CN113278697B - 一种基于外周血内基因甲基化的肺癌诊断试剂盒 - Google Patents
一种基于外周血内基因甲基化的肺癌诊断试剂盒 Download PDFInfo
- Publication number
- CN113278697B CN113278697B CN202110587831.3A CN202110587831A CN113278697B CN 113278697 B CN113278697 B CN 113278697B CN 202110587831 A CN202110587831 A CN 202110587831A CN 113278697 B CN113278697 B CN 113278697B
- Authority
- CN
- China
- Prior art keywords
- reagent
- methylation
- lung cancer
- peripheral blood
- genes
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Active
Links
- 230000011987 methylation Effects 0.000 title claims abstract description 64
- 238000007069 methylation reaction Methods 0.000 title claims abstract description 64
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 title claims abstract description 58
- 206010058467 Lung neoplasm malignant Diseases 0.000 title claims abstract description 54
- 201000005202 lung cancer Diseases 0.000 title claims abstract description 54
- 208000020816 lung neoplasm Diseases 0.000 title claims abstract description 54
- 210000005259 peripheral blood Anatomy 0.000 title claims abstract description 39
- 239000011886 peripheral blood Substances 0.000 title claims abstract description 39
- 238000009007 Diagnostic Kit Methods 0.000 title claims abstract description 8
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 claims abstract description 54
- 108010070600 Glucose-6-phosphate isomerase Proteins 0.000 claims abstract description 21
- 102100034533 Histone H2AX Human genes 0.000 claims abstract description 20
- 101001067891 Homo sapiens Histone H2AX Proteins 0.000 claims abstract description 20
- 101000770799 Homo sapiens Protein Wnt-10b Proteins 0.000 claims abstract description 20
- 101000648265 Homo sapiens Thymocyte selection-associated high mobility group box protein TOX Proteins 0.000 claims abstract description 20
- 101000837565 Homo sapiens Ubiquitin-conjugating enzyme E2 S Proteins 0.000 claims abstract description 20
- 102100029062 Protein Wnt-10b Human genes 0.000 claims abstract description 20
- 102100028788 Thymocyte selection-associated high mobility group box protein TOX Human genes 0.000 claims abstract description 20
- 102100028718 Ubiquitin-conjugating enzyme E2 S Human genes 0.000 claims abstract description 20
- 102100031132 Glucose-6-phosphate isomerase Human genes 0.000 claims abstract description 19
- 102100029283 Hepatocyte nuclear factor 3-alpha Human genes 0.000 claims abstract description 19
- 101001062353 Homo sapiens Hepatocyte nuclear factor 3-alpha Proteins 0.000 claims abstract description 19
- 101000845201 Homo sapiens Tetratricopeptide repeat protein 7B Proteins 0.000 claims abstract description 19
- 101001059220 Homo sapiens Zinc finger protein Gfi-1 Proteins 0.000 claims abstract description 19
- 102100027184 Periplakin Human genes 0.000 claims abstract description 19
- 102100031270 Tetratricopeptide repeat protein 7B Human genes 0.000 claims abstract description 19
- 102100023628 Zinc finger protein 799 Human genes 0.000 claims abstract description 19
- 102100029004 Zinc finger protein Gfi-1 Human genes 0.000 claims abstract description 19
- 102100036572 Coiled-coil domain-containing protein 170 Human genes 0.000 claims abstract description 18
- 101000715242 Homo sapiens Coiled-coil domain-containing protein 170 Proteins 0.000 claims abstract description 18
- 101000694030 Homo sapiens Periplakin Proteins 0.000 claims abstract description 18
- 101000652492 Homo sapiens Tubulin-specific chaperone cofactor E-like protein Proteins 0.000 claims abstract description 18
- 101000976462 Homo sapiens Zinc finger protein 799 Proteins 0.000 claims abstract description 18
- 108010038888 KCNQ3 Potassium Channel Proteins 0.000 claims abstract description 18
- 101001120469 Legionella pneumophila Peptidoglycan-associated lipoprotein Proteins 0.000 claims abstract description 18
- 102100023721 Ephrin-B2 Human genes 0.000 claims abstract description 17
