JP2001526914A - Human / regulatory protein - Google Patents
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Abstract
(57)【要約】 本発明は、ヒト・調節タンパク質(HRGP)及びHRGPを特定し、コードするポリヌクレオチドを提供する。また本発明は、発現ベクター、宿主細胞、アゴニスト、抗体、及びアンタゴニストを提供する。また本発明は、HRGPの発現に関連する疾病を診断、処置、及び予防するための方法を提供する。 (57) [Summary] The present invention provides human regulatory proteins (HRGPs) and polynucleotides that identify and encode HRGPs. The present invention also provides expression vectors, host cells, agonists, antibodies, and antagonists. The present invention also provides methods for diagnosing, treating, and preventing a disease associated with HRGP expression.
Description
【0001】 (技術分野) 本発明は、疾病において重要なヒト・調節タンパク質の核酸及びアミノ酸配列
、及び細胞増殖に関連する疾病の診断、予防、処置におけるこれらの配列の使用
法に関するものである。[0001] Technical Field The present invention relates to nucleic acid and amino acid sequences of important human regulatory proteins in disease, and diagnosis of diseases associated with cell proliferation, prevention, it relates to use of these sequences in the treatment.
【0002】 (発明の背景) 細胞の成長及び分化は、細胞の構造的役割又は代謝における役割を果たし、生
物体の発達に関与し、及び細胞の遺伝子発現を変化させることによってそれらの
環境に応答する。細胞の機能は、数千の各遺伝子に起因する発現のタイミングと
量によって調節される。発現の調節は、エネルギーを保存し、中間体、例えば未
翻訳RNA及び不完全な又は不活性のタンパク質の合成及び蓄積を防止するため
に重要である。[0002] Growth and differentiation BACKGROUND OF THE INVENTION cells play a role in structural role or cellular metabolism, response to their environment by changing the involvement in the development of the organism, and cellular gene expression I do. Cell function is regulated by the timing and amount of expression resulting from thousands of genes. Regulation of expression is important to conserve energy and prevent the synthesis and accumulation of intermediates such as untranslated RNA and incomplete or inactive proteins.
【0003】 調節タンパク質分子は、遺伝子の発現の調節に必要不可欠である。これらの分
子は、その細胞又は生物体の様々な誘導機構に応答して各遺伝子又は遺伝子群の
活性を調節し、転写が開始されるか否か、亢進されるか否か、又は抑制されるか
否かを決定することにより転写調節因子として作用し、かつ特定の細胞又は組織
において指令を受けたとき転写物のスプライシングを行う。調節分子は、全ゲノ
ムにわたって分布しているDNAの短いストレッチと相互作用するが、大抵の遺
伝子の発現は、発現される遺伝子のオープンリーディングフレームの内部又は転
写開始部位の近傍で調節される。調節されえるDNAのストレッチは、単一のも
のであって一個のタンパク質のみと相互作用するか、或いは遺伝子発現を調節す
るために複合体の一部として機能する幾つかのタンパク質を必要とし得る。[0003] Regulatory protein molecules are essential for regulating gene expression. These molecules regulate the activity of each gene or group of genes in response to various induction mechanisms of the cell or organism, and whether transcription is initiated, enhanced, or suppressed. By acting as a transcriptional regulator, splicing of the transcript occurs when directed in a particular cell or tissue. Although regulatory molecules interact with short stretches of DNA distributed throughout the genome, most gene expression is regulated within the open reading frame of the expressed gene or near the transcription start site. Stretches of DNA that can be regulated may be single and interact with only one protein, or may require several proteins to function as part of a complex to regulate gene expression.
【0004】 DNAの二重らせん構造及び反復配列は、調節分子によって認識され得る外部
の特徴的部分を形成する。これらの外部の特徴的部分としては、水素結合の供与
基及び受容基、疎水性パッチ、主溝及び副溝、及びらせんにおいて個々の曲げを
生じさせる調節性反復配列ストレッチがある。、そのような特徴的部分は、調節
タンパク質が結合するための認識部位となる。一般的に、これらの認識部位は2
0ヌクレオチド未満の長さであるが、複数の部位が互いに隣接し合うことがあり
、それぞれが一個の遺伝子上で調節を与え得る。数百のこれらの認識部位が特定
されてきており、それぞれが、遺伝子調節を行う異なるタンパク質又はタンパク
質複合体によって認識される。[0004] The double helical structure and repeats of DNA form external features that can be recognized by regulatory molecules. These external features include hydrogen bonding donor and acceptor groups, hydrophobic patches, major and minor grooves, and regulatory repeat stretches that cause individual bends in the helix. Such a characteristic portion serves as a recognition site for the binding of a regulatory protein. Generally, these recognition sites are 2
Although less than 0 nucleotides in length, multiple sites may be adjacent to each other, each of which may confer regulation on a single gene. Hundreds of these recognition sites have been identified, each of which is recognized by a different protein or protein complex that performs gene regulation.
【0005】 調節タンパク質分子又は複合体は、オープンリーディングフレーム(ORF)
の第1の翻訳されるエキソンに先行する、上流(5’末端側)の非翻訳領域の特
定のヌクレオチド配列;ORFの多くのエキソンの間に生ずる、イントロン接合
部の特定のヌクレオチド配列;及びORFの後にある、下流(3’末端側)の非
翻訳領域の特定のヌクレオチド配列を認識し、それに結合する。調節分子の表面
の特徴的部分は、二重らせんの表面の特徴的部分に広く相補的である。タンパク
質(群)とらせんとの個々の結合は比較的弱い結合(水素結合、イオン結合、及
び/又は疎水性相互作用)であり得るが、タンパク質とDNAとの間の複数の接
合部によって、高度に特異的で非常に強い相互作用が生ずる。[0005] A regulatory protein molecule or complex is an open reading frame (ORF)
A specific nucleotide sequence of the upstream (5 'end) untranslated region preceding the first translated exon of the ORF; a specific nucleotide sequence of an intron junction that occurs between many exons of the ORF; Recognizes and binds to a particular nucleotide sequence in the downstream (3 'end) untranslated region. The surface features of the regulatory molecule are broadly complementary to the surface features of the double helix. The individual bonds between the protein (s) and the helix can be relatively weak bonds (hydrogen bonds, ionic bonds, and / or hydrophobic interactions), but due to the multiple junctions between the protein and DNA, A very strong interaction occurs.
【0006】 調節分子のファミリー 多くの調節分子は、αヘリックス又はβシートの何れかを含むDNA結合構造
モチーフを込み込んでおり、DNAの主溝に結合する。調節分子に共通の7種の
構造モチーフは、ヘリックス・ターン・ヘリックス構造、ホメオドメイン、ジン
クフィンガー、ステロイド受容体、βシート、ロイシンジッパー、及びヘリック
ス・ループ・ヘリックス(HLH)構造である。 Family of Regulatory Molecules Many regulatory molecules incorporate DNA binding structural motifs containing either an α-helix or a β-sheet and bind to the major groove of DNA. The seven structural motifs common to regulatory molecules are the helix-turn-helix structure, homeodomain, zinc finger, steroid receptor, β-sheet, leucine zipper, and helix-loop-helix (HLH) structure.
【0007】 ヘリックス・ターン・ヘリックスモチーフは、一定の角度をなすように短いア
ミノ酸の鎖で結合された2つのαヘリックスから構築される。より多く存在する
カルボキシ末端ヘリックスは認識ヘリックスである。これは、DNAの主溝に適
合するからである。このヘリックスのアミノ酸側鎖は、該タンパク質が結合する
特定のDNA配列を認識する。他の部分の構造は、このモチーフを有する調節タ
ンパク質の間で多種多様に異なっている。ヘリックス・ターン・ヘリックス構造
は、タンパク質の他の部分が無いと安定せず、安定性を付与する他のペプチド領
域が無いとDNAに結合しない。他のペプチド領域もDNAと相互作用し、この
ためヘリックス・ターン・ヘリックス構造が認識できる独特の配列の数が増加す
る。The helix-turn-helix motif is constructed from two α-helices connected by a short chain of amino acids at a certain angle. The more abundant carboxy-terminal helix is the recognition helix. This is because it fits into the main groove of DNA. The amino acid side chains of this helix recognize the specific DNA sequence to which the protein binds. The structure of the other parts varies widely between regulatory proteins with this motif. The helix-turn-helix structure is not stable without other parts of the protein and does not bind to DNA without other peptide regions that confer stability. Other peptide regions also interact with the DNA, thereby increasing the number of unique sequences that the helix-turn-helix structure can recognize.
【0008】 多くの配列特異的DNA結合タンパク質は、実際には、対称的な二量体として
、同様に対称的に構成されている2つの非常に類似した半分の部分からなるDN
A配列に結合する。この構造によって、各タンパク質の単量体が、同じようにD
NA認識部位と相互作用できるようになり、かつDNAとの結合部の数が2倍に
なる。このように結合部の数が2倍になることによって、相互作用の自由エネル
ギーが2倍になるだけで、結合親和性が非常に高められる。ヘリックス・ターン
・ヘリックスモチーフが常に結合するDNAは、B−DNAの形態にある。[0008] Many sequence-specific DNA binding proteins are, in fact, symmetrical dimers, consisting of two very similar halves of a DN that are also symmetrically organized.
Binds to the A sequence. This structure allows the monomers of each protein to be similarly D
It becomes possible to interact with the NA recognition site, and the number of binding portions with DNA is doubled. By doubling the number of binding parts in this way, the binding affinity is greatly enhanced only by doubling the free energy of interaction. The DNA to which the helix-turn-helix motif always binds is in the form of B-DNA.
【0009】 ホメオドメインモチーフは、ホメオティックな(相同異質形成の)セレクター
遺伝子によってコードされるヘリックス・ターン・ヘリックス構造の特殊な群の
上に見出される。そのような名称とされているのは、これらの遺伝子によってコ
ードされるタンパク質が、発達のスイッチを調節するからである。例えば、これ
らの遺伝子に変異が生ずると、体の一部が、ショウジョウバエDrosophilaの別の
部分に変換される。これらの遺伝子は、調べられた全ての真核生物において見出
された。異なるホメオドメインのヘリックス・ターン・ヘリックス領域は、必ず
しも配列は同一ではないが、同一の構造によって常に取り囲まれており、該モチ
ーフはDNAに常に同じ形で存在する。このヘリックス・ターン・ヘリックス構
造はそれ自身で安定的で、単離したときも同様にDNAに結合し得る。ホメオド
メインにおけるヘリックスは、通常は、大抵のHLH調節タンパク質におけるヘ
リックスよりも長い。DNAと殆ど直接相互作用するモチーフの部分は、これら
の2つのファミリーの間で異なっている(例えば、Pabo, C.O.及びR.T. Sauer (
1992) Ann. Rev. Biochem. 61:1053-1095参照)。[0009] Homeodomain motifs are found on a special group of helix-turn-helix structures encoded by homeotic (homologous heterogenous) selector genes. It is so named because the proteins encoded by these genes regulate developmental switches. For example, mutations in these genes convert one part of the body to another in Drosophila. These genes were found in all eukaryotes examined. The helix-turn-helix regions of different homeodomains are not always identical in sequence, but are always surrounded by the same structure, and the motif is always present in the same form in DNA. This helix-turn-helix structure is stable by itself and can bind to DNA when isolated as well. The helix in the homeodomain is usually longer than the helix in most HLH regulatory proteins. The portion of the motif that interacts almost directly with DNA differs between these two families (eg, Pabo, CO and RT Sauer (
1992) Ann. Rev. Biochem. 61: 1053-1095).
【0010】 ジンクフィンガーモチーフと呼ばれる第3のモチーフは、タンパク質の重要な
部分に亜鉛分子を組み込んでいる。このファミリーに属するタンパク質は、多く
の場合、配列パターンCys-X2又は4-Cys-X12-His-X3-5-Hisを含む、30残基のジ
ンクフィンガーモチーフの直列型反復配列を有する。これらの調節タンパク質の
それぞれは、αヘリックス及び逆平行βシートを有する。αヘリックスにおける
2個のヒスチジン及びβシートにおけるターンの近傍の2個のシステインは、亜
鉛イオンと相互作用する。この亜鉛イオンは、αヘリックスとβシートとを互い
に近い位置に維持する。DNAとの結合は、αヘリックスに先行するアルギニン
、及びαヘリックスにおける第2、第3、及び第6の残基によって形成される。
ジンクフィンガーの数を変えることによって、結合相互作用の特異性及び強さを
変えることができる。A third motif, called the zinc finger motif, incorporates a zinc molecule into an important part of the protein. Proteins belonging to this family often have a tandem repeat of a 30 residue zinc finger motif, including the sequence pattern Cys-X2 or 4-Cys-X12-His-X3-5-His. Each of these regulatory proteins has an alpha helix and an antiparallel beta sheet. Two histidines in the α-helix and two cysteines near the turn in the β-sheet interact with zinc ions. This zinc ion keeps the α helix and the β sheet close to each other. The bond to DNA is formed by arginine preceding the α-helix and the second, third and sixth residues in the α-helix.
By changing the number of zinc fingers, the specificity and strength of the binding interaction can be changed.
【0011】 ステロイド受容体は、ステロイド、レチノイド、ビタミンD、甲状腺ホルモン
、及び他の重要な化合物のための受容体を含む調節タンパク質のファミリーであ
る。これらのタンパク質のDNA結合ドメインは、約70個の残基を含み、その
なかの8個は保存的システインである。ステロイド受容体モチーフは、互いに直
交し、球形状をなす2本のαヘリックスからなる。各ヘリックスは、そのヘリッ
クスのN末端に対してペプチドループを保持する亜鉛イオンを有する。第1のヘ
リックスは、DNAの主溝に適合し、側鎖がDNAの塩基の縁部に接触する。ス
テロイド受容体タンパク質は、ヘリックス・ターン・ヘリックスのタンパク質と
同様に、DNAに結合する二量体を形成する。各単量体の第2のヘリックスは、
DNAバックボーン部のリン酸基に接合し、これは二量体化の境界部にもなる。
多数の遺伝子の調節のための他の仕組みを作り出す、ヘテロ二量体化のための多
数の選択が存在し得る。[0011] Steroid receptors are a family of regulatory proteins that include receptors for steroids, retinoids, vitamin D, thyroid hormone, and other important compounds. The DNA binding domain of these proteins contains about 70 residues, eight of which are conserved cysteines. The steroid receptor motif consists of two spherical α-helices which are orthogonal to each other and have a spherical shape. Each helix has a zinc ion that holds a peptide loop to the N-terminus of the helix. The first helix fits into the major groove of the DNA, with the side chain contacting the base edges of the DNA. Steroid receptor proteins, like helix-turn-helix proteins, form dimers that bind to DNA. The second helix of each monomer is
It binds to the phosphate group of the DNA backbone, which also serves as a boundary for dimerization.
There may be multiple options for heterodimerization, creating other mechanisms for the regulation of multiple genes.
【0012】 調節タンパク質の別のファミリーは、DNAの主溝に認識において機能を果た
す2本鎖の逆平行βシートからなるモチーフを含む。このモチーフによって認識
される正確なDNA配列は、そこから側鎖が延び、DNAと接合するβシートの
アミノ酸配列によって決まる。2つの真核生物におけるβシートの例では、調節
タンパク質が、DNAに結合したとき四量体を形成する。Another family of regulatory proteins includes a motif consisting of a double-stranded antiparallel β-sheet that functions in recognition in the major groove of DNA. The exact DNA sequence recognized by this motif is determined by the amino acid sequence of the β-sheet from which the side chains extend and join the DNA. In the example of a β-sheet in two eukaryotes, the regulatory protein forms a tetramer when bound to DNA.
【0013】 ロイシンジッパーモチーフは、一般的に二量体を形成し、それぞれ各単量体の
一方に由来する2つのαヘリックスが結合して、短いコイルドコイル構造を形成
する30〜40個の残基を有する。各ヘリックスの一方の側鎖から延びる、多く
の場合7回反復型ロイシン上の疎水性アミノ酸の側鎖の間の相互作用によって、
前記ヘリックスは一体に保持される。この構造の後の部分でヘリックスは分離し
、各塩基性領域(basic region)がDNAの主溝と接合する。このモチーフを備
えたタンパク質は、ホモ二量体かヘテロ二量体の何れかを形成して、発現の調節
のために利用できる特定の組み合わせを延ばすことができる。[0013] The leucine zipper motif generally forms a dimer, with 30 to 40 residues each forming a short coiled-coil structure, in which two α-helices, each derived from one of the monomers, combine. Having. Interactions between the side chains of hydrophobic amino acids, often on the 7-fold leucine, extending from one side chain of each helix,
The helix is held together. In the later part of the structure, the helix separates and each basic region joins the major groove of the DNA. Proteins with this motif can form either homodimers or heterodimers, extending the specific combinations available for regulation of expression.
【0014】 別の重要なモチーフは、ループによって長いαヘリックスに結合された短いα
ヘリックスからなる、ヘリックス・ループ・ヘリックス(HLH)構造である。
前記ループは柔軟性に富み、2つのヘリックスが相互に折り返す形になるように
することができる。前記αヘリックスは、DNAに結合し得るとともに、別のタ
ンパク質のHLH構造にも結合し得る。その第2のタンパク質は、第1のタンパ
ク質、即ちホモ二量体を作り出すタンパク質と同一であるか、若しくは異なった
タンパク質、即ちヘテロ二量体を作り出すタンパク質であり得る。幾つかのHL
H単量体は、DNAに結合するために十分なαヘリックスを有していないが、こ
れらの単量体は、特定の調節タンパク質に影響を与えることができるヘテロ二量
体を形成し得る。Another important motif is the short α linked by a loop to a long α helix
It is a helix-loop-helix (HLH) structure consisting of a helix.
The loop is flexible and allows the two helices to fold back on each other. The α-helix can bind to DNA as well as to the HLH structure of another protein. The second protein may be the same as the first protein, ie, the protein that produces a homodimer, or a different protein, ie, a protein that produces a heterodimer. Some HL
Although H monomers do not have enough α-helices to bind to DNA, these monomers can form heterodimers that can affect certain regulatory proteins.
【0015】 現在までに数百種類の調節タンパク質が特定されてきており、かつより多くの
種類のものが様々な生物体において特性化されている。たいていの調節タンパク
質は、DNAとの接合を媒介する、上述の共通の構造的モチーフの少なくとも1
つを有する。しかし、幾つかの重要な調節タンパク質、例えばp53癌抑制遺伝
子は、他の既知の調節タンパク質とそれらの構造を共有していない。既知のモチ
ーフの変化や新たなモチーフが特性化されてきており、現在も特性化されつつあ
る(例えば、Faisst. S.及びS. Meyer (1992) Nucl. Acids Res. 20: 3-26参照 )。To date, hundreds of regulatory proteins have been identified and more are being characterized in various organisms. Most regulatory proteins have at least one of the aforementioned common structural motifs that mediate conjugation with DNA.
Having one. However, some important regulatory proteins, such as the p53 tumor suppressor gene, do not share their structure with other known regulatory proteins. Changes in known motifs and new motifs have been characterized and are still being characterized (see, for example, Faisst. S. and S. Meyer (1992) Nucl. Acids Res. 20: 3-26). .
【0016】 DNAの調節タンパク質への結合は非常に特異的であるが、特定の調節タンパ
ク質がK都合する正確なDNA配列、又は特定のDNA配列に対する調節タンパ
ク質の一次構造は予測不可能である。従って、DNAと調節タンパク質との相互
作用は、上述のモチーフに限定されない。前記タンパク質の他のドメインは多く
の場合DNAとの重要な接合部を形成し、補助タンパク質(accessory protein )は、特定のタンパク質複合体を活性化因子又はリプレッサーに変換し得る、又
は結合を防止し得る重要な相互作用を提供し得る(例えば、Alberts, B.ら(1994
) Molecular Biology of the Cell, Garland Publishing Co, New York, NY pp.
401-474参照)。[0016] Although the binding of DNA to regulatory proteins is very specific, the exact DNA sequence that a particular regulatory protein favors, or the primary structure of a regulatory protein for a particular DNA sequence, is unpredictable. Thus, the interaction between DNA and regulatory proteins is not limited to the motifs described above. Other domains of the protein often form important junctions with DNA, and accessory proteins can convert specific protein complexes into activators or repressors or prevent binding (See, for example, Alberts, B. et al. (1994
) Molecular Biology of the Cell , Garland Publishing Co, New York, NY pp.
401-474).
【0017】 遺伝子調節に関連する疾病及び疾患 ヒトにおける新生物の増殖の原因は、遺伝子調節における問題にあることが多
い。悪性の細胞の増殖は、転写活性化因子の過剰又はインヒビター又はサプレッ
サーの欠損に起因し得る(例えば、Cleary, M.L. (1992) Cancer Surv. 15:89-1
04参照)。遺伝子融合は、スイッチドメインを備えたキメラ座位を作り出し、こ
れによってこのキメラによる標的遺伝子の適切な活性化を中断させることができ
る。 Diseases and Diseases Associated with Gene Regulation The causes of neoplastic growth in humans are often due to problems in gene regulation. The growth of malignant cells may be due to an excess of transcriptional activators or a deficiency of inhibitors or suppressors (eg, Cleary, ML (1992) Cancer Surv. 15: 89-1.
04). The gene fusion creates a chimeric locus with a switch domain, which can interrupt proper activation of the target gene by the chimera.
【0018】 感染症又は外傷に対する細胞の応答は、遺伝子発現が適切であるときには有益
である。しかし、遺伝子発現の調節が不適切又は不充分であるために調節反応亢
進又は他の不均衡が生じ、これによって組織や器官の著しい損傷が生ずることが
ある。この損傷は、アレルゲン、心臓発作、脳卒中、及び感染症に対する免疫学
的応答について論文に多く記載されている(例えば、Harrison's Principles of Internal Medicine , 13th ed., (1994) McGraw Hill, Inc.及びTetron Data Sy
stems Software参照)。加えて、体細胞変異の蓄積及び細胞応答の調節の不可能
性の増加は、変形性関節症の有病率及び老化に関連する他の疾患の発症と関連が
あった。The response of a cell to an infection or trauma is beneficial when gene expression is appropriate. However, inadequate or inadequate regulation of gene expression can lead to hyperregulatory response or other imbalances, which can lead to significant tissue and organ damage. This injury has been well documented in immunological responses to allergens, heart attacks, strokes, and infections (eg, Harrison's Principles of Internal Medicine , 13th ed., (1994) McGraw Hill, Inc. and Tetron). Data Sy
stems Software). In addition, the accumulation of somatic mutations and increased inability to modulate cellular responses has been associated with the prevalence of osteoarthritis and the development of other diseases associated with aging.
【0019】 疾病の発達において重要な新規なヒト・調節タンパク質分子、及びそれらの分
子をコードするポリヌクレオチドの発見は、細胞増殖、特に免疫応答及び癌に関
連する疾病の診断、処置、及び予防において有用な新規な組成物を提供すること
によって、当分野における必要性を満たすものである。The discovery of novel human regulatory protein molecules, and polynucleotides encoding those molecules, which are important in disease development, has led to the diagnosis, treatment, and prevention of diseases associated with cell proliferation, particularly the immune response and cancer. The need in the art is met by providing useful new compositions.
【0020】 (発明の概要) 本発明は、配列番号:1、配列番号:2、配列番号:3、配列番号:4、配列
番号:5、配列番号:6、配列番号:7、配列番号:8、配列番号:9、配列番
号:10、配列番号:11、及び配列番号:12からなる群から選択されたアミ
ノ酸配列を有する、実質的に精製されたヒト・調節タンパク質(HRGP)を提
供する。( Summary of the Invention ) The present invention relates to SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, providing a substantially purified human regulatory protein (HRGP) having an amino acid sequence selected from the group consisting of: SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 11, and SEQ ID NO: 12. .
【0021】 更に本発明は、HRGPをコードする単離され実質的に精製されたポリヌクレ
オチドを提供する。特定の実施態様では、前記ポリヌクレオチドは、配列番号:
13、配列番号:14、配列番号:15、配列番号:16、配列番号:17、配
列番号:18、配列番号:19、配列番号:20、配列番号:21、配列番号:
22、配列番号:23、及び配列番号:24からなる群から選択された核酸配列
を有する。[0021] The present invention further provides an isolated and substantially purified polynucleotide encoding HRGP. In certain embodiments, the polynucleotide comprises SEQ ID NO:
13, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO:
22, having a nucleic acid sequence selected from the group consisting of SEQ ID NO: 23 and SEQ ID NO: 24.
【0022】 加えて、本発明は、配列番号:1、配列番号:2、配列番号:3、配列番号:
4、配列番号:5、配列番号:6、配列番号:7、配列番号:8、配列番号:9
、配列番号:10、配列番号:11、及び配列番号:12からなる群から選択さ
れたHRGPをコードするポリヌクレオチドの何れかとハイブリダイゼーション
ダイズするポリヌクレオチド又はその断片を提供する。[0022] In addition, the present invention relates to SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO:
4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9
A polynucleotide or a fragment thereof that hybridizes with any of the polynucleotides encoding HRGP selected from the group consisting of SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 11, and SEQ ID NO: 12.
【0023】 更に本発明は、HRGPをコードするポリヌクレオチドの何れか1つに相補的
な分子を含むポリヌクレオチド、又はその断片を提供する。別の実施態様では、
本発明は、配列番号:13、配列番号:14、配列番号:15、配列番号:16
、配列番号:17、配列番号:18、配列番号:19、配列番号:20、配列番
号:21、配列番号:22、配列番号:23、及び配列番号:24、又はそれら
の断片に相補的な配列を含む、単離され精製されたポリヌクレオチドを含む組成
物を提供する。The present invention further provides a polynucleotide comprising a molecule complementary to any one of the polynucleotides encoding HRGP, or a fragment thereof. In another embodiment,
The present invention provides SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 16
SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 23, and SEQ ID NO: 24, or fragments thereof. A composition comprising an isolated and purified polynucleotide comprising a sequence is provided.
【0024】 更に本発明は、配列番号:13、配列番号:14、配列番号:15、配列番号
:16、配列番号:17、配列番号:18、配列番号:19、配列番号:20、
配列番号:21、配列番号:22、配列番号:23、及び配列番号:24からな
る群から選択sあれたポリヌクレオチドの何れか1つの少なくとも断片を含む発
現ベクターを提供する。別の実施態様では、前記ポリヌクレオチドを含む前記発
現ベクターが、宿主細胞に含められる。Further, the present invention relates to SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20,
Provided is an expression vector comprising at least a fragment of any one of the polynucleotides selected from the group consisting of SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 23, and SEQ ID NO: 24. In another embodiment, the expression vector comprising the polynucleotide is included in a host cell.
【0025】 また本発明は、ポリペプチド又はその断片の製造方法であって、(a)前記ポ
リペプチドの発現に適した条件の下でHRGPをコードするポリヌクレオチド配
列の少なくとも断片を含む発現ベクターを含む宿主細胞を培養する過程と、(b
)前記宿主細胞の培地から前記ポリペプチドを回収する過程とを含む、ポリペプ
チド又はその断片の製造方法を提供する。The present invention also relates to a method for producing a polypeptide or a fragment thereof, comprising: (a) an expression vector containing at least a fragment of a polynucleotide sequence encoding HRGP under conditions suitable for expression of the polypeptide; Culturing the host cell containing (b)
And b) recovering the polypeptide from the culture medium of the host cell.
【0026】 また本発明は、実質的に精製されたHRGPを、適切な医薬用担体と共に含む
医薬品組成物を提供する。The present invention also provides a pharmaceutical composition comprising substantially purified HRGP together with a suitable pharmaceutical carrier.
【0027】 また本発明は、HRGPの精製されたアンタゴニストを提供する。或る実施態
様では、本発明は、HRGPに結合する精製された抗体を提供する。The present invention also provides a purified HRGP antagonist. In one embodiment, the invention provides a purified antibody that binds to HRGP.
【0028】 更に本発明は、HRGPの精製されたアゴニストを提供する。[0028] The present invention further provides a purified agonist of HRGP.
【0029】 また本発明は、HRGPの発現又は活性の低下と関連する癌の処置又は予防方
法であって、そのような処置が必要な患者に、HRGPを含む医薬品組成物を有
効な量投与する過程を含む、HRGPの発現又は活性の低下と関連する癌の処置
又は予防方法を提供する。The present invention also relates to a method for treating or preventing cancer associated with a decrease in the expression or activity of HRGP, which comprises administering to a patient in need of such treatment an effective amount of a pharmaceutical composition containing HRGP. A method for treating or preventing a cancer associated with decreased expression or activity of HRGP, comprising the steps of:
【0030】 また本発明は、HRGPの発現又は活性の増加と関連する癌の処置又は予防方
法であって、そのような処置が必要な患者に、HRGPを含む医薬品組成物を有
効な量投与する過程を含む、HRGPの発現又は活性の増加と関連する癌の処置
又は予防方法を提供する。The present invention is also a method for treating or preventing a cancer associated with an increase in the expression or activity of HRGP, which comprises administering to a patient in need of such treatment an effective amount of a pharmaceutical composition comprising HRGP. A method for treating or preventing a cancer associated with increased expression or activity of HRGP, comprising the steps of:
【0031】 また本発明は、HRGPの発現又は活性の増加と関連する免疫応答の処置又は
予防方法であって、そのような処置が必要な患者に、HRGPを含む医薬品組成
物を有効な量投与する過程を含む、HRGPの発現又は活性の増加と関連する免
疫応答の処置又は予防方法を提供する。The present invention is also a method of treating or preventing an immune response associated with increased HRGP expression or activity, comprising administering to a patient in need of such treatment an effective amount of a pharmaceutical composition comprising HRGP. A method for treating or preventing an immune response associated with increased HRGP expression or activity, comprising the steps of:
【0032】 また本発明は、細胞増殖を刺激する方法であって、細胞に精製されたHRGP
を有効な量投与する過程を含む、細胞増殖を刺激する方法を提供する。The present invention also relates to a method for stimulating cell proliferation, comprising the steps of:
A method of stimulating cell proliferation, comprising the step of administering an effective amount of
【0033】 また本発明は、生物学的サンプル内のヒト・調節タンパク質をコードする核酸
配列を検出する方法であって、(a)前記生物学的サンプル内の核酸配列と、H
RGPをコードするポリヌクレオチドに相補的なポリヌクレオチド配列とをハイ
ブリダイズさせ、ハイブリダイゼーション複合体を検出する過程と、(b)前記
ハイブリダイゼーション複合体を検出する過程であって、前記ハイブリダイゼー
ション複合体の存在が、前記生物学的サンプル内の前記ヒト・調節タンパク質を
コードする核酸配列の存在と相互関係を有する、該過程とを有する、生物学的サ
ンプル内のヒト・調節タンパク質をコードする核酸配列を検出する方法を提供す
る。The present invention also provides a method for detecting a nucleic acid sequence encoding a human / regulatory protein in a biological sample, the method comprising: (a) detecting a nucleic acid sequence in the biological sample;
A step of hybridizing a polynucleotide sequence complementary to a polynucleotide encoding RGP to detect a hybridization complex, and (b) a step of detecting the hybridization complex, wherein the hybridization complex is detected. The presence of the nucleic acid sequence in the biological sample correlates with the presence of the nucleic acid sequence encoding the human regulatory protein in the biological sample. To provide a method for detecting
【0034】 また、本発明は、配列番号:1、配列番号:2、配列番号:3、配列番号:4
、配列番号:5、配列番号:6、配列番号:7、配列番号:8、配列番号:9、
配列番号:10、配列番号:11、及び配列番号:12からなる群から選択され
たアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチドの少なくと
も1つの少なくとも断片を含むマイクロアレイを提供する。In addition, the present invention relates to SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4.
, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9,
Provided is a microarray comprising at least one fragment of a polynucleotide encoding a polypeptide having an amino acid sequence selected from the group consisting of SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 11, and SEQ ID NO: 12.
【0035】 また、本発明は、生物学的サンプル内のヒト・調節タンパク質をコードする核
酸の発現レベルを検出する方法であって、前記生物学的サンプルの核酸配列と、
相補的ポリヌクレオチドとをハイブリダイズさせ、ハイブリダイゼーション複合
体を形成する過程と、前記ハイブリダイゼーション複合体を検出することによっ
て、前記生物学的サンプル内のヒト・調節タンパク質をコードする核酸配列の発
現を判定する過程とを含む、生物学的サンプル内のヒト・調節タンパク質をコー
ドする核酸の発現レベルを検出する方法を提供する。好ましい実施態様では、ハ
イブリダイゼーションを行う過程の前に、前記生物学的サンプル内の前記核酸配
列を、ポリメラーゼ連鎖反応法により増幅し、標識する。The present invention also provides a method for detecting the expression level of a nucleic acid encoding a human / regulatory protein in a biological sample, wherein the nucleic acid sequence of the biological sample comprises:
Hybridizing a complementary polynucleotide to form a hybridization complex, and detecting the hybridization complex to express a nucleic acid sequence encoding a human / regulatory protein in the biological sample. Determining the expression level of a nucleic acid encoding a human / regulatory protein in a biological sample. In a preferred embodiment, the nucleic acid sequence in the biological sample is amplified and labeled by polymerase chain reaction before the step of performing hybridization.
【0036】 (発明の実施の形態) 本発明のタンパク質、ヌクレオチド配列、及び方法について説明する前に、本
発明は、ここに開示した特定の方法論、プロトコル、細胞系、ベクター、及び試
薬に限定されず、それらは様々に変更可能であることを理解されたい。また、本
明細書において用いられる用語法は、特定の実施例のみを説明する目的で用いら
れたものであり、特許請求の範囲の記載のみによって限定される本発明の範囲を
限定することを意図したものではないということも理解されたい。[0036] (Embodiment of the invention) protein of the present invention, nucleotide sequences, and before describing how this invention is not limited to the particular methodology disclosed herein, protocols, cell lines, limited vectors, and reagents It should be understood that they can be varied in many ways. In addition, the terminology used in this specification is used for the purpose of describing specific examples only, and is intended to limit the scope of the present invention which is limited only by the description of the claims. It should also be understood that it was not done.
【0037】 本明細書及び請求の範囲において、単数を表す「或る」及び「その(この)」
と形容されたものは、前後関係でそうでないことが明らかである場合以外は、複
数の意味も含んでいることに注意しなければならない。従って、例えば「或る宿
主細胞」なる表記が表すものには、複数のそのような宿主細胞が含まれ、「或る
抗体」なる表記は、1種または複数の種類の抗体及び当業者に周知のその等価物
等も表している。In this specification and the claims, “an” and “the” (a) denote a singular.
It should be noted that what is described as has a plural meaning unless the context clearly indicates otherwise. Thus, for example, reference to "a certain host cell" includes a plurality of such host cells, and "a certain antibody" includes one or more types of antibodies and well-known to those skilled in the art. And its equivalents.
【0038】 本明細書における全ての科学技術専門用語は、特別に定義されていない限り、
本発明の属する技術分野において通常の知識を有する者に一般に理解されるのと
同じ意味を有する。ここに説明したものと類似のまたは等価な方法や材料を本発
明の実施や試験において用いることができるが、好適な方法、装置、及び材料を
本明細書において説明する。本明細書に記載された全ての文献は、本発明の関連
において用いられ得る文献で報告された細胞系、ベクター、アレイ及び方法論を
説明し開示する目的で引用されたものであり、引用により本明細書の一部とする
。また本明細書のあらゆる開示内容を、本発明におけるそのような開示内容が従
来技術に先行しないということを認めるものと解釈してはならない。[0038] All technical and scientific terms used herein are, unless otherwise defined,
It has the same meaning as commonly understood by a person of ordinary skill in the art to which this invention belongs. Although any methods or materials similar or equivalent to those described herein can be used in the practice or testing of the present invention, the preferred methods, devices, and materials are described herein. All publications mentioned herein are cited for the purpose of describing and disclosing the cell lines, vectors, arrays and methodology reported in the literature that may be used in the context of the present invention. Part of the specification. Also, no disclosure of this specification should be construed as an admission that such disclosure in the present invention does not precede the prior art.
【0039】 (定義) 本明細書において、HRGPは、任意の種、具体的にはウシ、ヒツジ、ブタ、
マウス、ウマ、及び好ましくはヒト等のような哺乳動物に由来し、天然の、合成
の、半合成の、又は組換え体の何れかから得られる実質的に精製されたHRGP
のアミノ酸配列である。( Definition ) As used herein, HRGP refers to any species, specifically bovine, ovine, porcine,
Substantially purified HRGP derived from any of natural, synthetic, semi-synthetic, or recombinant, derived from mammals such as mice, horses, and preferably humans, etc.
Is the amino acid sequence of
【0040】 本明細書において、用語「アゴニスト」は、HRGPに結合したときHRGP
の効果を強めたり、その効果の持続時間を長くさせる分子である。アゴニストに
は、HRGPに結合し、その効果を変調するタンパク質、核酸、糖質や、任意の
他の分子が含まれ得る。As used herein, the term “agonist” refers to HRGP when bound to HRGP
It is a molecule that enhances the effect of or increases the duration of the effect. Agonists may include proteins, nucleic acids, carbohydrates, and any other molecule that binds to HRGP and modulates its effects.
【0041】 本明細書において「アレル」或いは「アレル配列」とは、HRGPをコードす
る遺伝子の対立形である。アレルは、核酸配列の少なくとも一箇所の変異によっ
て生じ、変異したmRNA或いはポリペプチドを生ずるが、その変異したmRN
A或いはポリペプチドの構造や機能が変わる場合もあれば変わらない場合もある
。与えられた元のままの遺伝子または組換え遺伝子には、アレル形が存在しない
もの、1つ存在するもの、或いは多数存在するものがある。一般的なアレルを生
じる変異はヌクレオチドの自然な欠失、付加並びに置換に因るものである。この
タイプの変異はそれぞれ単独で、或いは他の変異と同時に、所定の配列内で1回
又は2回以上生じ得る。As used herein, “allele” or “allele sequence” is an allelic form of a gene encoding HRGP. An allele results from mutation of at least one position in a nucleic acid sequence, resulting in a mutated mRNA or polypeptide.
The structure or function of A or the polypeptide may or may not change. A given intact gene or recombinant gene may have no, one, or multiple allelic forms. Mutations that result in common alleles are due to natural deletions, additions and substitutions of nucleotides. Each of these types of mutations can occur alone or simultaneously with other mutations, once or more than once in a given sequence.
