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KR101048429B1 - 바이오칩을 이용한 표적 물질 검출 및 정량 방법 - Google Patents

바이오칩을 이용한 표적 물질 검출 및 정량 방법 Download PDF

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KR101048429B1
KR101048429B1 KR1020090085091A KR20090085091A KR101048429B1 KR 101048429 B1 KR101048429 B1 KR 101048429B1 KR 1020090085091 A KR1020090085091 A KR 1020090085091A KR 20090085091 A KR20090085091 A KR 20090085091A KR 101048429 B1 KR101048429 B1 KR 101048429B1
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biochip
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target
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김상규
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한국생명공학연구원
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Abstract

본 발명은 기판 상에 프로브 분자가 고정된 바이오칩을 이용하여, 표적 물질을 검출하는 방법 및 정량 방법에 관한 것으로서, 보다 상세하게는 기판 상에 프로브 분자가 고정된 바이오칩을 준비하고, 이를 전하를 갖는 표적 물질을 포함하는 시료와 접촉시킨 후, 상기 표적 물질과 반대 전하를 갖는 나노 입자를 반응시킨 후 금속 인핸싱 용액 (enhancing solution)을 반응시켜서 상기 나노 입자의 크기를 증폭하여 육안으로 바이오칩을 이용한 표적 물질의 검출 방법 및 정량 방법에 관한 것이다.
바이오칩, 금속 인핸싱

Description

바이오칩을 이용한 표적 물질 검출 및 정량 방법{Method for detecting and quantization of target materials using biochip}
본 발명은 기판 상에 프로브 분자가 고정된 바이오칩을 이용하여, 표적 물질을 검출하는 방법 및 정량 방법에 관한 것으로서, 보다 상세하게는 기판 상에 프로브 분자가 고정된 바이오칩을 준비하고, 이를 전하를 갖는 표적 물질을 포함하는 시료와 접촉시킨 후, 상기 표적 물질과 반대 전하를 갖는 나노 입자를 반응시킨 후 금속 인핸싱 용액 (enhancing solution)을 반응시켜서 상기 나노 입자의 크기를 증폭하여 육안으로 바이오칩을 이용한 표적 물질의 검출 방법 및 정량 방법에 관한 것이다.
바이오칩은 생물에서 유래한 효소, 단백질, 항체, DNA, 미생물 또는 동식물 세포 및 기관, 신경세포 및 기관 등과 같은 생체 유기물과 반도체나 유리 같은 무기물을 조합하여 기존의 반도체칩 형태로 만든 혼성소자 (Hybrid device)이다. 바이오칩은 생체분자의 고유한 기능을 활용하고 생체의 기능을 모방함으로써 감염성 질병을 진단하거나 유전자를 분석하고 새로운 정보처리용 신기능 소자의 역할을 하는 특징이 있다.
바이오칩은 생물분자와 시스템화된 정도에 따라 DNA칩, RNA칩, 단백질 칩, 세포칩, 뉴런칩 등으로 구분될 수 있으며, 시료의 전처리, 생화학 반응, 검출 및 자료 해석까지 소형 집적화되어 자동분석기능을 갖는 실험실칩 (Lab on a chip)과 같이 각종 생화학물질의 검출 및 분석 기능을 할 수 있는 '바이오 센서'를 포함하여 광범위하게 정의될 수 있다.
또한, 바이오칩은 생물 분자의 검출 방식에 따라 크게 두 가지로 나누게 되는데, 그 첫 번째는 마이크로 어레이 타입으로서, 시료에 포함된 특정 생화학 물질을 프로브 (capturing probe)에 의해 탐색하는 것이다. 구체적으로, 프로브 (capturing probe)의 역할을 할 수 있는 물질을 칩의 표면에 고정화시킨 다음, 여기에 분석하고자 하는 생화학물질을 반응시킨 후에 이러한 반응 유무를 검출하고 해석함으로써 생화학물질에 대한 정보를 얻을 수 있는 것이다. 그리고, 두 번째는 마이크로 플루이딕을 이용한 바이오칩으로서, 칩 상에 마이크로 채널, 마이크로 챔버 및 믹서 밸브 등을 구현하여 미소유체를 제어하고, 검출부에 생화학물질을 고정화시킨 다음, 검출하고자 하는 생화학물질을 미소유체 흐름을 이용하여 검출부에 고정화된 생화학물질과 반응시켜 반응 유무를 검출하는 것이다. 이는 장기적인 관점에서 그리고 최근 소형화 추세에 따라 가장 활발히 연구가 진행되고 있는 분야이다.
