝である。いくつかの実施形態では、Ｘ４は、－Ｃ（＝ＮＨＲ’）＝である。いくつかの実施形態では、Ｘ４は、－Ｃ（＝ＮＨ２）＝である。いくつかの実施形態では、Ｘ４は、－Ｃ（－ＮＨＣ（Ｏ）Ｒ）＝である。いくつかの実施形態では、Ｘ４は、－Ｃ（ＲＢ４）２－である。いくつかの実施形態では、Ｘ４は、－ＣＨ２－である。いくつかの実施形態では、Ｘ４は、－Ｃ（Ｏ）－である。いくつかの実施形態では、Ｘ４は、－Ｃ（Ｏ）－（式中、Ｏは、分子内水素結合を形成する）である。いくつかの実施形態では、Ｏは、同じＢＡのＸ５の水素結合ドナーと水素結合を形成する。いくつかの実施形態では、Ｘ４は、－Ｃ（＝ＮＲＢ４）－である。いくつかの実施形態では、Ｘ４は、－Ｃ（（＝ＮＲＢ４）－（式中、Ｎは、分子内水素結合を形成する）である。いくつかの実施形態では、Ｎは、同じＢＡのＸ５の水素結合ドナーと水素結合を形成する。
いくつかの実施形態では、ＲＢ４は、－ＬＢ４－ＲＢ４１である。いくつかの実施形態では、同じ原子上の２つのＲＢ４を合わせて、＝Ｏ、＝Ｃ（－ＬＢ４－ＲＢ４１）２、＝Ｎ－ＬＢ４－ＲＢ４１、又は任意選択により置換された＝ＣＨ２若しくは＝ＮＨを形成する。
いくつかの実施形態では、同じ原子上の２つのＲＢ４を合わせて、＝Ｏを形成する。いくつかの実施形態では、同じ原子上の２つのＲＢ４を合わせて、＝Ｃ（－ＬＢ４－ＲＢ４１）２を形成する。いくつかの実施形態では、＝Ｃ（－ＬＢ４－ＲＢ４１）２は、＝ＣＨ－ＬＢ４－ＲＢ４１である。いくつかの実施形態では、＝Ｃ（－ＬＢ４－ＲＢ４１）２は、＝ＣＨＲ’である。いくつかの実施形態では、＝Ｃ（－ＬＢ４－ＲＢ４１）２は、＝ＣＨＲである。いくつかの実施形態では、同じ原子上の２つのＲＢ４を合わせて、＝Ｎ－ＬＢ４－ＲＢ４１を形成する。いくつかの実施形態では、＝Ｎ－ＬＢ４－ＲＢ４１は、＝Ｎ－Ｒである。いくつかの実施形態では、同じ原子上の２つのＲＢ４を合わせて、＝ＣＨ２を形成する。いくつかの実施形態では、同じ原子上の２つのＲＢ４を合わせて、＝ＮＨを形成する。いくつかの実施形態では、形成された基は、オリゴヌクレオチド合成のための好適な保護基、例えば、アミノ保護基である。
いくつかの実施形態では、Ｘ４は、－Ｃ（－Ｎ＝Ｃ（－ＬＢ４－ＲＢ４１）２）＝である。いくつかの実施形態では、Ｘ４は、－Ｃ（－Ｎ＝ＣＨ－ＬＢ４－ＲＢ４１）＝である。いくつかの実施形態では、Ｘ４は、－Ｃ（－Ｎ＝ＣＨ－Ｎ（ＣＨ３）２）＝である。
いくつかの実施形態では、Ｘ４（例えば、－Ｃ（＝Ｎ－Ｒ）－、＝Ｃ（Ｒ）－など）のＲを、例えば、Ｘ５の別のＲと任意選択により合わせて、本明細書に記載されるとおりの環を形成する。
いくつかの実施形態では、ＲＢ４は、Ｒ’である。いくつかの実施形態では、ＲＢ４は、Ｒである。いくつかの実施形態では、ＲＢ４は、－Ｈである。
いくつかの実施形態では、ＲＢ４は、保護基、例えば、オリゴヌクレオチド合成に好適なアミノ又はヒドロキシル保護基である。いくつかの実施形態では、ＲＢ４は、Ｒ’である。いくつかの実施形態では、ＲＢ４は、－ＣＨ２ＣＨ２－（４－ニトロフェニル）である。
いくつかの実施形態では、ＬＢ４は、共有結合である。いくつかの実施形態では、ＬＢ４は、共有結合ではない。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのメチレン単位は、－Ｃ（Ｏ）－で置き換えられる。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのメチレン単位は、－Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）－で置き換えられる。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのメチレン単位は、－Ｎ（Ｒ’）－で置き換えられる。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのメチレン単位は、－ＮＨ－で置き換えられる。いくつかの実施形態では、ＬＢ４は、任意選択により置換された－Ｎ＝ＣＨ－であるか又はそれを含む。
いくつかの実施形態では、ＲＢ４１は、Ｒ’である。いくつかの実施形態では、ＲＢ４１は、－Ｈである。いくつかの実施形態では、ＲＢ４１は、Ｒである。いくつかの実施形態では、Ｒは、任意選択により置換されたフェニルである。いくつかの実施形態では、Ｒは、フェニルである。
いくつかの実施形態では、Ｘ５は、－Ｃ（ＲＢ５）２－である。いくつかの実施形態では、Ｘ５は、－ＣｈＲＢ５－である。いくつかの実施形態では、Ｘ５は、－ＣＨ２－である。いくつかの実施形態では、Ｘ５は、－Ｎ（ＲＢ５）－である。いくつかの実施形態では、Ｘ５は、－ＮＨ－である。いくつかの実施形態では、Ｘ５は、－Ｃ（ＲＢ５）＝である。いくつかの実施形態では、Ｘ５は、－Ｃ（Ｒ）＝である。いくつかの実施形態では、Ｘ５は、－ＣＨ＝である。いくつかの実施形態では、Ｘ５は、－Ｎ＝である。いくつかの実施形態では、Ｘ５は、－Ｃ（Ｏ）－である。
いくつかの実施形態では、ＲＢ５は、ハロゲンである。いくつかの実施形態では、ＲＢ５は、－ＬＢ５－ＲＢ５１である。いくつかの実施形態では、ＲＢ５は、－ＬＢ５－ＲＢ５１（式中、ＲＢ５１は、Ｒ’、－ＮＨＲ’、－ＯＨ、又は－ＳＨである）である。いくつかの実施形態では、ＲＢ５は、－ＬＢ５－ＲＢ５１（式中、ＲＢ５１は、－ＮＨＲ’、－ＯＨ、又は－ＳＨである）である。いくつかの実施形態では、ＲＢ５は、－ＬＢ５－ＲＢ５１（式中、ＲＢ５１は、－ＮＨ２、－ＯＨ、又は－ＳＨである）である。いくつかの実施形態では、ＲＢ５は、－Ｃ（Ｏ）－ＲＢ５１である。いくつかの実施形態では、ＲＢ５は、Ｒ’である。いくつかの実施形態では、ＲＢ５は、Ｒである。いくつかの実施形態では、ＲＢ５は、－Ｈである。いくつかの実施形態では、ＲＢ５は、－ＯＨである。いくつかの実施形態では、ＲＢ５は、－ＣＨ２ＯＨである。
いくつかの実施形態では、Ｘ４が－Ｃ（Ｏ）－であるとき、Ｘ５は、－Ｃ（ＲＢ５）２－、－Ｃ（ＲＢ５）＝、又は－Ｎ（ＲＢ５）－（式中、ＲＢ５は、－ＬＢ５－ＲＢ５１であり、ＲＢ５１は、－ＮＨＲ’、－ＯＨ、又は－ＳＨである）である。いくつかの実施形態では、Ｘ４は、－Ｃ（Ｏ）－であり、且つＲＢ５１は、Ｘ４のＯと水素結合を形成する水素結合ドナーであるか又はそれを含む。
いくつかの実施形態では、ＬＢ５は、共有結合である。いくつかの実施形態では、ＬＢ５は、－Ｃ（Ｏ）－であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、ＬＢ５は、－Ｏ－であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、ＬＢ５は、－ＯＣ（Ｏ）－であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、ＬＢ５は、－ＣＨ２ＯＣ（Ｏ）－であるか又はそれを含む。
いくつかの実施形態では、Ｒ５１は、－Ｒ’である。いくつかの実施形態では、Ｒ５１は、－Ｒである。いくつかの実施形態では、Ｒ５１は、－Ｈである。いくつかの実施形態では、Ｒ５１は、－Ｎ（Ｒ’）２である。いくつかの実施形態では、Ｒ５１は、－ＮＨＲ’である。いくつかの実施形態では、Ｒ５１は、－ＮＨＲである。いくつかの実施形態では、Ｒ５１は、－ＮＨ２である。いくつかの実施形態では、Ｒ５１は、－ＯＲ’である。いくつかの実施形態では、Ｒ５１は、－ＯＲである。いくつかの実施形態では、Ｒ５１は、－ＯＨである。いくつかの実施形態では、Ｒ５１は、－ＳＲ’である。いくつかの実施形態では、Ｒ５１は、－ＳＲである。いくつかの実施形態では、Ｒ５１は、－ＳＨである。いくつかの実施形態では、Ｒは、ベンジルである。いくつかの実施形態では、Ｒは、任意選択により置換されたフェニルである。いくつかの実施形態では、Ｒは、フェニルである。いくつかの実施形態では、Ｒは、メチルである。
いくつかの実施形態では、ＲＢ５は、－Ｃ（Ｏ）－ＲＢ５１である。いくつかの実施形態では、ＲＢ５は、－Ｃ（Ｏ）ＮＨＣＨ２Ｐｈである。いくつかの実施形態では、ＲＢ５は、－Ｃ（Ｏ）ＮＨＰｈである。いくつかの実施形態では、ＲＢ５は、－Ｃ（Ｏ）ＮＨＣＨ３である。いくつかの実施形態では、ＲＢ５は、－ＯＣ（Ｏ）－ＲＢ５１である。いくつかの実施形態では、ＲＢ５は、－ＯＣ（Ｏ）－Ｒである。いくつかの実施形態では、ＲＢ５は、－ＯＣ（Ｏ）ＣＨ３である。
いくつかの実施形態では、Ｘ５は、Ｘ１に直接的に結合され、環ＢＡは、５員である。
いくつかの実施形態では、Ｘ６は、－Ｃ（ＲＢ６）＝である。いくつかの実施形態では、Ｘ６は、－ＣＨ＝である。いくつかの実施形態では、Ｘ６は、－Ｃ（ＯＲＢ６）＝である。いくつかの実施形態では、Ｘ６は、－Ｃ（ＲＢ６）２－である。いくつかの実施形態では、Ｘ６は、－ＣＨ２－である。いくつかの実施形態では、Ｘ６は、－Ｃ（Ｏ）－である。いくつかの実施形態では、Ｘ６は、－Ｎ＝である。
いくつかの実施形態では、ＲＢ６は、－ＬＢ６－ＲＢ６１である。いくつかの実施形態では、同じ原子上の２つのＲＢ６を合わせて、＝Ｏ、＝Ｃ（－ＬＢ６－ＲＢ６１）２、＝Ｎ－ＬＢ６－ＲＢ６１、又は任意選択により置換された＝ＣＨ２若しくは＝ＮＨを形成する。いくつかの実施形態では、同じ原子上の２つのＲＢ６を合わせて、＝Ｏを形成する。いくつかの実施形態では、ＬＢ６は、共有結合である。いくつかの実施形態では、ＲＢ６は、Ｒである。いくつかの実施形態では、ＲＢ６は、－Ｈである。
いくつかの実施形態では、ＲＢ６は、保護基、例えば、オリゴヌクレオチド合成に好適なアミノ又はヒドロキシル保護基である。いくつかの実施形態では、ＲＢ６は、Ｒである。いくつかの実施形態では。
いくつかの実施形態では、ＬＢ６は、共有結合である。いくつかの実施形態では、ＬＢ６は、任意選択により置換されたＣ１～１０アルキレンである。いくつかの実施形態では、ＬＢ６は、－ＣＨ２ＣＨ２－である。いくつかの実施形態では、ＲＢ６は、－ＣＨ２ＣＨ２－（４－ニトロフェニル）である。
いくつかの実施形態では、ＲＢ６１は、Ｒ’である。いくつかの実施形態では、ＲＢ６１は、Ｒである。いくつかの実施形態では、ＲＢ６１は、－Ｈである。
いくつかの実施形態では、環ＢＡＡは、５員である。いくつかの実施形態では、環ＢＡＡは、５員である。いくつかの実施形態では、環ＢＡＡは、１個のヘテロ原子を有する。いくつかの実施形態では、環ＢＡＡは、２個のヘテロ原子を有する。いくつかの実施形態では、ヘテロ原子は、窒素である。いくつかの実施形態では、ヘテロ原子は、酸素である。
いくつかの実施形態では、Ｘ１’は、－Ｎ（－）－である。いくつかの実施形態では、Ｘ１’は、－Ｃ（－）＝である。
いくつかの実施形態では、Ｘ２’は、－Ｃ（Ｏ）－である。いくつかの実施形態では、Ｘ２’は、－Ｃ（ＲＢ２’）＝である。いくつかの実施形態では、Ｘ２’は、－ＣＨ＝である。
いくつかの実施形態では、ＬＢ２’は、共有結合である。
いくつかの実施形態では、ＲＢ２’は、Ｒ’である。いくつかの実施形態では、ＲＢ２’は、Ｒである。いくつかの実施形態では、ＲＢ２’は、－Ｈである。いくつかの実施形態では、Ｘ２’は、－ＣＨ＝である。
いくつかの実施形態では、Ｘ３’は、－Ｎ（ＲＢ３’）－である。いくつかの実施形態では、Ｘ３’は、－Ｎ（Ｒ’）－である。いくつかの実施形態では、Ｘ３’は、－ＮＨ－である。いくつかの実施形態では、Ｘ３’は、－Ｎ＝である。
いくつかの実施形態では、ＬＢ３’は、共有結合である。
いくつかの実施形態では、ＲＢ３’は、Ｒ’である。いくつかの実施形態では、ＲＢ３’は、Ｒである。いくつかの実施形態では、ＲＢ３’は、－Ｈである。
いくつかの実施形態では、Ｘ４’は、－Ｃ（ＲＢ４’）＝である。いくつかの実施形態では、Ｘ４’は、－Ｃ（ＯＲＢ４’）＝である。いくつかの実施形態では、Ｘ４’は、－Ｃ（－Ｎ（ＲＢ４’）２）＝である。いくつかの実施形態では、Ｘ４’は、－Ｃ（－ＮＨＲＢ４’）＝である。いくつかの実施形態では、Ｘ４’は、－Ｃ（－ＮＨ２）＝である。いくつかの実施形態では、Ｘ４’は、－Ｃ（－ＮＨＲ’）＝である。いくつかの実施形態では、Ｘ４’は、－Ｃ（－ＮＨＣ（Ｏ）Ｒ）＝である。いくつかの実施形態では、Ｘ４’は、－Ｃ（ＲＢ４’）２－である。いくつかの実施形態では、Ｘ４’は、－Ｃ（Ｏ）－である。いくつかの実施形態では、Ｘ４’は、－Ｃ（＝ＮＲＢ４’）－である。
いくつかの実施形態では、ＲＢ４’は、－ＬＢ４’－ＲＢ４１’である。いくつかの実施形態では、同じ原子上の２つのＲＢ４’を合わせて、＝Ｏ、＝Ｃ（－ＬＢ４’－ＲＢ４１’）２、＝Ｎ－ＬＢ４’－ＲＢ４１’、又は任意選択により置換された＝ＣＨ２若しくは＝ＮＨを形成する。いくつかの実施形態では、同じ原子上の２つのＲＢ４’を合わせて、＝Ｏを形成する。いくつかの実施形態では、同じ原子上の２つのＲＢ４’を合わせて、＝Ｃ（－ＬＢ４’－ＲＢ４１’）２を形成する。いくつかの実施形態では、同じ原子上の２つのＲＢ４’を合わせて、＝Ｎ－ＬＢ４’－ＲＢ４１’を形成する。いくつかの実施形態では、同じ原子上の２つのＲＢ４’を合わせて、＝ＣＨ２を形成する。いくつかの実施形態では、同じ原子上の２つのＲＢ４’を合わせて、＝ＮＨを形成する。いくつかの実施形態では、形成された基は、オリゴヌクレオチド合成のための好適な保護基、例えば、アミノ保護基である。
いくつかの実施形態では、Ｘ４’は、－Ｃ（－Ｎ＝Ｃ（－ＬＢ４’－ＲＢ４１’）２）＝である。いくつかの実施形態では、Ｘ４’は、－Ｃ（－Ｎ＝ＣＨ－ＬＢ４’－ＲＢ４１’）＝である。いくつかの実施形態では、Ｘ４’は、－Ｃ（－Ｎ＝ＣＨ－Ｎ（ＣＨ３）２）＝である。
いくつかの実施形態では、ＲＢ４’は、Ｒ’である。いくつかの実施形態では、ＲＢ４’は、Ｒである。いくつかの実施形態では、ＲＢ４’は、－Ｈである。
いくつかの実施形態では、ＲＢ４’は、保護基、例えば、オリゴヌクレオチド合成に好適なアミノ又はヒドロキシル保護基である。いくつかの実施形態では、ＲＢ４’は、Ｒ’である。いくつかの実施形態では、ＲＢ４’は、－ＣＨ２ＣＨ２－（４－ニトロフェニル）である。
いくつかの実施形態では、ＬＢ４’は、共有結合である。いくつかの実施形態では、ＬＢ４’は、任意選択により置換されたＣ１～１０アルキレンである。いくつかの実施形態では、ＬＢ４’は、－ＣＨ２ＣＨ２－である。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのメチレン単位は、－Ｎ（Ｒ’）－で置き換えられる。いくつかの実施形態では、Ｒ’は、Ｒである。いくつかの実施形態では、Ｒは、任意選択により置換されたフェニルである。いくつかの実施形態では、Ｒは、フェニルである。いくつかの実施形態では、Ｒは、メチルである。いくつかの実施形態では、Ｒは、－Ｈである。
いくつかの実施形態では、ＲＢ４１’は、Ｒ’である。いくつかの実施形態では、ＲＢ４１’は、Ｒである。いくつかの実施形態では、ＲＢ４１’は、－Ｈである。
いくつかの実施形態では、Ｘ５’は、－Ｎ（ＲＢ５’）－である。いくつかの実施形態では、Ｘ５’は、－ＮＨ－である。いくつかの実施形態では、Ｘ５’は、－Ｎ＝である。
いくつかの実施形態では、ＬＢ５’は、共有結合である。
いくつかの実施形態では、ＲＢ５’は、Ｒ’である。いくつかの実施形態では、ＲＢ５’は、Ｒである。いくつかの実施形態では、ＲＢ５’は、－Ｈである。
いくつかの実施形態では、Ｘ６’は、－Ｃ（ＲＢ６’）＝である。いくつかの実施形態では、Ｘ６’は、－ＣＨ＝である。いくつかの実施形態では、Ｘ６’は、－Ｃ（ＯＲＢ６’）＝である。いくつかの実施形態では、Ｘ６’は、－Ｃ（ＲＢ６’）２－である。いくつかの実施形態では、Ｘ６’は、－Ｃ（Ｏ）－である。いくつかの実施形態では、Ｘ６’は、－Ｎ＝である。
いくつかの実施形態では、ＲＢ６’は、－ＬＢ６’－ＲＢ６１’である。いくつかの実施形態では、同じ原子上の２つのＲＢ６’を合わせて、＝Ｏ、＝Ｃ（－ＬＢ６’－ＲＢ６１’）２、＝Ｎ－ＬＢ６’－ＲＢ６１’、又は任意選択により置換された＝ＣＨ２若しくは＝ＮＨを形成する。いくつかの実施形態では、同じ原子上の２つのＲＢ６’を合わせて、＝Ｏを形成する。
いくつかの実施形態では、ＬＢ６’は、共有結合である。いくつかの実施形態では、ＬＢ６’は、任意選択により置換されたＣ１～１０アルキレンである。いくつかの実施形態では、ＬＢ６’は、－ＣＨ２ＣＨ２－である。
いくつかの実施形態では、ＲＢ６’は、Ｒ’である。いくつかの実施形態では、ＲＢ６’は、Ｒである。いくつかの実施形態では、ＲＢ６’は、－Ｈである。いくつかの実施形態では、ＲＢ６’は、保護基、例えば、オリゴヌクレオチド合成に好適なアミノ又はヒドロキシル保護基である。いくつかの実施形態では、ＲＢ６’は、Ｒ’である。いくつかの実施形態では、ＲＢ６’は、－ＣＨ２ＣＨ２－（４－ニトロフェニル）である。
いくつかの実施形態では、ＲＢ６１’は、Ｒ’である。いくつかの実施形態では、ＲＢ６１’は、Ｒである。いくつかの実施形態では、ＲＢ６１’は、－Ｈである。
いくつかの実施形態では、Ｘ７’は、－Ｃ（ＲＢ７’）＝である。いくつかの実施形態では、Ｘ７’は、－ＣＨ＝である。いくつかの実施形態では、Ｘ７’は、－Ｃ（ＯＲＢ７’）＝である。いくつかの実施形態では、Ｘ７’は、－Ｃ（ＲＢ７’）２－である。いくつかの実施形態では、Ｘ７’は、－Ｃ（Ｏ）－である。いくつかの実施形態では、Ｘ７’は、－Ｎ（ＲＢ７’）－である。いくつかの実施形態では、Ｘ７’は、－ＮＨ－である。いくつかの実施形態では、Ｘ７’は、－Ｎ＝である。
いくつかの実施形態では、ＲＢ７’は、－Ｌ７’－ＲＢ７１’である。いくつかの実施形態では、同じ原子上の２つのＲＢ７’を合わせて、＝Ｏ、＝Ｃ（－Ｌ７’－ＲＢ７１’）２、＝Ｎ－Ｌ７’－ＲＢ７１’、又は任意選択により置換された＝ＣＨ２若しくは＝ＮＨを形成する。いくつかの実施形態では、同じ原子上の２つのＲＢ７’を合わせて、＝Ｏを形成する。いくつかの実施形態では、Ｌ７’は、共有結合である。いくつかの実施形態では、ＲＢ７’は、Ｒである。いくつかの実施形態では、ＲＢ７’は、－Ｈである。
いくつかの実施形態では、ＲＢ７１’は、Ｒ’である。いくつかの実施形態では、ＲＢ７１’は、Ｒである。いくつかの実施形態では、ＲＢ７１’は、－Ｈである。
いくつかの実施形態では、ＬＢは、共有結合である。いくつかの実施形態では、ＬＢは、任意選択により置換された二価Ｃ１～１０飽和又は部分不飽和脂肪族鎖であり、１つ以上のメチレン単位は、任意選択により且つ独立して、－Ｃｙ－、－Ｏ－、－Ｓ－、－Ｎ（Ｒ’）－、－Ｃ（Ｏ）－、－Ｃ（Ｓ）－、－Ｃ（ＮＲ’）－、－Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）－、－Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）－、－Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｏ－、－Ｓ（Ｏ）－、－Ｓ（Ｏ）２－、－Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒ’）－、－Ｃ（Ｏ）Ｓ－、又は－Ｃ（Ｏ）Ｏ－で置き換えられる。いくつかの実施形態では、ＬＢは、１～６個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された二価Ｃ１～１０飽和又は部分不飽和ヘテロ脂肪族鎖であり、１つ以上のメチレン単位は、任意選択により且つ独立して、－Ｃｙ－、－Ｏ－、－Ｓ－、－Ｎ（Ｒ’）－、－Ｃ（Ｏ）－、－Ｃ（Ｓ）－、－Ｃ（ＮＲ’）－、－Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）－、－Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）－、－Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｏ－、－Ｓ（Ｏ）－、－Ｓ（Ｏ）２－、－Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒ’）－、－Ｃ（Ｏ）Ｓ－、又は－Ｃ（Ｏ）Ｏ－で置き換えられる。いくつかの実施形態では、少なくともメチレン単位は置き換えられる。いくつかの実施形態では、ＬＢは、任意選択により置換されたＣ１～１０アルキレンである。いくつかの実施形態では、ＬＢは、－ＣＨ２ＣＨ２－である。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのメチレン単位は、－Ｃ（Ｏ）－で置き換えられる。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのメチレン単位は、－Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）－で置き換えられる。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのメチレン単位は、－Ｎ（Ｒ’）－で置き換えられる。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのメチレン単位は、－ＮＨ－で置き換えられる。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのメチレン単位は、－Ｃｙ－で置き換えられる。いくつかの実施形態では、ＬＢは、任意選択により置換された－Ｎ＝ＣＨ－であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、ＬＢは、－Ｃ（Ｏ）－であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、ＬＢは、－Ｏ－であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、ＬＢは、－ＯＣ（Ｏ）－であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、ＬＢは、－ＣＨ２ＯＣ（Ｏ）－であるか又はそれを含む。
いくつかの実施形態では、各－Ｃｙ－は、独立して、０～１０個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された３～２０員単環式、二環式又は多環式の飽和、部分飽和又は芳香族環である。－Ｃｙ－の好適な単環式単位は、本明細書に記載される。いくつかの実施形態では、－Ｃｙ－は、単環式である。いくつかの実施形態では、－Ｃｙ－は、二環式である。いくつかの実施形態では、－Ｃｙ－は、多環式である。いくつかの実施形態では、－Ｃｙ－は、０～５個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された二価３～１０員単環式の飽和又は部分不飽和環である。いくつかの実施形態では、－Ｃｙ－は、０～５個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された二価５～１０員芳香環である。いくつかの実施形態では、－Ｃｙ－は、任意選択により置換されたフェニレンである。いくつかの実施形態では、－Ｃｙ－は、フェニレンである。
いくつかの実施形態では、Ｒ’は、Ｒである。いくつかの実施形態では、Ｒ’は、－Ｃ（Ｏ）Ｒである。いくつかの実施形態では、Ｒ’は、－Ｃ（Ｏ）ＯＲである。いくつかの実施形態では、Ｒ’は、－Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ）２である。いくつかの実施形態では、Ｒ’は、－ＳＯ２Ｒである。
いくつかの実施形態では、様々な構造におけるＲ’は、保護基（例えば、アミノ、ヒドロキシルなど）、例えば、オリゴヌクレオチド合成に好適なものである。いくつかの実施形態では、Ｒは、任意選択により置換されたフェニルである。いくつかの実施形態では、Ｒは、フェニルである。いくつかの実施形態では、Ｒは、４－ニトロフェニルである。いくつかの実施形態では、Ｒは、－ＣＨ２ＣＨ２－（４－ニトロフェニル）である。いくつかの実施形態では、Ｒ’は、－Ｃ（Ｏ）ＮＰｈ２である。
いくつかの実施形態では、各Ｒは、独立して、－Ｈ、又はＣ１～２０脂肪族、１～１０個のヘテロ原子を有するＣ１～２０ヘテロ脂肪族、Ｃ６～３０アリール、Ｃ６～３０アリール脂肪族、１～１０個のヘテロ原子を有するＣ６～３０アリールヘテロ脂肪族、１～１０個のヘテロ原子を有する５～２０員ヘテロアリール、及び１～１０個のヘテロ原子を有する３～３０員ヘテロシクリルから選択される任意選択により置換された基である。いくつかの実施形態では、２つのＲ基を、任意選択により且つ独立して合わせて、共有結合を形成する。いくつかの実施形態では、同じ原子上の２つ以上のＲ基を、任意選択により且つ独立して、その原子と合わせて、その原子に加えて０～１０個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された３～２０員単環式、二環式又は多環式環を形成する。いくつかの実施形態では、同じ原子上の２つの基を、任意選択により且つ独立して、その原子と合わせて、その原子に加えて０～１０個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された３～２０員単環式、二環式又は多環式環を形成する。いくつかの実施形態では、２つ以上の原子上の２つ以上のＲ基を、任意選択により且つ独立して、それらの介在原子と合わせて、介在原子に加えて０～１０個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された３～３０員単環式、二環式又は多環式環を形成する。いくつかの実施形態では、２つ以上の原子上の２つの基を、任意選択により且つ独立して、それらの介在原子と合わせて、介在原子に加えて０～１０個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された３～３０員単環式、二環式又は多環式環を形成する。いくつかの実施形態では、形成される環は、単環式である。いくつかの実施形態では、形成される環は、二環式である。いくつかの実施形態では、形成される環は、多環式である。いくつかの実施形態では、それぞれの単環式環単位は、独立して、３～１０（例えば、３～８、３～７、３～６、５～１０、５～８、５～７、５～６、３、４、５、６、７、８、９、又は１０）員であり、独立して、飽和、部分飽和、又は芳香族であり、且つ独立して、０～５個のヘテロ原子を有する。いくつかの実施形態では、環は、飽和である。いくつかの実施形態では、環は、部分飽和である。いくつかの実施形態では、環は、芳香族である。いくつかの実施形態では、形成される環は、１～５個のヘテロ原子を有する。いくつかの実施形態では、形成される環は、１個のヘテロ原子を有する。いくつかの実施形態では、形成される環は、２個のヘテロ原子を有する。いくつかの実施形態では、ヘテロ原子は、窒素である。いくつかの実施形態では、ヘテロ原子は、酸素である。
いくつかの実施形態では、Ｒは、－Ｈである。
いくつかの実施形態では、Ｒは、任意選択により置換されたＣ１～２０、Ｃ１～１５、Ｃ１～１０、Ｃ１～８、Ｃ１～６、Ｃ１～５、Ｃ１～４、Ｃ１～３、又はＣ１～２脂肪族である。いくつかの実施形態では、Ｒは、任意選択により置換されたアルキルである。いくつかの実施形態では、Ｒは、任意選択により置換されたＣ１～６アルキルである。いくつかの実施形態では、Ｒは、任意選択により置換されたメチルである。いくつかの実施形態では、Ｒは、任意選択により置換された脂環である。いくつかの実施形態では、Ｒは、任意選択により置換されたシクロアルキルである。
いくつかの実施形態では、Ｒは、１～１０個のヘテロ原子を有する任意選択により置換されたＣ１～２０ヘテロ脂肪族である。
いくつかの実施形態では、Ｒは、任意選択により置換されたＣ６～２０アリールである。いくつかの実施形態では、Ｒは、任意選択により置換されたフェニルである。いくつかの実施形態では、Ｒは、フェニルである。
いくつかの実施形態では、Ｒは、任意選択により置換されたＣ６～２０アリール脂肪族である。いくつかの実施形態では、Ｒは、任意選択により置換されたＣ６～２０アリールアルキルである。いくつかの実施形態では、Ｒは、ベンジルである。いくつかの実施形態では、Ｒは、１～１０個のヘテロ原子を有する任意選択により置換されたＣ６～２０アリールヘテロ脂肪族である。
いくつかの実施形態では、Ｒは、１～１０個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された５～２０員ヘテロアリールである。いくつかの実施形態では、Ｒは、１～４個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された５員ヘテロアリールである。いくつかの実施形態では、Ｒは、１～４個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された６員ヘテロアリールである。いくつかの実施形態では、Ｒは、１～１０個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された３～２０員ヘテロシクリルである。いくつかの実施形態では、Ｒは、１～５個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された３～１０員ヘテロシクリルである。いくつかの実施形態では、Ｒは、１～５個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された５～６員ヘテロシクリルである。いくつかの実施形態では、ヘテロシクリルは、飽和である。いくつかの実施形態では、ヘテロシクリルは、部分飽和である。
いくつかの実施形態では、ヘテロ原子は、ホウ素、窒素、酸素、硫黄、ケイ素及びリンから選択される。いくつかの実施形態では、ヘテロ原子は、窒素、酸素、硫黄、及びケイ素から選択される。いくつかの実施形態では、ヘテロ原子は、窒素、酸素、及び硫黄から選択される。いくつかの実施形態では、ヘテロ原子は、窒素である。いくつかの実施形態では、ヘテロ原子は、酸素である。いくつかの実施形態では、ヘテロ原子は、硫黄である。
当業者によって理解されるとおり、可変要素に関して記載される実施形態は、様々な構造を提供するために容易に組み合わせられ得る。当業者はまた、可変要素に関して記載される実施形態は、当該可変要素、例えば、Ｒ’ ＲＢ２、ＲＢ３、ＲＢ４、ＲＢ５、ＲＢ６、ＲＢ２’、ＲＢ３’、ＲＢ４’、ＲＢ５’、ＲＢ６’などに関するＲの実施形態；ＬＢ２、ＬＢ３、ＬＢ４、ＬＢ５、ＬＢ６、ＬＢ２’、ＬＢ３’、ＬＢ４’、ＬＢ５’、ＬＢ６’などに関するＬＢの実施形態の実施形態であり得る他の可変要素のために容易に利用され得ることを理解する。例示的な実施形態及びその組み合わせとしては、本明細書に例示される構造が挙げられるが、これらに限定されない。ある特定の例が下に記載される。
例えば、いくつかの実施形態では、環ＢＡは、任意選択により置換された又は保護された
Figure 2022551124000027
である。いくつかの実施形態では、環ＢＡは、
Figure 2022551124000028
である。いくつかの実施形態では、環ＢＡは、
Figure 2022551124000029
である。
いくつかの実施形態では、Ｘ４は、－Ｃ（Ｏ）－であり、Ｘ４の－Ｃ（Ｏ）－におけるＯは、Ｒ５の－Ｈ、例えば、－ＮＨＲ’における－Ｈ、Ｒ５’の－ＯＨ又は－ＳＨと水素結合を形成し得る。いくつかの実施形態では、Ｘ４は、－Ｃ（Ｏ）－であり、Ｘ５は、－Ｃ（Ｒ５）＝である。いくつかの実施形態では、Ｒ５’は、－ＮＨＲ’である。いくつかの実施形態では、Ｒ５は、－ＬＢ５－ＮＨＲ’である。いくつかの実施形態では、ＬＢ５は、任意選択により置換された－ＣＨ２－である。いくつかの実施形態では、メチレン単位は、－Ｃ（Ｏ）－で置き換えられる。いくつかの実施形態では、ＬＢ５は、－Ｃ（Ｏ）－である。いくつかの実施形態では、Ｒ’は、任意選択により置換されたメチルである。いくつかの実施形態では、Ｒ’は、－ＣＨ２Ｐｈである。いくつかの実施形態では、Ｒ’は、任意選択により置換されたフェニルである。いくつかの実施形態では、Ｒ’は、フェニルである。いくつかの実施形態では、Ｒ’は、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である。いくつかの実施形態では、Ｒ’は、任意選択により置換されたＣ１～６アルキルである。いくつかの実施形態では、Ｒ’は、任意選択により置換されたメチルである。いくつかの実施形態では、Ｒ’は、メチルである。いくつかの実施形態では、環ＢＡは、任意選択により保護された
Figure 2022551124000030
である。いくつかの実施形態では、環ＢＡは、
Figure 2022551124000031
である。いくつかの実施形態では、環ＢＡは、任意選択により保護された
Figure 2022551124000032
である。いくつかの実施形態では、環ＢＡは、
Figure 2022551124000033
である。いくつかの実施形態では、環ＢＡは、任意選択により保護された
Figure 2022551124000034
である。いくつかの実施形態では、環ＢＡは、
Figure 2022551124000035
である。いくつかの実施形態では、環ＢＡは、任意選択により保護された
Figure 2022551124000036
である。いくつかの実施形態では、環ＢＡは、
Figure 2022551124000037
である。いくつかの実施形態では、環ＢＡは、任意選択により保護された
Figure 2022551124000038
である。いくつかの実施形態では、環ＢＡは、
Figure 2022551124000039
である。いくつかの実施形態では、環ＢＡは、任意選択により保護された
Figure 2022551124000040
である。いくつかの実施形態では、環ＢＡは、
Figure 2022551124000041
である。いくつかの実施形態では、環ＢＡは、任意選択により保護された
Figure 2022551124000042
である。いくつかの実施形態では、環ＢＡは、
Figure 2022551124000043
である。
いくつかの実施形態では、Ｘ１は、－Ｃ（－）＝であり、Ｘ４は、＝Ｃ（－Ｎ（ＲＢ４）２）－である。いくつかの実施形態では、同じ原子、例えば、窒素原子上の２つのＲ基を合わせて、任意選択により置換された＝ＣＨ２又は＝ＮＨを形成する。いくつかの実施形態では、同じ原子、例えば、窒素原子上の２つのＲ基を合わせて、任意選択により置換された＝Ｃ（－ＬＢ４－Ｒ）２、＝Ｎ－ＬＢ４－Ｒを形成する。いくつかの実施形態では、形成される基は、＝ＣＨＮ（Ｒ）２である。いくつかの実施形態では、形成される基は、＝ＣＨＮ（ＣＨ３）２である。いくつかの実施形態では、Ｘ４は、＝Ｃ（－Ｎ＝ＣＨＮ（ＣＨ３）２）－である。いくつかの実施形態では、－Ｎ（ＲＢ４）２は、－ＮＲＢ４である。いくつかの実施形態では、ＲＢ４は、－ＮＨＣ（Ｏ）Ｒである。いくつかの実施形態では、環ＢＡは、任意選択により置換された又は保護された
Figure 2022551124000044
である。いくつかの実施形態では、環ＢＡは、
Figure 2022551124000045
である。いくつかの実施形態では、環ＢＡは、
Figure 2022551124000046
である。
いくつかの実施形態では、Ｘ１は、－Ｎ（－）－であり、Ｘ２は、－Ｃ（Ｏ）－であり、且つＸ３は、－Ｎ（ＲＢ３）－である。いくつかの実施形態では、Ｘ１は、－Ｎ（－）－であり、Ｘ２は、－Ｃ（Ｏ）－であり、Ｘ３は、－Ｎ（ＲＢ３）－であり、且つＸ４は、－Ｃ（ＲＢ４）＝である。いくつかの実施形態では、Ｘ１は、－Ｎ（－）－であり、Ｘ２は、－Ｃ（Ｏ）－であり、Ｘ３は、－Ｎ（ＲＢ３）－であり、Ｘ４は、－Ｃ（ＲＢ４）＝であり、且つＸ５は、－Ｃ（ＲＢ５）＝である。いくつかの実施形態では、環ＢＡは、任意選択により置換された又は保護された
Figure 2022551124000047
である。いくつかの実施形態では、環ＢＡは、
Figure 2022551124000048
である。
いくつかの実施形態では、Ｘ３は、－Ｎ（Ｒ’）－である。いくつかの実施形態では、Ｒ’は、－Ｃ（Ｏ）Ｒである。いくつかの実施形態では、Ｘ４は、－Ｃ（ＲＢ４）２－である。いくつかの実施形態では、ＲＢ４は、－Ｒである。いくつかの実施形態では、ＲＢ４は、－Ｈである。いくつかの実施形態では、Ｘ４は、－ＣＨ２－である。いくつかの実施形態では、Ｘ５は、－Ｃ（ＲＢ５）２－である。いくつかの実施形態では、ＲＢ５は、－Ｒである。いくつかの実施形態では、ＲＢ５は、－Ｈである。いくつかの実施形態では、Ｘ５は、－ＣＨ２－である。いくつかの実施形態では、環ＢＡは、任意選択により置換された又は保護された
Figure 2022551124000049
である。いくつかの実施形態では、環ＢＡは、
Figure 2022551124000050
である。いくつかの実施形態では、環ＢＡは、
Figure 2022551124000051
である。
いくつかの実施形態では、Ｘ４は、－Ｃ（ＲＢ４）＝である。いくつかの実施形態では、Ｘ４は、－ＣＨ＝である。いくつかの実施形態では、Ｘ５は、－Ｃ（ＲＢ５）＝である。いくつかの実施形態では、Ｘ５は、－ＣＨ＝である。いくつかの実施形態では、環ＢＡは、任意選択により置換された又は保護された
Figure 2022551124000052
である。いくつかの実施形態では、環ＢＡは、
Figure 2022551124000053
である。いくつかの実施形態では、環ＢＡは、任意選択により置換された又は保護された
Figure 2022551124000054
である。いくつかの実施形態では、環ＢＡは、
Figure 2022551124000055
である。
いくつかの実施形態では、Ｘ４は、－Ｃ（ＲＢ４）２－である。いくつかの実施形態では、Ｘ４は、－ＣＨ２－である。いくつかの実施形態では、Ｘ５は、－Ｃ（ＲＢ５）＝である。いくつかの実施形態では、Ｘ５は、－ＣＨ＝である。いくつかの実施形態では、環ＢＡは、任意選択により置換された又は保護された
Figure 2022551124000056
である。いくつかの実施形態では、環ＢＡは、
Figure 2022551124000057
である。いくつかの実施形態では、環ＢＡは、
Figure 2022551124000058
である。
いくつかの実施形態では、Ｘ１は、－Ｎ（－）－であり、Ｘ２は、－Ｃ（Ｏ）－であり、Ｘ３は、－Ｎ（ＲＢ３）－であり、Ｘ４は、－Ｃ（ＲＢ４）＝であり、Ｘ５は、－Ｃ（ＲＢ５）＝であり、Ｘ６は、－Ｃ（Ｏ）－である。いくつかの実施形態では、ＲＢ３、ＲＢ４及びＲＢ５の各々は、独立して、Ｒである。いくつかの実施形態では、ＲＢ３は、－Ｈである。いくつかの実施形態では、ＲＢ４は、－Ｈである。いくつかの実施形態では、ＲＢ５は、－Ｈである。いくつかの実施形態では、ＢＡは、任意選択により置換された又は保護された
Figure 2022551124000059
である。いくつかの実施形態では、ＢＡは、
Figure 2022551124000060
である。
いくつかの実施形態では、Ｘ１は、－Ｎ（－）－であり、Ｘ２は、－Ｃ（Ｏ）－であり、Ｘ３は、－Ｎ（ＲＢ３）－である。いくつかの実施形態では、Ｘ４は、－Ｃ（ＲＢ４）２－（式中、２つのＲＢ４を合わせて＝Ｏを形成する）、又は＝Ｃ（－ＬＢ４－ＲＢ４１）２、＝Ｎ－ＬＢ４－ＲＢ４１である。いくつかの実施形態では、Ｘ４は、－Ｃ（＝ＮＲＢ４）－である。いくつかの実施形態では、Ｘ５は、－Ｃ（ＲＢ５）＝である。いくつかの実施形態では、ＲＢ４１又はＲＢ４及びＲＢ５は、Ｒであり、それらの介在原子と合わせて、本明細書に記載されるとおりの任意選択により置換された環を形成する。いくつかの実施形態では、環ＢＡは、任意選択により置換された又は保護された
Figure 2022551124000061
である。いくつかの実施形態では、環ＢＡは、
Figure 2022551124000062
である。いくつかの実施形態では、環ＢＡは、任意選択により置換された又は保護された
Figure 2022551124000063
である。いくつかの実施形態では、環ＢＡは、
Figure 2022551124000064
である。いくつかの実施形態では、Ｘ１は、－Ｎ（－）－であり、Ｘ２は、－Ｃ（Ｏ）－であり、Ｘ３は、－Ｎ＝である。いくつかの実施形態では、Ｘ４は、－Ｃ（－Ｎ（ＲＢ４）２）＝である。いくつかの実施形態では、Ｘ４は、－Ｃ（－ＮＨＲＢ４）＝である。いくつかの実施形態では、Ｘ５は、－Ｃ（ＲＢ５）＝である。いくつかの実施形態では、１つのＲＢ４及びＲＢ５を合わせて、本明細書に記載されるとおりの任意選択により置換された環を形成する。いくつかの実施形態では、形成される環は、窒素原子を有する任意選択により置換された５員環である。いくつかの実施形態では、環ＢＡは、任意選択により置換された又は保護された
Figure 2022551124000065
である。いくつかの実施形態では、環ＢＡは、
Figure 2022551124000066
である。いくつかの実施形態では、環ＢＡは、任意選択により置換された又は保護された
Figure 2022551124000067
である。いくつかの実施形態では、環ＢＡは、
Figure 2022551124000068
である。いくつかの実施形態では、環ＢＡは、任意選択により置換された又は保護された
Figure 2022551124000069
である。いくつかの実施形態では、環ＢＡは、
Figure 2022551124000070
である。いくつかの実施形態では、環ＢＡは、任意選択により置換された又は保護された
Figure 2022551124000071
である。いくつかの実施形態では、環ＢＡは、
Figure 2022551124000072
である。
いくつかの実施形態では、環ＢＡは、式ＢＡ－ＩＶ又はＢＡ－Ｖの構造を有する。いくつかの実施形態では、Ｘ１は、－Ｎ（－）－であり、Ｘ２は、－Ｃ（Ｏ）－であり、且つＸ３は、－Ｎ＝である。いくつかの実施形態では、Ｘ１は、－Ｎ（－）－であり、Ｘ２は、－Ｃ（Ｏ）－であり、Ｘ３は、－Ｎ＝であり、且つＸ６は、－Ｃ（ＲＢ６）＝である。いくつかの実施形態では、環ＢＡＡは、５～６員である。いくつかの実施形態では、環ＢＡＡは、単環式である。いくつかの実施形態では、環ＢＡＡは、部分不飽和である。いくつかの実施形態では、環ＢＡＡは、芳香族である。いくつかの実施形態では、環ＢＡＡは、０～２個のヘテロ原子を有する。いくつかの実施形態では、環ＢＡＡは、１～２個のヘテロ原子を有する。いくつかの実施形態では、環ＢＡＡは、１個のヘテロ原子を有する。いくつかの実施形態では、環ＢＡＡは、２個のヘテロ原子を有する。いくつかの実施形態では、ヘテロ原子は、窒素である。いくつかの実施形態では、ヘテロ原子は、酸素である。いくつかの実施形態では、環ＢＡは、任意選択により置換された又は保護された
Figure 2022551124000073
である。いくつかの実施形態では、環ＢＡは、
Figure 2022551124000074
である。
いくつかの実施形態では、環ＢＡは、任意選択により置換された５員環である。いくつかの実施形態では、Ｘ１は、Ｘ５に結合される。いくつかの実施形態では、Ｘ４及びＸ５の各々は、独立して、－ＣＨ＝である。いくつかの実施形態では、Ｘ１は、－Ｎ（－）－であり、Ｘ２は、－Ｃ（Ｏ）－であり、Ｘ３は、－ＮＨ－であり、Ｘ４は、－ＣＨ＝であり、且つＸ５は、－ＣＨ＝である。いくつかの実施形態では、環ＢＡは、任意選択により置換された又は保護された
Figure 2022551124000075
である。いくつかの実施形態では、環ＢＡは、
Figure 2022551124000076
である。
いくつかの実施形態では、環ＢＡは、式ＢＡ－ＶＩの構造を有する。いくつかの実施形態では、Ｘ１’は、－Ｎ（－）－であり、Ｘ２’は、－Ｃ（Ｏ）－であり、且つＸ３’は、－Ｎ（ＲＢ３）－である。いくつかの実施形態では、Ｘ１’は、－Ｎ（－）－であり、Ｘ２’は、－Ｃ（Ｏ）－であり、Ｘ３’は、－Ｎ（ＲＢ３）－であり、Ｘ４’は、－Ｃ（ＲＢ４’）＝であり、Ｘ５’は、－Ｎ＝であり、Ｘ６’は、－Ｃ（ＲＢ６’）＝であり、且つＸ７’は、－Ｎ＝である。いくつかの実施形態では、Ｘ１’は、－Ｎ（－）－であり、Ｘ２’は、－Ｃ（Ｏ）－であり、Ｘ３’は、－Ｎ（ＲＢ３）－であり、Ｘ４’は、－Ｃ（ＲＢ４’）＝であり、Ｘ５’は、－Ｃ（ＲＢ５’）＝であり、Ｘ６’は、－Ｃ（ＲＢ６’）＝であり、且つＸ７’は、－Ｃ（ＲＢ７’）＝である。いくつかの実施形態では、環ＢＡは、任意選択により置換された又は保護された
Figure 2022551124000077
である。いくつかの実施形態では、環ＢＡは、
Figure 2022551124000078
である。いくつかの実施形態では、環ＢＡは、任意選択により置換された又は保護された
Figure 2022551124000079
である。いくつかの実施形態では、環ＢＡは、
Figure 2022551124000080
である。いくつかの実施形態では、環ＢＡは、
Figure 2022551124000081
である。いくつかの実施形態では、環ＢＡは、任意選択により置換された又は保護された
Figure 2022551124000082
である。いくつかの実施形態では、環ＢＡは、
Figure 2022551124000083
である。いくつかの実施形態では、環ＢＡは、
Figure 2022551124000084
である。いくつかの実施形態では、環ＢＡは、任意選択により置換された又は保護された
Figure 2022551124000085
である。いくつかの実施形態では、環ＢＡは、
Figure 2022551124000086
である。いくつかの実施形態では、環ＢＡは、
Figure 2022551124000087
である。いくつかの実施形態では、環ＢＡは、任意選択により置換された又は保護された
Figure 2022551124000088
である。いくつかの実施形態では、環ＢＡは、
Figure 2022551124000089
である。いくつかの実施形態では、環ＢＡは、任意選択により置換された又は保護された
Figure 2022551124000090
である。いくつかの実施形態では、環ＢＡは、
Figure 2022551124000091
である。いくつかの実施形態では、Ｘ１’は、－Ｎ（－）－であり、Ｘ２’は、－Ｃ（ＲＢ２’）＝であり、且つＸ３’は、－Ｎ＝である。いくつかの実施形態では、Ｘ１’は、－Ｎ（－）－であり、Ｘ２’は、－Ｃ（ＲＢ２’）＝であり、Ｘ３’は、－Ｎ＝であり、Ｘ４’は、－Ｃ（－Ｎ（ＲＢ４’）２）＝であり、Ｘ５’は、－Ｎ＝であり、Ｘ６’は、－Ｃ（Ｏ）－であり、且つＸ７’は、－Ｎ（ＲＢ７’）－である。いくつかの実施形態では、環ＢＡは、任意選択により置換された又は保護された
Figure 2022551124000092
である。いくつかの実施形態では、環ＢＡは、
Figure 2022551124000093
である。
いくつかの実施形態では、Ｘ１は、－Ｃ（－）＝であり、Ｘ２は、－Ｃ（Ｏ）－であり、且つＸ３は、－Ｎ（ＲＢ３）－である。いくつかの実施形態では、Ｘ１は、－Ｃ（－）＝であり、Ｘ２は、－Ｃ（Ｏ）－であり、Ｘ３は、－Ｎ（ＲＢ３）－、－Ｃ（－Ｎ（ＲＢ４）２）＝であり、且つＸ４は、－Ｃ（ＲＢ４）＝である。いくつかの実施形態では、Ｘ１は、－Ｃ（－）＝であり、Ｘ２は、－Ｃ（Ｏ）－であり、Ｘ３は、－Ｎ（ＲＢ３）－、－Ｃ（－Ｎ（ＲＢ４）２）＝であり、Ｘ４は、－Ｃ（ＲＢ４）＝であり、且つＸ６は、－Ｃ（ＲＢ６）＝である。いくつかの実施形態では、ＲＢ３、ＲＢ４、及びＲＢ６の各々は、独立して、－Ｈである。いくつかの実施形態では、環ＢＡは、任意選択により置換された又は保護された
Figure 2022551124000094
である。いくつかの実施形態では、環ＢＡは、
Figure 2022551124000095
である。いくつかの実施形態では、環ＢＡは、任意選択により置換された又は保護された
Figure 2022551124000096
である。いくつかの実施形態では、環ＢＡは、
Figure 2022551124000097
である。
本明細書に記載されるとおり、環ＢＡは、任意選択により置換され得る。いくつかの実施形態では、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４、Ｘ５、Ｘ６、Ｘ２’、Ｘ３’、Ｘ４’、Ｘ５’、Ｘ６’、及びＸ７’の各々は、それが－ＣＨ＝、－Ｃ（ＯＨ）＝、－Ｃ（－ＮＨ２）＝、－ＣＨ２－、－Ｃ（＝ＮＨ）－、又は－ＮＨ－であるとき、独立して且つ任意選択により置換される。いくつかの実施形態では、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４、Ｘ５、Ｘ６、Ｘ２’、Ｘ３’、Ｘ４’、Ｘ５’、Ｘ６’、及びＸ７’の各々は、それが－ＣＨ＝、－ＣＨ２－、又は－ＮＨ－であるとき、独立して且つ任意選択により置換される。いくつかの実施形態では、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４、Ｘ５、Ｘ６、Ｘ２’、Ｘ３’、Ｘ４’、Ｘ５’、Ｘ６’、及びＸ７’の各々は、それが－ＣＨ＝であるとき、独立して且つ任意選択により置換される。いくつかの実施形態では、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４、Ｘ５、Ｘ６、Ｘ２’、Ｘ３’、Ｘ４’、Ｘ５’、Ｘ６’、及びＸ７’の各々は、それが－ＣＨ２－であるとき、独立して且つ任意選択により置換される。いくつかの実施形態では、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４、Ｘ５、Ｘ６、Ｘ２’、Ｘ３’、Ｘ４’、Ｘ５’、Ｘ６’、及びＸ７’の各々は、それが－ＮＨ－であるとき、独立して且つ任意選択により置換される。いくつかの実施形態では、Ｘ２は、任意選択により置換された－ＣＨ＝、－Ｃ（ＯＨ）＝、－Ｃ（－ＮＨ２）＝、－ＣＨ２－、－Ｃ（＝ＮＨ）－、又は－ＮＨ－である。いくつかの実施形態では、Ｘ３は、任意選択により置換された－ＣＨ＝、－Ｃ（ＯＨ）＝、－Ｃ（－ＮＨ２）＝、－ＣＨ２－、－Ｃ（＝ＮＨ）－、又は－ＮＨ－である。いくつかの実施形態では、Ｘ４は、任意選択により置換された－ＣＨ＝、－Ｃ（ＯＨ）＝、－Ｃ（－ＮＨ２）＝、－ＣＨ２－、－Ｃ（＝ＮＨ）－、又は－ＮＨ－である。いくつかの実施形態では、Ｘ５は、任意選択により置換された－ＣＨ＝、－Ｃ（ＯＨ）＝、－Ｃ（－ＮＨ２）＝、－ＣＨ２－、－Ｃ（＝ＮＨ）－、又は－ＮＨ－である。いくつかの実施形態では、Ｘ６は、任意選択により置換された－ＣＨ＝、－Ｃ（ＯＨ）＝、－Ｃ（－ＮＨ２）＝、－ＣＨ２－、－Ｃ（＝ＮＨ）－、又は－ＮＨ－である。いくつかの実施形態では、Ｘ２’は、任意選択により置換された－ＣＨ＝、－Ｃ（ＯＨ）＝、－Ｃ（－ＮＨ２）＝、－ＣＨ２－、－Ｃ（＝ＮＨ）－、又は－ＮＨ－である。いくつかの実施形態では、Ｘ３’は、任意選択により置換された－ＣＨ＝、－Ｃ（ＯＨ）＝、－Ｃ（－ＮＨ２）＝、－ＣＨ２－、－Ｃ（＝ＮＨ）－、又は－ＮＨ－である。いくつかの実施形態では、Ｘ４’は、任意選択により置換された－ＣＨ＝、－Ｃ（ＯＨ）＝、－Ｃ（－ＮＨ２）＝、－ＣＨ２－、－Ｃ（＝ＮＨ）－、又は－ＮＨ－である。いくつかの実施形態では、Ｘ５’は、任意選択により置換された－ＣＨ＝、－Ｃ（ＯＨ）＝、－Ｃ（－ＮＨ２）＝、－ＣＨ２－、－Ｃ（＝ＮＨ）－、又は－ＮＨ－である。いくつかの実施形態では、Ｘ６’は、任意選択により置換された－ＣＨ＝、－Ｃ（ＯＨ）＝、－Ｃ（－ＮＨ２）＝、－ＣＨ２－、－Ｃ（＝ＮＨ）－、又は－ＮＨ－である。いくつかの実施形態では、Ｘ７’は、任意選択により置換された－ＣＨ＝、－Ｃ（ＯＨ）＝、－Ｃ（－ＮＨ２）＝、－ＣＨ２－、－Ｃ（＝ＮＨ）－、又は－ＮＨ－である。
本明細書で実証されるとおり、いくつかの実施形態では、標的アデノシンの反対側にある特定の核酸塩基（例えば、ｂ００１Ａ、ｂ００２Ａ、ｂ００８Ｕ、Ｃ、Ａなど）を含む提供されるオリゴヌクレオチドは、特に、向上した編集効率（例えば、Ｕなどの参照核酸塩基と比較して）を提供することができる。いくつかの実施形態では、反対側のヌクレオシドは、その３’側においてＩに連結される。
いくつかの実施形態では、反対側のヌクレオシドは、例えば、
Figure 2022551124000098
の構造を有する脱塩基である。当業者によって理解され且つ様々なオリゴヌクレオチドにおいて実証されるとおり、脱塩基ヌクレオシドはまた、オリゴヌクレオチドの他の部分において利用されてもよく、オリゴヌクレオチドは、１つ以上の（例えば、１、２、３、４、５、又はそれより多い）任意選択により連続的な脱塩基ヌクレオシドを含んでもよい。いくつかの実施形態では、第１のドメインは、１つ以上の任意選択により連続的な脱塩基ヌクレオシドを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、ただ１つの脱塩基ヌクレオシドを含む。いくつかの実施形態では、それぞれの脱塩基ヌクレオシドは、独立して、第１のドメイン又は第２のドメインの第１のサブドメイン中にある。いくつかの実施形態では、それぞれの脱塩基ヌクレオシドは、独立して、第１のドメイン中にある。いくつかの実施形態では、それぞれの脱塩基ヌクレオシドは、独立して、第２のドメインの第１のサブドメイン中にある。いくつかの実施形態では、脱塩基ヌクレオシドは、標的アデノシンの反対側にある。本明細書で実証されるとおり、単一の脱塩基ヌクレオシドは、各々が参照オリゴヌクレオチド中に核酸塩基を独立して含む１つ以上のヌクレオシドを置き換えてもよく、例えば、Ｌ０１０は、核酸塩基を含む１つのヌクレオシドを置き換えるために利用されてもよく、Ｌ０１２は、各々が核酸塩基を独立して含む１、２又は３つのヌクレオシドを置き換えるために利用されてもよく、Ｌ０２８は、各々が核酸塩基を独立して含む１、２又は３つのヌクレオシドを置き換えるために利用されてもよい。いくつかの実施形態では、塩基ヌクレオシドは、立体的に不規則な結合（例えば、立体的に不規則なホスホロチオエートヌクレオチド間結合）を介してその３’側のすぐ隣のヌクレオシド（任意選択により脱塩基である）に連結される。いくつかの実施形態では、それぞれの塩基ヌクレオシドは、独立して、立体的に不規則な結合（例えば、立体的に不規則なホスホロチオエートヌクレオチド間結合）を介してその３’側のすぐ隣のヌクレオシド（任意選択により脱塩基である）に連結される。
いくつかの実施形態では、標的アデニンの反対側の修飾された核酸塩基は、オリゴヌクレオチドの特性及び／又は活性を著しく向上させることができる。いくつかの実施形態では、反対側の位置の修飾された核酸塩基は、その隣（例えば、３’側）にＧがあるときでさえ、高い活性を提供することができ、及び／又は他の核酸塩基、例えば、Ｃは、はるかに低い活性を提供するか又は実質的に活性（activites）を検出しない。
いくつかの実施形態では、第２のドメインは、２つの２’－Ｈを含む１つ以上の糖（例えば、天然のＤＮＡ糖）を含む。いくつかの実施形態では、第２のドメインは、２’－ＯＨを含む１つ以上の糖（例えば、天然のＲＮＡ糖）を含む。いくつかの実施形態では、第２のドメインは、１つ以上の修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、２’－修飾を含む。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、二環式糖、例えば、ＬＮＡ糖である。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、非環式糖（例えば、対応する環状糖のＣ２－Ｃ３結合を切断することによる）である。
いくつかの実施形態では、第２のドメインは、約１～５０個（例えば、約５、６、７、８、９、若しくは１０～約１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０、又は約５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０など、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、若しくは２０など）の修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、第２のドメインは、約１～５０個（例えば、約５、６、７、８、９、若しくは１０～約１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０、又は約５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０など、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、若しくは２０など）の独立して二環式糖（例えば、ＬＮＡ糖）又は２’－ＯＲ修飾された糖（式中、Ｒは、独立して、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である）である修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、第２のドメインは、約１～５０個（例えば、約５、６、７、８、９、若しくは１０～約１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０、又は約５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０など、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、若しくは２０など）の独立して２’－ＯＲ修飾された糖（式中、Ｒは、独立して、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である）である修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、その数は、１である。いくつかの実施形態では、その数は、２である。いくつかの実施形態では、その数は、３である。いくつかの実施形態では、その数は、４である。いくつかの実施形態では、その数は、５である。いくつかの実施形態では、その数は、６である。いくつかの実施形態では、その数は、７である。いくつかの実施形態では、その数は、８である。いくつかの実施形態では、その数は、９である。いくつかの実施形態では、その数は、１０である。いくつかの実施形態では、その数は、１１である。いくつかの実施形態では、その数は、１２である。いくつかの実施形態では、その数は、１３である。いくつかの実施形態では、その数は、１４である。いくつかの実施形態では、その数は、１５である。いくつかの実施形態では、その数は、１６である。いくつかの実施形態では、その数は、１７である。いくつかの実施形態では、その数は、１８である。いくつかの実施形態では、その数は、１９である。いくつかの実施形態では、その数は、２０である。いくつかの実施形態では、Ｒは、メチルである。
いくつかの実施形態では、第２のドメイン中の全ての糖の約５％～１００％（例えば、約１０％～１００％、２０～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％など）は、独立して、修飾された糖である。いくつかの実施形態では、第２のドメイン中の全ての糖の約５％～１００％（例えば、約１０％～１００％、２０～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％など）は、独立して、二環式糖（例えば、ＬＮＡ糖）又は２’－ＯＲ修飾された糖（式中、Ｒは、独立して、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である）である。いくつかの実施形態では、第２のドメイン中の全ての糖の約５％～１００％（例えば、約１０％～１００％、２０～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％など）は、独立して、２’－ＯＲ修飾された糖（式中、Ｒは、独立して、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である）である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約５０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約５５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約６０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約６５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約７０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約７５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約８０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約８５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約９０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約９５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約１００％である。いくつかの実施形態では、Ｒは、メチルである。
いくつかの実施形態では、第２のドメインは、約１～５０個（例えば、約５、６、７、８、９、若しくは１０～約１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０、又は約５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０など、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、若しくは２０など）の独立して２’－Ｆではない修飾を有する修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、第２のドメイン中の糖の約５％～１００％（例えば、約１０％～１００％、２０～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％など）は、独立して、２’－Ｆではない修飾を有する修飾された糖である。いくつかの実施形態では、第２のドメイン中の糖の約５０％～１００％（例えば、約５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％など）は、独立して、２’－Ｆではない修飾を有する修飾された糖である。いくつかの実施形態では、第２のドメインの修飾された糖は、それぞれ独立して、二環式糖（例えば、ＬＮＡ糖）、非環式糖（例えば、ＵＮＡ糖）、２’－ＯＲ修飾を有する糖、又は２’－Ｎ（Ｒ）２修飾（式中、各Ｒは、独立して、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である）を有する糖から選択される。
いくつかの実施形態では、第２のドメインは、１つ以上の２’－Ｆ修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、第２のドメインは、２’－Ｆ修飾された糖を含まない。いくつかの実施形態では、第２のドメインは、１つ以上の二環式糖及び／又は２’－ＯＲ修飾された糖（式中、Ｒは、－Ｈではない）を含む。いくつかの実施形態では、二環式糖及び／又は２’－ＯＲ修飾された糖（式中、Ｒは、－Ｈではない）のレベルは、個々に又は合わせて、２’－Ｆ修飾された糖のレベルと比較して相対的に高い。いくつかの実施形態では、第２のドメイン中の糖の約１％～９５％以下（例えば、約１％、５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％以下など）は、２’－Ｆを含む。いくつかの実施形態では、第２のドメイン中の糖の約５０％以下は、２’－Ｆを含む。いくつかの実施形態では、第２のドメインは、１つ以上（例えば、約１～２０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０など）の２’－Ｎ（Ｒ）２修飾を含む修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、第２のドメインは、１つ以上（例えば、約１～２０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０など）の２’－ＮＨ２修飾を含む修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、第２のドメインは、１つ以上（例えば、約１～２０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０など）の二環式糖、例えば、ＬＮＡ糖を含む。いくつかの実施形態では、第２のドメインは、１つ以上（例えば、約１～２０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０など）の非環式糖（例えば、ＵＮＡ糖）を含む。
いくつかの実施形態では、第２のドメイン中の糖の約１％～９５％以下（例えば、約１％、５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％以下など）は、２’－ＭＯＥを含む。いくつかの実施形態では、第２のドメイン中の糖の約５０％以下は、２’－ＭＯＥを含む。いくつかの実施形態では、第２のドメイン中のどの糖も２’－ＭＯＥを含まない。
いくつかの実施形態では、第２のドメインは、約１～５０個（例えば、約５、６、７、８、９、若しくは１０～約１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０、又は約５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０など、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、若しくは２０など）の修飾されたヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、第２のドメイン中のヌクレオチド間結合の約５％～１００％（例えば、約１０％～１００％、２０～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％など）は、修飾されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第２のドメイン中の各ヌクレオチド間結合は、独立して、修飾されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合は、独立して、キラルヌクレオチド間
結合である。いくつかの実施形態では、修飾された又はキラルヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、修飾された又はキラルヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、修飾された又はキラルヌクレオチド間結合は、中性のヌクレオチド間結合、例えば、ｎ００１である。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合は、独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合又は負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合は、独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合又は中性のヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合は、独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第２のドメイン中の少なくとも約１～５０個（例えば、約５、６、７、８、９、若しくは１０～約１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０、又は約５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０など、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、若しくは２０など）のキラルヌクレオチド間結合は、キラル制御される。いくつかの実施形態では、第２のドメイン中のキラルヌクレオチド間結合の少なくとも５％～１００％（例えば、約１０％～１００％、２０～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％など）は、キラル制御される。いくつかの実施形態では、第２のドメイン中のホスホロチオエートヌクレオチド間結合の少なくとも５％～１００％（例えば、約１０％～１００％、２０～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％など）は、キラル制御される。いくつかの実施形態では、各々は、独立して、キラル制御される。いくつかの実施形態では、第２のドメイン中の少なくとも約１～５０個（例えば、約５、６、７、８、９、若しくは１０～約１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０、又は約５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０など、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、若しくは２０など）のキラルヌクレオチド間結合は、Ｓｐである。いくつかの実施形態では、各々は、独立して、キラル制御される。いくつかの実施形態では、第２のドメイン中の少なくとも約１～５０個（例えば、約５、６、７、８、９、若しくは１０～約１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０、又は約５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０など、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、若しくは２０など）のホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、Ｓｐである。いくつかの実施形態では、第２のドメイン中のキラルヌクレオチド間結合の少なくとも５％～１００％（例えば、約１０％～１００％、２０～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％など）は、Ｓｐである。いくつかの実施形態では、第２のドメイン中のホスホロチオエートヌクレオチド間結合の少なくとも５％～１００％（例えば、約１０％～１００％、２０～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％など）は、Ｓｐである。いくつかの実施形態では、その数は、１以上である。いくつかの実施形態では、その数は、２以上である。いくつかの実施形態では、その数は、３以上である。いくつかの実施形態では、その数は、４以上である。いくつかの実施形態では、その数は、５以上である。いくつかの実施形態では、その数は、６以上である。いくつかの実施形態では、その数は、７以上である。いくつかの実施形態では、その数は、８以上である。いくつかの実施形態では、その数は、９以上である。いくつかの実施形態では、その数は、１０以上である。いくつかの実施形態では、その数は、１１以上である。いくつかの実施形態では、その数は、１２以上である。いくつかの実施形態では、その数は、１３以上である。いくつかの実施形態では、その数は、１４以上である。いくつかの実施形態では、その数は、１５以上である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約５０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約５５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約６０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約６５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約７０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約７５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約８０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約８５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約９０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約９５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約１００％である。いくつかの実施形態では、２つの第２のドメインヌクレオシドを連結するそれぞれのヌクレオチド間結合は、独立して、修飾されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合は、独立して、キラルヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合は、独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれのキラルヌクレオチド間結合は、独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合は、独立して、Ｓｐのキラルヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合は、独立して、Ｓｐのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれのキラルヌクレオチド間結合は、独立して、Ｓｐのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第２のドメインのヌクレオチド間結合は、第２のドメインの２つのヌクレオシドに結合される。いくつかの実施形態では、第１のドメイン中のヌクレオシド及び第２のドメイン中のヌクレオシドに結合されるヌクレオチド間結合は、第２のドメインのヌクレオチド間結合であると適切にみなされ得る。いくつかの実施形態では、高いパーセンテージ（例えば、Ｒｐのヌクレオチド間結合及び／又は天然のリン酸結合と比較して）のＳｐのヌクレオチド間結合は、向上した特性及び／又は活性、例えば、高い安定性及び／又は高いアデノシン編集活性をもたらすことが観察された。
いくつかの実施形態では、第２のドメインは、ある特定のレベルのＲｐのヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、レベルは、第２のドメイン中の全てのヌクレオチド間結合の約、例えば、約５％～１００％、約１０％～１００％、２０～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％などである。いくつかの実施形態では、レベルは、第２のドメイン中の全てのキラルヌクレオチド間結合の約、例えば、約５％～１００％、約１０％～１００％、２０～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％などである。いくつかの実施形態では、レベルは、第２のドメイン中の全てのキラル制御されたヌクレオチド間結合の約、例えば、約５％～１００％、約１０％～１００％、２０～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％などである。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約５０％又は約５０％以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約５５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約６０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約６５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約７０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約７５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約８０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約８５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約９０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約９５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約１００％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約５％又は約５％以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約１０％又は約１０％以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約１５％又は約１５％以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約２０％又は約２０％以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約２５％又は約２５％以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約３０％又は約３０％以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約３５％又は約３５％以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約４０％又は約４０％以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約４５％又は約４５％以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約５０％又は約５０％以下である。いくつかの実施形態では、約１～５０、１～４０、１～３０、１～２５、１～２０、１～１５、１～１０、１～５、例えば、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、又は２０個のヌクレオチド間結合は、独立して、Ｒｐのキラルヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、その数は、約１又は約１以下である。いくつかの実施形態では、その数は、約２又は約２以下である。いくつかの実施形態では、その数は、約３又は約３以下である。いくつかの実施形態では、その数は、約４又は約４以下である。いくつかの実施形態では、その数は、約５又は約５以下である。いくつかの実施形態では、その数は、約６又は約６以下である。いくつかの実施形態では、その数は、約７又は約７以下である。いくつかの実施形態では、その数は、約８又は約８以下である。いくつかの実施形態では、その数は、約９又は約９以下である。いくつかの実施形態では、その数は、約１０又は約１０以下である。
いくつかの実施形態では、第２のドメイン中のそれぞれのホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、独立して、キラル制御される。いくつかの実施形態では、各々は、独立して、Ｓｐ又はＲｐである。いくつかの実施形態では、高いレベルは、本明細書に記載されるとおりのＳｐである。いくつかの実施形態では、第２のドメイン中のそれぞれのホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、キラル制御され、Ｓｐである。いくつかの実施形態では、１個以上、例えば、約１～５個（例えば、約１、２、３、４、又は５）は、Ｒｐである。
いくつかの実施形態では、第２のドメイン中のそれぞれのホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、独立して、キラル制御される。いくつかの実施形態では、各々は、独立して、Ｓｐ又はＲｐである。いくつかの実施形態では、高いレベルは、本明細書に記載されるとおりのＳｐである。いくつかの実施形態では、第２のドメイン中のそれぞれのホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、キラル制御され、Ｓｐである。いくつかの実施形態では、１個以上、例えば、約１～５個（例えば、約１、２、３、４、又は５）は、Ｒｐである。
いくつかの実施形態では、ある特定の例に示されるとおり、第２のドメインは、１つ以上の負に荷電していないヌクレオチド間結合を含み、その各々は、任意選択により且つ独立して、キラル制御される。いくつかの実施形態では、それぞれの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、独立して、ｎ００１である。いくつかの実施形態では、キラルの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、キラル制御されない。いくつかの実施形態では、それぞれのキラルの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、キラル制御されない。いくつかの実施形態では、キラルの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、キラル制御される。いくつかの実施形態では、キラルの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、キラル制御され、Ｒｐである。いくつかの実施形態では、キラルの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、キラル制御され、Ｓｐである。いくつかの実施形態では、それぞれのキラルの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、キラル制御される。いくつかの実施形態では、第２のドメイン中の負に荷電していないヌクレオチド間結合の数は、約１～１０、又は約１、２、３、４、５、６、７、８、９、若しくは１０である。いくつかの実施形態では、それは、約１である。いくつかの実施形態では、それは、約２である。いくつかの実施形態では、それは、約３である。いくつかの実施形態では、それは、約４である。いくつかの実施形態では、それは、約５である。いくつかの実施形態では、２つ以上の負に荷電していないヌクレオチド間結合は、連続している。いくつかの実施形態では、どの２つの負に荷電していないヌクレオチド間結合も、連続していない。いくつかの実施形態では、第２のドメイン中の全ての負に荷電していないヌクレオチド間結合は、連続している（例えば、３つの連続した負に荷電していないヌクレオチド間結合）。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合、又は２つ以上（例えば、約２、約３、約４など）の連続した負に荷電していないヌクレオチド間結合は、第２のドメインの３’末端にある。いくつかの実施形態では、第２のドメインの最後の２又は３又は４つのヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合ではない少なくとも１つのヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、第２のドメインの最後の２又は３又は４つのヌクレオチド間結合は、ｎ００１ではない少なくとも１つのヌクレオチド間結合を含む。
いくつかの実施形態では、第２のドメインの最後の２つのヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第２のドメインの最後の２つのヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、Ｓｐの負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第２のドメインの最後の２つのヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、Ｒｐの負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第２のドメインの最後の２つのヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第２のドメインの最後の２つのヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、Ｓｐのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第２のドメイン中の最後の２つのヌクレオシドは、オリゴヌクレオチドの最後の２つのヌクレオシドである。いくつかの実施形態では、第２のドメインの最初の２つのヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第２のドメインの最初の２つのヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、Ｓｐの負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第２のドメインの最初の２つのヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、Ｒｐの負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第２のドメインの最初の２つのヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第２のドメインの最初の２つのヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、Ｓｐのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、ｎ００１などの中性のヌクレオチド間結合である。
いくつかの実施形態では、第２のドメインは、１つ以上の天然のリン酸結合を含む。いくつかの実施形態では、第２のドメインは、天然のリン酸結合を含有しない。
いくつかの実施形態では、第２のドメインは、ＡＤＡＲタンパク質などのタンパク質をリクルートするか、そのリクルートメントを促進するか又はそれに寄与する。いくつかの実施形態では、第２のドメインは、ＡＤＡＲタンパク質などのタンパク質をリクルートするか、又はそれとの相互作用を促進するか若しくはそれに寄与する。いくつかの実施形態では、第２のドメインは、ＡＤＡＲのＲＮＡ結合ドメイン（ＲＢＤ）と接触する。いくつかの実施形態では、第２のドメインは、デアミナーゼ活性を有するＡＤＡＲの触媒ドメインと接触する。いくつかの実施形態では、様々な核酸塩基、糖及び／又はヌクレオチド間結合が、タンパク質、例えば、ＡＤＡＲタンパク質の１つ以上の残基と相互作用し得る。
いくつかの実施形態では、第２のドメインは、本明細書に記載されるとおりの第１のサブドメインを含むか又はそれらからなる。いくつかの実施形態では、第２のドメインは、本明細書に記載されるとおりの第２のサブドメインを含むか又はそれらからなる。いくつかの実施形態では、第２のドメインは、本明細書に記載されるとおりの第３のサブドメインを含むか又はそれらからなる。いくつかの実施形態では、第２のドメインは、５’から３’に第１のサブドメイン、第２のサブドメイン及び第３のサブドメインを含むか又はそれらからなる。そのようなサブドメインのある特定の実施形態が下に記載される。
第１のサブドメイン
本明細書に記載されるとおり、いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、５’から３’に第１のドメイン及び第２のドメインを含む。いくつかの実施形態では、第２のドメインは、５’から３’に第１のサブドメイン、第２のサブドメイン及び第３のサブドメインを含むか又はそれらからなる。第１のサブドメインのある特定の実施形態が、例として下に記載される。いくつかの実施形態では、第１のサブドメインは、修飾される（例えば、Ｉへの変換）ことになる標的アデノシンの反対側のヌクレオシドを含む。
いくつかの実施形態では、第１のサブドメインは、約１～５０、１～４０、１～３０、１～２０（例えば、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、若しくは１０～約１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０、又は約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０など）の長さの核酸塩基を有する。いくつかの実施形態では、第１のサブドメインは、約５～３０の長さの核酸塩基を有する。いくつかの実施形態では、第１のサブドメインは、約１０～３０の長さの核酸塩基を有する。いくつかの実施形態では、第１のサブドメインは、約１０～２０の長さの核酸塩基を有する。いくつかの実施形態では、第１のサブドメインは、約５～１５の長さの核酸塩基を有する。いくつかの実施形態では、第１のサブドメインは、約１３～１６の長さの核酸塩基を有する。いくつかの実施形態では、第１のサブドメインは、約６～１２の長さの核酸塩基を有する。いくつかの実施形態では、第１のサブドメインは、約６～９の長さの核酸塩基を有する。いくつかの実施形態では、第１のサブドメインは、約１～１０の長さの核酸塩基を有する。いくつかの実施形態では、第１のサブドメインは、約１～７の長さの核酸塩基を有する。いくつかの実施形態では、第１のサブドメインは、１の長さの核酸塩基を有する。いくつかの実施形態では、第１のサブドメインは、２の長さの核酸塩基を有する。いくつかの実施形態では、第１のサブドメインは、３の長さの核酸塩基を有する。いくつかの実施形態では、第１のサブドメインは、４の長さの核酸塩基を有する。いくつかの実施形態では、第１のサブドメインは、５の長さの核酸塩基を有する。いくつかの実施形態では、第１のサブドメインは、６の長さの核酸塩基を有する。いくつかの実施形態では、第１のサブドメインは、７の長さの核酸塩基を有する。いくつかの実施形態では、第１のサブドメインは、８の長さの核酸塩基を有する。いくつかの実施形態では、第１のサブドメインは、９の長さの核酸塩基を有する。いくつかの実施形態では、第１のサブドメインは、１０の長さの核酸塩基を有する。いくつかの実施形態では、第１のサブドメインは、１１の長さの核酸塩基を有する。いくつかの実施形態では、第１のサブドメインは、１２の長さの核酸塩基を有する。いくつかの実施形態では、第１のサブドメインは、１３の長さの核酸塩基を有する。いくつかの実施形態では、第１のサブドメインは、１４の長さの核酸塩基を有する。いくつかの実施形態では、第１のサブドメインは、１５の長さの核酸塩基を有する。
いくつかの実施形態では、第１のサブドメインは、第２のドメインの約、又は少なくとも約５～９５％、１０％～９０％、２０％～８０％、３０％～７０％、４０％～７０％、４０％～６０％、５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約３０％～８０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約３０％～７０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約４０％～６０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約２０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約２５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約３０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約３５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約４０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約４５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約５０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約５５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約６０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約６５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約７０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約７５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約８０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約８５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約９０％である。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドが相補性に関して標的核酸とアラインメントされるとき、１個以上（例えば、１～２０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０など）のミスマッチが第１のサブドメイン中に存在する。いくつかの実施形態では、１個のミスマッチがある。いくつかの実施形態では、２個のミスマッチがある。いくつかの実施形態では、３個のミスマッチがある。いくつかの実施形態では、４個のミスマッチがある。いくつかの実施形態では、５個のミスマッチがある。いくつかの実施形態では、６個のミスマッチがある。いくつかの実施形態では、７個のミスマッチがある。いくつかの実施形態では、８個のミスマッチがある。いくつかの実施形態では、９個のミスマッチがある。いくつかの実施形態では、１０個のミスマッチがある。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドが相補性に関して標的核酸とアラインメントされるとき、１個以上（例えば、１～２０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０など）のゆらぎが第１のサブドメイン中に存在する。いくつかの実施形態では、１個のゆらぎがある。いくつかの実施形態では、２個のゆらぎがある。いくつかの実施形態では、３個のゆらぎがある。いくつかの実施形態では、４個のゆらぎがある。いくつかの実施形態では、５個のゆらぎがある。いくつかの実施形態では、６個のゆらぎがある。いくつかの実施形態では、７個のゆらぎがある。いくつかの実施形態では、８個のゆらぎがある。いくつかの実施形態では、９個のゆらぎがある。いくつかの実施形態では、１０個のゆらぎがある。
いくつかの実施形態では、第１のサブドメイン領域中のオリゴヌクレオチド及び標的核酸の二重鎖は、各々がゆらぎではない１個以上のミスマッチを独立して含む１個以上のバルジを含む。いくつかの実施形態では、０～１０個（例えば、０～１、０～２、０～３、０～４、０～５、０～６、０～７、０～８、０～９、０～１０、１～２、１～３、１～４、１～５、１～６、１～７、１～８、１～９、１～１０、２～３、２～４、２～５、２～６、２～７、２～８、２～９、２～１０、３～４、３～５、３～６、３～７、３～８、３～９、３～１０、０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０など）のバルジがある。いくつかの実施形態では、その数は、０である。いくつかの実施形態では、その数は、１である。いくつかの実施形態では、その数は、２である。いくつかの実施形態では、その数は、３である。いくつかの実施形態では、その数は、４である。いくつかの実施形態では、その数は、５である。
いくつかの実施形態では、第１のサブドメインは、標的核酸と完全に相補的である。
いくつかの実施形態では、第１のサブドメインは、１つ以上の修飾された核酸塩基を含む。
いくつかの実施形態では、第１のサブドメインは、例えば、オリゴヌクレオチドが標的核酸と二重鎖を形成するとき、標的アデノシンの反対側のヌクレオシドを含む。反対側のヌクレオシド中に修飾された核酸塩基を含む好適な核酸塩基は、本明細書に記載される。例えば、いくつかの実施形態では、反対側の核酸塩基は、Ｃ、Ｃの互変異性体、Ｕ、Ｕの互変異性体、Ａ、Ａの互変異性体、及びＢＡ－Ｉ、ＢＡ－Ｉ－ａ、ＢＡ－Ｉ－ｂ、ＢＡ－ＩＩ、ＢＡ－ＩＩ－ａ、ＢＡ－ＩＩ－ｂ、ＢＡ－ＩＩＩ、ＢＡ－ＩＩＩ－ａ、ＢＡ－ＩＩＩ－ｂ、ＢＡ－ＩＶ、ＢＡ－ＩＶ－ａ、ＢＡ－ＩＶ－ｂ、ＢＡ－Ｖ、ＢＡ－Ｖ－ａ、ＢＡ－Ｖ－ｂ、若しくはＢＡ－ＶＩの構造を有する環ＢＡ、又は環ＢＡの互変異性体であるか又はそれを含む核酸塩基から選択される任意選択により置換された又は保護された核酸塩基である。
いくつかの実施形態では、第１のサブドメインは、２つの２’－Ｈを含む１つ以上の糖（例えば、天然のＤＮＡ糖）を含む。いくつかの実施形態では、第１のサブドメインは、２’－ＯＨを含む１つ以上の糖（例えば、天然のＲＮＡ糖）を含む。いくつかの実施形態では、第１のサブドメインは、１つ以上の修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、２’－修飾を含む。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、二環式糖、例えば、ＬＮＡ糖である。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、非環式糖（例えば、対応する環状糖のＣ２－Ｃ３結合を切断することによる）である。
いくつかの実施形態では、第１のサブドメインは、約１～５０、１～４０、１～３０、１～２５、１～２０、１～１５、１～１０個（例えば、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、若しくは１０～約１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０、又は約５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０など、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、若しくは２０など）の修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、第１のサブドメインは、約１～５０、１～４０、１～３０、１～２５、１～２０、１～１５、１～１０個（例えば、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、若しくは１０～約１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０、又は約５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０など、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、若しくは２０など）の独立して二環式糖（例えば、ＬＮＡ糖）又は２’－ＯＲ修飾された糖（式中、Ｒは、独立して、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である）である修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、第１のサブドメインは、約１～５０、１～４０、１～３０、１～２５、１～２０、１～１５、１～１０個（例えば、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、若しくは１０～約１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０、又は約５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０など、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、若しくは２０など）の独立して２’－ＯＲ修飾された糖（式中、Ｒは、独立して、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である）である修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、その数は、１である。いくつかの実施形態では、その数は、２である。いくつかの実施形態では、その数は、３である。いくつかの実施形態では、その数は、４である。いくつかの実施形態では、その数は、５である。いくつかの実施形態では、その数は、６である。いくつかの実施形態では、その数は、７である。いくつかの実施形態では、その数は、８である。いくつかの実施形態では、その数は、９である。いくつかの実施形態では、その数は、１０である。いくつかの実施形態では、その数は、１１である。いくつかの実施形態では、その数は、１２である。いくつかの実施形態では、その数は、１３である。いくつかの実施形態では、その数は、１４である。いくつかの実施形態では、その数は、１５である。いくつかの実施形態では、その数は、１６である。いくつかの実施形態では、その数は、１７である。いくつかの実施形態では、その数は、１８である。いくつかの実施形態では、その数は、１９である。いくつかの実施形態では、その数は、２０である。いくつかの実施形態では、Ｒは、メチルである。
いくつかの実施形態では、第１のサブドメイン中の全ての糖の約５％～１００％（例えば、約１０％～１００％、２０～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％など）は、独立して、修飾された糖である。いくつかの実施形態では、第１のサブドメイン中の全ての糖の約５％～１００％（例えば、約１０％～１００％、２０～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％など）は、独立して、二環式糖（例えば、ＬＮＡ糖）又は２’－ＯＲ修飾された糖（式中、Ｒは、独立して、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である）である。いくつかの実施形態では、第１のサブドメイン中の全ての糖の約５％～１００％（例えば、約１０％～１００％、２０～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％など）は、独立して、２’－ＯＲ修飾された糖（式中、Ｒは、独立して、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である）である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約５０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約５５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約６０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約６５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約７０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約７５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約８０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約８５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約９０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約９５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約１００％である。いくつかの実施形態では、Ｒは、メチルである。
いくつかの実施形態では、第１のサブドメインは、約１～５０個（例えば、約５、６、７、８、９、若しくは１０～約１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０、又は約５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０など、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、若しくは２０など）の独立して２’－Ｆではない修飾を有する修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、第１のサブドメイン中の糖の約５％～１００％（例えば、約１０％～１００％、２０～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％など）は、独立して、２’－Ｆではない修飾を有する修飾された糖である。いくつかの実施形態では、第１のサブドメイン中の糖の約５０％～１００％（例えば、約５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％など）は、独立して、２’－Ｆではない修飾を有する修飾された糖である。いくつかの実施形態では、第１のサブドメインの修飾された糖は、それぞれ独立して、二環式糖（例えば、ＬＮＡ糖）、非環式糖（例えば、ＵＮＡ糖）、２’－ＯＲ修飾を有する糖、又は２’－Ｎ（Ｒ）２修飾（式中、各Ｒは、独立して、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である）を有する糖から選択される。
いくつかの実施形態では、第１のサブドメインは、二環式糖（例えば、ＬＮＡ）、非環式糖（例えば、ＵＮＡ糖）、２’－ＯＲ修飾を有する糖、又は２’－Ｎ（Ｒ）２修飾（式中、各Ｒは、独立して、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である）を有する糖から独立して選択される約１～５０個（例えば、約５、６、７、８、９、若しくは１０～約１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０、又は約５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０など、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、若しくは２０など）の修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、第１のサブドメイン中の糖の約５％～１００％（例えば、約１０％～１００％、２０～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％など）は、独立して、二環式糖（例えば、ＬＮＡ糖）、非環式糖（例えば、ＵＮＡ糖）、２’－ＯＲ修飾を有する糖、又は２’－Ｎ（Ｒ）２修飾を有する糖（式中、各Ｒは、独立して、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である）から選択される修飾された糖である。いくつかの実施形態では、第１のサブドメイン中の糖の約５０％～１００％（例えば、約５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％など）は、独立して、二環式糖（例えば、ＬＮＡ糖）、非環式糖（例えば、ＵＮＡ糖）、２’－ＯＲ修飾を有する糖、又は２’－Ｎ（Ｒ）２修飾を有する糖（式中、各Ｒは、独立して、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である）から選択される修飾された糖である。
いくつかの実施形態では、第１のサブドメイン中のそれぞれの糖は、独立して、２’－ＯＲ修飾（式中、Ｒは、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である）、又は２’－Ｏ－ＬＢ－４’修飾を含む。いくつかの実施形態では、第１のサブドメイン中のそれぞれの糖は、独立して、２’－ＯＲ修飾（式中、Ｒは、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である）、又は２’－Ｏ－ＬＢ－４’修飾（式中、ＬＢは、任意選択により置換された－ＣＨ２－である）を含む。いくつかの実施形態では、第１のサブドメイン中のそれぞれの糖は、独立して、２’－ＯＭｅを含む。
いくつかの実施形態では、第１のサブドメインは、１つ以上の２’－Ｆ修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、第１のサブドメインは、２’－Ｆ修飾された糖を含まない。いくつかの実施形態では、第１のサブドメインは、１つ以上の二環式糖及び／又は２’－ＯＲ修飾された糖（式中、Ｒは、－Ｈではない）を含む。いくつかの実施形態では、二環式糖及び／又は２’－ＯＲ修飾された糖（式中、Ｒは、－Ｈではない）のレベルは、個々に又は合わせて、２’－Ｆ修飾された糖のレベルと比較して相対的に高い。いくつかの実施形態では、第１のサブドメイン中の糖の約１％～９５％以下（例えば、約１％、５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％以下など）は、２’－Ｆを含む。いくつかの実施形態では、第１のサブドメイン中の糖の約５０％以下は、２’－Ｆを含む。いくつかの実施形態では、第１のサブドメインは、１つ以上（例えば、約１～２０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０など）の２’－Ｎ（Ｒ）２修飾を含む修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、第１のサブドメインは、２’－ＮＨ２修飾を含む１つ以上（例えば、約１～２０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０など）の修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、第１のサブドメインは、１つ以上（例えば、約１～２０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０など）の二環式糖、例えば、ＬＮＡ糖を含む。いくつかの実施形態では、第１のサブドメインは、１つ以上（例えば、約１～２０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０など）の非環式糖（例えば、ＵＮＡ糖）を含む。
いくつかの実施形態では、第１のサブドメイン中の糖の約１％～９５％以下（例えば、約１％、５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％以下など）は、２’－ＭＯＥを含む。いくつかの実施形態では、第１のサブドメイン中の糖の約５０％以下は、２’－ＭＯＥを含む。いくつかの実施形態では、第１のサブドメイン中のどの糖も、２’－ＭＯＥを含まない。
いくつかの実施形態では、第１のサブドメインは、約１～５０、１～４０、１～３０、１～２５、１～２０、１～１５、１～１０個（例えば、約５、６、７、８、９、若しくは１０～約１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０、又は約５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０など、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、若しくは２０など）の修飾されたヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、第１のサブドメイン中のヌクレオチド間結合の約５％～１００％（例えば、約１０％～１００％、２０～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％など）は、修飾されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第１のサブドメイン中の各ヌクレオチド間結合は、独立して、修飾されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合は、独立して、キラルヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、修飾された又はキラルヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、修飾された又はキラルヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、修飾された又はキラルヌクレオチド間結合は、中性のヌクレオチド間結合、例えば、ｎ００１である。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合は、独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合又は負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合は、独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合又は中性のヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合は、独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第１のサ
ブドメイン中の少なくとも約１～５０、１～４０、１～３０、１～２５、１～２０、１～１５、１～１０個（例えば、約５、６、７、８、９、若しくは１０～約１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０、又は約５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０など、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、若しくは２０など）のキラルヌクレオチド間結合は、キラル制御される。いくつかの実施形態では、第１のサブドメイン中のキラルヌクレオチド間結合の少なくとも５％～１００％（例えば、約１０％～１００％、２０～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％など）は、キラル制御される。いくつかの実施形態では、第１のサブドメイン中のホスホロチオエートヌクレオチド間結合の少なくとも５％～１００％（例えば、約１０％～１００％、２０～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％など）は、キラル制御される。いくつかの実施形態では、各々は、独立して、キラル制御される。いくつかの実施形態では、第１のサブドメイン中の少なくとも約１～５０、１～４０、１～３０、１～２５、１～２０、１～１５、１～１０個（例えば、約５、６、７、８、９、若しくは１０～約１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０、又は約５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０など、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、若しくは２０など）のキラルヌクレオチド間結合は、Ｓｐである。いくつかの実施形態では、第１のサブドメイン中の少なくとも約１～５０、１～４０、１～３０、１～２５、１～２０、１～１５、１～１０個（例えば、約５、６、７、８、９、若しくは１０～約１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０、又は約５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０など、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、若しくは２０など）のホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、Ｓｐである。いくつかの実施形態では、第１のサブドメイン中のキラルヌクレオチド間結合の少なくとも５％～１００％（例えば、約１０％～１００％、２０～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％など）は、Ｓｐである。いくつかの実施形態では、第１のサブドメイン中のホスホロチオエートヌクレオチド間結合の少なくとも５％～１００％（例えば、約１０％～１００％、２０～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％など）は、Ｓｐである。いくつかの実施形態では、その数は、１以上である。いくつかの実施形態では、その数は、２以上である。いくつかの実施形態では、その数は、３以上である。いくつかの実施形態では、その数は、４以上である。いくつかの実施形態では、その数は、５以上である。いくつかの実施形態では、その数は、６以上である。いくつかの実施形態では、その数は、７以上である。いくつかの実施形態では、その数は、８以上である。いくつかの実施形態では、その数は、９以上である。いくつかの実施形態では、その数は、１０以上である。いくつかの実施形態では、その数は、１１以上である。いくつかの実施形態では、その数は、１２以上である。いくつかの実施形態では、その数は、１３以上である。いくつかの実施形態では、その数は、１４以上である。いくつかの実施形態では、その数は、１５以上である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約５０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約５５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約６０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約６５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約７０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約７５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約８０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約８５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約９０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約９５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約１００％である。いくつかの実施形態では、２つの第１のサブドメインヌクレオシドを連結するそれぞれのヌクレオチド間結合は、独立して、修飾されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合は、独立して、キラルヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合は、独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれのキラルヌクレオチド間結合は、独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合は、独立して、Ｓｐのキラルヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合は、独立して、Ｓｐのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれのキラルヌクレオチド間結合は、独立して、Ｓｐのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第１のサブドメインのヌクレオチド間結合は、第１のサブドメインの２つのヌクレオシドに結合される。いくつかの実施形態では、第１のサブドメイン中のヌクレオシド及び第２のサブドメイン中のヌクレオシドに結合されるヌクレオチド間結合は、第１のサブドメインのヌクレオチド間結合であると適切にみなされ得る。いくつかの実施形態では、第１のサブドメイン中のヌクレオシド及び第２のサブドメイン中のヌクレオシドに結合されるヌクレオチド間結合は、修飾されたヌクレオチド間結合であり；いくつかの実施形態では、それはキラルヌクレオチド間結合であり；いくつかの実施形態では、それはキラル制御され；いくつかの実施形態では、それはＲｐであり；いくつかの実施形態では、それはＳｐである。
いくつかの実施形態では、第１のサブドメインは、ある特定のレベルのＲｐのヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、レベルは、第１のサブドメイン中の全てのヌクレオチド間結合の約、例えば、約５％～１００％、約１０％～１００％、２０～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％などである。いくつかの実施形態では、レベルは、第１のサブドメイン中の全てのキラルヌクレオチド間結合の約、例えば、約５％～１００％、約１０％～１００％、２０～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％などである。いくつかの実施形態では、レベルは、第１のサブドメイン中の全てのキラル制御されたヌクレオチド間結合の約、例えば、約５％～１００％、約１０％～１００％、２０～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％などである。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約５０％又は約５０％以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約５５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約６０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約６５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約７０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約７５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約８０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約８５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約９０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約９５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約１００％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約５％又は約５％以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約１０％又は約１０％以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約１５％又は約１５％以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約２０％又は約２０％以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約２５％又は約２５％以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約３０％又は約３０％以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約３５％又は約３５％以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約４０％又は約４０％以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約４５％又は約４５％以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約５０％又は約５０％以下である。いくつかの実施形態では、約１～５０、１～４０、１～３０、１～２５、１～２０、１～１５、１～１０、１～５、例えば、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、又は２０個のヌクレオチド間結合は、独立して、Ｒｐのキラルヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、その数は、約１又は約１以下である。いくつかの実施形態では、その数は、約２又は約２以下である。いくつかの実施形態では、その数は、約３又は約３以下である。いくつかの実施形態では、その数は、約４又は約４以下である。いくつかの実施形態では、その数は、約５又は約５以下である。いくつかの実施形態では、その数は、約６又は約６以下である。いくつかの実施形態では、その数は、約７又は約７以下である。いくつかの実施形態では、その数は、約８又は約８以下である。いくつかの実施形態では、その数は、約９又は約９以下である。いくつかの実施形態では、その数は、約１０又は約１０以下である。
いくつかの実施形態では、第１のサブドメイン中のそれぞれのホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、独立して、キラル制御される。いくつかの実施形態では、各々は、独立して、Ｓｐ又はＲｐである。いくつかの実施形態では、高いレベルは、本明細書に記載されるとおりのＳｐである。いくつかの実施形態では、第１のサブドメイン中のそれぞれのホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、キラル制御され、Ｓｐである。いくつかの実施形態では、１個以上、例えば、約１～５個（例えば、約１、２、３、４、又は５）は、Ｒｐである。
いくつかの実施形態では、ある特定の例に示されるとおり、第１のサブドメインは、１つ以上の負に荷電していないヌクレオチド間結合を含み、その各々は、任意選択により且つ独立して、キラル制御される。いくつかの実施形態では、それぞれの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、独立して、ｎ００１である。いくつかの実施形態では、キラルの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、キラル制御されない。いくつかの実施形態では、それぞれのキラルの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、キラル制御されない。いくつかの実施形態では、キラルの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、キラル制御される。いくつかの実施形態では、キラルの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、キラル制御され、Ｒｐである。いくつかの実施形態では、キラルの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、キラル制御され、Ｓｐである。いくつかの実施形態では、それぞれのキラルの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、キラル制御される。いくつかの実施形態では、第１のサブドメイン中の負に荷電していないヌクレオチド間結合の数は、約１～１０、又は約１、２、３、４、５、６、７、８、９、若しくは１０である。いくつかの実施形態では、それは、約１である。いくつかの実施形態では、それは、約２である。いくつかの実施形態では、それは、約３である。いくつかの実施形態では、それは、約４である。いくつかの実施形態では、それは、約５である。いくつかの実施形態では、２つ以上の負に荷電していないヌクレオチド間結合は、連続している。いくつかの実施形態では、どの２つの負に荷電していないヌクレオチド間結合も、連続していない。いくつかの実施形態では、第１のサブドメイン中の全ての負に荷電していないヌクレオチド間結合は、連続している（例えば、３つの連続した負に荷電していないヌクレオチド間結合）。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合、又は２つ以上（例えば、約２、約３、約４など）の連続した負に荷電していないヌクレオチド間結合は、第１のサブドメインの３’末端にある。いくつかの実施形態では、第１のサブドメインの最後の２又は３又は４つのヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合ではない少なくとも１つのヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、第１のサブドメインの最後の２又は３又は４つのヌクレオチド間結合は、ｎ００１ではない少なくとも１つのヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、第１のサブドメインの最後の２つのヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第１のサブドメインの最後の２つのヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、Ｓｐの負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第１のサブドメインの最後の２つのヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、Ｒｐの負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第１のサブドメインの最後の２つのヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第１のサブドメインの最後の２つのヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、Ｓｐのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第１のサブドメインの最初の２つのヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第１のサブドメインの最初の２つのヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、Ｓｐの負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第１のサブドメインの最初の２つのヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、Ｒｐの負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第１のサブドメインの最初の２つのヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第１のサブドメインの最初の２つのヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、Ｓｐのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、ｎ００１などの中性のヌクレオチド間結合である。
いくつかの実施形態では、第１のサブドメインは、１つ以上の天然のリン酸結合を含む。いくつかの実施形態では、第１のサブドメインは、天然のリン酸結合を含有しない。
いくつかの実施形態では、第１のサブドメインは、５’末端部分、例えば、約１～２０、１～１５、１～１０、３～８、又は約１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０の長さの核酸塩基を有するものを含む。いくつかの実施形態では、５’末端部分は、約３～６の長さの核酸塩基を有する。いくつかの実施形態では、長さは、１個の核酸塩基である。いくつかの実施形態では、長さは、２個の核酸塩基である。いくつかの実施形態では、長さは、３個の核酸塩基である。いくつかの実施形態では、長さは、４個の核酸塩基である。いくつかの実施形態では、長さは、５個の核酸塩基である。いくつかの実施形態では、長さは、６個の核酸塩基である。いくつかの実施形態では、長さは、７個の核酸塩基である。いくつかの実施形態では、長さは、８個の核酸塩基である。いくつかの実施形態では、長さは、９個の核酸塩基である。いくつかの実施形態では、長さは、１０個の核酸塩基である。いくつかの実施形態では、５’末端部分は、第１のサブドメインの５’末端核酸塩基を含む。
いくつかの実施形態では、５’末端部分は、２つの２’－Ｈを有する１つ以上の糖（例えば、天然のＤＮＡ糖）を含む。いくつかの実施形態では、５’末端部分は、２’－ＯＨを有する１つ以上の糖（例えば、天然のＲＮＡ糖）を含む。いくつかの実施形態では、５’末端部分中の糖の１つ以上（例えば、約１～２０、１～１５、１～１０、３～８、又は約１、２、３、４、５、６、７、８、９、若しくは１０）は、独立して、修飾された糖である。いくつかの実施形態では、５’末端部分中の糖の約５％～１００％（例えば、約１０％～１００％、２０～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％など）は、独立して、修飾された糖である。いくつかの実施形態では、それぞれの糖は、独立して、修飾された糖である。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、独立して、二環式糖（例えば、ＬＮＡ糖）、非環式糖（例えば、ＵＮＡ糖）、２’－ＯＲ修飾を有する糖、又は２’－Ｎ（Ｒ）２修飾を有する糖（式中、各Ｒは、独立して、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である）から選択される。
いくつかの実施形態では、修飾された糖のうちの１つ以上は、独立して、２’－Ｆ又は２’－ＯＲ（式中、Ｒは、独立して、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である）を含む。いくつかの実施形態では、修飾された糖のうちの１つ以上は、独立して、２’－Ｆ又は２’－ＯＭｅである。いくつかの実施形態では、５’末端部分中のそれぞれの修飾された糖は、独立して、二環式糖（例えば、ＬＮＡ糖）又は２’－ＯＲ修飾を有する糖（式中、Ｒは、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である）である。いくつかの実施形態では、５’末端部分中のそれぞれの修飾された糖は、独立して、二環式糖（例えば、ＬＮＡ糖）又は２’－ＯＲ修飾を有する糖（式中、Ｒは、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である）である。いくつかの実施形態では、５’末端部分中のそれぞれの修飾された糖は、独立して、２’－ＯＲ修飾を有する糖（式中、Ｒは、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である）である。いくつかの実施形態では、Ｒは、メチルである。
いくつかの実施形態では、５’末端部分の１つ以上（例えば、約１～１０、又は約１、２、３、４、５、６、７、８、９、若しくは１０）のヌクレオチド間結合は、独立して、修飾されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、５’末端部分の１つ以上（例えば、約１～１０、又は約１、２、３、４、５、６、７、８、９、若しくは１０）のヌクレオチド間結合は、独立して、キラルヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、５’末端部分の１つ以上（例えば、約１～１０、又は約１、２、３、４、５、６、７、８、９、若しくは１０）のヌクレオチド間結合は、独立して、キラル制御されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、５’末端部分のヌクレオチド間結合の１つ以上（例えば、約１～１０、又は約１、２、３、４、５、６、７、８、９、若しくは１０）は、Ｒｐである。いくつかの実施形態では、５’末端部分の１つ以上（例えば、約１～１０、又は約１、２、３、４、５、６、７、８、９、若しくは１０）のヌクレオチド間結合は、Ｓｐである。いくつかの実施形態では、５’末端部分のそれぞれのヌクレオチド間結合は、Ｓｐである。
いくつかの実施形態では、５’末端部分は、本明細書に記載されるとおりの１つ以上（例えば、約１～１０、又は約１、２、３、４、５、６、７、８、９、若しくは１０）のミスマッチを含む。いくつかの実施形態では、５’末端部分は、本明細書に記載されるとおりの１つ以上（例えば、約１～１０、又は約１、２、３、４、５、６、７、８、９、若しくは１０）のゆらぎを含む。いくつかの実施形態では、５’末端部分は、標的核酸に対して約６０～１００％（例えば、６６％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又はそれ以上）相補的である。いくつかの実施形態では、相補性は、６０％以上である。いくつかの実施形態では、相補性は、７０％以上である。いくつかの実施形態では、相補性は、７５％以上である。いくつかの実施形態では、相補性は、８０％以上である。いくつかの実施形態では、相補性は、９０％以上である。
いくつかの実施形態では、第１のサブドメインは、３’末端部分、例えば、約１～２０、１～１５、１～１０、１～５、１～３、３～８、又は約１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０の長さの核酸塩基を有するものを含む。いくつかの実施形態では、３’末端部分は、約１～３の長さの核酸塩基を有する。いくつかの実施形態では、長さは、１個の核酸塩基である。いくつかの実施形態では、長さは、２個の核酸塩基である。いくつかの実施形態では、長さは、３個の核酸塩基である。いくつかの実施形態では、長さは、４個の核酸塩基である。いくつかの実施形態では、長さは、５個の核酸塩基である。いくつかの実施形態では、長さは、６個の核酸塩基である。いくつかの実施形態では、長さは、７個の核酸塩基である。いくつかの実施形態では、長さは、８個の核酸塩基である。いくつかの実施形態では、長さは、９個の核酸塩基である。いくつかの実施形態では、長さは、１０個の核酸塩基である。いくつかの実施形態では、３’末端部分は、第１のサブドメインの３’末端核酸塩基を含む。いくつかの実施形態では、第１のサブドメインは、５’末端部分及び３’末端部分を含むか又はそれらからなる。
いくつかの実施形態では、５’末端部分は、２つの２’－Ｈを有する１つ以上の糖（例えば、天然のＤＮＡ糖）を含む。いくつかの実施形態では、５’末端部分は、２’－ＯＨを有する１つ以上の糖（例えば、天然のＲＮＡ糖）を含む。いくつかの実施形態では、３’末端部分中の糖の１つ以上（例えば、約１～２０、１～１５、１～１０、３～８、又は約１、２、３、４、５、６、７、８、９、若しくは１０）は、独立して、修飾された糖である。いくつかの実施形態では、３’末端部分中の糖の約５％～１００％（例えば、約１０％～１００％、２０～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％など）は、独立して、修飾された糖である。いくつかの実施形態では、それぞれの糖は、独立して、修飾された糖である。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、独立して、二環式糖（例えば、ＬＮＡ糖）、非環式糖（例えば、ＵＮＡ糖）、２’－ＯＲ修飾を有する糖、又は２’－Ｎ（Ｒ）２修飾を有する糖（式中、各Ｒは、独立して、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である）から選択される。
いくつかの実施形態では、修飾された糖のうちの１つ以上は、独立して、２’－Ｆ又は２’－ＯＲ（式中、Ｒは、独立して、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である）を含む。いくつかの実施形態では、修飾された糖のうちの１つ以上は、独立して、２’－Ｆ又は２’－ＯＭｅである。いくつかの実施形態では、５’末端部分中のそれぞれの修飾された糖は、独立して、二環式糖（例えば、ＬＮＡ糖）又は２’－ＯＲ修飾を有する糖（式中、Ｒは、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である）である。いくつかの実施形態では、５’末端部分中のそれぞれの修飾された糖は、独立して、二環式糖（例えば、ＬＮＡ糖）又は２’－ＯＲ修飾を有する糖（式中、Ｒは、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である）である。いくつかの実施形態では、５’末端部分中のそれぞれの修飾された糖は、独立して、２’－ＯＲ修飾を有する糖（式中、Ｒは、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である）である。いくつかの実施形態では、Ｒは、メチルである。
いくつかの実施形態では、５’末端部分と比較して、３’末端部分は、より高いレベル（数及び／又はパーセンテージにおいて）の２’－Ｆ修飾された糖及び／又は２つの２’－Ｈを含む糖（例えば、天然のＤＮＡ糖）、及び／又はより低いレベル（数及び／又はパーセンテージにおいて）の他の種類の修飾された糖、例えば、二環式糖及び／又は２’－ＯＲ修飾を有する糖（式中、Ｒは、独立して、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である）を含有する。いくつかの実施形態では、５’末端部分と比較して、３’末端部分は、より高いレベルの２’－Ｆ修飾された糖及び／又はより低いレベルの２’－ＯＲ修飾された糖（式中、Ｒは、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である）を含有する。いくつかの実施形態では、５’末端部分と比較して、３’末端部分は、より高いレベルの２’－Ｆ修飾された糖及び／又はより低いレベルの２’－ＯＭｅ修飾された糖を含有する。いくつかの実施形態では、５’末端部分と比較して、３’末端部分は、より高いレベルの天然のＤＮＡ糖及び／又はより低いレベルの２’－ＯＲ修飾された糖（式中、Ｒは、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である）を含有する。いくつかの実施形態では、５’末端部分と比較して、３’末端部分は、より高いレベルの天然のＤＮＡ糖及び／又はより低いレベルの２’－ＯＭｅ修飾された糖を含有する。いくつかの実施形態では、３’末端部分は、低いレベル（例えば、５０％、４０％、３０％、２５％、２０％、若しくは１０％以下、又は１、２、３、４、５、６、７、８、９、若しくは１０個以下）の二環式糖又は２’－ＯＲを含む糖（式中、Ｒは、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族（例えば、メチル）である）である修飾された糖を含有する。いくつかの実施形態では、３’末端部分は、二環式糖又は２’－ＯＲを含む糖（式中、Ｒは、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族（例えば、メチル）である）である修飾された糖を含有しない。
いくつかの実施形態では、１つ以上の修飾された糖は、独立して、２’－Ｆを含む。いくつかの実施形態では、どの修飾された糖も、２’－ＯＭｅ又は他の２’－ＯＲ修飾（式中、Ｒは、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である）を含まない。いくつかの実施形態では、３’末端部分のそれぞれの糖は、独立して、２つの２’－Ｈ又は２’－Ｆ修飾を含む。いくつかの実施形態では、３’末端部分は、１、２、３、４、又は５個の２’－Ｆ修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、３’末端部分は、１～３個の２’－Ｆ修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、３’末端部分は、１、２、３、４、又は５個の天然のＤＮＡ糖を含む。いくつかの実施形態では、３’末端部分は、１～３個の天然のＤＮＡ糖を含む。
いくつかの実施形態では、３’末端部分の１つ以上（例えば、約１～１０、又は約１、２、３、４、５、６、７、８、９、若しくは１０）のヌクレオチド間結合は、独立して、修飾されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、３’末端部分の１つ以上（例えば、約１～１０、又は約１、２、３、４、５、６、７、８、９、若しくは１０）のヌクレオチド間結合は、独立して、キラルヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、３’末端部分の１つ以上（例えば、約１～１０、又は約１、２、３、４、５、６、７、８、９、若しくは１０）のヌクレオチド間結合は、独立して、キラル制御されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、３’末端部分のヌクレオチド間結合の１つ以上（例えば、約１～１０、又は約１、２、３、４、５、６、７、８、９、若しくは１０）は、Ｒｐである。いくつかの実施形態では、３’末端部分の１つ以上（例えば、約１～１０、又は約１、２、３、４、５、６、７、８、９、若しくは１０）のヌクレオチド間結合は、Ｓｐである。いくつかの実施形態では、３’末端部分のそれぞれのヌクレオチド間結合は、Ｓｐである。いくつかの実施形態では、３’－末端部分は、５’末端部分と比較してより高いレベル（数及び／又はパーセンテージにおいて）のＲｐのヌクレオチド間結合及び／又は天然のリン酸結合を含有する。
いくつかの実施形態では、３’末端部分は、本明細書に記載されるとおりの１つ以上（例えば、約１～１０、又は約１、２、３、４、５、６、７、８、９、若しくは１０）のミスマッチを含む。いくつかの実施形態では、３’末端部分は、本明細書に記載されるとおりの１つ以上（例えば、約１～１０、又は約１、２、３、４、５、６、７、８、９、若しくは１０）のゆらぎを含む。いくつかの実施形態では、３’末端部分は、標的核酸に対して約６０～１００％（例えば、６６％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又はそれ以上）相補的である。いくつかの実施形態では、相補性は、６０％以上である。いくつかの実施形態では、相補性は、７０％以上である。いくつかの実施形態では、相補性は、７５％以上である。いくつかの実施形態では、相補性は、８０％以上である。いくつかの実施形態では、相補性は、９０％以上である。
いくつかの実施形態では、第１のサブドメインは、ＡＤＡＲタンパク質、例えば、ＡＤＡＲ１、ＡＤＡＲ２などのタンパク質をリクルートするか、そのリクルートメントを促進するか又はそれに寄与する。いくつかの実施形態では、第１のサブドメインは、ＡＤＡＲタンパク質などのタンパク質をリクルートするか、又はそれとの相互作用を促進するか若しくはそれに寄与する。いくつかの実施形態では、第１のサブドメインは、ＡＤＡＲのＲＮＡ結合ドメイン（ＲＢＤ）と接触する。いくつかの実施形態では、第１のサブドメインは、デアミナーゼ活性を有するＡＤＡＲの触媒ドメインと接触する。いくつかの実施形態では、第１のサブドメインは、ＡＤＡＲ１のデアミナーゼ活性を有するドメインと接触する。いくつかの実施形態では、第１のサブドメインは、ＡＤＡＲ２のデアミナーゼ活性を有するドメインと接触する。いくつかの実施形態では、第１のサブドメインの様々な核酸塩基、糖及び／又はヌクレオチド間結合が、タンパク質、例えば、ＡＤＡＲタンパク質の１つ以上の残基と相互作用し得る。
第２のサブドメイン
本明細書に記載されるとおり、いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、５’から３’に第１のドメイン及び第２のドメインを含む。いくつかの実施形態では、第２のドメインは、５’から３’に第１のサブドメイン、第２のサブドメイン及び第３のサブドメインを含むか又はそれらからなる。第２のサブドメインのある特定の実施形態が、例として下に記載される。いくつかの実施形態では、第２のサブドメインは、修飾される（例えば、Ｉへの変換）ことになる標的アデノシンの反対側のヌクレオシドを含む。いくつかの実施形態では、第２のサブドメインは、標的アデノシンの反対側にただ１つのヌクレオシドを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの標的アデノシンの反対側のそれぞれのヌクレオシドは、第２のサブドメインである。
いくつかの実施形態では、第２のサブドメインは、約１～１０、１～５、１～３、又は約１、２、３、４、５、６、７、８、９、若しくは１０の長さの核酸塩基を有する。いくつかの実施形態では、第２のサブドメインは、約１～１０の長さの核酸塩基を有する。いくつかの実施形態では、第２のサブドメインは、約１～５の長さの核酸塩基を有する。いくつかの実施形態では、第２のサブドメインは、約１～３の長さの核酸塩基を有する。いくつかの実施形態では、第２のサブドメインは、１の長さの核酸塩基を有する。いくつかの実施形態では、第２のサブドメインは、２の長さの核酸塩基を有する。いくつかの実施形態では、第２のサブドメインは、３の長さの核酸塩基を有する。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドが相補性に関して標的核酸とアラインメントされるとき、１個以上（例えば、１～２０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０など）のミスマッチが第２のサブドメイン中に存在する。いくつかの実施形態では、１個のミスマッチがある。いくつかの実施形態では、２個のミスマッチがある。いくつかの実施形態では、３個のミスマッチがある。いくつかの実施形態では、４個のミスマッチがある。いくつかの実施形態では、５個のミスマッチがある。いくつかの実施形態では、６個のミスマッチがある。いくつかの実施形態では、７個のミスマッチがある。いくつかの実施形態では、８個のミスマッチがある。いくつかの実施形態では、９個のミスマッチがある。いくつかの実施形態では、１０個のミスマッチがある。
いくつかの実施形態では、第２のサブドメインは、ただ１個のミスマッチを含む。いくつかの実施形態では、第２のサブドメインは、ただ２個のミスマッチを含む。いくつかの実施形態では、第２のサブドメインは、ただ２個のミスマッチを含み、１個のミスマッチは、標的アデノシンとその反対側のヌクレオシドの間にあり、及び／又は１個のミスマッチは、標的アデノシンの隣ヌクレオシドとオリゴヌクレオチド中のその対応するヌクレオシドの間にある。いくつかの実施形態では、標的アデノシンの隣のヌクレオシドとオリゴヌクレオチド中のその対応するヌクレオシドの間のミスマッチは、ゆらぎである。いくつかの実施形態では、ゆらぎは、Ｉ－Ｃである。いくつかの実施形態では、Ｃは、標的アデノシンの隣、例えば、その３’側のすぐ隣にある。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドが相補性に関して標的核酸とアラインメントされるとき、１個以上（例えば、１～２０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０など）のゆらぎが第２のサブドメイン中に存在する。いくつかの実施形態では、１個のゆらぎがある。いくつかの実施形態では、２個のゆらぎがある。いくつかの実施形態では、３個のゆらぎがある。いくつかの実施形態では、４個のゆらぎがある。いくつかの実施形態では、５個のゆらぎがある。いくつかの実施形態では、６個のゆらぎがある。いくつかの実施形態では、７個のゆらぎがある。いくつかの実施形態では、８個のゆらぎがある。いくつかの実施形態では、９個のゆらぎがある。いくつかの実施形態では、１０個のゆらぎがある。
いくつかの実施形態では、第２のサブドメイン領域中のオリゴヌクレオチド及び標的核酸の二重鎖は、各々がゆらぎではない１個以上のミスマッチを独立して含む１個以上のバルジを含む。いくつかの実施形態では、０～１０個（例えば、０～１、０～２、０～３、０～４、０～５、０～６、０～７、０～８、０～９、０～１０、１～２、１～３、１～４、１～５、１～６、１～７、１～８、１～９、１～１０、２～３、２～４、２～５、２～６、２～７、２～８、２～９、２～１０、３～４、３～５、３～６、３～７、３～８、３～９、３～１０、０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０など）のバルジがある。いくつかの実施形態では、その数は、０である。いくつかの実施形態では、その数は、１である。いくつかの実施形態では、その数は、２である。いくつかの実施形態では、その数は、３である。いくつかの実施形態では、その数は、４である。いくつかの実施形態では、その数は、５である。
いくつかの実施形態では、第２のサブドメインは、標的核酸と完全に相補的である。
いくつかの実施形態では、第２のサブドメインは、１つ以上の修飾された核酸塩基を含む。
いくつかの実施形態では、第２のサブドメインは、例えば、オリゴヌクレオチドが標的核酸と二重鎖を形成するとき、標的アデノシンの反対側のヌクレオシドを含む。反対側のヌクレオシド中の修飾された核酸塩基を含む好適な核酸塩基は、本明細書に記載される。例えば、いくつかの実施形態では、反対側の核酸塩基は、Ｃ、Ｃの互変異性体、Ｕ、Ｕの互変異性体、Ａ、Ａの互変異性体、及びＢＡ－Ｉ、ＢＡ－Ｉ－ａ、ＢＡ－Ｉ－ｂ、ＢＡ－ＩＩ、ＢＡ－ＩＩ－ａ、ＢＡ－ＩＩ－ｂ、ＢＡ－ＩＩＩ、ＢＡ－ＩＩＩ－ａ、ＢＡ－ＩＩＩ－ｂ、ＢＡ－ＩＶ、ＢＡ－ＩＶ－ａ、ＢＡ－ＩＶ－ｂ、ＢＡ－Ｖ、ＢＡ－Ｖ－ａ、ＢＡ－Ｖ－ｂ、若しくはＢＡ－ＶＩの構造を有する環ＢＡ、又は環ＢＡの互変異性体であるか又はそれを含む核酸塩基から選択される任意選択により置換された又は保護された核酸塩基である。例えば、いくつかの実施形態では、反対側の核酸塩基は、
Figure 2022551124000099
から選択される。いくつかの実施形態では、反対側の核酸塩基は、
Figure 2022551124000100
である。いくつかの実施形態では、反対側の核酸塩基は、
Figure 2022551124000101
である。いくつかの実施形態では、反対側の核酸塩基は、
Figure 2022551124000102
である。いくつかの実施形態では、反対側の核酸塩基は、
Figure 2022551124000103
である。いくつかの実施形態では、反対側の核酸塩基は、
Figure 2022551124000104
である。いくつかの実施形態では、反対側の核酸塩基は、
Figure 2022551124000105
である。いくつかの実施形態では、反対側の核酸塩基は、
Figure 2022551124000106
である。いくつかの実施形態では、反対側の核酸塩基は、
Figure 2022551124000107
である。いくつかの実施形態では、反対側の核酸塩基は、
Figure 2022551124000108
である。いくつかの実施形態では、反対側の核酸塩基は、
Figure 2022551124000109
である。いくつかの実施形態では、反対側の核酸塩基は、
Figure 2022551124000110
である。いくつかの実施形態では、反対側の核酸塩基は、
Figure 2022551124000111
である。
いくつかの実施形態では、第２のサブドメインは、反対側の核酸塩基の隣に修飾された核酸塩基を含む。いくつかの実施形態では、それは、５’側にある。いくつかの実施形態では、それは、３’側にある。いくつかの実施形態では、それぞれの側に、独立して、修飾された核酸塩基がある。特に、本開示は、反対側の核酸塩基に隣接する（例えば、その隣にある）核酸塩基が、標的核酸、オリゴヌクレオチド及び／又はその二重鎖の認識、結合、相互作用、及び／又は修飾に対する破壊（例えば、立体障害）を引き起こす可能性があることを認める。いくつかの実施形態では、破壊は、隣接するＧと関連する。いくつかの実施形態では、本開示は、Ｇを置き換えることができ、Ｇと比較して向上した安定性及び／又は活性をもたらすことができる核酸塩基を提供する。例えば、いくつかの実施形態では、隣接する核酸塩基（例えば、反対側のヌクレオシドの３’側のすぐ隣のヌクレオシド）は、ヒポキサンチンである（破壊（例えば、立体障害）及び／又はＣとのゆらぎの塩基対形成の形成を低減するためにＧを置き換える）。いくつかの実施形態では、隣接する核酸塩基は、ヒポキサンチンの誘導体である。いくつかの実施形態では、３’側のすぐ隣のヌクレオシドは、式ＢＡ－ＶＩの構造を有する環ＢＡであるか又はそれを含む核酸塩基を含む。いくつかの実施形態では、隣接する核酸塩基は、
Figure 2022551124000112
である。いくつかの実施形態では、隣接する核酸塩基は、
Figure 2022551124000113
である。
いくつかの実施形態では、第２のサブドメインは、２つの２’－Ｈを含む１つ以上の糖（例えば、天然のＤＮＡ糖）を含む。いくつかの実施形態では、第２のサブドメインは、２’－ＯＨを含む１つ以上の糖（例えば、天然のＲＮＡ糖）を含む。いくつかの実施形態では、第２のサブドメインは、１つ以上の修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、２’－修飾を含む。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、二環式糖、例えば、ＬＮＡ糖である。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、非環式糖（例えば、対応する環状糖のＣ２－Ｃ３結合を切断することによる）である。いくつかの実施形態では、反対側のヌクレオシドは、ＵＮＡ糖などの非環式糖を含む。いくつかの実施形態では、そのような非環式糖は、タンパク質が標的アデノシン上で修飾を行うための柔軟性を提供する。
いくつかの実施形態では、第２のサブドメインは、二環式糖（例えば、ＬＮＡ糖）、非環式糖（例えば、ＵＮＡ糖）、２’－ＯＲ修飾を有する糖、又は２’－Ｎ（Ｒ）２修飾を有する糖（式中、各Ｒは、独立して、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である）から独立して選択される約１～１０個（例えば、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０）の修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、第２のサブドメイン中の糖の約５％～１００％（例えば、約１０％～１００％、２０～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％など）は、独立して、二環式糖（例えば、ＬＮＡ糖）、非環式糖（例えば、ＵＮＡ糖）、２’－ＯＲ修飾を有する糖、又は２’－Ｎ（Ｒ）２修飾を有する糖（式中、各Ｒは、独立して、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である）から選択される修飾された糖である。
いくつかの実施形態では、第２のサブドメイン中の低いレベル（例えば、５０％、４０％、３０％、２５％、２０％、若しくは１０％以下、又は１、２、３、４、５、６、７、８、９、若しくは１０個以下）の糖は、独立して、２’－ＯＲ修飾（式中、Ｒは、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である）、又は２’－Ｏ－ＬＢ－４’修飾を含む。いくつかの実施形態では、第２のサブドメイン中のそれぞれの糖は、独立して、２’－ＯＲ修飾（式中、Ｒは、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である）、又は２’－Ｏ－ＬＢ－４’修飾（式中、ＬＢは、任意選択により置換された－ＣＨ２－である）を含有しない。いくつかの実施形態では、第２のサブドメイン中のそれぞれの糖は、独立して、２’－ＯＭｅを含有しない。
いくつかの実施形態では、第２のサブドメインは、１つ以上の２’－Ｆ修飾された糖を含む。
いくつかの実施形態では、第２のサブドメイン中の高いレベル（例えば、約６０～１００％、又は約６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％以上、若しくは１００％）又は全ての糖は、独立して、２’－Ｆ修飾された糖、２つの２’－Ｈを含む糖（例えば、天然のＤＮＡ糖）、又は２’－ＯＨを含む糖（例えば、天然のＲＮＡ糖）である。いくつかの実施形態では、第２のサブドメイン中の高いレベル（例えば、約６０～１００％、又は約６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％以上、若しくは１００％）又は全ての糖は、独立して、２’－Ｆ修飾された糖、天然のＤＮＡ糖、又は天然のＲＮＡ糖である。いくつかの実施形態では、第２のサブドメイン中の高いレベル（例えば、約６０～１００％、又は約６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％以上、若しくは１００％）又は全ての糖は、独立して、２’－Ｆ修飾された糖及び天然のＤＮＡ糖である。いくつかの実施形態では、レベルは、１００％である。いくつかの実施形態では、第２のサブドメインは、１、２、３、４又は５個の２’－Ｆ修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、第２のサブドメインは、２つの２’－Ｈを含む１、２、３、４又は５個の糖を含む。いくつかの実施形態では、第２のサブドメインは、１、２、３、４又は５個の天然のＤＮＡ糖を含む。いくつかの実施形態では、第２のサブドメインは、２’－ＯＨを含む１、２、３、４又は５個の糖を含む。いくつかの実施形態では、第２のサブドメインは、１、２、３、４又は５個の天然のＲＮＡ糖を含む。いくつかの実施形態では、数は、１である。いくつかの実施形態では、数は、２である。いくつかの実施形態では、数は、３である。いくつかの実施形態では、数は、４である。いくつかの実施形態では、数は、５である。
いくつかの実施形態では、標的アデノシンの反対側のヌクレオシドの糖（「反対側の糖」）、反対側のヌクレオシドの５’側の隣のヌクレオシドの糖（「５’側の隣の糖」）、及び／又は反対側のヌクレオシドの３’側の隣のヌクレオシドの糖（「３’側の隣の糖」）は、独立して且つ任意選択により、２’－Ｆ修飾された糖、２つの２’－Ｈを含む糖（例えば、天然のＤＮＡ糖）、又は２’－ＯＨを含む糖（例えば、天然のＲＮＡ糖）である。いくつかの実施形態では、反対側の糖は、２’－Ｆ修飾された糖である。いくつかの実施形態では、反対側の糖は、２つの２’－Ｈを含む糖である。いくつかの実施形態では、反対側の糖は、天然のＤＮＡ糖である。いくつかの実施形態では、反対側の糖は、２’－ＯＨを含む糖である。いくつかの実施形態では、反対側の糖は、天然のＲＮＡ糖である。例えば、いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド中の５’側の隣の糖、反対側の糖及び３’側の隣の糖の各々は、独立して、天然のＤＮＡ糖である。いくつかの実施形態では、５’側の隣の糖は、２’－Ｆ修飾された糖であり、反対側の糖及び３’側の隣の糖の各々は、独立して、天然のＤＮＡ糖である。
いくつかの実施形態では、５’側の隣の糖は、２’－Ｆ修飾された糖である。いくつかの実施形態では、５’側の隣の糖は、２つの２’－Ｈを含む糖である。いくつかの実施形態では、５’側の隣の糖は、天然のＤＮＡ糖である。いくつかの実施形態では、５’側の隣の糖は、２’－ＯＨを含む糖である。いくつかの実施形態では、５’側の隣の糖は、天然のＲＮＡ糖である。
いくつかの実施形態では、３’側の隣の糖は、２’－Ｆ修飾された糖である。いくつかの実施形態では、３’側の隣の糖は、２つの２’－Ｈを含む糖である。いくつかの実施形態では、３’側の隣の糖は、天然のＤＮＡ糖である。いくつかの実施形態では、３’側の隣の糖は、２’－ＯＨを含む糖である。いくつかの実施形態では、３’側の隣の糖は、天然のＲＮＡ糖である。
いくつかの実施形態では、第２のサブドメイン中の糖の約１％～９５％以下（例えば、約１％、５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％以下など）は、２’－ＭＯＥを含む。いくつかの実施形態では、第２のサブドメイン中の糖の約５０％以下は、２’－ＭＯＥを含む。いくつかの実施形態では、第２のサブドメイン中のどの糖も、２’－ＭＯＥを含まない。
いくつかの実施形態では、第２のサブドメインは、約１～１０個（例えば、約１～５、１～４、１～３、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０）の修飾されたヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、第２のサブドメイン中のヌクレオチド間結合の約５％～１００％（例えば、約１０％～１００％、２０～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％など）は、修飾されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第２のサブドメイン中の各ヌクレオチド間結合は、独立して、修飾されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合は、独立して、キラルヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、修飾された又はキラルヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、修飾された又はキラルヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、修飾された又はキラルヌクレオチド間結合は、中性のヌクレオチド間結合、例えば、ｎ００１である。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合は、独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合又は負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合は、独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合又は中性のヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合は、独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第２のサブドメイン中の少なくとも約１～１０個（例えば、約１～５、１～４、１～３、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０）のキラルヌクレオチド間結合は、キラル制御される。いくつかの実施形態では、第２のサブドメイン中のキラルヌクレオチド間結合の少なくとも５％～１００％（例えば、約１０％～１００％、２０～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％など）は、キラル制御される。いくつかの実施形態では、第２のサブドメイン中のホスホロチオエートヌクレオチド間結合の少なくとも５％～１００％（例えば、約１０％～１００％、２０～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％など）は、キラル制御される。いくつかの実施形態では、各々は、独立して、キラル制御される。いくつかの実施形態では、第２のサブドメイン中の少なくとも約１～１０個（例えば、約１～５、１～４、１～３、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０）のキラルヌクレオチド間結合は、Ｓｐである。いくつかの実施形態では、第２のサブドメイン中の少なくとも約１～１０個（例えば、約１～５、１～４、１～３、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０）のホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、Ｓｐである。いくつかの実施形態では、第２のサブドメイン中のキラルヌクレオチド間結合の少なくとも５％～１００％（例えば、約１０％～１００％、２０～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％など）は、Ｓｐである。いくつかの実施形態では、第２のサブドメイン中のホスホロチオエートヌクレオチド間結合の少なくとも５％～１００％（例えば、約１０％～１００％、２０～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％など）は、Ｓｐである。いくつかの実施形態では、その数は、１以上である。いくつかの実施形態では、その数は、２以上である。いくつかの実施形態では、その数は、３以上である。いくつかの実施形態では、その数は、４以上である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約５０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約５５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約６０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約６５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約７０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約７５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約８０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約８５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約９０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約９５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約１００％である。いくつかの実施形態では、２つの第２のサブドメインヌクレオシドを連結するそれぞれのヌクレオチド間結合は、独立して、修飾されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合は、独立して、キラルヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合は、独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれのキラルヌクレオチド間結合は、独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合は、独立して、Ｓｐのキラルヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合は、独立して、Ｓｐホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれのキラルヌクレオチド間結合は、独立して、Ｓｐホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第２のサブドメインのヌクレオチド間結合は、第２のサブドメインの２つのヌクレオシドに結合される。いくつかの実施形態では、第２のサブドメイン中のヌクレオシド及び第１又は第３のサブドメイン中のヌクレオシドに結合されるヌクレオチド間結合は、第２のサブドメインのヌクレオチド間結合であると適切にみなされ得る。いくつかの実施形態では、第２のサブドメイン中のヌクレオシド及び第１又は第３のサブドメイン中のヌクレオシドに結合されるヌクレオチド間結合は、修飾されたヌクレオチド間結合であり；いくつかの実施形態では、それはキラルヌクレオチド間結合であり；いくつかの実施形態では、それはキラル制御され；いくつかの実施形態では、それはＲｐであり；いくつかの実施形態では、それはＳｐである。
いくつかの実施形態では、第２のサブドメインは、ある特定のレベルのＲｐのヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、レベルは、第２のサブドメイン中の全てのヌクレオチド間結合の約、例えば、約５％～１００％、約１０％～１００％、２０～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％などである。いくつかの実施形態では、レベルは、第２のサブドメイン中の全てのキラルヌクレオチド間結合の約、例えば、約５％～１００％、約１０％～１００％、２０～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％などである。いくつかの実施形態では、レベルは、第２のサブドメイン中の全てのキラル制御されたヌクレオチド間結合の約、例えば、約５％～１００％、約１０％～１００％、２０～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％などである。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約５０％又は約５０％以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約５５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約６０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約６５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約７０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約７５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約８０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約８５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約９０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約９５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約１００％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約５％又は約５％以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約１０％又は約１０％以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約１５％又は約１５％以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約２０％又は約２０％以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約２５％又は約２５％以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約３０％又は約３０％以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約３５％又は約３５％以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約４０％又は約４０％以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約４５％又は約４５％以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約５０％又は約５０％以下である。いくつかの実施形態では、１～１０個（例えば、約１～５、１～４、１～３、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０）のヌクレオチド間結合は、独立して、Ｒｐのキラルヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、その数は、約１又は約１以下である。いくつかの実施形態では、その数は、約２又は約２以下である。いくつかの実施形態では、その数は、約３又は約３以下である。いくつかの実施形態では、その数は、約４又は約４以下である。いくつかの実施形態では、その数は、約５又は約５以下である。いくつかの実施形態では、その数は、約６又は約６以下である。いくつかの実施形態では、その数は、約７又は約７以下である。いくつかの実施形態では、その数は、約８又は約８以下である。いくつかの実施形態では、その数は、約９又は約９以下である。いくつかの実施形態では、その数は、約１０又は約１０以下である。いくつかの実施形態では、第２のサブドメインは、他の部分（例えば、第１のドメイン、第２のドメイン全体、第１のサブドメイン、第３のサブドメイン、又はその部分）と比較してより高いレベル（数及び／又はパーセンテージにおいて）のＲｐのヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、第２のサブドメインは、Ｓｐのヌクレオチド間結合より高いレベル（数及び／又はパーセンテージにおいて）のＲｐのヌクレオチド間結合を含む。
いくつかの実施形態では、第２のサブドメイン中のそれぞれのホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、独立して、キラル制御される。いくつかの実施形態では、各々は、独立して、Ｓｐ又はＲｐである。いくつかの実施形態では、高いレベルは、本明細書に記載されるとおりのＳｐである。いくつかの実施形態では、第２のサブドメイン中のそれぞれのホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、キラル制御され、Ｓｐである。いくつかの実施形態では、１個以上、例えば、約１～５個（例えば、約１、２、３、４、又は５）は、Ｒｐである。
いくつかの実施形態では、ある特定の例に示されるとおり、第２のサブドメインは、１つ以上の負に荷電していないヌクレオチド間結合を含み、その各々は、任意選択により且つ独立して、キラル制御される。いくつかの実施形態では、それぞれの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、独立して、ｎ００１である。いくつかの実施形態では、キラルの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、キラル制御されない。いくつかの実施形態では、それぞれのキラルの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、キラル制御されない。いくつかの実施形態では、キラルの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、キラル制御される。いくつかの実施形態では、キラルの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、キラル制御され、Ｒｐである。いくつかの実施形態では、キラルの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、キラル制御され、Ｓｐである。いくつかの実施形態では、それぞれのキラルの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、キラル制御される。いくつかの実施形態では、第２のサブドメイン中の負に荷電していないヌクレオチド間結合の数は、約１～５、又は約１、２、３、４、若しくは５である。いくつかの実施形態では、それは、約１である。いくつかの実施形態では、それは、約２である。いくつかの実施形態では、それは、約３である。いくつかの実施形態では、それは、約４である。いくつかの実施形態では、それは、約５である。いくつかの実施形態では、２つ以上の負に荷電していないヌクレオチド間結合は、連続している。いくつかの実施形態では、どの２つの負に荷電していないヌクレオチド間結合も、連続していない。いくつかの実施形態では、第２のサブドメイン中の全ての負に荷電していないヌクレオチド間結合は、連続している（例えば、３つの連続した負に荷電していないヌクレオチド間結合）。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合、又は２つ以上（例えば、約２、約３、約４など）の連続した負に荷電していないヌクレオチド間結合は、第２のサブドメインの３’末端にある。いくつかの実施形態では、第２のサブドメインの最後の２又は３又は４つのヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合ではない少なくとも１つのヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、第２のサブドメインの最後の２又は３又は４つのヌクレオチド間結合は、ｎ００１ではない少なくとも１つのヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、第２のサブドメインの最後の２つのヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第２のサブドメインの最後の２つのヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、Ｓｐの負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第２のサブドメインの最後の２つのヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、Ｒｐの負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第２のサブドメインの最後の２つのヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第２のサブドメインの最後の２つのヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、Ｓｐのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第２のサブドメインの最初の２つのヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第２のサブドメインの最初の２つのヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、Ｓｐの負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第２のサブドメインの最初の２つのヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、Ｒｐの負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第２のサブドメインの最初の２つのヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第２のサブドメインの最初の２つのヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、Ｓｐのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第２のサブドメインの最後のヌクレオシド及び第３のサブドメインの最初のヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第２のサブドメインの最後のヌクレオシド及び第３のサブドメインの最初のヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、Ｓｐの負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第２のサブドメインの最後のヌクレオシド及び第３のサブドメインの最初のヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、Ｒｐの負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第２のサブドメインの最後のヌクレオシド及び第３のサブドメインの最初のヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第２のサブドメインの最後のヌクレオシド及び第３のサブドメインの最初のヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、Ｓｐのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、ｎ００１などの中性のヌクレオチド間結合である。
いくつかの実施形態では、第２のサブドメインは、１つ以上の天然のリン酸結合を含む。いくつかの実施形態では、第２のサブドメインは、天然のリン酸結合を含有しない。いくつかの実施形態では、第２のサブドメインは、少なくとも１つの天然のリン酸結合を含む。いくつかの実施形態では、第２のサブドメインは、少なくとも２つの天然のリン酸結合を含む。いくつかの実施形態では、第２のサブドメインは、少なくとも３つの天然のリン酸結合を含む。いくつかの実施形態では、第２のサブドメインは、少なくとも４つの天然のリン酸結合を含む。いくつかの実施形態では、第２のサブドメインは、少なくとも５つの天然のリン酸結合を含む。
いくつかの実施形態では、反対側のヌクレオシドは、天然のリン酸結合を介してその５’側のすぐ隣のヌクレオシドに連結される。いくつかの実施形態では、反対側のヌクレオシドは、天然のリン酸結合を介してその５’側のすぐ隣のヌクレオシドに連結される。いくつかの実施形態では、反対側のヌクレオシドは、修飾されたヌクレオチド間結合を介してその５’側のすぐ隣のヌクレオシドに連結される。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、キラルヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、中性荷電のヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、キラルヌクレオチド間結合は、キラル制御される。いくつかの実施形態では、キラルヌクレオチド間結合は、Ｒｐである。いくつかの実施形態では、キラルヌクレオチド間結合は、Ｓｐである。
いくつかの実施形態では、反対側のヌクレオシドは、天然のリン酸結合を介してその３’側のすぐ隣のヌクレオシド（反対側のヌクレオシドに対して－１の位置）に連結される。いくつかの実施形態では、反対側のヌクレオシドは、修飾されたヌクレオチド間結合を介してその３’側のすぐ隣のヌクレオシドに連結される。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、キラルヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、中性荷電のヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、キラルヌクレオチド間結合は、キラル制御される。いくつかの実施形態では、キラルヌクレオチド間結合は、Ｒｐである。いくつかの実施形態では、キラルヌクレオチド間結合は、Ｓｐである。いくつかの実施形態では、キラルヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合であり、キラル制御される。いくつかの実施形態では、キラルヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合であり、Ｓｐである。いくつかの実施形態では、キラルヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合であり、Ｒｐである。いくつかの実施形態では、キラルヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合（例えば、ｎ００１）であり、キラル制御される。いくつかの実施形態では、キラルヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合（例えば、ｎ００１）であり、キラル制御され、Ｒｐである。いくつかの実施形態では、キラルヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合（例えば、ｎ００１）であり、キラル制御され、Ｓｐである。いくつかの実施形態では、キラルヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合（例えば、ｎ００１）であり、キラル制御されない。
いくつかの実施形態では、反対側のヌクレオシドに対して－１の位置のヌクレオシド及び反対側のヌクレオシドに対して－２の位置のヌクレオシド（例えば、５’－・・・Ｎ０Ｎ－１Ｎ－２・・・３’において、Ｎ０が反対側のヌクレオシドである場合、Ｎ－１は、－１の位置にあり且つＮ－２は－２の位置にある）は、天然のリン酸結合を介して連結される。いくつかの実施形態では、それらは、修飾されたヌクレオチド間結合を介して連結される。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、キラルヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、中性荷電のヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、キラルヌクレオチド間結合は、キラル制御される。いくつかの実施形態では、キラルヌクレオチド間結合は、Ｒｐである。いくつかの実施形態では、キラルヌクレオチド間結合は、Ｓｐである。いくつかの実施形態では、キラルヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合であり、キラル制御される。いくつかの実施形態では、キラルヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合であり、Ｓｐである。いくつかの実施形態では、キラルヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合であり、Ｒｐである。いくつかの実施形態では、キラルヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合（例えば、ｎ００１）であり、キラル制御される。いくつかの実施形態では、キラルヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合（例えば、ｎ００１）であり、キラル制御され、Ｒｐである。いくつかの実施形態では、キラルヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合（例えば、ｎ００１）であり、キラル制御され、Ｓｐである。いくつかの実施形態では、キラルヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合（例えば、ｎ００１）であり、キラル制御されない。
いくつかの実施形態では、第２のサブドメインのヌクレオシド及び第３のサブドメインのヌクレオシドは、天然のリン酸結合を介して連結される。いくつかの実施形態では、それらは、修飾されたヌクレオチド間結合を介して連結される。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、キラルヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、中性荷電のヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、キラルヌクレオチド間結合は、キラル制御される。いくつかの実施形態では、キラルヌクレオチド間結合は、Ｒｐである。いくつかの実施形態では、キラルヌクレオチド間結合は、Ｓｐである。いくつかの実施形態では、キラルヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合であり、キラル制御される。いくつかの実施形態では、キラルヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合であり、Ｓｐである。いくつかの実施形態では、キラルヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合であり、Ｒｐである。いくつかの実施形態では、キラルヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合（例えば、ｎ００１）であり、キラル制御される。いくつかの実施形態では、キラルヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合（例えば、ｎ００１）であり、キラル制御され、Ｒｐである。いくつかの実施形態では、キラルヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合（例えば、ｎ００１）であり、キラル制御され、Ｓｐである。いくつかの実施形態では、キラルヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合（例えば、ｎ００１）であり、キラル制御されない。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、５’－Ｎ１Ｎ０Ｎ－１－３’を含み、Ｎ１、Ｎ０、及びＮ－１の各々は、独立して、ヌクレオシドであり、Ｎ１及びＮ０は、本明細書に記載されるとおりのヌクレオチド間結合に結合し、Ｎ－１及びＮ０は、本明細書に記載されるとおりのヌクレオチド間結合に結合し、Ｎ０は、標的アデノシンの反対側である。いくつかの実施形態では、Ｎ１、Ｎ０、及びＮ－１の各々の糖は、独立して、天然のＤＮＡ糖又は２’－Ｆ修飾された糖である。いくつかの実施形態では、Ｎ１、Ｎ０、及びＮ－１の各々の糖は、独立して、天然のＤＮＡ糖である。いくつかの実施形態では、Ｎ１の糖は、２’修飾された糖であり、Ｎ０及びＮ－１の各々の糖は、独立して、天然のＤＮＡ糖である。いくつかの実施形態では、そのようなオリゴヌクレオチドは、高い編集レベルを提供する。いくつかの実施形態では、Ｎ－１に結合される２つのヌクレオチド間結合の各々は、独立して、Ｒｐである。いくつかの実施形態では、Ｎ－１に結合される２つのヌクレオチド間結合の各々は、独立して、Ｒｐのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、Ｎ－１に結合される２つのヌクレオチド間結合の各々は、独立して、Ｒｐのホスホロチオエートヌクレオチド間結合であり、オリゴヌクレオチド中のそれぞれの他のホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、もしあれば独立して、Ｓｐである。いくつかの実施形態では、Ｎ１に結合される５’ヌクレオチド間結合は、Ｒｐである。いくつかの実施形態では、Ｎ１及びＮ０に結合されるヌクレオチド間結合（すなわち、Ｎ１に結合された３’ヌクレオチド間結合）は、Ｒｐである。いくつかの実施形態では、Ｎ－１及びＮ０に結合されるヌクレオチド間結合は、Ｒｐである。いくつかの実施形態では、Ｎ－１に結合される３’ヌクレオチド間結合は、Ｒｐである。いくつかの実施形態では、Ｎ０に結合されるそれぞれのヌクレオチド間結合は、独立して、Ｒｐである。いくつかの実施形態では、Ｎ０又はＮ１に結合されるそれぞれのヌクレオチド間結合は、独立して、Ｒｐである。いくつかの実施形態では、Ｎ０又はＮ－１に結合されるそれぞれのヌクレオチド間結合は、独立して、Ｒｐである。いくつかの実施形態では、Ｎ１に結合されるそれぞれのヌクレオチド間結合は、独立して、Ｒｐである。いくつかの実施形態では、それぞれのＲｐのヌクレオチド間結合は、独立して、Ｒｐのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド中のそれぞれの他のキラル制御されたホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、独立して、Ｓｐである。
いくつかの実施形態では、５’側のすぐ隣のヌクレオシド（例えば、Ｎ１）の糖は、独立して、天然のＤＮＡ糖、天然のＲＮＡ糖、及び２’－Ｆ修飾された糖（例えば、Ｒ２ｓは－Ｆである）から選択される。いくつかの実施形態では、反対のヌクレオシド（例えば、Ｎ０）の糖は、独立して、天然のＤＮＡ糖、天然のＲＮＡ糖、及び２’－Ｆ修飾された糖から選択される。いくつかの実施形態では、３’側のすぐ隣のヌクレオシド（例えば、Ｎ－１）の糖は、独立して、天然のＤＮＡ糖、天然のＲＮＡ糖、及び２’－Ｆ修飾された糖から選択される。いくつかの実施形態では、５’側のすぐ隣のヌクレオシド、反対側のヌクレオシド、及び３’側のすぐ隣のヌクレオシドの糖は、それぞれ独立して、天然のＤＮＡ糖である。いくつかの実施形態では、５’側のすぐ隣のヌクレオシド、反対側のヌクレオシド、及び３’側のすぐ隣のヌクレオシドの糖は、それぞれ天然のＤＮＡ糖、天然のＲＮＡ糖、及び天然のＤＮＡ糖である。いくつかの実施形態では、５’側のすぐ隣のヌクレオシド、反対側のヌクレオシド、及び３’側のすぐ隣のヌクレオシドの糖は、それぞれ２’－Ｆ修飾された糖、天然のＲＮＡ糖、及び天然のＤＮＡ糖である。
いくつかの実施形態では、反対側のヌクレオシドの糖は、天然のＲＮＡ糖である。いくつかの実施形態では、そのような反対側のヌクレオシドは、３’側のすぐ隣のＩヌクレオシド（アラインメントされるとき、標的核酸中のＣに対して任意選択により相補的である）とともに利用される。いくつかの実施形態では、３’側のすぐ隣のヌクレオシド（例えば、Ｎ－１）とその３’側のすぐ隣のヌクレオシド（例えば、Ｎ－２）の間のヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合、例えば、ｎ００１である。いくつかの実施形態では、それは、立体的に不規則である。いくつかの実施形態では、それは、キラル制御され、Ｒｐである。いくつかの実施形態では、それは、キラル制御され、Ｓｐである。
いくつかの実施形態では、３’側のすぐ隣のヌクレオシド（例えば、Ｎ－１）及びその３’側のすぐ隣のヌクレオシド（例えば、５’－Ｎ１Ｎ０Ｎ－１Ｎ－２－３’におけるＮ－２）に結合されるヌクレオチド間結合は、修飾されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それは、キラルヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それは、立体的に不規則である。いくつかの実施形態では、それは、立体的に不規則なホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それは、立体的に不規則な負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それは、立体的に不規則なｎ００１である。いくつかの実施形態では、それは、キラル制御される。いくつかの実施形態では、それは、Ｒｐのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それは、Ｓｐのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それは、キラル制御される。いくつかの実施形態では、それは、Ｒｐの負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それは、Ｓｐの負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、中性のヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、ｎ００１である。
いくつかの実施形態では、Ｎ－１は、Ｉである。いくつかの実施形態では、例えば、標的核酸が５’－ＣＡ－３’（式中、Ａは、標的アデノシンである）を含むとき、Ｉを利用してＧを置き換える。いくつかの実施形態では、５’－Ｎ１Ｎ０Ｎ－１－３’は、５’－Ｎ１Ｎ０Ｉ－３’である。いくつかの実施形態では、Ｎ０は、ｂ００１Ａ、ｂ００２Ａ、ｂ００３Ａ、ｂ００８Ｕ、ｂ００１Ｃ、Ｃ、Ａ、又はＵである。いくつかの実施形態では、Ｎ０は、ｂ００１Ａ、ｂ００２Ａ、ｂ００８Ｕ、ｂ００１Ｃ、Ｃ、又はＡである。いくつかの実施形態では、Ｎ０は、ｂ００１Ａ、ｂ００２Ａ、ｂ００８Ｕ、又はｂ００１Ｃである。いくつかの実施形態では、Ｎ０は、ｂ００１Ａである。いくつかの実施形態では、Ｎ０は、ｂ００２Ａである。いくつかの実施形態では、Ｎ０は、ｂ００３Ａである。いくつかの実施形態では、Ｎ０は、ｂ００８Ｕである。いくつかの実施形態では、Ｎ０は、ｂ００１Ｃである。いくつかの実施形態では、Ｎ０は、Ａである。いくつかの実施形態では、Ｎ０は、Ｕである。
本明細書で実証されるとおり、いくつかの実施形態では、標的アデノシンの反対側にある特定の核酸塩基（例えば、ｂ００１Ａ、ｂ００２Ａ、ｂ００８Ｕ、Ｃ、Ａなど）を含む提供されるオリゴヌクレオチドは、特に、向上した編集効率（例えば、Ｕなどの参照核酸塩基と比較して）を提供することができる。いくつかの実施形態では、反対側のヌクレオシドは、その３’側においてＩに連結される。
いくつかの実施形態では、第２のサブドメインは、５’末端部分、例えば、約１～５、１～３、又は約１、２、３、４、若しくは５の長さの核酸塩基を有するものを含む。いくつかの実施形態では、長さは、１個の核酸塩基である。いくつかの実施形態では、長さは、２個の核酸塩基である。いくつかの実施形態では、長さは、３個の核酸塩基である。いくつかの実施形態では、長さは、４個の核酸塩基である。いくつかの実施形態では、長さは、５個の核酸塩基である。
いくつかの実施形態では、５’末端部分は、２つの２’－Ｈを有する１つ以上の糖（例えば、天然のＤＮＡ糖）を含む。いくつかの実施形態では、５’末端部分は、２’－ＯＨを有する１つ以上の糖（例えば、天然のＲＮＡ糖）を含む。いくつかの実施形態では、５’末端部分中の糖の１つ以上（例えば、約１～５、１～３、又は約１、２、３、４、若しくは５）は、独立して、修飾された糖である。いくつかの実施形態では、５’末端部分中の糖の約５％～１００％（例えば、約１０％～１００％、２０～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％など）は、独立して、修飾された糖である。いくつかの実施形態では、それぞれの糖は、独立して、修飾された糖である。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、独立して、二環式糖（例えば、ＬＮＡ糖）、非環式糖（例えば、ＵＮＡ糖）、２’－ＯＲ修飾を有する糖、又は２’－Ｎ（Ｒ）２修飾を有する糖（式中、各Ｒは、独立して、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である）から選択される。
いくつかの実施形態では、５’末端部分中の低いレベル（例えば、５０％、４０％、３０％、２５％、２０％、若しくは１０％以下、又は１、２、３、４、５、６、７、８、９、若しくは１０個以下）の糖は、独立して、２’－ＯＲ修飾（式中、Ｒは、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である）、又は２’－Ｏ－ＬＢ－４’修飾を含む。いくつかの実施形態では、５’末端部分中のそれぞれの糖は、独立して、２’－ＯＲ修飾（式中、Ｒは、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である）、又は２’－Ｏ－ＬＢ－４’修飾（式中、ＬＢは、任意選択により置換された－ＣＨ２－である）を含有しない。いくつかの実施形態では、５’末端部分中のそれぞれの糖は、独立して、２’－ＯＭｅを含有しない。
いくつかの実施形態では、５’末端部分は、１つ以上の２’－Ｆ修飾された糖を含む。
いくつかの実施形態では、５’末端中の高いレベル（例えば、約６０～１００％、又は約６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％以上、若しくは１００％）又は全ての糖は、独立して、２’－Ｆ修飾された糖、２つの２’－Ｈを含む糖（例えば、天然のＤＮＡ糖）、又は２’－ＯＨを含む糖（例えば、天然のＲＮＡ糖）である。いくつかの実施形態では、５’末端部分中の高いレベル（例えば、約６０～１００％、又は約６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％以上、若しくは１００％）又は全ての糖は、独立して、２’－Ｆ修飾された糖、天然のＤＮＡ糖、又は天然のＲＮＡ糖である。いくつかの実施形態では、５’末端部分中の高いレベル（例えば、約６０～１００％、又は約６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％以上、若しくは１００％）又は全ての糖は、独立して、２’－Ｆ修飾された糖及び天然のＤＮＡ糖である。いくつかの実施形態では、レベルは、１００％である。いくつかの実施形態では、５’末端部分の糖は、２つの２’－Ｈを有する糖（例えば、天然のＤＮＡ糖）及び２’－Ｆ修飾された糖から選択される。いくつかの実施形態では、５’末端部分は、１、２、３、４又は５個の２’－Ｆ修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、５’末端部分は、２つの２’－Ｈを含む１、２、３、４又は５個の糖を含む。いくつかの実施形態では、５’末端部分は、１、２、３、４又は５個の天然のＤＮＡ糖を含む。いくつかの実施形態では、５’末端部分は、２’－ＯＨを含む１、２、３、４又は５個の糖を含む。いくつかの実施形態では、５’末端部分は、１、２、３、４又は５個の天然のＲＮＡ糖を含む。いくつかの実施形態では、数は、１である。いくつかの実施形態では、数は、２である。いくつかの実施形態では、数は、３である。いくつかの実施形態では、数は、４である。いくつかの実施形態では、数は、５である。
いくつかの実施形態では、５’末端部分の１つ以上（例えば、約１、２、３、４、又は５）のヌクレオチド間結合は、独立して、修飾されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、５’末端部分の１つ以上（例えば、約１、２、３、４、又は５）のヌクレオチド間結合は、独立して、キラルヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、５’末端部分の１つ以上（例えば、約１、２、３、４、又は５）のヌクレオチド間結合は、独立して、キラル制御されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、５’末端部分の１つ以上（例えば、約１、２、３、４、又は５）のヌクレオチド間結合は、Ｒｐである。いくつかの実施形態では、５’末端部分の１つ以上（例えば、約１、２、３、４、又は５）のヌクレオチド間結合は、Ｓｐである。いくつかの実施形態では、５’末端部分のそれぞれのヌクレオチド間結合は、Ｓｐである。
いくつかの実施形態では、５’末端部分の１つ以上（例えば、約１、２、３、４、又は５）のヌクレオチド間結合は、独立して、修飾されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、５’末端部分の１つ以上（例えば、約１、２、３、４、又は５）のヌクレオチド間結合は、独立して、キラルヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、５’末端部分の１つ以上（例えば、約１、２、３、４、又は５）のヌクレオチド間結合は、独立して、キラル制御されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、５’末端部分の１つ以上（例えば、約１、２、３、４、又は５）のヌクレオチド間結合は、Ｒｐである。いくつかの実施形態では、５’末端部分の１つ以上（例えば、約１、２、３、４、又は５）のヌクレオチド間結合は、Ｒｐである。いくつかの実施形態では、５’末端部分のそれぞれのヌクレオチド間結合は、Ｒｐである。
いくつかの実施形態では、５’末端部分は、本明細書に記載されるとおりの１つ以上（例えば、約１、２、３、４、又は５）のミスマッチを含む。いくつかの実施形態では、５’末端部分は、本明細書に記載されるとおりの１つ以上（例えば、約１、２、３、４、又は５）のゆらぎを含む。いくつかの実施形態では、５’末端部分は、標的核酸に対して約６０～１００％（例えば、６６％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又はそれ以上）相補的である。いくつかの実施形態では、相補性は、６０％以上である。いくつかの実施形態では、相補性は、７０％以上である。いくつかの実施形態では、相補性は、７５％以上である。いくつかの実施形態では、相補性は、８０％以上である。いくつかの実施形態では、相補性は、９０％以上である。
いくつかの実施形態では、５’末端部分は、反対側のヌクレオシドの５’側の隣にヌクレオシドを含む。いくつかの実施形態では、反対側のヌクレオシドの５’側の隣のヌクレオシドは、本明細書に記載されるとおりの核酸塩基を含む。
いくつかの実施形態では、第２のサブドメインは、３’末端部分、例えば、約１～５、１～３、又は約１、２、３、４、若しくは５の長さの核酸塩基を有するものを含む。いくつかの実施形態では、長さは、１個の核酸塩基である。いくつかの実施形態では、長さは、２個の核酸塩基である。いくつかの実施形態では、長さは、３個の核酸塩基である。いくつかの実施形態では、長さは、４個の核酸塩基である。いくつかの実施形態では、長さは、５個の核酸塩基である。いくつかの実施形態では、第２のサブドメインは、５’末端部分及び３’末端部分からなる。
いくつかの実施形態では、３’末端部分は、２つの２’－Ｈを有する１つ以上の糖（例えば、天然のＤＮＡ糖）を含む。いくつかの実施形態では、３’末端部分は、２’－ＯＨを有する１つ以上の糖（例えば、天然のＲＮＡ糖）を含む。いくつかの実施形態では、３’末端部分中の糖の１つ以上（例えば、約１～５、１～３、又は約１、２、３、４、若しくは５）は、独立して、修飾された糖である。いくつかの実施形態では、３’末端部分中の糖の約５％～１００％（例えば、約１０％～１００％、２０～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％など）は、独立して、修飾された糖である。いくつかの実施形態では、それぞれの糖は、独立して、修飾された糖である。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、独立して、二環式糖（例えば、ＬＮＡ糖）、非環式糖（例えば、ＵＮＡ糖）、２’－ＯＲ修飾を有する糖、又は２’－Ｎ（Ｒ）２修飾を有する糖（式中、各Ｒは、独立して、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である）から選択される。
いくつかの実施形態では、３’末端部分中の低いレベル（例えば、５０％、４０％、３０％、２５％、２０％、若しくは１０％以下、又は１、２、３、４、５、６、７、８、９、若しくは１０個以下）の糖は、独立して、２’－ＯＲ修飾（式中、Ｒは、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である）、又は２’－Ｏ－ＬＢ－４’修飾を含む。いくつかの実施形態では、３’末端部分中のそれぞれの糖は、独立して、２’－ＯＲ修飾（式中、Ｒは、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である）、又は２’－Ｏ－ＬＢ－４’修飾（式中、ＬＢは、任意選択により置換された－ＣＨ２－である）を含有しない。いくつかの実施形態では、３’末端部分中のそれぞれの糖は、独立して、２’－ＯＭｅを含有しない。
いくつかの実施形態では、３’末端部分は、１つ以上の２’－Ｆ修飾された糖を含む。
いくつかの実施形態では、３’末端中の高いレベル（例えば、約６０～１００％、又は約６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％以上、若しくは１００％）又は全ての糖は、独立して、２’－Ｆ修飾された糖、２つの２’－Ｈを含む糖（例えば、天然のＤＮＡ糖）、又は２’－ＯＨを含む糖（例えば、天然のＲＮＡ糖）である。いくつかの実施形態では、３’末端部分中の高いレベル（例えば、約６０～１００％、又は約６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％以上、若しくは１００％）又は全ての糖は、独立して、２’－Ｆ修飾された糖、天然のＤＮＡ糖、又は天然のＲＮＡ糖である。いくつかの実施形態では、３’末端部分中の高いレベル（例えば、約６０～１００％、又は約６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％以上、若しくは１００％）又は全ての糖は、独立して、２’－Ｆ修飾された糖及び天然のＤＮＡ糖である。いくつかの実施形態では、レベルは、１００％である。いくつかの実施形態では、３’末端部分の糖は、２つの２’－Ｈを有する糖（例えば、天然のＤＮＡ糖）及び２’－Ｆ修飾された糖から選択される。いくつかの実施形態では、３’末端部分は、１、２、３、４又は５個の２’－Ｆ修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、３’末端部分は、２つの２’－Ｈを含む１、２、３、４又は５個の糖を含む。いくつかの実施形態では、３’末端部分は、１、２、３、４又は５個の天然のＤＮＡ糖を含む。いくつかの実施形態では、３’末端部分は、２’－ＯＨを含む１、２、３、４又は５個の糖を含む。いくつかの実施形態では、３’末端部分は、１、２、３、４又は５個の天然のＲＮＡ糖を含む。いくつかの実施形態では、数は、１である。いくつかの実施形態では、数は、２である。いくつかの実施形態では、数は、３である。いくつかの実施形態では、数は、４である。いくつかの実施形態では、数は、５である。
いくつかの実施形態では、３’末端部分の１つ以上（例えば、約１、２、３、４、又は５）のヌクレオチド間結合は、独立して、修飾されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、３’末端部分の１つ以上（例えば、約１、２、３、４、又は５）のヌクレオチド間結合は、独立して、キラルヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、３’末端部分の１つ以上（例えば、約１、２、３、４、又は５）のヌクレオチド間結合は、独立して、キラル制御されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、３’末端部分の１つ以上（例えば、約１、２、３、４、又は５）のヌクレオチド間結合は、Ｒｐである。いくつかの実施形態では、３’末端部分の１つ以上（例えば、約１、２、３、４、又は５）のヌクレオチド間結合は、Ｓｐである。いくつかの実施形態では、３’末端部分のそれぞれのヌクレオチド間結合は、Ｓｐである。
いくつかの実施形態では、３’末端部分の１つ以上（例えば、約１、２、３、４、又は５）のヌクレオチド間結合は、独立して、修飾されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、３’末端部分の１つ以上（例えば、約１、２、３、４、又は５）のヌクレオチド間結合は、独立して、キラルヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、３’末端部分の１つ以上（例えば、約１、２、３、４、又は５）のヌクレオチド間結合は、独立して、キラル制御されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、３’末端部分の１つ以上（例えば、約１、２、３、４、又は５）のヌクレオチド間結合は、Ｒｐである。いくつかの実施形態では、３’末端部分の１つ以上（例えば、約１、２、３、４、又は５）のヌクレオチド間結合は、Ｒｐである。いくつかの実施形態では、３’末端部分のそれぞれのヌクレオチド間結合は、Ｒｐである。
いくつかの実施形態では、３’末端部分は、本明細書に記載されるとおりの１つ以上（例えば、約１、２、３、４、又は５）のミスマッチを含む。いくつかの実施形態では、３’末端部分は、本明細書に記載されるとおりの１つ以上（例えば、約１、２、３、４、又は５）のゆらぎを含む。いくつかの実施形態では、３’末端部分は、標的核酸に対して約６０～１００％（例えば、６６％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又はそれ以上）相補的である。いくつかの実施形態では、相補性は、６０％以上である。いくつかの実施形態では、相補性は、７０％以上である。いくつかの実施形態では、相補性は、７５％以上である。いくつかの実施形態では、相補性は、８０％以上である。いくつかの実施形態では、相補性は、９０％以上である。
