JP2004298200A5 - - Google Patents
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- 標的核酸上の特定の塩基における塩基置換の有無を検出する方法であって、
（１）標的核酸を含有する試料とヌクレオチドとを混合する工程：ここで当該ヌクレオチドは、
Ａ）その３’末端が当該末端からのＤＮＡポリメラーゼによる伸長が起こらないように修飾されており、
Ｂ）標的核酸上の前記特定の塩基を含有する領域にアニーリングしうる塩基配列を有しており、
Ｃ）当該ヌクレオチドと標的核酸とから形成される複合体において、前記特定の塩基と該塩基に対応するヌクレオチド上の塩基との間にミスマッチが存在しない場合にはヌクレオチドはヌクレアーゼによる切断を受けず、かつ、前記特定の塩基と該塩基に対応するヌクレオチド上の塩基との間にミスマッチが存在する場合にはヌクレオチドがヌクレアーゼにより切断されて新たな３’末端を生じるような配列を含有しており、
（２）前記混合物をヌクレアーゼ、およびＤＮＡポリメラーゼで処理する工程：および
（３）ヌクレアーゼによるヌクレオチドの切断の有無を検出する工程、
を包含することを特徴とする塩基置換の検出方法。 - ヌクレアーゼとしてミスマッチ特異的ヌクレアーゼが使用される請求項１記載の塩基置換の検出方法。
- ＤＮＡポリメラーゼの作用によって生成する伸長産物の有無によってヌクレオチドの切断が検出される請求項１又は２記載の塩基置換の検出方法。
- ヌクレアーゼの作用によって生成する遊離したヌクレオチドの３’側断片の有無によってヌクレオチドの切断が検出される請求項１〜３のいずれか１項記載の塩基置換の検出方法。
- ヌクレオチドに標識化合物が付加されており、該標識を用いてヌクレオチドの切断が検出される請求項１〜４のいずれか１項記載の塩基置換の検出方法。
- ＤＮＡポリメラーゼの作用によって生成する伸長産物を鋳型とした核酸増幅の工程をさらに包含する請求項１〜５のいずれか１項記載の塩基置換の検出方法。
- 請求項１記載の塩基置換の検出方法に使用されるヌクレオチドであって、
Ａ）その３’末端が当該末端からのＤＮＡポリメラーゼによる伸長が起こらないように修飾されており、
Ｂ）標的核酸上の前記特定の塩基を含有する領域にアニーリングしうる塩基配列を有しており、
Ｃ）当該ヌクレオチドと標的核酸とから形成される複合体において、前記特定の塩基と該塩基に対応するヌクレオチド上の塩基との間にミスマッチが存在しない場合にはヌクレオチドはヌクレアーゼによる切断を受けず、かつ、前記特定の塩基と該塩基に対応するヌクレオチド上の塩基との間にミスマッチが存在する場合にはヌクレオチドがヌクレアーゼにより切断されて新たな３’末端を生じるような配列を含有する、
ことを特徴とするヌクレオチド。 - 請求項１記載の塩基置換の検出方法に使用されるキットであって、下記Ａ）〜Ｃ）記載のヌクレオチドを含有することを特徴とするキット：
Ａ）その３’末端が当該末端からのＤＮＡポリメラーゼによる伸長が起こらないように修飾されており、
Ｂ）標的核酸上の前記特定の塩基を含有する領域にアニーリングしうる塩基配列を有しており、
Ｃ）当該ヌクレオチドと標的核酸とから形成される複合体において、前記特定の塩基と該塩基に対応するヌクレオチド上の塩基との間にミスマッチが存在しない場合にはヌクレオチドはヌクレアーゼによる切断を受けず、かつ、前記特定の塩基と該塩基に対応するヌクレオチド上の塩基との間にミスマッチが存在する場合にはヌクレオチドがヌクレアーゼにより切断されて新たな３’末端を生じるような配列を含有する。 - 請求項１記載の塩基置換の検出方法に使用される反応液であって、下記Ａ）〜Ｃ）記載のヌクレオチドを含有することを特徴とする反応液：
Ａ）その３’末端が当該末端からのＤＮＡポリメラーゼによる伸長が起こらないように修飾されており、
Ｂ）標的核酸上の前記特定の塩基を含有する領域にアニーリングしうる塩基配列を有しており、
Ｃ）当該ヌクレオチドと標的核酸とから形成される複合体において、前記特定の塩基と該塩基に対応するヌクレオチド上の塩基との間にミスマッチが存在しない場合にはヌクレオチドはヌクレアーゼによる切断を受けず、かつ、前記特定の塩基と該塩基に対応するヌクレオチド上の塩基との間にミスマッチが存在する場合にはヌクレオチドがヌクレアーゼにより切断されて新たな３’末端を生じるような配列を含有する。 - 標的核酸上の特定の塩基における塩基置換の有無を検出する方法に使用されるヌクレオチドであって、該方法は以下の工程：
（１）標的核酸を含有する試料とヌクレオチドとを混合する工程：ここで当該ヌクレオチドは、
Ａ）その３’末端が当該末端からのＤＮＡポリメラーゼによる伸長が起こらないように修飾されており、
Ｂ）標的核酸上の前記特定の塩基を含有する領域にアニーリングしうる塩基配列を有しており、
Ｃ）当該ヌクレオチドと標的核酸とから形成される複合体において、前記特定の塩基と該塩基に対応するヌクレオチド上の塩基との間にミスマッチが存在する場合にはヌクレオチドはヌクレアーゼによる切断を受けず、かつ、前記特定の塩基と該塩基に対応するヌクレオチド上の塩基との間にミスマッチが存在しない場合にはヌクレオチドがヌクレアーゼにより切断されて新たな３’末端を生じるような配列を含有しており、
（２）前記混合物をヌクレアーゼ、およびＤＮＡポリメラーゼで処理する工程：および
（３）ヌクレアーゼによるヌクレオチドの切断の有無を検出する工程、
を包含し、ここでヌクレアーゼは制限酵素であり、該ヌクレオチドは前記Ａ）〜Ｃ）の特徴を有し、かつ前記特定の塩基に対応する塩基を含有する領域に制限酵素の認識配列を含有することを特徴とするヌクレオチド。
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