- 101001049392 Homo sapiens Ephrin-B2 Proteins 0.000 claims abstract description 17
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 claims abstract description 12
- 102100030286 Tubulin-specific chaperone cofactor E-like protein Human genes 0.000 claims abstract description 10
- 101000607316 Homo sapiens UL-16 binding protein 5 Proteins 0.000 claims abstract 5
- 102000015686 KCNQ3 Potassium Channel Human genes 0.000 claims abstract 5
- 102100040010 UL-16 binding protein 5 Human genes 0.000 claims abstract 5
- 208000019693 Lung disease Diseases 0.000 claims description 32
- 238000012549 training Methods 0.000 claims description 19
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 claims description 15
- LSNNMFCWUKXFEE-UHFFFAOYSA-M Bisulfite Chemical compound OS([O-])=O LSNNMFCWUKXFEE-UHFFFAOYSA-M 0.000 claims description 13
- 238000012408 PCR amplification Methods 0.000 claims description 10
- 238000012164 methylation sequencing Methods 0.000 claims description 9
- 238000013145 classification model Methods 0.000 claims description 8
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 claims description 6
- 238000010801 machine learning Methods 0.000 claims description 5
- 239000012807 PCR reagent Substances 0.000 claims description 3
- 238000003935 denaturing gradient gel electrophoresis Methods 0.000 claims description 3
- 238000007855 methylation-specific PCR Methods 0.000 claims description 3
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims description 3
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims description 3
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 claims description 2
- 206010028980 Neoplasm Diseases 0.000 abstract description 9
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 53
- 102100034360 Potassium voltage-gated channel subfamily KQT member 3 Human genes 0.000 description 13
- 239000000523 sample Substances 0.000 description 13
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 11
- OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N cytosine Chemical group NC=1C=CNC(=O)N=1 OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 10
- 238000001179 sorption measurement Methods 0.000 description 6
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 5
- 230000006870 function Effects 0.000 description 5
- 238000003752 polymerase chain reaction Methods 0.000 description 5
- 230000002685 pulmonary effect Effects 0.000 description 5
- 238000012216 screening Methods 0.000 description 5
- -1 RAET1G Proteins 0.000 description 4
- 229940104302 cytosine Drugs 0.000 description 4
- 238000001514 detection method Methods 0.000 description 4
- 102000012803 ephrin Human genes 0.000 description 4
- 108060002566 ephrin Proteins 0.000 description 4
- 238000003384 imaging method Methods 0.000 description 4
- 230000036210 malignancy Effects 0.000 description 4
- 238000000034 method Methods 0.000 description 4
- 210000000056 organ Anatomy 0.000 description 4
- 230000004069 differentiation Effects 0.000 description 3
- 230000003211 malignant effect Effects 0.000 description 3
- 238000010827 pathological analysis Methods 0.000 description 3
- 230000001575 pathological effect Effects 0.000 description 3
- 238000013138 pruning Methods 0.000 description 3
- 238000013441 quality evaluation Methods 0.000 description 3
- 239000002096 quantum dot Substances 0.000 description 3
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 3
- 238000006467 substitution reaction Methods 0.000 description 3
- 238000010200 validation analysis Methods 0.000 description 3
- 208000005623 Carcinogenesis Diseases 0.000 description 2
- 108010077544 Chromatin Proteins 0.000 description 2
- 102000005731 Glucose-6-phosphate isomerase Human genes 0.000 description 2
- 108700018351 Major Histocompatibility Complex Proteins 0.000 description 2
- 108090000848 Ubiquitin Proteins 0.000 description 2
- 102000044159 Ubiquitin Human genes 0.000 description 2
