MX2009000622A - Inhibidores de amigo-2-para tratar, diagnosticar o detectar cancer. - Google Patents
Inhibidores de amigo-2-para tratar, diagnosticar o detectar cancer.Info
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Abstract
La invención proporciona, por ejemplo métodos para tratar cáncer, composiciones para tratar cáncer y métodos y composiciones para diagnosticar y/o detectar cáncer. En particular, la presente invención proporciona composiciones y métodos para tratar, diagnosticar y detectar cánceres asociados con la sobreexpresión de AMIGO-2.
Description
INHIBIDORES DE AMIGO-2 PARA TRATAR, DIAGNOSTICAR O DETECTAR CANCER
CAMPO DE LA INVENCION La presente invención se relaciona de manera general, en campo de oncología. De manera más particular, la invención se relaciona con métodos para tratar cáncer, composiciones para tratar cáncer y métodos y composiciones para diagnosticar y/o detectar cáncer. ANTECEDENTES DE LA INVENCION El cáncer es la segunda causa principal de muerte en los Estados Unidos. Aunque se utilice el término "cáncer" para describir muchos tipos diferentes de cáncer, es decir, de mama, próstata, pulmón, colon, páncreas, cada tipo de cáncer difiere a nivel fenotípico y a nivel genético. La característica de crecimiento no regulado de cáncer se produce cuando la expresión de uno o más genes quedan sin regulación debido a mutaciones y ya no se puede controlar el crecimiento celular . Los genes con frecuencia se clasifican en dos clases, oncogenes y genes supresores de tumor. Los oncogenes son genes cuya función normal es promover el crecimiento celular pero únicamente bajo condiciones específicas. Cuando un oncogen adquiere una mutación y después pierde ese control, promueve el crecimiento bajo toda condición. No obstante, se REF. : 199558
ha encontrado que para que un cáncer sea verdaderamente exitoso, el cáncer debe también adquirir mutaciones en genes supresores de tumor. La función normal de los genes supresores de tumor es detener el crecimiento celular. Los ejemplos de supresores de tumor incluyen p53, pl6, p21 y APC, la totalidad de los cuales, cuando actúan normalmente, detienen la división y crecimiento incontrolable de una célula. Cuando se muta o pierde un supresor de tumores, este freno en el crecimiento celular también se pierde, lo que permite que las célula no crezcan sin limitaciones. AMIGO-2 (también conocido como alivina 1 y DEGA) es un miembro de la familia AMIGO (gen y ORF (marco de lectura abierta, por sus siglas en inglés) inducido por anfoterina) (Kuja-Panula et al., JCB 160:963, 2003). La familia AMIGO está involucrada en la movilidad celular y los miembros de la familia tienen interacciones tanto homofilicas como heterofifilicas . AMIGO-2 también inhibe la apoptosis y promueve la supervivencia de neuronas (Ono et al., J Neurosci 23:5887, 2003). AMIGO-2 es regulado por aumento en cáncer gástrico (Rabenau et al., Oncogene 23:5056, 2004) y la inhibición estable de AMIGO-2 puede inhibir la estabilidad, desplazamiento y crecimiento cromosomico en células tumorales. No obstante, hasta ahora no se ha dilucidado por completo el papel de AMIGO-2 en cáncer y otras enfermedades y trastornos. En consecuencia, existe la necesidad de
identificar composiciones y métodos que modulen a AMIGO-2. La presente invención se relaciona con estas asi como otras necesidades importantes. SUMARIO DE LA INVENCION En algunos aspectos, la presente invención proporciona composiciones que comprenden un modulador de AMIGO-2 y uno o más portadores farmacéuticamente aceptables. En un aspecto, la invención describe una composición que comprende un inhibidor de AMIGO-2 y uno o más portadores farmacéuticamente aceptables, en donde el inhibidor de AMIGO-2 es un ARN de cadena doble (ARNd) aislado; un ologonucleótido aislado que comprende por lo menos 10 nucleótidos consecutivos de una secuencia que se selecciona del grupo que consiste de las SEC ID NO: 7-16; un anticuerpo que une un epitopo en un dominio de AMIGO-2 que se selecciona del grupo que consiste del péptido señal, el dominio LRRNT, el dominio LRR1, el dominio LRR2, el dominio LRR3, el dominio LRR4 , el dominio LRR5, el dominio LRR6, el dominio LRRCT, el dominio Ig V-set y el dominio Ig, una molécula pequeña; un mimético; un receptor soluble o un señuelo. En otro aspecto, la invención describe un anticuerpo purificado que se une específicamente a un epitopo de un polipéptido AMIGO-2, en donde el epitopo está en el dominio del péptido señal, el dominio LRRNT, el dominio LRR1, el dominio LRR2, el dominio LRR3, el dominio LRR , el dominio
LRR5, el dominio LRR6, el dominio LRRCT, el dominio Ig V-set o el dominio Ig. En otro aspecto adicional, la invención describe una célula aislada que produce un anticuerpo que se une específicamente a un epítopo de un polipéptido AMIGO-2, en donde el epítopo está en el dominio del péptido señal, el dominio LRRNT, el dominio LRR1, el dominio LRR2, el dominio LRR3, el dominio LRR4 , el dominio LRR5, el dominio LRR6, el dominio LRRCT, el dominio Ig V-set o el dominio Ig. En otro aspecto, la invención describe un hibridoma que produce un anticuerpo que se une específicamente a un epítopo de un polipéptido AMIGO-2, en donde el epítopo está en el dominio del péptido señal, el dominio LRRNT, el dominio LRR1, el dominio LRR2 , el dominio LRR3, el dominio LRR4 , el dominio LRR5, el dominio LRR6, el dominio LRRCT, el dominio Ig V-set o el dominio Ig. En otro aspecto adicional, la invención describe un animal transgénico no humano que produce un anticuerpo que se une específicamente a un epítopo de un polipéptido AMIGO-2, en donde el epítopo está en el dominio del péptido señal, el dominio LRRNT, el dominio LRR1, el dominio LRR2, el dominio LRR3, el dominio LRR4, el dominio LRR5, el dominio LRR6, el dominio LRRCT, el dominio Ig V-set o el dominio Ig. En otro aspecto, la invención describe un fragmento aislado que presenta epítopo del polipéptido de la SEC ID NO:
2, en donde el fragmento comprende uno o más epítopos que se seleccionan del grupo que consiste de las SEC ID NOS: 3-6 y 25-62. En otro aspecto adicional, la invención describe un polinucleótido que codifica para un fragmento aislado que presenta epitopo del polipéptido de la SEC ID NO: 2, en donde el fragmento comprende uno o más epítopos que se seleccionan del grupo que consiste de las SEC ID NO: 3-6 y 25-62. En otro aspecto adicional, la invención describe un anticuerpo AMIGO-2 purificado el cual se obtiene por inmunización de un sujeto con un fragmento que presenta epitopo del polipéptido de la SEC ID NO: 2, en donde el fragmento comprende uno o más epítopos que se seleccionan del grupo que consiste de las SEC ID NO: 3-6 y 25-62. En otro aspecto adicional, la invención describe una molécula aislada de ARNcd que comprende una primera cadena de nucleótidos que comprende por lo menos 19 nucleótidos consecutivos de una secuencia como se establece en la SEC ID NO: 17-24 y una segunda cadena de nucleótidos que comprende una secuencia sustancialmente complementaria a la primera cadena, en donde la molécula de ARNcd es de una longitud menor de 3769 nucleótidos. En otro aspecto adicional, la invención describe una molécula aislada de ARNcd que comprende una primera cadena de nucleótidos que comprende por lo menos 19 nucleótidos
consecutivos de una secuencia que se establece en la SEC ID NO: 17-24 y una segunda cadena de nucleótidos que comprende una secuencia completamente complementaria a la primera cadena, en donde la molécula de ARNcd es de una longitud menor de 3769 nucleótidos. En otro aspecto, la invención describe un ácido nucleico aislado que comprende por lo menos 10 nucleótidos consecutivos de una secuencia como se establece en las SEC ID NO: 7-16. En otro aspecto, la invención describe un método para tratar cáncer o un síntoma de cáncer en un paciente en necesidad del mismo que comprende administrar al paciente una cantidad terapéuticamente eficaz de un inhibidor de AMIGO-2, en donde el inhibidor es un ARN de cadena doble (ARNcd) aislado; un oligonucleótido aislado que comprende por lo menos 10 nucleótidos consecutivos de una secuencia que se selecciona del grupo que consiste de la SEC ID NO: 7-16; un anticuerpo que une un epítopoy un dominio de AMIGO-2 que se selecciona del grupo que consiste del péptido señal, el dominio LRRNT, el dominio LRR1, el dominio LRR2, el dominio LRR3, el dominio LRR4, el dominio LRR5, el dominio LRR6, el dominio LRRCT, el dominio Ig V-set y el dominio Ig; una molécula pequeña, un mimético; un receptor soluble o un señuelo. En otro aspecto adicional, la invención describe un método de modulación de una actividad de AMIGO-2 en un
paciente, el método comprende administrar al paciente una cantidad del inhibidor de AMIGO-2 eficaz para modular la actividad de AMIGO-2. En otro aspecto adicional, la invención describe un método para identificar un paciente susceptible de tratamiento de AMIGO-2, que comprende: (a) detectar la presencia o ausencia de pruebas de expresión de AMIGO-2 en la muestra, en donde la presencia de prueba de expresión de AMIGO-2 en la muestra es indicativo de que un paciente quien es un candidato para tratamiento de AMIGO-2 y la ausencia de prueba de expresión de AMIGO-2 en la muestra es indicativo de un paciente quien no es candidato para tratamiento con AMIGO-2;
(b) administrar una cantidad terapéuticamente eficaz de una composición que comprende un inhibidor de AMIGO-2 al paciente si el paciente es un candidato para tratamiento de AMIGO-2; y
(c) administrar un agente terapéutico tradicional contra el cáncer al paciente si el paciente no es un candidato para tratamiento de AMIGO-2. En otro aspecto, la invención describe un método de inhibición de crecimiento de células cancerígenas que comprende poner en contacto a las células cancerígenas con una cantidad de un inhibidor de AMIGO-2 eficaz para inhibir el crecimiento de las células en por lo menos 20% en comparación con un control. En otro aspecto, la invención describe un método de
inhibición de un fenotipo de células cancerígenas en un paciente en necesidad del mismo, el método comprende administrar al paciente una cantidad terapéuticamente eficaz de un inhibidor de AMIGO-2. En otro aspecto, la invención describe un método para inhibir el crecimiento de células cancerígenas, el método comprende administrar al paciente que tiene un cáncer que comprende una o más células que expresan AMIGO-2, un compuesto que modula uno o más marcadores corriente abajo de AMIGO-2. Uno o más marcadores corriente abajo de AMIGO-2 pueden ser c-MYC, c-Jun, FosLl y una cinasa regulada en señal extracelular (ERK, por sus siglas en inglés) . En algunas modalidades, la modulación de uno o más marcadores corriente abajo puede ser la inhibición de expresión de uno o más marcadores corriente abajo, por ejemplo inhibición de proteína o expresión de ARNm. En algunas modalidades, la modulación también puede incluir inhibición de la actividad de uno o más marcadores corriente abajo de AMIGO-2. En algunas modalidades, la modulación de ERK incluye modulación de la fosforilación de ERK. En algunas modalidades, la modulación de ERK incluye la modulación de la actividad de ERK cinasa hacia uno o más de los sustratos de ERK. En otro aspecto adicional, la invención describe un método para detectar un tumor en un paciente, que comprende administrar al paciente una composición que comprende un
inhibidor de AMIGO-2 unido a un agente generador de imagen y detectar la ubicación del agente generador de imagen en el paciente. · En otro aspecto, la invención describe un método para inhibir la interacción de dos o más células en un paciente, que comprende administrar una cantidad terapéuticamente eficaz de un inhibidor de AMIGO-2 al paciente . En otro aspecto, la invención describe un método para expresar un anticuerpo de AMIGO-2 en una célula en donde el anticuerpo de AMIGO-2 se une específicamente a un epítopo que comprende una secuencia que se selecciona del grupo que consiste de las SEC ID NO: 3-6 y 25-62. El método incluye expresar un ácido nucleico que codifica para el anticuerpo AMIGO-2 en la célula. En otro aspecto, la invención describe un método de identificación de un inhibidor de cáncer, en donde el cáncer se caracteriza por la sobreexpresión de AMIGO-2, en comparación con un control. El método incluye poner en contacto a una célula que expresa AMIGO-2 con un compuesto candidato y determinar si se modula la actividad de AMIGO-2, en donde la modulación de la actividad de AMIGO-2 es indicativo de un inhibidor de cáncer. En otro aspecto, la invención describe un método para identificar un inhibidor de cáncer, en donde el cáncer
está caracterizado por sobreexpresión de AMIGO-2 en comparación con un control. El método incluye poner en contacto una célula que expresa AMIGO-2 con un compuesto candidato y un ligando de AMIGÓ-2, y determinar si se modula la actividad de un marcador corriente abajo de AMIGO-2, en donde la modulación del marcador corriente abajo es indicativa de un inhibidor de cáncer. En otro aspecto, la invención describe un método para determinar la susceptibilidad de un paciente a un inhibidor de AMIGO-2 que comprende detectar pruebas de expresión diferencial de AMIGO-2 en una muestra de cáncer del paciente, en donde la prueba de expresión diferencial de AMIGO-2 es indicativo de la susceptibilidad del paciente al inhibidor de AMIGO-2. En otro aspecto, la invención describe un método de purificación de proteina AMIGO-2 a partir de una muestra, que comprende: (a) suministrar una matriz de afinidad que comprende un anticuerpo anti-AMIGO-2 unido a un soporte sólido; (b) poner en contacto la muestra con la matriz de afinidad para formar un complejo de matriz de afinidad-proteína AMIGO-2; (c) separar el complejo de matriz de afinidad y proteína AMIGO-2 del resto de la muestra; y (d) liberar la proteína AMIGO-2 de la matriz de afinidad. En otro aspecto, la invención describe un método para suministrar un agente citotóxico o un agente de
diagnóstico a una o más células que expresan AMIGO-2. El método incluye: (a) proporcionar el agente citotóxico o el agente diagnóstico conjugado a un anticuerpo anti-AMIGO-2 o un fragmento del mismo; y (b) exponer la célula al conjugado anticuerpo-agente o fragmento-agente. En otro aspecto, la invención describe un método para determinar la eficacia de un inhibidor AMIGO-2 candidato que comprende poner en contacto células que expresan AMIGO-2 con el inhibidor .de AMIGO-2 candidato y determinar si el nivel o actividad de un marcador de AMIGO-2 posterior disminuye, en donde una disminución en el nivel o actividad del marcador corriente abajo indica que el inhibidor de AMIGO-2 candidato es un medicamento anticancerigeno eficaz. En otro aspecto adicional, la invención describe un método para determinar la eficacia de un inhibidor de AMIGO-2 candidato que comprende poner en contacto células que expresan AMIGO-2 con el inhibidor de AMIGO-2 candidato y determinar si se incrementa la separación de PARP1, en donde un incremento en la separación de PARP1 indica que el inhibidor de AMIGO-2 candidato es un medicamento eficaz anticancerigeno. En otro aspecto adicional, la invención describe un método para determinar si un cáncer es un cáncer relacionado con AMIGO-2 que comprende la supresión de AMIGO-2 en células cancerígenas y control, en donde la expresión de AMIGO-2 regulada por aumento en las células cancerígenas en
comparación con las células control indica que el cáncer es un cáncer relacionado con AMIGO-2. En otro aspecto, la invención describe un método para determinar si un cáncer es un cáncer relacionado con AMIGO-2 que comprende poner en contacto una muestra de cáncer y una muestra control con un inhibidor de AMIGO-2 y comparar un nivel o actividad de un marcador corriente abajo de AMIGO-2 en la muestra y con cáncer y la muestra control, en donde el nivel o actividad disminuido del marcador corriente abajo de AMIGO-2 en la muestra de cáncer en comparación con la muestra control indica que el cáncer es un cáncer relacionado con AMIGO-2. En otro aspecto, la invención describe un método para determinar si un cáncer es un cáncer relacionado con AMIGO-2, que comprende poner en contacto una muestra de cáncer y una muestra control con un inhibidor de AMIGO-2, y comparar la separación de PARP1 en la muestra de cáncer y en la muestra control, en donde la separación de PARP1 aumentada en la muestra de cáncer en comparación con la muestra control indica que el cáncer es un cáncer relacionado con AMIGO-2. En otro aspecto adicional, la invención describe un método para tratar a un paciente con cáncer que comprende determinar si un cáncer es un cáncer relacionado con AMIGO-2, y administrar al paciente una composición que comprende un inhibidor de AMIGO-2 si el paciente tiene un cáncer
relacionado con AMIGO-2 y administrar al paciente una sustancia terapéutica anticancerigena tradicional si el paciente no tiene un cáncer relacionado con AMIGO-2. En otro aspecto, la invención describe un método para tratar a un paciente con cáncer que comprende comparar la expresión de AMIGO-2 de cáncer en una muestra de cáncer del paciente para expresión de AMIGO-2 en una muestra control y (1) tratar al paciente con una composición que comprende un inhibidor de AMIGO-2 si la expresión de AMIGO-2 es regulada por aumento en la muestra con cáncer en comparación con la muestra control; y (2) realizar un ensayo secundario si la expresión de AMIGO-2 no cambia o es regulada por disminución en la muestra de cáncer en comparación con la muestra control. En otro aspecto, la invención describe un método para diagnosticar cáncer en un paciente que comprende realizar un ensayo para la localización de AMIGO-2 en células cancerígenas candidatas en donde, cuando la proporción de AMIGO-2 localizado respecto a la membrana celular, en relación a AMIGO-2 localizado en otras áreas de las células cancerígenas que no incluyen la membrana celular es de por lo menos 2:1, se diagnostica al paciente y se considera que tiene cáncer relacionado con AMIGO-2. En otro aspecto, la invención describe un método para detectar la modulación de actividad de AMIGO-2 en una muestra que comprende células las cuales expresan AMIGO-2. El
método incluye: (a) poner en contacto la muestra con un inhibidor de AMIGO-2 durante un tiempo suficiente para modular la actividad de AMIGO-2; (b) inmunoprecipitar AMIGO-2 con un anticuerpo anti-AMIGO-2 ; y (c) comparar la fosforilación de serina-treonina de AMIGO-2 en la muestra con un control utilizando un anticuerpo fosfoserina/treonina . Una alteración en la fosforilación de serina/treonina de AMIGO-2 en la muestra en comparación con el control es una indicación de la modulación de la actividad de AMIGO-2. En otro aspecto, la invención describe un método para detectar la modulación de actividad de AMIGO-2 en una muestra que comprende células las cuales expresan AMIGO-2. El método incluye: (a) sobreexpresar AMIGO-2 en la muestra durante un tiempo suficiente para modular la actividad de AMIGO-2; (b) inmunprecipitar AMIGO-2 con un anticuerpo anti-AMIGO-2; y (c) comparar la fosforilación de serina/treonina de AMIGO-2 en la muestra con un control utilizando un anticuerpo para fosfoserina/treonina . Una alteración en la fosforilación de serina/treonina de AMIGO-2 en la muestra en comparación con el control es una indicación de la modulación de la actividad de AMIGO-2. En otro aspecto adicional, la invención describe un método para detectar la modulación de actividad de AMIGO-2 en una muestra que comprende células las cuales expresan AMIGO-2. El método incluye: (a) poner en contacto la muestra con un
inhibidor de AMIGO-2 durante un tiempo suficiente para modular la actividad de AMIGO-2; (b) inmunoprecipitar AMIGO-2 con un anticuerpo antifosfoserina/treonina; y (c) comparar el nivel de AMIGO-2 fosforilado en la muestra con un control utilizando un anticuerpo anti-AMIGO-2. La alteración del nivel de AMIGO-2 fosforilado en la muestra en comparación con el control es una indicación de la modulación de la actividad de AMIGO-2. En otro aspecto, la invención describe un método para detectar la modulación de actividad de AMIGO-2 en una muestra que comprende células las cuales expresan AMIGO-2. El método incluye: (a) sobreexpresar AMIGO-2 en la muestra durante un tiempo suficiente para modular la actividad de AMIGO-2; (b) inmunoprecipitar AMIGO-2 con un anticuerpo anti-fosfoserina/treonina; y (c) comparar el nivel de AMIGO-2 fosforilado en la muestra respecto a un control utilizando un anticuerpo anti-AMIGO-2. La alteración del nivel de AMIGO-2 fosforilado en la muestra en comparación con un control es una indicación de la modulación de actividad de AMIGO-2. En otro aspecto, la invención describe un método de identificación de un modulador de AMIGO-2 que comprende comparar la fosforilación de AMIGO-2 en una muestra que comprende una o más células que expresan AMIGO-2 en presencia y ausencia de un compuesto candidato, en donde la modulación de fosforilación de AMIGO-2 y la muestra, en presencia del compuesto candidato, en comparación con la fosforilación de
AMIGO-2 en la muestra, en ausencia del compuesto candidato, indica que el compuesto candidato es un modulador de AMIGO-2. Estos y otros aspectos de la presente invención se dilucidirán en la descripción detallada de la invención. BREVE DESCRIPCION DE LAS FIGURAS La figura 1A y la figura IB muestran datos de expresión de genes generados a partir de arreglos oligonucleotidicos Affymetrix GeneChipMR ( (Human Genome U133 Plus 2.0 Array, Affymetrix, Inc.)) (figura 1A) y microarreglos de ADNc sintetizados en el laboratorio (figura IB) . La figura 2 muestra una representación gráfica de las concentraciones relativas de ARNm para AMIGO-2 en tejidos normales y en muestras de tejido de colon, mama y próstata. La figura 3 muestra una representación gráfica de un arreglo oligonucleotidico de datos (Human Genome U133 Plus 2.0 Array, Affymetrix, Inc.) a partir de ARNm para AMIGO-2 aislado de tejido cancerígeno y normal. Los tipos de tejido normales cancerígenos se describen en el eje de las abscisas. Cada punto en el eje de las ordenadas representa una muestra de tejido de un paciente único y cada uno de los puntos en el eje de las ordenadas (lineal) representa el nivel de expresión relativo de la sonda establecida. Los círculos negros representan muestras con niveles de expresión en el intervalo de detección lineal. Los círculos blancos representan un límite superior en la expresión del gen en muestras en donde
el gen se encuentra por debajo del límite de detección de la sonda establecida. Los cuadros blancos representan un límite inferior en la expresión del gen en muestras en donde la sonda establecida se ha saturado. La figura 4 muestra una representación gráfica, como se muestra en la figura 3, excepto que el eje de las ordenadas se encuentra en una base log2. Los tipos de tejido normales cancerígenos se describen a lo largo del eje de las abscisas. Los nombres de los tejidos cancerígenos están precedidos con "c_" y los nombres de los tejidos normales están precedidos de "n_", "ns" indica un subtipo de tejido no especificado. La figura 5 muestra un ensayo de transferencia Western que muestra proteína AMIGO-2 aislada de seis líneas de células diferentes. Los niveles de CT por RT-PCR semicuantitativa relativa se indica en el paréntesis adyacente a los nombres de cuatro de las líneas celulares. La figura 6 muestra una representación gráfica de los niveles de ARNm para AMIGO-2 en células SW620 después de la administración de ARNsi. El eje de las ordenadas es una escala relativa y los números son arbitrarios. UT = no transfectado; Eg5 = ARNsi dirigido a Eg5 (un gen no relacionado) ; Neg Control = una secuencia de ARNsi que no es homologa con cualquier gen conocido; C315-1.2 a C315.4.3 son un grupo de ARNsi para AMIGO-2. La figura 7A muestra una representación gráfica de
los niveles de ARNm para AMIGO-2 en células Colo320 después de la administración de los ARNsi. El eje de las ordenadas es una escala relativa y los números son arbitrarios Eg5 = ARNsi dirigido a Eg5 (un gen no relacionado) ; Neg Control = una secuencia de ARNsi que no es homologa con cualquier gen conocido; C315-1.2 y C315.4.3 son un grupo de ARNsi específicos para AMIGO-2. La figura 7B muestra una representación gráfica de los niveles de ARNm para AMIGO-2 en células HCT116 después de la administración de los ARNsi. El eje de las ordenadas es una escala relativa y los números son arbitrarios Eg5 = ARNsi dirigido a Eg5 (un gen no relacionado) ; Neg Control = una secuencia de ARNsi que no es homologa con algún gen conocido; C315-1.2 y C315.4.3 son los ARNsi específicos para AMIGO-2. La figura 8A muestra una representación gráfica del efecto de los ARNsi específicos para AMIGO-2 ante la muerte celular de células S 620. El término "Pos. Control" es un ARNsi Eg5 dirigido a Eg5. El término "Neg. control" es una secuencia de ARNsi que no es homologa con ningún gen conocido. El eje de las ordenadas inhibe el nivel de luminiscencia, el cual es proporcional al número de células muertas. La figura 8B muestra una representación gráfica del efecto de los ARNsi específicos para AMIGO-2 sobre la muerte celular de células MRC9. El término "Pos. Control" es un ARNsi para Eg5 dirigido a Eg5. El término "Neg. control" es una
secuencia de ARNsi que no es homologa con algún gen conocido. El eje de las ordenadas inhibe el nivel de luminiscencia, el cual es proporcional al número de células muertas. La figura 9 muestra un conjunto de resultados de transferencia Western que muestra el efecto de los ARNsi específicos para AMIGO-2 sobre la expresión y procesamiento de proteínas de AMIGO-2, PARP, M30 y tubulina en células AGS . El término "Pos. Control" representa lisados de células transfectadas con ARNsi para Eg5. El término "Neg. control" representa el lisado de células transfectadas con una secuencia de ARNsi que no es homologa con algún gen conocido. La figura 10A muestra un conjunto de resultados de transferencia Western que muestra un efecto de los ARNsi específicos para AMIGO-2 sobre la expresión y procesamiento de proteínas AMIGO-2, ERK, c-Myc y tubulina en células SW620. pERK es proteína ERK fosforilada. El término "Neg. control" es como se describe en la figura 9. La figura 10B muestra una representación gráfica del efecto de los ARNsi específicos para AMIGO-2 sobre los niveles de ARNm para c-Myc en células SW620. El término "Post. control" es un ARNsi para Eg5 dirigido a Eg5. El término "Neg. control" es una secuencia de ARNsi que no es homologa con ningún gen conocido. El eje de las ordenadas mide el nivel de expresión relativa de ARNm, determinado por PCRq. La figura 11 muestra un conjunto de resultados de
transferencia Western que muestra el efecto de los ARNsi específicos para AMIGO-2 sobre la expresión y procesamiento de proteínas AMIGO-2, ERK, c-Myc, ciclina DI y tubulina en células AGS. pERK es proteína ERK fosforilada. El carril marcado como "gen antimitótico" representa lisados de células transíectadas con ARNsi para Eg5. El término "Neg. control" representa lisados de células transíectadas con una secuencia de ARNsi que no es homologa con ningún gen conocido. La figura 12A a la figura 12C muestran efectos de la modulación de AMIGO-2 en la expresión de cJun. La figura 12A es un conjunto de resultados de transferencia Western que muestra que cJun es regulada por disminución en células transfectadas con ARNsi para AMIGO-2. "UT" representa una muestra de control no transfectada, el término "DharmNeg" es una secuencia de ARNsi de control negativo que no es homologa con ningún gen conocido y C315-1.3si es un ARNsi específico para AMIGO-2. La figura 12B es un conjunto de resultados de transferencia Western que muestra que la expresión de cJun es regulada por aumento en líneas de células transfectadas de manera estable con AMIGO-2. La figura 12C es el resultado de una transferencia Western que muestra la regulación por aumento de cJun después de la exposición de células AGS al anticuerpo agonista anti-AMIGO-2 , MAB2080. El término "ISO" representa un control de isotipo. La figura 13 muestra resultados de transferencia
Western que muestra los efectos de la supresión de expresión de A IGO-2 en la expresión de ciclina B y cFosLl en células AGS y SW620. El término "UT" representa una muestra de control no transíectada, el término "DharmNeg" es una secuencia de ARNsi de control negativo no homologa con ningún gen conocido y C315-1.3si y C315-4.3si son ARNsi específicos para AMIGO-2. La figura 14A a la figura 14C muestran los efectos de modulación de AMIGO-2 en la expresión de c-Myc. La figura 14A y la figura 14B son conjuntos de resultados de transferencia Western que muestran la regulación por disminución de c-Myc después de la exposición de células SW620 (figura 14A) y AGS (figura 14B) a ARNsi para AMIGO-2 C315-1.3si y C315-4.3si. El término "UT" es un cultivo de células no transfectado . "Neg" representa una muestra transfectada con una secuencia de ARNsi que no es homologa con algún gen conocido. El término "Eg5" representa una muestra transfectada con ARNsi dirigido a Eg5. La figura 14C representa resultados de transferencia Western que muestra regulación por aumento de c-Myc en células SW620 y AGS después de la exposición de las células al anticuerpo anti-AMIGO-2 , MAB2080. La figura 15A a la figura 15B muestran genes regulados por disminución de manera concordante (figura 15A) y regulados por aumento (figura 15B) por moduladores de AMIGO-2. La figura 16 muestra un conjunto de resultados de transferencia Western que muestra el efecto del anticuerpo
especifico para AMIGO-2 MAB2080 (A) sobre la expresión de las proteínas cJun, cFosLl y tubulina en lisado de células completas de células SW620 (dos paneles superiores) . La serie de resultados de transferencia Western en el panel inferior muestra el efecto de MAB2080 (A) sobre la fosforilación de ERK (pERK) en comparación con ERK total en las células. El término "I" o el término "control de isotipo" representa un tratamiento de células SW620 con IgG de ratón no específico. DESCRIPCION DETALLADA DE LA INVENCION Los inventores de la presente solicitud han descubierto, por ejemplo, que AMIGO-2 se sobreexpresa en varios cánceres, que incluye cáncer de pulmón y colon, y que tiene expresión limitada en tejidos normales. Sorprendentemente, la inhibición de AMIGO-2 inhibe la supervivencia de células cancerígenas. Además, se ha encontrado que la inhibición de AMIGO-2 modula los niveles de marcadores corriente abajo que incluyen, por ejemplo, ciclina Di, ciclina Bl, c-Myc, cJun, FosLl, VEGF, urocinasa o ERK. En consecuencia, la presente invención proporciona métodos y composiciones para el tratamiento, diagnóstico y generación de imágenes de cáncer, en particular para el tratamiento, diagnóstico y generación de imágenes de cánceres relacionados con AMIGO-2 así como por el tratamiento de otras enfermedades y trastornos relacionados con expresión aberrante de AMIGO-2. Estos y otros aspectos de la presente invención se
proporcionan en la presente solicitud. Definiciones En este documento se utilizan diversas definiciones. La mayor parte de las palabras tienen el significado que se les atribuye a aquellas palabras por los expertos en la técnica. Las palabras definidas específicamente en lo siguiente o en otra parte en este documento tienen el significado que se proporciona en el contexto de la presente invención en su totalidad y típicamente son comprendidas por los expertos en la técnica. La práctica de la presente invención utilizará, a menos que se indique de otra manera, métodos convencionales de química, bioquímica, biología molecular, inmunología y farmacología dentro de la habilidad de la técnica. Las técnicas explican completamente en la literatura. Véase, por ejemplo, Remington's Pharmaceutical Sciences, décima octava edición (Easton, Pennsylvania : Mack Publishing Company, 1990); Methods In Enzymology (S. Colowick and N. Kaplan, eds . , Academic Press, Inc.); and Handbook of Experimental Immunology, Volúmenes. I-IV (D.M. Weir and C.C. Blackwell, eds., 1986, Blackwell Scientific Publications ) ; and Sambrook et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual (Segunda edición, 1989) . Como se utiliza en la presente, las formas singulares "un", "uno" y "el", "la" incluyen referencia a los
plurales a menos que el contenido claramente lo indique en otro sentido. Asi, por ejemplo, la referencia a "un anticuerpo" incluye una mezcla de dos o más de los anticuerpos . Como se utiliza en la presente, el término
"aproximadamente" se refiere a +/-30%, +/-20%, +/-10% o +/-5% de un valor. Como se utiliza en la presente, el término "A IGO-2" también conocido como alivina 1 (ALI1) y DEGA se refiere a una molécula de adhesión con dominio 2 similar a Ig. Una secuencia nucleotidica de AMIGO-2 se establece como la SEC ID NO: 1 (GenBank, acceso número NM_181847) y una secuencia de aminoácidos de AMIGO-2 se establece como la SEC ID NO: 2 (GenBank, acceso número NM_181847) . El término "AMIGO-2" también incluye homólogos, tanto ácidos nucleicos como aminoácidos. En algunas modalidades, el ácido nucleico y aminoácidos de AMIGO-2 retienen una o más actividades de un ácido nucleico o aminoácido de AMIGO-2 nativo. Los términos "polipéptido" y "proteína" se utilizan de manera intercambiable para referirse a una forma polimérica de aminoácidos de cualquier longitud la cual puede incluir aminoácidos codificados o no codificados, aminoácidos modificados o derivatizados química o bioquímica y polipéptidos que tengan estructuras principales peptídicas modificadas. El término incluye proteínas de fusión que
incluyen, pero que no se limitan a proteínas de fusión con una secuencia de aminoácidos heteróloga, fusiones con secuencias líderes heterólogas y homologas, con o sin residuos metionina en la parte N terminal; proteínas etiquetadas inmunológicamente y similares. Los términos "individuos", "sujetos", "hospedador" y "paciente" se utilizan de manera intercambiable y se refieren a cualquier sujeto de quien se desea diagnóstico, tratamiento o terapia, particularmente humanos. Otros sujetos pueden incluir ganado, perros, gatos, cobayos, conejos, ratas, ratones, caballos y similares. En algunas modalidades el sujeto es un humano. Como se utiliza en la presente, el término "cáncer" se refiere a cánceres primarios o metastásicos . El término "células cancerígenas" se refiere a células que están transformadas. Estas células se pueden aislar de un paciente quien tiene cáncer o pueden ser células que se transforman in vitro y que se vuelven cancerígenas. Las células cancerígenas se pueden derivar de muchos tipos de muestras que incluyen cualquier tejido o línea de cultivo celular. En algunas modalidades, las células cancerígenas son hiperplasias , células tumorales o neoplasias. En algunas modalidades, las células cancerígenas se aislan de tejido de pulmón, tejido de vejiga, tejido de riñon, tejido de colon, tejido de mama, tejido uterino, tejido ovárico o tejido pancreático. En
algunas modalidades, las células cancerígenas se toman de líneas de células establecidas que están disponibles públicamente. En algunas modalidades, las células cancerígenas se aislan de muestras preexistentes del paciente o de bibliotecas que comprenden células cancerígenas. En algunas modalidades, las células cancerígenas se aislan y después se implantan en un hospedador diferente, por ejemplo en un xenoinjerto. En algunas modalidades, las células cancerígenas se transplantan y utilizan en un modelo en ratón SCID. En algunas modalidades, el cáncer es cáncer de pulmón o de colon. En algunas modalidades, el cáncer es un cáncer diferente al cáncer gástrico. Como se utiliza en la presente, el término "transformado" se refiere a cualquier alteración en las propiedades de una célula que es heredada de manera estable por su descendencia. En algunas modalidades, el término "transformado" se refiere a el cambio de una célula normal a una célula cancerígena, por ejemplo una que es capaz de provocar tumores. En algunas modalidades, una célula transformada es inmortalizada. La transformación puede ser causada por numerosos factores que incluyen la sobreexpresión de un receptor en ausencia de fosforilación del receptor, infección viral, mutaciones en oncogenes y/o genes supresores de tumores, y/o cualquier otra técnica que cambien las propiedades de crecimiento y/o de inmortalización de una
célula . El "fenotipo cancerígeno" generalmente se refiere a cualquiera de una diversidad de fenómenos biológicos que son característicos de una célula cancerígena, fenómenos los cuales pueden variar con el tipo de cáncer. El fenotipo cancerígeno generalmente se identifica por anomalías, por ejemplo, en el crecimiento o proliferación celulares (por ejemplo crecimiento o proliferación sin control", regulación del ciclo celular, movilidad celular, interacción célula-célula o metástasis o similares. Como se utiliza en la presente, el término "metástasis" se refiere a un cáncer el cual se disemina a un sitio distante del origen del cáncer, por ejemplo desde el tumor primario. Los sitios de metástasis incluyen, sin limitación, hueso, nodulos linfáticos, pulmón, hígado y cerebro . Como se utiliza en la presente, el término "angiogénesis" se refiere al desarrollo de vasos sanguíneos en un paciente. Como se utiliza en la presente, el término "criterio clínico" se refiere a un evento mensurable indicativo de cáncer. Los criterios clínicos incluyen, sin limitación, momento de primera metástasis, momento de metástasis subsecuentes, tamaño y/o número de metástasis, tamaño y/o número de tumores, ubicación de los tumores, agresividad de
los tumores, calidad de vida, dolor y similares. Los expertos en la técnica tienen la capacidad de determinar y medir los criterios clínicos. Los métodos de medición de los criterios clínicos se conocen por los expertos en la técnica. Como se utiliza en la presente, el término "muestra" se refiere a material biológico de un paciente. La muestra analizada por la presente invención no se limita a algún tipo particular. Las muestras incluyen, como ejemplos no limitantes, células solas, células múltiples, tejidos, tumores, fluidos biológicos, moléculas biológicas o sobrenadantes o extractos de cualquiera de los anteriores. Los ejemplos incluyen tejido extraído por biopsia, tejido extraído durante extirpación, sangre, orina, tejido linfático, fluido linfático, líquido cefalorraquídeo, moco y muestras de heces. La muestra utilizada variará en base en el formato de ensayo, el método de detección y la naturaleza de los tumores, tejidos, células o extractos que se van a analizar. Los métodos para preparar muestras son bien conocidos en la técnica y se pueden adaptar fácilmente con el fin de obtener una muestra que sea compatible con el método utilizado. Como se utiliza en la presente, el término "molécula biológica" incluye, pero no se limita a polipéptidos , ácidos ¦ nucleicos y sacáridos. Como se utiliza en la presente, el término "modular" se refiere a un cambio en la calidad o cantidad de un gen,
