JPS5993099A - オリゴヌクレオチド誘導体およびその製造法 - Google Patents
オリゴヌクレオチド誘導体およびその製造法Info
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- JPS5993099A JPS5993099A JP58204305A JP20430583A JPS5993099A JP S5993099 A JPS5993099 A JP S5993099A JP 58204305 A JP58204305 A JP 58204305A JP 20430583 A JP20430583 A JP 20430583A JP S5993099 A JPS5993099 A JP S5993099A
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- Y02—TECHNOLOGIES OR APPLICATIONS FOR MITIGATION OR ADAPTATION AGAINST CLIMATE CHANGE
- Y02P—CLIMATE CHANGE MITIGATION TECHNOLOGIES IN THE PRODUCTION OR PROCESSING OF GOODS
- Y02P20/00—Technologies relating to chemical industry
- Y02P20/50—Improvements relating to the production of bulk chemicals
- Y02P20/55—Design of synthesis routes, e.g. reducing the use of auxiliary or protecting groups
Landscapes
- Saccharide Compounds (AREA)
Abstract
(57)【要約】本公報は電子出願前の出願データであるた
め要約のデータは記録されません。
め要約のデータは記録されません。
Description
技術分野
本発明は、一般に、新規オリゴヌクレオチド誘導体に関
する。さらに具体的には、本発明は、ヌクレオチドの塩
基以外の部分にスペーサーを介して保護されたアミン基
を導入してなるオリゴヌクレオチド誘導体に関する。本
発明は、゛まだ、このようなヌクレオチド誘導体の製造
法にも関する。 先行技術 近年、核酸の化学合成は新しい保護基の導入あるいはト
リエステル法、ホスファイト法等の新しい縮合法のl:
j4’if=により飛躍的に発展している。また、遺伝
子工学の急速な進歩とあいまって、核酸の化学合成がこ
の分野でも重要な意義をもつようになってきた。例えば
、人工遺伝子を合成し、遺伝子組換え操作を利用して有
用物質の生芹が行なわれている(ヒト成長ホルモン:
Nature+ 28L544 (1979)、白血球
由来インターフェロン:Nature、287+ 4
11 (1980)。 捷た、ハイブリF法のための
ゾローグ(Nucl、 Ac1ds Res、+9、8
79 (1981))とじでや、mRNAあるいは一本
鎖DNAから逆転写酵素あるいはDNAポリメラーゼに
よって二本鎖DNA を合成する際に必・政な鋳型f)
NAに相補的なりNA断片(ゾライマー)として利用す
る例(Nucl、 Ac1ds Res、、 8.40
57(1980))もある。さらには、核酸を結合させ
た担体を用いるアフイニテイクロマトグラフイー用樹脂
として、オリゴ(dT)−セルロースまたはポリ(U)
−アカ。 −スカラムケ使って3′−末端にポリ(A)を含むRN
A ’((単141tするという応用例(J、 Blo
chem、+81 、941. (1977) )もあ
る。 このように、核酸の有機化学的合成手段は、遺伝子工学
、分子生物学等の分野の研死に多大な寄与ケもたらすも
のである。 本発明者らは、現在まで、オリゴヌクレオチドのイ旧幾
化学的合成分野で同相法を有力な合成手段とじて種々の
オリゴヌクレオチドの合成を行なってその応1−F4を
46を討してきたが、特にアフイニテイクロマトグラフ
イー用1封脂あるいは非放射性アフイニテイゾロープ等
を開発すべく鋭意努力を屯ねた結果、これらの製造の際
に有用な中間となるオリゴヌクレオチドを見出した。 硯在寸で開発あるいは市販されているアフイニテイクロ
マトグラフイー1旧◇1脂(Arch、 Bioche
m。 Bjophys、、 168.561(1974)、J
、旧ochem、。 83、783(1978)、特開昭52−25795号
、同53−101、:396号、同53−133283
号および同55−36277号各公報)や非放射性用ア
フイニテイゾローブ(Proc、 Natl、 Sc1
. USA、 78.6633−6637 (1981
) )に用いられているオリゴヌクレオチド誘導体の製
造法は、一般に@l戊にわたりめんどうであるという共
通の難点ケかかえていて応用範囲が限定されているのが
現状である。 要旨 本姥明に[上記の点に解決を与えることを目的とし、特
定のオリゴデオキシリボヌクレオチドのヌクレオチドの
塩基以外の時定部位にアミン基を導入してなるオリゴヌ
クレオチド誘導体によってこの目的を達成しようという
もので矛)る。 従って、本発明によるオリゴヌクレオチド誘導体は、下
式〔11“〕で示されるものであること、を特徴とする
ものである。 また、本発明による下式〔]\・′〕で示されるオリゴ
ヌクレオチ)′誘導体の製フ′〜法は、下式〔1〕で示
される化合物のR3ヲ除去したものと、下式[111’
)で示される化合物とを結卸させて下式CIV〕の化合
′吻を得ること、全特徴とするものである。 〔ただし、mおよびnにLそれぞれ0捷たは任意の自然
数であり、ROはリン酸基の保護基であり、R1は2価
の直鎖捷たは分岐鎖の炭化水素残基であり、R2はアミ
ン基の保護基であり、R3はヌクレオチ1ごの3′−末
端リン酸基の保護基であり B/はヌクレオチドを構成
する塩基であって、必要に応じておよびRo 保1.りされたものである( V癌月Ja個存在すると
きは、それらは同一でも異なってもよい)。〕効果 本発明者らの合成したオリゴデオキシリボヌクレオチド
