JP7574338B2 - 疾患の検出及び診断のための血液中の循環細胞バイオマーカーの使用並びにそれらを単離する方法 - Google Patents
疾患の検出及び診断のための血液中の循環細胞バイオマーカーの使用並びにそれらを単離する方法 Download PDFInfo
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Description
[発明の分野]
[0001]本発明は、他の重要な目標の中でも、対象を固形腫瘍の存在についてスクリーニングするため、癌療法のクールの選択を助けるため、癌治療の有効性をモニタリングするため、並びに対象でウイルス感染を検出及びモニタリングするために、癌スクリーニング、癌再発の早期検出のために使用することができる、血液及び他の体液中のバイオマーカーの発見及び特徴付けに一般に関する。本発明のバイオマーカーは、単独で、又は循環腫瘍細胞、遊離の血漿及び血清DNA癌マーカー、癌関連タンパク質マーカー並びに他のバイオマーカーと組み合わせて使用されてもよい。
[関連技術]
[概要]
(i)CAMLの数;
(ii)CAMLの平均サイズ(CAML細胞のサイズは直径約20ミクロン~約300ミクロンの範囲);
(iii)CAMLの核の平均サイズ(CAMLは、直径約14~64μmのサイズを有する大きな非定形的核を有する);
(iv)CAMLの形態学的形状(CAML形状には、紡錘形、オタマジャクシ形、円形、長方形、2脚形、2本を超える脚形、細い脚形又は無定形が含まれる);
(v)CD14陽性表現型;
(vi)CD45発現の程度;
(vii)EpCAM発現の程度;
(viii)ビメンチン発現の程度;
(ix)PD-L1発現の程度;
(x)単核球CD11Cマーカー発現の程度;
(xi)内皮CD146マーカー発現の程度;
(xii)内皮CD202bマーカー発現の程度;
(xiii)内皮CD31マーカー発現の程度;
(xiv)マーカーの位置(CAMLでマーカーが出現する位置、例えば、細胞質対核は、異なる時点で変化することがある);
(xv)CAMLでの、拡散しているか又は空胞及び/若しくは摂取物と会合している、癌と関連した1つ又は複数のマーカーの存在(例えば、上皮癌の場合、マーカーはサイトケラチン8、18及び19である);並びに
(xvi)マーカー染色の強度。
(i)CTCの数;
(ii)CTCと結合したWBCの数;
(iii)核の状態;
(iv)サイトケラチン8発現の程度;
(v)サイトケラチン18発現の程度;
(vi)サイトケラチン19発現の程度;
(vii)EpCAM発現の程度;
(viii)ビメンチン発現の程度;
(ix)PD-L1発現の程度;
(x)ウロプラキン発現の程度;
(xi)サイトケラチン形態;
(xii)マーカーの位置(CTCでマーカーが出現する位置、例えば、細胞質対核は、異なる時点で変化することがある);並びに
(xiii)マーカー染色の強度。
[0071]詳細な構築及びエレメントなどの本記載中で規定される事項は、本発明の包括的理解を助けるために提供されるものに他ならない。したがって、本発明の範囲及び精神を逸脱しない範囲で、本明細書に記載される実施形態の様々な変更及び修正を加えることができることを、当業者は認める。
[0080]多くの固形腫瘍のCTCは、いくつかのサイトケラチン(CK)を発現する。CK8、18と19は診断薬で最も一般的に使用されるが、調査はこれらのマーカーに限定する必要はない。固形腫瘍CTCの表面は、上皮細胞接着分子(EpCAM)を通常発現する。しかし、この発現は均一でもなく、一貫してもいない。CD45は白血球マーカーであるので、CTCはいかなるCD45も発現しないはずである。CTC及びCAMLなどの腫瘍関連細胞を同定するアッセイでは、CK8、18と19などの固形腫瘍に関連したマーカーに対する抗体又はCD45若しくはDAPIに対する抗体を使用するのに十分である。染色の存在を形態と組み合わせて、病理学的に定義可能なCTC(PDCTC)、アポトーシス性CTC及びCAMLを同定することができる(Adams,D.L.ら、Cytometric characterization of Circulating Tumor Cells captured by microfiltration and their correlation to the CellSearch(登録商標)CTC test.Cytometry PartA 2015;87A:137~144頁)。