- ISAKRJDGNUQOIC-UHFFFAOYSA-N Uracil Chemical compound O=C1C=CNC(=O)N1 ISAKRJDGNUQOIC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 101710185494 Zinc finger protein Proteins 0.000 description 2
- 102100023597 Zinc finger protein 816 Human genes 0.000 description 2
- 230000004075 alteration Effects 0.000 description 2
- 239000012472 biological sample Substances 0.000 description 2
- 210000004556 brain Anatomy 0.000 description 2
- 201000011510 cancer Diseases 0.000 description 2
- 230000036952 cancer formation Effects 0.000 description 2
- 231100000504 carcinogenesis Toxicity 0.000 description 2
- 210000003483 chromatin Anatomy 0.000 description 2
- 238000010276 construction Methods 0.000 description 2
- 238000002790 cross-validation Methods 0.000 description 2
- 238000011156 evaluation Methods 0.000 description 2
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 2
- 230000007774 longterm Effects 0.000 description 2
- 238000002156 mixing Methods 0.000 description 2
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 2
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 2
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 2
- 238000011160 research Methods 0.000 description 2
- 230000035945 sensitivity Effects 0.000 description 2
- 230000020382 suppression by virus of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I Effects 0.000 description 2
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 2
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 description 2
- 238000013518 transcription Methods 0.000 description 2
- 230000035897 transcription Effects 0.000 description 2
- 238000012795 verification Methods 0.000 description 2
- 108010088751 Albumins Proteins 0.000 description 1
- 102000009027 Albumins Human genes 0.000 description 1
- 108700028369 Alleles Proteins 0.000 description 1
- 206010003598 Atelectasis Diseases 0.000 description 1
- 208000024172 Cardiovascular disease Diseases 0.000 description 1
- 102000052510 DNA-Binding Proteins Human genes 0.000 description 1
- 230000004568 DNA-binding Effects 0.000 description 1
- 101710096438 DNA-binding protein Proteins 0.000 description 1
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 description 1
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 description 1
- 108010044090 Ephrin-B2 Proteins 0.000 description 1
- 108090000852 Forkhead Transcription Factors Proteins 0.000 description 1
- 102000017286 Histone H2A Human genes 0.000 description 1
- 108050005231 Histone H2A Proteins 0.000 description 1
- 108091022875 Microtubule Proteins 0.000 description 1
- 102000029749 Microtubule Human genes 0.000 description 1
- 101710202907 Periplakin Proteins 0.000 description 1
- 208000002151 Pleural effusion Diseases 0.000 description 1
- 206010035664 Pneumonia Diseases 0.000 description 1
- 108010071690 Prealbumin Proteins 0.000 description 1
- 208000007123 Pulmonary Atelectasis Diseases 0.000 description 1
- 206010056342 Pulmonary mass Diseases 0.000 description 1
- 102000004278 Receptor Protein-Tyrosine Kinases Human genes 0.000 description 1
- 108090000873 Receptor Protein-Tyrosine Kinases Proteins 0.000 description 1
- 102000009190 Transthyretin Human genes 0.000 description 1
- 102000004243 Tubulin Human genes 0.000 description 1
- 108090000704 Tubulin Proteins 0.000 description 1
- 101710182322 Zinc finger protein 799 Proteins 0.000 description 1
- 239000002253 acid Substances 0.000 description 1
- 238000000246 agarose gel electrophoresis Methods 0.000 description 1
- 230000009286 beneficial effect Effects 0.000 description 1
- 230000027455 binding Effects 0.000 description 1
- 238000003766 bioinformatics method Methods 0.000 description 1
- 230000033228 biological regulation Effects 0.000 description 1
- 238000001369 bisulfite sequencing Methods 0.000 description 1
- 210000004204 blood vessel Anatomy 0.000 description 1
- 210000001185 bone marrow Anatomy 0.000 description 1
- 239000000872 buffer Substances 0.000 description 1