【0042】 本明細書において、HRGPをコードする「変異」核酸配列とは、異なるヌク
レオチド残基の置換、挿入や欠失を含み、結果的に同一の、または機能的に等価
なHRGPをコードするポリヌクレオチドとなるものである。この定義には、H
RGPをコードするポリヌクレオチド配列の通常の染色体上の遺伝子座以外の座
位を有する多型、アレルとの不適切なまたは予期しないハイブリダイゼーション
によって起こる多型、及びHRGPをコードするポリヌクレオチドの特定のオリ
ゴヌクレオチドプローブを用いて容易に検出可能な、或いは検出が困難な多型が
含まれている。コードされたタンパク質も同様に「変異」したものであり得、サ
イレント変異を生じ、結果的に機能的に等価なHRGPとなるアミノ酸残基の欠
失、挿入並びに置換を含むものであり得る。意図的なアミノ酸の置換は、HRG
Pの生物学的活性が保持される限り、残基の極性、電荷、溶解度、疎水性、親水
性並びにまた両親媒性についての類似性に基づいて生じさせることができる。例
えば負に荷電したアミノ酸にはアスパラギン酸及びグルタミン酸が含まれ、正に
荷電したアミノ酸にはリジン及びアルギニンが含まれ、近い親水性値を有する荷
電していない極性頭基を有するアミノ酸には、ロイシン、イソロイシン、及びバ
リン;グリシン及びアラニン;アスパラギン及びグルタミン;セリン及びスレオ
ニン;及びフェニルアラニン及びチロシンが含まれる。As used herein, a “mutated” nucleic acid sequence that encodes HRGP, including substitutions, insertions and deletions of different nucleotide residues, and consequently encodes the same or a functionally equivalent HRGP. It will be a polynucleotide. This definition includes H
Polymorphisms having loci other than the normal chromosomal locus of the polynucleotide sequence encoding RGP, polymorphisms resulting from inappropriate or unexpected hybridization with alleles, and specific oligos of the polynucleotide encoding HRGP It contains polymorphisms that are easily detectable or difficult to detect using nucleotide probes. The encoded protein can also be "mutated", including deletions, insertions and substitutions of amino acid residues which produce a silent mutation and result in a functionally equivalent HRGP. Intentional amino acid substitutions can be made by HRG
As long as the biological activity of P is retained, it can be generated based on the polarity, charge, solubility, hydrophobicity, hydrophilicity, and also the similarity with respect to amphipathicity of the residues. For example, negatively charged amino acids include aspartic acid and glutamic acid, positively charged amino acids include lysine and arginine, and amino acids having an uncharged polar head group with near hydrophilicity include leucine. Glycine and alanine; asparagine and glutamine; serine and threonine; and phenylalanine and tyrosine.
【0043】 本明細書において「アミノ酸」又は「アミノ酸配列」は、オリゴペプチド、ペ
プチド、ポリペプチド、又はタンパク質の配列、又はそれらの何れかの断片であ
り、自然発生の分子又は合成した分子である。HRGPの断片は、好ましくは約
5個〜約15個のアミノ酸からなる長さを有し、かつHRGPの生物学的活性又
は免疫学的活性を保持しているものである。ここで、「アミノ酸配列」が自然発
生タンパク質分子のアミノ酸配列を指している場合に、「アミノ酸配列」や類似
の用語は、そのアミノ酸配列を本明細書に記載のタンパク質分子に関連する完全
で元のままのアミノ酸配列に限定する意味で用いられているわけではない。As used herein, “amino acid” or “amino acid sequence” is an oligopeptide, peptide, polypeptide, or protein sequence, or any fragment thereof, and is a naturally occurring molecule or a synthesized molecule. . The HRGP fragment preferably has a length of about 5 to about 15 amino acids and retains the biological or immunological activity of HRGP. Here, when "amino acid sequence" refers to the amino acid sequence of a naturally-occurring protein molecule, "amino acid sequence" or similar terms refer to the complete, original form of the amino acid sequence associated with the protein molecule described herein. It is not used to limit the amino acid sequence as it is.
【0044】 本明細書において「増幅」は、核酸配列の更なるコピーを生成することであり
、通常は当業者に周知のポリメラーゼ連鎖反応法(PCR法)を用いて行われる
(Dieffenbach, C.W.及びG.S. Dveksler (1995) PCR Primer. a Laboratory Man ual , Cold Spring Harbor Press, Plainview, NY)。As used herein, “amplification” refers to the generation of additional copies of a nucleic acid sequence, usually performed using the polymerase chain reaction (PCR) method well known to those skilled in the art (Dieffenbach, CW and GS Dveksler (1995) PCR Primer. A Laboratory Manual , Cold Spring Harbor Press, Plainview, NY).
【0045】 本明細書において、用語「アンタゴニスト(拮抗物質)」は、HRGPに結合
したとき、HRGPの生物学的又は免疫学的効果の大きさを低下させたり、効果
の継続時間を短縮させる分子である。アンタゴニストとしては、HRGPの効果
を低下させるタンパク質、核酸、糖質、抗体、または他の分子等が挙げられる。As used herein, the term “antagonist” refers to a molecule that, when bound to HRGP, reduces the magnitude of the biological or immunological effect of HRGP or shortens the duration of the effect. It is. Antagonists include proteins, nucleic acids, carbohydrates, antibodies, or other molecules that reduce the effects of HRGP.
【0046】 本明細書において、用語「抗体」は、完全な抗体分子を意味するとともに、例
えばFa、F(ab')2、及びFv断片のような抗原決定基と結合し得るその断
片を意味する。HRGPポリペプチドに結合する抗体は、免疫化の抗原として完
全なポリペプチド又は目的の小ペプチドを含むその断片を用いることによって作
り出すことができる。動物を免疫化するのに用いられるポリペプチドまたはペプ
チドは、RNAの翻訳に由来するもの、又は化学的に合成されたものであり得、
必要ならば担体タンパク質と結合させることができる。ペプチドに化学的に結合
する担体として通常用いられるものとしては、ウシ血清アルブミン、サイログロ
ブリン、及びキーホールリンペットヘモシアニン(KLH)が挙げられる。この
結合したペプチドを用いて動物(例えばマウス、ラット、またはウサギ)を免疫
化する。As used herein, the term “antibody” refers to an intact antibody molecule, as well as fragments thereof that can bind antigenic determinants, such as, for example, Fa, F (ab ′) 2 , and Fv fragments. I do. Antibodies that bind to HRGP polypeptides can be produced by using the entire polypeptide or a fragment thereof containing the small peptide of interest as the antigen for immunization. The polypeptide or peptide used to immunize the animal may be derived from translation of RNA or may be chemically synthesized,
If necessary, it can be linked to a carrier protein. Commonly used carriers that chemically bind to the peptide include bovine serum albumin, thyroglobulin, and keyhole limpet hemocyanin (KLH). An animal (eg, mouse, rat, or rabbit) is immunized with the conjugated peptide.
【0047】 本明細書において、用語「抗原決定基」は、特定の抗体と結びつく分子の断片
(即ちエピトープ)である。タンパク質の一部分、即ち断片を用いてホストの動
物を免疫化すると、このタンパク質の様々な領域が、該タンパク質上の所定の領
域または三次元構造に特異的に結合する抗体の産生を誘発し得る。このような領
域または構造を抗原決定基と称する。抗原決定基は、抗体への結合について元の
抗原(即ち免疫応答を誘導するに用いられる免疫原)と競合し得る。As used herein, the term “antigenic determinant” is a fragment of a molecule (ie, an epitope) that associates with a particular antibody. When a host animal is immunized with a portion, or fragment, of a protein, various regions of the protein can trigger the production of antibodies that specifically bind to a given region or three-dimensional structure on the protein. Such a region or structure is called an antigenic determinant. Antigenic determinants can compete with the original antigen (ie, the immunogen used to elicit the immune response) for binding to the antibody.
【0048】 本明細書において用語「アンチセンス」は、特定のDNAまたはRNA配列に
相補的なヌクレオチド配列を含む組成物である。用語「アンチセンス鎖」は、「
センス」鎖に相補的な核酸鎖の意味で用いられる。アンチセンス分子としてはペ
プチド核酸があり、アンチセンス分子は合成や転写を含む任意の方法で作り出す
ことができる。この相補的ヌクレオチドは、一旦細胞内に導入されると、細胞に
よって作られた自然の配列と結合して二重鎖を形成し、これが更なる転写や翻訳
を阻害する。「マイナス(−)」なる表現がアンチセンス鎖の意味で用いられ、
「プラス(+)」はセンス鎖の意味で用いられることがある。As used herein, the term “antisense” is a composition that includes a nucleotide sequence that is complementary to a specific DNA or RNA sequence. The term "antisense strand"
Used in the sense of a nucleic acid strand complementary to the "sense" strand. Antisense molecules include peptide nucleic acids, and antisense molecules can be created by any method, including synthesis and transcription. Once introduced into the cell, the complementary nucleotide combines with the natural sequence created by the cell to form a duplex, which inhibits further transcription and translation. The expression "minus (-)" is used in the sense of the antisense strand,
“Plus (+)” is sometimes used to mean the sense strand.
【0049】 本明細書において、用語「生物学的に活性」は、自然発生の分子の構造上の機
能、調節の機能、又は生化学的な機能を有するタンパク質である。同様に「免疫
学的に活性」は、天然の、組換え体の、又は合成のHRGP、若しくはそのオリ
ゴペプチドの、適当な動物や細胞における特定の免疫応答を誘発し、特定の抗体
に結合する能力である。As used herein, the term “biologically active” is a protein that has a structural, regulatory, or biochemical function of a naturally occurring molecule. Similarly, "immunologically active" refers to a natural, recombinant, or synthetic HRGP, or oligopeptide thereof, that elicits a specific immune response in suitable animals or cells and binds to a specific antibody. Ability.
【0050】 本明細書において、用語「相補的」または「相補性」は、許容的な塩濃度及び
温度条件の下で、塩基対を形成してポリヌクレオチド同士が自然に結合すること
である。例えば、配列「A−G−T」は相補的な配列「T−C−A」に結合する
。2本の一本鎖分子間の相補性は、幾つかの核酸のみが結合する「部分的」なも
のであるか、若しくは、一本鎖分子間に完全な相補性が存在する場合は完全に相
補的なものであり得る。核酸鎖同士の相補性の程度は、核酸鎖同士のハイブリダ
イゼーションの効率及び強さに有意な影響を与える。このことは、核酸鎖同士の
結合によって左右される増幅反応や、ペプチド核酸(PNA)分子の設計及び使
用において特に重要である。As used herein, the term “complementary” or “complementarity” refers to the spontaneous binding of polynucleotides by forming base pairs under acceptable salt concentrations and temperature conditions. For example, the sequence "AGT" binds to the complementary sequence "TCA". The complementarity between two single-stranded molecules is "partial", in which only some nucleic acids bind, or completely if there is complete complementarity between the single-stranded molecules. It can be complementary. The degree of complementarity between nucleic acid strands significantly affects the efficiency and strength of hybridization between nucleic acid strands. This is particularly important in amplification reactions that depend on the binding of nucleic acid strands and in the design and use of peptide nucleic acid (PNA) molecules.
【0051】 本明細書において「所定のポリヌクレオチド配列を含む組成物」とは、所定の
ポリヌクレオチド配列を含むあらゆる物質をさす。この組成物は、粉末製剤また
は水溶液の形態であり得る。HRGPをコードするポリヌクレオチド、例えば配
列番号:13、配列番号:14、配列番号:15、配列番号:16、配列番号:
17、配列番号:18、配列番号:19、配列番号:20、配列番号:21、配
列番号:22、配列番号:23、及び配列番号:24、又はその断片を含む組成
物は、ハイブリダイゼーションプローブとして利用することができる。このプロ
ーブは凍結乾燥した状態で保存することができ、糖質のような安定化剤と結合さ
せることができる。ハイブリダイゼーションにおいて、このプローブを、塩(例
えばNaCl)、界面活性剤(例えばSDS)及び他の物質(例えばデンハート
液、粉乳、サケ精子DNA等)を含む水溶液に分散させることができる。As used herein, the term “composition containing a predetermined polynucleotide sequence” refers to any substance containing a predetermined polynucleotide sequence. The composition may be in the form of a powder formulation or an aqueous solution. A polynucleotide encoding HRGP, for example, SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO:
A composition comprising 17, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 23, and SEQ ID NO: 24, or a fragment thereof, is a hybridization probe Can be used as The probe can be stored in a lyophilized state and can be conjugated to a stabilizing agent such as a carbohydrate. In hybridization, the probe can be dispersed in an aqueous solution containing a salt (eg, NaCl), a surfactant (eg, SDS) and other substances (eg, Denhardt's solution, milk powder, salmon sperm DNA, etc.).
【0052】 本明細書において「コンセンサス」は、配列決定し直して不要な塩基を分離し
、XL-PCRTM(Perkin Elmer, Norwalk, CT)を用いて5′方向及び/または3′ 方向に延長した上で再度配列決定し直した核酸配列か、または断片を組み合わせ
るためのコンピュータプログラム(例えばGELVIEWTM Fragment Assembly system
, GCG, Madison WI)を用いて2種以上のインサイト社クローンの重複した配列 を組み合わせて導き出した核酸配列である。延長と組み合わせの両方によってコ
ンセンサス配列が作られることもある。As used herein, “consensus” refers to resequencing to separate unwanted bases and extending them in the 5 ′ and / or 3 ′ direction using XL-PCR ™ (Perkin Elmer, Norwalk, Conn.). Or a computer program for combining fragments (eg, GELVIEW ™ Fragment Assembly System)
, GCG, Madison Wis.), And is a nucleic acid sequence derived by combining overlapping sequences of two or more Incyte clones. Consensus sequences may be created by both extension and combination.
【0053】 本明細書において、「ポリヌクレオチドの発現と相互関係を有する」なる表現
は、ノーザン法による解析でリボ核酸の存在が検出されることが、サンプル内の
HRGPをコードするmRNAの存在を表し、従って該タンパク質をコードする
遺伝子からの転写物の発現と相互関係を有している、ということを表している。As used herein, the expression “correlated with the expression of a polynucleotide” means that the presence of ribonucleic acid is detected by analysis by the Northern method, and the presence of mRNA encoding HRGP in the sample. And thus correlate with the expression of transcripts from the gene encoding the protein.
【0054】 用語「HRGP」は、ヒトポリペプチド、配列番号:1、配列番号:2、配列
番号:3、配列番号:4、配列番号:5、配列番号:6、配列番号:7、配列番
号:8、配列番号:9、配列番号:10、配列番号:11、及び配列番号:12
の何れかまたは全てを指す。The term “HRGP” refers to a human polypeptide, SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: : 8, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 11, and SEQ ID NO: 12
Refers to any or all of
【0055】 本明細書において「欠失」は、1個または2個以上のヌクレオチド若しくはア
ミノ酸残基が欠けるような、ヌクレオチド配列またはアミノ酸配列における変化
である。As used herein, a “deletion” is a change in the nucleotide or amino acid sequence such that one or more nucleotides or amino acid residues are missing.
【0056】 本明細書において、用語「誘導体」は、HRGPをコードする核酸或いはそれ
に相補的な核酸又はコードされたHRGPを化学的に修飾したものを意味する。
このような修飾の例には、水素からアルキル基、アシル基、又はアミノ基への置
換がある。核酸誘導体は、元のままの分子の生物学的又は免疫学的機能を保持し
ているポリペプチドをコードする。誘導体ポリペプチドは、元のポリペプチドの
生物学的又は免疫学的機能の少なくとも1種類を保持しており、グリコシル化、
ポリエチレングリコール化(PEGylation)、又は他の何らかのプロセスで修飾さ
れたものである。As used herein, the term “derivative” means a nucleic acid encoding HRGP or a nucleic acid complementary thereto or a chemically modified HRGP encoded.
Examples of such modifications include hydrogen to alkyl, acyl, or amino groups. Nucleic acid derivatives encode polypeptides that retain the biological or immunological function of the intact molecule. A derivative polypeptide retains at least one of the biological or immunological functions of the original polypeptide, and is glycosylated,
Modified by PEGylation or some other process.
【0057】 本明細書において、用語「相同性」は、或る程度の相補性を意味する。用語「
(配列)同一性」は、用語「相同性」と置換えることができる。同一の配列が標
的の核酸とハイブリダイズするのを少なくとも部分的に阻害する部分的に相補的
な配列を、「実質的に相同」という。完全に相補的な配列と標的配列とのハイブ
リダイゼーションの阻害は、ストリンジェンシー(厳密さ)を低くした条件の下
で、ハイブリダイゼーションアッセイ(サザンブロット法またはノーザンブロッ
ト法、溶液ハイブリダイゼーション等)を用いて調べることができる。実質的に
相同な配列またはプローブは、低いストリンジェンシー条件の下で、標的の配列
と完全に相同な配列またはプローブとの結合(即ちハイブリッド形成)について
競合し、それを阻害する。このことは、低いストリンジェンシー条件が、非特異
的な結合を許容するものであることを意味するわけではない。低いストリンジェ
ンシー条件では、2つの配列の相互の結合が特異的(即ち選択的)相互作用であ
ることが必要だからである。非特異的結合が存在しないことは、部分的な程度の
相補性(即ち約30%未満の相同性即ち同一性)も有していない第2の標的配列
を用いることにより調べることができる。非特異的結合が存在しない場合、プロ
ーブは第2の非相補的標的配列とハイブリダイズしない。As used herein, the term “homology” refers to a degree of complementarity. the term"
“(Sequence) identity” can be replaced by the term “homology”. Partially complementary sequences that at least partially inhibit the same sequence from hybridizing to the target nucleic acid are referred to as "substantially homologous." Inhibition of the hybridization between the completely complementary sequence and the target sequence is determined by using a hybridization assay (Southern or Northern blot, solution hybridization, etc.) under conditions of reduced stringency. You can find out. A substantially homologous sequence or probe will compete for, and inhibit, binding (ie, hybridization) with a sequence or probe that is completely homologous to the target sequence under conditions of low stringency. This does not mean that low stringency conditions allow for non-specific binding. This is because low stringency conditions require that the binding of the two sequences to each other be a specific (ie, selective) interaction. The absence of non-specific binding can be determined by using a second target sequence that has no partial degree of complementarity (ie, less than about 30% homology or identity). In the absence of non-specific binding, the probe will not hybridize to the second non-complementary target sequence.
【0058】 「パーセント同一性」或いは「%同一性」という言いまわしは、2以上のアミ
ノ酸または核酸配列を比較した際の配列類似性のパーセンテージである。パーセ
ント同一性は、例えばMegAlignプログラム(DNASTAR, Inc., Madison WI)を用 いることによって電子的に求めることができる。このMegAlignTMプログラムは、
異なる方法、例えばクラスタ法(clustal method)(例えばHiggins, D.G.及びP
.M. Sharp (1988) Gene 73:237-244参照)に従って2以上の配列のアライメント
を作成することができる。このクラスタ法のアルゴリズムでは、配列群を、全て
の配列の対について両配列間の距離を調べることによってクラスタ(集団)にグ
ループ分けする。このクラスタ群について、一対毎にアライメントをとり、次に
グループにおいてアライメントをとる。2つのアミノ酸配列、例えば配列Aと配
列Bの間のパーセント類似性は、(配列Aの長さ−配列Aにおけるギャップ残基
の数−配列Bにおけるギャップ残基の数)/(配列Aと配列Bとの間の残基の一
致の総数)×100で計算する。2つのアミノ酸配列の間の類似性の差が低いか
無いケースは、パーセント類似性の計算に含められない。核酸配列間のパーセン
ト同一性も、他の周知の方法、例えばJotun Hein法(例えばHein J. (1990) Met
hods Enzymol. 183: 626-645参照)によってカウント即ち計算することができる
。配列間の同一性は、他の周知の方法、例えばハイブリダイゼーション条件を変
えることによっても決定することができる。The phrase “percent identity” or “% identity” is the percentage of sequence similarity when comparing two or more amino acid or nucleic acid sequences. Percent identity can be determined electronically, for example, by using the MegAlign program (DNASTAR, Inc., Madison WI). This MegAlign ™ program
Different methods, such as the cluster method (eg Higgins, DG and P
An alignment of two or more sequences can be made according to .M. Sharp (1988) Gene 73: 237-244). In the algorithm of the cluster method, a sequence group is divided into clusters (collections) by checking the distance between both sequences for all pairs of sequences. This cluster group is aligned for each pair, and then the group is aligned. The percent similarity between two amino acid sequences, for example, sequence A and sequence B, is (length of sequence A-number of gap residues in sequence A-number of gap residues in sequence B) / (sequence A and sequence B Total number of residue matches between B) × 100. Cases where the similarity difference between the two amino acid sequences is low or not are not included in the percent similarity calculation. The percent identity between nucleic acid sequences can also be determined by other well-known methods, such as the Jotun Hein method (eg, Hein J. (1990) Met
hods Enzymol. 183: 626-645). Identity between sequences can also be determined by other well-known methods, for example, by changing hybridization conditions.
【0059】 「ヒト人工染色体」(HACs)は約10kb〜10mbのサイズのDNA配
列を含んでいるものであり得、安定した分裂染色体の分離及び維持に必要な全て
の要素を含む線状の小形染色体である(Harrington, J.J.他 (1997) Nat Genet.
15:345-355)。“Human artificial chromosomes” (HACs) may comprise DNA sequences of about 10 kb to 10 mb in size, and are linear miniatures containing all the elements necessary for stable division and maintenance of split chromosomes Chromosome (Harrington, JJ et al. (1997) Nat Genet.
15: 345-355).
【0060】 本明細書において、用語「ヒト化抗体」は、その元の結合能をそのまま保持し
つつ、ヒトの抗体により近づくように非抗原結合領域のアミノ酸配列を改変した
抗体分子である。As used herein, the term “humanized antibody” is an antibody molecule in which the amino acid sequence of the non-antigen binding region has been modified so as to be closer to a human antibody while retaining its original binding ability.
【0061】 本明細書において、用語「ハイブリダイゼーション(ハイブリッド形成)」は
、核酸の鎖が塩基対の形成によって相補鎖と結合する過程である。As used herein, the term “hybridization (hybridization)” is the process by which a nucleic acid strand binds to a complementary strand through base pairing.
【0062】 本明細書において、用語「ハイブリダイゼーション複合体」は、相補的なG塩
基とC塩基の間及び相補的なA塩基とT塩基の間での水素結合の形成によって、
2つの核酸配列で形成された複合体である。ハイブリダイゼーション複合体は、
溶液中で形成されるか(例えばC0t又はR0t解析の場合)、或いは核酸は溶液
中に存在する一方の核酸と、固体支持体(例えば細胞やその核酸が固定される紙
、メンブラン、フィルター、ピン、またはスライドガラスまたは他の適切な基板
)に固定されたもう一方の核酸との間で形成され得る。As used herein, the term “hybridization complex” is defined as the formation of hydrogen bonds between complementary G and C bases and between complementary A and T bases.
A complex formed by two nucleic acid sequences. The hybridization complex is
Either it is formed in solution (for example, in the case of C 0 t or R 0 t analysis), or the nucleic acid is comprised of one nucleic acid present in solution and one solid support (eg, a cell, paper on which the cells or the nucleic acid are immobilized, a membrane, etc.). , A filter, a pin, or another nucleic acid immobilized on a glass slide or other suitable substrate).
【0063】 「免疫応答」は、炎症、外傷、免疫疾患、又は感染症や遺伝病等と関連のある
状態を指すものであり得る。これらの状態は、細胞や全身の防御系を活性化する
様々な因子、例えばサイトカイン、ケモカイン、及び他のシグナル伝達分子の産
生によって特性化され得る。“Immune response” can refer to a condition associated with inflammation, trauma, an immune disease, or an infectious or genetic disease. These conditions can be characterized by the production of various factors that activate cells and the whole body's defense system, such as cytokines, chemokines, and other signaling molecules.
【0064】 本明細書において、用語「挿入」或いは「付加」は、自然発生の分子と比較し
て、1個または2個以上のヌクレオチド、アミノ酸残基がそれぞれ加わるような
、ヌクレオチド配列或いはアミノ酸配列の変化を指す。As used herein, the term “insertion” or “addition” refers to a nucleotide sequence or amino acid sequence that adds one or more nucleotides or amino acid residues, respectively, as compared to a naturally occurring molecule. Refers to the change.
【0065】 本明細書において、用語「マイクロアレイ」は、個々のポリヌクレオチド又は
オリゴヌクレオチドを基板上に高密度で配列したものである。基板としては、例
えば紙、ナイロン又は他の種類のメンブラン、濾紙、チップ、スライドガラス、
又は他の任意の適切な固体支持体等がある。As used herein, the term “microarray” is an array of individual polynucleotides or oligonucleotides on a substrate at high density. Substrates include, for example, paper, nylon or other types of membranes, filter paper, chips, glass slides,
Or any other suitable solid support.
【0066】 本明細書において、用語「変調」は、HRGPの活性の変化である。例えば、
変調によって、タンパク質の活性の増加や減少、結合特性の変化、又は他のHR
GPの生物学的、機能的、免疫学的特性の変化がもたらされる。As used herein, the term “modulation” is a change in the activity of HRGP. For example,
Modulation may increase or decrease the activity of the protein, alter the binding properties, or alter other HR
Changes in the biological, functional, and immunological properties of GP result.
【0067】 本明細書において「核酸配列」は、オリゴヌクレオチド、ヌクレオチド、又は
ポリヌクレオチド、及びその断片、一本鎖か二本鎖であり、またセンス鎖又はア
ンチセンス鎖である、ゲノム起源の若しくは合成したDNA又はRNA、ペプチ
ド核酸(PNA)、又は、DNA様又はRNA様物質である。この文脈において
、「断片(フラグメント)」は、長さが60ヌクレオチド以上の核酸配列であり
、最も好ましくは、長さが100ヌクレオチド以上又は1000ヌクレオチド以
上、及び10000ヌクレオチド以上の断片である。As used herein, “nucleic acid sequence” refers to oligonucleotides, nucleotides, or polynucleotides, and fragments thereof, single-stranded or double-stranded, and is of sense or antisense strand, of genomic origin or Synthetic DNA or RNA, peptide nucleic acid (PNA), or DNA-like or RNA-like substances. In this context, a “fragment” is a nucleic acid sequence that is 60 nucleotides or more in length, most preferably a fragment that is 100 nucleotides or more or 1000 or more nucleotides, and 10,000 nucleotides or more.
【0068】 本明細書において、用語「オリゴヌクレオチド」は、PCR増幅又はハイブリ
ダイゼーションアッセイ、若しくはマイクロアレイで用いることができる核酸配
列であって、長さが約6ヌクレオチド以上、最大60ヌクレオチド程度、好適に
は15〜30ヌクレオチド、より好適には20〜25ヌクレオチドであるものを
指す。本明細書において、用語「オリゴヌクレオチド」は、当分野において一般
に定義されているような用語「アンブリマー」、「プライマー」、「オリゴマー
」、及び「プローブ」と実質的に同義である。As used herein, the term “oligonucleotide” is a nucleic acid sequence that can be used in a PCR amplification or hybridization assay, or microarray, and is about 6 or more nucleotides in length, up to about 60 nucleotides, preferably Refers to those that are 15 to 30 nucleotides, more preferably 20 to 25 nucleotides. As used herein, the term "oligonucleotide" is substantially synonymous with the terms "ambrimer", "primer", "oligomer", and "probe" as generally defined in the art.
【0069】 本明細書において「ペプチド核酸」(PNA)は、末端がリジンであるアミノ
酸残基のペプチドバックボーンに結合した5ヌクレオチド以上の長さのオリゴヌ
クレオチドを含むアンチセンス分子即ち抗遺伝子剤を意味する。末端のリジンが
この物質に溶解性を与えている。PNAは、相補的な一本鎖DNAやRNAに優
先的に結合して転写物の伸長を止め、かつPNAをポリエチレングリコール化す
ることにより、細胞でのその寿命を延ばすことができる(例えばNielsen, P.E. 他(1993) Anticancer Drug Des. 8:53-63参照)。As used herein, “peptide nucleic acid” (PNA) refers to an antisense molecule, ie, an antigenic agent, comprising an oligonucleotide of at least 5 nucleotides in length attached to the peptide backbone of amino acid residues terminating in lysine. I do. Terminal lysine confers solubility to this material. PNAs can preferentially bind to complementary single-stranded DNA or RNA to stop transcript elongation, and extend their life in cells by polyethylene glycolating PNA (eg, Nielsen, PE et al. (1993) Anticancer Drug Des. 8: 53-63).
【0070】 本明細書において、タンパク質に関連して例えば「所定のタンパク質の部分」
と用いられる用語「一部(又は部分)」は、そのタンパク質の断片である。この
断片のサイズは、5個のアミノ酸残基からなるサイズから全アミノ酸マイナス1
個の数のアミノ酸残基からなるサイズまでの範囲であり得る。従って、「HRG
Pのアミノ酸配列の少なくとも一部を含む」タンパク質は、完全長HRGP及び
その断片を包含する。As used herein, in the context of a protein, for example, “a portion of a given protein”
The term "part (or part)" is a fragment of the protein. The size of this fragment is from the size of five amino acid residues to the total number of amino acids minus one.
It can range up to a size consisting of a number of amino acid residues. Therefore, "HRG
A protein comprising at least a portion of the amino acid sequence of P "includes full-length HRGP and fragments thereof.
【0071】 本明細書において、用語「サンプル」は、その最も広い意味で用いられている
。HRGPをコードする核酸またはその断片またはHRGP自体を含む疑いのあ
る生物学的サンプルには、体液や、細胞から単離された染色体、細胞小器官、又
は細胞膜からの抽出物や、細胞や、(溶液中の、または固体支持体に結合した)
ゲノムのDNA、RNA、またはcDNAや、組織や、組織プリント(tissue p
rint)その他が含まれる。As used herein, the term “sample” is used in its broadest sense. Biological samples suspected of containing the HRGP-encoding nucleic acid or fragment thereof or HRGP itself include body fluids, extracts from chromosomes, organelles or cell membranes isolated from cells, cells, ( In solution or attached to a solid support)
Genomic DNA, RNA, or cDNA, tissue, tissue prints (tissue p
rint) Others are included.
【0072】 本明細書において、用語「特異的結合」または「特異的に結合する」は、タン
パク質又はペプチドと、アゴニスト、抗体、及びアンタゴニストとの相互作用で
ある。この相互作用は、結合する分子によって認識されるタンパク質上の特定の
構造(即ち抗原決定基、即ちエピトープ)の存在に左右される。例えば、抗体が
エピトープ「A」に対して特異的である場合、標識した「A」及びその抗体を含
む反応において、エピトープA(つまり結合していない、非標識のA)を含むタ
ンパク質が存在すると、抗体が結合した標識したAの量が低下する。As used herein, the term “specific binding” or “specifically binds” is the interaction of a protein or peptide with agonists, antibodies, and antagonists. This interaction depends on the presence of specific structures (ie, antigenic determinants, or epitopes) on the protein that are recognized by the binding molecule. For example, if the antibody is specific for epitope "A", then in a reaction involving labeled "A" and the antibody, the presence of a protein containing epitope A (i.e., unbound, unlabeled A) is present. , The amount of labeled A bound to the antibody is reduced.
【0073】 本明細書において、用語「ストリンジェントな(厳密な)条件」は、ポリヌク
レオチド配列と、特許請求の範囲に記載されたポリヌクレオチド配列との間のハ
イブリダイゼーションを許容する条件を指す。適切なレベルのストリンジェント
な条件は、例えば、プレハイブリダイゼーション及びハイブリダイゼーション領
域における塩又はホルムアミドの濃度、又はハイブリダイゼーション温度によっ
て決定することができ、当分野でよく知られている。詳述すると、ストリンジェ
ンシー(厳密さ)は、塩の濃度を低下させること、ホルムアミドの濃度を上昇さ
せること、又はハイブリダイゼーション温度を高めることによって高めることが
できる。As used herein, the term “stringent (stringent) conditions” refers to conditions that permit hybridization between a polynucleotide sequence and a claimed polynucleotide sequence. Appropriate levels of stringent conditions can be determined, for example, by the concentration of salt or formamide in the prehybridization and hybridization regions, or the hybridization temperature, and are well known in the art. In particular, stringency can be increased by reducing the concentration of salt, increasing the concentration of formamide, or increasing the hybridization temperature.
【0074】 例えば、高いレベルのストリンジェントな条件の下でのハイブリダイゼーショ
ンは、約37℃〜42℃における約50%のホルムアミド濃度で生じ得る。低い
レベルのストリンジェントな条件の下でのハイブリダイゼーションは、約30℃
〜35℃の温度での約35%〜25%のホルムアミド濃度で生じ得る。詳述する
と、高いストリンジェンシーの条件の下でのハイブリダイゼーションは、50%
のホルムアミド濃度、5X SSPE、0.3%SDS、及び200μg/ml
の同じ長さに切り揃え変性させたサケ精子DNAを用いて42℃で生じ得る。低
いストリンジェンシーの条件の下でのハイブリダイゼーションは、上述の条件で
、温度を35℃に下げ、ホルムアミド濃度を35%にした時に生じ得る。特定の
レベルのストリンジェンシーに対応する温度範囲は、目的の核酸のプリン対ピリ
ミジン比を計算し、それに従って温度を調節することによって更に狭めることが
できる。上述の温度範囲及び条件の変更については当分野で周知である。For example, hybridization under high levels of stringent conditions can occur at about 50% formamide concentration at about 37 ° C. to 42 ° C. Hybridization under low levels of stringent conditions is about 30 ° C.
It can occur at a formamide concentration of about 35% to 25% at a temperature of 3535 ° C. Specifically, hybridization under high stringency conditions is 50%
Formamide concentration of 5X SSPE, 0.3% SDS, and 200 μg / ml
At 42 ° C. using denatured and denatured salmon sperm DNA. Hybridization under conditions of low stringency can occur when the temperature is reduced to 35 ° C. and the formamide concentration is 35% under the conditions described above. The temperature range corresponding to a particular level of stringency can be further narrowed by calculating the purine to pyrimidine ratio of the nucleic acid of interest and adjusting the temperature accordingly. Changes in the above temperature ranges and conditions are well known in the art.
【0075】 本明細書において、用語「実質的に精製」は、天然の環境から取り除かれ、単
離または分離されて、自然にはそれが結合して存在する他の構成要素が60%以
上、好ましくは75%以上、最も好ましくは90%以上除去された核酸配列又は
アミノ酸配列である。As used herein, the term “substantially purified” refers to a substance that has been removed from its natural environment and isolated or separated so that it has more than 60% of its other constituents naturally associated with it. Preferably, it is a nucleic acid or amino acid sequence from which 75% or more, most preferably 90% or more, has been removed.
【0076】 本明細書において「置換」は、1個または2個以上のヌクレオチド或いはアミ
ノ酸を、それぞれ異なるヌクレオチド或いはアミノ酸に置き換えることである。As used herein, “substitution” refers to replacing one or more nucleotides or amino acids with different nucleotides or amino acids, respectively.
【0077】 本明細書の定義では、「形質転換」は、外来DNAが入ってレシピエント細胞
を変化させるプロセスを意味する。このプロセスは、よく知られた様々な方法を
用いて、自然または人工の条件の下で生じ得る。形質転換は、外来核酸配列を原
核生物または真核生物の宿主細胞に挿入するための既知の方法によって行うこと
ができる。この方法は形質転換される宿主細胞の型に基づいて選択され、以下に
限定するものではないが、ウイルスを感染させる方法、電気穿孔法(エレクトロ
ポレーション)、リポフェクション、及び微粒子銃を用いる方法等があり得る。
このような「形質転換された」細胞には、そのなかで挿入されたDNAが、自律
的に複製するプラスミドか、または宿主の染色体の一部として複製できる、安定
的に形質転換された細胞がある。またこのような細胞には、限られた時間での挿
入されたDNAやRNAの一過性の発現が起こる細胞もある。As used herein, “transformation” refers to the process by which foreign DNA enters and changes a recipient cell. This process can occur under natural or artificial conditions using a variety of well-known methods. Transformation can be performed by known methods for inserting foreign nucleic acid sequences into prokaryotic or eukaryotic host cells. This method is selected based on the type of host cell to be transformed and includes, but is not limited to, a method of infecting a virus, a method using electroporation, lipofection, and a method using a particle gun. There can be.
Such "transformed" cells include plasmids in which the inserted DNA is either autonomously replicating or stably transformed cells capable of replicating as part of the host chromosome. is there. Also, some of these cells undergo transient expression of the inserted DNA or RNA for a limited time.
【0078】 本明細書においてHRGPの「変異体」は、1又は2箇所以上のアミノ酸が変
化したアミノ酸配列である。この変異体は「保存的」変化を含むものであり得、
この保存的変化の場合は、例えばロイシンをイソロイシンで置き換える場合のよ
うに置換されるアミノ酸が類似な構造的及び化学的特性を有する。稀に、変異体
が「非保存的」に変化する場合もあり、この非保存的変化の場合は、例えばグリ
シンがトリプトファンで置換される。類似した小さな変化として、アミノ酸の欠
失か挿入、若しくはその両方が含まれる。生物学的或いは免疫学的活性を損なわ
ずに置換、挿入、又は欠失させることができるアミノ酸は何れかということは、
例えばDNASTARソフトウエアのような周知のコンピュータプログラムを用いて決 定することができる。As used herein, a “variant” of HRGP is an amino acid sequence in which one or more amino acids have been changed. This variant may contain "conservative" changes,
In the case of this conservative change, the substituted amino acid will have similar structural and chemical properties, such as when leucine is replaced by isoleucine. In rare cases, a variant may change "non-conservatively," for example, replacing glycine with tryptophan. Similar minor changes include amino acid deletions or insertions, or both. Any amino acids that can be substituted, inserted, or deleted without impairing biological or immunological activity,
For example, it can be determined using a well-known computer program such as DNASTAR software.