바이오칩을 제작 및 이용하기 위한 기술로는 반응물질과 반응할 수 있는 프로브의 고정화 기술, 반응 유무를 검출할 수 있는 검출 기술 및 검출된 정보를 처리할 수 있는 정보처리기술 등이 있다.
이 중, 반응 유무를 검출할 수 있는 검출 기술은 일반적으로 형광, 발색, 동위원소와 같이 특정한 방식의 표지를 이용하게 된다. 표지기술은 감도를 높이는 데 있어서 중요한 기술이기는 하나, 표지에 의해 생체분자가 변형되거나 저분자 물질은 표지가 불가능할 수 있는 문제점이 있다. 또한 표지과정에서 시료가 많이 소모되며 2~3단계의 공정을 더 거쳐야 하며, 단백질의 경우 그 종류마다 표지 정도가 달라져 정량 오차가 커지는 문제점이 있다. 현재 주로 사용되고 있는 대표적인 표지 방식으로는 레이저를 이용한 형광검출법 등이 있다. 상기 레이저를 이용한 형광검출법은 시료에 형광물질을 결합시켜 기판에 고정화된 프로브와의 반응 여부를 결합시킨 형광물질을 이용하여 광학적으로 반응 여부를 구별하는 방법으로 현재 가장 널리 이용되고 있는 방법이지만, 반응 여부를 판별하기 위해 광학측정장비가 필요하게 되고, 이로 인해 많은 시간 및 비용이 요구되는 문제점이 있을 뿐만 아니라, 이러한 검출 방식은 바이오칩을 기반으로 한 분석시스템을 소형화하는데 어느 정도 한계가 있다는 문제점이 있다. 또한, 시료의 표적 분자에 형광을 내는 물질을 달아주는 단계가 추가적으로 필요하며, 비표지 방식의 검출 방법에 비해 번거롭다는 단점이 있다.
따라서 비표지 방식의 측정기술이 바이오칩 기술분야에서 점점 요구되고 있다. 비표지 방식의 검출 방법의 하나로서 전기화학적 검출법이 있는데, 이느 프로 브와 시료가 결합한 전극 상에서 다른 화학물질의 전기화학반응을 이용하여 반응 여부를 검출하는 방법이지만, 이는 형광검출법에 비해 비교적 측정능력이 떨어지는 문제점이 있다.
이와 같이 종래에 실시하고 있는 검출 방법은 어느 정도 그 효율성에 한계가 있기 때문에 이를 적용하여 실행하는 생화학 실험에 대한 실질적인 사용상의 신뢰도 및 만족도가 극소화되는 문제점들이 항상 내포되어 있다.
이에 본 발명자들은 기존의 바이오칩이 가지고 있는 고가의 별도의 장비가 필요한 문제점 및 비효율성을 극복하기 위해 예의 노력한 결과, 프로브와 결합한 표적 DNA에 금속 나노 입자를 결합시키고, 금속 인핸싱 용액 (enhancing solution)을 반응시킬 경우 금속 인핸싱 용액에 의해 금속 나노 입자가 육안으로 관찰할 수 있을 정도로 증폭되어 별도의 장비 없이 비표지 방식의 검출이 가능하고, 나아가 일반적인 스캐너를 이용해 표적 물질의 정량적인 분석이 가능함을 확인하여 본 발명을 완성하였다.
본 발명의 하나의 목적은 바이오칩을 이용한 표적 물질의 검출 방법에 있어서, (a) 기판 상에 프로브 분자를 고정화시키는 단계; (b) 전하를 갖는 표적 물질을 포함하는 시료를 상기 프로브 분자가 고정된 기판과 접촉시키는 단계; (c) 표적 물질과 반대 전하를 갖는 나노 입자를 반응시키는 단계; 및 (d) 금속 인핸싱 용액 (enhancing solution)을 반응시키는 단계를 포함하는, 바이오칩을 이용한 표적 물질의 검출 방법을 제공하는 것이다.
본 발명의 또 하나의 목적은 바이오칩을 이용한 표적 물질의 정량 방법에 있어서, (a) 기판 상에 프로브 분자를 고정화시키는 단계; (b) 전하를 갖는 표적 물질을 포함하는 시료를 상기 프로브 분자가 고정된 기판과 접촉시키는 단계; (c) 표적 물질과 반대 전하를 갖는 나노 입자를 반응시키는 단계; (d) 금속 인핸싱 용액을 반응시키는 단계; 및 (e) 금속 인핸싱 용액에 반응한 부분의 반응의 세기를 측정하는 단계를 포함하는, 바이오칩을 이용한 표적 물질의 정량 방법을 제공하는 것이다.