- 239000007853 buffer solution Substances 0.000 description 1
- 210000004899 c-terminal region Anatomy 0.000 description 1
- 230000015556 catabolic process Effects 0.000 description 1
- 239000003054 catalyst Substances 0.000 description 1
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 description 1
- 210000000170 cell membrane Anatomy 0.000 description 1
- 230000008859 change Effects 0.000 description 1
- 239000003638 chemical reducing agent Substances 0.000 description 1
- 238000002512 chemotherapy Methods 0.000 description 1
- 210000000038 chest Anatomy 0.000 description 1
- 230000021615 conjugation Effects 0.000 description 1
- 230000001086 cytosolic effect Effects 0.000 description 1
- 238000006731 degradation reaction Methods 0.000 description 1
- 210000001047 desmosome Anatomy 0.000 description 1
- 230000018109 developmental process Effects 0.000 description 1
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 1
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 1
- 238000009826 distribution Methods 0.000 description 1
- 230000002526 effect on cardiovascular system Effects 0.000 description 1
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 1
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 1
- 230000010437 erythropoiesis Effects 0.000 description 1
- 230000005284 excitation Effects 0.000 description 1
- 230000007717 exclusion Effects 0.000 description 1
- 238000001502 gel electrophoresis Methods 0.000 description 1
- 229930004094 glycosylphosphatidylinositol Natural products 0.000 description 1
- 239000003102 growth factor Substances 0.000 description 1
- 230000036541 health Effects 0.000 description 1
- 230000011132 hemopoiesis Effects 0.000 description 1
- 210000003494 hepatocyte Anatomy 0.000 description 1
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 description 1
- 238000007689 inspection Methods 0.000 description 1
- 230000003834 intracellular effect Effects 0.000 description 1
- 238000002955 isolation Methods 0.000 description 1
- 210000002510 keratinocyte Anatomy 0.000 description 1
- 210000004072 lung Anatomy 0.000 description 1
- 210000001165 lymph node Anatomy 0.000 description 1
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 description 1
- 239000003550 marker Substances 0.000 description 1
- 230000005226 mechanical processes and functions Effects 0.000 description 1
- 239000012528 membrane Substances 0.000 description 1
- 239000002207 metabolite Substances 0.000 description 1
- 210000004688 microtubule Anatomy 0.000 description 1
- 230000035772 mutation Effects 0.000 description 1
- 210000000653 nervous system Anatomy 0.000 description 1
- 230000001537 neural effect Effects 0.000 description 1
- 230000007170 pathology Effects 0.000 description 1
- 230000008569 process Effects 0.000 description 1
- 239000000047 product Substances 0.000 description 1
- 238000004393 prognosis Methods 0.000 description 1
- 230000002797 proteolythic effect Effects 0.000 description 1
- 238000003908 quality control method Methods 0.000 description 1
- 238000011002 quantification Methods 0.000 description 1
- 238000001959 radiotherapy Methods 0.000 description 1
- 108020003175 receptors Proteins 0.000 description 1
- 102000005962 receptors Human genes 0.000 description 1
- 230000001105 regulatory effect Effects 0.000 description 1
- 230000008439 repair process Effects 0.000 description 1
- 230000010076 replication Effects 0.000 description 1
- 238000002271 resection Methods 0.000 description 1
- 108091006024 signal transducing proteins Proteins 0.000 description 1
- 102000034285 signal transducing proteins Human genes 0.000 description 1
- 230000000391 smoking effect Effects 0.000 description 1
- 238000003860 storage Methods 0.000 description 1
- 239000006228 supernatant Substances 0.000 description 1
- 238000001356 surgical procedure Methods 0.000 description 1
- 208000024891 symptom Diseases 0.000 description 1
