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JP5736370B2 - 過敏性腸症候群の診断方法 - Google Patents

過敏性腸症候群の診断方法 Download PDF

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Description

関連出願の相互参照
本出願は、２００９年６月２５日に出願された米国仮出願第６１／２２０，５２５号及び２００９年１０月１５日に出願された米国仮出願第６１／２５２，０９４号の優先権を主張し、これらの開示は、すべての目的のため、参照によって全体として本明細書に組み込まれる。
過敏性腸症候群（ＩＢＳ）は、すべての胃腸障害の中で最も一般的であり、総人口の１０〜２０％が罹患し、消化不調の全患者の５０％超を占める。しかしながら、研究により、ＩＢＳを罹患する者の約１０％〜５０％のみが実際には医学的治療を求めるにすぎないと示唆されている。ＩＢＳの患者は、異なる症状、例えば、主として排便と関連する腹痛、下痢、便秘または交互に生じる下痢及び便秘、腹部膨張、ガス並びに便中の過剰な粘液などを示す。ＩＢＳ患者の４０％超は非常に激しい症状を示すため、仕事を休み、社会生活を削減し、性交を回避し、約束を取消し、旅行を中止し、薬剤投与を受け、さらに、困惑の恐怖のために家に閉じこもらなければならない。米国で試算されたＩＢＳの医療費は、年間８０億ドルである（Ｔａｌｌｅｙ ｅｔ ａｌ．，Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ．，１０９：１７３６−１７４１（１９９５））。
ＩＢＳの正確な病態生理は、よく理解されていない。そうではあるが、末梢感作として公知の、内臓痛覚に対する感受性の増大が存在する。この感作は、モノアミン（例えば、カテコールアミン及びインドールアミン）、サブスタンスＰ並びに種々のサイトカイン及びプロスタノイド、例えば、Ｅ型プロスタグランジンを含む種々のメディエーターに起因する、一次求心性神経の変換過程の閾値の低減及び増幅の増加を含む（例えば、Ｍａｙｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ．，１０７：２７１−２９３（１９９４）を参照）。また、管腔内の内容物及び／又はガスの異常な処理をもたらす腸運動機能障害が、ＩＢＳの原因病理に関与している（例えば、Ｋｅｌｌｏｗ ｅｔ ａｌ．，Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ．，９２：１８８５−１８９３（１９８７）；Ｌｅｖｉｔｔ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｎ．Ｉｎｔ．Ｍｅｄ．，１２４：４２２−４２４（１９９６）を参照）。心理学的な要因もＩＢＳ症状の一因であり得、これによって誘因されていなければ、うつ病及び不安を含む障害とともに現れることがある（例えば、Ｄｒｏｓｓｍａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ．Ｉｎｔ．，８：４７−９０（１９９５）を参照）。
ＩＢＳの原因は、よく理解されていない。腸壁は、食物を胃から腸管に通して直腸に移動させる際に収縮及び弛緩する筋肉の層により覆われている。通常、これらの筋肉は協調されたリズムで収縮及び弛緩する。ＩＢＳ患者においては、これらの収縮が、典型的には、正常のものよりも強く、正常のものよりも長く持続する。結果として、食物がより速やかに腸を通過させられ、一部の場合においてはガス、膨満感及び下痢を引き起こす。他の場合においては、逆のことが生じ、食物移動が緩慢であり、便が硬くなり、乾燥し、便秘を引き起こす。
ＩＢＳの正確な病態生理については、依然として解明されていない。腸管運動障害及び内臓知覚の変化は、症状の発症に対する重要な要因であるとみなされている（Ｑｕｉｇｌｅｙ，Ｓｃａｎｄ．Ｊ．Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ．，３８（Ｓｕｐｐｌ．２３７）：１−８（２００３）；Ｍａｙｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ．，１２２：２０３２−２０４８（２００２））。一方、この病態は、現在、一般に、脳−腸軸の障害と見なされている。近年、腸管感染症及び腸炎の役割についても提案されている。研究により、細菌学的に確認された胃腸炎に引き続いてＩＢＳが発症することが実証された一方、他の研究により、ＩＢＳにおける軽度の粘膜炎症（Ｓｐｉｌｌｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｇｕｔ，４７：８０４−８１１（２０００）；Ｄｕｎｌｏｐ ｅｔ ａｌ．，Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ．，１２５：１６５１−１６５９（２００３）；Ｃｕｍｂｅｒｌａｎｄ ｅｔ ａｌ．，Ｅｐｉｄｅｍｉｏｌ．Ｉｎｆｅｃｔ．，１３０：４５３−４６０（２００３）を参照）及び免疫活性化（Ｇｗｅｅ ｅｔ ａｌ．，Ｇｕｔ，５２：５２３−５２６（２００３）；Ｐｉｍｅｎｔｅｌ ｅｔ ａｌ．，Ａｍ．Ｊ．Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ．，９５：３５０３−３５０６（２０００）を参照）の証拠が提供された。腸管フローラもまた関与し、近年の研究により、免疫活性の調節による障害の治療におけるプロバイオティクス生物ビフィドバクテリウム属（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）の効力が実証された（Ｏ’Ｍａｈｏｎｙ ｅｔ ａｌ．，Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ．，１２８：５４１−５５１（２００５））。
視床下部−下垂体−副腎軸（ＨＰＡ）はヒトにおける中核内分泌ストレス系であり（Ｄｅ Ｗｉｅｄ ｅｔ ａｌ．，Ｆｒｏｎｔ．Ｎｅｕｒｏｅｎｄｏｃｒｉｎｏｌ．，１４：２５１−３０２（１９９３））、脳と腸の免疫系との重要な結びつきを提供する。この軸の活性化は身体的及び心理的なストレス因子の両方に応答して起こり（Ｄｉｎａｎ，Ｂｒ．Ｊ．Ｐｓｙｃｈｉａｔｒｙ，１６４：３６５−３７１（１９９４））、これらストレス因子は両方ともＩＢＳの病態生理に関与している（Ｃｕｍｂｅｒｌａｎｄ ｅｔ ａｌ．，Ｅｐｉｄｅｍｉｏｌ．Ｉｎｆｅｃｔ．，１３０：４５３−４６０（２００３））。ＩＢＳの患者は、幼児期における性的及び身体的な虐待の割合が高いとともに、成人期におけるストレスの多い人生の出来事の割合が高いことが報告されている（Ｇａｙｎｅｓ ｅｔ ａｌ．，Ｂａｉｌｌｉｅｒｅｓ Ｃｌｉｎ．Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ．，１３：４３７−４５２（１９９９））。このような心理社会的なトラウマ又は乏しい認識に基づく対処方法は、症状の重症度、日常の機能及び健康の結果に深い影響を及ぼす。
ＩＢＳの病因は、十分に特性決定されていないが、医学界は、患者病歴に基づくＩＢＳ診断を補助するためにローマＩＩ基準として公知の合意に基づく定義及び基準を策定した。ローマＩＩ基準は、１年の期間にわたり３ヵ月の継続的又は反復的な腹痛又は不快感がみられ、これらの腹痛又は不快感が、排便によって軽減され、及び／又は排便頻度若しくは便の硬さの変化及び以下の２種以上を伴うことを要する：排便頻度の変化、便形態の変化、糞便移動の変化、粘液の移動又は膨満感及び腹部膨張。これらの症状を引き起こし得るいかなる構造的又は生化学的な障害も存在しないことも必要な条件である。結果として、ローマＩＩ基準は、実質的な患者病歴が存在する場合にのみ使用することができ、他の点でこの症状を説明する、異常な腸構造又は代謝過程が存在しない場合にのみ信頼性がある。同様に、近年、医学界によって策定されたローマＩＩＩ基準は、症状の特定の組合せ、詳細な患者病歴及び身体検査の提示が存在する場合にのみ使用することができる。
ＩＢＳと他の疾患又は障害との症状の類似性に起因して、患者をＩＢＳとして診断することは困難であり得ることが十分に実証されている。実際、ＩＢＳ症状は、非常に多くの他の腸疾病症状と類似し又は同一であるため、正確な診断が下されるまでに数年を要し得る。例えば、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）の患者は、軽度の徴候及び症状、例えば、膨満感、下痢、便秘及び腹痛を示すが、ＩＢＳの患者と区別することは困難であることがある。結果として、ＩＢＳとＩＢＤとの症状の類似性によって、迅速で正確な診断が困難になる。ＩＢＳとＩＢＤとを区別して診断することが困難であるため、これらの疾患の早期かつ有効な治療が妨げられている。残念ながら、類似症状を示す他の腸疾患又は障害から、ＩＢＳを明確に区別するための迅速かつ正確な診断方法は、現在利用可能ではない。本発明はこの要求を満たし、さらに、関連する利点も提供する。
本発明は、個体からの試料が過敏性腸症候群（ＩＢＳ）と関連するか否かを正確に分類する方法、アッセイ、システム及びコードを提供する。非限定的な例として、本発明は、統計的アルゴリズム及び／又は経験的データを使用して、個体からの試料をＩＢＳ試料として分類するのに有用である。同様に、本発明はまた、対象における過敏性腸症候群（ＩＢＳ）の診断を補助する方法、アッセイ、システム及びコードを提供する。本発明はまた、統計的アルゴリズム及び／又は経験的データの組合せを使用してＩＢＳ様の症状を示す１種以上の疾患又は障害を除外し、ＩＢＳを確定するのに有用である。したがって、本発明は、ＩＢＳの正確な診断予測及び治療決定の指針に有用な予後情報を提供する。
一態様において、本発明は、対象における過敏性腸症候群（ＩＢＳ）の診断を補助する方法であって、（ａ）対象からの血液又は血清試料を、試料中に存在するβ−トリプターゼがβ−トリプターゼ及びβ−トリプターゼ結合部分を含む複合体に転換するのに好適な条件下において、β−トリプターゼ結合部分と接触させること；及び（ｂ）複合体のレベルを決定し、これによって試料中に存在するβ−トリプターゼのレベルを決定することを含む方法を提供する。
別の態様において、本発明は、対象におけるＩＢＳの診断を補助する方法であって、（ａ）対象からの血液又は血清試料を、試料中に存在するヒスタミンがヒスタミン及びヒスタミン結合部分を含む複合体に転換するのに好適な条件下において、ヒスタミン結合部分と接触させること；及び（ｂ）複合体のレベルを決定し、これによって試料中に存在するヒスタミンのレベルを決定することを含む方法を提供する。
さらに別の態様において、本発明は、対象におけるＩＢＳの診断を補助する方法であって、（ａ）対象からの血液又は血清試料を、試料中に存在するＰＧＥ２がＰＧＥ２及びＰＧＥ２結合部分を含む複合体に転換するのに好適な条件下において、プロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）結合部分と接触させること；及び（ｂ）複合体のレベルを決定し、これによって試料中に存在するＰＧＥ２のレベルを決定することを含む方法を提供する。
一態様において、本発明は、対象における過敏性腸症候群（ＩＢＳ）の進行又は退縮をモニタリングする方法であって、（ａ）１回目に対象から採取された第１の血液又は血清試料を、試料中に存在するβ−トリプターゼがβ−トリプターゼ及びβ−トリプターゼ結合部分を含む複合体に転換するのに好適な条件下において、β−トリプターゼ結合部分と接触させること；（ｂ）複合体のレベルを決定し、これによって第１の試料中に存在するβ−トリプターゼのレベルを決定すること；（ｃ）２回目に対象から採取された第２の血液又は血清試料を、試料中に存在するβ−トリプターゼがβ−トリプターゼ及びβ−トリプターゼ結合部分を含む複合体に転換するのに好適な条件下において、β−トリプターゼ結合部分と接触させること；（ｄ）複合体のレベルを決定し、これによって第２の試料中に存在するβ−トリプターゼのレベルを決定すること；及び（ｅ）第１の試料中に存在するβ−トリプターゼのレベルと第２の試料中に存在するβ−トリプターゼのレベルとを比較することを含み、第２の試料中のβ−トリプターゼのレベルが第１の試料と比べて高ければ、対象におけるＩＢＳの進行を示し、第２の試料中のβ−トリプターゼのレベルが第１の試料と比べて低ければ、対象におけるＩＢＳの退縮を示す方法を提供する。
別の態様において、本発明は、対象における過敏性腸症候群（ＩＢＳ）の進行又は退縮をモニタリングする方法であって、（ａ）１回目に対象から採取された第１の血液又は血清試料を、試料中に存在するヒスタミンがヒスタミン及びヒスタミン結合部分を含む複合体に転換するのに好適な条件下においてヒスタミン結合部分と接触させること；（ｂ）複合体のレベルを決定し、これによって第１の試料中に存在するヒスタミンのレベルを決定すること；（ｃ）２回目に対象から採取された第２の血液又は血清試料を、試料中に存在するヒスタミンがヒスタミン及びヒスタミン結合部分を含む複合体に転換するのに好適な条件下において、ヒスタミン結合部分と接触させること；（ｄ）複合体のレベルを決定し、これによって第２の試料中に存在するヒスタミンのレベルを決定すること；及び（ｅ）第１の試料中に存在するヒスタミンのレベルと第２の試料中に存在するヒスタミンのレベルとを比較することを含み、第２の試料中のヒスタミンのレベルが第１の試料と比べて高ければ、対象におけるＩＢＳの進行を示し、第２の試料中のヒスタミンのレベルが第１の試料と比べて低ければ、対象におけるＩＢＳの退縮を示す方法を提供する。
さらに別の態様において、本発明は、対象における過敏性腸症候群（ＩＢＳ）の進行又は退縮をモニタリングする方法であって、（ａ）１回目に対象から採取された第１の血液又は血清試料をプロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）結合部分と、試料中に存在するＰＧＥ２がＰＧＥ２及びＰＧＥ２結合部分を含む複合体に転換するのに好適な条件下において、接触させること；（ｂ）複合体のレベルを決定し、これによって第１の試料中に存在するＰＧＥ２のレベルを決定すること；（ｃ）２回目に対象から採取された第２の血液又は血清試料をＰＧＥ２結合部分と、試料中に存在するＰＧＥ２がＰＧＥ２及びＰＧＥ２結合部分を含む複合体に転換するのに好適な条件下において、接触させること；（ｄ）複合体のレベルを決定し、これによって第２の試料中に存在するＰＧＥ２のレベルを決定すること；及び（ｅ）第１の試料中に存在するＰＧＥ２のレベルと第２の試料中に存在するＰＧＥ２のレベルとを比較することを含み、第２の試料中のＰＧＥ２のレベルが第１の試料と比べて高ければ、対象におけるＩＢＳの進行を示し、第２の試料中のＰＧＥ２のレベルが第１の試料と比べて低ければ、対象におけるＩＢＳの退縮を示す方法を提供する。
一態様において、本発明は、１種以上のプロセッサを制御して対象からの血清又は血液試料が過敏性腸症候群（ＩＢＳ）と関連するか否かを分類するコードを含むコンピュータ読取可能媒体であって、コードは、診断マーカープロファイルを含むデータセットに統計処理を適用して診断マーカープロファイルに基づき試料をＩＢＳ試料又は非ＩＢＳ試料として分類する統計的に導出される判定を生成するための指示を含み、診断マーカープロファイルは、β−トリプターゼ、ヒスタミン、プロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）及びこれらの組合せからなる群から選択される少なくとも１種の診断マーカーのレベルを示すコンピュータ読取可能媒体を提供する。
別の態様において、本発明は、対象からの血清又は血液試料が過敏性腸症候群（ＩＢＳ）に関連するか否かを分類するシステムであって、（ａ）診断マーカープロファイルを含むデータセットを生成するように構成されたデータ収集モジュール（診断マーカープロファイルは、β−トリプターゼ、ヒスタミン、プロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）及びこれらの組合せからなる群から選択される少なくとも１種の診断マーカーの存在又はレベルを示す）；（ｂ）統計処理をデータセットに適用することによってデータセットを処理して診断マーカープロファイルに基づき試料をＩＢＳ試料又は非ＩＢＳ試料として分類する統計的に導出される判定を生成するように構成されたデータ処理モジュール；及び（ｃ）統計的に導出される判定を表示するように構成されたディスプレイモジュールを含むシステムを提供する。
さらに別の態様において、本発明は、血液又は血清試料中のβ−トリプターゼを検出する方法であって、（ａ）固相表面を第１の抗β−トリプターゼ捕捉抗体によりコーティングする工程；（ｂ）固相表面を血液又は血清試料と、試料中に存在するβ−トリプターゼがβ−トリプターゼ及び抗β−トリプターゼ捕捉抗体を含む複合体に転換するのに好適な条件下において、接触させる工程；（ｃ）β−トリプターゼ及び抗β−トリプターゼ複合体を、アルカリホスファターゼにコンジュゲートされた第２の検出抗体と、三重複合体を形成するのに好適な条件下で接触させる工程；及び（ｄ）三重複合体を、ＣＰＳＤ発光基質と接触させる工程を含む方法を提供する。
一態様において、本発明は、個体からの試料がＩＢＳと関連するか否かを分類する方法であって、（ａ）試料中の少なくとも１種の診断マーカーの存在又はレベルを検出することによって診断マーカープロファイルを決定する工程；及び（ｂ）診断マーカープロファイルに基づくアルゴリズムを使用して試料をＩＢＳ試料又は非ＩＢＳ試料として分類することを含む方法を提供する。
本発明の種々の方法及びアッセイの好ましい実施形態において、ＩＢＳの予測に有用な診断マーカープロファイルを作成するために、表１に示すバイオマーカーの１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５種以上の存在又はレベルが検出される。ある例において、本明細書に記載のバイオマーカーは、免疫アッセイ、例えば、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）又は免疫組織化学アッセイを使用して分析される。
本発明の一実施形態における用量応答曲線を示す図である。
本発明の一実施形態における用量応答曲線を示す図である。
本発明の一実施形態における標準曲線を示す図である。ウサギ抗ヒトトリプターゼを免疫アッセイプレート上にコーティングし、アッセイ緩衝液（ＰＢＳ中５％ＢＳＡ）によってブロッキングした。異なる濃度のヒトトリプターゼ（標準曲線）又はヒト血清試料（アッセイ緩衝液中で１：５及び１：１０に希釈）をウェルに添加し、ＲＴにおいて２時間インキュベートした。プレートを洗浄し、トリプターゼに対するアルカリホスファターゼ（ＡＰ）標識ＭｃＡｂ（Ｇ３）を添加し、ＲＴにおいて２時間インキュベートした。プレートを洗浄し、ＡＰ基質（ＣＳＰＤ）を各ウェルに添加した。発光プレートリーダーを使用して発光を検出した。血清トリプターゼ濃度は、標準曲線を使用して計算した。（トリプターゼ検出範囲０．０１９〜５０００ｎｇ／ｍＬ。ＥＣ５０＝６５ｎｇ／ｍＬ；正常プール血清中にスパイクされた２０ｎｇ／ｍＬのトリプターゼについて回収率８１．５％）。実施例１６参照。
ＧＩ対照、ＩＢＳ−Ｃ及びＩＢＳ−Ｄの血清中のトリプターゼ濃度についての棒グラフを説明する図である。
トリプターゼｌｏｇ値分布についての棒グラフを説明する図である。
トリプターゼデータの密度分析を説明する図である。
ＧＩ対照、ＩＢＳ−Ｃ、ＩＢＳ−Ｄ及びＩＢＳ−Ａの血清中のトリプターゼ濃度についての棒グラフを説明する図である。
本発明の一実施形態におけるヒトトリプターゼの用量応答曲線を説明する図である。
トリプターゼＥＬＩＳＡの最適化を説明する図である。（Ａ）異なる量の捕捉抗体についてのトリプターゼ標準曲線の比較（Ｂ）検出抗体希釈の最適化（Ｃ）異なる量の正常ヒト血清（ＮＨＳ）の存在下でのトリプターゼ標準曲線の比較。
健常対照（ｎ＝１３９）及びＩＢＳの対象（ｎ＝３７８）からの血清中のトリプターゼレベルを説明する図である。
健常対照に対するＩＢＳ患者におけるヒスタミン及びＰＧＥ２の血清レベルの増加を説明する図である。
本明細書に同定及び開示されるＩＢＳマーカーから導出される分子経路の一実施形態を説明する図である。
本発明の一実施形態による疾患分類システム（ＤＣＳ）を説明する図である。
２００７年８月１４日に出願され、２００８年４月１０日に公開された米国特許出願公開第２００８／００８５５２４号；２００７年８月２０日に出願され、２００８年７月１０日に公開された同２００８／０１６６７１９号は、すべての目的のため参照によって全体として本明細書に組み込まれる。
発明の詳細な説明
Ｉ．序文
患者を過敏性腸症候群（ＩＢＳ）として診断することは、ＩＢＳと他の疾患又は障害との症状の類似性に起因して困難であり得る。例えば、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）である患者は、軽度な徴候及び症状、例えば、膨満感、下痢、便秘及び腹痛を示すが、ＩＢＳ患者と区別することは困難であり得る。結果として、ＩＢＳとＩＢＤとの症状の類似性によって迅速かつ正確な診断が困難になり、疾患の早期かつ有効な治療が妨げられる。
過敏性腸症候群（ＩＢＳ）の病理は完全には理解されていないが、多くの研究により、ＩＢＳは脳−腸軸の調節不全により引き起こされる障害であるという仮説がもたらされている（総説については、Ｏｈｍａｎ ａｎｄ Ｓｉｍｒｅｎ，Ｎａｔ Ｒｅｖ Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ Ｈｅｐａｔｏｌ．２０１０ Ｍａｒ；７（３）：１６３−７３参照）。この理論を支持する一つの観察は、マスト細胞の数の増加をＩＢＳと診断された患者の腸粘膜内で見出すことができるという繰り返しの知見である（Ｇｕｉｌａｒｔｅ，Ｍ．ｅｔ ａｌ，Ｇｕｔ ５６，２０３−２０９（２００７）；Ｗａｌｋｅｒ，Ｍ．Ｍ．ｅｔ ａｌ，Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．Ｔｈｅｒ．２９，７６５−７７３（２００９）；Ａｋｂａｒ，Ａ．ｅｔ ａｌ，Ｇｕｔ ５７，９２３−９２９（２００８）；Ｂａｒｂａｒａ，Ｇ．ｅｔ ａｌ，Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ １２６，６９３−７０２（２００４）；Ｂａｒｂａｒａ，Ｇ．ｅｔ ａｌ，Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ １３２，２６−３７（２００７）；Ｃｒｅｍｏｎ，Ｃ．ｅｔ ａｌ，Ａｍ．Ｊ．Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ．１０４，３９２−４００（２００９）；及びＯ’Ｓｕｌｌｉｖａｎ，Ｍ．ｅｔ ａｌ，Ｎｅｕｒｏｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ．Ｍｏｔｉｌ．，１２，４４９−４５７（２０００））。同様に、一部の研究により、ヒスタミン及びセリンプロテアーゼ（例えば、トリプターゼ）を含むこれらの細胞から放出されるメディエーターのレベルが、ＩＢＳ患者の結腸粘膜内で見出されることもわかった（Ｂｕｈｎｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ ２００９ Ｏｃｔ；１３７（４）；Ｂａｒｂａｒａ ｅｔ ａｌ．，Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ，Ｖｏｌｕｍｅ：１２２，Ｎｕｍｂｅｒ：４Ｓｕｐｐｌ．１，Ｐａｇｅ：Ａ−２７６，Ａｐｒｉｌ ２００２）。しかしながら、この知見は、他の研究によりこのような相関が存在しないことが報告されているので、依然として議論の的である（Ｇｕｉｌａｒｔｅ ｅｔ ａｌ．，Ｇｕｔ ２００７ Ｆｅｂ；５６（２）：２０３−９）。
ＩＢＳ患者の結腸粘膜内でのマスト細胞メディエーターのレベルの増加の存在にかかわらず、結腸生検は侵襲的手順であるため、このような相関は、制限された診断値を有する。研究者は、ＩＢＳ患者の血液／血清中の同様のパターンを非侵襲的診断に十分好適な体液に探索するが、今日まで相関は報告されていない（Ｌｅｓｓｏｆ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｎ Ａｌｌｅｒｇｙ．１９８３ Ａｕｇ；５１（２ Ｐｔ ２）：２４９−５０；Ｇｕｉｌａｒｔｅ，Ｍ．ｅｔ ａｌ，Ｇｕｔ ５６，２０３−２０９（２００７）；Ｏｅｈｍａｎ ａｎｄ Ｓｉｍｒｅｎ，Ｎａｔ Ｒｅｖ Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ Ｈｅｐａｔｏｌ．２０１０ Ｍａｒ；７（３）：１６３−７３）。
有利には、本発明は、他の態様のうち、過敏性腸症候群の診断及び分類のための非侵襲的方法及びアッセイを提供する。ある実施形態において、これらの方法及びアッセイは、ＩＢＳの疑いがある又は既にＩＢＳと診断された対象の血液及び／又は血清中の種々のＩＢＳバイオマーカーの存在又は濃度レベルの検出に関する。好ましい実施形態において、本方法は、対象からの血液及び血清試料中のβ−トリプターゼ及び／又はヒスタミン及び／又はプロスタグランジンＥ２を検出することを含む。追加のマーカーを使用することもできる。
本発明は、部分的には、ある診断マーカー（例えば、β−トリプターゼ、プロスタグランジンＥ２、ヒスタミン、サイトカイン、成長因子、抗好中球抗体、抗サッカロマイセス・セレビシエ抗体、抗菌性抗体、ラクトフェリンなど）の存在又はレベルを検出すること単独により、又は１つ以上の質問（例えば、「あなたは現在何らかの症状が経験していますか？」）に対する個体の回答に基づくＩＢＳ関連症状の存在又は重症度を同定することの組合せによって、個体からの生物試料をＩＢＳ試料として分類する精度を、顕著に改善することができるという驚くべき発見に基づく。図１２は、本明細書において同定及び開示されたＩＢＳマーカーによって導出された分子経路の非限定的な例を示す。一部の態様において、本発明は、ＩＢＳ試料又は非ＩＢＳ試料としての試料の分類を補助するため、統計的アルゴリズムを使用する。他の態様において、本発明は、ＩＢＳの分類を補助するため、他の腸疾患（例えば、ＩＢＤ）を除外し、次いで非ＩＢＤ試料を分類する統計的アルゴリズムを使用する。
ＩＩ．定義
本明細書において使用される以下の用語は、特に記載のない限り、これらに帰属する意味を有する。
「分類すること」という用語は、疾患状態を有する試料を「関連づけること」又は「カテゴライズすること」を含む。ある例において、「分類すること」は、統計的証拠、経験的証拠又はこの両方に基づく。ある実施形態において、分類する方法及びシステムは、既知の疾患状態を有する試料の、いわゆるトレーニングセットを使用する。トレーニングデータセットは、確立されると、未知試料の特徴を比較する基準、モデル又は雛形として機能して試料の未知の疾患状態を分類する。ある例において、試料を分類することは、試料の疾患状態を診断することに通じる。ある他の例において、試料を分類することは、試料の疾患状態を別の疾患状態から区別することに通じる。
「過敏性腸症候群」又は「ＩＢＳ」という用語は、限定されるものではないが、典型的には、いかなる明白な構造的異常も存在せず、腹痛、腹部不快感、排便パターンの変化、便通の消失又はより頻繁な便通、下痢及び便秘を含む１種以上の症状を特徴とする機能的腸障害の群を含む。症状の顕著さに応じて少なくとも３種のＩＢＳ型が存在する：（１）下痢優勢型（ＩＢＳ−Ｄ）；（２）便秘優勢型（ＩＢＳ−Ｃ）及び（３）交互に生じる排便パターンを有するＩＢＳ（ＩＢＳ−Ａ）。ＩＢＳはまた、症状の混合型としても発症し得る（ＩＢＳ−Ｍ）。種々なＩＢＳの臨床サブタイプ、例えば、感染後ＩＢＳも存在する（ＩＢＳ−ＰＩ）。
「試料を転換すること」という用語は、マーカーを抽出するため、又は本明細書に定義のマーカーを変化させ、若しくは改変するための試料の物理的及び／又は化学的変化を含む。マーカーのレベル又は濃度を計測するための試料又はマーカーの抽出、操作、化学的沈殿、ＥＬＩＳＡ、複合体化、免疫抽出、物理的又は化学的改変は、すべて転換を構成する。試料又はマーカーが転換工程前後で同一でない限り、変化又は改変が転換である。
「試料」という用語は、個体から得られる任意の生物試験体を含む。本発明における使用に好適な試料は、限定されるものではないが、全血、血漿、血清、唾液、尿、糞便（すなわち、便）、涙液及び他の任意の体液又は組織試料（例えば、生検物）、例えば、小腸又は結腸試料並びにこれらの細胞抽出物（例えば、赤血球細胞抽出物）を含む。好ましい実施形態において、試料は、血液、血漿又は血清試料である。より好ましい実施形態において、試料は、血清試料である。血清、唾液及び尿などの試料の使用は、当分野において周知である（例えば、Ｈａｓｈｉｄａ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｌａｂ．Ａｎａｌ．，１１：２６７−８６（１９９７）参照）。当業者は、血清試料などの試料をマーカーレベルの分析の前に希釈することができることを認識している。
「バイオマーカー」又は「マーカー」という用語は、個体からの試料をＩＢＳ試料として分類するため又は個体からの試料におけるＩＢＳ様症状と関連する１種以上の疾患又は障害を除外するために使用することができる任意の診断マーカー、例えば、生化学マーカー、血清学マーカー、遺伝子マーカー又は他の臨床的若しくは超音波検査上の特徴を含む。「バイオマーカー」又は「マーカー」という用語はまた、ＩＢＳをこの種々の型又は臨床サブタイプの１種に分類するために使用することができる任意の分類マーカー、例えば、生化学マーカー、血清学マーカー、遺伝子マーカー又は他の臨床的若しくは超音波検査上の特徴を包含する。本発明における使用に好適な診断マーカーの非限定的な例は、以下に記載され、サイトカイン、成長因子、抗好中球抗体、抗サッカロマイセス・セレビシエ抗体、抗菌性抗体、抗組織トランスグルタミナーゼ（ｔＴＧ）抗体、リポカリン、マトリクスメタロプロテイナーゼ（ＭＭＰ）、組織メタロプロテイナーゼ阻害因子（ＴＩＭＰ）、アルファ−グロブリン、アクチン切断タンパク質、Ｓ１００タンパク質、フィブリノペプチド、カルシトニン遺伝子関連ペプチド（ＣＧＲＰ）、タキキニン、グレリン、ニューロテンシン、コルチコトロピン放出ホルモン（ＣＲＨ）、セリンプロテアーゼ（例えば、トリプターゼ、エラスターゼ）、プロスタグランジン（例えば、ＰＧＥ２）、ヒスタミン、Ｃ反応性タンパク質（ＣＲＰ）、ラクトフェリン、抗ラクトフェリン抗体、カルプロテクチン、ヘモグロビン、ＮＯＤ２／ＣＡＲＤ１５、セロトニン再取り込み輸送体（ＳＥＲＴ）、トリプトファンヒドロキシラーゼ−１、５−ヒドロキシトリプタミン（５−ＨＴ））、ラクツロースなどを含む。分類マーカーの例は、限定されるものではないが、レプチン、ＳＥＲＴ、トリプトファンヒドロキシラーゼ−１、５−ＨＴ、胃幽門洞粘膜タンパク質８、ケラチン−８、クローディン−８、ゾヌリン、コルチコトロピン放出ホルモン受容体１（ＣＲＨＲ１）、コルチコトロピン放出ホルモン受容体２（ＣＲＨＲ２）、トリプターゼ、ヒスタミン、プロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）などを含む。一部の実施形態において、診断マーカーは、ＩＢＳをこの種々の型又は臨床サブタイプの１種に分類するために使用することができる。他の実施形態において、分類マーカーは、試料をＩＢＳ試料として分類するため、又はＩＢＳ様症状と関連する１種以上の疾患及び障害を除外するために使用することができる。当業者は、本発明における使用に好適な追加の診断及び分類マーカーについて理解する。
ある例において、少なくとも１種の診断マーカーの存在又はレベルは、アッセイ、例えば、ハイブリダイゼーションアッセイ又は増幅ベースアッセイを使用して決定される。本発明の方法における使用に好適なハイブリダイゼーションアッセイ及び増幅ベースアッセイの例は、上記のものである。ある他の例において、少なくとも１種の診断マーカーの存在又はレベルは、免疫アッセイ又は免疫組織化学アッセイを使用して決定される。本発明の方法における使用に好適な免疫アッセイ及び免疫組織化学アッセイの非限定的な例は、本明細書に記載のものである。
本明細書において使用される「プロファイル」という用語は、疾患又は障害、例えば、ＩＢＳ又はＩＢＤと関連する明確な特徴又は特性を表す、任意のデータのセットを含む。本用語は、試料中の１種以上の診断マーカーを分析する「診断マーカープロファイル」、個体が経験している又は経験した１種以上のＩＢＳ関連臨床因子（例えば、症状）を同定する「症状プロファイル」及びこれらの組合せを含む。例えば、「診断マーカープロファイル」は、ＩＢＳ及び／又はＩＢＤと関連する１種以上の診断マーカーの存在又はレベルを表すデータのセットを含むことができる。同様に、「症状プロファイル」は、ＩＢＳ及び／又はＩＢＤと関連する１種以上の症状の存在、重症度、頻度及び／又は持続期間を表すデータのセットを含むことができる。
一部の実施形態において、上記の診断マーカー及び／又は診断プロファイルの１種以上を計測するためのパネルは、試料をＩＢＳ試料又は非ＩＢＳ試料として分類するために構築及び使用することができる。当業者は、例えば、個体試料のアリコート又は希釈物を使用して複数の診断マーカーの存在又はレベルを同時に又は連続的に決定することができることを認識する。ある例において、個体試料中の特定の診断マーカーのレベルは、これが比較試料（例えば、正常、ＧＩ対照、ＩＢＤ及び／又はセリアック病試料）又は試料群中の同一マーカーのレベルを少なくとも約１０％、１５％、２０％、２５％、５０％、７５％、１００％、１２５％、１５０％、１７５％、２００％、２５０％、３００％、３５０％、４００％、４５０％、５００％、６００％、７００％、８００％、９００％又は１０００％上回る（例えば、正常、ＧＩ対照、ＩＢＤ及び／又はセリアック病試料の比較群中の同一マーカーの中央レベルを上回る）場合、上昇しているとみなされる。ある他の例において、個体試料中の特定の診断マーカーのレベルは、これが比較試料（例えば、正常、ＧＩ対照、ＩＢＤ及び／又はセリアック病試料）又は試料群中の同一マーカーのレベルを少なくとも約５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％又は９５％下回る（例えば、正常、ＧＩ対照、ＩＢＤ及び／又はセリアック病試料の比較群中の同一マーカーの中央レベルを下回る）場合、低下しているとみなされる。
「個体」、「対象」又は「患者」という用語は、典型的にはヒトを指すが、例えば、他の霊長類、齧歯類、イヌ、ネコ、ウマ、ヒツジ、ブタなどを含む他の動物も指す。
本明細書において使用される「実質的に同一のアミノ酸配列」という用語は、天然に生じるアミノ酸配列と類似するが、同一ではないアミノ酸配列を含む。例えば、天然に生じるペプチド、ポリペプチド又はタンパク質と実質的に同一のアミノ酸配列を有するアミノ酸配列は、天然に生じるペプチド、ポリペプチド又はタンパク質のアミノ酸配列と関連する１種以上の改変、例えば、アミノ酸付加、欠失又は置換を有することができ、但し、この改変された配列が実質的に、天然に生じるペプチド、ポリペプチド又はタンパク質の少なくとも１種の生物学的活性、例えば、免疫活性を保持することを条件とする。アミノ酸配列間の実質的な類似性の比較は、通常、約６〜１００残基間、好ましくは約１０〜１００残基間、より好ましくは約２５〜３５残基間の配列を用いて実施される。本発明のペプチド、ポリペプチド又はタンパク質若しくはこの断片の特に有用な改変は、例えば、安定性の増加をもたらす改変である。１個以上のＤ型アミノ酸の取り込みは、ポリペプチド又はポリペプチド断片の安定性の増加において有用な改変である。同様にリジン残基の欠失又は置換は、ポリペプチド又はポリペプチド断片を分解から保護することによって安定性を増加させることができる。
「ＩＢＳの進行又は退縮をモニタリングする」という用語は、個体の疾患状態（例えば、ＩＢＳの存在又は重症度）を決定するための本発明の方法、システム及びコードの使用を含む。ある例において、アルゴリズム（例えば、学習統計的分類子システム（learning statistical classifier system））の結果は、より早期において同一個体について得られた結果と比較される。一部の実施形態において、本発明の方法、システム及びコードは、例えば、診断マーカーの分析及び／若しくはこの同定又はＩＢＳ関連症状に基づき、個体においてＩＢＳが急速又は緩慢に進行する可能性を決定することによって、ＩＢＳの進行を予測するために使用することができる。他の実施形態において、本発明の方法、システム及びコードは、例えば、診断マーカーの分析及び／若しくはこの同定又はＩＢＳ関連症状に基づき、個体においてＩＢＳが急速又は緩慢に退縮する可能性を決定することによって、ＩＢＳの退縮を予測するために使用することができる。
「ＩＢＳの治療に有用な薬物を服用している個体における薬物の効力をモニタリングすること」という用語は、ＩＢＳを治療する治療剤が投与された後、この治療剤の有効性を決定するための本発明の方法、システム及びコードを使用することを含む。ある例において、アルゴリズム（例えば、学習統計的分類子システム）の結果は、治療剤の使用開始前又は治療のより早期の段階における同一個体について得られた結果と比較される。本明細書において使用されるＩＢＳの治療に有用な薬物は、個体の健康を改善するために使用される任意の化合物又は薬物であり、限定されるものではないが、ＩＢＳ薬、例えば、セロトニン作動薬、抗うつ剤、塩化物チャネル活性化因子、クロライドチャネル遮断薬、グアニル酸シクラーゼアゴニスト、抗生物質、オピオイド、ニューロキニンアンタゴニスト、抗痙攣又は抗コリン作動薬、ベラドンナアルカロイド、バルビツール酸塩、グルカゴン様ペプチド１（ＧＬＰ−１）アナログ、コルチコトロピン放出因子（ＣＲＦ）アンタゴニスト、プロバイオティクス、これらの遊離塩基、医薬的に許容されるこれらの塩、これらの誘導体、これらのアナログ及びこれらの組合せを含む。
「治療有効量又は用量」という用語は、治療効果の達成が必要とされる対象における治療効果を達成することができる薬物の用量を含む。例えば、ＩＢＳの治療に有用な薬物の治療有効量は、ＩＢＳと関連する１種以上の症状を予防又は軽減することができる量であり得る。正確な量は、当業者が公知技術を使用して確認することができる（例えば、Ｌｉｅｂｅｒｍａｎ，Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｄｏｓａｇｅ Ｆｏｒｍｓ，Ｖｏｌｓ．１−３（１９９２）；Ｌｌｏｙｄ，Ｔｈｅ Ａｒｔ，Ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｃｏｍｐｏｕｎｄｉｎｇ（１９９９）；Ｐｉｃｋａｒ，Ｄｏｓａｇｅ Ｃａｌｃｕｌａｔｉｏｎｓ（１９９９）；及びＲｅｍｉｎｇｔｏｎ：Ｔｈｅ Ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ Ｐｒａｃｔｉｃｅ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｙ，２０ｔｈ Ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｇｅｎｎａｒｏ，Ｅｄ．，Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ，Ｗｉｌｌｉａｍｓ ＆ Ｗｉｌｋｉｎｓ（２００３）参照）。
ＩＩＩ．実施形態の説明
本発明は、対象における過敏性腸症候群の診断を補助する方法、システム及びコードを提供する。同様に、本発明は、個体からの試料が過敏性腸症候群（ＩＢＳ）と関連するか否かを正確に分類する方法、システム及びコードを提供する。一部の実施形態において、本発明は、統計的アルゴリズム（例えば、学習統計的分類子システム）及び／又は経験的データ（例えば、ＩＢＳマーカーの存在又はレベル）の使用に依存する。本発明はまた、統計的アルゴリズム及び／又は経験的データの組合せを使用してＩＢＳ様症状を示す１種以上の疾患又は障害を除外し、ＩＢＳを確定するために有用である。したがって、本発明はＩＢＳの正確な診断的予測及び治療決定の指針に有用な予後情報を提供する。
Ａ．過敏性腸症候群（ＩＢＳ）の診断を補助する方法
一態様において、本発明は、表１に示すバイオマーカーの１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５種以上のレベルを決定することによって、対象における過敏性腸症候群の診断を補助する方法を提供する。好ましい実施形態において、本明細書において提供される方法は、β−トリプターゼ、ヒスタミン、プロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）及びこれらの組合せから選択される少なくとも１種のバイオマーカーの検出によるものである。
ある実施形態において、β−トリプターゼ、ヒスタミン、プロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）及びこれらの組合せから選択される少なくとも１種のバイオマーカーのレベルを、脳由来神経栄養因子（Brain-Derived Neurotropic Factor；ＢＤＮＦ）、好中球ゼラチナーゼ関連リポカリン（Neutrophil Gelatinase-Associated Lipocalin；ＮＧＡＬ）、ＴＮＦ関連アポトーシス弱誘導因子（TNF-related Weak Inducer of Apoptosis；ＴＷＥＡＫ）、成長関連癌遺伝子アルファ（Growth-Related Oncogene Alpha；ＧＲＯ−α）、インターロイキン−１ベータ（Interleukin-1 Beta；ＩＬ−１β）、組織メタロプロテイナーゼ阻害因子−１（Tissue Inhibitor of Metalloproteinase-1；ＴＩＭＰ−１）、抗サッカロマイセス・セレビシエ抗体（ＡＳＣＡ−ＩｇＡ）、抗ＣＢｉｒ−１抗体（ＣＢｉｒ１）、抗ヒト好中球細胞質抗体（ＡＮＣＡ）、抗ヒト組織トランスグルタミナーゼＩｇＡ（ｔＴＧ）及びこれらの組合せからなる群から選択される少なくとも１種のバイオマーカーとともに決定することによって、対象における過敏性腸症候群の診断を補助する方法が提供される。
さらに他の実施形態において、β−トリプターゼ、ヒスタミン、プロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）及びこれらの組合せから選択される少なくとも１種のバイオマーカーのレベルを、サイトカイン（例えば、ＩＬ−８、ＩＬ−１β、ＴＷＥＡＫ、レプチン、ＯＰＧ、ＭＩＰ−３β、ＧＲＯα、ＣＸＣＬ４／ＰＦ−４及び／又はＣＸＣＬ７／ＮＡＰ−２）、成長因子（例えば、ＥＧＦ、ＶＥＧＦ、ＰＥＤＦ、ＢＤＮＦ及び／又はＳＤＧＦ）、抗好中球抗体（例えば、ＡＮＣＡ、ｐＡＮＣＡ、ｃＡＮＣＡ、ＮＳＮＡ及び／又はＳＡＰＰＡ）、ＡＳＣＡ（例えば、ＡＳＣＡ−ＩｇＡ、ＡＳＣＡ−ＩｇＧ及び／又はＡＳＣＡ−ＩｇＭ）、抗菌性抗体（例えば、抗ＯｍｐＣ抗体、抗フラジェリン抗体及び／又は抗Ｉ２抗体）、ラクトフェリン、抗ｔＴＧ抗体、リポカリン（例えば、ＮＧＡＬ、ＮＧＡＬ／ＭＭＰ−９複合体）、ＭＭＰ（例えば、ＭＭＰ−９）、ＴＩＭＰ（例えば、ＴＩＭＰ−１）、アルファ−グロブリン（例えば、アルファ−２−マクログロブリン、ハプトグロビン及び／又はオロソムコイド）、アクチン切断タンパク質（例えば、ゲルゾリン）、Ｓ１００タンパク質（例えば、カルグラニュリン）、フィブリノペプチド（例えば、ＦＩＢＡ）、ＣＧＲＰ、タキキニン（例えば、サブスタンスＰ）、グレリン、ニューロテンシン、コルチコトロピン放出ホルモン及びこれらの組合せからなる群から選択される少なくとも１種のバイオマーカーとともに決定することによって、対象における過敏性腸症候群の診断を補助する方法が提供される。さらに他の実施形態において、他の診断マーカー、例えば、抗ラクトフェリン抗体、Ｌ−セレクチン／ＣＤ６２Ｌ、エラスターゼ、Ｃ反応性タンパク質（ＣＲＰ）、カルプロテクチン、抗Ｕ１−７０ｋＤａ自己抗体、閉鎖帯１（ＺＯ−１）、血管作動性腸管ペプチド（ＶＩＰ）、血清アミロイドＡ、ガストリン及びこれらの組合せなどの存在又はレベルを検出することもできる。
