JP2009080645A - 論文作成支援システム - Google Patents

Abstract

【課題】実験の手順に従いながら実験を行って実験結果を記録し、その手順と結果をもとに学術論文の文章案を作成して、論文作成者を支援することを可能とする実験管理および論文作成支援システムを提供する。
【解決手段】生命科学分野において、実験に用いる材料、実験器具、実験手法を記録したファイルの参照を提供する実験フロー部と、実験の過程で用いられる解析プログラムを格納、実行する解析プログラム部と、得られた実験結果を格納し、それを参照するための実験結果格納部と、実験手順の編集および実験された結果を格納する実験フロー処理部と、実験の過程で用いられる解析プログラムを実行する解析プログラム処理部と、実験結果や実験に関するコメントを入れる処理を行う実験情報入力処理部と、実験手順や実験結果をもとにして、論文の文章案を作成する論文作成・表示処理部等を備えている。
【選択図】図２

Description

本発明は論文作成支援システムに関し、例えば、実験に必要な項目や実験結果などの情報を用いて論文作成を作成する場合に、ユーザを支援するためのシステムに関するものである。

例えば生命科学の分野（医学・農学・生物学・獣医学・薬学など）では、日々多くの論文が投稿・出版されている。論文に至る一般的な研究の流れとしては、生命科学における様々な課題（生物のメカニズム・疾病の原因・薬剤の反応など）に対してまず何らかの仮説を立て、それを実証するための実験計画を検討する。その後、サンプル（患者の血液など）や実験を行うための試薬（プライマー配列など）や実験機器（サーマルサイクラーやシーケンサーなど）を準備し、実験を行う。実験結果を観察し、必要とあれば実験結果に基づくデータ解析を行い、仮説が正しいかどうかを判別する。ここで仮説の正しさに対する論拠が弱い場合や、仮説の正しさが実験で証明されない場合、再度、仮説や実験計画を立て直し、実験を行う。仮説が正しい場合は、その結果をまとめて論文誌に投稿し、外部のレビューアーの審査を仰いだ後に、優良な論文のみがその論文誌に掲載されることとなる。

研究者にとっては、論文の形で書いてそれが公に認められて初めて成果とみなされる。しかし、論文を書くことは一般的には骨の折れる作業である。具体的には、研究者は、今までの作業を整理し、実験結果をまとめ、首尾一貫した論理によって読み手にわかりやすく、意図することを伝えなければならない。さらに、論文誌によっては書き方のフォーマットや傾向があるので、それに合った形になるよう意識しなければならない。

論文作成を支援する方法の１つとして、特許文献１に記載の技術がある。これは、コンピュータが入力された項目、執筆者、要旨、本文、謝辞、脚注、図、表、数式、参考文献といった内容から、個々の論文誌のフォーマットに従って論文の印刷イメージを作成するもので、論文作成者は、論文のフォーマットについて煩う必要が無くなり、論文の内容自体の作成に集中することを可能とするものである。

特開２００２−２６９２１５号公報

しかしながら、特許文献１に記載の技術は、論文のフォーマットの大枠のみを規定するのみであり、具体的な論文の文章作成までサポートするものではない。

一般に、研究者は、研究内容を正確に伝え、レビューアーの審査を通りやすくするために、研究の内容自体や論文のフォーマットはもちろん、論文の「書き方」自体にも細心の注意を払うのである。このため、研究者は通常、論文誌の特徴を調べるため、近年出版された論文を収集し論文誌独自の「書き方」の傾向を調べたり、あるいは同じ研究分野の論文を調べて分野特有の「書き方」の傾向を調べる。そして、研究者は、既存の論文に記載された典型的な説明方法を通して、研究自体の論旨の正しさを確かめ、説明しすぎ・説明不足について調整を行う。また、典型的な文章を真似ることによって、レビューアーや読み手に対する理解の負担を軽減することも可能である。

また、特許文献１に記載の技術を用いても、実験で用いたデータが過不足なく正確に論文に反映されているかを確認することができなかった。例えば、表データなどは表計算ソフトで作成したものを直接論文に挿入するので転記ミスは少ないが、実験に要した時間・試薬の量・設定温度などは紙やノートなどにメモしたものを転記するので、間違えが生じやすい。学術論文では実験の再現性が求められているので、このような間違えが起こると、論文自体の信用を落とすばかりでなく、その研究者や研究機関までも信用を落とす可能性がある。

本発明はこのような状況に鑑みてなされたものであり、実験の手順に従いながら実験を行って実験結果を記録し、その手順と結果をもとに学術論文の文章案を作成して、論文作成者を支援することを可能とする実験管理および論文作成支援システムを提供するものである。

上記課題を解決するために、本発明による論文作成支援システムでは、実験に用いる材料と実験器具と実験手法の情報を含む所定の実験フロー情報に基づいて実行されて得られた実験結果データを解析して解析結果を取得する。また、所定の実験フロー情報を論文テンプレートに反映させて論文の文章案を作成する。そして、実験結果データと解析結果と文章案とを所定のフォーマットに従って、表示装置の画面に表示する。この表示が論文作成支援画面となる。

論文作成支援画面は、所定のフォーマットとして、関連論文を検索するための論文検索領域を有する。この場合、論文検索領域に入力された検索条件に従って関連論文を、複数の論文を格納する論文格納部から検索し、その検索結果が、論文作成支援画面に反映される。

さらに、論文作成支援画面に表示された論文の文章案は、ユーザによって編集可能となっており、その編集された文章案が論文作成支援画面に反映される。

なお、ユーザの操作（指示入力）によって画面に表示された実験結果データと解析結果と文章案を含む論文ファイルが、新規の論文ファイルとして論文格納部に登録される。また、ユーザの操作（指示入力）に従って、所定の実験フロー及び／又は実験結果データに対するコメントや実験に関連する図及び／又は表を入力することができ、このコメントや図／表が論文作成支援画面表示に反映される。