DAPIによって染色される「癌様」核。核は通常大きく、ドットパターンを有する。例外は、細胞が分裂中であるときである。核は、凝縮されることもある。
CK8、18及び19のうちの1つ又は複数の発現;上皮癌からのCTCは、少なくともCK8、18及び19を通常発現する。サイトケラチンは、糸状のパターンを有する。
CD45発現の欠如。
分解する核。
CK8、18及び19のうちの1つ又は複数の発現;サイトケラチンは糸状のパターンではなく、スポットの形で断片化したように見える。
CD45発現の欠如。
[0086]CAMLは、以下の特色のうちの1つ又は複数を有することを特徴とする:
CAMLは、大きな非定型核を有する;複数の個々の核をCAMLで見出すことができるが、拡大した融合核小体が一般的である。CAML核は、サイズが一般に直径約10μm~約70μmの範囲内であり、直径約14μm~約64μmがより一般的である。
多くの癌について、CAMLは疾患の癌マーカーを発現する。例えば、上皮癌に関連したCAMLは、CK8、18又は19、ビメンチンなどを発現することができる。マーカーは一般的に拡散しているか、又は空胞及び/若しくは摂取物と会合している。任意のマーカーの染色パターンは、細胞全体にほとんど均一に拡散している。肉腫、神経芽細胞腫及び黒色腫の場合、癌に関連した他のマーカーをCK8、18、19の代わりに使用することができる。
CAMLは、CD45陽性であってもよい。
CAMLは大きく、サイズが直径概ね20ミクロン~概ね300ミクロンである。
CAMLは、紡錘形、オタマジャクシ形、円形、長方形、2脚形、2本を超える脚形、細い脚形又は無定形を含む、多くの異なる形態学的形状で見出される。
CAMLは、拡散したサイトケラチンを一般的に有する。
CAMLがEpCAMを発現する場合は、EpCAMは一般的に細胞全体に拡散しているか、又は空胞及び/若しくは摂取物と会合し、細胞全体でほとんど均一であるが、一部の腫瘍はEpCAMをほとんど発現しない、又は全く発現しないので全てのCAMLがEpCAMを発現するとは限らない。
CAMLがマーカーを発現する場合は、マーカーは一般的に細胞全体に拡散しているか、又は空胞及び/若しくは摂取物と会合し、細胞全体でほとんど均一であるが、全てのCAMLが同じマーカーを同等の強度で発現するとは限らない。
CAMLは、腫瘍起源のマーカーに関連したマーカーを発現する;例えば、腫瘍が前立腺癌起源であり、PSMAを発現するならば、この患者からのCAMLもPSMAを発現する。別の例として、原発腫瘍が膵臓起源であり、PDX-1を発現するならば、この患者からのCAMLもPDX-1を発現する。原発腫瘍又は癌起源のCTCがCXCR-4を発現するならば、患者からのCAMLもCXCR-4を発現する。
原発腫瘍又は癌起源のCTCが薬物標的のバイオマーカーを発現するならば、CAMLは薬物標的のマーカーに関連したマーカーを発現する。免疫療法のバイオマーカーの1つの例は、PD-L1である。
CAMLは、単核球マーカー(例えば、CD11c、CD14)及び内皮マーカー(例えば、CD146、CD202b、CD31)を発現する。CAMLは、Fc断片に結合する能力も有する。
[0094]腫瘍細胞が血流に入るとき、CTCはT細胞によって攻撃されるはずであり、腫瘍細胞の死をもたらす。これが起こるとき、1つ又は複数のT細胞がCTCに結合し、CTCの死及びCTCの最終的な分解が生じる。T細胞は、白血球のサブタイプである。CD45マーカーはWBCを染色し、T細胞に特異的でない。T細胞は、核の形態によって、顆粒球と区別することができる。T細胞は、概ね丸くて8ミクロンより小さい単一の核を有する。血液の濾過は、CTCに結合した白血球(WBC)を捕捉することができる。血液中のCTCに結合したWBCの存在は、固形腫瘍の存在及び固形腫瘍を排除する体の能力の指標でもある。したがって、CTCに結合したT細胞の数の判定は、診断薬で使用することができる。
