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CN100342032C - 精神分裂症易感基因检测方法及易感基因和用途 - Google Patents

精神分裂症易感基因检测方法及易感基因和用途 Download PDF

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CN100342032C CNB038264838A CN03826483A CN100342032C CN 100342032 C CN100342032 C CN 100342032C CN B038264838 A CNB038264838 A CN B038264838A CN 03826483 A CN03826483 A CN 03826483A CN 100342032 C CN100342032 C CN 100342032C
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Abstract

本发明提供了精神分裂症易感基因FZD3基因多态性位点的检测方法，体外检测试验者精神分裂症易感性的方法以及精神分裂症易感基因FZD3基因和用途。本发明提供的检测精神分裂症易感基因的方法为通过聚合酶链式反应一直接测序法和/或聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性分析方法体外检测FZD3基因序列，其中有rs2241802多态性位点，rs2323019多态性位点和/或rs352203多态性位点。本发明满足了本领域对于正确识别精神分裂症易感基因的需求，为精神分裂症的深入研究和防治，甚至诊断治疗提供了新的思路。

Description

精神分裂症易感基因检测方法及易感基因和用途
技术领域
本发明涉及精神分裂症易感基因检测方法，体外检测试验者精神分裂症易感性的方法以及精神分裂症易感基因和用途，具体的说，本发明涉及精神分裂症易感基因FZD3基因多态性位点的检测方法，体外检测试验者精神分裂症易感性的方法以及精神分裂症易感基因FZD3基因和用途。
背景技术
据1999年底，我国卫生部的统计资料显示：按伤残所调整的生命年限指标，评价各类疾病在我国疾病社会负担中所占的比例，精神疾患约占疾病总负担的1/5，已超过心血管、呼吸系统及恶性肿瘤等疾患，排名居首位。精神分裂症发病率仅次于抑郁症，占整个精神疾患的第二位。精神分裂症的症状包括：思维紊乱、狂想以及情绪与行动改变等。
一个世纪以来，人们对精神疾病的生理、生化、影像、药物治疗以及社会家庭、环境等方面的观察，对精神疾病的发病机理作出了各种假说和推断。随着科技的进步，人们越来越认识到基因缺陷是许多严重精神疾病产生的重要原因，人在遇到心理和社会环境压力时，那些携带疾病易感基因的人比不携带疾病易感基因的人更可能罹患精神卫生疾患。遗传因素还基本上得到家系、双生子及寄养子的流行病学调查结果的支持，80年代后期，对精神疾病遗传流行病学的大规模调查，更充分显示了精神疾病的遗传基础。在科技日益发展的今天如何对精神疾患，尤其是精神分裂症，如何从遗传角度检测易感基因以及个体的疾病易感性，以至于进行进一步风险预测和诊断，成为广大科技人员和医疗卫生人员面临的严峻问题。尽管国内外疾病易感基因研究开展多年，但尚未取得突破性进展，鲜有价值的研究结果。对于怎样鉴定遗传易感基因以及鉴定试验者的遗传易感性，本领域一直缺乏全面、系统、有效的识别方法，对于精神分裂症易感性的研究成果更少。
最近基因组扫描结果提示，8p22-21是精神分裂症的易感区域之一。FZD3基因定位于8p21，genbank登记号：GI：22047956，全长70187bp，是信号传导系统中的重要受体。
发明内容
针对上述问题，本发明提供一种检测精神分裂症易感基因的方法，从而，满足了本领域对于正确识别精神分裂症易感基因的需求，为精神分裂症的深入研究和防治，甚至诊断治疗提供了新的思路。
本发明同时提供了一种体外检测试验者精神分裂症易感性的方法。
本发明还提供了检测精神分裂症易感基因的试剂盒。
另一方面，本发明进一步提供了一种精神分裂症易感基因。
本发明进一步还提供了体外检测精神分裂症易感基因的方法在精神分裂症预防、诊断和治疗中的应用。
本发明还提供了体外检测试验者精神分裂症易感性的方法在精神分裂症患病风险预测、诊断和治疗中的应用。
本发明还提供了检测精神分裂症易感性的试剂盒在精神分裂症预防、诊断和治疗中的应用。