【0079】 (発明) 本発明は、集合的にHRGPを称し、個別にはHRGP−1、HRGP−2、
HRGP−3、HRGP−4、HRGP−5、HRGP−6、HRGP−7、H
RGP−8、HRGP−9、HRGP−10、HRGP−11、及びHRGP−
12と称するヒト・調節タンパク質、HRGPをコードするポリヌクレオチド(
配列番号:13、配列番号:14、配列番号:15、配列番号:16、配列番号
:17、配列番号:18、配列番号:19、配列番号:20、配列番号:21、
配列番号:22、配列番号:23、及び配列番号:24)、及び細胞増殖及び免
疫応答に関連する疾病の診断、処置、又は予防のためのこれらの組成物の使用法
の発見に基づくものである。表1は、ここに開示する各ヒト・調節タンパク質に
ついての配列番号、インサイト社クローン番号、cDNAライブラリー、NCB
I配列番号、及びGenBankでの説明を示す。( Invention ) The present invention collectively refers to HRGP, and individually refers to HRGP-1, HRGP-2,
HRGP-3, HRGP-4, HRGP-5, HRGP-6, HRGP-7, H
RGP-8, HRGP-9, HRGP-10, HRGP-11, and HRGP-
A polynucleotide encoding HRGP, a human regulatory protein designated as
SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21,
SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 23, and SEQ ID NO: 24), and the discovery of the use of these compositions for the diagnosis, treatment, or prevention of diseases associated with cell proliferation and immune response. is there. Table 1 shows the SEQ ID No., Incyte clone number, cDNA library, NCB for each human / regulatory protein disclosed herein.
I shows the SEQ ID NO and the description in GenBank.
【0080】[0080]
【表1】 [Table 1]
【0081】 HRGP−1(配列番号:1)は、PANCNOT07 cDNAライブラリーを起源と
するインサイト社クローンNo. 1331739において、アミノ酸配列アライメントの コンピュータ検索を用いて初めに特定された。コンセンサス配列の配列番号:1
3は、インサイト社クローンNo. 1529406(PANCNOT04が起源)、883517(PANCNO
T05が起源)、及び1331739、1329209、1329359、1328354、1329158、及び132845
1(PANCNOT07が起源)の延長及び組み立てから導き出されたものである。HRGP-1 (SEQ ID NO: 1) was initially identified using a computer search for amino acid sequence alignments in Insights clone No. 1331739 originating from the PANCNOT07 cDNA library. SEQ ID NO: 1 of consensus sequence
No. 3 is Insight's clone No. 1529406 (origin of PANCNOT04), 883517 (PANCNO
T05 origin), and 1331739, 1329209, 1329359, 1328354, 1329158, and 132845
It is derived from the extension and assembly of 1 (originating PANCNOT07).
【0082】 或る実施態様では、本発明は、配列番号:1のアミノ酸配列を含むポリペプチ
ドを包含する。HRGP−1は419個のアミノ酸からなる長さを有し、P(1
70番)〜F(203番)及びH(306番)〜Y(317番)にわたる亜鉛カ
ルボキシペプチダーゼ/亜鉛結合領域のシグネチャ配列(signature sequence)
;T(197番)にある1個のcAMP−及びcGMP依存性プロテインキナー
ゼリン酸化可能部位;S(29番)、S(31番)、T(88番)、S(95番
)、T(124番)、T(221番)、S(282番)、S(288番)、S(
363番)、T(399番)、及びT(409番)にある11個のカゼインキナ
ーゼIIリン酸化可能部位;S(167番)、T(232番)、T(384番)、
及びT(399番)にある4個のプロテインCリン酸化可能部位;及びT(11
9番)にある1個のチロシンキナーゼリン酸化可能部位を有する。HRGP−1
は、ヒトカルボキシペプチダーゼA(GI 35330)と配列相同性を有する。HRG
P−1をコードするmRNAは、胃腸管組織、特に膵臓に由来するcDNAライ
ブラリーにおいて発現され、癌及び糖尿病との関連を有していた。In one embodiment, the invention encompasses a polypeptide comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO: 1. HRGP-1 has a length of 419 amino acids, and P (1
Signature sequence of the zinc carboxypeptidase / zinc binding region spanning No. 70) -F (No. 203) and H (No. 306) -Y (No. 317)
One cAMP- and cGMP-dependent protein kinase phosphorylatable site at T (No. 197); S (No. 29), S (No. 31), T (No. 88), S (No. 95), T (No. 124), T (221), S (282), S (288), S (
363), T (399) and T (409) at 11 casein kinase II phosphorylatable sites; S (167), T (232), T (384),
And T (# 399) at four protein C phosphorylatable sites; and T (11
No. 9) has one tyrosine kinase phosphorylatable site. HRGP-1
Has sequence homology to human carboxypeptidase A (GI 35330). HRG
The mRNA encoding P-1 was expressed in a cDNA library derived from gastrointestinal tract tissue, especially pancreas, and has been implicated in cancer and diabetes.
【0083】 HRGP−2(配列番号:2)は、PROSNOT11 cDNAライブラリーを起源と
するインサイト社クローンNo. 1345619において、アミノ酸配列アライメントの コンピュータ検索を用いて初めに特定された。コンセンサス配列の配列番号:1
4は、インサイト社クローンNo. 1345619(PROSNOT11が起源)、2732826(OVART
UT04が起源)、1447240(PLACNOT02が起源)、3598860(DRGTNOT01が起源)、16
86916(PROSNOT15が起源)、410406(EOSIHET02が起源)、及び345964(THYMNOT
02が起源)の延長及び組み立てから導き出されたものである。HRGP-2 (SEQ ID NO: 2) was initially identified using a computer search for amino acid sequence alignments in Insights clone No. 1345619, originating from the PROSNOT11 cDNA library. SEQ ID NO: 1 of consensus sequence
4 are Insights clone Nos. 1345619 (originating from PROSNOT11), 2732826 (OVART
UT04), 1447240 (PLACNOT02 origin), 3598860 (DRGTNOT01 origin), 16
86916 (origin of PROSNOT15), 410406 (origin of EOSIHET02), and 345964 (origin of THYMNOT
02 originated from the extension and assembly.
【0084】 或る実施態様では、本発明は、配列番号:2のアミノ酸配列を含むポリペプチ
ドを包含する。HRGP−2は403個のアミノ酸からなる長さを有し、残基K
(103番)〜F(110番)及びR(181番)〜M(188番)にわたる2
つの真核生物の推定上のRNA結合領域PNP−1シグネチャ配列;N(46番
)及びN(47番)にある2個のグリコシル化可能部位;S(54番)、T(7
4番)、S(151番)、及びT(390番)にある4個のカゼインキナーゼII
リン酸化可能部位;及びS(90番)、T(99番)、S(169番)、T(1
79番)、T(191番)、及びT(276番)にある6個のプロテインキナー
ゼCリン酸化可能部位を有する。HRGP−2は、ヒトRNA結合タンパク質S
CR2(GI 558529)と配列の相同性を有する。HRGP−2をコードするmR NAは、活発に増殖する細胞、特に癌又は免疫応答関連の細胞、及び生殖器系及
び神経系の組織に関連する細胞に由来するcDNAライブラリーにおいて発現さ
れた。In one embodiment, the invention encompasses a polypeptide comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO: 2. HRGP-2 has a length of 403 amino acids and has a residue K
2 from (103) to F (110) and R (181) to M (188)
Two eukaryotic putative RNA binding region PNP-1 signature sequences; two glycosylable sites at N (46) and N (47); S (54), T (7
4) Casein Kinase II at S (No. 151) and T (No. 390)
Phosphorylation-possible sites; and S (No. 90), T (No. 99), S (No. 169), T (1
79 (SEQ ID NO: 79), T (191), and T (276) having six phosphorylatable sites of protein kinase C. HRGP-2 is a human RNA binding protein S
It has sequence homology to CR2 (GI 558529). MRNA encoding HRGP-2 was expressed in cDNA libraries derived from actively proliferating cells, particularly those associated with cancer or the immune response, and cells associated with reproductive and nervous system tissues.
【0085】 HRGP−3(配列番号:3)は、THYRNOT03 cDNAライブラリーを起源と
するインサイト社クローンNo. 1442636において、アミノ酸配列アライメントの コンピュータ検索を用いて初めに特定された。コンセンサス配列の配列番号:1
5は、インサイト社クローンNo. 1442636(THYRNOT03が起源)、1548951(RPOSN
OT06が起源)、及び930473及び930805(CERVNOT01が起源)の延長及び組み立て から導き出されたものである。HRGP-3 (SEQ ID NO: 3) was initially identified using a computer search of amino acid sequence alignments in Incyte Clone No. 1442636, originating from the THYRNOT03 cDNA library. SEQ ID NO: 1 of consensus sequence
No. 5 is Insight No. clone 1442636 (originating from THYRNOT03), 1548951 (RPOSN
OT06) (originated from OT06) and 930473 and 930805 (originated from CERVNOT01).
【0086】 或る実施態様では、本発明は、配列番号:3のアミノ酸配列を有するポリペプ
チドを包含する。HRGP−3は334個のアミノ酸からなる長さを有し、残基
D(164番)〜V(170番)にわたる無機ピロホスファターゼシグネチャ配
列;N(54番)及びN(289番)にある2個のNグリコシル化可能部位;S
(72番)、T(148番)、S(179番)、T(303番)、S(309番
)、及びS(322番)にある6個のカゼインキナーゼIIリン酸化可能部位;及
びS(28番)にある1個のプロテインキナーゼCリン酸化可能部位を有する。
HRGP−3は、酵母菌無機ピロホスファターゼ(GI 4199)と配列相同性を有 する。HRGP−16をコードするmRNAは、癌関連のcDNAライブラリー
(46%)及び炎症関連のcDNAライブラリー(30%)、特に生殖器、心血
管、及び胃腸管組織に由来するcDNAライブラリーで発現された。In one embodiment, the invention encompasses a polypeptide having the amino acid sequence of SEQ ID NO: 3. HRGP-3 has a length of 334 amino acids and an inorganic pyrophosphatase signature sequence spanning residues D (position 164) to V (position 170); 2 at N (position 54) and N (position 289). N-glycosylatable sites; S
(S72), T (148), S (179), T (303), S (309) and S (322) at the six phosphorylatable sites of casein kinase II; and S (No. 28) has one protein kinase C phosphorylatable site.
HRGP-3 has sequence homology to yeast inorganic pyrophosphatase (GI 4199). MRNA encoding HRGP-16 is expressed in cancer-related cDNA libraries (46%) and inflammation-related cDNA libraries (30%), especially cDNA libraries from genital, cardiovascular, and gastrointestinal tract tissues. Was.
【0087】 HRGP−4(配列番号:4)は、COLNFET02 cDNAライブラリーを起源と
するインサイト社クローンNo. 1458327において、アミノ酸配列アライメントの コンピュータ検索を用いて初めに特定された。コンセンサス配列の配列番号:1
6は、インサイト社クローンNo. 1458327(COLNFET02が起源)、3224639(UTRSN
OT03が起源)、022648(ADENINB01が起源)、2185537(PROSNOT26が起源)、546
947(BEPINOT02が起源)、993339(COLNNOT11が起源)、1615883(BRAITUT12が 起源)、1538280(SINTTUT01が起源)、及び1419851(KIDNNOT09が起源)の延長
及び組み立てから導き出されたものである。HRGP-4 (SEQ ID NO: 4) was first identified in Incyte Clone No. 1458327 from the COLNFET02 cDNA library using a computer search for amino acid sequence alignment. SEQ ID NO: 1 of consensus sequence
No. 6 is Insight's clone No. 1458327 (origin of COLNFET02), 3224639 (UTRSN
OT03 origin), 022648 (origin of ADENINB01), 2185537 (origin of PROSNOT26), 546
947 (origin of BEPINOT02), 993339 (origin of COLNNOT11), 1615883 (origin of BRAITUT12), 1538280 (origin of SINTTUT01), and derived from the extension and assembly of 1419851 (origin of KIDNNOT09).
【0088】 或る実施態様では、本発明は、配列番号:4のアミノ酸配列を含むポリペプチ
ドを包含する。HRGP−4は623個のアミノ酸からなる長さを有し、残基F
(229番)〜L(243番)にわたるABC輸送体ファミリーのシグネチャ配
列;残基G(430番)〜S(437番)にわたるATP/GTP結合部位モチ
ーフ(Pループ);S(110番)及びI(131番)にある2個のアミド化可
能部位;N(82番)、N(90番)、N(400番)、及びN(516番)に
ある4個のNグリコシル化可能部位;S(458番)にあるcAMP−及びcG
MP−依存性プロテインキナーゼリン酸化可能部位;T(51番)、T(104
番)、T(316番)、及びS(478番)にある4個のカゼインキナーゼIIリ
ン酸化可能部位;S(110番)、S(154番)、T(167番)、T(27
3番)、S(349番)、T(372番)、S(377番)、S(402番)、
T(506番)、及びT(617番)にあるプロテインキナーゼCリン酸化可能
部位;及びY(601番)にあるチロシンキナーゼリン酸化可能部位を有する。
HRGP−4は、酵母菌ABC輸送体タンパク質ファミリー(GI 507374)のメ ンバーと配列相同性を有する。HRGP−4をコードするmRNAは、活発に増
殖中の細胞に由来するcDNAライブラリー、特に癌又は免疫応答関連のcDN
Aライブラリーにおいて発現された。In one embodiment, the invention encompasses a polypeptide comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO: 4. HRGP-4 has a length of 623 amino acids and has a residue F
Signature sequence of the ABC transporter family ranging from (229) to L (243); ATP / GTP binding site motif (P loop) ranging from residues G (430) to S (437); S (110) and Two amidable sites at I (131); four N-glycosylable sites at N (82), N (90), N (400), and N (516); CAMP- and cG at S (No. 458)
MP-dependent protein kinase phosphorylatable site; T (No. 51), T (104
No., T (No. 316), and four casein kinase II phosphorylation sites at S (No. 478); S (No. 110), S (No. 154), T (No. 167), T (No. 27)
No. 3), S (No. 349), T (No. 372), S (No. 377), S (No. 402),
T (# 506) and a protein kinase C phosphorylatable site at T (617); and a tyrosine kinase phosphorylatable site at Y (# 601).
HRGP-4 has sequence homology to members of the yeast ABC transporter protein family (GI 507374). MRNA encoding HRGP-4 may be a cDNA library derived from actively proliferating cells, particularly cancer or immune response related cDN.
It was expressed in the A library.
【0089】 HRGP−5(配列番号:5)は、PROSNOT15 cDNAライブラリーを起源と
するインサイト社クローンNo. 1686892において、アミノ酸配列アライメントの コンピュータ検索を用いて初めに特定された。コンセンサス配列の配列番号:1
7は、インサイト社クローンNo. 003036(HMC1NOT01が起源)、754127(BRAITUT
02が起源)、1235963(LUNGFET03が起源)、1412956(BRAINOT12が起源)、1645
848(PROSTUT09が起源)、1686892(PROSNOT15が起源)、及び3215905(TESTNOT
07が起源)の延長及び組み立てから導き出されたものである。HRGP-5 (SEQ ID NO: 5) was initially identified in Incyte Clone No. 1686892 from the PROSNOT15 cDNA library using a computer search for amino acid sequence alignment. SEQ ID NO: 1 of consensus sequence
No. 7 is Insight No. 003036 (originating from HMC1NOT01), 754127 (BRAITUT
02 origin), 1235963 (origin from LUNGFET03), 1412956 (origin from BRAINOT12), 1645
848 (originating from PROSTUT09), 1688892 (originating from PROSNOT15), and 3215905 (originating TESTNOT
07 (origin).
【0090】 或る実施態様では、本発明は、配列番号:5のアミノ酸配列を含むポリペプチ
ドを包含する。HRGP−5は437個のアミノ酸からなる長さを有し、残基G
(120番)APNAGKSにABC結合部位モチーフA(Pループ);S(6
8番)、S(77番)、T(157番)、S(185番)、S(312番)、及
びT(343番)にあるカゼインキナーゼIIリン酸化可能部位;及びS(5番)
、S(142番)、T(147番)、T(157番)、S(2007番)、T(
318番)、及びS(432番)にあるプロテインキナーゼCリン酸化可能部位
を有する。HRGP−5は、大腸菌(GI 1033155)を起源とするGTP結合タン
パク質と配列相同性を有する。HRGP−5をコードするmRNAは、活発に増
殖中の細胞に由来するcDNAライブラリー、特に癌又は免疫応答関連のcDN
Aライブラリーにおいて発現された。In one embodiment, the invention encompasses a polypeptide comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO: 5. HRGP-5 has a length of 437 amino acids and has residues G
(No. 120) ABCAGS-ABC binding site motif A (P loop); S (6
Casein kinase II phosphorylatable sites at positions No. 8), S (No. 77), T (No. 157), S (No. 185), S (No. 312), and T (No. 343); and S (No. 5)
, S (No. 142), T (No. 147), T (No. 157), S (No. 2007), T (No.
318) and S (432) at the protein kinase C phosphorylatable site. HRGP-5 has sequence homology to GTP-binding proteins originating from E. coli (GI 1033155). MRNA encoding HRGP-5 may be a cDNA library derived from actively proliferating cells, particularly cancer or immune response related cDN.
It was expressed in the A library.
【0091】 HRGP−6(配列番号:6)は、COLNNOT09 cDNAライブラリーを起源と
するインサイト社クローンNo. 1846116において、アミノ酸配列アライメントの コンピュータ検索を用いて初めに特定された。コンセンサス配列の配列番号:1
8は、インサイト社クローンNo. 776000(COLNNOT05が起源)、954544(KIDNNOT
05が起源)、1846116(COLNNOT09が起源)、1856648(PROSNOT18が起源)、及び
2183017(SININOT01が起源)の延長及び組み立てから導き出されたものである。HRGP-6 (SEQ ID NO: 6) was initially identified using a computer search for amino acid sequence alignments in Incyte Clone No. 1846116 from the COLNNOT09 cDNA library. SEQ ID NO: 1 of consensus sequence
8 are Insights clone No. 776000 (origin of COLNNOT05), 954544 (KIDNNOT
05 origin), 1846116 (origin from COLNNOT09), 1856648 (origin from PROSNOT18), and
It is derived from the extension and assembly of 2183017 (origin of SININOT01).
【0092】 或る実施態様では、本発明は、配列番号:6のアミノ酸配列を含むポリペプチ
ドを包含する。HRGP−6は483個のアミノ酸からなる長さを有し、G(4
23番)にあるC末端アミド化可能部位;T(2番)、S(43番)、S(58
番)、T(95番)、S(190番)、S(276番)、T(297番)、T(
301番)、S(345番)、S(350番)、及びS(351番)にあるカゼ
インキナーゼIIリン酸化可能部位;S(174番)、S(232番)、S(27
6番)、T(276番)、T(297番)、S(361番)、及びS(372番
)にあるプロテインキナーゼCリン酸化可能部位;及びY(388番)にあるチ
ロシンキナーゼリン酸化可能部位を有する。HRGP−6は、線虫cDNA yk8
9e9.5(GI 1213557)のメンバーと配列相同性を有する。HRGP−6をコード するmRNAは、癌関連のcDNAライブラリー(54%)、特に前立腺癌、肺
癌、結腸癌、乳癌、及び脳腫瘍のcDNAライブラリーにおいて発現され、また
免疫応答関連のcDNAライブラリー(23%)において発現された。In one embodiment, the invention includes a polypeptide comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO: 6. HRGP-6 has a length of 483 amino acids, and G (4
C-terminal amidable site at T (23); T (2), S (43), S (58)
No.), T (No. 95), S (No. 190), S (No. 276), T (No. 297), T (No.
Casein kinase II phosphorylatable sites at S (No. 301), S (No. 345), S (No. 350), and S (No. 351); S (No. 174), S (No. 232), S (27)
6), T (276), T (297), S (361), and S (372) at the protein kinase C phosphorylation site; and tyrosine kinase phosphorylation at Y (388) Has a possible site. HRGP-6 is a nematode cDNA yk8
It has sequence homology to members of 9e9.5 (GI 1213557). MRNA encoding HRGP-6 is expressed in a cancer-related cDNA library (54%), particularly a cDNA library for prostate, lung, colon, breast and brain tumors, and an immune response-related cDNA library ( 23%).
【0093】 HRGP−7(配列番号:30)は、PROSTUT04 cDNAライブラリーを起源
とするインサイト社クローンNo. 1913206において、アミノ酸配列アライメント のコンピュータ検索を用いて初めに特定された。コンセンサス配列の配列番号:
19は、インサイト社クローンNo. 897272(BRSTNOT05が起源)、917341(BRSTN
OT04が起源)、1260595(SYNORAT05が起源)、1913206(PROSTUT04が起源)、及
び3224569(UTRSNON03が起源)の延長及び組み立てから導き出されたものである
。[0093] HRGP-7 (SEQ ID NO: 30) was initially identified using a computer search of amino acid sequence alignments in Incyte Clone No. 1913206 originating from the PROSTUT04 cDNA library. SEQ ID No. of the consensus sequence:
No. 19 is Insight No. 897272 (origin of BRSTNOT05), 917341 (BRSTN
OT04 origin), 1260595 (origin SYNORAT05), 1913206 (origin PROSTUT04), and 3224569 (origin UTRSNON03).
【0094】 或る実施態様では、本発明は、配列番号:30のアミノ酸配列を含むポリペプ
チドを包含する。HRGP−7は543個のアミノ酸からなる長さを有し、概ね
残基M(1番)〜I(34番)にわたるシグナルペプチド配列;G(28番)に
あるシグナルペプチド内の内部ミリストイル化可能部位;N(57番)、N(1
09番)、N(200番)、N(204番)、N(228番)、及びN(534
番)にあるNグリコシル化可能部位;S(13番)、S(97番)、S(186
番)、S(213番)、S(254番)、S(361番)、S(387番)、S
(428番)、及びS(538番)にあるカゼインキナーゼIIリン酸化可能部位
;及びS(4番)、S(31番)、S(90番)、S(97番)、S(186番
)、S(361番)、S(420番)、及びS(538番)にあるプロテインキ
ナーゼCリン酸化可能部位を有する。HRGP−7は、ブタ胃ムチンタンパク質
(GI 915208)と配列相同性を有する。HRGP−7をコードするmRNAは、 活発に増殖中の細胞に由来するcDNAライブラリー、特に癌関連(42%)、
免疫応答関連(32%)、及び胎児の発達関連(18%)のcDNAライブラリ
ーにおいて発現された。In one embodiment, the invention encompasses a polypeptide comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO: 30. HRGP-7 has a length of 543 amino acids and is a signal peptide sequence generally ranging from residues M (No. 1) to I (No. 34); internal myristoylation within the signal peptide at G (No. 28) Site; N (No. 57), N (1
09), N (200), N (204), N (228), and N (534)
No.) at the N-glycosylation-possible site; S (No. 13), S (No. 97), S (186)
No.), S (No. 213), S (No. 254), S (No. 361), S (No. 387), S
(No. 428), and the casein kinase II phosphorylatable site at S (No. 538); and S (No. 4), S (No. 31), S (No. 90), S (No. 97), S (No. 186) ), S (No. 361), S (No. 420), and S (No. 538). HRGP-7 has sequence homology to porcine gastric mucin protein (GI 915208). MRNA encoding HRGP-7 is a cDNA library derived from actively growing cells, particularly cancer-related (42%),
It was expressed in an immune response related (32%) and fetal development related (18%) cDNA libraries.
【0095】 HRGP−8(配列番号:8)は、 BONTNOT01cDNAライブラリーを起源と
するインサイト社クローンNo. 2637177において、アミノ酸配列アライメントの コンピュータ検索を用いて初めに特定された。コンセンサス配列の配列番号:2
0は、インサイト社クローンNo. 2014984(TESTNOT03が起源)及び2637177(BON
TNOT01が起源)及びショットガン配列SAEA00455、SAEA00561、及びSAEA01588の 延長及び組み立てから導き出されたものである。[0095] HRGP-8 (SEQ ID NO: 8) was initially identified using a computer search for amino acid sequence alignments in Insights clone No. 2637177, originating from the BONTNOT01 cDNA library. SEQ ID NO: 2 of consensus sequence
0 is Insight Clone No. 2014984 (origin of TESTNOT03) and 2637177 (BON
TNOT01) and the extension and assembly of the shotgun sequences SAEA00455, SAEA00561, and SAEA01588.
【0096】 或る実施態様では、本発明は、配列番号:8のアミノ酸配列を含むポリペプチ
ドを包含する。HRGP−8は180個のアミノ酸からなる長さを有し、N(5
7番)及びN(124番)にある2個のNグリコシル化可能部位;S(116番
)にあるグリコサミノグリカン付着可能部位:及びT(5番)、Y(45番)、
S(48番)、T(76番)、T(84番)、S(135番)、及びS(149
番)にある7個のリン酸化可能部位を有する。HRGP−8は、線虫タンパク質
C43E11.9(GI 1703574)と配列相同性を有する。In one embodiment, the invention encompasses a polypeptide comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO: 8. HRGP-8 has a length of 180 amino acids and has N (5
7) and two N-glycosylation sites at N (124); glycosaminoglycan attachment sites at S (116): and T (5), Y (45),
S (No. 48), T (No. 76), T (No. 84), S (No. 135), and S (149)
No. 7). HRGP-8 is a nematode protein
It has sequence homology to C43E11.9 (GI 1703574).
【0097】 HRGP−9(配列番号:56)は、HEARFET02 cDNAライブラリーを起源
とするインサイト社クローンNo. 3026841において、アミノ酸配列アライメント のコンピュータ検索を用いて初めに特定された。コンセンサス配列の配列番号:
21は、インサイト社クローンNo. 3092189(HEARFET02が起源)、2494035(ADR
ETUT05が起源)、489738(HNT2AGT01が起源)、1493228(PROSNON01が起源)、2
106486(BRAITUT03が起源)、2741492(BRSTTUT14が起源)、2111992(BRAITUT0
3が起源)、1874754(LEUKNOT02が起源)、及び1513059(PANCTUT01が起源)の 延長及び組み立てから導き出されたものである。HRGP-9 (SEQ ID NO: 56) was initially identified using a computer search of amino acid sequence alignments in Incyte Clone No. 3026841 originating from the HEARFET02 cDNA library. SEQ ID No. of the consensus sequence:
21 are Insights clone No. 3092189 (originating from HEARFET02), 2494035 (ADR
ETUT05 origin), 489738 (origin HNT2AGT01), 1493228 (origin PROSNON01), 2
106486 (origin of BRAITUT03), 2749492 (origin of BRSTTUT14), 2111992 (origin of BRAITUT0
3 originated from 1874754 (originated from LEUKNOT02), and 1513059 (originated from PANCTUT01).
【0098】 或る実施態様では、本発明は、配列番号:9のアミノ酸配列を含むポリペプチ
ドを包含する。HRGP−9は130個のアミノ酸からなる長さを有し、N(1
4番)及びN(59番)にある2個のNグリコシル化可能部位;及びT(16番
)、S(33番)、S(47番)、S(61番)、Y(62番)、S(70番)
、S(90番)、S(104番)、及びS(116番)にある9個のリン酸化可
能部位を有する。HRGP−9は、糖尿病において豊富に見られるヒトタンパク
質(GI 2196870)と配列相同性を有する。HRGP−9をコードするmRNAは
、活発に増殖中の細胞に由来するcDNAライブラリー、特に癌関連のcDNA
ライブラリー(50%)において発現された。[0098] In one embodiment, the invention encompasses a polypeptide comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO: 9. HRGP-9 has a length of 130 amino acids and N (1
Two N-glycosylatable sites at No. 4) and N (No. 59); and T (No. 16), S (No. 33), S (No. 47), S (No. 61), Y (No. 62) , S (No. 70)
, S (No. 90), S (No. 104), and S (No. 116). HRGP-9 has sequence homology to a human protein (GI 2196870) that is abundant in diabetes. MRNA encoding HRGP-9 is a cDNA library derived from actively growing cells, especially cancer-related cDNAs.
Expressed in library (50%).
【0099】 HRGP−10(配列番号:10)は、LUNGTUT13 cDNAライブラリーを起
源とするインサイト社クローンNo. 3119737において、アミノ酸配列アライメン トのコンピュータ検索を用いて初めに特定された。コンセンサス配列の配列番号
:22は、インサイト社クローンNo. 3119737(LUNGTUT13が起源)、1854190(H
NT3AZT01が起源)、772126(COLNCR01が起源)、1443080(THYRNOT03が起源)、
1453628(PENITUT01が起源)、及び1538342(SINTTUT01が起源)の延長及び組み
立てから導き出されたものである。HRGP-10 (SEQ ID NO: 10) was initially identified using a computer search for amino acid sequence alignments in Incyte Clone No. 3119737 originating from the LUNGTUT13 cDNA library. The consensus sequence SEQ ID NO: 22 corresponds to Incyte clone No. 3119737 (origin of LUNGTUT13), 1854190 (H
NT3AZT01 origin), 772126 (COLNCR01 origin), 1443080 (THYRNOT03 origin),
1453628 (origin of PENITUT01), and 1538342 (origin of SINTTUT01) derived from the extension and assembly.
【0100】 或る実施態様では、本発明は、配列番号:10のアミノ酸配列を含むポリペプ
チドを包含する。HRGP−10は193個のアミノ酸からなる長さを有し、T
(37番)、S(73番)、及びT(127番)にある3個のカゼインキナーゼ
IIリン酸化可能部位;残基T(127番)〜S(160番)にわたる1個のAT
P結合部位モチーフ(Pループ);及び残基C(番)にある1個のプレニル基結
合部位(CAAXボックス)を有する。HRGP−10は、ヒトrhoCコード領域
(GI 36034)と配列相同性を有する。ノーザン法による解析の結果から、様々な
ライブラリーにおけるHRGP−10の発現がわたる。そのようなライブラリー
の少なくとも52%は、不死化又は癌性のものであり、少なくとも30%は免疫
応答関連のものである。In one embodiment, the invention encompasses a polypeptide comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO: 10. HRGP-10 has a length of 193 amino acids and has a T
Three casein kinases at (No. 37), S (No. 73), and T (No. 127)
II phosphorylatable site; one AT spanning residues T (127) to S (160)
It has a P binding site motif (P loop); and one prenyl group binding site at residue C (number) (CAAX box). HRGP-10 has sequence homology to the human rhoC coding region (GI 36034). The results of Northern analysis indicate the expression of HRGP-10 in various libraries. At least 52% of such libraries are immortalized or cancerous and at least 30% are immune response related.
【0101】 HRGP−11(配列番号:11)は、OVARTUN01 cDNAライブラリーを起
源とするインサイト社クローンNo. 3257165において、アミノ酸配列アライメン トのコンピュータ検索を用いて初めに特定された。コンセンサス配列の配列番号
:23は、インサイト社クローンNo. 3257165(OVARTUN01が起源)、1976041(P
ANCTUT02が起源)、862467(BRAITUT03が起源)、及び1352543(LATRTUT02が起 源)の延長及び組み立てから導き出されたものである。HRGP-11 (SEQ ID NO: 11) was initially identified using a computer search for amino acid sequence alignments in Incyte Clone No. 3257165 originating from the OVARTUN01 cDNA library. The consensus sequence SEQ ID NO: 23 is obtained from Incyte clone No. 3257165 (originating from OVARTUN01), 1976041 (P
Derived from the extension and assembly of ANCTUT02), 862467 (origin of BRAITUT03), and 1352543 (origin of LATRTUT02).
【0102】 或る実施態様では、本発明は、配列番号:11のアミノ酸配列を含むポリペプ
チドを包含する。HRGP−11は202個のアミノ酸からなる長さを有し、T
(94番)にあるcAMP−及びcGMP−依存性プロテインキナーゼリン酸化
可能部位;S(187番)にあるカゼインキナーゼIIリン酸化可能部位;G(2
3番)及びG(27番)にある2個のNミリストイル化可能部位;及びS(31
番)、T(43番)、T(60番)、T(71番)、S(74番)、S(89番
)、T(94番)、及びT(97番)にあるプロテインキナーゼCリン酸化可能
部位を有する。HRGP−11は、ラットPTTG(GI 1763265)と配列相同性
を有する。ノーザン法による解析の結果から、HRGP−11の様々なライブラ
リーにおける発現がわかる。そのようなライブラリーの少なくとも48%は不死
化又は癌性のものであり、少なくとも29%は免疫応答関連のものであり、少な
くとも32%は胎児の疾患に関連するものである。In one embodiment, the invention encompasses a polypeptide comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO: 11. HRGP-11 has a length of 202 amino acids and has a T
(No. 94) at a cAMP- and cGMP-dependent protein kinase phosphorylatable site; S (187) at a casein kinase II phosphorylatable site; G (2
Two N-myristoylizable sites at No. 3) and G (No. 27); and S (31
No.), T (No. 43), T (No. 60), T (No. 71), S (No. 74), S (No. 89), T (No. 94), and Protein Kinase C at T (No. 97) It has a phosphorylatable site. HRGP-11 has sequence homology to rat PTTG (GI 1763265). The results of analysis by the Northern method indicate expression of HRGP-11 in various libraries. At least 48% of such libraries are immortalized or cancerous, at least 29% are immune response related, and at least 32% are fetal disease related.
【0103】 HRGP−12(配列番号:12)は、CONNTUT05 cDNAライブラリーを起
源とするインサイト社クローンNo. 3371455において、アミノ酸配列アライメン トのコンピュータ検索を用いて初めに特定された。コンセンサス配列の配列番号
:24は、インサイト社クローンNo. 3371455(CONNTUTが起源)、2210345(SIN
TFET03が起源)、915388、196186、及び918434(BRSTNOT04が起源)、760643(B
RAITUT02が起源)、674891(CRBLNOT01が起源)、3526393(ESOGTUN01が起源) 、968807(BRSTNOT05が起源)、925515(BRAINOT04が起源)、1997822(BRSTTUT
03が起源)、2149413(BRAINOT09が起源)、1210219(BRSTNOT02が起源)、及び
1939856(HIPONOT01が起源)の延長及び組み立てから導き出されたものである。HRGP-12 (SEQ ID NO: 12) was initially identified using a computer search for amino acid sequence alignments in Incyte clone No. 3371455 originating from the CONNTUT05 cDNA library. The consensus sequence SEQ ID NO: 24 corresponds to Incyte clone No. 3371455 (origin of CONNTUT), 2210345 (SIN
TFET03 origin), 915388, 196186, and 918434 (origin BRSTNOT04), 760643 (B
RAITUT02 origin), 674891 (origin CRBLNOT01), 3526393 (origin of ESOGTUN01), 968807 (origin of BRSTNOT05), 925515 (origin of BRAINOT04), 1997822 (origin of BRSTTUT)
03 origin), 2149413 (origin BRAINOT09), 1210219 (origin BRSTNOT02), and
Derived from the extension and assembly of 1939856 (origin of HIPONOT01).
【0104】 或る実施態様では、本発明は、配列番号:12のアミノ酸配列を含むポリペプ
チドを包含する。HRGP−12は387個のアミノ酸からなる長さを有し、S
(152番)にあるcAMP−及びcGMP−依存性プロテインキナーゼリン酸
化可能部位;S(10番)、S(62番)、S(64番)、S(89番)、T(
107番)、T(145番)、S(228番)、S(230番)、T(243番
)、S(269番)、S(346番)、S(356番)、及びT(367番)に
ある13個のカゼインキナーゼIIリン酸化可能部位;T(107番)、T(14
5番)、S(269番)、及びT(314番)にある4個のプロテインキナーゼ
Cリン酸化可能部位;残基R(100番)にある1個の細胞付着可能配列;及び
C(384番)SIMにある1個のフェニル基結合部位(CAAXボックス)を
有する。HRGP−12は、ヒトKIAA0270(GI 1665807)と100%の配列相同
性を有する。ノーザン解析の結果から、様々なライブラリーにおけるHRGP−
70の発現がわかる。そのようなライブラリーの少なくとも44%は不死化又は
癌性のものであり、少なくとも21%は胎児の疾患に関連するものである。In one embodiment, the invention encompasses a polypeptide comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO: 12. HRGP-12 has a length of 387 amino acids, and S
(No. 152), a cAMP- and cGMP-dependent protein kinase phosphorylatable site; S (No. 10), S (No. 62), S (No. 64), S (No. 89), T (No.
No. 107), T (No. 145), S (No. 228), S (No. 230), T (No. 243), S (No. 269), S (No. 346), S (No. 356), and T (No. 367) No. 13) at the site capable of phosphorylating casein kinase II; T (No. 107), T (14)
5), four protein kinase C phosphorylatable sites at S (269) and T (314); one cell-adhesive sequence at residue R (100); and C (384). No.) It has one phenyl group binding site (CAAX box) in SIM. HRGP-12 has 100% sequence homology with human KIAA0270 (GI 1665807). From the results of Northern analysis, it was found that HRGP-
70 expression can be seen. At least 44% of such libraries are immortalized or cancerous and at least 21% are associated with fetal disease.
【0105】 また本発明は、HRGPの生物学的又は機能的活性を保持しているHRGP変
異体を包含する。好ましいHRGPの変異体は、HRGPのアミノ酸配列と少な
くとも約80%、より好ましくは少なくとも約90%のアミノ酸配列同一性を有
するものである。最も好ましいHRGP変異体は、ここに開示するHRGPと少
なくとも95%の配列同一性を有するものである。The invention also encompasses HRGP variants that retain the biological or functional activity of HRGP. Preferred variants of HRGP are those that have at least about 80%, more preferably at least about 90%, amino acid sequence identity with the amino acid sequence of HRGP. Most preferred HRGP variants are those that have at least 95% sequence identity with the HRGPs disclosed herein.
【0106】 また本発明は、HRGPをコードするポリヌクレオチドを包含する。従って、
HRGPのアミノ酸配列をコードする任意の核酸配列を用いて、HRGPを発現
する組換え分子を作り出すことができる。特定の実施態様では、本発明は、配列
番号:13、配列番号:14、配列番号:15、配列番号:16、配列番号:1
7、配列番号:18、配列番号:19、配列番号:20、配列番号:21、配列
番号:22、配列番号:23、及び配列番号:24からなる群から選択された核
酸配列からなるポリヌクレオチドを包含する。The present invention also encompasses a polynucleotide encoding HRGP. Therefore,
Any nucleic acid sequence encoding the amino acid sequence of HRGP can be used to create a recombinant molecule that expresses HRGP. In certain embodiments, the present invention relates to SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 1.
7, a polynucleotide consisting of a nucleic acid sequence selected from the group consisting of: SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 23, and SEQ ID NO: 24 Is included.