いくつかの実施形態では、３’末端部分は、反対側のヌクレオシドの３’側の隣にヌクレオシドを含む。いくつかの実施形態では、反対側のヌクレオシドの３’側の隣のヌクレオシドは、本明細書に記載されるとおりの核酸塩基を含む。いくつかの実施形態では、反対側のヌクレオシドの３’側の隣のヌクレオシドは、標的核酸における対応するヌクレオシドとゆらぎの対を形成する。いくつかの実施形態では、反対側のヌクレオシドの３’側の隣のヌクレオシドの核酸塩基は、ヒポキサンチンであり；いくつかの実施形態では、それは、ヒポキサンチンの誘導体である。
いくつかの実施形態では、第２のサブドメインは、ＡＤＡＲタンパク質、例えば、ＡＤＡＲ１、ＡＤＡＲ２などのタンパク質をリクルートするか、そのリクルートメントを促進するか又はそれに寄与する。いくつかの実施形態では、第２のサブドメインは、ＡＤＡＲタンパク質などのタンパク質をリクルートするか、又はそれとの相互作用を促進するか若しくはそれに寄与する。いくつかの実施形態では、第２のサブドメインは、ＡＤＡＲのＲＮＡ結合ドメイン（ＲＢＤ）と接触する。いくつかの実施形態では、第２のサブドメインは、デアミナーゼ活性を有するＡＤＡＲの触媒ドメインと接触する。いくつかの実施形態では、第２のサブドメインは、ＡＤＡＲ１のデアミナーゼ活性を有するドメインと接触する。いくつかの実施形態では、第２のサブドメインは、ＡＤＡＲ２のデアミナーゼ活性を有するドメインと接触する。いくつかの実施形態では、第２のサブドメインの様々な核酸塩基、糖及び／又はヌクレオチド間結合が、タンパク質、例えば、ＡＤＡＲタンパク質の１つ以上の残基と相互作用し得る。
第３のサブドメイン
本明細書に記載されるとおり、いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、５’から３’に第１のドメイン及び第２のドメインを含む。いくつかの実施形態では、第２のドメインは、５’から３’に第１のサブドメイン、第２のサブドメイン及び第３のサブドメインを含むか又はそれらからなる。第３のサブドメインのある特定の実施形態が、例として下に記載される。
いくつかの実施形態では、第３のサブドメインは、約１～５０、１～４０、１～３０、１～２０（例えば、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、若しくは１０～約１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０、又は約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０など）の長さの核酸塩基を有する。いくつかの実施形態では、第３のサブドメインは、約５～３０の長さの核酸塩基を有する。いくつかの実施形態では、第３のサブドメインは、約１０～３０の長さの核酸塩基を有する。いくつかの実施形態では、第３のサブドメインは、約１０～２０の長さの核酸塩基を有する。いくつかの実施形態では、第３のサブドメインは、約５～１５の長さの核酸塩基を有する。いくつかの実施形態では、第３のサブドメインは、約１３～１６の長さの核酸塩基を有する。いくつかの実施形態では、第３のサブドメインは、約６～１２の長さの核酸塩基を有する。いくつかの実施形態では、第３のサブドメインは、約６～９の長さの核酸塩基を有する。いくつかの実施形態では、第３のサブドメインは、約１～１０の長さの核酸塩基を有する。いくつかの実施形態では、第３のサブドメインは、約１～７の長さの核酸塩基を有する。いくつかの実施形態では、第３のサブドメインは、１の長さの核酸塩基を有する。いくつかの実施形態では、第３のサブドメインは、２の長さの核酸塩基を有する。いくつかの実施形態では、第３のサブドメインは、３の長さの核酸塩基を有する。
いくつかの実施形態では、第３のサブドメインは、４の長さの核酸塩基を有する。いくつかの実施形態では、第３のサブドメインは、５の長さの核酸塩基を有する。
いくつかの実施形態では、第３のサブドメインは、６の長さの核酸塩基を有する。いくつかの実施形態では、第３のサブドメインは、７の長さの核酸塩基を有する。
いくつかの実施形態では、第３のサブドメインは、８の長さの核酸塩基を有する。いくつかの実施形態では、第３のサブドメインは、９の長さの核酸塩基を有する。
いくつかの実施形態では、第３のサブドメインは、１０の長さの核酸塩基を有する。いくつかの実施形態では、第３のサブドメインは、１１の長さの核酸塩基を有する。
いくつかの実施形態では、第３のサブドメインは、１２の長さの核酸塩基を有する。いくつかの実施形態では、第３のサブドメインは、１３の長さの核酸塩基を有する。
いくつかの実施形態では、第３のサブドメインは、１４の長さの核酸塩基を有する。いくつかの実施形態では、第３のサブドメインは、１５の長さの核酸塩基を有する。
いくつかの実施形態では、第３のサブドメインは、第１のサブドメインより短い。
いくつかの実施形態では、第３のサブドメインは、第１のドメインより短い。いくつかの実施形態では、第３のサブドメインは、第２のドメインの３’末端核酸塩基を含む。
いくつかの実施形態では、第３のサブドメインは、第２のドメインの約、又は少なくとも約５～９５％、１０％～９０％、２０％～８０％、３０％～７０％、４０％～７０％、４０％～６０％、５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約３０％～８０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約３０％～７０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約４０％～６０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約２０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約２５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約３０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約３５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約４０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約４５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約５０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約５５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約６０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約６５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約７０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約７５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約８０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約８５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約９０％である。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドが相補性に関して標的核酸とアラインメントされるとき、１個以上（例えば、１～２０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０など）のミスマッチが第３のサブドメイン中に存在する。いくつかの実施形態では、１個のミスマッチがある。いくつかの実施形態では、２個のミスマッチがある。いくつかの実施形態では、３個のミスマッチがある。いくつかの実施形態では、４個のミスマッチがある。いくつかの実施形態では、５個のミスマッチがある。いくつかの実施形態では、６個のミスマッチがある。いくつかの実施形態では、７個のミスマッチがある。いくつかの実施形態では、８個のミスマッチがある。いくつかの実施形態では、９個のミスマッチがある。いくつかの実施形態では、１０個のミスマッチがある。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドが相補性に関して標的核酸とアラインメントされるとき、１個以上（例えば、１～２０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０など）のゆらぎが第３のサブドメイン中に存在する。いくつかの実施形態では、１個のゆらぎがある。いくつかの実施形態では、２個のゆらぎがある。いくつかの実施形態では、３個のゆらぎがある。いくつかの実施形態では、４個のゆらぎがある。いくつかの実施形態では、５個のゆらぎがある。いくつかの実施形態では、６個のゆらぎがある。いくつかの実施形態では、７個のゆらぎがある。いくつかの実施形態では、８個のゆらぎがある。いくつかの実施形態では、９個のゆらぎがある。いくつかの実施形態では、１０個のゆらぎがある。
いくつかの実施形態では、第３のサブドメイン領域中のオリゴヌクレオチド及び標的核酸の二重鎖は、各々がゆらぎではない１個以上のミスマッチを独立して含む１個以上のバルジを含む。いくつかの実施形態では、０～１０個（例えば、０～１、０～２、０～３、０～４、０～５、０～６、０～７、０～８、０～９、０～１０、１～２、１～３、１～４、１～５、１～６、１～７、１～８、１～９、１～１０、２～３、２～４、２～５、２～６、２～７、２～８、２～９、２～１０、３～４、３～５、３～６、３～７、３～８、３～９、３～１０、０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０など）のバルジがある。いくつかの実施形態では、その数は、０である。いくつかの実施形態では、その数は、１である。いくつかの実施形態では、その数は、２である。いくつかの実施形態では、その数は、３である。いくつかの実施形態では、その数は、４である。いくつかの実施形態では、その数は、５である。
いくつかの実施形態では、第３のサブドメインは、標的核酸と完全に相補的である。
いくつかの実施形態では、第３のサブドメインは、１つ以上の修飾された核酸塩基を含む。
いくつかの実施形態では、第３のドメインは、標的アデノシンの反対側ヌクレオシド（反対側のヌクレオシド）を含む。いくつかの実施形態では、第３のドメインは、反対側のヌクレオシドの３’側の隣にヌクレオシドを含む。いくつかの実施形態では、第３のドメインは、反対側のヌクレオシドの５’側の隣にヌクレオシドを含む。糖及びその核酸塩基を含む様々な好適な反対側のヌクレオシドは、本明細書に記載されている。
いくつかの実施形態では、第３のサブドメインは、例えば、オリゴヌクレオチドが標的核酸と二重鎖を形成するとき、標的アデノシンの反対側のヌクレオシドを含む。反対側のヌクレオシド中に修飾された核酸塩基を含む好適な核酸塩基は、本明細書に記載される。例えば、いくつかの実施形態では、反対側の核酸塩基は、Ｃ、Ｃの互変異性体、Ｕ、Ｕの互変異性体、Ａ、Ａの互変異性体、及びＢＡ－Ｉ、ＢＡ－Ｉ－ａ、ＢＡ－Ｉ－ｂ、ＢＡ－ＩＩ、ＢＡ－ＩＩ－ａ、ＢＡ－ＩＩ－ｂ、ＢＡ－ＩＩＩ、ＢＡ－ＩＩＩ－ａ、ＢＡ－ＩＩＩ－ｂ、ＢＡ－ＩＶ、ＢＡ－ＩＶ－ａ、ＢＡ－ＩＶ－ｂ、ＢＡ－Ｖ、ＢＡ－Ｖ－ａ、ＢＡ－Ｖ－ｂ、若しくはＢＡ－ＶＩの構造を有する環ＢＡ、又は環ＢＡの互変異性体であるか又はそれを含む核酸塩基から選択される任意選択により置換された又は保護された核酸塩基である。
いくつかの実施形態では、第３のサブドメインは、２つの２’－Ｈを含む１つ以上の糖（例えば、天然のＤＮＡ糖）を含む。いくつかの実施形態では、第３のサブドメインは、２’－ＯＨを含む１つ以上の糖（例えば、天然のＲＮＡ糖）を含む。いくつかの実施形態では、第３のサブドメインは、１つ以上の修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、２’－修飾を含む。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、二環式糖、例えば、ＬＮＡ糖である。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、非環式糖（例えば、対応する環状糖のＣ２－Ｃ３結合を切断することによる）である。
いくつかの実施形態では、第３のサブドメインは、約１～５０、１～４０、１～３０、１～２５、１～２０、１～１５、１～１０個（例えば、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、若しくは１０～約１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０、又は約５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０など、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、若しくは２０など）の修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、第３のサブドメインは、約１～５０、１～４０、１～３０、１～２５、１～２０、１～１５、１～１０個（例えば、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、若しくは１０～約１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０、又は約５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０など、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、若しくは２０など）の独立して二環式糖（例えば、ＬＮＡ糖）又は２’－ＯＲ修飾された糖（式中、Ｒは、独立して、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である）である修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、第３のサブドメインは、約１～５０、１～４０、１～３０、１～２５、１～２０、１～１５、１～１０個（例えば、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、若しくは１０～約１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０、又は約５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０など、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、若しくは２０など）の独立して２’－ＯＲ修飾された糖（式中、Ｒは、独立して、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である）である修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、その数は、１である。いくつかの実施形態では、その数は、２である。いくつかの実施形態では、その数は、３である。いくつかの実施形態では、その数は、４である。いくつかの実施形態では、その数は、５である。いくつかの実施形態では、その数は、６である。いくつかの実施形態では、その数は、７である。いくつかの実施形態では、その数は、８である。いくつかの実施形態では、その数は、９である。いくつかの実施形態では、その数は、１０である。いくつかの実施形態では、その数は、１１である。いくつかの実施形態では、その数は、１２である。いくつかの実施形態では、その数は、１３である。いくつかの実施形態では、その数は、１４である。いくつかの実施形態では、その数は、１５である。いくつかの実施形態では、その数は、１６である。いくつかの実施形態では、その数は、１７である。いくつかの実施形態では、その数は、１８である。いくつかの実施形態では、その数は、１９である。いくつかの実施形態では、その数は、２０である。いくつかの実施形態では、Ｒは、メチルである。
いくつかの実施形態では、第３のサブドメインは、２’－ＯＨを含む１つ以上（例えば、約１～２０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０など）の糖を含む。いくつかの実施形態では、第３のサブドメインは、２つの２’－Ｈを含む１つ以上（例えば、約１～２０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０など）の糖を含む。いくつかの実施形態では、第３のサブドメインは、１つ以上（例えば、約１～２０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０など）のＲＮＡ糖を含む。いくつかの実施形態では、第３のサブドメインは、１つ以上（例えば、約１～２０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０など）のＤＮＡ糖を含む。
いくつかの実施形態では、第３のサブドメイン中の全ての糖の約５％～１００％（例えば、約１０％～１００％、２０～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％など）は、独立して、修飾された糖である。いくつかの実施形態では、第３のサブドメイン中の全ての糖の約５％～１００％（例えば、約１０％～１００％、２０～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％など）は、独立して、二環式糖（例えば、ＬＮＡ糖）又は２’－ＯＲ修飾された糖（式中、Ｒは、独立して、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である）である。いくつかの実施形態では、第３のサブドメイン中の全ての糖の約５％～１００％（例えば、約１０％～１００％、２０～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％など）は、独立して、２’－ＯＲ修飾された糖（式中、Ｒは、独立して、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である）である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約５０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約５５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約６０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約６５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約７０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約７５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約８０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約８５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約９０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約９５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約１００％である。いくつかの実施形態では、Ｒは、メチルである。
いくつかの実施形態では、第３のサブドメインは、約１～５０個（例えば、約５、６、７、８、９、若しくは１０～約１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０、又は約５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０など、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、若しくは２０など）の独立して２’－Ｆではない修飾を有する修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、第３のサブドメイン中の糖の約５％～１００％（例えば、約１０％～１００％、２０～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％など）は、独立して、２’－Ｆではない修飾を有する修飾された糖である。いくつかの実施形態では、第３のサブドメイン中の糖の約５０％～１００％（例えば、約５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％など）は、独立して、２’－Ｆではない修飾を有する修飾された糖である。いくつかの実施形態では、第３のサブドメインの修飾された糖は、それぞれ独立して、二環式糖（例えば、ＬＮＡ糖）、非環式糖（例えば、ＵＮＡ糖）、２’－ＯＲ修飾を有する糖、又は２’－Ｎ（Ｒ）２修飾（式中、各Ｒは、独立して、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である）を有する糖から選択される。
いくつかの実施形態では、第３のサブドメインは、二環式糖（例えば、ＬＮＡ）、非環式糖（例えば、ＵＮＡ糖）、２’－ＯＲ修飾を有する糖、又は２’－Ｎ（Ｒ）２修飾（式中、各Ｒは、独立して、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である）を有する糖から独立して選択される約１～５０個（例えば、約５、６、７、８、９、若しくは１０～約１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０、又は約５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０など、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、若しくは２０など）の修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、第３のサブドメイン中の糖の約５％～１００％（例えば、約１０％～１００％、２０～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％など）は、独立して、二環式糖（例えば、ＬＮＡ糖）、非環式糖（例えば、ＵＮＡ糖）、２’－ＯＲ修飾を有する糖、又は２’－Ｎ（Ｒ）２修飾を有する糖（式中、各Ｒは、独立して、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である）から選択される修飾された糖である。いくつかの実施形態では、第３のサブドメイン中の糖の約５０％～１００％（例えば、約５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％など）は、独立して、二環式糖（例えば、ＬＮＡ糖）、非環式糖（例えば、ＵＮＡ糖）、２’－ＯＲ修飾を有する糖、又は２’－Ｎ（Ｒ）２修飾を有する糖（式中、各Ｒは、独立して、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である）から選択される修飾された糖である。
いくつかの実施形態では、第３のサブドメイン中のそれぞれの糖は、独立して、２’－ＯＲ修飾（式中、Ｒは、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である）、又は２’－Ｏ－ＬＢ－４’修飾を含む。いくつかの実施形態では、第３のサブドメイン中のそれぞれの糖は、独立して、２’－ＯＲ修飾（式中、Ｒは、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である）、又は２’－Ｏ－ＬＢ－４’修飾（式中、ＬＢは、任意選択により置換された－ＣＨ２－である）を含む。いくつかの実施形態では、第３のサブドメイン中のそれぞれの糖は、独立して、２’－ＯＭｅを含む。
いくつかの実施形態では、第３のサブドメインは、１つ以上（例えば、約１～２０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０など）の２’－Ｆ修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、第３のサブドメインは、２’－Ｆ修飾された糖を含まない。いくつかの実施形態では、第３のサブドメインは、１つ以上の二環式糖及び／又は２’－ＯＲ修飾された糖（式中、Ｒは、－Ｈではない）を含む。いくつかの実施形態では、二環式糖及び／又は２’－ＯＲ修飾された糖（式中、Ｒは、－Ｈではない）のレベルは、個々に又は合わせて、２’－Ｆ修飾された糖のレベルと比較して相対的に高い。いくつかの実施形態では、第３のサブドメイン中の糖の約１％～９５％以下（例えば、約１％、５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％以下など）は、２’－Ｆを含む。いくつかの実施形態では、第３のサブドメイン中の糖の約５０％以下は、２’－Ｆを含む。いくつかの実施形態では、第３のサブドメインは、１つ以上（例えば、約１～２０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０など）の２’－Ｎ（Ｒ）２修飾を含む修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、第３のサブドメインは、２’－ＮＨ２修飾を含む１つ以上（例えば、約１～２０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０など）の修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、第３のサブドメインは、１つ以上（例えば、約１～２０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０など）の二環式糖、例えば、ＬＮＡ糖を含む。いくつかの実施形態では、第３のサブドメインは、１つ以上（例えば、約１～２０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０など）の非環式糖（例えば、ＵＮＡ糖）を含む。
いくつかの実施形態では、第３のサブドメイン中の糖の約１％～９５％以下（例えば、約１％、５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％以下など）は、２’－ＭＯＥを含む。いくつかの実施形態では、第３のサブドメイン中の糖の約５０％以下は、２’－ＭＯＥを含む。いくつかの実施形態では、第３のサブドメイン中のどの糖も、２’－ＭＯＥを含まない。
いくつかの実施形態では、第３のサブドメインは、約１～５０、１～４０、１～３０、１～２５、１～２０、１～１５、１～１０個（例えば、約５、６、７、８、９、若しくは１０～約１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０、又は約５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０など、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、若しくは２０など）の修飾されたヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、第３のサブドメイン中のヌクレオチド間結合の約５％～１００％（例えば、約１０％～１００％、２０～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％など）は、修飾されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第３のサブドメイン中の各ヌクレオチド間結合は、独立して、修飾されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合は、独立して、キラルヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、修飾された又はキラルヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、修飾された又はキラルヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、修飾された又はキラルヌクレオチド間結合は、中性のヌクレオチド間結合、例えば、ｎ００１である。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合は、独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合又は負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合は、独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合又は中性のヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合は、独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第３のサブドメイン中の少なくとも約１～５０、１～４０、１～３０、１～２５、１～２０、１～１５、１～１０個（例えば、約５、６、７、８、９、若しくは１０～約１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０、又は約５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０など、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、若しくは２０な
ど）のキラルヌクレオチド間結合は、キラル制御される。いくつかの実施形態では、第３のサブドメイン中のキラルヌクレオチド間結合の少なくとも５％～１００％（例えば、約１０％～１００％、２０～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％など）は、キラル制御される。いくつかの実施形態では、第３のサブドメイン中のホスホロチオエートヌクレオチド間結合の少なくとも５％～１００％（例えば、約１０％～１００％、２０～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％など）は、キラル制御される。いくつかの実施形態では、各々は、独立して、キラル制御される。いくつかの実施形態では、第３のサブドメイン中の少なくとも約１～５０、１～４０、１～３０、１～２５、１～２０、１～１５、１～１０個（例えば、約５、６、７、８、９、若しくは１０～約１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０、又は約５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０など、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、若しくは２０など）のキラルヌクレオチド間結合は、Ｓｐである。いくつかの実施形態では、各々は、独立して、キラル制御される。いくつかの実施形態では、第３のサブドメイン中の少なくとも約１～５０、１～４０、１～３０、１～２５、１～２０、１～１５、１～１０個（例えば、約５、６、７、８、９、若しくは１０～約１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０、又は約５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０など、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、若しくは２０など）のホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、Ｓｐである。いくつかの実施形態では、第３のサブドメイン中のキラルヌクレオチド間結合の少なくとも５％～１００％（例えば、約１０％～１００％、２０～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％など）は、Ｓｐである。いくつかの実施形態では、第３のサブドメイン中のホスホロチオエートヌクレオチド間結合の少なくとも５％～１００％（例えば、約１０％～１００％、２０～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％など）は、Ｓｐである。いくつかの実施形態では、その数は、１以上である。いくつかの実施形態では、その数は、２以上である。いくつかの実施形態では、その数は、３以上である。いくつかの実施形態では、その数は、４以上である。いくつかの実施形態では、その数は、５以上である。いくつかの実施形態では、その数は、６以上である。いくつかの実施形態では、その数は、７以上である。いくつかの実施形態では、その数は、８以上である。いくつかの実施形態では、その数は、９以上である。いくつかの実施形態では、その数は、１０以上である。いくつかの実施形態では、その数は、１１以上である。いくつかの実施形態では、その数は、１２以上である。いくつかの実施形態では、その数は、１３以上である。いくつかの実施形態では、その数は、１４以上である。いくつかの実施形態では、その数は、１５以上である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約５０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約５５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約６０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約６５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約７０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約７５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約８０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約８５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約９０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約９５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約１００％である。いくつかの実施形態では、２つの第３のサブドメインヌクレオシドを連結するそれぞれのヌクレオチド間結合は、独立して、修飾されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合は、独立して、キラルヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合は、独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれのキラルヌクレオチド間結合は、独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合は、独立して、Ｓｐのキラルヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合は、独立して、Ｓｐのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれのキラルヌクレオチド間結合は、独立して、Ｓｐのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第３のサブドメインのヌクレオチド間結合は、第３のサブドメインの２つのヌクレオシドに結合される。いくつかの実施形態では、第３のサブドメイン中のヌクレオシド及び第２のサブドメイン中のヌクレオシドに結合されたヌクレオチド間結合は、第３のサブドメインのヌクレオチド間結合であると適切にみなされ得る。いくつかの実施形態では、第３のサブドメイン中のヌクレオシド及び第２のサブドメイン中のヌクレオシドに結合されたヌクレオチド間結合は、修飾されたヌクレオチド間結合であり；いくつかの実施形態では、それはキラルヌクレオチド間結合であり；いくつかの実施形態では、それはキラル制御され；いくつかの実施形態では、それはＲｐであり；いくつかの実施形態では、それはＳｐである。
いくつかの実施形態では、第３のサブドメインは、ある特定のレベルのＲｐのヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、レベルは、第３のサブドメイン中の全てのヌクレオチド間結合の約、例えば、約５％～１００％、約１０％～１００％、２０～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％などである。いくつかの実施形態では、レベルは、第３のサブドメイン中の全てのキラルヌクレオチド間結合の約、例えば、約５％～１００％、約１０％～１００％、２０～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％などである。いくつかの実施形態では、レベルは、第３のサブドメイン中の全てのキラル制御されたヌクレオチド間結合の約、例えば、約５％～１００％、約１０％～１００％、２０～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％などである。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約５０％又は約５０％以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約５５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約６０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約６５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約７０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約７５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約８０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約８５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約９０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約９５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約１００％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約５％又は約５％以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約１０％又は約１０％以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約１５％又は約１５％以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約２０％又は約２０％以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約２５％又は約２５％以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約３０％又は約３０％以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約３５％又は約３５％以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約４０％又は約４０％以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約４５％又は約４５％以下である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約５０％又は約５０％以下である。いくつかの実施形態では、約１～５０、１～４０、１～３０、１～２５、１～２０、１～１５、１～１０、１～５、例えば、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、又は２０個のヌクレオチド間結合は、独立して、Ｒｐのキラルヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、その数は、約１又は約１以下である。いくつかの実施形態では、その数は、約２又は約２以下である。いくつかの実施形態では、その数は、約３又は約３以下である。いくつかの実施形態では、その数は、約４又は約４以下である。いくつかの実施形態では、その数は、約５又は約５以下である。いくつかの実施形態では、その数は、約６又は約６以下である。いくつかの実施形態では、その数は、約７又は約７以下である。いくつかの実施形態では、その数は、約８又は約８以下である。いくつかの実施形態では、その数は、約９又は約９以下である。いくつかの実施形態では、その数は、約１０又は約１０以下である。
いくつかの実施形態では、第３のサブドメイン中のそれぞれのホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、独立して、キラル制御される。いくつかの実施形態では、各々は、独立して、Ｓｐ又はＲｐである。いくつかの実施形態では、高いレベルは、本明細書に記載されるとおりのＳｐである。いくつかの実施形態では、第３のサブドメイン中のそれぞれのホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、キラル制御され、Ｓｐである。いくつかの実施形態では、１個以上、例えば、約１～５個（例えば、約１、２、３、４、又は５）は、Ｒｐである。
いくつかの実施形態では、ある特定の例に示されるとおり、第３のサブドメインは、１つ以上の負に荷電していないヌクレオチド間結合を含み、その各々は、任意選択により且つ独立して、キラル制御される。いくつかの実施形態では、それぞれの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、独立して、ｎ００１である。いくつかの実施形態では、キラルの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、キラル制御されない。いくつかの実施形態では、それぞれのキラルの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、キラル制御されない。いくつかの実施形態では、キラルの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、キラル制御される。いくつかの実施形態では、キラルの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、キラル制御され、Ｒｐである。いくつかの実施形態では、キラルの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、キラル制御され、Ｓｐである。いくつかの実施形態では、それぞれのキラルの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、キラル制御される。いくつかの実施形態では、第３のサブドメイン中の負に荷電していないヌクレオチド間結合の数は、約１～１０、又は約１、２、３、４、５、６、７、８、９、若しくは１０である。いくつかの実施形態では、それは、約１である。いくつかの実施形態では、それは、約２である。いくつかの実施形態では、それは、約３である。いくつかの実施形態では、それは、約４である。いくつかの実施形態では、それは、約５である。いくつかの実施形態では、２つ以上の負に荷電していないヌクレオチド間結合は、連続している。いくつかの実施形態では、どの２つの負に荷電していないヌクレオチド間結合も、連続していない。いくつかの実施形態では、第３のサブドメイン中の全ての負に荷電していないヌクレオチド間結合は、連続している（例えば、３つの連続した負に荷電していないヌクレオチド間結合）。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合、又は２つ以上（例えば、約２、約３、約４など）の連続した負に荷電していないヌクレオチド間結合は、第３のサブドメインの３’末端にある。いくつかの実施形態では、第３のサブドメインの最後の２又は３又は４つのヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合ではない少なくとも１つのヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、第３のサブドメインの最後の２又は３又は４つのヌクレオチド間結合は、ｎ００１ではない少なくとも１つのヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、第３のサブドメインの最後の２つのヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第３のサブドメインの最後の２つのヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、Ｓｐの負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第３のサブドメインの最後の２つのヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、Ｒｐの負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第３のサブドメインの最後の２つのヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第３のサブドメインの最後の２つのヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、Ｓｐのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第３のサブドメインの最後の２つのヌクレオシドは、第２のドメインの最後の２つのヌクレオシドである。いくつかの実施形態では、第３のサブドメイン中の最後の２つのヌクレオシドは、オリゴヌクレオチドの最後の２つのヌクレオシドである。いくつかの実施形態では、第３のサブドメインの最初の２つのヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第３のサブドメインの最初の２つのヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、Ｓｐの負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第３のサブドメインの最初の２つのヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、Ｒｐの負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第３のサブドメインの最初の２つのヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第３のサブドメインの最初の２つのヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、Ｓｐのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、ｎ００１などの中性のヌクレオチド間結合である。
いくつかの実施形態では、第３のサブドメインは、１つ以上（例えば、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０）の天然のリン酸結合を含む。いくつかの実施形態では、第３のドメインは、天然のリン酸結合を含有しない。
いくつかの実施形態では、第３のサブドメインは、５’末端部分、例えば、約１～２０、１～１５、１～１０、１～８、１～５、１～３、３～８、又は約１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０の長さの核酸塩基を有するものを含む。いくつかの実施形態では、５’末端部分は、約１～３の長さの核酸塩基を有する。いくつかの実施形態では、長さは、１個の核酸塩基である。いくつかの実施形態では、長さは、２個の核酸塩基である。いくつかの実施形態では、長さは、３個の核酸塩基である。いくつかの実施形態では、長さは、４個の核酸塩基である。いくつかの実施形態では、長さは、５個の核酸塩基である。いくつかの実施形態では、長さは、６個の核酸塩基である。いくつかの実施形態では、長さは、７個の核酸塩基である。いくつかの実施形態では、長さは、８個の核酸塩基である。いくつかの実施形態では、長さは、９個の核酸塩基である。いくつかの実施形態では、長さは、１０個の核酸塩基である。いくつかの実施形態では、５’末端部分は、第３のサブドメインの５’末端核酸塩基を含む。いくつかの実施形態では、第３のサブドメインは、３’末端部分及び５’末端部分を含むか又はそれらからなる。いくつかの実施形態では、５’末端部分は、第３のサブドメインの５’末端核酸塩基を含む。いくつかの実施形態では、第３のサブドメインの５’末端部分は、第２のサブドメインに結合される。
いくつかの実施形態では、５’末端部分は、２つの２’－Ｈを有する１つ以上の糖（例えば、天然のＤＮＡ糖）を含む。いくつかの実施形態では、５’末端部分は、２’－ＯＨを有する１つ以上の糖（例えば、天然のＲＮＡ糖）を含む。いくつかの実施形態では、５’末端部分中の糖の１つ以上（例えば、約１～２０、１～１５、１～１０、３～８、又は約１、２、３、４、５、６、７、８、９、若しくは１０）は、独立して、修飾された糖である。いくつかの実施形態では、５’末端部分中の糖の約５％～１００％（例えば、約１０％～１００％、２０～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％など）は、独立して、修飾された糖である。いくつかの実施形態では、それぞれの糖は、独立して、修飾された糖である。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、独立して、二環式糖（例えば、ＬＮＡ糖）、非環式糖（例えば、ＵＮＡ糖）、２’－ＯＲ修飾を有する糖、又は２’－Ｎ（Ｒ）２修飾を有する糖（式中、各Ｒは、独立して、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である）から選択される。
いくつかの実施形態では、修飾された糖のうちの１つ以上は、独立して、２’－Ｆ又は２’－ＯＲ（式中、Ｒは、独立して、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である）を含む。いくつかの実施形態では、修飾された糖のうちの１つ以上は、独立して、２’－Ｆ又は２’－ＯＭｅである。いくつかの実施形態では、５’末端部分中のそれぞれの修飾された糖は、独立して、二環式糖（例えば、ＬＮＡ糖）又は２’－ＯＲ修飾を有する糖（式中、Ｒは、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である）である。いくつかの実施形態では、５’末端部分中のそれぞれの修飾された糖は、独立して、二環式糖（例えば、ＬＮＡ糖）又は２’－ＯＲ修飾を有する糖（式中、Ｒは、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である）である。いくつかの実施形態では、５’末端部分中のそれぞれの修飾された糖は、独立して、２’－ＯＲ修飾を有する糖（式中、Ｒは、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である）である。いくつかの実施形態では、Ｒは、メチルである。
いくつかの実施形態では、３’末端部分と比較して、５’末端部分は、より高いレベル（数及び／又はパーセンテージにおいて）の２’－Ｆ修飾された糖及び／又は２つの２’－Ｈを含む糖（例えば、天然のＤＮＡ糖）、及び／又はより低いレベル（数及び／又はパーセンテージにおいて）の他の種類の修飾された糖、例えば、二環式糖及び／又は２’－ＯＲ修飾を有する糖（式中、Ｒは、独立して、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である）を含有する。いくつかの実施形態では、３’末端部分と比較して、５’末端部分は、より高いレベルの２’－Ｆ修飾された糖及び／又はより低いレベルの２’－ＯＲ修飾された糖（式中、Ｒは、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である）を含有する。いくつかの実施形態では、３’末端部分と比較して、５’末端部分は、より高いレベルの２’－Ｆ修飾された糖及び／又はより低いレベルの２’－ＯＭｅ修飾された糖を含有する。いくつかの実施形態では、３’末端部分と比較して、５’末端部分は、より高いレベルの天然のＤＮＡ糖及び／又はより低いレベルの２’－ＯＲ修飾された糖（式中、Ｒは、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である）を含有する。いくつかの実施形態では、３’末端部分と比較して、５’末端部分は、より高いレベルの天然のＤＮＡ糖及び／又はより低いレベルの２’－ＯＭｅ修飾された糖を含有する。いくつかの実施形態では、５’末端部分は、低いレベル（例えば、５０％、４０％、３０％、２５％、２０％、若しくは１０％以下、又は１、２、３、４、５、６、７、８、９、若しくは１０個以下）の二環式糖又は２’－ＯＲを含む糖（式中、Ｒは、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族（例えば、メチル）である）である修飾された糖を含有する。いくつかの実施形態では、５’末端部分は、二環式糖又は２’－ＯＲを含む糖（式中、Ｒは、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族（例えば、メチル）である）である修飾された糖を含有しない。
いくつかの実施形態では、１つ以上の修飾された糖は、独立して、２’－Ｆを含む。いくつかの実施形態では、どの修飾された糖も、２’－ＯＭｅ又は他の２’－ＯＲ修飾（式中、Ｒは、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である）を含まない。いくつかの実施形態では、５’末端部分のそれぞれの糖は、独立して、２つの２’－Ｈ又は２’－Ｆ修飾を含む。いくつかの実施形態では、５’末端部分は、１、２、３、４、又は５個の２’－Ｆ修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、５’末端部分は、１～３個の２’－Ｆ修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、５’末端部分は、１、２、３、４、又は５個の天然のＤＮＡ糖を含む。いくつかの実施形態では、５’末端部分は、１～３個の天然のＤＮＡ糖を含む。
いくつかの実施形態では、５’末端部分の１つ以上（例えば、約１～１０、又は約１、２、３、４、５、６、７、８、９、若しくは１０）のヌクレオチド間結合は、独立して、修飾されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、５’末端部分の１つ以上（例えば、約１～１０、又は約１、２、３、４、５、６、７、８、９、若しくは１０）のヌクレオチド間結合は、独立して、キラルヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、５’末端部分の１つ以上（例えば、約１～１０、又は約１、２、３、４、５、６、７、８、９、若しくは１０）のヌクレオチド間結合は、独立して、キラル制御されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、５’末端部分のヌクレオチド間結合の１つ以上（例えば、約１～１０、又は約１、２、３、４、５、６、７、８、９、若しくは１０）は、Ｒｐである。いくつかの実施形態では、５’末端部分の１つ以上（例えば、約１～１０、又は約１、２、３、４、５、６、７、８、９、若しくは１０）のヌクレオチド間結合は、Ｓｐである。いくつかの実施形態では、５’末端部分のそれぞれのヌクレオチド間結合は、Ｓｐである。いくつかの実施形態では、５’－末端部分は、３’末端部分と比較してより高いレベル（数及び／又はパーセンテージにおいて）のＲｐのヌクレオチド間結合及び／又は天然のリン酸結合を含有する。
いくつかの実施形態では、５’末端部分は、本明細書に記載されるとおりの１つ以上（例えば、約１～１０、又は約１、２、３、４、５、６、７、８、９、若しくは１０）のミスマッチを含む。いくつかの実施形態では、５’末端部分は、本明細書に記載されるとおりの１つ以上（例えば、約１～１０、又は約１、２、３、４、５、６、７、８、９、若しくは１０）のゆらぎを含む。いくつかの実施形態では、５’末端部分は、標的核酸に対して約６０～１００％（例えば、６６％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又はそれ以上）相補的である。いくつかの実施形態では、相補性は、６０％以上である。いくつかの実施形態では、相補性は、７０％以上である。いくつかの実施形態では、相補性は、７５％以上である。いくつかの実施形態では、相補性は、８０％以上である。いくつかの実施形態では、相補性は、９０％以上である。
いくつかの実施形態では、第３のサブドメインは、３’末端部分、例えば、約１～２０、１～１５、１～１０、１～８、１～４、３～８、又は約１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０の長さの核酸塩基を有するものを含む。いくつかの実施形態では、３’末端部分は、約３～６の長さの核酸塩基を有する。いくつかの実施形態では、長さは、１個の核酸塩基である。いくつかの実施形態では、長さは、２個の核酸塩基である。いくつかの実施形態では、長さは、３個の核酸塩基である。いくつかの実施形態では、長さは、４個の核酸塩基である。いくつかの実施形態では、長さは、５個の核酸塩基である。いくつかの実施形態では、長さは、６個の核酸塩基である。いくつかの実施形態では、長さは、７個の核酸塩基である。いくつかの実施形態では、長さは、８個の核酸塩基である。いくつかの実施形態では、長さは、９個の核酸塩基である。いくつかの実施形態では、長さは、１０個の核酸塩基である。いくつかの実施形態では、３’末端部分は、第３のサブドメイン３’末端核酸塩基を含む。
いくつかの実施形態では、３’末端部分は、２つの２’－Ｈを有する１つ以上の糖（例えば、天然のＤＮＡ糖）を含む。いくつかの実施形態では、３’末端部分は、２’－ＯＨを有する１つ以上の糖（例えば、天然のＲＮＡ糖）を含む。いくつかの実施形態では、３’末端部分中の糖の１つ以上（例えば、約１～２０、１～１５、１～１０、３～８、又は約１、２、３、４、５、６、７、８、９、若しくは１０）は、独立して、修飾された糖である。いくつかの実施形態では、３’末端部分中の糖の約５％～１００％（例えば、約１０％～１００％、２０～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％など）は、独立して、修飾された糖である。いくつかの実施形態では、それぞれの糖は、独立して、修飾された糖である。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、独立して、二環式糖（例えば、ＬＮＡ糖）、非環式糖（例えば、ＵＮＡ糖）、２’－ＯＲ修飾を有する糖、又は２’－Ｎ（Ｒ）２修飾を有する糖（式中、各Ｒは、独立して、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である）から選択される。
いくつかの実施形態では、修飾された糖のうちの１つ以上は、独立して、２’－Ｆ又は２’－ＯＲ（式中、Ｒは、独立して、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である）を含む。いくつかの実施形態では、修飾された糖のうちの１つ以上は、独立して、２’－Ｆ又は２’－ＯＭｅである。いくつかの実施形態では、３’末端部分中のそれぞれの修飾された糖は、独立して、二環式糖（例えば、ＬＮＡ糖）又は２’－ＯＲ修飾を有する糖（式中、Ｒは、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である）である。いくつかの実施形態では、３’末端部分中のそれぞれの修飾された糖は、独立して、二環式糖（例えば、ＬＮＡ糖）又は２’－ＯＲ修飾を有する糖（式中、Ｒは、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である）である。いくつかの実施形態では、３’末端部分中のそれぞれの修飾された糖は、独立して、２’－ＯＲ修飾を有する糖（式中、Ｒは、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である）である。いくつかの実施形態では、Ｒは、メチルである。
いくつかの実施形態では、３’末端部分中の１つ以上の糖は、独立して、２’－ＯＲ修飾（式中、Ｒは、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である）、又は２’－Ｏ－ＬＢ－４’修飾を含む。いくつかの実施形態では、３’末端部分中のそれぞれの糖は、独立して、２’－ＯＲ修飾（式中、Ｒは、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である）、又は２’－Ｏ－ＬＢ－４’修飾を含む。いくつかの実施形態では、ＬＢは、任意選択により置換された－ＣＨ２－である。いくつかの実施形態では、ＬＢは、－ＣＨ２－である。いくつかの実施形態では、３’末端部分中のそれぞれの糖は、独立して、２’－ＯＭｅを含む。
いくつかの実施形態では、３’末端部分の１つ以上（例えば、約１～１０、又は約１、２、３、４、５、６、７、８、９、若しくは１０）のヌクレオチド間結合は、独立して、修飾されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、３’末端部分の１つ以上（例えば、約１～１０、又は約１、２、３、４、５、６、７、８、９、若しくは１０）のヌクレオチド間結合は、独立して、キラルヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、３’末端部分の１つ以上（例えば、約１～１０、又は約１、２、３、４、５、６、７、８、９、若しくは１０）のヌクレオチド間結合は、独立して、キラル制御されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、３’末端部分のヌクレオチド間結合の１つ以上（例えば、約１～１０、又は約１、２、３、４、５、６、７、８、９、若しくは１０）は、Ｒｐである。いくつかの実施形態では、３’末端部分の１つ以上（例えば、約１～１０、又は約１、２、３、４、５、６、７、８、９、若しくは１０）のヌクレオチド間結合は、Ｓｐである。いくつかの実施形態では、３’末端部分のそれぞれのヌクレオチド間結合は、Ｓｐである。
いくつかの実施形態では、３’末端部分は、本明細書に記載されるとおりの１つ以上（例えば、約１～１０、又は約１、２、３、４、５、６、７、８、９、若しくは１０）のミスマッチを含む。いくつかの実施形態では、３’末端部分は、本明細書に記載されるとおりの１つ以上（例えば、約１～１０、又は約１、２、３、４、５、６、７、８、９、若しくは１０）のゆらぎを含む。いくつかの実施形態では、３’末端部分は、標的核酸に対して約６０～１００％（例えば、６６％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又はそれ以上）相補的である。いくつかの実施形態では、相補性は、６０％以上である。いくつかの実施形態では、相補性は、７０％以上である。いくつかの実施形態では、相補性は、７５％以上である。いくつかの実施形態では、相補性は、８０％以上である。いくつかの実施形態では、相補性は、９０％以上である。
いくつかの実施形態では、第３のサブドメインは、ＡＤＡＲタンパク質、例えば、ＡＤＡＲ１、ＡＤＡＲ２などのタンパク質をリクルートするか、そのリクルートメントを促進するか又はそれに寄与する。いくつかの実施形態では、第３のサブドメインは、ＡＤＡＲタンパク質などのタンパク質をリクルートするか、又はそれとの相互作用を促進するか若しくはそれに寄与する。いくつかの実施形態では、第３のサブドメインは、ＡＤＡＲのＲＮＡ結合ドメイン（ＲＢＤ）と接触する。いくつかの実施形態では、第３のサブドメインは、デアミナーゼ活性を有するＡＤＡＲの触媒ドメインと接触する。いくつかの実施形態では、第３のサブドメインは、ＡＤＡＲ１のデアミナーゼ活性を有するドメインと接触する。いくつかの実施形態では、第３のサブドメインは、ＡＤＡＲ２のデアミナーゼ活性を有するドメインと接触する。いくつかの実施形態では、第３のサブドメインの様々な核酸塩基、糖及び／又はヌクレオチド間結合が、タンパク質、例えば、ＡＤＡＲタンパク質の１つ以上の残基と相互作用し得る。
本明細書で実証されるとおり、キラルヌクレオチド間結合の結合リンのキラル制御は、様々な特性及び／又は活性を提供するためにオリゴヌクレオチドにおいて利用され得る。いくつかの実施形態では、Ｒｐのヌクレオチド間結合（例えば、Ｒｐのホスホロチオエートヌクレオチド間結合）、Ｓｐのヌクレオチド間結合（例えば、Ｒｐのホスホロチオエートヌクレオチド間結合）、又はキラル制御されていないヌクレオチド間結合（例えば、キラル制御されていないホスホロチオエートヌクレオチド間結合）は、標的アデノシンの反対側のヌクレオシドの位置－８、－７、－６、－５、－４、－３、－２、－１、＋１、＋２、＋３、＋４、＋５、＋６、＋７、及び＋８の１つ以上にある（「＋」は、そのヌクレオシドからオリゴヌクレオチドの５’末端方向への計数であり、＋１位置でのヌクレオチド間結合は、ヌクレオシドの５’－炭素に結合されたヌクレオチド間結合であり、「－」は、そのヌクレオシドからオリゴヌクレオチドの３’末端方向への計数であり、－１位置でのヌクレオチド間結合は、３’－炭素に結合されたヌクレオチド間結合である）。いくつかの実施形態では、Ｒｐのヌクレオチド間結合（例えば、Ｒｐのホスホロチオエートヌクレオチド間結合）は、標的アデノシンの反対側のヌクレオシドの位置－８、－７、－６、－５、－４、－３、－２、－１、＋１、＋２、＋３、＋４、＋５、＋６、＋７、及び＋８の１つ以上にある。いくつかの実施形態では、Ｒｐのヌクレオチド間結合（例えば、Ｒｐのホスホロチオエートヌクレオチド間結合）は、標的アデノシンの反対側のヌクレオシドの位置－２、－１、＋３、＋４、＋５、＋６、＋７、及び＋８の１つ以上にある。いくつかの実施形態では、Ｓｐのヌクレオチド間結合（例えば、Ｓｐのホスホロチオエートヌクレオチド間結合）は、標的アデノシンの反対側のヌクレオシドの位置－８、－７、－６、－５、－４、－３、－２、－１、＋１、＋２、＋３、＋４、＋５、＋６、＋７、及び＋８の１つ以上にある。いくつかの実施形態では、Ｓｐのヌクレオチド間結合（例えば、Ｓｐのホスホロチオエートヌクレオチド間結合）は、標的アデノシンの反対側のヌクレオシドの位置－２、－１、＋３、＋４、＋５、＋６、＋７、及び＋８の１つ以上にある。いくつかの実施形態では、キラル制御されていないヌクレオチド間結合（例えば、キラル制御されていないホスホロチオエートヌクレオチド間結合）は、標的アデノシンの反対側のヌクレオシドの位置－８、－７、－６、－５、－４、－３、－２、－１、＋１、＋２、＋３、＋４、＋５、＋６、＋７、及び＋８の１つ以上にある。いくつかの実施形態では、キラル制御されていないヌクレオチド間結合（例えば、キラル制御されていないホスホロチオエートヌクレオチド間結合）は、標的アデノシンの反対側のヌクレオシドの位置－２、－１、＋３、＋４、＋５、＋６、＋７、及び＋８の１つ以上にある。
いくつかの実施形態では、Ｒｐは、位置＋８にある。いくつかの実施形態では、Ｒｐは、位置＋７にある。いくつかの実施形態では、Ｒｐは、位置－６にある。いくつかの実施形態では、Ｒｐは、位置＋５にある。いくつかの実施形態では、Ｒｐは、位置＋４にある。いくつかの実施形態では、Ｒｐは、位置＋３にある。いくつかの実施形態では、Ｒｐは、位置＋２にある。いくつかの実施形態では、Ｒｐは、位置＋１にある。いくつかの実施形態では、Ｒｐは、位置－１にある。いくつかの実施形態では、Ｒｐは、位置－２にある。いくつかの実施形態では、Ｒｐは、位置－３にある。いくつかの実施形態では、Ｒｐは、位置－４にある。いくつかの実施形態では、Ｒｐは、位置－５にある。いくつかの実施形態では、Ｒｐは、位置－６にある。いくつかの実施形態では、Ｒｐは、位置－７にある。いくつかの実施形態では、Ｒｐは、位置－８にある。いくつかの実施形態では、Ｒｐは、キラル制御されたホスホロチオエートヌクレオチド間結合の配置である。いくつかの実施形態では、Ｓｐは、位置＋８にある。いくつかの実施形態では、Ｓｐは、位置＋７にある。いくつかの実施形態では、Ｓｐは、位置－６にある。いくつかの実施形態では、Ｓｐは、位置＋５にある。いくつかの実施形態では、Ｓｐは、位置＋４にある。いくつかの実施形態では、Ｓｐは、位置＋３にある。いくつかの実施形態では、Ｓｐは、位置＋２にある。いくつかの実施形態では、Ｓｐは、位置＋１にある。いくつかの実施形態では、Ｓｐは、位置－１にある。いくつかの実施形態では、Ｓｐは、位置－２にある。いくつかの実施形態では、Ｓｐは、位置－３にある。いくつかの実施形態では、Ｓｐは、位置－４にある。いくつかの実施形態では、Ｓｐは、位置－５にある。いくつかの実施形態では、Ｓｐは、位置－６にある。いくつかの実施形態では、Ｓｐは、位置－７にある。いくつかの実施形態では、Ｓｐは、位置－８にある。いくつかの実施形態では、Ｓｐは、キラル制御されたホスホロチオエートヌクレオチド間結合の配置である。いくつかの実施形態では、キラル制御されていないヌクレオチド間結合は、位置＋８にある。いくつかの実施形態では、キラル制御されていないヌクレオチド間結合は、位置＋７にある。いくつかの実施形態では、キラル制御されていないヌクレオチド間結合は、位置－６にある。いくつかの実施形態では、キラル制御されていないヌクレオチド間結合は、位置＋５にある。いくつかの実施形態では、キラル制御されていないヌクレオチド間結合は、位置＋４にある。いくつかの実施形態では、キラル制御されていないヌクレオチド間結合は、位置＋３にある。いくつかの実施形態では、キラル制御されていないヌクレオチド間結合は、位置＋２にある。いくつかの実施形態では、キラル制御されていないヌクレオチド間結合は、位置＋１にある。いくつかの実施形態では、キラル制御されていないヌクレオチド間結合は、位置－１にある。いくつかの実施形態では、キラル制御されていないヌクレオチド間結合は、位置－２にある。いくつかの実施形態では、キラル制御されていないヌクレオチド間結合は、位置－３にある。いくつかの実施形態では、キラル制御されていないヌクレオチド間結合は、位置－４にある。いくつかの実施形態では、キラル制御されていないヌクレオチド間結合は、位置－５にある。いくつかの実施形態では、キラル制御されていないヌクレオチド間結合は、位置－６にある。いくつかの実施形態では、キラル制御されていないヌクレオチド間結合は、位置－７にある。いくつかの実施形態では、キラル制御されていないヌクレオチド間結合は、位置－８にある。いくつかの実施形態では、キラル制御されていないヌクレオチド間結合は、キラル制御されていないホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。
いくつかの実施形態では、第１のドメインは、１つ以上（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０）のＲｐのヌクレオチド間結合（例えば、Ｒｐのホスホロチオエートヌクレオチド間結合）を含む。いくつかの実施形態では、第１のドメインは、１つ以上（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０）のＳｐのヌクレオチド間結合（例えば、Ｓｐのホスホロチオエートヌクレオチド間結合）を含む。いくつかの実施形態では、第１のドメインは、１つ以上（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０）のキラル制御されていないヌクレオチド間結合（例えば、キラル制御されていないホスホロチオエートヌクレオチド間結合）を含む。いくつかの実施形態では、そのようなヌクレオチド間結合は、連続している。いくつかの実施形態では、第１のドメイン中のヌクレオチド間結合の少なくとも約５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、若しくは９５％、又は全ては、キラル制御され、Ｓｐである。いくつかの実施形態では、第１のドメイン中のホスホロチオエートヌクレオチド間結合の少なくとも約５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、若しくは９５％、又は全ては、キラル制御され、Ｓｐである。いくつかの実施形態では、第２のドメインは、１つ以上（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０）のＲｐのヌクレオチド間結合（例えば、Ｒｐのホスホロチオエートヌクレオチド間結合）を含む。いくつかの実施形態では、第２のドメインは、１つ以上（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０）のＳｐのヌクレオチド間結合（例えば、Ｓｐのホスホロチオエートヌクレオチド間結合）を含む。いくつかの実施形態では、第２のドメインは、１つ以上（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０）のキラル制御されていないヌクレオチド間結合（例えば、キラル制御されていないホスホロチオエートヌクレオチド間結合）を含む。いくつかの実施形態では、そのようなヌクレオチド間結合は、連続している。いくつかの実施形態では、第２のドメイン中のヌクレオチド間結合の少なくとも約５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、若しくは９５％、又は全ては、キラル制御され、Ｓｐである。いくつかの実施形態では、第２のドメイン中のホスホロチオエートヌクレオチド間結合の少なくとも約５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、若しくは９５％、又は全ては、キラル制御され、Ｓｐである。いくつかの実施形態では、第１のサブドメインは、１つ以上（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０）のＲｐのヌクレオチド間結合（例えば、Ｒｐのホスホロチオエートヌクレオチド間結合）を含む。いくつかの実施形態では、第１のサブドメインは、１つ以上（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０）のＳｐのヌクレオチド間結合（例えば、Ｓｐのホスホロチオエートヌクレオチド間結合）を含む。いくつかの実施形態では、第１のサブドメインは、１つ以上（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０）のキラル制御されていないヌクレオチド間結合（例えば、キラル制御されていないホスホロチオエートヌクレオチド間結合）を含む。いくつかの実施形態では、そのようなヌクレオチド間結合は、連続している。いくつかの実施形態では、そのようなヌクレオチド間結合は、第１のサブドメインの３’末端部分にある。
いくつかの実施形態では、１つ以上の天然のリン酸結合が、提供されるオリゴヌクレオチド及びその組成物において利用される。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド又はその部分（例えば、第１のドメイン、第２のドメイン、第１のサブドメイン、第２のサブドメイン、第３のサブドメインなど）は、１つ以上（例えば、約、又は少なくとも約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３５、４０、４５、若しくは５０、又はそれ以上）の天然のリン酸結合を含む。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド又はその部分（例えば、第１のドメイン、第２のドメイン、第１のサブドメイン、第２のサブドメイン、第３のサブドメインなど）は、２つ以上（例えば、約、又は少なくとも約２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３５、４０、４５、若しくは５０、又はそれ以上）の連続した天然のリン酸結合を含む。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド又はその部分（例えば、第１のドメイン、第２のドメイン、第１のサブドメイン、第２のサブドメイン、第３のサブドメインなど）は、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３５、４０、４５、又は５０以下の天然のリン酸結合を含む。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド又はその部分（例えば、第１のドメイン、第２のドメイン、第１のサブドメイン、第２のサブドメイン、第３のサブドメインなど）は、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３５、４０、４５、又は５０以下の連続した天然のリン酸結合を含む。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド又はその部分（例えば、第１のドメイン、第２のドメイン、第１のサブドメイン、第２のサブドメイン、第３のサブドメインなど）中の約又は少なくとも約５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、若しくは９５％、又は全てのヌクレオチド間結合は、天然のリン酸結合である。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド又はその部分（例えば、第１のドメイン、第２のドメイン、第１のサブドメイン、第２のサブドメイン、第３のサブドメインなど）中の約又は少なくとも約５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、若しくは９５％、又は全てのヌクレオチド間結合は、天然のリン酸結合ではない。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド又はその部分（例えば、第１のドメイン、第２のドメイン、第１のサブドメイン、第２のサブドメイン、第３のサブドメインなど）中の約又は少なくとも約５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、若しくは９５％、又は全てのヌクレオチド間結合は、連続した天然のリン酸結合ではない。
いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド又はその部分は、１つ以上の天然のリン酸結合及び１つ以上の修飾されたヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド又はその部分は、１つ以上の天然のリン酸結合及び１つ以上のキラル制御された修飾されたヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド又はその部分（例えば、第１のドメイン、第２のドメイン、第１のサブドメイン、第２のサブドメイン、第３のサブドメインなど）は、各々が独立して、２’－ＯＲ修飾（式中、Ｒは、本明細書に記載されるとおりであるが、－Ｈではない）を含まない２つの糖に結合する約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３５、４０、４５、又は５０以下の天然のリン酸結合を含む。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド又はその部分（例えば、第１のドメイン、第２のドメイン、第１のサブドメイン、第２のサブドメイン、第３のサブドメインなど）は、各々が独立して、２’－ＯＲ修飾（式中、Ｒは、本明細書に記載されるとおりであるが、－Ｈではない）を含まない２つの糖に結合する２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３５、４０、４５、又は５０以下の連続した天然のリン酸結合を含む。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド又はその部分（例えば、第１のドメイン、第２のドメイン、第１のサブドメイン、第２のサブドメイン、第３のサブドメインなど）は、各々が独立して、２つの２’－Ｆ修飾された糖に結合する約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３５、４０、４５、又は５０以下の天然のリン酸結合を含む。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド又はその部分（例えば、第１のドメイン、第２のドメイン、第１のサブドメイン、第２のサブドメイン、第３のサブドメインなど）は、各々が独立して２つの２’－Ｆ修飾された糖に結合する２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３５、４０、４５、又は５０以下の連続した天然のリン酸結合を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその部分（例えば、第１のドメイン、第２のドメイン、第１のサブドメイン、第２のサブドメイン、第３のサブドメインなど）において、２’－ＯＲ修飾（式中、Ｒは、本明細書に記載されるとおりであるが、－Ｈではない）を含まない２つの糖に結合する約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３５、４０、４５、又は５０以下、例えば、２以下、３以下、４以下、５以下などのヌクレオチド間結合は、天然のリン酸結合である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその部分（例えば、第１のドメイン、第２のドメイン、第１のサブドメイン、第２のサブドメイン、第３のサブドメインなど）において、２つの２’－Ｆ修飾された糖に結合する約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３５、４０、４５、又は５０以下、例えば、２以下、３以下、４以下、５以下などのヌクレオチド間結合は、天然のリン酸結合である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその部分（例えば、第１のドメイン、第２のドメイン、第１のサブドメイン、第２のサブドメイン、第３のサブドメインなど）において、２’－ＯＲ修飾（式中、Ｒは、本明細書に記載されるとおりであるが、－Ｈではない）を含まない２つの糖に結合するヌクレオチド間結合の約５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、又は９５％以下、例えば、１０％以下、１５％以下、２０％以下、２５％以下、約３０％以下、約４０％以下、５０％以下などは、天然のリン酸結合である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその部分（例えば、第１のドメイン、第２のドメイン、第１のサブドメイン、第２のサブドメイン、第３のサブドメインなど）において、２つの２’－Ｆ修飾された糖に結合するヌクレオチド間結合の約５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、又は９５％以下、例えば、１０％以下、１５％以下、２０％以下、２５％以下、約３０％以下、約４０％以下、５０％以下などは、天然のリン酸結合である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその部分（例えば、第１のドメイン、第２のドメイン、第１のサブドメイン、第２のサブドメイン、第３のサブドメインなど）において、２’－ＯＲ修飾（式中、Ｒは、本明細書に記載されるとおりであるが、－Ｈではない）を含まない２つの糖に結合する約２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３５、４０、４５、又は５０以下、例えば、２以下、３以下、４以下、５以下などの連続したヌクレオチド間結合は、天然のリン酸結合である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその部分（例えば、第１のドメイン、第２のドメイン、第１のサブドメイン、第２のサブドメイン、第３のサブドメインなど）において、２つの２’－Ｆ修飾された糖に結合する約２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３５、４０、４５、又は５０以下、例えば、２以下、３以下、４以下、５以下などの連続したヌクレオチド間結合は、天然のリン酸結合である。
いくつかの実施形態では、天然のリン酸結合は、標的アデノシンの反対側のヌクレオシドの位置－８、－７、－６、－５、－４、－３、－２、－１、＋１、＋２、＋３、＋４、＋５、＋６、＋７、及び＋８の１つ以上にある。いくつかの実施形態では、天然のリン酸結合は、位置－１及び＋１の１つ以上にある。いくつかの実施形態では、天然のリン酸結合は、位置－１及び＋１にある。いくつかの実施形態では、天然のリン酸結合は、位置－１にある。いくつかの実施形態では、天然のリン酸結合は、位置＋１にある。いくつかの実施形態では、天然のリン酸結合は、位置＋８にある。いくつかの実施形態では、天然のリン酸結合は、位置＋７にある。いくつかの実施形態では、天然のリン酸結合は、位置－６にある。いくつかの実施形態では、天然のリン酸結合は、位置＋５にある。いくつかの実施形態では、天然のリン酸結合は、位置＋４にある。いくつかの実施形態では、天然のリン酸結合は、位置＋３にある。いくつかの実施形態では、天然のリン酸結合は、位置＋２にある。いくつかの実施形態では、天然のリン酸結合は、位置－２にある。いくつかの実施形態では、天然のリン酸結合は、位置－３にある。いくつかの実施形態では、天然のリン酸結合は、位置－４にある。いくつかの実施形態では、天然のリン酸結合は、位置－５にある。いくつかの実施形態では、天然のリン酸結合は、位置－６にある。いくつかの実施形態では、天然のリン酸結合は、位置－７にある。いくつかの実施形態では、天然のリン酸結合は、位置－８にある。いくつかの実施形態では、天然のリン酸結合は、位置－１にあり、修飾されたヌクレオチド間結合は、位置＋１にある。いくつかの実施形態では、天然のリン酸結合は、位置＋１にあり、修飾されたヌクレオチド間結合は、位置－１にある。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、キラル制御される。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、キラル制御され、Ｓｐである。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、キラル制御されたＳｐのホスホロチオからエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、キラル制御され、Ｒｐである。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、キラル制御されたＲｐのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第２のドメインは、２つ以下の天然のリン酸結合を含む。いくつかの実施形態では、第２のドメインは、１つ以下の天然のリン酸結合を含む。いくつかの実施形態では、単一の天然のリン酸結合は、オリゴヌクレオチド又はその部分（例えば、第１のドメイン、第２のドメイン、第１のサブドメイン、第２のサブドメイン、第３のサブドメインなど）の様々な位置で利用され得る。
いくつかの実施形態では、特定の種類の糖が、オリゴヌクレオチド又はその部分の特定の位置で利用される。例えば、いくつかの実施形態では、第１のドメインは、いくつかの２’－Ｆ修飾された糖（及び任意選択により、いくつかの２’－ＯＲ修飾された糖（式中、Ｒは－Ｈではない）、いくつかの実施形態では、２’－Ｆ修飾された糖よりも低いレベルで）を含み、第１のサブドメインは、いくつかの２’－ＯＲ修飾された糖（式中、Ｒは－Ｈではない）（例えば、２’－ＯＭｅ修飾された糖；及び任意選択により、いくつかの２’－Ｆ糖、いくつかの実施形態では、２’－ＯＲ修飾された糖（式中、Ｒは－Ｈではない）より低いレベルで）を含み、第２のドメインは、１つ以上の天然のＤＮＡ糖（２’位置で置換がない）及び／又は１つ以上の２’－Ｆ修飾された糖を含み、及び／又は第３のサブドメインは、いくつかの２’－ＯＲ修飾された糖（式中、Ｒは－Ｈではない）（例えば、２’－ＯＭｅ修飾された糖；及び任意選択により、いくつかの２’－Ｆ糖、いくつかの実施形態では、２’－ＯＲ修飾された糖（式中、Ｒは－Ｈではない）より低いレベルで）を含む。いくつかの実施形態では、特定の種類の糖は、独立して、標的アデノシンの反対側のヌクレオシドの位置－８、－７、－６、－５、－４、－３、－２、－１、０、＋１、＋２、＋３、＋４、＋５、＋６、＋７、及び＋８の１つ以上にある（「＋」は、そのヌクレオシドからオリゴヌクレオチドの５’末端方向への計数であり、「－」は、そのヌクレオシドからオリゴヌクレオチドの３’末端方向への計数であり、位置０は、標的アデノシンの反対側のヌクレオシドの位置であり、例えば：５’－・・・Ｎ＋２Ｎ＋１Ｎ０Ｎ－１Ｎ－２・・・．３’）。いくつかの実施形態では、特定の種類の糖は、独立して、位置－５、－４、－３、－２、－１、０、＋１、＋２、＋３、＋４、及び＋５の１つ以上にある。いくつかの実施形態では、特定の種類の糖は、独立して、位置－３、－２、－１、０、＋１、＋２、及び＋３の１つ以上にある。いくつかの実施形態では、特定の種類の糖は、独立して、位置－２、－１、０、＋１、及び＋２の１つ以上にある。いくつかの実施形態では、特定の種類の糖は、独立して、位置－１、０、及び＋１の１つ以上にある。いくつかの実施形態では、特定の種類の糖は、位置＋８にある。いくつかの実施形態では、特定の種類の糖は、位置＋７にある。いくつかの実施形態では、特定の種類の糖は、位置＋６にある。いくつかの実施形態では、特定の種類の糖は、位置＋５にある。いくつかの実施形態では、特定の種類の糖は、位置＋４にある。いくつかの実施形態では、特定の種類の糖は、位置＋３にある。いくつかの実施形態では、特定の種類の糖は、位置＋２にある。いくつかの実施形態では、特定の種類の糖は、位置＋１にある。いくつかの実施形態では、特定の種類の糖は、位置０にある。いくつかの実施形態では、特定の種類の糖は、位置－８にある。いくつかの実施形態では、特定の種類の糖は、位置－７にある。いくつかの実施形態では、特定の種類の糖は、位置－６にある。いくつかの実施形態では、特定の種類の糖は、位置－５にある。いくつかの実施形態では、特定の種類の糖は、位置－４にある。いくつかの実施形態では、特定の種類の糖は、位置－３にある。いくつかの実施形態では、特定の種類の糖は、位置－２にある。いくつかの実施形態では、特定の種類の糖は、位置－１にある。いくつかの実施形態では、特定の種類の糖は、独立して、天然のＤＮＡ糖（２’－炭素で２つの２’－Ｈ）、２’－ＯＭｅ修飾された糖、及び２’－Ｆ修飾された糖から選択される糖である。いくつかの実施形態では、特定の種類の糖は、独立して、天然のＤＮＡ糖（２’－炭素で２つの２’－Ｈ）及び２’－ＯＭｅ修飾された糖から選択される糖である。いくつかの実施形態では、特定の種類の糖は、独立して、例えば、位置０、－１、及び／又は＋１での糖に関して、天然のＤＮＡ糖（２’－炭素で２つの２’－Ｈ）及び２’－Ｆ修飾された糖から選択される糖である。いくつかの実施形態では、特定の種類の糖は、例えば、位置－１、０又は＋１で、天然のＤＮＡ糖（２’－炭素での２つの２’－Ｈ）である。いくつかの実施形態では、特定の種類の糖は、例えば、位置－８、－７、－６、－５、－４、－３、－２、－１、０、＋１、＋２、＋３、＋４、＋５、＋６、＋７、及び／又は＋８で、２’－Ｆ修飾された糖である。いくつかの実施形態では、特定の種類の糖は、例えば、位置－８、－７、－６、－５、－４、－３、－２、＋２、＋３、＋４、＋５、＋６、＋７、及び／又は＋８で、２’－Ｆ修飾された糖である。いくつかの実施形態では、２’－Ｆ修飾された糖は、位置－２にある。いくつかの実施形態では、２’－Ｆ修飾された糖は、位置－３にある。いくつかの実施形態では、２’－Ｆ修飾された糖は、位置－４にある。いくつかの実施形態では、２’－Ｆ修飾された糖は、位置＋２にある。いくつかの実施形態では、２’－Ｆ修飾された糖は、位置＋３にある。いくつかの実施形態では、２’－Ｆ修飾された糖は、位置＋４にある。いくつかの実施形態では、２’－Ｆ修飾された糖は、位置＋５にある。いくつかの実施形態では、２’－Ｆ修飾された糖は、位置＋６にある。いくつかの実施形態では、２’－Ｆ修飾された糖は、位置＋７にある。いくつかの実施形態では、２’－Ｆ修飾された糖は、位置＋８にある。いくつかの実施形態では、特定の種類の糖は、例えば、位置－８、－７、－６、－５、－４、－３、－２、－１、０、＋１、＋２、＋３、＋４、＋５、＋６、＋７、及び／又は＋８で、２’－ＯＭｅ修飾された糖である。いくつかの実施形態では、特定の種類の糖は、例えば、位置－８、－７、－６、－５、－４、－３、－２、＋２、＋３、＋４、＋５、＋６、＋７、及び／又は＋８で、２’－ＯＭｅ修飾された糖である。いくつかの実施形態では、２’－ＯＭｅ修飾された糖は、位置－２にある。いくつかの実施形態では、２’－ＯＭｅ修飾された糖は、位置－３にある。いくつかの実施形態では、２’－ＯＭｅ修飾された糖は、位置－４にある。いくつかの実施形態では、２’－ＯＭｅ修飾された糖は、位置＋２にある。いくつかの実施形態では、２’－ＯＭｅ修飾された糖は、位置＋３にある。いくつかの実施形態では、２’－ＯＭｅ修飾された糖は、位置＋４にある。いくつかの実施形態では、２’－ＯＭｅ修飾された糖は、位置＋５にある。いくつかの実施形態では、２’－ＯＭｅ修飾された糖は、位置＋６にある。いくつかの実施形態では、２’－ＯＭｅ修飾された糖は、位置＋７にある。いくつかの実施形態では、２’－ＯＭｅ修飾された糖は、位置＋８にある。いくつかの実施形態では、位置０での糖は、２’－ＭＯＥ修飾された糖ではない。いくつかの実施形態では、位置０での糖は、天然のＤＮＡ糖（２’－炭素で２つの２’－Ｈ）である。いくつかの実施形態では、位置０での糖は、２’－ＭＯＥ修飾された糖ではない。いくつかの実施形態では、位置－１での糖は、２’－ＭＯＥ修飾された糖ではない。いくつかの実施形態では、位置－２での糖は、２’－ＭＯＥ修飾された糖ではない。いくつかの実施形態では、位置－３での糖は、２’－ＭＯＥ修飾された糖ではない。いくつかの実施形態では、第１のドメインは、１つ以上の２’－Ｆ修飾された糖、及び任意選択により２’－ＯＲ修飾された糖（いくつかの実施形態では、２’－Ｆ修飾された糖より低いレベルで）（式中、Ｒは、本明細書に記載されるとおりであり、－Ｈではない）を含む。いくつかの実施形態では、第１のドメインは、１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０個の２’－ＯＲ修飾された糖（いくつかの実施形態では、２’－Ｆ修飾された糖より低いレベルで）（式中、Ｒは、本明細書に記載されるとおりであり、－Ｈではない）を含む。いくつかの実施形態では、第１のドメインは、１、２、３、若しくは４個、又はただ１個、ただ２個、ただ３個、又はただ４個の２’－ＯＲ修飾された糖（式中、Ｒは、Ｃ１～６脂肪族である）を含む。いくつかの実施形態では、第１のドメインの第１、第２、第３及び／又は第４の糖は、独立して、２’－ＯＲ修飾された糖（式中、Ｒは、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である）である。いくつかの実施形態では、２’－ＯＲを含む糖は、連続している。いくつかの実施形態では、第１のドメインは、
その５’末端で２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０個の連続した糖を含む（それぞれの糖は、独立して、２’－ＯＲ（式中、Ｒは、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である）を含む）。いくつかの実施形態では、２’－ＯＲは、２’－ＯＭｅである。いくつかの実施形態では、２’－ＯＲは、２’－ＭＯＥである。いくつかの実施形態では、第２のドメインは、１つ以上の２’－ＯＲ修飾された糖（いくつかの実施形態では、より低いレベルで）（式中、Ｒは、本明細書に記載されるとおりであり、－Ｈではない）、及び任意選択により、２’－Ｆ修飾された糖（いくつかの実施形態では、より低いレベルで）を含む。いくつかの実施形態では、第１のサブドメインは、１つ以上の２’－ＯＲ修飾された糖（いくつかの実施形態では、より低いレベルで）（式中、Ｒは、本明細書に記載されるとおりであり、－Ｈではない）、及び任意選択により、２’－Ｆ修飾された糖（いくつかの実施形態では、より低いレベルで）を含む。いくつかの実施形態では、第３のサブドメインは、１つ以上の２’－ＯＲ修飾された糖（いくつかの実施形態では、より低いレベルで）（式中、Ｒは、本明細書に記載されるとおりであり、－Ｈではない）、及び任意選択により、２’－Ｆ修飾された糖（いくつかの実施形態では、より低いレベルで；いくつかの実施形態では、より高いレベルで）を含む。いくつかの実施形態では、第３のサブドメインは、約、又は少なくとも約１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０個の２’－Ｆ修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、第３のサブドメインは、約、又は少なくとも約１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０個の連続した２’－Ｆ修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、第３のサブドメイン中の糖の約又は少なくとも約５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、又は９５％は、独立して、２’－Ｆ修飾を含む。いくつかの実施形態では、第３のサブドメイン（５’から３’）中の最初の２’－Ｆ修飾された糖は、第３のサブドメイン中の最初の糖ではない。いくつかの実施形態では、第３のドメイン中の最初の２’－Ｆ修飾された糖は、標的アデノシンの反対側のヌクレオシドに対して位置－３にある。いくつかの実施形態では、第３のサブドメイン中のそれぞれの糖は、独立して、修飾された糖である。いくつかの実施形態では、第３のサブドメイン中のそれぞれの糖は、独立して、修飾された糖であり、修飾は、２’－Ｆ及び２’－ＯＲ（式中、Ｒは、Ｃ１～６脂肪族である）から選択される。いくつかの実施形態では、修飾は、２’－Ｆ及び２’－ＯＭｅから選択される。いくつかの実施形態では、第３のサブドメイン中のそれぞれの修飾された糖は、独立して、２’－Ｆ修飾された糖である。いくつかの実施形態では、第３のサブドメイン中のそれぞれの修飾された糖は、独立して、２’－ＯＭｅ修飾された糖である。いくつかの実施形態では、第３のサブドメイン中の１つ以上の修飾された糖は、独立して、２’－ＯＭｅ修飾された糖であり、第３のサブドメイン中の１つ以上の修飾された糖は、独立して、２’－Ｆ修飾された糖である。いくつかの実施形態では、第３のサブドメイン中のそれぞれの修飾された糖は、独立して、第３のサブドメインの第１の糖を除いて、２’－Ｆ修飾された糖であり、これは、いくつかの実施形態では、２’－ＯＭｅ修飾された糖である。いくつかの実施形態では、第３のサブドメインは、１つ以上の２’－ＯＲ修飾された糖（いくつかの実施形態では、より低いレベルで）（式中、Ｒは、本明細書に記載されるとおりであり、－Ｈではない）、及び任意選択により、２’－Ｆ修飾された糖（いくつかの実施形態では、より低いレベルで）を含む。いくつかの実施形態では、２’－ＯＲは、２’－ＯＭｅである。いくつかの実施形態では、２’－ＯＲは、２’－ＭＯＥである。
塩基配列
当業者によって理解されるとおり、核酸塩基修飾、糖修飾、ヌクレオチド間結合修飾、結合リンの立体化学などの本開示の構造的特徴、及びその組み合わせは、所望の特性及び／又は活性を有するオリゴヌクレオチド及び組成物を提供するために様々な好適な塩基配列とともに利用され得る。例えば、アデノシン修飾（例えば、ＡＤＡＲタンパク質の存在下でのＩへの変換）のためのオリゴヌクレオチドは通常、標的アデノシンを含む標的核酸の配列と十分に相補的な配列を有する。標的アデノシンの反対側のヌクレオシドは、オリゴヌクレオチドの様々な位置で存在し得る。いくつかの実施形態では、１つ以上の反対側のヌクレオシドが、第１のドメイン中にある。いくつかの実施形態では、１つ以上の反対側のヌクレオシドが、第２のドメイン中にある。いくつかの実施形態では、１つ以上の反対側のヌクレオシドが、第１のサブドメイン中にある。いくつかの実施形態では、１つ以上の反対側のヌクレオシドが、第２のサブドメイン中にある。いくつかの実施形態では、１つ以上の反対側のヌクレオシドが、第３のサブドメイン中にある。本開示のオリゴヌクレオチドは、１つ以上の標的アデノシンを標的化し得る。いくつかの実施形態では、１つ以上の反対側のヌクレオシドは、それぞれ独立して、第２のサブドメインの構造的特徴を有する部分において存在し、各々が独立して、本明細書に記載されるとおりの反対側のヌクレオシドの１つ以上又は全ての構造的特徴を有する。多くの実施形態では、例えば、ＧからＡへの変異を標的化するために、オリゴヌクレオチドは、例えば、Ｉに変換するＡＤＡＲによって、修飾のためにただ１つの標的アデノシンを選択的に標的化し得る。いくつかの実施形態では、反対側のヌクレオシドは、オリゴヌクレオチドの５’末端より３’末端に近い。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、０～５個（例えば、０、１、２、３、４又は５）のミスマッチを有する本明細書に記載される（例えば、表における）塩基配列又はその部分（例えば、１０～５０、１０～４０、１０～３０、１０～２０の範囲、又は１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、又は少なくとも１０、少なくとも１５、少なくとも２０、少なくとも２５個の連続した核酸塩基）を有し、各Ｔは、独立して、Ｕで置換されてもよいし、その逆であってもよい。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、本明細書に記載される塩基配列、又はその部分を含み、部分は、少なくとも１０個の連続した核酸塩基の範囲、又は０～５個のミスマッチを有する少なくとも１５個の連続した核酸塩基の範囲である。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、本明細書に記載される塩基配列、又はその部分を含み、部分は、少なくとも１０個の連続した核酸塩基の範囲、又は１～５個のミスマッチを有する少なくとも１０個の連続した核酸塩基の範囲であり、各Ｔは、独立して、Ｕで置換されてもよいし、その逆であってもよい。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの塩基配列は、１０～６０個（例えば、約又は少なくとも１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４５、５０、５５、６０；いくつかの実施形態では、少なくとも１５；いくつかの実施形態では、少なくとも１６；いくつかの実施形態では、少なくとも１７；いくつかの実施形態では、少なくとも１８；いくつかの実施形態では、少なくとも１９；いくつかの実施形態では、少なくとも２０；いくつかの実施形態では、少なくとも２１；いくつかの実施形態では、少なくとも２２；いくつかの実施形態では、少なくとも２３；いくつかの実施形態では、少なくとも２４；いくつかの実施形態では、少なくとも２５；いくつかの実施形態では、少なくとも２６；いくつかの実施形態では、少なくとも２７；いくつかの実施形態では、少なくとも２８；いくつかの実施形態では、少なくとも２９；いくつかの実施形態では、少なくとも３０；いくつかの実施形態では、少なくとも３１；いくつかの実施形態では、少なくとも３２；いくつかの実施形態では、少なくとも３３；いくつかの実施形態では、少なくとも３４；いくつかの実施形態では、少なくとも３５）の塩基、任意選択により連続した、核酸、例えば、遺伝子又はその転写物（例えば、ｍＲＮＡ）の塩基配列と同一であるか又は相補的な塩基配列を含むか又はそれからなる。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの塩基配列は、遺伝子又はその転写物中の標的配列と相補的な配列であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、配列は、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４５、５０、５５、６０以上の核酸塩基の長さである。
いくつかの実施形態では、標的配列は、関連する生物において他よりも核酸配列を規定するという点で、核酸配列の（例えば、遺伝子又はその転写物の）特徴的な配列であるか又はそれを含む；例えば、特徴的な配列は、関連する生物における他のゲノム核酸配列（例えば、遺伝子）又はその転写物中にないか又は少なくとも様々なミスマッチを有する。いくつかの実施形態では、転写物の特徴的な配列は、関連する生物における他の転写物よりもその転写物を規定する；例えば、いくつかの実施形態では、特徴的な配列は、異なる核酸配列（例えば、異なる遺伝子）から転写される転写物中にない。いくつかの実施形態では、核酸配列からの転写物バリアント（例えば、遺伝子のｍＲＮＡバリアント）は、例えば、他の遺伝子の転写物からそれらを規定する共通の特徴的な配列を共有し得る。いくつかの実施形態では、特徴的な配列は、標的アデノシンを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、標的アデノシンを含む核酸と選択的に二重鎖を形成し、標的アデノシンは、二重鎖領域内にあり、ＡＤＡＲ１又はＡＤＡＲ２などのタンパク質によって修飾され得る。
当業者によって理解されるとおり、提供されるオリゴヌクレオチドの塩基配列は通常、例えば、標的アデノシンの部位特異的編集のために、十分な長さ及びそれらの標的核酸、例えば、ＲＮＡ転写物（例えば、プレｍＲＮＡ、成熟ｍＲＮＡなど）との相補性を有する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、標的アデノシンを含む標的ＲＮＡ配列の一部と相補的である（当業者によって理解されるとおり、多くの場合において、標的核酸は、本開示のオリゴヌクレオチドより長く、相補性は、２つのオリゴヌクレオチドのより短い方に基づいて適切に評価され得る）。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの塩基配列は、表に開示されるオリゴヌクレオチドの塩基配列と９０％以上の同一性を有し、各Ｔは、独立して、Ｕで置換されてもよいし、その逆であってもよい。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの塩基配列は、表に開示されるオリゴヌクレオチドの塩基配列と９５％以上の同一性を有し、各Ｔは、独立して、Ｕで置換されてもよいし、その逆であってもよい。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの塩基配列は、表に開示されるオリゴヌクレオチドの１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０以上の塩基の連続した範囲を含み、各Ｔは、独立して、Ｕで置換されてもよいし、その逆であってもよく、その範囲内の１つ以上の塩基が脱塩基（例えば、核酸塩基は、ヌクレオチドを欠損している）であることを除く。
いくつかの実施形態では、本開示は、本明細書で開示される任意のオリゴヌクレオチドの塩基配列を含む塩基配列を有するオリゴヌクレオチドに関し、各Ｔは、独立して、Ｕで置き換えられてもよいし、その逆であってもよい。
いくつかの実施形態では、本開示は、本明細書で開示される任意のオリゴヌクレオチドの塩基配列である塩基配列を有するオリゴヌクレオチドに関し、各Ｔは、独立して、Ｕで置き換えられてもよいし、その逆であってもよい。
いくつかの実施形態では、本開示は、本明細書で開示される任意のオリゴヌクレオチドの塩基配列の少なくとも１５個の連続した塩基を含む塩基配列を有するオリゴヌクレオチドに関し、各Ｔは、独立して、Ｕで置き換えられてもよいし、その逆であってもよい。
いくつかの実施形態では、本開示は、本明細書で開示される任意のオリゴヌクレオチドの塩基配列と少なくとも９０％同一である塩基配列を有するオリゴヌクレオチドに関し、各Ｔは、独立して、Ｕで置き換えられてもよいし、その逆であってもよい。
いくつかの実施形態では、本開示は、本明細書で開示される任意のオリゴヌクレオチドの塩基配列と少なくとも９５％同一である塩基配列を有するオリゴヌクレオチドに関し、各Ｔは、独立して、Ｕで置き換えられてもよいし、その逆であってもよい。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの塩基配列は、本明細書に記載される任意のオリゴヌクレオチドの塩基配列の１０～４０個、例えば、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０個の連続した塩基であるか、それらを含むか、又はそれらを含み、各Ｔは、独立して、Ｕで置き換えられてもよいし、その逆であってもよい。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、本明細書の表に示されるオリゴヌクレオチドである。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの塩基配列は、標的核酸、例えば、標的アデノシンを含む部分のものと相補的である。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、表におけるオリゴヌクレオチドの少なくとも１５個の連続した塩基（例えば、１５、１６、１７、１８、又は２０）を含む塩基配列を有し、各Ｔは、独立して、Ｕで置換されてもよいし、その逆であってもよい。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、表のいずれかに記載される塩基配列又はその部分（例えば、１０～４０個、例えば、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０個の核酸塩基を含む部分）を含み、各Ｔは、独立して、Ｕで置き換えられてもよいし、その逆であってもよく、及び／又は表のいずれかに記載される糖、核酸塩基、及び／又はヌクレオチド間結合修飾及び／又は立体化学、及び／又はそのパターン、及び／又は表のいずれかに記載される追加の化学的部分（オリゴヌクレオチド鎖に加えて、例えば、標的部分、脂質部分、炭水化物部分など）を含む。
いくつかの実施形態では、用語「相補的な」、「完全に相補的な」及び「実質的に相補的な」は、それらの使用の文脈から当業者によって理解されるとおり、オリゴヌクレオチドと標的配列の間で一致する塩基に関して使用され得る。ＵからＴへの置換、又はその逆は一般に、相補性の量を変えないと認められる。本明細書で使用する場合、標的配列と「実質的に相補的な」オリゴヌクレオチドは、大部分又はほとんど相補的であるが、必ずしも１００％相補的ではない。いくつかの実施形態では、実質的に相補的な配列（例えば、オリゴヌクレオチド）は、その標的配列と最大限にアラインメントされるとき、１個以上、例えば、１、２、３、４又は５個のミスマッチを有する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、標的核酸の標的配列と実質的に相補的な塩基配列を有する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、本明細書で開示されるオリゴヌクレオチドの配列の相補体と実質的に相補的な塩基配列を有する。当業者によって理解されるとおり、いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの配列は、オリゴヌクレオチドがそれらの機能（例えば、核酸におけるＡからＩへの変換）を果たすためにそれらの標的と１００％相補的である必要はない。いくつかの実施形態では、ミスマッチは、オリゴヌクレオチドの５’及び／又は３’末端又は中程で十分に許容される。いくつかの実施形態では、１個以上のミスマッチは、本明細書で実証されるとおりのアデノシン修飾のために好ましい。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、標的核酸との相補性のための部分、及び任意選択により主として標的核酸との相補性のためのものではない部分を含み；例えば、いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、タンパク質結合のための部分を含み得る。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドの塩基配列は、それらの標的配列と完全に相補的である（Ａ－Ｔ／Ｕ及びＣ－Ｇ塩基対形成）。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドの塩基配列は、標的ヌクレオシド（例えば、アデノシン）の反対側のヌクレオシドを除いて、それらの標的配列と完全に相補的である（Ａ－Ｔ／Ｕ及びＣ－Ｇ塩基対形成）。
いくつかの実施形態では、本開示は、表に記載されるオリゴヌクレオチドに見出される配列を含むオリゴヌクレオチドを提供し、１つ以上のＵは、独立して且つ任意選択により、Ｔで置き換えられてもよいし、その逆であってもよい。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも１つのＴ及び／又は少なくとも１つのＵを含み得る。いくつかの実施形態では、本開示は、本明細書の表に記載されるオリゴヌクレオチドに見出される配列を含むオリゴヌクレオチドを提供し、前記配列は、表に記載されるオリゴヌクレオチドの配列と５０％を超える同一性を有する。いくつかの実施形態では、本開示は、塩基配列が表で開示されるオリゴヌクレオチドの配列であるオリゴヌクレオチドを提供し、各Ｔは、独立して、Ｕで置き換えられてもよいし、その逆であってもよい。いくつかの実施形態では、本開示は、表のオリゴヌクレオチドに見出される配列を含むオリゴヌクレオチドを提供し、オリゴヌクレオチドは、本明細書の表の同じオリゴヌクレオチド又は別のオリゴヌクレオチドの骨格結合のパターン、骨格のキラル中心のパターン、及び／又は骨格のリン修飾のパターンを有する。
いくつかの実施形態では、本開示は、本明細書で開示される、例えば、表におけるオリゴヌクレオチドの塩基配列の一部であるか、それを含むか、又はそれを含む塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを提供し、各Ｔは、独立して、Ｕで置き換えられてもよいし、その逆であってもよく、オリゴヌクレオチドは任意選択によりさらに、本明細書に記載される化学修飾、立体化学、形式、追加の化学的部分（例えば、標的化部分、脂質部分、炭水化物部分など）、及び／又は別の構造的特徴を含む。
いくつかの実施形態では、「部分」（例えば、塩基配列又は修飾若しくは他の構造的要素のパターン）は、少なくとも５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、又は２０個の単量体単位長である。
本開示に関する当業者は、本明細書の技術が、編集するために標的アデノシンを含む様々な標的核酸を標的化するために利用され得ることを理解するであろう。いくつかの実施形態では、標的核酸は、ＰｉＺＺアレルの転写物である。いくつかの実施形態では、標的アデノシンは、・・・ａｔｃｇａｃＡａｇａａａｇｇｇａｃｔｇａａｇｃ．．．である。いくつかの実施形態では、本開示のオリゴヌクレオチドは、それらが編集のために標的アデノシンを含む転写物の一部と二重鎖を選択的に形成するのに十分な相補性を有するように、好適な塩基配列を有する。
本明細書に記載されるとおり、標的ヌクレオシド（例えば、Ａ）の反対側のヌクレオシドは、様々な位置に位置し得る。いくつかの実施形態では、反対側のヌクレオシドは、オリゴヌクレオチドの５’末端から位置２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９又は３０にある。いくつかの実施形態では、それは、オリゴヌクレオチドの５’末端から位置３以上にある。いくつかの実施形態では、それは、オリゴヌクレオチドの５’末端から位置４以上にある。いくつかの実施形態では、それは、オリゴヌクレオチドの５’末端から位置５以上にある。いくつかの実施形態では、それは、オリゴヌクレオチドの５’末端から位置６以上にある。いくつかの実施形態では、それは、オリゴヌクレオチドの５’末端から位置７以上にある。いくつかの実施形態では、それは、オリゴヌクレオチドの５’末端から位置８以上にある。いくつかの実施形態では、それは、オリゴヌクレオチドの５’末端から位置９以上にある。いくつかの実施形態では、それは、オリゴヌクレオチドの５’末端から位置１０以上にある。いくつかの実施形態では、反対側のヌクレオシドは、オリゴヌクレオチドの３’末端から位置２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９又は３０にある。いくつかの実施形態では、それは、オリゴヌクレオチドの３’末端から位置３以上にある。いくつかの実施形態では、それは、オリゴヌクレオチドの３’末端から位置４以上にある。いくつかの実施形態では、それは、オリゴヌクレオチドの３’末端から位置５以上にある。いくつかの実施形態では、それは、オリゴヌクレオチドの３’末端から位置６以上にある。いくつかの実施形態では、それは、オリゴヌクレオチドの３’末端から位置７以上にある。いくつかの実施形態では、それは、オリゴヌクレオチドの３’末端から位置８以上にある。いくつかの実施形態では、それは、オリゴヌクレオチドの３’末端から位置９以上にある。いくつかの実施形態では、それは、オリゴヌクレオチドの３’末端から位置１０以上にある。いくつかの実施形態では、５’末端及び／又は３’末端から位置１にある核酸塩基は、最大の相補性に関してアラインメントされるとき、標的配列中の対応する核酸塩基と相補的である。いくつかの実施形態では、ある特定の位置、例えば、位置６、７、又は８は、より高い編集効率をもたらし得る。
例として、ある特定の例の塩基配列、核酸塩基修飾及びそのパターン、糖修飾及びそのパターン、ヌクレオチド間結合及びそのパターン、結合リンの立体化学及びそのパターン、リンカー、及び／又は追加の化学的部分などを含むある特定のオリゴヌクレオチドは、下の表１に示される。特に、これらのオリゴヌクレオチドは、遺伝子又は遺伝子産物におけるＧからＡへの変異を補正する（例えば、ＡからＩに変換することによって）ために利用され得る。いくつかの実施形態では、立体的に不規則なオリゴヌクレオチド組成物が表に列挙される。いくつかの実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。
Figure 2022551124000114
Figure 2022551124000115
Figure 2022551124000116
Figure 2022551124000117
Figure 2022551124000118
Figure 2022551124000119
Figure 2022551124000120
Figure 2022551124000121
Figure 2022551124000122
Figure 2022551124000123
Figure 2022551124000124
Figure 2022551124000125
Figure 2022551124000126
Figure 2022551124000127
Figure 2022551124000128
Figure 2022551124000129
Figure 2022551124000130
Figure 2022551124000131
Figure 2022551124000132
Figure 2022551124000133
Figure 2022551124000134
Figure 2022551124000135
Figure 2022551124000136
Figure 2022551124000137
Figure 2022551124000138
Figure 2022551124000139
Figure 2022551124000140
Figure 2022551124000141
Figure 2022551124000142
Figure 2022551124000143
Figure 2022551124000144
Figure 2022551124000145
Figure 2022551124000146
Figure 2022551124000147
Figure 2022551124000148
Figure 2022551124000149
Figure 2022551124000150
Figure 2022551124000151
Figure 2022551124000152
Figure 2022551124000153
Figure 2022551124000154
Figure 2022551124000155
Figure 2022551124000156
Figure 2022551124000157
Figure 2022551124000158
Figure 2022551124000159
Figure 2022551124000160
Figure 2022551124000161
Figure 2022551124000162
Figure 2022551124000163
Figure 2022551124000164
Figure 2022551124000165
Figure 2022551124000166
Figure 2022551124000167
Figure 2022551124000168
Figure 2022551124000169
Figure 2022551124000170
Figure 2022551124000171
Figure 2022551124000172
Figure 2022551124000173
Figure 2022551124000174
Figure 2022551124000175
Figure 2022551124000176
Figure 2022551124000177
Figure 2022551124000178
Figure 2022551124000179
Figure 2022551124000180
Figure 2022551124000181
Figure 2022551124000182
Figure 2022551124000183
Figure 2022551124000184
Figure 2022551124000185
Figure 2022551124000186
Figure 2022551124000187
Figure 2022551124000188
Figure 2022551124000189
Figure 2022551124000190
注記：
説明、塩基配列及び立体化学／結合は、それらの長さに起因して、表１（例えば、表１Ａ、表１Ｂ、表１Ｃなど）において複数の系列に分類され得る。別段の指定がない限り、表１の全てのオリゴヌクレオチドは、一本鎖である。当業者によって理解されるとおり、ヌクレオシド単位は、別段の指示がない限り（例えば、ｒ、ｍ、ｍ５、ｅｏなど）、修飾されず、修飾されていない核酸塩基及び２’－デオキシ糖を含有し；結合は、別段の指示がない限り、天然のリン酸結合であり；且つ酸性／塩基性基は、独立して、それらの塩形態で存在し得る。糖が指定されない場合、糖は、天然のＤＮＡ糖であり；且つヌクレオチド間結合が指定されない場合、ヌクレオチド間結合は、天然のリン酸結合である。部分及び修飾：
ｍ：２’－ＯＭｅ；
ｍ５：Ｃの５位でのメチル（核酸塩基は５－メチルシトシンである）；
ｍ５１Ｃ：Ｃの５位でのメチル（核酸塩基は５－メチルシトシンである）、糖はＬＮＡ糖である；ｌ：ＬＮＡ糖；
Ｉ：核酸塩基は、ヒポキサンチンである；
ｆ：２’－Ｆ；
ｒ：２’－ＯＨ；
ｅｏ：２’－ＭＯＥ（２’－ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３）；
ｍ５Ｃｅｏ：５－メチル ２’－Ｏ－メトキシエチル Ｃ；
Ｏ、ＰＯ：ホスホジエステル（リン酸）。それは、結合又は末端基（又はその構成要素）、例えば、リンカーとオリゴヌクレオチド鎖の間の結合、ヌクレオチド間結合（天然のリン酸結合）などであり得る。ホスホジエステルは通常、立体化学／結合の列において「Ｏ」で示され、通常説明の列において標識されない（それが末端基、例えば、５’末端基である場合、それは説明において示され、通常は立体化学／結合において示されない）；結合が説明の列で示されない場合、別段の指示がない限り、それは通常、ホスホジエステルである。リンカー（例えば、Ｌ００１）とオリゴヌクレオチド鎖の間のリン酸結合は、説明の列において標識され得ないが、立体化学／結合の列において「Ｏ」で示され得ることに留意されたい；
＊、ＰＳ：ホスホロチオエート。それは、末端基（それが末端基、例えば、５’末端基である場合、それは、説明において示され、通常は立体化学／結合において示されない）、又は結合、例えば、リンカー（例えば、Ｌ００１）とオリゴヌクレオチド鎖の間の結合、ヌクレオチド間結合（ホスホロチオエートヌクレオチド間結合）などであり得る。
Ｒ、Ｒｐ：Ｒｐ配置におけるホスホロチオエート。説明における＊Ｒは、Ｒｐ配置の単一のホスホロチオエート結合を示すことに留意されたい；
Ｓ、Ｓｐ：Ｓｐ配置におけるホスホロチオエート。説明における＊Ｓは、Ｓｐ配置の単一のホスホロチオエート結合を示すことに留意されたい；
Ｘ：立体的に不規則なホスホロチオエート；
ｎ００１：
Figure 2022551124000191
；
ｎＸ：立体的に不規則なｎ００１；
ｎＲ又はｎ００１Ｒ：Ｒｐ配置におけるｎ００１；
ｎＳ又はｎ００１Ｓ：Ｓｐ配置におけるｎ００１；
Ｍｏｄ００１：
Figure 2022551124000192
；
Ｌ００１：－ＮＨ－を介してＭｏｄ（例えば、Ｍｏｄ００１）に連結され、例えば、ＷＶ－２７４５７の場合、リン酸結合（Ｏ又はＰＯ）を介してオリゴヌクレオチド鎖の５’末端に連結された－ＮＨ－（ＣＨ２）６－リンカー（Ｃ６リンカー、Ｃ６アミンリンカー又はＣ６アミノリンカー）。例えば、ＷＶ－２７４５７において、Ｌ００１は、－ＮＨ－を介してＭｏｄ００１に連結され（アミド基－Ｃ（Ｏ）－ＮＨ－を形成する）、リン酸結合（Ｏ）を介してオリゴヌクレオチド鎖に連結される；
Ｌ０１０：
Figure 2022551124000193
。いくつかの実施形態では、Ｌ０１０がオリゴヌクレオチドの中程に存在するとき、それは、他の糖（例えば、ＤＮＡ糖）としてヌクレオチド間結合に結合され、例えば、その５’－炭素は、別の単位（例えば、糖の３’）に連結され、その３’－炭素は、別の単位（例えば、炭素の５’－炭素）に連結され、独立して、例えば、結合（例えば、リン酸結合（Ｏ又はＰＯ）又はホスホロチオエート結合（キラル制御されなくてもよいし、キラル制御されてもよい（Ｓｐ又はＲｐ）））を介する。
Ｌ０１２：－ＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ２ＣＨ２－。Ｌ０１２が、オリゴヌクレオチドの中程に存在するとき、その２つの末端の各々は、独立して、ヌクレオチド間結合（例えば、リン酸結合（Ｏ又はＰＯ）又はホスホロチオエート結合（キラル制御されなくてもよいし、キラル制御されてもよい（Ｓｐ又はＲｐ）））に結合され；
Ｌ０２５：
Figure 2022551124000194
式中、－ＣＨ２－の連結部位が、糖（例えば、ＤＮＡ糖）のＣ５連結部位として利用され、別の単位（例えば、糖の３’）に連結され、環上の連結部位は、Ｃ３連結部位として利用され、別の単位（炭素の５’－炭素）に連結され、各々は独立して、例えば、結合（例えば、リン酸結合（Ｏ又はＰＯ）又はホスホロチオエート結合（キラル制御されなくてもよいし、キラル制御されてもよい（Ｓｐ又はＲｐ）））を介する。Ｌ０２５が、いずれの修飾も有しないａ５’末端であるとき、その－ＣＨ２－の連結部位は、－ＯＨに結合される。例えば、様々なオリゴヌクレオチドにおけるＬ０２５Ｌ０２５Ｌ０２５－は、
Figure 2022551124000195
（様々な塩形態として存在し得る）の構造を有し、指定の結合（例えば、リン酸結合（Ｏ又はＰＯ）又はホスホロチオエート結合（キラル制御されなくてもよいし、キラル制御されてもよい（Ｓｐ又はＲｐ）））を介して、オリゴヌクレオチド鎖の５’－炭素に連結される。
Ｌ０２８：－ＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ２ＣＨ２－。Ｌ０２８が、オリゴヌクレオチドの中程に存在するとき、その２つの末端の各々は、独立して、ヌクレオチド間結合（例えば、リン酸結合（Ｏ又はＰＯ）又はホスホロチオエート結合（キラル制御されなくてもよいし、キラル制御されてもよい（Ｓｐ又はＲｐ）））に結合される；
環上の連結部位は、糖（例えば、ＤＮＡ糖）のＣ３連結部位として利用され、各々は独立して、ｓｍ０４：
Figure 2022551124000196
に結合される。ｓｍ０４は、それが結合される核酸塩基に続き；例えば、ＷＶ－２８７８７において、例えば、「Ｕｓｍ０４」は、Ｕがｓｍ０４（
Figure 2022551124000197
）に結合されることを示す；
ａ：２’－ＮＨ２；
ｂ００１Ｕ：塩基が
Figure 2022551124000198
であるヌクレオシド；
ｂ００１ｒＵ：塩基が
Figure 2022551124000199
であり、且つ糖が天然のＲＮＡ糖（ｒ）であるヌクレオシド；
ｂ００２Ｕ：塩基が
Figure 2022551124000200
であるヌクレオシド；
ｂ００３Ｕ：塩基が
Figure 2022551124000201
であるヌクレオシド；
ｂ００４Ｕ：塩基が
Figure 2022551124000202
であるヌクレオシド；
ｂ００５Ｕ：塩基が
Figure 2022551124000203
であるヌクレオシド；
ｂ００６Ｕ：塩基が
Figure 2022551124000204
であるヌクレオシド；
ｂ００７Ｕ：塩基が
Figure 2022551124000205
であるヌクレオシド；
ｂ００８Ｕ：塩基が
Figure 2022551124000206
であるヌクレオシド；
ｂ００９Ｕ：塩基が
Figure 2022551124000207
であるヌクレオシド；
ｂ００３Ｉ：塩基が
Figure 2022551124000208
であるヌクレオシド；
ｂ００１Ｇ：塩基が
Figure 2022551124000209
であるヌクレオシド；
ｂ００１Ａ：塩基が
Figure 2022551124000210
であるヌクレオシド；
ｂ００２Ａ：塩基が
Figure 2022551124000211
であるヌクレオシド；
ｂ００３Ａ：塩基が
Figure 2022551124000212
であるヌクレオシド；
ｚｄｎｐ：塩基が
Figure 2022551124000213
であるヌクレオシド；
ｂ００１Ｃ：塩基が
Figure 2022551124000214
であるヌクレオシド；
ｂ００２Ｃ：塩基が
Figure 2022551124000215
であるヌクレオシド；
ｂ００３Ｃ：塩基が
Figure 2022551124000216
であるヌクレオシド。
オリゴヌクレオチド組成物
特に、本開示は、様々なオリゴヌクレオチド組成物を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、本明細書に記載されるオリゴヌクレオチドのオリゴヌクレオチド組成物を提供する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド組成物は、本開示に記載される複数のオリゴヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド組成物は、キラル制御される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド組成物は、キラル制御されない（立体的に不規則）。
天然のリン酸結合の結合リンは、アキラルである。多くの修飾されたヌクレオチド間結合、例えば、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合の結合リンは、キラルである。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド組成物の調製の間（例えば、従来のホスホラミダイトオリゴヌクレオチド合成において）、キラル結合リンの配置は、意図的に設計又は制御されず、様々な立体異性体（ジアステレオ異性体）の複雑で不規則な混合物であるキラル制御されていない（立体的に不規則な）オリゴヌクレオチド組成物（実質的にラセミ調製物）をもたらし、ｎ個のキラルヌクレオチド間結合（結合リンがキラルである）を有するオリゴヌクレオチドに関して、通常２ｎ個の立体異性体（例えば、ｎが１０であるとき、２１０＝１，０３２；ｎが２０であるとき、２２０＝１，０４８，５７６）がある。これらの立体異性体は、同じ構成を有するが、それらの結合リンの立体化学のパターンに関して異なる。
いくつかの実施形態では、立体的に不規則なオリゴヌクレオチド組成物は、ある特定の目的及び／又は適用のために十分な特性及び／又は活性を有する。いくつかの実施形態では、立体的に不規則なオリゴヌクレオチド組成物は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物より安価に、容易に及び／又は単純に生成され得る。しかしながら、立体的に不規則な組成物内の立体異性体は、異なる特性、活性、及び／又は毒性を有する場合があり、特に、同じ構成のオリゴヌクレオチドのある特定のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物と比較して、立体的に不規則な組成物によって不定の治療効果及び／又は意図しない副作用がもたらされる。
いくつかの実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を設計し、調製するための技術を包含する。いくつかの実施形態では、本開示は、例えば、表１においてそれらの立体化学／結合にＳ及び／又はＲを含有する多くのオリゴヌクレオチドのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。いくつかの実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、制御された／既定の（立体的に不規則な組成物のように不規則ではない）レベルの複数のオリゴヌクレオチドを含み、オリゴヌクレオチドは、１つ以上のキラルヌクレオチド間結合（キラル制御されたヌクレオチド間結合）で同じ結合リンの立体化学を共有する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、骨格のキラル中心（結合リンの立体化学）の同じパターンを共有する。いくつかの実施形態では、骨格のキラル中心のパターンは、本開示に記載されるとおりである。いくつかの実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドは、構造的に同一である。
いくつかの実施形態では、本開示は、複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物を提供し、複数のオリゴヌクレオチドは、
１）共通の塩基配列、及び
２）独立して１つ以上（例えば、約１～５０、１～４０、１～３０、１～２５、１～２０、１～１５、１～１０、５～５０、５～４０、５～３０、５～２５、５～２０、５～１５、５～１０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、又は２５以上）のキラルヌクレオチド間結合（「キラル制御されたヌクレオチド間結合」）での同じ結合リンの立体化学
を共有する。
いくつかの実施形態では、本開示は、複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物を提供し、複数のオリゴヌクレオチドは、
１）共通の塩基配列、及び
２）独立して１つ以上（例えば、約１～５０、１～４０、１～３０、１～２５、１～２０、１～１５、１～１０、５～５０、５～４０、５～３０、５～２５、５～２０、５～１５、５～１０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、又は２５以上）のキラルヌクレオチド間結合（「キラル制御されたヌクレオチド間結合」）での同じ結合リンの立体化学
を共有し；
組成物は、複数のオリゴヌクレオチドに関して、共通の塩基配列を共有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物と比較して濃縮される。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド組成物は、複数のオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物であり、オリゴヌクレオチドは、
共通の塩基配列、
骨格結合の共通のパターン、及び
１つ以上（例えば、１～５０、１～４０、１～３０、１～２５、１～２０、１～１５、１～１０、５～５０、５～４０、５～３０、５～２５、５～２０、５～１５、５～１０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、又はそれ以上）のキラルヌクレオチド間結合（「キラル制御されたヌクレオチド間結合」）での同じ結合リンの立体化学
を共有し；
組成物は、複数のオリゴヌクレオチドに関して、共通の塩基配列及び骨格結合のパターンを共有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物と比較して濃縮される。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド組成物は、複数のオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物であり、オリゴヌクレオチドは、
共通の塩基配列、
骨格結合の共通のパターン、及び
骨格のキラル中心の共通のパターン（パターンは、少なくとも１つのＳｐを含む）
を共有し、
組成物は、複数のオリゴヌクレオチドに関して、共通の塩基配列及び骨格結合のパターンを共有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物と比較して濃縮される。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド組成物は、複数のオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物であり、オリゴヌクレオチドは、
共通の塩基配列、
骨格結合の共通のパターン、及び
骨格のキラル中心の共通のパターン（パターンは、少なくとも１つのＲｐを含む）
を共有し、
組成物は、複数のオリゴヌクレオチドに関して、共通の塩基配列及び骨格結合のパターンを共有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物と比較して濃縮される。
いくつかの実施形態では、本開示は、複数のオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、オリゴヌクレオチドは、
１）共通の構成を共有し、且つ
２）１つ以上（例えば、１～５０、１～４０、１～３０、１～２５、１～２０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５以上）のキラルヌクレオチド間結合（キラル制御されたヌクレオチド間結合）で同じ結合リンの立体化学
を共有し、
組成物は、複数のオリゴヌクレオチドに関して、共通の構成のオリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物と比較して濃縮される。
いくつかの実施形態では、本開示は、複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物を提供し、複数のオリゴヌクレオチドは、
１）共通の塩基配列、及び
２）独立して１つ以上（例えば、約１～５０、１～４０、１～３０、１～２５、１～２０、１～１５、１～１０、５～５０、５～４０、５～３０、５～２５、５～２０、５～１５、５～１０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、又は２５以上）のキラルヌクレオチド間結合（「キラル制御されたヌクレオチド間結合」）での同じ結合リンの立体化学
を共有し；
それぞれのキラル制御されたヌクレオチド間結合の結合リンの立体化学的純度は、独立して、８０％～１００％（例えば、８５～１００％、９０～１００％、約又は少なくとも約９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％又は９９．５％）である。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド組成物は、複数のオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物であり、オリゴヌクレオチドは、
共通の塩基配列、
骨格結合の共通のパターン、及び
１つ以上（例えば、１～５０、１～４０、１～３０、１～２５、１～２０、１～１５、１～１０、５～５０、５～４０、５～３０、５～２５、５～２０、５～１５、５～１０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、又はそれ以上）のキラルヌクレオチド間結合（「キラル制御されたヌクレオチド間結合」）での同じ結合リンの立体化学
を共有し；
それぞれのキラル制御されたヌクレオチド間結合の結合リンの立体化学的純度は、独立して、８０％～１００％（例えば、８５～１００％、９０～１００％、約又は少なくとも約９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％又は９９．５％）である。
いくつかの実施形態では、本開示は、複数のオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、オリゴヌクレオチドは、
１）共通の構成を共有し、且つ
２）１つ以上（例えば、１～５０、１～４０、１～３０、１～２５、１～２０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５以上）のキラルヌクレオチド間結合（キラル制御されたヌクレオチド間結合）で同じ結合リンの立体化学
を共有し、
それぞれのキラル制御されたヌクレオチド間結合の結合リンの立体化学的純度は、独立して、８０％～１００％（例えば、８５～１００％、９０～１００％、約又は少なくとも約９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％又は９９．５％）である。
いくつかの実施形態では、本開示は、複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物を提供し、複数のオリゴヌクレオチドは、
１）共通の塩基配列、及び
２）独立して１つ以上（例えば、約１～５０、１～４０、１～３０、１～２５、１～２０、１～１５、１～１０、５～５０、５～４０、５～３０、５～２５、５～２０、５～１５、５～１０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、又は２５以上）のキラルヌクレオチド間結合（「キラル制御されたヌクレオチド間結合」）での同じ結合リンの立体化学
を共有し；
共通の塩基配列は、部分が標的アデノシンを含む核酸の一部の塩基配列と相補的である。
いくつかの実施形態では、本開示は、１種以上の複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物を提供し、それぞれの複数のオリゴヌクレオチドは、独立して、
１）共通の塩基配列、及び
２）独立して１つ以上（例えば、約１～５０、１～４０、１～３０、１～２５、１～２０、１～１５、１～１０、５～５０、５～４０、５～３０、５～２５、５～２０、５～１５、５～１０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、又は２５以上）のキラルヌクレオチド間結合（「キラル制御されたヌクレオチド間結合」）での同じ結合リンの立体化学
を共有し；
それぞれの複数の共通の塩基配列は、独立して、部分が標的アデノシンを含む核酸の一部の塩基配列と相補的である。
いくつかの実施形態では、本開示は、
ａ）共通の塩基配列；
ｂ）骨格結合の共通のパターン；
ｃ）骨格のキラル中心の共通のパターン；
ｄ）骨格のリン修飾の共通のパターン
によって特徴付けられる特定のオリゴヌクレオチド型のものである複数のオリゴヌクレオチドを含む組成物
を提供し；
組成物は、それが、特定のオリゴヌクレオチド型のオリゴヌクレオチドに関して、同じ共通の塩基配列、骨格結合のパターン及び骨格のリン修飾のパターンを有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物と比較して濃縮されるか、又は共通の塩基配列を共有する組成物中の不規則ではないレベルの全てのオリゴヌクレオチドが、複数のオリゴヌクレオチドであるという点でキラル制御され；並びに
共通の塩基配列は、部分が標的アデノシンを含む核酸の一部の塩基配列と相補的である。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるとおり、部分は、約又は少なくとも約１０～４０、１５～４０、２０～４０、例えば、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９又は３０以上の核酸塩基長であり得る。いくつかの実施形態では、部分は、核酸の約若しくは少なくとも約１％～５０％又は約１％～５０％以下である。いくつかの実施形態では、部分は、核酸の全長である。いくつかの実施形態では、共通の塩基配列は、本明細書に記載されるとおりの核酸の一部の塩基配列と相補的である。いくつかの実施形態では、それは、標的アデノシンの反対側の核酸塩基を除いて、その長さ全体にわたって完全に相補的である。いくつかの実施形態では、それは、その長さ全体にわたって完全に相補的である。いくつかの実施形態では、標的アデノシンは、状態、障害又は疾患と関連する。いくつかの実施形態では、標的アデノシンは、状態、障害又は疾患と関連するＧからＡへの変異である。いくつかの実施形態では、標的アデノシンは、提供されるオリゴヌクレオチド又は組成物によってＩに編集される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるとおり、編集は、転写物又はその産物（例えば、ｍＲＮＡ、タンパク質など）の発現、レベル及び／又は活性を増大させる。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるとおり、編集は、転写物又はその産物（例えば、ｍＲＮＡ、タンパク質など）の発現、レベル及び／又は活性を低減する。
いくつかの実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドは、同じ核酸塩基修飾及び／又は糖修飾を共有する。いくつかの実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドは、同じヌクレオチド間結合修飾（ヌクレオチド間結合は、様々な酸、塩基、及び／又は塩形態で存在し得る）を共有する。いくつかの実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドは、もしあれば、同じ核酸塩基修飾、糖修飾、及びヌクレオチド間結合修飾を共有する。いくつかの実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドは、同じ形態、例えば、酸形態、塩基形態、又は特に塩形態（例えば、薬学的に許容される塩形態、例えば、塩形態）のものである。いくつかの実施形態では、組成物中のオリゴヌクレオチドは、１つ以上の形態、例えば、酸形態、塩基形態、及び／又は１つ以上の塩形態として存在し得る。いくつかの実施形態では、水溶液中で（例えば、ＰＢＳのような緩衝液中で溶解されるとき）、アニオン及びカチオンは、解離し得る。いくつかの実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドは、同じ構成のものである。いくつかの実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドは、構造的に同一である。いくつかの実施形態では、本開示は、複数のオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、オリゴヌクレオチドは、共通の構成のものであり、且つ１つ以上（例えば、１～６０、１～５０、１～４０、１～３０、１～２５、１～２０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０以上）のキラルヌクレオチド間結合（キラル制御されたヌクレオチド間結合）で同じ結合リンの立体化学を共有し、組成物は、複数のオリゴヌクレオチドに関して、共通の構成のオリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物と比較して濃縮される。
いくつかの実施形態では、少なくとも１つのキラルヌクレオチド間結合は、キラル制御される。いくつかの実施形態では、少なくとも２つのヌクレオチド間結合は、独立して、キラル制御される。いくつかの実施形態では、キラル制御されたヌクレオチド間結合の数は、少なくとも３である。いくつかの実施形態では、それは、少なくとも４である。いくつかの実施形態では、それは、少なくとも５である。いくつかの実施形態では、それは、少なくとも６である。いくつかの実施形態では、それは、少なくとも７である。いくつかの実施形態では、それは、少なくとも８である。いくつかの実施形態では、それは、少なくとも９である。いくつかの実施形態では、それは、少なくとも１０である。いくつかの実施形態では、それは、少なくとも１１である。いくつかの実施形態では、それは、少なくとも１２である。いくつかの実施形態では、それは、少なくとも１３である。いくつかの実施形態では、それは、少なくとも１４である。いくつかの実施形態では、それは、少なくとも１５である。いくつかの実施形態では、それは、少なくとも２０である。いくつかの実施形態では、それは、少なくとも２５である。いくつかの実施形態では、それは、少なくとも３０である。
いくつかの実施形態では、全てのヌクレオチド間結合の少なくとも５％～１００％（例えば、約１０％～１００％、２０～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％など）は、キラル制御される。いくつかの実施形態では、全てのキラルヌクレオチド間結合の少なくとも５％～１００％（例えば、約１０％～１００％、２０～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％など）は、キラル制御される。いくつかの実施形態では、全てのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の少なくとも５％～１００％（例えば、約１０％～１００％、２０～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％など）は、キラル制御される。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも５０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも６０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも７０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも８０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも９０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも９０％である。いくつか各実施形態では、それぞれのキラルヌクレオチド間結合は、キラル制御される。いくつかの実施形態では、それぞれのホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、キラル制御される。
いくつかの実施形態では、１～１０個以下、例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０個以下のキラルヌクレオチド間結合は、キラル制御されない。いくつかの実施形態では、１個以下のキラルヌクレオチド間結合は、キラル制御されない。いくつかの実施形態では、２個以下のキラルヌクレオチド間結合は、キラル制御されない。いくつかの実施形態では、３個以下のキラルヌクレオチド間結合は、キラル制御されない。いくつかの実施形態では、４個以下のキラルヌクレオチド間結合は、キラル制御されない。いくつかの実施形態では、５個以下のキラルヌクレオチド間結合は、キラル制御されない。いくつかの実施形態では、キラル制御されていないヌクレオチド間結合の数は、１である。いくつかの実施形態では、それは、２である。いくつかの実施形態では、それは、３である。いくつかの実施形態では、それは、４である。いくつかの実施形態では、それは、５である。
いくつかの実施形態では、実質的にラセミの調製物と比較した濃縮は、組成物中の全てのオリゴヌクレオチド、又は複数の共通の塩基配列を共有する組成物中の全てのオリゴヌクレオチド、又は複数の共通の構成を共有する組成物中の全てのオリゴヌクレオチドの少なくとも約５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％が、複数のオリゴヌクレオチドであることである。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも１０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも２０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも３０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも４０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも５０％である。いくつかの実施形態では、それは、少なくとも６０％である。いくつかの実施形態では、それは、少なくとも７０％である。いくつかの実施形態では、それは、少なくとも８０％である。いくつかの実施形態では、それは、少なくとも９０％である。いくつかの実施形態では、それは、少なくとも９５％である。
キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中の複数のオリゴヌクレオチドのレベルは、制御される。対照的に、キラル制御されていない（又は立体的に不規則な、ラセミの）オリゴヌクレオチド組成物（又は調製物）において、オリゴヌクレオチドのレベルは、不規則であり且つ制御されない。いくつかの実施形態では、実質的にラセミの調製物と比較した濃縮は、本明細書に記載されるレベルである。
いくつかの実施形態では、パーセンテージとしてのレベル（例えば、制御されたレベル、既定のレベル、濃縮）は、（ＤＳ）ｎｃであるか又は少なくとも（ＤＳ）ｎｃであり、ＤＳ（個々のヌクレオチド間結合のジアステレオ純度）は、９０％～１００％であり、ｎｃは、本開示に記載されるとおりのキラル制御されたヌクレオチド間結合の数（例えば、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０以上）である。いくつかの実施形態では、それぞれのキラルヌクレオチド間結合は、キラル制御され、ｎｃは、キラルヌクレオチド間結合の数である。いくつかの実施形態では、ＤＳは、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％又は９９．５％以上である。いくつかの実施形態では、ＤＳは、９０％又は少なくとも９０％である。いくつかの実施形態では、ＤＳは、９１％又は少なくとも９１％である。いくつかの実施形態では、ＤＳは、９２％又は少なくとも９２％である。いくつかの実施形態では、ＤＳは、９３％又は少なくとも９３％である。いくつかの実施形態では、ＤＳは、９４％又は少なくとも９４％である。いくつかの実施形態では、ＤＳは、９５％又は少なくとも９５％である。いくつかの実施形態では、ＤＳは、９６％又は少なくとも９６％である。いくつかの実施形態では、ＤＳは、９７％又は少なくとも９７％である。いくつかの実施形態では、ＤＳは、９８％又は少なくとも９８％である。いくつかの実施形態では、ＤＳは、９９％又は少なくとも９９％である。いくつかの実施形態では、レベル（例えば、制御されたレベル、既定のレベル、濃縮）は、同じ構成を共有する組成物中の全てのオリゴヌクレオチドのパーセンテージであり、パーセンテージは、（ＤＳ）ｎｃ又は少なくとも（ＤＳ）ｎｃである。例えば、ＤＳは９９％であり、且つｎｃは１０であり、パーセンテージは、９０％又は少なくとも９０％である（（９９％）１０≒０．９０＝９０％）。当業者によって理解されるとおり、立体的に不規則な調製物において、パーセンテージは通常、約１／２ｎｃである（ｎｃが１０であるとき、パーセンテージは約１／２１０≒０．００１＝０．１％である）。いくつかの実施形態では、濃縮（例えば、実質的にラセミの調製物と比較して）、レベルなどは、組成物中の全てのオリゴヌクレオチド、又は複数の共通の塩基配列を共有する組成物中の全てのオリゴヌクレオチド、又は複数の共通の構成を共有する組成物中の全てのオリゴヌクレオチドの少なくとも約（ＤＳ）ｎｃが、複数のオリゴヌクレオチドであることである。いくつかの実施形態では、それは、組成物中の全てのオリゴヌクレオチドのものである。いくつかの実施形態では、それは、複数の共通の塩基配列を共有する組成物中の全てのオリゴヌクレオチドのものである。いくつかの実施形態では、それは、複数の共通の構成を共有する組成物中の全てのオリゴヌクレオチドのものである。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの様々な形態（例えば、様々な塩形態）は、同じ構成を有すると適切にみなされ得る。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド組成物（オリゴヌクレオチド組成物とも称される）は、複数のオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物であり、オリゴヌクレオチドは、
共通の塩基配列、
骨格結合の共通のパターン、及び
１つ以上のキラルヌクレオチド間結合（キラル制御されたヌクレオチド間結合）での同じ結合リンの立体化学
を共有し、
共通の塩基配列及び骨格結合のパターンを共有する組成物中の全てのオリゴヌクレオチド内の複数のオリゴヌクレオチドのパーセンテージは、少なくとも（ＤＳ）ｎｃであり、ＤＳは９０％～１００％であり、ｎｃはキラル制御されたヌクレオチド間結合の数である。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド組成物（オリゴヌクレオチド組成物とも称される）は、複数のオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物であり、オリゴヌクレオチドは、
共通の塩基配列、
骨格結合の共通のパターン、及び
骨格のキラル中心の共通のパターン（パターンは、少なくとも１つのＳｐを含む）
を共有し、
共通の塩基配列及び骨格結合のパターンを共有する組成物中の全てのオリゴヌクレオチド内の複数のオリゴヌクレオチドのパーセンテージは、少なくとも（ＤＳ）ｎｃであり、ＤＳは９０％～１００％であり、ｎｃはキラル制御されたヌクレオチド間結合の数である。
いくつかの実施形態では、組成物中の複数のオリゴヌクレオチドのジアステレオ純度のレベルは、オリゴヌクレオチドにおけるそれぞれのキラル制御されたヌクレオチド間結合のジアステレオ純度の生成物として決定され得る。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド（又は核酸）において２つのヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合のジアステレオ純度は、同じ２つのヌクレオシドを連結する二量体のヌクレオチド間結合のジアステレオ純度によって表され、二量体は、比較可能な条件、いくつかの例では、同一の合成サイクル条件を使用して調製される（例えば、オリゴヌクレオチドにおけるＮｘとＮｙの間の結合・・・．ＮｘＮｙ・・・．．に関して、二量体はＮｘＮｙである）。
いくつかの実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、２種以上の複数のオリゴヌクレオチドを含み、それぞれの複数のものは、独立して、複数の本明細書に記載されるオリゴヌクレオチドである（例えば、様々なキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物において）。例えば、いくつかの実施形態では、それぞれの複数のものは、独立して、共通の塩基配列、及び１つ以上のキラルヌクレオチド間結合での同じ結合リンの立体化学を共有し、且つそれぞれの複数のものは、独立して、その複数のものの立体的に不規則な調製物と比較して濃縮されるか又はそれぞれの複数のものは、独立して、本明細書に記載されるとおりのレベルのものである。いくつかの実施形態では、少なくとも２種の複数のもの又はそれぞれの複数のものは、独立して、異なるアデノシンを標的化する。いくつかの実施形態では、少なくとも２種の複数のもの又はそれぞれの複数のものは、独立して、同じ又は異なる核酸の異なる転写物を標的化する。いくつかの実施形態では、少なくとも２種の複数のもの又はそれぞれの複数のものは、独立して、異なる遺伝子の転写物を標的化する。特に、そのような組成物は、２種以上の標的を、いくつかの実施形態において、同時に且つ同じ系において標的化するために利用され得る。
いくつかの実施形態では、全てのキラルヌクレオチド間結合は、キラル制御され、組成物は、完全にキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物である。いくつかの実施形態では、全てのキラルヌクレオチド間結合がキラル制御されたヌクレオチド間結合というわけではなく、組成物は、部分的にキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物である。
オリゴヌクレオチドは、骨格のキラル中心の様々なパターン（キラル結合リンの立体化学のパターン）を含み得るか又はそれらからなり得る。骨格のキラル中心のある特定の有用なパターンは、本開示に記載される。いくつかの実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドは、本開示に記載されるパターンであるか又はそれを含む骨格のキラル中心の共通のパターン（例えば、「結合リンの立体化学及びそのパターン」、表１のキラル制御されたオリゴヌクレオチドの骨格のキラル中心のパターンなど）を共有する。
いくつかの実施形態では、キラルに純粋（又は立体的に純粋、立体化学的に純粋）なオリゴヌクレオチド組成物であり、オリゴヌクレオチド組成物は、複数のオリゴヌクレオチドを含み、オリゴヌクレオチドは、同一であり［（それぞれのキラル結合リンを含むオリゴヌクレオチドのそれぞれのキラル元素が独立して規定される（立体的に規制される）ことを含む］、且つ組成物は、他の立体異性体を含有しない。オリゴヌクレオチド立体異性体のキラルに純粋（又は立体的に純粋、立体化学的に純粋）なオリゴヌクレオチド組成物は、他の立体異性体を含有しない（当業者によって理解されるとおり、１種以上の意図されない立体異性体が不純物として存在する場合がある）。
キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、立体的に不規則なオリゴヌクレオチド組成物を超えるいくつかの利点を示すことができる。特に、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、オリゴヌクレオチド構造に関して、対応する立体的に不規則なオリゴヌクレオチド組成物より均一である。立体化学を制御することによって、個々の立体異性体の組成物を調製し且つ評価することができ、その結果、所望の特性及び／又は活性を有する立体異性体のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を開発することができる。いくつかの実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、例えば、対応する立体的に不規則なオリゴヌクレオチド組成物と比較して、より良好な送達、安定性、クリアランス、活性、選択性、及び／又は毒性プロファイルを提供する。いくつかの実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、より良好な有効性、より少ない副作用、及び／又はより簡便であり且つ効果的な投薬レジメンを提供する。特に、本明細書に記載される他の構造的特徴、例えば、核酸塩基、糖、ヌクレオチド間結合などの修飾と任意選択により組み合わせた本明細書に記載されるとおりの骨格のキラル中心のパターンは、高い効率で所望のアデノシン編集をもたらすために利用され得る。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド組成物は、立体的に制御されている（キラル制御されている；いくつかの実施形態では、立体的に純粋な）１つ以上のヌクレオチド間結合及び立体的に不規則な１つ以上のヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド組成物は、立体的に制御されている（キラル制御されている；いくつかの実施形態では、立体的に純粋な）１つ以上のヌクレオチド間結合及び立体的に不規則な１つ以上のヌクレオチド間結合を含む。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド組成物は、立体的に制御されている（例えば、キラル制御されているか又は立体的に純粋な）１つ以上のヌクレオチド間結合及び立体的に不規則な１つ以上のヌクレオチド間結合を含む。そのようなオリゴヌクレオチドは、様々な核酸を標的化する場合があり、様々な塩基配列を有する場合があり、効率的なアデノシン編集（例えば、ＡからＩへの変換）をもたらす場合がある。
いくつかの実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。いくつかの実施形態では、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、同じ構成の複数のオリゴヌクレオチドを含み、且つ１つ以上のヌクレオチド間結合を有する。いくつかの実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドは、例えば、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物において、表１（及び／又はその様々な塩形態のうちの１つ以上）から選択される複数のオリゴヌクレオチドであり、オリゴヌクレオチドは、キラル制御されたヌクレオチド間結合において少なくとも１つのＲｐ又はＳｐの結合リンを含む。いくつかの実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドは、例えば、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物において、表１（及び／又はその様々な塩形態のうちの１つ以上）から選択される複数のオリゴヌクレオチドであり、オリゴヌクレオチド中のそれぞれのホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、独立して、キラル制御される（それぞれのホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、独立して、Ｒｐ又はＳｐである）。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド組成物、例えば、オリゴヌクレオチド組成物は、単一のオリゴヌクレオチドではない組成物中のオリゴヌクレオチドが、いくつかの場合、ある特定の精製手順の後の単一のオリゴヌクレオチドの調製プロセスに由来する不純物であるという点で単一のオリゴヌクレオチドの実質的に純粋な調製物である。いくつかの実施形態では、単一のオリゴヌクレオチドは、表１のオリゴヌクレオチドであり、オリゴヌクレオチドのそれぞれのキラルヌクレオチド間結合は、キラル制御される（例えば、「立体化学／結合」においてＸではなくＳ又はＲとして示される）。
いくつかの実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、対応する立体的に不規則なオリゴヌクレオチド組成物と比較して、活性及び／又は安定性の増大、送達の増加、及び／又は補体、ＴＬＲ９活性化などの有害作用を誘発する能力の低減を有し得る。いくつかの実施形態では、立体的に不規則な（キラル制御されていない）オリゴヌクレオチド組成物は、その対応する複数のオリゴヌクレオチドが、いずれのキラル制御されたヌクレオチド間結合も含有しないが、立体的に不規則なオリゴヌクレオチド組成物が、その他の点でキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物と同一であるという点でキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物と異なる。
いくつかの実施形態では、本開示は、遺伝子又はその遺伝子産物のレベル、活性又は発現を調節することができるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物に関する。いくつかの実施形態では、参照条件（例えば、本開示のオリゴヌクレオチド及び／又は組成物の非存在下、及び／又は参照オリゴヌクレオチド及び／又はオリゴヌクレオチド組成物（例えば、同じ塩基配列であるが異なる修飾のオリゴヌクレオチド、同等の構造（例えば、塩基配列、修飾など）のオリゴヌクレオチドの立体的に不規則な組成物の存在下であるが立体化学的制御を欠くなど）と比較して、遺伝子又はその遺伝子産物のレベル、活性又は発現は、増大され（例えば、正しいＧからＡへの変異を元に戻すためのＡからＩへの変換によって、タンパク質翻訳レベルを増大させ、特定のタンパク質アイソフォームの産生を増加させ、特定のスプライシング産物及びそれによりコードされるタンパク質のレベルを増大させるためにスプライシングを調節することなどを介して）、いくつかの実施形態では、遺伝子又はその遺伝子産物のレベル、活性又は発現は、低減される（例えば、終止コドンを作製し及び／又はコドンを変化させるためのＡからＩへの変換によって、タンパク質翻訳レベルを低減し、特定のタンパク質アイソフォームの産生を減少させ、特定のスプライシング産物及びそれによりコードされるタンパク質のレベルを低減するためにスプライシングを調節することなどを介して）。
いくつかの実施形態では、本開示は、遺伝子又はその遺伝子産物のレベル、活性又は発現を増大させることができ、且つある範囲（例えば、少なくとも１０又は１５個の連続した塩基）の本明細書で開示される（例えば、表１において、各Ｔは、独立して、Ｕで置き換えられてもよいし、その逆であってもよい）塩基配列であるか、それを含むか、又はそれを含む共通の塩基配列を共有する複数のオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、遺伝子又はその遺伝子産物のレベル、活性又は発現を増大させることができ、且つ本明細書で開示される（例えば、表１において、各Ｔは、独立して、Ｕで置き換えられてもよいし、その逆であってもよい）塩基配列であるか又はそれを含む共通の塩基配列を共有する複数のオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、遺伝子又はその遺伝子産物のレベル、活性又は発現を増大させることができ、且つ本明細書で開示される（例えば、表１において、各Ｔは、独立して、Ｕで置き換えられてもよいし、その逆であってもよい）塩基配列であるか共通の塩基配列を共有する複数のオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。
いくつかの実施形態では、本開示は、遺伝子又はその遺伝子産物のレベル、活性又は発現を低減することができ、且つある範囲（例えば、少なくとも１０又は１５個の連続した塩基）の本明細書で開示される（例えば、表１において、各Ｔは、独立して、Ｕで置き換えられてもよいし、その逆であってもよい）塩基配列であるか、それを含むか、又はそれを含む共通の塩基配列を共有する複数のオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、遺伝子又はその遺伝子産物のレベル、活性又は発現を低減することができ、且つ本明細書で開示される（例えば、表１において、各Ｔは、独立して、Ｕで置き換えられてもよいし、その逆であってもよい）塩基配列であるか又はそれを含む共通の塩基配列を共有する複数のオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、遺伝子又はその遺伝子産物のレベル、活性又は発現を低減することができ、且つ本明細書で開示される（例えば、表１において、各Ｔは、独立して、Ｕで置き換えられてもよいし、その逆であってもよい）塩基配列であるか共通の塩基配列を共有する複数のオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。
いくつかの実施形態では、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、複数のオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物である。いくつかの実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、キラルに純粋（又は「立体化学的に純粋」）なオリゴヌクレオチド組成物である。いくつかの実施形態では、本開示は、表１のオリゴヌクレオチドのキラルに純粋なオリゴヌクレオチド組成物を提供し、オリゴヌクレオチドのそれぞれのキラルヌクレオチド間結合は、独立して、キラル制御される（Ｒｐ又はＳｐ、例えば、「立体化学／結合」においてＲ又はＳから決定できるがＸから決定できない）。当業者が理解することになるとおり、化学的選択性が完全になることは（絶対的な１００％）、もしあったとしても、ほとんどない。いくつかの実施形態では、キラルに純粋なオリゴヌクレオチド組成物は、複数のオリゴヌクレオチドを含み、複数のオリゴヌクレオチドは、構造的に同一であり且つ全てが同じ構造を有し（同じ立体異性形態；オリゴヌクレオチドの文脈において、典型的にはオリゴヌクレオチド中に複数のキラル中心が存在するため、典型的には同じジアステレオ異性形態）、キラルに純粋なオリゴヌクレオチド組成物は、他の立体異性体を含有しない（オリゴヌクレオチドの文脈において、典型的にはオリゴヌクレオチド中に複数のキラル中心が存在するため、典型的にはジアステレオマー；例えば、立体選択的調製によって達成可能な程度まで）。当業者によって理解されるとおり、立体的に不規則な（又は「ラセミの」、「キラル制御されていない」）オリゴヌクレオチド組成物は、多くの立体異性体（例えば、２ｎのジアステレオ異性体、ｎは、他のキラル中心（例えば、糖における炭素キラル中心）が、それぞれ独立して１つの配置に存在してキラル制御され、且つ唯一のキラル結合リンの中心がキラル制御されないオリゴヌクレオチドに関するキラル結合リンの数である）の不規則な混合物である。
キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物、例えば、標的遺伝子及び／又はその産物のレベル、活性及び／又は発現を調節する際のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の特性及び／又は活性を示すある特定のデータは、例えば、本開示の実施例において示される。
いくつかの実施形態では、本開示は、少なくとも１つのキラル結合リンを含むオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、少なくとも１つのキラル結合リンを含むオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、オリゴヌクレオチドがキラル制御されたホスホロチオエートヌクレオチド間結合を含み、結合リンがＲｐ配置を有するオリゴヌクレオチド組成物を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、オリゴヌクレオチドがキラル制御されたホスホロチオエートヌクレオチド間結合を含み、結合リンがＳｐ配置を有するオリゴヌクレオチド組成物を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、オリゴヌクレオチドがキラル制御されたホスホロチオエートヌクレオチド間結合を含み、結合リンがＲｐ配置を有し且つ結合リンがＳｐ配置を有するオリゴヌクレオチド組成物を提供する。いくつかの実施形態では、そのようなオリゴヌクレオチド組成物は、キラル制御され、Ｒｐ及び／又はＳｐのヌクレオチド間結合は、独立して、キラル制御されたヌクレオチド間結合である。
いくつかの実施形態では、参照オリゴヌクレオチド又はオリゴヌクレオチド組成物と比較して、提供されるオリゴヌクレオチド又はオリゴヌクレオチド組成物（例えば、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物）は、驚くほど効果的である。いくつかの実施形態では、所望の生物学的効果（例えば、ｍＲＮＡ、タンパク質など（そのレベルは増大の対象となっている）のレベルの増大（増大が望まれる場合）及び／又は低減（低減が望まれる場合）によって測定されるとおり）は、１．５、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、３０、４０、５０、又は１００倍を超えて増強され得る（例えば、所望のｍＲＮＡ、タンパク質などのレベルによって測定されるとおり）。いくつかの実施形態では、変化は、参照条件と比較して、所望のｍＲＮＡ及び／又はタンパク質レベルの増大、又は望まれないｍＲＮＡ及び／又はタンパク質レベルの低減によって測定される。いくつかの実施形態では、変化は、参照条件と比較して、所望のｍＲＮＡ及び／又はタンパク質レベルの増大によって測定される。いくつかの実施形態では、変化は、参照条件と比較して、望まれないｍＲＮＡ及び／又はレベルの低減によって測定される。いくつかの実施形態では、参照条件は、それぞれ提供されるオリゴヌクレオチド若しくはオリゴヌクレオチド組成物の非存在、及び／又は参照オリゴヌクレオチド若しくはオリゴヌクレオチドの存在である。いくつかの実施形態では、参照オリゴヌクレオチドは、同じ塩基配列を共有するが、核酸塩基修飾、糖修飾、ヌクレオチド間結合修飾、及び／又は結合リンの立体化学が異なる。いくつかの実施形態では、参照オリゴヌクレオチド組成物は、同じ塩基配列であるが、核酸塩基修飾、糖修飾、ヌクレオチド間結合修飾、及び／又は結合リンの立体化学が異なるオリゴヌクレオチドの組成物である。いくつかの実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物のための参照組成物は、同じ塩基配列、核酸塩基修飾、糖修飾、及び／又はヌクレオチド間結合修飾を有するか（ただし、結合リンの立体化学的制御の欠如及び／又は低いレベル）、又は同じ構成を有するオリゴヌクレオチドの対応する立体的に不規則な組成物である。
いくつかの実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、少なくとも１つのキラル制御されたヌクレオチド間結合の結合リンは、Ｓｐである。いくつかの実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、キラル制御されたヌクレオチド間結合の結合リンの大部分は、Ｓｐである。いくつかの実施形態では、全てのキラル制御されたヌクレオチド間結合の（又は全てのキラルヌクレオチド間結合の、又は全てのヌクレオチド間結合の）約５０％～１００％、５５％～１００％、６０％～１００％、６５％～１００％、７０％～１００％、７５％～１００％、８０％～１００％、８５％～１００％、９０％～１００％、５５％～９５％、６０％～９５％、６５％～９５％、又は約５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、９９％以上は、Ｓｐである。いくつかの実施形態では、全てのキラル制御されたホスホロチオエートヌクレオチド間結合の約５０％～１００％、５５％～１００％、６０％～１００％、６５％～１００％、７０％～１００％、７５％～１００％、８０％～１００％、８５％～１００％、９０％～１００％、５５％～９５％、６０％～９５％、６５％～９５％、又は約５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、９９％以上は、Ｓｐである。いくつかの実施形態では、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合の１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０個以下は、キラル制御されないか又はキラル制御され且つＲｐである。いくつかの実施形態では、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合の１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０個以下は、キラル制御され、Ｒｐである。いくつかの実施形態では、それは、１個以下である。いくつかの実施形態では、それは、２個以下である。いくつかの実施形態では、それは、３個以下である。いくつかの実施形態では、それは、４個以下である。いくつかの実施形態では、それは、５個以下である。いくつかの実施形態では、それぞれのホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、独立して、キラル制御される。いくつかの実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、キラルヌクレオチド間結合の大部分は、キラル制御され、それらの結合リンでＳｐである。いくつかの実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、それぞれのキラルヌクレオチド間結合は、キラル制御され、それぞれのキラル結合リンは、Ｓｐである。いくつかの実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物、例えば、少なくとも１つのキラル制御されたヌクレオチド間結合は、Ｒｐの結合リンを有するキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクヌクレオチド組成物を提供し、少なくとも１つのキラル制御されたヌクレオチド間結合は、Ｒｐの結合リンを含み、少なくとも１つのキラル制御されたヌクレオチド間結合は、Ｓｐの結合リンを含む。
いくつかの実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、少なくとも２つのキラル制御されたヌクレオチド間結合は、互いに対して異なる結合リンの立体化学及び／又は異なるＰ－修飾を有し、Ｐ－修飾は、結合リンでの修飾である。いくつかの実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、少なくとも２つのキラル制御されたヌクレオチド間結合は、互いに対して異なる立体化学を有し、オリゴヌクレオチドの骨格のキラル中心のパターンは、交互の立体化学の反復パターンによって特徴付けられる。
ある特定の実施形態では、本開示は、複数のオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、オリゴヌクレオチドの各々の中で、少なくとも２つの個々のヌクレオチド間結合は、互いに対して異なるＰ－修飾を有する。ある特定の実施形態では、本開示は、複数のオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、オリゴヌクレオチドの各々の中で、少なくとも２つの個々のヌクレオチド間結合は、互いに対して異なるＰ－修飾を有し、オリゴヌクレオチドの各々は、天然のリン酸結合を含む。ある特定の実施形態では、本開示は、複数のオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、オリゴヌクレオチドの各々の中で、少なくとも２つの個々のヌクレオチド間結合は、互いに対して異なるＰ－修飾を有し、オリゴヌクレオチドの各々は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合を含む。ある特定の実施形態では、本開示は、複数のオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、オリゴヌクレオチドの各々の中で、少なくとも２つの個々のヌクレオチド間結合は、互いに対して異なるＰ－修飾を有し、オリゴヌクレオチドの各々は、天然のリン酸結合及びホスホロチオエートヌクレオチド間結合を含む。ある特定の実施形態では、本開示は、複数のオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、オリゴヌクレオチドの各々の中で、少なくとも２つの個々のヌクレオチド間結合は、互いに対して異なるＰ－修飾を有し、オリゴヌクレオチドの各々は、ホスホロチオエートトリエステルヌクレオチド間結合を含む。ある特定の実施形態では、本開示は、複数のオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、オリゴヌクレオチドの各々の中で、少なくとも２つの個々のヌクレオチド間結合は、互いに対して異なるＰ－修飾を有し、オリゴヌクレオチドの各々は、天然のリン酸結合及びホスホロチオエートトリエステルヌクレオチド間結合を含む。ある特定の実施形態では、本開示は、複数のオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、オリゴヌクレオチドの各々の中で、少なくとも２つの個々のヌクレオチド間結合は、互いに対して異なるＰ－修飾を有し、オリゴヌクレオチドの各々は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合及びホスホロチオエートトリエステルヌクレオチド間結合を含む。
いくつかの実施形態では、本開示は、本明細書で開示されるオリゴヌクレオチドの塩基配列である共通の塩基配列を共有する複数のオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、少なくとも１つのヌクレオチド間結合は、キラル制御される。
結合リンの立体化学及び骨格のキラル中心のパターン
特に、本開示は、様々なオリゴヌクレオチド組成物を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、本明細書に記載されるオリゴヌクレオチドのオリゴヌクレオチド組成物を提供する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド組成物は、本開示に記載される複数のオリゴヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド組成物は、キラル制御される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド組成物は、キラル制御されない（立体的に不規則）。
天然のリン酸結合とは対照的に、キラル修飾されたヌクレオチド間結合、例えば、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合の結合リンは、キラルである。特に、本開示は、キラルヌクレオチド間結合中のキラル結合リンの立体化学の制御を含む技術（例えば、オリゴヌクレオチド、組成物、方法など）を提供する。いくつかの実施形態では、本明細書で実証されるとおり、立体化学の制御は、所望の安定性、毒性の低減、標的核酸の修飾の向上、転写物及び／又はそれにコードされる産物（例えば、ｍＲＮＡ、タンパク質など）のレベルの調節の向上を含む、向上した特性及び／又は活性を提供することができる。いくつかの実施形態では、本開示は、オリゴヌクレオチド及び／又はその領域に関する骨格のキラル中心の有用なパターンを提供し、パターンは、５’から３’のキラル結合リンのそれぞれのキラル結合リン（Ｒｐ又はＳｐ）の立体化学、それぞれのアキラル結合リン（Ｏｐ、もしあれば）の表示などの組み合わせを含む。ある特定のパターンは、様々な表において提供される（例えば、例として立体化学／結合；そのようなパターンは、様々な塩基配列及び修飾（例えば、そのパターンを含む本明細書に記載されるもの）を有する様々なオリゴヌクレオチドに適用され得る。
骨格のキラル中心、例えば、オリゴヌクレオチド、第１のドメイン、第２のドメイン、第１のサブドメイン、第２のサブドメイン、第３のサブドメインなどに関するものの有用なパターンは、本明細書で広範に記載される。例えば、いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその１つ以上の部分（例えば、第１のドメイン、第２のドメイン、第１のサブドメイン、第２のサブドメイン、及び／又は第３のサブドメイン、及び／又はその中の５’末端部分及び／又は３’末端部分）の高いレベルのＳｐのヌクレオチド間結合は、高い安定性及び／又は活性をもたらす。いくつかの実施形態では、第１のドメインは、高いレベルのＳｐのヌクレオチド間結合を含有する。いくつかの実施形態では、第２のドメインは、高いレベルのＳｐのヌクレオチド間結合を含有する（天然のリン酸結合及び／又はＲｐのヌクレオチド間結合と比較して、数及び／又はパーセンテージにおいて）。いくつかの実施形態では、第１のサブドメインは、高いレベルのＳｐのヌクレオチド間結合を含有する。いくつかの実施形態では、第２のサブドメインは、高いレベルのＳｐのヌクレオチド間結合を含有する。いくつかの実施形態では、第３のサブドメインは、高いレベルのＳｐのヌクレオチド間結合を含有する。いくつかの実施形態では、本明細書で実証されるとおり、Ｒｐのヌクレオチド間結合は、様々な位置及び／又は部分において利用され得る。例えば、いくつかの実施形態では、第１のドメインは、１つ以上又は高いレベルのＲｐのヌクレオチド間結合を含有し、いくつかの実施形態では、第２のサブドメインは、１つ以上又は高いレベルのＲｐのヌクレオチド間結合を含有する。
いくつかの実施形態では、キラル制御されたヌクレオチド間結合におけるいくつかの結合リンは、Ｓｐである。いくつかの実施形態では、キラル制御されたヌクレオチド間結合の少なくとも１０％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％又は９５％は、Ｓｐ結合リンを有する。いくつかの実施形態では、全てのキラルヌクレオチド間結合の少なくとも１０％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％又は９５％は、Ｓｐの結合リンを有するキラル制御されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、全てのヌクレオチド間結合の少なくとも１０％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％又は９５％は、Ｓｐの結合リンを有するキラル制御されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも２０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも３０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも４０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも５０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも６０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも６５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも７０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも７５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも８０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも９０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも９５％である。いくつかの実施形態では、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、又は２５個のヌクレオチド間結合は、Ｓｐの結合リンを有するキラル制御されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、少なくとも５個のヌクレオチド間結合は、Ｓｐの結合リンを有するキラル制御されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、少なくとも６個のヌクレオチド間結合は、Ｓｐの結合リンを有するキラル制御されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、少なくとも７個のヌクレオチド間結合は、Ｓｐの結合リンを有するキラル制御されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、少なくとも８個のヌクレオチド間結合は、Ｓｐの結合リンを有するキラル制御されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、少なくとも９個のヌクレオチド間結合は、Ｓｐの結合リンを有するキラル制御されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、少なくとも１０個のヌクレオチド間結合は、Ｓｐの結合リンを有するキラル制御されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、少なくとも１１個のヌクレオチド間結合は、Ｓｐの結合リンを有するキラル制御されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、少なくとも１２個のヌクレオチド間結合は、Ｓｐの結合リンを有するキラル制御されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、少なくとも１３個のヌクレオチド間結合は、Ｓｐの結合リンを有するキラル制御されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、少なくとも１４個のヌクレオチド間結合は、Ｓｐの結合リンを有するキラル制御されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、少なくとも１５個のヌクレオチド間結合は、Ｓｐの結合リンを有するキラル制御されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、又は２５個のヌクレオチド間結合は、Ｒｐの結合リンを有するキラル制御されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、又は６０個以下のヌクレオチド間結合は、Ｒｐの結合リンを有するキラル制御されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド中のただ１個のヌクレオチド間結合が、Ｒｐの結合リンを有するキラル制御されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド中のただ２個のヌクレオチド間結合が、Ｒｐの結合リンを有するキラル制御されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド中のただ３個のヌクレオチド間結合が、Ｒｐの結合リンを有するキラル制御されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド中のただ４個のヌクレオチド間結合が、Ｒｐの結合リンを有するキラル制御されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド中のただ５個のヌクレオチド間結合が、Ｒｐの結合リンを有するキラル制御されたヌクレオチド間結合である。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその部分におけるヌクレオチド間結合の全て、本質的に全て又は大部分は、１つ又は少数のヌクレオチド間結合（例えば、１、２、３、４、若しくは５個、及び／又はオリゴヌクレオチドにおける全てのキラル制御されたヌクレオチド間結合の、又は全てのキラルヌクレオチド間結合の、又は全てのヌクレオチド間結合の５０％、４５％、４０％、３５％、３０％、２５％、２０％、１５％、１０％、又は５％未満がＲｐ配置にあることを除いて、Ｓｐの配置にある（例えば、オリゴヌクレオチドにおける全てのキラル制御されたヌクレオチド間結合の、又は全てのキラルヌクレオチド間結合の、又は全てのヌクレオチド間結合の約５０％～１００％、５５％～１００％、６０％～１００％、６５％～１００％、７０％～１００％、７５％～１００％、８０％～１００％、８５％～１００％、９０％～１００％、５５％～９５％、６０％～９５％、６５％～９５％、又は約５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、９９％以上）。いくつかの実施形態では、第１のドメインにおけるヌクレオチド間結合の全て、本質的に全て又は大部分は、Ｓｐ配置にある（例えば、第１のドメインにおける全てのキラル制御されたヌクレオチド間結合の、又は全てのキラルヌクレオチド間結合の、又は全てのヌクレオチド間結合の約５０％～１００％、５５％～１００％、６０％～１００％、６５％～１００％、７０％～１００％、７５％～１００％、８０％～１００％、８５％～１００％、９０％～１００％、５５％～９５％、６０％～９５％、６５％～９５％、又は約５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、９９％以上）。いくつかの実施形態では、第１のドメインにおけるそれぞれのヌクレオチド間結合は、Ｓｐ配置のホスホロチオエートである。いくつかの実施形態では、ドメインにおけるそれぞれのヌクレオチド間結合は、Ｓｐ配置のホスホロチオエートである。いくつかの実施形態では、第２のドメインにおけるヌクレオチド間結合の全て、本質的に全て又は大部分は、Ｓｐ配置にある（例えば、第２のドメインにおける全てのキラル制御されたヌクレオチド間結合の、又は全てのキラルヌクレオチド間結合の、又は全てのヌクレオチド間結合の約５０％～１００％、５５％～１００％、６０％～１００％、６５％～１００％、７０％～１００％、７５％～１００％、８０％～１００％、８５％～１００％、９０％～１００％、５５％～９５％、６０％～９５％、６５％～９５％、又は約５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、９９％以上）。いくつかの実施形態では、第２のドメインにおけるそれぞれのヌクレオチド間結合は、Ｓｐ配置のホスホロチオエートである。いくつかの実施形態では、第２のドメインにおけるそれぞれのヌクレオチド間結合は、１つがＲｐ配置のホスホロチオエートであることを除いて、Ｓｐ配置のホスホロチオエートである。いくつかの実施形態では、第２のドメインのサブドメインにおけるヌクレオチド間結合の全て、本質的に全て又は大部分は、Ｓｐ配置にある（例えば、第２のドメインの第１のサブドメインにおける全てのキラル制御されたヌクレオチド間結合の、又は全てのキラルヌクレオチド間結合の、又は全てのヌクレオチド間結合の約５０％～１００％、５５％～１００％、６０％～１００％、６５％～１００％、７０％～１００％、７５％～１００％、８０％～１００％、８５％～１００％、９０％～１００％、５５％～９５％、６０％～９５％、６５％～９５％、又は約５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、９９％以上）。いくつかの実施形態では、第２のドメインの第１のサブドメインにおけるそれぞれのヌクレオチド間結合は、Ｓｐ配置のホスホロチオエートである。いくつかの実施形態では、第２のドメインの第１のサブドメインにおけるそれぞれのヌクレオチド間結合は、１つがＲｐ配置のホスホロチオエートであることを除いて、Ｓｐ配置のホスホロチオエートである。いくつかの実施形態では、第２のドメインの第２のサブドメインにおけるヌクレオチド間結合の全て、本質的に全て又は大部分は、１つ又は少数のヌクレオチド間結合がＲｐ配置であることを除いて、Ｓｐ配置にある（例えば、第２のドメインの第２のサブドメインにおける全てのキラル制御されたヌクレオチド間結合の、又は全てのキラルヌクレオチド間結合の、又は全てのヌクレオチド間結合の約５０％～１００％、５５％～１００％、６０％～１００％、６５％～１００％、７０％～１００％、７５％～１００％、８０％～１００％、８５％～１００％、９０％～１００％、５５％～９５％、６０％～９５％、６５％～９５％、又は約５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、９９％以上）。いくつかの実施形態では、第２のドメインの第２のサブドメインにおけるそれぞれのヌクレオチド間結合は、１つがＲｐ配置のホスホロチオエートであることを除いて、Ｓｐ配置のホスホロチオエートである。いくつかの実施形態では、第２のドメインの第２のサブドメインにおけるそれぞれのヌクレオチド間結合は、１つがＲｐ配置のホスホロチオエートであることを除いて、Ｓｐ配置のホスホロチオエートである。いくつかの実施形態では、第２のドメインの第３のサブドメインにおけるヌクレオチド間結合の全て、本質的に全て又は大部分は、Ｓｐ配置にある（例えば、第２のドメインの第３のサブドメインにおける全てのキラル制御されたヌクレオチド間結合の、又は全てのキラルヌクレオチド間結合の、又は全てのヌクレオチド間結合の約５０％～１００％、５５％～１００％、６０％～１００％、６５％～１００％、７０％～１００％、７５％～１００％、８０％～１００％、８５％～１００％、９０％～１００％、５５％～９５％、６０％～９５％、６５％～９５％、又は約５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、９９％以上）。いくつかの実施形態では、第２のドメインの第３のサブドメインにおけるそれぞれのヌクレオチド間結合は、１つがＲｐ配置のホスホロチオエートであることを除いて、Ｓｐ配置のホスホロチオエートである。いくつかの実施形態では、第２のドメインの第３のサブドメインにおけるそれぞれのヌクレオチド間結合は、１つがＲｐ配置のホスホロチオエートであることを除いて、Ｓｐ配置のホスホロチオエートである。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、１つ以上のＲｐのヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、ただ１つのＲｐのヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、５つ以上のＲｐのヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドにおける全てのキラル制御されたヌクレオチド間結合の約５％～５０％は、Ｒｐである。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドにおける全てのキラル制御されたヌクレオチド間結合の約５％～４０％は、Ｒｐである。いくつかの実施形態では、ある特定の部分（例えば、ドメイン、サブドメインなど）、例えば、第２のサブドメインは、相対的に多くの（数及び／又はパーセンテージにおいて）Ｒｐのヌクレオチド間結合を含有し得る。
いくつかの実施形態では、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、組成物は、不規則ではない又は制御されたレベルの複数のオリゴヌクレオチドを含み、複数のオリゴヌクレオチドは、共通の塩基配列を共有し、且つ独立して１～６０、１～５０、１～４０、１～３０、１～２５、１～２０、１～１５、１～１０、５～５０、５～４０、５～３０、５～２５、５～２０、５～１５、５～１０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、又は２５以上のキラルヌクレオチド間結合で同じ配置の結合リンを共有する。
いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、２～３０個のキラル制御されたヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、５～３０個のキラル制御されたヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、１０～３０個のキラル制御されたヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、又は２５個以上のキラル制御されたヌクレオチド間結合を含む。
いくつかの実施形態では、全てのヌクレオチド間結合の約１～１００％は、キラル制御されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、全てのキラルヌクレオチド間結合の約１～１００％は、キラル制御されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約５％～１００％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６５、９６％、９８％、又は９９％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、約５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６５、９６％、９８％、又は９９％である。
いくつかの実施形態では、Ｓｐ配置（Ｓｐの結合リンを有する）のヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、アキラルヌクレオチド間結合は、天然のリン酸結合である。いくつかの実施形態では、Ｒｐ配置（Ｒｐの結合リンを有する）のヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、Ｓｐ配置のそれぞれのヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれのアキラルヌクレオチド間結合は、天然のリン酸結合である。いくつかの実施形態では、Ｒｐ配置のそれぞれのヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、Ｓｐ配置のそれぞれのヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合であり、それぞれのアキラルヌクレオチド間結合は、天然のリン酸結合であり、且つＲｐ配置のそれぞれのヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。
いくつかの実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中の提供されるオリゴヌクレオチドはそれぞれ、異なる型のヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、少なくとも１個の天然のリン酸結合及び少なくとも１個の修飾されたヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、少なくとも１個の天然のリン酸結合及び１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９又は４０個の修飾されたヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合は、独立して、キラルヌクレオチド間結合であり、独立して、キラル制御される。
いくつかの実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドはそれぞれ、互いに対して異なる立体化学及び／又は異なるＰ－修飾を有する少なくとも２つのヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、少なくとも２つのヌクレオチド間結合は、互いに対して異なる立体化学を有する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドはそれぞれ、交互の結合リンの立体化学を含む骨格のキラル中心のパターンを含む。
いくつかの実施形態では、ホスホロチオエートトリエステル結合は、例えば、反応、例えば、オリゴヌクレオチド合成サイクルにおけるカップリング反応の立体選択性を制御するために使用される不斉補助剤を含む。いくつかの実施形態では、ホスホロチオエートトリエステル結合は、不斉補助剤を含まない。いくつかの実施形態では、ホスホロチオエートトリエステル結合は、対象へのオリゴヌクレオチド組成物の投与まで及び／又はその間に意図的に維持される。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、固体支持体に連結される。いくつかの実施形態では、固体支持体は、オリゴヌクレオチド合成のための支持体である。いくつかの実施形態では、固体支持体は、ガラスを含む。いくつかの実施形態では、固体支持体は、ＣＰＧ（コントロールドポアガラス）である。いくつかの実施形態では、固体支持体は、ポリマーである。いくつかの実施形態では、固体支持体は、ポリスチレンである。いくつかの実施形態では、固体支持体は、高度に架橋したポリスチレン（ＨＣＰ）である。いくつかの実施形態では、固体支持体は、コントロールドポアガラス（ＣＰＧ）と高度に架橋したポリスチレン（ＨＣＰ）のハイブリッド支持体である。いくつかの実施形態では、固体支持体は、金属フォームである。いくつかの実施形態では、固体支持体は、樹脂である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、固体支持体から切断される。
いくつかの実施形態では、キラル結合リンの中心ではないオリゴヌクレオチド中の全ての他のキラル中心が、立体的に規制されている（例えば、糖における炭素キラル中心であって、これは、例えば、オリゴヌクレオチド合成のためにホスホラミダイトにおいて規定される）多くのオリゴヌクレオチド及びその組成物の純度、特に立体化学的純度、及び特にジアステレオマー純度は、キラルヌクレオチド間結合を形成するときのカップリング工程におけるキラル結合リンでの立体選択性（当業者によって理解されるとおり、オリゴヌクレオチドが２つ以上のキラル中心を含むオリゴヌクレオチド合成の多くの場合におけるジアステレオ選択性）によって制御され得る。いくつかの実施形態では、カップリング工程は、結合リンで６０％の立体選択性（他のキラル中心があるとき、ジアステレオ選択性）を有する。そのようなカップリング工程の後、形成された新たなヌクレオチド間結合は、６０％の立体化学的純度（オリゴヌクレオチドに関して、典型的には、他のキラル中心の存在に鑑みてジアステレオマー純度）を有すると参照され得る。いくつかの実施形態では、それぞれのカップリング工程は、独立して、少なくとも６０％、７０％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は９９．５％の立体選択性を有する。いくつかの実施形態では、キラル制御されたヌクレオチド間結合は通常、少なくとも８５％、８７％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９．５％又は実質的に１００％の立体選択性を有して形成される（いくつかの実施形態では、少なくとも８５％；いくつかの実施形態では、少なくとも８７％；いくつかの実施形態では、少なくとも９０％；いくつかの実施形態では、少なくとも９５％；いくつかの実施形態では、少なくとも９６％；いくつかの実施形態では、少なくとも９７％；いくつかの実施形態では、少なくとも９８％；いくつかの実施形態では、少なくとも９９％）。いくつかの実施形態では、立体選択性は、少なくとも８５％である。いくつかの実施形態では、立体選択性は、少なくとも８７％である。いくつかの実施形態では、立体選択性は、少なくとも９０％である。いくつかの実施形態では、それぞれのカップリング工程は、独立して、実質的に１００％の立体選択性を有する。
いくつかの実施形態では、組成物中のキラル中心、例えば、キラル結合リンの立体純度は、少なくとも６０％、７０％、８０％、８５％、８７％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は９９．５％である。いくつかの実施形態では、立体純度は、少なくとも８０％である。いくつかの実施形態では、立体純度は、少なくとも８５％である。いくつかの実施形態では、立体純度は、少なくとも８７％である。いくつかの実施形態では、立体純度は、少なくとも９０％である。いくつかの実施形態では、立体純度は、実質的に１００％である。いくつかの実施形態では、それぞれのキラル制御されたヌクレオチド間結合は、独立して、そのキラル結合リンで少なくとも８５％、８７％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９．５％又は実質的に１００％の立体化学的純度（複数のキラル中心を有するオリゴヌクレオチドに関しては典型的にはジアステレオマー純度）を有する（いくつかの実施形態では、少なくとも８５％；いくつかの実施形態では、少なくとも８７％；いくつかの実施形態では、少なくとも９０％；いくつかの実施形態では、少なくとも９５％；いくつかの実施形態では、少なくとも９６％；いくつかの実施形態では、少なくとも９７％；いくつかの実施形態では、少なくとも９８％；いくつかの実施形態では、少なくとも９９％）。いくつかの実施形態では、キラル制御されたヌクレオチド間結合は、少なくとも９０％の立体化学的純度を有する。いくつかの実施形態では、キラル制御されたヌクレオチド間結合の大部分は、独立して、少なくとも９０％の立体化学的純度を有する。いくつかの実施形態では、それぞれのキラル制御されたヌクレオチド間結合は、独立して、少なくとも９０％の立体化学的純度を有する。いくつかの実施形態では、それぞれのホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、独立して、キラル制御される。いくつかの実施形態では、少なくとも６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、若しくは９５％、又は全てのキラル制御されたヌクレオチド間結合は、Ｓｐである。いくつかの実施形態では、少なくとも６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、若しくは９５％、又は全てのキラル制御されたホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、Ｓｐである。いくつかの実施形態では、少なくとも６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、若しくは９５％、又は全てのホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、キラル制御され、Ｓｐである。
立体選択性及び立体純度は、様々な技術によって評価され得る。いくつかの実施形態では、立体選択性及び／又は立体純度は、組成物が分析的方法（例えば、ＮＭＲ、ＨＰＬＣなど）によって分析されるとき、実質的に全ての検出可能な立体異性体が意図される立体化学を有するという点で実質的に１００％である。
いくつかの実施形態では、単量体の少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０個のカップリング（当業者によって理解されるとおり、多くの実施形態において、オリゴヌクレオチド合成に関してはホスホラミダイト）は、独立して、約６０％、７０％、８０％、８５％、又は９０％未満の立体選択性を有する［オリゴヌクレオチド合成に関して、形成される結合リンのキラル中心については典型的にはジアステレオ選択性］。