別の態様において、本発明は、個体からの試料がＩＢＳと関連するか否かを分類する方法であって、（ａ）試料中の少なくとも１種の診断マーカーの存在又はレベルを検出することによって、診断マーカープロファイルを決定すること；（ｂ）診断マーカープロファイルに基づく第１の統計的アルゴリズムを使用して試料をＩＢＤ試料又は非ＩＢＤ試料として分類すること；及び試料が非ＩＢＤ試料として分類された場合、（ｃ）工程（ａ）において決定されたものと同一の診断マーカープロファイル又は異なる診断マーカープロファイルに基づく第２の統計的アルゴリズムを使用して非ＩＢＤ試料をＩＢＳ試料又は非ＩＢＳ試料として分類することを含む方法を提供する。
ＩＢＤを除外するために使用される診断マーカーは、ＩＢＳを確定するために使用される診断マーカーと同一であってよい。あるいは、ＩＢＤを除外するために使用される診断マーカーは、ＩＢＳを確定するために使用される診断マーカーと異なっていてよい。
一部の実施形態において、第１にＩＢＤを除外し（すなわち、試料をＩＢＤ試料又は非ＩＢＤ試料として分類し）、次いでＩＢＳを確定する（すなわち、非ＩＢＤ試料をＩＢＳ試料又は非ＩＢＳ試料として分類する）方法は、症状プロファイルと場合により組み合わせて診断マーカープロファイルを決定すること（症状プロファイルは、個体における少なくとも１種の症状の存在又は重症度を同定することによって決定される）；診断マーカープロファイル及び症状プロファイルに基づく第１の統計的アルゴリズムを使用して試料をＩＢＤ試料又は非ＩＢＤ試料として分類すること；及び試料が非ＩＢＤ試料として分類された場合、工程（ａ）において決定されたものと同一のプロファイル又は異なるプロファイルに基づく第２の統計的アルゴリズムを使用して非ＩＢＤ試料をＩＢＳ試料又は非ＩＢＳ試料として分類することを含む。当業者は、診断マーカープロファイル及び症状プロファイルを同時に又は任意の順序で連続的に決定することができることを認識する。
追加の実施形態において、本発明の方法は腸炎を除外することをさらに含む。腸炎の非限定的な例は、急性炎症、憩室炎、回腸嚢肛門吻合、顕微鏡的大腸炎、感染性下痢及びこれらの組合せを含む。一部の例において、腸炎はＣ反応性タンパク質（ＣＲＰ）、ラクトフェリン、カルプロテクチン又はこれらの組合せの存在又はレベルに基づき除外される。
本明細書に記載のとおり、本発明の方法は、臨床医、例えば、胃腸科専門医又は一般開業医にＩＢＳ分類結果を送付することをさらに含むことができる。本方法は、個体がＩＢＳを有する確率の形式で診断を提供することもできる。例えば、個体は、約０％、５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％以上のＩＢＳを有する確率を有し得る。一部の例において、本発明の方法は、個体におけるＩＢＳの予後をさらに提供する。例えば、予後は、外科処置、ＩＢＳのカテゴリー若しくは臨床サブタイプの発現、１種以上の症状の発現又は疾患からの回復であり得る。
１．β−トリプターゼ
一態様において、対象における過敏性腸症候群（ＩＢＳ）の診断を補助する方法であって、（ａ）対象からの血液又は血清試料を、試料中に存在するβ−トリプターゼがβ−トリプターゼ及びβ−トリプターゼ結合部分を含む複合体に転換するのに好適な条件下において、β−トリプターゼ結合部分と接触させること；及び（ｂ）複合体のレベルを決定し、これによって試料中に存在するβ−トリプターゼのレベルを決定することを含む方法が提供される。一実施形態において、本方法は、（ｃ）試料中に存在するβ−トリプターゼのレベルと対照レベルとを比較することをさらに含み、対照レベルに対する試料中に存在するβ−トリプターゼのレベルの差が、対象がＩＢＳである可能性の増加を示す。
特定の実施形態において、本発明は、ＩＢＳの診断を補助するアッセイであって、（ａ）β−トリプターゼが含有される試料を、β−トリプターゼがβ−トリプターゼ及び捕捉抗トリプターゼ抗体を含む複合体に転換するのに好適な条件下において、接触させること；（ｂ）複合体を酵素標識指示抗体と接触させて複合体を標識複合体に転換すること；（ｃ）標識複合体を酵素用基質と接触させること；及び（ｄ）試料中のβ−トリプターゼの存在又はレベルを検出することを含むアッセイを提供する。
ある実施形態において、対照レベルは、健常対象からの血液若しくは血清試料中に存在するβ−トリプターゼのレベル又は健常対象のコホートからの血液若しくは血清試料中に存在するβ−トリプターゼの平均レベルである。他の実施形態において、対照レベルは、非ＩＢＳ対象からの血液若しくは血清試料中に存在するβ−トリプターゼのレベル又は非ＩＢＳ対象のコホートからの血液若しくは血清試料中に存在するβ−トリプターゼの平均レベルである。別の実施形態において、対照レベルは、疾患対象からの血液若しくは血清試料中に存在するβ−トリプターゼのレベル又は疾患対象のコホートからの血液若しくは血清試料中に存在するβ−トリプターゼの平均レベルである。対照レベルを決定するために有用な疾患対象の非限定的な例は、ＩＢＳの対象、非ＩＢＳ胃腸疾患の対象、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）の対象、潰瘍性大腸炎（ＵＣ）の対象、クローン病（ＣＤ）の対象、セリアック病の対象、胃食道逆流症（ＧＥＲＤ）の対象、癌の対象、胃腸管の癌の対象、胃癌の対象、小腸又は大腸癌の対象などを含む。
対照レベルが１人以上の健常対象の血液又は血清試料中のβ−トリプターゼのレベルである場合、対照レベルに対する試料中に存在する対象からのβ−トリプターゼのレベルの増加が、対象がＩＢＳである可能性の増加を示す。逆に、対照が１人以上の健常対象である場合、対象からの試料中に存在するβ−トリプターゼのレベルが対照レベルと比べて同様であるか又は低減していれば、対象がＩＢＳでない可能性の増加を示す。
対照レベルが１人以上のＩＢＳの対象の血液又は血清試料中のβ−トリプターゼのレベルである場合、対象からの試料中に存在するβ−トリプターゼのレベルが対照レベルと比べて同様であるか又は増加していれば、対象がＩＢＳである可能性の増加を示す。逆に、対照が１人以上のＩＢＳの対象である場合、対照レベルに対する試料中に存在するβ−トリプターゼの対象からの低減したレベルが、対象がＩＢＳでない可能性の増加を示す。
本発明のある態様において、対象における過敏性腸症候群（ＩＢＳ）の診断を補助する方法であって、血液又は血清試料中のβ−トリプターゼ並びにヒスタミン及びプロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）から選択される少なくとも１種の追加の血液又は血清バイオマーカーを検出することを含む方法が提供される。一実施形態において、本方法は、対象からの血液又は血清試料からのβ−トリプターゼ及びヒスタミンのレベルを検出又は決定することを含む。別の実施形態において、本方法は、対象からの血液又は血清試料からのβ−トリプターゼ及びＰＧＥ２のレベルを検出又は決定することを含む。第３の実施形態において、本方法は、対象からの血液又は血清試料からのβ−トリプターゼ、ヒスタミン及びＰＧＥ２のレベルを検出又は決定することを含む。好ましくは、β−トリプターゼ、ヒスタミン及び／又はＰＧＥ２は、同一の血液又は血清試料から検出されるが、ある例において、バイオマーカーは、同一個体から採取された異なる血液又は血清試料中で、例えば、同時に又は異なる時間において検出することができる。ある実施形態において、バイオマーカーは、対象からの血液又は血清試料の異なるアリコートを用いて実施される別個のアッセイにおいて検出することができる。他の実施形態において、バイオマーカーは、単一マルチプレックス検出アッセイ、例えば、Ｌｕｍｉｎｅｘ（著作権）ｘＭＡＰ（著作権）アッセイにおいて検出することができる。
本発明のさらに他の態様において、対象における過敏性腸症候群（ＩＢＳ）の診断を補助する方法であって、血液又は血清試料中のβ−トリプターゼ並びに脳由来神経栄養因子（ＢＤＮＦ）、好中球ゼラチナーゼ関連リポカリン（ＮＧＡＬ）、ＴＮＦ関連アポトーシス弱誘導因子（ＴＷＥＡＫ）、成長関連癌遺伝子アルファ（ＧＲＯ−α）、インターロイキン−１ベータ（ＩＬ−１β）、組織メタロプロテイナーゼ阻害因子−１（ＴＩＭＰ−１）、抗サッカロマイセス・セレビシエ抗体（ＡＳＣＡ−ＩｇＡ）、抗ＣＢｉｒ−１抗体（ＣＢｉｒ１）、抗ヒト好中球細胞質抗体（ＡＮＣＡ）、抗ヒト組織トランスグルタミナーゼＩｇＡ（ｔＴＧ）及びこれらの組合せから選択される少なくとも１種の追加のバイオマーカーを検出することを含む方法が提供される。ある実施形態において、追加のバイオマーカーの少なくとも２種を検出することができる。他の実施形態において、追加のバイオマーカーの少なくとも３、４、５、６、７、８、９又は１０種を検出することができる。
少なくとも１種の診断マーカーの存在又はレベルを検出又は決定するために使用される試料は、典型的には、全血、血漿、血清、唾液、尿、糞便（すなわち、便）、涙液及び任意の他の体液又は組織試料（すなわち、生検物）、例えば、小腸若しくは結腸の試料である。好ましくは、試料は、血清、全血、血漿、糞便、尿又は組織生検物である。ある例において、本発明の方法は、試料中の少なくとも１種の診断マーカーの存在又はレベルを検出又は決定する前に個体からの試料を得ることをさらに含む。好ましい実施形態において、追加のバイオマーカーは、血液又は血清試料から検出することができる。他の実施形態において、追加のバイオマーカーは、糞便試料又は対象の腸からの生検物から検出することができる。
一実施形態において、本方法は、血液又は血清試料からのβ−トリプターゼ及び生物試料からの脳由来神経栄養因子（ＢＤＮＦ）のレベルを検出又は決定することを含む。好ましい実施形態において、脳由来神経栄養因子（ＢＤＮＦ）は、対象からの血液又は血清試料中で検出される。別の好ましい実施形態において、脳由来神経栄養因子（ＢＤＮＦ）は、糞便試料又は対象の腸からの生検物中で検出される。他の実施形態において、少なくとも１種の追加のバイオマーカーも検出される。
一実施形態において、本方法は、血液又は血清試料からのβ−トリプターゼ及び生物試料からの好中球ゼラチナーゼ関連リポカリン（ＮＧＡＬ）のレベルを検出又は決定することを含む。好ましい実施形態において、好中球ゼラチナーゼ関連リポカリン（ＮＧＡＬ）は、対象からの血液又は血清試料中で検出される。別の好ましい実施形態において、好中球ゼラチナーゼ関連リポカリン（ＮＧＡＬ）は、糞便試料又は対象の腸からの生検物中で検出される。他の実施形態において、少なくとも１種の追加のバイオマーカーも検出される。
一実施形態において、本方法は、血液又は血清試料からのβ−トリプターゼ及び生物試料からのＴＮＦ関連アポトーシス弱誘導因子（ＴＷＥＡＫ）のレベルを検出又は決定することを含む。好ましい実施形態において、ＴＮＦ関連アポトーシス弱誘導因子（ＴＷＥＡＫ）は、対象からの血液又は血清試料中で検出される。別の好ましい実施形態において、ＴＮＦ関連アポトーシス弱誘導因子（ＴＷＥＡＫ）は、糞便試料又は対象の腸からの生検物中で検出される。他の実施形態において、少なくとも１種の追加のバイオマーカーも検出される。
一実施形態において、本方法は、血液又は血清試料からのβ−トリプターゼ及び生物試料からの成長関連癌遺伝子アルファ（ＧＲＯ−α）のレベルを検出又は決定することを含む。好ましい実施形態において、成長関連癌遺伝子アルファ（ＧＲＯ−α）は、対象からの血液又は血清試料中で検出される。別の好ましい実施形態において、成長関連癌遺伝子アルファ（ＧＲＯ−α）は、糞便試料又は対象の腸からの生検物中で検出される。他の実施形態において、少なくとも１種の追加のバイオマーカーも検出される。
一実施形態において、本方法は、血液又は血清試料からのβ−トリプターゼ及び生物試料からのインターロイキン−１ベータ（ＩＬ−１β）のレベルを検出又は決定することを含む。好ましい実施形態において、インターロイキン−１ベータ（ＩＬ−１β）は、対象からの血液又は血清試料中で検出される。別の好ましい実施形態において、インターロイキン−１ベータ（ＩＬ−１β）は、糞便試料又は対象の腸からの生検物中で検出される。他の実施形態において、少なくとも１種の追加のバイオマーカーも検出される。
一実施形態において、本方法は、血液又は血清試料からのβ−トリプターゼ及び生物試料からの組織メタロプロテイナーゼ阻害因子−１（ＴＩＭＰ−１）のレベルを検出又は決定することを含む。好ましい実施形態において、組織メタロプロテイナーゼ阻害因子−１（ＴＩＭＰ−１）は、対象からの血液又は血清試料中で検出される。別の好ましい実施形態において、組織メタロプロテイナーゼ阻害因子−１（ＴＩＭＰ−１）は、糞便試料又は対象の腸からの生検物中で検出される。他の実施形態において、少なくとも１種の追加のバイオマーカーも検出される。
一実施形態において、本方法は、血液又は血清試料からのβ−トリプターゼ及び生物試料からの抗サッカロマイセス・セレビシエ抗体（ＡＳＣＡ−ＩｇＡ）のレベルを検出又は決定することを含む。好ましい実施形態において、抗サッカロマイセス・セレビシエ抗体（ＡＳＣＡ−ＩｇＡ）は、対象からの血液又は血清試料中で検出される。別の好ましい実施形態において、抗サッカロマイセス・セレビシエ抗体（ＡＳＣＡ−ＩｇＡ）は、糞便試料又は対象の腸からの生検物中で検出される。他の実施形態において、少なくとも１種の追加のバイオマーカーも検出される。
一実施形態において、本方法は、血液又は血清試料からのβ−トリプターゼ及び生物試料からの抗ＣＢｉｒ−１抗体（ＣＢｉｒ１）のレベルを検出又は決定することを含む。好ましい実施形態において、抗ＣＢｉｒ−１抗体（ＣＢｉｒ１）は、対象からの血液又は血清試料中で検出される。別の好ましい実施形態において、抗ＣＢｉｒ−１抗体（ＣＢｉｒ１）は、糞便試料又は対象の腸からの生検物中で検出される。他の実施形態において、少なくとも１種の追加のバイオマーカーも検出される。
一実施形態において、本方法は、血液又は血清試料からのβ−トリプターゼ及び生物試料からの抗ヒト好中球細胞質抗体（ＡＮＣＡ）のレベルを検出又は決定することを含む。好ましい実施形態において、抗ヒト好中球細胞質抗体（ＡＮＣＡ）は、対象からの血液又は血清試料中で検出される。別の好ましい実施形態において、抗ヒト好中球細胞質抗体（ＡＮＣＡ）は、糞便試料又は対象の腸からの生検物中で検出される。他の実施形態において、少なくとも１種の追加のバイオマーカーも検出される。
一実施形態において、本方法は、血液又は血清試料からのβ−トリプターゼ及び生物試料からの抗ヒト組織トランスグルタミナーゼＩｇＡ（ｔＴＧ）のレベルを検出又は決定することを含む。好ましい実施形態において、抗ヒト組織トランスグルタミナーゼＩｇＡ（ｔＴＧ）は、対象からの血液又は血清試料中で検出される。別の好ましい実施形態において、抗ヒト組織トランスグルタミナーゼＩｇＡ（ｔＴＧ）は、糞便試料又は対象の腸からの生検物中で検出される。他の実施形態において、少なくとも１種の追加のバイオマーカーも検出される。
一実施形態において、本方法は、血液又は血清試料からのβ−トリプターゼ並びに血液又は血清試料、糞便試料又は対象の腸の生検物からの脳由来神経栄養因子（ＢＤＮＦ）、好中球ゼラチナーゼ関連リポカリン（ＮＧＡＬ）、ＴＮＦ関連アポトーシス弱誘導因子（ＴＷＥＡＫ）、成長関連癌遺伝子アルファ（ＧＲＯ−α）、インターロイキン−１ベータ（ＩＬ−１β）、組織メタロプロテイナーゼ阻害因子−１（ＴＩＭＰ−１）、抗サッカロマイセス・セレビシエ抗体（ＡＳＣＡ−ＩｇＡ）、抗ＣＢｉｒ−１抗体（ＣＢｉｒ１）、抗ヒト好中球細胞質抗体（ＡＮＣＡ）及び抗ヒト組織トランスグルタミナーゼＩｇＡ（ｔＴＧ）のすべてのレベルを検出又は決定することを含む。
ある実施形態において、少なくとも１種の診断マーカーの存在又はレベルは、アッセイ、例えば、ハイブリダイゼーションアッセイ又は増幅ベースアッセイを使用して決定される。本発明の方法における使用に好適なハイブリダイゼーションアッセイの例は、限定されるものではないが、ノザンブロッティング、ドットブロッティング、ＲＮアーゼプロテクション及びこれらの組合せを含む。本発明の方法における使用に好適な増幅ベースアッセイの非限定的な例は、逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ−ＰＣＲ）を含む。
ある他の実施形態において、少なくとも１種の診断マーカーの存在又はレベルは、免疫アッセイ又は免疫組織化学アッセイを使用して決定される。本発明の方法における使用に好適な免疫アッセイの非限定的な例は、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）を含む。本発明の方法における使用に好適な免疫組織化学アッセイの例は、限定されるものではないが、免疫蛍光アッセイ、例えば、直接的蛍光抗体アッセイ、間接的蛍光抗体（ＩＦＡ）アッセイ、抗補体免疫蛍光アッセイ及びアビジン−ビオチン免疫蛍光アッセイを含む。他のタイプの免疫組織化学アッセイは、免疫ペルオキシダーゼアッセイを含む。
好ましい実施形態において、β−トリプターゼの存在又はレベルは、サンドイッチ酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）を使用して決定される。サンドイッチＥＬＩＳＡにおける抗体の捕捉及び検出のため、任意の好適な抗体ペアを使用することができる。当業者は、アッセイに適切な抗体ペアを選択する方法を理解及び認識する。一般に、対象となる標的、例えば、β−トリプターゼに、第１の（捕捉）抗体の結合が第２の（検出）抗体を干渉しないように、異なるエピトープにおいて結合する２種の抗体が選択される。ある実施形態において、複合体の検出を補助するため、検出抗体は、酵素、例えば、アルカリホスファターゼにコンジュゲートされている。他の実施形態において、検出抗体に結合する酵素（例えば、アルカリホスファターゼ）にコンジュゲートされた二次抗体をアッセイにおいて使用することができる。一般に、次いで複合体は、発光基質、例えば、Ｕｌｔｒａ ＬＩＴＥ（商品名）（ＮＡＧ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ）；ＳｅｎｓｏＬｙｔｅ（商標）（ＡｎａＳｐｅｃ）；ＳｕｐｅｒＳｉｇｎａｌ ＥＬＩＳＡ Ｆｅｍｔｏ Ｍａｘｉｍｕｍ Ｓｅｎｓｉｔｉｖｉｔｙ Ｓｕｂｓｔｒａｔｅ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）；ＳｕｐｅｒＳｉｇｎａｌ ＥＬＩＳＡ Ｐｉｃｏ Ｃｈｅｍｉｌｕｍｉｎｅｓｃｅｎｔ Ｓｕｂｓｔｒａｔｅ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）；ＣＰＳＤ（ジナトリウム３−（４−メトキシスピロ｛１，２−ジオキセタン−３，２’−（５’−クロロ）トリシクロ［３．３．１．１３，７］デカン｝−４−イル）フェニルホスフェート；Ｔｒｏｐｉｘ，Ｉｎｃ）の使用によって検出される。好ましい実施形態において、β−トリプターゼサンドイッチＥＬＩＳＡは、アッセイ感度を向上させるため、検出抗体としてのアルカリホスファターゼにコンジュゲートされた抗トリプターゼ抗体及びＣＰＳＤ含有発光基質の使用を含む。ＣＰＳＤ基質は、化学発光検出系、例えば、ＥＬＩＳＡ−Ｌｉｇｈｔ（商品名）Ｓｙｓｔｅｍ（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）に見出すことができる。特に好ましい実施形態において、サンドイッチＥＬＩＳＡにおいて使用される検出抗体は、抗トリプターゼ抗体Ｇ３（ｓｃ−３３６７６；Ｓａｎｔａ Ｃｒｕｚ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｉｎｃ．；Ｓａｎｔａ Ｃｒｕｚ，ＣＡ）である。
一部の実施形態において、本明細書において提供される方法は、対象についての症状プロファイルを決定する工程をさらに含み、症状プロファイルは、対象における少なくとも１種の症状の存在又は重症度を同定することによって決定される。好ましい実施形態において、本方法は、（ｄ）対象についての症状プロファイルを決定すること（症状プロファイルは、対象における少なくとも１種の症状の存在又は重症度を同定することによって決定される）；及び（ｅ）ＩＢＳバイオマーカーのレベル及びシステムプロファイルに基づくアルゴリズムを使用して対象がＩＢＳであること又はＩＢＳでないことを診断することを含む。好ましい実施形態において、対象における過敏性腸症候群（ＩＢＳ）の診断を補助する方法は、例えば、症状プロファイルと場合により組み合わせてβ−トリプターゼ又は上記のこの組合せについての診断マーカープロファイルを決定すること（症状プロファイルは、個体における少なくとも１種の症状の存在又は重症度を同定することによって決定される）；並びに診断マーカープロファイル及び症状プロファイルに基づくアルゴリズムを使用して試料をＩＢＳ試料又は非ＩＢＳ試料として分類することを含む。
症状プロファイルは、典型的には、胸痛、胸部不快感、胸焼け、普通量の食事後の不快な膨満感、普通量の食事の完食不能、腹痛、腹部不快感、便秘、下痢、膨満感、腹部膨張、疼痛又は不快感を有することに伴う消極的な思考又は感情及びこれらの組合せからなる群から選択される少なくとも１種の症状の存在及び重症度を同定することによって決定される。
好ましい実施形態において、ＩＢＳを予測するのに有用な症状プロファイルを作成するため、本明細書に記載の症状の１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０種以上の存在又は重症度が同定される。ある例において、質問票（questionnaire）又は他の形式の記述、口頭若しくは電話調査が、症状プロファイルを生成するために使用される。質問票又は調査は、典型的には、回答者から現在及び／又は最近のＩＢＳ関連症状について情報を収集する目的のための標準化された一連の質問及び回答を含む。
一部の実施形態において、症状プロファイルは、質問票又は調査において示された質問に対する回答のすべて又は一部を編集及び／又は分析することによって生成される。他の実施形態において、症状プロファイルは、以下の質問：「あなたは現在何らかの症状を経験していますか？」に対する個人の回答に基づき生成される。これらの実施形態のいずれかに従って作成される症状プロファイルは、ＩＢＳ予測の精度を改善するため、本明細書に記載のアルゴリズムベースの方法において、診断マーカープロファイルと組み合わせて使用することができる。
一部の実施形態において、本明細書において提供される方法は、対象がＩＢＳである見込みを提供することをさらに含む。ある実施形態において、本方法は、対象が、ＩＢＳの可能性が極めて低い、ＩＢＳの可能性が低い、ＩＢＳの可能性が高い、又はＩＢＳの可能性が極めて高いという見込みを提供することを含むことができる。関連の実施形態において、ＩＢＳ試料又は非ＩＢＳ試料と分類された試料がＩＢＳの対象からのものである見込みを提供することをさらに含む方法が提供される。ある実施形態において、本方法は、試料が、ＩＢＳの可能性が極めて低い、ＩＢＳの可能性が低い、ＩＢＳの可能性が高い、又はＩＢＳの可能性が極めて高い対象からのものである見込みを提供することを含むことができる。
他の実施形態において、本明細書において提供される方法は、ＩＢＳの診断をＩＢＳ便秘型（ＩＢＳ−Ｃ）、ＩＢＳ下痢型（ＩＢＳ−Ｄ）、ＩＢＳ混合型（ＩＢＳ−Ｍ）、ＩＢＳ交替型（ＩＢＳ−Ａ）又は感染後ＩＢＳ（ＩＢＳ−ＰＩ）として分類することをさらに含む。関連の実施形態において、試料をＩＢＳ便秘型（ＩＢＳ−Ｃ）、ＩＢＳ下痢型（ＩＢＳ−Ｄ）、ＩＢＳ混合型（ＩＢＳ−Ｍ）、ＩＢＳ交替型（ＩＢＳ−Ａ）又は感染後ＩＢＳ（ＩＢＳ−ＰＩ）試料としてさらに分類する方法が本明細書において提供される。
一実施形態において、本発明は、ＩＢＳ−Ｃからの、ＩＢＳ−Ｄ及びＩＢＳ−Ａの区別を補助するアッセイであって、（ａ）β−トリプターゼが含有される試料を、β−トリプターゼがβ−トリプターゼ及び捕捉抗トリプターゼ抗体を含む複合体に転換するのに好適な条件下において、接触させること；（ｂ）複合体を酵素標識指示抗体と接触させて複合体を標識複合体に転換すること；（ｃ）標識複合体を酵素用基質と接触させること；及び（ｄ）試料中のβ−トリプターゼの存在又はレベルを検出することを含むアッセイを提供する。
一部の例において、ＩＢＳ−Ｃからの、ＩＢＳ−Ｄ及びＩＢＳ−Ａの区別を補助するアッセイは、試料中のプロスタグランジン（例えば、ＰＧＥ２）；及び／又はヒスタミンの存在又はレベルを検出することをさらに含む。
さらに他の実施形態において、本明細書において提供される方法は、ＩＢＳでない対象を、ＩＢＤである、ＩＢＤでない、セリアック病である、セリアック病でない、健常対象である、又は胃腸疾患でないとして診断することをさらに含む。関連の実施形態において、非ＩＢＳ試料をＩＢＤ試料、非ＩＢＤ試料、健常試料、非胃腸疾患試料、セリアック試料などとしてさらに分類する方法が本明細書において提供される。
一実施形態において、本明細書において提供される方法は、ＩＢＳバイオマーカーのレベルに基づくアルゴリズムの使用を含む。ある実施形態において、アルゴリズムは、さらにシステムプロファイルに基づく。好ましい実施形態において、アルゴリズムは、統計的アルゴリズム、例えば、学習統計的分類子システムを含む。より好ましい実施形態において、アルゴリズムは、少なくとも２種の学習統計的分類子システムの組合せを含む。最も好ましい実施形態において、少なくとも２種の学習統計的分類子システムの組合せは、ランダムフォレスト分類子及びニューラルネットワーク分類子を含む。
２．ヒスタミン
１つの特定の態様において、対象における過敏性腸症候群（ＩＢＳ）の診断を補助する方法であって、（ａ）対象からの血液又は血清試料を、試料中に存在するヒスタミンがヒスタミン及びヒスタミン結合部分を含む複合体に転換させるのに好適な条件下において、ヒスタミン結合部分と接触させること；及び（ｂ）複合体のレベルを決定し、これによって試料中に存在するヒスタミンのレベルを決定することを含む方法が提供される。一実施形態において、本方法は、（ｃ）試料中に存在するヒスタミンのレベルと対照レベルとを比較することをさらに含み、対照レベルに対する試料中に存在するヒスタミンのレベルの差が、対象がＩＢＳである可能性の増加を示す。
特定の実施形態において、本発明は、ＩＢＳの診断を補助するアッセイであって、（ａ）ヒスタミンが含有される試料を、ヒスタミンがヒスタミン及び捕捉抗トリプターゼ抗体を含む複合体に転換するのに好適な条件下において、接触させること；（ｂ）複合体を酵素標識指示抗体と接触させて複合体を標識複合体に転換すること；（ｃ）標識複合体を酵素用基質と接触させること；及び（ｄ）試料中のヒスタミンの存在又はレベルを検出することを含むアッセイを提供する。
ある実施形態において、対照レベルは、健常対象からの血液若しくは血清試料中に存在するヒスタミンのレベル又は健常対象のコホートからの血液若しくは血清試料中に存在するヒスタミンの平均レベルである。他の実施形態において、対照レベルは、非ＩＢＳ対象からの血液若しくは血清試料中に存在するヒスタミンのレベル又は非ＩＢＳ対象のコホートからの血液若しくは血清試料中に存在するヒスタミンの平均レベルである。別の実施形態において、対照レベルは、疾患対象からの血液若しくは血清試料中に存在するヒスタミンのレベル又は疾患対象のコホートからの血液若しくは血清試料中に存在するヒスタミンの平均レベルである。対照レベルを決定するために有用な疾患対象の非限定的な例は、ＩＢＳの対象、非ＩＢＳ胃腸疾患の対象、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）の対象、潰瘍性大腸炎（ＵＣ）の対象、クローン病（ＣＤ）の対象、セリアック病の対象、胃食道逆流症（ＧＥＲＤ）の対象、癌の対象、胃腸管の癌の対象、胃癌の対象、小腸又は大腸癌の対象などを含む。
対照レベルが１人以上の健常対象からの血液又は血清試料中のヒスタミンのレベルである場合、対照レベルに対する対象からの試料中に存在するヒスタミンの増加したレベルが、対象がＩＢＳである可能性の増加を示す。逆に、対照が１人以上の健常対象である場合、対象からの試料中に存在するヒスタミンのレベルが対照レベルと比べて同様であるか又は低減していれば、対象がＩＢＳでない可能性の増加を示す。
対照レベルが１人以上のＩＢＳの対象の血液又は血清試料中のヒスタミンのレベルである場合、対象からの試料中に存在するヒスタミンのレベルが対照レベルと比べて同様であるか又は増加していれば、対象がＩＢＳである可能性の増加を示す。逆に、対照が１人以上のＩＢＳの対象である場合、対照レベルに対する対象からの試料中に存在するヒスタミンの低減したレベルが、対象がＩＢＳでない可能性の増加を示す。
本発明のある態様において、対象における過敏性腸症候群（ＩＢＳ）の診断を補助する方法であって、血液又は血清試料中のヒスタミン並びにプロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）及びβ−トリプターゼから選択される少なくとも１種の追加の血液又は血清バイオマーカーを検出することを含む方法が提供される。一実施形態において、本方法は、対象からの血液又は血清試料からのヒスタミン及びプロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）のレベルを検出又は決定することを含む。別の実施形態において、本方法は、対象からの血液又は血清試料からのヒスタミン及びβ−トリプターゼのレベルを検出又は決定することを含む。第３の実施形態において、本方法は、対象からの血液又は血清試料からのヒスタミン、プロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）及びβ−トリプターゼのレベルを検出又は決定することを含む。好ましくは、ヒスタミン、プロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）及び／又はβ−トリプターゼは、同一の血液又は血清試料から検出されるが、ある例において、バイオマーカーは、同一個体から採取された異なる血液又は血清試料中で、例えば、同時に又は異なる時間において検出することができる。ある実施形態において、バイオマーカーは、対象からの血液又は血清試料の異なるアリコートを用いて実施される別個のアッセイにおいて検出することができる。他の実施形態において、バイオマーカーは、単一マルチプレックス検出アッセイ、例えば、Ｌｕｍｉｎｅｘ（著作権）ｘＭＡＰ（著作権）アッセイにおいて検出することができる。
本発明のさらに他の態様において、対象における過敏性腸症候群（ＩＢＳ）の診断を補助する方法であって、血液又は血清試料中のヒスタミン並びに脳由来神経栄養因子（ＢＤＮＦ）、好中球ゼラチナーゼ関連リポカリン（ＮＧＡＬ）、ＴＮＦ関連アポトーシス弱誘導因子（ＴＷＥＡＫ）、成長関連癌遺伝子アルファ（ＧＲＯ−α）、インターロイキン−１ベータ（ＩＬ−１β）、組織メタロプロテイナーゼ阻害因子−１（ＴＩＭＰ−１）、抗サッカロマイセス・セレビシエ抗体（ＡＳＣＡ−ＩｇＡ）、抗ＣＢｉｒ−１抗体（ＣＢｉｒ１）、抗ヒト好中球細胞質抗体（ＡＮＣＡ）、抗ヒト組織トランスグルタミナーゼＩｇＡ（ｔＴＧ）及びこれらの組合せから選択される少なくとも１種の追加のバイオマーカーを検出することを含む方法が提供される。ある実施形態において、追加のバイオマーカーの少なくとも２種を検出することができる。他の実施形態において、追加のバイオマーカーの少なくとも３、４、５、６、７、８、９又は１０種を検出することができる。
少なくとも１種の診断マーカーの存在又はレベルを検出又は決定するために使用される試料は、典型的には、全血、血漿、血清、唾液、尿、糞便（すなわち、便）、涙液及び任意の他の体液又は組織試料（すなわち、生検物）、例えば、小腸若しくは結腸の試料である。好ましくは、試料は、血清、全血、血漿、糞便、尿、又は組織生検物である。ある例において、本発明の方法は、試料中の少なくとも１種の診断マーカーの存在又はレベルを検出又は決定する前に個体からの試料を得ることをさらに含む。好ましい実施形態において、追加のバイオマーカーは、血液又は血清試料から検出することができる。他の実施形態において、追加のバイオマーカーは、糞便試料又は対象の腸からの生検物から検出することができる。
一実施形態において、本方法は、血液又は血清試料からのヒスタミン及び生物試料からの脳由来神経栄養因子（ＢＤＮＦ）のレベルを検出又は決定することを含む。好ましい実施形態において、脳由来神経栄養因子（ＢＤＮＦ）は、対象からの血液又は血清試料中で検出される。別の好ましい実施形態において、脳由来神経栄養因子（ＢＤＮＦ）は、糞便試料又は対象の腸からの生検物中で検出される。他の実施形態において、少なくとも１種の追加のバイオマーカーも検出される。
一実施形態において、本方法は、血液又は血清試料からのヒスタミン及び生物試料からの好中球ゼラチナーゼ関連リポカリン（ＮＧＡＬ）のレベルを検出又は決定することを含む。好ましい実施形態において、好中球ゼラチナーゼ関連リポカリン（ＮＧＡＬ）は、対象からの血液又は血清試料中で検出される。別の好ましい実施形態において、好中球ゼラチナーゼ関連リポカリン（ＮＧＡＬ）は、糞便試料又は対象の腸からの生検物中で検出される。他の実施形態において、少なくとも１種の追加のバイオマーカーも検出される。
一実施形態において、本方法は、血液又は血清試料からのヒスタミン及び生物試料からのＴＮＦ関連アポトーシス弱誘導因子（ＴＷＥＡＫ）のレベルを検出又は決定することを含む。好ましい実施形態において、ＴＮＦ関連アポトーシス弱誘導因子（ＴＷＥＡＫ）は、対象からの血液又は血清試料中で検出される。別の好ましい実施形態において、ＴＮＦ関連アポトーシス弱誘導因子（ＴＷＥＡＫ）は、糞便試料又は対象の腸からの生検物中で検出される。他の実施形態において、少なくとも１種の追加のバイオマーカーも検出される。
一実施形態において、本方法は、血液又は血清試料からのヒスタミン及び生物試料からの成長関連癌遺伝子アルファ（ＧＲＯ−α）のレベルを検出又は決定することを含む。好ましい実施形態において、成長関連癌遺伝子アルファ（ＧＲＯ−α）は、対象からの血液又は血清試料中で検出される。別の好ましい実施形態において、成長関連癌遺伝子アルファ（ＧＲＯ−α）は、糞便試料又は対象の腸からの生検物中で検出される。他の実施形態において、少なくとも１種の追加のバイオマーカーも検出される。
一実施形態において、本方法は、血液又は血清試料からのヒスタミン及び生物試料からのインターロイキン−１ベータ（ＩＬ−１β）のレベルを検出又は決定することを含む。好ましい実施形態において、インターロイキン−１ベータ（ＩＬ−１β）は、対象からの血液又は血清試料中で検出される。別の好ましい実施形態において、インターロイキン−１ベータ（ＩＬ−１β）は、糞便試料又は対象の腸からの生検物中で検出される。他の実施形態において、少なくとも１種の追加のバイオマーカーも検出される。
一実施形態において、本方法は、血液又は血清試料からのヒスタミン及び生物試料からの組織メタロプロテイナーゼ阻害因子−１（ＴＩＭＰ−１）のレベルを検出又は決定することを含む。好ましい実施形態において、組織メタロプロテイナーゼ阻害因子−１（ＴＩＭＰ−１）は、対象からの血液又は血清試料中で検出される。別の好ましい実施形態において、組織メタロプロテイナーゼ阻害因子−１（ＴＩＭＰ−１）は、糞便試料又は対象の腸からの生検物中で検出される。他の実施形態において、少なくとも１種の追加のバイオマーカーも検出される。
一実施形態において、本方法は、血液又は血清試料からのヒスタミン及び生物試料からの抗サッカロマイセス・セレビシエ抗体（ＡＳＣＡ−ＩｇＡ）のレベルを検出又は決定することを含む。好ましい実施形態において、抗サッカロマイセス・セレビシエ抗体（ＡＳＣＡ−ＩｇＡ）は、対象からの血液又は血清試料中で検出される。別の好ましい実施形態において、抗サッカロマイセス・セレビシエ抗体（ＡＳＣＡ−ＩｇＡ）は、糞便試料又は対象の腸からの生検物中で検出される。他の実施形態において、少なくとも１種の追加のバイオマーカーも検出される。
一実施形態において、本方法は、血液又は血清試料からのヒスタミン及び生物試料からの抗ＣＢｉｒ−１抗体（ＣＢｉｒ１）のレベルを検出又は決定することを含む。好ましい実施形態において、抗ＣＢｉｒ−１抗体（ＣＢｉｒ１）は、対象からの血液又は血清試料中で検出される。別の好ましい実施形態において、抗ＣＢｉｒ−１抗体（ＣＢｉｒ１）は、糞便試料又は対象の腸からの生検物中で検出される。他の実施形態において、少なくとも１種の追加のバイオマーカーも検出される。
一実施形態において、本方法は、血液又は血清試料からのヒスタミン及び生物試料からの抗ヒト好中球細胞質抗体（ＡＮＣＡ）のレベルを検出又は決定することを含む。好ましい実施形態において、抗ヒト好中球細胞質抗体（ＡＮＣＡ）は、対象からの血液又は血清試料中で検出される。別の好ましい実施形態において、抗ヒト好中球細胞質抗体（ＡＮＣＡ）は、糞便試料又は対象の腸からの生検物中で検出される。他の実施形態において、少なくとも１種の追加のバイオマーカーも検出される。
一実施形態において、本方法は、血液又は血清試料からのヒスタミン及び生物試料からの抗ヒト組織トランスグルタミナーゼＩｇＡ（ｔＴＧ）のレベルを検出又は決定することを含む。好ましい実施形態において、抗ヒト組織トランスグルタミナーゼＩｇＡ（ｔＴＧ）は、対象からの血液又は血清試料中で検出される。別の好ましい実施形態において、抗ヒト組織トランスグルタミナーゼＩｇＡ（ｔＴＧ）は、糞便試料又は対象の腸からの生検物中で検出される。他の実施形態において、少なくとも１種の追加のバイオマーカーも検出される。
一実施形態において、本方法は、血液又は血清試料からのヒスタミン並びに血液又は血清試料、糞便試料又は対象の腸の生検物からの脳由来神経栄養因子（ＢＤＮＦ）、好中球ゼラチナーゼ関連リポカリン（ＮＧＡＬ）、ＴＮＦ関連アポトーシス弱誘導因子（ＴＷＥＡＫ）、成長関連癌遺伝子アルファ（ＧＲＯ−α）、インターロイキン−１ベータ（ＩＬ−１β）、組織メタロプロテイナーゼ阻害因子−１（ＴＩＭＰ−１）、抗サッカロマイセス・セレビシエ抗体（ＡＳＣＡ−ＩｇＡ）、抗ＣＢｉｒ−１抗体（ＣＢｉｒ１）、抗ヒト好中球細胞質抗体（ＡＮＣＡ）及び抗ヒト組織トランスグルタミナーゼＩｇＡ（ｔＴＧ）のすべてのレベルを検出又は決定することを含む。
ある実施形態において、少なくとも１種の診断マーカーの存在又はレベルは、アッセイ、例えば、ハイブリダイゼーションアッセイ又は増幅ベースアッセイを使用して決定される。本発明の方法における使用に好適なハイブリダイゼーションアッセイの例は、限定されるものではないが、ノザンブロッティング、ドットブロッティング、ＲＮアーゼプロテクション及びこれらの組合せを含む。本発明の方法における使用に好適な増幅ベースアッセイの非限定的な例は、逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ−ＰＣＲ）を含む。
ある他の実施形態において、少なくとも１種の診断マーカーの存在又はレベルは、免疫アッセイ又は免疫組織化学アッセイを使用して決定される。本発明の方法における使用に好適な免疫アッセイの非限定的な例は、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）を含む。本発明の方法における使用に好適な免疫組織化学アッセイの例は、限定されるものではないが、免疫蛍光アッセイ、例えば、直接的蛍光抗体アッセイ、間接的蛍光抗体（ＩＦＡ）アッセイ、抗補体免疫蛍光アッセイ及びアビジン−ビオチン免疫蛍光アッセイを含む。他のタイプの免疫組織化学アッセイは、免疫ペルオキシダーゼアッセイを含む。
一部の実施形態において、本明細書において提供される方法は、対象についての症状プロファイルを決定する工程をさらに含み、症状プロファイルは、対象における少なくとも１種の症状の存在又は重症度を同定することによって決定される。好ましい実施形態において、本方法は、（ｄ）対象についての症状プロファイルを決定すること（症状プロファイルは、対象における少なくとも１種の症状の存在又は重症度を同定することによって決定される）；及び（ｅ）ＩＢＳバイオマーカーのレベル及びシステムプロファイルに基づくアルゴリズムを使用して対象がＩＢＳである又はＩＢＳでないとして診断することを含む。好ましい実施形態において、対象における過敏性腸症候群（ＩＢＳ）の診断を補助する方法は、例えば、症状プロファイルと場合により組み合わせてヒスタミン又は上記のこの組合せについての診断マーカープロファイルを決定すること（症状プロファイルは、個体における少なくとも１種の症状の存在又は重症度を同定することによって決定される）；並びに診断マーカープロファイル及び症状プロファイルに基づくアルゴリズムを使用して試料をＩＢＳ試料又は非ＩＢＳ試料として分類することを含む。
症状プロファイルは、典型的には、胸痛、胸部不快感、胸焼け、普通量の食事後の不快な膨満感、普通量の食事の完食不能、腹痛、腹部不快感、便秘、下痢、膨満感、腹部膨張、疼痛又は不快感を有することに伴う消極的な思考又は感情及びこれらの組合せからなる群から選択される少なくとも１種の症状の存在及び重症度を同定することによって決定される。
好ましい実施形態において、ＩＢＳを予測するのに有用な症状プロファイルを作成するため、本明細書に記載の症状の１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０種以上の存在又は重症度が同定される。ある例において、質問票又は他の形式の記述、口頭若しくは電話調査が、症状プロファイルを生成するために使用される。質問票又は調査は、典型的には、回答者から現在及び／又は最近のＩＢＳ関連症状について、情報を収集する目的のための標準化された一連の質問及び回答を含む。
一部の実施形態において、症状プロファイルは、質問票又は調査において示された質問に対する回答のすべて又は一部を編集及び／又は分析することによって生成される。他の実施形態において、症状プロファイルは、以下の質問：「あなたは現在何らかの症状を経験していますか？」に対する個人の回答に基づき生成される。これらの実施形態のいずれかに従って作成される症状プロファイルは、ＩＢＳ予測の精度を改善するため、本明細書に記載のアルゴリズムベースの方法において、診断マーカープロファイルと組み合わせて使用することができる。
一部の実施形態において、本明細書において提供される方法は、対象がＩＢＳである見込みを提供することをさらに含む。ある実施形態において、本方法は、対象が、ＩＢＳの可能性が極めて低い、ＩＢＳの可能性が低い、ＩＢＳの可能性が高い、又はＩＢＳの可能性が極めて高いという見込みを提供することを含むことができる。関連の実施形態において、ＩＢＳ試料又は非ＩＢＳ試料と分類された試料がＩＢＳの対象からのものである見込みを提供することをさらに含む方法が提供される。ある実施形態において、本方法は、試料が、ＩＢＳの可能性が極めて低い、ＩＢＳの可能性が低い、ＩＢＳの可能性が高い、又はＩＢＳの可能性が極めて高い対象からのものである見込みを提供することを含むことができる。