最后，本发明还提供了本发明的精神分裂症易感基因在精神分裂症预防、诊断和治疗中的应用。
本发明通过大样本的统计分析，研究了FZD3基因序列的rs2241802，rs2323019和rs352203多态性位点在精神分裂症核心家系的等位基因频率，并根据父母基因型在患病子女中的传递情况，进行传递不平衡检验(TDT)和单体型分析。结果发现，全部样本的基因型分布和等位基因频率均符合Hardy-Weinburg平衡；经过Bonferroni法矫正后，三个多态性位点的TDT分析仍然有显著的统计学显著性；单个单体型的分析也显示在患者中GAT单体型传递过多，差异有显著性；从而以试验证明了FZD3基因序列的rs2241802，rs2323019和/或rs352203多态性位点影响精神分裂症的易感性，其中FZD3基因序列中rs2241802多态性位点为G，rs2323019多态性位点为A和/或rs352203多态性位点为T的试验者为精神分裂症易感性高者。
因此，本发明提供了一种检测精神分裂症易感基因的方法，该方法包括通过聚合酶链式反应-直接测序法和/或聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性分析方法体外检测FZD3基因序列，其中有rs2241802多态性位点，rs2323019多态性位点和/或rs352203多态性位点。
所谓“基因多态性”指的是在人群中，各个体基因的核苷酸序列存在的差异。本领域普通技术人员已知，本发明所述的多态性位点为单核苷酸多态性(SNP)位点，即基因组序列中单个核苷酸发生改变；核苷酸序列的差异可以体现在DNA水平上或者RNA水平上，所以，可以通过检测DNA，RNA检测多态性，优选DNA，更优选基因组DNA。
本领域技术人员已知，可以用多种技术在DNA水平上体外检测FZD3基因序列的多态性位点。可以经与用放射性标记的反义RNA或DNA探针与扩增后的DNA序列杂交，以鉴别点多态性。也可以基于已知的核苷酸顺序的改变，合成正常的和多态性的PCR引物，在聚合酶链式反应(PCR反应)的底物中加入荧光标记的核苷酸，根据反应产物中有无荧光出现，确定在扩增所用的引物中有无碱基变化，从而检测多态性。通过DNA直接测序可以直接揭示对照基因和携带多态性基因之间的序列差异。当与PCR结合使用时，这种方法的灵敏性大大提高。例如，将测序引物和双链PCR产物或者不对称扩增法产生的单链模板分子一起使用。各种DNA及DNA片段的核苷酸序列的测定也可用常规方法如双脱氧链终止法(Sanger等人，PNAS，1977，74：5463-5467)。此外，核苷酸序列测定也可用商业测序试剂盒或自动测序仪等。常规的自动测序法用放射性标记或荧光标记来确定核酸序列。
由于基因多态性，导致限制性内切酶酶切位点改变、消失或产生新的位点，若用某种限制性内切酶酶切基因组DNA，则酶切后产生与正常基因组不同长度的DNA片段，经用适当的探针杂交检测，就可检测这些条带的位置和大小。聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性分析(PCR-RFLP)方法的原理为：在设计PCR扩增实验时，引物位于基因多态性部位的两侧，现将目的基因扩增，使其易于检测，由于多态性引起已有的限制性内切酶位点改变，则可先用相应的限制性内切酶酶切扩增产物，再进行琼脂糖凝胶电泳观察，根据产物片段大小或数量与正常对照作出判断。本发明优选采用聚合酶链式反应-直接测序法，聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性分析方法。更优选聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性分析方法。
在本发明的一个实施方式中，利用聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性分析方法检测精神分裂症易感基因的方法，所述多态性分析方法包括：
A：提取DNA，在rs2241802，rs2323019和/或rs352203多态性位点附近设计PCR引物，进行PCR反应；
B：针对上述多态性位点，利用限制性内切酶进行酶切；
C：凝胶电泳分离与鉴定酶切结果；
其中，rs2241802多态性位点，rs2323019多态性位点和rs352203多态性位点为精神分裂症易感性等位基因。