proteína o cualquier molécula que este dentro, fuera o sobre la superficie de una célula. El cambio puede ser un incremento o una disminución en la expresión o nivel de la molécula. El término "modula" también incluye cambiar la calidad o cantidad de una función/actividad biológica que incluye, sin limitación, actividad de señalización celular, regulación de ciclo celular, una actividad de cinasa, una actividad de serina/treonina cinasa, una actividad de interacción célula-célula, ploidia que afecte actividad, estabilidad cromosómica, tumorigenicidad, movilidad celular, metástasis, supervivencia de células cancerígenas, crecimiento de células cancerígenas, proliferación, progreso a través del ciclo celular, crecimiento independiente del anclaje, localización de proteína AMIGO-2 a la membrana celular, interacciones célula a célula que incluyen interacciones entre AMIGO-2 y uno o más de AMIGO-1 (GenBank, acceso número NM_020703; secuencia de aminoácidos que se establece como SEC ID NO: 63) o AMIGO-3 (GenBank, acceso número NM_198722, secuencia de aminoácidos que se establece en la SEC ID NO: 64), niveles de proteína AMIGO-2 fosforilada citoplasmáticos , angiogénesis , crecimiento externo neuronal o muerte celular. Como se utiliza en la presente, el término "modulador" se refiere a una composición que modula uno o más eventos fisiológicos o bioquímicos asociados con cáncer. En algunas modalidades, el modulador inhibe una o más actividades
biológicas asociadas con cáncer. En algunas modalidades, el modulador es una molécula pequeña, un anticuerpo, un mimético, un señuelo o un oligonucleótido . En algunas modalidades, el modulador actúa al bloquear la unión del ligando o en competencia por el sitio de unión a ligando. En algunas modalidades, el modulador actúa independientemente de unión al ligando. En algunas modalidades, el modulador no compite por un sitio de unión al ligando. En algunas modalidades, el modulador bloquea la exprésión de un producto de gen involucrado en cáncer. En algunas modalidades, el modulador bloquea una interacción física de dos o más biomoléculas involucradas en cáncer. En algunas modalidades, los moduladores de la invención inhiben una o más actividades de AMIGO-2 que se seleccionan del grupo que consisten de actividad de señalización celular, regulación del ciclo celular, una actividad de cinasa, actividad de serina/treonina cinasa, una actividad de interacción célula-célula, una actividad que afecta la ploidia, estabilidad cromosómica, tumorigenicidad, movilidad celular, metástasis, supervivencia de células cancerígenas, crecimiento de células cancerígenas, proliferación, progreso a través del ciclo celular, crecimiento independiente de anclaje, localización de proteína AMIGO-2 a la membrana celular, interacciones célula a célula que incluyen interacciones entre AMIGO-2 y una o más de AMIGO-1 o AMIGO-3, niveles de proteína AMIGO-2 fosforiladas
citoplasmáticos, angiogénesis o crecimiento externo neuronal. En algunas modalidades, el modulador AMIGO-2 inhibe la expresión de AMIGO-2. En algunas modalidades, el modulador inhibe el progreso de división de células en la etapa G2/ del ciclo celular. Un "producto de gen" es un producto biopolimérico que se expresa o produce por un gen. Un producto de gen puede ser, por ejemplo, un ARN neopalmado, un ARNm, una variante de empalme de ARNm, un polipéptido, un polipéptido modificado postraduccionalmente, un polipéptido variante de empalme, etc. Por medio de este término también se abarcan productos biopoliméricos que se elaboran utilizando un producto de gen de ARN como una plantilla (es decir ADNc o el ARN) . Un producto de gen puede elaborarse de manera enzimática, recombinante , química o dentro de una serie a la cual es nativo en gen. En algunas modalidades, si el producto del gen es proteináceo, muestra una actividad biológica. En algunas modalidades, si el producto del gen es un ácido nucleico, se puede traducir en un producto de gen proteináceo que muestre una actividad biológica. La "modulación de actividad de AMIGO-2", como se utiliza en la presente, se refiere a un incremento o disminución en la actividad de AMIGO-2 que puede ser un resultado, por ejemplo, de la interacción de un agente con un polinucleótido o polipéptido de AMIGO-2, inhibición de
transcripción y/o traducción de AMIGO-2 (por ejemplo a través de la interacción antisentido o ARNsi con el gen para AMIGO-2 o el producto de expresión del gen para AMIGO-2, a través de la modulación de factores de transcripción que facilitan la expresión de AMIGO-2) y similares. Por ejemplo, la modulación de una actividad de AMIGO-2 se refiere a un incremento en la actividad biológica o una disminución en la actividad biológica. La modulación de la actividad de AMIGO-2 también se refiere a un incremento o disminución de uno o más fenotipos de AMIGO-2. La actividad de AMIGO-2 se puede analizar por medios que incluyen, sin limitación, determinar las concentraciones de polipéptido AMIGO-2 o al determinar los niveles de transcripción de AMIGO-2. Las comparaciones de la actividad de AMIGO-2 también se pueden llevar a cabo al medir los niveles de un marcador corriente abajo de AMIGO-2, medir la estabilidad cromosómica, medir la actividad de cinasa, medir la tumorigenicidad, medir metástasis, medir señalización de AMIGO-2, medir adhesión celular mediada por AMIGO-2, medir apoptosis de células cancerígenas mediadas por AMIGO-2, medir fosforilación de ERK, medir crecimiento de células cancerígenas, medir formación de tumor, medir producción de ciclina, medir proliferación celular, medir crecimiento de células cancerígenas, medir crecimiento independiente de anclaje, medir regulación de ciclo celular, medir guía neuronal, medir movilidad de células cancerígenas, medir
localización de proteina AMIGO-2 en la membrana celular, medir interacciones célula a célula que incluyen interacciones entre AMIGO-2 y uno o ambos de AMIGO-1 o AMIGO-3, medir los niveles de proteina AMIGO-2 fosforilada citoplasmática, medir angiogénesis y medir muerte celular, entre otros. En algunas modalidades, la inhibición de la actividad de AMIGO-2 es de interés particular. Como se utiliza en la presente, el término "inhibir" se refiere a una reducción, disminución, inactivación o regulación por disminución de una actividad o cantidad. Por ejemplo, en el contexto de la presente invención, los moduladores de AMIGO-2 pueden inhibir uno o más de tumorigenicidad; movilidad de células cancerígenas; adhesión celular; metástasis; supervivencia de células cancerígenas; actividad de cinasa; proliferación; crecimiento independiente de anclaje; movilidad de células cancerígenas; localización de proteína AMIGO-2 a la membrana celular; interacciones entre AMIGO-1 y uno o ambos de AMIGO-1 o AMIGO-3; guías neuronal; niveles de proteína AMIGO-2 fosforilada citoplasmática; niveles de ERK fosforilada y angiogénesis. La inhibición de las actividades puede ser de por lo menos 25%, por lo menos 50%, por lo menos 75%; por lo menos 80; por lo menos 90%, por lo menos 95%; por lo menos 97%; por lo menos 98%, por lo menos 99 o 100%, en comparación con un control. Aquellos expertos en la técnica están acreditados con la capacidad par medir la modulación de
AMIGO-2; se establece en lo siguiente una lista no limitante de ensayo ejemplares. En consecuencia, como se utiliza en la presente, el término "inhibición de AMIGO-2" se refiere a una reducción, disminución, inactivación o regulación por disminución de una o más actividades biológicas mediadas por AMIGO-2. La inhibición de una "actividad biológica de AMIGO-2" se refiere a una reducción, disminución, inactivación o regulación por disminución, por ejemplo, de tumorigenicidad; movilidad de células cancerígenas; adhesión celular; metástasis; supervivencia de células cancerígenas; actividad de cinasa; proliferación; crecimiento independiente de anclaje; movilidad de células cancerígenas; localización de proteína AMIGO-2 en la membrana celular; interacciones entre AMIGO-2 y uno o ambos de AMIGO-1 o AMIGO-3; guía neuronal; niveles de proteína AMIGO-2 fosforiladas citoplasmáticos ; niveles de ERK o fosforiladas o angiogénesis . La inhibición de las actividades puede ser de por lo menos 25%, por lo menos 50%, por lo menos 75%; por lo menos 80; por lo menos 90%, por lo menos 95%; por lo menos 97%; por lo menos 98%, por lo menos 99 o 100%, en comparación con un control. En algunas modalidades, la modulación de las actividades de AMIGO-2 que activan o que resultan en un incremento de la actividad de AMIGO-2 son de interés particular. Los moduladores de AMIGO-2 pueden inhibir uno o
más de ploidia y muerte celular. La activación, regulación por aumento o incrementos en la actividad de AMIGO-2 puede ser de por lo menos 125%, por lo menos 150%, por lo menos 200%, por lo menos 250%, por lo menos 300% o por lo menos 500% en comparación con un control. Por ejemplo, un modulador de AMIGO-2 que incrementa la muerte celular en 200% presenta una muerte celular aumentada al doble en comparación con el control que carecen del modulador de AMIGO-2. Como se utiliza en la presente, el término "expresado de manera diferencial en una célula cancerígena" y "un polinucleótido que se expresa de manera diferencial en una célula cancerígena" se utilizan de manera intercambiable a la presente y se refieren a un polinuucleótido que representa o corresponde a un gen que se expresa de manera diferencial en una célula cancerígena cuando se compara con una célula del mismo tipo de célula que no es cancerígena, por ejemplo, el ARNm se encuentra en concentraciones de por lo menos aproximadamente 25%, por lo menos aproximadamente 50% a aproximadamente 75%, por lo menos aproximadamente 90%, por lo menos aproximadamente 1.5 veces, por lo menos aproximadamente 2 veces, por lo menos aproximadamente 5 veces, por lo menos aproximadamente 10 veces o por lo menos aproximadamente 50 veces o más de diferencia (por ejemplo mayor o menor) . La comparación se puede realizar en tejido, por ejemplo si uno está utilizando hibridación in situ u otro método de ensayo
que permite cierto grado de diferenciación entre tipos de células en el tejido. La comparación también puede realizarse, de manera alternativa, entre células extraídas de su fuente de tejido o entre una célula in situ y una segunda célula extraída de su fuente de tejido. En algunas modalidades, el gen es regulado por aumento en el gen para el cáncer, en comparación con la célula normal. Un cáncer asociado a AMIGO-2 es "inhibido" si por lo menos un síntoma de cáncer se alivia, finaliza, frena o se evita. Como se utiliza en la presente, un cáncer asociado a AMIGO-2 también se "inhibe" si la recurrencia o metástasis del cáncer se reduce, se frena, se retrasa o se evita. Como se utiliza en la presente, la frase "inhibe la adhesión de células mediada por AMIGO-2" se refiere a una disminución, reducción o supresión de adhesión célula a célula en presencia de un modulador de AMIGO-2 en donde por lo menos una célula expresa de manera diferencial AMIGO-2. En este contexto, la adhesión celular mediada por AMIGO-2 puede disminuir por un modulador de AMIGO-2 en por lo menos 25%, por lo menos 50%, por lo menos 75%, por lo menos 85%, por lo menos 90%, por lo menos 95% o hasta 100% en relación a la adhesión celular mediada por AMIGO-2 en ausencia de modulador de AMIGO-2. Las comparaciones de adhesión celular mediada por AMIGO-2 se puede llevar a cabo al medir, por ejemplo como por el marcado de células de interés, incubándolas con una
población de células no marcadas que se adhieren a un sustrato y lavado para separar las poblaciones adherentes de las no adherentes. De esta manera se determina la adhesión celular al medir la cantidad de marca retenida en el sustrato. Los ejemplos de sistemas de ensayo incluyen, pero no se limitan a marcado con sondas fluorescentes tal como calceina AM, CFMDA (siglas en inglés para diacetato de 5-clorometilfluoresceina ) , 5(6)-CFDA-SE [siglas en inglés para éster succimidilico del diacetato de 5- (y 6 ) -carboxifluoresceina ] y al medir la fluorescencia en un lector de placa de fluorescencia o por medio de citometria de flujo. Como se utiliza en la presente, la frase "inhibe el crecimiento de células cancerígenas" se refiere a una disminución, reducción o supresión del crecimiento de células cancerígenas en presencia de un modulador AMIGO-2 en donde la célula expresa AMIGO-2. En algunas modalidades, las células expresan de manera diferencial AMIGO-2 en relación a otras células normales y/o en relación a otras células cancerígenas. En este contexto, el crecimiento celular puede disminuir por un modulador de AMIGO-2 en por lo menos 25%, por lo menos 50%, por lo menos 75%, por lo menos 85%, por lo menos 90%, por lo menos 95% hasta 100% en relación al crecimiento de células cancerígenas en ausencia de un modulador de AMIGO-2. Las comparaciones de crecimiento de células cancerígenas se pueden llevar a cabo utilizando, por ejemplo, el ensayo MTT (por
ejemplo, el kit de ensayo de proliferación de células VybrantMR MTT (Invitrogen) ) ; la incorporación de BrdU (por ejemplo en ensayo Absolute-S SBIP (Invitrogen) ) ; al medir los niveles de ATP intracelulares (por ejemplo utilizando el kit de ensayo ATPLiteMR-M, 1000 ( PerkinElmer ) o el kit de ensayo de viabilidad celular por ATP (BioVision) ) ; el ensayo DiOcl8, un colorante permeable a membrana (Invitrogen), ensayo de actividad de glucosa-6-fosfato deshidrogenasa (por ejemplo el ensayo de citotoxicidad Vibrant (Invitrogen) ) ; o al medir la actividad de LDH celular. Como se utiliza en la presente, la frase "inhibe la formación de tumores" se refiere a una disminución, reducción o supresión de formación de tumores en presencia de un modulador de AMIGO-2 en donde el tumor comprende células que expresan de manera diferencial AMIGO-2. En este contexto, se puede disminuir la formación de tumores por un modulador de AMIGO-2 en por lo menos 25%, por lo menos 50%, por lo menos 75%, por lo menos 85%, por lo menos 95% y hasta 100% en relación a la formación de tumores en ausencia de un modulador de AMIGO-2. Las comparaciones de formación de tumor se pueden llevar a cabo utilizando, por ejemplo ensayo basados en células (por ejemplo formación de colonias en agar suave) ; modelos in vivo de formación de tumor que típicamente se basan en inyectar las células de interés en animales (por ejemplo ratones o ratas atímicos, ratones o ratas irradiados;
inoculación en sitios inmunológicamente privilegiados tales como el cerebro, bolsa de la mejilla o el ojo; inoculación de animales singeneicos) y al monitorear el tamaño de la masa después del periodo de tiempo definido. Como se utiliza en la presente, la frase " inhibe ciclina DI" se refiere a una disminución, reducción o supresión de producción de ciclina mediada por AMIGO-2. En este contexto, la producción de ciclina mediada por AMIGO-2 puede disminuirse por un agente inhibidor en por lo menos 25%, por lo menos 50%, por lo menos 75%, por lo menos 85%, por lo menos 90%, por lo menos 95% hasta 100% en relación a la producción de ciclina mediada por AMIGO-2 en ausencia de un modulador de AMIGO-2. Las comparaciones de producción de ciclina se pueden llevar a cabo al medir, por ejemplo, niveles de ARNm de ciclina vía RT-PCR o transferencia Northern; los niveles de polipéptido de ciclina vía inmunotransferencia, inmunoprecipitación o ELISA; o utilizando ensayo fucionales que incluyen ensayo de co-inmunoprecipitación para medir niveles de ciclina que forman complejos con reguladores de ciclina tales como cinasas dependientes de ciclina (CDK) utilizando, por ejemplo, anticuerpos que están dirigidos a CDK, p21WAFl, p27 KIP-1; y al medir la fosforilación de ciclinas por la CDK se pueden analizar mediante radiomarcado y ensayo de inmunoprecipitación o métodos basados en FRET, por ejemplo el kit de ensayo de CDK2/ciclina A (Molecular
Devices) . Como se utiliza en la presente, la frase "inhibe ciclina Bl" se refiere a una disminución, reducción o supresión de producción de ciclina mediada por AMIGO-2. En este contexto, la producción de ciclina mediada por AMIGO-2 puede disminuir por un agente inhibidor en por lo menos 25%, por lo menos 50%, por lo menos 75%, por lo menos 85%, por lo menos 90%, por lo menos 95% hasta 100% en relación a la producción de ciclina mediada por AMIGO-2 en ausencia de un modulador de AMIGO-2. Las comparaciones de producción de ciclina se pueden llevar a cabo de acuerdo con métodos descritos en lo anterior para ciclina DI. Como se utiliza en la presente, el término "inhibición de FosLl" se refiere a una disminución, reducción o supresión de producción de FosLl mediada por AMIGO-2. En este contexto, la producción de FosLl mediada por AMIGO-2 puede disminuir por un agente inhibidor en por lo menos 25%, por lo menos 50%, por lo menos 75%, por lo menos 85%, por lo menos 90%, por lo menos 95% hasta 100% en relación a la producción de FosLl mediada por AMIGO-2 en ausencia de un modulador de AMIGO-2. Las comparaciones de producción de FosLl se pueden llevar a cabo al medir, por ejemplo, los niveles de ARNm para FosLl vía RT-PCR o transferencia Northern; o los niveles de polipéptido FosLl por medio de inmunotransferencia, inmunoprecipitación, ELISA o inmunohistoquimica . Los ejemplos
de métodos adecuados de medición de expresión de FosLl, por ejemplo expresión de ARNm o proteina) se establecen en los presentes ejemplos y también se describen, por ejemplo, en Matsuo et al. (2000) Nature Genet . 24:184-187; y Sahin et al. (2005) Páncreas 30 (2 ): 158-167. Como se utiliza en la presente, "inhibición de c-Myc" se refiere a una disminución, reducción o supresión de producción de c-Myc mediada por AMIGO-2. En este contexto, la producción de c-Myc mediada por AMIGO-2 puede disminuir por un agente inhibidor en por lo menos 25% por lo menos 50%, por lo menos 75%, por lo menos 85%, por lo menos 90%, por lo menos 95% hasta 100% en relación a la producción de c-Myc mediada por AMIGO-2 en ausencia de un modulador de AMIGO-2. Las comparaciones de producción de c-Myc se pueden llevar a cabo al medir, por ejemplo, los niveles de ARNm para c-Myc por medio de RT-PCR o transferencia Northern; o los niveles de polipéptido c-Myc por medio de inmunotransferencia, inmunoprecipitación, ELISA o inmunohistoquimica . De manera alternativa o adicional, se puede medir c-Myc "funcionalmente" , por ejemplo, por la capacidad del factor de transcripción de c-Myc para promover la transcripción de un gen objetivo. El gen objetivo puede ser un gen endógeno o puede ser un transgen exógeno (es decir, un gen indicador) . La medición de la expresión del ARNm o la proteina del gen objetivo se puede llevar a cabo utilizando cualquiera de los
métodos descritos en la presente. En algunos casos, el gen indicador puede ser una enzima con actividad que se puede medir (por ejemplo luciferasa, cloramfenicol acetiltransferasa, fosfatasa alcalina o peroxidasa de rábano) o puede ser una proteina detectable (por ejemplo proteina fluorescente verde o proteina fluorescente roja). Los ejemplos de métodos adecuados para medir la expresión de c-Myc (por ejemplo expresión de ARNm o de proteina) se conocen en la técnica y se establecen ampliamente en los presentes ejemplos. Los métodos para monitorear la expresión de un gen indicador, particularmente enzima o genes indicadores detectables se describen en lo anterior y son bien conocidos en la técnica y se describen, por ejemplo por Cziepluch et al. (1993) Oncogene 8 (10) :2833-8. Como se utiliza en la presente "inhibición de c-Jun" se refiere a una disminución, reducción o supresión de producción de c-Jun mediada por AMIGO-2. En este contexto, se puede disminuir la producción de c-Jun mediada por AMIGO-2 por un agente inhibidor en por lo menos 25%, por lo menos 50%, por lo menos 75%, por lo menos 85%, por lo menos 90%, por lo menos 95% hasta 100% en relación a la producción de c-Jun mediada por AMIGO-2 en ausencia de un modulador de AMIGO-2. Las comparaciones de producción de c-Jun se pueden llevar a cabo al medir, por ejemplo, los niveles de ARNm para c-Jun por medio de RT-PCR o transferencia Northern o los niveles de
polipéptido c-Jun por medio de inmunotransferencia, inmunoprecipitación, ELISA o inmunohistoquimica . De manera alternativa o adicional, se puede medir c-Jun "funcionalmente" por ejemplo por la capacidad de factor de transcripción de c-Jun para promover la transcripción de un gen objetivo. El gen objetivo puede ser un gen endógeno o puede ser un transgen exógeno (es decir, un gen indicador) . La medición de la expresión de ARNm o proteina para el gen objetivo se puede llevar a cabo utilizando cualquiera de los métodos descritos en la presente. Los ejemplos de métodos adecuados de medición de expresión de c-Jun (por ejemplo ARNm o expresión de proteina) se conocen en la técnica, se establecen ampliamente en los presentes ejemplos y se describen adicionalmente , por ejemplo, en Kharbanda et al. (1991) Biochemistry 30:7947-7952 y Kayahara et al. (2005) Mol. Cell. Biol . 25(9)3784-3792. Los métodos para monitorear la expresión del gen indicador, particularmente genes para enzimas o indicadores detectables como se describe en lo anterior, son bien conocidos en la técnica y se describen antes. Como se utiliza en la presente, la fase "inhibe la fosforilación de ERK" se refiere a una disminución, reducción o supresión de fosforilación de ERK por AMIGO-2. En este contexto, la fosforilación de ERK mediada por AMIGO-2 puede disminuir por un modulador de AMIGO-2 en por lo menos 25%, por lo menos 50%, por lo menos 75%, por lo menos 85%, por lo menos
90%, por lo menos 95% o hasta 100% en relación a la fosforilación de ERK mediada por AMIGO-2 en ausencia de un modulador de AMIGO-2. Las comparaciones de fosforilación de ERK se pueden determinar utilizando ensayo se fosforilación conocidos por aquellos expertos en la técnica. Aunque no se limita por una teoría o mecanismo de acción particulares, dado que la fosforilación de ERK generalmente genera su activación, la frase "inhiben la fosforilación ERK", en algunas modalidades también puede hacer referencia a una disminución, reducción o supresión de fosforilación mediada por AMIGO-2 de uno o más sustratos de ERK o ERK fosforilado. Los sustratos de ERK incluyen, pero no se limitan a IEX-1, ELK1, paxilina, Bcl-2, SOS o SP1. Los métodos para monitorear la actividad de cinasa de ERK sobre sus sustratos se conoce en la técnica y se describe, por ejemplo, en Mechant et al. (1999) BBRC 254:454-461; Chemiack et al. (1994) J. Biol. Chem. 269:4717-4720; Cano et al. (1995) J. Cell Sci. 108:3599-3609; García et al. (2004) EMBO J. 21:5151-5163; y Tamura et al. (2004) FEBS Lett . 569:249-255. Como se utiliza en la presente, la frase "inhibe la supervivencia de células cancerígenas" se refiere a una disminución o reducción en la supervivencia de células cancerígenas que expresan AMIGO-2. En algunas modalidades, el término "inhibe la supervivencia de células cancerígenas" se refiere a llevare a cabo la apoptosis de células cancerígenas
que expresan AMIGO-2. En algunas modalidades, las células cancerígenas expresan de manera diferencial AMIGO-2 en relación a otras células normales y/o en relación a otras células cancerígenas. En este contexto, la supervivencia de células cancerígenas que expresan AMIGO-2 pueden disminuir por un agente inhibidor en por lo menos 25%, por lo menos 50%, por lo menos 75%, por lo menos 85%, por lo menos 90%, por lo menos 95% o hasta 100% en relación a la supervivencia de células cancerígenas en ausencia de un modulador de AMIGO-2 y/o en una célula normal. Como se utiliza en la presente, la frase "inhibe la señalización de AMIGO-2" se refiere a una disminución, reducción o supresión del efecto de AMIGO-2 en los miembros corriente abajo de las cascadas de señalización celular que incluyen AMIGO-2. Las cascadas de señalización celular que incluyen AMIGO-2 incluyen vías que median el crecimiento y supervivencia celulares. En algunas modalidades, las vías que median el crecimiento y supervivencia celulares son posteriores a las vías de factor de crecimiento activadas tales como la vía EGFR o la vía ß-catenina. En algunas modalidades, la vía es una vía ß-catenina mutada la cual resulta en la estabilización de ß-catenina, entre otros. En algunas modalidades, la inhibición de la señalización de AMIGO-2 regula por aumento uno o más marcadores corriente abajo posteriores. En algunas modalidades, la inhibición de
señalización de AMIGO-2 regula por disminución uno o más marcadores corriente abajo. La inhibición de señalización de AMIGO-2 se puede determinar al medir los niveles de polipéptido o polinucleótido de los miembros corriente abajo o posteriores de la vía de señalización celular. Aquellos expertos en la técnica están acreditados por la capacidad para medir los niveles de polipéptido y/o polinucleótido de AMIGO-2. Los expertos en la técnica también pueden medir los niveles de marcadores corriente abajo de AMIGO-2. Como se utiliza en la presente, la frase "inhibe la interacción célula-célula" se refiere a reducir o eliminar una interacción entre dos o más células que expresan AMIGO-2. En algunas modalidades, la interacción entre las células genera una señal celular. La interacción célula-célula se puede detectar por numerosos métodos conocidos por aquellos expertos en la técnica que incluyen, sin limitación, la observación de intercambio de membrana entre células marcadas previamente y cocultivadas , marcadas, por ejemplo, con indicadores de membrana fluorescentes diferentes, PKH26 y PKH27 (Sigma). Como se utiliza en la presente, la frase "que inhibe la proliferación" se refiere a reducir o eliminar la proliferación mediada por AMIGO-2 y que puede medir por numerosos métodos conocidos por los expertos en la técnica. Los ensayo de proliferación celular incluyen, sin limitación,
ensayo MTT (por ejemplo el kit de ensayo de proliferación de células VybrantMR MTT ( Invitrogen) ) ; los ensayo de incorporación de BrdU (por ejemplo en ensayo Absolute-S SBIP (Invitrogen) ) ; al medir los niveles de ATP intracelulares (las versiones comerciales del ensayo incluyen ATPLiteMR-M, 1,000 Assay Kit ( PerkinElmer ) y el kit de ensayo de viabilidad celular por ATP (BioVision) ) ; el ensayo DiOcl8, un colorante permeable a membrana (Invitrogen), ensayo de actividad de glucosa-6-fosfato deshidrogenasa (por ejemplo el ensayo de citotoxicidad Vibrant (Invitrogen)); al medir la actividad de LDH celular e incorporación de 3H-timidina y ensayo Cell Titer Glo (Promega) . Como se utiliza en la presente, la frase "inhibe angiogénesis" se refiere a reducir o eliminar la angiogénesis mediada por AMIGO-2. La angiogénesis se puede detectar por numerosos métodos conocidos por aquellos expertos en la técnica que incluyen, sin limitación, ensayo de proliferación celular, ensayo en desplazamiento de células, ensayo de diferenciación celular, ensayo de cultivo de órganos (ex vivo) , ensayo de membrana corioalantoica de pollo (CAM) , ensayo de angiogénesis de la córnea, ensayo de plug de Matrigel y ensayo de volumen de tumor en ratones SCID, ratones atimicos o ratones C57BL. Los ensayo de desplazamiento de células incluyen, sin limitación, la cámara de quimiotaxia de pozo ciego, por
ejemplo la cámara de bollo modificada y el ensayo de pita de fagocinética . Los ensayo de diferenciación celulares incluye, sin limitación, formación de tubo en colágeno, coágulos de fibrina, o Matrigel, seguido por microscopía electrónica. Los ensayo de cultivo de órgano (ex vivo) incluyen, sin limitación, ensayo de anillo aórtico de rata y ensayo de arco aórtico de pollo. Como se utiliza en la presente, la frase "inhibe el progreso a través del ciclo celular" se refiere a una disminución o detención de la división celular. El progreso del ciclo celular se puede analizar por incorporación de bromodesoxiuridina (BRDU) . Los ensayo identifican una población de células que experimenta síntesis de ADN por incorporación de BRDU en ADN recién sintetizado. El ADN recién sintetizado se puede detectar utilizando un anticuerpo anti-BRDU (Hoshino et al., 1986, int . J. Cáncer 38, 369; Campana et al., 1988, J. Immunol. Meth. 107, 79) o por otros medios. La proliferación de células también se puede analizar por tinción con fosfo-histona H3, la cual identifica una población de células que experimenta mitosis por fosforilación de histona H3. La fosforilación de histona H3 en la serina 10 se detecta utilizando un anticuerpo específico para la forma fosforilada de un residuo serina 10 de histona H3. (Chadlee, D. N. 1995, J. Biol. Chem 270:20098-105). La proliferación celular también se puede examinar utilizando incorporación de [3G] -timidina
(Chen, J., 1996, Oncogene 13:1395-403; Jeoung, J. , 1995, J. Biol. Chem. 270:18367-73). Este ensayo permite la caracterización cuantitativa de síntesis de ADN en fase S. En este ensayo, las células que sintetizan ADN incorporarán [3H]-timidina en ADN recién sintetizado. Después se puede medir la incorporación por técnicas estándar convencionales por ejemplo mediante conteo de radioisótopo en un contador de centelleo (por ejemplo Beckman L S 3800 Liquid Scintillation Counter) . Otro ensayo de proliferación utiliza el colorante Alamar Blue (disponible de Biosurce International) el cual fluoresce cuando se reduce en células vivas y proporciona una medicina indirecta del número de células (Voytik-Harbin S L et al., 1998, In Vivo Cell Dev Biol Anim 34:239-46). Otro ensayo de proliferación adicional, el ensayo MTS, se basa en la determinación de citotoxicidad in vitro de sustancias químicas industriales y utiliza sal de tetrazolio soluble MTS. Los ensayo por MTS están disponibles comercialmente e incluyen el ensayo de proliferación de células no radioactivas acuoso Promega CellTiter 96MR (Cat.# G5421). La proliferación celular también se puede analizar por formación de colonias en agar suave (Sambrook et al., Molecular Cloning, Cold Spring Harbor (1989)). La proliferación celular también se puede analizar al medir las concentraciones de ATT como indicador de células antagónicamente activas. Los ensayo están disponibles comercialmente e incluyen Cell Titer-GloMR (Promega). La
proliferación del ciclo celular también se puede analizar por citometria de flujo (Gray J W et al. (1986) Int J Radiat Biol Relat Stud Phys Chem Med 49:237-55). Las células se pueden teñir con yoduro de propidio y se pueden evaluar en un citómetro de flujo para medir la acumulación de células en etapas diferentes del ciclo celular. Un "marcador corriente abajo de AMIGO-2" como se utiliza en la presente, es un gen o actividad el cual muestra un nivel alterado de expresión en un tejido cancerígeno o célula cancerígena en comparación con su nivel de expresión en tejido normal o sano, o su propiedad alterada en presencia de un modulador de AMIGO-2. En algunas modalidades, los marcadores corriente abajo muestran niveles alterados de expresión cuando se altera a AMIGO-2 con un modulador de AMIGO-2 de la presente invención. Los marcadores corriente abajo de AMIGO-2 incluyen, sin limitación, ciclina DI, ciclina Bl, c-Myc, VEGF, urocinasa, c-Jun, FosLl o ERK. En algunas modalidades, la separación de PARP1 es un marcador corriente abajo de actividad de AMIGO-2. Como se utiliza en la presente, la frase "apoptosis aumentada de células cancerígenas" se refiere a un incremento en la apoptosis de células cancerígenas que expresan AMIGO-2 en presencia de un modulador de AMIGO-2. En este contexto, la apoptosis de células cancerígenas se puede incrementar por un modulador de AMIGO-2 en por lo menos 25%, por lo menos 50%,
por lo menos 75%, por lo menos 85%, por lo menos 90; por lo menos 95%, hasta 100% en relación con la apoptosis de células cancerígenas en ausencia de un modulador de AMIGO-2. En algunas modalidades, las células cancerígenas expresan de manera diferencial AMIGO-2 en relación a otras células normales y/o en relación a otras células cancerígenas. Las comparaciones de apoptosis de células cancerígenas se puede llevar a cabo al medir, por ejemplo, fragmentación de ADN, actividad de caspasa, pérdida de potencial de membrana mitocondrial , producción aumentada de especies reactivas u oxígeno (ROS) , acidificación intracelular , condensación de cromatina, niveles de fosfatidilserina (PS) en la superficie celular y permeabilidad de membrana celular aumentada. La fragmentación de ADN se puede medir, por ejemplo, con el ensayo de marcado de extremo de estrechamiento dUTP desoxinucleótido transferasa terminal (TUNEL, por sus siglas en inglés) . Las versiones comerciales del ensayo están disponibles ampliamente, por ejemplo el kit de ensayo APO-BrdUMR TUNEL ( Invitrogen) , el kit APO-DIRECTMR (BD Biosciences Pharmingen) y el kit de ensayo de fragmentación ApoAlertMR DNA (Clontech, a Takara Bio Company) . La actividad de caspasa se puede monitorear vía sustratos fluorogénicos , cromogénicos y luminiscentes específicos para caspasa particulares. Los kits de ensayo comerciales están disponibles para por lo menos las caspasas
1, 2, 3, 6, 7, 8 y 9 (véase, por ejemplo, Invitrogen, Chemicon, CalBiochem, BioSurce International, Biovision) . La pérdida de potencial de membrana mitocondrial se puede medir con colorantes fluorescentes que se acumulan diferencialmente en mitocondria activa sana. Un ejemplo no limitante es el sistema MitoTracker Red de Invitrogen. La producción de especies reactivas a oxigeno (ROS, por sus siglas en inglés) se pueden medir con colorantes fluorescentes que incluyen, por ejemplo H2DCFDA (Invitrogen). La acidificación intracelular se puede medir con colorantes fluorescentes o cromogénicos . La condensación de cromatina se puede medir con colorantes fluorescentes que incluyen, por ejemplo, Hoechst 33342. Los niveles de fosfatidilserina (PS, por sus siglas en inglés) se puede medir en la superficie celular. Por ejemplo, la anexina V tiene una alta afinidad para PS. Numerosos ensayo disponibles comercialmente son adecuados para monitorear la unión de anexina V marcada a la superficie celular . Se puede medir la permeabilidad de membrana celular utilizando colorantes tales como el colorante fluorescente Y0-PRO-1 (Invitrogen) el cual puede entrar a células apoptósicas pero no necróticas. Como se utiliza en la presente, el término "regula
por aumento" se refiere a un incremento, activación o estimulación de una actividad o cantidad. Como se utiliza en la presente, el término "parte N terminal" se refiere a los primeros 10 aminoácidos de una proteina. Como se utiliza en la presente, el término "parte C terminal" se refiere a los últimos 10 aminoácidos de una proteina . El término "dominio", como se utiliza en la presente, se refiere a una parte estructural de una biomolécula que constituye a una función conocida o sospechada de la biomolécula. Los dominios pueden ser coextensiones con regiones o porciones de las mismas y también puede incorporar una porción de una biomolécula que es distinta de una región particular, además de la totalidad o parte de la región. Como se utiliza en la presente, el término "dominio extracelular" se refiere a la porción de una molécula que está fuera o que es externa a una célula. En el contexto de la presente invención, un dominio extracelular de la parte N terminal se refiere al dominio extracelular que está presente en la parte N terminal de la molécula inmediatamente antes del primer dominio transmembranal . En el contexto de un dominio extracelular entre dos dominios transmembranales (TM) , por ejemplo entre TM 2 y 3, el dominio extracelular se refiere a aquella porción de AMIGO-2 externa a la membrana celular entre
el segundo y tercer dominios transmembranales de AMIGO-2. Como se utiliza en la presente, el término "dominio de unión de ligandos" se refiere a cualquier porción o región de un receptor que retiene por lo menos una actividad de unión cualitativa de una secuencia nativa correspondiente de AMIGO-2. El término "región" se refiere a una porción físicamente contigua de la subestructura primaria de una biomolécula. En el caso de proteínas, una región se define por una porción contigua de una secuencia de aminoácidos de esta proteína. En algunas modalidades, una "región" está asociada con una función de la biomolécula. El término "fragmento", como se utiliza en la presente, se refiere a una porción físicamente contigua de la estructura primaria de una biomolécula. En el caso de proteínas, se define una porción por una porción contigua de la secuencia de aminoácidos de esa proteína y se refiere a por lo menos 3-5 aminoácidos, por lo menoso 8-10 aminoácidos, por lo menos 11-15 aminoácidos, por lo menos 17-24 aminoácidos, por lo menos 25-30 aminoácidos y por lo menos 30-45 aminoácidos. En el caso de oligonoucleótidos , una porción se define por una porción contigua de la secuencia de ácido nucleico del oligonucleótido y se refiere a por lo menos 9-15 nucleótidos, por lo menos 18-30 nucleótidos, por lo menos 33-45 nucleótidos, por lo menos 48-72 nucleótidos, por lo menos
75-90 nucleótidos y por lo menos 90-130 nucleótidos. En algunas modalidades, los fragmentos de biomoléculas tienen una actividad biológica. En el contexto de la presente invención, los fragmentos de polipéptido AMIGO-2 no comprende la totalidad de la secuencia de polipéptido de AMIGO-2 que se establece en la SEC ID NO: 2. En algunas modalidades, los fragmentos de AMIGO-2 requieren una o más actividades de AMIGO-2 nativo. Como se utiliza en la presente, la frase "células/tumores/muestras relacionadas con AMIGO-2" y similares se refieren a células, muestras, tumores u otras patologías que están caracterizadas por expresión diferencial de AMIGO-2 en relación a células, muestras, tumores u otras patologías no cancerígenas y/o no metastásicas . En algunas modalidades, las células, muestras, tumores u otras patologías relacionadas con AMIGO-2 se caracterizan por expresión aumentada de AMIGO-2 en relación a células, muestras, tumores u otras patologías no metastásicas. Como se utiliza en la presente, el término "anticuerpo" se refiere a anticuerpos monoclonales y policlonales , anticuerpos de cadena sencilla, anticuerpos quiméricos, anticuerpos bifuncionales/biespecíficos, anticuerpos humanizados, anticuerpos humanos y región determinadora de complementariedad (CDR, por sus siglas en inglés ) -anticuerpos injertados que son específicos para la