は、その合成の際の難点を回避j〜得るものであって、
以Fのような長所をもつ。 (イ)オリゴヌクレオチド中に存在する他の官能基(水
酸基、リン酸基、塩基部分のアミン基等)よりも反応性
が高いアミノ基を5′−末端延長上に有するので、この
部分で選択的に他の化合物の官能基(たとえば、−Co
oH1カルボン酸活性エステル、ブロムシアンで活性化
したOH基、その110)と結合さすることかできる。 (ロ)上記“アフイニテイクロマトグラフィー用樹脂や
非放射性アフイニテイプローブ等合成の際有用な中間体
となる。 (ハ)合成が容易で大量合成が可能である(特に本発明
者らが確立した同相合成法を併用すればその効果はさら
に大きい)。 本発明によるオリゴヌクレオチド誘導体は、前B′ 2′−デオキシリボヌクレオシFの3′−および5′−
水酸基を除いたデオキシリボヌクレオ・ンド残基な示す
のに慣用されているものであって、具体的には下記の構
造のものである。 B′ 置換基B′は、ヌクレオチドを構成する塩基であって必
要に応じて保護したもの、を示す。本発明で[必要に応
じて保護された]というときの[必要に応じて」という
ことは、当該デオキシリボヌクレオチド誘導体を合成し
あるいはこれを他の反応に供する場合にこの塩基をこれ
らの反応の際に他の試薬からの攻撃から保護する必要が
ある場合にtよ、ということを意味する。どのような1
局合にそのような保護が必要であるかあるいはどのよう
な保護基が訣用婆れるかに関しては、核酸合成に関する
文献または成叫たとえば後記したもの全参照することが
できる。B′の具体例は、通常はそれぞれアシル化した
アデニン、シトシンまたはグアニンあるいはヂミン(保
、穫不安)から選ばれたものである。化合′吻C■、l
]中にB′が複斂個イfイ王−rるときは、それらは同
一でも異なってもよい。 mおよびnはそれぞれ0′または自然数r示す。 本発明のオリゴヌクレオチド誘導体の重合度がm十〇で
表示されているのは、本発明の好捷しい製造法で重合度
がそれぞれmまたはnのフラクンヨン全縮合させている
ことによるものである(詳細後記)。その場合、mは実
用的には0〜6、特に1〜4、nirま実用的には0〜
40、背にO〜201 である。 基ROは、リン酸基を保護する置換基である。 基R1は、化合物〔1〜りの核酸部分とアミン基部分と
を連結する二価の直鎖せたは分岐鎖の炭化水素残糸、特
に炭素数2〜20程度のアルキレン基、である。 基R2は、5′−末端廷長上のアミン基の保護基である
。アミン基の保護基は種々あるが、本発明においては、
化合物〔1\・°〕の製造工程および、さらにその応用
から考えれば、各保護基の除去の際安定でありかつヌク
レオチドの部分を安ゲ1えな捷まで除去できるものが好
ましい。以−Hの6兄点からすれば、R2,!:L−’
rは、d−ルトニトロクエニルスルフェニル基(NFS
) tたはトリフルオロアセチル基(TFA)等があり
、なかでもトリフルオロアセチル基が好ましい。 基C0R4は通常のオリゴヌクレオチド合成の際に用い
られる3′−末端水酸基の保護基である。基R4は低級
アルキル基、アリール基(%にフェニル、またはメチル
置換フェニル)またVま固相合成法の際用いられる適当
なスベーザーをもつ4U体(ホリスチレン誘導体PL)
、シリカゲル誘導体、ポリアクリルアミド誘導体b)等
)がある。 a) Chem、 Rev、 77、 183 (1
977)Forsuchr、 Chem、 Org、
Naturstoffe。 32、297 (1975) b) J、 Am、 Chem、 Soc、 98.8
514 (1976)Nucl、 Ac1ds R
eg、 4 、 1135 (197’7)#
# 4 、4391 (1977)#
、 6 、1.265 (1979)〃N
8 、5491 (1,980)Tetrahed
ron Letters+ 197L 181.91
979、 3635 一般的説明 化合物〔1\I工すなわち本発明による刈りゴヌクレメ
チF誘導体は、合目的的な壮しはの方法によって鼾成す
ることができる。 一つの好寸しい方法は、前記の式〔■〕で示される化合
物のR3を除去したものと、式〔■′〕で示される化合
物と全結合させることからなるものである。 一方、化合物〔11〕、〔川′〕も合1」的的な任意の
方法、すなわち通常の核酸合成法で合成することができ
る。本う色明者らの同相合成法に従うのが好ましい(詳
細後記)。 第1図υよ、この好ましい合成法の一列を示すフローチ
ーヤ−1・である。フローチャー1・中の記号は下記の
意味合もつくその、を棧lいし詳ボIHは、前記および
イサバ己した〕1負っである。)Ro リン酸ノ吉を
保護する16候基であって、通常オルトクロロフェニル
基が用いらilる。 R1二価の直鎖またrよ分岐鎖の炭化水素残基である。 R2アミノ基の保護基であって、通常トリフルオロアセ
チル基が用いられる。 R3他のすべての保護基が安定な条件で容易に脱111
f#されて、りン′酸ジエステル全力えることができる
16換基であって、通常/アノエチル基が用いられる。 COR4ifi常のオリゴヌクレオチド合成に用いられ
る3′−末端水酸基の保護基である。 R5通常のオリゴヌクレオチド合成の際に用いられる5
′−末端水酸基の保簡基であって、通常ジメトギシトリ
チル基である。 m Oまたは任意の自然斂。 n O捷たは任意の自然数。 B′ 保護さ1また塩基を示すが、通′にはR6−4ン
ゾイルアデニン、N′−イソブチリルグアニン、R6−
ベンゾイルシトシンおよびチミン(すなわち、保祿不要
)より選択される。 化は物〔II〕の合成は、オリゴヌクレオチPの合成お
よび生成ヌクレオチrの5′−水酸基延長−ヒでの一級
゛アミノ基の導入からなる方法で行なうことができる。 その一実施態様Cよ、化合物
する。さらに具体的には、本発明は、ヌクレオチドの塩
基以外の部分にスペーサーを介して保護されたアミン基
を導入してなるオリゴヌクレオチド誘導体に関する。本
発明は、゛まだ、このようなヌクレオチド誘導体の製造
法にも関する。 先行技術 近年、核酸の化学合成は新しい保護基の導入あるいはト
リエステル法、ホスファイト法等の新しい縮合法のl:
j4’if=により飛躍的に発展している。また、遺伝