本发明所述的检测精神分裂症易感基因的方法，可以进一步包括在多态性分析之后，利用传递不平衡检验分析FZD3等位基因的传递频率和单体型传递频率，具有显著性差异为精神分裂症易感基因。如实施例1所述，本发明对246个家系(每例都含有血缘关系的父母双亲和1个患病子/女)中的3个单核苷酸多态性位点进行了单体型频率分析。结果得出，经过Bonferroni法矫正后，3个多态性位点的TDT分析仍然有统计学显著性(Rs2241802：X2＝18.028，P＝0.00002；Rs2323019：X2＝13.018，P＝0.0003；Rs352203：X2＝20.260，P＝0.000007)。
本发明同时提供了一种体外检测试验者精神分裂症遗传易感性的方法，该方法为检测试验者FZD3基因序列rs2241802，rs2323019和/或rs352203多态性位点，其中rs2241802多态性位点为G和/或rs2323019多态性位点为A和/或rs352203多态性位点为T的试验者，为精神分裂症易感性高者。
这里所说的“遗传易感性”是指由遗传决定的易于罹患某种(某类)疾病的倾向性(susceptibility)，即过去人们常谓的“素质”(diathesis)。遗传易感基因的存在，是遗传易感性的基础。人在遇到心理和社会环境压力时，那些携带精神分裂症易感基因的人比不携带易感基因的人更可能罹患精神分裂症疾患。
含有待测FZD3基因序列的样品可以从来自试验者的细胞获得，如来自血液、尿、唾液、胃液、头发，活组织检查和尸体解剖材料的细胞。优选来自血液。
通过本发明大样本的统计分析，可以单独使用本发明的方法，即检测试验者FZD3基因序列多态性来检测相关精神分裂症遗传易感性，同时，本领域技术人员已知，精神分裂症的发生、发展是多因素共同作用的结果，遗传易感性也有其自身的复杂性，所以本发明也可以与其它方法联合使用，以达到检测精神分裂症易感性的目的。
本发明提供的体外检测试验者精神分裂症遗传易感性的方法，检测FZD3基因序列rs2241802，rs2323019和rs352203多态性的方法可以采用上述检测基因序列的多态性位点的方法，例如直接测序法，限制性片段长度多态性分析方法。优选聚合酶链式反应-直接测序法，聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性分析方法，更优选聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性分析方法。
在本发明的一个实施方式中，利用聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性分析方法检测试验者精神分裂症易感性，其中所述多态性分析方法包括：
A：提取试验者DNA，在rs2241802，rs2323019和/或rs352203多态性位点附近设计PCR引物，进行PCR反应；
B：针对上述多态性位点，利用限制性内切酶进行酶切；
C：凝胶电泳分离与鉴定酶切结果。
本发明还提供一种用于检测精神分裂症易感性的试剂盒。所述试剂盒内装有一个或多个容器，容器内装有用以检测FZD3基因序列rs2241802，rs2323019和/或rs352203多态性位点的一种或多种组分。按照具体检测方法及检测多态性位点的不同，试剂盒可含有不同组分。与之同时提供的可以是经政府药物管理机构审核的、有关药品或生物制品制造、使用及销售的信息。优选含有利用聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性分析方法，检测FZD3基因序列rs2241802，rs2323019和/或rs352203多态性位点的组分：
1)扩增rs2241802，rs2323019和/或rs352203多态性位点的引物；
2)PCR扩增酶，酶切多态性位点相应的限制性内切酶，及相应缓冲液；
3)dNTP；
1)4)所述多态性位点酶切图谱。
本领域普通技术人员已知，上述扩增多态性位点的引物，可以依据已知的核苷酸序列设计，通常为15-30个碱基，GC含量为45％-50％左右，在适当的温度下与模板特异性结合，其可以利用专门的计算机程序设计，例如(OLIGO 4.06引物分析软件)。本发明实施例1所示，提供一种扩增引物：
  多态性位点   引物序列(5’→3’)
  rs2241802   CTATGAAATAGCGAGCAAATGACA(SEQ ID No 4)GGAAATCCAAACTGTTAGATCGTG(SEQ ID No 5)
  rs2323019   AGCCACTGCTCCCACCAAAG(SEQ ID No 6)CAAAAACCCAGGGATACCCAAAC(SEQ ID No 7)