- 210000000115 thoracic cavity Anatomy 0.000 description 1
- 210000001685 thyroid gland Anatomy 0.000 description 1
- 108091006106 transcriptional activators Proteins 0.000 description 1
- 230000009466 transformation Effects 0.000 description 1
- 239000000439 tumor marker Substances 0.000 description 1
- 229940035893 uracil Drugs 0.000 description 1
- 210000003934 vacuole Anatomy 0.000 description 1
- 238000005406 washing Methods 0.000 description 1
Images
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
- C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/154—Methylation markers
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Immunology (AREA)
- Pathology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Zoology (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Hospice & Palliative Care (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Oncology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
本发明公开了一种基于外周血内基因甲基化的肺癌诊断试剂盒，属于肿瘤诊断试剂领域。本发明的试剂盒包括检测TBCEL、GPI、UBE2S、TOX、PPL、H2AFX、FOXA1、TTC7B、ZNF799、WNT10B、KCNQ3、GFI1、CCDC170、RAET1G和EFNB2的甲基化的试剂，可实现肺癌快速诊断，准确性高，应用前景良好。
Description
技术领域
本发明属于肿瘤诊断试剂领域。
背景技术
肺癌是发病率和死亡率增长最快，对人群健康和生命威胁最大的恶性肿瘤之一。近50年来许多国家都报道肺癌的发病率和死亡率均明显增高，男性肺癌发病率和死亡率均占所有恶性肿瘤的第一位，女性发病率占第二位，死亡率占第二位。
对肺癌患病风险进行提前预测，以及早期筛查，对肺癌的预后改善具有重大意义。通过肿瘤标志物，可快速、便捷地实现肺癌患病风险预测和早期筛查。经过人们长期研究，已有众多的肺癌标志物，主要有如下几种类型：(1)自身抗体；(2)自身抗体以外的其他蛋白；(3)代谢物；(4)RNA；(5)序列改变的DNA；(6)不同程度甲基化的DNA。每种类型下的标志物数量众多。
由于被检者的个体差异，依赖现有的标志物组合进行预测与筛查仍存在不小比例的假阳性和假阴性，准确度不够高。
TBCEL(tubulin folding cofactor E like，Gene ID：219899)广泛表达于多种器官，其功能与细胞内微管的动态有关，目前已知其参与精细胞个体化调控。
GPI(glucose-6-phosphate isomerase，Gene ID：2821)编码葡萄糖磷酸异构酶蛋白家族的一个成员。这种编码的蛋白质被认为是一种兼职蛋白质，因为它能够执行不同的机械功能。
UBE2S(ubiquitin conjugating enzyme E2 S，Gene ID：27338)编码泛素结合酶家族的一个成员，后者可与泛素形成巯基酯键，广泛表达于身体多种器官。
TOX(thymocyte selection associated high mobility group box，Gene ID：9760)编码一种蛋白，该蛋白带有名为HMG box的DNA结合结构域，其中HMG box与染色质组装、转录和复制相关。
PPL(periplakin，Gene ID：5493)编码一种蛋白质，该蛋白质是桥粒和角质形成细胞表皮角化膜的组成部分。
H2AFX(H2A histone family，member X，Gene ID：100857391)编码组蛋白H2A家族的成员，其与染色质组装相关。
FOXA1(forkhead boxA1，Gene ID：3169)编码一种DNA结合蛋白，是肝细胞内的特异性转录激活因子，与白蛋白和转甲状腺素表达有关。
TTC7B(tetratricopeptide repeat domain 7B，Gene ID：145567)编码一种蛋白，其功能尚不清楚，主要表达于脑部。
ZNF799(zinc finger protein 799，Gene ID：90576)编码一种锌指蛋白，其功能尚不清楚，在多种器官中的均有表达，甲基化均较低。
WNT10B(Wnt family member 10B，Gene ID：7480)编码一种外分泌信号转导蛋白，与肿瘤发生和几种发育过程相关，该基因广泛表达于各种组织，但甲基化均较低。
KCNQ3(potassium voltage-gated channel subfamily Q member 3，Gene ID：3786)编码一种调控神经兴奋的蛋白，主要表达于大脑。
GFI1(growth factor independent 1transcriptional repressor，Gene ID：2672)编码一种转录抑制型的锌指蛋白，参与造血和肿瘤发生，主要表达于骨髓和淋巴结。
CCDC170(coiled-coil domain containing 170，Gene ID：80129)编码一种蛋白，其功能尚不清楚，在甲状腺、肺部等组织表达。
RAET1G(retinoic acid early transcript 1G，Gene ID：353091)编码主要组织相容性复合体(MHC)I类蛋白质家族的一个成员。尽管编码的蛋白质包括C末端跨膜和细胞质结构域，但蛋白水解过程导致这些结构域的去除，并随后通过糖基磷脂酰肌醇(GPI)锚定与质膜相连。该基因在各种器官内的甲基化均较低。
EFNB2(ephrin B2，Gene ID：1948)编码ephrin(EPH)家族的一个成员。ephrins和EPH相关受体是受体蛋白酪氨酸激酶的最大亚家族，参与调节发育事件，特别是神经系统和红细胞生成。
上述15个基因中，UBE2S、TOX、H2AFX、FOXA1、WNT10B、GFI1、EFNB2等7个基因被报道与肺癌相关，但这15个基因的甲基化情况与肺癌之间的关系尚不明确。
发明内容
本发明要解决的问题是：提供一种可区分肺癌和良性肺疾病的基于外周血基因甲基化检测的肺癌诊断试剂盒。
本发明的技术方案如下：
检测外周血内基因的甲基化水平的试剂在制备肺癌诊断试剂中的用途，所述基因为TBCEL、GPI、UBE2S、TOX、PPL、H2AFX、FOXA1、TTC7B、ZNF799、WNT10B、KCNQ3、GFI1、CCDC170、RAET1G和EFNB2中的1～15个。
进一步地，所述试剂为甲基化测序试剂；
所述甲基化测序试剂包括重亚硫酸盐试剂、测序建库试剂和PCR扩增试剂。
进一步地，所述PCR扩增试剂包括引物对，引物对序列依次如SEQ ID NO.1～30所示。
进一步地，所述试剂为甲基化特异性PCR试剂、甲基化敏感性单核苷酸引物延伸试剂、甲基化敏感性单链构象分析试剂或甲基化敏感性变性梯度凝胶电泳试剂。
一种肺癌诊断试剂盒，所述试剂盒包括检测外周血中基因TBCEL、GPI、UBE2S、TOX、PPL、H2AFX、FOXA1、TTC7B、ZNF799、WNT10B、KCNQ3、GFI1、CCDC170、RAET1G和EFNB2中的1～15个的甲基化水平的试剂。
进一步地，所述试剂为甲基化测序试剂；
所述甲基化测序试剂包括重亚硫酸盐试剂、测序建库试剂和PCR扩增试剂。
进一步地，所述PCR扩增试剂包括引物对，引物对序列依次如SEQ ID NO.1～30所示。
进一步地，所述试剂为甲基化特异性PCR试剂、甲基化敏感性单核苷酸引物延伸试剂、甲基化敏感性单链构象分析试剂或甲基化敏感性变性梯度凝胶电泳试剂。
一种区分良性肺疾病和肺癌的诊断系统，包括模型训练模块和预测模块；
所述模型训练模块用于对已确诊为良性肺疾病或肺癌患者的外周血中基因TBCEL、GPI、UBE2S、TOX、PPL、H2AFX、FOXA1、TTC7B、ZNF799、WNT10B、KCNQ3、GFI1、CCDC170、RAET1G和EFNB2甲基化水平进行机器学习训练，得到区分良性肺疾病和肺癌患者的二分类模型；