子工学の急速な進歩とあいまって、核酸の化学合成がこ
の分野でも重要な意義をもつようになってきた。例えば
、人工遺伝子を合成し、遺伝子組換え操作を利用して有
用物質の生芹が行なわれている(ヒト成長ホルモン:
Nature+ 28L544 (1979)、白血球
由来インターフェロン:Nature、287+ 4
11 (1980)。 捷た、ハイブリF法のための
ゾローグ(Nucl、 Ac1ds Res、+9、8
79 (1981))とじでや、mRNAあるいは一本
鎖DNAから逆転写酵素あるいはDNAポリメラーゼに
よって二本鎖DNA を合成する際に必・政な鋳型f)
NAに相補的なりNA断片(ゾライマー)として利用す
る例(Nucl、 Ac1ds Res、、 8.40
57(1980))もある。さらには、核酸を結合させ
た担体を用いるアフイニテイクロマトグラフイー用樹脂
として、オリゴ(dT)−セルロースまたはポリ(U)
−アカ。 −スカラムケ使って3′−末端にポリ(A)を含むRN
A ’((単141tするという応用例(J、 Blo
chem、+81 、941. (1977) )もあ
る。 このように、核酸の有機化学的合成手段は、遺伝子工学
、分子生物学等の分野の研死に多大な寄与ケもたらすも
のである。 本発明者らは、現在まで、オリゴヌクレオチドのイ旧幾
化学的合成分野で同相法を有力な合成手段とじて種々の
オリゴヌクレオチドの合成を行なってその応1−F4を
46を討してきたが、特にアフイニテイクロマトグラフ
イー用1封脂あるいは非放射性アフイニテイゾロープ等
を開発すべく鋭意努力を屯ねた結果、これらの製造の際
に有用な中間となるオリゴヌクレオチドを見出した。 硯在寸で開発あるいは市販されているアフイニテイクロ
マトグラフイー1旧◇1脂(Arch、 Bioche
m。 Bjophys、、 168.561(1974)、J
、旧ochem、。 83、783(1978)、特開昭52−25795号
、同53−101、:396号、同53−133283
号および同55−36277号各公報)や非放射性用ア
フイニテイゾローブ(Proc、 Natl、 Sc1
. USA、 78.6633−6637 (1981
) )に用いられているオリゴヌクレオチド誘導体の製
造法は、一般に@l戊にわたりめんどうであるという共
通の難点ケかかえていて応用範囲が限定されているのが
現状である。 要旨 本姥明に[上記の点に解決を与えることを目的とし、特
定のオリゴデオキシリボヌクレオチドのヌクレオチドの
塩基以外の時定部位にアミン基を導入してなるオリゴヌ
クレオチド誘導体によってこの目的を達成しようという
もので矛)る。 従って、本発明によるオリゴヌクレオチド誘導体は、下
式〔11“〕で示されるものであること、を特徴とする
ものである。 また、本発明による下式〔]\・′〕で示されるオリゴ
ヌクレオチ)′誘導体の製フ′〜法は、下式〔1〕で示
される化合物のR3ヲ除去したものと、下式[111’
)で示される化合物とを結卸させて下式CIV〕の化合
′吻を得ること、全特徴とするものである。 〔ただし、mおよびnにLそれぞれ0捷たは任意の自然
数であり、ROはリン酸基の保護基であり、R1は2価
の直鎖捷たは分岐鎖の炭化水素残基であり、R2はアミ
ン基の保護基であり、R3はヌクレオチ1ごの3′−末
端リン酸基の保護基であり B/はヌクレオチドを構成
する塩基であって、必要に応じておよびRo 保1.りされたものである( V癌月Ja個存在すると
きは、それらは同一でも異なってもよい)。〕効果 本発明者らの合成したオリゴデオキシリボヌクレオチド
は、その合成の際の難点を回避j〜得るものであって、
以Fのような長所をもつ。 (イ)オリゴヌクレオチド中に存在する他の官能基(水
酸基、リン酸基、塩基部分のアミン基等)よりも反応性
が高いアミノ基を5′−末端延長上に有するので、この
部分で選択的に他の化合物の官能基(たとえば、−Co
oH1カルボン酸活性エステル、ブロムシアンで活性化
したOH基、その110)と結合さすることかできる。 (ロ)上記“アフイニテイクロマトグラフィー用樹脂や
非放射性アフイニテイプローブ等合成の際有用な中間体
となる。 (ハ)合成が容易で大量合成が可能である(特に本発明
者らが確立した同相合成法を併用すればその効果はさら
に大きい)。 本発明によるオリゴヌクレオチド誘導体は、前B′ 2′−デオキシリボヌクレオシFの3′−および5′−
水酸基を除いたデオキシリボヌクレオ・ンド残基な示す
のに慣用されているものであって、具体的には下記の構
造のものである。 B′ 置換基B′は、ヌクレオチドを構成する塩基であって必
要に応じて保護したもの、を示す。本発明で[必要に応
じて保護された]というときの[必要に応じて」という
ことは、当該デオキシリボヌクレオチド誘導体を合成し
あるいはこれを他の反応に供する場合にこの塩基をこれ
らの反応の際に他の試薬からの攻撃から保護する必要が
ある場合にtよ、ということを意味する。どのような1
局合にそのような保護が必要であるかあるいはどのよう
な保護基が訣用婆れるかに関しては、核酸合成に関する
文献または成叫たとえば後記したもの全参照することが
できる。B′の具体例は、通常はそれぞれアシル化した
アデニン、シトシンまたはグアニンあるいはヂミン(保
、穫不安)から選ばれたものである。化合′吻C■、l
]中にB′が複斂個イfイ王−rるときは、それらは同
一でも異なってもよい。 mおよびnはそれぞれ0′または自然数r示す。 本発明のオリゴヌクレオチド誘導体の重合度がm十〇で
表示されているのは、本発明の好捷しい製造法で重合度
がそれぞれmまたはnのフラクンヨン全縮合させている
ことによるものである(詳細後記)。その場合、mは実
用的には0〜6、特に1〜4、nirま実用的には0〜
40、背にO〜201 である。 基ROは、リン酸基を保護する置換基である。 基R1は、化合物〔1〜りの核酸部分とアミン基部分と
を連結する二価の直鎖せたは分岐鎖の炭化水素残糸、特
に炭素数2〜20程度のアルキレン基、である。 基R2は、5′−末端廷長上のアミン基の保護基である
。アミン基の保護基は種々あるが、本発明においては、
化合物〔1\・°〕の製造工程および、さらにその応用
から考えれば、各保護基の除去の際安定でありかつヌク