論文記録部は、過去に書かれた論文、研究に関する論文、自分で書いた論文などを格納する。そして、関連論文の検索に関しては、研究に関連した論文を検索するようにしてもよい。また、実行された実験と同じ研究分野の論文を検索するようにしてもよく、特定の論文誌や過去に自分が書いた論文を検索の対象としてもよい。

さらなる本発明の特徴は、以下本発明を実施するための最良の形態および添付図面によって明らかになるものである。

本発明の論文作成支援システムによれば、実験フローに従って実験した結果に基づいて容易に実験に対応する論文の文章案や図案を作成することができる。また、関連論文を検索して表示することで、論文の編集・推敲に供することができるようになる。

生命科学において実験の手順および条件を記述したものは「実験プロトコール」とよばれる。これは殆どの場合は定型化されており、実験目的にあわせた実験プロトコール集が多数出版されている（例えば「分子生物学実験プロトコールＩ（丸善）」「新細胞工学実験プロトコール（秀潤社）」「最新プロテオミクス実験プロトコール（秀潤社）」など）。試薬メーカからはキット化されたものも販売されており、研究者はそれに沿って安定した実験を行うこともできる。しかしながら実際には研究室ごとに実験機器の条件が違っており、また対象とする実験サンプルも違うので、必ずしも定型化された手順をそのまま実行しても同じ結果を得るとは限らない。研究者はこれらの違いを考慮した上で実験条件を変更することもある。さらに、実験結果に対して（または実験の準備のために）バイオインフォマティクス解析を行うときに、実験結果の性質によって解析用パラメータを変更することや、データの前処理を加えることがある。

一方、生命科学の論文では、通常、実験手順や使った試薬などをまとめるセクションがある（「Materials and Methods」という名前のセクションであることが多い）。先にも述べた通り、実験手順の多くは定型化されているので、このセクションに書く内容も定型的であることが多い。

本発明では、論文の中でも特に、実験手順や試薬についての箇所について文章作成を支援するものである。つまり、ユーザに実験プロトコールを提示し、必要とあればプロトコールの実験条件を書き換えさせ、それに沿って実験した結果を記録し、最後にそれらの情報を用いて論文の文章案を作成する。文章案については、関連論文を検索し参照させることで、文章案の推敲を支援することとしている。

以下、添付図面を参照し、本発明の実施の形態に係る実験管理および論文作成支援システムについて説明する。尚、本発明の実施の形態において使用される機器、手法等は一例であり、本発明はこれらに限定されるものではないことは勿論である。

＜実験から論文作成までの手順（概要）＞
図１は、本発明による実施形態の論文作成支援システムを用いた場合の実験から論文作成に至る流れを示す概念図である。

図１において、まず、ユーザの選択指示に従って実験プロトコール１０が提示（画面に表示等）される（ステップＳ１０１）。ここで提示される実験プロトコール１０は、当該実験で使用される一般的な条件で構成されている。このため、当該ユーザとしては実験の条件を一部変更したい場合がある。そこで、ユーザの編集指示に従って、実験プロトコールが１１のように変更される（ステップＳ１０２）。編集された実験プロトコール１１では、処理温度が４０度から３５度に変更されている。

続いて、編集された実験プロトコール１１に従って、ユーザが実験を行い、その実験結果がシステム（後述の実験結果格納部２０３）に記録される（ステップＳ１０３）。そして、ユーザが用いた実験プロトコール１１から論文に載せる文章案１２を作成し、システムに入力する（ステップＳ１０４）。なお、このとき、ユーザの指示に従って、関連論文を検索し、検索された論文の文章をユーザに参照させることができるようになっている（ステップＳ１０５）。

最後に、論文フォーマットの中で論文の実験手法などと記述する部分１３に作成された文章１２が自動的に埋め込まれる（ステップＳ１０６）。

＜論文作成支援システムの構成＞
図２は、本発明の実施形態による論文作成支援システム２００の概略構成を示す図である。論文作成支援システム２００は、実験材料や実験手順の情報を格納する実験フロー部２０１と、自分（当該ユーザ）が以前に書いた論文や代表的な論文・最近の論文・研究室内で採用した論文・最近読んだ論文など、論文執筆時に参考になる論文を格納する論文記録部２０２と、実験フローに従って得た実験結果を格納するための実験結果格納部２０３と、バイオインフォマティクスプログラムの入出力情報の格納および参照を提供する解析プログラム部２０４と、実験フローおよび実験結果、論文の文章などを表示するための表示装置２０５と、本システムの値の入力や選択の操作を行うためのキーボード２０６やマウス２０７（両者で入力部を構成）と、ネットワーク上の資源にアクセスし情報を得るための通信制御装置２０８と、ネットワーク上でバイオインフォマティクス解析や試薬等の購入サービスを公開している解析Ｗｅｂサービス提供サーバ２０９と、実験情報の管理、解析、表示、論文作成などを行う中央処理装置２１０と、を備えている。

また、中央処理装置２１０は、実験フローを表示し実験結果を記録する機能をもつ実験フロー処理部２１１と、実験フローの中でバイオインフォマティクスプログラムを利用する場面において、利用者からの指定によってバイオインフォマティクスプログラムを選択し、利用者のパラメータの設定をもとにそのバイオインフォマティクス解析を実行する解析プログラム処理部２１２と、実験フローの中で、テキストや図や表やグラフなどの作成、入力処理を行う実験情報入力処理部２１３と、実験手順や入力された結果をもとにして論文の文章案を作成し表示する処理を行う論文作成・表示処理部２１４と、論文を作成する際に類似した論文を検索し表示する類似論文作成処理部２１５と、を含んでいる。

解析プログラム処理部２１２は、ネットワーク上で公開している解析Ｗｅｂサービス提供サーバ２０９上の解析プログラムを、あたかもローカルなプログラムを実行するかのようにしてラッピングする形態も含んでいる。また、実験情報入力処理部２１３は、各実験ステップに対してコメントの入力・編集を行うコメント入力実行部２１６と、表やグラフのデータ入力・編集を行う表データ入力実行部２１７と、図や画像などの入力・編集を行う図データ入力実行部２１８と、有している。なお、以上述べたプログラム・処理部・データ部等は、ＣＤ−ＲＯＭ、ＤＶＤ−ＲＯＭ、ＭＯ、フロッピーディスク、ＵＳＢメモリ等の記録媒体に格納して提供することもできる。

