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JP2023011725A - Ｓｎｃａ発現を低下させるための化合物及び方法 - Google Patents

Ｓｎｃａ発現を低下させるための化合物及び方法 Download PDF

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JP2023011725A
JP2023011725A JP2022171149A JP2022171149A JP2023011725A JP 2023011725 A JP2023011725 A JP 2023011725A JP 2022171149 A JP2022171149 A JP 2022171149A JP 2022171149 A JP2022171149 A JP 2022171149A JP 2023011725 A JP2023011725 A JP 2023011725A
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Kordasiewicz Holly
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M Freier Susan
コール，トレイシー・エイ
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Abstract

【課題】細胞または動物におけるＳＮＣＡ ｍＲＮＡの量または活性を低下させ、場合によっては、細胞または動物におけるアルファ－シヌクレインタンパク質の量を低下させるための、化合物、方法、及び医薬組成物を提供する。【解決手段】１０～３０の連結ヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物であって、前記修飾オリゴヌクレオチドは、前記修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列全体にわたって測定した場合に特定の核酸塩基配列のいずれかに少なくとも８０％相補的である核酸塩基配列を有し、かつ、修飾糖、糖代替物、及び、修飾ヌクレオシド間結合から選択される少なくとも１つの修飾を含む、前記オリゴマー化合物を提供する。【選択図】なし

Description

配列表
本出願は、電子形式の配列表とともに出願されている。配列表は、２０１８年１０月１８日に作成された、サイズが７１２ＫＢのＢＩＯＬ０２８９ＷＯＳＥＱ＿ＳＴ２５．ｔｘｔと題されたファイルとして提供されている。配列表の電子形式の情報は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
技術分野
細胞または動物におけるアルファ－シヌクレイン（ＳＮＣＡ）のｍＲＮＡの量または活性を低下させ、場合によっては、細胞または動物におけるアルファ－シヌクレインタンパク質の量を低下させるための、化合物、方法、及び医薬組成物を提供する。そのような化合物、方法、及び医薬組成物は、神経変性疾患の少なくとも１つの症状または特徴を改善するのに有用である。そのような症状及び特徴には、運動機能障害、アルファ－シヌクレインの凝集、神経変性、認知機能の低下及び認知症が含まれる。そのような神経変性疾患には、パーキンソン病、レビー小体型認知症、びまん性レビー小体病、純粋自律神経不全、多系統萎縮症、神経型ゴーシェ病及びアルツハイマー病が含まれる。
アルファ－シヌクレインはアミノ酸残基１４０個の電荷の高い小さなタンパク質であり、主に中枢神経系（ＣＮＳ）のニューロンに発現し、シナプス小胞に近接してシナプス前終末に局在する（Ｉｗａｉ，ｅｔ ａｌ．，Ｎｅｕｒｏｎ．１９９５．１４：４６７－４７５）。アルファ－シヌクレインはＳＮＣＡ遺伝子によりコードされる。アルファ－シヌクレインは、インビトロで示される通り、両親媒性α－ヘリックスを形成することによって脂質膜と会合することができる（Ｄａｖｉｄｓｏｎ，ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．１９９８．２７３：９４４３－９４４９）。アルファ－シヌクレインの機能は未だ十分に解明されてはいないが、いくつかの研究では、アルファ－シヌクレインがシナプス伝達、シナプス小胞密度、及び神経可塑性の調節に関与していることを示唆している（Ｃａｂｉｎ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｎｅｕｒｏｓｃｉ．２００２．２２：８７９７－８８０７）。アルファ－シヌクレインは、それがインビトロ試験においてタンパク質の凝集予防に有効であることにより示されるように、シャペロン機能を有し得ることが示唆されている（Ｓｏｕｚａ ｅｔ ａｌ．，ＦＥＢＳ Ｌｅｔｔ．２０００．４７４：１１６－１１９）。さらに、インビボ試験により、アルファ－シヌクレインのシャペロン活性は、脳のシナプス前終末での神経伝達物質放出に不可欠であるＳＮＡＲＥ複合体の会合促進に役立つことが実証されている（Ｂｕｒｒｅ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ．３２９：１６６３－１６６７）。ＳＮＡＲＥ複合体の会合の減少は神経障害に関連しているため、シナプス前のアルファ－シヌクレイン凝集体と神経変性との間の関連を示している（Ｋｒａｍｅｒ ａｎｄ Ｓｃｈｕｌｚ－Ｓｃｈａｅｆｆｅｒ，Ｊ．Ｎｅｕｒｏｓｃｉ．２００７．２７：１４０５－１４１０）。アルファ－シヌクレインのノックアウトマウスモデルは致死的ではなく、脳の形態は完全な状態にあることから、アルファ－シヌクレインはニューロン発生には必要ないこと、及び／または代償的経路が存在することが示唆される（Ａｂｅｌｉｏｖｉｃｈ ｅｔ ａｌ．，Ｎｅｕｒｏｎ．２０００．２５：２３９－２５２）。
アルファ－シヌクレインの誤った折り畳み、凝集、及び線維形成は、パーキンソン病、レビー小体型アルツハイマー病、びまん性レビー小体病、レビー小体型認知症、及び多系統萎縮症など、いくつかの神経変性疾患の重要因子として関与している（Ｓｃｈｕｌｚ－Ｓｃｈａｅｆｆｅｒ Ａｃｔａ Ｎｅｕｒｏｐａｔｈｏｌ．２０１０．１２０：１３１－１４３、Ｙｏｓｈｉｄａ．Ｎｅｕｒｏｐａｔｈｏｌｏｇｙ．２００７．２７：４８４－４
９３）。これらの症例それぞれにおいて、アルファ－シヌクレインタンパク質は誤って折り畳まれており、会合して凝集体のレビー小体及びレビー神経突起凝集体となる（Ｕｖｅｒｓｋｙ．Ｊ．Ｎｅｕｒｏｃｈｅｍ．２００７．１０３：１７－３７）。最近のいくつかの研究により、アルファ－シヌクレインの折り畳みを促進する脂質環境はアルファ－シヌクレインの凝集をも加速させることが示されており、アルファ－シヌクレインの脂質関連コンホメーションは神経変性疾患におけるアルファ－シヌクレインの誤った折り畳みに関連し得ることを示唆している（Ｃｏｎｗａｙ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ．２００１．２９４：６－９、Ｌｅｅ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２００２．２７７：６７１－６７８）。アラニンがスレオニンに変化する５３位での変異、及びアラニンがプロリンに変化する３０位での変異は、アルファ－シヌクレインをランダムコイル状態にさせ、そのため凝集がより発生しやすいことが示されている（Ｃｌａｙｔｏｎ ａｎｄ Ｇｅｏｒｇｅ，Ｊ．Ｎｅｕｒｏｓｃｉ．１９９９．５８：１２０－１２９）。
現在、パーキンソン病、レビー小体型認知症、びまん性レビー小体病、純粋自律神経不全、多系統萎縮症、神経型ゴーシェ病及びアルツハイマー病などの神経変性疾患の治療に対する許容できる選択肢が不足している。したがって、そのような疾患を治療するための化合物、方法、及び医薬組成物を提供することが本明細書の目的である。
本明細書では、細胞または動物におけるＳＮＣＡ ｍＲＮＡの量または活性を低下させ、特定の実施形態ではアルファ－シヌクレインタンパク質の量を低下させるための化合物、方法及び医薬組成物を提供する。特定の実施形態では、動物は神経変性疾患を有する。特定の実施形態では、動物はパーキンソン病、レビー小体型認知症、びまん性レビー小体病、純粋自律神経不全、多系統萎縮症、神経型ゴーシェ病またはアルツハイマー病を有する。特定の実施形態では、ＳＮＣＡのｍＲＮＡの発現を低下させるのに有用な化合物はオリゴマー化合物である。特定の実施形態では、ＳＮＣＡのｍＲＮＡの発現を低下させるのに有用な化合物は修飾オリゴヌクレオチドである。
神経変性疾患の少なくとも１つの症状または特徴を改善するのに有用な方法も提供する。特定の実施形態では、神経変性疾患は、パーキンソン病、レビー小体型認知症、びまん性レビー小体病、純粋自律神経不全、多系統萎縮症、神経型ゴーシェ病及びアルツハイマー病である。特定の実施形態では、症状または特徴には、運動機能障害、アルファ－シヌクレインの凝集、神経変性、認知機能の低下及び認知症が含まれる。特定の実施形態では、これらの症状の改善により運動機能改善、アルファ－シヌクレイン凝集体の減少、神経変性抑制及び／または認知症抑制がもたらされる。
上述の概要及び以下の詳細な説明はいずれも例示及び説明にすぎず、限定するものではないことを理解されるべきである。本明細書では、特に具体的に断らない限り、単数形の使用には複数形が含まれる。本明細書で使用する場合、特に断らない限り、「または」の使用は「及び／または」を意味する。さらに、用語「含む（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）」ならびに他の形、例えば「含む（ｉｎｃｌｕｄｅｓ）」及び「含まれた（ｉｎｃｌｕｄｅｄ）」などの使用は限定的なものではない。また、「要素」または「構成成分」などの用語は、特に具体的に断らない限り、１つのユニットを含む要素及び構成成分、ならびに２つ以上のサブユニットを含む要素及び構成成分の両方を包含する。
本明細書で使用する項目見出しは構成のみを目的としたものであり、記載の主題を限定するものと解釈されるべきではない。特許、特許出願、記事、書籍、及び論文が含まれるがこれに限定されることなく、本出願で引用されるすべての資料または資料の一部は、本明細書で論じる資料の一部及びその全体が参照により本明細書で明白に組み込まれる。
定義
特別に定義しない限り、本明細書に記載する分析化学、合成有機化学、ならびに薬化学及び製薬化学との関連で用いられる術語、ならびにそれらの手順及び技術は、当該技術分野で周知の一般に使用されるものである。許される場合、本開示の全体を通して言及される特許、出願、公開出願及び他の刊行物及び他のデータはすべて、参照によりその全体が本明細書に組み込まれるものとする。
特に明記しない限り、以下の用語は以下の意味を有する。
定義
本明細書で使用する場合、「２’－デオキシヌクレオシド」とは、天然に生じるデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）に見られる、２’－Ｈ（Ｈ）デオキシリボース糖部分を含むヌクレオシドを意味する。特定の実施形態では、２’－デオキシヌクレオシドは、修飾核酸塩基を含んでよく、またはＲＮＡ核酸塩基（ウラシル）を含んでもよい。
本明細書で使用する場合、「２’－置換ヌクレオシド」とは、２’－置換糖部分を含むヌクレオシドを意味する。本明細書で使用する場合、糖部分に関連した「２’－置換」とは、ＨまたはＯＨ以外の少なくとも１つの２’－置換基を含む糖部分を意味する。
本明細書で使用する場合、「５－メチルシトシン」とは、５位に結合されたメチル基で修飾されたシトシンを意味する。５－メチルシトシンは修飾核酸塩基である。
本明細書で使用する場合、「投与すること」とは、動物に医薬剤を提供することを意味する。
本明細書で使用する場合、「動物」とはヒトまたは非ヒト動物を意味する。
本明細書で使用する場合、「アンチセンス活性」とは、アンチセンス化合物とその標的核酸とのハイブリダイゼーションに起因する、検出可能及び／または測定可能な任意の変化を意味する。特定の実施形態では、アンチセンス活性は、アンチセンス化合物非存在下での標的核酸レベルまたは標的タンパク質レベルと比較して、標的核酸またはかかる標的核酸によりコードされるタンパク質の量または発現が減少することである。
本明細書で使用する場合、「アンチセンス化合物」とは、少なくとも１つのアンチセンス活性を達成することができるオリゴマー化合物を意味する。
本明細書で使用する場合、治療に関連した「改善する」とは、少なくとも１つの症状が、その同じ症状を治療しない場合よりも改善することを意味する。特定の実施形態では、改善は、症状の重症度もしくは頻度の低下、または症状の発症遅延または症状の重症度もしくは頻度の進行の減速である。特定の実施形態では、症状または特徴は、運動機能障害、アルファ－シヌクレインの凝集、神経変性、認知機能の低下及び／または認知症である。特定の実施形態では、これらの症状の改善により運動機能改善、アルファ－シヌクレイン凝集体の減少、神経変性抑制及び／または認知症抑制がもたらされる。
本明細書で使用する場合、「二環式ヌクレオシド」または「ＢＮＡ」とは、二環式糖部分を含むヌクレオシドを意味する。
本明細書で使用する場合、「二環式糖」または「二環式糖部分」とは、２つの環を含む修飾糖部分を意味し、ここで、第１の環の２個の原子をつなぐ架橋を介して第２の環が形
成されることにより二環式構造を形成している。特定の実施形態では、二環式糖部分の第１の環はフラノシル部分である。特定の実施形態では、二環式糖部分はフラノシル部分を含まない。
本明細書で使用する場合、「切断可能部分」とは、生理的条件下、例えば、細胞、動物、またはヒトの内部で切断される、原子結合または原子団を意味する。
本明細書で使用する場合、オリゴヌクレオチドに関連した「相補的」とは、オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列と別の核酸の核酸塩基配列を反対方向に整列させた場合に、かかるオリゴヌクレオチドまたはその１つ以上の領域の核酸塩基の少なくとも７０％と、別の核酸またはその１つ以上の領域の核酸塩基とが互いに水素結合することができることを意味する。相補的核酸塩基とは、互いに水素結合を形成することができる核酸塩基を意味する。相補的核酸塩基対には、アデニン（Ａ）とチミン（Ｔ）、アデニン（Ａ）とウラシル（Ｕ）、シトシン（Ｃ）とグアニン（Ｇ）、５－メチルシトシン（ｍＣ）とグアニン（Ｇ）が含まれる。相補的なオリゴヌクレオチド及び／または核酸は、必ずしもそれぞれのヌクレオシドで核酸塩基が相補的である必要はない。むしろ、いくつかのミスマッチが許容される。本明細書で使用する場合、オリゴヌクレオチドに関連した「完全に相補的」または「１００％相補的」とは、オリゴヌクレオチドが、オリゴヌクレオチドのそれぞれのヌクレオシドにおいて別のオリゴヌクレオチドまたは核酸に相補的であることを意味する。
本明細書で使用する場合、「結合基」とは、オリゴヌクレオチドに直接または間接的に結合されている原子団を意味する。結合基には、結合部分及びかかる結合部分をオリゴヌクレオチドに結合させる結合リンカーが含まれる。
本明細書で使用する場合、「結合リンカー」とは、結合部分とオリゴヌクレオチドとをつなぐ少なくとも１つの結合を含む原子団を意味する。
本明細書で使用する場合、「結合部分」とは、結合リンカーを介してオリゴヌクレオチドに結合されている原子団を意味する。
本明細書で使用する場合、オリゴヌクレオチドにおいて「連続した」とは、互いに直接隣接するヌクレオシド、核酸塩基、糖部分、またはヌクレオシド間結合を指す。例えば、「連続核酸塩基」とは、順次互いに直接隣接する核酸塩基を意味する。
本明細書で使用する場合、「拘束エチル」または「ｃＥｔ」または「ｃＥｔ修飾糖」とはβ－Ｄリボシル二環式糖部分を意味し、ここで、二環式糖の第２の環はβ－Ｄリボシル糖部分の４’位の炭素と２’位の炭素とをつなぐ架橋を介して形成され、架橋は式４’－ＣＨ（ＣＨ３）－Ｏ－２’を有し、架橋のメチル基はＳ配置にある。
本明細書で使用する場合、「ｃＥｔヌクレオシド」とはｃＥｔ修飾糖を含むヌクレオシドを意味する。
本明細書で使用する場合、「キラルが豊富な集団」とは、分子式が同一な複数の分子を意味し、ここで、特定のキラル中心に特定の立体化学配置を含有する集団内部分子の数または割合は、その同一の特定のキラル中心に同一の特定の立体化学配置を、特定のキラル中心がステレオランダムな場合に含有すると予測される集団内部分子の数または割合よりも大きい。各分子内に複数のキラル中心を有する分子のキラルが豊富な集団は、ステレオランダムな１つ以上のキラル中心を含有してよい。特定の実施形態では、分子は修飾オリゴヌクレオチドである。特定の実施形態では、分子は修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物である。
本明細書で使用する場合、「ギャップマー」とは、１つ以上のヌクレオシドを有する両外部領域に挟まれて位置する、ＲＮａｓｅ Ｈによる切断を支持する複数のヌクレオシドを有する内部領域を含む修飾オリゴヌクレオチドを意味し、ここで、内部領域に含まれるヌクレオシドは、外部領域に含まれるヌクレオシドまたはヌクレオシド（複数）とは化学的に異なる。内部領域は「ギャップ」と呼ばれ得、外部領域は「ウイング」と呼ばれ得る。特に明記しない限り、「ギャップマー」とは糖モチーフを指す。特に明記しない限り、ギャップマーのギャップのヌクレオシドの糖部分は非修飾２’－デオキシリボシルである。したがって、用語「ＭＯＥギャップマー」は、両ウイングは２’－ＭＯＥヌクレオシド、またギャップは２’－デオキシヌクレオシドという糖モチーフを有するギャップマーを示す。特に明記しない限り、ＭＯＥギャップマーは、１つ以上の修飾ヌクレオシド間結合及び／または修飾核酸塩基を含んでよく、そのような修飾は必ずしも糖修飾によるギャップマーパターンに従うわけではない。
本明細書で使用する場合、「ホットスポット領域」は、標的核酸上の核酸塩基の範囲であり、オリゴマー化合物の介在によるその標的核酸の量または活性の低下の影響を受けやすい範囲である。
本明細書で使用する場合、「ハイブリダイゼーション」とは、相補的なオリゴヌクレオチド及び／または核酸の対形成またはアニーリングを意味する。特定の機構に限定するわけではないが、ハイブリダイゼーションの最も一般的な機構では水素結合が行われ、これは、相補的な核酸塩基間のワトソン－クリック型、フーグスティーン型または逆フーグスティーン型の水素結合であり得る。
本明細書で使用する場合、用語「ヌクレオシド間結合」は、オリゴヌクレオチド内の隣接するヌクレオシド間の共有結合である。本明細書で使用する場合、「修飾ヌクレオシド間結合」とは、ホスホジエステルヌクレオシド間結合以外の任意のヌクレオシド間結合を意味する。「ホスホロチオアートヌクレオシド間結合」は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合の非架橋酸素原子の１つが硫黄原子で置き換えられている修飾ヌクレオシド間結合である。
本明細書で使用する場合、「リンカーヌクレオシド」とは、オリゴヌクレオチドと結合部分を直接または間接的に連結するヌクレオシドを意味する。リンカーヌクレオシドはオリゴマー化合物の結合リンカー内に位置する。リンカーヌクレオシドは、これがオリゴヌクレオチドに隣接する場合であっても、オリゴマー化合物のオリゴヌクレオチド部の一部とはみなされない。
本明細書で使用する場合、「非二環式修飾糖部分」とは、糖の２個の原子間に架橋を形成して第２の環を形成することのない修飾、例えば、置換基などを含む修飾糖部分を意味する。
本明細書で使用する場合、「ミスマッチ」または「非相補的」とは、第１及び第２のオリゴヌクレオチドを整列させた場合に、第１のオリゴヌクレオチドの核酸塩基が、第２のオリゴヌクレオチドまたは標的核酸の対応する核酸塩基と相補的ではないことを意味する。
本明細書で使用する場合、「ＭＯＥ」とはメトキシエチルを意味する。「２’－ＭＯＥ」または「２’－ＭＯＥ修飾糖」とは、リボシル糖部分の２’－ＯＨ基に代わる２’－ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３基を意味する。
本明細書で使用する場合、「２’－ＭＯＥヌクレオシド」とは２’－ＭＯＥ修飾糖を含むヌクレオシドを意味する。本明細書で使用する場合、「モチーフ」とは、オリゴヌクレオチドにおける非修飾部分及び／または修飾糖部分、核酸塩基、及び／またはヌクレオシド間結合のパターンを意味する。
本明細書で使用する場合、「ｍＲＮＡ」とは、タンパク質をコードするＲＮＡ転写産物を意味し、特に明記しない限り、プレｍＲＮＡ及び成熟ｍＲＮＡが含まれる。
本明細書で使用する場合、「神経変性疾患」とは、ニューロンの死を含めた、ニューロンの構造または機能の進行性の喪失を特徴とする病態を意味する。特定の実施形態では、神経変性疾患は、パーキンソン病、レビー小体型認知症、びまん性レビー小体病、純粋自律神経不全、多系統萎縮症、神経型ゴーシェ病及びアルツハイマー病である。
本明細書で使用する場合、「核酸塩基」とは、非修飾核酸塩基または修飾核酸塩基を意味する。本明細書で使用する場合、「非修飾核酸塩基」はアデニン（Ａ）、チミン（Ｔ）、シトシン（Ｃ）、ウラシル（Ｕ）、及びグアニン（Ｇ）である。本明細書で使用する場合、「修飾核酸塩基」は、少なくとも１つの非修飾核酸塩基との対形成能のある、非修飾Ａ、Ｔ、Ｃ、Ｕ、またはＧ以外の原子団である。「５－メチルシトシン」は修飾核酸塩基である。ユニバーサル塩基は、５つの非修飾核酸塩基のいずれか１つと対形成することができる修飾核酸塩基である。本明細書で使用する場合、「核酸塩基配列」とは、糖またはヌクレオシド間結合の任意の修飾とは独立した、核酸またはオリゴヌクレオチド内の連続する核酸塩基の順序を意味する。
本明細書で使用する場合、「ヌクレオシド」とは、核酸塩基と糖部分とを含む化合物を意味する。核酸塩基及び糖部分は、それぞれ独立して非修飾であるかまたは修飾されている。本明細書で使用する場合、「修飾ヌクレオシド」とは、修飾核酸塩基及び／または修飾糖部分を含むヌクレオシドを意味する。修飾ヌクレオシドには、核酸塩基を欠く脱塩基ヌクレオシドが含まれる。「連結ヌクレオシド」は、連続する配列でつながれているヌクレオシドである（すなわち、連結されているヌクレオシドの間にさらなるヌクレオシドが存在しない）。
本明細書で使用する場合、「オリゴマー化合物」とは、オリゴヌクレオチド及び任意選択で、結合基または末端基のような１つ以上のさらなる特徴を意味する。オリゴマー化合物は、第１のオリゴマー化合物に相補的な第２のオリゴマー化合物と対形成しても、または対形成しなくてもよい。「一本鎖オリゴマー化合物」は対になっていないオリゴマー化合物である。用語「オリゴマー二重鎖」とは、相補的核酸塩基配列を有する２つのオリゴマー化合物により形成される二重鎖を意味する。オリゴマー二重鎖の各オリゴマー化合物は「二重鎖形成オリゴマー化合物」と呼ばれ得る。
本明細書で使用する場合、「オリゴヌクレオチド」とは、ヌクレオシド間結合を介してつながっている連結ヌクレオシドの鎖を意味し、それぞれのヌクレオシド及びヌクレオシド間結合は修飾されていても修飾されていなくてもよい。特に明記しない限り、オリゴヌクレオチドは８～５０の連結ヌクレオシドからなる。本明細書で使用する場合、「修飾オリゴヌクレオチド」とは、少なくとも１つのヌクレオシドまたはヌクレオシド間結合が修飾されているオリゴヌクレオチドを意味する。本明細書で使用する場合、「非修飾オリゴヌクレオチド」とは、ヌクレオシド修飾もヌクレオシド間修飾も何ら含まないオリゴヌクレオチドを意味する。
本明細書で使用する場合、「薬理学的に許容される担体または希釈剤」とは、動物への投与での使用に好適な任意の物質を意味する。特定のそのような担体により、医薬組成物
を、例えば、対象が経口摂取する錠剤、丸剤、糖衣錠、カプセル、液剤、ゲル、シロップ、スラリー、懸濁液及び薬用ドロップとして製剤化することが可能になる。特定の実施形態では、薬理学的に許容される担体または希釈剤は、滅菌水、滅菌生理食塩水、滅菌緩衝液または滅菌人工脳脊髄液である。
本明細書で使用する場合、「薬理学的に許容される塩」とは、化合物の生理学的及び薬理学的に許容される塩を意味する。薬理学的に許容される塩は、親化合物の所望の生物学的活性を保持し、かかる活性に対し望ましくない毒性作用を付与しない。
本明細書で使用する場合、「医薬組成物」とは、対象への投与に好適な物質の混合物を意味する。例えば、医薬組成物は、オリゴマー化合物及び滅菌水溶液を含んでよい。特定の実施形態では、医薬組成物は、特定の細胞株での自由取り込みアッセイにおいて活性を示す。
本明細書で使用する場合、「プロドラッグ」とは、動物またはその細胞内で異なる形態に変換される、体外での形態にある治療薬を意味する。典型的に、動物体内でのプロドラッグの変換は、細胞または組織に存在する酵素（例えば、内在性酵素またはウイルスの酵素）もしくは化学薬品の作用によって、及び／または生理的条件によって促進される。
本明細書で使用する場合、「量または活性を低下させるかまたは阻害する」とは、未処置試料または対照試料における転写発現または活性と比べた、転写発現または活性の低下または遮断を指し、必ずしも転写発現または活性の完全消失を示すわけではない。
本明細書で使用する場合、「ＲＮＡｉ化合物」とは、標的核酸及び／または標的核酸によりコードされるタンパク質を調節するよう少なくとも部分的にＲＩＳＣまたはＡｇｏ２を介して作用するアンチセンス化合物を意味する。ＲＮＡｉ化合物には、二本鎖ｓｉＲＮＡ、一本鎖ＲＮＡ（ｓｓＲＮＡ）、及びマイクロＲＮＡ模倣物などのマイクロＲＮＡが含まれるが、これに限定されるものではない。特定の実施形態では、ＲＮＡｉ化合物は標的核酸の量、活性、及び／またはスプライシングを調節する。ＲＮＡｉ化合物という用語では、ＲＮａｓｅ Ｈを介して作用するアンチセンス化合物は除外される。
本明細書で使用する場合、オリゴヌクレオチドに関連した「自己相補的」とは、少なくとも部分的にそれ自身とハイブリダイズするオリゴヌクレオチドを意味する。
本明細書で使用する場合、「標準的細胞アッセイ」とは、実施例１０に記載のアッセイ及びその妥当な変形を意味する。
本明細書で使用する場合、「標準的インビボアッセイ」とは、実施例２２に記載の実験及びその妥当な変形を意味する。
本明細書で使用する場合、分子式が同一な分子集団において「ステレオランダムなキラル中心」とは、ランダムな立体化学配置を有するキラル中心を意味する。例えば、ステレオランダムなキラル中心を含む分子集団において、ステレオランダムなキラル中心が（Ｓ）配置である分子の数は、ステレオランダムなキラル中心が（Ｒ）配置である分子の数と同じ場合があるが必ずしも同じではない。キラル中心の立体化学配置は、それが、立体化学配置を制御するよう設計されていない合成方法の結果もたらされた場合はランダムであるとみなされる。特定の実施形態では、ステレオランダムなキラル中心は、ステレオランダムなホスホロチオアートヌクレオシド間結合である。
本明細書で使用する場合、「糖部分」とは、非修飾糖部分または修飾糖部分を意味する
。本明細書で使用する場合、「非修飾糖部分」とは、ＲＮＡに見出される２’－ＯＨ（Ｈ）リボシル部分（「非修飾ＲＮＡ糖部分」）、またはＤＮＡに見出される２’－Ｈ（Ｈ）デオキシリボシル部分（「非修飾ＤＮＡ糖部分」）を意味する。非修飾糖部分は、１’位、３’位、及び４’位のそれぞれに水素を１個、３’位に酸素を１個、及び５’位に水素を２個有する。本明細書で使用する場合、「修飾糖部分」または「修飾糖」とは、修飾フラノシル糖部分または糖代替物を意味する。
本明細書で使用する場合、「糖代替物」とは、核酸塩基と、オリゴヌクレオチドのヌクレオシド間結合、結合基、または末端基などの別の基とを連結させることができる、フラノシル部分以外の部分を有する修飾糖部分を意味する。糖代替物を含む修飾ヌクレオシドはオリゴヌクレオチド内の１つ以上の位置に組み込み可能であり、そのようなオリゴヌクレオチドは、相補的なオリゴマー化合物または標的核酸にハイブリダイズすることができる。
本明細書で使用する場合、「標的核酸」及び「標的ＲＮＡ」とは、それに対してアンチセンス化合物が影響を与えるよう設計されている核酸を意味する。
本明細書で使用する場合、「標的領域」とは、それに対してオリゴマー化合物がハイブリダイズするよう設計されている、標的核酸の一部を意味する。
本明細書で使用する場合、「末端基」とは、オリゴヌクレオチドの末端に共有結合で連結している化学基または原子団を意味する。
本明細書で使用する場合、「治療的有効量」とは、動物に治療上の利益を提供する医薬剤の量を意味する。例えば、治療的有効量により疾患の症状が改善する。
本開示は、以下の番号付けされた非限定的実施形態を提供する。
実施形態１。１０～３０の連結ヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物であって、前記修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号２１９３、１７０３、２８～１７０２、１７０４～２１９２、及び２１９４～２７９３のいずれかの少なくとも１２、１３、１４、１５、１６または１７の核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する、前記オリゴマー化合物。
実施形態２。１０～３０の連結ヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物であって、前記修飾オリゴヌクレオチドは、
配列番号２の核酸塩基５０９１５～５０９４３の等長部、
配列番号２の核酸塩基１９６３０～１９６５６の等長部、
配列番号２の核酸塩基２８４５１～２８４９１の等長部、
配列番号２の核酸塩基４８７１２～４８７６０の等長部、
配列番号２の核酸塩基２３２７９～２３３１５の等長部、
配列番号２の核酸塩基２０９６４～２１０１８の等長部、
配列番号２の核酸塩基２２４５４～２２４７７の等長部、
配列番号２の核酸塩基７２２９４～７２３２１の等長部、
配列番号２の核酸塩基２０５４９～２０５８１の等長部、または
配列番号２の核酸塩基２７４１２～２７４３２の等長部
の少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、または少なくとも２０連続する核酸塩基に相補的な核酸塩基配列を有する、前記オリゴマー化合物。
実施形態３。前記修飾オリゴヌクレオチドは、前記修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列全体にわたって測定した場合に配列番号１～６の核酸塩基配列のいずれかに少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％相補的である核酸塩基配列を有する、実施形態１または２に記載のオリゴマー化合物。
実施形態４。前記修飾オリゴヌクレオチドは、少なくとも１つの修飾ヌクレオシドを含む、実施形態１～３のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態５。前記修飾オリゴヌクレオチドは、修飾糖部分を含む少なくとも１つの修飾ヌクレオシドを含む、実施形態４に記載のオリゴマー化合物。
実施形態６。前記修飾オリゴヌクレオチドは、二環式糖部分を含む少なくとも１つの修飾ヌクレオシドを含む、実施形態５に記載のオリゴマー化合物。
実施形態７。前記修飾オリゴヌクレオチドは、２’－４’架橋を有する二環式糖部分を含む少なくとも１つの修飾ヌクレオシドを含み、前記２’－４’架橋は－Ｏ－ＣＨ２－及び－Ｏ－ＣＨ（ＣＨ３）－から選択される、実施形態６に記載のオリゴマー化合物。
実施形態８。前記修飾オリゴヌクレオチドは、非二環式修飾糖部分を含む少なくとも１つの修飾ヌクレオシドを含む、実施形態４～７のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態９。前記修飾オリゴヌクレオチドは、２’－ＭＯＥ修飾糖または２’－ＯＭｅ修飾糖を含む非二環式修飾糖部分を含む少なくとも１つの修飾ヌクレオシドを含む、実施形態８に記載のオリゴマー化合物。
実施形態１０。前記修飾オリゴヌクレオチドは、糖代替物を含む少なくとも１つの修飾ヌクレオシドを含む、実施形態４～９のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態１１。前記修飾オリゴヌクレオチドは、モルホリノ及びＰＮＡから選択される糖代替物を含む少なくとも１つの修飾ヌクレオシドを含む、実施形態１０に記載のオリゴマー化合物。
実施形態１２。前記修飾オリゴヌクレオチドは、
１～５の連結した５’－領域ヌクレオシドからなる５’－領域、
６～１０の連結した中央領域ヌクレオシドからなる中央領域、及び
１～５の連結した３’－領域ヌクレオシドからなる３’－領域
を含む糖モチーフを有し、ここで、
前記５’－領域ヌクレオシドの各々及び前記３’－領域ヌクレオシドの各々は修飾糖部分を含み、前記中央領域ヌクレオシドの各々は非修飾２’－デオキシリボシル糖部分を含む、実施形態１～１１のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態１３。前記修飾オリゴヌクレオチドは少なくとも１つの修飾ヌクレオシド間結合を含む、実施形態１～１２のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態１４。前記修飾オリゴヌクレオチドの各ヌクレオシド間結合は修飾ヌクレオシド間結合である、実施形態１３に記載のオリゴマー化合物。
実施形態１５。少なくとも１つのヌクレオシド間結合はホスホロチオアートヌクレオシド間結合である、実施形態１３または１４に記載のオリゴマー化合物。
実施形態１６。前記修飾オリゴヌクレオチドは少なくとも１つのホスホジエステルヌクレオシド間結合を含む、実施形態１３または１５に記載のオリゴマー化合物。