レオチドの部分を安ゲ1えな捷まで除去できるものが好
ましい。以−Hの6兄点からすれば、R2,!:L−’
rは、d−ルトニトロクエニルスルフェニル基(NFS
) tたはトリフルオロアセチル基(TFA)等があり
、なかでもトリフルオロアセチル基が好ましい。 基C0R4は通常のオリゴヌクレオチド合成の際に用い
られる3′−末端水酸基の保護基である。基R4は低級
アルキル基、アリール基(%にフェニル、またはメチル
置換フェニル)またVま固相合成法の際用いられる適当
なスベーザーをもつ4U体(ホリスチレン誘導体PL)
、シリカゲル誘導体、ポリアクリルアミド誘導体b)等
)がある。 a) Chem、 Rev、 77、 183 (1
977)Forsuchr、 Chem、 Org、
Naturstoffe。 32、297 (1975) b) J、 Am、 Chem、 Soc、 98.8
514 (1976)Nucl、 Ac1ds R
eg、 4 、 1135 (197’7)#
# 4 、4391 (1977)#
、 6 、1.265 (1979)〃N
8 、5491 (1,980)Tetrahed
ron Letters+ 197L 181.91
979、 3635 一般的説明 化合物〔1\I工すなわち本発明による刈りゴヌクレメ
チF誘導体は、合目的的な壮しはの方法によって鼾成す
ることができる。 一つの好寸しい方法は、前記の式〔■〕で示される化合
物のR3を除去したものと、式〔■′〕で示される化合
物と全結合させることからなるものである。 一方、化合物〔11〕、〔川′〕も合1」的的な任意の
方法、すなわち通常の核酸合成法で合成することができ
る。本う色明者らの同相合成法に従うのが好ましい(詳
細後記)。 第1図υよ、この好ましい合成法の一列を示すフローチ
ーヤ−1・である。フローチャー1・中の記号は下記の
意味合もつくその、を棧lいし詳ボIHは、前記および
イサバ己した〕1負っである。)Ro リン酸ノ吉を
保護する16候基であって、通常オルトクロロフェニル
基が用いらilる。 R1二価の直鎖またrよ分岐鎖の炭化水素残基である。 R2アミノ基の保護基であって、通常トリフルオロアセ
チル基が用いられる。 R3他のすべての保護基が安定な条件で容易に脱111
f#されて、りン′酸ジエステル全力えることができる
16換基であって、通常/アノエチル基が用いられる。 COR4ifi常のオリゴヌクレオチド合成に用いられ
る3′−末端水酸基の保護基である。 R5通常のオリゴヌクレオチド合成の際に用いられる5
′−末端水酸基の保簡基であって、通常ジメトギシトリ
チル基である。 m Oまたは任意の自然斂。 n O捷たは任意の自然数。 B′ 保護さ1また塩基を示すが、通′にはR6−4ン
ゾイルアデニン、N′−イソブチリルグアニン、R6−
ベンゾイルシトシンおよびチミン(すなわち、保祿不要
)より選択される。 化は物〔II〕の合成は、オリゴヌクレオチPの合成お
よび生成ヌクレオチrの5′−水酸基延長−ヒでの一級
゛アミノ基の導入からなる方法で行なうことができる。 その一実施態様Cよ、化合物
〔0〕の5′−水酸4をリ
ン酸化し、次いで化合物(1’:I’に結合させること
からなる(第1図参照)。リン酸化方法とl−では2価
のリン酸化試薬を用いるが、該試薬とR7で、ホスホ、
ジトリアゾリド、ホスホジクロリF捷たはホスホベンゾ
トリアシリF等がある。 とたろで化合物(03は、通常11知の核酸は酸洗に従
って合成できるが、本発明者らの確立した同相合成法に
従うのが好ま(−い(後記文献参照)。 寸だ、化合・吻C1,)は、アミノアルキレンアルコ−
ル(Nl2−R−OH)のアミノ基金R2で保護するこ
とによりイ!することかできる。なお、アミノアルキレ
ンアルコールはC2〜C12のものが市販されていて、
人手が容易である。 化合□吻(lll’lの合成eよ、既知のオリゴヌ酸洗
オチド什成法に従っても、本発明者らの同相合成法に従
って行なってもよい。一般に、オリゴヌクレオチド合成
−成法としては、トリエステル法、ホスファイト法およ
びそれぞれの固相法および液相法があるが、本発明者ら
の開発した同相合成法(F記文献参照)が好ま17い。 Terahedron Letters 1979 +
3635(1979)Nucleic Ac1ds
Re5earch 8.5473(1980)Nucl
eic Ac1ds Re5earch 8+
5491(1980)Nucleic Ac1ds
Re5earch 8+ 5507(1980
)Nucleic Ac1ds Re5earch
Symposium 5eries7 .281
(1980) 従って、化合物〔■′〕合成の一実施態様は、同相合成
法に従って化合物Cfl[lを合成し、この化合物の5
′−末端基(R5)を水酸化して得ることからなるもの
である(詳、Hllは後HC実験例参照のこと)。 基R5はオリゴヌクレオチrを合成する除に通常用いら
れる保護基であって、直鎖または分岐鎖のトリチル基が
用いられる。この場合、赫5の除去は、ベンゼンスルホ
ン酸、酢酸捷たは臭化亜鉛の1.0Mイソゾロ・にノー
ル−塩化メチレン溶液中で行なう−Pトの方法がある。 また、通常基R5としては、ノメトキシトリチルを用い
る。 なお、化合物
ン酸化し、次いで化合物(1’:I’に結合させること
からなる(第1図参照)。リン酸化方法とl−では2価
のリン酸化試薬を用いるが、該試薬とR7で、ホスホ、
ジトリアゾリド、ホスホジクロリF捷たはホスホベンゾ
トリアシリF等がある。 とたろで化合物(03は、通常11知の核酸は酸洗に従
って合成できるが、本発明者らの確立した同相合成法に
従うのが好ま(−い(後記文献参照)。 寸だ、化合・吻C1,)は、アミノアルキレンアルコ−
ル(Nl2−R−OH)のアミノ基金R2で保護するこ
とによりイ!することかできる。なお、アミノアルキレ
ンアルコールはC2〜C12のものが市販されていて、
人手が容易である。 化合□吻(lll’lの合成eよ、既知のオリゴヌ酸洗
オチド什成法に従っても、本発明者らの同相合成法に従
って行なってもよい。一般に、オリゴヌクレオチド合成
−成法としては、トリエステル法、ホスファイト法およ
びそれぞれの固相法および液相法があるが、本発明者ら