상기 목적을 달성하기 위한 하나의 양태로서 본 발명은 바이오칩을 이용한 표적 물질의 검출 방법에 있어서, (a) 기판 상에 프로브 분자를 고정화시키는 단계; (b) 전하를 갖는 표적 물질을 포함하는 시료를 상기 프로브 분자가 고정된 기 판과 접촉시키는 단계; (c) 표적 물질과 반대 전하를 갖는 나노 입자를 반응시키는 단계; 및 (d) 금속 인핸싱 용액 (enhancing solution)을 반응시키는 단계를 포함하는, 바이오칩을 이용한 표적 물질의 검출 방법에 관한 것이다.
본 발명에서 용어 "바이오칩"이란 표면 개질된 유리, 실리콘, 폴리프로필렌 등의 고분자 기판을 포함하는 여러 가지 종류의 고체 표면에 DNA, 단백질, 세포 등의 바이오 물질을 정해진 위치에 고밀도로 부착시켜 미세 집척시킨 것의 통칭을 의미한다.
상기 (a) 단계의 기판 상에 프로브를 고정화 시키는 단계에 있어서, 기판의 종류는 당업계에서 통상적으로 사용되는 바이오칩 제작을 위한 고체 기판이면 제한 없이 사용할 수 있으며, 바람직하게는 유리, 알루미나, 세라믹, 탄소, 금, 은, 구리, 알루미늄, 화합물 반도체 및 실리콘 등이 있을 수 있으며, 가장 바람직하게는 유리기판을 이용할 수 있다. 상기 기판은 표면 처리되는 데, 표면처리는 프로브 분자의 부착 및 고정화를 용이하게 하기 위해 수행된다. 또한 표면처리는 바이오칩의 기질 표면에 생물분자를 고정화시키기 위한 관능기를 포함할 수 있도록 수행될 수 있다. 예컨데 상기 기판은 알데히드기, 카르복실기 또는 아민기로 개질될 수 있다. 유리 기판이나 반도체 기판의 경우 실란 처리를 하여 아미노기 (-NH3, -NH2 등)를 형성할 수 있다. 또한 실란 처리를 효과적으로 하기 위해 실란 처리 전에 하이드록실 (hydroxyl) (-OH)기를 만들기 위한 처리를 할 수도 있다. 본 발명 의 목적상 프로브 분자를 기판에 고정시키는 방법은 제한 없이 사용될 수 있으며, 화학 또는 물리적 방법이 사용될 수 있다.
본 발명에서 용어 "프로브"란, 시료 내의 검출하고자 하는 표적 물질과 특이적으로 결합할 수 있는 물질을 의미하며, 상기 결합을 통하여 특이적으로 시료 내의 표적 물질의 존재를 확인할 수 있는 물질을 의미한다. 프로브 분자의 종류는 당업계에서 통상적으로 사용되는 물질로서 제한은 없으나, 바람직하게는 PNA (peptide nucleic acid), LNA (locked nucleic acid), 펩타이드, 폴리펩타이드, 단백질, RNA 또는 DNA 일 수 있으며, 가장 바람직하게는 PNA이다. 보다 구체적으로, 상기 프로브는 바이오 물질로서 생물에서 유래되거나 이와 유사한 것 또는 생체외에서 제조된 것을 포함하는 것으로 예를 들어, 효소, 단백질, 항체, 미생물, 동식물 세포 및 기관, 신경세포, DNA, 및 RNA일 수 있으며, DNA는 cDNA, 게놈 DNA, 올리고뉴클레오타이드를 포함하며, RNA는 게놈 RNA, mRNA, 올리고뉴클레오타이드를 포함하며, 단백질의 예로는 항체, 항원, 효소, 펩타이드 등을 포함할 수 있다.
본 발명의 구체적인 일 실시예에서는 유리기판의 표면에 O2 플라즈마 처리를 하여, 유리기판의 표면에 -OH기가 노출되도록 하고, 표면에 아민기로 관능화 한 후 아민으로 처리되었던 표면을 카르복실기로 치환시킨 후, 아민기 (-NH2)를 갖고 있는 프로브인 PNA와 공유결합인 펩타이드 결합을 통해 상기 기판 위에 고정화시켰다. 상기 PNA가 결합하지 않은 기판은 배경 염색이 되지 않도록 아민기를 갖고 있는 PEG (polyethylene glycol)과 반응시켜 블로킹시켰다 (실시예 1 및 2).
상기 (b) 단계의 전하를 갖는 표적 물질을 포함하는 시료를 상기 프로브 분자가 고정된 기판과 접촉시키는 단계는 프로브 분자와 특이적으로 결합할 수 있는 표적 물질을 검출하기 위하여 접촉시키는 단계이다.