実施形態１７。各ヌクレオシド間結合は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合またはホスホロチオアートヌクレオシド間結合のいずれかである、実施形態１３、１５、または１６のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態１８。前記修飾オリゴヌクレオチドは少なくとも１つの修飾核酸塩基を含む、実施形態１～１７のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態１９。前記修飾核酸塩基は５－メチルシトシンである、実施形態１８に記載のオリゴマー化合物。
実施形態２０。前記修飾オリゴヌクレオチドは、１２～３０、１２～２２、１２～２０、１４～２０、１５～２５、１６～２０、１８～２２または１８～２０の連結ヌクレオシドからなる、実施形態１～１９のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態２１。前記修飾オリゴヌクレオチドは１７または２０の連結ヌクレオシドからなる、実施形態１～２０のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態２２。前記修飾オリゴヌクレオチドからなる、実施形態１～２１のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態２３。結合部分と結合リンカーとを含む結合基を含む、実施形態１～２１のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態２４。前記結合基は、１～３のＧａｌＮＡｃリガンドを含むＧａｌＮＡｃクラスターを含む、実施形態２３に記載のオリゴマー化合物。
実施形態２５。前記結合リンカーは単結合からなる、実施形態２３または２４に記載のオリゴマー化合物。
実施形態２６。前記結合リンカーは切断可能である、実施形態２４に記載のオリゴマー化合物。
実施形態２７。前記結合リンカーは１～３のリンカーヌクレオシドを含む、実施形態２６に記載のオリゴマー化合物。
実施形態２８。前記結合基は、前記修飾オリゴヌクレオチドの５’末端で前記修飾オリゴヌクレオチドに結合されている、実施形態２３～２７のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態２９。前記結合基は、前記修飾オリゴヌクレオチドの３’末端で前記修飾オリゴヌクレオチドに結合されている、実施形態２３～２７のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態３０。末端基を含む、実施形態１～２９のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態３１。前記オリゴマー化合物は一本鎖オリゴマー化合物である、実施形態１～３０のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態３２。前記オリゴマー化合物はリンカーヌクレオシドを含まない、実施形態１～２６または２８～３０のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態３３。実施形態１～３０または３２のいずれかに記載のオリゴマー化合物を含むオリゴマー二重鎖。
実施形態３４。実施形態１～３２のいずれかに記載のオリゴマー化合物または実施形態３３に記載のオリゴマー二重鎖を含むかまたはそれからなるアンチセンス化合物。
実施形態３５。実施形態１～３２のいずれかに記載のオリゴマー化合物または実施形態３３に記載のオリゴマー二重鎖及び薬理学的に許容される担体もしくは希釈剤を含む医薬組成物。
実施形態３６。以下の式
Figure 2023011725000001
に従う修飾オリゴヌクレオチドまたはその塩。本明細書での定義及び開示と一致していれば、任意または全部の結合の立体化学を意図的に制御するか、またはどの結合も立体化学を意図的に制御しないで実施形態３６の化合物を作製してよい。
実施形態３７。以下の式
Figure 2023011725000002
に従う修飾オリゴヌクレオチドまたはその塩。本明細書での定義及び開示と一致していれば、任意または全部の結合の立体化学を意図的に制御するか、またはどの結合も立体化学を意図的に制御しないで実施形態３７の化合物を作製してよい。
実施形態３８。以下の式
Figure 2023011725000003
に従う修飾オリゴヌクレオチドまたはその塩。本明細書での定義及び開示と一致していれば、任意または全部の結合の立体化学を意図的に制御するか、またはどの結合も立体化学を意図的に制御しないで実施形態３８の化合物を作製してよい。
実施形態３９。以下の式
Figure 2023011725000004
に従う修飾オリゴヌクレオチドまたはその塩。本明細書での定義及び開示と一致していれば、任意または全部の結合の立体化学を意図的に制御するか、またはどの結合も立体化学を意図的に制御しないで実施形態３９の化合物を作製してよい。
実施形態４０。以下の式
Figure 2023011725000005
に従う修飾オリゴヌクレオチドまたはその塩。本明細書での定義及び開示と一致していれば、任意または全部の結合の立体化学を意図的に制御するか、またはどの結合も立体化学を意図的に制御しないで実施形態４０の化合物を作製してよい。
実施形態４１。前記式のナトリウム塩である、実施形態３６～４０のいずれかに記載の修飾オリゴヌクレオチド。
実施形態４２。実施形態３６～４０のいずれかに記載の修飾オリゴヌクレオチドのキラルが豊富な集団であって、特定の立体化学配置を有する少なくとも１つの特定のホスホロチオアートヌクレオシド間結合を含む修飾オリゴヌクレオチドが豊富である、前記集団。
実施形態４３。前記集団は、（Ｓｐ）立体配置を有する少なくとも１つの特定のホスホロチオアートヌクレオシド間結合を含む修飾オリゴヌクレオチドが豊富である、実施形態４２に記載のキラルが豊富な集団。
実施形態４４。前記集団は、（Ｒｐ）立体配置を有する少なくとも１つの特定のホスホロチオアートヌクレオシド間結合を含む修飾オリゴヌクレオチドが豊富である、実施形態４２に記載のキラルが豊富な集団。
実施形態４５。前記集団は、独立して選択される特定の立体化学配置を各ホスホロチオアートヌクレオシド間結合に有する修飾オリゴヌクレオチドが豊富である、実施形態４２に記載のキラルが豊富な集団。
実施形態４６。前記集団は、各ホスホロチオアートヌクレオシド間結合に（Ｓｐ）立体配置を有する修飾オリゴヌクレオチドが豊富である、実施形態４５に記載のキラルが豊富な集団。
実施形態４７。前記集団は、各ホスホロチオアートヌクレオシド間結合に（Ｒｐ）立体配置を有する修飾オリゴヌクレオチドが豊富である、実施形態４５に記載のキラルが豊富な集団。
実施形態４８。前記集団は、１つの特定のホスホロチオアートヌクレオシド間結合に（Ｒｐ）立体配置を有し、残りのホスホロチオアートヌクレオシド間結合の各々に（Ｓｐ）立体配置を有する修飾オリゴヌクレオチドが豊富である、実施形態４５に記載のキラルが豊富な集団。
実施形態４８。前記集団は、５’から３’方向へ向かって、Ｓｐ、Ｓｐ、及びＲｐ立体配置にある少なくとも３つの連続するホスホロチオアートヌクレオシド間結合を有する修飾オリゴヌクレオチドが豊富である、実施形態４２または実施形態４５に記載のキラルが豊富な集団。
実施形態４９。前記集団は、５’から３’方向へ向かって、Ｓｐ、Ｓｐ、及びＲｐ立体配置にある少なくとも３つの連続するホスホロチオアートヌクレオシド間結合を有する修飾オリゴヌクレオチドが豊富である、実施形態４２または実施形態４５に記載のキラルが豊富な集団。
実施形態５０。前記修飾オリゴヌクレオチドのすべてのホスホロチオアートヌクレオシド間結合はステレオランダムである、実施形態１～３２のいずれかに記載のオリゴマー化合物のキラルが豊富な集団。
実施形態５１。実施形態３６～４０のいずれかに記載の修飾オリゴヌクレオチド及び薬理学的に許容される希釈剤または担体を含む医薬組成物。
実施形態５２。前記薬理学的に許容される希釈剤は人工脳脊髄液である、実施形態５１に記載の医薬組成物。
実施形態５３。前記医薬組成物は、本質的に前記修飾オリゴヌクレオチド及び人工脳脊髄液からなる、実施形態５０に記載の医薬組成物。
実施形態５４。実施形態３５または５１～５３のいずれかに記載の医薬組成物を動物に投与することを含む方法。
実施形態５５。ＳＮＣＡに関連した疾患に罹患しているかまたは発症のリスクがある個体に対し実施形態３５または５１～５３のいずれかに記載の医薬組成物を治療的有効量にて投与し、それにより前記ＳＮＣＡに関連した疾患を治療することを含む、ＳＮＣＡに関連した疾患を治療する方法。
実施形態５６。前記ＳＮＣＡに関連した疾患は神経変性疾患である、実施形態５５に記載の方法。
実施形態５７。前記神経変性疾患は、パーキンソン病、レビー小体型認知症、びまん性レビー小体病、純粋自律神経不全、多系統萎縮症、神経型ゴーシェ病及びアルツハイマー
病のいずれかである、実施形態５６に記載の方法。
実施形態５８。前記神経変性疾患の少なくとも１つの症状または特徴が改善される、実施形態５６に記載の方法。
実施形態５９。前記症状または特徴は、運動機能障害、アルファ－シヌクレインの凝集、神経変性、認知機能の低下及び認知症のいずれかである、実施形態５８に記載の方法。
Ｉ．特定のオリゴヌクレオチド
特定の実施形態では、本明細書では、連結ヌクレオシドからなるオリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物を提供する。オリゴヌクレオチドは非修飾オリゴヌクレオチド（ＲＮＡまたはＤＮＡ）であっても修飾オリゴヌクレオチドであってもよい。修飾オリゴヌクレオチドは、非修飾ＲＮＡまたは非修飾ＤＮＡに対し少なくとも１つの修飾を含む。すなわち、修飾オリゴヌクレオチドは、少なくとも１つの修飾ヌクレオシド（修飾糖部分及び／または修飾核酸塩基を含む）及び／または少なくとも１つの修飾ヌクレオシド間結合を含む。
Ａ．特定の修飾ヌクレオシド
修飾ヌクレオシドは、修飾糖部分、または修飾核酸塩基、または修飾糖部分及び修飾核酸塩基の両方を含む。
１．特定の糖部分
特定の実施形態では、修飾糖部分は非二環式修飾糖部分である。特定の実施形態では、修飾糖部分は二環式または三環式の糖部分である。特定の実施形態では、修飾糖部分は糖代替物である。そのような糖代替物は、他の種類の修飾糖部分の置換に対応する１つ以上の置換を含んでよい。
特定の実施形態では、修飾糖部分は、フラノシル環の２個の原子を架橋して二環式構造を形成することのない置換基を１つ以上有するフラノシル環を含む非二環式修飾糖部分である。そのような架橋を形成しない置換基はフラノシルの任意の位置にあってよく、２’位、４’位、及び／または５’位における置換基が含まれるが、これに限定されるものではない。特定の実施形態では、非二環式修飾糖部分の１つ以上の非架橋形成置換基は分岐している。非二環式修飾糖部分に好適な２’－置換基の例には、２’－Ｆ、２’－ＯＣＨ３（「ＯＭｅ」または「Ｏ－メチル」）、及び２’－Ｏ（ＣＨ２）２ＯＣＨ３（「ＭＯＥ」）が含まれるが、これに限定されるものではない。特定の実施形態では、２’－置換基は、ハロ、アリル、アミノ、アジド、ＳＨ、ＣＮ、ＯＣＮ、ＣＦ３、ＯＣＦ３、Ｏ－Ｃ１－Ｃ１０アルコキシ、Ｏ－Ｃ１－Ｃ１０置換アルコキシ、Ｏ－Ｃ１－Ｃ１０アルキル、Ｏ－Ｃ１－Ｃ１０置換アルキル、Ｓ－アルキル、Ｎ（Ｒｍ）－アルキル、Ｏ－アルケニル、Ｓ－アルケニル、Ｎ（Ｒｍ）－アルケニル、Ｏ－アルキニル、Ｓ－アルキニル、Ｎ（Ｒｍ）－アルキニル、Ｏ－アルキレニル－Ｏ－アルキル、アルキニル、アルカリール、アラルキル、Ｏ－アルカリール、Ｏ－アラルキル、Ｏ（ＣＨ２）２ＳＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２ＯＮ（Ｒｍ）（Ｒｎ）またはＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）－Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ）（その場合、各Ｒｍ及びＲｎは独立してＨ、アミノ保護基、または置換もしくは非置換のＣ１－Ｃ１０アルキルである）、ならびにＣｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．６，５３１，５８４、Ｃｏｏｋ
ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，８５９，２２１、及びＣｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．６，００５，０８７に記載の２’－置換基の中から選択される。これらの２’－置換基の特定の実施形態はさらに、ヒドロキシル、アミノ、アルコキシ、カルボキシ、ベンジル、フェニル、ニトロ（ＮＯ２）、チオール、チオアルコキシ、チオアルキル、ハロゲン、アルキル、アリール、アルケニル及びアルキニルの中から独立して選択される１つ以上の置換基で置換され得る。非二環式修飾糖部分に好適な４’－置換基の例には、アルコキシ（
例えば、メトキシ）、アルキル、及びＭａｎｏｈａｒａｎ ｅｔ ａｌ．，ＷＯ２０１５／１０６１２８に記載のものが含まれるが、これに限定されるものではない。非二環式修飾糖部分に好適な５’－置換基の例には、５’－メチル（ＲまたはＳ）、５’－ビニル、及び５’－メトキシが含まれるが、これに限定されるものではない。特定の実施形態では、非二環式修飾糖部分は、２つ以上の非架橋形成糖置換基、例えば、２’－Ｆ－５’－メチル糖部分及び修飾糖部分及びＭｉｇａｗａ ｅｔ ａｌ．，ＷＯ２００８／１０１１５７及びＲａｊｅｅｖ ｅｔ ａｌ．，ＵＳ２０１３／０２０３８３６）に記載の修飾ヌクレオシドなどを含む。
特定の実施形態では、２’－置換非二環式修飾ヌクレオシドは、Ｆ、ＮＨ２、Ｎ３、ＯＣＦ３、ＯＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）３ＮＨ２、ＣＨ２ＣＨ＝ＣＨ２、ＯＣＨ２ＣＨ＝ＣＨ２、ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２ＳＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２ＯＮ（Ｒｍ）（Ｒｎ）、Ｏ（ＣＨ２）２Ｏ（ＣＨ２）２Ｎ（ＣＨ３）２、及びＮ－置換アセトアミド（ＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）－Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ））から選択される非架橋形成２’－置換基を含む糖部分を含み、その場合、各Ｒｍ及びＲｎは独立してＨ、アミノ保護基、または置換もしくは非置換のＣ１－Ｃ１０アルキルである。
特定の実施形態では、２’－置換ヌクレオシドの非二環式修飾ヌクレオシドは、Ｆ、ＯＣＦ３、ＯＣＨ３、ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２ＳＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２ＯＮ（ＣＨ３）２、Ｏ（ＣＨ２）２Ｏ（ＣＨ２）２Ｎ（ＣＨ３）２、及びＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）－Ｎ（Ｈ）ＣＨ３（「ＮＭＡ」）から選択される非架橋形成２’－置換基を含む糖部分を含む。
特定の実施形態では、２’－置換非二環式修飾ヌクレオシドは、Ｆ、ＯＣＨ３、及びＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３から選択される非架橋形成２’－置換基を含む糖部分を含む。
特定の修飾糖部分は、フラノシル環の２個の原子間を架橋して第２の環を形成させることにより二環式糖部分を生じさせる置換基を含む。特定のそのような実施形態では、二環式糖部分は、フラノース環原子の４’位と２’位の間の架橋を含む。そのような４’位から２’位に架橋を形成する糖置換基の例には、４’－ＣＨ２－２’、４’－（ＣＨ２）２－２’、４’－（ＣＨ２）３－２’、４’－ＣＨ２－Ｏ－２’（「ＬＮＡ」）、４’－ＣＨ２－Ｓ－２’、４’－（ＣＨ２）２－Ｏ－２’（「ＥＮＡ」）、４’－ＣＨ（ＣＨ３）－Ｏ－２’（「拘束エチル」または「ｃＥｔ」と呼ぶ）、４’－ＣＨ２－Ｏ－ＣＨ２－２’、４’－ＣＨ２－Ｎ（Ｒ）－２’、４’－ＣＨ（ＣＨ２ＯＣＨ３）－Ｏ－２’（「拘束ＭＯＥ」または「ｃＭＯＥ」）及びその類似体（例えば、Ｓｅｔｈ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．７，３９９，８４５、Ｂｈａｔ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．７，５６９，６８６、Ｓｗａｙｚｅ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．７，７４１，４５７、及びＳｗａｙｚｅ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，０２２，１９３を参照のこと）、４’－Ｃ（ＣＨ３）（ＣＨ３）－Ｏ－２’及びその類似体（例えば、Ｓｅｔｈ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，２７８，２８３を参照のこと）、４’－ＣＨ２－Ｎ（ＯＣＨ３）－２’及びその類似体（例えば、Ｐｒａｋａｓｈ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，２７８，４２５を参照のこと）、４’－ＣＨ２－Ｏ－Ｎ（ＣＨ３）－２’（例えば、Ａｌｌｅｒｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．７，６９６，３４５及びＡｌｌｅｒｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，１２４，７４５を参照のこと）、４’－ＣＨ２－Ｃ（Ｈ）（ＣＨ３）－２’（例えば、Ｚｈｏｕ，ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．，２００９，７４，１１８－１３４を参照のこと）、４’－ＣＨ２－Ｃ（＝ＣＨ２）－２’及びその類似体（例えば、Ｓｅｔｈ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，２７８，４２６を参照のこと）、４’－Ｃ（ＲａＲｂ）－Ｎ（Ｒ）－Ｏ－２’、４’－Ｃ（ＲａＲｂ）－Ｏ－Ｎ（Ｒ）－２’、４’－ＣＨ２－Ｏ－Ｎ（Ｒ）－２’、ならびに４’－ＣＨ２－Ｎ（Ｒ）－Ｏ－２’（ここで、各Ｒ、Ｒａ、及びＲｂは独立してＨ、保護基、またはＣ１－Ｃ１２アルキルである）（例えば、Ｉｍａｎｉｓｈｉ ｅｔ ａｌ．，Ｕ
．Ｓ．７，４２７，６７２を参照のこと）が含まれるが、これに限定されるものではない。
特定の実施形態では、そのような４’位から２’位への架橋は、独立して、－［Ｃ（Ｒａ）（Ｒｂ）］ｎ－、－［Ｃ（Ｒａ）（Ｒｂ）］ｎ－Ｏ－、－Ｃ（Ｒａ）＝Ｃ（Ｒｂ）－、－Ｃ（Ｒａ）＝Ｎ－、－Ｃ（＝ＮＲａ）－、－Ｃ（＝Ｏ）－、－Ｃ（＝Ｓ）－、－Ｏ－、－Ｓｉ（Ｒａ）２－、－Ｓ（＝Ｏ）ｘ－、及び－Ｎ（Ｒａ）－から独立して選択される１～４つの連結した基を含み、
ここで、
ｘは０、１、または２であり、
ｎは１、２、３、または４であり、
各Ｒａ及びＲｂは独立してＨ、保護基、ヒドロキシル、Ｃ１－Ｃ１２アルキル、置換Ｃ１－Ｃ１２アルキル、Ｃ２－Ｃ１２アルケニル、置換Ｃ２－Ｃ１２アルケニル、Ｃ２－Ｃ１２アルキニル、置換Ｃ２－Ｃ１２アルキニル、Ｃ５－Ｃ２０アリール、置換Ｃ５－Ｃ２０アリール、複素環ラジカル、置換複素環ラジカル、ヘテロアリール、置換ヘテロアリール、Ｃ５－Ｃ７脂環式ラジカル、置換Ｃ５－Ｃ７脂環式ラジカル、ハロゲン、ＯＪ１、ＮＪ１Ｊ２、ＳＪ１、Ｎ３、ＣＯＯＪ１、アシル（Ｃ（＝Ｏ）－Ｈ）、置換アシル、ＣＮ、スルホニル（Ｓ（＝Ｏ）２－Ｊ１）、またはスルホキシル（Ｓ（＝Ｏ）－Ｊ１）であり、
各Ｊ１及びＪ２は独立してＨ、Ｃ１－Ｃ１２アルキル、置換Ｃ１－Ｃ１２アルキル、Ｃ２－Ｃ１２アルケニル、置換Ｃ２－Ｃ１２アルケニル、Ｃ２－Ｃ１２アルキニル、置換Ｃ２－Ｃ１２アルキニル、Ｃ５－Ｃ２０アリール、置換Ｃ５－Ｃ２０アリール、アシル（Ｃ（＝Ｏ）－Ｈ）、置換アシル、複素環ラジカル、置換複素環ラジカル、Ｃ１－Ｃ１２アミノアルキル、置換Ｃ１－Ｃ１２アミノアルキル、または保護基である。
さらなる二環式糖部分は当該技術分野で公知であり、例えば、Ｆｒｅｉｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，１９９７，２５（２２），４４２９－４４４３、Ａｌｂａｅｋ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．，２００６，７１，７７３１－７７４０、Ｓｉｎｇｈ ｅｔ ａｌ．，Ｃｈｅｍ．Ｃｏｍｍｕｎ．，１９９８，４，４５５－４５６、Ｋｏｓｈｋｉｎ ｅｔ ａｌ．，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ，１９９８，５４，３６０７－３６３０、Ｋｕｍａｒ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔ．，１９９８，８，２２１９－２２２２、Ｓｉｎｇｈ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．，１９９８，６３，１００３５－１００３９、Ｓｒｉｖａｓｔａｖａ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．，２００１７，１２９，８３６２－８３７９、Ｗｅｎｇｅｌ ｅｔ ａ．，Ｕ．Ｓ．７，０５３，２０７、Ｉｍａｎｉｓｈｉ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．６，２６８，４９０、Ｉｍａｎｉｓｈｉ ｅｔ ａｌ．Ｕ．Ｓ．６，７７０，７４８、Ｉｍａｎｉｓｈｉ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．ＲＥ４４，７７９、Ｗｅｎｇｅｌ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．６，７９４，４９９、Ｗｅｎｇｅｌ ｅｔ
ａｌ．，Ｕ．Ｓ．６，６７０，４６１、Ｗｅｎｇｅｌ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．７，０３４，１３３、Ｗｅｎｇｅｌ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，０８０，６４４、Ｗｅｎｇｅｌ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，０３４，９０９、Ｗｅｎｇｅｌ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，１５３，３６５、Ｗｅｎｇｅｌ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．７，５７２，５８２、及びＲａｍａｓａｍｙ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．６，５２５，１９１、Ｔｏｒｓｔｅｎ ｅｔ ａｌ．，ＷＯ２００４／１０６３５６、Ｗｅｎｇｅｌ ｅｔ ａｌ．，ＷＯ１９９９／０１４２２６、Ｓｅｔｈ ｅｔ ａｌ．，ＷＯ２００７／１３４１８１、Ｓｅｔｈ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．７，５４７，６８４、Ｓｅｔｈ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．７，６６６，８５４、Ｓｅｔｈ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，０８８，７４６、Ｓｅｔｈ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．７，７５０，１３１、Ｓｅｔｈ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，０３０，４６７、Ｓｅｔｈ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，２６８，９８０、Ｓｅｔｈ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，５４６，５５６、Ｓｅｔｈ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，５３０，６４０、Ｍｉｇａｗａ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．９，０１２，４２１、Ｓｅｔｈ ｅｔ ａｌ
．，Ｕ．Ｓ．８，５０１，８０５、ならびに米国特許公開Ａｌｌｅｒｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，ＵＳ２００８／００３９６１８号及びＭｉｇａｗａ ｅｔ ａｌ．，ＵＳ２０１５／０１９１７２７号を参照のこと。
特定の実施形態では、二環式糖部分及びそのような二環式糖部分が組み込まれているヌクレオシドはさらに異性立体配置により定義される。例えば、ＬＮＡヌクレオシド（本明細書に記載）は、α－Ｌ立体配置にあってもβ－Ｄ立体配置にあってもよい。
Figure 2023011725000006
α－Ｌ－メチレンオキシ（４’－ＣＨ２－Ｏ－２’）またはα－Ｌ－ＬＮＡ二環式ヌクレオシドは、アンチセンス活性を示すオリゴヌクレオチドに組み込まれてきた（Ｆｒｉｅｄｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，２００３，２１，６３６５－６３７２）。本明細書では、二環式ヌクレオシドの一般説明には両方の異性立体配置が含まれる。本明細書の例示的実施形態で具体的な二環式ヌクレオシド（例えば、ＬＮＡまたはｃＥｔ）の位置が同定されている場合、特に明記しない限り、それらはβ－Ｄ立体配置にある。
特定の実施形態では、修飾糖部分は、１つ以上の非架橋形成糖置換基及び１つ以上の架橋形成糖置換基（例えば、５’－置換糖及び４’－２’架橋糖）を含む。
特定の実施形態では、修飾糖部分は糖代替物である。特定のそのような実施形態では、糖部分の酸素原子は、例えば、硫黄、炭素または窒素原子などで置き換えられる。特定のそのような実施形態では、そのような修飾糖部分は、本明細書に記載する架橋形成置換基及び／または非架橋形成置換基も含む。例えば、特定の糖代替物は、４’－硫黄原子ならびに２’位での置換（例えば、Ｂｈａｔ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．７，８７５，７３３及びＢｈａｔ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．７，９３９，６７７を参照のこと）及び／または５’位での置換を含む。
特定の実施形態では、糖代替物は、５個の原子以外を有する環を含む。例えば、特定の実施形態では、糖代替物は６員のテトラヒドロピラン（「ＴＨＰ」）を含む。そのようなテトラヒドロピランをさらに修飾または置換してよい。そのような修飾テトラヒドロピランを含むヌクレオシドには、ヘキシトール核酸（「ＨＮＡ」）、アニトール核酸（「ＡＮＡ」）、マニトール核酸（「ＭＮＡ」）（例えば、Ｌｅｕｍａｎｎ，ＣＪ．Ｂｉｏｏｒｇ． ＆ Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．２００２，１０，８４１－８５４を参照のこと）、フルオロＨＮＡ：
Figure 2023011725000007
（「Ｆ－ＨＮＡ」、例えば、Ｓｗａｙｚｅ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，０８８，９０４、Ｓｗａｙｚｅ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，４４０，８０３、Ｓｗａｙｚｅ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，７９６，４３７、及びＳｗａｙｚｅ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．９，００５，９０６を参照のこと；Ｆ－ＨＮＡは、Ｆ－ＴＨＰまたは３’－フルオロテトラヒドロピランとも呼ばれ得る）、及び式
Figure 2023011725000008
［式中、独立して、前記修飾ＴＨＰヌクレオシドの各々では、
Ｂｘは核酸塩基部分であり、
Ｔ３及びＴ４は、それぞれ独立して、修飾ＴＨＰヌクレオシドとオリゴヌクレオチドの残りの部分とを連結するヌクレオシド間連結基であるか、またはＴ３及びＴ４のうち一方は修飾ＴＨＰヌクレオシドとオリゴヌクレオチドの残りの部分とを連結するヌクレオシド間連結基であり、Ｔ３及びＴ４のもう一方はＨ、ヒドロキシル保護基、連結されたた結合基、または５’末端基もしくは３’末端基であり、
ｑ１、ｑ２、ｑ３、ｑ４、ｑ５、ｑ６及びｑ７は、それぞれ独立して、Ｈ、Ｃ１－Ｃ６アルキル、置換Ｃ１－Ｃ６アルキル、Ｃ２－Ｃ６アルケニル、置換Ｃ２－Ｃ６アルケニル、Ｃ２－Ｃ６アルキニル、または置換Ｃ２－Ｃ６アルキニルであり、
Ｒ１及びＲ２の各々は、水素、ハロゲン、置換または非置換のアルコキシ、ＮＪ１Ｊ２、ＳＪ１、Ｎ３、ＯＣ（＝Ｘ）Ｊ１、ＯＣ（＝Ｘ）ＮＪ１Ｊ２、ＮＪ３Ｃ（＝Ｘ）ＮＪ１Ｊ２、及びＣＮの中から独立して選択され、ここで、Ｘは、Ｏ、ＳまたはＮＪ１であり、各Ｊ１、Ｊ２、及びＪ３は独立してＨまたはＣ１－Ｃ６アルキルである］
を有するさらなる修飾ＴＨＰ化合物を含むヌクレオシドが含まれるが、これに限定されるものではない。
特定の実施形態では、ｑ１、ｑ２、ｑ３、ｑ４、ｑ５、ｑ６及びｑ７はそれぞれＨである修飾ＴＨＰヌクレオシドを提供する。特定の実施形態では、ｑ１、ｑ２、ｑ３、ｑ４、ｑ５、ｑ６及びｑ７のうち少なくとも１つはＨ以外である。特定の実施形態では、ｑ１、ｑ２、ｑ３、ｑ４、ｑ５、ｑ６及びｑ７のうち少なくとも１つはメチルである。特定の実施形態では、Ｒ１及びＲ２の一方がＦである修飾ＴＨＰヌクレオシドを提供する。特定の実施形態では、Ｒ１はＦ、Ｒ２はＨであり、特定の実施形態では、Ｒ１はメトキシ、Ｒ２はＨであり、特定の実施形態では、Ｒ１はメトキシエトキシ、Ｒ２はＨである。
特定の実施形態では、糖代替物は、原子を５個以上及びヘテロ原子を２個以上有する環を含む。例えば、モルホリノ糖部分を含むヌクレオシド及びかかるヌクレオシドのオリゴヌクレオチドでの使用が報告されている（例えば、Ｂｒａａｓｃｈ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，２００２，４１，４５０３－４５１０ならびにＳｕｍｍｅｒｔｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，６９８，６８５、Ｓｕｍｍｅｒｔｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，１６６，３１５、Ｓｕｍｍｅｒｔｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，１８５，４４４、及びＳｕｍｍｅｒｔｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，０３４，５０６を参照のこと）。ここで使用される場合、用語「モルホリノ」とは、以下の構造
Figure 2023011725000009
を有する糖代替物を意味する。特定の実施形態では、例えば、さまざまな置換基の付加または上記モルホリノ構造からのさまざまな置換基の改変などによってモルホリノを修飾してよい。そのような糖代替物を本明細書では「修飾モルホリノ」と呼ぶ。
特定の実施形態では、糖代替物は非環式部分を含む。そのような非環式糖代替物を含むヌクレオシド及びオリゴヌクレオチドの例には、ペプチド核酸（「ＰＮＡ」）、非環式ブチル核酸（例えば、Ｋｕｍａｒ ｅｔ ａｌ．，Ｏｒｇ．Ｂｉｏｍｏｌ．Ｃｈｅｍ．，２０１３，１１，５８５３－５８６５を参照のこと）、ならびにＭａｎｏｈａｒａｎ ｅｔ
ａｌ．，ＷＯ２０１１／１３３８７６に記載のヌクレオシド及びオリゴヌクレオチドが含まれるが、これに限定されるものではない。
他の多くの二環式及び三環式の糖及び糖代替物環系が当該技術分野で公知であり、修飾ヌクレオシドにおいて使用することができる。
２．特定の修飾核酸塩基
特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、非修飾核酸塩基を含む１つ以上のヌクレオシドを含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、修飾核酸塩基を含む１つ以上のヌクレオシドを含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、脱塩基ヌクレオシドと呼ばれる、核酸塩基を含まないヌクレオシドを１つ以上含む。
特定の実施形態では、修飾核酸塩基は、５－置換ピリミジン、６－アザピリミジン、アルキル置換ピリミジンまたはアルキニル置換ピリミジン、アルキル置換プリン、ならびにＮ－２置換プリン、Ｎ－６置換プリン及びＯ－６置換プリンから選択される。特定の実施形態では、修飾核酸塩基は、２－アミノプロピルアデニン、５－ヒドロキシメチルシトシン、キサンチン、ヒポキサンチン、２－アミノアデニン、６－Ｎ－メチルグアニン、６－Ｎ－メチルアデニン、２－プロピルアデニン、２－チオウラシル、２－チオチミン及び２－チオシトシン、５－プロピニル（－Ｃ≡Ｃ－ＣＨ３）ウラシル、５－プロピニルシトシン、６－アゾウラシル、６－アゾシトシン、６－アゾチミン、５－リボシルウラシル（プソイドウラシル）、４－チオウラシル、８－ハロ、８－アミノ、８－チオール、８－チオアルキル、８－ヒドロキシル、８－アザ及び他の８－置換プリン、５－ハロ、特に５－ブロモ、５－トリフルオロメチル、５－ハロウラシル、及び５－ハロシトシン、７－メチル