の開発した同相合成法(F記文献参照)が好ま17い。 Terahedron Letters 1979 +
3635(1979)Nucleic Ac1ds
Re5earch 8.5473(1980)Nucl
eic Ac1ds Re5earch 8+
5491(1980)Nucleic Ac1ds
Re5earch 8+ 5507(1980
)Nucleic Ac1ds Re5earch
Symposium 5eries7 .281
(1980) 従って、化合物〔■′〕合成の一実施態様は、同相合成
法に従って化合物Cfl[lを合成し、この化合物の5
′−末端基(R5)を水酸化して得ることからなるもの
である(詳、Hllは後HC実験例参照のこと)。 基R5はオリゴヌクレオチrを合成する除に通常用いら
れる保護基であって、直鎖または分岐鎖のトリチル基が
用いられる。この場合、赫5の除去は、ベンゼンスルホ
ン酸、酢酸捷たは臭化亜鉛の1.0Mイソゾロ・にノー
ル−塩化メチレン溶液中で行なう−Pトの方法がある。 また、通常基R5としては、ノメトキシトリチルを用い
る。 なお、化合物
〔0〕および〔11〕等のオリゴヌクレオ
チドのけ酸洗は既に各種のものが公知であって保i塵基
の抽頌およびその導入ないし除去ならびに縮合その曲に
ついて上記以外の詳細は、核鷹の化学合成しこ関する成
蒔や総説、たとえば、[ヌクレオシド・ヌクレオチドの
合成」 (丸善1977年)、「核酸有機化学」 (化
学同人1979年)、「核酸」(朝食書店1979年)
、Tetrahedron、 34 +3143 (1
97s)、有機ば成化学、 34 、723(1978
)および化学の領域、 33 、566 (14779
1等全参照する仁とができる。 オリゴヌクレオチド誘導体(化合・吻〔■〕)は、上記
の化合物〔■〕と〔■′〕とを結合させることにより得
ることができる。 両者のf416合は、縮合剤の存在下におりて化合物C
DI′〕の5′−末端水酸基と化合物〔1]〕の3′−
末端リン酸基との脱水縄付によるリン酸結合全実現する
方法によってイiなうことができる。 コ(7) JJJ 合の縮合剤としては、トノルクロリ
ド、メ/テレンスルホニルクロリト、メンチレンスルホ
ニルテトラゾリrおよびメンチレンスルホニルニトロト
リアゾリr等があるがメンチレンスルホニルニトロトリ
アゾリドが好ましい。詳細な反応条件等は後記実験例を
参照されたい。 実施例 第2図のフローチーr−)に従って、本発明の化汁パ吻
(同図の化合物■)を#遺した。 第2図で、記号は次の意味を待つ。 B′ ベンゾイル化アデニン DMTr ジメトキシトリチル CEシアンエチル TFA )リフルオロアセチル 2 実施例 (j−アミンヘキサノールIA7g (10mmol)
eジオキサン(15ml)にFILLNし、トリノルオ
ロアセチルーf−オニチル1.80m1 (14,4m
mol)を加え、室温で一夜反応を行なう。反応終了
後、この溶液を濃縮し、残渣をエーテルに溶解し、水で
3回抽出を行なう。エーテル層を無水硫酸ナトリウムで
乾燥後、濃縮を行なう。残渣にエーテルを加えて溶解し
た後、ペンタンを加えて結晶化させることにより、粉末
状の化合物C(1):) (+−’)フルオロ−アセチ
ル−6−−7’ ミノヘキサノール)分1仔る。 次に、既知の方法で曾成した5′−ヒドロキシーノヌク
レオチt’ C(O)3800mg (0,71m m
ol)をピリノン共沸により無水にし、これにオルトク
ロロフェニルポスホロノトリアゾリI’(1゜Ommo
l)の・ジオキサン(6゜Om+)溶液を肌えて2時間
反応させ、A:j’eいて化合・吻〔(,1)) 30
(1mg (1、4m mo l )および1−ノブ−
ルーイミダゾール てさらに2時間反応させる。反応の終了全確認後、ピリ
ジン−水を加えて過剰のトリアゾリドを分解し、溶媒を
留去する。残漬をクロロホルムに溶解した後、水、0。 5Mリン酸二水素ナトリウム水溶孜、飽和炭酸水素ナト
リウムおよび5%塩化ナトリウム水溶液で洗浄し、無水
硫酸ナトリウムで乾燥する。クロロホルム層を濃縮後、
シリカゲルカラムで精製(溶出液として0〜′4係のメ
タノール含有クロロホルムを使用)シ、目的物を含む溶
出液を(n縮後、この溶液をペンタン中に滴下しで、粉
末状の化合物〔(2)〕をイ4ネる。 一方、ジメトキシトリチルアデノシン/樹脂〔■〕″(
ここで1ソ1脂は担体に過ぎないが、樹脂に担持された
目的化合物は外画的には樹脂そのものと凌らないので間
服に担持された当該化合・(勿を以下において竿に1ケ
1脂と呼ぶことにする):300mg(0.33mmo
l)をイソゾロノミノール−塩化メチレン( 15:
85) (v/v)浴?IEIOmlで3回洗浄後、臭
化唾鉛の1.0Mのイソゾロノミノール−塩化メチレン
溶液8mlで5分+t41ずつ4回反応させて伸4崩〔
q)]の脱i・リテル化物〔@」全得る。 1何脂〔@〕をイソプロ・ξノールー溶化メチレン溶液
10 m lで3回洗浄し、これにジヌクレオチド(0
)150mg(0.1mmol)のピリジン溶液を添加
後、共沸させてこの溶液系を無水とし、メシチレンスル
ボニルニトロトリアゾリド150mg (0.5mmo
l)と無水ピリジン2mlとを添加して90分間反応(
縮合)させる。反応後、ピリジンlomlで3回洗浄し
、触M’:#:(約long)のジメチルアミノピリジ
ンを含む無水酢酸−ピリ、ジン( 1 : 9)(V/
V)溶液1(1mlを添加し10分間反応させて未反応
5′−水酸基をアセチル化して保藺し、こhをピリジン
で洗浄して化合物〔@〕を得る。このような縮合反応操
作全6回くり返して、化合−吻〔(すn=12)i得る
。 次に、化合′吻[+3) n=12] 115mg (
3.45μmol)をtvJ脂○と同僚の方法で脱トリ
チル化した化合物[+3.)’ ] pこ、化合物C(
2.D 60mg (0.04mmol) f )リエ
ブールアミンービリジンー水(1:3:1,(φ))溶
液3mlで処理(脱/アノエチル化)した化合物〔(す
′〕・を加え、無水にしたのち、メシチレンスルボニル
ニトロトリアゾリド50mg (0.2mmol)およ
びピリジン1 mlを加えて90分間反応(縮合)させ
、反応終了後、樹脂をピリジンおよびメタノールで洗浄