본 발명에 용어 "표적 물질"이란, 바이오칩을 사용하여 시료 내에 존재하고 있는 지 여부를 검출하고자 하는 물질로서, 표적 물질의 종류는 당업계에서 통상적으로 사용되는 물질로서 제한은 없으나, 바람직하게는 PNA (peptide nucleic acid), LNA (locked nucleic acid), 펩타이드, 폴리펩타이드, 단백질, RNA 또는 DNA 일 수 있으며, 가장 바람직하게는 DNA이다. 보다 구체적으로, 상기 표적 물질은 바이오 물질로서 생물에서 유래되거나 이와 유사한 것 또는 생체 외에서 제조된 것을 포함하는 것으로 예를 들어, 효소, 단백질, 항체, 미생물, 동식물 세포 및 기관, 신경세포, DNA, 및 RNA일 수 있으며, DNA는 cDNA, 게놈 DNA, 올리고뉴클레오타이드를 포함하며, RNA는 게놈 RNA, mRNA, 올리고뉴클레오타이드를 포함하며, 단백질의 예로는 항체, 항원, 효소, 펩타이드 등을 포함할 수 있다.
표적 물질은 음 전하 또는 양 전하를 갖고 있으며, 반응시키는 나노 입자와는 반대 전하를 갖고 있어서 나노 입자와 정전기적 인력에 의해 결합을 할 수 있다.
본 발명에서 용어 "시료"란 검출하고자 하는 표적 물질이 들어 있는 조직, 세포, 전혈, 혈청, 혈장, 타액, 객담, 뇌척수액 또는 뇨와 같은 시료 등을 포함하 나, 이에 제한되지 않는다.
표적 물질을 포함하는 시료를 프로브 분자가 고정된 기판과 접촉시키면 시료 내의 표적 물질과 프로브 분자의 특이적인 결합반응이 일어난다. 표적이 PNA, LNA, RNA 또는 DNA인 경우 상보적인 서열끼리의 특이적인 혼성화 반응이 일어나며, 표적이 단백질인 경우 단순히 시료 단백질과 프로브 간의 직접적인 결합을 통해 복합체를 형성하는 반응이 일어나거나, 또는 시료 단백질의 효소작용에 의해 프로브가 변형 또는 수식되는 반응을 포함한 결합이 일어날 수 있다. 따라서, 단백질인 표적 물질과 프로브 분자의 결합반응은 항원-항체반응, 리간드-리셉터 반응과 같은 단백질과 생체 분자간의 결합 반응, 또는 단백질과 생체 분자간의 기질-효소반응을 포함할 수 있다.
본 발명의 구체적인 일 실시예에서는 기판위에 고정된 PNA와 상보적인 서열을 갖는 표적 DNA가 포함된 시료를 접촉시켜서 특이적인 혼성화 반응을 수행하였다 (실시예 3).
상기 (c) 단계의 표적 물질과 반대 전하를 갖는 나노 입자를 반응시키는 단계는 프로브와 특이적으로 결합한 표적 물질에 나노 입자를 반응시켜서 결합시키는 단계이다.
상기 나노 입자는 표적 물질이 갖고 있는 전하와 반대의 전하를 갖고 있는 나노 입자로서, 당업계에서 통상적으로 사용하는 나노 입자로서 그 제한은 없으나, 바람직하게는 금, 은 또는 백금일 수 있으며, 가장 바람직하게는 금 나노 입자이다.
바람직한 일 실시태양으로서 표적 물질과 반대되는 전하를 갖고 있는 나노 입자의 반응은 정전기적 결합력을 이용할 수 있다.
본 발명의 구체적인 일 실시예에서는 기판 위에 표적 DNA를 감지할 수 있는 프로브 PNA를 고정화시키고, 프로브 PNA가 반응하지 않은 부분은 비특이적인 반응을 줄이기 위해 블로킹 분자를 사용하여 블로킹하였다. 여기에 측정하고자 하는 표적 DNA를 반응시키게 되면 이에 상보적인 서열을 갖는 프로브 PNA에 특이적으로 반응을 하게 되며, DNA의 인산기가 갖고 있는 음전하에 의해서 칩의 표면이 음전하를 띄게 된다. 이때, DNA가 붙지 않은 PNA는 음전하를 가지고 있지 않기 때문에 어떠한 전하도 가지고 있지 않다. 표적 DNA를 반응시킨 후, 양전하를 갖고 있는 금속 나노 입자를 반응시키면, PNA에 특이적으로 결합한 DNA에 나노 입자들이 정전기적 결합력에 의해 붙게 되고 DNA 혼성화가 되지 않은 부분에는 나노 입자들이 붙지 않게 된다.