グアニン、７－メチルアデニン、２－Ｆ－アデニン、２－アミノアデニン、７－デアザグアニン、７－デアザアデニン、３－デアザグアニン、３－デアザアデニン、６－Ｎ－ベンゾイルアデニン、２－Ｎ－イソブチリルグアニン、４－Ｎ－ベンゾイルシトシン、４－Ｎ－ベンゾイルウラシル、５－メチル４－Ｎ－ベンゾイルシトシン、５－メチル４－Ｎ－ベンゾイルウラシル、ユニバーサル塩基、疎水性塩基、非選択的（ｐｒｏｍｉｓｃｕｏｕｓ）塩基、サイズ拡張（ｓｉｚｅ－ｅｘｐａｎｄｅｄ）塩基、ならびにフッ素化された塩基から選択される。さらに修飾された核酸塩基には、三環式ピリミジン、例えば、１，３－ジアザフェノキサジン－２－オン、１，３－ジアザフェノチアジン－２－オン及び９－（２－アミノエトキシ）－１，３－ジアザフェノキサジン－２－オン（Ｇ－クランプ）などが含まれる。修飾核酸塩基には、プリン塩基またはピリミジン塩基が他の複素環、例えば、７－デアザ－アデニン、７－デアザグアノシン、２－アミノピリジン及び２－ピリドンなどで置き換えられるものも含まれ得る。さらなる核酸塩基には、Ｍｅｒｉｇａｎ ｅｔ
ａｌ．，Ｕ．Ｓ．３，６８７，８０８に開示されるもの、Ｔｈｅ Ｃｏｎｃｉｓｅ Ｅｎｃｙｃｌｏｐｅｄｉａ Ｏｆ Ｐｏｌｙｍｅｒ Ｓｃｉｅｎｃｅ Ａｎｄ Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ，Ｋｒｏｓｃｈｗｉｔｚ，Ｊ．Ｉ．，Ｅｄ．，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ，１９９０，８５８－８５９、Ｅｎｇｌｉｓｃｈ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｇｅｗａｎｄｔｅ Ｃｈｅｍｉｅ，Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ｅｄｉｔｉｏｎ，１９９１，３０，６１３、Ｓａｎｇｈｖｉ，Ｙ．Ｓ．，第１５章，Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ａｎｄ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ，Ｃｒｏｏｋｅ，Ｓ．Ｔ．ａｎｄ Ｌｅｂｌｅｕ，Ｂ．，Ｅｄｓ．，ＣＲＣ Ｐｒｅｓｓ，１９９３，２７３－２８８に開示されるもの、ならびにＡｎｔｉｓｅｎｓｅ Ｄｒｕｇ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ、第６章及び第１５章，Ｃｒｏｏｋｅ Ｓ．Ｔ．，Ｅｄ．，ＣＲＣ Ｐｒｅｓｓ，２００８，１６３－１６６及び４４２－４４３に開示されるものが含まれる。
上述の修飾核酸塩基及び他の修飾核酸塩基のうちいくつかについて調製を教示する刊行物には、Ｍａｎｏｈａｒａ ｅｔ ａｌ．，ＵＳ２００３／０１５８４０３、Ｍａｎｏｈａｒａｎ ｅｔ ａｌ．，ＵＳ２００３／０１７５９０６、Ｄｉｎｈ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．４，８４５，２０５、Ｓｐｉｅｌｖｏｇｅｌ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，１３０，３０２、Ｒｏｇｅｒｓ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，１３４，０６６、Ｂｉｓｃｈｏｆｂｅｒｇｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，１７５，２７３、Ｕｒｄｅａ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，３６７，０６６、Ｂｅｎｎｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，４３２，２７２、Ｍａｔｔｅｕｃｃｉ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，４３４，２５７、Ｇｍｅｉｎｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，４５７，１８７、Ｃｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，４５９，２５５、Ｆｒｏｅｈｌｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，４８４，９０８、Ｍａｔｔｅｕｃｃｉ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，５０２，１７７、Ｈａｗｋｉｎｓ ｅｔ
ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，５２５，７１１、Ｈａｒａｌａｍｂｉｄｉｓ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，５５２，５４０、Ｃｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，５８７，４６９、Ｆｒｏｅｈｌｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，５９４，１２１、Ｓｗｉｔｚｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，５９６，０９１、Ｃｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，６１４，６１７、Ｆｒｏｅｈｌｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，６４５，９８５、Ｃｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，６８１，９４１、Ｃｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，８１１，５３４、Ｃｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，７５０，６９２、Ｃｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，９４８，９０３、Ｃｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，５８７，４７０、Ｃｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，４５７，１９１、Ｍａｔｔｅｕｃｃｉ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，７６３，５８８、Ｆｒｏｅｈｌｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，８３０，６５３、Ｃｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，８０８，０２７、Ｃｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，６，１６６，１９９、及びＭａｔｔｅｕｃｃｉ ｅｔ ａｌ．，Ｕ．Ｓ．６，００５，０９６が含まれるが、これに限定されない。
３．特定の修飾ヌクレオシド間結合
特定の実施形態では、任意のヌクレオシド間結合を使用して修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドを共に連結させてよい。ヌクレオシド間連結基の主な２種類はリン原子の有無によって定義される。代表的なリン含有ヌクレオシド間結合には、ホスホジエステル結合（「Ｐ＝Ｏ」）（非修飾結合または天然に生じる結合とも呼ぶ）、ホスホトリエステル、メチルホスホナート、ホスホルアミダート、ならびにホスホロチオアート（「Ｐ＝Ｓ」）、及びホスホロジチオアート（「ＨＳ－Ｐ＝Ｓ」）を含有するリン酸塩が含まれるが、これに限定されるものではない。代表的なリン不含ヌクレオシド間連結基には、メチレンメチルイミノ（－ＣＨ２－Ｎ（ＣＨ３）－Ｏ－ＣＨ２－）、チオジエステル、チオノカルバマート（－Ｏ－Ｃ（＝Ｏ）（ＮＨ）－Ｓ－）；シロキサン（－Ｏ－ＳｉＨ２－Ｏ－）；及びＮ，Ｎ’－ジメチルヒドラジン（－ＣＨ２－Ｎ（ＣＨ３）－Ｎ（ＣＨ３）－）が含まれるが、これに限定されるものではない。修飾ヌクレオシド間結合は、天然に生じるリン酸結合に比べ、オリゴヌクレオチドのヌクレアーゼ耐性を改変するため、典型的には増強させるために使用することができる。特定の実施形態では、キラル原子を有するヌクレオシド間結合は、ラセミ混合物としても、別々の鏡像異性体としても調製することができる。リン含有及びリン不含のヌクレオシド間結合の調製方法は当業者に周知である。
キラル中心を有する代表的ヌクレオシド間結合には、アルキルホスホナート及びホスホロチオアートが含まれるが、これに限定されるものではない。キラル中心を有するヌクレオシド間結合を含む修飾オリゴヌクレオチドは、ステレオランダムなヌクレオシド間結合を含む修飾オリゴヌクレオチドの集団としても、また特定の立体化学配置をしたホスホロチオアート結合を含む修飾オリゴヌクレオチドの集団としても調製することができる。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドの集団は、ホスホロチオアートヌクレオシド間結合を含み、ここで、ホスホロチオアートヌクレオシド間結合はいずれもステレオランダムである。そのような修飾オリゴヌクレオチドは、各ホスホロチオアート結合の立体化学配置がランダムに選択される合成方法を使用して作製することができる。それにもかかわらず、当業者には十分に理解されるように、それぞれ個々のオリゴヌクレオチド分子のそれぞれ個々のホスホロチオアートには定義された立体配置がある。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドの集団は、独立して選択される特定の立体化学配置にある特定のホスホロチオアートヌクレオシド間結合を１つ以上含む修飾オリゴヌクレオチドが豊富である。特定の実施形態では、特定の立体配置の特定のホスホロチオアート結合は、集団内分子の少なくとも６５％に存在する。特定の実施形態では、特定の立体配置の特定のホスホロチオアート結合は、集団内分子の少なくとも７０％に存在する。特定の実施形態では、特定の立体配置の特定のホスホロチオアート結合は、集団内分子の少なくとも８０％に存在する。特定の実施形態では、特定の立体配置の特定のホスホロチオアート結合は、集団内分子の少なくとも９０％に存在する。特定の実施形態では、特定の立体配置の特定のホスホロチオアート結合は、集団内分子の少なくとも９９％に存在する。修飾オリゴヌクレオチドのそのようなキラルが豊富な集団は、当該技術分野で公知の合成方法、例えば、Ｏｋａ ｅｔ ａｌ．，ＪＡＣＳ １２５，８３０７（２００３）、Ｗａｎ ｅｔ ａｌ．Ｎｕｃ．Ａｃｉｄ．Ｒｅｓ．４２，１３４５６（２０１４）、及びＷＯ２０１７／０１５５５５などに記載の方法を使用して作製することができる。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドの集団は、（Ｓｐ）立体配置にある指示ホスホロチオアートを少なくとも１つ有する修飾オリゴヌクレオチドが豊富である。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドの集団は、（Ｒｐ）立体配置にあるホスホロチオアートを少なくとも１つ有する修飾オリゴヌクレオチドが豊富である。特定の実施形態では、（Ｒｐ）ホスホロチオアート及び／または（Ｓｐ）ホスホロチオアートを含む修飾オリゴヌクレオチドはそれぞれ、以下の式
Figure 2023011725000010
の１つ以上を含み、ここで、「Ｂ」は核酸塩基を示す。特に明記しない限り、本明細書に記載する修飾オリゴヌクレオチドのキラルなヌクレオシド間結合は、ステレオランダムでも、特定の立体化学配置でもあり得る。
中性ヌクレオシド間結合には、限定することなく、ホスホトリエステル、メチルホスホナート、ＭＭＩ（３’－ＣＨ２－Ｎ（ＣＨ３）－Ｏ－５’）、アミド－３（３’－ＣＨ２－Ｃ（＝Ｏ）－Ｎ（Ｈ）－５’）、アミド－４（３’－ＣＨ２－Ｎ（Ｈ）－Ｃ（＝Ｏ）－５’）、ホルムアセタール（３’－Ｏ－ＣＨ２－Ｏ－５’）、メトキシプロピル、及びチオホルムアセタール（３’－Ｓ－ＣＨ２－Ｏ－５’）が含まれる。さらなる中性ヌクレオシド間結合には、シロキサン（ジアルキルシロキサン）、カルボン酸エステル、カルボキサミド、硫化物、スルホン酸エステル及びアミドを含む非イオン結合が含まれる（例えば、Ｃａｒｂｏｈｙｄｒａｔｅ Ｍｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎｓ ｉｎ Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ
Ｒｅｓｅａｒｃｈ；Ｙ．Ｓ．Ｓａｎｇｈｖｉ ａｎｄ Ｐ．Ｄ．Ｃｏｏｋ，Ｅｄｓ．，ＡＣＳ Ｓｙｍｐｏｓｉｕｍ Ｓｅｒｉｅｓ ５８０；第３章及び第４章，４０－６５を参照のこと）。さらなる中性ヌクレオシド間結合には、Ｎ、Ｏ、Ｓ及びＣＨ２の構成成分部を混合で含む非イオン結合が含まれる。
Ｂ．特定のモチーフ
特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、修飾糖部分を含む修飾ヌクレオシドを１つ以上含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、修飾核酸塩基を含む修飾ヌクレオシドを１つ以上含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、修飾ヌクレオシド間結合を１つ以上含む。そのような実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドの、修飾、非修飾、及び異なる修飾の、糖部分、核酸塩基、及び／またはヌクレオシド間結合がパターンまたはモチーフを定義する。特定の実施形態では、糖部分、核酸塩基、及びヌクレオシド間結合のパターンはそれぞれ互いに独立している。したがって、修飾オリゴヌクレオチドはその糖モチーフ、核酸塩基モチーフ及び／またはヌクレオシド間結合モチーフによって表され得る（本明細書で使用する場合、核酸塩基モチーフは、核酸塩基の配列とは独立して核酸塩基に対する修飾を表す）。
１．特定の糖モチーフ
特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、定義されたパターンまたは糖モチーフでオリゴヌクレオチドまたはその領域に沿って配された１種以上の修飾糖及び／または非修飾糖部分を含む。特定の例では、そのような糖モチーフには本明細書で論じる糖修飾のうち任意のものが含まれるが、これに限定されるものではない。
特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドはギャップマーモチーフを有する領域を
含むかまたはそれからなり、ギャップマーモチーフは、２つの外部領域すなわち「ウイング」と、中央領域すなわち内部領域すなわち「ギャップ」とにより定義される。ギャップマーモチーフ（５’－ウイング、ギャップ、及び３’－ウイング）のかかる３つの領域は連続するヌクレオシド配列を形成し、ここで、ウイング各々のヌクレオシドの糖部分の少なくともいくつかは、ギャップのヌクレオシドの糖部分の少なくともいくつかとは異なる。具体的には、少なくとも、各ウイングでギャップに最も近いヌクレオシド（５’－ウイングの最も３’端のヌクレオシド及び３’－ウイングの最も５’端のヌクレオシド）の糖部分は、隣接するギャップヌクレオシドの糖部分とは異なり、これによりウイングとギャップとの間の境界（すなわち、ウイング／ギャップ接合部）が定義される。特定の実施形態では、ギャップ内部の糖部分は互いに同じである。特定の実施形態では、ギャップには、ある糖部分が、そのギャップの他の１つ以上のヌクレオシドの糖部分とは異なっている１つ以上のヌクレオシドが含まれる。特定の実施形態では、２つのウイングの糖モチーフは互いに同じである（対称ギャップマー）。特定の実施形態では、５’－ウイングの糖モチーフは３’－ウイングの糖モチーフとは異なる（非対称ギャップマー）。
特定の実施形態では、ギャップマーの両ウイングはヌクレオシドを１～５つ含む。特定の実施形態では、ギャップマーの各ウイングの各ヌクレオシドは修飾ヌクレオシドである。特定の実施形態では、ギャップマーの各ウイングの少なくとも１つのヌクレオシドは修飾ヌクレオシドである。特定の実施形態では、ギャップマーの各ウイングの少なくとも２つのヌクレオシドは修飾ヌクレオシドである。特定の実施形態では、ギャップマーの各ウイングの少なくとも３つのヌクレオシドは修飾ヌクレオシドである。特定の実施形態では、ギャップマーの各ウイングの少なくとも４つのヌクレオシドは修飾ヌクレオシドである。
特定の実施形態では、ギャップマーのギャップはヌクレオシドを７～１２含む。特定の実施形態では、ギャップマーのギャップの各ヌクレオシドは非修飾２’－デオキシヌクレオシドである。
特定の実施形態では、ギャップマーはデオキシギャップマーである。実施形態において、各ウイング／ギャップ接合部のギャップ側にあるヌクレオシドは非修飾２’－デオキシヌクレオシドであり、各ウイング／ギャップ接合部のウイング側にあるヌクレオシドは修飾ヌクレオシドである。特定の実施形態では、ギャップの各ヌクレオシドは非修飾２’－デオキシヌクレオシドである。特定の実施形態では、ギャップマーの各ウイングの各ヌクレオシドは修飾ヌクレオシドである。
特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、完全修飾糖モチーフを有する領域を含むかまたはそれからなる。そのような実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドの完全修飾領域の各ヌクレオシドは修飾糖部分を含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチド全体の各ヌクレオシドは修飾糖部分を含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは完全修飾糖モチーフを有する領域を含むかまたはそれからなり、ここで、完全修飾領域内の各ヌクレオシドは同じ修飾糖部分を含み、本明細書では均一修飾糖モチーフと呼ぶ。特定の実施形態では、完全修飾オリゴヌクレオチドは均一修飾オリゴヌクレオチドである。特定の実施形態では、均一修飾の各ヌクレオシドは同じ２’－修飾を含む。
本明細書では、ギャップマーの３つの領域の長さ（ヌクレオシドの数）は、［５’－ウイングのヌクレオシド数］－［ギャップのヌクレオシド数］－［３’－ウイングのヌクレオシド数］という表記を使用して記載され得る。したがって、５－１０－５ギャップマーは、各ウイングの５つの連結ヌクレオシド及びギャップの１０の連結ヌクレオシドからなる。そのような術語に特定の修飾が続く場合、その修飾は、各ウイングの各糖部分における修飾であり、ギャップヌクレオシドは非修飾デオキシヌクレオシド糖を含む。したがっ
て、５－１０－５ＭＯＥギャップマーは、５’－ウイングにおける５つの連結したＭＯＥ修飾ヌクレオシド、ギャップにおける１０の連結したデオキシヌクレオシド、及び３’－ウイングにおける５つの連結したＭＯＥヌクレオシドからなる。
特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは５－１０－５ＭＯＥギャップマーである。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは３－１０－３ＢＮＡギャップマーである。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは３－１０－３ｃＥｔギャップマーである。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは３－１０－３ＬＮＡギャップマーである。
２．特定の核酸塩基モチーフ
特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、定義されたパターンまたはモチーフでオリゴヌクレオチドまたはその領域に沿って配された修飾核酸塩基及び／または非修飾核酸塩基を含む。特定の実施形態では、各核酸塩基は修飾されている。特定の実施形態では、どの核酸塩基も修飾されていない。特定の実施形態では、各プリンまたは各ピリミジンは修飾されている。特定の実施形態では、各アデニンは修飾されている。特定の実施形態では、各グアニンは修飾されている。特定の実施形態では、各チミンは修飾されている。特定の実施形態では、各ウラシルは修飾されている。特定の実施形態では、各シトシンは修飾されている。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドのシトシン核酸塩基のうちいくつかまたは全部は５－メチルシトシンである。特定の実施形態では、シトシン核酸塩基はすべて５－メチルシトシンであり、修飾オリゴヌクレオチドの他の核酸塩基はすべて非修飾核酸塩基である。
特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは修飾核酸塩基のブロックを含む。特定のそのような実施形態では、ブロックはオリゴヌクレオチドの３’末端にある。特定の実施形態では、ブロックはオリゴヌクレオチドの３’末端の３ヌクレオシド内部にある。特定の実施形態では、ブロックはオリゴヌクレオチドの５’末端にある。特定の実施形態では、ブロックはオリゴヌクレオチドの５’末端の３ヌクレオシド内部にある。
特定の実施形態では、ギャップマーモチーフを有するオリゴヌクレオチドは、修飾核酸塩基を含むヌクレオシドを含む。特定のそのような実施形態では、修飾核酸塩基を含む１つのヌクレオシドは、ギャップマーモチーフを有するオリゴヌクレオチドの中央ギャップにある。特定のそのような実施形態では、前記ヌクレオシドの糖部分は２’－デオキシリボシル部分である。特定の実施形態では、修飾核酸塩基は２－チオピリミジン及び５－プロピンピリミジンから選択される。
３．特定のヌクレオシド間結合モチーフ
特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、定義されたパターンまたはモチーフでオリゴヌクレオチドまたはその領域に沿って配された修飾ヌクレオシド間結合及び／または非修飾ヌクレオシド間結合を含む。特定の実施形態では、各ヌクレオシド間連結基はホスホジエステルヌクレオシド間結合（Ｐ＝Ｏ）である。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドの各ヌクレオシド間連結基はホスホロチオアートヌクレオシド間結合（Ｐ＝Ｓ）である。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドの各ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオアートヌクレオシド間結合及びホスホジエステルヌクレオシド間結合から独立して選択される。特定の実施形態では、各ホスホロチオアートヌクレオシド間結合は、ステレオランダムなホスホロチオアート、（Ｓｐ）ホスホロチオアート、及び（Ｒｐ）ホスホロチオアートから独立して選択される。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドの糖モチーフはギャップマーであり、ギャップ内のヌクレオシド間結合はすべて修飾されている。特定のそのような実施形態では、ウイングのヌクレオシド間結合のいくつかまたは全部が非修飾ホスホジエステルヌクレオシド間結合である。特定の実施形態では、末端
のヌクレオシド間結合は修飾されている。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドの糖モチーフはギャップマーであり、ヌクレオシド間結合モチーフは少なくとも１つのウイングに少なくとも１つのホスホジエステルヌクレオシド間結合を含み、ここで、かかる少なくとも１つのホスホジエステル結合は末端のヌクレオシド間結合ではなく、残りのヌクレオシド間結合はホスホロチオアートヌクレオシド間結合である。特定のそのような実施形態では、ホスホロチオアート結合のいずれもステレオランダムである。特定の実施形態では、両ウイングのホスホロチオアート結合はすべて（Ｓｐ）ホスホロチオアートであり、ギャップはＳｐ、Ｓｐ、Ｒｐモチーフを少なくとも１つ含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドの集団は、そのようなヌクレオシド間結合モチーフを含む修飾オリゴヌクレオチドが豊富である。
Ｃ．特定の長さ
オリゴヌクレオチドの活性を消失させることなく長さを増減することが可能である。例えば、Ｗｏｏｌｆ ｅｔ ａｌ．（Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８９：７３０５－７３０９，１９９２）では、１３～２５核酸塩基長の一連のオリゴヌクレオチドを、それが標的ＲＮＡの切断を誘導する能力について卵母細胞注入モデルで試験した。オリゴヌクレオチドの末端付近にミスマッチ塩基を８または１１有する２５核酸塩基長のオリゴヌクレオチドは、ミスマッチを含有しないオリゴヌクレオチドよりも程度は低いが標的ｍＲＮＡの特異的切断を導くことができた。同様に、ミスマッチが１または３あるオリゴヌクレオチドなど、１３核酸塩基のオリゴヌクレオチドを使用して標的特異的な切断が達成された。
特定の実施形態では、オリゴヌクレオチド（修飾オリゴヌクレオチドを含む）は多様な範囲のあらゆる長さを有し得る。特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドはＸからＹの連結ヌクレオシドからなり、ここで、Ｘはその範囲のヌクレオシドの最小数を表し、Ｙはその範囲の最多ヌクレオシド数を表す。特定のそのような実施形態では、Ｘ及びＹはそれぞれ８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、及び５０から独立して選択されるが、但し、Ｘ≦Ｙであることを条件とする。例えば、特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは１２～１３、１２～１４、１２～１５、１２～１６、１２～１７、１２～１８、１２～１９、１２～２０、１２～２１、１２～２２、１２～２３、１２～２４、１２～２５、１２～２６、１２～２７、１２～２８、１２～２９、１２～３０、１３～１４、１３～１５、１３～１６、１３～１７、１３～１８、１３～１９、１３～２０、１３～２１、１３～２２、１３～２３、１３～２４、１３～２５、１３～２６、１３～２７、１３～２８、１３～２９、１３～３０、１４～１５、１４～１６、１４～１７、１４～１８、１４～１９、１４～２０、１４～２１、１４～２２、１４～２３、１４～２４、１４～２５、１４～２６、１４～２７、１４～２８、１４～２９、１４～３０、１５～１６、１５～１７、１５～１８、１５～１９、１５～２０、１５～２１、１５～２２、１５～２３、１５～２４、１５～２５、１５～２６、１５～２７、１５～２８、１５～２９、１５～３０、１６～１７、１６～１８、１６～１９、１６～２０、１６～２１、１６～２２、１６～２３、１６～２４、１６～２５、１６～２６、１６～２７、１６～２８、１６～２９、１６～３０、１７～１８、１７～１９、１７～２０、１７～２１、１７～２２、１７～２３、１７～２４、１７～２５、１７～２６、１７～２７、１７～２８、１７～２９、１７～３０、１８～１９、１８～２０、１８～２１、１８～２２、１８～２３、１８～２４、１８～２５、１８～２６、１８～２７、１８～２８、１８～２９、１８～３０、１９～２０、１９～２１、１９～２２、１９～２３、１９～２４、１９～２５、１９～２６、１９～２９、１９～２８、１９～２９、１９～３０、２０～２１、２０～２２、２０～２３、２０～２４、２０～２５、２０～２６、２０～２７、２０～２８、２０～２９、２０～３０、２１～２２、２１～２３、２１～２４、２
１～２５、２１～２６、２１～２７、２１～２８、２１～２９、２１～３０、２２～２３、２２～２４、２２～２５、２２～２６、２２～２７、２２～２８、２２～２９、２２～３０、２３～２４、２３～２５、２３～２６、２３～２７、２３～２８、２３～２９、２３～３０、２４～２５、２４～２６、２４～２７、２４～２８、２４～２９、２４～３０、２５～２６、２５～２７、２５～２８、２５～２９、２５～３０、２６～２７、２６～２８、２６～２９、２６～３０、２７～２８、２７～２９、２７～３０、２８～２９、２８～３０、または２９～３０の連結ヌクレオシドからなる。
Ｄ．特定の修飾オリゴヌクレオチド
特定の実施形態では、上記の修飾（糖、核酸塩基、ヌクレオシド間結合）は修飾オリゴヌクレオチド内に組み込まれる。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドはその修飾モチーフ及び全長により特徴付けられる。特定の実施形態では、そのようなパラメーターはそれぞれ互いに独立している。したがって、特に明記しない限り、ギャップマー糖モチーフを有するオリゴヌクレオチドの各ヌクレオシド間結合は修飾されていても非修飾であってもよく、また糖修飾のギャップマー修飾パターンに従っても従っていなくてもよい。例えば、糖ギャップマーのウイング領域内のヌクレオシド間結合は、互いに同一であっても異なっていてもよく、また糖モチーフのギャップ領域のヌクレオシド間結合と同一であっても異なっていてもよい。同様に、そのような糖ギャップマーオリゴヌクレオチドは、糖修飾のギャップマーパターンとは独立して１つ以上の修飾核酸塩基を含んでよい。特に明記しない限り、すべての修飾は核酸塩基配列とは独立している。
Ｅ．修飾オリゴヌクレオチドの特定の集団
集団の修飾オリゴヌクレオチドのすべてが同じ分子式を有する修飾オリゴヌクレオチド集団は、ステレオランダムな集団またはキラルが豊富な集団であり得る。ステレオランダムな集団では、すべての修飾オリゴヌクレオチドのすべてのキラル中心はステレオランダムである。キラルが豊富な集団では、その集団の修飾オリゴヌクレオチドにおける少なくとも１つの特定のキラル中心はステレオランダムではない。特定の実施形態では、キラルが豊富な集団の修飾オリゴヌクレオチドはβ－Ｄリボシル糖部分が豊富であり、ホスホロチオアートヌクレオシド間結合はすべてステレオランダムである。特定の実施形態では、キラルが豊富な集団の修飾オリゴヌクレオチドは、β－Ｄリボシル糖部分、及び特定の立体化学配置にある少なくとも１つの特定のホスホロチオアートヌクレオシド間結合の両方が豊富である。
Ｆ．核酸塩基配列
特定の実施形態では、オリゴヌクレオチド（非修飾オリゴヌクレオチドまたは修飾オリゴヌクレオチド）をその核酸塩基配列によって詳述する。特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、第２のオリゴヌクレオチドまたは同定されている基準核酸、例えば、標的核酸などに相補的な核酸塩基配列を有する。特定のそのような実施形態では、オリゴヌクレオチドの領域は、第２のオリゴヌクレオチドまたは同定されている基準核酸、例えば、標的核酸などに相補的な核酸塩基配列を有する。特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドの領域または長さ全体の核酸塩基配列は、第２のオリゴヌクレオチドまたは核酸、例えば、標的核酸などに少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、または１００％相補的である。
ＩＩ．特定のオリゴマー化合物
特定の実施形態では、本明細書では、オリゴヌクレオチド（修飾または非修飾）ならびに任意選択で１つ以上の結合基及び／または末端基からなるオリゴマー化合物を提供する。結合基は、１つ以上の結合部分、及びかかる結合部分とオリゴヌクレオチドとを連結する結合リンカーからなる。結合基は、オリゴヌクレオチドのいずれか一端もしくは両端及
び／または内部の任意の位置に結合させてよい。特定の実施形態では、結合基を修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドの２’位に結合させる。特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドのいずれか一端または両端に結合された結合基は末端基である。特定のそのような実施形態では、結合基または末端基をオリゴヌクレオチドの３’末端及び／または５’末端に結合させる。特定のそのような実施形態では、結合基（または末端基）をオリゴヌクレオチドの３’末端に結合させる。特定の実施形態では、結合基をオリゴヌクレオチドの３’末端付近に結合させる。特定の実施形態では、結合基（または末端基）をオリゴヌクレオチドの５’末端に結合させる。特定の実施形態では、結合基をオリゴヌクレオチドの５’末端付近に結合させる。
末端基の例には、結合基、キャッピング基、リン酸部分、保護基、修飾ヌクレオシドまたは非修飾ヌクレオシド、及び独立して修飾されているかもしくは非修飾である２つ以上のヌクレオシドが含まれるが、これに限定されるものではない。
Ａ．特定の結合基