＜実験リストファイルの例＞
図３は、実験フロー部２０１に格納されている実験リストファイルの一例を示す図である。この実験リストファイルには、論文作成支援システム２００で使うことができる実験フローの一覧情報がＸＭＬ形式で記述されている。

まずルートとなるタグ＜ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔＬｉｓｔ＞３０１には実験の目的・内容に相当するタグ＜ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔ＞３０２が複数含まれている。＜ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔ＞タグ３０２には実験の種類を一意に識別する属性ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔＩｄがあり、要素として実験内容の名称＜ｎａｍｅ＞３０３、及び、その実験を遂行するための手法＜ｍｅｔｈｏｄＬｉｓｔ＞３０４が含まれる。通常、ある実験内容（ＤＮＡ単離など）に対しては、複数の実験手法があるので、それぞれの実験手法を＜ｍｅｔｈｏｄ＞タグ３０５で表している。＜ｍｅｔｈｏｄ＞タグ３０５には属性として実験手法を一意に定めるｍｅｔｈｏｄＩｄ、要素として実験手法名称を表す＜ｎａｍｅ＞がある。

以上のような実験リストファイルは、実験フロー処理部２１１で対応するタグ名に従って処理が行われる。

＜実験フローファイルの例＞
図４は、実験フロー部２０１に格納されている実験フローファイルの一例を示す図である。実験フローファイルは、図３で示した各実験手法に対して、１つ作成されるもので、ルートノード＜ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔＦｌｏｗ＞４０１の属性ｍｅｔｈｏｄＩｄで対応づけられている。＜ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔＦｌｏｗ＞４０１は、実験手法の説明が記述されている＜ｃｏｍｍｅｎｔ＞４０２の要素、実験で用いる試薬の内容が記述されている＜ｍａｔｅｒｉａｌｓ＞４０３の要素、実験で用いる機器や道具が記述されている＜ｅｑｕｉｐｍｅｎｔｓ＞４０４の要素、実験手法の流れが記述されている＜ｍｅｔｈｏｄｓ＞４０５の要素、そしてこの実験手法を用いたときに論文に書く文章としてのテンプレートを＜ｔｅｍｐｌａｔｅ＞４０７の要素で表されている。＜ｍａｔｅｒｉａｌｓ＞４０３では、１つ１つの試薬が＜ｍａｔｅｒｉａｌ＞４０３の要素として表され、試薬の名前が属性ｎａｍｅで表されている。そして、試薬に必要な材料は＜ｍａｔｅｒｉａｌｓ＞４０３の要素を＜ｉｎｇｒｅｄｉｅｎｔ＞要素で表し、その材料の名前や量はｎａｍｅおよびａｍｏｕｎｔ属性で表している。ｒｅｆＩｄ属性は、ａｍｏｕｎｔの情報を論文に用いるときの識別子である。＜ｅｑｕｉｐｍｅｎｔｓ＞４０４の要素には、実験に用いる道具類・器具類を＜ｅｑｕｉｐｍｅｎｔ＞要素で表し、その名前をｎａｍｅ属性で表している。＜ｍｅｔｈｏｄｓ＞４０５の要素には、実験の単位（まとまり）を表す複数の＜ｓｅｃｔｉｏｎ＞４０６の要素からなる。＜ｓｅｃｔｉｏｎ＞４０６の要素には、実験のタイトルをｎａｍｅ属性で表し、実験の内容やコメントをｃｏｍｍｅｎｔ属性で表すとする。実験の各実験ステップは＜ｓｔｅｐ＞要素で表し、実験の順番をｓｔｅｐＮｏ属性で表す。＜ｓｔｅｐ＞要素の中身に実際の実験手順を記述する。ここで文中に現れる［ｖａｌ ｒｅｆＩｄ＝“＊” ｄｅｆａｕｌｔ＝“○”］というのは、あとでこの情報を論文で用いるときの識別である。実験手順の初期表示では、ｄｅｆａｕｌｔで示される値を表示し、研究者が実験条件に合わせて変更できるようにしている。

最後の＜ｔｅｍｐｌａｔｅ＞４０７の要素は、論文の項目のタイトルを表す＜ｔｉｔｌｅ＞要素と、文章の素案を表す＜ｓｅｎｔｅｎｃｅ＞要素からなるとする。＜ｓｅｎｔｅｎｃｅ＞要素に、この実験手法を用いたときの論文の文章案が入るが、［ｒｅｆＩｄ＝“＊”］という記述が現れたときは、対応するｒｅｆＩｄの数値をここに入れて文章を作成する。

以上のような実験フローファイルは、実験フロー処理部２１１で対応するタグ名に従って処理が行われる。

＜参照論文ファイルの例＞
図５は、論文記録部２０２に格納されている参照論文ファイルの一例を示す図である。ルートタグである＜ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ＞５０１は、どの実験に関連しているかを示すｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔＩｄ属性、および、どの論文誌の論文かを示すｐａｐｅｒＩｄ属性を有している。また、＜ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ＞５０１の要素には、論文のタイトルを表す＜ｔｉｔｌｅ＞５０２、および、論文の文章内容を表す＜ｓｅｎｔｅｎｃｅ＞５０３が含まれる。なお、自作の論文についてはｐａｐｅｒＩｄを特別な値（たとえば０）としておく。