他の実施形態において、本明細書において提供される方法は、ＩＢＳの診断をＩＢＳ便秘型（ＩＢＳ−Ｃ）、ＩＢＳ下痢型（ＩＢＳ−Ｄ）、ＩＢＳ混合型（ＩＢＳ−Ｍ）、ＩＢＳ交替型（ＩＢＳ−Ａ）又は感染後ＩＢＳ（ＩＢＳ−ＰＩ）として分類することをさらに含む。関連の実施形態において、試料をＩＢＳ便秘型（ＩＢＳ−Ｃ）、ＩＢＳ下痢型（ＩＢＳ−Ｄ）、ＩＢＳ混合型（ＩＢＳ−Ｍ）、ＩＢＳ交替型（ＩＢＳ−Ａ）又は感染後ＩＢＳ（ＩＢＳ−ＰＩ）試料としてさらに分類する方法が本明細書において提供される。
一実施形態において、本発明は、ＩＢＳ−Ｃからの、ＩＢＳ−Ｄ及びＩＢＳ−Ａの区別を補助するアッセイであって、（ａ）ヒスタミンが含有される試料を、ヒスタミンがヒスタミン及び捕捉抗ヒスタミン抗体を含む複合体に転換するのに好適な条件下で接触させること；（ｂ）複合体を酵素標識指示抗体と接触させて複合体を標識複合体に転換すること；（ｃ）標識複合体を酵素用基質と接触させること；及び（ｄ）試料中のヒスタミンの存在又はレベルを検出することを含むアッセイを提供する。
一部の例において、ＩＢＳ−Ｃからの、ＩＢＳ−Ｄ及びＩＢＳ−Ａの区別を補助するアッセイは、試料中のβ−トリプターゼ；及び／又はプロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）の存在又はレベルを検出することをさらに含む。
さらに他の実施形態において、本明細書において提供される方法は、ＩＢＳでない対象を、ＩＢＤである、ＩＢＤでない、セリアック病である、セリアック病でない、健常対象である又は胃腸疾患でないとして診断することをさらに含む。関連の実施形態において、非ＩＢＳ試料をＩＢＤ試料、非ＩＢＤ試料、健常試料、非胃腸疾患試料、セリアック試料などとしてさらに分類する方法が本明細書において提供される。
一実施形態において、本明細書において提供される方法は、ＩＢＳバイオマーカーのレベルに基づくアルゴリズムの使用を含む。ある実施形態において、アルゴリズムは、さらにシステムプロファイルに基づく。好ましい実施形態において、アルゴリズムは、統計的アルゴリズム、例えば、学習統計的分類子システムを含む。より好ましい実施形態において、アルゴリズムは、少なくとも２種の学習統計的分類子システムの組合せを含む。最も好ましい実施形態において、少なくとも２種の学習統計的分類子システムの組合せは、ランダムフォレスト分類子及びニューラルネットワーク分類子を含む。
３．プロスタグランジンＥ ２ （ＰＧＥ ２ ）
１つの特定の態様において、対象における過敏性腸症候群（ＩＢＳ）の診断を補助する方法であって、（ａ）対象からの血液又は血清試料を、試料中に存在するプロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）がプロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）及びプロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）結合部分を含む複合体に転換するのに好適な条件下において、プロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）結合部分と接触させること；及び（ｂ）複合体のレベルを決定し、これによって試料中に存在するプロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）のレベルを決定することを含む方法が提供される。一実施形態において、本方法は、（ｃ）試料中に存在するプロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）のレベルと対照レベルとを比較することをさらに含み、試料中に存在するプロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）のレベルを対照レベルと比べて差があれば、対象がＩＢＳである可能性の増加を示す。
特定の実施形態において、本発明は、ＩＢＳの診断を補助するアッセイであって、（ａ）プロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）が含有される試料を、プロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）を、プロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）及び捕捉抗トリプターゼ抗体を含む複合体に転換するのに好適な条件下で接触させること；（ｂ）複合体を酵素標識指示抗体と接触させて複合体を標識複合体に転換すること；（ｃ）標識複合体を酵素用基質と接触させること；及び（ｄ）試料中のプロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）の存在又はレベルを検出することを含むアッセイを提供する。
ある実施形態において、対照レベルは、健常対象からの血液若しくは血清試料中に存在するプロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）のレベル又は健常対象のコホートからの血液若しくは血清試料中に存在するプロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）の平均レベルである。他の実施形態において、対照レベルは、非ＩＢＳ対象からの血液若しくは血清試料中に存在するプロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）のレベル又は非ＩＢＳ対象のコホートからの血液若しくは血清試料中に存在するプロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）の平均レベルである。別の実施形態において、対照レベルは、疾患対象からの血液若しくは血清試料中に存在するプロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）のレベル又は疾患対象のコホートからの血液若しくは血清試料中に存在するプロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）の平均レベルである。対照レベルを決定するために有用な疾患対象の非限定的な例は、ＩＢＳの対象、非ＩＢＳ胃腸疾患の対象、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）の対象、潰瘍性大腸炎（ＵＣ）の対象、クローン病（ＣＤ）の対象、セリアック病の対象、胃食道逆流症（ＧＥＲＤ）の対象、癌の対象、胃腸管の癌の対象、胃癌の対象、小腸又は大腸癌の対象などを含む。
対照レベルが１人以上の健常対象の血液又は血清試料中のプロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）のレベルである場合、対象からの試料中に存在するプロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）のレベルが対照レベルと比べて増加していれば、対象がＩＢＳである可能性の増加を示す。逆に、対照が１人以上の健常対象である場合、対象からの試料中に存在するプロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）のレベルが対照レベルと比べて同様であるか又は低減していれば、対象がＩＢＳでない可能性の増加を示す。
対照レベルが１人以上のＩＢＳの対象の血液又は血清試料中のプロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）のレベルである場合、対象からの試料中に存在するプロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）のレベルが対照レベルと比べて同様であるか又は増加していれば、対象がＩＢＳである可能性の増加を示す。逆に、対照が１人以上のＩＢＳの対象である場合、対象からの試料中に存在するプロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）のレベルが対照レベルと比べて低減していれば、対象がＩＢＳでない可能性の増加を示す。
本発明のある態様において、対象における過敏性腸症候群（ＩＢＳ）の診断を補助する方法であって、血液又は血清試料中のプロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）並びにヒスタミン及びβ−トリプターゼから選択される少なくとも１種の追加の血液又は血清バイオマーカーを検出することを含む方法が提供される。一実施形態において、本方法は、対象からの血液又は血清試料からのプロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）及びヒスタミンのレベルを検出又は決定することを含む。別の実施形態において、本方法は、対象からの血液又は血清試料からのプロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）及びβ−トリプターゼのレベルを検出又は決定することを含む。第３の実施形態において、本方法は、対象からの血液又は血清試料からのプロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）、ヒスタミン及びβ−トリプターゼのレベルを検出又は決定することを含む。好ましくは、プロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）、ヒスタミン及び／又はβ−トリプターゼは、同一の血液又は血清試料から検出されるが、ある例において、バイオマーカーは、同一個体から採取された異なる血液又は血清試料中で、例えば、同時に又は異なる時間において検出することができる。ある実施形態において、バイオマーカーは、対象からの血液又は血清試料の異なるアリコートを用いて実施される別個のアッセイにおいて検出することができる。他の実施形態において、バイオマーカーは、単一マルチプレックス検出アッセイ、例えば、Ｌｕｍｉｎｅｘ（著作権）ｘＭＡＰ（著作権）アッセイにおいて検出することができる。
本発明のさらに他の態様において、対象における過敏性腸症候群（ＩＢＳ）の診断を補助する方法であって、血液又は血清試料中のプロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）並びに脳由来神経栄養因子（ＢＤＮＦ）、好中球ゼラチナーゼ関連リポカリン（ＮＧＡＬ）、ＴＮＦ関連アポトーシス弱誘導因子（ＴＷＥＡＫ）、成長関連癌遺伝子アルファ（ＧＲＯ−α）、インターロイキン−１ベータ（ＩＬ−１β）、組織メタロプロテイナーゼ阻害因子−１（ＴＩＭＰ−１）、抗サッカロマイセス・セレビシエ抗体（ＡＳＣＡ−ＩｇＡ）、抗ＣＢｉｒ−１抗体（ＣＢｉｒ１）、抗ヒト好中球細胞質抗体（ＡＮＣＡ）、抗ヒト組織トランスグルタミナーゼＩｇＡ（ｔＴＧ）及びこれらの組合せから選択される少なくとも１種の追加のバイオマーカーを検出することを含む方法が提供される。ある実施形態において、追加のバイオマーカーの少なくとも２種を検出することができる。他の実施形態において、追加のバイオマーカーの少なくとも３、４、５、６、７、８、９又は１０種を検出することができる。
少なくとも１種の診断マーカーの存在又はレベルを検出又は決定するために使用される試料は、典型的には、全血、血漿、血清、唾液、尿、糞便（すなわち、便）、涙液及び任意の他の体液又は組織試料（すなわち、生検物）、例えば、小腸若しくは結腸の試料である。好ましくは、試料は、血清、全血、血漿、糞便、尿又は組織生検物である。ある例において、本発明の方法は、試料中の少なくとも１種の診断マーカーの存在又はレベルを検出又は決定する前に個体からの試料を得ることをさらに含む。好ましい実施形態において、追加のバイオマーカーは、血液又は血清試料から検出することができる。他の実施形態において、追加のバイオマーカーは、糞便試料又は対象の腸からの生検物から検出することができる。
一実施形態において、本方法は、血液又は血清試料からのプロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）及び生物試料からの脳由来神経栄養因子（ＢＤＮＦ）のレベルを検出又は決定することを含む。好ましい実施形態において、脳由来神経栄養因子（ＢＤＮＦ）は、対象からの血液又は血清試料中で検出される。別の好ましい実施形態において、脳由来神経栄養因子（ＢＤＮＦ）は、糞便試料又は対象の腸からの生検物中で検出される。他の実施形態において、少なくとも１種の追加のバイオマーカーも検出される。
一実施形態において、本方法は、血液又は血清試料からのプロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）及び生物試料からの好中球ゼラチナーゼ関連リポカリン（ＮＧＡＬ）のレベルを検出又は決定することを含む。好ましい実施形態において、好中球ゼラチナーゼ関連リポカリン（ＮＧＡＬ）は、対象からの血液又は血清試料中で検出される。別の好ましい実施形態において、好中球ゼラチナーゼ関連リポカリン（ＮＧＡＬ）は、糞便試料又は対象の腸からの生検物中で検出される。他の実施形態において、少なくとも１種の追加のバイオマーカーも検出される。
一実施形態において、本方法は、血液又は血清試料からのプロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）及び生物試料からのＴＮＦ関連アポトーシス弱誘導因子（ＴＷＥＡＫ）のレベルを検出又は決定することを含む。好ましい実施形態において、ＴＮＦ関連アポトーシス弱誘導因子（ＴＷＥＡＫ）は、対象からの血液又は血清試料中で検出される。別の好ましい実施形態において、ＴＮＦ関連アポトーシス弱誘導因子（ＴＷＥＡＫ）は、糞便試料又は対象の腸からの生検物中で検出される。他の実施形態において、少なくとも１種の追加のバイオマーカーも検出される。
一実施形態において、本方法は、血液又は血清試料からのプロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）及び生物試料からの成長関連癌遺伝子アルファ（ＧＲＯ−α）のレベルを検出又は決定することを含む。好ましい実施形態において、成長関連癌遺伝子アルファ（ＧＲＯ−α）は、対象からの血液又は血清試料中で検出される。別の好ましい実施形態において、成長関連癌遺伝子アルファ（ＧＲＯ−α）は、糞便試料又は対象の腸からの生検物中で検出される。他の実施形態において、少なくとも１種の追加のバイオマーカーも検出される。
一実施形態において、本方法は、血液又は血清試料からのプロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）及び生物試料からのインターロイキン−１ベータ（ＩＬ−１β）のレベルを検出又は決定することを含む。好ましい実施形態において、インターロイキン−１ベータ（ＩＬ−１β）は、対象からの血液又は血清試料中で検出される。別の好ましい実施形態において、インターロイキン−１ベータ（ＩＬ−１β）は、糞便試料又は対象の腸からの生検物中で検出される。他の実施形態において、少なくとも１種の追加のバイオマーカーも検出される。
一実施形態において、本方法は、血液又は血清試料からのプロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）及び生物試料からの組織メタロプロテイナーゼ阻害因子−１（ＴＩＭＰ−１）のレベルを検出又は決定することを含む。好ましい実施形態において、組織メタロプロテイナーゼ阻害因子−１（ＴＩＭＰ−１）は、対象からの血液又は血清試料中で検出される。別の好ましい実施形態において、組織メタロプロテイナーゼ阻害因子−１（ＴＩＭＰ−１）は、糞便試料又は対象の腸からの生検物中で検出される。他の実施形態において、少なくとも１種の追加のバイオマーカーも検出される。
一実施形態において、本方法は、血液又は血清試料からのプロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）及び生物試料からの抗サッカロマイセス・セレビシエ抗体（ＡＳＣＡ−ＩｇＡ）のレベルを検出又は決定することを含む。好ましい実施形態において、抗サッカロマイセス・セレビシエ抗体（ＡＳＣＡ−ＩｇＡ）は、対象からの血液又は血清試料中で検出される。別の好ましい実施形態において、抗サッカロマイセス・セレビシエ抗体（ＡＳＣＡ−ＩｇＡ）は、糞便試料又は対象の腸からの生検物中で検出される。他の実施形態において、少なくとも１種の追加のバイオマーカーも検出される。
一実施形態において、本方法は、血液又は血清試料からのプロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）及び生物試料からの抗ＣＢｉｒ−１抗体（ＣＢｉｒ１）のレベルを検出又は決定することを含む。好ましい実施形態において、抗ＣＢｉｒ−１抗体（ＣＢｉｒ１）は、対象からの血液又は血清試料中で検出される。別の好ましい実施形態において、抗ＣＢｉｒ−１抗体（ＣＢｉｒ１）は、糞便試料又は対象の腸からの生検物中で検出される。他の実施形態において、少なくとも１種の追加のバイオマーカーも検出される。
一実施形態において、本方法は、血液又は血清試料からのプロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）及び生物試料からの抗ヒト好中球細胞質抗体（ＡＮＣＡ）のレベルを検出又は決定することを含む。好ましい実施形態において、抗ヒト好中球細胞質抗体（ＡＮＣＡ）は、対象からの血液又は血清試料中で検出される。別の好ましい実施形態において、抗ヒト好中球細胞質抗体（ＡＮＣＡ）は、糞便試料又は対象の腸からの生検物中で検出される。他の実施形態において、少なくとも１種の追加のバイオマーカーも検出される。
一実施形態において、本方法は、血液又は血清試料からのプロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）及び生物試料からの抗ヒト組織トランスグルタミナーゼＩｇＡ（ｔＴＧ）のレベルを検出又は決定することを含む。好ましい実施形態において、抗ヒト組織トランスグルタミナーゼＩｇＡ（ｔＴＧ）は、対象からの血液又は血清試料中で検出される。別の好ましい実施形態において、抗ヒト組織トランスグルタミナーゼＩｇＡ（ｔＴＧ）は、糞便試料又は対象の腸からの生検物中で検出される。他の実施形態において、少なくとも１種の追加のバイオマーカーも検出される。
一実施形態において、本方法は、血液又は血清試料からのプロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）並びに血液又は血清試料、糞便試料又は対象の腸の生検物からの脳由来神経栄養因子（ＢＤＮＦ）、好中球ゼラチナーゼ関連リポカリン（ＮＧＡＬ）、ＴＮＦ関連アポトーシス弱誘導因子（ＴＷＥＡＫ）、成長関連癌遺伝子アルファ（ＧＲＯ−α）、インターロイキン−１ベータ（ＩＬ−１β）、組織メタロプロテイナーゼ阻害因子−１（ＴＩＭＰ−１）、抗サッカロマイセス・セレビシエ抗体（ＡＳＣＡ−ＩｇＡ）、抗ＣＢｉｒ−１抗体（ＣＢｉｒ１）、抗ヒト好中球細胞質抗体（ＡＮＣＡ）及び抗ヒト組織トランスグルタミナーゼＩｇＡ（ｔＴＧ）のすべてのレベルを検出又は決定することを含む。
ある実施形態において、少なくとも１種の診断マーカーの存在又はレベルは、アッセイ、例えば、ハイブリダイゼーションアッセイ又は増幅ベースアッセイを使用して決定される。本発明の方法における使用に好適なハイブリダイゼーションアッセイの例は、限定されるものではないが、ノザンブロッティング、ドットブロッティング、ＲＮアーゼプロテクション及びこれらの組合せを含む。本発明の方法における使用に好適な増幅ベースアッセイの非限定的な例は、逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ−ＰＣＲ）を含む。
ある他の実施形態において、少なくとも１種の診断マーカーの存在又はレベルは、免疫アッセイ又は免疫組織化学アッセイを使用して決定される。本発明の方法における使用に好適な免疫アッセイの非限定的な例は、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）を含む。本発明の方法における使用に好適な免疫組織化学アッセイの例は、限定されるものではないが、免疫蛍光アッセイ、例えば、直接的蛍光抗体アッセイ、間接的蛍光抗体（ＩＦＡ）アッセイ、抗補体免疫蛍光アッセイ及びアビジン−ビオチン免疫蛍光アッセイを含む。他のタイプの免疫組織化学アッセイは、免疫ペルオキシダーゼアッセイを含む。
一部の実施形態において、本明細書において提供される方法は、対象についての症状プロファイルを決定する工程をさらに含み、症状プロファイルは、対象における少なくとも１種の症状の存在又は重症度を同定することによって決定される。好ましい実施形態において、本方法は、（ｄ）対象についての症状プロファイルを決定すること（症状プロファイルは、対象における少なくとも１種の症状の存在又は重症度を同定することによって決定される）；及び（ｅ）ＩＢＳバイオマーカーのレベル及びシステムプロファイルに基づくアルゴリズムを使用して対象がＩＢＳである又はＩＢＳでないとして診断することを含む。好ましい実施形態において、対象における過敏性腸症候群（ＩＢＳ）の診断を補助する方法は、例えば、症状プロファイルと場合により組み合わせてプロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）又は上記のこの組合せについての診断マーカープロファイルを決定すること（症状プロファイルは、個体における少なくとも１種の症状の存在又は重症度を同定することによって決定される）；及び診断マーカープロファイル及び症状プロファイルに基づくアルゴリズムを使用して試料をＩＢＳ試料又は非ＩＢＳ試料として分類することを含む。
症状プロファイルは、典型的には、胸痛、胸部不快感、胸焼け、普通量の食事後の不快な膨満感、普通量の食事の完食不能、腹痛、腹部不快感、便秘、下痢、膨満感、腹部膨張、疼痛又は不快感を有することに伴う消極的な思考又は感情及びこれらの組合せからなる群から選択される少なくとも１種の症状の存在及び重症度を同定することによって決定される。
好ましい実施形態において、ＩＢＳを予測するのに有用な症状プロファイルを作成するため、本明細書に記載の症状の１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０種以上の存在又は重症度が同定される。ある例において、質問票又は他の形式の記述、口頭若しくは電話調査が、症状プロファイルを生成するために使用される。質問票又は調査は、典型的には、回答者から現在及び／又は最近のＩＢＳ関連症状について情報を収集する目的のための標準化された一連の質問及び回答を含む。
一部の実施形態において、症状プロファイルは、質問票又は調査において示された質問に対する回答のすべて又は一部の編集及び／又は分析することによって生成される。他の実施形態において、症状プロファイルは、以下の質問：「あなたは現在何らかの症状を経験していますか？」に対する個人の回答に基づき生成される。これらの実施形態のいずれかに従って作成される症状プロファイルは、ＩＢＳ予測の精度を改善するため、本明細書に記載のアルゴリズムベースの方法において、診断マーカープロファイルと組み合わせて使用することができる。
一部の実施形態において、本明細書において提供される方法は、対象がＩＢＳである見込みを提供することをさらに含む。ある実施形態において、本方法は、対象が、ＩＢＳの可能性が極めて低い、ＩＢＳの可能性が低い、ＩＢＳの可能性が高い、又はＩＢＳの可能性が極めて高いという見込みを提供することを含むことができる。関連の実施形態において、ＩＢＳ試料又は非ＩＢＳ試料と分類された試料がＩＢＳの対象からのものである見込みを提供することをさらに含む方法が提供される。ある実施形態において、本方法は、試料が、ＩＢＳの可能性が極めて低い、ＩＢＳの可能性が低い、ＩＢＳの可能性が高い、又はＩＢＳの可能性が極めて高い対象からのものである見込みを提供することを含むことができる。
他の実施形態において、本明細書において提供される方法は、ＩＢＳの診断をＩＢＳ便秘型（ＩＢＳ−Ｃ）、ＩＢＳ下痢型（ＩＢＳ−Ｄ）、ＩＢＳ混合型（ＩＢＳ−Ｍ）、ＩＢＳ交替型（ＩＢＳ−Ａ）又は感染後ＩＢＳ（ＩＢＳ−ＰＩ）として分類することをさらに含む。関連の実施形態において、試料をＩＢＳ便秘型（ＩＢＳ−Ｃ）、ＩＢＳ下痢型（ＩＢＳ−Ｄ）、ＩＢＳ混合型（ＩＢＳ−Ｍ）、ＩＢＳ交替型（ＩＢＳ−Ａ）又は感染後ＩＢＳ（ＩＢＳ−ＰＩ）試料としてさらに分類する方法が本明細書において提供される。
一実施形態において、本発明は、ＩＢＳ−Ｃからの、ＩＢＳ−Ｄ及びＩＢＳ−Ａの区別を補助するアッセイであって、（ａ）プロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）が含有される試料を、プロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）を、プロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）及び捕捉抗プロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）抗体を含む複合体に転換するのに好適な条件下で接触させること；（ｂ）複合体を酵素標識指示抗体と接触させて複合体を標識複合体に転換すること；（ｃ）標識複合体を酵素用基質と接触させること；及び（ｄ）試料中のプロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）の存在又はレベルを検出することを含むアッセイを提供する。
一部の例において、ＩＢＳ−Ｃからの、ＩＢＳ−Ｄ及びＩＢＳ−Ａの区別を補助するアッセイは、試料中のβ−トリプターゼ；及び／又はヒスタミンの存在又はレベルを検出することをさらに含む。
さらに他の実施形態において、本明細書において提供される方法は、ＩＢＳでない対象を、ＩＢＤである、ＩＢＤでない、セリアック病である、セリアック病でない、健常対象である又は胃腸疾患でないとして診断することをさらに含む。関連の実施形態において、非ＩＢＳ試料をＩＢＤ試料、非ＩＢＤ試料、健常試料、非胃腸疾患試料、セリアック試料などとしてさらに分類する方法が本明細書において提供される。
一実施形態において、本明細書において提供される方法は、ＩＢＳバイオマーカーのレベルに基づくアルゴリズムの使用を含む。ある実施形態において、アルゴリズムは、さらにシステムプロファイルに基づく。好ましい実施形態において、アルゴリズムは、統計的アルゴリズム、例えば、学習統計的分類子システムを含む。より好ましい実施形態において、アルゴリズムは、少なくとも２種の学習統計的分類子システムの組合せを含む。最も好ましい実施形態において、少なくとも２種の学習統計的分類子システムの組合せは、ランダムフォレスト分類子及びニューラルネットワーク分類子を含む。
４．症状プロファイル
一部の実施形態において、ＩＢＳの診断を補助する方法は、症状プロファイルと場合により組み合わせて診断マーカープロファイルを決定すること（症状プロファイルは、個体における少なくとも１種の症状の存在又は重症度を同定することによって決定される）；並びに診断マーカープロファイル及び症状プロファイルに基づくアルゴリズムを使用して試料をＩＢＳ試料又は非ＩＢＳ試料として分類することを含む。当業者は、診断マーカープロファイル及び症状プロファイルを同時に又は任意の順序で連続的に決定することができることを認識する。
症状プロファイルは、典型的には、胸痛、胸部不快感、胸焼け、普通量の食事後の不快な膨満感、普通量の食事の完食不能、腹痛、腹部不快感、便秘、下痢、膨満感、腹部膨張、疼痛又は不快感を有することに伴う消極的な思考又は感情及びこれらの組合せからなる群から選択される少なくとも１種の症状の存在及び重症度を同定することによって決定される。
好ましい実施形態において、ＩＢＳを予測するのに有用な症状プロファイルを作成するため、本明細書に記載の症状の１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０種以上の存在又は重症度が同定される。ある例において、質問票又は他の形式の記述、口頭若しくは電話調査が、症状プロファイルを生成するために使用される。質問票又は調査は、典型的には、回答者から現在及び／又は最近のＩＢＳ関連症状について情報を収集する目的のための標準化された一連の質問及び回答を含む。例えば、実施例１３は、個体における１種以上のＩＢＳ関連症状の存在又は重症度を同定するために質問票に含めることができる例示的な質問を提供する。
ある実施形態において、症状プロファイルは、質問票又は調査において示された質問に対する回答のすべて又は一部を編集及び／又は分析することによって生成される。ある他の実施形態において、症状プロファイルは、以下の質問：「あなたは現在何らかの症状を経験していますか？」に対する個人の回答に基づき生成される。これらの実施形態のいずれかに従って作成される症状プロファイルは、ＩＢＳ予測の精度を改善するため、本明細書に記載のアルゴリズムベースの方法において、診断マーカープロファイルと組み合わせて使用することができる。
５．統計的アルゴリズムの使用
一部の実施形態において、対象における過敏性腸症候群（ＩＢＳ）の診断を補助する方法は、統計的アルゴリズムと併用する診断マーカープロファイル単独又は症状プロファイルとの組合せに基づく。ある例において、統計的アルゴリズムは、学習統計的分類子システムである。学習統計的分類子システムは、ランダムフォレスト（ＲＦ）、分類及び回帰ツリー（Ｃ＆ＲＴ）、ブーストされたツリー、ニューラルネットワーク（ＮＮ）、サポートベクターマシン（ＳＶＭ）、一般的なカイ二乗自動相互作用検出モデル、インタラクティブツリー、多変量適応的回帰スプライン、機械学習分類子及びこれらの組合せからなる群から選択することができる。好ましくは、学習統計的分類子システムは、ツリーベースの統計的アルゴリズム（例えば、ＲＦ、Ｃ＆ＲＴなど）及び／又はＮＮ（例えば、人工的ＮＮなど）である。本発明における使用に好適な学習統計的分類子システムの追加の例は、米国特許出願第１１／３６８，２８５号に記載されている。ある実施形態において、本方法は、対象からの試料をＩＢＳ試料又は非ＩＢＳ試料として分類することを含む。
ある例において、統計的アルゴリズムは、単一の学習統計的分類子システムである。好ましくは、単一の学習統計的分類子システムは、ツリーベースの統計的アルゴリズム、例えば、ＲＦ又はＣ＆ＲＴを含む。非限定的な例として、単一の学習統計的分類子システムは、予測値又は確率値、及び少なくとも１種の診断マーカー（すなわち、診断マーカープロファイル）の存在若しくはレベル単独、又は少なくとも１種の症状（すなわち、症状プロファイル）の存在若しくは重症度との組合せに基づき、試料をＩＢＳ試料又は非ＩＢＳ試料として分類するために使用することができる。単一の学習統計的分類子システムの使用は、典型的には、少なくとも約７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％の感度、特異度、陽性適中率、陰性適中率及び／又は全体精度を伴い、試料をＩＢＳ試料として分類する。例えば、試料をＩＢＳ試料又は非ＩＢＳ試料として分類することは、対象におけるＩＢＳの診断の補助に有用である。
ある他の例において、統計的アルゴリズムは、少なくとも２種の学習統計的分類子システムの組合せである。好ましくは、学習統計的分類子システムの組合せは、例えば、タンデム又はパラレルで使用されるＲＦ及びＮＮを含む。非限定的な例として、最初にＲＦを使用して診断マーカープロファイル単独、又は症状プロファイルとの組合せに基づく予測値又は確率値を作成することができ、次いでＮＮを使用して予測値又は確率値及び同一又は異なる診断マーカープロファイル又はプロファイルの組合せに基づき試料をＩＢＳ試料又は非ＩＢＳ試料として分類することができる。有利には、本発明の複合型ＲＦ／ＮＮ学習統計的分類子システムは、少なくとも約７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％の感度、特異度、陽性適中率、陰性適中率及び／又は全体精度を伴い、試料をＩＢＳ試料として分類する。特に好ましい実施形態において、統計的アルゴリズムは、ランダムフォレスト分類子又はランダムフォレスト分類子及びニューラルネットワーク分類子の組合せである。
一部の例において、１種以上の学習統計的分類子システムを使用して得られたデータは、処理アルゴリズムを使用して処理することができる。このような処理アルゴリズムは、例えば、多層パーセプトロン、バックプロパゲーションネットワーク及びレーベンバーグ・マルカートアルゴリズムからなる群から選択することができる。他の例において、このような処理アルゴリズムの組合せを、例えばパラレル又はシリアル方式で使用することができる。
ある他の実施形態において、本発明の方法は、臨床医、例えば、胃腸科専門医又は一般開業医にＩＢＳ分類結果を送付することをさらに含む。別の実施形態において、本発明の方法は、個体がＩＢＳである確率の形式で診断を提供することができる。例えば、個体は、ＩＢＳである確率が約０％、５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％以上であり得る。さらに別の実施形態において、本発明の方法は、個体におけるＩＢＳの予後をさらに提供することができる。例えば、予後は、外科処置、ＩＢＳのカテゴリー若しくは臨床サブタイプの発現、１種以上の症状の発現又は疾患からの回復であり得る。
Ｂ．アッセイ及びキット
一態様において、本発明は、血液又は血清試料中のβ−トリプターゼを検出するアッセイであって、（ａ）固相表面を第１の抗β−トリプターゼ捕捉抗体によりコーティングする工程；（ｂ）固相表面を血液又は血清試料と、試料中に存在するβ−トリプターゼがβ−トリプターゼ及び抗β−トリプターゼ捕捉抗体を含む複合体に転換するのに好適な条件下において接触させる工程；（ｃ）β−トリプターゼ及び抗β−トリプターゼ複合体を、第２の検出抗体と、三重複合体を形成するのに好適な条件下で接触させる工程；及び（ｄ）三重複合体を、発光又は化学発光基質と接触させる工程を含む方法を提供する。
一実施形態において、検出抗体は、アルカリホスファターゼにコンジュゲートされている。他の実施形態において、検出抗体は酵素にコンジュゲートされておらず、本方法は、（ｉ）三重複合体を、アルカリホスファターゼにコンジュゲートされた第３の抗体と、四重複合体を形成するのに好適な条件下で接触させる工程及び（ｉｉ）四重複合体を発光又は化学発光基質と接触させる工程をさらに含む。
サンドイッチＥＬＩＳＡにおける抗体の捕捉及び検出のため、任意の好適な抗体ペアを使用することができる。当業者は、アッセイに適切な抗体ペアを選択する方法を理解及び認識する。一般に、対象となる標的、例えば、β−トリプターゼに、第１の（捕捉）抗体の結合が第２の（検出）抗体を干渉しないように、異なるエピトープにおいて結合する２種の抗体が選択される。ある実施形態において、複合体の検出を補助するため、検出抗体は、酵素、例えば、アルカリホスファターゼにコンジュゲートされている。他の実施形態において、検出抗体に結合する酵素（例えば、アルカリホスファターゼ）にコンジュゲートされた二次抗体をアッセイにおいて使用することができる。
一般に、複合体は、発光基質、例えば、キット、例えば、Ｕｌｔｒａ ＬＩＴＥ（商品名）（ＮＡＧ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ）；ＳｅｎｓｏＬｙｔｅ（商標）（ＡｎａＳｐｅｃ）；ＳｕｐｅｒＳｉｇｎａｌ ＥＬＩＳＡ Ｆｅｍｔｏ Ｍａｘｉｍｕｍ Ｓｅｎｓｉｔｉｖｉｔｙ Ｓｕｂｓｔｒａｔｅ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）；ＳｕｐｅｒＳｉｇｎａｌ ＥＬＩＳＡ Ｐｉｃｏ Ｃｈｅｍｉｌｕｍｉｎｅｓｃｅｎｔ Ｓｕｂｓｔｒａｔｅ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）に見出される発光基質；又はＣＰＳＤ（ジナトリウム３−（４−メトキシスピロ｛１，２−ジオキセタン−３，２’−（５’−クロロ）トリシクロ［３．３．１．１３，７］デカン｝−４−イル）フェニルホスフェート；Ｔｒｏｐｉｘ，Ｉｎｃ）の使用により検出される。
好ましい実施形態において、β−トリプターゼの存在又はレベルを検出するアッセイは、アッセイ感度を向上させるため、検出抗体としてのアルカリホスファターゼにコンジュゲートされた抗トリプターゼ抗体及びＣＰＳＤ含有発光基質の使用に依存するサンドイッチＥＬＩＳＡを含む。ＣＰＳＤ基質は、化学発光検出系、例えば、ＥＬＩＳＡ−Ｌｉｇｈｔ（商品名）Ｓｙｓｔｅｍ（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）に見出すことができる。特に好ましい実施形態において、サンドイッチＥＬＩＳＡにおいて使用される検出抗体は、抗トリプターゼ抗体Ｇ３（ｓｃ−３３６７６；Ｓａｎｔａ Ｃｒｕｚ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｉｎｃ．；Ｓａｎｔａ Ｃｒｕｚ，ＣＡ）である。
本アッセイの好ましい実施形態において、血液又は血清試料中に存在するβ−トリプターゼの検出限界は、約５００ｐｇ／ｍＬ未満である。ある実施形態において、血液又は血清試料中に存在するβ−トリプターゼの検出限界は、約５００ｐｇ／ｍＬ未満又は約４００ｐｇ／ｍＬ未満、３００ｐｇ／ｍＬ、２５０ｐｇ／ｍＬ、２００ｐｇ／ｍＬ、１５０ｐｇ／ｍＬ、１００ｐｇ／ｍＬ、７５ｐｇ／ｍＬ、５０ｐｇ／ｍＬ、４０ｐｇ／ｍＬ、３０ｐｇ／ｍＬ、２５ｐｇ／ｍＬ、２０ｐｇ／ｍＬ、１５ｐｇ／ｍＬ又は約１０ｐｇ／ｍＬ未満である。好ましい実施形態において、血液又は血清試料中に存在するβ−トリプターゼの検出限界は、約２００ｐｇ／ｍＬ未満である。より好ましい実施形態において、血液又は血清試料中に存在するβ−トリプターゼの検出限界は、約１００ｐｇ／ｍＬ未満である。より好ましい実施形態において、血液又は血清試料中に存在するβ−トリプターゼの検出限界は、約５０ｐｇ／ｍＬ未満である。最も好ましい実施形態において、血液又は血清試料中に存在するβ−トリプターゼの検出限界は、約２５ｐｇ／ｍＬ未満である。
別の態様において、本発明は、ＩＢＳの診断を補助するアッセイであって、（ａ）β−トリプターゼを有する試料を、β−トリプターゼがβ−トリプターゼ及び捕捉抗トリプターゼ抗体を含む複合体に転換するのに好適な条件下において、接触させること；（ｂ）複合体を酵素標識指示抗体と接触させて複合体を標識複合体に転換すること；（ｃ）標識複合体を酵素用基質と接触させること；及び（ｄ）試料中のβ−トリプターゼの存在又はレベルを検出することを含むアッセイを提供する。
ＩＢＳの診断を補助するアッセイの一実施形態において、試料はヒト血清である。
ＩＢＳの診断を補助するアッセイの別の実施形態において、試料はＩＢＳの疑いがある対象から得られる。
ＩＢＳの診断を補助するアッセイの別の実施形態において、試料中のβ−トリプターゼのレベルが健常対照と比べて高ければ、対象がＩＢＳである可能性の増加を示す。
ＩＢＳの診断を補助するアッセイの別の実施形態において、アッセイは酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）である。
ＩＢＳの診断を補助するアッセイの別の実施形態において、試料中のβ−トリプターゼの存在又はレベルの検出は、検出装置の使用を含む。
ＩＢＳの診断を補助するアッセイの別の実施形態において、検出装置は発光プレートリーダーを含む。
ＩＢＳの診断を補助するアッセイの別の実施形態において、検出装置は分光光度計を含む。
ＩＢＳの診断を補助するアッセイの別の実施形態において、アッセイは、試料中のプロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）及び／又はヒスタミンの存在又はレベルの検出をさらに含む。
別の態様において、本発明は、ＩＢＳの臨床サブタイプの区別を補助するアッセイであって、（ａ）β−トリプターゼを有する試料を、β−トリプターゼがβ−トリプターゼ及び捕捉抗トリプターゼ抗体を含む複合体に転換するのに好適な条件下において、接触させること；（ｂ）複合体を酵素標識指示抗体と接触させて複合体を標識複合体に転換すること；（ｃ）標識複合体を酵素用基質と接触させること；及び（ｄ）試料中のβ−トリプターゼの存在又はレベルを検出することを含むアッセイを提供する。
ＩＢＳの臨床サブタイプの区別を補助するアッセイの一実施形態において、アッセイは、ＩＢＳ−Ｄ及びＩＢＳ−ＡとＩＢＳ−Ｃとの区別を補助する。
ＩＢＳの臨床サブタイプの区別を補助するアッセイの別の実施形態において、試料はヒト血清である。
ＩＢＳの臨床サブタイプの区別を補助するアッセイの別の実施形態において、アッセイは酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）である。
ＩＢＳの臨床サブタイプの区別を補助するアッセイの別の実施形態において、試料中のβ−トリプターゼの存在又はレベルの検出は、検出装置の使用を含む。
ＩＢＳの臨床サブタイプの区別を補助するアッセイの別の実施形態において、アッセイは、試料中のプロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）及び／又はヒスタミンの存在又はレベルの検出をさらに含む。
さらに別の態様において、本発明は、ＩＢＳの診断を補助するアッセイであって、（ａ）β−トリプターゼ、プロスタグランジンＥ２及び／又はヒスタミンを有する試料を、β−トリプターゼ、プロスタグランジンＥ２及び／又はヒスタミンが、β−トリプターゼ、プロスタグランジンＥ２及び／又はヒスタミン並びに捕捉抗β−トリプターゼ、抗プロスタグランジンＥ２及び／又は抗ヒスタミン抗体を含む複合体に転換するのに好適な条件下において、接触させること；（ｂ）複合体を酵素標識指示抗体と接触させて複合体を標識複合体に転換すること；（ｃ）標識複合体を酵素用基質と接触させること；及び（ｄ）試料中のβ−トリプターゼ、プロスタグランジンＥ２及び／又はヒスタミンの存在又はレベルを検出することを含むアッセイを提供する。
ある実施形態において、本明細書において提供されるアッセイは、脳由来神経栄養因子（ＢＤＮＦ）、好中球ゼラチナーゼ関連リポカリン（ＮＧＡＬ）、ＴＮＦ関連アポトーシス弱誘導因子（ＴＷＥＡＫ）、成長関連癌遺伝子アルファ（ＧＲＯ−α）、インターロイキン−１ベータ（ＩＬ−１β）、組織メタロプロテイナーゼ阻害因子−１（ＴＩＭＰ−１）、抗サッカロマイセス・セレビシエ抗体（ＡＳＣＡ−ＩｇＡ）、抗ＣＢｉｒ−１抗体（ＣＢｉｒ１）、抗ヒト好中球細胞質抗体（ＡＮＣＡ）、抗ヒト組織トランスグルタミナーゼＩｇＡ（ｔＴＧ）及びこれらの組合せからなる群から選択される少なくとも１種の追加のバイオマーカーの存在又はレベルを検出することをさらに含むことができる。