  rs352203   ATGACTTCCTAGGGCCAAACCTC(SEQ ID No 8)GCAAAAACTAATGGCCAGCAATGT(SEQ ID No 9)
所述的Tag DNA聚合酶可以是Klenow片段，Tth DNA聚合酶，VENT DNA聚合酶等能够用于PCR扩增的酶。酶切多态性位点相应的限制性内切酶本领域普通技术人员也可以按照已知技术设计，例如，按照实施例1中所述的可以分别为限制性内切酶AluI、SspI、NlaIII，限制性内切酶确定后，与之相对的内切图谱也相应确定。
本发明同时提出一种精神分裂症易感基因，其为FZD3基因序列，并且有rs2241802多态性位点和/或rs2323019多态性位点和/或rs352203多态性位点。本发明FZD3基因的多态性可以表现在DNA水平或RNA水平。优选DNA，更优选基因组DNA。
本发明还提供了体外检测精神分裂症易感性的方法在精神分裂症预防、诊断和治疗中的应用。
本发明还提供了体外检测试验者精神分裂症易感基因的方法在精神分裂症患病风险预测、诊断和治疗中的应用。
本发明还提供了检测精神分裂症易感性的试剂盒在精神分裂症预防、诊断和治疗中的应用。
最后，本发明还提供了本发明的精神分裂症易感基因在精神分裂症预防、诊断和治疗中的应用。
附图说明
图1显示FZD3基因的基因示意图，其中黑色条形框代表外显子，白色条形框代表内含子，箭头所指为单核苷酸多态性位点(SNP)所在位置。
图2显示利用聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性分析方法检测试验者精神分裂症易感性的流程图。
图3显示多态性位点rs2241802的酶切图，其中，1为100bp分子量标准(marker)，2为307纯合子，3为124/183纯合子，4为124/183/307杂合子。
图4显示多态性位点rs2323019的酶切图，其中，1为321纯合子，2为100bp分子量标准(marker)，3为131/190/321杂合子，4为131/190纯合子。
图5显示多态性位点rs352203的酶切图，其中，1为100bp分子量标准(marker)，2为120/294/414杂合子，3为120/294纯合子，4为414纯合子。
具体实施方式
实施例1
1.研究对象
此阶段的研究对象均为2001年-2002年在北京大学精神卫生研究所门诊和住院部进行诊治的患者，和前一阶段的样本合并后共有精神分裂症核心家系246例(每例都含有血缘关系的父母双亲和1个患病子/女)，均为汉族。所有患者都符合国际疾病分类手册第10版(ICD-10)中精神分裂症的诊断标准，并接受了结构式临床访谈。在患者中，男性为138例(56％)，女性108例(44％)，平均年龄为29岁。平均病程为5年。
所有研究对象都签署了知情同意书。该研究得到北京大学医学部伦理委员会批准。
2.方法
用聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性(PCR-based RFLP)分析方法检测所有研究对象rs2241802，rs2323019和/或rs352203多态性位点基因型。流程参见附图2。
2.1血液标本的采集及处理
所有患者都抽取了外周静脉血5-10ml，置于抗凝管中，于4℃冰箱保存，1周内提取基因组DNA。
2.2基因组DNA的提取及鉴定
2.2.1基因组DNA的提取
在前一阶段基因组DNA的提取中，需要5ml血液，未能留下部分血液冻存。为了减少血液用量，此阶段的提取用基因组DNA抽提纯化试剂盒(上海华舜生物工程有限公司，血液基因组DNA抽提纯化试剂盒)完成。方法如下：在5ml离心管中加入1ml含抗凝剂的新鲜全血，再加入3ml预冷的1*BP(红细胞裂解液)液，来回颠倒离心管以彻底混匀。冰浴10分钟后，4500g离心2分钟，将上层液体彻底吸出，在离心管中加入1ml预冷的1*BP(红细胞裂解液)液。彻底混匀后，4500g离心2分钟，将上层液体彻底吸出。在沉淀中加入200μl DT(悬浮液)液，彻底振荡悬浮。加入400μl DL(裂解液)液和25μl蛋白酶K，迅速振荡混匀，置65℃温浴15-30分钟，期间来回颠倒离心管多次。加入400μl异丙醇，剧烈颠倒离心管使溶液混匀后，移取600μl至吸附柱中，离心30秒，弃去收集管中的液体，将吸附柱放入同一个收集管中，将剩余的全部移至吸附柱中，离心30秒。弃掉收集管中的液体，将吸附柱放入同一个收集管中。加入500μl W1(洗涤液)液，静置1分钟后，离心30秒。将吸附柱移入另一个干净的收集管中，加入500μl W1液，离心15秒。弃掉收集管中的液体，再将吸附柱放入同一个收集管中，离心1分钟。将吸附柱移入一个干净的1.5ml离心管中，在吸附膜中央加入100μl T1(洗脱液)液，65℃静置5分钟后，离心1分钟。加入60μl T1液，离心1分钟。将1.5ml离心管(DNA)放于-20℃保存。