바람직한 일 실시태양으로서 표적 물질과 반대되는 전하를 갖고 있는 나노 입자의 반응은 생물학적 결합력을 이용할 수 있다.
바람직한 일 실시태양으로서 표적 물질과 반대되는 전하를 갖고 있는 나노 입자의 반응은 화학적 결합력을 이용할 수 있다.
상기 (d) 단계의 금속 인핸싱 용액을 반응시키는 단계는 프로브와 특이적으로 결합한 표적 물질에 결합한 나노 입자의 크기를 증폭하여 표적 물질의 검출을 육안으로 측정하기 위한 단계이다.
본 발명에서 용어 "금속 인핸싱 용액"이란, 금속 이온으로 이루어진 용액으로 금속 나노 입자를 촉매로 하여 상기 금속 나노 입자 주변에 금속 이온들이 환원이 되면서 나노 입자의 크기를 증폭시킬 수 있는 용액을 의미하며, 나노 입자의 크기를 증폭시킬 수 있는 금속 인핸싱 용액으로 당업계에서 통상적으로 사용되는 용액은 제한 없이 사용할 수 있으나, 바람직하게는 금 (Au), 은 (Ag), 구리 (Cu), 백금 (Pt) 또는 팔라듐 (Pd) 이온을 포함하는 용액일 수 있으며, 가장 바람직하게는 금 이온을 포함하는 용액을 사용할 수 있다.
본 발명의 구체적인 일 실시예에서는 양전하를 갖는 5nm 금나노 입자를 반응시키고, 금 인핸싱 용액을 1분 동안 반응시켰다. 그 결과 금 이온이 환원이 되면서 금 나노 입자 주변에 금속이 코팅되면서 상기 입자의 크기가 커져서 DNA가 붙은 영역이 회색 빛깔을 띄어 육안으로 관찰할 수 있었다. 구체적으로, PNA에 특이적으로 반응한 부분이 진한 회색을 띄고 있으며, 비특이적인 부분은 매우 연한 회색을 띄거나 보이지 않는 것을 확인할 수 있었다 (도 3). 따라서 본 발명의 방법에 의한 경우 간단히 표적 물질 또는 프로브 분자에 형광 물질 등을 표지시키거나 별 도의 광학 장치나 형광 스캐너 없이 육안으로 바이오칩을 이용하여 표적 물질을 검출할 수 있다.
또 하나의 양태로서 본 발명은 바이오칩을 이용한 표적 물질의 정량 방법에 있어서, (a) 기판 상에 프로브 분자를 고정화시키는 단계; (b) 전하를 갖는 표적 물질을 포함하는 시료를 상기 프로브 분자가 고정된 기판과 접촉시키는 단계; (c) 표적 물질과 반대 전하를 갖는 나노 입자를 반응시키는 단계; (d) 금속 인핸싱 용액을 반응시키는 단계; 및 (e) 금속 인핸싱 용액에 반응한 부분의 반응의 세기를 측정하는 단계를 포함하는, 바이오칩을 이용한 표적 물질의 정량 방법에 관한 것이다.
상기 (a) 내지 (d) 단계는 앞에서 설명한 방법과 동일하다.
상기 (e) 단계의 금속 인핸싱 용액에 반응한 부분의 반응의 세기를 측정하는 단계는 시료 내에 존재하는 표적 물질을 정량 분석하기 위한 단계이다.
시료 내에 존재하는 표적 물질의 농도가 증가할수록 금속 인핸싱 용액에 반응한 부분의 반응의 세기가 증가하므로 표적 물질을 정량할 수 있으며, 일반적인 광학 스캐너로 분석할 수 있다.
본 발명의 구체적인 일 실시예에서는 표적 DNA가 1pM 에서 100nM 까지로 농도가 증가할수록 회색 스팟이 진해지고 커지는 것을 확인하였고, 일반 스캐너로 찍어서 아도브 (Adobe)사의 포토샵 소프트웨어를 이용하여 gray scale로 분석하여 얻 은 결과는 표적 DNA의 농도가 증가할수록 gray scale 값도 증가하는 반면, 표적 DNA가 붙지 않은 주변 기판에서는 농도에 상관 없이 일정한 값을 나타내는 것을 확인하여 (도 4), 일반적인 스캐너와 보통의 소프트웨어를 이용하여 표적 DNA의 정량 분석이 가능함을 확인하였다.
본 발명의 바이오칩을 이용한 표적 물질의 검출 방법을 사용할 경우 기존의 형광 물질을 이용할 경우의 형광 물질을 추가로 붙이는 과정 및 고가의 측정 장비를 사용하지 않으며, 육안으로 직접적인 관찰 및 간단한 스캐너를 통한 정량 분석이 가능하다.