以上のような参照論文ファイルは、論文作成・表示処理部２１４および類似論文検索処理部２１５で対応するタグ名に従って処理が行われる。

＜解析プログラムの例＞
図６は、解析プログラム部２０４に格納されている解析プログラムファイルの一例を示す図である。ルートノードである＜ａｎａｌｙｓｉｓ＞６０１には解析プログラムを一意に識別するａｎａｌｙｓｉｓＩｄ属性、解析プログラム名を示すｎａｍｅ属性がある。＜ａｎａｌｙｓｉｓ＞６０１の要素には、実際の解析プログラムが位置している場所を示す＜ｌｏｃａｔｉｏｎ＞６０２の要素と、解析プログラムに与えるパラメータを示す＜ｐａｒａｍｅｔｅｒｓ＞６０３の要素が含まれる。＜ｌｏｃａｔｉｏｎ＞６０２の要素は、それがＰＣ内に格納されたものか、Ｗｅｂ上のアプリケーションなのかを表すｉｓＷｅｂＡｐｐ属性をもち、これがｆａｌｓｅのときはローカルのＰＣ内に格納されたプログラムであるとする。＜ｐａｒａｍｅｔｅｒｓ＞６０３の属性は、プログラムに与えるパラメータの一つ一つを表す＜ｐａｒａｍ＞要素からなる。＜ｐａｒａｍ＞要素には、属性として入力画面に表記する文字ｐｒｏｍｐｔと、入力データのデータ型ｔｙｐｅと、プログラムに与えるときの引数オプションａｒｇと、初期状態で入力される値ｄｅｆａｕｌｔとが含まれる。

また、システムが決める値については、ｄｅｆａｕｌｔに予約語を入れる。図６の例の中では、出力ファイルの名前として「ＯＵＴＦＩＬＥ」が予約語になっている。これは本システムが解析結果を保存し、ファイル名をもとに後でシステムが解析結果を表示するための情報であり、ユーザは出力ファイル名を意識する必要が無いためである。このような予約語としては、他にも、入力配列がＤＮＡ配列であるかアミノ酸であるかを識別するフラグ、入力配列のフォーマット名などがある（どの情報もユーザが意識する必要はなく、システムが解析実行時に分かっている情報である）。

以上のような解析プログラムファイルは、解析プログラム処理部２１２で対応するタグ名に従って処理が行われる。

＜プログラム入力結果の例＞
図７は、実際にシステムがプログラムを実行するときのコマンドの例を示す図である。具体的には、図６の解析プログラムファイルの情報（解析プログラムの位置、引数）を用いて、図７のように実行する。ここで「ｏｕｔｐｕｔ．ｔｘｔ」というのは、出力ファイルの予約語「ＯＵＴＦＩＬＥ」が解析プログラムファイル内に記述されていたので、システムが実行時に付与した出力ファイル名である。

＜ＷＥＢアプリケーションによる解析プログラムの例＞
図８は、解析プログラムファイルのうち、解析Ｗｅｂサービス提供サーバ２０９のようなネットワーク上のプログラムを用いる場合を示したものである。

図６の解析プログラムファイルと異なる点は、＜ｌｏｃａｔｉｏｎ＞の要素においてｉｓＷｅｂＡｐｐ属性をｔｒｕｅとし、内容をＷｅｂページのＵＲＬとしていることである。本システムでこの解析プログラムを実行するときは、このＵＲＬで指定されたＷｅｂページがそのまま表示され、解析結果は＜ｐａｒａｍ＞で指定された場所に保存されるものとする。この解析プログラムファイルは、解析プログラム処理部２１２で対応するタグ名に従って処理が行われる。

＜実験結果のファイルの例＞
図９は、実験結果格納部２０３に格納されている実験結果ファイルの一例を示す図である。ルートノードである＜ｒｅｓｕｌｔ＞９０１には解析結果を一意に示すｒｅｓｕｌｔＩｄ属性、および、どのような実験手法から得られた結果なのかを示すｍｅｔｈｏｄＩｄ属性を持つ。同じ実験プロトコールを用いてもｒｅｓｕｌｔＩｄが異なるものであれば、違う実験から得られたものであるとする。

また、＜ｒｅｓｕｌｔ＞９０１の要素として、＜ｒｅｆｅｒｅｎｃｅｓ＞９０２、＜ｃｏｍｍｅｎｔ＞９０３、＜ａｎａｌｙｓｉｓ＞９０３が含まれている。＜ｒｅｆｅｒｅｎｃｅｓ＞９０２の要素は、実験フローにおいてｒｅｆＩｄに対応するデータを集めたもので、それらは＜ｒｅｆ＞タグとｒｅｆＩｄ属性によって管理される。

さらに、＜ｃｏｍｍｅｎｔ＞９０３の要素は、各実験ステップでコメントを残したときに、そのコメントデータを保存したファイルへのパスを記録するもので、＜ｓｔｅｐ＞タグとｓｔｅｐＮｏ属性によって管理される。

また、＜ａｎａｌｙｓｉｓ＞９０４の要素は、各実験ステップで解析を実行したときに、解析結果を保存したファイルへのパスを記録するもので、これも＜ｓｔｅｐ＞タグとｓｔｅｐＮｏ属性によって管理される。

以上のような実験結果ファイルは、実験フロー処理部２１１で対応するタグ名に従って処理が行われる。

＜論作成支援処理＞
図１０及び１１は、実験フローに沿って実験を行い、実験手順や実験結果の情報を用いて論文作成支援をする処理を説明するためのフローチャートである。

まず、実験フロー処理部２１１は、実験フロー部２０１に格納されている図３で示した実験リストファイルを読み込み、実験フローの一覧（図１２）を表示装置２０５に表示する（ステップＳ１００１）。表示される項目としては、実験名を表す実験リストファイルの＜ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔ＞要素の子要素の＜ｎａｍｅ＞や、実験手法名を表す＜ｍｅｔｈｏｄ＞要素の子要素の＜ｎａｍｅ＞などである。この一覧の中から、ユーザの指示に従って、実験フロー処理部２１１は、これから実行する実験フローの１つを選択する（ステップＳ１００２）。