2.3目的片段的扩增
2.3.1聚合酶链式反应(PCR)
25-μl的PCR扩增反应体系如下：10mM Tris-HCl(pH 8.3)，50mM KCl，1.5mM氯化镁，200μM dNTP，0.4μM引物，1.0U Taq DNA聚合酶，30-50ng基因组DNA。PCR扩增反应条件为：94℃变性5分钟，94℃变性30秒，57℃-62℃退火30秒，72℃延伸40秒，32个循环，最后72℃后延伸7分钟。
2.3.2引物
通过生物信息学的检索，分别选取了FZD3基因上的3个单核苷酸多态性位点：rs2241802，rs2323019和/或rs352203，具体资料见表1。
表1 3个SNPs引物的序列及相关信息
  SNP   引物序列(5’→3’)   产物(bp)   退火温度(℃)   内切酶   等位基因(bp)
  rs2241802   CTATGAAATAGCGAGCAAATGACA(SEQ ID No 4)GGAAATCCAAACTGTTAGATCGTG(SEQ ID No 5)   307   AluI   A124/183   G307
  rs2323019   AGCCACTGCTCCCACCAAAG(SEQ ID No 6)CAAAAACCCAGGGATACCCAAAC(SEQ ID No 7)   321   SspI   A131/190   G321
  rs352203   ATGACTTCCTAGGGCCAAACCTC(SEQ ID No 8)GCAAAAACTAATGGCCAGCAATGT(SEQ ID No 9)   414   NlaIII   C120/294   T414
2.3.3 PCR产物的全序列
rs2241802：(SEQ ID No 1)
rs2323019：(SEQ ID No 2)
rs352203：(SEQ ID No 3)
2.4多态性位点在基因上的位置
具体位置见图1。
2.5限制性片段长度多态性分析
2.5.1限制性内切酶酶切反应
取15μl PCR产物置于5μl内切酶及酶切缓冲液体系中，于37℃温箱过夜反应。
2.5.2琼脂糖凝胶电泳分离、鉴定
取6-8μl酶切产物，用3％琼脂糖凝胶电泳分离目的片段，经凝胶成相系统扫描后读取基因型。
结论：
如图3所示，为3％琼脂糖凝胶电泳后，多态性位点rs2241802的酶切图，其中，1为100bp分子量标准(marker)，2为307纯合子，3为124/183纯合子，4为124/183/307杂合子。
如图4所示，为3％琼脂糖凝胶电泳后，多态性位点rs2323019的酶切图，其中，1为321纯合子，2为100bp分子量标准(marker)，3为131/190/321杂合子，4为131/190纯合子。
如图5所示，为3％琼脂糖凝胶电泳后，多态性位点rs352203的酶切图，其中，1为100bp分子量标准(marker)，2为120/294/414杂合子，3为120/294纯合子，4为414纯合子。
2.6统计学分析
遗传统计数理分析
用传递不平衡检验(the transmission disequilibrium test，TDT)分析所有精神分裂症核心家系中等位基因与疾病的关系，分析过程与第一阶段研究相同。在以连锁不平衡为基础的关联研究中，由于单体型比单个的SNP位点更精确，而且具有更高的统计效力，因此发明人用3个单核苷酸多态性位点进行了单体型频率的分析。单体型频率采用TRANSMIT软件(2.5.2)进行分析。在多次统计分析后，用Bonferroni法进行矫正。
结果：
1.三个SNPs基因型分布和等位基因频率
基因型分布和等位基因频率见表2。
表2 FZD3基因3个多态性位点的基因型分布和等位基因频率
  基因型分布(％)   等位基因频率(％)
  rs2241802患者父母   GG118196   GA116246   AA1250   G352(0.72)638(0.65)   A140(0.28)346(0.35)
  rs2323019患者父母   GG57144   GA115224   AA74124   G229(0.47)512(0.52)   A263(0.53)472(0.48)
  rs352203患者父母   TT110181   TC113235   CC2376   T333(0.68)597(0.61)   C159(0.32)387(0.39)
