KR20150130422A - Egfr 억제제에 대한 반응 예측 - Google Patents

Abstract

암이 EGFR 억제제에 대해 반응할지 여부를 예측하는 방법을 제공한다. 특히, LKB1 돌연변이 결정에 의존하는 방법을 제공한다.

Description

EGFR 억제제에 대한 반응 예측 {PREDICTING RESPONSE TO EGFR INHIBITORS}

본 발명은 일반적으로 EGFR 억제제에 대한 반응성과 연관된 유전자 변이에 관한 것이다.

세린/트레오닌 키나제 LKB1은 최초로 가족성 암 증후군인 포이츠-예거스(Peutz-Jeghers) 증후군에서 돌연변이화된 유전자로서 확인되었다 (Hemminki et al., 1998, Nature, 391:184-187). 이어서, LKB1에서의 체세포 돌연변이는 최대 30%의 비소세포 폐암 (NSCLC)을 비롯한, 각종 산발성 암에서 발견되었다 (Sanchez-Cespedes, 2007, Oncogene, 26:7825-7832). 종양 억제자로서의 LKB1의 분자적 기능은 여전히 알려져 있지 않다.

유사하게, 표피 성장 인자 수용체 (EGFR)의 돌연변이는 장기간 동안 폐암을 비롯한, 다양한 유형의 암과 연관이 있는 것으로 여겨져 왔다 (Pastorino et al., 1993, J. Cell. Biochem. Suppl, 17F: 237-248). 에를로티닙 (타르세바(Tarceva)®, 2004년 승인), 게피티닙 (이레사(Iressa)®, 2003), 파니투무맙 (벡티빅스(Vectibix)®, 2006) 및 세툭시맙 (에르비툭스(Erbitux)®, 2004)을 비롯한, EGFR을 표적화하는 다수의 약제가 개발되었고, 진료소에서 여러 유형의 암을 치료하는데 성공적으로 사용되어 왔다. 그러나, 상기 치료에 대한 2차 내성이 빈번하게 발생한다 (Wei et al., 2011, Anticancer Drugs, 22:963-970; Brugger and Thomas, 2012, Lung Cancer, 77:2-8). EGFR의 활성화 돌연변이 (EGFR-Mut+)가 EGFR 표적화된 요법에 대한 반응성을 예측한다고 사료되지만, 이는 충분하지 않다. 추가로, EGFR 돌연변이 부재하에서도 EGFR-표적화된 요법에 대한 반응성이 관찰되어 왔다 (Piperdi and Perez-Soler, 2012, Drugs, 12 Suppl. 1:11-19). 이러한 결과는 EGFR-표적화된 요법에 대한 환자의 반응을 더욱 잘 예측하는 진단법이 필요하다는 것을 제안한다.

활성화 EGFR 돌연변이 및 기능 상실 LKB1 돌연변이 둘 다 폐암 및 다른 유형의 암에서 빈번하게 관찰되었지만, 이는 여러 그룹에 의해 상호 배타적인 것으로; 즉, 돌연변이는 환자 집단 내에서 무작위적으로 조화를 이루기보다는, 한 돌연변이가 존재할 경우, 그 나머지 다른 하나는 존재할 가능성이 통계학상 더 적은 것으로 보고되어 왔다 (Reungwetwattana et al., 2012, Clin. 폐암, 13: 252-266; Chitale et al., 2008, Oncogene, 28: 2773-2783; Koivunen et al., 2008, Br. J. 암, 455: 245-252; Ding et al., 2008, Nature, 455: 1069-1075). 이는 상기 돌연변이가 같은 분자 경로에 관여할 수 있고, 한 돌연변이 또는 그 나머지 다른 한 돌연변이가 상기 경로를 탈조절시키고, 종양 진행을 유도하는데 충분하다는 것을 제안한다.

일부 실시양태에서, 암이 EGFR 억제제에 대해 반응할지 여부를 예측하는 방법을 제공한다. 일부 실시양태에서, 본 방법은 암이 LKB1 돌연변이를 포함하는지 여부를 결정하는 것을 포함하며, 여기서 LKB1 돌연변이가 존재하다면, 이는 암이 EGFR 억제제에 대해 반응할 것임을 시사한다.

일부 실시양태에서, EGFR 억제제가 유익할 가능성이 있는 암 환자를 확인하는 방법을 제공한다. 일부 실시양태에서, 본 방법은 환자의 암이 LKB1 돌연변이를 포함하는지 여부를 결정하는 것을 포함하며, 여기서 LKB1 돌연변이가 존재하다면, 이는 EGFR 억제제가 암 환자에게 유익할 가능성이 있음을 시사한다.

일부 실시양태에서, 암 환자를 위한 요법을 선택하는 방법을 제공한다. 일부 실시양태에서, 본 방법은 (a) 환자의 암이 LKB1 돌연변이를 포함하는지 여부를 결정하고; (b) 환자의 암이 LKB1 돌연변이를 포함한다면, 요법을 위해 EGFR 억제제를 선택하는 것을 포함한다.

일부 실시양태에서, 포유동물에서 암을 치료하는 방법을 제공한다. 일부 실시양태에서, 본 방법은 (a) 암이 LKB1 돌연변이를 포함하는지 여부를 결정하고; (b) 암이 LKB1 돌연변이를 포함한다면, 포유동물에게 치료 유효량의 EGFR 억제제를 투여하는 것을 포함한다.

일부 실시양태에서, 포유동물에서 LKB1 돌연변이를 포함하는 암을 치료하는 방법을 제공한다. 일부 실시양태에서, 본 방법은 암을 가진 포유동물에게 치료 유효량의 EGFR 억제제를 투여하는 것을 포함한다. 일부 실시양태에서, EGFR 억제제를 투여하기 전에, 암은 LKB1 돌연변이를 포함하는 것으로 결정된 것이다.

본원에 기재된 실시양태 중 임의의 것에서, 암은 고형 종양일 수 있다. 본원에 기재된 실시양태 중 임의의 것에서, 암은 대세포 암종, 카르시노이드 암, 신경내분비 기원의 암, 두경부 편평 세포 암종 (HNSCC), 결장직장암, 자궁경부암, 흑색종, 피부암, 평활근종, 위암, 교모세포종, 난소암, 소세포 폐암 (SCLC), 비소세포 폐암 (NSCLC), 췌장암, 식도암, 위암 및 갑상선암으로부터 선택될 수 있다. 본원에 기재된 실시양태 중 임의의 것에서, 암은 폐암, 췌장암, 결장직장암 및 두경부암으로부터 선택될 수 있다. 본원에 기재된 실시양태 중 임의의 것에서, 암은 하기 표 2의 조직으로부터 선택된 조직일 수 있다.

일부 실시양태에서, LKB1 돌연변이는 LKB1 폴리뉴클레오티드 중에 변이를 포함한다. 일부 실시양태에서, LKB1 폴리뉴클레오티드 중의 변이는 LKB1 폴리뉴클레오티드의 코딩 서열 중에 존재한다. 일부 실시양태에서, LKB1 폴리뉴클레오티드 중의 변이는 삽입, 결실, 역위 및 치환으로부터 선택된 하나 이상의 변이를 포함한다. 일부 실시양태에서, LKB1 폴리뉴클레오티드 중의 변이는 LKB1 코딩 서열에서 프레임 시프트를 일으킨다. 일부 실시양태에서, LKB1 폴리뉴클레오티드 중의 변이는 (a) LKB1 단백질 수준을 유의하게 감소시키거나 또는 부재화시키고/거나 (b) 활성이 유의하게 감소된 LKB1 단백질을 발현시키는, 하기 표 1로부터 선택된 뉴클레오티드 위치의 뉴클레오티드 변이이다. 일부 실시양태에서, LKB1 폴리뉴클레오티드 중의 변이는 표 1로부터 선택된 뉴클레오티드 변화이다.

일부 실시양태에서, LKB1 폴리뉴클레오티드 중의 변이는 LKB1 폴리펩티드에서 변이를 일으킨다. 일부 실시양태에서, LKB1 폴리펩티드 중의 변이는 삽입, 치환, 결실 및 말단절단으로부터 선택된다. 일부 실시양태에서, LKB1 폴리펩티드 중의 하나 이상의 변이는 (a) LKB1 단백질 수준을 유의하게 감소시키거나 또는 부재화시키고/거나 (b) 활성이 유의하게 감소된 LKB1 단백질을 발현시키는, 하기 표 1로부터 선택된 아미노산 위치의 아미노산 변이이다. 일부 실시양태에서, LKB1 폴리펩티드 중의 하나 이상의 변이는 표 1로부터 선택된 아미노산 변화이다.

본원에 기재된 실시양태 중 임의의 것에서, 포유동물은 인간일 수 있다.

본원에 기재된 실시양태 중 임의의 것에서, EGFR 억제제는 EGFR에 결합하는 항체일 수 있다. 일부 실시양태에서, EGFR 억제제는 세툭시맙, 파니투무맙, DL11f 및 GA201로부터 선택된다.

본원에 기재된 실시양태 중 임의의 것에서, EGFR 억제제는 소분자일 수 있다.

일부 실시양태에서, EGFR 억제제는 에를로티닙 또는 게피티닙으로부터 선택된다.

상기 및 추가의 실시양태는 하기 기재된 설명에서 설명된다.

도 1은 실시예 2에 기재된 바와 같이, NMPP1, EGF, NMPP1 + EGF, NMPP1 + EGF + 에를로티닙 (타르세바®), 또는 NMPP1 + FGF7 + 에를로티닙 (타르세바®)과 함께 인큐베이션된 Lkb1^{wt /wt} 및 Lkb1^{MG /MG} 마우스 배아 중간엽 무함유 폐 조직 체외이식편의 성장 및 분지화를 보여주는 것이다.
도 2는 실시예 2에 기재된 바와 같이, NMPP1, EGF, NMPP1 + EGF, 또는 NMPP1 + EGF + 에를로티닙 (타르세바®)과 함께 인큐베이션된 Lkb1^{wt /wt} 및 Lkb1^{MG /MG} 마우스 배아 전조직 표본 폐 조직 체외이식편의 성장 및 분지화를 보여주는 것이다.
도 3A-B는 실시예 2에 기재된 바와 같이, (a) NMPP1의 존재 또는 부재하에서 Lkb1^wt/wt 및 Lkb1^{MG / MG} 폐 중의 EGFR 수준, 및 (b) EGF와 함께 10분 동안 인큐베이션시켰을 때, 또는 인큐베이션시키지 않았을 때, NMPP1의 존재하에서의 Lkb1^{wt /wt} 및 Lkb1^MG/MG 폐 중의 EGFR 티로신 인산화를 보여주는 것이다.
도 4는 실시예 2에 기재된 바와 같이, NMPP1, EGF, 및 NMPP1 + EGF와 함께 인큐베이션된 Lkb1^{MG /MG} 췌장 체외이식편에서의 낭성 표현형의 발생을 보여주는 것이다.
도 5는 실시예 2에 기재된 바와 같이, EGF 또는 EGF 및 NMPP1과 함께 인큐베이션된 Lkb1^{wt /wt} 및 Lkb1^{MG /MG} 췌장 체외이식편에서의 낭성 표현형의 발생을 보여주는 것이다.
도 6은 실시예 2에 기재된 바와 같이, EGF 및 NMPP1과 함께, 또는 EGF, NMPP1, 및 에를로티닙 (타르세바®)과 함께 인큐베이션된 Lkb1^{wt /wt} 및 Lkb1^{MG /MG} 췌장 체외이식편에서의 낭성 표현형의 발생을 보여주는 것이다.

I. 정의

본 명세서를 해석하기 위한 목적으로 하기 정의가 적용될 것이며, 적절할 경우에는 언제나, 단수 형태로 사용되는 용어는 또한 복수 형태를 포함할 것이며, 그 반대의 경우도 그러하다. 하기 기재되는 임의의 정의가 본원에 참조로 포함된 임의의 문헌과 상반되는 경우, 하기 기재되는 정의가 통제할 것이다.

달리 정의되지 않는 한, 본원에서 사용된 관련분야의 모든 용어, 표기법 및 다른 과학 용어는 본 발명이 포함된 통상의 기술자에 의해 통상적으로 이해되는 의미를 가진다. 일부 경우에서, 통상적으로 이해되는 의미를 가진 용어는 본원에서 명확성 및/또는 쉬운 참조를 위해 정의되고, 본원에 상기 정의를 포함하는 것이 반드시 관련 기술분야에 일반적으로 이해되는 것과의 실질적인 차이를 나타내는 것으로 해석되지는 않아야 한다. 본원에 기재되거나, 또는 참조된 기법 및 방법은 일반적으로 통상의 기술자에 의해 잘 이해되고, 종래 방법을 사용하여 통상적으로 사용된다. 적절할 경우, 달리 언급되지 않는 한, 상업적으로 이용가능한 키트 및 시약을 사용하는 것을 포함하는 방법은 일반적으로 제조사의 정의된 프로토콜 및/또는 파라미터에 따라 수행된다.

본 조성물 및 방법을 기재하기 앞서, 본 발명은 기재된 특정 방법, 프로토콜, 세포주, 동물 종 또는 속, 구축물, 및 시약으로 제한되는 것은 아니며, 따라서, 이들은 물론 달라질 수 있다는 것을 이해하여야 한다. 또한, 본언에서 사용된 용어는 단지 특정 실시양태를 기재하기 위한 목적의 것이며, 본 발명의 범주를 제한하고자 하는 것이 아니고, 상기 범주는 오직 첨부된 청구범위에 의해서만 제한된다는 것을 이해하여야 한다.

본원 및 첨부된 청구범위에서 사용되는 바, 단수 형태는 문맥상 달리 명백하게 언급되지 않는 한, 복수 형태도 포함한다는 것을 이해하여야 한다.

본 명세서 및 청구범위 전역에 걸쳐, "포함하다(comprise)," 또는 예컨대, "포함하다(comprises)," 또는 "포함하는"이라는 파생어는 임의의 다른 정수 또는 정수 군을 배제하지 않고, 언급된 정수 또는 다른 정수 군을 포함한다는 것을 암시하는 것으로 이해할 것이다.

단수 또는 복수 형태로 사용될 때, "폴리뉴클레오티드"라는 용어는 일반적으로 임의의 폴리리보뉴클레오티드 또는 폴리데옥시리보뉴클레오티드를 의미하며, 이는 비변형된 RNA 또는 DNA, 또는 변형된 RNA 또는 DNA일 수 있다. 따라서, 예를 들어, 본원에서 정의된 바와 같은 폴리뉴클레오티드는 제한 없이, 단일 및 이중 가닥 DNA, 단일 및 이중 가닥 영역을 포함하는 DNA, 단일 및 이중 가닥 RNA, 및 단일 및 이중 가닥 영역을 포함하는 RNA, 단일 가닥일 수 있거나, 더욱 전형적으로는 이중 가닥일 수 있거나, 또는 단일 및 이중 가닥 영역을 포함할 수 있는, DNA 및 RNA을 포함하는 하이브리드 분자를 포함한다. 추가로, 본원에서 사용되는 바, "폴리뉴클레오티드"라는 용어는 RNA 또는 DNA, 또는 RNA 및 DNA 둘 모두를 포함하는 삼중 가닥 영역을 의미한다. 상기 영역에서 가닥은 동일 분자로부터 또는 다른 분자로부터 유래될 것일 수 있다. 상기 영역은 하나 이상의 분자 모두를 포함할 수 있지만, 더욱 전형적으로는 분자 중 일부의 한 영역만을 포함한다. 삼중 나선 영역의 분자 중 하나는 대개 올리고뉴클레오티드이다. "폴리뉴클레오티드"라는 용어는 구체적으로 cDNA를 포함한다. 상기 용어는 DNA (cDNA 포함), 및 하나 이상의 변형된 염기를 포함하는 RNA를 포함한다. 따라서, 안정성 또는 다른 이유에서 골격이 변형된 DNA 또는 RNA는 상기 용어가 본원에서 의도되는 바와 같이 "폴리뉴클레오티드"이다. 또한, 특이한 염기, 예컨대 이노신, 또는 변형된 염기, 예컨대 삼중 수소화된 염기를 포함하는 DNA 또는 RNA는 본원에서 정의된 바와 같은 "폴리뉴클레오티드"라는 용어 내에 포함된다. 일반적으로, "폴리뉴클레오티드"라는 용어는 비변형된 폴리뉴클레오티드의 화학적으로, 효소적으로 및/또는 대사적으로 변형된 형태 모두, 그뿐만 아니라, 바이러스, 및 단세포 및 복합 세포를 비롯한 세포의 특징이 되는 화학적 형태의 DNA 및 RNA를 포함한다.