いくつかの実施形態では、立体的に不規則な（又はラセミの）調製物（又は立体的に不規則な／キラル制御されていないオリゴヌクレオチド組成物）において、オリゴヌクレオチドの少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、又は２５個のキラルヌクレオチド間結合は、独立して、ヌクレオチド間結合のキラル結合リンに関して約６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、又は８５％未満の立体化学的純度（複数のキラル中心を含むオリゴヌクレオチドに関して、典型的にはジアステレオマー純度）を有する。いくつかの実施形態では、立体化学純度（立体純度）は、約６０％未満である。いくつかの実施形態では、立体化学純度（立体純度）は、約６５％未満である。いくつかの実施形態では、立体化学純度（立体純度）は、約７０％未満である。いくつかの実施形態では、立体化学純度（立体純度）は、約７５％未満である。いくつかの実施形態では、立体化学純度（立体純度）は、約８０％未満である。
いくつかの実施形態では、本開示の化合物（例えば、オリゴヌクレオチド、不斉補助剤など）は、複数のキラル元素（例えば、複数の炭素及び／又はリン（例えば、キラルヌクレオチド間結合の結合リン）のキラル中心）を含む。いくつかの実施形態では、提供される化合物（例えば、オリゴヌクレオチド）の少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９個以上のキラル元素は、それぞれ独立して、本明細書に記載されるとおりのジアステレオマー純度を有する。いくつかの実施形態では、ジアステレオマー純度は、少なくとも８５％である。いくつかの実施形態では、ジアステレオマー純度は、少なくとも８６％である。いくつかの実施形態では、ジアステレオマー純度は、少なくとも８７％である。いくつかの実施形態では、ジアステレオマー純度は、少なくとも８８％である。いくつかの実施形態では、ジアステレオマー純度は、少なくとも８９％である。いくつかの実施形態では、ジアステレオマー純度は、少なくとも９０％である。いくつかの実施形態では、ジアステレオマー純度は、少なくとも９１％である。いくつかの実施形態では、ジアステレオマー純度は、少なくとも９２％である。いくつかの実施形態では、ジアステレオマー純度は、少なくとも９３％である。いくつかの実施形態では、ジアステレオマー純度は、少なくとも９４％である。いくつかの実施形態では、ジアステレオマー純度は、少なくとも９５％である。いくつかの実施形態では、ジアステレオマー純度は、少なくとも９６％である。いくつかの実施形態では、ジアステレオマー純度は、少なくとも９７％である。いくつかの実施形態では、ジアステレオマー純度は、少なくとも９８％である。いくつかの実施形態では、ジアステレオマー純度は、少なくとも９９％である。
当業者によって理解されるとおり、いくつかの実施形態では、カップリングのジアステレオ選択性又はキラル結合リンの中心のジアステレオマー純度は、二量体形成のジアステレオ選択性又は同じ若しくは比較可能な条件下で調製される二量体のジアステレオマー純度を介して評価することができ、二量体は、同じ５’及び３’ヌクレオシド並びにヌクレオチド間結合を有する。
様々な技術が、キラル元素の立体化学（例えば、キラル結合リンの配置）及び／又は骨格のキラル中心のパターンを同定するか又は確認するため、及び／又は立体選択性（例えば、オリゴヌクレオチド合成におけるカップリング工程のジアステレオ選択性）及び／又は立体化学的純度（例えば、ヌクレオチド間結合、化合物（例えば、オリゴヌクレオチド）などのジアステレオマー純度）を評価するために利用され得る。技術の例としては、ＮＭＲ［例えば、１Ｄ（１次元）及び／又は２Ｄ（２次元）１Ｈ－３１Ｐ ＨＥＴＣＯＲ（異種核相関分光法）］、ＨＰＬＣ、ＲＰ－ＨＰＬＣ、質量分析、ＬＣ－ＭＳ、及び立体特異的ヌクレアーゼによるヌクレオチド間結合の切断などが挙げられ、それらは、個別に又は組み合わせて利用され得る。有用なヌクレアーゼの例としては、Ｒｐの結合リンを有するある特定のヌクレオチド間結合（例えば、Ｒｐのホスホロチオエート結合）に特異的なベンゾナーゼ、小球菌ヌクレアーゼ、及びｓｖＰＤＥ（ヘビ毒ホスホジエステラーゼ）；並びにＳｐの結合リンを有するヌクレオチド間結合（例えば、Ｓｐのホスホロチオエート結合）に特異的なヌクレアーゼＰ１、マングビーンヌクレアーゼ、及びヌクレアーゼＳ１が挙げられる。いずれかの特定の理論に縛られることを望むものではないが、本開示は、少なくともいくつかの場合において、特定のヌクレアーゼによるオリゴヌクレオチドの切断が、構造的要素、例えば、化学修飾（例えば、糖の２’－修飾）、塩基配列、又は立体化学的文脈によって影響される場合があることを認める。例えば、いくつかの場合において、Ｒｐの結合リンを有するヌクレオチド間結合に特異的なベンゾナーゼ及び小球菌ヌクレアーゼは、Ｓｐのホスホロチオエートヌクレオチド間結合に隣接する単離されたＲｐのホスホロチオエートヌクレオチド間結合を切断できなかった。
いくつかの実施形態では、共通の塩基配列、骨格結合の共通のパターン、及び骨格のキラル中心の共通のパターンを共有するオリゴヌクレオチドは、骨格のリン修飾の共通のパターン及び塩基修飾の共通のパターンを共有する。いくつかの実施形態では、共通の塩基配列、骨格結合の共通のパターン、及び骨格のキラル中心の共通のパターンを共有するオリゴヌクレオチド組成物は、骨格のリン修飾の共通のパターン及びヌクレオシド修飾の共通のパターンを共有する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、共通の塩基配列、骨格結合の共通のパターン、及び骨格のキラル中心の共通のパターンを共有し、同一の構造を有する。
いくつかの実施形態では、本開示は、標的核酸における標的アデノシンの脱アミノ化を誘導することができる複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物を提供し、複数のオリゴヌクレオチドは、特定のオリゴヌクレオチド型のものであり、組成物は、それが、特定のオリゴヌクレオチド型のオリゴヌクレオチドに関して、同じ塩基配列を有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物と比較して濃縮されるという点でキラル制御される。
いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド組成物中の複数のオリゴヌクレオチド又は特定のオリゴヌクレオチド型のオリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、本開示は、複数のオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、オリゴヌクレオチドは、
共通の塩基配列；
骨格結合の共通のパターン；及び
１つ以上のキラルヌクレオチド間結合（キラル制御されたヌクレオチド間結合）での同じ結合リンの立体化学
を共有し、
組成物は、複数のオリゴヌクレオチドに関して、共通の塩基配列及び骨格結合のパターンを共有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物と比較して濃縮される。
いくつかの実施形態では、本開示は、複数のオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、オリゴヌクレオチドは、
共通の塩基配列；
骨格結合の共通のパターン；及び
骨格のキラル中心の共通のパターンを共有し、組成物は、組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９３％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％が、共通の塩基配列、骨格結合の共通のパターン、及び骨格のキラル中心の共通のパターンを有するという点で単一のオリゴヌクレオチドの実質的に純粋な調製物である。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド組成物の型はさらに、もしあれば、４）追加の化学的部分によって規定される。
いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約１０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約２０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約３０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約４０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約５０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約６０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約７０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約７５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約８０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約８５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約９０％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約９１％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約９２％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約９３％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約９４％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約９５％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約９６％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約９７％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約９８％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、少なくとも約９９％である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、（ＤＳ）ｎｃであるか又は（ＤＳ）ｎｃより大きく、ＤＳ及びｎｃは、それぞれ独立して、本開示に記載されるとおりである。
いくつかの実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドは、同じ構成を共有する。いくつかの実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドは、同一（同じ立体異性体）である。いくつかの実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、立体的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物であり、複数のオリゴヌクレオチドは、同一（同じ立体異性体）であり、組成物は、いずれかの他の立体異性体を含有しない。当業者は、プロセス、選択性、精製などが完全ではない場合があるため、１つ以上の他の立体異性体が不純物として存在する可能性があることを理解するであろう。
いくつかの実施形態では、提供される組成物は、それが標的核酸［例えば、転写物（例えば、組成物のオリゴヌクレオチドとハイブリダイズするプレｍＲＮＡ、成熟ｍＲＮＡ、他の型のＲＮＡなど）］と接触されるとき、標的核酸及び／又はそれによってコードされる産物のレベルが、参照条件下で観察されるものと比較して低減されるという点で特徴付けられる。いくつかの実施形態では、核酸が標的核酸のＡからＩへの編集の産物である核酸及び／又はその産物のレベルは、増大される。いくつかの実施形態では、参照条件は、組成物の非存在、参照組成物の存在、及びその組み合わせからなる群から選択される。いくつかの実施形態では、参照条件は、組成物の非存在である。いくつかの実施形態では、参照条件は、参照組成物の存在である。いくつかの実施形態では、参照組成物は、オリゴヌクレオチドが標的核酸とハイブリダイズしない組成物である。いくつかの実施形態では、参照組成物は、オリゴヌクレオチドが標的核酸と十分に相補的な配列を含まない組成物である。いくつかの実施形態では、参照組成物は、オリゴヌクレオチドが同じ塩基配列を共有するが、同じ核酸塩基、糖及び／又はヌクレオチド間結合修飾を共有しない組成物である。いくつかの実施形態では、提供される組成物は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物であり、参照組成物は、他の点で同一であるがキラル制御されていないオリゴヌクレオチド組成物（例えば、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中の複数のオリゴヌクレオチドと同じ構成のオリゴヌクレオチドのラセミ調製物）である。
いくつかの実施形態では、本開示は、標的核酸中の標的アデノシンの脱アミノ化を誘導することができる複数のオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、オリゴヌクレオチドは、
共通の塩基配列、
骨格結合の共通のパターン、及び
１つ以上のキラルヌクレオチド間結合（キラル制御されたヌクレオチド間結合）での同じ結合リンの立体化学
を共有し、
組成物は、複数のオリゴヌクレオチドに関して、共通の塩基配列及び骨格結合のパターンを共有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物と比較して濃縮され、
オリゴヌクレオチド組成物は、それが標的配列と接触されるとき、標的核酸中の標的アデノシンの脱アミノ化が、組成物の非存在、参照組成物の存在、及びその組み合わせからなる群から選択される参照条件下で観察されるものと比較して向上されるという点で特徴付けられる。
当業者によって理解されるとおり、標的アデノシンの脱アミノ化は、様々な技術を使用して評価され得る。いくつかの実施形態では、技術は、配列決定であり、脱アミノ化されたアデノシンは、Ｇ又はＩとして検出される。いくつかの実施形態では、脱アミノ化は、産物（例えば、ＲＮＡ、タンパク質（例えば、標的ＡがＩで置き換えられるが、他の点では標的核酸と同一である配列によってコードされる）など）のレベルによって評価される。
本明細書で実証されるとおり、オリゴヌクレオチドの構造的要素（例えば、糖修飾、骨格結合、骨格のキラル中心、骨格のリン修飾、そのパターンなど）及びその組み合わせは、驚くほど向上した特性及び／又は生物活性を提供することができる。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド組成物は、同じ構成のものであるが、立体異性体のものではない組成物中のオリゴヌクレオチドが、いくつかの場合、ある特定の精製手順の後の前記オリゴヌクレオチド立体異性体の調製プロセスに由来する不純物であるという点で単一のオリゴヌクレオチド立体異性体の実質的に純粋な調製物である。
いくつかの実施形態では、本開示は、キラル制御され、いくつかの実施形態では、立体的に純粋であるオリゴヌクレオチド及びオリゴヌクレオチド組成物を提供する。例えば、いくつかの実施形態では、提供される組成物は、不規則ではない又は制御されたレベルの１種以上の個々のオリゴヌクレオチド型を含有する。いくつかの実施形態では、同じオリゴヌクレオチド型のオリゴヌクレオチドは、同一である。
核酸塩基
様々な核酸塩基が、本開示に従って提供されるオリゴヌクレオチド中で利用され得る。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、天然の核酸塩基であり、最も一般的に存在するものは、Ａ、Ｔ、Ｃ、Ｇ及びＵである。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、それがＡ、Ｔ、Ｃ、Ｇ又はＵではないという点で修飾された核酸塩基である。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、任意選択により置換されたＡ、Ｔ、Ｃ、Ｇ若しくはＵ、又はＡ、Ｔ、Ｃ、Ｇ若しくはＵの置換された互変異性体である。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、任意選択により置換されたＡ、Ｔ、Ｃ、Ｇ又はＵ、例えば、５ｍＣ、５－ヒドロキシメチルＣなどである。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、アルキル置換されたＡ、Ｔ、Ｃ、Ｇ又はＵである。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、Ａである。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、Ｔである。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、Ｃである。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、Ｇである。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、Ｕである。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、５ｍＣである。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、置換されたＡ、Ｔ、Ｃ、Ｇ又はＵである。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、Ａ、Ｔ、Ｃ、Ｇ又はＵの置換された互変異性体である。いくつかの実施形態では、置換は、核酸塩基中のある特定の官能基を保護して、オリゴヌクレオチド合成中の望まれない反応を最小限にする。オリゴヌクレオチド合成における核酸塩基の保護のための好適な技術は、当技術分野で広く知られており、本開示に従って利用され得る。いくつかの実施形態では、修飾された核酸塩基は、オリゴヌクレオチドの特性及び／又は活性を向上させる。例えば、多くの場合、５ｍＣは、ある特定の望まれない生物学的作用、例えば、免疫反応を調節するためにＣの代わりに利用され得る。いくつかの実施形態では、配列同一性を決定するとき、同じ水素結合パターンを有する置換された核酸塩基は、置換されていない核酸塩基と同じものとして処理され、例えば、５ｍＣは、Ｃと同じものとして処理され得る［例えば、Ｃの代わりに５ｍＣを有するオリゴヌクレオチド（例えば、ＡＴ５ｍＣＧ）は、対応する位置でＣを有するオリゴヌクレオチドと同じ塩基配列（例えば、ＡＴＣＧ）を有するとみなされる］。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、少なくとも１つの窒素原子を有する任意選択により置換された環であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、本明細書に記載されるとおりの環ＢＡを含み、環ＢＡの少なくとも１つの単環式環は、窒素環原子を含む。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、１つ以上のＡ、Ｔ、Ｃ、Ｇ又はＵを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、１つ以上の任意選択により置換されたＡ、Ｔ、Ｃ、Ｇ又はＵを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、１つ以上の５－メチルシチジン、５－ヒドロキシメチルシチジン、５－ホルミルシトシン、又は５－カルボキシルシトシンを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、１つ以上の５－メチルシチジンを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド中のそれぞれの核酸塩基は、任意選択により置換されたＡ、Ｔ、Ｃ、Ｇ及びＵ、並びにＡ、Ｔ、Ｃ、Ｇ及びＵの任意選択により置換された互変異性体からなる群から選択される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド中のそれぞれの核酸塩基は、任意選択により保護されたＡ、Ｔ、Ｃ、Ｇ及びＵである。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド中のそれぞれの核酸塩基は、任意選択により置換されたＡ、Ｔ、Ｃ、Ｇ又はＵである。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド中のそれぞれの核酸塩基は、Ａ、Ｔ、Ｃ、Ｇ、Ｕ、及び５ｍＣからなる群から選択される。
本明細書で実証されるとおり、ある特定の位置での（例えば、標的アデノシン及びその隣接するヌクレオシドの反対側のヌクレオシドにおける）ある特定の核酸塩基の利用は、向上した特性及び／又は活性（例えば、Ｉへのアデノシン編集）を有するオリゴヌクレオチドを提供することができる。いくつかの実施形態では、有用な核酸塩基は、本明細書に記載されるとおりの環ＢＡであるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、ヌクレオシド中の核酸塩基は、ＢＡ－Ｉ、ＢＡ－Ｉ－ａ、ＢＡ－Ｉ－ｂ、ＢＡ－ＩＩ、ＢＡ－ＩＩ－ａ、ＢＡ－ＩＩ－ｂ、ＢＡ－ＩＩＩ、ＢＡ－ＩＩＩ－ａ、ＢＡ－ＩＩＩ－ｂ、ＢＡ－ＩＶ、ＢＡ－ＩＶ－ａ、ＢＡ－ＩＶ－ｂ、ＢＡ－Ｖ、ＢＡ－Ｖ－ａ、ＢＡ－Ｖ－ｂ、若しくはＢＡ－ＶＩの構造を有する環ＢＡ、又は環ＢＡの互変異性体であるか又はそれを含み、核酸塩基は、任意選択により置換されるか又は保護される。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、任意選択により置換された若しくは保護された、又は以下の任意選択により置換された若しくは保護された互変異性体である。
Figure 2022551124000217
Figure 2022551124000218
いくつかの実施形態では、本開示は、１つ以上のそのような核酸塩基を含むオリゴヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、そのような核酸塩基を含むホスホラミダイトを提供する。いくつかの実施形態では、ホスホラミダイトは、ＣＥＤホスホラミダイトである。いくつかの実施形態では、ホスホラミダイトは、本明細書に記載されるとおりの不斉補助剤部分を含む（例えば、ＰがＯ及びＮに結合を形成する）。いくつかの実施形態では、ＲＮＳは、そのような核酸塩基を含む。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、オリゴヌクレオチド合成のために保護される。
いくつかの実施形態では、核酸塩基は、任意選択により置換された２ＡＰ（２－アミノプリン、
Figure 2022551124000219
）又はＤＡＰ（２，６－ジアミノプリン、
Figure 2022551124000220
）である。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、任意選択により置換された２ＡＰである。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、任意選択により置換されたＤＡＰである。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、２ＡＰである。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、ＤＡＰである。
当業者によって理解されるとおり、様々な核酸塩基が当技術分野で知られおり、本開示に従って利用されてもよく、例えば、各々の糖、塩基、及びヌクレオチド間結合修飾が独立して参照により本明細書に組み込まれる、米国特許第９３９４３３３号、米国特許第９７４４１８３号、米国特許第９６０５０１９号、米国特許第９９８２２５７号、米国特許第２０１７００３７３９９号、米国特許第２０１８０２１６１０８号、米国特許第２０１８０２１６１０７号、米国特許第９５９８４５８号、国際公開第２０１７／０６２８６２号、国際公開第２０１８／０６７９７３号、国際公開第２０１７／１６０７４１号、国際公開第２０１７／１９２６７９号、国際公開第２０１７／２１０６４７号、国際公開第２０１８／０９８２６４号、国際公開第２０１８／０２２４７３号、国際公開第２０１８／２２３０５６号、国際公開第２０１８／２２３０７３号、国際公開第２０１８／２２３０８１号、国際公開第２０１８／２３７１９４号、国際公開第２０１９／０３２６０７号、国際公開第２０１９０３２６１２号、国際公開第２０１９／０５５９５１号、国際公開第２０１９／０７５３５７号、国際公開第２０１９／２００１８５号、国際公開第２０１９／２１７７８４号、国際公開第２０１９／０３２６１２号、及び／又は国際公開第２０２０／１９１２５２号に記載されるものである。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、保護され、オリゴヌクレオチド合成のために有用である。
いくつかの実施形態では、核酸塩基は、天然の核酸塩基又は天然の核酸塩基から誘導される修飾された核酸塩基である。例としては、アシル保護基によって保護された対応するアミノ基を任意選択により有するウラシル、チミン、アデニン、シトシン、及びグアニン、２－フルオロフラシル、２－フルオロシトシン、５－ブロモウラシル、５－ヨードウラシル、２，６－ジアミノプリン、アザシトシン、シュードイソシトシン及びシュードウラシルなどのピリミジン類似体並びに８－置換プリン、キサンチン、又はヒポキサンチン（後の２つは天然の分解産物である）などの他の修飾された核酸塩基が挙げられる。修飾された核酸塩基のある特定の例は、Chiu and Rana，RNA，2003，9，1034-1048，Limbach et al.Nucleic Acids Research，1994，22，2183-2196及びRevankar and Rao，Comprehensive Natural Products Chemistry，vol. 7，313に開示される。いくつかの実施形態では、修飾された核酸塩基は、置換されたウラシル、チミン、アデニン、シトシン、又はグアニンである。いくつかの実施形態では、修飾された核酸塩基は、例えば、水素結合及び／又はウラシル、チミン、アデニン、シトシン、若しくはグアニンの塩基対形成に関する機能的置換である。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、任意選択により置換されたウラシル、チミン、アデニン、シトシン、５－メチルシトシン、又はグアニンである。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、ウラシル、チミン、アデニン、シトシン、５－メチルシトシン、又はグアニンである。
いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、１つ以上の５－メチルシトシンを含む。いくつかの実施形態では、本開示は、塩基配列が本明細書、例えば、表１で開示されるオリゴヌクレオチドを提供し、各Ｔは、独立して、Ｕで置き換えられてもよいし、その逆であってもよく、各シトシンは、任意選択により且つ独立して、５－メチルシトシンで置き換えられるか又はその逆である。当業者によって理解されるとおり、いくつかの実施形態では、５ｍＣは、オリゴヌクレオチドの塩基配列に関してＣとして処理されてもよい（そのようなオリゴヌクレオチドは、Ｃ位置で核酸塩基修飾を含む（例えば、表１の様々なオリゴヌクレオチドを参照のこと））。オリゴヌクレオチドの記載において、典型的には、別段の記載がない限り、核酸塩基、糖及びヌクレオチド間結合は、修飾されない。
いくつかの実施形態では、修飾された塩基は、任意選択により置換されたアデニン、シトシン、グアニン、チミン、若しくはウラシル、又はその互変異性体である。いくつかの実施形態では、修飾された核酸塩基は、
核酸塩基が、アシル、ハロゲン、アミノ、アジド、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアルキル、ヘテロアルケニル、ヘテロアルキニル、ヘテロシクリル、ヘテロアリール、カルボキシル、ヒドロキシル、ビオチン、アビジン、ストレプトアビジン、置換されたシリル、及びその組み合わせから独立して選択される１つ以上の任意選択により置換された基によって修飾されるか；
核酸塩基の１つ以上の原子が、独立して、炭素、窒素及び硫黄から選択される異なる原子で置き換えられるか；
核酸塩基中の１つ以上の二重結合が、独立して、水素化されるか；又は
１つ以上のアリール又はヘテロアリール環が、独立して、核酸塩基に挿入される、
１つ以上の修飾によって修飾される修飾されたアデニン、シトシン、グアニン、チミン又はウラシルである。
いくつかの実施形態では、塩基は、任意選択により置換されたＡ、Ｔ、Ｃ、Ｇ又はＵであり、１つ以上の－ＮＨ２は、独立して且つ任意選択により、－Ｃ（－Ｌ－Ｒ１）３で置き換えられ、１つ以上の－ＮＨ－は、独立して且つ任意選択により、－Ｃ（－Ｌ－Ｒ１）２－で置き換えられ、１つ以上の＝Ｎ－は、独立して且つ任意選択により、－Ｃ（－Ｌ－Ｒ１）－で置き換えられ、１つ以上の＝ＣＨ－は、独立して且つ任意選択により、＝Ｎ－で置き換えられ、且つ１つ以上の＝Ｏは、独立して且つ任意選択により、＝Ｓ、＝Ｎ（－Ｌ－Ｒ１）、又は＝Ｃ（－Ｌ－Ｒ１）２で置き換えられ、２つ以上の－Ｌ－Ｒ１を、任意選択により、それらの介在原子と合わせて、０～１０個のヘテロ原子環原子を有する３～３０員二環式又は多環式環を形成する。いくつかの実施形態では、修飾された塩基は、任意選択により置換されたＡ、Ｔ、Ｃ、Ｇ又はＵであり、１つ以上の－ＮＨ２は、独立して且つ任意選択により、－Ｃ（－Ｌ－Ｒ１）３で置き換えられ、１つ以上の－ＮＨ－は、独立して且つ任意選択により、－Ｃ（－Ｌ－Ｒ１）２－で置き換えられ、１つ以上の＝Ｎ－は、独立して且つ任意選択により、－Ｃ（－Ｌ－Ｒ１）－で置き換えられ、１つ以上の＝ＣＨ－は、独立して且つ任意選択により、＝Ｎ－で置き換えられ、且つ１つ以上の＝Ｏは、独立して且つ任意選択により、＝Ｓ、＝Ｎ（－Ｌ－Ｒ１）、又は＝Ｃ（－Ｌ－Ｒ１）２で置き換えられ、２つ以上の－Ｌ－Ｒ１を、任意選択により、それらの介在原子と合わせて、０～１０個のヘテロ原子環原子を有する３～３０員二環式又は多環式環を形成し、修飾された塩基は、天然のＡ、Ｔ、Ｃ、Ｇ及びＵとは異なる。いくつかの実施形態では、塩基は、任意選択により置換されたＡ、Ｔ、Ｃ、Ｇ又はＵである。いくつかの実施形態では、修飾された塩基は、置換されたＡ、Ｔ、Ｃ、Ｇ又はＵであり、修飾された塩基は、天然のＡ、Ｔ、Ｃ、Ｇ及びＵとは異なる。
いくつかの実施形態では、修飾された核酸塩基は、当技術分野、例えば、国際公開第２０１７／２１０６４７号で知られる修飾された核酸塩基である。いくつかの実施形態では、修飾された核酸塩基は、フェニル環などの１つ以上のアリール及び／又はヘテロアリール環が付加された拡大したサイズの核酸塩基である。核酸塩基の置換を含む修飾された核酸塩基のある特定の例は、Glen Researchカタログ(Glen Research，Sterling，Virginia);Krueger AT et al.，Acc. Chem. Res.，2007，40，141-150;Kool，ET，Acc. Chem. Res.，2002，35，936-943;Benner S.A.，et al.，Nat. Rev. Genet.，2005，6，553-543;Romesberg，F.E.，et al.，Curr. Opin. Chem. Biol.，2003，7，723-733;又はHirao，I.，Curr.Opin.Chem.Biol.，2006，10，622-627に記載される。いくつかの実施形態では、拡大したサイズの核酸塩基は、例えば、国際公開第２０１７／２１０６４７号に記載される拡大したサイズの核酸塩基である。いくつかの実施形態では、修飾された核酸塩基は、コーリン又はポルフィリンに由来する環などの部分である。ある特定のポルフィリンに由来する塩基の置換は、例えば、Morales-Rojas，H and Kool，ET，Org.Lett.，2002，4，4377-4380に記載されている。いくつかの実施形態では、ポルフィリンに由来する環は、例えば、国際公開第２０１７／２１９６４７号に記載されるポルフィリンに由来する環である。いくつかの実施形態では、修飾された核酸塩基は、例えば、国際公開第２０１７／２１９６４７号に記載される修飾された核酸塩基である。いくつかの実施形態では、修飾された核酸塩基は、蛍光性である。そのような蛍光性の修飾された核酸塩基の例としては、フェナントレン、ピレン、スチルベン、イソキサンチン、イソザントプテリン（isozanthopterin）、テルフェニル、テルチオフェン、ベンゾテルチオフェン、クマリン、ルマジン、テザースチルベン、ベンゾ－ウラシル、ナフト－ウラシルなど、及び例えば、国際公開第２０１７／２１０６４７号に記載されるものが挙げられる。いくつかの実施形態では、核酸塩基又は修飾された核酸塩基は、Ｃ５－プロピン Ｔ、Ｃ５－プロピン Ｃ、Ｃ５－チアゾール、フェノキサジン、２－チオ－チミン、５－トリアゾリルフェニル－チミン、ジアミノプリン、及びＮ２－アミノプロピルグアニンから選択される。
いくつかの実施形態では、修飾された核酸塩基は、５－置換ピリミジン、６－アザピリミジン、アルキル又はアルキニル置換されたピリミジン、アルキル置換されたプリン、並びにＮ－２、Ｎ－６及びＯ－６置換されたプリンから選択される。ある特定の実施形態では、修飾された核酸塩基は、２－アミノプロピルアデニン、５－ヒドロキシメチルシトシン、キサンチン、ヒポキサンチン、２－アミノアデニン、６－Ｎ－メチルグアニン、６－Ｎ－メチルアデニン、２－プロピルアデニン、２－チオウラシル、２－チオチミン及び２－チオシトシン、５－プロピニル（－Ｃ≡Ｃ－ＣＨ３）ウラシル、５－プロピニルシトシン、６－アゾウラシル、６－アゾシトシン、６－アゾチミン、５－リボシルウラシル（シュードウラシル）、４－チオウラシル、８－ハロ、８－アミノ、８－チオール、８－チオアルキル、８－ヒドロキシｌ、８－アザ及び他の８－置換プリン、５－ハロ、特に、５－ブロモ、５－トリフルオロメチル、５－ハロウラシル、及び５－ハロシトシン、７－メチルグアニン、７－メチルアデニン、２－Ｆ－アデニン、２－アミノアデニン、７－デアザグアニン、７－デアザアデニン、３－デアザグアニン、３－デアザアデニン、６－Ｎ－ベンゾイルアデニン、２－Ｎ－イソブチリルグアニン、４－Ｎ－ベンゾイルシトシン、４－Ｎ－ベンゾイルウラシル、５－メチル４－Ｎ－ベンゾイルシトシン、５－メチル４－Ｎ－ベンゾイルウラシル、ユニバーサル塩基、疎水性塩基、乱雑な塩基、サイズが拡大された塩基、及びフッ化塩基から選択される。いくつかの実施形態では、修飾された核酸塩基は、ｌ，３－ジアザフェノキサジン－２－オン、ｌ，３－ジアザフェノチアジン－２－オン又は９－（２－アミノエトキシ）－ｌ，３－ジアザフェノキサジン－２－オン（Ｇ－クランプ）などの三環式ピリミジンである。いくつかの実施形態では、修飾された核酸塩基は、プリン又はピリミジン塩基が、他の複素環、例えば、７－デアザ－アデニン、７－デアザグアノシン、２－アミノピリジン又は２－ピリドンで置き換えられているものである。いくつかの実施形態では、修飾された核酸塩基は、米国特許第３６８７８０８号、The Concise Encyclopedia Of Polymer Science And Engineering，Kroschwitz，J.I.，Ed.，John Wiley & Sons，1990，858-859;Englisch et al.，Angewandte Chemie，International Edition，1991，30，613;Sanghvi，Y.S.，Chapter 15，Antisense Research and Applications，Crooke，S.T. and Lebleu，B.，Eds.，CRC Press，1993，273-288;又はChapters 6 and 15，Antisense Drug Technology，Crooke S.T.，Ed.，CRC Press，2008，163-166 and 442-443において開示されるものである。
いくつかの実施形態では、修飾された核酸塩基及びその方法は、米国特許出願公開第２００３０１５８４０３号、米国特許第３６８７８０８号、米国特許第４８４５２０５号、米国特許第５１３０３０２号、米国特許第５１３４０６６号、米国特許第５１７５２７３号、米国特許第５３６７０６６号、米国特許第５４３２２７２号、米国特許第５４３４２５７号、米国特許第５４５７１８７号、米国特許第５４５９２５５号、米国特許第５４８４９０８号、米国特許第５５０２１７７号、米国特許第５５２５７１１号、米国特許第５５５２５４０号、米国特許第５５８７４６９号、米国特許第５５９４１２１号、米国特許第５５９６０９１号、米国特許第５６１４６１７号、米国特許第５６４５９８５号、米国特許第５６８１９４１号、米国特許第５７５０６９２号、米国特許第５７６３５８８号、米国特許第５８３０６５３号、又は米国特許第６００５０９６号に記載されるものである。
いくつかの実施形態では、修飾された核酸塩基は、置換されている。いくつかの実施形態では、修飾された核酸塩基は、それが、例えば、ヘテロ原子、アルキル基、又は蛍光部分、ビオチン若しくはアビジン部分、又は他のタンパク質若しくはペプチドに連結される連結部分を含有するように置換される。いくつかの実施形態では、修飾された核酸塩基は、最も古典的な意味での核酸塩基ではないが、核酸塩基と同様に機能する「ユニバーサル塩基」である。ユニバーサル塩基の一例は、３－ニトロピロールである。
いくつかの実施形態では、提供される技術において利用され得るヌクレオシドは、修飾された核酸塩基及び／又は修飾された糖、例えば、４－アセチルシチジン；５－（カルボキシヒドロキシルメチル）ウリジン；２’－Ｏ－メチルシチジン；５－カルボキシメチルアミノメチル－２－チオウリジン；５－カルボキシメチルアミノメチルウリジン；ジヒドロウリジン；２’－Ｏ－メチルシュードウリジン；ベータ，Ｄ－ガラクトシルキューオシン；２’－Ｏ－メチルグアノシン；Ｎ６－イソペンテニルアデノシン；１－メチルアデノシン；１－メチルシュードウリジン；１－メチルグアノシン；ｌ－メチルイノシン；２，２－ジメチルグアノシン；２－メチルアデノシン；２－メチルグアノシン；Ｎ７－メチルグアノシン；３－メチル－シチジン；５－メチルシチジン；５－ヒドロキシメチルシチジン；５－ホルミルシトシン；５－カルボキシルシトシン；Ｎ６－メチルアデノシン；７－メチルグアノシン；５－メチルアミノエチルウリジン；５－メトキシアミノメチル－２－チオウリジン；ベータ，Ｄ－マンノシルキューオシン；５－メトキシカルボニルメチルウリジン；５－メトキシウリジン；２－メチルチオ－Ｎ６－イソペンテニルアデノシン；Ｎ－（（９－ベータ，Ｄ－リボフラノシル－２－メチルチオプリン－６－イル）カルバモイル）スレオニン；Ｎ－（（９－ベータ，Ｄ－リボフラノシルプリン－６－イル）－Ｎ－メチルカルバモイル）スレオニン；ウリジン－５－オキシ酢酸メチルエステル；ウリジン－５－オキシ酢酸（ｖ）；シュードウリジン；キューオシン；２－チオシチジン；５－メチル－２－チオウリジン；２－チオウリジン；４－チオウリジン；５－メチルウリジン；２’－Ｏ－メチル－５－メチルウリジン；及び２’－Ｏ－メチルウリジンを含む。
いくつかの実施形態では、核酸塩基、例えば、修飾された核酸塩基は、例えば、抗体、抗体断片、ビオチン、アビジン、ストレプトアビジン、受容体リガンド、又はキレート化部分などの１つ以上の生体分子結合部分を含む。他の実施形態では、核酸塩基は、５－ブロモウラシル、５－ヨードウラシル、又は２，６－ジアミノプリンである。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、蛍光性又は生体分子結合部分との置換を含む。いくつかの実施形態では、置換基は、蛍光性部分である。いくつかの実施形態では、置換基は、ビオチン又はアビジンである。
核酸塩基及び関連する方法のある特定の例は、米国特許第３６８７８０８号、同第４８４５２０５号、米国特許第５１３０３０号、米国特許第５１３４０６６号、米国特許第５１７５２７３号、米国特許第５３６７０６６号、米国特許第５４３２２７２号、米国特許第５４５７１８７号、米国特許第５４５７１９１号、米国特許第５４５９２５５号、米国特許第５４８４９０８号、米国特許第５５０２１７７号、米国特許第５５２５７１１号、米国特許第５５５２５４０号、米国特許第５５８７４６９号、米国特許第５５９４１２１号、米国特許第５５９６０９１号、米国特許第５６１４６１７号、米国特許第５６８１９４１号、米国特許第５７５０６９２号、米国特許第６０１５８８６号、米国特許第６１４７２００号、米国特許第６１６６１９７号、米国特許第６２２２０２５号、米国特許第６２３５８８７号、米国特許第６３８０３６８号、米国特許第６５２８６４０号、米国特許第６６３９０６２号、米国特許第６６１７４３８号、米国特許第７０４５６１０号、米国特許第７４２７６７２号、又は米国特許第７４９５０８８号に記載される。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、Gryaznov,S;Chen,J.-K.J.Am.Chem.Soc.1994,116,3143;Hendrix et al.1997 Chem.Eur.J.3:110;Hyrup et al.1996 Bioorg.Med.Chem.4:5;Jepsen et al.2004 Oligo.14:130-146;Jones et al.J.Org.Chem.1993,58,2983;Koizumi et al.2003 Nuc.Acids Res.12:3267-3273;Koshkin et al.1998 Tetrahedron 54:3607-3630;Kumar et al.1998 Bioo.Med.Chem.Let.8:2219-2222;Lauritsen et al.2002 Chem.Comm.5:530-531;Lauritsen et al.2003 Bioo.Med.Chem.Lett.13:253-256;Mesmaeker et al.Angew.Chem.,Int.Ed.Engl.1994,33,226;Morita et al.2001 Nucl.Acids Res.Supp.1:241-242;Morita et al.2002 Bioo.Med.Chem.Lett.12:73-76;Morita et al.2003 Bioo.Med.Chem.Lett.2211-2226;Nielsen et al.1997 Chem.Soc.Rev.73;Nielsen et al.1997 J.Chem.Soc.Perkins Transl.1:3423-3433;Obika et al.1997 Tetrahedron Lett.38（50):8735-8;Obika et al.1998 Tetrahedron Lett.39:5401-5404;Pallan et al.2012 Chem.Comm.48:8195-8197;Petersen et al.2003 TRENDS Biotech.21:74-81;Rajwanshi et al.1999 Chem.Commun.1395-1396;Schultz et al.1996 Nucleic Acids Res.24:2966;Seth et al.2009 J.Med.Chem.52:10-13;Seth et al.2010 J.Med.Chem.53:8309-8318;Seth et al.2010 J.Org.Chem.75:1569-1581;Seth et al.2012 Bioo.Med.Chem.Lett.22:296-299;Seth et al.2012 Mol.Ther-Nuc.Acids.1,e47;Seth,Punit P;Siwkowski,Andrew;Allerson,Charles R;Vasquez,Guillermo;Lee,Sam;Prakash,Thazha P;Kinberger,Garth;Migawa,Michael T;Gaus,Hans;Bhat,Balkrishen;et al.From Nucleic Acids Symposium Series（2008),52(1),553-554;Singh et al.1998 Chem.Comm.1247-1248;Singh et al.1998 J.Org.Chem.63:10035-39;Singh et al.1998 J.Org.Chem.63:6078-6079;Sorensen 2003 Chem.Comm.2130-2131;Ts’o et al.Ann.N.Y.Acad.Sci.1988,507,220;Van Aerschot et al.1995 Angew.Chem.Int.Ed.Engl.34:1338;Vasseur et al.J.Am.Chem.Soc.1992,114,4006；国際公開第２００７０９００７１号；又は国際公開第２０１６／０７９１８１号のいずれかに記載される核酸塩基、糖、ヌクレオシド、及び／又はヌクレオチド間結合を含む。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、Feldman et al.2017 J.Am.Chem.Soc.139:11427-11433,Feldman et al.2017 Proc.Natl.Acad.Sci.USA 114:E6478-E6479,Hwang et al.2009 Nucl.Acids Res.37:4757-4763,Hwang et al.2008 J.Am.Chem.Soc.130:14872-14882,Lavergne et al.2012 Chem.Eur.J.18:1231-1239,Lavergne et al.2013 J.Am.Chem.Soc.135:5408-5419,Ledbetter et al.2018 J.Am.Chem.Soc.140:758-765,Malyshev et al.2009 J.Am.Chem.Soc.131:14620-14621,Seo et al.2009 Chem.Bio.Chem.10:2394-2400のいずれかに記載される修飾された核酸塩基、ヌクレオシド又はヌクレオチド、例えば、ｄ３ＦＢ、ｄ２Ｐｙ類似体、ｄ２Ｐｙ、ｄ３ＭＰｙ、ｄ４ＭＰｙ、ｄ５ＭＰｙ、ｄ３４ＤＭＰｙ、ｄ３５ＤＭＰｙ、ｄ４５ＤＭＰｙ、ｄ５ＦＭ、ｄ５ＰｒＭ、ｄ５ＳＩＣＳ、ｄＦＥＭＯ、ｄＭＭＯ２、ｄＮａＭ、ｄＮＭ０１、ｄＴＰＴ３、２’－アジド、２’－クロロ、２’－アミノ又はアラビノース糖を有するヌクレオチド、イソカルボスチリル－、ナフチル－及びアザインドール－ヌクレオチド、並びにその修飾及び誘導体及び機能付加されたバージョン、例えば、糖が２’－修飾及び／又は他の修飾、並びにメタ－塩素、－臭素、－ヨウ素、－メチル、又は－プロピニル置換基を有するｄＭＭ０２誘導体を含むものを含む。
いくつかの実施形態では、核酸塩基は、ヘテロ原子の環原子を含む少なくとも１つの任意選択により置換された環を含む。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、窒素環原子を含む少なくとも１つの任意選択により置換された環を含む。いくつかの実施形態では、そのような環は、芳香族である。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、ヘテロ原子を介して糖に結合される。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、窒素原子を介して糖に結合される。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、環窒素原子を介して糖に結合される。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、各々の塩基及び修飾された核酸塩基が独立して参照により本明細書に組み込まれる、国際公開第２０１８／０２２４７３号、国際公開第２０１８／０９８２６４号、国際公開第２０１８／２２３０５６号、国際公開第２０１８／２２３０７３号、国際公開第２０１８／２２３０８１号、国際公開第２０１８／２３７１９４号、国際公開第２０１９／０３２６０７号、国際公開第２０１９／０５５９５１号、国際公開第２０１９／０７５３５７号、国際公開第２０１９／２００１８５号、国際公開第２０１９／２１７７８４号、国際公開第２０１９／０３２６１２号、及び／又は国際公開第２０２０／１９１２５２号に記載されるとおりの核酸塩基又は修飾された核酸塩基を含む。
いくつかの実施形態では、核酸塩基は、任意選択により置換されたプリン塩基残基である。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、保護されたプリン塩基残基である。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、任意選択により置換されたアデニン残基である。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、保護されたアデニン残基である。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、任意選択により置換されたグアニン残基である。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、保護されたグアニン残基である。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、任意選択により置換されたシトシン残基である。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、保護されたシトシン残基である。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、任意選択により置換されたチミン残基である。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、保護されたチミン残基である。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、任意選択により置換されたウラシル残基である。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、保護されたウラシル残基である。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、任意選択により置換された５－メチルシトシン残基である。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、保護された５－メチルシトシン残基である。
いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、例えば、米国特許第５５５２５４０号、米国特許第６２２２０２５号、米国特許第６５２８６４０号、米国特許第４８４５２０５号、米国特許第５６８１９４１号、米国特許第５７５０６９２号、米国特許第６０１５８８６号、米国特許第５６１４６１７号、米国特許第６１４７２００号、米国特許第５４５７１８７号、米国特許第６６３９０６２号、米国特許第７４２７６７２号、米国特許第５４５９２５５号、米国特許第５４８４９０８号、米国特許第７０４５６１０号、米国特許第３６８７８０８号、米国特許第５５０２１７７号、米国特許第５５２５７１１号、同第６２３５８８７号、米国特許第５１７５２７３号、米国特許第６６１７４３８号、米国特許第５５９４１２１号、米国特許第６３８０３６８号、米国特許第５３６７０６６号、米国特許第５５８７４６９号、米国特許第６１６６１９７号、米国特許第５４３２２７２号、米国特許第７４９５０８８号、米国特許第５１３４０６６号、又は米国特許第５５９６０９１号に記載される修飾された核酸塩基を含む。
いくつかの実施形態では、核酸塩基は、オリゴヌクレオチド調製において使用されるとおりの保護された塩基残基である。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、各々の塩基残基が独立して参照により本明細書に組み込まれる、米国特許出願公開第２０１１／０２９４１２４号、米国特許出願公開第２０１５／０２１１００６号、米国特許出願公開第２０１５／０１９７５４０号、国際公開第２０１５／１０７４２５号、国際公開第２０１７／１９２６７９号、国際公開第２０１８／０２２４７３号、国際公開第２０１８／０９８２６４号、国際公開第２０１８／２２３０５６号、国際公開第２０１８／２２３０７３号、国際公開第２０１８／２２３０８１号、国際公開第２０１８／２３７１９４号、国際公開第２０１９／０３２６０７号、国際公開第２０１９／０５５９５１号、国際公開第２０１９／０７５３５７号、国際公開第２０１９／２００１８５号、国際公開第２０１９／２１７７８４号、国際公開第２０１９／０３２６１２号、及び／又は国際公開第２０２０／１９１２５２号に示される塩基残基である。
糖
修飾された糖を含む様々な糖が、本開示に従って利用され得る。いくつかの実施形態では、本開示は、オリゴヌクレオチドに組み込まれるとき、向上した特性及び／又は活性を提供することができる他の構造的要素（例えば、ヌクレオチド間結合修飾及びそのパターン、その骨格のキラル中心のパターンなど）と任意選択により組み合わせて糖修飾及びそのパターンを提供する。
最も一般的な天然に存在するヌクレオシドは、核酸塩基アデノシン（Ａ）、シトシン（Ｃ）、グアニン（Ｇ）、チミン（Ｔ）又はウラシル（Ｕ）に連結されたリボース糖（例えば、ＲＮＡにおいて）又はデオキシリボース糖（例えば、ＤＮＡにおいて）を含む。いくつかの実施形態では、表１の多くのヌクレオチドにおける糖、例えば、様々な糖（別段の記載がない限り）は、
Figure 2022551124000221
の構造を有する天然のＤＮＡ糖（ＤＮＡ核酸又はオリゴヌクレオチドにおいて）であり、
核酸塩基は、１’位に結合され、３’及び５’位は、ヌクレオチド間結合に連結され（当業者によって理解されるとおり）、オリゴヌクレオチドの５’末端の場合、５’位は、５’末端基（例えば、－ＯＨ）に連結され得るし、オリゴヌクレオチドの３’末端の場合、３’位は、３’末端基（例えば、－ＯＨ）に連結され得る。いくつかの実施形態では、糖は、
Figure 2022551124000222
の構造を有する天然のＲＮＡ糖（ＲＮＡ核酸又はオリゴヌクレオチドにおいて）であり、
核酸塩基は、１’位に結合され、３’及び５’位は、ヌクレオチド間結合に連結され（当業者によって理解されるとおり）、オリゴヌクレオチドの５’末端の場合、５’位は、５’末端基（例えば、－ＯＨ）に連結され得るし、オリゴヌクレオチドの３’末端の場合、３’位は、３’末端基（例えば、－ＯＨ）に連結され得る。いくつかの実施形態では、糖は、それが天然のＤＮＡ糖又は天然のＲＮＡ糖ではないという点で修飾された糖である。特に、修飾された糖は、向上した安定性を提供し得る。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、１つ以上のハイブリダイゼーション特性を変化させ及び／又は最適化するために利用され得る。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、標的核酸認識を変化させ及び／又は最適化するために利用され得る。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、Ｔｍを最適化するために利用され得る。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、オリゴヌクレオチド活性を向上させるために利用され得る。
糖は、様々な位置でヌクレオチド間結合に結合され得る。非限定的な例として、ヌクレオチド間結合は、糖の２’、３’、４’、又は５’位に結合され得る。いくつかの実施形態では、天然の核酸において最も一般的であるように、ヌクレオチド間結合は、別段の指示がない限り、５’位で一方の糖と３’位でもう一方の糖と連結する。
いくつかの実施形態では、糖は、任意選択により置換された天然のＤＮＡ又はＲＮＡ糖である。いくつかの実施形態では、糖は、任意選択により置換された
Figure 2022551124000223
である。いくつかの実施形態では、２’位は、任意選択により置換される。いくつかの実施形態では、糖は、
Figure 2022551124000224
である。いくつかの実施形態では、糖は、
Figure 2022551124000225
の構造を有し、Ｒ１ｓ、Ｒ２ｓ、Ｒ３ｓ、Ｒ４ｓ、及びＲ５ｓの各々は、独立して、－Ｈ、好適な置換基又は好適な糖修飾（例えば、各々の置換基、糖修飾、Ｒ１ｓ、Ｒ２ｓ、Ｒ３ｓ、Ｒ４ｓ、及びＲ５ｓ、並びに修飾された糖が独立して参照により本明細書に組み込まれる、米国特許第９３９４３３３号、米国特許第９７４４１８３号、米国特許第９６０５０１９号、米国特許第９９８２２５７号、米国特許出願公開第２０１７００３７３９９号、米国特許出願公開第２０１８０２１６１０８号、米国特許出願公開第２０１８０２１６１０７号、米国特許第９５９８４５８号、国際公開第２０１７／０６２８６２号、国際公開第２０１８／０６７９７３号、国際公開第２０１７／１６０７４１号、国際公開第２０１７／１９２６７９号、国際公開第２０１７／２１０６４７号、国際公開第２０１８／０９８２６４号、国際公開第２０１８／０２２４７３号、国際公開第２０１８／２２３０５６号、国際公開第２０１８／２２３０７３号、国際公開第２０１８／２２３０８１号、国際公開第２０１８／２３７１９４号、国際公開第２０１９／０３２６０７号、国際公開第２０１９／０３２６１２号、国際公開第２０１９／０５５９５１号、国際公開第２０１９／０７５３５７号、国際公開第２０１９／２００１８５号、国際公開第２０１９／２１７７８４号、国際公開第２０１９／０３２６１２号、及び／又は国際公開第２０２０／１９１２５２号に記載されるもの）である。いくつかの実施形態では、Ｒ１ｓ、Ｒ２ｓ、Ｒ３ｓ、Ｒ４ｓ、及びＲ５ｓの各々は、独立して、Ｒｓであり、各Ｒｓは、独立して、－Ｆ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、－Ｉ、－ＣＮ、－Ｎ３、－ＮＯ、－ＮＯ２、－Ｌｓ－Ｒ’、－Ｌｓ－ＯＲ’、－Ｌｓ－ＳＲ’、－Ｌｓ－Ｎ（Ｒ’）２、－Ｏ－Ｌｓ－ＯＲ’、－Ｏ－Ｌｓ－ＳＲ’、又は－Ｏ－Ｌｓ－Ｎ（Ｒ’）２であり、各Ｒ’は、独立して、本明細書に記載されるとおりであり、各Ｌｓは、独立して、共有結合又は任意選択により置換された二価Ｃ１～６脂肪族若しくは１～４個のヘテロ原子を有するヘテロ脂肪族であるか；又は２つのＲｓを合わせて、－Ｌｓ－架橋を形成する。いくつかの実施形態では、Ｒ’は、任意選択により置換されたＣ１～１０脂肪族である。いくつかの実施形態では、糖は、
Figure 2022551124000226
の構造を有する。様々なそのような糖が、表１で利用される。いくつかの実施形態では、糖は、
Figure 2022551124000227
の構造を有する。いくつかの実施形態では、２’－修飾された糖は、
Figure 2022551124000228
（式中、Ｒ２ｓは、２’－修飾である）の構造を有する。いくつかの実施形態では、糖は、
Figure 2022551124000229
（式中、Ｒ２ｓは、－Ｈ、ハロゲン、又は－ＯＲ（式中、Ｒは、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である）である）の構造を有する。いくつかの実施形態では、Ｒ２ｓは、－Ｈである。いくつかの実施形態では、Ｒ２ｓは、－Ｆである。いくつかの実施形態では、Ｒ２ｓは、－ＯＭｅである。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオシドは、ｍＡ、ｍＴ、ｍＣ、ｍ５ｍＣ、ｍＧ、ｍＵなどであり、Ｒ２ｓは、－ＯＭｅである。いくつかの実施形態では、Ｒ２ｓは、－ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＭｅである。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、Ａｅｏ、Ｔｅｏ、Ｃｅｏ、ｍ５Ｃｅｏ、Ｇｅｏ、Ｕｅｏなどであり、Ｒ２ｓは、－ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＭｅである。いくつかの実施形態では、２’－Ｆ修飾された糖は、
Figure 2022551124000230
の構造を有する。いくつかの実施形態では、２’－ＯＭｅ修飾された糖は、
Figure 2022551124000231
の構造を有する。
いくつかの実施形態では、糖は、
Figure 2022551124000232
（式中、Ｒ２ｓ及びＲ４ｓを合わせて、－Ｌｓ－を形成し、Ｌｓは、共有結合又は任意選択により置換された二価のＣ１～６脂肪族若しくは１～４個のヘテロ原子を有するヘテロ脂肪族である）の構造を有する。いくつかの実施形態では、各ヘテロ原子は、独立して、窒素、酸素又は硫黄から選択される。いくつかの実施形態では、Ｌｓは、任意選択により置換されたＣ２－Ｏ－ＣＨ２－Ｃ４である。いくつかの実施形態では、Ｌｓは、Ｃ２－Ｏ－ＣＨ２－Ｃ４である。いくつかの実施形態では、Ｌｓは、Ｃ２－Ｏ－（Ｒ）－ＣＨ（ＣＨ２ＣＨ３）－Ｃ４である。いくつかの実施形態では、Ｌｓは、Ｃ２－Ｏ－（Ｓ）－ＣＨ（ＣＨ２ＣＨ３）－Ｃ４である。
いくつかの実施形態では、修飾された糖を含むヌクレオシドは、
Figure 2022551124000233
の構造又はその塩形態（式中、ＢＡｓは、－Ｈ又は任意選択により置換された若しくは保護された核酸塩基（例えば、ＢＡ）であり、Ｒ２ｓは、本明細書に記載されるとおりである）を有する。いくつかの実施形態では、Ｒ２ｓは、－ＯＨ、ハロゲン、又は任意選択により置換されたＣ１～Ｃ６アルコキシである。いくつかの実施形態では、ＢＡｓは、－Ｈである。いくつかの実施形態では、ＢＡｓは、任意選択により置換された又は保護された核酸塩基である。いくつかの実施形態では、ＢＡｓは、ＢＡである。いくつかの実施形態では、Ｒ２ｓは、－Ｆである。いくつかの実施形態では、修飾された糖を含むヌクレオシドは、
Figure 2022551124000234
の構造又はその塩形態（式中、各可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである）を有する。いくつかの実施形態では、Ｒ２ｓは、－Ｈ、－ＯＨ、ハロゲン、又は任意選択により置換されたＣ１～Ｃ６アルコキシである。いくつかの実施形態では、Ｒ２ｓは、－Ｈである。いくつかの実施形態では、Ｒ２ｓは、－Ｆである。いくつかの実施形態では、修飾された糖を含むヌクレオシドは、
Figure 2022551124000235
（式中、各可変要素は、本明細書に記載されるとおりである）の構造を有する。いくつかの実施形態では、修飾された糖を含むヌクレオシドは、
Figure 2022551124000236
の構造又はその塩形態（式中、各可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである）を有する。いくつかの実施形態では、Ｒ２ｓは、－Ｈ、－ＯＨ、ハロゲン、又は任意選択により置換されたＣ１～Ｃ６アルコキシである。いくつかの実施形態では、Ｒ２ｓは、－Ｈである。いくつかの実施形態では、Ｒ２ｓは、－Ｆである。いくつかの実施形態では、修飾された糖を含むヌクレオシドは、
Figure 2022551124000237
の構造又はその塩形態（式中、Ｒ２ｓ’はＲｓであり、Ｒｓ、Ｒ２ｓ及びＢＡｓの各々は、独立して、本明細書に記載されるとおりである）を有する。いくつかの実施形態では、Ｒ２ｓ及びＲ２ｓ’の各々は、独立して、－Ｈ、－ＯＨ、ハロゲン、又は任意選択により置換されたＣ１～Ｃ６アルコキシである。いくつかの実施形態では、Ｒ２ｓは、－Ｈである。いくつかの実施形態では、Ｒ２ｓは、－ＯＨである。いくつかの実施形態では、Ｒ２ｓは、ハロゲンである。いくつかの実施形態では、Ｒ２ｓは、－Ｆである。いくつかの実施形態では、Ｒ２ｓは、任意選択により置換されたＣ１～Ｃ６アルコキシである。いくつかの実施形態では、Ｒ２ｓ’は、－Ｈである。いくつかの実施形態では、Ｒ２ｓ’は、－ＯＨである。いくつかの実施形態では、Ｒ２ｓ’は、ハロゲンである。いくつかの実施形態では、Ｒ２ｓ’は、－Ｆである。いくつかの実施形態では、Ｒ２ｓ’は、任意選択により置換されたＣ１～Ｃ６アルコキシである。いくつかの実施形態では、ＢＡｓは、－Ｈである。いくつかの実施形態では、ＢＡｓは、任意選択により置換された又は保護された核酸塩基である。いくつかの実施形態では、ＢＡｓは、ＢＡである。いくつかの実施形態では、ＢＡなどの核酸塩基は、オリゴヌクレオチド合成のために任意選択により置換されるか又は保護される。糖及び核酸塩基を含むある特定のそのようなヌクレオシド並びにその使用は、国際公開第２０２０／１５４３４２号に記載される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、そのようなヌクレオシドを含む。いくつかの実施形態では、ホスホラミダイトは、そのようなヌクレオシドを含む（いくつかの実施形態では、１つの連結部位（例えば、－ＣＨ２－連結部位）は、任意選択により置換された－ＯＨ、例えば、（－ＯＤＭＴｒ）に結合され、１つの連結部位（例えば、環連結部位）は、ホスホラミダイトのＰにも結合されるＯに結合される）。いくつかの実施形態では、５’側のすぐ隣のヌクレオシド（例えば、Ｎ１）、反対側のヌクレオシド（Ｎ０）及び３’側のすぐ隣のヌクレオシド（例えば、Ｎ－１）の１つ以上又は各々は、独立して、そのようなヌクレオシドである。
いくつかの実施形態では、修飾された糖を含むヌクレオシドは、
Figure 2022551124000238
の構造又はその塩形態（式中、Ｒ６ｓ及びＲ７ｓの各々は、独立して、Ｒｓであり、ＢＡｓは、－Ｈ又は任意選択により置換された若しくは保護された核酸塩基（例えば、ＢＡ）であり、Ｒｓは、独立して、本明細書に記載されるとおりである）を有する。いくつかの実施形態では、Ｒ６ｓは、－Ｈ、－ＯＨ又はハロゲンであり、Ｒ７ｓは、－Ｈ、－ＯＨ、ハロゲン又は任意選択により置換されたＣ１～Ｃ６アルコキシである。いくつかの実施形態では、ＢＡｓは、－Ｈである。いくつかの実施形態では、ＢＡｓは、任意選択により置換された又は保護された核酸塩基である。いくつかの実施形態では、ＢＡｓは、ＢＡである。いくつかの実施形態では、修飾された糖を含むヌクレオシドは、
Figure 2022551124000239
の構造又はその塩形態（式中、Ｒ８ｓ及びＲ９ｓの各々は、独立してＲｓであり、Ｒｓ及びＢＡｓの各々は、独立して、本明細書に記載されるとおりである）を有する。いくつかの実施形態では、Ｒ８ｓは、－Ｈ又は－ハロゲンであり、Ｒ９ｓは、－Ｈ、－ＯＨ、ハロゲン、又は任意選択により置換されたＣ１～Ｃ６アルコキシである。いくつかの実施形態では、修飾された糖を含むヌクレオシドは、
Figure 2022551124000240
の構造又はその塩形態（式中、Ｒ１０ｓ及びＲ１１ｓの各々は、独立してＲｓであり、Ｒｓ及びＢＡｓの各々は、独立して、本明細書に記載されるとおりである）を有する。いくつかの実施形態では、Ｒ１０ｓは、－Ｈ又は－ハロゲンであり、Ｒ１１ｓは、－Ｈ、－ＯＨ、ハロゲン、又は任意選択により置換されたＣ１～Ｃ６アルコキシである。いくつかの実施形態では、修飾された糖を含むヌクレオシドは、
Figure 2022551124000241
の構造又はその塩形態（式中、ＢＡｓは、本明細書に記載されるとおりである）を有する。当業者は、いくつかの実施形態では、窒素が結合リンに直接的に結合され得ることを理解する。いくつかの実施形態では、ハロゲンは、－Ｆである。いくつかの実施形態では、ＢＡｓは、－Ｈである。いくつかの実施形態では、ＢＡｓは、任意選択により置換された又は保護された核酸塩基である。いくつかの実施形態では、ＢＡｓは、ＢＡである。いくつかの実施形態では、ＢＡなどの核酸塩基は、オリゴヌクレオチド合成のために任意選択により置換されるか又は保護される。糖及び核酸塩基を含むある特定のそのようなヌクレオシド並びにその使用は、国際公開第２０２０／１５４３４３号に記載される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、そのようなヌクレオシドを含む。いくつかの実施形態では、ホスホラミダイトは、そのようなヌクレオシドを含む（いくつかの実施形態では、１つの連結部位（例えば、－ＣＨ２－連結部位）は、任意選択により置換された－ＯＨ、例えば、－ＯＤＭＴｒに結合され、１つの連結部位（例えば、環連結部位）は、ホスホラミダイトのＰ（例えば、連結する環原子がＮであるとき）又はホスホラミダイトのＰにも結合されるＯ（例えば、連結する環原子がＣであるとき）に結合される）。いくつかの実施形態では、５’側のすぐ隣のヌクレオシド（例えば、Ｎ１）、反対側のヌクレオシド（Ｎ０）及び３’側のすぐ隣のヌクレオシド（例えば、Ｎ－１）の１つ以上又は各々は、独立して、そのようなヌクレオシドである。
いくつかの実施形態では、修飾された糖を含むヌクレオシドは、
Figure 2022551124000242
の構造又はその塩形態（式中、各可変要素は、本明細書に記載されるとおりである）を有する。いくつかの実施形態では、修飾された糖を含むヌクレオシドは、
Figure 2022551124000243
の構造又はその塩形態（式中、各可変要素は、本明細書に記載されるとおりである）を有する。いくつかの実施形態では、修飾された糖を含むヌクレオシドは、
Figure 2022551124000244
の構造又はその塩形態（式中、各可変要素は、本明細書に記載されるとおりである）を有する。いくつかの実施形態では、修飾された糖を含むヌクレオシドは、
Figure 2022551124000245
の構造又はその塩形態（式中、Ｒ１２ｓはＲｓであり、Ｒｓ及びＢＡｓの各々は、独立して、本明細書に記載されるとおりである）を有する。いくつかの実施形態では、Ｒ１２ｓは、－Ｈ、－ＯＨ、ハロゲン、任意選択により置換されたＣ１～６アルキル、任意選択により置換されたＣ１～６ヘテロアルキル、又は任意選択により置換されたＣ１～６アルコキシである。いくつかの実施形態では、ハロゲンは、－Ｆである。いくつかの実施形態では、修飾された糖を含むヌクレオシドは、
Figure 2022551124000246
の構造又はその塩形態（式中、各可変要素は、本明細書に記載されるとおりである）を有する。いくつかの実施形態では、修飾された糖を含むヌクレオチドは、
Figure 2022551124000247
の構造又はその塩形態（式中、Ｒ１３ｓはＲｓであり、Ｒｓ及びＢＡｓの各々は、独立して、本明細書に記載されるとおりである）を有する。いくつかの実施形態では、Ｒ１３ｓは、－Ｈ又は任意選択により置換されたＣ１～Ｃ６アルキルである。いくつかの実施形態では、修飾された糖を含むヌクレオシドは、
Figure 2022551124000248
の構造又はその塩形態（式中、各可変要素は、本明細書に記載されるとおりである）を有する。いくつかの実施形態では、修飾された糖を含むヌクレオチドは、
Figure 2022551124000249
の構造又はその塩形態（式中、各可変要素は、本明細書に記載されるとおりである）を有する。いくつかの実施形態では、結合は、アミド結合である。いくつかの実施形態では、ＢＡｓは、－Ｈである。いくつかの実施形態では、ＢＡｓは、任意選択により置換された又は保護された核酸塩基である。いくつかの実施形態では、ＢＡｓは、ＢＡである。いくつかの実施形態では、ＢＡなどの核酸塩基は、オリゴヌクレオチド合成のために任意選択により置換されるか又は保護される。糖及び核酸塩基を含むある特定のそのようなヌクレオシド及びヌクレオチド並びにその使用は、国際公開第２０２０／１５４３４４号に記載される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、そのようなヌクレオシドを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、そのようなヌクレオシドを含む（いくつかの実施形態では、１つの連結部位（例えば、－ＣＨ２－連結部位）は、任意選択により置換された－ＯＨ、例えば、（－ＯＤＭＴｒ）に結合され、１つの連結部位（例えば、環連結部位）は、ホスホラミダイトのＰにも結合されるＯに結合される）。いくつかの実施形態では、５’側のすぐ隣のヌクレオシド（例えば、Ｎ１）、反対側のヌクレオシド（Ｎ０）及び３’側のすぐ隣のヌクレオシド（例えば、Ｎ－１）の１つ以上又は各々は、独立して、そのようなヌクレオシドである。
いくつかの実施形態では、糖は、非環式糖、例えば、ＵＮＡ糖である。いくつかの実施形態では、糖は、任意選択により置換された
Figure 2022551124000250
である。いくつかの実施形態では、２’位は、任意選択により置換される。いくつかの実施形態では、糖は、
Figure 2022551124000251
である。いくつかの実施形態では、糖は、
Figure 2022551124000252
の構造を有する。いくつかの実施形態では、Ｒ２ｓは、－ＯＨである。
いくつかの実施形態では、Ｒ１ｓ、Ｒ２ｓ、Ｒ３ｓ、Ｒ４ｓ、及びＲ５ｓの各々は、独立して、Ｒｓであり、Ｒｓは、独立して、－Ｈ、ハロゲン、－ＣＮ、－Ｎ３、－ＮＯ、－ＮＯ２、－Ｌｓ－Ｒ’、－Ｌｓ－Ｓｉ（Ｒ’）３、－Ｌｓ－ＯＲ’、－Ｌｓ－ＳＲ’、－Ｌｓ－Ｎ（Ｒ’）２、－Ｏ－Ｌｓ－Ｒ’、－Ｏ－Ｌｓ－Ｓｉ（Ｒ）３、－Ｏ－Ｌｓ－ＯＲ’、－Ｏ－Ｌｓ－ＳＲ’、又は－Ｏ－Ｌｓ－Ｎ（Ｒ’）２であり；Ｌｓは、本明細書に記載されるとおりのＬＢであり、それぞれの他の可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである。いくつかの実施形態では、Ｒ１ｓ及びＲ２ｓの各々は、独立して、Ｒｓである。いくつかの実施形態では、Ｒｓは、－Ｈである。いくつかの実施形態では、Ｒｓは、－Ｈではない。いくつかの実施形態では、Ｌｓは、共有結合である。いくつかの実施形態では、Ｒ２ｓ及びＲ４ｓの各々は、独立して、－Ｈ、－Ｆ、－ＯＲ、－Ｎ（Ｒ）２である。いくつかの実施形態では、Ｒ２ｓは、－Ｈ、－Ｆ、－ＯＲ、－Ｎ（Ｒ）２である。いくつかの実施形態では、Ｒ４ｓは、－Ｈである。いくつかの実施形態では、Ｒ２ｓ及びＲ４ｓは、２’－Ｏ－Ｌｓ－（式中、Ｌｓは、任意選択により置換されたＣ１～６アルキレンである）を形成する。いくつかの実施形態では、Ｌｓは、任意選択により置換された－ＣＨ２－である。いくつかの実施形態では、Ｌｓは、任意選択により置換された－ＣＨ２－である。
いくつかの実施形態では、Ｒは、水素である。いくつかの実施形態では、Ｒは、水素ではない。いくつかの実施形態では、Ｒは、Ｃ１～１０脂肪族、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立して選択される１～１０個のヘテロ原子を有するＣ１～１０ヘテロ脂肪族、Ｃ６～２０アリール、酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立して選択される１～１０個のヘテロ原子を有する５～２０員ヘテロアリール環、並びに酸素、窒素、硫黄、リン及びケイ素から独立して選択される１～１０個のヘテロ原子を有する３～２０員複素環式環から選択される任意選択により置換された基である。
いくつかの実施形態では、Ｒは、任意選択により置換されたＣ１～３０脂肪族である。いくつかの実施形態では、Ｒは、任意選択により置換されたＣ１～２０脂肪族である。いくつかの実施形態では、Ｒは、任意選択により置換されたＣ１～１５脂肪族である。いくつかの実施形態では、Ｒは、任意選択により置換されたＣ１～１０脂肪族である。いくつかの実施形態では、Ｒは、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である。いくつかの実施形態では、Ｒは、任意選択により置換されたＣ１～６アルキルである。いくつかの実施形態では、Ｒは、任意選択により置換されたヘキシル、ペンチル、ブチル、プロピル、エチル又はメチルである。いくつかの実施形態では、Ｒは、任意選択により置換されたヘキシルである。いくつかの実施形態では、Ｒは、任意選択により置換されたペンチルである。いくつかの実施形態では、Ｒは、任意選択により置換されたブチルである。いくつかの実施形態では、Ｒは、任意選択により置換されたプロピルである。いくつかの実施形態では、Ｒは、任意選択により置換されたエチルである。いくつかの実施形態では、Ｒは、任意選択により置換されたメチルである。いくつかの実施形態では、Ｒは、ヘキシルである。いくつかの実施形態では、Ｒは、ペンチルである。いくつかの実施形態では、Ｒは、ブチルである。いくつかの実施形態では、Ｒは、プロピルである。いくつかの実施形態では、Ｒは、エチルである。いくつかの実施形態では、Ｒは、メチルである。いくつかの実施形態では、Ｒは、イソプロピルである。いくつかの実施形態では、Ｒは、ｎ－プロピルである。いくつかの実施形態では、Ｒは、ｔｅｒｔ－ブチルである。いくつかの実施形態では、Ｒは、ｓｅｃ－ブチルである。いくつかの実施形態では、Ｒは、ｎ－ブチルである。いくつかの実施形態では、Ｒは、－（ＣＨ２）２ＯＣＨ３である。
いくつかの実施形態では、Ｒは、任意選択により置換されたフェニルである。いくつかの実施形態では、Ｒは、フェニルである。
いくつかの実施形態では、Ｒ２ｓは、本開示に記載されるとおりの２’－修飾であり、Ｒ４ｓは、－Ｈである。いくつかの実施形態では、Ｒ２ｓは、－ＯＲ（式中、Ｒは、水素ではない）である。いくつかの実施形態では、Ｒ２ｓは、－Ｆである。いくつかの実施形態では、Ｒ２ｓは、－ＯＭｅである。いくつかの実施形態では、Ｒ２ｓは、例えば、表１において利用される様々なＸｅｏ（Ｘは、ｍ５Ｃ、Ｔ、Ｇ、Ａなどである）において－ＯＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、Ｒ２ｓは、－Ｈ、－Ｆ、及び－ＯＲ（式中、Ｒは、任意選択により置換されたＣ１～６アルキルである）から選択される。いくつかの実施形態では、Ｒ２ｓは、－Ｈ、－Ｆ、及び－ＯＭｅから選択される。
いくつかの実施形態では、糖は、二環式糖、例えば、Ｒ２ｓ及びＲ４ｓを合わせて、本開示に記載されるとおりの任意選択により置換された環を形成する糖である。いくつかの実施形態では、糖は、ＬＮＡ糖、ＢＮＡ糖、ｃＥｔ糖などから選択される。いくつかの実施形態では、架橋は、２’と４’－炭素原子（それらの介在原子と合わせて、本明細書に記載されるとおりの任意選択により置換された環を形成するために合わせられたＲ２ｓ及びＲ４ｓに対応する）の間にある。いくつかの実施形態では、架橋は、２’－Ｌａ－Ｌｂ－４’（式中、Ｌａは、－Ｏ－、－Ｓ－又はＮ（Ｒ）であり、Ｌｂは、任意選択により置換されたＣ１～４二価脂肪族鎖、例えば、メチレンである）である。
いくつかの実施形態では、糖は、２’－ＯＭｅ、２’－ＭＯＥ、２’－Ｆ、ＬＮＡ（ロックド核酸）糖、ＥＮＡ（エチレン架橋核酸）糖、ＢＮＡ（ＮＭｅ）（メチルアミノ架橋核酸）糖、２’－Ｆ ＡＮＡ（２’－Ｆアラビノース）、アルファ－ＤＮＡ（アルファ－Ｄ－リボース）、２’／５’ＯＤＮ（例えば、２’／５’結合オリゴヌクレオチド）、Ｉｎｖ（反転糖、例えば、反転デオキシリボース）、ＡｍＲ（アミノ－リボース）、チオＲ（チオール－リボース）、ＨＮＡ（ヘキソース核酸）、ＣｅＮＡ（シクロヘキセン核酸）、又はＭＯＲ（モルホリノ）糖である。
本開示を読んだ後の当業者は、様々な型の糖修飾が知られ、本開示に従って利用され得ることを理解することになる。いくつかの実施形態では、糖修飾は、２’－修飾（例えば、Ｒ２ｓ）である。いくつかの実施形態では、２’－修飾は、２’－Ｆである。いくつかの実施形態では、２’－修飾は、２’－ＯＲ（式中、Ｒは水素ではない）である。いくつかの実施形態では、２’－修飾は、２’－ＯＲ（式中、Ｒは、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である）である。いくつかの実施形態では、２’－修飾は、２’－ＯＲ（式中、Ｒは、任意選択により置換されたＣ１～６アルキルである）である。いくつかの実施形態では、２’－修飾は、２’－ＯＭｅである。いくつかの実施形態では、２’－修飾は、２’－ＭＯＥである。いくつかの実施形態では、２’－修飾は、糖部分の２’－炭素を糖部分の別の炭素に連結する－Ｏ－Ｌｂ－又は－Ｌｂ－Ｌｂ－である。いくつかの実施形態では、２’－修飾は、糖部分の２’－炭素を糖部分の４’－炭素に連結する２’－Ｏ－Ｌｂ－４’又は２’－Ｌｂ－Ｌｂ－４’である。いくつかの実施形態では、２’－修飾は、Ｓ－ｃＥｔである。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、ＬＮＡ糖である。いくつかの実施形態では、－Ｌｂ－は、－Ｃ（Ｒ）２－である。いくつかの実施形態では、２’－修飾は、（Ｃ２－Ｏ－Ｃ（Ｒ）２－Ｃ４）（式中、各Ｒは、独立して、本開示に記載されるとおりである）である。いくつかの実施形態では、２’－修飾は、ＬＮＡ糖修飾（Ｃ２－Ｏ－ＣＨ２－ＣＨ４）である。いくつかの実施形態では、２’－修飾は、（Ｃ２－Ｏ－ＣＨＲ－Ｃ４）（式中、Ｒは、本開示に記載されるとおりである）である。いくつかの実施形態では、２’－修飾は、（Ｃ２－Ｏ－（Ｒ）－ＣＨＲ－Ｃ４）（式中、Ｒは、本開示に記載されるとおりであり、水素ではない）である。いくつかの実施形態では、２’－修飾は、（Ｃ２－Ｏ－（Ｓ）－ＣＨＲ－Ｃ４）（式中、Ｒは、本開示に記載されるとおりであり、水素ではない）である。いくつかの実施形態では、Ｒは、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である。いくつかの実施形態では、Ｒは、任意選択により置換されたＣ１～６アルキルである。いくつかの実施形態では、Ｒは、置換されていないＣ１～６アルキルである。いくつかの実施形態では、Ｒは、メチルである。いくつかの実施形態では、Ｒは、エチルである。いくつかの実施形態では、２’－修飾は、（Ｃ２－Ｏ－ＣＨＲ－Ｃ４）（式中、Ｒは、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である）である。いくつかの実施形態では、２’－修飾は、（Ｃ２－Ｏ－ＣＨＲ－Ｃ４）（式中、Ｒは、任意選択により置換されたＣ１～６アルキルである）である。いくつかの実施形態では、２’－修飾は、（Ｃ２－Ｏ－ＣＨＲ－Ｃ４）（式中、Ｒは、メチルである）である。いくつかの実施形態では、２’－修飾は、（Ｃ２－Ｏ－ＣＨＲ－Ｃ４）（式中、Ｒは、エチルである）である。いくつかの実施形態では、２’－修飾は、（Ｃ２－Ｏ－（Ｒ）－ＣＨＲ－Ｃ４）（式中、Ｒは、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である）である。いくつかの実施形態では、２’－修飾は、（Ｃ２－Ｏ－（Ｒ）－ＣＨＲ－Ｃ４）（式中、Ｒは、任意選択により置換されたＣ１～６アルキルである）である。いくつかの実施形態では、２’－修飾は、（Ｃ２－Ｏ－（Ｒ）－ＣＨＲ－Ｃ４）（式中、Ｒは、メチルである）である。いくつかの実施形態では、２’－修飾は、（Ｃ２－Ｏ－（Ｒ）－ＣＨＲ－Ｃ４）（式中、Ｒは、エチルである）である。いくつかの実施形態では、２’－修飾は、（Ｃ２－Ｏ－（Ｓ）－ＣＨＲ－Ｃ４）（式中、Ｒは、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である）である。いくつかの実施形態では、２’－修飾は、（Ｃ２－Ｏ－（Ｓ）－ＣＨＲ－Ｃ４）（式中、Ｒは、任意選択により置換されたＣ１～６アルキルである）である。いくつかの実施形態では、２’－修飾は、（Ｃ２－Ｏ－（Ｓ）－ＣＨＲ－Ｃ４）（式中、Ｒは、メチルである）である。いくつかの実施形態では、２’－修飾は、（Ｃ２－Ｏ－（Ｓ）－ＣＨＲ－Ｃ４）（式中、Ｒは、エチルである）である。いくつかの実施形態では、２’－修飾は、Ｃ２－Ｏ－（Ｒ）－ＣＨ（ＣＨ２ＣＨ３）－Ｃ４である。いくつかの実施形態では、２’－修飾は、Ｃ２－Ｏ－（Ｓ）－ＣＨ（ＣＨ２ＣＨ３）－Ｃ４である。いくつかの実施形態では、糖は、天然のＤＮＡ糖である。いくつかの実施形態では、糖は、天然のＲＮＡ糖である。いくつかの実施形態では、糖は、任意選択により置換された天然のＤＮＡ糖である。いくつかの実施形態では、糖は、２’で任意選択により置換された天然のＤＮＡ糖である。いくつかの実施形態では、糖は、２’で置換された（２’－修飾）天然のＤＮＡ糖である。いくつかの実施形態では、糖は、２’で修飾された（２’－修飾）天然のＤＮＡ糖である。
いくつかの実施形態では、糖は、任意選択により置換されたリボース又はデオキシリボースである。いくつかの実施形態では、糖は、任意選択により修飾されたリボース又はデオキシリボースであり、リボース又はデオキシリボース部分の１つ以上のヒドロキシル基は、任意選択により且つ独立して、ハロゲン、Ｒ’、－Ｎ（Ｒ’）２、－ＯＲ’、又は－ＳＲ’（式中、各Ｒ’は、本明細書に記載されるとおりである）によって置き換えられる。いくつかの実施形態では、糖は、任意選択により置換されたデオキシリボースであり、デオキシリボースの２’位は、任意選択により置換される。いくつかの実施形態では、糖は、任意選択により置換されたデオキシリボースであり、デオキシリボースの２’位は、任意選択により、ハロゲン、Ｒ’、－Ｎ（Ｒ’）２、－ＯＲ’、又は－ＳＲ’（式中、各Ｒ’は、独立して、本開示に記載される）で置換される。いくつかの実施形態では、糖は、任意選択により置換されたデオキシリボースであり、デオキシリボースの２’位は、任意選択により、ハロゲンで置換される。いくつかの実施形態では、糖は、任意選択により置換されたデオキシリボースであり、デオキシリボースの２’位は、任意選択により、１つ以上の－Ｆで置換される。いくつかの実施形態では、糖は、任意選択により置換されたデオキシリボースであり、デオキシリボースの２’位は、任意選択により、－ＯＲ’（式中、各Ｒ’は、独立して、本開示に記載される）で置換される。いくつかの実施形態では、糖は、任意選択により置換されたデオキシリボースであり、デオキシリボースの２’位は、任意選択により、－ＯＲ’（式中、各Ｒ’は、独立して、任意選択により置換されたＣ１～Ｃ６脂肪族である）で置換される。いくつかの実施形態では、糖は、任意選択により置換されたデオキシリボースであり、デオキシリボースの２’位は、任意選択により、－ＯＲ’（式中、各Ｒ’は、独立して、任意選択により置換されたＣ１～Ｃ６アルキルである）で置換される。いくつかの実施形態では、糖は、任意選択により置換されたデオキシリボースであり、デオキシリボースの２’位は、任意選択により、－ＯＭｅで置換される。いくつかの実施形態では、糖は、任意選択により置換されたデオキシリボースであり、デオキシリボースの２’位は、任意選択により、－Ｏ－メトキシエチルで置換される。
いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、１つ以上の修飾された糖を含む。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、１つ以上の修飾された糖及び１つ以上の天然の糖を含む。
二環式糖の例としては、アルファ－Ｌ－メチレンオキシ（４’－ＣＨ２－Ｏ－２’）ＬＮＡ、ベータ－Ｄ－メチレンオキシ（４’－ＣＨ２－Ｏ－２’）ＬＮＡ，エチレンオキシ（４’－（ＣＨ２）２－Ｏ－２’）ＬＮＡ、アミノオキシ（４’－ＣＨ２－Ｏ－Ｎ（Ｒ）－２’）ＬＮＡ、及びオキシアミノ（４’－ＣＨ２－Ｎ（Ｒ）－Ｏ－２’）ＬＮＡの糖が挙げられる。いくつかの実施形態では、二環式糖、例えば、ＬＮＡ又はＢＮＡ糖は、２つの糖炭素の間に少なくとも１つの架橋を有する糖である。いくつかの実施形態では、ヌクレオシド中の二環式糖は、アルファ－Ｌ－リボフラノース又はベータ－Ｄ－リボフラノースの立体化学的配置を有し得る。
いくつかの実施形態では、二環式糖はさらに、異性体配置によって定義され得る。例えば、４’－（ＣＨ２）－Ｏ－２’架橋を含む糖は、アルファ－Ｌ配置又はベータ－Ｄ配置において存在し得る。いくつかの実施形態では、４’～２’架橋は、－Ｌ－４’－（ＣＨ２）－Ｏ－２’、ｂ－Ｄ－４’－ＣＨ２－Ｏ－２’、４’－（ＣＨ２）２－Ｏ－２’、４’－ＣＨ２－Ｏ－Ｎ（Ｒ’）－２’、４’－ＣＨ２－Ｎ（Ｒ’）－Ｏ－２’、４’－ＣＨ（Ｒ’）－Ｏ－２’、４’－ＣＨ（ＣＨ３）－Ｏ－２’、４’－ＣＨ２－Ｓ－２’、４’－ＣＨ２－Ｎ（Ｒ’）－２’、４’－ＣＨ２－ＣＨ（Ｒ’）－２’、４’－ＣＨ２－ＣＨ（ＣＨ３）－２’、及び４’－（ＣＨ２）３－２’であり、各Ｒ’は、本開示に記載されるとおりである。いくつかの実施形態では、Ｒ’は、－Ｈ、保護基又は任意選択により置換されたＣ１～Ｃ１２アルキルである。いくつかの実施形態では、Ｒ’は、－Ｈ又は任意選択により置換されたＣ１～Ｃ１２アルキルである。
いくつかの実施形態では、二環式糖は、アルファ－Ｌ－メチレンオキシ（４’－ＣＨ２－Ｏ－２’）ＢＮＡ、ベータ－Ｄ－メチレンオキシ（４’－ＣＨ２－Ｏ－２’）ＢＮＡ、エチレンオキシ（４’－（ＣＨ２）２－Ｏ－２’）ＢＮＡ、アミノオキシ（４’－ＣＨ２－Ｏ－Ｎ（Ｒ）－２’）ＢＮＡ、オキシアミノ（４’－ＣＨ２－Ｎ（Ｒ）－Ｏ－２’）ＢＮＡ、メチル（メチレンオキシ）（４’－ＣＨ（ＣＨ３）－Ｏ－２’）ＢＮＡ（拘束エチル又はｃＥｔとも称される）、メチレン－チオ（４’－ＣＨ２－Ｓ－２’）ＢＮＡ、メチレン－アミノ（４’－ＣＨ２－Ｎ（Ｒ）－２’）ＢＮＡ、メチル炭素環式（４’－ＣＨ２－ＣＨ（ＣＨ３）－２’）ＢＮＡ、プロピレン炭素環式（４’－（ＣＨ２）３－２’）ＢＮＡ、又はビニルＢＮＡの糖である。
いくつかの実施形態では、糖修飾は、米国特許第９００６１９８号に記載される修飾である。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、米国特許第９００６１９８号に記載される いくつかの実施形態では、糖修飾は、各々の糖修飾及び修飾された糖が独立して参照により本明細書に組み込まれる、米国特許第９３９４３３３号、米国特許第９７４４１８３号、米国特許第９６０５０１９号、米国特許第９９８２２５７号、米国特許第２０１７００３７３９９号、米国特許第２０１８０２１６１０８号、米国特許第２０１８０２１６１０７号、米国特許第９５９８４５８号、国際公開第２０１７／０６２８６２号、国際公開第２０１８／０６７９７３号、国際公開第２０１７／１６０７４１号、国際公開第２０１７／１９２６７９号、国際公開第２０１７／２１０６４７号、国際公開第２０１８／０９８２６４号、国際公開第２０１８／０２２４７３号、国際公開第２０１８／２２３０５６号、国際公開第２０１８／２２３０７３号、国際公開第２０１８／２２３０８１号、国際公開第２０１８／２３７１９４号、国際公開第２０１９／０３２６０７号、国際公開第２０１９／０３２６１２号、国際公開第２０１９／０５５９５１号、国際公開第２０１９／０７５３５７号、国際公開第２０１９／２００１８５号、国際公開第２０１９／２１７７８４号、国際公開第２０１９／０３２６１２号、及び／又は国際公開第２０２０／１９１２５２号に記載される修飾である。
いくつかの実施形態では、修飾された糖は、米国特許第５６５８８７３号、米国特許第５１１８８００号、米国特許第５３９３８７８号、米国特許第５５１４７８５号、米国特許第５６２７０５３号、米国特許第７０３４１３３号；同第７０８４１２５号、米国特許第７３９９８４５号、米国特許第５３１９０８０号、米国特許第５５９１７２２号、米国特許第５５９７９０９号、米国特許第５４６６７８６号、米国特許第６２６８４９０号、米国特許第６５２５１９１号、米国特許第５５１９１３４号、米国特許第５５７６４２７号、米国特許第６７９４４９９号、米国特許第６９９８４８４号、米国特許第７０５３２０７号、米国特許第４９８１９５７号、米国特許第５３５９０４４号、米国特許第６７７０７４８号、米国特許第７４２７６７２号、米国特許第５４４６１３７号、米国特許第６６７０４６１号、米国特許第７５６９６８６号、米国特許第７７４１４５７号、米国特許第８０２２１９３号、米国特許第８０３０４６７号、米国特許第８２７８４２５号、米国特許第５６１０３００号、米国特許第５６４６２６５号、米国特許第８２７８４２６号、米国特許第５５６７８１１号、米国特許第５７００９２０号、米国特許第８２７８２８３号、米国特許第５６３９８７３号、米国特許第５６７０６３３号、米国特許第８３１４２２７号、米国特許出願公開第２００８／００３９６１８号又は米国特許出願公開第２００９／００１２２８１号に記載されるものである。
いくつかの実施形態では、糖修飾は、２’－ＯＭｅ、２’－ＭＯＥ、２’－ＬＮＡ、２’－Ｆ、５’－ビニル、又はＳ－ｃＥｔである。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、ＦＲＮＡ、ＦＡＮＡ、又はモルホリノの糖である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、核酸類似体、例えば、ＧＮＡ、ＬＮＡ、ＰＮＡ、ＴＮＡ、Ｆ－ＨＮＡ（Ｆ－ＴＨＰ又は３’－フルオロテトラヒドロピラン）、ＭＮＡ（マンニトール核酸、例えば、Leumann 2002 Bioorg.Med.Chem.10:841-854）、ＡＮＡ（アニトール核酸）、若しくはモルホリノ、又はその部分を含む。いくつかの実施形態では、糖修飾は、天然の糖を別の環式又は非環式部分で置き換える。そのような部分の例は、モルホリノ、グリコール核酸において使用されるものなど、当技術分野で広く知られており、本開示に従って利用され得る。当業者によって理解されるとおり、修飾された糖とともに利用されるとき、いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、例えば、モルホリノ、ＰＮＡなどのように修飾され得る。
いくつかの実施形態では、糖は、６位で（Ｒ）又は（Ｓ）－キラリティーのいずれかを有する６’－修飾された二環式糖、例えば、米国特許第７３９９８４５号に記載されるものである。いくつかの実施形態では、糖は、５位で（Ｒ）又は（Ｓ）－キラリティーのいずれかを有する５’－修飾された二環式糖、例えば、米国特許出願公開第２００７０２８７８３１号に記載されるものである。
いくつかの実施形態では、修飾された糖は、－Ｆ；－ＣＦ３、－ＣＮ、－Ｎ３、－ＮＯ、－ＮＯ２、－ＯＲ’、－ＳＲ’、又は－Ｎ（Ｒ’）２（式中、各Ｒ’は、独立して、本開示に記載される）；－Ｏ－（Ｃ１～Ｃ１０アルキル）、－Ｓ－（Ｃ１～Ｃ１０アルキル）、－ＮＨ－（Ｃ１～Ｃ１０アルキル）、又は－Ｎ（Ｃ１～Ｃ１０アルキル）２；－Ｏ－（Ｃ２～Ｃ１０アルケニル）、－Ｓ－（Ｃ２～Ｃ１０アルケニル）、－ＮＨ－（Ｃ２～Ｃ１０アルケニル）、又は－Ｎ（Ｃ２～Ｃ１０アルケニル）２；－Ｏ－（Ｃ２～Ｃ１０アルキニル）、－Ｓ－（Ｃ２～Ｃ１０アルキニル）、－ＮＨ－（Ｃ２～Ｃ１０アルキニル）、又は－Ｎ（Ｃ２～Ｃ１０アルキニル）２；又は－Ｏ－（Ｃ１～Ｃ１０アルキレン）－Ｏ－（Ｃ１～Ｃ１０アルキル）、－Ｏ－（Ｃ１～Ｃ１０アルキレン）－ＮＨ－（Ｃ１～Ｃ１０アルキル）若しくは－Ｏ－（Ｃ１～Ｃ１０アルキレン）－ＮＨ（Ｃ１～Ｃ１０アルキル）２、－ＮＨ－（Ｃ１～Ｃ１０アルキレン）－Ｏ－（Ｃ１～Ｃ１０アルキル）、又は－Ｎ（Ｃ１～Ｃ１０アルキル）－（Ｃ１～Ｃ１０アルキレン）－Ｏ－（Ｃ１～Ｃ１０アルキル）（式中、アルキル、アルキレン、アルケニル及びアルキニルの各々は、独立して且つ任意選択により、置換される）から独立して選択される２’位での１つ以上の置換基（典型的には１つの置換基、及び多くの場合アキシャルな位置で）を含有する。いくつかの実施形態では、置換基は、－Ｏ（ＣＨ２）ｎＯＣＨ３、－Ｏ（ＣＨ２）ｎＮＨ２、ＭＯＥ、ＤＭＡＯＥ、又はＤＭＡＥＯＥ（式中、ｎは、１～約１０である）である。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、国際公開第２００１／０８８１９８号；及びMartin et al.,Helv.Chim.Acta,1995,78,486-504に記載されるものである。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、置換されたシリル基、ＲＮＡ切断基、レポーター基、蛍光標識、干渉物質、核酸の薬物動態特性を向上させるための基、核酸の薬力学的特性を向上させるための基、又は同様の特性を有する他の置換基から選択される１つ以上の基を含む。いくつかの実施形態では、修飾は、３’末端ヌクレオシドの糖の３’位又は５’末端ヌクレオシドの５’位を含む２’、３’、４’、又は５’位の１つ以上でなされる。
いくつかの実施形態では、リボースの２’－ＯＨは、－Ｈ、－Ｆ；－ＣＦ３、－ＣＮ、－Ｎ３、－ＮＯ、－ＮＯ２、－ＯＲ’、－ＳＲ’、又は－Ｎ（Ｒ’）２（式中、各Ｒ’は、独立して、本開示に記載される）；－Ｏ－（Ｃ１～Ｃ１０アルキル）、－Ｓ－（Ｃ１～Ｃ１０アルキル）、－ＮＨ－（Ｃ１～Ｃ１０アルキル）、又は－Ｎ（Ｃ１～Ｃ１０アルキル）２；－Ｏ－（Ｃ２～Ｃ１０アルケニル）、－Ｓ－（Ｃ２～Ｃ１０アルケニル）、－ＮＨ－（Ｃ２～Ｃ１０アルケニル）、又は－Ｎ（Ｃ２～Ｃ１０アルケニル）２；－Ｏ－（Ｃ２～Ｃ１０アルキニル）、－Ｓ－（Ｃ２～Ｃ１０アルキニル）、－ＮＨ－（Ｃ２～Ｃ１０アルキニル）、又は－Ｎ（Ｃ２～Ｃ１０アルキニル）２；又は－Ｏ－（Ｃ１～Ｃ１０アルキレン）－Ｏ－（Ｃ１～Ｃ１０アルキル）、－Ｏ－（Ｃ１～Ｃ１０アルキレン）－ＮＨ－（Ｃ１～Ｃ１０アルキル）若しくは－Ｏ－（Ｃ１～Ｃ１０アルキレン）－ＮＨ（Ｃ１～Ｃ１０アルキル）２、－ＮＨ－（Ｃ１～Ｃ１０アルキレン）－Ｏ－（Ｃ１～Ｃ１０アルキル）、又は－Ｎ（Ｃ１～Ｃ１０アルキル）－（Ｃ１～Ｃ１０アルキレン）－Ｏ－（Ｃ１～Ｃ１０アルキル）（式中、アルキル、アルキレン、アルケニル及びアルキニルの各々は、独立して且つ任意選択により、置換される）から選択される基で置き換えられる。いくつかの実施形態では、２’－ＯＨは、－Ｈで置き換えられる（デオキシリボース）。いくつかの実施形態では、２’－ＯＨは、－Ｆで置き換えられる。いくつかの実施形態では、２’－ＯＨは、－ＯＲ’で置き換えられる。いくつかの実施形態では、２’－ＯＨは、－ＯＭｅで置き換えられる。いくつかの実施形態では、２’－ＯＨは、－ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＭｅで置き換えられる。
いくつかの実施形態では、糖修飾は、２’－修飾である。一般的に使用される２’－修飾としては、２’－ＯＲ（式中、Ｒは、水素ではなく、本開示において記載されるとおりである）が挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、修飾は、２’－ＯＲ（式中、Ｒは、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である）である。いくつかの実施形態では、修飾は、２’－ＯＲ（式中、Ｒは、任意選択により置換されたＣ１～６アルキルである）である。いくつかの実施形態では、修飾は、２’－ＯＭｅである。いくつかの実施形態では、修飾は、２’－ＭＯＥである。いくつかの実施形態では、２’－修飾は、Ｓ－ｃＥｔである。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、ＬＮＡ糖である。いくつかの実施形態では、２’－修飾は、－Ｆである。いくつかの実施形態では、２’－修飾は、ＦＡＮＡである。いくつかの実施形態では、２’－修飾は、ＦＲＮＡである。いくつかの実施形態では、糖修飾は、５’－修飾、例えば、５’－Ｍｅである。いくつかの実施形態では、糖修飾は、糖環のサイズを変化させる。いくつかの実施形態では、糖修飾は、ＦＨＮＡにおける糖部分である。
いくつかの実施形態では、糖修飾は、糖部分を別の環式又は非環式部分で置き換える。そのような部分の例は、当技術分野で広く知られており、モルホリノ（任意選択により、そのホスホロジアミデート結合を伴う）、グリコール核酸などにおいて使用されるものが挙げられるが、これらに限定されない。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの糖の１つ以上が修飾される。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、２’－修飾を含む。いくつか実施形態では、それぞれの修飾された糖は、独立して、２’－修飾を含む。いくつかの実施形態では、２’－修飾は、２’－ＯＲである。いくつかの実施形態では、２’－修飾は、２’－ＯＭｅである。いくつかの実施形態では、２’－修飾は、２’－ＭＯＥである。いくつかの実施形態では、２’－修飾は、ＬＮＡ糖修飾である。いくつかの実施形態では、２’－修飾は、２’－Ｆである。いくつかの実施形態では、それぞれの糖修飾は、独立して、２’－修飾である。いくつかの実施形態では、それぞれの糖修飾は、独立して、２’－ＯＲ又は２’－Ｆである。いくつかの実施形態では、それぞれの糖修飾は、独立して、２’－ＯＲ又は２’－Ｆ（式中、Ｒは、任意選択により置換されたＣ１～６アルキルである）である。いくつかの実施形態では、それぞれの糖修飾は、独立して、２’－ＯＲ又は２’－Ｆであり、少なくとも１つは、２’－Ｆである。いくつかの実施形態では、それぞれの糖修飾は、独立して、２’－ＯＲ又は２’－Ｆ（式中、Ｒは、任意選択により置換されたＣ１～６アルキルであり、且つ少なくとも１つは、２’－ＯＲである）である。いくつかの実施形態では、それぞれの糖修飾は、独立して、２’－ＯＲ又は２’－Ｆ（式中、少なくとも１つは、２’－Ｆであり、且つ少なくとも１つは、２’－ＯＲである）である。いくつかの実施形態では、それぞれの糖修飾は、独立して、２’－ＯＲ又は２’－Ｆ（式中、Ｒは、任意選択により置換されたＣ１～６アルキルであり、且つ少なくとも１つは、２’－Ｆであり、且つ少なくとも１つは、２’－ＯＲである）である。いくつかの実施形態では、それぞれの糖修飾は、独立して、２’－ＯＲである。いくつか糖実施形態では、それぞれの糖修飾は、独立して、２’－ＯＲ（式中、Ｒは、任意選択により置換されたＣ１～６アルキルである）である。いくつか糖実施形態では、それぞれの糖修飾は、２’－ＯＭｅである。いくつかの実施形態では、それぞれの糖修飾は、２’－ＭＯＥである。いくつかの実施形態では、それぞれの糖修飾は、独立して、２’－ＯＭｅ又は２’－ＭＯＥである。いくつかの実施形態では、それぞれの糖修飾は、独立して、２’－ＯＭｅ、２’－ＭＯＥ、又はＬＮＡ糖である。
修飾された糖は、ペントフラノシル糖の代わりにシクロブチル又はシクロペンチル部分を含む。そのような修飾された糖の代表例としては、米国特許第４，９８１，９５７号、米国特許第５，１１８，８００号、米国特許第５，３１９，０８０号、又は米国特許第５，３５９，０４４号に記載されるものが挙げられる。いくつかの実施形態では、リボース環内の酸素原子は、窒素、硫黄、セレン、又は炭素によって置き換えられる。いくつかの実施形態では、－Ｏ－は、－Ｎ（Ｒ’）－、－Ｓ－、－Ｓｅ－又は－Ｃ（Ｒ’）２－で置き換えられる。いくつかの実施形態では、修飾された糖は、修飾されたリボースであり、リボース環内の酸素原子は、窒素で置き換えられ、窒素は、任意選択により、アルキル基（例えば、メチル、エチル、イソプロピルなど）で置換される。
修飾された糖の非限定的な例は、例えば、Zhang,R et al.,J.Am.Chem.Soc.,2008,130,5846-5847;Zhang L,et al.,J.Am.Chem.Soc.,2005,127,4174-4175及びTsai CH et al.,PNAS,2007,14598-14603に記載されるとおりのグリセロール核酸（ＧＮＡ）の一部であるグリセロールである。
可動性の核酸（ＦＮＡ）は、例えば、Joyce GF et al.,PNAS,1987,84,4398-4402 and Heuberger BD及びSwitzer C,J.Am.Chem.Soc.,2008,130,412-413に記載されるとおりのホルミルグリセロールの混合型アセタールアミナールに基づく。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド、及び／又はその修飾されたヌクレオシドは、各々の糖及び修飾された糖が独立して参照により本明細書に組み込まれる、国際公開第２０１８／０２２４７３号、国際公開第２０１８／０９８２６４号、国際公開第２０１８／２２３０５６号、国際公開第２０１８／２２３０７３号、国際公開第２０１８／２２３０８１号、国際公開第２０１８／２３７１９４号、国際公開第２０１９／０３２６０７号、国際公開第２０１９／０５５９５１号、国際公開第２０１９／０７５３５７号、国際公開第２０１９／２００１８５号、国際公開第２０１９／２１７７８４号、国際公開第２０１９／０３２６１２号、及び／又は国際公開第２０２０／１９１２５２号に記載されるとおりの糖又は修飾された糖を含む。
いくつかの実施形態では、糖における１つ以上のヒドロキシル基は、任意選択により且つ独立して、Ｒ’－Ｎ（Ｒ’）２、－ＯＲ’、又は－ＳＲ’（式中、各Ｒ’は、独立して、本開示において記載される）で置き換えられる。
いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオシドは、各々の修飾されたヌクレオシドが独立して参照により本明細書に組み込まれる、国際公開第２０１８／０２２４７３号、国際公開第２０１８／０９８２６４号、国際公開第２０１８／２２３０５６号、国際公開第２０１８／２２３０７３号、国際公開第２０１８／２２３０８１号、国際公開第２０１８／２３７１９４号、国際公開第２０１９／０３２６０７号、国際公開第２０１９／０５５９５１号、国際公開第２０１９／０７５３５７号、国際公開第２０１９／２００１８５号、国際公開第２０１９／２１７７８４号、国際公開第２０１９／０３２６１２号、及び／又は国際公開第２０２０／１９１２５２号に記載される任意の修飾されたヌクレオシドである。
いくつかの実施形態では、糖修飾は、５’－ビニル（Ｒ又はＳ）、５’－メチル（Ｒ又はＳ）、２’－ＳＨ、２’－Ｆ、２’－ＯＣＨ３、２’－ＯＣＨ２ＣＨ３、２’－ＯＣＨ２ＣＨ２Ｆ又は２’－Ｏ（ＣＨ２）２０ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、２’位での置換基、例えば、２’－修飾は、アリル、アミノ、アジド、チオ、Ｏ－アリル、Ｏ－Ｃ１～Ｃ１０アルキル、ＯＣＦ３、ＯＣＨ２Ｆ、Ｏ（ＣＨ２）２ＳＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２－Ｏ－Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ）、Ｏ－ＣＨ２－Ｃ（＝Ｏ）－Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ）、及びＯ－ＣＨ２－Ｃ（＝Ｏ）－Ｎ（Ｒ１）－（ＣＨ２）２－Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ）であり、それぞれのアリル、アミノ及びアルキルは、任意選択により置換され、Ｒｌ、Ｒｍ及びＲｎの各々は、独立して、本開示に記載されるとおりのＲ’である。いくつかの実施形態では、Ｒｌ、Ｒｍ及びＲｎの各々は、独立して、－Ｈであるか又は任意選択により置換されたＣ１～Ｃ１０アルキルである。
いくつかの実施形態では、二環式糖は、２つの糖炭素の間、例えば、４’及び２’リボシル環炭素原子の間に架橋、例えば、－Ｌｂ－Ｌｂ－、－Ｌ－などを含む。いくつかの実施形態では、架橋は、４’－（ＣＨ２）－Ｏ－２’（例えば、ＬＮＡ糖）、４’－（ＣＨ２）－Ｓ－２’、４’－（ＣＨ２）２－Ｏ－２’（例えば、ＥＮＡ糖）、４’－ＣＨ（Ｒ’）－Ｏ－２’（例えば、４’－ＣＨ（ＣＨ３）－Ｏ－２’、４’－ＣＨ（ＣＨ２ＯＣＨ３）－Ｏ－２’、及び米国特許第７３９９８４５号における例など）、４’－ＣＨ（Ｒ’）２－Ｏ－２’（例えば、４’－Ｃ（ＣＨ３）（ＣＨ３）－Ｏ－２’及び国際公開第２００９００６４７８号における例など）、４’－ＣＨ２－Ｎ（ＯＲ’）－２’（例えば、４’－ＣＨ２－Ｎ（ＯＣＨ３）－２’、国際公開第２００８１５０７２９号における例など）、４’－ＣＨ２－Ｏ－Ｎ（Ｒ’）－２’（例えば、４’－ＣＨ２－Ｏ－Ｎ（ＣＨ３）－２’、米国特許出願公開第２００４０１７１５７０号における例など）、４’－ＣＨ２－Ｎ（Ｒ’）－Ｏ－２’［例えば、Ｒは、－Ｈ、Ｃ１～Ｃ１２アルキル、又は保護基（例えば、米国特許第７４２７６７２号を参照のこと）］、４’－Ｃ（Ｒ’）２－Ｃ（Ｈ）（Ｒ’）－２’（例えば、４’－ＣＨ２－Ｃ（Ｈ）（ＣＨ３）－２’、Chattopadhyaya et al.,J.Org.Chem.,2009,74,118-134における例など），又は４’－Ｃ（Ｒ’）２－Ｃ（＝Ｃ（Ｒ’）２）－２’（例えば、４’－ＣＨ２－Ｃ（＝ＣＨ２）－２’、国際公開第２００８１５４４０１号における例など）である。
いくつかの実施形態では、糖は、テトラヒドロピラン又はＴＨＰ糖である。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオシドは、典型的な天然のヌクレオシドにおけるペントフラノシル残基に関して置換された６員テトラヒドロピラン糖を有するヌクレオシドであるテトラヒドロピランヌクレオシド又はＴＨＰヌクレオシドである。ＴＨＰ糖及び／又はヌクレオシドとしては、ヘキシトール核酸（ＨＮＡ）、アニトール核酸（ＡＮＡ）、マンニトール核酸（ＭＮＡ）（例えば、Leumann,Bioorg.Med.Chem.,2002,10,841-854）又はフルオロＨＮＡ（Ｆ－ＨＮＡ）において使用されるものが挙げられる。
いくつかの実施形態では、糖は、６個以上の原子及び／又は２個以上のヘテロ原子を有する環、例えば、Braasch et al.,Biochemistry,2002,41,4503-4510；米国特許第５６９８６８５号；米国特許第５１６６３１５号；米国特許第５１８５４４４号；米国特許第５０３４５０６号などに記載されるモルホリノ糖を含む。
当業者は、糖、核酸塩基、ヌクレオチド間結合などの修飾を理解することになり、オリゴヌクレオチド（例えば、表１の様々なオリゴヌクレオチドを参照のこと）と組み合わせて利用されてもよく且つ利用される場合が多い。
いくつかの実施形態では、ヌクレオシドは、天然に存在するヌクレオシドにおけるペントフラノシル残基の代わりに６員シクロヘキセニルを有する。シクロヘキセニルヌクレオシド並びにその調製及び使用の例は、国際公開第２０１００３６６９６号；Robeyns et al.,J.Am.Chem.Soc.,2008,130(6),1979-1984;Horvath et al.,Tetrahedron Letters,2007,48,3621-3623;Nauwelaerts et al.,J.Am.Chem.Soc.,2007,129(30),9340-9348;Gu et al.,Nucleosides,Nucleotides & Nucleic Acids,2005,24(5-7),993-998;Nauwelaerts et al.,Nucleic Acids Research,2005,33(8),2452-2463;Robeyns et al.,Acta Crystallographica,Section F:Structural Biology and Crystallization Communications,2005,F61(6),585-586;Gu et al.,Tetrahedron,2004,60(9),2111-2123;Gu et al.,Oligonucleotides,2003,13(6),479-489;Wang et al.,J.Org.Chem.,2003,68,4499-4505;Verbeure et al.,Nucleic Acids Research,2001,29(24),4941-4947;Wang et al.,J.Org.Chem.,2001,66,8478-82;Wang et al.,Nucleosides,Nucleotides & Nucleic Acids,2001,20(4-7),785-788;Wang et al.,J.Am.Chem.,2000,122,8595-8602；国際公開第２００６０４７８４２号；国際公開第２００１０４９６８７号などに記載される。
多くの単環式、二環式及び三環式環系は、代用の糖（修飾された糖）として好適であり、本開示に従って利用され得る。例えば、Leumann,Christian J.Bioorg.& Med.Chem.,2002,10,841-854を参照されたい。そのような環系は、様々な追加の置換を経て、それらの特性及び／又は活性をさらに増強することができる。
いくつかの実施形態では、２’－修飾された糖は、２’位で修飾されたフラノシル糖である。いくつかの実施形態では、２’－修飾は、ハロゲン、－Ｒ’（式中、Ｒ’は－Ｈではない）、－ＯＲ’（式中、Ｒ’は－Ｈではない）、－ＳＲ’、－Ｎ（Ｒ’）２、任意選択により置換された－ＣＨ２－ＣＨ＝ＣＨ２、任意選択により置換されたアルケニル、又は任意選択により置換されたアルキニルである。いくつかの実施形態では、２’－修飾は、－Ｏ［（ＣＨ２）ｎＯ］ｍＣＨ３、－Ｏ（ＣＨ２）ｎＮＨ２、－Ｏ（ＣＨ２）ｎＣＨ３、－Ｏ（ＣＨ２）ｎＦ、－Ｏ（ＣＨ２）ｎＯＮＨ２、－ＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｈ）ＣＨ３、及び－Ｏ（ＣＨ２）ｎＯＮ［（ＣＨ２）ｎＣＨ３］２（式中、各ｎ及びｍは、独立して、１～約１０である）から選択される。いくつかの実施形態では、２’－修飾は、任意選択により置換されたＣ１～Ｃ１２アルキル、任意選択により置換されたアルケニル、任意選択により置換されたアルキニル、任意選択により置換されたアルカリール、任意選択により置換されたアラルキル、任意選択により置換された－Ｏ－アルカリール、任意選択により置換された－Ｏ－アラルキル、－ＳＨ、－ＳＣＨ３、－ＯＣＮ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、－ＣＮ、－Ｆ、－ＣＦ３、－ＯＣＦ３、－ＳＯＣＨ３、－ＳＯ２ＣＨ３、－ＯＮＯ２、－ＮＯ２、－Ｎ３、－ＮＨ２、任意選択により置換されたヘテロシクロアルキル、任意選択により置換されたヘテロシクロアルカリール、任意選択により置換されたアミノアルキルアミノ、任意選択により置換されたポリアルキルアミノ、置換されたシリル、レポーター基、干渉物質、薬物動態特性を向上させるための基、薬力学的特性を向上させるための基、及び他の置換基である。いくつかの実施形態では、２’－修飾は、２’－ＭＯＥ修飾である（例えば、Baker et al.,J.Biol.Chem.,1997,272,11944-12000を参照のこと）。いくつかの場合において、２’－ＭＯＥ修飾は、修飾されていない糖及び２’－Ｏ－メチル、２’－Ｏ－プロピル、及び２’－Ｏ－アミノプロピルなどのいくつかの他の修飾されたヌクレオシドと比較して、向上した結合親和性を有すると報告されている。２’－ＭＯＥ修飾を有するオリゴヌクレオチドはまた、インビボでの使用のための有望な特徴を有する遺伝子発現を阻害することができると報告されている（例えば、Martin,Helv.Chim.Acta,1995,78,486-504;Altmann et al.,Chimia,1996,50,168-176;Altmann et al.,Biochem.Soc.Trans.,1996,24,630-637;及びAltmann et al.,Nucleosides Nucleotides,1997,16,917-926などを参照のこと）。
いくつかの実施形態では、２’－修飾された又は２’－置換された糖又はヌクレオシドは、－Ｈ（通常、置換基としてみなされない）又は－ＯＨ以外の糖の２’位で置換基を含む糖又はヌクレオシドである。いくつかの実施形態では、２’－修飾された糖は、１つが２’炭素である糖環の２つの炭素原子を連結する架橋を含む二環式糖である。いくつかの実施形態では、２’－修飾は、非架橋、例えば、アリル、アミノ、アジド、チオ、任意選択により置換された－Ｏ－アリル、任意選択により置換された－Ｏ－Ｃ１～Ｃ１０アルキル、－ＯＣＦ３、－Ｏ（ＣＨ２）２ＯＣＨ３、２’－Ｏ（ＣＨ２）２ＳＣＨ３、－Ｏ（ＣＨ２）２ＯＮ（Ｒｍ）（Ｒｎ）、又は－ＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ）（式中、それぞれのＲｍ及びＲｎは、独立して、－Ｈ又は任意選択により置換されたＣ１～Ｃ１０アルキルである）である。
ある特定の修飾された糖、それらの調製及び使用は、米国特許第４９８１９５７号、米国特許第５１１８８００号、米国特許第５３１９０８０号、米国特許第５３５９０４４号、米国特許第５３９３８７８号、米国特許第５４４６１３７号、米国特許第５４６６７８６号、米国特許第５５１４７８５号、米国特許第５５１９１３４号、米国特許第５５６７８１１号、米国特許第５５７６４２７号、米国特許第５５９１７２２号、米国特許第５５９７９０９号、米国特許第５６１０３００号、米国特許第５６２７０５３号、米国特許第５６３９８７３号、米国特許第５６４６２６５号、米国特許第５６７０６３３号、米国特許第５７００９２０号、米国特許第５７９２８４７号、米国特許第６６０００３２号及び国際公開第２００５１２１３７１号に記載される。
いくつかの実施形態では、糖は、Ｎ－メタノカルバ、ＬＮＡ、ｃＭＯＥ ＢＮＡ、ｃＥｔ ＢＮＡ、α－Ｌ－ＬＮＡ若しくは関連する類似体、ＨＮＡ、Ｍｅ－ＡＮＡ、ＭＯＥ－ＡＮＡ、Ａｒａ－ＦＨＮＡ、ＦＨＮＡ、Ｒ－６’－Ｍｅ－ＦＨＮＡ、Ｓ－６’－Ｍｅ－ＦＨＮＡ、ＥＮＡ、又はｃ－ＡＮＡの糖である。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、Ｃ３－アミド（例えば、Ｃ３’に結合されたアミド修飾を有する糖、Mutisya et al.2014 Nucleic Acids Res.2014 Jun 1;42(10):6542-6551）、ホルムアセタール、チオホルムアセタール、ＭＭＩ［例えば、メチレン（メチルイミノ）、Peoc’h et al.2006 Nucleosides and Nucleotides 16（7-9)］、ＰＭＯ（ホスホロジアミデート結合モルホリノ）結合（２つの糖を連結する）、又はＰＮＡ（ペプチド核酸）結合である。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合及び／又は糖の例は、Allerson et al.2005 J.Med.Chem.48:901-4;BMCL 2011 21:1122;BMCL 2011 21:588;BMCL 2012 22:296;Chattopadhyaya et al.2007 J.Am.Chem.Soc.129:8362;Chem.Bio.Chem.2013 14:58;Curr.Prot.Nucl.Acids Chem.2011 1.24.1;Egli et al.2011 J.Am.Chem.Soc.133:16642;Hendrix et al.1997 Chem.Eur.J.3:110;Hyrup et al.1996 Bioorg.Med.Chem.4:5;Imanishi 1997 Tet.Lett.38:8735;J.Am.Chem.Soc.1994,116,3143;J.Med.Chem.2009 52:10;J.Org.Chem.2010 75:1589;Jepsen et al.2004 Oligo.14:130-146;Jones et al.J.Org.Chem.1993,58,2983;Jung et al.2014 ACIEE 53:9893;Kodama et al.2014 AGDS;Koizumi 2003 BMC 11:2211;Koizumi et al.2003 Nuc.Acids Res.12:3267-3273;Koshkin et al.1998 Tetrahedron 54:3607-3630;Kumar et al.1998 Bioo.Med.Chem.Let.8:2219-2222;Lauritsen et al.2002 Chem.Comm.5:530-531;Lauritsen et al.2003 Bioo.Med.Chem.Lett.13:253-256;Lima et al.2012 Cell 150:883-894;Mesmaeker et al.Angew.Chem.,Int.Ed.Engl.1994,33,226;Migawa et al.2013 Org.Lett.15:4316;Mol.Ther.Nucl.Acids 2012 1:e47;Morita et al.2001 Nucl.Acids Res.Supp.1:241-242;Morita et al.2002 Bioo.Med.Chem.Lett.12:73-76;Morita et al.2003 Bioo.Med.Chem.Lett.2211-2226;Murray et al.2012 Nucl.Acids Res.40:6135;Nielsen et al.1997 Chem.Soc.Rev.73;Nielsen et al.1997 J.Chem.Soc.Perkins Transl.1:3423-3433;Obika et al.1997 Tetrahedron Lett.38（50):8735-8;Obika et al.1998 Tetrahedron Lett.39:5401-5404;Obika et al.2008 J.Am.Chem.Soc.130:4886;Obika et al.2011 Org.Lett.13:6050;Oestergaard et al.2014 JOC 79:8877;Pallan et al.2012 Biochem.51:7;Pallan et al.2012 Chem.Comm.48:8195-8197;Petersen et al.2003 TRENDS Biotech.21:74-81;Prakash et al.2010 J.Med.Chem.53:1636;Prakash et al.2015 Nucl.Acids Res.43:2993-3011;Prakash et al.2016 Bioorg.Med.Chem.Lett.26:2817-2820;Rajwanshi et al.1999 Chem.Commun.1395-1396;Schultz et al.1996 Nucleic Acids Res.24:2966;Seth et al.2008 Nucl.Acid Sym.Ser.52:553;Seth et al.2009 J.Med.Chem.52:10-13;Seth et al.2010 J.Am.Chem.Soc.132:14942;Seth et al.2010 J.Med.Chem.53:8309-8318;Seth et al.2010 J.Org.Chem.75:1569-1581;Seth et al.2011 BMCL 21:4690;Seth et al.2012 Bioo.Med.Chem.Lett.22:296-299;Seth et al.2012 Mol.Ther-Nuc.Acids.1,e47;Seth et al.,Nucleic Acids Symposium Series（2008),52(1),553-554;Singh et al.1998 Chem.Comm.1247-1248;Singh et al.1998 J.Org.Chem.63:10035-39;Singh et al.1998 J.Org.Chem.63:6078-6079;Sorensen 2003 Chem.Comm.2130-2131;Starrup et al.2010 Nucl.Acids Res.38:7100;Swayze et al.2007 Nucl.Acids Res.35:687;Ts’o et al.Ann.N.Y.Acad.Sci.1988,507,220;Van Aerschot et al.1995 Angew.Chem.Int.Ed.Engl.34:1338;Vasseur et al.J.Am.Chem.Soc.1992,114,4006；国際公開第２００７０９００７１号；国際公開第２０１６０７９１８１号；米国特許第６３２６１９９号；米国特許第６０６６５００号；又は米国特許第６４４０７３９号において記載される。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその部分（例えば、ドメイン、サブドメインなど）は、高いレベルの２’－Ｆ修飾された糖、例えば、オリゴヌクレオチド又はその部分（例えば、ドメイン、サブドメインなど）の約１０％～１００％（例えば、約２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、若しくはそれ以上、又は約１００％）は、２’－Ｆを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその部分における糖の約５０％以上は、２’－Ｆを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその部分における糖の約６０％以上は、２’－Ｆを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその部分における糖の約７０％以上は、２’－Ｆを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその部分における糖の約８０％以上は、２’－Ｆを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその部分における糖の約９０％以上は、２’－Ｆを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその部分はまた、２’－Ｆを含まない１つ以上の糖（例えば、修飾を含まない糖及び／又は他の修飾を含む糖）を含む。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその部分（例えば、ドメイン、サブドメインなど）における糖の約１％～９５％以下（例えば、約１％、５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％以下など）は、２’－ＭＯＥを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその部分における糖の約５０％以下は、２’－ＭＯＥを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその部分におけるどの糖も、２’－ＭＯＥを含まない。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその部分における１、２、３、４、又は５個以下の糖は、２’－ＭＯＥを含む。
オリゴヌクレオチド又はその類似体を調製するのに有用な様々な追加の糖は、当技術分野で知られ、本開示に従って利用され得る。
ヌクレオチド間結合
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、塩基修飾、糖修飾、及び／又はヌクレオチド間結合修飾を含む。様々なヌクレオチド間結合は、核酸塩基を含む単位、例えば、ヌクレオシドを連結するために本開示に従って利用され得る。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、１つ以上の修飾されたヌクレオチド間結合及び１つ以上の天然のリン酸結合の両方を含む。当業者によって広く知られるとおり、天然のリン酸結合は、天然のＤＮＡ及びＲＮＡ分子に広く見出される；それらは、－ＯＰ（Ｏ）（ＯＨ）Ｏ－の構造を有し、ＤＮＡ及びＲＮＡ中のヌクレオシドにおける糖を連結し、例えば、生理的ｐＨ（約７．４）で様々な塩形態において存在してもよく、天然のリン酸結合は主に、塩形態で存在し、アニオンは、－ＯＰ（Ｏ）（Ｏ－）Ｏ－である。修飾されたヌクレオチド間結合、又は非天然のリン酸結合は、天然のリン酸結合又はその塩形態ではないヌクレオチド間結合である。修飾されたヌクレオチド間結合は、それらの構造に応じて、それらの塩形態において存在し得る。例えば、当業者によって理解されるとおり、－ＯＰ（Ｏ）（ＳＨ）Ｏ－の構造を有するホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、例えば、生理的ｐＨ（約７．４）で様々な塩形態において存在してもよく、アニオンは、－ＯＰ（Ｏ）（Ｓ－）Ｏ－である。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、修飾されたヌクレオチド間結合であるヌクレオチド間結合、例えば、ホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、メチルホスホネート、ホスホロアミデート、チオホスフェート、３’－チオホスフェート、又は５’－チオホスフェートを含む。
いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、キラル結合リンを含むキラルヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、キラルヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエート結合である。いくつかの実施形態では、キラルヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、キラルヌクレオチド間結合は、中性のヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、キラルヌクレオチド間結合は、そのキラル結合リンに関してキラル制御される。いくつかの実施形態では、キラルヌクレオチド間結合は、そのキラル結合リンに関して立体化学的に純粋である。いくつかの実施形態では、キラルヌクレオチド間結合は、キラル制御されない。いくつかの実施形態では、骨格のキラル中心のパターンは、キラル制御されたヌクレオチド間結合の位置及び結合リンの配置（Ｒｐ又はＳｐ）並びにアキラルヌクレオチド間結合（例えば、天然のリン酸結合）の位置を含むか又はそれらからなる。
いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、Ｐ－修飾を含み、Ｐ－修飾は、結合リンでの修飾である。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、例えば、ペプチド核酸（ＰＮＡ）の場合のように、リンを含まないが、それぞれ独立して、核酸塩基を含む２つの糖又は２つの部分を連結するのに役立つ部分である。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、修飾されたヌクレオチド間結合、例えば、式Ｉ、Ｉ－ａ、Ｉ－ｂ、又はＩ－ｃの構造を有し且つ本明細書及び／又は各々のヌクレオチド間結合（例えば、式Ｉ、Ｉ－ａ、Ｉ－ｂ、Ｉ－ｃのものなど）が独立して参照により本明細書に組み込まれる、国際公開第２０１８／０２２４７３号、国際公開第２０１８／０９８２６４号、国際公開第２０１８／２２３０５６号、国際公開第２０１８／２２３０７３号、国際公開第２０１８／２２３０８１号、国際公開第２０１８／２３７１９４号、国際公開第２０１９／０３２６０７号、国際公開第２０１９／０５５９５１号、国際公開第２０１９／０７５３５７号、国際公開第２０１９／２００１８５号、国際公開第２０１９／２１７７８４号、国際公開第２０１９／０３２６１２号、及び／又は国際公開第２０２０／１９１２５２号に記載されるものを含む。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、キラルヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。
いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、１つ以上の負に荷電していないヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、正に荷電したヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、中性のヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、本開示は、１つ以上の中性のヌクレオチド間結合を含むオリゴヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、本明細書及び／又は各々の負に荷電していないヌクレオチド間結合（例えば、式Ｉ－ｎ－１、Ｉ－ｎ－２、Ｉ－ｎ－３、Ｉ－ｎ－４、ＩＩ、ＩＩ－ａ－１、ＩＩ－ａ－２、ＩＩ－ｂ－１、ＩＩ－ｂ－２、ＩＩ－ｃ－１、ＩＩ－ｃ－２、ＩＩ－ｄ－１、ＩＩ－ｄ－２のものなど、又はその好適な塩形態）が独立して参照により本明細書に組み込まれる、米国特許第９３９４３３３号、米国特許第９７４４１８３号、米国特許第９６０５０１９号、米国特許第９９８２２５７号、米国特許出願公開第２０１７００３７３９９号、米国特許出願公開第２０１８０２１６１０８号、米国特許出願公開第２０１８０２１６１０７号、米国特許第９５９８４５８号、国際公開第２０１７／０６２８６２号、国際公開第２０１８／０６７９７３号、国際公開第２０１７／１６０７４１号、国際公開第２０１７／１９２６７９号、国際公開第２０１７／２１０６４７号、国際公開第２０１８／０９８２６４号、国際公開第２０１８／０２２４７３号、国際公開第２０１８／２２３０５６号、国際公開第２０１８／２２３０７３号、国際公開第２０１８／２２３０８１号、国際公開第２０１８／２３７１９４号、国際公開第２０１９／０３２６０７、国際公開第２０１９／０３２６１２号、国際公開第２０１９／０５５９５１号、国際公開第２０１９／０７５３５７号、国際公開第２０１９／２００１８５号、国際公開第２０１９／２１７７８４号、国際公開第２０１９／０３２６１２号、及び／又は国際公開第２０２０／１９１２５２号に記載されるとおりの式Ｉ－ｎ－１、Ｉ－ｎ－２、Ｉ－ｎ－３、Ｉ－ｎ－４、ＩＩ、ＩＩ－ａ－１、ＩＩ－ａ－２、ＩＩ－ｂ－１、ＩＩ－ｂ－２、ＩＩ－ｃ－１、ＩＩ－ｃ－２、ＩＩ－ｄ－１、ＩＩ－ｄ－２などの構造、又はその塩形態を有する。
いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、送達及び／又は活性（例えば、アデノシン編集活性）を向上させることができる。
いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合（例えば、負に荷電していないヌクレオチド間結合）は、任意選択により置換されたトリアゾリルを含む。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合（例えば、負に荷電していないヌクレオチド間結合）は、任意選択により置換されたアルキニルを含む。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、トリアゾール又はアルキン部分を含む。いくつかの実施形態では、トリアゾール部分、例えば、トリアゾリル基は、任意選択により置換される。いくつかの実施形態では、トリアゾール部分、例えば、トリアゾリル基は、置換される。いくつかの実施形態では、トリアゾール部分は、置換されない。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、任意選択により置換された環式グアニジン部分を含む。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、
Figure 2022551124000253
の構造を有し、任意選択によりキラル制御され、Ｒ１は、－Ｌ－Ｒ’であり、Ｌは、本明細書に記載されるとおりのＬＢであり、且つＲ’は、本明細書に記載されるとおりである。いくつかの実施形態では、各Ｒ１は、独立して、Ｒ’である。いくつかの実施形態では、各Ｒ’は、独立して、Ｒである。いくつかの実施形態では、２つのＲ１及びＲを合わせて、本明細書に記載されるとおりの環を形成する。いくつかの実施形態では、２つの異なる窒素原子上の２つのＲ１は、Ｒであり、合わせて、本明細書に記載されるとおりの環を形成する。いくつかの実施形態では、Ｒ１は、独立して、本明細書に記載されるとおりの任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である。いくつかの実施形態では、Ｒ１は、メチルである。いくつかの実施形態では、２つの同じ窒素原子上の２つのＲ’は、Ｒであり、合わせて、本明細書に記載されるとおりの環を形成する。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、
Figure 2022551124000254
の構造を有し、任意選択によりキラル制御される。いくつかの実施形態では、
Figure 2022551124000255
は、
Figure 2022551124000256
である。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、任意選択により置換された環式グアニジン部分を含み、
Figure 2022551124000257
の構造を有し、Ｗは、Ｏ又はＳである。いくつかの実施形態では、Ｗは、Ｏである。いくつかの実施形態では、Ｗは、Ｓである。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、立体化学的に制御される。
いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合又は中性のヌクレオチド間結合は、トリアゾール部分を含むヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合又は負に荷電していないヌクレオチド間結合は、任意選択により置換されたトリアゾリル基を含む。いくつかの実施形態では、トリアゾール部分（例えば、任意選択により置換されたトリアゾリル基）を含むヌクレオチド間結合は、
Figure 2022551124000258
の構造を有する。いくつかの実施形態では、トリアゾール部分を含むヌクレオチド間結合は、
Figure 2022551124000259
の構造を有する。いくつかの実施形態では、トリアゾール部分を含むヌクレオチド間結合は、
Figure 2022551124000260
の式を有し、Ｗは、Ｏ又はＳである。いくつかの実施形態では、アルキン部分（例えば、任意選択により置換されたアルキニル基）を含むヌクレオチド間結合は、
Figure 2022551124000261
の式を有し、Ｗは、Ｏ又はＳである。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合、例えば、負に荷電していないヌクレオチド間結合、中性のヌクレオチド間結合は、環式グアニジン部分を含む。いくつかの実施形態では、環式グアニジン部分を含むヌクレオチド間結合は、
Figure 2022551124000262
の構造を有する。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合、又は中性のヌクレオチド間結合は、
Figure 2022551124000263
（式中、Ｗは、Ｏ又はＳである）の構造であるか又はそれを含む。
いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、Ｔｍｇ基
Figure 2022551124000264
を含む。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、Ｔｍｇ基を含み、
Figure 2022551124000265
（「Ｔｍｇヌクレオチド間結合」）の構造を有する。いくつかの実施形態では、中性のヌクレオチド間結合としては、ＰＮＡ及びＰＭＯのヌクレオチド間結合、並びにＴｍｇヌクレオチド間結合が挙げられる。
いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、式Ｉ、Ｉ－ａ、Ｉ－ｂ、Ｉ－ｃ、Ｉ－ｎ－１、Ｉ－ｎ－２、Ｉ－ｎ－３、Ｉ－ｎ－４、ＩＩ、ＩＩ－ａ－１、ＩＩ－ａ－２、ＩＩ－ｂ－１、ＩＩ－ｂ－２、ＩＩ－ｃ－１、ＩＩ－ｃ－２、ＩＩ－ｄ－１、ＩＩ－ｄ－２などの構造、又はその塩形態を有する。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、１～１０個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された３～２０員ヘテロシクリル又はヘテロアリール基を含む。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、１～１０個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された３～２０員ヘテロシクリル又はヘテロアリール基を含み、少なくとも１つのヘテロ原子は、窒素である。いくつかの実施形態では、そのようなヘテロシクリル又はヘテロアリール基は、５員環のものである。いくつかの実施形態では、そのようなヘテロシクリル又はヘテロアリール基は、６員環のものである。
いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、１～１０個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された５～２０員ヘテロアリール基を含む。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、１～１０個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された５～２０員ヘテロアリール基を含み、少なくとも１つのヘテロ原子は、窒素である。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、１～４個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された５～６員ヘテロアリール基を含み、少なくとも１つのヘテロ原子は、窒素である。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、１～４個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された５員ヘテロアリール基を含み、少なくとも１つのヘテロ原子は、窒素である。いくつかの実施形態では、ヘテロアリール基は、結合リンに直接的に結合される。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、任意選択により置換されたトリアゾリル基を含む。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、置換されていないトリアゾリル、例えば、
Figure 2022551124000266
を含む。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、置換されたトリアゾリル基、例えば、
Figure 2022551124000267
を含む。
いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、１～１０個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された５～２０員ヘテロシクリル基を含む。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、１～１０個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された５～２０員ヘテロシクリル基を含み、少なくとも１つのヘテロ原子は、窒素である。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、１～４個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された５～６員ヘテロシクリル基を含み、少なくとも１つのヘテロ原子は、窒素である。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、１～４個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された５員ヘテロシクリル基を含み、少なくとも１つのヘテロ原子は、窒素である。いくつかの実施形態では、少なくとも２つのヘテロ原子は、窒素である。いくつかの実施形態では、ヘテロシクリル基は、結合リンに直接的に結合される。いくつかの実施形態では、ヘテロシクリル基が、その＝Ｎ－を介して結合リンに直接的に結合されるグアニジン部分の一部であるとき、ヘテロシクリル基は、リンカー、例えば、＝Ｎ－を介して結合リンに結合される。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、任意選択により置換された
Figure 2022551124000268
基を含む。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、置換された
Figure 2022551124000269
基を含む。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、
Figure 2022551124000270
基（式中、各Ｒ１は、独立して、－Ｌ－Ｒである）を含む。いくつかの実施形態では、各Ｒ１は、独立して、任意選択により置換されたＣ１～６アルキルである。いくつかの実施形態では、各Ｒ１は、独立して、メチルである。
いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合、例えば、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、各々が任意選択により置換されるトリアゾール又はアルキン部分を含む。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、トリアゾール部分を含む。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、置換されていないトリアゾール部分を含む。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、置換されたトリアゾール部分を含む。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、アルキル部分を含む。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、任意選択により置換されたアルキニル基を含む。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、置換されていないアルキニル基を含む。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、置換されたアルキニル基を含む。いくつかの実施形態では、アルキニル基は、結合リンに直接的に結合される。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、異なる型のヌクレオチド間リン結合を含む。いくつかの実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、少なくとも１つの天然のリン酸結合及び少なくとも１つの修飾された（非天然）ヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも１つの天然のリン酸結合及び少なくとも１つのホスホロチオエートを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも１つの負に荷電していないヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも１つの天然のリン酸結合及び少なくとも１つの負に荷電していないヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも１つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合及び少なくとも１つの負に荷電していないヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも１つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合、少なくとも１つの天然のリン酸結合、及び少なくとも１つの負に荷電していないヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、１つ以上、例えば、１～５０、１～４０、１～３０、１～２０、１～１５、１～１０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０以上の負に荷電していないヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、水溶液中の所定のｐＨで、ヌクレオチド間結合の５０％、４０％、４０％、３０％、２０％、１０％、５％、又は１％未満が、負に荷電した塩形態において存在するという点で負に荷電されていない。いくつかの実施形態では、ｐＨは、約ｐＨ７．４である。いくつかの実施形態では、ｐＨは、約４～９である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、１０％未満である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、５％未満である。いくつかの実施形態では、パーセンテージは、１％未満である。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、ヌクレオチド間結合の中性形態が、水中で約１、２、３、４、５、６、又は７以下のｐＫａを有しないという点で負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、ｐＫａは、７以下ではない。いくつかの実施形態では、ｐＫａは、６以下ではない。いくつかの実施形態では、ｐＫａは、５以下ではない。いくつかの実施形態では、ｐＫａは、４以下ではない。いくつかの実施形態では、ｐＫａは、３以下ではない。いくつかの実施形態では、ｐＫａは、２以下ではない。いくつかの実施形態では、ｐＫａは、１以下ではない。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合の中性形態のｐＫａは、ＣＨ３－ヌクレオチド間結合－ＣＨ３の構造を有する化合物の中性形態のｐＫａによって表され得る。例えば、式Ｉの構造を有するヌクレオチド間結合の中性形態のｐＫａは、
Figure 2022551124000271
（式中、Ｘ、Ｙ、Ｚの各々は、独立して、－Ｏ－、－Ｓ－、－Ｎ（Ｒ’）－であり；Ｌは、ＬＢであり、且つＲｌは、－Ｌ－Ｒ’である）の構造を有する化合物の中性形態のｐＫａによって表されてもよく、
Figure 2022551124000272
のｐＫａは、
Figure 2022551124000273
のｐＫａによって表され得る。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、中性のヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、正に荷電したヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、グアニジン部分を含む。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、ヘテロアリール塩基部分を含む。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、トリアゾール部分を含む。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、アルキニル部分を含む。
いくつかの実施形態では、中性又は負に荷電していないヌクレオチド間結合は、各々の中性又は負に荷電していないヌクレオチド間結合が参照により本明細書に組み込まれる、米国特許第９３９４３３３号、米国特許第９７４４１８３号、米国特許第９６０５０１９号、米国特許第９９８２２５７号、米国特許第２０１７００３７３９９号、米国特許第２０１８０２１６１０８号、米国特許第２０１８０２１６１０７号、米国特許第９５９８４５８号、国際公開第２０１７／０６２８６２号、国際公開第２０１８／０６７９７３号、国際公開第２０１７／１６０７４１号、国際公開第２０１７／１９２６７９号、国際公開第２０１７／２１０６４７号、国際公開第２０１８／０９８２６４号、国際公開第２０１８／０２２４７３号、国際公開第２０１８／２２３０５６号、国際公開第２０１８／２２３０７３号、国際公開第２０１８／２２３０８１号、国際公開第２０１８／２３７１９４号、国際公開第２０１９／０３２６０７号、国際公開第２０１９／０３２６１２号、国際公開第２０１９／０５５９５１号、国際公開第２０１９／０７５３５７号、国際公開第２０１９／２００１８５号、国際公開第２０１９／２１７７８４号、国際公開第２０１９／０３２６１２号、及び／又は国際公開第２０２０／１９１２５２，２６０７号、国際公開第２０１９０３２６１２号、国際公開第２０１９／０５５９５１号、国際公開第２０１９／０７５３５７号、国際公開第２０１９／２００１８５号、国際公開第２０１９／２１７７８４号、国際公開第２０１９／０３２６１２号、及び／又は国際公開第２０２０／１９１２５２号のいずれかに記載されるいずれかの中性又は負に荷電していないヌクレオチド間結合の構造を有する。
いくつかの実施形態では、各Ｒ’は、独立して、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である。いくつかの実施形態では、各Ｒ’は、独立して、任意選択により置換された：Ｃ１～６アルキルである。いくつかの実施形態では、各Ｒ’は、独立して、－ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、各Ｒｓは、－Ｈである。
いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、
Figure 2022551124000274
の構造を有する。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、
Figure 2022551124000275
の構造を有する。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、
Figure 2022551124000276
の構造を有する。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、
Figure 2022551124000277
の構造を有する。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、
Figure 2022551124000278
の構造を有する。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、
Figure 2022551124000279
の構造を有する。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、
Figure 2022551124000280
の構造を有する。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、
Figure 2022551124000281
の構造を有する。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、
Figure 2022551124000282
の構造を有する。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、
Figure 2022551124000283
の構造を有する。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、
Figure 2022551124000284
の構造を有する。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、
Figure 2022551124000285
の構造を有する。いくつかの実施形態では、Ｗは、Ｏである。いくつかの実施形態では、Ｗは、Ｓである。いくつかの実施形態では、中性のヌクレオチド間結合は、上記の負に荷電していないヌクレオチド間結合である。
いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、各々の式Ｉ、Ｉ－ａ、Ｉ－ｂ、Ｉ－ｃ、Ｉ－ｎ－１、Ｉ－ｎ－２、Ｉ－ｎ－３、Ｉ－ｎ－４、ＩＩ、ＩＩ－ａ－１、ＩＩ－ａ－２、ＩＩ－ｂ－１、ＩＩ－ｂ－２、ＩＩ－ｃ－１、ＩＩ－ｃ－２、ＩＩ－ｄ－１、若しくはＩＩ－ｄ－２、又はその塩形態が独立して参照により本明細書に組み込まれる、米国特許第９３９４３３３号、米国特許第９７４４１８３号、米国特許第９６０５０１９号、米国特許第９９８２２５７号、米国特許出願公開第２０１７００３７３９９号、米国特許出願公開第２０１８０２１６１０８号、米国特許出願公開第２０１８０２１６１０７号、米国特許第９５９８４５８号、国際公開第２０１７／０６２８６２号、国際公開第２０１８／０６７９７３号、国際公開第２０１７／１６０７４１号、国際公開第２０１７／１９２６７９号、国際公開第２０１７／２１０６４７号、国際公開第２０１８／０９８２６４号、国際公開第２０１８／０２２４７３号、国際公開第２０１８／２２３０５６号、国際公開第２０１８／２２３０７３号、国際公開第２０１８／２２３０８１号、国際公開第２０１８／２３７１９４号、国際公開第２０１９／０３２６０７号、国際公開第２０１９／０３２６１２号、国際公開第２０１９／０５５９５１号、国際公開第２０１９／０７５３５７号、国際公開第２０１９／２００１８５号、国際公開第２０１９／２１７７８４号、国際公開第２０１９／０３２６０７号、国際公開第２０１９０３２６１２号、国際公開第２０１９／０５５９５１号、国際公開第２０１９／０７５３５７号、国際公開第２０１９／２００１８５号、国際公開第２０１９／２１７７８４号、国際公開第２０１９／０３２６１２号、及び／又は国際公開第２０２０／１９１２５２号に記載される式Ｉ、Ｉ－ａ、Ｉ－ｂ、Ｉ－ｃ、Ｉ－ｎ－１、Ｉ－ｎ－２、Ｉ－ｎ－３、Ｉ－ｎ－４、ＩＩ、ＩＩ－ａ－１、ＩＩ－ａ－２、ＩＩ－ｂ－１、ＩＩ－ｂ－２、ＩＩ－ｃ－１、ＩＩ－ｃ－２、ＩＩ－ｄ－１、又はＩＩ－ｄ－２の１つ以上のヌクレオチド間結合を含む。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、中性のヌクレオチド間結合及びキラル制御されたヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、中性のヌクレオチド間結合及び中性のヌクレオチド間結合ではないキラル制御されたヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、中性のヌクレオチド間結合及びキラル制御されたホスホロチオエートヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、本開示は、１つ以上の負に荷電していないヌクレオチド間結合及び１つ以上のホスホロチオエートヌクレオチド間結合を含むオリゴヌクレオチドを提供し、オリゴヌクレオチドにおけるそれぞれのホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、独立して、キラル制御されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、本開示は、１つ以上の中性のヌクレオチド間結合及び１つ以上のホスホロチオエートヌクレオチド間結合を含むオリゴヌクレオチドを提供し、オリゴヌクレオチドにおけるそれぞれのホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、独立して、キラル制御されたヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０以上のキラル制御されたホスホロチオエートヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、キラル制御される。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、キラル制御されない。いくつかの実施形態では、中性のヌクレオチド間結合は、キラル制御される。いくつかの実施形態では、中性のヌクレオチド間結合は、キラル制御されない。
いずれかの特定の理論に縛られることを望むものではないが、本開示は、中性のヌクレオチド間結合が、中性のリン酸結合（ＰＯ）より疎水的であり得るホスホロチオエートヌクレオチド間結合（ＰＳ）より疎水的であり得ることを認める。通常、ＰＳ又はＰＯとは異なり、中性のヌクレオチド間結合は、より少ない電荷を有する。いずれかの特定の理論に縛られることを望むものではないが、本開示は、オリゴヌクレオチドへの１つ以上の中性のヌクレオチド間結合の組み込みが、細胞によって取り込まれ及び／又はエンドソームから逃避するオリゴヌクレオチドの能力を増大させ得ることを認める。いずれかの特定の理論に縛られることを望むものではないが、本開示は、１つ以上の中性のヌクレオチド間結合の組み込みが、オリゴヌクレオチドとその標的核酸の間で形成される二重鎖の融解温度を調節するために利用され得ることを認める。
いずれかの特定の理論に縛られることを望むものではないが、本開示は、オリゴヌクレオチドへの１つ以上の負に荷電していないヌクレオチド間結合、例えば、中性のヌクレオチド間結合の組み込みが、標的アデノシン編集などの機能を媒介するオリゴヌクレオチドの能力を増大させることができることを認める。
当業者によって理解されるとおり、中性のリン酸結合及び式Ｉ、Ｉ－ａ、Ｉ－ｂ、Ｉ－ｃ、Ｉ－ｎ－１、Ｉ－ｎ－２、Ｉ－ｎ－３、Ｉ－ｎ－４、ＩＩ、ＩＩ－ａ－１、ＩＩ－ａ－２、ＩＩ－ｂ－１、ＩＩ－ｂ－２、ＩＩ－ｃ－１、ＩＩ－ｃ－２、ＩＩ－ｄ－１、ＩＩ－ｄ－２のもの、又はその塩形態などのヌクレオチド間結合は通常、式Ｉ、Ｉ－ａ、Ｉ－ｂ、Ｉ－ｃ、Ｉ－ｎ－１、Ｉ－ｎ－２、Ｉ－ｎ－３、Ｉ－ｎ－４、ＩＩ、ＩＩ－ａ－１、ＩＩ－ａ－２、ＩＩ－ｂ－１、ＩＩ－ｂ－２、ＩＩ－ｃ－１、ＩＩ－ｃ－２、ＩＩ－ｄ－１、ＩＩ－ｄ－２、又はその塩形態の各々が独立して参照により本明細書に組み込まれる、米国特許第９３９４３３３号、米国特許第９７４４１８３号、米国特許第９６０５０１９号、米国特許第９９８２２５７号、米国特許出願公開第２０１７００３７３９９号、米国特許出願公開第２０１８０２１６１０８号、米国特許出願公開第２０１８０２１６１０７号、米国特許第９５９８４５８号、国際公開第２０１７／０６２８６２号、国際公開第２０１８／０６７９７３号、国際公開第２０１７／１６０７４１号、国際公開第２０１７／１９２６７９号、国際公開第２０１７／２１０６４７号、国際公開第２０１８／０９８２６４号、国際公開第２０１８／０２２４７３号、国際公開第２０１８／２２３０５６号、国際公開第２０１８／２２３０７３号、国際公開第２０１８／２２３０８１号、国際公開第２０１８／２３７１９４号、国際公開第２０１９／０３２６０７号、国際公開第２０１９０３２６１２号、国際公開第２０１９／０５５９５１号、国際公開第２０１９／０７５３５７号、国際公開第２０１９／２００１８５号、国際公開第２０１９／２１７７８４号、国際公開第２０１９／０３２６１２号、及び／又は国際公開第２０２０／１９１２５２号に記載されるとおりの２つのヌクレオシド（天然のものであり得るか又は修飾され得る）を連結する。天然のＤＮＡ及びＲＮＡの場合のような典型的な連結は、ヌクレオチド間結合が、２つの糖（修飾されないか又は本明細書に記載されるとおりに修飾され得る）との結合を形成することである。多くの実施形態では、本明細書に例示されるとおり、ヌクレオチド間結合は、その５’炭素で１つの任意選択により修飾されたリボース又はデオキシリボース、及びその３’炭素で他の任意選択により修飾されたリボース又はデオキシリボースとその酸素原子又はヘテロ原子（例えば、様々な式におけるＹ及びＺ）を介する結合を形成する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合によって連結されるそれぞれのヌクレオシド単位は、独立して、任意選択により置換されたＡ、Ｔ、Ｃ、Ｇ、若しくはＵ、又はＡ、Ｔ、Ｃ、Ｇ若しくはＵの置換された互変異性体、又は少なくとも１つの窒素原子を有する任意選択により置換されたヘテロシクリル及び／又はヘテロアリール環を含む核酸塩基である核酸塩基を独立して含む。
当業者によって理解されるとおり、多くの他の型のヌクレオチド間結合、例えば、米国特許第３，６８７，８０８号；同第４，４６９，８６３号；同第４，４７６，３０１号；同第５，１７７，１９５号；同第５，０２３，２４３号；同第５，０３４，５０６号；同第５，１６６，３１５号；同第５，１８５，４４４号；同第５，１８８，８９７号；同第５，２１４，１３４号；同第５，２１６，１４１号；同第５，２３５，０３３号；同第５，２６４，４２３号；同第５，２６４，５６４号；同第５，２７６，０１９号；同第５，２７８，３０２号；同第５，２８６，７１７号；同第５，３２１，１３１号；同第５，３９９，６７６号；同第５，４０５，９３８号；同第５，４０５，９３９号；同第５，４３４，２５７号；同第５，４５３，４９６号；同第５，４５５，２３３号；同第５，４６６，６７７号；同第５，４６６，６７７号；同第５，４７０，９６７号；同第５，４７６，９２５号；同第５，４８９，６７７号；同第５，５１９，１２６号；同第５，５３６，８２１号；同第５，５４１，３０７号；同第５，５４１，３１６号；同第５，５５０，１１１号；同第５，５６１，２２５号；同第５，５６３，２５３号；同第５，５７１，７９９号；同第５，５８７，３６１号；同第５，５９６，０８６号；同第５，６０２，２４０号；同第５，６０８，０４６号；同第５，６１０，２８９号；同第５，６１８，７０４号；同第５，６２３，０７０号；同第５，６２５，０５０号；同第５，６３３，３６０号；同第５，６４，５６２号；同第５，６６３，３１２号；同第５，６７７，４３７号；同第５，６７７，４３９号；同第６，１６０，１０９号；同第６，２３９，２６５号；同第６，０２８，１８８号；同第６，１２４，４４５号；同第６，１６９，１７０号；同第６，１７２，２０９号；同第６，２７７，６０３号；同第６，３２６，１９９号；同第６，３４６，６１４号；同第６，４４４，４２３号；同第６，５３１，５９０号；同第６，５３４，６３９号；同第６，６０８，０３５号；同第６，６８３，１６７号；同第６，８５８，７１５号；同第６，８６７，２９４号；同第６，８７８，８０５号；同第７，０１５，３１５号；同第７，０４１，８１６号；同第７，２７３，９３３号；同第７，３２１，０２９号；又は米国再発行特許発明第３９４６４号に記載されるものは、本開示に従って利用され得る。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、各々の核酸塩基、糖、ヌクレオチド間結合、不斉補助剤／試薬、及びオリゴヌクレオチド合成のための技術（試薬、条件、サイクルなど）が独立して参照により本明細書に組み込まれる、米国特許第９９８２２５７号、米国特許出願公開第２０１７００３７３９９号、米国特許出願公開第２０１８０２１６１０８号、国際公開第２０１７１９２６６４号、国際公開第２０１７０１５５７５号、国際公開第２０１７０６２８６２号、国際公開第２０１８０６７９７３号、国際公開第２０１７１６０７４１号、国際公開第２０１７１９２６７９号、国際公開第２０１７２１０６４７号、国際公開第２０１８０９８２６４号、ＰＣＴ／ＵＳ１８／３５６８７号、ＰＣＴ／ＵＳ１８／３８８３５号、又はＰＣＴ／ＵＳ１８／５１３９８号に記載されるものである。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドにおけるそれぞれのヌクレオチド間結合は、独立して、天然のリン酸結合、ホスホロチオエート結合、及び負に荷電していないヌクレオチド間結合（例えば、ｎ００１）から選択される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドにおけるそれぞれのヌクレオチド間結合は、独立して、中性の天然のリン酸結合、ホスホロチオエート結合、及び中性のヌクレオチド間結合（例えば、ｎ００１）から選択される。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、ある特定の条件下で「自動的に遊離する」傾向があるリン修飾を独立して含む１つ以上のヌクレオチドを含む。すなわち、ある特定の条件下で、特定のリン修飾は、それがオリゴヌクレオチドから自己切断して、例えば、天然のリン結合をもたらすように設計される。いくつかの実施形態では、そのようなリン修飾は、－Ｏ－Ｌ－Ｒ１（式中、Ｌは、本明細書に記載されるとおりのＬＢであり、Ｒ１は、本明細書に記載されるとおりのＲ’である）の構造を有する。いくつかの実施形態では、リン修飾は、－Ｓ－Ｌ－Ｒ１（式中、それぞれのＬ及びＲ１は、独立して、本開示に記載されるとおりである）の構造を有する。そのようなリン修飾基のある特定の例は、米国特許第９９８２２５７号において見出され得る。いくつかの実施形態では、自動的に遊離する基は、モルホリノ基を含む。いくつかの実施形態では、自動的に遊離する基は、ヌクレオチド間リンリンカーに薬剤を送達する能力によって特徴付けられ、その薬剤は、例えば、脱硫化などのリン原子のさらなる修飾を促進する。いくつかの実施形態では、薬剤は、水であり、さらなる修飾は、天然のリン酸結合を形成する加水分解である。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチドの１つ以上の医薬特性及び／又は活性を向上させる１つ以上のヌクレオチド間結合を含む。ある特定のオリゴヌクレオチドは、ヌクレアーゼによって急速に分解され、細胞質細胞膜を介する細胞への不十分な取り込みを示すことは、当技術分野ではよく記述されている(Poijarvi-Virta et al.,Curr.Med.Chem.(2006),13(28);3441-65;Wagner et al.,Med.Res.Rev.(2000),20(6):417-51;Peyrottes et al.,Mini Rev.Med.Chem.(2004),4(4):395-408;Gosselin et al.,(1996),43(1):196-208;Bologna et al.,(2002),Antisense & Nucleic Acid Drug Development 12:33-41)。Vives et al.(Nucleic Acids Research(1999),27(20):4071-76)は、ｔｅｒｔ－ブチルＳＡＴＥプロ－オリゴヌクレオチドが、ある特定の条件下で親オリゴヌクレオチドと比較して、細胞透過の顕著な増加を示したことを報告した。
オリゴヌクレオチドは、様々な数の天然のリン酸結合を含み得る。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の５％以上は、天然のリン酸結合である。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の１０％以上は、天然のリン酸結合である。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の１５％以上は、天然のリン酸結合である。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の２０％以上は、天然のリン酸結合である。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の２５％以上は、天然のリン酸結合である。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の３０％以上は、天然のリン酸結合である。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の３５％以上は、天然のリン酸結合である。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の４０％以上は、天然のリン酸結合である。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０以上の天然のリン酸結合を含む。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、４、５、６、７、８、９、１０以上の天然のリン酸結合を含む。いくつかの実施形態では、天然のリン酸結合の数は、２である。いくつかの実施形態では、天然のリン酸結合の数は、３である。いくつかの実施形態では、天然のリン酸結合の数は、４である。いくつかの実施形態では、天然のリン酸結合の数は、５である。いくつかの実施形態では、天然のリン酸結合の数は、６である。いくつかの実施形態では、天然のリン酸結合の数は、７である。いくつかの実施形態では、天然のリン酸結合の数は、８である。いくつかの実施形態では、天然のリン酸結合の一部又は全ては、連続的している。
いくつかの実施形態では、本開示は、少なくともいくつかの場合、特に、５’及び／又は３’末端でのＳｐのヌクレオチド間結合は、オリゴヌクレオチド安定性を向上させることができることを実証する。いくつかの実施形態では、本開示は、特に、天然のリン酸結合及び／又はＲｐのヌクレオチド間結合が、系からのオリゴヌクレオチドの除去を向上させ得ることを実証する。当業者によって理解されるとおり、当技術分野で知られる様々なアッセイが、本開示に従ってそのような特性を評価するために利用され得る。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその部分（例えば、ドメイン、サブドメインなど）におけるそれぞれのホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、独立して、キラル制御される。いくつかの実施形態では、各々は、独立して、Ｓｐ又はＲｐである。いくつかの実施形態では、高いレベルは、本明細書に記載されるとおりのＳｐである。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその部分におけるそれぞれのホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、キラル制御され、Ｓｐである。いくつかの実施形態では、１個以上、例えば、約１～５個（例えば、約１、２、３、４、又は５）は、Ｒｐである。
いくつかの実施形態では、ある特定の例に示されるとおり、オリゴヌクレオチド又はその部分は、１つ以上の負に荷電していないヌクレオチド間結合を含み、その各々は、任意選択により且つ独立して、キラル制御される。いくつかの実施形態では、それぞれの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、独立して、ｎ００１である。いくつかの実施形態では、キラルの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、キラル制御されない。いくつかの実施形態では、それぞれのキラルの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、キラル制御されない。いくつかの実施形態では、キラルの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、キラル制御される。いくつかの実施形態では、キラルの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、キラル制御され、Ｒｐである。いくつかの実施形態では、キラルの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、キラル制御され、Ｓｐである。いくつかの実施形態では、それぞれのキラルの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、キラル制御される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその部分における負に荷電していないヌクレオチド間結合の数は、約１～１０、又は約１、２、３、４、５、６、７、８、９、若しくは１０である。いくつかの実施形態では、それは、約１である。いくつかの実施形態では、それは、約２である。いくつかの実施形態では、それは、約３である。いくつかの実施形態では、それは、約４である。いくつかの実施形態では、それは、約５である。いくつかの実施形態では、それは、約６である。いくつかの実施形態では、それは、約７である。いくつかの実施形態では、それは、約８である。いくつかの実施形態では、それは、約９である。いくつかの実施形態では、それは、約１０である。いくつかの実施形態では、２つ以上の負に荷電していないヌクレオチド間結合は、連続している。いくつかの実施形態では、どの２つの負に荷電していないヌクレオチド間結合も、連続していない。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその部分における全ての負に荷電していないヌクレオチド間結合は、連続している（例えば、３つの連続した負に荷電していないヌクレオチド間結合）。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合、又は２つ以上（例えば、約２、約３、約４など）の連続した負に荷電していないヌクレオチド間結合は、オリゴヌクレオチド又はその部分の３’末端にある。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその部分の最後の２又は３又は４つのヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合ではない少なくとも１つのヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその部分の最後の２又は３又は４つのヌクレオチド間結合は、ｎ００１ではない少なくとも１つのヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその部分の最初の２つのヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその部分の最後の２つのヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその部分の最初の２つのヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それは、Ｓｐある。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその部分の最後の２つのヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それは、Ｓｐある。
いくつかの実施形態では、１つ以上のキラルヌクレオチド間結合は、キラル制御され、１つ以上のキラルヌクレオチド間結合は、キラル制御されない。いくつかの実施形態では、それぞれのホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、独立して、キラル制御され、１つ以上の負に荷電していないヌクレオチド間結合は、キラル制御されない。いくつかの実施形態では、それぞれのホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、独立して、キラル制御され、それぞれの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、キラル制御されない。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの最初の２つのヌクレオシド間のヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、最後の２つのヌクレオシド間のヌクレオチド間結合は、それぞれ独立して、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、両方が、独立して、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、１つ以上の追加のヌクレオチド間結合を含み、例えば、その１つは、標的ヌクレオシド（例えば、標的アデノシン）の反対側のヌクレオシドに対して位置－１及び－２のヌクレオシド間にある（標的ヌクレオシドの反対側のヌクレオシドの３’側のすぐ隣の２つのヌクレオシド）（例えば、・・・Ｎ０Ｎ－１Ｎ－２・・・において、Ｎ０は、標的ヌクレオシドの反対側のヌクレオシドであり、Ｎ－１及びＮ－２は、それぞれ位置－１及び－２にある）。いくつかの実施形態では、それぞれの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、独立して、中性のヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それぞれの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、独立して、ｎ００１である。
本明細書で実証されるとおり、いくつかの実施形態では、ｎ００１などの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、向上した特性及び／又は活性を提供し得る。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドにおいて、各々が独立して、本明細書に記載されるとおりの核酸塩基を含む２つのヌクレオシドに結合される５’末端ヌクレオチド間結合及び／又は３’末端ヌクレオチド間結合は、本明細書に記載されるとおりの負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、各々が独立して、第１のドメインにおける２つのヌクレオシドに結合される最初の１つ以上（例えば、最初の１、２、及び／又は３つ）、及び／又は最後の１つ以上（例えば、最後の１、２、３、４、５、６又は７つ）のヌクレオチド間結合は、独立して、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第１のドメインの最初のヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第１のドメインの２つのヌクレオシドに結合する最後のヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第２のドメインの最後のヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、各々が第２のドメインの２つのヌクレオシドに独立して結合する第２のドメインの中程におけるヌクレオチド間結合の１つ以上、例えば、４番目、５番目及び６番目のヌクレオチド間結合の１つ以上は、独立して、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、第２のドメインの２つのヌクレオシドに結合する１１番目のヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、標的ヌクレオシドの反対側のヌクレオシドに結合されないが、その３’側のすぐ隣のヌクレオシドに結合されるヌクレオチド間結合は、負に荷電していないヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、中性のヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、ｎ００１である。いくつかの実施形態では、それぞれの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、ｎ００１である。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、立体的に不規則である。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、キラル制御され、Ｒｐである。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合は、キラル制御され、Ｓｐである。いくつかの実施形態では、それぞれの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、独立して、キラル制御される。いくつかの実施形態では、各々が第１のドメインの２つのヌクレオシドに独立して結合される第１のドメインの１つ以上のヌクレオチド間結合、例えば、４番目、５番目、６番目、７番目及び８番目のヌクレオチド間結合の１つ以上は、独立して、負に荷電していないヌクレオチド間結合ではない。いくつかの実施形態では、各々が第１のドメインの２つのヌクレオシドに独立して結合される第２のドメインの１つ以上のヌクレオチド間結合、例えば、１番目、２番目、３番目、７番目、８番目、９番目、１２番目及び１３番目のヌクレオチド間結合の１つ以上は、独立して、負に荷電していないヌクレオチド間結合ではない。いくつかの実施形態では、第２のドメインの２番目及び３番目のヌクレオチド間結合の一方又は両方は、負に荷電していないヌクレオチド間結合ではない。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合ではないヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それは、立体的に不規則なホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それは、Ｒｐのキラル制御されたホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それは、Ｓｐのキラル制御されたホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。
いくつかの実施形態では、組成物中の制御されたレベルのオリゴヌクレオチドは、所望のオリゴヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、共通の塩基配列（例えば、目的のための所望の配列）を共有する組成物中の全てのオリゴヌクレオチドのうち、又は組成物中の全てのオリゴヌクレオチドのうち、所望のオリゴヌクレオチド（様々な形態（例えば、塩形態）で存在する場合があり且つ典型的にはキラル制御されていないヌクレオチド間結合でのみ異なる（同じ立体異性体の様々な形態がこの目的のために同じであるとみなされ得る））のレベルは、約５％～１００％、１０％～１００％、２０％～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～１００％、６０％～１００％、７０％～１００％、８０～１００％、９０～１００％、９５～１００％、５０％～９０％、約５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、若しくは１００％、又は少なくとも５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、若しくは９９％である。いくつかの実施形態では、レベルは、少なくとも約５０％である。いくつかの実施形態では、レベルは、少なくとも約６０％である。いくつかの実施形態では、レベルは、少なくとも約７０％である。いくつかの実施形態では、レベルは、少なくとも約７５％である。いくつかの実施形態では、レベルは、少なくとも約８０％である。いくつかの実施形態では、レベルは、少なくとも約８５％である。いくつかの実施形態では、レベルは、少なくとも約９０％である。いくつかの実施形態では、レベルは、（ＤＳ）ｎｃであるか又は少なくとも（ＤＳ）ｎｃであり、ＤＳは、約９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％又は９９．５％であり、ｎｃは、本開示に記載されるとおりのキラル制御されたヌクレオチド間結合の数（例えば、１～５０、１～４０、１～３０、１～２５、１～２０、５～５０、５～４０、５～３０、５～２５、５～２０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５以上）である。いくつかの実施形態では、レベルは、（ＤＳ）ｎｃであるか又は少なくとも（ＤＳ）ｎｃであり、ＤＳは、９５％～１００％である。
様々な型のヌクレオチド間結合が、所望のオリゴヌクレオチド特性及び／又は活性を達成するために、他の構造的要素、例えば、糖と組み合わせて利用され得る。例えば、本開示は、オリゴヌクレオチドを設計する際、任意選択により天然のリン酸結合及び天然の糖とともに修飾されたヌクレオチド間結合及び修飾された糖を慣例的に利用する。いくつかの実施形態では、本開示は、１つ以上の修飾された糖を含むオリゴヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、１つ以上の修飾された糖及び１つ以上の修飾されたヌクレオチド間結合（これらの１つ以上は天然のリン酸結合である）を含むオリゴヌクレオチドを提供する。
いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、いくつかの天然のＲＮＡ糖を含む（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９又は３０以上、それらの２つ以上又は全ては、任意選択により連続している）。いくつかの実施形態では、そのようなオリゴヌクレオチドは、一方又は両方の末端で修飾された糖、例えば、２’－ＯＲ修飾された糖（式中、Ｒは、－Ｈではない）（例えば、２－ＯＭｅ、２－ＭＯＥなど）、及び／又は様々な修飾されたヌクレオチド間結合（例えば、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合、負に荷電していないヌクレオチド間結合など）を含む。いくつかの実施形態では、５’末端に、１つ以上、例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０以上のそのような２’－ＯＲ修飾された糖（式中、Ｒは、－Ｈではない）が存在する。いくつかの実施形態では、３’末端に、１つ以上、例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０以上のそのような２’－ＯＲ修飾された糖（式中、Ｒは、－Ｈではない）が存在する。いくつかの実施形態では、それぞれの２’－修飾された糖は、独立して、２’－ＯＲ修飾された糖（式中、Ｒは、－Ｈではない）である。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるとおり、２’－ＯＲは、２’－ＯＭｅである。いくつかの実施形態では、２’－ＯＲは、２’－ＭＯＥである。いくつかの実施形態では、２’－ＯＲの各々は、独立して、２’－ＯＭｅ又は２’－ＭＯＥである。いくつかの実施形態では、各２’－ＯＲは、２’－ＯＭｅである。
追加の化学的部分
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、１つ以上の追加の化学的部分を含む。様々な追加の化学的部分、例えば、標的化部分、炭水化物部分、脂質部分などは、当技術分野で知られており、提供されるオリゴヌクレオチドの特性及び／又は活性、例えば、安定性、半減期、活性、送達、薬力学特性、薬物動態特性などを調節するために本開示に従って利用され得る。いくつかの実施形態では、ある特定の化学的部分は、中枢神経系の細胞を含むがこれらに限定されない所望の細胞、組織及び／又は器官へのオリゴヌクレオチドの送達を促進する。いくつかの実施形態では、ある特定の追加の化学的部分は、オリゴヌクレオチドの内部移行を促進する。いくつかの実施形態では、ある特定の追加の化学的部分は、オリゴヌクレオチド安定性を増大させる。いくつかの実施形態では、本開示は、様々な追加の化学的部分をオリゴヌクレオチドに組み込むための技術を提供する。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、参照オリゴヌクレオチド、例えば、追加の化学的部分を有しないが、他の点では同一である参照オリゴヌクレオチドと比較して、組織への送達及び／又は組織中での活性の増大を示す追加の化学的部分を含む。
いくつかの実施形態では、追加の化学的部分の非限定的な例としては、オリゴヌクレオチドに組み込まれるとき、１つ以上の特性を向上させることができる炭水化物部分、標的化部分などが挙げられる。いくつかの実施形態では、追加の化学的部分は、グルコース、ＧｌｕＮＡｃ（Ｎ－アセチルアミングルコサミン）及びアニスアミド部分から選択される。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、２つ以上の追加の化学的部分を含んでもよく、追加の化学的部分は、同一であるか若しくは同一ではないか、又は同じ分類（例えば、炭水化物部分、糖部分、標的化部分など）のものであるか若しくは同じ分類のものではない。
いくつかの実施形態では、追加の化学的部分は、標的化部分である。いくつかの実施形態では、追加の化学的部分は、炭水化物部分であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、追加の化学的部分は、脂質部分であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、追加の化学的部分は、例えば、シグマ受容体、アシアロ糖タンパク質受容体などの細胞受容体のためのリガンド部分であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、リガンド部分は、シグマ受容体のためのリガンド部分であり得るアニスアミド部分であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、リガンド部分は、アシアロ糖タンパク質受容体のためのリガンド部分であり得るＧａｌＮＡｃであるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、追加の化学的部分は、肝臓への送達を促進する。
いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、１つ以上のリンカー及び追加の化学的部分（例えば、標的化部分）を含んでもよく、及び／又はキラル制御されてもよいし、キラル制御されなくてもよく、及び／又は本明細書に記載されるとおりの塩基配列及び／又は１つ以上の修飾及び／又は形式を有してもよい。
当技術分野で知られる多くのものを含む様々なリンカー、炭水化物部分及び標的化部分が、本開示に従って利用され得る。いくつかの実施形態では、炭水化物部分は、標的化部分である。いくつかの実施形態では、標的化部分は、炭水化物部分である。
いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、送達に好適な追加の化学的部分、例えば、グルコース、ＧｌｕＮＡｃ（Ｎ－アセチルアミングルコサミン）、アニスアミド、又は
Figure 2022551124000286
Figure 2022551124000287
から選択される構造を含む。いくつかの実施形態では、ｎは、１である。いくつかの実施形態では、ｎは、２である。いくつかの実施形態では、ｎは、３である。いくつかの実施形態では、ｎは、４である。いくつかの実施形態では、ｎは、５である。いくつかの実施形態では、ｎは、６である。いくつかの実施形態では、ｎは、７である。いくつかの実施形態では、ｎは、８である。
いくつかの実施形態では、追加の化学的部分は、様々なオリゴヌクレオチドに組み込まれる様々な追加の化学的部分の例を含む、実施例に記載されるもののいずれかである。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドにコンジュゲートされた追加の化学的部分は、中枢神経系の細胞にオリゴヌクレオチドを標的化することができる。
いくつかの実施形態では、追加の化学的部分は、細胞受容体リガンドを含むか又はそれである。いくつかの実施形態では、追加の化学的部分は、タンパク質結合体、例えば、細胞表面タンパク質に結合するものを含むか又はそれである。そのような部分は特に、対応する受容体又はタンパク質を発現する細胞へのオリゴヌクレオチドの標的化された送達に有用であり得る。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドの追加の化学的部分は、アニスアミド又はその誘導体若しくは類似体を含み、シグマ１受容体などの特定の受容体を発現する細胞にオリゴヌクレオチドを標的化することができる。
いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、その標的を発現する体細胞及び／又は組織への投与のために製剤化される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドにコンジュゲートされた追加の化学的部分は、細胞にオリゴヌクレオチドを標的化することができる。
いくつかの実施形態では、追加の化学的部分は、任意選択により置換されたフェニル、
Figure 2022551124000288
（式中、ｎ’は、１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０であり、それぞれの他の可変要素は、本開示に記載されるとおりである）から選択される。いくつかの実施形態では、Ｒｓは、Ｆである。いくつかの実施形態では、Ｒｓは、ＯＭｅである。いくつかの実施形態では、Ｒｓは、ＯＨである。いくつかの実施形態では、Ｒｓは、ＮＨＡｃである。いくつかの実施形態では、Ｒｓは、ＮＨＣＯＣＦ３である。いくつかの実施形態では、Ｒ’は、Ｈである。いくつかの実施形態では、Ｒは、Ｈである。いくつかの実施形態では、Ｒ２ｓは、ＮＨＡｃであり、且つＲ５ｓは、ＯＨである。いくつかの実施形態では、Ｒ２ｓは、ｐ－アニソイルであり、Ｒ５ｓは、ＯＨである。いくつかの実施形態では、Ｒ２ｓは、ＮＨＡｃであり、Ｒ５ｓは、ｐ－アニソイルである。いくつかの実施形態では、Ｒ２ｓは、ＯＨであり、Ｒ５ｓは、ｐ－アニソイルである。いくつかの実施形態では、追加の化学的部分は、
Figure 2022551124000289
から選択される。いくつかの実施形態では、ｎ’は、１である。いくつかの実施形態では、ｎ’は、０である。いくつかの実施形態では、ｎ”は、１である。いくつかの実施形態では、ｎ”は、２である。
いくつかの実施形態では、追加の化学的部分は、アシアロ糖タンパク質受容体（ＡＳＧＰＲ）リガンドであるか又はそれを含む。
いずれかの特定の理論に縛られることを望むものではないが、本開示は、ＡＮＧＰＲ１もまた、マウスの海馬領域及び／又は小脳プルキンエ細胞層において発現されることが報告されていることを認める。http://mouse.brain-map.org/experiment/show/2048
様々な他のＡＳＧＰＲリガンドは、当技術分野で知られており、本開示に従って利用され得る。いくつかの実施形態では、ＡＳＧＰＲリガンドは、炭水化物である。いくつかの実施形態では、ＡＳＧＰＲリガンドは、ＧａｌＮａｃ又はその誘導体若しくは類似体である。いくつかの実施形態では、ＡＳＧＰＲリガンドは、Sanhueza et al.J.Am.Chem.Soc.,2017,139(9),pp 3528-3536に記載されるものである。いくつかの実施形態では、ＡＳＧＰＲリガンドは、Mamidyala et al.J.Am.Chem.Soc.,2012,134,pp 1978-1981に記載されるものである。いくつかの実施形態では、ＡＳＧＰＲリガンドは、米国特許出願公開第２０１６０２０７９５３号に記載されるものである。いくつかの実施形態では、ＡＳＧＰＲリガンドは、例えば、米国特許出願公開第２０１６０２０７９５３号において開示される置換－６，８－ジオキサビシクロ［３．２．１］オクタン－２，３－ジオール誘導体である。いくつかの実施形態では、ＡＳＧＰＲリガンドは、例えば、米国特許出願公開第２０１５０３２９５５５号に記載されるものである。いくつかの実施形態では、ＡＳＧＰＲリガンドは、例えば、米国特許出願公開第２０１５０３２９５５５号において開示される置換－６，８－ジオキサビシクロ［３．２．１］オクタン－２，３－ジオール誘導体である。いくつかの実施形態では、ＡＳＧＰＲリガンドは、米国特許第８８７７９１７号、米国特許出願公開第２０１６０３７６５８５号、米国特許第１００８６０８１号、又は米国特許第８１０６０２２号に記載されるものである。これらの文書に記載されるＡＳＧＰＲリガンドは、参照により本明細書に組み込まれる。当業者は、ＡＳＧＰＲへの化学的部分の結合を評価するためのこれらの文書に記載されるものを含む様々な技術が当技術分野で知られており、本開示に従って利用され得ることを理解するであろう。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、ＡＳＧＰＲリガンドにコンジュゲートされる。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、ＡＳＧＰＲリガンドを含む。いくつかの実施形態では、追加の化学的部分は、
Figure 2022551124000290
（式中、各可変要素は、独立して、本開示に記載されるとおりである）であるＡＳＧＰＲリガンドを含む。いくつかの実施形態では、Ｒは、－Ｈである。いくつかの実施形態では、Ｒ’は、－Ｃ（Ｏ）Ｒである。
いくつかの実施形態では、追加の化学的部分は、
Figure 2022551124000291
であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、追加の化学的部分は、
Figure 2022551124000292
であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、追加の化学的部分は、
Figure 2022551124000293
であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、追加の化学的部分は、
Figure 2022551124000294
であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、追加の化学的部分は、任意選択により置換された
Figure 2022551124000295
であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、追加の化学的部分は、
Figure 2022551124000296
であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、追加の化学的部分は、
Figure 2022551124000297
であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、追加の化学的部分は、
Figure 2022551124000298
であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、追加の化学的部分は、
Figure 2022551124000299
であるか又はそれを含む。
いくつかの実施形態では、追加の化学的部分は、例えば、オリゴヌクレオチド標的細胞に結合できる１つ以上の部分を含む。例えば、いくつかの実施形態では、追加の化学的部分は、１つ以上のタンパク質リガンド部分を含み、例えば、いくつかの実施形態では、追加の化学的部分は、各々が独立して、ＡＳＧＰＲリガンドである複数の部分を含む。いくつかの実施形態では、Ｍｏｄ ００１及びＭｏｄ０８３の場合のように、追加の化学的部分は、３つのそのようなリガンドを含む。
Ｍｏｄ００１：
Figure 2022551124000300
Ｍｏｄ０８３：
Figure 2022551124000301
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、
Figure 2022551124000302
（式中、各可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである）を含む。いくつかの実施形態では、各－ＯＲ’は、－ＯＡｃであり、－Ｎ（Ｒ’）２は、－ＮＨＡｃである。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、
Figure 2022551124000303
を含む。いくつかの実施形態では、各Ｒ’は、－Ｈである。いくつかの実施形態では、各－ＯＲ’は、－ＯＨであり、各－Ｎ（Ｒ’）２は、－ＮＨＣ（Ｏ）Ｒである。いくつかの実施形態では、各－ＯＲ’は、－ＯＨであり、各－Ｎ（Ｒ’）２は、－ＮＨＡｃである。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、
Figure 2022551124000304
（Ｌ０２５）を含む。いくつかの実施形態では、－ＣＨ２－連結部位は、糖におけるＣ５連結部位として利用される。いくつかの実施形態では、環上の連結部位は、糖におけるＣ３連結部位として利用される。そのような部分は、例えば、
Figure 2022551124000305
例えば、
Figure 2022551124000306
などのホスホラミダイトを利用して導入され得る（当業者は、－ＯＨ、－ＮＨ２－、－Ｎ（ｉ－Ｐｒ）２、－ＯＣＨ２ＣＨ２ＣＮのための保護基などの１つ以上の他の基が代わりに利用されてもよく、保護基は、場合によりオリゴヌクレオチド脱保護及び／又は切断工程の間、様々な好適な条件下で除去され得ることを理解する）。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２、３つ以上（例えば、ただ３つ）の
Figure 2022551124000307
を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２、３つ以上（例えば、ただ３つ）の
Figure 2022551124000308
を含む。いくつかの実施形態では、そのような部分の複製物は、本明細書に記載されるとおりのヌクレオチド間結合、例えば、天然のリン酸結合によって連結される。いくつかの実施形態では、５’末端にあるとき、－ＣＨ２－連結部位は、－ＯＨに結合される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、
Figure 2022551124000309
を含む。いくつかの実施形態では、各－ＯＲ’は、－ＯＡｃであり、－Ｎ（Ｒ’）２は、－ＮＨＡｃである。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、
Figure 2022551124000310
を含む。特に、
Figure 2022551124000311
は、同等の及び／又はより良好な活性及び／又は特性を有する
Figure 2022551124000312
を導入するために利用され得る。いくつかの実施形態では、それは、同じ数の
Figure 2022551124000313
に関して向上した調製効率及び／又は低いコスト（例えば、Ｍｏｄ００１と比較したとき）を提供する。
いくつかの実施形態では、追加の化学的部分は、本明細書、例えば、表１に記載されるＭｏｄ基である。
いくつかの実施形態では、追加の化学的部分は、Ｍｏｄ００１である。いくつかの実施形態では、追加の化学的部分は、Ｍｏｄ０８３である。いくつかの実施形態では、追加の化学的部分、例えば、Ｍｏｄ基は、オリゴヌクレオチドの残部に直接的にコンジュゲートされる（例えば、リンカーを伴わずに）。いくつかの実施形態では、追加の化学的部分は、オリゴヌクレオチドの残部にリンカーを介してコンジュゲートされる。いくつかの実施形態では、追加の化学的部分、例えば、Ｍｏｄ基は、直接的に及び／又はリンカーを介して、オリゴヌクレオチドの核酸塩基、糖及び／又はヌクレオチド間結合に連結され得る。いくつかの実施形態では、Ｍｏｄ基は、直接的に又はリンカーを介して、糖に連結される。いくつかの実施形態では、Ｍｏｄ基は、直接的に又はリンカーを介して、５’末端糖に連結される。いくつかの実施形態では、Ｍｏｄ基は、直接的に又はリンカーを介して、５’炭素を介して５’末端糖に連結される。例えば、表１における様々なオリゴヌクレオチドを参照されたい。いくつかの実施形態では、Ｍｏｄ基は、直接的に又はリンカーを介して、３’末端糖に連結される。いくつかの実施形態では、Ｍｏｄ基は、直接的に又はリンカーを介して、３’炭素を介して３’末端糖に連結される。いくつかの実施形態では、Ｍｏｄ基は、直接的に又はリンカーを介して、核酸塩基に連結される。いくつかの実施形態では、Ｍｏｄ基は、直接的に又はリンカーを介して、ヌクレオチド間結合に連結される。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、Ｌ００１を介してオリゴヌクレオチド鎖の５’末端に連結されたＭｏｄ００１を含む。
当業者によって理解されるとおり、追加の化学的部分は、様々な位置、例えば、５’末端、３’末端、又は中程の位置（例えば、糖、塩基、ヌクレオチド間結合などの）でオリゴヌクレオチド鎖に連結され得る。いくつかの実施形態では、それは、５’末端で連結される。いくつかの実施形態では、それは、３’末端で連結される。いくつかの実施形態では、それは、中程のヌクレオチドで連結される。
Ｍｏｄ０１２、Ｍｏｄ０３９、Ｍｏｄ０６２、Ｍｏｄ０８５、Ｍｏｄ０８６、及びＭｏｄ０９４を含むがこれらに限定されないある特定の追加の化学的部分（例えば、脂質部分、標的化部分、炭水化物部分）、並びにＬ００１、Ｌ００３、Ｌ００４、Ｌ００８、Ｌ００９、及びＬ０１０を含むがこれらに限定されない、オリゴヌクレオチド鎖に追加の化学的部分を連結するための様々なリンカーは、各々の追加の化学的部分及びリンカーが独立して参照により本明細書に組み込まれる国際公開第２０１７／０６２８６２号、国際公開第２０１８／０６７９７３号、国際公開第２０１７／１６０７４１号、国際公開第２０１７／１９２６７９号、国際公開第２０１７／２１０６４７号、国際公開第２０１８／０９８２６４号、国際公開第２０１８／０２２４７３号、国際公開第２０１８／２２３０５６号、国際公開第２０１８／２２３０７３号、国際公開第２０１８／２２３０８１号、国際公開第２０１８／２３７１９４号、国際公開第２０１９／０３２６０７号、国際公開第２０１９０３２６１２号、国際公開第２０１９／０５５９５１号、国際公開第２０１９／０７５３５７号、国際公開第２０１９／２００１８５号、国際公開第２０１９／２１７７８４号、国際公開第２０１９／０３２６１２号、及び／又は国際公開第２０２０／１９１２５２号に記載され、本開示に従って利用され得る。いくつかの実施形態では、追加の化学的部分は、ジゴキシゲニン若しくはビオチン又はその誘導体である。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、リンカー、例えば、Ｌ００１ Ｌ００４、Ｌ００８、及び／又は追加の化学的部分、例えば、Ｍｏｄ０１２、Ｍｏｄ０３９、Ｍｏｄ０６２、Ｍｏｄ０８５、Ｍｏｄ０８６、又はＭｏｄ０９４を含む。いくつかの実施形態では、リンカー、例えば、Ｌ００１、Ｌ００３、Ｌ００４、Ｌ００８、Ｌ００９、Ｌ１１０などは、Ｍｏｄ、例えば、Ｍｏｄ０１２、Ｍｏｄ０３９、Ｍｏｄ０６２、Ｍｏｄ０８５、Ｍｏｄ０８６、Ｍｏｄ０９４などに連結される。
Ｌ００１：－ＣＨ２－連結部位で示されるとおりの、もしあれば－ＮＨ－を介してＭｏｄ、及びリン酸結合（塩形態として存在してもよく、且つＯ又はＰＯとして示されてもよい－Ｏ－Ｐ（Ｏ）（ＯＨ）－Ｏ－）又はホスホロチオエート結合（塩形態として存在してもよく、且つホスホロチオエートがキラル制御されない場合＊；又はホスホロチオエートがキラル制御され、Ｓｐ配置を有する場合、＊Ｓ、Ｓｐ、若しくはＳｐ、又はホスホロチオエートがキラル制御され、Ｒｐ配置を有する場合、＊Ｒ、Ｒ、又はＲｐとして示されてもよい－Ｏ－Ｐ（Ｏ）（ＳＨ）－Ｏ－）のいずれかを介してオリゴヌクレオチド鎖の５’末端又は３’末端に連結された－ＮＨ－（ＣＨ２）６－リンカー（Ｃ６リンカー、Ｃ６アミンリンカー又はＣ６アミノリンカーとしても知られる）。Ｍｏｄが存在しない場合、Ｌ００１は、－ＮＨ－を介して－Ｈに連結される；
Ｌ００３：
Figure 2022551124000314
リンカー。いくつかの実施形態では、それは、もしあれば（Ｍｏｄがない場合、－Ｈ）、そのアミノ基を介してＭｏｄに、及び例えば、結合（例えば、リン酸結合（Ｏ又はＰＯ）又はホスホロチオエート結合（キラル制御されなくてもよいし、キラル制御されてもよい（Ｓｐ又はＲｐ）））を介してオリゴヌクレオチド鎖の５’末端又は３’末端に連結される。
Ｌ００４：－ＮＨ（ＣＨ２）４ＣＨ（ＣＨ２ＯＨ）ＣＨ２－（式中、－ＮＨ－は、Ｍｏｄ（－Ｃ（Ｏ）－を介して）又は－Ｈに連結され、－ＣＨ２－連結部位は、結合、例えば、ホスホジエステル（塩形態として存在してもよく、Ｏ又はＰＯとして示されてもよい－Ｏ－Ｐ（Ｏ）（ＯＨ）－Ｏ－）、ホスホロチオエート（塩形態として存在してもよく、ホスホロチオエートがキラル制御されない場合＊；又はホスホロチオエートがキラル制御され、Ｓｐ配置を有する場合、＊Ｓ、Ｓｐ、若しくはＳｐ、又はホスホロチオエートがキラル制御され、Ｒｐ配置を有する場合、＊Ｒ、Ｒ、又はＲｐとして示されてもよい－Ｏ－Ｐ（Ｏ）（ＳＨ）－Ｏ－）、又はホスホロジチオエート（塩形態として存在してもよく、ＰＳ２又は：又はＤとして示されてもよい－Ｏ－Ｐ（Ｓ）（ＳＨ）－Ｏ－）結合を介してオリゴヌクレオチド鎖（例えば、３’末端で）に連結される）の構造を有するリンカー。例えば、Ｌ００４の直前のアスタリスク（例えば、＊Ｌ００４）は、結合がホスホロチオエート結合であることを示し、Ｌ００４の直前のアスタリスクの欠如は、結合がホスホジエステル結合であることを示す。例えば、ｍＡＬ００４において終止するオリゴヌクレオチドにおいて、リンカーＬ００４は、ホスホジエステル結合を介して３’末端糖（２’－ＯＭｅ修飾され、核酸塩基Ａに連結される）の３’位に連結され（－ＣＨ２－部位を介して）、Ｌ００４リンカーは、－ＮＨ－から－Ｈを介して連結される。同様に、１つ以上のオリゴヌクレオチドにおいて、Ｌ００４リンカーは、ホスホジエステル結合を介して３’末端糖の３’位に連結され（－ＣＨ２－部位を介して）、Ｌ００４は、－ＮＨ－を介して、例えば、Ｍｏｄ０１２、Ｍｏｄ０８５、Ｍｏｄ０８６などに連結される。
Ｌ００８：－Ｃ（Ｏ）－（ＣＨ２）９－（式中、－Ｃ（Ｏ）－は、Ｍｏｄ（－ＮＨ－を介して）又は－ＯＨ（Ｍｏｄが示されない場合）に連結され、－ＣＨ２－連結部位は、結合、例えば、ホスホジエステル（塩形態として存在してもよく、Ｏ又はＰＯとして示されてもよい－Ｏ－Ｐ（Ｏ）（ＯＨ）－Ｏ－）、ホスホロチオエート（塩形態として存在してもよく、ホスホロチオエートがキラル制御されない場合＊；又はホスホロチオエートがキラル制御され、Ｓｐ配置を有する場合、＊Ｓ、Ｓｐ、若しくはＳｐ、又はホスホロチオエートがキラル制御され、Ｒｐ配置を有する場合、＊Ｒ、Ｒ、又はＲｐとして示されてもよい－Ｏ－Ｐ（Ｏ）（ＳＨ）－Ｏ－）、又はホスホロジチオエート（塩形態として存在してもよく、ＰＳ２又は：又はＤとして示されてもよい－Ｏ－Ｐ（Ｓ）（ＳＨ）－Ｏ－）結合を介してオリゴヌクレオチド鎖（例えば、５’末端で）に連結される）の構造を有するリンカー。例えば、５’－Ｌ００８ｍＮ＊ｍＮ＊ｍＮ＊ｍＮ＊Ｎ＊Ｎ＊Ｎ＊Ｎ＊Ｎ＊Ｎ＊Ｎ＊Ｎ＊Ｎ＊Ｎ＊ｍＮ＊ｍＮ＊ｍＮ＊ｍＮ－３’の配列を有し、ＯＸＸＸＸＸＸＸＸＸ ＸＸＸＸＸＸＸＸ（式中、Ｎは、塩基であり、Ｏは、天然のリン酸ヌクレオチド間結合であり、Ｘは、立体的に不規則なホスホロチオエートである）の立体化学／結合を有する例となるオリゴヌクレオチドにおいて、Ｌ００８は、－Ｃ（Ｏ）－を介して－ＯＨに、及びリン酸結合（「立体化学／結合」においてＯとして示される）を介してオリゴヌクレオチド鎖の５’末端に連結され；５’－Ｍｏｄ０６２Ｌ００８ｍＮ＊ｍＮ＊ｍＮ＊ｍＮ＊Ｎ＊Ｎ＊Ｎ＊Ｎ＊Ｎ＊Ｎ＊Ｎ＊Ｎ＊Ｎ＊Ｎ＊ｍＮ＊ｍＮ＊ｍＮ＊ｍＮ－３’の配列を有し、ＯＸＸＸＸＸＸＸＸＸ ＸＸＸＸＸＸＸＸ（式中、Ｎは、塩基である）の立体化学／結合を有する別の例のオリゴヌクレオチドにおいて、Ｌ００８は、－Ｃ（Ｏ）－を介してＭｏｄ０６２に、リン酸結合（「立体化学／結合」においてＯとして示される）を介してオリゴヌクレオチド鎖の５’末端に連結される。
Ｌ００９：－ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ２－。いくつかの実施形態では、Ｌ００９が、Ｍｏｄを伴わずにオリゴヌクレオチドの５’末端に存在するとき、Ｌ００９の一方の端は、－ＯＨに連結され、他方の端は、例えば、結合（例えば、リン酸結合（Ｏ又はＰＯ）又はホスホロチオエート結合（キラル制御されなくてもよいし、キラル制御されてもよい（Ｓｐ又はＲｐ）））を介して、オリゴヌクレオチド鎖の５’－炭素に連結される。
Ｌ０１０：
Figure 2022551124000315
。いくつかの実施形態では、Ｌ０１０が、Ｍｏｄを伴わずにオリゴヌクレオチドの５’末端に存在するとき、Ｌ０１０の５’－炭素は、－ＯＨに連結され、３’－炭素は、例えば、結合（例えば、リン酸結合（Ｏ又はＰＯ）又はホスホロチオエート結合（キラル制御されなくてもよいし、キラル制御されてもよい（Ｓｐ又はＲｐ）））を介して、オリゴヌクレオチド鎖の５’－炭素に連結される。
Ｍｏｄ０１２（いくつかの実施形態では、－Ｃ（Ｏ）－は、Ｌ００１、Ｌ００４、Ｌ００８などのリンカーの－ＮＨ－に連結する）：
Figure 2022551124000316
；
Ｍｏｄ０３９（いくつかの実施形態では、－Ｃ（Ｏ）－は、Ｌ００１、Ｌ００３、Ｌ００４、Ｌ００８、Ｌ００９、Ｌ１１０などのリンカーの－ＮＨ－に連結する）：
Figure 2022551124000317
Ｍｏｄ０６２（いくつかの実施形態では、－Ｃ（Ｏ）－は、Ｌ００１、Ｌ００３、Ｌ００４、Ｌ００８、Ｌ００９、Ｌ１１０などのリンカーの－ＮＨ－に連結する）：
Figure 2022551124000318
；
Ｍｏｄ０８５（いくつかの実施形態では、－Ｃ（Ｏ）－は、Ｌ００１、Ｌ００３、Ｌ００４、Ｌ００８、Ｌ００９、Ｌ１１０などのリンカーの－ＮＨ－に連結する）：
Figure 2022551124000319
；
Ｍｏｄ０８６（いくつかの実施形態では、－Ｃ（Ｏ）－は、Ｌ００１、Ｌ００３、Ｌ００４、Ｌ００８、Ｌ００９、Ｌ１１０などのリンカーの－ＮＨ－に連結する）：
Figure 2022551124000320
；
Ｍｏｄ０９４（いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合に、又は結合、例えば、リン酸結合、ホスホロチオエート結合（任意選択によりキラル制御される）などを介してオリゴヌクレオチドの５’末端又は３’末端に連結する。例えば、５’－ｍＮ＊ｍＮ＊ｍＮ＊ｍＮ＊Ｎ＊Ｎ＊Ｎ＊Ｎ＊Ｎ＊Ｎ＊Ｎ＊Ｎ＊Ｎ＊Ｎ＊ｍＮ＊ｍＮ＊ｍＮ＊ｍＮＭｏｄ０９４－３’の配列を有し、ＸＸＸＸＸ ＸＸＸＸＸ ＸＸＸＸＸ ＸＸＯ（式中、Ｎは、塩基である）の立体化学／結合を有する例のオリゴヌクレオチドにおいて、Ｍｏｄ０９４は、リン酸基（下に示されず、塩形態として存在してもよく；（「立体化学／結合」において「Ｏ」として示される（．．．ＸＸＸＸＯ）））を介してオリゴヌクレオチド鎖の３’末端（３’末端糖の３’－炭素）に連結される：
Figure 2022551124000321
。
いくつかの実施形態では、追加の化学的部分は、国際公開第２０１２／０３０６８３号に記載されるものである。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、国際公開第２０１２／０３０６８３号に記載される化学構造（例えば、リンカー、脂質、可溶化基、及び／又は標的化リガンド）を含む。
いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、米国特許第５，６８８，９４１号；同第６，２９４，６６４号；同第６，３２０，０１７号；同第６，５７６，７５２号；同第５，２５８，５０６号；同第５，５９１，５８４号；同第４，９５８，０１３号；同第５，０８２，８３０号；同第５，１１８，８０２号；同第５，１３８，０４５号；同第６，７８３，９３１号；同第５，２５４，４６９号；同第５，４１４，０７７号；同第５，４８６，６０３号；同第５，１１２，９６３号；同第５，５９９，９２８号；同第６，９００，２９７号；同第５，２１４，１３６号；同第５，１０９，１２４号；同第５，５１２，４３９号；同第４，６６７，０２５号；同第５，５２５，４６５号；同第５，５１４，７８５号；同第５，５６５，５５２号；同第５，５４１，３１３号；同第５，５４５，７３０号；同第４，８３５，２６３号；同第４，８７６，３３５号；同第５，５７８，７１７号；同第５，５８０，７３１号；同第５，４５１，４６３号；同第５，５１０，４７５号；同第４，９０４，５８２号；同第５，０８２，８３０号；同第４，７６２，７７９号；同第４，７８９，７３７号；同第４，８２４，９４１号；同第４，８２８，９７９号；同第５，５９５，７２６号；同第５，２１４，１３６号；同第５，２４５，０２２号；同第５，３１７，０９８号；同第５，３７１，２４１号；同第５，３９１，７２３号；同第４，９４８，８８２号；同第５，２１８，１０５号；同第５，１１２，９６３号；同第５，５６７，８１０号；同第５，５７４，１４２号；同第５，５７８，７１８号；同第５，６０８，０４６号；同第４，５８７，０４４号；同第４，６０５，７３５号；同第５，５８５，４８１号；同第５，２９２，８７３号；同第５，５５２，５３８号；同第５，５１２，６６７号；同第５，５９７，６９６号；同第５，５９９，９２３号；同第７，０３７，６４６号；同第５，５８７，３７１号；同第５，４１６，２０３号；同第５，２６２，５３６号；同第５，２７２，２５０号；又は同第８，１０６，０２２号に記載される追加の化学的部分及び／又は修飾（例えば、核酸塩基、糖、ヌクレオチド間結合などの）を含む。
いくつかの実施形態では、追加の化学的部分、例えば、Ｍｏｄは、リンカーを介して連結される。様々なリンカー、例えば、タンパク質（例えば、抗体薬物コンジュゲートを形成する抗体を伴う）、核酸などとの様々な部分のコンジュゲーションのために利用されるものが当技術分野で利用可能であり、本開示に従って利用され得る。ある特定の有用なリンカーは、各々のリンカー部分が独立して参照により本明細書に組み込まれる、米国特許第９９８２２５７号、米国特許出願公開第２０１７００３７３９９号、米国特許出願公開第２０１８０２１６１０８号、米国特許出願公開第２０１８０２１６１０７号、米国特許第９５９８４５８号、国際公開第２０１７／０６２８６２号、国際公開第２０１８／０６７９７３号、国際公開第２０１７／１６０７４１号、国際公開第２０１７／１９２６７９号、国際公開第２０１７／２１０６４７号、国際公開第２０１８／０９８２６４号、国際公開第２０１８／２２３０５６号、国際公開第２０１８／２３７１９４号、国際公開第２０１９／０３２６０７号、国際公開第２０１９／０５５９５１号、国際公開第２０１９／０７５３５７号、国際公開第２０１９／２００１８５号、国際公開第２０１９／２１７７８４号、国際公開第２０１９／０３２６１２号、及び／又は国際公開第２０２０／１９１２５２号に記載される。いくつかの実施形態では、リンカーは、非限定的な例として、Ｌ００１、Ｌ００４、Ｌ００９又はＬ０１０である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、リンカーを含むが、リンカー以外の追加の化学的部分を含まない。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、リンカーを含むが、リンカー以外の追加の化学的部分を含まず、リンカーは、Ｌ００１、Ｌ００４、Ｌ００９、又はＬ０１０である。
本明細書で実証されるとおり、提供される技術は、いくつかの実施形態では、望ましく及び／又は必要であると報告された特定の構造的要素（例えば、修飾、結合配置及び／又はパターンなど）（例えば、国際公開第２０１９／２１９５８１号に報告されるもの）を利用することなく高いレベルの活性及び／又は所望の特性を提供することができるが、ある特定のそのような構造的要素は、本開示に従って様々な他の構造的要素と組み合わせてオリゴヌクレオチドに組み込まれ得る。例えば、いくつかの実施形態では、本開示のオリゴヌクレオチドは、３’から標的ヌクレオシド（例えば、標的アデノシン）の反対側のヌクレオシドまでにより少ないヌクレオシドを有し、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、報告によれば、好ましくなかったか又は許容されなかった１つ以上の位置で１つ以上のホスホロチオエートヌクレオチド間結合を含有し、Ｓｐのホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、報告によれば、好ましくなかったか又は許容されなかった１つ以上の位置で１つ以上のＳｐのホスホロチオエートヌクレオチド間結合を含有し、Ｒｐのホスホロチオエートヌクレオチド間結合が、報告によれば、好ましくなかったか又は許容されなかった１つ以上の位置で１つ以上のＲｐのホスホロチオエートヌクレオチド間結合を含有し、及び／又は報告によればある特定のオリゴヌクレオチド特性及び／又は活性に好ましいか又は必要となるものと比較して１つ以上の位置で異なる修飾（例えば、ヌクレオチド間結合修飾、糖修飾など）及び／又は立体化学を含有する（例えば、２’－ＭＯＥの存在、ある特定の位置でのホスホロチオエート結合の非存在、ある特定の位置でのＳｐのホスホロチオエート結合の非存在、及び／又はある特定の位置でのＲｐのホスホロチオエート結合の非存在は、報告によれば、ある特定のオリゴヌクレオチド特性及び／又は活性に好ましいか又は必要となり；本明細書で実証されるとおり、提供される技術は、２’－ＭＯＥを利用することなく、１つ以上のそのようなある特定の位置でホスホロチオエート結合を避けることなく、１つ以上のそのようなある特定の位置でＳｐのホスホロチオエート結合を避けることなく、及び／又は１つ以上のそのようなある特定の位置でＲｐのホスホロチオエート結合を避けることなく、所望の特性及び／又は高い活性を提供することができる）。これに加えて又はこれに代えて、提供されるオリゴヌクレオチドは、ある特定の修飾（例えば、塩基修飾、糖修飾（例えば、２’－Ｆ）、結合修飾（例えば、負に荷電していないヌクレオチド間結合）、追加の部分など）の利用など並びにそのレベル、パターン、及び、組み合わせなど、以前に認識されなかった構造的要素を組み込む。
例えば、いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるとおり、提供されるオリゴヌクレオチドは、３’から標的ヌクレオシド（例えば、標的アデノシン）の反対側のヌクレオシドまでに５、６、７、８、９、１０、１１又は１２個以下のヌクレオシドを含有する。
或いは又は加えて、本明細書に記載されるとおり（例えば、ある特定の実施例に示される）、３’から標的ヌクレオシド（例えば、標的アデノシン）の反対側のヌクレオシドまでの構造的要素に関して、いくつかの実施形態では、３’から標的ヌクレオシド（例えば、標的アデノシン）の反対側のヌクレオシドまでのヌクレオチド間結合の約５０％～１００％（例えば、約又は少なくとも約５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％）は、それぞれ独立して、修飾されたヌクレオチド間結合であり、これは任意選択によりキラル制御される。いくつかの実施形態では、３’から標的ヌクレオシドの反対側のヌクレオシドまでの１、２、又は３個以下のヌクレオチド間結合は、天然のリン酸結合である。いくつかの実施形態では、そのようなヌクレオチド間結合はどれも天然のリン酸結合ではない。いくつかの実施形態では、１個以下のそのようなヌクレオチド間結合は、天然のリン酸結合である。いくつかの実施形態では、２個以下のそのようなヌクレオチド間結合は、天然のリン酸結合である。いくつかの実施形態では、３個以下のそのようなヌクレオチド間結合は、天然のリン酸結合である。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合は、独立して、ホスホロチオエート又は負に荷電していないヌクレオチド間結合（例えば、ｎ００１）である。いくつかの実施形態では、それぞれのホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、キラル制御される。いくつかの実施形態では、３’から標的ヌクレオシドの反対側のヌクレオシドまでの１、２、又は３個以下のヌクレオチド間結合は、Ｒｐのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、標的ヌクレオシドの反対側のヌクレオシドにその糖の３’位（－１位とみなされる）で結合されるヌクレオチド間結合は、Ｒｐのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それは、３’から標的ヌクレオシドの反対側のヌクレオシドまでで唯一のＲｐのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、標的ヌクレオシドの反対側のヌクレオシドに対して位置－３のヌクレオチド間結合（例えば、・・・Ｎ０Ｎ－１Ｎ－２Ｎ－３・・・に関して、Ｎ－２及びＮ－３を連結するヌクレオチド間結合、Ｎ０は、標的ヌクレオシドの反対側のヌクレオシドである）は、Ｒｐのホスホロチオエートヌクレオチド間結合ではない。いくつかの実施形態では、標的ヌクレオシドの反対側のヌクレオシドに対して位置－６のヌクレオチド間結合は、Ｒｐのホスホロチオエートヌクレオチド間結合ではない。いくつかの実施形態では、標的ヌクレオシドの反対側のヌクレオシドに対して位置－４及び／又は－５のヌクレオチド間結合は、独立して、修飾されたヌクレオチド間結合、例えば、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合であるか、又は独立して、Ｒｐのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、位置－１、－３、－４、－５、及び－６の１つ以上又は全てのヌクレオチド間結合は、それぞれ独立して、Ｓｐのヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、位置－１、－３、－４、－５、及び－６の１つ以上又は全てのヌクレオチド間結合は、それぞれ独立して、Ｓｐのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、位置－４及び／又は－５のヌクレオチド間結合は、それぞれ独立して、Ｒｐのヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、位置－４及び／又は－５のヌクレオチド間結合は、それぞれ独立して、Ｒｐのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。多くの実施形態では、１、２、３、４、又は５個以下のヌクレオチド間結合は、Ｒｐのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。
或いは又は加えて、本明細書に記載されるとおり（例えば、ある特定の実施例に示される）、いくつかの実施形態では、５’から標的ヌクレオシド（例えば、標的アデノシン）の反対側のヌクレオシドまでのヌクレオチド間結合の約５０％～１００％（例えば、約又は少なくとも約５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、又は９５％）は、それぞれ独立して、修飾されたヌクレオチド間結合であり、これは任意選択によりキラル制御される。いくつかの実施形態では、５’から標的ヌクレオシド（例えば、標的アデノシン）の反対側のヌクレオシドまでの０個又は１、２、若しくは３個以下のヌクレオチド間結合は、修飾されたヌクレオチド間結合ではない。いくつかの実施形態では、５’から標的ヌクレオシド（例えば、標的アデノシン）の反対側のヌクレオシドまでの０個又は１、２、若しくは３個以下のヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合ではない。いくつかの実施形態では、５’から標的ヌクレオシド（例えば、標的アデノシン）の反対側のヌクレオシドまでの０個又は１、２、若しくは３個以下のヌクレオチド間結合は、Ｓｐのホスホロチオエートヌクレオチド間結合ではない。いくつかの実施形態では、５’から標的ヌクレオシド（例えば、標的アデノシン）の反対側のヌクレオシドまでの１、２、又は３個以下のヌクレオチド間結合は、天然のリン酸結合である。いくつかの実施形態では、そのようなヌクレオチド間結合はどれも天然のリン酸結合ではない。いくつかの実施形態では、１個以下のそのようなヌクレオチド間結合は、天然のリン酸結合である。いくつかの実施形態では、２個以下のそのようなヌクレオチド間結合は、天然のリン酸結合である。いくつかの実施形態では、３個以下のそのようなヌクレオチド間結合は、天然のリン酸結合である。いくつかの実施形態では、それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合は、独立して、ホスホロチオエート又は負に荷電していないヌクレオチド間結合（例えば、ｎ００１）である。いくつかの実施形態では、５’から標的ヌクレオシドの反対側のヌクレオシドまでに２、３、又は４個の連続したヌクレオチド間結合は存在せず、各々は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合ではない。いくつかの実施形態では、５’から標的ヌクレオシドの反対側のヌクレオシドまでに２、３、又は４個の連続したヌクレオチド間結合は存在せず、各々は、キラル制御され、Ｓｐのホスホロチオエートヌクレオチド間結合ではない。いくつかの実施形態では、５’から標的ヌクレオシド（例えば、標的アデノシン）の反対側のヌクレオシドまでの０個又は１、２、３、４、若しくは５個以下のヌクレオチド間結合は、Ｒｐのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、標的ヌクレオシドの反対側のヌクレオシドにその糖の５’位（＋１位とみなされる）で結合されるヌクレオチド間結合は、Ｒｐのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それは、３’から標的ヌクレオシドの反対側のヌクレオシドまでで唯一のＲｐのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、標的ヌクレオシドの反対側のヌクレオシドに対して位置＋５のヌクレオチド間結合（例えば、・・・Ｎ＋５Ｎ＋４Ｎ＋３Ｎ＋２Ｎ＋１Ｎ０・・・に関して、Ｎ＋４及びＮ＋５を連結するヌクレオチド間結合、Ｎ０は、標的ヌクレオシドの反対側のヌクレオシドである）は、Ｒｐのホスホロチオエートヌクレオチド間結合ではない。いくつかの実施形態では、位置＋１１のヌクレオチド間結合は、Ｓｐのホスホロチオエートヌクレオチド間結合ではない。いくつかの実施形態では、標的ヌクレオシドの反対側のヌクレオシドに対して位置＋６～＋８の１つ以上又は全てのヌクレオチド間結合は、それぞれ独立して、修飾されたヌクレオチド間結合であり、任意選択によりキラル制御される。いくつかの実施形態では、それらの各々は、独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、それらの各々は、独立して、Ｓｐのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、標的ヌクレオシドの反対側のヌクレオシドに対して位置＋６～＋８の１つ以上又は全てのヌクレオチド間結合は、それぞれ独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合であり、任意選択によりキラル制御される。いくつかの実施形態では、位置＋６、＋７、＋８、＋９、及び＋１１の１つ以上又は全てのヌクレオチド間結合は、それぞれ独立して、Ｒｐのヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、位置＋６、＋７、＋８、＋９、及び＋１１の１つ以上又は全てのヌクレオチド間結合は、それぞれ独立して、Ｒｐのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、標的アデノシンの反対側のヌクレオシドに対して位置＋５、＋６、＋７、＋８、及び＋９の１つ以上又は全てのヌクレオチド間結合は、それぞれ独立して、Ｓｐのヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、標的アデノシンの反対側のヌクレオシドに対して位置＋５、＋６、＋７、＋８、及び＋９の１つ以上又は全てのヌクレオチド間結合は、それぞれ独立して、Ｓｐのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、位置＋５のヌクレオチド間結合は、Ｓｐのヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、位置＋５のヌクレオチド間結合は、Ｓｐのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、位置＋６のヌクレオチド間結合は、Ｓｐのヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、位置＋６のヌクレオチド間結合は、Ｓｐのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、位置＋７のヌクレオチド間結合は、Ｓｐのヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、位置＋７のヌクレオチド間結合は、Ｓｐのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、位置＋８のヌクレオチド間結合は、Ｓｐのヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、位置＋８のヌクレオチド間結合は、Ｓｐのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、位置＋９のヌクレオチド間結合は、Ｓｐのヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、位置＋９のヌクレオチド間結合は、Ｓｐのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、５’から標的ヌクレオシド（例えば、標的アデノシン）の反対側のヌクレオシドまでのヌクレオチド間結合の少なくとも約１、２、３、４、５、６、７、８、９、若しくは１０、又は約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、若しくは３２、又は約５０％～１００％（例えば、約又は少なくとも約５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、又は９５％）は、それぞれ独立して、キラル制御され、Ｓｐのヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、５’から標的ヌクレオシド（例えば、標的アデノシン）の反対側のヌクレオシドまでのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の少なくとも約１、２、３、４、５、６、７、８、９、若しくは１０、又は約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、若しくは３２、又は約５０％～１００％（例えば、約又は少なくとも約５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、又は９５％）は、それぞれ独立して、キラル制御され、Ｓｐである。いくつかの実施形態では、５’から標的ヌクレオシド（例えば、標的アデノシン）の反対側のヌクレオシドまでのそれぞれのホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、キラル制御される。いくつかの実施形態では、５’から標的ヌクレオシド（例えば、標的アデノシン）の反対側のヌクレオシドまでのそれぞれのホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、Ｓｐである。
オリゴヌクレオチド及び組成物の生成
様々な方法が、オリゴヌクレオチド及び組成物の生成のために利用されてもよく、本開示に従って利用されてもよい。例えば、従来のホスホラミダイト化学反応（例えば、－ＣＨ２ＣＨ２ＣＮ及び－Ｎ（ｉ－Ｐｒ）２を含むホスホラミダイト）を利用して、立体的に不規則なオリゴヌクレオチド及び組成物を調製することができ、ある特定の試薬及びキラル制御された技術を利用して、例えば、各々の試薬及び方法が参照により本明細書に組み込まれる、米国特許第９９８２２５７号、米国特許出願公開第２０１７００３７３９９号、米国特許出願公開第２０１８０２１６１０８号、米国特許出願公開第２０１８０２１６１０７号、米国特許第９５９８４５８号、国際公開第２０１７／０６２８６２号、国際公開第２０１８／０６７９７３号、国際公開第２０１７／１６０７４１号、国際公開第２０１７／１９２６７９号、国際公開第２０１７／２１０６４７号、国際公開第２０１８／０９８２６４号、国際公開第２０１８／２２３０５６号、国際公開第２０１８／２３７１９４号、国際公開第２０１９／０３２６０７号、国際公開第２０１９／０５５９５１号、国際公開第２０１９／０７５３５７号、国際公開第２０１９／２００１８５号、国際公開第２０１９／２１７７８４号、国際公開第２０１９／０３２６１２号、及び／又は国際公開第２０２０／１９１２５２号に記載されるとおりのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を調製することができる。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド及びその組成物のキラル制御された／立体選択的な調製は、例えば、単量体ホスホラミダイトの一部として不斉補助剤の利用を含む。そのような不斉補助剤試薬及びホスホラミダイトの例は、各々の不斉補助剤試薬及びホスホラミダイトが独立して参照により組み込まれる、米国特許第９９８２２５７号、米国特許出願公開第２０１７００３７３９９号、米国特許出願公開第２０１８０２１６１０８号、米国特許出願公開第２０１８０２１６１０７号、米国特許第９５９８４５８号、国際公開第２０１７／０６２８６２号、国際公開第２０１８／０６７９７３号、国際公開第２０１７／１６０７４１号、国際公開第２０１７／１９２６７９号、国際公開第２０１７／２１０６４７号、国際公開第２０１８／０９８２６４号、国際公開第２０１８／２２３０５６号、国際公開第２０１８／２３７１９４号、国際公開第２０１９／０３２６０７号、国際公開第２０１９／０５５９５１号、国際公開第２０１９／０７５３５７号、国際公開第２０１９／２００１８５号、国際公開第２０１９／２１７７８４号、国際公開第２０１９／０３２６１２号、及び／又は国際公開第２０２０／１９１２５２号に記載される。いくつかの実施形態では、不斉補助剤は、各々の不斉補助剤が独立して参照により本明細書に組み込まれる、国際公開第２０１８／０２２４７３号、国際公開第２０１８／０９８２６４号、国際公開第２０１８／２２３０５６号、国際公開第２０１８／２２３０７３号、国際公開第２０１８／２２３０８１号、国際公開第２０１８／２３７１９４号、国際公開第２０１９／０３２６０７号、国際公開第２０１９／０５５９５１号、国際公開第２０１９／０７５３５７号、国際公開第２０１９／２００１８５号、国際公開第２０１９／２１７７８４号、国際公開第２０１９／０３２６１２号、及び／又は国際公開第２０２０／１９１２５２号のいずれかに記載される不斉補助剤である。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド合成サイクル、試薬及び条件を含むキラル制御された調製技術は、各々のオリゴヌクレオチド合成方法、サイクル、試薬及び条件が独立して参照により本明細書に組み込まれる、米国特許第９９８２２５７号、米国特許出願公開第２０１７００３７３９９号、米国特許出願公開第２０１８０２１６１０８号、米国特許出願公開第２０１８０２１６１０７号、米国特許第９５９８４５８号、国際公開第２０１７／０６２８６２号、国際公開第２０１８／０６７９７３号、国際公開第２０１７／１６０７４１号、国際公開第２０１７／１９２６７９号、国際公開第２０１７／２１０６４７号、及び国際公開第２０１８／０９８２６４号、国際公開第２０１８／０２２４７３号、国際公開第２０１８／２２３０５６号、国際公開第２０１８／２２３０７３号、国際公開第２０１８／２２３０８１号、国際公開第２０１８／２３７１９４号、国際公開第２０１９／０３２６０７号、国際公開第２０１９０３２６１２号、国際公開第２０１９／０５５９５１号、国際公開第２０１９／０７５３５７号、国際公開第２０１９／２００１８５号、国際公開第２０１９／２１７７８４号、国際公開第２０１９／０３２６１２号、国際公開第２０１８／２２３０５６号、国際公開第２０１８／２２３０７３号、国際公開第２０１８／２２３０８１号、国際公開第２０１８／２３７１９４号、国際公開第２０１９／０３２６０７号、国際公開第２０１９／０５５９５１号、国際公開第２０１９／０７５３５７号、国際公開第２０１９／２００１８５号、国際公開第２０１９／２１７７８４号、国際公開第２０１９／０３２６１２号、及び／又は国際公開第２０２０／１９１２５２号に記載される。
合成されると、提供されるオリゴヌクレオチド及び組成物は通常、さらに精製される。好適な精製技術は、当業者によって広く知られ、行われており、各々の精製技術が独立して参照により本明細書に組み込まれる、米国特許第９９８２２５７号、米国特許出願公開第２０１７００３７３９９号、米国特許出願公開第２０１８０２１６１０８号、米国特許出願公開第２０１８０２１６１０７号、米国特許第９５９８４５８号、国際公開第２０１７／０６２８６２号、国際公開第２０１８／０６７９７３号、国際公開第２０１７／１６０７４１号、国際公開第２０１７／１９２６７９号、国際公開第２０１７／２１０６４７号、国際公開第２０１８／０９８２６４号、国際公開第２０１８／２２３０５６号、国際公開第２０１８／２３７１９４号、国際公開第２０１９／０３２６０７号、国際公開第２０１９／０５５９５１号、国際公開第２０１９／０７５３５７号、国際公開第２０１９／２００１８５号、国際公開第２０１９／２１７７８４号、国際公開第２０１９／０３２６１２号、及び／又は国際公開第２０２０／１９１２５２号に記載されるものを含むが、これらに限定されない。
いくつかの実施形態では、サイクルは、カップリング、キャップ付加、修飾及びデブロッキングを含むか又はそれらからなる。いくつかの実施形態では、サイクルは、カップリング、キャップ付加、修飾、キャップ付加及びデブロッキングを含むか又はそれらからなる。これらの工程は通常、それらが列挙される順序で実施されるが、いくつかの実施形態では、当業者によって理解されるとおり、ある特定の工程、例えば、キャップ付加及び修飾の順序は、変更されてもよい。必要があれば、当業者がしばしば合成において実施するように、１つ以上の工程が、変換、収率及び／又は純度を向上させるために繰り返されてもよい。例えば、いくつかの実施形態では、カップリングが繰り返されてもよい；いくつかの実施形態では、修飾（例えば、＝Ｏを導入するための酸化、＝Ｓを導入するための硫化など）が繰り返されてもよい；いくつかの実施形態では、カップリングが、Ｐ（ＩＩＩ）結合をある特定の条件下でより安定である場合があるＰ（Ｖ）結合に変換できる修飾の後に繰り返され、カップリングの後、慣例的に、新たに形成されたＰ（ＩＩＩ）結合をＰ（Ｖ）結合に変換する修飾が行われる。いくつかの実施形態では、工程が繰り返されるとき、異なる条件が利用されてもよい（例えば、濃度、温度、試薬、時間など）。
提供されるオリゴヌクレオチドを製剤化し及び／又は例えば、様々な経路を介する対象への投与のための医薬組成物を調製するための技術、例えば、米国特許第９９８２２５７号、米国特許出願公開第２０１７００３７３９９号、米国特許出願公開第２０１８０２１６１０８号、米国特許出願公開第２０１８０２１６１０７号、米国特許第９５９８４５８号、国際公開第２０１７／０６２８６２号、国際公開第２０１８／０６７９７３号、国際公開第２０１７／１６０７４１号、国際公開第２０１７／１９２６７９号、国際公開第２０１７／２１０６４７号、国際公開第２０１８／０９８２６４号、国際公開第２０１８／２２３０５６号、又は国際公開第２０１８／２３７１９４号及びそこで引用される参考文献に記載されるものは、当技術分野で容易に利用可能であり、本開示に従って利用され得る。
提供されるオリゴヌクレオチドを製剤化し及び／又は例えば、様々な経路を介する対象への投与のための医薬組成物を調製するための技術、例えば、米国特許第９９８２２５７号、米国特許出願公開第２０１７００３７３９９号、米国特許出願公開第２０１８０２１６１０８号、米国特許出願公開第２０１８０２１６１０７号、米国特許第９５９８４５８号、国際公開第２０１７／０６２８６２号、国際公開第２０１８／０６７９７３号、国際公開第２０１７／１６０７４１号、国際公開第２０１７／１９２６７９号、国際公開第２０１７／２１０６４７号、国際公開第２０１８／０９８２６４号、国際公開第２０１８／２２３０５６号、又は国際公開第２０１８／２３７１９４号及びそこで引用される参考文献に記載されるものは、当技術分野で容易に利用可能であり、本開示に従って利用され得る。
いくつかの実施形態では、有用な不斉補助剤は、
Figure 2022551124000322
、又はその塩（式中、ＲＣ１１は、－ＬＣ１－ＲＣ１であり、ＬＣ１は、任意選択により置換された－ＣＨ２－である）の構造を有する。ＲＣ１は、Ｒ、－Ｓｉ（Ｒ）３、－ＳＯ２Ｒ又は電子求引性基であり、ＲＣ２及びＲＣ３を、それらの介在原子と合わせて、窒素原子に加えて０～２個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された３～１０員飽和環を形成する。いくつかの実施形態では、有用な不斉補助剤は、
Figure 2022551124000323
（式中、ＲＣ１は、Ｒ、－Ｓｉ（Ｒ）３又は－ＳＯ２Ｒであり、ＲＣ２及びＲＣ３を、それらの介在原子と合わせて、窒素原子に加えて０～２個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された３～７員飽和環を形成する）の構造を有する。形成される環は、任意選択により置換された５員環である。いくつかの実施形態では、有用な不斉補助剤は、
Figure 2022551124000324
又はその塩の構造を有する。いくつかの実施形態では、有用な不斉補助剤は、
Figure 2022551124000325
の構造を有する。いくつかの実施形態では、有用な不斉補助剤は、ＤＰＳＥ不斉補助剤である。いくつかの実施形態では、不斉補助剤の純度又は立体化学的純度は、少なくとも８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％である。いくつかの実施形態では、それは、少なくとも８５％である。いくつかの実施形態では、それは、少なくとも９０％である。いくつかの実施形態では、それは、少なくとも９５％である。いくつかの実施形態では、それは、少なくとも９６％である。いくつかの実施形態では、それは、少なくとも９７％である。いくつかの実施形態では、それは、少なくとも９８％である。いくつかの実施形態では、それは、少なくとも９９％である。
いくつかの実施形態では、ＬＣ１は、－ＣＨ２－である。いくつかの実施形態では、ＬＣ１は、置換された－ＣＨ２－である。いくつかの実施形態では、ＬＣ１は、一置換－ＣＨ２－である。
いくつかの実施形態では、ＲＣ１は、Ｒである。いくつかの実施形態では、ＲＣ１は、任意選択により置換されたフェニルである。いくつかの実施形態では、ＲＣ１は、－ＳｉＲ３である。いくつかの実施形態では、ＲＣ１は、－ＳｉＰｈ２Ｍｅである。いくつかの実施形態では、ＲＣ１は、－ＳＯ２Ｒである。いくつかの実施形態では、Ｒは、水素ではない。いくつかの実施形態では、Ｒは、任意選択により置換されたフェニルである。いくつかの実施形態では、Ｒは、フェニルである。いくつかの実施形態では、Ｒは、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である。いくつかの実施形態では、Ｒは、Ｃ１～６アルキルである。いくつかの実施形態では、Ｒは、メチルである。いくつかの実施形態では、Ｒは、ｔ－ブチルである。
いくつかの実施形態では、ＲＣ１は、－Ｃ（Ｏ）Ｒ、－ＯＰ（Ｏ）（ＯＲ）２、－ＯＰ（Ｏ）（Ｒ）２、－Ｐ（Ｏ）（Ｒ）２、－Ｓ（Ｏ）Ｒ、－Ｓ（Ｏ）２Ｒなどの電子求引性基である。いくつかの実施形態では、電子求引性基ＲＣ１基を含む不斉補助剤は、キラル制御された負に荷電していないヌクレオチド間結合及び／又は天然のＲＮＡ糖に結合されたキラル制御されたヌクレオチド間結合を調製するのに特に有用である。
いくつかの実施形態では、ＲＣ２及びＲＣ３を、それらの介在原子と合わせて、窒素原子に加えてヘテロ原子を有しない任意選択により置換された３～１０（例えば、３、４、５、６、７、８、９、又は１０）員飽和環を形成する。いくつかの実施形態では、ＲＣ２及びＲＣ３を、それらの介在原子と合わせて、窒素原子に加えてヘテロ原子を有しない任意選択により置換された５員飽和環を形成する。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド及び／又は組成物を調製するための方法は、例えば、１つ以上のキラル制御されたヌクレオチド間結合を構築するために、本明細書に記載される不斉補助剤を使用することを含む。いくつかの実施形態では、１つ以上のキラル制御されたヌクレオチド間結合は、独立して、ＤＰＳＥ不斉補助剤を使用して構築される。いくつかの実施形態では、それぞれのキラル制御されたホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、独立して、ＤＰＳＥ不斉補助剤を使用して構築される。いくつかの実施形態では、１つ以上のキラル制御されたヌクレオチド間結合は、独立して、
Figure 2022551124000326
、又はその塩（式中、ＲＡＵは、本明細書に記載されるとおりである）を使用して構築される。いくつかの実施形態では、それぞれのキラル制御された負に荷電していないヌクレオチド間結合（例えば、ｎ００１）は、独立して、
Figure 2022551124000327
、又はその塩を使用して構築される。いくつかの実施形態では、それぞれのキラル制御されたヌクレオチド間結合は、独立して、
Figure 2022551124000328
、又はその塩を使用して構築される。いくつかの実施形態では、ＲＡＵは、任意選択により置換されたＣ１～２０、Ｃ１～１０、Ｃ１～６、Ｃ１～５、又はＣ１～４脂肪族である。いくつかの実施形態では、ＲＡＵは、任意選択により置換されたＣ１～２０、Ｃ１～１０、Ｃ１～６、Ｃ１～５、又はＣ１～４アルキルである。いくつかの実施形態では、ＲＡＵは、任意選択により置換されたアリールである。いくつかの実施形態では、ＲＡＵは、フェニルである。いくつかの実施形態では、１つ以上のキラル制御されたヌクレオチド間結合は、ＰＳＭ不斉補助剤を使用して構築される。いくつかの実施形態では、それぞれのキラル制御された負に荷電していないヌクレオチド間結合（例えば、ｎ００１）は、独立して、ＰＳＭ不斉補助剤を使用して構築される。いくつかの実施形態では、それぞれのキラル制御されたヌクレオチド間結合は、独立して、ＰＳＭ不斉補助剤を使用して構築される。当業者によって理解されるとおり、不斉補助剤は、オリゴヌクレオチド調製のためにホスホラミダイト（例えば、
Figure 2022551124000329
（ＤＰＳＥホスホラミダイト）、
Figure 2022551124000330
（式中、ＲＡＵは、独立して、本明細書に記載されるとおりであり；ＲＡＵが－Ｐｈであるとき、ＰＳＭホスホラミダイトである）、ＲＮＳは、任意選択により置換された／保護されたヌクレオシド（例えば、オリゴヌクレオチド合成のために任意選択により保護される）、又はその塩などである）において利用される場合が多い。いくつかの実施形態では、方法は、ＤＰＳＥ及び／又はＰＳＭホスホラミダイト又はその塩を供給することを含む。いくつかの実施形態では、提供される方法は、ＤＰＳＥ及び／又はＰＳＭホスホラミダイト又はその塩を、－ＯＨ（例えば、ヌクレオシド又はオリゴヌクレオチド鎖の５’－ＯＨ）と接触させることを含む。当業者が理解するとおり、接触は、リン結合が形成されるように様々な好適な条件下で実施され得る。いくつかの実施形態では、それぞれのキラル制御されたヌクレオチド間結合の調製は、独立して、ＤＰＳＥ若しくはＰＳＭホスホラミダイト又はその塩を、－ＯＨ（例えば、ヌクレオシド又はオリゴヌクレオチド鎖の５’－ＯＨ）と接触させることを含む。いくつかの実施形態では、それぞれのキラル制御されたホスホロチオエートヌクレオチド間結合の調製は、独立して、ＤＰＳＥホスホラミダイト又はその塩を、－ＯＨ（例えば、ヌクレオシド又はオリゴヌクレオチド鎖の５’－ＯＨ）と接触させることを含む。いくつかの実施形態では、それぞれのキラル制御された負に荷電していないヌクレオチド間結合（例えば、ｎ００１）の調製は、独立して、ＰＳＭホスホラミダイト又はその塩を、－ＯＨ（例えば、ヌクレオシド又はオリゴヌクレオチド鎖の５’－ＯＨ）と接触させることを含む。いくつかの実施形態では、それぞれのキラル制御されたヌクレオチド間結合の調製は、独立して、ＰＳＭホスホラミダイト又はその塩を、－ＯＨ（例えば、ヌクレオシド又はオリゴヌクレオチド鎖の５’－ＯＨ）と接触させることを含む。いくつかの実施形態では、接触は、２つの糖及び不斉補助剤部分（例えば、
Figure 2022551124000331
、又はその塩形態（例えば、ＤＰＳＥホスホラミダイト又はその塩に由来する）、
Figure 2022551124000332
、又はその塩形態（式中、ＲＡＵは、独立して、本明細書に記載されるとおりであり；ＲＡＵが－Ｐｈであるとき、例えば、ＰＳＭホスホラミダイト又はその塩に由来する）など）に結合されたリン原子を含むＰ（ＩＩＩ）結合を形成する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、例えば、ＤＰＳＥ又はＰＳＭホスホラミダイトに由来する不斉補助剤部分を含むＰ（ＩＩＩ）結合を含む。いくつかの実施形態では、不斉補助剤部分を含むＰ（ＩＩＩ）結合は、キラル制御される。いくつかの実施形態では、不斉補助剤部分は、例えば、Ｐ（ＩＩＩ）結合をＰ（Ｖ）結合に変換する前（例えば、硫化、アジドと反応させる前など）に保護され得る。いくつかの実施形態では、保護された不斉補助剤は、
Figure 2022551124000333
、若しくはその塩形態（例えば、式中、Ｒ’は、独立して、本明細書に記載されるとおりであり；例えば、ＤＰＳＥホスホラミダイト又はその塩に由来する）、又は
Figure 2022551124000334
、若しくはその塩形態（式中、それぞれのＲ’及びＲＡＵは、独立して、本明細書に記載されるとおりであり；ＲＡＵが－Ｐｈであるとき、例えば、ＰＳＭホスホラミダイト又はその塩に由来する）（各Ｒ’は、独立して、本明細書に記載されるとおりである）の構造を有する。いくつかの実施形態では、Ｒ’は、－Ｃ（Ｏ）Ｒ（式中、Ｒは、本明細書に記載されるとおりである）である。いくつかの実施形態では、Ｒは、－ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、保護された不斉補助剤を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドにおけるそれぞれのキラル制御されたヌクレオチド間結合は、独立して、
Figure 2022551124000335
、若しくはその塩形態、又は
Figure 2022551124000336
、若しくはその塩形態を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドにおけるそれぞれのキラル制御されたヌクレオチド間結合は、独立して、
Figure 2022551124000337
、又はその塩形態を含む。いくつかの実施形態では、Ｒ’は、－Ｃ（Ｏ）Ｒである。いくつかの実施形態では、Ｒ’は、－Ｃ（Ｏ）ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、ＲＡＵは、Ｐｈである。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、１つ以上の
Figure 2022551124000338
又はその塩形態（ＰＩＩＩ－１）（式中、各可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである）を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、１つ以上の
Figure 2022551124000339
又はその塩形態（ＰＩＩＩ－２）（式中、各可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである）を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、１つ以上の
Figure 2022551124000340
又はその塩形態（ＰＩＩＩ－５）（式中、各可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである）を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、１つ以上の
Figure 2022551124000341
又はその塩形態（ＰＩＩＩ－６）（式中、各可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである）を含む。いくつかの実施形態では、５’末端のヌクレオチド間結合は、ＰＩＩＩ－１、ＰＩＩＩ－２、ＰＩＩＩ－５、又はＰＩＩＩ－６である。いくつかの実施形態では、５’末端のヌクレオチド間結合は、ＰＩＩＩ－１又はＰＩＩＩ－２である。いくつかの実施形態では、Ｒ’は、－Ｈである。いくつかの実施形態では、Ｒ’は、－Ｃ（Ｏ）Ｒである。いくつかの実施形態では、Ｒ’は、－Ｃ（Ｏ）ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、ＲＡＵは、－Ｐｈである。いくつかの実施形態では、Ｐ（ＩＩＩ）結合は、Ｐ（Ｖ）結合に変換される。いくつかの実施は、Ｐ（Ｖ）結合は、２つの糖、不斉補助剤部分（例えば、
Figure 2022551124000342
、又はその塩形態（式中、Ｒ’は、本明細書に記載されるとおりであり；例えば、ＤＰＳＥホスホラミダイト又はその塩に由来する）、
Figure 2022551124000343
、又はその塩形態（式中、Ｒ’及びＲＡＵの各々は、独立して、本明細書に記載されるとおりであり；ＲＡＵが－Ｐｈであるとき、例えば、ＰＳＭホスホラミダイト又はその塩に由来する）など）、及びＳ又は
Figure 2022551124000344
に結合されたリン原子を含む。いくつかの実施形態では、Ｐ（Ｖ）結合は、２つの糖、
Figure 2022551124000345
、又はその塩形態（式中、それぞれのＲ’及びＲＡＵは、独立して、本明細書に記載されるとおりであり；ＲＡＵが－Ｐｈであるとき、例えば、ＰＳＭホスホラミダイト又はその塩に由来する）など）、及びＳ又は
Figure 2022551124000346
に結合されたリン原子を含む。いくつかの実施形態では、Ｐ（Ｖ）結合は、２つの糖、
Figure 2022551124000347
、又はその塩形態（式中、それぞれのＲ’及びＲＡＵは、独立して、本明細書に記載されるとおりであり；ＲＡＵが－Ｐｈであるとき、例えば、ＰＳＭホスホラミダイト又はその塩に由来する）など）、及びＳに結合されたリン原子を含む。いくつかの実施形態では、Ｐ（Ｖ）結合は、２つの糖、
Figure 2022551124000348
、又はその塩形態（式中、それぞれのＲ’及びＲＡＵは、独立して、本明細書に記載されるとおりであり；ＲＡＵが－Ｐｈであるとき、例えば、ＰＳＭホスホラミダイト又はその塩に由来する）など）、及び
Figure 2022551124000349
に結合されたリン原子を含む。当業者は、
Figure 2022551124000350
が、対イオン、例えば、いくつかの実施形態では、ＰＦ６ －とともに存在し得ることを理解するであろう。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、１つ以上の
Figure 2022551124000351
又はその塩形態（ＰＶ－１）（式中、各可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである）を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、１つ以上の
Figure 2022551124000352
又はその塩形態（ＰＶ－２）（式中、各可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである）を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、１つ以上の
Figure 2022551124000353
又はその塩形態（ＰＶ－３）（式中、各可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである）を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、１つ以上の
Figure 2022551124000354
又はその塩形態（ＰＶ－４）（式中、各可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである）を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、１つ以上の
Figure 2022551124000355
又はその塩形態（ＰＶ－５）（式中、各可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである）を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、１つ以上の
Figure 2022551124000356
又はその塩形態（ＰＶ－６）（式中、各可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである）を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドのそれぞれのキラルヌクレオチド間結合、又はそれぞれのキラル制御されたヌクレオチド間結合は、独立して、ＰＩＩＩ－１、ＰＩＩＩ－２、ＰＩＩＩ－５、ＰＩＩＩ－６、ＰＶ－１、ＰＶ－２、ＰＶ－３、ＰＶ－４、ＰＶ－５、及びＰＶ－６から選択される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドのそれぞれのキラルヌクレオチド間結合、又はそれぞれのキラル制御されたヌクレオチド間結合は、独立して、ＰＩＩＩ－１、ＰＩＩＩ－２、ＰＶ－１、ＰＶ－２、ＰＶ－３、及びＰＶ－４から選択される。いくつかの実施形態では、ＰＩＩＩ－１、ＰＩＩＩ－２、ＰＩＩＩ－５、又はＰＩＩＩ－６の結合は通常、５’末端のヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドのそれぞれのキラルヌクレオチド間結合、又はそれぞれのキラル制御されたヌクレオチド間結合は、独立して、ＰＶ－１、ＰＶ－２、ＰＶ－３、ＰＶ－４、ＰＶ－５、及びＰＶ－６から選択される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドのそれぞれのキラルヌクレオチド間結合、又はそれぞれのキラル制御されたヌクレオチド間結合は、独立して、ＰＶ－１、ＰＶ－２、ＰＶ－３、又はＰＶ－４から選択される。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、本明細書、例えば、表Ａ１に記載されるとおりのオリゴヌクレオチドであり、各＊Ｓは、独立して、ＰＶ－３又はＰＶ－５で置き換えられ、各＊Ｒは、独立して、ＰＶ－４又はＰＶ－６で置き換えられ、各ｎ００１Ｒは、独立して、ＰＶ－１で置き換えられ、各ｎ００１Ｓは、独立して、ＰＶ－２で置き換えられる。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、本明細書、例えば、表Ａ１に記載されるとおりのオリゴヌクレオチドであり、各＊Ｓは、独立して、ＰＶ－３で置き換えられ、各＊Ｒは、独立して、ＰＶ－４で置き換えられ、各ｎ００１Ｒは、独立して、ＰＶ－１で置き換えられ、各ｎ００１Ｓは、独立して、ＰＶ－２で置き換えられる。いくつかの実施形態では、それぞれの天然のリン酸結合は、独立して、前駆体、例えば、
Figure 2022551124000357
で置き換えられる。いくつかの実施形態では、Ｒ’は、－Ｈである。いくつかの実施形態では、Ｒ’は、－Ｃ（Ｏ）Ｒである。いくつかの実施形態では、Ｒ’は、－Ｃ（Ｏ）ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、ＲＡＵは、－Ｐｈである。いくつかの実施形態では、方法は、ホスホロチオエート及び／又は負に荷電していないヌクレオチド間結合（例えば、ｎ００１）が形成される（例えば、Ｖ－１、ＰＶ－２、ＰＶ－３、ＰＶ－４、ＰＶ－５、ＰＶ－６などから）ように１つ以上の不斉補助剤部分の除去を含む。いくつかの実施形態では、不斉補助剤（例えば、ＰＳＭ）の除去は、無水条件下でオリゴヌクレオチドを塩基（例えば、ＤＥＡなどのＮ（Ｒ）３）と接触させることを含む。
いくつかの実施形態では、当業者によって理解されるとおり、キラル制御されたヌクレオチド間結合の調製のために、ホスホラミダイト（例えば、ＤＰＳＥ又はＰＳＭホスホラミダイト）は通常、キラルに濃縮された又は純粋な形態（例えば、本明細書に記載されるとおりの純度の（例えば、約又は少なくとも約９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、若しくは９９％、又は約１００％））で利用される。
いくつかの実施形態では、本開示は、オリゴヌクレオチド及びその組成物の調製のための有用な試薬を提供する。いくつかの実施形態では、ホスホラミダイトは、本明細書に記載されるとおりのヌクレオシド、核酸塩基及び糖を含む。いくつかの実施形態では、核酸塩基及び糖は、当業者が理解するとおり、オリゴヌクレオチド合成のために適切に保護される。いくつかの実施形態では、ホスホラミダイトは、ＲＮＳ－Ｐ（ＯＲ）Ｎ（Ｒ）２（式中、ＲＮＳは、任意選択により保護されたヌクレオシド部分である）の構造を有する。いくつかの実施形態では、ホスホラミダイトは、ＲＮＳ－Ｐ（ＯＣＨ２ＣＨ２ＣＮ）Ｎ（ｉ－Ｐｒ）２の構造を有する。いくつかの実施形態では、ホスホラミダイトは、環ＢＡであるか又はそれを含む核酸塩基を含み、環ＢＡは、ＢＡ－Ｉ、ＢＡ－Ｉ－ａ、ＢＡ－Ｉ－ｂ、ＢＡ－ＩＩ、ＢＡ－ＩＩ－ａ、ＢＡ－ＩＩ－ｂ、ＢＡ－ＩＩＩ、ＢＡ－ＩＩＩ－ａ、ＢＡ－ＩＩＩ－ｂ、ＢＡ－ＩＶ、ＢＡ－ＩＶ－ａ、ＢＡ－ＩＶ－ｂ、ＢＡ－Ｖ、ＢＡ－Ｖ－ａ、ＢＡ－Ｖ－ｂ、若しくはＢＡ－ＶＩ、又は環ＢＡの互変異性体の構造を有し、核酸塩基は、任意選択に置換されるか又は保護される。いくつかの実施形態では、ホスホラミダイトは、不斉補助剤部分を含み、リンは、不斉補助剤部分の酸素及び窒素原子に結合される。いくつかの実施形態では、ホスホラミダイトは、
Figure 2022551124000358
、又はその塩（式中、ＲＮＳは、保護されたヌクレオシド部分（例えば、オリゴヌクレオチド合成のために好適に保護された５’－ＯＨ及び／又は核酸塩基）であり、それぞれの他の可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである）の構造を有する。いくつかの実施形態では、ホスホラミダイトは、
Figure 2022551124000359
（式中、ＲＮＳは、保護されたヌクレオシド部分（例えば、オリゴヌクレオチド合成のために好適に保護された５’－ＯＨ及び／又は核酸塩基）であり、ＲＣ１は、Ｒ、－Ｓｉ（Ｒ）３又は－ＳＯ２Ｒであり、ＲＣ２及びＲＣ３を、それらの介在原子と合わせて、窒素原子に加えて０～２個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された３～７員飽和環を形成し、カップリングは、ヌクレオチド間結合を形成する）の構造を有する。いくつかの実施形態では、ＲＮＳの５’－ＯＨは、保護される。いくつかの実施形態では、ＲＮＳの５’－ＯＨは、－ＯＤＭＴｒとして保護される。いくつかの実施形態では、ＲＮＳは、その３’－Ｏ－を介してリンに結合される。いくつかの実施形態では、ＲＣ２及びＲＣ３によって形成される環は、任意選択により置換された５員環である。いくつかの実施形態では、ホスホラミダイトは、
Figure 2022551124000360
、又はその塩の構造を有する。いくつかの実施形態では、ホスホラミダイトは、
Figure 2022551124000361
の構造を有する。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるとおり、ＲＮＳは、オリゴヌクレオチド合成のために任意選択により保護される修飾された核酸塩基（例えば、ｂ００１Ａ、ｂ００２Ａ、ｂ００３Ａ、ｂ００８Ｕ、ｂ００１Ｃなど）を含む。
いくつかの実施形態では、ホスホラミダイトの純度又は立体化学的純度は、少なくとも８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％である。いくつかの実施形態では、それは、少なくとも８５％である。いくつかの実施形態では、それは、少なくとも９０％である。いくつかの実施形態では、それは、少なくとも９５％である。
いくつかの実施形態では、本開示は、オリゴヌクレオチド又は組成物を調製するための方法であって、オリゴヌクレオチド又はヌクレオシドの遊離－ＯＨ、例えば、遊離５’－ＯＨを本明細書に記載されるとおりのホスホラミダイトとカップリングすることを含む方法を提供する。
いくつかの実施形態では、本開示は、オリゴヌクレオチドを提供し、オリゴヌクレオチドは、－Ｏ５－ＰＬ（Ｗ）（ＲＣＡ）－Ｏ３－（式中、
ＰＬは、Ｐ、又はＰ（＝Ｗ）であり；
Ｗは、Ｏ、Ｓ、又はＷＮであり；
ＷＮは、＝Ｎ－Ｃ（－Ｎ（Ｒ１）２＝Ｎ＋（Ｒ１）２Ｑ－であり；
Ｑ－は、アニオンであり；
ＲＣＡは、任意選択によりキャップ付加された不斉補助剤部分であるか又はそれを含み、
Ｏ５は、糖の５’－炭素に結合された酸素であり、且つ
Ｏ３は、糖の３’－炭素に結合された酸素である）の構造をそれぞれ独立して有する１つ以上の修飾されたヌクレオチド間結合を含む。
いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、任意選択によりキラル制御される。いくつかの実施形態では、修飾されたヌクレオチド間結合は、任意選択によりキラル制御される。
いくつかの実施形態では、提供される方法は、そのような修飾されたヌクレオチド間結合からＲＣＡを除去することを含む。いくつかの実施形態では、除去の後、ＲＣＡへの結合は、－ＯＨで置き換えられる。いくつかの実施形態では、除去の後、ＲＣＡへの結合は、＝Ｏで置き換えられ、ＷＮへの結合は、－Ｎ＝Ｃ（Ｎ（Ｒ１）２）２で置き換えられる。
いくつかの実施形態では、ＰＬは、Ｐ＝Ｓであり、ＲＣＡが除去されるとき、そのようなヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合に変換される。
いくつかの実施形態では、ＰＬは、Ｐ＝ＷＮであり、ＲＣＡが除去されるとき、そのようなヌクレオチド間結合は、
Figure 2022551124000362
の構造を有するヌクレオチド間結合に変換される。いくつかの実施形態では、
Figure 2022551124000363
の構造を有するヌクレオチド間結合は、
Figure 2022551124000364
の構造を有する。いくつかの実施形態では、
Figure 2022551124000365
の構造を有するヌクレオチド間結合は、
Figure 2022551124000366
の構造を有する。
いくつかの実施形態では、ＰＬは、Ｐ（例えば、５’－ＯＨとホスホラミダイトのカップリングから新たに形成されるヌクレオチド間結合において）である。いくつかの実施形態では、Ｗは、Ｏ又はＳである。いくつかの実施形態では、Ｗは、Ｓである（例えば、硫化の後）。いくつかの実施形態では、Ｗは、Ｏである（例えば、酸化の後）。いくつかの実施形態では、ある特定の負に荷電していないヌクレオチド間結合又は中性のヌクレオチド間結合は、Ｐ（ＩＩＩ）亜リン酸トリエステルヌクレオチド間結合をアジドイミダゾリウム塩（例えば、
Figure 2022551124000367
を含む化合物）と好適な条件下で反応させることによって調製され得る。いくつかの実施形態では、アジドイミダゾリウム塩は、ＰＦ６ －の塩である。いくつかの実施形態では、アジドイミダゾリウム塩は、
Figure 2022551124000368
の塩である。いくつかの実施形態では、アジドイミダゾリウム塩は、２－アジド－１，３－ジメチルイミダゾリウムヘキサフルオロホスフェートである。
当業者によって理解されるとおり、Ｑ－は、系（例えば、オリゴヌクレオチド合成における）に存在する様々な好適なアニオンであってもよく、サイクル、プロセス段階、試薬、溶媒などに応じてオリゴヌクレオチド調製プロセスの間に変動し得る。いくつかの実施形態では、Ｑ－は、ＰＦ６ －である。
いくつかの実施形態では、ＲＣＡは、
Figure 2022551124000369
（式中、ＲＣ４は、－Ｈ又は－Ｃ（Ｏ）Ｒ’であり、それぞれの他の可変要素は、独立して、本明細書に記載されるとおりである）である。いくつかの実施形態では、ＲＣＡは、
Figure 2022551124000370
（式中、ＲＣ１は、Ｒ、－Ｓｉ（Ｒ）３又は－ＳＯ２Ｒであり、ＲＣ２及びＲＣ３を、それらの介在原子と合わせて、窒素原子に加えて０～２個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された３～７員飽和環を形成し、ＲＣ４は、－Ｈ又は－Ｃ（Ｏ）Ｒ’である）である。いくつかの実施形態では、ＲＣ４は、－Ｈである。いくつかの実施形態では、ＲＣ４は、－Ｃ（Ｏ）ＣＨ３である。いくつかの実施形態では、ＲＣ２及びＲＣ３を合わせて、任意選択により置換された５員環を形成する。
いくつかの実施形態では、ＲＣ４は、－Ｈ（例えば、５’－ＯＨとホスホラミダイトのカップリングから新たに形成されるヌクレオチド間結合において）である。いくつかの実施形態では、ＲＣ４は、－Ｃ（Ｏ）Ｒである（例えば、アミンのキャップ付加の後）。いくつかの実施形態では、Ｒは、メチルである。
いくつかの実施形態では、それぞれのキラル制御されたホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、独立して、－Ｏ５－ＰＬ（Ｗ）（ＲＣＡ）－Ｏ３－から変換される。
ＡＤＡＲ
特に、提供される技術は、ＡをＩに変換することによる標的アデノシンの修飾／編集を提供することができる。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド及び／又は標的核酸とオリゴヌクレオチドによって形成される二重鎖は、タンパク質、例えば、ＡＤＡＲタンパク質と相互作用する。いくつかの実施形態では、そのようなタンパク質は、アデノシン修飾活性を含み、標的核酸中の標的アデノシンを修飾することができ、例えば、それらをイノシンに変換する。
ＡＤＡＲタンパク質は、様々な細胞、組織、器官及び／又は生物体において天然に発現されるタンパク質である。いくつかのＡＤＡＲタンパク質、例えば、ＡＤＡＲ１及びＡＤＡＲ２は、脱アミノ化によりアデノシンを編集して、アデノシンをイノシンに変換することができ、翻訳中にＧ又はそれと同様に読まれることを含むいくつかの機能を提供することができることが報告されている。ＡＤＡＲに媒介されるＲＮＡ編集の機構（例えば、脱アミノ化）が報告されている。例えば、ＡＤＡＲタンパク質は、ミスマッチを有する二本鎖ＲＮＡ基質上でアデノシンからイノシンへの変換を触媒することが報告される。当業者によって理解されるとおり、イノシンは、細胞における翻訳及び／又はスプライシング機構によってグアノシンとして認識され得る。したがって、ＡＤＡＲは、核酸、例えば、プレｍＲＮＡ及びｍＲＮＡ基質の機能的なアデノシンからグアノシンへの編集のために使用され得る。
いくつかの実施形態では、本開示は、標的核酸、例えば、ＲＮＡにおける標的アデノシンのＡＤＡＲに媒介される編集のためのオリゴヌクレオチド及びその組成物を提供する。ＡＤＡＲに媒介されるＲＮＡ編集は、ＤＮＡ編集を超えるいくつかの利点を提供することができ、例えば、送達は、Ｃａｓ９のような組換えタンパク質の発現を必要としないため単純化される。ＡＤＡＲ１及びＡＤＡＲ２の両方は内在性酵素であるため、オリゴヌクレオチドの細胞性送達のみで編集のために十分であり得る。オフターゲット作用は、たとえあったとしても一過的であり、ゲノムＤＮＡに変化をもたらさない。さらに、ＡＤＡＲに媒介される編集は、分裂終了細胞において使用されてもよく、それは修復のためのＨＤＲ鋳型を必要としない。３つの脊椎動物ＡＤＡＲ遺伝子が、共通の機能ドメインとともに報告されている（Nishikura Nat Rev Mol Cell Biol.2016 Feb;17(2):83-96.;Nishikura Annu Rev Biochem.2010;79:321-349.;Thomas and Beal Bioessays.2017 Apr;39(4)）。３つのＡＤＡＲの全てが、ｄｓＲＮＡ結合ドメイン（ｄｓＲＢＤ）を含有し、ｄｓＲＮＡ基質と接触することができる。いくつかのＡＤＡＲ１は、Ｚ－ＤＮＡ結合ドメインも含有する。ＡＤＡＲ１は、脳、肺、腎臓、肝臓、及び心臓などにおいて著しく発現されることが報告されており、２つのアイソフォームで存在し得る。いくつかの実施形態では、アイソフォームｐ１５０は、インターフェロンによって誘導され得る一方で、アイソフォームｐ１１０は、構成的に発現され得る。いくつかの実施形態では、広範且つ構成的に発現されることが報告されるため、ｐ１１０を利用することが有利であり得る。ＡＤＡＲ２は、例えば、脳及び肺において高度に発現される場合があり、核に排他的に局在されることが報告される。ＡＤＡＲ３は、触媒的に不活性であり、脳にのみ発現されることが報告される。組織発現における潜在的な相違は、治療標的を選択する際に考慮に入れられ得る。
ＡＤＡＲによるＲＮＡ編集のためのオリゴヌクレオチドの使用が報告されている。特に、本開示は、以前に報告された技術が一般に、１つ以上の欠点、例えば、低い安定性（例えば、天然のＲＮＡ糖を有するオリゴヌクレオチド）、低い編集効率、低い編集特異性（例えば、いくつかのＡが、オリゴヌクレオチドと実質的に相補的な標的核酸の一部において編集される）、ＡＤＡＲ認識／リクルートメントに関するオリゴヌクレオチドにおける特異的な構造、外来タンパク質（例えば、編集のために特異的な構造を有するオリゴヌクレオチド及び／又はその二重鎖（例えば、標的核酸との）を認識するために操作されたもの）などを有することを認識する。さらに、以前に報告された技術は通常、オリゴヌクレオチドが修飾されたヌクレオチド間結合の１つ以上のキラルの結合リンを含むとき、立体的に不規則なオリゴヌクレオチド組成物を利用する。
例えば、様々な報告されたオリゴヌクレオチドは、ＡＤＡＲリクルートドメインを含有する。Merkle et al.,Nat Biotechnol.2019 Feb;37(2):133-138は、内在性転写物を転写するために内在性ヒトＡＤＡＲ２をリクルートする分子内ステムループである不完全な２０ｂｐのヘアピンＡＤＡＲリクルートドメインを含むオリゴヌクレオチドを開示した。Mali et al.,Nat Methods.2019 Mar;16(3):239-242において報告されるオリゴヌクレオチドは、標的ｍＲＮＡにハイブリダイズする特異性ドメインに加えて、ＡＤＡＲ基質のＧｌｕＲ２プレ－メッセンジャーＲＮＡ配列又はＭＳ２ヘアピンを含有する。
ある特定の報告された編集手法は、外来又は操作されたタンパク質、例えば、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９系を利用するものを利用する。例えば、Komor et al.Nature 2016 volume533,pages420-424は、プログラム可能なＤＮＡ塩基エディターを作製するためにＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ９と結合したデアミナーゼを開示した。それは、外来編集タンパク質において結合するため、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９系及びガイドＲＮＡの両方の送達を必要とする。
特に、本開示は、以前のアデノシン編集技術が有する１つ以上又は全ての欠点を、例えば、本明細書に記載される設計されたオリゴヌクレオチドのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供することにより解決するための糖修飾、塩基修飾、ヌクレオチド間結合修飾、立体化学の制御、その様々なパターンなどの１つ以上の特徴を含むオリゴヌクレオチドを提供する。例えば、本明細書で実証されるとおり、ＡＤＡＲリクルートループは、任意選択であり、提供される技術に要求されない。
当業者によって理解されるとおり、そのような有用な特徴の１つ以上を利用して、以前の技術（例えば、各々のオリゴヌクレオチド及びオリゴヌクレオチド組成物が独立して参照により組み込まれる、国際公開第２０１６０９７２１２号、国際公開第２０１７２２０７５１号、国際公開第２０１８０４１９７３号、国際公開第２０１８１３４３０１Ａ１号に記載されるもの）におけるオリゴヌクレオチドを向上させ得る いくつかの実施形態では、本開示は、本明細書に記載される１つ以上の有用な特徴を以前に報告されたオリゴヌクレオチド塩基配列に適用することによる、以前の技術の改善を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、アデノシン編集に有用であり得る以前に報告されたオリゴヌクレオチドのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、立体的に不規則なオリゴヌクレオチド組成物を使用する以前に報告されたアデノシン編集の、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を使用してそのような編集を実施することによる改善を提供する。
報告されるとおり、ＡＤＡＲタンパク質は、様々なアイソフォームを有し得る。例えば、ＡＤＡＲ１は、とりわけ、報告されるｐ１１０アイソフォーム及び報告されるｐ１５０アイソフォームを有する。いくつかの実施形態では、ある特定のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、複数のアイソフォーム、いくつかの実施形態では、ｐ１１０及びｐ１５０の両方のアイソフォームにより高いレベルのアデノシン修飾（例えば、ＡからＩへの変換）を提供できる一方で、立体的に不規則な組成物は、１つ以上のアイソフォーム（例えば、ｐ１１０）に関して低いレベルのアデノシン修飾を提供することが観察された。いくつかの実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、ＡＤＡＲ１のｐ１１０を発現するか又は含む系（例えば、細胞、組織、器官、生物体、対象など）、特に、ｐ１５０アイソフォームと比較して高いレベルのＡＤＡＲ１のｐ１１０アイソフォームを発現するか若しくは含むもの、又はＡＤＡＲ１ ｐ１５０をまったく発現しないか若しくは低いレベルで発現するものにおけるアデノシン修飾に特に有用である。
いくつかの実施形態では、本開示は、構造中にステムループを必要としないシス作用性（ＣｉｓＡ）オリゴヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、塩基対形成を介して標的ｍＲＮＡとｄｓＲＮＡ構造を形成することができる。いくつかの実施形態では、形成されるｄｓＲＮＡ構造（任意選択により二次的なミスマッチを有する）は、ＡＤＡＲ結合を促進し、したがって、ＡＤＡＲに媒介される編集（例えば、標的アデノシン（qdenosine）の脱アミノ化）を促進することができるバルジを含有する。いくつかの実施形態では、本開示のオリゴヌクレオチドは、ＬＳＬオリゴヌクレオチド又はＣＳＬオリゴヌクレオチドより短く、例えば、３２ｎｔ以下若しくは約３２ｎｔ、３１ｎｔ以下若しくは約３１ｎｔ、３０ｎｔ以下若しくは約３０ｎｔ、２９ｎｔ以下若しくは約２９ｎｔ、２８ｎｔ以下若しくは約２８ｎｔ、２７ｎｔ以下若しくは約２７ｎｔ、又は２６ｎｔ以下若しくは約２６ｎｔの長さであり、高い編集効率を提供することができる。
提供する技術の評価／特徴付け
当業者によって理解されるとおり、様々な技術が、本開示に従って提供される技術を評価／特徴付けるために利用され得る。ある特定の有用な技術は、実施例において記載される；実証されるとおり、特に、本開示は、提供される技術を評価し且つ特徴付けるのに好適な様々なインビボ及びインビトロの技術を記載する。いくつかの実施形態では、提供される技術は、外来ＡＤＡＲポリペプチドを伴って又は伴わずに、例えば、細胞において評価される／特徴付けられる；これに加えて又はこれに代えて、いくつかの実施形態では、提供される技術は、例えば、動物、例えば、非ヒト霊長類及びマウスにおいて評価される／特徴付けられる。
特に、本開示は、様々なヒト系、例えば、細胞において編集を提供することができる様々な薬剤（例えば、オリゴヌクレオチド）及びその組成物が、ヒトＡＤＡＲ、例えば、ヒトＡＤＡＲ１を含有しないか又は発現しないある特定の細胞（例えば、マウス細胞）及び齧歯類（例えば、マウス）などのある特定の動物において編集を全く示さないか又ははるかに低いレベルの編集を示し得るという洞察を包含する。特に、一般的に使用される動物モデルであるマウスは、ヒト細胞において活性な様々な薬剤が、適切なＡＤＡＲ１（例えば、ヒトＡＤＡＲ１）ポリペプチド又はその特徴的な部分を含むか又は発現するように操作されていないマウス細胞及び動物において全く活性をもたらさないか又は非常に低いレベルの活性をもたらすため、ヒトにおける編集のための様々な薬剤（例えば、オリゴヌクレオチド）の評価には、限定的な使用になり得る（図４０及び図４７、野生型（ＷＴ）マウス及び細胞、ヒト細胞、並びにｈＡＤＡＲ１ ｐ１１０を発現するように操作された細胞及びマウス（ｈｕＡＤＡＲマウス）に関するデータを参照のこと）。いくつかの実施形態では、本開示は、ヒトＡＤＡＲ１ポリペプチド又はその特徴的な部分を発現する操作された細胞及び非ヒト動物を提供する。いくつかの実施形態では、そのような細胞及びヒトは、提供される技術を評価し、特徴付けるのに有用である。いくつかの実施形態では、ヒトＡＤＡＲ１ポリペプチド又はその特徴的な部分は、ヒトＡＤＡＲ１ポリペプチド又はその特徴的な部分であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、ヒトＡＤＡＲ１ポリペプチド又はその特徴的な部分は、ヒトＡＤＡＲ１ ｐ１１０ポリペプチド又はその特徴的な部分であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、ヒトＡＤＡＲ１ポリペプチド又はその特徴的な部分は、ヒトＡＤＡＲ１ ｐ１５０ポリペプチド又はその特徴的な部分であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、ヒトＡＤＡＲ１ポリペプチド又はその特徴的な部分は、ヒトＡＤＡＲ１であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、ヒトＡＤＡＲ１ポリペプチド又はその特徴的な部分は、ヒトＡＤＡＲ１ ｐ１１０ペプチドであるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、ヒトＡＤＡＲ１ポリペプチド又はその特徴的な部分は、ヒトＡＤＡＲ１ ｐ１５０ペプチドであるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、ヒトＡＤＡＲ１ポリペプチド又はその特徴的な部分は、ヒトＡＤＡＲ１の以下のドメイン：Ｚ－ＤＮＡ結合ドメイン、ｄｓＲＮＡ結合ドメイン、及びデアミナーゼドメインの１つ以上又は全てであるか又はそれらを含む。いくつかの実施形態では、ヒトＡＤＡＲ１ポリペプチド又はその特徴的な部分は、ヒトＡＤＡＲ１ Ｚ－ＤＮＡ結合ドメインの一方又は両方であるか又はそれを含み；或いは又は加えて、いくつかの実施形態では、ヒトＡＤＡＲ１ポリペプチド又はその特徴的な部分は、ヒトＡＤＡＲ１ ｄｓＲＮＡ結合ドメインの１つ、２つ又は全てであるか又はそれを含み；或いは又は加えて、ヒトＡＤＡＲ１ポリペプチド又はその特徴的な部分は、ヒトデアミナーゼドメインであるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、ヒトＡＤＡＲ１ポリペプチド又はその特徴的な部分は、マウスＡＤＡＲ１ポリペプチド又はその特徴的な部分とともに発現されてもよく、例えば、１つ以上のヒトｄｓＲＮＡ結合ドメインは、マウスデアミナーゼドメインとともに発現するように操作されて、ヒト－マウスハイブリッドＡＤＡＲ１ポリペプチドを形成し得る。いくつかの実施形態では、細胞及び／又は非ヒト動物は、本明細書に記載されるとおりのヒトＡＤＡＲ１ポリペプチド又はその特徴的な部分をコードするポリヌクレオチドを含み及び／又は発現するように操作される。いくつかの実施形態では、細胞及び／又は非ヒト動物のゲノムは、本明細書に記載されるとおりのヒトＡＤＡＲ１ポリペプチド又はその特徴的な部分をコードするポリヌクレオチドを含むように操作される。いくつかの実施形態では、細胞及び／又は非ヒト動物の生殖系列ゲノムは、本明細書に記載されるとおりのヒトＡＤＡＲ１ポリペプチド又はその特徴的な部分をコードするポリヌクレオチドを含むように操作される。いくつかの実施形態では、細胞及び非ヒト動物は、例えば、それらのゲノムにおいて（いくつかの実施形態では、生殖系列ゲノム）、状態、障害又は疾患とそれぞれ独立して関連する１つ以上のＡからＧへの変異（例えば、ＡＩＡＴタンパク質のアミノ酸位置３４２でグルタミン酸からリジンへの置換（Ｅ３４２Ｋ）をもたらすＳＥＲＰＩＮＡ１遺伝子における変異（例えば、ｃ．１０２４Ｇ＞Ａ））を含むように操作される。本明細書で実証されるとおり、特に、そのような細胞及び動物は、提供される技術、例えば、様々なオリゴヌクレオチド及びその組成物を、例えば、１つ以上の状態、障害又は疾患に対するそれらの使用を含むそれらの編集特性及び／又は活性に関して評価する／特徴付けるのに有用である。いくつかの実施形態では、細胞は、齧歯類細胞である。いくつかの実施形態では、細胞は、マウス細胞である。いくつかの実施形態では、動物は、齧歯類である。いくつかの実施形態では、動物は、マウスである。
いくつかの実施形態では、本開示は、ＡＤＡＲ１ポリペプチド若しくはその特徴的な部分、又はＡＤＡＲ１ポリペプチド若しくはその特徴的な部分をコードするポリヌクレオチドを含むか又は発現するように操作されたものを含む細胞及び／又は非ヒト動物を評価するために評価する／特徴付けるための技術を提供し、ＡＤＡＲ１ポリペプチド若しくはその特徴的な部分及び／又はポリヌクレオチドは、操作する前に細胞及び／又は非ヒト動物中に存在せず及び／又はその中で発現されない。いくつかの実施形態では、提供される方法は、細胞又はその集団に、それぞれ独立して、比較可能なヒト細胞又はその集団においてアデノシンを編集することができる１つ以上のオリゴヌクレオチド又は組成物を投与することを含む。いくつかの実施形態では、提供される方法は、動物又はその集団に、それぞれ独立して、ヒト細胞又はその集団においてアデノシンを編集することができる１つ以上のオリゴヌクレオチド又は組成物を投与することを含む。いくつかの実施形態では、評価される／特徴付けられることになる細胞における、又は動物に由来する細胞における編集レベルは、比較可能なヒト細胞において観察されるものと比較される。いくつかの実施形態では、比較可能なヒト細胞は、評価される／特徴付けられる細胞又は動物に由来する細胞と同じ型のものである。いくつかの実施形態では、細胞は、齧歯類細胞である。いくつかの実施形態では、細胞は、マウス細胞である。いくつかの実施形態では、動物は、齧歯類である。いくつかの実施形態では、動物は、マウスである。いくつかの実施形態では、１つ以上のオリゴヌクレオチド又は組成物は、別々の細胞及び／又は動物に別々に投与される。いくつかの実施形態では、１つ以上のオリゴヌクレオチド又は組成物は、細胞及び／又は動物の同じ集団に、任意選択により同時に投与され得る。様々な標的アデノシンを編集することができる様々なオリゴヌクレオチド及び組成物は、本明細書に記載されるとおりであり、適宜利用され得る。
使用及び適用
当業者によって理解されるとおり、オリゴヌクレオチドは、複数の目的のために有用である。いくつかの実施形態では、提供される技術（例えば、オリゴヌクレオチド、組成物、方法など）は、様々な核酸（例えば、ＲＮＡ）及び／又はそれにコードされる産物（例えば、タンパク質）のレベル及び／又は活性を調節するのに有用であり得る。いくつかの実施形態では、提供される技術は、望まれない標的核酸（例えば、望まれないアデノシンを含む）及び／又はその産物のレベル及び／又は活性を低減することができる。いくつかの実施形態では、提供される技術は、所望の標的核酸（例えば、１つ以上の位置で望まれないアデノシンの代わりにＩを含む）及び／又はその産物のレベル及び／又は活性を増大させることができる。
例えば、いくつかの実施形態では、提供される技術は、標的ＲＮＡ配列における標的アデノシンの部位特異的編集のために一本鎖オリゴヌクレオチドとして利用され得る。いくつかの実施形態では、提供される技術は、発現及び活性のレベルを調節することができる。特に、本開示は、様々な状態、障害又は疾患（例えば、ＧからＡへの変異と関連するもの）の治療及び／又は予防を含むがこれらに限定されない様々な所望の生体機能の改善であり得る、提供される技術による改善を提供する。
いくつかの実施形態では、提供される技術は、標的遺伝子の活性及び／又は機能を調節することができる。いくつかの実施形態では、標的遺伝子は、１つ以上の遺伝子産物（例えば、ＲＮＡ及び／又はタンパク質産物）の発現及び／又は活性が改変されることが意図される遺伝子である。多くの実施形態では、標的遺伝子は、改変されることになる標的アデノシン残基を有し、そのような残基のイノシン残基への変換から利益を得る可能性がある。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるとおりのオリゴヌクレオチドが、特定の標的遺伝子上で作用するとき、その遺伝子の１つ以上の遺伝子産物のレベル及び／又は活性は、そのオリゴヌクレオチドが存在するとき、それが欠損しているときと比較して、改変され得る。
いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド及び組成物は、様々な状態、障害、又は疾患を、状態、障害、又は疾患と関連する標的転写物及び／又はそれによりコードされる産物のレベル及び／又は活性を低減すること、及び任意選択により、状態、障害又は疾患とより少なく関連するか又は関連しない転写物及び／又はそれによりコードされる産物を提供すること（例えば、ＧからＡへの変異を補正する標的アデノシンからイノシンへの変換によって、スプライシングを改変するなど）によって治療するのに有用である。いくつかの実施形態では、本開示は、状態、障害、又は疾患を予防するか又は治療するための方法であって、それになりやすいか又はそれに罹患している対象に、有効量に提供されるオリゴヌクレオチド又は組成物を投与することを含む方法を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、状態、障害、又は疾患を予防するか又は治療するための方法であって、状態、障害又は疾患になりやすいか又はそれに罹患している対象に、標的ＲＮＡ配列におけるヌクレオチド（例えば、標的アデノシン）の部位特異的編集のための提供される一本鎖オリゴヌクレオチド、又はその組成物を投与することを含む方法を提供する。いくつかの実施形態では、標的ＲＮＡ配列におけるヌクレオチドの部位特異的編集のための提供される一本鎖オリゴヌクレオチドは、状態、障害、又は疾患と関連する転写物の一部と部分的に又は完全に相補的な塩基配列のものである。いくつかの実施形態では、塩基配列は、それが状態、障害又は疾患と関連する転写物に、前記状態、障害、又は疾患と関連しない他の転写物より優先的に結合するようなものである。いくつかの実施形態では、状態、障害、又は疾患は、ＧからＡへの変異と関連する。
いくつかの実施形態では、提供される方法におけるオリゴヌクレオチド組成物は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物である。いくつかの実施形態では、状態、障害又は疾患を治療する方法は、標的転写物における標的配列と相補的な共通の塩基配列を共有する複数のオリゴヌクレオチドを含む組成物を投与することを含み得る。特に、本開示は、系における標的転写物と接触するとき、転写物のアデノシン編集が、組成物の非存在、参照組成物の存在、及びそのいずれかの組み合わせからなる群から選択される参照条件下で観察されるものと比較して向上されるという点で特徴付けられる、本開示に記載されるとおりのオリゴヌクレオチド組成物でありキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を投与することを含む改善を提供する。いくつかの実施形態では、参照組成物は、同じ配列又は構成のオリゴヌクレオチドのラセミ調製物である。いくつかの実施形態では、標的転写物は、オリゴヌクレオチド転写物である。
当業者によって理解されるとおり、特に、提供される技術は、アデノシンからイノシンへの変換を伴い及び／又はそれから利益を得る可能性のある様々な適用のために利用され得る。ある特定の適用は、下で記載される。
Figure 2022551124000371
本開示を読む当業者は、様々なＧからＡへの変異、例えば、ヒト遺伝子において存在する最も一般的な変異の型である、転写物におけるＣからＴへの変異は、補正され、したがって、提供される技術から利益を得る可能性があることを理解するであろう。いくつかの実施形態では、提供される技術は、様々な極性又は荷電アミノ酸（例えば、Ｓｅｒ、Ｔｙｒ、Ａｓｐ、Ｇｌｕ、Ｈｉｓ、Ａｓｎ、Ｇｌｎ、Ｌｙｓなど）、終止コドン（オパール、オーカー及びアンバー）、転写開始部位、スプライシングシグナル、マイクロＲＮＡ認識部位、反復配列、マイクロＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）、タンパク質コード転写物などと関連する標的変異に対して利用され得る。特に、提供される技術は、多様な機能的帰結、例えば、スプライシングの改変、タンパク質発現及び／又は機能の回復／向上などを誘発することができる。
いくつかの実施形態では、編集を介して、提供される技術は、タンパク質機能を回復させることができ（例えば、スプライシングで補正できないナンセンス及びミスセンス変異を修復し、終止変異を除去し、タンパク質ミスフォールディング及び凝集などを妨げ、潜性若しくは顕性の遺伝的に規定された疾患などの様々な状態、障害又は疾患を予防し及び／又は治療するために利用され得る）、タンパク質機能を修飾することができ（例えば、タンパク質プロセシング（例えば、プロテアーゼ切断部位）、タンパク質－タンパク質相互作用を改変し、シグナル伝達経路などを調節し、且つイオンチャネル透過性に関連するものなどの様々な状態、障害又は疾患を予防し及び／又は治療するために利用され得る）、タンパク質上方制御を修飾することができる（例えば、ｍｉＲＮＡ標的部位修飾、ＯＲＦの上流の修飾、ユビキチン化部位の修飾など、様々な状態、障害又はハプロ不全疾患などの疾患を予防し及び／又は治療するために利用され得る）。
ある特定の適用は、例えば、国際公開第２０１６０９７２１２号、国際公開第２０１７２２０７５１号、国際公開第２０１８０４１９７３号、及び／又は国際公開第２０１８１３４３０１Ａ１号に記載される。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はオリゴヌクレオチド組成物が、系において標的アデノシンを含む標的核酸と接触されるとき、標的核酸中の標的アデノシンは、修飾される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はオリゴヌクレオチド組成物が、系において標的アデノシンを含む標的核酸と接触されるとき、標的核酸のレベルは、産物の非存在下又は参照オリゴヌクレオチドの存在下と比較して低減される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はオリゴヌクレオチド組成物が、系において標的アデノシンを含む標的核酸と接触されるとき、標的核酸又はその産物のスプライシングは、オリゴヌクレオチドの非存在下又は参照オリゴヌクレオチドの存在下と比較して改変される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はオリゴヌクレオチド組成物が、系において標的アデノシンを含む標的核酸と接触されるとき、標的核酸の産物のレベルは、産物の非存在下又は参照オリゴヌクレオチドの存在下と比較して改変される。いくつかの実施形態では、産物のレベルは増大され、産物は、標的核酸と他の点で同一であるが標的アデノシンが修飾されている核酸であるか、又はそれによってコードされる。いくつかの実施形態では、産物のレベルは増大され、産物は、標的核酸と他の点で同一であるが標的アデノシンがイノシンで置き換えられている核酸であるか、又はそれによってコードされる。いくつかの実施形態では、産物のレベルは増大され、産物は、標的核酸と他の点で同一であるが標的アデノシンのアデニンがグアニンで置き換えられている核酸であるか、又はそれによってコードされる。いくつかの実施形態では、産物は、タンパク質である。いくつかの実施形態では、標的アデノシンは、グアニンからの変異である。いくつかの実施形態では、標的アデノシンは、同じ位置でグアニンよりも状態、障害又は疾患とより関連している。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、標的核酸と二本鎖複合体を形成することができる。いくつかの実施形態では、標的核酸又はその部分は、ＲＮＡであるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、標的アデノシンは、ＲＮＡのものである。いくつかの実施形態では、標的アデノシンは修飾され、修飾は、標的アデノシンの脱アミノ化であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、標的アデノシンは修飾され、修飾は、標的アデノシンのイノシンへの変換であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、修飾は、ＡＤＡＲタンパク質によって促進される。いくつかの実施形態では、系は、ＡＤＡＲタンパク質を含むインビトロ又はエクスビボの系である。いくつかの実施形態では、系は、ＡＤＡＲタンパク質を含むか又は発現する細胞であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、系は、ＡＤＡＲタンパク質を含むか又は発現する細胞を含む対象である。いくつかの実施形態では、ＡＤＡＲタンパク質は、ＡＤＡＲ１である。いくつかの実施形態では、ＡＤＡＲ１タンパク質は、ｐ１１０アイソフォームであるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、ＡＤＡＲ１タンパク質は、ｐ１５０アイソフォームであるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、ＡＤＡＲ１タンパク質は、ｐ１１０及びｐ１５０アイソフォームであるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、ＡＤＡＲタンパク質は、ＡＤＡＲ２である。本明細書で実証されるとおり、本開示は、特に、標的部位（標的Ａを含むもの）に酵素をリクルートするための技術であって、そのような標的部位を、提供されるオリゴヌクレオチド又はその組成物と接触させること、又はそのような標的部位を含むポリヌクレオチド（例えば、ＲＮＡ）を含むか又は発現する系に投与することを含む技術を提供する。いくつかの実施形態では、酵素は、本明細書に記載されるとおり、ＡＤＡＲ１、ＡＤＡＲ２などのＲＮＡ編集酵素である。
いくつかの実施形態では、複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物は、比較可能な参照オリゴヌクレオチド組成物で観察されるものより高いレベルを提供し、例えば、標的アデノシンは、より高いレベルで修飾される。いくつかの実施形態では、参照オリゴヌクレオチド組成物は、複数のオリゴヌクレオチドを全く含まないか又はより低いレベルの複数のオリゴヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、参照組成物は、複数のオリゴヌクレオチドと同じ構成を有するオリゴヌクレオチドを含有しない。いくつかの実施形態では、参照組成物は、複数のオリゴヌクレオチドと同じ構造を有するオリゴヌクレオチドを含有しない。いくつかの実施形態では、参照オリゴヌクレオチド組成物は、複数のオリゴヌクレオチドと同じ塩基配列を有するそのオリゴヌクレオチドが、複数のオリゴヌクレオチドと比較して低いレベルの２’－Ｆ修飾を含有する組成物である。いくつかの実施形態では、参照オリゴヌクレオチド組成物は、複数のオリゴヌクレオチドと同じ塩基配列を有するそのオリゴヌクレオチドが、複数のオリゴヌクレオチドと比較して低いレベルの２’－ＯＭｅ修飾を含有する組成物である。いくつかの実施形態では、参照オリゴヌクレオチド組成物は、複数のオリゴヌクレオチドと同じ塩基配列を有するそのオリゴヌクレオチドが、複数のオリゴヌクレオチドと比較して異なる糖修飾パターンを有する組成物である。いくつかの実施形態では、参照オリゴヌクレオチド組成物は、複数のオリゴヌクレオチドと同じ塩基配列を有するそのオリゴヌクレオチドが、複数のオリゴヌクレオチドと比較して低いレベルの修飾されたヌクレオチド間結合を含有する組成物である。いくつかの実施形態では、参照オリゴヌクレオチド組成物は、複数のオリゴヌクレオチドと同じ塩基配列を有するそのオリゴヌクレオチドが、複数のオリゴヌクレオチドと比較して低いレベルのホスホロチオエートヌクレオチド間結合を含有する組成物である。いくつかの実施形態では、組成物は、立体的に不規則なオリゴヌクレオチド組成物である。いくつかの実施形態では、参照組成物は、複数のオリゴヌクレオチドと同じ構成のオリゴヌクレオチドの立体的に不規則なオリゴヌクレオチド組成物である。
いくつかの実施形態では、本開示は、標的核酸において標的アデノシンを修飾するための技術であって、標的核酸を本明細書に記載されるとおりの提供されるオリゴヌクレオチド又はオリゴヌクレオチド組成物と接触させることを含む技術を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、標的核酸において標的アデノシンを脱アミノ化するための方法であって、標的核酸を本明細書に記載されるとおりのオリゴヌクレオチド又は組成物と接触させることを含む方法を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、特定の核酸の産物を生成するか、又はそのレベルを回復させるか若しくは増大させるための方法であって、標的核酸を提供されるオリゴヌクレオチド又は組成物と接触させることを含み、標的核酸が、標的アデノシンを含み、特定の核酸が、標的アデノシンの代わりにＩ又はＧを有するという点で標的核酸と異なる方法を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、標的核酸の産物のレベルを低減するための方法であって、標的核酸を本開示のオリゴヌクレオチド又は組成物と接触させることを含み、標的核酸が、標的アデノシンを含む方法を提供する。いくつかの実施形態では、産物は、タンパク質である。いくつかの実施形態では、産物は、ｍＲＮＡである。
いくつかの実施形態では、本開示は、
オリゴヌクレオチド又は組成物を標的核酸及びアデノシンデアミナーゼを含む試料と接触させることを含み、
オリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチド又はオリゴヌクレオチドの塩基配列が、標的核酸のものと実質的に相補的であり；並びに
標的核酸が、標的アデノシンを含み；
標的アデノシンが修飾される方法を提供する。
いくつかの実施形態では、本開示は、
１）標的核酸において第１のレベルの標的アデノシンの修飾を得ることを含み、そのレベルが、第１のオリゴヌクレオチド組成物が、標的核酸及びアデノシンデアミナーゼを含む試料と接触されるときに観察され、第１のオリゴヌクレオチド組成物が、標的核酸のものと実質的に相補的な同じ塩基配列を共有する第１の複数のオリゴヌクレオチドを含み；並びに
２）標的核酸において参照レベルの標的アデノシンの修飾を得ることを含み、そのレベルが、参照オリゴヌクレオチド組成物が、標的核酸及びアデノシンデアミナーゼを含む試料と接触されるときに観察され、参照オリゴヌクレオチド組成物が、標的核酸のものと実質的に相補的な同じ塩基配列を共有する参照の複数のオリゴヌクレオチドを含み；
ここで、
第１の複数のオリゴヌクレオチドが、参照の複数のオリゴヌクレオチドより、多くの２’－Ｆ修飾を有する糖、多くの２’－ＯＲ修飾（式中、Ｒは、－Ｈではない）を有する糖、及び／又は多くのキラルヌクレオチド間結合を含み；並びに
第１のオリゴヌクレオチド組成物が、参照オリゴヌクレオチド組成物のオリゴヌクレオチドと比較して高いレベルの修飾を提供する方法を提供する。
いくつかの実施形態では、本開示は、
標的核酸において第１のレベルの標的アデノシンの修飾を得ることを含み、そのレベルが、第１のオリゴヌクレオチド組成物が、標的核酸及びアデノシンデアミナーゼを含む試料と接触されるときに観察され、第１のオリゴヌクレオチド組成物が、標的核酸のものと実質的に相補的な同じ塩基配列を共有する第１の複数のオリゴヌクレオチドを含み；並びに
標的アデノシンの修飾の第１のレベルが、標的アデノシンの修飾の参照レベルより高く、参照レベルが、参照オリゴヌクレオチド組成物が、標的核酸及びアデノシンデアミナーゼを含む試料と接触されるときに観察され、参照オリゴヌクレオチド組成物が、標的核酸のものと実質的に相補的な同じ塩基配列を共有する参照の複数のオリゴヌクレオチドを含み；
ここで、
第１の複数のオリゴヌクレオチドが、参照の複数のオリゴヌクレオチドより、多くの２’－Ｆ修飾を有する糖、多くの２’－ＯＲ修飾（式中、Ｒは、－Ｈではない）を有する糖、及び／又は多くのキラルヌクレオチド間結合を含む方法を提供する。
いくつかの実施形態では、本開示は、
１）標的核酸において第１のレベルの標的アデノシンの修飾を得ることを含み、そのレベルが、第１のオリゴヌクレオチド組成物が、標的核酸及びアデノシンデアミナーゼを含む試料と接触されるときに観察され、第１のオリゴヌクレオチド組成物が、標的核酸のものと実質的に相補的な同じ塩基配列を共有する第１の複数のオリゴヌクレオチドを含み；並びに
２）標的核酸において参照レベルの標的アデノシンの修飾を得ることを含み、そのレベルが、参照オリゴヌクレオチド組成物が、標的核酸及びアデノシンデアミナーゼを含む試料と接触されるときに観察され、参照オリゴヌクレオチド組成物が、標的核酸のものと実質的に相補的な同じ塩基配列を共有する参照の複数のオリゴヌクレオチドを含み；
ここで、
第１の複数のオリゴヌクレオチドが、参照の複数のオリゴヌクレオチドより、多くの２’－Ｆ修飾を有する糖、多くの２’－ＯＲ修飾（式中、Ｒは、－Ｈではない）を有する糖、及び／又は多くのキラル制御されたキラルヌクレオチド間結合を含み；並びに
第１のオリゴヌクレオチド組成物が、参照オリゴヌクレオチド組成物のオリゴヌクレオチドと比較して高いレベルの修飾を提供する方法を提供する。
いくつかの実施形態では、本開示は、
標的核酸において第１のレベルの標的アデノシンの修飾を得ることを含み、そのレベルが、第１のオリゴヌクレオチド組成物が、標的核酸及びアデノシンデアミナーゼを含む試料と接触されるときに観察され、第１のオリゴヌクレオチド組成物が、標的核酸のものと実質的に相補的な同じ塩基配列を共有する第１の複数のオリゴヌクレオチドを含み；並びに
標的アデノシンの修飾の第１のレベルが、標的アデノシンの修飾の参照レベルより高く、参照レベルが、参照オリゴヌクレオチド組成物が、標的核酸及びアデノシンデアミナーゼを含む試料と接触されるときに観察され、参照オリゴヌクレオチド組成物が、標的核酸のものと実質的に相補的な同じ塩基配列を共有する参照の複数のオリゴヌクレオチドを含み；
ここで、
第１の複数のオリゴヌクレオチドが、参照の複数のオリゴヌクレオチドより、多くの２’－Ｆ修飾を有する糖、多くの２’－ＯＲ修飾（式中、Ｒは、－Ｈではない）を有する糖、及び／又は多くのキラル制御されたキラルヌクレオチド間結合を含む方法を提供する。
いくつかの実施形態では、本開示は、
１）標的核酸において第１のレベルの標的アデノシンの修飾を得ることを含み、そのレベルが、第１のオリゴヌクレオチド組成物が、標的核酸及びアデノシンデアミナーゼを含む試料と接触されるときに観察され、第１のオリゴヌクレオチド組成物が、標的核酸のものと実質的に相補的な同じ塩基配列を共有する第１の複数のオリゴヌクレオチドを含み；並びに
２）標的核酸において参照レベルの標的アデノシンの修飾を得ることを含み、そのレベルが、参照オリゴヌクレオチド組成物が、標的核酸及びアデノシンデアミナーゼを含む試料と接触されるときに観察され、参照オリゴヌクレオチド組成物が、標的核酸のものと実質的に相補的な同じ塩基配列を共有する参照の複数のオリゴヌクレオチドを含み；
ここで、
第１の複数のオリゴヌクレオチドが、１つ以上のキラル制御されたキラルヌクレオチド間結合を含み；並びに
参照の複数のオリゴヌクレオチドが、キラル制御されたキラルヌクレオチド間結合を含まず（参照オリゴヌクレオチド組成物が、「立体的に不規則な」組成物であり）；並びに
第１のオリゴヌクレオチド組成物が、参照オリゴヌクレオチド組成物のオリゴヌクレオチドと比較して高いレベルの修飾を提供する方法を提供する。
いくつかの実施形態では、本開示は、
標的核酸において第１のレベルの標的アデノシンの修飾を得ることを含み、そのレベルが、第１のオリゴヌクレオチド組成物が、標的核酸及びアデノシンデアミナーゼを含む試料と接触されるときに観察され、第１のオリゴヌクレオチド組成物が、標的核酸のものと実質的に相補的な同じ塩基配列を共有する第１の複数のオリゴヌクレオチドを含み；並びに
標的アデノシンの修飾の第１のレベルが、標的アデノシンの修飾の参照レベルより高く、参照レベルが、参照オリゴヌクレオチド組成物が、標的核酸及びアデノシンデアミナーゼを含む試料と接触されるときに観察され、参照オリゴヌクレオチド組成物が、標的核酸のものと実質的に相補的な同じ塩基配列を共有する参照の複数のオリゴヌクレオチドを含み；
ここで、
第１の複数のオリゴヌクレオチドが、１つ以上のキラル制御されたキラルヌクレオチド間結合を含み；並びに
参照の複数のオリゴヌクレオチドが、キラル制御されたキラルヌクレオチド間結合を含まない（参照オリゴヌクレオチド組成物が、「立体的に不規則な」組成物である）方法を提供する。
いくつかの実施形態では、第１のオリゴヌクレオチド組成物は、本明細書に記載されるとおりのオリゴヌクレオチド組成物である。いくつかの実施形態では、第１のオリゴヌクレオチド組成物は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物である。いくつかの実施形態では、デアミナーゼは、ＡＤＡＲ酵素である。いくつかの実施形態では、デアミナーゼは、ＡＤＡＲ１である。いくつかの実施形態では、デアミナーゼは、ＡＤＡＲ２である。いくつかの実施形態では、試料は、細胞であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、標的核酸は、標的アデノシンの代わりに標的アデノシンの部分でＩ又はＧを有するという点で標的核酸と異なる核酸と比較して、状態、障害又は疾患とより関連するか、又は所望の特性若しくは機能の低減とより関連するか、又は望まれない特性若しくは機能の増大とより関連する。いくつかの実施形態では、標的アデノシンは、ＧからＡへの変異である。
特に、本開示のオリゴヌクレオチド設計、例えば、核酸塩基、糖、ヌクレオチド間結合修飾、結合リンの立体化学の制御、及び／又はそのパターンは、以前の技術を向上させるために適用され得る。いくつかの実施形態では、本開示は、以前の技術におけるオリゴヌクレオチドに、本開示の１つ以上の構造的特徴、例えば、核酸塩基、糖、ヌクレオチド間結合修飾、結合リンの立体化学の制御、及び／又はそのパターンを導入することによって、以前の技術に対して改善を提供する。いくつかの実施形態では、改善は、結合リンの立体化学の制御に由来する改善であるか又はそれを含む。
いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド又はオリゴヌクレオチド組成物は、核酸の著しい分解を引き起こさない（例えば、約５％～１００％以下（例えば、約１０％～１００％、２０～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％以下など））。いくつかの実施形態では、組成物は、標的核酸において著しい望まれないエクソンスキッピング又はエクソンインクルージョンの改変を引き起こさない（例えば、約５％～１００％以下（例えば、約１０％～１００％、２０～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％以下など））。
いくつかの実施形態では、提供される技術は、高いレベルのアデノシン編集（例えば、イノシンへの変換）を提供することができる。いくつかの実施形態では、標的アデノシン編集のパーセンテージは、約１０％～１００％、例えば、少なくとも約１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、６０％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、又は９５％である。いくつかの実施形態では、それは、少なくとも１０％である。いくつかの実施形態では、それは、少なくとも１５％である。いくつかの実施形態では、それは、少なくとも２０％である。いくつかの実施形態では、それは、少なくとも２５％である。いくつかの実施形態では、それは、少なくとも３０％である。いくつかの実施形態では、それは、少なくとも３５％である。いくつかの実施形態では、それは、少なくとも４０％である。いくつかの実施形態では、それは、少なくとも４５％である。いくつかの実施形態では、それは、少なくとも５０％である。いくつかの実施形態では、それは、少なくとも６０％である。いくつかの実施形態では、それは、少なくとも７０％である。いくつかの実施形態では、それは、少なくとも７５％である。いくつかの実施形態では、それは、少なくとも８０％である。いくつかの実施形態では、それは、少なくとも８５％である。いくつかの実施形態では、それは、少なくとも９０％である。いくつかの実施形態では、それは、少なくとも９５％である。いくつかの実施形態では、それは、少なくとも約１００％である。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその組成物は、標的核酸又はその産物の発現又はレベルの低減を媒介することができる（例えば、標的アデノシンをイノシンに修飾することによる）。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその組成物は、インビトロの細胞において標的遺伝子又はその遺伝子産物の発現又はレベルの低減を媒介することができる（例えば、標的アデノシンをイノシンに修飾することによる）。いくつかの実施形態では、発現又はレベルは、少なくとも約１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、６０％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、又は９５％低減され得る。いくつかの実施形態では、標的遺伝子又はその遺伝子産物の発現又はレベルは、例えば、インビトロの細胞において１０ｕＭ以下の濃度で、オリゴヌクレオチド又はその組成物によって誘導されるＡＤＡＲに媒介される脱アミノ化によって、少なくとも約１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、６０％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、又は９５％低減され得る。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその組成物は、１ｎＭ、５ｎＭ、１０ｎＭ以下の濃度で好適なレベルの活性を提供することができる（例えば、インビトロ又はインビボの細胞においてアッセイされるとき）。
いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド及び組成物の活性は、好適な条件、例えば、細胞ベースのインビトロアッセイにおいて、標的核酸又はその産物のレベルを５０％低減する阻害濃度であるＩＣ５０によって評価され得る。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド又は組成物は、例えば、細胞ベースのアッセイにおいて評価されるとき、０．００１、０．０１、０．１、０．５、１、２、５、１０、５０、１００、２００、５００又は１０００ｎＭ以下のＩＣ５０を有する。いくつかの実施形態では、ＩＣ５０は、約５００ｎＭ以下である。いくつかの実施形態では、ＩＣ５０は、約２００ｎＭ以下である。いくつかの実施形態では、ＩＣ５０は、約１００ｎＭ以下である。いくつかの実施形態では、ＩＣ５０は、約５０ｎＭ以下である。いくつかの実施形態では、ＩＣ５０は、約２５ｎＭ以下である。いくつかの実施形態では、ＩＣ５０は、約１０ｎＭ以下である。いくつかの実施形態では、ＩＣ５０は、約５ｎＭ以下である。いくつかの実施形態では、ＩＣ５０は、約２ｎＭ以下である。いくつかの実施形態では、ＩＣ５０は、約１ｎＭ以下である。いくつかの実施形態では、ＩＣ５０は、約０．５ｎＭ以下である。
いくつかの実施形態では、提供される技術は、標的アデノシンにおいて他のアデノシン残基より標的アデノシンの選択的編集を提供することができる。いくつかの実施形態では、非標的アデノシンに対する標的アデノシンの選択性は、少なくとも１．５、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００倍以上である（例えば、好適な条件での非標的アデノシンに対する標的アデノシンの編集のレベル、又はある特定のレベルの編集（例えば、０．５％、１％、２％、５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、４０％、５０％など）のためのオリゴヌクレオチド濃度によって測定されるとおり）。いくつかの実施形態では、選択性は、少なくとも２倍である。いくつかの実施形態では、選択性は、少なくとも３倍である。いくつかの実施形態では、選択性は、少なくとも４倍である。いくつかの実施形態では、選択性は、少なくとも５倍である。いくつかの実施形態では、選択性は、少なくとも１０倍である。いくつかの実施形態では、選択性は、少なくとも２５倍である。いくつかの実施形態では、選択性は、少なくとも５０倍である。いくつかの実施形態では、選択性は、少なくとも１００倍である。
いくつかの実施形態では、本開示は、標的核酸配列からの転写物の抑制のための方法であって、１つ以上の同様の核酸配列が、集団内に存在し、標的及び同様の配列の各々が、同様の配列に対して標的配列を定義する特定の特徴的な配列エレメントを含有し、標的核酸配列の転写物を含む試料を、オリゴヌクレオチド、又は共通の塩基配列を共有する複数のオリゴヌクレオチドを含む組成物と接触させることを含み、オリゴヌクレオチドの塩基配列、又は複数のオリゴヌクレオチドの共通の塩基配列が、標的核酸配列を定義する特徴的な配列エレメントと相補的な配列であるか又はそれを含む方法を提供する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド、又はオリゴヌクレオチド組成物が、標的核酸配列及び同様の核酸配列の両方の転写物を含む系と接触されるとき、標的核酸配列の転写物は、同様の核酸配列について観察される抑制のレベルより大きいレベルで抑制される。いくつかの実施形態では、標的核酸配列の転写物の抑制は、同様の核酸配列について観察される抑制より１．１～１００、２～１００、１．５、２、２．５、３、４、５、６、７、８、９、又は１０倍大きいものであり得る。いくつかの実施形態では、標的核酸配列は、状態、障害又は疾患と関連する（又は同様の核酸配列と比較してより関連する）。当業者が理解するとおり、状態、障害又は疾患と関連しない、又は関連性が低い転写物を維持しながらの状態、障害又は疾患に関連する転写物（及び／又はその産物）の選択的な低減は、いくつかの利点を提供することができ、例えば、１つ以上の所望の生体機能を維持しながら疾患治療及び／又は予防を提供できる（これは、特に、少ない又は重症ではない副作用をもたらす可能性がある）。
いくつかの実施形態では、本明細書で実証されるとおり、選択性は、系、例えば、本明細書に記載されるレポーターアッセイにおいて少なくとも１０倍、又は２０、３０、４０、若しくは５０倍以上である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又は組成物は、系において野生型タンパク質のレベルを維持しながら（例えば、少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、それ以上の野生型タンパク質が残存する）変異体タンパク質のレベルを効果的に低減し得る（例えば、変異体タンパク質の少なくとも５０％、６０％、７０％以上の低減）。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、様々な生物システム、例えば、マウス脳ホモジネートにおいて安定である（例えば、１、２、３、４、５、６、７、又は８日後に少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又はそれ以上残存する）。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、低毒性のものである。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド及びその組成物、例えば、キラル制御されたオリゴヌクレオチド及びその組成物は、ＴＬＲ９を著しくは活性化しない（例えば、参照オリゴヌクレオチド及びその組成物（例えば、対応する立体的に不規則なオリゴヌクレオチド及びその組成物）と比較したとき）。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド及びその組成物、例えば、キラル制御されたオリゴヌクレオチド及びその組成物は、補体活性化を著しくは誘導しない（例えば、参照オリゴヌクレオチド及びその組成物（例えば、対応する立体的に不規則なオリゴヌクレオチド及びその組成物）と比較したとき）。
様々な適用のために、提供されるオリゴヌクレオチド及び／又は組成物は、医薬組成物として提供され得る。いくつかの実施形態では、本開示は、有効量のオリゴヌクレオチド又はその薬学的に許容される塩を含むか又は送達する医薬組成物を提供する。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、オリゴヌクレオチドの様々な形態、例えば、酸、塩基及び様々な薬学的に許容される塩形態を含み得る。いくつかの実施形態では、薬学的に許容される塩は、ナトリウム塩である。いくつかの実施形態では、薬学的に許容される塩は、カリウム塩である。いくつかの実施形態では、薬学的に許容される塩は、アミン塩（例えば、Ｎ（Ｒ）３の構造を有するアミンの）である。いくつか医薬実施形態では、医薬組成物はさらに、薬学的に許容される担形を含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、液体溶液であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、液体組成物は、制御されたｐＨ範囲、例えば、およそ生理的ｐＨ又は生理的ｐＨを有する。
特に、本開示は、状態、障害又は疾患を予防するか又は治療するための技術を提供する。いくつかの実施形態では、状態、障害又は疾患は、ＡからＩへの変換に影響を受けやすい（例えば、それから利益を得る可能性がある）。いくつかの実施形態では、本開示は、ＧからＡへの変異に影響を受けやすい状態、障害又は疾患を予防するか又は治療するための方法であって、それになりやすいか又はそれに罹患している対象に、有効量の本明細書に記載されるとおりのオリゴヌクレオチド又は組成物を投与することを含む方法を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、ＧからＡへの変異と関連する状態、障害又は疾患を予防するか又は治療するための方法であって、それになりやすいか又はそれに罹患している対象に、有効量の本明細書に記載されるとおりのオリゴヌクレオチド又は組成物を投与することを含む方法を提供する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド組成物中の１つまたは複数のオリゴヌクレオチド又はオリゴヌクレオチドの塩基配列は、標的アデノシンを含む標的核酸のものと実質的に相補的である。いくつかの実施形態では、状態、障害又は疾患と関連する細胞、組織又は器官は、ＡＤＡＲタンパク質を含むか又は発現する。いくつかの実施形態では、状態、障害又は疾患と関連する細胞、組織又は器官は、ＡＤＡＲ１（例えば、ｐ１１０及び／又はｐ１５０形態）を含むか又は発現する。いくつかの実施形態では、状態、障害又は疾患と関連する細胞、組織又は器官は、ＡＤＡＲ２を含むか又は発現する。いくつかの実施形態では、状態、障害又は疾患は、本明細書に記載されるとおりである。いくつかの実施形態では、状態、障害又は疾患は、アルファ－１アンチトリプシン欠損症である。いくつかの実施形態では、方法は、標的アデノシンをＩに変換することを含む。
いくつかの実施形態では、本開示は、標的配列との配列相補性を含むオリゴヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、部位特異的（部位特異的（site directed）とも称され得る）編集（例えば、脱アミノ化）を誘導するオリゴヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、ＡＤＡＲ（例えば、内在性ＡＤＡＲ）によって媒介される部位特異的アデノシン編集を誘導するオリゴヌクレオチドを提供する。様々な提供されるオリゴヌクレオチドは、標的ＲＮＡ配列におけるヌクレオチドの部位特異的編集のための一本鎖オリゴヌクレオチドとして利用され得る。いくつかの実施形態では、本開示は、標的ＲＮＡ配列におけるヌクレオチドの部位特異的編集のための提供される一本鎖オリゴヌクレオチド及びその組成物を使用して、標的配列におけるＧからＡへの変異と関連する状態、障害、又は疾患を予防し及び／又は治療するための方法を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、例えば、標的配列におけるＧからＡへの変異と関連する状態、障害、又は疾患のための、医薬としての使用のためのオリゴヌクレオチド及びその組成物を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、標的配列におけるＧからＡへの変異と関連する状態、障害、又は疾患の治療における使用ためのオリゴヌクレオチド及びその組成物を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、標的配列におけるＧからＡへの変異と関連する状態、障害、又は疾患の治療のための医薬の製造のためのオリゴヌクレオチド及びその組成物を提供する。
いくつかの実施形態では、本開示は、なりやすいか又は罹患している対象において標的配列におけるＧからＡへの変異と関連する状態、障害又は疾患を予防するか、治療するか又は寛解させるための方法であって、対象に治療有効量のオリゴヌクレオチド又はその医薬組成物を投与することを含む方法を提供する。
いくつかの実施形態では、本開示は、細胞中の標的配列における標的アデノシンを脱アミノ化するための方法であって、細胞をオリゴヌクレオチド又はその組成物と接触させることを含む方法を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、細胞中の標的配列（例えば、転写物）における標的アデノシンを脱アミノ化する方法であって、細胞をオリゴヌクレオチド又はその組成物と接触させることを含む方法を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、細胞におけるＧからＡへの変異と関連するタンパク質のレベルを低減するための方法であって、細胞をオリゴヌクレオチド又はその組成物と接触させることを含む方法を提供する。いくつかの実施形態では、提供される方法は、ＧからＡへの変異と関連する状態、障害又は疾患に関連する転写物及び／又はそれによりコードされる産物のレベルを選択的に低減することができる。いくつかの実施形態では、提供される方法は、標的核酸、例えば、標的Ａの位置でＧを有する他の点で同一な核酸に対して、望まれないＡ（例えば、ＧからＡへの変異）を含む標的核酸、例えば、転写物を選択的に編集することができる。
いくつかの実施形態では、本開示は、必要とする哺乳動物における変異した遺伝子（例えば、ＧからＡへの変異）発現を減少させるための方法であって、哺乳動物に、標的ＲＮＡ配列におけるヌクレオチドの部位特異的編集のための提供される一本鎖オリゴヌクレオチド又はその組成物を含む核酸－脂質粒子を投与することを含む方法を提供する。
いくつかの実施形態では、本開示は、オリゴヌクレオチドのインビボ送達のための方法であって、哺乳動物にオリゴヌクレオチド又はその組成物を投与することを含む方法を提供する。
いくつかの実施形態では、ＧからＡへの変異と関連する状態、障害、又は疾患の治療に好適な対象又は患者は、医療専門家によって同定され得るか又は診断され得る。
いくつかの実施形態では、ＧからＡへの変異と関連する状態、障害又は疾患の症状は、ＡからＩへの変換から利益を得る可能性がある任意の状態、障害又は疾患であり得る。
いくつかの実施形態では、標的ＲＮＡ配列におけるヌクレオチドの部位特異的編集のための提供される一本鎖オリゴヌクレオチド又はその組成物は、ＧからＡへの変異と関連する状態、障害若しくは疾患、又はＧからＡへの変異と関連する状態、障害若しくは疾患の少なくとも１つの症状を予防するか、治療するか、寛解させるか、又はその進行を遅らせることができる。
いくつかの実施形態では、本開示の方法は、対象におけるＧからＡへの変異と関連する状態、障害又は疾患の治療のためのものであってもよく、方法は、対象に治療有効量のオリゴヌクレオチド又はその医薬組成物を投与することを含む。
いくつかの実施形態では、提供される方法は、ＧからＡへの変異と関連する状態、障害又は疾患の少なくとも１つの症状を低減することができ、方法は、対象に治療有効量のオリゴヌクレオチド又はその医薬組成物を投与することを含む。
いくつかの実施形態では、患者又は対象へのオリゴヌクレオチドの投与は、ＧからＡへの変異と関連する状態、障害又は疾患の進行を遅らせること；、ＧからＡへの変異と関連する状態、障害若しくは疾患又はその少なくとも１つの症状の発症を遅延させること；ＧからＡへの変異と関連する状態、障害又は疾患の１つ以上の徴候を改善すること；及び／又は患者又は対象の生存時間又は寿命を増加させることのうちのいずれか１つ以上を媒介することが可能である。
いくつかの実施形態では、疾患進行を遅らせることは、本明細書に記載されるものなど、ＧからＡへの変異と関連する状態、障害又は疾患になりやすいか又はそれに罹患している個体における、１つ以上の臨床パラメーターの臨床的に望まれない変化の予防、又はその遅延に関連し得る。ＧからＡへの変異と関連する状態、障害又は疾患になりやすいか又はそれに罹患している個体における疾患進行の緩徐化を、本明細書に記載される疾患評価試験の１つ以上を使用して同定することは、十分に医師の能力の範囲内である。さらに、医師は、ＧからＡへの変異と関連する状態、障害、又は疾患になりやすいか又はそれに罹患している個体における疾患進行の速度を評価するために、本明細書に記載されるもの以外の個々の診断試験を施してもよいことが理解される。
医師は、ＧからＡへの変異と関連する状態、障害、又は疾患の家族歴又は同様の遺伝的プロファイルを有する他の患者との比較を使用してもよい。
いくつかの実施形態では、ＧからＡへの変異と関連する状態、障害、又は疾患の徴候は、状態、障害、又は疾患の進行を診断するか又は測定するために医師などの医療従事者によって利用されるパラメーターを含む。
いくつかの実施形態では、対象は、オリゴヌクレオチド若しくはその組成物及び追加の薬剤及び／又は方法、例えば、追加の治療剤及び／又は方法を施される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド又はその組成物は、単独で又は１つ以上の追加の治療剤及び／又は治療と組み合わせて投与され得る。組み合わせて投与されるとき、それぞれの構成要素は、同時に又は異なる時点で任意の順序において逐次的に投与されてもよい。いくつかの実施形態では、それぞれの構成要素は、所望の治療効果をもたらすために別々であるが十分に近い時間で投与されてもよい。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド及び追加の治療的構成要素は、同時に投与される。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド及び追加の治療的構成要素は、１つの組成物として投与され得る。いくつかの実施形態では、ある時点で、投与されている対象は、提供されるオリゴヌクレオチド及び追加の構成要素の両方に同時に暴露され得る。
いくつかの実施形態では、追加の治療剤は、オリゴヌクレオチドに物理的にコンジュゲートされ得る。いくつかの実施形態では、追加の薬剤は、ＧａｌＮＡｃである。いくつかの実施形態では、標的ＲＮＡ配列におけるヌクレオチドの部位特異的編集のための提供される一本鎖オリゴヌクレオチドは、追加の薬剤に物理的にコンジュゲートされ得る。いくつかの実施形態では、追加の薬剤のオリゴヌクレオチドは、本開示に記載されるとおりの塩基配列、糖、核酸塩基、ヌクレオチド間結合、糖、核酸塩基、及び／又はヌクレオチド間結合修飾のパターン、骨格のキラル中心のパターンなど、又はその任意の組み合わせを有してもよく、各Ｔは、独立して、Ｕで置き換えられてもよいし、その逆であってもよい。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、標的配列の発現、活性、及び／又はレベルを低減することができるか（直接的に又は間接的に）、又はＧからＡへの変異と関連する状態、障害、又は疾患を治療するのに有用な第２のオリゴヌクレオチドに物理的にコンジュゲートされ得る。
いくつかの実施形態では、標的ＲＮＡ配列におけるヌクレオチドの部位特異的編集のための提供される一本鎖オリゴヌクレオチドは、ＧからＡへの変異と関連する状態、障害又は疾患のための１つ以上の追加の（又は第２の）治療剤とともに投与されてもよい。
いくつかの実施形態では、対象は、オリゴヌクレオチド及び追加の治療剤を投与される場合があり、追加の治療剤は、治療されることになる状態、障害又は疾患の治療に有用な本明細書に記載されるか又は当技術分野で知られる薬剤である。
いくつかの実施形態では、標的ＲＮＡ配列におけるヌクレオチドの部位特異的編集のための提供される一本鎖オリゴヌクレオチドは、アプタマー、ｌｎｃＲＮＡ、ｌｎｃＲＮＡ阻害剤、抗体、ペプチド、低分子、他の標的を標的化する他のオリゴヌクレオチドを含むがこれらに限定されない、状態、障害若しくは疾患又はその症状のための１つ以上の治療とともに同時投与され得るか又は治療レジメンの一部として使用され得る。
いくつかの実施形態では、追加の治療的治療は、非限定的な例として、遺伝子を編集する方法である。
いくつかの実施形態では、追加の治療剤は、非限定的な例として、オリゴヌクレオチドである。
いくつかの実施形態では、第２の又は追加の治療剤は、オリゴヌクレオチドの前に、それと同時に、又はその後に対象に投与され得る。いくつかの実施形態では、第２の又は追加の治療剤は、対象に複数回投与されてもよく、オリゴヌクレオチドもまた、対象に複数回投与され、その投与は、任意の順序である。
いくつかの実施形態では、改善は、疾患状態において高すぎる遺伝子又は遺伝子産物の発現、活性及び／又はレベルを低減すること；疾患状態において低すぎる遺伝子又は遺伝子産物の発現、活性及び／又はレベルを増大させること；及び／又は遺伝子又は遺伝子産物の変異体及び／又は疾患関連バリアントの発現、活性及び／又はレベルを低減することを含み得る。
いくつかの実施形態では、ＧからＡへの変異と関連する状態、障害又は疾患を治療し、寛解させ及び／又は予防するのに有用なオリゴヌクレオチド又は組成物は、様々な好適に利用可能な技術を介して（例えば、対象に）投与され得る。
いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド、例えば、標的ＲＮＡ配列におけるヌクレオチドの部位特異的編集のための一本鎖オリゴヌクレオチドは、例えば、状態、障害又は疾患を治療し、寛解させ及び／又は予防するために、医薬組成物として投与され得る。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、少なくとも１つのキラル制御されたヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、キラル制御される。
特に、本開示の技術、例えば、オリゴヌクレオチド及びその組成物は、参照技術（例えば、キラル制御（例えば、立体的に不規則なオリゴヌクレオチド組成物（例えば、同じ塩基配列、又は同じ構成などのオリゴヌクレオチドの））の欠如若しくは低いレベル、及び／又はある特定の修飾及びそのパターン（例えば、２’－Ｆ、負に荷電していないヌクレオチド間結合など）の欠如若しくは低いレベルと比較して、安定性、送達、編集効率、薬物動態、及び／又は薬物動力学の改善などの様々な改善及び利点を提供することができる。いくつかの実施形態では、参照オリゴヌクレオチド組成物は、同じ塩基配列を有するオリゴヌクレオチドの立体的に不規則なオリゴヌクレオチド組成物である。いくつかの実施形態では、参照オリゴヌクレオチド組成物は、同じ構成を有するオリゴヌクレオチドの立体的に不規則なオリゴヌクレオチド組成物である（当業者によって理解されるとおり、いくつかの実施形態では、様々な塩形態が同じ構成のものであると適切にみなされ得る）。いくつかの実施形態では、参照オリゴヌクレオチドは、負に荷電していないヌクレオチド間結合を含まないオリゴヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、参照オリゴヌクレオチドは、ｎ００１を含まない。いくつかの実施形態では、参照オリゴヌクレオチド組成物は、負に荷電していないヌクレオチド間結合を含まないオリゴヌクレオチドの組成物である。いくつかの実施形態では、参照オリゴヌクレオチド組成物は、ｎ００１を含まないオリゴヌクレオチドの組成物である。いくつかの実施形態では、提供される技術は、参照技術と比較して、低い単位又は総用量で利用されてもよく、及び／又は少ない用量及び／又は長い投与間隔で投与されてもよい（例えば、同等又はより良好な効果を達成するために）。いくつかの実施形態では、提供される技術は、編集の長期の耐久性を提供することができる。いくつかの実施形態では、提供される技術は、投与されると、最後の投与の後の一定期間、例えば、約又は少なくとも約２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、６０日以上、又は１、２、３、４、５、６、７、８、９、若しくは１０ヶ月間、ある特定のレベル以上（例えば、ある特定の生物学的効果及び／又は治療効果をもたらすのに有用な及び／又は十分なレベル）で活性、例えば、標的編集を提供することができる。いくつかの実施形態では、提供される技術は、低い毒性を提供する。いくつかの実施形態では、提供される技術は、参照技術と比較して、高い単位又は総用量で利用されてもよく、及び／又は多い用量及び／又は短い投与間隔で投与されてもよい（例えば、より良好な効果を達成するために）。いくつかの実施形態では、総用量は、単一用量として投与され得る。いくつかの実施形態では、総用量は、２回以上の単一用量として投与され得る。いくつかの実施形態では、単一用量として投与される総用量は、２回以上の単一用量として投与されるときと比較して、より高い最大編集レベルを提供し得る。
いくつかの場合において、医薬としてオリゴヌクレオチドを投与されている患者は、血小板減少症、腎毒性、糸球体腎炎、及び／又は凝血異常；遺伝毒性、標的器官の反復投与毒性及び病的作用；用量反応及び暴露関連性；慢性毒性；幼若毒性；生殖及び発生毒性；心血管安全性；注射部位反応；サイトカイン反応補体作用；免疫原性；及び／又は発癌性を含むある特定の副作用又は有害作用を経験する可能性がある。いくつかの実施形態では、追加の治療剤は、オリゴヌクレオチドの投与の副作用又は有害作用を相殺するために投与される。いくつかの実施形態では、標的ＲＮＡ配列におけるヌクレオチドの部位特異的編集のための特定の一本鎖オリゴヌクレオチドは、標的ＲＮＡ配列におけるヌクレオチドの部位特異的編集のための異なる一本鎖オリゴヌクレオチドと比較して、副作用又は有害作用を誘発する能力の低減を有し得る。
いくつかの実施形態では、追加の治療剤は、オリゴヌクレオチドの投与と関連する１つ以上の副作用又は有害作用を制御するか又は軽減するために患者に投与されてもよい。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド及び１つ以上の追加の治療剤が、患者に投与されてもよく（任意の順序で）、追加の治療剤は、オリゴヌクレオチドの投与と関連する１つ以上の副作用又は有害作用を制御するか又は軽減するために患者に投与されてもよい。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド及び１つ以上の追加の治療剤が、患者に投与されてもよく（任意の順序で）、追加の治療剤は、オリゴヌクレオチドの投与と関連する１つ以上の副作用又は有害作用を制御するか又は軽減するために患者に投与されてもよい。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド及び１つ以上の追加の治療剤が、患者に投与されてもよく（任意の順序で）、追加の治療剤は、オリゴヌクレオチドの投与と関連する１つ以上の副作用又は有害作用を制御するか又は軽減するために投与されてもよく、オリゴヌクレオチドは、標的遺伝子又はその遺伝子産物のレベル、発現及び／又は活性を低減すること、標的遺伝子ｍＲＮＡの１つ以上のエクソンのスキッピングを増加させるか又は減少させること、ＡＤＡＲに媒介される脱アミノ化、ＲＮａｓｅＨに媒介される機構、立体障害に媒介される機構、及び／又はＲＮＡ干渉に媒介される機構を含むがこれらに限定されない任意の生化学的機構を介して機能し、オリゴヌクレオチドは、一本鎖又は二本鎖である。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド組成物及び１つ以上の追加の治療剤が、患者に投与されてもよく（任意の順序で）、追加の治療剤は、オリゴヌクレオチド組成物の投与と関連する１つ以上の副作用又は有害作用を制御するか又は軽減するために患者に投与されてもよく、オリゴヌクレオチド組成物は、キラル制御されてもよいし、少なくとも１つのキラル制御されたヌクレオチド間結合（キラル制御されたホスホロチオエートを含むがこれに限定されない）を含む。
ＧからＡへの変異と関連するもの、例えば、嚢胞性線維症、ハーラー症候群、アルファ－１アンチトリプシン（Ａ１ＡＴ）欠損症、パーキンソン病、アルツハイマー病、白皮症、筋萎縮性側索硬化症、喘息、β－サラセミア、カダシル症候群、シャルコー・マリー・トゥース病、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）、遠位型脊髄性筋萎縮症（ＤＳＭＡ）、デュシェンヌ／ベッカー型筋ジストロフィー、栄養障害型表皮水疱症、表皮水疱症（Epidermylosis bullosa）、ファブリー病、第Ｖ因子ライデン関連障害、家族性大腸腺腫症、ポリープ症、ガラクトース血症、ゴーシェ病、グルコース－６－リン酸デヒドロゲナーゼ、血友病、遺伝性ヘモクロマトーシス（Hereditary Hematochromatosis）、ハンター症候群、ハンチントン病、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）、遺伝性多凝集反応症候群、レーバー先天黒内障、レッシュ・ナイハン症候群、リンチ症候群、マルファン症候群、ムコ多糖症、筋ジストロフィー、筋強直性ジストロフィーＩ型及びＩＩ型、神経線維腫症、ニーマン・ピック病Ａ、Ｂ及びＣ型、ＮＹ－ｅｓｏ１関連癌、ポイツ・ジェガース症候群、フェニルケトン尿症、ポンぺ病、原発性線毛疾患、プロトロンビンＧ２０２１０Ａ変異などのプロトロンビン変異関連障害、肺高血圧症、網膜色素変性症、サンドホフ病、重症複合免疫不全症候群（ＳＣＩＤ）、鎌状赤血球貧血、脊髄性筋萎縮症、シュタルガルト病、テイ・サックス病、アッシャー症候群、Ｘ連鎖免疫不全、スタージ・ウェーバー症候群、及び様々な癌を含む様々な状態、障害、又は疾患がアデノシン編集から利益を得る可能性がある。
いくつかの実施形態では、状態、障害又は疾患は、アルファ－１アンチトリプシン（ＡＩＡＴ）欠損症（ＡＡＴＤ）である。
アルファ－１アンチトリプシン（ＡＩＡＴ）欠損症（ＡＡＴＤ）は、報告によればＳＥＲＰＩＮＡ１遺伝子（ＰＩ；ＡＩＡ；ＡＡＴ；ＰＩｌ；ＡＩＡＴ；ＰＲ０２２７５；及びアルファ１ＡＴとしても知られる）における欠損によって引き起こされる遺伝性疾患である。重篤なＡＩＡＴ欠損症は、肺及び肝臓表現型を含む様々な表現型と関連する。
報告によれば、ＡＩＡＴ欠損症は、北欧の血統の対象において最も一般的な遺伝性疾患の１つである。米国単独での重篤な｀ＡＡＴ欠損症の患者数は、８０，０００～１００，０００人である。同様の数がＥＵにおいて見出されると推定される。重篤なＡＡＴ欠損症の全世界での概算は、３００万人で固定されている。ＡＩＡＴ欠損症は、肺気腫を引き起こし、対象は２０代又は３０代で肺気腫を発症する。ＡＩＡＴ欠損症はまた、肝不全及び肝細胞癌を引き起こす可能性もあり、重篤なＡＩＡＴ欠損症を有する対象の最大３０％が肝硬変、劇症肝不全、及び肝細胞癌を含む重大な肝疾患を発症する。
ＳＥＲＰＩＮＡ１遺伝子における変異（すなわち、ｃ．１０２４Ｇ＞Ａ）は、成熟ＡＩＡＴタンパク質のアミノ酸位置３４２でグルタミン酸からリジンへの置換（Ｅ３４２Ｋ、「Ｚ変異」）を引き起こす。このミスセンス変異は、タンパク質の立体構造及び分泌に影響を及ぼし、ＡＩＡＴの循環レベルの低減を引き起こす。Ｚ変異を有するアレルは、ＰｉＺアレルとして同定される。ＰｉＺアレルに関してホモ接合性の対象は、ＰｉＺＺ保因者と呼ばれ、血清Ａ１ＡＴの正常レベルの１０～１５％を発現する。Ａ１ＡＴ欠損症の徴候を示す対象のおよそ９５％が、ＰｉＺＺ遺伝型を有する。Ｚ変異に関してヘテロ接合性の対象は、ＰｉＭＺ変異体と呼ばれ、血清Ａ１ＡＴの正常レベルの６０％を発現する。診断された中で重篤なＡＡＴ欠損症を有する患者の９０％が、ＺＺ変異を有する。米国における約３０，０００～５０，０００人の個体が、ＰｉＺＺ遺伝型を有する。
Ａ１ＡＴ欠損症の病態生理は、冒される器官によって異なる場合がある。肝疾患は、機能獲得の機構に起因すると報告される。異常に折り畳まれたＡ１ＡＴ、特に、Ｚ型Ａ１ＡＴ（Ｚ－ＡＴ）は、肝細胞内で凝集し、重合する。Ａ１ＡＴ封入体は、ＰｉＺＺ対象において見出され、肝硬変及びいくつかの場合、肝細胞癌を引き起こすと考えられる。肝疾患における機能獲得の機構に関するエビデンスは、ヌルホモ接合体によって支持される。これらの対象は、Ａ１ＡＴを産生し、肝細胞封入体又は肝疾患を発症しない。
ＡＩＡＴ欠損症は、ＡＩＡＴ対象の最大約５０％において肝疾患を引き起こし、対象の最大約３０％において重篤な肝疾患を引き起こすことが報告される。肝疾患は、（ａ）自然治癒する小児期の肝硬変、（ｂ）肝移植を必要とするか又は死に至る小児期又は成人期の重篤な肝硬変及び（ｃ）致命的である場合が多い肝細胞癌として顕在化し得る。肝疾患の発症は、二峰性であり、主に小児又は成人を冒すことが報告される。小児疾患は、多くの場合自然治癒するが、末期の致命的な肝硬変を引き起こす可能性もある。ＰｉＺＺ遺伝型を有する対象の最大約１８％は、小児期に臨床的に重大な肝臓異常を発症する可能性があることが報告される。ＰｉＺＺ対象のおよそ２％は、小児期に死に至る重篤な肝硬変を発症することが報告される（Sveger 1988; Volpert 2000）。成人が発症する疾患は、全ての遺伝型を有する対象を冒す可能性があるが、ＰｉＺＺ遺伝型を有する対象においてより早く生じる。ＡＩＡＴ欠損症対象のおよそ２～１０％が、成人が発症する肝疾患を発症することが報告される。
ＡＩＡＴ欠損症と関連する肺疾患は現在、ヒト由来の置換ＡＩＡＴタンパク質の静脈内投与で治療されるが、対象の全寿命にわたって費用がかかり且つ頻繁な注射を必要とすることに加えて、この手法は、部分的に有効なだけである。肝細胞癌を有するＡＩＡＴ欠損症対象は現在、化学療法及び外科手術で治療されるが、ＡＩＡＴ欠損症の潜在的に死に至る肝臓徴候を予防するための満足な手法は存在しない。
特に、本開示は、例えば、肝臓及び肺徴候を含むＡＩＡＴ欠損症の治療の改善に対する必要性を認識する。いくつかの実施形態では、本開示は、例えば、Ａ変異を、タンパク質翻訳中にＧとして読まれ得るＩに変換でき、したがってタンパク質翻訳のためにＧからＡへの変異を補正するオリゴヌクレオチド及び／又は組成物を提供することによって、状態、障害又は疾患に関連するアルファ－１アンチトリプシン（ＡＩＡＴ）欠損症を予防するか又は治療するための技術を提供する。特に、肝細胞の１つ以上におけるＳＥＲＰＩＮＡ１の改変によって、毒性のＺタンパク質（Ｚ－ＡＡＴ）の産生を減少させるか又は消失させることによって、ＡＩＡＴ欠損症を有する対象における肝疾患の進行を予防することができる。ある特定の実施形態では、Ｚタンパク質の産生は、提供される技術を利用することによって消失されるか又は減少される。ある特定の実施形態では、疾患は、療法を受けていない対象と比較して、治癒させられるか、進行しないか、又は進行の遅延を有する。
ある特定の実施形態では、本明細書に記載されるとおりの技術は、治療された肝細胞の１つ以上の生存に対して選択的な利点を提供することができる。ある特定の実施形態では、標的細胞は、修飾される。いくつかの実施形態では、本明細書の技術で治療される細胞は、毒性のＺタンパク質を産生しない場合がある。いくつかの実施形態では、修飾されていない疾患細胞は、毒性のＺタンパク質を産生し、Ｚタンパク質のミスフォールディングによって誘導される小胞体（ＥＲ）ストレスから二次的に起こるアポトーシスを経る場合がある。ある特定の実施形態では、提供される技術を使用する治療の後、治療された細胞は、生存することになり、未治療の細胞は、死ぬことになる。この選択的な利点は、大部分がＳＥＲＰＩＮＡ１を補正された細胞である肝細胞の最終的なコロニー形成を促進することができる。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、ＧからＡへの変異と関連する状態、障害又は疾患に罹患しているか又はなりやすい患者に投与されるとき、状態、障害又は疾患の少なくとも１つの症状を低減することができ、及び／又は遺伝子又は遺伝子産物におけるＧからＡへの変異に起因する状態、障害又は疾患の少なくとも１つの症状の発症、悪化を遅延させるか又は予防することができ、及び／又はその悪化の速度及び／又は程度を低減することができる。
いくつかの実施形態では、提供される技術は、系（例えば、細胞、組織、器官、動物など）の２つ以上の部位の編集を提供することができる（「多重編集」）。いくつかの実施形態では、提供される技術は、同じ転写物の２つ以上の部位を標的化し、その編集を提供することができる。いくつかの実施形態では、提供される技術は、同じ核酸又は異なる核酸のいずれかに由来する２つ以上の異なる転写物を標的化し、その編集を提供することができる。いくつかの実施形態では、提供される技術は、２つ以上の異なる核酸に由来する転写物を標的化し、その編集を提供することができる。いくつかの実施形態では、提供される技術は、２つ以上の異なる遺伝子に由来する転写物を標的化し、その編集を提供することができる。いくつかの実施形態では、同時に編集された標的の中で、各々は独立して、生物学的に及び／又は治療的に適切なレベルで存在する。いくつかの実施形態では、多重編集において、１つ以上又は全ての標的は、独立して、同等の条件下で個別に実行される編集と同等のレベルで編集される。いくつかの実施形態では、多重編集は、各々が独立して１つ以上の標的を標的化する２つ以上の別々の組成物を利用して実施される。いくつかの実施形態では、組成物は、同時に投与される。いくつかの実施形態では、組成物は、好適な間隔で投与される。いくつかの実施形態では、１つ以上の組成物は、１つ以上の他の組成物の前又はその後に投与される。いくつかの実施形態では、多重編集は、単一の組成物、例えば、複数のものが、異なる標的を標的化する２つ以上の複数のオリゴヌクレオチドを含む組成物を利用して実施される。いくつかの実施形態では、それぞれの複数のものは、独立して、異なるアデノシンを標的化する。いくつかの実施形態では、それぞれの複数のものは、独立して、異なる転写物を標的化する。いくつかの実施形態では、それぞれの複数のものは、独立して、異なる遺伝子を標的化する。いくつかの実施形態では、２つ以上の複数のものは、同じ標的を標的化し得るが、複数のものは一緒に所望の標的を標的化する。
本明細書に記載されるとおり、提供される技術は、いくつかの利点を提供することができる。例えば、いくつかの実施形態では、提供される技術は、可逆的且つ調整可能なＲＮＡ編集を提供することができるため（例えば、用量の調整により）、提供される技術は、ＤＮＡに対して作用する技術より安全である。加えて及び或いは、本明細書で実証されるとおり、提供される技術は、内在性ＡＤＡＲタンパク質を発現する系において高いレベルの編集を提供することができ、したがって、様々な場合において、内在性タンパク質の導入の必要を回避する。さらに、提供される技術は、多くの他の技術において、特に、細胞培養以外の適用のために利用されるようなウイルスベクター又は脂質ナノ粒子などの補助的な送達ビヒクルに依存する複雑なオリゴヌクレオチドを必要としない。いくつかの実施形態では、提供される技術は、内在性ＡＤＡＲ酵素を使用して高い効率を有する配列特異的なＡからＩへのＲＮＡ編集を提供することができ、人工的な送達剤の非存在下で様々な系、例えば、細胞に送達され得る。
本開示を読む当業者は、提供されるオリゴヌクレオチド及びその組成物が、本開示に従っていくつかの技術を使用して送達され得ることを理解することになる。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド及び組成物は、トランスフェクション又はリポフェクションを介して送達され得る。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド及びその組成物は、トランスフェクション又はリポフェクションにおいて利用されるものなどの送達助剤の非存在下で送達され得る。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド及び組成物は、トランスフェクション又はリポフェクションを介して送達され得る。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド及びその組成物は、ｇｙｍｎｏｓｉｓによる送達で送達される。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、送達を促進することができる追加の化学的部分を含む。例えば、いくつかの実施形態では、追加の化学的部分は、受容体（例えば、アシアロ糖タンパク質受容体）に対するリガンド部分（例えば、Ｎ－アセチルガラクトサミン（ＧａｌＮＡｃ））であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド及びその組成物は、ＧａｌＮＡｃに媒介される送達により送達され得る。
特に、本開示は、例としての以下の実施形態を提供する：
１．第１のドメイン；及び
第２のドメイン
を含むオリゴヌクレオチドであって、
第１のドメインが、１つ以上の２’－Ｆ修飾を含み；
第２のドメインが、２’－Ｆ修飾を有しない１つ以上の糖を含む、オリゴヌクレオチド。
２．１つ以上の修飾された糖及び／又は１つ以上の修飾されたヌクレオチド間結合を含むオリゴヌクレオチドであって、オリゴヌクレオチドが、各々が独立して１つ以上の核酸塩基を含む第１のドメイン及び第２のドメインを含む、オリゴヌクレオチド。
３．オリゴヌクレオチドが、系において標的アデノシンを含む標的核酸と接触されるとき、標的核酸中の標的アデノシンが、修飾される、実施形態１又は２のオリゴヌクレオチド。
４．オリゴヌクレオチドが、系において標的アデノシンを含む標的核酸と接触されるとき、標的核酸のレベルが、産物の非存在下又は参照オリゴヌクレオチドの存在下と比較して低減される、実施形態１又は２のオリゴヌクレオチド。
５．オリゴヌクレオチドが、系において標的アデノシンを含む標的核酸と接触されるとき、標的核酸又はその産物のスプライシングが、そのオリゴヌクレオチドの非存在下又は参照オリゴヌクレオチドの存在下と比較して改変される、実施形態１又は２のオリゴヌクレオチド。
６．オリゴヌクレオチドが、系において標的アデノシンを含む標的核酸と接触されるとき、標的核酸の産物のレベルが、産物の非存在下又は参照オリゴヌクレオチドの存在下と比較して改変される、実施形態１又は２のオリゴヌクレオチド。
７．標的核酸が、修飾される、実施形態４～６のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
８．産物のレベルが増大され、産物が、標的核酸と他の点で同一であるが標的アデノシンが修飾されている核酸であるか、又はそれによってコードされる、実施形態３～７のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
９．産物のレベルが増大され、産物が、標的核酸と他の点で同一であるが標的アデノシンがイノシンで置き換えられている核酸であるか、又はそれによってコードされる、実施形態３～７のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
１０．産物のレベルが増大され、産物が、標的核酸と他の点で同一であるが標的アデノシンのアデニンがグアニンで置き換えられている核酸であるか、又はそれによってコードされる、実施形態３～７のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
１１．産物が、タンパク質である、実施形態８～１０のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
１２．標的アデノシンが、グアニンからの変異である、実施形態１～１１のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
１３．標的アデノシンが、同じ位置でグアニンよりも状態、障害又は疾患とより関連している、実施形態１～１２のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
１４．オリゴヌクレオチドが、標的核酸と二本鎖複合体を形成することができる、実施形態１～１３のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
１５．標的核酸又はその部分が、ＲＮＡであるか又はそれを含む、実施形態３～１４のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
１６．標的アデノシンが、ＲＮＡのものである、実施形態３～１５のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
１７．標的アデノシンが修飾され、且つ修飾が、標的アデノシンの脱アミノ化であるか又はそれを含む、実施形態３～１６のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
１８．標的アデノシンが修飾され、修飾が、標的アデノシンのイノシンへの変換であるか又はそれを含む、実施形態３～１７のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
１９．修飾が、ＡＤＡＲタンパク質によって促進される、実施形態３～１８のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
２０．系が、ＡＤＡＲタンパク質を含むインビトロ又はエクスビボの系である、実施形態３～１９のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
２１．系が、ＡＤＡＲタンパク質を含むか又は発現する細胞であるか又はそれを含む、実施形態３～１９のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
２２．系が、ＡＤＡＲタンパク質を含むか又はそれを発現する細胞を含む対象である、実施形態３～１９のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
２３．ＡＤＡＲタンパク質が、ＡＤＡＲ１である、実施形態１９～２２のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
２４．ＡＤＡＲタンパク質が、ＡＤＡＲ２である、実施形態１９～２２のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
２５．オリゴヌクレオチドが、約１０～２００（例えば、約１０～２０、１０～３０、１０～４０、１０～５０、１０～６０、１０～７０、１０～８０、１０～９０、１０～１００、１０～１２０、１０～１５０、２０～３０、２０～４０、２０～５０、２０～６０、２０～７０、２０～８０、２０～９０、２０～１００、２０～１２０、２０～１５０、２０～２００、２５～３０、２５～４０、２５～５０、２５～６０、２５～７０、２５～８０、２５～９０、２５～１００、２５～１２０、２５～１５０、２５～２００、３０～４０、３０～５０、３０～６０、３０～７０、３０～８０、３０～９０、３０～１００、３０～１２０、３０～１５０、３０～２００、１０、２０、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４５、５０、６０など）の長さの核酸塩基を有する、実施形態１～２４のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
２６．オリゴヌクレオチドが、約２６～３５の長さの核酸塩基を有する、実施形態１～２５のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
２７．オリゴヌクレオチドが、約２９～３５の長さの核酸塩基を有する、実施形態１～２６のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
２８．オリゴヌクレオチドの塩基配列が、０～１０個（例えば、０～１、０～２、０～３、０～４、０～５、０～６、０～７、０～８、０～９、０～１０、１～２、１～３、１～４、１～５、１～６、１～７、１～８、１～９、１～１０、２～３、２～４、２～５、２～６、２～７、２～８、２～９、２～１０、３～４、３～５、３～６、３～７、３～８、３～９、３～１０、０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０など）のワトソン－クリック塩基対ではないミスマッチを伴って標的アデノシンを含む標的核酸の一部の塩基配列と相補的である、実施形態１～２７のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
２９．１つ以上のミスマッチが、独立して、ゆらぎの塩基対形成である、実施形態２８のオリゴヌクレオチド。
３０．相補性が、約５０％～１００％（例えば、約５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％など）である、実施形態２８～２９のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
３１．相補性が，約９０％～１００％又は９５～１００％である、実施形態２８～２９のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
３２．相補性が、１００％である、実施形態２８～２９のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
３３．相補性が、標的ヌクレオシド（例えば、アデノシン）の反対側のヌクレオシドを除いて１００％である、実施形態２８～２９のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
３４．オリゴヌクレオチドが、第１のドメイン及び第２のドメインからなる、実施形態１～３３のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
３５．第１のドメインが、約２～５０（例えば、約５、６、７、８、９、若しくは１０～約１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０、又は約５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０など）の長さの核酸塩基を有する、実施形態１～３４のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
３６．第１のドメインが、約１０～２５の長さの核酸塩基を有する、実施形態１～３５のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
３７．第１のドメインが、約１５の長さの核酸塩基を有する、実施形態１～３６のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
３８．オリゴヌクレオチドが相補性に関して標的核酸とアラインメントされるとき、第１のドメインが、１個以上（例えば、１～１０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０など）のミスマッチを含む、実施形態１～３７のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
３９．オリゴヌクレオチドが相補性に関して標的核酸とアラインメントされるとき、第１のドメインが、２個以上のミスマッチを含む、実施形態１～３８のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
４０．オリゴヌクレオチドが相補性に関して標的核酸とアラインメントされるとき、第１のドメインが、ただ１個のミスマッチを含む、実施形態１～３５のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
４１．オリゴヌクレオチドが相補性に関して標的核酸とアラインメントされるとき、第１のドメインが、ただ２個のミスマッチを含む、実施形態１～３５のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
４２．オリゴヌクレオチドが相補性に関して標的核酸とアラインメントされるとき、第１のドメインが、１個以上（例えば、１～１０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０など）のバルジを含む、実施形態１～４１のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
４３．各バルジが、独立して、ワトソン－クリック又はゆらぎ対ではない１個以上の塩基対を含む、実施形態４２のオリゴヌクレオチド。
４４．オリゴヌクレオチドが相補性に関して標的核酸とアラインメントされるとき、第１のドメインが、１個以上（例えば、１～１０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０など）のゆらぎ対を含む、実施形態１～４３のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
４５．オリゴヌクレオチドが相補性に関して標的核酸とアラインメントされるとき、第１のドメインが、２個以上のゆらぎ対を含む、実施形態１～４４のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
４６．オリゴヌクレオチドが相補性に関して標的核酸とアラインメントされるとき、第１のドメインが、ただ２個のゆらぎ対を含む、実施形態１～４５のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
４７．第１のドメインが、標的核酸と完全に相補的である、実施形態１～３５のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
４８．第１のドメインが、２’－Ｆ修飾を有する約１～５０個（例えば、約５、６、７、８、９、若しくは１０～約１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０、又は約５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０など、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、若しくは２０など）の糖を含む、実施形態１～４７のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
４９．第１のドメイン中の糖の約５％～１００％（例えば、約１０％～１００％、２０～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％など）が、独立して、２’－Ｆ修飾を含む、実施形態１～４８のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
５０．第１のドメイン中の糖の約５０％～１００％（例えば、約５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％など）が、独立して、２’－Ｆ修飾を含む、実施形態１～４９のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
５１．第１のドメイン中の糖の約１％～９５％以下（例えば、約１％、５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％以下など）が、２’－ＯＭｅを含む、実施形態１～５０のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
５２．第１のドメイン中の糖の約５０％以下が、２’－ＯＭｅを含む、実施形態１～５１のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
５３．第１のドメイン中の糖の約１％～９５％以下（例えば、約１％、５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％以下など）が、２’－ＯＭｅ（式中、Ｒは、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である）を含む、実施形態１～５２のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
５４．第１のドメイン中の糖の約５０％以下が、２’－ＯＲ（式中、Ｒは、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である）を含む、実施形態１～５３のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
５５．第１のドメイン中の糖の約１％～９５％以下（例えば、約１％、５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％以下など）が、２’－ＯＲを含む、実施形態１～５４のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
５６．第１のドメイン中の糖の約５０％以下が、２’－ＯＲを含む、実施形態１～５５のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
５７．第１のドメインが、２’－ＯＲ修飾（式中、Ｒは、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である）を含む１個以上（例えば、約１～２０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０など）の修飾された糖を含む、実施形態１～５６のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
５８．第１のドメインが、２’－ＭＯＥ修飾を含む１個以上（例えば、約１～２０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０など）の修飾された糖を含む、実施形態１～５７のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
５９．第１のドメインが、２’－ＯＭｅ修飾を含む１個以上（例えば、約１～２０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０など）の修飾された糖を含む、実施形態１～５８のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
６０．第１のドメインの５’末端から最初の約１～５個、例えば、１、２、３、４、又は５個の糖が、独立して、２’－ＯＲ修飾された糖（式中、Ｒは、独立して、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である）である、実施形態１～５９のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
６１．第１のドメインの５’末端から最初の約１～５個、例えば、１、２、３、４、又は５個の糖が、独立して、２’－ＭＯＥ修飾された糖である実施形態１～６０のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
６２．第１のドメインが、２’－Ｎ（Ｒ）２修飾（式中、各Ｒは、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である）を含む１個以上（例えば、約１～２０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０など）の修飾された糖を含む、実施形態１～６１のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
６３．第１のドメインが、２’－ＮＨ２修飾を含む１個以上（例えば、約１～２０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０など）の修飾された糖を含む、実施形態１～６２のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
６４．第１のドメインが、１個以上（例えば、約１～２０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０など）のＬＮＡ糖を含む、実施形態１～６３のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
６５．第１のドメインが、１個以上（例えば、約１～２０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０など）の非環式糖（例えば、ＵＮＡ糖）を含む、実施形態１～６４のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
６６．第１のドメインが、２’－Ｆ修飾を含む１個以上（例えば、約１～２０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０など）の修飾された糖を含む、実施形態１～６５のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
６７．第１のドメインが、２’－ＯＨを含む１個以上（例えば、約１～２０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０など）の糖を含む、実施形態１～６６のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
６８．第１のドメインが、２個の２’－Ｈを含む１個以上（例えば、約１～２０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０など）の糖を含む、実施形態１～６７のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
６９．第１のドメイン中のどの糖も、２’－ＯＲを含まない、実施形態１～５６のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
７０．第１のドメイン中のどの糖も、２’－ＯＭｅを含まない、実施形態１～５６のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
７１．第１のドメイン中のどの糖も、２’－ＯＲ（式中、Ｒは、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である）を含まない、実施形態１～５６のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
７２．第１のドメイン中の各糖が、２’－Ｆを含む、実施形態１～５６のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
７３．第１のドメインが、約１～５０個（例えば、約５、６、７、８、９、若しくは１０～約１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０、又は約５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０など、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、若しくは２０など）の修飾されたヌクレオチド間結合を含む、実施形態１～７２のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
７４．第１のドメイン中のヌクレオチド間結合の約５％～１００％（例えば、約１０％～１００％、２０～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％など）が、修飾されたヌクレオチド間結合である、実施形態１～７３のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
７５．第１のドメイン中のヌクレオチド間結合の約５０％～１００％（例えば、約５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％など）が、修飾されたヌクレオチド間結合である、実施形態１～７４のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
７６．それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合が、独立して、キラルヌクレオチド間結合である、実施形態１～７５のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
７７．それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合が、独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合又は負に荷電していないヌクレオチド間結合である、実施形態１～７６のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
７８．それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合が、独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合又は中性のヌクレオチド間結合である、実施形態１～７７のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
７９．第１のドメインが、１つ以上のホスホロチオエートヌクレオチド間結合を含む、実施形態１～７８のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
８０．第１のドメインが、１、２、３、４、又は５個の負に荷電していないヌクレオチド間結合を含む、実施形態１～７９のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
８１．第１のドメインの１番目と２番目のヌクレオシドの間のヌクレオチド間結合が、負に荷電していないヌクレオチド間結合である、実施形態１～８０のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
８２．第１のドメインの最後と最後から２番目のヌクレオシドの間のヌクレオチド間結合が、負に荷電していないヌクレオチド間結合である、実施形態１～８１のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
８３．第１のドメイン中の少なくとも約１～５０個（例えば、約５、６、７、８、９、若しくは１０～約１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０、又は約５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０など、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、若しくは２０など）のキラルヌクレオチド間結合が、キラル制御される、実施形態１～８２のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
８４．第１のドメイン中のキラルヌクレオチド間結合の約５％～１００％（例えば、約１０％～１００％、２０～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％など）が、キラル制御される、実施形態１～８３のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
８５．第１のドメインの１番目と２番目のヌクレオシドの間のヌクレオチド間結合が、キラル制御される、実施形態１～８４のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
８６．第１のドメインの最後と最後から２番目のヌクレオシドの間のヌクレオチド間結合が、キラル制御される、実施形態１～８５のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
８７．それぞれのキラルヌクレオチド間結合が、独立して、キラル制御されたヌクレオチド間結合である、実施形態１～８６のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
８８．第１のドメイン中の少なくとも約１～５０個（例えば、約５、６、７、８、９、若しくは１０～約１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０、又は約５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０など、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、若しくは２０など）のキラルヌクレオチド間結合が、Ｓｐである、実施形態１～８７のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
８９．第１のドメイン中のキラルヌクレオチド間結合の少なくとも５％～１００％（例えば、約１０％～１００％、２０～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％など）が、Ｓｐである、実施形態１～８８のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
９０．第１のドメイン中のそれぞれのキラルヌクレオチド間結合が、Ｓｐである、実施形態１～８９のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
９１．第１のドメインの１番目と２番目のヌクレオシドの間のヌクレオチド間結合が、Ｒｐである、実施形態１～８９のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
９２．第１のドメインの最後と最後から２番目のヌクレオシドの間のヌクレオチド間結合が、Ｒｐである、実施形態１～８９及び９１のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
９３．第１のドメイン中のそれぞれのヌクレオチド間結合が、独立して、修飾されたヌクレオチド間結合である、実施形態１～９２のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
９４．第１のドメインが、１つ以上の天然のリン酸結合を含む、実施形態１～９２のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
９５．第１のドメインが、標的核酸にＡＤＡＲタンパク質をリクルートできるか、又はそのリクルートメントを促進するか若しくはそれに寄与する、実施形態１～９４のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
９６．第１のドメインが、標的核酸を伴うＡＤＡＲタンパク質と相互作用できるか、又は標的核酸とＡＤＡＲタンパク質の相互作用を促進するか若しくはそれに寄与する、実施形態１～９５のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
９７．第１のドメインが、ＡＤＡＲのＲＮＡ結合ドメイン（ＲＢＤ）と接触する、実施形態１～９６のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
９８．第１のドメインが、ＡＤＡＲの第２のＲＢＤドメインと実質的に接触しない、実施形態１～９７のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
９９．第１のドメインが、デアミナーゼ活性を有するＡＤＡＲの触媒ドメインと実質的に接触しない、実施形態１～９８のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
１００．第２のドメインが、約２～５０（例えば、約５、６、７、８、９、若しくは１０～約１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０、又は約５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０など）の長さの核酸塩基を有する、実施形態１～９９のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
１０１．第２のドメインが、約１～７の長さの核酸塩基を有する、実施形態１～１００のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
１０２．第２のドメインが、約５～１５の長さの核酸塩基を有する、実施形態１～１０１のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
１０３．第２のドメインが、約１０～２５の長さの核酸塩基を有する、実施形態１～１０２のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
１０４．第２のドメインが、約１５の長さの核酸塩基を有する、実施形態１～１０３のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
１０５．オリゴヌクレオチドが相補性に関して標的核酸とアラインメントされるとき、第２のドメインが、１個以上（例えば、１～１０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０など）のミスマッチを含む、実施形態１～１０４のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
１０６．オリゴヌクレオチドが相補性に関して標的核酸とアラインメントされるとき、第２のドメインが、２個以上のミスマッチを含む、実施形態１～１０５のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
１０７．オリゴヌクレオチドが相補性に関して標的核酸とアラインメントされるとき、第２のドメインが、ただ１個のミスマッチを含む、実施形態１～１００のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
１０８．オリゴヌクレオチドが相補性に関して標的核酸とアラインメントされるとき、第２のドメインが、ただ２個のミスマッチを含む、実施形態１～１００のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
１０９．オリゴヌクレオチドが相補性に関して標的核酸とアラインメントされるとき、第２のドメインが、１個以上（例えば、１～１０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０など）のバルジを含む、実施形態１～１０８のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
１１０．各バルジが、独立して、ワトソン－クリック又はゆらぎ対ではない１個以上の塩基対を含む、実施形態１０９のオリゴヌクレオチド。
１１１．オリゴヌクレオチドが相補性に関して標的核酸とアラインメントされるとき、第２のドメインが、１個以上（例えば、１～１０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０など）のゆらぎ対を含む、実施形態１～１１０のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
１１２．オリゴヌクレオチドが相補性に関して標的核酸とアラインメントされるとき、第２のドメインが、２個以上のゆらぎ対を含む、実施形態１～１１１のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
１１３．オリゴヌクレオチドが相補性に関して標的核酸とアラインメントされるとき、第２のドメインが、ただ２個のゆらぎ対を含む、実施形態１～１１２のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
１１４．第２のドメインが、標的核酸と完全に相補的である、実施形態１～１００のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
１１５．オリゴヌクレオチドが相補性に関して標的核酸とアラインメントされるとき、第２のドメインが、標的アデノシンの反対側のヌクレオシドを含む、実施形態１～１１４のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
１１６．反対側の核酸塩基が、任意選択により置換された若しくは保護されたＵであるか、又は任意選択により置換された若しくは保護されたＵの互変異性体である、実施形態１１５のオリゴヌクレオチド。
１１７．反対側の核酸塩基が、Ｕである、実施形態１１５のオリゴヌクレオチド。
１１８．反対側の核酸塩基が、任意選択により置換された若しくは保護されたＣであるか、又は任意選択により置換された若しくは保護されたＣの互変異性体である、実施形態１１５のオリゴヌクレオチド。
１１９．反対側の核酸塩基が、Ｃである、実施形態１１５のオリゴヌクレオチド。
１２０．反対側の核酸塩基が、任意選択により置換された若しくは保護されたＡであるか、又は任意選択により置換された若しくは保護されたＡの互変異性体である、実施形態１１５のオリゴヌクレオチド。
１２１．反対側の核酸塩基が、Ａである、実施形態１１５のオリゴヌクレオチド。
１２２．反対側の核酸塩基が、任意選択により置換された若しくは保護されたシュードイソシトシンの核酸塩基であるか、又は任意選択により置換された若しくは保護されたシュードイソシトシンの核酸塩基の互変異性体である、実施形態１１５のオリゴヌクレオチド。
１２３．反対側の核酸塩基が、シュードイソシトシンの核酸塩基である、実施形態１１５のオリゴヌクレオチド。
１２４．オリゴヌクレオチドが、核酸塩基ＢＡを含み、ＢＡが、環ＢＡ又はその互変異性体であるか又はそれを含み、環ＢＡが、０～１０個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された５～２０員の単環式、二環式又は多環式環である、実施形態１～１２３のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
１２５．オリゴヌクレオチドであって、オリゴヌクレオチドが、核酸塩基ＢＡを含み、ＢＡが、環ＢＡ又はその互変異性体であるか又はそれを含み、環ＢＡが、０～１０個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された５～２０員の単環式、二環式又は多環式環である、オリゴヌクレオチド。
１２６．核酸塩基がＢＡであり、ＢＡが、環ＢＡ又はその互変異性体であるか又はそれを含み、環ＢＡが、０～１０個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された５～２０員の単環式、二環式又は多環式環である、実施形態１１５のオリゴヌクレオチド。
１２７．ＢＡが、Ｕと比較してアデノシンの標的アデニンとより弱い水素結合を有する、実施形態１２４～１２６のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
１２８．ＢＡが、Ｕと比較してアデノシンの標的アデニンとより弱い水素結合を形成する、実施形態１２４～１２７のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
１２９．ＢＡが、残基が標的アデノシンの反対側のＵと１つ以上の水素結合を形成するＡＤＡＲの１つ以上のアミノ酸残基と１つ以上の水素結合を形成する、実施形態１２４～１２８のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
１３０．ＢＡが、標的アデノシンの反対側のＵと１つ以上の水素結合を形成するＡＤＡＲの各アミノ酸残基と１つ以上の水素結合を形成する、実施形態１２４～１２９のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
１３１．環ＢＡが、
Figure 2022551124000372
を含む、実施形態１２４～１３０のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
１３２．環ＢＡが、
Figure 2022551124000373
を含む、実施形態１２４～１３０のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
１３３．環ＢＡが、
Figure 2022551124000374
を含む、実施形態１２４～１３０のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
１３４．環ＢＡが、
Figure 2022551124000375
を含む、実施形態１２４～１３０のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
１３５．環ＢＡが、式ＢＡ－Ｉの構造を有する、実施形態１２４～１３４のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
１３６．環ＢＡが、式ＢＡ－Ｉ－ａの構造を有する、実施形態１２４～１３４のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
１３７．環ＢＡが、式ＢＡ－Ｉ－ｂの構造を有する、実施形態１２４～１３４のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
１３８．環ＢＡが、式ＢＡ－ＩＩの構造を有する、実施形態１２４～１３４のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
１３９．環ＢＡが、式ＢＡ－ＩＩ－ａの構造を有する、実施形態１２４～１３４のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
１４０．環ＢＡが、式ＢＡ－ＩＩ－ｂの構造を有する、実施形態１２４～１３４のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
１４１．環ＢＡが、式ＢＡ－ＩＩＩの構造を有する、実施形態１２４～１３４のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
１４２．環ＢＡが、式ＢＡ－ＩＩＩ－ａの構造を有する、実施形態１２４～１３４のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
１４３．環ＢＡが、式ＢＡ－ＩＩＩ－ｂの構造を有する、実施形態１２４～１３４のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
１４４．Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４、Ｘ５、Ｘ６、Ｘ１’、Ｘ２’、Ｘ３’、Ｘ４’、Ｘ５’、Ｘ６’、及びＸ７’の各々が、それが－ＣＨ＝、－Ｃ（ＯＨ）＝、－Ｃ（－ＮＨ２）＝、－ＣＨ２－、－Ｃ（＝ＮＨ）－、又は－ＮＨ－であるとき、独立して且つ任意選択により置換される、実施形態１２４～１４３のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
１４５．Ｘ１が、－Ｎ（－）－である、実施形態１３１～１４４のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
１４６．Ｘ１が、－Ｃ（－）＝である、実施形態１３１～１４４のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
１４７．Ｘ２が、－Ｃ（Ｏ）－である、実施形態１３１～１４６のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
１４８．Ｘ３が、－ＮＲ’－である、実施形態１３１～１４７のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
１４９．Ｘ３が、任意選択により置換された－ＮＨ－である、実施形態１３１～１４８のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
１５０．Ｘ３が、－ＮＨ－である、実施形態１３１～１４８のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
１５１．Ｘ４が、－Ｃ（ＲＢ４）＝、－Ｃ（－Ｎ（ＲＢ４）２）＝、－Ｃ（ＲＢ４）２－、又は－Ｃ（＝ＮＲＢ４）－である、実施形態１３１～１５０のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
１５２．Ｘ４が、－Ｃ（ＲＢ４）＝である、実施形態１３１～１５０のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
１５３．Ｘ４が、任意選択により置換された－ＣＨ＝である、実施形態１３１～１５０のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
１５４．Ｘ４が、－ＣＨ＝である、実施形態１３１～１５０のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
１５５．Ｘ４が、－Ｃ（－Ｎ（ＲＢ４）２）＝である、実施形態１３１～１５０のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
１５６．Ｘ４が、任意選択により置換された－Ｃ（－ＮＨ２）＝である、実施形態１３１～１５０のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
１５７．Ｘ４が、－Ｃ（－ＮＨ２）＝である、実施形態１３１～１５０のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
１５８．Ｘ４が、－Ｃ（－Ｎ＝ＣＨＮＲ２）＝である、実施形態１３１～１５０のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
１５９．Ｘ４が、－Ｃ（－Ｎ＝ＣＨＮ（ＣＨ３）２）＝である、実施形態１３１～１５０のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
１６０．Ｘ４が、－Ｃ（－ＮＨＲ’）＝である、実施形態１３１～１５０のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
１６１．Ｘ４が、－Ｃ（ＲＢ４）２－である、実施形態１３１～１５０のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
１６２．Ｘ４が、任意選択により置換された－ＣＨ２－である、実施形態１３１～１５０のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
１６３．Ｘ４が、－ＣＨ２－である、実施形態１３１～１５０のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
１６４．Ｘ４が、任意選択により置換された－Ｃ（＝ＮＨ）－である、実施形態１３１～１５０のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
１６５．Ｘ４が、－Ｃ（＝ＮＲＢ４）＝である、実施形態１３１～１５０のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
１６６．Ｘ４が、－Ｃ（Ｏ）＝であり、酸素原子が、Ｕにおける対応する－Ｃ（Ｏ）－より弱い水素結合アクセプターを有する、実施形態１３１～１５０のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
１６７．Ｘ４が、－Ｃ（Ｏ）＝であり、酸素原子が、分子内水素結合を形成する、実施形態１３１～１５０のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
１６８．Ｘ４が、－Ｃ（Ｏ）＝であり、酸素原子が、同じ核酸塩基内の水素と水素結合を形成する、実施形態１３１～１５０のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
１６９．Ｘ５が、－Ｃ（ＲＢ５）２－である、実施形態１３８～１６８のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
１７０．Ｘ５が、任意選択により置換された－ＣＨ２－である、実施形態１３８～１６８のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
１７１．Ｘ５が、－ＣＨ２－である、実施形態１３８～１６８のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
１７２．Ｘ５が、－Ｃ（ＲＢ５）＝である、実施形態１３８～１６８のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
１７３．Ｘ５が、任意選択により置換された－Ｃ（－ＮＯ２）＝である、実施形態１３８～１６８のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
１７４．Ｘ５が、任意選択により置換された－ＣＨ＝である、実施形態１３８～１６８のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
１７５．Ｘ５が、－ＣＨ＝である、実施形態１３８～１６８のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
１７６．Ｘ５が、－Ｃ（－ＬＢ５－ＲＢ５１）＝であり、ＲＢ５１が、－Ｒ’、－Ｎ（Ｒ’）２、－ＯＲ’、又は－ＳＲ’である、実施形態１３８～１６８のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
１７７．Ｘ５が、－Ｃ（－ＬＢ５－ＲＢ５１）＝であり、ＲＢ５１が、－Ｎ（Ｒ’）２、－ＯＲ’、又は－ＳＲ’である、実施形態１３８～１６８のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
１７８．Ｘ５が、－Ｃ（－ＬＢ５－ＲＢ５１）＝であり、ＲＢ５１が、－ＮＨＲ’である、実施形態１３８～１６８のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
１７９．ＬＢ５が、－Ｃ（Ｏ）であるか又はそれを含む、実施形態１７６～１７８のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
１８０．Ｘ５が、－Ｎ＝である、実施形態１３８～１６８のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
１８１．Ｘ４が、－Ｃ（Ｏ）＝であり、酸素原子が、ＲＢ５１において－ＮＨＲ’、－ＯＨ又は－ＳＨの水素と水素結合を形成する、実施形態１７８～１７９のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
１８２．環ＢＡが、式ＢＡ－ＩＶの構造を有する、実施形態１２４～１３４のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
１８３．環ＢＡが、式ＢＡ－ＩＶ－ａの構造を有する、実施形態１２４～１３４のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
１８４．環ＢＡが、式ＢＡ－ＩＶ－ｂの構造を有する、実施形態１２４～１３４のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
１８５．環ＢＡが、式ＢＡ－Ｖの構造を有する、実施形態１２４～１３４のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
１８６．環ＢＡが、式ＢＡ－Ｖ－ａの構造を有する、実施形態１２４～１３４のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
１８７．環ＢＡが、式ＢＡ－Ｖ－ｂの構造を有する、実施形態１２４～１３４のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
１８８．環ＢＡが、式ＢＡ－ＶＩの構造を有する、実施形態１２４～１３４のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
１８９．Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４、Ｘ５、Ｘ６、Ｘ１’、Ｘ２’、Ｘ３’、Ｘ４’、Ｘ５’、Ｘ６’、及びＸ７’の各々が、それが－ＣＨ＝、－Ｃ（ＯＨ）＝、－Ｃ（－ＮＨ２）＝、－ＣＨ２－、－Ｃ（＝ＮＨ）－、又は－ＮＨ－であるとき、独立して且つ任意選択により置換される、実施形態１８２～１８８のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
１９０．Ｘ１が、－Ｎ（－）－である、実施形態１８２～１８９のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
１９１．Ｘ１が、－Ｃ（－）＝である、実施形態１８２～１８９のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
１９２．Ｘ２が、任意選択により置換された－ＣＨ＝である、実施形態１８２～１９１のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
１９３．Ｘ２が、－ＣＨ＝である、実施形態１８２～１９１のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
１９４．Ｘ２が、－Ｃ（Ｏ）－である、実施形態１８２～１９１のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
１９５．Ｘ３が、－ＮＲ’－である、実施形態１８２～１９４のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
１９６．Ｘ３が、任意選択により置換された－ＮＨ－である、実施形態１８２～１９４のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
１９７．Ｘ３が、－ＮＨ－である、実施形態１８２～１９４のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
１９８．環ＢＡＡが、５員である、実施形態１８２～１９７のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
１９９．環ＢＡＡが、６員である、実施形態１８２～１９７のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
２００．環ＢＡＡが、１～３個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された環である、実施形態１８２～１９９のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
２０１．ヘテロ原子が、窒素である、実施形態２００のオリゴヌクレオチド。
２０２．環ＢＡＡが、２個の窒素を含有する、実施形態２００～２０１のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
２０３．ヘテロ原子が、酸素である、実施形態２００～２０１のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
２０４．Ｘ６が、－Ｃ（ＲＢ６）＝、－Ｃ（ＯＲＢ６）＝、－Ｃ（ＲＢ６）２－、又は－Ｃ（Ｏ）－である、実施形態１４１～２０３のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
２０５．Ｘ６が、－Ｃ（Ｒ）＝、－Ｃ（Ｒ）２－、又は－Ｃ（Ｏ）－である、実施形態１４１～２０３のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
２０６．Ｘ６が、任意選択により置換された－ＣＨ＝である、実施形態１４１～２０３のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
２０７．Ｘ６が、－ＣＨ＝である、実施形態１４１～２０３のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
２０８．Ｘ６が、任意選択により置換された－ＣＨ２－である、実施形態１４１～２０３のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
２０９．Ｘ６が、－ＣＨ２－である、実施形態１４１～２０３のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
２１０．Ｘ６が、－Ｃ（Ｏ）－である、実施形態１４１～２０３のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
２１１．環ＢＡが、
Figure 2022551124000376
を含む、実施形態１１５～１３０のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
２１２．環ＢＡが、式ＢＡ－ＶＩの構造を有する、実施形態１２４～１３０又は２１１のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
２１３．Ｘ１’が、－Ｎ（－）－である、実施形態２１１のオリゴヌクレオチド。
２１４．Ｘ１’が、－Ｃ（－）＝である、実施形態２１１のオリゴヌクレオチド。
２１５．Ｘ２’が、－Ｃ（Ｏ）－である、実施形態２１１～２１４のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
２１６．Ｘ２’が、任意選択により置換された－ＣＨ＝である、実施形態２１１～２１４のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
２１７．Ｘ２’が、－ＣＨ＝である、実施形態２１１～２１４のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
２１８．Ｘ２’が、－Ｃ（－）＝である、実施形態２１１～２１４のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
２１９．Ｘ３’が、－ＮＲ’－である、実施形態２１１～２１７のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
２２０．Ｘ３’が、任意選択により置換された－ＮＨ－である、実施形態２１１～２１７のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
２２１．Ｘ３’が、－ＮＨ－である、実施形態２１１～２１７のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
２２２．Ｘ３’が、－Ｎ＝である、実施形態２１１～２１７のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
２２３．Ｘ４’が、－Ｃ（Ｏ）＝である、実施形態２１１～２２２のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
２２４．Ｘ４’が、－Ｃ（ＯＲＢ４’）＝である、実施形態２１１～２２２のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
２２５．Ｘ４’が、－Ｃ（ＲＢ４’）＝である、実施形態２１１～２２２のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
２２６．Ｘ４’が、任意選択により置換された－ＣＨ＝である、実施形態２１１～２２２のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
２２７．Ｘ４’が、－ＣＨ＝である、実施形態２１１～２２２のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
２２８．Ｘ４’が、－Ｃ（－Ｎ（ＲＢ４’）２）＝である、実施形態２１１～２２２のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
２２９．Ｘ４’が、任意選択により置換された－Ｃ（－ＮＨ２）＝である、実施形態２１１～２２２のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
２３０．Ｘ４’が、－Ｃ（－ＮＨ２）＝である、実施形態２１１～２２２のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
２３１．Ｘ４’が、－Ｃ（－Ｎ＝ＣＨＮ（ＣＨ３）２）＝である、実施形態２１１～２２２のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
２３２．Ｘ４’が、－Ｃ（－ＮＣ（Ｏ）Ｒ’）＝である、実施形態２１１～２２２のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
２３３．Ｘ５’が、任意選択により置換された－ＮＨ－である、実施形態２１１～２３２のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
２３４．Ｘ５’が、－ＮＨ－である、実施形態２１１～２３２のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
２３５．Ｘ５’が、－Ｎ＝である、実施形態２１１～２３２のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
２３６．Ｘ５’が、－Ｃ（ＲＢ５’）＝である、実施形態２１１～２３２のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
２３７．Ｘ５’が、任意選択により置換された－ＣＨ＝である、実施形態２１１～２３２のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
２３８．Ｘ５’が、－ＣＨ＝である、実施形態２１１～２３２のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
２３９．Ｘ６’が、－Ｃ（ＲＢ６’）＝である、実施形態２１１～２３８のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
２４０．Ｘ６’が、任意選択により置換された－ＣＨ＝である、実施形態２１１～２３８のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
２４１．Ｘ６’が、－ＣＨ＝である、実施形態２１１～２３８のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
２４２．Ｘ６’が、－Ｃ（Ｏ）＝である、実施形態２１１～２３８のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
２４３．Ｘ６’が、－Ｃ（ＯＲＢ６’）＝である、実施形態２１１～２３８のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
２４４．Ｘ６’が、－Ｃ（－ＯＲ’）＝である、実施形態２１１～２３８のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
２４５．Ｘ７’が、－Ｃ（ＲＢ７’）＝である、実施形態２１１～２４４のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
２４６．Ｘ７’が、任意選択により置換された－ＣＨ＝である、実施形態２１１～２４４のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
２４７．Ｘ７’が、－ＣＨ＝である、実施形態２１１～２４４のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
２４８．Ｘ７’が、任意選択により置換された－ＮＨ－である、実施形態２１１～２４４のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
２４９．Ｘ７’が、－ＮＨ－である、実施形態２１１～２４４のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
２５０．Ｘ７’が、－Ｎ＝である、実施形態２１１～２４４のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
２５１．環ＢＡが、
Figure 2022551124000377
である、実施形態１２４～１３０のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
２５２．環ＢＡが、
Figure 2022551124000378
である、実施形態１２４～１３０のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
２５３．環ＢＡが、
Figure 2022551124000379
である、実施形態１２４～１３０のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
２５４．環ＢＡが、
Figure 2022551124000380
（式中、Ｒ’は、－Ｃ（Ｏ）Ｒである）である、実施形態１２４～１３０のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
２５５．環ＢＡが、
Figure 2022551124000381
（式中、Ｒ’は、－Ｃ（Ｏ）Ｐｈである）である、実施形態１２４～１３０のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
２５６．環ＢＡが、
Figure 2022551124000382
である、実施形態１２４～１３０のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
２５７．環ＢＡが、
Figure 2022551124000383
である、実施形態１２４～１３０のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
２５８．環ＢＡが、
Figure 2022551124000384
である、実施形態１２４～１３０のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
２５９．環ＢＡが、
Figure 2022551124000385
である、実施形態１２４～１３０のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
２６０．環ＢＡが、
Figure 2022551124000386
である、実施形態１２４～１３０のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
２６１．環ＢＡが、
Figure 2022551124000387
である、実施形態１２４～１３０のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
２６２．環ＢＡが、
Figure 2022551124000388
である、実施形態１２４～１３０のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
２６３．環ＢＡが、
Figure 2022551124000389
である、実施形態１２４～１３０のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
２６４．環ＢＡが、
Figure 2022551124000390
である、実施形態１２４～１３０のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
２６５．環ＢＡが、
Figure 2022551124000391
である、実施形態１２４～１３０のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
２６６．環ＢＡが、
Figure 2022551124000392
である、実施形態１２４～１３０のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
２６７．環ＢＡが、
Figure 2022551124000393
である、実施形態１２４～１３０のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
２６８．環ＢＡが、
Figure 2022551124000394
である、実施形態１２４～１３０のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
２６９．環ＢＡが、
Figure 2022551124000395
である、実施形態１２４～１３０のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
２７０．環ＢＡが、
Figure 2022551124000396
である、実施形態１２４～１３０のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
２７１．環ＢＡが、
Figure 2022551124000397
である、実施形態１２４～１３０のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
２７２．環ＢＡが、
Figure 2022551124000398
である、実施形態１２４～１３０のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
２７３．環ＢＡが、
Figure 2022551124000399
である、実施形態１２４～１３０のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
２７４．環ＢＡが、
Figure 2022551124000400
である、実施形態１２４～１３０のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
２７５．核酸塩基が、環ＢＡ又はその互変異性体である、実施形態１２４～２７４のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
２７６．核酸塩基が、置換された環ＢＡ又はその互変異性体である、実施形態１２４～２７４のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
２７７．核酸塩基が、任意選択により置換された環ＢＡ又はその互変異性体であり、各環－ＣＨ＝、－ＣＨ２－及び－ＮＨ－が、任意選択により且つ独立して、置換される、実施形態１２４～２７４のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
２７８．核酸塩基が、任意選択により置換された環ＢＡ又はその互変異性体であり、各環－ＣＨ＝及び－ＣＨ２－が、任意選択により且つ独立して、置換される、実施形態１２４～２７４のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
２７９．核酸塩基が、任意選択により置換された環ＢＡ又はその互変異性体であり、各環－ＣＨ＝が、任意選択により且つ独立して、置換される、実施形態１２４～２７４のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
２８０．第２のドメインが、２’－Ｆではない修飾を独立して有する約１～５０個（例えば、約５、６、７、８、９、若しくは１０～約１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０、又は約５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０など、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、若しくは２０など）の修飾された糖を含む、実施形態１２４～２７９のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
２８１．第２のドメイン中の糖の約５％～１００％（例えば、約１０％～１００％、２０～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％など）が、独立して、２’－Ｆではない修飾を有する修飾された糖である、実施形態１２４～２８０のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
２８２．第２のドメイン中の糖の約５０％～１００％（例えば、約５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％など）が、独立して、２’－Ｆではない修飾を有する修飾された糖である、実施形態１２４～２８１のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
２８３．修飾された糖が、独立して、二環式糖（例えば、ＬＮＡ糖）、非環式糖（例えば、ＵＮＡ糖）、２’－ＯＲ修飾を有する糖、又は２’－Ｎ（Ｒ）２修飾を有する糖（式中、各Ｒは、独立して、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である）から選択される、実施形態１２０～２８２のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
２８４．第２のドメインが、２’－Ｆ修飾を含む１個以上（例えば、約１～２０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０など）の修飾された糖を含む、実施形態１２４～２８３のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