proteina objetivo o fragmentos de la misma y que también incluyen fragmentos de anticuerpo que incluyen Fab, Fab', F(ab')2, scFv, Fv, camelbodies (anticuerpos de camellos) o microanticuerpos . El término "anticuerpo" incluye además la transferencia de genes de anticuerpos terapéuticos in vivo. El término "anticuerpo monoclonal", como se utiliza en la presente, se refiere a un anticuerpo que se obtiene de una población de anticuerpos sustancialmente homogéneos, es decir, los anticuerpos individuales que comprenden la población son idénticos excepto por posibles mutaciones que se produzcan de manera natural que pueden estar presentes en cantidades menores. Los anticuerpos monoclonales son altamente específicos, están dirigidos contra un sitio antigénico único. Además, en contraste, con preparaciones de anticuerpos policlonales que incluyen anticuerpos diferentes dirigidos contra determinantes (epítopos) diferentes, cada anticuerpo monoclonal está dirigido contra un determinante único en el antígeno. Además de su especificidad, los anticuerpos monoclonales son útiles en la medida en que se pueden sintetizar sin contaminación por otros anticuerpos. El adjetivo "monoclonal" indica el carácter del anticuerpo, indica que se obtiene de una población sustancialmente homogénea de anticuerpos y no debe considerarse que se requiere la producción del anticuerpo por algún método en particular. Por ejemplo, los anticuerpos monoclonales que se
van a utilizar de acuerdo con la presente invención se pueden elaborar por el método de hibridoma descrito por Kohler et al., Nature, 256:495 (1975), o se pueden elaborar por métodos de ADN recombinantes (véase, por ejemplo, la patente de E.U.A. No. 4,816,567). Los "anticuerpos monoclonales " también se pueden aislar de bibliotecas de anticuerpo de fago utilizando las técnicas descritas en Clackson et al., Nature, 352:624-628 (1991) y Marks et al., J. Mol. Biol., 222:581-597 (1991), por ejemplo. Los anticuerpos monoclonales en la presente específicamente incluyen anticuerpos "quimérico" en los cuales una porción de la cadena pesada y/o ligera es idéntica u homologa a secuencias correspondientes en anticuerpos derivados de una especie en particular o que pertenecen a una clase o subclase de anticuerpo particular mientras que el resto de una o varias de las cadenas son idénticas u homologas a secuencias correspondientes en anticuerpos derivados de otras especies o que pertenecen a otra clase o subclase de anticuerpo así como fragmentos de los anticuerpos en la medida en que muestren la actividad biológica deseada (patente de E.U.A. No. 4,816,567; y Morrison et al., Proc. Nati. Acad. Sci. EUA, 81:6581-6855 (1984)). Los anticuerpos quiméricos de interés en la presente incluyen anticuerpos "primatizados" que comprenden secuencias que unen antígenos de dominio variable derivadas de un primate que no es humano (por ejemplo mono del
viejo mundo, chimpancé, etc.) y secuencias de región constante humanas . Los "fragmentos de anticuerpo" comprenden una porción de un anticuerpo intacto, en algunas modalidades comprenden la región que une antigeno o variable del mismo. Los ejemplos de fragmentos de anticuerpo incluyen fragmentos Fab, Fab ' , F(ab')2, y Fv; diacuerpos; anticuerpos lineales (Zapata et al., Protein Eng. 8(10): 1057-1062 [1995]); moléculas de anticuerpo de cadena sencilla y anticuerpos multiespecificos que se forman a partir de uno o varios fragmentos de anticuerpo. Un anticuerpo "intacto" es aquel que comprende una región variable que une antigeno asi como un dominio constante de cadena ligera (CL) y dominios constantes de cadena pesada CHi, CH2 y H3. Los dominios constantes pueden ser dominios constantes de secuencia nativa (por ejemplo dominios constantes de secuencia nativa humana) o variantes de secuencia de aminoácidos de los mismos. En algunas modalidades, el anticuerpo intacto tiene una o más funciones efectoras. Las "funciones efectoras" del anticuerpo se refieren a aquellas actividades biológicas atribuibles a la región Fe (una región Fe de secuencia nativa o una región Fe de variante de secuencia de aminoácidos) de un anticuerpo. Los ejemplos de funciones efectoras de anticuerpo incluyen la unión de Clq;
cite-toxicidad dependiente de complemento; unión de receptor Fe; citotoxicidad mediada por células dependientes de anticuerpo (ADCC, por sus siglas en inglés) ; fagocitosis; regulación por disminución de receptores de la superficie celular (por ejemplo receptor de linfocitos BCR por sus siglas en inglés ) ; etc . Los términos "citotoxicidad mediada por células dependientes de anticuerpo" o "ADCC (por sus siglas en inglés)" se refiere a una forma de citotoxicidad en la cual la Ig secretada unida a receptores Fe (FcRs, por sus siglas en inglés) presenta en ciertas célula citotóxicas (por ejemplo células citoliticas naturales (NK) , neutrófilos y macrófagos) que permite que estas células efectoras citotóxicas se unan específicamente a una célula objetivo que presenta antígenos y que posteriormente destruyan a la célula objetivo con citotoxinas. Los anticuerpos "arman" a las células citotóxicas y se requieren de manera absoluta para la destrucción. Las células primarias para mediar ADCC, las células NK, únicamente expresan FcyRIII, mientras que los monocitos expresan FcyRI, FcyRII y FcyRIII . La expresión de FcR en células hematopoyéticas se resume en la Tabla 3 en la página 464 de Ravetch y Kinet, Annu . Rev. Immunol . 9:457-92 (1991). Para determinar la actividad de ADCC de una molécula de interés en un ensayo ADCC in vitro, tal como el descrito en la patente de E.U.A. No. 5,500,362 ó 5,821,337 se puede realizar. Las
células efectoras útiles para los ensayo incluyen células mononucleares de sangre periférica (PBMC, por sus siglas en inglés) y células citoliticas naturales (NK, por sus siglas en inglés) . De manera alternativa o adicional, la actividad ADCC de la molécula de interés se puede determinar in vivo, por ejemplo, en un modelo en animales tal como el descrito en Clynes et al. (EUA) 95:652-656 (1998). Las "células efectoras humanas" son leucocitos que expresan uno o más FcRs y realizan funciones efectoras. En algunas modalidades, las células expresan por lo menos FcyRIII y realizan la función efectora ADCC. Los ejemplos de leucocitos humanos que median ADCC incluyen células mononucleares de sangre periférica (PBMC, por sus siglas en inglés) , células citoliticas naturales (NK) , monocitos, linfocitos T citotóxicos y neutrófilos. Las células efectoras se pueden aislar de una fuente nativa de los mismos, por ejemplo, de sangre o los PBMC, como se describe en la presente . Los términos "receptor Fe" o "FcR (por sus siglas en inglés)" se utilizan para describir un receptor que se une a una región Fe de un anticuerpo. En algunas modalidades, el FcR es un FcR humano de secuencia nativa. Además, en algunas modalidades, FcR es aquel que se une a un anticuerpo IgG (un receptor ?) y que incluye receptores de las subclases FcyRI, FcyRII y FcyRIII, que incluyen variantes alélicas y de manera
alternativa formas empalmadas de estos receptores. Los receptores FCYRII incluyen FCYRIIA (un "receptor activante" y FCYRIIB (un "receptor inhibidor"), los cuales tienen secuencias de aminoácidos similares y difieren principalmente en los dominios citoplásmaticos de los mismos. El receptor activante FcyRIIA contiene un motivo o secuencia repetitiva de activación basada en tirosina de inmunorreceptor (ITAM, por sus siglas en inglés) en su dominio citoplásmatico . El receptor inhibidor, FcyRIIB contiene un motivo de inhibición basado en tirosina inmunorreceptor (ITIM) en su dominio citoplásmatico (véase la revisión en Daron, Annu. Rev. Immunol. 15:203-234 (1997)). Los FcRs se revisan en Ravetch y Kinet, Annu. Rev. Immunol 9:457-92 (1991); Capel et al., Immunomethods 4:25-34 (1994); y de Haas et al., J. Lab. Clin. Med. 126:330-41 (1995). Otros FcRs, que incluyen aquellos que se identifican en el futuro, están abarcados por el término "FcR" en la presente. El término también incluye el receptor neonatal, FcRn, el cual es responsable de la transferencia de las IgG maternas al feto (Guyer et al., J. Immunol. 117:587 (1976) y Kim et al., J. Immunol. 24:249 (1994)). El término "citotoxicidad dependiente de complemento" o "CDC" se refiere a la capacidad de una molécula a lisar un objetivo en presencia de complemento. La vía de activación de complemento se inicia por la unión del primer componente al sistema de complemento (Clq) a una molécula (por
ejemplo de un anticuerpo) que forma un complejo con un antigeno afín. Para determinar la activación del complemento, se puede realizar un ensayo CDC, por ejemplo, como se describe en Gazzano-Santoro et al., J. Immunol . Methods 202:163 (1996). Como se utiliza en la presente, el término "epitopo" se refiere a un determinante antigénico de un polipéptido. En algunas modalidades, un epitopo puede comprender 3 o más aminoácidos en una conformación espacial la cual es única para el epitopo. En algunas modalidades, los epitopos son epitopos lineales o conformacionales . De manera general, un epitopo consiste de por lo menos 4, por lo menos 6, por lo menos 8, por lo menos 10 y por lo menos 12 de los aminoácidos, y de manera más habitual consiste de por lo menos 8-10 de los aminoácidos. Los métodos para determinar la conformación espacial de los aminoácidos se conocen en la técnica e incluyen, por ejemplo, cristalografía de rayos X y resonancia magnética nuclear bidimensional . La frase "región determinadora de complementariedad" se refiere a las secuencias de aminoácidos las cuales juntas definen la afinidad de unión y especificidad de la región Fv natural de un sitio de unión de inmunoglobulina nativo. Véase, por ejemplo, Chothia et al., J. Mol. Biol. 196:901-917 (1987); Kabat et al., U.S. Dept . of Heath and Human Services NIH Publication No. 91:3242 (1991). La frase "región constante" se refiere a la porción de la molécula de anticuerpo que confiere
funciones efectoras. En la presente invención, las regiones constantes de ratón se sustituyen por regiones constantes humanas. Las regiones constantes de los anticuerpos humanizados sujeto se derivan de inmunoglobulinas humanas. La región constante de cadena pesada se puede seleccionar de cualquiera de los cinco isotipos: a, d, e, ? o µ. Un método de humanización de anticuerpos comprende alinear las secuencias de cadena pesada y ligera no humana con las secuencias de cadena pesada y ligera humanas, seleccionar y sustituir la infraestructura no humana con una infraestructura humana en base en la alineación, realizar modelado molecular para predecir la conformación de la secuencia humanizada y comparar con la conformación del anticuerpo de origen. Este procedimiento es seguido por retromutación repetida de residuos en la región CDR que pudieran alterar la estructura de los CDR hasta que la conformación prela del modelo de secuencia humanizado se aproxima fielmente a la conformación de las CDR no humanas del anticuerpo no humano de origen. Los anticuerpos humanizados pueden derivarse adicionalmente para facilitar la captación y depuración, por ejemplo vía receptores Ashwell. Véase, por ejemplo, las patentes de E.U.A. Nos. 5,530,101 y 5,585,089 las cuales se incorporan en la presente como referencia. Se pueden utilizar una amplia variedad de infraestructuras o andamios de anticuerpo/inmunoglobulina en
la medida en que el polipéptido resultante incluya por lo menos una región de unión que sea especifica para la proteina. Las infraestructuras o andamios incluyen los 5 idiotipos principales de inmunoglobulinas humanas o fragmentos de los mismos (tales como los descritos en otra parte en este documento) e incluyen inmunoglobulinas u otras especies animales, que preferiblemente tienen aspectos humanizados. Los anticuerpos de cadena pesada o solos tales como los identificados en los camélidos son de interés particular a este respecto. Las infraestructuras, andamios y fragmentos novedosos continúan por descubrirse y desarrollarse por aquellos expertos en la técnica. Se pueden generar anticuerpos no basados en uno en inmunoglobulinas utilizando andamios que no son de inmunoglobulinas sobre los cuales se pueden injertar las CDR de la invención. Las infraestructuras o andamios que no son inmunoglobulinas, conocidos o futuros, se pueden utilizar en la medida en que comprendan una región de unión especifica para el objetivo. Los compuestos se conocen en la presente como "polipéptidos que comprenden una región de unión especifica para el objetivo". Las infraestructuras o andamios que no son inmunoglobulinas conocidos incluyen, pero no se limitan a Adnectinas ( fibronectina ) (Compound Therapeutics , Inc., Waltham, MA) , anquirina (Molecular Partners AG, Zurich, Suiza), anticuerpos de dominio (Domantis, Ltd (Cambridge, MA)
y Ablynx nv (Zwijnaarde, Bélgica)), lipocalina (Anticalina) (Pieris Proteolab AG, Friburgo, Alemania), sustancias inmunofarmacéuticas . modulares pequeñas (Trubion
Pharmaceuticals Inc., Seattle, WA) , maxicuerpos (Avidia, Inc. (Mountain View, CA) ) , proteina A (Affibody AG, Suecia) y afilina ?-cristalina o ubiquitina) (Scil Proteins GmbH, Halle, Alemania) . (iii) Maxicuerpos/Avimeros - Avidia Los avimeros se derivan de proteina que contiene el dominio A natural tal como LRP-1. Estos dominios se utilizan por la naturaleza para interacciones proteina-proteina en el humano más de 250 proteínas están basadas estructuralmente en los dominios A. Los avimeros consisten de un número diferente de monómeros de "dominio A" (2-10) unidos vía enlazadores aminoácidos. Los avimeros se pueden crear de manera que se unan al antígeno objetivo utilizando la metodología descrita, por ejemplo, en las publicaciones de patentes de E.U.A. 20040175756; 20050053973; 20050048512; y 20060008844. El término "antagonista" se utiliza en el sentido más amplio e incluye cualquier molécula que bloquee, inhiba o neutralice manera parcial o completa, la actividad biológica de un antígeno de células tumorales descrito en la presente. De una manera similar, el término "agonista" se utiliza en el sentido más amplio e incluye cualquier molécula que imita la actividad biológica de un antígeno de célula tumoral descrito
en la presente. Las moléculas de agonistas o antagonista adecuadas incluyen específicamente anticuerpos agonistas o antagonistas o fragmentos de anticuerpo, fragmentos de variantes de secuencia de aminoácidos de antígenos de células tumorales, péptidos, oligonucleótidos antisentido, moléculas orgánicas pequeñas, etc. Los métodos para identificar agonistas o antagonistas de un antígeno de células tumorales pueden comprender poner en contacto una célula tumoral que exprese el antígeno de interés con una molécula candidato agonista o antagonista y medir un cambio detectable en una o más actividades biológicas normalmente asociadas con el antígeno de célula tumoral. El antagonista también puede ser un péptido generado por diseño razonado o por presentación de fago (véase, por ejemplo, el documento WO98/35036, publicado el 13 de agosto de 1998) . En una modalidad, la molécula de elección puede ser un "mimético de CDR" o un análogo de anticuerpo diseñado en base en las CDR de un anticuerpo. Aunque los péptidos pueden ser antagonistas en sí mismos, el péptido opcionalmente se puede fusionar a un agente citotóxico de manera que agregue o incremente las propiedades antagonistas del péptido. Como se utiliza en la presente, el término "oligonucleótido" se refiere a una serie de residuos nucleotídicos enlazados. Los oligonucleótidos incluyen, sin limitación, oligonucleótidos antisentido y ARNsi. Los
oligonucleótidos que comprenden porciones de una secuencia de ADN que tiene por lo menos aproximadamente 10 nucleótidos y hasta aproximadamente 500 nucleótidos. En algunas modalidades los oligonucleótidos comprenden desde aproximadamente 10 nucleótidos hasta aproximadamente 50 nucleótidos, desde aproximadamente 15 nucleótidos hasta aproximadamente 30 nucleótidos y desde aproximadamente 20 nucleótidos hasta aproximadamente 25 nucleótidos. Los oligonucleótidos pueden ser sintetizados químicamente y también se pueden utilizar como sondas. En algunas modalidades los oligonucleótidos son de cadena sencilla. En algunas modalidades, los oligonucleótidos comprenden por lo menos una porción la cual es de cadena doble. En algunas modalidades los oligonucleótidos son oligonucleótidos antisentido (ASO, por sus siglas en inglés). En algunas modalidades, los oligonucleótidos son oligonucleótidos de ARN de interferencia (oligonucleótidos ARNi) . Como se utiliza en la presente, el término "oligonucleótido antisentido" se refiere a un ácido nucleico no modificado o modificado que tiene una secuencia nucleotídica complementaria con una secuencia polinucleotídica para AMIGO-2 y que incluye secuencias polinucleotídicas asociadas con la transcripción o traducción de AMIGO-2 (por ejemplo, un promotor de un polinucleótido AMIGO-2), en donde el polinucleótido antisentido es capaz de hibridizar con una
secuencia polinucleotidica para AMIGO-2. Son de interés particular los polinucleótidos antisentido capaces de inhibir la transcripción y/o traducción de un polinucleótido que codifica para el polipéptido AMIGO-2 ya sea in vitro o in vivo. Como se utiliza en la presente, los términos "oligonucleotidos de ARNsi", "oligonucleotidos de ARNi", "ARN de interferencia corta" o "ARNsi" se utilizan de manera intercambiable y se refieren a oligonucleotidos que trabajan a través de supresión de expresión de un gen postrancripcional , también conocida como interferencia de ARN. Los términos se refieren a una molécula de ácido nucleico de cadena doble capaz de interferencia de ARN "ARNi" (véase Kreutzer et al., WO 00/44895; Zernicka-Goet z et al. WO 01/36646; Fire, WO 99/32619; Mello and Fire WO 01/29058). Las moléculas de ARNsi generalmente son moléculas de ARN pero además abarcan nucleótidos y no nucleótidos modificados químicamente. Los experimentos de direccionamiento de gen para ARNsi se han llevado a cabo por transferencia de ARNsi transitorio en células (obtenido por los métodos clásicos como transfección medida por liposomas, electroporación o microinyección) . Las moléculas de ARNsi son ARN de 21 a 23 nucleótidos con extremos sobresalientes 3' de 2 a 3 nucleótidos característicos que recuerdan a los productos de procesamiento de ribonucleasa III de los ARN de cadena doble (ARNcd) que normalmente inician los
ARNi. Como se utiliza en la presente, el término "receptor señuelo" se refiere a un receptor que comprende por lo menos una porción de un polipéptido, mimético u otra macromolécula capaz de unirse a un ligando AMIGO-2. Como se utiliza en la presente, el término "cantidad terapéuticamente eficaz" significa hacer referencia a una cantidad de un medicamento la cual produce un efecto medicinal observado como reducción o inversión en uno o más criterios clínicos, crecimiento y/o supervivencia de células cancerígenas o metástasis de células cancerígenas en un individuo cuando se administra al individuo una cantidad terapéuticamente eficaz del medicamento. Las cantidades terapéuticamente eficaces se determinan típicamente por el efecto que tienen, en comparación con el efecto observado cuando una composición la cual no incluya al ingrediente activo se administra a un individuo en una situación similar. La cantidad eficaz precisa para un sujeto dependerá del tamaño y salud del sujeto, la naturaleza y grado de la enfermedad de las sustancias terapéuticas o combinación de sustancias terapéuticas seleccionadas para administración. No obstante, la cantidad eficaz para una situación dada se determina por experimentación sistemática y está dentro del juicio del médico. Como se utiliza en la presente, los términos "en combinación con" o "en conjunción con" se refiere a la
administración de moduladores de AMIGO-2 de la invención con otros regímenes terapéuticos. Como se utiliza en la presente, el término "susceptible" se refiere a pacientes en quienes el tratamiento AMIGO-2 es un método aceptable del tratamiento, es decir, pacientes quienes probablemente respondan de manera positiva. En algunas modalidades, los pacientes con cáncer, susceptibles a terapia de AMIGO-2 expresa niveles altos de AMIGO-2 en relación a aquellos pacientes quienes no son susceptibles a terapia de AMIGO-2. En algunas modalidades, los pacientes con cáncer los cuales no son buenos candidatos para terapia de AMIGO-2 incluyen pacientes con cáncer con muestras de tumor que carecen o que tienen niveles menores de AMIGO-2 en o sobre sus células cancerígenas. En algunas modalidades, los pacientes que tienen una proporción mayor de AMIGO-2 localizado en la membrana celular, en comparación con AMIGO-2 localizado en otras áreas de las células cancerígenas indican que los pacientes son más susceptibles a la terapia de AMIGO-2 que aquellos con una proporción menor de AMIGO-2 localizado en membrana, en comparación con AMIGO-2 que no se localiza en la membrana celular. En algunas modalidades, una proporción de AMIGO-2 localizada en la membrana celular en comparación con AMIGO-2 localizado en otras áreas de células cancerígenas que no incluyen la membrana celular, de por lo menos 2:1, indica que los pacientes tienen un cáncer relacionado con AMIGO-2 y
- li ¬
es susceptible a la terapia de AMIGO-2. En algunas modalidades, la proporción de AMIGO-2 localizado en la membrana celular en comparación con AMIGO-2 localizado en otras áreas de las células cancerígenas que no incluyen a la membrana celular de por lo menos 3:1 indica que el paciente presenta un cáncer relacionado con AMIGO-2 y es susceptible a terapia de AMIGO-2. Como se utiliza en la presente, el término "detectar" significa establecer, descubrir o determinar pruebas de una actividad (por ejemplo expresión de genes) o biomolécula (por ejemplo un polipéptido) . Un polipéptido de "secuencia nativa" es aquel que tiene la misma secuencia de aminoácidos que el polipéptido derivado de la naturaleza. Los polipéptidos de secuencia nativa se pueden aislar de la naturaleza o se pueden producir por medios recombinantes o sintéticos. De esta manera, un polipéptido de secuencia nativa puede tener la secuencia de aminoácidos de un polipéptido humano como se encuentra de manera natural, un polipéptido murino o un polipéptido de cualquier otra especie de mamífero. El término "variante de secuencia de aminoácidos" se refiere a polipéptidos que tienen secuencias de aminoácidos que difieren en cierta medida de un polipéptido de secuencia nativa. Habitualmente, las variantes de secuencia de aminoácidos poseerán por lo menos aproximadamente "70%, por lo
menos aproximadamente 80% de homología o por lo menos aproximadamente 90% de homología con por lo menos un dominio de unión de receptor de un ligando nativo o con por lo menos un dominio de unión de ligando de un receptor nativo o dominio de unión de ligando de los mismos. Las variantes de secuencia de aminoácidos poseen sustituciones, supresiones y/o inserciones en ciertas posiciones dentro de la secuencia de aminoácidos de la secuencia de aminoácidos nativa. Como se utiliza en la presente, la frase "secuencia nucleotídica homologa" o "secuencia homologa de aminoácidos" o variaciones de las mismas se refieren a secuencias caracterizadas por una homología, a nivel nucleotídico o a nivel de aminoácidos, de por lo menos un porcentaje especificado y se utilizan de manera intercambiable con "identidad de secuencia". Las secuencias nucleotídicas homologas incluyen aquellas secuencias que codifican para isoformas de proteínas. Las isoformas se pueden expresar en tejidos diferentes del mismo organismo como resultado, por ejemplo, de empalme alternativo de ARN. De manera alternativa, las isoformas pueden ser codificadas por genes diferentes. Las secuencias nucleotídicas homologas incluyen secuencias nucleotídicas que codifican para una proteína de una especie diferente a la de los humanos que incluye, pero que no se limita a mamíferos. Las secuencias nucleotídicas homologas también incluyen, pero no se limitan a variaciones alélicas y
mutaciones que se presentan de manera natural de las secuencias nucleotidicas que se establecen en la presente. Las secuencias homologas de aminoácidos incluyen aquellas secuencias de aminoácidos las cuales contienen un máximo de 50 (por ejemplo un máximo de uno, dos, tres, cuatro, cinco, seis, siete, ocho, nueve, diez, 12, 15, 20, 25, 30, 35, 40 ó 50) sustituciones conservadoras de aminoácidos y polipéptidos los cuales retienen por lo menos 25% (por ejemplo, por lo menos 25%, por lo menos 30%, por lo menos 35%, por lo menos 40%, por lo menos 50%, por lo menos 55%, por lo menos 60%, por lo menos 70%, por lo menos 80%, por lo menos 95%, por lo menos 98%, por lo menos 99%, por lo menos 99.5% o 100% o más) de capacidad de unión y/o actividad del polipéptido nativo. Las sustituciones conservadoras típicamente incluyen sustituciones dentro de los siguientes grupos: glicina y alanina, valina, isoleucina y leucina; ácido aspártico y ácido glutámico; asparagina, glutamina, serina y treonina; lisina, histidina y arginina; y fenilalanina y tirosina. Las secuencias de aminoácidos homólogos pueden incluir variantes por supresión de las secuencias de aminoácidos que carecen de uno, dos, tres, cuatro, cinco, seis, siete, ocho, nueve, diez, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 ó 20 segmentos de aminoácidos (de dos o más aminoácidos) o aminoácidos solos no contiguos. En algunas modalidades, las secuencias de
aminoácidos homólogos pueden contener inserciones de uno o más (por ejemplo, uno, dos, tres, cuatro, cinco, seis, siete, ocho, nueve, diez, 11, 12, 13, 14, 15, 20 o más de 20) aminoácidos . En algunas modalidades, las secuencias de aminoácidos homologas pueden contener sustituciones, inserciones y/o supresiones conservadoras. El porcentaje de homología o identidad se puede determinar, por ejemplo, con el programa Gap ( isconsin Sequence Analysis Package, Versión 8 for UNIX, Genetics Computer Group, University Research Park, Madiwon WI) , utilizando ajustes implícitos los cuales utilizan el algoritmo de Smith y Waterman (Adv. Appl . Math., 1981, 2, 482-489). En algunas modalidades, la homología entre la sonda y el objetivo está entre aproximadamente 50% y aproximadamente 60%. En algunas modalidades, los ácidos nucleicos tienen nucleótidos que son aproximadamente 70%, aproximadamente 80%, aproximadamente 85%, aproximadamente 90%, aproximadamente 92%, aproximadamente 94%, aproximadamente 95%, aproximadamente 97%, aproximadamente 98%, aproximadamente 99% y aproximadamente 100% homólogo a la SEC ID NO: 1 o una porción de la misma. En algunas modalidades, los homólogos tienen la misma actividad que la SEC ID NO: 1. En algunas modalidades, los homólogos comparten el mismo perfil de expresión que la SEC ID NO: 1. La homología también puede ser a nivel
polipeptidico . En algunas modalidades, los polipéptidos son aproximadamente 60%, aproximadamente 70%, aproximadamente 80%, aproximadamente 85%, aproximadamente 90%, aproximadamente 92%, aproximadamente 94%, aproximadamente 95%, aproximadamente 97%, aproximadamente 98%, aproximadamente 99% y aproximadamente 100% homólogos a la SEC ID NO: 2 o una porción de la misma. En algunas modalidades los homólogos tienen la misma actividad que la SEC ID NO: 2. En algunas modalidades los homólogos comparten el mismo perfil de expresión que la SEC ID NO: 2. Como se utiliza en la presente, el término "sonda" se refiere a secuencias de ácido nucleico de longitud variable. En algunas modalidades, las sondas comprenden por lo menos aproximadamente 10 nucleótidos y tantos como aproximadamente 6,000 nucleótidos. En algunas modalidades las sondas comprenden por lo menos 12, por lo menos 14, por lo menos 16, por lo menos 18, por lo menos 20, por lo menos 25, por lo menos 50 o por lo menos 75 nucleótidos consecutivos. Las sondas que se utilizan en la detección de secuencias de ácido nucleico idénticas, similares o complementarias. Las sondas de mayor longitud habitualmente se obtienen de fuentes naturales o recombinantes , son altamente especificas para la secuencia objetivo y son mucho más lentas de hibridizar con el objetivo en comparación con los oligómeros. Las sondas pueden ser de cadena sencilla o doble y se diseñan para tener especificidad en PCR, hibridación basada en membrana,
hibridación in situ (ISH, por sus siglas en inglés), hibridación in situ fluorescente (FISH, por sus siglas en inglés) o tecnologías similares a ELISA. Como se utiliza en la presente, el término "mezclado" se refiere al procedimiento de combinar uno o más compuestos, células, moléculas y similares juntas en la misma área. Esto se puede realizar, por ejemplo, en un tubo de ensayo, caja de petri o cualquier recipiente que permite que se mezclen uno o más compuestos, células o moléculas. Como se utiliza en la presente, el término "aislado" se refiere a un polinucleótido, un polipéptido, un anticuerpo o una célula hospedadora que está en un ambiente diferente a aquel en el que se encuentra de manera natural el polinucleótido, polipéptido o el anticuerpo. Los métodos de aislamiento de células son bien conocidos por aquellos expertos en la técnica. Un polinucleótido, un polipéptido o un anticuerpo el cual se aisla generalmente sin purificar sustancialmente . Como se utiliza en la presente, el término "sustancialmente purificado" se refiere a un compuesto (por ejemplo ya sea un polinucleótido o un polipéptido o un anticuerpo) que se separa de su ambiente natural y está por lo menos 60% libre, por lo menos 75% libre y por lo menos 90% libre de los otros componentes con los cuales se asocia de manera natural.
Como se utiliza en la presente, el término "unión" significa la interacción física o química entre dos o más biomoléculas o compuestos. La unión incluye enlaces iónicos, no iónicos, de hidrógeno, interacciones de Van der Waals o hidrofóbicas , etc. La unión puede ser directa o indirecta; la indirecta es a través o debido a los efectos de otra biomolécula o compuesto. La unión directa se refiere a interacciones que no se llevan a cabo a través o debido al efecto de otra molécula o compuesto, en vez de esto, son sin otros intermediarios químicos sustanciales. Como se utiliza en la presente, el término "poner en contacto" significa unir, directa o indirectamente, una molécula en proximidad física con una segunda molécula. La molécula puede estar en cualquier cantidad de amortiguadores, sales, soluciones, etc. El término "poner en contacto" incluye, por ejemplo, colocar un polinucléotido en un vaso de precipitado, una placa de microtitulación, un matraz de cultivo celular o un microarreglo o similar el cual contiene una molécula de ácido nucleico. Poner en contacto también incluye, por ejemplo, colocar un anticuerpo en un vaso de precipitados, una placa de microtitulación, un matraz de cultivo celular o un microarreglo similar, el cual contiene el polipéptido. Poner en contacto también se puede llevar a cabo in vivo, ex vivo o in vitro. Como se utiliza en la presente, la frase
"condiciones rigurosas de hibridación" o "condiciones rigurosas" se refiere a condiciones bajo las cuales una sonda, cebador u oligonucleótido hibridizará con su secuencia objetivo, pero con un número mínimo de otras secuencias. Las condiciones rigurosas dependen de la secuencia y serán diferentes en diferentes circunstancias. Las secuencias más largas hibridizarán con especificidad por los complementos apropiados a temperaturas más elevadas. Generalmente, las condiciones más rigurosas se seleccionan para que sean aproximadamente 5°C inferiores que el punto de fusión térmico (Tm) para la secuencia, específica a una fuerza iónica y pH definidos. La Tm es la temperatura (bajo fuerza iónica, pH y concentración de ácido nucleico definido) a los cuales 50% de las sondas complementarias con la secuencia objetivo hibridizan con la secuencia objetivo al equilibrio. Dado que las secuencias objetivo generalmente están presentes en exceso, a Tm, 50% de las sondas hibridizarán con sus complementos al equilibrio, típicamente, las condiciones rigurosas serán aquellas en las cuales la concentración salina es menor de aproximadamente 1.0 M de ión sodio, típicamente de aproximadamente 0.01 a 1.0 M-sodio (u otras sales) a pH 7.0 a 8.3 y la temperatura es de por lo menos aproximadamente 30°C para sondas, cebadores u oligonucleótidos cortos (por ejemplo 10 a 50 nucléotidos) y de por lo menos aproximadamente 60°C para sondas, cebadores u oligonucleótidos más largos. Las
condiciones rigurosas también se pueden obtener con la adición de agentes desestabilizantes tales como formamida. Como se utiliza en la presente, el término "condiciones de rigurosidad moderada" se refiere a condiciones bajo las cuales una sonda, cebador u oligonucleótido hibridizarán con su secuencia objetivo, pero con un número limitado de otras secuencias. Las condiciones moderadas dependen de la secuencia y serán diferentes en circunstancias diferentes. Las condiciones moderadas son bien conocidas por los expertos en la técnica y se describen por ejemplo, en Maniatis et al. (Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory; 2a Edición (Diciembre 1989)). Las composiciones de ácido nucleico descritas en la presente se pueden utilizar, por ejemplo, para producir polipéptidos , como sondas para la detección de ARNm en muestras biológicas (por ejemplo extractos de células humanas) o ADNc producido a partir de las muestras, para generar copias adicionales de los polinucleótidos, para generar ribosimas u oligonucleótidos (de cadena sencilla y doble) y como sondas de ADN de cadena sencilla o como oligonucleótidos formadores de cadenas triples. Las sondas descritas en la presente se pueden utilizar, por ejemplo, para determinar la presencia o ausencia de polinucleótidos proporcionados en la presente en una muestra. Los polipéptidos se pueden utilizar para generar anticuerpos específicos para un polipéptido asociado con
cáncer, anticuerpos los cuales a su vez son útiles en métodos de diagnóstico, métodos de pronóstico y similares, como se describe con mayor detalle en la presente. Los polipéptidos también son útiles como objetivos para intervención terapéutica, como se describe con mayor detalle en la presente. Los anticuerpos de la presente invención también se pueden utilizar, por ejemplo, para purificar, detectar y dirigir los polipéptidos de la presente invención, que incluyen métodos de diagnótico y terapéuticos in vitro e in vivo. Por ejemplo, los anticuerpos son útiles en inmunoensayo para medir cualitativa y cuantitativamente los niveles de los polipéptidos de la presente invención en muestras biológicas. Véase, por ejemplo Harlow et al., Antibodies: A Laboratory Manual (Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2a ed. 1988) . Estos y otros sucesos se describen con mayor detalle en lo siguiente . Como se utiliza en la presente, el término "agente generador de imagen" se refiere a una composición unida a un anticuerpo, molécula pequeña o sonda de la invención que se puede detectar utilizando técnicas conocidas por los expertos en la técnica. Como se utiliza en la presente, el término "prueba de expresión de genes" se refiere a cualquier signo mensurable de que se expresa un gen. El término "portador farmacéuticamente aceptable" se refiere a un portador para administración de un agente
terapéutico tales como anticuerpos o un polipéptido, genes y otros agentes terapéuticos. El término se refiere a cualquier portador farmacéutico que en si mismo no induce a la producción de anticuerpos dañinos al individuo que recibe la composición y los cuales se pueden administrar sin toxicidad indebida. Los portadores adecuados pueden ser macromoléculas grandes, metabolizadas lentamente tales como proteínas, polisacáridos , ácidos polilácticos , ácidos poliglicólicos , aminoácidos poliméricos, copolímeros de aminoácidos, agregados lipidíeos y partículas de virus inactivos. Los portadores son bien conocidos por aquellos habitualmente expertos en la técnica. Los portadores farmacéuticamente aceptables en composiciones terapéuticas pueden incluir líquidos tales como agua, solución salina, glicerol y etanol. También pueden estar presentes en los vehículos sustancias auxiliares tales como agentes humectantes o emulsificantes , sustancias amortiguadoras de pH y similares. Los ejemplos específicos de cánceres que se pueden tratar por los métodos y composiciones de la presente invención incluyen pero no se limitan a cánceres asociados a A IGO-2. Como se utiliza en la presente, el término "cáncer asociado a AMIGO-2" se refiere a un cáncer caracterizado por células que expresan de manera diferencial AMIGO-2 en relación a células no cancerígenas. La presente invención también es aplicable a cualquier tipo de célula tumoral en donde AMIGO-2
juegue un papel en la estabilidad cromosómica, actividad de cinasa, tumorigenicidad, metástasis, señalización, adhesión celular, apoptosis, fosforilación de sustrato, crecimiento celular, formación de tumores, producción de ciclina, proliferación celular, regulación de ciclo celular, crecimiento de células cancerígenas, supervivencia de células cancerígenas, crecimiento independiente de anclaje y angiogénesis , desplazamiento celular, interacción célula-célula, entre otros. En algunas modalidades, el cáncer es cáncer de pulmón, vejiga, riñon, colon, mama, útero, ovario o páncreas, o metástasis cancerígena. En algunas modalidades, el cáncer es cáncer de pulmón o colon. En algunas modalidades, el cáncer es un cáncer diferente de cáncer gástrico. En algunas modalidades, los cánceres muestran expresión diferencial de AMIGO-2 de por lo menos aproximadamente 25%, por lo menos aproximadamente 50%, por lo menos aproximadamente 75%, por lo menos aproximadamente 100%, por lo menos aproximadamente 150%, por lo menos aproximadamente 200% o por lo menos aproximadamente 300% en comparación con un control. La presente invención proporciona métodos y composiciones que proporcionan el tratamiento, inhibición y administración de enfermedades y trastornos relacionados con sobreexpresión de AMIGO-2 así como el tratamiento, inhibición y administración de síntomas de las enfermedades y trastornos.