"올리고뉴클레오티드"라는 용어는 제한 없이, 단일 가닥 데옥시리보뉴클레오티드, 단일 또는 이중 가닥 리보뉴클레오티드, RNA:DNA 하이브리드 및 이중 가닥 DNA를 포함하는, 상대적으로 짧은 폴리뉴클레오티드를 의미한다. 올리고뉴클레오티드, 예컨대 단일 가닥 DNA 프로브 올리고뉴클레오티드는 대개 화학적 방법에 의해, 예를 들어, 상업적으로 이용가능한 자동 올리고뉴클레오티드 합성기를 사용하여 합성된다. 그러나, 올리고뉴클레오티드는 시험관내 재조합 DNA-매개 기법을 비롯한 각종의 다른 방법에 의해, 및 세포 및 유기체에서의 DNA 발현에 의해 제조될 수 있다.

"프라이머"라는 용어는 일반적으로는 유리 3'-OH 기를 제공함으로써 핵산에 혼성화할 수 있고, 상보적인 핵산을 중합화시킬 수 있는, 단일 가닥 폴리뉴클레오티드를 의미한다.

"HER 수용체"는 HER 수용체 패밀리에 속하는 수용체 단백질 티로신 키나제이며, EGFR (ErbB 1, HER1), HER2 (ErbB2), HER3 (ErbB3) 및 HER4 (ErbB4) 수용체를 포함한다. HER 수용체는 일반적으로 HER 리간드에 결합할 수 있고/있거나 또 다른 HER 수용체 분자와 이량체화할 수 있는 세포외 도메인; 친유성 막횡단 도메인; 보존된 세포내 티로신 키나제 도메인; 및 인산화될 수 있는 수개의 티로신 잔기를 가지는 카르복실 말단 신호전달 도메인을 포함할 것이다. HER 수용체는 천연적으로 발생된 "천연 서열") HER 수용체 또는 그의 변이체일 수 있다. 바람직하게, HER 수용체는 천연 서열 인간 HER 수용체이다.

"HER 경로"란 HER 수용체 패밀리에 의해 매개되는 신호전달 망을 의미한다.

"ErbB 1," "HER1," "표피 성장 인자 수용체" 및 "EGFR"은 본원에서 상호교환적으로 사용되고, 예를 들어, 문헌 [Carpenter et al. Ann. Rev. Biochem. 56:881-914 (1987)]에 개시된 바와 같은 EGFR을 의미하며, 천연적으로 발생된 그의 돌연변이체 형태 (예컨대, 문헌 [Ullrich et al., Nature (1984) 309:418425] 및 [Humphrey et al. PNAS (USA) 87:4207-4211 (1990)]에서와 같은 결실 돌연변이체 EGFR) 뿐만 아니라, 그의 변이체, 예컨대 EGFRvIII을 포함한다. EGFR의 변이체는 또한 결실, 치환 및 삽입 변이체, 예를 들어, 문헌 [Lynch et al., (New England Journal of Medicine 2004, 350:2129)], [Paez et al., (Science 2004, 304:1497)], 및 [Pao et al., (PNAS 2004, 101 :13306)]에 기재되어 있는 것을 포함한다.

본원에서, "EGFR 세포외 도메인" 또는 "EGFR ECD"는 그의 단편을 비롯한, 세포막에 고정되어 있거나, 순환되는 세포 외부에 존재하는 EGFR의 도메인을 의미한다. 일부 실시양태에서, EGFR의 세포외 도메인은 4개의 도메인: "도메인 I" (약 1-158의 아미노산 잔기), "도메인 II" (159-336의 아미노산 잔기), "도메인 III" (337-470의 아미노산 잔기), 및 "도메인 IV" (471-645의 아미노산 잔기) (여기서, 상기 경계는 대략적인 것이며, 약 1-3개의 아미노산만큼 달라질 수 있다)를 포함할 수 있다.

"인산화"는 단백질, 예컨대 EGFR 수용체, 또는 그의 기질에의 하나 이상의 포스페이트 기(들)의 첨가를 의미한다.

"세린/트레오닌-키나제 11," "STK11," "간 키나제 B1," 및 "LKB1"은 상호교환적으로 사용되며, 이는 달리 언급되지 않는 한, 포유동물, 예컨대 영장류 (예컨대, 인간) 및 설치류 (예컨대, 마우스 및 래트)를 비롯한, 임의의 척추동물 공급원으로의 임의의 천연 LKB1 단백질, 코딩 서열, 또는 유전자를 의미한다. 상기 용어는 "전장의" 프로세싱되지 않은 LKB1 뿐만 아니라, 천연 프로세싱으로부터 생성되는 임의 형태의 LKB1을 포함한다. 상기 용어는 또한 천연적으로 발생된 NRG의 변이체, 예컨대 스플라이스 변이체 또는 대립유전자 변이체를 포함한다. 예시적인 인간 LKB1 단백질의 서열은 스위스-프롯 수탁 번호(Swiss-Prot Accession No.) Q15831.1에 제시되어 있다. 예시적인 인간 LKB1 코딩 서열의 서열은 진뱅크 수탁 번호(GenBank Accession No.) NM_000455.4에 제시되어 있다. 유전자 위치, 서열, 및 인트론/엑손 경계를 비롯한 예시적인 유전적 정보는 NCBI 진 ID 6794(NCBI Gene ID 6794)에 제시되어 있다. 비제한적인 예시적인 LKB1 코딩 서열은 서열 1에 제시되어 있다. 비제한적인 예시적인 LKB1 아미노산 서열은 서열 2에 제시되어 있다.

"LKB1 폴리뉴클레오티드" 또는 "LKB1을 코딩하는 핵산"라는 용어는 달리 언급되지 않는 한, LKB1을 코딩하는 유전자 또는 코딩 서열 (예컨대, mRNA 또는 cDNA 코딩 서열)을 의미한다.

"뉴클레오티드 변이"라는 용어는 참조 서열 (예컨대, 야생형 서열)과의 비교에 따른 뉴클레오티드 서열의 변화 (예컨대, 하나 이상의 뉴클레오티드의 삽입, 결실, 역위, 또는 치환, 예컨대 단일 뉴클레오티드 다형성 (SNP))를 의미한다. 상기 용어는 또한 달리 언급하지 않는 한, 뉴클레오티드 서열의 상보체의 상응하는 변화를 포함한다. 뉴클레오티드 변이는 체세포 돌연변이 또는 생식선 다형성일 수 있다.

"아미노산 변이"라는 용어는 참조 서열과의 비교에 따른 아미노산 서열의 변화 (예컨대, 하나 이상의 아미노산의 삽입, 치환, 또는 결실, 예컨대 내부 결실 또는 N- 또는 C-말단 말단절단)를 의미한다.

"변이"라는 용어는 뉴클레오티드 변이 또는 아미노산 변이를 의미한다. "변이" 및 "돌연변이"라는 용어는 상호교환적으로 사용될 수 있다.

"표 1로부터 선택된 뉴클레오티드 위치에서의 뉴클레오티드 변이"라는 용어 및 그의 문법상 파생어는 표 1에 열거된 뉴클레오티드 위치 중 임의의 것에서의 LKB1 폴리뉴클레오티드 서열의 뉴클레오티드 변이를 의미하며, 표 1의 첫번째 칸에 열거된 아미노산 위치에 상응하는 뉴클레오티드 위치 중 임의의 것, 및 표 1의 두번째 칸에 열거된 구체적인 뉴클레오티드 변화를 포함하나, 이에 제한되지 않는다. 예를 들어, 및 예시 목적으로, 표 1의 세번째 줄의 데이터 중 첫번째 칸의 것을 참조하면, LKB1 폴리펩티드의 아미노산 37에 상응하는 3개의 뉴클레오티드 위치 중 임의의 것에서의 뉴클레오티드 변이는 상기 3개의 뉴클레오티드 위치 중 하나에서의 임의의 변화를 포함하며, 이는 구체적인 뉴클레오티드 변화, 즉, 두번째 칸에 명시된 109C>T 치환을 포함하나, 이에 제한되지 않는다. 상기 용어는 또한 달리 언급되지 않는 한, 뉴클레오티드 서열의 상보체에서의 상응하는 변화를 포함한다.

"표 1로부터 선택된 뉴클레오티드 변화"라는 용어 및 그의 문법상 파생어는 표 1의 두번째 칸에 열거된 구체적인 뉴클레오티드 변화 중 임의의 것을 의미한다. 예시 목적으로, 표 1로부터 선택된 뉴클레오티드 변화의 일례로는 표 1의 세번째 줄의 데이터 중 두번째 칸에 제시된 109C>T 치환이 있다.

"표 1로부터 선택된 아미노산 위치에서의 아미노산 변이"라는 용어 및 그의 문법상 파생어는 표 1의 첫번째 칸에 열거된 아미노산 위치 중 임의의 것에서의 LKB1 아미노산 서열의 아미노산 변이를 의미하며, 표 1의 세번째 칸에 열거된 열거된 구체적인 아미노산 변화를 포함하나, 이에 제한되지 않는다. 예를 들어, 및 예시 목적으로, 표 1의 네번째 줄의 데이터 중 첫번째 칸의 것을 참조하면, LKB1의 아미노산 위치 281에서의 아미노산 변이는 상기 아미노산 위치에서의 임의의 변화를 포함하며, 이는 구체적인 아미노산 변화, 즉, 네번째 줄의 데이터 중 세번째 칸에 명시된 P281L 치환을 포함하나, 이에 제한되지 않는다.

"표 1로부터 선택된 아미노산 변화"라는 용어 및 그의 문법상 파생어는 표 1의 세번째 칸에 열거된 구체적인 아미노산 변화 중 임의의 것을 의미한다. 예시 목적으로, 표 1로부터 선택된 아미노산 변화의 일례로는 표 1의 네번째 줄의 데이터 중 세번째 칸에 제시된 P281L 치환이 있다.

본원에서 사용되는 바, "LKB1 돌연변이"라는 용어는 (a) LKB1 단백질 수준을 유의하게 감소시키거나 또는 부재화시키고/거나 (b) 활성이 유의하게 감소된 LKB1 단백질이 발현되도록 하는, LKB1 유전자 중의 하나 이상의 변이를 의미한다. "LKB1 돌연변이"라는 용어는 전체 LKB1 유전자를 결실시키는 뉴클레오티드 결실을 포함하나, 이에 제한되지 않는다. 본원에서 사용되는 바, "돌연변이화된 LKB1 유전자"란 LKB1 돌연변이를 포함하는 LKB1 유전자를 의미한다. LKB1 단백질의 수준은 세포, 예컨대 종양 세포 중 LKB1의 수준이 같은 세포 유형, 예컨대 종양 세포와 동일한 조직 유형에 상응하는 세포 중 LKB1 단백질의 야생형 수준의 50% 이하일 때 "유의하게 감소되었거나 또는 부재화된 것"으로 간주된다. LKB1 단백질은 예컨대, EP1633883 B1에 기재된 바와 같이 인산화 검정에 의해 결정되는 바, LKB1 단백질의 키나제 활성이 야생형 LKB1 단백질의 키나제 활성의 <50%, <40%, <30%, <20% 또는 <10%일 때, "유의하게 감소된 활성"을 가지는 것으로 간주된다.

"LKB1 돌연변이를 포함하는" 암 또는 종양이란 암 또는 종양 세포 중 적어도 일부가 LKB1 돌연변이를 포함하는 것인 암 또는 종양을 의미한다.

본원에서 "종양 샘플"은 환자의 종양으로부터 유래된 샘플, 또는 환자의 종양으로부터의 종양 세포를 포함하는 샘플이다. 본원에서 종양 샘플의 예로는 종양으로부터 유래하거나 종양 유사 특성을 나타내는 종양 생검, 순환 종양 세포, 순환 혈장 단백질, 복수액, 일차 세포 배양물 또는 세포주 뿐만 아니라, 보존된 종양 샘플, 예컨대 포르말린-고정된, 파라핀-포매된 종양 샘플 또는 동결된 종양 샘플을 포함하나, 이에 제한되지 않는다.

"고정된" 종양 샘플은 고정제를 사용하여 조직학상 보존된 것이다.

"포르말린-고정된" 종양 샘플은 고정제로서 포름알데히드를 사용하여 보존된 것이다.

"포매된" 종양 샘플은 예컨대, 파라핀, 왁스, 셀로이딘 또는 수지와 같이, 견고하고 일반적으로 단단한 매질이 감싸고 있는 것이다. 포매는 현미경 검사를 위한 또는 조직 마이크로어레이 (TMA)의 생성을 위한 얇은 절편의 절단을 가능하게 한다.

"파라핀-포매된" 종양 샘플은 석유 유래의 고체 탄화수소의 정제된 혼합물이 감싸고 있는 것이다.

본원에서 "동결된" 종양 샘플은 동결되는 또는 동결된 종양 샘플을 의미한다.

"어레이" 또는 "마이크로어레이"란 기판 상의 혼성화 가능한 어레이 요소, 바람직하게는 폴리뉴클레오티드 프로브 (예컨대, 올리고뉴클레오티드)의 정돈된 배열을 나타낸다. 기판은 고체 기판, 예컨대 유리 슬라이드, 또는 반고체 기판, 예컨대 니트로셀룰로스 막일 수 있다.

"증폭"이라는 용어는 참조 핵산 서열 또는 그의 상보체의 하나 이상의 카피를 제조하는 공정을 의미한다. 증폭은 선형 또는 지수 (예컨대, PCR) 증폭일 수 있다. "카피"는 주형 서열과 비교하여 완벽한 서열 상보성 또는 동일성을 반드시 의미하는 것은 아니다. 예를 들어, 카피는 뉴클레오티드 유사체, 예컨대 데옥시이노신, 고의성 서열 변경 (예컨대, 주형에 대하여 혼성화가 가능하지만, 완전하게 상보적인 것은 아닌 서열을 포함하는 프라이머를 통해 도입되는 서열 변경), 및/또는 증폭 동안 발생하는 서열 오류를 포함할 수 있다.

본원에서 사용되는 바, "폴리머라제 연쇄 반응" 또는 "PCR"이라는 기법은 일반적으로 1987년 7월 28일 등록된 미국 특허 번호 4,683,195에 기재된 바와 같이 최소량의 특정의 핵산, RNA 및/또는 DNA 조각을 증폭시키는 방법을 의미한다. 일반적으로, 관심 영역 또는 그를 넘어선 영역의 단부로부터의 서열 정보가 사용될 수 있고, 이로써 올리고뉴클레오티드 프라이머가 디자인될 수 있으며; 이들 프라이머는 증폭시키고자 하는 주형의 반대쪽 가닥과 서열이 동일하거나, 또는 유사할 것이다. 두 프라이머의 5' 말단 뉴클레오티드는 증폭된 물질의 단부와 일치할 수 있다. PCR은 특정 RNA 서열, 전체 게놈 DNA로부터의 특정 DNA 서열, 및 전체 세포성 RNA로부터 전사된 cDNA, 박테리오파지 또는 플라스미드 서열 등을 증폭시는 데 사용될 수 있다. 일반적으로, 문헌 [Mullis et al., Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol., 51:263 (1987)]; [Erlich, ed., PCR Technology, (Stockton Press, NY, 1989)]를 참조할 수 있다. 본원에서 사용되는 바, PCR은, 프라이머로서 공지의 핵산 (DNA 또는 RNA)을 사용하는 것을 포함하고, 특정의 핵산 조각을 증폭 또는 생성하기 위해, 또는 특정 핵산에 상보적인 특정의 핵산 조각을 증폭 또는 생성하기 위해 핵산 폴리머라제를 사용하는, 핵산 시험 샘플을 증폭시키기 위한 핵산 폴리머라제 반응 방법 중 유일의 것이 아닌, 그 중의 일례인 것으로 간주된다.

"정량적 실시간 폴리머라제 연쇄 반응" 또는 "qRT-PCR"이란 PCR 생성물의 양이 PCR 반응의 각 단계에서 측정되는 PCR의 한 형태를 나타낸다. 상기 기법은 문헌 [Cronin et al., Am. J. Pathol. 164(1):35-42 (2004)]; 및 [Ma et al., Cancer Cell 5:607-616 (2004)]를 포함하는 다양한 공개 문헌에 기재되어 있다.

"대립유전자-특이적 올리고뉴클레오티드"란 뉴클레오티드 변이 (일반적으로, 치환)를 포함하는 표적 핵산의 영역에 혼성화하는 올리고뉴클레오티드를 의미한다. "대립유전자-특이적 혼성화"란, 대립유전자-특이적 올리고뉴클레오티드가 그의 표적 핵산에 혼성화되었을 때, 대립유전자-특이적 올리고뉴클레오티드 중의 뉴클레오티드가 뉴클레오티드 변이와 특이적으로 염기쌍을 형성하는 것을 의미한다. 특정 뉴클레오티드 변이와 관련하여 대립유전자-특이적 혼성화가 가능한 대립유전자-특이적 올리고뉴클레오티드는 상기 변이에 대하여 "특이적"이라고 말할 수 있다.