２８５．第２のドメインが、２’－ＯＲ修飾（式中、Ｒは、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である）を含む１個以上（例えば、約１～２０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０など）の修飾された糖を含む、実施形態１２４～２８４のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
２８６．第２のドメインが、２’－ＯＭｅ修飾を含む１個以上（例えば、約１～２０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０など）の修飾された糖を含む、実施形態１２４～２８５のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
２８７．第２のドメインが、２’－Ｎ（Ｒ）２修飾（式中、各Ｒは、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である）を含む１個以上（例えば、約１～２０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０など）の修飾された糖を含む、実施形態１２４～２８６のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
２８８．第２のドメインが、２’－ＮＨ２修飾を含む１個以上（例えば、約１～２０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０など）の修飾された糖を含む、実施形態１２４～２８７のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
２８９．第２のドメインが、１個以上（例えば、約１～２０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０など）のＬＮＡ糖を含む、実施形態１２４～２８８のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
２９０．第２のドメインが、１個以上（例えば、約１～２０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０など）の非環式糖（例えば、ＵＮＡ糖）を含む、実施形態１２４～２８９のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
２９１．第２のドメインが、２’－Ｆ修飾を含む１個以上（例えば、約１～２０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０など）の修飾された糖を含む、実施形態１２４～２９０のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
２９２．第２のドメインが、２’－ＯＨを含む１個以上（例えば、約１～２０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０など）の糖を含む、実施形態１２４～２９１のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
２９３．第２のドメインが、２個の２’－Ｈを含む１個以上（例えば、約１～２０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０など）の糖を含む、実施形態１２４～２９２のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
２９４．第２のドメインが、約１～５０個（例えば、約５、６、７、８、９、若しくは１０～約１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０、又は約５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０など、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、若しくは２０など）の修飾されたヌクレオチド間結合を含む、実施形態１２４～２９３のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
２９５．第２のドメイン中のヌクレオチド間結合の約５％～１００％（例えば、約１０％～１００％、２０～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％など）が、修飾されたヌクレオチド間結合である、実施形態１２４～２９４のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
２９６．第２のドメイン中のヌクレオチド間結合の約５０％～１００％（例えば、約５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％など）が、修飾されたヌクレオチド間結合である、実施形態１２４～２９５のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
２９７．それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合が、独立して、キラルヌクレオチド間結合である、実施形態１２４～２９６のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
２９８．それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合が、独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合又は負に荷電していないヌクレオチド間結合である、実施形態１２４～２９７のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
２９９．それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合が、独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合又は中性のヌクレオチド間結合である、実施形態１２４～２９８のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
３００．第２のドメインが、１つ以上のホスホロチオエートヌクレオチド間結合を含む、実施形態１２４～２９９のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
３０１．第２のドメインが、１、２、３、４、又は５個の負に荷電していないヌクレオチド間結合を含む、実施形態１２４～３００のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
３０２．第２のドメインの最後と最後から２番目のヌクレオシドの間のヌクレオチド間結合が、負に荷電していないヌクレオチド間結合である、実施形態１２４～３０１のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
３０３．第２のドメインの１番目と２番目のヌクレオシドの間のヌクレオチド間結合が、負に荷電していないヌクレオチド間結合である、実施形態１２４～３０２のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
３０４．第２のドメイン中の少なくとも約１～５０個（例えば、約５、６、７、８、９、若しくは１０～約１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０、又は約５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０など、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、若しくは２０など）のキラルヌクレオチド間結合が、キラル制御される、実施形態１２４～３０３のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
３０５．第２のドメイン中のキラルヌクレオチド間結合の少なくとも５％～１００％（例えば、約１０％～１００％、２０～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％など）が、キラル制御される、実施形態１２４～３０４のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
３０６．第２のドメインの最後と最後から２番目のヌクレオシドの間のヌクレオチド間結合が、キラル制御される、実施形態１２４～３０５のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
３０７．第２のドメインの１番目と２番目のヌクレオシドの間のヌクレオチド間結合が、キラル制御される、実施形態１２４～３０６のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
３０８．それぞれのキラルヌクレオチド間結合が、独立して、キラル制御されたヌクレオチド間結合である、実施形態１２４～３０７のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
３０９．第２のドメイン中の少なくとも約１～５０個（例えば、約５、６、７、８、９、若しくは１０～約１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０、又は約５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０など、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、若しくは２０など）のキラルヌクレオチド間結合が、Ｓｐである、実施形態１２４～３０８のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
３１０．第２のドメイン中のキラルヌクレオチド間結合の少なくとも５％～１００％（例えば、約１０％～１００％、２０～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％など）が、Ｓｐであるか、又は第２のドメイン中のそれぞれのキラルヌクレオチド間結合が、Ｓｐである、実施形態１２４～３０９のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
３１１．第２のドメインの１番目と２番目のヌクレオシドの間のヌクレオチド間結合が、Ｒｐである、実施形態１２４～３１０のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
３１２．第２のドメインの最後と最後から２番目のヌクレオシドの間のヌクレオチド間結合が、Ｒｐである、実施形態１２４～３１１のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
３１３．第２のドメイン中のそれぞれのヌクレオチド間結合が、独立して、修飾されたヌクレオチド間結合である、実施形態１２４～３１２のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
３１４．第２のドメインが、１つ以上の天然のリン酸結合を含む、実施形態１～３１２のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
３１５．第２のドメインが、標的核酸にＡＤＡＲタンパク質をリクルートできるか、又はそのリクルートメントを促進するか若しくはそれに寄与する、実施形態１～３１４のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
３１６．第２のドメインが、標的核酸を伴うＡＤＡＲタンパク質と相互作用できるか、又は標的核酸とＡＤＡＲタンパク質の相互作用を促進するか若しくはそれに寄与する、実施形態１～３１５のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
３１７．第２のドメインが、酵素活性を有するドメインと接触する、実施形態１～３１６のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
３１８．第２のドメインが、ＡＤＡＲ１のデアミナーゼ活性を有するドメインと接触する、実施形態１～３１７のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
３１９．第２のドメインが、ＡＤＡＲ２のデアミナーゼ活性を有するドメインと接触する、実施形態１～３１８のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
３２０．第２のドメインが、５’から３’までに第１のサブドメイン、第２のサブドメイン、及び第３のサブドメインを含むか又はそれらからなる、実施形態１～３１９のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
３２１．第２のドメインが、５’から３’までに第１のサブドメイン、第２のサブドメイン、及び第３のサブドメインからなる、実施形態１～３２０のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
３２２．第１のサブドメインが、約１～５０（例えば、約５、６、７、８、９、若しくは１０～約１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０、又は約５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０など）の長さの核酸塩基を有する、実施形態１～３２１のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
３２３．第１のサブドメインが、約１０～２０（例えば、約１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、又は２０）の長さの核酸塩基を有する、実施形態１～３２２のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
３２４．オリゴヌクレオチドが相補性に関して標的核酸とアラインメントされるとき、第１のサブドメインが、１個以上（例えば、１～１０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０など）のミスマッチを含む、実施形態１～３２３のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
３２５．オリゴヌクレオチドが相補性に関して標的核酸とアラインメントされるとき、第１のサブドメインが、２個以上のミスマッチを含む、実施形態１～３２４のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
３２６．オリゴヌクレオチドが相補性に関して標的核酸とアラインメントされるとき、第１のサブドメインが、ただ１個のミスマッチを含む、実施形態１～３２４のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
３２７．オリゴヌクレオチドが相補性に関して標的核酸とアラインメントされるとき、第１のサブドメインが、ただ２個のミスマッチを含む、実施形態１～３２４のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
３２８．オリゴヌクレオチドが相補性に関して標的核酸とアラインメントされるとき、第１のサブドメインが、１個以上（例えば、１～１０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０など）のバルジを含む、実施形態１～３２７のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
３２９．各バルジが、独立して、ワトソン－クリック又はゆらぎ対ではない１個以上の塩基対を含む、実施形態３２８のオリゴヌクレオチド。
３３０．オリゴヌクレオチドが相補性に関して標的核酸とアラインメントされるとき、第１のサブドメインが、１個以上（例えば、１～１０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０など）のゆらぎ対を含む、実施形態１～３２９のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
３３１．オリゴヌクレオチドが相補性に関して標的核酸とアラインメントされるとき、第１のサブドメインが、２個以上のゆらぎ対を含む、実施形態１～３３０のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
３３２．オリゴヌクレオチドが相補性に関して標的核酸とアラインメントされるとき、第１のサブドメインが、ただ２個のゆらぎ対を含む、実施形態１～３３１のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
３３３．第１のサブドメインが、標的核酸と完全に相補的である、実施形態１～３３２のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
３３４．第１のサブドメインが、２’－Ｆではない修飾を独立して有する約１～５０個（例えば、約５、６、７、８、９、若しくは１０～約１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０、又は約５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０など、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、若しくは２０など）の修飾された糖を含む、実施形態１～３３３のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
３３５．第１のサブドメイン中の糖の約５％～１００％（例えば、約１０％～１００％、２０～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％など）が、独立して、２’－Ｆではない修飾を有する修飾された糖である、実施形態１～３３４のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
３３６．第１のサブドメイン中の糖の約５０％～１００％（例えば、約５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％など）が、独立して、２’－Ｆではない修飾を有する修飾された糖である、実施形態１～３３５のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
３３７．第１のサブドメインが、二環式糖（例えば、ＬＮＡ）、非環式糖（例えば、ＵＮＡ糖）、２’－ＯＲ修飾を有する糖、又は２’－Ｎ（Ｒ）２修飾（式中、各Ｒは、独立して、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である）を有する糖から独立して選択される約１～５０個（例えば、約５、６、７、８、９、若しくは１０～約１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０、又は約５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０など、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、若しくは２０など）の修飾された糖を含む、実施形態３３４～３３６のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
３３８．第１のサブドメイン中の糖の約５％～１００％（例えば、約１０％～１００％、２０～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％など）が、独立して、二環式糖（例えば、ＬＮＡ糖）、非環式糖（例えば、ＵＮＡ糖）、２’－ＯＲ修飾を有する糖、又は２’－Ｎ（Ｒ）２修飾を有する糖（式中、各Ｒは、独立して、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である）から選択される修飾された糖である、実施形態３３４～３３６のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
３３９．第１のサブドメイン中の糖の約５０％～１００％（例えば、約５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％など）が、独立して、二環式糖（例えば、ＬＮＡ糖）、非環式糖（例えば、ＵＮＡ糖）、２’－ＯＲ修飾を有する糖、又は２’－Ｎ（Ｒ）２修飾を有する糖（式中、各Ｒは、独立して、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である）から選択される修飾された糖である、実施形態３３４～３３６のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
３４０．第１のサブドメインが、２’－Ｎ（Ｒ）２修飾（式中、各Ｒは、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である）を含む１個以上（例えば、約１～２０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０など）の修飾された糖を含む、実施形態１～３３９のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
３４１．第１のサブドメインが、２’－ＮＨ２修飾を含む１個以上（例えば、約１～２０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０など）の修飾された糖を含む、実施形態１～３４０のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
３４２．第１のサブドメインが、１個以上（例えば、約１～２０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０など）のＬＮＡ糖を含む、実施形態１～３４１のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
３４３．第１のサブドメインが、１個以上（例えば、約１～２０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０など）の非環式糖（例えば、ＵＮＡ糖）を含む、実施形態１～３４２のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
３４４．第１のサブドメインが、２’－Ｆ修飾を含む１個以上（例えば、約１～２０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０など）の修飾された糖を含む、実施形態１～３４３のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
３４５．第１のサブドメインが、２’－ＯＨを含む１個以上（例えば、約１～２０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０など）の糖を含む、実施形態１～３４４のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
３４６．第１のサブドメインが、２個の２’－Ｈを含む１個以上（例えば、約１～２０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０など）の糖を含む、実施形態１～３４５のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
３４７．第１のサブドメインが、２’－ＯＲ修飾（式中、Ｒは、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である）を含む１個以上（例えば、約１～２０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０など）の修飾された糖を含む、実施形態１～３４６のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
３４８．第１のサブドメインが、２’－ＯＭｅ修飾を含む１個以上（例えば、約１～２０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０など）の修飾された糖を含む、実施形態１～３４６のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
３４９．第１のサブドメイン中のそれぞれの糖が、独立して、２’－ＯＲ修飾（式中、Ｒは、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である）、又は２’－Ｏ－ＬＢ－４’修飾を含む、実施形態３２０～３３９のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
３５０．第１のサブドメイン中のそれぞれの糖が、独立して、２’－ＯＲ修飾（式中、Ｒは、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である）、又は２’－Ｏ－ＬＢ－４’修飾（式中、ＬＢは、任意選択により置換された－ＣＨ２－である）を含む、実施形態３４９のオリゴヌクレオチド。
３５１．第１のサブドメイン中のそれぞれの糖が、独立して、２’－ＯＭｅを含む、実施形態３４９のオリゴヌクレオチド。
３５２．第１のサブドメインが、約３～８の長さの核酸塩基を有する５’末端部分を含む、実施形態１～３５１のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
３５３．５’末端部分が、約３～６の長さの核酸塩基を有する、実施形態３５２のオリゴヌクレオチド。
３５４．５’末端部分が、第１のサブドメインの５’末端核酸塩基を含む、実施形態３５２又は３５３のオリゴヌクレオチド。
３５５．５’末端部分における糖の１つ以上が、独立して、修飾された糖である、実施形態３５２～３５４のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
３５６．修飾された糖が、独立して、二環式糖（例えば、ＬＮＡ糖）、非環式糖（例えば、ＵＮＡ糖）、２’－ＯＲ修飾を有する糖、又は２’－Ｎ（Ｒ）２修飾を有する糖（式中、各Ｒは、独立して、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である）から選択される、実施形態３５５のオリゴヌクレオチド。
３５７．修飾された糖のうちの１つ以上が、独立して、２’－Ｆ又は２’－ＯＲ（式中、Ｒは、独立して、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である）を含む、実施形態３５５のオリゴヌクレオチド。
３５８．修飾された糖の１つ以上が、独立して、２’－Ｆ又は２’－ＯＭｅである、実施形態３５５のオリゴヌクレオチド。
３５９．５’末端部分が、１つ以上のミスマッチを含む、実施形態３５２～３５８のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
３６０．５’末端部分が、１つ以上のゆらぎを含む、実施形態３５２～３５９のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
３６１．５’末端部分が、標的核酸に対して約６０～１００％（例えば、６６％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又はそれ以上）相補的である、実施形態３５２～３６０のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
３６２．第１のサブドメインが、約３～８の長さの核酸塩基を有する３’末端部分を含む、実施形態１～３６１のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
３６３．３’末端部分が、約１～３の長さの核酸塩基を有する、実施形態３６２のオリゴヌクレオチド。
３６４．３’末端部分が、第１のサブドメインの３’末端核酸塩基を含む、実施形態３６２又は３６３のオリゴヌクレオチド。
３６５．３’末端部分における糖の１つ以上が、独立して、修飾された糖である、実施形態３６２～３６４のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
３６６．修飾された糖が、独立して、二環式糖（例えば、ＬＮＡ糖）、非環式糖（例えば、ＵＮＡ糖）、２’－ＯＲ修飾を有する糖、又は２’－Ｎ（Ｒ）２修飾を有する糖（式中、各Ｒは、独立して、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である）から選択される、実施形態３６５のオリゴヌクレオチド。
３６７．修飾された糖の１つ以上が、独立して、２’－Ｆを含む、実施形態３６５のオリゴヌクレオチド。
３６８．どの修飾された糖も、２’－ＯＭｅを含まない、実施形態３６５～３６７のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
３６９．３’末端部分のそれぞれの糖が、独立して、２つの２’－Ｈ又は２’－Ｆ修飾を含む、実施形態３６２～３６８のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
３７０．３’末端部分が、１つ以上のミスマッチを含む、実施形態３５２～３５８のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
３７１．３’末端部分が、１つ以上のゆらぎを含む、実施形態３５２～３５９のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
３７２．３’末端部分が、標的核酸に対して約６０～１００％（例えば、６６％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又はそれ以上）相補的である、実施形態３５２～３６０のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
３７３．第１のサブドメインが、約１～５０個（例えば、約５、６、７、８、９、若しくは１０～約１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０、又は約５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０など、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、若しくは２０など）の修飾されたヌクレオチド間結合を含む、実施形態１～３７２のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
３７４．第１のサブドメイン中のヌクレオチド間結合の約５％～１００％（例えば、約１０％～１００％、２０～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％など）が、修飾されたヌクレオチド間結合である、実施形態１～３７３のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
３７５．第１のサブドメイン中のヌクレオチド間結合の約５０％～１００％（例えば、約５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％など）が、修飾されたヌクレオチド間結合である、実施形態１～３７４のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
３７６．それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合が、独立して、キラルヌクレオチド間結合である、実施形態１～３７５のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
３７７．第１のサブドメインの１番目と２番目のヌクレオシドの間のヌクレオチド間結合が、負に荷電していないヌクレオチド間結合である、実施形態１～３７６のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
３７８．それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合が、独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合又は負に荷電していないヌクレオチド間結合である、実施形態１～３７７のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
３７９．それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合が、独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合又は中性のヌクレオチド間結合である、実施形態１～３７８のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
３８０．第１のサブドメイン中の少なくとも約１～５０個（例えば、約５、６、７、８、９、若しくは１０～約１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０、又は約５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０など、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、若しくは２０など）のキラルヌクレオチド間結合が、キラル制御される、実施形態１～３７９のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
３８１．第１のサブドメイン中のキラルヌクレオチド間結合の少なくとも５％～１００％（例えば、約１０％～１００％、２０～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％など）が、キラル制御される、実施形態１～３８０のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
３８２．第１のサブドメインの１番目と２番目のヌクレオシドの間のヌクレオチド間結合が、キラル制御される、実施形態１～３８１のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
３８３．それぞれのキラルヌクレオチド間結合が、独立して、キラル制御されたヌクレオチド間結合である、実施形態１～３８２のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
３８４．第１のサブドメイン中の少なくとも約１～５０個（例えば、約５、６、７、８、９、若しくは１０～約１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０、又は約５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０など、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、若しくは２０など）のキラルヌクレオチド間結合が、Ｓｐである、実施形態１～３８３のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
３８５．第１のサブドメイン中のキラルヌクレオチド間結合の少なくとも５％～１００％（例えば、約１０％～１００％、２０～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％など）が、Ｓｐである、実施形態１～３８４のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
３８６．第１のサブドメイン中のそれぞれのキラルヌクレオチド間結合が、Ｓｐである、実施形態１～３８５のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
３８７．第１のサブドメインの１番目と２番目のヌクレオシドの間のヌクレオチド間結合が、Ｒｐである、実施形態１～３８６のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
３８８．第１のドメイン中のそれぞれのヌクレオチド間結合が、独立して、修飾されたヌクレオチド間結合である、実施形態１～３８７のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
３８９．第１のサブドメインが、１つ以上の天然のリン酸結合を含む、実施形態１～３８７のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
３９０．第１のサブドメインが、標的核酸にＡＤＡＲタンパク質をリクルートできるか、又はそのリクルートメントを促進するか若しくはそれに寄与する、実施形態１～３８９のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
３９１．第１のサブドメインが、標的核酸を伴うＡＤＡＲタンパク質と相互作用できるか、又は標的核酸とＡＤＡＲタンパク質の相互作用を促進するか若しくはそれに寄与する、実施形態１～３９０のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
３９２．第１のサブドメインが、酵素活性を有するドメインと接触する、実施形態１～３９１のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
３９３．第１のサブドメインが、ＡＤＡＲ１のデアミナーゼ活性を有するドメインと接触する、実施形態１～３９２のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
３９４．第１のサブドメインが、ＡＤＡＲ２のデアミナーゼ活性を有するドメインと接触する、実施形態１～３９３のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
３９５．第２のサブドメインが、約１～１０（例えば、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０）の長さの核酸塩基を有する、実施形態１～３９４のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
３９６．第２のサブドメインが、約１～５（例えば、約１、２、３、４、又は５）の長さの核酸塩基を有する、実施形態１～３９５のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
３９７．第２のサブドメインが、約１、２、又は３の長さの核酸塩基を有する、実施形態１～３９６のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
３９８．第２のサブドメインが、３の長さの核酸塩基を有する、実施形態１～３９７のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
３９９．第２のサブドメインが、標的アデノシンの反対側のヌクレオシドを含む、実施形態１～３９８のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
４００．第２のドメインが、標的アデノシンの反対側のただ１個のヌクレオシドを含む、実施形態１～３９９のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
４０１．オリゴヌクレオチドが相補性に関して標的核酸とアラインメントされるとき、第２のサブドメインが、１個以上（例えば、１～１０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０など）のミスマッチを含む、実施形態１～４００のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
４０２．オリゴヌクレオチドが相補性に関して標的核酸とアラインメントされるとき、第２のサブドメインが、２個以上のミスマッチを含む、実施形態１～４０１のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
４０３．オリゴヌクレオチドが相補性に関して標的核酸とアラインメントされるとき、第２のサブドメインが、ただ１個のミスマッチを含む、実施形態１～４０１のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
４０４．オリゴヌクレオチドが相補性に関して標的核酸とアラインメントされるとき、第２のサブドメインが、ただ２個のミスマッチを含む、実施形態１～４０１のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
４０５．オリゴヌクレオチドが相補性に関して標的核酸とアラインメントされるとき、第２のサブドメインが、１個以上（例えば、１～１０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０など）のバルジを含む、実施形態１～４０４のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
４０６．各バルジが、独立して、ワトソン－クリック又はゆらぎ対ではない１個以上の塩基対を含む、実施形態４０５のオリゴヌクレオチド。
４０７．オリゴヌクレオチドが相補性に関して標的核酸とアラインメントされるとき、第２のサブドメインが、１個以上（例えば、１～１０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０など）のゆらぎ対を含む、実施形態１～４０６のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
４０８．オリゴヌクレオチドが相補性に関して標的核酸とアラインメントされるとき、第２のサブドメインが、２個以上のゆらぎ対を含む、実施形態１～４０７のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
４０９．オリゴヌクレオチドが相補性に関して標的核酸とアラインメントされるとき、第２のサブドメインが、ただ２個のゆらぎ対を含む、実施形態１～４０８のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
４１０．第２のサブドメインが、標的核酸と完全に相補的である、実施形態１～４００のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
４１１．第２のサブドメインが、２つの２’－Ｈを含む１つ以上の糖（例えば、天然のＤＮＡ糖）を含む、実施形態１～４１０のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
４１２．第２のサブドメインが、２’－ＯＨを含む１つ以上の糖（例えば、天然のＲＮＡ糖）を含む、実施形態１～４１１のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
４１３．第２のサブドメインが、約１～１０個（例えば、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０）の修飾された糖を含む、実施形態１～４１２のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
４１４．それぞれの修飾された糖が、独立して、二環式糖（例えば、ＬＮＡ糖）、非環式糖（例えば、ＵＮＡ糖）、２’－ＯＲ修飾を有する糖、又は２’－Ｎ（Ｒ）２修飾を有する糖（式中、各Ｒは、独立して、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である）から選択される、実施形態４１３のオリゴヌクレオチド。
４１５．第２のサブドメインが、２’－ＯＭｅ修飾を含む修飾された糖を含まない、実施形態１～４１４のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
４１６．第２のサブドメインが、２’－ＯＲ修飾（式中、Ｒは、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である）を含む修飾された糖を含まない、実施形態１～４１５のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
４１７．それぞれの２’－修飾された糖が、２’－Ｆ修飾を含む糖である、実施形態４１３のオリゴヌクレオチド。
４１８．反対側のヌクレオシドの糖が、非環式糖（例えば、ＵＮＡ糖）である、実施形態１～４１６のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
４１９．反対側のヌクレオシドの糖が、２つの２’－Ｈを含む、実施形態１～４１６のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
４２０．反対側のヌクレオシドの糖が、２’－ＯＨを含む、実施形態１～４１６のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
４２１．反対側のヌクレオシドの糖が、天然のＤＮＡ糖である、実施形態１～４１６のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
４２２．反対側のヌクレオシドの糖が、修飾される、実施形態１～４１６のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
４２３．反対側のヌクレオシドの糖が、２’－Ｆを含む、実施形態１～４１６のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
４２４．反対側のヌクレオシドの５’側の隣のヌクレオシドの糖（５’－．．．Ｎ１Ｎ０．．．３’におけるＮ１の糖、標的とアラインメントされるとき、Ｎ０は、標的アデノシンの反対側にある）が、２つの２’－Ｈを含む、実施形態１～４２３のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
４２５．反対側のヌクレオシドの５’側の隣のヌクレオシドの糖（５’－．．．Ｎ１Ｎ０．．．３’におけるＮ１の糖、標的とアラインメントされるとき、Ｎ０は、標的アデノシンの反対側にある）が、２’－ＯＨを含む、実施形態１～４２４のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
４２６．反対側のヌクレオシドの５’側の隣のヌクレオシドの糖（５’－．．．Ｎ１Ｎ０．．．３’におけるＮ１の糖、標的とアラインメントされるとき、Ｎ０は、標的アデノシンの反対側にある）が、天然のＤＮＡ糖である、実施形態１～４２５のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
４２７．反対側のヌクレオシドの５’側の隣のヌクレオシドの糖（５’－．．．Ｎ１Ｎ０．．．３’におけるＮ１の糖、標的とアラインメントされるとき、Ｎ０は、標的アデノシンの反対側にある）が、２’－Ｆを含む、実施形態１～４２６のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
４２８．反対側のヌクレオシドの３’側の隣のヌクレオシドの糖（５’－．．．Ｎ０Ｎ－１．．．３’におけるＮ－１の糖、標的とアラインメントされるとき、Ｎ０は、標的アデノシンの反対側にある）が、２つの２’－Ｈを含む、実施形態１～４２７のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
４２９．反対側のヌクレオシドの３’側の隣のヌクレオシドの糖（５’－．．．Ｎ０Ｎ－１．．．３’におけるＮ－１の糖、標的とアラインメントされるとき、Ｎ０は、標的アデノシンの反対側にある）が、２’－ＯＨを含む、実施形態１～４２８のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
４３０．反対側のヌクレオシドの３’側の隣のヌクレオシドの糖（５’－．．．Ｎ０Ｎ－１．．．３’におけるＮ－１の糖、標的とアラインメントされるとき、Ｎ０は、標的アデノシンの反対側にある）が、天然のＤＮＡ糖である、実施形態１～４２９のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
４３１．反対側のヌクレオシドの３’側の隣のヌクレオシドの糖（５’－．．．Ｎ０Ｎ－１．．．３’におけるＮ－１の糖、標的とアラインメントされるとき、Ｎ０は、標的アデノシンの反対側にある）が、２’－Ｆを含む、実施形態１～４３０のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
４３２．反対側のヌクレオシドの糖、反対側のヌクレオシドの５’側の隣のヌクレオシドの糖（５’－．．．Ｎ１Ｎ０．．．３’におけるＮ１の糖、標的とアラインメントされるとき、Ｎ０は、標的アデノシンの反対側にある）、及び反対側のヌクレオシドの３’側の隣のヌクレオシドの糖（５’－．．．Ｎ０Ｎ－１．．．３’におけるＮ－１の糖、標的とアラインメントされるとき、Ｎ０は、標的アデノシンの反対側にある）の各々が、独立して、天然のＤＮＡ糖である、実施形態１～４１６のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
４３３．反対側のヌクレオシドの糖が、天然のＤＮＡ糖であり、反対側のヌクレオシドの５’側の隣のヌクレオシドの糖（５’－．．．Ｎ１Ｎ０．．．３’におけるＮ１の糖、標的とアラインメントされるとき、Ｎ０は、標的アデノシンの反対側にある）が、２’－Ｆ修飾された糖であり、且つ反対側のヌクレオシドの３’側の隣のヌクレオシドの糖（５’－．．．Ｎ０Ｎ－１．．．３’におけるＮ－１の糖、標的とアラインメントされるとき、Ｎ０は、標的アデノシンの反対側にある）が、天然のＤＮＡ糖である、実施形態１～４１６のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
４３４．第２のサブドメインが、反対側のヌクレオシドの５’側に連結された５’末端部分を含む、実施形態１～４３３のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
４３５．５’末端部分が、相補性に関して標的核酸とアラインメントされるとき、１つ以上のミスマッチ又はゆらぎを含む、実施形態４３１のオリゴヌクレオチド。
４３６．５’末端部分が、１、２又は３の長さの核酸塩基を有する、実施形態４３１又は４３５のオリゴヌクレオチド。
４３７．５’末端部分の糖が、２つの２’－Ｈを有する糖（例えば、天然のＤＮＡ糖）及び２’－Ｆ修飾された糖から選択される、実施形態４３１～４３６のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
４３８．第２のサブドメインが、反対側のヌクレオシドの３’側に連結された３’末端部分を含む、実施形態１～４３７のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
４３９．３’末端部分が、相補性に関して標的核酸とアラインメントされるとき、１つ以上のミスマッチ又はゆらぎを含む、実施形態４３８のオリゴヌクレオチド。
４４０．３’末端部分が、相補性に関して標的核酸とアラインメントされるとき、１つ以上のミスマッチ及び／又はゆらぎを含む、実施形態４３８のオリゴヌクレオチド。
４４１．３’末端部分が、相補性に関して標的核酸とアラインメントされるとき、１つ以上のゆらぎを含む、実施形態４３８のオリゴヌクレオチド。
４４２．３’末端部分が、Ｉ又はその誘導体を含む、実施形態４３８のオリゴヌクレオチド。
４４３．３’末端部分が、相補性に関して標的核酸とアラインメントされるとき、Ｉ及びＩ－Ｃゆらぎを含む、実施形態４３８のオリゴヌクレオチド。
４４４．３’末端部分が、１、２又は３の長さの核酸塩基を有する、実施形態４３８～４４３のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
４４５．３’末端部分の糖が、２つの２’－Ｈを有する糖（例えば、天然のＤＮＡ糖）及び２’－Ｆ修飾された糖から選択される、実施形態４３８～４４４のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
４４６．３’末端部分の糖が、２つの２’－Ｈを有する糖（例えば、天然のＤＮＡ糖）である、実施形態４３８～４４４のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
４４７．第２のサブドメインが、約１～１０個（例えば、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、又は２０など）の修飾されたヌクレオチド間結合を含む、実施形態１～４４６のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
４４８．第２のサブドメイン中のヌクレオチド間結合の約５％～１００％（例えば、約１０％～１００％、２０～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％など）が、修飾されたヌクレオチド間結合である、実施形態１～４４７のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
４４９．第２のサブドメイン中のヌクレオチド間結合の約５０％～１００％（例えば、約５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％など）が、修飾されたヌクレオチド間結合である、実施形態１～４４８のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
４５０．第２のサブドメイン中のそれぞれのヌクレオチド間結合が、独立して、キラルヌクレオチド間結合である、実施形態１～４４９のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
４５１．第２のサブドメイン中のそれぞれの修飾されたヌクレオチド間結合が、独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合又は負に荷電していないヌクレオチド間結合である、実施形態１～４５０のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
４５２．第２のサブドメイン中のそれぞれの修飾されたヌクレオチド間結合が、独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合又は中性のヌクレオチド間結合である、実施形態１～４５１のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
４５３．第２のサブドメイン中の少なくとも約１～５０個（例えば、約５、６、７、８、９、若しくは１０～約１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０、又は約５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０など、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、若しくは２０など）のキラルヌクレオチド間結合が、キラル制御される、実施形態１～４５２のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
４５４．第２のサブドメイン中のキラルヌクレオチド間結合の少なくとも５％～１００％（例えば、約１０％～１００％、２０～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％など）が、キラル制御される、実施形態１～４５３のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
４５５．第２のサブドメイン中のそれぞれのキラルヌクレオチド間結合が、独立して、キラル制御されたヌクレオチド間結合である、実施形態１～４５４のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
４５６．第２のサブドメイン中の少なくとも約１～５０個（例えば、約５、６、７、８、９、若しくは１０～約１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０、又は約５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０など、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、若しくは２０など）のキラルヌクレオチド間結合が、Ｓｐである、実施形態１～４５５のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
４５７．第２のサブドメイン中の少なくとも約１～５０個（例えば、約５、６、７、８、９、若しくは１０～約１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０、又は約５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０など、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、若しくは２０など）のキラルヌクレオチド間結合が、Ｒｐである、実施形態１～４５６のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
４５８．第２のサブドメイン中のキラルヌクレオチド間結合の少なくとも５％～１００％（例えば、約１０％～１００％、２０～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％など）が、Ｓｐである、実施形態１～４５７のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
４５９．第２のサブドメイン中のそれぞれのキラルヌクレオチド間結合が、Ｓｐである、実施形態１～４５８のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
４６０．第２のサブドメイン中のそれぞれのヌクレオチド間結合が、独立して、修飾されたヌクレオチド間結合である、実施形態１～４５９のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
４６１．第２のサブドメインが、１つ以上の天然のリン酸結合を含む、実施形態１～４５９のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
４６２．反対側のヌクレオシドが、天然のリン酸結合を介してその５’側のすぐ隣のヌクレオシドに連結される、実施形態１～４５９のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
４６３．反対側のヌクレオシドが、修飾されたヌクレオチド間結合を介してその５’側のすぐ隣のヌクレオシドに連結される、実施形態１～４６１のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
４６４．反対側のヌクレオシドが、修飾されたヌクレオチド間結合を介してその３’側のすぐ隣のヌクレオシドに連結される、実施形態１～４６３のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
４６５．反対側のヌクレオシド（位置０）の３’側のすぐ隣のヌクレオシド（位置－１）が、修飾されたヌクレオチド間結合を介してその３’側のすぐ隣のヌクレオシド（位置－２）に連結される、実施形態１～４６４のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
４６６．修飾されたヌクレオチド間結合が、キラルヌクレオチド間結合である、実施形態４６３～４６５のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
４６７．修飾されたヌクレオチド間結合が、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である、実施形態４６３～４６６のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
４６８．修飾されたヌクレオチド間結合が、負に荷電していないヌクレオチド間結合である、実施形態４６３～４６６のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
４６９．修飾されたヌクレオチド間結合が、中性荷電のヌクレオチド間結合である、実施形態４６３～４６６のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
４７０．キラルヌクレオチド間結合が、キラル制御される、実施形態４６６～４６９のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
４７１．キラルヌクレオチド間結合が、Ｒｐである、実施形態４６６～４７０のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
４７２．キラルヌクレオチド間結合が、Ｓｐである、実施形態４６６～４７０のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
４７３．５’側のすぐ隣のヌクレオシドが、修飾された糖を含む、実施形態４６２～４７２のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
４７４．５’側のすぐ隣のヌクレオシドが、２’－Ｆ修飾を含む修飾された糖を含む、実施形態４６２～４７２のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
４７５．５’側のすぐ隣のヌクレオシドが、２つの２’－Ｈを含む糖（例えば、天然のＤＮＡ糖）を含む、実施形態４６２～４７２のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
４７６．反対側のヌクレオシドが、天然のリン酸結合を介してその３’側のすぐ隣のヌクレオシドに連結される、実施形態１～４５９及び４６１～４７５のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
４７７．反対側のヌクレオシドが、修飾されたヌクレオチド間結合を介してその３’側のすぐ隣のヌクレオシドに連結される、実施形態１～４５９及び４６１～４７５のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
４７８．修飾されたヌクレオチド間結合が、キラルヌクレオチド間結合である、実施形態４７７のオリゴヌクレオチド。
４７９．修飾されたヌクレオチド間結合が、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である、実施形態４７７又は４７８のオリゴヌクレオチド。
４８０．修飾されたヌクレオチド間結合が、負に荷電していないヌクレオチド間結合である、実施形態４７７又は４７８のオリゴヌクレオチド。
４８１．修飾されたヌクレオチド間結合が、中性荷電のヌクレオチド間結合である、実施形態４７７又は４７８のオリゴヌクレオチド。
４８２．キラルヌクレオチド間結合が、キラル制御される、実施形態４７８～４８１のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
４８３．キラルヌクレオチド間結合が、Ｒｐである、実施形態４７８～４８２のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
４８４．キラルヌクレオチド間結合が、Ｓｐである、実施形態４７８～４８２のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
４８５．３’側のすぐ隣のヌクレオシドが、修飾された糖を含む、実施形態１～４８４のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
４８６．３’側のすぐ隣のヌクレオシドが、２’－Ｆ修飾を含む修飾された糖を含む、実施形態４８４のオリゴヌクレオチド。
４８７．３’側のすぐ隣のヌクレオシドが、２つの２’－Ｈを含む糖（例えば、天然のＤＮＡ糖）を含む、実施形態４８４のオリゴヌクレオチド。
４８８．３’側のすぐ隣のヌクレオシドが、Ｇではない塩基を含む、実施形態１～４８７のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
４８９．３’側のすぐ隣のヌクレオシドが、Ｇより立体的ではない塩基を含む、実施形態１～４８８のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
４９０．３’側のすぐ隣のヌクレオシドが、式ＢＡ－ＶＩの構造を有する環ＢＡであるか又はそれを含む核酸塩基を含む、実施形態１～４８９のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
４９１．環ＢＡが、実施形態２１３～２７９のいずれか１つの環ＢＡである、実施形態４８８～４９０のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
４９２．核酸塩基が、
Figure 2022551124000401
である、実施形態４８８～４９１のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
４９３．核酸塩基が、
Figure 2022551124000402
である、実施形態４８８～４９１のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
４９４．核酸塩基が、ヒポキサンチンである、実施形態４８８～４９１のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
４９５．標的核酸が、５’－ＣＡ－３’（式中、Ａは、標的アデノシンである）を含む、実施形態１～４９４のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
４９６．５’側のすぐ隣のヌクレオシドにおける糖が、
Figure 2022551124000403
であるか又はそれを含む、実施形態１～４９５のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
４９７．５’側のすぐ隣のヌクレオシドにおける糖が、
Figure 2022551124000404
であるか又はそれを含む、実施形態１～４９５のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
４９８．５’側のすぐ隣のヌクレオシドにおける糖が、
Figure 2022551124000405
であるか又はそれを含む、実施形態１～４９５のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
４９９．標的ヌクレオシドの反対側のヌクレオシドにおける糖が、
Figure 2022551124000406
であるか又はそれを含む、実施形態１～４９８のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
５００．標的ヌクレオシドの反対側のヌクレオシドにおける糖が、
Figure 2022551124000407
であるか又はそれを含む、実施形態１～４９８のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
５０１．標的ヌクレオシドの反対側のヌクレオシドにおける糖が、
Figure 2022551124000408
であるか又はそれを含む、実施形態１～４９８のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
５０２．３’側のすぐ隣のヌクレオシドにおける糖が、
Figure 2022551124000409
であるか又はそれを含む、実施形態１～５０１のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
５０３．３’側のすぐ隣のヌクレオシドにおける糖が、
Figure 2022551124000410
であるか又はそれを含む、実施形態１～５０１のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
５０４．３’側のすぐ隣のヌクレオシドにおける糖が、
Figure 2022551124000411
であるか又はそれを含む、実施形態１～５０１のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
５０５．第２のサブドメインが、標的核酸にＡＤＡＲタンパク質をリクルートできるか、又はそのリクルートメントを促進するか若しくはそれに寄与する、実施形態１～５０４のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
５０６．第２のサブドメインが、標的核酸を伴うＡＤＡＲタンパク質と相互作用できるか、又は標的核酸とＡＤＡＲタンパク質の相互作用を促進するか若しくはそれに寄与する、実施形態１～５０５のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
５０７．第２のサブドメインが、酵素活性を有するドメインと接触する、実施形態１～５０６のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
５０８．第２のサブドメインが、ＡＤＡＲ１のデアミナーゼ活性を有するドメインと接触する、実施形態１～５０７のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
５０９．第２のサブドメインが、ＡＤＡＲ２のデアミナーゼ活性を有するドメインと接触する、実施形態１～５０８のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
５１０．第３のサブドメインが、約１～５０（例えば、約５、６、７、８、９、若しくは１０～約１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０、又は約５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０など）の長さの核酸塩基を有する、実施形態１～５０９のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
５１１．第３のサブドメインが、約１～１０（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０）の長さの核酸塩基を有する、実施形態１～５１０のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
５１２．オリゴヌクレオチドが相補性に関して標的核酸とアラインメントされるとき、第３のサブドメインが、１個以上（例えば、１～１０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０など）のミスマッチを含む、実施形態１～５１１のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
５１３．オリゴヌクレオチドが相補性に関して標的核酸とアラインメントされるとき、第３のサブドメインが、２個以上のミスマッチを含む、実施形態１～５１２のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
５１４．オリゴヌクレオチドが相補性に関して標的核酸とアラインメントされるとき、第３のサブドメインが、ただ１個のミスマッチを含む、実施形態１～５１２のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
５１５．オリゴヌクレオチドが相補性に関して標的核酸とアラインメントされるとき、第３のサブドメインが、ただ２個のミスマッチを含む、実施形態１～５１２のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
５１６．オリゴヌクレオチドが相補性に関して標的核酸とアラインメントされるとき、第３のサブドメインが、１個以上（例えば、１～１０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０など）のバルジを含む、実施形態１～５１５のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
５１７．各バルジが、独立して、ワトソン－クリック又はゆらぎ対ではない１個以上の塩基対を含む、実施形態５１６のオリゴヌクレオチド。
５１８．オリゴヌクレオチドが相補性に関して標的核酸とアラインメントされるとき、第３のサブドメインが、１個以上（例えば、１～１０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０など）のゆらぎ対を含む、実施形態１～５１７のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
５１９．オリゴヌクレオチドが相補性に関して標的核酸とアラインメントされるとき、第３のサブドメインが、２個以上のゆらぎ対を含む、実施形態１～５１８のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
５２０．オリゴヌクレオチドが相補性に関して標的核酸とアラインメントされるとき、第３のサブドメインが、ただ２個のゆらぎ対を含む、実施形態１～５１９のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
５２１．第３のサブドメインが、標的核酸と完全に相補的である、実施形態１～５１１のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
５２２．第３のサブドメインが、２’－Ｆではない修飾を独立して有する約１～５０個（例えば、約５、６、７、８、９、若しくは１０～約１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０、又は約５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０など、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、若しくは２０など）の修飾された糖を含む、実施形態１～５２１のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
５２３．第３のサブドメイン中の糖の約５％～１００％（例えば、約１０％～１００％、２０～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％など）が、独立して、２’－Ｆではない修飾を有する修飾された糖である、実施形態１～５２２のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
５２４．第３のサブドメイン中の糖の約５０％～１００％（例えば、約５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％など）が、独立して、２’－Ｆではない修飾を有する修飾された糖である、実施形態１～５２３のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
５２５．第３のサブドメインが、二環式糖（例えば、ＬＮＡ）、非環式糖（例えば、ＵＮＡ糖）、２’－ＯＲ修飾を有する糖、又は２’－Ｎ（Ｒ）２修飾（式中、各Ｒは、独立して、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である）を有する糖から独立して選択される約１～５０個（例えば、約５、６、７、８、９、若しくは１０～約１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０、又は約５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０など、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、若しくは２０など）の修飾された糖を含む、実施形態１～５２４のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
５２６．第３のサブドメイン中の糖の約５％～１００％（例えば、約１０％～１００％、２０～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％など）が、独立して、二環式糖（例えば、ＬＮＡ糖）、非環式糖（例えば、ＵＮＡ糖）、２’－ＯＲ修飾を有する糖、又は２’－Ｎ（Ｒ）２修飾を有する糖（式中、各Ｒは、独立して、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である）から選択される修飾された糖である、実施形態１～５２５のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
５２７．第３のサブドメイン中の糖の約５０％～１００％（例えば、約５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％など）が、独立して、二環式糖（例えば、ＬＮＡ糖）、非環式糖（例えば、ＵＮＡ糖）、２’－ＯＲ修飾を有する糖、又は２’－Ｎ（Ｒ）２修飾を有する糖（式中、各Ｒは、独立して、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である）から選択される修飾された糖である、実施形態１～５２６のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
５２８．第３のサブドメインが、２’－Ｎ（Ｒ）２修飾（式中、各Ｒは、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である）を含む１個以上（例えば、約１～２０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０など）の修飾された糖を含む、実施形態１～５２７のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
５２９．第３のサブドメインが、２’－ＮＨ２修飾を含む１個以上（例えば、約１～２０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０など）の修飾された糖を含む、実施形態１～５２８のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
５３０．第３のサブドメインが、１個以上（例えば、約１～２０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０など）のＬＮＡ糖を含む、実施形態１～５２９のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
５３１．第３のサブドメインが、１個以上（例えば、約１～２０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０など）の非環式糖（例えば、ＵＮＡ糖）を含む、実施形態１～５３０のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
５３２．第３のサブドメインが、２’－Ｆ修飾を含む１個以上（例えば、約１～２０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０など）の修飾された糖を含む、実施形態１～５３１のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
５３３．第３のサブドメインが、２’－ＯＨを含む１個以上（例えば、約１～２０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０など）の糖を含む、実施形態１～５３２のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
５３４．第３のサブドメインが、２個の２’－Ｈを含む１個以上（例えば、約１～２０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０など）の糖を含む、実施形態１～５３３のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
５３５．第３のサブドメインが、２’－ＯＲ修飾（式中、Ｒは、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である）を含む１個以上（例えば、約１～２０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０など）の修飾された糖を含む、実施形態１～５３４のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
５３６．第３のサブドメインが、２’－ＯＭｅ修飾を含む１個以上（例えば、約１～２０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０など）の修飾された糖を含む、実施形態１～５３５のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
５３７．第３のサブドメイン中のそれぞれの糖が、独立して、２’－ＯＲ修飾（式中、Ｒは、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である）、又は２’－Ｏ－ＬＢ－４’修飾を含む、実施形態１～５２７のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
５３８．第３のサブドメイン中のそれぞれの糖が、独立して、２’－ＯＲ修飾（式中、Ｒは、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である）、又は２’－Ｏ－ＬＢ－４’修飾（式中、ＬＢは、任意選択により置換された－ＣＨ２－である）を含む、実施形態５３７のオリゴヌクレオチド。
５３９．第３のサブドメイン中のそれぞれの糖が、独立して、２’－ＯＭｅを含む、実施形態５３７のオリゴヌクレオチド。
５４０．第３のサブドメインが、約１～８の長さの核酸塩基を有する５’末端部分を含む、実施形態１～５３９のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
５４１．５’末端部分が、約１、２、又は３の長さの核酸塩基を有する、実施形態５４０のオリゴヌクレオチド。
５４２．５’末端部分が、第２のサブドメインに結合される、実施形態５４０又は５４１のオリゴヌクレオチド。
５４３．５’末端部分における糖の１つ以上が、独立して、修飾された糖である、実施形態５４０～５４２のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
５４４．修飾された糖が、独立して、二環式糖（例えば、ＬＮＡ糖）、非環式糖（例えば、ＵＮＡ糖）、２’－ＯＲ修飾を有する糖、又は２’－Ｎ（Ｒ）２修飾を有する糖（式中、各Ｒは、独立して、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である）から選択される、実施形態５４３のオリゴヌクレオチド。
５４５．修飾された糖の１つ以上が、独立して、２’－Ｆを含む、実施形態５４３のオリゴヌクレオチド。
５４６．５’末端部分の１つ以上の糖が、独立して、２つの２’－Ｈ（例えば、天然のＤＮＡ糖）を含む、実施形態５４０～５４２のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
５４７．５’末端部分の１つ以上の糖が、独立して、２’－ＯＨ（例えば、天然のＲＮＡ糖）を含む、実施形態５４０～５４６のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
５４８．５’末端部分の糖が、独立して、２つの２’－Ｈ（例えば、天然のＤＮＡ糖）又は２’－ＯＨ（例えば、天然のＲＮＡ糖）を含む、実施形態５４０～５４２のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
５４９．５’末端部分の糖が、独立して、天然のＤＮＡ糖又はＲＮＡ糖である、実施形態５４０～５４２のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
５５０．５’末端部分が、１つ以上のミスマッチを含む、実施形態５４０～５４９のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
５５１．５’末端部分が、１つ以上のゆらぎを含む、実施形態５４０～５５０のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
５５２．５’末端部分が、標的核酸に対して約６０～１００％（例えば、６６％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又はそれ以上）相補的である、実施形態５４０～５５１のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
５５３．第３のサブドメインが、約１～８の長さの核酸塩基を有する３’末端部分を含む、実施形態１～５５２のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
５５４．３’末端部分が、約１、２、３、又は４の長さの核酸塩基を有する、実施形態５５３のオリゴヌクレオチド。
５５５．３’末端部分が、第３のサブドメインの３’末端核酸塩基を含む、実施形態５５３又は５５４のオリゴヌクレオチド。
５５６．３’末端部分における糖の１つ以上が、独立して、修飾された糖である、実施形態５５３～５５５のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
５５７．修飾された糖が、独立して、二環式糖（例えば、ＬＮＡ糖）、非環式糖（例えば、ＵＮＡ糖）、２’－ＯＲ修飾を有する糖、又は２’－Ｎ（Ｒ）２修飾を有する糖（式中、各Ｒは、独立して、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である）から選択される、実施形態５５６のオリゴヌクレオチド。
５５８．１つ以上の修飾された糖が、独立して、２’－Ｆを含む、実施形態５５６～５５７のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
５５９．第３のサブドメインにおける少なくとも２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、５０％、６０％、７０％、７５％、８０％、９０％、又は９５％の糖が、独立して、２’－Ｆを含む、実施形態５５６～５５７のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
５６０．３’末端部分中の１つ以上の糖が、独立して、２’－ＯＲ修飾（式中、Ｒは、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である）、又は２’－Ｏ－ＬＢ－４’修飾を含む、実施形態５５６～５５９のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
５６１．３’末端部分中のそれぞれの糖が、独立して、２’－ＯＲ修飾（式中、Ｒは、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族である）、又は２’－Ｏ－ＬＢ－４’修飾を含む、実施形態５６０のオリゴヌクレオチド。
５６２．ＬＢが、任意選択により置換された－ＣＨ２－である、実施形態５６０～５６１のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
５６３．ＬＢが、－ＣＨ２－である、実施形態５６０～５６１のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
５６４．３’末端部分中のそれぞれの糖が、独立して、２’－ＯＭｅを含む、実施形態５６０のオリゴヌクレオチド。
５６５．３’末端部分が、１つ以上のミスマッチを含む、実施形態５５３～５６４のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
５６６．３’末端部分が、１つ以上のゆらぎを含む、実施形態５５３～５６５のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
５６７．３’末端部分が、標的核酸に対して約６０～１００％（例えば、６６％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又はそれ以上）相補的である、実施形態５５３～５６６のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
５６８．第３のサブドメインが、約１～５０個（例えば、約５、６、７、８、９、若しくは１０～約１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０、又は約５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０など、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、若しくは２０など）の修飾されたヌクレオチド間結合を含む、実施形態１～５６７のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
５６９．第３のサブドメイン中のヌクレオチド間結合の約５％～１００％（例えば、約１０％～１００％、２０～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％など）が、修飾されたヌクレオチド間結合である、実施形態１～５６８のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
５７０．第３のサブドメイン中のヌクレオチド間結合の約５０％～１００％（例えば、約５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％など）が、修飾されたヌクレオチド間結合である、実施形態１～５６９のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
５７１．それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合が、独立して、キラルヌクレオチド間結合である、実施形態１～５７０のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
５７２．第３のサブドメインの最後と最後から２番目のヌクレオシドの間のヌクレオチド間結合が、負に荷電していないヌクレオチド間結合である、実施形態１～５７１のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
５７３．それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合が、独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合又は負に荷電していないヌクレオチド間結合である、実施形態１～５７２のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
５７４．それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合が、独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合又は中性のヌクレオチド間結合である、実施形態１～５７３のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
５７５．第３のサブドメイン中の少なくとも約１～５０個（例えば、約５、６、７、８、９、若しくは１０～約１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０、又は約５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０など、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、若しくは２０など）のキラルヌクレオチド間結合が、キラル制御される、実施形態１～５７４のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
５７６．第３のサブドメイン中のキラルヌクレオチド間結合の少なくとも５％～１００％（例えば、約１０％～１００％、２０～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％など）が、キラル制御される、実施形態１～５７５のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
５７７．第３のサブドメインの最後と最後から２番目のヌクレオシドの間のヌクレオチド間結合が、キラル制御される、実施形態１～５７６のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
５７８．それぞれのキラルヌクレオチド間結合が、独立して、キラル制御されたヌクレオチド間結合である、実施形態１～５７７のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
５７９．第３のサブドメイン中の少なくとも約１～５０個（例えば、約５、６、７、８、９、若しくは１０～約１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０、又は約５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０若しくは５０など、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、若しくは２０など）のキラルヌクレオチド間結合が、Ｓｐである、実施形態１～５７８のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
５８０．第３のサブドメイン中のキラルヌクレオチド間結合の少なくとも５％～１００％（例えば、約１０％～１００％、２０～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％など）が、Ｓｐである、実施形態１～５７９のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
５８１．第３のサブドメイン中のそれぞれのキラルヌクレオチド間結合が、Ｓｐである、実施形態１～５８０のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
５８２．第３のサブドメインの最後と最後から２番目のヌクレオシドの間のヌクレオチド間結合が、Ｒｐである、実施形態１～５８０のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
５８３．第２のサブドメインの最後のヌクレオシドと第３のサブドメインの最初のヌクレオシドを連結するヌクレオチド間結合が、負に荷電していないヌクレオチド間結合である、実施形態１～５８２のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
５８４．位置－２のヌクレオチド間結合が、負に荷電していないヌクレオチド間結合である、実施形態１～５８３のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
５８５．負に荷電していないヌクレオチド間結合が、キラル制御される、実施形態５８３～５８４のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
５８６．負に荷電していないヌクレオチド間結合が、Ｒｐである、実施形態５８５のオリゴヌクレオチド。
５８７．負に荷電していないヌクレオチド間結合が、Ｓｐである、実施形態５８５のオリゴヌクレオチド。
５８８．第３のサブドメイン中のそれぞれのヌクレオチド間結合が、独立して、修飾されたヌクレオチド間結合である、実施形態１～５８７のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
５８９．第３のサブドメインが、１つ以上の天然のリン酸結合を含む、実施形態１～５８７のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
５９０．第３のサブドメインが、標的核酸にＡＤＡＲタンパク質をリクルートできるか、又はそのリクルートメントを促進するか若しくはそれに寄与する、実施形態１～５８９のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
５９１．第３のサブドメインが、標的核酸を伴うＡＤＡＲタンパク質と相互作用できるか、又は標的核酸とＡＤＡＲタンパク質の相互作用を促進するか若しくはそれに寄与する、実施形態１～５９０のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
５９２．第３のサブドメインが、酵素活性を有するドメインと接触する、実施形態１～５９１のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
５９３．第３のサブドメインが、ＡＤＡＲ１のデアミナーゼ活性を有するドメインと接触する、実施形態１～５９２のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
５９４．第３のサブドメインが、ＡＤＡＲ２のデアミナーゼ活性を有するドメインと接触する、実施形態１～５９３のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
５９５．各ゆらぎ塩基対が、独立して、Ｇ－Ｕ、Ｉ－Ａ、Ｇ－Ａ、Ｉ－Ｕ、Ｉ－Ｃ、Ｉ－Ｔ、Ａ－Ａ、又は逆向きのＡ－Ｔである、実施形態１～５９４のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
５９６．各ゆらぎ塩基対が、独立して、Ｇ－Ｕ、Ｉ－Ａ、Ｇ－Ａ、Ｉ－Ｕ、又はＩ－Ｃである、実施形態１～５９５のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
５９７．それぞれの環式糖又はそれぞれの糖が、独立して、任意選択により置換された
Figure 2022551124000412
である、実施形態１～５９６のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
５９８．それぞれの環式糖又はそれぞれの糖が、独立して、
Figure 2022551124000413
の構造を有する、実施形態１～５９７のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
５９９．オリゴヌクレオチドが、１つ以上の糖（式中、Ｒ２ｓ及びＲ４ｓは、Ｈである）を含む、実施形態５９８のオリゴヌクレオチド。
６００．オリゴヌクレオチドが、１つ以上の糖（式中、Ｒ２ｓは、－ＯＲであり、且つＲ４ｓは、Ｈである）を含む、実施形態５９８～５９９のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
６０１．オリゴヌクレオチドが、１つ以上の糖（式中、Ｒ２ｓは、－ＯＲであり、Ｒは、任意選択により置換されたＣ１～４アルキルであり、且つＲ４ｓは、Ｈである）を含む、実施形態５９８～６００のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
６０２．オリゴヌクレオチドが、１つ以上の糖（式中、Ｒ２ｓは、－ＯＭｅであり、且つＲ４ｓは、Ｈである）を含む、実施形態５９８～６０１のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
６０３．オリゴヌクレオチドが、１つ以上の糖（式中、Ｒ２ｓは、－Ｆであり、且つ４ｓは、Ｈである）を含む、実施形態５９８～６０２のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
６０４．オリゴヌクレオチドが、１つ以上の糖（式中、Ｒ４ｓ及びＲ２ｓは、任意選択により置換された２’－Ｏ－ＣＨ２－４’の構造を有する架橋を形成している）を含む、実施形態５９８～６０３のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
６０５．オリゴヌクレオチドが、１つ以上の糖（式中、Ｒ４ｓ及びＲ２ｓは、２’－Ｏ－ＣＨ２－４’の構造を有する架橋を形成している）を含む、実施形態５９８～６０３のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
６０６．オリゴヌクレオチドが、追加の化学的部分を含む、実施形態１～６０５のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
６０７．オリゴヌクレオチドが、標的化部分を含む、実施形態１～６０６のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
６０８．オリゴヌクレオチドが、炭水化物部分を含む、実施形態１～６０７のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
６０９．その部分が、アシアロ糖タンパク質受容体のためのリガンドであるか又はそれを含む、実施形態６０４～６０８のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
６１０．その部分が、ＧａｌＮＡｃ又はその誘導体であるか又はそれを含む、実施形態６０４～６０９のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
６１１．その部分が、任意選択により置換された
Figure 2022551124000414
であるか又はそれを含む、実施形態６０４～６１０のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
６１２．その部分が、任意選択により置換された
Figure 2022551124000415
であるか又はそれを含む、実施形態６０４～６１０のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
６１３．その部分が、リンカーを介してオリゴヌクレオチド鎖に連結される、実施形態６０４～６１２のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
６１４．リンカーが、Ｌ００１であるか又はそれを含む、実施形態６１３のオリゴヌクレオチド。
６１５．Ｌ００１が、リン酸基を介してオリゴヌクレオチド鎖の５’末端５’－炭素に連結される、実施形態４９９のオリゴヌクレオチド。
６１６．オリゴヌクレオチドが、塩形態で存在する、実施形態１～６１４のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
６１７．オリゴヌクレオチドが、薬学的に許容される塩形態で存在する、実施形態１～６１５のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
６１８．オリゴヌクレオチドが、ナトリウム塩形態で存在する、実施形態１～６１７のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
６１９．オリゴヌクレオチドが、アンモニウム塩形態で存在する、実施形態１～６１８のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
６２０．もしあれば、少なくとも１つ又はそれぞれの中性のヌクレオチド間結合が、独立して、ｎ００１である、実施形態１～６１９のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
６２１．もしあれば、それぞれの負に荷電していないヌクレオチド間結合が、独立して、ｎ００１である、実施形態１～６２０のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
６２２．３’から標的アデノシンの反対側ヌクレオシドまで５、６、７、８、９、１０、１１又は１２個以下のヌクレオシドである、実施形態１～６２１のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
６２３．３’から標的ヌクレオシドの反対側ヌクレオシドまで５、６、７、８、９、１０、１１又は１２個以下のヌクレオシドであり、ヌクレオシドの各々が、独立して、任意選択により置換されたＡ、Ｔ、Ｃ、Ｇ、Ｕ、又はその互変異性体である、実施形態１～６２２のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
６２４．３’から標的アデノシンの反対側のヌクレオシドまでのヌクレオチド間結合の約５０％～１００％（例えば、約又は少なくとも約５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％）が、それぞれ独立して、修飾されたヌクレオチド間結合である、実施形態１～６２３のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
６２５．３’から標的アデノシンの反対側のヌクレオシドまでのヌクレオチド間結合の約５０％～１００％（例えば、約又は少なくとも約５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％）が、それぞれ独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合又は負に荷電していないヌクレオチド間結合である、実施形態１～６２４のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
６２６．３’から標的アデノシンの反対側のヌクレオシドまでの１、２、又は３個以下のヌクレオチド間結合が、天然のリン酸結合である、実施形態１～６２５のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
６２７．３’から標的アデノシンの反対側のヌクレオシドまでの１、２、又は３個以下のヌクレオチド間結合が、Ｒｐのヌクレオチド間結合である、実施形態１～６２６のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
６２８．３’から標的アデノシンの反対側のヌクレオシドまでの１、２、又は３個以下のヌクレオチド間結合が、Ｒｐのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である、実施形態１～６２７のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
６２９．標的ヌクレオシドの反対側のヌクレオシドとその３’側のすぐ隣のヌクレオシド（－１位とみなされる）の間のヌクレオチド間結合が、立体的に不規則なホスホロチオエートヌクレオチド間結合である、実施形態１～６２８のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
６３０．標的ヌクレオシドの反対側のヌクレオシドとその３’側のすぐ隣のヌクレオシド（－１位とみなされる）の間のヌクレオチド間結合が、キラル制御されたＲｐのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である、実施形態１～６２８のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
６３１．標的ヌクレオシドの反対側のヌクレオシドとその３’側のすぐ隣のヌクレオシド（－１位とみなされる）の間のヌクレオチド間結合が、キラル制御されたＳｐのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である、実施形態１～６２８のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
６３２．標的ヌクレオシドの反対側のヌクレオシドにその糖の３’位（－１位とみなされる）で結合されるヌクレオチド間結合が、Ｒｐのホスホロチオエートヌクレオチド間結合であり、且つ任意選択により、３’から標的アデノシンの反対側のヌクレオシドまでＲｐのホスホロチオエートヌクレオチド間結合のみである、実施形態１～６２８のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
６３３．標的ヌクレオシドの反対側のヌクレオシドにその糖の３’位（－１位とみなされる）で結合されるヌクレオチド間結合が、Ｓｐのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である、実施形態１～６２８のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
６３４．標的ヌクレオシドの反対側のヌクレオシドにその糖の３’位（－１位とみなされる）で結合されるヌクレオチド間結合が、立体的に不規則なホスホロチオエートヌクレオチド間結合である、実施形態１～６２８のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
６３５．標的ヌクレオシドの反対側のヌクレオシドの３’側のすぐ隣のヌクレオシドとその次の３’側のすぐ隣のヌクレオシドの間のヌクレオチド間結合（例えば、５’－．．．Ｎ０Ｎ－１Ｎ－２．．．－３’のＮ－１とＮ－２の間の位置－２、Ｎ０は、標的ヌクレオシドの反対側のヌクレオシドを表す）が、負に荷電していないヌクレオチド間結合である、実施形態１～６２８のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
６３６．負に荷電していないヌクレオチド間結合が、立体的に不規則である、実施形態６３５のオリゴヌクレオチド。
６３７．負に荷電していないヌクレオチド間結合が、キラル制御される、実施形態６３５のオリゴヌクレオチド。
６３８．負に荷電していないヌクレオチド間結合が、キラル制御され、Ｓｐである、実施形態６３５のオリゴヌクレオチド。
６３９．負に荷電していないヌクレオチド間結合が、キラル制御され、Ｒｐである、実施形態６３５のオリゴヌクレオチド。
６４０．負に荷電していないヌクレオチド間結合が、ｎ００１である、実施形態６３５～６３９のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
６４１．１番目のヌクレオチド間結合が、負に荷電していないヌクレオチド間結合である、実施形態１～６４０のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
６４２．負に荷電していないヌクレオチド間結合が、立体的に不規則である、実施形態６４１のオリゴヌクレオチド。
６４３．負に荷電していないヌクレオチド間結合が、キラル制御される、実施形態６４１のオリゴヌクレオチド。
６４４．負に荷電していないヌクレオチド間結合が、キラル制御され、Ｓｐである、実施形態６４１のオリゴヌクレオチド。
６４５．負に荷電していないヌクレオチド間結合が、キラル制御され、Ｒｐである、実施形態６４１のオリゴヌクレオチド。
６４６．負に荷電していないヌクレオチド間結合が、ｎ００１である、実施形態６４１～６４５のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
６４７．最後のヌクレオチド間結合が、負に荷電していないヌクレオチド間結合である、実施形態１～６４６のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
６４８．負に荷電していないヌクレオチド間結合が、立体的に不規則である、実施形態６４７のオリゴヌクレオチド。
６４９．負に荷電していないヌクレオチド間結合が、キラル制御される、実施形態６４７のオリゴヌクレオチド。
６５０．負に荷電していないヌクレオチド間結合が、キラル制御され、Ｓｐである、実施形態６４７のオリゴヌクレオチド。
６５１．負に荷電していないヌクレオチド間結合が、キラル制御され、Ｒｐである、実施形態６４７のオリゴヌクレオチド。
６５２．負に荷電していないヌクレオチド間結合が、ｎ００１である、実施形態６４７～６５１のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
６５３．標的アデノシンの反対側のヌクレオシドに対して位置－３のヌクレオチド間結合が、Ｒｐのホスホロチオエートヌクレオチド間結合ではない、実施形態１～６５２のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
６５４．標的アデノシンの反対側のヌクレオシドに対して位置－６のヌクレオチド間結合が、Ｒｐのホスホロチオエートヌクレオチド間結合ではない、実施形態１～６５３のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
６５５．標的ヌクレオシドの反対側のヌクレオシドに対して位置－４及び／又は－５のヌクレオチド間結合が、修飾されたヌクレオチド間結合、例えば、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である、実施形態１～６５４のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
６５６．標的ヌクレオシドの反対側のヌクレオシドが、５’末端から位置２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９又は３０にある、実施形態１～６５５のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
６５７．標的ヌクレオシドの反対側のヌクレオシドが、３’末端から位置２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９又は３０にある、実施形態１～６５６のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
６５８．位置が、位置４である、実施形態６５６又は６５７のオリゴヌクレオチド。
６５９．位置が、位置５である、実施形態６５６又は６５７のオリゴヌクレオチド。
６６０．位置が、位置６である、実施形態６５６又は６５７のオリゴヌクレオチド。
６６１．位置が、位置７である、実施形態６５６又は６５７のオリゴヌクレオチド。
６６２．位置が、位置８である、実施形態６５６又は６５７のオリゴヌクレオチド。
６６３．位置が、位置９である、実施形態６５６又は６５７のオリゴヌクレオチド。
６６４．位置が、位置１０である、実施形態６５６又は６５７のオリゴヌクレオチド。
６６５．５’から標的アデノシンの反対側のヌクレオシドまでのヌクレオチド間結合の約５０％～１００％（例えば、約又は少なくとも約５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、又は９５％）が、それぞれ独立して、修飾されたヌクレオチド間結合であり、これが任意選択によりキラル制御される、実施形態１～６６４のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
６６６．５’から標的ヌクレオシド（例えば、標的アデノシン）の反対側のヌクレオシドまでのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の約５０％～１００％（例えば、約又は少なくとも約５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、又は９５％）がそれぞれ、キラル制御され、Ｓｐである、実施形態１～６６５のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
６６７．５’から標的アデノシンの反対側のヌクレオシドまでの０個又は１、２、若しくは３個以下のヌクレオチド間結合が、天然のリン酸結合である、実施形態１～６６６のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
６６８．標的ヌクレオシドの反対側のヌクレオシドに対して位置＋５のヌクレオチド間結合（例えば、．．．Ｎ＋５Ｎ＋４Ｎ＋３Ｎ＋２Ｎ＋１Ｎ０．．．に関して、Ｎ＋４及びＮ＋５を連結するヌクレオチド間結合、Ｎ０は、標的ヌクレオシドの反対側のヌクレオシドである）が、Ｒｐのホスホロチオエートヌクレオチド間結合ではない、実施形態１～６６７のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
６６９．標的アデノシンの反対側のヌクレオシドに対して位置＋６～＋８の１つ以上又は全てのヌクレオチド間結合が、それぞれ独立して、修飾されたヌクレオチド間結合であり、任意選択によりキラル制御される、実施形態１～６６８のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
６７０．標的アデノシンの反対側のヌクレオシドに対して位置＋６～＋８の１つ以上又は全てのヌクレオチド間結合が、それぞれ独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合であり、任意選択によりキラル制御される、実施形態１～６６９のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
６７１．標的アデノシンの反対側のヌクレオシドに対して位置＋６、＋７、＋８、＋９、及び＋１１の１つ以上又は全てのヌクレオチド間結合が、それぞれ独立して、Ｒｐのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である、実施形態１～６７０のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
６７２．標的アデノシンの反対側のヌクレオシドに対して位置＋５、＋６、＋７、＋８、及び＋９の１つ以上又は全てのヌクレオチド間結合が、それぞれ独立して、Ｓｐのホスホロチオエートヌクレオチド間結合である、実施形態１～６７１のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
６７３．オリゴヌクレオチドが、ＰｉＺＺアレル（例えば、
Figure 2022551124000416
）に対して約５０％～１００％（例えば、約５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、又は少なくとも約５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、若しくは１００％など）の相補性を有する、実施形態１～６７２のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
６７４．オリゴヌクレオチドが、約１０％～１００％（例えば、約１０％～９５％、５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、又は約又は少なくとも約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、若しくは１００％など）の純度を有する、実施形態１～６７３のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
６７５．オリゴヌクレオチドが、約５０％～１００％（例えば、約５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、又は少なくとも約５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、若しくは１００％など）の純度を有する、実施形態１～６７４のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
６７６．有効量の実施形態１～６７５のいずれか１つのオリゴヌクレオチド又はその薬学的に許容される塩及び薬学的に許容される担体を含むか又は送達する医薬組成物。
６７７．複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物であって、複数のオリゴヌクレオチドが、
１）共通の塩基配列、及び
２）独立して１つ以上（例えば、約１～５０、１～４０、１～３０、１～２５、１～２０、１～１５、１～１０、５～５０、５～４０、５～３０、５～２５、５～２０、５～１５、５～１０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、又は２５以上）のキラルヌクレオチド間結合（「キラル制御されたヌクレオチド間結合」）での同じ結合リンの立体化学
を共有し；
それぞれの複数のオリゴヌクレオチドが、独立して、実施形態１～６７６のいずれか１つのオリゴヌクレオチド又はその酸、塩基、若しくは塩形態である、オリゴヌクレオチド組成物。
６７８．複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物であって、複数のオリゴヌクレオチドが、
１）共通の塩基配列、及び
２）独立して１つ以上（例えば、約１～５０、１～４０、１～３０、１～２５、１～２０、１～１５、１～１０、５～５０、５～４０、５～３０、５～２５、５～２０、５～１５、５～１０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、又は２５以上）のキラルヌクレオチド間結合（「キラル制御されたヌクレオチド間結合」）での同じ結合リンの立体化学
を共有し；
それぞれの複数のオリゴヌクレオチドが、独立して、実施形態７８０～８０３のいずれか１つのオリゴヌクレオチド、又はその酸、塩基、若しくは塩形態である、オリゴヌクレオチド組成物。
６７９．複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物であって、複数のオリゴヌクレオチドが、
１）共通の塩基配列、及び
２）独立して１つ以上（例えば、約１～５０、１～４０、１～３０、１～２５、１～２０、１～１５、１～１０、５～５０、５～４０、５～３０、５～２５、５～２０、５～１５、５～１０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、又は２５以上）のキラルヌクレオチド間結合（「キラル制御されたヌクレオチド間結合」）での同じ結合リンの立体化学
を共有し；
共通の塩基配列が、部分が標的アデノシンを含む核酸の一部の塩基配列と相補的である、オリゴヌクレオチド組成物。
６８０．共通の塩基配列が、０～１０個（例えば、０～１、０～２、０～３、０～４、０～５、０～６、０～７、０～８、０～９、０～１０、１～２、１～３、１～４、１～５、１～６、１～７、１～８、１～９、１～１０、２～３、２～４、２～５、２～６、２～７、２～８、２～９、２～１０、３～４、３～５、３～６、３～７、３～８、３～９、３～１０、０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０など）のワトソン－クリック塩基対ではないミスマッチを伴って核酸の一部の塩基配列と相補的である、実施形態６７９の組成物。
６８１．共通の塩基配列が、ワトソン－クリック塩基対ではない０～５個のミスマッチを伴って核酸の一部の塩基配列と相補的である、実施形態６７９の組成物。
６８２．共通の塩基配列が、標的アデノシンと反対側のヌクレオシドを除いて共通の塩基配列の長さにわたって核酸の一部の塩基配列と１００％相補的である、実施形態６７９の組成物。
６８３．共通の塩基配列が、共通の塩基配列の長さにわたって核酸の一部の塩基配列と１００％相補的である、実施形態６７９の組成物。
６８４．組成物が、ＡＤＡＲを発現する系において核酸と接触されるとき、標的ＡをＩに編集することができる、実施形態６７７～６８３のいずれか１つの組成物。
６８５．標的アデノシンが、状態、障害又は疾患と関連するＧからＡへの変異である、実施形態６７７～６８４のいずれか１つの組成物。
６８６．複数のオリゴヌクレオチドが、同じ塩基及び糖修飾を共有する、実施形態６７７～６８５のいずれか１つの組成物。
６８７．複数のオリゴヌクレオチドが、同じパターンの骨格のキラル中心を共有する、実施形態６７７～６８６のいずれか１つの組成物。
６８８．組成物が、どのヌクレオチド間結合もキラル制御されないオリゴヌクレオチドの立体的に不規則な調製物と比較して、複数のオリゴヌクレオチドについて濃縮される、実施形態６７７～６８７のいずれか１つの組成物。
６８９．共通の塩基配列並びに同じ塩基及び糖修飾を共有する組成物中の不規則ではないレベルの全てのオリゴヌクレオチドが、複数のオリゴヌクレオチドである、実施形態６７７～６８７のいずれか１つの組成物。
６９０．共通の塩基配列を共有する組成物中の不規則ではないレベルの全てのオリゴヌクレオチドが、複数のオリゴヌクレオチドである、実施形態６７７～６８７のいずれか１つの組成物。
６９１．複数のオリゴヌクレオチドが、同じオリゴヌクレオチド又はその１つ以上の薬学的に許容される塩のものである、実施形態６７７～６９０のいずれか１つの組成物。
６９２．複数のオリゴヌクレオチドが、同じ酸形態のオリゴヌクレオチドの１つ以上の薬学的に許容される塩である、実施形態６７７～６９０のいずれか１つの組成物。
６９３．複数のオリゴヌクレオチドが、同じ構成のものである、実施形態６７７～６９０のいずれか１つの組成物。
６９４．複数のオリゴヌクレオチドと同じ塩基配列を共有する組成物中の不規則ではないレベルの全てのオリゴヌクレオチドが、複数のオリゴヌクレオチドである、実施形態６９３の組成物。
６９５．同じ構成を共有する組成物中の不規則ではないレベルの全てのオリゴヌクレオチドが、複数のオリゴヌクレオチドである、実施形態６９３の組成物。
６９６．複数のオリゴヌクレオチドが、同じ構造のものである、実施形態６７７～６９０のいずれか１つの組成物。
６９７．複数のオリゴヌクレオチドが、ナトリウム塩である、実施形態６７７～６９６のいずれか１つの組成物。
６９８．複数のオリゴヌクレオチドが、１０以上のキラルヌクレオチド間結合で同じ結合リンの立体化学を共有する、実施形態６７７～６９７のいずれか１つの組成物。
６９９．複数のオリゴヌクレオチドが、それぞれのホスホロチオエートヌクレオチド間結合で同じ結合リンの立体化学を共有する、実施形態６７７～６９８のいずれか１つの組成物。
７００．複数のオリゴヌクレオチドが、１つ以上又はいずれの負に荷電していないヌクレオチド間結合でも同じ結合リンの立体化学を共有しない、実施形態６７７～６９９のいずれか１つの組成物。
７０１．１種以上の複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物であって、それぞれの複数のオリゴヌクレオチドが、独立して、
１）共通の塩基配列、及び
２）独立して１つ以上（例えば、約１～５０、１～４０、１～３０、１～２５、１～２０、１～１５、１～１０、５～５０、５～４０、５～３０、５～２５、５～２０、５～１５、５～１０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、又は２５以上）のキラルヌクレオチド間結合（「キラル制御されたヌクレオチド間結合」）での同じ結合リンの立体化学
を共有し；
それぞれの複数のオリゴヌクレオチドが、独立して、実施形態６７９～７００のいずれか１つのオリゴヌクレオチド又はその酸、塩基、若しくは塩形態である、オリゴヌクレオチド組成物。
７０２．１種以上の複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物であって、それぞれの複数のオリゴヌクレオチドが、独立して、
１）共通の塩基配列、及び
２）独立して１つ以上（例えば、約１～５０、１～４０、１～３０、１～２５、１～２０、１～１５、１～１０、５～５０、５～４０、５～３０、５～２５、５～２０、５～１５、５～１０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、又は２５以上）のキラルヌクレオチド間結合（「キラル制御されたヌクレオチド間結合」）での同じ結合リンの立体化学
を共有し；
それぞれの複数のオリゴヌクレオチドが、独立して、実施形態６７９～７００及び実施形態７８０～８０３のいずれか１つのオリゴヌクレオチド、又はその酸、塩基、若しくは塩形態である、オリゴヌクレオチド組成物。
７０３．１種以上の複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物であって、それぞれの複数のオリゴヌクレオチドが、独立して、
１）共通の塩基配列、及び
２）独立して１つ以上（例えば、約１～５０、１～４０、１～３０、１～２５、１～２０、１～１５、１～１０、５～５０、５～４０、５～３０、５～２５、５～２０、５～１５、５～１０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、又は２５以上）のキラルヌクレオチド間結合（「キラル制御されたヌクレオチド間結合」）での同じ結合リンの立体化学
を共有し；
それぞれの複数のオリゴヌクレオチドが、独立して、実施形態７８０～８０３のいずれか１つのオリゴヌクレオチド、又はその酸、塩基、若しくは塩形態である、オリゴヌクレオチド組成物。
７０４．１種以上の複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物であって、それぞれの複数のオリゴヌクレオチドが、独立して、
１）共通の塩基配列、及び
２）独立して１つ以上（例えば、約１～５０、１～４０、１～３０、１～２５、１～２０、１～１５、１～１０、５～５０、５～４０、５～３０、５～２５、５～２０、５～１５、５～１０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、又は２５以上）のキラルヌクレオチド間結合（「キラル制御されたヌクレオチド間結合」）での同じ結合リンの立体化学
を共有し；
それぞれの複数の共通の塩基配列が、独立して、部分が標的アデノシンを含む核酸の一部の塩基配列と相補的である、オリゴヌクレオチド組成物。
７０５．共通の塩基配列が、０～１０個（例えば、０～１、０～２、０～３、０～４、０～５、０～６、０～７、０～８、０～９、０～１０、１～２、１～３、１～４、１～５、１～６、１～７、１～８、１～９、１～１０、２～３、２～４、２～５、２～６、２～７、２～８、２～９、２～１０、３～４、３～５、３～６、３～７、３～８、３～９、３～１０、０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０など）のワトソン－クリック塩基対ではないミスマッチを伴って核酸の一部の塩基配列と相補的である、実施形態の組成物。
７０６．それぞれの複数の共通の塩基配列が、独立して、ワトソン－クリック塩基対ではない０～５個のミスマッチを伴って核酸の一部の塩基配列複数と相補的である、実施形態７０５の組成物。
７０７．それぞれの複数の共通の塩基配列が、独立して、標的アデノシンと反対側のヌクレオシドを除いて共通の塩基配列の長さにわたって核酸の一部の塩基配列と１００％相補的である、実施形態７０５の組成物。
７０８．それぞれの複数の共通の塩基配列が、独立して、共通の塩基配列の長さにわたって核酸の一部の塩基配列と１００％相補的である、実施形態７０５の組成物。
７０９．それぞれの複数のオリゴヌクレオチドが、独立して、ＡＤＡＲを発現する系において核酸と接触されるとき、標的ＡをＩに編集することができる、実施形態７０１～７０８のいずれか１つの組成物。
７１０．標的アデノシンが、状態、障害又は疾患と関連するＧからＡへの変異である、実施形態７０１～７０９のいずれか１つの組成物。
７１１．組成物が、２種以上（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、又はそれ以上）の複数のオリゴヌクレオチドを含む、実施形態７０１～７１０のいずれか１つの組成物。
７１２．少なくとも２種の複数の共通の塩基配列が異なる、実施形態７０１～７１１のいずれか１つの組成物。
７１３．どの２種の複数のオリゴヌクレオチドも、同じ共通の塩基配列を共有しない、実施形態７０１～７１２のいずれか１つの組成物。
７１４．少なくとも２種の複数のオリゴヌクレオチドが、異なるアデノシンを標的化する、実施形態７０１～７１３のいずれか１つの組成物。
７１５．どの２種の複数のオリゴヌクレオチドも、同じアデノシンを標的化しない、実施形態７０１～７１４のいずれか１つの組成物。
７１６．少なくとも２種の複数のオリゴヌクレオチドが、異なる転写物を標的化する、実施形態７０１～７１５のいずれか１つの組成物。
７１７．どの２種の複数のオリゴヌクレオチドも、同じ転写物を標的化しない、実施形態７０１～７１６のいずれか１つの組成物。
７１８．少なくとも２種の複数のオリゴヌクレオチドが、異なるポリヌクレオチドに由来する転写物におけるアデノシン残基を標的化する、実施形態７０１～７１７のいずれか１つの組成物。
７１９．どの２種の複数のオリゴヌクレオチドも、同じポリヌクレオチドに由来する転写物を標的化しない、実施形態７０１～７２０のいずれか１つの組成物。
７２０．少なくとも２種の複数のオリゴヌクレオチドが、異なる遺伝子に由来する転写物におけるアデノシン残基を標的化する、実施形態７０１～７１９のいずれか１つの組成物。
７２１．どの２種の複数のオリゴヌクレオチドも、同じ遺伝子に由来する転写物を標的化しない、実施形態７０１～７２０のいずれか１つの組成物。
７２２．それぞれの複数のオリゴヌクレオチドが、独立して、その複数のものの中で同じ塩基及び糖修飾を共有する、実施形態７０１～７２１のいずれか１つの組成物。
７２３．それぞれの複数のオリゴヌクレオチドが、独立して、その複数のものの中で同じパターンの骨格のキラル中心を共有する、実施形態７０１～７２２のいずれか１つの組成物。
７２４．それぞれの複数のものに関して、独立して、組成物が、どのヌクレオチド間結合もキラル制御されないその複数のオリゴヌクレオチドの立体的に不規則な調製物と比較して、その複数のオリゴヌクレオチドについて濃縮される、実施形態７０１～７２３のいずれか１つの組成物。
７２５．それぞれの複数のものに関して、独立して、共通の塩基配列並びに同じ塩基及び糖修飾を共有する組成物中の不規則ではないレベル全てのオリゴヌクレオチドが、複数のオリゴヌクレオチドである、実施形態７０１～７２４のいずれか１つの組成物。
７２６．それぞれの複数のものに関して、独立して、共通の塩基配列を共有する組成物中の不規則ではないレベルの全てのオリゴヌクレオチドが、複数のオリゴヌクレオチドである、実施形態７０１～７２４のいずれか１つの組成物。
７２７．それぞれの複数のものに関して、独立して、複数のオリゴヌクレオチドが、同じオリゴヌクレオチド又はその１つ以上の薬学的に許容される塩のものである、実施形態７０１～７２６のいずれか１つの組成物。
７２８．それぞれの複数のものに関して、独立して、複数のオリゴヌクレオチドが、同じ酸形態のオリゴヌクレオチドの１つ以上の薬学的に許容される塩である、実施形態７０１～７２７のいずれか１つの組成物。
７２９．それぞれの複数のものに関して、独立して、複数のオリゴヌクレオチドが、同じ構成のものである、実施形態７０１～７２６のいずれか１つの組成物。
７３０．それぞれの複数のものに関して、独立して、複数のオリゴヌクレオチドと同じ塩基配列を共有する組成物中の不規則ではないレベルの全てのオリゴヌクレオチドが、複数のオリゴヌクレオチドである、実施形態７２９の組成物。
７３１．それぞれの複数のものに関して、独立して、同じ構成を共有する組成物中の不規則ではないレベルの全てのオリゴヌクレオチドが、複数のオリゴヌクレオチドである、実施形態７２９の組成物。
７３２．１つ若しくは２つ又は全ての複数のものに関して、独立して、複数のオリゴヌクレオチドが、同じ構造のものである、実施形態７０１～７３１のいずれか１つの組成物。
７３３．１つ若しくは２つ又は全ての複数のものに関して、独立して、複数のオリゴヌクレオチドが、それぞれ独立して、薬学的に許容される塩形態である、実施形態７０１～７３２のいずれか１つの組成物。
７３４．１つ若しくは２つ又は全ての複数のものに関して、独立して、複数のオリゴヌクレオチドが、ナトリウム塩である、実施形態７０１～７３２のいずれか１つの組成物。
７３５．１つ若しくは２つ又は全ての複数のものに関して、独立して、複数のオリゴヌクレオチドが、１０以上のキラルヌクレオチド間結合で同じ結合リンの立体化学を共有する、実施形態７０１～７３４のいずれか１つの組成物。
７３６．それぞれの複数のものに関して、独立して、複数のオリゴヌクレオチドが、１０以上のキラルヌクレオチド間結合で同じ結合リンの立体化学を共有する、実施形態７０１～７３５のいずれか１つの組成物。
７３７．１つ若しくは２つ又は全ての複数のものに関して、独立して、複数のオリゴヌクレオチドが、それぞれのホスホロチオエートヌクレオチド間結合で同じ結合リンの立体化学を共有する、実施形態７０１～７３６のいずれか１つの組成物。
７３８．それぞれの複数のものに関して、独立して、複数のオリゴヌクレオチドが、それぞれのホスホロチオエートヌクレオチド間結合で同じ結合リンの立体化学を共有する、実施形態７０１～７３７のいずれか１つの組成物。
７３９．１つ若しくは２つ又は全ての複数のものに関して、独立して、複数のオリゴヌクレオチドが、１つ以上又は任意の負に荷電していないヌクレオチド間結合で同じ結合リンの立体化学を共有しない、実施形態７０１～７３８のいずれか１つの組成物。
７４０．それぞれの複数のものに関して、独立して、複数のオリゴヌクレオチドが、１つ以上又はいずれの負に荷電していないヌクレオチド間結合でも同じ結合リンの立体化学を共有しない、実施形態７０１～７３９のいずれか１つの組成物。
７４１．
ａ）共通の塩基配列；
ｂ）骨格結合の共通のパターン；
ｃ）骨格のキラル中心の共通のパターン；
ｄ）骨格のリン修飾の共通のパターン
によって特徴付けられる特定のオリゴヌクレオチド型のものである複数のオリゴヌクレオチドを含む組成物であって；
組成物が、それが、特定のオリゴヌクレオチド型のオリゴヌクレオチドに関して、同じ共通の塩基配列、骨格結合のパターン及び骨格のリン修飾のパターンを有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物と比較して濃縮されるか、又は共通の塩基配列を共有する組成物中の不規則ではないレベルの全てのオリゴヌクレオチドが、複数のオリゴヌクレオチドであるという点でキラル制御され；並びに
それぞれの複数のオリゴヌクレオチドが、独立して、実施形態７０１～７４０のいずれか１つのオリゴヌクレオチド又はその酸、塩基、若しくは塩形態である、組成物。
７４２．
ａ）共通の塩基配列；
ｂ）骨格結合の共通のパターン；
ｃ）骨格のキラル中心の共通のパターン；
ｄ）骨格のリン修飾の共通のパターン
によって特徴付けられる特定のオリゴヌクレオチド型のものである複数のオリゴヌクレオチドを含む組成物であって；
組成物が、それが、特定のオリゴヌクレオチド型のオリゴヌクレオチドに関して、同じ共通の塩基配列、骨格結合のパターン及び骨格のリン修飾のパターンを有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物と比較して濃縮されるか、又は共通の塩基配列を共有する組成物中の不規則ではないレベルの全てのオリゴヌクレオチドが、複数のオリゴヌクレオチドであるという点でキラル制御され；並びに
それぞれの複数のオリゴヌクレオチドが、独立して、実施形態７８０～８０３のいずれか１つのオリゴヌクレオチド、又はその酸、塩基、若しくは塩形態である、組成物。
７４３．
ａ）共通の塩基配列；
ｂ）骨格結合の共通のパターン；
ｃ）骨格のキラル中心の共通のパターン；
ｄ）骨格のリン修飾の共通のパターン
によって特徴付けられる特定のオリゴヌクレオチド型のものである複数のオリゴヌクレオチドを含む組成物であって；
組成物が、それが、特定のオリゴヌクレオチド型のオリゴヌクレオチドに関して、同じ共通の塩基配列、骨格結合のパターン及び骨格のリン修飾のパターンを有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物と比較して濃縮されるか、又は共通の塩基配列を共有する組成物中の不規則ではないレベルの全てのオリゴヌクレオチドが、複数のオリゴヌクレオチドであるという点でキラル制御され；並びに
共通の塩基配列が、部分が標的アデノシンを含む核酸の一部の塩基配列と相補的である、組成物。
７４４．共通の塩基配列が、０～１０個（例えば、０～１、０～２、０～３、０～４、０～５、０～６、０～７、０～８、０～９、０～１０、１～２、１～３、１～４、１～５、１～６、１～７、１～８、１～９、１～１０、２～３、２～４、２～５、２～６、２～７、２～８、２～９、２～１０、３～４、３～５、３～６、３～７、３～８、３～９、３～１０、０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０など）のワトソン－クリック塩基対ではないミスマッチを伴って核酸の一部の塩基配列と相補的である、実施形態７４３の組成物。
７４５．共通の塩基配列が、ワトソン－クリック塩基対ではない０～５個のミスマッチを伴って核酸の一部の塩基配列と相補的である、実施形態７４３の組成物。
７４６．共通の塩基配列が、標的アデノシンと反対側のヌクレオシドを除いて共通の塩基配列の長さにわたって核酸の一部の塩基配列と１００％相補的である、実施形態７４３の組成物。
７４７．共通の塩基配列が、共通の塩基配列の長さにわたって核酸の一部の塩基配列と１００％相補的である、実施形態７４３の組成物。
７４８．組成物が、ＡＤＡＲを発現する系において核酸と接触されるとき、標的ＡをＩに編集することができる、実施形態７４１～７４７のいずれか１つの組成物。
７４９．標的アデノシンが、状態、障害又は疾患と関連するＧからＡへの変異である、実施形態７４１～７４８のいずれか１つの組成物。
７５０．組成物が、特定のオリゴヌクレオチド型のオリゴヌクレオチドに関して、同じ共通の塩基配列、骨格結合のパターン及び骨格のリン修飾のパターンを有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物と比較して濃縮される、実施形態７４１～７４９のいずれか１つの組成物。
７５１．共通の塩基配列を共有する組成物中の不規則ではないレベルの全てのオリゴヌクレオチドが、複数のオリゴヌクレオチドである、実施形態７４１～７５０のいずれか１つの組成物。
７５２．組成物中のオリゴヌクレオチドにおいて複数のオリゴヌクレオチドのうち共通の塩基配列を共有するもののレベルが、約又は少なくとも約（ＤＳ）ｎｃであり、ＤＳが、約８５％～１００％（例えば、約８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％又は９９．５％以上）であり、ｎｃが、キラル制御されたヌクレオチド間結合の数である、実施形態６７７～７５１のいずれか１つの組成物。
７５３．それぞれの複数のオリゴヌクレオチドに関して、組成物中のオリゴヌクレオチドにおいて複数のオリゴヌクレオチドのうち共通の塩基配列を共有するもののレベルが、独立して、約又は少なくとも約（ＤＳ）ｎｃであり、ＤＳが、約８５％～１００％（例えば、約８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％又は９９．５％以上）であり、ｎｃが、キラル制御されたヌクレオチド間結合の数である、実施形態６７７～７５１のいずれか１つの組成物。
７５４．組成物中のオリゴヌクレオチドにおいて複数のオリゴヌクレオチドのうち共通の構成を共有するもののレベルが、約又は少なくとも約（ＤＳ）ｎｃであり、ＤＳが、約８５％～１００％（例えば、約８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％又は９９．５％以上）であり、ｎｃが、キラル制御されたヌクレオチド間結合の数である、実施形態６７７～７５１のいずれか１つの組成物。
７５５．それぞれの複数のオリゴヌクレオチドに関して、組成物中のオリゴヌクレオチドにおいて複数のオリゴヌクレオチドのうち共通の構成を共有するもののレベルが、独立して、約又は少なくとも約（ＤＳ）ｎｃであり、ＤＳが、約８５％～１００％（例えば、約８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％又は９９．５％以上）であり、ｎｃが、キラル制御されたヌクレオチド間結合の数である、実施形態６７７～７５１のいずれか１つの組成物。
７５６．ＤＳが、約９０％～１００％（例えば、約９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％又は９９．５％以上）である、実施形態６７７～７５５のいずれか１つの組成物。
７５７．ｎｃが、約５～４０（例えば、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、又は４０）以上である、実施形態７５２～７５６のいずれか１つの組成物。
７５８．レベルが、少なくとも約１０％～１００％、又は少なくとも約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、又は９５％である、実施形態６７７～７５１のいずれか１つの組成物。
７５９．レベルが、少なくとも約５０％～１００％、又は少なくとも約５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、又は９５％である、実施形態６７７～７５１のいずれか１つの組成物。
７６０．組成物が、標的核酸及びアデノシンデアミナーゼを含む試料と接触されるとき、標的アデノシン残基が、修飾される、実施形態６７７～７５９のいずれか１つの組成物。
７６１．修飾が、ＡＤＡＲ１によって行われる修飾であるか又はそれを含む、実施形態７６０の組成物。
７６２．修飾が、ＡＤＡＲ２によって行われる修飾であるか又はそれを含む、実施形態７６０又は７６１の組成物。
７６３．修飾が、インビトロで行われる、実施形態７６０～７６２のいずれか１つの組成物。
７６４．試料が、細胞である、実施形態７６０～７６２のいずれか１つの組成物。
７６５．標的アデノシンが、イノシンに変換される、実施形態７６０～７６４のいずれか１つの組成物。
７６６．標的アデノシンが、比較可能な参照オリゴヌクレオチド組成物で観察されるものより大きい程度まで修飾される、実施形態７６０～７６５のいずれか１つの組成物。
７６７、参照オリゴヌクレオチド組成物が、複数のオリゴヌクレオチドを全く含まないか又はより低いレベルの複数のオリゴヌクレオチドを含む、実施形態７６６の組成物。
７６８．参照組成物が、複数のオリゴヌクレオチドと同じ構成を有するオリゴヌクレオチドを含有しない、実施形態７６６～７６７のいずれか１つの組成物。
７６９．参照組成物が、複数のオリゴヌクレオチドと同じ構造を有するオリゴヌクレオチドを含有しない、実施形態７６６～７６８のいずれか１つの組成物。
７７０．参照オリゴヌクレオチド組成物が、複数のオリゴヌクレオチドと同じ塩基配列を有するそのオリゴヌクレオチドが、複数のオリゴヌクレオチドと比較して低いレベルの２’－Ｆ修飾を含有する組成物である、実施形態７６６の組成物。
７７１．参照オリゴヌクレオチド組成物が、複数のオリゴヌクレオチドと同じ塩基配列を有するそのオリゴヌクレオチドが、複数のオリゴヌクレオチドと比較して低いレベルの２’－ＯＭｅ修飾を含有する組成物である、実施形態７６６～７７０のいずれか１つの組成物。
７７２．参照オリゴヌクレオチド組成物が、複数のオリゴヌクレオチドと同じ塩基配列を有するそのオリゴヌクレオチドが、複数のオリゴヌクレオチドと比較して異なる糖修飾パターンを有する組成物である、実施形態７６６～７７１のいずれか１つの組成物。
７７３．参照オリゴヌクレオチド組成物が、複数のオリゴヌクレオチドと同じ塩基配列を有するそのオリゴヌクレオチドが、複数のオリゴヌクレオチドと比較して低いレベルの修飾されたヌクレオチド間結合を含有する組成物である、実施形態７６６～７７２のいずれか１つの組成物。
７７４．参照オリゴヌクレオチド組成物が、複数のオリゴヌクレオチドと同じ塩基配列を有するそのオリゴヌクレオチドが、複数のオリゴヌクレオチドと比較して低いレベルのホスホロチオエートヌクレオチド間結合を含有する組成物である、実施形態７６６～７７３のいずれか１つの組成物。
７７５．参照組成物が、立体的に不規則なオリゴヌクレオチド組成物である、実施形態７６６～７７４のいずれか１つの組成物。
７７６．参照組成物が、複数のオリゴヌクレオチドと同じ構成のオリゴヌクレオチドの立体的に不規則なオリゴヌクレオチド組成物である、実施形態７６６の組成物。
７７７．組成物が、核酸の著しい分解を引き起こさない（例えば、約５％～１００％以下（例えば、約１０％～１００％、２０～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％以下など））、実施形態６７７～７７６のいずれか１つの組成物。
７７８．組成物が、標的核酸において著しいエクソンスキッピング又はエクソンインクルージョンの改変を引き起こさない（例えば、約５％～１００％以下（例えば、約１０％～１００％、２０～１００％、３０％～１００％、４０％～１００％、５０％～８０％、５０％～８５％、５０％～９０％、５０％～９５％、６０％～８０％、６０％～８５％、６０％～９０％、６０％～９５％、６０％～１００％、６５％～８０％、６５％～８５％、６５％～９０％、６５％～９５％、６５％～１００％、７０％～８０％、７０％～８５％、７０％～９０％、７０％～９５％、７０％～１００％、７５％～８０％、７５％～８５％、７５％～９０％、７５％～９５％、７５％～１００％、８０％～８５％、８０％～９０％、８０％～９５％、８０％～１００％、８５％～９０％、８５％～９５％、８５％～１００％、９０％～９５％、９０％～１００％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％以下など））、実施形態実施形態６７７～７７８のいずれか１つの組成物。
７７９．組成物が、医薬組成物であり、且つさらに薬学的に許容される担体を含む、実施形態６７７～７７８のいずれか１つの組成物。
７８０．オリゴヌクレオチドであって、オリゴヌクレオチドが、修飾されたヌクレオチド間結合の位置で、－Ｏ５－ＰＬ（ＲＣＡ）－Ｏ３－（式中、
ＰＬは、Ｐ、又はＰ（＝Ｗ）であり；
Ｗは、Ｏ、Ｓ、又はＷＮであり；
ＲＣＡは、任意選択により置換された又はキャップ付加された不斉補助剤部分であるか又はそれを含み、
Ｏ５は、糖の５’－炭素に結合された酸素であり、且つ
Ｏ３は、糖の３’－炭素に結合された酸素である）の構造を有する結合であることを除いて実施形態１～７７９のいずれか１つのオリゴヌクレオチドと他の点で同一である、オリゴヌクレオチド。
７８１．不斉補助剤が除去され、結合が修飾されたヌクレオチド間結合に変換される、実施形態７８０のオリゴヌクレオチド。
７８２．修飾されたヌクレオチド間結合が、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である、実施形態７８０のオリゴヌクレオチド。
７８３．Ｗが－ＳＨで置き換えられ、且つＲＣＡがＯで置き換えられ、ＰＬが、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合の結合リンと同じ配置を有する、実施形態７８２のオリゴヌクレオチド。
７８４．修飾されたヌクレオチド間結合が、中性のヌクレオチド間結合である、実施形態７８０～７８３のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
７８５．修飾されたヌクレオチド間結合が、ｎ００１である、実施形態７８０～７８３のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
７８６．ホスホロチオエートヌクレオチド間結合のそれぞれの位置で、独立して、－Ｏ５－ＰＬ（Ｗ）（ＲＣＡ）－Ｏ３－の構造を有する結合である、実施形態７８０～７８５のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
７８７．修飾されたヌクレオチド間結合のそれぞれの位置で、独立して、－Ｏ５－ＰＬ（Ｗ）（ＲＣＡ）－Ｏ３－の構造を有する結合である、実施形態７８０～７８５のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
７８８．１つ又は各Ｗが、Ｓである、実施形態７８０～７８７のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
７８９．ただ１つのＰＬが、Ｐである、実施形態７８０～７８８のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
７９０．各ＲＣＡが、独立して、
Figure 2022551124000417
である、実施形態７８０～７８９のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
７９１．各ＲＣＡが、独立して、
Figure 2022551124000418
（式中、ＲＣ１は、Ｒ、－Ｓｉ（Ｒ）３又は－ＳＯ２Ｒであり、ＲＣ２及びＲＣ３を、それらの介在原子と合わせて、窒素原子に加えて０～２個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された３～７員飽和又は部分不飽和環を形成し、ＲＣ４は、－Ｈ又は－Ｃ（Ｏ）Ｒ’である）である、実施形態７８０～７８９のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
７９２．結合において、ＲＣ４が、－Ｃ（Ｏ）Ｒであり、且つＰＬが、Ｐである、実施形態７９０又は７９１のオリゴヌクレオチド。
７９３．結合において、ＲＣ４が、－Ｃ（Ｏ）Ｒであり、Ｗが、Ｓである、実施形態７９１～７９２のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
７９４．それぞれの結合において、Ｗが、Ｓであり、ＲＣ４が、－Ｃ（Ｏ）Ｒ’である、実施形態７９１～７９３のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
７９５．ＲＣ４が、－Ｃ（Ｏ）ＣＨ３である、実施形態７９１～７９４のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
７９６．結合において、ＲＣ４が、－Ｈであり、且つＰＬが、Ｐである、実施形態７９１のオリゴヌクレオチド。
７９７．ＲＣ２及びＲＣ３を、それらの介在原子と合わせて、窒素原子に加えてヘテロ原子を有しない任意選択により置換された５員飽和環を形成する、実施形態７９１～７９６のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
７９８．各ＲＣＡが、独立して、
Figure 2022551124000419
である、実施形態７９１～７９７のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
７９９．ＲＣ１が、－ＳｉＰｈ２Ｍｅである、実施形態７９１～７９８のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
８００．ＲＣ１が、－ＳＯ２Ｒである、実施形態７９１～７９８のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
８０１．ＲＣ１が、－ＳＯ２Ｒ（式中、Ｒは、任意選択により置換されたＣ１～１０脂肪族である）である、実施形態７９１～７９８のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
８０２．ＲＣ１が、－ＳＯ２Ｒ（式中、Ｒは、任意選択により置換されたフェニルである）である、実施形態７９１～７９８のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
８０３．ＲＣ１が、－ＳＯ２Ｒ（式中、Ｒは、フェニルである）である、実施形態７９１～７９８のいずれか１つのオリゴヌクレオチド。
８０４．ホスホラミダイトであって、ホスホラミダイトの核酸塩基が、実施形態１～６７５のいずれか１つの核酸塩基又はその互変異性体であり、核酸塩基又はその互変異性体が、任意選択により置換されるか又は保護される、ホスホラミダイト。
８０５．ホスホラミダイトであって、核酸塩基が、環ＢＡであるか又はそれを含み、環ＢＡが、ＢＡ－Ｉ、ＢＡ－Ｉ－ａ、ＢＡ－Ｉ－ｂ、ＢＡ－ＩＩ、ＢＡ－ＩＩ－ａ、ＢＡ－ＩＩ－ｂ、ＢＡ－ＩＩＩ、ＢＡ－ＩＩＩ－ａ、ＢＡ－ＩＩＩ－ｂ、ＢＡ－ＩＶ、ＢＡ－ＩＶ－ａ、ＢＡ－ＩＶ－ｂ、ＢＡ－Ｖ、ＢＡ－Ｖ－ａ、ＢＡ－Ｖ－ｂ、若しくはＢＡ－ＶＩ、又は環ＢＡの互変異性体の構造を有し、核酸塩基が、任意選択に置換されるか又は保護される、ホスホラミダイト。
８０６．ホスホラミダイトの糖が、実施形態１～６７５のいずれか１つの糖であり、糖が、任意選択により保護される、実施形態８０４～８０５のいずれか１つのホスホラミダイト。
８０７．ホスホラミダイトが、ＲＮＳ－Ｐ（ＯＲ）Ｎ（Ｒ）２の構造を有し、ＲＮＳが、任意選択により保護されたヌクレオシド部分であり、且つ各Ｒが、本明細書に記載されるとおりである、実施形態８０４～８０６のいずれか１つのホスホラミダイト。
８０８．ホスホラミダイトが、ＲＮＳ－Ｐ（ＯＣＨ２ＣＨ２ＣＮ）Ｎ（ｉ－Ｐｒ）２の構造を有する、実施形態８０４～８０６のいずれか１つのホスホラミダイト。
８０９．ホスホラミダイトが、不斉補助剤部分を含み、リンが、不斉補助剤部分の酸素及び窒素原子に結合される、実施形態８０４～８０６のいずれか１つのホスホラミダイト。
８１０．ホスホラミダイトが、
Figure 2022551124000420
、又はその塩の構造を有する、実施形態８０４～８０６又は８０９のいずれか１つのホスホラミダイト。
８１１．ホスホラミダイトが、
Figure 2022551124000421
（式中、ＲＮＳは、任意選択により保護されたヌクレオシド部分であり、ＲＣ１は、Ｒ、－Ｓｉ（Ｒ）３又は－ＳＯ２Ｒであり、ＲＣ２及びＲＣ３を、それらの介在原子と合わせて、窒素原子に加えて０～２個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された３～７員飽和環又は部分不飽和環を形成する）の構造を有する、実施形態８０４～８０６又は８０９のいずれか１つのホスホラミダイト。
８１２．ＲＮＳの５’－ＯＨが、保護される、実施形態８０７～８１１のいずれか１つのホスホラミダイト。
８１３．ＲＮＳの５’－ＯＨが、－ＯＤＭＴｒとして保護される、実施形態８１２のホスホラミダイト。
８１４．ＲＮＳが、その３’－Ｏ－を介してリンに結合される、実施形態８０７～８１３のいずれか１つのホスホラミダイト。
８１５．ＲＣ２及びＲＣ３を、それらの介在原子と合わせて、窒素原子に加えてヘテロ原子を有しない任意選択により置換された５員飽和環を形成する、実施形態８１０～８１４のいずれか１つのホスホラミダイト。
８１６．ホスホラミダイトが、
Figure 2022551124000422
、又はその塩の構造を有する、実施形態８１０～８１５のいずれか１つのホスホラミダイト。
８１７．ホスホラミダイトが、
Figure 2022551124000423
の構造を有する、実施形態８１０～８１５のいずれか１つのホスホラミダイト。
８１８．ＲＣ１が、－ＳｉＰｈ２Ｍｅである、実施形態８１０～８１７のいずれか１つのホスホラミダイト。
８１９．ＲＣ１が、－ＳＯ２Ｒである、実施形態８１０～８１７のいずれか１つのホスホラミダイト。
８２０．ＲＣ１が、－ＳＯ２Ｒ（式中、Ｒは、任意選択により置換されたＣ１～１０脂肪族である）である、実施形態８１０～８１７のいずれか１つのホスホラミダイト。
８２１．ＲＣ１が、－ＳＯ２Ｒ（式中、Ｒは、任意選択により置換されたフェニルである）である、実施形態８１０～８１７のいずれか１つのホスホラミダイト。
８２２．ＲＣ１が、－ＳＯ２Ｒ（式中、Ｒは、フェニルである）である、実施形態８１０～８１７のいずれか１つのホスホラミダイト。
８２３．ホスホラミダイトの純度が、少なくとも８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％である、実施形態８１９～８２２のいずれか１つのホスホラミダイト。
８２４．オリゴヌクレオチド又は組成物を調製するための方法であって、オリゴヌクレオチド又はヌクレオシドの５’－ＯＨを実施形態７８０～８２３のいずれか１つのホスホラミダイトとカップリングさせることを含む方法。
８２５．オリゴヌクレオチド又は組成物を調製するための方法であって、オリゴヌクレオチド又はヌクレオシドの５’－ＯＨを実施形態８１０～８２３のいずれか１つのホスホラミダイトとカップリングさせることを含む方法。
８２６．オリゴヌクレオチド又は組成物を調製する方法であって、実施形態６７７～８０３のいずれか１つのオリゴヌクレオチドから不斉補助剤部分を除去することを含む方法。
８２７．オリゴヌクレオチド、又は組成物中のオリゴヌクレオチドが、２’－ＯＨを含む糖を含む、実施形態８２４～８２６のいずれか１つの方法。
８２８．オリゴヌクレオチド、又は組成物中のオリゴヌクレオチドが、２’－ＯＨを含む糖を含み、糖が、キラル制御されたヌクレオチド間結合に結合される、実施形態８２４～８２７のいずれか１つの方法。
８２９．各ヘテロ原子が、独立して、窒素、酸素、ケイ素、リン及び硫黄から選択される、実施形態１～８０３又は８２４～８２８のいずれか１つのオリゴヌクレオチド、組成物又は方法。
８３０．各核酸塩基が、独立して、少なくとも１つの窒素を有する任意選択により置換された環を含む、実施形態１～８０３又は８２４～８２８のいずれか１つのオリゴヌクレオチド、組成物又は方法。
８３１．オリゴヌクレオチド又は組成物を特徴付けるための方法であって、
ＡＤＡＲ１ポリペプチド若しくはその特徴的な部分、又はＡＤＡＲ１ポリペプチド若しくはその特徴的な部分をコードするポリヌクレオチドを含むか又は発現する細胞又はその集団にオリゴヌクレオチド又は組成物を投与することを含む方法。
８３２．細胞が、マウス細胞である、実施形態８３１の方法。
８３３．細胞のゲノムが、ＡＤＡＲ１ポリペプチド又はその特徴的な部分をコードするポリヌクレオチドを含む、実施形態８３１～８３２のいずれか１つの方法。
８３４．オリゴヌクレオチド又は組成物を特徴付けるための方法であって、
ＡＤＡＲ１ポリペプチド若しくはその特徴的な部分、又はＡＤＡＲ１ポリペプチド若しくはその特徴的な部分をコードするポリヌクレオチドを含むか又は発現する非ヒト動物又はその集団にオリゴヌクレオチド又は組成物を投与することを含む方法。
８３５．動物が、マウスである、実施形態８３４の方法。
８３６．動物のゲノムが、ＡＤＡＲ１ポリペプチド又はその特徴的な部分をコードするポリヌクレオチドを含む、実施形態８３４～８３５のいずれか１つの方法。
８３７．動物の生殖系列ゲノムが、ＡＤＡＲ１ポリペプチド又はその特徴的な部分をコードするポリヌクレオチドを含む、実施形態８３４～８３５のいずれか１つの方法。
８３８．ＡＤＡＲ１ポリペプチド又はその特徴的な部分が、ヒトＡＤＡＲ１ Ｚ－ＤＮＡ結合ドメインの一方又は両方であるか又はそれを含む、実施形態８３１～８３７のいずれか１つの方法。
８３９．ＡＤＡＲ１ポリペプチド又はその特徴的な部分が、ヒトＡＤＡＲ１ ｄｓＲＮＡ結合ドメインの１つ以上又は全てであるか又はそれを含む、実施形態８３１～８３８のいずれか１つの方法。
８４０．ＡＤＡＲ１ポリペプチド又はその特徴的な部分が、ヒトデアミナーゼドメインであるか又はそれを含む、実施形態８３１～８３９のいずれか１つの方法。
８４１．ＡＤＡＲ１ポリペプチド又はその特徴的な部分が、ヒトＡＤＡＲ１であるか又はそれを含む、実施形態８３１～８４０のいずれか１つの方法。
８４２．ＡＤＡＲ１ポリペプチド又はその特徴的な部分が、ヒトＡＤＡＲ１ ｐ１１０であるか又はそれを含む、実施形態８３１～８４１のいずれか１つの方法。
８４３．ＡＤＡＲ１ポリペプチド又はその特徴的な部分が、ヒトＡＤＡＲ１ ｐ１５０であるか又はそれを含む、実施形態８３１～８４１のいずれか１つの方法。
８４４．細胞若しくは動物に由来する細胞、又はその集団から観察されるオリゴヌクレオチド又は組成物の活性レベルが、操作前の細胞若しくは操作前の動物に由来する細胞、又はその集団から観察されるものと比較して、比較可能なヒト細胞又はその集団で観察されるものとより類似している、実施形態８３１～８４３のいずれか１つの方法。
８４５．比較可能なヒト細胞が、細胞又は動物に由来する細胞と同じ型のものである、実施形態８４４の方法。
８４６．標的核酸における標的アデノシンを修飾するための方法であって、標的核酸を実施形態１～８０３のいずれか１つのオリゴヌクレオチド又は組成物と接触させることを含む方法。
８４７．標的核酸における標的アデノシンを脱アミノ化するための方法であって、標的核酸を実施形態１～８０３のいずれか１つのオリゴヌクレオチド又は組成物と接触させることを含む方法。
８４８．特定の核酸の産物を生成するか、又はそのレベルを回復させるか若しくは増大させるための方法であって、標的核酸を実施形態１～８０３のいずれか１つのオリゴヌクレオチド又は組成物と接触させることを含み、標的核酸が、標的アデノシンを含み、特定の核酸が、標的アデノシンの代わりにＩ又はＧを有するという点で標的核酸と異なる方法。
８４９．標的核酸の産物のレベルを低減するための方法であって、標的核酸を実施形態１～８０３のいずれか１つのオリゴヌクレオチド又は組成物と接触させることを含み、標的核酸が、標的アデノシンを含む方法。
８５０．産物が、タンパク質である、実施形態８４９又は８４９の方法。
８５１．産物が、ｍＲＮＡである、実施形態８４９又は８４９の方法。
８５２．オリゴヌクレオチド組成物中の１つ又は複数のオリゴヌクレオチド又はオリゴヌクレオチドの塩基配列が、標的核酸のものと実質的に相補的である、実施形態８４６～８５１のいずれか１つの方法。
８５３．標的核酸が、試料中に存在する、実施形態８４６～８５２のいずれか１つの方法。
８５４．実施形態１～８０３のいずれか１つのオリゴヌクレオチド又は組成物を標的核酸及びアデノシンデアミナーゼを含む試料と接触させることを含み、
オリゴヌクレオチド組成物中の１つ又は複数のオリゴヌクレオチド又はオリゴヌクレオチドの塩基配列が、標的核酸のものと実質的に相補的であり；及び
標的核酸が、標的アデノシンを含み；
標的アデノシンが、修飾される方法。
８５５．
１）標的核酸において第１のレベルの標的アデノシンの修飾を得ることを含み、そのレベルが、第１のオリゴヌクレオチド組成物が、標的核酸及びアデノシンデアミナーゼを含む試料と接触されるときに観察され、第１のオリゴヌクレオチド組成物が、標的核酸のものと実質的に相補的な同じ塩基配列を共有する第１の複数のオリゴヌクレオチドを含み；並びに
２）標的核酸において参照レベルの標的アデノシンの修飾を得ることを含み、そのレベルが、参照オリゴヌクレオチド組成物が、標的核酸及びアデノシンデアミナーゼを含む試料と接触されるときに観察され、参照オリゴヌクレオチド組成物が、標的核酸のものと実質的に相補的な同じ塩基配列を共有する参照の複数のオリゴヌクレオチドを含み；
第１の複数のオリゴヌクレオチドが、参照の複数のオリゴヌクレオチドより、多くの２’－Ｆ修飾を有する糖、多くの２’－ＯＲ修飾（式中、Ｒは、－Ｈではない）を有する糖、及び／又は多くのキラルヌクレオチド間結合を含み；並びに
第１のオリゴヌクレオチド組成物が、参照オリゴヌクレオチド組成物のオリゴヌクレオチドと比較して高いレベルの修飾を提供する方法。
８５６．標的核酸において第１のレベルの標的アデノシンの修飾を得ることを含み、そのレベルが、第１のオリゴヌクレオチド組成物が、標的核酸及びアデノシンデアミナーゼを含む試料と接触されるときに観察され、第１のオリゴヌクレオチド組成物が、標的核酸のものと実質的に相補的な同じ塩基配列を共有する第１の複数のオリゴヌクレオチドを含み；並びに
標的アデノシンの修飾の第１のレベルが、標的アデノシンの修飾の参照レベルより高く、参照レベルが、参照オリゴヌクレオチド組成物が、標的核酸及びアデノシンデアミナーゼを含む試料と接触されるときに観察され、参照オリゴヌクレオチド組成物が、標的核酸のものと実質的に相補的な同じ塩基配列を共有する参照の複数のオリゴヌクレオチドを含み；
第１の複数のオリゴヌクレオチドが、参照の複数のオリゴヌクレオチドより、多くの２’－Ｆ修飾を有する糖、多くの２’－ＯＲ修飾（式中、Ｒは、－Ｈではない）を有する糖、及び／又は多くのキラルヌクレオチド間結合を含む方法。
８５７．
１）標的核酸において第１のレベルの標的アデノシンの修飾を得ることを含み、そのレベルが、第１のオリゴヌクレオチド組成物が、標的核酸及びアデノシンデアミナーゼを含む試料と接触されるときに観察され、第１のオリゴヌクレオチド組成物が、標的核酸のものと実質的に相補的な同じ塩基配列を共有する第１の複数のオリゴヌクレオチドを含み；並びに
２）標的核酸において参照レベルの標的アデノシンの修飾を得ることを含み、そのレベルが、参照オリゴヌクレオチド組成物が、標的核酸及びアデノシンデアミナーゼを含む試料と接触されるときに観察され、参照オリゴヌクレオチド組成物が、標的核酸のものと実質的に相補的な同じ塩基配列を共有する参照の複数のオリゴヌクレオチドを含み；
第１の複数のオリゴヌクレオチドが、参照の複数のオリゴヌクレオチドより、多くの２’－Ｆ修飾を有する糖、多くの２’－ＯＲ修飾（式中、Ｒは、－Ｈではない）を有する糖、及び／又は多くのキラル制御されたキラルヌクレオチド間結合を含み；並びに
第１のオリゴヌクレオチド組成物が、参照オリゴヌクレオチド組成物のオリゴヌクレオチドと比較して高いレベルの修飾を提供する方法。
８５８．標的核酸において第１のレベルの標的アデノシンの修飾を得ることを含み、そのレベルが、第１のオリゴヌクレオチド組成物が、標的核酸及びアデノシンデアミナーゼを含む試料と接触されるときに観察され、第１のオリゴヌクレオチド組成物が、標的核酸のものと実質的に相補的な同じ塩基配列を共有する第１の複数のオリゴヌクレオチドを含み；並びに
標的アデノシンの修飾の第１のレベルが、標的アデノシンの修飾の参照レベルより高く、参照レベルが、参照オリゴヌクレオチド組成物が、標的核酸及びアデノシンデアミナーゼを含む試料と接触されるときに観察され、参照オリゴヌクレオチド組成物が、標的核酸のものと実質的に相補的な同じ塩基配列を共有する参照の複数のオリゴヌクレオチドを含み；
第１の複数のオリゴヌクレオチドが、参照の複数のオリゴヌクレオチドより、多くの２’－Ｆ修飾を有する糖、多くの２’－ＯＲ修飾（式中、Ｒは、－Ｈではない）を有する糖、及び／又は多くのキラル制御されたキラルヌクレオチド間結合を含む方法。
８５９．
１）標的核酸において第１のレベルの標的アデノシンの修飾を得ることを含み、そのレベルが、第１のオリゴヌクレオチド組成物が、標的核酸及びアデノシンデアミナーゼを含む試料と接触されるときに観察され、第１のオリゴヌクレオチド組成物が、標的核酸のものと実質的に相補的な同じ塩基配列を共有する第１の複数のオリゴヌクレオチドを含み；並びに
２）標的核酸において参照レベルの標的アデノシンの修飾を得ることを含み、そのレベルが、参照オリゴヌクレオチド組成物が、標的核酸及びアデノシンデアミナーゼを含む試料と接触されるときに観察され、参照オリゴヌクレオチド組成物が、標的核酸のものと実質的に相補的な同じ塩基配列を共有する参照の複数のオリゴヌクレオチドを含み；
第１の複数のオリゴヌクレオチドが、１つ以上のキラル制御されたキラルヌクレオチド間結合を含み；並びに
参照の複数のオリゴヌクレオチドが、キラル制御されたキラルヌクレオチド間結合を含まず（参照オリゴヌクレオチド組成物が、「立体的に不規則な」組成物であり）；並びに
第１のオリゴヌクレオチド組成物が、参照オリゴヌクレオチド組成物のオリゴヌクレオチドと比較して高いレベルの修飾を提供する方法。
８６０．
標的核酸において第１のレベルの標的アデノシンの修飾を得ることを含み、そのレベルが、第１のオリゴヌクレオチド組成物が、標的核酸及びアデノシンデアミナーゼを含む試料と接触されるときに観察され、第１のオリゴヌクレオチド組成物が、標的核酸のものと実質的に相補的な同じ塩基配列を共有する第１の複数のオリゴヌクレオチドを含み；並びに
標的アデノシンの修飾の第１のレベルが、標的アデノシンの修飾の参照レベルより高く、参照レベルが、参照オリゴヌクレオチド組成物が、標的核酸及びアデノシンデアミナーゼを含む試料と接触されるときに観察され、参照オリゴヌクレオチド組成物が、標的核酸のものと実質的に相補的な同じ塩基配列を共有する参照の複数のオリゴヌクレオチドを含み；
第１の複数のオリゴヌクレオチドが、１つ以上のキラル制御されたキラルヌクレオチド間結合を含み；並びに
参照の複数のオリゴヌクレオチドが、キラル制御されたキラルヌクレオチド間結合を含まない（参照オリゴヌクレオチド組成物が、「立体的に不規則な」組成物である）方法。
８６１．第１のオリゴヌクレオチド組成物が、実施形態１～８０３のいずれか１つのオリゴヌクレオチド組成物である、実施形態８５５～８６０のいずれか１つの方法。
８６２．参照オリゴヌクレオチド組成物が、実施形態７６７～７７６のいずれか１つの参照オリゴヌクレオチド組成物である、実施形態８５５～８６１のいずれか１つの方法。
８６３．デアミナーゼが、ＡＤＡＲ酵素である、実施形態８４６～８６２のいずれか１つの方法。
８６４．デアミナーゼが、ＡＤＡＲ１である、実施形態８４６～８６２のいずれか１つの方法。
８６５．デアミナーゼが、ＡＤＡＲ２である、実施形態８４６～８６２のいずれか１つの方法。
８６６．標的核酸が、ＲＮＡであるか又はそれを含む、実施形態８４６～８６５のいずれか１つの方法。
８６７．試料が、細胞である、実施形態８４６～８６６のいずれか１つの方法。
８６８．標的核酸が、標的アデノシンの代わりに標的アデノシンの位置でＩ又はＧを有するという点で標的核酸と異なる核酸と比較して、状態、障害又は疾患とより関連するか、又は所望の特性若しくは機能の低減とより関連するか、又は望まれない特性若しくは機能の増大とより関連する、実施形態８４６～８６７のいずれか１つの方法。
８６９．標的アデノシンが、ＧからＡへの変異である、実施形態８４６～８６７のいずれか１つの方法。
８７０．ＧからＡへの変異に影響を受けやすい状態、障害又は疾患を予防するか又は治療するための方法であって、それになりやすいか又はそれに罹患している対象に、有効量の実施形態１～８０３のいずれか１つのオリゴヌクレオチド又は組成物を投与することを含む方法。
８７１．ＧからＡへの変異と関連する状態、障害又は疾患を予防するか又は治療するための方法であって、それになりやすいか又はそれに罹患している対象に、有効量の実施形態１～８０３のいずれか１つのオリゴヌクレオチド又は組成物を投与することを含む方法。
８７２．オリゴヌクレオチド組成物中の１つ又は複数のオリゴヌクレオチド又はオリゴヌクレオチドの塩基配列が、変異である標的アデノシンを含む標的核酸のものと実質的に相補的である、実施形態８７０又は８７１の方法。
８７３．状態、障害又は疾患が、ＡからＧ又はＡからＩへの修飾に影響を受けやすい、実施形態８７１～８７２のいずれか１つの方法。
８７４．状態、障害又は疾患と関連する細胞が、ＡＤＡＲタンパク質を含むか又はそれを発現する、実施形態８７０～８７３のいずれか１つの方法。
８７５．状態、障害又は疾患と関連する細胞が、ＡＤＡＲ１を含むか又はそれを発現する、実施形態８７０～８７３のいずれか１つの方法。
８７６．状態、障害又は疾患と関連する細胞が、ＡＤＡＲ２を含むか又はそれを発現する、実施形態８７０～８７３のいずれか１つの方法。
８７７．状態、障害又は疾患が、アルファ－１アンチトリプシン欠損症であるか又はそれと関連する、実施形態８７０～８７６のいずれか１つの方法。
８７８．標的アデノシンをＩに変換することを含む、実施形態８４６～８７７のいずれか１つの方法。
８７９．２つ以上の異なるアデノシンが、標的化され、編集される、実施形態８４６～８７８のいずれか１つの方法。
８８０．２つ以上の異なる転写物が、標的化され、編集される、実施形態８４６～８７８のいずれか１つの方法。
８８１．２つ以上の異なるポリヌクレオチドに由来する転写物が、標的化され、編集される、実施形態８４６～８７８のいずれか１つの方法。
８８２．２つ以上の遺伝子に由来する転写物が、標的化され、編集される、実施形態８４６～８７８のいずれか１つの方法。
８８３．各々が独立して異なる標的を標的化し、各々が独立して実施形態１～６７５のいずれか１つのオリゴヌクレオチド又はその塩である、２つ以上のオリゴヌクレオチドを投与することを含む、実施形態８７９～８８２のいずれか１つの方法。
８８４．各々が独立して少なくとも１つの異なる標的を標的化し、各々が独立して実施形態６７６～７７９のいずれか１つの組成物である、２つ以上のオリゴヌクレオチド組成物を投与することを含む、実施形態８７９～８８２のいずれか１つの方法。
８８５．実施形態７０１～７７９のいずれか１つの組成物を投与することを含む、実施形態８７９～８８４のいずれか１つの方法。
８８６．２つ以上のオリゴヌクレオチド又は組成物が、同時に投与される、実施形態８７９～８８５のいずれか１つの方法。
８８７．２つ以上のオリゴヌクレオチド又は組成物が、単一の組成物で同時に投与される、実施形態８７９～８８６のいずれか１つの方法。
８８８．２つ以上のオリゴヌクレオチド又は組成物が、別々の組成物として投与される、実施形態８７９～８８６のいずれか１つの方法。
８８９．１つ以上のオリゴヌクレオチド又は組成物が、１つ以上の他のオリゴヌクレオチド又は組成物の前又は後に投与される、実施形態８７９～８８５のいずれか１つの方法。
例証
提供される技術（化合物（オリゴヌクレオチド、試薬など）、組成物、方法（調製、使用、評価の方法など）など）のある特定の例が、本明細書で提示される。
当業者は、多くの技術が、提供される技術、例えば、下の実施例に記載されるものの特性及び／又は活性を評価するために利用され得ることを理解する。
実施例１．アデノシン編集を評価するための有用な技術
オリゴヌクレオチド設計は、様々な系を使用して評価され得る。いくつかの実施形態では、ｃＬｕｃオリゴヌクレオチドが調製され、ＨＥＫ２９３Ｔ細胞において評価される。いくつかの実施形態では、ｃＬｕｃ（ウミホタル（Cypridina））を標的化するオリゴヌクレオチドは、ヒトＡＤＡＲ１又はヒトＡＤＡＲ２のいずれかに関するプラスミド及びｃＬｕｃルシフェラーゼレポータープラスミドでトランスフェクトされた２９３Ｔ細胞において評価された。ｃＬｕｃレポータープラスミドは、ルシフェラーゼに関して（ガウシア（Gaussia））ｇＬｕｃ－ｐ２Ａ－ｃＬｕｃ（Ｗ８５Ｘ）からなった。ｃＬｕｃレポーターは、ＡＤＡＲに媒介されるＡ＞Ｉ編集によって活性化された。オリゴヌクレオチドの編集活性は、式：
倍率変化＝処理されたオリゴヌクレオチド（ｃＬｕｃ／ｇＬｕｃ）／モック（ｃＬｕｃ／ｇＬｕｃ）を使用して計算された。
いくつかの実施形態では、レポータープラスミド及びＡＤＡＲ１又はＡＤＡＲ２プラスミドは、Liptofectamine 2000トランスフェクションプロトコル（Thermo 11668030）を使用してＨＥＫ２９３Ｔ細胞に合わせてトランスフェクトされた。好適な期間、例えば、２４時間後、レポーター及びＡＤＡＲプラスミドを発現するＨＥＫ２９３Ｔ細胞は、各実験のために適切な量のオリゴヌクレオチドでリバーストランスフェクトされた。ｃＬｕｃ及びｇＬｕｃ活性は、それぞれPierce（商標）ガウシア（Gaussia）ルシフェラーゼＧｌｏｗアッセイキット（Pierce（商標）１６１６１）又はPierce（商標）ウミホタル（Cypridina）ルシフェラーゼGlowアッセイキット（Pierce（商標）１６１７０）を使用して、４８、７２、及び／又は９６時間後に測定された。
実施例２．提供される技術は、外来ＡＤＡＲを伴わずに所望の編集を提供する。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド及び組成物は、アデノシン編集を評価するために初代ヒト肝細胞において評価された。ＡＣＴＢ ｍＲＮＡを標的化するオリゴヌクレオチドは、Liptofectamine RNAimaxトランスフェクションプロトコル（Thermo 11668030）を使用してトランスフェクトされたか又はGymnosisによる自由取り込み条件下で初代ヒト肝細胞（Gibco）に送達された。４８時間後、全ＲＮＡが、ＳＶ９６全ＲＮＡ単離システムプロトコル（Promega:Z3505）を使用して回収された。内在的に発現される標的ＲＮＡの編集部位に隣接するプライマーは、Phusion High-Fidelity ＤＮＡポリメラーゼプロトコル（Thermo:F-530XL）を使用するＰＣＲのためのものであった。ＰＣＲ産物は、サンガー法により配列決定され、ＡＤＡＲに媒介される編集のパーセントは、プログラムＥｄｉｔＲ（https://moriaritylab.shinyapps.io/editr_v10/）を使用して計算された。提供される技術は、外来ＡＤＡＲを伴わずに所望の編集を提供した。
実施例３．提供される技術は、様々な細胞型において外来ＡＤＡＲを伴わずに所望の編集を提供する。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド及びその組成物は、アデノシン編集を評価するために初代気管支上皮細胞において評価された。ＡＣＴＢ ｍＲＮＡを標的化するオリゴヌクレオチドは、Liptofectamine RNAimaxトランスフェクションプロトコル（Thermo 11668030）を使用してトランスフェクトされたか又はGymnosisによる自由取り込み条件下で初代気管支上皮細胞（Lonza）に送達された。４８時間後、全ＲＮＡが、ＳＶ９６全ＲＮＡ単離システムプロトコル（Promega:Z3505）を使用して回収された。内在的に発現される標的ＲＮＡの編集部位に隣接するプライマーは、Phusion High-Fidelity DNAポリメラーゼプロトコル（Thermo:F-530XL）を使用するＰＣＲのためのものであった。ＰＣＲ産物は、サンガー法により配列決定され、ＡＤＡＲに媒介される編集のパーセントは、プログラムＥｄｉｔＲを使用して計算された。提供される技術は、外来ＡＤＡＲを伴わずに編集を提供した。
実施例４．提供される技術は、様々な細胞型において外来ＡＤＡＲを伴わずに所望の編集を提供する。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド及び組成物は、アデノシン編集のために初代網膜色素上皮細胞において評価された。ＡＣＴＢ ｍＲＮＡを標的化するオリゴヌクレオチドは、Liptofectamine RNAimaxトランスフェクションプロトコル（Thermo 11668030）を使用してトランスフェクトされたか又はGymnosisによる自由取り込み条件下で初代ヒト網膜色素上皮細胞（Lonza）に送達された。４８時間後、全ＲＮＡが、ＳＶ９６全ＲＮＡ単離システムプロトコル（Promega:Z3505）を使用して回収された。内在的に発現される標的ＲＮＡの編集部位に隣接するプライマーは、Phusion High-Fidelity DNAポリメラーゼプロトコル（Thermo:F-530XL）を使用するＰＣＲのために使用された。ＰＣＲ産物は、サンガー法により配列決定され、ＡＤＡＲに媒介される編集のパーセントは、プログラムEditRを使用して計算された。提供される技術は、外来ＡＤＡＲを伴わずに編集を提供した。
実施例５．提供される技術は、様々な標的核酸の所望の編集を提供する。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド及び組成物は、初代マウス肝細胞において評価された。初代肝細胞は、NOD.Cg-Prkdcscid Il2rgtm1Wjl Tg(SERPINA1*E342K)#Slcw/SzJマウスモデル(The Jackson Laboratory:028842)から単離された。ＳｅｒｐｉｎＡ１ ｍＲＮＡを標的化するオリゴヌクレオチドは、Liptofectamine RNAimaxトランスフェクションプロトコル（Thermo 11668030）を使用してトランスフェクトされたか又はGymnosisによる自由取り込み条件下で単離された初代肝細胞に送達された。４８時間後、全ＲＮＡが、ＳＶ９６全ＲＮＡ単離システムプロトコル（Promega:Z3505)を使用して回収された。内在的に発現される標的ＲＮＡの編集部位に隣接するプライマーは、Phusion High-Fidelity DNAポリメラーゼプロトコル（Thermo:F-530XL）を使用するＰＣＲのために使用された。ＰＣＲ産物は、サンガー法により配列決定され、ＡＤＡＲに媒介される編集のパーセントは、プログラムEditRを使用して計算された。提供される技術は、所望の編集を提供した。
実施例６．提供される技術は、編集活性を提供することができる。
いくつかの実施形態では、本開示は、特に、様々な活性、例えば、アデノシン編集活性を発揮することができるオリゴヌクレオチド組成物を提供する。例えば、提供される糖修飾設計を含むオリゴヌクレオチドの組成物は、編集活性を提供することができる。ある特定のデータが、例えば、図１及びいくつかの他の図において示された。実証されるとおり、いくつかの実施形態では、任意選択により他の修飾（例えば、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合などの修飾されたヌクレオチド間結合）を有するある特定の位置（例えば、第１のドメインにおける２’－Ｆ、第２のドメインにおける２’－ＯＭｅなど）の１つ以上の糖修飾は、本開示に従って編集レベルを向上させ得る。
実施例７．提供される技術は、編集活性を提供することができる。
いくつかの実施形態では、本開示は、特に、様々な活性、例えば、アデノシン編集活性を発揮することができるオリゴヌクレオチド組成物を提供する。例えば、提供されるヌクレオチド間結合修飾設計を含むオリゴヌクレオチドの組成物は、編集活性を提供することができる。ある特定のデータが、例えば、図２及びいくつかの他の図において示された。図２に示されるとおり、いくつかの実施形態では、１つ以上の修飾されたヌクレオチド間結合、例えば、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合の組み込みは、本開示に従って編集レベルを向上させ得る。
実施例８．様々な糖修飾を含む提供される技術は、編集活性を提供することができる。
特に、本開示は、様々な糖修飾を含むオリゴヌクレオチド及びその組成物が、例えば、様々な図に示されるとおりの編集活性を提供することができることを実証する。ある特定のデータが、図３に示され、その中で様々なオリゴヌクレオチド組成物が評価された。２９３Ｔ細胞は、ＡＤＡＲ１又はＡＤＡＲ２、ルシフェラーゼレポーターコンストラクト及び指定の組成物でトランスフェクトされた。ｃＬｕｃ活性は尺度であり、モック処理された試料（ｎ＝２の生物学的複製物）におけるＧｌｕｃ発現に標準化された。実証されるとおり、いくつかの実施形態では、編集部位及び／又はその近傍でのある特定の糖、例えば、天然のＤＮＡ糖、２’－Ｆ修飾された糖などの利用は、編集活性を提供する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、５’－Ｎ１Ｎ０Ｎ－１－３’を含み、Ｎ１、Ｎ０、及びＮ－１の各々は、独立して、ヌクレオシドであり、Ｎ１及びＮ０は、本明細書に記載されるとおりのヌクレオチド間結合に結合し、Ｎ－１及びＮ０は、本明細書に記載されるとおりのヌクレオチド間結合に結合し、Ｎ０は、標的アデノシンの反対側である。いくつかの実施形態では、Ｎ１、Ｎ０、及びＮ－１の各々の糖は、独立して、天然のＤＮＡ糖である。いくつかの実施形態では、Ｎ１の糖は、２’修飾された糖であり、Ｎ０及びＮ－１の各々の糖は、独立して、天然のＤＮＡ糖である。いくつかの実施形態では、そのようなオリゴヌクレオチドは、高い編集レベルを提供する。
実施例９．様々な糖型を含む提供される技術は、編集活性を提供することができる。
特に、本開示は、様々な糖型を含むオリゴヌクレオチド及びその組成物が、例えば、様々な図に示されるとおりの編集活性を提供することができることを実証する。ある特定のデータが、図４に示され、その中で様々なオリゴヌクレオチド組成物が評価された。２９３Ｔ細胞は、ＡＤＡＲ１又はＡＤＡＲ２、ルシフェラーゼレポーターコンストラクト及び指定の組成物でトランスフェクトされた。ｃＬｕｃ活性は尺度であり、モック処理された試料（ｎ＝２の生物学的複製物）におけるＧｌｕｃ発現に標準化された。
実施例１０．提供される技術は、短い配列で編集を提供することができる。
いくつかの実施形態では、本開示は、例えば、以前の技術と比較して短い配列のオリゴヌクレオチド、及びその組成物を提供する。そのようなオリゴヌクレオチド及び組成物は、例えば、製造、送達などに関していくつかの利点を提供することができる。例えば、様々な図において実証されるとおり、提供されるオリゴヌクレオチド及び組成物は、長い配列を使用することなく編集活性を提供することができる。ある特定のデータが、図５に示され、その中で様々なオリゴヌクレオチド組成物が評価された。２９３Ｔ細胞は、ＡＤＡＲ１（ａ及びｂ）又はＡＤＡＲ２（ｃ及びｄ）、ルシフェラーゼレポーターコンストラクト及び指定の組成物でトランスフェクトされた。ｃＬｕｃ活性は、測定され、モック処理された試料（ｎ＝２の生物学的複製物）においてＧｌｕｃ発現に標準化された。実証されるとおり、様々な長さ、例えば、２７、２８、２９、２０、３１、３２、又はそれ以上のオリゴヌクレオチドは、例えば、ＡＤＡＲ１及び／又はＡＤＡＲ２と接触されるとき、編集を提供することができる。
実施例１１．提供される技術は、外来ＡＤＡＲを伴わずに様々な細胞型で編集活性を提供することができる。
いくつかの実施形態では、提供される技術は、例えば、様々な図において示されるとおり、所望の結果を提供するための外来ＡＤＡＲを必要としない。ある特定のデータが、図６に示され、これは異なる細胞型において外来ＡＤＡＲを伴わない内在性の標的（アクチンの３’ＵＴＲにおけるＴＡＧ部位）の編集を示す。細胞は、５０ｎＭのオリゴヌクレオチドでトランスフェクトされ、編集は、４８時間後に測定された。（ＲＰＥ及びＮＨＢＥ細胞に関してＮ＝１、肝細胞に関してＮ＝２の生物学的複製物）
実施例１２．様々な数のミスマッチを含む提供される技術は、編集活性を提供することができる。
いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、標的核酸と完全に相補的である。いくつかの実施形態では、１つ以上のミスマッチがある。特に、本開示は、様々な数のミスマッチを含むオリゴヌクレオチド及びその組成物が、例えば、様々な図に示されるとおりの編集活性を提供することができることを実証する。ある特定のデータが、図７に示され、その中で様々なオリゴヌクレオチド組成物が評価された。２９３Ｔ細胞は、ＡＤＡＲ１又はＡＤＡＲ２、ルシフェラーゼレポーターコンストラクト及び指定の組成物でトランスフェクトされた。ｃＬｕｃ活性が、４８及び９６時間で測定され、モック処理された試料（ｎ＝２の生物学的複製物）においてＧｌｕｃ発現に標準化された。
実施例１３．様々なパターンのミスマッチを含む提供される技術は、編集活性を提供することができる。
いくつかの実施形態では、ミスマッチは、様々な位置の間及び位置で（例えば、末端、標的アデノシンの反対側のヌクレオシドなどに対して）様々な距離を有する。特に、本開示は、様々なパターンのミスマッチが、例えば、様々な図に示されるとおりの編集活性を提供するために利用され得ることを実証する。ある特定のデータが、図８に示され、その中で様々なオリゴヌクレオチド組成物が評価された。２９３Ｔ細胞は、ＡＤＡＲ１又はＡＤＡＲ２、ルシフェラーゼレポーターコンストラクト及び指定の組成物でトランスフェクトされた。ｃＬｕｃ活性は、モック処理された試料（ｎ＝２の生物学的複製物）においてＧｌｕｃ発現に標準化された。
実施例１４．様々なパターンのミスマッチを含む提供される技術は、編集活性を提供することができる。
図９は、様々なミスマッチパターンを有するオリゴヌクレオチド及びその組成物が、編集活性を提供することができることを示す追加のデータを提供する。図９に関して、組成物は全てｃＬｕｃコード配列内の中途でのＵＡＧ終止コドンを標的化する。２９３Ｔ細胞は、ＡＤＡＲ１又はＡＤＡＲ２、ルシフェラーゼレポーターコンストラクト及び指定の組成物でトランスフェクトされた。ｃＬｕｃ活性は、モック処理された試料（ｎ＝２の生物学的複製物）においてＧｌｕｃ発現に標準化された。
実施例１５．キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、高い活性を提供することができる。
特に、本開示は、対応する立体的に不規則な組成物を超える様々な利点を提供することができるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。いくつかの実施形態では、例えば、様々な図に示されるとおり、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、編集活性を提供することができる。いずれかの特定の理論に縛られることを意図するものではないが、キラル制御されたヌクレオチド間結合は、ＡＤＡＲとのある特定の立体化学的に特異的な相互作用を介して向上したオリゴヌクレオチド安定性を提供し及び／又はＡＤＡＲタンパク質によるアデノシン編集を促進し得る。ある特定のデータが、図１０に示され、その中で様々なオリゴヌクレオチド組成物が評価された。２９３Ｔ細胞は、ＡＤＡＲ１又はＡＤＡＲ２、ルシフェラーゼレポーターコンストラクト及び指定の組成物でトランスフェクトされた。ｃＬｕｃ活性は、モック処理された試料（ｎ＝２の生物学的複製物）においてＧｌｕｃ発現に標準化された。特に、Ｓｐのヌクレオチド間結合、例えば、Ｓｐのホスホロチオエートヌクレオチド間結合を含むオリゴヌクレオチドのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物が、より高いレベルの編集を提供することができること（例えば、参照の立体的に不規則な組成物及び／又はより少ないＳｐ及び／又はより多いＲｐのホスホロチオエートヌクレオチド間結合を含むオリゴヌクレオチドのある特定のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物と比較して）が実証された。いくつかの実施形態では、Ｒｐのホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、本開示に従って、オリゴヌクレオチドの中程の位置で利用され得る、例えば、第２のサブドメインなどのヌクレオシドに結合され得る。
実施例１６．キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、高い活性を提供することができる。
いくつかの実施形態では、本開示は、特に、高い活性、例えば、アデノシン編集活性を発揮することができるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。いくつかの実施形態では、図１１に示されるとおり、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、参照の立体的に不規則なオリゴヌクレオチド組成物と比較して、最大８～１０倍高いＡＤＡＲ１に媒介される編集活性を発揮することができる。
実施例１７．キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、外来ＡＤＡＲを伴わずに様々な細胞型において著しく高い活性を提供することができる。
特に、本開示は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物が、外来ＡＤＡＲを伴わずに予想外の高い活性を提供することができることを実証する。ある特定のデータが、図１２に示され、その中で様々なオリゴヌクレオチド組成物が評価された。細胞は、１０ｕＭの用量のオリゴヌクレオチドでGymnosisにより処理されたか、又は５０ｎＭの用量でトランスフェクトされた。ＲＮＡは４８時間後に収集され、編集された転写物のパーセンテージは、サンガー法による配列決定によって定量化された（ｎ＝２の生物学的複製物）。
実施例１８．提供される技術は、外来ＡＤＡＲを伴わずに短い配列で編集活性を提供することができる。
本明細書で実証されるとおり、提供される技術は、様々な長さのオリゴヌクレオチド及びその組成物を使用して編集活性を発揮することができる。ある特定のデータが図１３に示され、初代ヒト網膜色素上皮（ＲＰＥ細胞）における編集を示す。組成物は全て、アクチンの３’ＵＴＲのＵＡＧモチーフを標的化する。初代ヒトＲＰＥ細胞は、５０ｎＭのオリゴヌクレオチドでトランスフェクトされた。ＲＮＡは４８時間後に収集され、編集された転写物のパーセンテージは、サンガー法による配列決定によって定量化された（ｎ＝２の生物学的複製物）。
実施例１９．キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、外来ＡＤＡＲを伴わずに様々な細胞型において高い活性を提供することができる。
提供される技術のある特定の利点、例えば、高い活性は、図１４において実証され、その中で様々なオリゴヌクレオチド組成物が評価された。初代ヒト気管支上皮細胞は、１０ｕＭのオリゴヌクレオチドでGymnosisにより処理された一方で、初代ＲＰＥ細胞は、５０ｎｍのオリゴヌクレオチドでトランスフェクトされた。ＲＮＡは４８時間後に収集され、編集された転写物のパーセンテージは、サンガー法による配列決定によって定量化された（ｎ＝２の生物学的複製物）。
実施例２０．様々なヌクレオチド間結合パターンを含む提供される技術は、編集活性を提供することができる。
特に、本開示は、様々な型のヌクレオチド間結合（及びそのパターン）を有するオリゴヌクレオチドを提供する。ある特定のヌクレオチド間結合、例えば、中性のヌクレオチド間結合は、オリゴヌクレオチドの１つ以上の特性及び／又は活性を向上させ得る。特に、本開示は、様々な型のヌクレオチド間結合が、例えば、様々な図に示されるとおりの編集編集活性を提供するために利用され得ることを実証する。ある特定のデータが、図１５に示され、その中で様々なオリゴヌクレオチド組成物が評価された。２９３Ｔ細胞は、ＡＤＡＲ１又はＡＤＡＲ２、ルシフェラーゼレポーターコンストラクト及び指定の組成物でトランスフェクトされた。ｃＬｕｃ活性は、モック処理された試料（ｎ＝２の生物学的複製物）においてＧｌｕｃ発現に標準化された。
実施例２１．様々なヌクレオチド間結合パターンを含む提供される技術は、外来ＡＤＡＲを伴わずに編集活性を提供することができる。
特に、本開示は、様々なヌクレオチド間結合パターンを含む提供される技術が、例えば、様々なオリゴヌクレオチド組成物が評価された図１６に示されるとおり、外来ＡＤＡＲを伴わずに編集活性を提供することができることを実証する。初代ヒト肝細胞は、３．３ｕＭのオリゴヌクレオチドでGymnosisにより処理された。ＲＮＡは４８時間後に収集され、編集された転写物のパーセンテージは、サンガー法による配列決定によって定量化された（ｎ＝２の生物学的複製物）。
実施例２２．様々な修飾及びキラル制御を含む提供される技術は、外来ＡＤＡＲを伴わずに編集活性を提供することができる。
本明細書に記載されるとおり、提供される技術は、高い活性のオリゴヌクレオチド及び組成物を提供する、様々な提供される特徴、例えば、修飾及び／又は立体化学的制御を利用することができる。いくつかの実施形態では、例えば、標的アデノシンの反対側のヌクレオシドで提供される修飾は、例えば、様々なオリゴヌクレオチド組成物が評価された図１７に示されるとおり、外来ＡＤＡＲを伴わずに高いアデノシン編集活性を提供することができる。初代ヒト肝細胞は、５０ｎＭのオリゴヌクレオチドでトランスフェクトされた。ＲＮＡは４８時間後に収集され、編集された転写物のパーセンテージは、サンガー法による配列決定によって定量化された（ｎ＝２の生物学的複製物）。
実施例２３．追加の部分を含む提供される技術は、外来ＡＤＡＲを伴わずに編集活性を提供することができる。
いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、追加の化学的部分、例えば、ＧａｌＮＡｃ及びその誘導体を含む。いくつかの実施形態では、追加の部分の組み込みは、向上した特性及び／又は活性を提供する。ある特定のデータが、図１８に示され、その中でＧａｌＮＡｃ部分を含むオリゴヌクレオチドの組成物が評価された。初代ヒト肝細胞は、様々な濃度でGymnosisにより処理された。標的の編集は、サンガー法による配列決定によって測定された（ｎ＝２の生物学的複製物）。初代ヒト肝細胞における１セットのデータにおいて、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物ＷＶ－２７４５８及びＷＶ－２７４６０による編集は、ＡＣＴＢの６５％～７５％に達し、ＷＶ－２７４５８及びＷＶ－２７４６０に関する絶対ＥＣ５０は、それぞれ３０９．０ｎＭ（９５％ ＣＩ：２５９．０～３５９．１ｎＭ）及び１６６．２ｎＭ（９５％ ＣＩ：１４４．６～１８７．８ｎＭ）であったが、立体的に不規則な組成物ＷＶ－３０２９８による編集は、５０％未満で定常に達し、このことは、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物が、特に、向上した編集を提供できることを確証した。本明細書に記載され且つ実証されるとおり、キラル制御は、特に、様々な送達技術が利用されるとき、活性の増大を提供することができる。例えば、Gymnosisによる送達が利用された１セットの実験において（気管支上皮細胞、１０ｕＭオリゴヌクレオチド濃度）、ＡＣＴＢ編集は、立体的に不規則な組成物ＷＶ－２３９２８に関して観察されなかったが、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物ＷＶ－２７３８７は、ＡＣＴＢの約１９％の編集を提供した。
実施例２４．修飾された核酸塩基含む提供される技術は、外来ＡＤＡＲを伴わずに編集活性を提供することができる。
いくつかの実施形態では、提供される技術は、ある特定の位置で修飾された核酸塩基を含み、そのような修飾された核酸塩基は、様々な利点、例えば、高い活性を提供し得る。いくつかの実施形態では、本明細書、例えば、図１９において実証されるとおり、設計されるとおりの修飾された核酸塩基を含むオリゴヌクレオチドは、著しく高い活性を提供することができる（例えば、標的アデニンの反対側の核酸塩基の隣のヒポキサンチン）。図１９は、初代マウス肝細胞におけるＳＥＲＰＩＮＡ１（ＰｉＺアレル）の編集を示す。組成物は全て、変異体ヒトＳＥＲＰＩＮＡ１転写物（ＰｉＺＺアレル）におけるアデノシンを標的化する。初代肝細胞（変異体ヒト転写物を発現するマウスモデルから抽出された）は、５０ｎＭのオリゴヌクレオチドでトランスフェクトされた。標的の編集は、サンガー法による配列決定によって測定された（ｎ＝２の生物学的複製物）。
実施例２５．修飾された核酸塩基含む提供される技術は、外来ＡＤＡＲを伴わずに編集活性を提供することができる。
いくつかの実施形態では、提供される技術は、ある特定の位置、例えば、標的アデノシンの反対側で修飾された核酸塩基を含み、そのような修飾された核酸塩基は、様々な利点、例えば、高い活性を提供し得る。いくつかの実施形態では、本明細書、例えば、図２０において実証されるとおり、設計されるとおりの修飾された核酸塩基（図２０において、シュード－イソシトシン）を含むオリゴヌクレオチドは、著しく高い活性を提供することができる。図２０は、初代マウス肝細胞におけるＳＥＲＰＩＮＡ１（ＰｉＺアレル）の編集を示す。組成物は全て、変異体ヒトＳＥＲＰＩＮＡ１転写物（ＰｉＺＺアレル）におけるアデノシンを標的化する。初代肝細胞（変異体ヒト転写物を発現するマウスモデルから抽出された）は、５０ｎＭのオリゴヌクレオチドでトランスフェクトされ、処理された。標的の編集は、サンガー法による配列決定によって測定された（ｎ＝２の生物学的複製物）。示されるとおり、修飾された核酸塩基を含む提供される設計は、活性を非常に向上させることができる。
実施例２６．様々な核酸塩基を含む提供される技術は、編集活性を提供することができる。
特に、本開示は、修飾された核酸塩基を含む様々な核酸塩基を含むオリゴヌクレオチドが、編集を提供し得ることを実証する。ある特定のデータが、図２１に示される。２９３Ｔ細胞は、ＡＤＡＲ１又はＡＤＡＲ２、ルシフェラーゼレポーターコンストラクト及び様々なオリゴヌクレオチド濃度の指定の組成物でトランスフェクトされた。ｃＬｕｃ活性は、モック処理された試料（ｎ＝２の生物学的複製物）においてＧｌｕｃ発現に標準化された。
実施例２７．様々な核酸塩基を含む提供される技術は、編集活性を提供することができる。
特に、本開示は、修飾された核酸塩基を含む様々な核酸塩基を含むオリゴヌクレオチドが、増強された編集を提供し得ることを実証する。いくつかの実施形態では、修飾された核酸塩基を含むヌクレオシドは、標的アデノシンの真向かいにある（いくつかの実施形態では、そのようなヌクレオシドは、「標的アデノシンの反対側のヌクレオシド」、又は「反対側のヌクレオシド」と称される）。ある特定のデータが、図２１に示され、その中で８－オキソアデノシンを含むオリゴヌクレオチドの組成物が評価された。２９３Ｔ細胞は、ＡＤＡＲ１又はＡＤＡＲ２、ルシフェラーゼレポーターコンストラクト及び様々なオリゴヌクレオチド濃度の指定の組成物でトランスフェクトされた。ｃＬｕｃ活性は、モック処理された試料（ｎ＝２の生物学的複製物）においてＧｌｕｃ発現に標準化された。本明細書で実証されるとおり、８－オキソアデノシンは、より高い編集効率を提供することができる。いずれかの理論によって限定されることを意図するものではないが、８－オキソアデノシンは、そのプリン環の７’位でＮ－Ｈ結合を有するため、例えば、シトシンより多くの及び／又は強い水素結合をＡｄａｒ酵素と形成することができた。
実施例２８．１－（（２Ｒ，３Ｒ，４Ｒ，５Ｒ）－５－（（ビス（４－メトキシフェニル）（フェニル）メトキシ）メチル）－３－（（ｔｅｒｔ－ブチルジメチルシリル）オキシ）－４－ヒドロキシテトラヒドロフラン－２－イル）－３，４－ジヒドロピリミジン－２（１Ｈ）－オンの合成。
Figure 2022551124000424
工程１．ＨＭＤＳ（８００ｍＬ）中のピリミジン－２－オールＨＣｌ塩（４０ｇ、３０１．７８ｍｍｏｌ、１当量）の混合物を脱気し、Ｎ２で３回パージし、続いて混合物をＮ２雰囲気下にて１３０℃で２時間撹拌した。反応混合物は透明になる。反応混合物にトルエン（５００ｍＬ＊２）を加え、減圧下で濃縮して、溶媒を除去した。粗生成物２－（（トリメチルシリル）オキシ）ピリミジン（５０ｇ、粗製物、黄色油として）を、さらに精製することなく次の工程に使用した。
工程２．ＤＣＥ（１２００ｍＬ）中のジ安息香酸（２Ｓ，３Ｒ，４Ｒ，５Ｒ）－２－アセトキシ－５－（（ベンゾイルオキシ）メチル）テトラヒドロフラン－３，４－ジイル（６０ｇ、１１８．９３ｍｍｏｌ、１当量）の溶液に、化合物２－（（トリメチルシリル）オキシ）ピリミジン（２６．８２ｇ、１５９．３７ｍｍｏｌ、１．３４当量）を加えた。ＤＣＥ（６００ｍＬ）中のＳｎＣｌ４（４３．６９ｇ、１６７．７０ｍｍｏｌ、１９．５９ｍＬ、１．４１当量）及びモレキュラーシーブ４Ａ（１０ｇ）を加えた。混合物を１５℃で１２時間撹拌した。反応混合物を減圧下で濃縮して、溶媒を除去した。残渣を、カラムクロマトグラフィー（ＳｉＯ２、石油エーテル／酢酸エチル＝１／１～０：１）により精製して、黄色固体として得られたジ安息香酸（２Ｒ，３Ｒ，４Ｒ，５Ｒ）－２－（（ベンゾイルオキシ）メチル）－５－（２－オキソピリミジン－１（２Ｈ）－イル）テトラヒドロフラン－３，４－ジイル（１２８ｇ、収率９９．５６％）を得た。ＴＬＣ：（石油エーテル：酢酸エチル＝０：１）：Ｒｆ＝０．３２。ＭＳ：４４５．２（Ｍ－９５）＋。
工程３．ＴＨＦ（２０００ｍＬ）中のジ安息香酸（２Ｒ，３Ｒ，４Ｒ，５Ｒ）－２－（（ベンゾイルオキシ）メチル）－５－（２－オキソピリミジン－１（２Ｈ）－イル）テトラヒドロフラン－３，４－ジイル（４０ｇ、７４．００ｍｍｏｌ、１当量）の溶液に、ＭｅＯＨ（１００ｍＬ）中のＮａＢＨ４（３．０８ｇ、８１．４０ｍｍｏｌ、１．１当量）を加えた。混合物を０℃で１時間撹拌した。反応混合物を減圧下で濃縮して、溶媒を除去した。残渣にＨ２Ｏ（１５００ｍＬ）を加え、続いてＥｔＯＡｃ（２０００ｍＬ）で希釈し、ＥｔＯＡｃ（２０００ｍＬ＊３）で抽出した。Ｎａ２ＳＯ４で乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。残渣を、カラムクロマトグラフィー（ＳｉＯ２、石油エーテル／酢酸エチル＝２：３）により精製して、黄色固体として得られたジ安息香酸（２Ｒ，３Ｒ，４Ｒ，５Ｒ）－２－（（ベンゾイルオキシ）メチル）－５－（２－オキソ－３，６－ジヒドロピリミジン－１（２Ｈ）－イル）テトラヒドロフラン－３，４－ジイル（１３ｇ、２３．９６ｍｍｏｌ、収率１０．７９％）及びジ黄色固体として得られたジ安息香酸（２Ｒ，３Ｒ，４Ｒ，５Ｒ）－２－（（ベンゾイルオキシ）メチル）－５－（２－オキソ－３，４－ジヒドロピリミジン－１（２Ｈ）－イル）テトラヒドロフラン－３，４－ジイル（１９ｇ、３５．０２ｍｍｏｌ、収率１５．７７％）を得た。ＭＳ：５４３．０（Ｍ＋Ｈ）＋。
工程４．ＭｅＯＨ（４０ｍＬ）及びＤＣＭ（２０ｍＬ）中のジ安息香酸（２Ｒ，３Ｒ，４Ｒ，５Ｒ）－２－（（ベンゾイルオキシ）メチル）－５－（２－オキソ－３，４－ジヒドロピリミジン－１（２Ｈ）－イル）テトラヒドロフラン－３，４－ジイル（４ｇ、７．３７ｍｍｏｌ、１当量）の溶液に、ＮＨ３．Ｈ２Ｏ（２５．８４ｇ、１８４．３２ｍｍｏｌ、２８．４０ｍＬ、純度２５％、２５当量）を加えた。反応混合物を減圧下で濃縮して、溶媒を除去し、続いて粗製物を、トルエン（３０ｍＬ＊２）によるロータリーエバポレーター上での共沸蒸留により乾燥させた。粗製物を、逆相ＨＰＬＣ（０．１％ ＮＨ３・Ｈ２Ｏ条件）により精製して、黄色固体として１－（（２Ｒ，３Ｒ，４Ｓ，５Ｒ）－３，４－ジヒドロキシ－５－（ヒドロキシメチル）テトラヒドロフラン－２－イル）－３，４－ジヒドロピリミジン－２（１Ｈ）－オン（１．７ｇ、７．３８ｍｍｏｌ、収率１００％）を得た。１Ｈ ＮＭＲ（４００ＭＨｚ，ＤＭＳＯ－ｄ６）δ＝７．９７－７．７６（ｍ，１Ｈ），７．５１－７．２８（ｍ，２Ｈ），６．７８（ｂｒ ｓ，１Ｈ），６．３２（ｂｒ ｄ，Ｊ＝８．１Ｈｚ，１Ｈ），５．６３（ｂｒ ｄ，Ｊ＝５．６Ｈｚ，１Ｈ），４．９５－４．８０（ｍ，１Ｈ），３．９０－３．８２（ｍ，２Ｈ），３．７７（ｂｒ ｄ，Ｊ＝１２．７Ｈｚ，１Ｈ），３．６５（ｂｒ ｄ，Ｊ＝２．７Ｈｚ，１Ｈ），３．５４－３．３６（ｍ，２Ｈ）；ＭＳ：２３０．８（Ｍ＋Ｈ）＋．
工程５．ピリジン（２０ｍＬ）中の１－（（２Ｒ，３Ｒ，４Ｓ，５Ｒ）－３，４－ジヒドロキシ－５－（ヒドロキシメチル）テトラヒドロフラン－２－イル）－３，４－ジヒドロピリミジン－２（１Ｈ）－オン（１ｇ、４．３４ｍｍｏｌ、１当量）の溶液に、ＤＭＴｒ－Ｃｌ（１．６２ｇ、４．７７ｍｍｏｌ、１．１当量）を加えた。混合物を１５℃で２時間撹拌した。反応混合物を減圧下で濃縮して、溶媒を除去した。残渣を、分取ＨＰＬＣ（カラム：Agela DuraShell C18 １５０＊２５ｍｍ＊５ｕｍ；移動相：［水（０．０４％ＮＨ３Ｈ２Ｏ）－ＡＣＮ］；Ｂ％：３５％－５５％、２２分）により精製した。１－（（２Ｒ，３Ｒ，４Ｓ，５Ｒ）－５－（（ビス（４－メトキシフェニル）（フェニル）メトキシ）メチル）－３，４－ジヒドロキシテトラヒドロフラン－２－イル）－３，４－ジヒドロピリミジン－２（１Ｈ）－オン（０．３ｇ、５６３．２９ｕｍｏｌ、収率１２．９８％）を黄色固体として得た。１Ｈ ＮＭＲ（４００ＭＨｚ，クロロホルム－ｄ）δ＝７．４２（ｄ，Ｊ＝７．７Ｈｚ，２Ｈ），７．３６－７．２８（ｍ，５Ｈ），７．２２（ｄ，Ｊ＝７．３Ｈｚ，１Ｈ），６．８３（ｄ，Ｊ＝８．８Ｈｚ，４Ｈ），６．４４（ｄ，Ｊ＝８．２Ｈｚ，１Ｈ），５．８４－５．７０（ｍ，１Ｈ），５．０３（ｂｒ ｓ，１Ｈ），４．８４－４．６９（ｍ，１Ｈ），４．２１（ｄ，Ｊ＝３．３Ｈｚ，２Ｈ），４．１０（ｂｒ ｓ，１Ｈ），３．９８（ｂｒ ｓ，２Ｈ），３．８０（ｓ，６Ｈ），３．５０（ｓ，１Ｈ），３．３８（ｂｒ ｄ，Ｊ＝３．１Ｈｚ，１Ｈ），３．２６（ｄｄ，Ｊ＝３．６，１０．５Ｈｚ，２Ｈ）
工程５：ＴＨＦ（３２ｍＬ）中の１－（（２Ｒ，３Ｒ，４Ｓ，５Ｒ）－５－（（ビス（４－メトキシフェニル）（フェニル）メトキシ）メチル）－３，４－ジヒドロキシテトラヒドロフラン－２－イル）－３，４－ジヒドロピリミジン－２（１Ｈ）－オン（０．７ｇ、１．３１ｍｍｏｌ、１当量）の溶液に、ＡｇＮＯ３（２６７．９３ｍｇ、１．５８ｍｍｏｌ、１．２当量）及びピリジン（５１９．８２ｍｇ、６．５７ｍｍｏｌ、５３０．４３ｕＬ、５当量）を加え、続いてＴＢＳＣｌ（２１７．９１ｍｇ、１．４５ｍｍｏｌ、１７７．１６ｕＬ、１．１当量）を加えた。反応混合物に、飽和ＮａＨＣＯ３（水溶液、５ｍＬ）を加え、ＥｔＯＡｃ（１０ｍＬ＊３）で抽出した。合わせた有機層をＮａ２ＳＯ４で乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。残渣を、分取ＴＬＣ（ＳｉＯ２、石油エーテル：酢酸エチル＝１：１）により精製した。１－（（２Ｒ，３Ｒ，４Ｒ，５Ｒ）－５－（（ビス（４－メトキシフェニル）（フェニル）メトキシ）メチル）－３－（（ｔｅｒｔ－ブチルジメチルシリル）オキシ）－４－ヒドロキシテトラヒドロフラン－２－イル）－３，４－ジヒドロピリミジン－２（１Ｈ）－オン（ＷＶ－ＮＵ－０７２）（０．３９ｇ、６０２．９３ｕｍｏｌ、収率４５．８７％）を、白色固体として得た。１Ｈ ＮＭＲ（４００ＭＨｚ，クロロホルム－ｄ）δ＝７．４２（ｄ，Ｊ＝７．５Ｈｚ，２Ｈ），７．３６－７．２７（ｍ，６Ｈ），７．２５－７．１９（ｍ，１Ｈ），６．８４（ｄ，Ｊ＝８．６Ｈｚ，４Ｈ），６．４６（ｂｒ ｄ，Ｊ＝８．１Ｈｚ，１Ｈ），５．９２（ｄ，Ｊ＝６．０Ｈｚ，１Ｈ），４．８３（ｂｒ ｓ，１Ｈ），４．７９－４．７０（ｍ，１Ｈ），４．３２（ｔ，Ｊ＝５．８Ｈｚ，１Ｈ），４．１３（ｂｒ ｄ，Ｊ＝７．０Ｈｚ，１Ｈ），４．０６－４．００（ｍ，１Ｈ），３．９９－３．９０（ｍ，２Ｈ），３．８０（ｓ，６Ｈ），３．４４（ｄｄ，Ｊ＝２．５，１０．５Ｈｚ，１Ｈ），３．２６（ｄｄ，Ｊ＝３．１，１０．４Ｈｚ，１Ｈ），１．００－０．８９（ｍ，９Ｈ），０．１８（ｄ，Ｊ＝２．６Ｈｚ，６Ｈ）．
実施例２９．－ベンジル－１－（（２Ｒ，３Ｒ，４Ｒ，５Ｒ）－５－（（ビス（４－メトキシフェニル）（フェニル）メトキシ）メチル）－３－（（ｔｅｒｔ－ブチルジメチルシリル）オキシ）－４－ヒドロキシテトラヒドロフラン－２－イル）－２，４－ジオキソ－１，２，３，４－テトラヒドロピリミジン－５－カルボキサミドの合成。
Figure 2022551124000425
工程１．ピリジン（９００ｍＬ）中の化合物１－（（２Ｒ，３Ｒ，４Ｓ，５Ｒ）－３，４－ジヒドロキシ－５－（ヒドロキシメチル）テトラヒドロフラン－２－イル）－５－ヨードピリミジン－２，４（１Ｈ，３Ｈ）－ジオン（９０ｇ、２４３．１８ｍｍｏｌ、１当量）及びＤＭＡＰ（２．９７ｇ、２４．３２ｍｍｏｌ、０．１当量）の溶液に、ＤＭＴｒＣｌ（９０．６４ｇ、２６７．５０ｍｍｏｌ、１．１当量）を加えた。混合物を１５℃で３時間撹拌した。ＴＬＣは反応が完了したことを示した。反応混合物をＥｔＯＡｃ（２０００ｍＬ）で希釈し、飽和ＮａＨＣＯ３（水溶液、１０００ｍＬ）で洗浄した。水相をＥｔＯＡｃ（１０００ｍＬ＊２）で抽出した。合わせた有機層をＮａ２ＳＯ４で乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。残渣を、ＭＰＬＣ（ＳｉＯ２、石油エーテル／酢酸エチル＝９／１～０：１、続いて酢酸エチル：ＭｅＯＨ＝５０：１、１％ ＴＥＡ）により精製した。１－（（２Ｒ，３Ｒ，４Ｓ，５Ｒ）－５－（（ビス（４－メトキシフェニル）（フェニル）メトキシ）メチル）－３，４－ジヒドロキシテトラヒドロフラン－２－イル）－５－ヨードピリミジン－２，４（１Ｈ，３Ｈ）－ジオン（１３２ｇ、１９６．２９ｍｍｏｌ、収率８０．７２％）を、褐色固体として得た。１Ｈ ＮＭＲ（４００ＭＨｚ，クロロホルム－ｄ）δ＝８．０３（ｓ，１Ｈ），７．３４（ｂｒ ｄ，Ｊ＝７．６Ｈｚ，２Ｈ），７．２６－７．１８（ｍ，６Ｈ），７．１５－７．０８（ｍ，１Ｈ），６．７６（ｄ，Ｊ＝８．７Ｈｚ，４Ｈ），６．０７（ｂｒ ｓ，２Ｈ），５．８５（ｂｒ ｄ，Ｊ＝４．３Ｈｚ，１Ｈ），４．４０（ｂｒ ｔ，Ｊ＝４．５Ｈｚ，１Ｈ），４．３２（ｂｒ ｄ，Ｊ＝３．９Ｈｚ，１Ｈ），４．１６（ｂｒ ｓ，１Ｈ），３．６７（ｓ，６Ｈ），３．４０－３．２４（ｍ，２Ｈ）．
工程２．ＣＯで飽和したＴＨＦ（６３０ｍＬ）中の１－（（２Ｒ，３Ｒ，４Ｓ，５Ｒ）－５－（（ビス（４－メトキシフェニル）（フェニル）メトキシ）メチル）－３，４－ジヒドロキシテトラヒドロフラン－２－イル）－５－ヨードピリミジン－２，４（１Ｈ，３Ｈ）－ジオン（６３ｇ、９３．６９ｍｍｏｌ、１当量）、フェニルメタンアミン；塩酸塩（４７．０９ｇ、３２７．９０ｍｍｏｌ、３．５当量）、Ｐｄ（ＰＰｈ３）４（２１．６５ｇ、１８．７４ｍｍｏｌ、０．２当量）、ＴＥＡ（１８９．６０ｇ、１．８７ｍｏｌ、２６０．８０ｍＬ、２０当量）の溶液を、オートクレーブ中において１５０Ｐｓｉ下にて７０℃で４８時間撹拌した。ＬＣ－ＭＳは、出発材料が消失したことを示した。反応混合物を濾過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。残渣を、ＭＰＬＣ（ＳｉＯ２、石油エーテル／酢酸エチル＝９／１～０：１、１％ ＴＥＡ）により精製した。Ｎ－ベンジル－１－（（２Ｒ，３Ｒ，４Ｓ，５Ｒ）－５－（（ビス（４－メトキシフェニル）（フェニル）メトキシ）メチル）－３，４－ジヒドロキシテトラヒドロフラン－２－イル）－２，４－ジオキソ－１，２，３，４－テトラヒドロピリミジン－５－カルボキサミド（２５ｇ、３６．７８ｍｍｏｌ、収率３９．２６％）を、黄色固体として得た。ＭＳ：６７１．０（Ｍ－Ｈ）－。