次に、実験フロー処理部２１１は、ステップＳ１００２で選択された実験フローのｍｅｔｈｏｄＩｄに対して、それと同じｍｅｔｈｏｄＩｄ属性を持つ図４の実験フローファイルを表示装置２０５に詳細に表示する（ステップＳ１００３）。すなわち、＜ｃｏｍｍｅｎｔ＞要素の内容や、＜ｍａｔｅｒｉａｌｓ＞にある材料の内容、＜ｅｑｕｉｐｍｅｎｔｓ＞にある実験器具、＜ｍｅｔｈｏｄｓ＞にある実験手順が表示される。ここで、実験フロー処理部２１１は、図１３に示されるように、各実験ステップに対して、コメントを入力するための［コメント］ボタン１３０２、表やグラフなどを入力する［表］ボタン１３０８、図や画像を入力する［図］ボタン１３０９、解析を実行するための［解析］ボタン１３０３を配置する。また、実験フロー処理部２１１は、実験フローファイルのｍａｔｅｒｉａｌｓ要素やｍｅｔｈｏｄｓ要素でｒｅｆＩｄがついた項目については、それをテキストボックスなど編集可能な形で表示し、そこにｄｅｆａｕｌｔ属性の値を入れる（ステップＳ１００３）。

続いて、試薬類（実験フローファイルのｍａｔｅｒｉａｌｓの内容）の材料を用いてユーザにより試薬が作成される。ここで、材料等に量の変更があれば、実験フロー処理部２１１は、その変更点を実験フローの内容に反映するために編集処理を実行する（ステップＳ１００４）。

全ての試薬が作成されたところで、一番目の実験ステップに対する実験が開始される（ステップＳ１００５）。ここで、実験手順のｒｅｆＩｄが入った箇所ではテキストボックスなど編集可能な形になっているが、量・時間など実験条件が変わった場合、実験フロー処理部２１１は、変更された条件を書き換える（ステップＳ１００５）。

実験終了後、実験結果やメモをユーザが残したい場合、ユーザによって実験ステップのコメントボタン１３０２が押される。また、表やグラフを入力したい場合、ユーザによって表ボタン１３０８が押される。さらに、実験で得られた図や画像を挿入したい場合、ユーザによって図ボタン１３０９が押される。実験フロー処理部２１１は、これらのボタンのいずれかが押されたかを判断する（ステップＳ１００６）。

押された場合、コメント入力実行部２１６、表データ入力実行部２１７及び図データ入力実行部２１８は、それぞれ対応する入力インタフェース（図１４、１８及び１９）を表示装置２０５に表示する。そして、ユーザにより実験で得られた絵やグラフ、あるいは実験でのメモが入力・編集される。入力が終われば、実験フロー処理部は、それを実験ステップの傍に表示する。ステップＳ１００６において、いずれのボタンも押下されなかった場合は、これらの処理（ステップＳ１００６乃至Ｓ１００８）はスキップされ、処理はステップＳ１００９に移行する。

解析プログラムを用いてバイオインフォマティクス解析が行われる場合には、ユーザによって実験ステップの解析ボタン１３０３が押される。そこで、実験フロー処理部２１１は、解析ボタン１３０３が押されたか否か判断する（ステップＳ１００９）。解析ボタンが押されると、解析プログラム処理部２１２は、解析インタフェース（図１５）を表示装置２０５に表示する（ステップＳ１０１０）。そして、解析インタフェースから関連する解析プログラムがユーザにより選択される。解析プログラム処理部２１２は、選択された解析プログラムに対する解析プログラムファイル（図６参照）を読み込み、解析プログラムのパラメータ入力画面を解析インタフェースに表示する（ステップＳ１０１１）。ここで、解析プログラムファイルの＜ｌｏｃａｔｉｏｎ＞要素のｉｓＷｅｂＡｐｐ属性がｔｒｕｅのときは解析プログラム処理部２１２は、ｌｏｃａｔｉｏｎにあるＵＲＬに対応するＷｅｂページを解析インタフェースに表示し、ｉｓＷｅｂＡｐｐ属性がｆａｌｓｅのときはｐａｒａｍ要素のｐｒｏｍｐｔ属性を用いて入力画面を作成する。解析プログラム処理部２１２がユーザによって解析パラメータが入力され、実行ボタンが押されたことを検知すると、解析を実行する（ステップＳ１０１２）。そして、実験フロー処理部２１１は、解析プログラム処理部２１２による解析結果を実験ステップの傍に表示する（ステップＳ１０１３）。なお、解析ボタンが押されなかった場合は、これらの処理（ステップＳ１００９乃至Ｓ１０１３）はスキップされ、処理はステップＳ１１０１に移行する。

続いて、実験フロー処理部２１１は、今回の実験が最後の実験ステップか否か判断する（ステップＳ１１０１）。今回の実験が最後の実験ステップでは無い場合、次の実験ステップの実験が行われ、実験フロー処理部２１１は、ステップＳ１００５と同様に、実験手順のｒｅｆＩｄが入った箇所で実験条件に変更があった場合は、この値を書き換える（ステップＳ１１０２）。そして、処理はステップＳ１００６に戻る。

一方、ステップＳ１１０１において最後の実験ステップの実験が終了したと判断された場合には、実験フロー処理部２１１は、ユーザによる論文自動作成ボタン１３０７の押下を検知する（ステップＳ１１０３）。すると、論文作成・表示処理部２１４は、実験フローでの実験結果を保存するために、実験結果ファイルを新規作成し、ｒｅｆＩｄに対応する全てのデータを実験結果ファイル（実験結果格納部２０３）に登録する（ステップＳ１１０４）。次に、論文作成・表示処理部２１４は、実験フローファイルの＜ｔｅｍｐｌａｔｅ＞にｒｅｆＩｄで参照されるデータを埋め込んで論文の文章を作成し、表示装置２０５に表示しステップＳ１１０５）、さらに、コメントや解析結果も参考図として表示する（ステップＳ１１０６）。

次に、ユーザによって、一旦作成された論文に対する編集が行われる。編集の参考として、関連論文を表示するときは、論文作成・表示処理部２１４は、関連論文検索の指示を検知する（ステップＳ１１０７）。そして、ユーザによって、研究分野、論文誌、過去に書いた論文などが検索条件として指定され、類似論文検索処理部２１５が論文記録部２０２にある参照論文ファイルから、検索条件に合致する論文をｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔＩｄ、ｐａｐｅｒＩｄ等により見つける。さらに、論文作成・表示処理部２１４は、検索された論文の内容を表示装置２０５に表示する（ステップＳ１１０８）。

