Promoter (biologija)

Inicijacija, pa samim tim i transkripcija, bila bi potpuno nemoguća bez regiona zvanog promoter. Promoter je određena sekvenca, to jest određen redosled nukleotida, i nalazi se na DNK molekulu koji se transkriptuje. Bez promotera sinteza proteina ne bi bila moguća. Različiti geni imaju različite promotere, i promoteri mogu da se razlikuju od vrste to vrste. Iako se razlikuju na niskom nivou, sekvence promotera su manje više konstantne, i mogu biti predstavnjene sekvencom zvanom konsenzus sekvenca.

Na primer, sakupi se veći broj, između 200 do 250, organizama istih vrsta, za primer uzimamo Ešerihiju Koli. Nakon vršenja analize sekvenci promotera svih 250 primera Ešerihije Koli, možemo komparacijom da utvrdimo konsenzus sekvencu, tj. uzmemo za konsenzus sekvencu onu koja ima nukleotide koji se pojavljuju najčešće kod svih 250 primera E. Koli. Ovo je naravno moguće ukoliko unapred znamo koju sekvencu za promotera tražimo. Jačina promotera, odnosno na kojem stepenu će da promoviše transkripciju zavisi upravo od konsenzus sekvence. Što je promoterova sekvenca bliža konsenzus sekvenci, te je jačina promotera veća.

Enzim RNK polimeraza prepozna konsenzus sekvencu promotera i zakači se za region i na taj način promoviše transkripciju. Dodavanjem faktora inicijacije, kod organizama tipa Ešerihija koli taj faktor je σ70 (sigma 70) mehanizam za transkripciju prepoznaje sekvencu promotera.

Ceo molekul DNK se obeležava brojanjem nukleotida od mesta gde transkripcija počinnje. Na primer, mesto gde transkripcija počinje se obeležava sa +1. Sve što se nalazi udesno od početnog mesta se obeležava sa + (plus) i broj nukleotida od početnog mesta, i sve što se nalazi ulevo od početnog mesta se obeležava sa - (minus).

Promoter ima dva važna regiona koje enzim RNK polimeraza prepoznaje, prvi region se nalazi na mestu -10, a drugi se nalazi na -35. Oba regiona su šest nukletida dugačka. Konsenzus sekvence za -35 region je 5'-TTGACA-3’, a za -10 je 5’- TATAAT-3’.

Cilj inicijacije je da se DNK molekul pretvori iz zatvorenog u otvoreni kompleks. Ova tansformacija se naziva izomerizacija i reakcija je nepovratnog karaktera, što znači da kada se ova tranformacija odigra, možemo da budemo sigurno da će transkripcija započeti.

Sledeći primer je sekvenca gena odgovornog za otpor na antibiotik penicilin.

Na ovom primeru možemo da vidimo sledeće sekvence:

• Na regionu od -39 do -33, nalazi se sekvenca 5'-CCAGCCC-3', koja kodira za Transkripcioni Faktor koji pomaže pri tranckripciji
• Na regionu od -31 do -25 nalazi se TATA region, poznatiji kao TATA Kutija, koji pomaže pri pronalaženju promotera i pronalaženju gde počinje transkrpicija

To su samo dva primera, koji imaju ulogu u transkripciji. U samoj transkripciji postoje mnogo faktora koji utiču na proces, i svi se mogu naći na molekulu DNK koji se transkriptuje zahvaljujući sekvencama.