工程３．ＴＨＦ（５００ｍＬ）中のＮ－ベンジル－１－（（２Ｒ，３Ｒ，４Ｓ，５Ｒ）－５－（（ビス（４－メトキシフェニル）（フェニル）メトキシ）メチル）－３，４－ジヒドロキシテトラヒドロフラン－２－イル）－２，４－ジオキソ－１，２，３，４－テトラヒドロピリミジン－５－カルボキサミド（２５ｇ、３６．７８ｍｍｏｌ、１当量）の溶液に、硝酸銀（７．５０ｇ、４４．１４ｍｍｏｌ、１．２当量）、ピリジン（１４．５５ｇ、１８３．９０ｍｍｏｌ、１４．８４ｍＬ、５当量）及びＴＢＳＣｌ（７．２１ｇ、４７．８１ｍｍｏｌ、５．８６ｍＬ、１．３当量）を加えた。混合物を暗所において１５℃で４８時間撹拌した。ＴＬＣは、出発材料が消費されたことを示した。反応混合物に、飽和ＮａＨＣＯ３（水溶液、５０ｍＬ）を加え、ＥｔＯＡｃ（５００ｍＬ＊３）で抽出した。合わせた有機層をＮａ２ＳＯ４で乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。残渣を、ＭＰＬＣ（ＳｉＯ２、石油エーテル／酢酸エチル＝９／１～０／１）により２回精製した。残渣を、カラムクロマトグラフィー（ＳｉＯ２、石油エーテル／酢酸エチル＝９／１～０／１）により６回精製した。Ｎ－ベンジル－１－（（２Ｒ，３Ｒ，４Ｒ，５Ｒ）－５－（（ビス（４－メトキシフェニル）（フェニル）メトキシ）メチル）－３－（（ｔｅｒｔ－ブチルジメチルシリル）オキシ）－４－ヒドロキシテトラヒドロフラン－２－イル）－２，４－ジオキソ－１，２，３，４－テトラヒドロピリミジン－５－カルボキサミド（ＷＶ－ＮＵ－０７４）（４．４ｇ）を、黄色固体として得た。１Ｈ ＮＭＲ（４００ＭＨｚ，クロロホルム－ｄ）δ＝８．７５（ｔ，Ｊ＝５．８Ｈｚ，１Ｈ），８．５２（ｓ，１Ｈ），７．６３－７．５７（ｍ，９Ｈ），７．５１－７．４４（ｍ，５Ｈ），７．４３－７．３５（ｍ，１２Ｈ），７．３３－７．０８（ｍ，３０Ｈ），６．７６（ｄｄ，Ｊ＝１．１，８．９Ｈｚ，５Ｈ），５．７７（ｄ，Ｊ＝４．４Ｈｚ，１Ｈ），４．５６－４．４４（ｍ，２Ｈ），４．３７（ｄ，Ｊ＝５．８Ｈｚ，３Ｈ），４．３１－４．２６（ｍ，１Ｈ），４．０１－３．９０（ｍ，２Ｈ），３．６９（ｓ，７Ｈ），３．４５－３．３０（ｍ，２Ｈ），０．８５－０．８０（ｍ，９Ｈ），０．００（ｄ，Ｊ＝３．３Ｈｚ，６Ｈ）；ＭＳ：７９２．３（Ｍ－Ｈ＋）．
実施例３０．１－（（２Ｒ，３Ｒ，４Ｒ，５Ｒ）－５－（（ビス（４－メトキシフェニル）（フェニル）メトキシ）メチル）－３－（（ｔｅｒｔ－ブチルジメチルシリル）オキシ）－４－ヒドロキシテトラヒドロフラン－２－イル）－Ｎ－メチル－２，４－ジオキソ－１，２，３，４－テトラヒドロピリミジン－５－カルボキサミドの合成。
Figure 2022551124000426
工程１．ＣＯで飽和されたＴＨＦ（５００ｍＬ）中の１－（（２Ｒ，３Ｒ，４Ｓ，５Ｒ）－５－（（ビス（４－メトキシフェニル）（フェニル）メトキシ）メチル）－３，４－ジヒドロキシテトラヒドロフラン－２－イル）－５－ヨードピリミジン－２，４（１Ｈ，３Ｈ）－ジオン（６３ｇ、９３．６９ｍｍｏｌ、１当量）、メチルアミン；塩酸塩（６３．２６ｇ、９３６．８５ｍｍｏｌ、１０当量）、Ｐｄ（ＰＰｈ３）４（２１．６５ｇ、１８．７４ｍｍｏｌ、０．２当量）、ＴＥＡ（１８９．６０ｇ、１．８７ｍｏｌ、２６０．８０ｍＬ、２０当量）の溶液を、オートクレーブ中において１５０Ｐｓｉ下にて７０℃で４８時間撹拌した。ＬＣ－ＭＳは、出発材料が消費されたことを示し、所望のＭＳを有する１つのメインピークが検出された。反応混合物を濾過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。ＴＬＣ（石油エーテル：酢酸エチル＝０：１、５％ ＴＥＡ、３回の実施、Ｒｆ＝０．３０）。残渣を、ＭＰＬＣ（ＳｉＯ２、石油エーテル／酢酸エチル＝９／１～０：１、１％ ＴＥＡ）により３回精製した。１－（（２Ｒ，３Ｒ，４Ｓ，５Ｒ）－５－（（ビス（４－メトキシフェニル）（フェニル）メトキシ）メチル）－３，４－ジヒドロキシテトラヒドロフラン－２－イル）－Ｎ－メチル－２，４－ジオキソ－１，２，３，４－テトラヒドロピリミジン－５－カルボキサミド（１３．６ｇ、２２．５３ｍｍｏｌ、収率２４．０５％）を、黄色固体として得た。ＭＳ：６０２．１（Ｍ－Ｈ）－。
工程２．ＴＨＦ（２６０ｍＬ）中の１－（（２Ｒ，３Ｒ，４Ｓ，５Ｒ）－５－（（ビス（４－メトキシフェニル）（フェニル）メトキシ）メチル）－３，４－ジヒドロキシテトラヒドロフラン－２－イル）－５－ヨードピリミジン－２，４（１Ｈ，３Ｈ）－ジオン（１３．６ｇ、２２．５３ｍｍｏｌ、１当量）の溶液に、硝酸銀（４．５９ｇ、２７．０４ｍｍｏｌ、１．２当量）、ピリジン（８．９１ｇ、１１２．６５ｍｍｏｌ、９．０９ｍＬ、５当量）及びＴＢＳＣｌ（４．４１ｇ、２９．２９ｍｍｏｌ、３．５９ｍＬ、１．３当量）を加えた。混合物を１５℃で４８時間撹拌した。ＴＬＣ（石油エーテル：酢酸エチル＝１：１、Ｒｆ＝０．５２及び０．６５）は、出発材料が消費されたことを示し、１つの所望のスポットが検出された。反応混合物に、飽和ＮａＨＣＯ３（水溶液、１００ｍＬ）を加え、ＥｔＯＡｃ（３００ｍＬ＊３）で抽出した。合わせた有機層をＮａ２ＳＯ４で乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。ＴＬＣ（石油エーテル：酢酸エチル＝１：４、５％ ＴＥＡ、Ｒｆ＝０．１０及び０．２０）。残渣を、ＭＰＬＣ（ＳｉＯ２、石油エーテル／酢酸エチル＝９／１～０：１、１％ ＴＥＡ）により精製した。１－（（２Ｒ，３Ｒ，４Ｒ，５Ｒ）－５－（（ビス（４－メトキシフェニル）（フェニル）メトキシ）メチル）－３－（（ｔｅｒｔ－ブチルジメチルシリル）オキシ）－４－ヒドロキシテトラヒドロフラン－２－イル）－Ｎ－メチル－２，４－ジオキソ－１，２，３，４－テトラヒドロピリミジン－５－カルボキサミド（ＷＶ－ＮＵ－０７５）（１０．５ｇ）を、白色固体として得た。１Ｈ ＮＭＲ（４００ＭＨｚ，クロロホルム－ｄ）δ＝８．５２（ｄ，Ｊ＝１５．８Ｈｚ，２Ｈ），８．４３－８．２６（ｍ，２Ｈ），７．６１（ｄｄ，Ｊ＝７．９，１１．９Ｈｚ，１Ｈ），７．５０－７．３４（ｍ，５Ｈ），７．３３－７．０８（ｍ，１５Ｈ），６．７６（ｂｒ ｄ，Ｊ＝８．３Ｈｚ，８Ｈ），５．７５（ｄｄ，Ｊ＝４．４，１５．６Ｈｚ，１Ｈ），４．３２－４．１１（ｍ，２Ｈ），４．０１－３．９０（ｍ，２Ｈ），３．７７－３．６３（ｍ，１２Ｈ），３．４３－３．１６（ｍ，４Ｈ），２．９７－２．７６（ｍ，６Ｈ），０．８７－０．８１（ｍ，９Ｈ），０．７９－０．７３（ｍ，９Ｈ），０．１０－－０．０２（ｍ，６Ｈ），－０．０４－－０．１０（ｍ，３Ｈ），－０．１２－－０．１９（ｍ，３Ｈ）；ＭＳ：７１６．３（Ｍ－Ｈ）＋．
実施例３１．１－（（２Ｒ，４Ｓ，５Ｒ）－５－（（ビス（４－メトキシフェニル）（フェニル）メトキシ）メチル）－４－ヒドロキシテトラヒドロフラン－２－イル）テトラヒドロピリミジン－２（１Ｈ）－オンの合成。
Figure 2022551124000427
工程１．４－メチルベンゾイルクロリド（９３．９１ｇ、６０７．４６ｍｍｏｌ、８０．２７ｍＬ、２当量）を、アセトン（５００ｍＬ）中の１－Ｏ－メチル－２－デオキシ－Ｄ－リボース（４５ｇ、３０３．７３ｍｍｏｌ、３６．８９ｍＬ、１当量）
で溶解させ、続いてＥｔ３Ｎ（６７．６２ｇ、６６８．２１ｍｍｏｌ、９３．０１ｍＬ、２．２当量）をゆっくりと加え、温度が２０℃未満であることを確認し、混合物を１５℃で１６時間撹拌した。ＬＣＭＳ及びＴＬＣ（石油エーテル／酢酸エチル＝３：１）は、１－Ｏ－メチル－２－デオキシ－Ｄ－リボースが消費されたことを示し、所望の物質が見出された。混合物を濾過し、濾液を蒸発させて、粗製物を得た。残渣を、カラムクロマトグラフィー（ＳｉＯ２、石油エーテル／酢酸エチル＝３０／１～１０／１）により３回精製して、黄色固体として４－メチル安息香酸（２Ｒ，３Ｓ）－５－メトキシ－２－（（（４－メチルベンゾイル）オキシ）メチル）テトラヒドロフラン－３－イル（７０ｇ、１８２．０９ｍｍｏｌ、収率５９．９５％）を得た。１Ｈ ＮＭＲ（４００ＭＨｚ，クロロホルム－ｄ）δ＝８．０５－７．９２（ｍ，４Ｈ），７．３１－７．２５（ｍ，４Ｈ），５．６８－５．４２（ｍ，１Ｈ），５．３１－５．２１（ｍ，１Ｈ），４．７１－４．４８（ｍ，３Ｈ），３．４７（ｓ，２Ｈ），３．４１（ｓ，２Ｈ），２．６６－２．５３（ｍ，１Ｈ），２．４７－２．３７（ｍ，７Ｈ）；ＭＳ：４０７．２（Ｍ＋Ｎａ）＋．
工程２．ＨＣｌ（気体）を、無水Ｅｔ２Ｏ（６００ｍＬ）中の化合物４－メチル安息香酸（２Ｒ，３Ｓ）－５－メトキシ－２－（（（４－メチルベンゾイル）オキシ）メチル）テトラヒドロフラン－３－イル（３３ｇ、８５．８４ｍｍｏｌ、１当量）の溶液に０℃で１時間バブリングした。ＴＬＣ（石油エーテル：酢酸エチル＝３：１、Ｒｆ＝０．２１）は、出発材料が消費されたことを示した。固体を濾過し、乾燥ジエチルエーテル（２＊１５０ｍＬ）で洗浄し、塊を高真空で乾燥させて、白色固体としてさらに精製することなく４－メチル安息香酸（２Ｒ，３Ｓ，５Ｒ）－５－クロロ－２－（（（４－メチルベンゾイル）オキシ）メチル）テトラヒドロフラン－３－イル（２６ｇ、６６．８７ｍｍｏｌ、収率７７．８９％）を得た。１Ｈ ＮＭＲ（４００ＭＨｚ，クロロホルム－ｄ）δ＝８．０２（ｄ，Ｊ＝８．１Ｈｚ，２Ｈ），７．９２（ｄ，Ｊ＝８．１Ｈｚ，２Ｈ），７．３６－７．２０（ｍ，４Ｈ），６．５０（ｄ，Ｊ＝５．０Ｈｚ，１Ｈ），５．５８（ｄｄ，Ｊ＝２．４，７．１Ｈｚ，１Ｈ），４．８８（ｑ，Ｊ＝３．３Ｈｚ，１Ｈ），４．７５－４．５５（ｍ，２Ｈ），２．８９（ｄｄｄ，Ｊ＝５．３，７．４，１５．０Ｈｚ，１Ｈ），２．７７（ｄ，Ｊ＝１５．０Ｈｚ，１Ｈ），２．４４（ｄ，Ｊ＝４．８Ｈｚ，５Ｈ）；ＴＬＣ（石油エーテル：酢酸エチル＝３：１）、Ｒｆ＝０．２１。
工程３．ＤＣＥ（９００ｍＬ）中の４－メチル安息香酸（２Ｒ，３Ｓ，５Ｒ）－５－クロロ－２－（（（４－メチルベンゾイル）オキシ）メチル）テトラヒドロフラン－３－イル（２６ｇ、６６．８７ｍｍｏｌ、１当量）、モレキュラーシーブ４Ａ（１０ｇ、６６．８７ｍｍｏｌ、１当量）及び化合物２－（（トリメチルシリル）オキシ）ピリミジン（３８．０８ｇ、２２６．３１ｍｍｏｌ、４当量）の溶液に、ＤＣＥ（１００ｍＬ）中のＳｎＣｌ４（２４．５６ｇ、９４．２８ｍｍｏｌ、１１．０１ｍＬ、１．４１当量）を－３０℃で加えた。混合物を－３０℃で５時間撹拌した。ＴＬＣは、出発材料が消費されたことを示した。混合物を濃縮して、粗製物を得た。残渣を、カラムクロマトグラフィー（ＳｉＯ２、石油エーテル／酢酸エチル＝１０／１～０／１）により精製して、５０ｇの粗製物を得て、ＲＰ－ＨＰＬＣにより再精製して、白色固体として４－メチル安息香酸（（２Ｒ，３Ｓ，５Ｒ）－３－（（４－メチルベンゾイル）オキシ）－５－（２－オキソピリミジン－１（２Ｈ）－イル）テトラヒドロフラン－２－イル）メチル（１９ｇ、４２．３７ｍｍｏｌ、収率６３．３６％）を得た。１Ｈ ＮＭＲ（４００ＭＨｚ，クロロホルム－ｄ）δ＝８．５７（ｄｄ，Ｊ＝２．９，４．０Ｈｚ，１Ｈ），８．１７（ｄｄ，Ｊ＝２．８，６．８Ｈｚ，１Ｈ），７．９７（ｄ，Ｊ＝８．３Ｈｚ，２Ｈ），７．８３（ｄ，Ｊ＝８．３Ｈｚ，２Ｈ），７．３４－７．２０（ｍ，５Ｈ），６．４０－６．２３（ｍ，２Ｈ），５．６２（ｂｒ ｄ，Ｊ＝６．４Ｈｚ，１Ｈ），４．８６－４．７５（ｍ，１Ｈ），４．７４－４．６４（ｍ，２Ｈ），３．２２（ｄｄｄ，Ｊ＝１．８，５．６，１４．６Ｈｚ，１Ｈ），２．４４（ｄ，Ｊ＝１０．６Ｈｚ，７Ｈ），２．３５－２．２３（ｍ，１Ｈ）；ＴＬＣ（石油エーテル：酢酸エチル＝１：１）Ｒｆ＝０．０５。
工程４．ＭｅＯＨ（４００ｍＬ）中の４－メチル安息香酸（（２Ｒ，３Ｓ，５Ｒ）－３－（（４－メチルベンゾイル）オキシ）－５－（２－オキソピリミジン－１（２Ｈ）－イル）テトラヒドロフラン－２－イル）メチル（２０ｇ、４４．６０ｍｍｏｌ、１当量）の溶液に、Ｐｄ／Ｃ（５ｇ、純度１０％）を加えた。懸濁液を真空下で脱気し、Ｈ２で数回パージした。混合物を、Ｈ２（２０ｐｓｉ）下にて４５℃で１２時間撹拌した。ＬＣＭＳは、出発材料が消費されたことを示した。反応混合物を濾過し、フィルターを濃縮して、黄色油として安息香酸（（２Ｒ，３Ｓ，５Ｒ）－３－（ベンゾイルオキシ）－５－（２－オキソテトラヒドロピリミジン－１（２Ｈ）－イル）テトラヒドロフラン－２－イル）メチル（２０ｇ、粗製物）を得た。１Ｈ ＮＭＲ（４００ＭＨｚ，クロロホルム－ｄ）δ＝７．９７－７．８９（ｍ，４Ｈ），７．２７－７．２２（ｍ，４Ｈ），６．６８－６．５３（ｍ，１Ｈ），５．５６－５．４１（ｍ，１Ｈ），５．０４（ｂｒ ｓ，１Ｈ），４．７１－４．２８（ｍ，４Ｈ），３．４６－３．０７（ｍ，５Ｈ），２．４７－２．３９（ｍ，７Ｈ），２．３８－１．８０（ｍ，５Ｈ）；ＭＳ：（Ｍ＋Ｈ＋）４５３．２
工程５．ＮａＯＭｅ（９．５５ｇ、１７６．８０ｍｍｏｌ、４当量）中の安息香酸（（２Ｒ，３Ｓ，５Ｒ）－３－（ベンゾイルオキシ）－５－（２－オキソテトラヒドロピリミジン－１（２Ｈ）－イル）テトラヒドロフラン－２－イル）メチル（２０ｇ、４４．２０ｍｍｏｌ、１当量）の溶液を、ＭＥＯＨ（９００ｍＬ）中で溶解させ、混合物を１５℃で３．５時間撹拌した。混合物を濃縮して、黄色油として１－（（２Ｒ，４Ｓ，５Ｒ）－４－ヒドロキシ－５－（ヒドロキシメチル）テトラヒドロフラン－２－イル）テトラヒドロピリミジン－２（１Ｈ）－オン（９．５ｇ、粗製物）を得た。ＭＳ：２１７．１（Ｍ＋Ｈ）＋。
工程６．ピリジン（８０ｍＬ）中の化合物７（９．５ｇ、４３．９３ｍｍｏｌ、１当量）の溶液に、ＤＭＴＣｌ（１６．３７ｇ、４８．３３ｍｍｏｌ、１．１当量）を加え、混合物を１５℃で４時間撹拌した。ＬＣＭＳは、化合物７が消費されたことを示し、所望の物質が見出された。混合物に、飽和ＮａＨＣＯ３（水溶液、３００ｍＬ）を加え、酢酸エチル（２００ｍＬ＊２）で抽出し、Ｎａ２ＳＯ４で乾燥させ、濾過し、濃縮して、粗製物を得た。混合物を、シリカゲルクロマトグラフィー（石油エーテル／酢酸エチル＝２０：１、０：１、５％ ＴＥＡ）により３回精製して、８ｇを得た。２ｇの粗製の混合物を、分取ＨＰＬＣ カラム：Agela DuraShell C18 ２５０＊５０ｍｍ＊１０ｕｍ；移動相：［水（１０ｍＭ ＮＨ４ＣＯ３）－ＡＣＮ］；Ｂ％：２５％～５０％、２５分により再精製して、白色固体として１－（（２Ｒ，４Ｓ，５Ｒ）－５－（（ビス（４－メトキシフェニル）（フェニル）メトキシ）メチル）－４－ヒドロキシテトラヒドロフラン－２－イル）テトラヒドロピリミジン－２（１Ｈ）－オン（ＷＶ－ＮＵ－０９２）（４．１ｇ、収率４２％）を得た。１Ｈ ＮＭＲ（４００ＭＨｚ，クロロホルム－ｄ）δ＝７．４５－７．４０（ｍ，２Ｈ），７．３４－７．２８（ｍ，５Ｈ），７．２４－７．１９（ｍ，１Ｈ），６．８３（ｄ，Ｊ＝８．８Ｈｚ，４Ｈ），６．４６（ｔ，Ｊ＝７．１Ｈｚ，１Ｈ），５．３１（ｓ，１Ｈ），４．８０（ｂｒ ｓ，１Ｈ），４．３７－４．２９（ｍ，１Ｈ），３．８５－３．７８（ｍ，７Ｈ），３．４５－３．２３（ｍ，５Ｈ），３．１６－３．０５（ｍ，１Ｈ），２．２７（ｄ，Ｊ＝４．３Ｈｚ，１Ｈ），２．２１－２．１０（ｍ，１Ｈ），２．０４－１．９６（ｍ，２Ｈ），１．９０－１．８２（ｍ，２Ｈ）；ＭＳ：５１７．３（Ｍ－Ｈ）－．
実施例３２．１－（（２Ｒ，４Ｓ，５Ｒ）－５－（（ビス（４－メトキシフェニル）（フェニル）メトキシ）メチル）－４－ヒドロキシテトラヒドロフラン－２－イル）－２，４－ジオキソ－Ｎ－フェニル－１，２，３，４－テトラヒドロピリミジン－５－カルボキサミドの合成。
Figure 2022551124000428
ＴＨＦ（３００ｍＬ）中の１－（（２Ｒ，４Ｓ，５Ｒ）－５－（（ビス（４－メトキシフェニル）（フェニル）メトキシ）メチル）－４－ヒドロキシテトラヒドロフラン－２－イル）－５－ヨードピリミジン－２，４（１Ｈ，３Ｈ）－ジオン（３０ｇ、４５．７０ｍｍｏｌ、１当量）の溶液に、Ｐｄ（ＰＰｈ３）４（１０．５６ｇ、９．１４ｍｍｏｌ、０．２当量）、ＰｈＮＨ２（４２．５６ｇ、４５６．９９ｍｍｏｌ、４１．７２ｍＬ、１０当量）及びＴＥＡ（９２．４９ｇ、９１３．９９ｍｍｏｌ、１２７．２２ｍＬ、２０当量）を加えた。混合物を、オートクレーブ中においてＣＯ（５０ｐｓｉ）下にて７０℃で１２０時間撹拌した。反応混合物を減圧下で濃縮して、溶媒を除去した。残渣を、カラムクロマトグラフィー（ＳｉＯ２、石油エーテル／酢酸エチル＝１／０～０／１、続いて酢酸エチル／メタノール＝１０／１、５％ ＴＥＡ）により精製した。（ＴＬＣ：酢酸エチル：石油エーテル＝２：１、Ｒｆ＝０．２０）により精製した。化合物ＷＶ－ＮＵ－１０８（１１．５ｇ、１７．７０ｍｍｏｌ、収率３８．７３％）を、黄色固体として得た。１Ｈ ＮＭＲ（４００ＭＨｚ，クロロホルム－ｄ）δ＝１０．４６（ｓ，１Ｈ），８．６６（ｓ，１Ｈ），７．５９（ｄ，Ｊ＝７．８Ｈｚ，２Ｈ），７．３４（ｄ，Ｊ＝７．４Ｈｚ，２Ｈ），７．２９（ｓ，１Ｈ），７．２６－７．１８（ｍ，７Ｈ），７．１６－７．０９（ｍ，１Ｈ），７．０８－７．０１（ｍ，１Ｈ），６．８２－６．７１（ｍ，４Ｈ），６．１３（ｔ，Ｊ＝６．４Ｈｚ，１Ｈ），４．３７－４．２８（ｍ，１Ｈ），３．９７（ｄ，Ｊ＝４．６Ｈｚ，１Ｈ），３．６８（ｄ，Ｊ＝３．１Ｈｚ，６Ｈ），３．４８－３．４０（ｍ，１Ｈ），３．３８－３．３０（ｍ，１Ｈ），２．４８（ｄｄｄ，Ｊ＝４．１，６．３，１３．９Ｈｚ，１Ｈ），２．２３（ｔｄ，Ｊ＝６．６，１３．８Ｈｚ，１Ｈ）；１３Ｃ ＮＭＲ（１０１ＭＨｚ，クロロホルム－ｄ）δ＝１６２．９４，１５９．２７，１５８．５９，１５８．５７，１４９．３４，１４６．６２，１４４．５３，１３７．９７，１３５．６４，１３５．５０，１３０．１１，１３０．０５，１２８．９５，１２８．０７，１２７．９６，１２６．９７，１２４．３４，１２０．３５，１１３．３１，１１３．２８，１０６．３２，８６．９９，８６．７１，８６．２１，７７．３６，７７．０５，７６．７３，７２．４１，６３．６０，６０．４６，５５．１８，４０．７４，２１．０８，１４．２２；ＭＳ：６４８．２（Ｍ－Ｈ＋）６４８．２．
実施例３３．１－（（２Ｒ，４Ｓ，５Ｒ）－５－（（ビス（４－メトキシフェニル）（フェニル）メトキシ）メチル）－４－ヒドロキシテトラヒドロフラン－２－イル）－Ｎ－メチル－２，４－ジオキソ－１，２，３，４－テトラヒドロピリミジン－５－カルボキサミドの合成。
Figure 2022551124000429
ＴＨＦ（３００ｍＬ）中の１－（（２Ｒ，４Ｓ，５Ｒ）－５－（（ビス（４－メトキシフェニル）（フェニル）メトキシ）メチル）－４－ヒドロキシテトラヒドロフラン－２－イル）－５－ヨードピリミジン－２，４（１Ｈ，３Ｈ）－ジオン（３０ｇ、４５．７０ｍｍｏｌ、１当量）の溶液に、Ｐｄ（ＰＰｈ３）４（１０．５６ｇ、９．１４ｍｍｏｌ、０．２当量）、メタンアミン（３０．８６ｇ、４５６．９９ｍｍｏｌ、２．７８ｍＬ、１０当量、ＨＣｌ）及びＴＥＡ（９２．４９ｇ、９１３．９９ｍｍｏｌ、１２７．２２ｍＬ、２０当量）を加えた。混合物を、オートクレーブ中においてＣＯ（５０ｐｓｉ）下にて７０℃で７２時間撹拌した。ＬＣＭＳは、化合物１が消費されたことを示し、メインピークは、所望のものであった。ＴＬＣ：（酢酸エチル：石油エーテル＝２：１、Ｒｆ＝０．２３）。反応混合物を減圧下で濃縮して、溶媒を除去した。残渣を、カラムクロマトグラフィー（ＳｉＯ２、石油エーテル／酢酸エチル＝１／０～０／１、５％ ＴＥＡ、続いて酢酸エチル／メタノール＝１０／１、５％ ＴＥＡ）により精製した。化合物ＷＶ－ＮＵ－１１３（１５ｇ、２５．５３ｍｍｏｌ、収率５５．８６％）を、黄色固体として得た。１Ｈ ＮＭＲ（４００ＭＨｚ，クロロホルム－ｄ）δ＝８．５９（ｓ，１Ｈ），８．５０－８．３９（ｍ，１Ｈ），７．４０（ｄ，Ｊ＝７．４Ｈｚ，２Ｈ），７．３４－７．２７（ｍ，５Ｈ），７．２６（ｓ，１Ｈ），７．２３－７．１６（ｍ，１Ｈ），６．８４（ｄ，Ｊ＝８．９Ｈｚ，４Ｈ），６．１６（ｓ，１Ｈ），４．３５（ｂｒ ｄ，Ｊ＝６．６Ｈｚ，１Ｈ），３．９７（ｓ，１Ｈ），３．７９（ｓ，６Ｈ），３．４７（ｂｒ ｄ，Ｊ＝４．６Ｈｚ，１Ｈ），３．４２－３．３３（ｍ，１Ｈ），２．９３（ｄ，Ｊ＝４．９Ｈｚ，３Ｈ），２．５４－２．４１（ｍ，１Ｈ），２．２５（ｓ，１Ｈ）；ＭＳ：６１０．２（Ｍ＋Ｎａ）＋．
実施例３４．３－（（２Ｒ，４Ｓ，５Ｒ）－５－（（ビス（４－メトキシフェニル）（フェニル）メトキシ）メチル）－４－ヒドロキシテトラヒドロフラン－２－イル）ピリミジン－２，４（１Ｈ，３Ｈ）－ジオン（ＷＶ－ＮＵ－０９６）の合成。
Figure 2022551124000430
工程１．２，４－ジメトキシピリミジン（２５ｇ、１７８．３９ｍｍｏｌ、１当量）、塩化アセチル（３８．５０ｇ、４９０．４６ｍｍｏｌ、３５．００ｍＬ、２．７５当量）の混合物を、脱気し、Ｎ２で３回パージし、続いて混合物をＮ２雰囲気下にて２５℃で２４時間撹拌した。ＴＬＣは、２，４－ジメトキシピリミジンが完全に消費されたことを示し、続いて混合物に、トルエン（２００ｍＬ）を加え、続いて真空中で濃縮を３回繰り返した。次に、残渣をＭｅＯＨ（２０００ｍＬ）中で溶解させ、続いて混合物にナトリウムメトキシド（１０．６０ｇ、１９６．２３ｍｍｏｌ、１．１当量）を加えた。混合物を５０℃で１時間撹拌した。ＴＬＣは、１つの新たなスポットが形成されたことを示した。混合物を真空中で濃縮し、残渣をジオキサン（１０００ｍＬ）中で溶解させ、続いて真空中で濃縮した。４－メトキシピリミジン－２（１Ｈ）－オン（８９ｇ、粗製物）を、白色固体として得た。
工程２．ジオキサン（５００ｍＬ）及びアクリロニトリル（８４．１５ｇ、１．５９ｍｏｌ、１０５．１９ｍＬ、１０当量）中の４－メトキシピリミジン－２（１Ｈ）－オン（２０ｇ、１５８．５９ｍｍｏｌ、１当量）の溶液に、ＮａＯＭｅ（１Ｍ、１５８．５９ｍＬ、１当量）の溶液を加えた。混合物を２５℃で１２時間撹拌した。ＬＣ－ＭＳは、４－メトキシピリミジン－２（１Ｈ）－オンが完全に消費されたことを示し、所望の質量を有する１つのメインピークが検出された。反応物を濾過し、濾塊をＨ２Ｏ（３００ｍＬ）によりクエンチし、続いて濾過し、濾液をＤＣＭ／ジオキサン＝５０／１（１００ｍＬ＊３）で抽出し、続いて有機相をＮａ２ＳＯ４により乾燥させ、続いて真空中で濃縮した。３－（４－メトキシ－２－オキソピリミジン－１（２Ｈ）－イル）プロパンニトリル（１２ｇ、粗製物）を、黄色油として得た。ＭＳ：１８０．３（Ｍ＋Ｈ＋）。ＴＬＣ（石油エーテル：酢酸エチル＝０：１）Ｒｆ１＝０．４３
工程３．ＤＣＥ（２００ｍＬ）中の４－メチル安息香酸（２Ｒ，３Ｓ，５Ｒ）－５－クロロ－２－（（（４－メチルベンゾイル）オキシ）メチル）テトラヒドロフラン－３－イル（１４ｇ、３６．００ｍｍｏｌ、１当量）、及び３－（４－メトキシ－２－オキソピリミジン－１（２Ｈ）－イル）プロパンニトリル（６．４５ｇ、３６．００ｍｍｏｌ、１当量）の溶液に、４Ａ ＭＳ（２０ｇ）を加えた。混合物を２５℃で４８時間撹拌した。ＴＬＣは、出発材料が完全に消費され、新たなスポットが形成されたことを示した。反応物を濾過し、濾液を真空中で濃縮した。残渣を、カラムクロマトグラフィー（ＳｉＯ２、石油エーテル／酢酸エチル＝１０／１～５／１、１／１、０／１）により精製した。４－メチル安息香酸（２Ｒ，３Ｓ）－５－（３－（２－シアノエチル）－２，６－ジオキソ－３，６－ジヒドロピリミジン－１（２Ｈ）－イル）－２－（（（４－メチルベンゾイル）オキシ）メチル）テトラヒドロフラン－３－イル（１ｇ、粗製物）を、白色固体として得た。ＭＳ：５４０．３（Ｍ＋Ｎａ＋）；ＴＬＣ（石油エーテル：酢酸エチル＝１：１）Ｒｆ＝０．０８。
工程４．ＭｅＯＨ（１５ｍＬ）中の４－メチル安息香酸（２Ｒ，３Ｓ）－５－（３－（２－シアノエチル）－２，６－ジオキソ－３，６－ジヒドロピリミジン－１（２Ｈ）－イル）－２－（（（４－メチルベンゾイル）オキシ）メチル）テトラヒドロフラン－３－イル（１．５ｇ、３．０６ｍｍｏｌ、１当量）の溶液に、ＮａＯＭｅ（５７９．４５ｍｇ、１０．７３ｍｍｏｌ、３．５当量）を加えた。混合物を２５℃で１２時間撹拌した。ＬＣ－ＭＳは、出発材料が完全に消費されたことを示し、所望の質量を有する１つのメインピークが検出された。溶液にＮＨ４Ｃｌ（５７０ｍｇ）を加え、続いて混合物を真空中で濃縮した。残渣をピリジン（５０ｍＬ）中で溶解させ、高真空中で濃縮を３回繰り返した。３－（（４Ｓ，５Ｒ）－４－ヒドロキシ－５－（ヒドロキシメチル）テトラヒドロフラン－２－イル）ピリミジン－２，４（１Ｈ，３Ｈ）－ジオン（６９９ｍｇ、粗製物）を、黄色油として得た。ＭＳ：２５１．２（Ｍ＋Ｎａ）＋。
工程５．ピリジン（３０ｍＬ）中の３－（（４Ｓ，５Ｒ）－４－ヒドロキシ－５－（ヒドロキシメチル）テトラヒドロフラン－２－イル）ピリミジン－２，４（１Ｈ，３Ｈ）－ジオン（６９９ｍｇ、３．０６ｍｍｏｌ、１当量）の溶液に、ＤＭＴｒＣｌ（１．２５ｇ、３．６８ｍｍｏｌ、１．２当量）を加えた。混合物を２５℃で１２時間撹拌した。ＬＣ－ＭＳは、出発材料が完全に消費されたことを示し、所望の質量を有する２つのピークが検出された。混合物を真空中で濃縮した。残渣を、ＮａＨＣＯ３飽和水溶液（５０ｍＬ）によりクエンチし、続いてＥｔＯＡｃ（２０ｍＬ＊３）で抽出した。合わせた有機相を塩水（５０ｍＬ）で洗浄し、無水Ｎａ２ＳＯ４で乾燥させ、濾過し、真空中で濃縮した。残渣を、分取ＨＰＬＣ（中性条件）により精製した。カラム：Agela DuraShell C18 ２５０＊５０ｍｍ＊１０ｕｍ；移動相：［水（１０ｍＭ ＮＨ４ＨＣＯ３）－ＡＣＮ］；Ｂ％：４２％～６２％、２２分。３－（（２Ｒ，４Ｓ，５Ｒ）－５－（（ビス（４－メトキシフェニル）（フェニル）メトキシ）メチル）－４－ヒドロキシテトラヒドロフラン－２－イル）ピリミジン－２，４（１Ｈ，３Ｈ）－ジオン（ＷＶ－ＮＵ－０９６）（５００ｍｇ、８９２．３５ｕｍｏｌ、収率２９．１３％、純度９４．６９％）を、黄色固体として得た。３－（（２Ｓ，４Ｓ，５Ｒ）－５－（（ビス（４－メトキシフェニル）（フェニル）メトキシ）メチル）－４－ヒドロキシテトラヒドロフラン－２－イル）ピリミジン－２，４（１Ｈ，３Ｈ）－ジオン（ＷＶ－ＮＵ－０９６Ａ）（３６０ｍｇ、５６９．６２ｕｍｏｌ、収率１８．６０％、純度８３．９５１％）を、白色固体として得た。
ＷＶ－ＮＵ－０９６：１Ｈ ＮＭＲ（４００ＭＨｚ，クロロホルム－ｄ）δ＝９．８４（ｂｒ ｓ，１Ｈ），７．４４（ｂｒ ｄ，Ｊ＝７．８Ｈｚ，２Ｈ），７．３３（ｄ，Ｊ＝８．８Ｈｚ，４Ｈ），７．２６－７．２２（ｍ，２Ｈ），７．２２－７．１５（ｍ，１Ｈ），６．８０（ｄｄ，Ｊ＝１．８，８．６Ｈｚ，４Ｈ），６．７２－６．５８（ｍ，２Ｈ），５．５４（ｄ，Ｊ＝７．６Ｈｚ，１Ｈ），４．６４（ｑ，Ｊ＝６．１Ｈｚ，１Ｈ），３．９６－３．８６（ｍ，１Ｈ），３．８４－３．６７（ｍ，６Ｈ），３．５２－３．４１（ｍ，１Ｈ），３．３５（ｄｄ，Ｊ＝５．９，９．３Ｈｚ，１Ｈ），２．９０－２．７４（ｍ，１Ｈ），２．２４－２．１０（ｍ，１Ｈ）；１３Ｃ ＮＭＲ（１０１ＭＨｚ，クロロホルム－ｄ）δ＝１６２．８４，１５８．４５，１５２．２７，１４４．８２，１３８．９５，１３６．００，１３５．９９，１２９．１４，１２８．７９，１２８．１６，１２７．８２，１３０．０７，１２６．８２，１１３．１２，１０２．２２，８６．３８，８４．９４，８１．１３，７３．４０，６４．６７，５５．２１，５５．１９，３７．１９；ＭＳ：５２９．２（Ｍ－Ｈ＋）；ＴＬＣ（石油エーテル：酢酸エチル＝１：１）Ｒｆ＝０．１４．
ＷＶ－ＮＵ－０９６Ａ：１Ｈ ＮＭＲ（４００ＭＨｚ，クロロホルム－ｄ）δ＝８．７２（ｂｒ ｓ，１Ｈ），７．４４（ｄ，Ｊ＝７．６Ｈｚ，２Ｈ），７．３７－７．２７（ｍ，７Ｈ），７．２４－７．１６（ｍ，２Ｈ），７．１２（ｂｒ ｄ，Ｊ＝７．９Ｈｚ，１Ｈ），５．７６（ｄ，Ｊ＝７．５Ｈｚ，１Ｈ），５．１４（ｂｒ ｄ，Ｊ＝１１．５Ｈｚ，１Ｈ），４．４０（ｂｒ ｓ，１Ｈ），４．３７－４．２９（ｍ，１Ｈ），３．８０（ｓ，６Ｈ），３．２５（ｄｄ，Ｊ＝３．９，９．９Ｈｚ，１Ｈ），３．１１（ｄｄ，Ｊ＝３．９，１０．０Ｈｚ，１Ｈ），２．９３（ｔｄ，Ｊ＝８．９，１４．８Ｈｚ，１Ｈ），２．２６（ｂｒ ｄｄ，Ｊ＝２．９，１４．８Ｈｚ，１Ｈ）；１３Ｃ ＮＭＲ（１０１ＭＨｚ，クロロホルム－ｄ）δ＝１６３．２２，１５８．６２，１５８．４５，１５１．８２，１４４．７２，１３８．６２，１３５．９６，１３５．８１，１３０．０３，１３０．０１，１２９．１１，１２８．１０，１２７．８６，１２７．７４，１２７．０６，１２６．７７，１１３．１６，１０２．８６，８８．７５，８６．３６，８３．６３，７４．２９，６４．７６，５５．１９，３９．６９；ＬＣＭＳ：Ｍ－Ｈ＋＝５２９．２，純度：８３．９５％；ＴＬＣ（石油エーテル：酢酸エチル＝１：１）Ｒｆ＝０．２３．
実施例３５．（２Ｒ，３Ｓ，５Ｒ）－５－（３－ベンゾイル－２－オキソテトラヒドロピリミジン－１（２Ｈ）－イル）－２－（（ビス（４－メトキシフェニル）（フェニル）メトキシ）メチル）テトラヒドロフラン－３－イル（２－シアノエチル）ジイソプロピルホスホラミダイトの合成。
Figure 2022551124000431
工程１：ピリジン（１０．２ｍＬ）中の１－（（２Ｒ，４Ｓ，５Ｒ）－５－（（ビス（４－メトキシフェニル）（フェニル）メトキシ）メチル）－４－ヒドロキシテトラヒドロフラン－２－イル）テトラヒドロピリミジン－２（１Ｈ）－オン（１．１７ｇ、２．２６ｍｍｏｌ）の溶液を、クロロトリメチルシラン（１．４３ｍＬ、１１．３１ｍｍｏｌ）で処理した。室温で１．５時間撹拌した。ＴＬＣ及びＬＣ－ＭＳは、予想される中間体が形成されたことを示した。０℃に冷却した。反応溶液に、塩化ベンゾイル（２８８．７３ｕＬ、２．４９ｍｍｏｌ）を滴下して加えた。最初に０℃で１５分間、続いて室温で一晩撹拌を続けた。ＬＣ－ＭＳは、予想される中間体が観察されたことを示した。氷水（３．９ｍＬ）を加えた。撹拌を２時間続けた。ＬＣ－ＭＳは反応が完了したことを示した。反応溶液を塩水（２０ｍＬ）で希釈し、ＥｔＯＡｃ（３×６０ｍＬ）で抽出した。合わせた有機物を硫酸ナトリウムで乾燥させ、濾過し、濃縮した。得られた粗生成物を、勾配としてヘキサン中の２５～１００％ ＥｔＯＡｃ（各移動相は、５％トリエチルアミンを含有した）を適用する順相カラムクロマトグラフィーにより精製して、白色泡として所望の生成物１－ベンゾイル－３－（（２Ｒ，４Ｓ，５Ｒ）－５－（（ビス（４－メトキシフェニル）（フェニル）メトキシ）メチル）－４－ヒドロキシテトラヒドロフラン－２－イル）テトラヒドロピリミジン－２（１Ｈ）－オン（基底上方）及び望まれないジアステレオマー（基底下方）の３：２比の混合物を得た（１．０４ｇ、収率７３．７％）。１Ｈ ＮＭＲ（６００ＭＨｚ，ＤＭＳＯ－ｄ６）δ ７．５０－７．１５（ｍ，１４Ｈ），６．９３－６．８３（ｍ，４Ｈ），６．０３（ｑ，Ｊ＝６．８，５．９Ｈｚ，１Ｈ），５．２３（ｄ，Ｊ＝３．９Ｈｚ，０．４１Ｈ，望まれないジアステレオマーに由来するＯＨプロトン），５．１５（ｄ，Ｊ＝４．６Ｈｚ，０．６６Ｈ，所望の生成物に由来するＯＨプロトン），４．１５－４．０７（ｍ，１Ｈ），３．７９－３．５９（ｍ，８Ｈ），３．５７－３．４８（ｍ，１Ｈ），３．４４－３．３７（ｍ，１Ｈ），３．３１－３．２６（ｍ，１Ｈ），３．１４－３．０６（ｍ，１Ｈ），３．０１－２．８７（ｍ，１Ｈ），２．１２－２．０６（ｍ，１Ｈ），２．０５－１．９９（ｍ，１Ｈ），１．９５－１．８６（ｍ，１Ｈ），１．８６－１．７９（ｍ，１Ｈ）；ＭＳ（ＥＳＩ），６４５．６７［Ｍ＋Ｎａ］＋．
工程２：ＴＨＦ（１１ｍＬ）中の１－ベンゾイル－３－（（２Ｒ，４Ｓ，５Ｒ）－５－（（ビス（４－メトキシフェニル）（フェニル）メトキシ）メチル）－４－ヒドロキシテトラヒドロフラン－２－イル）テトラヒドロピリミジン－２（１Ｈ）－オン（基底上方）及び望まれないジアステレオマー（基底下方）（１．３ｇ、２．０９ｍｍｏｌ）の３：２比の乾燥混合物の溶液に、トリエチルアミン（１．０５ｍＬ、７．５２ｍｍｏｌ）を加えた。０℃に冷却した。反応溶液に、２－シアノエチルＮ，Ｎ－ジイソプロピルクロロホスホラミダイト（０．５６ｍＬ、２．５１ｍｍｏｌ）を４分間かけて滴下して加えた。反応溶液を、最初に０℃で１時間、続いて室温で２時間撹拌し続けた。ＬＣ－ＭＳは、生成物が形成されたことを示した。トリエチルアミン（１ｍＬ）を加えた後、ＭｇＳＯ４（０．３ｇ）及びＥｔＯＡｃ（２０ｍＬ）を加えた。２分間撹拌した。混合物を、フリット漏斗に通して濾過した。漏斗中の固体を、ＥｔＯＡｃ（２０ｍＬ）ですすいだ。濾液を濃縮した。得られた粗製のアミダイトを、ヘキサン中の２０～６０％ ＥｔＯＡｃ（各移動相は、２．５％トリエチルアミンを含有した）を適用する順相カラムクロマトグラフィーにより精製して、白色泡として所望の（２Ｒ，３Ｓ，５Ｒ）－５－（３－ベンゾイル－２－オキソテトラヒドロピリミジン－１（２Ｈ）－イル）－２－（（ビス（４－メトキシフェニル）（フェニル）メトキシ）メチル）テトラヒドロフラン－３－イル（２－シアノエチル）ジイソプロピルホスホラミダイト及び望まれないジアステレオマー（基底下方）の３：２比の混合物を得た（０．９０ｇ、収率５２．４％）。３１Ｐ ＮＭＲ（１６２ＭＨｚ，クロロホルム－ｄ）δ １４８．８６（ｓ、２つの望まれないジアステレオマーのうちの一方に由来する、基底下方）、１４８．７２（ｓ，２つの望まれないジアステレオマーのうちの他方に由来する、基底下方）、１４８．４８（ｓ、２つの所望の立体異性体の一方に由来する、基底上方）、１４８．３８（ｓ、２つの所望の立体異性体の他方に由来する、基底上方）；ＭＳ（ＥＳＩ）、８２３．４７［Ｍ＋Ｈ］＋．
実施例３６．（２Ｒ，３Ｓ，５Ｒ）－２－（（ビス（４－メトキシフェニル）（フェニル）メトキシ）メチル）－５－（２，４－ジオキソ－５－（フェニルカルバモイル）－３，４－ジヒドロピリミジン－１（２Ｈ）－イル）テトラヒドロフラン－３－イル（２－シアノエチル）ジイソプロピルホスホラミダイトの合成。
Figure 2022551124000432
ＴＨＦ（１７．４ｍＬ）中の乾燥１－（（２Ｒ，４Ｓ，５Ｒ）－５－（（ビス（４－メトキシフェニル）（フェニル）メトキシ）メチル）－４－ヒドロキシテトラヒドロフラン－２－イル）－２，４－ジオキソ－Ｎ－フェニル－１，２，３，４－テトラヒドロピリミジン－５－カルボキサミド（２．０ｇ、３．０８ｍｍｏｌ）の溶液に、トリエチルアミン（１．７２ｍＬ、１２．３１ｍｍｏｌ）を加えた。０℃に冷却した。溶液に、２－シアノエチルＮ，Ｎ－ジイソプロピルクロロホスホラミダイト（０．８９ｍＬ、４．０ｍｍｏｌ）を５分間かけて滴下して加えた。反応溶液を、最初に０℃で３０分間、続いて室温で３．５時間撹拌し続けた。ＴＬＣは反応が完了したことを示した。トリエチルアミン（１．７２ｍＬ）を加えた後、無水ＭｇＳＯ４（０．５５ｇ）及びＥｔＯＡｃ（２５ｍＬ）を加えた。２分間撹拌した。混合物を濾過した。フリット漏斗中の固体を、ＥｔＯＡｃ（２５ｍＬ）ですすいだ。濾液を濃縮した。得られた粗生成物を、勾配としてヘキサン中の２０～１００％ ＥｔＯＡｃ（各移動相は、５％トリエチルアミンを含有した）を適用する順相カラムクロマトグラフィーにより精製して、白色泡として（２Ｒ，３Ｓ，５Ｒ）－２－（（ビス（４－メトキシフェニル）（フェニル）メトキシ）メチル）－５－（２，４－ジオキソ－５－（フェニルカルバモイル）－３，４－ジヒドロピリミジン－１（２Ｈ）－イル）テトラヒドロフラン－３－イル（２－シアノエチル）ジイソプロピルホスホラミダイト（２．６１ｇ、収率９９．８％）を得た。１Ｈ ＮＭＲ（６００ＭＨｚ，クロロホルム－ｄ）δ １０．６４（ｂｓ，１Ｈ），８．７８－８．７２（ｍ，１Ｈ），７．６５（ｄ，Ｊ＝８．０Ｈｚ，２Ｈ），７．４１（ｔ，Ｊ＝６．５Ｈｚ，２Ｈ），７．３３（ｑ，Ｊ＝８．０Ｈｚ，６Ｈ），７．２９－７．２４（ｍ，３Ｈ），７．１８（ｑ，Ｊ＝７．４Ｈｚ，１Ｈ），７．１０（ｔ，Ｊ＝７．４Ｈｚ，１Ｈ），６．８３（ｑ，Ｊ＝７．３，６．７Ｈｚ，４Ｈ），６．２０（ｑ，Ｊ＝７．３Ｈｚ，１Ｈ），４．５０－４．４２（ｍ，１Ｈ），４．２６－４．１９（ｍ，１Ｈ），３．８８－３．７７（ｍ，１Ｈ），３．７０－３．６１（ｍ，１Ｈ），３．６１－３．５０（ｍ，２Ｈ），３．４２－３．３２（ｍ，２Ｈ），２．７８－２．６５（ｍ，１Ｈ），２．４５（ｔ，Ｊ＝６．７Ｈｚ，１Ｈ），２．３２－２．２４（ｍ，２Ｈ），１．２７（ｔ，Ｊ＝７．７Ｈｚ，３Ｈ），１．２０－１．１３（ｍ，９Ｈ）；３１ＰＮＭＲ（２４３ＭＨｚ，クロロホルム－ｄ）δ １４９．１９，１４８．８０；ＭＳ（ＥＳＩ），８４８．６８［Ｍ－Ｈ］－．
実施例３７．９－（（２Ｒ，４Ｓ，５Ｒ）－５－（（ビス（４－メトキシフェニル）（フェニル）メトキシ）メチル）－４－（（（１Ｓ，３Ｓ，３ａＳ）－３－（（メチルジフェニルシリル）メチル）テトラヒドロ－１Ｈ，３Ｈ－ピロロ［１，２－ｃ］［１，３，２］オキサザホスホール－１－イル）オキシ）テトラヒドロフラン－２－イル）－１，９－ジヒドロ－６Ｈ－プリン－６－オンの合成。
Figure 2022551124000433
乾燥９－（（２Ｒ，４Ｓ，５Ｒ）－５－（（ビス（４－メトキシフェニル）（フェニル）メトキシ）メチル）－４－ヒドロキシテトラヒドロ－フラン－２－イル）－１，９－ジヒドロ－６Ｈ－プリン－６－オン（７．５ｇ、１３．５２ｍｍｏｌ）を、ＴＨＦ（５００ｍＬ）中で不完全に溶解させた。トリエチルアミン（９．４２ｍＬ、６７．６２ｍｍｏｌ）を加えた。反応フラスコを、水浴中に設置した。（３Ｓ，３ａＳ）－１－クロロ－３－（（メチルジフェニルシリル）メチル）テトラヒドロ－１Ｈ，３Ｈ－ピロロ［１，２－ｃ］［１，３，２］オキサザホスホール（ＴＨＦ中の０．９５７４Ｍ、１９．７８ｍＬ、１８．９３ｍｍｏｌ）を、８分間かけて加えた。水浴を取り外し、反応スラリーを室温で５時間撹拌した。ＴＬＣ及びＬＣ－ＭＳは、反応が、基質の不十分な溶解性のために完全ではなかったことを示した。トリエチルアミン（９．４ｍＬ）を加えた後、ＭｇＳＯ４（６．０ｇ）及びＥｔＯＡｃ（１５０ｍＬ）を加えた。混合物を、セライトの薄層で充填されたフリット漏斗に通して濾過した。漏斗中の固体を、ＥｔＯＡｃ（１００ｍＬ）ですすいだ。濾液を濃縮した。得られた粗生成物を、勾配としてＥｔＯＡｃ中の０～１００％ ＡＣＮ（各移動相は、５％トリエチルアミンを含有した）を適用する順相カラムクロマトグラフィーにより精製して、白色の泡沫状の固体として９－（（２Ｒ，４Ｓ，５Ｒ）－５－（（ビス（４－メトキシフェニル）（フェニル）メトキシ）メチル）－４－（（（１Ｓ，３Ｓ，３ａＳ）－３－（（メチルジフェニルシリル）メチル）テトラヒドロ－１Ｈ，３Ｈ－ピロロ［１，２－ｃ］［１，３，２］オキサザホスホール－１－イル）オキシ）テトラヒドロフラン－２－イル）－１，９－ジヒドロ－６Ｈ－プリン－６－オン（２．４ｇ、収率１９．９％）を得た。１Ｈ ＮＭＲ（４００ＭＨｚ，クロロホルム－ｄ）δ ７．９６（ｓ，１Ｈ），７．９０（ｓ，１Ｈ），７．５２－７．１７（ｍ，１９Ｈ），６．８４－６．７４（ｍ，４Ｈ），６．３１－６．２４（ｍ，１Ｈ），４．８９－４．８１（ｍ，１Ｈ），４．７７（ｄｔ，Ｊ＝１０．１，５．６Ｈｚ，１Ｈ），４．０７－４．０１（ｍ，１Ｈ），３．７６（ｓ，６Ｈ），３．５４（ｄｄｄ，Ｊ＝１８．２，１４．９，７．８Ｈｚ，１Ｈ），３．３６（ｄｑ，Ｊ＝１２．９，５．９Ｈｚ，１Ｈ），３．２６（ｄ，Ｊ＝４．４Ｈｚ，２Ｈ），３．０９（ｑｄ，Ｊ＝１０．８，４．１Ｈｚ，１Ｈ），２．４８（ｄｔ，Ｊ＝１３．７，６．７Ｈｚ，１Ｈ），２．３７－２．２７（ｍ，１Ｈ），１．９０－１．８３（ｍ，１Ｈ），１．７５－１．６５（ｍ，１Ｈ），１．５６（ｄｄ，Ｊ＝１４．７，９．０Ｈｚ，１Ｈ），１．４３（ｄｄ，Ｊ＝１４．２，６．０Ｈｚ，２Ｈ），１．３１－１．２１（ｍ，１Ｈ），０．６３（ｓ，３Ｈ）；３１ＰＮＭＲ（１６２ＭＨｚ，クロロホルム－ｄ）δ １５１．４０；ＭＳ（ＥＳＩ），８９４．９１［Ｍ＋Ｈ］＋．
実施例３８．ジ酢酸（２Ｒ，３Ｒ，４Ｒ，５Ｒ，６Ｒ）－５－アセトアミド－２－（アセトキシメチル）－６－（（５－（（２，５－ジオキソピロリジン－１－イル）オキシ）－５－オキソペンチル）オキシ）テトラヒドロ－２Ｈ－ピラン－３，４－ジイルの合成。
Figure 2022551124000434
ＤＣＭ（４５０ｍＬ）中の５－（（（２Ｒ，３Ｒ，４Ｒ，５Ｒ，６Ｒ）－３－アセトアミド－４，５－ジアセトキシ－６－（アセトキシメチル）テトラヒドロ－２Ｈ－ピラン－２－イル）オキシ）ペンタン酸（３６．０ｇ、８０．４６ｍｍｏｌ）の溶液に、Ｎ－ヒドロキシスクシンイミド（１３．８９ｇ、１２０．６９ｍｍｏｌ）を加えた後、トリエチルアミン（３３．６ｍＬ、２４１ｍｍｏｌ）を加えた。溶液を０℃に冷却した。ＥＤＣ・ＨＣｌ（３０．８ｇ、１６０．９ｍｍｏｌ）を少量ずつ加えた。最初に０℃で５分間、続いて室温で一晩撹拌を続けた。ＬＣ－ＭＳは反応が完了したことを示した。揮発性物質を蒸発させて、濁った油を得て、これをＥｔＯＡｃ（４５０ｍＬ）中で懸濁させ、水（１５０ｍＬ）で洗浄した。水層を、ＥｔＯＡｃ（３×２２５ｍＬ）で逆抽出した。合わせた有機層を、Ｎａ２ＳＯ４で乾燥させ、濾過し、濃縮した。得られたグリース状の泡を、ＤＣＭ（３×１００ｍＬ）と共蒸発させ、さらに高真空で一晩乾燥させて、生成物ジ酢酸（２Ｒ，３Ｒ，４Ｒ，５Ｒ，６Ｒ）－５－アセトアミド－２－（アセトキシメチル）－６－（（５－（（２，５－ジオキソピロリジン－１－イル）オキシ）－５－オキソペンチル）オキシ）テトラヒドロ－２Ｈ－ピラン－３，４－ジイル（４０．９ｇ、収率９３．４％）を得た。１Ｈ ＮＭＲ（４００ＭＨｚ，クロロホルム－ｄ）δ ５．８２（ｄ，Ｊ＝８．８Ｈｚ，１Ｈ），５．３５（ｄｄ，Ｊ＝３．５，１．２Ｈｚ，１Ｈ），５．２７（ｄｄ，Ｊ＝１１．２，３．４Ｈｚ，１Ｈ），４．７１（ｄ，Ｊ＝８．４Ｈｚ，１Ｈ），４．２３－４．０７（ｍ，２Ｈ），４．０５－３．８９（ｍ，１Ｈ），３．９４－３．８５（ｍ，２Ｈ），３．６０（ｄｄｄ，Ｊ＝１１．０，６．４，４．８Ｈｚ，１Ｈ），２．８７（ｍ，４Ｈ），２．７９－２．５６（ｍ，２Ｈ），２．１５（ｓ，３Ｈ），２．０５（ｓ，３Ｈ），２．００（ｓ，３Ｈ），１．９５（ｓ，３Ｈ），１．９１－１．６５（ｍ，４Ｈ）；ＭＳ（ＥＳＩ），５４５．２０［Ｍ＋Ｈ］＋．
実施例３９．１－（（（２Ｒ，３Ｒ，４Ｒ，５Ｒ，６Ｒ）－３－アセトアミド－４，５－ジアセトキシ－６－（アセトキシメチル）テトラヒドロ－２Ｈ－ピラン－２－イル）オキシ）－１６，１６－ビス（（３－（（３－（５－（（（２Ｒ，３Ｒ，４Ｒ，５Ｒ，６Ｒ）－３－アセトアミド－４，５－ジアセトキシ－６－（アセトキシメチル）テトラヒドロ－２Ｈ－ピラン－２－イル）オキシ）ペンタンアミド）プロピル）アミノ）－３－オキソプロポキシ）メチル）－５，１１，１８－トリオキソ－１４－オキサ－６，１０，１７－トリアザノナコサン－２９－酸の合成。
Figure 2022551124000435
工程１：ＤＣＭ（１４０ｍＬ）中の１２－［［２－［３－［３－（ｔｅｒｔ－ブトキシカルボニルアミノ）プロピルアミノ］－３－オキソ－プロポキシ］－１，１－ビス［［３－［３－（ｔｅｒｔ－ブトキシカルボニルアミノ）プロピルアミノ］－３－オキソ－プロポキシ］メチル］エチル］アミノ］－１２－オキソ－ドデカン酸ベンジル（２０．８ｇ、１８．７６５ｍｍｏｌ）の溶液を、０℃に冷却した。トリフルオロ酢酸（４３．４ｍＬ、５６２．９６ｍｍｏｌ）を、１０分間かけて加えた。最初に０℃で１５分間、続いて室温で３時間撹拌を続けた。ＬＣ－ＭＳは反応が完了したことを示した。揮発性物質を蒸発させた。得られた残渣を、ＤＣＭ（１５０ｍＬ）及びＡＣＮ（１５０ｍＬ）で連続的に共蒸発させた。残渣を、ＡＣＮ（３０ｍＬ）で再溶解させ、ジエチルエーテル（３００ｍＬ）でトリチュレートした。得られた白色の濁った混合物を、冷蔵庫中に一晩置いた。エーテル層をデカントした。得られた油を、ＡＣＮ（３０ｍＬ）で再度共蒸発させて、油を得た。油をさらに、高真空で三晩乾燥させて、油として１２－（（１，１９－ジアミノ－１０－（（３－（（３－アミノプロピル）アミノ）－３－オキソプロポキシ）メチル）－５，１５－ジオキソ－８，１２－ジオキサ－４，１６－ジアザノナデカン－１０－イル）アミノ）－１２－オキソドデカン酸ベンジル トリス（２，２，２－トリフルオロアセタート）（２５．３７ｇ、収率１１８％）を得た。１Ｈ ＮＭＲ（４００ＭＨｚ，ＤＭＳＯ－ｄ６）δ ８．０３（ｔ，Ｊ＝５．８Ｈｚ，３Ｈ），７．７８（ｂｓ，９Ｈ），７．４０－７．３０（ｍ，５Ｈ），６．９８（ｓ，１Ｈ），５．０８（ｓ，２Ｈ），３．６０－３．５０（ｍ，１２Ｈ），３．１１（ｑ，Ｊ＝６．６Ｈｚ，６Ｈ），２．８４－２．７０（ｍ，６Ｈ），２．３８－２．２８（ｍ，８Ｈ），２．０５（ｔ，Ｊ＝７．４８Ｈｚ，２Ｈ），１．６７（ｐ，Ｊ＝７．０Ｈｚ，６Ｈ），１．５７－１．４８（ｍ，２Ｈ），１．４６－１．３９（ｍ，２Ｈ），１．２７－１．１７（ｍ，１２Ｈ）；ＭＳ（ＥＳＩ），８０８．５７［Ｍ＋Ｈ］＋．
工程２：１２－（（１，１９－ジアミノ－１０－（（３－（（３－アミノプロピル）アミノ）－３－オキソプロポキシ）メチル）－５，１５－ジオキソ－８，１２－ジオキサ－４，１６－ジアザノナデカン－１０－イル）アミノ）－１２－オキソドデカン酸ベンジル トリス（２，２，２－トリフルオロアセタート）（２１．５ｇ、１８．６９４ｍｍｏｌ）に、アセトニトリル（１２５ｍＬ）及びＤＩＰＥＡ（３９．１ｍＬ、２２４．３３ｍｍｏｌ）を加えた。得られた濁った溶液に、ＤＣＭ（１２５ｍＬ）を加え、混合物が透明の溶液になった。ＤＣＭ（２５０ｍＬ）中のジ酢酸（２Ｒ，３Ｒ，４Ｒ，５Ｒ，６Ｒ）－５－アセトアミド－２－（アセトキシメチル）－６－（（５－（（２，５－ジオキソピロリジン－１－イル）オキシ）－５－オキソペンチル）オキシ）テトラヒドロ－２Ｈ－ピラン－３，４－ジイル（４０．９ｇ、７５．１１３ｍｍｏｌ）の溶液を、０℃に冷却した。塩基性化されたアミン溶液を、冷たい求電子剤溶液に１５分間かけてゆっくりと加えた。最初に０℃で１０分間、続いて室温で７０分間撹拌を続けた。ＬＣ－ＭＳは、反応が完了したことを示した。反応溶液を濃縮した。得られた油を、最初にＡＣＮ（２×５０ｍＬ）、続いてＤＣＭ（２×５０ｍＬ）と共蒸発させた。粗生成物を、勾配としてＤＣＭ中の０～４０％ ＭｅＯＨを適用する順相カラムクロマトグラフィーにより精製して、白色泡として１２－［［２－［３－［３－［５－［３－アセトアミド－４，５－ジアセトキシ－６－（アセトキシメチル）テトラヒドロピラン－２－イル］オキシペンタノイルアミノ］プロピルアミノ］－３－オキソ－プロポキシ］－１，１－ビス［［３－［３－［５－［３－アセトアミド－４，５－ジアセトキシ－６－（アセトキシメチル）テトラヒドロピラン－２－イル］オキシペンタノイルアミノ］プロピルアミノ］－３－オキソ－プロポキシ］メチル］エチル］アミノ］－１２－オキソ－ドデカン酸ベンジル（３３．７ｇ、収率８６．１％）を得た。１Ｈ ＮＭＲ（４００ＭＨｚ，ＤＭＳＯ－ｄ６）δ ７．８５－７．７７（ｍ，６Ｈ），７．７１（ｔ，Ｊ＝５．７Ｈｚ，３Ｈ），７．４２－７．２８（ｍ，５Ｈ），６．９６（ｓ，１Ｈ），５．２１（ｄ，Ｊ＝３．４Ｈｚ，３Ｈ），５．０８（ｓ，２Ｈ），４．９７（ｄｄ，Ｊ＝１１．２，３．４Ｈｚ，３Ｈ），４．４８（ｄ，Ｊ＝８．４Ｈｚ，３Ｈ），４．０７－３．９６（ｍ，９Ｈ），３．８７（ｄｔ，Ｊ＝１１．２，８．８Ｈｚ，３Ｈ），３．７１（ｄｄ，Ｊ＝１０．３，５．６Ｈｚ，３Ｈ），３．５８－３．５０（ｍ，１２Ｈ），３．４０（ｄｔ，Ｊ＝９．７，６．０Ｈｚ，３Ｈ），３．０３（ｐ，Ｊ＝６．３Ｈｚ，１２Ｈ），２．３６－２．２４（ｍ，８Ｈ），２．１０（ｓ，９Ｈ），２．０７－２．０１（ｍ，８Ｈ），１．９９（ｓ，９Ｈ），１．８９（ｓ，９Ｈ），１．７７（ｓ，９Ｈ），１．５６－１．４１（ｍ，２２Ｈ），１．２８－１．１８（ｍ，１２Ｈ）；ＭＳ（ＥＳＩ），１０４８．９５［Ｍ／２＋Ｈ］＋．
工程３：１２－［［２－［３－［３－［５－［３－アセトアミド－４，５－ジアセトキシ－６－（アセトキシメチル）テトラヒドロピラン－２－イル］オキシペンタノイルアミノ］プロピルアミノ］－３－オキソ－プロポキシ］－１，１－ビス［［３－［３－［５－［３－アセトアミド－４，５－ジアセトキシ－６－（アセトキシメチル）テトラヒドロピラン－２－イル］オキシペンタノイルアミノ］プロピルアミノ］－３－オキソ－プロポキシ］メチル］エチル］アミノ］－１２－オキソ－ドデカン酸ベンジル（３０．８ｇ、１４．６９２ｍｍｏｌ）を、ＥｔＯＡｃ（４５０ｍＬ）及びＭｅＯＨ（１５０ｍＬ）中で溶解させた。Ｐｄ炭素（１０ｗｔ．％負荷、２．４８ｇ）を加えた。撹拌しながら、フラスコを排気し、水素ガスで再充填した（２回繰り返した）。反応体を、水素バルーン下で３時間水素化した。ＬＣ－ＭＳは反応が完了したことを示した。反応混合物を、セライトの薄層で充填されたフリット漏斗に通して濾過した。漏斗中の固体を、ＥｔＯＡｃ／ＭｅＯＨ（２：１；合計９００ｍＬ）で洗浄した。濾液を濃縮して、グリース状の白色泡を得て、これをＤＣＭ（３×１００ｍＬ）と共蒸発させた。次に、生成物を、二晩にわたって高真空で乾燥させて、白色泡として１－（（（２Ｒ，３Ｒ，４Ｒ，５Ｒ，６Ｒ）－３－アセトアミド－４，５－ジアセトキシ－６－（アセトキシメチル）テトラヒドロ－２Ｈ－ピラン－２－イル）オキシ）－１６，１６－ビス（（３－（（３－（５－（（（２Ｒ，３Ｒ，４Ｒ，５Ｒ，６Ｒ）－３－アセトアミド－４，５－ジアセトキシ－６－（アセトキシメチル）テトラヒドロ－２Ｈ－ピラン－２－イル）オキシ）ペンタンアミド）プロピル）アミノ）－３－オキソプロポキシ）メチル）－５，１１，１８－トリオキソ－１４－オキサ－６，１０，１７－トリアザノナコサン－２９－酸（２９．５ｇ、収率１００％）を得た。１Ｈ ＮＭＲ（４００ＭＨｚ，ＤＭＳＯ－ｄ６）δ １１．９６（ｓ，１Ｈ），７．８７－７．７９（ｍ，６Ｈ），７．７４（ｔ，Ｊ＝５．６Ｈｚ，３Ｈ），６．９９（ｓ，１Ｈ），５．２１（ｄ，Ｊ＝３．４Ｈｚ，３Ｈ），４．９６（ｄｄ，Ｊ＝１１．２，３．４Ｈｚ，３Ｈ），４．４８（ｄ，Ｊ＝８．５Ｈｚ，３Ｈ），４．０６－３．９８（ｍ，９Ｈ），３．８７（ｄｔ，Ｊ＝１１．２，８．８Ｈｚ，３Ｈ），３．７０（ｄｔ，Ｊ＝１０．５，５．６Ｈｚ，３Ｈ），３．５８－３．４８（ｍ，１２Ｈ），３．４０（ｄｔ，Ｊ＝９．６，６．０Ｈｚ，３Ｈ），３．０３（ｐ，Ｊ＝６．３Ｈｚ，１２Ｈ），２．２７（ｔ，Ｊ＝６．４Ｈｚ，６Ｈ），２．１８（ｔ，Ｊ＝７．４Ｈｚ，２Ｈ），２．１０（ｓ，９Ｈ），２．０７－２．０１（ｍ，８Ｈ），１．９９（ｓ，９Ｈ），１．８９（ｓ，９Ｈ），１．７７（ｓ，９Ｈ），１．５６－１．４１（ｍ，２２Ｈ），１．２８－１．１５（ｍ，１２Ｈ）；ＭＳ（ＥＳＩ），１００４．００［Ｍ／２＋Ｈ］＋．
実施例４０．Ｃ１２リンカー三分岐ＧａｌＮＡｃホスホラミダイトの合成。
Figure 2022551124000436
工程１：丸底フラスコに、ＧａｌＮＡｃアセチル誘導体（２０．０ｇ、９．８６ｍｍｏｌ）、ＨＡＴＵ（３．９４ｇ、１０．３５ｍｍｏｌ）及びＡＣＮ（１６５ｍＬ）を充填した。撹拌しながら、ＤＩＰＥＡ（２．５８ｍＬ、１４．７９ｍｍｏｌ）を加えた。１０分間撹拌して、前駆体Ａを得た。６－アミノ－１－ヘキサノール（１．１６ｇ、９．８６ｍｍｏｌ）を、別の丸底フラスコにおいてＡＣＮ（６５ｍＬ）中で溶解させた。撹拌しながら、前駆体Ａを、２分間かけてアミノアルコール溶液にゆっくりと注いだ。追加のＤＩＰＥＡ（０．５ｍＬ）を加えた。反応溶液を４５分間撹拌した。ＬＣ－ＭＳは、反応が完了したことを示した。揮発性物質を蒸発させた。得られた粗生成物をＤＣＭ（６００ｍＬ）中で溶解させ、水（２×５０ｍＬ）で洗浄した。有機層を硫酸ナトリウムで乾燥させ、濾過し、濃縮した。得られた粗製の残渣を、勾配としてＤＣＭ中の５～２５％ ＭｅＯＨを適用する順相カラムクロマトグラフィー（ＩＳＣＯ ２２０ｇ ｇｏｌｄカートリッジ）により精製して、固体として酢酸［（３Ｒ，５Ｓ，６Ｒ）－５－アセトアミド－６－［５－［３－［３－［３－［３－［３－［５－［（２Ｒ，３Ｓ，５Ｒ）－３－アセトアミド－４，５－ジアセトキシ－６－（アセトキシメチル）テトラヒドロピラン－２－イル］オキシペンタノイルアミノ］プロピルアミノ］－３－オキソ－プロポキシ］－２－［［３－［３－［５－［（２Ｒ，３Ｓ，５Ｒ）－３－アセトアミド－４，５－ジアセトキシ－６－（アセトキシメチル）テトラヒドロピラン－２－イル］オキシペンタノイルアミノ］プロピルアミノ］－３－オキソ－プロポキシ］メチル］－２－［［１２－（６－ヒドロキシヘキシルアミノ）－１２－オキソ－ドデカノイル］アミノ］プロポキシ］プロパノイルアミノ］プロピルアミノ］－５－オキソ－ペントキシ］－３，４－ジアセトキシ－テトラヒドロピラン－２－イル］メチル（１７．９ｇ、収率８６．２％）を得た。１Ｈ ＮＭＲ（４００ＭＨｚ，ＤＭＳＯ－ｄ６）δ ７．８６－７．７７（ｍ，６Ｈ），７．７７－７．６８（ｍ，４Ｈ），６．９８（ｓ，１Ｈ），５．２１（ｄ，Ｊ＝３．４Ｈｚ，３Ｈ），４．９６（ｄｄ，Ｊ＝１１．３，３．４Ｈｚ，３Ｈ），４．４８（ｄ，Ｊ＝８．５Ｈｚ，３Ｈ），４．３３（ｔ，Ｊ＝５．１Ｈｚ，１Ｈ），４．０８－３．９５（ｍ，９Ｈ），３．８７（ｄｔ，Ｊ＝１１．２，８．８Ｈｚ，３Ｈ），３．７０（ｄｔ，Ｊ＝１０．３，５．６Ｈｚ，３Ｈ），３．６１－３．４６（ｍ，１２Ｈ），３．４６－３．３３（ｍ，５Ｈ），３．０２（ｈ，Ｊ＝６．１Ｈｚ，１４Ｈ），２．２７（ｔ，Ｊ＝６．４Ｈｚ，６Ｈ），２．１０（ｓ，９Ｈ），２．０８－２．００（ｍ，１０Ｈ），１．９９（ｓ，９Ｈ），１．８９（ｓ，９Ｈ），１．７７（ｓ，９Ｈ），１．５６－１．３１（ｍ，２６Ｈ），１．３１－１．１４（ｍ，１６Ｈ）；ＭＳ（ＥＳＩ），１０５４．０［Ｍ／２＋Ｈ］＋．
工程２：ＤＣＭ（９０ｍＬ）中の乾燥［（３Ｒ，５Ｓ，６Ｒ）－５－アセトアミド－６－［５－［３－［３－［３－［３－［３－［５－［（２Ｒ，３Ｓ，５Ｒ）－３－アセトアミド－４，５－ジアセトキシ－６－（アセトキシメチル）テトラヒドロピラン－２－イル］オキシペンタノイルアミノ］プロピルアミノ］－３－オキソ－プロポキシ］－２－［［３－［３－［５－［（２Ｒ，３Ｓ，５Ｒ）－３－アセトアミド－４，５－ジアセトキシ－６－（アセトキシメチル）テトラヒドロピラン－２－イル］オキシペンタノイルアミノ］プロピルアミノ］－３－オキソ－プロポキシ］メチル］－２－［［１２－（６－ヒドロキシヘキシルアミノ）－１２－オキソ－ドデカノイル］アミノ］プロポキシ］プロパノイルアミノ］プロピルアミノ］－５－オキソ－ペントキシ］－３，４－ジアセトキシ－テトラヒドロピラン－２－イル］メチル（３２．１９ｇ、１５．２９ｍｍｏｌ）の溶液を、０℃に冷却した。２－シアノエチルＮ，Ｎ，Ｎ’，Ｎ’－テトライソプロピルホスホロジアミダイト（９．７１ｍＬ、３０．５８ｍｍｏｌ）を、３分間かけて滴下して加えた。溶液を５分間撹拌した。５－（エチルチオ）－１Ｈ－テトラゾール（２．２９ｇ、１７．５８ｍｍｏｌ）を一度に加えた。最初に０℃で５分間、続いて室温で６時間撹拌を続けた。ＴＬＣは反応が完了したことを示した。トリエチルアミン（８．３ｍＬ）を加えた。５分間撹拌した。混合物を濃縮した。得られた粗生成物を、勾配としてＥｔＯＡｃ中の０～８０％ ＡＣＮ（各移動相は５％トリエチルアミンを含有した）を適用する順相カラムクロマトグラフィーにより精製して、灰白色泡として所望のＣ１２リンカー三分岐ＧａｌＮＡｃホスホラミダイト（２７．２ｇ、収率７７．１％）を得た。１Ｈ ＮＭＲ（６００ＭＨｚ，ＤＭＳＯ－ｄ６）δ ７．８６－７．７８（ｍ，６Ｈ），７．７３（ｔ，Ｊ＝５．７Ｈｚ，３Ｈ），７．６９（ｔ，Ｊ＝５．６Ｈｚ，１Ｈ），６．９８（ｓ，１Ｈ），５．２１（ｄ，Ｊ＝３．４Ｈｚ，３Ｈ），４．９６（ｄｄ，Ｊ＝１１．２，３．５Ｈｚ，３Ｈ），４．４８（ｄ，Ｊ＝８．５Ｈｚ，３Ｈ），４．０６－３．９８（ｍ，９Ｈ），３．８７（ｄｔ，Ｊ＝１１．２，８．８Ｈｚ，３Ｈ），３．７４－３．６７（ｍ，５Ｈ），３．６２－３．５０（ｍ，１６Ｈ），３．４０（ｄｔ，Ｊ＝９．７，６．２Ｈｚ，３Ｈ），３．０２（ｄｑ，Ｊ＝１５．４，８．７，７．７Ｈｚ，１４Ｈ），２．７５（ｔ，Ｊ＝５．９Ｈｚ，２Ｈ），２．２７（ｔ，Ｊ＝６．４Ｈｚ，６Ｈ），２．１０（ｓ，９Ｈ），２．０７－２．００（ｍ，１０Ｈ），１．９９（ｓ，９Ｈ），１．８９（ｓ，９Ｈ），１．７７（ｓ，９Ｈ），１．５６－１．４０（ｍ，２６Ｈ），１．３９－１．１７（ｍ，１６Ｈ），１．１３（ｔ，Ｊ＝６．６Ｈｚ，１２Ｈ）；３１ＰＮＭＲ（２４３ＭＨｚ，ＤＭＳＯ－ｄ６）δ１４６．３２；ＭＳ（ＥＳＩ），１１５３．２４［Ｍ／２＋Ｈ］＋．
実施例４１．オリゴヌクレオチド組成物の調製。
例えば、各々の方法及び試薬が参照により本明細書に組み込まれる、米国特許第９９８２２５７号、米国特許出願公開第２０１７００３７３９９号、米国特許出願公開第２０１８０２１６１０８号、米国特許出願公開第２０１８０２１６１０７号、米国特許第９５９８４５８号、国際公開第２０１７／０６２８６２号、国際公開第２０１８／０６７９７３号、国際公開第２０１７／１６０７４１号、国際公開第２０１７／１９２６７９号、国際公開第２０１７／２１０６４７号、国際公開第２０１８／０９８２６４号、国際公開第２０１８／２２３０５６号、国際公開第２０１８／２３７１９４号、国際公開第２０１９／０３２６０７号、国際公開第２０１９／０５５９５１号、国際公開第２０１９／０７５３５７号、国際公開第２０１９／２００１８５号、国際公開第２０１９／２１７７８４号、国際公開第２０１９／０３２６１２号、及び／又は国際公開第２０２０／１９１２５２号に記載される方法及び試薬を含む、オリゴヌクレオチド及びオリゴヌクレオチド組成物（立体的に不規則なもの及びキラル制御されたものの両方）を調製するための様々な技術が知られており、本開示に従って利用され得る。
いくつかのオリゴヌクレオチド組成物が合成され、評価された。いくつかの最近調製されたオリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドの観測されたＭＳデータは、以下のとおりである（同じヌクレオチドに関して複数の数値が示されるとき、その数値は、異なるバッチ／実験において観測されたＭＳデータであり得る）：ＷＶ－２０６６６：１０１６７．１；ＷＶ－２０６８９：１０１８３；ＷＶ－２０６９０：１０１９８．４；ＷＶ－２０６９１：１０２１５．３；ＷＶ－２０６９２：１０２３０．３；ＷＶ－２０６９３：１０２４６．５；ＷＶ－２０６９４：１０２６２．７；ＷＶ－２０６９５：１０２７８．９；ＷＶ－２０６９６：１０２９４．３；ＷＶ－２０６９７：１０３１１．３；ＷＶ－２０６９８：１０３２７；ＷＶ－２０６９９：１０３４２．９；ＷＶ－２０７００：１０３５８．５；ＷＶ－２０７０１：１０３７６；ＷＶ－２０７０２：１０３９１．１；ＷＶ－２０７０３：１０４０７．５；ＷＶ－２０７０４：１０４２３．６；ＷＶ－２０７０６：１０１９９；ＷＶ－２０７０７：１０２１５．３；ＷＶ－２０７０８：１０２３０．６；ＷＶ－２０７０９：１０２４６．５；ＷＶ－２０７１０：１０２６２．６；ＷＶ－２０７１１：１０２７９．３；ＷＶ－２０７１２：１０２９４．２；ＷＶ－２０７１３：１０３１０．８；ＷＶ－２０７１４：１０３２７；ＷＶ－２０７１５：１０３４２．９；ＷＶ－２０７１６：１０３５８．７；ＷＶ－２０７１７：１０２４６．３；ＷＶ－２０７１８：１０２６２．７；ＷＶ－２０７１９：１０２７８．３；ＷＶ－２０７２０：１０２９４．２；ＷＶ－２０７２１：１０３１１．４；ＷＶ－２０７２２：１０３２７．１；ＷＶ－２０７２３：１０３４２．８；ＷＶ－２０７２４：１０３５８．７；ＷＶ－２０７２５：１０３７４．８；ＷＶ－２０７２６：１０３９１；ＷＶ－２０７２７：１０１８２．９；ＷＶ－２０７２８：１０１８２．７；ＷＶ－２０７２９：１０１８２．７；ＷＶ－２０７３０：１０１８２．９；ＷＶ－２０７３１：１０２３０．８；ＷＶ－２０７３２：１０１９９．１；ＷＶ－２０７３３：１０６６３．７；ＷＶ－２０７３４：１０１９４．７；ＷＶ－２０７３５：１０２２２．７；ＷＶ－２０７３６：１０２５０．５；ＷＶ－２０７３７：１０２７８．３；ＷＶ－２０７３８：１０３０６．７；ＷＶ－２０７３９：１０３３４．８；ＷＶ－２０７４０：１０３６２．９；ＷＶ－２０７４１：１０１９４．８；ＷＶ－２０７４２：１０２０８．５；ＷＶ－２０７４３：１０２３６．８；ＷＶ－２０７４４：１０２６３．９；ＷＶ－２０７４５：１０２９３．１；ＷＶ－２０７４６：１０３２０．４；ＷＶ－２０７４７：１００９３．９；ＷＶ－２０７４８：１００９８．１；ＷＶ－２０７４９：１０１０１．９；ＷＶ－２０７５０：１０１０６．４；ＷＶ－２０７５１：１０１１０．５；ＷＶ－２０７５２：１０１１３．５；ＷＶ－２０７５３：１０１１８．３；ＷＶ－２０７５４：１０１２２．６；ＷＶ－２０７５５：１００９８；ＷＶ－２０７５６：１０１００；ＷＶ－２０７５７：１０１０４．３；ＷＶ－２０７５８：１０１０７．７；ＷＶ－２０７５９：１０１１１．８；ＷＶ－２０７６０：１０１１６．７；ＷＶ－２３３８８：１００９８；ＷＶ－２３３９５：１０６１２．３；ＷＶ－２４１１１：１００４６．８；ＷＶ－２４１１２：１００４７；ＷＶ－２４１１３：１００４７；ＷＶ－２４１１４：１００４６．８；ＷＶ－２４１１５：１００４７；ＷＶ－２４１１６：１００４６．８；ＷＶ－２４１１７：１００４６．９；ＷＶ－２４１１８：１００４６．８；ＷＶ－２４１１９：１００４６．９；ＷＶ－２４１２０：１００４７．１；ＷＶ－２４１２１：１００４７；ＷＶ－２４１２２：１００４７．１；ＷＶ－２４１２３：１００４７；ＷＶ－２４１２４：１００４７；ＷＶ－２４１２５：１００４６．９；ＷＶ－２４１２６：１００４６．９；ＷＶ－２４１２７：１００４７；ＷＶ－２４１２８：１００４６．５；ＷＶ－２４１２９：１００４７；ＷＶ－２４１３０：１００４６．８；ＷＶ－２４１３１：１００４６．８；ＷＶ－２４１３２：１００４７；ＷＶ－２４１３３：１００４７．１；ＷＶ－２４１３４：１００４７；ＷＶ－２４１３５：１００４７；ＷＶ－２４１３６：１００４６．９；ＷＶ－２４１３７：１００４７．１；ＷＶ－２４１３８：１００４７；ＷＶ－２４１３９：１００４６．８；ＷＶ－２４１４０：１００４６．４；ＷＶ－２４１４１：１００４６．９；ＷＶ－２４１４２：１００４７；ＷＶ－２４１４３：１００４７．１；ＷＶ－２４１４４：１００４７；ＷＶ－２４１４５：１００４７．１；ＷＶ－２４１４６：１００４６．９；ＷＶ－２４１４７：１００４６．７；ＷＶ－２４１４８：１００４７；ＷＶ－２４１４９：１００４７；ＷＶ－２４１５０：１００４７．１；ＷＶ－２４１５１：１００４７．１；ＷＶ－２４１５２：１００４７．１；ＷＶ－２４１５３：１００４７．１；ＷＶ－２４１５４：１００４７．１；ＷＶ－２４１５５：１００４７．１；ＷＶ－２４１５６：１００４６．７；ＷＶ－２４１５７：１００４７；ＷＶ－２４１５８：１００４７．１；ＷＶ－２７４５７：１２６１３．１；ＷＶ－２７４５８：１１９５４．６；ＷＶ－２７４５９：１２６３１；ＷＶ－２７４６０：１１９７２．７；ＷＶ－２７５２１：１００６４．１；ＷＶ－３１１３３：１０７３７．８；ＷＶ－３１１３４：１０８６９．１；ＷＶ－３１１３５：１０７９０．３；ＷＶ－３１１３７：１０７７９．４；ＷＶ－３１１３８：１０７８８．２；ＷＶ－３１１３９：１００３９．１；ＷＶ－３１１４０：１０１６８．８；ＷＶ－３１１４１：１００９１．０；ＷＶ－３１１４３：１００７９．０；ＷＶ－３１１４４：１００８９．６；ＷＶ－３１６３２：１０７７２．７；ＷＶ－３１６３３：１０７８６．６；ＷＶ－３１６３４：１００７２．７；ＷＶ－３１６３５：１００８７．２；ＷＶ－３１７４８：１０７６２．５；ＷＶ－３１７４９：１００６４．４；ＷＶ－２８７８８：１０１６９．１；ＷＶ－２７４５８：１１９５４．６；ＷＶ－３１９４０：１０２８５．５；ＷＶ－３５７４１：１２３５２．０。
本明細書に記載され且つ確証されるとおり、本開示の技術は、様々な構造的特徴を含むオリゴヌクレオチドの様々な組成物を調製するのに有用である。いくつかの実施形態では、本明細書で確証されるとおり、提供される技術、例えば、電子求引性基を含む不斉補助剤（例えば、電子求引性基（例えば、－ＳＯ２ＲＣ１、－Ｃ（Ｏ）ＲＣ１など）を含むＲＣ１１）を利用するものは、特に、２’－ＯＨ糖（例えば、典型的には天然のＲＮＡに見出される糖などのＲ２ｓ＝ＯＨを有する糖）を含むオリゴヌクレオチドのキラル制御された組成物を、特にそのような糖がキラル制御されたヌクレオチド間結合に結合されるときに調製するのに有用である。ＷＶ－２９８７４の調製は、例として下に記載される。
２５ｕｍｏｌ規模でのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物（ＷＶ－２９８７４）の自動化された固相合成は、下のサイクルに従って実施された。
Figure 2022551124000437
合成サイクルの完了後、ＰＳＭ不斉補助基は、無水塩基処理（ＤＥＡ処理）によって除去された。ＣＰＧを、４０％ ＭｅＮＨ２（５．０ｍＬ）により３５℃で３０分間処理し、室温まで冷却し、ＣＰＧを、膜濾過により分離し、８．０ｍＬのＤＭＳＯで洗浄した。濾液に、ＴＥＡ（トリエチルアミン）－３ＨＦ（５．０ｍＬ）を加え、４５℃で１時間撹拌し、これにより２’－ＯＨからＴＢＳ保護基を除去することができる。反応混合物を室温まで冷却し、１０ｍＬの５０ｍＭ ＮａＯＡｃ（ｐＨ５．２）で希釈した。粗製の材料を、ＬＴＱ及びＲＰ－ＵＰＬＣにより分析した。粗製の材料を、５０ｍＭ ＴＥＡＡ（酢酸トリエチルアンモニウム）中のＭｅＣＮの直線勾配によるＲＰ－ＨＰＬＣにより精製し、tC18 SepPakカートリッジにより脱塩して、標的オリゴヌクレオチドを得た。
脱塩は、以下の手順を使用して実施された：
存在する場合、試料からＭｅＣＮを蒸発させる。
４ＣＶの１００％ アセトニトリル（ＨＰＬＣグレード）による条件カラム。
Millipore Bio-Pak水、エンドトキシン不含中の２ＣＶの４０％ ＭｅＣＮでカラムをすすぐ。
４ＣＶの水（Millipore Bio-Pak、エンドトキシン不含）でカラムをすすぐ。
Millipore Bio-Pak水、エンドトキシン不含中の２ＣＶの５０ｍＭ ＴＥＡＡでカラムを平衡化する。
平衡化されたカラム上に純粋な画分をロードする。いくつかの実施形態では、重力によるロードは、最大量の結合をもたらし、吸引によるゆっくりとしたロードは、一定の水準の結合をもたらし、吸引による迅速なロードは、不十分な結合をもたらす。
２ＣＶのBioPak水でカラムを洗浄してＴＥＡＡを洗い流す。
２ＣＶの１００ｍＭ ＮａＯＡｃでカラムを洗浄して、オリゴヌクレオチドの骨格上のアンモニウムをナトリウムと交換する。
溶出液の伝導率が＜２０ｕＳ／ｃｍになるまでBioPak水でカラムを洗浄する。
Millipore Bio-Pak水、エンドトキシン不含中の２カラム体積の４０％ ＭｅＣＮで生成物を溶出する。
Speed-vac上に３０℃で一晩置いて、アセトニトリルを除去し、濃縮する。
１つの調製物からの結果：合成規模：２５ｕｍｏｌ；粗製のＯＤ：８７４ＯＤ；粗製のＵＰＬＣ純度：３２．１７％；粗製のＬＴＱ純度：６２．４５％；最終ＯＤ：５９．８ＯＤ；最終ＵＰＬＣ純度：５９．８５％；最終ＭＳ純度：７４．５１％；及び最後に観測されたＭＳ：１００６４．４（計算値１０，０６３．６８）。
実施例４２．キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を含む提供される技術は、立体的に不規則なオリゴヌクレオチド組成物と比較して高い活性を提供することができる。
特に、本開示は、様々なキラル制御されたヌクレオチド間結合を含む提供される組成物が、キラル制御されたヌクレオチド間結合を含まない立体的に不規則な組成物と比較して高い活性を提供することができることを実証する。例えば、図２４に示されるとおり、様々なキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物が評価され、様々な標的転写物に関して立体的に不規則な組成物と比較して高い活性を提供した。初代ヒト肝細胞は、５０ｎＭのオリゴヌクレオチドでトランスフェクトされた。ＲＮＡは４８時間後に収集され、編集された転写物のパーセンテージは、サンガー法による配列決定によって定量化された（ｎ＝２の生物学的複製物）。
実施例４３．修飾されたヌクレオチド間結合を有するオリゴヌクレオチドを含む提供される技術は、高い活性を提供することができる。
特に、本開示は、様々なヌクレオチド間結合型及びパターンを含む提供される技術が、例えば、様々なオリゴヌクレオチド組成物が評価された図２５に示されるとおり、編集活性を提供することができることを実証する。組成物は、ｃＬｕｃコード配列内の中途でのＵＡＧ終止コドンを標的化する。２９３Ｔ細胞は、ＡＤＡＲ１－ｐ１５０、ルシフェラーゼレポーターコンストラクト、及び３．３ｎＭのオリゴヌクレオチド濃度の指定の組成物でトランスフェクトされた。ｃＬｕｃ活性は、モック処理された試料（ｎ＝２の生物学的複製物）においてＧｌｕｃ発現に標準化された。いくつかの実施形態では、ある特定の位置でのｎ００１などの負に荷電していないヌクレオチド間結合の組み込みは、より高い編集活性を提供することができる。
実施例４４．追加の化学的部分を含むオリゴヌクレオチドを含む提供される技術は、高い活性を提供することができる。
特に、本開示は、様々なヌクレオチド間結合パターン、糖修飾パターン、及び／又は追加の化学的部分を含む提供される技術が、例えば、様々なオリゴヌクレオチド組成物が評価された図２６に示されるとおり、外来ＡＤＡＲの有無にかかわらず高い編集活性を提供することができることを実証する。初代サル肝細胞は、指定のオリゴヌクレオチド組成物でGymnosisにより処理された。標的の編集は、サンガー法による配列決定によって測定された（ｎ＝２の生物学的複製物）。いくつかの実施形態では、ある特定の構造的要素、例えば、第２のサブドメイン中の２’－Ｆ修飾された糖、第２のサブドメインヌクレオシドに結合されるＲｐのホスホロチオエート結合（示されるとおり、ある特定の第２のサブドメインヌクレオシドに結合される２つのＲｐホスホロチオエート結合）、及び／又はある特定の位置でのｎ００１などの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、編集効率を向上させることができる。
実施例４５．修飾されたヌクレオチド間結合、糖修飾、及び／又は追加の化学的部分を有するオリゴヌクレオチドを含む提供される技術は、高い活性を提供することができる。
特に、本開示は、修飾されたヌクレオチド間結合、糖修飾、及び／又は追加の化学的部分を有するオリゴヌクレオチドを含む提供される技術が、例えば、様々なオリゴヌクレオチド組成物が評価された図２７に示されるとおり、高い活性を提供することができることを実証する。初代ヒト肝細胞は、指定のオリゴヌクレオチド組成物でGymnosisにより処理された。編集された転写物のパーセンテージは、サンガー法による配列決定によって定量化された（ｎ＝２の生物学的複製物）。いくつかの実施形態では、ある特定の構造的要素、例えば、第２のサブドメイン中の２’－Ｆ修飾された糖、第２のサブドメインヌクレオシドに結合されるＲｐのホスホロチオエート結合、ミスマッチの位置、及び／又はある特定の位置でのｎ００１などの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、編集効率を向上させることができる。
実施例４６．様々な修飾されたヌクレオチド間結合、糖修飾及び／又は追加の部分を含むオリゴヌクレオチドを含む提供される技術は、高い活性を提供することができる。
特に、本開示は、様々なヌクレオチド間結合修飾、糖修飾及び／又は追加の部分並びにそのパターンを含む提供される技術が、例えば、様々なオリゴヌクレオチド組成物が評価された図２８に示されるとおり、外来ＡＤＡＲの有無にかかわらず高い編集活性を提供することができることを実証する。初代ヒト肝細胞は、指定のオリゴヌクレオチド組成物でGymnosisにより処理された。編集された転写物のパーセンテージは、サンガー法による配列決定によって定量化された（ｎ＝２の生物学的複製物）。いくつかの実施形態では、ある特定の構造的要素、例えば、第２のサブドメイン中の２’－Ｆ修飾された糖、第２のサブドメインヌクレオシドに結合されるＲｐのホスホロチオエート結合、ミスマッチの位置及び／又は有無、及び／又はある特定の位置でのｎ００１などの負に荷電していないヌクレオチド間結合は、編集効率を向上させることができる。実施例４７。修飾されたヌクレオチド間結合、糖修飾、及び／又は追加の化学的部分を有するオリゴヌクレオチドを含む提供される技術は、高い活性を提供することができる。
特に、本開示は、修飾されたヌクレオチド間結合、糖修飾、及び／又は追加の化学的部分を有するオリゴヌクレオチドを含む提供される技術が、例えば、様々なオリゴヌクレオチド組成物が評価された図２９に示されるとおり、高い活性を提供することができることを実証する（様々な図及び他の箇所の場合のように、オリゴヌクレオチド／組成物の詳細な説明は、例えば、表１（例えば、１Ａ、１Ｂ、１Ｃ及び／又は１Ｄ）において見出すことができ；いくつかの場合において、オリゴヌクレオチド／組成物は、番号のみで参照され得る（例えば、図２９において、ＷＶ－３２１０１、ＷＶ－３５７１３、ＷＶ－３５７３７及びＷＶ－３５７３６は、それらの番号のみ（それぞれ３２１０１、３５７１３、３５７３７及び３５７３６）によって参照される））。
初代ヒト肝細胞は、指定の濃度の指定のオリゴヌクレオチド組成物でGymnosisにより処理された。ＡＤＡＲは、内在性であった。組成物は、ベータ－アクチンｍＲＮＡの３’ＵＴＲにおけるアデノシンを標的化する。編集された転写物のパーセンテージは、サンガー法による配列決定によって定量化された（ｎ＝２の生物学的複製物）。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合のある特定のパターン及び／又は負に荷電していないヌクレオチド間結合の数の増加は、編集効率を増大させることができる。いくつかの実施形態では、ミスマッチを減少させること、及び／又は第２のドメイン（例えば、第２のサブドメイン（例えば、編集されることになる標的アデノシンの反対側のヌクレオシド（例えば、５’側）の隣））に２’－Ｆ修飾された糖を含むヌクレオシドを利用することによって、編集効率の増大をもたらすことができる。
実施例４７．修飾されたヌクレオチド間結合、糖修飾、及び／又は追加の化学的部分を有するオリゴヌクレオチドを含む提供される技術は、高い活性を提供することができる。
特に、本開示は、修飾されたヌクレオチド間結合、糖修飾、及び／又は追加の化学的部分を有するオリゴヌクレオチドを含む提供される技術が、例えば、様々なオリゴヌクレオチド組成物が評価された図２９に示されるとおり、高い活性を提供することができることを実証する。初代ヒト肝細胞は、指定の濃度の指定のオリゴヌクレオチド組成物でGymnosisにより処理された。ＡＤＡＲは、内在性であった。組成物は、ベータ－アクチンｍＲＮＡの３’ＵＴＲにおけるアデノシンを標的化する。編集された転写物のパーセンテージは、サンガー法による配列決定によって定量化された（ｎ＝２の生物学的複製物）。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合のある特定のパターン及び／又は負に荷電していないヌクレオチド間結合の数の増加は、編集効率を増大させることができる。いくつかの実施形態では、ミスマッチを減少させること、及び／又は第２のドメイン（例えば、第２のサブドメイン（例えば、編集されることになる標的アデノシンの反対側のヌクレオシド（例えば、５’側）の隣））に２’－Ｆ修飾された糖を含むヌクレオシドを利用することによって、編集効率の増大をもたらすことができる。
実施例４８．修飾されたヌクレオチド間結合、糖修飾、及び／又は追加の化学的部分を有するオリゴヌクレオチドを含む提供される技術は、高い活性を提供することができる。
特に、本開示は、修飾されたヌクレオチド間結合、糖修飾、及び／又は追加の化学的部分を有するオリゴヌクレオチドを含む提供される技術が、例えば、様々なオリゴヌクレオチド組成物が評価された図３０に示されるとおり、高い活性を提供することができることを実証する。初代ヒト又はサル肝細胞は、指定の濃度の指定のオリゴヌクレオチド組成物でGymnosisにより処理された。ＡＤＡＲは、内在性であった。組成物は、ベータ－アクチンｍＲＮＡの３’ＵＴＲにおけるアデノシンを標的化する。編集された転写物のパーセンテージは、サンガー法による配列決定によって定量化された（ｎ＝２の生物学的複製物）。図３０に示されるとおり、２’－Ｆ以外の糖修飾、例えば、２’－ＯＲ（式中、Ｒは、任意選択により置換されたＣ１～６脂肪族（２’－ＯＭｅ及び２’－ＭＯＥなど）である）は、第１のドメイン中を含むオリゴヌクレオチドにおいてある特定のレベル（例えば、数及び／又はパーセンテージ）及び／又はパターンで利用され得る。さらに、様々な負に荷電していないヌクレオチド間結合の立体化学を含むパターンを含む、骨格のキラル中心の様々なパターンが、編集のために利用され得る。
実施例４９．キラル制御は、編集効率を向上させることができる。
特に、本開示は、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合などの修飾されたヌクレオチド間結合のキラル制御が、活性を向上させることができることを実証する。いくつかの実施形態では、図３１及び図３２に示されるとおり、第１のドメイン及び／又は第２のドメイン（及びそのサブドメイン）及び／又はオリゴヌクレオチドにおけるキラル制御されたヌクレオチド間結合（例えば、キラル制御されたＳｐのホスホロチオエートヌクレオチド間結合）の数／レベルの増大は、向上した編集効率を提供することができる。いくつかの実施形態では、１つ以上のキラル制御されていないヌクレオチド間結合は、ある特定のレベルの活性の組成物を提供するためにある特定の位置で利用され得る。組成物は全て、ｃＬｕｃコード配列内の中途でのＵＡＧ終止コドンを標的化する。２９３Ｔ細胞は、ＡＤＡＲ１－ｐ１１０又は－ｐ１５０をコードするプラスミド、ルシフェラーゼレポーターコンストラクト及び指定のオリゴヌクレオチド組成物でトランスフェクトされた。ｃＬｕｃ活性は、モック処理された試料（ｎ＝２の生物学的複製物）においてＧｌｕｃ発現に標準化された。いくつかの実施形態では、Ｓｐのホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、ＡＤＡＲ１－ｐ１１０及び／又はＡＤＡＲ１－ｐ１５０のＲＢＤ結合及び／又はデアミナーゼドメイン活性を増大させる。
実施例５０．キラル制御及び修飾されたヌクレオチド間結合は、編集効率を向上させることができる。
いくつかの実施形態では、本開示は、修飾されたヌクレオチド間結合（例えば、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合）を含むオリゴヌクレオチドの組成物が、向上した編集活性を提供することができることを実証する。いくつかの実施形態では、本開示は、キラル制御された修飾されたヌクレオチド間結合を含むオリゴヌクレオチドの組成物を提供し、キラル制御が所望の活性を向上させることができることを実証する。いくつかの実施形態では、図３３に示されるとおり、第１のドメイン及び／又は第２のドメイン（及びそのサブドメイン）及び／又はオリゴヌクレオチドにおける修飾されたヌクレオチド間結合（例えば、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合）及び／又はキラル制御されたヌクレオチド間結合（例えば、キラル制御されたＳｐのホスホロチオエートヌクレオチド間結合）の数／レベルの増大は、向上した編集効率を提供することができる。いくつかの実施形態では、天然のリン酸結合は、活性のある特定のレベルの組成物を提供するためにある位置で利用され得る（例えば、図３３及び図３４を参照のこと）。
実施例５１．様々な糖修飾が、所望の活性を有するオリゴヌクレオチド組成物を提供するために利用され得る。
特に、本開示は、様々な糖修飾が、編集活性を提供することができるオリゴヌクレオチド及びその組成物を提供するために本開示に従って利用され得ることを実証する。例えば、２’－修飾（例えば、２’－ＯＲ（式中、Ｒは、水素ではない））は、例えば、アデノシン編集活性を提供するために本開示に従って様々なレベル及び／又はパターンでオリゴヌクレオチドにおいて利用され得る。図３５に示されるとおり、２’－ＯＲ修飾（式中、Ｒは、－Ｈではない）は、様々な位置で利用され得る。いくつかの実施形態では、ある特定の文脈におけるある特定の位置で２’－ＭＯＥ以外の糖修飾を有する（例えば、２’－ＯＭｅを有する）ことが好ましい場合があることが認められる。図３６に示されるとおり、２’－Ｆ修飾は、様々な位置において利用され得る。いくつかの実施形態では、ある特定の文脈におけるある特定の位置で２’－Ｆ以外の糖修飾を有する（例えば、２’－ＯＭｅを有する）ことが好ましい場合があることが認められる。
実施例５２．提供される技術は、インビボで高いレベルの活性を提供することができる。
上で記載され且つ本明細書で確証されるとおり、提供される技術は、特に、霊長類を含むインビボで高いレベルの編集活性を提供することができる。本明細書で実証されるとおり、様々な提供される技術は、非ヒト霊長類モデルにおいて高い効率のアデノシン編集を提供することができる。
いくつかの実施形態では、投与時にナイーブではないカニクイザル・マカク（cynomolgus macaques）（５～８ｋｇ）に、５ｍｇ／ｋｇ皮下（ＳＣ）用量のＷＶ－３７３１４、ＷＶ－３７３１５、又はＷＶ－３７３３０を５日間連続して投与した。最後の投与の４８時間後、動物は生検処置のために麻酔法及び無痛法を施された。麻酔下で、肝生検試料を全ての利用可能な動物から採取した。それぞれの動物に関して、２つの肝生検試料（８０～１２０ｍｇ）を採取し、即座に秤量し、適切な採取バイアルに置き、液体窒素中で急速凍結した。それぞれの個々の試料を、別々のチューブに置いた。次に、試料を、－６０～－８０℃を維持するように設定された冷凍庫に移すまでドライアイス上で保管した。
ＲＮＡ単離のために、凍結した組織を１０００ｕＬのトリゾールに加え、ホモジナイズした。２００ｕＬのクロロホルムを各試料に加え、激しく振盪させ、５分間インキュベートし、続いて１０，０００ｘｇで５分間遠心分離した。上清（水相）を、ＳＶ９６全ＲＮＡ抽出キット（Promega）の結合プレートに移し、ＲＮＡをプロトコルに従って抽出した。ｃＤＮＡを、製造業者（Applied Biosystems)によって推奨されるとおりにHigh Capacity ｃＤＮＡ逆転写キットを使用して２０ｕＬのＲＴ反応に９ｕＬの全ＲＮＡを加えることによって合成した。２ｕＬのｃＤＮＡを、Phusion High-fidelity ＤＮＡポリメラーゼ（ThermoFisher Scientific:カタログ番号#F530）によるＰＣＲ反応において使用して、ＩＤＴからのカスタムプライマーを使用してＡＣＴＢ転写物を増幅した。ＰＣＲ産物を、製造業者のプロトコルに従ってAMPure XP磁性ビーズを使用して精製し、サンガー法による配列決定（Genewiz、USA）によって分析した。次に、編集のパーセントを、EditRプログラム（https://moriaritylab.shinyapps.io/editr_v10/）を使用して定量化した。ある特定の結果が、図３７に示される。実証されるとおり、提供される技術は、これらの霊長類動物において高いレベルの編集活性を提供する。
実施例５３．提供される技術は、インビボで持続性の編集活性を提供することができる。
いくつかの実施形態では、本開示は、特に、インビボで編集活性を提供することができるオリゴヌクレオチド組成物を提供する。記載されるとおり、提供される技術の技術は、実施例及び図３８において確証されるとおり、安定性の増大、高いレベルの編集などを提供することができる。実証されるとおり、提供される技術は、最後の投与の後長期間、例えば、約又は少なくとも約２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５日以上の間所望の編集活性を提供することができる。いくつかの実施形態では、所望の編集活性／編集のレベルは、最後の投与の後長期間、例えば、約又は少なくとも約２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５日以上の間維持され得る。
ある特定のデータは、図３８に示され、これは、非ヒト霊長類（ＮＨＰ）肝臓（ａ）及び腎臓（ｂ）における編集を示す（投与時においてナイーブではないカニクイザル・マカク（cynomolgus macaque）（５～８ｋｇ））。組成物は全て、ベータ－アクチンｍＲＮＡの３’ＵＴＲにおけるアデノシンを標的化する。動物に、オリゴヌクレオチド組成物（ＷＶ－３７３１４、ＷＶ－３７３１５、及びＷＶ－３７３３０）を投与し、肝生検を最後の投与後の２日目及び４５日目に採取し、腎臓を最後の投与後の４５日目に採取した。図３８、（ａ）において確証されるとおり、３種全てのオリゴヌクレオチド組成物（ＷＶ－３７３１４、ＷＶ－３７３１５、及びＷＶ－３７３３０）が、最後の投与後２日目及び少なくとも４５日目の両方の肝臓において、外来ＡＤＡＲを伴わずにインビボでＡＣＴＢ ｍＲＮＡの編集を提供し（２５～５０％の範囲の編集）、編集のレベルは、最後の投与後の少なくとも４５日目に高いままであった。さらに、図３８、（ｂ）においてわかるとおり、３種全てのオリゴヌクレオチド組成物（ＷＶ－３７３１４、ＷＶ－３７３１５、及びＷＶ－３７３３０）が、最後の投与後の少なくとも４５日目の腎臓において、外来ＡＤＡＲを伴わずにインビボでＡＣＴＢ ｍＲＮＡの編集を提供した（５～１５％の範囲の編集）。分析を、肝臓及び腎臓の両方で実施して、オリゴヌクレオチド量を評価した。図３８は、１５０～１０００ｕｇ／組織のｇの範囲を有する最後の投与後の２日目及び４５日目の肝臓、及び５～３５ｕｇ／組織のｇの範囲を有する最後の投与後の４５日目の腎臓に関するある特定のデータを示し、様々な組織への提供されるオリゴヌクレオチド組成物の送達及び／又は様々な組織における提供されるオリゴヌクレオチド組成物の安定性を確証した。図３８において確証されるとおり、いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、その他（例えば、腎臓）のものより１つ以上の組織（例えば、肝臓）においてより高いレベルで選択的に送達され及び／又は維持され得る。
実施例５４．提供される技術は、様々な系で編集活性を提供することができる。
記載されるとおり、本開示は、特に、様々な系、例えば、様々な型の細胞、組織、器官、生物体などにおいて編集を提供することができる技術を提供する。ある特定のデータが図３９に示され、これはヒト神経細胞における編集を確証する。ｉＣｅｌｌ神経細胞及びｉＣｅｌｌ星状細胞（それぞれａ及びｂ；それぞれｉ神経細胞及びｉ星状細胞とも称され得る；両方がBrainxellから入手可能である）を、Gymnosisによる送達によって、指定の濃度の指定のオリゴヌクレオチド組成物で処理した。図３９、（ａ）において実証されるとおり、４種全てのオリゴヌクレオチド組成物（ＷＶ－２７４０４、ＷＶ－３７３１７、ＷＶ－３７３１８、及びＷＶ－３７３２４）が、ヒト神経細胞において編集を提供した。いくつかの実施形態では、負に荷電していないヌクレオチド間結合、例えば、ｎ００１は、編集レベルを向上させるために本開示に従って利用され得ることが確証された（例えば、ＷＶ－３７３１７、ＷＶ－３７３１８、及びＷＶ－３７３２４は、ｉＣｅｌｌ神経細胞において様々な濃度でＷＶ－２７４０４と比較して高いレベルの編集を提供した、（ａ））。ｉＣｅｌｌ星状細胞におけるＡＣＴＢ編集に関するある特定のデータは、図３９、（ｂ）に示された。ｉＣｅｌｌ神経細胞及びｉＣｅｌｌ星状細胞における追加の標的アデノシン編集に関するある特定のデータは、それぞれ（ｃ）及び（ｄ）において示された。細胞を、Gymnosisによる送達によって、指定の濃度の指定のオリゴヌクレオチド組成物で処理した。ｉＣｅｌｌ神経細胞及び星状細胞に、それぞれがそれらの対応するｍＲＮＡを標的化する、それぞれＷＶ－４０５９０（ＵＧＰ２を標的化する）、ＷＶ－４０５９１（ＥＥＦ１Ａ１を標的化する）、ＷＶ－４０５９２（ＳＲＳＦ１を標的化する）、ＷＶ－４０５９５（ＨＳＰ９０ＡＢ１を標的化する）、ＷＶ－４０５９６（ＨＳＰ９０Ｂ１を標的化する）、及びＷＶ－４０５９４（ＧＨＩＴＭを標的化する）を含むオリゴヌクレオチド組成物を投与した。本開示を読む当業者は、特に、より高い編集レベル（例えば、図において示されるものより）が、本開示に従って提供される技術を使用して達成され得ることを理解することになる。特に、図３９は、提供される技術が、Gymnosisによる送達によって神経細胞に効率的に送達することができ、少なくとも数日間そのような細胞において高いレベルの編集を提供することができることを実証した（例えば、図３９に示されるとおり、少なくとも５又は６日）。
実施例５５．オリゴヌクレオチド技術を評価するための有用な技術。
特に、本開示は、編集、例えば、ＡからＩ（Ｇ）への編集のための薬剤、例えば、オリゴヌクレオチド、及びその組成物を評価するための技術を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、本明細書に記載されるとおりのＡＤＡＲポリペプチド、例えば、ＡＤＡＲ１ポリペプチドと相互作用し、及び／又はその１つ以上の機能を調節するか若しくは利用する薬剤（例えば、オリゴヌクレオチド）及びその組成物を評価するのに有用な技術を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、ＡＤＡＲ１ポリペプチド若しくはその特徴的な部分、又はＡＤＡＲ１ポリペプチド若しくはその特徴的な部分をコードするポリヌクレオチドを含み及び／又は発現するように操作された非ヒト動物細胞及び／又は非ヒト動物を提供する。いくつかの実施形態では、ＡＤＡＲ１ポリペプチド又はその特徴的な部分は、霊長類のＡＤＡＲ１又はその特徴的な部分であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、ＡＤＡＲ１ポリペプチド又はその特徴的な部分は、霊長類のＡＤＡＲ１であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、ＡＤＡＲ１ポリペプチド又はその特徴的な部分は、霊長類のＡＤＡＲ１である。いくつかの実施形態では、霊長類は、非ヒト霊長類である。いくつかの実施形態では、霊長類は、ヒトである。いくつかの実施形態では、ＡＤＡＲ１ポリペプチド又はその特徴的な部分は、ヒトｐ１１０ ＡＤＡＲ１又はその特徴的な部分であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、ＡＤＡＲ１ポリペプチド又はその特徴的な部分は、ヒトｐ１１０ ＡＤＡＲ１であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、ＡＤＡＲ１ポリペプチド又はその特徴的な部分は、ヒトｐ１１０ ＡＤＡＲ１である。いくつかの実施形態では、ＡＤＡＲ１ポリペプチド又はその特徴的な部分は、ヒトｐ１５０ ＡＤＡＲ１又はその特徴的な部分であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、ＡＤＡＲ１ポリペプチド又はその特徴的な部分は、ヒトｐ１５０ ＡＤＡＲ１であるか又はそれを含む。いくつかの実施形態では、ＡＤＡＲ１ポリペプチド又はその特徴的な部分は、ヒトｐ１５０ ＡＤＡＲ１である。いくつかの実施形態では、非ヒト動物は、齧歯類である。いくつかの実施形態では、それは、ラットである。いくつかの実施形態では、それは、マウスである。いくつかの実施形態では、本開示は、ヒトＡＤＡＲ１を発現するように操作されたマウスを提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、ヒトＡＤＡＲ１を発現するように操作されたマウス細胞を提供する。
特に、本実施例は、提供される技術が、編集、例えば、実施例に記載されるアデノシン編集に有用な薬剤、例えば、オリゴヌクレオチド、及びその組成物を評価するのに特に有用であることを実証する。特に、本開示は、様々なヒト細胞において編集を提供することができる様々な薬剤（例えば、オリゴヌクレオチド）及びその組成物が、ヒトＡＤＡＲ、例えば、ヒトＡＤＡＲ１を含有しないか又は発現しないある特定の細胞（例えば、マウス細胞）及び齧歯類（例えば、マウス）などのある特定の動物において編集を全く示さないか又ははるかに低いレベルの編集を示し得ることを提供し、本実施例はそれを確証する；特に、一般的に使用される動物モデルであるマウスは、ヒトにおいて活性な薬剤が、活性を示さないか又は非常に低いレベルの活性を示し得るため、ヒトにおいて編集するための様々な薬剤（例えば、オリゴヌクレオチド）を評価するための限定的な使用のものであり得る（図４０及び図４７、野生型（ＷＴ）マウス及び細胞、ヒト細胞、並びにｈＡＤＡＲ１ ｐ１１０を発現するように操作された細胞及びマウス（ｈｕＡＤＡＲマウス）に関するデータを参照のこと）。いくつかの実施形態では、本開示は、ヒトＡＤＡＲ１（例えば、ヒトＡＤＡＲ１ ｐ１１０、ｐ１５０など）を発現するように操作された細胞及び非ヒト動物（例えば、マウスなどの齧歯類）、並びにオリゴヌクレオチド及びその組成物などの編集薬剤を評価するためのそれらの使用を提供する。特に、そのような操作された細胞及び／又は動物は、そのように操作されていない細胞及び／又は動物よりヒト細胞における活性により相関し及び／又はより予測的である活性を実証することができる。
ヒトＡＤＡＲ１を発現する非ヒトマウスの作製：様々な技術が、ヒトＡＤＡＲ１ポリペプチド又はその特徴的な部分を発現するように操作されたマウスを提供するために本開示に従って利用され得る。ある特定の有用な技術が記載される（例えば、例として実施例６２）。
図４０、図４１及び図４７において実証されるとおり、ヒトＡＤＡＲ１を発現するように操作されたマウス細胞（図４０及び図４７）及び動物（図４１）において、様々なオリゴヌクレオチドが、ヒトＡＤＡＲ１を発現するように操作されていない参照マウス細胞及び動物と比較して、ヒト細胞におけるそれらの活性プロファイルにはるかに類似した活性プロファイルを示し、例えば、多くのオリゴヌクレオチドが、ヒトＡＤＡＲ１を発現するヒト細胞及び／又はヒトＡＤＡＲ１を発現するように操作されたマウス細胞及び動物と比較して、ヒトＡＤＡＲ１を発現するように操作されていない参照マウス細胞及び動物において活性を示さなかったか又ははるかに低いレベルの活性を示した。
実施例５６．キラル制御及び様々なヌクレオチド間結合を含む提供される技術は、インビトロ及びインビボで高い編集活性を提供することができる。
特に、本実施例は、ヌクレオチド間結合のキラル制御及び様々な型が、編集効率を効率的に向上させるために利用され得ることを確証する。図４０、図４１及び図４７に示されるとおり、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物（例えば、図４０、（ａ）におけるＷＶ－３８７００及びＷＶ－３８７０２、並びに図４０、（ｂ）におけるＷＶ－３８６９７及びＷＶ－３８６９９）は、参照のキラル制御されていないオリゴヌクレオチド組成物（例えば、それぞれ図４０、（ａ）及び（ｂ）におけるＷＶ－３８７０１及びＷＶ－３８６９８；図４７も参照のこと）と比較して高い編集効率を提供することができる。特に、本実施例は、本開示に従う負に荷電していないヌクレオチド間結合、例えば、ｎ００１の組み込みもまた、インビボ及びインビトロで編集効率を向上させることができることを確証する（図４０、（ａ）及び図４１、（ａ）におけるＷＶ－３８７０２、並びに図４０、（ｂ）及び図４１、（ｂ）におけるＷＶ－３８６９９；図４７も参照のこと）。細胞に、ＵＧＰ（ＷＶ－３８７００、ＷＶ－３８７００及びＷＶ－３８７０２）又はＥＥＦ１Ａ１（ＷＶ－３８６９７、ＷＶ－３８６９７及びＷＶ－３８６９９）を標的化するＧａｌＮＡｃコンジュゲートされたオリゴヌクレオチドの組成物を投与した。図４１に関して、動物に、指定のオリゴヌクレオチド組成物を、ヒトＡＤＡＲ－ｐ１１０（ヒトＡＤＡＲ－ｐ１１０マウス）を内在的に発現するように操作されたＣ５７／Ｂｌｋ６マウスにおいて合計で３回の投与（１、３、及び５日目）のために隔日で１０ｍｇ／ｋｇの皮下（ＳＣ）投与によって投与した。同じ投薬レジメンを使用して、野生型Ｃ５７／Ｂｌｋ６マウスにおいてＷＶ－３８７０２及びＷＶ－３８６９９組成物を投与した。全てのマウスの肝臓は、最後の投与の３日後（８日目）に採取された。特に、本実施例は、いくつかの実施形態では、特に、負に荷電していないヌクレオチド間結合（例えば、ｎ００１）を含むオリゴヌクレオチドのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物が、本開示に従って向上した編集効率を提供することができることを確証する。
実施例５８．提供される技術は、インビボで編集活性を提供することができる。
いくつかの実施形態では、本開示は、特に、様々な系、例えば、インビボの様々な細胞、組織、及び／又は器官で編集活性を提供することができるオリゴヌクレオチド組成物を提供する。ある特定のデータが、図４２に示され、提供される技術が、ＣＮＳを含むインビボの様々な組織で編集を提供することができることを確証している。ヒトＡｄａｒ－ｐ１１０（ヒトＡＤＡＲ－ｐ１１０マウス）を内在的に発現するように操作されたＣ５７／Ｂｌｋ６マウスは、単回の１００ｕｇ用量又は２日の間隔を空けた２×５０ｕｇ用量のいずれかでの指定のオリゴヌクレオチド組成物の脳室内（ＩＣＶ）投与によって投与された。単回投与の８日後及び最後の５０ｕｇ投与の６日後、複数のＣＮＳ組織を採取し、分析した。図４２においてわかるとおり、ＵＧＰ２オリゴヌクレオチド（ＷＶ－４０５９０）は、分析された全ての脳領域に存在し、濃度は５～６０ｕｇ／組織のｇの範囲であった（ａ）。ＵＧＰ２ ｍＲＮＡは、分析された全ての組織（皮質、小脳、線条体、海馬、脳幹、及び脊髄）において編集され、編集のパーセントは１０～６０％の範囲であった。別の標的であるＳＲＳＦ１に関して、オリゴヌクレオチド（ＷＶ－４０５９２）は、分析された全ての脳領域において観察され、濃度は、５～４５ｕｇ／組織のｇの範囲であり（ｂ）、ＳＲＳＦ１ ｍＲＮＡは、分析された全ての組織（皮質、小脳、線条体、海馬、脳幹、及び脊髄）において編集を示し、編集のパーセントは、１０～４０％の範囲であった。特に、本実施例は、提供される技術が、ＣＮＳを含むインビボの様々な組織において編集を提供することができ、最後の投与後の少なくとも１週間に編集を提供することができる。
実施例５９．ある特定の組成物の活性は、ある特定のＡＤＡＲポリペプチドのレベルと相関し得る。
本明細書に記載されるとおり、提供される技術は、編集を提供するために様々なポリペプチドを利用し得る。いずれかの理論に限定されることを意図するものではないが、いくつかの実施形態では、提供される技術は、編集を提供するためにＡＤＡＲ１を利用する；いくつかの実施形態では、提供される技術は、編集を提供するためにＡＤＡＲ１ ｐ１１０を利用する；いくつかの実施形態では、提供される技術は、編集を提供するためにＡＤＡＲ１ ｐ１５０を利用する；いくつかの実施形態では、提供される技術は、編集を提供するためにＡＤＡＲ２を利用する；いくつかの実施形態では、１つ以上のＡＤＡＲポリペプチド及び／又はそのアイソフォームのレベルは、１つ以上の他のものより編集レベルとより関連し得る；いくつかの実施形態では、提供される技術は、２種以上のＡＤＡＲタンパク質（例えば、ＡＤＡＲ１、ＡＤＡＲ２など）及び／又はそのアイソフォーム（例えば、ＡＤＡＲ１のｐ１１０及び／又はｐ１５０）を利用する；いくつかの実施形態では、提供される技術は、ＡＤＡＲ１のｐ１１０及びｐ１５０の両方、並びに任意選択により他のアイソフォームを利用する。いくつかの実施形態では、編集レベルは、ＡＤＡＲ１のレベルと関連する。いくつかの実施形態では、編集レベルは、ＡＤＡＲ１ ｐ１１０のレベルと関連する。いくつかの実施形態では、編集レベルは、ＡＤＡＲ１ ｐ１５０のレベルと関連する。いくつかの実施形態では、編集レベルは、ＡＤＡＲ１ ｐ１５０のレベルよりＡＤＡＲ１ ｐ１１０のレベルとより関連する（例えば、ある特定キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物に関して観察されるとおり）。いくつかの実施形態では、編集レベルは、ＡＤＡＲ１ ｐ１１０のレベルよりＡＤＡＲ１ ｐ１５０のレベルとより関連する（例えば、ある特定の立体的に不規則なオリゴヌクレオチド組成物に関して観察されるとおり）。特に、本実施例は、ある特定の状況において、ある特定のオリゴヌクレオチド組成物のある特定の編集レベルとある特定のタンパク質（及び／又はそのアイソフォーム）のレベルの間のある特定の観察される関連を示すデータを提供する。いくつかの実施形態では、ＡＤＡＲ１（両方のアイソフォーム）、ＡＤＡＲ１ ｐ１５０、又はＡＤＡＲ２を標的化する低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）試薬は、ある特定のタンパク質のレベルが低減されたときに編集活性を評価するために利用された（図４３及び図４４）。オリゴヌクレオチド組成物を、細胞にトランスフェクトした。示されるとおり、ＩＦＮ－ａ処理は、ＡＲＰＥ－１９細胞におけるＡＤＡＲ１ ｐ１５０発現のレベルを増大させることができる。立体的に不規則なオリゴヌクレオチド組成物ＷＶ－２３９２８に関して、増大した編集のレベルは、非ＩＦＮ－ａ処理と比較して、ＩＦＮ－ａ刺激の後に観察された（図４４、左のパネル、ＮＴＣ－ｓｉＲＮＡ）。ＡＤＡＲ１（ｐ１１０及びｐ１５０）又はＡＤＡＲ１ ｐ１５０単独のノックダウンは、ＩＦＮ－ａ刺激によるものを含む編集を低減した。理論によって限定されることを意図するものではないが、ＷＶ－２３９２８による編集は、ＡＤＡＲ１ ｐ１５０のレベルと関連してもよく、いくつかの実施形態では、ｐ１１０のレベル及び／又はＷＶ－２７３９５によるものよりそうであってもよい。理論によって限定されることを意図するものではないが、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物ＷＶ－２７３９５による編集は、ＷＶ－２３９２８と比較して、ＡＤＡＲ１ ｐ１５０又はＩＦＮ－ａ処理のレベルと関連が少なくてもよく（又はいくつかの実施形態では、それと著しくは関連しない）、及び／又はＡＤＡＲ１ ｐ１１０のレベルとより関連してもよい。いくつかの実施形態では、ＩＦＮ－ａ処理は、ＷＶ－２７３９５によって提供される編集レベルに著しくは影響を及ぼさなかった（図４４、右のパネル）。ＡＤＡＲ２タンパク質は、これらの試験された条件下にて著しいレベルで検出されず、ｓｉＲＮＡに媒介されるＡＤＡＲ２の欠乏は、ＷＶ－２３９２８又はＷＶ－２７３９５の編集効率に著しく影響するようには見えなかった（図４４）。
実施例６０．提供される技術は、高い特異性を提供することができる。
特に、提供される技術は、高い特異性を提供することができる。本実施例は、そのような特異性を確証する例としてある特定のデータを提供する。
いくつかの実施形態では、特異性を評価するために、鎖特異的ライブラリーを使用するディープＲＮＡシークエンシング（ＲＮＡ－ｓｅｑ）を実施して、オンターゲット編集及びオフターゲット編集を定量化した。いくつかの実施形態では、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物ＷＶ－２７４５８及び立体的に不規則な組成物ＷＶ－３０２９８は、初代ヒト肝細胞において評価された。いくつかの実施形態では、ＲＮＡ－ｓｅｑにより検出されたオンターゲット編集のパーセンテージは、サンガー法による配列決定により検出されたパーセンテージと十分に相関した（Ｒ２＝０．９９６）ことが観察された。また、ＷＶ－３０２９８（３１．９％、図４ｂ）より高いパーセンテージのＡＣＴＢ編集が、ＷＶ－２７４５８（５３．８％）で検出された。ＡＣＴＢ転写物においては他の場所で編集は検出されなかった。
全トランスクリプトームに関するオフターゲット編集を評価するために、Mutect2を利用して、編集部位を要求した。いくつかの実施形態では、Mutect 2は、特に、低い頻度のバリアントを検出する際の感受性並びにモック及び処理された試料の両方にあったバリアントを予め選別する能力を提供することができる。処理された試料に特異的であった検出された大部分のバリアントは、反復領域（例えば、Ａｌｕリピート領域）にあり、他の報告と同様に、これらのバリアントが選別された。いくつかの実施形態では、提供される技術は、天然の編集恒常性を破壊することなく標的転写物に対する配列特異的な編集を誘導することができる（例えば、Ａｌｕリピート領域において同定される様々なバリアントによって証明されるとおり）。フィルターを適用して、ＷＶ－３０２９８で処理された試料におい１７８種のバリアントが、ＷＶ－２７４５８で処理された試料において１６９種のバリアントが同定され、これらはモック処理された試料において見出されなかった。これらのバリアントは、オフターゲット編集が起こる可能性のある潜在的な部位である。
これらのバリアントの大部分は３’非翻訳領域に位置し；全てのバリアントが、標的化されたＡＣＴＢ部位よりはるかに低いＬＯＤスコアを有した（ＡＣＴ－６９に関して４０倍低い、ＷＶ－２７４５８に関して８０倍低い）。さらに、大部分の潜在的なオフターゲット編集は、リードカバー度が低かったか（ＷＶ－２７４５８：＞１０％の編集の平均カバー度＝４５、＜１０％の平均カバー度＝１３９；ＷＶ－３０２９８：＞１０％の編集の平均カバー度＝４３、＜１０％の平均カバー度＝１４３）又は低いパーセンテージ（リードの＜１０％）で発生したが、このことは、ＷＶ－３０２９８及びＷＶ－２７４５８の両方が、高度に特異的な編集活性を誘発したことを示している（図４５）。ＷＶ－３０２９８（１４５）とＷＶ－２７４５８（１５４）で検出されたオフターゲット部位の間にはほとんど重複（２４）がなく、オフターゲット部位付近の配列は、ＡＣＴＢにおける標的配列と関連しなかったが、このことは、オフターゲット編集が、たとえあったとしても、配列依存的ではない可能性があることを示している。２４個の共有されたオフターゲット部位の中で、大部分が、低いパーセンテージの編集と高いカバー度を有したが、このことは、それらが希な事象であることを示している。特に、本明細書に示されるデータは、提供される技術が、標的アデノシンの高度に特異的なＡからＩへの編集を提供することができることを確証する。
実施例６１．提供される技術は、多重の編集を提供することができる。
特に、提供される技術は、系におけるいくつかの標的の編集を同時に提供することができる。例は下に記載される。
１つの実験において、初代ヒト肝細胞における３つの遺伝子の転写物が、多重条件下で編集された。実証されるとおり、３つ全ての遺伝子の転写物の効率的な編集は、トランスフェクション後に達成された。いくつかの実施形態では、ＥＥＦ１Ａ転写物の編集は、単独のものと比較して多重条件下で減少され得るが（図４６、（ａ）、ウェルチ検定、Ｐ＜０．０５）、依然として非常に高い編集レベルが達成され得る。多重編集は、ＧａｌＮＡｃを含むオリゴヌクレオチドを使用するときにも達成された（図４６、（ｂ））。特に、これらのデータは、提供される技術が、外来ＡＤＡＲを伴わずに、本実施例の場合のようないくつかの場合において効率的な多重編集を提供することができることを実証する。
実施例６２．提供される動物モデルは、インビボでの編集活性を確証する。
本明細書に記載されるとおり、様々な技術が、提供される技術を評価するために利用され得る。特に、本実施例は、例としてある特定のそのような有用な技術を記載する。当業者は、本開示に従って、様々なパラメーター、条件などが、提供される技術、例えば、様々なアデノシンを標的化するオリゴヌクレオチド組成物を評価するために調整され得ることを理解する。
ＤＮＡ発現コンストラクト。いくつかの実施形態では、二重ルシフェラーゼレポーターを使用して、ＲＮＡ編集を評価した。いくつかの実施形態では、それは、Ｇｅｎｓｃｒｉｐｔ（ＵＳＡ）によって合成され、以前の報告（例えば、Cox,D.B.T.et al.RNA editing with CRISPR-Cas13.Science(New York,N.Y.)358,1019-1027,doi:10.1126/science.aaq0180(2017)）に基づいた。いくつかの実施形態では、ヒトＡＤＡＲ１ ｐ１１０（ＮＭ＿００１０２５１０７）、ヒトＡＤＡＲ１ ｐ１５０（ＮＭ＿００１１１１）、及びヒトＡＤＡＲ２（ＮＭ＿００１１１２）をコードするプラスミドを、デノボ合成した（GenScript、USA）。
細胞株。様々な細胞株が、提供される技術を評価するのに有用であり得る。いくつかの実施形態では、細胞は、市販されている。いくつかの実施形態では、細胞は、報告される手順に従って調製され得る。例えば、ＡＲＰＥ－１９細胞は、ＡＴＣＣ（ＣＲＬ－２３０２、Manassas、Virginia）、Lonzaからの初代ヒト網膜色素上皮細胞（ＲＰＥ）（カタログＮｏ．００１９４９８７、Basel、Switzerland)、Thermo Fisherからの初代ヒト肝細胞（カタログＮｏ．ＨＭＣＰＵＳ、ＵＳＡ）、及びLonzaからの初代ヒト気管支上皮細胞（カタログＮｏ．ＣＣ－２５４０）から得られてもよい。
ルシフェラーゼレポーターアッセイ。いくつかの実施形態では、本開示は、提供される編集薬剤、例えば、オリゴヌクレオチド、又はその組成物を評価するためのルシフェラーゼレポーターアッセイを提供し、それを利用する。有用な手順は、例として下に記載される。
６ウェルディッシュにおけるウェル当たり７００，０００細胞で播種された２９３Ｔ細胞は、製造業者のプロトコルに従ってＯｐｔｉＭＥＭ中の５ｕＬのLipofectamine 2000(Thermo Fisher、USA)を使用して、１．２５ｕｇのルシフェラーゼレポーターコンストラクト及びＡＤＡＲ１－又はＡＤＡＲ２－発現ベクターで播種の１６時間後にトランスフェクトされた。翌朝、細胞に新鮮な完全培地を補充した。８時間後、細胞は、剥離され、９６ウェルプレート中でリバーストランスフェクトされた。オリゴヌクレオチド及びLipofectamine 2000(Thermo Fisher、USA)（０．２５ｕＬ／ウェル）をそれぞれ、別々のチューブにおいて１０ｕＬの最終体積までＯｐｔｉＭＥＭ中に希釈した。５分後、２つの希釈液を混合し、２０分間インキュベートした後、それらを、抗生物質を欠く培地中の１３０ｕＬの細胞懸濁液（２０，０００細胞／ウェル）に加えた。ルシフェラーゼ活性を、Pierce Gaussia又はCypridina Luciferase Glowアッセイキット（それぞれThermo Fisher,Ｃａｔ．Ｎｏ．１６１６１及び１６１７１）を使用して４８～９６時間後に測定した。分泌されたルシフェラーゼを含有する２つの２０ｕＬの一定分量の培地を使用して、製造業者のプロトコルに従ってルシフェラーゼ活性（ルシフェラーゼアッセイ毎に２０ｕＬ）を測定した。ｃＬｕｃ活性を、同じウェルからのｇＬｕｃ活性に正規化し、全てのデータをモック－トランスフェクション対照（オリゴヌクレオチドなし）に標準化した。いくつかの実施形態では、実験は、生物学的複製物、ｎ＝２として実施された。
ｓｉＲＮＡ及びＩＦＮ－アルファ（ＩＦＮ－ａ）試験。いくつかの実施形態では、そのような技術は、提供される技術を評価するために利用される。１つの実験が例として下に記載される。６ウェルディッシュにおいてウェル当たり２５０，０００細胞で播種されたＡＲＰＥ－１９細胞は、２０ｎＭの適切なｓｉＲＮＡ及び７ｕＬのLipofectamine RNAiMAX(Life Technologies)でトランスフェクトされた。ｓｉＲＮＡ及びＲＮＡｉＭＡＸをそれぞれ、別々のチューブにおいて２５０ｕＬの最終体積までＯｐｔｉＭＥＭ中に希釈した。５分後、２つの希釈液を混合し、２０分間インキュベートした後、１．５ｍＬの完全培地中のＡＲＰＥ－１９細胞に均等に分配した。２４時間後、細胞は剥離され、オリゴヌクレオチドトランスフェクションのための９６ウェルプレート（１２，０００細胞／ウェル）又はタンパク質ノックダウンを検証するための６ウェルプレートに蒔かれた。１６時間後、９６ウェルプレート中の細胞は、オリゴヌクレオチドでトランスフェクトされた。オリゴヌクレオチド及びLipofectamine RNAiMAX（０．３ｕＬ／ウェル）を、別々のチューブにおいて１０ｕＬの最終体積までＯｐｔｉＭＥＭ中に希釈した。５分後、２つの希釈液を混合し、２０分間インキュベートした後、それらを１００ｕＬの新たに補充された培地に加えた。ＩＦＮ－ａ（Millipore,Ｃａｔ．Ｎｏ．ＩＦ００７）を、オリゴヌクレオチドトランスフェクション時に６０００Ｕ／ｍＬの最終濃度で培地に加えた。ｓｉＲＮＡは、Thermo Fisherのものであり、ＡＤＡＲ１（両方のアイソフォーム；ＡＤＡＲ１ Silencer Select siRNA，Ｃａｔ．Ｎｏ．４３９０８２４ ｓ１００８）、ＡＤＡＲ１ ｐ１５０（Custom Silencer Select ｓｉＲＮＡ、センス鎖：５’－ＧＣＣＵＣＧＣＧＧＧＣＧＣＡＡＵＧＡＡｔｔ；アンチセンス鎖：５’－ＵＵＣＡＵＵＧＣＧＣＣＣＧＣＧＡＧＧＣａｔ）、ＡＤＡＲ２（ADARB1 Silencer Select siRNA、Ｃａｔ．Ｎｏ．４３９２４２０ ｓ１０１２）、又は非標的化対照（Silencer Select Negative Control No.1,Ｃａｔ．Ｎｏ．４３９０８４３）を標的化した。
ウエスタンブロット。いくつかの実施形態では、ウエスタンブロットが利用される。当業者は、様々なプロトコルが、本開示に従って利用され得ることを理解する。１つの実験において、ウエスタンブロットのために、細胞を、ＰＢＳで１回洗浄し、プロテアーゼ阻害剤を含有するＲＩＰＡ緩衝液（Thermo,Ｃａｔ．Ｎｏ．８９９００）中で溶解した。透明化されたライセートを新しいチューブに移し、全タンパク質を、製造業者のプロトコルに従ってＢＣＡタンパク質アッセイキットを使用して定量化した。試料を、還元剤を含むＸＴ試料緩衝液中において９０℃で５分間加熱することによって変性させた。試料当たり７ｕｇのタンパク質を、Criterion XT ４～１２％タンパク質ゲル上にロードし、XT MOPSランニング緩衝液で分離した。タンパク質を、BioRad Trans-Blot Turboシステムを使用してニトロセルロース膜にトランスファーした。膜を、５％ ミルク溶液中で１時間ブロッキングし、ＴＢＳＴ（抗ＡＤＡＲ１：Cell Signaling カタログＮｏ．１４１７；抗ビンクリン：Invitrogen Ｃａｔ．Ｎｏ．ＭＡ５－１１６９０）中で１：１，０００に希釈された一次抗体とともに４℃で一晩染色した。膜を洗浄し、ＰＢＳ、５％ 脱脂乳中で１：１０，０００に希釈された二次抗体（それぞれロバ抗ウサギＩＲＤｙｅ ８００ＣＷ及びヤギ抗マウスＩＲＤｙｅ６８０ＬＴ）とともに室温で１時間インキュベートした。洗浄後、膜を、ODYSSEY CLxイメージングシステム上で可視化した。タンパク質バンドの強度を、Image Studio Liteバージョン５．２ソフトウェアで分析した。
内在性ＲＮＡ編集アッセイ。いくつかの実施形態では、提供される技術は、内在性ＲＮＡ編集アッセイを利用して評価される。有用なプロトコルは、例としてここで記載される。トランスフェクション条件下で内在性転写物の編集を評価するために、初代肝細胞（ウェル当たり１０，０００～２０，０００細胞）を９６ウェルプレートに播種した。１６時間後、オリゴヌクレオチド（５０ｎＭの最終濃度）は、Lipofectamine RNAiMax（０．３ｕＬ／ウェル）を使用してトランスフェクトされた。オリゴヌクレオチド及びLipofectamineを、別々のチューブにおいて１０ｕＬの最終体積まで希釈した。５分後、２つの希釈液を混合し、さらに２０分間インキュベートした後、それらを１００ｕＬの培地中の細胞に加えた。ＲＮＡは、４８時間後に収集された。ＧａｌＮＡｃに媒介される取り込みのために、オリゴヌクレオチドを、肝細胞が播種されたときに所望の濃度で培地に加えた（ウェル当たり１０，０００個の肝細胞；９６ウェルプレート）。Gymnosisによる取り込みのために、ＮＨＢＥ細胞を、９６ウェルプレート中で播種し（５，０００細胞／ウェル）、１６時間後に細胞を所望の濃度のオリゴヌクレオチドを含有する新鮮な培地で処理した。ＲＮＡを、例えば、下記のプロトコルを利用して、４８時間後に回収した。
いくつかの実施形態では、ＲＮＡを、製造業者のプロトコルに従ってPromega SV 96全ＲＮＡ単離システムを使用して細胞から収集した。ＲＮＡを、４０～５０ｕＬの最終体積中に溶出させた。９ｕＬのＲＮＡが、製造業者のプロトコルに従って２０ｕＬの反応中でHigh-Capacity cDNA逆転写キット（Life Technologies,Ｃａｔ．Ｎｏ．４３７４９６７）を使用してｃＤＮＡを作製するために使用された。２ｕＬのｃＤＮＡが、Phusion High-fidelity ＤＮＡポリメラーゼ（Thermo Fisher,Ｃａｔ．Ｎｏ．Ｆ５３０）及び転写物に適切なプライマーを使用して目的の転写物を増幅するために使用された。ある特定の有用なプライマーが例として下に列挙された；当業者は、他のプライマーが同じ及び他の遺伝子のために利用され得ることを理解する。ＰＣＲ産物を、AMPure XPビーズ（Beckman Coulter）を使用して精製し、サンガー法による配列決定（Genewiz、USA）によって分析した。ＡからＩへの編集は、EditRソフトウェア（https://moriaritylab.shinyapps.io/editr_v10/）を使用して定量化された。
Figure 2022551124000438
Figure 2022551124000439
編集特異性を評価するためのトランスクリプトーム配列決定。いくつかの実施形態では、トランスクリプトーム配列決定を利用して、特異性を評価した。有用なプロトコルは、例として下に記載される。
オリゴヌクレオチド処理及びＲＮＡ収集。オフターゲット編集分析のために、初代ヒト肝細胞を、６ウェルプレート中で播種し、上記のとおりのオリゴヌクレオチド組成物で処理した（１ｕＭの最終濃度）。４８時間後、細胞をＰＢＳで洗浄し、１ｍＬのトリゾール／ウェル中に回収した。２００ｕＬのクロロホルムを各試料に加え、十分に混合し、１０分間インキュベートした後、１３，０００ｇで１０分間スピンダウンした。水相を、Promega SV ９６全ＲＮＡ単離システムカラムに移し、ＲＮＡを製造業者のプロトコルに従って抽出した。２つのウェルを生物学的複製物毎に使用して、十分なＲＮＡの質及び量を保証した。
全ＲＮＡは、リボソームが枯渇しており、鎖特異的なライブラリーが作製された（Genewiz、USA）。試料当たり５０Ｍのリード（２×１５０ｂｐ）を、Illumina NovaSeqプラットフォーム（Illumina、San Diego、CA、USA）により配列決定した。アダプター配列を、Kmers(BBDuk）トリミングを使用するBBTools BB Decontamination(https://jgi.doe.gov/data-and-tools/bbtools/bb-tools-user-guide/)を使用して除去した。バリアントコーリングの前に、リードを、ＲＮＡ配列決定データにおいてバリアントをコールするためのＧＡＴＫの最良の実施を使用して処理した(https://gatk.broadinstitute.org/hc/en-us/articles/360035531192-RNAseq-short-variant-discovery-SNPs-Indels-)。簡潔には、トリミングされたリードを、STARアライナー２－パスを使用してゲノムアセンブリＧＲＣｈ３８にアラインメントした（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly/GCF_000001405.26/）。PicardのAddOrReplaceReadGroupsを使用して、モック試料及び処理試料のグループ名を変更し、PicardのMarkDuplicatesを使用して、ＰＣＲの二つ組のリードを除去した。GATKのSplitNCigar及びBaseRecalbiatrionを使用して、イントロンに対してＲＮＡリードをフォーマットし、それを使用してライブラリープレップの間に生じる可能性のあるいずれかの系のバイアスを検出した。バリアントコーリングのために、Mutect2を使用して、処理された試料に固有のバリアントを検出した。それぞれの比較に関して、３種全ての処理された複製物は、腫瘍試料と同等であり、３種のモック複製物は、正常試料と同等であった。FilterMutectCallsの後、通過したバリアントのみが維持された。ＴＬＯＤを使用して、検出されたバリアントの有意性を決定した。既知のＡＤＡＲ編集部位を選別するために、Ａｌｕリピート領域を、Mutect2の出力から選別した。Ａｌｕリピート領域は、UCSCテーブルブラウザー(https://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTables)から取得された。＜５％の編集を有するバリアントを除去した。Annovarを使用して、残っているバリアントをアノテートした。
統計。様々な統計法が、本開示に従って利用され得る。いくつかの実施形態では、以下の統計法が使用された。全ての統計分析及びプロットは、Ｒコンピューティング環境（ｖ ３．６．０）及びKNIME(Konstanz Information Miner)プラットフォーム（ｖ ４．１．３）において生成された。全ての統計比較に関して、固有の分散が仮定された。両側ウェルチのｔ－検定及びウェルチ一方向ＡＮＯＶＡは、それぞれ１つの因子にわたって２つの手段及び複数の手段を比較するために利用された。二因子分析のために、ｗｈｉｔｅ修正された二方向ＡＮＯＶＡを実施して、car Rパッケージ（ｖ ３．０－７）を使用して固有の分散に関して補正した。ＡＮＯＶＡ分析の後、両側ペアワイズ及びダネット事後比較は、該当する場合、multcomp Ｒパッケージ（ｖ １．４－１３）を使用して利用され、Ｐ値は、多変量ｔ分布（Ｒパッケージ mvtnorm、ｖ １．１－０）を介する一段階の方法により複数の仮説に関して調整され、堅固なＨＣ３共分散推定を使用して不等分散性（Ｒパッケージ sandwich、ｖ ２．５－１）に関して調整した。用量反応曲線のために、３パラメーター対数回帰関数がフィッティングされ、絶対ＥＣ５０値が、Ｒパッケージdrc（ｖ ３．０－１）を使用して計算された。残りのプロットは、Ｒパッケージggplot2（ｖ．３．３．０）を使用して生成された。
ヒトＡＤＡＲ１を発現するように操作されたマウスの作製。様々な技術が、ヒトＡＤＡＲ１を発現する操作されたマウスを作製するために利用され得る。例えば、ある特定の有用な技術が、米国特許第１０３１４２９７Ｂ２号に記載される。一例が、下に記載された。
ヒトＡＤＡＲ－１アイソフォームｐ１１０（例えば、転写物バリアント４）ポリヌクレオチドを合成し、サンガー法による配列決定により確認した。ヒトＡＤＡＲ－１アイソフォームｐ１５０（転写物バリアント１）ポリヌクレオチドも合成し、サンガー法による配列決定により確認した。断片を制限酵素で消化し、標的化ベクターにライゲートした。当業者は、様々なベクターが利用され得ることを理解する。いくつかの実施形態では、ベクターは、選択マーカー、例えば、アンピシリン耐性陽性選択マーカー、複製の起点、並びに５’から３’の順に：５’（左とも呼ばれる）ホモロジーアーム、アデノウイルス由来スプライスアクセプター、ＫＯＺＡＫ配列、目的のコード配列、マーモットヘルペスウイルス転写後調節エレメント（ＷＰＲＥ）、ウシ成長ホルモン（ｂＧＨ）ポリアデニル化シグナル、及び３’（右とも呼ばれる）ホモロジーアームを含む。ある特定の配列は、例として下に示され；同じ目的のための他の配列も利用され得る：
５’ホモロジーアーム：
Figure 2022551124000440
スプライスアクセプター：
ｇｔｇａｃｃｔｇｃａｃｇｔｃｔａｇｇｇｃｇｃａｇｔａｇｔｃｃａｇｇｇｔｔｔｃｃｔｔｇａｔｇａｔｇｔｃａｔａｃｔｔａｔｃｃｔｇｔｃｃｃｔｔｔｔｔｔｔｔｃｃａｃａｇｃｔｃｇｃｇｇｔｔｇａｇｇａｃａａａｃｔｃｔｔｃｇｃｇｇｔｃｔｔｔｃｃａｇｔ
ヒトＡＤＡＲ１ ｐ１１０：
Figure 2022551124000441
Figure 2022551124000442
ヒトＡＤＡＲ１ ｐ１５０：
Figure 2022551124000443
Figure 2022551124000444
マーモットヘルペスウイルス転写後調節エレメント（ＷＰＲＥ）：
Figure 2022551124000445
ポリアデニル化シグナル：
Figure 2022551124000446
３’（右とも呼ばれる）ホモロジーアーム：
Figure 2022551124000447
いくつかの実施形態では、ベクターを、増殖させ、線状化して、注入のためのポリヌクレオチドを提供する。
様々な技術が、ＡＤＡＲ１ポリペプチド又はその特徴的な部分をコードするポリヌクレオチドをゲノムに導入するために本開示に従って利用され得る。いくつかの実施形態では、市販のExtreme Genome Editing（ＥＧＥ（商標））Systemが利用された。接合体へのポリヌクレオチドの注入の後、接合体を代理母に移した。子を、いくつかの実施形態では、ＰＣＲ及びサンガー法による配列決定によって遺伝子型を同定して、目的のポリヌクレオチドの挿入を同定し、確認した。
同定された初代の子は、本開示に従って利用可能な方法を使用して目的のポリヌクレオチドの安定なゲルミン伝達を確立するために利用された。例えば、いくつかの実施形態では、ｈｕＡＤＡＲ１ ｐ１１０又はｐ１５０挿入に関してヘテロ接合性の初代の子は、Ｃ５７ＢＬ／６Ｊマウスと交雑されて、安定なＦ１の子孫を生成した。一方の交雑において、ＷＴ雄Ｃ５７ＢＬ／６Ｊ動物は、確認されたアレルキャリアの雌と交配され、得られた子は、ＰＣＲを使用して遺伝子型を同定された。もう一方の交雑において、いくつかのＷＴ雌Ｃ５７ＢＬ／６Ｊは、確認されたアレルキャリアの雄と交配され、得られた子は、ＰＣＲを使用して遺伝子型を同定されて、挿入を確認した。これらのＦ１動物をさらに、サザンブロット遺伝子型同定によって評価して、目的のポリヌクレオチド、例えば、ｈｕＡＤＡＲ１ ｐ１１０をコードするポリヌクレオチドの存在を確認した。ホモ接合的に操作された動物は、本開示に従って標準的な育種の教示を介して作製された。例えば、配列がヒトＡＤＡＲ１ ｐ１１０をコードするポリヌクレオチドを含むヘテロ接合型の動物を交配して、数リットルの子を作製し、最初に利用可能な遺伝子型同定データは、複数のＷＴ、複数のヘテロ接合体、及び複数のホモ接合体を示した。導入されたポリヌクレオチドの発現は、様々な組織におけるウエスタンブロットによって確認された。例えば、ヒトＡＤＡＲ１ ｐ１１０の発現は、初代ヒト細胞、例えば、初代肝細胞（肝細胞に関して）及びヒトｉＣｅｌｌ神経細胞（神経組織に関して）と同様のレベルで、肺、肝細胞、小脳、脳橋／髄質、皮質、及び中脳において並びに様々な場合において確認された。
実施例６３．調製するためのある特定の技術は、様々なオリゴヌクレオチドを含む化合物を提供した。
本明細書に記載されるとおり、本開示は、様々なオリゴヌクレオチド及びその組成物を含む提供される化合物を調製するための様々な技術を提供する。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドにおける１つ以上又は全てのヌクレオチド間結合は、キラル制御される。いくつかの実施形態では、提供される化合物は、キラル制御される。いくつかの実施形態では、提供される化合物は、キラルに純粋である。例としてのある特定の有用な化合物の調製が下に記載される。
（２Ｒ，３Ｓ，５Ｒ）－２－（（ビス（４－メトキシフェニル）（フェニル）メトキシ）メチル）－５－（２，６－ジオキソ－３，６－ジヒドロピリミジン－１（２Ｈ）－イル）テトラヒドロフラン－３－イル（２－シアノエチル）ジイソプロピルホスホラミダイトの合成
Figure 2022551124000448
ＴＨＦ（６ｍＬ）中の乾燥３－［（２Ｒ，４Ｒ，５Ｒ）－５－［［ビス（４－メトキシフェニル）－フェニル－メトキシ］メチル］－４－ヒドロキシ－テトラヒドロフラン－２－イル］－１Ｈ－ピリミジン－２，４－ジオン（４７６．５ｍｇ、０．９０ｍｍｏｌ）の溶液に、トリエチルアミン（０．５０ｍＬ、３．５９ｍｍｏｌ）を加えた。０℃まで冷却した。透明な溶液に、２－シアノエチル Ｎ，Ｎ－ジイソプロピルクロロホスホラミダイト（０．２４ｍＬ、１．０８ｍｍｏｌ）を滴下して加えた。得られた白色スラリーを、０℃で１時間、続いて室温で１時間１５分間撹拌し続けた。ＴＬＣ及びＬＣＭＳは、ごく少量の生成物が形成され、出発材料が主要な生成物であったことを示した。追加のトリエチルアミン（０．４５ｍＬ）を加えた後、追加の２－シアノエチル Ｎ，Ｎ－ジイソプロピルクロロホスホラミダイト（０．２２ｍＬ）を滴下して加えた。反応混合物を、室温で２時間撹拌し続けた。ＴＬＣは、出発材料が消費されたことを示した。トリエチルアミン（０．６ｍＬ）を加えた後、無水ＭｇＳＯ４（３８０ｍｇ）及びＥｔＯＡｃ（１０ｍＬ）を加えた。混合物を濾過し、透明な濾液を濃縮して、グリース状の材料として粗生成物を得た。粗生成物を、勾配としてヘキサン中の１０～１００％ ＥｔＯＡｃ（各移動相は５％トリエチルアミンを含有した）を適用する順相カラムクロマトグラフィーにより精製して、白色泡として標題の化合物（０．３９４ｇ、収率６０．０％）を得た。１Ｈ ＮＭＲ（６００ＭＨｚ，ＣＤＣｌ３）δ ９．１３（ｓ，１Ｈ），７．５０－７．４３（ｍ，２Ｈ），７．３５（ｔｄ，Ｊ＝７．３，１．５Ｈｚ，４Ｈ），７．２７－７．１９（ｍ，２Ｈ），７．２０－７．１２（ｍ，１Ｈ），６．８２－６．７１（ｍ，５Ｈ），６．６６（ｄｄ，Ｊ＝７．７，５．４Ｈｚ，１Ｈ），５．５５（ｄｄ，Ｊ＝７．７，０．８Ｈｚ，１Ｈ），４．７３－４．５９（ｍ１Ｈ），４．１５－４．０６（ｍ，１Ｈ），３．８３－３．６７（ｍ，７Ｈ），３．６０－３．５２（ｍ，１Ｈ），３．５０（ｄｄｔ，Ｊ＝１６．９，１３．６，６．７Ｈｚ，１Ｈ），３．３６－３．３０（ｍ，１Ｈ），２．８５（ｄｄｄｄ，Ｊ＝１８．１，１３．２，８．０，５．１Ｈｚ，１Ｈ），２．５９（ｄｔ，Ｊ＝１２．８，６．３Ｈｚ，１Ｈ），２．４４－２．３２（ｍ，１Ｈ），２．２６（ｄｄｄｄ，Ｊ＝３３．７，１３．６，８．６，５．４Ｈｚ，１Ｈ），１．２７（ｄｄ，Ｊ＝８．５，６．８Ｈｚ，２Ｈ），１．１５（ｄ，Ｊ＝６．８Ｈｚ，３Ｈ），１．１２（ｄ，Ｊ＝６．８Ｈｚ，６Ｈ），１．０１（ｄ，Ｊ＝６．８Ｈｚ，３Ｈ）；３１ＰＮＭＲ（２４３ＭＨｚ，ＣＤＣｌ３）δ１４８．４５，１４８．３３；ＭＳ（ＥＳＩ），７２９．８２［Ｍ－Ｈ］－．
３－（（２Ｒ，４Ｓ，５Ｒ）－５－（（ビス（４－メトキシフェニル）（フェニル）メトキシ）メチル）－４－（（（１Ｓ，３Ｓ，３ａＳ）－３－（（メチルジフェニルシリル）メチル）テトラヒドロ－１Ｈ，３Ｈ－ピロロ［１，２－ｃ］［１，３，２］オキサザホスホール－１－イル）オキシ）テトラヒドロフラン－２－イル）ピリミジン－２，４（１Ｈ，３Ｈ）－ジオンの合成
Figure 2022551124000449
ＴＨＦ（９ｍＬ）中の乾燥３－［（２Ｒ，４Ｒ，５Ｒ）－５－［［ビス（４－メトキシフェニル）－フェニル－メトキシ］メチル］－４－ヒドロキシ－テトラヒドロフラン－２－イル］－１Ｈ－ピリミジン－２，４－ジオン（６９５ｍｇ、１．３１ｍｍｏｌ）の溶液に、トリエチルアミン（０．８８ｍＬ、６．２９ｍｍｏｌ）を加えた。溶液を０℃まで冷却した。［（３Ｓ，３ａＳ）－１－クロロ－３ａ，４，５，６－テトラヒドロ－３Ｈ－ピロロ［１，２－ｃ］［１，３，２］オキサザホスホール－３－イル］メチル－メチル－ジフェニル－シラン（ＴＨＦ中の０．９５７４Ｍ、２．１９ｍＬ、２．１ｍｍｏｌ）を滴下して加えた。得られた濁った反応溶液を０℃で２時間、続いて室温で２時間撹拌した。ＴＬＣ及びＬＣＭＳは、反応が完了しなかったことを示した。再び０℃まで冷却した。追加のトリエチルアミン（０．２７４ｍＬ）を加えた後、追加の［（３Ｓ，３ａＳ）－１－クロロ－３ａ，４，５，６－テトラヒドロ－３Ｈ－ピロロ［１，２－ｃ］［１，３，２］オキサザホスホール－３－イル］メチル－メチル－ジフェニル－シラン（ＴＨＦ中の０．９５７４Ｍ、０．６８４ｍＬ）を滴下して加えた。白色のスラリーを、０℃で２．５時間撹拌し続けた。ＴＬＣ及びＬＣＭＳは、ごく少量の出発材料が依然として残っていたことを示した。反応を水（２３ｕＬ）によりクエンチした。無水ＭｇＳＯ４（３１３ｍｇ）を加えた。混合物をセライトに通して濾過し、透明な濾液を濃縮して、灰白色泡として粗生成物を得た。粗生成物を、勾配としてヘキサン中の２０～１００％ ＥｔＯＡｃ（各移動相は５％トリエチルアミンを含有した）を適用する順相カラムクロマトグラフィーにより精製して、白色泡として標題の化合物（０．６８５ｇ、収率６０．１％）を得た。１Ｈ ＮＭＲ（６００ＭＨｚ，ＤＭＳＯ）δ １１．０４（ｓ，１Ｈ），７．５４－７．４９（ｍ，３Ｈ），７．４９－７．４５（ｍ，２Ｈ），７．４０－７．３３（ｍ，３Ｈ），７．３３－７．２８（ｍ，３Ｈ），７．２８－７．１９（ｍ，８Ｈ），７．１９－７．１６（ｍ，１Ｈ），６．８５－６．７７（ｍ，４Ｈ），６．４４（ｄｄ，Ｊ＝８．７，４．２Ｈｚ，１Ｈ），５．５９（ｄ，Ｊ＝７．６Ｈｚ，１Ｈ），４．７５－４．６６（ｍ，１Ｈ），４．６３（ｄｔ，Ｊ＝１０．２，５．３Ｈｚ，１Ｈ），３．７７－３．６６（ｍ，７Ｈ），３．３１－３．２５（ｍ，１Ｈ），３．２５－３．１９（ｍ，１Ｈ），３．１３（ｄｄ，Ｊ＝９．９，７．７Ｈｚ，１Ｈ），３．０１（ｄｄｄ，Ｊ＝１７．９，８．６，４．５Ｈｚ，１Ｈ），２．５８－２．５１（ｍ，１Ｈ），１．８８－１．７８（ｍ，２Ｈ），１．７７－１．７１（ｍ，１Ｈ），１．５８－１．５２（ｍ，１Ｈ），１．４８－１．４１（ｍ，２Ｈ），１．４１－１．３６（ｍ，１Ｈ），１．１２（ｄｑ，Ｊ＝１３．５，１１．４，１０．６Ｈｚ，１Ｈ），０．５８（ｓ，３Ｈ）；３１ＰＮＭＲ（２４３ＭＨｚ，ＤＭＳＯ）δ １４２．１６；ＭＳ（ＥＳＩ），８６８．３７［Ｍ－Ｈ］－．
１－（（２Ｒ，４Ｓ，５Ｒ）－５－（（ビス（４－メトキシフェニル）（フェニル）メトキシ）メチル）－４－ヒドロキシテトラヒドロフラン－２－イル）－１，３－ジヒドロ－２Ｈ－イミダゾール－２－オンの合成
Figure 2022551124000450
工程１．２つのバッチ、ＨＭＤＳ（４５０ｍＬ）及びＤＣＥ（１５０ｍＬ）中の１，３－ジヒドロ－２Ｈ－イミダゾール－２－オン（２０ｇ、２３７．８８ｍｍｏｌ、１当量）、（ＮＨ４）２ＳＯ４（２．４０ｇ、１８．１６ｍｍｏｌ、１．３６ｍＬ、７．６４ｅ－２当量）の混合物を、９０℃で２時間還流させた。反応物は透明になった。２つのバッチを後処理のために合わせた。過剰のＨＭＤＳ及びジクロロエタンを、蒸発によって混合物から除去した。２－（（トリメチルシリル）オキシ）－１Ｈ－イミダゾール（７４．３４ｇ、粗製物）を、白色固体として得た。
工程２．２つのバッチ：２－（（トリメチルシリル）オキシ）－１Ｈ－イミダゾール（３７ｇ、２３６．７９ｍｍｏｌ、３当量）及び４－メチル安息香酸（２Ｒ，３Ｓ，５Ｒ）－５－クロロ－２－（（（４－メチルベンゾイル）オキシ）メチル）テトラヒドロフラン－３－イル（３０．６９ｇ、７８．９３ｍｍｏｌ、１当量）を、ＭｅＣＮ（３９０ｍＬ）中で溶解させた。混合物に、ＭｅＣＮ（１０ｍＬ）中のＳｎＣｌ４（４．１１ｇ、１５．７９ｍｍｏｌ、１．８４ｍＬ、０．２当量）の溶液を－１５℃で滴下して加え、溶液を２５℃で１時間撹拌した。ＴＬＣ（石油エーテル：酢酸エチル＝１：１、Ｒｆ＝０．２）は、４－メチル安息香酸（２Ｒ，３Ｓ，５Ｒ）－５－クロロ－２－（（（４－メチルベンゾイル）オキシ）メチル）テトラヒドロフラン－３－イルが完全に消費され、１つの新たなメインスポットが形成されたことを示した。反応は、ＴＬＣによればきれいであった。２つのバッチを、後処理のために合わせた：反応混合物を、ジクロロメタン（６００ｍＬ）及びＮａＨＣＯ３飽和溶液（４００ｍＬ）に注いだ。有機層を、塩化ナトリウム飽和溶液（６０ｍＬ）で洗浄し、ＭｇＳＯ４で乾燥させ、真空中で蒸発させた。粗製物を、カラムクロマトグラフィー（ＳｉＯ２、石油エーテル／酢酸エチル＝３／１～０／１）により精製した。精製の後、生成物は、ＴＬＣプレートで見ることができた。黄色油として４－メチル安息香酸（（２Ｒ，３Ｓ）－３－（（４－メチルベンゾイル）オキシ）－５－（２－オキソ－２，３－ジヒドロ－１Ｈ－イミダゾール－１－イル）テトラヒドロフラン－２－イル）メチル（２５ｇ、５７．２８ｍｍｏｌ、収率３６．２９％）の混合物を得た。１Ｈ ＮＭＲ（４００ＭＨｚ，クロロホルム－ｄ）δ＝９．６８－９．４０（ｍ，１Ｈ），８．０２－７．６８（ｍ，４Ｈ），７．３３－６．９８（ｍ，５Ｈ），６．５６－５．４１（ｍ，４Ｈ），４．７３－４．３５（ｍ，３Ｈ），２．９９－２．３９（ｍ，２Ｈ），２．３８－２．２５（ｍ，６Ｈ）．
工程３．２つのバッチ：アンモニア（６００ｍＬ）中の４－メチル安息香酸（（２Ｒ，３Ｓ）－３－（（４－メチルベンゾイル）オキシ）－５－（２－オキソ－２，３－ジヒドロ－１Ｈ－イミダゾール－１－イル）テトラヒドロフラン－２－イル）メチル（１２．５ｇ、２８．６４ｍｍｏｌ、１当量）の混合物の溶液、混合物を２５℃で１２時間撹拌した。ＴＬＣ（石油エーテル：酢酸エチル＝１／１、生成物Ｒｆ＝０．０）は、完全な消費及び１つの新たなスポットが形成されたことを示した。２つのバッチを、後処理のために合わせた：反応混合物を減圧下で濃縮して、黄色油を得た。さらに精製しなかった。１－（（４Ｓ，５Ｒ）－４－ヒドロキシ－５－（ヒドロキシメチル）テトラヒドロフラン－２－イル）－１，３－ジヒドロ－２Ｈ－イミダゾール－２－オン（１１．４７ｇ、粗製物）を、黄色油として得た。ＬＣＭＳ：（Ｍ＋Ｈ＋：２０１．１）。
工程４．２つのバッチ：ピリジン（１５０ｍＬ）中の１－（（４Ｓ，５Ｒ）－４－ヒドロキシ－５－（ヒドロキシメチル）テトラヒドロフラン－２－イル）－１，３－ジヒドロ－２Ｈ－イミダゾール－２－オン混合物（５．７３ｇ、２８．６２ｍｍｏｌ、１当量）の溶液に、ＤＭＴＣｌ（１１．６５ｇ、３４．３５ｍｍｏｌ、１．２当量）を加えた。混合物を２５℃で１２時間撹拌した。ＬＣＭＳは、出発材料が完全消費されたことを示し、所望の質量を有する１つのメインピークが検出された。２つのバッチを、後処理のために合わせた：得られた濁った溶液を、Ｈ２Ｏ（４００ｍＬ）で希釈し、ＥｔＯＡｃ（８００ｍＬ）で抽出した。合わせた抽出物を、Ｈ２Ｏ（１００ｍＬ）及び塩水（１５０ｍＬ）で洗浄した。溶液を乾燥させ（Ｎａ２ＳＯ４）、濾過し、減圧下で濃縮した。粗製の化合物を、ＭＰＬＣ（石油エーテル／酢酸エチル＝３／１～０／１）により精製した。１－（（２Ｒ，４Ｓ，５Ｒ）－５－（（ビス（４－メトキシフェニル）（フェニル）メトキシ）メチル）－４－ヒドロキシテトラヒドロフラン－２－イル）－１，３－ジヒドロ－２Ｈ－イミダゾール－２－オン（ＷＶ－ＮＵ－１１７）（９．５ｇ、１７．３９ｍｍｏｌ、収率３０．３８％、純度９２．００１％）及びＷＶ－ＮＵ－１１７Ａ（６．９ｇ、１２．６２ｍｍｏｌ、収率２２．０４％、純度９１．８８５％）を、黄色固体として得た。ＷＶ－ＮＵ－１１７：１Ｈ ＮＭＲ（４００ＭＨｚ，ＤＭＳＯ－ｄ６）δ＝１０．０１（ｂｒ ｓ，１Ｈ），７．４３－７．３３（ｍ，２Ｈ），７．３２－７．０９（ｍ，８Ｈ），６．８７（ｂｒ ｄｄ，Ｊ＝１．８，８．９Ｈｚ，４Ｈ），６．４１－６．２９（ｍ，２Ｈ），５．８４（ｂｒ ｔ，Ｊ＝６．９Ｈｚ，１Ｈ），５．２２（ｄ，Ｊ＝４．５Ｈｚ，１Ｈ），４．１７（ｂｒ ｄ，Ｊ＝３．４Ｈｚ，１Ｈ），３．８５－３．７６（ｍ，１Ｈ），３．７３（ｓ，６Ｈ），３．０６（ｂｒ ｄ，Ｊ＝４．９Ｈｚ，２Ｈ），２．２５－２．１１（ｍ，１Ｈ），２．０６－１．９９（ｍ，１Ｈ）；１３Ｃ ＮＭＲ（１０１ＭＨｚ，ＤＭＳＯ－ｄ６）δ＝１５８．５３，１３０．１９，１２８．２７，１２８．２１，１１３．６４，８５．９２，５５．５０；ＬＣＭＳ（Ｍ－Ｈ＋）：５０１．１，純度９２．０％．ＷＶ－ＮＵ－１１７Ａ：１Ｈ ＮＭＲ（４００ＭＨｚ，ＤＭＳＯ－ｄ６）δ＝１０．００（ｂｒ ｓ，１Ｈ），７．４５－７．２２（ｍ，９Ｈ），６．９０（ｂｒ ｄ，Ｊ＝８．６Ｈｚ，４Ｈ），５．８６（ｂｒ ｄｄ，Ｊ＝４．２，７．８Ｈｚ，１Ｈ），５．４８（ｄ，Ｊ＝４．６Ｈｚ，１Ｈ），４．１３（ｂｒ ｄｄ，Ｊ＝３．１，７．１Ｈｚ，１Ｈ），３．７４（ｓ，６Ｈ），３．０９－２．８９（ｍ，２Ｈ），２．０５－１．９５（ｍ，２Ｈ）；１３Ｃ ＮＭＲ（１０１ＭＨｚ，ＤＭＳＯ－ｄ６）δ＝１５８．５３，１５３．６７，１３６．１１，１３０．１７，１２８．３２，１２８．１６，１１３．６９，１０９．８４，１０８．７２，８５．９２，８５．６５，８２．２０，７１．６０，５５．５０；ＬＣＭＳ（Ｍ－Ｈ＋）：５０１．２，純度９１．９％．
（２Ｒ，３Ｓ，５Ｒ）－２－（（ビス（４－メトキシフェニル）（フェニル）メトキシ）メチル）－５－（２－オキソ－２，３－ジヒドロ－１Ｈ－イミダゾール－１－イル）テトラヒドロフラン－３－イル（２－シアノエチル）ジイソプロピルホスホラミダイトの合成
Figure 2022551124000451
ＤＭＦ（２０ｍＬ）中のＷＶ－ＮＵ－１１７（１．８ｇ、３．５８ｍｍｏｌ、１当量）の溶液に、５－エチルスルファニル－２Ｈ－テトラゾール（４６６．２３ｍｇ、３．５８ｍｍｏｌ、１当量）及び１－メチルイミダゾール（５８８．１４ｍｇ、７．１６ｍｍｏｌ、５７１．０１ｕＬ、２当量）を加え、続いて３－ビス（ジイソプロピルアミノ）ホスファニルオキシプロパンニトリル（１．１９ｇ、３．９４ｍｍｏｌ、１．２５ｍＬ、１．１当量）を０℃で加えた。混合物を０～２５℃で３時間撹拌した。ＴＬＣ（石油エーテル：酢酸エチル＝０：１、Ｒｆ１＝０．５５、Ｒｆ２＝０．５０）は、ＷＶ－ＮＵ－１１７が消費され、３つの新たなスポットが形成されたことを示した。反応混合物を、ＮａＨＣＯ３飽和水溶液（５０ｍＬ）の０℃での添加によってクエンチし、ＥｔＯＡｃ（２０ｍＬ＊４）で抽出した。Ｎａ２ＳＯ４で乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。残渣を、カラムクロマトグラフィー（ＳｉＯ２、石油エーテル／酢酸エチル＝１／０～０／１、続いて酢酸エチル／アセトニトリル＝１０：１、５％ ＴＥＡ）により精製した。（２Ｒ，３Ｓ，５Ｒ）－２－（（ビス（４－メトキシフェニル）（フェニル）メトキシ）メチル）－５－（２－オキソ－２，３－ジヒドロ－１Ｈ－イミダゾール－１－イル）テトラヒドロフラン－３－イル（２－シアノエチル）ジイソプロピルホスホラミダイト（ＷＶ－ＮＵ－１１７－ＣＥＰ）（０．８ｇ、１．１４ｍｍｏｌ、収率３１．７８％）を、黄色油として得た。１Ｈ ＮＭＲ（４００ＭＨｚ，クロロホルム－ｄ）δ＝１０．０３－９．８２（ｍ，１Ｈ），７．７６（ｓ，１Ｈ），７．５０－７．３９（ｍ，２Ｈ），７．３６－７．２８（ｍ，５Ｈ），７．２６－７．１３（ｍ，２Ｈ），６．９３－６．７１（ｍ，４Ｈ），６．４１－６．３１（ｍ，１Ｈ），６．２６－６．２０（ｍ，１Ｈ），６．１４－６．０６（ｍ，１Ｈ），４．６９－４．５０（ｍ，１Ｈ），４．２７－４．１４（ｍ，２Ｈ），３．８３－３．７２（ｍ，６Ｈ），３．６９－３．４１（ｍ，５Ｈ），３．３９－３．２７（ｍ，１Ｈ），３．２５－３．１７（ｍ，１Ｈ），２．７６（ｂｒ ｄ，Ｊ＝１．５Ｈｚ，２Ｈ），２．６６－２．５６（ｍ，１Ｈ），２．４７－２．２９（ｍ，３Ｈ），１．２８（ｄｄ，Ｊ＝５．８，６．５Ｈｚ，１２Ｈ），１．２１－１．１２（ｍ，８Ｈ），１．０７（ｄ，Ｊ＝６．８Ｈｚ，２Ｈ）；３１Ｐ ＮＭＲ（１６２ＭＨｚ，クロロホルム－ｄ）δ １４８．４７，１４８．２６；ＬＣＭＳ：（Ｍ＋Ｈ＋）＝７０３．３．
１－（（２Ｒ，４Ｓ，５Ｒ）－５－（（ビス（４－メトキシフェニル）（フェニル）メトキシ）メチル）－４－（（（１Ｓ，３Ｓ，３ａＳ）－３－（（メチルジフェニルシリル）メチル）テトラヒドロ－１Ｈ，３Ｈ－ピロロ［１，２－ｃ］［１，３，２］オキサザホスホール－１－イル）オキシ）テトラヒドロフラン－２－イル）－１，３－ジヒドロ－２Ｈ－イミダゾール－２－オンの合成
Figure 2022551124000452
丸底フラスコ中の乾燥３－［（２Ｒ，４Ｒ，５Ｒ）－５－［［ビス（４－メトキシフェニル）－フェニル－メトキシ］メチル］－４－ヒドロキシ－テトラヒドロフラン－２－イル］－１Ｈ－イミダゾール－２－オン（２．０ｇ、３．９８ｍｍｏｌ）を、ＴＨＦ（２６ｍＬ）中で溶解させた。透明な溶液に、トリエチルアミン（３．７４ｍＬ、２６．８６ｍｍｏｌ）を加えた。［（３Ｓ，３ａＳ）－１－クロロ－３ａ，４，５，６－テトラヒドロ－３Ｈ－ピロロ［１，２－ｃ］［１，３，２］オキサザホスホール－３－イル］メチル－メチル－ジフェニル－シラン（ＴＨＦ中の０．９６Ｍ溶液、７．４８ｍＬ、７．１６ｍｍｏｌ）を、滴下して加えた。得られた濁った反応溶液を、室温で２．５時間撹拌した。ＴＬＣ及びＬＣＭＳは、反応が完了したことを示した。無水ＭｇＳＯ４（４８０ｍｇ）を加えた。１分間撹拌した。混合物を濾過し、濾液を濃縮した。得られた粗生成物を、勾配としてヘキサン中の２０～１００％ ＥｔＯＡｃ（各移動相は、５％トリエチルアミンを含有した）を適用する順相カラムクロマトグラフィーにより精製して、白色泡として１－（（２Ｒ，４Ｓ，５Ｒ）－５－（（ビス（４－メトキシフェニル）（フェニル）メトキシ）メチル）－４－（（（１Ｓ，３Ｓ，３ａＳ）－３－（（メチルジフェニルシリル）メチル）テトラヒドロ－１Ｈ，３Ｈ－ピロロ［１，２－ｃ］［１，３，２］オキサザホスホール－１－イル）オキシ）テトラヒドロフラン－２－イル）－１，３－ジヒドロ－２Ｈ－イミダゾール－２－オン（１．５９ｇ、収率４７．４％）を得た。１Ｈ ＮＭＲ（６００ＭＨｚ，ＣＤＣｌ３）δ ９．４６（ｓ，１Ｈ），７．４８（ｔｑ，Ｊ＝６．６，２．８，２．３Ｈｚ，４Ｈ），７．４４－７．４０（ｍ，２Ｈ），７．３０（ｄｄｄｄ，Ｊ＝１２．６，７．６，６．３，４．６Ｈｚ，１０Ｈ），７．２７－７．２５（ｍ，２Ｈ），７．２２－７．１８（ｍ，１Ｈ），６．８５－６．７８（ｍ，４Ｈ），６．３０（ｔ，Ｊ＝２．６Ｈｚ，１Ｈ），６．１９（ｔ，Ｊ＝２．６Ｈｚ，１Ｈ），６．０３（ｄｄ，Ｊ＝８．２，５．８Ｈｚ，１Ｈ），４．７３（ｄｑ，Ｊ＝９．２，６．０Ｈｚ，２Ｈ），３．８６（ｑ，Ｊ＝３．４Ｈｚ，１Ｈ），３．７６（ｓ，６Ｈ），３．４９（ｄｄｔ，Ｊ＝１４．８，１０．６，７．６Ｈｚ，１Ｈ），３．３１－３．２３（ｍ，２Ｈ），３．１４（ｄｄ，Ｊ＝１０．３，３．７Ｈｚ，１Ｈ），３．０４（ｔｄｄ，Ｊ＝１０．８，８．８，４．３Ｈｚ，１Ｈ），２．１７（ｄｄｄ，Ｊ＝１３．４，５．８，２．７Ｈｚ，１Ｈ），２．１０（ｄｄｄ，Ｊ＝１３．８，８．３，６．３Ｈｚ，１Ｈ），１．８３（ｄｄｔ，Ｊ＝１２．６，７．７，３．９Ｈｚ，１Ｈ），１．６８－１．６２（ｍ，１Ｈ），１．５３（ｄｄ，Ｊ＝１４．６，８．８Ｈｚ，１Ｈ），１．４３－１．３３（ｍ，２Ｈ），１．２５－１．１７（ｍ，１Ｈ），０．６０（ｓ，３Ｈ）；３１Ｐ ＮＭＲ（２４３ＭＨｚ，ＣＤＣｌ３）δ １５１．３２；ＭＳ（ＥＳＩ），８４２．１２［Ｍ＋Ｈ］＋．
（１Ｓ，３Ｓ，３ａＳ）－１－（（（２Ｒ，３Ｓ，５Ｒ）－２－（（ビス（４－メトキシフェニル）（フェニル）メトキシ）メチル）－５－（６－（２－（トリメチルシリル）エトキシ）－９Ｈ－プリン－９－イル）テトラヒドロフラン－３－イル）オキシ）－３－（（メチルジフェニルシリル）メチル）テトラヒドロ－１Ｈ，３Ｈ－ピロロ［１，２－ｃ］［１，３，２］オキサザホスホールの合成
Figure 2022551124000453
丸底フラスコ中の乾燥（２Ｒ，３Ｒ，５Ｒ）－２－［［ビス（４－メトキシフェニル）－フェニル－メトキシ］メチル］－５－［６－（２－トリメチルシリルエトキシ）プリン－９－イル］テトラヒドロフラン－３－オール（２．５ｇ、３．８２ｍｍｏｌ）を、ＴＨＦ（２６ｍＬ）中で溶解させた。透明な溶液に、トリエチルアミン（３．５９ｍＬ、２５．７７ｍｍｏｌ）を加えた。［（３Ｓ，３ａＳ）－１－クロロ－３ａ，４，５，６－テトラヒドロ－３Ｈ－ピロロ［１，２－ｃ］［１，３，２］オキサザホスホール－３－イル］メチル－メチル－ジフェニル－シラン（ＴＨＦ中の０．９６Ｍ溶液、７．１８ｍＬ、６．８７ｍｍｏｌ）を、滴下して加えた。得られた濁った反応溶液を、室温で４時間撹拌した。ＴＬＣ及びＬＣＭＳは、反応が完了したことを示した。混合物を濾過し、濾液を濃縮した。得られた粗生成物を、勾配としてヘキサン中の１０～８５％ ＥｔＯＡｃ（各移動相は、１．５％トリエチルアミンを含有した）を適用する順相カラムクロマトグラフィーにより精製して、白色泡として（１Ｓ，３Ｓ，３ａＳ）－１－（（（２Ｒ，３Ｓ，５Ｒ）－２－（（ビス（４－メトキシフェニル）（フェニル）メトキシ）メチル）－５－（６－（２－（トリメチルシリル）エトキシ）－９Ｈ－プリン－９－イル）テトラヒドロフラン－３－イル）オキシ）－３－（（メチルジフェニルシリル）メチル）テトラヒドロ－１Ｈ，３Ｈ－ピロロ［１，２－ｃ］［１，３，２］オキサザホスホール（２．８９ｇ、収率７６．１％）を得た。１Ｈ ＮＭＲ（６００ＭＨｚ，ＣＤＣｌ３）δ ８．４２（ｓ，１Ｈ），７．９９（ｓ，１Ｈ），７．５０－７．４５（ｍ，４Ｈ），７．４１－７．３７（ｍ，２Ｈ），７．２７（ｔｄ，Ｊ＝５．７，４．９，１．７Ｈｚ，７Ｈ），７．２５－７．２１（ｍ，２Ｈ），７．２１－７．１４（ｍ，４Ｈ），６．８０－６．７４（ｍ，４Ｈ），６．３４（ｄｄ，Ｊ＝７．８，５．９Ｈｚ，１Ｈ），４．８８（ｄｄｔ，Ｊ＝８．８，５．７，２．７Ｈｚ，１Ｈ），４．７９（ｄｔ，Ｊ＝９．１，５．５Ｈｚ，１Ｈ），４．７３－４．６７（ｍ，２Ｈ），４．０４（ｔｄ，Ｊ＝４．２，２．５Ｈｚ，１Ｈ），３．７６（ｓ，６Ｈ），３．５３（ｄｄｔ，Ｊ＝１４．８，１０．６，７．７Ｈｚ，１Ｈ），３．４１－３．３３（ｍ，１Ｈ），３．２９（ｄｄ，Ｊ＝１０．３，４．３Ｈｚ，１Ｈ），３．２５（ｄｄ，Ｊ＝１０．３，４．４Ｈｚ，１Ｈ），３．０７（ｔｄｄ，Ｊ＝１０．８，８．９，４．２Ｈｚ，１Ｈ），２．５４（ｄｄｄ，Ｊ＝１３．８，７．９，６．１Ｈｚ，１Ｈ），２．３１（ｄｄｄ，Ｊ＝１３．５，６．０，２．７Ｈｚ，１Ｈ），１．８６（ｔｔ，Ｊ＝８．８，４．５Ｈｚ，１Ｈ），１．７４－１．６５（ｍ，１Ｈ），１．５５（ｄｄ，Ｊ＝１４．７，９．１Ｈｚ，１Ｈ），１．４８－１．３９（ｍ，２Ｈ），１．３３－１．２１（ｍ，３Ｈ），０．６３（ｓ，３Ｈ），０．１１（ｓ，９Ｈ）；３１Ｐ ＮＭＲ（２４３ＭＨｚ，ＣＤＣｌ３）δ １５０．６８；ＭＳ（ＥＳＩ），９９４．１３［Ｍ＋Ｈ］＋．
（１Ｓ，３Ｓ，３ａＳ）－１－（（（２Ｒ，３Ｓ，５Ｒ）－２－（（ビス（４－メトキシフェニル）（フェニル）メトキシ）メチル）－５－（６－（２－（トリメチルシリル）エトキシ）－９Ｈ－プリン－９－イル）テトラヒドロフラン－３－イル）オキシ）－３－（（フェニルスルホニル）メチル）テトラヒドロ－１Ｈ，３Ｈ－ピロロ［１，２－ｃ］［１，３，２］オキサザホスホールの合成
Figure 2022551124000454
丸底フラスコ中の乾燥（２Ｒ，３Ｒ，５Ｒ）－２－［［ビス（４－メトキシフェニル）－フェニル－メトキシ］メチル］－５－［６－（２－トリメチルシリルエトキシ）プリン－９－イル］テトラヒドロフラン－３－オール（２．５ｇ、３．８２ｍｍｏｌ）を、ＴＨＦ（２６ｍＬ）中で溶解させた。透明な溶液に、トリエチルアミン（３．５９ｍＬ、２５．７７ｍｍｏｌ）を加えた。（３Ｓ，３ａＳ）－３－（ベンゼンスルホニルメチル）－１－クロロ－３ａ，４，５，６－テトラヒドロ－３Ｈ－ピロロ［１，２－ｃ］［１，３，２］オキサザホスホール（Ｌ－ＰＳＭ Ｃｌ）（ＴＨＦ中の０．９Ｍ溶液、７．６４ｍＬ、６．８７ｍｍｏｌ）を、滴下して加えた。得られた濁った反応溶液を室温で４時間４０分間撹拌した。ＴＬＣ及びＬＣＭＳは、反応が完了したことを示した。混合物を濾過し、濾液を濃縮した。得られた粗生成物を、勾配としてヘキサン中の２０～１００％ ＥｔＯＡｃ（各移動相は、５％トリエチルアミンを含有した）を適用する順相カラムクロマトグラフィーにより精製して、白色泡として（１Ｓ，３Ｓ，３ａＳ）－１－（（（２Ｒ，３Ｓ，５Ｒ）－２－（（ビス（４－メトキシフェニル）（フェニル）メトキシ）メチル）－５－（６－（２－（トリメチルシリル）エトキシ）－９Ｈ－プリン－９－イル）テトラヒドロフラン－３－イル）オキシ）－３－（（フェニルスルホニル）メチル）テトラヒドロ－１Ｈ，３Ｈ－ピロロ［１，２－ｃ］［１，３，２］オキサザホスホール（１．５１ｇ、収率４２．３％）を得た。１Ｈ ＮＭＲ（６００ＭＨｚ，ＣＤＣｌ３）δ ８．４４（ｓ，１Ｈ），８．０５（ｓ，１Ｈ），７．９２－７．８７（ｍ，２Ｈ），７．６０－７．５４（ｍ，１Ｈ），７．４８（ｔ，Ｊ＝７．８Ｈｚ，２Ｈ），７．４３－７．３７（ｍ，２Ｈ），７．３１－７．２８（ｍ，３Ｈ），７．２６－７．２３（ｍ，３Ｈ），７．２２－７．１６（ｍ，１Ｈ），６．７９（ｄ，Ｊ＝８．７Ｈｚ，４Ｈ），６．４４（ｄｄ，Ｊ＝７．８，５．９Ｈｚ，１Ｈ），５．０４（ｑ，Ｊ＝６．０Ｈｚ，１Ｈ），４．９３（ｄｄｔ，Ｊ＝８．８，５．８，２．６Ｈｚ，１Ｈ），４．７２－４．６６（ｍ，２Ｈ），４．１７（ｔｄ，Ｊ＝４．４，２．４Ｈｚ，１Ｈ），３．７７（ｓ，６Ｈ），３．６６（ｄｑ，Ｊ＝１０．１，６．０Ｈｚ，１Ｈ），３．５６－３．５０（ｍ，１Ｈ），３．４８（ｄｄ，Ｊ＝１４．８，７．１Ｈｚ，１Ｈ），３．３７（ｄｔ，Ｊ＝１４．９，５．１Ｈｚ，２Ｈ），３．３１（ｄｄ，Ｊ＝１０．３，４．５Ｈｚ，１Ｈ），３．１８－３．０９（ｍ，１Ｈ），２．８９（ｄｄｄ，Ｊ＝１３．７，７．９，６．０Ｈｚ，１Ｈ），２．５６（ｄｄｄ，Ｊ＝１３．６，６．０，２．６Ｈｚ，１Ｈ），１．９３－１．８６（ｍ，１Ｈ），１．７９（ｄｔ，Ｊ＝１１．６，８．６Ｈｚ，１Ｈ），１．６９－１．６４（ｍ，１Ｈ），１．３１－１．２５（ｍ，２Ｈ），１．１８－１．０８（ｍ，１Ｈ），０．１０（ｓ，９Ｈ）；３１Ｐ ＮＭＲ（２４３ＭＨｚ，ＣＤＣｌ３）δ １５２．５８；ＭＳ（ＥＳＩ），９３８．５８［Ｍ＋Ｈ］＋．
Ｎ－（９－（（２Ｒ，４Ｓ，５Ｒ）－５－（（ビス（４－メトキシフェニル）（フェニル）メトキシ）メチル）－４－ヒドロキシテトラヒドロフラン－２－イル）－８－オキソ－８，９－ジヒドロ－７Ｈ－プリン－６－イル）ベンズアミド（ＷＶ－ＮＵ－１３７）の合成
Figure 2022551124000455
工程１．３時間後、ＢｎＯＨ（３９１．８４ｇ、３．６２ｍｏｌ）中のＮａ（９．９９ｇ、４３４．６７ｍｍｏｌ）の溶液に、（２Ｒ，３Ｓ，５Ｒ）－５－（６－アミノ－８－ブロモ－９Ｈ－プリン－９－イル）－２－（ヒドロキシメチル）テトラヒドロフラン－３－オール（２５ｇ、７５．７３ｍｍｏｌ）を加えた。混合物を１５℃で１２時間撹拌した。反応混合物を、ＨＣｌ（１Ｍ）８００ｍＬを０℃で添加することによってクエンチし、ｐＨ約９になるまでＮａＨＣＯ３飽和水溶液を加え、ＥｔＯＡｃ（１０００ｍＬ＊３）で抽出し、Ｎａ２ＳＯ４で乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。残渣を、カラムクロマトグラフィー（（ＳｉＯ２、石油エーテル／酢酸エチル＝５／１～酢酸エチル：メタノール＝１０／１）により精製して、黄色油として（２Ｒ，３Ｓ，５Ｒ）－５－（６－アミノ－８－（ベンジルオキシ）－９Ｈ－プリン－９－イル）－２－（ヒドロキシメチル）テトラヒドロフラン－３－オール（３５ｇ、収率６４．６７％）を得た。ＬＣＭＳ：（Ｍ＋Ｈ＋）：３５８．２。
工程２．（２Ｒ，３Ｓ，５Ｒ）－５－（６－アミノ－８－（ベンジルオキシ）－９Ｈ－プリン－９－イル）－２－（ヒドロキシメチル）テトラヒドロフラン－３－オール（５０ｇ、１３９．９１ｍｍｏｌ）（ピリジン（２００ｍＬ＊３）を含むロータリーエバポレーター上での共沸蒸留によって乾燥された）に、ＨＭＤＳ（３３８．７２ｇ、２．１０ｍｏｌ）を加えた。混合物を１５０℃で１２時間撹拌した。反応混合物を減圧下で濃縮して、溶媒を除去した。さらに精製することなく８－（ベンジルオキシ）－９－（（２Ｒ，４Ｓ，５Ｒ）－４－（（トリメチルシリル）オキシ）－５－（（（トリメチルシリル）オキシ）メチル）テトラヒドロフラン－２－イル）－９Ｈ－プリン－６－アミン（７０．２ｇ、粗製物）を、黄色油として得た。
工程３．ピリジン（５００ｍＬ）中の８－（ベンジルオキシ）－９－（（２Ｒ，４Ｓ，５Ｒ）－４－（（トリメチルシリル）オキシ）－５－（（（トリメチルシリル）オキシ）メチル）テトラヒドロフラン－２－イル）－９Ｈ－プリン－６－アミン（７０．２ｇ）の溶液に、ＢｚＣｌ（２９．５０ｇ）を加えた。混合物を、２０℃で２時間撹拌した。ＭｅＯＨ（５００ｍＬ）及び水（５００ｍＬ）を加え、１０分後、ＮＨ３．Ｈ２Ｏ（２５０ｍＬ）を加え、３０分後、Ｈ２Ｏ（５００ｍＬ）を加え、ＥｔＯＡｃ（５００ｍＬ＊４）で抽出し、Ｎａ２ＳＯ４で乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。残渣を、カラムクロマトグラフィー（ＳｉＯ２、石油エーテル／酢酸エチル＝１／０～０／１、続いて酢酸エチル／メタノール＝１０：１）により精製して、黄色固体としてＮ－（８－（ベンジルオキシ）－９－（（２Ｒ，４Ｓ，５Ｒ）－４－ヒドロキシ－５－（ヒドロキシメチル）テトラヒドロフラン－２－イル）－９Ｈ－プリン－６－イル）ベンズアミド（３６ｇ、収率５５．７６％）を得た。ＬＣＭＳ：（Ｍ＋Ｈ＋）：４６２．２。
工程４．ＴＨＦ（５００ｍＬ）及びＭｅＯＨ（５００ｍＬ）中のＮ－（８－（ベンジルオキシ）－９－（（２Ｒ，４Ｓ，５Ｒ）－４－ヒドロキシ－５－（ヒドロキシメチル）テトラヒドロフラン－２－イル）－９Ｈ－プリン－６－イル）ベンズアミド（３６ｇ、７８ｍｍｏｌ）の溶液に、Ｐｄ／Ｃ（９ｇ、３９．０１ｍｍｏｌ、純度１０％）を加えた。混合物を、Ｈ２（１５ｐｓｉ）中において１５℃で３時間撹拌した。混合物を濾過し、濾液を減圧下で濃縮して、黄色固体としてＮ－（９－（（２Ｒ，４Ｓ，５Ｒ）－４－ヒドロキシ－５－（ヒドロキシメチル）テトラヒドロフラン－２－イル）－８－オキソ－８，９－ジヒドロ－７Ｈ－プリン－６－イル）ベンズアミド（２８．９ｇ、粗製物）を得た。ＬＣＭＳ：（Ｍ＋Ｈ＋）：３７２．２。
工程５．ピリジン（３００ｍＬ）中のＮ－（９－（（２Ｒ，４Ｓ，５Ｒ）－４－ヒドロキシ－５－（ヒドロキシメチル）テトラヒドロフラン－２－イル）－８－オキソ－８，９－ジヒドロ－７Ｈ－プリン－６－イル）ベンズアミド（２８．９ｇ、７７．８２ｍｍｏｌ）の溶液に、ＤＭＴＣｌ（２６．３７ｇ、７７．８２ｍｍｏｌ）を加え、混合物を、１５℃で１２時間撹拌した。反応混合物を、水（２００ｍＬ）の０℃での添加によりクエンチし、ＥｔＯＡｃ（３００ｍＬ＊３）で抽出した。Ｎａ２ＳＯ４で乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。残渣を、シリカゲルクロマトグラフィー（石油エーテル／酢酸エチル＝１０／１、１／４、５％ ＴＥＡ）により精製して、白色固体としてＮ－（９－（（２Ｒ，４Ｓ，５Ｒ）－５－（（ビス（４－メトキシフェニル）（フェニル）メトキシ）メチル）－４－ヒドロキシテトラヒドロフラン－２－イル）－８－オキソ－８，９－ジヒドロ－７Ｈ－プリン－６－イル）ベンズアミド（ＷＶ－ＮＵ－１３７）（３２ｇ、収率５７．７５％）を得た。１Ｈ ＮＭＲ（４００ＭＨｚ，４００ＭＨｚ，ＤＭＳＯ－ｄ６）δ＝８．３８－８．２４（ｍ，１Ｈ），８．１２－８．００（ｍ，２Ｈ），７．６７－７．６０（ｍ，１Ｈ），７．５８－７．５１（ｍ，２Ｈ），７．３８－７．３３（ｍ，２Ｈ），７．２６－７．１３（ｍ，７Ｈ），６．８１（ｄｄ，Ｊ＝９．０，１３．３Ｈｚ，４Ｈ），６．２５（ｔ，Ｊ＝６．８Ｈｚ，１Ｈ），５．２９（ｄ，Ｊ＝４．６Ｈｚ，１Ｈ），４．５６－４．４９（ｍ，１Ｈ），３．９５（ｑ，Ｊ＝４．９Ｈｚ，１Ｈ），３．７１（ｄ，Ｊ＝４．４Ｈｚ，６Ｈ），３．２０－３．１５（ｍ，２Ｈ），３．０８（ｔｄ，Ｊ＝６．５，１３．０Ｈｚ，１Ｈ），２．２１－２．１０（ｍ，１Ｈ）；ＬＣＭＳ（Ｍ－Ｈ＋）：６７２．２．
Ｎ－（９－（（２Ｒ，４Ｓ，５Ｒ）－５－（（ビス（４－メトキシフェニル）（フェニル）メトキシ）メチル）－４－（（（１Ｓ，３Ｓ，３ａＳ）－３－（（メチルジフェニルシリル）メチル）テトラヒドロ－１Ｈ，３Ｈ－ピロロ［１，２－ｃ］［１，３，２］オキサザホスホール－１－イル）オキシ）テトラヒドロフラン－２－イル）－８－オキソ－８，９－ジヒドロ－７Ｈ－プリン－６－イル）ベンズアミドの合成
Figure 2022551124000456
丸底フラスコ中の乾燥Ｎ－［９－［（２Ｒ，４Ｒ，５Ｒ）－５－［［ビス（４－メトキシフェニル）－フェニル－メトキシ］メチル］－４－ヒドロキシ－テトラヒドロフラン－２－イル］－８－オキソ－７Ｈ－プリン－６－イル］ベンズアミド（４．０ｇ、５．９４ｍｍｏｌ）を、ＴＨＦ（５０ｍＬ）中で溶解させた。透明な溶液に、トリエチルアミン（５．５９ｍＬ、４０．０８ｍｍｏｌ）を加えた。［（３Ｓ，３ａＳ）－１－クロロ－３ａ，４，５，６－テトラヒドロ－３Ｈ－ピロロ［１，２－ｃ］［１，３，２］オキサザホスホール－３－イル］メチル－メチル－ジフェニル－シラン（ＴＨＦ中の０．９６Ｍ溶液、１１．１６ｍＬ、１０．６９ｍｍｏｌ）を、滴下して加えた。反応溶液を、室温で２時間撹拌した。ＴＬＣは反応が完了したことを示した。無水ＭｇＳＯ４（７０８ｍｇ）を加えた。１分間撹拌した。混合物を濾過し、濾液を濃縮した。得られた粗生成物を、勾配としてヘキサン中の０～１００％ ＥｔＯＡｃ（各移動相は、１．５％トリエチルアミンを含有した）を適用する順相カラムクロマトグラフィーにより精製して、白色泡としてＮ－（９－（（２Ｒ，４Ｓ，５Ｒ）－５－（（ビス（４－メトキシフェニル）（フェニル）メトキシ）メチル）－４－（（（１Ｓ，３Ｓ，３ａＳ）－３－（（メチルジフェニルシリル）メチル）テトラヒドロ－１Ｈ，３Ｈ－ピロロ［１，２－ｃ］［１，３，２］オキサザホスホール－１－イル）オキシ）テトラヒドロフラン－２－イル）－８－オキソ－８，９－ジヒドロ－７Ｈ－プリン－６－イル）ベンズアミド（４．４５ｇ、収率７４．０％）を得た。１Ｈ ＮＭＲ（６００ＭＨｚ，ＣＤＣｌ３）δ ９．４２（ｓ，１Ｈ），８．５９（ｓ，１Ｈ），８．１７（ｓ，１Ｈ），７．９８－７．９３（ｍ，２Ｈ），７．６８－７．６２（ｍ，１Ｈ），７．５８－７．５３（ｍ，２Ｈ），７．５３－７．４６（ｍ，４Ｈ），７．４５－７．４０（ｍ，２Ｈ），７．３３－７．２６（ｍ，７Ｈ），７．２４－７．１７（ｍ，５Ｈ），７．１６－７．１１（ｍ，１Ｈ），６．７６－６．６９（ｍ，４Ｈ），６．３０（ｄｄ，Ｊ＝７．３，６．１Ｈｚ，１Ｈ），５．０５（ｄｄｔ，Ｊ＝８．９，６．９，４．５Ｈｚ，１Ｈ），４．８５（ｄｔ，Ｊ＝８．９，５．７Ｈｚ，１Ｈ），４．０３（ｑ，Ｊ＝５．０Ｈｚ，１Ｈ），３．７３（ｄ，Ｊ＝４．５Ｈｚ，６Ｈ），３．４９（ｄｄｔ，Ｊ＝１４．６，１０．６，７．６Ｈｚ，１Ｈ），３．４０（ｄｄｔ，Ｊ＝１２．６，７．０，５．５Ｈｚ，１Ｈ），３．３４（ｄｄ，Ｊ＝１０．１，４．９Ｈｚ，１Ｈ），３．２５（ｄｄ，Ｊ＝１０．１，５．９Ｈｚ，１Ｈ），２．９７（ｔｄｄ，Ｊ＝１０．８，８．８，４．３Ｈｚ，１Ｈ），２．８３（ｄｔ，Ｊ＝１３．３，６．６Ｈｚ，１Ｈ），２．０８（ｄｄｄ，Ｊ＝１３．５，７．４，４．６Ｈｚ，１Ｈ），１．８４（ｄｄｔ，Ｊ＝１２．２，８．５，４．３Ｈｚ，１Ｈ），１．７０－１．６３（ｍ，１Ｈ），１．５５（ｄｄ，Ｊ＝１４．７，８．９Ｈｚ，１Ｈ），１．４５－１．３８（ｍ，２Ｈ），１．３０－１．２０（ｍ，１Ｈ），０．６５（ｓ，３Ｈ）；３１Ｐ ＮＭＲ（２４３ＭＨｚ，ＣＤＣｌ３）δ １４８．４０；ＭＳ（ＥＳＩ），１０１３．１８［Ｍ＋Ｈ］＋．
Ｎ－（９－（（２Ｒ，４Ｓ，５Ｒ）－５－（（ビス（４－メトキシフェニル）（フェニル）メトキシ）メチル）－４－（（（１Ｓ，３Ｓ，３ａＳ）－３－（（フェニルスルホニル）メチル）テトラヒドロ－１Ｈ，３Ｈ－ピロロ［１，２－ｃ］［１，３，２］オキサザホスホール－１－イル）オキシ）テトラヒドロフラン－２－イル）－８－オキソ－８，９－ジヒドロ－７Ｈ－プリン－６－イル）ベンズアミドの合成
Figure 2022551124000457
ＴＨＦ（３０ｍＬ）中の乾燥Ｎ－［９－［（２Ｒ，４Ｒ，５Ｒ）－５－［［ビス（４－メトキシフェニル）－フェニル－メトキシ］メチル］－４－ヒドロキシ－テトラヒドロフラン－２－イル］－８－オキソ－７Ｈ－プリン－６－イル］ベンズアミド（３．０ｇ、４．４５ｍｍｏｌ）の溶液に、トリエチルアミン（１．５５ｍＬ、１１．１３ｍｍｏｌ）を加えた。（３Ｓ，３ａＳ）－３－（ベンゼンスルホニルメチル）－１－クロロ－３ａ，４，５，６－テトラヒドロ－３Ｈ－ピロロ［１，２－ｃ］［１，３，２］オキサザホスホール（ＴＨＦ中の０．９Ｍ、８．９１ｍＬ、８．０２ｍｍｏｌ）を、滴下して加えた。得られたの灰白色のスラリーを、室温で２時間撹拌した。ＴＬＣ及びＬＣＭＳは、反応が完了したことを示した。反応を水（８０ｕＬ）によりクエンチした。無水ＭｇＳＯ４（１．０７ｇ）を加えた。混合物をセライトに通して濾過し、濾液を濃縮して、灰白色泡として粗生成物を得た。粗生成物を、勾配としてヘキサン中の２０～１００％ ＥｔＯＡｃ（各移動相は２．５％トリエチルアミンを含有した）を適用する順相カラムクロマトグラフィーにより精製して、白色泡として標題の化合物（２．９７９ｇ、収率６９．９％）を得た。１Ｈ ＮＭＲ（６００ＭＨｚ，ＣＤＣｌ３）δ ９．４５（ｓ，１Ｈ），８．６０（ｓ，１Ｈ），８．２４（ｓ，１Ｈ），７．９７－７．９２（ｍ，２Ｈ），７．９２－７．８８（ｍ，２Ｈ），７．６７－７．６２（ｍ，１Ｈ），７．６２－７．５７（ｍ，１Ｈ），７．５７－７．４８（ｍ，４Ｈ），７．４５－７．４０（ｍ，２Ｈ），７．３４－７．２８（ｍ，４Ｈ），７．２１（ｄｄ，Ｊ＝８．３，６．７Ｈｚ，２Ｈ），７．１９－７．１３（ｍ，１Ｈ），６．７９－６．７２（ｍ，４Ｈ），６．３９（ｔ，Ｊ＝６．８Ｈｚ，１Ｈ），５．０９（ｄｄｔ，Ｊ＝１４．７，６．９，４．９Ｈｚ，２Ｈ），４．０８－４．０３（ｍ，１Ｈ），３．７６（ｓ，３Ｈ），３．７５（ｓ，３Ｈ），３．６９（ｄｑ，Ｊ＝９．８，５．９Ｈｚ，１Ｈ），３．５２－３．４２（ｍ，２Ｈ），３．３７（ｄｄｄ，Ｊ＝１２．２，５．４，２．４Ｈｚ，２Ｈ），３．３４－３．２４（ｍ，２Ｈ），３．０３（ｔｄｄ，Ｊ＝１０．３，８．８，４．１Ｈｚ，１Ｈ），２．３０（ｄｄｄ，Ｊ＝１３．５，７．３，４．５Ｈｚ，１Ｈ），１．８７（ｄｔ，Ｊ＝１１．４，５．９Ｈｚ，１Ｈ），１．８０－１．７２（ｍ，１Ｈ），１．７０－１．６３（ｍ，１Ｈ），１．１２（ｄｔｄ，Ｊ＝１１．７，１０．１，８．５Ｈｚ，１Ｈ）；３１Ｐ ＮＭＲ（２４３ＭＨｚ，ＣＤＣｌ３）δ １４９．８５；ＭＳ（ＥＳＩ），９５５．３７［Ｍ－Ｈ］－．
Ｎ－（９－（（２Ｒ，３Ｒ，４Ｒ，５Ｒ）－５－（（ビス（４－メトキシフェニル）（フェニル）メトキシ）メチル）－３－（（ｔｅｒｔ－ブチルジメチルシリル）オキシ）－４－ヒドロキシテトラヒドロフラン－２－イル）－８－オキソ－８，９－ジヒドロ－７Ｈ－プリン－６－イル）ベンズアミドの合成
Figure 2022551124000458
工程１．ＢｎＯＨ（１０００ｍＬ）中のＮａ（２１ｇ、９１３．４５ｍｍｏｌ、２１．６５ｍＬ、８．４３当量）の溶液に、３時間後、（２Ｒ，３Ｒ，４Ｓ，５Ｒ）－２－（６－アミノ－８－ブロモ－９Ｈ－プリン－９－イル）－５－（ヒドロキシメチル）テトラヒドロフラン－３，４－ジオール（３７．５ｇ、１０８．３４ｍｍｏｌ、１．０当量）を加えた。混合物を１５℃で１２時間撹拌した。混合物を１Ｎ ＨＣｌ（２５００ｍＬ）中に注ぎ、ＥｔＯＡｃ（１５００ｍＬ）で抽出した。水相に、ｐＨ＞８になるまで飽和ＮａＨＣＯ３（水溶液）を加え、白色の塊を分離して取り出し、濾過し、濃縮して、粗製物を得た。（２Ｒ，３Ｒ，４Ｓ，５Ｒ）－２－（６－アミノ－８－（ベンジルオキシ）－９Ｈ－プリン－９－イル）－５－（ヒドロキシメチル）テトラヒドロフラン－３，４－ジオール（８０ｇ、粗製物）を、白色固体として得た。ＬＣＭＳ：（Ｍ＋Ｈ＋）：３７４．４。
工程２．ＨＭＤＳ（４００ｍＬ）中の（２Ｒ，３Ｒ，４Ｓ，５Ｒ）－２－（６－アミノ－８－（ベンジルオキシ）－９Ｈ－プリン－９－イル）－５－（ヒドロキシメチル）テトラヒドロフラン－３，４－ジオール（３９．０ｇ、１０４．４６ｍｍｏｌ、１．０当量）の溶液に、混合物を１３０℃で１２時間撹拌した。反応混合物を減圧下で濃縮して、残渣を得た。Ｎ－（８－（ベンジルオキシ）－９－（（２Ｒ，３Ｒ，４Ｒ，５Ｒ）－４－ヒドロキシ－３－（（トリメチルシリル）オキシ）－５－（（（トリメチルシリル）オキシ）メチル）テトラヒドロフラン－２－イル）－９Ｈ－プリン－６－イル）ベンズアミド（６１．６２ｇ、粗製物）を、褐色固体として得た。
工程３．ピリジン（４６０ｍＬ）中のＮ－（８－（ベンジルオキシ）－９－（（２Ｒ，３Ｒ，４Ｒ，５Ｒ）－４－ヒドロキシ－３－（（トリメチルシリル）オキシ）－５－（（（トリメチルシリル）オキシ）メチル）テトラヒドロフラン－２－イル）－９Ｈ－プリン－６－イル）ベンズアミド（４６．０ｇ、７７．９８ｍｍｏｌ、１当量）の溶液に、塩化ベンゾイル（２１．９２ｇ、１５５．９６ｍｍｏｌ、１８．１２ｍＬ、２．０当量）を加えた。混合物を２０℃で１時間撹拌した。反応混合物に、ＭｅＯＨ：Ｈ２Ｏ（１：１）５００ｍＬを加え、１５℃で１０分間撹拌した。次に、混合物にＮＨ３を加えた。Ｈ２Ｏ（１５０ｍＬ）を１５℃で１０分間撹拌した。次に、混合物をＨ２Ｏ ２００ｍＬにより希釈し、ＥｔＯＡｃ ８００ｍＬ（２００ｍＬ＊４）により抽出した。混合物に塩水 ２００ｍＬを加え、Ｎａ２ＳＯ４で乾燥させた。次に、混合物を減圧下で濃縮して、残渣を得た。残渣を、カラムクロマトグラフィーにより精製した。Ｎ－（８－（ベンジルオキシ）－９－（（２Ｒ，３Ｒ，４Ｓ，５Ｒ）－３，４－ジヒドロキシ－５－（ヒドロキシメチル）テトラヒドロフラン－２－イル）－９Ｈ－プリン－６－イル）ベンズアミド（３３．９９ｇ、７１．１９ｍｍｏｌ、収率９１．２９％）を、黄色固体として得た。ＬＣＭＳ：（Ｍ＋Ｈ＋）：４７８．４。
工程４．ＭｅＯＨ（１５００ｍＬ）及びＴＨＦ（５００ｍＬ）中のＮ－（８－（ベンジルオキシ）－９－（（２Ｒ，３Ｒ，４Ｓ，５Ｒ）－３，４－ジヒドロキシ－５－（ヒドロキシメチル）テトラヒドロフラン－２－イル）－９Ｈ－プリン－６－イル）ベンズアミド（３５．１ｇ、７３．５１ｍｍｏｌ、１当量）の溶液に、Ｈ２（１５ｐｓｉ）下でＰｄ／Ｃ（７．０ｇ、純度１０％）を加えた。混合物を２０℃で１時間撹拌した。反応物を濾過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。残渣を精製せず、Ｎ－（９－（（２Ｒ，３Ｒ，４Ｓ，５Ｒ）－３，４－ジヒドロキシ－５－（ヒドロキシメチル）テトラヒドロフラン－２－イル）－８－オキソ－８，９－ジヒドロ－７Ｈ－プリン－６－イル）ベンズアミド（１９．６ｇ、５０．６０ｍｍｏｌ、収率６８．８３％）を、褐色固体として得た。ＬＣＭＳ：（Ｍ＋Ｈ＋）：３８８．２。
工程５．ピリジン（１５０ｍＬ）中のＮ－（９－（（２Ｒ，３Ｒ，４Ｓ，５Ｒ）－３，４－ジヒドロキシ－５－（ヒドロキシメチル）テトラヒドロフラン－２－イル）－８－オキソ－８，９－ジヒドロ－７Ｈ－プリン－６－イル）ベンズアミド（１４．８ｇ、３８．２１ｍｍｏｌ、１当量）の溶液に、ＤＭＴＣｌ（１５．５４ｇ、４５．８５ｍｍｏｌ、１．２当量）を加えた。混合物を２０℃で２時間撹拌した。反応混合物をＨ２Ｏ １０ｍＬで希釈し、酢酸エチルで抽出した。合わせた有機層を塩水 １００ｍＬで洗浄し、Ｎａ２ＳＯ４で乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。残渣を、カラムクロマトグラフィー（石油エーテル／酢酸エチル＝１００／１～０／１）により精製した。Ｎ－（９－（（２Ｒ，３Ｒ，４Ｓ，５Ｒ）－５－（（ビス（４－メトキシフェニル）（フェニル）メトキシ）メチル）－３，４－ジヒドロキシテトラヒドロフラン－２－イル）－８－オキソ－８，９－ジヒドロ－７Ｈ－プリン－６－イル）ベンズアミド（１３．２ｇ、１９．１４ｍｍｏｌ、収率５０．０９％）を、褐色固体として得た。ＬＣＭＳ：（Ｍ＋Ｈ＋）：６９０．５。
工程６．ＤＭＦ（１００ｍＬ）中のＮ－（９－（（２Ｒ，３Ｒ，４Ｓ，５Ｒ）－５－（（ビス（４－メトキシフェニル）（フェニル）メトキシ）メチル）－３，４－ジヒドロキシテトラヒドロフラン－２－イル）－８－オキソ－８，９－ジヒドロ－７Ｈ－プリン－６－イル）ベンズアミド（１０．２０ｇ、１４．７９ｍｍｏｌ、１当量）の溶液に、イミダゾール（３．０２ｇ、４４．３７ｍｍｏｌ、３．００当量）及びＴＢＳＣｌ（２．０１ｇ、１３．３１ｍｍｏｌ、１．６３ｍＬ、０．９当量）を加えた。混合物を１５℃で１０時間撹拌した。混合物を酢酸エチルで希釈し、ＮａＨＣＯ３溶液で洗浄した。合わせた有機層をＮａ２ＳＯ４で乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。残渣を、カラムクロマトグラフィー（石油エーテル／酢酸エチル＝１００／１～１／１）により精製した。Ｎ－（９－（（２Ｒ，３Ｒ，４Ｒ，５Ｒ）－５－（（ビス（４－メトキシフェニル）（フェニル）メトキシ）メチル）－３－（（ｔｅｒｔ－ブチルジメチルシリル）オキシ）－４－ヒドロキシテトラヒドロフラン－２－イル）－８－オキソ－８，９－ジヒドロ－７Ｈ－プリン－６－イル）ベンズアミド（３．８２ｇ、４．７５ｍｍｏｌ、収率３２．１３％）を、黄色固体として得た。１Ｈ ＮＭＲ（４００ＭＨｚ，クロロホルム－ｄ）δ＝９．５１（ｓ，１Ｈ），８．５７（ｓ，１Ｈ），８．２６（ｓ，１Ｈ），８．０３（ｓ，１Ｈ），７．９６（ｄ，Ｊ＝７．５Ｈｚ，２Ｈ），７．７０－７．６３（ｍ，１Ｈ），７．６１－７．５４（ｍ，２Ｈ），７．４８（ｄ，Ｊ＝７．３Ｈｚ，２Ｈ），７．３６（ｄｄ，Ｊ＝２．０，８．９Ｈｚ，４Ｈ），７．２６－７．１６（ｍ，３Ｈ），６．７８（ｄ，Ｊ＝８．７Ｈｚ，４Ｈ），５．９９（ｄ，Ｊ＝４．６Ｈｚ，１Ｈ），５．３２－５．２７（ｍ，１Ｈ），４．４８（ｑ，Ｊ＝５．５Ｈｚ，１Ｈ），４．１３－４．０８（ｍ，１Ｈ），３．７８（ｓ，６Ｈ），３．４６（ｄｄ，Ｊ＝３．９，１０．３Ｈｚ，１Ｈ），３．３２（ｄｄ，Ｊ＝５．３，１０．３Ｈｚ，１Ｈ），２．７０（ｄ，Ｊ＝５．９Ｈｚ，１Ｈ），２．０６（ｓ，１Ｈ），１．５８（ｓ，２Ｈ），１．２７（ｔ，Ｊ＝７．２Ｈｚ，１Ｈ），０．８９（ｓ，９Ｈ），０．０５（ｓ，３Ｈ），－０．０１（ｓ，３Ｈ）；ＬＣＭＳ：（Ｍ－Ｈ＋）：８０２．３．
Ｎ－（９－（（２Ｒ，３Ｒ，４Ｒ，５Ｒ）－５－（（ビス（４－メトキシフェニル）（フェニル）メトキシ）メチル）－３－（（ｔｅｒｔ－ブチルジメチルシリル）オキシ）－４－（（（１Ｓ，３Ｓ，３ａＳ）－３－（（フェニルスルホニル）メチル）テトラヒドロ－１Ｈ，３Ｈ－ピロロ［１，２－ｃ］［１，３，２］オキサザホスホール－１－イル）オキシ）テトラヒドロフラン－２－イル）－８－オキソ－８，９－ジヒドロ－７Ｈ－プリン－６－イル）ベンズアミドの合成
Figure 2022551124000459
ＴＨＦ（３５ｍＬ）中の乾燥Ｎ－［９－［（２Ｒ，３Ｓ，５Ｒ）－５－［［ビス（４－メトキシフェニル）－フェニル－メトキシ］メチル］－３－［ｔｅｒｔ－ブチル（ジメチル）シリル］オキシ－４－ヒドロキシ－テトラヒドロフラン－２－イル］－８－オキソ－７Ｈ－プリン－６－イル］ベンズアミド（３．５ｇ、４．３５ｍｍｏｌ）の溶液に、トリエチルアミン（１．５２ｍＬ、１０．８８ｍｍｏｌ）を加えた。（３Ｓ，３ａＳ）－３－（ベンゼンスルホニルメチル）－１－クロロ－３ａ，４，５，６－テトラヒドロ－３Ｈ－ピロロ［１，２－ｃ］［１，３，２］オキサザホスホール（ＴＨＦ中の０．９Ｍ、８．７１ｍＬ、７．８４ｍｍｏｌ）を、滴下して加えた。得られた濁った溶液を、室温で３．５時間撹拌した。ＴＬＣ及びＬＣＭＳは、反応が完了したことを示した。反応を水（７８ｕＬ）によりクエンチした。無水ＭｇＳＯ４（１．０５ｇ）を加えた。混合物をセライトに通して濾過し、濾液を濃縮して、灰白色泡として粗生成物を得た。粗生成物を、勾配としてヘキサン中の２０～１００％ ＥｔＯＡｃ（各移動相は２．５％トリエチルアミンを含有した）を適用する順相カラムクロマトグラフィーにより精製して、白色泡として標題の化合物（３．５１２ｇ、収率７４．２％）を得た。１Ｈ ＮＭＲ（６００ＭＨｚ，ＣＤＣｌ３）δ ９．４８（ｓ，１Ｈ），８．６２（ｓ，１Ｈ），８．２４（ｓ，１Ｈ），７．９６－７．９２（ｍ，２Ｈ），７．９０－７．８５（ｍ，２Ｈ），７．６７－７．６１（ｍ，１Ｈ），７．５７（ｔｄ，Ｊ＝７．２，１．２Ｈｚ，１Ｈ），７．５４（ｔ，Ｊ＝７．８Ｈｚ，２Ｈ），７．５０－７．４３（ｍ，４Ｈ），７．３８－７．３２（ｍ，４Ｈ），７．２２（ｄｄ，Ｊ＝８．４，６．９Ｈｚ，２Ｈ），７．１９－７．１３（ｍ，１Ｈ），６．７９－６．７２（ｍ，４Ｈ），６．０１（ｄ，Ｊ＝５．４Ｈｚ，１Ｈ），５．３３（ｔ，Ｊ＝５．３Ｈｚ，１Ｈ），５．００（ｑ，Ｊ＝６．２Ｈｚ，１Ｈ），４．７８（ｄｔ，Ｊ＝１０．８，４．７Ｈｚ，１Ｈ），４．０６（ｑ，Ｊ＝４．４Ｈｚ，１Ｈ），３．７６（ｓ，６Ｈ），３．６７（ｄｑ，Ｊ＝１１．４，５．８Ｈｚ，１Ｈ），３．４９－３．３４（ｍ，４Ｈ），３．１９（ｄｄ，Ｊ＝１０．４，４．９Ｈｚ，１Ｈ），３．０１（ｑｄ，Ｊ＝９．５，４．０Ｈｚ，１Ｈ），１．８５（ｔ，Ｊ＝５．８Ｈｚ，１Ｈ），１．７７－１．７０（ｍ，１Ｈ），１．６８－１．６２（ｍ，１Ｈ），１．１６－１．０６（ｍ，１Ｈ），０．８３（ｓ，９Ｈ），０．０２（ｓ，３Ｈ），－０．０９（ｓ，３Ｈ）；３１Ｐ ＮＭＲ（２４３ＭＨｚ，ＣＤＣｌ３）δ １５２．１２；ＭＳ（ＥＳＩ），１０８６．１３［Ｍ－Ｈ］－．
１－（（２Ｒ，４Ｓ，５Ｒ）－５－（（ビス（４－メトキシフェニル）（フェニル）メトキシ）メチル）－４－ヒドロキシテトラヒドロフラン－２－イル）－１，３－ジヒドロ－２Ｈ－ベンゾ［ｄ］イミダゾール－２－オンの合成
Figure 2022551124000460
工程１．ＴＨＦ（２１０ｍＬ）中の１，３－ジヒドロベンゾイミダゾール－２－オン（３０ｇ、２２３．６６ｍｍｏｌ、１当量）の溶液に、ＮａＨ（２２．３７ｇ、５５９．１４ｍｍｏｌ、純度６０％、２．５当量）を０℃で加えた。反応物を１５分間撹拌し、続いて４－メチル安息香酸（２Ｒ，３Ｓ，５Ｒ）－５－クロロ－２－（（（４－メチルベンゾイル）オキシ）メチル）テトラヒドロフラン－３－イルを上の混合物に一度に加えた。得られた懸濁液を５時間撹拌した。ＴＬＣ（石油エーテル：酢酸エチル＝２：１）は、生成物が検出されたことを示した。反応物を、Ｈ２Ｏ（２０００ｍＬ）の添加によりクエンチし、２０００ｍＬの酢酸エチルで２回抽出した。有機層を、ＮａＣｌ飽和水溶液及びＨ２Ｏで連続的に洗浄し、無水Ｎａ２ＳＯ４で乾燥させた。有機溶媒を減圧下で蒸発させた。残渣を、分取ＭＰＬＣ（中性条件）により精製して、白色の泡状固体として４－メチル安息香酸（（２Ｒ，３Ｓ，５Ｒ）－３－（（４－メチルベンゾイル）オキシ）－５－（２－オキソ－２，３－ジヒドロ－１Ｈ－ベンゾ［ｄ］イミダゾール－１－イル）テトラヒドロフラン－２－イル）メチル（２５ｇ、粗製物）を得た。
工程２．ＭｅＯＨ（２５０ｍＬ）中の４－メチル安息香酸（（２Ｒ，３Ｓ，５Ｒ）－３－（（４－メチルベンゾイル）オキシ）－５－（２－オキソ－２，３－ジヒドロ－１Ｈ－ベンゾ［ｄ］イミダゾール－１－イル）テトラヒドロフラン－２－イル）メチル（２５ｇ、５１．３９ｍｍｏｌ、１当量）の溶液に、ＮａＯＭｅ（８．３３ｇ、１５４．１６ｍｍｏｌ、３当量）を加えた。反応物を２５℃で１２時間撹拌した。ＴＬＣ（石油エーテル：酢酸エチル＝１：１）は、生成物が検出されたことを示した。ＮＨ４Ｃｌ（８．３３ｇ）を上の反応物に加えた。反応混合物を減圧下で濃縮して、黄色油として１－（（２Ｒ，４Ｓ，５Ｒ）－４－ヒドロキシ－５－（ヒドロキシメチル）テトラヒドロフラン－２－イル）－１，３－ジヒドロ－２Ｈ－ベンゾ［ｄ］イミダゾール－２－オン（１２．８６ｇ、粗製物）を得た。
工程３．ピリジン（６０ｍＬ）中の１－（（２Ｒ，４Ｓ，５Ｒ）－４－ヒドロキシ－５－（ヒドロキシメチル）テトラヒドロフラン－２－イル）－１，３－ジヒドロ－２Ｈ－ベンゾ［ｄ］イミダゾール－２－オン（１２．８６ｇ、５１．３９ｍｍｏｌ、１当量）の溶液に、ＤＭＴｒＣｌ（１９．１５ｇ、５６．５３ｍｍｏｌ、１．１当量）を加えた。反応物を２５℃で５時間撹拌した。ＬＣＭＳ（生成物：ＲＴ＝１．３０５分）は、生成物が検出されたことを示した。合わせた抽出物を、Ｈ２Ｏ（５００ｍＬ）及び塩水（４５０ｍＬ）で洗浄した。溶液を乾燥させ（Ｎａ２ＳＯ４）、濾過し、減圧下で濃縮した。残渣を、カラムクロマトグラフィー（ＳｉＯ２、石油エーテル／酢酸エチル＝１０／１～０／１）により精製して、黄色固体として生成物１－（（２Ｒ，４Ｓ，５Ｒ）－５－（（ビス（４－メトキシフェニル）（フェニル）メトキシ）メチル）－４－ヒドロキシテトラヒドロフラン－２－イル）－１，３－ジヒドロ－２Ｈ－ベンゾ［ｄ］イミダゾール－２－オン（ＷＶ－ＮＵ－１３６）（１０．２０ｇ、１８．２６ｍｍｏｌ、収率３５．５４％、純度９８．９５％）を得た。１Ｈ ＮＭＲ（４００ＭＨｚ，ＤＭＳＯ－ｄ６）δ＝１０．９３（ｓ，１Ｈ），７．３７（ｄ，Ｊ＝７．１Ｈｚ，２Ｈ），７．２６－７．２１（ｍ，７Ｈ），６．９７（ｄ，Ｊ＝４．０Ｈｚ，２Ｈ），６．８１（ｔ，Ｊ＝８．３Ｈｚ，４Ｈ），６．７２－６．６５（ｍ，１Ｈ），６．７２－６．６５（ｍ，１Ｈ），６．１４（ｔ，Ｊ＝７．１Ｈｚ，１Ｈ），５．３０（ｄ，Ｊ＝４．９Ｈｚ，１Ｈ），４．４３（ｂｒ ｄｄ，Ｊ＝４．０，７．３Ｈｚ，１Ｈ），３．８７（ｂｒ ｄ，Ｊ＝３．１Ｈｚ，１Ｈ），３．７０（ｄ，Ｊ＝１．３Ｈｚ，６Ｈ），３．２７－３．２０（ｍ，１Ｈ），３．１７－３．１３（ｍ，１Ｈ），２．７５－２．６４（ｍ，１Ｈ），２．０１（ｄｄｄ，Ｊ＝３．４，６．７，１０．０Ｈｚ，１Ｈ）；１３Ｃ ＮＭＲ（１０１ＭＨｚ，ＤＭＳＯ－ｄ６）δ＝１７７．５５，１６３．２３，１５８．４３，１５０．０１，１４０．７６，１３５．０２，１３４．９３，１３３．６４，１３３．２６，１３２．９７，１３１．８５，１２６．５９，１２５．５６，１１８．３５，１１５．２０，１１８．３４，１１５．２０，１１４．１３，９０．７１，８９．８６，８６．７２，７５．６０，６８．９８，６４．９７，６０．２３，４５．３７，４５．１６，４４．９５，４４．５４，４４．７４（ｂｒ ｔ，Ｊ＝４１．８Ｈｚ，１Ｃ），４４．１２，２５．９８，１９．３０；ＬＣＭＳ：Ｍ＋Ｈ＋＝５５１．２；純度：９８．９５％．
１－（（２Ｒ，４Ｓ，５Ｒ）－５－（（ビス（４－メトキシフェニル）（フェニル）メトキシ）メチル）－４－（（（１Ｓ，３Ｓ，３ａＳ）－３－（（メチルジフェニルシリル）メチル）テトラヒドロ－１Ｈ，３Ｈ－ピロロ［１，２－ｃ］［１，３，２］オキサザホスホール－１－イル）オキシ）テトラヒドロフラン－２－イル）－１，３－ジヒドロ－２Ｈ－ベンゾ［ｄ］イミダゾール－２－オンの合成
Figure 2022551124000461
丸底フラスコ中の乾燥３－［（２Ｒ，４Ｒ，５Ｒ）－５－［［ビス（４－メトキシフェニル）－フェニル－メトキシ］メチル］－４－ヒドロキシ－テトラヒドロフラン－２－イル］－１Ｈ－ベンゾイミダゾール－２－オン（４．０ｇ、７．２４ｍｍｏｌ）を、ＴＨＦ（５０ｍＬ）中で溶解させた。透明な溶液に、トリエチルアミン（５．６７ｍＬ、４０．７２ｍｍｏｌ）を加えた。［（３Ｓ，３ａＳ）－１－クロロ－３ａ，４，５，６－テトラヒドロ－３Ｈ－ピロロ［１，２－ｃ］［１，３，２］オキサザホスホール－３－イル］メチル－メチル－ジフェニル－シラン（ＴＨＦ中の０．９６Ｍ溶液、１１．３４ｍＬ、１０．８６ｍｍｏｌ）を、滴下して加えた。得られた濁った反応溶液を、室温で２時間撹拌した。ＴＬＣ及びＬＣＭＳは、反応が完了しなかったことを示した。追加のトリエチルアミン（１．１３ｍＬ、８．１４３ｍｍｏｌ）を加えた後、追加の［（３Ｓ，３ａＳ）－１－クロロ－３ａ，４，５，６－テトラヒドロ－３Ｈ－ピロロ［１，２－ｃ］［１，３，２］オキサザホスホール－３－イル］メチル－メチル－ジフェニル－シラン溶液（２．２７ｍＬ、２．１７１４ｍｍｏｌ）を加えた。２時間撹拌した。ＴＬＣ及びＬＣＭＳは、反応が完了したことを示した。トリエチルアミン（５．７ｍＬ）を加えた後、Ｎａ２ＳＯ４（１．５４ｇ）を加えた。５分間撹拌した。混合物を濾過し、濾液を濃縮した。得られた粗生成物を、勾配としてヘキサン中の１０～７５％ ＥｔＯＡｃ（各移動相は、５％トリエチルアミンを含有した）を適用する順相カラムクロマトグラフィーにより精製して、白色泡として１－（（２Ｒ，４Ｓ，５Ｒ）－５－（（ビス（４－メトキシフェニル）（フェニル）メトキシ）メチル）－４－（（（１Ｓ，３Ｓ，３ａＳ）－３－（（メチルジフェニルシリル）メチル）テトラヒドロ－１Ｈ，３Ｈ－ピロロ［１，２－ｃ］［１，３，２］オキサザホスホール－１－イル）オキシ）テトラヒドロフラン－２－イル）－１，３－ジヒドロ－２Ｈ－ベンゾ［ｄ］イミダゾール－２－オン（４．８９ｇ、収率７５．７％）を得た。１Ｈ ＮＭＲ（６００ＭＨｚ，ＣＤＣｌ３）δ ９．１０（ｓ，１Ｈ），７．５１－７．４３（ｍ，６Ｈ），７．３８－７．３０（ｍ，５Ｈ），７．２９－７．１６（ｍ，８Ｈ），７．１６－７．１０（ｍ，１Ｈ），７．０２－６．９６（ｍ，２Ｈ），６．７９－６．７５（ｍ，４Ｈ），６．５８（ｔｄ，Ｊ＝７．５，１．６Ｈｚ，１Ｈ），６．２１（ｄｄ，Ｊ＝８．７，６．１Ｈｚ，１Ｈ），４．９９（ｔｄ，Ｊ＝７．６，６．６，３．３Ｈｚ，１Ｈ），４．７８（ｄｔ，Ｊ＝８．８，５．７Ｈｚ，１Ｈ），３．８５（ｐ，Ｊ＝３．７Ｈｚ，１Ｈ），３．７４（ｓ，６Ｈ），３．５１（ｄｄｔ，Ｊ＝１４．８，１０．５，７．７Ｈｚ，１Ｈ），３．３７－３．２９（ｍ，３Ｈ），３．０３（ｑｄ，Ｊ＝１０．６，４．１Ｈｚ，１Ｈ），２．５６（ｄｔ，Ｊ＝１３．６，８．０Ｈｚ，１Ｈ），２．０６－１．９９（ｍ，１Ｈ），１．８６（ｄｔｔ，Ｊ＝１２．１，８．０，３．２Ｈｚ，１Ｈ），１．６６（ｄｄｔ，Ｊ＝１６．０，１２．８，８．０Ｈｚ，１Ｈ），１．５３（ｄｄ，Ｊ＝１４．７，８．８Ｈｚ，１Ｈ），１．４１（ｄｔ，Ｊ＝１４．５，７．１Ｈｚ，２Ｈ），１．２６－１．１８（ｍ，１Ｈ），０．６１（ｓ，３Ｈ）；３１Ｐ ＮＭＲ（２４３ＭＨｚ，ＣＤＣｌ３）δ １４９．８６；ＭＳ（ＥＳＩ），８９０．２７［Ｍ－Ｈ］－．
９－（（２Ｒ，４Ｓ，５Ｒ）－５－（（ビス（４－メトキシフェニル）（フェニル）メトキシ）メチル）－４－ヒドロキシテトラヒドロフラン－２－イル）－７，９－ジヒドロ－８Ｈ－プリン－８－オンの合成
Figure 2022551124000462
工程１．ピリジン（３７５ｍＬ）中の（２Ｒ，３Ｓ，５Ｒ）－５－（６－アミノ－８－ブロモ－９Ｈ－プリン－９－イル）－２－（ヒドロキシメチル）テトラヒドロフラン－３－オール（５０ｇ、１５１．４５ｍｍｏｌ、１当量）の溶液に、Ａｃ２Ｏ（４６．３８ｇ、４５４．３６ｍｍｏｌ、４２．５５ｍＬ、３当量）及びＤＭＡＰ（１．８５ｇ、１５．１５ｍｍｏｌ、０．１当量）を加えた。混合物を０～１５℃で３時間撹拌した。ＴＬＣ（石油エーテル：酢酸エチル＝０：１、Ｒｆ＝０．２９）は、（２Ｒ，３Ｓ，５Ｒ）－５－（６－アミノ－８－ブロモ－９Ｈ－プリン－９－イル）－２－（ヒドロキシメチル）テトラヒドロフラン－３－オールが消費され、１つの新たなスポットが形成されたことを示した。反応混合物に、Ｈ２（２００ｍＬ）を加え、ＥｔＯＡｃ（１５０ｍＬ＊３）で抽出し、Ｎａ２ＳＯ４で乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。粗製の酢酸（（２Ｒ，３Ｓ，５Ｒ）－３－アセトキシ－５－（６－アミノ－８－ブロモ－９Ｈ－プリン－９－イル）テトラヒドロフラン－２－イル）メチル（６２．７ｇ、粗製物）を、黄色油として得た。ＬＣＭＳ：（Ｍ＋Ｈ＋）＝４１４．０、４１６．０。
工程２．ＴＨＦ（５２０ｍＬ）中の酢酸（（２Ｒ，３Ｓ，５Ｒ）－３－アセトキシ－５－（６－アミノ－８－ブロモ－９Ｈ－プリン－９－イル）テトラヒドロフラン－２－イル）メチル（２６ｇ、６２．７７ｍｍｏｌ、１当量）の溶液に、ｔ－ＢｕＯＮＯ（１２．９５ｇ、１２５．５４ｍｍｏｌ、１４．９３ｍＬ、２当量）を２５℃で加え、７０℃で３時間撹拌し、続いてｔ－ＢｕＯＮＯ（１２．９５ｇ、１２５．５４ｍｍｏｌ、１４．９３ｍＬ、２当量）を上の反応混合物に加え、３時間撹拌した。ＴＬＣ（石油エーテル：酢酸エチル＝０：１、Ｒｆ＝０．４９）は、酢酸（（２Ｒ，３Ｓ，５Ｒ）－３－アセトキシ－５－（６－アミノ－８－ブロモ－９Ｈ－プリン－９－イル）テトラヒドロフラン－２－イル）メチルが消費され、３つの新たなスポットが形成されたことを示した。反応混合物を減圧下で濃縮して、溶媒を除去した。粗生成物（５９．７６ｇ）を、カラムクロマトグラフィー（ＳｉＯ２、石油エーテル／酢酸エチル＝１／０～０／１）により精製した。ＴＬＣ：（石油エーテル：酢酸エチル＝０：１、Ｒｆ＝０．５３）。酢酸（（２Ｒ，３Ｓ，５Ｒ）－３－アセトキシ－５－（８－ブロモ－９Ｈ－プリン－９－イル）テトラヒドロフラン－２－イル）メチル（２８ｇ、７０．１４ｍｍｏｌ、収率４６．８５％）を、黄色固体として得た。ＬＣＭＳ：（Ｍ＋Ｈ＋）＝３９９．１、４０１。
工程３．ＴＨＦ（１８４ｍＬ）中のＮａＨ（２２．１９ｇ、５５４．８５ｍｍｏｌ、純度６０％、１．５当量）の溶液に、ＢｎＯＨ（４０ｇ、３６９．９０ｍｍｏｌ、３８．４６ｍＬ、１当量）を加えた。混合物を０～１５℃で２時間撹拌した。灰色液体としての粗生成物ベンジルオキシナトリウム（４８ｇ、粗製物）を、さらに精製することなく次の工程に使用した。ＴＨＦ（１８０ｍＬ）中の酢酸（（２Ｒ，３Ｓ，５Ｒ）－３－アセトキシ－５－（８－ブロモ－９Ｈ－プリン－９－イル）テトラヒドロフラン－２－イル）メチル（１７．９ｇ、４４．８４ｍｍｏｌ、１当量）の溶液に、ＢｎＯＮａ（３５．０１ｇ、２６９．０４ｍｍｏｌ、３２．４１ｍＬ、６当量）を加えた。混合物を１５℃で１２時間撹拌した。ＴＬＣ（石油エーテル：酢酸エチル＝０：１、Ｒｆ＝０．６０）は、酢酸（（２Ｒ，３Ｓ，５Ｒ）－３－アセトキシ－５－（８－ブロモ－９Ｈ－プリン－９－イル）テトラヒドロフラン－２－イル）メチルが消費され、２つの新たなスポットが形成されたことを示した。反応混合物を、水（３００ｍＬ）の０℃での添加によりクエンチし、ＥｔＯＡｃ（１５０ｍＬ＊３）で抽出し、Ｎａ２ＳＯ４で乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。残渣を、カラムクロマトグラフィー（ＳｉＯ２、石油エーテル／酢酸エチル＝１／０～０／１、続いて酢酸エチル／メタノール＝１０：１）により精製した。（２Ｒ，３Ｓ，５Ｒ）－５－（８－（ベンジルオキシ）－９Ｈ－プリン－９－イル）－２－（ヒドロキシメチル）テトラヒドロフラン－３－オール（６．４ｇ、１８．６９ｍｍｏｌ、収率２６．８９％）を、黄色固体として得た。ＬＣＭＳ：（Ｍ＋Ｈ＋）＝３４３．０。
工程４．ＭｅＯＨ（１５０ｍＬ）中の（２Ｒ，３Ｓ，５Ｒ）－５－（８－（ベンジルオキシ）－９Ｈ－プリン－９－イル）－２－（ヒドロキシメチル）テトラヒドロフラン－３－オール（５ｇ、１４．６１ｍｍｏｌ、１当量）の溶液に、Ｐｄ／Ｃ（２．５ｇ、純度１０％）を加えた。混合物を、Ｈ２（１５ＰＳＩ）中において２５℃で３時間撹拌した。ＴＬＣ（酢酸エチル：メタノール＝１０：１、Ｒｆ＝０．２４）は、（２Ｒ，３Ｓ，５Ｒ）－５－（８－（ベンジルオキシ）－９Ｈ－プリン－９－イル）－２－（ヒドロキシメチル）テトラヒドロフラン－３－オールが消費され、１つの新たなスポットが形成されたことを示した。Ｐｄ／Ｃを濾過し、反応混合物を減圧下で濃縮した。９－（（２Ｒ，４Ｓ，５Ｒ）－４－ヒドロキシ－５－（ヒドロキシメチル）テトラヒドロフラン－２－イル）－７，９－ジヒドロ－８Ｈ－プリン－８－オン（３．６８ｇ、粗製物）を、黄色油として得た。ＬＣＭＳ：（Ｍ＋Ｈ＋）＝２５３．２。
工程５．ピリジン（７２ｍＬ）中の９－（（２Ｒ，４Ｓ，５Ｒ）－４－ヒドロキシ－５－（ヒドロキシメチル）テトラヒドロフラン－２－イル）－７，９－ジヒドロ－８Ｈ－プリン－８－オン（３．６８ｇ、１４．５９ｍｍｏｌ、１当量）の溶液に、ＤＭＴｒＣｌ（５．４４ｇ、１６．０５ｍｍｏｌ、１．１当量）を加えた。混合物を１５℃で１２時間撹拌した。ＴＬＣ（酢酸エチル：メタノール＝２０：１、Ｒｆ＝０．１７）は、化合物５が消費され、２つの新たなスポットが形成されたことを示した。反応混合物に、Ｈ２Ｏ（７０ｍｌ）を０℃で加え、ＥｔＯＡｃ（５０ｍＬ＊３）で抽出し、Ｎａ２ＳＯ４で乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。残渣を、カラムクロマトグラフィー（ＳｉＯ２、石油エーテル／酢酸エチル＝１／１～０／１、続いて酢酸エチル／メタノール＝１０：１．５％ ＴＥＡ）により精製した。化合物ＷＶ－ＮＵ－１３５（３．２ｇ、５．７７ｍｍｏｌ、収率３９．５５％）を、黄色固体として得た。１Ｈ ＮＭＲ（４００ＭＨｚ，メタノール－ｄ４）δ＝８．３８（ｓ，１Ｈ），８．２１（ｓ，１Ｈ），７．４４－７．３６（ｍ，２Ｈ），７．２７（ｄ，Ｊ＝８．３Ｈｚ，４Ｈ），７．１８（ｓ，３Ｈ），６．８１－６．６９（ｍ，４Ｈ），６．３７（ｓ，１Ｈ），４．７４－４．６６（ｍ，１Ｈ），３．７６（ｄ，Ｊ＝３．５Ｈｚ，６Ｈ），３．３８－３．３３（ｍ，１Ｈ），３．２９－３．２１（ｍ，１Ｈ），２．２９－２．１５（ｍ，１Ｈ）；１３Ｃ ＮＭＲ（１０１ＭＨｚ，メタノール－ｄ４）δ＝１５９．９９，１５９．９３，１５４．５５，１５１．５９，１５０．９８，１４６．６２，１３７．４５，１３７．４３，１３４．１４，１３１．３７，１３１．２７，１２９．３５，１２８．５９，１２７．６６，１２３．５４，１１３．９３，１１３．９０，８７．５４，８７．３１，８３．０８，７３．２４，６５．６６，５５．７１，４９．７０，４９．２７，４８．８５，４９．０７（ｔ，Ｊ＝４２．９Ｈｚ，１Ｃ），４８．４３，３６．８９，１４．５１；ＬＣＭＳ：ＭＳ－Ｈ＋＝５５３．３．
９－（（２Ｒ，４Ｓ，５Ｒ）－５－（（ビス（４－メトキシフェニル）（フェニル）メトキシ）メチル）－４－（（（１Ｓ，３Ｓ，３ａＳ）－３－（（メチルジフェニルシリル）メチル）テトラヒドロ－１Ｈ，３Ｈ－ピロロ［１，２－ｃ］［１，３，２］オキサザホスホール－１－イル）オキシ）テトラヒドロフラン－２－イル）－７，９－ジヒドロ－８Ｈ－プリン－８－オンの合成
Figure 2022551124000463
丸底フラスコ中の乾燥９－［（２Ｒ，４Ｒ，５Ｒ）－５－［［ビス（４－メトキシフェニル）－フェニル－メトキシ］メチル］－４－ヒドロキシ－テトラヒドロフラン－２－イル］－７Ｈ－プリン－８－オン（１．６ｇ、２．８９ｍｍｏｌ）を、ＴＨＦ（２５ｍＬ）中で溶解させた。透明な溶液に、トリエチルアミン（２．７１ｍＬ、１９．４７ｍｍｏｌ）を加えた。［（３Ｓ，３ａＳ）－１－クロロ－３ａ，４，５，６－テトラヒドロ－３Ｈ－ピロロ［１，２－ｃ］［１，３，２］オキサザホスホール－３－イル］メチル－メチル－ジフェニル－シラン（ＴＨＦ中の０．９６Ｍ溶液、５．４２ｍＬ、５．１９ｍｍｏｌ）を、滴下して加えた。得られた濁った反応溶液を、室温で４．５時間撹拌した。ＴＬＣ及びＬＣＭＳは、反応が完了しなかったことを示した。追加のトリエチルアミン（０．９ｍＬ、６．４７ｍｍｏｌ）を加えた後、追加の［（３Ｓ，３ａＳ）－１－クロロ－３ａ，４，５，６－テトラヒドロ－３Ｈ－ピロロ［１，２－ｃ］［１，３，２］オキサザホスホール－３－イル］メチル－メチル－ジフェニル－シラン溶液（１．８ｍＬ、１．７２ｍｍｏｌ）を滴下して加えた。１時間撹拌した。ＴＬＣ及びＬＣＭＳは、反応が完了したことを示した。混合物を濾過し、濾液を濃縮した。得られた粗生成物を、勾配としてＥｔＯＡｃ中の０～５０％ ＡＣＮ（各移動相は、５％トリエチルアミンを含有した）を適用する順相カラムクロマトグラフィーにより精製して、白色泡として９－（（２Ｒ，４Ｓ，５Ｒ）－５－（（ビス（４－メトキシフェニル）（フェニル）メトキシ）メチル）－４－（（（１Ｓ，３Ｓ，３ａＳ）－３－（（メチルジフェニルシリル）メチル）テトラヒドロ－１Ｈ，３Ｈ－ピロロ［１，２－ｃ］［１，３，２］オキサザホスホール－１－イル）オキシ）テトラヒドロフラン－２－イル）－７，９－ジヒドロ－８Ｈ－プリン－８－オン（１．２１ｇ、収率４６．８％）を得た。１Ｈ ＮＭＲ（６００ＭＨｚ，ＣＤＣｌ３）δ ８．４４（ｓ，１Ｈ），７．９４（ｓ，１Ｈ），７．５０－７．４１（ｍ，６Ｈ），７．３３－７．２７（ｍ，７Ｈ），７．１９（ｄｔ，Ｊ＝１５．３，７．０Ｈｚ，５Ｈ），７．１４－７．１０（ｍ，１Ｈ），６．７２（ｄｄ，Ｊ＝９．０，２．７Ｈｚ，４Ｈ），６．２９（ｔ，Ｊ＝６．９Ｈｚ，１Ｈ），５．０３（ｄｄｔ，Ｊ＝１０．０，７．２，３．７Ｈｚ，１Ｈ），４．８２（ｄｔ，Ｊ＝８．９，５．６Ｈｚ，１Ｈ），４．０２（ｑ，Ｊ＝４．７Ｈｚ，１Ｈ），３．７２（ｓ，６Ｈ），３．５１（ｄｄｔ，Ｊ＝１４．６，１０．６，７．６Ｈｚ，１Ｈ），３．３８（ｔｄ，Ｊ＝１１．５，１０．２，５．６Ｈｚ，２Ｈ），３．１９（ｄｄ，Ｊ＝１０．１，５．４Ｈｚ，１Ｈ），３．０５－２．９４（ｍ，２Ｈ），２．１０－２．０１（ｍ，１Ｈ），１．８５（ｄｔｄ，Ｊ＝１２．６，８．８，７．８，３．５Ｈｚ，１Ｈ），１．６５（ｄｄｄ，Ｊ＝１６．４，１２．４，８．２Ｈｚ，１Ｈ），１．５４（ｄｄ，Ｊ＝１４．６，９．０Ｈｚ，１Ｈ），１．４１（ｄｔ，Ｊ＝１４．５，５．４Ｈｚ，２Ｈ），１．３０－１．２２（ｍ，１Ｈ），０．６３（ｓ，３Ｈ）；３１Ｐ ＮＭＲ（２４３ＭＨｚ，ＣＤＣｌ３）δ １４９．１６；ＭＳ（ＥＳＩ），８９２．２６［Ｍ－Ｈ］－．
９－（（２Ｒ，４Ｓ，５Ｒ）－５－（（ビス（４－メトキシフェニル）（フェニル）メトキシ）メチル）－４－（（（１Ｒ，３Ｒ，３ａＲ）－３－（（フェニルスルホニル）メチル）テトラヒドロ－１Ｈ，３Ｈ－ピロロ［１，２－ｃ］［１，３，２］オキサザホスホール－１－イル）オキシ）テトラヒドロフラン－２－イル）－１，９－ジヒドロ－６Ｈ－プリン－６－オンの合成
Figure 2022551124000464
乾燥ＤＭＴ－ｄＩ（４６．０ｇ、８２．９４ｍｍｏｌ）を、ＴＨＦ（４６０ｍＬ）中で部分的に溶解させた。白色の微細なスラリーに、トリエチルアミン（２４．２８ｍＬ、１７４．１８ｍｍｏｌ）を加えた。（３Ｒ，３ａＲ）－１－クロロ－３－（（フェニルスルホニル）メチル）テトラヒドロ－１Ｈ，３Ｈ－ピロロ［１，２－ｃ］［１，３，２］オキサザホスホール（ＴＨＦ中の０．８５Ｍ、１５６．１３ｍＬ、１３２．７１ｍｍｏｌ）を、ゆっくりと加えた。いくつかの塊を有する混合物を、室温で２時間撹拌した。追加のＴＨＦ（２３０ｍＬ）を加えた。撹拌を２時間続けた。混合物は白色のスラリーになった。ＬＣＭＳは、ごくわずかに出発材料が残り、所望の生成物が主要なものであったことを示した。ＴＬＣは、出発材料がわずかであり、極性が小さいスポットが主要なものであったことを示した。さらに２．５時間撹拌した。反応を水（１．５ｍＬ）によりクエンチした。無水ＭｇＳＯ４（２０ｇ）を加えた。混合物をセライトに通して濾過し、透明な濾液を濃縮して、白色泡として粗生成物を得た。粗生成物を、勾配としてＥｔＯＡｃ中の０～４５％ 無水ＭｅＣＮを適用する順相カラムクロマトグラフィーにより精製して、白色泡として標題の化合物（４４．１２ｇ、収率６３．５％）を得た。１Ｈ ＮＭＲ（６００ＭＨｚ，ＣＤＣｌ３）δ １２．７８（ｓ，１Ｈ），８．０１（ｓ，１Ｈ），７．９９（ｓ，１Ｈ），７．９４－７．８９（ｍ，２Ｈ），７．６３－７．５７（ｍ，１Ｈ），７．５１（ｔ，Ｊ＝７．８Ｈｚ，２Ｈ），７．４２－７．３６（ｍ，２Ｈ），７．３５－７．２７（ｍ，４Ｈ），７．２７－７．２３（ｍ，２Ｈ），７．２３－７．１７（ｍ，１Ｈ），６．８３－６．７７（ｍ，４Ｈ），６．３７（ｄｄ，Ｊ＝７．２，６．１Ｈｚ，１Ｈ），５．１０（ｄｄｄ，Ｊ＝７．８，５．８，４．５Ｈｚ，１Ｈ），４．８４（ｄｄｔ，Ｊ＝９．１，６．２，３．２Ｈｚ，１Ｈ），４．２５（ｑ，Ｊ＝４．１Ｈｚ，１Ｈ），３．７７（ｓ，６Ｈ），３．６８（ｄｔ，Ｊ＝１０．０，６．１Ｈｚ，１Ｈ），３．５５－３．４４（ｍ，２Ｈ），３．４２－３．３３（ｍ，３Ｈ），３．２０（ｔｄｄ，Ｊ＝１０．２，８．７，４．０Ｈｚ，１Ｈ），２．８１（ｄｔ，Ｊ＝１３．５，６．３Ｈｚ，１Ｈ），２．５４（ｄｄｄ，Ｊ＝１３．６，６．１，３．３Ｈｚ，１Ｈ），１．９２－１．８３（ｍ，１Ｈ），１．８０（ｔｄ，Ｊ＝１２．０，１１．２，６．２Ｈｚ，１Ｈ），１．６８－１．６１（ｍ，１Ｈ），１．１４（ｄｔｄ，Ｊ＝１１．８，１０．２，８．４Ｈｚ，１Ｈ）；３１Ｐ ＮＭＲ（２４３ＭＨｚ，ＣＤＣｌ３）δ １５６．３５；ＭＳ（ＥＳＩ），８３６．３４［Ｍ－Ｈ］－．
（１Ｓ，３Ｓ，３ａＳ）－１－（（（２Ｒ，３Ｓ）－２－（（ビス（４－メトキシフェニル）（フェニル）メトキシ）メチル）テトラヒドロフラン－３－イル）オキシ）－３－（（フェニルスルホニル）メチル）テトラヒドロ－１Ｈ，３Ｈ－ピロロ［１，２－ｃ］［１，３，２］オキサザホスホールの合成
Figure 2022551124000465
ＴＨＦ（１５０ｍＬ）中の乾燥（２Ｒ，３Ｒ）－２－［［ビス（４－メトキシフェニル）－フェニル－メトキシ］メチル］テトラヒドロフラン－３－オール（１５．０ｇ、３５．６７ｍｍｏｌ）の白色スラリーに、トリエチルアミン（２６．８５ｍＬ、１９２．６３ｍｍｏｌ）を加えた。（３Ｓ，３ａＳ）－３－（ベンゼンスルホニルメチル）－１－クロロ－３ａ，４，５，６－テトラヒドロ－３Ｈ－ピロロ［１，２－ｃ］［１，３，２］オキサザホスホール（ＴＨＦ中の０．９Ｍ、７１．３４ｍＬ、６４．２１ｍｍｏｌ）を、滴下して加えた。灰白色のスラリーを、室温で５時間撹拌した。ＴＬＣ及びＬＣＭＳは、反応が完了したことを示した。反応を水（６４２ｕＬ）によりクエンチした。無水ＭｇＳＯ４（８．５６ｇ）を加えた。混合物をセライトに通して濾過し、濾液を濃縮して、灰白色のグリース状の泡として粗生成物を得た。粗生成物を、勾配としてヘキサン中の３０～１００％ ＤＣＭ（各移動相は２．５％トリエチルアミンを含有した）を適用する順相カラムクロマトグラフィーにより精製して、黄色がかった灰白色泡として標題の化合物（１４．５３ｇ、収率５７．９％）を得た。１Ｈ ＮＭＲ（６００ＭＨｚ，ＣＤＣｌ３）δ ７．９０－７．８６（ｍ，２Ｈ），７．５８（ｔｔ，Ｊ＝７．６，１．２Ｈｚ，１Ｈ），７．４８（ｔ，Ｊ＝７．８Ｈｚ，２Ｈ），７．４４（ｄ，Ｊ＝７．６Ｈｚ，２Ｈ），７．３５－７．３１（ｍ，４Ｈ），７．２８（ｔ，Ｊ＝７．７Ｈｚ，２Ｈ），７．２０（ｔｔ，Ｊ＝７．３，１．４Ｈｚ，１Ｈ），６．８５－６．８１（ｍ，４Ｈ），４．９６（ｑ，Ｊ＝６．０Ｈｚ，１Ｈ），４．６０（ｄｄｔ，Ｊ＝８．７，６．１，２．２Ｈｚ，１Ｈ），４．０３（ｔｄ，Ｊ＝８．２，３．０Ｈｚ，１Ｈ），３．９４（ｄｄｄ，Ｊ＝９．８，８．２，６．２Ｈｚ，１Ｈ），３．９０（ｔｄ，Ｊ＝４．６，２．２Ｈｚ，１Ｈ），３．７８（ｓ，６Ｈ），３．６０（ｄｑ，Ｊ＝１０．０，５．９Ｈｚ，１Ｈ），３．５２－３．４３（ｍ，２Ｈ），３．３５（ｄｄ，Ｊ＝１４．６，５．４Ｈｚ，１Ｈ），３．１１（ｄｄｄ，Ｊ＝９．１，５．７，３．９Ｈｚ，２Ｈ），３．０５（ｄｄ，Ｊ＝９．８，４．４Ｈｚ，１Ｈ），２．１６－２．０７（ｍ，１Ｈ），２．００－１．９５（ｍ，１Ｈ），１．８６（ｔｔ，Ｊ＝６．１，２．６Ｈｚ，１Ｈ），１．７６（ｄｄｄ，Ｊ＝１８．６，１３．７，７．７Ｈｚ，１Ｈ），１．６３（ｄｄｔ，Ｊ＝１３．４，７．０，３．５Ｈｚ，１Ｈ），１．１３－１．０５（ｍ，１Ｈ）；３１Ｐ ＮＭＲ（２４３ＭＨｚ，ＣＤＣｌ３）δ １５２．４０；ＭＳ（ＥＳＩ），７２６．８６［Ｍ＋Ｎａ］＋．
ジ酢酸（２Ｒ，３Ｒ，４Ｒ，５Ｒ，６Ｒ）－５－アセトアミド－２－（アセトキシメチル）－６－（（５－（（６－（（２Ｓ，４Ｒ）－２－（（ビス（４－メトキシフェニル）（フェニル）メトキシ）メチル）－４－（（（２－シアノエトキシ）（ジイソプロピルアミノ）ホスファンイル）オキシ）ピロリジン－１－イル）－６－オキソヘキシル）アミノ）－５－オキソペンチル）オキシ）テトラヒドロ－２Ｈ－ピラン－３，４－ジイルの合成
Figure 2022551124000466
工程１．２つのバッチに関して：ＣＨ３ＣＮ（３５０ｍＬ）中の５－（（（２Ｒ，３Ｒ，４Ｒ，５Ｒ，６Ｒ）－３－アセトアミド－４，５－ジアセトキシ－６－（アセトキシメチル）テトラヒドロ－２Ｈ－ピラン－２－イル）オキシ）ペンタン酸（３５ｇ、７８．２２ｍｍｏｌ）の溶液に、ＨＡＴＵ（４４．６１ｇ、１１７．３４ｍｍｏｌ）及びＤＩＥＡ（４０．４４ｇ、３１２．９０ｍｍｏｌ）を加え、続いて６－アミノ－１－（（２Ｓ，４Ｒ）－２－（（ビス（４－メトキシフェニル）（フェニル）メトキシ）メチル）－４－ヒドロキシピロリジン－１－イル）ヘキサン－１－オン（４１．６７ｇ、７８．２２ｍｍｏｌ）を加えた。混合物を１５℃で１２時間撹拌した。ＬＣＭＳは、主要なピークが所望のものであったことを示した。反応混合物に水（５００ｍＬ）を０℃で加え、ＤＣＭ（１００ｍＬ＊２）で抽出し、Ｎａ２ＳＯ４で乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。残渣を、カラムクロマトグラフィー（ＳｉＯ２、石油エーテル／酢酸エチル＝１／０～０／１、続いてメタノール／酢酸エチル＝１：５、５％ ＴＥＡ）により精製して、黄色固体としてジ酢酸（２Ｒ，３Ｒ，４Ｒ，５Ｒ，６Ｒ）－５－アセトアミド－２－（アセトキシメチル）－６－（（５－（（６－（（２Ｓ，４Ｒ）－２－（（ビス（４－メトキシフェニル）（フェニル）メトキシ）メチル）－４－ヒドロキシピロリジン－１－イル）－６－オキソヘキシル）アミノ）－５－オキソペンチル）オキシ）テトラヒドロ－２Ｈ－ピラン－３，４－ジイル（１２２ｇ、収率８１．０５％）を得た。ＬＣＭＳ：（Ｍ－Ｈ＋）：９６０．５；１Ｈ ＮＭＲ（４００ＭＨｚ，ＤＭＳＯ－ｄ６）：δ ７．８１（ｄ，Ｊ＝９．２Ｈｚ，１Ｈ），７．６９（ｔ，Ｊ＝５．６Ｈｚ，１Ｈ），７．３５－７．１５（ｍ，９Ｈ），６．９２－６．８３（ｍ，４Ｈ），５．７５（ｓ，４Ｈ），５．２１（ｄ，Ｊ＝３．２Ｈｚ，１Ｈ），５．００－４．９４（ｍ，２Ｈ），４．４８（ｄ，Ｊ＝８．４Ｈｚ，１Ｈ），４．４３－４．３５（ｍ，１Ｈ），４．１７－３．９８（ｍ，５Ｈ），３．９４－３．７７（ｍ，１Ｈ），３．７３（ｓ，７Ｈ），３．６４－３．５３（ｍ １Ｈ），３．４９－３．３５（ｍ，２Ｈ），３．２０－３．１０（ｍ，１Ｈ），３．０７－２．９３（ｍ，３Ｈ），２．２０（ｔ，Ｊ＝７．２Ｈｚ，２Ｈ），２．１０（ｓ，３Ｈ），２．０６－１．９６（ｍ，７Ｈ），１．８９（ｓ，３Ｈ），１．７７（ｓ，３Ｈ），１．５５－１．３３（ｍ，８Ｈ），１．３１－１．２１（ｍ，３Ｈ）．
工程２．ＤＣＭ（６００ｍＬ）中のトルエン（６１ｇ、６３．４０ｍｍｏｌ）によって乾燥されたジ酢酸（２Ｒ，３Ｒ，４Ｒ，５Ｒ，６Ｒ）－５－アセトアミド－２－（アセトキシメチル）－６－（（５－（（６－（（２Ｓ，４Ｒ）－２－（（ビス（４－メトキシフェニル）（フェニル）メトキシ）メチル）－４－ヒドロキシピロリジン－１－イル）－６－オキソヘキシル）アミノ）－５－オキソペンチル）オキシ）テトラヒドロ－２Ｈ－ピラン－３，４－ジイルの溶液に、ＤＩＥＡ（９．８３ｇ、７６．０８ｍｍｏｌ）を加えた後、３－（（クロロ（ジイソプロピルアミノ）ホスファンイル）オキシ）プロパンニトリル（１５．０１ｇ、６３．４０ｍｍｏｌ）を加えた。混合物を１５℃で２時間撹拌した。反応混合物を、ＮａＨＣＯ３飽和水溶液（１０００ｍＬ）の０℃での添加によってクエンチし、ＥｔＯＡｃ（８００ｍＬ＊３）で抽出し、Ｎａ２ＳＯ４で乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。残渣を、カラムクロマトグラフィー（ＳｉＯ２、石油エーテル／酢酸エチル＝１／０～０／１、続いてＥｔＯＡｃ／ＡＣＮ＝１／０～１／１、５％ ＴＥＡ）により精製して、白色固体としてジ酢酸（２Ｒ，３Ｒ，４Ｒ，５Ｒ，６Ｒ）－５－アセトアミド－２－（アセトキシメチル）－６－（（５－（（６－（（２Ｓ，４Ｒ）－２－（（ビス（４－メトキシフェニル）（フェニル）メトキシ）メチル）－４－（（（２－シアノエトキシ）（ジイソプロピルアミノ）ホスファンイル）オキシ）ピロリジン－１－イル）－６－オキソヘキシル）アミノ）－５－オキソペンチル）オキシ）テトラヒドロ－２Ｈ－ピラン－３，４－ジイル（５４ｇ、収率３６．６４％）を得た。１Ｈ ＮＭＲ（４００ＭＨｚ，クロロホルム－ｄ）δ＝７．３６－７．２７（ｍ，２Ｈ），７．２５－７．０８（ｍ，７Ｈ），６．８３－６．７９（ｍ，４Ｈ），６．３１－５．９８（ｍ，２Ｈ），５．２９（ｄ，Ｊ＝２．９Ｈｚ，１Ｈ），５．１１（ｄｄ，Ｊ＝３．２，１１．２Ｈｚ，１Ｈ），４．６９－４．５８（ｍ，１Ｈ），４．５３（ｓ，１Ｈ），４．３４－４．２４（ｍ，１Ｈ），４．０８（ｂｒ ｄ，Ｊ＝４．９Ｈｚ，１Ｈ），３．８２（ｂｒ ｔ，Ｊ＝５．１Ｈｚ，２Ｈ），３．７６－３．６５（ｍ，７Ｈ），３．５７－３．３０（ｍ，５Ｈ），３．２５－２．９９（ｍ，５Ｈ），２．６２－２．４８（ｍ，２Ｈ），２．３３－２．００（ｍ，９Ｈ），１．９４－１．９０（ｍ，３Ｈ），１．９０－１．８２（ｍ，３Ｈ），１．７６－１．４２（ｍ，８Ｈ），１．４２－１．３１（ｍ，２Ｈ），１．１４－１．０２（ｍ，１２Ｈ）；３１ＰＮＭＲ（１６２ＭＨｚ，クロロホルム－ｄ）δ＝１４８．０７（ｓ），１４７．９３（ｓ），１４７．６４（ｓ），１４７．０８（ｓ）．
実施例６４．提供される技術は、様々な型の細胞において編集を提供することができる。
本明細書に記載されるとおり、提供される技術は、様々な型の細胞において編集を提供することができ、様々な送達技術（例えば、Gymnosisによる送達、トランスフェクションなど）を利用して送達され得る。特に、本実施例は、提供される技術によって提供される様々な利益を確証する結果を提供する。
例えば、いくつかの例では、オリゴヌクレオチド組成物（ＷＶ－３７３１７及びＷＶ－３７３１８）は、２４又は９６時間サイトカインで事前に刺激された初代ヒトＣＤ８＋Ｔ細胞にGymnosisによる送達によって送達された。次に、ＡＣＴＢ ｍＲＮＡ編集の量を、投与の４日後に分析した。図４８において確証されるとおり、堅固な編集は、試験された全ての用量で達成された。いくつかの実施形態では、９６時間の事前の刺激は、４８時間の事前の刺激より高い編集を示した。
オリゴヌクレオチド組成物はまた、Gymnosisによる送達又はトランスフェクションによって複数の線維芽細胞株においても評価された。例えば、図４９において示されるとおり、３種の異なる初代ヒト線維芽細胞株が、示されるとおりのオリゴヌクレオチド組成物ＷＶ－３７３１８でトランスフェクション（５０ｎＭ）又はGymnosisによる取り込み（１０ｕＭ）によって処理された。ＲＮＡは、６０時間後に収集された。標的の編集は、サンガー法による配列決定によって測定された。図４９において確証されるとおり、ＡＣＴＢ ｍＲＮＡ編集は、トランスフェクション及びGymnosisによる送達の両方によって達成された。
図５０において確証されるとおり、提供されるオリゴヌクレオチド組成物はまた、エクスビボでＮＨＰの眼（網膜）において編集を提供した。ＮＨＰの眼球を新たに解剖し、網膜組織を、Gymnosisによる取り込みによってオリゴヌクレオチド組成物ＷＶ－３７３１７で処理した。ＲＮＡは、４８時間後に収集された。標的の編集は、サンガー法による配列決定によって測定された。図５０によって確証されるとおり、編集は、両方のセットの実験において、エクスビボでＮＨＰの眼（網膜）において達成された。
実施例６５．様々な構造的要素が、編集を提供するために本開示に従って利用され得る。
本明細書に記載されるとおり、様々な構造的要素、例えば、糖、核酸塩基、ヌクレオチド間結合、立体化学、追加の化学的部分などは、本開示に従ってオリゴヌクレオチドに組み込まれ得る。本実施例はさらに、特に、本開示に記載されるとおりの様々な修飾を含む様々な要素を含むオリゴヌクレオチドが、様々な特性及び／又は活性を提供することができることを確証する。
例えば、本実施例（例えば、図５１に示されるある特定のデータ）によって確証されるとおり、様々な特徴、例えば、修飾、立体化学などを含む組成物は、標的として選択したＳｅｒｐｉｎＡ１ ｍＲＮＡ転写物上で様々なアデノシンの編集を提供することができる。これらの標的部位は、代理１～４として示される。それぞれの標的アデノシンに関して、複数のオリゴヌクレオチド組成物が、設計され、調製され且つ評価された。いくつかの実施形態では、ある特定のオリゴヌクレオチドは、１つのヌクレオチドが互いに異なった。例えば、２’－Ｆ修飾された糖（第１のドメイン及び／又は第２のドメイン（例えば、第２及び／又は第３のサブドメイン）において）、２’－ＯＲ（式中、Ｒは、－Ｈではない；例えば、２’－ＯＭｅ）修飾された糖（例えば、第２のドメイン（例えば、第２及び／又は第３のサブドメイン）において）、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合（例えば、Ｓｐのキラル制御されたホスホロチオエートヌクレオチド間結合（例えば、第１のドメイン及び第２のドメインにおいて（例えば、第１、第２、及び／又は第３のサブドメインにおいて）、Ｒｐのキラル制御されたホスホロチオエートヌクレオチド間結合（例えば、第２のドメインにおいて（例えば、第１及び／又は第２の（例えば、反対側のヌクレオシド及び３’側のすぐ隣のヌクレオシドを連結する）サブドメインにおいて））、ｎ００１などの負に荷電していないヌクレオチド間結合（例えば、第１のドメイン（例えば、５’末端から最初の２つのヌクレオシドを連結する最初のヌクレオチド間結合として）において及び／又は第２のドメイン（例えば、５’末端から最後の２つのヌクレオシドを連結する最後のヌクレオチド間結合として及び／又は３’側のすぐ隣のヌクレオシド及びそれらの３’に隣接するヌクレオシドの間の結合として（例えば、Ｎ－１及びＮ－２の間；例えば、ＷＶ－３９５８８、ＷＶ－３９５９０など）など）））、追加の化学的部分などの様々な修飾が利用された。例えば、図５１において確証されるとおり、様々な修飾を含むオリゴヌクレオチドの組成物は、標的編集を提供することができる。また、確証されるとおり、標的アデノシンの反対側のヌクレオシドは、オリゴヌクレオチドにおいて様々な位置に置かれ得る（例えば、いくつかの場合において、３’末端から位置５、６、７、８、９以上）。ＧａｌＮＡｃ（例えば、Ｍｏｄ００１又はＬ０２５）の異なるバージョンが，送達及び／又は活性を提供するために確証された。当業者によって理解され、本明細書に記載され且つ確証されるとおり、編集の後、編集された核酸塩基は、Ｇの様々な機能を発揮し得る（及びいくつかの例では、編集は、ＡからＧとして称され得る）。
図５２において確証されるとおり、様々な実施形態では、天然のＲＮＡ糖は、提供されるオリゴヌクレオチドにおいて、及びいくつかの場合では、標的アデノシンの反対側のヌクレオシドにおいて利用され得る。いくつかの実施形態では、ＲＮＡヌクレオシドは、３’側のすぐ隣のＩヌクレオシドとともに利用される。いくつかの実施形態では、３’側のすぐ隣のＩヌクレオシドは、ｎ００１などのＳｐの負に荷電していないヌクレオシドを介してその３’側のすぐ隣のヌクレオシドに結合される。
特に、図５３は、様々な数の負に荷電していないヌクレオチド間結合が、本開示に従って様々な部分で利用され得ることを確証する。オリゴヌクレオチド組成物は、初代ヒト肝細胞において（５０ｎＭ及び２５０ｎＭ）、より低い濃度（５０ｎＭ、２５ｎＭ、１２．５ｎＭ、６．２５ｎＭ；（ｃ）を参照のこと）で投与される。いくつかの実施形態では、ある特定のパターンの修飾（例えば、負に荷電していないヌクレオチド間結合及び／又はその立体化学）は、他のものより高い効率を提供し得る。図５３はまた、本明細書に記載されるとおり、いくつかの実施形態では、様々な長さ（例えば、３０、３１、３２など）のオリゴヌクレオチドが編集のために利用され得ることを確証する。
いくつかの実施形態では、図５４において確証されるとおり、相補的ではない塩基対（例えば、ゆらぎ及び／又はミスマッチ）の除去は、編集効率を向上させ得る。オリゴヌクレオチドは、指定される投与濃度で初代ヒト及びＮＨＰ肝細胞において投与された。図５４において実証されるとおり、いくつかの実施形態では、ゆらぎ（例えば、第１のドメインにおける）の除去は、ＮＨＰ代理部位１及び２の編集レベルを向上させた。いくつかの実施形態では、ミスマッチの付加は、ヒトｓｅｒｐｉｎＡ１代理部位１及び２において編集レベルを低減した。いくつかの実施形態では、異なる代理部位、例えば、１及び２を標的化するオリゴヌクレオチドは、ヒト初代肝細胞において１つ以上の濃度で同様の又は同じ編集レベルを提供し得るが、それらは、対応する標的部位に関してＮＨＰの初代肝細胞においてより異なる編集レベルを提供することが観察された。特に、図５６は、いくつかの実施形態では、相補的ではない塩基の除去、さらなる負に荷電していないヌクレオチド間結合（例えば、ｎ００１；ドメイン１及び／又はドメイン２における）、及び／又はさらなる２’－Ｆ修飾された糖（例えば、ドメイン２における）の付加は、編集レベルを増大させ得ることを確証する。
本明細書に記載されるとおり、修飾された核酸塩基を含む様々な核酸塩基が、例えば、標的部位にわたってある位置で本開示に従って利用され得る。いくつかの実施形態では、ある特定の核酸塩基は、向上した特性及び／又は活性を提供する。例として、図５７におけるデータは、いくつかの実施形態では、様々な修飾された核酸塩基（又は脱塩基ヌクレオシド）を含むオリゴヌクレオチドは、編集を提供することができることを確証した。いくつかの実施形態では、ｂ００１Ａ及びｂ００８Ｕなどのある特定の塩基修飾を含むオリゴヌクレオチドは、参照組成物と比較して編集活性を増大させたことが観察された。
いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドは、核酸塩基を含むヌクレオシドの間で脱塩基部分を含む。図５８において確証されるとおり、核酸塩基を含むヌクレオシドの代わりに１つ以上の脱塩基単位を含む様々なオリゴヌクレオチドは、編集活性を提供することができる。オリゴヌクレオチドのセットが、ｃＬＵＣ ｍＲＮＡ上のＵＡＧを標的化するように設計された。いくつかの実施形態では、ある特定の位置の脱塩基単位は、他の位置より高い活性を提供したことが観察された。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、ある特定の状況においてＡＤＡＲ１－ｐ１１０、ＡＤＡＲ１－ｐ１５０及びＡＤＡＲ２により異なる絶対的及び／又は相対的編集レベルを提供し得ることが観察された。
図５９は、本明細書で提供される様々な塩基修飾が、例えば、編集活性を提供する標的部位の反対側の位置などの第２のドメインにおいて利用され得ることを確証する追加の例となるデータを提供する。ヒトＳｅｒｐｉｎＡ１ ｍＲＮＡにおけるＰＩＺ変異を標的化するオリゴヌクレオチド組成物が、設計され、異なる塩基修飾を含有した。次に、これらのオリゴヌクレオチド組成物は、ヒトＳｅｒｐｉｎＡ１－ＰＩＺアレルを発現したＡＲＰＥ細胞にトランスフェクトされた。いくつかの実施形態では、ある特定の修飾された核酸塩基ｂ００１Ａ及びｂ００２Ａは、より高い編集レベルを提供したことが観察された。いくつかの実施形態では、ミスマッチの除去は編集レベルを向上させたことが観察された。
本明細書に記載されるとおり、標的部位の反対側の位置で様々な核酸塩基（例えば、修飾された核酸塩基）及び糖（例えば、天然のＤＮＡ糖又はＲＮＡ糖）を含む提供されるオリゴヌクレオチドは、編集活性を提供することができる。編集を確証するある特定のデータが、図６０に示される。例として、ＳｅｒｐｉｎＡ１－ＰＩＺ標的化オリゴヌクレオチド組成物が、ヒトＳｅｒｐｉｎＡ１－ＰＩＺアレル及びＡＤＡＲ１－ｐ１１０又はＡＤＡＲ１－ｐ１５０のいずれかを発現した２９３Ｔ細胞にトランスフェクトされた。図６０において確証されるとおり、全てのオリゴヌクレオチドは、ＡＤＡＲ１－ｐ１１０及び／又はＡＤＡＲ１－ｐ１５０でＳｅｒｐｉｎＡ１－ＰＩＺの編集を提供した。いくつかの実施形態では、ある特定の修飾された塩基、例えば、ｂ００１Ａを含むオリゴヌクレオチド組成物は、ヒトＡＤＡＲ１－ｐ１１０及びＡＤＡＲ１－ｐ１５０の両方に関して高い編集レベルを提供したことが観察された。いくつかの実施形態では、標的アデノシンの反対側のヌクレオシドにおいて天然のＲＮＡ糖を含むオリゴヌクレオチド組成物は、ヒトＡＤＡＲ１－ｐ１１０及びＡＤＡＲ１－ｐ１５０の両方に関して高い編集レベルを提供したことが観察された。いくつかの実施形態では、塩基配列が完全に相補的であるオリゴヌクレオチドのオリゴヌクレオチド組成物は、向上した編集レベルを提供したことが観察された。
追加のデータは、図６１及び図６２において示され、提供されるオリゴヌクレオチドが、様々な送達技術を介して編集を提供することができることを確証している。ある特定のＳｅｒｐｉｎＡ１－ＰＩＺ標的化オリゴヌクレオチド組成物は、指定の投与濃度でヒトＳｅｒｐｉｎＡ１－ＰＩＺアレルを発現するマウス初代肝細胞にGymnosis又はＧａｌＮＡｃに媒介される取り込みを介して送達された。図６１において確証されるとおり、ＳｅｒｐｉｎＡ１－ＰＩＺの編集は、Gymnosis及びＧａｌＮＡｃに媒介される取り込みの両方によって達成された。いくつかの実施形態では、標的アデノシンの反対側の部位で、ある特定の修飾された核酸塩基、例えば、ｂ００１Ａを含むオリゴヌクレオチドの組成物は、向上した編集を提供することができることが観察された。いくつかの実施形態では、例えば、標的アデノシンの反対側の部位で天然のＲＮＡ糖を含むオリゴヌクレオチドの組成物は、向上した編集を提供することができることが観察された。いくつかの実施形態では、標的アデノシンの反対側の部位で、ある特定の修飾された核酸塩基、例えば、ｂ００８Ｕを含むオリゴヌクレオチドの組成物は、向上した編集を提供することができることが観察された。
別の例として、図６３は、例えば、提供されるオリゴヌクレオチドのドメイン２（例えば、標的ヌクレオシドの反対側のヌクレオシドの３’側のすぐ隣のヌクレオシドとして）におけるイノシンは、編集を提供することができることを確証する。いくつかの実施形態では、ミスマッチを有しない提供されるオリゴヌクレオチドは、より高い編集レベルを提供することができることが観察された。理論によって限定されることを意図するものではないが、ミスマッチは、長いオリゴヌクレオチドよりも相対的に短いオリゴヌクレオチドによって編集に影響を及ぼし得ることが認められる。図６３の特定の状況下で、ＷＶ－３０２９７を除く他のオリゴヌクレオチド組成物に関して著しい編集は観察されなかった。
特に、図６５は、様々な核酸塩基及び糖が、編集などの活性を提供するために本開示に従ってオリゴヌクレオチドにおいて利用され得ることを確証する追加のデータを提供する。図６５において、オリゴヌクレオチド組成物は、ｃＬＵＣ ｍＲＮＡにおけるＵＡＧを標的化する。いくつかの実施形態では、チミンは、ｚｄｎｐで置き換えられる。図６５において確証されるとおり、標的部位の反対側の部位で様々な核酸塩基（例えば、Ｃ、ｚｄｎｐ、Ｔ、Ｕなど）及び様々な糖（例えば、天然のＲＮＡ糖、天然のＤＮＡ糖）、及び他の位置で様々な糖（例えば、第１のドメイン及び／又は第２のドメイン（例えば、５’側のすぐ隣のヌクレオシド）における２’－Ｆ修飾された糖、第２のドメインにおける２’－ＯＭｅ修飾された糖、第２のドメインにおける天然のＤＮＡ糖など）を含むオリゴヌクレオチドは、編集を提供することができる。いくつかの実施形態では、標的部位の反対側の部位の天然のＲＮＡ糖は、向上した編集を提供することができることが観察された。いくつかの実施形態では、標的部位の反対側の部位でｚｄｎｐを含むオリゴヌクレオチドは、Ｔより向上した編集を提供することができることが観察された。
様々な実施形態が本明細書に記載され、図示されているが、当業者は、機能を発揮し及び／又は本開示に記載される結果及び／又は利点の１つ以上を得るための様々な他の手段及び／又は構造を容易に構想することになり、そのような変形形態及び／又は変更形態の各々が含まれるものとみなされる。より一般的には、当業者は、本明細書に記載される全てのパラメーター、寸法、材料、構成などが、例であることを意味し、実際のパラメーター、寸法、材料、及び／又は構成などが、本開示の教示が使用される特定の適用に依存することになることを容易に理解するであろう。当業者は、単に日常的な実験だけで、本開示に記載される特定の実施形態に対する多数の均等物を認識するか、又は確認することができるであろう。したがって、前述の実施形態は、単なる例示であり、添付の特許請求の範囲及びその均等物の範囲内で、請求される技術が、具体的に記載され且つ請求されるものとは異なる方法で実践され得ることが理解されることになる。加えて、２つ以上の特徴、系、物品、材料、キット、及び／又は方法などの任意の組合せは、そのような特徴、系、物品、材料、キット、及び／又は方法などが相互に矛盾していない場合、本開示の範囲内に含まれる。

