ChIP-seq解析におけるピークを検出するソフトウェアについての簡単なリスト。上位の方のリストは、ランダムに選択してきた２１報のChIP-seqに関する論文に載っていたものから、比較的引用数の多いものを取り上げた。選択した論文の内容について統計をとった最近のChIP-seqの解析手法のまとめについての記事を参照してほしい。被引用数は、手法について述べた論文の2010年度までの被引用数の合計。星の数は、単なる自分の好み。 Useq (http://useq.sourceforge.net/) [24 citation] +と-の間のピークのシフト距離を推定し、その半分の距離をそれぞれ3'方向に移動。windowサイズをシフトした距離＋標準偏差として、そのwindowでslidingさせた次の２つのスコアを計算する。(1) 単にwindow内のreadsの数。(2) ２項分布をもとにしたP
はじめに こんにちは、Python界の情弱です。 @nippondanji が素敵なことをやっていて、そこで 筆者は試していないが、GNU Source-highlightはMacでも利用できるんじゃないかと思うので、Mac方面の人もぜひ試して頂きたいと思う。 と書いていたので試してみました。 参考 Linuxでやる方はこちら 漢(オトコ)のコンピュータ道: lessでソースコードに色をつける ログ GNU Source-highlightを入れる MacPortsにportがあったので、port installした。ただし、boostとか入れに来るのでそれが嫌な人はやめてください！ % port search source-highlight source-highlight @3.1.4 (textproc, devel) source-code syntax highlighter
1年以上前に作ってずっと使ってた奴を、少し直してrubygemにした。 くわしい使い方はhttp://shokai.github.com/twに書いた。 何か要望あればtwitterかgithubのissueかblogのコメントでください。 ※活用方法をTwのレシピに書きました インストール 特別なライブラリは使っていないのでMacならすぐインストールできるはず gem install tw tw --help 機能 すぐ使えるように名前が短い、インストール・セットアップが楽 表示がカラフル 複数のユーザやリストをマージして表示できる DM読み書き public timelineの検索 user stream、filter stream読める。なんかよく切断されるので自動再接続するようにしといた 複数アカウント使える UNIX pipeからもtweetできる 作った経緯 フルスクリーンのタ
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