"대립유전자-특이적 프라이머"라는 용어는 프라이머인 대립유전자-특이적 올리고뉴클레오티드를 의미한다.

"프라이머 연장 검정"이라는 용어는 뉴클레오티드를 핵산에 부가하여 직접 또는 간접적으로 검출되는 보다 긴 장쇄의 핵산, 또는 "연장 생성물"을 생성하는 검정을 의미한다.

"대립유전자-특이적 뉴클레오티드 도입 검정"이라는 용어는, 프라이머가 (a) 뉴클레오티드 변이의 3'인 영역에 존재하는 표적 핵산에 혼성화되고, (b) 폴리머라제에 의해 연장되어 뉴클레오티드 변이에 상보적인 뉴클레오티드를 연장 생성물 내로 도입시키는 것인, 프라이머 연장 검정을 의미한다.

"대립유전자-특이적 프라이머 연장 검정"이라는 용어는 대립유전자-특이적 프라이머가 표적 핵산에 혼성화되고, 연장되는 프라이머 연장 검정을 의미한다.

"대립유전자-특이적 올리고뉴클레오티드 혼성화 검정"이라는 용어는 (a) 대립유전자-특이적 올리고뉴클레오티드가 표적 핵산에 혼성화되고, (b) 혼성화가 직접 또는 간접적으로 검출되는 검정을 의미한다.

"5 '뉴클레아제 검정"이라는 용어는 대립유전자-특이적 올리고뉴클레오티드의 표적 핵산에의 혼성화를 통해 혼성화된 프로브의 뉴클레오티드 분해성 절단을 허용함으로써 검출가능한 신호를 얻는 검정을 의미한다.

"분자 비콘을 사용하는 검정"이라는 용어는 대립유전자-특이적 올리고뉴클레오티드의 표적 핵산에의 혼성화를 통해 유리 올리고뉴클레오티드에 의해 방출되는 검출가능한 신호 수준보다 더 높은 검출가능한 신호 수준을 얻게 되는 검정을 의미한다.

"올리고뉴클레오티드 라이게이션 검정"이라는 용어는 대립유전자-특이적 올리고뉴클레오티드 및 제2 올리고뉴클레오티드가 표적 핵산 상에서 서로 인접하여 혼성화되고, (직접적으로 또는 개입 뉴클레오티드를 통해 간접적으로) 함께 라이게이션되고, 라이게이션 생성물은 직접 또는 간접적으로 검출되는 것인 검정을 의미한다.

"표적 서열," "표적 핵산," 또는 "표적 핵산 서열"이라는 용어는 일반적으로 뉴클레오티드 변이가 존재할 것으로 의심되거나, 또는 그러한 것으로 공지되어 있는 관심 폴리뉴클레오티드 서열을 의미하며, 이는 증폭에 의해 생성된 상기 표적 핵산의 카피도 포함한다.

"검출"이라는 용어는 직접 또는 간접적인 검출을 비롯한, 임의의 검출 수단을 포함한다.

본원에서 사용되는 바, "진단"이라는 용어는 분자적 또는 병적 상태, 질환 또는 병증의 확인 또는 분류를 의미한다. 예를 들어, "진단"은 특정 유형의 암, 예컨대 폐암 확인을 의미할 수 있다. "진단"은 또한 예컨대, 병력에 의한 (예컨대, 비소세포 폐 암종), 분자적 특징에 의한 (예컨대, 특정 유전자 또는 단백질에서 뉴클레오티드 및/또는 아미노산 변이(들)를 특징으로 하는 폐암), 또는 그 둘 모두에 의한 특정 유형의 암의 부류를 의미할 수 있다.

본원에서 사용되는 바, "예측"이라는 용어는 환자가 약물 또는 약물 세트에 대하여 바람직하게 또는 비바람직하게 반응할지 여부에 대한 가능성을 의미한다. 일부 실시양태에서, 예측은 상기 반응 정도에 관한 것이다. 또 다른 실시양태에서, 예측은 치료, 예를 들어, 특정 치료제를 사용하는 치료 및/또는 원발성 종양의 외과적 제거, 및/또는 화학요법 이후에 환자가 일정 기간 동안 암 재발 없이 생존하는지 여부 및/또는 그러할 확률에 관한 것이다. 본 발명의 예측 방법은 임의의 특정 환자에 대하여 가장 적절한 치료 양식을 선택함으로써 치료법을 결정하는데 임상적으로 사용될 수 있다. 본 발명의 예측 방법은 환자가 예를 들어, 주어진 치료제 또는 조합물의 투여, 외과적 개입, 화학요법을 비롯한 치료 요법, 예컨대 주어진 치료학적 요법에 대하여 바람직하게 반응할 가능성이 있는지 여부, 또는 치료학적 요법 이후 환자가 장기간 동안 생존할 가능성이 있는지 여부를 예측하는데 있어 가치있는 도구이다.

본원에서 사용되는 바, "종양"이란, 악성이든 또는 약성이든 상관없이 모든 신생물성 세포 성장 및 증식, 및 전암성 및 암성 세포 및 조직을 의미힌다. "암," "암성," "세포 증식성 장애," "증식성 장애" 및 "종양"이라는 용어는 본원에서 언급되는 바와 같이 상호 배타적인 것이 아니다.

"암" 및 "암성"이라는 용어는 전형적으로 조절되지 않는 세포 성장 및 증식을 특징으로 하는 포유동물의 생리학적 상태를 의미하거나, 기재한다. 암의 예로는 암종, 림프종 (예컨대, 호지킨 및 비호지킨 림프종), 모세포종, 육종, 및 백혈병을 포함하나, 이에 제한되지 않는다. 암의 보다 특정한 예로는 편평 세포 암, 소세포 폐암, 비소세포 폐암, 폐의 선암종, 폐의 편평세포 암종, 복막의 암, 간세포 암, 신장 세포 암종, 위장암, 위암, 식도암, 췌장암, 교모세포종, 자궁경부암, 난소암, 간암, 방광암, 간암, 유방암, 결장암, 직장암, 폐암, 자궁내막 또는 자궁 암종, 침샘 암종, 신장암, 간암, 전립선암, 외음부암, 갑상선암, 간 암종, 흑색종, 백혈병 및 다른 림프구증식성 장애, 및 각종 유형의 두경부암을 포함한다.

"폐 종양" 및 "폐암"이라는 용어는 임의의 폐 종양을 의미하는 것으로서, 소세포 폐 암종 및 비소세포 폐 암종을 포함하나, 이에 제한되지 않으며, 후자의 것으로는 선암종, 편평세포 암종, 및 대세포 암종을 포함하나, 이에 제한되지 않는다.

"신생물" 또는 "신생물성 세포"라는 용어는 상응하는 정상 조직 또는 세포보다 더 빠르게 증식하고, 성장을 개시시킨 자극을 제거한 이후에도 계속해서 성장하는, 비정상적인 조직 또는 세포를 의미한다.

"폐 종양 세포" 또는 "폐암 세포"란 생체내 또는 시험관내에서의 폐 종양으로부터 유래된 세포를 의미하고, 이는 원발성 폐 종양 또는 전이성 폐 종양으로부터 유래된 세포 뿐만 아니라, 상기 세포로부터 유래된 세포주도 포함한다.

본원에서 사용되는 바, "치료" (및 예컨대, "치료하다" 또는 "치료하는"이라는 파생어)란, 치료받는 개체 또는 세포의 천연 과정을 변경시키고자 하는 시도로 수행되는 임상적 개입을 의미하고, 이는 예방을 위해, 또는 임상 병리 과정 동안에 실시될 수 있다. 치료의 바람직한 효과로는 질환의 발생 또는 재발 방지, 증상 경감, 질환에 따른 임의의 직접적인 또는 간접적인 병적 결과 감소, 전이 예방, 질환 진행 속도 감소, 질환 상태 호전 또는 완화, 및 관해 또는 예후 개선을 포함한다.

"개체," "대상체" 또는 "환자"는 척추동물이다. 특정 실시양태에서, 척추동물은 포유동물이다. 포유동물로는 농장 동물 (예컨대, 소), 스포츠용 동물, 애완동물 (예컨대, 고양이, 개, 및 말), 영장류 (인간 및 비-인간 영장류 포함), 및 설치류 (예컨대, 마우스 및 래트)를 포함하나, 이에 제한되지 않는다. 특정 실시양태에서, 포유동물은 인간이다.

"유효량"이란, 원하는 치료학적 또는 예방학적 결과를 달성하는데 필요한 시간 동안 그러한 투여량에서 효과적인 양을 의미한다.

"치료 유효량"이라는 용어는 환자에서 암을 치료하는데 효과적인 약물의 양을 의미한다. 약물의 유효량은 암 세포의 개수를 감소시킬 수 있거나; 종양 크기를 축소시킬 수 있거나; 암 세포의 주변 기관으로의 침윤을 억제시킬 수 있거나 (즉, 어느 정도로 저속화시킬 수 있고, 바람직하게는 정지시킬 수 있거나); 종양 전이를 억제시킬 수 있거나 (즉, 어느 정도로 저속화시킬 수 있고, 바람직하게는 정지시킬 수 있거나); 종양 성장을 어느 정도로 억제시킬 수 있고/거나; 암과 관련된 증상 중 하나 이상을 어느 정도 완화시킬 수 있다. 약물이 성장을 막을 수 있고/거나, 존재하는 암 세포를 사멸시킬 수 있는 정도까지, 약물은 세포 증식 억제성 및/또는 세포독성일 수 있다. 유효량은 (예컨대, 고형 종양에 대한 반응 평가 기준(Response Evaluation Criteria for Solid Tumors: RECIST)에 의해 측정되는 바와 같이) 무진행 생존을 연장시킬 수 있고/거나, 객관적인 반응 (부분 반응 PR 또는 완전 반응 CR 포함)을 유도할 수 있고/거나, 생존 (전체 생존 및 무진행 생존 포함)을 개선시키고/거나, (예컨대, FOSI에 의해 평가되는 바와 같이) 하나 이상의 암 증상을 개선시킬 수 있다. 가장 바람직하게, 치료 유효량의 약물은 무진행 생존 (PFS) 및/또는 전체 생존 (OS)을 개선시키는 데 효과적이다.

본원에서 치료제의 "고정된" 또는 "균일한" 용량은 환자의 체중 (WT) 또는 체표면적 (BSA)을 고려하지 않고 인간 환자에게 투여되는 용량을 의미한다. 그러므로, 고정된 또는 균일한 용량은 mg/kg 용량 또는 mg/㎡ 용량이 아니라, 치료제의 절대량으로 제공된다.

본원에서 "로딩" 용량은 일반적으로 환자에게 투여되는 치료제의 초기 용량을 포함하고, 그의 1회 이상의 유지 용량(들)이 후속 투여된다. 일반적으로, 단일 로딩 용량이 투여되지만, 다중 로딩 용량이 본원에서 고려된다. 대체로, 유지 용량(들)으로 달성될 수 있는 것보다 더 이른 조기 시점에 치료제의 원하는 항정 농도를 달성할 수 있도록 하기 위해, 투여되는 로딩 용량(들)의 양은 투여되는 유지 용량(들)의 양을 초과하고/거나, 로딩 용량(들)은 유지 용량(들)보다 더욱 빈번하게 투여된다.

본원에서 "유지" 용량은 치료 기간에 걸쳐 환자에게 투여되는 치료제의 1회 이상의 투여량을 의미한다. 대체로, 유지 용량은 일정한 치료 시간 간격으로, 예컨대 대략 매주, 대략 2주마다, 대략 3주마다, 또는 대략 4주마다 투여된다.

"의약"은 암 치료를 위한 활성 약물, 예컨대 EGFR 억제제이다.

"표적 청중"은 특히 특정 용도, 치료, 또는 지시를 위해 마케팅 또는 광고에 의해 특정 의약을 그에 대해 판촉하고 있거나, 판촉을 의도하는 일군의 사람 또는 기관, 예를 들어, 개체 환자, 환자 집단, 신문, 의학 문헌 및 잡지 구독자, 텔레비젼 또는 인터넷 시청자, 라디오 또는 인터넷 청취자, 의사, 제약회사 등이다.

"패키지 인서트"는 치료 제품의 상업적인 패키지 내에 통상적으로 포함되는, 적응증, 용법, 투여량, 투여, 금기, 포장된 제품과 조합될 다른 치료 제품, 및/또는 상기 치료 제품의 사용에 관한 경고 등에 대한 정보를 포함하는 사용설명서를 의미하기 위해 사용된다.

본원에서 사용되는 바, 용어 "장기간" 생존이란, 치료학적 처치 이후 적어도 1년, 5년, 8년, 또는 10년 동안 생존하는 것을 의미한다.

본 발명에 따라 사용될 때, 특정 치료제 또는 치료 옵션에 대한 "내성 증가"라는 용어는 표준 용량의 상기 작용제에 대한, 또는 표준 치료 프로토콜에 대한 반응이 감소된 것을 의미한다.

본 발명에 따라 사용될 때, 특정 치료제 또는 치료 옵션에 대한 "감수성 감소"라는 용어는 표준 용량의 상기 작용제에 대한, 또는 표준 치료 프로토콜에 대한 반응이 감소된 것을 의미하며, 여기서, 반응 감소는 상기 작용제의 용량, 또는 치료 강도 증가에 의해 (적어도 부분적으로) 보상될 수 있다.

"반응"은 환자에게 유익한 이점을 나타내는 임의의 종점을 사용하여 평가될 수 있으며, 이는 제한 없이, (1) 종양 성장의 어느 정도의 억제 (저속화 또는 완전한 성장 정지 포함); (2) 종양 세포 개수 감소; (3) 종양 크기 축소; (4) 종양 세포의 인접한 말초 기관 및/또는 조직으로의 침윤의 억제 (즉, 감소, 저속화 또는 완전한 정지); (5) 전이 억제 (즉, 감소, 저속화 또는 완전한 정지); (6) 종양 퇴행 또는 거부를 일으킬 수는 있지만, 반드시 그러할 필요는 없는, 항-종양 면역 반응 증진; (7) 종양과 관련된 하나 이상의 증상의 어느 정도의 완화; (8) 치료 후 생존 기간 연장; 및/또는 (9) 치료 후 주어진 시점에서의 사망률 감소를 포함한다.

"길항제"라는 용어는 가장 넓은 의미로 사용되고, 이는 폴리펩티드, 예컨대 EGFR의 생물학적 활성을 부분적으로 또는 전체적으로 억제시키거나, 중화시키는 임의의 분자, 또는 폴리펩티드를 코딩하는 핵산의 전사 또는 번역을 부분적으로 또는 전체적으로 억제시키는 임의의 분자를 포함한다. 예시적인 길항제 분자로는 길항제 항체, 폴리펩티드 단편, 올리고펩티드, 유기 분자 (소분자 포함), 및 안티센스 핵산을 함하나, 이에 제한되지 않는다.

본원에서 사용되는 바, "세포독성제"라는 용어는 세포의 기능을 억제시키거나, 또는 방해시고/거나, 세포 사멸 또는 파괴를 유발하는 물질을 의미한다. 상기 용어는 방사성 동위원소 (예컨대, At²¹¹, I¹³¹, I¹²⁵, Y⁹⁰, Re¹⁸⁶, Re¹⁸⁸, Sm¹⁵³, Bi²¹², P³², Pb²¹² 및 Lu의 방사성 동위원소), 화학요법제 (예컨대, 메토트렉세이트, 아드리아미신, 빈카 알칼로이드 (빈크리스틴, 빈블라스틴, 에토포시드), 독소루비신, 멜팔란, 미토마이신 C, 클로람부실, 다우노루비신 또는 다른 삽입제, 효소 및 그의 단편, 예컨대 뉴클레오티드 분해 효소, 항생제, 및 독소, 예컨대 소분자 독소 또는 박테리아, 진균, 식물 또는 동물 기원의 효소적으로 활성인 독소 (그의 단편 및/또는 변이체 포함), 및 하기 개시되는 각종 항종양제 또는 항암제를 포함하는 것으로 한다. 다른 세포독성제는 하기에 기재된다. "종양사멸"제는 종양 세포의 파괴를 유발한다.

본원에서, "항-종양제"란 암을 치료하는데 사용되는 약물을 의미한다. 본원에서 항-종양제의 비제한적인 예로는 화학요법제, HER 억제제, HER 이량체화 억제제, HER 항체, 종양 관련 항원에 대한 항체, 항-호르몬 화합물, 시토카인, EGFR-표적화된 약물, 항-혈관신생제, 티로신 키나제 억제제, 성장 억제제 및 항체, 세포독성제, 아포프토시스를 유도하는 항체, COX 억제제, 셀레브렉스 트랜스퍼라제 억제제, 태아 종양 단백질 CA 125에 결합하는 항체, HER2 백신, Raf 또는 ras 억제제, 리포솜 독소루비신, 토포테칸, 탁산, 이중 티로신 키나제 억제제, TLK286, EMD-7200, 페르투주맙, 트라스투주맙, 에를로티닙, 및 베바시주맙을 포함한다.