【0107】 当業者には理解されるように、遺伝暗号の縮重の結果、任意の既知の自然発生
遺伝子のヌクレオチド配列と最小限の相同性しか有していないものも含めて、多
種のHRGPをコードするヌクレオチド配列が作り出され得る。従って本発明は
、可能なコドン選択に基づく組み合わせを選択することによって作り出されるあ
らゆる可能な核酸配列の変異をその範囲に含んでいる。それらの組み合わせは、
自然発生のHRGPのヌクレオチド配列に適用されるような標準的なトリプレッ
ト遺伝暗号に基づいて作り出されるものであり、このような変異は全てここに具
体的に開示されたものと考えられたい。As will be appreciated by those skilled in the art, the degeneracy of the genetic code results in a wide variety of HRGPs, including those that have minimal homology to the nucleotide sequence of any known naturally occurring gene. Can be created. Thus, the present invention includes within its scope all possible nucleic acid sequence variations created by selecting combinations based on the possible codon choices. Their combination is
It is based on the standard triplet genetic code as applied to the nucleotide sequence of naturally occurring HRGP, and all such variations are to be considered as specifically disclosed herein.
【0108】 HRGPをコードするヌクレオチド配列及びその変異配列は、適切に選択され
たストリンジェンシーの条件の下で自然発生配列のヌクレオチド配列とハイブリ
ダイズ可能であるのが好ましいが、実質的に異なるコドンを有しているHRGP
又はその誘導体をコードするヌクレオチド配列を作り出すことは有益であり得る
。コドンの選択においては、特定のコドンが宿主によって使用される頻度に従っ
て、特定の原核細胞又は真核細胞の発現宿主におけるペプチド発現の発生率を高
めるように選択することができる。HRGP及びその誘導体をコードするヌクレ
オチド配列を、コードされるアミノ酸配列が変わらないように実質的に改変する
他の理由として、例えば自然発生配列から作られる転写物より長い半減期のよう
な、より望ましい特性を有するRNA転写物を作り出すことが挙げられる。本発
明の範囲には、HRGP又はその誘導体をコードするDNA配列又はその断片の
、完全な合成ケミストリによる作製も含まれる。作製した後、この合成遺伝子を
、周知の試薬を用いて入手可能な様々な発現ベクター及び細胞系に挿入すること
ができる。更に、合成ケミストリを用いてHRGPをコードする配列又はその任
意の断片に突然変異を導入することができる。The nucleotide sequence encoding HRGP and its variant sequences are preferably capable of hybridizing to the nucleotide sequence of the naturally occurring sequence under appropriately selected stringency conditions, but have substantially different codons. HRGP you have
Alternatively, it may be beneficial to create a nucleotide sequence that encodes a derivative thereof. In selecting codons, it can be chosen to increase the incidence of peptide expression in a particular prokaryotic or eukaryotic expression host, depending on the frequency with which particular codons are used by the host. Other reasons for substantially altering the nucleotide sequence encoding HRGP and its derivatives so that the encoded amino acid sequence remains unchanged, such as a longer half-life than transcripts made from naturally occurring sequences Creating RNA transcripts with properties. The scope of the present invention also includes the production of a DNA sequence encoding HRGP or a derivative thereof, or a fragment thereof, by completely synthetic chemistry. Once made, the synthetic gene can be inserted into various available expression vectors and cell lines using well-known reagents. In addition, synthetic chemistry can be used to introduce mutations into the HRGP-encoding sequence or any fragment thereof.
【0109】 また本発明の範囲に含まれるものとして、様々なストリンジェンシーの条件(
例えばWahl, G.M. 及びS.L.Berger(1987; Methods Enzymol. 152:399-407)及 びKimmel, A.R.(1987; Methods in Enzymol. 152:507-511)参照)の下で請求 の範囲に記載のヌクレオチド配列、特に配列番号:13、配列番号:14、配列
番号:15、配列番号:16、配列番号:17、配列番号:18、配列番号:1
9、配列番号:20、配列番号:21、配列番号:22、配列番号:23、及び
配列番号:24に示すヌクレオチド配列とハイブリダイズし得るポリヌクレオチ
ド配列がある。Also included within the scope of the present invention are various stringency conditions (
See, for example, the nucleotide sequences claimed under Wahl, GM and SLBerger (1987; Methods in Enzymol. 152: 399-407) and Kimmel, AR (1987; Methods in Enzymol. 152: 507-511). In particular, SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 1
9, there are polynucleotide sequences that can hybridize with the nucleotide sequences shown in SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 23, and SEQ ID NO: 24.
【0110】 DNAシークエンシングの方法は、周知で当業者が通常利用可能であり、本発
明の実施例の何れかの実施のために用いることができる。この方法では、例えば
DNAポリメラーゼIのKlenowフラグメントであるSequenase(US Biochemical
Corp. Cleveland OH)、Taqポリメラーゼ(Perkin Elmer)、熱安定性T7ポリメ ラーゼ(Amersham, Chicago IL)、或いはGibco BRL(Gaithersburg MD)から発
売されているELONGASE Amplification Systemに見られるもののような校正エキ ソヌクレアーゼと組換え体ポリメラーゼとの組み合わせたもののような酵素を用
いることができる。このプロセスは、Hamilton Micro Lab2200(Hamilton, Reno
, NV)、Peltier Thermal Cycler(PTC200;MJ Reserch, Watertown MA)並びに
ABI Catalyst及びABI377及び377 DNAシーケンサ(Perkin Elmer)のような装置 を用いて自動化するのが好ましい。[0110] DNA sequencing methods are well known and commonly available to those of skill in the art, and can be used to practice any of the embodiments of the present invention. In this method, for example, Sequenase which is a Klenow fragment of DNA polymerase I (US Biochemical
Corp. Cleveland OH), Taq polymerase (Perkin Elmer), thermostable T7 polymerase (Amersham, Chicago IL), or a calibration exo such as that found in the ELONGASE Amplification System available from Gibco BRL (Gaithersburg MD). Enzymes, such as a combination of a nuclease and a recombinant polymerase can be used. This process is based on the Hamilton Micro Lab2200 (Hamilton, Reno
, NV), Peltier Thermal Cycler (PTC200; MJ Reserch, Watertown MA) and
It is preferred to automate using equipment such as ABI Catalyst and ABI377 and 377 DNA sequencers (Perkin Elmer).
【0111】 HRGPをコードする核酸配列を、部分的なヌクレオチド配列を利用して、周
知の様々な方法を用いて伸長させ、プロモーター及び調節エレメントのような上
流の配列を検出することができる。例えば、使用可能な方法の一つである制限部
位PCR法では、汎用プライマーを用いて既知の位置に隣接する未知の配列を得
る(例えばSarkar, G. (1993) PCR Methods Applic 2:318-322参照)。詳述する
と、まずゲノムDNAを、既知の領域に特異的なプライマー及びリンカー配列に
対するプライマーの存在の下で増幅する。増幅された配列を、同じリンカープラ
イマーと最初のプライマーの内に含まれる別の特異的プライマーを用いてPCR
の2巡目にかける。各回のPCRの産物を、適切なRNAポリメラーゼを用いて
転写させ、逆転写酵素を用いて配列決定する。The nucleic acid sequence encoding HRGP can be extended using partial nucleotide sequences using various well-known methods to detect upstream sequences such as promoters and regulatory elements. For example, in a restriction site PCR method that is one of the methods that can be used, an unknown sequence adjacent to a known position is obtained using a universal primer (for example, Sarkar, G. (1993) PCR Methods Applic 2: 318-322). reference). Specifically, genomic DNA is first amplified in the presence of a primer specific to a known region and a primer to a linker sequence. PCR of the amplified sequence using the same linker primer and another specific primer contained within the first primer
Take the second round. The product of each round of PCR is transcribed using the appropriate RNA polymerase and sequenced using reverse transcriptase.
【0112】 逆PCR法を用いて、既知の領域に基づく多様なプライマーを利用して配列を
増幅、または延長することもできる(例えばTriglia, T.他(1988)Nucleic Aci
ds Res 16:8186参照)。プライマーは、OLIGO 4.06 Primer Analysis software (National Biosciences Inc., Plymouth MN)のような市販のソフトウェアや他
の適切なプログラムを用いて、長さが22〜30ヌクレオチド、GC含量が50
%以上、かつ約68〜72℃の温度で標的配列にアニールするように設計する。
この方法では数種の制限酵素を用いて遺伝子の既知の領域の適当な断片を作り出
す。次にこの断片を分子内ライゲーションにより環状にし、PCR用の鋳型とし
て使用する。Inverse PCR can also be used to amplify or extend sequences using various primers based on known regions (eg, Triglia, T. et al. (1988) Nucleic Aci.
ds Res 16: 8186). Primers were purchased using commercially available software such as OLIGO 4.06 Primer Analysis software (National Biosciences Inc., Plymouth MN) or other suitable programs and were 22-30 nucleotides in length and 50% in GC content.
% And is designed to anneal to the target sequence at a temperature of about 68-72 ° C.
In this method, several restriction enzymes are used to generate appropriate fragments of a known region of the gene. This fragment is then circularized by intramolecular ligation and used as a template for PCR.
【0113】 使用できる別の方法にキャプチャPCR法があり、この方法ではヒト及び酵母
菌人工染色体DNA内の既知の配列に隣接するDNA断片をPCRによって増幅
する(例えば、Lagerstrom, M.他(1991)PCR Methods Applic 1:111-119参照)
。この方法では、PCRを行う前に、複数の制限酵素による消化及び連結によっ
てそのDNA分子の未知の断片のなかに、組換え二本鎖配列を組み入れておくこ
ともできる。Another method that can be used is capture PCR, in which DNA fragments adjacent to known sequences in human and yeast artificial chromosomal DNA are amplified by PCR (eg, Lagerstrom, M. et al. (1991). ) PCR Methods Applic 1: 111-119)
. In this method, the recombinant double-stranded sequence can also be incorporated into an unknown fragment of the DNA molecule by digestion and ligation with a plurality of restriction enzymes before performing PCR.
【0114】 未知の配列を得るために用いることができる別の方法は、Parker, J.D.他の方
法(例えば、1991; Nucleic Acids Res 19:3055-3060参照)である。更に、PC
R、入れ子プライマー、PromoterFinderTMライブラリーを用いて、ゲノムDNA
内歩行を行うことができる(Clontech, Palo Alto CA)。このプロセスは、ライ
ブラリーをスクリーニングする必要がなく、イントロン/エクソン接合部を探し
出すのに有用である。Another method that can be used to obtain unknown sequences is Parker, JD et al. (See, eg, 1991; Nucleic Acids Res 19: 3055-3060). Furthermore, PC
R, nested primers, genomic DNA using PromoterFinder ™ library
You can walk inside (Clontech, Palo Alto CA). This process is useful for finding intron / exon junctions without having to screen the library.
【0115】 完全長cDNAをスクリーニングするときには、より大きなcDNAを含むよ
うにサイズ選択されたライブラリーを用いるのが好ましい。またランダムプライ
ミングした(random primed)ライブラリーは、遺伝子の5′領域を含む配列を より多く含むという点で好適である。ランダムプライミングしたライブラリーを
用いることは、オリゴd(T)ライブラリーでは完全長cDNAが得られない場
合に特に好ましい。またゲノムライブラリーは、転写されない5′調節領域まで
配列を延長するために有用であり得る。When screening for full-length cDNAs, it is preferable to use libraries that have been size-selected to include larger cDNAs. Random primed libraries are also preferred in that they contain more sequences containing the 5 'region of the gene. The use of a randomly primed library is particularly preferable when an oligo d (T) library cannot obtain a full-length cDNA. Genomic libraries can also be useful for extending sequence to a non-transcribed 5 'regulatory region.
【0116】 シークエンシングやPCRの産物のヌクレオチド配列をサイズ分析したりその
存在を確認するために、市販のキャピラリー電気泳動システムを用いることがで
きる。特に、キャピラリーシークエンシングでは、電気泳動による分離のための
流動性ポリマー、レーザーで活性化される4種の異なる蛍光色素(各ヌクレオチ
ドに対して1種類)を使用し、CCDカメラにより放射された波長の検出を行う
。出力/光強度は適切なソフトウエア(例えばPerkin Elmer製のGenotyperTM及 びSequence NavigatorTM)を用いて電気信号に変換され、サンプルの負荷からコ
ンピュータ解析及び電子データ表示までの全過程がコンピュータ制御される。キ
ャピラリー電気泳動法は、特定のサンプル内に少量しか存在しないようなDNA
の小片の配列決定に特に適している。A commercially available capillary electrophoresis system can be used to size-analyze the nucleotide sequence of a product of sequencing or PCR and confirm its presence. In particular, capillary sequencing uses a flowable polymer for electrophoretic separation, four different laser-activated fluorescent dyes (one for each nucleotide), and a wavelength emitted by a CCD camera. Is detected. The output / light intensity is converted to electrical signals using appropriate software (eg, Genotyper ™ and Sequence Navigator ™ from Perkin Elmer), and the entire process from sample loading to computer analysis and electronic data display is computer controlled. You. Capillary electrophoresis is a method of DNA that is present in small amounts in a particular sample.
Particularly suitable for the sequencing of small pieces of
【0117】 本発明の別の実施例では、HRGPをコードするポリヌクレオチド配列または
その断片を組換えDNA分子に組み入れることにより、適切な宿主細胞内でのH
RGP、その断片または機能的等価物の発現を誘導することができる。遺伝暗号
固有の縮重のために、実質的に同一即ち機能的に等価なアミノ酸配列をコードす
る他のDNA配列も作り出され得、これらの配列をHRGPのクローン化や発現
のために用いることができる。In another embodiment of the invention, a polynucleotide sequence encoding HRGP, or a fragment thereof, is incorporated into a recombinant DNA molecule to provide a recombinant DNA molecule with an HRP in a suitable host cell.
Expression of RGP, a fragment thereof, or a functional equivalent can be induced. Due to the inherent degeneracy of the genetic code, other DNA sequences encoding substantially identical, ie, functionally equivalent, amino acid sequences can be created, and these sequences can be used for HRGP cloning and expression. it can.
【0118】 当業者には理解されるように、非自然発生コドンを有するHRGPコーディン
グヌクレオチド配列を作り出すことは有益であり得る。例えば、特定の原核細胞
或いは真核細胞の宿主において選好されるコドンを選択して、タンパク質の発現
率を増大させたり、或いは自然発生配列から生成された転写物より長い半減期の
ような望ましい特性を有するRNA転写物を作り出すことができる。As will be appreciated by those skilled in the art, it may be beneficial to create a HRGP coding nucleotide sequence with non-naturally occurring codons. For example, selecting codons that are preferred in a particular prokaryotic or eukaryotic host to increase protein expression or have desirable properties such as a longer half-life than transcripts generated from naturally occurring sequences. Can be created.
【0119】 本発明のヌクレオチド配列は、様々な目的でHRGPをコードする配列を改変
するために、周知の方法を用いて組換えることができる。この配列改変の目的と
しては、限定するものではないが、例えば遺伝子産物のクローニング、プロセシ
ング及び/又は発現を変えること等が挙げられる。無作為断片によるDNA再編
成や遺伝子断片及び合成オリゴヌクレオチドのPCRによる再構成(reassembly
)によって、ヌクレオチド配列を組換えることができる。例えば、特定部位突然
変異誘発によって、新しい制限部位の挿入、グリコシル化パターンの変更、コド
ン選好の変化、スプライスバリアントの生成、及び突然変異の導入等をもたらす
ことができる。[0119] The nucleotide sequences of the present invention can be recombined using well-known methods to modify the HRGP-encoding sequence for various purposes. The purpose of this sequence modification includes, but is not limited to, for example, cloning, processing and / or altering expression of the gene product. DNA rearrangement by random fragments and PCR-based reassembly of gene fragments and synthetic oligonucleotides (reassembly
) Allows the nucleotide sequence to be recombined. For example, site-directed mutagenesis can result in the insertion of new restriction sites, altered glycosylation patterns, altered codon preferences, generation of splice variants, and introduction of mutations.
【0120】 本発明の別の実施例では、元のHRGPコーディング配列、改変したHRGP
コーディング配列、或いは組換えHRGPコーディング配列を異種の配列に結合
して、融合タンパク質をコードする配列にすることができる。例えば、HRGP
活性のインヒビターをペプチドライブラリーからスクリーニングするために、市
販の抗体により認識されるキメラHRGPタンパク質をコードすることが役立つ
ことがある。融合タンパク質はHRGPをコードする配列と異種のタンパク質配
列との間の位置に切断部位を有する形に設計することもでき、これによってHR
GPを切断して、異種の部分から分けて精製することが可能となる。[0120] In another embodiment of the invention, the original HRGP coding sequence, the modified HRGP
The coding sequence, or the recombinant HRGP coding sequence, can be ligated to a heterologous sequence to provide a sequence encoding a fusion protein. For example, HRGP
To screen for inhibitors of activity from a peptide library, it may be useful to encode a chimeric HRGP protein that is recognized by commercially available antibodies. The fusion protein can also be designed to have a cleavage site at a position between the HRGP-encoding sequence and the heterologous protein sequence, which results in a HRGP.
The GP can be cleaved and purified separately from the heterologous portion.
【0121】 本発明の別の実施例では、周知の化学的方法(例えばCaruthers. M.H.他(198
0)Nucl. Acids Res. Symp. Ser. 7:215-223; Horn, T.他(1980)Nucl. Acids
Res. Symp. Ser. 225-232参照)を用いて、HRGPをコードする配列の全体、 或いはその一部を合成することができる。或いは、化学的方法を用いてタンパク
質自体を作り出して、HRGPのアミノ酸配列またはその断片を合成することが
できる。例えば、様々な固相技術(例えば、Roberge, J.Y.他(1995) Science 26
9:202-204参照)でペプチド合成を行うことができ、合成の自動化は、例えばABI
431Aペプチド合成機(Perkin Elmer)を用いることにより達成することができ る。In another embodiment of the present invention, known chemical methods (eg, Caruthers. MH et al. (198)
0) Nucl. Acids Res. Symp. Ser. 7: 215-223; Horn, T. et al. (1980) Nucl. Acids
Res. Symp. Ser. 225-232) can be used to synthesize the entire HRGP-encoding sequence or a portion thereof. Alternatively, the protein itself can be produced using chemical methods to synthesize the HRGP amino acid sequence or a fragment thereof. For example, various solid-phase techniques (eg, Roberge, JY et al. (1995) Science 26
9: 202-204), and the synthesis can be automated, for example, by ABI
This can be achieved by using a 431A peptide synthesizer (Perkin Elmer).
【0122】 この新たに合成されたペプチドは、分離用高速液体クロマトグラフィーにより
実質的に精製することができる(例えば、Chiez. R.M.及びF.Z. Regnier (1990)
Methods Enzymol. 182:392-421参照)。合成されたペプチドの組成は、アミノ 酸解析或いはシークエンシングにより確認することができる(例えばCreighton
T.(1983)Proteins Structure and Molecular Principles, WH Freeman and Co
., NY参照)。さらにHRGPのアミノ酸配列或いはその任意の一部分を、その 直接の合成の際の改変することにより、及び/又は化学的方法を用いて他のタン
パク質或いはその任意の部分に由来する配列と結合させることにより、変異体ポ
リペプチドを作り出すことができる。The newly synthesized peptide can be substantially purified by preparative high performance liquid chromatography (eg, Chiez. RM and FZ Regnier (1990).
Methods Enzymol. 182: 392-421). The composition of the synthesized peptide can be confirmed by amino acid analysis or sequencing (eg, Creighton
T. (1983) Proteins Structure and Molecular Principles , WH Freeman and Co
., NY). Further, by modifying the amino acid sequence of HRGP or any part thereof during its direct synthesis, and / or by using a chemical method to bind to a sequence derived from another protein or any part thereof, , Mutant polypeptides can be created.
【0123】 生物学的に活性なHRGPを発現させるためには、HRGPをコードするヌク
レオチド配列或いはその機能的等価物を、適切な発現ベクター、すなわち挿入さ
れたコーディング配列の転写及び翻訳に必要なエレメントを含むベクターに挿入
する。In order to express biologically active HRGP, the nucleotide sequence encoding HRGP or a functional equivalent thereof is converted to an appropriate expression vector, ie, the elements necessary for transcription and translation of the inserted coding sequence. Insert into a vector containing
【0124】 HRGPをコードする配列及び適切な転写や翻訳の調節領域を含む発現ベクタ
ーを作製するために当業者に周知の方法を用いることができる。これらの方法と
しては、in vitro組換えDNA技術、合成技術、並びにin vivo遺伝子組換え技 術が挙げられる(例えば、Sambrook, J.他(1989)Molecular Cloning, A Labor atory Manual , Cold Spring Harbor Press, Planview NY及びAusubel, F.M.他Cu rrent Protocol in Molecular Biology , John Wiley &Sons, New York, NY参照 )。[0124] Methods known to those of skill in the art can be used to construct expression vectors containing a sequence encoding HRGP and appropriate transcriptional and translational control regions. These methods include in vitro recombinant DNA technology, synthetic technology, and in vivo gene recombination technology (eg, Sambrook, J. et al. (1989) Molecular Cloning, A Laboratory Manual , Cold Spring Harbor Press). , Planview NY and Ausubel, FM other Cu rrent Protocol in Molecular Biology, John Wiley & Sons, New York, see NY).
【0125】 HRGPをコードする配列の保持、発現のために様々な発現ベクター/宿主系
を用いることができる。このようなものとしては、限定するものではないが、組
換えバクテリオファージ、プラスミド或いはコスミドDNA発現ベクターで形質
転換した細菌のような微生物や、酵母菌発現ベクターで形質転換した酵母菌や、
ウイルス発現ベクター(例えばバキュロウイルス)を感染させた昆虫細胞系や、
ウイルス発現ベクター(例えばカリフラワーモザイクウイルスCaMV、タバコモザ
イクウイルスTMV)或いは細菌の発現ベクター(例えばTi、或いはpBR322プラス ミド)で形質転換した植物細胞系や、或いは動物細胞系等が挙げられる。本発明
は、使用される宿主細胞によって限定されるものではない。A variety of expression vector / host systems can be used to maintain and express HRGP-encoding sequences. Such things include, but are not limited to, recombinant bacteriophages, microorganisms such as bacteria transformed with plasmid or cosmid DNA expression vectors, yeast transformed with yeast expression vectors,
Insect cell lines infected with viral expression vectors (eg baculovirus),
Plant cell lines or animal cell lines transformed with a virus expression vector (for example, cauliflower mosaic virus CaMV, tobacco mosaic virus TMV) or a bacterial expression vector (for example, Ti or pBR322 plasmid) can be mentioned. The invention is not limited by the host cell used.
【0126】 「調節領域」或いは「制御配列」とは、転写及び翻訳を行うために宿主細胞の
タンパク質と相互作用するベクターの非翻訳領域、即ちエンハンサー、プロモー
ター及び3′非翻訳領域である。このようなエレメントの作用の強さや特異性は
様々に異なったものであり得る。使用されるベクター系及び宿主に応じて、構成
的及び誘導的プロモーターを含む適切な転写及び翻訳エレメントを任意の数だけ
用いることができる。例えば、細菌系にクローン化する際には、Bluescript フ ァージミド(Stratagene, LaJolla CA)またはpSportITMプラスミド(Gibco BRL
)等のハイブリッドlacZプロモーターのような誘導的プロモーターを用いること
ができる。昆虫細胞では、バキュロウイルスポリヘドリンプロモーターを用いる
ことができる。植物細胞のゲノムに由来するプロモーター或いはエンハンサー(
例えば熱ショック RUBISCO及び貯蔵タンパク質遺伝子)、若しくは植物ウイルス
に由来するプロモーター或いはエンハンサー(例えばウイルス性プロモータ或い
はリーダー配列)を、ベクターにクローン化してもよい。哺乳動物の細胞系では
、哺乳動物の遺伝子或いは哺乳動物ウイルス由来のプロモーターが適している。
HRGPをコードする配列の複数のコピーを含む細胞系を作る必要がある場合に
は、SV40またはEBVをベースにしたベクターを適切な選択マーカーと共に用いる ことができる。“Regulatory regions” or “control sequences” are the untranslated regions of a vector that interact with host cell proteins for transcription and translation, ie, enhancers, promoters, and 3 ′ untranslated regions. The strength and specificity of the action of such elements can vary. Depending on the vector system and host used, any number of suitable transcription and translation elements, including constitutive and inducible promoters, can be used. For example, when cloning into bacterial systems, Bluescript phagemid (Stratagene, LaJolla CA) or pSportI ™ plasmid (Gibco BRL
) Can be used, such as a hybrid lacZ promoter. In insect cells, the baculovirus polyhedrin promoter can be used. A promoter or enhancer derived from the genome of a plant cell (
For example, a heat shock RUBISCO and storage protein gene), or a promoter or enhancer from a plant virus (eg, a viral promoter or leader sequence) may be cloned into the vector. For mammalian cell lines, promoters from mammalian genes or from mammalian viruses are suitable.
If it is necessary to generate a cell line that contains multiple copies of the HRGP-encoding sequence, vectors based on SV40 or EBV can be used with appropriate selectable markers.
【0127】 細菌系では、HRGPの用途に応じて多種の発現ベクターを選択することがで
きる。例えば抗体の誘発のために大量のHRGPが必要な場合には、精製が容易
であり得る融合タンパク質を高レベルで発現できるベクターを用いることができ
る。そのようなベクターとしては、限定するものではないが、多機能の大腸菌ク
ローニング・発現ベクターである、Bluescript(Stratagene)(このベクターで
は、HRGPをコードする配列を、アミノ末端メチオニン及び後続のβ−ガラク
トシダーゼの7個の残基からなる配列を備えたベクターのフレーム内に結合して
ハイブリッドタンパク質を生成できる)や、pINベクター(Van Heeke, G.及びS.
M. Schuster(1989)J. Biol. Chem. 264:5503-5509)等が挙げられる。また、 グルタチオンS−トランスファーゼ(GST)との融合タンパク質として外来ポリペ
プチドを発現させるために、pGEXベクター(Promage、Madison WI)を用いるこ ともできる。一般に、そのような融合タンパク質は可溶性であり、グルタチオン
アガロースビーズに吸着させた後、フリーのグルタチオンの存在下で溶出させる
ことによって溶解した細胞から容易に精製できる。そのような系において作り出
されるタンパク質は、ヘパリン、トロンビン或いはXa因子プロテアーゼ切断部
位を含むように設計し、目的のクローン化ポリペプチドをGST部分から随意に放 出させられるようにすることができる。In bacterial systems, a wide variety of expression vectors may be selected depending on the use of the HRGP. For example, when a large amount of HRGP is required for antibody induction, a vector that can express a fusion protein that can be easily purified at a high level can be used. Such vectors include, but are not limited to, a multifunctional E. coli cloning and expression vector, Bluescript (Stratagene) (in which the sequence encoding HRGP is replaced with an amino-terminal methionine and a subsequent β-galactosidase). And a pIN vector (Van Heeke, G. and S. et al.) That can bind to the frame of a vector having a sequence of seven residues of
M. Schuster (1989) J. Biol. Chem. 264: 5503-5509). In addition, a pGEX vector (Promage, Madison WI) can be used to express a foreign polypeptide as a fusion protein with glutathione S-transferase (GST). Generally, such fusion proteins are soluble and can be readily purified from lysed cells by adsorption to glutathione agarose beads followed by elution in the presence of free glutathione. The protein produced in such a system can be designed to include a heparin, thrombin or factor Xa protease cleavage site, allowing the cloned polypeptide of interest to be released from the GST moiety at will.
【0128】 酵母菌、サッカロミセスセレビシエ(Saccharomyces cerevisiae)では、α因
子、アルコールオキシダーゼ及びPGHのような構成的或いは誘導的プロモーター を含む多種のベクターを用いることができる(例えば、Ausubel他(前出)及びG
rant他(1987)Methods Enzymol 153:516-544参照)。In the yeast Saccharomyces cerevisiae , a wide variety of vectors containing constitutive or inducible promoters such as α-factor, alcohol oxidase and PGH can be used (eg, Ausubel et al., Supra) and G
rant et al. (1987) Methods Enzymol 153: 516-544).
【0129】 植物の発現ベクターを用いる場合、HRGPをコードする配列の発現は、多数
のプロモーターの何れかによって促進され得る。例えばCaMVの35S及び19Sプ
ロモーターのようなウイルスのプロモーターを、単独で、或いはTMV(例えば
、Takamatsu,N.他(1987)EMBO J 6:307-311参照)由来のオメガリーダー配列と
組み合わせて用いることができる。或いは、RUBISCOの小サブユニット、熱ショ ックプロモーターのような植物のプロモーターを用いてもよい(例えば、Coruzz
i, G.他(1984)EMBO J 3:1671-1680); Broglie, R.他(1984)Science 224:83
8-843; 及びWinter, J.他(1991)Results Probl. Cell Differ. 17:85-105参照
)。これらの作製物は、直接のDNA形質転換或いは病原体を介したトランスフ
ェクションにより植物細胞内に導入できる。このような技術は、様々な一般に入
手できる文献に記載されている(例えばMcGraw Hill Yearbook of Science and Technology (1992)McGraw Hill NY, pp191-196に記載のHobbs, S.又はMurry, L
.E.を参照されたい)。When using plant expression vectors, expression of the HRGP-encoding sequence can be driven by any of a number of promoters. Use of viral promoters, such as the CaMV 35S and 19S promoters, alone or in combination with an omega leader sequence from TMV (see, eg, Takamatsu, N. et al. (1987) EMBO J 6: 307-311). Can be. Alternatively, plant promoters such as the small subunit of RUBISCO, the heat shock promoter, may be used (eg, Coruzz
i, G. et al. (1984) EMBO J 3: 1671-1680); Broglie, R. et al. (1984) Science 224: 83.
8-843; and Winter, J. et al. (1991) Results Probl. Cell Differ. 17: 85-105). These products can be introduced into plant cells by direct DNA transformation or pathogen-mediated transfection. Such techniques are described in various publicly available documents (eg, Hobbs, S. or Murry, L. in McGraw Hill Yearbook of Science and Technology (1992) McGraw Hill NY, pp 191-196).
See .E.).
【0130】 HRGPの発現のために昆虫系も用いることができる。例えば、そのような系
の一つでは、ヨトウガ(Spodoptera frugiperda)細胞或いはイラクサキンウワ バ(Trichoplusia)幼虫において外来遺伝子を発現するためのベクターとして、 Autographa californica核多角体病ウイルス(AcNPV)を用いる。HRGPをコ ードする配列は、ポリヘドリン(polyhedrin)遺伝子のようなウイルスの非必須
領域にクローン化して、ポリヘドリンプロモーターの制御下に置くことができる
。HRGPコーディング配列の挿入が成功すると、ポリヘドリン遺伝子が失活し
、コートタンパク質膜を欠く変異体ウイルスが生成される。次に、この変異体ウ
イルスを、ヨトウガ(S.frugiperda)細胞或いはイラクサキンウワバ(Trichopl usia )幼虫へ感染させ、その中でHRGPを発現させることができる(Engelhar
d, E.K.他(1994)Proc. Nat. Acad. Sci. 91:3224-3227)。Insect systems can also be used for expression of HRGP. For example, such a system
In one of the yotoga (Spodoptera frugiperda) Cells or nettleTrichoplusia) As a vector for expressing foreign genes in larvae, Autographa californicaUse nuclear polyhedrosis virus (AcNPV). HRGP coding sequences are non-essential for viruses such as the polyhedrin gene.
Can be cloned into a region and placed under the control of the polyhedrin promoter
. Successful insertion of the HRGP coding sequence inactivates the polyhedrin gene.
A mutant virus lacking the coat protein membrane is generated. Next, this mutant
Ils, Yotouga (S.frugiperda) Cells or nettle (Trichopl usia ) Infect larvae in which HRGP can be expressed (Engelhar
d, E.K. et al. (1994) Proc. Nat. Acad. Sci. 91: 3224-3227).
【0131】 哺乳動物の宿主細胞では、様々なウイルスをベースにした発現系を利用するこ
とができる。発現ベクターとしてアデノウイルスが用いられる場合には、HRG
Pをコードする配列は、後期プロモータ及び三連リーダー配列からなるアデノウ
イルス転写/翻訳コンプレックス(transcription/translation complex)のな かに結合することが可能である。ウイルスのゲノムにおける必須でないE1又はE3
領域へ挿入することにより、感染した宿主細胞でHRGPを発現できる生ウイル
スが得られる(Logan, J.及びShenk, T.(1984)Proc. Natl. Acad. Sci. 81:36
55-3659)。加えて、哺乳類宿主細胞内の発現を増加させるためにラウス肉腫ウ イルス(RSV)エンハンサーのような転写エンハンサーを用いることができる。[0131] In mammalian host cells, a variety of viral-based expression systems may be utilized. When an adenovirus is used as an expression vector, HRG
The sequence encoding P can bind into an adenovirus transcription / translation complex consisting of the late promoter and tripartite leader sequence. Non-essential E1 or E3 in the viral genome
Insertion into the region yields a live virus capable of expressing HRGP in infected host cells (Logan, J. and Shenk, T. (1984) Proc. Natl. Acad. Sci. 81:36).
55-3659). In addition, transcription enhancers such as the Rous sarcoma virus (RSV) enhancer can be used to increase expression in mammalian host cells.
【0132】 また、ヒト人工染色体(HACs)を用いることにより、プラスミドに含めて
発現させることができるDNA断片より大きいDNAの断片を供給することもで
きる。治療上の目的で、6〜10MのHACsを構築し、それを従来のデリバリ
ー方法(リポソーム、ポリカチオンのアミノポリマー、又は小胞)を利用して供
給することができる。By using human artificial chromosomes (HACs), it is possible to supply a DNA fragment larger than a DNA fragment that can be expressed in a plasmid. For therapeutic purposes, 6-10 M HACs can be constructed and supplied using conventional delivery methods (liposomes, polycationic amino polymers, or vesicles).
【0133】 また、HRGPをコードする配列のより効率的な翻訳のためには、特定の開始
シグナルも必要である。このようなシグナルとしては、ATG開始コドン及び隣接 する配列が挙げられる。HRGP及びその開始コドン及び上流配列が適切な発現
ベクター内に挿入される場合には、他の転写または翻訳の制御シグナルは不要で
ある。しかし、コーディング配列又はその断片のみが挿入される場合には、ATG 開始コドンを含む外来の翻訳制御シグナルを与えなければならない。さらに、全
インサートの転写が確実に行われるようにするために、開始コドンは正しい読み
枠に存在しなければならない。外来転写エレメント及び開始コドンは、自然及び
合成両方の様々な起源に由来するものであり得る。例えば文献(例えば、Scharf
,D.他(1994)Results Probl. Cell Differ. 20:125-162参照)に記載されてい るように、使用される特定の細胞系に適切なエンハンサーを含めることにより、
発現の効率を高めることができる。[0133] Certain initiation signals are also required for more efficient translation of the sequence encoding HRGP. Such signals include the ATG initiation codon and adjacent sequences. If HRGP and its initiation codon and upstream sequences are inserted into the appropriate expression vector, no other transcriptional or translational control signals are required. However, if only the coding sequence or a fragment thereof is inserted, an exogenous translational control signal, including the ATG initiation codon, must be provided. In addition, the start codon must be in the correct reading frame to ensure transcription of the entire insert. Exogenous transcriptional elements and initiation codons can be from a variety of sources, both natural and synthetic. For example, literature (eg, Scharf
, D. et al. (1994) Results Probl. Cell Differ. 20: 125-162) by including appropriate enhancers in the particular cell line used.
The efficiency of expression can be increased.
【0134】 加えて、宿主細胞株は、挿入された配列の発現を調節するその能力、若しくは
発現したタンパク質を望ましい形にプロセシングするその能力ついて選択するこ
とができる。このようなポリペプチドの修飾としては、以下のものに限定はしな
いが、アセチル化、カルボキシル化、グリコシル化、リン酸化、脂質化(lipida
tion)並びにアシル化等が挙げられる。またタンパク質の「プレプロ」部分を切
り離す翻訳後プロセシングも、正しい挿入、折り畳み、及び/又は機能の発揮の
ために重要である。そのような翻訳後の作用のための特定の細胞装置及び特徴的
な機構を有している種々の宿主細胞(例えばCHO、HeLa、MDCK、HEK293、及びWI3
8)は、American Type Culture Collection(ATCC; Bethesda, MD)より入手で き、導入される外来タンパク質の正しい修飾やプロセシングが確実に行われるよ
うに、このなかから選択することができる。In addition, a host cell strain may be chosen for its ability to modulate the expression of the inserted sequences, or to process the expressed protein in the desired fashion. Such modifications of the polypeptide include, but are not limited to, acetylation, carboxylation, glycosylation, phosphorylation, lipidation (lipida
tion) and acylation. Post-translational processing that cuts off the "prepro" portion of the protein is also important for correct insertion, folding, and / or performance. A variety of host cells (eg, CHO, HeLa, MDCK, HEK293, and WI3) having specific cellular devices and characteristic mechanisms for such post-translational effects.
8) is available from the American Type Culture Collection (ATCC; Bethesda, MD) and can be selected from among them to ensure correct modification and processing of the foreign protein to be introduced.
【0135】 長期間にわたって組換えタンパク質の高収率の産生を確保するためには安定し
た発現が望ましい。例えば、ウイルスの複製起点及び/または内在性発現エレメ
ント及び選択マーカー遺伝子を同一のベクター上、或いは別のベクター上に含む
発現ベクターを用いることにより、HRGPを安定的に発現する細胞系を形質転
換することができる。ベクターの導入の後、細胞は、選択培地に切り替える前に
濃縮培地内で1〜2日間増殖させる。選択マーカーの目的は、選択のための耐性
を与え、その存在に基づいて導入された配列を発現する細胞を増殖、回収できる
ようにすることである。安定的に形質転換された細胞の耐性クローンは、その細
胞の型に適した組織培養技術を用いて増殖することができる。[0135] Stable expression is desirable to ensure high yield production of the recombinant protein over an extended period of time. For example, a cell line that stably expresses HRGP is transformed by using an expression vector containing the viral origin of replication and / or an endogenous expression element and a selectable marker gene on the same vector or on another vector. be able to. After the introduction of the vector, the cells are allowed to grow for 1-2 days in a concentrated medium before switching to a selective medium. The purpose of the selectable marker is to confer resistance for selection and allow cells expressing the introduced sequence to grow and recover based on its presence. Resistant clones of stably transformed cells can be propagated using tissue culture techniques appropriate for the cell type.