所述预测模块用于将待检测患者的外周血中基因TBCEL、GPI、UBE2S、TOX、PPL、H2AFX、FOXA1、TTC7B、ZNF799、WNT10B、KCNQ3、GFI1、CCDC170、RAET1G和EFNB2甲基化水平输入前述二分类模型，得出患者为良性肺疾病或肺癌患者的诊断结果。
进一步地，所述机器学习训练为采用LASSO回归模型进行训练。
本发明的有益效果：
实验发现，肺癌和良性肺疾病患者的外周血中基因TBCEL、GPI、UBE2S、TOX、PPL、H2AFX、FOXA1、TTC7B、ZNF799、WNT10B、KCNQ3、GFI1、CCDC170、RAET1G和EFNB2甲基化水平存在显著差异，将这15个基因的甲基化水平通过机器学习训练，即可得到可区分肺癌和良性肺疾病的二分类模型，进而实现肺癌和良性肺疾病的准确辨别。更便捷地，则无需二分类模型，直接根据TBCEL、GPI、UBE2S、TOX、PPL、H2AFX、FOXA1、TTC7B、ZNF799、WNT10B、KCNQ3、GFI1、CCDC170、RAET1G和EFNB2中的1～15个的甲基化水平高低来判断，其中TBCEL、RAET1G、TOX、PPL、GPI、H2AFX、CCDC170、UBE2S、GFI1、WNT10B、TTC7B、KCNQ3、EFNB2甲基化水平越低，恶性程度越高，为肺癌的可能性越高；ZNF799、FOXA1甲基化水平越高，恶性程度越高，为肺癌的可能性越高。
本发明的试剂盒和诊断系统是利用前述发现设计得到，具备准确辨别肺癌和良性肺疾病的能力(AUC为0.797)，具有良好的应用价值。
显然，根据本发明的上述内容，按照本领域的普通技术知识和惯用手段，在不脱离本发明上述基本技术思想前提下，即不脱离通过检测外周血中基因TBCEL、GPI、UBE2S、TOX、PPL、H2AFX、FOXA1、TTC7B、ZNF799、WNT10B、KCNQ3、GFI1、CCDC170、RAET1G和/或EFNB2甲基化水平来区分肺癌和良性肺疾病的思想前提下，还可以做出其它多种形式的修改、替换或变更，例如将甲基化水平的检测手段做本领域常规替换；这些修改、替换或变更均在本发明的范围内。
以下通过实施例形式的具体实施方式，对本发明的上述内容再作进一步的详细说明。但不应将此理解为本发明上述主题的范围仅限于以下的实例。凡基于本发明上述内容所实现的技术均属于本发明的范围。
附图说明
图1：肺癌患者及良性肺疾病患者外周血中的甲基化差异。横轴示不同样本类型，其中蓝色代表良性肺疾病患者外周血样本，红色代表肺癌患者外周血样本；纵轴代表不同位点的甲基化水平；如图所示，各方格代表该样本在相应位点上的甲基化水平与该位点所有样本甲基化平均水平的差值，越接近红色其差值越大，代表该样本在该位点的甲基化水平越高；而越接近蓝色则代表该位点的甲基化水平越低。
图2：预测模型的筛选及构建。采用LASSO模型筛选从候选基因中筛选相关性最强的基因；横轴示λ值的对数，纵轴示该λ值对应的预测模型用于区分外周血良恶性的曲线下面积；如图所示，当λ值为10-2时，预测模型具有最大AUC，诊断效能最高，为最佳预测模型。
图3：15个基因的甲基化水平差异：对比了15个基因在良性肺疾病患者及肺癌患者外周血中的甲基化水平；横轴示外周血样本类型，纵轴示该基因在相应外周血样本中的甲基化水平；如图所示，15个基因在良性肺疾病(B)及肺癌(M)患者外周血样本中的甲基化水平存在显著差异。
图4：预测模型在训练组(左)和验证组(右)中的效能。将最佳预测模型用以区分训练组中的良恶性外周血样本，计算该模型的诊断效能；横轴示假阳性率，纵轴示真阳性率；如图所示，该模型在训练组中的AUC达0.998，可准确区分良性肺疾病与肺癌患者外周血。将最佳预测模型用以区分验证组中的良恶性外周血样本，计算诊断效能；横轴示假阳性率，纵轴示真阳性率；如图所示，该模型在验证组中的AUC为0.797，较之训练组有所下降，但仍可区分良性肺疾病患者与肺癌患者的外周血样本。
具体实施方式
实施例1肺癌诊断的甲基化测序试剂盒
1.试剂盒的组成
试剂盒检测的样本是外周血DNA，试剂包括重亚硫酸盐试剂、测序建库试剂和PCR扩增试剂。
所述重亚硫酸盐试剂为本领域常用的甲基化测序所用重亚硫酸盐试剂，其功能是将未发生甲基化的C碱基转化为U，该试剂市面有售(例如：EpiTech重亚硫酸盐试剂盒(A-59104)，天根DNA重亚硫酸盐转化试剂盒(DP215)等)。
所述测序建库试剂是对DNA进行末端修复和添加测序接头的试剂，市面有售，例如Ironman建库试剂盒。
所述PCR扩增试剂包括引物、市售PCR预混液，用于扩增已经被重亚硫酸盐试剂处理过的所关注的15个DNA区段(TBCEL、GPI、UBE2S、TOX、PPL、H2AFX、FOXA1、TTC7B、ZNF799、WNT10B、KCNQ3、GFI1、CCDC170、RAET1G和EFNB2基因)，通过测序与序列比对，即可得到所关注的DNA区段相对于DNA区段本来序列的区别，统计C突变为T的比例，进而可知晓TBCEL、GPI、UBE2S、TOX、PPL、H2AFX、FOXA1、TTC7B、ZNF799、WNT10B、KCNQ3、GFI1、CCDC170、RAET1G和EFNB2等15个基因(后文简称“前述15个基因”)的甲基化水平。甲基化水平以基因胞嘧啶位置的C/(C+T)的比值来表示。
本试剂盒的PCR扩增引物序列如表1所示。
表1 PCR扩增引物
2.试剂盒的使用
在正式诊断之前，先用本发明的试剂盒，对部分已临床确诊为肺癌的患者和已确诊为良性肺疾病的患者采集外周血，提DNA，检测前述15个基因的甲基化水平；随机选取70％数据作为训练集，剩余数据作为测试集，采用LASSO回归模型训练区分肺癌和良性肺疾病的二分类模型。
正式诊断时，用本发明的试剂盒对待确诊(肺癌或良性肺疾病)患者的外周血内前述15个基因的甲基化水平进行检测，再将甲基化水平数据代入到前面训练好的二分类模型，实现肺癌和良性肺疾病的区分鉴别。
实施例2前述15个基因甲基化情况与肺癌相关性
一、临床样本
连续纳入拟行手术切除治疗的肺结节患者，纳入标准如下：①胸部CT表现为肺部结节；②于四川大学华西医院胸外科行手术切除并经病理确诊(具备足够样本量)；③既往无肺癌及其他肿瘤病史；④无放、化疗等治疗史；⑤对研究内容知情、自愿参加项目并签署知情同意书。排除标准如下：①合并肺不张、肺炎、肺门增大或胸腔积液等影像学表现；②合并严重的其他疾病(严重的心血管或肺部疾病等)；共纳入146例肺结节患者，具体临床特征见下表：
表2. 146例肺结节患者临床、病理及影像学特征
二、方法
1.生物样本及信息采集
1)临床、病理、影像学信息采集：①通过医院住院病人系统收集受试者临床信息及病理诊断，包括一般信息、人口学特征、吸烟史、肿瘤家族史、临床症状、肿瘤标志物、病理诊断等；②通过医院影像科系统，由两名经验丰富的影像专科医生对肺部结节进行测量及分析，包括结节密度、长径、形状、边界、边缘、周边及空泡征、血管集束征等特殊征象。
2)生物样本收集：于手术前收集患者外周血样本，离心分离上层血浆后，置入-80℃冰箱中长期保存。
2.基于捕获的重亚硫酸盐测序
1)游离DNA提取：采用Bioo scientific公司的NextPrep-Mg cfDNA IsolationKit试剂盒，从血浆中提取cfDNA，详情参考说明书。
2)DNA浓度检测及质检
a)琼脂糖凝胶电泳分析DNA降解程度及是否存在RNA及蛋白污染；
b)使用nanodrop检测DNA纯度(OD260/OD280比值)；
c)使用Qubit对DNA浓度进行精确定量，其中OD值在1.8-2.0之间、DNA浓度≥20ng/μl、总量1μg以上的DNA样本用于建库；
3)重亚硫酸盐转化实验：采用Zymo Lightning Kit对DNA样本进行重亚硫酸盐转化，其原理为重亚硫酸盐处理可使DNA样本中未甲基化的胞嘧啶转变为尿嘧啶，而甲基化的胞嘧啶不发生变化，后续通过测序评估甲基化水平。
其具体步骤如下：
a)取DNA样本20μl加入PCR管中，与Lightning转化试剂130μl充分混匀；
b)完成一个热循环，条件为：①98℃ 8min；②54℃ 60min；
c)取M-混合缓冲液600μl加入Zymo-SpinTM吸附柱中，置于收集管内；
d)将步骤b所得溶液加入上述吸附柱内，充分混匀后以＞10000×g离心30s，保留吸附柱；
e)取M-洗脱液100μl加入上述吸附柱中，超速离心30s；
f)取L-脱硫酸缓冲液200μl加入上述吸附柱，室温静置15-20min，超速离心30s后重复步骤e；
g)将上述吸附柱置入1.5ml离心管，加入M-洗涤液10μl，超速离心30s，取上清液保存备用。
4)建库测序
a)采用Ironman建库试剂盒构建文库，进行DNA末端修复，于3’端添加A碱基，连接甲基化测序接头等，构建预文库；
b)取1μl预文库进行Qubit定量，并进行凝胶电泳质检；
c)采用10K甲基化panel(基准公司)的探针对预文库进行杂交；
d)洗脱杂交后的文库DNA，采用PCR进行文库DNA的富集，引物如表1所示；
e)PCR产物纯化后，采用Qubit进行浓度测定；
f)根据文库的有效浓度及数据产出需求进行Illumina Hiseq PE150测序。
3.生物信息学分析