Claims (81)

  1. オリゴヌクレオチドであって、
    第１のドメイン；及び
    第２のドメイン
    を含み、
    前記第１のドメインが、１つ以上の２’－Ｆ修飾を含み；
    前記第２のドメインが、２’－Ｆ修飾を有しない１つ以上の糖を含む、オリゴヌクレオチド。
  2. １つ以上の修飾された糖及び／又は１つ以上の修飾されたヌクレオチド間結合を含むオリゴヌクレオチドであって、前記オリゴヌクレオチドが、各々が独立して１つ以上の核酸塩基を含む第１のドメイン及び第２のドメインを含む、オリゴヌクレオチド。
  3. 前記オリゴヌクレオチドが、系において標的アデノシンを含む標的核酸と接触されるとき、前記標的核酸中の標的アデノシンが修飾され、前記修飾が、前記標的アデノシンのイノシンへの変換であるか又はそれを含む、請求項１に記載のオリゴヌクレオチド。
  4. 前記修飾が、ＡＤＡＲタンパク質によって促進される、請求項３に記載のオリゴヌクレオチド。
  5. 前記オリゴヌクレオチドが、約２６～３５の長さの核酸塩基を有する、請求項４に記載のオリゴヌクレオチド。
  6. 前記第２のドメインが、約１０～５０の長さの核酸塩基を有する、請求項４に記載のオリゴヌクレオチド。
  7. 前記第１のドメイン中の糖の約５０％～１００％が、独立して、２’－Ｆ修飾を含む、請求項３に記載のオリゴヌクレオチド。
  8. 前記第１のドメイン中のヌクレオチド間結合の約５０％～１００％が、修飾されたヌクレオチド間結合である、請求項６に記載のオリゴヌクレオチド。
  9. 前記第１のドメイン中の少なくとも約１～５０個のキラルヌクレオチド間結合が、キラル制御される、請求項７に記載のオリゴヌクレオチド。
  10. 前記第１のドメインが、１つ以上のホスホロチオエートヌクレオチド間結合を含む、請求項８に記載のオリゴヌクレオチド。
  11. 前記第１のドメインが、１、２、３、４、又は５個の負に荷電していないヌクレオチド間結合を含む、請求項９に記載のオリゴヌクレオチド。
  12. 前記第１のドメインの１番目のヌクレオシドと２番目のヌクレオシドと間の前記ヌクレオチド間結合が、負に荷電していないヌクレオチド間結合である、請求項１０に記載のオリゴヌクレオチド。
  13. 前記第２のドメインが、約１０～５０の長さの核酸塩基を有する、請求項９に記載のオリゴヌクレオチド。
  14. 前記オリゴヌクレオチドが相補性に関して標的核酸とアラインメントされるとき、前記第２のドメインが、標的アデノシンの反対側のヌクレオシドを含む、請求項１３に記載のオリゴヌクレオチド。
  15. 反対側の核酸塩基が、任意選択により置換された若しくは保護されたＵであるか、又は任意選択により置換された若しくは保護されたＵの互変異性体であるか、又は任意選択により置換された若しくは保護されたＣであるか、又は任意選択により置換された若しくは保護されたＣの互変異性体であるか、又は任意選択により置換された若しくは保護されたＡであるか、又は任意選択により置換された若しくは保護されたＡの互変異性体であるか、又は任意選択により置換された若しくは保護されたシュードイソシトシンの核酸塩基であるか、又は任意選択により置換された若しくは保護されたシュードイソシトシンの前記核酸塩基の互変異性体であるか、又は核酸塩基ＢＡ（式中、ＢＡは、環ＢＡ又はその互変異性体であるか又はそれを含み、環ＢＡは、０～１０個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された５～２０員の単環式、二環式又は多環式環である）である、請求項１４に記載のオリゴヌクレオチド。
  16. 前記核酸塩基がＢＡであり、ＢＡが、環ＢＡ又はその互変異性体であるか又はそれを含み、環ＢＡが、０～１０個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された５～２０員の単環式、二環式又は多環式環である、請求項１５に記載のオリゴヌクレオチド。
  17. ＢＡが、Ｕと比較して前記アデノシンの標的アデニンとより弱い水素結合を有する、請求項１６に記載のオリゴヌクレオチド。
  18. 環ＢＡが、
    Figure 2022551124000467
    を含むか、又は式ＢＡ－Ｉ、ＢＡ－Ｉ－ａ、ＢＡ－Ｉ－ｂ、ＢＡ－ＩＩ、ＢＡ－ＩＩ－ａ、ＢＡ－ＩＩ－ｂ、ＢＡ－ＩＩＩ、ＢＡ－ＩＩＩ－ａ又はＢＡ－ＩＩＩ－ｂの構造を有する、請求項１６に記載のオリゴヌクレオチド。
  19. 前記反対側の核酸塩基が、
    Figure 2022551124000468
    である、請求項１４に記載のオリゴヌクレオチド。
  20. 前記反対側の核酸塩基が、
    Figure 2022551124000469
    である、請求項１４に記載のオリゴヌクレオチド。
  21. 前記反対側の核酸塩基が、
    Figure 2022551124000470
    である、請求項１４に記載のオリゴヌクレオチド。
  22. 前記第２のドメイン中の糖の約５０％～１００％が、独立して、２’－Ｆではない修飾を有する修飾された糖である、請求項１４に記載のオリゴヌクレオチド。
  23. 前記第２のドメイン中のヌクレオチド間結合の約５０％～１００％が、修飾されたヌクレオチド間結合である、請求項２２に記載のオリゴヌクレオチド。
  24. それぞれの修飾されたヌクレオチド間結合が、独立して、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合又は負に荷電していないヌクレオチド間結合である、請求項２３に記載のオリゴヌクレオチド。
  25. 前記第２のドメインが、１つ以上のホスホロチオエートヌクレオチド間結合を含む、請求項２４に記載のオリゴヌクレオチド。
  26. 前記第２のドメインが、１、２、３、４、又は５個の負に荷電していないヌクレオチド間結合を含む、請求項２５に記載のオリゴヌクレオチド。
  27. 前記第２のドメインの最後と最後から２番目のヌクレオシド間の前記ヌクレオチド間結合が、負に荷電していないヌクレオチド間結合である、請求項２６に記載のオリゴヌクレオチド。
  28. 前記第２のドメイン中の少なくとも５０％～１００％のキラルヌクレオチド間結合が、キラル制御される、請求項２５に記載のオリゴヌクレオチド。
  29. 前記第２のドメインが、５’から３’までに第１のサブドメイン、第２のサブドメイン、及び第３のサブドメインを含むか又はそれらからなる、請求項２８に記載のオリゴヌクレオチド。
  30. 前記第１のサブドメインが、約５～５０の長さの核酸塩基を有する、請求項２９に記載のオリゴヌクレオチド。
  31. 前記第１のサブドメイン中の糖の約５０％～１００％が、独立して、２’－Ｆではない修飾を有する修飾された糖である、請求項３０に記載のオリゴヌクレオチド。
  32. 前記第２のサブドメインが、３の長さの核酸塩基を有する、請求項３１に記載のオリゴヌクレオチド。
  33. 前記第２のサブドメインが、標的アデノシンの反対側のヌクレオシドを含む、請求項３２に記載のオリゴヌクレオチド。
  34. 前記第２のサブドメインが、１つ以上の天然のＤＮＡ糖を含む、請求項３３に記載のオリゴヌクレオチド。
  35. 前記第２のサブドメインが、１つ以上の天然のＲＮＡ糖を含む、請求項３４に記載のオリゴヌクレオチド。
  36. 前記第２のサブドメインが、約１つの２’－Ｆ修飾された糖を含む、請求項３４に記載のオリゴヌクレオチド。
  37. 反対側のヌクレオシドの前記糖が、２’－ＯＨを含む、請求項３４に記載のオリゴヌクレオチド。
  38. 前記反対側のヌクレオシドの前記糖が、天然のＤＮＡ糖である、請求項３４に記載のオリゴヌクレオチド。
  39. 前記反対側のヌクレオシドの５’側の隣のヌクレオシドの前記糖（５’－．．．Ｎ１Ｎ０．．．３’におけるＮ１の糖、標的とアラインメントされるとき、Ｎ０は、標的アデノシンの反対側にある）が、天然のＤＮＡ糖である、請求項３４に記載のオリゴヌクレオチド。
  40. 前記反対側のヌクレオシドの５’側の隣のヌクレオシドの前記糖（５’－．．．Ｎ１Ｎ０．．．３’におけるＮ１の糖、標的とアラインメントされるとき、Ｎ０は、標的アデノシンの反対側にある）が、２’－Ｆを含む、請求項３４に記載のオリゴヌクレオチド。
  41. 前記反対側のヌクレオシドの３’側の隣のヌクレオシドの前記糖（５’－．．．Ｎ０Ｎ－１．．．３’におけるＮ－１の糖、標的とアラインメントされるとき、Ｎ０は、標的アデノシンの反対側にある）が、天然のＤＮＡ糖である、請求項３４に記載のオリゴヌクレオチド。
  42. 前記反対側のヌクレオシドの前記糖、前記反対側のヌクレオシドの５’側の隣のヌクレオシドの前記糖（５’－．．．Ｎ１Ｎ０．．．３’におけるＮ１の糖、標的とアラインメントされるとき、Ｎ０は、標的アデノシンの反対側にある）、及び前記反対側のヌクレオシドの３’側の隣のヌクレオシドの前記糖（５’－．．．Ｎ０Ｎ－１．．．３’におけるＮ－１の糖、標的とアラインメントされるとき、Ｎ０は、標的アデノシンの反対側にある）の各々が、独立して、天然のＤＮＡ糖である、請求項３４に記載のオリゴヌクレオチド。
  43. 前記反対側のヌクレオシドの前記糖が、天然のＤＮＡ糖であり、前記反対側のヌクレオシドの５’側の隣のヌクレオシドの前記糖（５’－．．．Ｎ１Ｎ０．．．３’におけるＮ１の糖、標的とアラインメントされるとき、Ｎ０は、標的アデノシンの反対側にある）が、２’－Ｆ修飾された糖であり、且つ前記反対側のヌクレオシドの３’側の隣のヌクレオシドの前記糖（５’－．．．Ｎ０Ｎ－１．．．３’におけるＮ－１の糖、標的とアラインメントされるとき、Ｎ０は、標的アデノシンの反対側にある）が、天然のＤＮＡ糖である、請求項３４に記載のオリゴヌクレオチド。
  44. 標的ヌクレオシドの反対側の前記ヌクレオシドが、Ｒｐのホスホロチオエートヌクレオシドを介してその３’側のすぐ隣のヌクレオシドに連結される、請求項３４に記載のオリゴヌクレオチド。
  45. 標的ヌクレオシド（位置０）の反対側のヌクレオシドの３’側のすぐ隣の前記ヌクレオシド（位置－１）が、負に荷電していないヌクレオチド間結合を介してその３’側のすぐ隣のヌクレオシド（位置－２）に連結される、請求項３４に記載のオリゴヌクレオチド。
  46. 前記３’側のすぐ隣のヌクレオシドが、Ｇではない塩基を含む、請求項３４に記載のオリゴヌクレオチド。
  47. 前記３’側のすぐ隣のヌクレオシドが、ヒポキサンチンを含む、請求項３４に記載のオリゴヌクレオチド。
  48. 前記第３のサブドメインが、約１～１０の長さの核酸塩基を有する、請求項３４に記載のオリゴヌクレオチド。
  49. 前記オリゴヌクレオチドが、ＧａｌＮＡｃ又はその誘導体であるか又はそれを含む部分を含む、請求項３４に記載のオリゴヌクレオチド。
  50. 本明細書に記載されるとおりの修飾された核酸塩基を含む、オリゴヌクレオチド。
  51. 修飾されたヌクレオチド間結合の位置で、－Ｏ５－ＰＬ（ＲＣＡ）－Ｏ３－（式中、
    ＰＬは、Ｐ、又はＰ（＝Ｗ）であり；
    Ｗは、Ｏ、Ｓ、又はＷＮであり；
    ＲＣＡは、任意選択により置換された又はキャップ付加された不斉補助剤部分であるか又はそれを含み、
    Ｏ５は、糖の５’－炭素に結合された酸素であり、及び
    Ｏ３は、糖の３’－炭素に結合された酸素である）
    の構造を有する結合であることを除いて、請求項１～５０のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチドと同一である、オリゴヌクレオチド。
  52. 修飾されたヌクレオチド間結合のそれぞれの位置で、独立して、－Ｏ５－ＰＬ（Ｗ）－ＲＣＡ）－Ｏ３－の構造を有する結合である、請求項５１に記載のオリゴヌクレオチド。
  53. 各ＲＣＡが、独立して、
    Figure 2022551124000471
    （式中、ＲＣ１は、Ｒ、－Ｓｉ（Ｒ）３又は－ＳＯ２Ｒであり、ＲＣ２及びＲＣ３は、それらの介在原子と合わせて、窒素原子に加えて０～２個のヘテロ原子を有する任意選択により置換された３～７員飽和又は部分不飽和環を形成し、ＲＣ４は、－Ｈ又は－Ｃ（Ｏ）Ｒ’である）
    である、請求項５２に記載のオリゴヌクレオチド。
  54. 各ＲＣＡが、独立して、
    Figure 2022551124000472
    である、請求項５２に記載のオリゴヌクレオチド。
  55. ＲＣ１が、－ＳｉＰｈ２Ｍｅである、請求項５４に記載のオリゴヌクレオチド。
  56. ＲＣ１が、－ＳＯ２Ｒ（式中、Ｒは、任意選択により置換されたフェニルである）である、請求項５４に記載のオリゴヌクレオチド。
  57. 前記オリゴヌクレオチドが、約１０％～１００％の純度を有する、請求項１～５６のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド。
  58. 有効量の、請求項１～５６のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド又はその薬学的に許容される塩及び薬学的に許容される担体を含むか又は送達する、医薬組成物。
  59. 複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物であって、前記複数のオリゴヌクレオチドが、
    １）共通の塩基配列、及び
    ２）独立して１つ以上のキラルヌクレオチド間結合（「キラル制御されたヌクレオチド間結合」）での同じ結合リンの立体化学
    を共有し；
    それぞれの前記複数のオリゴヌクレオチドが、独立して、請求項１～５６のいずれか一項に記載オリゴヌクレオチド、又はその酸、塩基、若しくは塩形態である、オリゴヌクレオチド組成物；又は
    １種以上の複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物であって、それぞれの複数のオリゴヌクレオチドが、独立して、
    １）共通の塩基配列、及び
    ２）独立して１つ以上のキラルヌクレオチド間結合（「キラル制御されたヌクレオチド間結合」）での同じ結合リンの立体化学
    を共有し；
    それぞれの前記複数のオリゴヌクレオチドが、独立して、請求項１～５６のいずれか一項に記載オリゴヌクレオチド、又はその酸、塩基、若しくは塩形態であるオリゴヌクレオチド組成物；又は
    ａ）共通の塩基配列；
    ｂ）骨格結合の共通のパターン；
    ｃ）骨格のキラル中心の共通のパターン；
    ｄ）骨格のリン修飾の共通のパターン
    によって特徴付けられる特定のオリゴヌクレオチド型のものである複数のオリゴヌクレオチドを含む組成物であって；
    組成物が、前記特定のオリゴヌクレオチド型のオリゴヌクレオチドに関して、同じ共通の塩基配列、骨格結合のパターン及び骨格のリン修飾のパターンを有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物と比較して濃縮されるか、又は前記共通の塩基配列を共有する前記組成物中の不規則ではないレベルの全てのオリゴヌクレオチドが、前記複数のオリゴヌクレオチドであるという点でキラル制御され；並びに
    それぞれの前記複数のオリゴヌクレオチドが、独立して、請求項１～５６のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド、又はその酸、塩基、若しくは塩形態である、組成物。
  60. 複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物であって、前記複数のオリゴヌクレオチドが、
    １）共通の塩基配列、及び
    ２）独立して１つ以上のキラルヌクレオチド間結合（「キラル制御されたヌクレオチド間結合」）での、同じ結合リンの立体化学
    を共有し；
    前記共通の塩基配列が、一部が標的アデノシンを含む核酸の一部の塩基配列と相補的である、オリゴヌクレオチド組成物；又は
    １種以上の複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物であって、それぞれの複数のオリゴヌクレオチドが、独立して、
    １）共通の塩基配列、及び
    ２）独立して１つ以上のキラルヌクレオチド間結合（「キラル制御されたヌクレオチド間結合」）での、同じ結合リンの立体化学
    を共有し；
    それぞれの複数の前記共通の塩基配列が、独立して、一部が標的アデノシンを含む核酸の一部の塩基配列と相補的である、オリゴヌクレオチド組成物；又は
    ａ）共通の塩基配列；
    ｂ）骨格結合の共通のパターン；
    ｃ）骨格のキラル中心の共通のパターン；
    ｄ）骨格のリン修飾の共通のパターン
    によって特徴付けられる特定のオリゴヌクレオチド型のものである複数のオリゴヌクレオチドを含む組成物であって；
    組成物が、前記特定のオリゴヌクレオチド型のオリゴヌクレオチドに関して、同じ共通の塩基配列、骨格結合のパターン及び骨格のリン修飾のパターンを有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物と比較して濃縮されるか、又は前記共通の塩基配列を共有する前記組成物中の不規則ではないレベルの全てのオリゴヌクレオチドが、前記複数のオリゴヌクレオチドであるという点でキラル制御され；並びに
    前記共通の塩基配列が、部分が標的アデノシンを含む核酸の一部の塩基配列と相補的である組成物。
  61. 前記組成物中のオリゴヌクレオチドにおいて複数のオリゴヌクレオチドのうち前記共通の塩基配列を共有するもののレベルが、約又は少なくとも約（ＤＳ）ｎｃであり、ＤＳが、約８５％～１００％（例えば、約８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％又は９９．５％以上）であり、ｎｃが、キラル制御されたヌクレオチド間結合の数である、請求項５９～６０のいずれか一項に記載の組成物。
  62. ホスホラミダイトの前記核酸塩基が、本明細書に記載されるとおりの核酸塩基又はその互変異性体であり、前記核酸塩基又はその互変異性体が、任意選択により置換されるか又は保護される、ホスホラミダイト。
  63. ホスホラミダイトであって、前記核酸塩基が、環ＢＡであるか又はそれを含み、環ＢＡが、ＢＡ－Ｉ、ＢＡ－Ｉ－ａ、ＢＡ－Ｉ－ｂ、ＢＡ－ＩＩ、ＢＡ－ＩＩ－ａ、ＢＡ－ＩＩ－ｂ、ＢＡ－ＩＩＩ、ＢＡ－ＩＩＩ－ａ、ＢＡ－ＩＩＩ－ｂ、ＢＡ－ＩＶ、ＢＡ－ＩＶ－ａ、ＢＡ－ＩＶ－ｂ、ＢＡ－Ｖ、ＢＡ－Ｖ－ａ、ＢＡ－Ｖ－ｂ、若しくはＢＡ－ＶＩ、又は環ＢＡの互変異性体の構造を有し、前記核酸塩基が、任意選択に置換されるか又は保護される、ホスホラミダイト。
  64. 前記ホスホラミダイトが、ＲＮＳ－Ｐ（ＯＲ）Ｎ（Ｒ）２の構造を有し、ＲＮＳが、任意選択により保護されたヌクレオシド部分であり、且つ各Ｒが、本明細書に記載されるとおりである、請求項６２又は６３に記載のホスホラミダイト。
  65. 前記ホスホラミダイトが、ＲＮＳ－Ｐ（ＯＣＨ２ＣＨ２ＣＮ）Ｎ（ｉ－Ｐｒ）２の構造を有する、請求項６４に記載のホスホラミダイト。
  66. 前記ホスホラミダイトが、不斉補助剤部分を含み、前記リンが、前記不斉補助剤部分の酸素及び窒素原子に結合される、請求項６２又は６３に記載のホスホラミダイト。
  67. 前記ホスホラミダイトが、
    Figure 2022551124000473
    の構造を有する、請求項６２又は６３に記載のホスホラミダイト。
  68. ＲＣ１が、－ＳｉＰｈ２Ｍｅである、請求項６７に記載のホスホラミダイト。
  69. ＲＣ１が、－ＳＯ２Ｒ（式中、Ｒは、任意選択により置換されたＣ１～１０脂肪族であるか又はＲは、任意選択により置換されたフェニルである）である、請求項６７に記載のホスホラミダイト。
  70. オリゴヌクレオチド又は組成物を調製するための方法であって、オリゴヌクレオチド又はヌクレオシドの５’－ＯＨを請求項６２～６９のいずれか一項に記載のホスホラミダイトとカップリングすることを含む方法。
  71. 前記オリゴヌクレオチド、又は前記組成物中のオリゴヌクレオチドが、２’－ＯＨを含む糖を含む、請求項７０に記載の方法。
  72. オリゴヌクレオチド又は組成物を特徴付けるための方法であって、
    ＡＤＡＲ１ポリペプチド若しくはその特徴的な一部、又はＡＤＡＲ１ポリペプチド若しくはその特徴的な一部をコードするポリヌクレオチドを含むか又は発現する細胞又はその集団に前記オリゴヌクレオチド又は組成物を投与すること；又は
    ＡＤＡＲ１ポリペプチド若しくはその特徴的な一部、又はＡＤＡＲ１ポリペプチド若しくはその特徴的な一部をコードするポリヌクレオチドを含むか又は発現する非ヒト動物又はその集団に前記オリゴヌクレオチド又は組成物を投与することを含む方法。
  73. 標的核酸における標的アデノシンを修飾するための方法であって、前記標的核酸を請求項１～６１のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド又は組成物と接触させることを含む、方法。
  74. 標的核酸における標的アデノシンを脱アミノ化するための方法であって、前記標的核酸を請求項１～６１のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド又は組成物と接触させることを含む方法；又は
    特定の核酸の産物を生成するか、又はそのレベルを回復させるか若しくは増大させるための方法であって、標的核酸を請求項１～６１のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド又は組成物と接触させることを含み、前記標的核酸が、標的アデノシンを含み、前記特定の核酸が、前記標的アデノシンの代わりにＩ又はＧを有するという点で前記標的核酸と異なる方法；又は
    標的核酸の産物のレベルを低減するための方法であって、標的核酸を請求項１～６１のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド又は組成物と接触させることを含み、前記標的核酸が、標的アデノシンを含む方法；又は
    請求項１～６１のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド又は組成物を標的核酸及びアデノシンデアミナーゼを含む試料と接触させることを含み、
    前記オリゴヌクレオチド組成物中の前記オリゴヌクレオチド又はオリゴヌクレオチドの前記塩基配列が、前記標的核酸のものと実質的に相補的であり；並びに
    前記標的核酸が、標的アデノシンを含み；
    前記標的アデノシンが、修飾される方法；又は
    １）標的核酸において第１のレベルの標的アデノシンの修飾を得ることを含み、そのレベルが、第１のオリゴヌクレオチド組成物が前記標的核酸及びアデノシンデアミナーゼを含む試料と接触されるときに観察され、前記第１のオリゴヌクレオチド組成物が、前記標的核酸のものと実質的に相補的な同じ塩基配列を共有する第１の複数のオリゴヌクレオチドを含み；並びに
    ２）標的核酸において参照レベルの標的アデノシンの修飾を得ることを含み、そのレベルが、参照オリゴヌクレオチド組成物が前記標的核酸及びアデノシンデアミナーゼを含む試料と接触されるときに観察され、前記参照オリゴヌクレオチド組成物が、前記標的核酸のものと実質的に相補的な同じ塩基配列を共有する参照の複数のオリゴヌクレオチドを含み；
    前記第１の複数のオリゴヌクレオチドが、前記参照の複数のオリゴヌクレオチドより、多くの２’－Ｆ修飾を有する糖、多くの２’－ＯＲ修飾（式中、Ｒは、－Ｈではない）を有する糖、及び／又は多くのキラルヌクレオチド間結合を含み；並びに
    前記第１のオリゴヌクレオチド組成物が、前記参照オリゴヌクレオチド組成物のオリゴヌクレオチドと比較して高いレベルの修飾を提供する方法；又は
    標的核酸において第１のレベルの標的アデノシンの修飾を得ることを含み、そのレベルが、第１のオリゴヌクレオチド組成物が前記標的核酸及びアデノシンデアミナーゼを含む試料と接触されるときに観察され、前記第１のオリゴヌクレオチド組成物が、前記標的核酸のものと実質的に相補的な同じ塩基配列を共有する第１の複数のオリゴヌクレオチドを含み；並びに
    標的アデノシンの修飾の前記第１のレベルが、前記標的アデノシンの修飾の参照レベルより高く、前記参照レベルが、参照オリゴヌクレオチド組成物が前記標的核酸及びアデノシンデアミナーゼを含む試料と接触されるときに観察され、前記参照オリゴヌクレオチド組成物が、前記標的核酸のものと実質的に相補的な同じ塩基配列を共有する参照の複数のオリゴヌクレオチドを含み；
    前記第１の複数のオリゴヌクレオチドが、前記参照の複数のオリゴヌクレオチドより、多くの２’－Ｆ修飾を有する糖、多くの２’－ＯＲ修飾（式中、Ｒは、－Ｈではない）を有する糖、及び／又は多くのキラルヌクレオチド間結合を含む方法；又は
    １）標的核酸において第１のレベルの標的アデノシンの修飾を得ることを含み、そのレベルが、第１のオリゴヌクレオチド組成物が前記標的核酸及びアデノシンデアミナーゼを含む試料と接触されるときに観察され、前記第１のオリゴヌクレオチド組成物が、前記標的核酸のものと実質的に相補的な同じ塩基配列を共有する第１の複数のオリゴヌクレオチドを含み；並びに
    ２）標的核酸において参照レベルの標的アデノシンの修飾を得ることを含み、そのレベルが、参照オリゴヌクレオチド組成物が前記標的核酸及びアデノシンデアミナーゼを含む試料と接触されるときに観察され、前記参照オリゴヌクレオチド組成物が、前記標的核酸のものと実質的に相補的な同じ塩基配列を共有する参照の複数のオリゴヌクレオチドを含み；
    前記第１の複数のオリゴヌクレオチドが、前記参照の複数のオリゴヌクレオチドより、多くの２’－Ｆ修飾を有する糖、多くの２’－ＯＲ修飾（式中、Ｒは、－Ｈではない）を有する糖、及び／又は多くのキラル制御されたキラルヌクレオチド間結合を含み；並びに
    前記第１のオリゴヌクレオチド組成物が、前記参照オリゴヌクレオチド組成物のオリゴヌクレオチドと比較して高いレベルの修飾を提供する方法；又は
    標的核酸において第１のレベルの標的アデノシンの修飾を得ることを含み、そのレベルが、第１のオリゴヌクレオチド組成物が前記標的核酸及びアデノシンデアミナーゼを含む試料と接触されるときに観察され、前記第１のオリゴヌクレオチド組成物が、前記標的核酸のものと実質的に相補的な同じ塩基配列を共有する第１の複数のオリゴヌクレオチドを含み；並びに
    標的アデノシンの修飾の前記第１のレベルが、前記標的アデノシンの修飾の参照レベルより高く、前記参照レベルが、参照オリゴヌクレオチド組成物が前記標的核酸及びアデノシンデアミナーゼを含む試料と接触されるときに観察され、前記参照オリゴヌクレオチド組成物が、前記標的核酸のものと実質的に相補的な同じ塩基配列を共有する参照の複数のオリゴヌクレオチドを含み；
    前記第１の複数のオリゴヌクレオチドが、前記参照の複数のオリゴヌクレオチドより、多くの２’－Ｆ修飾を有する糖、多くの２’－ＯＲ修飾（式中、Ｒは、－Ｈではない）を有する糖、及び／又は多くのキラル制御されたキラルヌクレオチド間結合を含む方法；又は
    １）標的核酸において第１のレベルの標的アデノシンの修飾を得ることを含み、そのレベルが、第１のオリゴヌクレオチド組成物が前記標的核酸及びアデノシンデアミナーゼを含む試料と接触されるときに観察され、前記第１のオリゴヌクレオチド組成物が、前記標的核酸のものと実質的に相補的な同じ塩基配列を共有する第１の複数のオリゴヌクレオチドを含み；並びに
    ２）標的核酸において参照レベルの標的アデノシンの修飾を得ることを含み、そのレベルが、参照オリゴヌクレオチド組成物が前記標的核酸及びアデノシンデアミナーゼを含む試料と接触されるときに観察され、前記参照オリゴヌクレオチド組成物が、前記標的核酸のものと実質的に相補的な同じ塩基配列を共有する参照の複数のオリゴヌクレオチドを含み；
    前記第１の複数のオリゴヌクレオチドが、１つ以上のキラル制御されたキラルヌクレオチド間結合を含み；並びに
    前記参照の複数のオリゴヌクレオチドが、キラル制御されたキラルヌクレオチド間結合を含まず（参照オリゴヌクレオチド組成物が、「立体的に不規則な」組成物であり）；並びに
    前記第１のオリゴヌクレオチド組成物が、前記参照オリゴヌクレオチド組成物のオリゴヌクレオチドと比較して高いレベルの修飾を提供する方法；又は
    標的核酸において第１のレベルの標的アデノシンの修飾を得ることを含み、そのレベルが、第１のオリゴヌクレオチド組成物が前記標的核酸及びアデノシンデアミナーゼを含む試料と接触されるときに観察され、前記第１のオリゴヌクレオチド組成物が、前記標的核酸のものと実質的に相補的な同じ塩基配列を共有する第１の複数のオリゴヌクレオチドを含み；並びに
    標的アデノシンの修飾の前記第１のレベルが、前記標的アデノシンの修飾の参照レベルより高く、前記参照レベルが、参照オリゴヌクレオチド組成物が、前記標的核酸及びアデノシンデアミナーゼを含む試料と接触されるときに観察され、前記参照オリゴヌクレオチド組成物が、前記標的核酸のものと実質的に相補的な同じ塩基配列を共有する参照の複数のオリゴヌクレオチドを含み；
    前記第１の複数のオリゴヌクレオチドが、１つ以上のキラル制御されたキラルヌクレオチド間結合を含み；並びに
    前記参照の複数のオリゴヌクレオチドが、キラル制御されたキラルヌクレオチド間結合を含まない（参照オリゴヌクレオチド組成物が、「立体的に不規則な」組成物である）方法。
  75. 第１のオリゴヌクレオチド組成物が、請求項１～６１のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド組成物である、請求項７４に記載の方法。
  76. 前記デアミナーゼが、ＡＤＡＲ酵素である、請求項７０～７５のいずれか一項に記載の方法。
  77. 前記標的核酸が、前記標的アデノシンの代わりに前記標的アデノシンの位置でＩ又はＧを有するという点で前記標的核酸と異なる核酸と比較して、状態、障害又は疾患とより関連するか、又は所望の特性若しくは機能の低減とより関連するか、又は望まれない特性若しくは機能の増大とより関連する、請求項７６に記載の方法。
  78. 前記標的アデノシンが、ＧからＡへの変異である、請求項７４に記載の方法。
  79. ＧからＡへの変異に影響を受けやすい状態、障害又は疾患を予防するか又は治療するための方法であって、それになりやすいか又はそれに罹患している対象に、有効量の請求項１～６１のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド又は組成物を投与することを含む方法；又は
    ＧからＡへの変異と関連する状態、障害又は疾患を予防するか又は治療するための方法であって、それになりやすいか又はそれに罹患している対象に、有効量の請求項１～６１のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド又は組成物を投与することを含む方法。
  80. 前記状態、障害又は疾患が、ＡからＧ又はＡからＩへの修飾に影響を受けやすい、請求項７９に記載の方法。
  81. 本明細書又は実施形態１～８８９のいずれか１つに記載の化合物、オリゴヌクレオチド、組成物又は方法。
JP2022520901A 2019-10-06 2020-10-06 オリゴヌクレオチド組成物及びその使用方法 Pending JP2022551124A (ja)