Algunas modalidades de la invención se relacionan con métodos y composiciones que comprenden composiciones que tratan, inhiben o administran el cáncer que incluyen, sin limitación metástasis cancerígena, supervivencia de células cancerígenas, proliferación de células cancerígenas, crecimiento de células cancerígenas, regulación del ciclo celular, angiogénesis e invasividad de células cancerígenas. La presente invención proporciona además métodos que incluyen otros ingredientes activos en combinación con los moduladores de A IGO-2 de la presente invención. En algunas modalidades los métodos comprenden además administrar una o más sustancias terapéuticas convencionales contra el cáncer al paciente. En algunas modalidades, los métodos de la presente invención comprenden además tratar al paciente con uno o más de quimioterapia, radioterapia o cirugía. La presente invención también proporciona métodos y composiciones para el tratamiento, inhibición y administración de cáncer u otro trastorno o enfermedad de células hiperproliferativas que se vuelva parcial o completamente refractario al tratamiento actual de o estándar contra el cáncer, tal como cirugía, quimioterapia, radioterapia, terapia hormonal y terapia biológica. La invención también proporciona método de diagnóstico y/o generación de imágenes que utilizan moduladores de AMIGO-2 de la invención, particularmente
anticuerpos AMIGO-2, para diagnosticar cáncer y/o predecir el progreso del cáncer. En algunas modalidades, los métodos de la invención proporcionan métodos para la generación de imágenes y localización de tumores y/o metástasis y métodos de diagnóstico y pronóstico. En algunas modalidades, los métodos de la invención proporcionan métodos para evaluar lo apropiado y/o eficaz del tratamiento relacionado con AMIGO-2. Moduladores de AMIGO-2 La presente invención proporciona moduladores de AMIGO-2, por ejemplo, para el tratamiento, diagnóstico, detección o generación de imágenes de cáncer. Los moduladores de AMIGO-2 también son útiles en la preparación de medicamentos para el tratamiento de cáncer. En algunas modalidades, el modulador de AMIGO-2 es un inhibidor de AMIGO-2. En algunas modalidades, el modulador de AMIGO-2 es un nucleótido, una molécula pequeña, un mimético, un señuelo o un anticuerpo. En algunas modalidades, el modulador de AMIGO-2 es un ARN de cadena doble (ARNcd) aislado; un oligonucleótido aislado que comprende por lo menos 10 nucleótidos consecutivos de una secuencia que se selecciona del grupo que consiste de las SEC. ID. NO: 7-16; un anticuerpo que une un epitopo en un dominio de AMIGO-2 que se selecciona del grupo que consiste del péptido señal, el dominio LRRNT, dominio LRR1, dominio LRR2, dominio LRR3, dominio LRR4, dominio LRR5, dominio LRR6,
dominio LRRCT, dominio Ig V-set y dominio Ig; una molécula pequeña; un mimético; un receptor soluble o un señuelo. En algunas modalidades, un anticuerpo que se une a un epitopo en un dominio de AMIGO-2 no se une de manera especifica a un polipéptido diferente de AMIGO-2. Por ejemplo, en algunas modalidades, el fragmento de anticuerpo no se une específicamente a AMIGO-1 o AMIGO-3. En algunas modalidades, el modulador de AMIGO-2 inhibe la actividad de AMIGO-2 en por lo menos 25%, 50%, 75%, 80%, 90%, 97%, 98%, 98%, 99% ó 100%, en comparación con un control. En algunas modalidades, el modulador de AMIGO-2 inhibe la expresión de LIV-1 en por lo menos 25%, 50%, 75%, 80%, 90%, 95%, 97%, 98%, 99% ó 100%, en comparación con un control . Anticuerpos En algunas modalidades, el modulador de AMIGO-2 es un anticuerpo monoclonal, un anticuerpo policlonal, un anticuerpo quimérico, un anticuerpo humano, un anticuerpo humanizado, un anticuerpo de cadena sencilla o un fragmento Fab. El anticuerpo o fragmento Fab puede estar marcado, por ejemplo, con una enzima, radioisótopo o fluoróforo. En algunas modalidades, el anticuerpo o fragmento Fab no se une específicamente a un polipéptido diferente de AMIGO-2. Por ejemplo, en algunas modalidades, el anticuerpo o fragmento Fab no se une específicamente a AMIGO-1 o AMIGO-3. En algunas
modalidades, el anticuerpo o fragmento Fab tiene una afinidad de unión menor de aproximadamente 1 x 105 Ka para un polipéptido diferente de AMIGO-2. En algunas modalidades, el modulador de AMIGO-2 es un anticuerpo monoclonal el cual se une a AMIGO-2 con una afinidad de por lo menos 1 x 108 Ka. La invención también proporciona anticuerpos que inhiben competitivamente la unión de un anticuerpo a un epitopo de la invención, como se determina por cualquier método conocido en la técnica para determinar unión competitiva utilizando, por ejemplo, inmunoensayo . En algunas modalidades, el anticuerpo inhibe competitivamente la unión al epitopo en por lo menos 95%, por lo menos 90%, por lo menos 85%, por lo menos 80%, por lo menos 75%, por lo menos 70%, por lo menos 60% o por lo menos 50%. En algunas modalidades, el anticuerpo es un anticuerpo humanizado. Los anticuerpos humanizados se pueden obtener por una diversidad de métodos que incluyen, por ejemplo: (1) injertado de regiones determinadores de complementariedad (CDR, por sus siglas en inglés) no humanas en una infraestructura y región constante humana (un procedimiento denominado en la técnica como "humanización") o, de manera alternativa, (2) transplante de la totalidad de los dominios variables no humanos pero "escondiéndolos" con una superficie similar a la humana por sustitución de residuos en la superficie (un procedimiento denominado en la técnica como
"revestimiento") . En la presente invención, los anticuerpos humanizados incluirán anticuerpos "humanizados" y "revestidos". De manera similar, los anticuerpos humanos se pueden elaborar al introducir los loci de inmunoglobulina humana en animales transgénicos , por ejemplo ratones en los cuales los genes para inmunoglobulina endógena se han inactivado parcial o completamente. Ante exposición, se observa producción de anticuerpos humanos la cual recuerda estrechamente a la que se observa en humanos en todos los aspectos que incluyen rearreglo de genes, ensamblado y repertorio de anticuerpos. Este enfoque se describe, por ejemplo, en las Patentes de E.U.A. Nos. 5,545,807; 5,545,806; 5,569,825; 5,625,126; 5,633,425; 5,661,016 y en las siguientes publicaciones científicas: Marks et al., Bio/Technology 10, 779-783 (1992); Lonberg et al., Nature 368 856-859 (1994); Morrison, Nature 368, 812-13 (1994); Fishwild et al., Nature Biotechnology 14, 845-51 (1996); Neuberger, Nature Biotechnology 14, 826 (1996); Lonberg and Huszar, Intern. Rev . Immunol. 13 65-93 (1995); Jones et al., Nature 321:522-525 (1986); Morrison et al., Proc. Nati. Acad. Sci, U.S. A., 81:6851-6855 (1984); Morrison and Oi, Adv. Immunol., 44:65-92 (1988); Verhoeyer et al., Science 239:1534-1536 (1988); Padlan, Molec. Immun. 28:489-498 (1991); Padlan, Molec. Immunol. 31 ( 3 ) : 169-217 (1994); y Kettleborough, C.A. et al., Protein Eng. 4(7):773-83 (1991) cada una de las cuales se
incorpora en la presente como referencia. Los anticuerpos en la presente invención pueden funcionar a través de mecanismos diferentes. En algunas modalidades los anticuerpos activan citotoxicidad celular dependiente de anticuerpo (ADCC) un ataque litico sobre células que son el objetivo de los anticuerpos. En algunas modalidades los anticuerpos tienen funciones terapéuticas múltiples que incluyen, por ejemplo, unión de antigeno, inducción de apoptosis y citotoxicidad celular dependiente de complemento (CDC) . En algunas modalidades el anticuerpo se conjuga a una toxina o radionúclido . En algunas modalidades, los anticuerpos de la presente invención pueden actuar como antagonistas de AMIGO-2. Por ejemplo, en algunas modalidades, la presente invención proporciona anticuerpos que rompen las interacciones receptor/ligando con los polipéptidos de la invención ya sea de manera parcial o completa. En algunas modalidades, los anticuerpos de la presente invención unen en epitopo descrito en la presente o una porción del mismo. En algunas modalidades, se proporcionan anticuerpos que modulan la actividad de ligando o la actividad de receptor en por lo menos 95%, por lo menos 90, por lo menos 85, por lo menos 80, por lo menos 75, por lo menos 70, por lo menos 60 o por lo menos 50% en comparación con la actividad en ausencia del anticuerpo.
En algunas modalidades, la presente invención proporciona anticuerpos neutralizantes. Un anticuerpo neutralizante se une a un agente infeccioso, tal como un virus o una bacteria, tal como un virus o una bacteria asociada con cáncer (por ejemplo un virus de polioma JC, virus Epstein-Bar o Helicobacter pylori) . En algunas modalidades, los anticuerpos neutralizantes pueden actuar eficazmente como antagonistas de receptor, es decir, inhiben la totalidad o un subconjunto de las actividades biológicas de la activación de receptor mediada por ligando. En algunas modalidades los anticuerpos se pueden especificar como agonistas, antagonistas o agonistas inversos para actividades biológicas que comprenden las actividades biológicas especificas de los péptidos de la invención descritos en la presente. En algunas modalidades, los anticuerpos inhiben una o más de las actividades de A IGO-2 que se seleccionan del grupo que consiste de estabilidad cromosómica, actividad de cinasa, tumorigenicidad, metástasis, señalización, adhesión celular, apoptosis celular, fosforilación de sustrato, crecimiento de células cancerígenas, formación de tumor, producción de ciclina, proliferación celular, progreso a través del ciclo celular (por ejemplo progreso en la etapa G2/M del ciclo celular) , crecimiento independiente de anclaje, localización de proteína AMIGO-2 a la membrana celular, interacciones entre AMIGO-2 y uno o ambos de AMIGO-1 o AMIGO-3
y angiogénesis , entre otros. En algunas modalidades, los anticuerpos de AMIGO-2 inhiben las vías de crecimiento y supervivencia, tales como aquellas mediadas por EGFR activado y ß-catenina. En algunas modalidades, los anticuerpos de A IGO-2 inhiben (por ejemplo inhiben la expresión de ARNm o proteinico) de uno o más de ciclinas DI, ciclina Bl, c-Myc, c-Jun, FosLl, cinasa regulada por señal extracelular (ERK) ; factor de crecimiento endotelial vascular (VEGF) , urocinasa y poli (ADP-ribosa) polimerasa 1 (PARP1). La regulación de VEGF y urocinasa también indica un papel de AMIGO-2 en angiogénesis. En algunas modalidades, los anticuerpos de AMIGO-2 modulan la movilidad de células cancerígenas y afectan la metástasis de cáncer. En algunas modalidades, los anticuerpos de AMIGO-2 regulan los genes tempranos inmediatos y las vías que comprenden a los genes tempranos inmediatos. Por ejemplo, los anticuerpos de AMIGO-2 regulan uno o más de cFosLl, E2F1, ELKl , JNK, MEKK, SAPK1 p38, ciclina D, c-Jun, c-fos, c-myc, JE, KC, junB y BTG2 y vías relacionadas. Los anticuerpos de la presente invención se pueden utilizar solos o combinados con otras composiciones. Los anticuerpos pueden además estar fusionados de manera recombinante a un polipéptido heterologo en la parte N o C o pueden estar conjugados químicamente (que incluyen conjugaciones covalentes y no covalentes) a polipéptidos u
otras composiciones. Por ejemplo, los anticuerpos de la presente invención se pueden fusionar de manera recombinante o se pueden conjugar a moléculas útiles como marcas en ensayo de detección y moléculas efectoras tales como polipéptidos heterólogos, medicamentos, radionúclidos o toxinas. Véanse, por ejemplo, las publicaciones PCT WO 92/08495; WO 91/14438; O 89/12624; la Patente de E.U.A. No. 5,314,995; y el documento EP 396,387. Además de los anticuerpos quiméricos y humanizados, se pueden derivar anticuerpos completamente humanos a partir de ratones transgénicos que tengan genes para inmunoglobulina humana (véanse, por ejemplo, las Patentes de E.U.A. Nos. 6,075,181, 6,091,001 y 6,114,598, la totalidad de las cuales se incorporan en la presente como referencia) , o a partir de bibliotecas de presentación de fago de genes de inmunoglobulina humana (véanse, por ejemplo, McCafferty et al., Nature, 348:552-554 (1990). Claxon et al., Nature, 352:624-628 (1991) y Marks et al., J. Mol. Biol., 222:581-597 (1991)). En algunas modalidades, se pueden producir e identificar anticuerpos por bibliotecas de presentación de scFv-fago. La tecnología de presentación de fagos por anticuerpos está disponible de fuentes comerciales tales como Morphosys . Los anticuerpos monoclonales se pueden preparar utilizando el método de Kohler et al. (1975) Nature 256:495-
496) o una modificación del mismo. Típicamente se inmuniza a un ratón con una solución que contiene un antígeno. La inmunización se puede llevar a cabo al mezclar o emulsificar la solución que contiene antígeno en solución salina, en algunas modalidades en un adyuvante tal como adyuvante completo de Freund e inyectar la mezcla o emulsión parenteralmente. Cualquier método de inmunización conocido en la técnica se puede utilizar para obtener los anticuerpos monoclonales de la invención. Después de la inmunización del animal se extirpa el bazo (y opcionalmente varios nodulos linfáticos grandes) y se disocian en células solas. Las células del bazo después se pueden cribar al aplicar una suspensión celular a una placa o pozo recubierto con el antígeno de interés. Los linfocitos B que expresan inmunoglobulina unida a membrana específica para el antígeno se unen a la placa y no se eliminan por enjuagado. Los linfocitos B resultantes, o la totalidad de las células de bazo disociadas después se inducen para fusionarse con células de mieloma para formar hibridomas y se cultivan en un medio selectivo. Las células resultantes se colocan en placas por dilución seriada o limitante y se analizan para la producción de anticuerpos que se unen específicamente al antígeno de interés (y que no se unen a antígenos no relacionados) . Los hibridomas secretantes de anticuerpos monoclonales (mAb, por sus siglas en inglés) seleccionados después se cultivan ya sea
in vitro (por ejemplo en frascos de cultivo de tejido o reactores de fibra hueca) o in vivo (por ejemplo como ascitis en ratones) . Como una alternativa al uso de hibridomas para expresión, los anticuerpos se pueden producir en una linea celular tal como una linea celular CHO o de mieloma, como se describe en las patentes de E.U.A. Nos. 5,545,403; 5,545,405; y 5,998,144; cada una incorporada en la presente como referencia. Brevemente, la linea celular se transfecta con vectores capaces de expresar una cadena ligera y una cadena pesada, respectivamente. Al transfectar las dos proteínas en vectores separados se pueden producir anticuerpos quiméricos. Immunol. 147:8; Banchereau et al. (1991) Clin. Immunol. Spectrum 3:8; y Banchereau et al. (1991) Science 251:70; la totalidad de las cuales se incorporan en la presente como referencia . Los anticuerpos humanos también se pueden producir utilizando técnicas conocidas en el arte, que incluyen bibliotecas de presentación de fago (Hoogenboom and Winter, J. Mol., 227:381 (1991); Marks et al., J. Mol. Biol., 222:581 (1991)). Las técnicas de Colé et al y Boerner et al. también están disponibles para la preparación de anticuerpos monoclonales humanos (Colé et al., Monoclonal Antibodies and Cáncer Therapy, Alan R. Liss, p. 77 (1985) y Boerner et al., J. Immunol., 147(1): 86 95 (1991)). Los anticuerpos humanizados
se pueden generar por una diversidad de métodos que incluyen, por ejemplo: (1) injertado de regiones determinadoras de complementaridad (CDR) no humanas en una infraestructura y región constante humana (un procedimiento denominado en la técnica como "humanización"), o de manera alternativa, (2) transplante de los dominios variables no humanos completos, pero "escondiéndolos" con una superficie similar a humana por sustitución de los residuos de superficie (un procedimiento denominado en la técnica como "revestimiento"). En la presente invención, los anticuerpos humanizados incluirán anticuerpos "humanizados" y "revestido". De manera similar, se pueden elaborar anticuerpos humanos al introducir los loci de inmunoglobulina humana en animales transgénicos , por ejemplo ratones en los cuales los genes para inmunoglobulina endógena se han inactivado parcial o completamente. Ante exposición, se observa producción de anticuerpo humano, la cual recuerda estrechamente a la que se observa en los humanos en todos los aspectos, que incluye rearreglo de genes, ensamblado y repertorio de anticuerpos. Este enfoque se describe, por ejemplo, en las Patentes de E.U.A. Nos. 5,545,807; 5,545,806; 5,569,825; 5,625,126; 5,633,425; 5,661,016 y en las siguientes publicaciones científicas: Marks et al., Bio/Technology 10, 779 783 (1992); Lonberg et al., Nature 368 856 859 (1994); Morrison, Nature 368, 812 13 (1994); Fishwild et al., Nature Biotechnology 14, 845 51 (1996); Neuberger, Nature
Biotechnology 14, 826 (1996) ; Lonberg and Huszar, Intern. Rev. Immunol. 13 65 93 (1995); Jones et al., Nature 321:522-525 (1986); Morrison et al., Proc. Nati. Acad. Sci, U.S.A., 81:6851-6855 (1984); Morrison and Oi, Adv. Immunol., 44:65-92 (1988); Verhoeyer et al., Science 239:1534-1536 (1988); Padlan, Molec. Immun. 28:489-498 (1991); Padlan, Molec. Immunol. 31 (3) : 169-217 (1994); y Kettleborough, C.A. et al., Protein Eng . 4(7):773-83 (1991) cada una de las cuales se incorpora en la presente como referencia. Los anticuerpos completamente humanizados se pueden identificar en ensayo de cribado utilizando recursos comerciales tales como Morphosys (Martinsried/Planegg, Alemania) . Los anticuerpos humanos también se pueden producir utilizando animales transgénicos que se manipulan para contener los loci de inmunoglobulina humana. Por ejemplo, el documento WO 98/24893 describe animales transgénicos que tienen un locus para Ig humano en donde los animales no producen inmunoglobulinas endógenas funcionales debido a la inactivación de los loci endógenos de cadena pesada y ligera. El documento WO 91/10741 también describe hospedadores mamíferos no primates transgénicos capaces de montar una respuesta inmunitaria a un inmunógeno en donde los anticuerpos tienen regiones constantes y/o variables de primate, y en donde los loci que codifican para inmunoglobulina endógena
están sustituidos o inactivados. El documento O 96/30498 describe el uso del sistema Cre/Lox para modificar el locus de inmunoglobulina en un mamífero de manera que sustituye la totalidad o una porción de la región constante o variable para conformar una molécula de anticuerpo modificada. El documento WO 94/02602 describe hospedadores de mamífero no humanos que tienen los loci para Ig endógenos inactivados y los loci de Ig humanos funcionales. La Patente de E.U.A. No. 5,939,598 describe métodos de elaboración de ratones transgénicos en los cuales los ratones carecen de cadenas pesadas endógenas y expresan un locus de inmunoglobulina exógeno que comprende una o más regiones constantes xenogeneicas . Los anticuerpos de la presente invención también se pueden producir utilizando técnicas de manipulación humana como se describe en las Patentes de E.U.A. 5,766, 886, la cual se incorpora en la presente como referencia. Utilizando un animal transgénico descrito en lo anterior, se puede producir una respuesta inmunitaria a una molécula antigénica seleccionada y las células productoras de anticuerpos se pueden separar del animal y se pueden utilizar para producir hibridomas que secreten anticuerpos monoclonales humanos. Los protocolos de inmunización, adyuvantes y similares se conocen en la técnica y se utilizan en la inmunización, por ejemplo, de un ratón transgénico como se describe en el documento WO 96/33735. Los anticuerpos
monoclonales se pueden probar para determinar su capacidad para inhibir o neutralizar la actividad biológica o el efecto fisiológico de la proteina correspondiente. Los anticuerpos de la presente invención se pueden se pueden administrar a un sujeto por medio de transferencia de genes de anticuerpo terapéutico in vivo como se describe por Fang et al. (2005). Nat . Biotechnol . 23, 584-590. Por ejemplo, se pueden generar vectores recombinantes para suministrar un cásete de expresión multicistrónico que comprende un péptido que media la separación propia cotraduccional , independiente de la enzima de polipéptidos colocados entre las secuencias que codifican para la cadena pesada y ligera de MAb. La expresión genera cantidades estequiométricas de ambas cadenas MAb. En algunas modalidades, el péptido que media la separación propia cotraduccional independiente de la enzima es el péptido 2A derivado de la enfermedad glosopeda. Los fragmentos de anticuerpos son adecuados para uso en los métodos de la invención en la medida en que retengan la afinidad deseada del anticuerpo de longitud completa. De esta manera, un fragmento de un anticuerpo anti-AMIGO-2 retendrá la capacidad para unirse a AMIGO-2. los fragmentos se caracterizan por propiedades similares al anticuerpo anti-AMIGO-2 de longitud completa correspondiente es decir, los fragmentos se unirán específicamente con un antígeno AMIGO-2
humano expresado en la superficie de una célula humana. En algunas modalidades, los anticuerpos se unen específicamente a uno o más epítopos en un dominio extracelular de AMIGO-2. En algunas modalidades, los anticuerpos modulan una o más actividades biológicas relacionadas con AMIGO-2. En algunas modalidades, los anticuerpos inhiben una o más de la actividad de cinasas, tumorigenicidad, metástasis, señalización de AMIGO-2, adhesión celular mediada por AMIGO-2, apoptosis de células cancerígenas, fosforilación de ERK, crecimiento celular, formación de tumores, producción de ciclina, proliferación celular, progreso a través del ciclo celular, crecimiento independiente de anclaje, localización de la proteína AMIGO-2 a la membrana celular, interacciones entre AMIGO-2 y uno o ambos de AMIGO-1 o AMIGO-3 y angiogénesis , entre otros. En algunas modalidades, el anticuerpo es un anticuerpo monoclonal o fragmento Fab el cual se une específicamente a uno o más epítopos de AMIGO-2 en un dominio que se selecciona del grupo que consiste del dominio de péptido señal, el dominio LRRNT, dominio LRR1, dominio LRR2 , dominio LRR3, dominio LRR4 , dominio LRR5, dominio LRR6, dominio LRRCT, dominio Ig V-set y dominio Ig; de AMIGO-2. El dominio de péptido señal es desde aproximadamente los aminoácidos 1-33 de la SEC. ID. NO: 2; el dominio N terminal LRR (LRR-NT) es de aproximadamente los aminoácidos 41-60 de la
SEC. ID. NO: 2; el dominio LRR1 es de aproximadamente los aminoácidos 62-92 de la SEC. ID. NO: 2; el dominio LRR2 es de aproximadamente los aminoácidos 94-116; el dominio LRR3 es de aproximadamente los aminoácidos 118-140; el dominio LRR4 es de aproximadamente los aminoácidos 142-164; el dominio LRR5 es de aproximadamente 167-191; el dominio LRR6 es de aproximadamente los aminoácidos 193-216; el dominio de la parte C terminal de LRR (LRR-CT) es desde aproximadamente los aminoácidos 222-282; el dominio Ig V-set es de aproximadamente 293-388; y el dominio Ig de AMIGO-2 está dentro del dominio V-set, de aproximadamente los aminoácidos 303-365. En algunas modalidades, el anticuerpo es un anticuerpo monoclonal que se une específicamente a uno o más epítopos en el péptido señal de AMIGO-2. En una modalidad, el anticuerpo no se une específicamente a un epitopo que no es un epitopo de AMIGO-2. Por ejemplo, en una modalidad, el anticuerpo no se une específicamente a un epitopo de AMIGO-1 o un epitopo de AMIGO-3. En algunas modalidades, el modulador de AMIGO-2 es un anticuerpo monoclonal o fragmento Fab el cual se une específicamente a uno o más epítopos del dominio LRRNT de AMIGO-2. En algunas modalidades, el modulador AMIGO-2 es un anticuerpo monoclonal o fragmento fab el cual se une específicamente a uno o más epítopos del dominio LRR1 de
AMIGO-2. En algunas modalidades, el epítopo LRR1 se selecciona del grupo que consiste de las SEC. ID. NO: 30 y SEC. ID. NO: 57. En algunas modalidades, el modulador AMIGO-2 es un anticuerpo monoclonal o fragmento fab el cual se une específicamente a uno o más epítopos del dominio LRR2 de AMIGO-2. En algunas modalidades, el epítopo LRR2 se selecciona del grupo que consiste de las SEC. ID. NO: 32 y SEC. ID. NO: 39 y SEC. ID. NO: 61. En algunas modalidades, el modulador AMIGO-2 es un anticuerpo monoclonal o fragmento fab el cual se une específicamente a uno o más epítopos del dominio LRR3 de AMIGO-2. En algunas modalidades, el epítopo LRR3 se selecciona del grupo que consiste de las SEC. ID. NO: 29, SEC. ID. NO: 39, SEC. ID. NO: 40, SEC. ID. NO: 56 y SEC. ID. NO: 58. En algunas modalidades, el modulador AMIGO-2 es un anticuerpo monoclonal o fragmento fab el cual se une específicamente a uno o más epítopos del dominio LRR4 de AMIGO-2. En algunas modalidades, el epítopo LRR4 se selecciona del grupo que consiste de las SEC. ID. NO: 26, SEC. ID. NO: 35 y SEC. ID. NO: 45. En algunas modalidades, el modulador AMIGO-2 es un anticuerpo monoclonal o fragmento fab el cual se une específicamente a uno o más epítopos del dominio LRR5 de AMIGO-2. En algunas modalidades, el epítopo LRR5 se selecciona
del grupo que consiste de las SEC. ID. NO: 25, SEC. ID. NO: 27, SEC. ID. NO: 36 y SEC. ID. NO: 53. En algunas modalidades, el modulador AMIGO-2 es un anticuerpo monoclonal o fragmento fab el cual se une específicamente a uno o más epítopos del dominio LRR6 de AMIGO-2. En algunas modalidades, el epítopo LRR6 se selecciona del grupo que consiste de las SEC. ID. NO: 31, SEC. ID. NO: 33, SEC. ID. NO: 41, SEC. ID. NO: 46, SEC. ID. NO: 47 y SEC. ID. NO: 62. En algunas modalidades, el modulador AMIGO-2 es un anticuerpo monoclonal o fragmento fab el cual se une específicamente a uno o más epítopos del dominio LRRCT de AMIGO-2. En algunas modalidades, el epítopo LRRCT se selecciona del grupo que consiste de las SEC. ID. NO: 28, SEC. ID. NO: 34, SEC. ID. NO: 37, SEC. ID. NO: 38, SEC. ID. NO: 44, SEC. ID. NO: 49, SEC. ID. NO: 50, SEC. ID. NO: 51, SEC. ID. NO: 52, SEC. ID. NO: 54, SEC. ID. NO: 59, SEC. ID. NO: 60 y SEC. ID. NO: 62. En algunas modalidades, el modulador AMIGO-2 es un anticuerpo monoclonal o fragmento fab el cual se une específicamente a uno o más epítopos del dominio Ig V-set de AMIGO-2. En algunas modalidades, el modulador AMIGO-2 es un anticuerpo monoclonal o fragmento fab el cual se une específicamente a uno o más epítopos del dominio Ig de
AMIGO-2. En algunas modalidades, el modulador AMIGO-2 es un anticuerpo monoclonal o fragmento fab el cual se une específicamente a uno o más epítopos en el dominio extracelular (DEC) de AMIGO-2. En algunas modalidades, el modulador AMIGO-2 es un anticuerpo monoclonal o fragmento Fab el cual se une específicamente a uno o más epítopos en una secuencia que consiste esencialmente de la SEC. ID. NO: 3. Los anticuerpos adecuados de acuerdo con la presente invención pueden reconocer epítopos lineales o conformacionales o combinaciones de los mismos. En algunas modalidades, los anticuerpos de la presente invención se unen a epítopos de regiones antigénicas de AMIGO-2 que se seleccionan del grupo que consiste de las SEC. ID. NO: 3-6 y 25-62. En algunas modalidades, el modulador AMIGO-2 es un anticuerpo monoclonal o fragmento Fab el cual se une específicamente a uno o más epítopos en una secuencia que consiste esencialmente de la SEC. ID. NO: 3. En algunas modalidades, el anticuerpo es específico para un epítopo que tiene una secuencia que se selecciona del grupo que consiste de la SEC. ID. NO: 3. Debe entenderse que estos péptidos no necesariamente mapean con precisión un epítopo, sino que también pueden contener una secuencia AMIGO-2 que sea no inmunogénica . Los métodos de precisión de otros epítopos
potenciales a los cuales se puede unir un anticuerpo de la invención son bien conocidos por aquellos expertos en la técnica e incluyen, sin limitación, el ensayo de Kyte-Doolittle (Kyte, J. and Dolittle, R.F., J. Mol. Biol . (1982) 157:105-132), el ensayo de Hopp y Woods (Hopp, T.P. and Woods, K.R., Proc. Nati. Acad. Sci. USA (1981) 78:3824-3828; Hopp, T.J. and Woods, K.R., Mol. Immunol. (1983) 20:483-489; Hopp, T.J., J. Immunol. Methods (1986) 88:1-18.), el análisis de Jameson-Wolf (Jameson, B.A. and Wolf, H., Comput . Appl . Biosci. (1988) 4:181-186.) y el ensayo de Emini (Emini, E.A., Schlief, W.A., Colonno, R.J. and Wimmer, E., Virology (1985) 140:13-20.). En algunas modalidades, los epitopos potenciales se identifican al determinar dominios extracelulares teóricos. Los algoritmos de ensayo tales como TMpred (véase K. Hofmann & W. Stoffel (1993) TMbase - A datábase of membrane spanning proteins segments Biol. Chem. Hoppe-Seyler 374,166) o TMHMM (A. Krogh, B. Larsson, G. von Heijne, and E. L. L. Sonnhammer. Predicting transmembrane protein topology with a hidden Markov model: Application to complete genomes. Journal of Molecular Biology, 305 (3) : 567-580, enero del 2001) se pueden utilizar para realizar las predicciones. Otros algoritmos tales como SignalP 3.0 (Bednsten et al, (2004) J Mol Biol. 2004 Jul 16; 340 (4 ): 783-95) se pueden utilizar para predecir la presencia de péptido señal y para predecir en donde se pueden separar estos péptidos de la proteina de longitud completa.
Las porciones de la proteína en el exterior de la célula pueden servir como objetivos para interacción de anticuerpos. Los anticuerpos se definen que son "de unión específica" si: 1) muestran un nivel umbral de actividad de unión, y/o 2) no dan reacción cruzada significativa con moléculas polipeptídicas relacionadas conocidas. La afinidad de unión de un anticuerpo se puede determinar fácilmente por una persona habitualmente experta en la técnica, por ejemplo por ensayo Scatchard (Scatchard, Ann . NY Acad. Sci. 51: 660-672, 1949) . En algunas modalidades, los anticuerpos de la presente invención se unen a sus epítopos objetivo o señuelos miméticos por lo menos 1.5 veces, 2 veces, 5 veces, 10 veces, 100 veces, 103 veces, 104 veces, 105 veces, 106 veces o más para el polipéptido objetivo asociado a cáncer que en comparación con otros miembros conocidos de la familia AMIGO (por ejemplo AMIGO-1 y AMIGO-3) . En algunas modalidades, los anticuerpos se unen con alta afinidad de 10~M o menos, 10~7M o menos, 10~9M o menos o con afinidad subnanomolar (0.9, 0.8, 0.7, 0.6, 0.5, 0.4, 0.3, 0.2, 0.1 nM o incluso menor). En algunas modalidades, la afinidad de unión de los anticuerpos por AMIGO-2 es de por lo menos 1 x 106 Ka. En algunas modalidades, la afinidad de unión de los anticuerpos por AMIGO-2 es de por lo menos 5 x 106 Ka, por lo menos 1 x 107 Ka, por lo menos 2 x 107 Ka, por lo menos 1 x 10 Ka o mayor. Los anticuerpos de la presente invención
también se pueden describir o especificar en términos de su afinidad de unión a un polipéptido de la invención. En algunas modalidades, las afinidades de unión incluyen aquellas con una Kd menor de 5 x 10~2 M, 10"2 M, 5 x 10"3 M, 10~3 , 5 x 10~4 M, 10~4 M, 5 x 10"5 M, 10"5 M, 5 x 10"6 M, 10"6 M, 5 x 10"7 M, 10"7 M, 5 x 10"8 M, 10~8 M, 5 x 10~9 M, 10~9 M, 5 x 10"10 M, 1CT10 M, 5 x 10"11 M , 10"11 M, 5 x 10"12 M, 10"12 M, 5 x 10"13 M, 10"13 , 5 x 10~14 M, 10"14 M, 5 x 10"15 M, o 10"15 M o menor. En algunas modalidades, los anticuerpos de la presente invención no se unen a moléculas polipeptidicas relacionadas conocidas, por ejemplo, si se unen al polipéptido AMIGO-2 pero no a polipéptidos relacionados conocidos utilizando el ensayo estándar de transferencia Western (Western blot) (Ausubel et al., Current Protocols in Molecular Biology, 1994). Los ejemplos de polipéptidos relacionados conocidos incluyen, sin limitación, otros miembros de la familia AMIGO (por ejemplo AMIGO-1 y AMIGO-3) . En algunas modalidades, los anticuerpos de la presente invención se unen a ortólogos, homólogos, parálogos o variantes o combinaciones y subcombinaciones de los mismos de AMIGO-2. En algunas modalidades, · los anticuerpos de la presente invención se unen a ortólogos de AMIGO-2. En algunas modalidades, los anticuerpos de la presente invención se unen a homólogos de AMIGO-2. Los homólogos de AMIGO-2 se refieren a proteínas conocidas relacionadas con AMIGO-2, que incluyen
AMIGO-1 y AMIGO-3. En algunas modalidades, los anticuerpos de la presente invención se unen a parálogos de AMIGO-2. En algunas modalidades, los anticuerpos de la presente invención se unen a variantes de AMIGO-2. En algunas modalidades, los anticuerpos de la presente invención no se unen a ortólogos, homólogos, parálogos o variantes, o combinaciones y subcombinaciones de los mismos, de AMIGO-2. En algunas modalidades, los anticuerpos se pueden cribar contra polipéptidos relacionados conocidos para aislar una población de anticuerpos que se una específicamente a polipéptidos AMIGO-2. Por ejemplo, los anticuerpos específicos para los polipéptidos AMIGO-2 humanos fluirán a través de una columna que comprende proteínas AMIGO (con la excepción de AMIGO-2) adheridas a una matriz insoluble bajo condiciones amortiguadoras apropiadas. El cribado permite el aislamiento de anticuerpos policlonales y monoclonales que no dan reacción cruzada con polipéptidos relacionados estrechamente (Antibodies: A Laboratory Manual, Harlow and Lañe (eds.), Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1988; Current Protocols in Immunology, Coligan et al. (eds.), National Institutes of Health, John Wiley and Sons, Inc., 1995). El cribado y aislamiento de anticuerpos específicos es bien conocido en la técnica (véase Fundamental Immunology, Paul (eds.), Raven Press, 1993; Getzoff et al., Adv. in Immunol. 43: 1-98, 1988; Monoclonal Antibodies: Principies and Practice, Goding, J. W.