1)质量评估：使用FastQC工具，对测序得到的fastq文件进行质量评估；评估参数包括总位点数、序列平均长度、GC含量、单个碱基测序质量、单个序列质量分布、单个碱基测序内容等。根据上述参数评估测序结果是否达到标准，符合标准则进行后续分析，否则需重新建库或加测；
2)数据修剪：根据质量评估结果，使用cutadapt工具对fastq文件进行修剪，主要包括去除接头及低质量碱基序列；
3)基因组比对：使用BS-seeker2工具，将修剪后的fastq文件与参考基因组(hg19)进行比对；通过对比参考基因组胞嘧啶位置上对应序列C/(C+T)比例，得到单个胞嘧啶的甲基化水平；为了保证甲基化水平评估的准确性，需计算内参DNA重亚硫酸氢盐转化率，保证该转化率在98％以上；
4)甲基化差异化分析：基于单个胞嘧啶的甲基化水平，使用CGmapTools工具对各样本进行比较，分析差异性甲基化区域、高/低度甲基化区域及等位基因特异性甲基化区域等信息；除上述分析外，还采用Rstudio对比不同人群甲基化水平的差异，分析临床病理特征(如年龄、性别、TNM分期等)与甲基化改变的相关性。
三、结果
基于测序结果，采用LASSO回归模型对甲基化差异最明显的基因进行筛选(图1)。通过交叉验证(10-fold cross validation)，选择AUC最大时的λ值，构建最佳预测模型。如图2所示，当λ值约为10-2时，预测模型的错误率低，诊断效能较优，为最佳预测模型。该模型共包含15个基因；如图3所示，其甲基化水平在良性肺疾病患者与肺癌患者外周血样本中存在显著差异。
将所有外周血样本按7∶3比例随机分为训练组(n＝102)和验证组(n＝44)，基于上述15个基因的最佳预测模型在训练组中可准确区分良性肺疾病患者及肺癌患者外周血样本，敏感度为98％，特异度为100％，曲线下面积(Area under the Curve of ROC)达0.998；在验证组中敏感度为81％，特异度为59％，AUC为0.797，可区分肺癌和良性肺疾病患者外周血样本(图4)。
本实施例结果表明，通过对外周血TBCEL、GPI、UBE2S、TOX、PPL、H2AFX、FOXA1、TTC7B、ZNF799、WNT10B、KCNQ3、GFI1、CCDC170、RAET1G和EFNB2等15个基因的甲基化检测，加以机器学习的二分类模型处理，即可实现肺癌和良性肺疾病的有效区分。
本发明的试剂盒和诊断系统原理和本实施例相同，也能达到同样的技术效果。
综上，本发明的诊断试剂盒和诊断系统基于外周血TBCEL、GPI、UBE2S、TOX、PPL、H2AFX、FOXA1、TTC7B、ZNF799、WNT10B、KCNQ3、GFI1、CCDC170、RAET1G和EFNB2等15个基因的甲基化水平在良性肺疾病和肺癌患者中的差异，可有效区分良性肺疾病和肺癌。
SEQUENCE LISTING
<110> 四川大学华西医院
<120> 一种基于外周血内基因甲基化的肺癌诊断试剂盒
<130> GYKH1094-2020P0112397CC20JS048
<160> 30
<170> PatentIn version 3.5
<210> 1
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 1
ctggggattg tccactcaat 20
<210> 2
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 2
tcacctagtc ccccactctg 20
<210> 3
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 3
ccgaaacgac aagactggat 20
<210> 4
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 4
tggagactga accttgcaga 20
<210> 5
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 5
gtccagtccc tcttgagcac 20
<210> 6
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 6
actcctgagt gccctgacc 19
<210> 7
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 7
gagctgcaca gtgctgagtt 20
<210> 8
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 8
ccctgggctt acagtcagaa 20
<210> 9
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 9
ggctccgggt ccctactc 18
<210> 10
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 10
ggcctttgcg ccccagtg 18
<210> 11
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 11
tgattcgcgt cttcttgttg 20
<210> 12
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 12
gcaagactgg cggcaagg 18
<210> 13
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 13
ggaaacggga acaaacctc 19
<210> 14
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 14
gaggatcctt tcagcagcac 20
<210> 15
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 15
gcgcctcggg ggcccgttc 19
<210> 16
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 16
ggccgcgatg gcgaccaag 19
<210> 17
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 17
gttccaacca acccctcct 19
<210> 18
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 18
ggttcccagc tctgttgcta 20
<210> 19
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 19
agcacgcagg tggaagttag 20
<210> 20
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 20
cacagcgcca tcctcaag 18
<210> 21
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 21
ccaccgctga ttgtctgg 18
<210> 22
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 22
ccaactgccc gccgtcac 18
<210> 23
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 23
acagcagagg ccagagaaag 20
<210> 24
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 24
aagggcaaag tttctcctac g 21
<210> 25
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 25
ggccgggcca ccctactc 18
<210> 26
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 26
atatggctgg tgcagtccag 20
<210> 27
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 27
cttaggctcc atccccgaac 20
<210> 28
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 28
ctgggcttcg cttctgct 18
<210> 29
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 29
catcccctcc cgacattg 18
<210> 30
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 30