"승인받은 항-종양제"란 규제 기관, 예컨대 미국 식품 의약국(Food and Drug Administration: FDA) 또는 그와 동급의 외국 기관에 의해 마케팅 승인을 부여받은, 암 치료에 사용되는 약물이다.

"HER 억제제"는 HER 활성화 또는 기능을 저해하는 작용제이다. HER 억제제의 예로는 HER 항체 (예컨대 EGFR, HER2, HER3, 또는 HER4 항체); EGFR-표적화된 약물; 소분자 HER 길항제; HER 티로신 키나제 억제제; HER2 및 EGFR 이중 티로신 키나제 억제제, 예컨대 라파티닙/GW572016; 안티센스 분자 (예를 들어, WO2004/87207 참조); 및/또는 하류의 신호전달 분자, 예컨대 MAPK 또는 Akt에 결합하거나, 그의 기능을 저해하는 작용제를 포함한다. 일부 실시양태에서, HER 억제제는 HER 수용체에 결합하는 항체이다. 일부 실시양태에서, HER 억제제는 HER3 억제제이다. 일부 실시양태에서, 억제제는 다중특이적 HER 억제제, 예컨대 HER 억제제, 예컨대 HER3 및 EGFR, HER3 및 HER2, 또는 HER3 및 HER4 둘 모두를 억제시키는 것이다. 상기 실시양태에서, 이중특이적 HER 억제제는 항체이다. 일부 실시양태에서, HER 억제제는 HER3 및 EGFR 둘 다에 특이적인 이중특이적 항체이다. 상기 억제제의 일례로는 항-EGFR/HER3 항체 "DL11f"를 포함하나, 이에 제한되지 않는, US2010/0255010 (상기 문헌은 본원에서 명백하게 참조로 포함된다)에 기재되어 있는 다중특이적 항체가 있다.

본원에서 사용되는 바, "EGFR 억제제"라는 용어는 EGFR에 결합하거나, 또는 다르게는 EGFR과 직접적으로 상호작용하여 그의 신호전달 활성을 방해하거나, 감소시키는 화합물을 의미하고, 별법으로 이는 "EGFR 길항제"로도 지칭된다. 상기 작용제의 예로는 EGFR에 결합하는 항체 및 소분자를 포함한다. EGFR에 결합하는 항체의 예로는 MAb 579 (ATCC CRL HB 8506), MAb 455 (ATCC CRL HB8507), MAb 225 (ATCC CRL 8508), MAb 528 (ATCC CRL 8509) (미국 특허 번호 4,943,533 (멘델존(Mendelsohn) 등) 참조) 및 그의 변이체, 예컨대 키메라화된 225 (C225 또는 세툭시맙; 에르비툭스^®) 및 재성형된 인간 225 (H225) (WO 96/40210 (임클론 시스템즈 인크.(Imclone Systems Inc.)) 참조); IMC-11F8, 완전한 인간, EGFR-표적화된 항체 (임클론); II형 돌연변이체 EGFR에 결합하는 항체 (미국 특허 번호 5,212,290); 미국 특허 번호 5,891,996에 기재된 바와 같은, EGFR에 결합하는 인간화된 및 키메라 항체; 및 EGFR에 결합하는 인간 항체, 예컨대 ABX-EGF 또는 파니투무맙 (WO98/50433 (앱게닉스/암젠(Abgenix/Amgen)) 참조); EMD 55900 (Stragliotto et al. Eur. J. Cancer 32A:636-640 (1996)); EGFR 결합을 위해 EGF 및 TGF-알파 둘 다와 경쟁하는, EGFR에 대한 인간화된 EGFR 항체인 EMD7200 (마투주맙) (EMD/머크(Merck)); 인간 EGFR 항체인 HuMax-EGFR (겐맙(GenMab)); E1.1, E2.4, E2.5, E6.2, E6.4, E2.11, E6.3 및 E7.6.3으로 알려져 있고, US 6,235,883에 기재되어 있는, 완전한 인간 항체; MDX-447 (메다렉스 인크.(Medarex Inc)); mAb 806 또는 인간화된 mAb 806 (Johns et al., J. Biol. Chem. 279(29):30375-30384 (2004)); 및 GA201을 포함하나, 이에 제한되지 않는, 인간화된 ICR62 항체 (Gerdes et al., Clin. Cancer Res. 19(5): 1126-1138 (2013)) 및 US 7,722,867 및 WO2006/082515 (상기 문헌은 본원에서 명백하게 참조로 포함된다)에 기재되어 있는 항체를 포함한다. 항-EGFR 항체는 세포독성제와 접합되어 면역접합체를 생성할 수 있다 (예컨대, EP659,439A2 (머크 패턴트 게엠베하(Merck Patent GmbH)) 참조). EGFR 길항제로는 소분자, 예컨대 미국 특허 번호: 5,616,582, 5,457,105, 5,475,001, 5,654,307, 5,679,683, 6,084,095, 6,265,410, 6,455,534, 6,521,620, 6,596,726, 6,713,484, 5,770,599, 6,140,332, 5,866,572, 6,399,602, 6,344,459, 6,602,863, 6,391,874, 6,344,455, 5,760,041, 6,002,008, 및 5,747,498 뿐만 아니라, 하기 PCT 공개: W098/14451, WO98/50038, WO99/09016, 및 WO99/24037에 기재되어 있는 화합물을 포함한다. 특정 소분자 EGFR 길항제로는 OSI-774 (CP- 358774, 에를로티닙, 타르세바^® (제넨테크(Genentech)/OSI 파마슈티칼즈(OSI Pharmaceuticals)); PD 183805 (CI 1033, 2-프로펜아미드, N-[4-[(3-클로로-4-플루오로페닐)아미노]-7-[3-(4-모르폴리닐)프로폭시]-6-퀴나졸리닐]-, 디히드로클로라이드, 화이자 인크.(Pfizer Inc.)); ZD1839, 게피티닙 (이레사J) 4-(3'-클로로-4'-플루오로아닐리노)-7-메톡시-6-(3-모르폴리노프로폭시)퀴나졸린, 아스트라제네카(AstraZeneca)); ZM 105180 ((6-아미노-4-(3-메틸페닐-아미노)-퀴나졸린, 제네카(Zeneca)); BIBX-1382 (N8-(3-클로로-4-플루오로-페닐)-N2-(1-메틸-피페리딘-4-일)-피리미도[5,4-d]피리미딘-2,8-디아민 (베링거 인겔하임(Boehringer Ingelheim)); PKI-166 ((R)-4-[4-[(1-페닐에틸)아미노]-1H-피롤로[2,3-d]피리미딘-6-일]-페놀); (R)-6-(4-히드록시페닐)-4-[(1-페닐에틸)아미노]-7H-피롤로[2,3-d]피리미딘); CL-387785 (N-[4-[(3-브로모페닐)아미노]-6-퀴나졸리닐]-2-부틴아미드); EKB-569 (N-[4-[(3-클로로-4-플루오로페닐)아미노]-3-시아노-7-에톡시-6-퀴놀리닐]-4-(디메틸아미노)-2-부텐아미드) (와이어쓰(Wyeth)); AG1478 (화이자); AG1571 (SU 5271; 화이자); 이중 EGFR/HER2 티로신 키나제 억제제, 예컨대 라파티닙 (타이커브(TYKERB)®, GSK572016 또는 N-[3-클로로-4-[(3 플루오로페닐)메톡시]페닐]6[5[[[2메틸술포닐)에틸]아미노]메틸]-2-푸라닐]-4-퀴나졸린아민 (글락소-스미스클라인(Glaxo-SmithKline))을 포함한다.

일부 실시양태에서, "EGFR 억제제"로는 EGFR을 억제시키는, 상기 기재된 바와 같은 다중특이적 HER 억제제 및 HER 패밀리의 하나 이상의 추가의 구성원, 예컨대 HER2, HER3 또는 HER4를 포함한다. 상기 실시양태에서, EGFR 억제제는 EGFR, 및 HER 패밀리의 다른 한 구성원에 결합하는 이중특이적 HER 억제제이다. 상기 실시양태에서, 이중특이적 HER 억제제는 항체이다. 상기 실시양태에서, 이중특이적 항체는 HER3 및 EGFR 둘 다에 특이적인 것이다. EGFR 억제제의 예로는 항-EGFR/HER3 항체 "DL11f"를 포함하나, 이에 제한되지 않는, US2010/0255010 (상기 문헌은 본원에서 명백하게 참조로 포함된다)에 기재되어 있는 다중특이적 항체를 포함한다.

"티로신 키나제 억제제"는 티로신 키나제, 예컨대 HER 수용체의 티로신 키나제 활성을 억제시키는 분자이다. 상기 억제제의 예로는 전 단락에서 언급된 EGFR-표적화된 약물; 소분자 HER2 티로신 키나제 억제제, 예컨대 TAK165 (다케다(Takeda)로부터 이용가능; ErbB2 수용체 티로신 키나제의 경구 선택적 억제제인 CP-724,714 (화이자 및 OSI); 우선적으로 EGFR에 결합하지만, HER2 및 EGFR-발현 세포 둘 다를 억제시키는 이중-HER 억제제, 예컨대 EKB-569 (와이어쓰로부터 이용가능); 경구 HER2 및 EGFR 티로신 키나제 억제제인, 라파티닙 (GSK572016; 글락소-스미스클라인으로부터 이용가능); PKI-166 (노파르티스(Novartis)로부터 이용가능); 범(pan)-HER 억제제, 예컨대 카네르티닙 (CI-1033; 파마시아(Pharmacia)); Raf-1 신호전달을 억제시키는 Raf-1 억제제, 예컨대 안티센스 작용제 ISIS-5132 (ISIS 파마슈티칼즈(ISIS Pharmaceuticals)로부터 이용가능); 비-HER 표적화된 TK 억제제, 예컨대 이마티닙 메실레이트 (글리벡 J(GLEEVEC J), 글락소-스미스클라인으로부터 이용가능); 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제, 예컨대 수니티닙 (수텐트(SUTENT)®, 화이자로부터 이용가능); VEGF 수용체 티로신 키나제 억제제, 예컨대 바타라닙 (PTK787/ZK222584, 노파르티스/쉐링 아게(Schering AG)로부터 이용가능); MAPK 세포외 조절 키나제 I 억제제 CI-1040 (파마시아로부터 이용가능); 퀴나졸린, 예컨대 PD 153035, 4-(3-클로로아닐리노) 퀴나졸린; 피리도피리미딘; 피리미도피리미딘; 피롤로피리미딘, 예컨대 CGP 59326, CGP 60261 및 CGP 62706; 피라졸로피리미딘, 4-(페닐아미노)-7H-피롤로[2,3-d] 피리미딘; 커큐민 (디페룰로일 메탄, 4,5-비스(4-플루오로아닐리노)프탈이미드); 니트로티오펜 모이어티를 함유하는 티르포스틴; PD-0183805 (워너-램버트(Warner-Lamber)); 안티센스 분자 (예컨대, HER 코딩 핵산에 결합하는 것); 퀴녹살린 (미국 특허 번호 5,804,396); 트리포스틴 (미국 특허 번호 5,804,396); ZD6474 (아스트라제네카); PTK-787 (노파르티스/쉐링 아게); 범-HER 억제제, 예컨대 CI-1033 (화이자); 아피니택(Affinitac) (ISIS 3521; 이시스/릴리(Isis/Lilly)); 이마티닙 메실레이트 (글리벡 JJ); PKI 166 (노파르티스); GW2016 (글락소 스미스클라인); CI-1033 (화이자); EKB-569 (와이어쓰); 세막시닙(Semaxinib) (화이자); ZD6474 (아스트라제네카); PTK-787 (노파르티스/쉐링 아게); INC-1C11 (임클론); 또는 하기 특허 공개: 미국 특허 번호 5,804,396; WO 1999/09016 (아메리칸 시아나미드(American Cyanamid)); WO 1998/43960 (아메리칸 시아나미드); WO 1997/38983 (워너-램버트); WO 1999/06378 (워너-램버트); WO 1999/06396 (워너-램버트); WO 1996/30347 (화이자 인크.); WO 1996/33978 (제네카); WO 1996/3397 (제네카); 및 WO 1996/33980 (제네카) 중 임의의 것에 기재되어 있는 것을 포함한다.

"항체" 및 "이뮤노글로불린"은 가장 광범위한 의미로 상호교환가능하게 사용되고, 이는 모노클로날 항체 (예컨대, 전장의 또는 무손상 모노클로날 항체), 폴리클로날 항체, 1가 항체, 다가 항체, 다중특이적 항체 (예컨대, 원하는 생물학적 활성을 보이는 한 이중특이적 항체)를 포함하고, 이는 (본원에서 더욱 상세하게 기재되어 있는) 특정 항체 단편 또한 포함할 수 있다. 항체는 키메라, 인간, 인간화된 및/또는 친화도 성숙된 항체일 수 있다.

본원에서 "소분자" 또는 "유기 소분자"란 분자량이 약 500 달톤 미만인 유기 분자로서 정의된다.

본원에서 사용될 때, "표지"라는 단어는 검출가능한 화합물 또는 조성물을 의미한다. 표지는 그 자체가 검출가능한 것일 수 있거나 (예컨대, 방사성 동위 원소 표지 또는 형광성 표지), 또는 효소 표지일 경우, 이는 검출가능한 생성물을 생성하는 기질 화합물 또는 조성물의 화학적 변경을 촉진시킬 수 있다. 검출가능한 표지로서의 역할을 할 수 있는 방사성 핵종으로는 예를 들어, I-131, I-123, I-125, Y-90, Re-188, Re-186, At-211, Cu-67, Bi-212, 및 Pd-109를 포함한다.

"단리된" 생물학적 분자, 예컨대 핵산, 폴리펩티드, 항체는 그의 자연 환경의 1 이상의 성분으로부터 확인하고 분리 및/또는 회수된 것이다.

혼성화 반응의 "엄격성"은 통상의 기술자에 의해 쉽게 결정될 수 있고, 이는 일반적으로 프로브 길이, 세척 온도 및 염 농도에 따라 실험적으로 계산된 것이다. 일반적으로, 프로브 길이가 길수록, 적절한 어닐링을 위해서는 더 높은 온도가 필요하고, 그에 반해 프로브 길이가 짧을수록, 더 낮은 온도가 필요하다. 혼성화는 일반적으로 상보성 가닥이 그의 융점 미만인 환경에 존재할 때, 변성된 DNA가 재어닐링될 수 있는 능력에 의존된다. 프로브와 혼성화 가능한 서열 사이의 요구되는 상동성 정도가 클수록, 사용될 수 있는 상대적 온도는 더 높다. 그 결과, 더 높은 상대 온도는 반응 조건을 더 엄격하게 만들고, 그에 반해 더 낮은 온도는 덜 엄격하게 만드는 경향이 있다. 혼성화 반응의 엄격성에 관한 추가의 상세 내용 및 설명을 위해서는 문헌 [Ausubel et al., Current Protocols in Molecular Biology. Wiley Interscience Publishers, (1995)]을 참조할 수 있다.

본원에서 정의되는 "엄격한 조건" 또는 "고도로 엄격한 조건"은 (1) 세척을 위해 낮은 이온 강도 및 높은 온도, 예를 들어, 50℃에서 0.015 M 염화나트륨/0.0015 M 시트르산나트륨/0.1% 소듐 도데실 술페이트를 사용하거나; (2) 42℃에서 혼성화 동안 변성화제, 예컨대 포름아미드, 예를 들어, 50% (v/v) 포름아미드 + 0.1% 소 혈청 알부민/0.1% 피콜(Ficoll)/0.1% 폴리비닐피롤리돈/50 mM 인산나트륨 완충제 (pH 6.5) + 750 mM 염화나트륨, 75 mM 시트르산나트륨을 사용하거나; 또는 (3) 42℃에서 밤새도록 50% 포름아미드, 5 x SSC (0.75 M NaCl, 0.075 M 시트르산나트륨), 50 mM 인산나트륨 (pH 6.8), 0.1% 피로인산나트륨, 5 x 덴하르트(Denhardt) 용액, 초음파 처리된 연어 정자 DNA (50 ㎍/ml), 0.1% SDS, 및 10% 덱스트란 술페이트를 사용하는 용액 중 혼성화를 수행하고, 42℃에서 0.2 x SSC (염화나트륨/시트르산나트륨) 중 10분 동안 세척한 후, 55℃에서 EDTA를 함유하는 0.1 x SSC로 이루어진 10분 동안의 고도로 엄격한 세척을 수행하는 것에 의해 확인될 수 있다.