特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドを１つ以上の結合基に共有結合で結合させる。特定の実施形態では、結合基は、結合しているオリゴヌクレオチドの１つ以上の特性を修飾し、これには薬力学、薬物動態、安定性、結合性、吸収、組織分布、細胞内分布、細胞内への取り込み、電荷及びクリアランスが含まれるが、これに限定されるものではない。特定の実施形態では、結合基は、結合しているオリゴヌクレオチドに新たな特性、例えば、オリゴヌクレオチドの検出を可能にするフルオロフォアまたはレポーター基などを付与する。特定の結合基及び結合部分についてはこれまでに記載があり、例えば、コレステロール部分（Ｌｅｔｓｉｎｇｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，１９８９，８６，６５５３－６５５６）、コール酸（Ｍａｎｏｈａｒａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔ．，１９９４，４，１０５３－１０６０）、チオエーテル、例えば、ヘキシル－Ｓ－トリチルチオール（Ｍａｎｏｈａｒａｎ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｎ．Ｎ．Ｙ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．，１９９２，６６０，３０６－３０９、Ｍａｎｏｈａｒａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔ．，１９９３，３，２７６５－２７７０）、チオコレステロール（Ｏｂｅｒｈａｕｓｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．，１９９２，２０，５３３－５３８）、脂肪族鎖、例えば、ド－デカン－ジオール残基もしくはウンデシル残基（Ｓａｉｓｏｎ－Ｂｅｈｍｏａｒａｓ ｅｔ ａｌ．，ＥＭＢＯ Ｊ．，１９９１，１０，１１１１－１１１８、Ｋａｂａｎｏｖ ｅｔ ａｌ．，ＦＥＢＳ Ｌｅｔｔ．，１９９０，２５９，３２７－３３０、Ｓｖｉｎａｒｃｈｕｋ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｃｈｉｍｉｅ，１９９３，７５，４９－５４）、リン脂質、例えば、ジ－ヘキサデシル－ｒａｃ－グリセロールもしくはトリエチル－アンモニウム１，２－ジ－Ｏ－ヘキサデシル－ｒａｃ－グリセロ－３－Ｈ－ホスホナート（Ｍａｎｏｈａｒａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ
Ｌｅｔｔ．，１９９５，３６，３６５１－３６５４、Ｓｈｅａ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．，１９９０，１８，３７７７－３７８３）、ポリアミンもしくはポリエチレングリコール鎖（Ｍａｎｏｈａｒａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｏｓｉｄｅｓ ＆ Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ，１９９５，１４，９６９－９７３）、またはアダマンタン酢酸パルミチル部分（Ｍｉｓｈｒａ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｃｈｉｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ａｃｔａ，１９９５，１２６４，２２９－２３７）、オクタデシルアミン部分もしくはヘキシルアミノ－カルボニル－オキシコレステロール部分（Ｃｒｏｏｋｅ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．Ｅｘｐ．Ｔｈｅｒ．，１９９６，２７７，９２３－９３７）、トコフェロール基（Ｎｉｓｈｉｎａ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｔｈｅｒａｐｙ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ，２０１５，４，ｅ２２０、及びＮｉｓｈｉｎａ
ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｔｈｅｒａｐｙ，２００８，１６，７３４－７４０）、またはＧａｌＮＡｃクラスター（例えば、ＷＯ２０１４／１７９６２０）などである。
１．結合部分
結合部分には、限定することなく、インターカレーター、レポーター分子、ポリアミン、ポリアミド、ペプチド、炭水化物、ビタミン部分、ポリエチレングリコール、チオエーテル、ポリエーテル、コレステロール、チオコレステロール、コール酸部分、葉酸塩、脂質、リン脂質、ビオチン、フェナジン、フェナントリジン、アントラキノン、アダマンタン、アクリジン、フルオレセイン、ローダミン、クマリン、フルオロフォア、及び色素が含まれる。
特定の実施形態では、結合部分は、活性な原薬、例えば、アスピリン、ワルファリン、フェニルブタゾン、イブプロフェン、スプロフェン、フェンブフェン、ケトプロフェン、（Ｓ）－（＋）－プラノプロフェン、カルプロフェン、ダンシルサルコシン、２，３，５－トリヨード安息香酸、フィンゴリモド、フルフェナム酸、フォリン酸、ベンゾチアジアジド、クロロチアジド、ジアゼピン、インド－メチシン、バルビツール酸塩、セファロスポリン、サルファ薬、抗糖尿病薬、抗菌薬または抗生物質などを含む。
２．結合リンカー
結合リンカーを介して結合部分をオリゴヌクレオチドに結合させる。特定のオリゴマー化合物では、結合リンカーは単一の化学結合である（すなわち、結合部分は単結合を介してオリゴヌクレオチドに直接結合されている）。特定の実施形態では、結合リンカーは、ヒドロカルビル鎖、またはエチレングリコール単位、ヌクレオシド単位、もしくはアミノ酸単位のような繰り返し単位でできたオリゴマーなどの鎖状構造を含む。
特定の実施形態では、結合リンカーは、アルキル、アミノ、オキソ、アミド、ジスルフィド、ポリエチレングリコール、エーテル、チオエーテル、及びヒドロキシルアミノから選択される１つ以上の基を含む。特定のそのような実施形態では、結合リンカーは、アルキル基、アミノ基、オキソ基、アミド基及びエーテル基から選択される基を含む。特定の実施形態では、結合リンカーは、アルキル基及びアミド基から選択される基を含む。特定の実施形態では、結合リンカーは、アルキル基及びエーテル基から選択される基を含む。特定の実施形態では、結合リンカーは少なくとも１つのリン部分を含む。特定の実施形態では、結合リンカーは少なくとも１つのリン酸基を含む。特定の実施形態では、結合リンカーには少なくとも１つの中性連結基が含まれる。
特定の実施形態では、結合リンカーは、上記結合リンカーを含めて二官能性連結部分であり、例えば、結合基を、本明細書で提供するオリゴヌクレオチドなどの親化合物に結合させるのに有用であることが当該技術分野で公知のものなどである。一般に、二官能性連結部分は少なくとも２つの官能基を含む。官能基のうち１つは、親化合物の特定部位に結合するよう選択し、もう一方は、結合基に結合するよう選択する。二官能性連結部分で使用する官能基の例には、求核基との反応用の求電子試薬及び求電子基との反応用の求核試薬が含まれるが、これに限定されるものではない。特定の実施形態では、二官能性連結部分は、アミノ、ヒドロキシル、カルボン酸、チオール、アルキル、アルケニル、及びアルキニルから選択される１つ以上の基を含む。
結合リンカーの例には、ピロリジン、８－アミノ－３，６－ジオキサオクタン酸（ＡＤＯ）、４－（Ｎ－マレイミドメチル）シクロヘキサン－１－カルボン酸スクシンイミジル（ＳＭＣＣ）及び６－アミノヘキサン酸（ＡＨＥＸまたはＡＨＡ）が含まれるが、これに限定されるものではない。他の結合リンカーには、置換もしくは非置換のＣ１－Ｃ１０アルキル、置換もしくは非置換のＣ２－Ｃ１０アルケニル、または置換もしくは非置換のＣ２－Ｃ１０アルキニルが含まれるが、これに限定されるものではなく、ここで、非限定的な好ましい置換基の一覧としては、ヒドロキシル基、アミノ基、アルコキシ基、カルボキ
シ基、ベンジル基、フェニル基、ニトロ基、チオール基、チオアルコキシ基、ハロゲン基、アルキル基、アリール基、アルケニル基及びアルキニル基が挙げられる。
特定の実施形態では、結合リンカーは１～１０のリンカーヌクレオシドを含む。特定の実施形態では、結合リンカーは２～５のリンカーヌクレオシドを含む。特定の実施形態では、結合リンカーは正確に３つのリンカーヌクレオシドを含む。特定の実施形態では、結合リンカーはＴＣＡモチーフを含む。特定の実施形態では、そのようなリンカーヌクレオシドは修飾ヌクレオシドである。特定の実施形態では、そのようなリンカーヌクレオシドは修飾糖部分を含む。特定の実施形態では、リンカーヌクレオシドは修飾されていない。特定の実施形態では、リンカーヌクレオシドは、任意選択で保護された、プリン、置換プリン、ピリミジンまたは置換ピリミジンから選択される複素環式塩基を含む。特定の実施形態では、切断可能部分は、ウラシル、チミン、シトシン、４－Ｎ－ベンゾイルシトシン、５－メチルシトシン、４－Ｎ－ベンゾイル－５－メチルシトシン、アデニン、６－Ｎ－ベンゾイルアデニン、グアニン及び２－Ｎ－イソブチリルグアニンから選択されるヌクレオシドである。典型的に、リンカーヌクレオシドは、オリゴマー化合物が標的組織に到達した後にそのオリゴマー化合物から切断されることが望ましい。したがって、リンカーヌクレオシドは典型的に、リンカーヌクレオシド同士及びオリゴマー化合物の残りの部分に、切断可能な結合を介して連結される。特定の実施形態では、そのような切断可能な結合はホスホジエステル結合である。
本明細書では、リンカーヌクレオシドをオリゴヌクレオチドの一部とみなさない。したがって、オリゴマー化合物が、特定数もしくは特定範囲の連結ヌクレオシド及び／または基準核酸に対する特定割合の相補性で構成されるオリゴヌクレオチドを含み、かつ、かかるオリゴマー化合物が、リンカーヌクレオシドを含む結合リンカーを含む結合基も含む実施形態では、それらのリンカーヌクレオシドはオリゴヌクレオチドの長さには加算されず、また基準核酸に対するオリゴヌクレオチドの相補性の割合を決定する際にも使用されない。例えば、オリゴマー化合物は、（１）８～３０のヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチド及び（２）かかる修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドに隣接する１～１０のリンカーヌクレオシドを含む結合基を含んでよい。そのようなオリゴマー化合物における連続する連結ヌクレオシドの総数は３０超である。別法として、オリゴマー化合物は、８～３０のヌクレオシドからなり結合基のない修飾オリゴヌクレオチドを含んでよい。そのようなオリゴマー化合物における連続する連結ヌクレオシドの総数は３０以下である。特に明記しない限り、結合リンカーは１０以下のリンカーヌクレオシドを含む。特定の実施形態では、結合リンカーは５以下のリンカーヌクレオシドを含む。特定の実施形態では、結合リンカーは３以下のリンカーヌクレオシドを含む。特定の実施形態では、結合リンカーは２以下のリンカーヌクレオシドを含む。特定の実施形態では、結合リンカーは１以下のリンカーヌクレオシドを含む。
特定の実施形態では、結合基は、オリゴヌクレオチドから切断されることが望ましい。例えば、特定の状況では、特定の結合部分を含むオリゴマー化合物は特定の細胞型によってより良く取り込まれるが、一旦オリゴマー化合物が取り込まれたら、結合基が切断されて未結合オリゴヌクレオチドまたは親オリゴヌクレオチドを遊離することが望ましい。したがって、特定の結合リンカーは１つ以上の切断可能部分を含んでよい。特定の実施形態では、切断可能部分は切断可能な結合である。特定の実施形態では、切断可能部分は、少なくとも１つの切断可能な結合を含む原子団である。特定の実施形態では、切断可能部分は、１つ、２つ、３つ、４つ、または５つ以上の切断可能な結合を有する原子団を含む。特定の実施形態では、切断可能部分は、細胞の内側またはリソソームなどの細胞内区画の内側で選択的に切断される。特定の実施形態では、切断可能部分は、ヌクレアーゼなどの内在性酵素によって選択的に切断される。
特定の実施形態では、切断可能な結合は、アミド、エステル、エーテル、ホスホジエステルの一方もしくは両方のエステル、リン酸エステル、カルバマート、またはジスルフィドの中から選択される。特定の実施形態では、切断可能な結合はホスホジエステルのエステルのうち一方または両方である。特定の実施形態では、切断可能部分はリン酸塩またはホスホジエステルを含む。特定の実施形態では、切断可能部分は、オリゴヌクレオチドと、結合部分または結合基との間のリン酸結合である。
特定の実施形態では、切断可能部分は１つ以上のリンカーヌクレオシドを含むかまたはそれからなる。特定のそのような実施形態では、１つ以上のリンカーヌクレオシドは、リンカーヌクレオシド同士及び／またはオリゴマー化合物の残りの部分に切断可能な結合を介して連結される。特定の実施形態では、そのような切断可能な結合は非修飾ホスホジエステル結合である。特定の実施形態では、切断可能部分は、オリゴヌクレオチドの３’末端または５’末端のヌクレオシドにリン酸ヌクレオシド間結合により結合され、結合リンカーもしくは結合部分の残りの部分にリン酸結合またはホスホロチオアート結合により共有結合で結合されている２’－デオキシヌクレオシドである。特定のそのような実施形態では、切断可能部分は２’－デオキシアデノシンである。
Ｂ．特定の末端基
特定の実施形態では、オリゴマー化合物は１つ以上の末端基を含む。特定のそのような実施形態では、オリゴマー化合物は安定化された５’－ホスファートを含む。安定化された５’－ホスファートには、５’－ビニルホスホナートが含まれるがこれに限定されない５’－ホスファナートが含まれるが、これに限定されるものではない。特定の実施形態では、末端基は１つ以上の脱塩基ヌクレオシド及び／または反転ヌクレオシドを含む。特定の実施形態では、末端基は１つ以上の２’－連結ヌクレオシドを含む。特定のそのような実施形態では、２’－連結ヌクレオシドは脱塩基ヌクレオシドである。
ＩＩＩ．オリゴマー二重鎖
特定の実施形態では、本明細書に記載するオリゴマー化合物はオリゴヌクレオチドを含み、標的核酸の核酸塩基配列に相補的な核酸塩基配列を有する。特定の実施形態では、オリゴマー化合物を第２のオリゴマー化合物と対形成させ、オリゴマー二重鎖を形成させる。そのようなオリゴマー二重鎖は、標的核酸に相補的な領域を有する第１のオリゴマー化合物及びかかる第１のオリゴマー化合物に相補的な領域を有する第２のオリゴマー化合物を含む。特定の実施形態では、オリゴマー二重鎖の第１のオリゴマー化合物は、（１）修飾または非修飾のオリゴヌクレオチド及び任意選択による結合基と、（２）第２の修飾または非修飾のオリゴヌクレオチド及び任意選択による結合基とを含むかまたはそれからなる。オリゴマー二重鎖のオリゴマー化合物のうち一方またはどちらも結合基を含んでよい。オリゴマー二重鎖の各オリゴマー化合物のオリゴヌクレオチドには非相補的な突出ヌクレオシドが含まれてよい。
ＩＶ．アンチセンス活性
特定の実施形態では、オリゴマー化合物及びオリゴマー二重鎖は標的核酸とハイブリダイズして、少なくとも１つのアンチセンス活性をもたらすことができ、そのようなオリゴマー化合物及びオリゴマー二重鎖はアンチセンス化合物である。特定の実施形態では、アンチセンス化合物が標準的細胞アッセイにおいて標的核酸の量または活性を２５％以上低下させるかまたは阻害する場合は、そのアンチセンス化合物にはアンチセンス活性がある。特定の実施形態では、アンチセンス化合物は１つ以上の標的核酸に選択的に影響を与える。そのようなアンチセンス化合物は、１つ以上の標的核酸とハイブリダイズして１つ以上の所望のアンチセンス活性をもたらし、１つ以上の非標的核酸とハイブリダイズしない核酸塩基配列、または大幅な望ましくないアンチセンス活性をもたらさないよう１つ以上の非標的核酸とハイブリダイズしない核酸塩基配列を含む。
特定のアンチセンス活性では、アンチセンス化合物と標的核酸とのハイブリダイゼーションにより、標的核酸を切断するタンパク質の動員がもたらされる。例えば、特定のアンチセンス化合物により、ＲＮａｓｅ Ｈの介在による標的核酸の切断がもたらされる。ＲＮａｓｅ Ｈは、ＲＮＡ：ＤＮＡ二重鎖のＲＮＡ鎖を切断する細胞内エンドヌクレアーゼである。そのようなＲＮＡ：ＤＮＡ二重鎖中のＤＮＡは非修飾ＤＮＡである必要はない。特定の実施形態では、本明細書に記載されるのは、ＲＮａｓｅ Ｈ活性を誘発するのに十分に「ＤＮＡ様」であるアンチセンス化合物である。特定の実施形態では、ギャップマーのギャップには１つ以上の非ＤＮＡ様ヌクレオシドが許容される。
特定のアンチセンス活性では、アンチセンス化合物またはアンチセンス化合物の一部をＲＮＡ誘導サイレンシング複合体（ＲＩＳＣ）内に搭載し、最終的に標的核酸の切断を生じさせる。例えば、特定のアンチセンス化合物により、アルゴノートによる標的核酸の切断がもたらされる。ＲＩＳＣ内に搭載されるアンチセンス化合物はＲＮＡｉ化合物である。ＲＮＡｉ化合物は、二本鎖（ｓｉＲＮＡ）であっても一本鎖（ｓｓＲＮＡ）であってもよい。
特定の実施形態では、アンチセンス化合物と標的核酸とのハイブリダイゼーションでは、その標的核酸を切断するタンパク質の動員はもたらされない。特定の実施形態では、アンチセンス化合物と標的核酸とのハイブリダイゼーションにより標的核酸のスプライシングの改変がもたらされる。特定の実施形態では、アンチセンス化合物と標的核酸とのハイブリダイゼーションにより、標的核酸とタンパク質または他の核酸との間の結合相互作用が阻害される。特定の実施形態では、アンチセンス化合物と標的核酸とのハイブリダイゼーションにより、標的核酸の翻訳改変がもたらされる。
アンチセンス活性は直接または間接的に観察され得る。特定の実施形態では、アンチセンス活性の観察または検出では、標的核酸もしくはかかる標的核酸によりコードされるタンパク質の量の変化、核酸もしくはタンパク質のスプライスバリアントの比率の変化、及び／または細胞もしくは動物における表現型の変化についての観察または検出が行われる。
Ｖ．特定の標的核酸
特定の実施形態では、オリゴマー化合物は、標的核酸に相補的な領域を含むオリゴヌクレオチドを含むかまたはそれからなる。特定の実施形態では、標的核酸は内在性ＲＮＡ分子である。特定の実施形態では、標的核酸はタンパク質をコードする。特定のそのような実施形態では、標的核酸は、イントロン領域、エクソン領域及び非翻訳領域など、成熟ｍＲＮＡ及びプレｍＲＮＡから選択される。特定の実施形態では、標的ＲＮＡは成熟ｍＲＮＡである。特定の実施形態では、標的核酸はプレｍＲＮＡである。特定のそのような実施形態では、標的領域はイントロン内全体である。特定の実施形態では、標的領域はイントロン／エクソン接合部に及ぶ。特定の実施形態では、標的領域はイントロン内部の少なくとも５０％である。特定の実施形態では、標的核酸レトロ遺伝子のＲＮＡ転写産物である。特定の実施形態では、標的核酸はノンコーディングＲＮＡである。特定のそのような実施形態では、標的ノンコーディングＲＮＡは、長鎖ノンコーディングＲＮＡ、短鎖ノンコーディングＲＮＡ、イントロンＲＮＡ分子から選択される。
Ａ．標的核酸に対する相補性／ミスマッチ
活性を消失させずにミスマッチ塩基を導入することが可能である。例えば、Ｇａｕｔｓｃｈｉら（Ｊ．Ｎａｔｌ．Ｃａｎｃｅｒ Ｉｎｓｔ．９３：４６３－４７１，Ｍａｒｃｈ
２００１）は、ｂｃｌ－２ｍＲＮＡに対する相補性が１００％であり、ｂｃｌ－ｘＬ ｍＲＮＡに対する３つのミスマッチを有するオリゴヌクレオチドが、インビトロ及びイン
ビボにおいてｂｃｌ－２及びｂｃｌ－ｘＬの両方の発現を抑制するという能力を実証した。さらに、このオリゴヌクレオチドは強力な抗腫瘍活性をインビボで示した。Ｍａｈｅｒ及びＤｏｌｎｉｃｋ（Ｎｕｃ．Ａｃｉｄ．Ｒｅｓ．１６：３３４１－３３５８，１９８８）は、一連の縦列になった１４核酸塩基のオリゴヌクレオチド、ならびにかかる縦列オリゴヌクレオチドがそれぞれ２つまたは３つ配列されて構成される２８核酸塩基オリゴヌクレオチド及び４２核酸塩基オリゴヌクレオチドを、それらがヒトＤＨＦＲの翻訳を停止させる能力についてウサギ網状赤血球アッセイで試験した。３つの１４核酸塩基オリゴヌクレオチドの各々は単独では、２８核酸塩基オリゴヌクレオチドまたは４２核酸塩基オリゴヌクレオチドよりも低いレベルではあったが翻訳を阻害することができた。
特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドはオリゴヌクレオチドの全長にわたり標的核酸に相補的である。特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは標的核酸に９９％、９５％、９０％、８５％、または８０％相補的である。特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、そのオリゴヌクレオチドの全長にわたり標的核酸に少なくとも８０％相補的であり、標的核酸に１００％または完全に相補的な領域を含む。特定の実施形態では、完全相補性領域は６～２０、１０～１８、または１８～２０の核酸塩基長である。
特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、標的核酸に対するミスマッチ核酸塩基を１つ以上含む。特定の実施形態では、そのようなミスマッチによって標的に対するアンチセンス活性が低下するが、非標的に対する活性は多大に抑制される。したがって、ある実施形態ではオリゴヌクレオチドの選択性が改善される。特定の実施形態では、ギャップマーモチーフを有するオリゴヌクレオチド内にミスマッチを特異的に位置させる。特定の実施形態では、ミスマッチはギャップ領域の５’末端から１位、２位、３位、４位、５位、６位、７位、または８位にある。特定の実施形態では、ミスマッチはギャップ領域の３’末端から９位、８位、７位、６位、５位、４位、３位、２位、１位にある。特定の実施形態では、ミスマッチはウイング領域の５’末端から１位、２位、３位、または４位にある。特定の実施形態では、ミスマッチはウイング領域の３’末端から４位、３位、２位、または１位にある。
Ｂ．ＳＮＣＡ
特定の実施形態では、オリゴマー化合物は、標的核酸に相補的な領域を含むオリゴヌクレオチドを含むかまたはそれからなり、ここで、標的核酸はＳＮＣＡである。特定の実施形態では、ＳＮＣＡ核酸は、配列番号１（ＧＥＮＢＡＮＫ受託番号：ＮＭ＿０００３４５．３）、配列番号２（ＧＥＮＢＡＮＫ受託番号：ＮＴ＿０１６３５４．２０、切り出し（ＴＲＵＮＣ）３０８０００００～３０９１９０００）、配列番号３（ＧＥＮＢＡＮＫ受託番号：ＪＮ７０９８６３．１）、配列番号４（ＧＥＮＢＡＮＫ受託番号：ＢＣ０１３２９３．２）、配列番号５（ＧＥＮＢＡＮＫ受託番号：ＮＭ＿００１１４６０５５．１）、及び配列番号６（ＧＥＮＢＡＮＫ受託番号：ＨＱ８３０２６９．１）に記載の配列を有する。
特定の実施形態では、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、または配列番号６に相補的なオリゴマー化合物に細胞を接触させることによりＳＮＣＡ
ｍＲＮＡの量が低下し、特定の実施形態では、アルファ－シヌクレインタンパク質の量が低下する。特定の実施形態では、オリゴマー化合物は修飾オリゴヌクレオチドからなる。特定の実施形態では、動物における細胞を配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５または配列番号６に相補的なオリゴマー化合物と接触させることにより、神経変性疾患の１つ以上の症状または特徴が改善される。特定の実施形態では、オリゴマー化合物は修飾オリゴヌクレオチドからなる。特定の実施形態では、症状または特徴は、運動機能障害、アルファ－シヌクレインの凝集、神経変性、認知機能の低下及び認知症である。特定の実施形態では、動物における細胞を配列番号１、配列番号２、配列番号
３、配列番号４、配列番号５または配列番号６に相補的なオリゴヌクレオチドと接触させることにより、運動機能の改善、アルファ－シヌクレイン凝集体の減少、神経変性抑制及び／または認知症抑制がもたらされる。特定の実施形態では、オリゴマー化合物は修飾オリゴヌクレオチドからなる。
Ｃ．特定の組織における特定の標的核酸
特定の実施形態では、オリゴマー化合物は、標的核酸に相補的な領域を含むオリゴヌクレオチドを含むかまたはそれからなり、ここで、標的核酸は、薬理学的に適切な組織において発現する。特定の実施形態では、薬理学的に適切な組織は、中枢神経系（ＣＮＳ）を含む細胞及び組織である。そのような細胞及び組織には、運動皮質、前頭皮質、尾状核、扁桃体、橋、黒質、被殻、小脳脚、脳梁、背側蝸牛神経核（ＤＣＮ）、内嗅皮質（Ｅｎｔ
Ｃｏｒｔｅｘ）、海馬、島皮質、延髄、中心灰白質、視床枕、後頭皮質、大脳皮質、側頭皮質、淡蒼球、上丘、及び前脳基底核が含まれる。
ＶＩ．特定の医薬組成物
特定の実施形態では、本明細書に記載されるのは、１つ以上のオリゴマー化合物含む医薬組成物である。特定の実施形態では、１つ以上のオリゴマー化合物はそれぞれ修飾オリゴヌクレオチドからなる。特定の実施形態では、医薬組成物は、薬理学的に許容される希釈剤または担体を含む。特定の実施形態では、医薬組成物は、滅菌生理食塩水及び１つ以上のオリゴマー化合物を含むかまたはそれからなる。特定の実施形態では、滅菌生理食塩水は医薬品グレードの生理食塩水である。特定の実施形態では、医薬組成物は、１つ以上のオリゴマー化合物及び滅菌水を含むかまたはそれからなる。特定の実施形態では、滅菌水は医薬品グレードの水である。特定の実施形態では、医薬組成物は、１つ以上のオリゴマー化合物及びリン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）を含むかまたはそれからなる。特定の実施形態では、滅菌ＰＢＳは医薬品グレードのＰＢＳである。特定の実施形態では、医薬組成物は、１つ以上のオリゴマー化合物及び人工脳脊髄液を含むかまたはそれからなる。特定の実施形態では、人工脳脊髄液は医薬品グレードである。
特定の実施形態では、医薬組成物は、修飾オリゴヌクレオチド及び人工脳脊髄液を含む。特定の実施形態では、医薬組成物は修飾オリゴヌクレオチド及び人工脳脊髄液からなる。特定の実施形態では、医薬組成物は本質的に修飾オリゴヌクレオチド及び人工脳脊髄液からなる。特定の実施形態では、人工脳脊髄液は医薬品グレードである。
特定の実施形態では、医薬組成物は、１つ以上のオリゴマー化合物及び１つ以上の添加剤を含む。特定の実施形態では、添加剤は、水、塩類溶液、アルコール、ポリエチレングリコール、ゼラチン、乳糖、アミラーゼ、ステアリン酸マグネシウム、タルク、ケイ酸、粘性パラフィン、ヒドロキシメチルセルロース及びポリビニルピロリドンから選択される。
特定の実施形態では、オリゴマー化合物は、医薬組成物または製剤を調製するために薬理学的に許容される活性物質及び／または不活性物質と混合され得る。医薬組成物を製剤化するための組成物及び方法は、投与経路、疾患の程度、または投与するべき用量など、これに限定されない多数の基準に応じて異なる。
特定の実施形態では、オリゴマー化合物を含む医薬組成物は、オリゴマー化合物の任意の薬理学的に許容される塩、オリゴマー化合物のエステル、またはそのようなエステルの塩を包含する。特定の実施形態では、１つ以上のオリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物を含む医薬組成物は、ヒトなど動物への投与時、生物学的に活性な代謝物またはその残留物を（直接または間接的に）与えることができる。したがって、例えば、本開示はまた、オリゴマー化合物の薬理学的に許容される塩、プロドラッグ、そのようなプロドラッ
グの薬理学的に許容される塩、及び他の生物学的同等物にも関する。適切な薬理学的に許容される塩にはナトリウム塩及びカリウム塩が含まれるが、これに限定されるものではない。特定の実施形態では、プロドラッグは、オリゴヌクレオチドに結合された１つ以上の結合基を含み、ここで、結合基は、体内で内在性ヌクレアーゼにより切断される。
脂質部分は、核酸医療においてさまざまな方法で使用されている。特定のそのような方法では、オリゴマー化合物などの核酸を、カチオン性脂質と中性脂質の混合物で作られた、事前形成したリポソームまたはリポプレックスに導入する。特定の方法では、モノカチオン性脂質またはポリカチオン性脂質とのＤＮＡ複合体は中性脂質を存在させずに形成される。特定の実施形態では、脂質部分は、特定の細胞または組織への医薬剤の分布が増大するよう選択される。特定の実施形態では、脂質部分は、脂肪組織への医薬剤の分布が増大するよう選択される。特定の実施形態では、脂質部分は、筋組織への医薬剤の分布が増大するよう選択される。
特定の実施形態では、医薬組成物は送達システムを含む。送達システムの例にはリポソーム及びエマルジョンが含まれるが、これに限定されるものではない。特定の送達システムは、疎水性化合物を含む医薬組成物など、特定の医薬組成物の調製に有用である。特定の実施形態では、ジメチルスルホキシドなどの特定の有機溶媒を使用する。
特定の実施形態では、医薬組成物は、本発明の１つ以上の医薬剤を特定の組織または細胞型に送達するよう設計された１つ以上の組織特異的送達分子を含む。例えば、特定の実施形態では、医薬組成物には、組織特異的抗体で覆われたリポソームが含まれる。
特定の実施形態では、医薬組成物は共溶媒系を含む。そのような共溶媒系のいくつかは、例えば、ベンジルアルコール、非極性界面活性剤、水－混和性有機ポリマー、及び水相を含む。特定の実施形態では、そのような共溶媒系は疎水性化合物に使用される。そのような共溶媒系の非限定的な例はＶＰＤ共溶媒系であり、これは、３ｗ／ｖ％ベンジルアルコール、８ｗ／ｖ％の非極性界面活性剤Ｐｏｌｙｓｏｒｂａｔｅ ８０（商標）及び６５ｗ／ｖ％ポリエチレングリコール ３００を含む無水エタノール溶液である。そのような共溶媒系の割合は、それらの溶解度特性及び毒性特性を大幅に改変することなくかなり異なり得る。さらに、共溶媒構成成分の同一性は異なってよく、例えば、Ｐｏｌｙｓｏｒｂａｔｅ ８０（商標）の代わりに他の界面活性剤を使用してよく、ポリエチレングリコールの分画量は異なってよく、ポリエチレングリコールを他の生体適合性ポリマー、例えば、ポリビニルピロリドンに置き換えてよく、また他の糖または多糖類をデキストロースの代替として使用してよい。
特定の実施形態では、医薬組成物を経口投与用に調製する。特定の実施形態では、医薬組成物を頬側投与用に調製する。特定の実施形態では、医薬組成物を、注射（例えば、静脈内、皮下、筋肉内、髄腔内（ＩＴ）、脳室内（ＩＣＶ）等）による投与用に調製する。そのような実施形態のいくつかでは、医薬組成物は担体を含み、水または生理学的に適合性のある緩衝液、例えば、ハンクス液、リンゲル液、または生理食塩緩衝液などのような水溶液中に製剤化される。特定の実施形態では、他の原料が含まれる（例えば、溶解度を助けるかまたは保存剤として作用する原料）。特定の実施形態では、適切な液状担体、懸濁剤等を使用して注入可能な懸濁液を調製する。注射用の特定の医薬組成物は、単位剤形、例えば、アンプルまたは多回投与容器で提示される。注射用の特定の医薬組成物は、油性または水性のビヒクルに溶解させた懸濁液、溶液またはエマルジョンであり、懸濁化剤、安定化剤及び／または分散剤などの製剤化剤（ｆｏｒｍｕｌａｔｏｒｙ ａｇｅｎｔ）を含有してよい。注射用医薬組成物での使用に好適な特定の溶媒には、親油性溶媒、及びゴマ油などの脂肪油、オレイン酸エチルまたはトリグリセリドなどの合成脂肪酸エステル、ならびにリポソームが含まれるが、これに限定されるものではない。水性懸濁注射液が
含まれてよい。
ＶＩＩ．特定の組成物
１．化合物７６３０８５番
特定の実施形態では、化合物７６３０８５番は、（５’から３’方向に）ＣＡＧＡＣＴＧＴＡＡＴＣＴＡＧＧＡＣＣＣという配列（本明細書では配列番号１８８７として組み込まれる）を有する５－１０－５ＭＯＥギャップマーとして特徴付けられ、ここで、ヌクレオシドの１～５及び１６～２０（５’から３’方向に）の各々は２’－ＭＯＥ修飾を含み、ヌクレオシドの６～１５の各々は２’－デオキシヌクレオシドであり、ここで、ヌクレオシドの２～３間、３～４間、４～５間、１６～１７間、及び１７～１８間のヌクレオシド間結合はホスホジエステルヌクレオシド間結合であり、ヌクレオシドの１～２間、５～６間、６～７間、７～８間、８～９間、９～１０間、１０～１１間、１１～１２間、１２～１３間、１３～１４間、１４～１５間、１５～１６間、１８～１９間、及び１９～２０間のヌクレオシド間結合はホスホロチオアートヌクレオシド間結合であり、ここで、各シトシンは５－メチルシトシンである。
特定の実施形態では、化合物７６３０８５番は、以下の化学表記法：ｍＣｅｓ Ａｅｏ
Ｇｅｏ Ａｅｏ ｍＣｅｓ Ｔｄｓ Ｇｄｓ Ｔｄｓ Ａｄｓ Ａｄｓ Ｔｄｓ ｍＣｄｓ Ｔｄｓ Ａｄｓ Ｇｄｓ Ｇｅｏ Ａｅｏ ｍＣｅｓ ｍＣｅｓ ｍＣｅを特徴とし、ここで、
Ａ＝アデニン核酸塩基、
ｍＣ＝５－メチルシトシン核酸塩基、
Ｇ＝グアニン核酸塩基、
Ｔ＝チミン核酸塩基、
ｅ＝２’－ＭＯＥ修飾糖、
ｄ＝２’－デオキシリボース糖、
ｓ＝ホスホロチオアートヌクレオシド間結合、及び
ｏ＝ホスホジエステルヌクレオシド間結合
である。
特定の実施形態では、化合物７６３０８５番は以下の化学構造で表される。
Figure 2023011725000011
２．化合物７６３３６４番
特定の実施形態では、化合物７６３３６４番は、（５’から３’方向に）ＡＣＧＡＣＡＴＴＴＴＣＴＴＧＣＣＴＣＴＴという配列（本明細書では配列番号２１６６として組み込まれる）を有する５－１０－５ＭＯＥギャップマーとして特徴付けられ、ここで、ヌクレオシドの１～５及び１６～２０（５’から３’方向に）の各々は２’－ＭＯＥ修飾を含み、ヌクレオシドの６～１５の各々は２’－デオキシヌクレオシドであり、ここで、ヌクレオシドの２～３間、３～４間、４～５間、１６～１７間、及び１７～１８間のヌクレオシド間結合はホスホジエステルヌクレオシド間結合であり、ヌクレオシドの１～２間、５～６間、６～７間、７～８間、８～９間、９～１０間、１０～１１間、１１～１２間、１２～１３間、１３～１４間、１４～１５間、１５～１６間、１８～１９間、及び１９～２０間のヌクレオシド間結合はホスホロチオアートヌクレオシド間結合であり、ここで、各シトシンは５－メチルシトシンである。
特定の実施形態では、化合物７６３３６４番は、以下の化学表記法：Ａｅｓ ｍＣｅｏ
Ｇｅｏ Ａｅｏ ｍＣｅｓ Ａｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ ｍＣｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｇｄｓ ｍＣｄｓ ｍＣｅｏ Ｔｅｏ ｍＣｅｓ Ｔｅｓ Ｔｅを特徴とし、ここで、
