EMBOSS
EMBOSS es una suite bioinformática de tipo open source empleada fundamentalmente en biología molecular y genética. EMBOSS es un acrónimo procedente del inglés «European Molecular Biology Open Software Suite».[1] Se trata de un software versátil que recibe datos en multitud de formatos y que los analiza de múltiples maneras. Contiene multitud de herramientas centradas en el análisis de ácidos nucleicos y proteínas. Si bien se ejecuta en la línea de comandos, existen GUIs que facilitan su manipulación bajo un entorno gráfico.
Aplicaciones de EMBOSS
| Grupo | Descripción |
|---|---|
| Acd | Utilidades para archivos Acd |
| Alignment consensus | Obtiene secuencias consenso |
| Alignment differences | Encuentra diferencias entre secuencias |
| Alignment dot plots | Comparaciones de secuencias tipo dot blot |
| Alignment global | Alineamiento de secuencias global |
| Alignment local | Alineamiento de secuencias local |
| Alignment multiple | Alineamiento de secuencias múltiple |
| Display | Muestra secuencias |
| Edit | Edita secuencias |
| Enzyme kinetics | Calcula parámetros de cinética enzimática |
| Feature tables | Herramientas de anotación |
| HMM | Análisis de modelo oculto de Márkov |
| Information | Ayuda general e información |
| Menus | Interfaz de menúes |
| Nucleic 2d structure | Estructura secundaria de ácidos nucleicos |
| Nucleic codon usage | Uso de codones |
| Nucleic composition | Composición de nucleótidos de un ácido nucleico |
| Nucleic CpG islands | Detección de islas Cpg |
| Nucleic gene finding | Predicción de genes |
| Nucleic motifs | Búsqueda de motivos en ácidos nucleicos |
| Nucleic mutation | Mutación de ácidos nucleicos |
| Nucleic primers | Predicción de cebadores |
| Nucleic profiles | Generación de perfiles de ácidos nucleicos |
| Nucleic repeats | Detección de repeticiones en ácidos nucleicos |
| Nucleic restriction | Análisis de restricción |
| Nucleic RNA folding | Análisis del plegamiento de ARN |
| Nucleic transcription | Predicción de promotores, terminadores y factor de transcripción |
| Nucleic translation | Traducción de secuencias |
| Phylogeny consensus | Métodos de filogenia por consenso |
| Phylogeny continuous characters | Métodos de filogenia por carácter continuo |
| Phylogeny discrete characters | Métodos de filogenia por carácter discreto |
| Phylogeny distance matrix | Métodos de filogenia por distancia |
| Phylogeny gene frequencies | Métodos de filogenia por frecuencia génica |
| Phylogeny molecular sequence | Análisis de secuencias y filogenenia |
| Phylogeny tree drawing | Dibujo de árboles filogenéticos |
| Protein 2d structure | Estructura secundaria de las proteínas |
| Protein 3d structure | Estructura terciaria de las proteínas |
| Protein composition | Composición de secuencias proteicas |
| Protein motifs | Búsqueda de motivos proteicos |
| Protein mutation | Mutación de proteínas |
| Protein profiles | Búsqueda en perfiles de proteínas |
| Test | Herramientas de prueba, no para uso general |
| Utils database creation | Instalación de bases de datos |
| Utils database indexing | Indexado de bases de datos |
| Utils misc | Utilidades varias |
Véase también
Referencias
- ↑ Rice P, Longden I, Bleasby A (2000). «EMBOSS: The European Molecular Biology Open Software Suite». Trends in Genetics 16 (6): 276-277.
Enlaces externos
- Homepage of EMBOSS (en inglés)
- Homepage of EMBnet (en inglés)
- EMBOSS explorer - entorno web para EMBOSS