"중간 정도로 엄격한 조건"은 문헌 [Sambrook et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual. New York: Cold Spring Harbor Press, 1989]에 기재된 바와 같이 확인될 수 있고, 상기 기재된 것보다 엄격성이 더 적은 세척 용액 및 혼성화 조건 (예컨대, 온도, 이온 강도 및 SDS(%))을 사용하는 것을 포함한다. 중간 정도로 엄격한 조건의 예는 37℃에서 밤새도록 20% 포름아미드, 5 x SSC (150 mM NaCl, 15 mM 시트르산삼나트륨), 50 mM 인산나트륨 (pH 7.6), 5 x 덴하르트 용액, 10% 덱스트란 술페이트, 및 20 mg/ml 변성 전단 처리 연어 정자 DNA를 포함하는 용액 중 인큐베이션시킨 후, 약 37-50℃에서 1 x SSC 중에서 필터를 세척하는 것이다. 통상의 기술자는 예컨대, 프로브 길이 등과 같은 인자를 조정하기 위해 필요에 따라 온도, 이온 강도 등을 조정하는 방법을 알 것이다.

II. 특정 실시양태에 관한 설명

본원에서는 EGFR 억제제에 대한 종양 반응성과 관련된 LKB1 중의 뉴클레오티드 및 아미노산 변이를 제공한다. 이들 변이가 EGFR 억제제에 대한 반응성에 대한 바이오마커를 제공한다.

A. 변이

예를 들어, 암에서의 체세포 돌연변이의 카탈로그(Catalogue of Somatic Mutations In Cancer: COSMIC, cancer.sanger.ac.uk/cancergenome/projects/cosmic/)에서 원발성 종양 및 배양된 종양 세포에서의 LKB1 유전자 중의 공지된 변이를 확인할 수 있다. 하기 표 1에는 원발성 종양 및 배양된 종양 세포에서 확인된 COSMIC 데이터베이스 중의 LKB1 변이 목록이 제시되어 있다. 표 1의 변이는 존재 개수의 내림차순으로, 이어서, LKB1 단백질과 함께 아미노산 위치로 열거되어 있다. 표의 첫번째 칸에는 LKB1 단백질 중 변이의 아미노산 위치가 열거되어 있고, 두번째 칸에는 상기 변이로부터 생성된 LKB1 코딩 서열 변화가 열거되어 있다. 세번째 칸에는 상기 변이로부터 생성된 LKB1 아미노산 서열 변화가 열거되어 있다. 네번째 칸에는 각 변이에 지정된 식별 번호인 돌연변이 ID가 열거되어 있다. 다섯번째 칸에는 상기 변이를 가지는 고유한 샘플의 개수가 열거되어 있다. 마지막 칸에는 변이 유형이 열거되어 있다.

<표 1>

LKB1 아미노산은 번역된 cDNA 서열 중의 그의 위치에 따라 넘버링된다. 뉴클레오티드 치환을 통해 정지 코돈이 생성된 경우 (즉, 넌센스 돌연변이), 상응하는 아미노산 변화는 "*"로 표시되어 있다 (예컨대, "Q37*"의 아미노산 변화로 표시된, 데이터의 세번째 줄의 37번 위치의 변이 참조). 뉴클레오티드 삽입 또는 결실을 통해 프레임 시프트가 일어난 경우, 상응하는 아미노산 변화는 "fs*,"에 이어서, 정지 코돈 앞, 프레임 시프트 뒤의 아미노산 번호를 나타내는 것인 번호로 표시되어 있다 (예컨대, 281번 위치의 "p.P281fs*6" 참조). 코딩 서열의 부분의 결실은 결실 첫번째 뉴클레오티드, 밑줄 표시 (_), 이어서, 결실 마지막 뉴클레오티드로 표시되고, 결실된 뉴클레오티드 번호는 "del"라는 단어 뒤에 이어진다 (예컨대, 데이터 10번째줄 "c.465_597dell33" 참조). 스플라이스 연접부의 돌연변이는 "+" (스플라이스 도너) 및 "-" (스플라이스 억셉터)로 표시되고, 여기서, + 또는 - 표시 다음의 번호는 GT (도너 부위, 여기서 G는 +1이고, T는 +2인 것 등이다) 또는 AG (억셉터 부위, 여기서 G는 -1이고, A는 -2인 것 등이다)에 대해 상대적인 위치를 나타낸다. 일부 경우에, 스플라이스 부위 돌연변이를 포함하는 LKB1 유전자는 LKB1 단백질을 발현할 수 없다 ("p.?"로 표시).

하기 표 2에는 LKB1 돌연변이가 COSMIC 데이터베이스에서 확인된 종양의 일례에 관한 비제한적인 목록이 제시되어 있다. 첫번째 칸에는 종양의 기원이 된 1차 조직이 제시되어 있다. 두번째 칸에는 LKB1 변이를 가지는 상기 유형의 고유한 샘플의 개수가 제시되어 있다. 세번째 칸에는 상기 유형의 고유한 샘플의 총 개수가 제시되어 있다. 네번째 칸에는 LKB1 변이를 가지는 것으로 확인된 상기 유형의 종양의 비율이 제시되어 있다.

<표 2>

비록 본원에 기재된 변이가 표 2에 제시된 종양 유형에서 확인되기는 하였지만, 상기 변이들 중 임의의 것이 다른 유형의 암에 존재하는지 여부를 결정하기 위해 다른 유형의 암이 통상적으로 스크리닝될 수 있다. 본 발명의 방법은 LKB1 중 변이가 표 1에 열거되어 있는 것인지 여부와는 상관없이, 상기 변이를 포함하는 임의의 암에 적용가능하다.

상기 방법 중 임의의 것에 따라 뉴클레오티드 변이는 체세포 돌연변이 또는 생식선 다형성일 수 있다.

B. 조성물

일부 실시양태에서, 뉴클레오티드 변이 (예컨대, 치환)를 포함하는 LKB1 폴리뉴클레오티드의 영역에 혼성화하는 대립유전자-특이적 올리고뉴클레오티드를 제공한다. 일부 실시양태에서, 뉴클레오티드 변이는 표 1로부터 선택된 뉴클레오티드 위치에 존재한다. 일부 실시양태에서, 뉴클레오티드 변이는 표 1로부터 선택된 뉴클레오티드 변화이다. LKB1 폴리뉴클레오티드의 영역에 혼성화하는 대립유전자-특이적 올리고뉴클레오티드는 뉴클레오티드 변이와 염기쌍을 형성하는 뉴클레오티드를 포함한다. 일부 실시양태에서, 대립유전자-특이적 올리고뉴클레오티드의 상보체를 제공한다. 일부 실시양태에서, 마이크로어레이는 하나 이상의 대립유전자-특이적 올리고뉴클레오티드 및/또는 그의 상보체를 포함한다. 일부 실시양태에서, 대립유전자-특이적 올리고뉴클레오티드 또는 그의 상보체는 대립유전자-특이적 프라이머이다.

대립유전자-특이적 올리고뉴클레오티드는, 대립유전자-특이적 올리고뉴클레오티드와 동일하되, 단, 예외적으로, 뉴클레오티드 변이와 특이적으로 염기쌍을 형성하는 뉴클레오티드가 야생형 LKB1 폴리뉴클레오티드에 존재하는 상응하는 뉴클레오티드와 특이적으로 염기쌍을 형성하는 뉴클레오티드로 치환되어 있는 것인 대조군 올리고뉴클레오티드와 함께 사용될 수 있다. 상기 올리고뉴클레오티드는, 올리고뉴클레오티드가 뉴클레오티드 변이를 포함하는 LKB1 폴리뉴클레오티드와, 상응하는 야생형 뉴클레오티드를 포함하는 LKB1 폴리뉴클레오티드를 구별할 수 있도록 허용하는 혼성화 조건하의 경쟁적 결합 검정에서 사용될 수 있다. 예컨대, 올리고뉴클레오티드의 길이 및 염기 조성에 기반한 통상의 방법을 사용하여 통상의 기술자는 (a) 대립유전자-특이적 올리고뉴클레오티드가 야생형 LKB1 폴리뉴클레오티드에 비하여 뉴클레오티드 변이를 포함하는 LKB1 폴리뉴클레오티드에 우선적으로 결합하게 되고, (b) 대조군 올리고뉴클레오티드가 뉴클레오티드 변이를 포함하는 LKB1 폴리뉴클레오티드에 비하여 야생형 LKB1 폴리뉴클레오티드에 우선적으로 결합하게 되는 적합한 혼성화 조건에 도달할 수 있다. 예시적인 조건으로는 고도로 엄격한 조건, 예컨대 55℃에서 5x 표준 염수 포스페이트 EDTA (SSPE) 및 0.5% NaDodSO₄ (SDS)혼성화 조건, 이어서, 55℃ 또는 실온에서 2X SSPE 및 0.1% SDS로 세척인 것을 포함한다.

일부 실시양태에서, 본원에서 제공하는 단리된 폴리뉴클레오티드는 예컨대, 방사성 동위 원소, 형광성 작용제, 또는 발색성 작용제로 검출가능하게 표지화된다. 또 다른 실시양태에서, 단리된 폴리뉴클레오티드는 프라이머이다. 또 다른 실시양태에서, 단리된 폴리뉴클레오티드는 올리고뉴클레오티드, 예컨대 대립유전자-특이적 올리고뉴클레오티드이다. 또 다른 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드 길이는 예를 들어, 7-60개의 뉴클레오티드 길이, 9-45개의 뉴클레오티드 길이, 15-30개의 뉴클레오티드 길이, 또는 18-25개의 뉴클레오티드 길이일 수 있다. 또 다른 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 예컨대, PNA, 모르폴리노-포스포라미데이트, LNA, 또는 2'-알콕시알콕시일 수 있다. 본원에서 제공하는 올리고뉴클레오티드는 예컨대, 뉴클레오티드 변이를 검출하기 위한 혼성화 프로브로서 유용하다.

또 다른 측면에서, 야생형 LKB1에 비하여 아미노산 변이를 포함하는 LKB1에 우선적으로 결합하는 결합제를 제공한다. 일부 실시양태에서, 아미노산 변이는 도 2로부터 선택되는 아미노산 위치에 존재한다. 일부 실시양태에서, 아미노산 변이는 도 2로부터 선택되는 아미노산 변화이다. 일부 실시양태에서, 결합제는 항체이다.

일부 실시양태에서, 진단용 키트를 제공한다. 일부 실시양태에서, 키트는 상기 폴리뉴클레오티드 중 임의의 것을 포함한다. 일부 실시양태에서, 키트는 효소를 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 효소는 뉴클레아제, 리가제, 및 폴리머라제로부터 선택되는 1종 이상의 효소이다. 일부 실시양태에서, 키트는 상기 결합제 중 임의의 것을 포함한다.

C. 치료학적 및 진단학적 방법

LKB1 중의 체세포 돌연변이는 예를 들어, 비소세포 폐암 및 표 2에 제시된 암을 비롯한, 다수의 산발성 암에서 발견되었다. 본 발명자들은 불활성화된 LKB1 유전자를 포함하는 폐 및 췌장 조직이 야생형 조직보다 EGF의 존재하에서는 실질적으로 더 많은 성장을 나타낸다는 것을 발견하게 되었다. 추가로, 불활성화된 LKB1 유전자를 포함하는 조직에서의 EGF-유도성 성장은 EGFR 억제제에 의해 효과적으로 억제되었다.

따라서, 일부 실시양태에서, 암 중 LKB1 돌연변이의 존재를 결정하는 것을 포함하며, 여기서 암 중 LKB1 돌연변이가 존재하다면, 이는 암이 EGFR 억제제를 이용하는 치료에 대해 반응할 것임을 시사하는 것인, EGFR 억제제에 대한 암의 반응성을 예측하는 방법을 제공한다. 일부 실시양태에서, 환자의 암이 LKB1 돌연변이를 포함하는지 여부를 결정하는 것을 포함하며, 여기서 LKB1 돌연변이가 존재하다면, 이는 EGFR 억제제가 암 환자에게 유익할 가능성이 있음을 시사하는 것인, EGFR 억제제가 유익할 가능성이 있는 암 환자를 확인하는 방법을 제공한다. 일부 실시양태에서, (a) 환자의 암이 LKB1 돌연변이를 포함하는지 여부를 결정하고; (b) 환자의 암이 LKB1 돌연변이를 포함한다면, 요법을 위해 EGFR 억제제를 선택하는 것을 포함하는, 암 환자를 위한 요법을 선택하는 방법을 제공한다.

일부 실시양태에서, LKB1 돌연변이는 LKB1 폴리뉴클레오티드 중에 변이를 포함한다. 예시적인 변이로는 삽입, 결실, 역위 및 치환을 포함하나, 이에 제한되지 않고, 이는 유전자의 LKB1 코딩 서열 중에, 또는 유전자의 비코딩 영역 중에 존재할 수 있다. 일부 실시양태에서, LKB1 폴리뉴클레오티드 중의 변이는 표 1로부터 선택된 뉴클레오티드 위치의 뉴클레오티드 변이이다. 일부 실시양태에서, LKB1 폴리뉴클레오티드 중의 변이는 표 1로부터 선택된 뉴클레오티드 변화이다. 일부 실시양태에서, LKB1 돌연변이는 LKB1 유전자의 결실이다.

LKB1 폴리뉴클레오티드 중의 변이는 LKB1 폴리펩티드에서 변이를 일으킨다. 상기 변이로는 삽입, 치환, 결실 및 말단절단을 포함하나, 이에 제한되지 않는다. 일부 실시양태에서, LKB1 폴리펩티드 중의 변이는 표 1로부터 선택된 아미노산 위치의 변이이다. 일부 실시양태에서, LKB1 폴리펩티드 중의 변이는 표 1로부터 선택된 아미노산 변화이다.

일부 실시양태에서, 암은 대세포 암종, 카르시노이드 종양, 신경내분비 기원의 암, 두경부 편평 세포 암종 (HNSCC), 결장직장암, 자궁경부암, 흑색종, 피부암, 평활근종, 위암, 교모세포종, 난소암, 소세포 폐암 (SCLC), 비소세포 폐암 (NSCLC), 췌장암, 식도암, 위암 및 갑상선암으로부터 선택된다. 일부 실시양태에서, 암은 표 2에 열거되어 있는 암으로부터 선택된다. 일부 실시양태에서, 암은 폐암, 췌장암, 결장직장암 및 두경부암으로부터 선택된다.

암 (즉, 암으로부터 채취된 샘플로부터, 또는 임의 수단, 예컨대 생검에 의해 암으로부터 단리된 세포로부터 또는 순환 암 세포로서) 중 LKB1 돌연변이의 존재를 결정하는 방법은 관련 기술분야에 공지되어 있다. 예를 들어, 실시간 PCR을 이용하여 LKB1 유전자 중 특이 돌연변이를 검출하기 위한 검정을 공지되어 있다 (퀴아젠(Qiagen: 미국 캘리포니아주 발렌시아)으로부터 이용가능).

핵산은 예컨대, 게놈 DNA, 게놈 DNA로부터 전사된 RNA, 또는 RNA로부터 생성된 cDNA일 수 있다. 핵산은 척추동물, 예컨대 포유동물로부터 유래된 것일 수 있다. 핵산이 특정 공급원으로부터 직접적으로 수득된 것이거나, 또는 핵산이 상기 공급원에서 발견되는 핵산의 카피일 경우, 이 핵산은 상기 특정 공급원"으로부터 유래된 것"이라고 말할 수 있다.

핵산 및 아미노산 서열의 변이는 통상의 기술자에게 공지된 특정 방법에 의해 검출될 수 있다. 상기 방법으로는 DNA 서열분석법; 프라이머 연장 검정 (대립유전자-특이적 뉴클레오티드 도입 검정 및 대립유전자-특이적 프라이머 연장 검정 (예컨대, 대립유전자-특이적 PCR, 대립유전자-특이적 라이게이션 연쇄 반응 (LCR), 및 갭-LCR) 포함); 대립유전자-특이적 올리고뉴클레오티드 혼성화 검정 (예컨대, 올리고뉴클레오티드 라이게이션 검정); 핵산 이중체 중 미스매칭된 염기를 검출하는데 핵산 절단제로부터의 보호가 사용되는 것인 절단 보호 검정; MutS 단백질 결합 분석법; 변이체 및 야생형 핵산 분자의 이동성을 비교하는 전기영동 분석법; 변성 구배 겔 전기영동 (DGGE, 예컨대 문헌 [Myers et al. (1985) Nature 313:495]의 것과 같은 것); 미스매칭된 염기쌍에서의 RNase 절단 분석법; 이종이중체 DNA의 화학적 또는 효소적 절단 분석법; 질량 분석법 (예컨대, MALDI-TOF); 유전적 비트 분석법 (GBA); 5' 뉴클레아제 검정 (예컨대, 택맨(TaqMan)^®); 및 분자 비콘을 사용하는 검정을 포함하나, 이에 제한되지 않는다. 상기 방법 중 특정의 것이 하기에서 추가로 상세하게 논의된다.