2.三个SNPs的TDT检验
t根据父母基因型在患病子女中的传递情况，在246个家系中进行传递不平衡检验(TDT)。TDT分析见表3。如表3所示，经过Bonferroni法矫正后，三个多态性位点的TDT分析仍然有统计学显著性(Rs2241802：X2＝18.028，P＝0.00002；Rs2323019：X2＝13.018，P＝0.0003；Rs352203：X2＝20.260，P＝0.000007)。
表3 FZD3基因的等位基因的传递不平衡检验
  SNPs   等位基因   传递   不传递   X2   P值
  Rs2241802   GA   15891   91158   18.028   0.00002
  Rs2323019   GA   85139   13985   13.018   0.0003
  Rs352203   TC   15283   83152   20.260   0.000007
3.FZD3基因的单体型分析
单体型传递的总体检验显示FZD3基因与精神分裂症有较强的关联(X2＝48.84，自由度＝7，p＜0.000001)。单个单体型的分析也显示在患者中GAT单体型传递过多，差异有显著性(X2＝34.21，自由度＝1，p＜0.000001)(见表4)。
表4 FZD3基因的单体型传递频率分析
  单体型   观察值   期望值   X2   p值
  总X2检验   48.84   p＜0.000001
  GGT   69.644   68.755   0.026   0.871
  AGT   17.326   25.257   5.503   0.019
  GAT   210.98   170.42   34.207   ＜0.000001
  AAT   35.051   34.072   0.066   0.797
  GGC   58.364   60.158   0.132   0.716
  AGC   83.667   101.83   8.797   0.003
  GAC   12.013   18.67   5.884   0.015
  AAC   4.9566   12.841   11.478   0.0007
注：GGT为Rs2241802G+Rs2323019G+Rs352203T；AGT为Rs2241802A+Rs2323019G+Rs352203T；GAT为Rs2241802G+Rs2323019A+Rs352203T；；AAT为Rs2241802A+Rs2323019A+Rs352203T；GGC为Rs2241802G+Rs2323019G+Rs352203C；AGC为Rs2241802A+Rs2323019G+Rs352203C；GAC为Rs2241802G+Rs2323019A+Rs352203C；AAC为Rs2241802A+Rs2323019A+Rs352203C。
结论：
从上述试验可以得出：FZD3基因序列的rs2241802，rs2323019和/或rs352203多态性位点影响精神分裂症的易感性，其中FZD3基因序列中rs2241802多态性位点为G，rs2323019多态性位点为A和/或rs352203多态性位点为T为精神分裂症易感性高者。
实施例2检测试验者精神分裂症易感性的方法
方法：
用聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性(PCR-based RFLP)分析方法检测试验者rs2241802，rs2323019和/或rs352203多态性位点的基因型。
主要方法如下：
1血液标本的采集及处理
2基因组DNA的提取及鉴定
3目的片段的扩增
4限制性片段长度多态性分析
具体方法参见实施例1的2.1-2.5。
其中rs2241802多态性位点为G，rs2323019多态性位点为A和/或rs352203多态性位点为T的试验者，为精神分裂症易感性高者。
实施例3体外检测精神分裂症易感基因的试剂盒
1)扩增多态性位点的引物
  SNP   引物序列(5’→3’)
  rs2241802   CTATGAAATAGCGAGCAAATGACA(SEQ ID No 4)GGAAATCCAAACTGTTAGATCGTG(SEQ ID No 5)
  rs2323019   AGCCACTGCTCCCACCAAAG(SEQ ID No 6)CAAAAACCCAGGGATACCCAAAC(SEQ ID No 7)