ctgcaccgcg cccagaag 18
Claims (7)
1.检测外周血内基因的甲基化水平的试剂在制备肺癌诊断试剂中的用途，其特征在于：所述基因为TBCEL、GPI、UBE2S、TOX、PPL、H2AFX、FOXA1、TTC7B、ZNF799、WNT10B、KCNQ3、GFI1、CCDC170、RAET1G和EFNB2。
2.如权利要求1所述的用途，其特征在于：所述检测外周血内基因的甲基化水平的试剂为甲基化测序试剂；所述甲基化测序试剂包括重亚硫酸盐试剂、测序建库试剂和PCR扩增试剂。
3.如权利要求2所述的用途，其特征在于：所述PCR扩增试剂包括引物对，引物对序列如SEQ ID NO.1～30所示。
4.如权利要求1所述的用途，其特征在于：所述检测外周血内基因的甲基化水平的试剂为甲基化特异性PCR试剂、甲基化敏感性单核苷酸引物延伸试剂、甲基化敏感性单链构象分析试剂或甲基化敏感性变性梯度凝胶电泳试剂。
5.一种肺癌诊断试剂盒，其特征在于：所述试剂盒包括检测外周血中基因TBCEL、GPI、UBE2S、TOX、PPL、H2AFX、FOXA1、TTC7B、ZNF799、WNT10B、KCNQ3、GFI1、CCDC170、RAET1G和EFNB2甲基化水平的试剂；所述试剂包括引物对，引物对序列如SEQ ID NO.1～30所示。
6.一种区分良性肺疾病和肺癌的诊断系统，其特征在于：包括模型训练模块和预测模块；所述模型训练模块用于对已确诊为良性肺疾病或肺癌患者的外周血中基因TBCEL、GPI、UBE2S、TOX、PPL、H2AFX、FOXA1、TTC7B、ZNF799、WNT10B、KCNQ3、GFI1、CCDC170、RAET1G和EFNB2甲基化水平进行机器学习训练，得到区分良性肺疾病和肺癌患者的二分类模型；
所述预测模块用于将待检测患者的外周血中基因TBCEL、GPI、UBE2S、TOX、PPL、H2AFX、FOXA1、TTC7B、ZNF799、WNT10B、KCNQ3、GFI1、CCDC170、RAET1G和EFNB2甲基化水平输入前述二分类模型，得出患者为良性肺疾病或肺癌患者的诊断结果。
7.如权利要求6所述的诊断系统，其特征在于：所述机器学习训练为采用LASSO回归模型进行训练。
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CN202110587831.3A CN113278697B (zh) | 2021-05-27 | 2021-05-27 | 一种基于外周血内基因甲基化的肺癌诊断试剂盒 |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CN202110587831.3A CN113278697B (zh) | 2021-05-27 | 2021-05-27 | 一种基于外周血内基因甲基化的肺癌诊断试剂盒 |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| CN113278697A CN113278697A (zh) | 2021-08-20 |
| CN113278697B true CN113278697B (zh) | 2022-05-27 |
Family
ID=77282411
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| CN202110587831.3A Active CN113278697B (zh) | 2021-05-27 | 2021-05-27 | 一种基于外周血内基因甲基化的肺癌诊断试剂盒 |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| CN (1) | CN113278697B (zh) |
Family Cites Families (4)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US20110028333A1 (en) * | 2009-05-01 | 2011-02-03 | Brown University | Diagnosing, prognosing, and early detection of cancers by dna methylation profiling |
| CN111443065A (zh) * | 2019-01-17 | 2020-07-24 | 四川大学华西医院 | 一种肺癌的筛查试剂盒 |
| CN110499364A (zh) * | 2019-07-30 | 2019-11-26 | 北京凯昂医学诊断技术有限公司 | 一种用于检测扩展型遗传病全外显子的探针组及其试剂盒和应用 |
| CN111235241A (zh) * | 2020-03-30 | 2020-06-05 | 陕西科技大学 | 基于焦磷酸测序技术的foxa1基因甲基化检测试剂盒及检测方法 |
-
2021
- 2021-05-27 CN CN202110587831.3A patent/CN113278697B/zh active Active
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| CN113278697A (zh) | 2021-08-20 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| JP7531217B2 (ja) | 癌を査定および／または処置するためのセルフリーｄｎａ | |
| CN110904231B (zh) | 一种用于辅助诊断肝癌的试剂及其在制备试剂盒中的用途 | |
| CN110257525A (zh) | 对肿瘤诊断具有显著性的标志物及其用途 | |
| CN106399304B (zh) | 一种与乳腺癌相关的snp标记 | |
| CN113355415B (zh) | 用于食管癌诊断或辅助诊断的检测试剂及试剂盒 | |
| CN114438214B (zh) | 结直肠癌肿瘤标志物及其检测方法与装置 | |
| CN110157804A (zh) | 用于肺癌诊断、疗效预测或预后的甲基化位点、检测引物及试剂盒 | |
| KR102112951B1 (ko) | 암의 진단을 위한 ngs 방법 | |
| TW201934568A (zh) | 一種用於檢測食道癌的基因標誌物及其用途和檢測方法 | |
| CN113278697B (zh) | 一种基于外周血内基因甲基化的肺癌诊断试剂盒 | |
| CN109439741B (zh) | 检测特发性癫痫病基因探针组合物、试剂盒及应用 | |
| CN113186292B (zh) | 一种基于肺组织内基因甲基化的肺癌诊断试剂盒 | |
| CN110408706A (zh) | 一种评估鼻咽癌复发的生物标志物及其应用 | |
| CN114480636B (zh) | 胆汁细菌作为肝门部胆管癌诊断及预后标志物的用途 | |
| CN111549137B (zh) | 胃癌辅助诊断相关的遗传分子标志物及其应用 | |
| JP6612509B2 (ja) | 大腸癌の予後診断を補助する方法、記録媒体および判定装置 | |
| CN106636351B (zh) | 一种与乳腺癌相关的snp标记及其应用 | |
| CN110564851A (zh) | 一组用于非超突变型直肠癌分子分型的基因及其应用 | |
| CA3099612C (en) | Method of cancer prognosis by assessing tumor variant diversity by means of establishing diversity indices | |
| CN108342483A (zh) | 一组用于非超突变型结直肠癌分子分型的基因及其应用 | |
| CN106520957B (zh) | Dhrs7易感snp位点检测试剂及其制备的试剂盒 | |
| CN106834491B (zh) | 乳腺癌预后相关基因突变检测试剂盒及其使用方法 | |
| CN118755833A (zh) | Hoxd10基因甲基化位点在多癌种早筛中的应用 | |
| CN106811528B (zh) | 一种乳腺癌治病基因新突变及其应用 | |
| CN116042830A (zh) | 消化道恶性肿瘤诊断产品及其应用 |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| PB01 | Publication | ||
| PB01 | Publication | ||
| SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
| SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
| GR01 | Patent grant | ||
| GR01 | Patent grant |