표적 핵산 중 변이 검출은 관련 기술분야에 주지된 기법을 사용하여 표적 핵산의 분자 클로닝 및 서열분석에 의해 달성될 수 있다. 별법으로, 증폭 기법, 예컨대 종양 조직으로부터의 게놈 DNA 시료로부터 직접 표적 핵산 서열을 증폭시키는 데 폴리머라제 연쇄 반응 (PCR)이 사용될 수 있다. 이어서, 증폭된 서열의 핵산 서열을 결정하고, 그로부터 변이를 확인할 수 있다. 증폭 기법은 관련 기술분야에 주지되어 있고, 예컨대 폴리머라제 연쇄 반응은 문헌 [Saiki et al., Science 239:487, 1988]; 미국 특허 번호 4,683,203 및 4,683,195에 기재되어 있다.

관련 기술분야에 주지되어 있는 리가제 연쇄 반응 또한 표적 핵산 서열을 증폭시키는 데 사용될 수 있으며, 예컨대 문헌 [Wu et al., Genomics 4:560-569 (1989)]를 참조할 수 있다. 추가로, 대립유전자-특이적 PCR로서 공지되어 있는 기법 또한 변이 (예컨대, 치환)를 검출하는데 사용될 수 있다. 예컨대, 문헌 [Ruano and Kidd (1989) Nucleic Acids Research 17:8392]; [McClay et al. (2002) Analytical Biochem. 301 :200-206]을 참조한다. 이러한 기법의 특정 실시양태에서, 프라이머의 3' 말단 뉴클레오티드가 표적 핵산 중 특정 변이에 상보적인 (즉, 그와 특이적으로 염기쌍을 형성할 수 있는) 대립유전자-특이적 프라이머가 사용된다. 특정 변이가 존재하지 않을 경우, 증폭 생성물은 관찰되지 않는다. 증폭 불응 돌연변이 시스템(Amplification Refractory Mutation System: ARMS) 또한 변이 (예컨대, 치환)를 검출하는데 사용될 수 있다. ARMS는 예컨대, 유럽 특허 출원 공개 번호 0332435, 및 문헌 [Newton et al., Nucleic Acids Research, 17:7, 1989]에 기재되어 있다.

변이 (예컨대, 치환)를 검출하는데 유용한 다른 방법으로는 (1) 대립유전자-특이적 뉴클레오티드 도입 검정, 예컨대 단일 염기 연장 검정 (예컨대, 문헌 [C en et al. (2000) Genome Res. 10:549-557]; [Fan et al. (2000) Genome Res. 10:853-860]; [Pastinen et al. (1997) Genome Res. 7:606-614]; 및 [Ye et al. (2001) Hum. Mut. 17:305-316] 참조); (2) 대립유전자-특이적 프라이머 연장 검정 (예컨대, 문헌 [Ye et al. (2001) Hum. Mut. 17:305-316]; 및 [Shen et al. Genetic Engineering News, vol. 23, Mar. 15, 2003] 참조) (대립유전자-특이적 PCR 포함); (3) 5'뉴클레아제 검정 (예컨대, (택맨® 검정을 기재하는) 문헌 [De La Vega et al. (2002) BioTechniques 32:S48-S54]; [Ranade et al. (2001) Genome Res. 11 :1262-1268]; 및 [Shi (2001) Clin. Chem. 47:164-172] 참조); (4) 분자 비콘을 사용하는 검정 (예컨대, 문헌 [Tyagi et al. (1998) Nature Biotech. 16:49-53]; 및 [Mhlanga et al. (2001) Methods 25:463-71] 참조); 및 (5) 올리고뉴클레오티드 라이게이션 검정 (예컨대, 문헌 [Grossman et al. (1994) Nuc. Acids Res. 22:4527-4534]; 특허 출원 공개 번호 US 2003/0119004 A1; PCT 국제 공개 번호 WO 01/92579 A2; 및 미국 특허 번호 6,027,889 참조)을 포함하나, 이에 제한되지 않는다.

변이는 또한 미스매치 검출 방법에 의해 검출될 수 있다. 미스매치는 100% 상보성인 아닌 혼성화된 핵산 이중체이다. 완전한 상보성이 부족한 것은 결실, 삽입, 역위 또는 치환에 기인하는 것일 수 있다. 미스매치 검출 방법의 일례로는 예컨대, 문헌 [Faham et al., Proc. Natl Acad. Sci. USA 102: 14717-14722 (2005)] 및 [Faham et al., Hum. Mol. Genet. 10:1657-1664 (2001)]에 기재된 미스매치 수복 검출 (MRD) 검정이 있다. 미스매치 절단 기법의 또 다른 예로는 문헌 [Winter et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 82:7575, 1985], 및 [Myers et al., Science 230:1242, 1985]에 상세하게 기재되어 있는 RNase 보호 방법이 있다. 예를 들어, 본 발명의 방법은 인간 야생형 표적 핵산에 상보적인 표지화된 리보프로브의 용도를 포함할 수 있다. 조직 샘플로부터 유래된 표적 핵산 및 리보프로브를 함께 어닐링시키고 (혼성화시키고), 이어서, 이중체 RNA 구조 중의 일부 미스매치를 검출할 수 있는 효소 RNase A로 분해한다. 미스매치가 RNase A로 검출될 경우, 이는 미스매치 부위에서 절단된다. 따라서, 어닐링된 RNA 시료가 전기영동 겔 매트릭스 상에서 분리될 때, 미스매치가 RNase A에 의해 검출되고, 절단된 경우, RNA 생성물은 리보프로브 및 mRNA 또는 DNA에 대한 전장의 이중체 RNA보다 더 작은 것으로 관찰될 것이다. 리보프로브가 전장의 표적 핵산일 필요는 없지만, 단, 변이를 가지는 것으로 의심되는 위치를 포함한다면, 표적 핵산의 일부일 수 있다.

유사한 방식으로, DNA 프로브는 예를 들어, 효소적 또는 화학적 절단을 통해 미스매치를 검출하는데 사용될 수 있으며, 예컨대 문헌 [Cotton et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 85:4397, 1988]; 및 [Shenk et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 72:989, 1975]를 참조할 수 있다. 별법으로, 미츠매치는 매칭된 이중체와의 비교로 미스매칭된 이중체의 전기영동 이동성의 변화에 의해 검출될 수 있으며, 예컨대 문헌 [Cariello, Human Genetics, 42:726, 1988]을 참조할 수 있다. 혼성화 이전에, 리보프로브 또는 DNA 프로브를 사용하여, 변이를 포함할 것으로 의심되는 표적 핵산을 증폭시킬 수 있다. 표적 핵산의 변화는 또한 특히 변화가 전체적인 재배열, 예컨대 결실 및 삽입일 경우, 서던 혼성화를 사용하여 검출될 수 있다.

변이, 예컨대 삽입 또는 결실을 검출하는데 표적 핵산 또는 주변 마커 유전자에 대한 제한 단편 길이 다형성(Restriction fragment length polymorphism: RFLP) 프로브가 사용될 수 있다. 삽입 및 결실은 또한 표적 핵산의 클로닝, 서열분석 및 증폭에 의해 검출될 수 있다. 단일 가닥 구조 다형성(SSCP) 분석법은 대립유전자의 염기 변화 변이체를 검출하는데 사용될 수 있으며, 예컨대 문헌 [Orita et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 86:2766-2770, 1989], 및 [Genomics, 5:874-879, 1989]를 참조할 수 있다.

본 발명은 또한 본 발명의 방법을 수행하기 위해 사용하는데 적합한 다양한 조성물을 제공한다. 예를 들어, 본 발명은 상기 방법에서 사용될 수 있는 어레이를 제공한다. 일부 실시양태에서, 본 발명의 어레이는 변이를 검출하는데 유용한 개별 핵산 분자 또는 그의 집합물을 포함한다. 예를 들어, 본 발명의 어레이는 일련의 불연속적으로 배치된 개별 대립유전자-특이적 올리고뉴클레오티드, 또는 대립유전자-특이적 올리고뉴클레오티드 세트를 포함할 수 있다. 핵산을 고체 기판, 예컨대 유리 슬라이드에 부착시키는 수개의 기법이 관련 기술분야에 주지되어 있다. 한 방법은 고체 기판에 부착가능한 반응성 모이어티, 예컨대 아민 기, 아민 기의 유도체, 또는 양전하를 가지는 또 다른 기를 함유하는 변형된 염기 또는 유사체를 합성되는 핵산 분자 내로 도입하는 것이다. 이어서, 합성된 생성물을 예컨대, 알데히드 또는 다른 반응성 기로 코팅된 유리 슬라이드와 같은 고체 기판과 접촉시킨다. 알데히드 또는 다른 반응성 기는 증폭된 생성물 상의 반응성 모이어티와 공유 결합을 형성할 것이며, 증폭된 생성물은 유리 슬라이드에 공유적으로 부착될 것이다. 다른 방법, 예컨대 아미노 프로프릴 실리칸 표면 화합법을 사용하는 방법 또한 관련 기술분야에 공지되어 있다.

상기 방법 중 임의의 것에 따라, 암 중 LKB1 돌연변이의 존재는 통상의 기술자에게 공지된 특정 방법을 사용하여 수득된 임의의 적합한 생물학적 샘플을 사용하여 결정할 수 있다. 생물학적 샘플은 척추 동물로부터, 및 특히 포유동물로부터 수득될 수 있다. 조직 생검은 대개 대표적인 종양 조직 조각을 수득하는데 사용된다. 별법으로, 종양 세포는 관심 종양 세포를 함유하는 것으로 알려져 있거나, 또는 그러한 것으로 사료되는 조직 또는 유체 형태로 간접적으로 수득될 수 있다. 예를 들어, 폐암 병변 샘플은 절제술, 기관지경 검사, 세침 흡인법, 기관지찰과법에 의해, 또는 가래, 흉수, 또는 혈액으로부터 수득될 수 있다. 표적 핵산 (또는 코딩된 폴리펩티드) 중 변이는 종양 샘플로부터, 또는 다른 체샘플, 예컨대 뇨, 가래, 또는 혈청으로부터 검출될 수 있다. 암 세포는 종양으로부터 떼어낸 것이고, 상기 체샘플 중에서 나타난다. 상기 체샘플을 스크리닝함으로써 질환, 예컨대 암에 대한 간단한 조기 진단을 수행할 수 있다. 추가로, 표적 핵산 (또는 코딩된 폴리펩티드) 중 변이에 대하여 상기 체샘플을 시험으로써 더욱 쉽게 요법의 진행을 모니터링할 수 있다. 추가로, 종양 세포에 대한 조직 시료를 농축시키는 방법은 관련 기술분야에 공지되어 있다. 예를 들어, 파라핀 또는 동결 절편으로부터 조직을 단리시킬 수 있다. 암 세포는 또한 유세포 분석법 또는 레이저 포착 미세해부에 의해 정상 세포로부터 분리될 수 있다.

일부 실시양태에서, 포유동물에게 치료 유효량의 EGFR 억제제를 투여하는 것을 포함하는, LKB1 돌연변이를 포함하는 암을 가진 포유동물을 치료하는 방법을 제공한다.

일부 실시양태에서, (a) 암이 LKB1 돌연변이를 포함하는지 여부를 결정하고; (b) 암이 LKB1 돌연변이를 포함한다면, 포유동물에게 치료 유효량의 EGFR 억제제를 투여하는 것을 포함하는, 포유동물에서 암을 치료하는 방법을 제공한다.

일부 실시양태에서, 암을 가진 포유동물에게 치료 유효량의 EGFR 억제제를 투여하는 것을 포함하며, 여기서 EGFR 억제제를 투여하기 이전에, 암은 LKB1 돌연변이를 가지는 것으로 결정된 것인, LKB1 돌연변이를 포함하는 암을 치료하는 방법을 제공한다.

본원의 본 발명의 또 다른 측면은 포유동물에게 치료 유효량의 EGFR 억제제를 투여하는 것을 포함하는, LKB1 유전자 중에 돌연변이를 보이는 암 유형을 가진 포유동물을 치료하는 방법을 제공한다.

상기 실시양태 중 임의의 것에서, 포유동물은 인간일 수 있다.

일부 실시양태에서, EGFR 억제제는 EGFR에 결합하는 항체이다. 일부 실시양태에서, EGFR 억제제는 EGFR에 결합하는 소분자가다. 일부 실시양태에서, EGFR 억제제는 에를로티닙, 세툭시맙, 파니투무맙, 라파티닙, DL11f 및 GA201로부터 선택된다.

EGFR 억제제는 공지된 방법에 따라, 예컨대 정맥내 투여, 예컨대 볼루스로서, 또는 장기간에 걸친 연속 주입에 의해, 근육내, 복강내, 뇌척수내, 피하, 관절내, 활액내, 경막내, 경구, 국소, 또는 흡입 경로에 의해 포유동물 (예컨대, 인간 환자)에게 투여된다. 항체의 정맥내 투여가 바람직하다.

암의 예방 또는 치료를 위한 EGFR 억제제의 용량은 상기 정의된 바와 같은, 치료하고자 하는 암의 유형, 암의 중증도 및 경과 과정, 항체가 예방 목적으로 투여되는지 또는 치료 목적으로 투여되는지 여부, 이전 요법, 환자의 임상적 병력 및 약물에 대한 반응, 및 주치의의 재량에 의존할 것이다.

일부 실시양태에서, 억제제는 고정량으로 투여된다. 고정량은 한번에 또는 일련의 치료에 걸쳐 환자에게 투여된다. 고정량으로 투여되는 경우, 바람직하게, 이는 억제제 약 20 mg 내지 약 2,000 mg 범위이다. 예를 들어, 고정량은 억제제 대략 420 mg, 대략 525 mg, 대략 840 mg, 또는 대략 1050 mg일 수 있다.

일련의 용량으로 투여되는 경우, 이는 예를 들어, 대략 매주, 대략 매 2주마다, 대략 매 3주마다, 또는 대략 매 4주마다 투여될 수 있지만, 바람직하게는 대략 매 3주마다 투여될 수 있다. 고정량은 예를 들어, 질환 진행, 유해 사례, 또는 의사에 의해 결정되는 다른 시점까지 계속해서 투여될 수 있다. 예를 들어, 약 2, 3, 또는 4회에서부터 최대 약 17회 이상의 고정량으로 투여될 수 있다.

일부 실시양태에서, 항체는 1회 이상의 로딩 용량(들)으로 투여된 후, 이어서, 항체는 1회 이상의 유지 용량(들)으로 투여된다. 또 다른 실시양태에서, 복수 개의 동일한 용량으로 환자에게 투여된다.

EGFR 억제제가 단일의 항-종양제로서 투여될 수 있는 경우, 환자는 임의로 상기 억제제, 및 하나 이상의 화학요법제(들)의 조합으로 치료된다.

억제제, 및/또는 화학요법제와 함께 조합될 수 있는 다른 치료제로는 제2의 상이한 HER 억제제, HER 이량체화 억제제 (예를 들어, 성장 억제성 HER2 항체, 예컨대 트라스투주맙, 또는 HER2-과다발현 세포의 아포프토시스를 유도하는 HER2 항체, 예컨대 7C2, 7F3 또는 그의 인간화된 변이체); 상이한 종양 관련 항원, 예컨대 EGFR, HER3, HER4에 대한 항체; 항-호르몬 화합물, 예컨대 항-에스트로겐 화합물, 예컨대 타목시, 또는 아로마타제 억제제; (요법과 관련된 임의의 심근 기능장애를 예방 또는 감소시키기 위한) 심장보호제; 시토카인; EGFR-표적화된 약물 (예컨대, 타르세바®, 이레사®, 벡티빅스®, 또는 에르비툭스®); 항-혈관신생 작용제 (특히, 아바스틴(AVASTIN)™ 상표하에 제넨테크에 의해 시판되는 베바시주맙); 티로신 키나제 억제제; COX 억제제 (예를 들어, COX-1 또는 COX-2 억제제); 비-스테로이드성 항-염증성 약물, 셀레콕시브 (셀레브렉스(CELEBREX)®); 셀레브렉스 트랜스퍼라제 억제제 (예를 들어, 티피파닙(Tipifarnib)/자르네스트라(ZARNESTRA)® R115777 (존슨 앤 존슨(Johnson and Johnson)으로부터 이용가능), 또는 로나파닙(Lonafarnib) SCH66336 (셰링 플라우(Schering-Plough)로부터 이용가능)); 태아 종양 단백질 CA 125에 결합하는 항체, 예컨대 오레고보맙(Oregovomab) (MoAb B43.13); HER2 백신 (예컨대, 파멕시아(Pharmexia)로부터의 HER2 오토 백(HER2 Auto Vac) 백신, 또는 덴드레온(Dendreon)으로부터의 APC8024 단백질 백신, 또는 GSK/코릭사(GSK/Corixa)로부터의 HER2 펩티드 백신); 또 다른 HER 표적화 요법 (예컨대, 트라스투주맙, 세툭시맙, ABX-EGF, EMD7200, 게피티닙, 에를로티닙, CP724714, CI1033, GW572016, IMC-11F8, TAK165 등); Raf 및/또는 ras 억제제 (예를 들어, WO 2003/86467 참조); 독소루비신 HCl 리포솜 주사앱 (독실(DOXIL)®); 토포이소머라제 I 억제제, 예컨대 토포테칸; 탁산; HER2 및 EGFR 이중 티로신 키나제 억제제, 예컨대 라파티닙/GW572016; TLK286 (텔시타(TELCYTA)®); EMD-7200; 구토 치료용 의약, 예컨대 세로토닌 길항제, 스테로이드, 또는 벤조디아제핀; 피부 발진 예방 또는 치료용 의약 또는 표준 여드름 요법 (국소 또는 경구용 항생제 포함); 설사 치료 또는 예방용 의약; 해열제, 예컨대 아세트아미노펜, 디펜히드라민, 또는 메페리딘; 조혈 성장 인자 등 중 임의의 하나 이상의 것을 포함한다.