[0098]PDCTCは、癌の初期ではめったに見出されない。PDCTCがステージIII及びIVの乳房及び前立腺の癌患者でより頻繁に見出されるとしても、それらはほとんどの他の固形腫瘍では低い頻度で見ることができる。一例として、105人の癌患者(乳癌(n=34)、前立腺癌(n=25)、膵臓癌(n=39)及び肺癌(n=7))、及び30人の健康対照を分析した。図29は、健康対照の血液で、PDCTC及びCAMLを見出すことができなかったことを示す。対照的に、CAMLは105人の癌患者のうちの98人で見出された。PDCTC及びCAMLを有する患者の百分率は、それぞれ、53%及び93%である。105人の癌患者についての癌のステージは、以下の通りだった:ステージI(n=46)、ステージII(n=18)、ステージIII(n=11)、及びステージIV(n=30)。図30は、ステージI、II、III及びIVのCAMLを有する患者の百分率が、それぞれ87%、100%、91%及び97%であることを示す。CAMLは、PDCTCより一般的であることが見出された。12個の異なる固形腫瘍からの患者試料を分析した:乳房、前立腺、膵臓、肺、結腸直腸、子宮、神経芽細胞腫、食道、腎臓、膀胱、肉腫及び卵巣。それらの全ての種類の癌で、CAMLが見出された(データは示さず)。
[0099]上記の105人の患者のうち、44人の患者は療法を受けず、12人は標的療法を受け、49人は化学療法を受けた。療法の完了後に患者でCAMLを検出するために、追跡調査スクリーニングを実行した。図31に示すように、CAMLの数は、療法のタイプに依存すると考えられる。化学療法を受ける患者でのCAMLの数は、療法を受けないか又は標的療法を受ける患者でのCAMLの数よりかなり多い。
[00100]化学療法を受ける患者でのCAMLの数は、治療前臨床評価の時点の癌ステージと弱く関連するにすぎず(図32)、病理学的確認の後のステージと高い相関がある(図33A)。化学療法を受ける患者の場合、CAMLの数は、最終病理学的確認と指数関数的に相関していた:ステージI(3.2)、ステージII(7.1)、ステージIII(14.6)、ステージIV(35.1);R2=0.99。
[00102]CAMLは固形腫瘍の全てのステージで高い百分率で見出すことができるので、癌スクリーニングマーカーとしてのCAMLを、乳癌について評価した。マンモグラフィーが異常と判断された41人の対象について、二重盲検前向き試験を実行した。二重盲検試験を実行した:(i)CAMLについて試験するために、7.5mLの末梢血試料を取り、(ii)コア針生検による組織診断を実行した。マンモグラフィーはこの群で亜集団を区別できなかったが、CAMLの存在は90%の感度及び72%の特異性で良性と悪性の乳房疾患を区別した(データは示さず)。
[00103]一般的な蛍光顕微鏡は、予想外の蛍光チャネルへの蛍光放出のブリードスルーを最小にするために、4つ又は5つの蛍光チャネルを通常使用する。1つのチャネルは、核を画像化するためにDAPIによって取られる。しばしば、3つを超えるマーカーを評価する必要性がある。これらの欠点を考慮して、本開示で開示される方法の各々と併用することができる、同じ細胞の上の最高概ね12個の異なるマーカーの分析を可能にする方法が開発された。濾過及びマーカーの第1セットによるフィルター上の細胞の染色の工程の後に、目的の細胞が同定され、画像化される。同じ細胞の上のより多くのマーカーを評価するために、クエンチング/ストリッピング工程が再染色技術の前に開発された。同じ細胞の再画像化を可能にするために、これは細胞が同じ位置にとどまることを必要とした。これは、数回繰り返すことができる。図34の最上列は、標準のCTC染色法:DAPI、CK8、18、19、EpCAM及びCD45によるCAML Aを示す。第2の列は、クエンチングの後の同じ細胞の再染色を示し、目的のマーカー:PD-L1、CCR及びPD-1のために再染色した。図34の第3の列は、標準のCTC染色法によるCAML Bを示す。第4の列は、目的のマーカー:PD-L1、CCR及びPD-1のための、クエンチングの後の同じCAML Bの再染色を示す。この再染色方法は、マイクロフィルターの上に固定された細胞に特に適する。それらの位置は、異なるマーカーを評価するためにそれらを再画像化することができるように固定される。フィルター上のCTC及び他の細胞も、この技術を使用して再染色することができる。この再染色方法は、癌タイプ、コンパニオン診断薬、療法応答、癌スクリーニング及び様々な研究用途を分析するために非常に有益である。