이하, 실시예를 통하여 본 발명을 더욱 상세하게 설명하기로 한다. 이들 실시예는 단지 본 발명을 예시하기 위한 것으로, 본 발명의 범위가 이들 실시예에 의해 제한되는 것으로 해석되지는 않는다.
실시예 1: 유리기판의 처리
유리기판을 피라나 용액 (piranha solution)을 이용하여 세정시키고, O2 플라즈마 처리를 하여 유리기판의 표면에 -OH기가 노출되도록 하였다. 상기 유리기판 을 에탄올 용액에 준비한 2% APTES (aminopropyltriethoxysilane)로 두 시간 동안 반응시켰다. 2시간 반응 후, 에탄올로 표면을 깨끗이 씻고 건조를 시킨 다음, 120℃ 핫플레이트에서 1시간 동안 baking을 시켜서, 유리 기판의 표면을 아민 (amine)으로 관능화 (functionalize)시켰다. 상기 기판을 DMF (dimethylformamide)에 넣은 1 M 숙신산 무수물 (succinic anhydride)로 하루 밤 동안 반응을 시킨 후, 세정을 하여 아민으로 처리되었던 유리기판을 카르복실기 (-COOH)로 치환을 시켰다.
실시예 2: 바이오칩의 제작
도 1과 같은 순서로 칩을 준비하였다. 먼저 EDC/NHS를 15분간 반응시킨 후, NH2-O-AATGGTTTATTCTGCTCA (이하, "H5"라고 명명함)로 이루어진 50 μM의 PNA (peptide nucleic acid, Panagene, Korea)와 NH2-O-GACATCAAGCAGCCATC (이하, "HM"이라고 명명함)로 이루어진 50 μM의 대조구 PNA를 1시간 동안 반응시켜서, 상기 실시예 1에서 준비한 유리기판에 프로브 역할을 하는 PNA를 고정시켰다. PNA가 고정되지 않은 부분을 블로킹시키기 위해서, 말단에 아민으로 되어 있는 1 mM PEG (polyethylene glycol)을 1시간 동안 반응시켜서, 프로브가 부착된 바이오칩을 제작하였다.
실시예 3: 표적 DNA 와 특이적인 혼성화 반응
상기 실시예 2에서 제작한 프로브가 부착된 바이오칩과 표적 DNA의 특이적 혼성화 반응을 확인하기 위해, 프로브인 H5 PNA에 상보적인 서열번호 1인 TGA GCA GAA TAA ACC ATT의 서열을 갖는 표적 DNA (Bioneer, Korea) 및 대조구인 서열번호 2인 GAT GGC TGC TTG ATG TC를 PBST에 희석하여 농도별로 각각 혼성화 반응을 시켰다.
실시예 4: 표적 DNA 와 특이적인 혼성화 반응의 증폭 및 측정
표적 DNA와 특이적인 혼성화 반응의 증폭 및 측정을 위해, 상기 실시예 3에서 혼성화 반응을 시킨 바이오칩을 PBST와 PBS 완충용액으로 씻어서, 반응하지 않은 DNA를 제거하였다. 그 후, 양전하를 갖는 5 nm 금나노 입자를 30분 동안 반응시킨 후, PBST 및 PBS 완충용액으로 씻은 다음 금 인핸싱 용액 (enhancing solution, Nanoprobes, USA)으로 1분 동안 반응시켰다. 그 후, 상기 혼성화 반응이 진행된 바이오칩을 물로 씻어서, 특이적 혼성화 반응을 관찰하였다.
그 결과, 표적 DNA와 특이적 혼성화 반응이 일어난 부분에만 회색 빛깔의 스팟 (spot)이 생긴 것을 육안으로 확인할 수 있었다 (도 3). 도 3은 유리기판에 형성된 스팟을 일반스캐너로 찍은 것이다. 도 3 (a)에서는 표적 DNA가 프로브인 H5에 특이적으로 붙어 회색 빛깔을 내는 스팟을 형성하였고, (b)에서는 대조구 DNA가 대조구인 HN에만 특이적으로 붙어 회색 빛깔을 내는 스팟을 형성하였다. 상보적이지 않은 프로브 PNA와 표적 DNA에서는 스팟이 보이지 않거나 희미하게 보이는 것을 확인하여서, 본 발명의 혼성화 반응이 특이적으로 이뤄지며, 혼성화 반응이 일어난 프로브 PNA와 표적 DNA의 결합에 금나노 입자가 정전기적 인력에 의해 결합하고, 환원 반응을 일으키는 금 인핸싱 용액을 처리하였을 경우, 별도의 광학 기기 없이 육안으로 스팟을 확인할 수 있을 정도로 금 나노 입자를 촉매로 하여서 금속 이온들이 환원이 되면서 입자의 크기를 키우게 되는 것을 확인하였다.