상기 공동 투여되는 작용제 중 임의의 것에 대해 적합한 투여량은 현재 사용되는 양이고, 이는 상기 작용제 및 억제제의 조합 작용 (시너지)에 기인하여 감소될 수 있다.

상기의 치료 요법 이외에도, 환자는 암 세포를 제거하는 외과적 수술 및/또는 방사선 요법을 받을 수 있다.

억제제가 항체일 경우, 바람직하게 투여되는 항체는 네이키드 항체이다. 그러나, 투여되는 억제제는 세포독성제와 함께 접합될 수 있다. 바람직하게, 접합된 억제제 및/또는 그가 결합하는 항원(들)은 세포에 의해 내재화되고, 이로써 그가 결합하는 암 세포를 사멸시키는 데 있어 상기 접합체의 치료학적 효능은 증가된다. 바람직한 실시양태에서, 세포독성제는 암 세포에서 핵산을 표적화하거나, 또는 그를 방해한다. 상기 세포독성제의 예로는 메이탄시노이드, 칼리케아미신, 리보뉴클레아제 및 DNA 엔도뉴클레아제를 포함한다.

본 출원은 유전자 요법에 의해 억제제를 투여하는 것을 고려한다. 예를 들어, 세포내 항체 생성을 위해 유전자 요법을 사용하는 것에 관하여 1996년 3월 14일 공개된 WO96/07321을 참조할 수 있다.

(임의로 벡터 내에 함유되어 있는) 핵산을 환자의 세포 내로 전달하는 주요 접근법에는 2가지; 생체내 및 생체외 접근법이 있다. 생체내 전달을 위해, 핵산을 직접 환자 내로, 일반적으로는 항체가 필요한 부위에 주사한다. 생체외 치료의 경우, 환자의 세포를 제거하고, 핵산을 상기 단리된 세포 내로 도입하고, 변형된 세포를 환자에게 직접적으로 투여하거나, 또는 예를 들어, 환자 내로 임플란트 되는 다공성 막 내로 캡슐화된다 (예컨대 미국 특허 번호 4,892,538 및 5,283,187 참조). 핵산을 생존가능한 세포 내로 도입하는데 이용가능한 기법은 다양하게 존재한다. 기법은 핵산이 시험관내에서 배양된 세포 내로 전달되는지, 또는 생체내에서 의도되는 숙주의 세포에 전달되는지에 따라 달라진다. 시험관내에서 핵산을 포유동물 세포 내로 전달하는데 적합한 기법으로는 리포솜 사용, 전기천공, 미세주입, 세포 융합, DEAE-덱스트란, 인산칼슘 침전 방법 등을 포함한다. 유전자의 생체외 전달을 위해 통상 사용되는 벡터는 레트로바이러스이다.

현재 바람직한 생체내 핵산 전달 기법으로는 바이러스 벡터 (예컨대, 아데노바이러스, 헤르페스 심플렉스 I 바이러스, 또는 아데노 관련 바이러스)를 이용하는 형질감염 및 기질 기반 시스템 (유전자의 지질 매개 전달에 유용한 지질로는 예를 들어, DOTMA, DOPE 및 DC-Chol이 있다). 일부 상황하에서는 핵산 공급원에 표적 세포를 표적화하는 작용제, 예컨대 세포 표면 막 단백질 또는 표적 세포에 대해 특이적인 항체, 표적 세포 상의 수용체에 대한 리간드 등을 제공하는 것이 바람직할 수 있다. 리포솜이 사용될 경우, 세포내이입과 관련된 세포 표면 막 단백질에 결합하는 단백질, 예컨대 특정 세포 유형에 대해 향성을 띠는 캡시드 단백질 또는 그의 단편, 사이클링에서 내재화되는 단백질에 대한 항체, 및 세포내 국재화를 표적화하고, 세포내 반감기를 증진시키는 단백질이 표적화를 위해 및/또는 이입을 촉진시키는 데 사용될 수 있다. 수용체-매개 세포내이입 기법은 예를 들어, 문헌 [Wu et al., J. Biol. Chem. 262:4429-4432 (1987)]; 및 [Wagner et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 87:3410-3414 (1990)]에 기재되어 있다. 현재 공지된 유전자 마킹 및 유전자 요법 프로토콜에 대한 리뷰를 위해, 문헌 [Anderson et al., Science 256:808-813 (1992)]를 참조할 수 있다. 또한, WO 93/25673 및 상기 문헌에서 인용되는 참고 문헌을 참조할 수 있다.

D. 제조 물품

일부 실시양태에서, 상기 기재된 질환 또는 병증을 치료하는데 유용한 물질을 함유하는 제조 물품을 제공한다. 제조 물품은 용기, 및 용기 상의, 또는 용기에 부착된 라벨 또는 패키지 인서트를 포함한다. 적합한 용기로는 예를 들어, 병, 바이알, 시린지 등을 포함한다. 용기는 다양한 물질, 예컨대 유리 또는 플라스틱으로부터 형성된 것일 수 있다. 용기에는 선택된 질환 또는 병증을 치료하는데 효과적인 조성물이 담겨져 있거나, 또는 그를 함유하고, 멸균 접근 포트를 가질 수 있다 (예를 들어, 용기는 피하 주사 바늘로 관통가능한 마개가 있는 정맥내 액제용 백 또는 바이알일 수 있다). 조성물 중 1 이상의 활성제는 EGFR 억제제이다.

제조 물품은 제약상 허용되는 희석제 완충제, 예컨대 정균처리 주사용수 (BWFI), 포스페이트 완충처리된 염수, 링거액 및 덱스트로스 용액을 포함하는 제2 용기를 추가로 포함할 수 있다. 제조 물품은 상업 및 사용자 관점에서 바람직한 다른 물질, 예를 들어, 다른 완충제, 희석제, 필터, 바늘 및 시린지를 추가로 포함할 수 있다.

본 발명의 키트 및 제조품은 또한 조성물이 환자의 암이 LKB1 돌연변이를 포함하는 것인 암을 치료하기 위해 사용된다는 것을 나타내는 정보를, 예를 들어, 패키지 인서트 또는 라벨의 형태로 포함한다. 인서트 또는 라벨은 임의의 형태, 예컨대 종이 또는 전자 매체, 예컨대 자기 기록 매체 (예컨대, 플로피 디스크) 또는 CD-ROM 상에 존재할 수 있다. 라벨 또는 인서트는 또한 키트 또는 제조 물품 내의 제약 조성물 및 투여 형태에 관한 다른 정보를 포함할 수 있다.

일반적으로, 상기 정보는 환자 및 의사가 동봉된 제약 조성물 및 투여 형태를 효과적이고 안전하게 사용하는데 도움이 된다. 예를 들어, EGFR 억제제에 관한 하기의 정보는 인서트에 기재된 형태로 제공될 수 있다: 약동학적 성질, 약력학적 성질, 임상 연구, 효능 파라미터, 적응증 및 용법, 금기, 경고, 주의, 유해 반응, 과용 투여량, 적합한 투여량 및 투여, 공급 방법, 적합한 보관 조건, 참조문 및 특허 정보.

본 발명의 구체적인 실시양태에서, 함께 포장된, 제약상 허용되는 담체 중 EGFR 억제제를 포함하는 제약 조성물, 및 상기 억제제 또는 제약 조성물이 EGFR 억제제에 반응할 수 있는 유형의 암에 걸린 환자 (여기서, 환자의 암은 본원에 기재된 바와 같이 LKB1 유전자 중 돌연변이를 포함한다)를 치료하는데 지시된다는 것을 언급하는 라벨을 포함하는 제조 물품을 제공한다.

본 측면의 임의적인 실시양태에서, 본원의 제조 물품은 제2 의약을 포함하는 용기를 추가로 포함할 수 있고, 여기서, EGFR 억제제가 제1 의약이고, 상기 물품은 제2 의약을 유효량으로 사용하여 환자를 치료하기 위한 패키지 인서트 상의 사용설명서를 추가로 포함한다. 제2 의약은 상기 기재된 것 중 임의의 것일 수 있다.

패키지 인서트는 용기 상에, 또는 그에 부착되어 있다. 적합한 용기로는 예를 들어, 병, 바이알, 시린지 등을 포함한다. 용기는 다양한 물질, 예컨대 유리 또는 플라스틱으로부터 형성된 것일 수 있다. 용기에는 암 유형을 치료하는데 효과적인 조성물이 담겨져 있거나, 또는 그를 함유하고, 멸균 접근 포트를 가질 수 있다 (예를 들어, 용기는 피하 주사 바늘로 관통가능한 마개가 있는 정맥내 액제용 백 또는 바이알일 수 있다). 조성물 중 1 이상의 활성제는 EGFR 억제제이다. 라벨 또는 패키지 인서트는 억제제 및 임의의 다른 의약의 투약 양 및 간격에 관한 구체적인 가이던스를 제공함과 동시에, 조성물이 치료에 적격인 대상체에서 암을 치료하는데 사용되는 것을 나타낸다. 제조 물품은 제약상 허용되는 희석제 완충제, 예컨대 정균처리 주사용수 (BWFI), 포스페이트 완충처리된 염수, 링거액 및/또는 덱스트로스 용액을 포함하는 추가의 용기를 추가로 포함할 수 있다. 제조 물품은 상업 및 사용자 관점에서 바람직한 다른 물질, 예를 들어, 다른 완충제, 희석제, 필터, 바늘 및 시린지를 추가로 포함할 수 있다.

본 발명의 추가의 상세한 설명은 하기의 비-제한적인 실시예에 의해 예시된다. 본 명세서에서 인용된 모든 개시내용은 명백하게 본원에서 참조로 포함된다.

III. 실시예

A. 물질 및 방법

Lkb1 벡터 구축

재조합 기법을 사용하여 C57BL/6 Stk11 (LKB1) 유전자좌를 표적화하는 구축물을 제조하였다 (Warming et al., 2005, Nucl. Acids Res. 33: e36). C57BL/6 BAC (RP23 라이브러리)로부터 pBlight-TK로 Lkb1을 함유하는 게놈 단편을 함유하는 게놈 단편을 검색한 후, 엑손 3 내의 서열 GTG-ATG-GAG-TAC-TGC-GTA를 GTT-GGG-GAA-TAT-TGC-GTA로 치환하여 Met129를 글리신으로 변화시키고, ScaI를 SspI 부위로 치환하였다. 이어서, loxp 측면에 위치하는 네오마이신 카세트를 인트론2 내로 도입하였다. DNA 서열분석에 의해 최종 벡터를 확인하고, 선형화시켰다. 표준 방법으로 C57BL/6 C2 배아 줄기 세포를 표적화하고, Cre를 양성 클론에 형질감염시켜 네오마이신 카세트를 제거하였다. 이어서, 변형된 배아 줄기 세포를 포배에 주사하고, 키메라를 C57BL6 암컷과 교배시켜 생식선 전이를 수득하였다.

체외이식편 배양

시간이 정해진 임신 설정 환경으로 수거된 배아로부터 췌장 및 폐의 개별 엽을 절개하였다. 배아 체외이식편을 공기-액체 계면에 0.4 ㎛ 폴리에스테르 막 인서트 (코닝(Corning: 미국 매사추세츠주 튜스베리))가 있는 12 mm 트랜스웰(Transwell)® 상의 10% 우태아 혈청, 글루타민 및 페니실린-스트렙토마이신을 포함하는 DME 배지 중에서 배양하였다. 장기 배양 (>3일)을 위해 배지를 매일 교체해주었다.

중간엽 무함유 배양물의 경우, 폐를 절개하고, 실온에서 10-15 동안 콜라게나제/디스파제 (각각 1 mg/ml씩) 중에서 인큐베이션시켰다. 기계식 절개에 의해 상피 조직을 제거하고, 트랜스웰® 플레이트로 옮기고, 5-10 ㎕의 1:1 마트리겔(Matrigel):DME로 덮었다. 마트리겔이 고형화된 후, 400 ㎕ 배지 (DME/10% FCS/글루타민/pen-strep + 200 ng/ml FGF7 (라이프 테코놀러지즈(Life Technologies: 미국 캘리포니아주 칼즈배드)), FGF1 (라이프 테코놀러지즈), 또는 EGF (라이프 테코놀러지즈))를 상부 및 하부 웰에 첨가하였다. 에를로티닙 (타르세바®, 1 μM 히드로클로라이드 염; OSI 파마슈티칼즈(OSI Pharmaceuticals)) 또는 DMSO를 명시된 바와 같이 첨가된다.

전조직 표본 면역형광

배아 체외이식편을 4% 파라포름알데히드 중에서 고정시키고, 2% BSA, 0.1% 사포닌 또는 0.1% 트리톤-X100을 포함하는 PBS 중에서 투과시켰다. 세척 후, 조직을 항-E-카드헤린 (산트 크루즈(Santa Cruz))으로 염색하였다. 체외이식편을 탑재하고, 레이카(Leica) SP5 레이저 공초점 현미경으로 영상화하였다. 제시된 영상은, 배양되고, 염색되고, 실질적으로 동일한 조건 및 환경하에서 영상화된 한배 새끼 체외이식편을 이용한, 다중 독립 실험 (n>5)을 대표하는 것이다.

웨스턴 블롯

포스포세이프™ 익스트랙션 리에이전트(PhosphoSafe™ Extraction Reagent) (EMD 밀리포어(EMD Millipore))를 사용하여 조직을 용해시키고, 초음파 처리하였다. BCA 검정 (피어스(Pierce))에 의해 조직 및 세포 용해물의 단백질 농도를 결정하였다. LDS 샘플 완충제 + β-머캅토에탄올 중의 샘플을 5분 동안 95℃로 가열한 후, NuPAGE® 4-12% 비스 트리스 겔 (인비트로겐(Invitrogen))을 사용하여 전기영동하여 분리시켰다. 단백질을 밤새도록 니트로셀룰로스 막으로 옮기고, 막을 0.1% 트윈(Tween) 및 5% 블롯토(Blotto)를 포함하는 트리스 완충처리된 염수 (TBS) 완충제 중에서 차단시킨 후, 0.1% 트윈 및 2% BSA를 포함하는 TBS 완충제 중에서 1차 항체와 함께 4℃에서 밤새도록 인큐베이션시켰다. 1차 항체 (EGF 수용체 (D38B1) XP® 래빗 mAb, 포스포-EGF 수용체 (Tyr845) (D63B4) 래빗 mAb, 포스포-EGF 수용체 (Tyrl173) (53A5) 래빗 mAb, 시클린 D1 (92G2) 래빗 mAb (이들 모두 셀 시그날링 테크놀러지(Cell Signaling Technology)로부터 입수; 및 항-액틴 항체)를 HRP-접합된 2차 항체 및 ECL 시약 (피어스)으로 검출하였다. 제시된 실험은 다중 독립 실험 (n>3)을 대표하는 것이다.

B. 결과

마우스에서 LKB1 중의 동형접합성 생식선 돌연변이는 조기 배아 치사이다. 그러므로, 화학적인 유전적 접근법을 사용하여 세포 투과성, 비-가수분해성 ATP 유사체 (NMPP1)의 첨가에 의해 특이적으로 억제될 수 있는 대립유전자를 디자인하였다 (Bishop et al., 2000, Nature, 407: 393-401; Bishop at al., 2000, Ann. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 29: 557-606). 상기 대립유전자 (Lkb1^MG)를 내인성 LKB1 유전자좌에 "녹 인"시켜 다른 곳에 상세하게 기재되어 있는 유전자 조작된 마우스를 생성하였다 (Lo et al., 2012, J. Cell.. Biol, 199: 1117-1130). Lkb1^{MG / MG} 배아 및 야생형 한배 새끼로부터 폐 및 췌장 조직을 절개하고, 수일 동안 시험관내에서 성장시켰다. 폐 배양물을 전조직 표본 체외이식편, 및 "중간엽 무함유" 둘 모두에서와 같이 성장시켰는데, 여기서, 중간엽 및 다른 조직 유형 대부분은 폐 상피로부터 벗겨내고, 그 상피를 마트리겔에서 성장시켰다 (Lu et al., 2005, J. Biol. Chem., 280: 4834-4841). 이 시간 동안 성장 인자에 대한 상기 조직의 반응을 평가하였다.