  rs352203   ATGACTTCCTAGGGCCAAACCTC(SEQ ID No 8)GCAAAAACTAATGGCCAGCAATGT(SEQ ID No 9)
2)PCR扩增酶和限制性内切酶AluI，SspI，NlaIII以及相应缓冲液；
3)dNTP；
4)所述多态性位点酶切图谱：
  SNP   内切酶   等位基因(bp)
  rs2241802   AluI   A124/183   G307
  rs2323019   SspI   A131/190   G321
  rs352203   NlaIII   C120/294   T414
并说明使用方法如下包括：
1血液标本的采集及处理
2基因组DNA的提取及鉴定
3目的片段的扩增
4限制性片段长度多态性分析
具体方法参见实施例1方法2.1-2.5。
应理解，在阅读了本发明的上述描述内容之后，本领域技术人员可以对本发明作各种改动或修改，但改动或修改的等价形式同样落在本申请权利要求书所限定的范围内。
                        序列表
<110>张岱
     北京大学精神卫生研究所
<120>精神分裂症易感基因检测方法及易感基因和用途
<130>PD0305023
<160>9
<170>PatentIn version 3.1
<210>1
<211>307
<212>DNA
<213>Homo sapiens(智人)
<400>1
ctatgaaata gcgagcaaat gacagttctt ctcttctgaa gtacatattt ggacaaggag    60
gtgaacaatc acgcacatgc agaaaagaat aacccagatc aggatcaatt tttaactctc    120
ggggacacca aaaaccatag tctctctgca ctgccactgg ggctccttca gttggttctc    180
cagctaaatt cagatccaca agtcgaggat atggctcatc acaatctggg aacctaaaaa    240
acaaaacaag atgagaacta tttttactta tggggaaatc tatcacgatc taacagtttg    300
gatttcc                                                              307
<210>2
<211>321
<212>DNA
<213>Homo sapiens(智人)
<400>2
agccactgct cccaccaaag attatctttt taattcaatt atttcttgtc ttatttcatc    60
cctactgctt tctttagaat tactttgttt ttctagattc ttgaattgaa agcttaactc    120
atttattgtc aatgttttaa aatgtatctt aaaaatacat ttaatagtta ctttaaattt    180
aaccaaaaga ccattattaa ccaggttggt cattcacact cattctgtct tctgaactta    240
actttaagta actttatgtt tgttttgttt tgttttgttt tgttttgttt tgttttgttt    300
gagaaccttt atttattgaa g                                              321
<210>3
<211>415
<212>DNA
<213>Homo sapiens(智人)
<400>3
atgacttcct agggccaaac ctcaaaatta tttagtttct gtaatagagg aaaagaatga    60
gaattccctg aaaaaatatt ctatatctct tgttttgcca gaaaatatta cagaatacga    120
catgaaggaa acatagacta ttatagaaat ttatagaaac tgtaatactg ttatgtcctg    180
gttgtaaaat actgtcaaat gacacttttg gataaatatg ataaaatata caagttatta    240
ttctggcctc tgttaaacag aataacctaa gttgtgtgtt cagtttaagt ctccactgca    300