【0136】 形質転換された株細胞を回収するために任意の数の選択系を用いることができ
る。選択系としては、以下のものに限定はしないが、単純ヘルペスウイルスチミ
ジンキナーゼ(tk)(例えば、Wigler, M.他(1977)Cell 11:223-32参照)及び
アデニンホスホリボシルトランスフェラーゼ(aprt)(例えば、Lowy, I.他(19
80)Cell 22:817-823参照)遺伝子等があり、それぞれtk-又はaprt-細胞におい て用いられる。また代謝拮抗物質、抗生物質或いは除草剤への耐性を選択の基礎
として用いることができる。例えばdhfrはメトトレキセートに対する耐性を与え
(例えば、Wigler, M.他(1980) Proc. Natl. Acad. Sci. 77:3567参照)、nptは
アミノ配糖体のネオマイシン及びG-418に対する耐性を与え(例えば、Colberre-
Garapin, F.他(1981)J. Mol. Biol. 150:1-14参照)、als或いはpatはクロル スルフロン(chlorsulfuron)、ホスフィノトリシンアセチルトランスフェラー ゼ(phosphinotricin acetyltransferase)に対する耐性を与える(Murry, 前出
)。別の選択に利用できる遺伝子として、例えば細胞がトリプトファンの代わり
にインドールを利用できるようにするtrpB、細胞がヒスチジンの代わりにヒスチ
ノール(histinol)を利用できるようにするhisDが文献に記載されている(例え
ば、Hartman, S.C.及びR.C. Mulligan(1988)Proc. Natl. Acad. Sci. 85:8047
-51参照)。最近になって、形質転換体を特定するためばかりではなく、特定ベ クター系による一過性の或いは安定的なタンパク質発現の量を定量するために、
例えばアントシアニン、β−グルクロニダーゼ及びその基質であるGUS、及びル シフェラーゼ及びその基質であるルシフェリンのような可視マーカーが用いられ
るようになった(例えば、Rhodes, C.A.他(1995)Methods Mol. Biol. 55:121-
131参照)。[0136] Any number of selection systems can be used to recover transformed cell lines. Selection systems include, but are not limited to, herpes simplex virus thymidine kinase (tk) (see, eg, Wigler, M. et al. (1977) Cell 11: 223-32) and adenine phosphoribosyltransferase (aprt) ( For example, Lowy, I. et al. (19
80) Cell 22: 817-823 reference) have genes like, respectively tk - used Te cells odor - or aprt. Also, resistance to antimetabolites, antibiotics or herbicides can be used as a basis for selection. For example, dhfr confers resistance to methotrexate (see, eg, Wigler, M. et al. (1980) Proc. Natl. Acad. Sci. 77: 3567), and npt confers resistance to the aminoglycosides neomycin and G-418 ( For example, Colberre-
Garapin, F. et al. (1981) J. Mol. Biol. 150: 1-14), als or pat confers resistance to chlorsulfuron, phosphinotricin acetyltransferase (Murry, ed. Out). Other genes available for selection include trpB, which allows cells to use indole instead of tryptophan, and hisD, which allows cells to use histinol instead of histidine ( For example, Hartman, SC and RC Mulligan (1988) Proc. Natl. Acad. Sci. 85: 8047.
-51). More recently, not only to identify transformants, but also to quantify the amount of transient or stable protein expression by a particular vector system,
For example, visible markers such as anthocyanins, β-glucuronidase and its substrate GUS, and luciferase and its substrate luciferin have been used (for example, Rhodes, CA et al. (1995) Methods Mol. Biol. 55). : 121-
131).
【0137】 マーカー遺伝子の発現の存在/不存在が目的の遺伝子の存在をも示唆するが、
その存在及び発現を確認する必要がある場合がある。例えばHRGPをコードす
る配列がマーカー遺伝子配列内に挿入される場合は、HRGPをコードする配列
を含む形質転換された細胞を、マーカー遺伝子の機能を欠いていることで確認で
きる。或いは、マーカー遺伝子が、HRGPをコードする配列と直列に配置され
て、両者が単一のプロモータの制御下となり得る。誘導または選択に応じてのマ
ーカー遺伝子の発現は、通常、直列に配置された配列の発現をも同時に示すこと
になる。Although the presence / absence of marker gene expression also indicates the presence of the gene of interest,
It may be necessary to confirm its presence and expression. For example, when a sequence encoding HRGP is inserted into a marker gene sequence, a transformed cell containing a sequence encoding HRGP can be confirmed by lacking the function of the marker gene. Alternatively, a marker gene can be placed in tandem with the sequence encoding HRGP, both under the control of a single promoter. Expression of the marker gene in response to induction or selection will usually also indicate expression of the tandemly arranged sequence.
【0138】 或いは、当業者には周知の様々な方法により、HRGPをコードする核酸配列
を含みHRGPを発現する宿主細胞を特定できる。このような方法としては、以
下に限定するものではないが、DNA−DNA或いはDNA−RNAハイブリダ
イゼーションや、核酸及びタンパク質を検出及び/又は定量するための膜、溶液
、或いはチップを用いる技術を含むタンパク質バイオアッセイ或いはイムノアッ
セイ等が挙げられる HRGPをコードする配列のプローブ、一部分、或いは断片を用いるDNA−
DNA又はDNA−RNAハイブリダイゼーションまたは増幅により、HRGP
をコードするポリヌクレオチド配列の存在を検出することができる。核酸増幅を
利用するアッセイでは、HRGPをコードするDNA或いはRNAを含む形質転
換体を検出するために、HRGPをコードする配列をベースにしたオリゴヌクレ
オチドまたはオリゴマーを用いる。Alternatively, host cells that contain the HRGP-encoding nucleic acid sequence and express HRGP can be identified by various methods well known to those skilled in the art. Such methods include, but are not limited to, DNA-DNA or DNA-RNA hybridization, and techniques using membranes, solutions, or chips for detecting and / or quantifying nucleic acids and proteins. DNA using a probe, part or fragment of a sequence encoding HRGP, such as protein bioassay or immunoassay.
HRGP by DNA or DNA-RNA hybridization or amplification
Can be detected. In assays utilizing nucleic acid amplification, oligonucleotides or oligomers based on HRGP-encoding sequences are used to detect transformants containing HRGP-encoding DNA or RNA.
【0139】 HRGPの発現を検出、測定するための、このタンパク質に特異的なポリクロ
ーナル抗体及びモノクローナル抗体のいずれかを用いる様々なプロトコルが周知
である。このようなプロトコルの例としては、酵素結合免疫検定法(ELISA
)、ラジオイムノアッセイ(RIA)及び蛍光表示式細胞分取器法(FACS)
が挙げられる。HRGPポリペプチド上で2種の非干渉なエピトープに対して反
応するモノクローナル抗体を利用する二部位モノクローナルベースイムノアッセ
イ(two-site, monoclonal-based immunoassay)が好適であるが、競合的結合ア
ッセイも用いることができる。これらアッセイの並びに他のアッセイは、他の文
献に記載されている(例えば、Hampton, R.他(1990) Serological Methods, a L aboratory Manual , APS Press, St. Paul MN及びMaddox, D.E.他(1983) J. Exp.
Med. 158:1211-1216参照)。Various protocols are well known for detecting and measuring HRGP expression, using either polyclonal or monoclonal antibodies specific for this protein. Examples of such protocols include enzyme linked immunoassays (ELISA).
), Radioimmunoassay (RIA) and Fluorescent Display Cell Sorter (FACS)
Is mentioned. A two-site, monoclonal-based immunoassay utilizing a monoclonal antibody reactive to two non-interfering epitopes on the HRGP polypeptide is preferred, but a competitive binding assay may also be used. Can be. These and other assays have been described elsewhere (see, for example, Hampton, R. et al. (1990) Serological Methods, a Laboratory Manual , APS Press, St. Paul MN and Maddox, DE et al. (1983). ) J. Exp.
Med. 158: 1211-1216).
【0140】 さらに様々な標識・結合技術が周知であり、様々な核酸及びアミノ酸のアッセ
イにおいて用いることができる。近縁な配列を検出するための、標識されたハイ
ブリダイゼーションプローブやPCRプローブを作製するための手段としては、
オリゴ標識、ニックトランスレーション法、末端標識、或いは標識したヌクレオ
チドを用いるPCR増幅等が挙げられる。或いは、HRGPをコードする配列ま
たはその任意の断片を、mRNAプローブの作製のためベクターにクローン化す
る。そのようなベクターは周知で、市販されており、これを用いてT7、T3、或い
はSP6のような適切なRNAポリメラーゼ及び標識されたヌクレオチドを加える ことによって、in vitroでRNAプローブを合成することができる。このような
方法は、種々の市販のキット(Pharmacia & Upjohn(Kalamazoo, MI);Promega
(Madison WI);及びU.S. Biochemical Corp.(Cleveland OH))を用いて実施
することができる。検出を容易にするために用いられる適切なリポーター分子、
即ち標識としては、放射性核種、酵素、フルオレセント(蛍光剤)、化学発光剤
或いは色素剤のほか、基質、補助因子、インヒビター、磁気粒子等が挙げられる
。In addition, various labeling and conjugation techniques are well known and can be used in various nucleic acid and amino acid assays. As a means for producing a labeled hybridization probe or PCR probe for detecting closely related sequences,
Examples include oligo labeling, nick translation, terminal labeling, and PCR amplification using labeled nucleotides. Alternatively, the sequence encoding HRGP or any fragment thereof is cloned into a vector for the production of an mRNA probe. Such vectors are well known and commercially available, and can be used to synthesize RNA probes in vitro by adding an appropriate RNA polymerase such as T7, T3, or SP6 and labeled nucleotides. it can. Such methods are described in various commercially available kits (Pharmacia & Upjohn (Kalamazoo, MI); Promega
(Madison WI); and US Biochemical Corp. (Cleveland OH)). A suitable reporter molecule used to facilitate detection,
That is, examples of the label include a radionuclide, an enzyme, a fluorescein (fluorescent agent), a chemiluminescent agent or a coloring agent, a substrate, a cofactor, an inhibitor, and a magnetic particle.
【0141】 HRGPをコードするヌクレオチド配列で形質転換された宿主細胞を、このタ
ンパク質を細胞培地で発現させ、そこから回収するのに適した条件の下で培養す
ることができる。形質転換された細胞により産生されるタンパク質は、用いられ
る配列及び/またはベクターに応じて、分泌されるか、或いは細胞内に含められ
る。当業者には理解されるように、HRGPをコードするポリヌクレオチドを含
む発現ベクターを、原核細胞か真核細胞の細胞膜を通してのHRGPの分泌を誘
導するシグナル配列を含むように設計することができる。また他の構築物を用い
て、HRGPをコードする配列を、可溶性タンパク質の精製を容易にするポリペ
プチドドメインをコードするヌクレオチド配列に結合することができる。そのよ
うな精製を容易にするドメインとしては、限定するものではないが、固定化金属
上での精製を可能にするヒスチジントリプトファンモジュールのような金属キレ
ートペプチド、固定化免疫グロブリン上での精製を可能にするプロテインAドメ
イン、並びにFLAGS 延長/アフィニティ精製システム(Immunex Corp., Seattle
WA)において用いられるドメイン等が挙げられる。精製ドメインとHRGPの 間に、例えばXa因子またはエンテロキナーゼに特異的な配列(Invitrogen, Sa
n Diego CA)のような切断可能なリンカー配列を含めることによって、精製を促
進することができる。このような発現ベクターの1つは、HRGPをコードする
配列とともに、6個のヒスチジン残基をコードする核酸配列、それに続くチオレ
ドキシン及びエンテロキナーゼ切断部位をコードする配列を発現させて、融合タ
ンパク質を作り出す。ヒスチジン残基が固定化金属イオンアフィニティクロマト
グラフィー(IMIAC)での精製を容易にするとともに、エンテロキナーゼ切断部 位が融合タンパク質からHRGPを精製するための手段となる(例えば、Porath
, J.他(1992)Prot. Exp. Purif. 3: 263-281及びKroll, D.J.他 (1993) DNA C
ell Biol. 12:441-453)。[0141] Host cells transformed with the nucleotide sequence encoding HRGP can be cultured under conditions suitable for expressing the protein in the cell culture medium and recovering it therefrom. Proteins produced by the transformed cells are either secreted or included intracellularly, depending on the sequence and / or the vector used. As will be appreciated by those skilled in the art, expression vectors containing a polynucleotide encoding HRGP can be designed to include a signal sequence that directs secretion of HRGP across the cell membrane of a prokaryotic or eukaryotic cell. Still other constructs can be used to link a HRGP-encoding sequence to a nucleotide sequence encoding a polypeptide domain that facilitates purification of soluble proteins. Domains that facilitate such purification include, but are not limited to, metal chelating peptides such as the histidine tryptophan module, which allow purification on immobilized metals, and purification on immobilized immunoglobulins Protein A domain and FLAGS extension / affinity purification system (Immunex Corp., Seattle)
WA) and the like. Between the purification domain and the HRGP, for example, a factor Xa or enterokinase specific sequence (Invitrogen, Sa
Purification can be facilitated by the inclusion of a cleavable linker sequence such as (N Diego CA). One such expression vector expresses a nucleic acid sequence encoding six histidine residues, along with a sequence encoding HRGP, followed by a sequence encoding thioredoxin and an enterokinase cleavage site to create a fusion protein. . Histidine residues facilitate purification by immobilized metal ion affinity chromatography (IMIAC) and enterokinase cleavage sites provide a means for purifying HRGP from fusion proteins (eg, Porath
(1992) Prot. Exp. Purif. 3: 263-281 and Kroll, DJ et al. (1993) DNA C
ell Biol. 12: 441-453).
【0142】 HRGPの断片は、組換え体の作製による方法のみならず、固相技術を用いた
直接的なペプチド合成によってもを作り出すことができる(例えば、Merrifield
J. (1963) J. Am. Chem. Soc. 85:2149-2154参照)。タンパク質合成は手作業 で行えるが、自動化することもできる。自動的な合成は、例えば、Applied Bios
ystem 431Aペプチドシンセサイザ(Perkin Elmer)を用いて行うことができる。
様々なHRGPの断片を個別に化学的に合成し、それを化学的方法で結合して完
全長分子を作り出すことも可能である。HRGP fragments can be produced not only by recombinant production methods but also by direct peptide synthesis using solid phase technology (eg, Merrifield
J. (1963) J. Am. Chem. Soc. 85: 2149-2154). Protein synthesis can be done manually, but can also be automated. Automated synthesis is described, for example, in Applied Bios
This can be performed using a ystem 431A peptide synthesizer (Perkin Elmer).
It is also possible to chemically synthesize the various HRGP fragments individually and combine them in a chemical manner to create the full-length molecule.
【0143】 (治療) 本発明のヒト・調節タンパク質の間に化学的及び構造的相同性が存在する。ま
た、HRGPの発現は、細胞増殖と強い関連性を有する。従って、HRGPが活
性化因子、転写調節因子、又はエンハンサーであり、細胞増殖を促進する癌又は
免疫応答においては、HRGPの発現を低下させることが望ましい。HRGPが
インヒビター又はサプレッサーであり、細胞増殖を調節又は低下させる状態では
、該タンパク質を供給又はHRGPの発現を増加させることが望ましい。 Therapeutic There is chemical and structural homology between the human and regulatory proteins of the present invention. Also, HRGP expression is strongly associated with cell proliferation. Therefore, it is desirable that HRGP is an activator, transcriptional regulator, or enhancer, and that expression of HRGP be reduced in cancers or immune responses that promote cell proliferation. When HRGP is an inhibitor or a suppressor and regulates or reduces cell proliferation, it is desirable to supply the protein or increase HRGP expression.
【0144】 或る実施態様では、HRGPがインヒビターである場合に、腺癌、白血病、リ
ンパ腫、黒色腫、骨髄腫、肉腫、及び奇形癌腫のような癌の処置又は予防のため
に、HRGP又はその断片若しくは誘導体を患者に投与し得る。そのような癌と
しては、以下に限定するものではないが、副腎、膀胱、骨、骨髄、脳、乳房、軟
骨、子宮頚、胆嚢、神経節、胃腸管、心臓、腎臓、肝臓、肺、筋肉、卵巣、膵臓
、副甲状腺、陰茎、前立腺、唾液腺、皮膚、脾臓、精巣、胸腺、甲状腺、及び子
宮の癌等が挙げられる。In one embodiment, when HRGP is an inhibitor, for the treatment or prevention of HRGP or a HRGP thereof, such as adenocarcinoma, leukemia, lymphoma, melanoma, myeloma, sarcoma, and teratocarcinoma. Fragments or derivatives may be administered to the patient. Such cancers include, but are not limited to, adrenal gland, bladder, bone, bone marrow, brain, breast, cartilage, cervix, gallbladder, ganglion, gastrointestinal tract, heart, kidney, liver, lung, muscle , Ovary, pancreas, parathyroid, penis, prostate, salivary gland, skin, spleen, testis, thymus, thyroid, and uterine cancer.
【0145】 別の実施態様では、限定するものではないが、上に列挙したものを含む癌の処
置又は予防のために、精製されたHRGPを含む医薬品組成物を用いることがで
きる。In another embodiment, a pharmaceutical composition comprising purified HRGP can be used for the treatment or prevention of cancer, including but not limited to those listed above.
【0146】 別の実施態様では、限定するものではないが、上に列挙したものを含む癌の処
置又は予防のために、HRGPに特異的なアゴニストを患者に投与し得る。In another embodiment, an agonist specific for HRGP may be administered to a patient for the treatment or prevention of a cancer, including but not limited to those listed above.
【0147】 別の実施態様では、限定するものではないが、上に列挙したものを含む癌の処
置又は予防のために、HRGP又はその断片若しくは誘導体を発現し得るベクタ
ーを患者に投与し得る。In another embodiment, a vector capable of expressing HRGP or a fragment or derivative thereof can be administered to a patient for the treatment or prevention of cancer, including but not limited to those listed above.
【0148】 HRGPが細胞増殖を促進する場合である別の実施態様では、腺癌、白血病、
リンパ腫、黒色腫、骨髄腫、肉腫、及び奇形癌腫のような癌の処置又は予防のた
めに、HRGPの発現又は処置のために、HRGPの発現又は活性を低下させる
アンタゴニストを患者に投与し得る。そのような癌としては、以下に限定するも
のではないが、副腎、膀胱、骨、骨髄、脳、乳房、軟骨、子宮頚、胆嚢、神経節
、胃腸管、心臓、腎臓、肝臓、肺、筋肉、卵巣、膵臓、副甲状腺、陰茎、前立腺
、唾液腺、皮膚、脾臓、精巣、胸腺、甲状腺、及び子宮の癌等が挙げられる。或
る実施態様では、HRGPに特異的に結合する抗体を、アンタゴニストとして直
接的に用いたり、或いはHRGPを発現する細胞又は組織に薬物を送達するため
にターゲティング又はデリバリー機構として関節的に用いることができる。In another embodiment, where HRGP promotes cell proliferation, in adenocarcinoma, leukemia,
For the treatment or prevention of cancer such as lymphoma, melanoma, myeloma, sarcoma, and teratocarcinoma, an antagonist that decreases HRGP expression or activity may be administered to the patient for HRGP expression or treatment. Such cancers include, but are not limited to, adrenal gland, bladder, bone, bone marrow, brain, breast, cartilage, cervix, gallbladder, ganglion, gastrointestinal tract, heart, kidney, liver, lung, muscle , Ovary, pancreas, parathyroid, penis, prostate, salivary gland, skin, spleen, testis, thymus, thyroid, and uterine cancer. In some embodiments, an antibody that specifically binds to HRGP may be used directly as an antagonist or jointly as a targeting or delivery mechanism to deliver a drug to cells or tissues that express HRGP. it can.
【0149】 別の実施態様では、限定するものではないが、上に列挙したものを含む癌の処
置又は予防のために、HRGPをコードするポリヌクレオチドに相補的な分子を
発現するベクターを患者に投与し得る。In another embodiment, a vector expressing a molecule complementary to a polynucleotide encoding HRGP is administered to a patient for the treatment or prevention of cancer, including but not limited to those listed above, in a patient. Can be administered.
【0150】 HRGPが白血球の活性又は増殖を促進するばあいに、免疫応答の処置又は防
止のため、HRGPの活性を低下させるアンタゴニストを患者に投与し得る。そ
のような応答は、例えば、AIDS、アジソン病、成人呼吸窮迫症候群、アレル
ギー、貧血症、喘息、アテローム性動脈硬化症、気管支炎、胆嚢炎、クローン病
、潰瘍性大腸炎、アトピー性皮膚炎、皮膚筋炎、糖尿病、肺気腫、萎縮性胃炎、
腎炎、痛風、グレーブス病、過好酸球増加症、過敏性腸症候群、紅斑性狼瘡、多
発性硬化症、重症筋無力症、心筋炎又は心膜炎、変形性関節炎、骨粗鬆症、膵炎
、多発性筋炎、リウマチ性関節炎、強皮症、シェーグレン症候群、及び自己免疫
性甲状腺炎;癌と血液透析と体外循環の合併症;ウイルス感染、細菌感染、真菌
感染、寄生虫感染、原虫感染、及び蠕虫感染;及び外傷等の疾病に関連し得る。
或る実施態様では、HRGPに特異的に結合する抗体を、アンタゴニストとして
直接的に用いたり、或いはHRGPを発現する細胞又は組織に薬物を送達するた
めにターゲティング又はデリバリー機構として関節的に用いることができる。Where HRGP promotes leukocyte activity or proliferation, an antagonist that reduces the activity of HRGP may be administered to the patient to treat or prevent an immune response. Such responses include, for example, AIDS, Addison's disease, adult respiratory distress syndrome, allergy, anemia, asthma, atherosclerosis, bronchitis, cholecystitis, Crohn's disease, ulcerative colitis, atopic dermatitis, Dermatomyositis, diabetes, emphysema, atrophic gastritis,
Nephritis, gout, Graves' disease, hypereosinophilia, irritable bowel syndrome, lupus erythematosus, multiple sclerosis, myasthenia gravis, myocarditis or pericarditis, osteoarthritis, osteoporosis, pancreatitis, multiple Myositis, rheumatoid arthritis, scleroderma, Sjogren's syndrome, and autoimmune thyroiditis; complications of cancer and hemodialysis and extracorporeal circulation; viral, bacterial, fungal, parasite, parasite, and helminth infections And illnesses such as trauma.
In some embodiments, an antibody that specifically binds to HRGP may be used directly as an antagonist or jointly as a targeting or delivery mechanism to deliver a drug to cells or tissues that express HRGP. it can.
【0151】 別の実施態様では、限定するものではないが、上に列挙したものを含む免疫応
答を処置又は防止するために、HRGPをコードするポリヌクレオチドに相補的
な分子を発現し得るベクターを患者に投与し得る。In another embodiment, to treat or prevent an immune response, including but not limited to those listed above, a vector capable of expressing a molecule complementary to a polynucleotide encoding HRGP is provided. It can be administered to a patient.
【0152】 別の実施態様では、細胞増殖を刺激するために、HRGP又はその断片若しく
は誘導体を細胞に与えることができる。具体的には、細胞増殖及び組織又は器官
の再生を促進する目的で、HRGPを、リポソーム、ウイルスをベースにしたベ
クター、又はエレクトロインジェクション等のデリバリー機構を用いてin vino で培養液中の細胞又は細胞群に与え得る。詳述すると、異種又は自家移植で用い
るべく細胞増殖を刺激するために、HRGPを、細胞、細胞系、組織又は器官の
培養液に加えることができる。幾つかの場合には、感染症若しくは癌と戦うその
能力、又は例えば鎌状赤血球性貧血、β地中海貧血、嚢胞性繊維腫症、又はハン
チントン舞踏病のような疾病における遺伝子欠損を修正するその能力について、
細胞を予め選択しておく。In another embodiment, HRGP or a fragment or derivative thereof can be provided to a cell to stimulate cell proliferation. Specifically, for the purpose of promoting cell growth and regeneration of tissues or organs, HRGP is prepared by in vitro delivery of cells or cells in culture using a liposome, virus-based vector, or a delivery mechanism such as electroinjection. It can be given to a group of cells. In particular, HRGP can be added to a cell, cell line, tissue or organ culture to stimulate cell proliferation for use in xenogeneic or autologous transplantation. In some cases, its ability to fight infection or cancer, or to correct a genetic defect in a disease such as, for example, sickle cell anemia, beta Mediterranean anemia, cystic fibromatosis, or Huntington's chorea about,
Select cells in advance.
【0153】 別の実施態様では、上述のように細胞増殖を刺激するために、HRGPに特異
的なアゴニストを細胞に与え得る。In another embodiment, HRGP-specific agonists can be provided to the cells to stimulate cell proliferation as described above.
【0154】 別の実施態様では、上述のように細胞増殖を刺激するために、HRGP又はそ
の断片若しくは発現し得るベクターを細胞に与え得る。In another embodiment, cells may be provided with HRGP or a fragment thereof or an expressible vector to stimulate cell proliferation as described above.
【0155】 別の実施態様では、本発明のタンパク質、アンタゴニスト、抗体、アゴニスト
、相補的配列、又はベクターの何れかを、他の適切な薬剤と組み合わせて投与す
ることができる。当業者であれば、従来の薬学上の原理に基づいて併用療法で用
いるための適切な薬剤を選択することができよう。治療薬を組み合わせることに
より、上述の様々な疾患の治療又は予防に効果を奏する相乗作用が得られる。こ
の方法を用いることにより、より低い用量の各薬剤で治療効果を上げることがで
き、副作用が生ずる可能性を低下させることができる。In another embodiment, any of the proteins, antagonists, antibodies, agonists, complementary sequences, or vectors of the invention can be administered in combination with other suitable agents. One of skill in the art would be able to select an appropriate drug for use in combination therapy based on conventional pharmaceutical principles. By combining therapeutic agents, a synergistic effect that is effective in treating or preventing the various diseases described above can be obtained. By using this method, lower doses of each drug can increase the therapeutic effect and reduce the likelihood of side effects.
【0156】 HRGPのアンタゴニストは、周知の方法を用いて製造することができる。詳
述すると、精製されたHRGPを用いることによって、抗体を作り出したり、或
いはHRGPに特異的に結合するものを同定するために薬物のライブラリーをス
クリーニングすることができる。HRGP antagonists can be produced using well-known methods. Specifically, purified HRGP can be used to generate antibodies or to screen libraries of drugs to identify those that specifically bind to HRGP.
【0157】 HRGPに対する抗体も、周知の方法を用いて作り出すことができる。このよ
うな抗体としては、限定するものではないが、ポリクローナル抗体、モノクロー
ナル抗体、キメラ抗体、一本鎖抗体、Fabフラグメント、及びFab発現ライ
ブラリーから作られたフラグメントが含まれる。中和抗体(即ち二量体形成を阻
害するもの)は治療の用途に特に好適である。Antibodies to HRGP can also be generated using well-known methods. Such antibodies include, but are not limited to, polyclonal antibodies, monoclonal antibodies, chimeric antibodies, single chain antibodies, Fab fragments, and fragments made from Fab expression libraries. Neutralizing antibodies (ie, those that inhibit dimer formation) are particularly suitable for therapeutic use.
【0158】 抗体を作り出すため、HRGPか、免疫学的特性を有するその断片或いはオリ
ゴペプチドを注射することによって、ヤギ、ウサギ、ラット、マウス等の様々な
ホストを免疫化することができる。免疫学的反応を増強するために、ホストの種
に応じた様々なアジュバントを用いることができる。そのようなアジュバントと
しては、限定するものではないが、フロイントのアジュバント、水酸化アルミニ
ウムのような無機質ゲル、リゾレシチンのような界面活性物質、プルロニックポ
リオール(pluronic polyol)、ポリアニオン、ペプチド、油性乳剤、キーホー ルリンペットヘモシアニン、並びにジニトロフェノール等が挙げられる。ヒトで
使用するアジュバントのなかでは、BCG(カルメット‐ゲラン杆菌)及びコリ
ネバクテリウム−パルヴム(Corynebacterium parvum)が特に好適である。A variety of hosts, such as goats, rabbits, rats, mice, etc., can be immunized by injecting HRGP or fragments or oligopeptides thereof having immunological properties to generate antibodies. Various adjuvants, depending on the species of the host, can be used to enhance the immunological response. Such adjuvants include, but are not limited to, Freund's adjuvant, inorganic gels such as aluminum hydroxide, surfactants such as lysolecithin, pluronic polyols, polyanions, peptides, oily emulsions, Lulimpet hemocyanin, dinitrophenol, and the like. Among the adjuvants used in humans, BCG (bacilli Calmette-Guerin) and Corynebacterium parvum are particularly preferred.
【0159】 HRGPに対する抗体を誘発するために用いられるオリゴペプチド、ペプチド
、またはその断片は、好ましくは5個以上のアミノ酸、より好ましくは10個以
上のアミノ酸からなるアミノ酸配列を有する。またこれらの配列は、元のタンパ
ク質のアミノ酸配列の一部と同一であり、小形の自然発生の分子の全アミノ酸配
列を含んでいるのが好ましい。HRGPアミノ酸の短いストレッチを、キーホー
ルリンペットヘモシアニンのような他のタンパク質のストレッチと融合し、その
キメラ分子に対する抗体を産生させることができる。The oligopeptide, peptide, or fragment thereof used to elicit antibodies against HRGP has an amino acid sequence preferably consisting of 5 or more amino acids, more preferably 10 or more amino acids. Also, these sequences are preferably identical to a portion of the amino acid sequence of the original protein, and include the entire amino acid sequence of the small, naturally occurring molecule. Short stretches of HRGP amino acids can be fused with stretches of other proteins, such as keyhole limpet hemocyanin, to produce antibodies against the chimeric molecule.
【0160】 HRGPのモノクローナル抗体は、培地内の無制限増殖性細胞系(continuous
cell line)に抗体分子を産生させる技術を用いて作製できる。このような技術
として、限定するものではないが、ハイブリドーマ技術、ヒトB細胞ハイブリド
ーマ技術、及びEBV−ハイブリドーマ技術等が挙げられる(例えば、Kohler,
G.他(1975) Nature 256:495-497;Kozbor, D.他(1985)J. Immunol. Methods 81
:31-42;Cote, R.J.他(1983) Proc. Natl. Acad. Sci. 80:2026-2030;Cole, S.
P.他(1984) Mol. Cell Biol. 62:109-120参照)。The HRGP monoclonal antibody can be used in a continuous cell line in culture.
cell line) using a technique for producing antibody molecules. Such techniques include, but are not limited to, hybridoma technology, human B cell hybridoma technology, EBV-hybridoma technology, and the like (eg, Kohler,
G. et al. (1975) Nature 256: 495-497; Kozbor, D. et al. (1985) J. Immunol. Methods 81
Cote, RJ et al. (1983) Proc. Natl. Acad. Sci. 80: 2026-2030; Cole, S .;
P. et al. (1984) Mol. Cell Biol. 62: 109-120).
【0161】 加えて、適切な抗原特異性並びに生物活性を有する分子を得るための、マウス
抗体遺伝子をヒト抗体遺伝子にスプライシングする技術のような「キメラ抗体」
の産生のために開発された技術を用いることができる(例えば、Morrison,S.L. 他(1984)Proc. Natl. Acad. Sci. 81:6851-6855;Neuberger, M.S.他(1984)
Nature 312:604-608;Takeda, S.他(1985)Nature 314:452-454参照)。或いは
、一本鎖抗体の生成のための周知技術を適用して、周知の方法によりHRGPに
特異的な一本鎖抗体を作り出すことができる。関連する特異性を有しているがイ
ディオタイプの構成が異なる抗体は、無作為組み合わせ免疫グロブリンライブラ
リーからの鎖再編成(chain shuffling)によって作り出すことができる(例え ば、Burton D.R.(1991) Proc. Natl. Acad. Sci. 88:11120-3参照)。In addition, "chimeric antibodies", such as techniques for splicing mouse antibody genes to human antibody genes, to obtain molecules with appropriate antigen specificity and biological activity.
Techniques developed for the production of (eg, Morrison, SL et al. (1984) Proc. Natl. Acad. Sci. 81: 6851-6855; Neuberger, MS et al. (1984).
Nature 312: 604-608; Takeda, S. et al. (1985) Nature 314: 452-454). Alternatively, well-known techniques for the production of single-chain antibodies can be applied to create single-chain antibodies specific for HRGP by well-known methods. Antibodies with related specificities but differing idiotypic configurations can be created by chain shuffling from random combinatorial immunoglobulin libraries (eg, Burton DR (1991) Proc. Natl. Acad. Sci. 88: 11120-3).
【0162】 また、文献(例えば、Orlandi, R.他(1989), Proc. Natl. Acad. Sci. 86:383
3-3837;Winter, G.他 (1991) Nature 349:293-299参照)に開示されているよう
に、高度に特異的な結合試薬のパネルや組換え免疫グロブリンライブラリーをス
クリーニングすることによって、或いはリンパ球集団でのin vivoの産生を誘導 することによって抗体を作り出すこともできる。In addition, literature (eg, Orlandi, R. et al. (1989), Proc. Natl. Acad. Sci. 86: 383)
3-3837; by screening a panel of highly specific binding reagents or a recombinant immunoglobulin library, as disclosed in Winter, G. et al. (1991) Nature 349: 293-299). Alternatively, antibodies can be produced by inducing production in lymphocyte populations in vivo.
【0163】 HRGPに対する特異結合部位を含む抗体断片を作り出すこともできる。この
ような断片としては、以下に限定するものではないが、抗体分子のペプシンによ
る消化で生成することができるF(ab′)2フラグメントや、F(ab′)2フ
ラグメントのジスルフィド架橋を減らすことにより作り出すことができるFab
フラグメント等が挙げられる。或いは、所望の特異性を有するモノクローナルF
abフラグメントを迅速かつ容易に同定できるように、Fab発現ライブラリー
を作製してもよい(例えば、Huse, W.D.他(1989)Science 256:1275-1281参照 )。Antibody fragments which contain specific binding sites for HRGP can also be generated. Such fragments include, but are not limited to, reducing F (ab ') 2 fragments and F (ab') 2 fragments that can be generated by digestion of antibody molecules with pepsin, Fab that can be created by
Fragments and the like. Alternatively, a monoclonal F having the desired specificity
Fab expression libraries may be generated so that ab fragments can be identified quickly and easily (see, eg, Huse, WD et al. (1989) Science 256: 1275-1281).
【0164】 様々なイムノアッセイを、所望の特異性を有する抗体を同定するためのスクリ
ーニングに利用することができる。確立された特異性を有するモノクローナル抗
体或いはポリクローナル抗体のいずれかを用いる競合的結合アッセイ或いはラジ
オイムノアッセイの、様々なプロトコルが当分野で周知である。このようなイム
ノアッセイでは、HRGPとその特異的抗体との複合体の形成量の測定を行う。
2つの互いに非干渉なエピトープに反応するモノクローナル抗体を用いる二部位
モノクローナル抗体ベースイムノアッセイ(two sites monoclonal based immun
oassay)が好適であるが、競合的結合アッセイを用いてもよい(Maddox , 前出 )。[0164] A variety of immunoassays can be utilized for screening to identify antibodies with the desired specificity. Various protocols for competitive binding assays or radioimmunoassays using either monoclonal or polyclonal antibodies with established specificity are well known in the art. In such an immunoassay, the amount of a complex formed between HRGP and its specific antibody is measured.
Two sites monoclonal based immunoassay using monoclonal antibodies reactive to two non-interfering epitopes
oassay) is preferred, but a competitive binding assay may be used (Maddox, supra).
【0165】 本発明の別の実施例では、HRGPをコードするポリヌクレオチド、またはそ
の任意の断片や相補配列を、治療上の目的で用いることができる。或る実施態様
では、mRNAの転写を阻害することが望ましいような状況において、HRGP
をコードするポリヌクレオチドに対する相補配列を用いることができる。詳述す
ると、HRGPをコードするポリヌクレオチドに相補的な配列で細胞を形質転換
することができる。従って、相補的分子または断片を用いて、HRGPの活性を
変調、即ち遺伝子の機能を調節することができる。このような技術は現在周知で
あり、センス又はアンチセンスオリゴヌクレオチド、若しくはより大きな断片は
、HRGPコーディング配列のコード領域や調節領域の様々な位置から設計する
ことができる。In another embodiment of the invention, a polynucleotide encoding HRGP, or any fragment or complement thereof, can be used for therapeutic purposes. In some embodiments, in situations where it is desirable to inhibit the transcription of mRNA, HRGP
The complementary sequence to the polynucleotide encoding can be used. Specifically, cells can be transformed with a sequence complementary to the polynucleotide encoding HRGP. Thus, complementary molecules or fragments can be used to modulate the activity of HRGP, ie to regulate gene function. Such techniques are now well known, and sense or antisense oligonucleotides, or larger fragments, can be designed from various locations in the coding and regulatory regions of the HRGP coding sequence.
【0166】 レトロウイルス、アデノウイルス、ヘルペス或いはワクシニアウイルス由来の
発現ベクター、或いは種々の細菌性プラスミドに由来する発現ベクターを、標的
の器官、組織、または細胞群へのヌクレオチド配列の送達のために用いることが
できる。HRGPをコードする遺伝子のポリヌクレオチドに相補的な核酸配列を
発現するベクターは、当業者に周知の方法を用いて作製することができる。これ
らの技術は文献に記載されている(Sambrook他(前出)及びAusubel他(前出) 参照)。Expression vectors derived from retroviruses, adenoviruses, herpes or vaccinia viruses, or expression vectors derived from various bacterial plasmids, are used for delivery of nucleotide sequences to target organs, tissues, or cells. be able to. Vectors expressing a nucleic acid sequence complementary to the polynucleotide of the gene encoding HRGP can be prepared using methods well known to those skilled in the art. These techniques are described in the literature (see Sambrook et al., Supra and Ausubel et al., Supra).