Ａ＝アデニン核酸塩基、
ｍＣ＝５－メチルシトシン核酸塩基、
Ｇ＝グアニン核酸塩基、
Ｔ＝チミン核酸塩基、
ｅ＝２’－ＭＯＥ修飾糖、
ｄ＝２’－デオキシリボース糖、
ｓ＝ホスホロチオアートヌクレオシド間結合、及び
ｏ＝ホスホジエステルヌクレオシド間結合
である。
特定の実施形態では、化合物７６３３６４番は以下の化学構造で表される。
Figure 2023011725000012
３．化合物７６３３９１番
特定の実施形態では、化合物７６３３９１番は、（５’から３’方向に）ＧＴＴＴＴＣＡＴＣＡＡＴＡＴＣＴＧＣＡＡという配列（本明細書では配列番号２１９３として組み込まれる）を有する５－１０－５ＭＯＥギャップマーとして特徴付けられ、ここで、ヌクレオシドの１～５及び１６～２０（５’から３’方向に）の各々は２’－ＭＯＥ修飾を含み、ヌクレオシドの６～１５の各々は２’－デオキシヌクレオシドであり、ここで、ヌクレオシドの２～３間、３～４間、４～５間、１６～１７間、及び１７～１８間のヌクレオシド間結合はホスホジエステルヌクレオシド間結合であり、ヌクレオシドの１～２間、５～６間、６～７間、７～８間、８～９間、９～１０間、１０～１１間、１１～１２間、１２～１３間、１３～１４間、１４～１５間、１５～１６間、１８～１９間、及び１９～２０間のヌクレオシド間結合はホスホロチオアートヌクレオシド間結合であり、ここで、各シトシンは５－メチルシトシンである。
特定の実施形態では、化合物７６３３９１番は、以下の化学表記法：Ｇｅｓ Ｔｅｏ Ｔｅｏ Ｔｅｏ Ｔｅｓ ｍＣｄｓ Ａｄｓ Ｔｄｓ ｍＣｄｓ Ａｄｓ Ａｄｓ Ｔｄ
ｓ Ａｄｓ Ｔｄｓ ｍＣｄｓ Ｔｅｏ Ｇｅｏ ｍＣｅｓ Ａｅｓ Ａｅを特徴とし、ここで、
Ａ＝アデニン核酸塩基、
ｍＣ＝５－メチルシトシン核酸塩基、
Ｇ＝グアニン核酸塩基、
Ｔ＝チミン核酸塩基、
ｅ＝２’－ＭＯＥ修飾糖、
ｄ＝２’－デオキシリボース糖、
ｓ＝ホスホロチオアートヌクレオシド間結合、及び
ｏ＝ホスホジエステルヌクレオシド間結合
である。
特定の実施形態では、化合物７６３３９１番は以下の化学構造で表される。
Figure 2023011725000013
４．化合物７８９２４３番
特定の実施形態では、化合物７８９２４３番は、（５’から３’方向に）ＴＧＡＡＴＴＣＣＴＴＴＡＣＡＣＣＡＣＡＣという配列（本明細書では配列番号１６３９として組み込まれる）を有する５－１０－５ＭＯＥギャップマーとして特徴付けられ、ここで、ヌクレオシドの１～５及び１６～２０（５’から３’方向に）の各々は２’－ＭＯＥ修飾を含み、ヌクレオシドの６～１５の各々は２’－デオキシヌクレオシドであり、ここで、ヌクレオシドの２～３間及び１７～１８間のヌクレオシド間結合はホスホジエステルヌクレオシド間結合であり、ヌクレオシドの１～２間、３～４間、４～５間、５～６間、６～７間、７～８間、８～９間、９～１０間、１０～１１間、１１～１２間、１２～１３間、１３～
１４間、１４～１５間、１５～１６間、１６～１７間、１８～１９間、及び１９～２０間のヌクレオシド間結合はホスホロチオアートヌクレオシド間結合であり、ここで、各シトシンは５－メチルシトシンである。
特定の実施形態では、化合物７８９２４３番は、以下の化学表記法：Ｔｅｓ Ｇｅｏ Ａｅｓ Ａｅｓ Ｔｅｓ Ｔｄｓ ｍＣｄｓ ｍＣｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ａｄｓ ｍＣｄｓ Ａｄｓ ｍＣｄｓ ｍＣｅｓ Ａｅｏ ｍＣｅｓ Ａｅｓ ｍＣｅを特徴とし、ここで、
Ａ＝アデニン核酸塩基、
ｍＣ＝５－メチルシトシン核酸塩基、
Ｇ＝グアニン核酸塩基、
Ｔ＝チミン核酸塩基、
ｅ＝２’－ＭＯＥ修飾糖、
ｄ＝２’－デオキシリボース糖、
ｓ＝ホスホロチオアートヌクレオシド間結合、及び
ｏ＝ホスホジエステルヌクレオシド間結合
である。
特定の実施形態では、化合物７８９２４３番は以下の化学構造で表される。
Figure 2023011725000014
５．化合物８２７５９９番
特定の実施形態では、化合物８２７５９９番は、（５’から３’方向に）ＡＣＡＧＡＴ
ＡＴＴＴＴＴＧＴＴＣＴＧＣＣという配列（本明細書では配列番号１７０３として組み込まれる）を有する５－１０－５ＭＯＥギャップマーとして特徴付けられ、ここで、ヌクレオシドの１～５及び１６～２０（５’から３’方向に）の各々は２’－ＭＯＥ修飾を含み、ヌクレオシドの６～１５の各々は２’－デオキシヌクレオシドであり、ここで、ヌクレオシドの２～３間、１６～１７間、及び１７～１８間のヌクレオシド間結合はホスホジエステルヌクレオシド間結合であり、ヌクレオシドの１～２間、３～４間、４～５間、５～６間、６～７間、７～８間、８～９間、９～１０間、１０～１１間、１１～１２間、１２～１３間、１３～１４間、１４～１５間、１５～１６間、１８～１９間、及び１９～２０間のヌクレオシド間結合はホスホロチオアートヌクレオシド間結合であり、ここで、各シトシンは５－メチルシトシンである。
特定の実施形態では、化合物８２７５９９番は、以下の化学表記法：Ａｅｓ ｍＣｅｏ
Ａｅｓ Ｇｅｓ Ａｅｓ Ｔｄｓ Ａｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ
Ｇｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ ｍＣｅｏ Ｔｅｏ Ｇｅｓ ｍＣｅｓ ｍＣｅを特徴とし、ここで、
Ａ＝アデニン核酸塩基、
ｍＣ＝５－メチルシトシン核酸塩基、
Ｇ＝グアニン核酸塩基、
Ｔ＝チミン核酸塩基、
ｅ＝２’－ＭＯＥ修飾糖、
ｄ＝２’－デオキシリボース糖、
ｓ＝ホスホロチオアートヌクレオシド間結合、及び
ｏ＝ホスホジエステルヌクレオシド間結合
である。
特定の実施形態では、化合物８２７５９９番は以下の化学構造で表される。
Figure 2023011725000015
ＶＩＩＩ．特定の比較対照組成物
特定の実施形態では、参照により本明細書に組み込まれる先のＷＯ２０１２／０６８４０５に記載された化合物３８７９７８番は、（５’から３’方向に）ＴＣＣＴＴＧＧＣＣＴＴＴＧＡＡＡＧＴＣＣという配列（本明細書では配列番号２１として組み込まれる）を有する５－１０－５ＭＯＥギャップマーであり、ここで、各ヌクレオシド間結合はホスホロチオアートヌクレオシド間結合であり、各シトシンは５－メチルシトシンであり、ヌクレオシドの１～５及び１６～２０（５’から３’方向に）の各々は２’－ＭＯＥ修飾糖を含み、この化合物を比較対照化合物とする。化合物３８７９７８番は、ヒトＳＮＣＡのｍＲＮＡ低下の反復投与試験において強力であり、ＷＯ２０１２／０６８４０５に記載のさまざまな試験で顕性の毒性を示すことがなかったことから、この化合物を比較対照化合物として選択した。したがって、ＷＯ２０１２／０６８４０５の開示に基づき、化合物３８７９７８番を、許容される忍容性プロファイルがある強力な化合物とみなした。
特定の実施形態では、参照により本明細書に組み込まれる先のＷＯ２０１２／０６８４０５に記載された化合物３８７９８５番は、（５’から３’方向に）ＣＣＡＡＣＡＴＴＴＧＴＣＡＣＴＴＧＣＴＣという配列（本明細書では配列番号２２として組み込まれる）を有する５－１０－５ＭＯＥギャップマーであり、ここで、各ヌクレオシド間結合はホスホロチオアートヌクレオシド間結合であり、各シトシンは５－メチルシトシンであり、ヌクレオシドの１～５及び１６～２０（５’から３’方向に）の各々は２’－ＭＯＥ修飾糖を含み、この化合物を比較対照化合物とする。化合物３８７９８５番は、ヒトＳＮＣＡのｍＲＮＡ低下の反復投与試験において強力であり、ＷＯ２０１２／０６８４０５に記載のさまざまな試験で顕性の毒性を示すことがなかったことから、この化合物を比較対照化合
物として選択した。したがって、ＷＯ２０１２／０６８４０５の開示に基づき、化合物３８７９８５番を、許容される忍容性プロファイルがある強力な化合物とみなした。
特定の実施形態では、本明細書に記載する化合物は、効力及び忍容性などの１つ以上の改善された特性を示すことから、ＷＯ２０１２／０６８４０５に記載の化合物と比べて優れている。
化合物７６３０８５
例えば、実施例１０（下記）に記載のように、化合物７６３０８５は、０．４４μＭ、１．３３μＭ、４．００μＭ及び１２．００μＭの濃度で試験した場合にＳＨＳＨ－ＳＹ５Ｙ細胞で０．４４μＭ未満のＩＣ５０を示した。同一試験において比較対照化合物３８７９８５は５．００μＭのＩＣ５０を示した。したがって、本アッセイでは化合物７６３０８５は比較対照化合物３８７９８５よりも明らかに強力である。
例えば、実施例１１（下記）に記載のように、化合物７６３０８５は、０．０３２μＭ、０．１６０μＭ、０．８００μＭ、４．０００μＭ及び２０．０００μＭの濃度で試験した場合にＳＨＳＨ－ＳＹ５Ｙ細胞で０．４７μＭのＩＣ５０を示した。同一試験において比較対照化合物３８７９８５は４．２０μＭのＩＣ５０を示した。したがって、本アッセイでは化合物７６３０８５は比較対照化合物３８７９８５よりも明らかに強力である。
例えば、実施例１７（下記）に記載のように、野生型のＣ５７／Ｂｌ６マウスにおいて、ＩＣＶ投与で７００μｇのオリゴヌクレオチドで処置した場合、３時間後、化合物７６３０８５は機能観察総合評価法（ＦＯＢ）スコア０．８及び１．３を示し、比較対照化合物３８７９８５はＦＯＢスコア６．０を示した。したがって、本アッセイでは化合物７６３０８５は比較対照化合物３８７９８５よりも明らかに忍容性がある。
化合物７６３３６４
例えば、実施例１０（下記）に記載のように、化合物７６３３６４は、０．４４μＭ、１．３３μＭ、４．００μＭ及び１２．００μＭの濃度で試験した場合にＳＨＳＨ－ＳＹ５Ｙ細胞で０．４４μＭ未満のＩＣ５０を示した。同一試験において比較対照化合物３８７９８５は５．００μＭのＩＣ５０を示した。したがって、本アッセイでは化合物７６３３６４は比較対照化合物３８７９８５よりも明らかに強力である。
例えば、実施例１１（下記）に記載のように、化合物７６３３６４は、０．０３２μＭ、０．１６０μＭ、０．８００μＭ、４．０００μＭ及び２０．０００μＭの濃度で試験した場合にＳＨＳＨ－ＳＹ５Ｙ細胞で０．８６μＭのＩＣ５０を示した。同一試験において比較対照化合物３８７９８５は４．２０μＭのＩＣ５０を示した。したがって、本アッセイでは化合物７６３３６４は比較対照化合物３８７９８５よりも明らかに強力である。
化合物７６３３９１
例えば、実施例１０（下記）に記載のように、化合物７６３３９１は、０．４４μＭ、１．３３μＭ、４．００μＭ及び１２．００μＭの濃度で試験した場合にＳＨＳＨ－ＳＹ５Ｙ細胞で０．９４μＭ及び２．４９μＭのＩＣ５０を示した。同一試験において比較対照化合物３８７９８５は５．００μＭのＩＣ５０を示した。したがって、本アッセイでは化合物７６３３９１は比較対照化合物３８７９８５よりも明らかに強力である。
例えば、実施例１１（下記）に記載のように、化合物７６３３９１は、０．０３２μＭ、０．１６０μＭ、０．８００μＭ、４．０００μＭ及び２０．０００μＭの濃度で試験した場合にＳＨＳＨ－ＳＹ５Ｙ細胞で１．１０μＭのＩＣ５０を示した。同一試験において比較対照化合物３８７９８５は４．２０μＭのＩＣ５０を示した。したがって、本アッ
セイでは化合物７６３３９１は比較対照化合物３８７９８５よりも明らかに強力である。
例えば、実施例１７（下記）に記載のように、野生型のＣ５７／Ｂｌ６マウスにおいて、ＩＣＶ投与で７００μｇのオリゴヌクレオチドで処置した場合、３時間後、化合物７６３３９１はＦＯＢスコア０．０及び２．３を示し、比較対照化合物３８７９８５はＦＯＢスコア６．０を示した。したがって、本アッセイでは化合物７６３３９１は比較対照化合物３８７９８５よりも明らかに忍容性がある。
例えば、実施例１８（下記）に記載のように、Ｓｐｒａｇｕｅ Ｄａｗｌｅｙラットにおいて、ＩＴ投与で３ｍｇのオリゴヌクレオチドで処置した場合、３時間後、化合物７６３３９１はＦＯＢスコア０．０及び１．３を示し、比較対照化合物３８７９８５はＦＯＢスコア３．８を示した。したがって、本アッセイでは化合物７６３３９１は比較対照化合物３８７９８５よりも明らかに忍容性がある。
化合物７８９２４３
例えば、実施例１０（下記）に記載のように、化合物７８９２４３は、０．４４μＭ、１．３３μＭ、４．００μＭ及び１２．００μＭの濃度で試験した場合にＳＨＳＨ－ＳＹ５Ｙ細胞で２．４０μＭのＩＣ５０を示した。同一試験において比較対照化合物３８７９８５は５．００μＭのＩＣ５０を示した。したがって、本アッセイでは化合物７８９２４３は比較対照化合物３８７９８５よりも明らかに強力である。
例えば、実施例１１（下記）に記載のように、化合物７８９２４３は、０．０３２μＭ、０．１６０μＭ、０．８００μＭ、４．０００μＭ及び２０．０００μＭの濃度で試験した場合にＳＨＳＨ－ＳＹ５Ｙ細胞で２．２５μＭ及び１．９０μＭのＩＣ５０を示した。同一試験において比較対照化合物３８７９８５は４．２０μＭのＩＣ５０を示した。したがって、本アッセイでは化合物７８９２４３は比較対照化合物３８７９８５よりも明らかに強力である。
例えば、実施例１７（下記）に記載のように、野生型のＣ５７／Ｂｌ６マウスにおいて、ＩＣＶ投与で７００μｇのオリゴヌクレオチドで処置した場合、３時間後、化合物７８９２４３はＦＯＢスコア０．３及び０．０を示し、比較対照化合物３８７９８５はＦＯＢスコア６．０を示した。したがって、本アッセイでは化合物７８９２４３は比較対照化合物３８７９８５よりも明らかに忍容性がある。
例えば、実施例１８（下記）に記載のように、Ｓｐｒａｇｕｅ Ｄａｗｌｅｙラットにおいて、ＩＴ投与で３ｍｇのオリゴヌクレオチドで処置した場合、３時間後、化合物７８９２４３はＦＯＢスコア１．８及び１．５を示し、比較対照化合物３８７９８５はＦＯＢスコア３．８を示した。したがって、本アッセイでは化合物７８９２４３は比較対照化合物３８７９８５よりも明らかに忍容性がある。
化合物８２７５９９
例えば、実施例１０（下記）に記載のように、化合物８２７５９９は、０．４４μＭ、１．３３μＭ、４．００μＭ及び１２．００μＭの濃度で試験した場合にＳＨＳＨ－ＳＹ５Ｙ細胞で０．４０μＭμＭのＩＣ５０を示した。同一試験において比較対照化合物３８７９８５は５．００μＭのＩＣ５０を示した。したがって、本アッセイでは化合物８２７５９９は比較対照化合物３８７９８５よりも明らかに強力である。
例えば、実施例１１（下記）に記載のように、化合物８２７５９９は、０．０３２μＭ、０．１６０μＭ、０．８００μＭ、４．０００μＭ及び２０．０００μＭの濃度で試験した場合にＳＨＳＨ－ＳＹ５Ｙ細胞で０．４０μＭのＩＣ５０を示した。同一試験におい
て比較対照化合物３８７９８５は４．２０μＭのＩＣ５０を示した。したがって、本アッセイでは化合物８２７５９９は比較対照化合物３８７９８５よりも明らかに強力である。
例えば、実施例１７（下記）に記載のように、野生型のＣ５７／Ｂｌ６マウスにおいて、ＩＣＶ投与で７００μｇのオリゴヌクレオチドで処置した場合、３時間後、化合物８２７５９９はＦＯＢスコア０．０を示し、比較対照化合物３８７９８５はＦＯＢスコア６．０を示した。したがって、本アッセイでは化合物８２７５９９は比較対照化合物３８７９８５よりも明らかに忍容性がある。
例えば、実施例１８（下記）に記載のように、Ｓｐｒａｇｕｅ Ｄａｗｌｅｙラットにおいて、ＩＴ投与で３ｍｇのオリゴヌクレオチドで処置した場合、３時間後、化合物８２７５９９はＦＯＢスコア２．０を示し、比較対照化合物３８７９８５はＦＯＢスコア３．８を示した。したがって、本アッセイでは化合物８２７５９９は比較対照化合物３８７９８５よりも明らかに忍容性がある。
ＩＸ．特定のホットスポット領域
１．配列番号２の核酸塩基５０９１５～５０９４３
特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基５０９１５～５０９４３はホットスポット領域を含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは配列番号２の核酸塩基５０９１５～５０９４３に相補的である。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは１７または２０の核酸塩基長である。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドはギャップマーである。特定の実施形態では、ギャップマーは、ＭＯＥギャップマーであるかまたはｃＥｔとＭＯＥの混合ギャップマーである。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシド間結合はホスホロチオアートヌクレオシド間結合及びホスホジエステルヌクレオシド間結合である。
配列番号２４３、１６０１～１６０３、ならびに２１８８、２１８９、２１９０、２１９１、２１９２、２１９３、２１９４、２１９５、２１９６及び２１９７の核酸塩基配列は配列番号２の核酸塩基５０９１５～５０９４３に相補的である。
特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基５０９１５～５０９４３に相補的な修飾オリゴヌクレオチドにより、標準的細胞アッセイにおけるインビトロでのＳＮＣＡのＲＮＡの少なくとも４５％低下が達成される。
２．配列番号２の核酸塩基１９６３０～１９６５６
特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基１９６３０～１９６５６はホットスポット領域を含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは配列番号２の核酸塩基１９６３０～１９６５６に相補的である。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは１７または２０の核酸塩基長である。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドはギャップマーである。特定の実施形態では、ギャップマーは、ＭＯＥギャップマーであるかまたはｃＥｔとＭＯＥの混合ギャップマーである。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドはホスホロチオアートヌクレオシド間結合及びホスホジエステルヌクレオシド間結合によって連結されている。
配列番号１１０３、１７００、１７０１、１７０２、１７０３、１７０４、１７０５、１７０６及び１７０７の核酸塩基配列は配列番号２の核酸塩基１９６３０～１９６５６に相補的である。
特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基１９６３０～１９６５６に相補的な修飾オリゴヌクレオチドにより、標準的細胞アッセイにおけるインビトロでのＳＮＣＡのＲＮＡ
の少なくとも４８％低下が達成される。
３．配列番号２の核酸塩基２８４５１～２８４９１
特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基２８４５１～２８４９１はホットスポット領域を含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは配列番号２の核酸塩基２８４５１～２８４９１に相補的である。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは１７または２０の核酸塩基長である。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドはギャップマーである。特定の実施形態では、ギャップマーは、ＭＯＥギャップマーであるかまたはｃＥｔとＭＯＥの混合ギャップマーである。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドはホスホロチオアートヌクレオシド間結合及びホスホジエステルヌクレオシド間結合によって連結されている。
配列番号１１６８、１８８２、１８８３、１８８４、１８８５、１８８６、１８８７、１８８８、１８８９、１８９０、１８９１、１８９２及び１８９３の核酸塩基配列は配列番号２の核酸塩基２８４５１～２８４９１に相補的である。
特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基２８４５１～２８４９１に相補的な修飾オリゴヌクレオチドにより、標準的細胞アッセイにおけるインビトロでのＳＮＣＡのＲＮＡの少なくとも４７％低下が達成される。
４．配列番号２の核酸塩基４８７１２～４８７６０
特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基４８７１２～４８７６０はホットスポット領域を含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは配列番号２の核酸塩基４８７１２～４８７６０に相補的である。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは１７または２０の核酸塩基長である。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドはギャップマーである。特定の実施形態では、ギャップマーは、ＭＯＥギャップマーであるかまたはｃＥｔとＭＯＥの混合ギャップマーである。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドはホスホロチオアートヌクレオシド間結合及びホスホジエステルヌクレオシド間結合によって連結されている。
配列番号４７１、１５８５～１５８８、及び２１５７～２１６６の核酸塩基配列は配列番号２の核酸塩基４８７１２～４８７６０に相補的である。
特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基４８７１２～４８７６０に相補的な修飾オリゴヌクレオチドにより、標準的細胞アッセイにおけるインビトロでのＳＮＣＡのＲＮＡの少なくとも４０％低下が達成される。
５．配列番号２の核酸塩基２３２７９～２３３１５
特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基２３２７９～２３３１５はホットスポット領域を含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは配列番号２の核酸塩基２３２７９～２３３１５に相補的である。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは１７または２０の核酸塩基長である。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドはギャップマーである。特定の実施形態では、ギャップマーは、ＭＯＥギャップマーであるかまたはｃＥｔとＭＯＥの混合ギャップマーである。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドはホスホロチオアートヌクレオシド間結合及びホスホジエステルヌクレオシド間結合によって連結されている。
配列番号１６４、１１３０～１１３３、及び１７９７～１８１０の核酸塩基配列は配列番号２の核酸塩基２３２７９～２３３１５に相補的である。
特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基２３２７９～２３３１５に相補的な修飾オリゴヌクレオチドにより、標準的細胞アッセイにおけるインビトロでのＳＮＣＡのＲＮＡの少なくとも５７％低下が達成される。
６．配列番号２の核酸塩基２０９６４～２１０１８
特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基２０９６４～２１０１８はホットスポット領域を含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは配列番号２の核酸塩基２０９６４～２１０１８に相補的である。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは１７または２０の核酸塩基長である。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドはギャップマーである。特定の実施形態では、ギャップマーは、ＭＯＥギャップマーであるかまたはｃＥｔとＭＯＥの混合ギャップマーである。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドはホスホロチオアートヌクレオシド間結合及びホスホジエステルヌクレオシド間結合によって連結されている。
配列番号３９１、４６８、１１１２～１１１６、及び１７２３～１７４１の核酸塩基配列は配列番号２の核酸塩基２０９６４～２１０１８に相補的である。
特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基２０９６４～２１０１８に相補的な修飾オリゴヌクレオチドにより、標準的細胞アッセイにおけるインビトロでのＳＮＣＡのＲＮＡの少なくとも４２％低下が達成される。
７．配列番号２の核酸塩基２２４５４～２２４７７
特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基２２４５４～２２４７７はホットスポット領域を含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは配列番号２の核酸塩基２２４５４～２２４７７に相補的である。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは１７または２０の核酸塩基長である。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドはギャップマーである。特定の実施形態では、ギャップマーは、ＭＯＥギャップマーであるかまたはｃＥｔとＭＯＥの混合ギャップマーである。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドはホスホロチオアートヌクレオシド間結合及びホスホジエステルヌクレオシド間結合によって連結されている。
配列番号８８、１１２３～１１２６、及び１７７８～１７８２の核酸塩基配列は配列番号２の核酸塩基２２４５４～２２４７７に相補的である。
特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基２２４５４～２２４７７に相補的な修飾オリゴヌクレオチドにより、標準的細胞アッセイにおけるインビトロでのＳＮＣＡのＲＮＡの少なくとも５０％低下が達成される。
８．配列番号２の核酸塩基７２２９４～７２３２１
特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基７２２９４～７２３２１はホットスポット領域を含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは配列番号２の核酸塩基７２２９４～７２３２１に相補的である。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは１７または２０の核酸塩基長である。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドはギャップマーである。特定の実施形態では、ギャップマーは、ＭＯＥギャップマーであるかまたはｃＥｔとＭＯＥの混合ギャップマーである。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドはホスホロチオアートヌクレオシド間結合及びホスホジエステルヌクレオシド間結合によって連結されている。
配列番号１３２３及び２３４５～２３５３の核酸塩基配列は配列番号２の核酸塩基７２２９４～７２３２１に相補的である。
特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基７２２９４～７２３２１に相補的な修飾オリゴヌクレオチドにより、標準的細胞アッセイにおけるインビトロでのＳＮＣＡのＲＮＡの少なくとも５８％低下が達成される。
９．配列番号２の核酸塩基２０５４９～２０５８１
特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基２０５４９～２０５８１はホットスポット領域を含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは配列番号２の核酸塩基２０５４９～２０５８１に相補的である。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは１７または２０の核酸塩基長である。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドはギャップマーである。特定の実施形態では、ギャップマーは、ＭＯＥギャップマーであるかまたはｃＥｔとＭＯＥの混合ギャップマーである。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドはホスホロチオアートヌクレオシド間結合及びホスホジエステルヌクレオシド間結合によって連結されている。
配列番号３１４及び１１０７～１１１０の核酸塩基配列は配列番号２の核酸塩基２０５４９～２０５８１に相補的である。
特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基２０５４９～２０５８１に相補的な修飾オリゴヌクレオチドにより、標準的細胞アッセイにおけるインビトロでのＳＮＣＡのＲＮＡの少なくとも５８％低下が達成される。
１０．配列番号２の核酸塩基２７４１２～２７４３２
特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基２７４１２～２７４３２はホットスポット領域を含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは配列番号２の核酸塩基２７４１２～２７４３２に相補的である。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは１７または２０の核酸塩基長である。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドはギャップマーである。特定の実施形態では、ギャップマーは、ＭＯＥギャップマーであるかまたはｃＥｔとＭＯＥの混合ギャップマーである。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドはホスホロチオアートヌクレオシド間結合及びホスホジエステルヌクレオシド間結合によって連結されている。
配列番号４６８、１１１３～１１１４、及び１１６３の核酸塩基配列は配列番号２の核酸塩基２７４１２～２７４３２に相補的である。
特定の実施形態では、配列番号２の核酸塩基２７４１２～２７４３２に相補的な修飾オリゴヌクレオチドにより、標準的細胞アッセイにおけるインビトロでのＳＮＣＡのＲＮＡの少なくとも６２％低下が達成される。
非限定的開示及び参照による組み込み
本明細書に記載の文献及び特許公開の各々は参照によりその全体が組み込まれる。
本明細書に記載する特定の化合物、組成物及び方法を特定の実施形態に従って具体的に記載してきたが、以下の実施例はあくまでも本明細書に記載する化合物を例示するためだけに使用され、それらを限定することを意図するものではない。本出願に記述される参考文献、ＧｅｎＢａｎｋ受託番号等の各々は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
本出願に添付の配列表では各配列は必要に応じ「ＲＮＡ」または「ＤＮＡ」のいずれかとして識別されているが、実際には、化学修飾を任意に組み合わせてそれらの配列を修飾
してよい。修飾オリゴヌクレオチドを表すためにそのように「ＲＮＡ」または「ＤＮＡ」として指定することは、場合によっては任意であることを当業者は容易に理解するであろう。例えば、２’－ＯＨ糖部分及びチミン塩基を含むヌクレオシドを含むオリゴヌクレオチドであれば、修飾糖（ＤＮＡの１つの２’－Ｈの代わりに２’－ＯＨ）を有するＤＮＡとして、または修飾塩基（ＲＮＡのウラシルの代わりにチミン（メチル化ウラシル））を有するＲＮＡとして表され得るだろう。したがって、配列表に記載の核酸配列が含まれるがこれに限定されない本明細書で提供する核酸配列は、修飾核酸塩基を有するような核酸が含まれるがこれに限定されない天然または修飾されたＲＮＡ及び／またはＤＮＡの任意の組み合わせを含有する核酸を包含することが意図される。さらなる例として、限定するわけではないが、核酸塩基配列「ＡＴＣＧＡＴＣＧ」を有するオリゴマー化合物には、修飾または非修飾にかかわらずそのような核酸塩基配列を有する任意のオリゴマー化合物が包含され、これには、配列「ＡＵＣＧＡＵＣＧ」を有するＲＮＡ塩基及びいくつかのＤＮＡ塩基を有するＲＮＡ塩基といったＲＮＡ塩基と、「ＡＵＣＧＡＴＣＧ」のようないくつかのＲＮＡ塩基とを含むような化合物が含まれるが、これに限定されるものではなく、また、他の修飾核酸塩基、例えば、「ＡＴｍＣＧＡＵＣＧ」などを有するオリゴマー化合物が包含され、ここで、ｍＣは、５－位にメチル基を含むシトシン塩基を示す。
本明細書に記載の特定の化合物（例えば、修飾オリゴヌクレオチド）は１つ以上の不斉中心を有するため、鏡像異性体、ジアステレオマー、及び他の立体異性体の立体配置が生じ、これは絶対立体化学では、（Ｒ）もしくは（Ｓ）、糖アノマーでのようにαもしくはβ、またはアミノ酸等でのように（Ｄ）もしくは（Ｌ）と定義され得る。特定の立体異性体の立体配置を有するとして描画または記載されている、本明細書で提供する化合物には、指示されている化合物のみが含まれる。立体化学が定義されずに描画または記載されている、本明細書で提供する化合物には、可能とされる異性体すべてが含まれ、これには、他に明記しない限り、それらのステレオランダムな形態及び光学的に純粋な形態が含まれる。同様に、特に明記しない限り、本明細書の化合物の互変異性体もまた含まれる。特に明記しない限り、本明細書に記載する化合物は、対応する塩形態が含まれることが意図される。