(eds.), Academic Press Ltd., 1996; Benjamín et al., Ann. Rev. Immunol. 2: 67-101, 1984). Los ejemplos representativos de los ensayo incluyen: inmunoelectroforesis concurrente, radioinmunoensayo (RIA) , radioinmunoprecipitación, ensayo inmunosorbente unido a enzima (ELISA, por sus siglas en inglés) , dot blot o ensayo de transferencia Western, ensayo de inhibición o competencia y ensayo tipo emparedado. En algunas modalidades, los anticuerpos de la presente invención no se unen específicamente a epítopos dentro de las secuencias seleccionadas del grupo que consiste de la SEC. ID. NO: 63 (AMIGO-1) y SEC. ID. NO: 64 (AMIGO-3) . En algunas modalidades, los anticuerpos o fragmentos Fab no dan reacción cruzada con AMIGO-1 o AMIGO-3. La invención también proporciona anticuerpos que son SMIP o proteínas de fusión de inmunoglobulina de dominio de unión específicas para una proteína objetivo. Estas construcciones son polipéptidos de cadena sencilla que comprenden dominios que se unen a antígenos fusionados a dominios de inmunoglobulina necesarios para llevar a cabo las funciones efectuadas de anticuerpo. Véanse, por ejemplo, los documentos WO03/041600, la Publicación de Patente de E.U.A. 20030133939 y la Publicación de Patente de E.U.A. 20030118592. En algunas modalidades, los anticuerpos de la presente invención son anticuerpos neutralizantes. En algunas modalidades, los anticuerpos son anticuerpos dirigidos. En
algunas modalidades los anticuerpos son internalizados cuando se unen a un objetivo. En algunas modalidades, los cuerpos no se internalizan cuando se unen al objetivo y en vez de esto permanecen sobre la superficie. En algunas modalidades, el anticuerpo neutralizante no tendrá ninguna función efectora. De manera alternativa, un anticuerpo neutralizante puede tener funciones efectoras. Los anticuerpos de la presente invención se pueden cribar para determinar su capacidad para ser internalizados con rapidez cuando se unen al antigeno de la célula tumoral en cuestión o para su capacidad para permanecer sobre la superficie de la célula después de la unión. En algunas modalidades, por ejemplo en la construcción de algunos tipos de inmunoconjugados se puede desear la capacidad de un anticuerpo de ser internalizado si se requiere internalización para liberar la porción de toxina. De manera alternativa, si el anticuerpo se va a utilizar para promover ADCC o CDC, puede ser más deseable que el anticuerpo permanezca sobre la superficie de la célula. Se puede utilizar un método de cribado para diferenciar este tipo de comportamiento. Por ejemplo, una célula que porta antigeno de célula tumoral se puede utilizar cuando las células se incuban con IgGl humana (anticuerpo control) o uno de los anticuerpos de la invención en una concentración de aproximadamente 1 yg/ml en hielo (con azida de sodio 0.1% para bloquear la internalización) o 37°C
(sin azida de sodio) durante 3 horas. Las células después se lavan con amortiguador de tinción frío (PBS + BSA 1% + azida de sodio 0.1%) y se tiñen con anticuerpo de chivo anti IgG humano-FITC durante 30 minutos en hielo. Se registra la intensidad de fluorescencia media geométrica (MFI, por sus siglas en inglés) por FACS Calibur. Si no se observa diferencia en MFI entre las células incubadas con el anticuerpo de la invención en hielo en presencia de azida de sodio y las células observadas a 37°C en ausencia de azida de sodio, se supondrá que el anticuerpo es uno que permanece unido a la superficie de la célula en vez de ser internalizado. No obstante, si se encuentra una disminución en el anticuerpo teñible en superficie cuando las células se incuban a 37°C en ausencia de azida de sodio, se sospechará que el anticuerpo es uno el cual es capaz de internalización . Conjugados de Anticuerpo En algunas modalidades, los anticuerpos de la invención están conjugados. En algunas modalidades, los anticuerpos conjugados son útiles para terapéutica contra el cáncer, diagnóstico de cáncer o generación de imágenes de células cancerígenas. Para aplicaciones diagnósticas, el anticuerpo típicamente se marcará con una porción detectable. Están disponibles numerosas marcas las cuales generalmente se agrupan en las siguientes categorías:
(a) Radionúclidos tales como los que se describen en lo siguiente. El anticuerpo se puede marcar, por ejemplo, con un radioisótopo utilizando las técnicas descritas en Current Protocols Immunology, volúmenes 1 y 2, Coligen et al., Ed. iley-Interscience, Nueva York, N.Y., Pubs . (1991), por ejemplo y se puede medir la radioactividad utilizando conteo de centelleo. (b) Marcas fluorescentes que son quelatos de tierras raras (quelatos de europio) o fluoresceina y sus derivados, rodamina y sus derivados, dansilo, lisamina, ficoeritrina y rojo de texas, están disponibles. Las marcas fluorescentes se pueden conjugar al anticuerpo utilizando las técnicas descritas en Current Protocols in Immunology, supra, por ejemplo. La fluorescencia se puede cuantificar utilizando un fluorimetro. (c) Diversas marcas enzima-sustrato están disponibles y la patente de E.U.A. No. 4,275,149 proporciona una revisión de algunas de estas. La enzima generalmente cataliza una alteración química del sustrato cromogénico lo cual se puede medir utilizando diversas técnicas. Por ejemplo, la enzima puede catalizar un cambio de color en un sustrato el cual se puede medir espectrofotométricamente . De manera alternativa, la enzima puede alterar la fluorescencia o quimioluminiscencia del sustrato. Se describen en lo anterior técnicas para cuantificar un cambio en la fluorescencia. El
sustrato quimioluminiscente se vuelve electrónicamente excitado por una reacción química y después puede emitir luz la cual se puede medir (por ejemplo utilizando un quimioluminómetro) o dona energía a un aceptor fluorescente. Los ejemplos de marcas enzimáticas incluyen luciferasas (por ejemplo luciferasa de luciérnaga y luciferasa bacteriana; Patente de E.U.A. No. 4,737,456), luciferina, 2,3-dihidroftalazinadionas , malato deshidrogenasa, ureasa, peroxidasa tal como peroxidasa de rábano (HRPO, por sus siglas en inglés) , fosfatasa alcalina, ß-galactosidasa, glucoamilasa, lisozima, sacárido oxidasas (por ejemplo glucosa oxidasa, galactosa oxidasa y glucosa-6-fosfato deshidrogenasa) , oxidasas heterocíclicas (tales como uricasa y xantina oxidasa), lactoperoxidasa, microperoxidasa y similares. Las técnicas para conjugar enzimas a anticuerpos se describen en O'Sullivan et al., Methods for the Preparation of Enzyme-Antibody Conjugates for use in Enzyme Immunoassay, in Methods in Enzy. (ed J. Langone & H. Van Vunakis), Academic press, Nueva York, 73:147-166 (1981). Los anticuerpos también se pueden utilizar para ensayo de diagnóstico in vivo. En algunas modalidades, el anticuerpo se marca con un radionúclido de manera que el tumor se puede localizar utilizando inmunoescintografía . Por conveniencia, los anticuerpos de la presente invención se pueden proporcionar en un kit, es decir, una combinación
empacada de reactivos en cantidades predeterminadas con instrucciones para realizar el ensayo de diagnóstico. Cuando el anticuerpo se marca con una enzima, el kit puede incluir sustratos y cofactores requeridos por la enzima (por ejemplo un precursor de sustrato el cual proporciona el cromóforo o fluoróforo detectable) . Además, se pueden incluir otros aditivos tales como estabilizantes, amortiguadores (por ejemplo un amortiguador de bloqueo o amortiguador de lisis) y similares. Las cantidades relativas de los diversos reactivos pueden variar ampliamente para proporcionar las concentraciones en solución de los reactivos los cuales sustancialmente optimizan la sensibilidad del ensayo. Particularmente, los reactivos se pueden proporcionar como polvos secos, habitualmente leofilizados, que incluyen excipientes los cuales, cuando se diluyen, proporcionarán una solución de reactivo que tenga la concentración apropiada. En algunas modalidades, los anticuerpos se conjugan a una o más moléculas de maitansina (por ejemplo, aproximadamente 1 a aproximadamente 10 moléculas de maitansina por molécula de anticuerpo) . La maitansina se puede convertir, por ejemplo a May-SS-Me, la cual se puede reducir a ay-SH3 y se hace reaccionar con un anticuerpo modificado (Chari et al. Cáncer Research 52: 127-131 (1992)) para generar un inmunoconj ugado de maitansinoide-anticuerpo . En algunas modalidades, el conjugado puede ser un derivado de maitensina
altamente potente DM1 (N2 ' -desacetil-N2 ' - ( 3-mercapto-l-oxopropil ) -maitansina (véase, por ejemplo, el documento WO02/098883 publicado el 12 de diciembre del 2002) el cual tiene una CI50 de aproximadamente 10-11 M (revisión, véase Payne (2003) Cáncer Cell 3:207- 212) o DM4 (N2 ' -deacetil-N2' ( 4-metil-4-mercapto-l-oxopentil ) -maitansina) (véase, por ejemplo, el documento WO2004/103272 publicado el 2 de diciembre del 2004) . En algunas modalidades, el conjugado de anticuerpo comprende un anticuerpo contra antigeno de célula tumoral conjugado a una o más moléculas de caliqueamicina . La familia de caliqueamicina de antibióticos es capaz de producir rupturas en el ADN de cadena doble en concentraciones sub-picomolares . Los análogos estructurales de caliqueamicina los cuales se pueden utilizar incluyen, pero no se limitan a ???, a2?, a3?, N-acetil-??? , PSAG y T?1 (Hinman et al. Cáncer Research 53: 3336-3342 (1993) y Lode et al. Cáncer Research 58: 2925-2928 (1998)). Véase también las Patentes de E.U.A. Nos. 5,714,586; 5,712,374; 5,264,586 y 5,773,001, cada una de las cuales se incorpora de manera expresa en la presente como referencia . En algunas modalidades, el anticuerpo se conjuga a un profármaco capaz de ser liberado en su forma activa por enzimas sobreproducidas en muchos cánceres. Por ejemplo, los conjugados de anticuerpos se pueden elaborar con una forma de
profármaco de doxorrubicina en donde el componente activo se libera del conjugado por plasmina. Se sabe que la plasmina se sobreproduce en muchos tejidos cancerígenos (véase Decy et al. (2004) FASEB Journal 18(3): 565-567). En algunas modalidades, los anticuerpos se conjugan a toxinas enzimáticamente activas y fragmentos de las mismas. En algunas modalidades, la toxina incluye, sin limitación, la cadena A de difteria, fragmentos activos que no se unen de toxina de difteria, cadena A de exotoxina (de Pseudomonas aeruginosa) , endotoxina de Pseudomonas , cadena A de ricina, cadena A de abrina, cadena A de modeccina, -sarcina, proteínas de Aleurites fordii, proteínas de diantina, proteínas de Phytolaca americana (PAPI, PAPII y PAP-S) , ribonucleasa (RNasa) , desoxirribonucleasa (DNasa) , proteína antiviral de pokeweed, inhibidor de Momordica charantia , curcina, crotina, inhibidor de Sapaonaria officinalis, gelonina, mitogelina, restrictocina, fenomicina, neomicina y los tricotecenos . Véase, por ejemplo el documento WO 93/21232 publicado el 28 de octubre de 1993. En algunas modalidades, la toxina tiene una inmunogenicidad intrínseca baja y un mecanismo de acción (por ejemplo un mecanismo citotóxico versus un mecanismo citostático) que reduce la oportunidad de que las células cancerígenas se vuelvan resistente a la toxina . En algunas modalidades se producen conjugados entre
los anticuerpos de la invención y los inmunomoduladores . Por ejemplo, en algunas modalidades se pueden utilizar oligonucleótidos inmunoestimuladores . Estas moléculas son potentes inmunógenos que pueden inducir respuestas de anticuerpo especificas para el antigeno (véase Datta et al, (2003) Ann N.Y. Acad. Sci 1002: 105-111). Los compuestos inmunomoduladores adicionales pueden incluir factor de crecimiento de células pluripotenciales tales como el "factor SI", linfotoxinas tales como factor de necrosis tumoral (TNF, por sus siglas en inglés), factor hematopoyético tal como interleucina, factor estimulante de colonias (CSF, por sus siglas en inglés) tal como el factor estimulante de colonias-granulocitos (G-CSF, por sus siglas en inglés) o factor estimulante de macrófago y granulocitos (GM-CSF, por sus siglas en inglés), interferón (IFN, por sus siglas en inglés) tal como interferón , ß o ?, eritropoyetina o trombopoyetina . En algunas modalidades se proporcionan anticuerpos radioconj ugados . En algunas modalidades los anticuerpos se pueden elaborar utilizando 32P, 33P, 7Sc, 59Fe, 6Cu, 67Cu, 75Se,
77As, 89Sr, 90 Y, 99Mo , 105Rh, 109Pd, 125I, 131i, 1 2Pr, 143Pr, 149Pm,
153Sm, 161Th, 166Th, 166Ho, 169Er, 177Lu, 186re, 188Re, 189Re, 194Ir,
198Au, 199Au, 211Pb, 212Pb, 213Bi, 58Co, 67Ga, 80mBr, 99mTc, 103mRh,
109Pt, 161Ho, 189mOs, 192lr, 152Dy, 211At, 212Bi, 223Ra, 219Rn, 215Po,
211Bi, 225Ac, 221Fr, 217At, 213 Bi, 255Fm y combinaciones y subcombinaciones de los mismos. En algunas modalidades se
conjugan a los anticuerpos boro, gadolinio o átomos de uranio. En algunas modalidades, el átomo de boro es 10B, el átomo de galodinio es 157Gd y el átomo de uranio es 235U. En algunas modalidades el conjugado radionúclido tiene un radionúclido con una energía entre 20 y 10, 000 keV. El radionúclido puede ser un emisor Auger con una energía de menos de 1000 keV, un emisor P con una energía entre 20 y 5000 keV o un emisor a o "a" con una energía entre 2000 y 10,000 keV. En algunas modalidades se proporcionan radioconjugados de diagnóstico los cuales comprenden un radionúclido que es un isótopo emisor de radiación ?, ß o de positrones. En algunas modalidades, el radionúclido tiene una energía entre 20 y 10,000 keV. En algunas modalidades, el radionúclido se selecciona del grupo de 18F, 51Mn, 52mMn, 52Fe,
55Co, 62Cu, 64Cu, 68Ga, 72As, 75Br, 76Br, 82mRb, 83Sr, 89Zr, 94mTc,
51Cr, 57Co, 58Co, 59Fe, 67Ga, 75Se, 97Ru, 99mTc, 114mln, 123I, 125T
13Li y 197Hg- En algunas modalidades, los anticuerpos de la invención se conjugan a agentes de diagnóstico que son fotoactivos o agentes de contraste. Los compuestos fotoactivos pueden comprender compuestos tales como cromógenos o tintes. Los agentes de contraste pueden ser, por ejemplo, un ión paramagnético en donde el ión comprende un metal que se selecciona del grupo de cromo (III), manganeso (II), hierro
(III), hierro (II), cobalto (II), níquel (II), cobre (II), neodimio (III), samario (III), iterbio (III), gadolinio (III), vanadio (II), terbio (III), disprosio (III), holmio (III) y erbio (III). El agente de contraste también puede ser un compuesto radio opaco utilizado en técnicas de rayos X o tomografía computarizada tal como un compuesto de yodo, iridio, bario, galio y talio. Los compuestos radioopacos se pueden seleccionar del grupo de bario, diatrizoato, aceite etiodizado, citrato de galio, ácido yocármico, ácido yocetámico, yodamida, yodipamida, ácido yodoxámico, yogulamida, yohexol, yopamidol, ácido yopanoico, ácido yoprocémico, ácido yosefámico, ácido yosérico, yosulamida meglumina, ácido yosemético, yotasul, ácido yotétrico, ácido yotalámico, ácido yotróxico, ácido yoxáglico, ácido yoxotrizoico, ipodato, meglumina, metrizamida, metrizoato, propiliodona y cloruro taloso. En algunas modalidades, los inmunoconjugados de diagnóstico pueden contener agentes que incrementen el ultrasonido tal como un liposoma rellenado con gas que se conjuga con un anticuerpo de la invención. Los inmunoconjugados de diagnóstico se pueden utilizar para una diversidad de procedimientos que incluyen pero que no se limitan a intraquirúrgicos , endoscópicos o métodos intravasculares de tumor o diagnóstico y detección de cáncer. En algunas modalidades, los conjugados de anticuerpo se elaboran utilizando una diversidad de agentes de
acoplamiento de proteína bifuncional tal como propionato de N-succinimidil-3- (2-piridilditiol) (SPDP, por sus siglas en inglés), ciclohexano-1-carboxilato de succinimidil-4- (N-maleimidometilo) , iminotiolano (IT), derivados bifuncionales de imidoésteres (tal como clorhidrato de dimetiladipimidato) , ésteres activos (tal como suberato de disuccinimidilo) , aldehidos (tal como glutaraldehído ) , compuestos bis-azido (tal como bis (p-azidobenzoil ) hexanodiamina) , derivados de bis-diazonio (tal como bis- (p-diazoniobenzoil ) -etilendiamina ) , diisocianatos (tal como 2 , 6-diisocianato de tolieno) y compuestos de fluoro bis-activos (tal como 1, 5-difluoro-2 , 4-dinitrobenceno) . Por ejemplo, se puede preparar una inmunotoxina de ricina como se describe en Vitetta et al. Science 238: 1098 (1987). El ácido l-isotiocianatobencil-3-metildietilentriaminopentaacético marcado con carbono 14 (MX-DTPA, por sus siglas en inglés) es un agente quelante ejemplar para conjugación de radionucleótido al anticuerpo. Véase el documento WO94/11026. El enlazador puede ser un "enlazador separable" que facilita la liberación del medicamento citotóxico en la célula. Por ejemplo se puede utilizar un enlazador lábil en ácido, un enlazador sensible a peptidasa, dimetilo enlazador o un enlazador que contiene disulfuro (Chari et al. Cáncer Research 52: 127-131 (1992)). Adicionalmente los agentes se pueden unir a los anticuerpos de la invención a través de una porción carbohidrato.
En algunas modalidades, las proteínas de fusión que comprenden los anticuerpos de la invención y agentes citotóxicos se pueden elaborar, por ejemplo, por técnicas recombinantes o síntesis peptídica. En algunas modalidades tales inmunoconj ugados que comprenden anticuerpo antiantígeno tumoral conjugado con un agente citotóxico se administran al paciente. En algunas modalidades, el inmunoconj ugado y/o la proteína antigénica de célula tumoral a la cual está unido se internalizan por la célula lo que resulta en una eficacia terapéutica aumentada del inmunoconj ugado para destruir la célula cancerígena a la cual se une. El algunas modalidades, el agente citotóxico se dirige o interfiere con el ácido nucleico en la célula cancerígena. Los ejemplos de los agentes citotóxicos incluyen maitansinoides , caliqueamicinas , ribonucleasas y ADN endonucleasas . En algunas modalidades los anticuerpos están conjugados a un "receptor" (tal como estreptavidina) para utilización en predireccionamiento tumoral en donde se administra al paciente el conjugado anticuerpo-receptor, seguido por separación del conjugado no unido de la circulación utilizando un agente depurador y después administración de un "ligando" (por ejemplo avidina) , el cual se conjuga a un agente citotóxico (por ejemplo un radionucleótido) . En algunas modalidades los anticuerpos están
conjugados a una molécula citotóxica la cual se libera dentro de lisozoma de la célula objetivo. Por ejemplo, el medicamento monometil auristatina E (MMAE ) se puede conjugar por medio de un enlace valina-citrulina el cual se separará por la enzima lisozómica proteolitica catepsina B después de internalización del conjugado de anticuerpo (véase, por ejemplo, WO03/026577 publicado el 3 de abril del 2003) . En algunas modalidades, el MMAE se puede unir al anticuerpo utilizando un enlazador lábil a ácido que contiene una funcionalidad hidrazona como la porción separable (véase, por ejemplo, el documento WO02/088172 publicado el 11 de noviembre del 2002) . Tarapia con Profármacos enzimáticos dirigidos por Anticuerpos (ADEPT) En algunas modalidades los anticuerpos de la presente invención se pueden utilizar en terapia con profármacos enzimáticos dirigidas por anticuerpos (ADEPT, por sus siglas en inglés) al conjugar el anticuerpo a una enzima que activa el profármaco el cual convierte un fármacoprecursor (por ejemplo un agente quimioterapéutico peptidilo, véase WO 81/01145) a un medicamento anticancerigeno activo, véase, por ejemplo, WO 88/07378 y Patente de E.U.A. No. 4,975,278. En algunas modalidades, el componente de la enzima del inmunoconj ugado útil para ADEPT incluye una enzima capaz de actuar sobre un profármaco de manera tal que lo convierte en una forma citotóxica más activa.
Las enzimas que son útiles en ADEPT incluyen, pero no se limitan a fosfatasa alcalina útil para convertir profármacos que contienen fosfato en medicamentos libres; arilsulfatasa útil para convertir profármacos que contienen sulfato en medicamentos libres; citocina desaminasa útil para convertir 5-fluorocitocina no tóxica en el medicamento anticancerigeno 5-fluorouracilo; proteasas tal como la proteasa de Serratia , termolisina, subtilisina, carboxipeptidasas y catepsinas (tales como catepsina B y L) que son útiles para convertir profármacos que contienen péptido en medicamentos libres; D-alanilcarboxipeptidasas útiles para convertir profármacos que contienen sustituyentes de D-aminoácido; enzimas que separan carbohidratos tales como ß-galactosidasa y neuraminidasa útiles para convertir profármacos glucosilados en medicamentos libres; ß-lactamasa útil para convertir medicamentos derivatizados con ß-lactama en medicamentos libres; y penicilina amidasas tales penicilina V amidasa o penicilina G amidasa, útiles para convertir medicamentos derivatizados en sus nitrógenos amina con grupos fenoxiacetilo o fenilacetilo, respectivamente, en medicamentos libres. En algunas modalidades los anticuerpos con actividad enzimática, también conocidos en la técnica como "abzimas", se pueden utilizar para convertir los profármacos de la invención en medicamentos activos libres (véase, por ejemplo Massey, Nature 328: 457-458 (1987)). Los conjugados anticuerpo-abzima
se pueden preparar como se describe en la presente para el suministro de la abzima a una población de células tumorales. En algunas modalidades, las enzimas ADEPT pueden estar unidas covalentemente a los anticuerpos por técnicas bien conocidas en el arte tal como el uso de reactivos reticulantes heterobifuncionales descritos en lo anterior. En algunas modalidades, las proteínas de fusión que comprenden por lo menos la región que une antígeno de un anticuerpo de la invención unido a por lo menos una porción funcionalmente activa de una enzima de la invención se puede construir utilizando técnicas de ADN recombinante bien conocidas en el arte (véase, por ejemplo, Neuberger et al., Nature, 312: 604-608 (1984) . En algunas modalidades, la identificación de un anticuerpo que actúa de una manera citostásica en vez de una manera citotóxica se puede llevar a cabo al medir la disponibilidad del cultivo de células objetivo tratadas en comparación con un cultivo control no tratado. La viabilidad se puede detectar utilizando métodos conocidos en la técnica tales como el ensayo de viabilidad de células CellTiter-BlueMR o el ensayo de viabilidad de células luminiscentes CellTiter-GloMR (Promega, números de catálogo G8080 y G5750, respectivamente) . En algunas modalidades un anticuerpo se considera como potencialmente citostático si el tratamiento provoca una disminución en el número de células en comparación
con el cultivo control, sin ninguna prueba de muerte celular medido por los medios descritos en lo anterior. En algunas modalidades se puede llevar a cabo un ensayo de cribado in vitro para identificar un anticuerpo que promueve DACC utilizando ensayo conocidos en la técnica. Un ensayo ejemplar es el ensayo in vitro DACC. Para preparar células objetivo marcadas con cromo 51, se hacen crecer lineas de células tumorales en placas de cultivo de tejido y se cosechan utilizando EDTA 10 m estéril en PBS. Las células que se separan se lavan dos veces en medio de cultivo celular. Se marcan células (5 x 106) con 200 ]iCi de cromo 51 (New England Nuclear/DuPont ) a 37 °C durante una hora con mezclado ocasional. Las células marcadas se lavan tres veces con medio de cultivo celular y después se resuspenden hasta una concentración de 1 x 105 células/ml. Las células se utilizan sin opsonización o se opsonizan antes del ensayo por incubación con el anticuerpo de prueba a 100 ng/ml y 1.25 ng/ml en ensayo PBMC o 20 ng/ml y 1 ng/ml en el ensayo NK. Se preparan células mononucleares de sangre periférica al recolectar sangre en heparina a partir de donantes sanos normales y se diluyen con un volumen igual de solución salina amortiguada con fosfato (PBS, por sus siglas en inglés) . La sangre después se estratifica sobre LYMPHOCYTE SEPARATION MEDIUMMR (LSM: Organon Teknika) y se centrifuga de acuerdo con las instrucciones del fabricante. Se recolectan las células
mononucleares de la superficie limite entre LSM y plasma y se lavan tres veces con PBS. Se resuspenden las células efectoras en medio de cultivo celular hasta una concentración final de 1 x 107 células/ml. Después de purificación a través de LSM se aislan las células citoliticas naturales (NK) o asesinas naturales de los PBMC por selección negativa utilizando un kit de aislamiento de células NK y una columna magnética (Miltenyi Biotech) de acuerdo con las instrucciones del fabricante. Las células NK aisladas se recolectan, se lavan y se resuspenden en medio de cultivo celular hasta una concentración de 2 x 106 células/ml. La identidad de las células NK se confirma por ensayo citométrico de flujo. Al hacer variar las proporciones efector : obj etivo que se preparan al diluir de manera seriada las células efectoras (ya sea PBMC o NK) dos veces junto con las hileras de la placa de microtitulación (volumen final de 100 µ?) en medio de cultivo celular. La concentración de células efectoras varia de 1.0 x 107/ml a 2.0 x 104/ml para PBMC y de 2.0 x 106/ml a 3.9 x 103/ml para NK. Después de la titulación de las células efectoras se agregan a cada pozo de la placa 100 µ? de células objetivo marcadas con cromo 51 (opsonizadas o no opsonizadas) a 1 x 105 células/ml. Esto resulta en una proporción inicial efector : objetivo de 100:1 para PBMC y 20:1 para células NK. Todos los ensayo se realizan por duplicado y cada placa contiene controles para lisis espontánea (sin células efectoras) y lisis total
(células objetivo más 100 µ? de dodecilsulfato de sodio 1%, hidróxido de sodio 1 N) . Las placas se incuban a 37 °C durante 18 horas, después de lo cual los sobrenadantes de cultivo celular se cosechan utilizando un sistema de recolección de sobrenadante (Skatron Instrument. Inc.) y se cuentan en un contador ? de la serie Minaxi auto-? 5000 (Packard) durante un minuto. Los resultados después se expresan como porcentaje de citotoxicidad utilizando la fórmula: % de citotoxicidad = (cpm de la muestra-lisis espontánea) / (lisis total-lisis espontánea) x 100. Para identificar un anticuerpo que promueve CDC, una persona experta en la técnica puede realizar un ensayo conocido en la técnica. Un ensayo ejemplar es el ensayo CDC in vitro. In vitro, la actividad de CDC se puede medir al incubar células que expresan antigeno de célula tumoral con suero humano (o de una fuente alternativa) que contiene complemento en ausencia o presencia de concentraciones diferentes de anticuerpo de prueba. Después se mide la citotoxicidad al cuantificar las células vivas utilizando ALAMAR BLUEMR (Gazzano-Santoro et al., J. Immunol. Methods 202 163-171 (1997)). Se realizan ensayo control sin anticuerpo y con anticuerpo, pero utilizando suero inactivado por calor y/o utilizando células que no expresen el antigeno de célula tumoral en cuestión. De manera alternativa, se pueden recubrir eritrocitos con antigeno tumoral o péptidos derivados de
antígeno tumoral y se puede realizar el ensayo CDC al observar la lisis de eritrocitos (véase, por ejemplo, Karjalainen and Mantyjarvi, Acta Pathol Microbiol Scand [C] . 1981 Oct; 89(5) ;315-9) . Para selecciona anticuerpos que inducen muerte celular, se puede determinar en relación al control la pérdida de integridad de membrana como se indica, por ejemplo, por PI, captación de azul de tripano o 7AAD. Un ensayo ejemplar es el ensayo de captación de PI utilizando células que expresan antigeno tumoral. De acuerdo con este ensayo, las células que expresan antigeno de células tumorales se cultivan en medio de Eagle modificado por Dulbecco ( D-MEM) : Ham' s F-12 (50:50) suplementario con FBS inactivado por calor 10% (Hyclone) y L-glutamina 2 mM. (De esta manera, el ensayo se realiza en ausencia de complemento y células efectoras inmunitarias) . Las células tumorales se siembran a una densidad de 3 x 106 por recipiente en recipientes de 100 x 20 mm y se permite que se unan durante la noche. Después se retira el medio y se sustituye con medio fresco solo o medio que contiene 10 yg/ml del anticuerpo monoclonal apropiado. Las células se incuban durante un periodo de tiempo de tres dias. Después de cada tratamiento se lavan las monocapas con PBS y se separan por tripsinización . Las células después se centrifugan a 1200 rpm durante 5 minutos a 4°C, el sedimento se resuspende en 3 mi de amortiguador de unión de Ca2+ enfriado con hielo (Hepes 10 mM,
pH 7.4, NaCl 140 mM, CaCl2, 2.5 mM) y se forman alícuotas en tubos de 12 x 75 con tapa apretada, de 35 mm (1 mi por tubo, 3 tubos por grupo de tratamiento) para separación de los grumos celulares. Los tubos después reciben PI (10 µg/ml) . Las muestras se pueden analizar utilizando un citómetro de flujo FACSCANMR y FACSCONVERTMR, programa CellQuest (Becton Dickinson) . Aquellos anticuerpos que inducen niveles estadísticamente significativos de muerte celular, determinado por captación de PI se pueden seleccionar como anticuerpos que inducen muerte celular. Los anticuerpos también se pueden cribar in vivo para actividad apoptócica utilizando 18F-anexina como agente generador de imágenes por PET . En este procedimiento, la anexina v se radiomarca con 18F y se proporciona al animal de prueba siguiendo la dosificación con el anticuerpo bajo investigación. Uno de los primeros eventos que se producen en el procedimiento apoptósico es la eversión de fosfatidilserina desde el lado interior de la membrana celular a la superficie externa de la célula, en donde es accesible a anexina. Los animales después se someten a generación de imagen por PET (véase Yagle et al, J Nucí Med. 2005 abril, 46 ( ) : 658-66 ) . Los animales también se pueden sacrificar y los órganos individuales o los tumores se extirpan y analizan para determinador marcadores apoptósicos siguiendo procedimientos estándar.
Aunque en algunas modalidades el cáncer se puede caracterizar por sobreexpresion de un producto de expresión de gen, la presente solicitud proporciona además métodos para tratar cáncer los cuales no se consideran que sea un cáncer que sobreexpresa antigeno tumoral. Para determinar la expresión de antigeno tumoral en el cáncer están disponibles diversos ensayo de diagnóstico/pronóstico. En algunas modalidades, la sobreexpresion de producto de expresión del gen se puede analizar por IHC. Los cortes de tejido incrustado en parafina de una biopsia de tumor se pueden someter al ensayo IHC y se acuerda con criterios de intensidad de tinción de proteina de antigeno tumoral, como sigue: Calificación de 0: no se observa tinción o la tinción en la membrana se observa en menos de 10% de las células tumorales. Calificación de 1+: se detecta una tinción de membrana ligera/escasamente perceptible en más de 10% de las células tumorales. Las células se tiñen únicamente en parte de su membrana. Calificación de 2+: se observa una tinción de débil a moderada en toda la membrana en más de 10% de las células tumorales . Calificación de 3+: se observa una tinción de moderada a fuerte en toda la membrana en más de 10% de las células tumorales.
En algunas modalidades, los tumores con calificaciones de 0 ó 1+ para determinación de sobreexpresión de antigeno tumoral se pueden caracterizar considerando que no sobreexpresan el antigeno tumoral, mientras que los tumores con calificaciones de 2+ ó 3+ se pueden caracterizar como que sobreexpresan el antigeno tumoral. En algunas modalidades, AMIGO-2 no es regulado por aumento de manera significativa en células de cáncer en comparación con células normales, aunque existe una dependencia diferencial de células cancerígenas y células normales en la expresión de AMIGO-2. En algunas modalidades, la modulación de AMIGO-2 afecta las interacciones tumor-estromales . En algunas modalidades, la inhibición de AMIGO-2 modula las interacciones tumorales-estromales . De manera alternativa o adicional, los ensayo FISH tal como INFORMMR (vendido por Ventana, Ariz.) o PATHVISIONMR (Vysis, 111.) se pueden llevar a cabo en tejido de tumor incrustado en parafina y fijado con formalina para determinar el grado (en caso de que haya) de sobreexpresión de antígeno tumoral en el tumor. De manera adicional, los anticuerpos se pueden modificar químicamente por conjugación covalente a un polímero para incrementar su semivida circulante, por ejemplo. Cada molécula de anticuerpo se puede unir a una o más moléculas poliméricas (por ejemplo 1, 2, 3, 4, 5 ó más). Las moléculas
poliméricas, en algunas modalidades, están unidas a anticuerpos por moléculas enlazadoras. En general, el polímero puede ser un polímero sintético o como se encuentra de manera natural, por ejemplo un polialquileno de cadena lineal o ramificado opcionalmente sustituido, un polímero de polialquileno o polioxialquileno o un polisacárido ramificado o sin ramificar, por ejemplo un homopolisacárido o heteropolisacárido . En algunas modalidades, los polímeros son polioxietilenpolioles y polietilenglicol (PEG). PEG es soluble en agua a temperatura ambiente y tiene la fórmula general: R (O--CH2--CH2 ) n( 0—R en donde R puede ser hidrógeno o un grupo protector tal como un grupo alquilo o alcanol. En algunas modalidades, el grupo protector tiene entre 1 y 8 carbonos. En algunas modalidades, el grupo protector es metilo. El símbolo n es un número entero positivo, entre 1 y 1,000 y 2 y 500. En algunas modalidades, PEG tiene un peso molecular promedio entre 1,000 y 40,000, entre 2,000 y 20,000 o entre 3,000 y 12,000. En algunas modalidades, PEG tiene por lo menos un grupo hidroxi. En algunas modalidades, el hidroxi es un grupo hidroxi terminal. En algunas modalidades, es este grupo hidroxi el que se activa para reaccionar con un grupo amino libre en el inhibidor. No obstante, se comprenderá que el tipo y cantidad de grupos reactivos puede variar para obtener un PEG/anticuerpo conjugado covalentemente de la presente invención. Los polímeros y métodos para unirlos a los péptidos
se muestran en las Patentes de E.U.A. Números 4,766,106; 4,179,337; 4,495,285; y 4,609,546 cada una de las cuales se incorpora en la presente como referencia en sus totalidad. Estudios de seguridad Los anticuerpos de la invención se pueden examinar para características de seguridad y toxicológicas . Las líneas de guía para estos tipos de estudios se pueden encontrar en los documentos expedidos por USDA CBER división, "Points to Consider in the Manufacture and Testing of Monoclonal Antibody Products for Human Use" (Expediente No. 94D-0259, 28 de febrero de 1997) incorporado en la presente como referencia. En general, los anticuerpos candidatos se pueden cribar en estudios preclínicos utilizando varias muestras de tejido humano y/o tipos de células humanas aisladas para determinar el tejido no unido que se une y la reactividad cruzada. Después de un resultado satisfactorio a partir de estos estudios de tejido humano, un conjunto de muestra de tejido o de células aisladas de una diversidad de especies animales se pueden cribar para identificar una especie adecuada para uso en estudios toxicológicos generales. Si no se identifican especies animales que den reacción cruzada, se puede considerar apropiados otros tipos de modelos. Estos modelos adicionales pueden incluir estudios tales como modelos de xenoinjerto en donde las células de tumor humano se implantan en un hospedador roedor o el uso de un anticuerpo monoclonal
afin el cual reconoce al antígeno de célula tumoral correspondiente en la especie animal seleccionada para los estudios toxicológicos . Debe apreciarse que los datos de estos tipos de modelos alternativos serán las primeras aproximaciones y el proceder con especies superiores debe realizarse con precaución. Para un anticuerpo descubierto candidato, los estudios que buscan tolerabilidad simple se pueden realizar. En estos estudios el índice terapéutico de la molécula candidato se puede caracterizar al observar cualquier efecto farmacodinámico dependiente de la dosis. Se pueden utilizar una amplia gama de dosis (por ejemplo de 0.1 mg/kg a 100 mg/kg) . Las diferencias entre el número de antígeno de célula tumoral, la afinidad del anticuerpo candidato para el animal de reacción cruzada dirigido y las diferencias en la respuesta celular después de la unión del anticuerpo deben considerarse al calcular el índice terapéutico. Los estudios farmacodinámicos y farmacocinéticos también deben llevarse a cabo en un modelo en un animal apropiado para ayudar a la guía de consideraciones de dosis inicial cuando el anticuerpo candidato se aprueba en humanos. Para inmunoconjugados candidatos deben realizarse in vivo estudios de estabilidad del conjugado. De manera óptima, los estudios farmacodinámicos y farmacocinéticos deben llevarse a cabo sobre los componentes individuales del
inmunoconjugado para determinar las consecuencias de cualquier ruptura de los productos a partir del inmunoconjugado candidato. Los estudios farmacodinámicos y farmacocinéticos también se deben llevar a cabo como en lo anterior en un modelo en animal apropiado para ayudar en la guia de las consideraciones de la dosis inicial. Se debe proporcionar consideración adicional al diseño del estudio de seguridad cuando el medicamento se suministre en combinación con tratamiento previo con anticuerpo descubierto. Los estudios de seguridad se deben llevar a cabo con el anticuerpo descubierto solo y los estudios se deben diseñar con el inmunoconjugado considerando que las dosis finales de inmunocon j ugados serán menores en este tipo de régimen de tratamiento. Para radioinmunoconj ugados , los estudios de distribución en tejido animal se deben llevar a cabo para determinar los datos de biodistribución . Además, al considerar la degradación metabólica de la dosis total de radoactividad administrada debe realizarse para los puntos de tiempo tanto tempranos como tardíos que se tomen. Los radioinmunoconj ugados se pueden probar para determinar su estabilidad in vitro utilizando suero o plasma y se deben desarrollar métodos para medir los porcentajes de radionúclido libre, radioinmunoconj ugado y compuestos que no son anticuerpos, marcados.
