第97回選抜高等学校野球大会の選考委員会が2025年1月24日に開かれ、センバツ出場32校が決定した。21世紀枠は共に初出場となる壱岐（長崎）と横浜清陵（神奈川）が選ばれた。組合せ抽選会は3月7日。
第97回選抜高等学校野球大会のセンバツ出場校は、困難な状況を克服した学校などを対象とした「21世紀枠」2校と「神宮大会枠」1校を加えた計32校。大会に先立ち開かれた選考委員会で、センバツ出場校が選ばれた。
一般選考30校のうち、初出場校は千葉黎明（千葉）、浦和実業（埼玉）、滋賀短大付属（滋賀）、エナジックスポーツ高等学院（沖縄）の4校。21世紀枠は推薦候補の9校の中から、共に初出場となる壱岐（長崎）と横浜清陵（神奈川）の2校に決まった。
関東地区はこのほか、2024年秋の明治神宮大会で優勝した横浜（神奈川）、2024年センバツ大会で優勝した高崎健康福祉大高崎（群馬）、4年連続8回目の出場となる山梨学院（山梨）。東京からは、2024年秋の都大会で優勝した二松学舎大付属と早稲田実業の2校が選ばれ、関東地区（東京含む）は計7校の出場が決定した。
次に出場校の多い近畿地区は、初出場の滋賀短大付属（滋賀）のほか、東洋大姫路（兵庫）、智辯和歌山（和歌山）、市立和歌山（和歌山）、天理（奈良）、滋賀学園（滋賀）の6校が出場する。
第97回選抜高等学校野球大会は3月7日の組み合わせ抽選会を経て、3月18日から13日間、甲子園球場で行われる。
◆第97回選抜高等学校野球大会（32校）
東海大札幌（北海道）10年ぶり7回目
青森山田（青森）2年連続4回目
花巻東（岩手）3年ぶり5回目
聖光学院（福島）3年ぶり7回目
健大高崎（群馬）3年連続8回目
浦和実（埼玉）初出場
山梨学院（山梨）4年連続8回目
千葉黎明（千葉）初出場
二松学舎大付（東京）2年ぶり8回目
早稲田実（東京）8年ぶり22回目
横浜（神奈川）6年ぶり17回目
日本航空石川（石川）2年連続4回目
敦賀気比（福井）5年連続12回目
常葉大菊川（静岡）2年ぶり6回目
至学館（愛知）8年ぶり2回目
大垣日大（岐阜）2年ぶり6回目
滋賀学園（滋賀）8年ぶり3回目
滋賀短大付（滋賀）初出場
天理（奈良）3年ぶり27回目
智辯和歌山（和歌山）2年ぶり16回目
市和歌山（和歌山）3年ぶり9回目
東洋大姫路（兵庫）3年ぶり9回目
米子松蔭（鳥取）33年ぶり2回目
広島商（広島）3年ぶり23回目
高松商（香川）2年ぶり29回目
明徳義塾（高知）4年ぶり21回目
西日本短大付（福岡）38年ぶり2回目
柳ヶ浦（大分）20年ぶり3回目
沖縄尚学（沖縄）2年ぶり8回目
エナジックスポーツ（沖縄）初出場
【21世紀枠】
壱岐（長崎）初出場
横浜清陵（神奈川）初出場