Východně od centra města leží koncová železniční stanice Zakopane na trati Chabówka–Zakopane. Cesta zastávkovým vlakem do Nového Targu trvá necelou půlhodinu, vlak jezdí po hodině až dvou. Kromě toho zde jezdí i dálkové přímé vlaky končící v Gdyni (12½ hodiny) nebo v Katovicích (5 hodin). Těmi lze přímo dojet například do Chabówky (1 hodina), Krakova (3½ hodiny), Bílska-Bělé (4 hodiny), Lodže (6 hodin), Toruně (9½ hodiny), Bydhoště (10 hodin) a Gdaňsku (12 hodin).

Hlavní autobusovou stanicí je Zakopane Plac PKP przy ul. Chramcówki v těsném sousedství železniční stanice východně od centra města. Autobusy směr Nový Targ odjíždí i několikrát do hodiny a cesta tam jim trvá zhruba půl hodiny.