【0167】 HRGPをコードするポリヌクレオチドまたはその断片を高レベルで発現する
発現ベクターで細胞または組織を形質転換することにより、HRGPをコードす
る遺伝子を機能停止させることができる。このような作製物を用いて、翻訳不可
能なセンス配列或いはアンチセンス配列を細胞に導入することができる。このよ
うなベクターは、DNAへ組み入れられない場合でも、そのベクターが内在性ヌ
クレアーゼにより破壊されるまでRNA分子の転写を続ける。このような一過性
の発現は、非複製ベクターでも1ヶ月以上、適当な複製エレメントがベクター系
の一部である場合には更に長い期間継続し得る。Genes encoding HRGP can be disrupted by transforming cells or tissues with an expression vector that expresses HRGP-encoding polynucleotides or fragments thereof at high levels. Using such a construct, a non-translatable sense or antisense sequence can be introduced into cells. Such vectors, even when not incorporated into DNA, continue to transcribe the RNA molecule until the vector is destroyed by an endogenous nuclease. Such transient expression can last for more than one month, even for non-replicating vectors, and even longer if appropriate replication elements are part of the vector system.
【0168】 上述のように、HRGPをコードする遺伝子の制御領域、5′領域、または調
節領域(シグナル配列、プロモーター、エンハンサー、及びイントロン)に相補
的な配列、即ちアンチセンス分子(DNA、RNAまたはPNA)を設計するこ
とにより遺伝子の発現の仕方を変えることができる。転写開始部位、例えば開始
部位の概ね+10〜−10の間の位置にある領域に由来するオリゴヌクレオチド
が好適である。同様に、三重らせん塩基対合法を用いて阻害を達成することがで
きる。三重らせん対合が有用なのは、二重らせんがポリメラーゼ、転写因子、或
いは調節分子の結合のために十分にほどける能力を、それが阻害するからである
。三重らせんDNAを用いた最近の治療上の進歩については、文献に記載されて
いる(例えば、Huber, B.E.及びB.I. Carr, Molecular and Immunologic Approa ches , Futura Publishing Co, Mt Kisco NYにおけるGee, J.E.他(1994)参照)。
また、転写物のリボソームへの結合を妨げてmRNAの転写を阻害するために、
相補的配列、即ちアンチセンス分子を設計することもできる。As described above, a sequence complementary to the control region, 5 ′ region, or regulatory region (signal sequence, promoter, enhancer, and intron) of the gene encoding HRGP, that is, an antisense molecule (DNA, RNA or By designing PNA), the way of gene expression can be changed. Oligonucleotides derived from the transcription initiation site, e.g., a region approximately between +10 and -10 of the start site, are preferred. Similarly, inhibition can be achieved using triple helix base pairing. Triple helix pairing is useful because it inhibits the ability of the double helix to unwind sufficiently for binding of polymerases, transcription factors, or regulatory molecules. Recent therapeutic advances using triple-helical DNA have been described in the literature (eg, Huber, BE and BI Carr, Molecular and Immunologic Protocols , Futura Publishing Co, Mt Kisco NY at Gee, JE et al. 1994)).
In order to inhibit the transcription of mRNA by preventing the binding of the transcript to the ribosome,
Complementary sequences, ie, antisense molecules, can also be designed.
【0169】 酵素性RNA分子であるリボザイムを、RNAの特異的切断を触媒するために
用いることもできる。リボザイムの作用機構では、リボザイム分子が相補的標的
RNAに配列特異的にハイブリダイズし、その後エンドヌクレアーゼによる切断
(endonucleolytic cleavage)がなされる。使用できるリボザイムの例として、
HRGPをコードする配列のエンドヌクレアーゼによる切断を特異的かつ効果的
に触媒し得る人工合成のハンマーヘッド型リボザイム分子がある。[0169] Ribozymes, which are enzymatic RNA molecules, can also be used to catalyze the specific cleavage of RNA. In the mechanism of ribozyme action, a ribozyme molecule hybridizes to a complementary target RNA in a sequence-specific manner, followed by endonucleolytic cleavage. Examples of ribozymes that can be used include:
There are artificially synthesized hammerhead ribozyme molecules that can specifically and effectively catalyze the cleavage of HRGP-encoding sequences by endonucleases.
【0170】 標的となり得るRNA内の特異的なリボザイム切断部位を、初めに、標的の分
子における配列GUA、GUU並びにGUCを含むリボザイム切断部位をスキャンするこ とによって同定する。一旦同定されれば、切断部位を含む標的遺伝子の領域に対
応する15〜20個のリボヌクレオチドからなる短いRNA配列について、その
オリゴヌクレオチドの機能を停止させる2次構造の特徴を評価することができる
。候補の標的の適切性も、リボヌクレアーゼプロテクションアッセイ(ribonucl
ease protection assay)によって、相補的なオリゴヌクレオチドとのハイブリ ダイゼーションについての接触性(accessibility)を測定することにより評価 することができる。[0170] Specific ribozyme cleavage sites within the RNA that can be targeted are identified by first scanning the ribozyme cleavage sites containing the sequences GUA, GUU and GUC in the target molecule. Once identified, it is possible to evaluate the characteristics of the secondary structure that stops the function of the oligonucleotide for a short RNA sequence consisting of 15 to 20 ribonucleotides corresponding to the region of the target gene including the cleavage site. . The suitability of the candidate target is also determined by the ribonuclease protection assay (ribonucl
This can be evaluated by measuring the accessibility for hybridization with a complementary oligonucleotide by an ease protection assay.
【0171】 本発明の相補的リボ核酸分子及びリボザイムは、核酸分子の合成のための周知
の方法により作製することができる。これらの技術としては、固相ホスホラミダ
イト化学合成法のようなオリゴヌクレオチドの化学合成技術等がある。或いは、
RNA分子は、in vivo及びin vitroでのHRGPをコードするDNA配列の転 写により作り出すことができる。このようなDNA配列は、T7或いはSP6の
ような適切なRNAポリメラーゼプロモーターを有する様々なベクターに組み入
れることができる。或いは、構成的RNAを合成するcDNA作製物を、細胞系
、細胞或いは組織内に導入することができる。[0171] Complementary ribonucleic acid molecules and ribozymes of the invention can be made by well-known methods for the synthesis of nucleic acid molecules. These techniques include oligonucleotide chemical synthesis techniques such as solid phase phosphoramidite chemical synthesis. Or,
RNA molecules can be created by the transcription of a DNA sequence encoding HRGP in vivo and in vitro. Such a DNA sequence can be incorporated into various vectors having a suitable RNA polymerase promoter, such as T7 or SP6. Alternatively, a cDNA construct that synthesizes constitutive RNA can be introduced into a cell line, cell or tissue.
【0172】 RNA分子はその細胞内での安定性を高めたり、半減期を長くするために修飾
することができる。可能な修飾としては、限定するものではないが、その分子の
5′末端か3′末端、或いはその両方へのフランキング配列の付加や、分子のバ
ックボーン内でホスホジエステラーゼ結合ではなくホスホロチオネート(phosph
orothioate)或いは2′O−メチルを使用すること等が挙げられる。この方式(
concept)は本来PNAの作製において用いられるもので、以下のようにこれら の分子全てに拡張することができる。即ち、内在性エンドヌクレアーゼにより容
易に認識されないアデニン、グアニン、シチジン、チミン、及びウリジンの、ア
セチル−、メチル−、チオ−形態、及び類似の形態の修飾によるだけでなく、イ
ノシン、キュエオシン(queosine)、及びワイブトシン(wybutosine)のような
従来あまり用いられなかった塩基を含めることによって、これら分子全てにこの
方式を拡張することができる。[0172] RNA molecules can be modified to increase their stability in cells or to increase their half-life. Possible modifications include, but are not limited to, the addition of flanking sequences at the 5 'end and / or 3' end of the molecule, and phosphorothioate (rather than phosphodiesterase linkages) within the backbone of the molecule. phosph
orothioate) or 2'O-methyl. This method (
concept) is originally used in the production of PNAs and can be extended to all of these molecules as follows. That is, inosine, queosine, as well as by modification of acetyl-, methyl-, thio-, and similar forms of adenine, guanine, cytidine, thymine, and uridine that are not readily recognized by endogenous endonucleases. And the inclusion of less commonly used bases such as wybutosine, the system can be extended to all of these molecules.
【0173】 細胞或いは組織内にベクターを導入するための多くの方法が利用可能であり、
それらの方法は、in vivo、in vitro、及びex vivoでの使用についても同様に適
している。ex vivo治療の場合には、患者から採取された幹細胞にベクターを導 入し、自家移植用にクローンとして増殖して同じ患者に戻す方法がある。またト
ランスフェクションによるデリバリー、リポソーム注入またはポリカチオンアミ
ノポリマーによるデリバリーは、当分野で周知の方法を用いて実施することがで
きる(例えば、Goldman, C.K.他(1997) Nature Biotechnology 15:462-66参照)
。Many methods are available for introducing vectors into cells or tissues,
The methods are equally suitable for in vivo , in vitro and ex vivo uses. In the case of ex vivo treatment, there is a method in which a vector is introduced into stem cells collected from a patient, propagated as a clone for autologous transplantation, and returned to the same patient. Delivery by transfection, liposome injection, or delivery by polycation amino polymer can be performed using methods well known in the art (for example, see Goldman, CK et al. (1997) Nature Biotechnology 15: 462-66).
.
【0174】 上述の治療法の何れも、例えばイヌ、ネコ、ウシ、ウマ、ウサギ、サル、及び
最も好ましくはヒトのような哺乳動物を含む、任意の適切な被験体に適用するこ
とができる。Any of the above treatments can be applied to any suitable subject, including, for example, mammals such as dogs, cats, cows, horses, rabbits, monkeys, and most preferably humans.
【0175】 本発明の更に別の実施例では、上述の治療効果をあげるために、医薬品組成物
を医薬上許容される担体とともに投与する。このような医薬品組成物は、HRG
P、HRGPに対する抗体、HRGPの模擬体(mimetics)、アゴニスト、アン
タゴニスト、又はインヒビターからなるものであり得る。この医薬品組成物は、
単独で、或いは例えば安定化剤のような1種以上の他の薬剤とともに、滅菌した
生体適合性の医薬用担体を用いて投与する。このような担体としては、限定はし
ないが、生理食塩水、緩衝食塩水、ブドウ糖或いは水等が挙げられる。このよう
な組成物は、単体で、或いは他の薬剤やホルモンと組み合わせた形で患者に投与
することができる。In yet another embodiment of the present invention, a pharmaceutical composition is administered with a pharmaceutically acceptable carrier to achieve the above-mentioned therapeutic effects. Such a pharmaceutical composition comprises HRG
P, antibodies to HRGP, HRGP mimetics, agonists, antagonists, or inhibitors. This pharmaceutical composition comprises:
It is administered alone or together with one or more other drugs, such as, for example, stabilizers, using a sterile, biocompatible pharmaceutical carrier. Such carriers include, but are not limited to, saline, buffered saline, glucose or water. Such compositions can be administered to the patient alone or in combination with other drugs or hormones.
【0176】 本発明で用いられる医薬品組成物の投与経路としては、以下に限定するもので
はないが、経口投与、静脈内投与、筋内投与、動脈内投与、髄内投与、髄腔内投
与、心室内投与、経皮投与、皮下投与、腹腔内投与、鼻腔内投与、経腸投与、局
所投与、舌下投与、或いは直腸内投与等が挙げられる。The route of administration of the pharmaceutical composition used in the present invention is not limited to the following, but may be oral administration, intravenous administration, intramuscular administration, intraarterial administration, intramedullary administration, intrathecal administration, Examples include intraventricular administration, transdermal administration, subcutaneous administration, intraperitoneal administration, intranasal administration, enteral administration, topical administration, sublingual administration, and rectal administration.
【0177】 これらの医薬品組成物は、主成分に加えて、作用物質を医薬上使用可能な製剤
にするための処理を容易にする、賦形剤及び添加剤のような適切な医薬上許容さ
れる担体を含み得る。調合或いは投与に関する技術の詳細は、Remington's Phar maceutical Sciences (Maack Publishing Co, Easton PA)の最新版において見 ることができる。[0177] These pharmaceutical compositions, in addition to the principal component, may contain suitable pharmaceutically-acceptable agents, such as excipients and additives, which facilitate the processing of the active ingredient into pharmaceutically usable formulations. Carrier. Details of the formulation or administration techniques can be found in the latest edition of Remington's Pharmaceutical Sciences (Maack Publishing Co, Easton PA).
【0178】 経口投与用の医薬品組成物は、当分野で周知の医薬上に許容される担体を用い
て適切な剤形に製剤することができる。このような担体により、この医薬品組成
物を、患者が服用するための、錠剤、丸剤、糖衣剤、カプセル剤、液剤、ゲル剤
、シロップ剤、スラリー剤、懸濁剤等に製剤することができる。Pharmaceutical compositions for oral administration can be formulated in suitable dosage forms using pharmaceutically acceptable carriers well known in the art. With such a carrier, the pharmaceutical composition can be formulated into tablets, pills, dragees, capsules, liquids, gels, syrups, slurries, suspensions, etc. for patients to take. it can.
【0179】 経口投与するための医薬製剤は、主成分と固形の賦形剤とを組み合わせた上で
、所望に応じて得られた混合物を粉砕し、錠剤或いは糖衣剤コア(dragee core )を作るために必要ならば適切な添加剤を添加した後、顆粒の混合物を加工する
ことによって得られる。適切な添加剤としては、ラクトース、スクロース、マン
ニトール或いはソルビトールを含む砂糖のような糖質或いはタンパク質の賦形剤
(filler)、トウモロコシ、コムギ、コメ、ジャガイモ等のデンプン、メチルセ
ルロース、ヒドロキシプロピルメチルセルロース或いはカルボキシルメチルセル
ロースナトリウムのようなセルロース、アラビアゴム或いはトラガカントのよう
なゴム、並びにゼラチン或いはコラーゲンのようなタンパク質がある。必要なら
ば、崩壊剤または可溶化剤、或いは橋かけ結合したポリビニルピロリドン、寒天
、アルギン酸ナトリウムのようなアルギン酸或いはアルギン酸ナトリウムのよう
なその塩を加えてもよい。Pharmaceutical preparations for oral administration are obtained by combining the main component and solid excipients and, if desired, grinding the resulting mixture to produce tablets or dragee cores. It is obtained by processing the mixture of granules after adding suitable additives if necessary. Suitable additives include sugar or protein fillers such as sugars including lactose, sucrose, mannitol or sorbitol, starches such as corn, wheat, rice, potatoes, methylcellulose, hydroxypropylmethylcellulose or carboxyl. There are celluloses such as sodium methylcellulose, gums such as gum arabic or tragacanth, and proteins such as gelatin or collagen. If desired, disintegrating or solubilizing agents may be added, or the cross-linked polyvinyl pyrrolidone, agar, alginic acid such as sodium alginate, or a salt thereof such as sodium alginate.
【0180】 糖衣剤コアは、濃縮砂糖溶液等により適切な錠皮を塗布して用いられる。錠皮
を作るための溶液としては、アラビアゴム、タルク、ポリビニルピロリドン、カ
ルボポルゲル剤、ポリエチレングリコール、及び/または二酸化チタン、ラッカ
ー溶液及び適切な有機溶剤或いは溶剤混合物等が挙げられる。錠剤の識別のため
、或いは主成分の量即ち投与量を表示するために染料或いは色素を錠剤或いは錠
皮に加えてもよい。The dragee core is used by coating an appropriate tablet skin with a concentrated sugar solution or the like. Solutions for making the tablets include gum arabic, talc, polyvinylpyrrolidone, carbopol gel, polyethylene glycol, and / or titanium dioxide, lacquer solutions and suitable organic solvents or solvent mixtures. Dyestuffs or pigments may be added to the tablets or tablets for tablet identification or to indicate the amount or dosage of the principal component.
【0181】 経口投与可能な製剤は、ゼラチンからなるプッシュフィットカプセル、ゼラチ
ンからなる柔軟な密封されたカプセル、並びにグリセロール或いはソルビトール
のような錠皮を有する。プッシュフィットカプセルは、ラクトース或いはでんぷ
んのような賦形剤或いは結合剤、タルク或いはステアリン酸マグネシウムのよう
な潤滑剤、並びに所望に応じて安定化剤と混合された主成分を含み得る。柔軟な
カプセルでは、主成分が、安定化剤とともに或いは安定化剤なしで、脂肪油、液
体パラフィン、液体ポリエチレングリコールのような適切な液体に溶解或いは懸
濁されている。Orally administrable formulations include push-fit capsules made of gelatin, as well as soft, sealed capsules made of gelatin and a tablet, such as glycerol or sorbitol. Push-fit capsules can contain the active ingredient in admixture with excipients or binders such as lactose or starches, lubricants such as talc or magnesium stearate, and, if desired, stabilizers. In soft capsules, the principal component is dissolved or suspended in suitable liquids, such as fatty oils, liquid paraffin, liquid polyethylene glycol, with or without stabilizers.
【0182】 非経口投与用の医薬製剤は、水溶液、好ましくはハンクス溶液、リンゲル溶液
或いは生理緩衝食塩水のような生理学的に適合性の緩衝液において配合すること
ができる。水性の注射用懸濁剤には、 例えばカルボキシルメチルセルロースナ トリウム、ソルビトール或いはデキストランのような懸濁剤の粘性を高める物質
を含めることができる。更に、主成分の懸濁液は、適切な油性注射用懸濁剤とし
て調製することができる。適切な親油性の溶媒或いは担体としては、胡麻油のよ
うな脂肪油や、オレイン酸エチル、トリグリセリド或いはリポソームのような合
成脂肪酸エステルがある。脂質でないポリカチオンのアミノポリマーをデリバリ
ーのために用いることもできる。懸濁剤には、溶解度を高め濃縮度の高い溶液の
調製を可能にする適切な薬剤または安定剤を、所望に応じて加えることができる
。Pharmaceutical preparations for parenteral administration may be formulated in aqueous solutions, preferably in physiologically compatible buffers such as Hanks's solution, Ringer's solution, or physiologically buffered saline. Aqueous injection suspensions may contain substances which increase the viscosity of the suspension, such as sodium carboxymethyl cellulose, sorbitol, or dextran. Additionally, suspensions of the active compounds can be prepared as appropriate oily injection suspensions. Suitable lipophilic solvents or carriers include fatty oils such as sesame oil, and synthetic fatty acid esters such as ethyl oleate, triglycerides or liposomes. Aminopolymers of non-lipid polycations can also be used for delivery. Appropriate agents or stabilizers may be added to the suspension, as desired, to increase solubility and allow for the preparation of highly concentrated solutions.
【0183】 局所適用または経鼻粘膜投与用には、浸透される特定の障壁に対して適切な浸
透剤を用いて製剤する。このような浸透剤は、当技術分野において周知である。For topical or nasal mucosal administration, formulations are appropriate with penetrants appropriate to the particular barrier to be permeated. Such penetrants are well-known in the art.
【0184】 本発明の医薬品組成物は周知の方法、例えば従来通りの混合、溶解、顆粒化、
糖衣形成、微粒子化(levigating)、乳化、カプセル化、包入(entrapping)、
或いは凍結乾燥により製造される。The pharmaceutical compositions of the present invention can be prepared by any of the methods well known in the art, for example, mixing, dissolving, granulating,
Sugar coating, levigating, emulsifying, encapsulating, entrapping,
Alternatively, it is produced by freeze-drying.
【0185】 この医薬品組成物は塩として提供することもでき、限定するものではないが塩
酸、硫酸、酢酸、乳酸、酒石酸、リンゴ酸、コハク酸等を含む種々の酸とともに
形成することができる。塩は、水性或いはプロトニック溶剤において、対応する
フリーの塩基形態より可溶性が高くなる傾向がある。この他、好ましい製剤には
、pH4.5〜5.5の範囲にあって、使用前に緩衝剤を配合した、1mM〜5
0mMのヒスチジン、0.1%〜2%のショ糖、及び2%〜7%のマンニトール
の全てまたは何れかを含む凍結乾燥粉末がある。The pharmaceutical composition can be provided as a salt, and can be formed with various acids, including, but not limited to, hydrochloric acid, sulfuric acid, acetic acid, lactic acid, tartaric acid, malic acid, succinic acid, and the like. Salts tend to be more soluble in aqueous or protonic solvents than the corresponding free base forms. In addition, preferred formulations include those in the range of 4.5-5.5, buffered before use, from 1 mM to 5 mM.
There are lyophilized powders that contain all or any of 0 mM histidine, 0.1% to 2% sucrose, and 2% to 7% mannitol.
【0186】 医薬品組成物は、調製した後に適切な容器内に入れ、さらに提示した状態の処
置に用いられるようにラベル付けすることができる。HRGPの投与の場合、こ
のようなラベルには、投与の量、頻度、及び方法が表示される。After the pharmaceutical composition has been prepared, it can be placed in an appropriate container and labeled for use in treating the indicated conditions. For administration of HRGP, such a label would indicate the amount, frequency, and method of administration.
【0187】 本発明において使用するために適切な医薬品組成物は、有効成分を所望の目的
を達成するために有効な量含む組成物である。有効な量の決定は、当業者の能力
の範囲内で十分行うことができる。Pharmaceutical compositions suitable for use in the present invention are those that contain the active ingredient in an effective amount to achieve the desired purpose. Determination of an effective amount can be made well within the ability of those skilled in the art.
【0188】 あらゆる化合物について、治療上有効な量は、初めに、新生物細胞、或いは通
常マウス、ウサギ、イヌ、ブタのような動物モデルの何れかの細胞培地のアッセ
イから推定することができる。この動物モデルを、適切な濃度範囲や投与経路を
決定するために用いることもできる。次に、このような情報を利用して、ヒトに
おける有効な量や投与経路を決定することができる。For any compound, the therapeutically effective amount can be estimated initially from assays of neoplastic cells or cell culture, usually in any animal model such as mouse, rabbit, dog, pig. This animal model can also be used to determine the appropriate concentration range and route of administration. Such information can then be used to determine effective doses and routes for administration in humans.
【0189】 治療上有効な量とは、症状や状態を改善する有効成分、例えばHRGPまたは
その断片、HRGPの抗体、HRGPのアゴニスト、アンタゴニスト、またはイ
ンヒビターの量である。そのような化合物の治療上の有効性及び毒性は、細胞培
地における或いは実験動物を用いた標準的な薬学的手順によって、例えばED5
0(集団の50%における治療上の有効量、50%有効量)及びLD50(集団
の50%の致死投与量)として決定することができる。毒性と治療有効性との間
の投与量の比は治療指数であり、LD50/ED50の比として表すことができ
る。[0189] A therapeutically effective amount is an amount of an active ingredient that ameliorates a symptom or condition, for example, HRGP or a fragment thereof, an antibody to HRGP, an agonist, antagonist, or inhibitor of HRGP. Therapeutic efficacy and toxicity of such compounds can be determined by standard pharmaceutical procedures in cell culture media or using laboratory animals, eg, ED5
It can be determined as 0 (therapeutically effective amount in 50% of the population, 50% effective amount) and LD50 (50% lethal dose in the population). The dose ratio between toxic and therapeutic effects is the therapeutic index and it can be expressed as the ratio LD50 / ED50.
【0190】 大きな治療指数を示す医薬品組成物が好ましい。これらの細胞培地のアッセイ
及び動物研究から得られるデータは、ヒトでの使用における投与量の範囲を決め
る際に利用することができる。そのような化合物の投与量は、毒性がほとんど或
いは全くなく、ED50を達成する循環濃度の範囲内にあることが望ましい。投
与量は、用いられる剤形、患者の感受性並びに投与経路に応じてこの範囲内で変
わってくる。Pharmaceutical compositions that exhibit large therapeutic indices are preferred. The data obtained from these cell culture assays and animal studies can be used in formulating a range of dosage for use in humans. The dosage of such compounds lies preferably within a range of circulating concentrations that achieve the ED50 with little or no toxicity. The dosage will vary within this range depending upon the dosage form employed, the sensitivity of the patient, as well as the route of administration.
【0191】 正確な投与量は、処置が必要な患者に関連する要因を考慮して担当医師が選択
する。用量及び投与は、主成分を十分なレベルだけ与え、かつ所望の効果を維持
するべく調節する。考慮すべき要素としては、疾病状態の重症度、患者の全身の
健康状態、患者の年齢、体重、並びに性別、食事、投与の時間及び頻度、併用す
る薬剤、反応感受性、並びに治療に対する耐性/反応等が挙げられる。長期的に
作用する医薬品組成物は、その特定の製剤のクリアランス率に応じて、3〜4日
毎に、1週間毎に、或いは2週間に1度投与することができる。The exact dosage will be selected by the attending physician, in light of factors related to the patient that requires treatment. Dosage and administration are adjusted to provide sufficient levels of the active ingredient and to maintain the desired effect. Factors to consider include the severity of the disease state, the patient's general health, the patient's age, weight, and gender, diet, time and frequency of administration, concomitant medications, response sensitivity, and resistance / response to treatment. And the like. Long-acting pharmaceutical compositions can be administered every 3 to 4 days, every week, or once every two weeks depending on the clearance rate of the particular formulation.
【0192】 通常の投与量は0.1〜100,000μgの範囲にあって、全投与量は最大
約1gであり、投与経路に応じて変わってくる。特定の投与量或いはデリバリー
方法に関する手引きは、当分野の実施者が通常入手できる文献に見出すことがで
きる。当業者であれば、ヌクレオチドでは、タンパク質やインヒビター用の剤形
とは異なる剤形を採用するであろう。同様に、ポリヌクレオチドまたはポリペプ
チドのデリバリーの方式は、特定の細胞、状態、位置等によって決まってくる。Typical dosages are in the range of 0.1-100,000 μg, with a total dosage of up to about 1 g, depending on the route of administration. Guidance as to particular dosages or delivery methods can be found in the literature commonly available to practitioners in the art. Those skilled in the art will employ different dosage forms for nucleotides than for proteins and inhibitors. Similarly, the mode of delivery of a polynucleotide or polypeptide will depend on the particular cell, condition, location, and the like.
【0193】 (診断) 別の実施例では、HRGPに特異的に結合する抗体を、HRGPの発現によっ
て特性化される状態や疾病の診断、或いは、HRGPやHRGPのアゴニスト、
アンタゴニスト、またはインヒビターで治療を受けている患者のモニタリングの
ためのアッセイにおいて用いることができる。診断のために有用な抗体は、上述
の治療用のものと同一の方法で作り出すことができる。HRGPの診断アッセイ
として、ヒトの体液、細胞或いは組織の抽出物においてHRGPを検出するため
に抗体或いは標識を利用する方法がある。この抗体は、修飾して用いても、修飾
なしで用いてもよく、共有結合または非共有結合の何れかでリポーター分子と結
合させることにより標識することができる。その幾つかについては上記した種々
のリポーター分子が知られており、それを用いることができる。 Diagnosis In another embodiment, an antibody that specifically binds to HRGP may be used for diagnosis of a condition or disease characterized by HRGP expression, or for HRGP or an HRGP agonist,
It can be used in assays for monitoring patients being treated with antagonists or inhibitors. Antibodies useful for diagnosis can be made in the same manner as for therapeutics described above. HRGP diagnostic assays include the use of antibodies or labels to detect HRGP in extracts of human body fluids, cells or tissues. The antibody may be used with or without modification, and may be labeled by binding to the reporter molecule either covalently or non-covalently. For some of them, various reporter molecules described above are known and can be used.
【0194】 例えばELISA(酵素結合免疫測定法)、RIA(ラジオイムノアッセイ)
並びにFACS(蛍光表示式細胞分取器法)のようなHRGPを測定するための
種々のプロトコルが当分野では周知であり、これによってHRGP発現の変化や
異常を診断するための基礎が得られる。HRGPの発現の正常値、即ち標準値は
、哺乳動物、好ましくはヒトの正常な被験者から得られる体液或いは細胞抽出物
とHRGPの抗体とを、複合体形成に適した条件の下で結合させることによって
確立する。標準の複合体形成量は、様々な方法、好ましくは測光手段を用いるこ
とにより定量することができる。被験者の生検組織の患部組織サンプル及び対照
サンプルにおいて発現されたHRGPの量を、標準値と比較する。標準値と被験
者の値との偏差から、疾病の診断のためのパラメータを確立する。For example, ELISA (enzyme-linked immunoassay), RIA (radioimmunoassay)
As well as various protocols for measuring HRGP, such as FACS (Fluorescent Display Cell Sorter), are well known in the art, and provide the basis for diagnosing alterations or abnormalities in HRGP expression. The normal value of the expression of HRGP, that is, the standard value, is that a body fluid or a cell extract obtained from a normal subject of a mammal, preferably a human, and an antibody of HRGP are bound under conditions suitable for complex formation. Establish by. The standard complex formation can be quantified by various methods, preferably by using photometric means. The amount of HRGP expressed in the affected tissue sample and the control sample of the subject's biopsy tissue is compared to a standard value. A parameter for diagnosing the disease is established from the deviation between the standard value and the value of the subject.
【0195】 本発明の別の実施例では、HRGPをコードするポリヌクレオチドを診断目的
で用いることができる。使用できるポリヌクレオチドとしては、オリゴヌクレオ
チド配列、相補的RNA及びDNA分子、及びPNA等がある。このポリヌクレ
オチドは、HRGPの発現が疾病と関係がある可能性がある生検組織における遺
伝子発現を検出し、定量するために用いられる。診断アッセイは、HRGPが存
在する状態か、存在しない状態か、過剰発現している状態の何れの状態にあるか
を区別したり、治療的な介入においてHRGPレベルの調節をモニタリングする
ために利用することができる。In another embodiment of the invention, a polynucleotide encoding HRGP may be used for diagnostic purposes. Polynucleotides that can be used include oligonucleotide sequences, complementary RNA and DNA molecules, and PNA. This polynucleotide is used to detect and quantify gene expression in biopsy tissue where HRGP expression may be related to disease. Diagnostic assays are used to distinguish whether HRGP is present, absent, or overexpressed, and to monitor regulation of HRGP levels in therapeutic intervention. be able to.
【0196】 或る実施態様では、HRGPまたは近縁な分子をコードする、ゲノム配列を含
むポリヌクレオチド配列を検出できるPCRプローブとのハイブリダイゼーショ
ンを利用して、HRGPをコードする核酸配列を同定することができる。そのプ
ローブの特異性、即ちそのプローブが非常に高度に特異的な領域(例えば5′調
節領域における10個の独特のヌクレオチド)、或いは特異性の低い領域(例え
ば特に3′コーディング領域)の何れに由来するのかということ、及びハイブリ
ダイゼーション或いは増幅の(高い、中程度の或いは低い)ストリンジェンシー
により、そのプローブが自然発生HRGPのみを同定するものであるか、或いは
アレル配列や近縁な配列も同定するものであるかが決まる。In one embodiment, identifying a nucleic acid sequence encoding HRGP utilizing hybridization with a PCR probe capable of detecting a polynucleotide sequence, including genomic sequences, encoding HRGP or closely related molecules. Can be. The specificity of the probe, ie, whether the probe is in a very highly specific region (eg, 10 unique nucleotides in the 5 ′ regulatory region) or in a region of low specificity (eg, especially the 3 ′ coding region). Whether the probe identifies only naturally occurring HRGPs, or alleles and related sequences, depending on their origin and the stringency of the hybridization or amplification (high, medium or low) Is determined.
【0197】 プローブは、近縁な配列を検出するためにも用いることができ、好ましくは、
HRGPをコードする任意の配列に基づくヌクレオチドを少なくとも50%含む
べきである。本発明のハイブリダイゼーションプローブは、配列番号:13、配
列番号:14、配列番号:15、配列番号:16、配列番号:17、配列番号:
18、配列番号:19、配列番号:20、配列番号:21、配列番号:22、配
列番号:23、及び配列番号:24のヌクレオチド配列か、自然発生HRGPの
イントロン、プロモータ、及びエンハンサーエレメントを含むゲノムの配列に由
来するものであり得る。Probes can also be used to detect closely related sequences, preferably
It should contain at least 50% nucleotides based on any sequence encoding HRGP. The hybridization probe of the present invention comprises SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO:
18, including the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 23, and SEQ ID NO: 24 or the naturally occurring HRGP intron, promoter, and enhancer elements It can be derived from the sequence of the genome.
【0198】 HRGPをコードするDNAに対して特異的なハイブリダイゼーションプロー
ブを作製するための手段としては、HRGPやHRGP誘導体をコードする核酸
配列を、mRNAプローブ生成のためのベクターにクローン化する方法がある。
このようなベクターは周知で市販されており、適切なRNAポリメラーゼや適切
な標識ヌクレオチドを付加することによりin vitroでのRNAプローブ合成のた
めに用いることができる。ハイブリダイゼーションプローブは様々なリポータ分
子により標識することができる。例えば、32Pや35Sのような放射性核種により
、アビジン/ビオチン結合系を介してプローブに結合するアルカリホスファター
ゼのような酵素標識等により標識することができる。As a means for preparing a hybridization probe specific to DNA encoding HRGP, a method of cloning a nucleic acid sequence encoding HRGP or an HRGP derivative into a vector for producing an mRNA probe is used. is there.
Such vectors are well known and commercially available and can be used for in vitro RNA probe synthesis by adding an appropriate RNA polymerase or an appropriate labeled nucleotide. Hybridization probes can be labeled with various reporter molecules. For example, it can be labeled with a radionuclide such as 32 P or 35 S with an enzyme label such as alkaline phosphatase which binds to the probe via an avidin / biotin binding system.
【0199】 HRGPをコードするポリヌクレオチド配列を、HRGPの発現の増加又は低
下の何れかに関連する状態、疾患、又は疾病の診断のために用いることができる
。そのような状態、疾患、又は疾病の例としては、以下に限定するものではない
が、 腺癌、白血病、リンパ腫、黒色腫、骨髄腫、肉腫、及び奇形癌腫のような癌、
副腎、膀胱、骨、骨髄、脳、乳房、軟骨、子宮頚、胆嚢、神経節、胃腸管、心臓
、腎臓、肝臓、肺、筋肉、卵巣、膵臓、副甲状腺、陰茎、前立腺、唾液腺、皮膚
、脾臓、精巣、胸腺、甲状腺、及び子宮の癌; 例えば静座不能、アルツハイマー病、健忘症、筋萎縮性側索硬化症、双極性障
害、カタトニー、脳新生物、痴呆、うつ病、ダウン症候群、遅発性ジスキネジア
、ジストニー、てんかん、ハンチントン病、多発性硬化症、神経線維腫症、パー
キンソン病、妄想性精神病、分裂病、及びトゥーレット症状群のような神経疾患
;及び AIDS、アジソン病、成人呼吸窮迫症候群、アレルギー、貧血症、喘息、ア
テローム性動脈硬化症、気管支炎、胆嚢炎、クローン病、潰瘍性大腸炎、アトピ
ー性皮膚炎、皮膚筋炎、糖尿病、肺気腫、萎縮性胃炎、腎炎、痛風、グレーブス
病、過好酸球増加症、過敏性腸症候群、紅斑性狼瘡、多発性硬化症、重症筋無力
症、心筋炎又は心膜炎、変形性関節炎、骨粗鬆症、膵炎、多発性筋炎、リウマチ
性関節炎、強皮症、シェーグレン症候群、及び自己免疫性甲状腺炎等の疾病に関
連する免疫応答が挙げられる。HRGPをコードするポリヌクレオチド配列を、
患者の生検組織や体液を利用する、サザンブロット法或いはノーザンブロット法
、ドットブロット法或いは他の膜をベースにした技術や、PCR技術、ディップ
スティック試験法(試験紙法)、ピン技術、及びELISAアッセイや、マイク
ロアレイにおいて用いることによって、HRGP発現の変化を検出することがで
きる。このような定性的或いは定量的試験法は当分野では周知である。The polynucleotide sequence encoding HRGP can be used for the diagnosis of a condition, disease, or disorder associated with either increased or decreased expression of HRGP. Examples of such conditions, diseases, or diseases include, but are not limited to, cancers such as adenocarcinoma, leukemia, lymphoma, melanoma, myeloma, sarcoma, and teratocarcinoma;
Adrenal gland, bladder, bone, bone marrow, brain, breast, cartilage, cervix, gallbladder, ganglion, gastrointestinal tract, heart, kidney, liver, lung, muscle, ovary, pancreas, parathyroid, penis, prostate, salivary gland, skin, Cancer of the spleen, testis, thymus, thyroid, and uterus; for example, restlessness, Alzheimer's disease, amnesia, amyotrophic lateral sclerosis, bipolar disorder, catatony, brain neoplasm, dementia, depression, Down's syndrome, slowness Neurological disorders such as onset dyskinesia, dystonia, epilepsy, Huntington's disease, multiple sclerosis, neurofibromatosis, Parkinson's disease, paranoid psychosis, schizophrenia, and Tourette syndrome group; and AIDS, Addison's disease, adult respiration Distress syndrome, allergy, anemia, asthma, atherosclerosis, bronchitis, cholecystitis, Crohn's disease, ulcerative colitis, atopic dermatitis, dermatomyositis, diabetes, emphysema, atrophic Inflammation, nephritis, gout, Graves' disease, hypereosinophilia, irritable bowel syndrome, lupus erythematosus, multiple sclerosis, myasthenia gravis, myocarditis or pericarditis, osteoarthritis, osteoporosis, pancreatitis, Immune responses associated with diseases such as polymyositis, rheumatoid arthritis, scleroderma, Sjogren's syndrome, and autoimmune thyroiditis. A polynucleotide sequence encoding HRGP,
Southern or Northern blot, dot-blot or other membrane-based techniques using patient biopsy tissues or body fluids, PCR techniques, dipstick assays (test strips), pinning techniques, and Changes in HRGP expression can be detected by using ELISA assays or microarrays. Such qualitative or quantitative test methods are well known in the art.
【0200】 特定の実施態様では、種々の癌、特に上に列挙した癌の活性化即ち誘発を検出
するアッセイにおいてHRGPをコードするヌクレオチド配列が有用であり得る
。HRGPをコードするヌクレオチド配列を標準的な方法で標識し、ハイブリダ
イゼーション複合体の形成に適した条件の下で患者の体液や組織サンプルに加え
ることができる。適当なインキュベーション時間の経過後、このサンプルを洗浄
し、シグナルを定量して標準値と比較する。生検サンプルまたは抽出サンプルに
おけるシグナルの量が、比較できる対照サンプルのシグナル量と有意に異なって
いる場合、このヌクレオチド配列はサンプルのヌクレオチド配列とハイブリダイ
ズしており、サンプルのなかのHRGPをコードするヌクレオチド配列のレベル
の変化が生じていることは、関連する疾患の存在を示している。このようなアッ
セイは、動物実験、臨床試験、または個々の患者の治療のモニタリングにおいて
特定の治療上の処置の有効性を評価するために用いることもできる。In certain embodiments, nucleotide sequences encoding HRGP may be useful in assays that detect the activation or induction of various cancers, particularly those listed above. The nucleotide sequence encoding HRGP can be labeled by standard methods and added to a patient's body fluid or tissue sample under conditions suitable for forming a hybridization complex. After an appropriate incubation time, the sample is washed and the signal is quantified and compared to a standard value. If the amount of signal in the biopsy or extracted sample is significantly different from the signal amount in the comparable control sample, then the nucleotide sequence has hybridized to the nucleotide sequence of the sample and encodes HRGP in the sample. The occurrence of a change in the level of the nucleotide sequence indicates the presence of the associated disease. Such assays can also be used in animal studies, clinical trials, or in monitoring the treatment of an individual patient to assess the effectiveness of a particular therapeutic treatment.