NMPP1 억제제의 존재하에서 Lkb1^{wt /wt}로부터 유래된 중간엽 무함유 체외이식편에 EGF (100 ng/ml)를 첨가하자, 성장 인자와 없을 때와 비교하였을 때 성장은 약간 증가하였다. 대조적으로, NMPP1의 존재하에서 Lkb1^{MG /MG}에 EGF를 첨가하자, 상당한 성장일 일어났고 (도 1), 이는 중간엽 무함유 체외이식편에서 LKB1을 억제시킴에 따라 EGF에 대한 반응성이 증가하였다는 것을 나타내는 것이다. 전조직 표본 배양물에서도 유사한 결과를 관찰할 수 있었다 (도 2). 이 경우, EGF 첨가 결과, 배양된 Lkb1^{MG /MG} 폐의 말단의 싹 모양 돌기가 상당히 비대해졌고, Lkb1^{wt /wt} 폐에서는 크기가 단지 약간 증가하였다. 전조직 표본 및 중간엽 무함유 배양물 둘 다에서, EGF 유도성 성장은 에를로티닙 (타르세바®; 1 μM) 첨가에 의해 억제되었다.

대조적으로, 섬유모세포 성장 인자 (FGF)-1 또는 FGF-7을 첨가하였을 때에는 비록 LKB1 억제시 상피 조직 구조가 더 적은 분지화를 보이기는 하였지만, NMPP1의 존재 및 부재하에서 Lkb1^{wt /wt} 및 Lkb1^{MG /MG 둘 다}로부터 유래된 중간엽 무함유 폐 배양물은 강건하게 성장하였다.

반응성의 이러한 변화가 차별적인 EGFR 발현 수준에 기인한 것인지 여부를 평가하기 위해, 웨스턴 블롯팅에 의해 EGFR 단백질 수준을 측정하였다. EGFR 수준은 NMPP1의 존재 또는 부재하에서 Lkb1^{wt / wt} 및 Lkb1^{MG / MG} 폐 둘 모두에서 유사한 것으로 나타났다. 추가로, EGF 첨가시 10분 이내에 발생하는 Y1173, Y1068, 및 Y845 부위에서의 EGFR 인산화에는 변함이 없는 것을 보였다 (도 3). 따라서, EGF에 대한 배양물의 반응성은 EGFR 발현 증가에 따른 결과는 아니었다.

EGF 신호전달을 조절하는데 있어 LKB1이 췌장에서 유사한 역할을 하는 것으로 확인되었다. 앞서, 본 발명자들은 후기 배아로부터 수거된 췌장 체외이식편에서 Lkb1 키나제 활성 억제가 낭 형성을 크게 촉진시킨다는 것을 밝혀낸 바 있다 (Lo et al., 2012, J. Cell. Biol, 199: 1117-1130). 본 시험 시스템에서는 EGF (100 ng/ml) 첨가로 Lkb1 억제에 의해 유도되는 낭성 표현형의 발생이 가속되었다 (도 4). 그러나, EGF의 존재 및 부재하에서 발생하는 낭의 형태에 있어서는 구별되지 않고, Lkb1 억제의 부재하에서 EGF는 그 스스로는 낭을 촉진시키지 못했다 (도 5). 추가로, 에를로티닙 (타르세바®; 1 μM)이 낭성 표현형의 발생을 억제시키기 때문에 췌장 낭 형성은 EGFR 신호전달을 필요로 하는 것으로 보였다 (도 6).

본 발명자들은 LKB1 활성이 EGF에 대한 폐 및 췌장 상피 세포의 반응성을 변경시킨다는 것을 밝혀내었다. EGF 신호전달이 일부 암에서 중요한 경로인 것으로 알려져 있는 바, LKB1 돌연변이 상태는 특정 표적화된 요법, 및 특히 EGFR-표적화된 요법에 대한 취약성 또는 상기 경로의 내성을 평가하는데 있어 정보성을 띠어야 한다. 상기 실험에 의해 제시된 바와 같이, 암에서 LKB1 돌연변이는 EGF에 대한 암의 반응성을 증가시키는 것으로 예측될 수 있고, 따라서, 상기 암은 EGFR 억제제, 예컨대 본원에 기재된 것에 대해 잘 반응할 것으로 예측될 수 있다.

비록 상기 발명의 명확한 이해를 위해 예시 및 일례에 의해 좀 더 상세하게 기재되었지만, 설명 및 예는 본 발명의 범주를 제한하는 것으로 해석되지 않아야 한다. 본원에서 인용된 모든 특허 및 과학 문헌의 개시내용은 그 전문이 본원에서 참조로 명확하게 포함된다.

IV. 서열 표

SEQUENCE LISTING <110> GENENTECH, INC. F. HOFFMANN-LA ROCHE AG <120> PREDICTING RESPONSE TO EGFR INHIBITORS <130> GENE-33213/WO-1/ORD <150> US 61/781,187 <151> 2013-03-14 <160> 2 <170> PatentIn version 3.5 <210> 1 <211> 1302 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 1 atggaggtgg tggacccgca gcagctgggc atgttcacgg agggcgagct gatgtcggtg 60 ggtatggaca cgttcatcca ccgcatcgac tccaccgagg tcatctacca gccgcgccgc 120 aagcgggcca agctcatcgg caagtacctg atgggggacc tgctggggga aggctcttac 180 ggcaaggtga aggaggtgct ggactcggag acgctgtgca ggagggccgt caagatcctc 240 aagaagaaga agttgcgaag gatccccaac ggggaggcca acgtgaagaa ggaaattcaa 300 ctactgagga ggttacggca caaaaatgtc atccagctgg tggatgtgtt atacaacgaa 360 gagaagcaga aaatgtatat ggtgatggag tactgcgtgt gtggcatgca ggaaatgctg 420 gacagcgtgc cggagaagcg tttcccagtg tgccaggccc acgggtactt ctgtcagctg 480 attgacggcc tggagtacct gcatagccag ggcattgtgc acaaggacat caagccgggg 540 aacctgctgc tcaccaccgg tggcaccctc aaaatctccg acctgggcgt ggccgaggca 600 ctgcacccgt tcgcggcgga cgacacctgc cggaccagcc agggctcccc ggctttccag 660 ccgcccgaga ttgccaacgg cctggacacc ttctccggct tcaaggtgga catctggtcg 720 gctggggtca ccctctacaa catcaccacg ggtctgtacc ccttcgaagg ggacaacatc 780 tacaagttgt ttgagaacat cgggaagggg agctacgcca tcccgggcga ctgtggcccc 840 ccgctctctg acctgctgaa agggatgctt gagtacgaac cggccaagag gttctccatc 900 cggcagatcc ggcagcacag ctggttccgg aagaaacatc ctccggctga agcaccagtg 960 cccatcccac cgagcccaga caccaaggac cggtggcgca gcatgactgt ggtgccgtac 1020 ttggaggacc tgcacggcgc ggacgaggac gaggacctct tcgacatcga ggatgacatc 1080 atctacactc aggacttcac ggtgcccgga caggtcccag aagaggaggc cagtcacaat 1140 ggacagcgcc ggggcctccc caaggccgtg tgtatgaacg gcacagaggc ggcgcagctg 1200 agcaccaaat ccagggcgga gggccgggcc cccaaccctg cccgcaaggc ctgctccgcc 1260 agcagcaaga tccgccggct gtcggcctgc aagcagcagt ga 1302 <210> 2 <211> 433 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 2 Met Glu Val Val Asp Pro Gln Gln Leu Gly Met Phe Thr Glu Gly Glu 1 5 10 15 Leu Met Ser Val Gly Met Asp Thr Phe Ile His Arg Ile Asp Ser Thr 20 25 30 Glu Val Ile Tyr Gln Pro Arg Arg Lys Arg Ala Lys Leu Ile Gly Lys 35 40 45 Tyr Leu Met Gly Asp Leu Leu Gly Glu Gly Ser Tyr Gly Lys Val Lys 50 55 60 Glu Val Leu Asp Ser Glu Thr Leu Cys Arg Arg Ala Val Lys Ile Leu 65 70 75 80 Lys Lys Lys Lys Leu Arg Arg Ile Pro Asn Gly Glu Ala Asn Val Lys 85 90 95 Lys Glu Ile Gln Leu Leu Arg Arg Leu Arg His Lys Asn Val Ile Gln 100 105 110 Leu Val Asp Val Leu Tyr Asn Glu Glu Lys Gln Lys Met Tyr Met Val 115 120 125 Met Glu Tyr Cys Val Cys Gly Met Gln Glu Met Leu Asp Ser Val Pro 130 135 140 Glu Lys Arg Phe Pro Val Cys Gln Ala His Gly Tyr Phe Cys Gln Leu 145 150 155 160 Ile Asp Gly Leu Glu Tyr Leu His Ser Gln Gly Ile Val His Lys Asp 165 170 175 Ile Lys Pro Gly Asn Leu Leu Leu Thr Thr Gly Gly Thr Leu Lys Ile 180 185 190 Ser Asp Leu Gly Val Ala Glu Ala Leu His Pro Phe Ala Ala Asp Asp 195 200 205 Thr Cys Arg Thr Ser Gln Gly Ser Pro Ala Phe Gln Pro Pro Glu Ile 210 215 220 Ala Asn Gly Leu Asp Thr Phe Ser Gly Phe Lys Val Asp Ile Trp Ser 225 230 235 240 Ala Gly Val Thr Leu Tyr Asn Ile Thr Thr Gly Leu Tyr Pro Phe Glu 245 250 255 Gly Asp Asn Ile Tyr Lys Leu Phe Glu Asn Ile Gly Lys Gly Ser Tyr 260 265 270 Ala Ile Pro Gly Asp Cys Gly Pro Pro Leu Ser Asp Leu Leu Lys Gly 275 280 285 Met Leu Glu Tyr Glu Pro Ala Lys Arg Phe Ser Ile Arg Gln Ile Arg 290 295 300 Gln His Ser Trp Phe Arg Lys Lys His Pro Pro Ala Glu Ala Pro Val 305 310 315 320 Pro Ile Pro Pro Ser Pro Asp Thr Lys Asp Arg Trp Arg Ser Met Thr 325 330 335 Val Val Pro Tyr Leu Glu Asp Leu His Gly Ala Asp Glu Asp Glu Asp 340 345 350 Leu Phe Asp Ile Glu Asp Asp Ile Ile Tyr Thr Gln Asp Phe Thr Val 355 360 365 Pro Gly Gln Val Pro Glu Glu Glu Ala Ser His Asn Gly Gln Arg Arg 370 375 380 Gly Leu Pro Lys Ala Val Cys Met Asn Gly Thr Glu Ala Ala Gln Leu 385 390 395 400 Ser Thr Lys Ser Arg Ala Glu Gly Arg Ala Pro Asn Pro Ala Arg Lys 405 410 415 Ala Cys Ser Ala Ser Ser Lys Ile Arg Arg Leu Ser Ala Cys Lys Gln 420 425 430 Gln

Claims (25)

1. 암이 LKB1 돌연변이를 포함하는지 여부를 결정하는 것을 포함하며, 여기서 LKB1 돌연변이가 존재하다면, 이는 암이 EGFR 억제제에 대해 반응할 것임을 시사하는 것인, 암이 EGFR 억제제에 대해 반응할지 여부를 예측하는 방법.
2. 환자의 암이 LKB1 돌연변이를 포함하는지 여부를 결정하는 것을 포함하며, 여기서 LKB1 돌연변이가 존재하다면, 이는 EGFR 억제제가 암 환자에게 유익할 가능성이 있음을 시사하는 것인, EGFR 억제제가 유익할 가능성이 있는 암 환자를 확인하는 방법.
3. (a) 환자의 암이 LKB1 돌연변이를 포함하는지 여부를 결정하고; (b) 환자의 암이 LKB1 돌연변이를 포함한다면, 요법을 위해 EGFR 억제제를 선택하는 것을 포함하는, 암 환자를 위한 요법을 선택하는 방법.
4. (a) 암이 LKB1 돌연변이를 포함하는지 여부를 결정하고; (b) 암이 LKB1 돌연변이를 포함한다면, 포유동물에게 치료 유효량의 EGFR 억제제를 투여하는 것을 포함하는, 포유동물에서 암을 치료하는 방법.
5. LKB1 돌연변이를 포함하는 암을 가진 포유동물에게 치료 유효량의 EGFR 억제제를 투여하는 것을 포함하는, 상기 포유동물에서 LKB1 돌연변이를 포함하는 암을 치료하는 방법.
6. 제4항에 있어서, EGFR 억제제를 투여하기 전에, 암이 LKB1 돌연변이를 포함하는 것으로 결정된 것인 방법.
7. 제1항 내지 제6항 중 어느 한 항에 있어서, 암이 고형 종양인 방법.
8. 제7항에 있어서, 암이 대세포 암종, 카르시노이드 암, 신경내분비 기원의 암, 두경부 편평 세포 암종 (HNSCC), 결장직장암, 자궁경부암, 흑색종, 피부암, 평활근종, 위암, 교모세포종, 난소암, 소세포 폐암 (SCLC), 비소세포 폐암 (NSCLC), 췌장암, 식도암, 위암 및 갑상선암으로부터 선택되는 것인 방법.
9. 제7항에 있어서, 암이 폐암, 췌장암, 결장직장암 및 두경부암으로부터 선택되는 것인 방법.
10. 제1항 내지 제6항 중 어느 한 항에 있어서, 암이 표 2의 조직으로부터 선택된 조직에 존재하는 것인 방법.
11. 제1항 내지 제10항 중 어느 한 항에 있어서, LKB1 돌연변이가 LKB1 폴리뉴클레오티드 중에 변이를 포함하는 것인 방법.
12. 제11항에 있어서, LKB1 폴리뉴클레오티드 중의 변이가 LKB1 폴리뉴클레오티드의 코딩 서열 중에 존재하는 것인 방법.
13. 제11항 또는 제12항에 있어서, LKB1 폴리뉴클레오티드 중의 변이가 삽입, 결실, 역위 및 치환으로부터 선택된 하나 이상의 변이를 포함하는 것인 방법.
14. 제11항 내지 제13항 중 어느 한 항에 있어서, LKB1 폴리뉴클레오티드 중의 변이가 LKB1 코딩 서열에서 프레임 시프트를 일으키는 것인 방법.
15. 제11항 내지 제14항 중 어느 한 항에 있어서, LKB1 폴리뉴클레오티드 중의 변이가 LKB1 폴리펩티드에서 변이를 일으키는 것인 방법.
16. 제15항에 있어서, LKB1 폴리펩티드 중의 변이가 삽입, 치환, 결실 및 말단절단으로부터 선택되는 것인 방법.
17. 제15항 또는 제16항에 있어서, LKB1 폴리펩티드 중의 하나 이상의 변이가 (a) LKB1 단백질 수준을 유의하게 감소시키거나 또는 부재화시키고/거나 (b) 활성이 유의하게 감소된 LKB1 단백질이 발현되도록 하는, 표 1로부터 선택된 아미노산 위치에서의 아미노산 변이인 방법.
18. 제17항에 있어서, LKB1 폴리펩티드 중의 하나 이상의 변이가 표 1로부터 선택된 아미노산 변화인 방법.
19. 제11항 내지 제16항 중 어느 한 항에 있어서, LKB1 폴리뉴클레오티드 중의 변이가 (a) LKB1 단백질 수준을 유의하게 감소시키거나 또는 부재화시키고/거나 (b) 활성이 유의하게 감소된 LKB1 단백질이 발현되도록 하는, 표 1로부터 선택된 뉴클레오티드 위치에서의 뉴클레오티드 변이인 방법.
20. 제19항에 있어서, LKB1 폴리뉴클레오티드 중의 변이가 표 1로부터 선택된 뉴클레오티드 변화인 방법.
21. 제1항 내지 제20항 중 어느 한 항에 있어서, 포유동물이 인간인 방법.
22. 제1항 내지 제21항 중 어느 한 항에 있어서, EGFR 억제제가 EGFR에 결합하는 항체인 방법.
23. 제1항 내지 제22항 중 어느 한 항에 있어서, EGFR 억제제가 세툭시맙 또는 파니투무맙인 방법.
24. 제1항 내지 제21항 중 어느 한 항에 있어서, EGFR 억제제가 소분자인 방법.
25. 제1항 내지 제21항 중 어느 한 항에 있어서, EGFR 억제제가 에를로티닙 또는 게피티닙인 방법.

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