[00104]様々なPCRアッセイ、マイクロアレイ、FISHアッセイ及び配列決定によって、遺伝子の突然変異、転座及び増幅のために癌細分類を判定するために、CAML及びCTCの分子分析を潜在的に使用することができる。単一細胞分子分析は一般的になっており、CAMLの単一細胞分析は特に興味深い。一部のアッセイは、エラーを低減するために1つを超える核及び/又は細胞を必要とする。したがって本発明は、単一のCAML細胞を得て単一細胞で分子分析を実行する、単一のCAML細胞の分子分析の方法を含む。単一細胞で実行することができる分子分析の特定のタイプに関して制限はなく、そのような手段には、これらに限定されないが、核酸配列決定、ノーザンブロット分析及びサザンブロット分析が含まれる。
[00106]患者に処方される特定の薬物を判定するコンパニオン診断のための組織の供与源として、CAMLを使用することができる。現在、コンパニオン診断は、薬物標的のマーカーについて染色するために、FISHアッセイを実行するために、PCR、マイクロアレイ、配列決定などによって遺伝子の突然変異、増幅又は転座を探すために他の分子アッセイを実行するために、組織生検を利用する。組織生検を利用する従来のコンパニオン診断の例は、HER2増幅のためのFISH、ALK転座のためのFISH、組織中のPD-L1、組織中のAR及びERなどである。広範な薬物を評価するために、十分な組織がない又は全く組織がないことがある。CTC及びCAMLは、繰り返し収集すること、及び組織生検の代わりに使用することができる。さらに、複数の薬物の効力を評価するために、同じ試料を繰り返し再染色することができる。
[00107]液体細胞生検は、患者で治療応答をモニタリングするための、最小限に侵襲的な方法を提供する。癌治療の効力をモニタリングするために、以下を含むアプローチを採択することができる:
(a)同じ対象からのCAML及びCTCの数の変化を治療後の異なる時点でモニタリングすること;
(b)CAML及びCTCのサイズの変化を異なる時点でモニタリングすること;
(c)CAML及びCTCでマーカーの強度の変化を異なる時点でモニタリングすること;並びに
(d)CAML及びCTCで、細胞質対核のマーカーの位置の変化を異なる時点でモニタリングすること。
[00113]体液中に存在する他の細胞より大きな及び/又はより柔軟でない細胞は、体液を濾過することによって収集することができる。例えば、状態の指標となる標的細胞、例えばCAML及びCTCは、標的細胞が通過するためには小さすぎるが、他の細胞が通過するのに十分に大きい開口部を有するフィルターに体液を通すことによって収集することができる。収集されると、標的細胞の任意の数の分析を実行することができる。そのような分析には、例えば、マーカーの発現を同定、計数、特徴付けること、分子分析を得ること、及び/又は収集した細胞を培養することが含まれてもよい。
CAMLは血液細胞の大半と比較して大きいので、多くのサイズに基づく方法がCAMLを捕捉するために適する。7~8ミクロン孔のマイクロフィルターが、CAML及びCTCの同時捕捉に理想的である。CTCではなくCAMLだけが目的であれば、孔径はより大きく、概ね15~20ミクロンまでとなってもよい。大きな方の孔径は、フィルター上の大部分のWBC汚染を排除する。
免疫捕捉は、強磁性流体、磁気ビーズ、マイクロ流体チップなどを、CAMLの選択又は他の細胞の排除のための抗体でコーティングして使用する。