論文作成・表示処理部２１４は、論文推敲のためのユーザによる入力及び編集を作成された論文に反映する（ステップＳ１１０９）。また、論文作成・表示処理部２１４は、ユーザによる「論文を保存」ボタンの押下に対応して、推敲した論文に関する参照論文ファイル（図５参照）を新規に作成し、論文記録部２０２に登録する（ステップＳ１１１０）。

＜論文作成支援システム初期画面の例＞
図１２は、論文作成支援システム２００の初期画面の画面例を示す図である。この画面は、上述のように、ステップＳ１００１において表示される。図１２に示されるように、表示画面には実験内容（「プラスミドＤＮＡ単離」など）と実験手法（「アルカリＳＤＳ法」など）が表示され、実験手法がラジオボタンで選択可能なようになっている。そして、ユーザによって実験手法の１つが選択され、実験フロー表示ボタン１２０１が押下されることで実験フローの詳細（図１３）が表示される。

＜実験フロー表示画面例＞
図１３は、実験フローを表示している画面例を示す図である。この画面は、ステップＳ１００３において表示される。実験フローの表示画面には、実験内容・試薬類（ｍａｔｅｒｉａｌｓに相当）・器具類（ｅｑｕｉｐｍｅｎｔｓに相当）・方法（ｍｅｔｈｏｄｓに相当）を表示する。また、テキストボックス１３０１に示すように、ｒｅｆＩｄがある箇所はテキストボックスなどで編集可能な形になっていて、ユーザにより実験条件を変更させることができるようになっている。

また、それぞれの実験ステップには、コメントボタン１３０２、表ボタン１３０８、図ボタン１３０９、解析ボタン１３０３を配置しており、これらのボタンが押下されるとコメントや表・図の入力や解析の実行を行う。入力されたコメントは、１３０４のように実験ステップの近くに表示される。同様に、入力された図や画像は１３１０のように、グラフは１３１１のように、実験ステップの近くに表示される。解析結果も１３０５のように実験ステップの近くに表示される。

さらに、この実験手法が、ユーザの望むものでなかった場合、「実験リストへ戻る」ボタン１３０６が押下されることにより、画面表示は図１２の画面に戻るようになっている。全ての実験が終了した場合、論文自動作成ボタン１３０７がユーザにより押されると、画面表示は論文文章編集画面に移行する。

＜コメント入力ダイアログの例＞
図１４は、図１３のコメントボタン１３０２が押下されたときに現れるコメント入力ダイアログ（インターフェース）の例を示す図である。このダイアログは、ステップＳ１００７において表示される。このダイアログを用いることにより、テキストの入力・編集・文字色やフォントの変更などが可能となる。

なお、「コメントの挿入」ボタン１４０１が押されると、ここに入力されたコメントが図１３の１３０４のように実験ステップの近くに表示される。

＜表入力ダイアログの例＞
図１８は、図１３の表ボタン１３０８が押下されたときに現れる表入力ダイアログ（インターフェース）の例を示す図である。このダイアログも、ステップＳ１００７において表示される。このダイアログを用いることにより、表データの入力・編集ができ、さらに表データをもとにして様々な形式のグラフを作成ができるようになる。

なお、「表・グラフの挿入」ボタン１８０１が押されると、ここに入力された表やグラフデータが図１３の１３１１のように実験ステップの近くに表示される。

＜図入力ダイアログの例＞
図１９は、図１３の図ボタン１３０９が押下されたときに現れる図入力ダイアログ（インターフェース）の例を示す図である。このダイアログも、ステップＳ１００７において表示される。このダイアログを用いることにより、描画オブジェクトを組み合わせた図の作成や、画像ファイルの挿入・編集ができるようになる。

なお、「図の挿入」ボタン１９０１が押されると、ここに入力された表やグラフデータが図１３の１３１０のように実験ステップの近くに表示される。

＜解析実行ダイアログの例＞
図１５は、図１３の解析ボタン１３０３を押下したときに現れる解析実行ダイアログの例を示す図である。このダイアログは、ステップＳ１０１０において表示される。解析プログラムの選択メニュー１５０１が選択されると、解析プログラム部２０４に格納された解析プログラムの一覧が表示され、ユーザによる所望の解析プログラムの選択が可能になる。所望の解析プログラムが選択されると、選択に対応する解析プログラムファイルから表示画面領域へパラメータ入力インタフェースが作成される。なお、図１５は、プログラム「Ｄｅｓｉｇｎ Ｐｒｉｍｅｒ」の解析入力インタフェースの表示を行った状況を示している。

パラメータが入力されて実行ボタン１５０２が押されると、解析プログラムしたがった解析が実行され、図１３の１３０５に示すとおり、結果が実験ステップの近くに表示される。

＜論文文章編集画面の例＞
図１６は、図１３の論文自動作成ボタン１３０７が押下されたときに表示する論文文章編集画面の例を示す図である。この画面は、ステップＳ１１０５及びＳ１１０６において表示される。

表示画面領域１６０１には、実験情報に従って作成した論文の文章案１６０６がテキストボックスの中に示されている。また、参考図として実験結果に対するコメント・表・図や解析結果が表示される（図１６では画像１３１０および解析結果１３０５のみを表示）。

また、下の表示画面領域１６０２には、関連論文検索の検索画面が表示される。このペイン（枠）から、関連分野・論文誌・過去に書いた論文がユーザにより指定される（チェックボックスにチェックが入れられる）。分野または論文誌にチェックが入れられたときは、プルダウンメニューから検索対象の分野や論文誌が選択される。「分野から検索」横のプルダウンメニューでは実験手法の一覧がメニュー化されているが、今回用いた実験フローファイルのｍｅｔｈｏｄＩｄを参照し、ここに同じ実験手法名を予め選択させておく利用形態もある。

検索条件が設定され検索ボタン１６０３が押下されると、論文検索が実行される。なお、「実験フロー表示に戻る」ボタン１６０４を押すことにより、図１３の画面に戻ることも可能である。