さらに他の実施形態において、本明細書において提供されるアッセイは、サイトカイン（例えば、ＩＬ−８、ＩＬ−１β、ＴＷＥＡＫ、レプチン、ＯＰＧ、ＭＩＰ−３β、ＧＲＯα、ＣＸＣＬ４／ＰＦ−４及び／又はＣＸＣＬ７／ＮＡＰ−２）、成長因子（例えば、ＥＧＦ、ＶＥＧＦ、ＰＥＤＦ、ＢＤＮＦ及び／又はＳＤＧＦ）、抗好中球抗体（例えば、ＡＮＣＡ、ｐＡＮＣＡ、ｃＡＮＣＡ、ＮＳＮＡ及び／又はＳＡＰＰＡ）、ＡＳＣＡ（例えば、ＡＳＣＡ−ＩｇＡ、ＡＳＣＡ−ＩｇＧ及び／又はＡＳＣＡ−ＩｇＭ）、抗菌性抗体（例えば、抗ＯｍｐＣ抗体、抗フラジェリン抗体及び／又は抗Ｉ２抗体）、ラクトフェリン、抗ｔＴＧ抗体、リポカリン（例えば、ＮＧＡＬ、ＮＧＡＬ／ＭＭＰ−９複合体）、ＭＭＰ（例えば、ＭＭＰ−９）、ＴＩＭＰ（例えば、ＴＩＭＰ−１）、アルファ−グロブリン（例えば、アルファ−２−マクログロブリン、ハプトグロビン及び／又はオロソムコイド）、アクチン切断タンパク質（例えば、ゲルゾリン）、Ｓ１００タンパク質（例えば、カルグラニュリン）、フィブリノペプチド（例えば、ＦＩＢＡ）、ＣＧＲＰ、タキキニン（例えば、サブスタンスＰ）、グレリン、ニューロテンシン、コルチコトロピン放出ホルモン並びにこれらの組合せからなる群から選択される少なくとも１種の追加のバイオマーカーの存在又はレベルを検出することをさらに含むことができる。さらに他の実施形態において、他の診断マーカー、例えば、抗ラクトフェリン抗体、Ｌ−セレクチン／ＣＤ６２Ｌ、エラスターゼ、Ｃ反応性タンパク質（ＣＲＰ）、カルプロテクチン、抗Ｕ１−７０ｋＤａ自己抗体、閉鎖帯１（ＺＯ−１）、血管作動性腸管ペプチド（ＶＩＰ）、血清アミロイドＡ、ガストリン及びこれらの組合せなどの存在又はレベルを検出することもできる。
ある実施形態において、提供されるアッセイは、本明細書に記載のバイオマーカーの少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０種以上の検出を含むことができる。
別の態様において、対象におけるＩＢＳの診断を補助するキット又は試料をＩＢＳ試料若しくは非ＩＢＳ試料として分類するキットが提供される。ある実施形態において、本明細書において提供されるキットは、β−トリプターゼ、プロスタグランジンＥ２及び／又はヒスタミンから選択されるＩＢＳバイオマーカーの存在又はレベルを検出するための結合部分を含有する。
他の実施形態において、キットは、脳由来神経栄養因子（ＢＤＮＦ）、好中球ゼラチナーゼ関連リポカリン（ＮＧＡＬ）、ＴＮＦ関連アポトーシス弱誘導因子（ＴＷＥＡＫ）、成長関連癌遺伝子アルファ（ＧＲＯ−α）、インターロイキン−１ベータ（ＩＬ−１β）、組織メタロプロテイナーゼ阻害因子−１（ＴＩＭＰ−１）、抗サッカロマイセス・セレビシエ抗体（ＡＳＣＡ−ＩｇＡ）、抗ＣＢｉｒ−１抗体（ＣＢｉｒ１）、抗ヒト好中球細胞質抗体（ＡＮＣＡ）、抗ヒト組織トランスグルタミナーゼＩｇＡ（ｔＴＧ）及びこれらの組合せからなる群から選択される追加のバイオマーカーのための少なくとも１種の結合部分も含有する。
さらに他の実施形態において、キットは、サイトカイン（例えば、ＩＬ−８、ＩＬ−１β、ＴＷＥＡＫ、レプチン、ＯＰＧ、ＭＩＰ−３β、ＧＲＯα、ＣＸＣＬ４／ＰＦ−４及び／又はＣＸＣＬ７／ＮＡＰ−２）、成長因子（例えば、ＥＧＦ、ＶＥＧＦ、ＰＥＤＦ、ＢＤＮＦ及び／又はＳＤＧＦ）、抗好中球抗体（例えば、ＡＮＣＡ、ｐＡＮＣＡ、ｃＡＮＣＡ、ＮＳＮＡ及び／又はＳＡＰＰＡ）、ＡＳＣＡ（例えば、ＡＳＣＡ−ＩｇＡ、ＡＳＣＡ−ＩｇＧ及び／又はＡＳＣＡ−ＩｇＭ）、抗菌性抗体（例えば、抗ＯｍｐＣ抗体、抗フラジェリン抗体及び／又は抗Ｉ２抗体）、ラクトフェリン、抗ｔＴＧ抗体、リポカリン（例えば、ＮＧＡＬ、ＮＧＡＬ／ＭＭＰ−９複合体）、ＭＭＰ（例えば、ＭＭＰ−９）、ＴＩＭＰ（例えば、ＴＩＭＰ−１）、アルファ−グロブリン（例えば、アルファ−２−マクログロブリン、ハプトグロビン及び／又はオロソムコイド）、アクチン切断タンパク質（例えば、ゲルゾリン）、Ｓ１００タンパク質（例えば、カルグラニュリン）、フィブリノペプチド（例えば、ＦＩＢＡ）、ＣＧＲＰ、タキキニン（例えば、サブスタンスＰ）、グレリン、ニューロテンシン、コルチコトロピン放出ホルモン、抗ラクトフェリン抗体、Ｌ−セレクチン／ＣＤ６２Ｌ、エラスターゼ、Ｃ反応性タンパク質（ＣＲＰ）、カルプロテクチン、抗Ｕ１−７０ｋＤａ自己抗体、閉鎖帯１（ＺＯ−１）、血管作動性腸管ペプチド（ＶＩＰ）、血清アミロイドＡ、ガストリン並びにこれらの組合せからなる群から選択される追加のバイオマーカーのための少なくとも１種の結合部分を含有する。
ある実施形態において、提供されるキットは、本明細書に記載のバイオマーカーの少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０種以上のための結合部分を含有することができる。
好ましい実施形態において、血液又は血清試料中のβ−トリプターゼの存在又はレベルを検出するキットが提供される。一実施形態において、キットは、場合により固体表面に結合している第１の捕捉抗体及び捕捉抗体とは異なるβ−トリプターゼ上のエピトープに結合する第２の検出抗体を含有する。ある実施形態において、検出抗体はアルカリホスファターゼにコンジュゲートされている。他の実施形態において、検出抗体は、酵素、すなわち、アルカリホスファターゼにコンジュゲートされていない。好ましい実施形態において、検出抗体は、抗トリプターゼ抗体Ｇ３（ｓｃ−３３６７６；Ｓａｎｔａ Ｃｒｕｚ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｉｎｃ．；Ｓａｎｔａ Ｃｒｕｚ，ＣＡ）である。より好ましい実施形態において、抗トリプターゼ抗体Ｇ３は、さらにアルカリホスファターゼにコンジュゲートされている。検出抗体が酵素にコンジュゲートされていないある実施形態において、キットは、検出抗体に特異的な第３の抗体をさらに含むことができ、第３の抗体は、酵素、例えば、アルカリホスファターゼにコンジュゲートされている。
ある実施形態においてキットは、発光又は化学発光基質、例えば、Ｕｌｔｒａ ＬＩＴＥ（商品名）（ＮＡＧ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ）；ＳｅｎｓｏＬｙｔｅ（商標）（ＡｎａＳｐｅｃ）；ＳｕｐｅｒＳｉｇｎａｌ ＥＬＩＳＡ Ｆｅｍｔｏ Ｍａｘｉｍｕｍ Ｓｅｎｓｉｔｉｖｉｔｙ Ｓｕｂｓｔｒａｔｅ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）；ＳｕｐｅｒＳｉｇｎａｌ ＥＬＩＳＡ Ｐｉｃｏ Ｃｈｅｍｉｌｕｍｉｎｅｓｃｅｎｔ Ｓｕｂｓｔｒａｔｅ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）；に見出される発光基質又はＣＰＳＤ（ジナトリウム３−（４−メトキシスピロ｛１，２−ジオキセタン−３，２’−（５’−クロロ）トリシクロ［３．３．１．１３，７］デカン｝−４−イル）フェニルホスフェート；Ｔｒｏｐｉｘ，Ｉｎｃ）も含有する。好ましい実施形態において、発光基質は、ＣＰＳＤ（ジナトリウム３−（４−メトキシスピロ｛１，２−ジオキセタン−３，２’−（５’−クロロ）トリシクロ［３．３．１．１３，７］デカン｝−４−イル）フェニルホスフェートである。
ある実施形態において、β−トリプターゼの存在又はレベルを検出するキットは、約５００ｐｇ／ｍＬ未満の濃度において血液又は血清試料中に存在するβ−トリプターゼを検出するのに好適である。ある実施形態において、本キットは、約５００ｐｇ／ｍＬ未満又は約４００ｐｇ／ｍＬ未満、３００ｐｇ／ｍＬ、２５０ｐｇ／ｍＬ、２００ｐｇ／ｍＬ、１５０ｐｇ／ｍＬ、１００ｐｇ／ｍＬ、７５ｐｇ／ｍＬ、５０ｐｇ／ｍＬ、４０ｐｇ／ｍＬ、３０ｐｇ／ｍＬ、２５ｐｇ／ｍＬ、２０ｐｇ／ｍＬ、１５ｐｇ／ｍＬ又は約１０ｐｇ／ｍＬ未満の濃度において血液又は血清試料中に存在するβ−トリプターゼを検出するのに好適である。好ましい実施形態において、本キットは、約２００ｐｇ／ｍＬ未満の濃度において血液又は血清試料中に存在するβ−トリプターゼを検出するのに好適である。より好ましい実施形態において、本キットは、約１００ｐｇ／ｍＬ未満の濃度において血液又は血清試料中に存在するβ−トリプターゼを検出するのに好適である。より好ましい実施形態において、本キットは、約５０ｐｇ／ｍＬ未満の濃度において血液又は血清試料中に存在するβ−トリプターゼを検出するのに好適である。最も好ましい実施形態において、本キットは、約２５ｐｇ／ｍＬ未満の濃度において血液又は血清試料中に存在するβ−トリプターゼを検出するのに好適である。
Ｃ．治療をモニタリング及び割り付ける方法
一部の実施形態において、個体をＩＢＳであるとして診断した後、ＩＢＳに関連する１種以上の症状の治療に有用な薬物の治療有効量を個体に投与する。好適なＩＢＳ薬は、限定されるものではないが、セロトニン作動薬、抗うつ剤、クロライドチャネル活性化因子、クロライドチャネル遮断薬、グアニル酸シクラーゼアゴニスト、抗生物質、オピオイドアゴニスト、ニューロキニンアンタゴニスト、抗痙攣又は抗コリン作動薬、ベラドンナアルカロイド、バルビツール酸塩、ＧＬＰ−１アナログ、ＣＲＦアンタゴニスト、プロバイオティクス、これらの遊離塩基、医薬的に許容されるこれらの塩、これらの誘導体、これらのアナログ及びこれらの組合せを含む。他のＩＢＳ薬は、増量剤、ドーパミンアンタゴニスト、駆風剤、トランキライザー、デクストフィソパム、フェニトイン、チモロール及びジルチアゼムを含む。さらに、神経又はグリア細胞シグナリングに影響を及ぼすことによって腸透過性を調節するグルタミン及びグルタミン酸などのアミノ酸は、ＩＢＳの患者を治療するために投与することができる。
他の実施形態において、本発明の方法は、ＩＢＳ試料又はＩＢＳの診断をＩＢＳ便秘型（ＩＢＳ−Ｃ）、ＩＢＳ下痢型（ＩＢＳ−Ｄ）、ＩＢＳ混合型（ＩＢＳ−Ｍ）、ＩＢＳ交替型（ＩＢＳ−Ａ）又は感染後ＩＢＳ（ＩＢＳ−ＰＩ）試料又は診断として分類することをさらに含む。ある例において、ＩＢＳ試料又は診断をＩＢＳのカテゴリー、形態又は臨床サブタイプに分類することは、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０種以上の本明細書に提供される分類マーカーの存在又はレベルに基づく。好ましくは、ＩＢＳの少なくとも１種の形態は、レプチン、β−トリプターゼ、プロスタグランジンＥ２及び／又はヒスタミンの存在又はレベルに基づきＩＢＳの少なくとも１種の他の形態から区別される。ある例において、本発明の方法は、既にＩＢＳであると同定された個体において、ＩＢＳ−Ｃ試料とＩＢＳ−Ａ及び／又はＩＢＳ−Ｄ試料とを区別するために使用することができる。ある他の例において、本発明の方法は、既にＩＢＳでないと診断された個体からの試料をＩＢＳ−Ａ試料、ＩＢＳ−Ｃ試料、ＩＢＳ−Ｄ試料又は非ＩＢＳ試料として分類するために使用することができる。
ある実施形態において、本方法は、分類から得られた結果を臨床医に送付することをさらに含む。ある他の実施形態において、本方法は、個体がＩＢＳ−Ａ、ＩＢＳ−Ｃ、ＩＢＳ−Ｄ、ＩＢＳ−Ｍ又はＩＢＳ−ＰＩである確率の形式の診断をさらに提供する。本発明の方法は、ＩＢＳ−Ａ、ＩＢＳ−Ｃ、ＩＢＳ−Ｄ、ＩＢＳ−Ｍ及び／又はＩＢＳ−ＰＩの治療に有用な薬物の治療有効量を個体に投与することをさらに含むことができる。好適な薬物は、限定されるものではないが、テガセロド（Ｚｅｌｎｏｒｍ（商品名））、アロセトロン（Ｌｏｔｒｏｎｅｘ（商標））、ルビプロストン（Ａｍｉｔｉｚａ（商品名））、リファミキシン（Ｘｉｆａｘａｎ（商品名））、ＭＤ−１１００、プロバイオティクス及びこれらの組合せを含む。
試料がＩＢＳ−Ａ又はＩＢＳ−Ｃ試料として分類され、及び／又は個体がＩＢＳ−Ａ又はＩＢＳ−Ｃであると診断された例において、テガセロド又は他の５−ＨＴ４アゴニスト（例えば、モサプリド、レンザプリド、ＡＧ１−００１など）の治療有効用量を個体に投与することができる。一部の例において、試料がＩＢＳ−Ｃとして分類され、及び／又は個体がＩＢＳ−Ｃである診断された場合、ルビプロストン又は他のクロライドチャネル活性化因子、リファミキシン又は腸内細菌の過剰成長を制御できる他の抗生物質、ＭＤ−１１００又は他のグアニル酸シクラーゼアゴニスト、アシマドリン又は他のオピオイドアゴニスト又はタルネタント又は他のニューロキシンアンタゴニストの治療有効量を個体に投与することができる。他の例において、試料がＩＢＳ−Ｄとして分類され、及び／又は個体がＩＢＳ−Ｄであると診断された場合、アロセトロン又は他の５−ＨＴ３アンタゴニスト（例えば、ラモセトロン、ＤＤＰ−２２５など）、クロフェレマー又は他のクロライドチャネル遮断薬、タルネタント又は他のニューロキニンアンタゴニスト（例えば、サレデュータントなど）又は抗うつ剤、例えば、三環系抗うつ剤の治療有効量を個体に投与することができる。
さらに別の態様において、本発明は、個体におけるＩＢＳの進行及び退縮をモニタリングする方法であって、（ａ）試料中の少なくとも１種の診断マーカーの存在又はレベルを検出することによって診断マーカープロファイルを決定すること；及び（ｂ）診断マーカープロファイルに基づくアルゴリズムを使用して個体におけるＩＢＳの存在又は重症度を決定することを含む方法を提供する。
一実施形態において、ＩＢＳの進行及び退縮をモニタリングする方法は、症状プロファイルと場合により組み合わせて診断マーカープロファイルを決定すること（症状プロファイルは、個体における少なくとも１種の症状の存在又は重症度を同定することによって決定される）；並びに診断マーカープロファイル及び症状プロファイルに基づくアルゴリズムを使用して個体におけるＩＢＳの存在又は重症度を決定することを含む。
関連の態様において、本発明は、ＩＢＳの治療に有用な薬物を服用する個体における薬物の効力をモニタリングする方法であって、（ａ）試料中の少なくとも１種の診断マーカーの存在又はレベルを検出することによって診断マーカープロファイルを決定すること；及び（ｂ）診断マーカープロファイルに基づくアルゴリズムを使用して薬物の有効性を決定することを含む方法を提供する。
一実施形態において、ＩＢＳ薬の効力をモニタリングする方法は、症状プロファイルと場合により組み合わせて診断マーカープロファイルを決定すること（症状プロファイルは、個体における少なくとも１種の症状の存在又は重症度を同定することによって決定される）；並びに診断マーカープロファイル及び症状プロファイルに基づくアルゴリズムを使用して薬物の有効性を決定することを含む。
一実施形態において、本発明は、対象における過敏性腸症候群（ＩＢＳ）の進行又は退縮をモニタリングする方法であって、（ａ）１回目に対象から採取された第１の血液又は血清試料を、試料中に存在するβ−トリプターゼ、プロスタグランジンＥ２及び／又はヒスタミンが、β−トリプターゼ、プロスタグランジンＥ２及び／又はヒスタミン並びにβ−トリプターゼ、プロスタグランジンＥ２及び／又はヒスタミン結合部分を含む複合体に転換するのに好適な条件下において、β−トリプターゼ、プロスタグランジンＥ２及び／又はヒスタミン結合部分と接触させること；（ｂ）複合体のレベルを決定し、これによって第１の試料中に存在するβ−トリプターゼ、プロスタグランジンＥ２及び／又はヒスタミンのレベルを決定すること；（ｃ）２回目に対象から採取された第２の血液又は血清試料を、試料中に存在するβ−トリプターゼ、プロスタグランジンＥ２及び／又はヒスタミンがβ−トリプターゼ、プロスタグランジンＥ２及び／又はヒスタミン並びにβ−トリプターゼ、プロスタグランジンＥ２及び／又はヒスタミン結合部分を含む複合体に転換するのに好適な条件下において、β−トリプターゼ、プロスタグランジンＥ２及び／又はヒスタミン結合部分と接触させること；（ｄ）複合体のレベルを決定し、これによって第２の試料中に存在するβ−トリプターゼ、プロスタグランジンＥ２及び／又はヒスタミンのレベルを決定すること；及び（ｅ）第１の試料中に存在するβ−トリプターゼ、プロスタグランジンＥ２及び／又はヒスタミンのレベルと第２の試料中に存在するβ−トリプターゼ、プロスタグランジンＥ２及び／又はヒスタミンのレベルとを比較することを含み、第２の試料中のβ−トリプターゼ、プロスタグランジンＥ２及び／又はヒスタミンのレベルが第１の試料と比べて高ければ、対象におけるＩＢＳの進行を示し、第２の試料中のβ−トリプターゼ、プロスタグランジンＥ２及び／又はヒスタミンのレベルが第１の試料と比べて低ければ、対象におけるＩＢＳの退縮を示す方法を提供する。
治療をモニタリング及び割り付ける方法のある実施形態において、本方法は、脳由来神経栄養因子（ＢＤＮＦ）、好中球ゼラチナーゼ関連リポカリン（ＮＧＡＬ）、ＴＮＦ関連アポトーシス弱誘導因子（ＴＷＥＡＫ）、成長関連癌遺伝子アルファ（ＧＲＯ−α）、インターロイキン−１ベータ（ＩＬ−１β）、組織メタロプロテイナーゼ阻害因子−１（ＴＩＭＰ−１）、抗サッカロマイセス・セレビシエ抗体（ＡＳＣＡ−ＩｇＡ）、抗ＣＢｉｒ−１抗体（ＣＢｉｒ１）、抗ヒト好中球細胞質抗体（ＡＮＣＡ）、抗ヒト組織トランスグルタミナーゼＩｇＡ（ｔＴＧ）及びこれらの組合せからなる群から選択される少なくとも１種の追加のバイオマーカーのレベルの存在を検出することをさらに含む。ある実施形態において、本方法は、上記に提供した追加のバイオマーカーの少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９又は１０種すべての存在又はレベルを検出することを含む。
さらに他の実施形態において、本方法は、サイトカイン（例えば、ＩＬ−８、ＩＬ−１β、ＴＷＥＡＫ、レプチン、ＯＰＧ、ＭＩＰ−３β、ＧＲＯα、ＣＸＣＬ４／ＰＦ−４及び／又はＣＸＣＬ７／ＮＡＰ−２）、成長因子（例えば、ＥＧＦ、ＶＥＧＦ、ＰＥＤＦ、ＢＤＮＦ及び／又はＳＤＧＦ）、抗好中球抗体（例えば、ｍａｙＡＮＣＡ、ｐＡＮＣＡ、ｃＡＮＣＡ、ＮＳＮＡ及び／又はＳＡＰＰＡ）、ＡＳＣＡ（例えば、ＡＳＣＡ−ＩｇＡ、ＡＳＣＡ−ＩｇＧ及び／又はＡＳＣＡ−ＩｇＭ）、抗菌性抗体（例えば、抗ＯｍｐＣ抗体、抗フラジェリン抗体及び／又は抗Ｉ２抗体）、ラクトフェリン、抗ｔＴＧ抗体、リポカリン（例えば、ＮＧＡＬ、ＮＧＡＬ／ＭＭＰ−９複合体）、ＭＭＰ（例えば、ＭＭＰ−９）、ＴＩＭＰ（例えば、ＴＩＭＰ−１）、アルファ−グロブリン（例えば、アルファ−２−マクログロブリン、ハプトグロビン及び／又はオロソムコイド）、アクチン切断タンパク質（例えば、ゲルゾリン）、Ｓ１００タンパク質（例えば、カルグラニュリン）、フィブリノペプチド（例えば、ＦＩＢＡ）、ＣＧＲＰ、タキキニン（例えば、サブスタンスＰ）、グレリン、ニューロテンシン、コルチコトロピン放出ホルモン並びにこれらの組合せからなる群から選択される少なくとも１種のバイオマーカーのレベルの存在を検出することをさらに含むことができる。さらに他の実施形態において、他の診断マーカー、例えば、抗ラクトフェリン抗体、Ｌ−セレクチン／ＣＤ６２Ｌ、エラスターゼ、Ｃ反応性タンパク質（ＣＲＰ）、カルプロテクチン、抗Ｕ１−７０ｋＤａ自己抗体、閉鎖帯１（ＺＯ−１）、血管作動性腸管ペプチド（ＶＩＰ）、血清アミロイドＡ、ガストリン及びこれらの組合せなどの存在又はレベルを検出することもできる。
一部の実施形態において、上記の診断マーカーの１種以上を計測するためのパネルを、ＩＢＳの存在若しくは重症度を決定するため又はＩＢＳ薬の有効性を決定するために構築及び使用することができる。当業者は、例えば、個体試料のアリコート又は希釈物を使用して複数の診断マーカーの存在又はレベルを同時に又は連続的に決定することができることを認識する。上記のとおり、個体試料中の特定の診断マーカーのレベルは、一般に、これが比較試料又は試料群における同一のマーカーのレベルを少なくとも約１０％、１５％、２０％、２５％、５０％、７５％、１００％、１２５％、１５０％、１７５％、２００％、２５０％、３００％、３５０％、４００％、４５０％、５００％、６００％、７００％、８００％、９００％又は１０００％上回る（例えば、中央値を上回る）場合、上昇しているとみなされる。同様に、個体試料中の特定の診断マーカーのレベルは、典型的には、比較試料又は試料群における同一のマーカーのレベルを少なくとも約５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％又は９５％下回る（例えば、中央値を下回る）場合、低下しているとみなされる。
ある実施形態において、ＩＢＳの進行及び退縮をモニタリングする方法は、症状プロファイルと場合により組み合わせて診断マーカープロファイルを決定すること（症状プロファイルは、個体における少なくとも１種の症状の存在又は重症度を同定することによって決定される）；並びに診断マーカープロファイル及び症状プロファイルに基づくアルゴリズムを使用して個体のＩＢＳの存在又は重症度を決定することを含む。ある他の実施形態において、ＩＢＳ薬の効力をモニタリングする方法は、症状プロファイルと場合により組み合わせて診断マーカープロファイルを決定すること（症状プロファイルは、個体における少なくとも１種の症状の存在又は重症度を同定することによって決定される）；並びに診断マーカープロファイル及び症状プロファイルに基づくアルゴリズムを使用して薬物の有効性を決定することを含む。当業者は、診断マーカープロファイル及び症状プロファイルを同時に又は任意の順序で連続的に決定することができることを認識する。
一部の実施形態において、ＩＢＳの存在若しくは重症度又はＩＢＳ薬の有効性を決定することは、統計的アルゴリズムを併用する診断マーカープロファイル単独又は症状プロファイルとの組合せに基づく。ある例において、統計的アルゴリズムは、学習統計的分類子システムである。学習統計的分類子システムは、本明細書に記載の学習統計的分類子システムのいずれかを含む。
ある実施形態において、本発明の方法は、工程（ｂ）において決定された個体におけるＩＢＳの存在又は重症度を、より早期の個体におけるＩＢＳの存在又は重症度と比較することをさらに含むことができる。非限定的な例として、ＩＢＳ薬を服用している個体について決定されたＩＢＳの存在又は重症度を、ＩＢＳ薬の使用開始前又は治療のより早期の同一個体について決定されたＩＢＳの存在又は重症度と比較することができる。ある他の実施形態において、本発明の方法は、工程（ｂ）において決定されたＩＢＳ薬の有効性と治療のより早期の個体におけるＩＢＳ薬の有効性とを比較することによって、ＩＢＳ薬の有効性を決定することを含むことができる。追加の実施形態において、本方法は、ＩＢＳのモニタリング結果を臨床医、例えば、胃腸科専門医又は一般開業医に送付することをさらに含むことができる。
Ｄ．試料を分類するためのコンピュータ読取可能媒体及びシステム
一態様において、本発明は、１種以上のプロセッサを制御して対象からの血液又は血清試料が過敏性腸症候群（ＩＢＳ）と関連するか否かを分類するコードを含むコンピュータ読取可能媒体であって、コードは、診断マーカープロファイルを含むデータセットに統計処理を適用して診断マーカープロファイルに基づき試料をＩＢＳ試料又は非ＩＢＳ試料として分類する統計的に導出される判定を生成するための指示を含み、診断マーカープロファイルは、β−トリプターゼ、ヒスタミン、プロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）及びこれらの組合せからなる群から選択される試料中の少なくとも１種の診断マーカーのレベルを示すコンピュータ読取可能媒体を提供する。
他の実施形態において、ＩＢＳを確定するためのコンピュータ読取可能媒体は、個体における少なくとも１種の症状の存在又は重症度を示す症状プロファイルと場合により組み合わせて診断マーカープロファイルを含むデータセットに統計処理を適用して診断マーカープロファイル及び症状プロファイルに基づき試料をＩＢＳ試料又は非ＩＢＳ試料として分類する統計的に導出される判定を生成するための指示を含む。当業者は、統計処理を診断マーカープロファイル及び症状プロファイルに同時に又は任意の順序で連続的に適用することができることを認識する。
特定の実施形態において、本発明は、１種以上のプロセッサを制御して個体からの試料が過敏性腸症候群（ＩＢＳ）と関連するか否かを分類するコードを含むコンピュータ読取可能媒体であって、コードは、診断マーカープロファイルを含むデータセットに統計処理を適用して診断マーカープロファイルに基づき試料をＩＢＳ試料又は非ＩＢＳ試料として分類する統計的に導出される判定を生成するための指示を含み、診断マーカープロファイルは、試料中の少なくとも１種の診断マーカーの存在又はレベルを示すコンピュータ読取可能媒体を提供する。
関連の態様において、本発明は、１種以上のプロセッサを制御して個体からの試料がＩＢＳと関連するか否かを分類するコードを含むコンピュータ読取可能媒体であって、コードは、（ａ）診断マーカープロファイルを含むデータセットに第１の統計処理を適用して診断マーカープロファイルに基づき試料をＩＢＤ試料又は非ＩＢＤ試料として分類する統計的に導出される判定を生成するための指示（診断マーカープロファイルは、試料中の少なくとも１種の診断マーカーの存在又はレベルを示す）；及び試料が非ＩＢＤ試料として分類された場合、（ｂ）同一又は異なるデータセットに第２の統計処理を適用して非ＩＢＤ試料をＩＢＳ試料又は非ＩＢＳ試料として分類する第２の統計的に導出される判定を生成するための指示を含むコンピュータ読取可能媒体を提供する。
一実施形態において、ＩＢＳを確定するためのコンピュータ読取可能媒体は、個体における少なくとも１種の症状の存在又は重症度を示す症状プロファイルと場合により組み合わせて診断マーカープロファイルを含むデータセットに統計処理を適用して診断マーカープロファイル及び症状プロファイルに基づき試料をＩＢＳ試料又は非ＩＢＳ試料として分類する統計的に導出される判定を生成するための指示を含む。
他の実施形態において、第１にＩＢＤを除外し、次いでＩＢＳを確定するためのコンピュータ読取可能媒体は、個体における少なくとも１種の症状の存在又は重症度を示す症状プロファイルと場合により組み合わせて診断マーカープロファイルを含むデータセットに第１の統計処理を適用して診断マーカープロファイル及び症状プロファイルに基づき試料をＩＢＤ試料又は非ＩＢＤ試料として分類する統計的に導出される判定を生成するための指示；及び試料が非ＩＢＤ試料として分類された場合、同一又は異なるデータセットに第２の統計処理を適用して非ＩＢＤ試料をＩＢＳ試料又は非ＩＢＳ試料として分類する第２の統計的に導出される判定を生成するための指示を含む。当業者は、第１及び／又は第２の統計処理を診断マーカープロファイル及び症状プロファイルに同時に又は任意の順序で連続的に適用することができることを認識する。
一実施形態において、第１及び第２の統計処理は、異なるプロセッサにおいて実装される。あるいは、第１及び第２の統計処理は、単一のプロセッサにおいて実装される。別の実施形態において、第１の統計処理は、学習統計的分類子システムである。本発明における使用に好適な学習統計的分類子システムの例は、上記のとおりである。ある例において、第１及び／又は第２の統計処理は、単一の学習統計的分類子システム、例えば、ＲＦ又はＣ＆ＲＴなどである。ある他の例において、第１及び／又は第２の統計処理は、少なくとも２種の学習統計的分類子システムの組合せである。非限定的な例として、学習統計的分類子システムの組合せは、例えば、タンデムで使用されるＲＦ及びＮＮ又はＳＶＭを含む。一部の例において、１種以上の学習統計的分類子システムを使用して得られたデータは、処理アルゴリズムを使用して処理することができる。
別の態様において、本発明は、対象からの血液又は血清試料が過敏性腸症候群（ＩＢＳ）と関連するか否かを分類するシステムであって、（ａ）診断マーカープロファイルを含むデータセットを生成するように構成されたデータ収集モジュール（診断マーカープロファイルは、β−トリプターゼ、ヒスタミン、プロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）及びこれらの組合せからなる群から選択される少なくとも１種の診断マーカーの存在又はレベルを示す）；（ｂ）データセットに統計処理を適用することによってデータセットを処理して診断マーカープロファイルに基づき試料をＩＢＳ試料又は非ＩＢＳ試料として分類する統計的に導出される判定を生成するように構成されたデータ処理モジュール；及び（ｃ）統計的に導出される判定を表示するように構成されたディスプレイモジュールを含むシステムを提供する。
ある実施形態において、血液又は血清試料がＩＢＳと関連するか否かを分類する、ＩＢＳの診断を補助する又はＩＢＳを確定するシステムは、個体における少なくとも１種の症状の存在又は重症度を示す症状プロファイルと場合により組み合わせて診断マーカープロファイルを含むデータセットを生成するように構成されたデータ収集モジュール；データセットに統計処理を適用することによってデータセットを処理して診断マーカープロファイル及び症状プロファイルに基づき試料をＩＢＳ試料又は非ＩＢＳ試料として分類する統計的に導出される判定を生成するように構成されたデータ処理モジュール；及び統計的に導出される判定を表示するように構成されたディスプレイモジュールを含むシステムを提供する。
関連の態様において、本発明は、個体からの試料がＩＢＳと関連するか否かを分類するシステムであって、（ａ）診断マーカープロファイルを含むデータセットを生成するように構成されたデータ収集モジュール（診断マーカープロファイルは、試料中の少なくとも１種の診断マーカーの存在又はレベルを示す）；（ｂ）データセットに第１の統計処理を適用することによってデータセットを処理して診断マーカープロファイルに基づき試料をＩＢＤ試料又は非ＩＢＤ試料として分類する第１の統計的に導出される判定を生成するように構成されたデータ処理モジュール；試料が非ＩＢＤ試料として分類された場合、同一又は異なるデータセットに第２の統計処理を適用して非ＩＢＤ試料をＩＢＳ試料又は非ＩＢＳ試料として分類する第２の統計的に導出される判定を生成するように構成されたデータ処理モジュール；及び（ｃ）第１及び／又は第２の統計的に導出される判定を表示するように構成されたディスプレイモジュールを含むシステムを提供する。
一実施形態において、第１にＩＢＤを除外し、次いでＩＢＳを確定するシステムは、個体における少なくとも１種の症状の存在又は重症度を示す症状プロファイルと場合により組み合わせて診断マーカープロファイルを含むデータセットを生成するように構成されたデータ収集モジュール；データセットに第１の統計処理を適用することによってデータセットを処理して診断マーカープロファイル及び症状プロファイルに基づき試料をＩＢＤ試料又は非ＩＢＤ試料として分類する第１の統計的に導出される判定を生成するように構成されたデータ処理モジュール；試料が非ＩＢＤ試料として分類された場合、同一又は異なるデータセットに第２の統計処理を適用して非ＩＢＤ試料をＩＢＳ試料又は非ＩＢＳ試料として分類する第２の統計的に導出される判定を生成するように構成されたデータ処理モジュール；並びに第１及び／又は第２の統計的に導出される判定を表示するように構成されたディスプレイモジュールを含む。
ある実施形態において、診断マーカープロファイルは、脳由来神経栄養因子（ＢＤＮＦ）、好中球ゼラチナーゼ関連リポカリン（ＮＧＡＬ）、ＴＮＦ関連アポトーシス弱誘導因子（ＴＷＥＡＫ）、成長関連癌遺伝子アルファ（ＧＲＯ−α）、インターロイキン−１ベータ（ＩＬ−１β）、組織メタロプロテイナーゼ阻害因子−１（ＴＩＭＰ−１）、抗サッカロマイセス・セレビシエ抗体（ＡＳＣＡ−ＩｇＡ）、抗ＣＢｉｒ−１抗体（ＣＢｉｒ１）、抗ヒト好中球細胞質抗体（ＡＮＣＡ）、抗ヒト組織トランスグルタミナーゼＩｇＡ（ｔＴＧ）及びこれらの組合せからなる群から選択される少なくとも１種の追加の診断マーカーのレベルを示す。ある実施形態において、本方法は、上記に提供した追加のバイオマーカーの少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９又は１０種すべての存在又はレベルを検出することを含む。
さらに他の実施形態において、診断マーカープロファイルは、サイトカイン（例えば、ＩＬ−８、ＩＬ−１β、ＴＷＥＡＫ、レプチン、ＯＰＧ、ＭＩＰ−３β、ＧＲＯα、ＣＸＣＬ４／ＰＦ−４及び／又はＣＸＣＬ７／ＮＡＰ−２）、成長因子（例えば、ＥＧＦ、ＶＥＧＦ、ＰＥＤＦ、ＢＤＮＦ及び／又はＳＤＧＦ）、抗好中球抗体（例えば、ＡＮＣＡ、ｐＡＮＣＡ、ｃＡＮＣＡ、ＮＳＮＡ及び／又はＳＡＰＰＡ）、ＡＳＣＡ（例えば、ＡＳＣＡ−ＩｇＡ、ＡＳＣＡ−ＩｇＧ及び／又はＡＳＣＡ−ＩｇＭ）、抗菌性抗体（例えば、抗ＯｍｐＣ抗体、抗フラジェリン抗体及び／又は抗Ｉ２抗体）、ラクトフェリン、抗ｔＴＧ抗体、リポカリン（例えば、ＮＧＡＬ、ＮＧＡＬ／ＭＭＰ−９複合体）、ＭＭＰ（例えば、ＭＭＰ−９）、ＴＩＭＰ（例えば、ＴＩＭＰ−１）、アルファ−グロブリン（例えば、アルファ−２−マクログロブリン、ハプトグロビン及び／又はオロソムコイド）、アクチン切断タンパク質（例えば、ゲルゾリン）、Ｓ１００タンパク質（例えば、カルグラニュリン）、フィブリノペプチド（例えば、ＦＩＢＡ）、ＣＧＲＰ、タキキニン（例えば、サブスタンスＰ）、グレリン、ニューロテンシン、コルチコトロピン放出ホルモン並びにこれらの組合せからなる群から選択される少なくとも１種の追加の診断マーカーのレベルを示す。さらに他の実施形態において、他の診断マーカー、例えば、抗ラクトフェリン抗体、Ｌ−セレクチン／ＣＤ６２Ｌ、エラスターゼ、Ｃ反応性タンパク質（ＣＲＰ）、カルプロテクチン、抗Ｕ１−７０ｋＤａ自己抗体、閉鎖帯１（ＺＯ−１）、血管作動性腸管ペプチド（ＶＩＰ）、血清アミロイドＡ、ガストリン及びこれらの組合せなどの存在又はレベルを検出することもできる。
ＩＶ．ＩＢＳ様症状を示す疾患及び障害
種々の構造又は代謝疾患及び障害は、ＩＢＳと類似する兆候又は症状を引き起こし得る。非限定的な例として、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）、セリアック病（ＣＤ）、急性炎症、憩室炎、回腸嚢肛門吻合、顕微鏡的大腸炎、慢性感染性下痢、ラクターゼ欠損症、癌（例えば、結腸直腸癌）、小腸又は結腸の機械的閉塞、腸管感染症、虚血、消化不良、吸収不良、子宮内膜症及び未同定の腸管の炎症性疾患などの疾患及び障害の患者は、ＩＢＳと同様の、軽度から中等度の疼痛並びに便の硬さ及び／又は便通の頻度における変化を伴う腹部不快感を示し得る。追加のＩＢＳ様症状は、慢性下痢若しくは慢性便秘又は便秘と下痢を交互に繰り返す症状、体重減少、腹部膨張又は膨満感及び糞便粘液を含むことができる。
大部分のＩＢＤ患者は、２種の明確な臨床サブタイプであるクローン病及び潰瘍性大腸炎のうちの１種に分類することができる。クローン病は、回腸下部を侵襲し、結腸及び腸管の他の領域を患うことが多い炎症性疾患である。潰瘍性大腸炎は、主として大腸の粘膜及び粘膜下層中に局在する炎症を特徴とする。ＩＢＤのこれらの臨床サブタイプを罹患する患者は、典型的には、ＩＢＳ様症状、例えば、腹痛、慢性下痢、体重減少及び筋痙攣などを示す。
セリアック病の臨床所見も、ＩＢＳ様症状、例えば、慢性下痢、体重減少及び腹部膨張を伴う腹部不快感を特徴とする。セリアック病は、典型的には絨毛萎縮、陰窩の過形成及び／又は小腸の粘膜内層の炎症を伴う腸粘膜の免疫介在障害である。セリアック病の個体は、栄養の吸収不良に加えて、無機物欠損、ビタミン欠損、骨粗鬆症、自己免疫疾患及び腸悪性腫瘍（例えば、リンパ腫及び癌腫）に対する危険に面している。妥当な遺伝的及び環境的状況におけるタンパク質、例えば、グルテン（例えば、コムギ、ライムギ、オオムギ、オートムギ、キビ、ライコムギ、スペルトムギ及びカムート中に存在するグルテニン及びプロラミンタンパク質）への暴露が、セリアック病を引き起こす原因であると考えられている。
ＩＢＳ様症状を示す腸炎を特徴とする他の疾患及び障害は、例えば、急性炎症、憩室炎、回腸嚢肛門吻合、顕微鏡的大腸炎及び慢性感染性下痢並びに未同定の腸管の炎症性障害を含む。急性炎症のエピソードを経験している患者は、典型的には、ＩＢＳ様症状に加えてＣ反応性タンパク質（ＣＲＰ）レベルが上昇している。ＣＲＰは、炎症過程の急性期に肝臓によって産生され、通常、炎症過程の開始約２４時間後に放出される。憩室炎、回腸嚢肛門吻合、顕微鏡的大腸炎及び慢性感染性下痢を罹患する患者は、典型的には、ＩＢＳ様症状に加えて、糞中のラクトフェリン及び／又はカルプロテクチンのレベルが増加している。ラクトフェリンは、粘膜によって分泌される糖タンパク質であり、白血球の二次顆粒中の主要なタンパク質である。白血球は一般に炎症部位にリクルートされ、活性化され、周辺領域に顆粒の内容物を放出する。この過程が便中のラクトフェリンの濃度を増加させる。
過敏性嚢症候群のような嚢の他の非炎症病態と比較して、回腸嚢肛門吻合（すなわち、クローン病の重症例の場合、結腸の完全切除後に嚢が作出される）の患者においては、ラクトフェリンレベルの増加が観察される。ラクトフェリンレベルの上昇は憩室炎患者においても観察され、この憩室炎は、消化管における膨張した嚢（すなわち、憩室）が炎症を起こし、及び／又は感染し、重症度の腹痛、発熱、悪心及び排便習慣の顕著な変化を引き起こす病態である。顕微鏡的大腸炎は、これもまた便中ラクトフェリンレベルの増加を伴う慢性炎症性障害である。顕微鏡的大腸炎は、持続性の水様下痢（非血性）、通常、体重減少を伴う腹痛、大腸内視鏡検査及び放射線検査における正常な粘膜並びに非常に特異的な組織病理学的変化を特徴とする。顕微鏡的大腸炎は、コラーゲン性大腸炎及びリンパ性大腸炎の２種の疾患からなる。コラーゲン性大腸炎は、病因が不明であり、長期の水様下痢及び正常な大腸内視鏡検査結果を示す患者に見出される。コラーゲン性大腸炎及びリンパ性大腸炎は両方とも、結腸内膜におけるリンパ球の増加を特徴とする。コラーゲン性大腸炎はさらに、結腸の上皮下コラーゲン層の肥大化を特徴とする。慢性感染性下痢も、便中ラクトフェリンレベルの増加を伴う疾病である。慢性感染性下痢は通常、細菌、ウイルス又は原生動物の感染によって引き起こされ、患者はＩＢＳ様症状、例えば、下痢及び腹痛を示す。ラクトフェリンレベルの増加は、ＩＢＤの患者においても観察される。
腸炎を伴う疾患及び障害は、ＣＲＰ及び／又はラクトフェリン及び／又はカルプロテクチンレベルを決定することに加えて、糞便中血液の存在、例えば、便中ヘモグロビンを検出することによって排除することもできる。患者の自覚なく起こる腸出血は、潜在出血又は潜出血と呼ばれる。潜在出血の存在（例えば、便中ヘモグロビン）は、典型的には、患者の糞便試料中で観察される。他の病態、例えば、潰瘍（例えば、胃潰瘍、十二指腸潰瘍）、癌（胃癌、大腸癌）及び痔も、腹痛及び便の硬さ及び／又は排便頻度の変化を含むＩＢＳ様症状を示し得る。
さらに、便中カルプロテクチンレベルを評価することもできる。カルプロテクチンは、主に好中球及び単球に由来する抗菌活性を有するカルシウム結合タンパク質である。カルプロテクチンは、嚢胞性繊維症、関節リウマチ、ＩＢＤ、結腸直腸癌、ＨＩＶ及び他の炎症性疾患と臨床的関連を有することが見出されている。このレベルは、血清、血漿、口腔、脳脊髄及び滑液、尿及び便中で計測されている。ＧＩ障害における便中カルプロテクチンの利点は、以下のとおり認識されている：室温において３〜７日間安定であり、このことによって普通郵便による試料の運搬が可能になり；クローン病の患者の便中アルファ１−アンチトリプシンと相関し；ほとんど大部分の消化管癌及びＩＢＤの患者において上昇する。便中カルプロテクチンは、潰瘍性大腸炎における疾患活性の内視鏡的及び組織学的格付け並びにＩＢＤにおける疾患活性の指標であるインジウム１１１によって標識された好中性顆粒球の便排泄と十分相関することが見出された。
上記事項を考慮すると、広範囲の疾患及び障害がＩＢＳ様症状を引き起こし得、これによって試料をＩＢＳ試料として明確に分類することに対する実質的な障壁を作出することが明らかである。しかしながら、本発明は、例えば、統計的アルゴリズムを使用して個体からの試料をＩＢＳ試料として分類することによって、又は、例えば、統計的アルゴリズムの組合せを使用してＩＢＳと類似する臨床所見を共有するこれらの疾患及び障害を排除（すなわち、除外）し、試料中のＩＢＳ試料を同定（すなわち、確定）することによってこの制限を克服する。
Ｖ．診断マーカー
種々の診断マーカーが、個体からの試料をＩＢＳ試料として分類する、又は個体からの試料におけるＩＢＳ様症状と関連する１種以上の疾患又は障害を除外する本発明の方法、システム及びコードにおける使用に好適である。診断マーカーの例は、限定されるものではないが、サイトカイン、成長因子、抗好中球抗体、抗サッカロマイセス・セレビシエ抗体、抗菌性抗体、抗組織トランスグルタミナーゼ（ｔＴＧ）抗体、リポカリン、マトリックスメタロプロテイナーゼ（ＭＭＰ）、リポカリン及びＭＭＰの複合体、組織型メタロプロテアーゼ阻害因子（ＴＩＭＰ）、グロブリン（例えばアルファ−グロブリン）、アクチン切断タンパク質、Ｓ１００タンパク質、フィブリノペプチド、カルシトニン遺伝子関連ペプチド（ＣＧＲＰ）、タキキニン、グレリン、ニューロテンシン、コルチコトロピン放出ホルモン（ＣＲＨ）、セリンプロテアーゼ（例えば、トリプターゼ、例えば、β−トリプターゼ、エラスターゼなど）、プロスタグランジン（例えば、ＰＧＥ２）、ヒスタミン、Ｃ反応性タンパク質（ＣＲＰ）、ラクトフェリン、抗ラクトフェリン抗体、カルプロテクチン、ヘモグロビン、ＮＯＤ２／ＣＡＲＤ１５、セロトニン再取り込み輸送体（ＳＥＲＴ）、トリプトファンヒドロキシラーゼ１、５−ヒドロキシトリプタミン（５−ＨＴ）、ラクツロース並びにこれらの組合せを含む。本発明に従って、ＩＢＳを予測するための追加の診断マーカーは、すべての目的のために参照により全体として本明細書に取り込まれる２００７年８月１４日に出願された米国特許出願公開第２００８／００８５５２４号からの実施例１４に記載の技術を使用して選択することができる。当業者は、本発明における使用に好適な他の診断マーカーについても理解する。
特定の実施形態において、診断マーカープロファイルは、以下のバイオマーカー：セリンプロテアーゼ（例えば、トリプターゼ、例えば、β−トリプターゼ）；プロスタグランジン（例えば、ＰＧＥ２）；及び／又はヒスタミンの少なくとも１、２又は３種すべての存在又はレベルを検出することにより決定される。
他の実施形態において、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９又は１０種以上の診断マーカーの存在又はレベルが個体試料中で決定される。ある例において、サイトカインは、下記のサイトカインの１種以上を含む。好ましくは、ＩＬ−８、ＩＬ−１β、ＴＮＦ関連アポトーシス弱誘導因子（ＴＷＥＡＫ）、レプチン、オステオプロテジェリン（ＯＰＧ）、ＭＩＰ−３β、ＧＲＯα、ＣＸＣＬ４／ＰＦ−４及び／又はＣＸＣＬ７／ＮＡＰ−２の存在又はレベルが個体試料中で決定される。ある他の例において、成長因子は、下記の成長因子の１種以上を含む。好ましくは、上皮成長因子（ＥＧＦ）、血管内皮成長因子（ＶＥＧＦ）、色素上皮由来因子（ＰＥＤＦ）、脳由来神経栄養因子（ＢＤＮＦ）及び／又はアンフィレギュリン（ＳＤＧＦ）の存在又はレベルが個体試料中で決定される。
一部の例において、抗好中球抗体は、ＡＮＣＡ、ＡＮＣＡ、ｃＡＮＣＡ、ＮＳＮＡ、ＳＡＰＰＡ及びこれらの組合せを含む。他の例において、ＡＳＣＡは、ＡＳＣＡ−ＩｇＡ、ＡＳＣＡ−ＩｇＧ、ＡＳＣＡ−ＩｇＭ及びこれらの組合せを含む。さらなる例において、抗菌性抗体は、抗ＯｍｐＣ抗体、抗フラジェリン抗体、抗Ｉ２抗体及びこれらの組合せを含む。