표적 DNA의 농도별로 얻은 스팟을 아도브사 (Adobe)사의 포토샵 소프트웨어를 이용하여 gray scale로 정량 분석하였다 (도 4). 그 결과, 그래프를 보면 농도별로 1 pM에서 100 nM까지 gray scale 값이 증가하는 것을 확인할 수 있었다. 반면 표적이 붙지 않은 주변 기판에서는 농도에 상관없이 배경 염색이 되는 것을 확인할 수 있었다.
도 1은 본 발명에 따른 바이오칩의 제작 과정과 분석 원리를 개략적으로 도시화한 도면이다.
도 2는 일반적으로 사용하는 형광을 이용하여 혼성화된 DNA를 측정한 것을 나타낸 도면이다.
도 3은 본 발명에 따른 혼성화된 DNA를 광학 스캐너를 이용하여 측정한 것을 나타내는 도면이다. (a)는 100 nM H5 DNA를 반응시킨 것이고, (b)는 100 nM HM DNA를 반응시킨 것이다.
도 4는 본 발명에 따른 금속 인핸싱 방법을 이용하여, DNA의 농도에 따른 gray scale 값의 변화를 나타내는 도면이다.
<110> Korea Research Institute of Bioscience and Biotechnology <120> Method for detecting and quantization of target materials using biochip <130> PA090283KR <160> 2 <170> KopatentIn 1.71 <210> 1 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Target <400> 1 tgagcagaat aaaccatt 18 <210> 2 <211> 17 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Control <400> 2 gatggctgct tgatgtc 17

Claims (12)

  1. 바이오칩을 이용한 표적 물질의 검출 방법에 있어서,
    (a) 기판 상에 프로브 분자를 고정화시키는 단계;
    (b) 전하를 갖는 표적 물질을 포함하는 시료를 상기 프로브 분자가 고정된 기판과 접촉시키는 단계;
    (c) 표적 물질과 반대 전하를 갖는 나노 입자를 반응시키는 단계; 및
    (d) 금속 인핸싱 용액 (enhancing solution)을 반응시키는 단계를 포함하는, 바이오칩을 이용한 표적 물질의 검출 방법.
  2. 바이오칩을 이용한 표적 물질의 정량 방법에 있어서,
    (a) 기판 상에 프로브 분자를 고정화시키는 단계;
    (b) 전하를 갖는 표적 물질을 포함하는 시료를 상기 프로브 분자가 고정된 기판과 접촉시키는 단계;
    (c) 표적 물질과 반대 전하를 갖는 나노 입자를 반응시키는 단계;
    (d) 금속 인핸싱 용액을 반응시키는 단계; 및
    (e) 금속 인핸싱 용액에 반응한 부분의 반응의 세기를 측정하는 단계를 포함하는, 바이오칩을 이용한 표적 물질의 정량 방법.
  3. 제1항에 있어서, 상기 표적 물질의 검출 방법은 육안으로 측정하는 것인 방법.
  4. 제1항 또는 제2항에 있어서, 상기 (a) 단계의 기판은 유리, 알루미나, 세라믹, 탄소, 금, 은, 구리, 알루미늄 및 실리콘으로 이루어진 군에서 선택되는 어느 하나의 기판인 방법.
  5. 제1항 또는 제2항에 있어서, 상기 (a) 단계의 프로브 분자는 PNA (peptide nucleic acid), LNA (locked nucleic acid), 펩타이드, 폴리펩타이드, 단백질, RNA 및 DNA로 이루어진 군에서 선택되는 어느 하나의 분자인 방법.
  6. 제1항 또는 제2항에 있어서, 상기 (b) 단계의 표적 물질은 PNA (peptide nucleic acid), LNA (locked nucleic acid), 펩타이드, 폴리펩타이드, 단백질, RNA 및 DNA로 이루어진 군에서 선택되는 어느 하나의 물질을 사용하는 것인 방법.
  7. 제1항 또는 제2항에 있어서, 상기 (c) 단계의 나노 입자는 금 (Au), 은 (Ag) 또는 백금 (Pt)인 방법.
  8. 제1항 또는 제2항에 있어서, 상기 (c) 단계의 나노 입자의 반응은 정전기적 결합력을 이용하는 것인 방법.
  9. 제1항 또는 제2항에 있어서, 상기 (c) 단계의 나노 입자의 반응은 생물학적 결합력을 이용하는 것인 방법.