gaaatacctg atatgcaaat agtttataca tttttaggag aaaattcaat gtacttgcca    360
ttatctacag tagggcatgg caaactgtaa aagatcagat aataaatatt ttaga         415
<210>4
<211>24
<212>DNA
<213>artificial(人工序列)
<220>
<223>primer(引物)
<400>4
ctatgaaata gcgagcaaat gaca                                           24
<210>5
<211>24
<212>DNA
<213>artificial(人工序列)
<220>
<223>primer(引物)
<400>5
ggaaatccaa actgttagat cgtg                                           24
<210>6
<211>20
<212>DNA
<213>artificial(人工序列)
<220>
<223>primer(引物)
<400>6
agccactgct cccaccaaag                                                20
<210>7
<211>23
<212>DNA
<213>artificial(人工序列)
<220>
<223>primer(引物)
<400>7
caaaaaccca gggataccca aac                                            23
<210>8
<211>23
<212>DNA
<213>artificial(人工序列)
<220>
<223>primer(引物)
<400>8
atgacttcct agggccaaac ctc                                            23
<210>9
<211>24
<212>DNA
<213>artificial(人工序列)
<220>
<223>primer(引物)
<400>9
gcaaaaacta atggccagca atgt                                           24

Claims (2)

1、一种用于检测精神分裂症易感性的试剂盒，其包括：
1)扩增FZD3基因序列rs2241802、rs2323019和/或rs352203多态性位点的引物；
2)PCR扩增酶，酶切多态性位点相应的限制性内切酶，及相应缓冲液；
3)dNTP；
4)所述多态性位点酶切图谱。
2、如权利要求1所述的检测精神分裂症易感性的试剂盒，其包括：
1)引物：
扩增rs2241802多态性位点的引物：
5’-CTATGAAATAGCGAGCAAATGACA-3’
5’-GGAAATCCAAACTGTTAGATCGTG-3’；
扩增rs2323019多态性位点的引物：
5’-AGCCACTGCTCCCACCAAAG-3’
5’-CAAAAACCCAGGGATACCCAAAC-3’；
扩增rs352203多态性位点的引物：
5’-ATGACTTCCTAGGGCCAAACCTC-3’
5’-GCAAAAACTAATGGCCAGCAATGT-3’；
2)PCR扩增酶，限制性内切酶AluI、SspI和NlaIII以及相应缓冲液；
3)dNTP；
4)所述多态性位点酶切图谱。
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Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
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Patent Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN1183122A (zh) * 1995-05-03 1998-05-27 罗纳-布朗克·罗莱尔股份有限公司 精神分裂症的诊断方法
CN1423696A (zh) * 2000-02-28 2003-06-11 解码遗传Ehf公司 人类精神分裂症基因

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