し、乾燥して、完全に保循されたオリゴヌクレオチr誘
導体C(4)3を得る。 なお、化@物〔(初の確認を畠速液体クロマトグラフイ
ーで行なった。そのために保内基の除去を以下の条件で
行なった。すなわち、化ば物〔(4力15mgを0.5
Mテトラメチルグアニジン−ピリジン−2−カルボア
ルドキシメイトの2オギサンー水(9: 1 (V/v
))溶液200μmを加え、遠沈管中、¥γ&Jで調時
間反応させる。反応後、濃アンモニア水(2゜5m1)
’z加えて密閉し、50°Cで一夜反応させる。反応路
r<a、j″′1過し、f液を濃縮後、水に溶+lI′
tさせてからエーテルで抽出を行なう。水層をa fi
l(後セファデックスG −50(φ1.5X120c
m。 溶出l&は0.05Mの重炭酸トリエチルアンモニウム
緩匍j液11117.5 )で脱塩精製(ッて、化合吻
〔14刀からすべて保躾基を除去した。このときの化合
物のセファデックスの溶出)ξターンおよび1.〜WI
4 液体クロマトグラフィー(μ−Bondapak
Cl8)で純度をA・対定した(祭の、岩田・ξター
ンヶ、それぞれf83図および肩も4図に7ドした。 同様の方法で式〔1)りで示される化合物をば成し、そ
の化合物の確認も同様の方法で行なった。なお、実j′
倹しl12右゛よび4についてのセファデックスと高速
液体クロマトグラフィーの結果を、それぞれ第5〜6図
および第7〜8図に示した。これらの結果から、化合物
の合成が確紹された。 ′まだ、上記実!険例1〜7の製造の際のB’、m。 n 、 R’、 R2および塩基配列を第1表に示した
。 第1表中、「化合I吻」とは、第2図中の化合・吻を示
す。
チドのけ酸洗は既に各種のものが公知であって保i塵基
の抽頌およびその導入ないし除去ならびに縮合その曲に
ついて上記以外の詳細は、核鷹の化学合成しこ関する成
蒔や総説、たとえば、[ヌクレオシド・ヌクレオチドの
合成」 (丸善1977年)、「核酸有機化学」 (化
学同人1979年)、「核酸」(朝食書店1979年)
、Tetrahedron、 34 +3143 (1
97s)、有機ば成化学、 34 、723(1978
)および化学の領域、 33 、566 (14779
1等全参照する仁とができる。 オリゴヌクレオチド誘導体(化合・吻〔■〕)は、上記
の化合物〔■〕と〔■′〕とを結合させることにより得
ることができる。 両者のf416合は、縮合剤の存在下におりて化合物C
DI′〕の5′−末端水酸基と化合物〔1]〕の3′−
末端リン酸基との脱水縄付によるリン酸結合全実現する
方法によってイiなうことができる。 コ(7) JJJ 合の縮合剤としては、トノルクロリ
ド、メ/テレンスルホニルクロリト、メンチレンスルホ
ニルテトラゾリrおよびメンチレンスルホニルニトロト
リアゾリr等があるがメンチレンスルホニルニトロトリ
アゾリドが好ましい。詳細な反応条件等は後記実験例を
参照されたい。 実施例 第2図のフローチーr−)に従って、本発明の化汁パ吻
(同図の化合物■)を#遺した。 第2図で、記号は次の意味を待つ。 B′ ベンゾイル化アデニン DMTr ジメトキシトリチル CEシアンエチル TFA )リフルオロアセチル 2 実施例 (j−アミンヘキサノールIA7g (10mmol)
eジオキサン(15ml)にFILLNし、トリノルオ
ロアセチルーf−オニチル1.80m1 (14,4m
mol)を加え、室温で一夜反応を行なう。反応終了
後、この溶液を濃縮し、残渣をエーテルに溶解し、水で
3回抽出を行なう。エーテル層を無水硫酸ナトリウムで
乾燥後、濃縮を行なう。残渣にエーテルを加えて溶解し
た後、ペンタンを加えて結晶化させることにより、粉末
状の化合物C(1):) (+−’)フルオロ−アセチ
ル−6−−7’ ミノヘキサノール)分1仔る。 次に、既知の方法で曾成した5′−ヒドロキシーノヌク
レオチt’ C(O)3800mg (0,71m m
ol)をピリノン共沸により無水にし、これにオルトク
ロロフェニルポスホロノトリアゾリI’(1゜Ommo
l)の・ジオキサン(6゜Om+)溶液を肌えて2時間
反応させ、A:j’eいて化合・吻〔(,1)) 30
(1mg (1、4m mo l )および1−ノブ−
ルーイミダゾール てさらに2時間反応させる。反応の終了全確認後、ピリ
ジン−水を加えて過剰のトリアゾリドを分解し、溶媒を
留去する。残漬をクロロホルムに溶解した後、水、0。 5Mリン酸二水素ナトリウム水溶孜、飽和炭酸水素ナト
リウムおよび5%塩化ナトリウム水溶液で洗浄し、無水
硫酸ナトリウムで乾燥する。クロロホルム層を濃縮後、
シリカゲルカラムで精製(溶出液として0〜′4係のメ
タノール含有クロロホルムを使用)シ、目的物を含む溶
出液を(n縮後、この溶液をペンタン中に滴下しで、粉
末状の化合物〔(2)〕をイ4ネる。 一方、ジメトキシトリチルアデノシン/樹脂〔■〕″(
ここで1ソ1脂は担体に過ぎないが、樹脂に担持された
目的化合物は外画的には樹脂そのものと凌らないので間
服に担持された当該化合・(勿を以下において竿に1ケ
1脂と呼ぶことにする):300mg(0.33mmo
l)をイソゾロノミノール−塩化メチレン( 15:
85) (v/v)浴?IEIOmlで3回洗浄後、臭
化唾鉛の1.0Mのイソゾロノミノール−塩化メチレン
溶液8mlで5分+t41ずつ4回反応させて伸4崩〔
q)]の脱i・リテル化物〔@」全得る。 1何脂〔@〕をイソプロ・ξノールー溶化メチレン溶液
10 m lで3回洗浄し、これにジヌクレオチド(0
)150mg(0.1mmol)のピリジン溶液を添加
後、共沸させてこの溶液系を無水とし、メシチレンスル
ボニルニトロトリアゾリド150mg (0.5mmo
l)と無水ピリジン2mlとを添加して90分間反応(
縮合)させる。反応後、ピリジンlomlで3回洗浄し
、触M’:#:(約long)のジメチルアミノピリジ
ンを含む無水酢酸−ピリ、ジン( 1 : 9)(V/
V)溶液1(1mlを添加し10分間反応させて未反応
5′−水酸基をアセチル化して保藺し、こhをピリジン
で洗浄して化合物〔@〕を得る。このような縮合反応操
作全6回くり返して、化合−吻〔(すn=12)i得る
。 次に、化合′吻[+3) n=12] 115mg (