Oligonucleótidos En algunas modalidades, el modulador AMIGO-2 es un oligonucleótido . En algunas modalidades, el modulador AMIGO-2 es un oligonucleótido que comprende una secuencia que se selecciona del grupo que consiste de las SEC ID NOS: 7-24. En algunas modalidades, el oligonucleótido es un oligonucleótido antisentido o ARNi. En algunas modalidades, el oligonucleótido es complementario a una región, dominio, porción o segmento del gen para AMIGO-2 o el producto de expresión del gen. En algunas modalidades, el oligonucleótido comprende de aproximadamente 5 a aproximadamente 100 nucleótidos, de aproximadamente 10 a aproximadamente 50 nucleótidos, de aproximadamente 12 a aproximadamente 35 y de aproximadamente 18 a aproximadamente 25 nucleótidos. En algunas modalidades, el nucleótido es por lo menos 50%, por lo menos 60%, por lo menos 70%, por lo menos 80%, por lo menos 90%, por lo menos 95%, por lo menos 96%, por lo menos 97%, por lo menos 98%, por lo menos 99% ó 100% homólogo a una región, porción, dominio o segmento del gen para AMIGO-2 o el producto de expresión del gen. En algunas modalidades, existe una homología de secuencia sustancial sobre por lo menos 15, 20, 25, 30, 35, 40, 50 ó 100 nucleótidos consecutivos del gen para AMIGO-2 o el producto de expresión del gen. En algunas modalidades, existe una homología de secuencia sustancial sobre la longitud completa del gen para AMIGO-2 o el producto
del gen. En algunas modalidades, existe identidad de secuencia completa sobre por lo menos 15, 20, 25, 30, 35, 40, 50 ó 100 nucleótidos consecutivos del gen para A IGO-2 o el producto de expresión del gen. En algunas modalidades, existe identidad de secuencia completa sobre la longitud completa del gen para AMIGO-2 o su producto de gen. En algunas modalidades, el oligonucleótido se une bajo condiciones de hibridación moderadas o rigurosas a una molécula de ácido nucleico que tiene una secuencia nucleotidica de la SEC. ID. NO: 1. En algunas modalidades, el modulador AMIGO-2 es una molécula de ARN de cadena doble (ARNcd) y funciona por medio de ARN de interferencia (ARNi) . En algunas modalidades, una cadena del ARNcd es por lo menos 50%, hasta por lo menos 70%, hasta por lo menos 80%, hasta por lo menos 90%, hasta por lo menos 95%, hasta por lo menos 96%, hasta por lo menos 97%, hasta por lo menos 98%, hasta por lo menos 99% ó 100% homologa a una región, porción, dominio o segmento del gen para AMIGO-2. En algunas modalidades, existe homología de secuencia sustancial sobre por lo menos 15, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 100, 200, 300, 400, 500 ó 1000 nucleótidos consecutivos del gen para AMIGO-2. En algunas modalidades existe homología de secuencia sustancial sobre la totalidad de la longitud del gen para AMIGO-2. En algunas modalidades, el modulador de AMIGO-2 es una molécula de ARN de cadena doble (ARNcd) (que funciona por
medio de ARN de interferencia (ARNi) ) en el cual una o ambas cadenas del ARNcd son parcialmente complementarias (es decir, por lo menos 50%, hasta por lo menos 70%, hasta por lo menos 80%, hasta por lo menos 90%, hasta por lo menos 95%, hasta por lo menos 96%, hasta por lo menos 97%, hasta por lo menos 98%, hasta por lo menos 99%) complementarias a una región, porción, dominio o segmento del gen para AMIGO-2. En algunas modalidades, una o ambas cadenas del ARNcd es completamente complementaria a una región, porción, dominio o segmento del gen para AMIGO-2. La "complementariedad" de secuencia se refiere a la afinidad química entre bases nitrogenosas específicas como un resultado de sus propiedades de unión de hidrógeno (es decir, la propiedad de dos cadenas de ácido nucleico que tienen secuencias de base tales que se puede formar una cadena doble antiparalela en donde las adeninas y los uracilos (o timina en el caso de ADN o ARN modificado) se sustituyen entre sí, y las guaninas y citocinas se sustituyen entre sí). Las secuencias completamente complementarias, por lo tanto, serán dos secuencias que tienen una correspondencia completa uno a uno (es decir, adeninas a uracilo y guanina a citosina) de las secuencias de base cuando las secuencias nucleotídicas forman una cadena doble antiparalela. En algunas modalidades, los oligonucleótidos de la invención se utilizan en una reacción en cadena de polimerasa (PCR, por sus siglas en inglés) . Esta secuencia se puede basar
en (o se puede diseñar a partir de) una secuencia genómica o secuencia de ADNc y se utiliza para amplificar, confirmar o detectar la presencia de un ADN o ARN idéntico, similar o complementario en una célula o tejido particulares. Moléculas pequeñas En algunas modalidades, el modulador AMIGO-2 es una molécula pequeña. Como se utiliza en la presente, el término "molécula pequeña" se refiere a un compuesto no polimérico orgánico o inorgánico que tiene un peso molecular que es menor de aproximadamente 10 kDa. Los ejemplos de moléculas pequeñas incluyen péptidos, oligonucleótidos, compuestos orgánicos, compuestos inorgánicos y similares. En algunas modalidades, la molécula pequeña tiene un peso molecular que es menor de aproximadamente 9, aproximadamente 8, aproximadamente 7, aproximadamente 6, aproximadamente 5, aproximadamente 4, aproximadamente 3, aproximadamente 2 o aproximadamente 1 kDa. Mimé icos En algunas modalidades, el modulador de AMIGO-2 es un mimético. Como se utiliza en la presente, el término "mimético" se utiliza para referirse a compuestos los cuales imitan la actividad de un péptido. Los miméticos son no péptidos pero pueden comprender aminoácidos unidos por enlaces no peptidicos. La Patente de E.U.A. No. 5,637,677, expedida el 10 de junio de 1997 y las solicitudes originales de la misma, la totalidad de las cuales se incorporan en la presente como
referencia, contienen una guia detallada respecto a la producción de miméticos. Brevemente, la estructura tridimensional de los péptidos la cual interactúa específicamente con la estructura tridimensional de AMIGO-2 se duplica por una molécula que no es un péptido. En algunas modalidades, el mimético de AMIGO-2 es un mimético de AMIGO-2 o un mimético de un ligando de AMIGO-2. Receptores señuelo En algunas modalidades, el modulador de AMIGO-2 es un receptor señuelo que comprende por lo menos una porción de un receptor de AMIGO-2. En algunas modalidades, el receptor señuelo compite con los receptores naturales de AMIGO-2 por los ligandos de AMIGO-2. En algunas modalidades, el receptor señuelo está marcado para facilitar la cuantificación, calificación y/o visualización . En otras modalidades, el receptor señuelo comprende además una porción para facilitar el aislamiento o separación del receptor señuelo y el complejo receptor señuelo-AMIGO-2. En algunas modalidades, el receptor señuelo al unirse con un ligando de receptor AMIGO-2, provoca una señal aumentada (en comparación con un receptor AMIGO-2 nativo) que se va a llevar a cabo. En algunas modalidades, el receptor señuelo es una molécula de no señalización la cual funciona al capturar ligando de AMIGO-2 y evitar que interactúe con el receptor de señalización de AMIGO-2. En algunas modalidades, el receptor señuelo comprende por lo
menos una porción de un receptor AMIGO-2 fusionado a un anticuerpo o fragmento de anticuerpo. Métodos para tratar/evitar el cáncer La presente invención proporciona métodos para tratar y/o evitar cáncer o síntomas de cáncer en un sujeto que comprende administrar al sujeto una cantidad terapéuticamente eficaz de uno o más moduladores de AMIGO-2 de la presente invención. En algunas modalidades, el cáncer es un cáncer asociado con la sobreexpresión de AMIGO-2. En algunas modalidades, el cáncer es cáncer de pulmón, vejiga, riñon, colon, mama, útero, ovárico o pancreático. En algunas modalidades, el cáncer es cáncer pulmonar o de colon. En algunas modalidades, al sujeto se le ha diagnosticado con cáncer o está predispuesto a cáncer. En algunas modalidades, al sujeto se le ha diagnosticado con cáncer o está predispuesto a cáncer diferente de cáncer gástrico. Los síntomas de cáncer son bien conocidos por aquellos expertos en la técnica e incluyen, sin limitación, cánceres de mama, pulmones, cambios en el pezón, quistes de mama, dolor de mama, muerte, pérdida de peso, debilidad, fatiga excesiva, dificultad para comer, pérdida de apetito, tos crónica, empeoramiento de la respiración, hemoptisis, hematuria, sangre en heces, náusea, vómito, metástasis hepática, metástasis pulmonar, metástasis ósea, saciedad abdominal, meteorismo, fluido en la cavidad peritoneal,
hemorragia vaginal, estreñimiento, distensión abdominal, perforación del colon, peritonitis aguda (infección, fiebre, dolor) , dolor, vómito con sangre, sudoración intensa, fiebre, presión sanguínea elevada, anemia, diarrea, ictericia, mareos, escalofríos, espasmos musculares, metástasis de colon, metástasis pulmonar, metástasis de vejiga, metástasis hepática, metástasis ósea, metástasis renal y metástasis pancreática, dificultad para deglutir y similares. Una cantidad terapéuticamente eficaz del compuesto modulador se puede determinar de manera empírica, de acuerdo con procedimientos bien conocidos por los químicos médicos y dependerá, por ejemplo, de la edad del paciente, la gravedad de la condición y la formulación farmacéutica final deseada. La administración de los moduladores de la presente invención se puede llevar a cabo, por ejemplo, por inhalación o por supositorios o a través de tejido de mucosa por ejemplo por sonda y por administración vaginal, rectal, uretral, bucal y en tejido sublingual, por vía oral, tópica, intranasal, intraperitoneal, parenteral, intravenosa, intralinfática, intratumoral , intramuscular, intersticial, intraarterial , subcutánea, intraocular, intrasinovial , transepitelial y transdérmica . En algunas modalidades, los inhibidores se administran por sonda, por vía oral o intraarterialmente . Otros métodos adecuados de introducción también pueden incluir dispositivos recargables o biodegradables y dispositivos
poliméricos de liberación lenta o sostenida. Como se describe en lo anterior, las composiciones terapéuticas de esta invención también se pueden administrar como parte de un tratamiento combinado con otros agentes anticancerigenos conocidos u otro régimen de tratamiento de enfermedades contra cáncer óseo conocidos. La presente invención proporciona además métodos para modular la actividad biológica relacionada con AMIGO-2 en un paciente. Los métodos comprenden administrar al paciente una cantidad de un modulador de AMIGO-2 eficaz para modular una o más actividades biológicas de AMIGO-2. Los ensayo adecuados para medir las actividades biológicas de AMIGO-2 se establecen en lo anterior y en lo siguiente. La presente invención también proporciona métodos para inhibir el crecimiento de células cancerígenas en un paciente en necesidad del mismo que comprende administrar una cantidad terapéuticamente eficaz de uno o más moduladores de AMIGO-2 al paciente. Los ensayo adecuados para medir el crecimiento de células relacionadas con AMIGO-2 se conocen por aquellos expertos en la técnica y se establecen en lo anterior y en lo siguiente. La presente invención también proporciona métodos para inhibir el crecimiento de células cancerígenas (por ejemplo en un paciente en necesidad del método) , por administración al paciente con cáncer que comprende una o más
células que expresan AMIGO-2 de un compuesto que modula uno o más marcadores corriente abajo de AMIGO-2. Uno o más marcadores corriente abajo de AMIGO-2 se pueden seleccionar del grupo que consiste de c-MYC, c-Jun, FosLl o cinasa regulada por señal extracelular (ERK) . La modulación de ERK puede ser modulación de la fosforilación de ERK o la fosforilación de ERK por uno o más de sus sustratos (véase antes). El método opcionalmente puede incluir la etapa de identificar un paciente con cáncer que comprende una o más células que expresan AMIGO-2 (por ejemplo ARNm para AMIGO-2 o proteina AMIGO-2) . La presente invención proporciona además métodos para inhibir cáncer en un paciente en necesidad del mismo. Los métodos comprenden determinar si el paciente es un candidato para terapia de AMIGO-2 como se describe en la presente y administrar una cantidad terapéuticamente eficaz de uno o más moduladores de AMIGO-2 al paciente si el paciente es un candidato para terapia de AMIGO-2. Si el paciente no es un candidato para terapia de AMIGO-2, al paciente se le trata con un tratamiento convencional contra el cáncer. La presente invención proporciona además métodos para inhibir cáncer en un paciente en quien se ha diagnosticado o se sospecha que tiene cáncer. Los métodos comprenden administrar una cantidad terapéuticamente eficaz de uno o más moduladores de AMIGO-2 al paciente.
La presente invención también proporciona métodos para inhibir la interacción de dos o más células en un paciente que comprende administrar una cantidad terapéuticamente eficaz de un modulador de AMIGO-2 al paciente. Los ensayo adecuados para medir la interacción de células relacionado con AMIGO-2 se conocen por aquellos expertos en la técnica y se establecen en lo anterior y en lo siguiente . La presente invención también proporciona métodos para modular uno o más síntomas de cáncer en un paciente que comprende administrar al paciente una cantidad terapéuticamente eficaz de uno o más moduladores de AMIGO-2. La presente invención proporciona además métodos para inhibir el crecimiento de células en un paciente en necesidad del mismo que comprende administrar al paciente una cantidad terapéuticamente eficaz de un modulador de AMIGO-2. Los ensayo adecuados para medir el crecimiento de células se conocen por los expertos en la técnica y se establecen en lo anterior y en lo siguiente. La presente invención también proporciona métodos para inhibir el desplazamiento de células cancerígenas en un paciente en necesidad del mismo que comprende administrar al paciente una cantidad terapéuticamente eficaz de un modulador de AMIGO-2. Los ensayo adecuados para medir el desplazamiento de células relacionado con AMIGO-2 se conocen por aquellos
expertos en la técnica y se establecen en lo anterior y en lo siguiente . La presente invención proporciona además métodos para inhibir la adhesión de células cancerígenas en un paciente en necesidad del mismo que comprende administrar al paciente una cantidad terapéuticamente eficaz de un modulador de AMIGO-2. Los ensayo adecuados para medir la adhesión de células relacionado con AMIGO-2 se conocen por aquellos expertos en la técnica y se establecen en - lo anterior y en lo siguiente. La presente invención también proporciona métodos para inhibir la angiogénesis en un paciente en necesidad del mismo que comprende administrar al paciente una cantidad terapéuticamente eficaz de un modulador de AMIGO-2. Los ensayo adecuados para medir la angiogénesis se conocen por los expertos en la técnica y se establecen en lo anterior y en lo siguiente . La presente invención también proporciona métodos para tratar profilácticamente un paciente quien está predispuesto a desarrollar cáncer, metástasis de cáncer o quien tiene una metástasis y por lo tanto es susceptible a una recaída o recurrencia. Los métodos son particularmente útiles en individuos de alto riesgo quienes, por ejemplo, tienen antecedentes familiares de cáncer o de tumores que producen metástasis, o que muestran una predisposición
genética por metástasis de cáncer. En algunas modalidades, los tumores son tumores relacionados con AMIGO-2. De manera adicional, los métodos son útiles para evitar que los pacientes presenten recurrencias de tumores relacionados con AMIGO-2 quienes han presentado tumores relacionados con AMIGO-2 extraídos por extirpación quirúrgica o tratados con un tratamiento convencional contra el cáncer. La presente invención también proporciona métodos para inhibir el progreso de cáncer y/o para provocar regresión de cáncer, que comprende administrar al paciente una cantidad terapéuticamente eficaz de un modulador de AMIGO-2. En algunas modalidades, el paciente en necesidad de tratamiento anticancerígeno es tratado con los moduladores de AMIGO-2 de la presente invención junto con quimioterapia y/o radioterapia. Por ejemplo, después de la administración de los moduladores de AMIGO-2, el paciente también puede ser tratado con una cantidad terapéuticamente eficaz de radiación anticancerígena. En algunas modalidades el tratamiento quimioterapéutico se proporciona en combinación con moduladores de AMIGO-2. En algunas modalidades los moduladores de AMIGO-2 se administran en combinación con quimioterapia y radioterapia . Los métodos de tratamiento comprenden administrar dosis sencillas o múltiples de uno o más moduladores de AMIGO-2 al paciente. En algunas modalidades los moduladores de
AMIGO-2 se administran como composiciones farmacéuticas inyectables que son estériles, libres de pirógenos y que comprenden los moduladores de AMIGO-2 en combinación con un portador o diluyente farmacéuticamente aceptable. En algunas modalidades, los regímenes terapéuticos de la presente invención se utilizan con regímenes de tratamiento convencionales para cáncer que incluyen, sin limitación, cirugía, radioterapia, supresión hormonal y/o quimioterapia. La administración de los moduladores AMIGO-2 de la presente invención se puede llevar a cabo antes, simultáneamente o después del tratamiento convencional contra el cáncer. En algunas modalidades se administran al paciente dos o más moduladores diferentes de AMIGO-2. En algunas modalidades, la cantidad de modulador de AMIGO-2 administrada al paciente es eficaz para inhibir uno o más de inestabilidad cromosómica, actividad de cinasa, tumorigenicidad, metástasis, señalización de AMIGO-2, adhesión celular, supervivencia de células cancerígenas, fosforilación de ERK, crecimiento de células cancerígenas, formación de tumores, producción de ciclina, proliferación celular, progreso a través del ciclo celular, crecimiento independiente de anclaje, localización de proteína AMIGO-2 en la membrana celular, interacciones entre AMIGO-2 y uno o ambos niveles de AMIGO-1 o AMIGO-3 de la proteína AMIGO-2 fosforilada citoplasmática y angiogénesis , entre otros. En algunas
modalidades, la cantidad de modulador de AMIGO-2 administrada al paciente es eficaz para incrementar la muerte de células cancerígenas por apoptosis. Métodos para tratar enfermedades y trastornos relacionados con el sistema nervioso La presente invención también proporciona métodos para tratar enfermedades y trastornos del sistema nervioso en un paciente en necesidad del mismo que comprende administrar al paciente una cantidad terapéuticamente eficaz de un modular de AMIGO-2. En algunas modalidades, la presente invención proporciona métodos para tratar uno o más de enfermedad de Alzheimer, enfermedad de Parkinson, epilepsia, esclerosis múltiple, Corea de Huntington, daño a la médula espinal, apoplejía, daño a nervios faciales, daño a nervios relacionado con diabetes y degeneración de la retina. Métodos para alterar la expresión de gen posterior En algunas modalidades, la presente invención proporciona métodos para alterar uno o más genes. En algunas modalidades, el método comprende poner en contacto a una célula la cual sobreexpresa AMIGO-2 con un modulador de AMIGO-2. En algunas modalidades, la expresión de uno o más genes se altera in vivo después de la administración de una cantidad terapéuticamente eficaz de un modulador de AMIGO-2 en el paciente. En algunas modalidades, el modulador de AMIGO-2 inhibe la expresión de uno o más genes que se seleccionan del
grupo que consiste de BNIP3L, FAM46C, LOC339988, SATB1, Cllorf21, FAM3B, UCP2, FNDC3A, DRE1 , PPIC, ASS, KIAA1718, ALDH6A1, LR8 , ADMTSL2, LIPC, FZD10, COL4A2, TPP1, SERPINF1, ADCY9 , AZGP1, USH1C, RAB40B, SMOC2, RRAGD, NUDT21, C14orfl, TPP1, RPS6KB1, KIAA0657, QPRT, RFK, KCNH2, PAQR8 , SEPT6 , LOC285758, EFNA1 , LGALS8, ATP10D, ERBB3, CHST13, FLJ25476, MCF2L, FIJ10159, RAB13, ZNF261, USH1C, OSTM1, BMPR2 , IP09, ZNF226, HRASLS3, ERBB3, PROS1, ALDH6A1 , PPT2, TFF3, C21orf86, LRRC8B, BAZ2B, HIPl, RNASE4, FAM46C, STARD10, KLF13, BACE1 , FCGRT, QPCT, KCTD14, FRAS1, FAM63B, SPON2 , IQ D1, BMPR2, TXNIP, ZBTB4 , DDAH2, ZNF420, LGALS8 , NEUl, FUCA1, GRN, C20orfl94, SEPT6, ASPSCR1, KLHDC5 , GRN, STARD10, GC12981, C14orfl, EPB41, ALDH2, ARHGEF10L, FNDC3A, CYP2R1, PAQR8, RNF38 , KIAA1327, ALS2CR3, EPS8L3 , BACE1 , SEPT6, IL27RA, DTX3L, CBPIN, ZNF627, Clorf85, AZGP1, GRN, SUOX, PSMB8, ARHGAP1, DACH1 , COL4A2, PLEKHB1, SEC14L1, C2orf7, TPD52L1, PGM2, C14orf4, ZNF286, CAMK2D, PSME1, ZNF268, TRAF5, SEPT6, MGC45474, WIPI-2, CAMK2D, ZBED1 , SEC24A, GGTL3, TRIM4, PPM1H, JMJD1A, DOK4, RPS6KB1, PSAP, EXOC7, C6orf80, RERE, ZNF641, MXRA7 , RAC1, NDST1, JAG2 , ZNF329, SEPT6, KLHDC5, STXBP1 y UBE2L3 y combinaciones y subcombinaciones de los mismos. Politerapia En algunas modalidades, la invención proporciona composiciones que comprenden dos o más moduladores de AMIGO-2 para proporcionar eficacia aún mayor contra el cáncer.
En algunas modalidades, los moduladores de AMIGO-2 son anticuerpos monoclonales . Las composiciones que comprenden dos o más anticuerpos para AMIGO-2 se pueden administrar a las personas o mamíferos que sufren de o que están predispuestos a sufrir de cáncer. También se pueden administrar uno o más anticuerpos con otro agente terapéutico tal como un agente citotóxico o una sustancia quimioterapéutica contra el cáncer. La administración concurrente de dos o más agentes terapéuticos no requiere que los agentes se administren al mismo tiempo o por la misma vía en la medida en que existe una superposición en el período de tiempo durante el cual los agentes ejercen su efecto terapéutico. Se considera la administración simultánea o secuencial así como la administración en días o semanas diferentes. En algunas modalidades se contempla la administración de mezclas o "combinaciones" de diferentes anticuerpos. Las combinaciones de anticuerpo pueden tener ciertas ventajas en la medida en que contengan anticuerpos que aprovechen diferentes mecanismos efectores o que combinen directamente anticuerpos citotóxicos con anticuerpos que se basan en la funcionalidad efectora inmunitaria. Los anticuerpos en combinación pueden mostrar efectos terapéuticos sinergísticos . Un agente citotóxico se refiere a una sustancia que inhibe o que evita la función de células y/o que provoca
destrucción de células. El término se pretende que incluya isótopos radioactivos (por ejemplo 131I, 125I, 90Y y 186Re) , agentes quimioterapéuticos y toxinas tales como toxinas enzimáticamente activas de origen bacteriano, micótico, vegetal o animal o toxinas sintéticas o fragmentos de las mismas. Un agente no citotóxico se refiere a una sustancia que no inhibe o evita la función de las células y/o que no provoca destrucción de las células. Un agente no citotóxico puede incluir una esfera, liposoma, matriz o partícula (véanse, por ejemplo, las publicaciones de patentes de E.U.A. 2003/0028071 y 2003/0032995, las cuales se incorporan como referencia en la presente). Los agentes pueden estar conjugados, acoplados, unidos o asociados con un anticuerpo de acuerdo con la invención . En algunas modalidades los medicamentos de cáncer convencionales se administran con las composiciones de la presente invención. Los medicamentos convencionales contra el cáncer incluyen: a) agentes quimioterapéuticos contra el cáncer; b) agentes adicionales; c) precursores. Los agentes quimioterapéuticos contra el cáncer incluyen, sin limitación, agentes alquilantes tales como carboplatino y cisplatino; agentes alquilantes de mostazas nitrogenadas; agentes alquilantes de nitrosourea tales como
carmustina (BCNU) ; antimetabolitos tales como metotrexato; ácido folínico; antimetabolitos de análogo de purina; mercaptopurina, antimetabolitos de análogo de pirimidina tales como fluorouracilo (5-FU) y gemcitabina (GemzarMR) ; antineoplásicos hormonales tales como goserelina, leuprolide y tamoxifeno; antineoplásicos naturales tales como aldesleucina , interleucina-2 , docetaxel, etopósido (VP-16) , interferón , paclitaxel (TaxolMR) y tretinoina (ATRA) ; antineoplásicos naturales antibióticos tales como bleomicina, dactinomicina, daunorrubicina, doxorrubicina, daunomicina y mitomicinas que incluyen mitomicinas C; y antineoplásicos naturales de alcaloide de vinca tales como vinblastina, vincristina, vindesina; hidroxiurea aceglatona, adriamicina, ifosfamida, enocitabina, epitiostanol, aclarrubicina, ancitabina, nimustina, clorhidrato de procarbazina, carboquona, carboplatino, carmofur, cromomicina A3, polisacáridos antitumorales , factores plaquetarios antitumorales, ciclofosfamidas (CytoxinMR) , Esquizofilano, citarabina (arabinósido de citosina) , dacarbazina, tioinósina, tiotepa, tegafur, dolastatinas , análogos de dolastatina tales como auristatina, CPT-11 ( irinotecano ) , mitozantrona, vinorelbina, tenipósido, aminopterina, carminomicina, esperamicinas (véase, por ejemplo, la Patente de E.U.A. No. 4,675,187), neocarzinostatina, OK-432, bleomicina, furtulón, broxuridina, busulfano, honvano, peplomicina, bestatina (UbenimexMR) ,
interferón-ß, mepitiostano, mitobronitol , melfalano, péptidos de laminina, lentinano, extracto de Coriolus versicolor, tegafur/uracilo, estramustina (estrógeno/mecloretamina) . Los agentes adicionales los cuales se pueden utilizar como tratamiento para pacientes con cáncer incluyen EPO, G-CSF, ganciclovir ; antibióticos, leuprolida; meperidina; zidovudina (AZT) ; interleucinas 1 a 18 que incluyen mutantes de análogos; interferones o citocinas tales como interferones a, ß y y, hormona tales como hormona liberadora de hormona leutinizante (LHRH, por sus siglas en inglés) y análogos y hormona liberadora de gonadotropina (GnRH) ; factores de crecimiento tal como factor ß de crecimiento transformante (TGF-ß), factor de crecimiento de fibroblasto (FGF), factor de crecimiento de nervios (NGF) , factor liberador de hormonas del crecimiento (GHRF) , factor de crecimiento epidérmico (EGF) , factor homólogo del factor de crecimiento de fibroblastos (FGFHF) , factor de crecimiento de hepatocitos (HGF) y factor de crecimiento de insulina (IGF) ; factor a y ß de necrosis tumorales (TNF-a y ß) ; factor 2 inhibidor de invasión (IIF-2); proteínas 1-7 morfogenéticas óseas (BMP 1-7), somatostatina; timosina-oí-1 ; ?-globulina; superóxido dismutasa (SOD) ; factores de complemento; factores anti-angiogénicos ; materiales antigénicos y profármacos. En algunas modalidades se pueden administrar uno o más moduladores de AMIGO-2 junto con uno o más agentes
convencionales inmunoterapéuticos contra el cáncer. Los agentes de inmunoterapia pueden incluir aquellos que tienen como objetivo estimular al sistema inmunitario (por ejemplo estimular la producción o actividad de células citoliticas naturales, macrófagos y neutrófilos) tales como interferón , factor estimulador de colonias de granulocitos-monocitos (GM-CSF, por sus siglas en inglés), interleucina-12 o interleucina-2. Los agentes de inmunoterapia también pueden incluir uno o más agentes de vacuna útiles para tratar un cáncer. Por ejemplo, uno o más moduladores de AMIGO-2 se pueden administrar (por ejemplo al mismo tiempo, aproximadamente al mismo tiempo o como un componente de la estrategia de tratamiento general para un paciente) péptido, polipéptido o vacunas de vector viral para un cáncer dado o un antigeno de cáncer (por ejemplo un antigeno MAGE) . Uno o más moduladores de AMIGO-2 también se pueden administrar con uno o más tratamientos de anticuerpos monoclonales (por ejemplo agentes) dirigidos a cánceres particulares o antigenos cancérigenos . Por ejemplo rituximab (IDEC-C2B8) -un anticuerpo quimérico el cual se dirige al antigeno CD20 presente en algunos cánceres malignos de linfocitos B- se unen a receptores Fe en células efectoras inmunitarias (por ejemplo monocitos, macrófagos o células citoliticas naturales) y promueve la destrucción de células tumorales por estas células efectoras inmunitarias (también denominada toxicidad mediada
por células dependiente de anticuerpo, véase antes) . Los anticuerpos que se unen a células tumorales especificas o antigenos celulares tumorales también se pueden utilizar para activar la respuesta de citotoxicidad dependiente de complemento, como se describe en la presente. En algunas modalidades, uno o más moduladores de AMIGO-2 se pueden administrar junto con uno o más agentes contra el cáncer que tienen como objetivo el ciclo celular. Los agentes que tienen como objetivo el ciclo celular pueden incluir aquellos que se dirigen a mediadores proteinicos específicos del ciclo celular (por ejemplo cinasas dependientes de ciclina) tales como roscovitina o flavopiridol . Los agentes para tratar el ciclo celular (por ejemplo los compuestos) también pueden incluir agentes que provocan que las células en división (por ejemplo células cancerígenas) queden suprimidas en fases particulares del ciclo celular tal como, pero de ninguna limitado a taxol, estaurosporina, UCN-01, roscovitina o vinblastina. En algunas modalidades, uno o más moduladores de AMIGO-2 y uno o más agentes adicionales se administran al mismo tiempo. En otras modalidades, uno o más moduladores de AMIGO-2 se administran por primera vez y uno o más agentes adicionales se administran por segunda vez. En algunas modalidades, uno o más agentes adicionales se administran por primera vez y uno o varios moduladores de AMIGO-2 se
administran por segunda vez. Uno o más moduladores de AMIGO-2 pueden sustituir o aumentar un tratamiento administrado previamente de manera concurrente. Por ejemplo, por tratamiento con uno o más moduladores de AMIGO-2, la administración de uno o más agentes adicionales puede cesar o disminuir, por ejemplo, se puede administrar a niveles menores. En otras modalidades se mantiene la administración del tratamiento previo. En algunas modalidades se mantendrá un tratamiento previo hasta que el nivel de uno o más moduladores de AMIGO-2 alcanza un nivel suficiente para proporcionar un efecto terapéutico (por ejemplo cuando se determina la dosificación óptima para un paciente dado) . Los dos tratamientos se pueden administrar en combinación. En algunas modalidades, uno o más moduladores de AMIGO-2 se pueden administrar a un sujeto (por ejemplo un paciente humano) para alterar el nivel o dosificación de uno o más agentes que se administren de manera concurrente. Por ejemplo, cuando la dosificación de un primer tratamiento (por ejemplo uno o más agentes adicionales tales como taxol) son tóxicos o poco tolerados por un paciente, la dosificación puede disminuir cuando se administran uno o más moduladores de AMIGO-2. La administración de uno o más moduladores de AMIGO-2 proporciona un efecto terapéutico equivalente o mayor al del primer tratamiento sin los efectos secundarios tóxicos o poco tolerados.
Un profármaco se refiere a un precursor o una forma derivada de una sustancia farmacéuticamente activa que es menos citotóxica o no citotóxica para las células tumorales en comparación con el medicamento de origen y es capaz de ser activado enzimáticamente o se puede convertir en una forma activa o en una forma original, más activa. Véase, por ejemplo, Wilman, "Prodrugs in Cáncer Chemotherapy" Biochemical Society Transaction, 14, pp. 375-382, 615th Meeting Belfast (1986) y Stella et al., "Prodrugs: A Chemical Approach to Targeted Drug Delivery", Directed Drug Delivery, Borchardt et al., (ed.), pp. 247-267, Humana Press (1985). Los profármacos incluyen, pero no se limitan a profármacos que contienen fosfato, profármacos que contienen tiofosfato, profármacos que contienen sulfato, profármacos que contienen péptidos, profármacos modificados con D-aminoácido, profármacos glucosilados , profármacos que contiene b-lactama, profármacos que contienen fenoxiacetamida opcionalmente sustituida o profármacos que contienen fenilacetamida opcionalmente sustituidos, 5-fluorocitosina u otros profármacos de 5-fluorouridina se pueden convertir en un medicamento libre citotóxico más activo. Los ejemplos de medicamentos citotóxicos que pueden formar derivados en una forma de profármaco para uso en la presente incluyen, pero no se limitan a aquellos agentes quimioterapéuticos descritos en lo anterior.
Aspectos clínicos En algunas modalidades, los métodos y composiciones de la presente invención son particularmente útiles en los cánceres de pulmón, vejiga, riñon, colon, mama, útero, ovario y páncreas y en metástasis cancerígenas. En algunas modalidades, el cáncer es cáncer de pulmón o colon. Composiciones farmacéuticas La presente invención también proporciona composiciones farmacéuticas que comprenden uno o más moduladores de AMIGO-2 y un portador farmacéuticamente aceptable. En algunas modalidades las composiciones farmacéuticas se preparan como materiales inyectables, ya sea soluciones o suspensiones líquidas; las formas sólidas adecuadas para solución, suspensión, los vehículos líquidos antes de la inyección también se pueden preparar. Los liposomas también se incluyen dentro de la definición de un portador farmacéuticamente aceptable. Las sales farmacéuticamente aceptables también pueden estar presentes en la composición farmacéutica, por ejemplo sales de ácido mineral tales como clorhidratos, bromohidratos , fosfatos, sulfatos y similares; y las sales de ácidos orgánicos tales como acetatos, propionatos, malonatos, benzoatos y similares. Una discusión exhaustiva de los excipientes farmacéuticamente aceptables está disponible en Remington: The Science and Practice of Pharmacy (1995) Alfonso Gennaro, Lippincott,
Williams & Wilkins. Métodos para detectar AMIGO-2 La presente invención también proporciona métodos para detectar AMIGO-2. En algunas modalidades, AMIGO-2 está presente en un paciente o en una muestra de un paciente. En algunas modalidades el método comprende administrar una composición que comprende uno o más moduladores de AMIGO-2 al paciente y detectar la ubicación del agente generador de imagen en el paciente. En algunas modalidades, la muestra del paciente comprende células cancerígenas. En algunas modalidades el modulador de AMIGO-2 se une a un agente generador de imagen o se marca de manera detectable. En algunas modalidades, el modulador de AMIGO-2 es un anticuerpo de AMIGO-2 conjugado a un agente generador de imagen y se administra al paciente para detectar uno o más tumores o para determinar la susceptibilidad del paciente a tratamiento de AMIGO-2. Los anticuerpos marcados se unirán a la alta densidad de receptores en células y de esta manera se acumularán en las células tumorales. Utilizando técnicas convencionales o estándar de generación de imágenes se puede detectar el sitio de los tumores. La presente invención también proporciona métodos de generación de imagen/detección de células o tumores que expresen o sobreexpresen AMIGO-2, que comprende poner en contacto una composición que comprende un modulador de AMIGO-2
a una muestra y detectar la presencia del modulador de AMIGO-2 en la muestra. En algunas modalidades, la muestra es una muestra en un paciente. En algunas modalidades, la muestra del paciente comprende células cancerígenas. En algunas modalidades, el modulador de AMIGO-2 se une a un agente generador de imagen o está marcado de manera detectable. La presente invención también proporciona métodos para cuantificar la cantidad de AMIGO-2 presente en un paciente, célula o muestra. Los métodos comprenden administrar uno o más anticuerpos, sondas o moléculas pequeñas a un paciente o a una muestra y detectar la cantidad de AMIGO-2 presente en la muestra. En algunas modalidades, los anticuerpos, sondas o moléculas pequeñas se unen a un agente generador de imagen o se marcan de manera detectable. La información indica, por ejemplo, si el tumor está o no relacionado con AMIGO-2 y por lo tanto si se pueden usar o evitar tratamientos específicos. En algunas modalidades, utilizando técnicas estándar bien conocidas por los expertos en la técnica se obtienen muestras que se considere que incluyen células tumorales y se ponen en contacto con anticuerpos, sondas, oligonucleótidos o moléculas pequeñas, marcados. Después de eliminar cualquier anticuerpo, sonda, oligonucleótido o molécula pequeña marcado no unido, la cantidad de anticuerpos, péptidos, oligonucleótidos o miméticos marcados unidos a una célula o la cantidad de
anticuerpos, péptidos, oligonucleótidos o miméticos separados como no unidos es lo que se determina. La información se relaciona directamente con la cantidad de AMIGO-2 presente. La generación de imagen se puede realizar utilizando procedimientos bien conocidos por aquellos habitualmente expertos en la técnica. La generación de imagen se puede realizar, por ejemplo, por radioscintigrafia , generación de imágenes por resonancia magnética nuclear (MRI, por sus siglas en inglés) y tomografia computarizada (exploración CT, por sus siglas en inglés). Las radiomarcas utilizadas más comúnmente para agentes generadores de imagen incluyen yodo radioactivo e indio. La generación de imágenes por exploración CT puede utilizar un metal pesado tal como un quelato de hierro. La exploración por MRI puede utilizar quelatos de gadolinio o manganeso. De manera adicional es posible la tomografia de emisión de positrones (PET, por sus siglas en inglés) utilizando emisores de positrones de oxigeno, nitrógeno, hierro, carbono o galio. En algunas modalidades, el modulador de AMIGO-2 es un anticuerpo de AMIGO-2. En algunas modalidades, el modulador está unido a un agente generador de imagen o está marcado de manera detectable. En. algunas modalidades, el agente formador de imagen es 18F, 43K, 52Fe, 57Co, 67Cu, 67Ga, 7 Br, 87MSr, 86Y, 90Y, "MTc, llxIn, 123I, 125I, 127Cs, 129Cs, 131I, 132I, 197Hg, 203Pb, o 206Bi.
Los métodos de detección son bien conocidos por aquellos expertos en la técnica. Por ejemplo, los métodos de detección de polinucleótidos que incluyen, pero no se limitan a PCR, transferencia Northern, transferencia Southern, protección de ARN e hibridación de ADN (que incluye hibridación in situ) . Los métodos de detección de polipéptidos incluyen, pero no se limitan a transferencia Western, ELISA, ensayo de actividad de enzimas, transferencia de ranuras, huellas dactilares de masa peptidica, electroforesis , inmunoquimica e inmunohistoquímica . Otros ejemplos de métodos de detección incluyen, pero no se limitan a radioinmunoensayo (RIA) , inmunoensayo por quimioluminiscencia, fluoroinmunoensayo, fluoroinmunoensayo separado en tiempo (TR-FIA, por sus siglas en inglés), microscopía fluorescente en dos colores o ensayo inmunocromatográfico (ICA, por sus siglas en inglés), como es bien sabido por aquellos expertos en la técnica. En algunas modalidades de la presente invención, la expresión polinucleotídica se detecta utilizando metodologías de PCR y la producción polipeptídica se detecta utilizando tecnología ELISA. Métodos para suministrar un agente citotóxico o un agente de diagnóstico a una célula La presente invención también proporciona métodos para suministrar un agente citotóxico o un agente de diagnóstico a una o más células que expresan AMIGO-2. En
algunas modalidades, los métodos comprenden poner en contacto un modulador de AMIGO-2 de la presente invención conjugado a un agente citotóxico o un agente de diagnóstico con la célula. Métodos para determinar el pronóstico de un paciente con cáncer La presente invención también proporciona métodos para determinar el pronóstico de un paciente con un cáncer asociado a AMIGO-2. En algunas modalidades, los métodos comprenden determinar las proporciones de niveles de AMIGO-2 localizado en la membrana celular, en comparación con los niveles de AMIGO-2 que se localiza en otras áreas de las células cancerígenas. En algunas modalidades, los pacientes con un nivel superior de AMIGO-2 localizado en la membrana celular de AMIGO-2 localizada en otras áreas de las células con cáncer que no incluyen la membrana celular indican que el paciente tiene un cáncer relacionado con AMIGO-2 y es susceptible de tratamiento de AMIGO-2. En algunas modalidades una proporción de AMIGO-2 localizada en la membrana celular en comparación con AMIGO-2 localizado en otras áreas de las células cancerígenas que no incluyen la membrana celular, de por lo menos 2:1 indica que el paciente presenta un cáncer relacionado con AMIGO-2 y que es susceptible de tratamiento de AMIGO-2. En algunas modalidades, una proporción de AMIGO-2 localizada en la membrana celular respecto a AMIGO-2 localizado en otras áreas de las células con cáncer que no
incluye en la membrana celular, de por lo menos 3:1 indica que el paciente tiene un cáncer relacionado con AMIGO-2 y es susceptible de tratamiento de AMIGO-2. Métodos para determinar la susceptibilidad a tratamiento de AMIGO-2 La presente invención también proporciona métodos para determinar la susceptibilidad de un paciente a tratamiento con AMIGO-2. Los métodos comprenden detectar la presencia o ausencia de pruebas de expresión diferencial de AMIGO-2 en un paciente o en una muestra de un paciente. En algunas modalidades, la presencia de pruebas de expresión diferencial de AMIGO-2 en el paciente o en la muestra es indicativo de un paciente quien es susceptible a tratamiento de AMIGO-2. En algunas modalidades, la ausencia de pruebas de expresión diferencial de AMIGO-2 en el paciente o en la muestra del paciente es indicativo de un paciente quien no es un candidato para tratamiento de AMIGO-2. En algunas modalidades, AMIGO-2 no es regulado por aumento de manera significativa en células cancerígenas en comparación con células normales, aunque existe una dependencia diferencial de células cancerígenas y de células normales a la expresión de AMIGO-2. En algunas modalidades, la modulación de AMIGO-2 afecta las interacciones tumorales-estromales . En algunas modalidades, la modulación de AMIGO-2 inhibe las interacciones entre tejidos tumorales y estromales.
En algunas modalidades, los métodos terapéuticos comprenden primero identificar a pacientes susceptibles a tratamiento con AMIGO-2 que comprende administrar al paciente en necesidad del mismo una composición que comprende un modulador de AMIGO-2 unido a un agente generador de imagen y detectar la presencia o ausencia de pruebas del gen o producto del gen en el paciente. En algunas modalidades, los métodos terapéuticos comprenden además administrar uno o más moduladores de AMIGO-2 al paciente si el paciente es un candidato para tratamiento de AMIGO-2 y tratar al paciente con un tratamiento convencional para el cáncer si el paciente no es un candidato para tratamiento de AMIGO-2. En algunos métodos terapéuticos, uno o más moduladores de AMIGO-2 se administran a los pacientes solos o en combinación con otros medicamentos anticancerigenos cuando el paciente se identifica que tiene un cáncer o que es susceptible a un cáncer. Métodos para determinar el progreso de cáncer La invención también proporciona métodos para determinar el progreso de cáncer en un paciente que comprende comparar el nivel de un producto de expresión de AMIGO-2 en una muestra biológica en un primer punto en el tiempo a un nivel del mismo producto de expresión en un segundo punto en el tiempo. Un cambio en el nivel de producto de expresión en el segundo punto en el tiempo en relación al primer punto en
el tiempo es indicativo de progreso del cáncer. Métodos para cribado La presente invención también proporciona métodos de cribado para agentes anticancerigenos . Los métodos comprenden poner en contacto a una célula que expresa AMIGO-2 con un compuesto candidato y determinar si se modula la actividad biológica relacionada con AMIGO-2. En algunas modalidades la inhibición de uno o más de la inestabilidad cromosómica, actividad de cinasa, tumorigenicidad, crecimiento de células cancerígenas, supervivencia de células cancerígenas, formación de tumores, proliferación de células cancerígenas, metástasis, desplazamiento de células, fosforilación de sustratos, producción de ciclina, angiogénesis , proliferación de células, regulación del ciclo celular, señalización, adhesión célula-célula, interacción célula-membrana celular, interacción célula-matriz celular, crecimiento independiente de anclaje, localización de proteína AMIGO-2 a la membrana celular, interacciones entre AMIGO-2 y uno o más de AMIGO-1 o AMIGO-3 y la expresión de AMIGO-2 es indicativo de un agente anticancerígeno. En algunas modalidades, los agentes anticancerígenos identificados por los métodos de la presente invención se administran a pacientes en necesidad de los mismos en métodos terapéuticos y/o de diagnóstico. En algunas modalidades, la invención proporciona métodos para el cribado para agentes anticancerígenos,
particularmente agentes anti-cáncer metastático, por ejemplo, mediante cribado de moduladores putativos para determinar la capacidad para modular la actividad o el nivel de un marcador corriente abajo. En algunas modalidades, los agentes candidatos que disminuyen los niveles de ciclina DI, ciclina Bl, c-Myc, c-Jun, cinasa regulada en la señal extracelular (ERK) ; factor de crecimiento endotelial vascular (VEGF, por sus siglas en inglés), urocinasa y poli (ADP-ribosa ) Polimerasa 1 (PARP1) se identifican como agentes anticancerigenos . En algunas modalidades, la invención proporciona métodos para identificar un modulador de AMIGO-2. En algunas modalidades, el método comprende comparar la fosforilación de AMIGO-2 en una muestra que comprende una o más células que expresan AMIGO-2 en presencia y ausencia de un compuesto candidato. En algunas modalidades la modulación de fosforilación de AMIGO-2 y la muestra en presencia de un compuesto candidato en comparación con la fosforilación de AMIGO-2 en la muestra, en ausencia del compuesto candidato, indica que el compuesto candidato es un modulador de AMIGO-2. En algunas modalidades, se aisla AMIGO-2 de una muestra utilizando un anticuerpo inmunoprecipitante . En algunas modalidades, el anticuerpo inmunoprecipitante es un anticuerpo anti-AMIGO-2 de la presente invención. En algunas modalidades, la fosforilación de AMIGO-2 es fosforilación de serina/treonina . En algunas modalidades se detecta y/o
cuantifica la fosforilación de AMIGO-2 utilizando un anticuerpo fosfoserina/treonina . En algunas modalidades, el anticuerpo inmunoprecipitante es un anticuerpo fosfoserina/treonina . Métodos para detectar modulación de AMIGO-2 En algunas modalidades, la invención proporciona métodos para detectar la modulación de actividad AMIGO-2 en células. En algunas modalidades, los métodos comprenden poner en contacto una muestra que comprende células las cuales expresan AMIGO-2 con un inhibidor de AMIGO-2 durante un tiempo suficiente para modular la actividad de AMIGO-2, inmunoprecipitar AMIGO-2 con un anticuerpo para AMIGO-2 de la presente invención; y comparar la fosforilación de serina/treonina de AMIGO-2 en la muestra con un control utilizando un anticuerpo fosfoserina/treonina . En algunas modalidades, la alteración de la fosforilación de serina/treonina de AMIGO-2 en las células de la muestra en comparación con un control son una indicación de la modulación de la actividad de AMIGO-2. En algunas modalidades, la fosforilación de AMIGO-2 es la fosforilación de serina/treonina. En algunas modalidades, se detecta la fosforilación de AMIGO-2 y/o se cuantifica utilizando un anticuerpo fosfoserina/treonina . En algunas modalidades, el anticuerpo inmunoprecipitante es un anticuerpo fosfoserina/treonina .