そして、論文の推敲が終了し、「論文を保存」ボタン１６０５ボタンが押されると、推敲された論文が論文記録部２０２に保存される。

図１７は、図１６の論文文章編集画面において、関連論文の検索ボタン１６０３が押下されたときの表示画面の例を示す図である。下の表示画面領域１７００には、検索結果が表示されており、具体的にはヒットした論文の分野、論文誌および論文の内容が表示される。

なお、図１７では検索に合致する論文が１６報存在し、そのうちの１番目を表示している例が示されている。「前へ」ボタン１７０１および「次へ」ボタン１７０２によって、前のまたは次の検索結果の論文を表示することができる。ユーザは、表示される論文の内容をみて、論文誌の特徴や類似分野における書き方を参考にしながら、テキストボックス１７０４にある論文の文章案を編集することが出来る。

また、検索をやり直すボタン１７０３が押されると、画面表示は、図１６の画面に戻り、ユーザにより検索条件を変更されて再度検索を行うことができるようになっている。

＜まとめ＞
本実施形態では、実験に用いる材料と実験器具と実験手法の情報を含む実験フローファイルが複数、実験フロー部に格納されている。実験は、複数の実験フローファイルのうち、選択された実験フローファイルに示される実験フローに従って実行される。そして、実験結果は実験結果格納部に格納される。また、ユーザが実験結果を解析したい場合には、解析指示を入力し、それに応答して、選択された解析プログラムに従って実験結果が解析され、解析結果が得られる。また、実験フローファイルに含まれる実験材料や器具や手法といった情報が論文テンプレートに反映され、論文の文章案が作成される。さらに、実験結果データと解析結果と文章案とを図１６のようなフォーマットに従って、画面上に表示される。この表示が論文作成支援画面となり、ユーザの論文作成を補助するものとなる。このようにすることにより、実験フローに整合した論文の文章案を自動的に作成し、さらには実験結果やその解析結果が論文の所定のフォーマットに反映されうるので、ユーザとしては容易に論文を作成することができるようになる。

また、論文作成支援画面は、所定のフォーマットとして、関連論文を検索するための論文検索領域（図１６の１６０２参照）を有する。この場合、論文検索領域に入力された検索条件に従って関連論文を、複数の論文を格納する論文記録部（論文格納部）から検索し、その検索結果が、論文作成支援画面に反映される。このようにすることにより、ユーザは、論文作成支援画面上で関連論文を検索することができ、その関連論文に含まれる文章を参照して、必要に応じて、一旦作成した論文の文章案を修正したり、文章や単語を追加することができるようになる。また、ユーザは同じ研究分野の論文を検索すれば、同じ研究分野の書き方を意識して論文の推敲を行うことができる。さらに、ユーザは特定の論文誌の論文を検索すれば、それを基に論文誌特有の書き方を意識して論文を推敲できる。また、過去に自分が書いた論文を検索すれば、過去に自分がどのような表現を用いたかを参照して論文を推敲できる。

そして、文章の編集や推敲がなされれば、最終的に、新規な論文ファイルとして登録することができるようになっている。また、ユーザの操作（指示入力）に従って、実験フロー及び／又は実験結果データに対するコメントや実験に関連する図及び／又は表を入力することができ、このコメントや図／表が論文作成支援画面表示に反映される。このように、論文作成に必要な工程を自動化することができるので、ユーザにとっては論文作成という実験や理論構成とは別に心理的に負担の大きい作業を簡略化することができる。

なお、実験の過程において、ユーザは例えばバイオインフォマティクス解析を行い、この解析結果を実験結果と共に格納しておき、論文作成に反映することもできる。

以上説明した本発明は、実施形態の機能を実現するソフトウェアのプログラムコードによっても実現できる。この場合、プログラムコードを記録した記憶媒体をシステム或は装置に提供し、そのシステム或は装置のコンピュータ（又はＣＰＵやＭＰＵ）が記憶媒体に格納されたプログラムコードを読み出す。この場合、記憶媒体から読み出されたプログラムコード自体が前述した実施形態の機能を実現することになり、そのプログラムコード自体、及びそれを記憶した記憶媒体は本発明を構成することになる。このようなプログラムコードを供給するための記憶媒体としては、例えば、フロッピィ（登録商標）ディスク、ＣＤ−ＲＯＭ、ＤＶＤ−ＲＯＭ、ハードディスク、光ディスク、光磁気ディスク、ＣＤ−Ｒ、磁気テープ、不揮発性のメモリカード、ＲＯＭなどが用いられる。

また、プログラムコードの指示に基づき、コンピュータ上で稼動しているＯＳ（オペレーティングシステム）などが実際の処理の一部又は全部を行い、その処理によって前述した実施の形態の機能が実現されるようにしてもよい。さらに、記憶媒体から読み出されたプログラムコードが、コンピュータ上のメモリに書きこまれた後、そのプログラムコードの指示に基づき、コンピュータのＣＰＵなどが実際の処理の一部又は全部を行い、その処理によって前述した実施の形態の機能が実現されるようにしてもよい。

また、実施の形態の機能を実現するソフトウェアのプログラムコードがネットワークを介して配信されることにより、システム又は装置のハードディスクやメモリ等の記憶手段又はＣＤ-ＲＷ、ＣＤ-Ｒ等の記憶媒体に格納され、そのシステム又は装置のコンピュータ(又はＣＰＵやＭＰＵ)が当該記憶手段や当該記憶媒体に格納されたプログラムコードを読み出して実行することによって達成されるようにしてもよい。

生命科学関連のソフトウェアには、Ｗｅｂ上のＣＧＩで提供されているものと、バイナリもしくはソースプログラムとして配布されているものの２種類があるが、どちらへのアクセスもシームレスに扱えるようにＷｅｂ及びＣＧＩと本システムとの連携をとることができる。

更に、各ソフトウェアによってそれぞれの動作環境が異なることがないよう、様々なオペレーティングシステム上で同一の操作感を得られるようなソフトウェアとして開発することができる。