Applications Claiming Priority (9)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US201962911334P 2019-10-06 2019-10-06
US62/911,334 2019-10-06
US202062959917P 2020-01-11 2020-01-11
US62/959,917 2020-01-11
US202063022559P 2020-05-10 2020-05-10
US63/022,559 2020-05-10
US202063069696P 2020-08-24 2020-08-24
US63/069,696 2020-08-24
PCT/US2020/054436 WO2021071858A1 (en) 2019-10-06 2020-10-06 Oligonucleotide compositions and methods of use thereof

Publications (2)

Publication Number Publication Date
JP2022551124A true JP2022551124A (ja) 2022-12-07
JPWO2021071858A5 JPWO2021071858A5 (ja) 2023-10-17

Family

ID=75437497

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
JP2022520901A Pending JP2022551124A (ja) 2019-10-06 2020-10-06 オリゴヌクレオチド組成物及びその使用方法

Country Status (11)

Country Link
US (1) US20230220384A1 (ja)
EP (1) EP4022059A4 (ja)
JP (1) JP2022551124A (ja)
KR (1) KR20220076508A (ja)
CN (1) CN114585737A (ja)
AU (1) AU2020363391A1 (ja)
BR (1) BR112022006205A2 (ja)
CA (1) CA3154768A1 (ja)
IL (1) IL291933A (ja)
MX (1) MX2022004101A (ja)
WO (1) WO2021071858A1 (ja)

Families Citing this family (49)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
SG10201700283WA (en) 2012-07-13 2017-03-30 Wave Life Sciences Ltd Chiral control
DK2872485T3 (da) 2012-07-13 2021-03-08 Wave Life Sciences Ltd Asymmetrisk hjælpegruppe
RU2016133035A (ru) 2014-01-16 2018-02-21 Уэйв Лайф Сайенсес Лтд. Хиральный дизайн
MA43072A (fr) 2015-07-22 2018-05-30 Wave Life Sciences Ltd Compositions d'oligonucléotides et procédés associés
EP3430019A4 (en) 2016-03-13 2019-10-30 Wave Life Sciences Ltd. COMPOSITIONS AND METHODS FOR PHOSPHORAMIDITE AND OLIGONUCLEOTIDE SYNTHESIS
WO2017220751A1 (en) 2016-06-22 2017-12-28 Proqr Therapeutics Ii B.V. Single-stranded rna-editing oligonucleotides
EP3507366B1 (en) 2016-09-01 2020-10-07 ProQR Therapeutics II B.V. Chemically modified single-stranded rna-editing oligonucleotides
WO2018098264A1 (en) 2016-11-23 2018-05-31 Wave Life Sciences Ltd. Compositions and methods for phosphoramidite and oligonucleotide synthesis
WO2018223081A1 (en) 2017-06-02 2018-12-06 Wave Life Sciences Ltd. Oligonucleotide compositions and methods of use thereof
WO2018223056A1 (en) 2017-06-02 2018-12-06 Wave Life Sciences Ltd. Oligonucleotide compositions and methods of use thereof
EP3642182A4 (en) 2017-06-21 2020-12-09 Wave Life Sciences Ltd. COMPOUNDS, COMPOSITIONS AND SYNTHESIS METHODS
CN110996968A (zh) 2017-08-08 2020-04-10 波涛生命科学有限公司 寡核苷酸组合物及其方法
SG11202000276YA (en) 2017-09-18 2020-04-29 Wave Life Sciences Ltd Technologies for oligonucleotide preparation
EP3694530A4 (en) 2017-10-12 2021-06-30 Wave Life Sciences Ltd. COMPOSITIONS OF OLIGONUCLEOTIDES AND RELATED PROCESSES
GB201808146D0 (en) 2018-05-18 2018-07-11 Proqr Therapeutics Ii Bv Stereospecific Linkages in RNA Editing Oligonucleotides
JP2022525541A (ja) * 2019-03-20 2022-05-17 ウェイブ ライフ サイエンシズ リミテッド オリゴヌクレオチド調製に有用な技術
EP4199957A4 (en) * 2020-08-24 2024-10-02 Wave Life Sciences Ltd. NON-HUMAN CELLS AND ANIMALS ENGINEERED TO EXPRESS ADAR1 AND THEIR USES
US20230194709A9 (en) * 2021-06-29 2023-06-22 Seagate Technology Llc Range information detection using coherent pulse sets with selected waveform characteristics
WO2023278410A1 (en) * 2021-06-29 2023-01-05 Korro Bio, Inc. Methods and compositions for adar-mediated editing
EP4479535A1 (en) 2022-02-14 2024-12-25 ProQR Therapeutics II B.V. Guide oligonucleotides for nucleic acid editing in the treatment of hypercholesterolemia
WO2023220428A1 (en) * 2022-05-12 2023-11-16 Wave Life Sciences Ltd. Compositions for editing ass1 transcripts and methods thereof
EP4522744A1 (en) * 2022-05-12 2025-03-19 Wave Life Sciences Ltd. Oligonucleotide compositions and methods thereof
EP4555085A1 (en) 2022-07-15 2025-05-21 ProQR Therapeutics II B.V. Chemically modified oligonucleotides for adar-mediated rna editing
EP4555086A1 (en) 2022-07-15 2025-05-21 ProQR Therapeutics II B.V. Oligonucleotides for adar-mediated rna editing and use thereof
WO2024017817A1 (en) * 2022-07-18 2024-01-25 F. Hoffmann-La Roche Ag Editing oligonucleotide
GB202215614D0 (en) 2022-10-21 2022-12-07 Proqr Therapeutics Ii Bv Heteroduplex rna editing oligonucleotide complexes
AR131145A1 (es) 2022-11-24 2025-02-19 Proqr Therapeutics Ii Bv Oligonucleótidos antisentido para el tratamiento de hemocromatosis hfe hereditaria
US20250101418A1 (en) 2022-11-30 2025-03-27 Eberhard-Karls-Universität-Tübingen Chemically modified antisense oligonucleotides (asos) and compositions comprising the same for rna editing
GB202218090D0 (en) 2022-12-01 2023-01-18 Proqr Therapeutics Ii Bv Antisense oligonucleotides for the treatment of aldehyde dehydrogenase 2 deficiency
WO2024121373A1 (en) 2022-12-09 2024-06-13 Proqr Therapeutics Ii B.V. Antisense oligonucleotides for the treatment of cardiovascular disease
GB202300865D0 (en) 2023-01-20 2023-03-08 Proqr Therapeutics Ii Bv Delivery of oligonucleotides
WO2024175550A1 (en) 2023-02-20 2024-08-29 Proqr Therapeutics Ii B.V. Antisense oligonucleotides for the treatment of atherosclerotic cardiovascular disease
WO2024175586A2 (en) 2023-02-21 2024-08-29 Vib Vzw Inhibitors of synaptogyrin-3 expression
WO2024175588A1 (en) 2023-02-21 2024-08-29 Vib Vzw Oligonucleotides for modulating synaptogyrin-3 expression
US20250014676A1 (en) 2023-03-15 2025-01-09 Shape Therapeutics Inc. Generative sequence screening with conditional gans, diffusion models, and denoising diffusion conditional gans
GB202304363D0 (en) 2023-03-24 2023-05-10 Proqr Therapeutics Ii Bv Chemically modified antisense oligonucleotides for use in RNA editing
WO2024206175A1 (en) 2023-03-24 2024-10-03 Proqr Therapeutics Ii B.V. Antisense oligonucleotides for the treatment of neurological disorders
WO2024200472A1 (en) 2023-03-27 2024-10-03 Proqr Therapeutics Ii B.V. Antisense oligonucleotides for the treatment of liver disease
WO2024256620A1 (en) 2023-06-16 2024-12-19 Proqr Therapeutics Ii B.V. Antisense oligonucleotides for the treatment of neurodegenerative disease
WO2025015335A1 (en) 2023-07-13 2025-01-16 Korro Bio, Inc. Rna-editing oligonucleotides and uses thereof
WO2025036984A1 (en) 2023-08-15 2025-02-20 Airna Corporation Chemically modified antisense oligonucleotides (asos) and compositions for rna editing
WO2025051946A1 (en) 2023-09-07 2025-03-13 Proqr Therapeutics Ii B.V. Antisense oligonucleotides for the treatment of metabolic disorders
WO2025072862A1 (en) * 2023-09-28 2025-04-03 Wave Life Sciences Ltd. Oligonucleotide compositions and methods thereof
WO2025073902A1 (en) 2023-10-06 2025-04-10 Eberhard Karls Universität Tübingen Chemical and sequence optimisation of antisense oligonucleotides for adar-mediated rna editing
WO2025083268A1 (en) 2023-10-20 2025-04-24 Airna Corporation Chemically modified antisense oligonucleotides (asos) and compositions comprising the same for rna editing
WO2025096809A1 (en) 2023-10-31 2025-05-08 Korro Bio, Inc. Oligonucleotides comprising phosphoramidate internucleotide linkages
WO2025104239A1 (en) 2023-11-16 2025-05-22 Proqr Therapeutics Ii B.V. Antisense oligonucleotides for the treatment of classic galactosemia
WO2025128799A1 (en) 2023-12-12 2025-06-19 Korro Bio, Inc. Double-stranded rna-editing oligonucleotides and uses thereof
WO2025132708A1 (en) 2023-12-20 2025-06-26 Proqr Therapeutics Ii B.V. Antisense oligonucleotides for the treatment of huntington's disease

Family Cites Families (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2014169206A2 (en) * 2013-04-11 2014-10-16 Carnegie Mellon University Divalent nucleobase compounds and uses therefor
RU2016133035A (ru) * 2014-01-16 2018-02-21 Уэйв Лайф Сайенсес Лтд. Хиральный дизайн
EP3507366B1 (en) * 2016-09-01 2020-10-07 ProQR Therapeutics II B.V. Chemically modified single-stranded rna-editing oligonucleotides
EP3642182A4 (en) * 2017-06-21 2020-12-09 Wave Life Sciences Ltd. COMPOUNDS, COMPOSITIONS AND SYNTHESIS METHODS

Also Published As

Publication number Publication date
CA3154768A1 (en) 2021-04-15
EP4022059A1 (en) 2022-07-06
CN114585737A (zh) 2022-06-03
MX2022004101A (es) 2022-04-26
IL291933A (en) 2022-06-01
US20230220384A1 (en) 2023-07-13
AU2020363391A1 (en) 2022-03-24
EP4022059A4 (en) 2023-11-01
KR20220076508A (ko) 2022-06-08
BR112022006205A2 (pt) 2022-07-19
WO2021071858A1 (en) 2021-04-15

Similar Documents

Publication Publication Date Title
JP2022551124A (ja) オリゴヌクレオチド組成物及びその使用方法
JP7696310B2 (ja) オリゴヌクレオチド組成物およびその方法
JP7606954B2 (ja) オリゴヌクレオチド組成物およびその方法
KR20230118716A (ko) 올리고뉴클레오티드 조성물 및 이의 방법
US20230203087A1 (en) Oligonucleotide compositions and methods thereof
JP7422068B2 (ja) オリゴヌクレオチド組成物及びその方法
JP2023526533A (ja) 二本鎖オリゴヌクレオチド組成物及びそれに関連する方法
US20220306573A1 (en) Oligonucleotide compositions and methods of use thereof
KR20250004787A (ko) 올리고뉴클레오티드 조성물 및 이와 관련된 방법
US20250135036A1 (en) Compositions for editing mecp2 transcripts and methods thereof
JP2024535388A (ja) オリゴヌクレオチド組成物及びその方法
US20240026358A1 (en) Oligonucleotide compositions and methods thereof
US20230392137A1 (en) Oligonucleotide compositions and methods thereof
US20240279658A1 (en) Double stranded oligonucleotide compositions and methods relating thereto
JP2025516659A (ja) オリゴヌクレオチド組成物及びその方法
WO2025072862A9 (en) Oligonucleotide compositions and methods thereof
CN118355117A (zh) 寡核苷酸组合物及其方法
WO2025072886A9 (en) Oligonucleotide compositions and methods thereof

Legal Events

Date Code Title Description
A521 Request for written amendment filed

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523

Effective date: 20231006

A621 Written request for application examination

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621

Effective date: 20231006

A131 Notification of reasons for refusal

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131

Effective date: 20240827

A601 Written request for extension of time

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601

Effective date: 20241111

A521 Request for written amendment filed

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523

Effective date: 20250227

A02 Decision of refusal

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A02

Effective date: 20250317