En algunas modalidades, la invención proporciona métodos para detectar la modulación de actividad de AMIGO-2 en una muestra que comprende células las cuales sobreexpresan AMIGO-2. En algunas modalidades, los métodos comprenden sobreexpresar AMIGO-2 en las células durante un tiempo suficiente para modular la actividad de AMIGO-2, inmunoprecipitar AMIGO-2 con un anticuerpo para AMIGO-2 de la presente invención y comparar la fosforilación de serina/treonina de AMIGO-2 en la muestra con un control utilizando un anticuerpo fosfoserina/treonina . En algunas modalidades, la alteración de la fosforilación de serina/treonina de AMIGO-2 en la muestra en comparación con un control es una indicación de la modulación de la actividad de AMIGO-2. En algunas modalidades, los métodos comprenden poner en contacto una muestra con un inhibidor de AMIGO-2 durante un tiempo suficiente para modular la actividad de AMIGO-2, inmunoprecipitar AMIGO-2 con un anticuerpo anti-fosfoserina/treonina y comparar el nivel de AMIGO-2 fosforilado en la muestra con un control utilizando un anticuerpo de la presente invención. En algunas modalidades, la alteración del nivel de AMIGO-2 fosforilado en la muestra, en comparación con el control, es una indicación de la modulación de actividad de AMIGO-2. En algunas modalidades, el método comprende
sobreexpresar AMIGO-2 en la muestra durante un tiempo suficiente para modular la actividad de AMIGO-2, inmunoprecipitar AMIGO-2 con un anticuerpo anti-fosfoserina/treonina y comparar el nivel de AMIGO-2 fosforilado en la muestra con un control utilizando un anticuerpo para AMIGO-2 de la presente invención. En algunas modalidades, la alteración del nivel de AMIGO-2 fosforilado en la muestra en comparación con un control es una indicación de la modulación de la actividad de AMIGO-2. Métodos para purificar AMIGO-2 En algunas modalidades, la invención proporciona métodos de purificación de la proteina AMIGO-2 a partir de una muestra que comprende AMIGO-2. Los métodos comprenden proporcionar una matriz de afinidad que comprende un anticuerpo para AMIGO-2 de la presente invención unido a un soporte sólido, poner en contacto una muestra con la matriz de afinidad para formar un complejo de matriz de afinidad-proteina AMIGO-2, separar el complejo de matriz de afinidad-proteína de AMIGO-2 del resto de la muestra y liberar la proteína AMIGO-2 de la matriz de afinidad. Kits En algunas modalidades, la presente invención proporciona kits para generar imágenes y/o detectar un gen o un producto de gen que se relaciona con la expresión diferencial de AMIGO-2. Los kits de la invención comprenden
anticuerpos detectables, moléculas pequeñas, oligonucleótidos , señuelos, miméticos o sondas así como instrucciones para llevar a cabo los métodos de la invención. Opcionalmente, los kits también pueden contener uno o más de lo siguiente: controles (positivos y/o negativos) , recipientes para los controles, fotografías o muestras de ejemplos representativos de resultados positivos y/o negativos. Cada una de las patentes, solicitudes de patentes, números de acceso y publicaciones de kits en la presente se incorporan en la presente como referencia en su totalidad. Diversas modificaciones de la invención, además de las descritas en la presente, serán evidentes para aquellos expertos en la técnica al considerar la descripción precedente. Las modificaciones también se considera que se encuentran dentro del alcance de las modalidades anexas. La presente invención se relaciona adicionalmente en los siguientes ejemplos que son únicamente con propósitos de ilustración y no se pretende que limiten el alcance de la presente invención. EJEMPLOS Ejemplo 1: La expresión de AMIGO-2 es regulada por aumento en algunos tejidos cancerígenos Se aisla ARNm de cáncer de colon microextirpado por captación láser (LCM, por sus siglas en inglés), tejidos de cáncer de mama y cáncer de próstata y se compara el ARNm ya
sea con un acumulado de tejido normal respectivo (figura 1A; RSM = mezcla estándar de referencia) o células normales adyacentes a células cancerígenas dentro de cada muestra de tejido (figura IB). Las muestras se prueban por ensayo de arreglo oligonucleotídico en AffymetrixMR GeneChipsMR (Affymetrix, Inc., Santa Clara, CA) (figura 1A) o arreglos que se generan en el laboratorio utilizando bibliotecas de ADNc elaboradas de tejido cancerígeno (figura IB). Para cada tabla en las figuras 1A y IB se indica el número de pacientes, seguido por la expresión relativa entre el cáncer y las muestras normales ("%GE2X" y ">=2X" indica regulación por aumento en 2 veces; "%LE.5X" y "<=2x" indica regulación por disminución en 2 veces) . Ambos conjuntos de chips demuestran que AMIGO-2 es regulado por aumento en cáncer de colon. Los experimentos realizados con chips del laboratorio indican que AMIGO-2 también es regulado por aumento en canceres de mama y próstata. La regulación por aumento de estos tejidos no se observa en los experimentos con affymetrix. También se utiliza la reacción en cadena de polimerasa acoplada a trascripción inversa (RT-PCR, por sus siglas en inglés) para examinar los niveles relativos de ARNm para AMIGO-2 en muestras de tejido normal y con cáncer (figura 2) . Se comparan por RT-PCR semi-cuantitativa (GeneAmpMR, Applied Biosystems, Foster City, CA) un conjunto de tejidos normales y acumulados de muestras extirpadas por LCM
(disección por captación láser) de cáncer de colon, mama y próstata (8 pacientes por conjunto) . Dos conjuntos de cebadores se prueban con resultados similares (datos de conjunto de cebadores denominado "ABTP 508/509" y se muestra en la figura 2) . Entre los tejidos normales probados mama y pulmón mostraron la expresión relativa más elevada. El cáncer de colon muestra una regulación por aumento mayor de 5 veces con respecto al colon normal y una regulación por aumento de varias veces con respecto a mama normal. Una representación gráfica de un ensayo de distribución de oligonucleótidos de la expresión de ARNm para AMIGO-2 en tejidos cancerígenos y normales utilizando un arreglo de genoma humano U133 Plus 2.0 (Affymetrix, Inc.) se muestra en las figuras 3 y 4. Los tipos de tejido normal y cancerígenos se presentan a lo largo del eje de las abscisas. En la figura 4 los tejidos cancerígenos se marcan con "c_" (por ejemplo "c_mama_ducto" , que representa una muestra de tejido de cáncer de mama) y los tejidos normales se marcan con una "n_". Los tipos de tejidos se marcan adicionalmente con respecto al tipo y subtipo de tejido, si se conoce. Por ejemplo "c_mama_ducto" es un tejido cancerígeno de cáncer de mama que se localiza en el ducto mamario. Si el subtipo no está claro durante la extirpación quirúrgica o se desconoce, la marca incluye "ns" para "no especificado". Cada punto en el eje de las ordenadas de las figuras 3 y 4 representa una
muestra de tejido de un solo paciente y la altura de cada punto con respecto al eje de las ordenadas (lineal) representa el nivel de expresión relativo de la sonda establecida. La figura 3 representa un ensayo lineal mientras que los datos en la figura 4 representan una escala log2. Los circuios negros representan muestras con niveles de expresión en el intervalo de detección lineal. Los circuios blancos representan un limite superior sobre la expresión de genes en muestras en donde el gen está por debajo del limite de detección de la sonda establecida. Los cuadros blancos representan un limite inferior sobre la expresión de gen en muestras en donde la sonda establecida está saturada. Antes de realizar un ensayo, cada sonda establecida se calibra al analizar el comportamiento de sus sondas constitutivas a través de un conjunto grande y diverso de muestras. Esta calibración mide la sensibilidad relativa de cada sonda y el intervalo de intensidades dentro de las cuales la respuesta de la sonda establecida es lineal entre las sondas. Las intensidades por debajo de este intervalo se denominan "no detectadas" mientras que aquellas por encima se denominan como "saturadas". Debido a la variación en la hibridación y la eficacia de marcado entre las muestras, cada distribución se normaliza después de aplicación de las calibraciones. Esto provoca que los limites superior e inferior del intervalo, en términos de expresión de genes,
varían en cierta medida de una muestra a otra. Ejemplo 2 : La inmunohistoquimica muestra que AMIGO-2 se expresa en canceres de colon y pulmón Se desparafinan cortes de tejido y se realiza recuperación de antígeno con un instrumento Ventana Discovery (Ventana Medical Systems, Inc., Tucson, AZ ) . Se realiza acondicionamiento de células estándar y después las células se incuban durante 60 minutos con anticuerpos primarios. Un anticuerpo de conejo anti-AMIGO-2 humano (Chiron, Emeryville, CA) y un control de hemorragia previa de IgG de conejo (Chiron, Emeryville, CA) se utilizan a 10 µ?/p??. En el reactivo secundario universal ventana (Ventana Medical Systems, Inc.) seguido por el kit de mapa DAB ventana (ventana Medical Systems , Inc.) se utiliza para la detección. Se utilizan para tinción contrastante hematoxilina ventana y reactivos de coloración azul (Ventana Medical Systems, Inc.) y los cortes se deshidratan en alcohol gradual, se depuran en xileno y se coloca un cubreobjetos utilizando un medio de montaje sintético. Las tinciones indican que AMIGO-2 se expresa en células tumorales y en estroma tumoral. La expresión de AMIGO-2 en tejido estromal que rodea a los tumores se observa como equivalente o mayor que la expresión en los tumores mismos, lo que indica que AMIGO-2 puede ser importante para la vascularización que se requiere para soportar el crecimiento
de tumores. Ejemplo 3: Las concentraciones de protelna AMIGO-2 varían en las diferentes lineas celulares Se producen Usados de proteina a partir de sedimentos celulares de diferentes lineas de células y los lisados se someten a inmunoprecipitación con un anticuerpo para A IGO-2 disponible comercialmente (MAB2080 para R&D Systems, Inc., Minneapolis , MN) el cual reconoce específicamente AMIGO-2 pero a las proteínas AMIGO-1 o AMIGO-3. Las líneas de células incluyen una línea de cáncer gástrico humano (AGS, por sus siglas en inglés), dos líneas de cáncer de colon (SW620 y HT29) , dos líneas de cáncer colorectal (Colo320 y HCT116) y una línea de células embriónicas (293-CMVII) (figura 5). Las proteínas captadas por inmunoprecipitación se separan por electroforesis en gel de acrilamida y después se someten a ensayo Western utilizando un anticuerpo anti-AMIGO-2 generado en el laboratorio (figura 5). Se observan dos bandas (~63 kD y ~90 kD) en las líneas de células de colon y gástrico. El producto de peso molecular más elevado puede ser una forma glucosilada, fosforilada o multimérica de AMIGO-2. Los niveles de Ct por RT-PCR semi-cuantitativa relativa se determinan y se indican entre paréntesis adyacentes a los nombres de cuatro de las líneas celulares en la figura 5. El valor Ct indica el umbral de detección después de cierto número de ciclos de PCR. Un valor
Ct mayor indica que se requiere un número mayor de ciclos para detectar el ADNc y por lo tanto es indicativo de concentraciones menores de ARNm. Todas las lineas celulares probadas son positivas para ARNm para AMIGO-2, pero la capacidad de detectar proteina disminuye con cantidades cada vez menores de ARNm. La figura 5 indica que AMIGO-2 se expresa en niveles significativos en lineas de células de cáncer de colon . Ejemplo 4 : Ensayo funcionales Un conjunto de ARNsi se prueba para determinar su capacidad para bloquear la expresión de ARNm para AMIGO-2 en células S 620 (una linea de células de cáncer de colon que expresan AMIGO-2) (figura 6) . En la tabla 3 se presentan las secuencias de los ARNsi probados en la figura 6. Los ARNsi para AMIGO-2 que se muestran en la figura 6 todos reducen los niveles de ARNm para AMIGO-2 en cierto grado, pero los agentes de ARNsi C315-1.3 y C315-4.3 parecen ser los más eficaces en reducir los niveles de ARNm. Aunque los niveles de proteina AMIGO-2 no son detectables por ensayo de transferencia Western en células Colo320 y HCT116 (véase la figura 5), los ARNsi específicos para AMIGO-2 C315-1.3 y C315-4.3 reducen los niveles de ARNm para AMIGO-2 en estas líneas celulares (figuras 7A y 7B) , lo que concuerda con la expresión positiva de ARNm en células Colo320 y HCT116.
La consecuencia funcional de bloqueo de expresión de AMIGO-2 se prueba por varios métodos. Se utiliza un kit disponible comercialmente (ToxiLightMR, Cambrex Corporation, East Rutherford, NJ) para determinar el grado de muerte celular ante el bloqueo de expresión de AMIGO-2 en la linea de células de cáncer de colon S 620. Aunque se observa muy poca muerte celular en una muestra control no transfectada y un control negativo, el bloqueo de la expresión de un gen de control positivo y AMIGO-2 (por dos reactivos de ARNsi diferentes) muestra toxicidad significativa (figura 8A) . La consecuencia funcional del bloqueo de la expresión de AMIGO-2 en células MRC9 también se examinó. Aunque se detecta una cantidad menor de muerte celular en las células tratadas con ARNsi en control, negativo, se observa una cantidad significativa y susceptible de reproducción de muerte celular en células MRC9 tratadas con ARNsi CHIR315-1.3SI (figura 8B) . La consecuencia funcional del bloqueo de la expresión de AMIGO-2 también se prueba al examinar el efecto de ARNsi CHIR315-1.3SI y CHIR315-4.3SI en la separación de PARP y la expresión de M30 en una linea de células de cáncer gástrico, AGS . La separación de PARP y la producción de M30 son indicativas de activación de caspasa, el cual es un mediador de apoptosis. Las células se incuban con los ARNsi durante 48 horas y después los Usados de células se analizan por transferencia Western para determinar la expresión y
procesamiento de AMIGO-2, PARP, M30 y tubulina. Se incrementa la separación de PARP y la expresión de M30 también aumenta en el control positivo y en las muestras tratadas con ARNsi, lo que indica un incremento de apoptosis en estas lineas celulares (figura 9) . Como se esperaba, las concentraciones de proteina AMIGO-2 disminuyen después de la exposición a cada uno de los ARNsi (figura 9, panel superior) . El efecto de ARNsi CHIR315-1.3SI y CHIR315-4.3SI en la separación de PARP y la expresión de M30 también se examina en la linea de células de cáncer de colon, S 620. Las células SW620 se incuban con ARNsi específicos para AMIGO-2 (o ARNsi control) durante 72 horas y los lisados celulares se analizan por transferencia Western como en lo anterior. Se detecta la separación de PARP en células SW620 tratadas con CHIR315-1.3SI lo que indica que la apoptosis se produjo en estas células como resultado del tratamiento con ARNsi. También se utilizaron otros ensayo para examinar las consecuencias funcionales del bloqueo de expresión de AMIGO-2 en una diversidad de líneas celulares que incluyen las líneas de células cancerígenas AGS, SW620, HT29, A549 y Colo320; las líneas de células epiteliales de mama no tumorigénicas 184B5 y HMEC; y una línea de células de fibroblasto de tumor humano normal MRC9. Los experimentos se realizaron utilizando los dos diferentes ARNsi para AMIGO-2; C315.1.3SI y C315-4.3SI. También se confirmó el bloqueo de expresión de AMIGO-2 en
todos los experimentos. Los resultados de estos experimentos son como siguen. Se utilizaron ensayo de ADN sub-Gl para medir la muerte celular utilizando citrometria de flujo. La muerte de células aumentadas se detectó después de la transfección con los ARNsi para AMIGO-2 en las lineas de células cancerígenas AGS, SW620, A549 y Colo320 y en un grado pequeño en células HT29 pero en 184B5 o HMEC. No se reportaron datos para células MRC9. También se utilizaron los ensayo de apoptosis para medir la muerte celular al detectar la separación de PARP y/o la producción de M30. Se detecta muerte celular aumentada después de transfección con el ARNsi para AMIGO-2, C315-lsi y C315-4si en las líneas de células cancerígenas AGS y SW620, pero no en células A549. No se reportaron datos para las líneas de células HT29, Colo320, 184B5, HMEC o MRC9. También se utilizaron los ensayo TocilightMR (Cambrex Corporation, East Rutherford, NJ) para medir la muerte celular de acuerdo con las instrucciones del fabricante. Las células se siembran en placa a una densidad que será aproximadamente 80-95% confluente después de 1 día en placas de 96 pozos. Los oligonucleótidos se diluyen a 2 µ? en OptiMEMMR. Después se agrega oligonuicleótido-OptiMEMMR a un vehículo de suministro que se selecciona de manera que se
optimice para el tipo de célula particular que se va a utilizar en el ensayo. La mezcla de oligonucleótido/vehiculo de suministro después se diluye adicionalmente el medio con suero sobre las células. La concentración final de oligonucleotidos de ARNsi es de 50 nM. Los oligonucleotidos se preparan como se describe en lo anterior. Se transfectan células desde aproximadamente 4 horas hasta toda la noche a 37°C y la mezcla de transfección se sustituye con medio fresco. Las células transfectadas se tripsinizan y se cuentan para determinar las células totales que permanecen unidas a la placa, a las 48 o 72 horas. Se detecta la muerte celular aumentada después de transfección con ARNsi para AMIGO-2 en las lineas de células cancerígenas S 620 y A549, pero no en células MRC9. No se reportan datos para las líneas de células AGS, HT29, Coló 320, 184B5 o HMEC. Se utilizan los ensayo de brillo de título celular (medición de ATP; Promega) para medir el crecimiento de células que dependen de anclaje. A las 24 horas las células se siembran en placas sobre placas de 96 pozos a aproximadamente 3000-5000 células/pozo. En diversos puntos en el tiempo (24 horas, 48 horas, 72 horas, 96 horas o 120 horas después de la transfección) se lisan las células y se realizan ensayo utilizando el brillo de título celular, de acuerdo con las instrucciones del fabricante. El resultado del ensayo de
brillo de titulo celular proporciona fluorescencia que es proporcional al número de células relativo. Una disminución en el crecimiento de células, que dependen de anclaje se observa en células AGS, SW620, HT29, Colo320, A549 y MRC9, pero no en células 184B5 o HMEC . Se utilizan ensayo de agar suave para medir el crecimiento de células independiente de anclaje. Los ensayo en agar suave se realizan al recubrir primero una placa tratada con cultivo sin tejido con poli-HE A para evitar que las células se unan a la placa. Las células no transíectadas se cosechan utilizando tripsina y se lavan dos veces en medio. Se cuentan las células utilizando un hemocitómetro y se resuspenden a 104 células por mi en medio. Se colocan alícuotas de 50 µ? en placas de 96 pozos recubiertas con polyHEMA y se transfectan. El día después de la transfección las células se tripsimizan, se resuspenden y se cuentan. Las células se diluyen a aproximadamente 500 células /100 µ?/???? y se transfieren a un bloque de pozo profundo (volumen máximo = 1 ml/pozo, por triplicado, siguiendo colocación estándar) . Las células se siembran en dos placas: una placa Corning #7007 Ultra Low Adherent U para el ensayo y Corning #3799 para verificación de eficiencia de siembra en placa. Se funda agarosa 3% GTG Seaplaque en un horno de microondas al calentar
durante aproximadamente 1 minuto. Cuando se ha fundido por completo se vierten aproximadamente 10 mi en tubos de polipropileno de 50 mi calentados previamente (Falcon # 35-2070) y se incuba en un bloque térmico a 60 °C durante por lo menos 10 minutos. Se agregan aproximadamente 18.6 mi de medio completo a un tubo de polipropileno de 50 mi y se incuba a aproximadamente 37 °C en baño maria. Se utiliza un kit de pipeteo MultimekMR para suministrar agarosa a las células en placas de 96 pozos. Se vierten aproximadamente 18.6 mi de medio tibio en los 10 mi de agarosa y se mezcla bien por inversión ligera. Las placas se incuban a aproximadamente 4°C durante 20-30 min para permitir que la agarosa solidifique rápidamente. Después de que la agarosa a solidificado se agregan 100 µ? de medio completo sobre las células. Para medir la eficacia de siembra en placa en el día 0, se agrega aproximadamente 25 µ?/???? de Alamar Blue y se incuba durante la noche a 37°C. Se leen las placas después de 18-24 horas aproximadamente a 530 ex/590 em en un lector de placa TECAN. Las placas de ensayo se incuban a 37°C durante 7 días antes de su revelado con Alamar Blue (25 µ?/????) . Se observa una disminución en el crecimiento de células independientes de anclaje en las células SW620, A549 y MRC9. No se reportaron datos en células AGS, HT29 o Colo320. Este ensayo no es apropiado para probar células MRC9, 184B5 y
HMEC debido a que las células normales de tipo típicamente no crecen de una manera independiente a anclaje. La inhibición de formación de colonias en las líneas de células cancerígenas utilizando moduladores AMIGO-2 indica que AMIGO-2 es importante en la producción y/o mantenimiento del fenotipo metastásico. El efecto de bloqueo de expresión de AMIGO-2 por los ARNsi C315.1.3si y C315-4.3si en los marcadores corriente abajo relevantes funcionalmente se probó en células SW620 y AGS. Las células se incubaron en ARNsi durante 48 horas y después se analizaron los lisados de células por transferencia Western. Se utilizó el anticuerpo anti-AMIGO-2 , RBAd70 (Chiron, Emeryville, CA) para detectar la proteína AMIGO-2. Se utilizó tubulina como un control de carga. Ambos ARNsi provocaron una disminución en los niveles de proteína AMIGO-2 en células SW620 y AGS (figuras 10A y 11) . En células SW620, C315.1.3si parece reducir los niveles de proteína AMIGO-2 más eficazmente que 315-4.3si (figura 10A) . El efecto del bloqueo de la expresión de AMIGO-2 en los niveles de ARNm para c-myc en células SW620 también se examinó utilizando los ARNsi C315-1.3si y C315-4.3si. Se incubaron células con los ARNsi durante 72 horas y después se aislo el ARNm y se preparó para ensayo. El ARNm para cMyc se reduce por ARNsi como control positivo y ambos ARNsi específicos para AMIGO-2, lo que indica que AMIGO-2 afecta la expresión de c-myc a nivel de transcripción (figura 10B) . ERK fosforilado también se reduce en ambas líneas
celulares por ambos ARNsi, pero las células SW620, C315-1.3si parece provocar una mayor reducción en la fosforilación en comparación con C315.4.3si (figuras 10 y 11, respectivamente). C-myc, cFosLl y cJun también se reducen por ambos ARNsi en ambas lineas celulares (véanse las figuras 11, 12A, 14A y 14B) . La expresión de ciclina DI también disminuye en células AGS transfectadas con ambos ARNsi específicos para AMIGO-2 (figura 11) . Los niveles de ciclina Bl y de cFosll disminuyen en células SW620 y AGS transfectadas con C315-1.3si (figura 13) . Las células SW620 expuestas al anticuerpo anti-AMIGO-2, MAB2080, el cual actúa como un agonista de AMIGO-2, muestran regulación por aumento de cMyc (figura 14C) , cJun (figura 12C) , FosLl y fosfo-ERK, determinado por transferencia Western (figura 16) . Las células AGS puestas en contacto con MAB2080 también mostraron regulación por aumento de cMyc (figura 14C) y cJun (figura 12C) . Además, las células Ratl transfectadas de manera estable con AMIGO-2 muestran regulación por aumento de expresión de cJun (figura 12B) . El papel aparente de AMIGO-2 en c-Myc, ciclina Bl, cFosll y expresión de cJun sugiere que AMIGO-2 esté involucrado en la regulación de los genes tempranos inmediatos. Estas observaciones y el efecto de regulación por disminución de AMIGO-2 en la expresión del gen de ciclina (véase antes) fundamenta un papel para AMIGO-2 y la regulación del ciclo celular. Se realizaron experimentos Affymetrix para examinar al efecto de los ARNsi para AMIGO-2 en la expresión de genes (figuras 15A y 15B) . Estos resultados confirmaron la regulación por disminución de cFosLl y ciclina Bl asociado con la regulación por disminución de
.AMIGO-2, lo cual concuerda con el papel de .AMIGO-2 en el crecimiento y supervivencia celulares . Ejemplo 5: AMIGO-2 inhibe la angiogénesis El bloqueo de la expresión de AMIGO-2 inhibe la expresión de urocinasa y VEGF, ambas involucradas en la angiogénesis. Se ha observado la expresión de AMIGO-2 en vasos normales, lo cual fundamenta un papel de este gen en la angiogénesis (véase ejemplo 2 anterior) . Además, muchos genes involucrados en la guia y motilidad neuronal, como AMIGO-2 también están involucrados en la angiogénesis. Ejemplo 6: anticuerpos para AMIGO-2 Tabla 1: Anticuerpos dirigidos al polipéptido
AMIGO-2 Vendedor # de especificidad Epitopo Especie catálogo Chiron RbA humano ECD Rb
Chiron RbB humano ECD Rb
A cam abl6762 81 % humano TGDASADDRKAGKRW (SEC ID Rb NO: 5) R&D MAB2080 humano Recombinant ECD (SEC ID NO: ratón
Systems 3) R&D MAB2374 humano Recombinant ECD (SEC ID NO. rata
Systems 3) R&D AF2080 humano Recombinant EDC (SEC ID NO: chivo
Systems 3) Chiron C3606 humano CIAMNKQRLLNETVDVTI (SEC ID Rb NO: 6 Chiron C3607 humano CIAMNKQRLLNETVDVTI (SEC ID Rb NO: 6
Ejemplo 7 : oligonucleótidos antisentido de AMIGO-2 Tabla 2: ARN antisentido dirigidos a AMIGO-2
Ejemplo 8: ARNsi para AMIGO-2 Tabla 3: Los ARNsi dirigido a ARNm para AMIGO-2
(cadena directa) Nombre de la nombre nativo secuencia SEC ID muestra NO: CHIR315-1SI Qiagen ÜAG AUG UUU CUÜ AUA ACC GAA 17 CHIR315-2SI Qiagen AAC UGU GGA' CGU CAC AAU AAA 18 CHIR315-1.2SI UAG CAU CAÜ CAC AGA CCU AUA 19 CHIR315-1.3SI Dharmacon-1 GAA UAA GCA ACG CCU GUU AUU 20 D-018701-01 (pre-val) CHIR315-2.3SI Dharmacon-2 GCU CAG UGA UGG AUU UUA AUU 21 D-018701-02 (pre-val) CHIR315-3.2SI AAC UGU GGA CGU CAC AAU AAA 22 CHIR315-3.3SI Dharmacon-3 CCG AUG GAU UUG UAU GUU GUU 23 D-018701-03 (pre-val) CHIR315-4.3SI Dharmacon-4 GCA CUC GCG UCA GGU ACU UUU 24 D-018701-04 (pre-val)
Ejemplo 9: Epitopos de AMIGO-2 Epitopo aminoácidos de Dominio SEC ID NO: AMIGO-2 LTQFPMDLY 177-185 LRR5 25 LLYNNHISY 147-155 LRR4 26 GLSQLQKLY 163-171 LRR5 27 YLHGNPFVC 224-232 LRR-CT 28 CLDLSSNKL 121-129 LRR3 29 LIKRLDLSY 69-77 LRR1 30 ELMFLDVSY 193-201 LRR6 31 LILRHNNIT 98-106 LRR2 32 LAEL FLDV 191-199 LRR6 33 YSLLVFWYR 237-245 LRR-CT 34 LKVLEVLLL 140-148 LRR4 35 YLSGNFLTQ 171-179 LRR5 36 LYSLLVFWY 236-244 LRR-CT 37 LLQDSFMNC 274-282 LRR-CT 38 FSTTPNLKC 113-121 LRR2-LRR3 39 DLSSNKLKTV 123-132 LRR3 40 KLAELMFLDV 190-199 LRR6 41 CLLMITVTV 25-33 péptido 42 señal LLCLLMITV 23-31 péptido 43 señal
Epítopo aminoácidos de Dominio SEC ID NO: AMIGO-2 IYLHGNPFV 223-231 LRR-CT 44 KVLEVLLLY 141-149 LRR4 45 RIPS PMHH 204-212 LRR6 46 NLVPGKQLR 213-221 LRR6 47 GAVVRPGCR 13-21 péptido señal 48 RHSRQVLLL 267-275 LRR-CT 49 LRGIYLHGN 220-228 LRR-CT 50 YRRHFSSVM 244-252 LRR-CT 51 RRHFSSVMDF 245-254 LRR-CT 52 GRFKLAELM 187-195 LRR5 53 NPFVCDCSL 228-236 LRR-CT 54 LPTLLGAVV 8-16 péptido señal 55 TPNLKCLDL 116-124 LRR3 56 RLIKRLDLSY 68-77 LRR1 57 KNAVFQELK 133-141 LRR3 58 SLLVFWYRR 238-246 LRR-CT 59 RRHFSSVMD 245-253 LRR-CT 60 LRHNNITSI 100-108 LRR2 61 VPGKQLRGI 215-223 LRR6-LRRCT 62
Ejemplo 10. expresión de AMIGO-2 en tejidos normales Se preparan y tiñen corte de tejido normal con anticuerpo anti-AMIGO-2 de conejo o anticuerpos control extraído de sangre previamente, como se describe en lo
anterior. La tinción indica que AMIGO-2 se expresa en una diversidad de tejidos humanos normales que incluyen suprarrenales, mama, cuello uterino, pulmón, riñon, hígado, ovario, páncreas, próstata, músculo esquelético, piel, bazo, testículos, colon y útero, particularmente en subconjunto de células estromales (por ejemplo vasos y macrofágos) de pulmón, cuello uterino, corazón e hígado. Los niveles de expresión de proteína AMIGO-2 en estos tejidos se relaciona con los niveles de expresión de ARNm correspondientes determinados por experimentación Affymetrix (véase antes) e indican que AMIGO-2 se expresa ampliamente en tejidos normales, particularmente en tejidos proliferativos (por ejemplo testículos, piel, ovario, bazo y colon) . Aunque la presente invención se ha descrito con referencia a las modalidades específicas de la misma, debe entenderse por aquellos expertos en la técnica que se pueden realizar diversos cambios y equivalentes que se pueden sustituir sin apartarse del medio del espíritu y alcance de la invención. Además se pueden realizar muchas modificaciones para adaptar una situación, material, composición de materia, procedimiento, etapa de procedimiento o etapas de procedimientos particulares al objetivo, espíritu y alcance de la presente invención. La totalidad de las modificaciones se considera que están dentro del alcance de la presente invención.
Se hace constar que con relación a esta fecha, el mejor método conocido por la solicitante para llevar a la práctica la citada invención, es el que resulta claro de la presente descripción de la invención.
Claims (121)
- REIVINDICACIONES
- Habiéndose descrito la invención como antecede, se reclama como propiedad lo contenido en las siguientes reivindicaciones: 1. Un método para tratar cáncer o un síntoma de cáncer en un paciente en necesidad del mismo, caracterizado porque comprende administrar al paciente una cantidad terapéuticamente eficaz de un inhibidor 'de AMIGO-2, el inhibidor de AMIGO-2 se selecciona del grupo que consiste de: (a) un anticuerpo que une un epítopo en un dominio de AMIGO-2 que se selecciona del grupo que consiste del péptido señal, el dominio LRRNT, el dominio LRR1, el dominio LRR2, el dominio LRR3, el dominio LRR , el dominio LRR5, el dominio LRR6, el dominio LRRCT, el dominio Ig V-set y el dominio Ig; (b) un oligonucleótido aislado que comprende por lo menos 10 nucleótidos consecutivos de una secuencia que se selecciona del grupo que consiste de las SEC ID NO: 7-16; (c) un ARN de cadena doble (ARNcd) aislado; (d) una molécula pequeña; (e) un mimético; (f) un receptor soluble; y (g) un señuelo. 2. El método de conformidad con la reivindicación 1, caracterizado porque el inhibidor de AMIGO-2 inhibe la expresión de AMIGO-2 en por lo menos 20% en comparación con el control .
- 3. El método de conformidad con la reivindicación 1, caracterizado porque el inhibidor de AMIGO-2 provoca la muerte celular en por lo menos 20% de células con cáncer en comparación con un control.
- 4. El método de conformidad con la reivindicación 1, caracterizado porque el inhibidor de AMIGO-2 es un anticuerpo monoclonal, un anticuerpo policlonal, un anticuerpo quimérico, un anticuerpo humano, un anticuerpo humanizado, un anticuerpo de cadena única o un fragmento Fab.
- 5. El método de conformidad con la reivindicación 1, caracterizado porque el anticuerpo o fragmento Fab se une a uno o más epitopos en el ECD de AMIGO-2.
- 6. El método de conformidad con la reivindicación 1, caracterizado porque el anticuerpo o fragmento Fab se une específicamente a uno o más epitopos en una secuencia que consiste esencialmente de la SEC ID NO: 2 o SEC ID NO: 3.
- 7. El método de conformidad con la reivindicación 1, caracterizado porque el anticuerpo o fragmento Fab se une específicamente a uno o más epitopos del dominio LRRNT de AMIGO-2.
- 8. El método de conformidad con la reivindicación 1, caracterizado porque el anticuerpo o fragmento Fab se une específicamente a uno o más epitopos del dominio LRR1 de AMIGO-2, el epítopo se selecciona del grupo que consiste de la SEC ID NO: 30 y SEC ID NO: 57.
- 9. El método de conformidad con la reivindicación 1, caracterizado porque el anticuerpo o fragmento Fab se une específicamente a uno o más epitopos del dominio LRR2 de AMIGO-2, el epítopo se selecciona del grupo que consiste de la SEC ID NO: 32, SEC ID NO: 39 y SEC ID NO: 61.
- 10. El método de conformidad con la reivindicación 1, caracterizado porque el anticuerpo o fragmento Fab se une específicamente a uno o más epitopos del dominio LRR3 de AMIGO-2, el epítopo se selecciona del grupo que consiste de la SEC ID NO: 29, SEC ID NO: 39; SEC ID NO: 40; SEC ID NO: 56 y SEC ID NO: 58.
- 11. El método de conformidad con la reivindicación 1, caracterizado porque el anticuerpo o fragmento Fab se une específicamente a uno o más epitopos del dominio LRR4 de AMIGO-2, el epítopo se selecciona del grupo que consiste de la SEC ID NO: 26, SEC ID NO: 35 y SEC ID NO: 45.
- 12. El método de conformidad con la reivindicación 1, caracterizado porque el anticuerpo o fragmento Fab se une específicamente a uno o más epitopos del dominio LRR5 de AMIGO-2, el epítopo se selecciona del grupo que consiste de la SEC ID NO: 25, SEC ID NO: 27, SEC ID NO: 36 y SEC ID NO: 53.
- 13. El método de conformidad con la reivindicación 1, caracterizado porque el anticuerpo o fragmento Fab se une específicamente a uno o más epitopos del dominio LRR6 de AMIGO-2, el epítopo se selecciona del grupo que consiste de la SEC ID NO: 31, SEC ID NO: 33, SEC ID NO: 41, SEC ID NO: 46, SEC ID NO: 47 y SEC ID NO: 62.
- 14. El método de conformidad con la reivindicación 1, caracterizado porque el anticuerpo o fragmento Fab se une específicamente a uno o más epitopos del dominio LRRCT de AMIGO-2, el epítopo se selecciona del grupo que consiste de la SEC ID NO: 28, SEC ID NO: 34, SEC ID NO: 37, SEC ID NO: 38, SEC ID NO: 44, SEC ID NO: 49, SEC ID NO: 50, SEC ID NO: 51, SEC ID NO: 52, SEC ID NO: 54, SEC ID NO: 59, SEC ID NO: 60 y SEC ID NO: 62.
- 15. El método de conformidad con la reivindicación 1, caracterizado porque el anticuerpo o fragmento Fab se une específicamente a uno o más epitopos del dominio Ig V-set de AMIGO-2.
- 16. El método de conformidad con la reivindicación 1, caracterizado porque el anticuerpo o fragmento Fab se une específicamente a uno o más epitopos del dominio Ig de AMIGO-2.
- 17. El método de conformidad con la reivindicación 1, caracterizado porque el anticuerpo o fragmento Fab se une específicamente a uno o más epitopos en el ECD de AMIGO-2.
- 18. El método de conformidad con la reivindicación 1, caracterizado porque el anticuerpo o fragmento Fab se une específicamente a uno o más epítopos que se seleccionan del grupo que consiste de las SEC ID NO: 3-6 y 25-62.