ある例において、リポカリンは、下記のリポカリンの１種以上を含む。好ましくは、好中球ゼラチナーゼ関連リポカリン（ＮＧＡＬ）並びに／又はＮＧＡＬ及びマトリックスメタロプロテイナーゼの複合体（例えば、ＮＧＡＬ／ＭＭＰ−９複合体）の存在又はレベルが、個体試料中で決定される。他の例において、マトリックスメタロプロテイナーゼ（ＭＭＰ）は、下記のＭＭＰの１種以上を含む。好ましくは、ＭＭＰ−９の存在又はレベルが個体試料中で決定される。さらなる例において、組織メタロプロテイナーゼ阻害因子（ＴＩＭＰ）は、下記のＴＩＭＰの１種以上を含む。好ましくは、ＴＩＭＰ−１の存在又はレベルが個体試料中で決定される。いっそうさらなる例において、アルファ−グロブリンは、下記のアルファ−グロブリンの１種以上を含む。好ましくは、アルファ−２−マクログロブリン、ハプトグロビン及び／又はオロソムコイドの存在又はレベルが、個体試料中で決定される。
ある他の例において、アクチン切断タンパク質は、下記のアクチン切断タンパク質の１種以上を含む。好ましくは、ゲルゾリンの存在又はレベルが個体試料中で決定される。追加の例において、Ｓ１００タンパク質は、例えば、カルグラニュリンを含む下記のＳ１００タンパク質の１種以上を含む。さらに他の例において、フィブリノペプチドは、下記のフィブリノペプチドの１種以上を含む。好ましくは、フィブリノペプチドＡ（ＦＩＢＡ）の存在又はレベルが個体試料中で決定される。さらなる例において、タキキニン、例えば、サブスタンスＰ、ニューロキニンＡ及び／又はニューロキニンＢの存在又はレベルが、個体試料中で決定される。
一部の例において、セリンプロテアーゼは、下記のセリンプロテアーゼの１種以上を含む。好ましくは、セリンプロテアーゼ、例えば、トリプターゼ（例えば、β−トリプターゼ）の存在又はレベルが、個体試料中で決定される。他の例において、プロスタグランジンは、下記のプロスタグランジンの１種以上を含む。好ましくは、プロスタグランジン、例えば、ＰＧＥ２の存在又はレベルが個体試料中で決定される。
他の診断マーカー、例えば、抗ラクトフェリン抗体、Ｌ−セレクチン／ＣＤ６２Ｌ、エラスターゼ、Ｃ反応性タンパク質（ＣＲＰ）、カルプロテクチン、抗Ｕ１−７０ｋＤａ自己抗体、閉鎖帯１（ＺＯ−１）、血管作動性腸管ペプチド（ＶＩＰ）、血清アミロイドＡ及び／又はガストリンなどの存在又はレベルを決定することもできる。
Ａ．セリンプロテアーゼ
試料中の少なくとも１種のセリンプロテアーゼの存在又はレベルの決定は、本発明において有用である。本明細書において使用される用語「セリンプロテアーゼ」は、活性部位のアミノ酸の１個がセリンであるプロテアーゼのファミリーの任意のメンバーを含む。セリンプロテアーゼの非限定的な例は、トリプターゼ（例えば、α−トリプターゼ、β−トリプターゼ、γ−トリプターゼ及び／又はΔ−トリプターゼ）、エラスターゼ、キモトリプシン、トリプシン、サブチリシン及びこれらの組合せを含む。トリプターゼは、種々の生体液中で計測することができ、マスト細胞活性化についての有用なマーカーとして機能することができるヒトマスト細胞の豊富な特異的中性プロテアーゼである。実際、トリプターゼは、ＩＢＳにおけるマスト細胞活性化についてのマーカーとして使用することができる。トリプターゼは、おそらくプロテアーゼ活性化受容体２の活性化によって、マスト細胞のプロ分泌及びプロ炎症効果を説明する良好な候補と考えられているが、他のマスト細胞メディエーターも関与し得る。好ましい実施形態において、β−トリプターゼ（ＴＰＢＡＢ１）は、対象からの血液又は血清試料中で検出される。β−トリプターゼは、一般に、トリプターゼベータ−１又はトリプターゼＩとも称され、トリプターゼアルファ／ベータ１遺伝子（ＴＰＳＡＢ１；ＮＭ＿００３２９４）によってコードされ、翻訳されて２７５個のアミノ酸のトリプターゼベータ−１前駆体タンパク質（ＮＰ＿００３２８５）が形成される。次いで、前駆体タンパク質はシグナルペプチド（アミノ酸１〜１８）及び活性化ペプチドプロペプチド（アミノ酸１９〜３０）の除去によりプロセッシングされ、成熟トリプターゼベータ−１ポリペプチド（アミノ酸３１〜２７５；ＵｎｉＰｒｏｔ：Ｑ１５６６１）がもたらされる。
ある例において、特定のセリンプロテアーゼ、例えば、トリプターゼの存在又はレベルは、アッセイ、例えば、ハイブリダイゼーションアッセイ又は増幅ベースアッセイなどにより、ｍＲＮＡ発現のレベルにおいて検出される。ある他の例において、特定のセリンプロテアーゼ、例えば、トリプターゼの存在又はレベルは、例えば、免疫アッセイ（例えば、ＥＬＩＳＡ）又は免疫組織化学アッセイを使用してタンパク質発現のレベルにおいて検出される。血清試料中のトリプターゼの存在又はレベルを決定するために好適なＥＬＩＳＡ技術は、本明細書に記載されている。特に好ましい実施形態において、β−トリプターゼのレベルは、検出抗体がアルカリホスファターゼにコンジュゲートされた抗β−トリプターゼ抗体、例えば、市販の抗体Ｇ３であるサンドイッチＥＬＩＳＡアッセイを使用して血液又は血清試料中で検出される。この場合、アッセイの感度を向上させるため、発光基質、例えば、ＣＰＳＤ（ジナトリウム３−（４−メトキシスピロ｛１，２−ジオキセタン−３，２’−（５’−クロロ）トリシクロ［３．３．１．１３，７］デカン｝−４−イル）フェニルホスフェート）を使用することができる。
Ｂ．プロスタグランジン
試料中の少なくとも１種のプロスタグランジンの存在又はレベルの決定も、本発明において有用である。本明細書において使用される用語「プロスタグランジン」は、脂肪酸から酵素的に誘導され、動物体内における重要な機能を有する脂質化合物の群の任意のメンバーを含む。すべてのプロスタグランジンは、５炭素環を含む２０個の炭素原子を含有する。プロスタグランジンは、トロンボキサン及びプロスタサイクリンと一緒になって、プロスタノイドクラスの脂肪酸誘導体を形成する。プロスタノイドクラスは、エイコサノイドのサブクラスである。プロスタグランジンの非限定的な例は、プロスタグランジンＩ２（ＰＧＩ２）、プロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）、プロスタグランジンＦ２α（ＰＧＦ２α）及びこれらの組合せを含む。好ましい実施形態において、プロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）が、対象、例えば、ＩＢＳの疑いがある対象からの血液又は血清試料中で検出される。ある実施形態において、ＰＧＥ２は、ＥＬＩＳＡ又は化学発光アッセイにより検出することができる。血清試料中のＰＧＥ２の存在又はレベルを決定するために好適なＥＬＩＳＡキットは、例えば、Ｃａｙｍａｎ Ｃｈｅｍｉｃａｌ Ｃｏ．（Ａｎｎ Ａｒｂｏｒ，ＭＩ）から入手可能である。
Ｃ．ヒスタミン
試料中のヒスタミンの存在又はレベルの決定も、本発明において有用である。本明細書において使用される用語「ヒスタミン」は、局所免疫応答に関与し、腸内の生理学的機能を調節し、神経伝達物質として作用する生体アミンを含む。ヒスタミンは、炎症応答を誘引する。外部病原体に対する免疫応答の一部として、ヒスタミンは、好塩基球及び結合組織付近に見出されるマスト細胞により産生される。ヒスタミンは、白血球及び他のタンパク質に対する毛細血管の浸透性を増加させて患部組織内でこれらを外部侵入物と交戦させる。このことは、実質的にすべての動物体細胞内で見出される。好ましい実施形態において、ヒスタミンは、対象、例えば、ＩＢＳの疑いがある対象からの血液又は血清試料中で検出される。ある実施形態において、ヒスタミンは、ＥＬＩＳＡ又は化学発光アッセイにより検出することができる。血清試料中のヒスタミンの存在又はレベルを決定するために好適なＥＬＩＳＡキットは、例えば、Ｉｍｍｕｎｏｔｅｃｈ（Ｃｚｅｃｈ Ｒｅｐｕｂｌｉｃ）及びＣａｙｍａｎ Ｃｈｅｍｉｃａｌ Ｃｏ．（Ａｎｎ Ａｒｂｏｒ，ＭＩ）から入手可能である。
Ｄ．サイトカイン
試料中の少なくとも１種のサイトカインの存在又はレベルの決定は、本発明において特に有用である。本明細書において使用される「サイトカイン」という用語は、一連の免疫システム機能を調節する免疫細胞によって分泌される、種々のポリペプチド又はタンパク質のいずかを含み、小分子サイトカイン、例えば、ケモカインを包含する。「サイトカイン」という用語は、例えば、体重、造血、血管新生、創傷治癒、インスリン耐性、免疫応答及び炎症応答の調節において機能する脂肪細胞によって分泌されるサイトカインの群を含むアディポサイトカインも含む。
ある態様において、限定されるものではないが、ＴＮＦ−α、ＴＮＦ関連アポトーシス弱誘導因子（ＴＷＥＡＫ）、オステオプロテジェリン（ＯＰＧ）、ＩＦＮ−α、ＩＦＮ−β、ＩＦＮ−γ、ＩＬ−１α、ＩＬ−１β、ＩＬ−１受容体アンタゴニスト（ＩＬ−１ｒａ）、ＩＬ−２、ＩＬ−４、ＩＬ−５、ＩＬ−６、可溶性ＩＬ−６受容体（ｓＩＬ−６Ｒ）、ＩＬ−７、ＩＬ−８、ＩＬ−９、ＩＬ−１０、ＩＬ−１２、ＩＬ−１３、ＩＬ−１５、ＩＬ−１７、ＩＬ−２３及びＩＬ−２７を含む少なくとも１種のサイトカインの存在又はレベルが、試料中で決定される。ある他の態様において、少なくとも１種のケモカイン、例えば、ＣＸＣＬ１／ＧＲＯ１／ＧＲＯα、ＣＸＣＬ２／ＧＲＯ２、ＣＸＣＬ３／ＧＲＯ３、ＣＸＣＬ４／ＰＦ−４、ＣＸＣＬ５／ＥＮＡ−７８、ＣＸＣＬ６／ＧＣＰ−２、ＣＸＣＬ７／ＮＡＰ−２、ＣＸＣＬ９／ＭＩＧ、ＣＸＣＬ１０／ＩＰ−１０、ＣＸＣＬ１１／Ｉ−ＴＡＣ、ＣＸＣＬ１２／ＳＤＦ−１、ＣＸＣＬ１３／ＢＣＡ−１、ＣＸＣＬ１４／ＢＲＡＫ、ＣＸＣＬ１５、ＣＸＣＬ１６、ＣＸＣＬ１７／ＤＭＣ、ＣＣＬ１、ＣＣＬ２／ＭＣＰ−１、ＣＣＬ３／ＭＩＰ−１α、ＣＣＬ４／ＭＩＰ−１β、ＣＣＬ５／ＲＡＮＴＥＳ、ＣＣＬ６／Ｃ１０、ＣＣＬ７／ＭＣＰ−３、ＣＣＬ８／ＭＣＰ−２、ＣＣＬ９／ＣＣＬ１０、ＣＣＬ１１／エオタキシン、ＣＣＬ１２／ＭＣＰ−５、ＣＣＬ１３／ＭＣＰ−４、ＣＣＬ１４／ＨＣＣ−１、ＣＣＬ１５／ＭＩＰ−５、ＣＣＬ１６／ＬＥＣ、ＣＣＬ１７／ＴＡＲＣ、ＣＣＬ１８／ＭＩＰ−４、ＣＣＬ１９／ＭＩＰ−３β、ＣＣＬ２０／ＭＩＰ−３α、ＣＣＬ２１／ＳＬＣ、ＣＣＬ２２／ＭＤＣ、ＣＣＬ２３／ＭＰＩＦ１、ＣＣＬ２４／エオタキシン−２、ＣＣＬ２５／ＴＥＣＫ、ＣＣＬ２６／エオタキシン−３、ＣＣＬ２７／ＣＴＡＣＫ、ＣＣＬ２８／ＭＥＣ、ＣＬ１、ＣＬ２及びＣＸ３ＣＬ１などの存在又はレベルが、試料中で決定される。あるさらなる態様において、限定されるものではないが、レプチン、アディポネクチン、レジスチン、活性型又は総プラスミノーゲン活性化因子阻害因子１（ＰＡＩ−１）、ビスファチン及びレチノール結合タンパク質４（ＲＢＰ４）を含む少なくとも１種のアディポサイトカインの存在又はレベルが、試料中で決定される。好ましくは、ＩＬ−８、ＩＬ−１β、ＴＷＥＡＫ、レプチン、ＯＰＧ、ＭＩＰ−３β、ＧＲＯα、ＣＸＣＬ４／ＰＦ−４及び／又はＣＸＣＬ７／ＮＡＰ−２の存在又はレベルが決定される。
ある例において、特定のサイトカインの存在又はレベルは、アッセイ、例えば、ハイブリダイゼーションアッセイ又は増幅ベースアッセイなどによりｍＲＮＡ発現のレベルにおいて検出される。ある他の例において、特定のサイトカインの存在又はレベルは、例えば、免疫アッセイ（例えば、ＥＬＩＳＡ）又は免疫組織化学アッセイを使用してタンパク質発現のレベルにおいて検出される。血清、血漿、唾液又は尿試料中のサイトカイン、例えば、ＩＬ−８、ＩＬ−１β、ＭＩＰ−３β、ＧＲＯα、ＣＸＣＬ４／ＰＦ−４又はＣＸＣＬ７／ＮＡＰ−２の存在又はレベルを決定するために好適なＥＬＩＳＡキットは、例えばＲ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ，Ｉｎｃ．（Ｍｉｎｎｅａｐｏｌｉｓ，ＭＮ）、Ｎｅｏｇｅｎ Ｃｏｒｐ．（Ｌｅｘｉｎｇｔｏｎ，ＫＹ）、Ａｌｐｃｏ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ（Ｓａｌｅｍ，ＮＨ）、Ａｓｓａｙ Ｄｅｓｉｇｎｓ，Ｉｎｃ．（Ａｎｎ Ａｒｂｏｒ，ＭＩ）、ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ Ｐｈａｒｍｉｎｇｅｎ（Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ，ＣＡ）、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ（Ｃａｍａｒｉｌｌｏ，ＣＡ）、Ｃａｌｂｉｏｃｈｅｍ（Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ，ＣＡ）、ＣＨＥＭＩＣＯＮ Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ，Ｉｎｃ．（Ｔｅｍｅｃｕｌａ，ＣＡ）、Ａｎｔｉｇｅｎｉｘ Ａｍｅｒｉｃａ Ｉｎｃ．（Ｈｕｎｔｉｎｇｔｏｎ Ｓｔａｔｉｏｎ，ＮＹ）、ＱＩＡＧＥＮ Ｉｎｃ．（Ｖａｌｅｎｃｉａ，ＣＡ）、Ｂｉｏ−Ｒａｄ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ，Ｉｎｃ．（Ｈｅｒｃｕｌｅｓ，ＣＡ）及び／又はＢｅｎｄｅｒ ＭｅｄＳｙｓｔｅｍｓ Ｉｎｃ．（Ｂｕｒｌｉｎｇａｍｅ，ＣＡ）から入手可能である。
１．ＴＷＥＡＫ
ＴＷＥＡＫは、構造的に関連するサイトカインのＴＮＦスーパーファミリーのメンバーである。全長膜アンカー型ＴＷＥＡＫは、多くの細胞型の表面上に見出すことができ、タンパク質分解性プロセッシングによって生じる、より小さな生物学的活性型は細胞外でも検出されている（例えば、Ｃｈｉｃｈｅｐｏｒｔｉｃｈｅ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．，２７２：３２４０１−３２４１０（１９９７）を参照）。ＴＷＥＡＫは、繊維芽細胞成長因子誘導性１４（Ｆｎ１４；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリーメンバー１２Ａ又はＴＮＦＲＳＦ１２Ａとしても公知）と命名されたＴＮＦ受容体スーパーファミリーメンバーと結合することによって作用する。ＴＷＥＡＫは、細胞成長及び血管新生の刺激、炎症性サイトカインの誘導並びにアポトーシスの刺激を含む複数の生物学的活性を有する（例えば、Ｗｉｌｅｙ ｅｔ ａｌ．，Ｃｙｔｏｋｉｎｅ Ｇｒｏｗｔｈ Ｆａｃｔｏｒ Ｒｅｖ．，１４：２４１−２４９（２００３）を参照）。特に、ＴＷＥＡＫは、繊維芽細胞及び滑膜細胞において、ＰＧＥ２、ＭＭＰ−１、ＩＬ−６、ＩＬ−８、ＲＡＮＴＥＳ及びＩＰ−１０の発現を誘導すること並びに内皮細胞においてＩＣＡＭ−１、Ｅ−セレクチン、ＩＬ−８及びＭＣＰ−１の発現を上方調節することが示されている（例えば、Ｃａｍｐｂｅｌｌ ｅｔ ａｌ．，Ｆｒｏｎｔ．Ｂｉｏｓｃｉ．，９：２２７３−２２８４（２００４）を参照）。ＦＮ１４受容体へのＴＷＥＡＫの結合又は構成的なＦｎ１４の過剰発現は、免疫又は炎症過程、発癌、癌治療耐性及び腫瘍形成において重要な役割を担うＮＦ−ＫＢシグナリング経路を活性化することも実証されている（例えば、Ｗｉｎｋｌｅｓ ｅｔ ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ Ｌｅｔｔ．，２３５：１１−１７（２００６）；及びＷｉｎｋｌｅｓ ｅｔ ａｌ．，Ｆｒｏｎｔ．Ｂｉｏｓｃｉ．，１２：２７６１−２７７１（２００７）を参照）。当業者は、ＴＷＥＡＫが腫瘍壊死因子リガンドスーパーファミリーメンバー１２（ＴＮＦＳＦ１２）、ＡＰＯ３リガンド（ＡＰＯ３Ｌ）、ＣＤ２５５、ＤＲ３リガンド、ＦＮ１４及びＵＮＱ１８１／ＰＲＯ２０７としても公知であることを認識する。
生物試料、例えば、血清、血漿、唾液又は尿試料中のＴＷＥＡＫの存在又はレベルを決定するために好適なＥＬＩＳＡキットは、例えば、Ａｎｔｉｇｅｎｉｘ Ａｍｅｒｉｃａ Ｉｎｃ．（Ｈｕｎｔｉｎｇｔｏｎ Ｓｔａｔｉｏｎ，ＮＹ）、Ｂｅｎｄｅｒ ＭｅｄＳｙｓｔｅｍｓ Ｉｎｃ．（Ｂｕｒｌｉｎｇａｍｅ，ＣＡ）、Ａｇｄｉａ Ｉｎｃ．（Ｅｌｋｈａｒｔ，ＩＮ）、Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｐｒｏｄｕｃｔｓ Ｉｎｃ．（Ｂｅｌｍｏｎｔ，ＭＡ）、Ｂｉｏｍｅｄａ Ｃｏｒｐ．（Ｆｏｓｔｅｒ Ｃｉｔｙ，ＣＡ）、ＢｉｏＶｉｓｉｏｎ，Ｉｎｃ．（Ｍｏｕｎｔａｉｎ Ｖｉｅｗ，ＣＡ）及びＫａｍｉｙａ Ｂｉｏｍｅｄｉｃａｌ Ｃｏ．（Ｓｅａｔｔｌｅ，ＷＡ）から入手可能である。
２．オステオプロテジェリン（ＯＰＧ）
ＯＰＧは、構造的に関連するサイトカインのＴＮＦスーパーファミリーの４０１個のアミノ酸メンバーである。ＯＰＧは、ＮＦＫＢの受容体活性化因子（ＲＡＮＫ）と相同性を示し、ＲＡＮＫリガンド（ＲＡＮＫＬ；ＯＰＧリガンド（ＯＰＧＬ）としても公知）の可溶性デコイ受容体として作用することによってマクロファージの破骨細胞への分化を阻害し、破骨細胞の吸収を調節する。結果としてＯＰＧ−ＲＡＮＫ−ＲＡＮＫＬ系は、破骨細胞の形成、機能及び生存において直接的かつ本質的な役割を担う。ＯＰＧ−ＲＡＮＫ−ＲＡＮＫＬ系はまた、癌細胞遊走をモジュレートし、こうして骨への転移の発現を制御することが示されている。当業者は、ＯＰＧがオステオプロテジェリン及び破骨細胞形成阻害因子（ＯＣＩＦ）としても公知であることを認識する。
血清、血漿、唾液又は尿試料中のＯＰＧの存在又はレベルを決定するために好適なＥＬＩＳＡキットは、例えば、Ａｎｔｉｇｅｎｉｘ Ａｍｅｒｉｃａ Ｉｎｃ．（Ｈｕｎｔｉｎｇｔｏｎ Ｓｔａｔｉｏｎ，ＮＹ）、Ｉｍｍｕｎｏｄｉａｇｎｏｓｔｉｃ Ｓｙｓｔｅｍｓ Ｌｔｄ．（Ｂｏｌｄｏｎ，Ｕｎｉｔｅｄ Ｋｉｎｇｄｏｍ）及びＢｉｏ Ｖｅｎｄｅｒ，ＬＬＣ（Ｃａｎｄｌｅｒ，ＮＣ）から入手可能である。
３．レプチン
レプチンは、サイトカインのアディポサイトカインファミリーのメンバーであり、食物の取り込みを阻害し、エネルギー消費を刺激することによって体重の調節において決定的な役割を担う１６ｋＤのペプチドホルモンである。レプチンは主に脂肪細胞によって合成され、体脂肪含量に比例した量で血漿中を循環する（例えば、Ｍａｆｆｅｉ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ．Ｍｅｄ．，１：１１５５−１１６１（１９９５）；Ｃｏｎｓｉｄｉｎｅ ｅｔ ａｌ．，Ｄｉａｂｅｔｅｓ，４５：９９２−９９４（１９９６）を参照）。レプチンは、異種間で非常に高い程度の相同性を示し、他のサイトカインとも構造が類似している（例えば、Ｍａｄｅｊ ｅｔ ａｌ．，ＦＥＢＳ Ｌｅｔｔ．，３７３：１３−１８（１９９５）を参照）。レプチンは、細胞外モチーフである４個のシステイン残基及び多数のフィブロネクチンタイプＩＩＩドメインを特徴とする受容体のＩ型サイトカインスーパーファミリーの一回膜貫通ドメイン受容体であるレプチン受容体を介して作用する（例えば、Ｈｅｉｍ，Ｅｕｒ．Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔ．，２６：１−１２（１９９６）を参照）。レプチン受容体は、ホモ二量体として存在することが公知であり、受容体にリガンドが結合した後に生じる構造変化によって活性化される（例えば、Ｄｅｖｏｓ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．，２７２：１８３０４−１８３１０（１９９７）を参照）。オルタナティブスライシングによって生じる、６種のレプチン受容体のアイソフォームがこれまでに同定されている（例えば，Ｗａｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ，３９３：６８４−６８８（１９９８）；Ｌｅｅ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ，３７９：６３２−６３５（１９９６）を参照）。
生物試料、例えば、血清、血漿、唾液又は尿試料中のレプチンの存在又はレベルを決定するために好適なＥＬＩＳＡキットは、例えば、Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ，Ｉｎｃ．（Ｍｉｎｎｅａｐｏｌｉｓ，ＭＮ）、Ｂ−Ｂｒｉｄｇｅ Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ（Ｍｏｕｎｔａｉｎ Ｖｉｅｗ，ＣＡ）、Ｎｅｏｇｅｎ Ｃｏｒｐ．（Ｌｅｘｉｎｇｔｏｎ，ＫＹ）、Ａｓｓａｙ Ｄｅｓｉｇｎｓ，Ｉｎｃ．（Ａｎｎ Ａｒｂｏｒ，ＭＩ）、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ（Ｃａｍａｒｉｌｌｏ，ＣＡ）、ＣＨＥＭＩＣＯＮ Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ，Ｉｎｃ．（Ｔｅｍｅｃｕｌａ，ＣＡ）、Ａｎｔｉｇｅｎｉｘ Ａｍｅｒｉｃａ Ｉｎｃ．（Ｈｕｎｔｉｎｇｔｏｎ Ｓｔａｔｉｏｎ，ＮＹ）、ＬＩＮＣＯ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，Ｉｎｃ．（Ｓｔ．Ｃｈａｒｌｅｓ，ＭＯ）、Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃ Ｓｙｓｔｅｍｓ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ，Ｉｎｃ．（Ｗｅｂｓｔｅｒ，ＴＸ）、Ｉｍｍｕｎｏ−Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ Ｌａｂｒａｔｏｒｉｅｓ，Ｉｎｃ．（Ｍｉｎｎｅａｐｏｌｉｓ，ＭＮ）及びＣａｙｍａｎ Ｃｈｅｍｉｃａｌ Ｃｏ．（Ａｎｎ Ａｒｂｏｒ，ＭＩ）から入手可能である。
Ｅ．成長因子
試料中の１種以上の成長因子の存在又はレベルの決定も、本発明において有用である。本明細書において使用される「成長因子」という用語は、細胞増殖及び／又は細胞分化を刺激することができる種々のペプチド、ポリペプチド又はタンパク質のいずれかを含む。
ある態様において、限定されるものではないが、上皮細胞成長因子（ＥＧＦ）、ヘパリン結合性上皮成長因子（ＨＢ−ＥＧＦ）、血管内皮成長因子（ＶＥＧＦ）、色素上皮由来因子（ＰＥＤＦ；ＳＥＲＰＩＮＦ１としても公知）、アンフィレギュリン（ＡＲＥＧ；神経鞘腫由来成長因子（ＳＤＧＦ）としても公知）、塩基性繊維芽細胞成長因子（ｂＦＧＦ）、肝細胞成長因子（ＨＧＦ）、トランスフォーミング成長因子α（ＴＧＦ−α）、トランスフォーミング成長因子β（ＴＧＦ−β）、骨形成タンパク質（例えばＢＭＰ１−ＢＭＰ１５）、血小板由来成長因子（ＰＤＧＦ）、神経成長因子（ＮＧＦ）、β神経成長因子（β−ＮＧＦ）、神経栄養因子（例えば、脳由来神経栄養因子（ＢＤＮＦ）、ニューロトロフィン３（ＮＴ３）、ニューロトロフィン４（ＮＴ４）など）、成長分化因子−９（ＧＤＦ−９）、顆粒球・コロニー刺激因子（Ｇ−ＣＳＦ）、顆粒球・マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ−ＣＳＦ）、ミオスタチン（ＧＤＦ−８）、エリスロポエチン（ＥＰＯ）及びトロンボポエチン（ＴＰＯ）を含む少なくとも１種の成長因子の存在又はレベルが、試料中で決定される。好ましくは、ＥＧＦ、ＶＥＧＦ、ＰＥＤＦ、アンフィレギュリン（ＳＤＧＦ）及び／又はＢＤＮＦの存在又はレベルが決定される。
ある例において、特定の成長因子の存在又はレベルは、アッセイ、例えば、ハイブリダイゼーションアッセイ又は増幅ベースアッセイなどにより、ｍＲＮＡ発現のレベルにおいて検出される。ある他の例において、特定の成長因子の存在又はレベルは、例えば、免疫アッセイ（例えば、ＥＬＩＳＡ）又は免疫組織化学アッセイを使用してタンパク質発現のレベルにおいて検出される。血清、血漿、唾液又は尿試料中の成長因子、例えば、ＥＧＦ、ＶＥＧＦ、ＰＥＤＦ、ＳＤＧＦ又はＢＤＮＦの存在又はレベルを決定するために好適なＥＬＩＳＡキットは、例えば、Ａｎｔｉｇｅｎｉｘ Ａｍｅｒｉｃａ Ｉｎｃ．（Ｈｕｎｔｉｎｇｔｏｎ Ｓｔａｔｉｏｎ，ＮＹ）、Ｐｒｏｍｅｇａ（Ｍａｄｉｓｏｎ，ＷＩ）、Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ，Ｉｎｃ．（Ｍｉｎｎｅａｐｏｌｉｓ，ＭＮ）、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ（Ｃａｍａｒｉｌｌｏ，ＣＡ）、ＣＨＥＭＩＣＯＮ Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ，Ｉｎｃ．（Ｔｅｍｅｃｕｌａ，ＣＡ）、Ｎｅｏｇｅｎ Ｃｏｒｐ．（Ｌｅｘｉｎｇｔｏｎ，ＫＹ）、ＰｅｐｒｏＴｅｃｈ（Ｒｏｃｋｙ Ｈｉｌｌ，ＮＪ）、Ａｌｐｃｏ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ（Ｓａｌｅｍ，ＮＨ）、Ｐｉｅｒｃｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｉｎｃ．（Ｒｏｃｋｆｏｒｄ，ＩＬ）及び／又はＡｂａｚｙｍｅ（Ｎｅｅｄｈａｍ，ＭＡ）から入手可能である。
Ｆ．リポカリン
試料中の１種以上のリポカリンの存在又はレベルの決定も、本発明において有用である。本明細書において使用される「リポカリン」という用語は、いくつかの共通する分子認識特性：一連の疎水性小分子と結合する能力；特異的な細胞表面受容体への結合；及び可溶性高分子との複合体の形成を特徴とする、種々の小分子細胞外タンパク質のいずれかを含む（例えば、Ｆｌｏｗｅｒｓ，Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｊ．，３１８：１−１４（１９９６）を参照）。リポカリンの生物学的機能の変化は、これらの特徴の１種以上によって媒介される。リポカリンタンパク質ファミリーは顕著な機能の多様性を示し、レチノール輸送、無脊椎動物の隠蔽色、嗅覚及びフェロモン輸送並びにプロスタグランジンの生合成における役割を担う。リポカリンは、細胞の恒常性の調節及び免疫応答の調節に関与し、キャリアタンパク質として、内因性及び外因性化合物の一般的なクリアランスにも作用する。リポカリンは配列レベルにおいて顕著な多様性を有するが、これらの３次元構造は統一した特徴がある。リポカリンの結晶構造は高度に保存されており、内部のリガンド結合部位を囲む、単一の８本鎖の連続的に水素結合した逆平行ベータバレルを含む。
ある態様において、限定されるものではないが、好中球ゼラチナーゼ関連リポカリン（ＮＧＡＬ）；ヒト好中球リポカリン（ＨＮＬ）又はリポカリン−２としても公知）、フォンエブネル腺タンパク質（ＶＥＧＰ）；リポカリン−１としても公知）、レチノール結合タンパク質（ＲＢＰ）、プルプリン（ＰＵＲＰ）、レチノイン酸結合タンパク質（ＲＡＢＰ）、α２ｕ−グロブリン（Ａ２Ｕ）、主要尿タンパク質（ＭＵＰ）、ビリン結合タンパク質（ＢＢＰ）、α−クルスタシアニン、妊娠性タンパク質１４（ＰＰ１４）、β−ラクトグロブリン（Ｂｌｇ）、α１−ミクログロブリン（Ａ１Ｍ）、Ｃ８のガンマ鎖（Ｃ８γ）、アポリポタンパク質Ｄ（ＡｐｏＤ）、ラザリロ（ＬＡＺ）、プロスタグランジンＤ２シンターゼ（ＰＧＤＳ）、休眠特異的タンパク質（ＱＳＰ）、脈絡叢タンパク質、臭気物質結合タンパク質（ＯＢＰ）、α１１−酸性糖タンパク質（ＡＧＰ）、プロバシン（ＰＢＡＳ）、アフロジシン、オロソムコイド及びプロゲステロン関連子宮内膜タンパク質（ＰＡＥＰ）を含む少なくとも１種のリポカリンの存在又はレベルが、試料中で決定される。ある他の態様において、例えば、ＮＧＡＬ及びマトリックスメタロプロテイナーゼの複合体（例えば、ＮＧＡＬ／ＭＭＰ−９複合体）を含む少なくとも１種のリポカリン複合体の存在又はレベルが決定される。好ましくは、ＮＧＡＬ又はＭＭＰ−９とのこの複合体の存在又はレベルが決定される。
ある例において、特定のリポカリンの存在又はレベルは、アッセイ、例えば、ハイブリダイゼーションアッセイ又は増幅ベースアッセイなどによりｍＲＮＡ発現のレベルにおいて検出される。ある他の例において、特定のリポカリンの存在又はレベルは、例えば、免疫アッセイ（例えば、ＥＬＩＳＡ）又は免疫組織化学アッセイを使用してタンパク質発現のレベルにおいて検出される。血清、血漿又は尿試料中のリポカリン、例えば、ＮＧＡＬの存在又はレベルを決定するために好適なＥＬＩＳＡキットは、例えば、ＡｎｔｉｂｏｄｙＳｈｏｐ Ａ／Ｓ（Ｇｅｎｔｏｆｔｅ，Ｄｅｎｍａｒｋ）、ＬａｂＣｌｉｎｉｃｓ ＳＡ（Ｂａｒｃｅｌｏｎａ，Ｓｐａｉｎ）、Ｌｕｃｅｒｎａ−Ｃｈｅｍ ＡＧ（Ｌｕｚｅｒｎ，Ｓｗｉｔｚｅｒｌａｎｄ）、Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ，Ｉｎｃ．（Ｍｉｎｎｅａｐｏｌｉｓ，ＭＮ）及びＡｓｓａｙ Ｄｅｓｉｇｎｓ，Ｉｎｃ．（Ａｎｎ Ａｒｂｏｒ，ＭＩ）から入手することができる。ＮＧＡＬ／ＭＭＰ−９複合体の存在又はレベルを決定するための適切なＥＬＩＳＡキットは、例えばＲ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ，Ｉｎｃ．（Ｍｉｎｎｅａｐｏｌｉｓ，ＭＮ）から入手可能である。追加のＮＧＡＬ及びＮＧＡＬ／ＭＭＰ−９複合体のＥＬＩＳＡ技術は、例えば、Ｋｊｅｌｄｓｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｂｌｏｏｄ，８３：７９９−８０７（１９９４）；及びＫｊｅｌｄｓｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｍｅｔｈｏｄｓ，１９８：１５５−１６４（１９９６）に記載されている。
Ｇ．マトリックスメタロプロテイナーゼ
試料中の少なくとも１種のマトリックスメタロプロテイナーゼ（ＭＭＰ）の存在又はレベルの決定も、本発明において有用である。本明細書において使用される「マトリックスメタロプロテイナーゼ」又は「ＭＭＰ」という用語は、種々の細胞外マトリックスタンパク質を分解し、細胞表面受容体を開裂させ、アポトーシスリガンドを放出し、及び／又はケモカインを調節することができる亜鉛依存型エンドペプチダーゼを含む。ＭＭＰは、細胞挙動、例えば、細胞増殖、遊走（接着／分散）、分化、血管新生および宿主防御において主要な役割を担うとも考えられている。
ある態様において、限定されるものではないが、ＭＭＰ−１（間質性コラゲナーゼ）、ＭＭＰ−２（ゼラチナーゼＡ）、ＭＭＰ−３（ストロメリシン−１）、ＭＭＰ−７（マトリリシン）、ＭＭＰ−８（好中球コラゲナーゼ）、ＭＭＰ−９（ゼラチナーゼＢ）、ＭＭＰ−１０（ストロメライシン−２）、ＭＭＰ−１１（ストロメリシン−３）、ＭＭＰ−１２（マクロファージメタロエラスターゼ）、ＭＭＰ−１３（コラゲナーゼ−３）、ＭＭＰ−１４、ＭＭＰ−１５、ＭＭＰ−１６、ＭＭＰ−１７、ＭＭＰ−１８（コラゲナーゼ−４）、ＭＭＰ−１９、ＭＭＰ−２０（エナメリシン）、ＭＭＰ−２１、ＭＭＰ−２３、ＭＭＰ−２４、ＭＭＰ−２５、ＭＭＰ−２６（マトリリシン−２）、ＭＭＰ−２７及びＭＭＰ−２８（エピリシン）を含む少なくとも１種の少なくとも１種のＭＭＰの存在又はレベルが試料中で決定される。好ましくは、ＭＭＰ−９の存在又はレベルが決定される。
ある例において、特定のＭＭＰの存在又はレベルは、アッセイ、例えば、ハイブリダイゼーションアッセイ又は増幅ベースアッセイなどによりｍＲＮＡ発現のレベルにおいて検出される。ある他の例において、特定のＭＭＰの存在又はレベルは、例えば、免疫アッセイ（例えば、ＥＬＩＳＡ）又は免疫組織化学アッセイを使用してタンパク質発現のレベルにおいて検出される。血清又は血漿試料中のＭＭＰ、例えば、ＭＭＰ−９の存在又はレベルを決定するために好適なＥＬＩＳＡキットは、例えば、Ｃａｌｂｉｏｃｈｅｍ（Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ，ＣＡ）、ＣＨＥＭＩＣＯＮ Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ，Ｉｎｃ．（Ｔｅｍｅｃｕｌａ，ＣＡ）及びＲ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ，Ｉｎｃ．（Ｍｉｎｎｅａｐｏｌｉｓ，ＭＮ）から入手可能である。
Ｈ．組織メタロプロテイナーゼ阻害因子
試料中の少なくとも１種の組織メタロプロテイナーゼ阻害因子（ＴＩＭＰ）の存在又はレベルの決定も、本発明において有用である。本明細書において使用される「組織メタロプロテイナーゼ阻害因子」又は「ＴＩＭＰ」という用語は、ＭＭＰを阻害することができるタンパク質を含む。
ある態様において、限定されるものではないが、ＴＩＭＰ−１、ＴＩＭＰ−２、ＴＩＭＰ−３及びＴＩＭＰ−４を含む少なくとも１種の少なくとも１種のＴＩＭＰの存在又はレベルが試料中で決定される。好ましくは、ＴＩＭＰ−１の存在又はレベルが決定される。
ある例において、特定のＴＩＭＰの存在又はレベルは、アッセイ、例えば、ハイブリダイゼーションアッセイ又は増幅ベースアッセイなどによりｍＲＮＡ発現のレベルにおいて検出される。ある他の例において、特定のＴＩＭＰの存在又はレベルは、例えば、免疫アッセイ（例えば、ＥＬＩＳＡ）又は免疫組織化学アッセイを使用してタンパク質発現のレベルにおいて検出される。血清又は血漿試料中のＴＩＭＰ、例えば、ＴＩＭＰ−１の存在又はレベルを決定するために好適なＥＬＩＳＡキットは、例えば、Ａｌｐｃｏ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ（Ｓａｌｅｍ，ＮＨ）、Ｃａｌｂｉｏｃｈｅｍ（Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ，ＣＡ）、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ（Ｃａｍａｒｉｌｌｏ，ＣＡ）、ＣＨＥＭＩＣＯＮ Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ，Ｉｎｃ．（Ｔｅｍｅｃｕｌａ，ＣＡ）及びＲ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ，Ｉｎｃ．（Ｍｉｎｎｅａｐｏｌｉｓ，ＭＮ）から入手可能である。
Ｉ．グロブリン
試料中の少なくとも１種のグロブリンの存在又はレベルの決定も、本発明においては有用である。本明細書において使用される「グロブリン」という用語は、血清電気泳動時にアルブミンよりも移動しない血清タンパク質ファミリーの異種系列の任意のメンバーを含む。タンパク質電気泳動は、典型的には、グロブリンを以下の３種のカテゴリー：アルファ−グロブリン（すなわち、アルファ−１−グロブリン又はアルファ−２−グロブリン）；ベータ−グロブリン；及びガンマ−グロブリンにカテゴライズするために使用される。
アルファ−グロブリンは、アルカリ又は電荷を帯びた溶液中でよく移動する血漿中の球状タンパク質の集団を含む。これらは、一般に、ある血液プロテアーゼ及び阻害活性を阻害するように機能する。アルファ−グロブリンの例は、限定されるものではないが、アルファ−２−マクログロブリン（α２−ＭＧ）、ハプトグロビン（Ｈｐ）、オロソムコイド、アルファ−１−アンチトリプシン、アルファ−１−アンチキモトリプシン、アルファ−２−アンチプラスミン、アンチトロンビン、セルロプラスミン、ヘパリン補因子ＩＩ、レチノール結合タンパク質及びトランスコルチンを含む。好ましくは、α２−ＭＧ、ハプトグロビン及び／又はオロソムコイドの存在又はレベルが決定される。ある例において、１種以上のハプトグロビンアロタイプ、例えば、Ｈｐ前駆体、Ｈｐβ、Ｈｐα１及びＨｐα２などが決定される。
ある例において、特定のグロブリンの存在又はレベルは、アッセイ、例えば、ハイブリダイゼーションアッセイ又は増幅ベースアッセイなどによりｍＲＮＡ発現のレベルにおいて検出される。ある他の例において、特定のグロブリンの存在又はレベルは、例えば、免疫アッセイ（例えば、ＥＬＩＳＡ）又は免疫組織化学アッセイを使用してタンパク質発現のレベルにおいて検出される。血清、血漿又は尿試料中のグロブリン、例えば、α２−ＭＧ、ハプトグロビン又はオロソムコイドの存在又はレベルを決定するために好適なＥＬＩＳＡキットは、例えば、ＧｅｎＷａｙ Ｂｉｏｔｅｃｈ，Ｉｎｃ．（Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ，ＣＡ）及び／又はＩｍｍｕｎｄｉａｇｎｏｓｔｉｋ ＡＧ（Ｂｅｎｓｈｅｉｍ，Ｇｅｒｍａｎｙ）から入手可能である。
Ｊ．アクチン切断タンパク質
試料中の少なくとも１種のアクチン切断タンパク質の存在又はレベルの決定も、本発明において有用である。本明細書において使用される「アクチン切断タンパク質」という用語は、アクチンのリモデリング及び細胞運動性の調節に関与するタンパク質ファミリーの任意のメンバーを含む。アクチン切断タンパク質の非限定的な例は、ゲルゾリン（ブレビン又はアクチン脱重合因子としても公知）、ビリン、フラグミン及びアドセベリンを含む。例えば、ゲルゾリンは白血球、血小板及び他の細胞のタンパク質であり、マイクロモーラ−未満のカルシウム存在下でアクチンフィラメントを切断し、これによって細胞質のアクチンゲルをゾル化する。
ある例において、特定のアクチン切断タンパク質の存在又はレベルは、アッセイ、例えば、ハイブリダイゼーションアッセイ又は増幅ベースアッセイなどによりｍＲＮＡ発現のレベルにおいて検出される。ある他の例において、特定のアクチン切断タンパク質の存在又はレベルは、例えば、免疫アッセイ（例えば、ＥＬＩＳＡ）又は免疫組織化学アッセイを使用してタンパク質発現のレベルにおいて検出される。血漿試料中のアクチン切断タンパク質、例えば、ゲルゾリンの存在又はレベルを決定するために好適なＥＬＩＳＡ技術は、例えば、Ｓｍｉｔｈ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｌａｂ．Ｃｌｉｎ．Ｍｅｄ．，１１０：１８９−１９５（１９８７）；及びＨｉｙｏｓｈｉ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．Ｉｎｔ．，３２：７５５−７６２（１９９４）に記載されている。
Ｋ．Ｓ１００タンパク質
試料中の少なくとも１種のＳ１００タンパク質の存在又はレベルの決定も、本発明において有用である。本明細書において使用される「Ｓ１００タンパク質」という用語は、細胞型特異的な発現及び２個のＥＦハンドカルシウム結合ドメインの存在を特徴とする低分子量酸性タンパク質ファミリーの任意のメンバーを含む。ヒトには、少なくとも２１種の異なるタイプのＳ１００タンパク質が存在する。この名称は、Ｓ１００タンパク質が中性ｐＨの硫酸アンモニウム中で１００％可溶である事実に由来する。ほとんどのＳ１００タンパク質は、ホモ２量体を形成し、非共有結合によって一緒に保持される２個の同一のポリペプチドからなる。Ｓ１００タンパク質は構造的にはカルモジュリンと類似するが、環境因子に応じて異なるレベルにおいて特定の細胞内で細胞特異的に発現する点で異なる。Ｓ１００タンパク質は、通常、神経冠に由来する細胞（例えば、シュワン細胞、メラノサイト、グリア細胞）、軟骨細胞、脂肪細胞、筋上皮細胞、マクロファージ、ランゲルハンス細胞、樹状細胞及びケラチノサイト内に存在する。Ｓ１００タンパク質は、種々の細胞内及び細胞外の機能、例えば、タンパク質のリン酸化、転写因子、カルシウムイオン（Ｃａ２＋）の恒常性、細胞骨格構成成分の動態、酵素活性、細胞成長及び分化並びに炎症応答の調節に関与している。
カルグラニュリンは、腎上皮細胞及び好中球を含む複数の細胞タイプにおいて発現されるＳ１００タンパク質であり、慢性炎症の病態下における浸潤単球及び顆粒球中に豊富である。カルグラニュリンの例は、限定されるものではないが、カルグラニュリンＡ（Ｓ１００Ａ８又はＭＲＰ−８としても公知）、カルグラニュリンＢ（Ｓ１００Ａ９又はＭＲＰ−１４としても公知）及びカルグラニュリンＣ（Ｓ１００Ａ１２としても公知）を含む。
ある例において、特定のＳ１００タンパク質の存在又はレベルは、アッセイ、例えば、ハイブリダイゼーションアッセイ又は増幅ベースアッセイなどによりｍＲＮＡ発現のレベルにおいて検出される。ある他の例において、特定のＳ１００タンパク質の存在又はレベルは、例えば、免疫アッセイ（例えば、ＥＬＩＳＡ）又は免疫組織化学アッセイを使用してタンパク質発現のレベルにおいて検出される。血清、血漿、又は尿試料中のＳ１００タンパク質、例えば、カルグラニュリンＡ（Ｓ１００Ａ８）、カルグラニュリンＢ（Ｓ１００Ａ９）の存在又はレベルを決定するために好適なＥＬＩＳＡキットは、例えば、Ｐｅｎｉｎｓｕｌａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ Ｉｎｃ．（Ｓａｎ Ｃａｒｌｏｓ，ＣＡ）及びＨｙｃｕｌｔ ｂｉｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ｂ．ｖ．（Ｕｄｅｎ，Ｔｈｅ Ｎｅｔｈｅｒｌａｎｄｓ）から入手可能である。
Ｓ１００Ａ８及びＳ１００Ａ９の複合体カルプロテクチンは、好中球、単球及びケラチノサイトの細胞質におけるカルシウム及び亜鉛結合性タンパク質である。カルプロテクチンは、好中性顆粒球及びマクロファージにおける主要なタンパク質であり、これらの細胞中の細胞質分画における総タンパク質の６０％ほどを占める。したがって、カルプロテクチンは好中球の代謝回転の代理マーカーである。糞便中のカルプロテクチン濃度は、腸粘膜好中球の浸潤の強度及び炎症の重症度と相関する。一部の例において、カルプロテクチンは、少量（５０〜１００ｍｇ）の便試料を使用するＥＬＩＳＡ法により計測することができる（例えば、Ｊｏｈｎｅ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃａｎｄ Ｊ Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ．，３６：２９１−２９６（２００１）を参照）。
Ｌ．タキキニン
試料中の少なくとも１種のタキキニンの存在又はレベルの決定も、本発明において有用である。本明細書において使用される「タキキニン」という用語は、カルボキシ末端の配列Ｐｈｅ−Ｘ−Ｇｌｙ−Ｌｅｕ−Ｍｅｔ−ＮＨ２を共有するアミド化されたニューロペプチドを含む。タキキニンは、典型的には、１種以上のタキキニン受容体（例えば、ＴＡＣＲ１、ＴＡＣＲ２及び／又はＴＡＣＲ３）に結合する。
ある態様において、限定されるものではないが、サブスタンスＰ、ニューロキニンＡ及びニューロキニンＢを含む少なくとも１種のタキキニンの存在又はレベルが試料中で決定される。好ましくは、サブスタンスＰの存在又はレベルが決定される。サブスタンスＰは、中枢及び末梢神経系の両方において、神経末端から放出される、長さ１１アミノ酸のペプチドである。サブスタンスＰ放出神経が分布する非常に多くの生物学的な部位には、皮膚、腸、胃、膀胱及び心血管系がある。
ある例において、特定のタキキニンの存在又はレベルは、アッセイ、例えば、ハイブリダイゼーションアッセイ又は増幅ベースアッセイなどによりｍＲＮＡ発現のレベルにおいて検出される。ある他の例において、特定のタキキニンの存在又はレベルは、例えば、免疫アッセイ（例えば、ＥＬＩＳＡ）又は免疫組織化学アッセイを使用してタンパク質発現のレベルにおいて検出される。血清、血漿、唾液又は尿試料中のタキキニン、例えば、サブスタンスＰの存在又はレベルを決定するために好適なＥＬＩＳＡキットは、例えば、ＭＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ Ｉｎｃ．（Ｓｔ．Ｐａｕｌ，ＭＮ）、Ａｓｓａｙ Ｄｅｓｉｇｎｓ，Ｉｎｃ．（Ａｎｎ Ａｒｂｏｒ，ＭＩ）、Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ，Ｉｎｃ．（Ｍｉｎｎｅａｐｏｌｉｓ，ＭＮ）、Ｓｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈ Ｃｏｒｐ．（Ｓｔ．Ｌｏｕｉｓ，ＭＯ）及びＣａｙｍａｎ Ｃｈｅｍｉｃａｌ Ｃｏ．（Ａｎｎ Ａｒｂｏｒ，ＭＩ）から入手可能である。
Ｍ．グレリン