本明細書に記載する化合物には、１つ以上の原子が指示元素の非放射性同位体または放射性同位体で置き換えられている変形が含まれる。例えば、水素原子を含む本明細書の化合物は、１Ｈ水素原子の各々についてあらゆる可能な重水素置換を包含する。本明細書の化合物により包含される同位体置換には、１Ｈの代わりに２Ｈまたは３Ｈ、１２Ｃの代わりに１３Ｃまたは１４Ｃ、１４Ｎの代わりに１５Ｎ、１６Ｏの代わりに１７Ｏまたは１８Ｏ、及び３２Ｓの代わりに３３Ｓ、３４Ｓ、３５Ｓ、または３６Ｓという置換が含まれるが、これに限定されるものではない。特定の実施形態では、非放射性同位体置換により、治療手段または研究手段としての使用に有益な新たな特性がオリゴマー化合物に対して付与され得る。特定の実施形態では、放射性同位体置換により、化合物が研究目的またはイメージングなどの診断目的用に好適になる。
以下の例は本開示の特定の実施形態を例示するものであり、限定するものではない。さらに、具体的な実施形態が記載されている場合には、それらの具体的な実施形態の一般的な適用を発明者が意図したものである。例えば、特定のモチーフを有するオリゴヌクレオチドの開示により、同一または類似のモチーフを有するさらなるオリゴヌクレオチドについての合理的裏付けが提供される。また、例えば、特定の高親和性修飾が特定の位置に出現する場合には、特に明記しない限り、同じ位置における他の高親和性修飾は適切であるとみなされる。
実施例１：混合ヌクレオシド間結合を有するＭＯＥとｃＥｔの５－８－４ギャップマーの
ヒトＳＮＣＡに対するインビトロでの効果（単回投与）
ヒトＳＮＣＡ核酸に相補的な修飾オリゴヌクレオチドを設計し、インビトロでのＳＮＣＡのｍＲＮＡに対するその効果について試験した。培養条件が同様である一連の実験で修飾オリゴヌクレオチドを試験した。
１ウェルあたり２０，０００細胞の密度で培養したＳＨ－ＳＹ５Ｙ細胞に７，０００ｎＭの濃度の修飾オリゴヌクレオチドを用いて、または未処置対照群には修飾オリゴヌクレオチドを用いないで電気穿孔法を使用してトランスフェクトした。約２４時間後、ＲＮＡを細胞から単離し、ＳＮＣＡ ｍＲＮＡレベルを定量的リアルタイムＰＣＲで測定した。ヒトプライマープローブセットＲＴＳ２６２１（フォワード配列ＡＣＧＡＡＣＣＴＧＡＡＧＣＣＴＡＡＧＡＡＡＴＡＴＣＴ（本明細書では配列番号１１とする）、リバース配列ＧＡＧＣＡＣＴＴＧＴＡＣＡＧＧＡＴＧＧＡＡＣＡＴ（本明細書では配列番号１２とする）、プローブ配列ＴＧＣＴＣＣＣＡＡＧＴＴＴＣＴＴＧＡＧＡＴＣＴＧＣＴＧＡＣＡ（本明細書では配列番号１３とする））を使用してｍＲＮＡレベルを測定した。ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）で測定したトータルＲＮＡ含有量に従ってＳＮＣＡのｍＲＮＡレベルを調整した。結果を、未処置の対照細胞と比較したＳＮＣＡ ｍＲＮＡの量の低下率として下記表に示す（これらの条件は「標準的細胞アッセイ」を表す）。アスタリスク（＊）の印が付いた修飾オリゴヌクレオチドはプライマープローブセットのアンプリコン領域を標的にする。さらなる試験法を使用して、アンプリコン領域を標的にするオリゴヌクレオチドの効力及び有効性を測定してよい。先にＷＯ２０１２／０６８４０５で開示されている化合物３８７９７８番も試験し、比較対照オリゴヌクレオチドとする。化合物３８７９７８番は、各ヌクレオシド間結合がホスホロチオアートヌクレオシド間結合であり、各シトシン残基が５－メチルシトシンである５－１０－５ＭＯＥギャップマーである。
表１～７の修飾オリゴヌクレオチドはＭＯＥとｃＥｔの混合５－８－４ギャップマーである。ギャップマーは１７核酸塩基長であり、ここで、中央ギャップセグメントは８つの２’－デオキシヌクレオシドを含み、５つの２’－ＭＯＥヌクレオシドを含む５’末端のウイングセグメント及び２つのｃＥｔヌクレオシドと２つの２’－ＭＯＥヌクレオシドとを含む３’末端のウイングセグメントが隣接する。ギャップマーの糖モチーフは（５’から３’方向に）ｅｅｅｅｅｄｄｄｄｄｄｄｄｋｋｅｅであり、ここで、「ｄ」は２’－デオキシリボース糖を表し、「ｅ」は２’－ＭＯＥ修飾糖を表し、「ｋ」はｃＥｔ修飾糖を表す。各ギャップマー全体を通してシトシン残基はすべて５－メチルシトシンである。ヌクレオシド間結合はホスホジエステル結合とホスホロチオアート結合との混合である。ギャップマーのヌクレオシド間結合モチーフは（５’から３’方向に）ｓｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｓｓであり、ここで、「ｏ」はホスホジエステルヌクレオシド間結合を表し、「ｓ」はホスホロチオアートヌクレオシド間結合を表す。「開始部位」は、ヒト核酸配列においてギャップマーの相補性の対象となる最も５’端のヌクレオシドを示す。「終止部位」は、ヒト核酸配列においてギャップマーの相補性の対象となる最も３’端のヌクレオシドを示す。
下記表に記載の各修飾オリゴヌクレオチドは、表に示すように、ヒトＳＮＣＡ核酸配列である配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、または配列番号６に相補的である。「Ｎ／Ａ」は、修飾オリゴヌクレオチドが、その特定核酸に対して１００％の相補性で相補的ではないことを示す。低下率０％という値は、細胞において化合物による効果がなかった、またはｍＲＮＡ濃度が上昇したことを示す。下記に示すように、ヒトＳＮＣＡに相補的な修飾オリゴヌクレオチドはヒトＳＮＣＡ ｍＲＮＡの量を低下させた。
Figure 2023011725000016
Figure 2023011725000017
Figure 2023011725000018
Figure 2023011725000019
Figure 2023011725000020
Figure 2023011725000021
Figure 2023011725000022
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Figure 2023011725000024
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Figure 2023011725000030
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Figure 2023011725000034
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Figure 2023011725000039
Figure 2023011725000040
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Figure 2023011725000042
Figure 2023011725000043
Figure 2023011725000044
Figure 2023011725000045
Figure 2023011725000046
Figure 2023011725000047
実施例２：混合ヌクレオシド間結合を有するＭＯＥとｃＥｔの４－９－４ギャップマーのヒトＳＮＣＡに対するインビトロでの効果（単回投与）
ヒトＳＮＣＡ核酸に相補的な修飾オリゴヌクレオチドを設計し、それらがＳＮＣＡのｍＲＮＡに対して与えるインビトロでの効果について実施例１に記載のように試験した。培養条件が同様である一連の実験で修飾オリゴヌクレオチドを試験した。
アスタリスク（＊）の印が付いた修飾オリゴヌクレオチドはプライマープローブセットのアンプリコン領域を標的にする。さらなる試験法を使用して、アンプリコン領域を標的にするオリゴヌクレオチドの効力及び有効性を測定してよい。先にＷＯ２０１２／０６８４０５で開示されている化合物３８７９７８番も試験し、比較対照オリゴヌクレオチドとする。化合物３８７９７８番は、各ヌクレオシド間結合がホスホロチオアートヌクレオシド間結合であり、各シトシン残基が５－メチルシトシンである５－１０－５ＭＯＥギャップマーである。
表７～１３の修飾オリゴヌクレオチドはＭＯＥとｃＥｔの４－９－４ギャップマーである。ギャップマーは１７核酸塩基長であり、ここで、中央ギャップセグメントは９つの２’－デオキシヌクレオシドを含み、２つの２’－ＭＯＥヌクレオシド及び２つのｃＥｔヌクレオシドを含む５’末端と３’末端の両方のウイングセグメントが隣接する。ギャップマーの糖モチーフは（５’から３’方向に）ｅｅｋｋｄｄｄｄｄｄｄｄｄｋｋｅｅであり、ここで、「ｄ」は２’－デオキシリボース糖を表し、「ｅ」は２’－ＭＯＥ修飾糖を表し、「ｋ」はｃＥｔ修飾糖を表す。各ギャップマー全体を通してシトシン残基はすべて５－メチルシトシンである。ヌクレオシド間結合はホスホジエステル結合とホスホロチオアート結合との混合である。ギャップマーのヌクレオシド間結合モチーフは（５’から３’方向に）ｓｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｓｓであり、ここで、「ｏ」はホスホジエステルヌクレオシド間結合を表し、「ｓ」はホスホロチオアートヌクレオシド間結合を表す。「開始部位」は、ヒト核酸配列においてギャップマーの相補性の対象となる最も５’端のヌクレオシドを示す。「終止部位」は、ヒト核酸配列においてギャップマーの相補性の対象となる最も３’端のヌクレオシドを示す。
下記表に記載の各修飾オリゴヌクレオチドは、表に示すように、ヒトＳＮＣＡ核酸配列である配列番号１または配列番号２に相補的である。「Ｎ／Ａ」は、修飾オリゴヌクレオチドが、その特定核酸に対して１００％の相補性で相補的ではないことを示す。低下率０％という値は、細胞において化合物による効果がなかった、またはｍＲＮＡ濃度が上昇したことを示す。下記に示すように、ヒトＳＮＣＡに相補的な修飾オリゴヌクレオチドはヒトＳＮＣＡ ｍＲＮＡの量を低下させた。
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実施例３：混合ヌクレオシド間結合を有するＭＯＥとｃＥｔの４－９－４ギャップマーのヒトＳＮＣＡに対するインビトロでの効果（単回投与）
ヒトＳＮＣＡ核酸に相補的な修飾オリゴヌクレオチドを設計し、それらがＳＮＣＡのｍＲＮＡに対して与えるインビトロでの効果について実施例１に記載のように試験した。培養条件が同様である一連の実験で修飾オリゴヌクレオチドを試験した。
表１４～２３の修飾オリゴヌクレオチドはＭＯＥとｃＥｔの４－９－４ギャップマーである。ギャップマーは１７核酸塩基長であり、ここで、中央ギャップセグメントは９つの
２’－デオキシヌクレオシドを含み、２つの２’－ＭＯＥヌクレオシド及び２つのｃＥｔヌクレオシドを含む５’末端と３’末端の両方のウイングセグメントが隣接する。ギャップマーの糖モチーフは（５’から３’方向に）ｅｅｋｋｄｄｄｄｄｄｄｄｄｋｋｅｅであり、ここで、「ｄ」は２’－デオキシリボース糖を表し、「ｅ」は２’－ＭＯＥ修飾糖を表し、「ｋ」はｃＥｔ修飾糖を表す。各ギャップマー全体を通してシトシン残基はすべて５－メチルシトシンである。ヌクレオシド間結合はホスホジエステル結合とホスホロチオアート結合との混合である。ギャップマーのヌクレオシド間結合モチーフは（５’から３’方向に）ｓｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｓｓであり、ここで、「ｏ」はホスホジエステルヌクレオシド間結合を表し、「ｓ」はホスホロチオアートヌクレオシド間結合を表す。「開始部位」は、ヒト核酸配列においてギャップマーの相補性の対象となる最も５’端のヌクレオシドを示す。「終止部位」は、ヒト核酸配列においてギャップマーの相補性の対象となる最も３’端のヌクレオシドを示す。
下記表に記載の各修飾オリゴヌクレオチドは、表に示すように、ヒトＳＮＣＡ核酸配列である配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、または配列番号６に相補的である。「Ｎ／Ａ」は、修飾オリゴヌクレオチドが、その特定核酸に対して１００％の相補性で相補的ではないことを示す。低下率０％という値は、細胞において化合物による効果がなかった、またはｍＲＮＡ濃度が上昇したことを示す。下記に示すように、ヒトＳＮＣＡに相補的な修飾オリゴヌクレオチドはヒトＳＮＣＡ ｍＲＮＡの量を低下させた。
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実施例４：混合ヌクレオシド間結合を有するＭＯＥとｃＥｔの５－８－４ギャップマーのヒトＳＮＣＡに対するインビトロでの効果（単回投与）
ヒトＳＮＣＡ核酸に相補的な修飾オリゴヌクレオチドを設計し、インビトロでのＳＮＣＡのｍＲＮＡに対するその効果について試験した。培養条件が同様である一連の実験で修飾オリゴヌクレオチドを試験した。
１ウェルあたり２０，０００細胞の密度で培養したＳＨ－ＳＹ５Ｙ細胞に１，０００ｎＭの濃度の修飾オリゴヌクレオチドを用いて、または未処置対照群には修飾オリゴヌクレオチドを用いないで電気穿孔法を使用してトランスフェクトした。約２４時間後、ＲＮＡを細胞から単離し、実施例１に記載のように、ＳＮＣＡのｍＲＮＡレベルを、ヒトプライマープローブセットＲＴＳ２６２１を使用して定量的リアルタイムＰＣＲで測定した。ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）で測定したトータルＲＮＡ含有量に従ってＳＮＣＡのｍＲＮＡレベルを調整した。結果を、未処置の対照細胞と比較したＳＮＣＡ ｍＲＮＡの量の低下率として下記表に示す。
表２４～２８の修飾オリゴヌクレオチドはＭＯＥとｃＥｔの４－９－４ギャップマーである。ギャップマーは１７核酸塩基長であり、ここで、中央ギャップセグメントは９つの２’－デオキシヌクレオシドを含み、２つの２’－ＭＯＥヌクレオシド及び２つのｃＥｔヌクレオシドを含む５’末端と３’末端の両方のウイングセグメントが隣接する。ギャップマーの糖モチーフは（５’から３’方向に）ｅｅｋｋｄｄｄｄｄｄｄｄｄｋｋｅｅであり、ここで、「ｄ」は２’－デオキシリボース糖を表し、「ｅ」は２’－ＭＯＥ修飾糖を表し、「ｋ」はｃＥｔ修飾糖を表す。各ギャップマー全体を通してシトシン残基はすべて５－メチルシトシンである。ヌクレオシド間結合はホスホジエステル結合とホスホロチオアート結合との混合である。ギャップマーのヌクレオシド間結合モチーフは（５’から３’方向に）ｓｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｓｓであり、ここで、「ｏ」はホスホジエステルヌクレオシド間結合を表し、「ｓ」はホスホロチオアートヌクレオシド間結合を表す。「開始部位」は、ヒト核酸配列においてギャップマーの相補性の対象となる最も５’端のヌクレオシドを示す。「終止部位」は、ヒト核酸配列においてギャップマーの相補性の
対象となる最も３’端のヌクレオシドを示す。
下記表に記載の各修飾オリゴヌクレオチドは、表に示すように、ヒトＳＮＣＡ核酸配列である配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、または配列番号６に相補的である。「Ｎ／Ａ」は、修飾オリゴヌクレオチドが、その特定核酸に対して１００％の相補性で相補的ではないことを示す。低下率０％という値は、細胞において化合物による効果がなかった、またはｍＲＮＡ濃度が上昇したことを示す。下記に示すように、ヒトＳＮＣＡに相補的な修飾オリゴヌクレオチドはヒトＳＮＣＡ ｍＲＮＡの量を低下させた。
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Figure 2023011725000121
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実施例５：混合ヌクレオシド間結合を有する５－１０－５ＭＯＥギャップマーのヒトＳＮＣＡに対するインビトロでの効果（単回投与）
ヒトＳＮＣＡ核酸に相補的な修飾オリゴヌクレオチドを設計し、インビトロでのＳＮＣＡのｍＲＮＡに対するその効果について試験した。培養条件が同様である一連の実験で修飾オリゴヌクレオチドを試験した。
１ウェルあたり２０，０００細胞の密度で培養したＳＨ－ＳＹ５Ｙ細胞に４，０００ｎＭの濃度の修飾オリゴヌクレオチドを用いて、または未処置対照群には修飾オリゴヌクレオチドを用いないで電気穿孔法を使用してトランスフェクトした。約２４時間後、ＲＮＡを細胞から単離し、実施例１に記載のように、ＳＮＣＡのｍＲＮＡレベルを、ヒトプライマープローブセットＲＴＳ２６２１を使用して定量的リアルタイムＰＣＲで測定した。ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）で測定したトータルＲＮＡ含有量に従ってＳＮＣＡのｍＲＮＡレベルを調整した。結果を、未処置の対照細胞と比較したＳＮＣＡ ｍＲＮＡの量の
低下率として下記表に示す。
表２９～４４の修飾オリゴヌクレオチドは５－１０－５ＭＯＥギャップマーである。ギャップマーは２０核酸塩基長であり、ここで、中央ギャップセグメントは１０の２’－デオキシヌクレオシドを含み、２’－ＭＯＥヌクレオシドを５つずつ含む５’末端及び３’末端の両ウイングセグメントが隣接する。ギャップマーの糖モチーフは（５’から３’方向に）ｅｅｅｅｅｄｄｄｄｄｄｄｄｄｄｅｅｅｅｅであり、ここで、「ｄ」は２’－デオキシリボース糖を表し、「ｅ」は２’－ＭＯＥ修飾糖を表す。各ギャップマー全体を通してシトシン残基はすべて５－メチルシトシンである。ヌクレオシド間結合はホスホジエステル結合とホスホロチオアート結合との混合である。ギャップマーのヌクレオシド間結合モチーフは（５’から３’方向に）ｓｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓｓであり、ここで、「ｏ」はホスホジエステルヌクレオシド間結合を表し、「ｓ」はホスホロチオアートヌクレオシド間結合を表す。「開始部位」は、ヒト核酸配列においてギャップマーの相補性の対象となる最も５’端のヌクレオシドを示す。「終止部位」は、ヒト核酸配列においてギャップマーの相補性の対象となる最も３’端のヌクレオシドを示す。
下記表に記載の各修飾オリゴヌクレオチドは、表に示すように、ヒトＳＮＣＡ核酸配列である配列番号１または配列番号２に相補的である。「Ｎ／Ａ」は、修飾オリゴヌクレオチドが、その特定核酸に対して１００％の相補性で相補的ではないことを示す。低下率０％という値は、細胞において化合物による効果がなかった、またはｍＲＮＡ濃度が上昇したことを示す。下記に示すように、ヒトＳＮＣＡに相補的な修飾オリゴヌクレオチドはヒトＳＮＣＡ ｍＲＮＡの量を低下させた。
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Figure 2023011725000147
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実施例６：混合ヌクレオシド間結合を有するヒトＳＮＣＡ相補的ギャップマーの設計
ヒトＳＮＣＡ核酸に相補的な修飾オリゴヌクレオチドを設計した。表４５の修飾オリゴヌクレオチドはギャップマーである。ギャップマーは中央ギャップセグメントを有し、このセグメントは２’－デオキシヌクレオシドを含み、２’－ＭＯＥヌクレオシドとｃＥｔヌクレオシドとを含む５’末端と３’末端の両方のウイングセグメントが隣接する。各ギャップマー全体を通してシトシン残基はすべて５－メチルシトシンである。ヌクレオシド間結合は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合とホスホロチオアートヌクレオシド間結合の混合である。配列及び化学表記法の列には５－メチルシトシン、糖化学、及びヌクレオシド間結合化学を含む配列が詳述され、ここで、下付きの「ｄ」は２’－デオキシリボース糖を表し、下付きの「ｅ」は２’－ＭＯＥ修飾糖を表し、下付きの「ｋ」はｃＥｔ修飾糖を表し、下付きの「ｏ」はホスホジエステルヌクレオシド間結合を表し、下付きの「ｓ」はホスホロチオアートヌクレオシド間結合を表し、シトシン残基の前の上付きの「ｍ」は５－メチルシトシンを示す。「開始部位」は、ヒト核酸配列においてギャップマーの相補性の対象となる最も５’端のヌクレオシドを示す。「終止部位」は、ヒト核酸配列においてギャップマーの相補性の対象となる最も３’端のヌクレオシドを示す。
下記表に記載の各修飾オリゴヌクレオチドは、表に示すように、ヒトＳＮＣＡ核酸配列である配列番号２または配列番号５に相補的である。「Ｎ／Ａ」は、修飾オリゴヌクレオチドが、その特定核酸に対して１００％の相補性で相補的ではないことを示す。
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実施例７：ヒトＳＮＣＡに対する修飾オリゴヌクレオチドのインビトロでの効果（多回投与）
上記の例から選択される修飾オリゴヌクレオチドをＳＨ－ＳＹ５Ｙ細胞でさまざまな用量にて試験した。比較対照オリゴヌクレオチド３８７９７８も試験した。細胞を１ウェルあたり２０，０００細胞の密度で播種し、下記表で指定されているように、０．５５μＭ、１．６７μＭ、５．００μＭ及び１５．００μＭの濃度の修飾オリゴヌクレオチドを電気穿孔法を使用してトランスフェクトした。約２４時間の処置期間の後、トータルＲＮＡを細胞から単離し、ＳＮＣＡ ｍＲＮＡレベルを定量的リアルタイムＰＣＲで測定した。ヒトＳＮＣＡプライマープローブセットＲＴＳ２６２１（上述の実施例１に記載）を使用してｍＲＮＡレベルを測定した。ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）で測定したトータルＲ
ＮＡ含有量に従ってＳＮＣＡのｍＲＮＡレベルを調整した。結果を、未処置の対照と比較したＳＮＣＡ ｍＲＮＡ量の低下率として下記表に示す。低下率０％という値は、細胞において化合物による効果がなかった、またはｍＲＮＡ濃度が上昇したことを示す。下記表で示されるように、修飾オリゴヌクレオチドで処置した細胞ではＳＮＣＡのｍＲＮＡレベルが用量依存的に低下した。Ｐｒｉｓｍ６ソフトウェアを使用して「対数（阻害剤）対応答－可変傾斜（４パラメーター）」の式を用いてＩＣ５０を計算した。
Figure 2023011725000230
Figure 2023011725000231
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Figure 2023011725000236
実施例８：ヒトＳＮＣＡに対する修飾オリゴヌクレオチドのインビトロでの効果（多回投与）
上記の例から選択される修飾オリゴヌクレオチドをＳＨ－ＳＹ５Ｙ細胞でさまざまな用量にて試験した。細胞を１ウェルあたり２０，０００細胞の密度で播種し、下記表で指定されているように、０．４８μＭ、１．４４μＭ、４．３３μＭ、及び１３．００μＭの濃度の修飾オリゴヌクレオチドを電気穿孔法を使用してトランスフェクトした。約２４時間の処置期間の後、トータルＲＮＡを細胞から単離し、ＳＮＣＡ ｍＲＮＡレベルを定量的リアルタイムＰＣＲで測定した。ヒトＳＮＣＡプライマープローブセットＲＴＳ２６２１（上述の実施例１に記載）を使用してｍＲＮＡレベルを測定した。ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）で測定したトータルＲＮＡ含有量に従ってＳＮＣＡのｍＲＮＡレベルを調整した。結果を、未処置の対照と比較したＳＮＣＡ ｍＲＮＡ量の低下率として下記表に示す。低下率０％という値は、細胞において化合物による効果がなかった、またはｍＲＮＡ濃度が上昇したことを示す。下記表で示されるように、修飾オリゴヌクレオチドで処置した細胞ではＳＮＣＡのｍＲＮＡレベルが用量依存的に低下した。
Figure 2023011725000237
Figure 2023011725000238
Figure 2023011725000239
Figure 2023011725000240
Figure 2023011725000241
Figure 2023011725000242
実施例９：ヒトＳＮＣＡに対する修飾オリゴヌクレオチドのインビトロでの効果（多回投与）
上記の例から選択される修飾オリゴヌクレオチドをＳＨ－ＳＹ５Ｙ細胞でさまざまな用量にて試験した。比較対照オリゴヌクレオチド３９７９７８も試験した。細胞を１ウェルあたり２０，０００細胞の密度で播種し、下記表で指定されているように、０．１１μＭ、０．３３μＭ、１．００μＭ、及び３．００μＭの濃度の修飾オリゴヌクレオチドを電気穿孔法を使用してトランスフェクトした。約２４時間の処置期間の後、トータルＲＮＡを細胞から単離し、ＳＮＣＡ ｍＲＮＡレベルを定量的リアルタイムＰＣＲで測定した。ヒトＳＮＣＡプライマープローブセットＲＴＳ２６２１（上述の実施例１に記載）を使用してｍＲＮＡレベルを測定した。ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）で測定したトータルＲＮＡ含有量に従ってＳＮＣＡのｍＲＮＡレベルを調整した。結果を、未処置の対照と比較したＳＮＣＡ ｍＲＮＡ量の低下率として下記表に示す。低下率０％という値は、細胞において化合物による効果がなかった、またはｍＲＮＡ濃度が上昇したことを示す。下記表で示されるように、修飾オリゴヌクレオチドで処置した細胞ではＳＮＣＡのｍＲＮＡレベルが用量依存的に低下した。
Figure 2023011725000243
Figure 2023011725000244
Figure 2023011725000245
Figure 2023011725000246
実施例１０：ヒトＳＮＣＡに対する修飾オリゴヌクレオチドのインビトロでの効果（多回投与）
上記の例から選択される修飾オリゴヌクレオチドをＳＨ－ＳＹ５Ｙ細胞でさまざまな用量にて試験した。先にＷＯ２０１２／０６８４０５で開示されている化合物３８７９８５番も試験し、比較対照オリゴヌクレオチドとする。細胞を１ウェルあたり２０，０００細胞の密度で播種し、下記表で指定されているように、０．４４μＭ、１．３３μＭ、４．００μＭ、及び１２．００μＭの濃度の修飾オリゴヌクレオチドを電気穿孔法を使用してトランスフェクトした。約２４時間の処置期間の後、トータルＲＮＡを細胞から単離し、ＳＮＣＡ ｍＲＮＡレベルを定量的リアルタイムＰＣＲで測定した。ヒトＳＮＣＡプライマープローブセットＲＴＳ２６２１（上述の実施例１に記載）を使用してｍＲＮＡレベルを測定した。ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）で測定したトータルＲＮＡ含有量に従ってＳＮＣＡのｍＲＮＡレベルを調整した。結果を、未処置の対照と比較したＳＮＣＡ ｍＲＮＡ量の低下率として下記表に示す。低下率０％という値は、細胞において化合物による効果がなかった、またはｍＲＮＡ濃度が上昇したことを示す。下記表で示されるように、修飾オリゴヌクレオチドで処置した細胞ではＳＮＣＡのｍＲＮＡレベルが用量依存的に低下した。
Figure 2023011725000247
Figure 2023011725000248
Figure 2023011725000249
Figure 2023011725000250
Figure 2023011725000251
Figure 2023011725000252
Figure 2023011725000253
Figure 2023011725000254
Figure 2023011725000255
Figure 2023011725000256
Figure 2023011725000257
実施例１１：ヒトＳＮＣＡに対する修飾オリゴヌクレオチドのインビトロでの効果（多回投与）
上記の例から選択される修飾オリゴヌクレオチドをＳＨ－ＳＹ５Ｙ細胞でさまざまな用量にて試験した。先にＷＯ２０１２／０６８４０５で開示されている化合物３８７９８５番も試験し、比較対照オリゴヌクレオチドとする。細胞を１ウェルあたり２０，０００細胞の密度で播種し、下記表で指定されているように、０．０３２μＭ、０．１６０μＭ、０．８００μＭ、４．０００μＭ、及び２０．０００μＭの濃度の修飾オリゴヌクレオチドを電気穿孔法を使用してトランスフェクトした。約２４時間の処置期間の後、トータルＲＮＡを細胞から単離し、ＳＮＣＡ ｍＲＮＡレベルを定量的リアルタイムＰＣＲで測定した。ヒトＳＮＣＡプライマープローブセットＲＴＳ２６２１（上述の実施例１に記載）
を使用してｍＲＮＡレベルを測定した。ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）で測定したトータルＲＮＡ含有量に従ってＳＮＣＡのｍＲＮＡレベルを調整した。結果を、未処置の対照と比較したＳＮＣＡ ｍＲＮＡ量の低下率として下記表に示す。低下率０％という値は、細胞において化合物による効果がなかった、またはｍＲＮＡ濃度が上昇したことを示す。下記表で示されるように、修飾オリゴヌクレオチドで処置した細胞ではＳＮＣＡのｍＲＮＡレベルが用量依存的に低下した。
Figure 2023011725000258
Figure 2023011725000259
実施例１２：ヒトＳＮＣＡに対する修飾オリゴヌクレオチドのインビトロでの効果（多回投与）
上記の例から選択される修飾オリゴヌクレオチドをＡ４３１細胞でさまざまな用量にて試験した。細胞を１ウェルあたり５，０００細胞の密度で播種し、下記表で指定されているように、０．０３２μＭ、０．１６０μＭ、０．８００μＭ、４．０００μＭ、及び２０．０００μＭの濃度の修飾オリゴヌクレオチドを自由取り込みによりトランスフェクトした。約２４時間の処置期間の後、トータルＲＮＡを細胞から単離し、ＳＮＣＡ ｍＲＮＡレベルを定量的リアルタイムＰＣＲで測定した。ヒトＳＮＣＡプライマープローブセットＲＴＳ２６２１（上述の実施例１に記載）を使用してｍＲＮＡレベルを測定した。ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）で測定したトータルＲＮＡ含有量に従ってＳＮＣＡのｍＲＮＡレベルを調整した。結果を、未処置の対照と比較したＳＮＣＡ ｍＲＮＡ量の低下率として下記表に示す。低下率０％という値は、細胞において化合物による効果がなかった、またはｍＲＮＡ濃度が上昇したことを示す。下記表で示されるように、修飾オリゴヌクレオチドで処置した細胞ではＳＮＣＡのｍＲＮＡレベルが用量依存的に低下した。
Figure 2023011725000260
実施例１３：アカゲザルＳＮＣＡに対する修飾オリゴヌクレオチドのインビトロでの効果（多回投与）
上述の修飾オリゴヌクレオチドのうちいくつかはアカゲザルに相補的である。上記の例から選択されるヒト－サル交差反応性の修飾オリゴヌクレオチドをＬＬＣ－ＭＫ２サル細胞でさまざまな用量にて試験した。細胞を１ウェルあたり２０，０００細胞の密度で播種し、下記表で指定されるように、６．９ｎＭ、２０．５ｎＭ、６１．８ｎＭ、１８５．２ｎＭ、５００．０ｎＭ、１７００．０ｎＭ、５０００．０ｎＭ、及び１５，０００．０ｎＭの濃度の修飾オリゴヌクレオチドを電気穿孔法を使用してトランスフェクトした。約２４時間の処置期間の後、トータルＲＮＡを細胞から単離し、ＳＮＣＡ ｍＲＮＡレベルを定量的リアルタイムＰＣＲで測定した。ヒトＳＮＣＡプライマープローブセットＲＴＳ２６２１（上述の実施例１に記載）を使用してｍＲＮＡレベルを測定した。ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）で測定したトータルＲＮＡ含有量に従ってＳＮＣＡのｍＲＮＡレベルを調整した。結果を、未処置の対照と比較したＳＮＣＡ ｍＲＮＡ量の低下率として下記表に示す。５０％阻害濃度（ＩＣ５０）の各オリゴヌクレオチドも下記表に示す。低下率０％という値は、細胞において化合物による効果がなかった、またはｍＲＮＡ濃度が上昇したことを示す。下記表で示されるように、修飾オリゴヌクレオチドで処置した細胞ではＳＮＣＡのｍＲＮＡレベルが用量依存的に低下した。
Figure 2023011725000261
実施例１４：サルＳＮＣＡに対する修飾オリゴヌクレオチドのインビトロでの効果（多回投与）
上述の修飾オリゴヌクレオチドのうちいくつかはアカゲザルに相補的である。上記の例から選択されるヒト－サル交差反応性の修飾オリゴヌクレオチドをＬＬＣ－ＭＫ２サル細胞でさまざまな用量にて試験した。下記表中、アカゲザル配列に対して１～３のミスマッチがある修飾オリゴヌクレオチドには印が付けられている。細胞を１ウェルあたり２０，０００細胞の密度で播種し、下記表で指定されているように、０．０３２μＭ、０．１６０μＭ、０．８００μＭ、４．０００μＭ、及び２０．０００μＭの濃度の修飾オリゴヌクレオチドを電気穿孔法を使用してトランスフェクトした。約２４時間の処置期間の後、トータルＲＮＡを細胞から単離し、ＳＮＣＡ ｍＲＮＡレベルを定量的リアルタイムＰＣＲで測定した。ヒトＳＮＣＡプライマープローブセットＲＴＳ２６２１（上述の実施例１に記載）を使用してｍＲＮＡレベルを測定した。ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）で測定したトータルＲＮＡ含有量に従ってＳＮＣＡのｍＲＮＡレベルを調整した。結果を、未処置の対照と比較したＳＮＣＡ ｍＲＮＡ量の低下率として下記表に示す。下記表で示されるように、修飾オリゴヌクレオチドで処置した細胞ではＳＮＣＡのｍＲＮＡレベルが用量依存的に低下した。
Figure 2023011725000262
実施例１５：自由取り込みによるヒトニューロンのヒトＳＮＣＡに対する修飾オリゴヌクレオチドの効果（単回投与）
ヒトＳＮＣＡに相補的な選択した修飾オリゴヌクレオチドを、インビトロでそれがヒトニューロンのＳＣＮＡ ｍＲＮＡレベルに与える効果について自由取り込みにより試験した。ヒトのＩＰＳ細胞由来のニューロンをウェルあたり３５，０００細胞の密度で播種した。約２４時間後、２０μＭの修飾オリゴヌクレオチドを加え、培養した細胞と共に７日間インキュベートした。７日後、トータルＲＮＡを細胞から単離し、ＳＮＣＡ ｍＲＮＡレベルを定量的リアルタイムＰＣＲで測定した。ヒトＳＮＣＡプライマープローブセットＲＴＳ２６２１（上述の実施例１に記載）を使用してｍＲＮＡレベルを測定した。ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）で測定したトータルＲＮＡ含有量に従ってＳＮＣＡのｍＲＮＡレベルを調整した。結果を、未処置の対照細胞と比較したＳＮＣＡ ｍＲＮＡ量の低下率として下記表に示す。下記に示すように、ヒトＳＮＣＡに相補的な修飾オリゴヌクレオチドはヒトＳＮＣＡ ｍＲＮＡの量を低下させた。