3.45μmol)をtvJ脂○と同僚の方法で脱トリ
チル化した化合物[+3.)’ ] pこ、化合物C(
2.D 60mg (0.04mmol) f )リエ
ブールアミンービリジンー水(1:3:1,(φ))溶
液3mlで処理(脱/アノエチル化)した化合物〔(す
′〕・を加え、無水にしたのち、メシチレンスルボニル
ニトロトリアゾリド50mg (0.2mmol)およ
びピリジン1 mlを加えて90分間反応(縮合)させ
、反応終了後、樹脂をピリジンおよびメタノールで洗浄
し、乾燥して、完全に保循されたオリゴヌクレオチr誘
導体C(4)3を得る。 なお、化@物〔(初の確認を畠速液体クロマトグラフイ
ーで行なった。そのために保内基の除去を以下の条件で
行なった。すなわち、化ば物〔(4力15mgを0.5
Mテトラメチルグアニジン−ピリジン−2−カルボア
ルドキシメイトの2オギサンー水(9: 1 (V/v
))溶液200μmを加え、遠沈管中、¥γ&Jで調時
間反応させる。反応後、濃アンモニア水(2゜5m1)
’z加えて密閉し、50°Cで一夜反応させる。反応路
r<a、j″′1過し、f液を濃縮後、水に溶+lI′
tさせてからエーテルで抽出を行なう。水層をa fi
l(後セファデックスG −50(φ1.5X120c
m。 溶出l&は0.05Mの重炭酸トリエチルアンモニウム
緩匍j液11117.5 )で脱塩精製(ッて、化合吻
〔14刀からすべて保躾基を除去した。このときの化合
物のセファデックスの溶出)ξターンおよび1.〜WI
4 液体クロマトグラフィー(μ−Bondapak
Cl8)で純度をA・対定した(祭の、岩田・ξター
ンヶ、それぞれf83図および肩も4図に7ドした。 同様の方法で式〔1)りで示される化合物をば成し、そ
の化合物の確認も同様の方法で行なった。なお、実j′
倹しl12右゛よび4についてのセファデックスと高速
液体クロマトグラフィーの結果を、それぞれ第5〜6図
および第7〜8図に示した。これらの結果から、化合物
の合成が確紹された。 ′まだ、上記実!険例1〜7の製造の際のB’、m。 n 、 R’、 R2および塩基配列を第1表に示した
。 第1表中、「化合I吻」とは、第2図中の化合・吻を示
す。
第1図は、本発明の化合物ケ合成する方法の一例を:示
すフローチャートである。 a(’+ 21N<1は、実験例で示した本化合物のフ
ローチャートである。 第3.5および7図tよ化付物〔■〕(それぞれ実験例
−1,2および4)の保護基金すべて除去したもの全セ
ファデックスG−50によるカラムクロマトグラフィー
にかけたときの溶出ノミターンである。 j134.6および8図は化合物[1t’) (実強例
−1,2および4)の保−基金すべて除去したものの高
速液体クロマトグラフィーの溶出パターンである。 出願人代理人 猪 股 清 早3図 分画数 免4図 保 持 時 間 (分) 県5図 分画数 第6図 保持時間(分) 屯7図 分画数 則8図
すフローチャートである。 a(’+ 21N<1は、実験例で示した本化合物のフ
ローチャートである。 第3.5および7図tよ化付物〔■〕(それぞれ実験例
−1,2および4)の保護基金すべて除去したもの全セ
ファデックスG−50によるカラムクロマトグラフィー
にかけたときの溶出ノミターンである。 j134.6および8図は化合物[1t’) (実強例
−1,2および4)の保−基金すべて除去したものの高
速液体クロマトグラフィーの溶出パターンである。 出願人代理人 猪 股 清 早3図 分画数 免4図 保 持 時 間 (分) 県5図 分画数 第6図 保持時間(分) 屯7図 分画数 則8図
Claims (1)
- 【特許請求の範囲】 1、下式〔1〜r〕で示されるものであることを特徴と
する、オリゴヌクレオチド誘導体。 〔ただし、mおよびnばそれぞれotたは任意の自然数
であり、ROはリン酸基の保護基であ’)、R”は2価
の直鎖または分岐鎖の炭化水素残基であり、R2はアミ
ン基の保護基であり、C0R4はヌクレオチドの3′−
末端水酸基の保護基であり B/はヌクレオチrf:構
成する塩基であっておよびRo 必要に応じて保護されたものであるCW窃I数岡存仕す
るときはそれらは同一でも異なってもよい)。] 2、塩基B′がそれぞれ保護されたアデニン、シトシン
およびグアニンならびにチミン(保護不要)からなる群
より選ばれたものである、特許請求の範囲第1項記載の
オリゴヌクレオチド誘導体。 記載のオリゴヌクレオチF:′誘導体。 4、 R1が炭素数2〜2oの直鎖または分岐鎖のアル
キレン基である、特許請求の範囲第1〜3項のいずれか
1項にi記載のオリゴヌクレオチド誘導体。 5、 R2カオル1−ニトロフェニルスルフェニル基ま
たはトリフルオロアセチル基である、特許請求の範囲第
1〜4項のいずれか1項に記載のオリゴヌクレオチド誘
導体。 6、 C0R4基のR4が低級アルキル基またはアリー
ル基である、特許請求の範囲第1〜5項のいずれか1項
にi記載のオリゴヌクレオチド誘導体。 7、 C0R4基のR4がスベーザを介した担体であっ
て、ポリスチレン誘導体、シリカゲル誘導体またはポリ
アクリルアミド誘導体である、特許請求の範囲第1〜5
項のいずれか1項に記載のオリゴヌクレオチド誘導体。 8、 mが0才たは6までの自然数、nが0または1(
)までの自然数である、特許請求の範囲第1〜7項のい
ずれか1項に記載のオリゴヌクレオチド誘導体。 9、下式〔11〕で示憾れる化合物のR3を除去したも
のと、上式〔10で示される化合物とを結合させて下式
〔■〕の化合物を得ることを特徴とする、下式[IDで
示されるオリゴヌクレオチド誘導体の製造法。 〔ただし、mおよびnはそれぞれOまたは任意の自然数
であり、Roはリン酸基の保護基であり、R1ば2価の
直鎖捷たは分岐鎖の炭化水素残基であり、R2はアミン
基の保護基であり、■七3はヌクレオチドの3′−末端
リン酸基の保護基であり、C0R4はヌクレオチドの3
′−末端水酸基の保護基であり、13′はヌクレオチド
k +41を成する塩基であって、心安に応じて保評さ
れたものである仏虻( (複数個存在するときは、それらは同一でも異なっても
よい)。〕 10、化合物〔■〕と〔■′〕との結合イ縮合剤の作用
下で行なう、特許請求の範囲第9項記載の方法。 11、縮合剤がトシルクロリド、メシチレンスルホニル