試料中のグレリンの存在又はレベルの決定も、本発明においては有用である。本明細書において使用される「グレリン」という用語は、成長ホルモン分泌促進受容体（ＧＨＳＲ）に対する内因性リガンドであり、成長ホルモン放出の調節に関与する２８アミノ酸のペプチドを含む。グレリンは、典型的には、３番目のセリン残基においてｎ−オクタノイル基によってアシル化されて活性型グレリンが形成され得る。あるいは、グレリンは、非アシル化型（すなわち、デスアシルグレリン）として存在することができる。グレリンは、胃底の粘膜内に主に局在する特殊化クロム親和性細胞内で主として発現され、レプチンとは反対の代謝効果を有する。グレリンは、食物の取り込みを刺激し、炭水化物の使用を向上させ、脂肪の利用を低減させ、胃の運動及び酸分泌を増加させ、自発運動を低減させる。
ある例において、グレリンの存在又はレベルは、アッセイ、例えば、ハイブリダイゼーションアッセイ又は増幅ベースアッセイなどによりｍＲＮＡ発現のレベルにおいて検出される。ある他の例において、グレリンの存在又はレベルは、例えば、免疫アッセイ（例えば、ＥＬＩＳＡ）又は免疫組織化学アッセイを使用してタンパク質発現のレベルにおいて検出される。血清、血漿、唾液又は尿試料中の活性型グレリン又はデスアシル−グレリンの存在又はレベルを決定するために好適なＥＬＩＳＡキットは、例えば、Ａｌｐｃｏ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ（Ｓａｌｅｍ，ＮＨ）、Ｃａｙｍａｎ Ｃｈｅｍｉｃａｌ Ｃｏ．（Ａｎｎ Ａｒｂｏｒ，ＭＩ）、ＬＩＮＣＯ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，Ｉｎｃ．（Ｓｔ．Ｃｈａｒｌｅｓ，ＭＯ）及びＤｉａｇｎｏｓｔｉｃ Ｓｙｓｔｅｍｓ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ，Ｉｎｃ．（Ｗｅｂｓｔｅｒ，ＴＸ）から入手可能である。
Ｎ．ニューロテンシン
試料中のニューロテンシンの存在又はレベルの決定も、本発明においては有用である。本明細書において使用される「ニューロテンシン」という用語は、中枢神経系及び胃腸管にわたり広く分布するトリデカペプチドを含む。ニューロテンシンは、いくつかの胃腸機能及び疾患状態の発現及び進行において重要なメディエーターとして同定されており、神経、上皮細胞及び／又は免疫及び炎症系の細胞に対して直接的又は間接的に作用する特定の受容体と相互作用することによって、その効果を発揮する（例えば、Ｚｈａｏ ｅｔ ａｌ．，Ｐｅｐｔｉｄｅｓ，２７：２４３４−２４４４（２００６）を参照）。
ある例において、ニューロテンシンの存在又はレベルは、アッセイ、例えば、ハイブリダイゼーションアッセイ又は増幅ベースアッセイなどによりｍＲＮＡ発現のレベルにおいて検出される。ある他の例において、ニューロテンシンの存在又はレベルは、例えば、免疫アッセイ（例えば、ＥＬＩＳＡ）又は免疫組織化学アッセイを使用してタンパク質発現のレベルにおいて検出される。試料中のニューロテンシンの存在又はレベルを決定するために好適なＥＬＩＳＡ技術は、例えば、Ｄａｖｉｓ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｎｅｕｒｏｓｃｉ．Ｍｅｔｈｏｄｓ，１４：１５−２３（１９８５）；及びＷｉｌｌｉａｍｓ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｈｉｓｔｏｃｈｅｍ．Ｃｙｔｏｃｈｅｍ．，３７：８３１−８４１（１９８９）に記載されている。
Ｏ．コルチコトロピン放出ホルモン
試料中のコルチコトロピン放出ホルモン（ＣＲＨ；コルチコトロピン放出因子又はＣＲＦとしても公知）の存在又はレベルの決定も、本発明において有用である。本明細書において使用される「コルチコトロピン放出ホルモン」、「ＣＲＨ」、「コルチコトロピン放出因子」又は「ＣＲＦ」という用語は、哺乳動物、例えば、ヒトにおけるストレスに対する応答の近位部を媒介する視床下部の室傍核によって分泌される４１アミノ酸ペプチドを含む。ＣＲＨは、典型的には、１種以上のコルチコトロピン放出ホルモン受容体（例えば、ＣＲＨＲ１及び／又はＣＲＨＲ２）に結合する。ＣＲＨは、視床下部、脊髄、胃、脾臓、十二指腸、副腎及び胎盤によって発現される。
ある例において、ＣＲＨの存在又はレベルは、アッセイ、例えば、ハイブリダイゼーションアッセイ又は増幅ベースアッセイなどによりｍＲＮＡ発現のレベルにおいて検出される。ある他の例において、ＣＲＨの存在又はレベルは、例えば、免疫アッセイ（例えば、ＥＬＩＳＡ）又は免疫組織化学アッセイを使用してタンパク質発現のレベルにおいて検出される。血清、血漿、唾液、又は尿試料中のＣＲＨの存在又はレベルを決定するために好適なＥＬＩＳＡキットは、例えば、Ａｌｐｃｏ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ（Ｓａｌｅｍ，ＮＨ）及びＣｏｓｍｏ Ｂｉｏ Ｃｏ．，Ｌｔｄ．（Ｔｏｋｙｏ，Ｊａｐａｎ）から入手可能である。
Ｐ．抗好中球抗体
試料中のＡＮＣＡレベル及び／又はｐＡＮＣＡの存在又は非存在の決定も、本発明においては有用である。本明細書において使用される「抗好中球細胞質抗体」又は「ＡＮＣＡ」という用語は、好中球の細胞質及び／又は核成分に対する抗体を含む。ＡＮＣＡ活性は、好中球におけるＡＮＣＡの染色パターン：（１）核周囲の際立った明るさを有しない好中球細胞質の染色（ｃＡＮＣＡ）；（２）核の外縁周りの核周囲の染色（ｐＡＮＣＡ）；（３）核の内縁周りの核周囲の染色（ＮＳＮＡ）；及び（４）好中球全体にわたる斑点を有する拡散した染色（ＳＡＰＰＡ）に基づき、いくつかの幅のあるカテゴリーに分割することができる。ある例において、ｐＡＮＣＡ染色は、ＤＮアーゼ処理に感受性を示す。ＡＮＣＡという用語は、限定されるものではないが、ｃＡＮＣＡ、ｐＡＮＣＡ、ＮＳＮＡ及びＳＡＰＰＡを含む、すべての種々の抗好中球反応性を包含する。同様にＡＮＣＡという用語は、限定されるものではないが、免疫グロブリンＡ及びＧを含むすべての免疫グロブリンのアイソタイプを包含する。
個体からの試料中のＡＮＣＡレベルは、例えば、アルコール固定された好中球を用いて免疫アッセイ、例えば、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）を使用して決定することができる。特定のカテゴリーのＡＮＣＡ、例えば、ｐＡＮＣＡの存在又は非存在は、例えば、免疫組織化学アッセイ、例えば、間接的蛍光抗体（ＩＦＡ）アッセイを使用して決定することができる。好ましくは、試料中のｐＡＮＣＡの存在又は非存在は、ＤＮアーゼ処理され、固定された好中球を用いて免疫蛍光アッセイを使用して決定される。固定された好中球に加えて、ＡＮＣＡレベルを決定するために好適なＡＮＣＡに特異的な抗原は、限定されるものではないが、非精製の又は部分精製された好中球抽出物；精製タンパク質、タンパク質断片又は合成ペプチド、例えば、ヒストンＨ１又はこれらのＡＮＣＡ反応性断片（例えば、米国特許第６，０７４，８３５号を参照）；ヒストンＨ１様抗原、ポーリン抗原、バクテロイド抗原又はこれらのＡＮＣＡ反応性断片（例えば、米国特許第６，０３３，８６４号を参照）；分泌小胞抗原又はこのＡＮＣＡ反応性断片（例えば、米国特許出願第０８／８０４，１０６号を参照）；及び抗ＡＮＣＡのイディオタイプの抗体を含む。当業者は、ＡＮＣＡに特異的な追加の抗原の使用が本発明の範囲内であることを認識する。
Ｑ．抗サッカロマイセス・セレビシエ抗体
試料中のＡＳＣＡ（例えば、ＡＳＣＡ−ＩｇＡ及び／又はＡＳＣＡ−ＩｇＧ）レベルの決定も、本発明において有用である。本明細書において使用される「抗サッカロマイセス・セレビシエ免疫グロブリンＡ」又は「ＡＳＣＡ−ＩｇＡ」という用語は、Ｓ．セレビシエと特異的に反応する免疫グロブリンＡのアイソタイプの抗体を含む。同様に、「抗サッカロマイセス・セレビシエ免疫グロブリンＧ」又は「ＡＳＣＡ−ＩｇＧ」という用語は、Ｓ．セレビシエと特異的に反応する免疫グロブリンＧのアイソタイプの抗体を含む。
試料がＡＳＣＡ−ＩｇＡ又はＡＳＣＡ−ＩｇＧについて陽性であるか否かの決定は、ＡＳＣＡに特異的な抗原を使用して行われる。このような抗原は、ＡＳＣＡ−ＩｇＡ及び／又はＡＳＣＡ−ＩｇＧによって特異的に結合される任意の抗原又は抗原の混合物であることができる。ＡＳＣＡ抗体は、最初はＳ．セレビシエへの結合能を特徴としていたが、当業者は、ＡＳＣＡによって特異的に結合される抗原が、Ｓ．セレビシエから又は抗原がＡＳＣＡ抗体に特異的に結合することができる限り種々の他の源から得ることができることを理解する。したがって、試料中のＡＳＣＡ−ＩｇＡ及び／又はＡＳＣＡ−ＩｇＧレベルを決定するために使用することができるＡＳＣＡに特異的な抗原の例示的な源は、限定されるものではないが、完全死滅酵母細胞、例えば、サッカロマイセス（Saccharomyces）又はカンジダ（Candida）細胞；酵母細胞壁マンナン、例えば、ホスホペプチドマンナン（ＰＰＭ）；オリゴ糖、例えば、オリゴマンノシド；ネオ糖脂質；抗ＡＳＣＡイディオタイプ抗体などを含む。酵母の異なる種及び株、例えば、Ｓ．セレビシエ株Ｓｕ１、Ｓｕ２、ＣＢＳ１３１５若しくはＢＭ１５６又はカンジダ・アルビカンス（Candida albicans）株ＶＷ３２は、ＡＳＣＡ−ＩｇＡ及び／又はＡＳＣＡ−ＩｇＧに特異的な抗原としての使用に好適である。ＡＳＣＡに特異的な精製及び合成抗原も、試料中のＡＳＣＡ−ＩｇＡ及び／又はＡＳＣＡ−ＩｇＧレベルの決定における使用に好適である。精製抗原の例は、限定されるものではないが、精製オリゴ糖抗原、例えば、オリゴマンノシドを含む。合成抗原の例は、限定されるものではないが、合成オリゴマンノシド、例えば、米国特許出願公開第２００３０１０５０６０号に記載のもの、例えば、Ｄ−Ｍａｎβ（１−２）Ｄ−Ｍａｎβ（１−２）Ｄ−Ｍａｎβ（１−２）Ｄ−Ｍａｎ−ＯＲ、Ｄ−Ｍａｎα（１−２）Ｄ−Ｍａｎα（１−２）Ｄ−Ｍａｎα（１−２）Ｄ−Ｍａｎ−ＯＲ、及びＤ−Ｍａｎα（１−３）Ｄ−Ｍａｎα（１−２）Ｄ−Ｍａｎα（１−２）Ｄ−Ｍａｎ−ＯＲであり、Ｒは水素原子、Ｃ１からＣ２０のアルキル又は場合により標識された連結基である。
酵母細胞壁マンナン、例えば、ＰＰＭの調製物は、試料中のＡＳＣＡ−ＩｇＡ及び／又はＡＳＣＡ−ＩｇＧレベルの決定において使用することができる。このような水溶性表面抗原は、当分野において公知の適切な任意の抽出技術、例えば、高圧滅菌処理によって調製することができ、又は市販品として得ることができる（例えば、Ｌｉｎｄｂｅｒｇ ｅｔ ａｌ．，Ｇｕｔ，３３：９０９−９１３（１９９２）を参照）。ＰＰＭの酸安定性分画はまた、本発明の統計的アルゴリズムにおいて有用である（例えば、Ｓｅｎｄｉｄ ｅｔ ａｌ．，Ｃｌｉｎ．Ｄｉａｇ．Ｌａｂ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，３：２１９−２２６（１９９６）を参照）。試料中のＡＳＣＡレベルの決定において有用である例示的なＰＰＭは、Ｓ．ウバラム（Ｓ．ｕｖａｒｕｍ）株ＡＴＣＣ＃３８９２６に由来する。
精製オリゴ糖抗原、例えば、オリゴマンノシドも、試料中のＡＳＣＡ−ＩｇＡ及び／又はＡＳＣＡ−ＩｇＧレベルの決定において有用であり得る。精製オリゴマンノシド抗原は、例えば、Ｆａｉｌｌｅ ｅｔ ａｌ．，Ｅｕｒ．Ｊ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．Ｉｎｆｅｃｔ．Ｄｉｓ．，１１：４３８−４４６（１９９２）に記載のとおり、好ましくは、ネオ糖脂質に変換される。当業者は、このようなオリゴマンノシド抗原のＡＳＣＡとの反応性が、マンノシル鎖長（Ｆｒｏｓｈ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，８２：１１９４−１１９８（１９８５））；アノマー配置（Ｆｕｋａｚａｗａ ｅｔ ａｌ．，Ｉｎ“Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ ｏｆ Ｆｕｎｇａｌ Ｄｉｓｅａｓｅ，”Ｅ．Ｋｕｒｓｔａｋ（ｅｄ．），Ｍａｒｃｅｌ Ｄｅｋｋｅｒ Ｉｎｃ．，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，ｐｐ．３７−６２（１９８９）；Ｎｉｓｈｉｋａｗａ ｅｔ ａｌ．，Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，３４：８２５−８４０（１９９０）；Ｐｏｕｌａｉｎ ｅｔ ａｌ．，Ｅｕｒ．Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．，２３：４６−５２（１９９３）；Ｓｈｉｂａｔａ ｅｔ ａｌ．，Ａｒｃｈ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．，２４３：３３８−３４８（１９８５）；Ｔｒｉｎｅｌ ｅｔ ａｌ．，Ｉｎｆｅｃｔ．Ｉｍｍｕｎ．，６０：３８４５−３８５１（１９９２）を参照）；又は結合の位置（Ｋｉｋｕｃｈｉ ｅｔ ａｌ．，Ｐｌａｎｔａ，１９０：５２５−５３５（１９９３）を参照）を変えることによって最適化することができることを理解する。
本発明の方法における使用に好適なオリゴマンノシドは、限定されるものではないが、マンノテトラオースＭａｎ（１−３）Ｍａｎ（１−２）Ｍａｎ（１−２）Ｍａｎを有するオリゴマンノシドを含む。このようなオリゴマンノシドは、例えば、Ｆａｉｌｌｅ ｅｔ ａｌ．，（前掲）に記載のとおりＰＰＭから精製することができる。ＡＳＣＡに特異的な例示的ネオ糖脂質は、このそれぞれのＰＰＭからオリゴマンノシドを放出させ、続いて放出されたオリゴマンノシドを４−ヘキサデシルアニリンなどにカップリングさせることによって構築することができる。
Ｒ．抗菌性抗体
試料中の抗ＯｍｐＣ抗体レベルの決定も、本発明において有用である。本明細書において使用される「抗外膜タンパク質Ｃ抗体」又は「抗ＯｍｐＣ抗体」という用語は、例えば、国際公開第ＷＯ０１／８９３６１号に記載のとおり細菌の外膜ポーリンに対する抗体を含む。「外膜タンパク質Ｃ」又は「ＯｍｐＣ」という用語は、抗ＯｍｐＣ抗体との免疫反応性を示す細菌のポーリンを指す。
個体からの試料中に存在する抗ＯｍｐＣ抗体のレベルは、ＯｍｐＣタンパク質又はこの断片、例えば、この免疫反応性断片を使用して決定することができる。試料中の抗ＯｍｐＣ抗体のレベルの決定において有用である好適なＯｍｐＣ抗原は、限定されるものではないが、ＯｍｐＣタンパク質、ＯｍｐＣタンパク質と実質的に同一のアミノ酸配列を有するＯｍｐＣポリペプチド又はこの断片、例えば、この免疫反応性断片を含む。本明細書において使用されるＯｍｐＣポリペプチドは、一般に、配列アライメントプログラム、例えば、ＣＬＵＳＴＡＬＷを使用して決定されるアミノ酸同一性において、ＯｍｐＣタンパク質と約５０％超の同一性、好ましくは約６０％超の同一性、より好ましくは約７０％超の同一性、いっそうより好ましくは約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％超のアミノ酸配列の同一性のあるアミノ酸配列を有するポリペプチドを説明する。このような抗原は、腸内細菌、例えば、エシェリヒア・コリ（E. coli）からの精製、核酸、例えば、Ｇｅｎｂａｎｋアクセッション番号Ｋ００５４１の組換えによる発現、合成手段、例えば、液相若しくは固相ペプチド合成又はファージディスプレイを使用することによって調製することができる。
試料中の抗Ｉ２抗体レベルの決定も、本発明において有用である。本明細書において使用される「抗Ｉ２抗体」という用語は、例えば、米国特許第６，３０９，６４３号に記載の細菌の転写制御因子と相同性を共有する微生物抗原に対する抗体を含む。「Ｉ２」という用語は、抗Ｉ２抗体との免疫反応性を示す微生物抗原を指す。微生物Ｉ２タンパク質は、Ｃ・パスツリアヌム（C. pasteurianum）由来の予測タンパク質４、マイコバクテリウム・ツバクロシス（Mycobacterium tuberculosis）由来のＲｖ３５５７ｃ及びアクイフェクス・エオリカス（Aquifex aeolicus）由来の転写制御因子とある程度の類似性と弱い相同性を共有する１００アミノ酸のポリペプチドである。Ｉ２タンパク質についての核酸及びタンパク質配列は、例えば、米国特許第６，３０９，６４３号に記載されている。
個体からの試料中に存在する抗Ｉ２抗体のレベルは、Ｉ２タンパク質又はこの断片、例えば、この免疫反応性断片を使用して決定することができる。試料中の抗Ｉ２抗体のレベルの決定において有用である好適なＩ２抗原は、限定されるものではないが、Ｉ２タンパク質、Ｉ２タンパク質と実質的に同一のアミノ酸配列を有するＩ２ポリペプチド又はこの断片、例えば、この免疫反応性断片を含む。このようなＩ２ポリペプチドは、Ｃ・パスツリアヌムのタンパク質４よりもＩ２タンパク質と高い配列類似性を示し、このアイソタイプ変異型及びホモログを含む。本明細書において使用されるＩ２ポリペプチドは、一般に、配列アライメントプログラム、例えば、ＣＬＵＳＴＡＬＷを使用して決定されるアミノ酸同一性において、天然に生じるＩ２タンパク質と約５０％超の同一性、好ましくは約６０％超の同一性、より好ましくは約７０％超の同一性、いっそうより好ましくは約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％超のアミノ酸配列の同一性のあるアミノ酸配列を有するポリペプチドを説明する。このようなＩ２抗原は、例えば、微生物からの精製、Ｉ２抗原をコードする核酸の組換えによる発現、合成手段、例えば、液相若しくは固相ペプチド合成又はファージディスプレイを使用することによって調製することができる。
試料中の抗フラジェリン抗体レベルの決定も、本発明において有用である。本明細書において使用される「抗フラジェリン抗体」という用語は、例えば、国際公開第ＷＯ０３／０５３２２０号及び米国特許出願公開第２００４００４３９３１号に記載の細菌鞭毛のタンパク質構成成分に対する抗体を含む。「フラジェリン」という用語は、抗フラジェリン抗体との免疫反応性を示す細菌の鞭毛タンパク質を指す。微生物のフラジェリンは、フィラメント形成のために中空の筒状に配置された細菌の鞭毛中に見出されるタンパク質である。
個体からの試料中の抗フラジェリン抗体のレベルは、フラジェリンタンパク質又はこの断片、例えば、この免疫反応性断片を使用して決定することができる。試料中の抗フラジェリン抗体のレベルの決定において有用である好適なフラジェリン抗原は、限定されるものではないが、フラジェリンタンパク質、例えば、Ｃｂｉｒ−１フラジェリン、フラジェリンＸ、フラジェリンＡ、フラジェリンＢ、これらの断片及びこれらの組合せ、フラジェリンタンパク質と実質的に同一のアミノ酸配列を有するフラジェリンポリペプチド又はこの断片、例えば、この免疫反応性断片を含む。本明細書において使用されるフラジェリンポリペプチドは、一般に、配列アライメントプログラム、例えば、ＣＬＵＳＴＡＬＷを使用して決定されるアミノ酸同一性において、天然に生じるフラジェリンタンパク質と約５０％超の同一性、好ましくは約６０％超の同一性、より好ましくは約７０％超の同一性、いっそうより好ましくは約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％超のアミノ酸配列の同一性のあるアミノ酸配列を有するポリペプチドを説明する。このようなフラジェリン抗原は、細菌、例えば、ヘリコバクター・ビリス（Helicobacter Bilis）、ヘリコバクター・ムステレ（Helicobacter mustelae）、ヘリコバクター・ピロリ（Helicobacter pylori）、ブチリビブリオ・フィブリソルベンス（Butyrivibrio fibrisolvens）及び盲腸中に見出される細菌からの精製、フラジェリン抗原をコードする核酸の組換えによる発現、合成手段、例えば、液相若しくは固相ペプチド合成又はファージディスプレイを使用することによって調製することができる。
Ｓ．他の診断マーカー
試料中のラクトフェリンの存在又はレベルの決定も、本発明において有用である。ある例において、ラクトフェリンの存在又はレベルは、アッセイ、例えば、ハイブリダイゼーションアッセイ又は増幅ベースアッセイなどによりｍＲＮＡ発現のレベルにおいて検出される。ある他の例において、ラクトフェリンの存在又はレベルは、例えば、免疫アッセイ（例えばＥＬＩＳＡ）又は免疫組織化学アッセイを使用してタンパク質発現のレベルにおいて検出される。Ｃａｌｂｉｏｃｈｅｍ（Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ，ＣＡ）から入手可能なラクトフェリンのＥＬＩＳＡキットは、血漿、尿、気管支肺胞洗浄物、脳脊髄液試料中のヒトラクトフェリンを検出するために使用することができる。同様に、Ｕ．Ｓ．Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ（Ｓｗａｍｐｓｃｏｔｔ，ＭＡ）から入手可能なＥＬＩＳＡキットは、血漿試料中のラクトフェリンのレベルを決定するために使用することができる。米国特許出願公開第２００４０１３７５３６号は、糞便試料中のラクトフェリンレベルの上昇の存在を決定するためのＥＬＩＳＡアッセイを記載している。同様に、米国特許出願公開第２００４００３３５３７号は、糞便、粘液又は胆汁試料中の内因性ラクトフェリン濃度を決定するためのＥＬＩＳＡアッセイを記載している。一部の実施形態において、この場合、抗ラクトフェリン抗体の存在又はレベルは、例えば、ラクトフェリンタンパク質又はこの断片を使用して試料中で検出することができる。
免疫アッセイ、例えば、ＥＬＩＳＡはまた、試料中のＣ反応性タンパク質（ＣＲＰ）の存在又はレベルを決定するために特に有用である。例えば、Ａｌｐｃｏ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ（Ｓａｌｅｍ，ＮＨ）から入手可能なサンドイッチ比色ＥＬＩＳＡアッセイは、血清、血漿、尿又は糞便試料中のＣＲＰのレベルを決定するために使用することができる。同様に、Ｂｉｏｍｅｄａ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ（Ｆｏｓｔｅｒ Ｃｉｔｙ，ＣＡ）から入手可能なＥＬＩＳＡキットは、試料中のＣＲＰレベルを検出するために使用することができる。試料中のＣＲＰレベルを決定する他の方法は、例えば米国特許第６，８３８，２５０号及び同第６，４０６，８６２号；並びに米国特許出願公開第２００６００２４６８２号及び同第２００６００１９４１０号に記載されている。
さらに、潜血、便潜血は、胃腸疾病の指標となることが多く、種々のキットが胃腸出血をモニタリングするために開発されてきた。例えば、Ｈｅｍｏｃｃｕｌｔ ＳＥＮＳＡは、Ｂｅｃｋｍａｎ Ｃｏｕｌｔｅｒの製品であるが、胃腸出血、鉄欠乏、消化性潰瘍、潰瘍性大腸炎及び一部の例においては結腸直腸癌のスクリーニングにおいて、診断の補助となるものである。この特定のアッセイは、青色を生じる過酸化水素によるグアヤク脂の酸化に基づく。同様の比色アッセイが、糞便試料中の血液を検出するためにＨｅｌｅｎａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ（Ｂｅａｕｍｏｎｔ，ＴＸ）から市販されている。ヘモグロビン又はヘム活性の存在又はレベルを決定することによる糞便試料中の潜血を検出する他の方法は、例えば米国特許第４，２７７，２５０号、同第４，９２０，０４５号、同第５，０８１，０４０号及び同第５，３１０，６８４号に記載されている。
試料中のフィブリノーゲン又はこのタンパク質分解産物、例えば、フィブリノペプチドの存在又はレベルの決定も、本発明において有用である。フィブリノーゲンは、肝臓内で合成される血漿糖タンパク質で、３種の構造的に異なるサブユニット：アルファ（ＦＧＡ）；ベータ（ＦＧＢ）；及びガンマ（ＦＧＧ）から構成される。トロンビンは、フィブリノーゲン分子の限定的なタンパク質分解を引き起こし、この間にフィブリノペプチドＡ及びＢがアルファ及びベータ鎖のＮ末端領域からそれぞれ放出される。フィブリノペプチドＡ及びＢは、多くの種において配列解読がなされており、血管収縮物質としての生理的役割を有することができ、血液凝固時の局所止血を補助することができる。一実施形態において、ヒトフィブリノペプチドＡは、配列：Ａｌａ−Ａｓｐ−Ｓｅｒ−Ｇｌｙ−Ｇｌｕ−Ｇｌｙ−Ａｓｐ−Ｐｈｅ−Ｌｅｕ−Ａｌａ−Ｇｌｕ−Ｇｌｙ−Ｇｌｙ−Ｇｌｙ−Ｖａｌ−Ａｒｇ（配列番号１）を含む。別の実施形態において、ヒトフィブリノペプチドＢは、配列：Ｇｌｐ−Ｇｌｙ−Ｖａｌ−Ａｓｎ−Ａｓｐ−Ａｓｎ−Ｇｌｕ−Ｇｌｕ−Ｇｌｙ−Ｐｈｅ−Ｐｈｅ−Ｓｅｒ−Ａｌａ−Ａｒｇ（配列番号２）を含む。Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃａ Ｉｎｃ．（Ｓｔａｍｆｏｒｄ，ＣＴ）から入手可能なＥＬＩＳＡキットは、血漿又は他の生体液中のヒトフィブリノペプチドＡの存在又はレベルを検出するために使用することができる。
ある実施形態において、試料中のカルシトニン遺伝子関連ペプチド（ＣＧＲＰ）の存在又はレベルの決定も、本発明において有用である。カルシトニンは、甲状腺の傍濾胞細胞によって合成される３２アミノ酸のペプチドホルモンである。カルシトニンは、副甲状腺ホルモンのものとは反対の効果である、血清カルシウムの低減を引き起こす。ＣＧＲＰは、カルシトニンとともに、第１１染色体上に局在するＣＴ／ＣＧＲＰ遺伝子に由来する。ＣＧＲＰは３７アミノ酸のペプチドであり、強力な内因性血管拡張物質である。ＣＧＲＰは主に神経組織内で産生され；しかしながら、この受容体は体中に発現する。Ｃａｙｍａｎ Ｃｈｅｍｉｃａｌ Ｃｏ．（Ａｎｎ Ａｒｂｏｒ，ＭＩ）から入手可能なＥＬＩＳＡキットは、血漿、血清、神経組織、ＣＳＦ及び培養液を含む種々の試料中のヒトＣＧＲＰの存在又はレベルを検出するために使用することができる。
他の実施形態において、試料中の抗組織トランスグルタミナーゼ抗体（ｔＴＧ）抗体の存在又はレベルの決定が、本発明において有用である。本明細書において使用される「抗ｔＴＧ抗体」という用語は、組織トランスグルタミナーゼ（ｔＴＧ）又はこの断片を認識する任意の抗体を含む。トランスグルタミナーゼは、ユビキタスであり、種間で高度に保存されたＣａ２＋依存性酵素の多様なファミリーである。すべてのトランスグルタミナーゼの中で、ｔＴＧは最も広く分布している。ある例において、抗ｔＴＧ抗体は、抗ｔＴＧ ＩｇＡ抗体、抗ｔＴＧ ＩｇＧ抗体又はこれらの混合物である。ＳｃｈｅＢｏ Ｂｉｏｔｅｃｈ ＵＳＡ Ｉｎｃ．（Ｍａｒｉｅｔｔａ，ＧＡ）から入手可能なＥＬＩＳＡキットは、血液試料中のヒト抗ｔＴＧ ＩｇＡ抗体の存在又はレベルを検出するために使用することができる。
試料中のＮＯＤ２／ＣＡＲＤ１５遺伝子における多型の存在の決定も、本発明において有用である。例えば、ＮＯＤ２遺伝子における多型、例えば、Ｒ７０３Ｗタンパク質変異をもたらすＣ２１０７Ｔ核酸変異を個体からの試料中で同定することができる（例えば、米国特許出願公開第２００３０１９０６３９号を参照）。代替的実施形態において、ＮＯＤ２のｍＲＮＡレベルは、ＩＢＳの分類を補助するために本発明の診断マーカーとして使用することができる。
試料中のセロトニン再取り込み輸送体（ＳＥＲＴ）遺伝子における多型の存在の決定も、本発明において有用である。例えば、ＳＥＲＴ遺伝子のプロモーター領域における多型は、転写活性に影響し、５−ＨＴ再取り込み効率の変化をもたらす。ＳＥＲＴ−Ｐ欠失／欠失遺伝子型とＩＢＳ表現型との間には強い遺伝子型の関連が観察されることが示されている（例えば、Ｙｅｏ Ｇｕｔ，５３：１３９６−１３９９（２００４）を参照）。代替的実施形態において、ＳＥＲＴのｍＲＮＡレベルは、ＩＢＳの分類を補助するために本発明の診断マーカーとして使用することができる（例えば、Ｇｅｒｓｈｏｎ，Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ．，３９（５ Ｓｕｐｐｌ．）：Ｓ１８４−１９３（２００５）を参照）。
ある態様において、トリプトファンヒドロキシラーゼ１のｍＲＮＡのレベルが診断マーカーである。例えば、トリプトファンヒドロキシラーゼ１のｍＲＮＡは、ＩＢＳにおいては顕著に減少していることが示されている（例えば、Ｃｏａｔｓ，Ｇａｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ，１２６：１８９７−１８９９（２００４）を参照）。ある他の態様において、細菌の過剰成長の指標となるメタンを計測するためのラクツロース呼気検査を、ＩＢＳについての診断マーカーとして使用することができる。
追加の診断マーカーは、限定されるものではないが、Ｌ−セレクチン／ＣＤ６２Ｌ、抗Ｕ１−７０ｋＤａ自己抗体、閉鎖帯１（ＺＯ−１）、血管作動性腸管ペプチド（ＶＩＰ）、血清アミロイドＡ、ガストリン、ＮＢ３遺伝子多型、ＮＣＩ１遺伝子多型、便中白血球、α２Ａ及びα２Ｃアドレナリン受容体遺伝子多型、ＩＬ−１０遺伝子多型、ＴＮＦ−α遺伝子多型、ＴＮＦ−β１遺伝子多型、αアドレナリン受容体、Ｇタンパク質、５−ＨＴ２Ａ遺伝子多型、５−ＨＴＴ ＬＰＲ遺伝子多型、５−ＨＴ４受容体遺伝子多型、ゾヌリン並びに３３量体ペプチドを含む（Ｓｈａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ，２９７：２２７５−２２７９（２００２）；国際公開第０３／０６８１７０号を参照）。
ＶＩ．分類マーカー
種々の分類マーカーが、ＩＢＳをカテゴリー、形態、臨床サブタイプ、例えば、ＩＢＳ便秘型（ＩＢＳ−Ｃ）、ＩＢＳ下痢型（ＩＢＳ−Ｄ）、ＩＢＳ混合型（ＩＢＳ−Ｍ）、ＩＢＳ交替型（ＩＢＳ−Ａ）又は感染後ＩＢＳ（ＩＢＳ−ＰＩ）などに分類する本発明の方法、システム及びコードにおける使用に好適である。分類マーカーの例は、限定されるものではないが、上記の診断マーカーのいずれか（例えば、レプチン、セロトニン再取り込み輸送体（ＳＥＲＴ）、トリプトファンヒドロキシラーゼ−１、５−ヒドロキシトリプタミン（５−ＨＴ）、トリプターゼ、ＰＧＥ２、ヒスタミンなど）及び腔粘膜タンパク質８、ケラチン−８、クローディン−８、ゾヌリン、コルチコトロピン放出ホルモン受容体１（ＣＲＨＲ１）、コルチコトロピン放出ホルモン受容体２（ＣＲＨＲ２）などを含む。
例えば、以下の実施例１及び２は、β−トリプターゼレベルの計測がＩＢＳ−Ｃ患者試料とＩＢＳ−Ａ及びＩＢＳ−Ｄ患者試料とを区別するために特に有用であることを示す。同様に、すべての目的のために参照により全体として本明細書に組み込まれる２００７年８月１４日に出願された米国特許出願公開第２００８／００８５５２４号からの実施例１は、レプチンレベルを計測することがＩＢＳ−Ｃ患者試料とＩＢＳ−Ａ及びＩＢＳ−Ｄ患者試料とを区別するために特に有用であることを説明している。さらに、粘膜ＳＥＲＴ及びトリプトファンヒドロキシラーゼ１の発現は、ＩＢＳ−Ｃ及びＩＢＳ−Ｄにおいて減少していることが示されている（例えば、Ｇｅｒｓｈｏｎ，Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ．，３９（５ Ｓｕｐｐｌ）：Ｓ１８４−１９３（２００５）を参照）。さらに、ＩＢＳ−Ｃ患者は、食後の５−ＨＴ放出の障害を示す一方、ＩＢＳ−ＰＩ患者は、５−ＨＴのより高いピークレベルを有する（例えば、Ｄｕｎｌｏｐ，Ｃｌｉｎ Ｇｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ Ｈｅｐａｔｏｌ．，３：３４９−３５７（２００５）を参照）。さらに、図１１において理解することができるとおり、ヒスタミン及びＰＧＥ２の血清レベルも、ＩＢＳ−Ｄ患者試料とＩＢＳ−Ａ、ＩＢＳ−Ｃ及び健常対照の患者試料とを区別するために特に有用である。
ＶＩＩ．アッセイ及びキット
当分野において公知の種々のアッセイ、技術及びキットのいずれかを、試料がＩＢＳと関連するか否かを分類するために試料中の１種以上のマーカーの存在又はレベルを決定するために使用することができる。
本発明は、部分的には、個体から得られる試料中の少なくとも１種のマーカーの存在又はレベルを決定することに依存する。本明細書において使用される「少なくとも１種のマーカーの存在を決定すること」という用語は、当業者に公知の任意の定量又は定性アッセイを使用することによって、対象となる各マーカーの存在を決定することを含む。ある例において、特定の形質、変化又は生化学的若しくは血清学的な物質（例えば、タンパク質又は抗体）の存在又は非存在を決定する定性アッセイは、対象となる各マーカーを検出するために好適である。ある他の例において、ＲＮＡ、タンパク質、抗体又は活性の存在又は非存在を決定する定量アッセイは、対象となる各マーカーを検出するために好適である。本明細書において使用される「少なくとも１種のマーカーのレベルを決定する」という用語は、当業者に公知の任意の直接的又は間接的な定量アッセイを使用することによって、対象となる各マーカーのレベルを決定することを含む。ある例において、例えば、ＲＮＡ、タンパク質、抗体又は活性の相対量又は絶対量を決定する定量アッセイは、対象となる各マーカーのレベルを決定するために好適である。当業者は、マーカーのレベルを決定するために有用な任意のアッセイも、マーカーの存在又は非存在を決定するために有用であることを認識する。
本明細書において使用される「抗体」という用語は、免疫グロブリン分子の集団を含み、この分子はポリクローナル若しくはモノクローナル若しくは任意のアイソタイプであってよく、又は免疫グロブリン分子の免疫活性断片であってよい。このような免疫活性断片は、重鎖及び短鎖の可変領域を含有し、これらは抗原に特異的に結合する抗体分子の一部を構成する。例えば、当分野においてＦａｂ、Ｆａｂ’又はＦ（ａｂ’）２として公知の免疫グロブリン分子の免疫活性断片は、抗体という用語の意味に含まれる。
フローサイトメトリーは、試料中の１種以上のマーカーの存在又はレベルを決定するために使用することができる。このようなフローサイトメトリーアッセイは、ビーズベース免疫アッセイを含み、例えば、カンジダ・アルビカンス及びＨＩＶタンパク質に対する血清抗体の検出について記載されている方法と同一の方法において抗体マーカーレベルを決定するために使用することができる（例えば、Ｂｉｓｈｏｐ ａｎｄ Ｄａｖｉｓ，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｍｅｔｈｏｄｓ，２１０：７９−８７（１９９７）；ＭｃＨｕｇｈ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｍｅｔｈｏｄｓ，１１６：２１３（１９８９）；Ｓｃｉｌｌｉａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｂｌｏｏｄ，７３：２０４１（１９８９）を参照）。
マーカーに特異的な組換え抗原を発現させるためのファージディスプレイ技術も、試料中の１種以上のマーカーの存在又はレベルを決定するために使用することができる。例えば、抗体マーカーに特異的な抗原を発現するファージ粒子は、所望により、抗体、例えば、抗ファージモノクローナル抗体を使用してマルチウェルプレートに固定することができる（Ｆｅｌｉｃｉ ｅｔ ａｌ．，“Ｐｈａｇｅ−Ｄｉｓｐｌａｙｅｄ Ｐｅｐｔｉｄｅｓ ａｓ Ｔｏｏｌｓ ｆｏｒ Ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎ ｏｆ Ｈｕｍａｎ Ｓｅｒａ”ｉｎ Ａｂｅｌｓｏｎ（Ｅｄ．），Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌ．，２６７，Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ：Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，Ｉｎｃ．（１９９６）を参照）。
種々の免疫アッセイ技術は、競合的及び非競合的免疫アッセイを含み、試料中の１種以上のマーカーの存在又はレベルを決定するために使用することができる（例えば、Ｓｅｌｆ ａｎｄ Ｃｏｏｋ，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．，７：６０−６５（１９９６）を参照）。免疫アッセイという用語は、限定されるものではないが、酵素免疫アッセイ（ＥＩＡ）、例えば、酵素増幅免疫アッセイ技術（ＥＭＩＴ））、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）、抗原捕捉ＥＬＩＳＡ、サンドイッチＥＬＩＳＡ、ＩｇＭ抗体捕捉ＥＬＩＳＡ（ＭＡＣ ＥＬＩＳＡ）及び微粒子酵素免疫アッセイ（ＭＥＩＡ）；キャピラリー電気泳動免疫アッセイ（ＣＥＩＡ）；放射免疫アッセイ（ＲＩＡ）；免疫放射定量アッセイ（ＩＲＭＡ）；蛍光偏光免疫アッセイ（ＦＰＩＡ）；並びに化学発光アッセイ（ＣＬ）を含む技術を包含する。所望により、このような免疫アッセイは、自動化されていてよい。免疫アッセイは、レーザーにより誘導される蛍光とともに使用することもできる（例えば、Ｓｃｈｍａｌｚｉｎｇ ａｎｄ Ｎａｓｈａｂｅｈ，Ｅｌｅｃｔｒｏｐｈｏｒｅｓｉｓ，１８：２１８４−２１９３（１９９７）；Ｂａｏ，Ｊ．Ｃｈｒｏｍａｔｏｇｒ．Ｂ．Ｂｉｏｍｅｄ．Ｓｃｉ．，６９９：４６３−４８０（１９９７）を参照）。リポソーム免疫アッセイ、例えば、フローインジェクションリポソーム免疫アッセイ及びリポソーム免疫センサーも、本発明における使用に好適である（例えば、Ｒｏｎｇｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｍｅｔｈｏｄｓ，２０４：１０５−１３３（１９９７）を参照）。さらに、タンパク質／抗体複合体の形成が、マーカー濃度に応じてピーク速度信号に変換される光分散の増加をもたらすネフェロメトリーアッセイが、本発明における使用に好適である。ネフェロメトリーアッセイはＢｅｃｋｍａｎ Ｃｏｕｌｔｅｒ（Ｂｒｅａ，ＣＡ；Ｋｉｔ＃４４９４３０）から市販されており、Ｂｅｈｒｉｎｇ Ｎｅｐｈｅｌｏｍｅｔｅｒ Ａｎａｌｙｚｅｒを使用して実施することができる（Ｆｉｎｋ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｃｈｅｍ．Ｃｌｉｎ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．，２７：２６１−２７６（１９８９）を参照）。
抗原捕捉ＥＬＩＳＡは、試料中の１種以上のマーカーの存在又はレベルの決定に有用であり得る。例えば、抗原捕捉ＥＬＩＳＡにおいては、対象となるマーカーに対する抗体が固相に結合され、マーカーが抗体によって結合されるように試料が添加される。非結合タンパク質が洗浄によって除去された後、結合マーカーの量を、例えば、放射免疫アッセイを使用して定量することができる。（例えば、Ｈａｒｌｏｗ ａｎｄ Ｌａｎｅ，Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ（１９８８）を参照）。サンドイッチＥＬＩＳＡも、本発明における使用に好適であり得る。例えば、２抗体サンドイッチアッセイにおいて、第１の抗体が固体担体に結合され、対象となるマーカーが第１の抗体に結合することが可能となる。マーカーの量は、マーカーに結合する第２の抗体の量を計測することによって定量される。抗体は、種々の固体担体、例えば、磁性又はクロマトグラフマトリックス粒子、アッセイプレートの表面（例えば、マイクロタイタープレート）、固体基材または膜の一片（例えば、プラスチック、ナイロン、紙）などに固定化することができる。アッセイストリップは、抗体又は複数の抗体を固体担体上のアレイにおいてコーティングすることによって調製することができる。次いで、このストリップは、試験試料中に浸漬することができ、洗浄及び検出工程によって迅速に処理して計測可能なシグナル、例えば、有色点を生成することができる。
例えば、ヨウ素−１２５（１２５Ｉ）標識された第２の抗体（Ｈａｒｌｏｗ ａｎｄ Ｌａｎｅ，前掲）を使用する放射免疫アッセイも、試料中の１種以上のマーカーの存在又はレベルを決定するために好適である。化学発光マーカーによって標識された第２の抗体も、本発明における使用に好適である。第２の化学発光抗体を使用する化学発光アッセイは、マーカーレベルの高感度な非放射性検出に好適である。このような第２の抗体は、種々の源、例えば、Ａｍｅｒｓｈａｍ Ｌｉｆｅｓｃｉｅｎｃｅｓ，Ｉｎｃ．（Ａｒｌｉｎｇｔｏｎ Ｈｅｉｇｈｔｓ，ＩＬ）から市販品として得ることができる。
上記免疫アッセイは、試料中の１種以上のマーカーの存在又はレベルを決定するために特に有用である。非限定的な例として、ＩＬ−８結合分子、例えば、抗ＩＬ−８抗体又は細胞外ＩＬ−８結合タンパク質（例えば、ＩＬ−８受容体）を使用するＥＬＩＳＡは、試料がＩＬ−８タンパク質について陽性か否かを決定するため、又は試料中のＩＬ−８タンパク質レベルを決定するために有用である。固定好中球ＥＬＩＳＡは、試料がＡＮＣＡについて陽性か否かを決定するため、又は試料中のＡＮＣＡレベルを決定するために有用である。同様に、酵母細胞壁ホスホペプチドマンナンを使用するＥＬＩＳＡは、試料がＡＳＣＡ−ＩｇＡ及び／若しくはＡＳＣＡ−ＩｇＧについて陽性か否かを決定するため、又は試料中のＡＳＣＡ−ＩｇＡ及び／若しくはＡＳＣＡ−ＩｇＧレベルを決定するために有用である。ＯｍｐＣタンパク質又はこの断片を使用するＥＬＩＳＡは、試料が抗ＯｍｐＣ抗体について陽性か否かを決定するため、又は試料中の抗ＯｍｐＣ抗体レベルを決定するために有用である。Ｉ２タンパク質又はこの断片を使用するＥＬＩＳＡは、試料が抗Ｉ２抗体について陽性か否かを決定するため、又は試料中の抗Ｉ２抗体レベルを決定するために有用である。フラジェリンタンパク質（例えば、Ｃｂｉｒ−１フラジェリン）又はこの断片を使用するＥＬＩＳＡは、試料が抗フラジェリン抗体について陽性か否かを決定するため、又は試料中の抗フラジェリン抗体レベルを決定するために有用である。さらに、上記免疫アッセイは、試料中の他の診断マーカーの存在又はレベルを決定するために特に有用である。
対象となるマーカーに対する抗体の特異的な免疫結合は、直接的又は間接的に検出することができる。直接的標識は、蛍光又は発光タグ、金属、色素、放射性核種などを含み、抗体に結合される。ヨウ素１２５（１２５Ｉ）によって標識された抗体は、試料中の１種以上のマーカーのレベルを決定するために使用することができる。マーカーに特異的な化学発光抗体を使用する化学発光アッセイは、マーカーレベルの高感度な非放射性検出に好適である。蛍光色素によって標識された抗体も、試料中の１種以上のマーカーのレベルを決定するために好適である。蛍光色素の例は、限定されるものではないが、ＤＡＰＩ、フルオレセイン、ヘキスト３３２５８、Ｒ−フィコシアニン、Ｂ−フィコエリスリン、Ｒ−フィコエリスリン、ローダミン、テキサスレッド及びリサミンを含む。蛍光色素に結合している２次抗体は、市販品として得ることができ、例えば、ヤギＦ（ａｂ’）２抗ヒトＩｇＧ−ＦＩＴＣは、Ｔａｇｏ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌｓ（Ｂｕｒｌｉｎｇａｍｅ，ＣＡ）から入手可能である。
間接的標識は、当分野において周知の種々の酵素、例えば、セイヨウワサビペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）、アルカリホスファターゼ（ＡＰ）、βガラクトシダーゼ、ウレアーゼなどを含む。セイヨウワサビペルオキシダーゼ検出系は、例えば、発色基質テトラメチルベンジジン（ＴＭＢ）とともに使用することができ、過酸化水素の存在下で４５０ｎｍにおいて検出可能な可溶性生成物を生じさせる。アルカリホスファターゼ検出系は、発色基質ｐ−ニトロフェニルホスフェートとともに使用することができ、例えば、４０５ｎｍにおいて容易に検出可能な可溶性生成物を生じさせる。同様に、βガラクトシダーゼ検出系は、発色基質ｏ−ニトロフェニル−β−Ｄ−ガラクトピラノシド（ＯＮＰＧ）とともに使用することができ、４１０ｎｍにおいて検出可能な可溶性生成物を生じさせる。ウレアーゼ検出系は、ウレア−ブロモクレゾールパープル（Ｓｉｇｍａ Ｉｍｍｕｎｏｃｈｅｍｉｃａｌｓ；Ｓｔ．Ｌｏｕｉｓ，ＭＯ）などの基質とともに使用することができる。酵素に結合している有用な２次抗体は、多数の市販源から得ることができ、例えば、ヤギＦ（ａｂ’）２抗ヒトＩｇＧ−アルカリホスファターゼは、Ｊａｃｋｓｏｎ ＩｍｍｕｎｏＲｅｓｅａｒｃｈ（Ｗｅｓｔ Ｇｒｏｖｅ，ＰＡ）から購入することができる。