Figure 2023011725000263
Figure 2023011725000264
実施例１６：自由取り込みによるヒトニューロンのヒトＳＮＣＡに対する修飾オリゴヌクレオチドの効果（多回投与）
ヒトＳＮＣＡに相補的な選択した修飾オリゴヌクレオチドを、インビトロでそれがヒトニューロンのＳＣＮＡ ｍＲＮＡレベルに与える効果について自由取り込みにより試験した。ヒトのＩＰＳ細胞由来のニューロンを１ウェルあたり３５，０００細胞の密度で播種し、２４７．００ｎＭ、７４０．７０ｎＭ、２．２２μＭ、６．６６μＭ、または２０．００μＭのオリゴヌクレオチドと共にインキュベートした。５日の処置期間の後、トータルＲＮＡを細胞から単離し、ＳＮＣＡ ｍＲＮＡレベルを定量的リアルタイムＰＣＲで測定した。ヒトＳＮＣＡプライマープローブセットＲＴＳ２６２１（上述の実施例１に記載）を使用してｍＲＮＡレベルを測定した。ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）で測定したトータルＲＮＡ含有量に従ってＳＮＣＡのｍＲＮＡレベルを調整した。結果を、未処置の対照細胞と比較したＳＮＣＡ ｍＲＮＡ量の低下率として下記表に示す。低下率０％という値は、細胞において化合物による効果がなかった、またはｍＲＮＡ濃度が上昇したことを示す。下記に示すように、ヒトＳＮＣＡに相補的な修飾オリゴヌクレオチドはヒトＳＮＣＡ ｍＲＮＡの量を低下させた。
Figure 2023011725000265
実施例１７：ヒトＳＮＣＡに相補的な修飾オリゴヌクレオチドのマウスにおける忍容性（用量７００μｇ）
上記の修飾オリゴヌクレオチドをマウスで試験し、オリゴヌクレオチドの忍容性を評価した。先にＷＯ２０１２／０６８４０５で開示されている化合物３８７９８５番も試験し、比較対照オリゴヌクレオチドとする。野生型Ｃ５７／Ｂｌ６マウスはそれぞれ下記表に記載のオリゴヌクレオチド７００μｇの単回ＩＣＶ投与を受けた。各処置群はマウス４匹で構成された。１つの群のマウス４匹には陰性対照としてＰＢＳを投与した。注射の３時間後、異なる７つの基準に従ってマウスを評価した。基準は、（１）マウスは快活で注意力があり、反応性があった、（２）マウスは無刺激時に立位または円背位であった、（３）マウスは無刺激時に何らかの運動を示した、（４）マウスは持ち上げられた後で前進運動を示した、（５）マウスは持ち上げられた後で何らかの運動を示した、（６）マウスは尾をつねると反応した、（７）規則正しい呼吸であった、である。これら７つの基準のそれぞれについてマウスにサブスコアをつけ、基準に合致した場合は０、合致しなかった場合は１とした（機能観察総合評価スコアまたはＦＯＢ）。全７基準を評価した後、それぞれのマウスについて各スコアを合計し、各処置群内の平均値を求めた。結果を下記表に示す。
Figure 2023011725000266
Figure 2023011725000267
Figure 2023011725000268
Figure 2023011725000269
Figure 2023011725000270
Figure 2023011725000271
実施例１８：ヒトＳＮＣＡに相補的な修飾オリゴヌクレオチドのラットにおける忍容性（用量３ｍｇ）
上記の修飾オリゴヌクレオチドをラットで試験し、オリゴヌクレオチドの忍容性を評価した。先にＷＯ２０１２／０６８４０５で開示されている化合物３８７９８５番も試験し、比較対照オリゴヌクレオチドとする。Ｓｐｒａｇｕｅ Ｄａｗｌｅｙラットはそれぞれ下記表に記載のオリゴヌクレオチド３ｍｇの単回髄腔内（ＩＴ）投与を受けた。各処置群はラット４匹で構成された。１つの群のラット４匹には陰性対照としてＰＢＳを投与した。注射の３時間後、体の７つの異なる部位の運動をラットごとに評価した。体の７つの部位は、（１）ラットの尾部、（２）ラットの後姿勢、（３）ラットの後肢、（４）ラットの後足、（５）ラットの前肢、（６）ラットの前姿勢、（７）ラットの頭部である。体の７つの異なる部位のそれぞれについて、各ラットにサブスコアをつけ、体の部位が動いていた場合は０，体の部位が麻痺していた場合は１とした。体の７つの部位それぞれを評価した後、各ラットのサブスコアを合計し、その後、各群について平均値を求めた。例えば、３ｍｇのＩＴ投与から３時間後にラットの尾、頭、及び評価した他の体の部位がすべて動いていた場合、合計スコアは０となる。別のラットで３ｍｇのＩＴ投与から３時間後にその尾は動いていないが評価した他の体の部位がすべて動いていた場合、スコアは１とされる。結果は、各処置群の平均スコアとして示される。
Figure 2023011725000272
Figure 2023011725000273
Figure 2023011725000274
Figure 2023011725000275
Figure 2023011725000276
Figure 2023011725000277
Figure 2023011725000278
実施例１９：ヒトＳＮＣＡに相補的な修飾オリゴヌクレオチドのトランスジェニックマウスでの効力
野生型のヒトＳＮＣＡ遺伝子全体を含有する細菌Ｐ１人工染色体（ＰＡＣ）を用いているＳＮＣＡ ＰＡＣトランスジェニックマウスモデルにおいて上記の修飾オリゴヌクレオチドを試験した。
処置
ＳＮＣＡ ＰＡＣマウスをそれぞれがマウス４～８匹からなる群に分けた。各化合物を用いて２群を試験した。各群にオリゴヌクレオチドの単回ＩＣＶボーラス投与を用量１０μｇ、３０μｇ、１００μｇ、３００μｇ、または７００μｇにて行い、２週間後に屠殺した。ＰＢＳ注入群は、オリゴヌクレオチド処置群と比較する対照群として使用した。
ＲＮＡ分析
２週間後、マウスを屠殺し、皮質の脳組織からＲＮＡを抽出してリアルタイムＰＣＲ解析に供し、プライマープローブセットｈＳＮＣＡ ＬＴＳ００６７２（フォワード配列ＴＧＧＣＡＧＡＡＧＣＡＧＣＡＧＧＡＡＡ（本明細書では配列番号１４とする）、リバース配列ＴＣＣＴＴＧＧＴＴＴＴＧＧＡＧＣＣＴＡＣＡ（本明細書では配列番号１５とする）、プローブ配列５’－ＦＡＭ－ＣＡＡＡＡＧＡＧＧＧＴＧＴＴＣＴＣ－３’ＭＧＢ（本明細書では配列番号１６とする））を使用してＳＮＣＡのｍＲＮＡ発現を測定した。結果は、シクロフィリンＡで正規化した、ＰＢＳ対照に対するｍＲＮＡの変化率として示される。
下記表に示すように、修飾オリゴヌクレオチドでの処置により、ＰＢＳ対照と比較してＳＮＣＡ ｍＲＮＡの大幅な低下がもたらされた。結果は、２つの別個の試験結果を組み合わせたものである。外れ値を除外するためＲＯＵＴを１％で使用して動物を分析から除外した。７６３０８５ではＲＯＵＴ分析法で除外された動物は３匹であり、１匹の動物は手術で生き残らなかった。７６３３６４ではＲＯＵＴ分析法で除外された動物は２匹であった。７６３３９１では対照の２５３％という値で動物１匹が除外され、３匹の動物は手術で生き残らなかった。７８９２４３ではＲＯＵＴ分析法で除外された動物は１匹であっ
た。８２７５９９ではＲＯＵＴ分析法で除外された動物は４匹であった。
Figure 2023011725000279
実施例２０：ヒトＳＮＣＡに相補的な修飾オリゴヌクレオチドのトランスジェニックマウスでの効力
野生型のヒトＳＮＣＡ遺伝子全体を含有する細菌Ｐ１人工染色体（ＰＡＣ）を用いているＳＮＣＡ ＰＡＣトランスジェニックマウスモデルにおいて上記の修飾オリゴヌクレオチドを試験した。
処置
ＳＮＣＡ ＰＡＣマウスをそれぞれがマウス１０匹からなる群に分けた。各化合物を用いて２群を試験した。各群にオリゴヌクレオチドの単回ＩＣＶボーラス投与を用量１０μｇ、３０μｇ、１００μｇ、３００μｇ、または７００μｇにて行い、２週間後に屠殺した。ＰＢＳ注入群は、オリゴヌクレオチド処置群と比較する対照群として使用した。
ＲＮＡ分析
２週間後、マウスを屠殺し、皮質の脳組織からＲＮＡを抽出してリアルタイムＰＣＲ解
析に供し、プライマープローブセットｈＳＮＣＡ ＬＴＳ００６７２（フォワード配列ＴＧＧＣＡＧＡＡＧＣＡＧＣＡＧＧＡＡＡ（本明細書では配列番号１４とする）、リバース配列ＴＣＣＴＴＧＧＴＴＴＴＧＧＡＧＣＣＴＡＣＡ（本明細書では配列番号１５とする）、プローブ配列５’－ＦＡＭ－ＣＡＡＡＡＧＡＧＧＧＴＧＴＴＣＴＣ－３’ＭＧＢ（本明細書では配列番号１６とする））を使用してＳＮＣＡのｍＲＮＡ発現を測定した。結果は、シクロフィリンＡで正規化した、ＰＢＳ対照に対するｍＲＮＡの変化率として示される。
下記表に示すように、修飾オリゴヌクレオチドでの処置により、ＰＢＳ対照と比較してＳＮＣＡ ｍＲＮＡの大幅な低下がもたらされた。外れ値を除外するためＲＯＵＴを１％で使用して動物を分析から除外した。下記表中の値は、動物７匹の平均値である用量７００μｇの群を除いては、いずれの群も動物１０匹の平均値である。
Figure 2023011725000280
実施例２１：非ヒト霊長類におけるヒトＳＮＣＡ指向性修飾オリゴヌクレオチドの効力（２週間の試験）
上記の修飾オリゴヌクレオチドを非ヒト霊長類（ＮＨＰ）での効力についてさらに評価した。
処置
雌カニクイザルをそれぞれがＮＨＰ４匹からなる群に分けた。各群は修飾オリゴヌクレオチド７８９２４３、７６３３９１、７６３３６４、７６３０８５、または８２７５９９の３５ｍｇの単回ＩＴボーラス投与を受けた。ＮＨＰの１つの群は人工脳脊髄液（ａＣＳＦ）の投与を受けた。ａＣＳＦ注入群は、オリゴヌクレオチド処置群と比較する対照群として使用した。２週間後、ＮＨＰを屠殺し、分析用に組織を採取した。
ＲＮＡ分析
さまざまな神経組織からＲＮＡを抽出し、先の例のようにＳＮＣＡのｍＲＮＡ発現についてリアルタイムＰＣＲ解析を行った。結果は、ＮＨＰシクロフィリンＡで正規化した、ａＣＳＦ対照に対するｍＲＮＡの変化率として示される。下記表に示すように、修飾オリゴヌクレオチドでの処置により、いくつかの処置群でのＰＢＳ対照と比較してＳＮＣＡ ｍＲＮＡの低下がもたらされた。１つの腰試料では馬尾しか得られず、腰部からの試料は得ることができなかったため、腰髄は７６３３９１のＮＨＰ３匹の平均値である。
Figure 2023011725000281
実施例２２：非ヒト霊長類におけるヒトＳＮＣＡ指向性修飾オリゴヌクレオチドの効力（１３週間の試験）
上記の修飾オリゴヌクレオチドを非ヒト霊長類（ＮＨＰ）での効力及び忍容性についてさらに評価した。
処置
雌カニクイザルをそれぞれがＮＨＰ４匹からなる群に分けた。各群は化合物７６３３９１または化合物８２７５９９を３５ｍｇにて１日目、１４日目、その後は月１回の合計５回、ＩＴボーラス投与を受けた。ＮＨＰの１つの群はオリゴヌクレオチドではなくａＣＳＦの投与を受けた。ａＣＳＦ注入群は、オリゴヌクレオチド処置群と比較する対照群として使用した。最終投与から１週間後、ＮＨＰを屠殺し、分析用に組織を採取した。
ＲＮＡ分析
さまざまな神経組織からＲＮＡを抽出し、上記例のようにＳＮＣＡのｍＲＮＡ発現についてリアルタイムＰＣＲ解析を行った。結果は、サルシクロフィリンＡで正規化した、ａＣＳＦ対照に対するｍＲＮＡの変化率として示される。
下記表に示すように、修飾オリゴヌクレオチドでの処置により、ＰＢＳ対照と比較してＳＮＣＡ ｍＲＮＡの低下がもたらされた。
Figure 2023011725000282
Figure 2023011725000283
Figure 2023011725000284
実施例２３：野生型マウスにおける予め形成された原線維（ＰＦＦ）モデルでのＳＮＣＡ病理の処置（予防的処置）
実験的モデル
マウスのＰＦＦ（予め形成された原線維）モデルは、パーキンソン病用治療薬を調べるために使用されている実験的モデルであり、Ｌｕｋ，ｅｔ．ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ．２０１２ Ｎｏｖ １６；３３８（６１０９）：９４９－５３に記載がある。予め形成されたＳＮＣＡ線維の単回線条体内注入によりパーキンソン病の特徴であるレビー小体病理が生じる。
修飾オリゴヌクレオチド
化合物６７８３６３番は、（５’から３’方向に）ＴＴＴＡＡＴＴＡＣＴＴＣＣＡＣＣＡという配列（本明細書では配列番号２３として組み込まれる）を有する、マウスＳＮＣＡに１００％相補的なＭＯＥとｃＥｔの４－８－５ギャップマーであり、（５’から３’方向に）：ｅｅｅｋｄｄｄｄｄｄｄｄｋｅｅｅｅという糖モチーフを有し、ここで、「ｄ」は２’－デオキシリボース糖を表し、「ｅ」は２’－ＭＯＥ修飾糖を表し、「ｋ」はｃＥｔ修飾糖を表し、かつ、（５’から３’方向に）ｓｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓｓというヌクレオシド間結合モチーフを有し、ここで、「ｏ」はホスホジエステルヌクレオシド間結合を表し、「ｓ」はホスホロチオアートヌクレオシド間結合を表す。
実験操作手順
１群が野生型Ｂ６Ｃ３Ｆ１マウス１２匹の３群に下記表に従い処置を行った。７００μｇの修飾オリゴヌクレオチドまたはＰＢＳをＩＣＶ（脳室内）注射により０日目に投与し、予め形成された線維を１４日目に線条体内に投与した。５６日目、ワイヤーハングテストを実施して運動機能を測定し、マウスを屠殺し、ｍＲＮＡ分析及び組織学的分析に供した。黒質のＰ－α－Ｓｙｎ凝集体を染色して定量した。マウスプライマープローブセット
ＲＴＳ２９５６（フォワード配列ＧＴＣＡＴＴＧＣＡＣＣＣＡＡＴＣＴＣＣＴＡＡＧ（本明細書では配列番号１７とする）、リバース配列ＧＡＣＴＧＧＧＣＡＣＡＴＴＧＧＡＡＣＴＧＡ（本明細書では配列番号１８とする）、プローブ配列ＣＧＧＣＴＧＣＴＣＴＴＣＣＡＴＧＧＣＧＴＡＣＡＡ（本明細書では配列番号１９とする））を使用して、マウスＳＮＣＡ ｍＲＮＡを上記のようにＲＴ－ＰＣＲで測定した。シクロフィリンＡを基準としてＳＮＣＡのｍＲＮＡレベルを正規化し、ＰＢＳ処置マウスのｍＲＮＡレベルの％として示す。下記表に示すように、修飾オリゴヌクレオチド処置マウスでは、ＰＢＳ処置マウスと比較してＳＮＣＡのｍＲＮＡは低下しており、黒質での凝集体は少なく、ワイヤーハングテストでの能力が改善した。
Figure 2023011725000285
実施例２４：マウスにおける予め形成された原線維（ＰＦＦ）モデルでのＳＮＣＡ病理の処置（有症状後の処置）
実験操作手順
１群が野生型Ｂ６Ｃ３Ｆ１マウス１２匹の３群に下記表に従い処置を行った。予め形成された線維を０日目に線条体内に投与し、１４日目に７００μｇの修飾オリゴヌクレオチドまたはＰＢＳをＩＣＶ（脳室内）注射により投与した。５６日目、ワイヤーハングテストを実施して運動機能を測定し、マウスを屠殺し、ｍＲＮＡ分析及び組織学的分析に供した。黒質のリン酸化－α－Ｓｙｎ凝集体を染色して定量した。マウスＳＮＣＡ ｍＲＮＡを先の例のように測定し、ＰＢＳ処置マウスを基準として正規化した。下記表に示すように、修飾オリゴヌクレオチド処置マウスでは、ＰＢＳ処置マウスと比較してＳＮＣＡのｍＲＮＡが低下しており、黒質での凝集体は少なく、ワイヤーハングテストでの能力が改善した。
Figure 2023011725000286
実施例２５：マウスにおける予め形成された原線維（ＰＦＦ）モデルでのＳＮＣＡ病理の処置（長期予防的処置）
実験操作手順
１群が野生型Ｂ６Ｃ３Ｆ１マウス１２匹の３群に下記表に従い処置を行った。７００μｇの修飾オリゴヌクレオチド（対照または処置）またはＰＢＳをＩＣＶ（脳室内）注射により０日目に投与し、予め形成された線維を１４日目に線条体内に投与し、９０日目に追加の７００μｇの修飾オリゴヌクレオチドまたはＰＢＳをＩＣＶにより投与した。
対照群にはＰＢＳの処置群と化合物６７６６３０番の処置群が含まれた。化合物６７６６３０番は、マウスＳＮＣＡに相補的ではない、（５’から３’方向に）ＣＣＴＡＴＡＧＧＡＣＴＡＴＣＣＡＧＧＡＡという配列（本明細書では配列番号２７９５として組み込まれる）を有する５－１０－５ＭＯＥギャップマーであり、（５’から３’方向に）ｓｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓというヌクレオシド間結合モチーフを有し、ここで、「ｏ」はホスホジエステルヌクレオシド間結合を表し、「ｓ」はホスホロチオアートヌクレオシド間結合を表す。
１８０日目、マウスを屠殺し、ｍＲＮＡ分析及び組織学的分析に供した。黒質のリン酸化－α－Ｓｙｎ凝集体及び神経突起病理を染色し、各群のマウス６匹について定量した。さらに、ドーパミン作動性ニューロン死の尺度である黒質緻密部（ＳＮｐｃ）のＴＨ（チロシンヒドロキシラーゼ）陽性細胞数を各群のマウス６匹について定量した。結果は、ＰＢＳ処置群との比較で示される。下記表に示すように、化合物６７７３６３番で処置されたマウスでは、ＰＢＳ処置マウス及び６７６６３０処置マウスと比較してＳＮＣＡのｍＲＮＡが低下しており、黒質での凝集体は少なく、黒質の神経突起病理が低下していた。
Figure 2023011725000287
実施例２６：ヒトＳＮＣＡに相補的な修飾オリゴヌクレオチドのマウスにおける忍容性（用量７００μｇ）
上記の修飾オリゴヌクレオチドを化合物１２３３３４４番及び１２３３３４５番（下記に記載）に対して試験し、オリゴヌクレオチドの忍容性を評価した。
化合物１２３３３４４番は、（５’から３’方向に）ＣＴＡＣＡＴＡＧＡＧＡＡＣＡＣ（本明細書では配列番号２７９６として組み込まれる）という配列を有する、ＳＮＣＡに相補的な１５－ｍｅｒギャップマーであり（ここで、かかるギャップマーが配列番号１で標的とする最も５’端のヌクレオシドは３７０位にある）、ここで、ヌクレオシド１～３、ヌクレオシド１３及びヌクレオシド１４（５’から３’方向）の各々はＬＮＡ糖修飾を含み、ヌクレオシド４～１２及びヌクレオシド１５の各々はデオキシヌクレオシドであり、ヌクレオシド間のヌクレオシド間結合はホスホロチオアートヌクレオシド間結合である。化合物１２３３３４４番は次の化学表記法：ＣｌｎａｓＴｌｎａｓＡｌｎａｓＣｄｓＡｄｓＴｄｓＡｄｓＧｄｓＡｄｓＧｄｓＡｄｓＡｄｓＣｌｎａｓＡｌｎａｓＣｄを特徴とし、ここで、
Ａ＝アデニン核酸塩基、
Ｃ＝シトシン核酸塩基、
Ｇ＝グアニン核酸塩基、
Ｔ＝チミン核酸塩基、
ｄ＝２’－デオキシリボース糖、
ｓ＝ホスホロチオアートヌクレオシド間結合、及び
ｌｎａ＝ＬＮＡ修飾糖
である。
化合物１２３３３４５番は、（５’から３’方向に）ＧＣＣＴＡＣＡＴＡＧＡＧＡＡＣ（本明細書では配列番号２７９７として組み込まれる）という配列を有する、ＳＮＣＡに相補的な１５－ｍｅｒギャップマーであり（ここで、かかるギャップマーが配列番号１で標的とする最も５’端のヌクレオシドは３７２位にある）、ここで、ヌクレオシド１～３、ヌクレオシド１３及びヌクレオシド１４（５’から３’方向）の各々はＬＮＡ糖修飾を含み、ヌクレオシド４～１２及びヌクレオシド１５の各々はデオキシヌクレオシドであり、ヌクレオシド間のヌクレオシド間結合はホスホロチオアートヌクレオシド間結合である。化合物１２３３３４５番は次の化学表記法：ＧｌｎａｓＣｌｎａｓＣｌｎａｓＴｄｓＡ
ｄｓＣｄｓＡｄｓＴｄｓＡｄｓＧｄｓＡｄｓＧｄｓＡｌｎａｓＡｌｎａｓＣｄを特徴とし、ここで、
Ａ＝アデニン核酸塩基、
Ｃ＝シトシン核酸塩基、
Ｇ＝グアニン核酸塩基、
Ｔ＝チミン核酸塩基、
ｄ＝２’－デオキシリボース糖、
ｓ＝ホスホロチオアートヌクレオシド間結合、及び
ｌｎａ＝ＬＮＡ修飾糖
である。
処置
野生型Ｃ５７ＢＬ／６マウスはそれぞれ下記表に記載の修飾オリゴヌクレオチド７００μｇの単回ＩＣＶ投与を受けた。各処置群はマウス４匹で構成された。１つの群のマウス４匹には陰性対照としてＰＢＳを投与した。注射の３時間後、異なる７つの基準に従ってマウスを評価した。基準は、（１）マウスは快活で注意力があり、反応性があった、（２）マウスは無刺激時に立位または円背位であった、（３）マウスは無刺激時に何らかの運動を示した、（４）マウスは持ち上げられた後で前進運動を示した、（５）マウスは持ち上げられた後で何らかの運動を示した、（６）マウスは尾をつねると反応した、（７）規則正しい呼吸であった、である。これら７つの基準のそれぞれについてマウスにサブスコアをつけ、基準に合致した場合は０、合致しなかった場合は１とした（機能観察総合評価スコアまたはＦＯＢ）。全７基準を評価した後、それぞれのマウスについて各スコアを合計し、各処置群内の平均値を求めた。結果を下記表に示す。
Figure 2023011725000288
配列表
本出願は、電子形式の配列表とともに出願されている。配列表は、２０１８年１０月１８日に作成された、サイズが７１２ＫＢのＢＩＯＬ０２８９ＷＯＳＥＱ＿ＳＴ２５．ｔｘｔと題されたファイルに対応する。配列表の電子形式及びＢＩＯＬ０２８９ＷＯＳＥＱ＿ＳＴ２５．ｔｘｔと題されたファイルの情報は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
Figure 2023011725000294
Figure 2023011725000295
Figure 2023011725000296
Figure 2023011725000297
Figure 2023011725000298
Figure 2023011725000299
Figure 2023011725000300
Figure 2023011725000301
Figure 2023011725000302
Figure 2023011725000303
下記表に記載の各修飾オリゴヌクレオチドは、表に示すように、ヒトＳＮＣＡ核酸配列である配列番号２または配列番号５に相補的である。「Ｎ／Ａ」は、修飾オリゴヌクレオチドが、その特定核酸に対して１００％の相補性で相補的ではないことを示す。表４５において、「配列番号」の欄は、修飾を含む配列番号を最初に示し、提示された修飾を有さない対応の核酸塩基配列の配列番号をその次に示す。例えば、１番目の列において、「配列番号」の欄は、「ｍＣｅｓｍＣｅｏＴｅｏＴｅｏＴｄｓＡｄｓｍＣｄｓＡｄｓｍＣｄｓｍＣｄｓＡｄｓｍＣｄｓＡｄｓｍＣｋｏＴｅｓＧｅｓＧｅ」について欄の左側の部分に「２８０５」を示し、次いで、それに対応する核酸塩基配列のＣＣＴＴＴＡＣＡＣＣＡＣＡＣＴＧＧについて欄の右側の部分に「１０３８」を示す。
Figure 2023011725000304
Figure 2023011725000305
Figure 2023011725000306
Figure 2023011725000307
Figure 2023011725000308
Figure 2023011725000309
Figure 2023011725000310
Figure 2023011725000311
 ある態様において、本発明は以下であってもよい。
［態様１］１０～３０の連結ヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物であって、前記修飾オリゴヌクレオチドは、前記修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列全体にわたって測定した場合に配列番号１～６の核酸塩基配列のいずれかに少なくとも８０％相補的である核酸塩基配列を有し、かつ、修飾糖、糖代替物、及び修飾ヌクレオシド間結合から選択される少なくとも１つの修飾を含む、前記オリゴマー化合物。
［態様２］１０～３０の連結ヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物であって、前記修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号２１９３、１７０３、２８～１７０２、１７０４～２１９２、及び２１９４～２７９３のいずれかの少なくとも１２、１３、１４、１５、１６または１７の核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する、前記オリゴマー化合物。
［態様３］１０～３０の連結ヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物であって、前記修飾オリゴヌクレオチドは、
（ｉ）配列番号２の核酸塩基５０９１５～５０９４３の等長部、
（ｉｉ）配列番号２の核酸塩基１９６３０～１９６５６の等長部、
（ｉｉｉ）配列番号２の核酸塩基２８４５１～２８４９１の等長部、
（ｉｖ）配列番号２の核酸塩基４８７１２～４８７６０の等長部、
（ｖ）配列番号２の核酸塩基２３２７９～２３３１５の等長部、
（ｖｉ）配列番号２の核酸塩基２０９６４～２１０１８の等長部、
（ｖｉｉ）配列番号２の核酸塩基２２４５４～２２４７７の等長部、
（ｖｉｉｉ）配列番号２の核酸塩基７２２９４～７２３２１の等長部、
（ｉｘ）配列番号２の核酸塩基２０５４９～２０５８１の等長部、または
（ｘ）配列番号２の核酸塩基２７４１２～２７４３２の等長部
の少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、または少なくとも２０連続する核酸塩基に相補的な核酸塩基配列を有する、前記オリゴマー化合物。
［態様４］前記修飾オリゴヌクレオチドは、前記修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列全体にわたって測定した場合に配列番号１～６の核酸塩基配列のいずれかに少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％相補的である核酸塩基配列を有する、態様１～３のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
［態様５］（ｉ）前記修飾オリゴヌクレオチドの前記核酸塩基配列は、配列番号２４３、１６０１～１６０３、ならびに２１８８、２１８９、２１９０、２１９１、２１９２、２１９３、２１９４、２１９５、２１９６及び２１９７の少なくとも１２連続する核酸塩基を含み、（ｉｉ）前記修飾オリゴヌクレオチドの前記核酸塩基配列は、配列番号１１０３、１７００、１７０１、１７０２、１７０３、１７０４、１７０５、１７０６、及び１７０７の少なくとも１２連続する核酸塩基を含み、
（ｉｉｉ）前記修飾オリゴヌクレオチドの前記核酸塩基配列は、配列番号１１６８、１８８２、１８８３、１８８４、１８８５、１８８６、１８８７、１８８８、１８８９、１８９０、１８９１、１８９２、及び１８９３の少なくとも１２連続する核酸塩基を含み、
（ｉｖ）前記修飾オリゴヌクレオチドの前記核酸塩基配列は、配列番号４７１、１５８５～１５８８、及び２１５７～２１６６の少なくとも１２連続する核酸塩基を含み、
（ｖ）前記修飾オリゴヌクレオチドの前記核酸塩基配列は、配列番号１６４、１１３０～１１３３、及び１７９７～１８１０の少なくとも１２連続する核酸塩基を含み、
（ｖｉ）前記修飾オリゴヌクレオチドの前記核酸塩基配列は、配列番号３９１、４６８、１１１２～１１１６、及び１７２３～１７４１の少なくとも１２連続する核酸塩基を含み、
（ｖｉｉ）前記修飾オリゴヌクレオチドの前記核酸塩基配列は、配列番号８８、１１２３～１１２６、及び１７７８～１７８２の少なくとも１２連続する核酸塩基を含み、
（ｖｉｉｉ）前記修飾オリゴヌクレオチドの前記核酸塩基配列は、配列番号１３２３及び２３４５～２３５３の少なくとも１２連続する核酸塩基を含み、
（ｉｘ）前記修飾オリゴヌクレオチドの前記核酸塩基配列は、配列番号３１４及び１１０７～１１１０の少なくとも１２連続する核酸塩基を含み、
（ｘ）前記修飾オリゴヌクレオチドの前記核酸塩基配列は、配列番号４６８、１１１３～１１１４、及び１１６３の少なくとも１２連続する核酸塩基を含む、
態様４に記載の化合物。
［態様６］前記修飾オリゴヌクレオチドは、少なくとも１つの修飾ヌクレオシドを含む、態様１～５のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
［態様７］前記修飾オリゴヌクレオチドは、修飾糖部分を含む少なくとも１つの修飾ヌクレオシドを含む、態様６に記載のオリゴマー化合物。
［態様８］前記修飾オリゴヌクレオチドは、二環式糖部分を含む少なくとも１つの修飾ヌクレオシドを含む、態様７に記載のオリゴマー化合物。
［態様９］前記修飾オリゴヌクレオチドは、２’－４’架橋を有する二環式糖部分を含む少なくとも１つの修飾ヌクレオシドを含み、前記２’－４’架橋は－Ｏ－ＣＨ２－及び－Ｏ－ＣＨ（ＣＨ３）－から選択される、態様８に記載のオリゴマー化合物。
［態様１０］前記修飾オリゴヌクレオチドは、非二環式修飾糖部分を含む少なくとも１つの修飾ヌクレオシドを含む、態様６～９のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
［態様１１］前記修飾オリゴヌクレオチドは、２’－ＭＯＥ修飾糖または２’－ＯＭｅ修飾糖を含む非二環式修飾糖部分を含む少なくとも１つの修飾ヌクレオシドを含む、態様１０に記載のオリゴマー化合物。
［態様１２］前記修飾オリゴヌクレオチドは、糖代替物を含む少なくとも１つの修飾ヌクレオシドを含む、態様６～１１のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
［態様１３］前記修飾オリゴヌクレオチドは、モルホリノ及びＰＮＡから選択される糖代替物を含む少なくとも１つの修飾ヌクレオシドを含む、態様１２に記載のオリゴマー化合物。
［態様１４］前記修飾オリゴヌクレオチドは、
１～５の連結した５’－領域ヌクレオシドからなる５’－領域、
６～１０の連結した中央領域ヌクレオシドからなる中央領域、及び
１～５の連結した３’－領域ヌクレオシドからなる３’－領域
を含む糖モチーフを有し、ここで、前記５’－領域ヌクレオシドの各々及び前記３’－領域ヌクレオシドの各々は修飾糖部分を含み、前記中央領域ヌクレオシドの各々は非修飾２’－デオキシリボシル糖部分を含む、態様１～１３のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
［態様１５］前記修飾オリゴヌクレオチドは少なくとも１つの修飾ヌクレオシド間結合を含む、態様１～１４のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
［態様１６］前記修飾オリゴヌクレオチドの各ヌクレオシド間結合は修飾ヌクレオシド間結合である、態様１５に記載のオリゴマー化合物。
［態様１７］少なくとも１つのヌクレオシド間結合はホスホロチオアートヌクレオシド間結合である、態様１５または１６に記載のオリゴマー化合物。
［態様１８］前記修飾オリゴヌクレオチドは少なくとも１つのホスホジエステルヌクレオシド間結合を含む、態様１５または１７に記載のオリゴマー化合物。
［態様１９］各ヌクレオシド間結合は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合またはホスホロチオアートヌクレオシド間結合のいずれかである、態様１５、１７、または１８のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
［態様２０］前記修飾オリゴヌクレオチドは少なくとも１つの修飾核酸塩基を含む、態様１～１９のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
［態様２１］前記修飾核酸塩基は５－メチルシトシンである、態様２０に記載のオリゴマー化合物。
［態様２２］前記修飾オリゴヌクレオチドは、１２～３０、１２～２２、１２～２０、１４～２０、１５～２５、１６～２０、１８～２２または１８～２０の連結ヌクレオシドからなる、態様１～２１のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
［態様２３］前記修飾オリゴヌクレオチドは１７または２０の連結ヌクレオシドからなる、態様１～２２のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
［態様２４］前記修飾オリゴヌクレオチドからなる、態様１～２３のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
［態様２５］結合部分と結合リンカーとを含む結合基を含む、態様１～２３のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
［態様２６］前記結合基は、１～３のＧａｌＮＡｃリガンドを含むＧａｌＮＡｃクラスターを含む、態様２５に記載のオリゴマー化合物。
［態様２７］前記結合リンカーは単結合からなる、態様２５または２６に記載のオリゴマー化合物。
［態様２８］前記結合リンカーは切断可能である、態様２６に記載のオリゴマー化合物。
［態様２９］前記結合リンカーは１～３のリンカーヌクレオシドを含む、態様２８に記載のオリゴマー化合物。
［態様３０］前記結合基は、前記修飾オリゴヌクレオチドの５’末端で前記修飾オリゴヌクレオチドに結合されている、態様２５～２９のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
［態様３１］前記結合基は、前記修飾オリゴヌクレオチドの３’末端で前記修飾オリゴヌクレオチドに結合されている、態様２５～２９のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
［態様３２］末端基を含む、態様１～３１のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
［態様３３］前記オリゴマー化合物は一本鎖オリゴマー化合物である、態様１～３２のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
［態様３４］前記オリゴマー化合物はリンカーヌクレオシドを含まない、態様１～２８または３０～３２のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
［態様３５］態様１～３２または３４のいずれかに記載のオリゴマー化合物を含むオリゴマー二重鎖。
［態様３６］態様１～３４のいずれかに記載のオリゴマー化合物または態様３５に記載のオリゴマー二重鎖を含むかまたはそれからなるアンチセンス化合物。