  10. 제1항 또는 제2항에 있어서, 상기 (c) 단계의 나노 입자의 반응은 화학적 결합력을 이용하는 것인 방법.
  11. 제1항 또는 제2항에 있어서, 상기 (d) 단계의 금속 인핸싱 용액은 금속 이온을 환원시켜서 (c)단계의 반응된 나노 입자의 크기를 증폭시키는 것인 방법.
  12. 제1항 또는 제2항에 있어서, 상기 (d) 단계의 금속 인핸싱 용액은 금 (Au), 은 (Ag), 구리 (Cu), 백금 (Pt) 또는 팔라듐 (Pd) 이온을 포함하는 것인 방법.
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Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2013022203A3 (ko) * 2011-08-05 2013-06-13 인텔렉추얼디스커버리 주식회사 인터컬레이터가 컨쥬게이트된 금속 나노입자를 이용한 핵산의 검출방법

Families Citing this family (6)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN103539065A (zh) * 2012-07-10 2014-01-29 中国科学院苏州纳米技术与纳米仿生研究所 构建纳米颗粒和纳米棒组合结构的方法及构建的组合结构
KR101836226B1 (ko) 2015-01-29 2018-03-15 충남대학교산학협력단 금 나노입자와 고분자 코팅을 활용한 고효율 바이오칩의 제조방법 및 그에 의한 바이오칩
KR101816521B1 (ko) * 2016-01-28 2018-01-09 광주과학기술원 삽입제를 이용한 국소표면플라즈몬공명 기반 고감도 압타머 센서
KR101892668B1 (ko) 2017-02-16 2018-08-28 서울대학교 산학협력단 구리 결정 과성장에 의한, 금 나노프로브를 이용한 표적 분석물질의 검출방법
KR102196636B1 (ko) * 2018-02-09 2020-12-30 주식회사 셀레믹스 바이오리액터 기반 생체시료의 분석방법, 분석 칩 및 분석 시스템
CN111551607B (zh) * 2020-05-21 2023-05-16 福建医锦智能科技有限公司 用于检测的生物阵列及其检测方法

Family Cites Families (10)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US6984491B2 (en) * 1996-07-29 2006-01-10 Nanosphere, Inc. Nanoparticles having oligonucleotides attached thereto and uses therefor
US6582921B2 (en) * 1996-07-29 2003-06-24 Nanosphere, Inc. Nanoparticles having oligonucleotides attached thereto and uses thereof
CA2544476A1 (en) * 2003-12-12 2005-06-23 Infectio Recherche Inc. System for charge-based detection of nucleic acids
US20090208580A1 (en) * 2005-09-19 2009-08-20 Regents Of The University Of Michigan Functionalized dendrimer-encapsulated and dendrimer-stabilized nanoparticles
PT103730A (pt) * 2007-05-04 2008-11-04 Univ Nova De Lisboa Método colorimétrico e estojo de detecção de sequências específicas de ácidos nucleicos através de nanopartículas metálicas funcionalizadas com oligonucleótidos modificados
EP1992948A1 (en) * 2007-05-14 2008-11-19 Koninklijke Philips Electronics N.V. Biosensor device, method of manufacturing a biosensor device and method of detecting target molecules in an analyte
CN101392286B (zh) * 2007-11-19 2011-08-10 中国科学院上海微系统与信息技术研究所 基于纳米探针直接检测肺癌样品中p53基因突变的方法
CN101519695B (zh) * 2009-02-19 2012-04-18 中国人民解放军第三军医大学第一附属医院 多靶标量子点标记核酸芯片及其制备方法和检测方法
US20100291707A1 (en) * 2009-04-29 2010-11-18 Northwestern University Multiplexed Scanometric Assay for Target Molecules
JP5866119B2 (ja) * 2009-10-30 2016-02-17 ノースウェスタン ユニバーシティ 鋳型ナノ複合体

Non-Patent Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
논문 1: J. Am. Chem. Soc. *

Cited By (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2013022203A3 (ko) * 2011-08-05 2013-06-13 인텔렉추얼디스커버리 주식회사 인터컬레이터가 컨쥬게이트된 금속 나노입자를 이용한 핵산의 검출방법
CN103717754A (zh) * 2011-08-05 2014-04-09 英迪股份有限公司 使用与嵌入剂偶联的金属纳米粒子检测核酸的方法
KR101397793B1 (ko) 2011-08-05 2014-05-27 인텔렉추얼디스커버리 주식회사 인터컬레이터가 컨쥬게이트된 금속 나노입자를 이용한 핵산의 검출방법
CN103717754B (zh) * 2011-08-05 2016-03-09 英迪股份有限公司 使用与嵌入剂偶联的金属纳米粒子检测核酸的方法

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