直接又は間接的標識からのシグナルは、例えば、発色基質からの色を検出するための分光光度計；放射線を検出するための放射線カウンター、例えば、１２５Ｉの検出のためのガンマカウンター；又はある波長の光の存在下で蛍光を検出するための蛍光光度計を使用して分析することができる。酵素結合抗体の検出のため、マーカーレベルの量の定量分析は、分光光度計、例えば、ＥＭＡＸ Ｍｉｃｒｏｐｌａｔｅ Ｒｅａｄｅｒ（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｄｅｖｉｃｅｓ；Ｍｅｎｌｏ Ｐａｒｋ，ＣＡ）を使用して製造業者の説明書に従って行うことができる。所望により、本発明のアッセイは、自動化又はロボットによって実施することができ、複数の試料からのシグナルを同時に検出することができる。
定量ウエスタンブロッティングも、試料中の１種以上のマーカーの存在又はレベルを検出又は決定するために使用することができる。ウエスタンブロットは、周知の方法、例えば、走査デンシメトリー又はホスホイメージングによって定量することができる。非限定的な例として、タンパク質試料は、１０％ＳＤＳ−ＰＡＧＥ Ｌａｅｍｍｌｉゲル上で電気泳動される。１次マウスモノクローナル抗体はブロットと反応され、抗体結合は、予備的なスロットブロット実験を使用して線形であることを確認することができる。ヤギ抗マウスセイヨウワサビペルオキシダーゼ結合抗体（ＢｉｏＲａｄ）は、２次抗体として使用され、シグナル検出は、化学発光を使用して、例えば、Ｒｅｎａｉｓｓａｎｃｅ化学発光キット（Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ Ｎｕｃｌｅａｒ；Ｂｏｓｔｏｎ，ＭＡ）を用いて製造業者の説明書に従って実施される。ブロットのオートラジオグラフは、走査デンシトメーター（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｄｙｎａｍｉｃｓ；Ｓｕｎｎｙｖａｌｅ，ＣＡ）を使用して分析され、陽性対照に対して正規化される。値は、例えば、実値と陽性対照との比として報告される（デンシトメトリーインデックス）。このような方法は、例えばＰａｒｒａ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｖａｓｃ．Ｓｕｒｇ．，２８：６６９−６７５（１９９８）に記載のとおり当分野において周知である。
あるいは、種々の免疫組織化学アッセイ技術を試料中の１種以上のマーカーの存在又はレベルを決定するために使用することができる。免疫組織化学アッセイという用語は、蛍光顕微鏡又は光学顕微鏡を使用する、対象となるマーカーと反応する抗体に結合させた（すなわち、コンジュゲートさせた）蛍光色素又は酵素の視覚的検出を利用する技術を包含し、限定されるものではないが、直接的蛍光抗体アッセイ、間接的蛍光抗体（ＩＦＡ）アッセイ、抗補体免疫蛍光、アビジン−ビオチン免疫蛍光及び免疫ペルオキシダーゼアッセイを含む。例えば、ＩＦＡアッセイは、試料がＡＮＣＡについて陽性か否か、試料中のＡＮＣＡのレベル、試料がｐＡＮＣＳについて陽性か否か、試料中のｐＡＮＣＡのレベル及び／又はＡＮＣＡ染色パターン（例えば、ｃＡＮＣＡ、ｐＡＮＣＡ、ＮＳＮＡ及び／又はＳＡＰＰＡ染色パターン）を決定するために有用である。試料中のＡＮＣＡの濃度は、例えば、終点滴定によって、又は既知の参照標準と比較して視覚的蛍光強度を測定することによって定量することができる。
あるいは、対象となるマーカーの存在又はレベルは、精製マーカーの量を検出又は定量することによって決定することができる。マーカーの精製は、例えば、高速液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）単独又は質量分析との組合せ（例えば、ＭＡＬＤＩ／ＭＳ、ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ／ＭＳ、ＳＥＬＤＩ−ＴＯＦ／ＭＳ、タンデムＭＳなど）によって達成することができる。対象となるマーカーの定性又は定量検出はまた、限定されるものではないが、ブラッドフォードアッセイ、クマシーブルー染色、銀染色、放射標識タンパク質のためのアッセイ及び質量分析を含む周知の方法によって決定することができる。
複数のマーカーの分析は、１つの試験試料について別個に又は同時に実施することができる。マーカーの別個又は連続的アッセイのため、好適な機器は、臨床実験室用分析装置、例えば、ＥｌｅｃＳｙｓ（Ｒｏｃｈｅ）、ＡｘＳｙｍ（Ａｂｂｏｔｔ）、Ａｃｃｅｓｓ（Ｂｅｃｋｍａｎ）、ＡＤＶＩＡ（商標）、ＣＥＮＴＡＵＲ（商標）（Ｂａｙｅｒ）及びＮＩＣＨＯＬＳ ＡＤＶＡＮＴＡＧＥ（商標）（Ｎｉｃｈｏｌｓ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ）免疫アッセイ系を含む。好ましい機器又はタンパク質チップは、単一表面上で複数のマーカーの同時アッセイを実施する。特に有用な物理フォーマットは、複数の異なるマーカー検出のため、複数の独立したアドレス可能なロケーションを有する表面を含む。このようなフォーマットは、タンパク質マイクロアレイ又は「タンパク質チップ」（例えば、Ｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｃｅｌｌ Ｍｏｌ．Ｍｅｄ．，６：３２９−３４０（２００２））及びある種のキャピラリー装置を含む（例えば、米国特許第６，０１９，９４４号を参照）。これらの実施形態においては、それぞれの独立した表面上のロケーションは、それぞれの領域における検出のための１種以上のマーカーを固定化するために抗体を含むことができる。あるいは、表面は、表面の独立したロケーションに固定された１種以上の独立した粒子（例えば、マイクロ粒子又はナノ粒子）を含むことができ、マイクロ粒子は、検出のための１種以上のマーカーを固定化するために抗体を含む。
対象となる種々のマーカーの存在又はレベルを決定する上記アッセイに加え、定型的な技術、例えば、ノザン分析、逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ−ＰＣＲ）、又はマーカーをコードする配列の一部に相補的な核酸配列に対するハイブリダイゼーションに基づく他の任意の方法（例えば、スロットブロットハイブリダイゼーション）を使用するマーカーのｍＲＮＡレベルの分析も本発明の範囲内である。適用可能なＰＣＲ増幅技術は、例えば、Ａｕｓｕｂｅｌ ｅｔ ａｌ．，Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ，Ｉｎｃ．Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ（１９９９），Ｃｈａｐｔｅｒ ７ ａｎｄ Ｓｕｐｐｌｅｍｅｎｔ ４７；Ｔｈｅｏｐｈｉｌｕｓ ｅｔ ａｌ．，“ＰＣＲ Ｍｕｔａｔｉｏｎ Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ”，Ｈｕｍａｎａ Ｐｒｅｓｓ，（２００２）；及びＩｎｎｉｓ ｅｔ ａｌ．，ＰＣＲ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ，Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ，Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，Ｉｎｃ．（１９９０）に記載されている。一般的な核酸ハイブリダイゼーション法は、Ａｎｄｅｒｓｏｎ，“Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ”，ＢＩＯＳ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ Ｐｕｂｌｉｓｈｅｒｓ，１９９９に記載されている。複数の転写された核酸配列（例えば、ｍＲＮＡ又はｃＤＮＡ）の増幅又はハイブリダイゼーションも、マイクロアレイ上に配列されたｍＲＮＡ又はｃＤＮＡ配列から実施することができる。マイクロアレイ法は、一般に、Ｈａｒｄｉｍａｎ，“Ｍｉｃｒｏａｒｒａｙｓ Ｍｅｔｈｏｄｓ ａｎｄ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ：Ｎｕｔｓ ＆ Ｂｏｌｔｓ”，ＤＮＡ Ｐｒｅｓｓ，２００３；及びＢａｌｄｉ ｅｔ ａｌ．，“ＤＮＡ Ｍｉｃｒｏａｒｒａｙｓ ａｎｄ Ｇｅｎｅ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ：Ｆｒｏｍ Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔｓ ｔｏ Ｄａｔａ Ａｎａｌｙｓｉｓ ａｎｄ Ｍｏｄｅｌｉｎｇ”，Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｐｒｅｓｓ，２００２に記載されている。
マーカーの遺伝子型、例えば、遺伝子マーカーの分析は、限定されるものではないが、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）ベースの分析、配列解析及び電気泳動分析を含む当分野において公知の技術を使用して実施することができる。ＰＣＲベース分析の非限定的な例は、Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓから入手可能なＴａｑｍａｎ（商標）対立遺伝子識別アッセイを含む。配列分析の非限定的な例は、マキサム・ギルバートシーケンシング、サンガーシーケンシング、キャピラリーアレイＤＮＡシーケンシング、サーマルサイクルシーケンシング（Ｓｅａｒｓ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ，１３：６２６−６３３（１９９２））、固相シーケンシング（Ｚｉｍｍｅｒｍａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌ．，３：３９−４２（１９９２））、質量分析、例えば、マトリックス支援レーザー脱離／イオン化飛行時間型質量分析（ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ／ＭＳ；Ｆｕ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈ．，１６：３８１−３８４（１９９８））を用いるシーケンシング及びハイブリダイゼーションによるシーケンシング（Ｃｈｅｅ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ，２７４：６１０−６１４（１９９６）；Ｄｒｍａｎａｃ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ，２６０：１６４９−１６５２（１９９３）；Ｄｒｍａｎａｃ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈ．，１６：５４−５８（１９９８））を含む。電気泳動分析の非限定的な例は、スラブゲル電気泳動、例えば、アガロース又はポリアクリルアミドゲル電気泳動、キャピラリー電気泳動及び変性勾配ゲル電気泳動を含む。マーカー中の多型部位における個体の遺伝子型を決定する他の方法は、例えば、Ｔｈｉｒｄ Ｗａｖｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，Ｉｎｃ．からのＩＮＶＡＤＥＲ（商標）アッセイ、制限酵素断片長多型（ＲＦＬＰ）分析、対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーション、ヘテロ二本鎖モビリティアッセイ及び一本鎖ＤＮＡ高次構造多型（ＳＳＣＰ）分析を含む。
対象となるいくつかのマーカーは、複数の試料の効果的な処理のために１つの試験に合することができる。さらに、当業者は、同一対象からの、試験する複数の試料の値（例えば、連続的な時点などにおけるもの）を認識する。このような一連の試料の試験によって、経時的なマーカーレベルの変化の同定が可能となる。マーカーレベルの増加又は減少並びにマーカーレベルの変化の非存在も、ＩＢＳを分類するため又はＩＢＳ様症状と関連する疾患及び障害を除外するための有用な情報を提供することができる。
上記の１種以上のマーカーを計測するためのパネルは、試料をＩＢＳと関連するとして分類するための本発明のアプローチに関連する関連情報を提供するために構築することができる。このようなパネルは、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２５、３０、３５、４０種以上の個々のマーカーの存在又はレベルを決定するために構築することができる。単一のマーカー又はマーカーのサブセットの分析も、種々の臨床背景において当業者が実施することができる。これらは、限定されるものではないが、巡回、緊急治療、救急救命治療、集中治療、モニタリングユニット、入院患者、通院患者、診療所、医療クリニック及び集団検診を含む。
マーカーの分析は、同様に種々の物理フォーマットにおいて実施することができる。例えば、マイクロタイタープレートの使用又は自動化は、多数の試験試料の処理を促進するために使用することができる。あるいは、単一の試料フォーマットを、適時の様式において治療及び診断を簡略化するために開発することができる。
ＶＩＩＩ．統計的アルゴリズム
一部の態様において、本発明は、試料をＩＢＳ試料又は非ＩＢＳ試料として分類するための統計的アルゴリズム又は処理を使用して試料がＩＢＳと関連するか否かを分類する方法、アッセイ、システム及びコードを提供する。他の態様において、本発明は、試料を非ＩＢＤ試料又はＩＢＤ試料として分類するための第１の統計的アルゴリズム又は処理を使用し（すなわち、ＩＢＤ除外工程）、次いで非ＩＢＤ試料をＩＢＳ試料又は非ＩＢＳ試料として分類するための第２の統計的アルゴリズム又は処理を使用して（すなわち、ＩＢＳ確定工程）、試料がＩＢＳと関連するか否かを分類する方法、システム及びコードを提供する。好ましくは、統計的アルゴリズム又は処理は、１種以上の学習統計的分類子システムを独立して含む。本明細書に記載のとおり、学習統計的分類子システムの組合せは、有利には、試料がＩＢＳと関連するか否かを分類することについての感度、特異度、陰性適中率、陽性適中率及び／又は全体精度の改善を提供する。好ましい実施形態において、本明細書において提供される方法、アッセイ、システム及びコードは、少なくとも２種の統計的アルゴリズムの組合せを使用する。
一部の実施形態において、第１の統計的アルゴリズムは、ランダムフォレスト（ＲＦ）、分類及び回帰ツリー（Ｃ＆ＲＴ）、ブーストされたツリー、ニューラルネットワーク（ＮＮ）、サポートベクターマシン（ＳＶＭ）、一般的なカイ二乗による自動相互作用検出モデル、インタラクティブツリー、多変量適応的回帰スプライン、機械学習分類子及びこれらの組合せからなる群から選択される学習統計的分類子システムである。ある例において、第１の統計的アルゴリズムは単一の学習統計的分類子システムである。好ましくは、単一の学習統計的分類子システムは、ツリーベース統計的アルゴリズム、例えば、ＲＦ又はＣ＆ＲＴを含む。ある他の例において、第１の統計的アルゴリズムは、例えばタンデム又はパラレルで使用される少なくとも２種の学習統計的分類子システムの組合せである。非限定的な例として、最初にＲＦを使用して診断マーカープロファイル単独又は症状プロファイルとの組合せに基づき予測値又は確率値を作成することができ、次いでＮＮ（例えば人工的ＮＮ）を使用して予測値又は確率値及び同一又は異なる診断マーカープロファイル又はプロファイルの組合せに基づき試料を非ＩＢＤ試料又はＩＢＤ試料として分類することができる。本発明の複合型ＲＦ／ＮＮ学習統計的分類子システムは、典型的には、少なくとも約７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％の感度、特異度、陽性適中率、陰性適中率及び／又は全体精度を伴い、試料を非ＩＢＤ試料として分類する。
ある実施形態において、第２の統計的アルゴリズムは、上記の学習統計的分類子システムのいずれかを含む。ある例において、第２の統計的アルゴリズムは、単一の学習統計的分類子システム、例えば、ツリーベース統計的アルゴリズム（例えば、ＲＦ又はＣ＆ＲＴ）などである。ある他の例において、第２の統計的アルゴリズムは、例えばタンデム又はパラレルで使用される少なくとも２種の学習統計的分類子システムの組合せである。非限定的な例として、最初にＲＦを使用して診断マーカープロファイル単独又は症状プロファイルとの組合せに基づき予測値又は確率値を作成することができ、次いでＮＮ（例えば人工的ＮＮ）又はＳＶＭを使用して予測値又は確率値及び同一又は異なる診断マーカープロファイル又はプロファイルの組合せに基づき非ＩＢＤ試料を非ＩＢＳ試料又はＩＢＳ試料として分類することができる。本明細書に記載の複合型ＲＦ／ＮＮ又はＲＦ／ＳＶＭ学習統計的分類子システムは、典型的には、少なくとも約７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％の感度、特異度、陽性適中率、陰性適中率及び／又は全体精度を伴い、試料をＩＢＳ試料として分類する。
一部の例において、１種以上の学習統計的分類子システムを使用して得られたデータは、処理アルゴリズムを使用して処理することができる。このような処理アルゴリズムは、例えば、多層パーセプトロン、バックプロパゲーションネットワーク及びレーベンバーグ・マルカート・アルゴリズムからなる群から選択することができる。他の例において、このような処理アルゴリズムの組合せを、例えば、パラレル又はシリアル方式で使用することができる。
「統計的アルゴリズム」又は「統計処理」という用語は、可変要素間の関係を決定するために使用される種々の統計分析のいずれかを含む。本発明において、可変要素は、対象となる少なくとも１種のマーカーの存在若しくはレベル及び／又は少なくとも１種のＩＢＳ関連症状の存在若しくは重症度である。任意数のマーカー及び／又は症状を、本明細書に記載の統計的アルゴリズムを使用して分析することができる。例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０種以上のバイオマーカー及び／又は症状を統計的アルゴリズムに含めることができる。一実施形態において、ロジスティック回帰が使用される。別の実施形態において、直線回帰が使用される。ある例において、本発明の統計的アルゴリズムは、可変要素として所与の母集団内における特定のマーカーの分位値の大きさを使用することができる。分位値は、（可能な限り）等数の観察結果を含む群にデータサンプルを分割する一組の「カットポイント」である。例えば、四分位値は、データサンプルを（可能な限り）等数の観察結果を含む４つの群に分割する値である。下位四分位値は、順位づけられたデータセットから上位４分の１のデータ値であり；上位四分位値は、順位づけられたデータセットから下位４分の１のデータ値である。五分位値は、データサンプルを（可能な限り）等数の観察結果を含む５つの集団に分割する値である。本発明は、アルゴリズムにおける可変要素として（ちょうど連続可変要素と同じように）、マーカーレベルの百分率範囲（例えば、三分位値、四分位値、五分位値など）又はこれらの累積指数（例えば、マーカーレベルの四分位値の合計など）の使用も含むことができる。
好ましくは、本発明の統計的アルゴリズムは、１種以上の学習統計的分類子システムを含む。本明細書において使用される「学習統計的分類子システム」という用語は、複雑なデータセット（例えば、対象となるマーカーのパネル及び／又はＩＢＳ関連症状のリスト）に適合し、このようなデータセットに基づき決定を下すことができる機械学習アルゴリズム技術を含む。一部の実施形態において、単一の学習統計的分類子システム、例えば、分類ツリー（例えば、ランダムフォレスト）が使用される。他の実施形態において、２、３、４、５、６、７、８、９、１０種以上の学習統計的分類子システムの組合せが好ましくはタンデムで使用される。学習統計的分類子システムの例は、限定されるものではないが、帰納学習を使用するもの（例えば、決定／分類ツリー、例えば、ランダムフォレスト、分類及び回帰ツリー（Ｃ＆ＲＴ）、ブーストされたツリーなど）、確率的で近似的に正しい（ＰＡＣ）学習、コネクショニスト学習（例えば、ニューラルネットワーク（ＮＮ）、人工ニューラルネットワーク（ＡＮＮ）、ニューロファジーネットワーク（ＮＦＮ）、ネットワーク構造、パーセプトロン、例えば、多層パーセプトロン、多層フィードフォワードネットワーク、ニューラルネットワークの適用、ビリーフネットワークにおけるベイジアン学習など）、強化学習（例えば、既知環境下での受動的学習、例えば、ナイーブ学習、適応的動的学習及び時間差分学習、未知環境下での受動的学習、未知環境下での能動学習、学習行動価値関数、強化学習の適用など）並びに遺伝的アルゴリズム及び進化的プログラミングを含む。他の学習統計的分類子システムは、サポートベクターマシン（例えば、カーネル法）、多変量適応的回帰スプライン（ＭＡＲＳ）、レーベンバーグ・マルカートアルゴリズム、ガウス・ニュートンアルゴリズム、ガウス混合、勾配降下アルゴリズム及び学習ベクトル量子化（ＬＶＱ）を含む。
ランダムフォレストは、Ｌｅｏ Ｂｒｅｉｍａｎ及びＡｄｅｌｅ Ｃｕｔｌｅｒによって開発されたアルゴリズムを使用して構築される学習統計的分類子システムである。ランダムフォレストは、多数の個々の決定ツリーを使用し、個々のツリーによって決定されたクラスのモード（すなわち、最も頻繁に生じること）を選択することによってクラスを決定する。ランダムフォレスト分析は、例えば、Ｓａｌｆｏｒｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ（Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ，ＣＡ）から入手可能なＲａｎｄｏｍＦｏｒｅｓｔｓソフトウエアを使用して実施することができる。ランダムフォレストの説明については、例えば、Ｂｒｅｉｍａｎ，Ｍａｃｈｉｎｅ Ｌｅａｒｎｉｎｇ，４５：５−３２（２００１）；及びｈｔｔｐ：／／ｓｔａｔ−ｗｗｗ．ｂｅｒｋｅｌｅｙ．ｅｄｕ／ｕｓｅｒｓ／ｂｒｅｉｍａｎ／ＲａｎｄｏｍＦｏｒｅｓｔｓ／ｃｃ＿ｈｏｍｅ．ｈｔｍを参照。
分類及び回帰ツリーは、古典的回帰モデルにフィッティングすることに対するコンピュータを駆使した代替案を提示し、典型的には、１個以上の予測因子に基づく対象となるカテゴリカル又は連続的応答のために考えられる最良のモデルを決定するために使用される。分類及び回帰ツリー分析は、例えば、Ｓａｌｆｏｒｄ Ｓｙｓｔｅｍｓから入手可能なＣＡＲＴソフトウエア又はＳｔａｔＳｏｆｔ，Ｉｎｃ．（Ｔｕｌｓａ，ＯＫ）から入手可能なＳｔａｔｉｓｔｉｃａデータ分析ソフトウエアを使用して実施することができる。分類及び回帰ツリーの説明は、例えば、Ｂｒｅｉｍａｎ ｅｔ ａｌ．，“Ｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎ ａｎｄ Ｒｅｇｒｅｓｓｉｏｎ Ｔｒｅｅｓ”，Ｃｈａｐｍａｎ ａｎｄ Ｈａｌｌ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ（１９８４）；及びＳｔｅｉｎｂｅｒｇ ｅｔ ａｌ．，“ＣＡＲＴ：Ｔｒｅｅ−Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅｄ Ｎｏｎ−Ｐａｒａｍｅｔｒｉｃ Ｄａｔａ Ａｎａｌｙｓｉｓ”，Ｓａｌｆｏｒｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ，Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ，（１９９５）に見出される。
ニューラルネットワークは、計算に対するコネクショニストアプローチに基づく情報処理のための数学又は計算モデルを使用する、相互結合している人工ニューロン群である。典型的には、ニューラルネットワークは、このネットワークを流れる外部又は内部情報に基づき、これらの構造を変化させる適応型システムである。ニューラルネットワークの具体的な例は、フィードフォワードニューラルネットワーク、例えば、パーセプトロン、単層パーセプトロン、多層パーセプトロン、バックプロパゲーションネットワーク、ＡＤＡＬＩＮＥネットワーク、ＭＡＤＡＬＩＮＥネットワーク、ラーンマトリクスネットワーク（Learnmatrix networks）、放射基底関数（ＲＢＦ）ネットワーク及び自己組織化マップ又はコホネン自己組織化ネットワーク；リカレントニューラルネットワーク、例えば、単純リカレントネットワーク及びホップフィールド・ネットワーク；確率的ニューラルネットワーク、例えば、ボルツマンマシン；モジュール型ニューラルネットワーク、例えば、コミッティマシン及び関連ニューラルネットワーク；並びに他のタイプのネットワーク、例えば、即座に訓練されたニューラルネットワーク、スパイキングニューラルネットワーク、動的ニューラルネットワーク及びカスケーディングニューラルネットワークを含む。ニューラルネットワーク分析は、例えば、ＳｔａｔＳｏｆｔ，Ｉｎｃ．から入手可能なＳｔａｔｉｓｔｉｃａデータ分析ソフトウエアを使用して実施することができる。ニューラルネットワークの説明については、例えば、Ｆｒｅｅｍａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｉｎ“Ｎｅｕｒａｌ Ｎｅｔｗｏｒｋｓ：Ａｌｇｏｒｉｔｈｍｓ，Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ ａｎｄ Ｐｒｏｇｒａｍｍｉｎｇ Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ”，Ａｄｄｉｓｏｎ−Ｗｅｓｌｅｙ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ Ｃｏｍｐａｎｙ（１９９１）；Ｚａｄｅｈ，Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ ａｎｄ Ｃｏｎｔｒｏｌ，８：３３８−３５３（１９６５）；Ｚａｄｅｈ，“ＩＥＥＥ Ｔｒａｎｓ．ｏｎ Ｓｙｓｔｅｍｓ，Ｍａｎ ａｎｄ Ｃｙｂｅｒｎｅｔｉｃｓ”，３：２８−４４（１９７３）；Ｇｅｒｓｈｏ ｅｔ ａｌ．，Ｉｎ “Ｖｅｃｔｏｒ Ｑｕａｎｔｉｚａｔｉｏｎ ａｎｄ Ｓｉｇｎａｌ Ｃｏｍｐｒｅｓｓｉｏｎ”，Ｋｌｕｙｗｅｒ Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｕｂｌｉｓｈｅｒｓ，Ｂｏｓｔｏｎ，Ｄｏｒｄｒｅｃｈｔ，Ｌｏｎｄｏｎ（１９９２）；及びＨａｓｓｏｕｎ，“Ｆｕｎｄａｍｅｎｔａｌｓ ｏｆ Ａｒｔｉｆｉｃｉａｌ Ｎｅｕｒａｌ Ｎｅｔｗｏｒｋｓ”，ＭＩＴ Ｐｒｅｓｓ，Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ，Ｍａｓｓａｃｈｕｓｅｔｔｓ，Ｌｏｎｄｏｎ（１９９５）を参照。
サポートベクターマシンは、分類及び回帰に使用される一連の関連する教師付き学習技術であり、例えば、Ｃｒｉｓｔｉａｎｉｎｉ ｅｔ ａｌ．，“Ａｎ Ｉｎｔｒｏｄｕｃｔｉｏｎ ｔｏ Ｓｕｐｐｏｒｔ Ｖｅｃｔｏｒ Ｍａｃｈｉｎｅｓ ａｎｄ Ｏｔｈｅｒ Ｋｅｒｎｅｌ−Ｂａｓｅｄ Ｌｅａｒｎｉｎｇ Ｍｅｔｈｏｄｓ”，Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｐｒｅｓｓ（２０００）に記載されている。サポートベクターマシン分析は、例えば、Ｔｈｏｒｓｔｅｎ Ｊｏａｃｈｉｍｓ（Ｃｏｒｎｅｌｌ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ）によって開発されたＳＶＭｌｉｇｈｔソフトウエア又はＣｈｉｈ−Ｃｈｕｎｇ Ｃｈａｎｇ及びＣｈｉｈ−Ｊｅｎ Ｌｉｎ（Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｔａｉｗａｎ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ）によって開発されたＬＩＢＳＶＭソフトウエアを使用して実施することができる。
本明細書に記載の学習統計的分類子システムは、健常個体、ＩＢＳ患者、ＩＢＤ患者及び／又はセリアック病患者からの試料のコホート（例えば、血清試料）を使用してトレーニング及び試験することができる。例えば、生検、大腸内視鏡検査又は例えば、米国特許第６，２１８，１２９号に記載の免疫アッセイを使用して、医師、好ましくは胃腸科専門医によってＩＢＤを保有していると診断された患者からの試料は、本発明の学習統計的分類子システムのトレーニング及び試験における使用に好適である。ＩＢＤと診断された患者からの試料はまた、例えば、米国特許第５，７５０，３５５号及び同第５，８３０，６７５号に記載の免疫アッセイを使用して、クローン病又は潰瘍性大腸炎に階層化することができる。公表された基準、例えば、マニング、ローマＩ、ローマＩＩ又はローマＩＩＩ診断基準を使用してＩＢＳと診断された患者からの試料は、本発明の学習統計的分類子システムのトレーニング及び試験における使用に好適である。健常個体からの試料は、ＩＢＤ及び／又はＩＢＳ試料として同定されなかったものを含むことができる。当業者は、本発明の学習統計的分類子システムのトレーニング及び試験において使用することができる患者試料のコホートを得るための追加の技術及び診断基準について理解する。
本明細書において使用される「感度」という用語は、本発明の診断方法、システム又はコードが、試料が陽性である（例えば、ＩＢＳを有する）場合に陽性結果を出す確率を指す。感度は、真陽性の結果の数を真陽性及び偽陰性の合計によって割ったものとして計算される。感度は、本質的には、本発明の方法、システム又はコードがいかに正しくＩＢＳを有するものを、疾患を有しないものから区別するかの尺度である。統計的アルゴリズムは、ＩＢＳを分類する感度が少なくとも約６０％であり、例えば、少なくとも約６５％、７０％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％であり得るように選択することができる。好ましい実施形態において、ＩＢＳを分類する感度は、学習統計的分類子システムの組合せが使用される場合（すべての目的のために参照により全体として本明細書に組み込まれる米国特許出願公開第２００８／００８５５２４号からの実施例１０を参照）には少なくとも約９０％であり、又は単一の学習統計的分類子システムが使用される場合（すべての目的のために参照により全体として本明細書に組み込まれる米国特許出願公開第２００８／００８５５２４号からの実施例１１を参照）には少なくとも約８５％である。
「特異度」という用語は、本発明の診断方法、システム又はコードが、試料が陽性ではない（例えばＩＢＳを有しない）場合に陰性結果を出す確率を指す。特異度は、真陰性の結果の数を真陰性及び偽陽性の合計によって割ったものとして計算される。特異度は、本質的には、本発明の方法、システム又はコードがいかに正しくＩＢＳを有しないものを、疾患を有するものから排除するかの尺度である。統計的アルゴリズムは、ＩＢＳを分類する特異度が少なくとも約７０％であり、例えば、少なくとも約７５％、８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％であるように選択することができる。好ましい実施形態において、ＩＢＳを分類する特異度は、学習統計的分類子システムの組合せが使用される場合（すべての目的のために参照により全体として本明細書に組み込まれる米国特許出願公開第２００８／００８５５２４号からの実施例１０を参照）には少なくとも約８６％であり、又は単一の学習統計的分類子システムが使用される場合（すべての目的のために参照により全体として本明細書に組み込まれる米国特許出願公開第２００８／００８５５２４号からの実施例１１を参照）には少なくとも約８４％である。
本明細書において使用される「陰性適中率」又は「ＮＰＶ」という用語は、ＩＢＳを有しないと同定された個体が実際に疾患を有しない確率を指す。陰性適中率は、真陰性の数を真陰性及び偽陰性の合計によって割ったものとして計算することができる。陰性適中率は、診断方法、システム又はコードの特徴及び分析された母集団における疾患の有病率によって決定される。統計的アルゴリズムは、疾患の有病率を有する母集団における陰性適中率が、約７０％〜約９９％の範囲内にあり、例えば、少なくとも約７０％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％であり得るように選択することができる。好ましい実施形態においては、ＩＢＳを分類する陰性適中率は、学習統計的分類子システムの組合せが使用される場合（すべての目的のために参照により全体として本明細書に組み込まれる米国特許出願公開第２００８／００８５５２４号からの実施例１０を参照）には、少なくとも約８７％である。
「陽性適中率」又は「ＰＰＶ」という用語は、ＩＢＳを有すると同定された個体が実際に疾患を有する確率を指す。陽性適中率は、真陽性の数を真陽性及び偽陽性の合計によって割ったものとして計算することができる。陽性適中率は、診断方法、システム又はコードの特徴及び分析された母集団における疾患の有病率によって決定される。統計的アルゴリズムは、疾患の有病率を持つ母集団における陽性適中率が、約８０％〜約９９％の範囲内にあり、例えば、少なくとも約８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％であり得るように選択することができる。好ましい実施形態において、ＩＢＳを分類する陽性適中率は、学習統計的分類子システムの組合せが使用される場合（すべての目的のために参照により全体として本明細書に組み込まれる米国特許出願公開第２００８／００８５５２４号からの実施例１０を参照）には、少なくとも約９０％である。
予測値は、陰性及び陽性適中率を含み、分析される母集団における疾患の有病率に影響される。本発明の方法、システム又はコードにおいて、統計的アルゴリズムは、特定のＩＢＳ保有率を有する臨床母集団のための望ましい臨床パラメータを生成するように選択することができる。例えば、学習統計的分類子システムは、例えば、診療所、例えば、胃腸科専門医の診療所又は一般開業医の診療所において認められ得る、約１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％又は７０％までのＩＢＳ有病率に対して選択することができる。
本明細書において使用される「全体一致」又は「全体精度」という用語は、本発明の方法、システム又はコードが疾患状態を分類する精度を指す。全体精度は、真陽性及び真陰性の合計を試料結果の総数によって割ったものとして計算され、分析される母集団における疾患の有病率によって影響を受ける。例えば、統計的アルゴリズムは、疾患有病率を有する患者の母集団における全体精度が少なくとも約６０％であり、例えば、少なくとも約６５％、７０％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％であり得るように選択することができる。好ましい実施形態において、ＩＢＳを分類する全体精度は、学習統計的分類子システムの組合せが使用される場合（すべての目的のために参照により全体として本明細書に組み込まれる米国特許出願公開第２００８／００８５５２４号からの実施例１０を参照）には、少なくとも約８０％である。
ＩＸ．疾患分類システム
図１３は、本発明の一実施形態に従った疾患分類システム（ＤＣＳ）（２００）を説明する。図に示されるとおり、ＤＣＳは、ＤＣＳ知能モジュール（２０５）、例えば、プロセッサ（２１５）及び記憶モジュール（２１０）を有するコンピュータを含む。知能モジュールは、１種以上の直接接続（例えば、ＵＳＢ、Ｆｉｒｅｗｉｒｅ又は他のインターフェース）及び１種以上のネットワーク接続（例えば、モデム又は他のネットワークインターフェース装置を含む）を通して情報を伝達及び受信するためのコミュニケーションモジュール（図示せず）も含む。記憶モジュールは、内部記憶装置及び１個以上の外部記憶装置を含むことができる。知能モジュールは、ディスプレイモジュール（２２５）、例えば、モニタ又はプリンタも含む。一態様において、知能モジュールは、データ、例えば、データ収集モジュール、例えば、試験システム（２５０）からの患者試験結果を、直接接続を介し、又はネットワーク（２４０）上のいずれかで受信する。例えば、試験システムは、１個以上の患者試料（２５５）に対し多重分析検定を実行し、試験結果を知能モジュールに自動的に提供するように配列されていてよい。データは、ユーザによる直接入力を介して知能モジュールに提供することもでき、又は携帯用媒体、例えば、コンパクトディスク（ＣＤ）若しくはデジタル多用途ディスク（ＤＶＤ）からダウンロードすることができる。試験システムは、知能モジュールと直接的に連結させて知能モジュールと統合することができ、又はネットワーク上で知能モジュールと遠隔的に連結することができる。知能モジュールは、周知のネットワーク上で１個以上のクライアントシステム（２３０）とデータを交信することもできる。例えば、要求している医師及び健康管理提供者は、クライアントシステム（２３０）を使用して、研究室又は病院に常駐させることができる知能モジュールから報告を取得及び閲覧することができる。
ネットワークは、ＬＡＮ（ローカルエリアネットワーク）、ＷＡＮ（ワイドエリアネットワーク）、無線ネットワーク、２地点間ネットワーク、スター型ネットワーク、トークンリングネットワーク、ハブネットワーク又は他の構成であり得る。現在使用されている最も一般的なタイプのネットワークは、ＴＣＰ／ＩＰ（伝送制御プロトコル／インターネットプロトコル）ネットワーク、例えば、大文字の「Ｉ」を用いて「インターネット（Internet）」と称されることが多いネットワークのグローバルインターネットワークであり、本明細書の実施例の多くにおいて使用されるものの、ＴＣＰ／ＩＰは現在好ましいプロトコルではあるが、本発明が使用することができるネットワークは、これに限定されないと理解すべきである。
米国特許出願公開第２００８／００８５５２４号からの、図２に示したシステムにおけるいくつかの要素は、本明細書において詳細に説明する必要がない慣用で周知の要素を含むことができる。例えば、知能モジュールは、デスクトップ型パーソナルコンピュータ、ワークステーション、大型汎用コンピュータ、ノート型コンピュータなどとして実装することができる。各クライアントシステムは、デスクトップ型パーソナルコンピュータ、ワークステーション、ノート型コンピュータ、ＰＤＡ、携帯電話又は任意のＷＡＰ可能な装置又はインターネット若しくは他のネットワーク接続に直接若しくは間接的に接続可能な任意の他のコンピュータ装置を含むことができる。クライアントシステムは、典型的には、ＨＴＴＰクライアント、例えば、閲覧プログラム、例えば、ＭｉｃｒｏｓｏｆｔのＩｎｔｅｒｎｅｔ Ｅｘｐｌｏｒｅｒ（商品名）ブラウザ、Ｎｅｔｓｃａｐｅ’ｓ Ｎａｖｉｇａｔｏｒ（商品名）ブラウザ、Ｏｐｅｒａブラウザ若しくは携帯電話、ＰＤＡ又は他の無線装置の場合にはＷＡＰ可能なブラウザなどを実行し、クライアントシステムのユーザがネットワーク上で知能モジュールから利用可能な情報及びページにアクセスし、処理し、閲覧することを可能にする。各クライアントシステムは、典型的には、１個以上のユーザインターフェース装置、例えば、知能モジュールによって提供されるページ、フォーム及び他の情報とともにディスプレイ（例えば、モニタスクリーン、ＬＣＤディスプレイなど）（２３５）にブラウザによって提供されるグラフィカルユーザインターフェース（ＧＵＩ）と相互作用するために、キーボード、マウス、タッチスクリーン、ペンなども含む。上記のとおり、本発明は、ネットワークの特定のグローバルインターネットワークを指す、インターネットとともに使用することに好適である。しかしながら、他のネットワーク、例えば、イントラネット、エクストラネット、仮想プライベートネットワーク（ＶＰＮ）、非ＴＣＰ／ＩＰベースネットワーク、任意のＬＡＮ又はＷＡＮなどをインターネットの代わりに使用することができることと理解すべきである。
一実施形態によれば、各クライアントシステム及びこの構成要素のすべては、アプリケーション、例えば、中央処理装置、例えば、Ｉｎｔｅｌ（商標）Ｐｅｎｔｉｕｍ（商標）プロセッサなどを使用するコンピュータコードの実行を含むブラウザを使用してオペレータによる設定が可能である。同様に、知能モジュール及びこの構成要素のすべては、中央処理装置（２１５）、例えば、Ｉｎｔｅｌ Ｐｅｎｔｉｕｍプロセッサなど又は複数のプロセッサユニットを使用するコンピュータコードの実行を含む（１種以上の）アプリケーションを使用してオペレータにより設定可能であり得る。本明細書に記載の、知能モジュールを操作及び設定してデータ及び試験結果を処理するためのコンピュータコードは、好ましくは、ハードディスク上にダウンロード及び保存されるが、全体のプログラムコード又はこの一部は、任意の他の揮発性若しくは不揮発性記憶媒体又は周知の装置、例えば、ＲＯＭ若しくはＲＡＭに保存されてもよく、又はプログラムコードを保存することができる任意の他のコンピュータ読取可能媒体（２６０）、例えば、コンパクトディスク（ＣＤ）媒体、デジタル多用途ディスク（ＤＶＤ）媒体、フロッピー（登録商標）ディスク、ＲＯＭ、ＲＡＭなどに提供されてもよい。
本発明の種々の態様及び実施形態を実装するためのコンピュータコードは、コンピュータシステム、例えば、Ｃ、Ｃ＋＋、Ｃ＃、ＨＴＭＬ、Ｊａｖａ（登録商標）、ＪａｖａＳｃｒｉｐｔ（登録商標）など又は任意の他のスクリプト言語、例えば、ＶＢＳｃｒｉｐｔ上で実行可能な任意のプログラミング言語において実装することができる。さらに、プログラムコード全体又はこの一部は、搬送波信号として具体化することができ、この信号は、周知の任意の通信媒体又はプロトコル（例えば、ＴＣＰ／ＩＰ、ＨＴＴＰ、ＨＴＴＰＳ、Ｅｔｈｅｒｎｅｔ（登録商標）など）を使用して、インターネット上で、又は周知の任意の他の慣用的なネットワーク接続（例えば、エクストラネット、ＶＰＮ、ＬＡＮなど）上でソフトウエア源（例えば、サーバ）から伝達及びダウンロードすることができる。