【0201】 HRGPの発現に関連する疾病の診断の基礎とするために、正常な、即ち標準
の発現プロフィールを確立する。この標準プロフィールは、動物或いはヒト何れ
かの正常な被験者から採取された体液或いは細胞の抽出物を、ハイブリダイゼー
ション或いは増幅に適した条件下でHRGPをコードする配列又はその断片と結
合することにより確立し得る。標準のハイブリッド形成量は、既知の量の実質的
に精製されたHRGPが用いられる実験で得られる値と、正常被験者で得られる
値とを比較することにより定量することができる。正常なサンプルから得られた
標準値は、疾病の症状を呈する患者のサンプルから得られる値と比較することが
できる。標準値と被験者値との偏差を用いて疾病の存在を確認する。To establish a basis for the diagnosis of diseases associated with HRGP expression, a normal, ie, standard, expression profile is established. This standard profile is established by combining extracts of body fluids or cells from normal subjects, either animals or humans, with HRGP-encoding sequences or fragments thereof under conditions suitable for hybridization or amplification. I can do it. The amount of standard hybridization can be quantified by comparing the values obtained in experiments using known amounts of substantially purified HRGP with those obtained in normal subjects. Standard values obtained from a normal sample can be compared to values obtained from a sample of a patient exhibiting symptoms of the disease. The presence of the disease is confirmed using the deviation between the standard value and the subject value.
【0202】 一旦疾患が確認され、治療プロトコルが開始されると、ハイブリダイゼーショ
ンアッセイを定期的に反復して行って、患者における発現のレベルが正常な患者
において観察されるレベルに近づき始めたか否かを評価することができる。継続
的なアッセイから得られる結果を用いて、数日間或いは数ヶ月にわたる期間での
治療の効果を知ることができる。Once the disease has been confirmed and the treatment protocol has begun, hybridization assays are performed periodically to determine whether the level of expression in the patient has begun to approach that observed in normal patients. Can be evaluated. The results from continuous assays can be used to determine the efficacy of treatment over a period of days or months.
【0203】 癌については、患者の生検組織において転写物が比較的多量に存在することが
、疾病の発生の素因を示す。つまり実際の臨床的症状が現れる前に疾病を検出す
る手段となり得る。このタイプの確定診断により、医療従事者が予防的処置を講
じたり、より早期に積極的な治療を開始し、癌の発生や更なる進行を予防するこ
とが可能となる。For cancer, the relatively high abundance of transcripts in patient biopsies indicates a predisposition to the development of the disease. In other words, it can be a means of detecting a disease before actual clinical symptoms appear. This type of definitive diagnosis allows healthcare professionals to take preventive measures or initiate aggressive treatment earlier and prevent the onset and further progression of cancer.
【0204】 HRGPをコードする配列から設計されたオリゴヌクレオチドの別の診断目的
の使用法では、PCR法での利用があり得る。このようなオリゴマーは化学的に
合成したり、酵素を用いて作製したり、或いはin vitroで作製することができる
。オリゴマーは、好ましくは、特定の遺伝子或いは状態を特定するために最適な
条件下で用いられる2種のヌクレオチド配列、即ちセンス方向(5′→3′)の
ヌクレオチド配列及びアンチセンス方向(3′←5′)のヌクレオチド配列から
なる。また、同一の2種のオリゴマーや入れ子オリゴマーの組、或いはオリゴマ
ーの縮重プールを、近縁なDNAまたはRNA配列の検出及び/または定量のた
め低いレベルのストリンジェントな条件の下で用いることもできる。Another diagnostic use of oligonucleotides designed from sequences encoding HRGP may be in PCR. Such oligomers can be chemically synthesized, made using enzymes, or made in vitro. Oligomers are preferably two nucleotide sequences used under optimal conditions to identify a particular gene or state, namely the nucleotide sequence in the sense direction (5 '→ 3') and the antisense direction (3 '← 5 '). Also, two identical or nested oligomer sets or degenerate pools of oligomers can be used under low stringency conditions to detect and / or quantify closely related DNA or RNA sequences. it can.
【0205】 HRGPの発現を定量するために用いることができる方法として、放射標識(
radiolabeling)或いはビオチン標識したヌクレオチドの利用、対照の核酸の同 時増幅(coamplification)の利用、並びに実験結果を補完して引かれた標準の グラフ曲線の利用等がある(例えば、Melby, P.C.他(1993) J. Immunol. Method
s, 159:235-44及びDuplaa, C.他(1993) Anal. Biochem. 229-236参照)。多数の
サンプルの定量では、目的のオリゴマーが複数の希釈溶液中に存在し、分光光度
計を用いたり比色定量により迅速に定量することができるようなELISA形式
のアッセイを行うことによって一層定量のスピードを上げることができる。Methods that can be used to quantify HRGP expression include radiolabeling (
radiolabeling or biotin-labeled nucleotides, the use of co-amplification of control nucleic acids, and the use of standard graph curves drawn to complement experimental results (eg, Melby, PC et al. 1993) J. Immunol. Method
s, 159: 235-44 and Duplaa, C. et al. (1993) Anal. Biochem. 229-236). For quantification of large numbers of samples, the oligomers of interest are present in multiple dilutions and can be further quantified by performing ELISA-type assays that can be quickly quantified using a spectrophotometer or colorimetrically. Speed can be increased.
【0206】 別の実施例では、ここに開示するポリヌクレオチド配列の何れかに由来するオ
リゴヌクレオチドまたはより大形の断片を、マイクロアレイにおけるターゲット
(標的)として用いることができる。マイクロアレイを用いることにより、多く
の遺伝子の発現レベルを同時にモニタし(転写物イメージを生成する)、また遺
伝子の変異体、変異及び多型を同定することができる。この情報は、遺伝子の機
能の決定や、疾病の遺伝的な基礎の理解、疾病の診断、及び治療薬の開発やその
活性のモニタリングのために利用することができる。In another embodiment, oligonucleotides or larger fragments from any of the polynucleotide sequences disclosed herein can be used as targets in a microarray. By using microarrays, the expression levels of many genes can be monitored simultaneously (to generate transcript images), and gene variants, mutations, and polymorphisms can be identified. This information can be used to determine gene function, understand the genetic basis of disease, diagnose disease, and develop therapeutics and monitor their activity.
【0207】 或る実施例では、文献(例えば、Chee他 (1995) PCT出願WO95/11995、Lock
hart, D. J. 他(1996) Nat.Biotech. 14: 1675-1680及びSchena, M. 他(1996) P
roc. Natl. Acad. Sci. 93: 10614-10619参照)に記載の方法によりマイクロア レイを準備し、利用する。In certain embodiments, the literature (eg, Chee et al. (1995) PCT application WO 95/11995, Lock
hart, DJ et al. (1996) Nat. Biotech. 14: 1675-1680 and Schena, M. et al. (1996) P
A microarray is prepared and used according to the method described in Roc. Natl. Acad. Sci. 93: 10614-10619).
【0208】 好ましくは、マイクロアレイは、固体支持体に固定された、通常は合成アンチ
センスオリゴヌクレオチドかcDNAの断片の何れかである、数多くの独特の一
本鎖の核酸配列から構成される。このオリゴヌクレオチドの長さは、好ましくは
6〜60個のヌクレオチドからなる長さ、より好ましくは15〜30個のヌクレ
オチドからなる長さ、最も好ましくは20〜25個のヌクレオチドからなる長さ
である。或るタイプのマイクロアレイでは、7〜10ヌクレオチドの長さしかな
いオリゴヌクレオチドを用いるのが好ましいことがある。マイクロアレイは、既
知の5’又は3’配列をカバーするオリゴヌクレオチド、完全長配列をカバーす
る連続的なオリゴヌクレオチド、又は配列の長さ方向に沿った特定の領域から選
択された独特のオリゴヌクレオチドを有し得る。マイクロアレイにおいて用いら
れるポリヌクレオチドは、少なくとも配列の断片が既知であるターゲットの遺伝
子又は遺伝子群に特異的なオリゴヌクレオチド、或いは特定の細胞の型、発達又
は疾病の状態について共通な1種又は2種以上の未同定cDNAに特異的なオリ
ゴヌクレオチドであり得る。Preferably, the microarray is composed of a number of unique single-stranded nucleic acid sequences, usually either synthetic antisense oligonucleotides or fragments of cDNA, fixed to a solid support. The length of the oligonucleotide is preferably a length of 6 to 60 nucleotides, more preferably a length of 15 to 30 nucleotides, and most preferably a length of 20 to 25 nucleotides. . For certain types of microarrays, it may be preferable to use oligonucleotides that are only 7 to 10 nucleotides in length. Microarrays contain oligonucleotides that cover a known 5 ′ or 3 ′ sequence, continuous oligonucleotides that cover a full-length sequence, or unique oligonucleotides selected from specific regions along the length of the sequence. Can have. The polynucleotide used in the microarray may be an oligonucleotide specific to a target gene or genes whose sequence fragment is known, or one or more species common to a particular cell type, development or disease state. May be an oligonucleotide specific to the unidentified cDNA.
【0209】 マイクロアレイ用の既知の配列に対するオリゴヌクレオチドを作製するために
、コンピュータアルゴリズムを用いてヌクレオチド配列の5’またはより好まし
くは3’末端から目的の遺伝子を調べる。このアルゴリズムでは、その遺伝子に
独特でハイブリダイゼーションに適した範囲内のGC含量を有し、ハイブリダイ
ゼーションを妨げる可能性のある推定上の二次構造の無い、決まった長さのオリ
ゴマーを同定する。或る場合には、オリゴマーを、光照射化学プロセスを用いて
基板上の所定の領域において合成する。この基板は、紙、ナイロン、又は他のタ
イプのメンブラン、濾紙、チップ、スライドガラス、又は他の任意の適切な固体
支持体であり得る。To generate oligonucleotides against known sequences for microarrays, a computer algorithm is used to examine the gene of interest from the 5 ′ or more preferably the 3 ′ end of the nucleotide sequence. The algorithm identifies oligomers of defined length that have a GC content that is unique to the gene and that is within the range suitable for hybridization, and that have no putative secondary structure that could interfere with hybridization. In some cases, oligomers are synthesized at predetermined regions on the substrate using a light irradiation chemical process. The substrate can be a paper, nylon, or other type of membrane, filter paper, chip, glass slide, or any other suitable solid support.
【0210】 別の実施態様では、オリゴマーを、文献(例えば、Baldeschweiler他(1995)P
CT出願WO95/251116参照)に記載のように化学結合プロシージャ及びインクジ ェット装置を用いることによって基板の表面上で合成することができる。別の実
施態様では、ドットブロット又はスロットブロット(HYBRIDOT(登録商標)装置
, GIBCO/BRL)に類似した「格子型」アレイを使用し、真空システム、熱、UV 、機械的又は化学的結合プロシージャを利用してcDNA断片又はオリゴヌクレ
オチドを基板の表面上に配置し結合させることができる。別の実施態様では、ア
レイは、手作業で製作するか、或いは市販の装置(スロットブロット又はドット
ブロット装置)、材料(任意の適切な固形支持体)、及び機械(Brinkmann(登 録商標)マルチチャネルピペッター又はロボット装置を含む)を用いることによ
り製作することができ、このアレイは市販の器具を効果的に使用できる、例えば
2から100万の範囲の任意の数のオリゴヌクレオチドを含み得る。In another embodiment, the oligomer is prepared according to the literature (eg, Baldeschweiler et al. (1995) P
It can be synthesized on the surface of a substrate by using a chemical bonding procedure and an inkjet apparatus as described in CT application WO 95/251116). In another embodiment, a dot blot or slot blot (HYBRIDOT® device
("GIBCO / BRL"), using a vacuum system, thermal, UV, mechanical or chemical coupling procedures to place and bind cDNA fragments or oligonucleotides on the surface of the substrate be able to. In another embodiment, the arrays are manually fabricated or commercially available devices (slot blot or dot blot devices), materials (any suitable solid support), and mechanical (Brinkmann® Multi) devices. (Including a channel pipettor or a robotic device), and the array can include any number of oligonucleotides, for example, in the range of 2 to 1 million, which can effectively use commercially available instruments.
【0211】 マイクロアレイを用いてサンプルの解析を行うために、ポリヌクレオチドを生
物学的サンプルから抽出する。この生物学的サンプルは、体液(例えば血液、尿
、唾液、痰、胃液等)、培養された細胞、生検組織、又は他の組織調製物から得
ることができる。プローブを作製するため、サンプルから抽出したポリヌクレオ
チドを用いて、マイクロアレイ上の核酸に相補的な核酸配列を作り出す。マイク
ロアレイがcDNAからなる場合には、アンチセンスRNA(aRNA)が適切
なプローブである。従って或る実施態様では、mRNAを用いてcDNA作り出
し、このcDNAを蛍光標識したヌクレオチドの存在下で用いて、断片、即ちオ
リゴヌクレオチドaRNAプローブを作製する。これらの蛍光標識したプローブ
を、プローブの配列がマイクロアレイのcDNAオリゴヌクレオチドとハイブリ
ダイズするように、マイクロアレイとともにインキュベートする。別の実施態様
では、相補的核酸配列をプローブとして使用する。この相補的核酸配列には、ハ
イブリダイゼーション技術の領域で周知の制限酵素、PCR技術、及びOligolav
elingまたはTransProbeキット(Pharmacia)を用いて作製した、ポリヌクレオチ
ド、断片、相補的即ちアンチセンス配列も含まれる。To analyze a sample using a microarray, polynucleotides are extracted from a biological sample. The biological sample can be obtained from bodily fluids (eg, blood, urine, saliva, sputum, gastric juice, etc.), cultured cells, biopsy tissue, or other tissue preparations. To generate probes, polynucleotides extracted from a sample are used to create nucleic acid sequences that are complementary to nucleic acids on a microarray. If the microarray consists of cDNA, antisense RNA (aRNA) is a suitable probe. Thus, in one embodiment, mRNA is used to generate cDNA, and the cDNA is used in the presence of fluorescently labeled nucleotides to generate fragments, ie, oligonucleotide aRNA probes. These fluorescently labeled probes are incubated with the microarray such that the probe sequences hybridize to the microarray cDNA oligonucleotides. In another embodiment, a complementary nucleic acid sequence is used as a probe. This complementary nucleic acid sequence includes restriction enzymes, PCR technology, and Oligolav well known in the art of hybridization technology.
Also included are polynucleotides, fragments, and complementary or antisense sequences generated using eling or TransProbe kits (Pharmacia).
【0212】 ハイブリダイゼーション条件は、ハイブリダイゼーションが正確な相補的一致
をもって起こるか、或いは種々のより低いレベルの相補性で起こるように調節す
る。ハイブリダイズしたプローブを取り除いた後、スキャナーを用いて、蛍光の
レベル及びパターンを決定する。スキャンされたイメージを調べて、マイクロア
レイ上の各オリゴヌクレオチド配列の相補性の程度及び相対的な量を求める。検
出システムを用いることにより、全ての個別の配列について同時にハイブリダイ
ゼーションの不存在、存在、及び量を測定することができる。このデータは、サ
ンプルにおける配列、突然変異、変異体、又は多型についてのラージスケールの
相互関係の研究のために用いることができる(例えば、Heller, R.A.他 (1997)
Proc. Natl. Acad. Sci. 94:2150-55参照)。Hybridization conditions are adjusted so that hybridization occurs with exact complementary matches or with various lower levels of complementarity. After removing the hybridized probe, the level and pattern of fluorescence is determined using a scanner. The scanned image is examined to determine the degree of complementarity and relative amount of each oligonucleotide sequence on the microarray. By using a detection system, the absence, presence, and amount of hybridization can be measured simultaneously for all individual sequences. This data can be used to study large-scale interactions for sequences, mutations, variants, or polymorphisms in a sample (eg, Heller, RA et al. (1997)
Proc. Natl. Acad. Sci. 94: 2150-55).
【0213】 本発明の別の実施例では、HRGPをコードする核酸配列を用いて、自然発生
のゲノム配列マッピングのために有用なハイブリダイゼーションプローブを作り
出すこともできる。この配列は、特定の染色体、染色体の特定の領域、又は人工
染色体作製物にマッピングし得る。人工染色体作製物としては、例えばヒト人工
染色体(HACs)、酵母菌人工染色体(YACs)、細菌人工染色体(BAC
s)、細菌性P1作製物又は単染色体cDNAライブラリー等がある(例えば、
Price, C.M. (1993) Blood Rev. 7:127-134, 及びTrask, B.J. (1991) Trends G
enet. 7:149-154参照)。In another embodiment of the invention, nucleic acid sequences encoding HRGP may be used to create useful hybridization probes for naturally occurring genomic sequence mapping. This sequence may map to a particular chromosome, a particular region of the chromosome, or an artificial chromosome construct. Examples of artificial chromosome products include human artificial chromosomes (HACs), yeast artificial chromosomes (YACs), and bacterial artificial chromosomes (BAC).
s), bacterial P1 constructs or monochromosomal cDNA libraries (eg,
Price, CM (1993) Blood Rev. 7: 127-134, and Trask, BJ (1991) Trends G
enet. 7: 149-154).
【0214】 蛍光in situハイブリダイゼーション(FISH)は、他の物理的染色体マッピン グ技術及び遺伝子地図データと関連を有し得る(例えば、Verma他(1988)Human Chromosomes: A Manual of Basic Technique , Pergamon Press, New York, NY ”参照)。遺伝子地図データの例は、種々の科学誌や、Online Mendelian Inher
itance in Man(OMIM)に見ることができる。物理的染色体地図上でのHRGP をコードする配列の位置と特定の疾病(または特定の疾病の素因)との相関関係
を助けとして、或る遺伝病に関連するDNAの領域を決定することができる。本
発明のヌクレオチド配列を用いて、正常者、キャリア、または患者の遺伝子配列
の違いを検出することができる。Fluorescence in situ hybridization (FISH) may have implications for other physical chromosome mapping techniques and genetic map data (eg, Verma et al. (1988) Human Chromosomes: A Manual of Basic Technique , Pergamon Press). , New York, NY ”). Examples of genetic map data can be found in various scientific journals and Online Mendelian Inher.
It can be seen in itance in Man (OMIM). With the help of correlating the location of the HRGP-encoding sequence on the physical chromosomal map with a particular disease (or predisposition to a particular disease), regions of DNA associated with a certain genetic disease can be determined. . The nucleotide sequences of the present invention can be used to detect differences in the gene sequence of normals, carriers, or patients.
【0215】 染色体調製物のin situハイブリダイゼーションや、確立された染色体マーカ ーを用いる連鎖解析のような物理的マッピング技術を、遺伝子地図を拡大するた
めに用いることができる。多くの場合、特定のヒト染色体の数やアームが未知で
あっても、マウスのような別の哺乳動物の染色体上の遺伝子配置から、関連する
マーカーがわかる。新たな配列は、物理的マッピングにより染色体のアームまた
はその一部へ割当てることができる。これにより、位置クローニング或いは他の
遺伝子発見技術を用いて疾病遺伝子を調査する研究者に貴重な情報を提供するこ
とができる。例えば毛細血管拡張性運動失調(AT)が11q22-23に位置決定された
ように(例えば、Gatti, R.A.他(1988)Nature 336:577-580参照)、一旦疾患 或いは症候群が特定のゲノム領域に粗く位置決定されたならば、その領域にマッ
ピングされる任意の配列は、さらなる研究のための関連する遺伝子、或いは調節
遺伝子を表し得ることになる。本発明のヌクレオチド配列を、転座、逆位等によ
って生じた、正常者、キャリア、及び患者の間の染色体の位置の違いを検出する
ために用いることもできる。[0215] Physical mapping techniques, such as in situ hybridization of chromosomal preparations and linkage analysis using established chromosomal markers, can be used to enlarge the genetic map. In many cases, even if the number or arm of a particular human chromosome is unknown, the gene arrangement on the chromosome of another mammal, such as a mouse, will reveal the relevant marker. New sequences can be assigned to chromosomal arms or parts thereof by physical mapping. This can provide valuable information to researchers investigating disease genes using positional cloning or other gene discovery techniques. Once a disease or syndrome has been localized to a particular genomic region, for example, as ataxia-telangiectasia (AT) has been located at 11q22-23 (see, eg, Gatti, RA et al. (1988) Nature 336: 577-580). Once coarsely located, any sequence that maps to that region could represent a relevant gene for further study, or a regulatory gene. The nucleotide sequences of the present invention can also be used to detect differences in chromosomal location between normals, carriers, and patients, caused by translocations, inversions, and the like.
【0216】 本発明の別の実施例では、HRGPや、その触媒作用性または免疫原性断片、
オリゴペプチドを、様々な薬物スクリーニング技術において化合物のスクリーニ
ングのために用いることができる。このようなスクリーニングにおいて用いられ
る断片は、溶液に遊離した形態で存在するか、固体支持体へ付着した形態で存在
するか、細胞表面へ付着した形態で存在するか、或いは細胞内に存在するもので
あり得る。HRGPと試験対象の薬剤との結合複合体形成を測定することができ
る。In another embodiment of the present invention, HRGP, or a catalytic or immunogenic fragment thereof,
Oligopeptides can be used for screening compounds in various drug screening techniques. Fragments used in such screening may be in free form in solution, in a form attached to a solid support, in a form attached to a cell surface, or in a cell. Can be The binding complex formation between HRGP and the drug under test can be measured.
【0217】 別の薬物スクリーニング技術によって、対象のタンパク質に対する適切な結合
親和性を有する化合物の高スループットのスクリーニングを行うことができる(
例えば、Geysen他(1984)PCT出願WO84/03564参照)。この方法では、HRGP
に適用する場合、多数の異なる小形の試験対象の化合物を、プラスチックピン或
いは他の表面のような固体基板上で合成する。この試験対象の化合物をHRGP
又はその断片と反応させ、洗浄する。次に結合したHRGPを当分野で周知の方
法により検出する。また、前述の薬物スクリーニング技術において使用するため
に、精製したHRGPをプレート上に直接コーティングすることもできる。或い
は、非中和抗体を用いてペプチドを捕捉し、固体基板上に固定することができる
。[0217] Alternative drug screening techniques allow for high-throughput screening of compounds with appropriate binding affinity for the protein of interest (
See, for example, Geysen et al. (1984) PCT application WO 84/03564). In this method, HRGP
When applied to a large number of different small test compounds, they are synthesized on a solid substrate such as a plastic pin or other surface. The compound to be tested was designated as HRGP
Or react with fragments thereof and wash. The bound HRGP is then detected by methods well known in the art. Also, purified HRGP can be directly coated on a plate for use in the aforementioned drug screening techniques. Alternatively, the peptide can be captured using a non-neutralizing antibody and immobilized on a solid substrate.
【0218】 別の実施例では、HRGPに結合し得る中和抗体が、HRGPとの結合につい
て試験対象の化合物と特異的に競合する競合的薬物スクリーニングアッセイを用
いることができる。この方法では、抗体を用いて、HRGPの1または2以上の
抗原決定基を共通に有する任意のペプチドの存在を検出することができる。In another example, a competitive drug screening assay can be used in which neutralizing antibodies capable of binding to HRGP specifically compete with the compound under test for binding to HRGP. In this method, antibodies can be used to detect the presence of any peptide that has one or more antigenic determinants of HRGP in common.
【0219】 更に別の実施例では、現在までに開発されていない分子生物学上の技術であっ
ても、その新技術がヌクレオチド配列の現在までに知られている特性(例えば、
以下に限らないが、トリプレット遺伝暗号及び特異的塩基対合のような特性)に
基づく技術であるならば、その技術においてHRGPをコードするヌクレオチド
配列を用いることができる。In yet another embodiment, even in molecular biology techniques that have not been developed to date, the new techniques may have properties known to date for nucleotide sequences (eg,
HRGP-encoding nucleotide sequences can be used in techniques based on, but not limited to, the triplet genetic code and properties such as specific base pairing.
【0220】 以下の実施例は、本発明の単なる例示であり、本発明をこの実施例に限定しよ
うとするものではない。The following examples are merely illustrative of the present invention and are not intended to limit the present invention to these examples.
【0221】[0221]
例示の目的のため、インサイトクローンNo. 1913206がそこから単離されたPRO
STUT04 cDNAライブラリーの調製及び配列決定について説明する。LIFESEQTM データベースにおけるライブラリーのcDNAの調製及び配列決定は時間の経過
とともに変化してきており、ライブラリーが作製され解析された特定の時期に利
用可能なキット、プラスミド、及び装置の使用は漸次変化する。For illustrative purposes, Insight clone No. 1913206 was used to isolate the PRO
The preparation and sequencing of the STUT04 cDNA library will be described. Preparation of cDNA libraries in LIFESEQ TM database and sequencing has been changing over time, the use of a particular time available kits, plasmids, and device library was produced and analyzed changes gradually .
【0222】 1 PROSTUT04 cDNAライブラリーの作製 PROSTUT04 cDNAライブラリーを、年齢57歳の白人男性の前立腺癌組織か
ら作製した。外科手術として、根治的前立腺切除術、両睾丸の摘出、所属リンパ
節の切除を行った。病状報告は、左右両方の前立腺周囲における腺癌(Gleason グレード3+3)を示していた。神経周囲の浸潤が存在しており、前立腺周囲組
織に及んでいた。右骨盤リンパ節の1つ、左右の外科手術先端縁は腫瘍陽性であ
り、精嚢は陰性であった。患者の既往症として、アデノイド切除術を伴う扁桃摘
出術、虫垂切除術、及び大腸の良性新生物があった。前記患者は、I型糖尿病の
ためにインスリンを投薬されていた。患者の家族歴としては、患者の父親の前立
腺の悪性新生物、及び母親の合併症を伴わないI型糖尿病があった。 1. Preparation of PROSTUT04 cDNA Library A PROSTUT04 cDNA library was prepared from a 57-year-old Caucasian male prostate cancer tissue. Surgery included radical prostatectomy, removal of both testicles, and removal of regional lymph nodes. Pathology reports indicated adenocarcinoma (Gleason grade 3 + 3) around both the left and right prostate. Perineural infiltrates were present and extended to periprostatic tissue. One of the right pelvic lymph nodes, left and right surgical margins, was tumor-positive and seminal vesicles were negative. The patient's history included tonsillectomy with adenoidectomy, appendectomy, and benign neoplasms of the large intestine. The patient had been taking insulin for Type I diabetes. The patient's family history included a malignant neoplasm of the patient's father's prostate and type I diabetes without maternal complications.
【0223】 冷凍組織を、BrinkmannホモジナイザーPOLYTRON-PT-3000(Brinkmann Instrum
ents, Westbury NY)を用いて、グアニジンイソチオシアネート溶液内でホモジ ナイズし、溶解した。StratageneのRNA単離プロトコル(Stratagene)に従っ
て、フェノールクロロホルムpH5.5で抽出し、次いで酸性フェノールpH4.7で抽出
した溶解産物に1.0mlの2M酢酸ナトリウムを加えた。Stratageneのプロトコルに 従って、等量のイソプロパノールでRNAを2回沈殿させた。RNAペレットを
、DEPC処理した水に再懸濁し、37℃で50分間DNアーゼで処理した。等量の酸性
フェノールを用いてこの反応を止めた。RNAを、0.3Mの酢酸ナトリウムと2.5 倍量のエタノールを用いて沈殿させ、DEPC処理した水に再懸濁した。RNAをQi
agen Oligotexキット(QIAGEN Inc, Chatworth, CA)を用いて単離し、それを用
いてcDNAライブラリーを作製した。[0223] Frozen tissues were purified using a Brinkmann homogenizer POLYTRON-PT-3000 (Brinkmann Instrum).
ents, Westbury NY) and homogenized in guanidine isothiocyanate solution. According to Stratagene's RNA isolation protocol (Stratagene), phenol extracted with chloroform pH 5.5 and then 1.0 ml of 2M sodium acetate was added to the lysate extracted with acidic phenol pH 4.7. RNA was precipitated twice with an equal volume of isopropanol according to the Stratagene protocol. The RNA pellet was resuspended in DEPC-treated water and treated with DNase at 37 ° C for 50 minutes. The reaction was stopped with an equal amount of acidic phenol. RNA was precipitated using 0.3 M sodium acetate and 2.5 volumes of ethanol and resuspended in DEPC-treated water. Qi RNA
It was isolated using the agen Oligotex kit (QIAGEN Inc, Chatworth, CA) and used to create a cDNA library.
【0224】 このRNAは、SuperScript Plasmid System for cDNA synthesis and plasmi
d cloning(品番18248-013, Gibco/BRL)の推奨プロトコルに従って取り扱った 。cDNAをSepharose CL4Bカラム(品番275105-01; Pharmacia)上で分画化し
、400bpを越えるcDNAをpSport Iに連結した。次にこのプラスミドpSpo
rt IをDH5αTMコンピテント細胞(品番18258-012; Gibco/BRL)に形質転換した 。[0224] This RNA was prepared using the SuperScript Plasmid System for cDNA synthesis and plasmi.
Handled according to d cloning (p / n 18248-013, Gibco / BRL) recommended protocol. The cDNA was fractionated on a Sepharose CL4B column (Part No. 275105-01; Pharmacia) and the cDNA over 400 bp was ligated to pSportI. Next, this plasmid pSpo
rtI was transformed into DH5α ™ competent cells (Part No. 18258-012; Gibco / BRL).
【0225】 2 cDNAクローンの単離及び配列決定 プラスミドDNAはこの細胞から放出され、これをREAL Prep 96 Plasmid Kit
(Catalog #26173,QIAGEN, Inc., Chatsworth, CA)を用いて精製した。このキ ットは、マルチチャネル試薬ディスペンサを用いて96穴ブロックにおける96
個のサンプルの同時増幅が可能なものであった。推奨プロトコルを利用したが、
以下の点を変更した。(1)25mg/Lのカルベニシリン及び0.4%のグリ
セロールを含む1mlの滅菌Terrific Broth (品番22711, Gibco/BRL)におい て細菌を培養した。(2)植菌の後、培溶液を19時間インキュベートし、イン
キュベーションの終了時に、この細胞を0.3mlの溶解バッファーに溶解した
。(3)イソプロパノール沈殿を行った後、プラスミドDNAのペレットを0.
1mlの蒸留水に再懸濁した。プロトコルの最終ステップの後、サンプルを96
穴ブロックに移し4℃で保管した。 2 Isolation and Sequencing of cDNA Clones Plasmid DNA was released from the cells, and this was purified using the REAL Prep 96 Plasmid Kit.
(Catalog # 26173, QIAGEN, Inc., Chatsworth, CA). This kit uses a multi-channel reagent dispenser for 96-well blocks.
This enabled simultaneous amplification of samples. I used the recommended protocol,
The following points have been changed. (1) Bacteria were cultured in 1 ml of sterile Terrific Broth (Part No. 22711, Gibco / BRL) containing 25 mg / L carbenicillin and 0.4% glycerol. (2) After inoculation, the culture solution was incubated for 19 hours, and at the end of the incubation, the cells were lysed in 0.3 ml of lysis buffer. (3) After isopropanol precipitation, the pellet of plasmid DNA
Resuspended in 1 ml of distilled water. After the last step of the protocol, 96 samples
Transferred to a hole block and stored at 4 ° C.
【0226】 このcDNAの配列決定は、Peltier Thermal Cyclers (MJ Research, Water
town, MA製のPTC200)及びApplied Biosystems社製の377 DNA Sequencing Syste
msと組み合わせてHamilton Micro Lab 2200 (Hamilton, Reno, NV)を用いて、
Sangerらの方法(1975, J. Mol. Biol.94:441f)により行い、読み枠を決定した
。The sequencing of this cDNA was performed using Peltier Thermal Cyclers (MJ Research, Water
town, MA PTC200) and Applied Biosystems 377 DNA Sequencing System
Using Hamilton Micro Lab 2200 (Hamilton, Reno, NV) in combination with ms
The reading frame was determined by the method of Sanger et al. (1975, J. Mol. Biol. 94: 441f).
【0227】 3 cDNAクローン及びそれらの類推されるタンパク質の相同性検索 配列表のヌクレオチド配列及び、それらから類推されるアミノ酸配列を問い合
わせ配列として用いて、例えばGenBank、SwissProt、BLOCKS、及びPima IIのよ うなデータベースを検索した。これらのデータベースには既に同定された配列が
注釈付きで含められており、BLAST(Basic Local Alignment Toolを表す)を用 いて相同性(類似性)を有する領域をこのデータベースのなかから検索した(Al
tschul. S.F. (1993) J. Mol. Evol. 36:290-300; Altschul他(1990) J. Mol. B
iol. 215:403-10)。 3 Using the nucleotide sequences of the homology search sequence listing of cDNA clones and their inferred proteins and the amino acid sequences inferred therefrom as query sequences, for example, GenBank, SwissProt, BLOCKS, and Pima II I searched the database. These databases contain annotated sequences that have already been identified, and a region having homology (similarity) was searched from this database using BLAST (for Basic Local Alignment Tool) (Al
tschul. SF (1993) J. Mol. Evol. 36: 290-300; Altschul et al. (1990) J. Mol. B
iol. 215: 403-10).
【0228】 BLASTは、ヌクレオチド及びアミノ酸配列の両方のアライメントを作成して配 列の類似性を決定する。そのアライメントの局所的性質のために、BLASTは正確 な一致、すなわち原核生物(細菌)や真核生物(動物、菌類、又は植物)を起源
とするホモログを特定する際に特に有効である。一次配列パターンや二次構造の
ギャップペナルティを処理する際には、他のアルゴリズムを用いることができる
(例えば、Smith, T他(1992) Protein Engineering 5:35-51参照)に記載のよう
な。本明細書に開示された配列の長さは少なくとも49ヌクレオチドであり、不
必要な塩基は12%以下である(ここでNはA、C、G、又はT以外と記録され
たものである)。BLAST creates an alignment of both nucleotide and amino acid sequences to determine sequence similarity. Due to the local nature of the alignment, BLAST is particularly useful in identifying exact matches, ie, homologs of prokaryotic (bacterial) or eukaryotic (animal, fungal, or plant) origin. Other algorithms can be used to handle primary sequence patterns and gap penalties for secondary structure (eg, as described in Smith, T. et al. (1992) Protein Engineering 5: 35-51). The sequences disclosed herein are at least 49 nucleotides in length and have no more than 12% of unnecessary bases (where N is recorded other than A, C, G, or T). .
【0229】 BLAST法は、問い合わせ配列とデータベースの配列の一致を検索し、発見した あらゆる配列の一致の統計的有意性を評価して、ユーザが選択した有意性の閾値
を満たす一致のみを報告する。本出願での閾値は、ヌクレオチドで10-25、ペ プチドで10-14に設定した。The BLAST method searches for matches between the query and database sequences, evaluates the statistical significance of any matches found, and reports only matches that meet a user-selected significance threshold. . The threshold in this application was set to 10 -25 for nucleotides and 10 -14 for peptides.
【0230】 インサイト社のヌクレオチド配列を、霊長類(pri)、げっ歯類(rod)、及び
他の哺乳類配列(mam)のGenBankデータベースで検索し、次に同じクローンから
類推されるアミノ酸配列を、GenBankの機能性タンパク質データベース、哺乳類 (mamp)、脊椎動物(vrtp)、及び真核生物(eukp)で、相同性について検索し
た。The nucleotide sequence of Incyte was searched in the GenBank database of primates (pri), rodents (rod), and other mammalian sequences (mam), and the amino acid sequence deduced from the same clone was then retrieved. , GenBank Functional Protein Database, Mammals (mamp), Vertebrate (vrtp), and Eukaryotes (eukp).
【0231】 4 ノーザン法による解析 ノーザン法解析は、遺伝子の転写物の存在を検出するために用いられる実験技
術であり、標識されたヌクレオチド配列と、特定の細胞タイプまたは組織のRN
Aが結合しているメンブランとのハイブリダイゼーションを行う(Sambrook他、
前出)。 4 Northern Analysis Northern analysis is an experimental technique used to detect the presence of transcripts of a gene, where a labeled nucleotide sequence and the RN of a particular cell type or tissue are
Hybridization with the membrane to which A is bound (Sambrook et al.,
Supra).
【0232】 BLASTを用いる類似のコンピュータ技術を用いて、GenBankまたはLIFESEQTMデ ータベース(Incyte Pharmaceuticals)のようなデータベースにおいて同一のま
たは近縁な分子を検索する。この解析は、多くの膜を用いるハイブリダイゼーシ
ョンより非常に短時間で行うことができる。更に、コンピュータ検索の感度を変
更して、ある特定の一致が正確な一致に分類されるか、相同的に分類されるかを
決定することができる。Similar computer techniques using BLAST are used to search for identical or related molecules in databases such as GenBank or LIFESEQ ™ database (Incyte Pharmaceuticals). This analysis can be performed in a much shorter time than hybridization using many membranes. In addition, the sensitivity of the computer search can be modified to determine whether a particular match is classified as an exact match or homologously.
【0233】 検索の基準値は、積スコア(product score)であり、これは以下の式で定義 されるものである。 (配列の一致(%)×最大BLASTスコア(%))/100 この積スコアでは、2つの配列間の類似性の程度、及び配列の長さの一致の双方
が考慮される。例えば、積スコアが40の場合は、一致は誤差が1〜2%の範囲
で正確であり、スコアが70の場合は正確に一致している。相同な分子は、通常
積スコアとして15〜40を示すものを選択することにより同定されるが、これ
よりスコアの低いものは近縁な分子として同定される。[0233] The reference value of the search is a product score, which is defined by the following equation. (Sequence match (%) × Maximum BLAST score (%)) / 100 This product score takes into account both the degree of similarity between two sequences and the match in sequence length. For example, when the product score is 40, the match is accurate within an error of 1-2%, and when the score is 70, the match is exact. Homologous molecules are usually identified by selecting those that show a product score of 15-40, while those with lower scores are identified as closely related molecules.