本システムを使った実験から論文作成に至る流れを概説するための図である。 本発明の実施の形態に係る実験管理および論文作成支援システムの概略構成を示す図である。 実験リストファイルのデータ構造の一例を示す図である。 実験フローファイルのデータ構造の一例を示す図である。 参照論文ファイルのデータ構造の一例を示す図である。 ローカルの解析プログラムを用いるときの解析プログラムファイルのデータ構造の一例を示す図である。 プログラムの入力結果の一例を示す図である。 Ｗｅｂ上のプログラムを用いるときの解析プログラムファイルのデータ構造の一例を示す図である。 実験結果ファイルのデータ構造の一例を示す図である。 実験を行い、論文を作成するときの処理を説明するためのフローチャート（前半）である。 実験を行い、論文を作成するときの処理を説明するためのフローチャート（後半）である。 本システムの初期画面を示す図である。 実験フロー表示の画面を示す図である。 コメント入力ダイアログの画面を示す図である。 解析実行ダイアログの画面を示す図である。 論文文章編集画面で、類似論文検索を実行するときの画面を示す図である。 論文文章編集画面で、類似論文の結果を表示している画面を示す図である。 表入力ダイアログの画面を示す図である。 図入力ダイアログの画面を示す図である。

符号の説明

２００…論文作成支援システム
２０１…実験フロー部
２０２…論文記録部
２０３…実験結果格納部
２０４…解析プログラム部
２０５…表示装置
２０６…キーボード
２０７…マウス
２０８…通信制御装置
２０９…解析Ｗｅｂサービス提供サーバ
２１０…中央処理装置
２１１…実験フロー処理部
２１２…解析プログラム処理部
２１３…実験情報入力処理部
２１４…論文作成・表示処理部
２１５…類似論文検索処理部
２１６…コメント入力実行部
２１７…表データ入力実行部
２１８…図データ入力実行部
１２０１…選択した実験フローを詳細表示するボタン
１３０１…実験条件入力テキストボックス
１３０２…コメント入力ダイアログ起動ボタン
１３０３…解析ダイアログ起動ボタン
１３０４…入力された実験結果またはコメント
１３０５…解析結果
１３０６…実験リストに戻るボタン
１３０７…論文自動作成ボタン
１３０８…表入力ダイアログ起動ボタン
１３０９…図入力ダイアログ起動ボタン
１４０１…コメントの挿入ボタン
１５０１…解析プログラムの選択メニュー
１５０２…解析プログラムの実行ボタン
１６０１…論文の文章案表示の表示画面領域
１６０２…関連論文検索に関する表示画面領域
１６０３…関連論文検索実行ボタン
１６０４…実験フロー表示に戻るボタン
１６０５…論文を保存するボタン
１６０６…論文の文章案テキストボックス
１７００…関連論文表示の表示画面領域
１７０１…前の検索結果の論文を表示するボタン
１７０２…次の検索結果の論文を表示するボタン
１７０３…類似論文検索をやり直すボタン
１７０４…論文の文章案テキストボックス
１８０１…表・グラフの挿入ボタン
１９０１…図の挿入ボタン

Claims (10)

1. 実験結果からの論文作成を支援する論文作成支援システムであって、
   実験に用いる材料と実験器具と実験手法の情報を含む所定の実験フロー情報に基づいて実行されて得られた実験結果データを格納する実験結果格納部と、
   前記実験結果格納部から前記実験結果データを読み出して、前記実験結果データを解析して解析結果を生成する解析処理部と、
   前記所定の実験フロー情報を論文テンプレートに反映させて論文の文章案を作成する文章案作成部と、
   前記実験結果データと前記解析結果と前記文章案とを所定のフォーマットに従って、表示装置の画面に表示する論文作成支援画面表示処理部と、
   を備えることを特徴とする論文作成支援システム。
2. 前記所定のフォーマットは関連論文を検索するための論文検索領域を有し、
   さらに、前記論文検索領域に入力された検索条件に従って関連論文を、複数の論文を格納する論文格納部から検索する関連論文検索処理部を備え、
   前記論文作成支援画面表示処理部は、前記論文検索領域に前記関連論文検索処理部による検索結果を表示することを特徴とする請求項１に記載の論文作成支援システム。
3. さらに、前記表示装置の画面に表示された前記文章案を、入力された指示に基づいて編集する編集処理部を備え、
   前記論文作成支援画面表示処理部は、前記編集処理部によって編集された文章案を前記所定フォーマット上に反映することを特徴とする請求項１又は２に記載の論文作成支援システム。
4. さらに、入力された指示に従って、前記画面に表示された前記実験結果データと前記解析結果と前記文章案を含む論文ファイルを、新規の論文ファイルとして論文格納部に登録する作成論文登録部を備えることを特徴とする請求項１乃至３の何れか１項に記載の論文作成支援システム。
5. さらに、指示に従って、前記所定の実験フロー及び／又は前記実験結果データに対するコメントを入力するコメント入力処理部を備え、
   前記論文作成支援画面表示処理部は、前記入力されたコメントを前記所定のフォーマット上に反映することを特徴とする請求項１乃至４の何れか１項に記載の論文作成支援システム。
6. さらに、指示に従って、前記実験に関連する図及び／又は表を入力する関連情報入力部を備え、
   前記論文作成支援画面表示部は、前記入力された図及び／又は表を前記所定のフォーマット上に反映することを特徴とする請求項１乃至５の何れか１項に記載の論文作成支援システム。
7. 前記論文格納部は、過去に書かれた論文、研究に関する論文、自分で書いた論文などを格納し、
   前記関連論文検索処理部は、前記論文格納部の中の論文に対して、研究に関連した論文を検索することを特徴とする請求項２に記載の論文作成支援システム。
8. 前記関連論文検索処理部は、前記実験と同じ研究分野の論文を検索することを特徴とする請求項２又は７に記載の論文作成支援システム。
9. 前記関連論文検索処理部は、特定の論文誌を検索の対象とすることを特徴とする請求項２、７又は８に記載の論文作成支援システム。
10. 前記関連論文検索処理部は、過去に自分が書いた論文を検索の対象とすることを特徴とする請求項２及び７乃至９の何れか１項に記載の論文作成支援システム。

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