CAMLを収集するために、赤血球溶解を使用することもできる。その結果としての試料量は、複数のガラススライドの上へのプレーティングを必要とする。
白血球消失。
FICOLL。
電気泳動。
誘電泳動。
フローサイトメトリー。
様々な生物学的及び物理的原理を利用して、サイズによって大細胞を選別、選択、群分け、捕獲、濃縮する又は小細胞を排除するマイクロ流体チップ技術も適する。
[00118]生体試料からCAML及び/又はCTCを単離し、単離した細胞を、カメラ、例えば携帯電話カメラを使用して数える方法は、本発明の実施形態である。マーカー染色及び可視化を通したCAML及び/又はCTCの詳細な分析のために必要とされる装置及び試薬が利用できない状況で、カメラ、例えば携帯電話のそれらを利用する方法を使用することができる。比色染色に基づいてCAML及び/又はCTCを数える能力は、一部の適用に十分であり得る。コミュニティの資源が欠乏している場合、癌は後期のステージで診断される傾向があり、それは、限られた治療オプション及び鈍い成果を意味する。試料中のCAML及び/又はCTCの数に基づいて低費用の診断を提供する方法は、以下の概念のうちの1つ又は複数を採択することができる。
(i)孔径約15~20ミクロンの低費用フィルターを利用する。
(ii)手動引き抜き又は低費用ポンプによって血液試料を濾過する。
(iii)CAML及び/又はCTCを可視化するために、比色染色を使用する。
(iv)携帯型の小さいレンズがある、又はない携帯電話カメラ又は10×以下の倍率の様々な白色光顕微鏡を使用して細胞を画像化する。
[発明の実施形態]
BRAF突然変異V600E:癌タイプ:皮膚黒色腫及び結腸直腸癌
CA15-3/CA27.29:癌タイプ:乳癌
CA19-9:癌タイプ:膵臓癌、胆嚢癌、胆管癌及び胃癌
CA-125:癌タイプ:卵巣癌
癌胎児性抗原(CEA):癌タイプ:結腸直腸癌及び乳癌
サイトケラチン断片21-1:肺癌
エストロゲン受容体(ER)/プロゲステロン受容体(PR):癌タイプ:乳癌
HE4:癌タイプ:卵巣癌
HER2/neu:癌タイプ:乳癌、胃癌及び食道癌
キット:癌タイプ:消化管間質腫瘍及び粘膜黒色腫
前立腺特異抗原(PSA)及びPSMA:癌タイプ:前立腺癌
サイログロブリン:癌タイプ:甲状腺癌
5-タンパク質サイン(Ova1):癌タイプ:卵巣癌
マーカーの選択は、このリストに限定されない。
血液を収集する。
マイクロフィルターでCTC及びCAMLを単離する。
DAPI、CK8、18、19、CD14/CD45によって細胞を染色し、1つの癌タイプのために1つのマーカーで染色する。
蛍光顕微鏡を使用して細胞を画像化して、CAML及びCTCを同定する。
CAML及びCTCの蛍光色素をクエンチングする。
DAPI及び目的の3つの追加のマーカーで細胞を再染色する。
以前に画像化した同じCTC及びCAMLで新しいマーカーを再画像化する。
マーカーに基づいて癌タイプを判定する。
Claims (6)
- 薬物標的マーカーを循環癌関連マクロファージ様細胞(CAML)においてスクリーニングするためのコンパニオン診断方法のためのデータを収集する方法であって、対象からの生物学的試料からCAMLを収集するステップ、及び前記CAMLが薬物標的マーカーを発現又は保有するかどうか判定するステップを含む方法。
- 前記薬物標的マーカーが細胞表面マーカーである、請求項1に記載の方法。
- 前記細胞表面マーカーがPD-L1である、請求項2に記載の方法。
- 前記薬物標的マーカーがポリヌクレオチドである、請求項1に記載の方法。
- 前記薬物標的マーカーが、遺伝子の突然変異、増幅又は転座である、請求項1に記載の方法。
- 薬物標的マーカーを循環癌関連マクロファージ様細胞(CAML)及び/又は循環腫瘍細胞(CTC)においてスクリーニングするためのコンパニオン診断方法のためのデータを収集する方法であって、対象からの生物学的試料からCAML及び/又はCTCを収集するステップ、及び前記CAML及び/又はCTCがPD-L1を発現又は保有するかどうか判定するステップを含む方法。
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