Open Tree of Life

Open Tree of Life
Logotipo do Open Tree of Life
A árvore da vida no nó Eucariotas.
Idioma(s)	inglês
Lançamento	setembro de 2015
Endereço eletrônico	opentreeoflife.org
Estado atual	ativo

O Open Tree of Life é uma árvore da vida filogenética online– um esforço colaborativo, financiado pela NSF AVAToL #1208809.^[1][2] O primeiro projecto, incluindo 2,3 milhões de espécies, foi lançado em setembro de 2015.^[3] O gráfico Interativo permite que o usuário dê um zoom nas classificações taxonômicos,  árvores filogenéticas, e informações sobre um nó. Clicar em uma espécie terá como retorno a sua fonte e referência taxonomica.

O projeto utiliza uma abordagem de superárvore para gerar uma única árvore filogenética (servido no tree.opentreeoflife.org^[4]) a partir de uma taxonomia abrangente e um conjunto curado de estimativas filogenéticas publicadas.

A taxonomia é uma combinação de várias classificações grandes produzidas por outros projetos; ela é criada usando uma ferramenta de software chamada "esmagador". A taxonomia resultante (a Open Tree Taxonomy, OTT) pode ser visitada em tree.opentreeoflife.org.^[5]

O conjunto de estimativas filogenéticas que são adicionadas ao método superárvoree são selecionados através de um aplicativo web.^[6] Qualquer usuário com um  login GitHub pode fazer uma curadoria de uma árvore. Atividades de curadoria incluem:

• o upload de uma árvore a partir de um paper publicado em um base de dados de arquivo, tais como TreeBASE.
• reenraizar a árvore. Isso é muitas vezes necessário muitos métodos filogenéticos  estimam árvores não enraizadas que são, posteriormente, enraizado por outros meios (consulte Filogenética Computacional). O enraizamento destas árvores na informação suplementar para publicações e repositórios de dados está frequentemente incorreta.
• associar os rótulos de ponta de uma árvore para abrir a árvore de taxonomia para tornar possível a comparação de diferentes hipóteses filogenéticas.

A curadoria de armazenamento de dados está disponível para uso por outros, como repositório git. Todos os softwares produzidos pelo projeto estão disponíveis sob licenças de código aberto; (ver opentreeoflife.o github.io^[7] para obter links para o código, os dados e a documentação).

O projeto foi iniciado em junho de 2012, com uma recompensa NSF de três anos para pesquisadores de dez universidades. Em 2015, uma recompensa suplementar de dois anos foi feita a pesquisadores de três instituições.