クロリド、メシチレンスルホニルテトラソリ臼すよびメ
ンチレンスルホニルニトロトリアゾリドのいずれかであ
る、特許請求の範囲第1O項記載の方法。
Priority Applications (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
JP58204305A JPS5993099A (ja) | 1983-10-31 | 1983-10-31 | オリゴヌクレオチド誘導体およびその製造法 |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
JP58204305A JPS5993099A (ja) | 1983-10-31 | 1983-10-31 | オリゴヌクレオチド誘導体およびその製造法 |
Related Parent Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP57138136A Division JPS5927900A (ja) | 1982-08-09 | 1982-08-09 | 固定化オリゴヌクレオチド |
Publications (1)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JPS5993099A true JPS5993099A (ja) | 1984-05-29 |
Family
ID=16488276
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP58204305A Pending JPS5993099A (ja) | 1983-10-31 | 1983-10-31 | オリゴヌクレオチド誘導体およびその製造法 |
Country Status (1)
Country | Link |
---|---|
JP (1) | JPS5993099A (ja) |
Cited By (6)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO1994020613A1 (en) | 1993-03-12 | 1994-09-15 | Wakunaga Pharmaceutical Co., Ltd. | Detection of malaria |
WO2010061922A1 (ja) | 2008-11-27 | 2010-06-03 | 独立行政法人理化学研究所 | 新規MutSタンパク質およびそれを用いた変異の判定方法 |
WO2010113452A1 (ja) | 2009-03-31 | 2010-10-07 | 凸版印刷株式会社 | 遺伝子型の識別方法 |
WO2011122501A1 (ja) | 2010-03-29 | 2011-10-06 | 凸版印刷株式会社 | 標的塩基配列の識別方法 |
EP2415878A1 (en) | 2003-12-25 | 2012-02-08 | Riken | Method of amplifying nucleic acid and method of detecting mutated nucleic acid using the same |
WO2013035875A1 (ja) | 2011-09-08 | 2013-03-14 | 独立行政法人理化学研究所 | プライマーセット及びそれを用いた標的核酸配列の増幅方法並びに変異核酸の検出方法 |
-
1983
- 1983-10-31 JP JP58204305A patent/JPS5993099A/ja active Pending
Cited By (9)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO1994020613A1 (en) | 1993-03-12 | 1994-09-15 | Wakunaga Pharmaceutical Co., Ltd. | Detection of malaria |
EP2415878A1 (en) | 2003-12-25 | 2012-02-08 | Riken | Method of amplifying nucleic acid and method of detecting mutated nucleic acid using the same |
US8206902B2 (en) | 2003-12-25 | 2012-06-26 | Riken | Method of amplifying nucleic acid and method of detecting mutated nucleic acid using the same |
WO2010061922A1 (ja) | 2008-11-27 | 2010-06-03 | 独立行政法人理化学研究所 | 新規MutSタンパク質およびそれを用いた変異の判定方法 |
WO2010113452A1 (ja) | 2009-03-31 | 2010-10-07 | 凸版印刷株式会社 | 遺伝子型の識別方法 |
US9523119B2 (en) | 2009-03-31 | 2016-12-20 | Toppan Printing Co., Ltd. | Method of distinguishing genotypes |
WO2011122501A1 (ja) | 2010-03-29 | 2011-10-06 | 凸版印刷株式会社 | 標的塩基配列の識別方法 |
WO2013035875A1 (ja) | 2011-09-08 | 2013-03-14 | 独立行政法人理化学研究所 | プライマーセット及びそれを用いた標的核酸配列の増幅方法並びに変異核酸の検出方法 |
US9586987B2 (en) | 2011-09-08 | 2017-03-07 | Kabushiki Kaisha Dnaform | Primer set for isothermal amplication of a target nucleic acid sequence |
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