【0234】 ノーザン解析の結果は、HRGPをコードする転写物が発生するライブラリー
のリストとして報告される。配列の存在量(abundance)、及びパーセント存在 率(percent abundance)のリストも報告される。存在量は、特定の転写物の検 出回数を直接反映し、パーセント存在率は、存在量をcDNAライブラリー内で
検出された配列の総数で除したものである。The results of the Northern analysis are reported as a list of libraries in which transcripts encoding HRGP are generated. A list of sequence abundance and percent abundance is also reported. Abundance directly reflects the number of detections of a particular transcript, and percent abundance is the abundance divided by the total number of sequences detected in the cDNA library.
【0235】 5 HRGPをコードする配列の延長 本発明のポリヌクレオチドの1つの配列を用いて、部分的ヌクレオチド配列を
完全長まで伸長させるためのオリゴヌクレオチドプライマーを設計した。一方の
プライマーはアンチセンス方向の延長を開始するために合成し、他方のプライマ
ーはセンス方向に配列を延長するために合成した。これらのプライマーを用いて
、既知のHRGP配列を「外側に」延長し、興味の対象の領域の新しい未知のヌ
クレオチド配列を含むアンプリコンを生成した。初めのプライマーは、OLIGO 4.
06(National Biosciences社)、或いは他の適切なプログラムを用いて設計した
もので、約22個から約30個のヌクレオチドからなる長さで、50%以上のG
C含量を有し、かつ約68〜約72℃の温度で標的配列にアニールするように設
計した。ヘアピン構造及びプライマー−プライマー二量体化を生じるようなあら
ゆるヌクレオチドのストレッチは除いた。 Extension of HRGP-encoding sequence One sequence of the polynucleotide of the invention was used to design oligonucleotide primers for extending a partial nucleotide sequence to full length. One primer was synthesized to initiate extension in the antisense direction and the other primer was synthesized to extend the sequence in the sense direction. Using these primers, the known HRGP sequence was extended "outside" to generate an amplicon containing a new, unknown nucleotide sequence of the region of interest. The first primer is OLIGO 4.
06 (National Biosciences), or other suitable program, with a length of about 22 to about 30 nucleotides and 50% or more G
It was designed to have a C content and anneal to the target sequence at a temperature of about 68 to about 72 ° C. Stretches of any nucleotides that would result in hairpin structure and primer-primer dimerization were excluded.
【0236】 選択されたヒトcDNAライブラリー(Gibco/BRL)を用いて、この配列を延 長した。2段階以上の延長が必要または望ましい場合は、既知領域をさらに延長
するための追加のプライマーの組を設計する。This sequence was extended using a selected human cDNA library (Gibco / BRL). If more than one step extension is necessary or desirable, an additional set of primers is designed to further extend the known region.
【0237】 XL-PCRキット(Perkin Elmer)の説明書の指示に従って、酵素と反応混合物と
を徹底的に混合することにより、高い忠実度の増幅がなされる。40pmolの
各プライマーと、推奨された濃度のキットの他の全ての成分とから増幅を開始す
る場合、Peltier Thermal Cycler(PTC200;M.J. Reserch, Watertown MA)を用
いて、以下のパラメータ、即ち ステップ1 94℃で1分間(初期変性) ステップ2 65℃で1分間 ステップ3 68℃で6分間 ステップ4 94℃で15秒間 ステップ5 65℃で1分間 ステップ6 68℃で7分間 ステップ7 ステップ4〜6をさらに15サイクル反復 ステップ8 94℃で15秒間 ステップ9 65℃で1分間 ステップ10 68℃で7分15秒間 ステップ11 ステップ8〜10を12サイクル反復 ステップ12 72℃で8分間 ステップ13 4℃(その温度を保持) でPCRを行った。High fidelity amplification is achieved by thorough mixing of the enzyme and reaction mixture according to the instructions in the instructions for the XL-PCR kit (Perkin Elmer). When starting amplification with 40 pmol of each primer and all other components of the kit at the recommended concentration, the following parameters were used using a Peltier Thermal Cycler (PTC200; MJ Research, Watertown MA), ie, step 194: 1 minute at 65 ° C (initial denaturation) Step 2 1 minute at 65 ° C Step 3 6 minutes at 68 ° C Step 4 15 seconds at 94 ° C Step 5 1 minute at 65 ° C Step 6 7 minutes at 68 ° C Step 7 Steps 4-6 Repeat 15 more cycles Step 8 94 ° C for 15 seconds Step 9 65 ° C for 1 minute Step 10 68 ° C for 7 minutes 15 seconds Step 11 Repeat steps 8 to 12 for 12 cycles Step 12 72 ° C for 8 minutes Step 134 ° C (the (The temperature was maintained).
【0238】 反応混合物の5〜10μlのアリコットを、低濃度(約0.6〜0.8%)ア
ガロースミニゲル上での電気泳動で解析して、配列を延長する反応が成功したか
否かを決定した。最も大きな生成物即ちバンドを選択して、ゲルから切り出し、
QIAQuickTM(QIAGEN Inc., Chatsworth, CA)を用いて精製し、Klenow酵素を用 いて一本鎖ヌクレオチドの延び出し(overhang)を切り取って、再結合及びクロ
ーニングを容易にする平滑末端を作った。An aliquot of 5-10 μl of the reaction mixture was analyzed by electrophoresis on a low concentration (about 0.6-0.8%) agarose minigel to determine whether the sequence extension reaction was successful. Were determined. Select the largest product or band, cut out of the gel,
Purification was performed using QIAQuick ™ (QIAGEN Inc., Chatsworth, CA) and the single-stranded nucleotide overhang was excised using the Klenow enzyme to create blunt ends that facilitate recombination and cloning.
【0239】 エタノール沈殿の後、生成物を13μlの連結バッファーに再溶解し、1μl
のT4−DNAリガーゼ(15単位)及び1μlのT4ポリヌクレオチドキナー
ゼを加えて、その混合物を室温で2〜3時間、或いは16℃で終夜インキュベー
トした。コンピテントな大腸菌細胞(40μlの適切な培養液内にある)を、3
μlのライゲーション混合物を用いて形質転換し、80μlのSOC培地(Semb
rook他、前出)で培養した。37℃で1時間のインキュベーションの後、全ての
形質転換混合物を、2xCarbを含むLuria Bertani(LB)寒天(Sembrook他、前 出)上にのせた。後日、いくつかのコロニーを各プレートから無作為に選択し、
適切な市販の無菌の96穴マイクロタイタープレートの各のウェル内に入れられ
た150μlの液状LB/2xCarb培地で培養した。さらに後日、各5μl
の終夜の培養物を非滅菌96穴プレート内に移し、水で1:10に希釈した後、
それぞれ5μlのサンプルをPCRアレイに移した。After ethanol precipitation, the product was redissolved in 13 μl ligation buffer and 1 μl
Of T4-DNA ligase (15 units) and 1 μl of T4 polynucleotide kinase were added, and the mixture was incubated for 2-3 hours at room temperature or overnight at 16 ° C. Competent E. coli cells (in 40 μl of appropriate culture medium)
The ligation mixture was transformed with 80 μl of SOC medium (Semb
rook et al., supra). After 1 hour incubation at 37 ° C, all transformation mixtures were plated on Luria Bertani (LB) agar (Sembrook et al., Supra) containing 2xCarb. At a later date, several colonies are randomly selected from each plate,
Cultivated in 150 μl of liquid LB / 2 × Carb medium in each well of a suitable commercially available sterile 96-well microtiter plate. Further at a later date, 5 μl each
Was transferred into a non-sterile 96-well plate and diluted 1:10 with water,
5 μl of each sample was transferred to a PCR array.
【0240】 PCR増幅のため、4単位のrTth DNAポリメラーゼを含む18μlの濃縮 PCR反応混合物(3.3x)、ベクタープライマー、並びに延長反応に用いら
れる遺伝子に特異的なプライマーの一方或いは両方を各ウェルに加えた。増幅は
、以下の条件、即ち ステップ1 94℃で60秒間 ステップ2 94℃で20秒間 ステップ3 55℃で30秒間 ステップ4 72℃で90秒間 ステップ5 ステップ2〜4をさらに29サイクル反復 ステップ6 72℃で180秒間 ステップ7 4℃(そのまま保持) で行った。For PCR amplification, 18 μl of the enriched PCR reaction mixture (3.3 ×) containing 4 units of rTth DNA polymerase, vector primers, and / or primers specific to the gene used in the extension reaction were added to each well. Added. The amplification was carried out under the following conditions: Step 1 at 94 ° C. for 60 seconds Step 2 at 94 ° C. for 20 seconds Step 3 at 55 ° C. for 30 seconds Step 4 at 72 ° C. for 90 seconds Step 5 Steps 2 to 4 were further repeated 29 cycles Step 6 72 Performed at 74 ° C. (maintained) at 180 ° C. for 180 seconds.
【0241】 PCR反応物のアリコットを、分子量マーカーと共にアガロースゲル上を走ら
せた。PCR生成物のサイズを元の部分的cDNAと比較して、適切なクローン
を選択し、プラスミドに結合して、配列決定を行った。An aliquot of the PCR reaction was run on an agarose gel with molecular weight markers. The size of the PCR product was compared to the original partial cDNA, the appropriate clone was selected, ligated to the plasmid and sequenced.
【0242】 同様に、本発明のヌクレオチド配列の1つを用いて、上述の手順を用いて5′
調節配列を得ること、5′方向の延長のために設計されたオリゴヌクレオチドを
得ること、及び適切なゲノムライブラリーを得ることが可能である。Similarly, using one of the nucleotide sequences of the invention, the 5 ′
It is possible to obtain regulatory sequences, obtain oligonucleotides designed for extension in the 5 'direction, and obtain appropriate genomic libraries.
【0243】 6 ハイブリダイゼーションプローブの標識及び使用 本発明のヌクレオチド配列の1つから作られたハイブリダイゼーションプロー
ブを用いて、cDNA、mRNA並びにゲノムDNAをスクリーニングする。約
20の塩基対からなるオリゴヌクレオチドの標識について特に記すが、より大き
なcDNAフラグメントの場合でも概ね同じ手順を用いる。OLIGO4.06(Nationa
l Bioscience)のような最新式のソフトウェアを用いてオリゴヌクレオチドを設
計し、それぞれ50pmolのオリゴマーと、250μCiの[γ‐32P]アデノ
シン三リン酸(Amersham)及びT4ポリヌクレオチドキナーゼ(DuPont NEN、Bo
ston MA)とを結合することによって標識する。標識されたオリゴヌクレオチド を、Sephadex G-25超微粒子樹脂カラム(Pharmacia & Upjohn)を用いて精製す
る。毎分107カウントの標識されたプローブを含むアリコットを、エンドヌク レアーゼAseI,Bgl II,EcoRI,Pst I,Xba1或いはPvuII;DuPont NENの1つを 用いて消化したヒトゲノムDNAの一般的な膜を用いるハイブリダイゼーション
解析において用いる。 6 Labeling and Use of Hybridization Probes cDNA, mRNA and genomic DNA are screened using hybridization probes made from one of the nucleotide sequences of the present invention. Particular mention is made of the labeling of oligonucleotides consisting of about 20 base pairs, but generally the same procedure is used for larger cDNA fragments. OLIGO4.06 (Nationa
Oligonucleotides were designed using state-of-the-art software such as Bioscience) and 50 pmol of each oligomer, 250 μCi of [γ- 32 P] adenosine triphosphate (Amersham) and T4 polynucleotide kinase (DuPont NEN, Bo
ston MA). The labeled oligonucleotide is purified using a Sephadex G-25 ultrafine resin column (Pharmacia & Upjohn). Aliquots containing the labeled probe at 10 7 counts per minute are applied to a common membrane of human genomic DNA digested with one of the endonucleases AseI, BglII, EcoRI, PstI, Xba1 or PvuII; DuPont NEN. Used in hybridization analysis.
【0244】 各消化物からのDNAを、0.7%アガロースゲル上で分画化して、ナイロン
膜(Nytran Plus, Schleicher & Schuell, Durham NH)にトランスファーする。
ハイブリダイゼーションは40℃で16時間かけて行う。非特異的シグナルを取
り除くため、ブロットを、0.1xクエン酸ナトリウム水及び0.5%ドデシル
硫酸ナトリウムまでの、段階的にストリンジェンシーが増す条件下で室温にて順
次洗浄する。XOMAT ARTMフィルム(Kodak, Rochester, NY)を、Phosphoimager カセット(Molecular Dynamics, Sunnyvale, CA)においてブロットに数時間露 光した後、ハイブリダイゼーションパターンを視覚的に比較する。The DNA from each digest is fractionated on a 0.7% agarose gel and transferred to a nylon membrane (Nytran Plus, Schleicher & Schuell, Durham NH).
Hybridization is performed at 40 ° C. for 16 hours. To remove non-specific signals, blots are washed sequentially at room temperature under stepwise increasing stringency conditions up to 0.1 × aqueous sodium citrate and 0.5% sodium dodecyl sulfate. After exposing the XOMAT AR ™ film (Kodak, Rochester, NY) to the blot in a Phosphoimager cassette (Molecular Dynamics, Sunnyvale, CA) for several hours, the hybridization patterns are visually compared.
【0245】 7 マイクロアレイ マイクロアレイ用のオリゴヌクレオチドを作製するために、配列番号:2を、
ヌクレオチド配列の3’末端からコンピュータアルゴリズムを用いて調べる。こ
のアルゴリズムは、その遺伝子に独特で、ハイブリダイゼーションに適した範囲
内のGC含量を有し、且つハイブリダイゼーションを妨げるような推定上の2次
構造が存在しない、決まった長さのオリゴマーを同定する。このアルゴリズムは
、長さ20ヌクレオチドの(20量体)20個の配列特異的オリゴヌクレオチドを同定
する。各配列の中央の1個のヌクレオチドだけが変化して他は一致しているオリ
ゴヌクレオチドの組を作製する。このプロセスはマイクロアレイにおける各遺伝
子について反復され、20個の20量体の組が2組、光照射化学プロセスを用いてシ
リコンチップの表面上で合成され配列される(Chee, M.他 PCT/WO95/11995)。 7 Microarrays To make oligonucleotides for microarrays , SEQ ID NO: 2 was
The nucleotide sequence is examined using a computer algorithm from the 3 'end. The algorithm identifies oligomers of defined length that are unique to the gene, have a GC content within the range suitable for hybridization, and are free of putative secondary structures that would prevent hybridization. . This algorithm identifies 20 sequence-specific oligonucleotides 20 nucleotides in length (20 mer). Only one central nucleotide in each sequence is changed to create a set of otherwise identical oligonucleotides. This process is repeated for each gene in the microarray, and two sets of 20 20-mers are synthesized and arranged on the surface of a silicon chip using a light-irradiated chemistry process (Chee, M. et al., PCT / WO95). / 11995).
【0246】 別法では、化学結合プロシージャ及びインクジェット装置を用いて、基板の表
面上でオリゴマーを合成する(Baldeschweiler, J.D.他 PCT/WO95/25116)。更 に別の方法では、ドットブロット法(スロットブロット法)で用いるものに類似
した「格子型」アレイを用いて、真空システム、熱、UV、機械的又は化学的結
合プロシージャを用いて、cDNA断片又はオリゴヌクレオチドを基板の表面に
配置し結合させる。アレイは、手作業により、又は市販の材料及び機械を用いる
ことによって製作することができ、任意の適切な数の断片又はオリゴヌクレオチ
ドを含み得る。ハイブリダイゼーションの後、マイクロアレイを洗浄してハイブ
リダイズしていないプローブを取り除き、スキャナーを用いて蛍光のレベル及び
パターンを求める。スキャンされた画像を調べて、マイクロアレイ上の各オリゴ
ヌクレオチド配列の相補性の程度及び相対的な量/発現レベルを求める。Alternatively, oligomers are synthesized on the surface of a substrate using a chemical coupling procedure and an inkjet device (Baldeschweiler, JD et al. PCT / WO95 / 25116). Yet another method uses a "lattice-type" array similar to that used in dot blots (slot blots), using a vacuum system, thermal, UV, mechanical or chemical binding procedures, and cDNA fragments. Alternatively, the oligonucleotide is placed on the surface of the substrate and allowed to bind. Arrays can be fabricated manually or by using commercially available materials and machines, and can include any suitable number of fragments or oligonucleotides. After hybridization, the microarray is washed to remove unhybridized probes, and the level and pattern of fluorescence are determined using a scanner. The scanned images are examined to determine the degree of complementarity and the relative amount / expression level of each oligonucleotide sequence on the microarray.
【0247】 8 相補的ポリヌクレオチド HRGPをコードする配列或いはその任意の一部分に相補的な配列は、自然発
生のHRGPの発現を低下、即ち阻害するために用られる。約15〜約30塩基
対からなるオリゴヌクレオチドの使用について特に記すが、より小さな或いはよ
り大きな配列フラグメントの場合でも基本的に同じ方法を用いることができる。
Oligo4.06ソフトウェア及び本発明のヌクレオチドの何れか1つの配列を用いて 、適切なオリゴヌクレオチドを設計する。転写を阻害するためには、最も独特な
5′配列から相補的なオリゴヌクレオチドを設計し、これを用いてプロモーター
が結合しないようにする。翻訳を阻害するためには、相補的なオリゴヌクレオチ
ドを設計して、リボソームがHRGPをコードする転写物に結合しないようにす
る。 8 Complementary Polynucleotides The sequence encoding HRGP, or a sequence complementary to any portion thereof, is used to reduce, ie, inhibit, the expression of naturally occurring HRGP. Although the use of oligonucleotides of about 15 to about 30 base pairs is specifically noted, essentially the same procedure can be used for smaller or larger sequence fragments.
An appropriate oligonucleotide is designed using the Oligo 4.06 software and the sequence of any one of the nucleotides of the present invention. To inhibit transcription, a complementary oligonucleotide is designed from the most unique 5 'sequence and used to prevent promoter binding. To inhibit translation, a complementary oligonucleotide is designed so that the ribosome does not bind to the transcript encoding HRGP.
【0248】 9 HRGPの発現 HRGPの発現は、cDNAを適切なベクター内にサブクローニングし、その
ベクターを宿主細胞にトランスフェクトすることによって達成される。この場合
、大腸菌においてHRGPを発現させるためにクローニングベクターも用いられ
る。このベクターは、クローニング部位の上流において、β−ガラクトシダーゼ
のプロモータを有し、その後ろのアミノ基末端Met、それに後続するβ−ガラク トシダーゼの7つの残基を有する。これら8つの残基に後続するのは、転写に役
立つバクテリオファージプロモーター及び多くの独特の制限部位を含むリンカー
である。 9 HRGP Expression HRGP expression is achieved by subcloning the cDNA into a suitable vector and transfecting the vector into a host cell. In this case, a cloning vector is also used to express HRGP in E. coli. This vector has a β-galactosidase promoter upstream of the cloning site, followed by an amino-terminal Met, followed by seven residues of β-galactosidase. Following these eight residues are a bacteriophage promoter that facilitates transcription and a linker that contains many unique restriction sites.
【0249】 形質転換された菌株を単離し、それを標準的な方法でIPTGで誘導して、初
めのβガラクトシダーゼの7残基、約5〜15残基のリンカー、及び完全長タン
パク質からなる融合タンパク質を作り出す。このシグナル残基群は、細菌増殖培
地へのHRGPの分泌を誘導し、この培地は次の活性のアッセイにおいて直接用
いることができる。The transformed strain was isolated, induced with IPTG in a standard manner, and fused with the first 7 residues of β-galactosidase, a linker of about 5 to 15 residues, and a full-length protein. Produce protein. This group of signal residues induces secretion of HRGP into the bacterial growth medium, which can be used directly in subsequent assays for activity.
【0250】 10 HRGP特異的抗体の産生 標準的なプロトコルを用いて、PAGE電気泳動法(Sambrook, 前出)を用いて実
質的に精製されたHRGPを用いてウサギを免疫化し、抗体を作り出す。本発明
のヌクレオチド配列の1つから類推されるアミノ酸配列をDNASTARソフトウエア (DNASTAR Inc.)を用いて解析して免疫原性の高い領域を決定し、対応するオリ
ゴペプチドを合成し、当業者に周知の方法でこれを用いて抗体を産生させる。適
切なペプチド配列の選択及び抗体の産生の技術は当業者に周知である。C末端付
近のエピトープ或いは親水性領域内のエピトープのような適切なエピトープの選
択については、Ausubel他(前出)や他の文献に記載されている。Generation of 10 HRGP-Specific Antibodies Using standard protocols, immunize rabbits with HRGP substantially purified using PAGE electrophoresis (Sambrook, supra) to produce antibodies. The amino acid sequence deduced from one of the nucleotide sequences of the present invention is analyzed using DNASTAR software (DNASTAR Inc.) to determine a region with high immunogenicity, to synthesize the corresponding oligopeptide, and to those skilled in the art. This is used to raise antibodies in a well-known manner. Techniques for selecting appropriate peptide sequences and producing antibodies are well known to those skilled in the art. The selection of suitable epitopes, such as epitopes near the C-terminus or in hydrophilic regions, is described in Ausubel et al., Supra, and other references.
【0251】 一般的に、15残基の長さを有するオリゴペプチドを、Applied Biosystemsの
ペプチドシンセサイザModel 431Aを用いてfmoc法のケミストリにより合成し
、M−マレイミドベンゾイル−N−ヒドロキシスクシンイミドエステル(MBS
:Ausubel他、前出)を用いる反応によってキーホールリンペットヘモシニアン (KLH、Sigma, St. Louis, MO)に結合する。フロイントの完全アジュバント
中のオリゴペプチド−KLH複合体を用いてウサギを免疫化する。得られた抗血
清の抗ペプチド活性を試験するには、例えばペプチドをプラスチックに結合し、
1%BSAでブロックし、ウサギ抗血清と反応させて洗浄し、さらに放射性ヨウ
素標識したヤギ抗ウサギIgGと反応させる。Generally, an oligopeptide having a length of 15 residues is synthesized by chemistry of the fmoc method using a peptide synthesizer Model 431A of Applied Biosystems, and M-maleimidobenzoyl-N-hydroxysuccinimide ester (MBS
: Keyhole limpet hemocyanin (KLH, Sigma, St. Louis, MO) by reaction using Ausubel et al., Supra. Rabbits are immunized with the oligopeptide-KLH complex in Freund's complete adjuvant. To test the anti-peptide activity of the obtained antiserum, for example, the peptide is bound to plastic,
Block with 1% BSA, react with rabbit antiserum, wash, and react with goat anti-rabbit IgG labeled with radioactive iodine.
【0252】 11 特異的抗体を用いる自然発生HRGPの精製 自然発生のHRGP或いは組換えHRGPを、HRGPに特異的な抗体を用い
るイムノアフィニティークロマトグラフィにより実質的に精製する。イムノアフ
ィニティーカラムは、CnBr-活性化 Sepharose(Pharmacia & Upjohn)のような 活性化クロマトグラフィーレジンとHRGP抗体とを共有結合で結合させること
により構築する。結合の後、そのレジンを使用説明書の指示に従って、ブロック
し洗浄する。 11 Purification of naturally occurring HRGP using specific antibody Naturally occurring HRGP or recombinant HRGP is substantially purified by immunoaffinity chromatography using an antibody specific for HRGP. An immunoaffinity column is constructed by covalently linking an HRGP antibody to an activated chromatography resin such as CnBr-activated Sepharose (Pharmacia & Upjohn). After binding, the resin is blocked and washed according to the instructions for use.
【0253】 HRGPを含む培養液をイムノアフィニティーカラムに通し、そのカラムをH
RGPを優先的に吸着できる条件下で(例えば界面活性剤の存在下において高イ
オン強度バッファーで)洗浄する。このカラムを、抗体とHRGPとの結合を切
るような条件下(例えばpH2〜3のバッファー、或いは高濃度の尿素またはチ
オシアン酸塩イオンのようなカオトロピックイオン)で溶出させ、HRGPを回
収する。The culture solution containing HRGP is passed through an immunoaffinity column, and the column is
Wash under conditions that allow RGP to be preferentially adsorbed (eg, with a high ionic strength buffer in the presence of a surfactant) The column is eluted under conditions that disrupt the binding of the antibody to HRGP (eg, a buffer of pH 2-3 or a high concentration of chaotropic ions such as urea or thiocyanate ions) to recover HRGP.
【0254】 12 HRGPと相互作用する分子の同定 HRGP又は生物学的に活性なその断片を、125Iボルトンハンター試薬(Bol
ton 他 (1973) Biochem. J. 133:529)で標識する。マルチウェルプレートのウ ェルに予め配列しておいた候補の分子を、標識したHRGPとともにインキュベ
ートし、洗浄して、標識HRGP複合体を有するウェルをアッセイする。異なる
濃度のHRGPを用いて得られたデータを用いて、候補の分子とHRGPの会合
、親和性、数の数値を計算する。 12 Identification of Molecules That Interact with HRGP HRGP, or a biologically active fragment thereof, was prepared using 125 I Bolton Hunter reagent (Bol
(1973) Biochem. J. 133: 529). Candidate molecules pre-sequenced in the wells of the multiwell plate are incubated with labeled HRGP, washed, and the wells bearing the labeled HRGP complex are assayed. Using the data obtained using different concentrations of HRGP, the association, affinity, and number values of the candidate molecule and HRGP are calculated.
【0255】 上記のすべての刊行物及び特許明細書は、引用により本明細書の一部とする。
本発明の範囲及び精神から逸脱しない本明細書に記載した本発明の方法及びシス
テムの様々な改変は、当業者には明らかであろう。本発明は、特に好適な実施例
に関連して説明されているが、本発明の真の範囲は、そのような特定の実施例に
不当に制限されるべきではないことを理解されたい。実際に、分子生物学或いは
関連分野の専門家には明らかな本発明の実施形態の様々な改変は、請求の範囲内
に含まれるものである。All publications and patent specifications mentioned above are incorporated herein by reference.
Various modifications of the method and system of the invention described herein which do not depart from the scope and spirit of the invention will be apparent to those skilled in the art. Although the invention has been described with reference to particularly preferred embodiments, it should be understood that the true scope of the invention should not be unduly limited to such specific embodiments. Indeed, various modifications of the embodiments of the invention which are obvious to those skilled in molecular biology or related fields are intended to be within the scope of the claims.
【配列表】 [Sequence list]
───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (51)Int.Cl.7 識別記号 FI テーマコート゛(参考) C07K 14/47 C12N 1/15 4C084 16/18 1/19 4H045 C12M 1/00 1/21 C12N 1/15 C12P 21/02 C 1/19 C12Q 1/68 A 1/21 C12N 15/00 ZNAA 5/10 A61K 37/02 C12P 21/02 C12N 5/00 A C12Q 1/68 F (81)指定国 EP(AT,BE,CH,CY, DE,DK,ES,FI,FR,GB,GR,IE,I T,LU,MC,NL,PT,SE),OA(BF,BJ ,CF,CG,CI,CM,GA,GN,GW,ML, MR,NE,SN,TD,TG),AP(GH,GM,K E,LS,MW,SD,SZ,UG,ZW),EA(AM ,AZ,BY,KG,KZ,MD,RU,TJ,TM) ,AL,AM,AT,AU,AZ,BA,BB,BG, BR,BY,CA,CH,CN,CU,CZ,DE,D K,EE,ES,FI,GB,GE,GH,GM,HR ,HU,ID,IL,IS,JP,KE,KG,KP, KR,KZ,LC,LK,LR,LS,LT,LU,L V,MD,MG,MK,MN,MW,MX,NO,NZ ,PL,PT,RO,RU,SD,SE,SG,SI, SK,SL,TJ,TM,TR,TT,UA,UG,U S,UZ,VN,YU,ZW (72)発明者 バンドマン、オルガ アメリカ合衆国カリフォルニア州94043・ マウンテンビュー・アンナアベニュー 366 (72)発明者 ヒルマン、ジェニファー・エル アメリカ合衆国カリフォルニア州94040・ マウンテンビュー・#12・モンロードライ ブ 230 (72)発明者 オウ−ヤング、ジャニス アメリカ合衆国カリフォルニア州94702・ バークレイ・カインズアベニュー 1419 (72)発明者 タング、トム・ワイ アメリカ合衆国カリフォルニア州94087・ サニーベイル・#14・イーストレミントン ドライブ 110 (72)発明者 ユエ、ヘンリー アメリカ合衆国カリフォルニア州94087・ サニーベイル・ルイスアベニュー 826 (72)発明者 シャー、パルビ アメリカ合衆国カリフォルニア州94087・ サニーベイル・#5・クイーンシャルロッ トドライブ 1608 (72)発明者 ゲグラー、カール・ジェイ アメリカ合衆国カリフォルニア州94025・ メンロパーク・オークランドアベニュー 1048 (72)発明者 コーレイ、ニール・シー アメリカ合衆国カリフォルニア州94040・ マウンテンビュー・#30・デールアベニュ ー 1240 Fターム(参考) 4B024 AA01 AA11 BA44 BA80 CA04 CA09 CA12 DA02 DA05 DA11 EA04 FA01 GA01 GA11 HA01 HA03 4B029 AA07 BB20 CC03 FA12 4B063 QA01 QA19 QQ01 QQ42 QQ52 QR08 QR42 QR56 QR59 QR62 QR80 QS05 QS25 QS36 QX01 4B064 AG01 AG27 CA01 CA19 CA20 CC24 DA01 DA13 4B065 AA01X AA57X AA87X AB01 AB02 BA02 BA08 CA24 CA25 CA44 CA46 4C084 AA02 AA07 AA17 BA01 BA08 BA13 BA22 CA18 DC50 NA14 ZB071 ZB261 4H045 AA10 AA11 BA10 CA40 DA76 EA20 EA50 FA72 FA74 ──────────────────────────────────────────────────続 き Continued on the front page (51) Int.Cl. 7 Identification symbol FI Theme coat ゛ (Reference) C07K 14/47 C12N 1/15 4C084 16/18 1/19 4H045 C12M 1/00 1/21 C12N 1/15 C12P 21/02 C 1/19 C12Q 1/68 A 1/21 C12N 15/00 ZNAA 5/10 A61K 37/02 C12P 21/02 C12N 5/00 A C12Q 1/68 F (81) Designated country EP (AT , BE, CH, CY, DE, DK, ES, FI, FR, GB, GR, IE, IT, LU, MC, NL, PT, SE), OA (BF, BJ, CF, CG, CI, CM) , GA, GN, GW, ML, MR, NE, SN, TD, TG), AP (GH, GM, KE, LS, MW, SD, SZ, UG, ZW), EA (AM, AZ, Y, KG, KZ, MD, RU, TJ, TM), AL, AM, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BR, BY, CA, CH, CN, CU, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, GB, GE, GH, GM, HR, HU, ID, IL, IS, JP, KE, KG, KP, KR, KZ, LC, LK, LR, LS, LT, LU, LV , MD, MG, MK, MN, MW, MX, NO, NZ, PL, PT, RO, RU, SD, SE, SG, SI, SK, SL, TJ, TM, TR, TT, UA, UG, U S, UZ, VN, YU, ZW (72) Inventor Bandman, Olga 94043, Mountain View Anna Avenue, California, United States 366 (72) Inventor Hillman, Jennifer El, 94040, Mountain View, California, United States 12 Monrode Drive 230 (72) Inventor Au-Young, Janice 94702 Berkeley Caines Avenue, California, United States 1419 (72) Inventor Tang, Tom Wye 94087, California, USA Sunnyvale # 14 East Remington Drive 110 (72) Inventor Yue, Henry Sunnyvale Lewis Avenue, 94087, California, United States 826 (72) Inventor Shah, Parvi Sunnyvale # 5 Queen Charlotte Drive, 94087, California, United States 1608 (72) Inventor Gegler, Carl Jay Menlo Park Oakland Avenue, CA 94025, United States of America 1048 (72) Inventor Korley, Neil Sea CA 94040, CA, United States Mountain View # 30 Dale Avenue 1240 F-term (reference) 4B024 AA01 AA11 BA44 BA80 CA04 CA09 CA12 DA02 DA05 DA11 EA04 FA01 GA01 GA11 HA01 HA03 4B029 AA07 BB20 CC03 FA12 4B063 QA01 QA19 QQ01 QQ42 QQ52 QR08 QR42 QR56 QR59 QR62 QR80 QS05 AG01 CC25 QS05 AG01 CC24 QS05 DA01 DA13 4B065 AA01X AA57X AA87X AB01 AB02 BA02 BA08 CA24 CA25 CA44 CA46 4C084 AA02 AA07 AA17 BA01 BA08 BA13 BA22 CA18 DC50 NA14 ZB071 ZB261 4H045 AA10 AA11 BA10 CA40 DA76 EA20 EA50 FA72 FA74
Claims (20)
4、配列番号:5、配列番号:6、配列番号:7、配列番号:8、配列番号:9
、配列番号:10、配列番号:11、及び配列番号:12からなる群から選択さ
れたアミノ酸配列を有するポリペプチドを含む、実質的に精製されたヒト・調節
タンパク質(HRGP)。1. SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO:
4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9
A substantially purified human regulatory protein (HRGP) comprising a polypeptide having an amino acid sequence selected from the group consisting of: SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 11, and SEQ ID NO: 12.
トリンジェントな条件の下でハイブリダイズする、単離され精製されたポリヌク
レオチド。2. An isolated and purified polynucleotide that hybridizes under stringent conditions to the polynucleotide encoding HRGP of claim 1.
番号:16、配列番号:17、配列番号:18、配列番号:19、配列番号:2
0、配列番号:21、配列番号:22、配列番号:23、及び配列番号:24か
らなる群から選択された核酸配列を有する、単離され精製されたポリヌクレオチ
ド。3. SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 2.
0, an isolated and purified polynucleotide having a nucleic acid sequence selected from the group consisting of: SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 23, and SEQ ID NO: 24.
くとも1つの少なくとも断片を含むマイクロアレイ。4. A microarray comprising at least a fragment of at least one of the polynucleotides encoding HRGP of claim 1.
列を有する、単離され精製されたポリヌクレオチド。5. An isolated and purified polynucleotide having a nucleic acid sequence that is complementary to the nucleic acid sequence of the polynucleotide of claim 3.
法であって、 (a)前記ポリペプチドの発現に適した条件の下で請求項8の宿主細胞を培養
する過程と、 (b)前記宿主細胞の培地から前記ポリペプチドを回収する過程とを有するこ
とを特徴とするヒト・調節タンパク質をコードするポリペプチドの製造方法。9. A method for producing a polypeptide encoding a human / regulatory protein, comprising: (a) culturing the host cell of claim 8 under conditions suitable for expression of the polypeptide; And b) recovering the polypeptide from the culture medium of the host cell.
、適切な医薬用担体と共に含む医薬品組成物。10. A pharmaceutical composition comprising the substantially purified human regulatory protein of claim 1 together with a suitable pharmaceutical carrier.
製された抗体。11. A purified antibody that specifically binds to the human regulatory protein of claim 1.
ト。12. A purified agonist of the human regulatory protein of claim 1.
ニスト。13. A purified antagonist of the human regulatory protein of claim 1.
増殖を刺激する方法。14. A method of stimulating cell proliferation, comprising the step of providing the cell with an effective amount of the human regulatory protein of claim 1.
る過程を含む、癌の処置又は予防方法。15. A method for treating or preventing cancer, comprising a step of administering an effective amount of the pharmaceutical composition of claim 10 to a patient in need of such treatment.
する過程を含む、癌の処置又は予防方法。16. A method for treating or preventing cancer, comprising administering an effective amount of the antagonist of claim 13 to a patient in need of such treatment.
する過程を含む、免疫応答の処置又は防止方法。17. A method of treating or preventing an immune response, comprising administering to a patient in need of such treatment an effective amount of the antagonist of claim 13.
る核酸配列の検出方法であって、 (a)請求項5のポリヌクレオチドと、前記生物学的サンプルの核酸配列とを
ハイブリダイズさせ、ハイブリダイゼーション複合体を形成する過程と、 (b)前記ハイブリダイゼーション複合体を検出する過程であって、前記ハイ
ブリダイゼーション複合体の存在が、前記生物学的サンプル中のヒト・調節タン
パク質をコードする核酸配列の存在と相互関係を有する、該過程とを含むことを
特徴とする生物学的サンプル中のヒト・調節タンパク質をコードする核酸配列の
検出方法。18. A method for detecting a nucleic acid sequence encoding a human / regulatory protein in a biological sample, comprising: (a) hybridizing the polynucleotide of claim 5 with the nucleic acid sequence of the biological sample. Forming a hybridization complex; and (b) detecting the hybridization complex, wherein the presence of the hybridization complex encodes a human / regulatory protein in the biological sample. A method for detecting a nucleic acid sequence encoding a human / regulatory protein in a biological sample, comprising the steps of correlating with the presence of the nucleic acid sequence.
る核酸配列の発現レベルを検出する方法であって、 (a)前記生物学的サンプルの核酸配列と、請求項5のポリヌクレオチドとを
ハイブリダイズさせ、ハイブリダイゼーション複合体を形成する過程と、 (b)前記ハイブリダイゼーション複合体の存在を特定することによって、前
記生物学的サンプル中のヒト・調節タンパク質をコードする核酸配列の存在を判
定する過程とを有することを特徴とする生物学的サンプル中のヒト・調節タンパ
ク質をコードする核酸配列の発現レベルを検出する方法。19. A method for detecting the expression level of a nucleic acid sequence encoding a human regulatory protein in a biological sample, comprising: (a) the nucleic acid sequence of the biological sample, and the polynucleotide of claim 5; And (b) identifying the presence of said hybridization complex, thereby allowing the presence of a nucleic acid sequence encoding a human / regulatory protein in said biological sample. Determining the expression level of a nucleic acid sequence encoding a human / regulatory protein in a biological sample.
的サンプルの前記ポリヌクレオチドを、ポリメラーゼ連鎖反応法により増幅し、
標識することを特徴とする請求項19に記載の方法。20. The process of performing the hybridization, wherein the polynucleotide of the biological sample is amplified by polymerase chain reaction.
The method according to claim 19, wherein the labeling is performed.
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