数多の武芸者が“最強”を求め命を懸けた伝説の武芸仕合『海原大仕合』から２年。『海原大仕合』で天下無双と謳われた千石伊織の元に徳川幕府より、戦いへの誘いが届く。敵は幕府が“最強”を決めるため選んだ武芸者たち、その名は“幕下百剣”。伊織に付き従うのは、剣に魅せられた一ノ瀬家の娘・蘭。いずれも一騎当千の強者たちを相手に、千石伊織の新たな戦いが幕を開ける！！
流刑島“阿修羅の獄”にて幕下大仕合本戦が開幕！ 伊織の相手は、因縁極まる明神流の真嶋喜太郎。二年前の海原大仕合で争った、四神槍“紅抜の佐助”の兄である喜太郎は、復讐を誓い、獣のように伊織に襲いかかる!! 苛烈な攻撃を捌き、優勢に立つ伊織だったが、耳を切り落とされた喜太郎は異様な変化を遂げ、その本領を示す!!