［態様３７］態様１～３４のいずれかに記載のオリゴマー化合物または態様３５に記載のオリゴマー二重鎖及び薬理学的に許容される担体もしくは希釈剤を含む医薬組成物。
［態様３８］以下の式
Figure 2023011725000312
 に従う修飾オリゴヌクレオチドまたはその塩。
［態様３９］以下の式
Figure 2023011725000313
 に従う修飾オリゴヌクレオチドまたはその塩。
［態様４０］以下の式
Figure 2023011725000314
 に従う修飾オリゴヌクレオチドまたはその塩。
［態様４１］以下の式
Figure 2023011725000315
 に従う修飾オリゴヌクレオチドまたはその塩。
［態様４２］以下の式
Figure 2023011725000316
 に従う修飾オリゴヌクレオチドまたはその塩。
［態様４３］前記式のナトリウム塩である、態様３８～４２のいずれかに記載の修飾オリゴヌクレオチド。
［態様４４］態様３８～４２のいずれかに記載の修飾オリゴヌクレオチドのキラルが豊富な集団であって、特定の立体化学配置を有する少なくとも１つの特定のホスホロチオアートヌクレオシド間結合を含む修飾オリゴヌクレオチドが豊富である、前記集団。
［態様４５］前記集団は、（Ｓｐ）立体配置を有する少なくとも１つの特定のホスホロチオアートヌクレオシド間結合を含む修飾オリゴヌクレオチドが豊富である、態様４４に記載のキラルが豊富な集団。
［態様４６］前記集団は、（Ｒｐ）立体配置を有する少なくとも１つの特定のホスホロチオアートヌクレオシド間結合を含む修飾オリゴヌクレオチドが豊富である、態様４４に記載のキラルが豊富な集団。
［態様４７］前記集団は、独立して選択される特定の立体化学配置を各ホスホロチオアートヌクレオシド間結合に有する修飾オリゴヌクレオチドが豊富である、態様４４に記載のキラルが豊富な集団。
［態様４８］前記集団は、各ホスホロチオアートヌクレオシド間結合に（Ｓｐ）立体配置を有する修飾オリゴヌクレオチドが豊富である、態様４７に記載のキラルが豊富な集団。
［態様４９］前記集団は、各ホスホロチオアートヌクレオシド間結合に（Ｒｐ）立体配置を有する修飾オリゴヌクレオチドが豊富である、態様４７に記載のキラルが豊富な集団。
［態様５０］前記集団は、１つの特定のホスホロチオアートヌクレオシド間結合に（Ｒｐ）立体配置を有し、残りのホスホロチオアートヌクレオシド間結合の各々に（Ｓｐ）立体配置を有する修飾オリゴヌクレオチドが豊富である、態様４７に記載のキラルが豊富な集団。
［態様５１］前記集団は、５’から３’方向へ向かって、Ｓｐ、Ｓｐ、及びＲｐ立体配置にある少なくとも３つの連続するホスホロチオアートヌクレオシド間結合を有する修飾オリゴヌクレオチドが豊富である、態様４４または態様４７に記載のキラルが豊富な集団。
［態様５２］前記修飾オリゴヌクレオチドのすべてのホスホロチオアートヌクレオシド間結合はステレオランダムである、態様１～３４のいずれかに記載のオリゴマー化合物のキラルが豊富な集団。
［態様５３］態様３８～４２のいずれかに記載の修飾オリゴヌクレオチド及び薬理学的に許容される希釈剤または担体を含む医薬組成物。
［態様５４］前記薬理学的に許容される希釈剤は人工脳脊髄液である、態様５３に記載の医薬組成物。
［態様５５］前記医薬組成物は、本質的に前記修飾オリゴヌクレオチド及び人工脳脊髄液からなる、態様５２に記載の医薬組成物。
［態様５６］態様３７または５３～５５のいずれかに記載の医薬組成物を動物に投与することを含む方法。
［態様５７］ＳＮＣＡに関連した疾患に罹患しているかまたは発症のリスクがある個体に対し態様３７または５３～５５のいずれかに記載の医薬組成物を治療的有効量にて投与し、それにより前記ＳＮＣＡに関連した疾患を治療することを含む、ＳＮＣＡに関連した疾患を治療する方法。
［態様５８］前記ＳＮＣＡに関連した疾患は神経変性疾患である、態様５７に記載の方法。
［態様５９］前記神経変性疾患は、パーキンソン病、レビー小体型認知症、びまん性レビー小体病、純粋自律神経不全、多系統萎縮症、神経型ゴーシェ病及びアルツハイマー病のいずれかである、態様５８に記載の方法。
［態様６０］前記神経変性疾患の少なくとも１つの症状または特徴が改善される、態様５８に記載の方法。
［態様６１］前記症状または特徴は、運動機能障害、アルファ－シヌクレインの凝集、神経変性、認知機能の低下及び認知症のいずれかである、態様６０に記載の方法。
［態様６２］下記式
ｍＣｅｓ Ａｅｏ Ｇｅｏ Ａｅｏ ｍＣｅｓ Ｔｄｓ Ｇｄｓ Ｔｄｓ Ａｄｓ Ａｄｓ Ｔｄｓ ｍＣｄｓ Ｔｄｓ Ａｄｓ Ｇｄｓ Ｇｅｏ Ａｅｏ ｍＣｅｓ ｍＣｅｓ ｍＣｅ（配列番号１８８７）
［式中、
Ａ＝アデニン核酸塩基、
ｍＣ＝５’－メチルシトシン核酸塩基、
Ｇ＝グアニン核酸塩基、
Ｔ＝チミン核酸塩基、
ｅ＝２’－ＭＯＥ修飾糖、
ｄ＝２’－デオキシリボース糖、
ｓ＝ホスホロチオアートヌクレオシド間結合、及び
ｏ＝ホスホジエステルヌクレオシド間結合
である］
に従った修飾オリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物。
［態様６３］下記式
Ａｅｓ ｍＣｅｏ Ｇｅｏ Ａｅｏ ｍＣｅｓ Ａｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ ｍＣｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｇｄｓ ｍＣｄｓ ｍＣｅｏ Ｔｅｏ ｍＣｅｓ Ｔｅｓ Ｔｅ（配列番号２１６６）
［式中、
Ａ＝アデニン核酸塩基、
ｍＣ＝５’－メチルシトシン核酸塩基、
Ｇ＝グアニン核酸塩基、
Ｔ＝チミン核酸塩基、
ｅ＝２’－ＭＯＥ修飾糖、
ｄ＝２’－デオキシリボース糖、
ｓ＝ホスホロチオアートヌクレオシド間結合、及び
ｏ＝ホスホジエステルヌクレオシド間結合
である］
に従った修飾オリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物。
［態様６４］下記式
Ｇｅｓ Ｔｅｏ Ｔｅｏ Ｔｅｏ Ｔｅｓ ｍＣｄｓ Ａｄｓ Ｔｄｓ ｍＣｄｓ Ａｄｓ Ａｄｓ Ｔｄｓ Ａｄｓ Ｔｄｓ ｍＣｄｓ Ｔｅｏ Ｇｅｏ ｍＣｅｓ Ａｅｓ Ａｅ（配列番号２１９３）
［式中、
Ａ＝アデニン核酸塩基、
ｍＣ＝５－メチルシトシン核酸塩基、
Ｇ＝グアニン核酸塩基、
Ｔ＝チミン核酸塩基、
ｅ＝２’－ＭＯＥ修飾糖、
ｄ＝２’－デオキシリボース糖、
ｓ＝ホスホロチオアートヌクレオシド間結合、及び
ｏ＝ホスホジエステルヌクレオシド間結合
である］
に従った修飾オリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物。
［態様６５］下記式
Ｔｅｓ Ｇｅｏ Ａｅｓ Ａｅｓ Ｔｅｓ Ｔｄｓ ｍＣｄｓ ｍＣｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ａｄｓ ｍＣｄｓ Ａｄｓ ｍＣｄｓ ｍＣｅｓ Ａｅｏ ｍＣｅｓ Ａｅｓ ｍＣｅ（配列番号１６３９）
［式中、
Ａ＝アデニン核酸塩基、
ｍＣ＝５－メチルシトシン核酸塩基、
Ｇ＝グアニン核酸塩基、
Ｔ＝チミン核酸塩基、
ｅ＝２’－ＭＯＥ修飾糖、
ｄ＝２’－デオキシリボース糖、
ｓ＝ホスホロチオアートヌクレオシド間結合、及び
ｏ＝ホスホジエステルヌクレオシド間結合である］
に従った修飾オリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物。
［態様６６］下記式
Ａｅｓ ｍＣｅｏ Ａｅｓ Ｇｅｓ Ａｅｓ Ｔｄｓ Ａｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｇｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ ｍＣｅｏ Ｔｅｏ Ｇｅｓ ｍＣｅｓ ｍＣｅ（配列番号１７０３）
［式中、
Ａ＝アデニン核酸塩基、
ｍＣ＝５－メチルシトシン核酸塩基、
Ｇ＝グアニン核酸塩基、
Ｔ＝チミン核酸塩基、
ｅ＝２’－ＭＯＥ修飾糖、
ｄ＝２’－デオキシリボース糖、
ｓ＝ホスホロチオアートヌクレオシド間結合、及び
ｏ＝ホスホジエステルヌクレオシド間結合
である］
に従った修飾オリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物。
［態様６７］前記修飾オリゴヌクレオチドからなる、態様６２～６６のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
［態様６８］結合部分と結合リンカーとを含む結合基を含む、態様６２～６６のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
［態様６９］前記結合基は、１～３のＧａｌＮＡｃリガンドを含むＧａｌＮＡｃクラスターを含む、態様６８に記載のオリゴマー化合物。
［態様７０］前記結合リンカーは単結合からなる、態様６８または６９に記載のオリゴマー化合物。
［態様７１］前記結合リンカーは切断可能である、態様７０に記載のオリゴマー化合物。
［態様７２］前記結合リンカーは１～３のリンカーヌクレオシドを含む、態様７１に記載のオリゴマー化合物。
［態様７３］前記結合基は、前記修飾オリゴヌクレオチドの５’末端で前記修飾オリゴヌクレオチドに結合されている、態様６８～７２のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
［態様７４］前記結合基は、前記修飾オリゴヌクレオチドの３’末端で前記修飾オリゴヌクレオチドに結合されている、態様６８～７２のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
［態様７５］末端基を含む、態様６２～６６のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
［態様７６］前記オリゴマー化合物は一本鎖オリゴマー化合物である、態様６２～６６のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
［態様７７］前記オリゴマー化合物はリンカーヌクレオシドを含まない、態様６２～６６のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
［態様７８］態様６２～６６のいずれかに記載のオリゴマー化合物を含むオリゴマー二重鎖。
［態様７９］態様６２～６６のいずれかに記載のオリゴマー化合物または態様７８に記載のオリゴマー二重鎖を含むかまたはそれからなるアンチセンス化合物。
［態様８０］態様６２～７７のいずれかに記載のオリゴマー化合物または態様７８に記載のオリゴマー二重鎖及び薬理学的に許容される担体もしくは希釈剤を含む医薬組成物。

Claims (80)

  1. １０～３０の連結ヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物であって、前記修飾オリゴヌクレオチドは、前記修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列全体にわたって測定した場合に配列番号１～６の核酸塩基配列のいずれかに少なくとも８０％相補的である核酸塩基配列を有し、かつ、修飾糖、糖代替物、及び修飾ヌクレオシド間結合から選択される少なくとも１つの修飾を含む、前記オリゴマー化合物。
  2. １０～３０の連結ヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物であって、前記修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号２１９３、１７０３、２８～１７０２、１７０４～２１９２、及び２１９４～２７９３のいずれかの少なくとも１２、１３、１４、１５、１６または１７の核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する、前記オリゴマー化合物。
  3. １０～３０の連結ヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物であって、前記修飾オリゴヌクレオチドは、
    （ｉ）配列番号２の核酸塩基５０９１５～５０９４３の等長部、
    （ｉｉ）配列番号２の核酸塩基１９６３０～１９６５６の等長部、
    （ｉｉｉ）配列番号２の核酸塩基２８４５１～２８４９１の等長部、
    （ｉｖ）配列番号２の核酸塩基４８７１２～４８７６０の等長部、
    （ｖ）配列番号２の核酸塩基２３２７９～２３３１５の等長部、
    （ｖｉ）配列番号２の核酸塩基２０９６４～２１０１８の等長部、
    （ｖｉｉ）配列番号２の核酸塩基２２４５４～２２４７７の等長部、
    （ｖｉｉｉ）配列番号２の核酸塩基７２２９４～７２３２１の等長部、
    （ｉｘ）配列番号２の核酸塩基２０５４９～２０５８１の等長部、または
    （ｘ）配列番号２の核酸塩基２７４１２～２７４３２の等長部
    の少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、または少なくとも２０連続する核酸塩基に相補的な核酸塩基配列を有する、前記オリゴマー化合物。
  4. 前記修飾オリゴヌクレオチドは、前記修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列全体にわたって測定した場合に配列番号１～６の核酸塩基配列のいずれかに少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％相補的である核酸塩基配列を有する、請求項１～３のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
  5. （ｉ）前記修飾オリゴヌクレオチドの前記核酸塩基配列は、配列番号２４３、１６０１～１６０３、ならびに２１８８、２１８９、２１９０、２１９１、２１９２、２１９３、２１９４、２１９５、２１９６及び２１９７の少なくとも１２連続する核酸塩基を含み、（ｉｉ）前記修飾オリゴヌクレオチドの前記核酸塩基配列は、配列番号１１０３、１７００、１７０１、１７０２、１７０３、１７０４、１７０５、１７０６、及び１７０７の少なくとも１２連続する核酸塩基を含み、
    （ｉｉｉ）前記修飾オリゴヌクレオチドの前記核酸塩基配列は、配列番号１１６８、１８８２、１８８３、１８８４、１８８５、１８８６、１８８７、１８８８、１８８９、１８９０、１８９１、１８９２、及び１８９３の少なくとも１２連続する核酸塩基を含み、
    （ｉｖ）前記修飾オリゴヌクレオチドの前記核酸塩基配列は、配列番号４７１、１５８５～１５８８、及び２１５７～２１６６の少なくとも１２連続する核酸塩基を含み、
    （ｖ）前記修飾オリゴヌクレオチドの前記核酸塩基配列は、配列番号１６４、１１３０～１１３３、及び１７９７～１８１０の少なくとも１２連続する核酸塩基を含み、
    （ｖｉ）前記修飾オリゴヌクレオチドの前記核酸塩基配列は、配列番号３９１、４６８、
    １１１２～１１１６、及び１７２３～１７４１の少なくとも１２連続する核酸塩基を含み、
    （ｖｉｉ）前記修飾オリゴヌクレオチドの前記核酸塩基配列は、配列番号８８、１１２３～１１２６、及び１７７８～１７８２の少なくとも１２連続する核酸塩基を含み、
    （ｖｉｉｉ）前記修飾オリゴヌクレオチドの前記核酸塩基配列は、配列番号１３２３及び２３４５～２３５３の少なくとも１２連続する核酸塩基を含み、
    （ｉｘ）前記修飾オリゴヌクレオチドの前記核酸塩基配列は、配列番号３１４及び１１０７～１１１０の少なくとも１２連続する核酸塩基を含み、
    （ｘ）前記修飾オリゴヌクレオチドの前記核酸塩基配列は、配列番号４６８、１１１３～１１１４、及び１１６３の少なくとも１２連続する核酸塩基を含む、
    請求項４に記載の化合物。
  6. 前記修飾オリゴヌクレオチドは、少なくとも１つの修飾ヌクレオシドを含む、請求項１～５のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
  7. 前記修飾オリゴヌクレオチドは、修飾糖部分を含む少なくとも１つの修飾ヌクレオシドを含む、請求項６に記載のオリゴマー化合物。
  8. 前記修飾オリゴヌクレオチドは、二環式糖部分を含む少なくとも１つの修飾ヌクレオシドを含む、請求項７に記載のオリゴマー化合物。
  9. 前記修飾オリゴヌクレオチドは、２’－４’架橋を有する二環式糖部分を含む少なくとも１つの修飾ヌクレオシドを含み、前記２’－４’架橋は－Ｏ－ＣＨ２－及び－Ｏ－ＣＨ（ＣＨ３）－から選択される、請求項８に記載のオリゴマー化合物。
  10. 前記修飾オリゴヌクレオチドは、非二環式修飾糖部分を含む少なくとも１つの修飾ヌクレオシドを含む、請求項６～９のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
  11. 前記修飾オリゴヌクレオチドは、２’－ＭＯＥ修飾糖または２’－ＯＭｅ修飾糖を含む非二環式修飾糖部分を含む少なくとも１つの修飾ヌクレオシドを含む、請求項１０に記載のオリゴマー化合物。
  12. 前記修飾オリゴヌクレオチドは、糖代替物を含む少なくとも１つの修飾ヌクレオシドを含む、請求項６～１１のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
  13. 前記修飾オリゴヌクレオチドは、モルホリノ及びＰＮＡから選択される糖代替物を含む少なくとも１つの修飾ヌクレオシドを含む、請求項１２に記載のオリゴマー化合物。
  14. 前記修飾オリゴヌクレオチドは、
    １～５の連結した５’－領域ヌクレオシドからなる５’－領域、
    ６～１０の連結した中央領域ヌクレオシドからなる中央領域、及び
    １～５の連結した３’－領域ヌクレオシドからなる３’－領域
    を含む糖モチーフを有し、ここで、前記５’－領域ヌクレオシドの各々及び前記３’－領域ヌクレオシドの各々は修飾糖部分を含み、前記中央領域ヌクレオシドの各々は非修飾２’－デオキシリボシル糖部分を含む、請求項１～１３のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
  15. 前記修飾オリゴヌクレオチドは少なくとも１つの修飾ヌクレオシド間結合を含む、請求項１～１４のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
  16. 前記修飾オリゴヌクレオチドの各ヌクレオシド間結合は修飾ヌクレオシド間結合である、請求項１５に記載のオリゴマー化合物。
  17. 少なくとも１つのヌクレオシド間結合はホスホロチオアートヌクレオシド間結合である、請求項１５または１６に記載のオリゴマー化合物。
  18. 前記修飾オリゴヌクレオチドは少なくとも１つのホスホジエステルヌクレオシド間結合を含む、請求項１５または１７に記載のオリゴマー化合物。
  19. 各ヌクレオシド間結合は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合またはホスホロチオアートヌクレオシド間結合のいずれかである、請求項１５、１７、または１８のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
  20. 前記修飾オリゴヌクレオチドは少なくとも１つの修飾核酸塩基を含む、請求項１～１９のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
  21. 前記修飾核酸塩基は５－メチルシトシンである、請求項２０に記載のオリゴマー化合物。
  22. 前記修飾オリゴヌクレオチドは、１２～３０、１２～２２、１２～２０、１４～２０、１５～２５、１６～２０、１８～２２または１８～２０の連結ヌクレオシドからなる、請求項１～２１のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
  23. 前記修飾オリゴヌクレオチドは１７または２０の連結ヌクレオシドからなる、請求項１～２２のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
  24. 前記修飾オリゴヌクレオチドからなる、請求項１～２３のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
  25. 結合部分と結合リンカーとを含む結合基を含む、請求項１～２３のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
  26. 前記結合基は、１～３のＧａｌＮＡｃリガンドを含むＧａｌＮＡｃクラスターを含む、請求項２５に記載のオリゴマー化合物。
  27. 前記結合リンカーは単結合からなる、請求項２５または２６に記載のオリゴマー化合物。
  28. 前記結合リンカーは切断可能である、請求項２６に記載のオリゴマー化合物。
  29. 前記結合リンカーは１～３のリンカーヌクレオシドを含む、請求項２８に記載のオリゴマー化合物。
  30. 前記結合基は、前記修飾オリゴヌクレオチドの５’末端で前記修飾オリゴヌクレオチドに結合されている、請求項２５～２９のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
  31. 前記結合基は、前記修飾オリゴヌクレオチドの３’末端で前記修飾オリゴヌクレオチドに結合されている、請求項２５～２９のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
  32. 末端基を含む、請求項１～３１のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
  33. 前記オリゴマー化合物は一本鎖オリゴマー化合物である、請求項１～３２のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
  34. 前記オリゴマー化合物はリンカーヌクレオシドを含まない、請求項１～２８または３０～３２のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
  35. 請求項１～３２または３４のいずれかに記載のオリゴマー化合物を含むオリゴマー二重鎖。
  36. 請求項１～３４のいずれかに記載のオリゴマー化合物または請求項３５に記載のオリゴマー二重鎖を含むかまたはそれからなるアンチセンス化合物。
  37. 請求項１～３４のいずれかに記載のオリゴマー化合物または請求項３５に記載のオリゴマー二重鎖及び薬理学的に許容される担体もしくは希釈剤を含む医薬組成物。
  38. 以下の式
    Figure 2023011725000289
     に従う修飾オリゴヌクレオチドまたはその塩。
  39. 以下の式
    Figure 2023011725000290
     に従う修飾オリゴヌクレオチドまたはその塩。
  40. 以下の式
    Figure 2023011725000291
     に従う修飾オリゴヌクレオチドまたはその塩。
  41. 以下の式
    Figure 2023011725000292
     に従う修飾オリゴヌクレオチドまたはその塩。
  42. 以下の式
    Figure 2023011725000293
     に従う修飾オリゴヌクレオチドまたはその塩。
  43. 前記式のナトリウム塩である、請求項３８～４２のいずれかに記載の修飾オリゴヌクレオチド。
  44. 請求項３８～４２のいずれかに記載の修飾オリゴヌクレオチドのキラルが豊富な集団であって、特定の立体化学配置を有する少なくとも１つの特定のホスホロチオアートヌクレオシド間結合を含む修飾オリゴヌクレオチドが豊富である、前記集団。
  45. 前記集団は、（Ｓｐ）立体配置を有する少なくとも１つの特定のホスホロチオアートヌクレオシド間結合を含む修飾オリゴヌクレオチドが豊富である、請求項４４に記載のキラルが豊富な集団。
  46. 前記集団は、（Ｒｐ）立体配置を有する少なくとも１つの特定のホスホロチオアートヌクレオシド間結合を含む修飾オリゴヌクレオチドが豊富である、請求項４４に記載のキラルが豊富な集団。
  47. 前記集団は、独立して選択される特定の立体化学配置を各ホスホロチオアートヌクレオシド間結合に有する修飾オリゴヌクレオチドが豊富である、請求項４４に記載のキラルが豊富な集団。
  48. 前記集団は、各ホスホロチオアートヌクレオシド間結合に（Ｓｐ）立体配置を有する修飾オリゴヌクレオチドが豊富である、請求項４７に記載のキラルが豊富な集団。
  49. 前記集団は、各ホスホロチオアートヌクレオシド間結合に（Ｒｐ）立体配置を有する修飾オリゴヌクレオチドが豊富である、請求項４７に記載のキラルが豊富な集団。
  50. 前記集団は、１つの特定のホスホロチオアートヌクレオシド間結合に（Ｒｐ）立体配置を有し、残りのホスホロチオアートヌクレオシド間結合の各々に（Ｓｐ）立体配置を有する修飾オリゴヌクレオチドが豊富である、請求項４７に記載のキラルが豊富な集団。
  51. 前記集団は、５’から３’方向へ向かって、Ｓｐ、Ｓｐ、及びＲｐ立体配置にある少なくとも３つの連続するホスホロチオアートヌクレオシド間結合を有する修飾オリゴヌクレオチドが豊富である、請求項４４または請求項４７に記載のキラルが豊富な集団。
  52. 前記修飾オリゴヌクレオチドのすべてのホスホロチオアートヌクレオシド間結合はステレオランダムである、請求項１～３４のいずれかに記載のオリゴマー化合物のキラルが豊富な集団。
  53. 請求項３８～４２のいずれかに記載の修飾オリゴヌクレオチド及び薬理学的に許容される希釈剤または担体を含む医薬組成物。
  54. 前記薬理学的に許容される希釈剤は人工脳脊髄液である、請求項５３に記載の医薬組成物。
  55. 前記医薬組成物は、本質的に前記修飾オリゴヌクレオチド及び人工脳脊髄液からなる、請求項５２に記載の医薬組成物。
  56. 請求項３７または５３～５５のいずれかに記載の医薬組成物を動物に投与することを含む方法。
  57. ＳＮＣＡに関連した疾患に罹患しているかまたは発症のリスクがある個体に対し請求項３７または５３～５５のいずれかに記載の医薬組成物を治療的有効量にて投与し、それにより前記ＳＮＣＡに関連した疾患を治療することを含む、ＳＮＣＡに関連した疾患を治療する方法。
  58. 前記ＳＮＣＡに関連した疾患は神経変性疾患である、請求項５７に記載の方法。
  59. 前記神経変性疾患は、パーキンソン病、レビー小体型認知症、びまん性レビー小体病、純粋自律神経不全、多系統萎縮症、神経型ゴーシェ病及びアルツハイマー病のいずれかである、請求項５８に記載の方法。
  60. 前記神経変性疾患の少なくとも１つの症状または特徴が改善される、請求項５８に記載の方法。
  61. 前記症状または特徴は、運動機能障害、アルファ－シヌクレインの凝集、神経変性、認知機能の低下及び認知症のいずれかである、請求項６０に記載の方法。
  62. 下記式
    ｍＣｅｓ Ａｅｏ Ｇｅｏ Ａｅｏ ｍＣｅｓ Ｔｄｓ Ｇｄｓ Ｔｄｓ Ａｄｓ Ａｄｓ Ｔｄｓ ｍＣｄｓ Ｔｄｓ Ａｄｓ Ｇｄｓ Ｇｅｏ Ａｅｏ ｍＣｅｓ ｍＣｅｓ
    ｍＣｅ（配列番号１８８７）
    ［式中、
    Ａ＝アデニン核酸塩基、
    ｍＣ＝５’－メチルシトシン核酸塩基、
    Ｇ＝グアニン核酸塩基、
    Ｔ＝チミン核酸塩基、
    ｅ＝２’－ＭＯＥ修飾糖、
    ｄ＝２’－デオキシリボース糖、
    ｓ＝ホスホロチオアートヌクレオシド間結合、及び
    ｏ＝ホスホジエステルヌクレオシド間結合
    である］
    に従った修飾オリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物。
  63. 下記式
    Ａｅｓ ｍＣｅｏ Ｇｅｏ Ａｅｏ ｍＣｅｓ Ａｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ ｍＣｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｇｄｓ ｍＣｄｓ ｍＣｅｏ Ｔｅｏ ｍＣｅｓ Ｔｅｓ Ｔｅ（配列番号２１６６）
    ［式中、
    Ａ＝アデニン核酸塩基、
    ｍＣ＝５’－メチルシトシン核酸塩基、
    Ｇ＝グアニン核酸塩基、
    Ｔ＝チミン核酸塩基、
    ｅ＝２’－ＭＯＥ修飾糖、
    ｄ＝２’－デオキシリボース糖、
    ｓ＝ホスホロチオアートヌクレオシド間結合、及び
    ｏ＝ホスホジエステルヌクレオシド間結合
    である］
    に従った修飾オリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物。
  64. 下記式
    Ｇｅｓ Ｔｅｏ Ｔｅｏ Ｔｅｏ Ｔｅｓ ｍＣｄｓ Ａｄｓ Ｔｄｓ ｍＣｄｓ Ａｄｓ Ａｄｓ Ｔｄｓ Ａｄｓ Ｔｄｓ ｍＣｄｓ Ｔｅｏ Ｇｅｏ ｍＣｅｓ Ａｅｓ Ａｅ（配列番号２１９３）
    ［式中、
    Ａ＝アデニン核酸塩基、
    ｍＣ＝５－メチルシトシン核酸塩基、
    Ｇ＝グアニン核酸塩基、
    Ｔ＝チミン核酸塩基、
    ｅ＝２’－ＭＯＥ修飾糖、
    ｄ＝２’－デオキシリボース糖、
    ｓ＝ホスホロチオアートヌクレオシド間結合、及び
    ｏ＝ホスホジエステルヌクレオシド間結合
    である］
    に従った修飾オリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物。
  65. 下記式
    Ｔｅｓ Ｇｅｏ Ａｅｓ Ａｅｓ Ｔｅｓ Ｔｄｓ ｍＣｄｓ ｍＣｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ａｄｓ ｍＣｄｓ Ａｄｓ ｍＣｄｓ ｍＣｅｓ Ａｅｏ ｍＣｅｓ Ａｅｓ ｍＣｅ（配列番号１６３９）
    ［式中、
    Ａ＝アデニン核酸塩基、
    ｍＣ＝５－メチルシトシン核酸塩基、
    Ｇ＝グアニン核酸塩基、
    Ｔ＝チミン核酸塩基、
    ｅ＝２’－ＭＯＥ修飾糖、
    ｄ＝２’－デオキシリボース糖、
    ｓ＝ホスホロチオアートヌクレオシド間結合、及び
    ｏ＝ホスホジエステルヌクレオシド間結合である］
    に従った修飾オリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物。
  66. 下記式
    Ａｅｓ ｍＣｅｏ Ａｅｓ Ｇｅｓ Ａｅｓ Ｔｄｓ Ａｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ
    Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｇｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ ｍＣｅｏ Ｔｅｏ Ｇｅｓ ｍＣｅｓ ｍＣｅ（配列番号１７０３）
    ［式中、
    Ａ＝アデニン核酸塩基、
    ｍＣ＝５－メチルシトシン核酸塩基、
    Ｇ＝グアニン核酸塩基、
    Ｔ＝チミン核酸塩基、
    ｅ＝２’－ＭＯＥ修飾糖、
    ｄ＝２’－デオキシリボース糖、
    ｓ＝ホスホロチオアートヌクレオシド間結合、及び
    ｏ＝ホスホジエステルヌクレオシド間結合
    である］
    に従った修飾オリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物。
  67. 前記修飾オリゴヌクレオチドからなる、請求項６２～６６のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
  68. 結合部分と結合リンカーとを含む結合基を含む、請求項６２～６６のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
  69. 前記結合基は、１～３のＧａｌＮＡｃリガンドを含むＧａｌＮＡｃクラスターを含む、請求項６８に記載のオリゴマー化合物。
  70. 前記結合リンカーは単結合からなる、請求項６８または６９に記載のオリゴマー化合物。
  71. 前記結合リンカーは切断可能である、請求項７０に記載のオリゴマー化合物。
  72. 前記結合リンカーは１～３のリンカーヌクレオシドを含む、請求項７１に記載のオリゴマー化合物。
  73. 前記結合基は、前記修飾オリゴヌクレオチドの５’末端で前記修飾オリゴヌクレオチドに結合されている、請求項６８～７２のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
  74. 前記結合基は、前記修飾オリゴヌクレオチドの３’末端で前記修飾オリゴヌクレオチドに結合されている、請求項６８～７２のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
  75. 末端基を含む、請求項６２～６６のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
  76. 前記オリゴマー化合物は一本鎖オリゴマー化合物である、請求項６２～６６のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
  77. 前記オリゴマー化合物はリンカーヌクレオシドを含まない、請求項６２～６６のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
  78. 請求項６２～６６のいずれかに記載のオリゴマー化合物を含むオリゴマー二重鎖。
  79. 請求項６２～６６のいずれかに記載のオリゴマー化合物または請求項７８に記載のオリゴマー二重鎖を含むかまたはそれからなるアンチセンス化合物。
  80. 請求項６２～７７のいずれかに記載のオリゴマー化合物または請求項７８に記載のオリゴマー二重鎖及び薬理学的に許容される担体もしくは希釈剤を含む医薬組成物。
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