- 19. El método de conformidad con la reivindicación 1, caracterizado porque el paciente tiene o está predispuesto a cáncer de pulmón, vejiga, riñon, colon, mama, útero, ovario o páncreas.
- 20. El método de conformidad con la reivindicación 1, caracterizado porque el cáncer es cáncer de pulmón o colon.
- 21. El método de conformidad con la reivindicación 4, caracterizado porque el anticuerpo o fragmento Fab inhibe una actividad de AMIGO-2 que se selecciona del grupo que consiste de estabilidad cromosómica, tumorigenicidad, proliferación celular, regulación de ciclo celular, movilidad de células cancerígenas, adhesión celular, formación de tumores, metástasis, señalización de A IGO-2, supervivencia de células cancerígenas, producción de ciclina, actividad de cinasa, fosforilación de sustrato, crecimiento independiente de anclaje, localización de proteína AMIGO-2 en la membrana celular, interacciones entre AMIGO-2 y uno o ambos de AMIGO-1 o AMIGO-3, niveles de proteína AMIGO-2 fosforilada citoplasmáticos , interacciones entre tejido tumoral y estromal y angiogénesis .
- 22. El método de conformidad con la reivindicación 4, caracterizado porque el anticuerpo está marcado.
- 23. El método de conformidad con la reivindicación 22, caracterizado porque la marca es una enzima, radioisótopo, toxina o fluoróforo.
- 24. El método de conformidad con la reivindicación 4, caracterizado porque el anticuerpo tiene una afinidad de unión menor de aproximadamente 1 x 105Ka para un polipéptido diferente de AMIGO-2.
- 25. El método de conformidad con la reivindicación 1, caracterizado porque el inhibidor de AMIGO-2 es una molécula de ARNcd que comprende una primera cadena de nucleótidos que comprende por lo menos 19 nucleótidos consecutivos de una secuencia como se establece en la SEC ID NO: 17-24, y una segunda cadena de nucleótidos que comprende una secuencia sustancialmente complementaria a la primera cadena, en donde la molécula de ARNcd es menor de 3769 nucleótidos de longitud.
- 26. El método de conformidad con la reivindicación 1, caracterizado porque el inhibidor de AMIGO-2 es un ácido nucleico aislado que comprende por lo menos 10 nucleótidos consecutivos de una secuencia como se establece en las SEC ID NO: 7-16.
- 27. El método de conformidad con la reivindicación 1, caracterizado porque comprende además el tratamiento de un paciente con uno o más de quimioterapia, radioterapia o cirugía.
- 28. El método de conformidad con la reivindicación 1, caracterizado porque el síntoma de cáncer se selecciona del grupo que consiste de tos crónica, falta de aliento que empeora, pérdida de peso, fatiga excesiva, dolor, hemoptisis, hematuria, pérdida de apetito, sudoración intensa, fiebre, presión sanguínea alta, anemia, diarrea, estreñimiento, sangre en heces, ictericia, mareos, debilidad, escalofríos, espasmos musculares, trombosis venosa profunda, distensión abdominal, meteorismo, menstruación irregular, metástasis de colon, metástasis pulmonar, metástasis en vejiga, metástasis en riñon, metástasis en mama, metástasis uterina, metástasis de ovario y metástasis en páncreas.
- 29. Un método para modular una actividad de AMIGO-2 en un paciente, caracterizado porque comprende administrar al paciente una cantidad de un inhibidor de AMIGO-2 eficaz para modular la actividad de AMIGO-2, el inhibidor de AMIGO-2 se selecciona del grupo que consiste de: (a) un anticuerpo que se une específicamente a un epítopo en un dominio de AMIGO-2 que se selecciona del grupo que consiste del péptido señal, el dominio LRRNT, el dominio LRR1, el dominio LRR2, el dominio LRR3, el dominio LRR , el dominio LRR5, el dominio LRR6, el dominio LRRCT, el dominio Ig V-set y el dominio Ig; (b) un oligonucleótido aislado que comprende por lo menos 10 nucleótidos consecutivos de una secuencia que se selecciona del grupo que consiste de las SEC ID NO: 7-16; (c) un ARN de cadena doble (ARNcd) aislado; (d) una molécula pequeña; (e) un mimético; (f) un receptor soluble; y (g) un señuelo.
- 30. El método de conformidad con la reivindicación 29, caracterizado porque la actividad de AMIGO-2 se selecciona del grupo que consiste de estabilidad cromosómica, tumorigenicidad, proliferación celular, regulación de ciclo celular, movilidad de células cancerígenas, adhesión celular, formación de tumores, metástasis, señalización de AMIGO-2, modulación de un marcador corriente abajo de AMIGO-2, supervivencia de células cancerígenas, producción de ciclina, actividad de cinasa, fosforilación de sustrato, crecimiento independiente de anclaje, localización de proteína AMIGO-2 en la membrana celular, interacciones entre AMIGO-2 y uno o ambos de AMIGO-1 o AMIGO-3, niveles de proteína AMIGO-2 fosforilada citoplasmáticos , interacciones entre tejido tumoral y estromal y angiogénesis .
- 31. El método de conformidad con la reivindicación 29, caracterizado porque el inhibidor de AMIGO-2 es un anticuerpo monoclonal, un anticuerpo policlonal, un anticuerpo quimérico, un anticuerpo humano, un anticuerpo humanizado, un anticuerpo de cadena sencilla o un fragmento Fab.
- 32. Un método para identificar un paciente susceptible de tratamiento con AMIGO-2, caracterizado porque comprende : (a) detectar la presencia o ausencia de pruebas de expresión de AMIGO-2 en la muestra, en donde la presencia de prueba de expresión de AMIGO-2 en la muestra es indicativo de que un paciente que es un candidato para terapia de AMIGO-2 y la ausencia de prueba de expresión de AMIGO-2 en la muestra es indicativo de un paciente que no es candidato para terapia con AMIGO-2; (b) administrar una cantidad terapéuticamente eficaz de un inhibidor que se selecciona del grupo que consiste de: (1) un anticuerpo que une un epitopo en un dominio de AMIGO-2 que se selecciona del grupo que consiste del péptido señal, el dominio LRRNT, el dominio LRR1, el dominio LRR2, el dominio LRR3, el dominio LRR4 , el dominio LRR5, el dominio LRR6, el dominio LRRCT, el dominio Ig V-set y el dominio Ig; (2) un oligonucleótido aislado que comprende por lo menos 10 nucleótidos consecutivos de una secuencia que se selecciona del grupo que consiste de las SEC ID NO: 7-16; (3) un ARN de cadena doble (ARNcd) aislado; (4) una molécula pequeña; (5) un mimético; (6) un receptor soluble; y (7) un señuelo al paciente si el paciente es un candidato para terapia de AMIGO-2 y (c) administrar un agente terapéutico tradicional contra el cáncer al paciente si el paciente no es un candidato para tratamiento de AMIGO-2.
- 33. El método de conformidad con la reivindicación 32, caracterizado porque la expresión de AMIGO-2 aumenta en por lo menos 20% en comparación con un control.
- 34. El método de conformidad con la reivindicación 32, caracterizado porque la prueba de expresión de AMIGO-2 se detecta al medir los niveles de ARN para AMIGO-2.
- 35. El método de conformidad con la reivindicación 32, caracterizado porque la prueba de expresión de AMIGO-2 se detecta al medir los niveles de polipéptido de AMIGO-2.
- 36. El método de conformidad con la reivindicación 32, caracterizado porque el paciente tiene o está predispuesto a uno o más de cáncer de pulmón, vejiga, riñon, colon, mama, útero, ovario o páncreas.
- 37. Un método para inhibir el crecimiento de células cancerígenas, caracterizado porque comprende poner en contacto las células cancerígenas con una cantidad de un inhibidor de AMIGO-2 eficaz para inhibir el crecimiento de las células en por lo menos 20% en comparación con un control, el inhibidor se selecciona del grupo que consiste de (a) un anticuerpo que une un epítopo en un dominio de AMIGO-2 que se selecciona del grupo que consiste del péptido señal, el dominio LRRNT, el dominio LRR1, el dominio LRR2, el dominio LRR3, el dominio LRR4, el dominio LRR5, el dominio LRR6, el dominio LRRCT, el dominio Ig V-set y el dominio Ig; (b) un oligonucleótido aislado que comprende por lo menos 10 nucleótidos consecutivos de una secuencia que se selecciona del grupo que consiste de las SEC ID NO: 7-16; (c) un ARN de cadena doble (ARNcd) aislado; (d) una molécula pequeña; (e) un mimético; (f) un receptor soluble; y (g) un señuelo.
- 38. El método de conformidad con la reivindicación 37, caracterizado porque las células cancerígenas están o se derivan de un paciente con cáncer.
- 39. El método de conformidad con la reivindicación 37, caracterizado porque el inhibidor de AMIGO-2 es un anticuerpo monoclonal, un anticuerpo policlonal, un anticuerpo quimérico, un anticuerpo humano, un anticuerpo humanizado, un anticuerpo de cadena sencilla o un fragmento Fab.
- 40. Un método para inhibir un fenotipo de célula cancerígena en un paciente en necesidad del mismo, caracterizado porque comprende administrar al paciente una cantidad terapéuticamente eficaz de un inhibidor de A IGO-2 que se selecciona del grupo que consiste de: (a) un anticuerpo que une un epitopo en un dominio de AMIGO-2 que se selecciona del grupo que consiste del péptido señal, el dominio LRRNT, el dominio LRR1, el dominio LRR2, el dominio LRR3, el dominio LRR4 , el dominio LRR5, el dominio LRR6, el dominio LRRCT, el dominio Ig V-set y el dominio Ig; (b) un oligonucleótido aislado que comprende por lo menos 10 nucleótidos consecutivos de una secuencia que se selecciona del grupo que consiste de las SEC ID NO: 7-16; (c) un ARN de cadena doble (ARNcd) aislado; (d) una molécula pequeña; (e) un mimético; (f) un receptor soluble; y (g) un señuelo.
- 41. El método de conformidad con la reivindicación 40, caracterizado porque el fenotipo de célula cancerígena es uno o más de movilidad de células en colágeno, tumorigenicidad, capacidad para crecer de una manera independiente de anclaje, supervivencia similar o adhesión celular .
- 42. El método de conformidad con la reivindicación 40, caracterizado porque las células cancerígenas se seleccionan del grupo que consiste de células de cáncer de pulmón, vejiga, riñon, colon, mama, útero, ovario y páncreas.
- 43. Un método para inhibir el crecimiento de células cancerígenas, caracterizado porque comprende administrar a un paciente con cáncer, que comprende una o más células que expresan AMIGO-2, un compuesto que modula uno o más marcadores corriente abajo de AMIGO-2.
- 44. El método de conformidad con la reivindicación 43, caracterizado porque uno o más marcadores corriente abajo de AMIGO-2 se seleccionan del grupo que consiste de c-Myc, c-Jun, FosLl y cinasa regulada por señal extracelular (ERK) .
- 45. El método de conformidad con la reivindicación 44, caracterizado porque ERK es ERK fosforilada.
- 46. Un método para detectar un tumor en el paciente, caracterizado porque comprende administrar al paciente una composición que comprende un inhibidor de AMIGO-2 unido a un agente generador de imagen y detectar la ubicación del agente generador de imagen en el paciente, en donde el inhibidor se selecciona del grupo que consiste de: (a) un anticuerpo que une un epítopo en un dominio de AMIGO-2 que se selecciona del grupo que consiste del péptido señal, el dominio LRRNT, el dominio LRR1, el dominio LRR2, el dominio LRR3, el dominio LRR4 , el dominio LRR5, el dominio LRR6, el dominio LRRCT, el dominio Ig V-set y el dominio Ig; (b) un oligonucleótido aislado que comprende por lo menos 10 nucleótidos consecutivos de una secuencia que se selecciona del grupo que consiste de las SEC ID NO: 7-16; (c) un ARN de cadena doble (ARNcd) aislado; (d) una molécula pequeña; (e) un mimético; (f) un receptor soluble; y (g) un señuelo.
- 47. El método de conformidad con la reivindicación 46, caracterizado porque la composición comprende un anticuerpo de AMIGO-2 conjugado a un agente generador de imagen .
- 48. El método de conformidad con la reivindicación 47, caracterizado porque el agente generador de imagen es 18F, 43K, 52Fe, 57Co, 6Cu, 67Ga, 77Br, 87MSr, 86Y, 90Y, 99 Tc, inIn, 123I, 125I, 127Cs, 129Cs, 131I, 132I, 197Hg, 203Pb, o 206Bi.
- 49. Un método para identificar un inhibidor de cáncer, el cáncer está definido por sobreexpresion de AMIGO-2 en comparación con un control, caracterizado porque comprende poner en contacto una célula que expresa AMIGO-2 con un compuesto candidato y determinar si la actividad de AMIGO-2 es modulada, en donde la modulación de la actividad de AMIGO-2 es indicativo de un inhibidor de cáncer.
- 50. El método de conformidad con la reivindicación 49, caracterizado porque el compuesto candidato modula la actividad de AMIGO-2 en células cancerígenas pero no en células no cancerígenas.
- 51. Un método para identificar un inhibidor de cáncer, el cáncer se caracteriza por sobreexpresion de AMIGO-2 en comparación con un control, caracterizado porque comprende poner en contacto una célula que expresa AMIGO-2 con un compuesto candidato y un ligando de AMIGO-2, y determinar si se modula la actividad de un marcador corriente abajo de AMIGO-2, en donde la modulación del marcador corriente abajo es indicativo de un inhibidor de cáncer.
- 52. El método de conformidad con la reivindicación 51, caracterizado porque el marcador corriente abajo se selecciona del grupo que consiste de expresión disminuida de ciclina DI, ciclina Bl, c-Myc, c-Jun, FosLl, cinasa regulada por señal extracelular (ERK) , factor de crecimiento endotelial vascular (VEGF) , urocinasa y poli (ADP-ribosa ) polimerasa I (PARP1) .
- 53. El método de conformidad con la reivindicación 51, caracterizado porque la actividad del marcador corriente abajo es fosforilación de ERK disminuida o expresión disminuida de ERK.
- 54. El método de conformidad con la reivindicación 51, caracterizado porque la actividad del marcador corriente abajo es separación aumentada de PARP1.
- 55. El método de conformidad con la reivindicación 51, caracterizado porque el compuesto candidato y el ligando de AMIGO-2 induce la modulación de un marcador corriente abajo de AMIGO-2 en células cancerígenas pero no en células no cancerígenas .
- 56. Un método para suministrar un agente citotóxico o un agente de diagnóstico a una o más células que expresan AMIGO-2, caracterizado porque comprende: (a) proporcionar el agente citotóxico o el agente de diagnóstico conjugado a un anticuerpo purificado que se une específicamente a un epítopo de un polipéptido AMIGO-2, en donde el epítopo está en el dominio que se selecciona del grupo que consiste del péptido señal, un dominio LRRNT, el dominio LRR1, el dominio LRR2, el dominio LRR3, el dominio LRR4, el dominio LRR5, el dominio LRR6, el dominio LRRCT, el dominio Ig V-set y el dominio Ig; (b) exponer la célula al conjugado de anticuerpo-agente o fragmento-agente.
- 57. Un método para tratar a un paciente con cáncer, caracterizado porque comprende comparar la expresión de AMIGO-2 en una muestra con cáncer del paciente con respecto a la expresión de AMIGO-2 en una muestra control, y; (1) tratar al paciente con una composición que comprende un inhibidor que se selecciona del grupo que consiste de: (a) un anticuerpo que une un epítopo en un dominio de AMIGO-2 que se selecciona del grupo que consiste del péptido señal, el dominio LRRNT, el dominio LRR1, el dominio LRR2, el dominio LRR3, el dominio LRR4 , el dominio LRR5, el dominio LRR6, el dominio LRRCT, el dominio Ig V-set y el dominio Ig; (b) un oligonucleótido aislado que comprende por lo menos 10 nucleótidos consecutivos de una secuencia que se selecciona del grupo que consiste de las SEC ID NO: 7-16; (c) un ARN de cadena doble (ARNcd) aislado; (d) una molécula pequeña; (e) un mimético; (f) un receptor soluble; y (g) un señuelo, si la expresión de AMIGO-2 es regulada por aumento y la muestra de cáncer en comparación de la muestra control; y (2) realizar un ensayo secundario si la expresión de AMIGO-2 no cambia o es regulada por disminución en la muestra de cáncer, en comparación con la muestra control.
- 58. El método de conformidad con la reivindicación 57, caracterizado porque el ensayo secundario comprende comparar un nivel o actividad de un marcador corriente abajo de AMIGO-2 en la muestra con cáncer, en presencia y ausencia de un inhibidor, en donde: (1) tratar al paciente con una composición que comprende un inhibidor que se selecciona del grupo que consiste de: (a) un anticuerpo que une un epitopo en un dominio de AMIGO-2 que se selecciona del grupo que consiste del péptido señal, el dominio LRRNT, el dominio LRR1, el dominio LRR2, el dominio LRR3, el dominio LRR4 , el dominio LRR5, el dominio LRR6, el dominio LRRCT, el dominio Ig V-set y el dominio Ig; (b) un oligonucleotido aislado que comprende por lo menos 10 nucleótidos consecutivos de una secuencia que se selecciona del grupo que consiste de las SEC ID NO: 7-16; (c) un ARN de cadena doble (ARNcd) aislado; (d) una molécula pequeña; (e) un mimético; (f) un receptor soluble; y (g) un señuelo, si el nivel o actividad del marcador corriente abajo de AMIGO-2 en la muestra con cáncer disminuye en presencia de un inhibidor de AMIGO-2 en comparación con el nivel o actividad del marcador corriente abajo de AMIGO-2 en la muestra de cáncer en ausencia del inhibidor de AMIGO-2; o (2) se trata al paciente con una sustancia terapéutica tradicional contra el cáncer si el nivel o actividad del marcador corriente abajo de AMIGO-2 y la muestra de cáncer no cambia o disminuye en presencia de un inhibidor de AMIGO-2 en comparación con el nivel o actividad del marcador corriente abajo de AMIGO-2 y la muestra de cáncer en ausencia del inhibidor de AMIGO-2.
- 59. El método de conformidad con la reivindicación 57, caracterizado porque el marcador corriente abajo de AMIGO-2 se selecciona del grupo que consiste de ciclina DI, ciclina Bl, c-Myc, c-Jun, FosLl, VEGF, urocinasa y ERK.
- 60. El método de conformidad con la reivindicación 57, caracterizado porque la actividad del marcador corriente abajo es fosforilación de ERK o expresión de ERK.
- 61. El método de conformidad con la reivindicación 57, caracterizado porque la actividad del marcador AMIGO-2 posterior disminuye.
- 62. El método de conformidad con la reivindicación 57, caracterizado porque el ensayo secundario comprende comparar la separación de PARP1 en una muestra con cáncer en presencia y ausencia de un inhibidor, en donde: (a) se trata al paciente con una composición que comprende un inhibidor que se selecciona del grupo que consiste de: (1) un anticuerpo que une un epitopo en un dominio de AMIGO-2 que se selecciona del grupo que consiste del péptido señal, el dominio LRRNT, el dominio LRR1, el dominio LRR2, el dominio LRR3, el dominio LRR4 , el dominio LRR5, el dominio LRR6, el dominio LRRCT, el dominio Ig V-set y el dominio Ig; (2) un oligonucleótido aislado que comprende por lo menos 10 nucleótidos consecutivos de una secuencia que se selecciona del grupo que consiste de las SEC ID NO: 7-16; (3) un ARN de cadena doble (ARNcd) aislado; (4) una molécula pequeña; (5) un mimético; (6) un receptor soluble; y (7) un señuelo, si se incrementa la separación de PARP1 en la muestra con cáncer en presencia de un inhibidor de AMIGO-2 en comparación con la separación de PARP1 en la muestra con cáncer en ausencia del inhibidor de AMIGO-2; o (b) se trata al paciente con una sustancia terapéutica tradicional contra el cáncer si la separación de PARP1 se implementa o no cambia en la muestra con cáncer en presencia de un inhibidor de AMIGO-2 en comparación con la separación de PARP1 en la muestra con cáncer en ausencia del inhibidor de AMIGO-2.
- 63. Un método para diagnosticar cáncer en un paciente, caracterizado porque comprende analizar la ubicación de AMIGO-2 en células cancerígenas candidatas, en donde, cuando la proporción de AMIGO-2 localizada en la membrana celular respecto a AMIGO-2 localizada en otras áreas de las células cancerígenas que no incluyen a la membrana celular es de por lo menos 2:1, se diagnóstica al paciente con un cáncer relacionado con AMIGO-2.
- 64. El método de conformidad con la reivindicación 63, caracterizado porque la proporción de AMIGO-2 localizado en la membrana celular respecto a AMIGO-2 localizado en otras áreas de células cancerígenas que no incluyen a la membrana celular es de por lo menos 3:1.
- 65. El método de conformidad con la reivindicación 63, caracterizado porque comprende además administrar una composición que comprende un inhibidor que se selecciona del grupo que consiste de: (a) un anticuerpo que une un epítopo en un dominio de AMIGO-2 que se selecciona del grupo que consiste del péptido señal, el dominio LRRNT, el dominio LRR1, el dominio LRR2, el dominio LRR3, el dominio LRR4 , el dominio LRR5, el dominio LRR6, el dominio LRRCT, el dominio Ig V-set y el dominio Ig; (b) un oligonucleótido aislado que comprende por lo menos 10 nucleótidos consecutivos de una secuencia que se selecciona del grupo que consiste de las SEC ID NO: 7-16; (c) un ARN de cadena doble (ARNcd) aislado; (d) una molécula pequeña; (e) un mimético; (f) un receptor soluble; y (g) un señuelo, al paciente cuando al paciente se le diagnóstica cáncer relacionado con AMIGO-2.
- 66. Un método de identificación de un modulador de AMIGO-2, caracterizado porque comprende comparar la fosforilación de AMIGO-2 en una muestra que comprende una o más células que expresan AMIGO-2 en presencia y ausencia de un compuesto candidato, en donde la modulación de fosforilación de AMIGO-2 en la muestra en presencia del compuesto candidato, en comparación con la fosforilación de AMIGO-2 en la muestra, en ausencia del compuesto candidato, indica que el compuesto candidato es un modulador de AMIGO-2.
- 67. El método de conformidad con la reivindicación 66, caracterizado porque AMIGO-2 se aisla de la muestra utilizando un anticuerpo inmunoprecipitante .
- 68. El método de conformidad con la reivindicación 67, caracterizado porque el anticuerpo inmunoprecipitante es un anticuerpo que se une específicamente a un epítopo de un polipéptido de AMIGO-2, en donde el epítopo está en el dominio que se selecciona del grupo que consiste del péptido señal, el dominio LRRNT, el dominio LRR1, el dominio LRR2, el dominio LRR3, el dominio LRR , el dominio LRR5, el dominio LRR6, el dominio LRRCT, el dominio Ig V-set y el dominio Ig;
- 69. El método de conformidad con la reivindicación 66, caracterizado porque la fosforilación de AMIGO-2 es fosforilación de serina/treonina .
- 70. El método de conformidad con la reivindicación 66, caracterizado porque la fosforilación de AMIGO-2 se determina utilizando un anticuerpo fosfoserina/treonina .
- 71. El método de conformidad con la reivindicación 67, caracterizado porque el anticuerpo inmunoprecipitante es un anticuerpo fosfoserina/treonina .
- 72. Una composición que comprende un inhibidor de AMIGO-2 y uno o más portadores farmacéuticamente aceptables, caracterizada porque el inhibidor de AMIGO-2 se selecciona del grupo que consiste de: (a) un anticuerpo que une un epitopo en un dominio de AMIGO-2 que se selecciona del grupo que consiste del péptido señal, el dominio LRRNT, el dominio LRR1, el dominio LRR2, el dominio LRR3, el dominio LRR4 , el dominio LRR5, el dominio LRR6, el dominio LRRCT, el dominio Ig V-set y el dominio Ig; (b) un oligonucleótido aislado que comprende por lo menos 10 nucleótidos consecutivos de una secuencia que se selecciona del grupo que consiste de las SEC ID NO: 7-16; (c) un ARN de cadena doble (ARNcd) aislado; (d) una molécula pequeña; (e) un mimético; (f) un receptor soluble; y (g) un señuelo.
- 73. La composición de conformidad con la reivindicación 72, caracterizada porque inhibe por lo menos una actividad de AMIGO-2 que se selecciona del grupo que consiste de estabilidad cromosómica, tumorigenicidad, proliferación celular, regulación del ciclo celular, movilidad de células cancerígenas, adhesión celular, formación de tumores, metástasis, señalización de AMIGO-2, supervivencia de células cancerígenas, producción de ciclina, actividad de cinasa, fosforilación de sustrato, crecimiento independiente de anclaje, localización de proteína AMIGO-2 en la membrana celular, interacciones entre AMIGO-2 y uno o ambos de AMIGO-1 o AMIGO-3, niveles de proteína de AMIGO-2 fosforilado citoplasmático, interacciones entre tumor y tejido estromal y angiogénesis .
- 74. La composición de conformidad con la reivindicación 72, caracterizada porque induce por lo menos un fenotipo celular en células cancerígenas pero no en células no cancerígenas.
- 75. La composición de conformidad con la reivindicación 72, caracterizada porque inhibe la supervivencia de células cancerígenas, la composición inhibe la fosforilación citoplasmática de AMIGO-2, inhibe la angiogénesis o proliferación celular, la actividad de serina/treonina cinasa, inhibe la fosforilación de ERK, inhibe la expresión de cJun, c,yc o FosLl, o inhibe el progreso de dividir células en la etapa G2/M del ciclo celular.
- 76. La composición de conformidad con la reivindicación 72, caracterizada porque es una solución inyectable estéril.
- 77. La composición de conformidad con la reivindicación 72, caracterizada porque el inhibidor de AMIGO-2 inhibe la traducción de AMIGO-2 o induce la degradación de ARNm para AMIGO-2.
- 78. La composición de conformidad con la reivindicación 72, caracterizada porque el inhibidor de AMIGO-2 es un anticuerpo monoclonal, un anticuerpo policlonal, un anticuerpo quimérico, un anticuerpo humano, un anticuerpo humanizado, un anticuerpo de cadena sencilla o un fragmento Fab.
- 79. La composición de conformidad con la reivindicación 78, caracterizada porque el anticuerpo o fragmento Fab se une específicamente a uno o más epítopos del dominio LRRNT de AMIGO-2.
- 80. La composición de conformidad con la reivindicación 78, caracterizada porque el anticuerpo o fragmento Fab se une específicamente a uno o más epítopos del dominio LRR1 de AMIGO-2, el epítopo se selecciona del grupo que consiste de la SEC ID NO: 30 y SEC ID NO: 57.
- 81. La composición de conformidad con la reivindicación 78, caracterizada porque el anticuerpo o fragmento Fab se une específicamente a uno o más epítopos del dominio LRR2 de AMIGO-2, el epítopo se selecciona del grupo que consiste de la SEC ID NO: 32, SEC ID NO: 39 y SEC ID NO: 61.
- 82. La composición de conformidad con la reivindicación 78, caracterizada porque el anticuerpo o fragmento Fab se une específicamente a uno o más epítopos del dominio LRR3 de AMIGO-2, el epítopo se selecciona del grupo que consiste de la SEC ID NO: 29, SEC ID NO: 39, SEC ID NO: 40, SEC ID NO: 56 y SEC ID NO: 58.
- 83. La composición de conformidad con la reivindicación 78, caracterizada porque el anticuerpo o fragmento Fab se une específicamente a uno o más epítopos del dominio LRR4 de AMIGO-2, el epítopo se selecciona del grupo que consiste de la SEC ID NO: 26, SEC ID NO: 35 y SEC ID NO: 45.
- 84. La composición de conformidad con la reivindicación 78, caracterizada porque el anticuerpo o fragmento Fab se une específicamente a uno o más epítopos del dominio LRR5 de AMIGO-2, el epítopo se selecciona del grupo que consiste de la SEC ID NO: 25, SEC ID NO: 27, SEC ID NO: 36 y SEC ID NO: 53.
- 85. La composición de conformidad con la reivindicación 78, caracterizada porque el anticuerpo o fragmento Fab se une específicamente a uno o más epítopos del dominio LRR6 de AMIGO-2, el epítopo se selecciona del grupo que consiste de la SEC ID NO: 31, SEC ID NO: 33, SEC ID NO: 41, SEC ID NO: 46, SEC ID NO: 47 y SEC ID NO: 62.
- 86. La composición de conformidad con la reivindicación 78, caracterizada porque el anticuerpo o fragmento Fab se une específicamente a uno o más epítopos del dominio LRR-CT de AMIGO-2, el epítopo se selecciona del grupo que consiste de la SEC ID NO: 28, SEC ID NO: 34, SEC ID NO: 37, SEC ID NO: 38, SEC ID NO: 44, SEC ID NO: 49, SEC ID NO: 50, SEC ID NO: 51, SEC ID NO: 52, SEC ID NO: 54, SEC ID NO: 59, SEC ID NO: 60 y SEC ID NO; 62.
- 87. La composición de conformidad con la reivindicación 78, caracterizada porque el anticuerpo o fragmento Fab se une específicamente a uno o más epítopos del dominio Ig V-set de AMIGO-2.
- 88. La composición de conformidad con la reivindicación 78, caracterizada porque el anticuerpo o fragmento Fab se une específicamente a uno o más epítopos del dominio Ig de AMIGO-2.
- 89. La composición de conformidad con la reivindicación 78, caracterizada porque el anticuerpo o fragmento Fab se une específicamente a uno o más epítopos en el dominio extracelular (ECD) de AMIGO-2.
- 90. La composición de conformidad con la reivindicación 78, caracterizada porque el anticuerpo o fragmento Fab se une específicamente a uno o más epítopos en una secuencia que consiste esencialmente de una secuencia que se selecciona del grupo que consiste de las SEC ID NO: 3-6 y 25-62.
- 91. La composición de conformidad con la reivindicación 78, caracterizada porque el anticuerpo o fragmento Fab se une específicamente a uno o más epítopos en la secuencia que consiste esencialmente de la SEC ID NO: 2 o SEC ID NO: 3.
- 92. La composición de conformidad con la reivindicación 78, caracterizada porque el anticuerpo o fragmento Fab se une a AMIGO-2 con una afinidad de por lo menos 1 x 108Ka.
- 93. La composición de conformidad con la reivindicación 72, caracterizada porque la actividad de AMIGO-2 se selecciona del grupo que consiste de estabilidad cromosómica, tumorigenicidad, proliferación celular, regulación del ciclo celular, movilidad de células cancerígenas, adhesión celular, formación de tumores, metástasis, señalización de AMIGO-2, supervivencia de células cancerígenas, producción de ciclina, actividad de cinasa, fosforilación de sustrato, crecimiento independiente de anclaje, localización de proteína AMIGO-2 en la membrana celular, interacciones entre AMIGO-2 y uno o ambos de AMIGO-1 o AMIGO-3, niveles de proteína AMIGO-2 fosforilada citoplasmáticos , interacciones entre tejido tumoral y estromal, y angiogénesis .
- 94. La composición de conformidad con la reivindicación 72, caracterizada porque el anticuerpo o fragmento Fab inhibe la supervivencia de células cancerígenas, fosforilación citoplasmática de AMIGO-2 o fosforilación de ERK .
- 95. La composición de conformidad con la reivindicación 72, caracterizada porque inhibe la expresión de cJun, cMyc o FosLl.
- 96. La composición de conformidad con la reivindicación 72, caracterizada porque inhibe el progreso de división de células en la etapa G2/M del ciclo celular.
- 97. La composición de conformidad con la reivindicación 72, caracterizada porque el inhibidor de AMIGO-2 es una molécula de ARNcd que comprende una primera cadena de nucleótidos que comprende por lo menos 19 nucleótidos consecutivos de una secuencia que se selecciona del grupo que consiste de las SEC ID NO: 17-24, y una segunda cadena de nucleótidos que comprende una secuencia sustancialmente complementaria a la primera cadena, en donde la molécula de ARNcd tiene una longitud menor de 3769 nucleótidos .
- 98. La composición de conformidad con la reivindicación 97, caracterizada porque ARNcd inhibe la traducción de AMIGO-2 en por lo menos 20% en comparación con un control.
- 99. Un anticuerpo purificado, caracterizado porque se une específicamente a un epitopo de un polipéptido AMIGO-2, en donde el epitopo está en el dominio que se selecciona del grupo que consiste del péptido señal, el dominio LRRNT, el dominio LRR1, el dominio LRR2, el dominio LRR3, el dominio LRR4 , el dominio LRR5, el dominio LRR6, el dominio LRRCT, el dominio Ig V-set y el dominio Ig.
- 100. El anticuerpo purificado de conformidad con la reivindicación 99, caracterizado porque se une específicamente a uno o más epítopos del dominio LRR1 de AMIGO-2, el epitopo se selecciona del grupo que consiste de la SEC ID NO: 30 y SEC ID NO: 57.
- 101. El anticuerpo purificado de conformidad con la reivindicación 99, caracterizado porque se une específicamente a uno o más epítopos del dominio LRR2 de AMIGO-2, el epitopo se selecciona del grupo que consiste de la SEC ID NO: 32, SEC ID NO: 39 y SEC ID NO: 61.
- 102. El anticuerpo purificado de conformidad con la reivindicación 99, caracterizado porque se une específicamente a uno o más epítopos del dominio LRR3 de AMIGO-2, el epitopo se selecciona del grupo que consiste de SEC ID NO: 29, SEC ID NO: 39, SEC ID NO: 40, SEC ID NO: 56 y SEC ID NO: 58.
- 103. El anticuerpo purificado de conformidad con la reivindicación 99, caracterizado porque se une específicamente a uno o más epítopos del dominio LRR4 de AMIGO-2, el epitopo se selecciona del grupo que consiste de la SEC ID NO: 26, SEC ID NO: 35 y SEC ID NO: 45.
- 104. El anticuerpo purificado de conformidad con la reivindicación 99, caracterizado porque se une específicamente a uno o más epítopos del dominio LRR5 de AMIGO-2, el epítopo se selecciona del grupo que consiste de SEC ID NO: 25, SEC ID NO: 27, SEC ID NO: 36 y SEC ID NO: 53.
- 105. El anticuerpo purificado de conformidad con la reivindicación 99, caracterizado porque se une específicamente a uno o más epítopos del dominio LRR6 de AMIGO-2, el epítopo se selecciona del grupo que consiste de SEC ID NO: 31, SEC ID NO: 33, SEC ID NO: 41, SEC ID NO: 46, SEC ID NO: 47 y SEC ID NO: 62.
- 106. El anticuerpo purificado de conformidad con la reivindicación 99, caracterizado porque se une específicamente a uno o más epítopos del dominio LRRCT de AMIGO-2, el epítopo se selecciona del grupo que consiste de SEC ID NO: 28, SEC ID NO: 34, SEC ID NO: 37, SEC ID NO: 38, SEC ID NO: 44, SEC ID NO: 49, SEC ID NO: 50, SEC ID NO: 51, SEC ID NO: 52, SEC ID NO: 54, SEC ID NO: 59, SEC ID NO: 60 y SEC ID NO: 62.
- 107. El anticuerpo purificado de conformidad con la reivindicación 99, caracterizado porque se une específicamente a uno o más epítopos que se seleccionan del grupo que consiste de las SEC ID NO: 25-62.
- 108. El anticuerpo purificado de conformidad con la reivindicación 99, caracterizado porque se une específicamente a uno o más epítopos en la secuencia que consiste esencialmente de la SEC ID NO: 2 o SEC ID NO: 3.
- 109. El anticuerpo purificado de conformidad con la reivindicación 99, caracterizado porque inhibe una actividad de AMIGO-2 que se selecciona del grupo que consiste de estabilidad cromosómica, tumorigenicidad, proliferación celular, regulación del ciclo celular, movilidad de células cancerígenas, adhesión celular, formación de tumores, metástasis, señalización de AMIGO-2, supervivencia de células cancerígenas, producción de ciclina, actividad de cinasa, fosforilación de sustrato, crecimiento independiente de anclaje, localización de proteína AMIGO-2 en la membrana celular, interacciones entre AMIGO-2 y uno o ambos de AMIGO-1 o AMIGO-3, niveles de proteína de AMIGO-2 fosforilado citoplasmático, interacciones entre tejido tumoral y estromal y angiogénesis .
- 110. Un anticuerpo purificado, caracterizado porque se une específicamente a uno o más epítopos de un polipéptido AMIGO-2 en donde el epítopo comprende una secuencia que se selecciona del grupo que consiste de las SEC ID NO: 3-6 y 25-62.
- 111. Una célula aislada, caracterizada porque produce el anticuerpo de conformidad con la reivindicación 99.
- 112. Un hibridoma, caracterizado porque produce el anticuerpo de conformidad con la reivindicación 99.
- 113. Un animal transgénico no humano, caracterizado porque produce el anticuerpo de conformidad con la reivindicación 99.
- 114. Un fragmento que presenta epitopo aislado, del polipéptido de la SEC ID NO: 2, caracterizado porque comprende uno o más epitopos que se seleccionan del grupo que consiste de las SEC ID NO: 3-6 y 25-62.
- 115. El fragmento que presenta epitopo, de conformidad con la reivindicación 114, caracterizado porque comprende entre aproximadamente 6 y aproximadamente 20 aminoácidos contiguos de la SEC ID NO: 2.
- 116. El fragmento que presenta epitopo, de conformidad con la reivindicación 114, caracterizado porque comprende por lo menos 21 aminoácidos contiguos de la SEC ID NO: 2 y menos de 522 aminoácidos contiguos de la SEC ID NO: 2.
- 117. Un polinucleótido, caracterizado porque codifica para un fragmento que presenta epitopo aislado, de conformidad con la reivindicación 114.
- 118. Un anticuerpo de AMIGO-2 purificado, caracterizado porque se obtiene por inmunización de un sujeto con un fragmento que presenta epitopo, de conformidad con la reivindicación 114.
- 119. Una molécula de ARNcd aislada, caracterizada porque comprende una primera cadena de nucleótidos que comprende por lo menos 19 nucleótidos consecutivos de una secuencia como se establece en la SEC ID NO: 17-24 y una segunda cadena de nucleótidos que comprende una secuencia sustancialmente complementaria a la primera cadena, en donde la molécula de ARNcd tiene una longitud menor de 3769 nucleótidos.
- 120. La molécula de ARNcd aislada, de conformidad con la reivindicación 119, caracterizada porque la segunda cadena de nucleótidos comprende una secuencia completamente complementaria a la primera cadena, en donde la molécula de ARNcd tiene una longitud menor de 3769 nucleótidos.
- 121. Un ácido nucleico aislado, caracterizado porque comprende por lo menos 10 nucleótidos consecutivos de una secuencia como se establece en las SEC ID NO: 7-16.
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