一実施形態によれば、知能モジュールは、患者の試験結果及び／又は質問票の回答を分析するための疾患分類処理を実装して患者試料がＩＢＳと関連するか否かを決定する。データは、メモリ（２１０）内の１個以上のデータ表若しくは他の論理データ構造又は知能モジュールと接続された別個の記憶装置若しくはデータベースシステムに保存することができる。１種以上の統計処理が、典型的には、特定の患者についての試験データを含むデータセットに適用される。例えば、試験データは、患者からの試料中の少なくとも１種のマーカーの存在又はレベルを示すデータを含む診断マーカープロファイルを含むことができる。試験データは、患者が患っている又は最近患っていたＩＢＳと関連する、少なくとも１種の症状の存在又は重症度を示すデータを含む症状プロファイルを含むこともできる。一態様において、統計処理は、診断マーカープロファイル及び／又は症状プロファイル基づき患者試料をＩＢＳ試料又は非ＩＢＳ試料として分類する統計的に導出される判定を生成する。別の態様において、第１の統計処理は、診断マーカープロファイル及び／又は症状プロファイルに基づき患者試料をＩＢＤ試料又は非ＩＢＤ試料として分類する第１の統計的に導出される判定を生成する。患者試料が非ＩＢＤ試料として分類された場合、第２の統計処理が同一又は異なるデータセットに適用されて非ＩＢＤ試料をＩＢＳ試料又は非ＩＢＳ試料として分類する第２の統計的に導出される判定が生成される。第１及び／又は第２の統計的に導出される判定は、知能モジュールに付随又は接続されたディスプレイ装置に表示されてもよく、又は（１個以上の）判定は別個のシステム、例えばクライアントシステム（２３０）に提供及び表示することができる。表示された結果によって、医師が妥当な診断又は予後を下すことが可能になる。
Ｘ．治療及び治療モニタリング
個体からの試料がＩＢＳ試料として分類されると、本発明の方法、システム及びコードは、ＩＢＳと関連する１種以上の症状の治療に有用な薬物（すなわち、ＩＢＳ薬）の治療有効量をこの個体に投与することをさらに含むことができる。治療用途のため、ＩＢＳ薬は、単独で投与することができ、又は１種以上の追加のＩＢＳ薬及び／若しくはＩＢＳ薬と関連する副作用を軽減する１種以上の薬物と組み合わせて同時投与することができる。
ＩＢＳ薬は、必要に応じて好適な医薬賦形剤とともに投与することができ、許容された投与方式のいずれかによって実施することができる。したがって、投与は、例えば、静脈内、局所、皮下、経皮的、経皮、筋肉内、経口、バッカル、舌下、歯肉、口蓋、関節内、非経口、動脈内、皮内、脳室内、頭蓋内、腹腔内、病巣内、鼻内、直腸、膣内又は吸入であり得る。「同時投与」は、ＩＢＳ薬が、第２薬物（例えば、別のＩＢＳ薬、ＩＢＳ薬の副作用の軽減に有用な薬物など）の投与と同時に、この投与直前に、又はこの投与直後に投与されることを意味する。
ＩＢＳ薬の治療有効量は、例えば、少なくとも２、３、４、５、６、７、８回以上繰り返し投与することができ、又は用量を連続注入によって投与することができる。用量は、固体、半固体、凍結乾燥粉末又は液体剤形、例えば、錠剤、丸剤、ペレット剤、カプセル剤、散剤、液剤、懸濁液剤、乳剤、坐剤、持続性浣腸剤、クリーム剤、軟膏剤、ローション剤、ゲル剤、エアロゾル剤、フォーム剤などの形態を取り得、好ましくは、正確な投与量の簡単な投与に好適な単位剤形のものである。
本明細書において使用される「単位剤形」は、ヒト対象及び他の哺乳動物に対する単一の投与量として好適な物理的に分離した単位を指し、各単位は、所望の発現、忍容性及び／又は治療効果を生成するように計算された、ＩＢＳ薬の所定量を、好適な医薬賦形剤とともに含有する（例えば、アンプル）。さらに、より濃縮された剤形を調製することができ、次いでこれからより希釈された単位剤形を生成することができる。したがって、より濃縮された剤形は、実質的には、例えば、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０倍以上の量のＩＢＳ薬を含有する。
このような剤形を調製方法は、当業者に公知である（例えば、ＲＥＭＩＮＧＴＯＮ’Ｓ ＰＨＡＲＭＡＣＥＵＴＩＣＡＬ ＳＣＩＥＮＣＥＳ，１８ＴＨ ＥＤ．，Ｍａｃｋ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ Ｃｏ．，Ｅａｓｔｏｎ，ＰＡ（１９９０）を参照）。剤形は、典型的には、慣用の医薬担体又は賦形剤を含み、他の医薬剤、担体、助剤、希釈剤、組織透過促進剤、可溶化剤などをさらに含むことができる。適切な賦形剤は、当分野において周知の方法によって、特定の剤形及び投与経路に応じて個々に調整することができる（例えば、ＲＥＭＩＮＧＴＯＮ’Ｓ ＰＨＡＲＭＡＣＥＵＴＩＣＡＬ ＳＣＩＥＮＣＥＳ、前掲）。
好適な賦形剤の例は、限定されるものではないが、ラクトース、デキストロース、スクロース、ソルビトール、マンニトール、デンプン、アラビアゴム、リン酸カルシウム、アルギン酸塩、トラガカント、ゼラチン、ケイ酸カルシウム、微結晶性セルロース、ポリビニルピロリドン、セルロース、水、生理食塩水、シロップ、メチルセルロース、エチルセルロース、ヒドロキシプロピルメチルセルロース及びポリアクリル酸、例えば、Ｃａｒｂｏｐｏｌ、例えば、Ｃａｒｂｏｐｏｌ ９４１、Ｃａｒｂｏｐｏｌ ９８０、Ｃａｒｂｏｐｏｌ ９８１などを含む。剤形は、滑剤、例えば、タルク、ステアリン酸マグネシウム及び鉱油；湿潤剤；乳化剤；懸濁化剤；保存剤、例えば、メチル−、エチル−及びプロピル−ヒドロキシ−ベンゾエート（すなわち、パラベン）；ｐＨ調整剤、例えば、無機及び有機酸及び塩基；甘味剤；並びに付香剤をさらに含むことができる。剤形は、生分解性ポリマービーズ、デキストラン及びシクロデキストリン包接錯体を含むこともできる。
経口投与のため、治療有効用量は、錠剤、カプセル剤、乳剤、懸濁液剤、液剤、シロップ剤、噴霧剤、トローチ剤、散剤及び徐放性配合物の形態であり得る。経口投与に好適な賦形剤は、医薬グレードのマンニトール、ラクトース、デンプン、ステアリン酸マグネシウム、サッカリンナトリウム、滑石、セルロース、グルコース、ゼラチン、スクロース、炭酸マグネシウムなどを含む。
一部の実施形態において、治療有効用量は、丸剤、錠剤又はカプセル剤の形態を取り、したがって、剤形は、ＩＢＳ薬とともに、以下のいずれか：希釈剤、例えば、ラクトース、スクロース、第二リン酸カルシウムなど；崩壊剤、例えば、デンプン又はこの誘導体；滑剤、例えば、ステアリン酸マグネシウムなど；及び結合剤、例えば、デンプン、アカシアゴム、ポリビニルピロリドン、ゼラチン、セルロース及びこれらの誘導体を含有することができる。ＩＢＳ薬は、例えば、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）担体中に配置される坐剤に配合することもできる。
液体剤形は、例えば、経口、局所又は静脈内投与のための液剤又は懸濁液剤を形成するため、担体、例えば、生理食塩水（例えば、０．９ｗ／ｖ％塩化ナトリウム）、水性デキストロース、グリセロール、エタノールなどの中で、ＩＢＳ薬及び場合により１種以上の医薬的に許容される助剤を溶解又は分散させることによって調製することができる。ＩＢＳ薬は、持続性浣腸剤に配合することもできる。
局所投与のため、治療有効用量は、乳剤、ローション剤、ゲル剤、フォーム剤、クリーム剤、ゼリー剤、液剤、懸濁液剤、軟膏剤及び経皮貼付剤の形態であり得る。吸入による投与のため、ＩＢＳ薬は、乾燥粉末として又はネブライザを介して液体形態で送達することができる。非経口投与のため、治療有効用量は、滅菌注射液剤及び滅菌包装粉末の形態であり得る。好ましくは、注射液剤は、約４．５〜約７．５のｐＨにおいて配合される。
治療有効用量は、凍結乾燥形態で提供することもできる。このような剤形は、投与前の再構成のために緩衝液、例えば、重炭酸塩を含むことができ、又は緩衝液は、例えば、水により再構成するために凍結乾燥剤形中に含めることができる。凍結乾燥剤形は、好適な血管収縮剤、例えば、エピネフリンをさらに含むことができる。凍結乾燥剤形は、シリンジ中で提供することができ、場合により、再構成された剤形を個体に直ちに投与することができるように、再構成のための緩衝液と組み合わせて包装することができる。
ＩＢＳ治療のための治療的使用において、ＩＢＳ薬は、一日あたり約０．００１ｍｇ／ｋｇ〜約１０００ｍｇ／ｋｇの初回投与量において投与することができる。約０．０１ｍｇ／ｋｇ〜約５００ｍｇ／ｋｇ、約０．１ｍｇ／ｋｇ〜約２００ｍｇ／ｋｇ、約１ｍｇ／ｋｇ〜約１００ｍｇ／ｋｇ又は約１０ｍｇ／ｋｇ〜約５０ｍｇ／ｋｇの１日用量の範囲を使用することができる。しかしながら、投与量は、個体の要求、ＩＢＳ症状の重症度及び用いられるＩＢＳ薬に応じて変えることができる。例えば、投与量は、本明細書に記載の方法に従ってＩＢＳであるとして分類された個体におけるＩＢＳ症状の重症度を考慮して経験的に決定することができる。個体に投与される用量は、本発明に関して、経時的に個体における有益な治療応答に影響を及ぼすのに十分でなければならない。用量のサイズは、個体における特定のＩＢＳ薬の投与に伴う任意の不利益な副作用の存在、性質及び程度によって決定することもできる。特定の状況に対する適切な投与量の決定は、医師の技能の範囲内である。一般に、治療は、ＩＢＳ薬の最適な用量よりも少ない投与量で開始される。その後、投与量は、状況下における最適な効果に達するまで少しずつ増加される。便宜上、所望により、総１日投与量は、その日の間で分割し、分けて投与することができる。
本明細書において使用される「ＩＢＳ薬」という用語は、ＩＢＳと関連する１種以上の症状の治療に有用な薬物のすべての医薬的に許容される形態を含む。例えば、ＩＢＳ薬は、ラセミ体又は異性体の混合物、イオン交換樹脂に結合した固体複合体などであり得る。さらに、ＩＢＳ薬は溶媒和形態であり得る。「ＩＢＳ薬」という用語は、記載されているＩＢＳ薬のすべての医薬的に許容される塩、誘導体及びアナログ並びにこれらの組合せも含むものとする。例えば、ＩＢＳ薬の医薬的に許容される塩は、限定されるものではないが、ＩＢＳ薬の酒石酸塩、コハク酸塩、酒石酸塩、酒石酸水素塩、二塩酸塩、サリチル酸塩、ヘミコハク酸塩、クエン酸塩、マレイン酸塩、塩酸塩、カルバミン酸塩、硫酸塩、硝酸塩及び安息香酸塩の形態並びにこれらの組合せなどを含む。ＩＢＳ薬の任意の形態、例えばＩＢＳ薬の医薬的に許容される塩、ＩＢＳ薬の遊離塩基又はこれらの混合物は、本発明の方法における使用に好適である。
ＩＢＳと関連する１種以上の症状の治療に有用な好適な薬物は、限定されるものではないが、セロトニン作動薬、抗うつ剤、クロライドチャネル活性化因子、クロライドチャネル遮断薬、グアニル酸シクラーゼアゴニスト、抗生物質、オピオイド、ニューロキニンアンタゴニスト、抗痙攣あるいは抗コリン作動薬、ベラドンナアルカロイド、バルビツール酸塩、グルカゴン様ペプチド（ＧＬＰ−１）アナログ、コルチコトロピン放出因子（ＣＲＦ）アンタゴニスト、プロバイオティクス、これらの遊離塩基、これらの医薬的に許容される塩、これらの誘導体、これらのアナログ及びこれらの組合せを含む。他のＩＢＳ薬は、増量剤、ドーパミンアンタゴニスト、駆風剤、トランキライザー、デクストフィソパム、フェニトイン、チモロール及びジルチアゼムを含む。
セロトニン作動薬は、ＩＢＳ症状、例えば、便秘、下痢及び／又は交互に発症する下痢と便秘の治療に有用である。セロトニン作動薬の非限定的な例は、Ｃａｓｈ ｅｔ ａｌ．，Ａｌｉｍｅｎｔ．Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．Ｔｈｅｒ．，２２：１０４７−１０６０（２００５）に記載されており、５−ＨＴ３受容体アゴニスト（例えば、ＭＫＣ−７３３など）、５−ＨＴ４受容体アゴニスト（例えば、テガセロド（Ｚｅｌｎｏｒｍ（商品名））、プルカロプリド、ＡＧ１−００１など）、５−ＨＴ３受容体アンタゴニスト（例えば、アロセトロン（Ｌｏｔｒｏｎｅｘ（商標））、シランセトロン、オンダンセトロン、グラニセトロン、ドラセトロン、ラモセトロン、パロノセトロン、Ｅ−３６２０、ＤＤＰ−２２５、ＤＤＰ−７３３など）、５−ＨＴ３受容体アンタゴニスト／５−ＨＴ４受容体アゴニストの混合物（例えば、シサプリド、モサプリド、レンザプリドなど）、これらの遊離塩基、これらの医薬的に許容される塩、これらの誘導体、これらのアナログ及びこれらの組合せを含む。さらに、神経またはグリア細胞シグナリングに影響を及ぼすことによって腸透過性を調節するアミノ酸、例えば、グルタミン及びグルタミン酸を、ＩＢＳ患者を治療するために投与することができる。
抗うつ剤、例えば、選択的セロトニン再取り込み阻害剤（ＳＳＲＩ）又は三環系抗うつ剤は、ＩＢＳ症状、例えば、腹痛、便秘及び／又は下痢の治療に特に有用である。ＳＳＲＩ抗うつ剤の非限定的な例は、シタロプラム、フルボキサミン、パロキセチン、フルオキセチン、セルトラリン、これらの遊離塩基、これらの医薬的に許容される塩、これらの誘導体、これらのアナログ及びこれらの組合せを含む。三環系抗うつ剤の例は、限定されるものではないが、デシプラミン、ノルトリプチリン、プロトリプチリン、アミトリプチリン、クロミプラミン、ドキセピン、イミプラミン、トリミプラミン、マプロチリン、アモキサピン、クロミプラミン、これらの遊離塩基、これらの医薬的に許容される塩、これらの誘導体、これらのアナログ及びこれらの組合せを含む。
クロライドチャネル活性化因子は、ＩＢＳ症状、例えば、便秘の治療に有用である。クロライドチャネル活性化因子の非限定的な例は、ルビプロストン（Ａｍｉｔｉｚａ（商標））、この遊離塩基、この医薬的に許容される塩、この誘導体又はこのアナログである。さらに、クロフェレマーなどのクロライドチャネル遮断薬は、ＩＢＳ症状、例えば、下痢の治療に有用である。グアニル酸シクラーゼアゴニスト、例えば、ＭＤ−１１００は、ＩＢＳと関連する便秘の治療に有用である（例えば、Ｂｒｙａｎｔ ｅｔ ａｌ．，Ｇｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ．，１２８：Ａ−２５７（２００５）を参照）。抗生物質、例えば、ネオマイシンも、ＩＢＳと関連する便秘の治療における使用に好適であり得る（例えば、Ｐａｒｋ ｅｔ ａｌ．，Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ．，１２８：Ａ−２５８（２００５）を参照）。非吸収性抗生物質、例えば、リファキシミン（Ｘｉｆａｘａｎ（商品名））は、ＩＢＳと関連する小腸の細菌過剰成長及び／又は便秘を治療するために好適である（例えば、Ｓｈａｒａｒａ ｅｔ ａｌ．，Ａｍ．Ｊ．Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ．，１０１：３２６−３３３（２００６）を参照）。
オピオイド、例えば、カッパオピオイド（例えば、アシマドリン）は、ＩＢＳと関連する疼痛及び／又は便秘を治療するのに有用であり得る。ニューロキニン（ＮＫ）アンタゴニスト、例えば、タルネタント、サレデュータント並びに他のＮＫ２及び／又はＮＫ３アンタゴニストは、ＩＢＳ症状、例えば、結腸中の筋肉の過敏性、便秘及び／又は下痢を治療するのに有用であり得る。抗痙攣又は抗コリン作動薬、例えば、ジサイクロミンは、ＩＢＳ症状、例えば、腸及び膀胱の筋肉における痙攣を治療するために有用であり得る。他の抗痙攣又は抗コリン作動薬、例えば、ベラドンナアルカロイド（例えば、アトロピン、スコポラミン、ヒヨスチアミンなど）は、ＩＢＳに関連する腸痙攣を軽減するためにバルビツール酸塩、例えば、フェノバルビタールと組み合わせて使用することができる。ＧＬＰ−１アナログ、例えば、ＧＴＰ−０１０は、ＩＢＳ症状、例えば、便秘を治療するために有用であり得る。ＣＲＦアンタゴニスト、例えば、アストレシン及びプロバイオティクス、例えば、ＶＳＬ＃３（商標）は、１種以上のＩＢＳ症状を治療するために有用であり得る。当業者は、現在使用されている又は開発中のＩＢＳと関連する１種以上の症状を治療するために好適な追加のＩＢＳ薬について理解する。
個体からの試料がＩＢＳ試料として分類されたら、個体を定期的な間隔でモニタリングしてある治療レジメンの効力を評価することもできる。例えば、あるマーカーのレベルは、治療、例えば、薬物の治療効果に基づき変化する。患者は、個別的アプローチにおいて応答を評価し、ある薬物又は治療の効果を理解するためにモニタリングされる。さらに、患者は薬物に応答しないことがあるが、マーカーは変化し得、このことは、患者が、これらのマーカーレベルによって同定することができる特別な集団（非応答性）に属することを示唆する。これらの患者は、患者の現在の治療及び処方された代替の治療を中止することができる。
ＸＩ．実施例
以下の実施例は説明のために提供するものであり、特許請求される発明を限定するものではない。
２００７年８月１４日に出願された米国特許出願公開第２００８／００８５５２４号からの実施例は、すべての目的のために参照により全体として本明細書に組み込まれる。
Ａ．《実施例１》ＩＢＳを予測するためのトリプターゼＥＬＩＳＡ
本実施例は、マスト細胞β−トリプターゼの存在又はレベルを検出するための高感度ＥＬＩＳＡを説明する。なお、図１〜７を参照のこと。
背景：マスト細胞は、過敏性腸症候群（ＩＢＳ）の発病において重要な役割を担う。遠位腸セグメント内でのマスト細胞浸潤及び活性化の増加は、ＩＢＳの症状の発症及び重症度に関連する。マスト細胞は、ＩＢＳ患者における粘膜刺激に対する内臓求心性神経の応答の上昇に関与している。マスト細胞マーカーの計測は、ＩＢＳの臨床診断において重要な意味を有し得る。しかしながら、この試みは、高感度アッセイの欠如に起因して遅れていた。
方法：本明細書において、本発明者らは、ヒト血清試料中のトリプターゼレベルを計測するための高感度両面ＥＬＩＳＡアッセイ（検出限界０．０１９ｎｇ／ｍＬ）の開発及び検証を報告する。このアッセイは正確であり、堅牢であり、再現性を示す。健常対照及びＩＢＳ患者における血清トリプターゼ濃度を、このアッセイを使用して計測した。
結果：健常対照における平均血清トリプターゼレベルは、９．３２±２．１ｎｇ／ｍＬ（ｎ＝１５６）であった。ＩＢＳ−Ｄ及びＩＢＳ−Ａ患者は、顕著に高い血清トリプターゼ濃度を示す（ＩＢＳ−Ｄについて１２．７１ｎｇ／ｍＬ（ｎ＝２０９）、ＩＢＳ−Ａについて１１．９４ｎｇ／ｍＬ（ｎ＝５７）、ｐ＜０．０１）一方、ＩＢＳ−Ｃについての平均トリプターゼレベルは、９．３４ｎｇ／ｍＬ（ｎ＝１１８）であり、ＩＢＳ−Ｃについての健常対照との顕著な差はない。
結論：これは、ＩＢＳ−Ｄ及びＩＢＳ−Ａ患者とＩＢＳ−Ｃ患者及び健常対照とを区別するこれまでのところ開発された最初のバイオマーカーである。血清トリプターゼレベルを他のＰｒｏｍｅｔｈｅｕｓ ＩＢＳバイオマーカーと組み合わせることによって、本発明者らは、ＩＢＳ−Ｄ及びＩＢＳ−Ａ患者の診断の精度を改善することができた。
捕捉抗体としてのウサギ抗トリプターゼ及び検出抗体としてのアルカリホスファターゼにコンジュゲートされたＧ３を使用して血清マスト細胞β−トリプターゼのレベルを決定するためのＥＬＩＳＡアッセイを開発した。アッセイ感度を向上させるため、発光基質ＣＰＳＤ（ジナトリウム３−（４−メトキシスピロ｛１，２−ジオキセタン−３，２’−（５’−クロロ）トリシクロ［３．３．１．１３，７］デカン｝−４−イル）フェニルホスフェート）を使用した。５％ＢＳＡ及び１０％正常ヒト血清を有する緩衝液中でβ−トリプターゼについて１〜１０００ｎｇ／ｍＬの標準範囲にわたり線形用量応答曲線が観察された。このアッセイの下限は、０．０１９ｎｇ／ｍＬであり、イントラアッセイ及びインターアッセイ変動係数は、１ｎｇ／ｍＬ及び１０００ｎｇ／ｍＬのトリプターゼ濃度において１５％未満であった。血清に添加された既知量の精製トリプターゼの回収率は、８８％であった。健常対照、ＩＢＳ−Ｃ及びＩＢＳ−Ｄ患者からのトリプターゼの血清レベルを試験するため、免疫アッセイを利用した。健常対照における平均血清トリプターゼレベルは、７．０＋２．１ｎｇ／ｍＬ（ｎ＝１１３）であった。ＩＢＳ−Ｃ及びＩＢＳ−Ｄにおける平均トリプターゼレベルは、それぞれ９．６ｎｇ／ｍＬ（ｎ＝１１６）及び１２．７（ｎ＝２０９）であった。１１．４ｎｇ／ｍＬ（平均＋２ＳＤ）のカットオフ値を使用すると、ＧＩ健常対照についてのアッセイ特異度は８２％（ｎ＝１５６）であり、ＩＢＳ−Ｃ及びＩＢＳ−Ｄについてのアッセイ感度は、それぞれ２１．５％及び２４．９％であった。患者の症状及びＩＢＳについての他のマーカーと血清トリプターゼレベルを組み合わせることは、ＩＢＳ−Ｄと他のタイプの過敏性腸症候群を区別するのに役立ち得る。
Ｂ．《実施例２》ＩＢＳにおける血清トリプターゼレベルの診断有用性の評価
背景：マスト細胞は、過敏性腸症候群（ＩＢＳ）の発病において重要な役割を担う。遠位腸セグメント内でのマスト細胞浸潤及び活性化の増加は、ＩＢＳの症状の発症及び重症度に関連する。マスト細胞は、ＩＢＳ患者における粘膜刺激に対する内臓求心性神経の応答の上昇に関与している。マスト細胞マーカーの計測は、ＩＢＳの臨床診断において重要な意味を有し得る。しかしながら、この試みは、高感度アッセイの欠如に起因して遅れていた。
方法：本明細書において、本発明者らは、ヒト血清試料中のトリプターゼレベルを計測するための高感度２部位ＥＬＩＳＡアッセイ（検出限界０．０１９ｎｇ／ｍＬ）の開発及び検証を報告する。このアッセイは正確であり、堅牢であり、再現性を示す。健常対照及びＩＢＳ患者における血清トリプターゼ濃度を、このアッセイを使用して計測した。
結果：健常対照における平均血清トリプターゼレベルは、７．１±２．５ｎｇ／ｍＬであった。ＩＢＳ−Ｄ及びＩＢＳ−Ａ患者は、健常対照対象よりも高い血清トリプターゼ濃度を示す（ＩＢＳ−Ｄについて１０．３±８．７ｎｇ／ｍＬ、ＩＢＳ−Ａについて１２．１±１０．７ｎｇ／ｍＬ）一方、ＩＢＳ−Ｃについての平均トリプターゼレベルは、９．６±９．４ｎｇ／ｍＬであった。ＩＢＳ−Ｃ群とＩＢＳ−Ｄ群との血清トリプターゼレベルの統計的差異が存在した（ｐ＜０．０１）。
結論：血清トリプターゼ濃度は、ＩＢＳ−Ｄ患者とＩＢＳ−Ｃ患者とを区別するこれまでのところ開発された最初のバイオマーカーである。血清トリプターゼレベルを他のＩＢＳバイオマーカーと組み合わせてＩＢＳの診断の精度を改善することができる。
図８は、本明細書に記載のトリプターゼＥＬＩＳＡにおけるヒトトリプターゼの用量依存性応答を示す。プロトコル：９６ウェルマイクロタイタ−プレートを、炭酸ナトリウム（ｐＨ９．６）中１００ｍＬの２ｍｇ／ｍＬ抗ヒトトリプターゼ抗体によって４℃において一晩コーティングした。ＰＢＳＴによって洗浄した後、プレートを３００ｍＬ／ウェルのブロッキング／アッセイ緩衝液（ＰＢＳ中５％ＢＳＡ）と、室温（ＲＴ）において３０分間穏やかに撹拌しながらインキュベートした。洗浄後、１００ｍＬ／ウェルの段階希釈（アッセイ緩衝液中１：８）したヒトトリプターゼをプレートに添加した。ＲＴにおいてさらに２時間インキュベートした後、プレートを洗浄し、次いでアッセイ緩衝液中で最適に希釈した１００ｍＬのＡＰにコンジュゲートされた抗ヒトトリプターゼとインキュベートした。プレートを穏やかに撹拌しながら２時間インキュベートし、次いで洗浄した。１００ｍＬのＴｒｏｐｉｘ ＣＳＰＤ基質を各ウェルに添加し、暗所で３０分間インキュベートしてから、発光プレートリーダーによって発光を読み取った。相対発光単位（ＲＬＵ）及びトリプターゼ濃度をＰｒｉｓｍ Ｇｒａｐｈｐａｄ Ｐｒｏｇｒａｍによってプロットした。トリプターゼ検出範囲＝０．０１９〜５０００ｎｇ／ｍＬ。ＥＣ５０＝６５ｎｇ／ｍＬ。回収率は、正常プール血清中にスパイクされた２０ｎｇについて８１．５％であった。
図９は、本明細書に記載のトリプターゼＥＬＩＳＡの最適化を示す。図１０は、健常対照（ｎ＝１３９）及びＩＢＳの対象（ｎ＝３７８）からの血清中のトリプターゼレベルを示す。トリプターゼレベルを、アッセイ緩衝液によって１０倍希釈した血清試料中でＥＬＩＳＡによって計測した。ＩＢＳ患者はまた、このサブタイプ：ＩＢＳ−Ｄ（ｎ＝２０６）：下痢優勢型；ＩＢＳ−Ｃ（ｎ＝１１６）：便秘優勢型；ＩＢＳ−Ａ（ｎ＝５６）：交互症状に従って示す。各値は、二重決定の平均である。実線は、各群からの中央値である。１２ｎｇ／ｍＬのカットオフ値は、中央プラス２ＳＤを有する健常対象から計算した（点線）。健常対象に対して＊ｐ＜０．０００１；ＩＢＳ−Ｄに対して＊＊ｐ＜０．０００１；マン・ホイットニーＵ検定。表２は、ＩＢＳサブタイプ及び健常対象におけるトリプターゼレベルの概要を提供する（カットオフ＝１２．０ｎｇ／ｍＬ）。
図１１は、健常対照に対するＩＢＳ患者におけるヒスタミン及びＰＧＥ２の血清レベルの増加を示す。ＰＧＥ２は、Ｃａｙｍａｎ製キットを使用するＥＬＩＳＡによって５０μＬの血清中で計測した。ヒスタミンは、Ｉｍｍｕｎｏｔｅｃｈ ＥＩＡキットを使用して１０μＬの血清中で計測した。試料は二重に試験した。実線は、各群の中央値である。例えば、ある態様において、ＩＢＳ−Ｄは、健常対照、ＩＢＳ−Ａ及び／又はＩＢＳ−Ｃ試料若しくは標準と比べて高いレベルのＰＧＥ２を検出することによって、診断又はＩＢＳの他の臨床サブタイプから区別することができる。ある他の態様において、ＩＢＳ−Ｄ又はＩＢＳ−Ａは、健常対照及び／又はＩＢＳ−Ｃ試料若しくは標準と比べて高いレベルのヒスタミンを検出することによって、診断又はＩＢＳ−Ｃと区別することができる。
結論：（１）血清トリプターゼレベルを高感度で、高精度で正確に計測することができるサンドイッチＥＬＩＳＡ法を開発した。このアッセイは、高程度の再現性を有し、多数のヒト血清の定型的試験に好適である。（２）このＥＬＩＳＡを使用して、本発明者らは、健常対照とＩＢＳ患者との血清トリプターゼレベルの有意差を見出した。ＩＢＳ患者のうち、ＩＢＳ−Ｄ及びＩＢＳ−Ａ患者は、ＩＢＳ−Ｃ患者と比較して統計的に高いトリプターゼレベルを有した。（３）追加のマスト細胞マーカー、ヒスタミン及びＰＧＥ２も、ＩＢＳ患者血清試料中で異常であることを見出した。これらのマーカーをトリプターゼと組み合わせることは、ＩＢＳの診断精度の改善をもたらした。
Ｃ．《実施例３》ＩＢＳと関連する症状の存在又は重症度を同定するための質問票
本実施例は、個人における１種以上のＩＢＳ関連症状の存在又は重症度を同定するために有用な質問票について説明する。本質問票は、クリニック又は若しくは開業医の診療所で個人によってすべての項目を記入されてもよいし、又は家に持ち帰り、個人がクリニック又は開業医の診療所に戻ってくる（例えば、患者の採血のため）ときに提出することができる。
一部の実施形態において、本質問票は、個人に、１種以上のＩＢＳと関連する症状の存在又は重症度に関する回答を提供することを求める一連の質問を含有する第１のセクションを含む。本質問票は、一般に、ＩＢＳ関連症状、例えば、胸痛、胸部不快感、胸焼け、普通量の食事後の不快な膨満感、普通量の食事の完食不能、腹痛、腹部不快感、便秘、下痢、膨満感及び／又は腹部膨張の存在、重症度、頻度及び／又は持続期間を同定することを対象とした質問を含む。
ある例において、質問票の第１のセクションは、ローマＩＩＩ基準に基づく、ローマ委員会によって策定された、ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｒｏｍｅｃｒｉｔｅｒｉａ．ｏｒｇ／ｑｕｅｓｔｉｏｎｎａｉｒｅｓ／から入手可能な質問票からの質問のすべて又は一部を含む。例えば、質問票は、成人機能性ＧＩ障害に対するローマＩＩＩ診断質問票（別表Ｃ）（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｒｏｍｅｃｒｉｔｅｒｉａ．ｏｒｇ／ｐｄｆｓ／ＡｄｕｌｔＦｕｎｃｔＧＩＱ．ｐｄｆから入手可能）の９２０〜９３６ページに説明される９３個の質問のすべて又は一部を含むことができる。好ましくは、質問票の第１のセクションは、ローマＩＩＩ診断質問票に説明される９３個の質問の１６個を含有する（表３を参照）。あるいは、質問票の第１のセクションは、表３に示される１６個の質問の一部（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４又は１５個）を含有することができる。非限定的な例として、表３に説明される以下の１０個の質問：質問番号、２、３、５、６、９、１０、１１、１３、１５及び１６を質問票に含めることができる。当業者は、質問票の第１のセクションが、疼痛、不快感及び／又は便の硬さの変化に関する表３に示す質問に類似する質問を含むことができることを認識する。
他の実施形態において、質問票は、個人にＩＢＳと関連する疼痛又は不快感を有することに伴う消極的な思考又は感情の存在又は重症度に関する回答を提供することを求める一連の質問を含有する第２のセクションを含む。例えば、本質問票は、個人がＩＢＳの１種以上の症状と関連する疼痛又は不快感を経験している時の不安、恐れ、緊張感、懸念、心配、悩み、ストレス、落ち込み、失望感、絶望、悲観、疑念及び／又は否定的なことの存在、重症度、頻度及び／又は持続期間を同定することを対象とした質問を含むことができる。
ある例において、質問票の第２のセクションは、Ｓｕｌｌｉｖａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｔｈｅ Ｐａｉｎ Ｃａｔａｓｔｒｏｐｈｉｚｉｎｇ Ｓｃａｌｅ：Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ ａｎｄ Ｖａｌｉｄａｔｉｏｎ，Ｐｓｙｃｈｏｌ．Ａｓｓｅｓｓ．，７：５２４−５３２（１９９５）に記載の質問票からの質問のすべて又は一部を含む。例えば、質問票は、個人が疼痛を経験した場合にある消極的な思考又は感情を有する程度：０＝全くない、１＝軽度、２＝中程度、３＝重度、４＝いつも、を示す痛みの認知面の評価（ＰＣＳ）に従って個人によって回答されるべき一連の質問を含むことができる。質問票の第２のセクションは、ＩＢＳと関連する疼痛又は不快感を有することに伴う消極的な思考又は感情の存在又は重症度を同定することに関連する、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５個以上の質問又は記述を含有することができる。非限定的な例として、個人が疼痛を経験した場合以下の思考又は感情の１つ以上：「私はいつも疼痛が止むかどうか心配している」；「私はもうこれ以上疼痛に耐えられないと感じる」；「私は疼痛が悪化するのではないかと恐れている」；「私は疼痛が消えることを切望している」；及び「私は疼痛がどれほど痛いかについて考え続けている」を有する程度を評価するように個人に求めることができる。当業者は、質問票がＩＢＳと関連する疼痛又は不快感を有することに伴う消極的な思考又は感情に関する類似の質問を含むことができると理解する。
一部の実施形態において、質問票は、質問票の第１のセクション又はこの一部からの質問（例えば、表３を参照）のみを含む。他の実施形態においては、質問票は、質問票の第２セクション又はこの一部からの質問のみを含む。
個人によって本質問票がすべて記入されると、各質問に対する回答に対応する数字を合わせることができ、得られる値は、個体からの試料中の１種以上の診断マーカーの分析と組み合わせ、本明細書に記載の統計的アルゴリズムを使用して処理してＩＢＳ予測の精度を増加させることができる。
あるいは、以下質問：「あなたは現在何らかの症状を経験していますか？」に対する個人からの「はい」又は「いいえ」の回答は、本明細書に記載のバイオマーカーの１種以上の分析結果と組み合わせ、単一の統計的アルゴリズム又は統計的アルゴリズムの組合せを使用して処理してＩＢＳ予測の精度を増加させることができる。
Ｄ．《実施例４》過敏性腸症候群（ＩＢＳ）の診断のための血液ベース診断アッセイ
本実施例は、過敏性腸症候群（ＩＢＳ）についての最初の血液ベースバイオマーカー試験を説明する。本試験は、ＩＢＳの診断において臨床医を補助することができる。下記のＩＢＳ診断は、承認されたＩＢＳ専門家及びＧＩクリニックから回収された十分に特性決定されたＩＢＳ試料を使用して検証した。試料は、ローマＩＩ又はローマＩＩＩ陽性であり、患者は、１年超にわたりＩＢＳの診断を受けた。試験は、５０％の感度、８８％の特異度、７０％の全体精度を有する。
本アッセイを開発するために使用された全コホートは、１７２１個の血清試料からなるものであった。使用された検証コホートは、５１６個の血清試料からなるものであり、このうち５０％はローマＩＩ又はローマＩＩＩ基準に従ってＩＢＳと診断されたものであり；３６％は非ＩＢＳ疾患対照であり；及び１４％は正常健常対照であった。アッセイの感度は５０％であり、特異度は８８％である。医師が患者において疾患の確率が約７５％であると決定し、ＩＢＳを確定する場合、陽性試験結果の９４％は真陽性である一方、陰性試験結果の３８％は真陰性である。医師が患者において疾患の確率が約２５％であると決定し、ＩＢＳを除外する場合、陰性試験結果の８６％は真陰性である一方、陽性試験結果の６１％は真陽性である。
アッセイは、ランダムフォレスト分類子及びニューラルネットワーク分類子からなる２種の学習統計的分類子システムと組み合わせたバイオマーカーの定量分析を含む。
アッセイの試験体要件は、例えば、ＳＳＴチューブ中の２．０ｍＬの分離血清を医師が得ることからなる。最良の結果のため、試料を回収から２時間以内に遠心分離及び冷蔵すべきである。アッセイ検出前に試料を運搬する必要がある場合、試料は冷蔵又は冷凍すべきである。最良の結果のため、試料を使用前に４℃において７日以下又は冷凍の場合は３０日間貯蔵すべきである。
手短に述べると、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）は、ＩＢＳバイオマーカーのＡＳＣＡ−ＩｇＡ、ＣＢｉｒ１、ＡＮＣＡ及びｔＴＧについて特異的な抗体を用いて実施する。さらに、化学発光アッセイは、ＩＢＳバイオマーカーのＢＤＮＦ、ＮＧＡＬ、ＴＷＥＡＫ、ＧＲＯ−α、ＩＬ−１β及びＴＩＭＰ−１について実施する。健常対象におけるこれらのマーカーの正常範囲についての参照値を、表４に提供する。
ある例において、上記ＩＢＳバイオマーカーの検出からの情報は、患者によって提供される症状情報と組み合わせることができる。例えば、ＩＢＳの診断において臨床医をさらに補助するため、患者は、患者の症状のチェックリストを記入することができ、これからの情報を、ＩＢＳバイオマーカーからの情報と組み合わせることができる。この方式において使用することができるチェックリストの例を、表５に提供する。
Ｅ．参考文献：
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本発明を、明確な理解の目的のために、説明及び実施例によっていくらか詳細に記載したが、当業者は、ある変更及び改変を添付の特許請求の範囲の範囲内で実施することができると理解する。さらに、本明細書において提供される各参考文献は、各参考文献が参照により個々に組み込まれたのと同程度に全体として参照により組み込まれる。

Claims (32)

  1. 対象における過敏性腸症候群（ＩＢＳ）の診断を補助するために対象からの血液又は血清試料中に存在するβ−トリプターゼのレベルを決定する方法であって、
    （ａ）対象からの血液又は血清試料を、試料中に存在するβ−トリプターゼがβ−トリプターゼ及びβ−トリプターゼ結合部分を含む複合体に転換するのに好適な条件下において、β−トリプターゼ結合部分と接触させること；及び
    （ｂ）前記複合体のレベルを決定し、これによって試料中に存在するβ−トリプターゼのレベルを決定すること
    を含む方法。
  2. （ｃ）試料中に存在するβ−トリプターゼのレベルと対照レベルとを比較することをさらに含み、
    対照レベルが、健常対象からの血液又は血清試料中に存在するβ−トリプターゼのレベルであり、
    対照レベルに対する試料中に存在するβ−トリプターゼのレベルの増加が、前記対象がＩＢＳである可能性の増加を示し、及び／又は
    対照レベルに対する試料中に存在するβ−トリプターゼの同一又は低減したレベルが、前記対象がＩＢＳでない可能性の増加を示す、請求項１に記載の方法。
  3. （ｃ）試料中に存在するβ−トリプターゼのレベルと対照レベルとを比較することをさらに含み、
    対照レベルが、ＩＢＳの対象からの血液又は血清試料中に存在するβ−トリプターゼのレベルであり、
    対照レベルに対する試料中に存在するβ−トリプターゼの同一又は増加したレベルが、前記対象がＩＢＳである可能性の増加を示し、及び／又は
    対照レベルに対する試料中に存在するβ−トリプターゼの低減したレベルが、前記対象がＩＢＳでない可能性の増加を示す、請求項１に記載の方法。
  4. 試料中に存在するヒスタミン及び／又はプロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）のレベルを決定することをさらに含む、請求項１〜３のいずれか一項に記載の方法。
  5. 対象がＩＢＳの疑いがある、請求項１〜４のいずれか一項に記載の方法。
  6. 前記結合部分が抗体を含む、請求項１〜５のいずれか一項に記載の方法。
  7. 酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）である、請求項６に記載の方法。
  8. ＥＬＩＳＡがサンドイッチＥＬＩＳＡである、請求項７に記載の方法。
  9. サンドイッチＥＬＩＳＡが、アッセイ感度を向上させるため、検出抗体としてのアルカリホスファターゼにコンジュゲートされた抗トリプターゼ抗体、及びＣＰＳＤ含有発光基質の使用を含む、請求項８に記載の方法。
  10. 対象からの生物試料中の少なくとも１種の追加のバイオマーカーのレベルを検出することをさらに含み、前記バイオマーカーが、脳由来神経栄養因子（ＢＤＮＦ）、好中球ゼラチナーゼ関連リポカリン（ＮＧＡＬ）、ＴＮＦ関連アポトーシス弱誘導因子（ＴＷＥＡＫ）、成長関連癌遺伝子アルファ（ＧＲＯ−α）、インターロイキン−１ベータ（ＩＬ−１β）、組織メタロプロテイナーゼ阻害因子−１（ＴＩＭＰ−１）、抗サッカロマイセス・セレビシエ抗体（ＡＳＣＡ−ＩｇＡ）、抗ＣＢｉｒ−１抗体（ＣＢｉｒ１）、抗ヒト好中球細胞質抗体（ＡＮＣＡ）、抗ヒト組織トランスグルタミナーゼＩｇＡ（ｔＴＧ）及びこれらの組合せからなる群から選択される、請求項１〜９のいずれか一項に記載に方法。
  11. 前記生物試料が、血清、血漿、全血及び糞便からなる群から選択される、請求項１０に記載に方法。
  12. ＩＢＳの診断が、対象についての症状プロファイルを決定することを含み、
    前記症状プロファイルは、前記対象における少なくとも１種の症状の存在又は重症度を同定することによって決定される、請求項１〜１１のいずれか一項に記載の方法。
  13. 前記少なくとも１種の症状が、胸痛、胸部不快感、胸焼け、普通量の食事後の不快な膨満感、普通量の食事の完食不能、腹痛、腹部不快感、便秘、下痢、膨満感、腹部膨張、疼痛又は不快感を有することに伴う消極的な思考又は感情及びこれらの組合せからなる群から選択される、請求項１２に記載の方法。
  14. ＩＢＳバイオマーカーのレベルに基づくアルゴリズムの使用を含む、請求項１〜１３のいずれか一項に記載の方法。
  15. ＩＢＳバイオマーカーのレベル及び症状プロファイルに基づくアルゴリズムの使用を含む、請求項１２又は１３に記載の方法。
  16. 前記アルゴリズムが統計的アルゴリズムを含む、請求項１４又は１５に記載の方法。
  17. 前記統計的アルゴリズムが学習統計的分類子システム、又は少なくとも２種の学習統計的分類子システムの組合せを含む、請求項１６に記載の方法。
  18. 少なくとも２種の学習統計的分類子システムの組合せが、ランダムフォレスト分類子及びニューラルネットワーク分類子を含む、請求項１７に記載の方法。
  19. 対象がＩＢＳである確率を提供することを含む、請求項１〜１８のいずれか一項に記載の方法。
  20. ＩＢＳの診断が、ＩＢＳをＩＢＳ便秘型（ＩＢＳ−Ｃ）、ＩＢＳ下痢型（ＩＢＳ−Ｄ）、ＩＢＳ混合型（ＩＢＳ−Ｍ）、ＩＢＳ交替型（ＩＢＳ−Ａ）又は感染後ＩＢＳ（ＩＢＳ−ＰＩ）として分類することをさらに含む、請求項１〜１９のいずれか一項に記載の方法。
  21. 対象における過敏性腸症候群（ＩＢＳ）の進行又は退縮をモニタリングする方法であって、
    （ａ）１回目に対象から採取された第１の血液又は血清試料を、試料中に存在するβ−トリプターゼがβ−トリプターゼ及びβ−トリプターゼ結合部分を含む複合体に転換するのに好適な条件下において、β−トリプターゼ結合部分と接触させること；
    （ｂ）前記複合体のレベルを決定し、これによって第１の試料中に存在するβ−トリプターゼのレベルを決定すること；
    （ｃ）２回目に対象から採取された第２の血液又は血清試料を、試料中に存在するβ−トリプターゼがβ−トリプターゼ及びβ−トリプターゼ結合部分を含む複合体に転換するのに好適な条件下において、β−トリプターゼ結合部分と接触させること；
    （ｄ）前記複合体のレベルを決定し、これによって第２の試料中に存在するβ−トリプターゼのレベルを決定すること；及び
    （ｅ）第１の試料中に存在するβ−トリプターゼのレベルと第２の試料中に存在するβ−トリプターゼのレベルとを比較すること
    を含み、
    第２の試料中のβ−トリプターゼのレベルが第１の試料と比べて高ければ、対象におけるＩＢＳの進行を示し、第２の試料中のβ−トリプターゼのレベルが第１の試料に比べて低ければ、対象におけるＩＢＳの退縮を示す方法。
  22. 試料中に存在するヒスタミン及び／又はプロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）のレベルを決定することをさらに含む、請求項２１に記載の方法。
  23. 過敏性腸症候群（ＩＢＳ）の治療に有用な薬物を服用する対象における薬物の効力をモニタリングすることを含む、請求項２１又は２２に記載の方法。
  24. 対象からの生物試料中の少なくとも１種の追加のバイオマーカーのレベルを決定することをさらに含み、バイオマーカーは、脳由来神経栄養因子（ＢＤＮＦ）、好中球ゼラチナーゼ関連リポカリン（ＮＧＡＬ）、ＴＮＦ関連アポトーシス弱誘導因子（ＴＷＥＡＫ）、成長関連癌遺伝子アルファ（ＧＲＯ−α）、インターロイキン−１ベータ（ＩＬ−１β）、組織メタロプロテイナーゼ阻害因子−１（ＴＩＭＰ−１）、抗サッカロマイセス・セレビシエ抗体（ＡＳＣＡ−ＩｇＡ）、抗ＣＢｉｒ−１抗体（ＣＢｉｒ１）、抗ヒト好中球細胞質抗体（ＡＮＣＡ）、抗ヒト組織トランスグルタミナーゼＩｇＡ（ｔＴＧ）及びこれらの組合せからなる群から選択される、請求項２１〜２３のいずれか一項に記載の方法。
  25. 前記生物試料が、血清、血漿、全血及び糞便からなる群から選択される、請求項２４に記載の方法。
  26. ＩＢＳバイオマーカーのレベルに基づくアルゴリズムの使用を含む、請求項２１〜２５のいずれか一項に記載の方法。
  27. 前記アルゴリズムが統計的アルゴリズムを含む、請求項２６に記載の方法。
  28. 前記統計的アルゴリズムが学習統計的分類子システム、又は少なくとも２種の学習統計的分類子システムの組合せを含む、請求項２７に記載の方法。
  29. 少なくとも２種の学習統計的分類子システムの組合せが、ランダムフォレスト分類子及びニューラルネットワーク分類子を含む、請求項２８に記載の方法。
  30. 対象がＩＢＳである確率を提供することを含む、請求項２１〜２９のいずれか一項に記載の方法。
  31. 前記工程（ａ）が、
    固相表面を第１の抗β−トリプターゼ捕捉抗体によってコーティングする工程；
    固相表面を血液又は血清試料と、試料中に存在するβ−トリプターゼがβ−トリプターゼ及び抗β−トリプターゼ捕捉抗体を含む複合体に転換するのに好適な条件下で接触させる工程；
    β−トリプターゼ及び抗β−トリプターゼ複合体を、アルカリホスファターゼにコンジュゲートされた第２の検出抗体と、三重複合体を形成するのに好適な条件下で接触させる工程；及び
    三重複合体を、ＣＰＳＤ発光基質と接触させる工程
    を含み、
    血液又は血清試料中のβ−トリプターゼの検出限界が、１００ｐｇ／ｍＬ未満である、請求項１に記載の方法。
  32. 血液又は血清試料中のβ−トリプターゼの検出限界が、２５ｐｇ／ｍＬ未満である、請求項３１に記載の方法。
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