以下のコマンドでlocal永続ボリュームで使用するディレクトリを作成します。
sudo mkdir -p /var/nb_jovyan
sudo mkdir -p /var/start-notebook.d
sudo chown 1000:100 /var/nb_jovyan
cat << EOF | sudo tee /var/start-notebook.d/install_packages.sh
conda install psycopg2 -y
conda install -c conda-forge ipython-sql -y
EOF
sudo chmod +x /var/start-notebook.d/install_packages.sh
2. local永続ボリュームの作成
以下のコマンドでlocal永続ボリュームを作成します。
※jovyan用の永続ボリューム
cat << EOF > local-jovyan-pv.yml
apiVersion: v1
kind: PersistentVolume
metadata:
name: local-jovyan-pv
spec:
capacity:
storage: 5Gi
accessModes:
- ReadWriteOnce
storageClassName: local-storage
local:
path: /var/nb_jovyan
nodeAffinity:
required:
nodeSelectorTerms:
- matchExpressions:
- key: kubernetes.io/hostname
operator: In
values:
- `hostname`
EOFmicrok8s kubectl apply -f ./local-jovyan-pv.yml※スタートアップスクリプト用の永続ボリューム
cat << EOF > local-startnb-pv.yml
apiVersion: v1
kind: PersistentVolume
metadata:
name: local-startnb-pv
spec:
capacity:
storage: 5Gi
accessModes:
- ReadWriteOnce
storageClassName: local-storage
local:
path: /var/start-notebook.d
nodeAffinity:
required:
nodeSelectorTerms:
- matchExpressions:
- key: kubernetes.io/hostname
operator: In
values:
- `hostname`
EOFmicrok8s kubectl apply -f ./local-startnb-pv.yml3. 永続ボリューム要求の作成
以下のコマンドで永続ボリューム要求を作成します。
※jovyan用の永続ボリューム
cat << EOF > local-jovyan-pvc.yml
apiVersion: v1
kind: PersistentVolumeClaim
metadata:
name: local-jovyan-pvc
spec:
accessModes:
- ReadWriteOnce
storageClassName: local-storage
resources:
requests:
storage: 5Gi
volumeName: local-jovyan-pv
EOF
microk8s kubectl apply -f ./local-jovyan-pvc.yml
※スタートアップスクリプト用の永続ボリューム要求
cat << EOF > local-startnb-pvc.yml
apiVersion: v1
kind: PersistentVolumeClaim
metadata:
name: local-startnb-pvc
spec:
accessModes:
- ReadWriteOnce
storageClassName: local-storage
resources:
requests:
storage: 5Gi
volumeName: local-startnb-pv
EOF
microk8s kubectl apply -f ./local-startnb-pvc.yml
4. Deploymentの作成
以下のコマンドでjupyterのイメージと作成したlocal永続ボリュームを使用するDeploymentを作成します。
cat << EOF > jupyter-deployment.yml
apiVersion: apps/v1
kind: Deployment
metadata:
name: jupyter-deployment
labels:
app: jupyter
spec:
replicas: 1
selector:
matchLabels:
app: jupyter
template:
metadata:
labels:
app: jupyter
spec:
containers:
- name: jupyter
image: jupyter/scipy-notebook:latest
ports:
- containerPort: 8888
env:
- name: JUPYTER_TOKEN
value: "jupyter"
- name: DOCKER_STACKS_JUPYTER_CMD
value: "lab"
volumeMounts:
- name: nb-jovyan
mountPath: /home/jovyan/work
- name: startnb
mountPath: /usr/local/bin/start-notebook.d
volumes:
- name: nb-jovyan
persistentVolumeClaim:
claimName: local-jovyan-pvc
- name: startnb
persistentVolumeClaim:
claimName: local-startnb-pvc
EOF
microk8s kubectl apply -f ./jupyter-deployment.yml
5. サービスの作成
以下のコマンドでサービスを作成します。
cat << EOF > jupyter-service.yml
apiVersion: v1
kind: Service
metadata:
name: jupyter-service
spec:
selector:
app: jupyter
type: LoadBalancer
externalIPs:
- xxx.xxx.xxx.xxx # 外部からアクセスできるMicrok8sをインストールしたホストのIPを設定します。
ports:
- protocol: TCP
port: 8080
targetPort: 8888
EOF
microk8s kubectl apply -f ./jupyter-service.yml
6. 動作確認
ブラウザからhttp://<ホスト名またはIP>:8080/?token=jupyter にアクセスします。
ipython-sqlをインストールしているのでSQLマジックセルでSQLを実行できるか確認します。
以下のusername, password, dbhost, dbnameを書き換えて、PostgreSQLデータベースに接続/実行確認します。
%load_ext sql
dsl = 'postgresql://username:password@dbhost:5432/dbname'
%sql $dsl
%%sql
select * from pg_database;